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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
lym_126 | 126 | 8265333-1 | train | === Consultation INITIALE — 2018-06-15 ===
Consultation d'hématologie, 15 juin 2018, Dr Martin.
Patient de 47 ans, ingénieur informatique, célibataire, vivant en appartement à Grenoble. Aucun antécédent médical notable.
Motif de la consultation : découverte de nodules sous-cutanés indolores sur le tronc, l’abdomen et... | {"demography_professional_category": [[116, 138, "ingénieur informatique"], [24331, 24353, "ingénieur informatique"]], "demography_marital_status": [[140, 151, "célibataire"], [24355, 24366, "célibataire"]], "demography_living_environment": [[177, 185, "Grenoble"], [24368, 24400, "vivant en appartement à Grenoble"], [2... | {"demography_professional_category": {"label": "catégorie professionnelle", "desc": "le métier ou la catégorie socioprofessionnelle", "section": "demographie"}, "demography_marital_status": {"label": "statut marital", "desc": "la situation familiale (marié, célibataire, veuf…)", "section": "demographie"}, "demography_l... | {"demographics": {"nom": "Dubois", "prenom": "Yves", "ddn": "1971-03-15", "sexe": "M", "profession": "ingénieur informatique", "marital": "célibataire", "habitat": "appartement en centre-ville, Grenoble"}, "diagnosis_summary": "Patient de 47 ans diagnostiqué en 2018 avec un myélome multiple IgD lambda à forme cutanée (... | [{"document_type": "Consultation INITIALE", "content": "Consultation d'hématologie, 15 juin 2018, Dr Martin.\n\nPatient de 47 ans, ingénieur informatique, célibataire, vivant en appartement à Grenoble. Aucun antécédent médical notable.\n\nMotif de la consultation : découverte de nodules sous-cutanés indolores sur le tr... | autre | {"demography_birth_date": {"value": "1971-03-15", "span": "DDN : 15/03/1971"}, "demography_sexe": {"value": "homme", "span": "Sexe : M"}, "demography_marital_status": [{"value": "célibataire", "span": "ingénieur informatique, célibataire, vivant en appartement à Grenoble.", "source_document": "Consultation INITIALE — 2... |
lym_128 | 128 | 4020529-1 | train | === lettre de sortie — 2020-05-14 ===
Dr Jean-Luc Moreau
Médecin généraliste
Tours
15 mai 2020
Objet : Concernant M. Duval Nicolas, n° dossier 2020-15487
Cher confrère,
Je vous écris à l’issue de l’hospitalisation de M. Duval Nicolas, 44 ans, technicien informatique, célibataire, résidant à Tours centre-ville, admi... | {"demography_professional_category": [[247, 270, "technicien informatique"], [5478, 5501, "technicien informatique"]], "demography_marital_status": [[272, 283, "célibataire"]], "demography_living_environment": [[296, 314, "Tours centre-ville"]], "history_disease_diagnosis": [[1069, 1110, "lymphome marginal extranodal d... | {"demography_professional_category": {"label": "catégorie professionnelle", "desc": "le métier ou la catégorie socioprofessionnelle", "section": "demographie"}, "demography_marital_status": {"label": "statut marital", "desc": "la situation familiale (marié, célibataire, veuf…)", "section": "demographie"}, "demography_l... | {"demographics": {"nom": "Duval", "prenom": "Nicolas", "ddn": "1976-03-15", "sexe": "M", "profession": "technicien informatique", "marital": "célibataire", "habitat": "Tours, centre-ville"}, "diagnosis_summary": "Lymphome marginal extranodal de type mucosa-associated lymphoid tissue (ENMZL) de l'iléon, de bas grade, st... | [{"document_type": "lettre de sortie", "content": "Dr Jean-Luc Moreau\nMédecin généraliste\nTours\n\n15 mai 2020\n\nObjet : Concernant M. Duval Nicolas, n° dossier 2020-15487\n\nCher confrère,\n\nJe vous écris à l’issue de l’hospitalisation de M. Duval Nicolas, 44 ans, technicien informatique, célibataire, résidant à T... | autre-B | {"demography_birth_date": {"value": "1976-03-15", "span": "Date de naissance : 15/03/1976"}, "demography_sexe": {"value": "homme", "span": "Sexe : M"}, "demography_marital_status": [{"value": "célibataire", "span": "célibataire, résidant à Tours centre-ville", "source_document": "lettre de sortie — 2020-05-14"}], "demo... |
lym_129 | 129 | 8286630-1 | train | "=== Consultation INITIALE / de découverte — 2019-03-15 ===\nConsultation d'hématologie, 15 mars(...TRUNCATED) | "{\"demography_birth_date\": [[142, 159, \"née le 01/01/1984\"], [2057, 2067, \"01/01/1984\"], [405(...TRUNCATED) | "{\"demography_birth_date\": {\"label\": \"date de naissance\", \"desc\": \"la date de naissance du (...TRUNCATED) | "{\"demographics\": {\"nom\": \"Deschamps\", \"prenom\": \"Bénédicte\", \"ddn\": \"1984-01-01\", \(...TRUNCATED) | "[{\"document_type\": \"Consultation INITIALE / de découverte\", \"content\": \"Consultation d'hém(...TRUNCATED) | autre-B | "{\"demography_birth_date\": {\"value\": \"1984-01-01\", \"span\": \"née le 01/01/1984\"}, \"demogr(...TRUNCATED) |
lym_130 | 130 | 5534293-1 | train | "=== Compte-rendu anatomo-pathologique — 2022-04-15 ===\nRéf : 22-45678\nNom : Marie\nPrénom : M(...TRUNCATED) | "{\"demography_birth_date\": [[118, 128, \"15/05/1963\"], [11398, 11408, \"15/05/1963\"], [18572, 18(...TRUNCATED) | "{\"demography_birth_date\": {\"label\": \"date de naissance\", \"desc\": \"la date de naissance du (...TRUNCATED) | "{\"demographics\": {\"nom\": \"Marie\", \"prenom\": \"Marcel\", \"ddn\": \"1963-05-15\", \"sexe\": (...TRUNCATED) | "[{\"document_type\": \"Compte-rendu anatomo-pathologique\", \"content\": \"Réf : 22-45678\\nNom : (...TRUNCATED) | autre-B | "{\"demography_birth_date\": {\"value\": \"1963-05-15\", \"span\": \"Date de naissance : 15/05/1963\(...TRUNCATED) |
lym_131 | 131 | 8712240-1 | train | "=== Consultation d'ANNONCE diagnostique — 2016-03-15 ===\nConsultation d'hématologie, 15 mars 20(...TRUNCATED) | "{\"demography_birth_date\": [[135, 153, \"né le 15 mars 1936\"], [2790, 2800, \"15/03/1936\"], [41(...TRUNCATED) | "{\"demography_birth_date\": {\"label\": \"date de naissance\", \"desc\": \"la date de naissance du (...TRUNCATED) | "{\"demographics\": {\"nom\": \"Mathieu\", \"prenom\": \"Thomas\", \"ddn\": \"1936-03-15\", \"sexe\"(...TRUNCATED) | "[{\"document_type\": \"Consultation d'ANNONCE diagnostique\", \"content\": \"Consultation d'hémato(...TRUNCATED) | LBDGC | "{\"demography_birth_date\": {\"value\": \"1936-03-15\", \"span\": \"Patient Thomas Mathieu, né le (...TRUNCATED) |
lym_132 | 132 | 7917418-1 | train | "=== Consultation INITIALE — 2015-05-12 ===\nConsultation d'hématologie, 12 mai 2015, Dr. Martin.(...TRUNCATED) | "{\"demography_birth_date\": [[119, 138, \"né le 15 avril 1953\"], [2404, 2414, \"15/04/1953\"], [5(...TRUNCATED) | "{\"demography_birth_date\": {\"label\": \"date de naissance\", \"desc\": \"la date de naissance du (...TRUNCATED) | "{\"demographics\": {\"nom\": \"Girard\", \"prenom\": \"Karim\", \"ddn\": \"1953-04-15\", \"sexe\": (...TRUNCATED) | "[{\"document_type\": \"Consultation INITIALE\", \"content\": \"Consultation d'hématologie, 12 mai (...TRUNCATED) | autre | "{\"demography_birth_date\": {\"value\": \"1953-04-15\", \"span\": \"Patient Girard Karim, né le 15(...TRUNCATED) |
lym_133 | 133 | 3785368-2 | train | "=== Consultation de suspicion de rechute — 2022-04-10 ===\nConsultation d'hématologie, 10 avril (...TRUNCATED) | "{\"demography_birth_date\": [[133, 149, \"né le 01/01/1953\"], [1942, 1952, \"01/01/1953\"], [5047(...TRUNCATED) | "{\"demography_birth_date\": {\"label\": \"date de naissance\", \"desc\": \"la date de naissance du (...TRUNCATED) | "{\"demographics\": {\"nom\": \"Henry\", \"prenom\": \"Henri\", \"ddn\": \"1953-01-01\", \"sexe\": \(...TRUNCATED) | "[{\"document_type\": \"Consultation de suspicion de rechute\", \"content\": \"Consultation d'hémat(...TRUNCATED) | LBDGC | "{\"demography_birth_date\": {\"value\": \"1953-01-01\", \"span\": \"né le 01/01/1953\"}, \"demogra(...TRUNCATED) |
lym_135 | 135 | 4164299-1 | train | "=== Consultation INITIALE — 2022-01-15 ===\nConsultation d'hématologie, 15 janvier 2022, Dr Mart(...TRUNCATED) | "{\"demography_birth_date\": [[122, 138, \"né le 01/01/2004\"], [2940, 2950, \"01/01/2004\"], [5034(...TRUNCATED) | "{\"demography_birth_date\": {\"label\": \"date de naissance\", \"desc\": \"la date de naissance du (...TRUNCATED) | "{\"demographics\": {\"nom\": \"Mathieu\", \"prenom\": \"Hervé\", \"ddn\": \"2004-01-01\", \"sexe\"(...TRUNCATED) | "[{\"document_type\": \"Consultation INITIALE\", \"content\": \"Consultation d'hématologie, 15 janv(...TRUNCATED) | autre-B | "{\"demography_birth_date\": {\"value\": \"2004-01-01\", \"span\": \"patient Mathieu Hervé, né le (...TRUNCATED) |
lym_136 | 136 | 6166759-1 | train | "=== Consultation INITIALE — 2015-02-10 ===\nConsultation d'hématologie, 10 février 2015, Dr Dup(...TRUNCATED) | "{\"demography_birth_date\": [[124, 143, \"née le 15 mars 1970\"], [2538, 2550, \"15 mars 1970\"], (...TRUNCATED) | "{\"demography_birth_date\": {\"label\": \"date de naissance\", \"desc\": \"la date de naissance du (...TRUNCATED) | "{\"demographics\": {\"nom\": \"Marie\", \"prenom\": \"Claudine\", \"ddn\": \"1970-03-15\", \"sexe\"(...TRUNCATED) | "[{\"document_type\": \"Consultation INITIALE\", \"content\": \"Consultation d'hématologie, 10 fév(...TRUNCATED) | autre-B | "{\"demography_birth_date\": {\"value\": \"1970-03-15\", \"span\": \"Date de naissance : 15 mars 197(...TRUNCATED) |
lym_137 | 137 | 4709603-1 | train | "=== Consultation INITIALE — 2020-02-15 ===\nConsultation d'hématologie, 15 février 2020, Dr Mar(...TRUNCATED) | "{\"demography_birth_date\": [[126, 142, \"né le 15/01/1980\"], [2168, 2184, \"né le 15/01/1980\"](...TRUNCATED) | "{\"demography_birth_date\": {\"label\": \"date de naissance\", \"desc\": \"la date de naissance du (...TRUNCATED) | "{\"demographics\": {\"nom\": \"Fontaine\", \"prenom\": \"Philippe\", \"ddn\": \"1980-01-15\", \"sex(...TRUNCATED) | "[{\"document_type\": \"Consultation INITIALE\", \"content\": \"Consultation d'hématologie, 15 fév(...TRUNCATED) | LH | "{\"demography_birth_date\": {\"value\": \"1980-01-15\", \"span\": \"né le 15/01/1980\"}, \"demogra(...TRUNCATED) |
End of preview. Expand in Data Studio
lymphome-synth-v5-eval — eCRF lymphome, splits train/validation/test + éval
Même corpus et mêmes colonnes que rntc/lymphome-synth-v5
(2050 dossiers cliniques lymphome synthétiques, ~89 champs eCRF, gold span-localisé TAPDL),
mais avec le split exact train / validation / test utilisé pour l'évaluation eCRF, plus un
script d'évaluation autosuffisant.
Splits
- test — 410 dossiers tenus à l'écart (identiques à v5).
- validation — 100 dossiers (les 100 premiers par id numérique parmi les 1640 d'entraînement),
servant à choisir le seuil de confiance (value-F1) ; disjoints de
train. - train — les 1540 dossiers restants.
Colonnes (par dossier)
id, sample_index, pmc_uid, split, text,
gold ({clé_eCRF: [[start, end, texte_du_span], ...]}, offsets caractères dans text),
field_labels ({clé: {label, desc, section}}), timeline_json, documents_json,
cohort_label, annotation_v4_json.
Évaluation
evaluate.py (scorer autosuffisant) et predict.py (inférence GLiNER2) sont inclus dans le dépôt.
L'eCRF demande une valeur par champ : chaque système s'engage sur sa prédiction la plus
confiante par (dossier, champ). Comptabilité au niveau (dossier, champ) — value-F1 (Jaccard de
tokens normalisés ≥ 0.5) et span-F1 (chevauchement ≥ 1 caractère). L'ablation compete impose
qu'un empan ne documente qu'un champ. Le seuil est choisi sur la validation, jamais sur le test.
# 1. prédictions (GLiNER2) sur validation puis test
python predict.py --model rntc/mc-bio-gliner-lymphome --split validation --out preds_val.parquet
python predict.py --model rntc/mc-bio-gliner-lymphome --split test --out preds_test.parquet
# 2. score (seuil choisi sur la validation, reporté sur le test)
python evaluate.py --pred preds_test.parquet --pred_val preds_val.parquet --gold test.jsonl --gold_val validation.jsonl
Le fichier de prédictions attendu par evaluate.py est un parquet
doc_id, key, start, end, confidence[, value] — tout système (encodeur ou LLM) s'y conforme.
Modèles vitrine : rntc/mc-bio-gliner-lymphome
(value-F1 ≈ 0.64) et rntc/mc-bio-gliner-lymphome-joint
(≈ 0.66). Statut du gold : silver-as-gold (annotateur LLM). MIT, recherche.
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