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rntc
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lymphome-synth-v5

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lym_0	0	7912420-1	train	=== Compte-rendu anatomo-pathologique — 2015-10-15 === Réf : 15-67890 Leclercq Laura, née le 15/06/1975 Prélèvement réalisé le 15 octobre 2015 Type et site du prélèvement : biopsie ganglionnaire latéro-cervicale Médecin demandeur : Dr Martin Renseignements cliniques : Patient âgée de 40 ans, présentant une adénopathie...	{"demography_birth_date": [[86, 103, "née le 15/06/1975"], [13501, 13511, "15/06/1975"]], "history_date_of_diagnosis_of_lymphoma": [[127, 142, "15 octobre 2015"], [5786, 5857, "biopsie ganglionaire axillaire droite a été réalisée le 20 juillet 2019"], [8742, 8757, "15 octobre 2015"]], "history_age_at_diagnosis": [[286,...	{"demography_birth_date": {"label": "date de naissance", "desc": "la date de naissance du patient", "section": "demographie"}, "history_date_of_diagnosis_of_lymphoma": {"label": "date du diagnostic", "desc": "la date du diagnostic du lymphome", "section": "diagnostic"}, "history_age_at_diagnosis": {"label": "âge au dia...	{"demographics": {"nom": "Leclercq", "prenom": "Laura", "ddn": "1975-06-15", "sexe": "F", "profession": "professeure de lettres", "marital": "célibataire", "habitat": "Marseille"}, "diagnosis_summary": "Lymphome anaplasique à grandes cellules ALK+ (ALCL ALK+) stade IV au diagnostic, avec rechute en mai 2019 après ASCT,...	[{"document_type": "Compte-rendu anatomo-pathologique", "content": "Réf : 15-67890\nLeclercq Laura, née le 15/06/1975\nPrélèvement réalisé le 15 octobre 2015\nType et site du prélèvement : biopsie ganglionnaire latéro-cervicale\nMédecin demandeur : Dr Martin\n\nRenseignements cliniques : Patient âgée de 40 ans, présent...	T	{"demography_birth_date": {"value": "1975-06-15", "span": "Leclercq Laura, née le 15/06/1975"}, "demography_sexe": {"value": "femme", "span": "Leclercq Laura, née le 15/06/1975"}, "demography_marital_status": [{"value": "célibataire", "span": "célibataire, résidant à Marseille", "source_document": "Compte-rendu de RCP ...
lym_1	1	7481371-1	train	=== Consultation d'ANNONCE diagnostique — 2019-07-10 === Consultation d'hématologie, 10 juillet 2019, Dr Martin, patiente Martine Roche née le 15/04/1968. Motif de la consultation : annonce du diagnostic histologique de lymphome angio-immunoblastique (AITL) suite à la biopsie ganglionnaire cervicale gauche. La patien...	{"demography_birth_date": [[136, 153, "née le 15/04/1968"], [2858, 2868, "15/04/1968"], [5388, 5398, "15/04/1968"], [7607, 7624, "née le 15/04/1968"], [14607, 14617, "15/04/1968"], [16757, 16774, "née le 15/04/1968"], [20819, 20829, "15/04/1968"]], "demography_sexe": [[113, 121, "patiente"], [7435, 7444, "Mme Roche"], ...	{"demography_birth_date": {"label": "date de naissance", "desc": "la date de naissance du patient", "section": "demographie"}, "demography_sexe": {"label": "sexe", "desc": "le sexe/genre du patient", "section": "demographie"}, "history_date_of_diagnosis_of_lymphoma": {"label": "date du diagnostic", "desc": "la date du ...	{"demographics": {"nom": "Roche", "prenom": "Martine", "ddn": "1968-04-15", "sexe": "F", "profession": "Secrétaire médicale", "marital": "Célibataire", "habitat": "Paris 14e"}, "diagnosis_summary": "Lymphome angio-immunoblastique (AITL) stade IVB diagnostiqué en 2019, avec réponse initiale partielle à CHOP, puis évolut...	[{"document_type": "Consultation d'ANNONCE diagnostique", "content": "Consultation d'hématologie, 10 juillet 2019, Dr Martin, patiente Martine Roche née le 15/04/1968.\n\nMotif de la consultation : annonce du diagnostic histologique de lymphome angio-immunoblastique (AITL) suite à la biopsie ganglionnaire cervicale gau...	T	{"demography_birth_date": {"value": "1968-04-15", "span": "patiente Martine Roche née le 15/04/1968."}, "demography_sexe": {"value": "femme", "span": "patiente Martine Roche née le 15/04/1968."}, "demography_marital_status": null, "demography_living_environment": null, "demography_professional_status": null, "demograph...
lym_2	2	7944653-1	train	"=== Consultation INITIALE — 2020-03-15 ===\nConsultation d'hématologie, 15 mars 2020, Dr Martin,(...TRUNCATED)	"{\"demography_professional_category\": [[1501, 1518, \"étudiant en droit\"]], \"demography_marital(...TRUNCATED)	"{\"demography_professional_category\": {\"label\": \"catégorie professionnelle\", \"desc\": \"le m(...TRUNCATED)	"{\"demographics\": {\"nom\": \"Michel\", \"prenom\": \"André\", \"ddn\": \"1996-03-15\", \"sexe\":(...TRUNCATED)	"[{\"document_type\": \"Consultation INITIALE\", \"content\": \"Consultation d'hématologie, 15 mars(...TRUNCATED)	LH	"{\"demography_birth_date\": {\"value\": \"1996-03-15\", \"span\": \"Michel André, né le 15 mars 1(...TRUNCATED)
lym_3	3	7187677-1	train	"=== Consultation INITIALE — 2017-05-10 ===\nConsultation d'hématologie, 10 mai 2017, Dr Martin, (...TRUNCATED)	"{\"demography_birth_date\": [[119, 138, \"née le 15 mars 1938\"], [1998, 2010, \"15 mars 1938\"], (...TRUNCATED)	"{\"demography_birth_date\": {\"label\": \"date de naissance\", \"desc\": \"la date de naissance du (...TRUNCATED)	"{\"demographics\": {\"nom\": \"Roy\", \"prenom\": \"Stéphanie\", \"ddn\": \"1938-03-15\", \"sexe\"(...TRUNCATED)	"[{\"document_type\": \"Consultation INITIALE\", \"content\": \"Consultation d'hématologie, 10 mai (...TRUNCATED)	T	"{\"demography_birth_date\": {\"value\": \"1938-03-15\", \"span\": \"née le 15 mars 1938\"}, \"demo(...TRUNCATED)
lym_4	4	6930172-1	train	"=== Consultation INITIALE / de découverte — 2017-07-10 ===\nConsultation d'hématologie, 10 juil(...TRUNCATED)	"{\"demography_sexe\": [[115, 122, \"patient\"], [3239, 3255, \"Gauthier Nicolas\"], [4707, 4708, \"(...TRUNCATED)	"{\"demography_sexe\": {\"label\": \"sexe\", \"desc\": \"le sexe/genre du patient\", \"section\": \"(...TRUNCATED)	"{\"demographics\": {\"nom\": \"Gauthier\", \"prenom\": \"Nicolas\", \"ddn\": \"1969-05-15\", \"sexe(...TRUNCATED)	"[{\"document_type\": \"Consultation INITIALE / de découverte\", \"content\": \"Consultation d'hém(...TRUNCATED)	LBDGC	"{\"demography_birth_date\": {\"value\": \"1969-05-15\", \"span\": \"Date de naissance : 15 mai 1969(...TRUNCATED)
lym_5	5	7944653-4	train	"=== Consultation INITIALE / de découverte — 2023-03-15 ===\nConsultation d'hématologie, 15 mars(...TRUNCATED)	"{\"demography_birth_date\": [[136, 153, \"née le 15/03/1981\"], [2501, 2511, \"15/03/1981\"], [483(...TRUNCATED)	"{\"demography_birth_date\": {\"label\": \"date de naissance\", \"desc\": \"la date de naissance du (...TRUNCATED)	"{\"demographics\": {\"nom\": \"Guérin\", \"prenom\": \"Cécile\", \"ddn\": \"1981-03-15\", \"sexe\(...TRUNCATED)	"[{\"document_type\": \"Consultation INITIALE / de découverte\", \"content\": \"Consultation d'hém(...TRUNCATED)	LH	"{\"demography_birth_date\": {\"value\": \"1981-03-15\", \"span\": \"Date de naissance : 15/03/1981\(...TRUNCATED)
lym_6	6	7850845-2	train	"=== Consultation INITIALE / de découverte — 2022-07-15 ===\nConsultation d'hématologie, 15 juil(...TRUNCATED)	"{\"demography_birth_date\": [[142, 152, \"15/03/1965\"], [1980, 1996, \"né le 15/03/1965\"], [3940(...TRUNCATED)	"{\"demography_birth_date\": {\"label\": \"date de naissance\", \"desc\": \"la date de naissance du (...TRUNCATED)	"{\"demographics\": {\"nom\": \"Berger\", \"prenom\": \"Yves\", \"ddn\": \"1965-03-15\", \"sexe\": \(...TRUNCATED)	"[{\"document_type\": \"Consultation INITIALE / de découverte\", \"content\": \"Consultation d'hém(...TRUNCATED)	LBDGC	"{\"demography_birth_date\": {\"value\": \"1965-03-15\", \"span\": \"né le 15/03/1965\"}, \"demogra(...TRUNCATED)
lym_7	7	6383265-1	train	"=== Compte-rendu anatomo-pathologique — 2015-09-15 ===\nRéf : 15-31415\nGirard Camille, née le (...TRUNCATED)	"{\"demography_sexe\": [[86, 105, \"née le 15 mars 1975\"], [2679, 2698, \"née le 15 mars 1975\"],(...TRUNCATED)	"{\"demography_sexe\": {\"label\": \"sexe\", \"desc\": \"le sexe/genre du patient\", \"section\": \"(...TRUNCATED)	"{\"demographics\": {\"nom\": \"Girard\", \"prenom\": \"Camille\", \"ddn\": \"1975-03-15\", \"sexe\"(...TRUNCATED)	"[{\"document_type\": \"Compte-rendu anatomo-pathologique\", \"content\": \"Réf : 15-31415\\nGirard(...TRUNCATED)	autre-B	"{\"demography_birth_date\": {\"value\": \"1975-03-15\", \"span\": \"Girard Camille, née le 15 mars(...TRUNCATED)
lym_9	9	6620850-1	train	"=== Consultation d'ANNONCE diagnostique — 2019-06-01 ===\nConsultation d'hématologie, 1er juin 2(...TRUNCATED)	"{\"demography_sexe\": [[2406, 2414, \"patiente\"], [3071, 3078, \"Patient\"], [5146, 5154, \"Patien(...TRUNCATED)	"{\"demography_sexe\": {\"label\": \"sexe\", \"desc\": \"le sexe/genre du patient\", \"section\": \"(...TRUNCATED)	"{\"demographics\": {\"nom\": \"Vidal\", \"prenom\": \"Amina\", \"ddn\": \"1977-03-15\", \"sexe\": \(...TRUNCATED)	"[{\"document_type\": \"Consultation d'ANNONCE diagnostique\", \"content\": \"Consultation d'hémato(...TRUNCATED)	T	"{\"demography_birth_date\": {\"value\": \"1977-03-15\", \"span\": \"Date de naissance : 15/03/1977\(...TRUNCATED)
lym_12	12	8047076-1	train	"=== Consultation d'ANNONCE diagnostique — 2002-05-15 ===\nConsultation d'hématologie, 15 mai 200(...TRUNCATED)	"{\"demography_birth_date\": [[135, 151, \"né le 15/06/1964\"], [2349, 2359, \"15/06/1964\"], [9099(...TRUNCATED)	"{\"demography_birth_date\": {\"label\": \"date de naissance\", \"desc\": \"la date de naissance du (...TRUNCATED)	"{\"demographics\": {\"nom\": \"Garnier\", \"prenom\": \"François\", \"ddn\": \"1964-06-15\", \"sex(...TRUNCATED)	"[{\"document_type\": \"Consultation d'ANNONCE diagnostique\", \"content\": \"Consultation d'hémato(...TRUNCATED)	FL	"{\"demography_birth_date\": {\"value\": \"1964-06-15\", \"span\": \"né le 15/06/1964\"}, \"demogra(...TRUNCATED)

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lymphome-synth-v5 — gold TAPDL span-localisé

Jeu d'évaluation (NER open-vocab / extraction eCRF) : 2050 dossiers cliniques lymphome synthétiques multi-comptes-rendus (~89 champs eCRF), gold span-localisé. Split déterministe seed 0 : 1640 train / 410 test.

Quoi de neuf vs `rntc/lymphome-synth-v4`

Le gold v4 était une re-extraction LLM libre depuis les CR → spans partagés entre champs (~~26%), valeurs hors de leur span (~~62%), role-binding (1L/2L) deviné → plafond mécanique de l'éval span-overlap (un span tagué à K champs ne peut matcher qu'1 prédiction).

v5 = reconstruction TAPDL (Truth-Anchored Per-Document Localization) :

on ancre sur la timeline de référence (vérité structurée du pipeline de génération) et on localise par compte-rendu : chaque champ est routé à son CR daté via focus_event_indices → role-binding structurel (le CR fixe la ligne, pas de devinette) ;
extraction per-CR (Qwen3-235B, guided JSON) de {champ, span} puis validation programmatique : span = sous-chaîne exacte (100%), anti-partage (1 span ↔ 1 champ garanti), dédup.
Un span peut impliquer la valeur sans la contenir (« patiente »→sexe, « Marseille »→habitat) : c'est volontaire et aligné sur le fonctionnement de GLiNER (span-overlap).

Statut : silver-as-gold (annotateur LLM), destiné au travail avant une annotation humaine.

Stats v5

2050 dossiers (1640 train / 410 test) ; ~237k spans gold ; 89/89 champs couverts.
Gates : substring exacte 100%, 0 offset partagé entre champs.

Format

JSONL, une ligne = un dossier :

{"id": "lym_8", "sample_index": 8, "split": "test",
 "text": "<full_clinical_text>",
 "gold": {"demography_sexe": [[start, end, "patiente"]], ...},
 "field_labels": {"demography_sexe": {"label": "sexe", "desc": "...", "section": "demographie"}},
 "timeline_json": "...", "documents_json": "...", "cohort_label": "LBDGC",
 "annotation_v4_json": "<ancien gold, pour comparaison>"}

gold : {clé_eCRF: [[start_char, end_char, texte_du_span], ...]} (offsets dans text).
timeline_json / documents_json : provenance (vérité structurée + CR), pour audit/regénération.
annotation_v4_json : l'ancien gold v4, conservé pour comparaison.

Méthode

Voir le code : gen/lymphome/tapdl/ (route → annotate → assemble) et GOLD_V2_DESIGN.md dans github.com/Rian-T/french-medgliner. MIT, recherche.

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Méthode

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