techlab-khc/Llama-pathology-ngs-level-2

Model Details

• Adapter Name: pathology-ngs-levbel-2 Llama3.1-8B Adapter
• Base Model: meta-llama/Llama-3.1-8B
• Adapter Type: LoRA (Low-Rank Adaptation)
• Task: Named Entity Recognition (NER) from free-text NGS-LEVEL-2 reports
• Language: Korean
• License: Llama 3.1 is licensed under the Llama 3.1 Community License, Copyright © Meta Platforms, Inc. All Rights Reserved.

Model Description

This adapter is a LoRA fine-tuned module designed to enhance Named Entity Recognition (NER) capabilities on free-text NGS-LEVEL-2 reports.
It enables structured extraction of key entities related to genetic testing, such as gene names, mutations, results, and testing methods.
The adapter is specifically trained to work on NGS-LEVEL-2 records and must be used in conjunction with the Llama-3.1-8B base model.

Example

• Input

연결병리번호 : S 230017454
채취부위 : liver
수 술 명 : USG liver bx
임상진단 : breast cancer r/o liver meta
_____________________________________________________________________________________________________________________________

NGS기반 유전자패널검사(고형암, Level 2 + RNA Fusion):

RESULTS:  (스캔이미지 참조)

Sample Adequacy:  Adequate

유방암 관련 검사 결과
  ATM    미검출   NF1     NF1 p.(Y2285Tfs*5) c.6852_6855delTTAC
  BRCA1  미검출   PALB2   미검출
  BRCA2  미검출   PIK3CA  PIK3CA p.(H1047R) c.3140A>G
  CDH1   미검출   PTEN    미검출
  CHEK2  미검출   STK11   미검출
  ERBB2  미검출   TP53    TP53 p.(L45Afs*7) c.132_133insG
  NBN    미검출

VARIANTS FOUND
Tier 1 
  PIK3CA 
    DNA change:  c.3140A>G
    AA change:  p.(H1047R)
    Type:  missense
    Read depth (x):  2000
    VAF (%):  60.10 % 

Tier 2 
  NF1 
    DNA change:  c.6852_6855delTTAC
    AA change:  p.(Y2285Tfs*5)
    Type:  Frameshiftdeletion
    Read depth (x):  1978
    VAF (%):  71.28 %

  TP53 
    DNA change:  c.132_133insG
    AA change:  p.(L45Afs*7) 
    Type:  Frameshiftinsertion
    Read depth (x):  1984
    VAF (%):  67.79 %

  KEAP1 
    DNA change:  c.807_810delGGCC
    AA change:  p.(A270Cfs*6)
    Type:  Frameshiftdeletion
    Read depth (x):  1985
    VAF (%):  81.46 % 

  CCND1 amplification:  8.08 copies

  FGF19 amplification:  8.02 copies

  FGF3 amplification:  6.69 copies

  FGF4 amplification:  6.61 copies

  EMSY amplification:  5.4 copies

Tier 3
  MAP3K1 
    DNA change:  c.3011delA
    AA change:  p.(H1004Lfs*78) 
    Type:  Frameshiftdeleetion
    Read depth (x):  1137
    VAF (%):  62.71 %

  NCOR1 
    DNA change:  c.5006delG
    AA change:  p.(G1669Efs*93) 
    Type:  Frameshiftdeletion
    Read depth (x):  1176
    VAF (%):  72.87 %

결과해석
검사결과 PIK3CA 유전자에서 p.(H1047R) 발견되었습니다. PIK3CA 유전자는 클래스 I 포스파티딜이노시톨 3-키나제(PI3K) 효소의 포스파티딜이노시톨-4,5-비스포스페이트 3-키나제 촉매 서브유닛 알파를 인코딩합니다. PI3K는 4개의 p110 촉매 서브유닛 중 하나를 활성화된 티로신 단백질 키나제에 연결하는 p85 조절 서브유닛을 포함하는 이종이량체입니다. p110 촉매 소단위는 p110α, β, δ, γ를 포함하고 각각 유전자 PIK3CA, PIK3CB, PIK3CD 및 PIK3CG에 의해 인코딩됩니다. PI3K는 포스파타제 및 텐신 동족체 (PTEN)은 역반응을 촉매합니다. 이노시톨 지질의 가역적 인산화는 세포 성장 및 대사의 다양한 측면을 조절합니다. PIK3CA의 반복적인 체세포 변형은 암에서 자주 발생하며 PI3K/AKT/MTOR 경로의 활성화를 초래하며, 이는 세포 증식, 세포자멸사, 암세포 대사 및 침습, 유전적 불안정성을 비롯한 암의 여러 특징에 영향을 미칠 수 있습니다. PIK3CA의 재발성 체세포 활성화 돌연변이는 다양한 암에서 흔하며 유방암, 자궁경부암, 자궁암의 20-30%, 방광암, 위암, 두경부암, 대장암의 10-20%에서 관찰됩니다. PIK3CA의 활성화 돌연변이는 일반적으로 각각 고유한 활성화 메커니즘을 갖는 엑손 9 나선(코돈 E542/E545) 및 엑손 20 키나제(코돈 H1047) 도메인에 해당하는 두 영역에 클러스터링됩니다. PIK3CA는 폐, 자궁경부, 두경부, 식도의 편평상피암, 장액성 난소암 및 자궁암을 비롯한 다양한 암에서 자주 증폭되는(10-30%) 영역인 3q26 세포대에 있습니다. PI3K 억제제인 알펠리십은 PIK3CA 돌연변이, 호르몬 수용체(HR) 양성, 인간 표피 성장 인자 수용체 2(HER2) 음성, 진행성 또는 전이성 유방 환자의 치료를 위해 풀베스트란트와 병용하여 FDA 승인(2019)되었습니다. 또한, 전이성 에스트로겐 수용체(ER) 양성 유방암 환자를 대상으로 한 알펠리십과 레트로졸의 1b상 연구에서 6개월 이상 질병 진행의 결여로 정의되는 임상 이익률은 PIK3CA에서 44%(7/16)였으며, 돌연변이된 종양 및 PIK3CA 야생형 종양에서 20%(2/20)의 임상이익률을 나타내었습니다. 구체적으로, 엑손 20 H1047R 돌연변이는 엑손 9 E545K 돌연변이와 비교하여 더 지속적인 임상 반응과 연관되었습니다. 그러나 알펠리십은 PIK3CA 돌연변이가 있는 ER+ 초기 유방암 환자에게 레트로졸과 함께 투여했을 때 반응을 개선하지 못했습니다. MTOR 억제제 시롤리무스 및 템시롤리무스를 사용한 사례 연구는 PIK3CA 돌연변이 난치성 암에서 임상 반응의 개별 사례를 보고합니다.

검사결과 NF1 유전자에서 p.(Y2285Tfs*5) 발견되었습니다. NF1 유전자는 Ras-GTPase-activating protein (GAP) 계열 내의 종양 억제제 인 neurofibromin 단백질을 암호화합니다. NF1은 활성 GTP 결합 상태를 비활성 GDP 결합 상태로 하향 조절함으로써 KRAS, NRAS 및 HRAS를 포함한 활성화 된 RAS 단백질을 조절합니다. Missense mutation으로 인한 NF1의 비활성화는 RAS-GTP의 세포 내 수준을 유지하고 RAS / RAF / MAPK 및 PI3K / AKT / mTOR 신호 전달 경로의 활성화를 연장하여 세포증식을 유도하고 및 세포의 생존을 증가시킵니다. NF1의  constitutional mutation은  juvenile myelomonocytic leukemia (JMML)과 myeloproliferative neoplasms (MPN)과 같은 골수성 악성 종양에 대한 소인이있는 neurofibromatosis type 1과 관련이 있습니다. 대부분의 NF1 돌연변이 종양은 NF1의 biallelic inactivation을 나타내며 발암에 대한 'two-hit' hypothesis를 뒷받침합니다. NF1의 체세포 돌연변이는 ovarian serous carcinoma의 30 % 이상,  melanoma의 12-30 %, chronic myelomonocytic leukemia (CMML)의 10-20 %, acute myeloid leukemia (AML)의 7 %에서 확인되었습니다. 또한 Somatic NF1 mutation은 연조직 육종에서 malignant peripheral nerve sheath tumor (MPNST)에 대한 보조 진단 기준으로 활용되고 있습니다. 현재 NF1의 변이와 관련하여 공인된 표적치료제는 알려져 있지 않으나 일부 약제에 대하여 임상시험이 진행되고 있습니다. 

검사결과 TP53 유전자에서 p.(L45Afs*7) 발견되었습니다. TP53 유전자는 DNA에 결합하고 다양한 세포 스트레스에 반응하여 전사를 활성화하여 세포 주기 정지, 세포자멸사 또는 DNA 복구를 유도하는 p53 종양 억제 단백질을 암호화합니다. 스트레스를 받지 않은 세포에서 TP53은 ubiquitin 의존성 단백질 분해에 대한 기질 인식 인자인 MDM2를 통한 표적 분해에 의해 비활성 상태로 유지됩니다. TP53의 변형은 단백질 기능의 손실과 변형 가능성의 획득을 초래하기 때문에 종양 발생에 기여합니다. TP53의 생식선 돌연변이는 조기 발병 암과 관련된 복합 유전성 암 소인 장애인 Li-Fraumeni 증후군의 근본 원인입니다. TP53은 암 게놈에서 가장 빈번하게 돌연변이되는 유전자로 모든 암의 약 절반이 TP53 돌연변이를 나타냅니다. 난소암, 두경부암, 식도암, 폐의 편평세포암은 특히 TP53 돌연변이 비율이 높습니다(60-90%). TP53 돌연변이의 약 2/3는 missense mutation 이며 코돈 R158, R175, Y220, R248, R273 및 R282에서의 치환을 포함하여 몇 가지 재발성 missense mutation이 일반적입니다. TP53의 반복적인 missense mutation은 TP53이 DNA에 결합하는 능력을 비활성화하고 결과적으로 표적 유전자의 전사를 활성화합니다. p53 재활성화제인 PC14586은 TP53 Y220C 돌연변이가 있는 진행성 종양에 대해 FDA로부터 패스트트랙으로  지정(2020)을 받았습니다. FDA는 TP53 돌연변이를 보유한 골수이형성증후군(MDS) 및 급성 골수성 백혈병 환자(AML)에 대해 p53 재활성화제인 APR-246 단독 및 azacitidine과의 병용요법(2020)에 대하여 신속 지정(2019)을 부여한 바 있습니다. 변이형의 TP53이  wild type으로 활성이 회복되는 것을 목표로 하는 연구 요법 외에도 합성 치사율(synthetic lethality)을 유도하는 화합물도 임상 평가 중입니다. TP53 돌연변이는 AML, MDS, 골수증식성 신생물(MPN), 만성 림프구성 백혈병(CLL)을 포함한 다양한 혈액암에서 나쁜 예후와 관련되어 있습니다. 외투 세포 림프종 (mantle cell lymphoma)에서 TP53 돌연변이는 조혈 세포 이식을 포함한 기존 요법으로 치료할 때 불량한 예후와 관련이 있습니다.

검사결과 CCND1 유전자에서 amplification 발견되었습니다. CCND1 유전자는 CCND2 및 CCND3도 포함하는 고도로 보존된 D-사이클린 계열의 구성원인 사이클린 D1 단백질을 인코딩합니다. D형 사이클린은 사이클린 의존성 키나제(CDK), 특히 CDK4 및 CDK6에 결합하고 활성화함으로써 세포 주기 진행을 조절하는 것으로 알려져 있으며, 이는 망막모세포종(RB1) 단백질의 인산화 및 불활성화를 유도합니다. 결과적으로, RB1 비활성화는 E2F 전사 인자 활성화 및 세포 G1/S 상전이를 초래하여 종양 형성에서 관찰되는 일반적인 이벤트인 세포 주기 진행을 초래합니다. D형 사이클린의 이상이 종양 진행을 촉진하는 것으로 관찰되어 CCND1에 대한 발암성 역할을 시사합니다. 돌연변이, 증폭 및 염색체 전위를 포함하여 CCND1에 대한 반복적인 체세포 변형이 많은 암 유형에서 관찰됩니다. 이러한 변경의 일반적인 메커니즘은 cyclin D1 단백질의 발현과 핵 국소화를 증가시키는 것입니다. 재발성 체세포 돌연변이에는 코돈 T286 및 P287에서의 미스센스 돌연변이 및 자궁암의 약 33%가 풍부한 c-말단 절단 돌연변이, 및 맨틀 세포 림프종(MCL)의 약 50%가 풍부한 Y44에서의 미스센스 돌연변이가 포함됩니다. 이러한 돌연변이는 인산화 의존성 핵 수출 및 단백질 분해를 차단합니다. CCND1은 식도암의 최대 35%, 두경부암의 20-30%, 유방암, 편평 폐암 및 방광암의 10-20%를 포함하여 많은 암 유형에서 반복적으로 증폭됩니다. MCL은 CCND1을 면역글로불린 중쇄(IgH) 사슬 유전자에 병치시키는 재배열인 t(11;14)(q13;q13) 전위를 유전적으로 특징으로 합니다. 이 재배열은 cyclin D1의 구성적 발현을 유도하고 MCL 발병에 중요한 역할을 합니다. 현재 CCND1 이상에 대해 승인된 치료법은 없습니다.

검사결과 FGF19 유전자에서 amplification 발견되었습니다. FGF19 유전자는 22 개의 구성원으로 구성된 FGF protein family 중 하나인 fibroblast growth factor 19 단백질을 암호화합니다. FGF 단백질은  tyrosine kinases인 fibroblast growth factor receptor (FGFR) 계열의 ligand로 FRFG의 활성화를 일으켜 RAS/RAF/MEK/ERK, PI3K/AKT/MTOR, PLC/PKC, and JAK/STAT pathway를 통하여 세포의 성장, 이동, 생존에 영향을 미칩니다. FGF19 amplification은 식도암의 약 35 %, 두경부암의 23 %, 침윤성 유방암, 담관암, 편평 폐 및 방광암의 10-15 %, 흑색종, 간암,난소암, 위암의 5-7 %에서 관찰된다고 알려져 있습니다. FGF19 과발현은 간세포 암종의 발달 및 종양 진행과 관련이 있습니다. 현재, FGF19 이상에 대해 승인 된 치료법은 없습니다. fisogatinib (BLU-554)을 포함한 선택적 비가역적 FGFR4 억제제는 현재 임상시험 평가 중입니다. 진행성 간세포 암종 환자를 대상으로 한 fisogatinib의 1 상 임상 연구에서 등록 된 115 명의 환자 중 63 %가 면역조직화학염색에서 FGF19 양성이었습니다. 또한, 평가가능한 조직이 있는 53 명의 환자에서 96%가 FGFR4 및 KLB의 mRNA 발현을 나타냈습니다. 반응에 대해 평가할 수있는 FGF19 양성 환자에서 fisogatinib에 대해 관찰 된 총 전체 반응률은 17 %였습니다.

검사결과 FGF3 유전자에서 amplification 발견되었습니다. FGF3 유전자는 22 개의 구성원으로 구성된 FGF protein family 중 하나인 fibroblast growth factor 3 단백질을 암호화합니다. FGF 단백질은  tyrosine kinases인 fibroblast growth factor receptor (FGFR) 계열의 ligand로 FRFG의 활성화를 일으켜 RAS/RAF/MEK/ERK, PI3K/AKT/MTOR, PLC/PKC, and JAK/STAT pathway를 통하여 세포의 성장, 이동, 생존에 영향을 미칩니다. 특히, FGF3은 FGFR1 및 FGFR2 둘 다에 결합하는 것으로 나타났습니다. FGF3 증폭은 식도암의 약 35 %, 두경부암의 24 %, 침윤성 유방암종, 폐의 편평상피암종 및 방광암의 10-15 %, 담관암, 흑색종, 간, 난소, 위의 암종의 5-10 %에서 관찰됩니다. FGF3 과발현은 비소 세포 폐암 (NSCLC) 발생과 관련이 있습니다. 또한 간세포 암종에서 종양 전이 및 재발과도 관련이 있습니다. 현재까지, FGF3의 변이와 연관되어 승인된 치료법은 없습니다. 
그 외 필수 및 선택유전자에서 Tier 1-3에 해당하는 변이가 발견되지 않았습니다. Tier 4 (benign or likely benign)에 해당하는 변이는 보고되지 않습니다. 

COMMENT
1. 본 결과는 참고 유전자 정보를 바탕으로 종양 조직만으로 분석한 결과입니다. 따라서 체세포 돌연변이와 생식세포 돌연변이의 확실한 구분이 어려울 수 있으며 생식세포 돌연변이의 경우 종양과의 관련성이 있더라도 본 결과에서 보고되지 않을 수 있습니다.

2. 전체 검사 결과 및 변이에 대한 정보는 Supplementary report (CIS server)를 참조하시기 바랍니다. 

TESTED GENE LIST

필수 유전자 :
ALK, BRCA1, BRCA2, BRAF, EGFR, HER2, IDH1, IDH2, KIT, KRAS, MYC(C-myc), N-myc(MYCN), NRAS, PDGFRA, BRAF, MYD88, TP53 

선택 유전자 : 
ABL1, A1CF, ABCB1, ABL1, ABL2, ABRAXAS1, ACSM2B, ACVR1, ACVR1B, ACVR2A, ADAM18, ADAMTS12, ADAMTS2, AKT1, AKT2, AKT3, AMER1, ANO4, APC, AR, ARAF, ARHGAP35, ARID1A, ARID1B, ARID2, ARID5B, ARMC4, ASXL1, ASXL2, ATM, ATP1A1, ATR, ATRX, AURKA, AURKC, AXIN1, AXIN2, AXL, B2M, BAP1, BARD1, BCL2, BCL2L12, BCL6, BCOR, BCR, BLM, BMP5, BMPR2, BRINP3, BRIP1, BTK, C6, C8A, C8B, CACNA1D, CALR, CANX, CARD11, CASP8, CASR, CBFB, CBL, CCND1, CCND2, CCND3, CCNE1, CD163, CD274, CD276, CD79B, CDC73, CDH1, CDH10, CDK12, CDK4, CDK6, CDKN1A, CDKN1B, CDKN2A, CDKN2B, CDKN2C, CHD4, CHEK1, CHEK2, CIC, CIITA, CNTN6, CNTNAP4, CNTNAP5, COL11A1, CREBBP, CSF1R, CSMD3, CTCF, CTLA4, CTNNB1, CTNND2, CUL1, CUL3, CUL4A, CUL4B, CYLD, CYP2C9, CYP2D6, CYSLTR2, DAXX, DCAF4L2, DCDC1, DDR1, DDR2, DDX3X, DGCR8, DICER1, DNMT3A, DOCK3, DPYD, DROSHA, DSC1, DSC3, E2F1, EIF1AX, ELF3, EMSY, ENO1, EP300, EPAS1, EPCAM, EPHA2, ERAP1, ERAP2, ERBB3, ERBB4, ERCC2, ERCC4, ERCC5, ERRFI1, ESR1, ETV6, EZH2, FAM135B, FANCA, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FANCM, FAS, FAT1, FBXW7, FGF19, FGF23, FGF3, FGF4, FGF7, FGF9, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FLT3, FLT4, FOXA1, FOXL2, FOXO1, FUBP1, FYN, GALNT17, GATA2, GATA3, GLI1, GLI3, GNA11, GNA13, GNAQ, GNAS, GPR158, GPS2, GRID2, H3F3A, H3F3B, HCN1, HDAC2, HDAC9, HIF1A, HIST1H2BD, HIST1H3B, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HNF1A, HRAS, ID3, IGF1R, IKBKB, IL6ST, IL7R, INPP4B, IRF4, IRS4, JAK1, JAK2, JAK3, KCND2, KCNH7, KDM5C, KDM6A, KDR, KEAP1, KEL, KIR3DL1, KLF4, KLF5, KLHL13, KMT2A, KMT2B, KMT2C, KMT2D, KNSTRN, KRTAP2-1, KRTAP6-2, LARP4B, LATS1, LATS2, LRRC7, MAGOH, MAP2K1, MAP2K2, MAP2K4, MAP2K7, MAP3K1, MAP3K4, MAPK1, MAPK8, MARCO, MAX, MCL1, MDM2, MDM4, MECOM, MED12, MEF2B, MEN1, MET, MGA, MITF, MLH1, MLH3, MPL, MRE11, MSH2, MSH3, MSH6, MTAP, MTOR, MTUS2, MUTYH, MYCL, MYOD1, NBN, NCOR1, NF1, NF2, NFE2L2, NLRC5, NOL4, NOTCH1, NOTCH2, NOTCH3, NOTCH4, NRXN1, NSD2, NT5C2, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUP93, NYAP2, OR10G8, OR2G6, OR2L13, OR2L2, OR2L8, OR2M3, OR2T3, OR2T33, OR2T4, OR2W3, OR4A15, OR4C15, OR4C6, OR4M1, OR4M2, OR5D18, OR5F1, OR5L1, OR5L2, OR6F1, OR8H2, OR8I2, OR8U1, ORC4, PAK5, PALB2, PARP1, PARP2, PARP3, PARP4, PAX5, PBRM1, PCBP1, PCDH17, PDCD1, PDCD1LG2, PDE1A, PDE1C, PDGFRB, PDIA3, PGD, PHF6 ,PIK3C2B, PIK3CA, PIK3CB, PIK3CD, PIK3CG, PIK3R1, PIK3R2, PIM1, PLCG1, PLXDC2, PMS1, PMS2, POLD1, POLE, POM121L12, POT1, PPFIA2, PPM1D, PPP2R1A, PPP2R2A, PPP6C, PRDM1, PRDM9, PRKACA, PRKAR1A, PSMB10, PSMB8, PSMB9, PTCH1, PTEN, PTPN11, PTPRD, PTPRT, PXDNL, RAC1, RAD50, RAD51, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD52, RAD54L, RAF1, RARA, RASA1, RASA2, RB1, RBM10, RBP3, RECQL4, REG1A, REG1B, REG3A, REG3G, RET, RGS7, RHEB, RHOA, RICTOR, RIT1, RNASEH2A, RNASEH2B, RNASEH2C, RNF43, ROS1, RPA1, RPL10, RPL22, RPL5, RPS6KB1, RPTN, RPTOR, RUNDC3B, RUNX1, RUNX1T1, SDHA, SDHB, SDHC, SDHD, SETBP1, SETD2, SF3B1, SH3RF2, SIX1, SIX2, SLC15A2, SLC8A1, SLCO1B3, SLX4, SMAD2, SMAD4, SMARCA4, SMARCB1, SMC1A, SMO, SNCAIP, SOCS1, SOS1, SOX2, SOX9, SPEN, SPOP, SRC, SRSF2, STAG2, STAT1, STAT3, STAT5B, STAT6, STK11, SUFU, SYT10, SYT16, TAF1, TAP1, TAP2, TAPBP, TBX3, TCF7L2, TERT, TET2, TGFBR1, TGFBR2, TMEM132D, TNFAIP3, TNFRSF14, TOP1, TP63, TPMT, TPP2, TPTE, TRHDE, TRIM48, TRIM51, TRRAP, TSC1, TSC2, TSHR, U2AF1, UGT1A1, USP8, USP9X, VHL, WAS, WT1, XPO1, XRCC2, XRCC3, YAP1, YES1, ZBTB20, ZFHX3, ZIM3, ZMYM3, ZNF217, ZNF429, ZNF479, ZNF536, ZRSR2

TEST INFORMATION  
NGS (Next Generation Sequencing) - Ion S5XL Sequencer
Oncomine® Comprehensive Plus Panel
(DNA panel:  165 Hotspot genes (hotspot coverage), 227 Full-length genes, 333 Copy number genes, 51 Gene fusions,  Oncomine Reporter Software Version:  v.5.7 with Reference genome Hg19)

SEQUENCING QC MATRIX
Genomic DNA isolated form FFPE tissue
Tumor purity (cellularity):  70 %
Sample DNA QC:  Pass
Sample RNA QC:  Pass
Library QC:  Pass
Sequencing QC:  Pass
Mean target depth:  3316 x 
On target rate:  95.13 %
Uniformity:  96.52 %       

검사의 한계
본 검사는 DNA 염기서열분석법으로 시행되었으며, 검사에 포함되지 않은 exon 영역에 존재하는 변이는 검출할 수 없습니다. SNV 및 small indel의 검출한계는 약 5 % 입니다. Copy number aberration은 부수적으로 제공하는 결과입니다. MYC/NMYC, MET amplification은 4 copy gain부터 검출 가능하며, tumor purity에 따라 달라질 수 있습니다. 일부 target region들은 coverage가 떨어질 가능성이 있습니다. 해당 검사에서 발견된 변이는 sanger sequencing등 다른 검사법을 이용한 재확인을 시행하지 않습니다. 본 검사로는 germ-line과 somatic 변이를 감별할 수 없으며, hereditary cancer syndrome과 관련되어 있는 유전자에서 mutation의 variant allele frequency가 50 % 혹은 100 %에 가까운 경우 germline mutation의 가능성이 있습니다.

• Output

{
  "reported_result": [
    {
      "path_no": "S 230017454",
      "exam_name": "NGS기반 유전자패널검사(고형암, Level 2 + RNA Fusion)",
      "sequencer": "Ion S5XL",
      "spec_site": "liver",
      "panel_name": "Oncomine® Comprehensive Plus Panel",
      "spec_method": "USG liver bx",
      "tumor_purity": "70 %",
      "clinical_finding": "breast cancer r/o liver meta",
      "specimen_adequacy": "Adequate",
      "reference_genome_ver": "Hg19",
      "spec_fixation_method": "FFPE"
    },
    {
      "gene": "ATM",
      "gene_finding_result": "미검출",
      "cancer_mutations_found": "유방암 관련 검사 결과"
    },
    {
      "gene": "BRCA1",
      "gene_finding_result": "미검출",
      "cancer_mutations_found": "유방암 관련 검사 결과"
    },
    {
      "gene": "PALB2",
      "gene_finding_result": "미검출",
      "cancer_mutations_found": "유방암 관련 검사 결과"
    },
    {
      "gene": "BRCA2",
      "gene_finding_result": "미검출",
      "cancer_mutations_found": "유방암 관련 검사 결과"
    },
    {
      "gene": "CDH1",
      "gene_finding_result": "미검출",
      "cancer_mutations_found": "유방암 관련 검사 결과"
    },
    {
      "gene": "PTEN",
      "gene_finding_result": "미검출",
      "cancer_mutations_found": "유방암 관련 검사 결과"
    },
    {
      "gene": "CHEK2",
      "gene_finding_result": "미검출",
      "cancer_mutations_found": "유방암 관련 검사 결과"
    },
    {
      "gene": "STK11",
      "gene_finding_result": "미검출",
      "cancer_mutations_found": "유방암 관련 검사 결과"
    },
    {
      "gene": "ERBB2",
      "gene_finding_result": "미검출",
      "cancer_mutations_found": "유방암 관련 검사 결과"
    },
    {
      "gene": "NBN",
      "gene_finding_result": "미검출",
      "cancer_mutations_found": "유방암 관련 검사 결과"
    },
    {
      "gene": "PIK3CA",
      "tier": "Tier 1",
      "aa_change": "p.(H1047R)",
      "dna_change": "c.3140A>G",
      "variant_af": "60.10 %",
      "total_depth": "2000",
      "exonic_function": "missense",
      "cancer_mutations_found": "VARIANTS FOUND"
    },
    {
      "gene": "NF1",
      "tier": "Tier 2",
      "aa_change": "p.(Y2285Tfs*5)",
      "dna_change": "c.6852_6855delTTAC",
      "variant_af": "71.28 %",
      "total_depth": "1978",
      "exonic_function": "Frameshiftdeletion",
      "cancer_mutations_found": "VARIANTS FOUND"
    },
    {
      "gene": "TP53",
      "tier": "Tier 2",
      "aa_change": "p.(L45Afs*7)",
      "dna_change": "c.132_133insG",
      "variant_af": "67.79 %",
      "total_depth": "1984",
      "exonic_function": "Frameshiftinsertion",
      "cancer_mutations_found": "VARIANTS FOUND"
    },
    {
      "gene": "KEAP1",
      "tier": "Tier 2",
      "aa_change": "p.(A270Cfs*6)",
      "dna_change": "c.807_810delGGCC",
      "variant_af": "81.46 %",
      "total_depth": "1985",
      "exonic_function": "Frameshiftdeletion",
      "cancer_mutations_found": "VARIANTS FOUND"
    },
    {
      "gene": "CCND1",
      "tier": "Tier 2",
      "cnv_status": "amplification",
      "estimated_copy_number": "8.08",
      "cancer_mutations_found": "VARIANTS FOUND"
    },
    {
      "gene": "FGF19",
      "tier": "Tier 2",
      "cnv_status": "amplification",
      "estimated_copy_number": "8.02",
      "cancer_mutations_found": "VARIANTS FOUND"
    },
    {
      "gene": "FGF3",
      "tier": "Tier 2",
      "cnv_status": "amplification",
      "estimated_copy_number": "6.69",
      "cancer_mutations_found": "VARIANTS FOUND"
    },
    {
      "gene": "FGF4",
      "tier": "Tier 2",
      "cnv_status": "amplification",
      "estimated_copy_number": "6.61",
      "cancer_mutations_found": "VARIANTS FOUND"
    },
    {
      "gene": "EMSY",
      "tier": "Tier 2",
      "cnv_status": "amplification",
      "estimated_copy_number": "5.4",
      "cancer_mutations_found": "VARIANTS FOUND"
    },
    {
      "gene": "MAP3K1",
      "tier": "Tier 3",
      "aa_change": "p.(H1004Lfs*78)",
      "dna_change": "c.3011delA",
      "variant_af": "62.71 %",
      "total_depth": "1137",
      "exonic_function": "Frameshiftdeleetion",
      "cancer_mutations_found": "VARIANTS FOUND"
    },
    {
      "gene": "NCOR1",
      "tier": "Tier 3",
      "aa_change": "p.(G1669Efs*93)",
      "dna_change": "c.5006delG",
      "variant_af": "72.87 %",
      "total_depth": "1176",
      "exonic_function": "Frameshiftdeletion",
      "cancer_mutations_found": "VARIANTS FOUND"
    }
  ]
}

How to use

Environment

python = "^3.10"
peft = "^0.13.2"
trl = "^0.12.1"
vllm = "^0.8.3"
gunicorn = "^21.2.0"
packaging = "^24.0"
ninja = "^1.11.1.1"
fastapi = "^0.115.12"
uvicorn = {extras = ["standard"], version = "^0.34.0"}

Inference with vLLM

• Serving

python -m vllm.entrypoints.openai.api_server \
  --model meta-llama/Meta-Llama-3-8B \
  --adapter-path techlab-khc/Llama-pathology-ngs-level-2 \
  --gpu-memory-utilization 0.9

• Request

import requests

prompt = '''
{report text}
'''

response = requests.post(
    "http://localhost:8000/v1/completions",
    headers={"Content-Type": "application/json"},
    json={
        "model": "meta-llama/Meta-Llama-3-8B",
        "prompt": prompt,
        "max_tokens": 1000,
        "temperature": 0.0
    }
)

print(response.json()["choices"][0]["text"])

License

• Base Model: Llama 3.1 is licensed under the Llama 3.1 Community License, Copyright © Meta Platforms, Inc. All Rights Reserved.
• Adapter: Inherits the terms of the base model.
• Permitted Use: Research and non-commercial use only.
• Prohibited Use: Commercial use of any kind is not allowed. By using this adapter, you agree to be bound by the Llama 3.1 community License Agreement

Disclaimer

• This adapter is intended for research purposes only.
• Any clinical or diagnostic decision should be made by qualified professionals. Outputs are for reference, not for direct medical or clinical application.

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