Datasets:

shrishdwivedi
/

vmap-dataset

Resid int64	AA string	feat_SP_prob float64	feat_CC_prob float64	feat_TM_prob float64	feat_NG_prob float64	feat_DR_prob float64	feat_FR_prob float64	feat_CH2_prob float64	feat_DB_prob float64	feat_CY_prob float64	feat_EX_prob float64	feat_NONE_TOP_hmm int64	feat_NONE_SP_hmm int64	feat_NONE_CC_hmm int64	feat_NONE_DR_hmm int64	feat_CH2_pred_opt_F1 int64	feat_CH2_pred_opt_F2 int64	feat_CH2_pred_base int64
1	M	0.000638	0.000067	0.000147	0.000019	0.000333	0.000013	0.990328	0.000064	0.001287	0.000429	1	1	1	1	1	1	1
2	P	0.000179	0.000028	0.000025	0.000002	0.000049	0	0.000139	0.000014	0.000094	0.000035	1	1	1	1	0	0	0
3	L	0.000032	0.000029	0.000022	0.000001	0.000046	0	0.000012	0.000005	0.000041	0.000036	1	1	1	1	0	0	0
4	S	0.000073	0.000023	0.000053	0.000001	0.000029	0	0.000022	0.000011	0.000096	0.000043	1	1	1	1	0	0	0
5	Y	0.000044	0.000049	0.000039	0.000001	0.00004	0	0.00001	0.00001	0.00007	0.000033	1	1	1	1	0	0	0
6	Q	0.000046	0.000082	0.000051	0.000001	0.000029	0	0.000018	0.00001	0.000071	0.000042	1	1	1	1	0	0	0
7	H	0.000062	0.00008	0.000041	0.000001	0.000025	0	0.000045	0.000015	0.000077	0.000033	1	1	1	1	0	0	0
8	F	0.000134	0.000175	0.000063	0.000003	0.000053	0.000001	0.000217	0.000033	0.0001	0.000032	1	1	1	1	0	0	0
9	R	0.000066	0.000137	0.000038	0.000002	0.000037	0	0.000274	0.000012	0.00008	0.000029	1	1	1	1	0	0	0
10	R	0.000056	0.000135	0.000046	0.000002	0.000045	0	0.000098	0.000015	0.000056	0.000032	1	1	1	1	0	0	0
11	L	0.000118	0.000194	0.000073	0.000002	0.000051	0.000001	0.000508	0.000022	0.000048	0.000028	1	1	1	1	0	0	0
12	L	0.000102	0.000227	0.00007	0.000002	0.000048	0.000001	0.00023	0.00002	0.000051	0.000029	1	1	1	1	0	0	0
13	L	0.000065	0.00021	0.000046	0.000002	0.000036	0	0.000125	0.000017	0.000046	0.00003	1	1	1	1	0	0	0
14	L	0.000055	0.000108	0.000036	0.000002	0.00005	0	0.000056	0.000014	0.000043	0.000024	1	1	1	1	0	0	0
15	D	0.000034	0.000072	0.000016	0.000002	0.000064	0	0.000031	0.00001	0.000049	0.000025	1	1	1	1	0	0	0
16	D	0.000033	0.000081	0.000021	0.000001	0.000081	0	0.000042	0.000009	0.000041	0.000025	1	1	1	1	0	0	0
17	E	0.000046	0.00006	0.000033	0.000001	0.000085	0	0.00004	0.000013	0.000042	0.000026	1	1	1	1	0	0	0
18	A	0.000109	0.0001	0.000055	0.000002	0.000132	0.000001	0.000247	0.000022	0.000067	0.000024	1	1	1	1	0	0	0
19	G	0.000095	0.000114	0.000039	0.000002	0.000103	0.000001	0.00039	0.000012	0.000072	0.000023	1	1	1	1	0	0	0
20	P	0.000049	0.000084	0.000024	0.000002	0.000112	0	0.000054	0.000011	0.000041	0.000027	1	1	1	1	0	0	0
21	L	0.000041	0.000086	0.000025	0.000001	0.000133	0	0.00008	0.000008	0.000038	0.000026	1	1	1	1	0	0	0
22	E	0.000023	0.000053	0.000013	0.000001	0.000091	0	0.000017	0.000006	0.000028	0.000029	1	1	1	1	0	0	0
23	E	0.000018	0.000053	0.000011	0.000001	0.000101	0	0.000013	0.000007	0.000022	0.000029	1	1	1	1	0	0	0
24	E	0.000025	0.000044	0.000014	0.000001	0.000078	0	0.000022	0.000008	0.000031	0.000027	1	1	1	1	0	0	0
25	L	0.000073	0.000069	0.000032	0.000001	0.000082	0	0.000183	0.000011	0.000065	0.000024	1	1	1	1	0	0	0
26	P	0.000057	0.000058	0.000021	0.000001	0.000053	0	0.000077	0.000011	0.000058	0.000034	1	1	1	1	0	0	0
27	R	0.000012	0.000045	0.000008	0.000001	0.000062	0	0.000007	0.000005	0.000033	0.000037	1	1	1	1	0	0	0
28	L	0.000021	0.000065	0.000019	0.000001	0.000053	0	0.000021	0.000005	0.000033	0.000029	1	1	1	1	0	0	0
29	A	0.00006	0.000074	0.000025	0.000002	0.000055	0	0.000622	0.000011	0.000063	0.000032	1	1	1	1	0	0	0
30	D	0.000018	0.00005	0.00001	0.000001	0.000049	0	0.000013	0.000007	0.000033	0.000026	1	1	1	1	0	0	0
31	E	0.00001	0.00007	0.000011	0.000001	0.000054	0	0.000005	0.000006	0.000026	0.000034	1	1	1	1	0	0	0
32	G	0.000039	0.000087	0.00002	0.000001	0.000062	0	0.000027	0.000008	0.000045	0.000028	1	1	1	1	0	0	0
33	L	0.000035	0.00018	0.000019	0.000002	0.000055	0	0.00053	0.000008	0.00005	0.000038	1	1	1	1	0	0	0
34	N	0.00002	0.000106	0.000009	0.000014	0.000043	0	0.000019	0.000014	0.000041	0.000043	1	1	1	1	0	0	0
35	R	0.000006	0.000127	0.000007	0.000001	0.00005	0	0.000004	0.000005	0.000025	0.000051	1	1	1	1	0	0	0
36	R	0.000008	0.000102	0.000009	0.000001	0.000054	0	0.000007	0.000005	0.000022	0.000045	1	1	1	1	0	0	0
37	V	0.000019	0.000115	0.00002	0.000001	0.00004	0	0.000042	0.000007	0.00004	0.000037	1	1	1	1	0	0	0
38	A	0.000022	0.000109	0.000016	0.000001	0.000035	0	0.000122	0.000008	0.000035	0.000042	1	1	1	1	0	0	0
39	E	0.000009	0.00008	0.000009	0.000001	0.000032	0	0.000008	0.000006	0.000027	0.000046	1	1	1	1	0	0	0
40	D	0.000012	0.000082	0.000011	0.000001	0.000025	0	0.000009	0.000005	0.000029	0.000047	1	1	1	1	0	0	0
41	L	0.000013	0.000108	0.000017	0.000001	0.000031	0	0.000022	0.000005	0.000035	0.000041	1	1	1	1	0	0	0
42	N	0.00001	0.000059	0.00001	0.000003	0.000023	0	0.000006	0.000007	0.000027	0.000048	1	1	1	1	0	0	0
43	L	0.000013	0.0001	0.000024	0.000001	0.000027	0	0.000015	0.000008	0.000037	0.000039	1	1	1	1	0	0	0
44	G	0.00002	0.00004	0.000025	0.000001	0.000023	0	0.000041	0.000007	0.000039	0.000046	1	1	1	1	0	0	0
45	N	0.000013	0.00004	0.000011	0.000003	0.000025	0	0.000008	0.00001	0.000037	0.000038	1	1	1	1	0	0	0
46	L	0.00001	0.000051	0.000016	0.000001	0.000035	0	0.000023	0.000005	0.000032	0.000036	1	1	1	1	0	0	0
47	N	0.000012	0.000032	0.000008	0.000013	0.000036	0	0.000019	0.000011	0.000027	0.00004	1	1	1	1	0	0	0
48	V	0.000012	0.000037	0.00002	0.000001	0.000036	0	0.000022	0.000008	0.00003	0.00004	1	1	1	1	0	0	0
49	S	0.000013	0.000024	0.000019	0	0.00002	0	0.000019	0.000007	0.00004	0.000037	1	1	1	1	0	0	0
50	I	0.000011	0.000034	0.000025	0	0.000021	0	0.000011	0.000007	0.000051	0.000036	1	1	1	1	0	0	0
51	P	0.000012	0.00002	0.000022	0	0.000022	0	0.000007	0.000006	0.000041	0.000043	1	1	1	1	0	0	0
52	W	0.000012	0.00002	0.000022	0	0.000017	0	0.000016	0.000007	0.000037	0.000038	1	1	1	1	0	0	0
53	T	0.000015	0.000019	0.000021	0.000001	0.000017	0	0.000034	0.000004	0.000051	0.000033	1	1	1	1	0	0	0
54	H	0.000014	0.000026	0.000025	0.000001	0.000016	0	0.000013	0.000007	0.000044	0.000033	1	1	1	1	0	0	0
55	K	0.000015	0.000031	0.00002	0.000001	0.000016	0	0.000063	0.000006	0.000048	0.000032	1	1	1	1	0	0	0
56	V	0.000029	0.000027	0.000052	0.000001	0.000015	0	0.000075	0.000011	0.000053	0.000035	1	1	1	1	0	0	0
57	G	0.000028	0.000021	0.00004	0.000001	0.000015	0	0.000048	0.000011	0.000053	0.000035	1	1	1	1	0	0	0
58	N	0.000024	0.000027	0.000027	0.00002	0.000016	0	0.000097	0.000028	0.000051	0.000057	1	1	1	1	0	0	0
59	F	0.000017	0.00002	0.00003	0.000001	0.000013	0	0.000039	0.000011	0.000043	0.000045	1	1	1	1	0	0	0
60	T	0.000016	0.000015	0.000026	0	0.000016	0	0.000024	0.000007	0.000042	0.000037	1	1	1	1	0	0	0
61	G	0.000021	0.000014	0.00003	0.000001	0.000013	0	0.000074	0.000011	0.000037	0.000039	1	1	1	1	0	0	0
62	L	0.000013	0.000016	0.000029	0	0.000011	0	0.000043	0.000007	0.000036	0.000034	1	1	1	1	0	0	0
63	Y	0.000013	0.000018	0.000019	0	0.000013	0	0.000104	0.000006	0.000046	0.000036	1	1	1	1	0	0	0
64	S	0.000014	0.000016	0.000017	0	0.000013	0	0.000113	0.000006	0.000049	0.000038	1	1	1	1	0	0	0
65	S	0.000016	0.000014	0.000021	0	0.000016	0	0.000138	0.000007	0.000051	0.000036	1	1	1	1	0	0	0
66	T	0.000013	0.000011	0.000021	0	0.000018	0	0.000083	0.000005	0.000048	0.000029	1	1	1	1	0	0	0
67	V	0.000024	0.000015	0.000043	0	0.000018	0	0.000051	0.000007	0.000064	0.000039	1	1	1	1	0	0	0
68	P	0.000022	0.000014	0.000025	0	0.000016	0	0.000029	0.000007	0.00005	0.000036	1	1	1	1	0	0	0
69	V	0.000013	0.000013	0.000024	0	0.000018	0	0.000028	0.000006	0.000043	0.000033	1	1	1	1	0	0	0
70	F	0.000015	0.000012	0.000023	0.000001	0.000024	0	0.000027	0.000007	0.000032	0.000041	1	1	1	1	0	0	0
71	N	0.000013	0.000012	0.000013	0.000006	0.000022	0	0.000025	0.000005	0.00003	0.000038	1	1	1	1	0	0	0
72	P	0.000017	0.000011	0.000019	0.000001	0.000025	0	0.000045	0.000009	0.000027	0.000041	1	1	1	1	0	0	0
73	H	0.00001	0.000008	0.000015	0	0.00002	0	0.000022	0.000006	0.000022	0.000037	1	1	1	1	0	0	0
74	W	0.000015	0.000006	0.000017	0	0.000021	0	0.00002	0.000008	0.000031	0.00004	1	1	1	1	0	0	0
75	K	0.000015	0.000009	0.000014	0.000001	0.000029	0	0.000024	0.000006	0.000043	0.000032	1	1	1	1	0	0	0
76	T	0.000029	0.000009	0.00002	0.000001	0.000038	0	0.000051	0.000008	0.000057	0.000029	1	1	1	1	0	0	0
77	P	0.000034	0.000013	0.000017	0.000001	0.000046	0	0.00006	0.000015	0.000062	0.000032	1	1	1	1	0	0	0
78	S	0.000024	0.00001	0.000016	0.000001	0.000028	0	0.000053	0.000006	0.000052	0.000034	1	1	1	1	0	0	0
79	F	0.000024	0.000014	0.00002	0.000001	0.000031	0	0.000034	0.000009	0.000068	0.000035	1	1	1	1	0	0	0
80	P	0.000023	0.000013	0.000017	0	0.00003	0	0.000019	0.000008	0.000067	0.000038	1	1	1	1	0	0	0
81	N	0.000014	0.000012	0.000011	0.000003	0.000027	0	0.000013	0.000005	0.000039	0.000035	1	1	1	1	0	0	0
82	I	0.000011	0.000023	0.000017	0	0.00002	0	0.000019	0.000005	0.000048	0.000039	1	1	1	1	0	0	0
83	H	0.000013	0.000018	0.000014	0	0.000011	0	0.000011	0.000005	0.000048	0.000036	1	1	1	1	0	0	0
84	L	0.000015	0.000043	0.000015	0.000001	0.000018	0	0.000039	0.000006	0.000052	0.000035	1	1	1	1	0	0	0
85	H	0.000012	0.000027	0.000011	0.000001	0.000012	0	0.000016	0.000005	0.000051	0.000035	1	1	1	1	0	0	0
86	Q	0.00001	0.000039	0.000011	0.000001	0.000014	0	0.000012	0.000005	0.000073	0.000041	1	1	1	1	0	0	0
87	N	0.000013	0.000034	0.000008	0.000003	0.000011	0	0.000011	0.000008	0.000084	0.000043	1	1	1	1	0	0	0
88	I	0.00001	0.000037	0.000013	0.000001	0.000013	0	0.000014	0.000005	0.000052	0.000046	1	1	1	1	0	0	0
89	I	0.000014	0.000045	0.000013	0.000001	0.000014	0	0.00002	0.000006	0.000063	0.000046	1	1	1	1	0	0	0
90	E	0.000012	0.00005	0.00001	0.000001	0.00002	0	0.000007	0.000006	0.000058	0.00004	1	1	1	1	0	0	0
91	K	0.00001	0.000051	0.000009	0.000001	0.000018	0	0.000015	0.000006	0.000046	0.000045	1	1	1	1	0	0	0
92	C	0.000041	0.000073	0.000037	0.000003	0.00003	0	0.000046	0.000368	0.000116	0.000073	1	1	1	1	0	0	0
93	E	0.000013	0.000048	0.000014	0.000001	0.000022	0	0.000021	0.000007	0.000053	0.000041	1	1	1	1	0	0	0
94	Q	0.000013	0.000058	0.000014	0.000001	0.000025	0	0.000017	0.000008	0.000045	0.000049	1	1	1	1	0	0	0
95	F	0.000016	0.000044	0.000021	0.000001	0.000042	0	0.000021	0.000008	0.000039	0.000048	1	1	1	1	0	0	0
96	V	0.000014	0.00004	0.000026	0.000001	0.000036	0	0.000024	0.000006	0.000048	0.000041	1	1	1	1	0	0	0
97	G	0.000014	0.000048	0.00002	0.000001	0.000038	0	0.000019	0.000006	0.000044	0.000047	1	1	1	1	0	0	0
98	P	0.000013	0.000039	0.000017	0.000001	0.000037	0	0.000013	0.000006	0.00004	0.000041	1	1	1	1	0	0	0
99	L	0.000011	0.000048	0.00002	0.000001	0.000035	0	0.000018	0.000005	0.000046	0.000039	1	1	1	1	0	0	0
100	T	0.00001	0.000046	0.000017	0.000001	0.000033	0	0.000012	0.000005	0.000041	0.000053	1	1	1	1	0	0	0

End of preview. Expand in Data Studio

ViralMap Dataset

Dataset for ViralMap

File	Description
`vmap_data.pkl`	Pandas DataFrame with sequences, labels, cluster IDs, fold assignments, taxonomy, and other UniProt columns
`test_fold{1-5}/`	Test fold results from cross-validation for ViralMap, containing one CSV per test fold protein

Citation

@article{dwivedi2026viralmap,
  title={ViralMap: ViralMap: Predicting Features in Viral Proteins from Primary Sequence},
  author={Dwivedi, Shrish and Kar, Shaunak and Horton, Andrew P. and Gollihar, Jimmy D.},
  year={2026},
  doi={10.64898/2026.04.07.716565}
}

Downloads last month: 36

ViralMap Dataset

Contents

Citation