Patent ID: 8771985

Claim:
An isolated fusion protein comprising a nuclease domain and an engineered zinc finger DNA-binding domain, wherein the engineered zinc finger DNA-binding domain binds to a target site in a rat Rosa gene and the engineered zinc finger DNA-binding domain comprises four, five or six zinc finger DNA recognition regions designated and ordered F1 to F4, F1 to F5 or F1 to F6 from N-terminus to C-terminus and further wherein the engineered zinc finger DNA-binding domain comprises the zinc finger DNA recognition regions selected from the group consisting of: (i) F1: DRSDLSR (SEQ ID NO:38); F2: RSDDLTR (SEQ ID NO:39); F3: TSGHLSR (SEQ ID NO:40); F4: RSDNLSV (SEQ ID NO:41); and F5: RSANLTR (SEQ ID NO:42); (ii) F1: QSDHLTK (SEQ ID NO:43); F2: NSSNLSR (SEQ ID NO:44); F3: RSDHLTK (SEQ ID NO:45); F4: NSDHLSR (SEQ ID NO:46); and F5: RSDHLSR (SEQ ID NO:47); (iii) F1: RSDHLSE (SEQ ID NO:48); F2: RSAALAR (SEQ ID NO:49); F3: RSDHLST (SEQ ID NO:50); F4: QNAHRIT (SEQ ID NO:51); and F5: RSAVLSE (SEQ ID NO:52); (iv) F1: QSGDLTR (SEQ ID NO:17); F2: TSGSLTR (SEQ ID NO: 18); F3: RSANLTR (SEQ ID NO:42); F4: RSDHLTK (SEQ ID NO:45); and F5: NSDHLSR (SEQ ID NO:46); (v) F1: RSANLTR(SEQ ID NO:42); F2: QSGDLTR (SEQ ID NO: 17); F3: QSGDLTR (SEQ ID NO: 17); F4: RSANLAR (SEQ ID NO:53); and F5: RSDNLRE (SEQ ID NO:54); (vi) F1: RSDHLST (SEQ ID NO:50); F2: DNRDRIK (SEQ ID NO:55); F3: RSDTLSE (SEQ ID NO:56); F4: QSSHLAR (SEQ ID NO:57); and F5: QNAHRKT (SEQ ID NO:22); (vii) F1: QSGDLTR (SEQ ID NO:17); F2: QSGDLTR (SEQ ID NO: 17); F3: RSDNLTR (SEQ ID NO:58); F4: RSDNLSE (SEQ ID NO:21); and F5: QNAHRKT (SEQ ID NO:22); (viii) F1: DRSDLSR (SEQ ID NO:38); F2: RSDHLST (SEQ ID NO:50); F3: DNRDRIK (SEQ ID NO:55); F4: RSDTLSE (SEQ ID NO:56); and F5: QSSHLAR (SEQ ID NO:57); (ix) F1: QSGDLTR (SEQ ID NO:17); F2: RSDNLTR (SEQ ID NO:58); F3: RSDNLSE (SEQ ID NO:21); F4: QNAHRKT (SEQ ID NO:22); F5: RSDHLSE (SEQ ID NO:48); and F6: TSSTRKT (SEQ ID NO:59); (x) F1: TSGNLTR(SEQ ID NO:60); F2: QSGNLAR (SEQ ID No:61); F3: RSDALSV (SEQ ID NO:62); F4: DSSHRTR (SEQ ID NO:63); and F5: RSDVLSE (SEQ ID NO:64) (xi) F1: RSDNLSE (SEQ ID NO:21); F2: QNAHRKT (SEQ ID NO:22); F3: RSDHLSE (SEQ ID NO:48); F4: TSSTRKT (SEQ ID NO:59); and F5: TSGHLSR (SEQ ID NO:40); (xii) F1: TSGNLTR (SEQ ID NO:60); F2: QSGNLAR (SEQ ID NO:61); F3: RSDALSV (SEQ ID NO:62); and F4: DSSHRTR (SEQ ID NO:63); (xiii) F1: QRSNLVR (SEQ ID NO:65); F2: RSDHLTQ (SEQ ID NO:66); F3: QSGHLQR (SEQ ID NO:67); and F4: DRSHLAR (SEQ ID NO:68); (xiv) F1: RSDVLSE (SEQ ID NO:64); F2: QRNHRTT (SEQ ID NO:69); F3: TKRSLIE (SEQ ID NO:70); F4: TSSNLSR (SEQ ID NO:71); F5: RSDDLSK (SEQ ID NO:25); and F6: DNRDRIK (SEQ ID NO:55); (xv) F1: RSDHLSA (SEQ ID NO:72); F2: QSGHLSR (SEQ ID NO:24); F3: RSDHLSR (SEQ ID NO:47); F4: QNDNRIK (SEQ ID NO:73); and F5: QSGNLAR (SEQ ID NO:61); (xvi) F1: NNRDLIN (SEQ ID NO:74); F2: TSSNLSR (SEQ ID NO:71); F3: RSDVLSE (SEQ ID NO:64); F4: QRNHRTT (SEQ ID NO:69); F5: TKRSLIE (SEQ ID NO:70); and F6: TSSNLSR (SEQ ID NO:71).