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CRLM: 5 casos en NIfTI para docencia

Subconjunto de 5 pacientes de la colección Colorectal-Liver-Metastases de The Cancer Imaging Archive, convertido a NIfTI para usarlo en un laboratorio de segmentación con TotalSegmentator en Google Colab.

Contenido

Una carpeta por paciente (CRLM-CT-1018, CRLM-CT-1095, CRLM-CT-1111, CRLM-CT-1123, CRLM-CT-1137), cada una con:

Archivo	Contenido
ct.nii.gz	CT preoperatorio en fase portal, en unidades Hounsfield (int16)
higado.nii.gz	Máscara del segmento Liver del DICOM-SEG original (incluye los tumores; uint8, 0 o 1)
tumores.nii.gz	Unión de todos los segmentos Tumor_x (uint8, 0 o 1)

Las máscaras están en la misma grilla que el CT. casos.json resume el número de cortes, el espaciado (mm), el número de tumores y los volúmenes (ml) de cada caso.

Cambios respecto del original

• Se tomaron solo 5 pacientes, con CT de 61 a 87 cortes.
• El CT (DICOM) se convirtió a NIfTI con SimpleITK, sin remuestrear y sin cambiar los valores.
• Las segmentaciones (DICOM-SEG) se convirtieron a máscaras NIfTI con highdicom, corte a corte según las referencias al CT de origen.
• Se omitieron los segmentos de remanente hepático y de venas hepática y porta.

Fuente y cita

Datos originales: Simpson, A. L., Peoples, J., Creasy, J. M., Fichtinger, G., Gangai, N., Lasso, A., Keshava Murthy, K. N., Shia, J., D'Angelica, M. I., & Do, R. K. G. (2023). Preoperative CT and Recurrence for Patients Undergoing Resection of Colorectal Liver Metastases (Colorectal-Liver-Metastases) (Version 1) [Data set]. The Cancer Imaging Archive. https://doi.org/10.7937/QXK2-QG03

Publicados también en el Imaging Data Commons del NCI: https://portal.imaging.datacommons.cancer.gov/collections/colorectal_liver_metastases

Licencia de los datos originales y de esta versión: CC BY 4.0.

Uso

Solo para docencia e investigación. No es una herramienta de diagnóstico.