Datasets:

jurgiraud

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eval

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{ "en": "This phase is followed by a chaining method adapted to local similarities, a novel type of collinear chaining, allowing for proportional overlaps.", "fr": "Cette phase est suivie par une méthode de chainage adaptée aux similarités locales, un nouveau type de chaînage colinéaire, permettant des chevauchements proportionnels." }

{ "en": "This grid may present an unstable behaviour created by the source's intermittent output power, switching ripples from the power converters and their power electronic and oscillatory currents produced by some types of loads.", "fr": "Ce réseau peut présenter un comportement instable créé par intermittence de la source, les commutation des convertisseurs et leurs électroniques puissance et les courants oscillatoires produits par certains types de charges." }

{ "en": "RECOMB was established in 1997 by Sorin Istrail, Pavel Pevzner and Michael Waterman.", "fr": "RECOMB a été créé en 1997 par Sorin Istrail, Pavel Pevzner et Michael Waterman ." }

{ "en": "On top of this linear organisation, chromatin is further folded in topologically associated domains (TADs) and compartments that cluster spatially, which lead to the clustering of chromatin domains that share similar functions.", "fr": "En plus de cette organisation linéaire, la chromatine est structurée en domaines topologiques (TADs) et en compartiments qui coalescent, formant des regroupements à longue distance de domaines de mêmes fonctions." }

{ "en": "Alternatively, we study a variant of the problem in which we want to maximize the number of requirements that are satisfied.", "fr": "Nous proposons une variante du problème précédent, dans laquelle nous essayons de maximiser le nombre contraintes qui peuvent être satisfaits en même temps." }

{ "en": "In this thesis, we design and evaluate graph-based approaches to perform automatic protein function annotation and we explore the impact of domain architecture on protein functions.", "fr": "Dans cette thèse, nous concevons et évaluons des approches à base de graphes pour effectuer l'annotation automatique des fonctions protéiques et nous explorons l'impact de l'architecture en domaines sur les fonctions protéiques." }

{ "en": "Secondly, the proteins of these three families share a domain composed of up to 30 repeated LRR motifs, essential for receptor specificity.", "fr": "Deuxièmement, les protéines de ces trois familles partagent un domaine composé de motifs LRR répétés jusqu'à plus de 30 fois, essentiel pour la spécificité du récepteur." }

{ "en": "The variation of substitution rate with the expression pattern suggests the presence of context-dependent asymmetric repair mechanisms. We proposed a computational approach for the study of the substitution pattern in microsatellites.", "fr": "La variation des taux de substitutions en fonction du patron d'expression des gènes suggère qu'un biais de réparation asymétrique et contexte-dépendant pourrait être en jeu. Enfin, nous avons proposé une méthode de calcul du patron de substitution dans des séquences à composition biaisée: les microsatellites." }

{ "en": "Indeed, the richness of the data enables a fine dissection of a living organism's biology. It gives access to an unprecedented amount of information, such as cell heterogeneity, or quantifying the differences between physiological and pathological states.", "fr": "La richesse de ces données permet de disséquer finement la biologie du vivant, en accédant à des informations telles que l'hétérogénéité d'une population ou la caractérisation différentielle des cellules saines et malades." }

{ "en": "The exposures of these chemicals are suspected as the etiology of certain pathologies.", "fr": "Ces expositions sont suspectées d'être la cause de certaines pathologies." }

{ "en": "While some countries have already implemented this standard, France is behind schedule in implementing the NRFit connectors due to the absence of strong recommendations or obligations from the authorities.", "fr": "Alors que certains pays ont déjà mis en place cette norme, le France est en retard pour implémenter cette norme en l'absence de recommandations forte ou d'obligation des autorités." }

{ "en": "In bacteria, the principal function of regulatory networks is to control the response to environmental changes, for example nutritional status and environmental stress.", "fr": "Chez les bactéries, la fonction principale des réseaux de régulation est de contrôler la réponse aux changements environnementaux, par exemple l'état nutritionnel et le stress environnemental." }

{ "en": "The first axis enables the development of a machine learning algorithm that takes clinical biases of a cohort of patients into account (Mitest project).", "fr": "Le premier axe a permis d'élaborer un algorithme de machine learning en prenant en compte les biais cliniques d'une cohorte de patients (projet Mitest)." }

{ "en": "Others, such as insertion-type structural variations, are much more complex to identify.", "fr": "D'autres, comme les variations de structure de type insertion sont bien plus complexes à identifier." }

{ "en": "These results improve our knowledge of the evolution of the genomes of provide important information on the impact of translocations on chromosomal segregations that could be taken into account to exploit this burmannica group rich in biotic resistance in breeding programs.", "fr": "Ces résultats améliorent notre connaissance de l'évolution des génomes des bananiers. Ils apportent d'autre part des informations importantes sur l'impact des translocations sur les ségrégations chromosomiques qui pourront être prises en compte pour exploiter ce groupe burmannica riche en résistances biotiques dans les programmes d'amélioration génétique." }

{ "en": "In particular, local habitat patchiness draws much attention, as profound changes in the structure and composition of forest communities occur among micro-habitats.", "fr": "En particulier, les micro-variations environnementales attirent beaucoup d'attention car elles induisent de profondes modifications de structure et composition des communautés." }

{ "en": "The first paper (Chapter 3, paper [77]) explored the issue that repeats bring to transcriptome assemblers if not addressed properly.", "fr": "Le premier article (Chapitre 3, article [77]) a exploré le problème que les répétitions apportent aux assembleurs de transcriptome si elles ne sont pas correctement traitées." }

{ "en": "The use of functional data analysis on such data is part of the immediate future work.", "fr": "L'utilisation de l'analyse des données fonctionnelles sur ce type de données fait partie des perspectives immédiates de ce travail." }

{ "en": "Autoantibodies can be used clinically as diagnostic markers for early cancer detection of cholangiocarcinoma.", "fr": "La présence d'auto anticorps (Ac) est rapportée comme marqueurs diagnostiques précoce de certains cancers." }

{ "en": "In the past, researchers preferentially focused on mutations in the coding fraction of the genome, for which ample bioinformatics tools were developed to distinguish cancer-driver mutations from neutral ones.", "fr": "Jusque récemment, la recherche s'est concentré sur des mutations dans la fraction codante du génome, pour lesquelles de puissants outils bioinformatiques ont été développés afin de distinguer des mutations délétères des mutations neutres." }

{ "en": "This thesis work has highlighted microbial biomarkers of potential interest for predicting the response to a slimming diet, or to characterize various phenotypes of IBD.", "fr": "Ce travail de thèse a permis de mettre en évidence des biomarqueurs microbiens potentiellement d'intérêt pour prédire la réponse à un régime amaigrissant ou pour caractériser différents phénotypes de MICI." }

{ "en": "Bioinformatic analyses of transcriptomic data aims to identify genes with variations in their expression level in different tissue samples, for example tissues from healthy versus seek patients, and to characterize these genes on the basis of their functional annotation.", "fr": "L'analyse bioinformatique des données de transcriptomique a pour but d'identifier les gènes qui présentent des variations d'expression entre différentes situations, par exemple entre des échantillons de tissu sain et de tissu malade et de caractériser ces gènes à partir de leurs annotations fonctionnelles." }

{ "en": "This thesis shows a new approach out of discovering protein families signatures.", "fr": "Cette thèse propose une nouvelle approche de découverte de signatures de familles de protéines." }

{ "en": "In eucaryotic cells, the roles of RNA transcripts are known to be varied.", "fr": "On reconnaît maintenant aux transcrits des implications multiples dans le fonctionnement des cellules eucaryotes." }

{ "en": "The production and analysis of a large amount of data, including complete genomic sequences, are necessary to sequences, are necessary to better understand the biological phenomena and the underlying genetic and genetic, and molecular mechanisms involved in the traits of interest in vanilla (aromatic quality of interest in vanilla (aromatic quality of pods, resistance to diseases...).", "fr": "La production et l'analyse d'une grande quantité de données, notamment de séquences génomiques complètes, sont nécessaires pour mieux comprendre les phénomènes biologiques et les mécanismes génétiques et moléculaires sous-jacents impliqués dans les caractères d'intérêts chez le vanillier (qualité aromatique des gousses, résistance aux maladies...)." }

{ "en": "In addition, some Acanthamoeba species appear to have different levels of susceptibility to giant viruses. The objective of this work was to explore for the first time the gene repertoire of the genomes of 14 different species of Acanthamoeba, as well as that of the two species Vermamoeba vermiformis CDC-19 and Willaertia magna c2c maky, and to study the genetic relationship of these amoebae with giant viruses.", "fr": "De plus, certaines espèces d'Acanthamoeba semblent présenter des susceptibilités différentes vis-à-vis des virus géants.L'objectif de ce travail a été d'explorer pour la première fois le répertoire génique de 14 espèces d'Acanthamoeba, ainsi que celui des deux espèces Vermamoeba vermiformis CDC-19 et Willaertia magna c2c maky, et d'étudier leurs relations génétiques avec les virus géants." }

{ "en": "Cancer is a complex disease in which each tumor is different in terms of the genetic mutations, the expression of genes, or the composition of cell types.", "fr": "Le cancer est une maladie complexe où chaque tumeur est différente, aussi bien au niveau des mutations génétiques présentes, de l'expression des gènes, ou de la composition en types cellulaires." }

{ "en": "Like any other data produced in the laboratory, HTS data can have errors that arise at any of the various steps of the processes involved, from sample collection to sequence assembly, a topic which is covered by Granberg et al. in the first paper of this volume.", "fr": "Comme n'importe quelle donnée obtenue au laboratoire, les données du SHD peuvent comporter des erreurs, qui peuvent apparaître à n'importe quel moment au cours des nombreuses étapes du processus allant de la collecte des échantillons à l'assemblage des séquences ; ce sujet est examiné par Granberg et collègues dans le premier article de cet ouvrage." }

{ "en": "Medical and financial issues are for both diseases a major public health problem.", "fr": "Les enjeux médicaux et financiers font de ces deux maladies un problème majeur de santé publique." }

{ "en": "These results showed that the genetic control of epicormic branching is moderate and that the environment effect is likely involved more in the fate of these latent buds in interaction with the genetic effect.", "fr": "Nos résultats montrent que le contrôle génétique de la ramification épicormique est modéré et que l'effet de l'environnement intervient surtout dans le devenir des bourgeons latents en interaction avec l'effet génétique." }

{ "en": "The graph matching problem is among the most important challenges of graph processing, and plays a central role in various fields of pattern recognition.", "fr": "Le problème d'alignement de graphes, qui joue un rôle central dans différents domaines de la reconnaissance de formes, est l'un des plus grands défis dans le traitement de graphes." }

{ "en": "Enriching its gaseous form in water then in the atmosphere has allowed the development of multicellular and terrestrial life leading to current biodiversity.", "fr": "L'enrichissement de sa forme gazeuse dans l'eau puis dans l'atmosphère a permis le développement de la vie multicellulaire et terrestre menant à la biodiversité actuelle." }

{ "en": "These tools, combined in a pipeline, are designed to allow the study the accumulation of siRNA corresponding to TE sequences or TE families as well as their global or detailed visualization.", "fr": "Ces outils, regroupés en pipeline, visent à permettre l'étude de l'accumulation des siARN correspondant aux séquences d'ET ou de familles d'ET ainsi que leur visualisation de manière globale ou détaillée." }

{ "en": "To do this, we developed an analysis workflow in the R statistics language, which invokes remote resources (Web services).", "fr": "Pour ce faire, nous avons développé unworkflow d'analyse dans le langage de statistiques R pour invoquer des ressources à distance (Web services)." }

{ "en": "This method, applied at the global level, was also applied at the local level, making it possible to measure recombination intensity along the chromosome.", "fr": "Cette méthode, appliquée au niveau global, a également été appliquée au niveau local, permettant de mesurer l'intensité de la recombinaison le long du chromosome." }

{ "en": "The exploration of the genetic profile consists in identifying genetic mutations by a hierarchical approach searching for Fragile-X Syndrome (PCR), CGH-array and, in case of negativity of the previous examinations, DNA sequencing (exome) in trio (mother, father, child).", "fr": "L'exploration génétique (approche hiérarchisée) a compris une recherche de l'X-Fragile, la réalisation d'un CGH-array puis, en cas de négativité des examens précédents, la réalisation d'un séquençage de l'ADN (exome) en trio." }

{ "en": "In that scope, I explored how to improve the agreement between the models simulated by molecular docking and experimental constraints.", "fr": "Pour cela, j'ai cherché à améliorer l'accord entre les modèles simulés par les techniques d'amarrage moléculaire et les contraintes expérimentales." }

{ "en": "Genomic comparison between the viral strains revealed two unique features. The organization and evolution of the Major Capsid Protein gene in Kaumoebavirus and Faustovirus which is characterized by a large number of introns. And the significant gene strand bias over two-thirds of Kaumoebavirus' genome length, a unique feature among the extended Asfarviridae viruses. Also, a comparative genomics study of all available extended Asfarviridae viruses was performed, revealing the groups of unrelated genes that maintain a collinear order in all family's genomes.", "fr": "La comparaison génomique entre les souches virales a révélé plusieurs points marquants (i) L'organisation et l'évolution de la capside majeure au travers des Kaumoebavirus et des Faustovirus sont caractérisés par un grand nombre d'introns (ii) Les gènes de Kaumoebavirus présentent un biais de localisation sur les brins d'ADN du deux tiers génome contrairement aux autres Asfarviridae (iii) Des gènes non apparentés sont maintenus en ordre colinéaire dans tous les génomes de cette famille." }

{ "en": "The complex process of drug elimination is governed by drug metabolizing enzymes (DMEs) and transporters.", "fr": "Le processus d'élimination des médicaments est régi par des enzymes métabolisant des médicaments (DME) et des transporteurs." }

{ "en": "Results show that the zebrafish genome displays a typical teleost fish genome organisation.", "fr": "Les résultats montrent que le génome du poisson zèbre présente une organisation assez typique d'un génome téléostéen." }

{ "en": "Multicellular and stochastic analyses permitted to detect key components of the network, including the cross-repression dynamic between Nodal and BMP.", "fr": "Les analyses multicellulaires et stochastiques ont permis de détecter les composants clés du réseau, notamment la dynamique de répression mutuelle entre Nodal et BMP." }

{ "en": "Yet, both are directly regulated by many processes that are themselves products of evolution.", "fr": "Cependant, ces deux mécanismes dépendent de processus eux-mêmes façonnés par l'évolution." }

{ "en": "Eukaryotic genomes are packed into the confines of the nucleus through a nucleoproteic structure called chromatin.", "fr": "Les génomes nucléaires eucaryotes sont empaquetés au sein d'une structure nucléoprotéique appelée chromatine et dont l'unité fondamentale est le nucléosome." }

{ "en": "Despite these recent advances, the experimental detection of ncRNAs remains a timeconsuming task and is rarely followed by a functional analysis of the identified transcripts.", "fr": "Malgré ces récentes avancées, l'étape de détection expérimentale des ARNnc dans les génomes nécessite toujours un investissement important en temps et reste encore rarement suivie d'une caractérisation fonctionnelle des éléments ainsi identifiés." }

{ "en": "We have characterized TgSTART from transgenic parasites and the Knockdown mutant of the TgSTART gene tagged with the HA epitope.", "fr": "Nous avons caractérisé TgSTART à partir des parasites transgéniques et du mutant Knockdown du gène TgSTART taggués avec l'épitope HA." }

{ "en": "Their effects are mediated by two nuclear receptors, the androgen (AR) and the glucocorticoid (GR) receptor, respectively.", "fr": "Leurs effets sont relayés par deux récepteurs nucléaires, le récepteur des androgènes (AR) et le récepteur des glucocorticoïdes (GR), respectivement." }

{ "en": "In this interdisciplinary context, my thesis project consisted in integrating all the tools and methods necessary for the application of a 3rd generation sequencing technology (MinION, Oxford Nanopore Technologies) in order to study the consequences on DNA and RNA of radiation and nano-induced exposures.I thus introduced and validated bioinformatics tools that allowed me: (i) to exploit the potentialities of long-read sequencing on reference DNA molecules in order to quantify radiation-induced fragmentation and to compare these experimental data with Monte Carlo simulation data; (ii) to analyze the transcriptomic responses of Caenorhabditis elegans nematode populations selectively irradiated in controlled dose (gonad progenitor stem cells) or exposed to titanium dioxide nanoparticles; (iii) to evaluate on genetically characterized sarcoma lines, the cellular responses induced in vitro by combined exposures to ionizing radiation and metal oxide nanoparticles; (iv) to approach the study of the transcriptome at the single-cell level (\"Single-Cell RNA-Seq\") with the objective of future applications to the analysis of radio- and nano-induced responses at the organism's cell level.", "fr": "Dans ce contexte interdisciplinaire, mon projet de thèse a consisté à intégrer l'ensemble des outils et méthodes nécessaires à l'application d'une technologie de séquençage de 3ème génération (MinION, Oxford Nanopore Technologies) afin d'étudier les conséquences sur l'ADN et sur l'ARN d'expositions radio- et nano-induites.J'ai ainsi introduit et validé les outils bio-informatiques qui m'ont permis : (i) d'exploiter les potentialités du séquençage \" long-read \" sur des molécules ADN de référence afin de quantifier la fragmentation radio-induite et de confronter ces données expérimentales aux données de simulation Monte Carlo ; (ii) d'analyser les réponses transcriptomiques de populations de nématodes Caenorhabditis elegans sélectivement irradiées en dose contrôlée (cellules souches progénitrices des gonades) ou bien exposées à des nanoparticules de dioxyde de titane ; (iii) d'évaluer sur des lignées de sarcomes génétiquement caractérisées, les réponses cellulaires induites in vitro par des expositions combinées aux rayonnements ionisants et aux nanoparticules d'oxydes métalliques ; (iv) d'aborder l'étude du transcriptome à l'échelle de la cellule unique (\" Single-Cell RNA-Seq \") dans l'objectif de futures applications à l'analyse des réponses radio- et nano-induite à l'échelle de la cellule d'un organisme." }

{ "en": "A study of the genes conserved between these species has revealed a method for calibrating these angiosperms according to the age of their polyploidization events.", "fr": "Une étude des gènes conservés entre ces espèces a permis de mettre en évidence une méthode de calibration de ces angiospermes selon l'ancienneté de leurs évènements de polyploïdisation." }

{ "en": "The pln gene coding for plantaricins is a mosaic gene. Several operons were found amount Lactobacillus strains: plnABCD operon; plnEFI operon; plnGHSTUVW operon, plnMNOP operon and plnJKLR operon. The pln gene contains more than twenty genes.", "fr": "Le gène pln codant pour les plantaricines chez les quatre souches de Lactobacilles est un gène mosaïque car composé de plusieurs opérons qui sont opéron plnABCD ; opéron plnEFI ; opéron plnGHSTUVW, opéron plnJKLR et opéron plnMNOP." }

{ "en": "VEGF-A protein levels were associated with IL-4, MCP1 and EGF.", "fr": "Le taux de protéine VEGF-A était associé à IL-4, MCP1 et EGF." }

{ "en": "Therefore, we suggested that systems toxicology models can be used as an alternative animal approach in chemical risk assessment.", "fr": "De plus ces modèles de toxicologie systémique peuvent être utilisés comme une alternative aux approches animales dans l'évaluation du risque des substances chimiques." }

{ "en": "An independent genetic control was assumed for the sequential branches.", "fr": "Un contrôle génétique indépendant est suggéré pour la production des branches séquentielles." }

{ "en": "We found that pathologic concentrations of HCY increase the proliferation of human arterial umbilical SMC in culture and increase their proteolytic potential through a reactive oxygen species dependant mechanism.", "fr": "Nous avons montré que des concentrations pathologiques d'HCY augmentent la prolifération de CML d'artères ombilicales humaines en culture et augmentent leur potentiel protéolytique par un mécanisme dépendant des espèces réactives de l'oxygène." }

{ "en": "The results were confronted to HDX-MS Spectrometry and electrophysiological experiments for validation.", "fr": "Les résultats ont été confrontés à la méthode de HDX-MS et à des expériences d'électrophysiologie pour validation." }

{ "en": "Strategies for proposing novel functions and activities and creating isofunctional sub-families were researched, so as to guide biochemical experimentations and to analyse their results.", "fr": "Des stratégies de proposition d'activités enzymatiques alternatives et d'établissement de sous familles isofonctionnelles ont été mises en place dans le cadre de cette thèse, afin de guider les expérimentations de paillasse et d'analyser leurs résultats." }

{ "en": "The combination of the two minor alleles of CRP (3′UTR 1846C/T) and IL-6 (-174G/C) imposed a threefold increase in the risk of stroke (odds ratio [OR], 3.3; 95% confidence interval [CI], 1.4–8.1; P = 0.0023).23 The incidence of stroke in a population with the genotype was 3.09% compared with an incidence of 0.95% in a population without.", "fr": "La combinaison de deux allèles mineurs de CRP (3'UTR 1846C/T) et IL-6 (-174G/C) a triplé le risque d'AVC (rapport de cotes [RC], 3,3; intervalle de confiance [IC] 95 %, 1,4 – 8,1; P = 0,0023).23 L'incidence d'AVC dans une population possédant ce génotype était de 3,09 % par rapport à une incidence de 0,95 % dans une population ne le possédant pas." }

{ "en": "The biosynthesis of these small iron chelating molecules involves megaenzymes called NRPSs (non-ribosomal peptide synthetases).", "fr": "La biosynthèse de ces petites molécules chélatrices du fer fait intervenir des mégaenzymes appelées NRPSs (non-ribosomal peptide synthetases)." }

{ "en": "This approach was thus able to characterize and relate the variability of metabolomics data to its different factors of origin.", "fr": "Cette approche a ainsi pu associer la variabilité des données métabolomiques à leur(s) facteur(s) d'origine(s)." }

{ "en": "This work has led to the development of a pipeline offering a set of analyzes ranging from raw sequences processing to the visualization of the results, while replacing the environmental sequences in an evolutionary framework.", "fr": "Ce travail a donné lieu au développement d'une chaîne de traitement proposant une série d'analyses allant des séquences brutes jusqu'à la visualisation des résultats, tout en replaçant les séquences environnementales dans un contexte évolutif." }

{ "en": "A large number of strategies and factors used by NBCs to counteract these three components have already been identified in several NBC-insect interaction models. However, the study of the dialogue between each NBC partner and the hosts' immune systems is currently suffering from a lack of knowledge of the signaling and molecular aspects of the insects' immune responses to these dual infections. The first goal of this thesis was to increase this knowledge through a detailed and structured transcriptional analysis of the immune responses of a lepidopteran model, Spodoptera frugiperda, to one of the most studied NBCs, the S. carpocapsae-X.", "fr": "Bien qu'un grand nombre de stratégies et de facteurs permettant aux nématodes et aux bactéries de contrer ces trois composantes ait été identifié au sein de différents modèles d'interaction CNB-insecte, l'étude du dialogue s'établissant entre chaque partenaire et le système immunitaire des hôtes souffre d'un déficit de connaissance des aspects signalétiques et moléculaires des réponses immunitaires que les insectes opposent à ces infections duales.L'objectif premier de cette thèse était de contribuer au développement de ces connaissances au travers d'une analyse transcriptionnelle détaillée et structurée des réponses immunitaires d'un modèle d'insecte lépidoptère, Spodoptera frugiperda, à l'un des CNBs les plus étudiés, l'association S. carpocapsae-X." }

{ "en": "The main model under study is the metabolic network: a collection of objects — metabolites, biochemical reactions, enzymes, and genes — and the relations amongst them, usually organised to form a graph.", "fr": "Le principal modèle étudié est le réseau métabolique: une collection d'objets - métabolites, réactions biochimiques, enzymes et gènes - et les relations entre eux, généralement organisées sous forme de graphe." }

{ "en": "Since the oak genome was recently sequenced, a bioinformatics analysis is being performed on these regions for testing whether the candidate genes involved in plant hormones could explain the genetic mechanisms underlying these genomic regions related to the epicormic branching traits of the oak.", "fr": "Comme le génome du chêne a été séquencé récemment, des analyses bio-informatiques sont en cours pour tester si des gènes candidats liés aux phytohormones interviendraient sur les mécanismes génétiques dans ces régions génomiques identifiées comme liées aux traits de la ramification du chêne." }

{ "en": "Biomarker discovery involves the differential analysis of proteins, in other words, the demonstration of an alteration in the expression of proteins between the different samples by a statistical analysis.", "fr": "La découverte de biomarqueurs passe par l'analyse différentielle des protéines, autrement dit, la mise en évidence d'une altération de l'expression des protéines entre les différents échantillons par une analyse statistique." }

{ "en": "Finding good models for all this data, models that can both explain the data and provide insight into biological questions, is paramount.", "fr": "Il est prépondérant de trouver de bons modèles pour toutes ces données, modèles qui servent à la fois à expliquer les données et à produire des réponses aux questions biologiques sous-jacentes." }

{ "en": "Nevertheless, the interpretation of these rare variants and their consequences on the antigen expression often remain difficult.", "fr": "Néanmoins, l'interprétation de ces variants rares et de leurs conséquences sur l'expression de l'antigène demeurent souvent difficiles." }

{ "en": "The control and monitoring of the disease are essential means to fight against the worldwide spread of tuberculosis.", "fr": "Le contrôle et la surveillance de la maladie représentent des moyens essentiels pour lutter contre l'expansion mondiale de la tuberculose." }

{ "en": "In addition, we identified an activated CD8 + T-bet + CD57- immune profile, potentially capable of proliferation and the maintenance of autoimmune mechanisms in patients with sIBM.", "fr": "De plus, nous avons identifié un profil immunitaire CD8+T-bet+ CD57- activé, potentiellement capable de prolifération et de maintien de mécanismes auto-immuns chez les patients atteints de MIs." }

{ "en": "Statistical and bio-informatics analyses are in progress.", "fr": "Les analyses statistiques et bioinformatiques sont en cours." }

{ "en": "Formation of GPCR/GPCR, GPCR/ion channel and GPCR/transporter complexes may have a reciprocal functional impact, on the activity of the receptor and interacting partners thus elucidating new molecular mechanisms cellular cross-talk.", "fr": "La formation de complexes RCPG/RCPG, RCPG/canaux ioniques et RCPG/transporteurs peut avoir un effet fonctionnel réciproque au niveau de l'activité du récepteur et de ces partenaires, mettant ainsi en évidence de nouveaux mécanismes moléculaires de cross-talk cellulaire." }

{ "en": "However, current sequencing technologies are generating short and noisy DNA fragments, which only partially cover the complete genes sequences, giving rise to a major challenge for high resolution taxonomic analysis.", "fr": "Cependant, les technologies de séquençage actuelles produisent des fragments d'ADN courts et bruités, qui ne couvrent que partiellement les séquences complètes des gènes, ce qui pose un véritable défi pour l'analyse taxonomique à haute résolution." }

{ "en": "Just as it is natural for humans to develop by drawing their resources from the world around them, it is natural to see the natural resources used being exhausted.", "fr": "Tout comme il est naturel pour l'Homme de se développer en puisant ses ressources dans le monde qui l'entoure, il est naturel de voir s'épuiser les ressources naturelles utilisées." }

{ "en": "We used a WGS approach to identify the origin of the outbreak, the features that could have helped its implantation in our hospital and those associated with the end of the epidemics.", "fr": "Une approche WGS a été utilisée afin d'identifier l'origine de l'épidémie, les caractéristiques ayant aidé à son installation à l'hôpital ainsi que celles à l'origine de sa disparition." }

{ "en": "So CRMP2 is a brake to the migration and invasion process in UM cells.", "fr": "CRMP2 est donc un frein à la migration et l'invasion des cellules de MU." }

{ "en": "The growing complexity of biological questions and the exponential increase in available data to explore these questions are making the management and integration of such information a serious issue for a successful research activity.", "fr": "La complexification des problématiques biologiques et l'incrément exponentiel des données disponibles pour répondre à ces questions mènent à des problèmes dans la gestion et l'intégrationde ces données." }

{ "en": "This thesis work continued then with the study of the biodiversity of strains isolated from artisanal cheeses from different regions of Brazil.", "fr": "Ce travail de thèse s'est poursuivi par l'étude de la biodiversité des souches isolées de fromages artisanaux de différentes régions du Brésil." }

{ "en": "For this purpose, we have characterized the recognition and use of L-β-homomethionine by methionyl-tRNA synthetase (MetRS) from E. coli.", "fr": "Pour cela nous avons caractérisé la reconnaissance et l'utilisation de la L-β-homométhionine par la méthionyl-ARNt synthetase (MetRS) d'E. coli." }

{ "en": "The use of complete genomes allows a better genomes annotation which improves our knowledge of the genetic diversity of the M. bovis genomes.", "fr": "L'utilisation de génomes complets permet une meilleure annotation des génomes ce qui améliore nos connaissances sur la diversité génétique des génomes de M. bovis." }

{ "en": "Finally, the studies carried out for this thesis consist of a new strategy, which allows the reconstruction of metabolic networks and models at cell scale. The models give us the opportunity to study the link between evolution, genomes and metabolic capacities of these organisms.", "fr": "Au final le travail réalisé propose une nouvelle stratégie de reconstruction de réseaux et de modèles du métabolisme à l'échelle de la cellule, qui permet d'étudier le lien entre l'évolution et les capacités métaboliques des organismes étudiés." }

{ "en": "One possible mechanism involves viruses which could be vectors of DNA between the hosts they infect.", "fr": "Un des mécanismes possibles implique les virus qui pourraient être des vecteurs d'ADN entre les hôtes qu'ils infectent." }

{ "en": "Using reversible jump MCMC methods, we develop a stochastic algorithm which allows to simultaneously infer the changepoints location and the structure of the network within the phases delimited by the changepoints. Validation of those two approaches is carried out on both simulated and real data analysis.", "fr": "En utilisant des méthodes MCMC à sauts réversibles, nous développons une procédure qui permet d'estimer simultanément la position des points de rupture et la structure du réseau au sein de chaque phase. Ces deux approches sont validées par l'analyse de données simulées et réelles." }

{ "en": "Various graph-theory based approaches have been developed to extract the functional knowledge contained in biological networks.", "fr": "Diverses approches basées sur la théorie des graphes ont été développées pour extraire la connaissance fonctionnelle contenue dans ces réseaux." }

{ "en": "The main goal of the project is to generate a multiomics picture of the tumor in order to better stratify patients and predict response to treatment.", "fr": "L'objectif principal du projet est de générer une image multiomique de la tumeur afin de mieux stratifier les patients et de prédire la réponse au traitement." }

{ "en": "The effects of the antiepileptic carbamazepine (CBZ), a PhAC frequently detected in the marine environment, were first investigated on M. galloprovincialis through an integrated approach of metabolomics and proteogenomics.", "fr": "Les effets de l'antiépileptique carbamazépine (CBZ), un PP fréquemment détecté dans le milieu marin, ont dans un premier temps été investigués sur M. galloprovincialis à travers une approche intégrée de la métabolomique et de la protéogénomique." }

{ "en": "We developed an approach to better predict their interactions with other RNAs based on the interaction prediction, an enrichment analysis, and by developing a visualization system adapted to the manipulation of these data.", "fr": "Nous avons développé une approche permettant de mieux prédire les interactions qu'ils effectuent avec d'autres ARN en nous basant sur une prédiction des interactions, une analyse par enrichissement du contexte biologique de ces cibles, et en développant un système de visualisation spécialement adapté à la manipulation de ces données." }

{ "en": "The rank aggregation problem is to build consensus among a set of rankings (ordered elements).", "fr": "L'agrégation de classements consiste à établir un consensus entre un ensemble de classements (éléments ordonnés)." }

{ "en": "Part of this study was collaborative.", "fr": "Une partie de cette étude a été réalisée en collaboration." }

{ "en": "Banana cultivars are derived from hybridization between Musa acuminata subspecies (A genome) and, for some of them, with the species M. balbisiana (B genome).", "fr": "Les cultivars de bananiers sont dérivés d'hybridations entre sous-espèces de Musa acuminata (génome A) et pour certains avec l'espèce M. balbisiana (génome B)." }

{ "en": "I also used the ChIP-Seq data to analyze their epigenetic characteristics.", "fr": "J'ai utilisé aussi des données ChIP-Seq afin d'analyser leurs caractéristiques épigénétiques." }

{ "en": "ABSim uses a similarity measure to discriminate the related instances andto compute a scores matrix.", "fr": "ABSim utilise une mesure de similarité pour discriminer les instances reliées et calcule une matrice de scores." }

{ "en": "This challenge is even more evident in the clinical context that does not necessarily have access to professionals with computing skills or robust computational resources.", "fr": "Ce défi est encore plus évident dans le contexte clinique qui n'a pas nécessairement accès à des professionnels ayant des compétences informatiques ou des ressources informatiques robustes." }

{ "en": "Two particular opportunities occurred in 1996.", "fr": "Deux opportunités se sont révélées cruciales en 1996." }

{ "en": "That is why we propose to study function of BMD patient mutated dystrophin to correlate with clinical phenotypes.", "fr": "L'objet de cette thèse est l'étude bioinformatique de la fonctionnalité des formes mutées de dystrophine exprimées chez les patients BMD avec l'objectif d'une mise en corrélation avec les phénotypes cliniques." }

{ "en": "Finally, analysis of the different constructions designed in this project permitted the understanding of the key factors of the DNA amplification in the tHDA reaction, which may benefit future researches The use of bioinformatics by its integrative power has become essential to face the arrival of high throughput data, produced by techniques often characterized by the suffixes “omics”, such as genomics, transcriptomics, proteomics.", "fr": "Enfin, l'analyse des différentes constructions présentées dans cette étude a permis la découverte des facteurs clés de l'amplification d ADN dans les réactions tHDA, dont pourront bénéficier de futures recherches L'utilisation de la bioinformatique par sa puissance intégrative est devenue indispensable face à l'afflux massif de données biologiques générées par les technologies à haut débit, souvent caractérisées par le suffixe \" omique \", telles que génomique, transcriptomique, protéomique." }

{ "en": "As such, in our last work (Chapter 8, paper [75]) we explore a hybrid alternative splicing assembly method, which makes use of both short and long reads, in order to list alternative splicing events in a comprehensive manner, thanks to short reads, guided by the full-length context provided by the long reads The stochastic nature of gene expression is now clearly established experimentally and appears as an essential part of the cellular dynamics.", "fr": "En tant que tel, dans notre dernier travail (Chapitre 8, article [75]), nous explorons une méthode hybride d'assemblage d'épissages alternatifs qui utilise des lectures à la fois courtes et longues afin de répertorier les événements d'épissage alternatifs de manière complète, grâce aux lectures courtes, guidé par le contexte intégral fourni par les lectures longues La nature stochastique de l'expression génique est maintenant clairement établie expérimentalement et apparaît comme une composante à part entière de la dynamique cellulaire." }

{ "en": "Our method is based on (i) a preliminary indexing of the sequence/structure seeds of the target RNAs, (ii) searching the potentially homolog RNAs by detecting seeds of the query present in targets, chaining these seeds, then (iii) completing the alignment using an anchor-based exact alignment algorithm.", "fr": "Notre méthode se base sur (i) l'indexation préalable des graines en séquence/structure des ARN du jeu cible, (ii) la recherche des ARN cibles par détection des graines de la séquence requête présentes également dans le jeu de données cible et le chainage de ces graines, puis (iii) la complétion de l'alignement obtenu à l'aide d'un algorithme d'alignement exact incorporant des contraintes d'alignement." }

{ "en": "Recent clinical trials have shown promising results for MIBC following the inhibition of FGFR3 (with a pan-FGFR inhibitor), a receptor tyrosine kinase altered in 20% of MIBC by activating mutations. These alterations are enriched in the luminal papillary subtype of MIBC.", "fr": "Récemment, des essais cliniques évaluant l'inhibition de FGFR3 (avec un inhibiteur pan-FGFR) ont montré des effets bénéfiques chez des patients atteints d'une TVIM. FGFR3 est un récepteur à activité tyrosine kinase qui présente des mutations activatrices dans 20% des TVIM appartenant au sous-type luminal-papillaire." }

{ "en": "This showed that the circular genomes of Pithoviridae, although complex, are conservative.", "fr": "Cela a montré que les génomes circulaires des Pithoviridae, bien que complexes, sont conservatifs." }

{ "en": "We show that a theoretical formalization of this problem can be solved in linear time using minimal forbidden words.", "fr": "Nous donnons une formalisation théorique de ce problème qui le rend résoluble en temps linéaire en utilisant les mots interdits minimaux." }

{ "en": "This phasing algorithm has been used to reconstruct haplotypes of the diploid rotifer Adineta vaga.", "fr": "L'algorithme de phasage a permis de reconstruire les haplotypes du rotifère diploïde Adineta vaga." }

{ "en": "My thesis project aims to study speciation within three Xenarthra species complexes for which taxonomic boundaries are still non-consensual.", "fr": "Mon projet de thèse vise à étudier la spéciation au sein de trois complexes d'espèces de Xénarthres pour lesquels les frontières taxonomiques sont encore non consensuelles." }