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{ "en": "However, efforts in genomic characterization of cancers are not sufficient to predict a patient's outcome or response to therapy, which is key to inform their clinical management.", "fr": "Cependant, les efforts menés pour caractériser les cancers au niveau génétique ne sont pas suffisants pour prédire la survie des patients, ou leur réponse aux traitements, ce qui est essentiel pour améliorer leur prise en charge." }

{ "en": "The accumulation of these free histones,which have a high toxic potential, induces the specific repression of CLN3 which encodes for the firstcyclin of G1 phase.", "fr": "L'accumulation de ces histones libres à fort potentiel toxique, induit une répression spécifique de CLN3 qui code pour la première cycline dephase G1." }

{ "en": "Four classes were originally recognized by Levitt and Chothia 1976, and several others have been added in the SCOP database.", "fr": "Quatre classes ont été initialement reconnues par Levitt et Chothia 1976, et plusieurs autres ont été ajoutées dans la base de données SCOP." }

{ "en": "Our results suggest that psychotic transition may be linked to methylomic and transcriptomic changes in genes implicated in axon guidance or oxidative stress.", "fr": "La transition psychotique semble être liée à des modifications de méthylation et de transcription de gènes impliqués dans des mécanismes comme le guidage axonal ou la régulation du stress oxydatif." }

{ "en": "This review article presents the major technological advances of the past ten years, in particular the development of microarray approaches, which have enabled genome-wide (“Omics”) analysis of these tumors.", "fr": "Cet article de synthèse présente les principales avancées technologiques de ces dix dernières années, en particulier le développement des approches de microarrays, qui ont permis des analyses pangénomiques (\" Omiques \") de ces tumeurs." }

{ "en": "The candidate will be able to participate in this development and will use these programs to analyze LAM datasets.", "fr": "Le candidat pourra participer à ce développement et utilisera ces programmes pour analyser les données de LAM." }

{ "en": "The second part - research of giant viroses in the oceans - compiles the work conducted on marine metagenomic data originating from the Global Ocean Sampling (GOS) project.", "fr": "La deuxième partie - à la recherche de virus géants dans les océans - rassemble les travaux conduits sur des données métagénomiques marines produites par le projet Global Ocean Sampling (GOS)." }

{ "en": "Second, in the field of protein docking, I built InterEvDock server which can take co-evolutionary information into account.", "fr": "Ensuite, dans le domaine du \" docking \", j'ai élaboré le serveur InterEvDock qui prend en compte les informations de coévolution entre protéines." }

{ "en": "Thegoal of this PhD project is to assess existing toolsand to develop new methods for prediction of TF bindingsites by combining expression profiles and preciseinformation on the location of the TSSs.", "fr": "Ce travail de thèse a visé à évaluer les outils existants et à développer de nouvelles méthodes pour la prédiction des sites de fixation des facteurs de transcription en combinant l'information des profils d'expression et des positions des TSS." }

{ "en": "In fact, our knowledge of cell cycle is based on study of a few model organisms.", "fr": "En fait, notre connaissance du cycle cellulaire repose sur l'étude de quelques organismes modèles." }

{ "en": "However, retinoid chemoprevention trials in populations at risk to develop such tumours have failed.", "fr": "Cependant, les essais de chimioprévention utilisant les rétinoïdes dans des populations à risques ont échoué." }

{ "en": "Concerning W46R, a modification in these interaction at the level of the residue 46 causes the loss of interactions between the bottoms of the two transmembrane helices that triggers the uprising of the slide-helix which opens the channel.", "fr": "Concernant KirBac3.1 W46R, une modification des interactions entraîne la rupture des interactions entre le bas des deux hélices transmembranaires provoquant le soulèvement de l'hélice de glissement facilitant l'ouverture du canal." }

{ "en": "This is usually done via genome-wide association studies (GWAS), when univariate association is studied, and genome-wide association interaction studies, when interactions between genetic factors (or epistasis) are considered (GWAIS).", "fr": "Les méthodes d'association génome entier (GWAS), sont généralement utilisées pour étudier des associations univariées, tandis que les méthodes d'association d'interactions génome entier (GWAIS) prennent en considération des interactions entre facteurs génétiques (ou épistasie)." }

{ "en": "In fact, samples were extracted every 6 hours covering a complete life cycle.", "fr": "En effet, des échantillons ont préalablement été récoltés toutes les 6h couvrant un cycle de vie complet des parasites." }

{ "en": "In 1988, Eric Lander and Michael Waterman published an important paper examining the covering problem from the standpoint of gaps.", "fr": "En 1988, Eric Lander et Michael Waterman ont publié un article important examinant le problème de couverture du point de vue des lacunes 'gaps'." }

{ "en": "Retinoblastoma is initiated by the loss of both alleles of the RB1 tumor suppressorgene.", "fr": "Le rétinoblastome est initié par la perte des deux alléles du gène suppresseur de tumeur RB1." }

{ "en": "Second, a deep learning algorithm itself associates probabilities to its detection of information items in a text: it grants a varying level of confidence to its own detection.", "fr": "Ensuite, un algorithme d'apprentissage profond lui-même reconnaît avec une probabilité plus ou moins élevée la mention d'informations dans un texte : il accorde une plus ou moins grande confiance à sa propre détection." }

{ "en": "Firstly we propose the integration of sources through the adaptation of a mediation system : Select.", "fr": "Premièrement nous proposons l'intégration de sources à travers l'adaptation d'un système de médiation de données et de programmes : Le Select." }

{ "en": "We have built the matrix of all occurrences of models crossing all possible extremities.", "fr": "Nous avons créé une matrice d'occurrences des modèles associant toutes les combinaisons possibles d'extrémités." }

{ "en": "However, the analysis of transposons in sequencing datasets is a bioinformatic challenge because of the repeated nature of transposable elements.", "fr": "De par la nature répétée des éléments transposables, l'analyse des transposons dans les données de séquençage reste cependant un véritable défi." }

{ "en": "We then introduce several specific repetitive structures and use alignment tools to analyse these repetitions.", "fr": "Nous introduisons ensuite plusieurs répétitions musicales caractéristiques et employons les outils d'alignement pour identifier ces répétitions." }

{ "en": "Finally, he will develop a deep-learning approach to evaluate with what accuracy it is possible to predict the visual phenotype of a cell from transcriptomic data and vice versa.", "fr": "Enfin, il développera une approche deep-learning pour évaluer avec quelle précision il est possible de prédire le phénotype visuel d'une cellule à partir des données transcriptomiques et vice versa." }

{ "en": "Gastric cancer is the world's second leading cause of cancer mortality.", "fr": "Le cancer gastrique est la deuxième cause de mortalité par cancer dans le monde." }

{ "en": "Since analysing scRNAseq relies heavily on the production of neighbor graphs, the performance will be degraded by the curse, which distorts the graphs.", "fr": "L'analyse scRNAseq, qui repose sur la production de graphes de voisinage, va être nécessairement pénalisée par cette malédiction qui déforme les graphes." }

{ "en": "MSPminer relies on a new robust measure of proportionality coupled with an empirical classifier to group and distinguish not only species core genes but accessory genes also.", "fr": "MSPminer s'appuie sur une nouvelle mesure robuste de la proportionnalité couplée à un classificateur empirique pour regrouper et distinguer les gènes core mais aussi les gènes accessoires des espèces microbiennes." }

{ "en": "D., I also applied this new method to several biological questions.", "fr": "J'ai également appliqué cette nouvelle approche à plusieurs questions biologiques." }

{ "en": "Detecting inactivation of HR pathway in tumors nowadays became extremely important because of new therapeutic options targeting HRD (PARP inhibitors) and established clinical practice of familial genetic supervision.", "fr": "La détection de l'inactivation de la voie HR dans les tumeurs est aujourd'hui devenue extrêmement importante en raison de nouvelles options thérapeutiques ciblant l'HRD (inhibiteurs de PARP) et des pratiques cliniques pour la surveillance génétique familiale." }

{ "en": "Information regarding proteins involved in human diseases is annotated and linked to Online Mendelian Inheritance in Man OMIM database.", "fr": "Les informations qui concerne les protéines impliquées dans les maladies humaines sont annotées et liées à la base de données Online Mendelian Inheritance in Man OMIM." }

{ "en": "Thus, the most common barcode used for identification of cyanobacteria is 16S rDNA marker.", "fr": "Ainsi, le code à barres le plus couramment utilisé pour identifier des cyanobactéries est le marqueur ADNr 16S." }

{ "en": "Failure of this regulation can lead to autoimmune/inflammatory diseases.", "fr": "Cependant, une altération de cette régulation conduit à diverses maladies auto-immunes et inflammatoires." }

{ "en": "The first goal was to analyse the robustness of the methods of phylogenetic tree reconciliations, which are a common way of performing such study.", "fr": "Le premier objectif était d'analyser la robustesse des méthodes de réconciliation des arbres phylogénétiques, qui sont très utilisées dans ce type d'étude." }

{ "en": "Three strategies were carried out.", "fr": "Trois stratégies ont été adoptées." }

{ "en": "In spite of this and of the multiplication of sequenced prokaryotic genomes, small elements essential to our global understanding of systems remain poorly annotated.", "fr": "Malgré ceux-ci et la multitude des données générée par le séquençage intensif des génomes procaryotes, des petits éléments essentiels à la compréhension globale des systèmes continuent d'être négligés dans les annotations." }

{ "en": "We propose Prot-A-GAN, a machine-learning model inspired by Generative Adversarial Network (GAN) to learn vector representation of biological entities from protein knowledge graph.", "fr": "Nous proposons Prot-A-GAN, un modèle d'apprentissage automatique inspiré des réseaux antagonistes génératifs (GAN pour \" Generative Adversarial Network \")." }

{ "en": "The first of them, tpms_query consists in querying collections using a dedicated formalism.", "fr": "Le premier de ces programmes (tpms_query) permet d'effectuer l'interrogation de collections à l'aide d'un formalisme dédie." }

{ "en": "Results obtained from my PhD work should lead to a better understanding of epigenetic mechanisms regulating the initiation of Nr5a1 expression in gonadotrope cells and, in fine, of gonadotrope cell differentiation.", "fr": "Les résultats obtenus pendant mes travaux de doctorat permettront de mieux comprendre les mécanismes épigénétiques à l'origine de l'expression du gène Nr5a1 dans le lignage gonadotrope et, in fine, de la différenciation de ce lignage." }

{ "en": "The recognition of the proteins of interest in the eukaryoticexpression vector has not been conclusive.", "fr": "La reconnaissance des protéines d'intérêt en vecteur d'expression eucaryote n'a pas été concluante." }

{ "en": "Food industry is subject to various health and quality standards and the use of biotechnological tools like Polymerase Chain Reaction is essential for the quality control of raw materials and processed products.", "fr": "Cette industrie est soumise à diverses normes sanitaires et de qualité et l'usage d'outils biotechnologiques est indispensable pour le contrôle de matières premières et de produits transformés." }

{ "en": "We observe that Prot-A-GAN works with promising results to associate ap- propriate functions with query proteins.", "fr": "Nous observons que Prot-A-GAN fonctionne avec des résultats prometteurs pour associer des fonctions appropriées aux protéines requêtes." }

{ "en": "An additional work aimed to discuss the defense strategies observed or predicted for giant viruses and their hosts.", "fr": "Un autre travail a consisté à discuter des stratégies de défense observées ou possibles des virus géants et de leurs hôtes." }

{ "en": "We apply our model to cell line differentiation data, namely Th0 into Th17 for both human and mouse.", "fr": "Nous appliquons notre modèle sur des données de différentiation cellulaire, à savoir les cellules Th0 en Th17 pour l'humain et la sourie." }

{ "en": "First, I developed the GLADX tool that mimics human expertise to automatically and accurately investigate the events of unitary gene losses.", "fr": "En premier lieu, j'ai développé l'outil GLADX qui mime l'expertise humaine afin d'étudier automatiquement et avec précision les événements de pertes de gènes unitaires." }

{ "en": "Moreover, this work has allowed a better characterization of the CDPS family, by showing the existence of several subfamilies with specific functional signatures and laying the foundations of a specificity conferring code for the synthesis of cyclodipeptides.", "fr": "Par ailleurs, ce travail a permis de mieux caractériser la famille des CDPS, de définir l'existence de plusieurs sous-familles aux signatures fonctionnelles spécifiques et d'établir les premiers éléments d'un code de spécificité pour la synthèse de cyclodipeptides." }

{ "en": "In addition toparasites, pangenomic analyses are useful in plants because they could reveal genomic variations associated with diseaseresistance or quality traits.", "fr": "En plus des parasites, les analyses pangénomiques sont utiles chezles plantes car elles pourraient révéler des variations génomiques associées à la résistance aux maladies, à des traits dequalité ou à une adaptation à l'environnement." }

{ "en": "The terms used in Expasy are based on the EDAM comprehensive ontology.", "fr": "Les termes utilisés dans Expasy sont basés sur l'ontologie complète de l'EDAM ." }

{ "en": "In other recent work, multiscale models of gene regulatory networks have been developed that focus on synthetic biology applications.", "fr": "Dans d'autres travaux récents, des modèles multi-échelles de réseaux de régulation des gènes ont été développés qui se concentrent sur les applications de la biologie synthétique." }

{ "en": "DNA methylation, a hallmark of epigenetic inactivation and heterochromatin in both plants and mammals, is largely confined to transposable elements and other repeat sequences.", "fr": "La méthylation de l'ADN, une marque caractéristique de l'inactivation épigénétique et de l'hétérochromatine chez les plantes et les mammifères, est largement confinée aux séquences répétées, dont les éléments transposables (TEs)." }

{ "en": "Other Porphyromonas species are also associated to periodontitis, mainly in canids.", "fr": "D'autres espèces du genre Porphyromonas sont également associées à la parodontite notamment chez les canidés." }

{ "en": "Interestingly, this same biomarker is also used for the screening of fetal aneuploidies.", "fr": "Il est aussi intéressant de noter que ce même biomarqueur est aussi utilisé pour le dépistage d'aneuploïdies fœtales." }

{ "en": "A number of inherited cardiomyopathies affect cardiac muscle organogenesis emphasizing the need to improve our knowledge of heart formation.", "fr": "Un grand nombre de cardiomyopathies affectent l'organogenèse du muscle cardiaque soulignant l'importance d'approfondir nos connaissances de la cardiogenèse." }