Datasets:

dnagpt
/

bio2nl

sentence string	label int64
[ [ ] [ ) [ [ ( [ ] ) { { [ ] } [ ] } ] ( [ ] ( { ( [ { { } ( ) } ] ) } ) ) ] ]	0
{ } ( [ ] { [ ] { } } ( { [ ] [ ] ] ) ( { } ) ( ( { { { { ( { } ) } } } } ) ) )	0
[ { [ ] [ [ ( ) ] [ [ ] ] { } { { ( ) { ( ) } ( ( ( [ ] { } ) ) ) } [ ] } ] } ]	1
( ( { ( ) [ { } ( ( [ ( [ ( ) ] { { } [ ] [ [ { } ] [ { } ] ] } ) ] ) ) ] } ) )	1
{ ( [ { } { ) ] [ { [ ] { } ( ) } [ [ { ( ) } ] [ ] { { } } [ ] ] ( { } ) ] ) }	0
( ( [ ( ) [ ( ) ] [ ] { ( [ ( ) { } ] ( { [ [ [ ( ) ( ) ] ] ] } ( ) ) ) } ] ) )	1
( ) { } [ ( ) ] ( [ ] ( ) [ ] ) [ ] [ ] ( [ ] ) { ( [ { } ( ( ) ) [ ] ] { } ) }	1
( ) [ ( ) ] ( { } { } ) [ ] ( ( ( ) ) ( ) [ ] ) { } { } [ [ ( ( ) { [ ] } ) ] ]	1
} { [ { [ ] } ( ) ] } [ ] ) ( [ { } ( { { ( ( ) [ [ [ ( ( ) ) ] ] ] ) } } ) ] )	0
( ) { } ( ) [ [ [ ( ) ( ) ( [ ] ) { } [ ] [ ] ] ( ) { } { } ] [ ] ] { } { { } }	1
{ [ ( [ { [ ( ( ) ) } } ] ( ( ) { { ( ) { { { } } } ( [ ] ) } [ ] } ) [ ] ) ] }	0
( ) { } ) ] ( ( ( ) ) ( [ ] ) ( ) ) [ [ ] [ ] [ { ( ( ) ( ) ) } ] ( [ ] ( ) ) ]	0
[ ] [ ( [ ( ) { ( ) } [ ] ] ( ( ) { } [ ] ) ) [ ( ) ( ) ] ] { } [ ] [ ] { } { }	1
{ ( ( [ ] ( ) ( ) { [ ] } ) ( ( ) ) ( ( ( ) [ { ( [ { } [ ] ] ( ) ) } ] ) ) ) }	1
( ) { } { [ { } ] [ ] [ ] ( ( ) ) ( ( ( { [ ] } [ { } ( [ ] ) [ ] ] [ ] ) ) ) }	1
{ } [ ] ( ) [ ] [ ] ( [ { [ ] ( ) { } { } [ [ ] ] { { [ [ ] ] } } } ] ) ( ) ] ]	0
{ [ ] { [ ] } } ( ( ) ) { } ( ) { [ [ ] ] ( ) ( ) ( [ [ ] ] ) ( ) [ [ [ ] ] ] }	1
( ) ( ) [ [ ( [ ( [ [ [ ] ] { } ( ) { } [ ( ) ] { } { [ ] ( ) } ] ) ] { ) ) ] ]	0
[ ] { } ( ( { ( [ { ( ( [ ( ( ( [ ] ) { { { } } [ ] } ) ) ] ( ) ) ) } ] ) } ) )	1
{ ( ) } { ( ) [ ] ( ( ) ) } ( ) ( [ ] ) { } ( ) ( ) ( { { } } { ) { } } [ ] } )	0
{ { ] } } ( ) } ( { { } { } { } [ ] [ ] ( ) } [ ] ) { [ ] } [ ] { { } } { [ ] }	0
[ [ ] ] [ ( ) { [ ( { } [ ] [ ( { [ ] ( ) ( ( [ ] [ ] ) ) } { } ) { } ] ) ] } ]	1
{ [ ( ) [ ( ( ( { { } ] } } { } ) [ ( [ ( ( { { } } ) { ( ) } ) ] ) ] ) ) ] ] }	0
( { ( ( ( ) [ ] ) [ { } ] ) } ) [ [ ] [ ( ) ] ( [ ] { } ( [ ( [ ] ) ] ( ) ) ) ]	1
[ ] } ) ( [ ] ( ) { } { } { } ) ( { { } ( { { } } ( ) ) } [ [ { ( [ ] ) } ] ] )	0
{ } { } [ ( ) { } ] ( { } ( { } ( ) { } { } { } ) ) { } [ ( ) { } ] ( { } ( ) )	1
[ ] { { } [ ] } [ ] [ ] ( ) [ ] [ { [ ] { } } ] [ [ ] ( ) [ ( { ( ) } { } ) ] ]	1
( ( ( { } ) { ( ) [ ] } ) [ ] [ ( ) { } ( ) { } ] { ( ] [ ] [ ( ) ] ] ) [ ] } )	0
( ) ( ( [ ( [ [ { [ [ ] ] { } ( ) } { [ ] } ] ] ) ] ) [ ( [ ] ) ] ( ) ( [ ] ) )	1
{ } { } { } [ [ ] ] [ ] [ [ ] { } ] { ( ) } ( [ ] { } { } [ [ [ [ ( ) [ ] ] ] )	0
( [ ] { } ) [ { ( ) { { } { } { } { } } } ] [ [ ] [ [ ( { ( { ( ) } ) } ) ] ] ]	1
{ { } [ [ ] [ ] ] } [ ( ( ] [ ] [ [ [ ] ] ( ) ( ) [ ] { } ] [ ] ( ( ( ) ) ) ) ]	0
( { { } [ [ { } ] [ ] ] } [ ] ) [ ] [ ( ) { { [ ] ( ) [ ] { [ ] { ( ) } } } } ]	1
[ ] ( ) { [ ] ) [ [ { ( { } ) ( ) } ( [ { [ ] } ] ) [ ] ( ) ] ] { ( ) } ( { } )	0
( ( [ ] ) ) ( [ ] ) [ { } ] { } ( [ ] ) { } ( { } ) { } ( [ ] [ ] ( ) ) { ( ) }	1
[ ] [ ] { { } [ ] } [ ] ( ) [ { ( { ( ) { } } ) } ( [ ] ) ] ( ) [ { } ( ) ) } ]	0
{ ( { } ( ( ) [ ( ) ] ) { } { } [ [ ] ] ) { } } { } [ ] ( ( [ { [ ( ) ] } ] ) )	1
( ( [ { } ( [ ] ( ) [ ( ) [ ] ] { ( { } ) } ) ( ) [ ] ( ) ] [ ] [ ] } ( ) ( ) )	0
{ } ( [ ] ) [ { } { } ( ) ] ( [ ] ) ( [ ( ) ] ) { } ( ( ) { } ) { [ ] ) ] } [ ]	0
( ) [ [ ( ) [ [ ] [ ( ( [ ( ) } ] [ ( ) { ( ) } ( { } { ( ) } ) ] ] ) ) ] ] ] ]	0
{ } { } [ ] { } [ { } ] ( ) ( ( [ ] ) ) ( [ ] { } [ ] ) [ ( ) { } ] ( ( ) { } )	1
( { } ( ) { { } [ { { } ( ) } ( ) ( ) ] } ( ) ( [ [ { } ( { } ) { { } } ] ] ) )	1
[ { } { } [ [ [ { } ] ( [ ] ) ] ] [ ] [ ] ] { } { ( ) } ( } { { { } } } } ( ) )	0
( ) { } [ ( ( ( { } ( { } ( [ ( ) ] ) ) ( ( ) [ [ ] ] ) { [ ( ( ) ) ] } ) ) ) ]	1
{ } { ( [ ] { { } } [ { [ { [ ( ) ( } { } { ( ( ( { } ) ) ) } } ) ] } ] } ] ) }	0
{ } [ ] ( { ( ) ( [ ] ( ) ( { ( ) } ( ) ( { } ) { } { } ( { ( [ ] ) } ) ) ) } )	1
( ) ( ( ( { } { } [ ] ( ) ( ) ) ) ) { ( ) } [ { } ] ( ) [ { } ( ) ] { } ( { } )	1
{ [ ] { { } } ( [ ] ( [ ] ) { } ( ( ( ) ) [ ] ( [ [ { } ] { ( { } ) } ] ) ) ) }	1
{ } ) { { } } [ { } ] ) [ ] ( ) ( [ ( { [ ] [ { { } [ ] } ] } { } ) ] [ [ ] ] )	0
( ( [ ] { } { { [ ] ( ) [ } [ ] [ ] ( { } { [ { { } } ] [ ] [ { { } } ] } ) ) )	0
[ ] ( ( ) [ ] ) { ( ) { ( ( ( ) { } [ ] { [ { } ( { } ) ] } ) } ( ) { ( { } ) }	0
[ ] [ [ ] ( ) ] { ( ( [ ) ) ( ( [ ] ) [ [ [ { { } } { [ ] } ( ( ) ) ] ] ] ) ) }	0
( ) [ ] { { ( ) ( ) ( { } { { } [ [ { [ ] ( ( [ ] ( ) ) ) } [ ] { [ ] } ] ] } )	0
( [ { } [ ( [ ] { } ( [ ( ) ( ) ] { [ ] } ) ( { } ) ) [ ( ( ) [ ( ) ] ) ] ] ] )	1
[ { } ( ) ( { ( ) } { [ ] { { ( { ( ) } ( ( { ( ) } { { } } ) [ ] ) ) } } } ) ]	1
[ ] [ ] ( { } { ( ( ( ( [ { { } { ( ) } ( [ [ ] ] ) [ ] [ [ ] { } ] } ] ) ) } )	0
[ ] [ ( ) ] { } { } ( ( ) ( [ ] ( ) ( ( ) [ ] [ ] ) ) ) ( [ ] ) { [ ( ) [ ] ] }	1
[ [ ] ] { ( ( ) [ ( ) [ ] ] ) } ( ) { } { } [ ( [ ( ( [ ] ) { } { } ) ( ) ] ) ]	1
{ ( ) } [ { [ ] ( { } ) } { } [ ] ( [ ] ) ] { } ( ) ( ) { ( ) } { { } } [ [ ] ]	1
( ( ) ) ( { { } } ) ( { { ( [ ] [ ] ) } [ { ( ) { } } ] [ ) [ [ { [ ] } ] { } ]	0
( [ ] ) [ ] [ ( ) ( ( ) { } ) ] [ ] { } [ ] ( [ [ [ ] ( [ ( ) [ ] { } [ ] ] ] )	0
( ( ) ) ( ) { } { [ { } { } ] { ( ) } } ( ) { { ( ( { { } ( { } [ [ ) } ) ) } }	0
{ { } } { ( [ [ ( ) ] { } ( ) ] ) } [ ( ) { } ( [ ] ) ] ( { } ( [ ( ( ) ) ] ) )	1
[ ( ( [ [ ( [ ] { } ) { ( ) { [ ] ( ) } [ ] } ( ( ( ) [ [ [ ] ] ] ) ) ] ] ) ) ]	1
( ) ( ) ( { { { [ ( ( [ ] ) ) ] { { } } { } { } [ ] } [ ] [ ] } ) ) [ ] { } { }	0
[ ] { { } } { } [ ( ) [ [ { } { ] } ( ( ) ) } [ [ ] ] ( ) [ ] { ( [ ] ) } ] ] ]	0
{ { } { } } [ ] ( ) ( ( ) ) ( ( ) [ ( ) { [ { } { [ ] } ] } ] [ ] [ ( ) [ ] ] )	1
[ [ ] ] ( ( ) ) { { } } [ ] [ ( ) ] [ ] ( ) { } ( ) { } ( ) { { } } ( ) [ { } ]	1
( ) ( { [ ] ( [ [ { } ] ] ) [ ( { } [ [ { { [ ] ] } ] ( ) [ ] ( ) ] [ ] ) ] } )	0
{ { [ ( { [ ] ( ) } ) { { { } } [ ] } ] { { } ] } ( ( ) { } ) } ( [ { { } } ] )	0
( ) ( ( [ [ ] ] ( [ { [ ] ] ] ) [ [ ] ] ) [ ( ) [ [ ] { } [ ] { ( ) { } } ] ] )	0
( ( ) ) ( ) ( { ( { } ( ) ) } ) [ ] [ { } ] { { } } ( ( ( ) [ [ ] [ ( ) ] ] ) )	1
( ) [ [ { } ] [ ] ( ) ] ( [ ] { } ) { [ [ { } ] [ ] ] } [ ( [ ] [ ( ( ) ) ] ) ]	1
( ) ( ( ) { { ( [ ] [ ( ( ) ) { { ( [ ] ) ) { ( ) } ( { ( { } ) } ) } ] ) } } )	0
{ } ( ) { } ( ) [ ] [ { [ ] ( [ ] ) { } } ] { ( ( { [ ( [ ] { } ) { } ] } ) ) }	1
{ ( ) ( { } ) ( ( [ ] [ [ [ ] ] [ ] ] ) ) ( [ { { } } ] { } ( [ ] ) ( { } ) ) }	1
( [ { } ] ( ( ) { } ) ) [ ] [ ( [ ] ( [ ] ) ) ( [ { ( { } [ ] { } [ ] ) } ] ) ]	1
( ) { { { ( } ( ) } [ [ ( { } ) ] [ ] ] [ [ ] ( ) ( ( [ [ ( { } ) ] ( ) ] ) ) ]	0
{ { ( ) } { ( ) } { ( ) [ ] ( ( ) { } [ ] ) [ ] } } { ) ( ) ( ( ) ) { [ ( ) ] }	0
[ ] ( ) { } ( ( ) ) ( ) ( { [ ] ( ) } ) ( ) { ( [ { [ ] ( ) [ ] ( [ ] ) } ] ) }	1
{ ( [ ( [ [ [ ] ] { } ] ) ] [ ] ) { } ( ( ) ) } ( ) { } ( [ ] ( [ { ( ) } ] ) )	1
[ [ ] [ ] ( { ( ) } ) ] [ ] [ { } { } { ( ) ( ) } ( { [ ] { ) { [ ( ) ] } ] { }	0
{ } [ ] { } ( { [ { } ] [ ] } ) [ ( { } { } ( ( ) ( ( ) ) { } ( [ [ ] ] ) ) ) ]	1
( { { ( ) } } ) [ ] { ( { [ ] } ( [ ] [ ] ( [ ] [ { ( [ [ ( ) ] ] ) } ] ) ) ) }	1
{ } [ ] [ ] [ ( ( ) { ( ) [ ( [ ] [ [ ] ] ) { } ] } ) ] ( ( ) { [ ] [ ( ) ) } )	0
( ( { } ) ) ( ) { } { } [ ] ( ) { ( { } ( ) ( ( ) ) ) } [ ] { ( ( ) [ ] { } ) }	1
[ ) [ { } ] { } ( { ( ) { { } } } ) [ ] [ ] ( ) ( ) [ ] { } ( ) ( ) { } { } { }	0
( ) [ { ( [ ] [ ] ( ) [ [ ( ) ] ( [ ] ( [ ] [ ] ) [ ( ) ] ) ] ) } ( ) ) ] ] { }	0
( [ { { } { } ( ) { [ ] } [ ] ( [ ( [ [ ] { } { ( ) } [ ] ] { ( ) } ) ] ) } ] )	1
[ [ ] ] [ ] [ ] { { } } { ( ) { } } { ( ) } { } [ { } ( ) ] [ [ { { } { } } ] ]	1
{ ( ) ( ) ( ( { ( ) } ) ( ) { ( [ ] ( [ ] { } [ { [ [ { } ( ) ] ] } ] ) ) } ) }	1
{ } ( ) [ ] [ ( ) { } ] ( ( ) ) { [ ] [ ( ( ) ( ) ) [ ( { } ) [ ] ] ] [ [ } [ ]	0
( ) ( ) [ ( ) ] { { { { } } [ ] } ( ) ( ( ) { ( { { ( { } [ ( ) ] ) } } ) } ) }	1
( { } ) { [ ] [ ( ) { } ] ( ) [ ] ( { { } { ( ) } { } [ ] { } } { } { } [ ] ) }	1
[ ] [ ( [ ] ) ] { } ( ) [ ( ) [ { [ ( { [ ] } ) ] } ] { } ] [ { ( ) { } { } } ]	1
( [ ] ) ( ( ) ( ) ) { } [ { } ] ( ( ] ( [ ( ) ] ) ) [ ] ( { { } { [ ] } [ ] } )	0
{ { ( ) [ ] } } { ( ) { { } { ( ) { [ ] { } [ ( { } } ) ) { } ] { } ( ) } } } }	0
( { } { } ) [ } { } { [ ] } ( { } { } { ( [ { ( ( [ [ ] ] [ ] ) ) } ] ) } ( ) )	0
[ ] [ { } ] ( ) { } [ [ ] { ( { } ) } ] ( ) ( ) ( ) [ ( ) ] [ { } ] ( { } [ ] )	1
{ } ( ) } [ ] ] ( ) { ( ) } { [ ( ) ] } [ { } ( { } { } ( ) { } { } ( ) { } ) ]	0

End of preview. Expand in Data Studio

bio2nl — data for Asymmetric Structural Transfer Between Natural Language and Biological Foundation Models

Datasets accompanying the bio2nl study of directional cross-domain structural transfer. Code: https://github.com/maris205/bio2nl

`cpt_corpus/` — iso-token continued-pretraining corpora

Each file is exactly 50M GPT-2 tokens, differing only in sequence content (the iso-token ablation). Proteins are rendered as space-separated residues <protein> M K V ... </protein>.

file	content
`cpt_protein.txt`	real Swiss-Prot proteins (G2, main)
`cpt_shuffled.txt`	residue-shuffled proteins (G3; same AA freq/length, destroyed structure)
`cpt_randomaa.txt`	random amino acids from background frequency (G4)
`cpt_text.txt`	OpenWebText English (G1, control)
`sprot.fasta`	full Swiss-Prot source (575,503 proteins)
`manifest.json`	exact token counts per corpus

`eval_nl/` — synthetic structural evaluation tasks

dyck_L{40,60}_t3_*.jsonl — nested-bracket well-formedness (hard, non-saturating long-range structure)
longrange_d{8,16,24}_*.jsonl — subject–verb agreement across distractors

Protein-homology pairs use the existing dnagpt/biopaws release. PAWS-X, GLUE (CoLA/RTE), OpenWebText are downloaded from their standard sources.