radlab/polish-gpt2-small-v2
Text Generation
•
Updated
•
9
_id
stringlengths 8
8
| title
stringlengths 0
1.07k
| text
stringlengths 0
122k
|
|---|---|---|
ug7v899j | Cechy kliniczne potwierdzonego w hodowli zakażeń Mycoplasma pneumoniae w Szpitalu Uniwersyteckim Króla Abdulaziz, Jeddah, Arabia Saudyjska | CEL: Ten retrospektywny przegląd wykresu opisuje epidemiologię i cechy kliniczne 40 pacjentów z infekcjami Mycoplasma pneumoniae potwierdzonymi w hodowli w King Abdulaziz University Hospital, Jeddah, Arabia Saudyjska. METODY: Pacjenci z dodatnimi kulturami M. pneumoniae z próbek oddechowych od stycznia 1997 do grudnia 1998 zostali zidentyfikowani za pomocą dokumentacji mikrobiologicznej. Przejrzano karty pacjentów. WYNIKI: Zidentyfikowano 40 pacjentów, z których 33 (82,5%) wymagało przyjęcia. Większość zakażeń (92,5%) miała charakter pozaszpitalny. Zakażenie dotyczyło wszystkich grup wiekowych, ale najczęściej występowało u niemowląt (32,5%) i dzieci w wieku przedszkolnym (22,5%). Występowała przez cały rok, ale najczęściej występowała jesienią (35%) i wiosną (30%). Ponad trzy czwarte pacjentów (77,5%) miało choroby współistniejące. Dwadzieścia cztery izolaty (60%) były związane z zapaleniem płuc, 14 (35%) z infekcjami górnych dróg oddechowych, a 2 (5%) z zapaleniem oskrzelików. Kaszel (82,5%), gorączka (75%) i złe samopoczucie (58,8%) były najczęstszymi objawami, a trzeszczenie (60%) i świszczący oddech (40%) były najczęstszymi objawami. Większość pacjentów z zapaleniem płuc miała trzeszczenie (79,2%), ale tylko 25% miało oddech oskrzelowy. Pacjenci z obniżoną odpornością częściej niż pacjenci bez obniżonej odporności prezentowali zapalenie płuc (8/9 vs 16/31, p = 0,05). Spośród 24 pacjentów z zapaleniem płuc 14 (58,3%) wyzdrowiło bez powikłań, 4 (16,7%) wyzdrowiało po pewnych powikłaniach, 3 (12,5%) zmarło z powodu zakażenia M. pneumoniae, a 3 (12,5%) zmarło z powodu współistniejących chorób. Trzech pacjentów, którzy zmarli z powodu zapalenia płuc wywołanego przez M. pneumoniae, miało inne choroby współistniejące. WNIOSEK: nasze wyniki były podobne do opublikowanych danych, z wyjątkiem stwierdzenia, że infekcje występowały częściej u niemowląt i dzieci w wieku przedszkolnym oraz że śmiertelność z powodu zapalenia płuc u pacjentów z chorobami współistniejącymi była wysoka. |
02tnwd4m | Tlenek azotu: mediator prozapalny w chorobach płuc? | Choroby zapalne dróg oddechowych są powszechnie związane z podwyższoną produkcją tlenku azotu (NO•) i zwiększonymi wskaźnikami stresu oksydacyjnego zależnego od NO•. Chociaż wiadomo, że NO• ma właściwości przeciwdrobnoustrojowe, przeciwzapalne i przeciwutleniające, różne linie dowodowe potwierdzają udział NO• w uszkodzeniach płuc w kilku modelach choroby. Na podstawie dowodów biochemicznych często zakłada się, że takie utlenianie zależne od NO• jest spowodowane tworzeniem utleniacza peroksyazotynowego, chociaż alternatywne mechanizmy obejmujące białka hemowe pochodzące z fagocytów i peroksydazę eozynofilową mogą działać w stanach zapalnych. Ze względu na przytłaczającą literaturę dotyczącą wytwarzania i aktywności NO• w drogach oddechowych, całościowy przegląd tego obszaru wykracza poza zakres tego komentarza. Zamiast tego skupia się na najnowszych dowodach i koncepcjach przypuszczalnego udziału NO• w chorobach zapalnych płuc. |
ejv2xln0 | Białko powierzchniowo czynne-D i obrona płucna gospodarza | Białko powierzchniowo czynne-D (SP-D) uczestniczy we wrodzonej odpowiedzi na wdychane mikroorganizmy i antygeny organiczne oraz przyczynia się do regulacji odpornościowej i zapalnej w płucach. SP-D jest syntetyzowany i wydzielany przez komórki nabłonka pęcherzyków płucnych i oskrzelików, ale jest również wyrażany przez komórki nabłonkowe wyściełające różne przewody zewnątrzwydzielnicze oraz błonę śluzową przewodu pokarmowego i moczowo-płciowego. SP-D, kolagenowa lektyna zależna od wapnia (lub kolektyna), wiąże się z glikokoniugatami powierzchniowymi wyrażanymi przez wiele różnych mikroorganizmów oraz z oligosacharydami związanymi z powierzchnią różnych złożonych antygenów organicznych. SP-D oddziałuje również specyficznie z glikokoniugatami i innymi cząsteczkami ulegającymi ekspresji na powierzchni makrofagów, neutrofili i limfocytów. Ponadto SP-D wiąże się ze specyficznymi lipidami związanymi z surfaktantami i może wpływać na organizację mieszanin lipidów zawierających fosfatydyloinozytol in vitro. Zgodna z tymi różnorodnymi aktywnościami in vitro jest obserwacja, że myszy transgeniczne z niedoborem SP-D wykazują nienormalną akumulację lipidów powierzchniowo czynnych i nienormalnie reagują na prowokację wirusami układu oddechowego i bakteryjnymi lipopolisacharydami. Fenotyp makrofagów izolowanych z płuc myszy z niedoborem SP-D jest zmieniony i istnieją poszlakowe dowody, że nieprawidłowy metabolizm oksydacyjny i/lub zwiększona ekspresja metaloproteinazy przyczyniają się do rozwoju rozedmy. Ekspresja SP-D jest zwiększona w odpowiedzi na wiele postaci uszkodzenia płuc, a niedostateczna akumulacja odpowiednio oligomeryzowanego SP-D może przyczyniać się do patogenezy różnych ludzkich chorób płuc. |
2b73a28n | Rola endoteliny-1 w chorobie płuc | Endotelina-1 (ET-1) jest 21-aminokwasowym peptydem o zróżnicowanej aktywności biologicznej, który bierze udział w wielu chorobach. ET-1 jest silnym mitogennym regulatorem napięcia mięśni gładkich i mediatorem stanu zapalnego, który może odgrywać kluczową rolę w chorobach dróg oddechowych, krążenia płucnego i zapalnych chorobach płuc, zarówno ostrych, jak i przewlekłych. Niniejszy przegląd skupi się na biologii ET-1 i jej roli w chorobach płuc. |
9785vg6d | Ekspresja genów w komórkach nabłonka w odpowiedzi na zakażenie pneumowirusem | Syncytialny wirus oddechowy (RSV) i wirus zapalenia płuc myszy (PVM) są wirusami z rodziny Paramyxoviridae, podrodziny pneumowirusów, które powodują klinicznie istotne infekcje dróg oddechowych odpowiednio u ludzi i gryzoni. Komórki docelowe nabłonka oddechowego reagują na infekcję wirusową specyficznymi zmianami w ekspresji genów, w tym wytwarzaniu cytokin chemoatraktantowych, cząsteczek adhezyjnych, elementów związanych z odpowiedzią na apoptozę i innych, które pozostają nie do końca poznane. W tym miejscu dokonujemy przeglądu naszej obecnej wiedzy na temat tych odpowiedzi śluzówkowych i omawiamy kilka podejść genomicznych, w tym różnicowej ekspozycji łańcuchowej polimerazy z odwrotną transkrypcją (PCR) i strategie macierzy genów, które pozwolą nam rozwikłać naturę tych odpowiedzi w bardziej kompletny i systematyczny sposób. sposób. |
zjufx4fo | Wymagania sekwencji dla transferu nici RNA podczas nieciągłej syntezy subgenomowego RNA nidowirusa | Subgenomowe mRNA nidowirusa zawierają sekwencję liderową pochodzącą z końca 5' genomu połączoną z różnymi sekwencjami („ciałami”) pochodzącymi z końca 3'. Ich generowanie obejmuje unikalny mechanizm nieciągłej syntezy subgenomowego RNA, który przypomina rekombinację RNA z wyborem kopii. Podczas tego procesu powstająca nić RNA jest przenoszona z jednego miejsca w matrycy do drugiego, podczas syntezy nici dodatniej lub ujemnej, z wytworzeniem subgenomowych cząsteczek RNA. Kluczowe w tym procesie są sekwencje regulujące transkrypcję (TRS), które są obecne w obu miejscach matrycy i zapewniają wierność przenoszenia nici. Tutaj przedstawiamy wyniki kompleksowego badania mutagenezy kowariacyjnej TRS wirusa zapalenia tętnic koni, wykazując, że nieciągła synteza RNA zależy nie tylko od parowania zasad między sensownym liderem TRS a antysensownym TRS ciała, ale także od pierwotnej sekwencji ciała TRS. Podczas gdy lider TRS odgrywa jedynie rolę ukierunkowaną w przenoszeniu nici, ciało TRS spełnia wiele funkcji. Sekwencje połączeń lidera mRNA z ciałem mutantów TRS silnie sugerowały, że etap nieciągły występuje podczas syntezy nici ujemnych. |
5yhe786e | Debata: Przetoczenie do normalnego poziomu hemoglobiny nie poprawi wyników | Ostatnie dowody sugerują, że krytycznie chorzy pacjenci są w stanie tolerować niższy poziom hemoglobiny, niż wcześniej sądzono. Naszym celem jest wykazanie, że przetoczenie do poziomu 100 g/l nie poprawia śmiertelności i innych klinicznie ważnych wyników w warunkach intensywnej opieki. Chociaż pozostaje wiele pytań, wiele badań laboratoryjnych i klinicznych, w tym niedawne randomizowane badanie kontrolowane (RCT), wykazało, że przetoczenie do normalnego stężenia hemoglobiny nie poprawia niewydolności narządowej i śmiertelności u pacjentów w stanie krytycznym. Ponadto restrykcyjna strategia transfuzji zmniejszy narażenie na transfuzje allogeniczne, spowoduje bardziej efektywne wykorzystanie czerwonych krwinek (RBCs), ogólną oszczędność krwi i zmniejszenie kosztów opieki zdrowotnej. |
8zchiykl | 21 Międzynarodowe Sympozjum Intensywnej Terapii i Medycyny Ratunkowej, Bruksela, Belgia, 20-23 marca 2001 r. | XXI Międzynarodowe Sympozjum Intensywnej Terapii i Medycyny Ratunkowej zdominowały wyniki ostatnich badań klinicznych dotyczących sepsy i ostrej niewydolności oddechowej (ARDS). Kolejnymi obszarami zainteresowania były obietnica pozaustrojowej terapii zastępczej wątroby i nieinwazyjnej wentylacji. Zwrócono również uwagę na kwestie etyczne. Ogólnie rzecz biorąc, wykłady na najwyższym poziomie, debaty pro/con, seminaria i tutoriale były na wysokim poziomie. Spotkanie było naznaczone poczuciem odnowionego entuzjazmu, że pozytywny postęp dokonuje się w medycynie intensywnej terapii. |
8qnrcgnk | Oksygenaza hemowa-1 i tlenek węgla w pulmonologii | Oksygenaza hemowa-1 (HO-1), indukowalne białko stresowe, nadaje cytoprotekcję przed stresem oksydacyjnym in vitro i in vivo. Oprócz swojej fizjologicznej roli w degradacji hemu, HO-1 może wpływać na szereg procesów komórkowych, w tym wzrost, stan zapalny i apoptozę. Ze względu na działanie przeciwzapalne, HO-1 ogranicza uszkodzenia tkanek w odpowiedzi na bodźce prozapalne i zapobiega odrzuceniu przeszczepu allogenicznego po przeszczepie. Regulacja w górę transkrypcji HO-1 reaguje na wiele czynników, takich jak hipoksja, lipopolisacharyd bakteryjny i reaktywne formy tlenu/azotu. HO-1 i jego konstytutywnie wyrażany izozym, oksygenaza hemowa-2, katalizują etap ograniczający szybkość konwersji hemu do jego metabolitów, bilirubiny IXα, żelaza żelazawego i tlenku węgla (CO). Mechanizmy, dzięki którym HO-1 zapewnia ochronę, najprawdopodobniej obejmują produkty reakcji enzymatycznej. Co ciekawe, podawanie CO w niskich stężeniach może zastąpić HO-1 w odniesieniu do działania przeciwzapalnego i przeciwapoptotycznego, co sugeruje rolę CO jako kluczowego mediatora funkcji HO-1. Przewlekłe, niskie, egzogenne narażenie na CO z palenia papierosów przyczynia się do znaczenia CO w medycynie pulmonologicznej. Konsekwencje systemu HO-1/CO w chorobach płuc zostaną omówione w tym przeglądzie, z naciskiem na stany zapalne. |
jg13scgo | Opis techniczny RODS: system nadzoru zdrowia publicznego w czasie rzeczywistym | Niniejszy raport opisuje projekt i wdrożenie systemu monitorowania epidemii i chorób w czasie rzeczywistym (RODS), komputerowego systemu nadzoru zdrowia publicznego służącego do wczesnego wykrywania ognisk chorób. Szpitale wysyłają dane RODS ze spotkań klinicznych za pośrednictwem wirtualnych sieci prywatnych i dzierżawionych linii przy użyciu protokołu komunikatów Health Level 7 (HL7). Dane przesyłane są w czasie rzeczywistym. RODS automatycznie klasyfikuje skargę szefa rejestracji z wizyty do jednej z siedmiu kategorii syndromów za pomocą klasyfikatorów bayesowskich. Przechowuje dane w relacyjnej bazie danych, agreguje dane do analizy przy użyciu technik hurtowni danych, stosuje jednowymiarowe i wielowymiarowe algorytmy wykrywania statystycznego danych oraz ostrzega użytkowników, gdy algorytmy identyfikują anomalne wzorce w liczbie syndromów. RODS posiada również internetowy interfejs użytkownika, który obsługuje analizy czasowe i przestrzenne. RODS przetwarza sprzedaż bez recepty produktów ochrony zdrowia w podobny sposób, ale codziennie otrzymuje takie dane w trybie wsadowym. RODS był używany podczas Zimowych Igrzysk Olimpijskich 2002 i obecnie działa w dwóch stanach – Pensylwanii i Utah. Był i nadal jest źródłem do wdrażania, oceny i stosowania nowych metod nadzoru zdrowia publicznego. |
5tkvsudh | Zachowanie regulacji poliamin poprzez translacyjne przesunięcie ramki z drożdży na ssaki | Regulacja dekarboksylazy ornityny u kręgowców obejmuje mechanizm ujemnego sprzężenia zwrotnego wymagający antyzymu białkowego. Tutaj pokazujemy, że podobny mechanizm istnieje w drożdżach rozszczepiających Schizosaccharomyces pombe. Ekspresja genów antyzymów ssaków wymaga specyficznego przesunięcia ramki odczytu +1. Wydajność zdarzenia przesunięcia ramki odzwierciedla poziomy poliamin w komórkach, tworząc autoregulacyjną pętlę sprzężenia zwrotnego. Jak pokazano tutaj, gen antyzymowy drożdży i kilka nowo zidentyfikowanych genów antyzymowych z różnych nicieni również wymaga do ekspresji zdarzenia rybosomalnego przesunięcia ramki odczytu. Dwanaście nukleotydów wokół miejsca przesunięcia ramki jest identycznych między S. pombe i odpowiednikami ssaczymi. Kluczowy element tego przesunięcia ramki prawdopodobnie był obecny u ostatniego wspólnego przodka drożdży, nicieni i ssaków. |
6lvn10f4 | Heterogenna jądrowa rybonukleoproteina A1 reguluje syntezę RNA wirusa cytoplazmatycznego | Heterogenna jądrowa rybonukleoproteina (hnRNP A1) jest zaangażowana w splicing pre-mRNA w jądrze i regulację translacji w cytoplazmie. W niniejszym badaniu wykazujemy, że hnRNP A1 uczestniczy również w transkrypcji i replikacji wirusa cytoplazmatycznego RNA, mysiego wirusa zapalenia wątroby (MHV). Nadekspresja hnRNP A1 przyspieszyła kinetykę syntezy wirusowego RNA, podczas gdy ekspresja w cytoplazmie dominującego negatywnego mutanta hnRNP A1 pozbawionego domeny transportu jądrowego znacznie ją opóźniła. Mutant hnRNP A1 spowodował globalne hamowanie transkrypcji wirusowego mRNA i replikacji genomowej, a także preferencyjne hamowanie replikacji wadliwie zakłócających RNA. Podobnie do dzikiego typu hnRNP A1, mutant hnRNP A1 skompleksowany z produktem genu polimerazy MHV, białkiem nukleokapsydu i wirusowym RNA. Jednakże, w przeciwieństwie do hnRNP A1 typu dzikiego, zmutowane białko nie związało się z białkiem komórkowym o masie 250 kDa, co sugeruje, że rekrutacja białek komórkowych przez hnRNP A1 jest ważna dla syntezy MHV RNA. Nasze odkrycia ustalają znaczenie czynników komórkowych w syntezie wirusowego RNA zależnej od RNA. |
tvxpckxo | Metoda identyfikacji białek oddziałujących z domeną UBA p62 | Domena UBA jest konserwatywnym motywem sekwencji wśród białek wiążących poliubikwitynę. Po raz pierwszy prezentujemy systematyczne, wysokoprzepustowe podejście do identyfikacji białek oddziałujących z domenami UBA z perspektywy całego proteomu. Stosując system klonowania ekspresyjnego lizatu retikulocytów królika in vitro, udało nam się zidentyfikować jedenaście białek, które oddziałują z domeną UBA p62, a większość z jedenastu białek jest powiązana z zaburzeniami neurodegeneracyjnymi, takimi jak choroba Alzheimera. Dlatego p62 może odgrywać nową rolę regulacyjną poprzez swoją domenę UBA. Nasze podejście zapewnia łatwą drogę do scharakteryzowania białek oddziałujących z domeną UBA, a jego zastosowanie ujawni ważne role, jakie odgrywa domena UBA. |
mcuixluu | Zakażenie wirusem krowianki zaburza organizację mikrotubul i funkcję centrosomów | Zbadaliśmy rolę cytoszkieletu mikrotubul podczas infekcji wirusem krowianki. Odkryliśmy, że nowo powstałe cząsteczki wirusa gromadzą się w pobliżu centrum organizującego mikrotubule w sposób zależny od mikrotubul i kompleksu dyneina-dynaktyna. Mikrotubule są wymagane do skutecznego tworzenia dojrzałego wirusa wewnątrzkomórkowego (IMV) i są niezbędne do tworzenia wirusa otoczki wewnątrzkomórkowej (IEV). W miarę postępu infekcji cytoszkielet mikrotubul ulega dramatycznej reorganizacji w sposób przypominający nadekspresję białek związanych z mikrotubulami (MAP). Zgodnie z tym donosimy, że białka A10L i L4R krowianki mają właściwości podobne do MAP i pośredniczą w bezpośrednim wiązaniu rdzeni wirusa z mikrotubulami in vitro. Ponadto infekcja krowianką powoduje również poważną redukcję białek w centrosomie i utratę wydajności zarodkowania mikrotubul centrosomalnych. Stanowi to pierwszy przykład indukowanego wirusem zakłócenia funkcji centrosomów. Dalsze badania nad krowianką dostarczą wglądu w rolę mikrotubul w patogenezie wirusów i regulacji funkcji centrosomów. |
6iu1dtyl | Miejsce pochodzenia pandemii grypy z 1918 r. i jej konsekwencje dla zdrowia publicznego | |
t35n7bk9 | Wieloaspektowa, wszechstronna mikromacierz: jednoczesne wykrywanie wielu wirusów i ich profili ekspresji | Istnieją setki wirusów, które infekują różne narządy ludzkie i powodują choroby. Niektóre śmiertelne pojawiające się infekcje wirusowe stały się poważnymi problemami zdrowia publicznego na całym świecie. Dlatego wczesna diagnoza i późniejsze leczenie są niezbędne do zwalczania infekcji wirusowych. Obecne techniki diagnostyczne często wykorzystują metody oparte na reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR), aby szybko wykryć patogenne wirusy i ustalić etiologię choroby lub schorzenia. Jednak szybka metoda PCR ma wiele wad, takich jak wysoki odsetek wyników fałszywie dodatnich i możliwość wykrycia tylko jednego lub kilku docelowych genów na raz. Technologia mikromacierzy rozwiązuje problemy ograniczeń PCR i może być skutecznie stosowana we wszystkich dziedzinach medycyny molekularnej. Niedawno raport w Retrovirology opisał wielowirusową macierz DNA, która zawiera ponad 250 otwartych ramek odczytu z ośmiu ludzkich wirusów, w tym ludzkiego wirusa niedoboru odporności typu 1. Ta macierz może być używana do wykrywania wielu wirusowych koinfekcji w komórkach i in vivo. Inną zaletą tego rodzaju macierzy wielowirusowej jest badanie aktywności promotora i ekspresji genów wirusowych oraz korelowanie takich odczytów z postępem choroby i reaktywacją utajonych infekcji. Zatem rozwój wirusowego chipa DNA opisany w Retrovirology jest ważnym postępem w zastosowaniach diagnostycznych, które może być silnym narzędziem klinicznym do charakteryzowania koinfekcji wirusowych w AIDS, jak również u innych pacjentów. |
eiqypt0m | Wirus opryszczki pospolitej typu 1 i prawidłowa przepuszczalność białek w płucach pacjentów w stanie krytycznym: argument za niską zjadliwością? | WPROWADZENIE: Patogeniczność późnych infekcji dróg oddechowych wirusem opryszczki pospolitej typu 1 (HSV-1) u osób w stanie krytycznym jest niejasna. METODY: U czterech pacjentów w stanie krytycznym z utrzymującymi się naciekami w płucach nieznanego pochodzenia i izolacji HSV-1 z aspiratu tchawiczego lub płynu z płukania oskrzelowo-pęcherzykowego, 7 (1–11) dni po rozpoczęciu mechanicznego wspomagania wentylacji, wskaźnik przeciekania płuc (PLI) dla (67) galu ((67)Ga)-transferyna (górna granica normy 14,1 × 10(-3)/min). WYNIKI: PLI wahał się od 7,5 do 14,0 × 10(-3)/min u badanych pacjentów. Dwóch pacjentów otrzymało kurs acyklowiru i wszyscy przeżyli. WNIOSKI: Prawidłowa przepuszczalność naczyń włosowatych obserwowana w płucach przemawia przeciwko patogeniczności HSV-1 u osób krytycznie chorych i przemawia za tym, że izolacja wirusa odzwierciedla reaktywację w przebiegu ciężkiej choroby i immunodepresji, a nie pierwotną lub nałożoną infekcję płuc. |
sgmk96vr | Logistyka kontroli lokalnej ospy poprzez śledzenie kontaktów i szczepienia pierścieniowe: model sieci stochastycznej | TŁO: Poprzednie modele szczepień pierścieniowych przeciwko ospie oparte na śledzeniu kontaktów w sieci sugerują, że szczepienie pierścieniowe byłoby skuteczne, ale nie obejmowały wyraźnie logistyki odpowiedzi i ograniczonej liczby osób zaszczepiających. METODY: Opracowaliśmy ciągłą symulację stochastyczną przenoszenia ospy, w tym strukturę sieci, szczepienie po ekspozycji, szczepienie osób z kontaktu, ograniczoną zdolność odpowiedzi, niejednorodność objawów i zakaźność, szczepienie przed przerwaniem szczepienia rutynowego, szybsze diagnoza na podstawie świadomości społecznej, obserwacja kontaktów bezobjawowych i izolacja przypadków. WYNIKI: Odkryliśmy, że nawet w przypadku bardzo szybkiego rozprzestrzeniania się ospy szczepienia pierścieniowe (w połączeniu z nadzorem) są wystarczające w większości przypadków do szybkiego wyeliminowania ospy, zakładając, że wykrywa się 95% kontaktów w gospodarstwie domowym, 80% kontaktów w miejscu pracy lub kontaktów towarzyskich jest śledzone i nie są śledzone przypadkowe kontakty, a w większości przypadków wystarcza możliwość śledzenia 1–5 osób dziennie na przypadek indeksowy. Jeśli zakłada się, że ospa przenosi się bardzo szybko na osoby, z którymi mają kontakt, czasami może wydostać się z osłony przez szczepienia pierścieniowe, ale w takich okolicznościach można ją opanować przez masowe szczepienie. WNIOSKI: Małe przypadki wprowadzenia ospy można łatwo powstrzymać za pomocą szczepienia pierścieniowego, pod warunkiem, że możliwe jest śledzenie kontaktów. Niepewność co do natury ospy bioterrorystycznej (zakaźność, skuteczność szczepionki) wspierają dalsze planowanie szczepień pierścieniowych, a także masowych. W przypadku rozpoczęcia, szczepienia pierścieniowe powinny być prowadzone bez opóźnień w szczepieniu, powinny obejmować kontakty z osobami kontaktowymi (jeśli są wystarczające możliwości) i powinno im towarzyszyć zwiększona świadomość społeczna i nadzór. |
di0fcy0j | Ochrona komórek nabłonka płuc przed stresem oksydacyjnym przez glikozylazę adeninową hMYH | Wstęp: Toksyczność tlenu jest główną przyczyną uszkodzenia płuc. Ścieżka naprawy przez wycięcie podstawy jest jednym z najważniejszych mechanizmów ochrony komórkowej, który reaguje na uszkodzenia oksydacyjne DNA. Specyficzne dla zmian enzymy naprawcze DNA obejmują hOgg1, hMYH, hNTH i hMTH. METODY: Powyższe enzymy naprawcze DNA specyficzne dla zmian wyrażono w ludzkich komórkach nabłonka pęcherzyków płucnych (A549) przy użyciu wektora retrowirusowego pSF91.1. Komórki poddano działaniu 95% tlenu, promieniowania jonizującego (IR) lub H(2)O(2). Analizę wzrostu komórek przeprowadzono w warunkach nietoksycznych. Przeprowadzono analizę Western blot, aby zweryfikować nadekspresję i ocenić endogenną ekspresję w warunkach toksycznych i nietoksycznych. Analizę statystyczną przeprowadzono przy użyciu sparowanego testu t-Studenta, przy czym istotność przyjęto dla p < 0,05. WYNIKI: Testy zabijania komórek wykazały, że komórki z nadekspresją hMYH poprawiły przeżywalność zarówno w przypadku zwiększonego tlenu, jak i IR. Analiza wzrostu komórek A549 w warunkach nietoksycznych wykazała, że komórki z nadekspresją hMYH również rosną w wolniejszym tempie. Analiza Western blot wykazała nadekspresję każdego pojedynczego genu i nie skutkowała zmienioną endogenną ekspresją pozostałych. Zaobserwowano jednak, że toksyczność O(2) prowadziła do zmniejszonej endogennej ekspresji hNTH w komórkach A549. WNIOSEK: Zwiększona ekspresja enzymu naprawczego glikozylazy DNA hMYH w komórkach A549 wystawionych na działanie O(2) i IR prowadzi do poprawy przeżywalności komórek. Naprawa DNA poprzez ścieżkę naprawy przez wycinanie zasady może stanowić alternatywny sposób zrównoważenia szkodliwego działania O(2) i jego metabolitów. |
4k8f7ou1 | Bioinformatyczne mapowanie domen homologii AlkB w wirusach | TŁO: Białka podobne do AlkB są członkami nadrodziny oksygenaz zależnej od 2-oksoglutaranu i Fe(II). W Escherichia coli białko chroni RNA i DNA przed uszkodzeniem przez czynniki metylujące. 1-metyloadenina i 3-metylocytozyna są naprawiane przez oksydacyjną demetylację i bezpośrednie odwrócenie metylowanej zasady z powrotem do jej niemetylowanej postaci. Geny homologów AlkB są w naturze szeroko rozpowszechnione, a eukarionty często mają kilka genów kodujących białka podobne do AlkB. Podobne domeny zaobserwowano również w niektórych wirusach roślinnych. Funkcja domeny wirusowej jest nieznana, ale sugerowano, że może ona brać udział w ochronie wirusa przed systemem potranskrypcyjnego wyciszania genów (PTGS) występującym w roślinach. Chcieliśmy wykonać mapowanie filogenomiczne wirusowych domen podobnych do AlkB jako podstawę do analizy funkcjonalnych aspektów tych domen, ponieważ może to mieć pewne znaczenie dla zrozumienia możliwych alternatywnych ról homologów AlkB, np. u eukariontów. WYNIKI: Przeszukiwanie bibliotek sekwencji białkowych oparte na profilach wykazało, że domeny podobne do AlkB znajdują się w co najmniej 22 różnych jednoniciowych wirusach roślinnych o dodatniej nici RNA, ale głównie w podgrupie rodziny Flexiviridae. Analiza sekwencji wykazała, że domeny AlkB są prawdopodobnie konserwatywne funkcjonalnie i najprawdopodobniej zostały stosunkowo niedawno zintegrowane z kilkoma genomami wirusowymi w geograficznie odległych lokalizacjach. Ten wzór wydaje się być bardziej spójny ze zwiększoną presją środowiskową, m.in. z pestycydów metylujących, niż w wyniku interakcji z systemem PTGS. WNIOSKI: Domena AlkB występująca w genomach wirusowych jest najprawdopodobniej konwencjonalną domeną naprawy DNA/RNA, która chroni genom wirusowego RNA przed metylującymi związkami ze środowiska. |
wnnsmx60 | Zarządzanie pojawiającymi się chorobami zakaźnymi: Czy system federalny jest przeszkodą w skutecznym prawie? | W latach 80-tych i 90-tych HIV/AIDS był rozwijającą się chorobą zakaźną. W latach 2003–2004 byliśmy świadkami pojawienia się SARS, ptasiej grypy i wąglika w postaci stworzonej przez człowieka do bioterroryzmu. Ustawodawstwo dotyczące uprawnień nadzwyczajnych w Australii jest zlepkiem przepisów dotyczących kwarantanny Wspólnoty Narodów oraz uprawnień awaryjnych opartych na stanach i terytoriach w ustawodawstwie dotyczącym zdrowia publicznego. Nadszedł czas na przegląd takiego ustawodawstwa i czas na rozważenie skuteczności takiego ustawodawstwa z perspektywy ogólnokrajowej w czasach, gdy musimy rozważyć możliwość masowych wybuchów chorób zakaźnych, które ignorują granice jurysdykcji. |
gdsfkw1b | Wydzielanie białka u Lactococcus lactis: skuteczny sposób na zwiększenie ogólnej produkcji białka heterologicznego | Lactococcus lactis, modelowa bakteria kwasu mlekowego (LAB), jest bakterią Gram-dodatnią o dobrej jakości spożywczej i dobrze scharakteryzowanej. Jest dobrym kandydatem do dostarczania białka heterologicznego w żywności lub w przewodzie pokarmowym. L. lactis może być również stosowany jako producent białka w fermentorze. Wiele białek heterologicznych zostało już wyprodukowanych w L. lactis, ale tylko kilka doniesień pozwala na porównanie wydajności produkcji dla danego białka wytwarzanego wewnątrzkomórkowo lub wydzielanego w pożywce. Tutaj dokonujemy przeglądu kilku prac oceniających wpływ lokalizacji na wydajność produkcji kilku białek heterologicznych wytwarzanych w L. lactis. Zagadnienia dotyczące granic wielkości, konformacji i proteolizy są poruszane i omawiane w odniesieniu do wydajności białka. Dane te pokazują, że i) wydzielanie jest korzystniejsze niż wytwarzanie cytoplazmatyczne; ii) zwiększenie wydzielania (przez optymalizację peptydu sygnałowego i propeptydu) skutkuje zwiększoną wydajnością produkcji; iii) raczej konformacja białka niż wielkość białka może zaburzać sekrecję, a tym samym zmieniać wydajność produkcji; i iv) fuzja stabilnego białka może stabilizować białka nietrwałe. Omówiono rolę wewnątrzkomórkowej proteolizy na heterologicznych białkach cytoplazmatycznych i prekursorach. Obecnie nowymi wyzwaniami są rozwój systemów klasy spożywczej oraz identyfikacja i optymalizacja czynników gospodarza wpływających na produkcję białek heterologicznych nie tylko w L. lactis, ale także w innych gatunkach LAB. |
yba7mdtb | Wykrywanie i charakterystyka transferów poziomych u prokariontów za pomocą sygnatury genomowej | Poziomy transfer DNA jest ważnym czynnikiem ewolucji i uczestniczy w różnorodności biologicznej. Niestety lokalizacja i długość transferów poziomych (HT) są znane tylko nielicznym gatunkom. Wykazano, że użycie krótkich oligonukleotydów w sekwencji (tzw. sygnatura genomowa) jest specyficzne gatunkowo nawet we fragmentach DNA tak krótkich, jak 1 kb. Dlatego proponuje się sygnaturę genomową jako narzędzie do wykrywania HT. Ponieważ transfery DNA pochodzą od gatunków o sygnaturze innej niż sygnatura gatunku biorcy, analiza lokalnych zmian sygnatury wzdłuż genomu biorcy może pozwolić na wykrycie egzogennego DNA. Strategia polega na (i) skanowaniu genomu za pomocą przesuwanego okna i obliczeniu odpowiedniej sygnatury lokalnej (ii) ocenie jej odchylenia od sygnatury całego genomu oraz (iii) szukaniu podobnych sygnatur w bazie danych sygnatur genomowych. W ten sposób analizuje się łącznie 22 genomy prokariontów. Zaobserwowano, że regiony atypowe stanowią średnio około 6% każdego genomu. Wykryto większość zgłoszonych HT, a także nowe. Pochodzenie domniemanych transferów DNA jest poszukiwane wśród około 12 000 gatunków. Gatunki dawców są proponowane, a czasem zdecydowanie sugerowane, biorąc pod uwagę podobieństwo sygnatur. Wśród badanych gatunków Bacillus subtilis, Haemophilus Influenzae i Escherichia coli są badane przez wielu autorów i dają możliwość dokładnego porównania większości metod bioinformatycznych stosowanych do wykrywania HT. |
bbvxu8op | Porównanie sond substytucyjnych, insercyjnych i delecyjnych do resekwencjonowania i analizy mutacji przy użyciu mikromacierzy oligonukleotydowych | Chociaż sondy oligonukleotydowe komplementarne do podstawień pojedynczych nukleotydów są powszechnie stosowane w badaniach przesiewowych zmienności genetycznej opartych na mikromacierzach, niewiele wiadomo na temat właściwości hybrydyzacyjnych sond komplementarnych do małych insercji i delecji. Konieczne jest zdefiniowanie właściwości hybrydyzacyjnych tych ostatnich sond w celu poprawy specyficzności i czułości analizy mutacyjnej genów związanych z chorobą na podstawie mikromacierzy oligonukleotydowych. Tutaj porównujemy i przeciwstawiamy właściwości hybrydyzacyjne mikromacierzy oligonukleotydowych składających się z 25-merowych sond komplementarnych do wszystkich możliwych substytucji i insercji pojedynczych nukleotydów oraz delecji jednej i dwóch zasad w regionie kodującym 9168 bp genu ATM (zmutowana ataksja teleangiektazja). Do tych mikromacierzy zastosowano ponad 68 różnych znakowanych barwnikiem jednoniciowych celów kwasu nukleinowego reprezentujących wszystkie egzony kodujące ATM. Oceniamy specyficzność hybrydyzacji porównując względne sygnały hybrydyzacji z sond doskonale dopasowanych do sekwencji ATM z tymi, które zawierają niedopasowania. Sondy komplementarne do podstawień dwóch zasad wykazywały najwyższą średnią specyficzność, a następnie sondy komplementarne do podstawień pojedynczych zasad, delecji pojedynczej zasady i insercji pojedynczej zasady. We wszystkich przypadkach na specyficzność hybrydyzacji silnie wpływał kontekst sekwencji i możliwa wewnątrz- i międzycząsteczkowa sonda i/lub struktura docelowa. Co więcej, sondy oparte na podstawieniu pojedynczych nukleotydów wykazywały najbardziej spójne dane o specyficzności hybrydyzacji, po których następowały delecje pojedynczych zasad, delecje dwóch zasad i insercje pojedynczego nukleotydu. Ogólnie rzecz biorąc, badania te dostarczają cennych danych empirycznych, które można wykorzystać do dokładniejszego modelowania właściwości hybrydyzacyjnych sond insercyjnych i delecyjnych oraz udoskonalenia projektowania i interpretacji resekwencjonowania opartego na mikromacierzach oligonukleotydowych i analizy mutacyjnej. |
e62cfqt7 | Gen kodujący 9-O-acetyloesterazę specyficzną dla kwasu sialowego, występujący w jądrach dorosłych ludzi | Stosując RT-PCR z różnicową ekspozycją, zidentyfikowaliśmy gen o długości 2750 pz z jąder człowieka dorosłego, nazwany H-Lse, który kodował przypuszczalne białko o 523 aminokwasach i masie cząsteczkowej 58 kd o cechach strukturalnych podobnych do mysiego lizosomu sial- specyficzna dla kwasów 9-O-acetyloesteraza. Analiza Northern blot wykazała rozległą dystrybucję H-Lse w różnych tkankach ludzkich z wysoką ekspresją w jądrach, prostacie i okrężnicy. Wyniki hybrydyzacji in situ wykazały, że chociaż nie wykryto H-Lse w jądrach embrionalnych, pozytywne sygnały stwierdzono w spermatocytach, ale nie stwierdzono spermatogonii w jądrach dorosłych ludzi. Subkomórkową lokalizację H-Lse uwidoczniono za pomocą zielonego białka fluorescencyjnego (GFP) połączonego z końcem aminowym H-Lse, pokazując kompartmentalizację H-Lse w dużych pęcherzykach o gęstym rdzeniu, prawdopodobnie lizosomach, w cytoplazmie. Regulowana rozwojowo i specyficzna dla stadium spermatogennego ekspresja H-Lse sugeruje jej możliwy udział w rozwoju jąder i/lub różnicowaniu komórek rozrodczych. |
4cvy9u28 | Rola komórek tucznych w patogenezie bólu w przewlekłym zapaleniu trzustki | Wstęp: Biologiczne podłoże bólu w przewlekłym zapaleniu trzustki jest słabo poznane. Komórki tuczne są zaangażowane w patogenezę bólu w innych stanach. Postawiliśmy hipotezę, że komórki tuczne odgrywają rolę w bólu przewlekłego zapalenia trzustki. Zbadaliśmy związek bólu z komórkami tucznymi w próbkach z autopsji pacjentów z bolesnym przewlekłym zapaleniem trzustki. Zbadaliśmy naszą hipotezę dalej, używając eksperymentalnego modelu przewlekłego zapalenia trzustki wywołanego kwasem trinitrobenzenosulfonowym (TNBS) zarówno u myszy typu dzikiego (WT), jak i myszy z niedoborem komórek tucznych (MCDM). METODY: Zidentyfikowano archiwalne tkanki z rozpoznaniem histologicznym przewlekłego zapalenia trzustki i przejrzano dokumentację kliniczną pod kątem obecności lub braku zgłaszanego bólu u ludzi. Liczono komórki tuczne. Obecność bólu oceniano stosując von Frey Filaments (VFF) w celu pomiaru odpowiedzi brzusznej na wycofanie się zarówno u myszy WT, jak i MCDM z przewlekłym zapaleniem trzustki i bez niego. WYNIKI: Ludzie z bolesnym przewlekłym zapaleniem trzustki wykazali 3,5-krotny wzrost liczby komórek tucznych trzustki w porównaniu z osobami z bezbolesnym przewlekłym zapaleniem trzustki. Myszy WT z przewlekłym zapaleniem trzustki były znacznie bardziej wrażliwe, co oceniono w badaniu bólu brzucha VFF w porównaniu z MCDM. WNIOSEK: Ludzie z bolesnym przewlekłym zapaleniem trzustki mają zwiększoną liczbę komórek tucznych trzustki w porównaniu z osobami z bezbolesnym przewlekłym zapaleniem trzustki. MCDM są mniej wrażliwe na mechaniczną stymulację brzucha po wywołaniu przewlekłego zapalenia trzustki w porównaniu z WT. Komórki tuczne mogą odgrywać ważną rolę w patogenezie bólu w przewlekłym zapaleniu trzustki. |
zowp10ts | Rekombinacja każdego dnia: obfita rekombinacja wirusa podczas pojedynczej infekcji wielokomórkowej gospodarza | Rekombinacja wirusowa może dramatycznie wpłynąć na ewolucję i epidemiologię. W przypadku wirusów szybkość rekombinacji zależy od częstotliwości wymiany genetycznej między różnymi genomami wirusowymi w obrębie zakażonej komórki gospodarza oraz od częstotliwości występowania takich koinfekcji. Chociaż szybkość rekombinacji została ostatnio oceniona w eksperymentalnie zakażonych kulturach komórkowych dla kilku wirusów, nadal brakuje bezpośredniej oceny ilościowej na najbardziej istotnym biologicznie poziomie, czyli infekcji gospodarza. To badanie wypełnia tę lukę, wykorzystując jako model wirusa mozaiki kalafiora. Rozmieściliśmy cztery neutralne markery wzdłuż genomu wirusa i wspólnie zaszczepiliśmy rośliny żywicielskie wirusami zawierającymi markery i wirusami typu dzikiego. Częstość zrekombinowanych genomów oceniano 21 dni po inokulacji. Średnio ponad 50% genomów wirusowych odzyskanych po infekcji pojedynczego gospodarza było rekombinantami, co wyraźnie wskazuje, że rekombinacja jest bardzo częsta w tym wirusie. Szacunki szybkości rekombinacji pokazują, że wszystkie regiony genomu są w równym stopniu dotknięte tym procesem. Zakładając, że podczas naszego eksperymentu wystąpiło dziesięć cykli replikacji wirusa — w oparciu o dane dotyczące czasu wykrycia białka płaszcza — współczynnik rekombinacji w przeliczeniu na zasadę i cykl replikacji był rzędu 2 × 10 (-5) do 4 × 10 (-5) . To pierwsze określenie szybkości rekombinacji wirusa podczas pojedynczej infekcji gospodarza wielokomórkowego wskazuje, że rekombinacja jest bardzo częsta w codziennym życiu tego wirusa. |
5dk231qs | Unieruchamianie skrętne: nowe podejście do pseudowęzłów przesuwających ramę | Pseudowęzły mRNA pełnią funkcję stymulacyjną w zaprogramowanym -1 rybosomalnym przesunięciu ramki (-1 PRF). Chociaż wcześniej przedstawiliśmy model tego, w jaki sposób pseudowęzły mRNA mogą aktywować mechanizm -1 PRF, nie odniesiono się do kwestii roli, jaką mogą odgrywać w pozycjonowaniu mRNA względem rybosomu w tym procesie [E. P. Plant, KLM Jacobs, JW Harger, A. Meskauskas, JL Jacobs, JL Baxter, A.N. Petrov i J.D. Dinman (2003) RNA, 9, 168–174]. Oddzielny model „ograniczenia skrętnego” sugeruje, że pseudowęzły mRNA działają w celu zwiększenia frakcji rybosomów skierowanych na pauzę z heptamerycznym, śliskim miejscem w górę rzeki umieszczonym w miejscach dekodowania rybosomów A i P [J. D. Dinman (1995) Drożdże, 11, 1115–1127]. W tym przypadku do przetestowania tego modelu wykorzystano eksperymenty z użyciem serii „pseudo-pseudoknotów” o różnych stopniach swobody obrotowej. Wyniki tego badania potwierdzają mechanistyczną hipotezę, że -1 rybosomalne przesunięcie ramki jest wzmocnione przez odporność na skręcanie pseudowęzła mRNA. |
snqdma0s | Poprawianie błędów w syntetycznym DNA poprzez tasowanie konsensusu | Chociaż istnieją skuteczne metody łączenia syntetycznych oligonukleotydów w geny i genomy, są one obarczone obecnością 1–3 losowych błędów/kb DNA. W tym miejscu przedstawiamy nową metodę zwaną tasowaniem konsensusu i pokazujemy jej zastosowanie do znacznego zmniejszenia błędów losowych w syntetycznym DNA. W tej metodzie błędy są ujawniane jako niedopasowania poprzez ponowną hybrydyzację populacji. DNA jest fragmentowane, a niedopasowane fragmenty są usuwane po związaniu z unieruchomionym białkiem wiążącym niedopasowanie (MutS). Składanie pozostałych fragmentów metodą PCR daje nową populację sekwencji pełnej długości wzbogaconych o sekwencję konsensusową populacji wejściowej. Pokazujemy, że dwie iteracje konsensusowego tasowania poprawiły populację klonów syntetycznego zielonego białka fluorescencyjnego (GFPuv) z ~60 do >90% fluorescencyjnych i zmniejszyły błędy 3,5 do 4,3 razy do końcowych wartości błędu ~1 na 3500 pz. Ponadto dwie iteracje tasowania konsensusu skorygowały populację klonów GFPuv, w której wszyscy członkowie byli niefunkcjonalni, do populacji, w której 82% klonów było fluorescencyjnych. Tasowanie konsensusowe powinno ułatwić szybką i dokładną syntezę długich sekwencji DNA. |
1pq6dkl5 | W kierunku standaryzacji oceny jakości RNA przy użyciu niezależnych od użytkownika klasyfikatorów śladów elektroforezy mikrokapilarnej | Chociaż powszechnie przyjmuje się, że nienaruszony RNA stanowi najlepszą reprezentację stanu stacjonarnego transkrypcji, nie ma złotego standardu określania jakości RNA przed analizą ekspresji genów. W tym raporcie oceniliśmy wiarygodność konwencjonalnych metod oceny jakości RNA, w tym spektroskopii UV i proporcji powierzchni 28S:18S, i wykazaliśmy ich niespójność. Następnie wykorzystaliśmy dwa nowe, swobodnie dostępne klasyfikatory, systemy Degradometer i RIN, aby stworzyć niezależne od użytkownika metryki jakości RNA, oparte na analizie śladów elektroforezy mikrokapilarnej. Oba dostarczyły wysoce pouczających i wartościowych danych, a wyniki okazały się wysoce skorelowane, podczas gdy system RIN dał bardziej wiarygodne dane. Istotność metryk jakości RNA dla oceny różnic w ekspresji genów została przetestowana za pomocą Q-PCR, ujawniając znaczny spadek względnej ekspresji genów w próbkach RNA o różnej jakości, podczas gdy próbki o podobnej, a nawet słabej integralności okazały się wysoce porównywalne. Omawiamy konsekwencje tych obserwacji, aby zminimalizować artefaktyczne wykrywanie fałszywie dodatniej i ujemnej ekspresji różnicowej z powodu różnic w integralności RNA i proponujemy schemat opracowania standardowej procedury operacyjnej z opcjonalną rejestracją metryk integralności RNA w publicznych repozytoriach ekspresji genów dane. |
754nln40 | Czynniki wpływające na translację w zaprogramowanym -1 rybosomalnym miejscu przesunięcia ramki RNA wirusa pstrości kupkówki in vivo | Stosunek między białkami P27 i repliką wirusa pstrągi kupkówki (CfMV) jest regulowany przez -1 zaprogramowane przesunięcie ramki rybosomalnej (-1 PRF). Minimalny sygnał przesunięcia ramki z śliskim heptamerem U UUA AAC i dolną strukturą łodyga-pętla wprowadzono do wektora z dwoma reporterami i skierowano -1 PRF z wydajnością 14,4 ± 1,9% u drożdży i 2,4 ± 0,7% u bakterii. Sekwencja CfMV kodująca P27 flankująca minimalny sygnał przesunięcia ramki odczytu spowodowała około 2-krotny wzrost wydajności -1 PRF zarówno u drożdży, jak i u bakterii. Oprócz oczekiwanych białek fuzyjnych, w komórkach drożdży znaleziono produkty terminacji kończące się przypuszczalnie w miejscu przesunięcia ramki odczytu. Proponujemy, że ilość przedwczesnej terminacji translacji z kontrolnych mRNA odegrała rolę w określeniu obliczonej wydajności -1PRF. Koekspresja CfMV P27 z wektorem podwójnego reportera zawierającego minimalny sygnał przesunięcia ramki zmniejszyła wytwarzanie reportera w dół, podczas gdy koekspresja replikazy nie miała wyraźnego wpływu. To odkrycie pozwala nam zasugerować, że białko CfMV P27 może wpływać na translację w miejscu przesunięcia ramki, ale mechanizm musi zostać wyjaśniony. |
p34ezktf | Australijska polityka zdrowia publicznego w latach 2003 – 2004 | W Australii, w porównaniu z innymi krajami rozwiniętymi, liczne i zróżnicowane programy obejmujące zdrowie publiczne były nadal słabo i niesystematycznie finansowane, szczególnie biorąc pod uwagę ilość wyrażanego publicznie wsparcia politycznego. W 2003 r. główne zmiany w polityce zdrowia publicznego w zakresie kontroli chorób zakaźnych dotyczyły SARS i finansowania szczepionek, podczas gdy TGA koncentrowało się na kryzysie panfarmaceutycznym. Zatwierdzono programy ukierunkowane na utrzymanie zdrowia i zdrowe starzenie się. Sektor szkolnictwa wyższego był zaangażowany w rozwój programów szkolenia pracowników służby zdrowia oraz nowych kwalifikacji i kompetencji zawodowych. Raport Abelsona otrzymał wsparcie ekspertów zagranicznych, zapewniając potencjalną platformę dla wezwań do poprawy krajowego finansowania przyszłych australijskich programów prewencyjnych; jednak we wszystkich jurysdykcjach utrzymywały się niespójności w ich podejściu do realizacji krajowych priorytetów zdrowotnych. Pomimo tego, że rok 2004 był rokiem wyborczym, polityka zdrowia publicznego nie była widoczna, a większość środków na zdrowie publiczne dostępnych w budżecie federalnym 2004/05 została przeznaczona na zarządzanie takimi pojawiającymi się zagrożeniami, jak ptasia grypa. Na zakończenie proponujemy kilka implikacji na przyszłość. |
l3z27806 | GIDEON: obszerne internetowe źródło informacji o medycynie geograficznej | GIDEON (Global Infectious Diseases and Epidemiology Network) to internetowy program komputerowy przeznaczony do wspomagania decyzji i informatyki w dziedzinie medycyny geograficznej. Pierwszy z czterech interaktywnych modułów generuje rankingową diagnostykę różnicową opartą na oznakach i objawach pacjenta, historii narażenia i kraju nabycia choroby. Dodatkowe opcje obejmują nadzór nad chorobami syndromowymi i symulację scenariuszy bioterroryzmu. Drugi moduł umożliwia dostęp do szczegółowych i aktualnych informacji o stanie 338 poszczególnych chorób w każdym z 220 krajów. Ponad 50 000 obrazów chorób, map i wykresów zaprojektowanych przez użytkowników można pobrać do wykorzystania w nauczaniu i przygotowywaniu materiałów pisemnych. Trzeci moduł to obszerne źródło informacji na temat stosowania 328 leków przeciwinfekcyjnych i szczepionek, w tym lista ponad 9500 międzynarodowych nazw handlowych. Czwarty moduł można wykorzystać do scharakteryzowania lub identyfikacji dowolnej bakterii lub drożdży w oparciu o fenotyp laboratoryjny. GIDEON to aktualne i kompleksowe źródło informacji dla medycyny geograficznej. |
yz2wbpuu | Globalizacja i zdrowie | Ten debiutancki artykuł wstępny Globalization and Health przedstawia czasopismo, krótko nakreślając jego cele i zadania oraz nakreślając zakres tematyczny. Oczekuje się, że publikowanie „otwartego dostępu” stanie się coraz ważniejszym formatem recenzowanych czasopism akademickich i że „Globalizacja i zdrowie” to „otwarty dostęp” jest właściwe. Uzasadnienie założenia czasopisma poświęconego globalizacji i zdrowiu jest trojakie: Po pierwsze: globalizacja to przekształcenie geografii społecznej, w ramach której możemy dążyć do tworzenia zdrowia lub zapobiegania chorobom. Czynniki warunkujące zdrowie – czy to wirus SARS, czy upodobanie do tłustych potraw – dołączyły do nas w naszej globalnej mobilności. Napędzane przez liberalizację gospodarczą i zmieniające się technologie zjawisko „dostępu” prawdopodobnie w coraz większym stopniu zdominuje rozwijające się ludzkie choroby i dobrostan. Po drugie: Zrozumienie globalizacji jako przedmiotu samej w sobie wymaga pewnych wzorców i barometrów jej sukcesów i porażek. Jednym z takich barometrów jest zdrowie. Jest wskaźnikiem infrastruktury społecznej i opieki społecznej i jako taki może być używany do wszczynania alarmu lub wiwatowania o zwycięstwo, gdy nasze wzajemne powiązania ranią i leczą populacje, którym służymy. I na koniec: o ile globalizacja może mieć wpływ na zdrowie, prawdą jest również, że zdrowie i choroby mają wpływ na globalizację, czego przykładem jest istnienie przepisów dotyczących kwarantanny i niszczycielskie skutki ekonomiczne pandemii AIDS. Wyważony pogląd sugeruje, że skutki globalizacji dla zdrowia (i systemów opieki zdrowotnej) nie są ani ogólnie dobre, ani złe, ale raczej zależne od kontekstu. Jeśli dialog dotyczący globalizacji ma być ukierunkowany lub stronniczy w jakimkolwiek kierunku, to musi to być takie: najpierw bierzemy pod uwagę biednych. |
kvhoa2se | Kodon „polisemiczny” – kodon z wielokrotnym przypisaniem aminokwasów spowodowanym podwójną specyficznością identyczności tRNA. | U niektórych gatunków Candida uniwersalny kodon leucyny CUG jest tłumaczony jako seryna. Jednak w większości przypadków serynowe tRNA odpowiedzialne za to nieuniwersalne dekodowanie (tRNA(Ser)CAG) akceptują in vitro nie tylko serynę, ale także, w pewnym stopniu, leucynę. Eksperymenty z zastępowaniem nukleotydów wykazały, że m1G37 ma kluczowe znaczenie dla aktywności leucylacji. To odkrycie zostało poparte faktem, że tRNA(Ser)CAG posiadające aktywność leucylacyjną zawsze mają m1G37, podczas gdy Candida cylindracea, który nie posiada aktywności leucylacyjnej, ma A37. Ocena ilościowa zdefiniowanych aminoacetylowanych tRNA w komórkach wykazała, że 3% tRNA(Ser)CAG posiadających m1G37 było w rzeczywistości naładowanych leucyną in vivo. Podejście genetyczne wykorzystujące mutanta auksotroficznego C.maltosa posiadającego ten typ tRNA(Ser)CAG sugerowało również, że gen URA3 inaktywowany z powodu translacji CUG jako seryny został uratowany przez niewielkie włączenie leucyny do polipeptydu, co wykazało, że tRNA naładowane wieloma aminokwasami może uczestniczyć w translacji. Odkrycia te dostarczają pierwszego dowodu na to, że dwa różne aminokwasy są przypisane przez pojedynczy kodon, który występuje naturalnie w procesie translacji niektórych gatunków Candida. Ten nowy rodzaj kodonu nazywamy „kodonem polisemicznym”. |
cgl34ykt | Uniwersalny system rekombinacji RNA oparty na BMV — jak szukać ogólnych zasad rekombinacji RNA | Obecnie nie ma wątpliwości, że rekombinacja RNA jest jednym z głównych czynników odpowiedzialnych za powstawanie nowych wirusów RNA i retrowirusów. W celu zbadania tego złożonego zjawiska stworzono liczne systemy eksperymentalne. W konsekwencji, w kilku wirusach zidentyfikowano specyficzne motywy strukturalne RNA pośredniczące w rekombinacji. Niestety do tej pory nie opracowano jednolitego modelu genetycznej rekombinacji RNA, głównie ze względu na trudności z bezpośrednim porównaniem danych uzyskanych dla różnych wirusów opartych na RNA. Aby rozwiązać ten problem, podjęliśmy próbę skonstruowania uniwersalnego systemu, w którym można testować aktywność rekombinacyjną różnych sekwencji RNA. W tym celu wykorzystaliśmy wirusa mozaiki bromu, modelowego wirusa (+)RNA roślin, dla którego strukturalne wymagania rekombinacji RNA są dobrze zdefiniowane. Skuteczność nowego układu homomolekularnego została udowodniona w eksperymencie z udziałem dwóch sekwencji RNA pochodzących z genomu wirusa zapalenia wątroby typu C. Ponadto porównanie danych uzyskanych w systemie homomolekularnym z danymi uzyskanymi wcześniej w systemie heteromolekularnym dostarczyło nowych dowodów na to, że mechanizmy rekombinacji homologicznej i niehomologicznej są różne i zależą od trybu replikacji wirusa. |
ajlctjeb | Elastaza neutrofilów, niezależna od kwasów proteaza serynowa, ułatwia usuwanie otoczki i infekcję reowirusów w komórkach promonocytów U937 | TŁO: Reowirusy ssaków w naturalny sposób infekują swoich gospodarzy przez drogi jelitowe i oddechowe. Podczas infekcji jelitowych w proteolizie zewnętrznego białka kapsydu σ3 reowirusa pośredniczą proteazy serynowe trzustki. W przeciwieństwie do tego, proteazy krytyczne dla replikacji reowirusa w płucu są nieznane. Elastaza neutrofili (NE) jest niezależną od kwasu, zapalną proteazą serynową, wyrażaną głównie przez neutrofile. Poza normalną rolą w obronie drobnoustrojów, nieprawidłowa ekspresja NE jest powiązana z patologią zespołu ostrej niewydolności oddechowej (ARDS). Ponieważ replikacja reowirusa w płucach gryzoni powoduje objawy podobne do ARDS i indukuje infiltrację neutrofili, zbadaliśmy zdolność NE do promowania odsłaniania wirionów reowirusa. WYNIKI: Linia komórek ludzkich promonocytów U937 wyraża NE. Traktowanie komórek U937 inhibitorem proteazy cysteinowej E64 o szerokim spektrum działania [trans-epoksysukcynylo-L-leucylamido-(4-guanidyno)butan] oraz środkami zwiększającymi pH pęcherzyków nie hamowało replikacji reowirusa. Nawet gdy te inhibitory stosowano w połączeniu, reowirus replikował ze znaczną wydajnością, co wskazuje, że niezależna od kwasu proteaza niecysteinowa była zdolna do pośredniczenia w odsłanianiu reowirusa w hodowlach komórkowych U937. W celu zidentyfikowania odpowiedzialnej(ych) proteazy(y) komórki U937 potraktowano 12-mirystynianem 13-octanem forbolu (PMA), środkiem, który indukuje różnicowanie komórkowe i powoduje zmniejszoną ekspresję proteaz serynowych niezależnych od kwasów, w tym NE i katepsyny (Cat) G. W obecności E64, reowirus nie replikował wydajnie w komórkach traktowanych PMA. Aby bezpośrednio ocenić rolę NE w zakażeniu reowirusem komórek U937, zbadaliśmy wzrost wirusa w obecności chlorometyloketonu N-Ala-Ala-Pro-Val, inhibitora specyficznego dla NE. Replikacja reowirusa w obecności E64 została znacznie zmniejszona przez traktowanie komórek inhibitorem NE. Inkubacja wirionów z oczyszczonym NE spowodowała wytworzenie zakaźnych cząstek subwironu, które nie wymagały dodatkowej proteolizy wewnątrzkomórkowej. WNIOSEK: Nasze odkrycia pokazują, że NE może ułatwić infekcję reowirusem. Fakt, że robi to w obecności środków, które podnoszą pęcherzykowe pH, wspiera model, w którym wymóg kwaśnego pH podczas infekcji odzwierciedla warunki wymagane dla optymalnej aktywności proteazy. Zdolność reowirusa do wykorzystywania NE może wpływać na replikację wirusa w płucach i innych tkankach podczas naturalnych infekcji. |
cl9gpt9w | Wpływ zablokowanych reszt kwasów nukleinowych na właściwości termodynamiczne heterodupleksów 2′-O-metylo RNA/RNA | Przedstawiono wpływ zablokowanych reszt kwasu nukleinowego (LNA) na termodynamiczne właściwości heterodupleksów 2′-O-metylo RNA/RNA. Badania topnienia optycznego wskazują, że LNA włączony do innego oligonukleotydu 2'-O-metylo RNA zwykle, ale nie zawsze, zwiększa stabilność komplementarnych dupleksów utworzonych z RNA. Widocznych jest kilka trendów, w tym: (i) LNA na końcu 3' U LNA i LNA na końcu 5' są mniej stabilizujące niż wewnętrzne i inne LNA na końcu 3'; (ii) większość wzmocnienia stabilności uzyskuje się, gdy nukleotydy LNA są rozdzielone co najmniej jednym 2'-O-metylowym nukleotydem; oraz (iii) efekty podstawień LNA są w przybliżeniu addytywne, gdy nukleotydy LNA są rozdzielone co najmniej jednym nukleotydem 2'-O-metylowym. Zaproponowano równanie przybliżające stabilność komplementarnych dupleksów utworzonych z RNA, gdy co najmniej jeden 2'-O-metylowy nukleotyd oddziela nukleotydy LNA. Zależność sekwencji dupleksów 2′-O-metylo RNA/RNA wydaje się być podobna do tej w przypadku dupleksów RNA/RNA, a wstępne przyrosty energii swobodnej najbliższego sąsiada w temperaturze 37°C przedstawiono dla 2′-O-metylo RNA/RNA dupleksy. Wewnętrzne niedopasowania z nukleotydami LNA znacząco destabilizują dupleksy z RNA. |
t40ybhgb | Dane szkicu w porównaniu do gotowej sekwencji w celu opracowania sygnatur diagnostycznych DNA i białek | Sekwencjonowanie genomów patogenów jest kosztowne i wymaga starannej alokacji ograniczonych zasobów sekwencjonowania. Zbudowaliśmy obliczeniowy rurociąg analizy sekwencjonowania (SAP), aby kierować decyzjami dotyczącymi ilości sekwencjonowania genomowego niezbędnego do opracowania wysokiej jakości diagnostycznych sygnatur DNA i białek. SAP wykorzystuje symulacje do oszacowania liczby genomów docelowych i bliskich krewnych filogenetycznych (bliskich sąsiadów lub NN) do sekwencjonowania. Używamy SAP do oceny, czy wstępne dane są wystarczające, czy wymagane jest ukończenie sekwencjonowania przy użyciu sekwencji wirusa Marburg i variola. Symulacje wskazują, że do przewidywania sygnatury DNA odpowiednia jest wersja robocza o średniej i wysokiej jakości, ze wskaźnikami błędów wynoszącymi 10(-3)-10(-5) (pokrycie ~8x) organizmów docelowych. Niska jakość wersji roboczej ze wskaźnikami błędów około 1% (pokrycie 3x do 6x) docelowych izolatów jest niewystarczająca do przewidywania sygnatur DNA, chociaż niskiej jakości wersja robocza NN jest wystarczająca, o ile docelowe genomy są wysokiej jakości. W przypadku przewidywania sygnatury białka błędy sekwencjonowania w genomach docelowych znacznie zmniejszają wykrywanie konserwacji sekwencji aminokwasowej, nawet jeśli szkic jest wysokiej jakości. Podsumowując, wysokiej jakości szkic celu i niskiej jakości szkic NN wydaje się być opłacalną inwestycją w przewidywanie sygnatur DNA, ale może prowadzić do niedoszacowania przewidywanych sygnatur białek. |
zwbc7nnn | Ontologia epitopów immunologicznych: zastosowanie do projektowania obszernej bazy danych reaktywności immunologicznych | TŁO: Epitopy można zdefiniować jako struktury molekularne związane przez specyficzne receptory, które są rozpoznawane podczas odpowiedzi immunologicznych. Projekt Immune Epitope Database and Analysis Resource (IEDB) skataloguje i uporządkuje informacje dotyczące epitopów przeciwciał i limfocytów T z patogenów zakaźnych, antygenów doświadczalnych i autoantygenów, z priorytetem dotyczącym patogenów kategorii A-C NIAID () oraz pojawiających się/ponownie pojawiających się zakaźnych choroby. Zostaną skatalogowane zarówno wewnętrzne cechy strukturalne i filogenetyczne, jak i informacje dotyczące interakcji epitopów z układem odpornościowym gospodarza. OPIS: Aby skutecznie reprezentować i przekazywać informacje związane z epitopami immunologicznymi, opracowano formalną ontologię. Semantyka domeny epitopu i pokrewnych pojęć została uchwycona jako hierarchia klas, które reprezentują ogólne i wyspecjalizowane relacje między różnymi pojęciami. Pełną listę klas i ich właściwości można znaleźć na . WNIOSEK: Ontologia IEDB jest pierwszą ontologią zaprojektowaną specjalnie do przechwytywania zarówno wewnętrznych informacji chemicznych, jak i biochemicznych związanych z epitopami układu odpornościowego, z informacjami dotyczącymi interakcji tych struktur z cząsteczkami pochodzącymi z układu odpornościowego gospodarza. Przewidujemy, że rozwój tego typu ontologii i powiązanych baz danych ułatwi rygorystyczny opis danych związanych z epitopami układu odpornościowego i może ostatecznie doprowadzić do zupełnie nowych metod opisywania i modelowania odpowiedzi immunologicznych. |
1r65yam5 | Ocena potencjalnych genów referencyjnych w badaniach RT-PCR w czasie rzeczywistym łososia atlantyckiego | TŁO: Ryby łososiowate należą do najczęściej badanych gatunków ryb modelowych, ale brakuje doniesień na temat systematycznej oceny genów referencyjnych w badaniach qRT-PCR. WYNIKI: Stabilność sześciu potencjalnych genów referencyjnych zbadano w ośmiu tkankach łososia atlantyckiego (Salmo salar), aby określić najbardziej odpowiednie geny do wykorzystania w ilościowych analizach RT-PCR w czasie rzeczywistym. W skrzelach oznaczono względne poziomy transkrypcji genów kodujących 18S rRNA, białko rybosomalne S20, β-aktynę, 3P-dehydrogenazę aldehydu glicerynowego (GAPDH) oraz dwa geny paralogu kodujące czynnik elongacji 1A (EF1A(A) i EF1A(B)) wątroba, nerka głowy, śledziona, grasica, mózg, mięśnie i tylne jelita u sześciu nieleczonych dorosłych ryb, oprócz grupy osobników, które przeszły smoltyfikacje. Na podstawie obliczeń wykonanych za pomocą apletu geNorm VBA, który określa najbardziej stabilne geny z zestawu testowanych genów w danej próbce cDNA, ranking badanych genów u dorosłego łososia atlantyckiego wyniósł EF1A(B)>EF1A(A)>β -aktyna>18S rRNA>S20>GAPDH. Gdy te same obliczenia przeprowadzono na łącznie 24 osobnikach z czterech etapów procesu smoltyfikacji (presmolt, smolt, smoltified seawater i desmoltified sweetwater), ranking genów był następujący: EF1A(B)>EF1A(A)>S20>β-aktyna >18S rRNA>GAPDH. WNIOSEK: Podsumowując, praca ta sugeruje, że geny EF1A(A) i EF1A(B) mogą być przydatne jako geny referencyjne w badaniu qRT-PCR ekspresji genów u łososia atlantyckiego. |
oa4lzkru | Zaciekłe stworzenia | Choroby odzwierzęce, choroby, które przeskakują ze zwierząt na ludzi, stanowią narastający problem zdrowotny na całym świecie. Zrozumienie ich przyczyn i ich wpływu na ludzi stało się zatem ważnym tematem dla globalnego zdrowia publicznego |
qva0jt86 | Znaczenie ludzkiego metapneumowirusa w zaostrzeniach POChP | TŁO I METODY: Ludzki metapneumowirus (hMPV) jest niedawno odkrytym wirusem układu oddechowego związanym z zapaleniem oskrzelików, zapaleniem płuc, zadem i zaostrzeniami astmy. Ponieważ wirusy układu oddechowego są często wykrywane u pacjentów z ostrymi zaostrzeniami POChP (AE-COPD), naszym celem było zbadanie częstości wykrywania hMPV w prospektywnej kohorcie hospitalizowanych pacjentów z AE-POChP w porównaniu z pacjentami ze stabilną POChP i palaczami bez za pomocą ilościowego RT-PCR w czasie rzeczywistym. Wyniki: Przeanalizowaliśmy popłuczyny z nosa i indukowaną plwocinę 130 pacjentów z AE-POChP, 65 pacjentów ze stabilną POChP i 34 palaczy bez POChP. HMPV wykryto u 3/130 (2,3%) pacjentów z AE-POChP ze średnią 6,5 × 10(5) kopii wirusa/ml w popłuczynach z nosa i 1,88 × 10(5) kopii wirusa/ml w indukowanej plwocinie. Nie stwierdzono go u pacjentów ze stabilną POChP lub palaczy bez POChP. WNIOSEK: HMPV występuje tylko u bardzo małej liczby pacjentów z AE-POChP. Należy jednak wziąć to pod uwagę jako kolejny możliwy wirusowy wyzwalacz AE-POChP, ponieważ bezobjawowy nosicielstwo jest mało prawdopodobne. |
vw8xjo9t | Bioetyczne implikacje globalizacji: projekt międzynarodowego konsorcjum Komisji Europejskiej | Projekt BIG przygląda się niektórym problemom etycznym związanym z globalizacją i zdrowiem. |
bnnl700a | Świadomość społeczna czynników ryzyka zachorowania na raka wśród ogólnej populacji Japonii: badanie populacyjne | TŁO: Niniejsze badanie miało na celu dostarczenie informacji na temat świadomości, jaką część przyczyn raka można przypisać ogólnej populacji Japonii. METODY: Ogólnopolska reprezentatywna próba 2000 Japończyków w wieku 20 lat lub starszych została zapytana o ich postrzeganie i poziom zaniepokojenia różnymi środowiskowymi i genetycznymi czynnikami ryzyka związanymi z profilaktyką raka, w ramach ankiety Omnibus. Wywiady przeprowadzono z 1355 osobami (609 mężczyzn i 746 kobiet). WYNIKI: Wśród 12 kandydatów na czynniki ryzyka, za najwyższy odsetek zakażeń wirusowych i bakteryjnych wywołujących raka uznano (51%), a następnie palenie tytoniu (43%), stres (39%) i chemikalia zaburzające gospodarkę hormonalną ( 37%). Z drugiej strony, frakcje raka, które można przypisać zwęglonym rybom i mięsu (21%) oraz piciu alkoholu (22%) uznano za niskie w porównaniu z innymi kandydatami na czynniki ryzyka. W przypadku większości czynników ryzyka możliwe do przypisania odpowiedzi frakcji były wyższe u kobiet niż u mężczyzn. Jako całość, badani mieli tendencję do odpowiadania wyższymi wartościami niż te oszacowane przez dane epidemiologiczne na Zachodzie. Spekuluje się, że część raka, który można przypisać do uwarunkowań genetycznych, wynosiła 32%, podczas gdy 36% raka uznano za możliwego do uniknięcia poprzez poprawę stylu życia. WNIOSEK: Nasze wyniki sugerują, że świadomość możliwej do przypisania części przyczyn raka w ogólnej populacji Japonii jest zdominowana przez infekcje powodujące raka, narażenie zawodowe, zanieczyszczenie powietrza i dodatki do żywności, a nie przez główne czynniki związane ze stylem życia, takie jak dieta. |
m71xkuo9 | Wizualna detekcja reakcji LAMP specyficzna dla sekwencji przez dodanie polimerów kationowych | TŁO: Opracowanie praktycznego urządzenia do testowania genów w miejscu opieki (urządzenie g-POCT) wymaga innowacyjnych metod wykrywania w celu wykazania wyników reakcji amplifikacji genu bez użycia drogiego sprzętu. Zbadaliśmy nową metodę wizualnej detekcji specyficznej dla sekwencji niewielkich ilości kwasów nukleinowych za pomocą reakcji strącania poprzez dodanie polimerów kationowych do amplikonów LAMP (ang. Loop-mediated izotermal Amplification). WYNIKI: Sondy oligo DNA znakowane różnymi barwnikami fluorescencyjnymi przygotowano dla wielu matryc kwasu nukleinowego, a matryce amplifikowano w reakcjach LAMP przy istnieniu sond. Po zakończeniu reakcji LAMP dodano optymalną ilość polietylenoiminy o niskiej masie cząsteczkowej (PEI), co spowodowało wytrącenie nierozpuszczalnego kompleksu LAMP amplikon-PEI. Znakowane fluorescencyjnie sondy Oligo DNA zhybrydyzowane z produktem LAMP włączono do precypitacji, a precypitat emitował fluorescencję odpowiadającą amplifikowanym matrycom kwasu nukleinowego. Kolor emitowanej fluorescencji można łatwo wykryć gołym okiem w konwencjonalnym oświetlaczu UV. WNIOSEK: Obecność lub brak niewielkiej ilości matryc kwasu nukleinowego można wykryć w prosty sposób poprzez wizualną ocenę koloru osadu kompleksu amplikon-PEI LAMP. Wnioskujemy, że ta metoda wykrywania może ułatwić opracowanie małego i prostego urządzenia do g-POCT. |
s64v656n | Zażywanie narkotyków iniekcyjnych i HIV/AIDS w Chinach: przegląd obecnej sytuacji, profilaktyka i implikacje polityczne | W ciągu ostatnich 10 do 20 lat w Chinach gwałtownie wzrosło nadużywanie nielegalnych narkotyków i HIV/AIDS. W niniejszym artykule dokonano przeglądu nadużywania narkotyków w Chinach, epidemii HIV/AIDS i jej związku z zażywaniem narkotyków iniekcyjnych (IDU) oraz chińskich polityk dotyczących nadużywania narkotyków i zapobiegania HIV/AIDS w oparciu o opublikowaną literaturę i niepublikowane oficjalne dane. Jako główny kraj przeładunku narkotyków, który pozyskuje narkotyki z obszarów „Złotego Trójkąta” i „Złotego Półksiężyca” w Azji, Chiny stają się również coraz ważniejszym rynkiem konsumpcji narkotyków. Około połowa z 1,14 miliona udokumentowanych użytkowników narkotyków w Chinach wstrzykuje sobie narkotyki, a wielu z nich dzieli się igłami. IDU przyczyniło się do tej pory do 42% łącznych zgłoszonych przypadków HIV/AIDS. Handel narkotykami jest w Chinach nielegalny i może prowadzić do kary śmierci. Departamenty bezpieczeństwa publicznego przyjmują podejście „zero tolerancji” do używania narkotyków, co jest sprzeczne z polityką redukcji szkód wydziałów zdrowia publicznego. Doświadczenia z przeszłości w Chinach sugerują, że samo rozprawienie się z przemytem narkotyków i zakazanie ich używania nie może zapobiec lub rozwiązać wszystkich problemów związanych z nielegalnymi narkotykami w erze globalizacji. W ostatnich latach rząd centralny nakreślił szereg pragmatycznych polityk zachęcających do programów redukcji szkód; w międzyczasie niektóre samorządy nie zmobilizowały się w pełni do poważnego zajęcia się problemami narkomanii i HIV/AIDS. Wzmocnienie przywództwa rządowego zarówno na szczeblu centralnym, jak i lokalnym; zwiększenie skali programów substytucji metadonu i wymiany igieł; udostępnienie i przystępność cenową dobrowolnego poradnictwa i testów na obecność wirusa HIV zarówno dla osób zażywających narkotyki w miastach, jak i na wsi; oraz zwiększone wykorzystanie pomocy i organizacji pozarządowych są oferowane jako dodatkowe strategie pomagające uporać się z problemem HIV i narkomanii w Chinach. |
oluq7v0h | Opracowanie humanizowanego przeciwciała monoklonalnego o potencjale terapeutycznym przeciwko wirusowi Zachodniego Nilu | Neutralizacja wirusa Zachodniego Nilu (WNV) in vivo koreluje z rozwojem odpowiedzi przeciwciał przeciwko białku otoczki wirusa (E). Stosując losową mutagenezę i prezentację na powierzchni drożdży, zdefiniowaliśmy poszczególne reszty kontaktowe 14 nowo wytworzonych przeciwciał monoklonalnych przeciwko domenie III białka E WNV. Przeciwciała monoklonalne, które silnie neutralizowały WNV, lokalizowały się w łatce powierzchniowej na bocznej powierzchni domeny III. Rekonwalescencyjne przeciwciała od osób, które wyzdrowiały z infekcji WNV, również wykryły ten epitop. Jedno przeciwciało monoklonalne, E16, zneutralizowało 10 różnych szczepów in vitro i wykazało skuteczność terapeutyczną u myszy, nawet po podaniu pojedynczej dawki 5 dni po zakażeniu. Wytworzono humanizowaną wersję E16, która zachowała specyficzność antygenową, awidność i aktywność neutralizującą. W badaniach terapeutycznych po ekspozycji na myszach, pojedyncza dawka humanizowanego E16 chroniła myszy przed śmiertelnością wywołaną WNV, a zatem może być realną opcją leczenia przeciwko zakażeniu WNV u ludzi. INFORMACJE DODATKOWE: Wersja online tego artykułu (doi:10.1038/nm1240) zawiera materiały uzupełniające, które są dostępne dla uprawnionych użytkowników. |
tw6wusxe | Spostrzeżenia lokalnych pracowników służby zdrowia dotyczące reakcji na pandemię grypy | TŁO: Obecne krajowe plany gotowości wymagają, aby lokalne departamenty zdrowia odgrywały integralną rolę w reagowaniu na pandemię grypy, poważne zagrożenie zdrowia publicznego, które Światowa Organizacja Zdrowia określiła jako „nieuniknione i prawdopodobnie nieuchronne”. Aby zrozumieć opinie lokalnych pracowników służby zdrowia na temat reakcji na pandemię grypy, przeprowadziliśmy ankietę wśród 308 pracowników trzech departamentów zdrowia w stanie Maryland w okresie od marca do lipca 2005 r. pod kątem czynników, które mogą wpłynąć na ich zdolność i chęć zgłoszenia się do służby w takim przypadku. WYNIKI: Dane sugerują, że prawie połowa pracowników lokalnego departamentu zdrowia prawdopodobnie nie zgłosi się do służby podczas pandemii. Podane prawdopodobieństwo zgłoszenia się do dyżuru było znacznie większe w przypadku personelu klinicznego (wieloczynnikowy OR: 2,5; CI 1,3–4,7) niż personelu technicznego i pomocniczego, a postrzeganie znaczenia własnej roli w ogólnej odpowiedzi agencji było jedynym najbardziej wpływowym czynnikiem związanym z chęć zgłoszenia (wieloczynnikowy OR: 9,5; CI 4,6–19,9). WNIOSEK: Wykazano, że postrzegane ryzyko wśród pracowników publicznej służby zdrowia jest związane z kilkoma czynnikami marginalnymi dla rzeczywistego zagrożenia tym zdarzeniem. Te modyfikatory postrzegania ryzyka i zidentyfikowane luki w wiedzy służą jako bariery w reakcji na pandemię grypy i muszą być konkretnie uwzględnione, aby umożliwić skuteczną reakcję lokalnego zdrowia publicznego na to poważne zagrożenie. |
58czem0j | O pandemii i obowiązku opieki: czyj obowiązek? kogo to obchodzi? | TŁO: Jak zauważyło wielu komentatorów, SARS ujawnił słabe punkty naszych systemów opieki zdrowotnej i struktur zarządzania. Pracownicy służby zdrowia (HCP) i systemy szpitalne, które poniosły główny ciężar epidemii SARS, nadal zmagają się ze skutkami kryzysu. Rzeczywiście, pracownicy służby zdrowia – zarówno w opiece klinicznej, jak i w służbie zdrowia publicznego – zostali poddani surowym testom przez SARS. Bezprecedensowe wymagania były stawiane ich umiejętnościom i wiedzy, a ich osobiste zaangażowanie w swój zawód zostało poważnie wypróbowane. Wiele z nich było narażonych na poważne ryzyko zachorowalności i śmiertelności, o czym świadczą dane Światowej Organizacji Zdrowia wskazujące, że około 30% zgłoszonych przypadków dotyczyło pracowników służby zdrowia, z których część zmarła z powodu infekcji. Pomimo tego wyzwania, kodeksy etyki zawodowej milczą na temat obowiązku opieki podczas epidemii chorób zakaźnych, tym samym nie dostarczając wskazówek dotyczących tego, czego oczekuje się od HCP lub jak powinni podchodzić do swojego obowiązku opieki w obliczu ryzyka. DYSKUSJA: W następstwie SARS i widma pandemii ptasiej grypy konieczne jest, abyśmy (ponownie) rozważyli obowiązki HCP wobec pacjentów z ciężkimi chorobami zakaźnymi, w szczególności chorobami, które stanowią zagrożenie dla osób sprawujących opiekę. Niezwykle ważne jest, aby organizacje reprezentujące pracowników służby zdrowia jasno wskazywały, jakiego standardu opieki oczekuje się od ich członków w przypadku pandemii. W niniejszym artykule zajmujemy się kwestią szczególnych obowiązków pracowników służby zdrowia podczas wybuchu choroby zakaźnej. Twierdzimy, że istnieje pilna potrzeba wyjaśnienia praw i obowiązków pracowników służby zdrowia w obecnym kontekście gotowości na pandemię grypy oraz że te prawa i obowiązki powinny zostać skodyfikowane w kodeksach etyki zawodowej. Na koniec przedstawiamy krótkie historyczne ujęcie ujęcia obowiązku opieki w kodeksach etyki zawodowej opieki zdrowotnej. PODSUMOWANIE: Uczciwa i krytyczna analiza roli HCP podczas epidemii chorób zakaźnych jest potrzebna w celu dostarczenia wskazówek dotyczących praw i obowiązków zawodowych, a także obowiązków i zobowiązań etycznych. Dzięki temu dokumentowi mamy nadzieję na otwarcie dialogu społecznego i rozwinięcie debaty publicznej w tej coraz pilniejszej kwestii. |
x7wg7e9s | Epikatechiny oczyszczone z zielonej herbaty (Camellia sinensis) w zróżnicowany sposób hamują wzrost ludzkich linii komórkowych raka zależnych od płci | Potencjał przeciwnowotworowy katechin pochodzących z zielonej herbaty nie jest dobrze poznany, po części dlatego, że zahamowanie wzrostu i/lub apoptoza związane z katechiną wydaje się różnić w zależności od typu i stadium złośliwości, jak również od rodzaju katechiny. W tym badaniu in vitro zbadano biologiczne skutki epikatechiny (EC), epigallokatechiny (EGC), 3-galusanu EC (ECG) i 3-galusanu EGC (EGCG) w liniach komórkowych z ludzkich nowotworów specyficznych dla płci. Linie komórkowe rozwinięte z raka prostaty ograniczonego do narządów (HH870) i przerzutowego (DU145) oraz z umiarkowanie (HH450) i słabo zróżnicowanego (HH639) nabłonkowego raka jajnika hodowano z lub bez EC, EGC, EKG lub EGCG. Gdy nietraktowane komórki osiągnęły konfluencję, mierzono żywotność i czas podwajania komórek traktowanych i nietraktowanych. Podczas gdy traktowanie EC zmniejszało proliferację komórek HH639 o 50%, EGCG hamowało proliferację wszystkich linii komórkowych o 50%. EKG było jeszcze silniejsze: hamowało komórki DU145, HH870, HH450 i HH639 w stężeniach 24, 27, 29 i 30 µM, podczas gdy EGCG hamowało komórki DU145, HH870, HH450 i HH639 w stężeniach 89, 45, 62 i 42 µM. W porównaniu z EGCG, EKG skuteczniej hamuje wzrost linii komórkowych raka prostaty i nabłonkowego raka jajnika pochodzących z guzów pacjentów w różnych stadiach choroby. |
utglk4af | Markery nasilenia zaostrzenia przewlekłej obturacyjnej choroby płuc | TŁO: Pacjenci z przewlekłą obturacyjną chorobą płuc (POChP) mogą doświadczać „zaostrzeń” ich schorzeń. Zaostrzenie to zdarzenie zdefiniowane w kategoriach subiektywnych opisów lub objawów, a mianowicie duszności, kaszlu i plwociny, które pogarszają się na tyle, aby uzasadnić zmianę postępowania medycznego. Istnieje zapotrzebowanie na wiarygodne markery, które odzwierciedlają patologiczne mechanizmy leżące u podstaw nasilenia zaostrzenia i które można wykorzystać jako substytut oceny efektów leczenia w badaniach klinicznych. Niewiele wiadomo na temat tego, w jaki sposób istniejące zmienne badania i sugerowane markery zmieniają się zarówno w fazie stabilnej, jak i zaostrzenia POChP. Próbując znaleźć najlepsze surogaty dla zaostrzeń, dokonaliśmy przeglądu literatury, aby zidentyfikować, które z tych markerów zmieniają się w sposób spójny z nasileniem zaostrzenia. METODY: Przeszukaliśmy standardowe bazy danych między 1966 a lipcem 2004, używając głównych słów kluczowych i terminów. Badania, które dostarczyły danych demograficznych, spirometrii, potencjalnych markerów i jasnych kryteriów kwalifikacyjnych, zostały uwzględnione w tym badaniu. Centralne tendencje i dyspersje dla wszystkich zgłoszonych i zebranych przez nas zmiennych i markerów zostały najpierw zestawione według wielkości próby i kryteriów ATS/ERS 2004 dla poziomów nasilenia nasilenia od I do III. Ze względu na możliwe podobieństwo pacjentów na poziomach II i III, dane zostały również przedefiniowane na kategorie zaostrzeń, a mianowicie pacjentów ambulatoryjnych (poziom I) i hospitalizowanych (poziomy II i III łącznie). W przypadku obu podejść przeprowadziliśmy metaanalizę efektów stałych na każdej z raportowanych zmiennych. WYNIKI: Włączyliśmy łącznie 268 badań zgłoszonych między 1979 a lipcem 2004. Badania te obejmowały 142407 pacjentów z POChP. Tętnicze ciśnienie dwutlenku węgla i częstość oddechów różniły się statystycznie dla wszystkich poziomów nasilenia zaostrzenia oraz w warunkach ambulatoryjnych i szpitalnych. Większość innych miar wykazywała słabe powiązania z poziomem lub ustawieniem, albo nie miały wystarczających danych, aby umożliwić metaanalizę. WNIOSEK: Tętniczy dwutlenek węgla i częstość oddychania zmieniały się w sposób spójny z nasileniem zaostrzenia i ustawieniem pacjenta. Wiele innych miar wykazało słabe korelacje, które powinny być dalej badane w przyszłych badaniach podłużnych lub oceniane przy użyciu sugerowanych technik modelowania matematycznego. |
i5fcedbo | Streszczenia naukowe | |
bjjft7ut | Society of General Internal Medicine: 28th Annual Meeting New Orleans, LA 11–14 maja 2005: Out of Chaos: The Critical Role of Generalists, STRESZCZENIA ZGŁOSZEŃ PRZYJĘTYCH DO PREZENTACJI | |
urk7fe34 | WINIETY KLINICZNE | |
u09rn09u | STRESZCZENIA | |
kvztcwu2 | Winiety kliniczne | |
9r62ffew | Różnicowe profilowanie transkryptomów o niskiej ekspresji ludzkiego wątrobiaka przy użyciu nowatorskiego podejścia SSH/mikromacierzy | TŁO: Głównym ograniczeniem w wykonywaniu profilowania ekspresji genów w całym genomie jest test genów o niskiej ekspresji. Podejścia o wysokiej przepustowości i wysokiej czułości do testowania transkryptów o niskiej ekspresji są pilnie potrzebne do funkcjonalnych badań genomicznych. Kombinacja supresyjnej hybrydyzacji subtraktywnej (SSH) i technik mikromacierzy cDNA przy użyciu klonów odejmowanego cDNA jako sond drukowanych na chipach znacznie poprawiła wydajność wyłapywania klonów o zróżnicowanej ekspresji i była stosowana wcześniej. Pozostaje jednak żmudne i nieefektywne sekwencjonowanie prac nad identyfikacją genów, w tym dużej liczby redundancji w odjętych amplikonach, i poświęca oryginalne zalety wysokiej czułości SSH w profilowaniu transkryptomów o niskiej ekspresji. WYNIKI: Zmodyfikowaliśmy poprzednią kombinację metod SSH i mikromacierzy, bezpośrednio wykorzystując odjęte amplikony jako cele do hybrydyzacji gotowych mikromacierzy cDNA (o nazwie „SSH/mikromacierz”). mRNA przygotowany z trzech par tkanek wątroby z wątrobiaka i innych niż wątrobiak poddano dla porównania testom SSH/mikromacierzy, jak również bezpośrednio zwykłym testom na mikromacierzach cDNA. W porównaniu z oryginalnymi testami kombinacji SSH i mikromacierzy, zmodyfikowane testy SSH/mikromacierzy pozwoliły na znacznie łatwiejszą kontrolę wydajności odejmowania i identyfikację genów w odejmowanych amplikonach bez żmudnych i nieefektywnych prac sekwencjonowania. Z drugiej strony, 5015 z 9376 genów pierwotnie odfiltrowanych przez zwykłe testy mikromacierzy cDNA ze względu na niską ekspresję stało się analizowanych przez testy SSH/mikromacierz. Co więcej, testy SSH/mikromacierzy wykryły około dziesięciokrotnie więcej (701 vs. 69) genów o zróżnicowanej ekspresji HCC (co najmniej dwukrotna różnica i P < 0,01), szczególnie u osób z rzadkimi transkryptami, niż zwykłe testy mikromacierzy cDNA . Zróżnicowana ekspresja została zweryfikowana w 9 losowo wybranych genach w 18 parach tkanek wątroby z wątrobiakiem/nie wątrobiakiem za pomocą ilościowej RT-PCR. Podejścia SSH/mikromacierzy doprowadziły do zidentyfikowania wielu genów o zróżnicowanej ekspresji zaangażowanych w regulację cyklu komórkowego, śmierć komórki, transdukcję sygnału i morfogenezę komórki, co sugeruje udział procesów wielobiologicznych w hepatokarcynogenezie. WNIOSEK: Zmodyfikowane podejście SSH/mikromacierzy jest prostym, ale bardzo czułym i wydajnym narzędziem do zróżnicowanego profilowania transkryptomów o niskiej ekspresji. Jest najbardziej odpowiedni do zastosowania w funkcjonalnych badaniach genomicznych. |
d3cko4j2 | Od genomiki funkcjonalnej do immunomiki funkcjonalnej: nowe wyzwania, stare problemy, duże nagrody | Rozwój technologii mikromacierzy DNA dziesięć lat temu doprowadził do uznania genomiki funkcjonalnej za jedną z najbardziej aktywnych i odnoszących obecnie sukcesy dyscyplin naukowych. Wraz z ciągłym rozwojem technologii mikromacierzy immunologicznych – adresowalnej przestrzennie, wielkoskalowej technologii pomiaru swoistej odpowiedzi immunologicznej – pojawia się nowe wyzwanie związane z immunomiką funkcjonalną, która jest podobna do genomiki funkcjonalnej, ale także znacznie się od niej różni. Dane immunologiczne zostały z powodzeniem wykorzystane do identyfikacji markerów biologicznych związanych z chorobami autoimmunologicznymi, alergiami, infekcjami wirusowymi, takimi jak ludzki wirus niedoboru odporności (HIV), grypa, cukrzyca i odpowiedzi na szczepionki przeciwnowotworowe. Przegląd ten ma na celu przedstawienie spójnej wizji tej rodzącej się dziedziny nauki i spekulowanie na temat przyszłych kierunków badań. Długo omawiamy takie zagadnienia, jak przewidywanie epitopów, technologia mikromacierzy immunologicznych i jej zastosowania oraz wyzwania obliczeniowe i statystyczne związane z immunomiką funkcjonalną. W oparciu o niedawne odkrycie mechanizmów regulacji odpowiedzi limfocytów T, przewidujemy zastosowanie mikromacierzy immunologicznych jako narzędzia postępu w biologii systemów komórkowych odpowiedzi immunologicznych za pomocą immunologicznych modeli sieci regulacyjnych. |
hwlvk68z | Schematy przenoszenia ospy prawdziwej: systematyczny przegląd naturalnych epidemii w Europie i Ameryce Północnej od II wojny światowej | TŁO: Ponieważ ospa (variola major) może być używana jako broń biologiczna, dokonaliśmy przeglądu epidemii w Europie i Ameryce Północnej po II wojnie światowej, aby zrozumieć wzorce przenoszenia ospy. METODY: Przegląd systematyczny został wykorzystany do identyfikacji artykułów z National Library of Medicine, Embase, Biosis, Cochrane Library, Defense Technical Information Center, WorldCat oraz list referencyjnych zawartych publikacji. Dwóch autorów dokonało przeglądu wybranych artykułów dotyczących epidemii ospy. WYNIKI: Z 1389 publikacji zidentyfikowano 51 istotnych ognisk. Mediana efektywnego współczynnika reprodukcji pierwszego pokolenia (początkowe R) wyniosła 2 (zakres 0–38). Większość ognisk była niewielka (mniej niż 5 przypadków) i obejmowała jedno pokolenie. Epidemie z kilkoma hospitalizowanymi pacjentami miały niskie początkowe wartości R (mediana 1) i były przedłużone, jeśli nie zostały początkowo rozpoznane (mediana 3 pokoleń); ogniska z większością hospitalizowanych pacjentów miały wyższe początkowe wartości R (mediana 12) i były krótsze (mediana 3 pokoleń). Przypadki indeksowe z nietypową prezentacją ospy były mniej podatne na rozpoznanie ospy; ogniska, w których przypadek wskaźnikowy nie został prawidłowo zdiagnozowany, były większe (mediana 27,5 przypadków) i dłuższe (mediana 3 pokoleń) w porównaniu z ogniskami, w których przypadek wskaźnikowy został prawidłowo zdiagnozowany (mediana 3 przypadków i 1 pokolenia). WNIOSEK: Wzorce rozprzestrzeniania się podczas epidemii ospy różniły się w zależności od okoliczności, ale wczesne wykrycie i wdrożenie środków kontroli ma najważniejszy wpływ na wielkość epidemii. Większość epidemii badanych w Europie i Ameryce Północnej była kontrolowana w ciągu kilku pokoleń, jeśli została wykryta wcześnie. |
w5fxen70 | Wiarygodność definicji przypadków dla nadzoru zdrowia publicznego oceniana metodą testu Round-Robin | TŁO: Definicje przypadków zostały uznane za ważne elementy systemów nadzoru zdrowia publicznego. Mają one zapewnić porównywalność i spójność danych z nadzoru oraz mają decydujący wpływ na czułość i pozytywną wartość predykcyjną systemu nadzoru. Wiarygodność definicji przypadków rzadko była systematycznie badana. METODY: Przeprowadziliśmy test Round-Robin, prosząc wszystkie 425 lokalnych departamentów zdrowia (LHD) i 16 stanowych departamentów zdrowia (SHD) w Niemczech o sklasyfikowanie wybranych 68 przykładów przypadków przy użyciu definicji przypadku. W analizie wielowymiarowej zbadaliśmy czynniki związane ze zgodnością klasyfikacji ze złotym standardem, który został zdefiniowany przez panel ekspertów. WYNIKI: W sumie 7870 klasyfikacji zostało wykonanych przez 396 LHD (93%) i wszystkie SHD. Czułość raportowania wyniosła 90,0%, dodatnia wartość predykcyjna 76,6%. Przykłady przypadków polio miały najniższą dokładność raportowania, przykłady przypadków salmonellozy najwyższą (OR = 0,008; CI: 0,005–0,013). Definicje przypadków z listą kontrolną kryteriów klinicznych skutkowały większą precyzją raportowania niż definicje przypadku z opisem narracyjnym (OR = 3,08; CI: 2,47–3,83). Precyzja raportowania była wyższa wśród SHD w porównaniu z LHD (OR = 1,52; CI: 1,14–2,02). WNIOSEK: Nasze ustalenia doprowadziły do systematycznego przeglądu niemieckich definicji przypadków i zbudowały podstawę ogólnych zaleceń dotyczących tworzenia definicji przypadków. Obejmują one między innymi, że testowalne kryteria tak/nie w formacie listy kontrolnej prawdopodobnie poprawią niezawodność oraz że oprogramowanie wykorzystywane do transmisji danych powinno być zaprojektowane w ścisłej zgodności z definicjami przypadków. Wyniki tego badania mają w dużej mierze zastosowanie do definicji przypadków w wielu innych krajach lub sieciach międzynarodowych, ponieważ mają one te same cechy strukturalne i redakcyjne, co definicje przypadków oceniane w tym badaniu przed ich rewizją. |
mq6bterc | Zapalenie płuc związane z respiratorem i kontrola infekcji | Respiratorowe zapalenie płuc (VAP) jest główną przyczyną zachorowalności i śmiertelności na oddziałach intensywnej terapii. Częstość występowania VAP waha się od 7% do 70% w różnych badaniach, a śmiertelność wynosi 20-75% w zależności od badanej populacji. Aspiracja skolonizowanych drobnoustrojów chorobotwórczych w części ustnej gardła i przewodzie pokarmowym jest główną drogą rozwoju VAP. Z drugiej strony głównym czynnikiem ryzyka VAP jest intubacja i czas trwania wentylacji mechanicznej. Diagnoza pozostaje trudna, a badania wykazały znaczenie wczesnej inicjacji odpowiedniego antybiotyku dla rokowania. VAP powoduje wydłużenie pobytu w szpitalu i oddziałach intensywnej terapii oraz zwiększa koszty szpitala. W związku z tym polityka kontroli infekcji jest bardziej racjonalna i pozwala zaoszczędzić pieniądze. |
yxhk1qm3 | Nadzór strażniczy nad ludzkim enterowirusem 71 w Sarawak w Malezji: lekcje z pierwszych 7 lat | TŁO: Duża epidemia choroby rąk, pryszczycy i jamy ustnej związanej z ludzkim enterowirusem 71 w Sarawak w 1997 roku zapoczątkowała serię epidemii w regionie Azji i Pacyfiku. Niektóre z tych epidemii miały niezwykle wysoką liczbę ofiar śmiertelnych, co wywołało wiele strachu i niepokoju w regionie. METODY: W marcu 1998 w Sarawak w Malezji ustanowiliśmy program nadzoru nad chorobami rąk, pryszczycy i jamy ustnej, a obserwacje z pierwszych 7 lat są opisane tutaj. Izolację wirusa, serotypowanie i genotypowanie przeprowadzono na wymazach z gardła, odbytu, pęcherzyka i innych. WYNIKI: W tym okresie Sarawak miał dwie epidemie ludzkiego enterowirusa 71, w 2000 i 2003 roku. Dominujące szczepy krążące w epidemiach w 1997, 2000 i 2003 były wszystkie z genogrupy B, ale szczepy wyizolowane podczas każdej epidemii były genetycznie różne od każdego z nich. inny. Epidemie ludzkiego enterowirusa 71 występowały cyklicznie co trzy lata, a wirus Coxsackie A16 krążył razem z ludzkim enterowirusem 71. Chociaż najprawdopodobniej pęcherzyki dawały izolat, próbka ta nie była ogólnie dostępna w większości przypadków, a zatem stwierdzono, że uzyskanie wymazu z gardła być najskuteczniejszym sposobem uzyskania informacji wirusologicznych. WNIOSEK: Znajomość epidemiologii przenoszenia ludzkiego enterowirusa 71 pozwoli personelowi zdrowia publicznego przewidzieć, kiedy może wystąpić epidemia i zaplanować interwencje w skuteczny sposób w celu zmniejszenia obciążenia chorobą. |
bpnfupzv | 26th International Symposium on Intensive Care and Emergency Medicine, 21-24 marca 2006, Bruksela, Belgia | |
j3p1u80n | Projektowanie atenuowanych wirusów w oparciu o model | Szczepionki z żywymi wirusami aktywują zarówno odporność humoralną, jak i komórkową, wymagają tylko jednego wzmocnienia i ogólnie zapewniają dłuższą ochronę immunologiczną niż szczepionki zabite lub szczepionki podjednostkowe. Jednak wzrost szczepionek zawierających żywe wirusy musi być atenuowany, aby zminimalizować ich potencjalne efekty patogenne, a mechanizmy atenuacji przez konwencjonalną adaptację wirusów z seryjnym transferem nie są dobrze poznane. Nowe metody atenuacji oparte na racjonalnej inżynierii genomów wirusowych mogą oferować potencjalnie większą kontrolę, jeśli uda się powiązać określone modyfikacje genetyczne ze zmianami we wzroście wirusa. Aby rozpocząć ustalanie takich powiązań między genotypem a fenotypem wzrostu, opracowaliśmy model komputerowy wzrostu wewnątrzkomórkowego wirusa pęcherzykowego zapalenia jamy ustnej (VSV), dobrze przebadanego, niesegmentowanego wirusa o ujemnej nici RNA. Nasz model obejmował ustalone mechanizmy regulacyjne VSV, jednocześnie integrując kluczowe etapy infekcji typu dzikiego: przejmowanie zasobów gospodarza, transkrypcję, translację i replikację, a następnie składanie i uwalnianie potomnych cząstek VSV. Uogólnienie modelu typu dzikiego w celu umożliwienia rearanżacji genomu odpowiadało obserwowanemu eksperymentalnie rankingowi atenuacji dla rekombinowanych szczepów VSV, które zmieniły pozycję genomu ich genu nukleokapsydu. Wreszcie, nasze symulacje uchwyciły wcześniej zgłoszone wyniki eksperymentalne pokazujące, jak zmiana pozycji innych genów VSV może potencjalnie osłabiać wzrost VSV przy jednoczesnej nadekspresji immunogennej glikoproteiny powierzchniowej VSV. Takie modele ułatwią inżynierię nowych szczepionek zawierających żywe wirusy poprzez powiązanie manipulacji genomowych z kontrolowanymi zmianami w ekspresji i wzroście genów wirusa. |
5eqdrd52 | Systemy dostarczania do bezpośredniego zastosowania siRNA w celu wywoływania interferencji RNA (RNAi) In Vivo | Interferencja RNA (RNAi) to potężna metoda wyciszania konkretnych genów, która może również prowadzić do obiecujących nowych strategii terapeutycznych. Jest on pośredniczony przez małe interferujące RNA (siRNA), które specyficznie dla sekwencji wyzwalają cięcie, a następnie degradację docelowego mRNA. Jednym z krytycznych czynników jest zdolność dostarczania nienaruszonych siRNA do docelowych komórek/narządów in vivo. Ten przegląd podkreśla mechanizm RNAi i wytyczne dotyczące projektowania optymalnych siRNA. Zawiera przegląd badań opartych na ogólnoustrojowym lub lokalnym zastosowaniu nagich siRNA lub zastosowaniu różnych niewirusowych systemów dostarczania siRNA. Jedną z obiecujących możliwości jest kompleksowanie siRNA z polietylenoiminą (PEI), która skutecznie stabilizuje siRNA i po podaniu ogólnoustrojowym prowadzi do dostarczania nienaruszonych siRNA do różnych narządów. Opisano działanie przeciwnowotworowe ukierunkowanego in vivo na gen białek istotnych dla nowotworu, w których pośredniczy PEI/siRNA, jak w mysich modelach heteroprzeszczepu nowotworu. |
p5jtwb3l | Elektrochemiczna analiza molekularna bez amplifikacji kwasów nukleinowych | Bioczujniki elektrochemiczne zrewolucjonizowały monitorowanie glukozy, ale nie spełniły jeszcze swojej obietnicy taniego, bezpośredniego zastępowania detekcji w testach amplifikacji genetycznej, takich jak PCR [K. Kerman, M. Kobayashi, E. Tamiya, Najnowsze trendy w elektrochemicznej technologii biosensorów DNA, Meas. Nauka. Technol. 15 (2004) R1-R11; A. Chaubey, B.D. Malhotra, zapośredniczone bioczujniki. Biosensy. Bioelektron. 17 (6-7) (2002) 441-456]. Przewiduje się, że integracja nanoskalowych struktur chemicznych, takich jak samoorganizujące się monowarstwy, z bioczujnikami elektrochemicznymi zwiększyłaby czułość poprzez zmniejszenie nieodłącznego szumu systemu. Opracowaliśmy nowatorskie podejście do bioczujników obejmujące taką integrację i osiągnęliśmy szybkie, ultraniskie czułości stężeń bez docelowej amplifikacji. Surowe próbki miesza się z buforem do lizy, aby umożliwić hybrydyzację docelowych kwasów nukleinowych z sondami kotwiczącymi i sygnałowymi przed unieruchomieniem enzymu sygnałowego w pobliżu powierzchni bioczujnika. Następnie przykłada się potencjał polaryzacji i mierzy się wtórny produkt uboczny cyklicznej reakcji peroksydazy. Dalsze badania wykazały zastosowanie naszego podejścia w badaniach białek, chemii klinicznej i jonowych. |
c5hrdrtu | Identyfikacja nowych uczestników dojrzewania oocytów i procesów owulacji pstrąga tęczowego (Oncorhynchus mykiss) za pomocą mikromacierzy cDNA | Wstęp: Hormonalna kontrola dojrzewania i owulacji oocytów oraz molekularne mechanizmy dojrzewania jądra komórkowego zostały dokładnie zbadane u ryb. W przeciwieństwie do tego inne zdarzenia molekularne zachodzące w jajnikach podczas postvitellogenezy zyskały znacznie mniej uwagi. METODY: Nylonowe mikromacierze prezentujące 9152 cDNA pstrąga tęczowego poddano hybrydyzacji przy użyciu próbek RNA pochodzących z tkanki jajnika zebranych podczas późnej witelogenezy, postwitellogenezy i dojrzewania oocytów. Geny o zróżnicowanej ekspresji zidentyfikowano za pomocą analizy statystycznej. Przeprowadzono nadzorowaną analizę skupień przy użyciu tylko genów o zróżnicowanej ekspresji w celu zidentyfikowania skupień genów wykazujących podobne profile ekspresji. Ponadto wyselekcjonowano określone geny, a ich przedowulacyjną ekspresję jajnikową przeanalizowano za pomocą PCR w czasie rzeczywistym. WYNIKI: Na podstawie analizy statystycznej zidentyfikowano 310 genów o zróżnicowanej ekspresji. Wśród tych genów 90 było podwyższonych w czasie dojrzewania oocytów, podczas gdy 220 wykazywało odwrotny wzór. Po analizie skupień do dalszej analizy zachowano 90 klonów należących do 3 skupień genów wykazujących najbardziej niezwykłe wzorce ekspresji. Stosując analizę PCR w czasie rzeczywistym, zaobserwowaliśmy silną regulację w górę genów transportu jonów i wody, takich jak akwaporyna 4 (aqp4) i pendryna (slc26). Ponadto zaobserwowano dramatyczną regulację w górę genu wazotocyny (avt). Ponadto, gen konwertujący angiotensynę 2 (ace2), czynnik krzepnięcia V (cf5), geny adam 22 i chemokina cxcl14 wykazywały ostrą regulację w górę w czasie dojrzewania oocytów. Wreszcie, aromataza jajnikowa (cyp19a1) wykazywała dramatyczny spadek aktywności w okresie powitelogenicznym, podczas gdy w czasie dojrzewania oocytu zaobserwowano obniżenie poziomu hydroksylazy monofosforanu cytydyny z kwasem N-acetyloneuraminowym (cmah). WNIOSEK: Wykazaliśmy nadekspresję lub niedostateczną ekspresję ponad 300 genów, z których większość była wcześniej niezbadana lub nieznana w przedowulacyjnym jajniku ryb. Nasze dane potwierdziły obniżenie poziomu genów syntezy estrogenów w okresie przedowulacyjnym. Ponadto silna regulacja w górę genów aqp4 i slc26 przed owulacją sugeruje ich udział w zachodzącym w tym czasie procesie uwodnienia oocytu. Ponadto, wśród klonów o największej regulacji w górę, kilka genów, takich jak cxcl14, ace2, adam22, cf5, ma funkcje prozapalne, rozszerzające naczynia krwionośne, proteolityczne i koagulacyjne. Tożsamość i wzorce ekspresji tych genów wspierają teorię porównującą owulację z reakcją typu zapalnego. |
pk7pnmlo | Obiektowy model symulacyjny do modelowania hipotetycznych epidemii chorób – EpiFlex | TŁO: EpiFlex to elastyczny, łatwy w użyciu model komputera dla jednego komputera, przeznaczony do obsługi przez jednego użytkownika, który nie musi być ekspertem. Jego celem jest badanie in-silico zachowania epidemicznego szerokiej gamy chorób, zarówno znanych, jak i teoretycznych, poprzez symulowanie ich rozprzestrzeniania się na poziomie osób zarażających się i zarażających innych. Aby w pełni zrozumieć system, dokument ten należy czytać razem w połączeniu z badaniem oprogramowania i jego wyników. EpiFlex jest oceniany na podstawie wyników modelowania epidemii grypy typu A i porównywania ich z różnymi źródłami danych terenowych i innymi typami modelowania. EpiFlex to zorientowany obiektowo system Monte Carlo, przydzielający jednostki odpowiadające jednostkom, wektorom chorób, chorobom i miejscom, w których mogą przebywać gospodarze. EpiFlex definiuje osiem różnych typów kontaktu dostępnych dla choroby. Kontakty występują wewnątrz lokalizacji w modelu. Populacje składają się z grup demograficznych, z których każda ma cykl przemieszczania się między lokalizacjami. W obrębie lokalizacji superrozproszenie jest definiowane przez przekrzywienie rozkładów kontaktów. WYNIKI: EpiFlex wskazuje trzy zjawiska interesujące dla zdrowia publicznego: (1) R(0 ) jest zmienne i im mniejsza populacja, tym większa będzie zarażona frakcja w tej populacji; (2) między wczesną fazą inkubacji wielomiastowej epidemii a fazą głównej manifestacji występuje znacząca kompresja/synchronizacja między miastami o współczynnik około 2; (3) jeśli dostępne byłyby lepsze dane dotyczące rzeczywistej zachorowalności, zaobserwowano by więcej bezobjawowych gospodarzy rozprzestrzeniało chorobę, niż obecnie uważamy, że jest to przypadek grypy. Wyniki te sugerują, że badania terenowe w celu zbadania takich zjawisk, choć drogie, powinny być opłacalne. WNIOSEK: Ponieważ EpiFlex pokazuje wszystkie etapy postępu choroby, możliwy jest szczegółowy wgląd w postęp epidemii. EpiFlex pokazuje charakterystyczną multimodalność i pozornie losową zmienność charakterystyczną dla danych ze świata rzeczywistego, ale czyni to jako wyłaniającą się właściwość starannie skonstruowanego modelu dynamiki choroby i nie jest po prostu systemem stochastycznym. EpiFlex może zapewnić lepsze zrozumienie chorób zakaźnych i strategii reagowania. |
nhb4o6ty | Multipleksowana analiza genetyczna z wykorzystaniem rozszerzonego alfabetu genetycznego | TŁO: Wszystkie stany wymagają pewnego rodzaju testów dla noworodków, ale zasady są dalekie od standaryzacji. W niektórych stanach badania przesiewowe noworodków mogą obejmować testy genetyczne dla szerokiego zakresu celów, ale koszty i złożoność nowszych testów genetycznych hamują rozwój badań przesiewowych noworodków. Opisujemy rozwój i ocenę techniczną platformy multipleksowej, która może sprzyjać częstszym badaniom genetycznym noworodków. METODY: MultiCode(®) PLx obejmuje trzy główne etapy: PCR, wydłużenie specyficzne dla celu i dekodowanie płynnego chipa. Każdy etap przeprowadza się w tym samym naczyniu reakcyjnym, a test kończy się w ciągu ~3 godzin. Do znakowania specyficznego dla miejsca i dekodowania w temperaturze pokojowej stosujemy dodatkową parę zasad zbudowaną z izoguanozyny i izocytydyny. Wykorzystaliśmy tę metodę do testowania mutacji w genie przezbłonowego regulatora przewodnictwa mukowiscydozy (CFTR). Opracowany test został przeprowadzony ręcznie i za pomocą zautomatyzowanej obsługi cieczy. Początkowo metodą retrospektywną przebadano 225 próbek o różnych genotypach. W badaniu prospektywnym wykorzystano próbki od >400 noworodków. WYNIKI: W badaniu retrospektywnym 99,1% próbek zostało prawidłowo genotypowanych bez nieprawidłowych połączeń. W badaniu perspektywicznym 95% próbek zostało prawidłowo genotypowanych dla wszystkich celów i nie było nieprawidłowych wywołań. WNIOSKI: Unikalna platforma multipleksacji genetycznej była w stanie z powodzeniem przetestować 31 celów w genie CFTR i zapewnić dokładne przypisanie genotypu w warunkach klinicznych. |
xgwbl8em | Rybosomalne przesunięcie ramki wywołane antysensem | Zaprogramowane przesunięcie ramki rybosomalnej zapewnia mechanizm dekodowania informacji znajdujących się w dwóch nakładających się ramkach odczytu poprzez przekierowanie części translacji rybosomów do drugiej otwartej ramki odczytu (ORF). Rezultatem jest produkcja dwóch białek: produktu standardowej translacji ORF1 oraz białka fuzyjnego ORF1–ORF2. Takie zaprogramowane przesunięcie ramki jest powszechnie wykorzystywane jako mechanizm ekspresji genów w wirusach, które infekują komórki eukariotyczne oraz podzbiór genów komórkowych. Struktury drugorzędowe RNA, składające się z pseudowęzłów lub pętli pnia, zlokalizowane poniżej miejsca przesunięcia, często działają jako cis-stymulatory przesunięcia ramki. Tutaj po raz pierwszy pokazujemy, że antysensowne oligonukleotydy mogą funkcjonalnie naśladować te struktury RNA, aby indukować +1 rybosomalne przesunięcie ramki odczytu po przyłączeniu w dół od miejsca przesunięcia ramki, UCC UGA. Wywołane antysensem przesunięcie rybosomu do ramki odczytu +1 jest wysoce skuteczne zarówno w reakcjach translacji lizatu retikulocytów królika, jak iw hodowanych komórkach ssaczych. Wydajność indukowanego antysensem przesunięcia ramki w tym miejscu odpowiada kontekstowi sekwencji 5' miejsca przesunięcia i poziomom poliamin. |
69gftii4 | Gen archeonów α-1-fukozydazy jest wyrażany przez translacyjne przesunięcie ramki | Standardowe zasady genetycznego dekodowania translacyjnego są zmieniane w określonych genach przez różne zdarzenia, które globalnie określa się mianem rekodowania. W Archaea przekodowywanie było dotychczas jednoznacznie określane tylko dla zdarzeń odczytu kodonu terminacji. Badamy tutaj mechanizm ekspresji genu kodującego α-1-fukozydazę z archeonu Sulfolobus solfataricus (fucA1), który jest podzielony na dwie otwarte ramki odczytu oddzielone przesunięciem ramki -1. Ekspresja w Escherichia coli genu rozszczepionego typu dzikiego doprowadziła do wytworzenia przez przesunięcie ramki odczytu polipeptydów pełnej długości z wydajnością 5%. Mutacje w miejscu regulatorowym, w którym zachodzi zmiana, pokazują, że ekspresja in vivo zachodzi w zaprogramowany sposób. Co więcej, identyfikujemy pełnej długości produkt fucA1 w ekstraktach z S.solfataricus, który transluje ten gen in vitro poprzez zaprogramowane przesunięcie ramki -1. Jest to pierwszy eksperymentalny dowód na to, że ten rodzaj rekodowania występuje w Archaea. |
vefs1h6o | Rola helikazy RNA w replikacji HIV-1 | Wirusy są genomami zdolnymi do replikacji, które są stosunkowo ubogie w geny. Nawet największe wirusy (tj. Herpeswirusy) kodują tylko nieco >200 otwartych ramek odczytu (ORF). Jednakże, ponieważ wirusy replikują się obowiązkowo wewnątrz komórek i biorąc pod uwagę, że ewolucja może być napędzana zasadą ekonomii skali, uzasadnione jest przypuszczenie, że wiele wirusów wyewoluowało zdolność do kooptowania białek kodowanych przez komórkę w celu zapewnienia potrzebnych funkcji zastępczych. Przegląd in silico baz danych sekwencji wirusowych ujawnia, że większość wirusów RNA o dodatniej i dwuniciowej nici posiada ORF dla helikaz RNA. Z drugiej strony genomy retrowirusów są pozbawione helikazy kodowanej przez wirusy. Tutaj pokrótce przyjrzymy się poglądowi, że ludzki wirus niedoboru odporności (HIV-1) zaadoptował zdolność do wykorzystywania jednej lub więcej helikaz RNA komórkowego w swoim replikacyjnym cyklu życiowym. |
1ypgij14 | MIMOX: narzędzie internetowe do mapowania epitopów opartego na prezentacji fagowej | TŁO: Prezentacja fagowa jest szeroko stosowana w badaniach podstawowych, takich jak badanie miejsc i sieci interakcji białko-białko, oraz w badaniach stosowanych, takich jak opracowywanie nowych leków, szczepionek i diagnostyka. Stała się również obiecującą metodą mapowania epitopów. Badania nad nowymi algorytmami, które wspomagają i automatyzują mapowanie epitopów oparte na prezentacji fagowej, przyciągnęły wiele grup. Większość istniejących narzędzi nie została jednak do tej pory wdrożona jako usługa online, co utrudnia społeczności dostęp do nich, korzystanie z nich i ich ocenę. WYNIKI: Przedstawiamy MIMOX, bezpłatne narzędzie internetowe, które pomaga zmapować natywny epitop przeciwciała w oparciu o jeden lub więcej mimotopów dostarczonych przez użytkownika oraz strukturę antygenu. MIMOX został zakodowany w Perlu przy użyciu modułów z projektu Bioperl. Ma dwie sekcje. W pierwszej sekcji MIMOX zapewnia prosty interfejs dla ClustalW do wyrównania zestawu mimotopów. Zapewnia również prostą metodę statystyczną do uzyskania sekwencji konsensusu i osadza JalView jako aplet Java do przeglądania i zarządzania wyrównaniem. W drugiej części MIMOX może mapować pojedynczy mimotop lub sekwencję konsensusową zestawu mimotopów na odpowiednią strukturę antygenu i szukać wszystkich klastrów reszt, które mogłyby reprezentować natywny epitop. NACCESS służy do oceny dostępności powierzchni kandydujących klastrów; Jmol jest osadzony, aby wyświetlać je interaktywnie w kontekście 3D. Wstępne studia przypadków pokazują, że MIMOX może odtwarzać mapowania z istniejących narzędzi, takich jak FINDMAP i 3DEX, a także zapewniać nowatorskie, racjonalne wyniki. WNIOSEK: Opracowano narzędzie internetowe o nazwie MIMOX do mapowania epitopów opartego na prezentacji fagowej. Jako publicznie dostępna usługa online w tej dziedzinie, społeczność może wygodnie uzyskiwać dostęp, wykorzystywać i oceniać, uzupełniając inne istniejące programy. MIMOX jest dostępny bezpłatnie pod adresem . |
1axxmq84 | Endogenna naprawa komórek przewlekłej demielinizacji | W zmianach stwardnienia rozsianego, remielinizacja zazwyczaj kończy się niepowodzeniem z powtarzającymi się lub przewlekłymi epizodami demielinizacyjnymi i skutkuje niepełnosprawnością neurologiczną. Modele ostrej demielinizacji u gryzoni zazwyczaj wykazują silną spontaniczną remielinizację, która uniemożliwia odpowiednią ocenę strategii poprawy warunków niedostatecznej remielinizacji. W obecnym badaniu zastosowaliśmy mysi model przewlekłej demielinizacji wywołanej ciągłym przyjmowaniem 0,2% kuprizonu przez 12 tygodni. Ten przewlekły proces zubożył populację prekursorów oligodendrocytów i osłabił regenerację oligodendrocytów. Remielinizacja pozostawała ograniczona po usunięciu kuprizonu z diety. Ekspresja czynnika wzrostu fibroblastów 2 (FGF2) była trwale zwiększona w ciele modzelowatym myszy z przewlekłą demielinizacją w porównaniu z myszami bez uszkodzeń. Użyliśmy myszy FGF2 (-/-) w celu ustalenia, czy usunięcie endogennego FGF2 promowało remielinizację obszarów przewlekle zdemielinizowanych. Myszy typu dzikiego i myszy FGF2(-/-) wykazywały podobną demielinizację podczas przewlekłego leczenia kuprizonem. Co ważne, w przeciwieństwie do myszy typu dzikiego, myszy FGF2(-/-) spontanicznie uległy całkowitej remielinizacji podczas okresu zdrowienia po przewlekłej demielinizacji. Zwiększona remielinizacja u myszy FGF2 (-/-) korelowała ze zwiększoną regeneracją oligodendrogleju. Genotyp FGF2 nie zmieniał gęstości komórek progenitorowych oligodendrocytów ani komórek proliferujących po przewlekłej demielinizacji. Odkrycia te wskazują, że atenuacja FGF2 stworzyła wystarczająco permisywne środowisko uszkodzeń dla komórek endogennych, aby skutecznie remielinizować żywotne aksony nawet po przewlekłej demielinizacji. |
cxzlmfst | Zautomatyzowana identyfikacja wielu mikroorganizmów na podstawie resekwencjonowania mikromacierzy DNA | Coraz powszechniej uznaje się, że szczegółowe informacje o sekwencji kwasu nukleinowego będą przydatne, a nawet wymagane w diagnostyce, leczeniu i nadzorze wielu istotnych patogenów. Ponieważ generowanie szczegółowych informacji o patogenach prowadzi do znacznie większej ilości danych, konieczne jest opracowanie automatycznych metod analizy, aby skrócić czas analizy i ujednolicić kryteria identyfikacji. Jest to szczególnie ważne w przypadku testów na wiele patogenów zaprojektowanych w celu skrócenia czasu i kosztów testu. W niniejszym artykule przedstawiamy skuteczny algorytm wykrywania patogenów i raportowania maksymalnego możliwego poziomu szczegółowości przy użyciu mikromacierzy do resekwencjonowania wielu patogenów. Algorytm filtruje sekwencję wywołań zasad z mikromacierzy i znajduje najbardziej pasujące wpisy w genetycznych bazach danych. Bazy danych taksonomicznych są następnie wykorzystywane do powiązania tych wpisów ze sobą, tak aby można było zidentyfikować mikroorganizm. Chociaż opracowane przy użyciu mikromacierzy do resekwencjonowania, podejście to ma zastosowanie do każdej metody testowej, która daje informacje o sekwencji wywołania zasad. Sukces i ciągły rozwój tego podejścia oznacza, że osoba niebędąca ekspertem może teraz przeprowadzać samodzielną analizę wyników uzyskanych z częściowych danych sekwencyjnych. |
br2p09pg | Symulacje dynamiki molekularnej człowieka [Wzór: patrz tekst]: rola zmodyfikowanych zasad w rozpoznawaniu mRNA | Dokładność translacji kodu genetycznego na białka zależy od prawidłowego rozpoznawania tRNA–mRNA w kontekście rybosomu. U człowieka [Wzór: patrz tekst] w rdzeniu-pętli antykodonu występują trzy zmodyfikowane zasady — 2-metylotio-N6-treonylokarbamoiloadenozyna w pozycji 37 (ms(2)t(6)A37), 5-metoksykarbonylometylo-2-tiourydyna w pozycja 34 (mcm(5)s(2)U34) i pseudourydyna (ψ) w pozycji 39 – z których dwa, ms(2)t(6)A37 i mcm(5)s(2)U34, są wymagane do osiągnięcia aktywność wiązania typu dzikiego u człowieka typu dzikiego [Wzór: patrz tekst] [C. Yarian, M. Marszałek, E. Sochacka, A. Malkiewicz, R. Guenther, A. Miśkiewicz i P. F. Agris (2000) Biochemistry, 39, 13390–13395]. Przeprowadzono symulacje dynamiki molekularnej dziewięciu rdzennych pętli antykodonu tRNA z różnymi kombinacjami niestandardowych zasad. Symulacja typu dzikiego wykazała kanoniczną konformację schodkową antykodonu. Modyfikacja ms(2)t(6) w pozycji 37 jest wymagana do utrzymania tej struktury i zmniejsza dostępność rozpuszczalnika U36. Ms(2)t(6)A37 na ogół wiąże wodorowe wiązania w pętli i może zapobiegać obracaniu się U36 do roztworu. Cząsteczka wody koordynuje 39 przez większość czasu symulacji, ale słabo, ponieważ większość czasów przebywania wynosi <40 ps. |
kt9pmfdr | Nowy system genotypowania endonukleazy IV po PCR | W tym miejscu opisujemy nowy test oparty na endonukleazie IV (Endo IV) wykorzystujący substrat, który naśladuje niepodstawowe uszkodzenia, które normalnie występują w dwuniciowym DNA. Trzyskładnikowy substrat charakteryzuje się jednoniciowym celem DNA, sondą oligonukleotydową, oddzieloną od oligonukleotydu pomocniczego jedną zasadą przerwy. Sonda oligonukleotydowa zawiera niefluorescencyjny wygaszacz na końcu 5' i fluorofor dołączony do końca 3' przez specjalny sztywny łącznik. Fluorescencja sondy oligonukleotydowej jest skutecznie wygaszana przez oddziaływanie końcowego barwnika i wygaszacza, gdy nie hybrydyzuje. Po hybrydyzacji sondy oligonukleotydowej i sondy pomocniczej z ich komplementarnym celem, wiązanie fosfodiestrowe między sztywnym łącznikiem a końcem 3' sondy jest skutecznie rozszczepiane, generując sygnał fluorescencyjny. W tym badaniu zademonstrowano zastosowanie testu Endo IV jako systemu detekcji amplifikacji po PCR. Wysoką czułość i swoistość zilustrowano za pomocą wykrywania polimorfizmu pojedynczego nukleotydu. |
5fl0rk90 | Gotowość na wypadek pandemii grypy: ramy etyczne kierujące podejmowaniem decyzji | TŁO: W szpitalach na całym świecie trwają plany dotyczące następnej epidemii pandemii grypy. Globalne doświadczenie SARS nauczyło nas, że ramy etyczne kierujące podejmowaniem decyzji mogą pomóc w zmniejszeniu szkód ubocznych oraz zwiększeniu zaufania i solidarności w obrębie organizacji opieki zdrowotnej i między nimi. Dobre planowanie pandemii wymaga refleksji nad wartościami, ponieważ sama nauka nie może nam powiedzieć, jak przygotować się na kryzys zdrowia publicznego. DYSKUSJA: W niniejszym artykule przedstawiamy ramy etyczne planowania pandemii grypy. Ramy etyczne zostały opracowane z wykorzystaniem wiedzy eksperckiej z zakresu etyki klinicznej, organizacyjnej i zdrowia publicznego oraz zweryfikowane w procesie zaangażowania interesariuszy. Ramy etyczne obejmują zarówno merytoryczne, jak i proceduralne elementy etycznego planowania pandemii grypy. Włączenie zasad etycznych do planowania pandemii może być wspomagane przez starszych administratorów szpitali, sponsorujących ich stosowanie, poprzez zachęcanie interesariuszy do sprawdzenia ram oraz przez zaprojektowanie lub zidentyfikowanie procesów przeglądu decyzji. Omawiamy zalety i ograniczenia zastosowanych ram etycznych przy podejmowaniu decyzji w szpitalach, a także ich solidność. PODSUMOWANIE: Potrzeba refleksji nad kwestiami etycznymi wywołanymi przez widmo wybuchu pandemii grypy jest wielka. Nasze wysiłki zmierzające do zajęcia się normatywnymi aspektami planowania pandemii w szpitalach wzbudziły zainteresowanie innych szpitali oraz sektora rządowego. Ramy będą wymagały ponownej oceny i udoskonalenia i mamy nadzieję, że niniejszy dokument dostarczy informacji zwrotnych na temat tego, jak uczynić je jeszcze bardziej solidnymi. |
kuf3ssdb | Biopsja otwartego płuca we wczesnym stadium zespołu ostrej niewydolności oddechowej | WPROWADZENIE: Zespół ostrej niewydolności oddechowej (ARDS) ma niejednorodną etiologię, szybkie postępujące zmiany i wysoką śmiertelność. Aby poprawić wynik ARDS, dokładna diagnoza jest niezbędna do zastosowania skutecznego wczesnego leczenia. W niniejszym badaniu oceniano efekty kliniczne i bezpieczeństwo otwartej biopsji płuc (OLB) u pacjentów z wczesnym stadium ARDS o podejrzeniu pochodzenia niezakaźnego. METODY: Przeprowadziliśmy retrospektywne badanie 41 pacjentów z ARDS we wczesnym stadium (definiowanym jako tydzień lub mniej po intubacji), którzy przeszli OLB na dwóch oddziałach intensywnej opieki medycznej szpitala trzeciego stopnia w latach 1999-2005. Analizowane dane obejmowały charakterystykę wyjściową, częstość powikłań, diagnozy patologiczne, zmiany leczenia i przeżycie w szpitalu. WYNIKI: Wiek pacjentów wynosił 55 ± 17 lat (średnia ± SD). Średni stosunek tętniczego ciśnienia parcjalnego tlenu (PaO(2)) do frakcji wdychanego tlenu (FiO(2)) wynosił 116 ± 43 mmHg (średnia ± SD) podczas biopsji. Siedemnastu pacjentów (41%) miało obniżoną odporność. Powikłania pooperacyjne wystąpiły u 20% chorych (8/41). Wszystkie biopsje dały diagnozę patologiczną z wydajnością diagnostyczną 100%. Specyficzne diagnozy patologiczne postawiono u 44% pacjentów (18/41). Wyniki biopsji doprowadziły do zmiany metody leczenia u 73% pacjentów (30/41). Odsetek zmian leczenia był wyższy u pacjentów z niespecyficznymi rozpoznaniami niż u pacjentów ze specyficznymi rozpoznaniami (p = 0,0024). Całkowita śmiertelność wyniosła 50% (21/41) i nie miała na nią wpływu wiek, płeć, oksygenacja przed OLB, częstość powikłań, wyniki patologiczne i zmiany leczenia. Nie było śmiertelności związanej z operacją. W tym badaniu wskaźnik przeżycia pacjentów z obniżoną odpornością był lepszy niż pacjentów immunokompetentnych (71% w porównaniu z 33%; p = 0,0187). WNIOSEK: Nasze retrospektywne badanie sugeruje, że OLB była użyteczną i akceptowalnie bezpieczną procedurą diagnostyczną u niektórych wybranych pacjentów z ARDS we wczesnym stadium. |
rr2wwvue | Selektywność asocjacji i gospodarzy w patogenach wielo-żywicielskich | Rozmieszczenie patogenów wielożywicielskich w obrębie ich zakresu żywiciela warunkuje ich dynamikę i strukturę populacji. Również współinfekcja gospodarza przez różne patogeny może mieć ważne konsekwencje dla ewolucji gospodarzy i patogenów oraz koewolucji gospodarza i patogenu. Dlatego warto wiedzieć, czy rozmieszczenie patogenów w zakresie ich gospodarzy jest losowe, czy istnieją powiązania między żywicielami a patogenami lub między patogenami mającymi wspólnego żywiciela. Aby przeanalizować te kwestie, proponujemy wskaźniki obserwowanych wzorców infekcji gospodarza przez patogeny i obserwowanych wzorców koinfekcji oraz testy do analizy, czy te wzorce są zgodne z losowością lub odzwierciedlają powiązania. Zastosowanie tych testów do częstości występowania pięciu wirusów roślinnych na 21 gatunkach dzikich roślin dowiodło powiązania gospodarz-wirus: większość żywicieli i wirusów była selektywna odpowiednio dla wirusów i żywicieli. Co ciekawe, im bardziej selektywne względem gospodarza wirusy były bardziej rozpowszechnione, co sugeruje, że specjalizacja gospodarza jest skuteczną strategią w przypadku patogenów wielożywicielskich. Analizy wykazały również, że wirusy mają tendencję do pozytywnej asocjacji we współzakażonych gospodarzach. Opracowane wskaźniki i testy dostarczają narzędzi do analizy, jak silne i powszechne są te powiązania między różnymi grupami patogenów, co pomoże zrozumieć i modelować biologię populacji patogenów o wielu żywicielach. |
1n0rg5vd | Skuteczność śledzenia kontaktów w pojawiających się epidemiach | TŁO: Śledzenie kontaktów odgrywa ważną rolę w kontroli pojawiających się chorób zakaźnych, ale niewiele wiadomo na temat jego skuteczności. Tutaj wnioskujemy z ogólnego modelu matematycznego, w jaki sposób skuteczność śledzenia odnosi się do różnych aspektów czasu, takich jak przebieg indywidualnej zakaźności, (zmienność) czasu między zakażeniem a wykryciem opartym na objawach oraz opóźnienia w procesie śledzenia. Ponadto rozważa się możliwość iteracyjnego śledzenia jeszcze bezobjawowych infekcji. Dzięki tym spostrzeżeniom wyjaśniamy, dlaczego śledzenie kontaktów było i będzie skuteczne w zwalczaniu ospy i SARS, tylko częściowo skuteczne w przypadku pryszczycy i prawdopodobnie nieskuteczne w przypadku grypy. METODY I USTALENIA: Badamy śledzenie kontaktów w modelu powstającej epidemii, który jest wystarczająco elastyczny, aby można go było zastosować w przypadku większości infekcji. Za podstawowy scenariusz uważamy izolację objawowych zarażonych, a skuteczność wyrażamy jako odsetek kontaktów, które należy prześledzić dla współczynnika reprodukcji mniejszego niż 1. Otrzymujemy ogólne wyniki dla przypadków szczególnych, które są interpretowane w odniesieniu do prawdopodobnego powodzenia śledzenie epidemii grypy, ospy, SARS i pryszczycy. WNIOSKI: Dochodzimy do wniosku, że (1) nie ma ogólnego wzoru prognostycznego dla proporcji, która ma być śledzona, tak jak dla proporcji do szczepienia; (2) zmienność w czasie do wykrycia sprzyja skutecznemu śledzeniu; (3) skuteczność śledzenia nie musi być wrażliwa na czas trwania okresu utajonego i opóźnienia śledzenia; (4) śledzenie iteracyjne poprawia przede wszystkim skuteczność, gdy śledzenie jednoetapowe jest bliskie osiągnięcia skuteczności. |
nzh87aux | Czas oczekiwania na międzynarodowe rozprzestrzenianie się pandemii grypy | TŁO: Opóźnienie czasowe między początkiem pandemii grypy a jej późniejszym rozpoczęciem w innych krajach ma duże znaczenie dla planowania gotowości. Określamy ilościowo rozkład tego losowego czasu w kategoriach oddzielnych składników tego opóźnienia i oceniamy, w jaki sposób opóźnienie może zostać przedłużone przez interwencje niefarmaceutyczne. METODY I USTALENIA: Model skonstruowany dla tego opóźnienia czasowego uwzględnia: (i) wzrost epidemii w regionie źródłowym, (ii) opóźnienie do momentu, gdy zarażona osoba z regionu źródłowego będzie starała się podróżować do kraju zagrożonego, (iii) prawdopodobieństwo wykrycia zarażonych podróżnych poprzez kontrolę granic zagrożony kraj nabiera tempa. Wysiłki mające na celu zmniejszenie liczby reprodukcji choroby w regionie źródłowym poniżej dwóch oraz surowe ograniczenia w podróżowaniu są najskuteczniejsze w opóźnianiu lokalnej epidemii, aw sprzyjających okolicznościach mogą wydłużyć opóźnienie o kilka miesięcy. Z drugiej strony model przewiduje, że graniczne badania przesiewowe pod kątem infekcji objawowej, noszenie maski ochronnej podczas podróży, promowanie wczesnego zgłaszania przypadków pojawiających się wśród pasażerów przylatujących oraz umiarkowane zmniejszenie liczby podróży zwiększają opóźnienie tylko o kilka dni lub tygodni. Podwyższona transmisja w locie minimalizuje opóźnienie. WNIOSKI: Opóźnienie importu epidemii szczepu pandemicznego grypy do kraju zagrożonego jest w dużej mierze determinowane przez przebieg epidemii w regionie źródłowym oraz liczbę podróżnych próbujących wjechać do kraju zagrożonego i jest ono w niewielkim stopniu dotknięte poprzez interwencje niefarmaceutyczne skierowane do tych podróżnych. Wyeliminowanie powstającej pandemii w regionie źródłowym, poza całkowitym uniemożliwieniem podróży międzynarodowych, wydaje się być jedyną niezawodną metodą zapobiegania rozprzestrzenianiu się pandemicznego szczepu grypy między krajami. |
1y5nej0m | Przeciwciało neutralizujące nie wpływa na przebieg zakażenia wirusem Ebola u małp | Profilaktyka wysokimi dawkami przeciwciał neutralizujących zazwyczaj zapewnia ochronę przed prowokacją wirusami wywołującymi ostre infekcje. W tym badaniu zbadaliśmy zdolność neutralizującego ludzkiego przeciwciała monoklonalnego, KZ52, do ochrony przed wirusem Ebola u makaków rezus. Wykazano wcześniej, że przeciwciało to w pełni chroni świnki morskie przed infekcją. Czterem makakom rezus podano dożylnie 50 mg/kg neutralizującego ludzkiego przeciwciała monoklonalnego KZ52 1 dzień przed prowokacją 1000 jednostek tworzących łysinki wirusa Ebola, a następnie drugą dawkę 50 mg/kg przeciwciała 4 dzień po prowokacji. Zwierzę kontrolne eksponowano na wirusa bez traktowania przeciwciałem. Bierny transfer neutralizującego ludzkiego przeciwciała monoklonalnego nie tylko nie chronił makaków przed prowokacją wirusem Ebola, ale także miał minimalny wpływ na wybuchową replikację wirusa po infekcji. Pokazujemy, że niezdolność przeciwciała do oddziaływania na infekcję nie była spowodowana ucieczką neutralizacji. Wydaje się, że wirus Ebola ma mechanizm propagacji infekcji in vivo u makaków, który jest wyjątkowo niewrażliwy nawet na wysokie stężenia przeciwciał neutralizujących. |
fvfjz7al | Gotowość w zakresie zdrowia publicznego w Albercie: badanie na poziomie systemowym | TŁO: Ostatnie wydarzenia międzynarodowe i krajowe zwróciły krytyczną uwagę na kanadyjski system zdrowia publicznego i jego przygotowanie do reagowania na różnego rodzaju współczesne zagrożenia zdrowia publicznego. W tym artykule opisano projekt badania i metody stosowane do przeprowadzenia analizy gotowości systemu zdrowia publicznego na poziomie systemu w prowincji Alberta w Kanadzie. Projekt jest finansowany w ramach Health Research Fund, Alberta Heritage Foundation for Medical Research. METODY/PROJEKT: Używamy wbudowanego, wielorakiego projektu studium przypadku, integrującego metody jakościowe i ilościowe w celu empirycznego pomiaru stopnia koordynacji międzyorganizacyjnej istniejącej między agencjami zdrowia publicznego w Albercie w Kanadzie. Umieszczamy nasze pomiary powiązań między organizacjami w ramach systemu na poziomie systemu, aby ocenić względny wpływ powiązań między organizacjami, poszczególnych atrybutów organizacyjnych i instytucjonalnych cech środowiskowych na gotowość w zakresie zdrowia publicznego. Względny udział każdego składnika jest badany pod kątem dwóch potencjalnych zagrożeń dla zdrowia publicznego: pandemii grypy i wirusa Zachodniego Nilu. DYSKUSJA: Organizacyjne wymiary gotowości w zakresie zdrowia publicznego zależą od złożonej kombinacji indywidualnych cech organizacyjnych, relacji międzyagencyjnych i instytucjonalnych czynników środowiskowych. Nasze badanie ma na celu rozróżnienie między tymi różnymi elementami systemu i ocenę ich niezależnego wpływu na siebie, a także ogólnego poziomu przygotowania zdrowia publicznego w Albercie. Chociaż wszyscy zgadzają się, że kompetentne organizacje i funkcjonujące sieci są ważnymi składnikami gotowości w zakresie zdrowia publicznego, niniejsze badanie jest jednym z pierwszych, w których wykorzystano formalną analizę sieci do zbadania roli sieci międzyagencyjnych w rozwoju przygotowanych systemów zdrowia publicznego. |
lntn11a9 | Cytokiny immunoregulacyjne i alergiczne w etiologii wysiękowego zapalenia ucha środkowego. | Zapalenie błony śluzowej ucha środkowego, które może być wywołane różnymi pierwotnymi czynnikami, takimi jak infekcja bakteryjna i wirusowa, miejscowe reakcje alergiczne i refluks, jest kluczowym zdarzeniem w patogenezie wysiękowego zapalenia ucha środkowego (OME). Nierozwiązane ostre reakcje zapalne lub nieprawidłowa immunoregulacja środkowego stanu zapalnego mogą sprzyjać przewlekłym procesom zapalnym i stymulować przewlekły stan OME. Cytokiny są centralnymi regulatorami molekularnymi zapalenia ucha środkowego i mogą przełączać ostrą fazę zapalenia w stadium przewlekłym i indukować procesy molekularno-patologiczne prowadzące do zmian histopatologicznych towarzyszących OME. W niniejszym przeglądzie przedstawiamy cytokiny zidentyfikowane w zapaleniu ucha środkowego, immunoregulacyjne [interleukina (IL)-2, IL-10, transformujący czynnik wzrostu beta]) i związane z alergią (IL-4, IL-5, czynnik stymulujący tworzenie kolonii granulocytów i makrofagów ), jako kluczowe regulatory molekularne, odpowiedzialne za przewlekłe zapalenie ucha środkowego i przewlekłą chorobę OME. |
nzk8m912 | Przegląd od ławki do łóżka: Dysfunkcja poznawcza związana z krytyczną chorobą – mechanizmy, markery i pojawiające się terapie | Zaburzenia funkcji poznawczych są powszechne u pacjentów w stanie krytycznym, nie tylko w trakcie ostrej choroby, ale także długo po jej ustąpieniu. Uważa się, że u podstaw krytycznych dysfunkcji poznawczych związanych z chorobą leży duża liczba mechanizmów patofizjologicznych, w tym nieprawidłowości neuroprzekaźników i utajone rozlane uszkodzenie mózgu. Markery, które można wykorzystać do oceny wpływu określonych mechanizmów u poszczególnych pacjentów, obejmują aktywność antycholinergiczną surowicy, określone białka mózgowe oraz oznaczanie stężenia sodu w tkankach za pomocą trójwymiarowego obrazowania rezonansem magnetycznym o wysokiej rozdzielczości. Chociaż ostatnie postępy terapeutyczne w tej dziedzinie są ekscytujące, wciąż są zbyt niedojrzałe, aby wpłynąć na opiekę nad pacjentem. Potrzebne są dodatkowe badania, jeśli chcemy lepiej zrozumieć względny wkład określonych mechanizmów w rozwój krytycznej dysfunkcji poznawczej związanej z chorobą i ustalić, czy mechanizmy te mogą być podatne na leczenie lub zapobieganie. |
ps3mnpzq | ProCAT: podejście do analizy danych dla mikromacierzy białkowych | Mikromacierze białkowe zapewniają wszechstronną metodę analizy wielu aktywności biochemicznych białek. Istniejące metody analityczne mikromacierzy DNA nie przekładają się na mikromacierze białkowe ze względu na różnice między technologiami. W tym miejscu przedstawiamy nowe podejście, ProCAT, które koryguje błąd tła i artefakty przestrzenne, identyfikuje znaczące sygnały, filtruje niespecyficzne miejsca i normalizuje wynikowy sygnał do obfitości białka. ProCAT zapewnia potężne i elastyczne nowe podejście do analizy wielu rodzajów mikromacierzy białkowych. |
m56agj4z | Grupowanie pozycyjne poprawia obliczeniowe wykrywanie miejsc wiązania i identyfikuje nowe miejsca cis-regulatorowe w genach podjednostek receptora GABA(A) ssaków | Zrozumienie kontroli ekspresji genów za pośrednictwem czynnika transkrypcyjnego (TF) pozostaje głównym wyzwaniem na styku biologii obliczeniowej i eksperymentalnej. Techniki obliczeniowe przewidujące specyficzność miejsca wiązania TF są często zawodne. Z drugiej strony, wszechstronna walidacja eksperymentalna jest trudna i czasochłonna. Wprowadzamy prostą strategię, która znacznie poprawia niezawodność i dokładność przewidywania miejsca wiązania obliczeniowego. Najpierw oceniamy częstość nawrotów obliczeniowych prognoz TFBS za pomocą powszechnie stosowanych procedur próbkowania. Uważamy, że zdecydowana większość wyników jest biologicznie bez znaczenia. Jednak wyniki grupowania oparte na pozycji nukleotydów poprawiają moc predykcyjną. Ponadto stwierdzamy, że grupowanie pozycyjne zwiększa odporność na długie lub niedoskonale wybrane sekwencje wejściowe. Grupowanie pozycyjne można również wykorzystać jako mechanizm integracji wyników z wielu podejść do próbkowania w celu poprawy dokładności w stosunku do każdego z nich z osobna. Na koniec przewidujemy i weryfikujemy sekwencje regulatorowe częściowo odpowiedzialne za kontrolę transkrypcji genów podjednostek receptora kwasu γ-aminomasłowego typu A u ssaków (GABA(A)R). Grupowanie pozycyjne jest przydatne do poprawy obliczeniowego przewidywania miejsc wiązania, z potencjalnym zastosowaniem do lepszego zrozumienia ekspresji genów ssaków. W szczególności przewidywane mechanizmy regulacyjne w rodzinie genów podjednostek GABA(A)R ssaków mogą otworzyć nowe możliwości badań nad zrozumieniem tego farmakologicznie ważnego układu receptorów neuroprzekaźników. |
x2zq0lnt | Przenoszenie wysoce zjadliwej ptasiej grypy u drobiu handlowego w krajach uprzemysłowionych | TŁO: Wraz ze wzrostem występowania epidemii H5N1 na całym świecie istnieje obawa, że wirus może przedostać się na komercyjne fermy drobiu z poważnymi konsekwencjami ekonomicznymi. METODOLOGIA/GŁÓWNE WYNIKI: Analizujemy dane z czterech ostatnich ognisk wysoce zjadliwej grypy ptaków (HPAI) u drobiu handlowego, aby oszacować liczbę reprodukcji HPAI między gospodarstwami. Liczba reprodukcyjna jest kluczową miarą przenoszenia HPAI na poziomie gospodarstwa, ponieważ może być wykorzystana do oceny skuteczności środków kontroli. W tych ogniskach średnia liczba reprodukcji z gospodarstwa do gospodarstwa przed kontrolami wahała się od 1,1 do 2,4, przy maksymalnej liczbie reprodukcji w gospodarstwie w zakresie 2,2 do 3,2. Zwiększone bezpieczeństwo biologiczne, ograniczenia przemieszczania się i szybka izolacja zakażonych gospodarstw we wszystkich czterech ogniskach znacznie zmniejszyły liczbę reprodukcyjną, ale pozostała ona bliska wartości progowej 1 niezbędnej do wyeliminowania choroby. WNIOSKI/ZNACZENIE: Nasze wyniki pokazują, że w zależności od konkretnej sytuacji, w której występuje ognisko ptasiej grypy, obecne kontrole mogą nie wystarczyć do zwalczenia choroby i dlatego wymagane jest ścisłe monitorowanie ogniska. Metoda, której użyliśmy do szacowania liczby rozrodczej, jest prosta do wdrożenia i może być używana w czasie rzeczywistym. Dlatego może być użytecznym narzędziem do informowania o decyzjach politycznych. |
hf3nytb2 | Narzędzie do planowania gotowości na wypadek pandemii grypy InfluSim | TŁO: Planowanie reakcji zdrowia publicznego na pandemię grypy opiera się na modelach predykcyjnych, za pomocą których można ocenić wpływ różnych strategii interwencyjnych. Dotychczasowe badania koncentrowały się raczej na tworzeniu prognoz dla określonych miejscowości lub w określonych warunkach, niż na projektowaniu publicznie dostępnego narzędzia planowania, które może być stosowane przez organy administracji zdrowia publicznego. Tutaj dostarczamy takie narzędzie, które jest odtwarzalne przez wyraźnie sformułowaną strukturę i zaprojektowane do działania z optymalną kombinacją konkurencyjnych wymagań precyzji, realizmu i ogólności. WYNIKI: InfluSim to deterministyczny model przedziału oparty na systemie ponad 1000 równań różniczkowych, który rozszerza klasyczny model SEIR o parametry kliniczne i demograficzne istotne dla planowania gotowości na wypadek pandemii. Pozwala na generowanie przebiegów czasowych i skumulowanych liczb zachorowań na grypę, wizyt ambulatoryjnych, stosowanych dawek leków przeciwwirusowych, hospitalizacji, zgonów i dni pracy straconych z powodu choroby, a wszystko to może być związane z aspektami ekonomicznymi. Oprogramowanie jest napisane w języku Java, działa niezależnie od platformy i może być uruchamiane na zwykłych komputerach stacjonarnych. WNIOSEK: InfluSim to oprogramowanie dostępne online, które skutecznie pomaga planistom zdrowia publicznego w projektowaniu optymalnych interwencji przeciwko grypie pandemicznej. Może odtwarzać dynamikę infekcji pandemicznej grypy jak złożone symulacje komputerowe, oferując jednocześnie odtwarzalność, wyższą wydajność obliczeniową i lepszą operacyjność. |
byp2eqhd | Szlaki immunologiczne i mechanizmy obronne pszczół miodnych Apis mellifera | Owady społeczne są w stanie zbudować obronę zarówno na poziomie grupowym, jak i indywidualnym przed patogenami. Tutaj skupiamy się na obronie indywidualnej, przedstawiając analizę odporności całego genomu owada społecznego, pszczoły miodnej Apis mellifera. Przedstawiamy modele pszczół miodnych dla każdego z czterech szlaków sygnałowych związanych z odpornością, identyfikując prawdopodobne ortologie dla prawie wszystkich przewidywanych elementów szlaku. W porównaniu ze zsekwencjonowanymi genomami Drosophila i Anopheles, pszczoły miodne posiadają około jednej trzeciej więcej genów w 17 rodzinach genów związanych z odpornością na owady. Sugerujemy, że domniemane zmniejszenie elastyczności immunologicznej u pszczół odzwierciedla albo siłę społecznych barier przeciwko chorobom, albo tendencję do atakowania pszczół przez ograniczony zestaw wysoce współewoluujących patogenów. |
s4y6uxsb | ElaD, deubikwitynująca proteaza wyrażana przez E. coli | TŁO: Ubikwityna i białka podobne do ubikwityny (Ubl) są przeznaczone do modyfikowania polipeptydów u eukariontów. Wiązanie kowalencyjne ubikwityny lub Ubls z białkami substratowymi można odwrócić przez specyficzne hydrolazy. Jeden szczególny zestaw proteaz cysteinowych, klan CE, którego celem są ubikwityna i Ubls, ma homologi u eukariontów, prokariotów i wirusów. USTALENIA: Sklonowaliśmy i przeanalizowaliśmy białko elaD E. coli, które jest daleko spokrewnione z członkami eukariotycznego klanu CE z rodziny proteaz ULP/SENP, które są specyficzne dla SUMO i Nedd8. Wcześniej błędnie opisywany jako domniemana sulfataza/fosfataza, elaD jest wydajnym i specyficznym enzymem deubikwitynującym in vitro. Co ciekawe, elaD występuje we wszystkich patogennych szczepach jelitowych E. coli, ale wyraźnie nie występuje w pozajelitowych szczepach patogennych (ExPEC). Dalsze homologi tej proteazy można znaleźć w Acanthamoeba Polyphaga Mimivirus oraz w Alpha-, Beta- i Gammaproteobacteria. WNIOSEK: Ekspresja hydrolaz związanych z ULP/SENP w bakteriach rozciąga się zatem na patogeny roślinne i medycznie istotne szczepy Escherichia coli, Legionella pneumophila, Rickettsiae, Chlamydiae i Salmonellae, u których ortolog eLAD został niedawno zidentyfikowany jako czynnik wirulencji z aktywnością deubikwitynującą. Jako kontrapunkt, nasze badanie filogenetyczne i funkcjonalne ujawnia, że starożytne eukariotyczne proteazy ULP/SENP mają również potencjał hydrolizy specyficznej dla ubikwityny, co sugeruje wczesne wspólne pochodzenie tego klanu peptydaz. |
9zmyojbu | Analiza mutacji ludzkiego CEACAM1: potencjał polimorfizmu receptora w zwiększaniu podatności gospodarza na infekcje bakteryjne | Wspólne nakładające się miejsce na N-końcowej domenie IgV-podobnej cząsteczek adhezyjnych komórek związanych z ludzkim antygenem rakowo-płodowym (CEA) (CEACAM) jest celem kilku ważnych ludzkich patogenów układu oddechowego. Należą do nich Neisseria meningitidis (Nm) i Haemophilus influenzae (Hi), które mogą powodować rozsiane lub uporczywe zlokalizowane zakażenia. Aby zdefiniować dokładne cechy strukturalne, które determinują wiązanie różnych patogenów z CEACAM, podjęliśmy się modelowania molekularnego i mutacji cząsteczek receptora we wcześniej zaangażowanych kluczowych resztach docelowych wymaganych do wiązania bakterii. Obejmują one Ser-32, Tyr-34, Val-39, Gln-44 i Gln-89, oprócz Ile-91, głównego miejsca dokowania dla patogenów. Większość, ale nie wszystkie, z tych reszt sąsiadują ze sobą w poprzednim modelu domeny N ludzkiego CEACAM1, który był oparty na REI, CD2 i CD4. W obecnych badaniach udoskonaliliśmy ten model w oparciu o mysią strukturę krystaliczną CEACAM1 i zaobserwowaliśmy, że wszystkie powyższe reszty tworzą wyeksponowany ciągły region wiązania w domenie N. Badanie modelu sugerowało również, że podstawienie dwóch z tych reszt 34 i 89 może wpływać na dostępność Ile-91 do wiązania liganda. Wprowadzając wybrane mutacje w pozycjach 91, 34 i 89, potwierdziliśmy pierwszorzędne znaczenie Ile-91 we wszystkich wiązaniach bakterii z CEACAM1, pomimo międzygatunkowych i wewnątrzgatunkowych różnic strukturalnych między bakteryjnymi ligandami wiążącymi CEACAM. Badania wykazały ponadto, że wydajność wiązania została znacznie zwiększona dla określonych szczepów przez mutacje, takie jak Y34F i Q89N, które również zmieniły hierarchię wiązania Nm względem szczepu Hi. Badania te sugerują, że wyraźne polimorfizmy w ludzkich nabłonkowych CEACAM mogą potencjalnie zmniejszać lub zwiększać ryzyko infekcji przez patogeny ukierunkowane na receptor. |
4y8ghcpq | Zapalny zespół rekonstytucji immunologicznej (IRIS): przegląd typowych objawów zakaźnych i możliwości leczenia | Zapalny zespół rekonstytucji immunologicznej (IRIS) u pacjentów zakażonych wirusem HIV rozpoczynających terapię przeciwretrowirusową (ART) wynika z przywrócenia odporności na określone antygeny zakaźne lub niezakaźne. Zespół charakteryzuje paradoksalne kliniczne pogorszenie znanego stanu lub pojawienie się nowego stanu po rozpoczęciu terapii. Potencjalne mechanizmy tego zespołu obejmują częściową regenerację układu odpornościowego lub wybujałą odpowiedź immunologiczną gospodarza na bodźce antygenowe. Ogólna częstość występowania IRIS jest nieznana, ale zależy od badanej populacji i leżącej u jej podstaw oportunistycznego obciążenia zakaźnego. Najczęstszymi patogenami zakaźnymi związanymi z tym zespołem są prątki, varicella zoster, herpeswirusy i cytomegalowirus (CMV). Nie istnieje żadna pojedyncza opcja leczenia i zależy ona od czynnika zakaźnego i jego obrazu klinicznego. Obecnie prowadzone są prospektywne badania kohortowe dotyczące optymalnego badania przesiewowego i leczenia zakażeń oportunistycznych u pacjentów kwalifikujących się do ART. Badania te dostarczą dowodów na opracowanie wytycznych dotyczących leczenia w celu zmniejszenia obciążenia IRIS. Dokonujemy przeglądu dostępnej literatury na temat patogenezy i epidemiologii IRIS oraz przedstawiamy opcje leczenia częstszych objawów zakaźnych tego zróżnicowanego zespołu oraz objawów związanych z wysoką zachorowalnością. |
63bos83o | Globalny nadzór nad pojawiającymi się genotypami wirusa grypy za pomocą spektrometrii masowej | TŁO: Skuteczny nadzór nad grypą wymaga nowych metod umożliwiających szybką i niedrogą analizę genomową ewoluujących gatunków wirusa pod kątem gotowości na wypadek pandemii, zrozumienia ewolucji krążących gatunków wirusa oraz selekcji szczepów do szczepionek. Opracowaliśmy jedno takie podejście w oparciu o wcześniej opisaną technologię odwrotnej transkrypcji PCR/spektrometrię mas z jonizacją metodą elektrorozpylania o szerokim zakresie (RT-PCR/ESI-MS). METODY I GŁÓWNE WYNIKI: Analiza składu zasad amplikonu RT-PCR z rdzeniowych segmentów genów grypy (PB1, PB2, PA, M, NS, NP) służy do identyfikacji podgatunków i wywnioskowania podtypów H i N wirusa grypy. Stosując to podejście, wykryliśmy i prawidłowo zidentyfikowaliśmy 92 izolaty ssaczej i ptasiej grypy, reprezentujące 30 różnych typów H i N, w tym 29 izolatów ptasiej H5N1. Co więcej, bezpośrednia analiza 656 ludzkich klinicznych próbek układu oddechowego zebranych w okresie siedmiu lat (1999-2006) wykazała prawidłową identyfikację gatunków i podtypów wirusa z >97% czułością i swoistością. Klastry pochodzące ze składu podstawowego wywnioskowane z tej analizy wykazały 100% zgodność z wcześniej ustalonymi kladami. Trwający nadzór próbek z ostatnich sezonów grypy (2005–2006) wykazał dowody na pojawienie się i ustanowienie nowych genotypów krążących szczepów H3N2 na całym świecie. Mieszane quasi-gatunki wirusowe zostały znalezione w około 1% tych ostatnich próbek, co daje wgląd w ewolucję wirusa. WNIOSEK/ZNACZENIE: Tak więc szybką analizę RT-PCR/ESI-MS można zastosować do jednoczesnej identyfikacji wszystkich gatunków wirusów grypy z rozdzielczością na poziomie kladu, identyfikacji mieszanych populacji wirusów oraz monitorowania globalnego rozprzestrzeniania się i pojawiania się nowych genotypów wirusów. Ta wysokowydajna metoda ma szansę stać się integralnym elementem nadzoru nad grypą. |
hqc7u9w3 | Parametry transmisji epidemii pryszczycy w 2001 roku w Wielkiej Brytanii | Pomimo intensywnych, trwających badań, kluczowe aspekty przestrzenno-czasowej ewolucji epidemii pryszczycy (FMD) w Wielkiej Brytanii (GB) w 2001 r. pozostają niewyjaśnione. Tutaj opracowujemy metodę Markowa Łańcucha Monte Carlo (MCMC) do szacowania parametrów epidemiologicznych epidemii z 2001 r. dla szeregu prostych modeli transmisji. Przyjmujemy upraszczające założenie, że farmy zakaźne były całkowicie obserwowane w 2001 r., co jest równoważne założeniu, że farmy, które zostały aktywnie uśmiercone, ale u których nie zdiagnozowano FMD, nie były zakaźne, nawet jeśli niektóre były zakażone. Szacujemy, jak parametry transmisji zmieniały się w czasie, podkreślając wpływ środków kontroli na postęp epidemii. Przedstawiamy statystycznie istotne dowody na różne wzorce kontaktów między zwierzętami tego samego gatunku. Dla dopasowanych modeli przedstawiono predykcyjne mapy ryzyka potencjału transmisji w różnych obszarach geograficznych Wielkiej Brytanii. |
87zt7lew | Wydajna replikacja wirusa zapalenia płuc myszy (PVM) w linii komórkowej makrofagów myszy | Wirus zapalenia płuc myszy (PVM; rodzina Paramyxoviridae, podrodzina Pneumovirinae) jest naturalnym patogenem układu oddechowego gatunków gryzoni i ważnym nowym modelem do badania ciężkiego wirusowego zapalenia oskrzelików i zapalenia płuc. Jednak pomimo wysokich mian wirusa typowo wykrywanych w zakażonej mysiej tkance płuc in vivo, linie komórkowe rutynowo stosowane do namnażania wirusa in vitro nie są wysoce podatne na zakażenie PVM. Oceniliśmy kilka linii komórkowych gryzoni i naczelnych pod kątem podatności na zakażenie PVM i wykryliśmy najwyższe miana wirusa z zakażenia mysią linią komórkową monocyt-makrofag RAW 264,7. Dodatkowo replikacja wirusa w komórkach RAW 264.7 indukuje syntezę i wydzielanie cytokin prozapalnych istotnych dla wirusowej choroby układu oddechowego, w tym czynnika martwicy nowotworu-α (TNF-α), interferonu-β (IFN-β), białek zapalnych makrofagów 1α i 1β ( MIP-1α i MIP-1β) oraz funkcjonalny homolog ludzkiej IL-8, mysiego peptydu zapalnego makrofagów 2 (MIP-2). Identyfikacja i charakterystyka linii komórkowej gryzoni, która wspiera replikację PVM i indukuje syntezę związanych z chorobą mediatorów prozapalnych, ułatwi badania molekularnych mechanizmów patogenezy wirusowej, które uzupełnią i poszerzą odkrycia z mysich systemów modelowych. |
wgxt36jv | Projektowanie i przeprowadzanie ćwiczeń planszowych w celu oceny gotowości zdrowia publicznego na zagrożenia biologiczne wywołane przez człowieka i naturalnie występujące | TŁO: Od 2001 r. stanowe i lokalne wydziały zdrowia w Stanach Zjednoczonych (USA) przyspieszyły wysiłki mające na celu przygotowanie się na poważne zagrożenia zdrowia publicznego. Jednym z elementów tych działań było opracowanie i prowadzenie programów ćwiczeń w celu oceny zdolności, szkolenia personelu i budowania relacji. Niniejszy dokument podsumowuje wnioski wyciągnięte z ćwiczeń planszowych na temat gotowości na wypadek sytuacji zagrożenia zdrowia publicznego oraz procesu ich opracowywania, przeprowadzania i oceny. METODY: Opracowaliśmy, przeprowadziliśmy i oceniliśmy 31 ćwiczeń stołowych we współpracy ze stanowymi i lokalnymi departamentami zdrowia w całych Stanach Zjednoczonych w latach 2003-2006. W celu zidentyfikowania aspektów samych ćwiczeń wykorzystano samoocenę uczestników, po raportach z działań oraz formularze oceny ćwiczeń stołowych , a także reagowanie na sytuacje kryzysowe w zakresie zdrowia publicznego, które uczestnicy uznali za mniej lub bardziej trudne, oraz podkreślenie wniosków wyciągniętych z projektowania ćwiczeń na stole. WYNIKI: Zaprojektowanie ćwiczeń wymagało znacznej współpracy z przedstawicielami uczestniczących departamentów zdrowia, aby zapewnić wiarygodność scenariuszy, skupienie uwagi na lokalnych potrzebach i priorytetach w zakresie gotowości oraz wykonalność logistyczną. Podczas wykonywania ćwiczeń prawie wszystkie departamenty zdrowia zmagały się ze wspólnym zestawem wyzwań związanych z nadzorem nad chorobami, badaniami epidemiologicznymi, komunikacją, dowodzeniem i kontrolą oraz zdolnością do nagłych wypadków w opiece zdrowotnej. W przeciwieństwie do tego, mocne strony wyników były bardziej zróżnicowane w uczestniczących witrynach, odzwierciedlając specyficzne cechy poszczególnych wydziałów zdrowia lub społeczności, doświadczenie z rzeczywistymi sytuacjami kryzysowymi dotyczącymi zdrowia publicznego lub nacisk na wcześniejsze działania przygotowawcze. WNIOSEK: Projekt, przeprowadzenie i ocena ćwiczeń stołowych opisanych w tym raporcie skorzystały na wspólnym planowaniu, które obejmowało interesariuszy z uczestniczących departamentów zdrowia oraz twórców ćwiczeń i moderatorów spoza uczestniczących agencji. Chociaż ćwiczenia te zidentyfikowały zarówno mocne, jak i słabe strony gotowości na wypadek sytuacji kryzysowych, potrzebna jest dodatkowa praca w celu opracowania wiarygodnych wskaźników do oceny wyników ćwiczeń, informowania o dalszych krokach działań i opracowania projektów ćwiczeń ponownej oceny, które oceniają wpływ interwencji po ćwiczeniach. |
qbldmef1 | Adnotacja na poziomie transkrypcji zestawów sond Affymetrix poprawia interpretację danych dotyczących ekspresji genów | TŁO: Szerokie zastosowanie mikromacierzy Affymetrix w poszerzonych dziedzinach badań biologicznych sprawiło, że adnotacja probesetu stała się ważną kwestią. Standardowa adnotacja zestawu sond Affymetrix znajduje się na poziomie genu, tj. zestaw sond jest precyzyjnie powiązany z genem, a intensywność zestawu sond jest interpretowana jako ekspresja genu. Zwiększona wiedza, że jeden gen może mieć wiele wariantów transkrypcyjnych, wyraźnie wskazuje na konieczność aktualizacji tej adnotacji na poziomie genu do udoskonalonego poziomu transkrypcji. WYNIKI: Poprzez wykonanie rygorystycznego dopasowania sekwencji sond Affymetrix do obszernej puli obecnie dostępnych sekwencji transkryptów oraz dalsze połączenie sond z Międzynarodowym Indeksem Białkowym, wygenerowaliśmy tabele adnotacji na poziomie transkryptu lub białka dla dwóch popularnych macierzy ekspresji Affymetrix, Macierz genomu myszy 430A 2.0 i macierz genomu ludzkiego U133A. Zastosowanie naszych nowych adnotacji w ponownym badaniu istniejących zestawów danych dotyczących ekspresji wykazuje zwiększoną spójność ekspresji wśród synonimicznych zestawów sond i wzmocnioną korelację ekspresji między oddziałującymi białkami. WNIOSEK: Udoskonalając standardową adnotację Affymetrix zestawów sond mikromacierzy z poziomu genu na poziom transkryptu i poziom białka, można uzyskać bardziej wiarygodną interpretację ich danych eksperymentalnych, co może prowadzić do odkrycia głębszego mechanizmu regulacyjnego. |
End of preview. Expand
in Dataset Viewer.
Part of BEIR-PL: Zero Shot Information Retrieval Benchmark for the Polish Language.
Link to arxiv: https://arxiv.org/pdf/2305.19840.pdf
Contact: konrad.wojtasik@pwr.edu.pl
- Downloads last month
- 42
Size of downloaded dataset files:
81.6 MB
Size of the auto-converted Parquet files:
130 MB
Number of rows:
171,382