Datasets:

clarin-knext

/

trec-covid-pl

like 0

wtvfow2f

Ujednolicenie informacji ewolucyjnych i termodynamicznych dla fałdowania RNA wielu dopasowań

Metody obliczeniowe do określania drugorzędowej struktury sekwencji RNA z danych dopasowań są obecnie oparte albo na fałdowaniu termodynamicznym, kompensacyjnych podstawieniach par zasad, albo na obu. Jednak obecnie nie istnieje podejście łączące oba źródła informacji w jednym zadaniu optymalizacyjnym. W tym miejscu przedstawiamy model, który formalnie integruje zarówno podejście oparte na energii, jak i na ewolucji, aby przewidzieć fałdowanie wielu wyrównanych sekwencji RNA. Wdrożyliśmy rozszerzoną wersję Pfold, która identyfikuje pary zasad, które mają wysokie prawdopodobieństwo zachowania i są korzystne energetycznie. Strukturę konsensusu przewiduje się przy użyciu schematu punktacji maksymalnej oczekiwanej dokładności w celu złagodzenia wpływu błędnie przewidywanych par zasad. Strojenie parametrów wykazało, że prawdopodobieństwo parowania zasad ma większy wpływ na przewidywanie struktury RNA niż odpowiadające prawdopodobieństwo bycia jednoniciowym. Ponadto odkryliśmy, że strukturalnie konserwowane motywy RNA są w większości wspierane przez energie fałdowania. Inne problemy (np. kinetyka fałdowania RNA) mogą również skorzystać na zastosowaniu zasad wprowadzonego przez nas modelu. Nasza implementacja, PETfold, została przetestowana na zestawie 46 dobrze wyselekcjonowanych rodzin Rfam, a jej wydajność w porównaniu z Pfold i RNAalifold była korzystniejsza.

nv228vte

Czuły test oparty na macierzach do identyfikacji wielu wariantów genów fuzyjnych TMPRSS2:ERG

Badania nad fuzjami genów w guzach litych nie są tak rozległe jak w przypadku nowotworów hematologicznych z powodu kilku technicznych i analitycznych problemów związanych z heterogenicznością guza. Niemniej jednak, po odkryciu nawracających fuzji TMPRSS2:ETS w raku prostaty, rośnie zainteresowanie rolą genów fuzyjnych we wspólnych nowotworach nabłonkowych. Spośród wszystkich opisanych partnerów fuzyjnych w rodzinie genów ETS, TMPRSS2:ERG jest najbardziej rozpowszechnionym. Tutaj przedstawiamy prosty i czuły test oparty na mikromacierzach, który jest w stanie jednocześnie określić wiele wariantów fuzji za pomocą pojedynczej RT-PCR w zanieczyszczonych próbkach RNA. Test wykrył transkrypty fuzyjne TMPRSS2:ERG z czułością wykrywania <10 komórek w obecności ponad 3000 razy nadmiaru normalnego RNA oraz w pierwotnych guzach prostaty nie zawierających >1% komórek rakowych. Zdolność do wykrywania wielu wariantów transkryptu w jednym teście jest krytycznie zależna zarówno od projektu startera, jak i sondy. Test powinien ułatwiać kliniczne i podstawowe badania przesiewowe genów fuzyjnych w próbkach klinicznych, ponieważ można go łatwo dostosować do wielu loci genowych.

5j496cx0

Dostarczanie oligomerów morfolino w blokach sterycznych przez peptydy (R-X-R)(4): badania struktury i aktywności

Przekierowanie maszynerii splicingowej poprzez hybrydyzację analogów oligonukleotydów o wysokim powinowactwie RNazy H, takich jak fosforoamidowe oligonukleotydy morfolino (PMO), może prowadzić do ważnych zastosowań klinicznych. Koniugacja chemiczna PMO z bogatymi w argininę peptydami penetrującymi komórki (CPP), takimi jak (R-Ahx-R)(4) (przy czym Ahx oznacza kwas 6-aminoheksanowy) prowadzi do korekty splicingu specyficznego dla sekwencji przy braku środków endosomolitycznych w hodowla komórkowa w przeciwieństwie do większości konwencjonalnych CPP. Co ważne, koniugaty (R-Ahx-R)(4)-PMO są skuteczne w mysich modelach różnych infekcji wirusowych i dystrofii mięśniowej Duchenne'a. Niestety, aktywne dawki w niektórych zastosowaniach mogą być zbliżone do cytotoksycznych, co stanowi wyzwanie dla ogólnoustrojowego podawania koniugatów w tych warunkach klinicznych. Podjęto zatem badania zależności między strukturą a aktywnością, aby odkryć cechy strukturalne CPP ważne dla skutecznego dostarczania sprzężonego PMO do jądra i ograniczających etapy ich ścieżki internalizacji. Monitorowano powinowactwo do heparyny (przyjętej jako modelowy siarczan heparanu), hydrofobowość, wychwyt komórkowy, dystrybucję wewnątrzkomórkową i korekcję splicingu. Odstępy między ładunkami, hydrofobowość łącznika między grupami Arg i stereochemia Arg wpływają na skuteczność korekcji splicingu. Zaobserwowano istotną korelację między wydajnością korekcji splicingu, powinowactwem do heparyny i zdolnością do destabilizacji modelowych pęcherzyków syntetycznych, ale nie znaleziono korelacji z wychwytem komórkowym. Wysiłki będą musiały skoncentrować się na ucieczce z endosomów, ponieważ wydaje się, że pozostaje ona czynnikiem ograniczającym dostarczanie tych przekierowujących splicing analogów ON.

6zrv687k

Mechanizmy immunologiczne odpowiedzialne za szczepienie i eliminację zakażenia norowirusami błon śluzowych i limfatycznych

Dwa główne przejawy odporności wirusowej to skuteczne usuwanie ostrej infekcji i zdolność do szczepienia przeciwko wtórnej ekspozycji na wirusy. W przypadku norowirusów udział komórek T w usuwaniu wirusa i szczepieniach nie został wyjaśniony. Podajemy tutaj, że zarówno limfocyty T CD4 jak i CD8 są wymagane do skutecznego usuwania pierwotnego mysiego norowirusa (MNV) z jelit i węzłów chłonnych jelit. Ponadto długotrwała odporność ochronna została wygenerowana przez doustne szczepienie żywym wirusem. Szczepienie ogólnoustrojowe białkiem kapsydu MNV również skutecznie chroniło przed prowokacją śluzówkową, podczas gdy szczepienie białkiem kapsydu daleko spokrewnionego ludzkiego wirusa Lordsdale zapewniało częściową ochronę. W pełni skuteczne szczepienie wymagało szerokiej odpowiedzi immunologicznej obejmującej limfocyty T CD4, limfocyty T CD8 i limfocyty B, ale znaczenie określonych typów komórek odpornościowych różniło się w zależności od jelita i węzłów chłonnych jelit. Perforyna, ale nie interferon gamma, była wymagana do usunięcia infekcji MNV przez adoptywnie przeniesione limfocyty T od zaszczepionych gospodarzy. Badania te dowodzą wykonalności szczepień zarówno śluzówkowych, jak i ogólnoustrojowych przeciwko zakażeniu norowirusem błony śluzowej, wykazują specyficzność tkankową komórek odpornościowych norowirusa i wskazują, że skuteczne strategie szczepienia powinny indukować silne odpowiedzi limfocytów T CD4 i CD8.

sasijnks

Interes własny a interes grupy w kontroli antywirusowej

Okrzyknięto, że środki przeciwwirusowe są obiecujące w leczeniu i zapobieganiu pojawiającym się chorobom wirusowym, takim jak ptasia grypa H5N1 i SARS. Jednak leki przeciwwirusowe nie są całkowicie nieszkodliwe, a warunki, w jakich ludzie chcą uczestniczyć w programie leczenia antywirusowego na dużą skalę, nie są jeszcze znane. Wykonujemy analizy dynamiki populacji i analizy teoretyczne gry w szeroko zakrojonych profilaktycznych programach leczenia przeciwwirusowego. W całym tekście porównujemy strategię kontroli antywirusowej, która jest optymalna z punktu widzenia zdrowia publicznego, ze strategią kontroli, która ewoluowałaby, gdyby jednostki podejmowały własne, racjonalne decyzje. W tym celu badamy warunki, w których program kontroli antywirusowej na dużą skalę może zapobiec epidemii i analizujemy, w którym momencie rozwijającej się epidemii ryzyko infekcji zaczyna przeważać nad kosztami leczenia przeciwwirusowego. Umożliwia to zbadanie, w jaki sposób optymalna strategia kontroli jest kształtowana przez skuteczność leków przeciwwirusowych, ryzyko zgonu wskutek profilaktyki przeciwwirusowej oraz przenośność patogenu. Nasze analizy pokazują, że może istnieć silna zachęta do zażywania mniejszej ilości leków przeciwwirusowych niż jest to optymalne z punktu widzenia zdrowia publicznego. W szczególności, gdy zdrowie publiczne wymaga wczesnej i agresywnej kontroli w celu zapobieżenia lub ograniczenia pojawiającego się patogenu, indywidualne leczenie przeciwwirusowe jest atrakcyjne tylko wtedy, gdy ryzyko infekcji stało się nie do pominięcia. Możliwe nawet, że z punktu widzenia zdrowia publicznego sytuacja, w której wszyscy biorą leki przeciwwirusowe, jest optymalna, a proces indywidualnego wyboru prowadzi do sytuacji, w której nikt nie chce brać leków przeciwwirusowych.

slxdonqi

Międzypodtypowa odporność na ptasią grypę u osób niedawno zaszczepionych na grypę

Wirus ptasiej grypy (H5N1) może przenosić się na ludzi, powodując ciężką lub śmiertelną chorobę. Celem tego badania była ocena krzyżowej reaktywności immunologicznej między szczepami ludzkiej i ptasiej grypy (H5N1) u zdrowych dawców zaszczepionych przeciwko grypie sezonowej typu A (H1N1)/(H3N2). Niewielką częstość komórek T CD4 specyficznych dla podtypu H5N1 wykryto u kilku osób na początku badania, a sezonowe podawanie szczepionki zwiększyło częstość takich reaktywnych komórek T CD4. Zaobserwowaliśmy również, że szczepienia sezonowe są w stanie podnieść neutralizującą odporność przeciwko grypie (H5N1) u dużej liczby dawców. Nie zaobserwowano korelacji między komórkami T CD4 specyficznymi dla grypy a odpowiedziami humoralnymi. N1 może być prawdopodobnie celem zarówno komórkowej, jak i humoralnej odporności krzyżowej, ale potrzebne są dodatkowe eksperymenty, aby wyjaśnić ten punkt. Odkrycia te podkreślają możliwość zwiększenia odporności komórkowej i humoralnej między typami przeciwko wysoce zjadliwemu wirusowi ptasiej grypy A podtyp H5N1 poprzez szczepienie przeciwko grypie sezonowej.

uj7lyawj

Zakażenia ludzkim bocawirusem u hospitalizowanych dzieci i dorosłych

Badania wykazały ludzki bocawirus (HBoV) u dzieci z infekcjami dróg oddechowych (RTI), ale tylko sporadycznie u dorosłych. Poszukiwaliśmy DNA HBoV w aspiratach z nosogardzieli (NPA) od dorosłych z zaostrzeniem przewlekłego zapalenia oskrzeli lub płuc, od dzieci hospitalizowanych z powodu ostrych RTI oraz od bezobjawowych dzieci zimą 2002–2003 w Kanadzie. HBoV wykryto w NPA u 1 (0,8%) ze 126 dorosłych z objawami, 31 (13,8%) z 225 dzieci z objawami i 43 (43%) ze 100 bezobjawowych dzieci poddawanych planowej operacji. Inny wirus wykryto w 22 (71%) z 31 HBoV-dodatnich NPA od dzieci z objawami. Zidentyfikowano dwa klady HBoV. Patogenna rola HBoV w RTI jest niepewna, ponieważ była ona często wykrywana u dzieci z objawami i bez objawów, a u dzieci z objawami często występowała z innymi wirusami.

qww6pe61

Planowanie pandemii grypy w Stanach Zjednoczonych z perspektywy nierówności zdrowotnych

Zbadaliśmy, jak różne grupy społeczno-ekonomiczne i rasowe/etniczne w Stanach Zjednoczonych mogą poradzić sobie w pandemii grypy na podstawie czynników społecznych, które kształtują ekspozycję, podatność na wirus grypy oraz terminowość i adekwatność leczenia. Omawiamy polityki, które mogą w różny sposób wpływać na ryzyko choroby lub śmierci grup społecznych. Naszym celem nie jest ustalenie dokładnej wielkości rozbieżności, które mogą wystąpić; chodzi raczej o zwrócenie uwagi na możliwe do uniknięcia dysproporcje, których można się spodziewać w przypadku braku systematycznego zwracania uwagi na zróżnicowane zagrożenia społeczne w planach gotowości na wypadek pandemii. Decydenci na szczeblu federalnym, stanowym i lokalnym powinni rozważyć potencjalne źródła nierówności społeczno-ekonomicznych i rasowo/etnicznych podczas pandemii i sformułować konkretne plany w celu zminimalizowania tych dysproporcji.

0wx6yoo8

Konflikt i pojawiające się choroby zakaźne

av0wlbua

Globalna dystrybucja nowego genotypu rinowirusa

Globalny nadzór nad nowym genotypem rinowirusa wykazał jego związek z epidemiami w społeczności i chorobami układu oddechowego u dzieci w Afryce, Azji, Australii, Europie i Ameryce Północnej. Datowanie molekularne wskazuje, że wirusy te krążą od co najmniej 250 lat.

iar66keo

Opłacalne strategie ukończenia Interactome

Trwają kompleksowe projekty mapowania interakcji białek dla wielu gatunków modelowych i ludzi. Kluczowym krokiem w tych projektach jest oszacowanie czasu, kosztów i personelu wymaganego do uzyskania dokładnej i kompletnej mapy. Tutaj modelujemy koszt ukończenia mapy interakcji w całym spektrum projektów eksperymentalnych. Pokazujemy, że obecne wysiłki mogą wymagać do 20 niezależnych testów obejmujących każdą parę białek, aby zbliżyć się do zakończenia. Badamy projekty umożliwiające znaczne zmniejszenie tego kosztu, w tym ustalanie priorytetów par białek, progowanie prawdopodobieństwa i przewidywanie interakcji. Najlepsze projekty obniżają całkowity koszt czterokrotnie i >100-krotnie na wczesnych etapach mapowania. Przedstawiamy najlepszą strategię w trwającym projekcie w Drosophila, w którym mapujemy 450 interakcji o wysokim stopniu ufności przy użyciu 47 płytek mikrotitracyjnych w porównaniu z tysiącami płytek oczekiwanych przy użyciu obecnych projektów. Niniejsze badanie zapewnia ramy do oceny wykonalności projektów mapowania interakcji i przyszłych wysiłków na rzecz zwiększenia ich wydajności.

elhp6rx6

Rozszerzone zapalenie płuc chroni przed zapaleniem płuc grypy typu A

TŁO: Grypowe zapalenie płuc co roku powoduje wysoką śmiertelność, a epizody pandemii zabijają miliony ludzi. Śmiertelność związana z grypą była różnie przypisywana nieskutecznej odpowiedzi gospodarza, która nie ogranicza replikacji wirusa, nadmiernej odpowiedzi zapalnej gospodarza, która prowadzi do uszkodzenia płuc i upośledzenia wymiany gazowej, lub nadkażenia bakteryjnego. Staraliśmy się ustalić, czy zapalenie płuc sprzyja lub osłabia przeżycie gospodarza w przypadku grypy. METODY I WYNIKI: Aby rozróżnić te możliwe przyczyny zgonów związanych z grypą, wywołaliśmy silne zapalenie płuc, wystawiając myszy na lizat bakteryjny w aerozolu przed prowokacją żywym wirusem. Leczenie indukowało ekspresję cytokin zapalnych IL-6 i TNF w popłuczynach oskrzelowo-pęcherzykowych odpowiednio 8- i 40-krotnie większą niż wywołana przez śmiertelne zakażenie grypą. Jednak to nasilone zapalenie wiązało się z uderzającą opornością na śmiertelność gospodarza (0% vs 90% przeżycie, p = 0,0001) i zmniejszonymi mianami wirusa (p = 0,004). Nie zaobserwowano nadkażenia bakteryjnego płuc zakażonych wirusem. Gdy myszy wielokrotnie eksponowano na lizat bakteryjny, co byłoby klinicznie pożądane podczas epidemii grypy, nie było tachyfilaksji wywołanej oporności wirusa. Gdy lizat bakteryjny podawano po prowokacji wirusowej, nadal występowała pewna korzyść w zakresie śmiertelności, a po dodaniu rybawiryny do lizatu bakteryjnego w postaci aerozolu synergistycznie poprawiono przeżywalność gospodarza (0% vs 93,3%, p<0,0001). WNIOSKI: Łącznie dane te wskazują, że wrodzoną odporność immunologiczną na grypę można skutecznie stymulować i sugerują, że nieskuteczne, a nie nadmierne zapalenie jest główną przyczyną śmiertelności w przypadku zapalenia płuc wywołanego grypą.

xu9llz9u

Nowy peptyd zwiększa skuteczność terapeutyczną liposomalnych leków przeciwnowotworowych w mysich modelach ludzkiego raka płuc

Rak płuc jest główną przyczyną śmiertelności związanej z nowotworami na całym świecie. Brak specyficzności wobec nowotworu pozostaje główną wadą skutecznych chemioterapii i skutkuje toksycznością ograniczającą dawkę. Jednak system dostarczania leków za pośrednictwem ligandów powinien być w stanie sprawić, że chemioterapia będzie bardziej specyficzna dla komórek nowotworowych i mniej toksyczna dla normalnych tkanek. W tym badaniu wyizolowaliśmy nowy ligand peptydowy z biblioteki peptydów prezentowanych na fagach, które wiązały się z liniami komórkowymi niedrobnokomórkowego raka płuc (NSCLC). Ukierunkowujący fag wiązał się z kilkoma liniami komórkowymi NSCLC, ale nie z normalnymi komórkami. Zarówno fag kierujący, jak i syntetyczny peptyd rozpoznawały próbki chirurgiczne NSCLC z wynikiem 75% (27 z 36 próbek). U myszy z ciężkim złożonym niedoborem odporności (SCID) niosących heteroprzeszczepy NSCLC, nakierowany fag specyficznie wiązał się z masami guza. Zdolność nakierowywania guza do guza była hamowana przez pokrewny peptyd syntetyczny, ale nie przez peptyd kontrolny lub zmutowany WTY. Gdy peptyd ukierunkowujący połączono z liposomami niosącymi doksorubicynę lub winorelbinę, wskaźnik terapeutyczny środków chemioterapeutycznych i wskaźniki przeżycia myszy z heteroprzeszczepami ludzkiego raka płuca znacznie wzrosły. Co więcej, ukierunkowane liposomy zwiększyły akumulację leku w tkankach guza 5,7-krotnie w porównaniu z lekami wolnymi i nasiliły apoptozę komórek rakowych, wynikającą z wyższego stężenia biodostępnej doksorubicyny. Obecne badanie sugeruje, że ten specyficzny dla nowotworu peptyd może być wykorzystany do tworzenia chemioterapii ukierunkowanych specyficznie na komórki nowotworowe w leczeniu NSCLC i do projektowania celowanych wektorów do transferu genów lub może być wykorzystany w diagnostyce tego nowotworu złośliwego.

osioowtp

IL-1β, IL-6 i RANTES jako biomarkery nasilenia Chikungunya

TŁO: Niewiele wiadomo na temat immunopatogenezy wirusa Chikungunya. Przeanalizowano poziomy krążących mediatorów immunologicznych i czynników wzrostu u pacjentów zakażonych podczas pierwszego wybuchu gorączki chikungunya w Singapurze na początku 2008 r. w celu ustalenia biomarkerów związanych z zakażeniem i/lub ciężkością choroby. METODY I WYNIKI: Do tego retrospektywnego badania włączono dorosłych pacjentów z potwierdzoną laboratoryjnie infekcją gorączką Chikungunya, którzy zostali skierowani do Centrum Chorób Zakaźnych/Szpitala Tan Tock Seng w okresie od stycznia do lutego 2008 roku. Frakcje osocza analizowano za pomocą testu immunologicznego multipleks-mikroperełki. Wśród pacjentów najczęstszymi objawami klinicznymi były gorączka (100%), ból stawów (90%), wysypka (50%) i zapalenie spojówek (40%). Profile 30 cytokin, chemokin i czynników wzrostu umożliwiły odróżnienie postaci klinicznych Chikungunya od zdrowych osób z grupy kontrolnej, z pacjentami sklasyfikowanymi jako nieciężka i ciężka choroba. Poziomy 8 cytokin osocza i 4 czynniki wzrostu były znacząco podwyższone. Analiza statystyczna wykazała, że ​​wzrost poziomu IL-1β, IL-6 i spadek RANTES były związane z nasileniem choroby. WNIOSKI: Jest to pierwszy obszerny raport na temat wytwarzania cytokin, chemokin i czynników wzrostu podczas ostrej infekcji wirusem Chikungunya. Korzystając z tych biomarkerów, byliśmy w stanie odróżnić łagodną chorobę od cięższych postaci gorączki Chikungunya, umożliwiając w ten sposób identyfikację pacjentów ze złym rokowaniem i monitorowanie choroby.

ciuhyhb8

Ptasia grypa: Czy należy niepokoić Chiny?

Ptasia grypa stała się jednym z głównych problemów zdrowia publicznego XXI wieku. Szczep grypy H5N1 może przypadkowo zarażać ludzi i inne ssaki. Od czasu ich ponownego pojawienia się w 2003 r. wysoce zjadliwe wirusy ptasiej grypy A (H5N1) zostały przeniesione z drobiu na ludzi (poprzez bezpośredni lub pośredni kontakt z zarażonymi ptakami) w kilku prowincjach Chin kontynentalnych, co spowodowało 22 przypadki zakażenia ludzi i stworzył reperkusje dla chińskiej gospodarki. Ludzie obawiali się, czy w przyszłości nastąpi nowa pandemia. Zwalczanie patogennych wirusów ptasiej grypy wydaje się być najskuteczniejszym sposobem zapobiegania pandemii grypy. W tym artykule przeanalizowane zostaną cechy wirusa H5N1, w tym zachorowalność, infekcja, odporność, postępowanie kliniczne, zapobieganie i kontrola oraz terapia w Chinach kontynentalnych.

928pkpv2

Białko wirusa gorączki doliny Rift NSs promuje potranskrypcyjną regulację w dół kinazy białkowej PKR i hamuje fosforylację eIF2α

Wirus gorączki doliny Rift (RVFV) (rodzaj Phlebovirus, rodzina Bunyaviridae) jest wirusem o ujemnej nici RNA z trzyczęściowym genomem. RVFV jest przenoszony przez komary i powoduje gorączkę i ciężką chorobę krwotoczną u ludzi oraz gorączkę i wysoki wskaźnik aborcji u zwierząt gospodarskich. Niestrukturalne białko RVFV NSs hamuje transkrypcję mRNA gospodarza, w tym mRNA interferonu-β i jest głównym czynnikiem wirulencji. W niniejszym badaniu zbadano nową funkcję białka NSs RVFV poprzez testowanie replikacji RVFV pozbawionego genu NSs w obecności aktynomycyny D (ActD) lub α-amanityny, które pełniły funkcję zastępczą funkcji hamowania syntezy mRNA gospodarza NS. W obecności inhibitorów transkrypcji gospodarza replikacja RVFV pozbawionego białka NSs, ale nie zawierającego NSs, indukowała fosforylację dwuniciowej kinazy zależnej od RNA (PKR) za pośrednictwem eukariotycznego czynnika inicjacji (eIF)2α, prowadząc do tłumienie translacji białek gospodarza i wirusa. NS RVFV promowały potranskrypcyjną regulację w dół PKR na wczesnym etapie infekcji i hamowały akumulację ufosforylowanego eIF2α. Dane te sugerują, że połączenie replikacji RVFV i indukowanej przez NSs supresji transkrypcji u gospodarza indukuje pośredniczoną przez PKR fosforylację eIF2α, podczas gdy NS ułatwiają wydajną translację wirusa poprzez regulację w dół PKR i hamowanie pośredniczonej przez PKR fosforylacji eIF2α. Tak więc dwie odrębne funkcje NS, tj. tłumienie transkrypcji przez gospodarza, w tym mRNA interferonu typu I, oraz zmniejszenie PKR, współpracują ze sobą, aby zapobiegać wrodzonym funkcjom przeciwwirusowym gospodarza, umożliwiając wydajną replikację i przeżycie RVFV w zakażonych gospodarze ssaków.

87yq2317

Wirus grypy (H5N1) na targach żywych ptaków i żywności w Tajlandii

Program nadzoru nad wirusami grypy A (H5N1) został przeprowadzony na rynkach żywych ptaków i żywności w środkowej Tajlandii w okresie od lipca 2006 do sierpnia 2007 roku. Wyizolowano dwanaście wirusów podtypu H5N1. Wirusy podtypu H5N1 krążące na rynkach były genetycznie spokrewnione z tymi, które krążyły w Tajlandii w latach 2004-2005.

k2glr4pd

Działanie przeciwdrobnoustrojowe i przeciwutleniające Cortex Magnoliae Officinalis i niektórych innych roślin leczniczych powszechnie stosowanych w Azji Południowo-Wschodniej

TŁO: Osiem roślin leczniczych przetestowano pod kątem ich działania przeciwdrobnoustrojowego i przeciwutleniającego. Przetestowano również różne metody ekstrakcji pod kątem ich wpływu na bioaktywność roślin leczniczych. METODY: Osiem roślin, a mianowicie Herba Polygonis Hydropiperis (Laliaocao), Folium Murraya Koenigii (Jialiye), Rhizoma Arachis Hypogea (Huashenggen), Herba Houttuyniae (Yuxingcao), Epipremnum pinnatum (Pashulong), Rhizoma Typhonium (Cortonia Magnelis) Houpo) i Rhizoma Imperatae (Baimaogen) zbadano pod kątem ich potencjalnych właściwości przeciwdrobnoustrojowych i przeciwutleniających. WYNIKI: Ekstrakty Cortex Magnoliae Officinalis miały najsilniejsze działanie przeciwko M. Smegmatis, C. albicans, B. subtilis i S. aureus. Gotowane ekstrakty z Cortex Magnoliae Officinalis, Folium Murraya Koenigii, Herba Polygonis Hydropiperis i Herba Houttuyniae wykazały większą aktywność przeciwutleniającą niż inne testowane rośliny lecznicze. WNIOSEK: Spośród ośmiu testowanych roślin leczniczych Cortex Magnoliae Officinalis wykazała najwyższą aktywność przeciwdrobnoustrojową i przeciwutleniającą. Różne metody ekstrakcji dają różne widma bioaktywności.

jzwcy7dr

Wyniki z hipotezy generującej badanie kliniczno-kontrolne: Wirusy z rodziny opryszczki i schizofrenia wśród personelu wojskowego

Wstęp: Wirusy z rodziny Herpes mogą powodować zmiany zapalne ośrodkowego układu nerwowego, które mogą objawiać się objawami nieodróżnialnymi od schizofrenii i dlatego są przedmiotem zainteresowania badań nad schizofrenią. Większość istniejących badań wirusów opryszczki wykorzystuje małe populacje i próbki podiagnozowe. W ramach większego programu badawczego przeprowadziliśmy generujące hipotezę badanie kliniczno-kontrolne wybranych przeciwciał wirusa opryszczki wśród osób wypisanych z wojska USA ze schizofrenią i surowicami przed- i podiagnozowymi. Metody: Przypadkami (n = 180) byli żołnierze hospitalizowani i wypisywani ze służby wojskowej ze schizofrenią. Kontrole, 3:1 dopasowane pod względem kilku czynników, były członkami, którzy nie zostali zwolnieni. Wojsko rutynowo zbiera i przechowuje próbki surowicy członków. Wykorzystaliśmy test immunoenzymatyczny na mikropłytkach do pomiaru poziomu przeciwciał immunoglobuliny G (IgG) wobec 6 wirusów opryszczki w próbkach przed i po diagnostyce. Zastosowano warunkową regresję logistyczną, a miarą powiązania był współczynnik ryzyka (HR). Wyniki: Ogólnie rzecz biorąc, znaleźliśmy istotny związek między ludzkim wirusem opryszczki typu 6 a schizofrenią, z HR 1,17 (95% przedział ufności [CI] = 1,04, 1,32). Kobiety i czarni mieli istotny negatywny związek z wirusem opryszczki pospolitej typu 2 i cytomegalowirusem; wśród czarnych stwierdzono istotny dodatni związek z wirusem opryszczki pospolitej typu 1. Wśród mężczyzn zaobserwowano efekt czasowy HHV-6 z HR 1,41 (95% CI = 1,02, 1,96) dla surowic pobranych 6–12 miesięcy przed diagnozą . Dyskusja: Wyniki poprzednich badań wirusów z rodziny opryszczki i schizofrenii były niespójne. Nasze badanie opiera się na większej populacji niż większość wcześniejszych badań i wykorzystuje próbki surowicy zebrane przed wystąpieniem choroby. Badanie to wzbogaca zasób wiedzy i dostarcza sprawdzalnych hipotez do badań kontynuacyjnych.

e1sfuv1n

SARS-CoV: Lekcje dla zdrowia na świecie

9mma6rva

Nauka w polityce: przygotowania na pandemię grypy

Autoratywna gotowość rządu na wypadek pandemii wymaga podejścia opartego na dowodach. Opisano proces doradztwa naukowego, który wpłynął na obecne plany gotowości na wypadek pandemii w Wielkiej Brytanii. Ostateczne zatwierdzone artykuły naukowe są teraz publicznie dostępne.

e666nvl3

Ospa i pora roku: ponowna analiza danych historycznych

Zmienność sezonowa w przenoszeniu ospy jest jedną z najbardziej palących kwestii ekologicznych i ma znaczenie dla przygotowania do bioterroryzmu. W niniejszym badaniu ponownie przeanalizowano 7 historycznych zbiorów danych, które rejestrowały miesięczne przypadki lub zgony. Oprócz analiz szeregów czasowych zgłoszonych danych dokonano estymacji i analizy spektralnej efektywnej liczby reprodukcji w czasie kalendarzowym t, R(t). Zmienne meteorologiczne zostały wyodrębnione z raportu w Indiach z lat 1890-1921 i porównane ze śmiertelnością na ospę oraz R(t). Roczne cykle transmisji ospy były wyraźnie widoczne nie tylko w raportach miesięcznych, ale także w szacunkach R(t). Nawet krótkoterminowe dane dotyczące epidemii wyraźnie wykazywały roczny szczyt w styczniu. Zarówno śmiertelność, jak i R(t) wykazały, odpowiednio, istotny ujemny związek (P < 0,01) i korelację (P < 0,01) z wilgotnością. Odkrycia te sugerują, że transmisja ospy zmienia się znacznie w zależności od pory roku i jest najprawdopodobniej wzmacniana przez suchą pogodę.

akvhi38e

Chińskie czasopisma: przewodnik dla epidemiologów

Chińskie czasopisma z dziedziny epidemiologii, medycyny prewencyjnej i zdrowia publicznego zawierają wiele informacji o potencjalnym zainteresowaniu międzynarodowym. Jednak niewielu użytkowników spoza Chin zna tę literaturę. Dlatego artykuł ten zawiera przegląd współczesnej sceny w chińskich publikacjach czasopism biomedycznych, chińskich bazach danych bibliograficznych i chińskich czasopismach z zakresu epidemiologii, medycyny prewencyjnej i zdrowia publicznego. Omówiono wyzwania związane z przejściem na język angielski jako medium publikacji, rozwój publikowania danych bibliometrycznych z chińskich baz danych, perspektywę modelu publikacji Open Access w Chinach, kwestię tendencyjności językowej w przeglądach literatury oraz jakość czasopism chińskich. Zachęcamy epidemiologów do przeszukiwania chińskich baz bibliograficznych w poszukiwaniu artykułów z chińskich czasopism.

ecey1cyz

Kompletny genom i proteom Laribacter hongkongensis ujawniają potencjalne mechanizmy adaptacji do różnych temperatur i siedlisk

Laribacter hongkongensis to nowo odkryta Gram-ujemna pałeczka z rodziny Neisseriaceae związana z zapaleniem żołądka i jelit przenoszonym przez ryby słodkowodne i biegunką podróżnych. Pełna sekwencja genomu L. hongkongensis HLHK9, pobrana od immunokompetentnego pacjenta z ciężkim zapaleniem żołądka i jelit, składa się z chromosomu 3169 kb z zawartością G+C 62,35%. Analiza genomu ujawnia różne mechanizmy potencjalnie ważne dla jego adaptacji do różnorodnych siedlisk ludzkich i ryb słodkowodnych jelit oraz środowisk słodkowodnych. Zawartość genów potwierdza jego właściwości fenotypowe i sugeruje, że aminokwasy i kwasy tłuszczowe mogą być wykorzystywane jako źródła węgla. Szeroka gama transporterów, w tym transportery wielolekowe i transportery metali ciężkich, a także geny zaangażowane w chemotaksję, mogą umożliwić L. hongkongensis przetrwanie w różnych niszach środowiskowych. Obecne są geny kodujące ureazę, pompę wypływową soli żółciowych, adhezynę, katalazę, dysmutazę ponadtlenkową i inne przypuszczalne czynniki wirulencji, takie jak hemolizyny, toksyny RTX, białka podobne do patatyny, fosfolipaza A1 i kolagenazy. Proteomy L. hongkongensis HHLK9 hodowane w 37°C (temperatura ciała człowieka) i 20°C (temperatura siedliska słodkowodnego) wykazywały zróżnicowaną ekspresję genów, w tym dwie homologiczne kopie argB, argB-20 i argB-37, które kodują dwa izoenzymy kinazy N-acetylo-L-glutaminianowej (NAGK) — NAGK-20 i NAGK-37 — w szlaku biosyntezy argininy. NAGK-20 wykazywał wyższą ekspresję w 20°C, podczas gdy NAGK-37 wykazywał wyższą ekspresję w 37°C. NAGK-20 miał również niższą optymalną temperaturę dla aktywności enzymatycznych i był hamowany przez argininę prawdopodobnie jako kontrola negatywnego sprzężenia zwrotnego. Podobne zduplikowane kopie argB obserwuje się również u bakterii z gorących źródeł, takich jak Thermus thermophilus, Deinococcus geothermalis, Deinococcus radiodurans i Roseiflexus castenholzii, co sugeruje, że podobne mechanizmy adaptacji temperatury mogą być wykorzystywane przez inne bakterie. Analiza genomu i proteomu L. hongkongensis ujawniła nowe mechanizmy adaptacji do przetrwania w różnych temperaturach i siedliskach.

cpu38ryy

Złośliwy międzybłoniak

Złośliwy międzybłoniak jest śmiertelnym nowotworem związanym z azbestem, wywodzącym się z komórek wyścielających (mezotelium) jamy opłucnej i otrzewnej, a także osierdzia i osłonki pochwowej. Dokładna częstość występowania nie jest znana, ale szacuje się, że międzybłoniaki stanowią mniej niż 1% wszystkich nowotworów. Częstość jego występowania wzrasta, a szczyt spodziewany jest w ciągu najbliższych 10–20 lat. Złośliwy międzybłoniak opłucnej jest najczęstszą postacią międzybłoniaka. Typowymi objawami są ból w klatce piersiowej i duszność. Duszność spowodowana wysiękiem opłucnowym bez bólu w klatce piersiowej występuje u około 30% pacjentów. Mniej powszechnymi objawami są guz ściany klatki piersiowej, utrata masy ciała, pocenie się, ból brzucha i wodobrzusze (z powodu zajęcia otrzewnej). Międzybłoniak jest bezpośrednio związany z zawodowym narażeniem na azbest z historią narażenia w ponad 90% przypadków. Istnieją również dowody na to, że międzybłoniak może być wynikiem zarówno ekspozycji parazawodowej, jak i pozazawodowej ekspozycji „środowiskowej”. Międzybłoniak idiopatyczny lub samoistny może również wystąpić przy braku jakiejkolwiek ekspozycji na azbest, ze spontaniczną częstością u ludzi około jednego na milion. Połączenie dokładnej historii ekspozycji wraz z badaniem radiologicznym i patologią są niezbędne do postawienia diagnozy. Odróżnienie choroby złośliwej od łagodnej choroby opłucnej może być trudne. Najbardziej pomocne wyniki CT sugerujące złośliwą chorobę opłucnej to: 1) obwodowa opłucna opłucnej, 2) guzkowe pogrubienie opłucnej, 3) pogrubienie opłucnej > 1 cm i 4) zajęcie opłucnej śródpiersia. Zaleca się zaangażowanie wielodyscyplinarnego zespołu, aby zapewnić szybkie i odpowiednie postępowanie z wykorzystaniem radioterapii, chemioterapii, operacji i łagodzenia objawów z opieką u schyłku życia. Należy również wziąć pod uwagę kwestie odszkodowań. Średnia długość życia w złośliwym międzybłoniaku jest niska, a mediana przeżycia wynosi około jednego roku od diagnozy.

87mjdccj

Oporność na leki przeciwwirusowe podczas pandemii grypy: implikacje dla gromadzenia zapasów i używania narkotyków

TŁO: Przewidywany zakres stosowania leków przeciwwirusowych podczas pandemii grypy może mieć niekorzystne konsekwencje dla rozwoju lekooporności i racjonowania ograniczonych zapasów. Strategiczne stosowanie narkotyków jest zatem głównym problemem zdrowia publicznego w planowaniu skutecznych reakcji na pandemię. METODY: Zastosowaliśmy model matematyczny, który obejmuje zarówno wrażliwe, jak i oporne szczepy wirusa o potencjale pandemicznym i stosujemy leki przeciwwirusowe do leczenia infekcji klinicznych. Wykorzystując oszacowane parametry z opublikowanej literatury, model był symulowany dla różnych rozmiarów zapasów w celu oceny wyników różnych strategii przeciwwirusowych. WYNIKI: Wykazaliśmy, że pojawienie się wysoce przenośnych szczepów opornych nie ma znaczącego wpływu na wykorzystanie dostępnych zapasów, jeśli leczenie jest utrzymywane na niskim poziomie lub liczba reprodukcji wrażliwego szczepu jest wystarczająco wysoka. Jednak umiarkowane lub wysokie poziomy leczenia mogą skutkować szybszym wyczerpywaniem się zapasów, prowadząc do wyczerpania, poprzez promowanie szeroko rozpowszechnionej lekooporności. Zastosowaliśmy strategię przeciwwirusową, która opóźnia początek agresywnego leczenia o pewien czas po rozpoczęciu epidemii. Nasze wyniki pokazują, że jeśli wysokie poziomy leczenia zostaną wprowadzone zbyt wcześnie podczas wybuchu epidemii, potencjalnie może wystąpić druga fala infekcji o znacznie większej skali. Jednak terminowe wdrożenie leczenia na szeroką skalę może zapobiec rozprzestrzenianiu się oporności w populacji i zminimalizować ostateczną wielkość pandemii. WNIOSEK: Nasze wyniki pokazują, że konserwatywne poziomy leczenia we wczesnych stadiach epidemii, a następnie wzrost skali używania narkotyków w odpowiednim czasie, zapewnią skuteczną strategię zarządzania opornością na leki w populacji i unikania jej wyczerpania. W przypadku szczepu podobnego do 1918 roku odkrycia sugerują, że plany pandemiczne powinny uwzględniać gromadzenie leków przeciwwirusowych, aby objąć co najmniej 20% populacji.

yp1s77ez

Dynamika transmisji i perspektywy eliminacji wścieklizny psów

Wścieklizna została wyeliminowana z domowych populacji psów w Europie Zachodniej i Ameryce Północnej, ale każdego roku nadal zabija wiele tysięcy ludzi w Afryce i Azji. Ilościowe zrozumienie dynamiki przenoszenia w populacjach psów domowych dostarcza krytycznych informacji do oceny, czy możliwa jest globalna eliminacja wścieklizny u psów. Przedstawiamy obszerne obserwacje pojedynczych zwierząt z wścieklizną w Tanzanii i generujemy wyjątkowo szczegółową analizę biologii transmisji, która wyjaśnia ważne cechy epidemiologiczne, w tym poziom zmienności trajektorii epidemii. Odkryliśmy, że podstawowa liczba rozrodczości wścieklizny, R(0), jest bardzo niska na naszym obszarze badawczym w wiejskiej Afryce (∼1,2) i w całym historycznym zasięgu globalnym (<2). To odkrycie stanowi silne poparcie dla możliwości kontrolowania endemicznej wścieklizny psów za pomocą szczepień, nawet w pobliżu obszarów dzikich zwierząt z dużymi populacjami dzikich drapieżników. Pokazujemy jednak, że szybka rotacja populacji psów domowych była główną przeszkodą w skutecznej kontroli w krajach rozwijających się, dlatego regularne szczepienia pulsacyjne będą wymagane w celu utrzymania odporności na poziomie populacji między kampaniami. Niemniej jednak nasze analizy sugerują, że przy stałym, międzynarodowym zaangażowaniu, globalna eliminacja wścieklizny z domowych populacji psów, najniebezpieczniejszego wektora dla ludzi, jest realistycznym celem.

rl7sdzd7

Wykrywanie organizmów genetycznie zmodyfikowanych (GMO) za pomocą izotermicznej amplifikacji docelowych sekwencji DNA

TŁO: Najpopularniejsza metoda wykrywania GMO opiera się na amplifikacji amplikonów DNA specyficznych dla GMO przy użyciu reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR). Tutaj zastosowaliśmy metodę amplifikacji izotermicznej za pośrednictwem pętli (LAMP) do amplifikacji sekwencji DNA związanych z GMO, „wewnętrznych” powszechnie stosowanych motywów do kontrolowania ekspresji transgenu i połączeń specyficznych dla zdarzenia (roślina-transgen). WYNIKI: Przetestowaliśmy specyficzność i czułość tej techniki do zastosowania w badaniach GMO. Wyniki pokazują, że wykrywanie 0,01% GMO w równoważnym DNA tła było możliwe, a rozcieńczenia matrycy sugerują, że wykrywanie z pojedynczych kopii matrycy może być możliwe przy użyciu LAMP. WNIOSEK: Ta praca pokazuje, że wykrywanie GMO można przeprowadzić przy użyciu LAMP do rutynowych badań przesiewowych, jak również do wykrywania określonych zdarzeń. Co więcej, zademonstrowana tutaj czułość i zdolność do amplifikacji celów, nawet przy wysokim tle DNA, podkreśla zalety tej izotermicznej amplifikacji w przypadku jej zastosowania do wykrywania GMO.

tfcerilc

Wielowartościowe szczepienie HA DNA chroni przed wysoce patogenną infekcją ptasią grypą H5N1 u kur i myszy

TŁO: Utrzymujące się ogniska wysoce zjadliwej grypy ptaków (HPAI) H5N1 u gatunków ptaków zwiększają ryzyko reasortacji i adaptacji do ludzi. Zdolność do powstrzymania jego rozprzestrzeniania się u kur zmniejszyłaby to zagrożenie i pomogłaby utrzymać zdolność do produkcji szczepionek na bazie jaj. Chociaż szczepionki oferują potencjał do kontrolowania ptasiej choroby, głównym problemem obecnych szczepionek jest ich moc i niezdolność do ochrony przed ewoluującymi wirusami ptasiej grypy. METODOLOGIA / GŁÓWNE WYNIKI: Zdolność szczepionek DNA kodujących białka hemaglutyniny (HA) z różnych serotypów HPAI H5N1 oceniano pod kątem ich zdolności do wywoływania przeciwciał neutralizujących i ochrony przed prowokacją homologicznego i heterologicznego szczepu HPAI H5N1 u myszy i kur po immunizacji DNA igłą i strzykawki lub ciśnieniowego urządzenia do wstrzykiwania. Szczepionki te wywoływały przeciwciała, które neutralizowały wiele szczepów HPAI H5N1, gdy były podawane w kombinacjach zawierających do 10 HA. Odpowiedź była zależna od dawki, a jej rozpiętość określano na podstawie wyboru HA wirusa grypy w szczepionce. Monowalentne i triwalentne szczepionki HA były najpierw testowane na myszach i zapewniały ochronę przed śmiertelną prowokacją H5N1 A/Vietnam/1203/2004 68 tygodni po szczepieniu. U kurcząt obserwowano ochronę przed heterologicznymi szczepami HPAI H5N1 po szczepieniu trójwalentną szczepionką DNA serotypu H5 z dawkami tak niskimi jak 5 µg DNA podawanymi dwukrotnie albo przez domięśniowe wstrzyknięcie igły, albo za pomocą urządzenia bezigłowego. WNIOSKI/ZNACZENIE: Szczepionki DNA oferują ogólne podejście do immunizacji wirusem grypy mające zastosowanie do wielu gatunków zwierząt. Ponadto zdolność do zastępowania plazmidów kodujących różne szczepy umożliwia szybką adaptację szczepionki do nowo ewoluujących izolatów terenowych.

ftjnw3an

Specyficzne dla wirusa preferencje odczytywania kodonów wpływają na zakaźność chimerycznych wirusów mozaiki zielonej pstrości, które wykazują epitop wirusa dengi

Wirus zielonej mozaiki ogórka (CGMMV) zastosowano do prezentacji regionu wiążącego skrócone białko otoczki wirusa dengi typu 2 (E) z aminokwasów 379 do 423 (EB4). Gen EB4 wstawiono na końcu otwartej ramki odczytu (ORF) białka otoczki CGMMV (CP). Sekwencje odczytu TMV lub CGMMV, CAA-UAG-CAA-UUA lub AAA-UAG-CAA-UUA zostały odpowiednio wstawione pomiędzy geny CP i EB4. Chimeryczne klony pRT, pRG i pCG+FSRTRE poddano transkrypcji do pełnej długości zrekombinowanych transkryptów CGMMV z czapeczką. Jedynie konstrukty z sekwencją odczytu CGMMV typu dzikiego dawały zakaźne wirusy po zakażeniu rośliny żywicielskiej, liści melona piżmowego (Cucumis melo). Stwierdzono również, że stosunek zmodyfikowanego do niezmodyfikowanego CP dla opracowanego klonu ekspresyjnego typu „read-through” był w przybliżeniu 1:1, wyższy niż to, co opisano wcześniej. Zaobserwowano również, że na infekcyjność nie miały wpływu różnice w pI między chimerą a jej dzikim odpowiednikiem. Analiza zrekombinowanych wirusów po 21 dniach po zaszczepieniu (dpi) wykazała, że ​​wystąpiły delecje powodujące częściowe rewersje populacji wirusa do typu bliskiego dzikiemu i sugerując, że byłby to okres ograniczający zbiór dla uzyskania prawdziwych rekombinantów typu za pomocą tego konstruktu.

t7004uw2

Zaawansowane środki higieny i transmisja Norowirusa podczas epidemii

Kontrola epidemii norowirusa opiera się na zwiększonych środkach higieny, takich jak mycie rąk, czyszczenie powierzchni, używanie jednorazowych ręczników papierowych i używanie oddzielnych toalet dla osób chorych i zdrowych. Niewiele jednak wiadomo na temat ich skuteczności w ograniczaniu dalszego rozprzestrzeniania się infekcji norowirusami. Przeanalizowaliśmy epidemie norowirusów w 7 obozach na międzynarodowym zlocie harcerskim w Holandii w 2004 roku. Wdrożenie środków higieny zbiegło się w czasie z 84,8% (95% przedział predykcyjny 81,2%-86,6%) zmniejszeniem liczby reprodukcji. Ta redukcja była nieoczekiwanie duża, ale wciąż poniżej redukcji potrzebnej do powstrzymania epidemii norowirusa. Jeszcze bardziej rygorystyczne środki kontroli są wymagane, aby przerwać łańcuch przenoszenia norowirusa.

3tt99oax

Poliomawirusy KI i WU u pacjentów z upośledzoną odpornością i chorobami układu oddechowego

Ostatnio zidentyfikowano poliomawirusy KI (KIPyV) i WU (WUPyV), głównie w próbkach z dróg oddechowych dzieci. Wśród 200 pacjentów z zaburzeniami oddychania przyjętych do szpitala Saint Louis w Paryżu we Francji KIPyV wykryto u 8%, a WUPyV u 1%. KIPyV występowała istotnie częściej wśród pacjentów po przeszczepieniu ludzkich komórek macierzystych (17,8% vs. 5,1%; p = 0,01).

niii78fr

O znaczeniu Surfactant Protein-A w ludzkich płucach

Surfactant Protein-A (SP-A) jest najbardziej widocznym spośród czterech białek w płucnym układzie surfaktantowym. SP-A jest wyrażany przez komórki nabłonka pęcherzyków płucnych typu II, jak również przez część niedrobnokomórkowego raka płuc (NSCLC). Ekspresja SP-A jest złożona regulowana na poziomie transkrypcyjnym i chromosomalnym. SP-A jest głównym graczem w płucnej sieci cytokin, a ponadto opisano, że działa w obronie płucnej gospodarza. Przez zastosowanie hodowli komórkowych lub modeli zwierzęcych wielokrotnie wykazano właściwości funkcjonalne w wielu aspektach, często wykazując zaskakujące właściwości, które silnie wskazują na fizjologiczne znaczenie SP-A. Do tej pory SP-A jest uznawany za cząsteczkę niezbędną do rozwoju, budowy i funkcjonowania płuc. Kolejna liczba doniesień dotyczy roli SP-A w patologii płuc. Ten artykuł zawiera przegląd stanu wiedzy na temat SP-A skoncentrowanego na zastosowaniach w chorobach płuc u ludzi i wskazuje na znaczenie podejść badawczych zorientowanych na patologię, wykorzystujących immunohistochemię lub hybrydyzację in situ, jako obiecujących metod dalszego wyjaśnienia roli tej cząsteczki w choroby płuc dorosłych.

vg57cnqw

Proteolityczne przetwarzanie białka prekursorowego dla peptydu promującego wzrost przez proteazę serynową subtylizyn w Arabidopsis

Fitosulfokiny (PSK) są wydzielanymi, siarczanowanymi hormonami peptydowymi pochodzącymi z większych prekursorów prepropeptydów. Przetwarzanie proteolityczne jednego z prekursorów, AtPSK4, zostało zademonstrowane przez rozszczepienie produktu transgenu preproAtPSK4–myc do AtPSK4–myc. Cięcie proAtPSK4 indukowano przez umieszczenie eksplantatów korzeniowych w hodowli tkankowej. Przetwarzanie proAtPSK4 zależało od AtSBT1.1, podobnej do subtylizyny proteazy serynowej, kodowanej przez jeden z 56 genów subtilazy w Arabidopsis. Gen kodujący AtSBT1.1 był regulowany w górę po przeniesieniu eksplantów korzeniowych do hodowli tkankowej, co sugeruje, że aktywacja maszynerii proteolitycznej, która tnie proAtPSK4 jest zależna od ekspresji AtSBT1.1. Wykazaliśmy również, że fluorogenny peptyd reprezentujący przypuszczalne miejsce rozpoznawania subtilazy w proAtPSK4 jest cięty in vitro przez oczyszczony przez powinowactwo AtSBT1.1. Skanowanie alaninowe przez peptyd miejsca rozpoznawania wskazał, że AtSBT1.1 jest dość specyficzny dla prekursora AtPSK4. Zatem ten peptydowy czynnik wzrostu, który promuje tworzenie kalusa w hodowli, jest proteolitycznie odcinany od swojego prekursora przez specyficzną subtilazę roślinną kodowaną przez gen, który jest regulowany w górę podczas procesu przenoszenia eksplantów korzeniowych do hodowli tkankowej.

qrnhp1ek

Prognozy dotyczące granic domeny białkowej: perspektywa biologii strukturalnej

Jedną z ważnych dziedzin zastosowania narzędzi obliczeniowych do przewidywania granic domen jest biologia strukturalna. Można je stosować do projektowania konstruktów białkowych, które muszą być wyrażane w stabilnej i funkcjonalnej postaci i muszą wytwarzać kryształy o jakości dyfrakcyjnej. Jednak przewidywanie granic domen białkowych na podstawie sekwencji aminokwasowych jest nadal bardzo problematyczne. W niniejszym badaniu porównuje się wydajność kilku podejść obliczeniowych. Zauważono, że statystyczna istotność większości prognoz jest raczej słaba. Niemniej jednak, gdy prawidłowa liczba domen jest prawidłowo przewidywana, granice domen są przewidywane w bardzo niewielu resztach z ich rzeczywistej lokalizacji. Można stwierdzić, że metody predykcyjne nie mogą być jeszcze wykorzystywane jako rutynowe narzędzia w biologii strukturalnej, choć niektóre z nich są dość obiecujące.

50wqhp04

Międzynarodowy kurs na temat pojawiających się wirusów w regionie Amazonii

5hwqdnx1

Wzmacnianie algorytmów wykrywania szeregów czasowych na potrzeby zautomatyzowanego nadzoru biologicznego

BioSense to amerykański system krajowy, który wykorzystuje dane z systemów informacji zdrowotnej do zautomatyzowanego nadzoru nad chorobami. Przebadaliśmy 4 modyfikacje algorytmów szeregów czasowych zaprojektowane w celu poprawy czułości wykrywania sztucznie dodanych danych. Aby przetestować te zmodyfikowane algorytmy, wykorzystaliśmy raporty z codziennych wizyt syndromów z 308 placówek Departamentu Obrony (DoD) i 340 szpitalnych oddziałów ratunkowych (ED). Przy stałym wskaźniku alertu wynoszącym 1%, czułość została poprawiona dla obu zestawów danych poprzez zastosowanie minimalnego odchylenia standardowego (SD) wynoszącego 1,0, 14-28-dniowego okresu wyjściowego do obliczenia średniej i SD oraz korekty o całkowitą liczbę wizyt w klinice jako zastępstwo mianownik. Rozdzielenie podstawowych dni na dni powszednie w porównaniu z weekendami, aby uwzględnić efekty dnia tygodnia, zwiększyło czułość dla danych DoD, ale nie dla danych ED. Te ulepszone metody mogą zwiększyć czułość bez zwiększania częstości alarmów i mogą poprawić zdolność wykrywania epidemii za pomocą danych z automatycznego systemu nadzoru.

4tvrhpss

Molekularne mechanizmy restrykcji rekombinacji genu otoczki ludzkiego wirusa niedoboru odporności

Zdolność patogenów do ucieczki przed odpowiedzią immunologiczną gospodarza ma kluczowe znaczenie dla powstania uporczywych infekcji i może wpływać na zjadliwość. Zaobserwowano, że rekombinacja przyczynia się do tego procesu poprzez tworzenie nowych wariantów genetycznych. Chociaż u wielu patogenów wirusowych opisano charakterystyczne wzorce rekombinacji, niewiele wiadomo na temat wpływu błędów systematycznych w samym procesie rekombinacji w stosunku do sił selekcyjnych działających na nowo powstałe rekombinanty. Zrozumienie tych wpływów jest ważne dla określenia, w jaki sposób rekombinacja przyczynia się do ewolucji genomu patogenu i proteomu. Większość wcześniejszych badań nad ewolucją białek sterowaną rekombinacją koncentrowała się na stosunkowo prostych białkach, zwykle w kontekście ukierunkowanych eksperymentów ewolucyjnych. Tutaj badamy rekombinację w genie otoczki HIV-1 pomiędzy pierwotnymi izolatami należącymi do podtypów, które naturalnie rekombinują podczas pandemii HIV/AIDS. Charakteryzując wczesne etapy generowania rekombinantów, zapewniamy nowy wgląd w siły ewolucyjne, które kształtują wzorce rekombinacji w populacjach wirusów. W szczególności pokazujemy, że połączone efekty procesów mechanistycznych, które determinują umiejscowienie punktów przerwania rekombinacji w genie otoczki HIV-1 oraz oczyszczająca selekcja działająca przeciwko dysfunkcyjnym rekombinantom, mogą wyjaśnić prawie cały rozkład punktów przerwania znalezionych w tym genie w przyrodzie. Ograniczenia te wyjaśniają zaskakujący niedobór punktów przerwania rekombinacji znalezionych u zakażonych osobników w obrębie tego wysoce zmiennego genu. Tak więc pozorna losowość ewolucji HIV poprzez rekombinację może w rzeczywistości być stosunkowo bardziej przewidywalna niż oczekiwano. Ponadto dominacja selekcji oczyszczającej w zlokalizowanych obszarach genomu HIV określa regiony, w których ograniczenia funkcjonalne dotyczące rekombinantów wydają się szczególnie silne, co wskazuje na wrażliwe aspekty biologii HIV.

i55gwn3s

Glikoproteiny wirusa ptasiej grypy ograniczają replikację wirusa i rozprzestrzenianie się przez nabłonek dróg oddechowych człowieka w temperaturach proksymalnych dróg oddechowych

Przenoszenie wirusów ptasiej grypy z ptaka na człowieka jest zjawiskiem rzadkim, mimo że wirusy ptasiej grypy infekują nabłonek rzęskowy ludzkich dróg oddechowych in vitro i ex vivo. Wykorzystując model in vitro ludzkiego nabłonka rzęskowego dróg oddechowych (HAE), wykazaliśmy, że podczas gdy wirusy grypy ludzkiej i ptasiej skutecznie infekują w temperaturach dystalnych dróg oddechowych człowieka (37°C), wirusy grypy ptasiej (ale nie ludzkie) są ograniczone do infekcji. w niższych temperaturach proksymalnych dróg oddechowych człowieka (32°C). Dane te potwierdzają hipotezę, że wirusy ptasiej grypy, zwykle przystosowane do temperatury ptasiego przewodu pokarmowego (40°C), rzadko infekują ludzi, częściowo z powodu różnic w regionalnych temperaturach dróg oddechowych żywiciela. Wcześniej, krytyczna reszta w pozycji 627 w podjednostce polimerazy wirusa ptasiej grypy, PB2, została zidentyfikowana jako nadająca zależność od temperatury w komórkach ssaków. Tutaj używamy genetyki odwrotnej, aby pokazać, że ptasieniem reszty 627 atenuuje ludzkiego wirusa, ale nie uwzględnia różnych infekcji między 32 ° C a 37 ° C. Aby określić mechanizm ograniczania temperatury przez wirusy ptasiej grypy w HAE w temperaturze 32°C, wytworzyliśmy rekombinowane wirusy ludzkiej grypy o podłożu genetycznym A/Victoria/3/75 (H3N2) lub A/PR/8/34 (H1N1) który zawierał glikoproteiny ptasie lub podobne do ptaków. Dwa z tych wirusów, A/Victoria/3/75 z mutacjami L226Q i S228G w hemaglutyninie (HA) i neuraminidazie (NA) z A/Chick/Italy/1347/99 i A/PR/8/34 zawierające H7 i N1 z A/Chick/Italy/1347/99, wykazywał ograniczenie temperatury zbliżone do wirusów całkowicie ptasiej grypy. Dane te sugerują, że wirusy grypy niosące glikoproteiny powierzchniowe ptasie lub podobne do ptasich mają zmniejszoną zdolność do wywoływania produktywnego zakażenia w temperaturze proksymalnych dróg oddechowych człowieka. To ograniczenie temperatury może ograniczyć przenoszenie odzwierzęcych wirusów ptasiej grypy i sugeruje, że adaptacja wirusów ptasiej grypy do skutecznego zakażenia w temperaturze 32°C może stanowić krytyczny krok ewolucyjny umożliwiający przenoszenie się z człowieka na człowieka.

05ppugs7

Wielowymiarowa klasyfikacja działalności w zakresie zdrowia publicznego w Australii

TŁO: Obecnie mamy bardzo ograniczone możliwości porównywania działań w zakresie zdrowia publicznego w różnych jurysdykcjach i krajach, a nawet ustalania różnic w tym, co uważa się za działalność w zakresie zdrowia publicznego. Istniejące znormalizowane klasyfikacje zdrowia nie obejmują ważnych wymiarów zdrowia publicznego, które obejmują jego funkcje, metody i interwencje stosowane do ich osiągnięcia, kwestie zdrowotne i czynniki warunkujące zdrowie, do których odnoszą się działania w zakresie zdrowia publicznego, wykorzystywane zasoby i infrastrukturę oraz otoczenie w którym występują. Klasyfikacja opisująca te wymiary będzie promować spójność w zbieraniu i raportowaniu informacji o programach zdrowia publicznego, wydatkach, sile roboczej i wynikach. W artykule opisano opracowanie wstępnej wersji takiej klasyfikacji. METODY: Użyliśmy oprogramowania Protégé o otwartym kodzie źródłowym i opublikowanych procedur do skonstruowania ontologii zdrowia publicznego, która stanowi podstawę klasyfikacji. Dokonaliśmy przeglądu istniejących definicji zdrowia publicznego, opisów funkcji i klasyfikacji zdrowia publicznego w celu opracowania zakresu, dziedziny i wielowymiarowej struktury klasowej ontologii. Zostały one następnie udoskonalone w ramach serii konsultacji z ekspertami ds. zdrowia publicznego z całej Australii, których kulminacją były wstępne ramy klasyfikacji. WYNIKI: Klasyfikacja zdrowia publicznego składa się z sześciu najwyższych klas: „Funkcje” zdrowia publicznego; 'Problemy zdrowotne'; „Determinanty Zdrowia”; „Ustawienia”; „Metody” interwencji; oraz „Zasoby i infrastruktura”. Istniejące klasyfikacje (takie jak międzynarodowe klasyfikacje chorób, niepełnosprawności i funkcjonowania oraz zewnętrznych przyczyn urazów) można wykorzystać do dalszej klasyfikacji dużych części klas „Problemy zdrowotne”, „Ustawienia” i „Zasoby i infrastruktura”, podczas gdy nowe struktury podklas Proponuje się dla klas zdrowia publicznego „Funkcje”, „Uwarunkowania zdrowia” i „Interwencje”. WNIOSEK: Klasyfikacja zdrowia publicznego ujmuje ważne wymiary działalności w zakresie zdrowia publicznego. Ułatwi organizację informacji tak, aby można je było wykorzystać do odpowiedzi na pytania dotyczące dowolnego z tych wymiarów, pojedynczo lub w połączeniu. Autorzy zachęcają czytelników do korzystania z klasyfikacji i sugerowania usprawnień.

tex6bgab

Małe interferujące RNA ukierunkowane na gen M2 indukuje skuteczne i długotrwałe hamowanie replikacji wirusa grypy typu A

Interferencja RNA (RNAi) dostarcza nowych potężnych środków do specyficznego hamowania infekcji wirusowych. Jednak wybór wirusów opornych na siRNA jest głównym problemem w stosowaniu RNAi jako leków przeciwwirusowych. W tym badaniu przeprowadziliśmy wektor lentiwirusowy z kasetą ekspresyjną H1-short RNA (shRNA) do dostarczania małych interferujących RNA (siRNA) do komórek ssaków. Stosując ten wektor, który również wyraża wzmocnione białko zielonej fluorescencji (EGFP) jako marker zastępczy, pomyślnie ustalono stabilne linie komórkowe z ekspresją shRNA i oceniono skuteczność hamowania racjonalnie zaprojektowanych siRNA ukierunkowanych na konserwowane regiony genomu wirusa grypy A. Wyniki pokazały, że siRNA celujący w gen wirusa grypy M2 (siM2) silnie hamuje replikację wirusa. siM2 było skuteczne nie tylko w przypadku wirusa H1N1, ale także wysoce zjadliwego wirusa ptasiej grypy H5N1. Oprócz hamowania M2, siM2 hamuje również akumulację mRNA NP i ekspresję białka. Wykazano długotrwały efekt hamujący siM2 i nie zaobserwowano pojawienia się mutantów opornych na siRNA w quasigatunkach grypy. Podsumowując, nasze badanie sugerowało, że gen M2 może być optymalnym celem RNAi w terapii przeciwwirusowej. Odkrycia te dostarczają przydatnych informacji do opracowania profilaktyki i terapii opartej na RNAi w przypadku infekcji wirusem grypy ludzkiej.

q75spbgv

Zwiększony poziom ekspresji genów pvcrt-o i pvmdr1 u pacjenta z ciężką malarią Plasmodium vivax

TŁO: Pojawia się coraz więcej doniesień o ciężkich przypadkach klinicznych związanych wyłącznie z infekcjami Plasmodium vivax. Warto zauważyć, że ostatnio sugerowano, że ta dotkliwość jest związana z opornością na chlorochinę. PACJENCI: Dwóch różnych pacjentów przedstawionych w Hospital Clinic w Barcelonie z epizodami malarii P. vivax. Jeden pacjent miał ciężkie objawy, a drugi łagodne objawy. Obaj pacjenci podróżowali przez brazylijską Amazonię (Manaus) w 2007 roku. Dla obu pacjentów obecna diagnoza malarii była pierwszą. Dwóch innych pacjentów z łagodnymi objawami zgłosiło się do "Centro de Pesquisa em Medicina Tropical", również w brazylijskiej Amazonii (Rondônia) w 2000 roku. METODY: Aby wykluczyć możliwość, że ciężkie objawy pacjenta były spowodowane przez Plasmodium falciparum, przeprowadzono zagnieżdżony PCR wykonywane. Do oczyszczenia P. vivax z ludzkich leukocytów zastosowano metodę magnetyczną. Przeprowadzono ilościową reakcję PCR w czasie rzeczywistym w celu porównania poziomów transkrypcji dwóch głównych transporterów, które prawdopodobnie biorą udział w oporności na chlorochinę u P. vivax, a mianowicie transportera oporności na chlorochinę P. vivax, pvcrt-o i transportera oporności wielolekowej P. vivax, pvmdr 1. WYNIKI: Wyniki wykazały, że ciężkie objawy kliniczne były wyłącznie spowodowane przez P. vivax. Pacjent prezentował ostre schorzenia układu oddechowego wymagające przyjęcia na oddział intensywnej terapii. Metoda magnetyczna wykazała wysoce oczyszczone zainfekowane retikulocyty w dojrzałych stadiach. Ponadto stwierdzono, że pasożyty otrzymane od ciężkiego pacjenta miały do ​​2,9-krotny wzrost poziomów pvmdr1 i do 21,9-krotny wzrost poziomów pvcrt-o w porównaniu z poziomami ekspresji pasożytów od innych pacjentów z łagodnymi objawami. WNIOSEK: Jest to pierwszy przypadek kliniczny ciężkiej choroby związanej wyłącznie z malarią vivax w Hiszpanii. Co więcej, odkrycia te sugerują, że ciężkość kliniczna może być związana ze zwiększonym poziomem ekspresji genów pasożytów prawdopodobnie zaangażowanych w oporność na chlorochinę. Konieczne jest dalsze badanie potencjału pvmdr1, a zwłaszcza poziomów ekspresji pvcrt-o jako molekularnych markerów ciężkiej choroby u P. vivax.

6c3zb3g4

Poglądy pracowników służby zdrowia na temat jakości profilaktyki transmisji z matki na dziecko oraz opieki poporodowej nad kobietami zakażonymi wirusem HIV i ich dziećmi

TŁO: Zapobieganie transmisji z matki na dziecko zostało uznane za nie prostą interwencję, ale kompleksowy zestaw interwencji wymagających wykwalifikowanych pracowników służby zdrowia. Rozbudowany system opieki zdrowotnej w Wietnamie sięga poziomu wioski, ale nadal zakażone wirusem HIV matki i dzieci otrzymują niewystarczające usługi opieki zdrowotnej w celu zapobiegania transmisji z matki na dziecko. Przedstawiamy tutaj spostrzeżenia pracowników służby zdrowia na temat czynników, które prowadzą do tego, że nie zapewniają dobrej jakości usług zapobiegania transmisji z matki na dziecko. METODY: Przeprowadzono częściowo ustrukturyzowane wywiady z 53 pracownikami służby zdrowia oraz nieustrukturyzowane obserwacje w dziewięciu placówkach opieki zdrowotnej w Hanoi. Dobór respondentów opierał się na ich funkcji, stanowisku i doświadczeniu w opracowywaniu lub wdrażaniu polityki/programów zapobiegania transmisji z matki na dziecko. WYNIKI: Czynniki, które prowadzą do tego, że pracownicy służby zdrowia nie zapewniają dobrej jakości usług w zakresie zapobiegania transmisji z matki na dziecko, obejmują ich własny strach przed zakażeniem wirusem HIV; brak wiedzy na temat HIV i umiejętności doradczych; lub duże obciążenie pracą i brak personelu; brak testów w kierunku HIV na poziomie gminy; niedobór leków antyretrowirusowych; oraz brak wytycznych operacyjnych. Negatywne nastawienie podczas udzielania porad i opieki, leczenia w wydzielonym obszarze i unikanie świadczenia usług w ogóle były postrzegane przez pracowników służby zdrowia jako efekt lęku przed zarażeniem, a także nieufność wobec prawie wszystkich pacjentów zakażonych wirusem HIV z powodu dominujący związek z zachowaniami antyspołecznymi. Dodatkowo, rozdrobnienie systemu opieki zdrowotnej na wyspecjalizowane pionowe filary, w tym pionowy program dla HIV/AIDS, jest główną przeszkodą w zapewnieniu ciągłości opieki. WNIOSEK: Wielu pracowników szpitala nie było w stanie zapewnić odpowiedniej opieki lub nawet nie było chętnych do zapewnienia odpowiedniej opieki kobietom w ciąży zakażonym wirusem HIV. Badanie sugeruje, że jakość zapobiegania transmisji z matki na dziecko można poprawić poprzez poprawę komunikacji i inne umiejętności pracowników służby zdrowia, dające im większe wsparcie i zwiększające ich motywację. Istotne byłoby również zmniejszenie obciążenia pracą. Potrzebne jest opracowanie praktycznej strategii, aby wzmocnić i dostosować system skierowań do potrzeb pacjentów.

wk9oxl4n

Hamowanie rozszczepiania glikoprotein wirusa Lassa i replikacji wielocyklowej przez warianty α(1)-antytrypsyny przystosowane do proteazy miejsca 1

TŁO: Obróbka proteolityczna prekursora glikoproteiny otoczki wirusa Lassa GP-C przez proteazę miejsca 1 konwertazy proproteiny gospodarza (S1P) jest warunkiem wstępnym włączenia podjednostek GP-1 i GP-2 do cząstek wirusa, a zatem jest niezbędna dla zakaźność i rozprzestrzenianie się wirusa. Dlatego przetestowaliśmy w tym badaniu koncepcję wykorzystania S1P jako celu blokowania wydajnej replikacji wirusa. METODOLOGIA/GŁÓWNE WYNIKI: Pokazujemy, że stabilne linie komórkowe z indukowaną ekspresją wariantów α(1)-antytrypsyny przystosowanych do S1P hamują dojrzewanie proteolityczne GP-C. Wprowadzenie motywów rozpoznających S1P RRIL i RRLL do reaktywnej pętli centralnej α(1)-antytrypsyny spowodowało zniesienie przetwarzania GP-C przez endogenny S1P do podobnego poziomu obserwowanego w komórkach z niedoborem S1P. Ponadto, swoiste wobec S1P α(1)-antytrypsyny znacząco hamowały replikację i rozprzestrzenianie się zdolnego do replikacji, rekombinowanego wirusa pęcherzykowego zapalenia jamy ustnej, wyrażającego glikoproteinę GP wirusa Lassa, jak również autentycznego wirusa Lassa. Hamowanie replikacji wirusa korelowało ze zdolnością różnych wariantów α(1)-antytrypsyny do hamowania przetwarzania prekursora glikoproteiny wirusa Lassa. WNIOSKI/ZNACZENIE: Nasze dane sugerują, że cięcie glikoproteiny przez S1P jest obiecującym celem dla rozwoju nowych strategii przeciwarenawirusowych.

x5lbstyr

VirHostNet: baza wiedzy do zarządzania i analizy sieci interakcji wirus-gospodarz obejmujących cały proteom

Choroby zakaźne wywołane przez czynniki wirusowe każdego roku zabijają miliony ludzi. Poprawa profilaktyki i leczenia infekcji wirusowych i związanych z nimi chorób pozostaje jednym z głównych wyzwań zdrowia publicznego. W tym celu odszyfrowanie interakcji molekularnych wirusa i gospodarza otwiera nowe perspektywy zrozumienia biologii infekcji i projektowania nowych strategii przeciwwirusowych. Rzeczywiście, modelowanie sieci infekcji między białkami wirusowymi i komórkowymi zapewni ramy koncepcyjne i analityczne do skutecznego formułowania nowej hipotezy biologicznej w skali proteomu i racjonalizacji odkrywania leków. Dlatego przedstawiamy pierwszą wersję VirHostNet (Virus-Host Network), publicznej bazy wiedzy specjalizującej się w zarządzaniu i analizie zintegrowanych sieci interakcji wirus-wirus, wirus-gospodarz i host-gospodarz w połączeniu z ich funkcjonalnymi adnotacjami. VirHostNet integruje obszerny i oryginalnie opracowany w literaturze zestaw danych dotyczących interakcji wirus-wirus i wirus-gospodarz (2671 nienadmiarowych interakcji) reprezentujący ponad 180 różnych gatunków wirusów i jeden z największych ludzkich interakcji (10 672 białka i 68 252 nienadmiarowe interakcje) zrekonstruowane na podstawie publicznie dostępnych danych. Interfejs sieciowy VirHostNet zapewnia odpowiednie narzędzia, które umożliwiają sprawne wyszukiwanie i wizualizację tej zainfekowanej sieci komórkowej. Publiczny dostęp do systemu opartego na wiedzy VirHostNet jest dostępny pod adresem http://pbildb1.univ-lyon1.fr/virhostnet.

wj7yonjw

RFam: aktualizacje bazy danych rodzin RNA

Rfam to zbiór rodzin sekwencji RNA, reprezentowanych przez wielokrotne dopasowania sekwencji i modele kowariancji (CM). Głównym celem projektu Rfam jest opisanie nowych członków znanych rodzin RNA na sekwencjach nukleotydowych, zwłaszcza kompletnych genomach, przy użyciu czułych filtrów BLAST w połączeniu z CM. Mniejszość rodzin o bardzo szerokim zakresie taksonomicznym (np. tRNA i rRNA) zapewnia większość adnotacji sekwencji, podczas gdy większość rodzin Rfam (np. snoRNA i miRNA) ma ograniczony zakres taksonomiczny i zapewnia ograniczoną liczbę adnotacji. Omówiono ostatnie ulepszenia strony internetowej, metodologie i dane wykorzystywane przez Rfam. Rfam jest dostępny bezpłatnie w sieci Web pod adresem http://rfam.sanger.ac.uk/ i http://rfam.janelia.org/.

pebc17zw

Nowy enterowirus układu oddechowego i rekombinowane rinowirusy wśród krążących pikornawirusów

Rhinowirusy i enterowirusy są głównymi przyczynami infekcji dróg oddechowych. Aby ocenić różnorodność genotypową i zidentyfikować siły kształtujące ewolucję pikornawirusa, przebadaliśmy osoby z chorobami układu oddechowego za pomocą testów PCR w czasie rzeczywistym specyficznych dla rinowirusa lub generycznych. Następnie zsekwencjonowaliśmy nieulegający translacji region 5', białko kapsydu VP1 i regiony 3CD prekursora proteazy z próbek wiruso-dodatnich. Późniejsza analiza filogenetyczna wykazała dużą różnorodność genotypową rinowirusów krążących u ludzi. Zidentyfikowaliśmy i uzupełniliśmy sekwencję genomu nowego genotypu enterowirusa związanego z objawami oddechowymi i ostrym zapaleniem ucha środkowego, potwierdzając ścisły związek między rinowirusami i enterowirusami oraz potrzebę wykrycia obu wirusów w próbkach z dróg oddechowych. Wreszcie zidentyfikowaliśmy rekombinanty wśród krążących rinowirusów i zmapowaliśmy ich miejsca rekombinacji, wykazując w ten sposób, że rinowirusy mogą rekombinować w swoim naturalnym gospodarzu. Badanie to wyjaśnia różnorodność i wyjaśnia przyczyny ewolucji tych wirusów.

10j9cp9c

Tania diagnostyka HIV-1 i oznaczanie ilościowe w wysuszonych plamach krwi metodą PCR w czasie rzeczywistym

TŁO: Szybkie i opłacalne metody diagnozowania HIV-1 i monitorowania wiremii znacznie poprawiłyby kliniczne postępowanie z zakażonymi HIV-1 dorosłymi i dziećmi w warunkach o ograniczonych zasobach. Ostatnie zalecenia dotyczące leczenia niemowląt zakażonych okołoporodowo w pierwszym roku życia są wykonalne tylko wtedy, gdy rutynowo dostępna jest wczesna diagnoza. Suszone plamki krwi (DBS) na bibule filtracyjnej to łatwy i wygodny sposób na pobieranie i transport próbek krwi. Pilnie potrzebna jest szybka i opłacalna metoda diagnozowania i ilościowego określania HIV-1 na podstawie DBS, aby ułatwić wczesną diagnozę zakażenia HIV-1 i monitorowanie terapii antyretrowirusowej. METODY I WNIOSKI: Opracowaliśmy test PCR w czasie rzeczywistym LightCycler (rtLC) do wykrywania i ilościowego oznaczania HIV-1 z DBS. RNA HIV-1 wyekstrahowany z DBS amplifikowano w jednoetapowym systemie jednoprobówkowym przy użyciu starterów specyficznych dla sekwencji powtórzeń o długim końcu, które są konserwowane we wszystkich kladach HIV-1. Do ilościowego oznaczenia amplikonów PCR zastosowano barwnik SYBR Green, a liczby kopii RNA HIV-1 określono na podstawie krzywej standardowej wygenerowanej przy użyciu seryjnie rozcieńczonych znanych kopii RNA HIV-1. Ten test wykrył próbki w różnych kladach, ma dynamiczny zakres 5 log(10) i %CV <8% do 4 log(10) rozcieńczenia. Liczby kopii RNA HIV-1 w osoczu uzyskane przy użyciu tej metody dobrze korelowały z testami Roche Ultra sensitive (r = 0,91) i rozgałęzionego DNA (r = 0,89). Dolna granica wykrywalności (95%) została oszacowana na 136 kopii. Test rtLC DBS był 2,5-krotnie szybki, a także 40-krotnie tańszy w porównaniu z testami komercyjnymi. Adaptacja testu do innych systemów czasu rzeczywistego wykazała podobną wydajność. WNIOSKI: Dokładność, wiarygodność, inkluzywność genotypu i przystępność cenowa, wraz z małymi objętościami krwi wymaganymi do testu sugerują, że test rtLC DBS będzie przydatny do wczesnej diagnozy i monitorowania pediatrycznego zakażenia wirusem HIV-1 w warunkach ograniczonych zasobów.

fa7s7xj5

Ramy statystyczne dla adaptacyjnego zarządzania interwencjami epidemiologicznymi

TŁO: Celem interwencji epidemiologicznych jest kontrolowanie rozprzestrzeniania się chorób zakaźnych za pomocą różnych mechanizmów, z których każdy wiąże się z innym powiązanym kosztem. METODOLOGIA: Opisujemy elastyczne ramy statystyczne do generowania optymalnych interwencji epidemiologicznych, które mają na celu zminimalizowanie całkowitego oczekiwanego kosztu pojawiającej się epidemii, jednocześnie propagując niepewność dotyczącą podstawowych parametrów modelu choroby aż do procesu decyzyjnego. Strategie opracowane w ramach tych ram są adaptacyjne: harmonogramy szczepień są iteracyjnie dostosowywane, aby odzwierciedlić przewidywaną trajektorię epidemii, biorąc pod uwagę obecny stan populacji i zaktualizowane oszacowania parametrów. WNIOSKI: Korzystając z badań symulacyjnych opartych na klasycznej epidemii grypy, pokazujemy zalety interwencji adaptacyjnych nad nieadaptacyjnymi pod względem efektywności kosztowej i zasobowej oraz odporności na błędną specyfikację modelu.

2ygb80sc

Przegląd od ławki do łóżka: sygnalizacja angiopoetyny w krytycznej chorobie – przyszły cel?

Zespół dysfunkcji wielonarządowej (MODS) występuje w odpowiedzi na poważne urazy, takie jak posocznica, ciężki krwotok, uraz, poważny zabieg chirurgiczny i zapalenie trzustki. Śmiertelność jest wysoka pomimo intensywnej opieki podtrzymującej. Mechanizm patofizjologiczny leżący u podstaw MODS nie jest do końca jasny, chociaż zaproponowano kilka. Zbadano przytłaczające stany zapalne, immunoparezę, utajony dług tlenowy i inne mechanizmy i – pomimo wielu pytań bez odpowiedzi – opracowano terapie ukierunkowane na te mechanizmy. Niestety, tylko kilka interwencji, zwykle skierowanych na wiele mechanizmów jednocześnie, okazało się korzystne. Wyraźnie musimy lepiej zrozumieć mechanizmy leżące u podstaw MODS. Śródbłonek z pewnością odgrywa aktywną rolę w MODS. Działa na przecięciu kilku układów, w tym zapalenia, krzepnięcia, hemodynamiki, równowagi płynów i elektrolitów oraz migracji komórek. Ważnym regulatorem tych systemów jest system sygnalizacji angiopoetyna/Tie2. W niniejszym przeglądzie opisujemy ten system sygnalizacji, zwracając szczególną uwagę na to, co wiadomo o nim u pacjentów w stanie krytycznym i jego potencjał jako celu terapii.

zkudc8ww

Mapowanie mutacji sekwencji neuraminidazy wirusa grypy A 2009 H1N1 względem miejsc wiązania leków i przeciwciał

W tej pracy badamy konsekwencje zmienności sekwencji neuraminidazy szczepu wirusa grypy A „2009 H1N1” (świńska lub meksykańska grypa) na leczenie farmakologiczne i szczepienia. Odkryliśmy, że jest ona filogenetycznie bardziej spokrewniona z europejską świńską grypą H1N1 i ptasią grypą H5N1 niż z odpowiednikami H1N1 w Amerykach. Modelowanie struktury 3D oparte na homologii ujawnia, że ​​nowe mutacje są preferencyjnie zlokalizowane na powierzchni białka i nie zakłócają miejsca aktywnego. Ta ostatnia jest wnęką wiążącą dla 3 obecnie stosowanych inhibitorów neuraminidazy: oseltamiwiru (Tamiflu(®)), zanamiwiru (Relenza(®)) i peramiwiru; dlatego leki powinny pozostać skuteczne w leczeniu. Jednak regiony antygenowe neuraminidazy istotne dla opracowania szczepionki, typowania serologicznego i biernego leczenia przeciwciałami mogą różnić się od tych w poprzednich szczepach i już różnią się między pacjentami. Ten artykuł został zrecenzowany przez Sandora Pongora i L. Aravinda.

qfb7074e

Opracowanie testu fluorescencyjnego PCR w czasie rzeczywistym TaqMan(® )MGB do wykrywania herpeswirusa anatid 1

TŁO: Anatid herpesvirus 1 (AHV-1) jest alfaherpeswirusem związanym z utajoną infekcją i śmiertelnością u kaczek i gęsi, a obecnie poważnie wpływa na światową produkcję ptactwa wodnego. W tym miejscu opisujemy metodę fluorescencyjnej ilościowej PCR w czasie rzeczywistym (FQ-PCR) opracowaną do szybkiego pomiaru DNA AHV-1 w oparciu o technologię TaqMan MGB. WYNIKI: Granica wykrywalności testu wynosiła 1 × 10(1) standardowych kopii DNA, z czułością o 2 logi wyższą niż w przypadku konwencjonalnego testu PCR opartego na żelu ukierunkowanym na ten sam gen. Reakcja PCR w czasie rzeczywistym była powtarzalna, o czym świadczą zadowalające niskie współczynniki zmienności wewnątrz-testowe i między-testowe. WNIOSEK: Wysoka czułość, swoistość, prostota i powtarzalność testu fluorogennego PCR AHV-1 w połączeniu z jego szerokim zakresem dynamicznym i wysoką przepustowością sprawiają, że metoda ta nadaje się do szerokiego spektrum zastosowań związanych z etiologią AHV-1.

g4puurhk

Rola tlenku azotu w leczeniu zespołu ostrej niewydolności oddechowej

Obecna śmiertelność pacjentów cierpiących na zespół ostrej niewydolności oddechowej (ARDS) wynosi od 45% do 92%, przy czym większość umiera w ciągu pierwszych dwóch tygodni choroby. Aby zwalczyć tak alarmująco wysoką śmiertelność, w leczeniu pacjentów z ARDS próbowano różnych terapii, takich jak strategie wentylacji z małą objętością oddechową, leczenie kortykosteroidami i stosowanie tlenku azotu (NO). W trzech przypadkach, które zostały przyjęte na OIOM i potwierdzono, że mają ARDS nie można było odstawić wspomagania wentylacji i rozpoczęto terapię tlenkiem azotu. Poprawiał utlenowanie pacjentów na krótki czas, ale nie wpływał na śmiertelność. Pacjentów nie można było odłączyć od respiratora i zmarły.

ke0tkpso

Ptasia grypa: wierzchołek góry lodowej

Od kilku lat żyjemy w strachu przed nadchodzącą pandemią ptasiej grypy (AI). Pomimo rozpoznania w 1996 r. globalnego zagrożenia, jakie stanowi wysoce zjadliwy wirus grypy H5N1 wykryty u gęsi hodowlanych w prowincji Guangdong w Chinach, planowanie przewidywanej epidemii pozostaje żałośnie niewystarczające; dotyczy to zwłaszcza krajów rozwijających się, takich jak Arabia Saudyjska. Te braki stały się oczywiste w 1997 roku, wraz z wybuchem sztucznej inteligencji na targach żywych zwierząt w Hongkongu, który doprowadził do przeniesienia infekcji na 18 ludzi mających bliski kontakt z chorymi ptakami; odnotowano sześć zgonów.[1] W 2003 r., wraz z ponownym pojawieniem się wirusa H5N1 (uważanego za najbardziej prawdopodobny wirus AI) w Republice Korei i jego późniejszego rozprzestrzenienia się na Tajlandię, Wietnam, Hongkong i Chiny. Wiele krajów zaczęło agresywnie przygotowywać się do sprostania zagrożeniu.[2] Wzrosła presja rządów na realne działania. Większość krajów rozwiniętych zwróciła się o zwiększenie funduszy na poszukiwanie skuteczniejszych szczepionek, gromadzenie zapasów potencjalnie pomocnych leków przeciwwirusowych oraz na intensyfikację krajowego i globalnego nadzoru[3]. Większość krajów jest jednak nadal niewystarczająco przygotowana na taką epidemię, zwłaszcza w odniesieniu do nadzoru nad zwierzętami na rynku ferm i nadzoru wśród ptaków wędrownych. Nawet teraz większość krajów nie ma możliwości wykrywania chorób wśród ludzi we wczesnych stadiach epidemii, a większość szpitali nie stosuje skutecznych środków kontroli infekcji, które mogłyby ograniczyć rozprzestrzenianie się wirusa we wczesnych stadiach epidemii. W Arabii Saudyjskiej szybko wdrażamy wiele z tych środków[4].

d441jam3

Aminokwasy Y271 i I274 w odwrotnej transkryptazie ludzkiego wirusa niedoboru odporności-1 mają kluczowe znaczenie dla stabilności białka

Odwrotna transkryptaza (RT) ludzkiego wirusa niedoboru odporności (HIV)-1 odgrywa kluczową rolę w inicjowaniu replikacji wirusa i jest ważnym celem dla opracowywania leków przeciw HIV. Nasze poprzednie badania wykazały, że dwie mutacje (Y271A i I274A) w RT (Gln(269)-Arg(277)) zniosły replikację wirusa, ale zdolność replikacji i aktywność RT były niezgodne. W tym badaniu dalej badaliśmy, dlaczego podstawienia alaninami w tych dwóch miejscach wpływają na replikację wirusa. Odkryliśmy, że zarówno aktywność RT, jak i białko RT były prawie niewykrywalne w cząstkach wirusa tych dwóch mutantów, chociaż mutanty Pr160(gag-pol) były prawidłowo wyrażane, transportowane i włączane. Stosując test hamowania proteazy, wykazaliśmy korelację między degradacją mutantów RT a aktywnością proteazy wirusowej. Nasza analiza natywnego żelu wykazała, że ​​mutacje w 271 i 274 aminokwasach mogą powodować zmiany konformacyjne, prowadząc do tworzenia oligomerów wyższego rzędu zamiast dimerów, co skutkuje zwiększoną niestabilnością białka i podatnością na proteazę wirusową. Zatem reszty 271 i 274 są krytyczne dla stabilności RT i odporności na proteazę wirusową. Zachowanie dwóch reszt aminokwasowych wśród różnych szczepów HIV-1 dodatkowo potwierdza ten wniosek. Zdobyta wiedza może okazać się przydatna w projektowaniu leków.

02opdk0m

Aktualizacja CVTree: nowo zaprojektowana platforma do badań filogenetycznych z wykorzystaniem wektorów składu i całych genomów

Prezentowany tutaj serwer internetowy CVTree (http://tlife.fudan.edu.cn/cvtree) jest nową implementacją opartej na całym genomie metody wektorów składu bez wyrównania (CV) do analizy filogenetycznej. Jest bardziej wydajna i przyjazna dla użytkownika niż poprzednio opublikowana wersja w wydaniu serwera WWW Nucleic Acids Research z 2004 roku. Opracowanie opartej na całym genomie metody CV bez wyrównania zapewniło niezależną weryfikację tradycyjnej analizy filogenetycznej opartej na pojedynczym genie lub kilku genach. Ta nowa implementacja próbuje sprostać wyzwaniu coraz większej ilości danych genomowych i zawiera w swojej bazie danych ponad 850 genomów prokariotycznych, które będą aktualizowane co miesiąc przez NCBI, oraz ponad 80 genomów grzybów zebranych ręcznie z kilku ośrodków sekwencjonowania. Ten nowy serwer WWW CVTree zapewnia szybszą i stabilną platformę badawczą. Użytkownicy mogą przesyłać własne sekwencje, aby znaleźć swoją pozycję filogenetyczną wśród genomów wybranych z serwera; wbudowana baza danych. Wszystkie dane sekwencji używane w sesji można pobrać jako skompresowany plik. Oprócz standardowych drzew filogenetycznych, użytkownicy mogą również wybrać wyprowadzanie drzew, których gałęzie monofiletyczne są zwinięte do różnych poziomów taksonomicznych. Ta cecha jest szczególnie przydatna do porównywania filogenezy z taksonomią w przypadku tysięcy genomów.

533xlisc

Remisja inwazyjnych heteroprzeszczepów glejaka podobnego do macierzystych raka przy użyciu wektorowej terapii genowej samobójstwa za pośrednictwem lentiwirusa

Wstęp: Glejak wielopostaciowy jest najczęstszym i najbardziej złośliwym pierwotnym guzem mózgu o złym rokowaniu. Przeniesienie strategii terapeutycznych dla glejaka z fazy eksperymentalnej do kliniki jest ograniczone przez niewystarczające modele zwierzęce, w których brak jest istotnych cech nowotworów ludzkich. Terapia genowa lentiwirusa jest atrakcyjną opcją terapeutyczną dla ludzkiego glejaka wielopostaciowego, którą zwalidowaliśmy na klinicznie istotnym modelu zwierzęcym. METODOLOGIA/GŁÓWNE WYNIKI: Zastosowaliśmy model przeszczepu ksenogenicznego gryzoni, który podsumowuje inwazyjne i angiogeniczne cechy ludzkiego glejaka wielopostaciowego, aby przeanalizować wzorzec transdukcji i skuteczność terapeutyczną pseudotypowanych wektorów lentiwirusowych. Zarówno pseudotypowane wektory lentiwirusowe, glikoproteina wirusa limfocytarnego zapalenia opon i opon mózgowo-rdzeniowych (LCMV-GP), jak i glikoproteiny wirusa pęcherzykowego zapalenia jamy ustnej (VSV-G), bardzo wydajnie transdukowały ludzkie komórki glejaka in vitro i in vivo. W przeciwieństwie do tego, pseudotypowane wektory gammaretrowirusowe, podobne do tych ocenianych pod kątem klinicznej terapii glejaka, wykazywały nieefektywny transfer genów in vitro i in vivo. Oba pseudotypowane wektory lentiwirusowe transdukowały podobne do rakowych komórki macierzyste charakteryzujące się ekspresją CD133-, nestyny ​​i SOX2, zdolnością do tworzenia sferoidów w pożywce nerwowych komórek macierzystych oraz ekspresji markerów różnicowania astrocytów i neuronów w warunkach surowicy. W podejściu terapeutycznym wykorzystującym samobójczy gen kinazę tymidynową wirusa opryszczki pospolitej (HSV-1-tk) w fuzji z eGFP, oba wektory lentiwirusowe pośredniczyły w całkowitej remisji guzów litych, jak widać na MRI, co skutkuje bardzo istotną korzyścią dla przeżycia (p<0,001) w porównaniu do grup kontrolnych. We wszystkich nawracających nowotworach znaleziono komórki nowotworowe, które przeżyły eGFP-dodatnie, co przemawia za stosowaniem proleku przez kilka cykli, aby nawet wzmocnić i przedłużyć efekt terapeutyczny. WNIOSKI/ZNACZENIE: Podsumowując, pseudotypowane wektory lentiwirusowe są obiecującymi kandydatami do terapii genowej glejaka u pacjentów. Niewydajne dostarczanie genów przez wektory gammaretrowirusowe jest zgodne z wynikami uzyskanymi w terapii klinicznej GBM, a zatem potwierdza wysoką powtarzalność modelu zwierzęcego inwazyjnego glejaka w badaniach translacyjnych.

7s5b3lpn

Podejście oparte na mikromacierzach do identyfikacji powszechnych wirusów przenoszonych przez żywność

Macierz oligonukleotydów (mikromacierz) zawierająca 13 000 elementów reprezentujących wybrane szczepy wirusa zapalenia wątroby typu A (HAV), ludzkie wirusy Coxsackie A i B (CVA i CVB), genogrupy I i II Norowirusa (NV) oraz segmenty genu ludzkiego rotawirusa (RV) 3 ,4,10 i 11 został zaprojektowany w oparciu o zasadę kafelkowania. Każdy oligonukleotyd miał długość 29 zasad, zaczynając od co piątej zasady każdej sekwencji, co skutkowało nakładaniem się 24 zasad w dwóch kolejnych oligonukleotydach. Przydatność macierzy do identyfikacji wirusów została zbadana przy użyciu produktów amplifikowanych metodą PCR z wielu szczepów HAV i CV. Produkty PCR znakowane biotyną hybrydyzowano z macierzą i biotynę wykrywano stosując krótką reakcję ze streptawidyną znakowaną Cy3, macierz poddano skanowaniu laserowemu, a dane hybrydyzacji wykreślono jako intensywność fluorescencji względem każdego oligonukleotydu w macierzy. Połączone natężenia sygnału wszystkich sond reprezentujących konkretny szczep wirusa obliczono i wykreślono względem wszystkich szczepów wirusa zidentyfikowanych na liniowej reprezentacji macierzy. Profil całkowitej intensywności sygnału zidentyfikował szczep, który najprawdopodobniej jest reprezentowany w amplifikowanym docelowym cDNA. Wyniki otrzymane z HAV i CV wskazują, że tak wygenerowany profil hybrydyzacji można wykorzystać do identyfikacji blisko spokrewnionych szczepów wirusowych. Stanowi to znaczną poprawę w stosunku do obecnych metod identyfikacji wirusa przy użyciu amplifikacji PCR i sekwencjonowania amplikonu.

d5xv2xdr

Czy ryzyko stwardnienia rozsianego jest związane z „biografią” układu odpornościowego?

Stwardnienie rozsiane (SM) z początkiem w dzieciństwie daje wyjątkową okazję do zbadania zakaźnego podłoża tej choroby, ale reakcje immunologiczne przeciwko czynnikom zakaźnym u takich dzieci zostały zbadane dopiero niedawno. Te i inne studia epidemiologiczne silnie implikują zaangażowanie jednego albo więcej czynników zakaźnych w etiologii stwardnienia rozsianego, z wirusem Epsteina-Barra (EBV) będącym głównym kandydatem. Bardziej prawdopodobne jest, że czynniki te nie są rzeczywistą przyczyną SM, ale biorą udział w rozwoju szlaków immunoregulacyjnych. Te szlaki, jeśli są zaburzone przez czynniki związane z higieną, w tym zmienioną sekwencję infekcji, mogą generować i utrzymywać deficyt w sieci immunologicznej, który ułatwia szczególnie wczesne zdarzenia w rozwoju SM, poprzedzające wystąpienie choroby o lata lub dekada. Sformułowano ramy, które mogą służyć jako przewodnik dla dalszych badań epidemiologicznych, immunologicznych i biologii molekularnej. Takie podejście może rzucić światło na złożoną historię naturalną SM i prowadzić do racjonalnych strategii zapobiegawczych i terapeutycznych. Możliwe, że w przyszłości SM będzie można zapobiegać poprzez szczepienie przeciwko EBV we wczesnym dzieciństwie; ramy mają znaczenie dla zaprojektowania odpowiedniego rodzaju szczepionki.

jy7j8sh0

Dowody na rekombinację i różnorodność genetyczną ludzkich rinowirusów u dzieci z ostrą infekcją dróg oddechowych

TŁO: Ludzkie rinowirusy (HRV) są bardzo powszechną przyczyną ostrej infekcji dróg oddechowych u dzieci. Są one podzielone na co najmniej trzy gatunki, HRV-A, HRV-B i HRV-C, które charakteryzują się sekwencjonowaniem nieulegającego translacji regionu 5' (UTR) lub regionu VP4/VP2 genomu. Biorąc pod uwagę rosnące zainteresowanie identyfikacją nowatorskich szczepów HRV i ich ogólnoświatową dystrybucją, przeprowadziliśmy diagnostykę kliniczną i molekularną szczepów HRV w dwuletnim badaniu dzieci z ostrą infekcją dróg oddechowych odwiedzających jeden szpital okręgowy w Szanghaju. METODOLOGIA/WYNIKI: Sklonowaliśmy i zsekwencjonowaliśmy 924-nt fragment, który pokrył część genów kapsydu 5′UTR i VP4/VP2. Wśród 827 dzieci z ostrą infekcją dolnych dróg oddechowych zdiagnozowano 64 pacjentów ambulatoryjnych zakażonych HRV. Dwie próbki były koinfekowane HRV-A i HRV-B lub HRV-C. Poprzez analizę porównawczą sekwencji VP4/VP2 66 HRV wykazaliśmy dużą różnorodność szczepów w gatunkach HRV-A i HRV-B oraz częstość występowania 51,5% szczepów należących do niedawno zidentyfikowanych gatunków HRV-C. Analizując fragment 5′ UTR scharakteryzowaliśmy co najmniej dwa podgatunki HRV-C: HRV-Cc, który skupiał się inaczej niż HRV-A i HRV-B oraz HRV-Ca, który był wynikiem wcześniejszej rekombinacji w tym regionie z sekwencjami związanymi z HRV-A. Do analizy porównawczej uzyskano sekwencję pełnej długości jednego szczepu każdego podgatunku HRV-Ca i HRV-Cc. Potwierdziliśmy ścisły związek ich białek strukturalnych, ale wykazaliśmy widoczne dodatkowe zdarzenia rekombinacyjne w genie 2A i 3′UTR szczepu HRV-Ca. Podwójne lub potrójne zakażenia wirusem HRV-C i syncytialnym wirusem oddechowym i/lub bocawirusem rozpoznano u 33,3% pacjentów zakażonych HRV, ale nie zaobserwowano korelacji z nasileniem wyniku klinicznego. WNIOSEK: Nasze badanie wykazało dużą różnorodność szczepów HRV, które powodują zapalenie oskrzeli i płuc u dzieci. Zaobserwowano przewagę HRV-C nad HRV-A i HRV-B oraz zidentyfikowano dwa podgatunki HRV-C, których różnorodność wydawała się być związana z rekombinacją z byłymi szczepami HRV-A. Żaden ze szczepów HRV-C nie wydawał się mieć większego wpływu klinicznego niż HRV-A lub HRV-B na zaburzenia oddychania.

3p81yr4n

Wystawa plakatów

t579ysgl

Odczytywanie radiogramów klatki piersiowej u krytycznie chorych (Część II): Radiografia patologii płuc często występujących u pacjenta OIT

Jest to część II przeglądu dwóch serii dotyczących odczytywania radiogramów klatki piersiowej u osób w stanie krytycznym. Konwencjonalna radiografia klatki piersiowej pozostaje kamieniem węgielnym codziennego leczenia krytycznie chorych, czasami uzupełniona tomografią komputerową lub USG w określonych wskazaniach. W tym drugim przeglądzie omawiamy wyniki radiologiczne zaburzeń sercowo-płucnych często występujących u pacjentów oddziału intensywnej terapii i proponujemy wytyczne interpretacji oparte nie tylko na obrazowaniu, ale także na patofizjologii i podstawach klinicznych.

9ofqelrm

Zakażenie wirusem cytomegalii u pacjentów w stanie krytycznym: przegląd systematyczny

WPROWADZENIE: Dokładna rola zakażenia wirusem cytomegalii (CMV) w przyczynianiu się do wyników u krytycznie chorych pacjentów z prawidłową odpornością nie została w pełni określona. METODY: Dokonano przeglądu badań, w których krytycznie chore osoby dorosłe z prawidłową odpornością były monitorowane pod kątem zakażenia CMV na oddziale intensywnej terapii (OIOM). WYNIKI: Zakażenie CMV występuje u 0 do 36% pacjentów w stanie krytycznym, głównie między 4 a 12 dniem po przyjęciu na OIT. Potencjalne czynniki ryzyka zakażenia CMV obejmują posocznicę, konieczność wentylacji mechanicznej i transfuzje. Przedłużona wentylacja mechaniczna (21 do 39 dni vs. 13 do 24 dni) i czas pobytu na OIT (33 do 69 dni vs. 22 do 48 dni) korelowały istotnie z wyższym ryzykiem zakażenia CMV. Śmiertelność u pacjentów z zakażeniem CMV była wyższa w niektórych, ale nie we wszystkich badaniach. Nie wiadomo, czy CMV wywołuje zespół gorączkowy lub chorobę narządową bezpośrednio u tych pacjentów. WNIOSKI: Infekcja CMV często występuje u krytycznie chorych pacjentów z prawidłową odpornością i może wiązać się ze złymi rokowaniami. Uzasadnione są dalsze badania w celu zidentyfikowania podgrup pacjentów, u których istnieje prawdopodobieństwo rozwoju zakażenia CMV oraz określenia wpływu leków przeciwwirusowych na klinicznie znaczące wyniki u tych pacjentów.

bnkbwh3w

Heliox zmniejsza opór układu oddechowego w niewydolności oddechowej wywoływanej przez syncytialny wirus oddechowy

WPROWADZENIE: Choroba dolnych dróg oddechowych wywołana przez syncytialny wirus oddechowy (RSV) charakteryzuje się zwężeniem dróg oddechowych, co skutkuje zwiększonym oporem dróg oddechowych, uwięzieniem powietrza i kwasicą oddechową. Problemy te można przezwyciężyć stosując mieszaninę gazów helowo-tlenowych. Jednak efekt wentylacji mechanicznej helioksem u tych pacjentów jest niejasny. Celem tego prospektywnego badania krzyżowego było określenie wpływu wentylacji mechanicznej helioksem 60/40 w porównaniu z konwencjonalnym gazem na opór układu oddechowego, pułapkowanie powietrza i usuwanie CO2. Metody: W ciągu 24 godzin po przyjęciu na oddział intensywnej opieki pediatrycznej (PICU) zakwalifikowano niemowlęta mechanicznie wentylowane, usypiane i sparaliżowane z potwierdzonym RSV. Przy T = 0 mechanikę układu oddechowego, w tym podatność i opór układu oddechowego oraz szczytowe natężenie przepływu wydechowego, mierzono za pomocą respiratora AVEA. Pomiary powtarzano w każdym interwale (po 30 minutach wentylacji helioxem, po 30 minutach wentylacji nitroxem i ponownie po 30 minutach wentylacji helioxem). W każdym przedziale obliczono wskaźniki wymiany gazowej (wskaźnik wentylacji i natlenienia). Pułapkowanie powietrza (określane przez względną zmianę objętości końcowo-wydechowej płuc) określano za pomocą tomografii impedancyjnej (EIT) w każdym przedziale. WYNIKI: Do badania włączono trzynaście niemowląt. W dziewięciu wykonano pomiary EIT. Wentylacja mechaniczna helioksem znacząco obniżyła opór układu oddechowego. Nie towarzyszyła temu poprawa eliminacji CO2, zmniejszenie szczytowego natężenia przepływu wydechowego ani zmniejszenie końcowo-wydechowej objętości płuc. Co ważne, natlenienie pozostało niezmienione przez cały protokół eksperymentalny. WNIOSKI: Wentylacja mechaniczna helioksem znacznie zmniejsza opór układu oddechowego (ISCRTN98152468).

ucn7t3sg

Regulacja kinazy indukującej apoptozę DRAK2 przez cyklooksygenazę-2 w raku jelita grubego

TŁO: Cyklooksygenaza-2 (COX-2) ulega nadmiernej ekspresji w raku jelita grubego (CRC), czyniąc komórki nowotworowe opornymi na apoptozę. Selektywne hamowanie COX-2 jest skuteczne w zapobieganiu CRC, chociaż ma niekorzystny wpływ na układ sercowo-naczyniowy, dlatego uwaga została przesunięta na szlaki niższego rzędu. METODY: Eksperymenty mikromacierzy zidentyfikowały geny regulowane przez COX-2 w komórkach HCA7 CRC. Regulacja in vitro i in vivo DRAK2 (kinaza indukująca apoptozę 2 związana z kinazą DAP lub STK17β, kinaza indukująca apoptozę) przez COX-2 została zwalidowana przez qRT-PCR. WYNIKI: Hamowanie apoptozy indukowanej przez COX-2 i zwiększona ekspresja DRAK2 w komórkach HCA7 (4,4-krotny wzrost po 4 godz. przez qRT-PCR, P=0,001), efektowi zapobieganemu przez jednoczesne podawanie PGE(2). Poziomy DRAK2 były tłumione w panelu ludzkich guzów jelita grubego (n=10) w porównaniu z prawidłową błoną śluzową i wykazywały odwrotną korelację z ekspresją COX-2 (R=-0,68, R(2)=0,46, P=0,03). Podawanie rofekoksybu, selektywnego inhibitora COX-2, pacjentom z CRC (n=5) indukowało ekspresję DRAK2 w guzach (2,5-krotny wzrost, P=0,01). Wyciszanie DRAK2 in vitro przez RNAi zwiększyło przeżywalność komórek CRC po leczeniu inhibitorem COX-2. WNIOSEK: DRAK2 to kinaza serynowo-treoninowa zaangażowana w regulację apoptozy i jest ujemnie regulowana przez COX-2 in vitro i in vivo, co sugeruje nowy mechanizm wpływu COX-2 na przeżycie komórek rakowych.

1xgjdhkx

Zakorzenienie ewolucji ludzkiego parechowirusa w czasie

TŁO: Rodzina Picornaviridae zawiera szereg ważnych wirusów chorobotwórczych, wśród których niedawno zmieniono klasyfikację ludzkich parechowirusów (HPeV). Wirusy te są szeroko rozpowszechnione i można je podzielić na kilka typów. Zrozumienie historii ewolucyjnej HPeV może odpowiedzieć na pytania, takie jak: jak długo krążące linie rodowe miały wspólnego przodka i jak ewolucja tego gatunku wirusa jest kształtowana przez dynamikę populacji. Korzystając zarówno z filogenetyki bayesowskiej z zegarem ścisłym, jak i zrelaksowanym, zbadaliśmy 1) wskaźniki podstawień strukturalnych regionów P1 i VP1 kapsydu oraz 2) ewolucyjną skalę czasową aktualnie krążących linii HPeV. WYNIKI: Nasze szacunki pokazują, że ludzkie parechowirusy wykazują wysokie wskaźniki substytucji zarówno w regionach strukturalnych P1 jak i kapsydu VP1, odpowiednio 2,21 × 10(-3) (0,48 – 4,21 × 10(-3)) i 2,79 × 10(-3) (2,05 – 3,66 × 10(-3) substytucji na ośrodek rocznie. Są one w zakresie szacowanym dla innych pikornawirusów. Wykorzystując wcześniejszą koalescencję o stałej wielkości populacji, data ostatniego wspólnego przodka została oszacowana na około 1600 (1427-1733). Ponadto, patrząc na częstość podstawień synonimicznych i niesynonimicznych w genie VP1 pokazujemy, że selekcja oczyszczająca stanowi dominującą siłę ewolucyjną prowadzącą do silnej konserwacji aminokwasów. WNIOSEK: Podsumowując, nasze szacunki dostarczają skali czasowej ewolucji HPeV i sugerują, że różnorodność genetyczna obecnych krążących typów HPeV powstała około 400 lat temu.

wtsyzmo0

Profilaktyka HIV/AIDS w Chinach: wyzwanie na nowe tysiąclecie

Pierwsze zakażenie wirusem HIV w Chinach zostało oficjalnie zgłoszone w 1985 r., a do końca 1996 r. w całym kraju mogło dojść do 200 000 osób. W 2001 r. liczba ta prawdopodobnie przekroczyła 600 tys. Do 2003 roku przewidywana liczba przypadków HIV osiągnęła 1,5 miliona. Co najmniej 80 000 osób ma teraz pełnowymiarową AIDS. Chiny mogą wkrótce mieć największą populację zarażoną wirusem HIV na świecie, prawdopodobnie 6 milionów przypadków do 2005 roku. Przy wskaźnikach zakażeń rosnących o około 30% rocznie, obawia się, że liczba ta może przekroczyć 10 milionów do 2010 roku. Chociaż początkowo rząd chiński był wolno akceptując problem, pod koniec lat 90. zaczęły następować zdecydowane zmiany. W 2003 roku premier Wen Jiabao publicznie uścisnął rękę choremu na AIDS, a jego rząd obiecał wprowadzić szereg bezpłatnych usług związanych z HIV. Obecnie trwają duże prewencyjne kampanie edukacyjne. Niestety nadal będzie wiele przeszkód w opanowaniu epidemii i zapobieganiu dalszemu rozprzestrzenianiu się tej choroby. Bez wątpienia Chiny stoją w obliczu poważnej sytuacji w nowym tysiącleciu, która będzie stanowić wiele wyzwań dla medycyny prewencyjnej.

dqp4lzqs

Pojawiające się choroby odzwierzęce: okazja do zastosowania koncepcji nidality i jednego leku

Wykorzystanie zwierząt jako strażników ludzkich chorób obraca się wokół koncepcji nidality. Oznacza to, że czynnik chorobowy zajmuje określoną niszę ekologiczną, a zmiany w tej niszy zmienią funkcję tego czynnika w stosunku do tradycyjnych relacji gospodarz-czynnik-środowisko. Nidality jest pochodną rdzenia słowa nidus. Nidus definiowany jest jako gniazdo lub miejsce rozrodu, w szczególności miejsce, w którym znajdują się i rozmnażają drobnoustroje, takie jak bakterie, grzyby, wirusy, a także inne organizmy i większe pasożyty. Stosowanie pojęcia nidality i opracowywanie strategii profilaktycznych najczęściej wiązane jest z kampaniami wojskowymi i przerwaniem zakażeń odkleszczowych. Współczesne użycie wyrażenia „jeden lek” spopularyzował w Stanach Zjednoczonych i Europie Calvin Schwabe, a pojęcie to przypisuje się Rudolphowi Virchowowi. Stosuje się go dzisiaj do badania chorób odzwierzęcych i interwencji w wiejskich społecznościach rolniczych, które dzielą bliskie warunki życia między ludźmi i ich rodzinami, ich pasterskim środowiskiem pracy i zwierzętami, którymi się opiekują. Integracja dwóch koncepcji jednej medycyny i nidality daje możliwość zastosowania podejścia systemowego (tj. ogólnej teorii systemów) do radzenia sobie z pojawiającymi się chorobami odzwierzęcymi w dzisiejszym globalnym środowisku rolniczym i przemysłowym.

1qo1krxv

Ekologia choroby i globalne pojawianie się patogenów odzwierzęcych

Zapadalność i częstotliwość przenoszenia epidemii chorób odzwierzęcych, zarówno znanych, jak i nowo rozpoznanych, dramatycznie wzrosła w ciągu ostatnich 30 lat. Uważa się, że to dramatyczne pojawienie się choroby jest przede wszystkim wynikiem transformacji społecznej, demograficznej i środowiskowej, która nastąpiła na całym świecie od II wojny światowej. Jednak powiązania przyczynowe nie zostały wyjaśnione. Badanie pojawiających się patogenów odzwierzęcych jako zjawiska ekologicznego może dostarczyć ważnych informacji na temat tego, dlaczego niektóre z tych patogenów zaatakowały gatunki i spowodowały poważne epidemie u ludzi. Przegląd koncepcji i teorii z ekologii biologicznej oraz opisanych wcześniej czynników przyczynowych w powstawaniu chorób sugeruje ogólny model pojawiania się globalnej choroby odzwierzęcej. Model łączy czynniki demograficzne i społeczne z użytkowaniem gruntów i zmianą pokrycia terenu, których powiązane czynniki ekologiczne pomagają wyjaśnić pojawienie się chorób. Skala i skala tych zmian są bardziej znaczące niż te związane ze zmianami klimatycznymi, których skutki w dużej mierze nie są jeszcze poznane. Niestety, złożony charakter i nieliniowe zachowanie ludzkich systemów naturalnych, w których osadzone są systemy gospodarz-patogen, sprawia, że ​​konkretne przypadki pojawienia się choroby lub epidemii są z natury trudne do przewidzenia. Zastosowanie złożonego podejścia analitycznego do systemów może jednak pokazać, jak kilka kluczowych zmiennych ekologicznych i właściwości systemu, w tym zdolność adaptacyjna instytucji, wyjaśnia pojawienie się chorób zakaźnych i jak zintegrowane, wielopoziomowe podejście do kontroli chorób odzwierzęcych może zmniejszyć ryzyko .

0jj9svwj

Globalizacja i nowe sposoby zarządzania

Artykuł ten bada możliwości globalnego zarządzania, które skutecznie radzi sobie z międzynarodowym przenoszeniem chorób. Po pierwsze, regulacja i kontrola odzwierzęca stanowią szczególny przypadek dla agencji zdrowia publicznego, a niniejszy artykuł proponuje proponowany model skutecznej postawy zdrowia publicznego. Po drugie, dynamika globalizacji jest krótko analizowana pod kątem wyłaniającego się konsensusu w sprawie potrzeby globalnego zarządzania zdrowiem publicznym. Po trzecie, krótkie badanie modalności globalnego zarządzania sugeruje, że przypadek silnego globalnego zarządzania ma wyraźne ograniczenia (pomimo możliwych uzasadnień); następuje eksploracja współczesnych kierunków globalnego zarządzania. Na koniec w pracy zbadano zjawisko współczesnej kontroli odzwierzęcej w warunkach efektywnego reżimu regulacyjnego.

6d9x0xbj

Wytwarzanie i charakterystyka nowych ludzkich przeciwciał monoklonalnych IRAS

Receptory imidazolinowe po raz pierwszy zaproponowali Bousquet i wsp., badając przeciwnadciśnieniowe działanie klonidyny. Silny kandydat na I1R, znany jako białko wyselekcjonowane dla receptora imidazolinowego (IRAS), został sklonowany z ludzkiego hipokampa. Donieśliśmy, że IRAS pośredniczył w indukowanym przez agmatynę hamowaniu uzależnienia od opioidów w komórkach zależnych od morfiny. Aby wyjaśnić właściwości funkcjonalne i strukturalne I1R, opracowaliśmy nowe przeciwciało monoklonalne przeciwko N-końcowemu regionowi hIRAS, w tym domenie PX (10-120aa) poprzez immunizację myszy BALB/c białkiem fuzyjnym NusA-IRAS zawierającym IRAS N -terminal (10–120aa). Ustalono stabilne linie komórkowe hybrydoma, a przeciwciała monoklonalne swoiście rozpoznawały białka IRAS pełnej długości w ich natywnym stanie przez immunoblotting i immunoprecypitację. Przeciwciała monoklonalne barwiły się w przeważającej mierze punktowym wzorem cytoplazmatycznym po nałożeniu na komórki HEK293 transfekowane IRAS w pośrednich testach immunofluorescencyjnych i wykazały doskonałą reaktywność w immunocytometrii przepływowej. Te przeciwciała monoklonalne dostarczą potężnych odczynników do dalszych badań funkcji białek hIRAS.

22veehj5

Molekularne i fizjologiczne podstawy oporności na chinolinę w malarii Plasmodium falciparum

30 lat przed odkryciem genu pfcrt dobrze udokumentowano zmienioną komórkową akumulację leku u lekoopornych pasożytów malarii. Uważano, że hem uwalniany z katabolizowanej hemoglobiny jest kluczowym celem dla leków chinolinowych, a dodatkowe modyfikacje struktury leku chinoliny w celu poprawy aktywności przeciwko malarii opornej na chlorochinę przeprowadzono w kilku laboratoriach. Jednak metody hodowli komórek pasożytniczych wciąż były w powijakach, testy podatności na leki nie były dobrze wystandaryzowane, a siła genetyki malarii była odległa o dziesięciolecia. W ciągu ostatnich 10 lat nastąpił gwałtowny postęp w wyjaśnianiu biochemii oporności na chlorochinę. Ten przegląd krótko podsumowuje ten postęp i omawia, gdzie potrzebna jest dodatkowa praca.

4psg0z3n

Interakcja między ludźmi a drobiem, wiejska Kambodża

Ponieważ ryzyko zakażenia ptasią grypą H5N1 jest związane z narażeniem na zakażony drób, przeprowadziliśmy badanie wiedzy, postaw i praktyk dotyczących zachowań związanych z obchodzeniem się z drobiem wśród mieszkańców wsi w wiejskiej Kambodży. Pomimo powszechnej wiedzy na temat ptasiej grypy i środków ochrony osobistej, większość obszarów wiejskich w Kambodży nadal ma wysoki poziom obchodzenia się z zagrożonym drobiem.

5apikyi7

Trasy migracji ptaków i ryzyko rozprzestrzeniania się patogenów na tereny podmokłe zachodniej części Morza Śródziemnego

Dzikie ptaki dzielą z ludźmi zdolność szybkiego przemieszczania się na duże odległości. Podczas ruchów migracyjnych ptaki przenoszą patogeny, które mogą być przenoszone między gatunkami w miejscach rozrodu, zimowania i postoju, gdzie gromadzą się liczne ptaki różnych gatunków. Uważamy obszar Camargue (południowa Francja) za przykład, aby podkreślić, w jaki sposób dostępne ad hoc informacje na temat przemieszczania się, liczebności i różnorodności ptaków mogą pomóc w ocenie ryzyka wprowadzenia i przeniesienia chorób przenoszonych przez ptaki na terenach podmokłych w zachodniej części Morza Śródziemnego. Jako przykłady podano wirusy ptasiej grypy i Zachodniego Nilu, ponieważ ptaki mają kluczowe znaczenie dla epidemiologii tych wirusów.

vueo83vk

Przedłużona pozaustrojowa oksygenacja błonowa w zespole ciężkiej ostrej niewydolności oddechowej u dziecka dotkniętego autoimmunologiczną niedokrwistością hemolityczną oporną na rytuksymab: opis przypadku

WSTĘP: Autoimmunologiczna niedokrwistość hemolityczna u dzieci w wieku poniżej 2 lat charakteryzuje się zwykle ciężkim przebiegiem, ze śmiertelnością około 10%. Przedłużona immunosupresja po zastosowaniu specyficznego leczenia może wiązać się z wysokim ryzykiem rozwoju ciężkich zakażeń. Ostatnio zastosowanie przeciwciał monoklonalnych (rytuksymab) umożliwiło uzyskanie trwałych remisji u większości pacjentów pediatrycznych z oporną autoimmunologiczną niedokrwistością hemolityczną. PREZENTACJA PRZYPADKU: Opisujemy przypadek 8-miesięcznej kaukaskiej dziewczynki z ciężką postacią autoimmunologicznej niedokrwistości hemolitycznej, która wymagała ciągłego leczenia sterydami przez 16 miesięcy. Następnie otrzymywała 4 tygodniowe dawki rytuksymabu (375 mg/m(2)/dawkę) w połączeniu z terapią sterydową, którą następnie zmniejszano w ciągu kolejnych 2 tygodni. Miesiąc po ostatniej dawce rytuksymabu wystąpiła u niej nawrót ciężkiej hemolizy i otrzymała dwie kolejne dawki rytuksymabu. Pacjent pozostawał w remisji klinicznej przez 7 miesięcy, zanim wystąpił kolejny nawrót. Podawano alternatywną ciężką terapię immunosupresyjną łączącą cyklofosfamid 10 mg/kg/dzień przez 10 dni z metyloprednizolonem 40 mg/kg/dzień przez 5 dni, a następnie zmniejszano ją w ciągu 3 tygodni. Jeszcze w trakcie terapii sterydami u chorego rozwinęło się śródmiąższowe zapalenie płuc z zespołem ostrej niewydolności oddechowej, co wymagało natychmiastowego przyjęcia na oddział intensywnej terapii, gdzie pozaustrojowa oksygenacja błonowa była prowadzona nieprzerwanie przez 37 dni. W 16-miesięcznej obserwacji chory żyje, w dobrym stanie klinicznym, bez dysfunkcji narządowych, bez leczenia immunosupresyjnego, z prawidłowym poziomem Hb. Wnioski: Ten przypadek pokazuje, że agresywna skojarzona terapia immunosupresyjna może prowadzić do trwałej całkowitej remisji u dzieci z oporną autoimmunologiczną niedokrwistością hemolityczną. Jednak ciężkie, zagrażające życiu powikłania przedstawione przez naszego pacjenta wskazują, że należy ściśle monitorować stan kliniczny, zawsze należy rozważyć profilaktykę przeciwdrobnoustrojową oraz że musi być dostępny doświadczony personel medyczny i pielęgniarski, który w razie potrzeby zapewni wysoce specjalistyczne wspomagające terapie ratunkowe , podczas monitorowania intensywnej terapii.

3gwm1c2f

Regulowany rozpad informacyjnych RNA w komórkach ssaków zależny od Ire1

Utrzymanie funkcji retikulum endoplazmatycznego (ER) osiąga się częściowo dzięki Ire1 (enzym 1) wymagający inozytolu, białku transbłonowym aktywowanym przez nieprawidłowe fałdowanie białka w ER. Cytoplazmatyczna domena nukleazy Ire1 rozszczepia informacyjny RNA (mRNA) kodujący XBP-1 (białko wiążące X-box 1), umożliwiając splicing i produkcję tego aktywnego czynnika transkrypcyjnego. Niedawno wykazaliśmy, że aktywacja Ire1 niezależnie indukuje szybki obrót mRNA kodujących białka błonowe i sekrecyjne w komórkach Drosophila melanogaster poprzez szlak, który nazywamy regulowanym rozpadem zależnym od Ire1 (RIDD). W tym badaniu pokazujemy, że mysie fibroblasty wyrażające Ire1 typu dzikiego, ale nie wariant Ire1, pozbawiony aktywności nukleazy, również degradują mRNA w odpowiedzi na stres ER. Używając drugiego wariantu Ire1, który jest aktywowany przez mały analog adenozynotrifosforanu, pokazujemy, że chociaż splicing XBP-1 może być sztucznie indukowany przy braku stresu ER, RIDD wydaje się wymagać zarówno aktywności Ire1, jak i stresu ER. Nasze dane sugerują, że komórki wykorzystują wielopoziomowy mechanizm, dzięki któremu różne warunki w ER prowadzą do różnych wyników z Ire1.

ajz4ef44

Empiryczny związek między różnicami wewnątrz-puryny i wewnątrzpirymidyny w konserwatywnych sekwencjach genów

Sekwencje DNA widoczne w normalnej reprezentacji opartej na znakach wydają się mieć potężne mieszanie czterech nukleotydów bez żadnego widocznego porządku. Częstotliwości i rozkłady nukleotydów w sekwencjach były szeroko badane od prostej zasady podanej przez Chargaffa prawie sto lat temu, która zrównuje całkowitą liczbę puryn z pirymidynami w dupleksowej sekwencji DNA. Chociaż trudno jest prześledzić jakikolwiek związek między zasadami na podstawie badań nad reprezentacją znaków sekwencji DNA, reprezentacje graficzne mogą dostarczyć wskazówki. Te nowe reprezentacje sekwencji DNA były przydatne w dostarczaniu przeglądu rozmieszczenia zasad i składu sekwencji oraz dostarczaniu wglądu w wiele ukrytych struktur. Przedstawiamy tutaj naszą obserwację opartą na graficznym przedstawieniu, że różnice wewnątrzpurynowe i wewnątrzpirymidynowe w sekwencjach konserwatywnych genów generalnie są zgodne z rozkładem kwadratowym i pokazujemy, że mogło to wynikać z mutacji w sekwencjach w ewolucyjnych skalach czasowych. Na podstawie tej nieopisanej dotąd zależności dla sekwencji genów rozważanych w tym raporcie stawiamy hipotezę, że takie relacje mogą być charakterystyczne dla tych sekwencji, a zatem mogą stać się barierą dla zmian sekwencji na dużą skalę, które zastępują takie cechy, być może poprzez pewien proces monitorowania wbudowany w sekwencje DNA . Taka zależność zwiększa również możliwość, że sekwencje intronowe odgrywają ważną rolę w utrzymaniu charakterystyk i mogą wskazywać na możliwe zjawiska późnego intronu.

utmt5sva

Gotowość pracowników służby zdrowia w Hongkongu do zaakceptowania szczepień przeciwko grypie przed pandemią na różnych poziomach alarmowych WHO: dwie ankiety

Cel Ocena dopuszczalności szczepień przeciwko grypie przed pandemią wśród pracowników służby zdrowia w szpitalach publicznych w Hongkongu oraz wpływu eskalacji poziomu alarmowego Światowej Organizacji Zdrowia na pandemię grypy. Projekt Powtarzane badania przekrojowe z wykorzystaniem samodzielnie wypełnianych, anonimowych kwestionariuszy Ustalanie ankiet na 31 oddziałach szpitalnych chorób wewnętrznych, pediatrii i medycyny ratunkowej podległych Hong Kong Hospital Authority w okresie od stycznia do marca 2009 r. oraz w maju 2009 r. Uczestnicy 2255 pracowników służby zdrowia wypełniło kwestionariusze w dwa badania. Byli to lekarze, pielęgniarki lub pokrewni pracownicy służby zdrowia pracujący w publicznym systemie szpitalnym. Główne mierniki wyników Wyrażona gotowość do przyjęcia szczepienia przeciwko grypie przed pandemią (podtypy grypy A H5N1 lub H1N1) oraz czynniki z nią związane. Wyniki Ogólna gotowość do przyjęcia przedpandemicznej szczepionki H5N1 wyniosła tylko 28,4% w pierwszym badaniu, przeprowadzonym w 3. fazie ostrzegania przed pandemią grypy WHO. Nie zaobserwowano znaczących zmian w poziomie gotowości do przyjęcia przedpandemicznej szczepionki H5N1, pomimo eskalacji do Faza alarmowa 5. Skłonność do przyjęcia szczepionki przeciwko H1N1 przed pandemią wynosiła 47,9% wśród pracowników służby zdrowia, gdy poziom alarmowy WHO był w fazie 5. Najczęstszymi powodami zamiaru przyjęcia były „chęć ochrony” i „postępowanie zgodnie z Rada." Główne zidentyfikowane bariery to strach przed skutkami ubocznymi i wątpliwości co do skuteczności. Ponad połowa respondentów uważa, że ​​pielęgniarki powinny być pierwszą grupą priorytetową do otrzymania szczepionek. Najsilniejszymi pozytywnymi czynnikami skojarzonymi były: historia szczepień przeciwko grypie sezonowej i spostrzegane ryzyko zachorowania. Wnioski Chęć do przyjęcia szczepienia przeciwko grypie przed pandemią była niska i nie zaobserwowano żadnego istotnego wpływu na zmianę poziomu alarmowego WHO. Niezbędne są dalsze badania w celu wyjaśnienia pierwotnej przyczyny niskiego zamiaru zaakceptowania szczepień przed pandemią.

xjspi65a

Ewolucyjnie konserwowane sieci interakcji białek wirusa opryszczki

Herpeswirusy stanowią rodzinę dużych wirusów DNA szeroko rozpowszechnionych wśród kręgowców i wywołujących wiele różnych chorób. Posiadają genomy dsDNA w zakresie od 120 do 240 kbp, kodujące od 70 do 170 otwartych ramek odczytu. Wcześniej opisywaliśmy sieci interakcji białek dwóch herpeswirusów, wirusa ospy wietrznej-półpaśca (VZV) i herpeswirusa związanego z mięsakiem Kaposiego (KSHV). W tym badaniu systematycznie testowaliśmy trzy dodatkowe gatunki herpeswirusa, wirusa opryszczki pospolitej 1 (HSV-1), mysiego cytomegalowirusa i wirusa Epsteina-Barra pod kątem interakcji białek, aby móc przeprowadzić analizę porównawczą wszystkich trzech podrodzin herpeswirusów. Zidentyfikowaliśmy 735 interakcji za pomocą przesiewowych badań dwuhybrydowych drożdży obejmujących cały genom (Y2H) i razem z interaktomami VZV i KSHV uwzględniliśmy w analizie 1007 interakcji wewnątrzwirusowych z białkami. Podczas gdy duża liczba interakcji nie została wcześniej zgłoszona, byliśmy w stanie zidentyfikować podstawowy zestaw wysoce konserwatywnych interakcji białkowych, takich jak interakcja między HSV-1 UL33 a jądrowymi białkami wyjściowymi UL31/UL34. Interakcje były zachowane między białkami ortologicznymi pomimo ogólnie niskiego podobieństwa sekwencji, co sugeruje, że funkcja może być bardziej konserwowana niż sekwencja. Łącząc interakcje z różnymi gatunkami byliśmy w stanie systematycznie zająć się niskim zasięgiem systemu Y2H i wyodrębnić biologicznie istotne interakcje, które nie były oczywiste dla pojedynczego gatunku.

wup6tig0

Polimorfizm insercyjny/delecyjny genu enzymu konwertującego angiotensynę w chorobie Kawasaki

Doniesiono, że polimorfizm genu konwertazy angiotensyny (ACE) jest związany z chorobą niedokrwienną serca, kardiomiopatią przerostową i idiopatyczną kardiomiopatią rozstrzeniową. W tym badaniu zbadaliśmy związek między chorobą Kawasaki a polimorfizmem insercyjnym/delecyjnym genu ACE. Do badania włączono pięćdziesięciu pięciu pacjentów z chorobą Kawasaki i 43 zdrowe dzieci. Genotyp ACE oceniano na podstawie każdego z fragmentów DNA badanych za pomocą reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR). Częstość występowania genotypów ACE (DD, ID, II) wyniosła odpowiednio 12,7%, 60,0%, 27,3% w grupie Kawasaki oraz 41,9%, 30,2%, 27,9% w grupie kontrolnej, co wskazuje na niski odsetek DD i wysoki genotyp ID wśród Pacjenci Kawasaki (p<0,01). Porównując częstość alleli (I, D), allel I występował częściej w grupie Kawasaki niż w grupie kontrolnej (57,3% vs. 43,0%, p<0,05). W grupie Kawasaki częstości genotypu i alleli nie różniły się statystycznie między osobami z poszerzeniem wieńcowym i bez. Uważa się, że polimorfizm genu ACE I/D jest związany z chorobą Kawasaki, ale nie z rozwojem poszerzeń wieńcowych.

3zh8jmc2

Różnicowa regulacja szlaków interferonu typu I i naskórkowego czynnika wzrostu przez czynnik wirulencji ludzkiego respirowirusa

Szereg paramyksowirusów jest odpowiedzialnych za ostre infekcje dróg oddechowych u dzieci, osób starszych i osób z obniżoną odpornością, powodując zapalenie dróg oddechowych i zaostrzenie chorób przewlekłych, takich jak astma. Aby zrozumieć molekularną patogenezę tych infekcji, szukaliśmy celów komórkowych wirulencji białka C ludzkiego wirusa paragrypy typu 3 (hPIV3-C). Odkryliśmy, że hPIV3-C oddziałuje bezpośrednio poprzez swoją domenę C-końcową z STAT1 i GRB2, podczas gdy białka C z wirusów odry lub Nipah nie działają. Wiązanie z STAT1 wyjaśnia wcześniej zgłoszoną zdolność hPIV3-C do blokowania sygnalizacji interferonem typu I, ale interakcja z GRB2 była nieoczekiwana. To białko adaptacyjne łączy receptor naskórkowego czynnika wzrostu (EGF) ze szlakiem MAPK/ERK, kaskadą sygnalizacyjną, którą ostatnio odkryto, że bierze udział w zapalnej odpowiedzi dróg oddechowych. Donosimy, że zarówno infekcja hPIV3, jak i przejściowa ekspresja hPIV3-C zwiększają odpowiedź komórkową na EGF, jak oceniono na podstawie poziomów transaktywacji i fosforylacji Elk1 podjednostki rybosomalnej ERK1/2, 40S białka S6 i czynnika inicjacji translacji 4E (eIF4E). Ponadto hamowanie szlaku MAPK/ERK za pomocą U0126 zapobiegało ekspresji białka wirusowego w zakażonych komórkach. Podsumowując, nasze dane dostarczają podstaw molekularnych do wyjaśnienia roli hPIV3-C jako czynnika wirulencji i determinanty patogenezy oraz wykazują, że Paramyxoviridae wyewoluowały pojedynczy czynnik wirulencji, aby zablokować sygnalizację interferonem typu I i wzmocnić jednoczesną odpowiedź komórkową na czynniki wzrostu.

3b8b8p61

Odpowiedź interferonu typu I gospodarza jest indukowana przez cytozolowe wykrywanie cyklicznego di-GMP bakteryjnego drugiego przekaźnika

Wrodzony układ odpornościowy reaguje na unikalne sygnatury molekularne, które są szeroko zachowane wśród drobnoustrojów, ale które normalnie nie są obecne w komórkach gospodarza. Związki stymulujące wrodzone szlaki odpornościowe mogą być cenne w projektowaniu nowych adiuwantów, szczepionek i innych immunoterapeutyków. Cykliczny dinukleotydowy cykliczny di-guanozynomonofosforan (c-di-GMP) jest ostatnio docenianym drugim przekaźnikiem, który odgrywa kluczową rolę regulacyjną w wielu gatunkach bakterii, ale nie jest wytwarzany przez komórki eukariotyczne. Badania in vivo i in vitro sugerowały wcześniej, że c-di-GMP jest silnym związkiem immunostymulującym rozpoznawanym przez komórki mysie i ludzkie. Dostarczamy dowodów na to, że c-di-GMP jest wykrywany w cytozolu komórek ssaków poprzez nowy szlak immunonadzoru. Siła sygnalizacji cytozolowej indukowanej przez c-di-GMP jest porównywalna do indukowanej przez cytozolowe dostarczanie DNA, a oba kwasy nukleinowe indukują podobny profil transkrypcyjny, w tym wyzwalanie interferonów typu I i koregulowanych genów poprzez indukcję TBK1, IRF3, jądrowe czynnik κB i kinazy MAP. Wydaje się jednak, że szlak cytozolowy wykrywający c-di-GMP różni się od wszystkich znanych szlaków wykrywania kwasów nukleinowych. Nasze wyniki sugerują nowy mechanizm, dzięki któremu komórki gospodarza mogą indukować odpowiedź zapalną na szeroko produkowany ligand bakteryjny.

0p8lk12m

Profilowanie ekspresji genów w komórkach o zwiększonej aktywności γ-sekretazy

TŁO: Przetwarzanie przez γ-sekretazę wielu substratów białek błonowych typu I wyzwala kaskady sygnalizacyjne poprzez uwalnianie domen wewnątrzkomórkowych (ICD), które po translokacji jądrowej modulują transkrypcję różnych genów regulujących różnorodny szereg procesów komórkowych i biologicznych. Ponieważ lista substratów γ-sekretazy szybko rośnie, a enzym ten jest celem terapeutycznym raka i choroby Alzheimera, mapowanie transkrypcji genów podatnych na aktywność γ-sekretazy jest ważne dla wyostrzenia naszego poglądu na konkretne dotknięte geny, funkcje molekularne i szlaki biologiczne. METODOLOGIA/GŁÓWNE WYNIKI: Aby zidentyfikować geny i funkcje molekularne, na które transkrypcyjnie wpływa aktywność γ-sekretazy, przeanalizowano i porównano za pomocą mikromacierzy cDNA transkryptomy komórkowe komórek jajnika chomika chińskiego (CHO) o zwiększonej i zahamowanej aktywności γ-sekretazy. Funkcjonalne grupowanie przez FatiGO 1991 zidentyfikowanych genów ujawniło nadreprezentację i niedostateczną liczbę grup o wielu aktywnościach i funkcjach. Pojedyncze geny o najbardziej wyraźnej wrażliwości transkrypcyjnej na aktywność sekretazy γ oceniano metodą PCR w czasie rzeczywistym. Spośród 21 zatwierdzonych genów uderzająco obniżona transkrypcja PTPRG i AMN1 oraz zwiększona transkrypcja UPP1 potencjalnie wspierają dane na temat zaburzeń cyklu komórkowego istotnych dla badań nad rakiem, komórkami macierzystymi i chorobami neurodegeneracyjnymi. Mapowanie interakcji białek kodowanych przez zwalidowane geny opierało się wyłącznie na danych opartych na dowodach i ujawniło szeroki wpływ na elementy szlaku Wnt, w tym WNT3A i DVL3. Co ciekawe, transkrypcja TERA, genu o nieznanej funkcji, podlega wpływowi aktywności γ-sekretazy i została istotnie zmieniona w analizowanych korach mózgu człowieka z chorobą Alzheimera. WNIOSKI / ZNACZENIE: Badanie wpływu aktywności γ-sekretazy na transkrypcję genów ujawniło kilka dotkniętych grup funkcji molekularnych, a dokładniej 21 genów, które mają znaczny potencjał do lepszego zrozumienia biologii γ-sekretazy i jej roli w raku i patologia choroby Alzheimera.

l0uya9dh

Filogeografia bayesowska znajduje swoje korzenie

Jako kluczowy czynnik w dynamice endemicznej i epidemicznej, geograficzne rozmieszczenie wirusów jest często interpretowane w świetle ich historii genetycznych. Niestety, wnioskowanie o historycznych wzorcach rozprzestrzeniania się lub migracji wirusów ograniczało się głównie do podejść heurystycznych bez modelu, które zapewniają niewielki wgląd w czasowe ustawienie dynamiki przestrzennej. Wprowadzenie probabilistycznych modeli ewolucji stwarza jednak wyjątkowe możliwości zaangażowania się w to przedsięwzięcie statystyczne. Tutaj przedstawiamy bayesowskie ramy wnioskowania, wizualizacji i testowania hipotez historii filogeograficznej. Wdrażając mapowanie znaków w oprogramowaniu bayesowskim, które próbkuje filogenezy w skali czasu, umożliwiamy rekonstrukcję czasowych wzorców rozprzestrzeniania się wirusa, jednocześnie uwzględniając niepewność filogenetyczną. Wnioskowanie o standardowym modelu Markowa zostało rozszerzone o stochastyczną procedurę wyboru zmiennych wyszukiwania, która identyfikuje oszczędne opisy procesu dyfuzji. Ponadto proponujemy a priori, które mogą uwzględniać geograficzne rozkłady próbkowania lub charakteryzować alternatywne hipotezy dotyczące dynamiki przestrzennej. Aby zwizualizować informacje przestrzenne i czasowe, podsumowujemy wnioski za pomocą oprogramowania wirtualnego globu. Opisujemy porównanie bayesowskiej filogeografii z poprzednią analizą skąpstwa w badaniu pochodzenia grypy A H5N1 i powiązania epidemiologicznego H5N1 między miejscami pobierania próbek. Analiza wścieklizny w populacjach psów z Afryki Zachodniej ujawnia, w jaki sposób dyfuzja wirusa może umożliwić endemiczną konserwację poprzez ciągłe cykle epidemii. Na podstawie tych analiz dochodzimy do wniosku, że nasza struktura filogeograficzna będzie ważnym atutem w epidemiologii molekularnej, którą można łatwo uogólnić, aby wywnioskować biogeografię z danych genetycznych wielu organizmów.

rlbodumk

Repozytorium modelowe badania modeli czynników chorobotwórczych

Repozytorium modeli (MREP) to system zarządzania relacyjnymi bazami danych (RDBMS) opracowany pod auspicjami modeli badania czynników zakaźnych (MIDAS). Celem MREP jest zorganizowanie i skatalogowanie modeli, wyników i sugestii dotyczących korzystania z MIDAS oraz przechowywanie ich w sposób umożliwiający użytkownikom uruchamianie modeli z MREP choroby o kontrolowanym dostępie. MREP zawiera kod źródłowy i obiektowy modeli chorób opracowanych przez modelarzy chorób zakaźnych i przetestowanych w środowisku produkcyjnym. W repozytorium znajdują się różne wersje modeli używanych do opisywania różnych aspektów tej samej choroby. Modele są powiązane z ich programistami, a różne wersje kodów są powiązane z Subversion, narzędziem kontroli wersji. Dodatkowym elementem MREP będzie przechowywanie, zarządzanie i kontrola dostępu do hurtowni wyników modeli chorób, na którą składają się dane wyjściowe generowane przez modele zawarte w MREP. Tabele wyników i pliki są połączone z wersją modelu i parametrami wejściowymi, które wspólnie wygenerowały wyniki. Tabele wynikowe są przechowywane w relacyjnej bazie danych, która umożliwia ich łatwą identyfikację, kategoryzację i pobieranie.

dg10rf2f

Ucieczka od autologicznych przeciwciał neutralizujących w ostrym/wczesnym zakażeniu HIV-1 podtypu C wymaga wielu ścieżek

Jednym z celów szczepionki przeciw HIV jest wytworzenie przeciwciał neutralizujących (Nab), które mogą ograniczać replikację genetycznie zróżnicowanych wirusów i zapobiegać zadomowieniu się nowej infekcji. W ten sposób identyfikacja mocnych i słabych stron Nab na wczesnych etapach naturalnej infekcji może okazać się przydatna w osiągnięciu tego celu. Tutaj pokazujemy, że ucieczka wirusa z łatwością wystąpiła pomimo rozwoju autologicznego Nab o wysokim mianie u dwóch osobników z ostrą/wczesną infekcją podtypu C. Aby zapewnić szczegółowy obraz szlaków ucieczki, warianty oporne na Nab zidentyfikowane w wielu punktach czasowych wykorzystano do stworzenia serii chimer glikoproteiny otoczkowej (Env) i mutantów w tle odpowiadającego nowo przeniesionego Env. U jednego osobnika ucieczka Nab była spowodowana głównie zmianami w regionie gp120, który rozciąga się od początku domeny V3 do końca domeny V5 (V3V5). Jednak szlaki ucieczki Nab u tego osobnika oscylowały i czasami wymagały współpracy między V1V2 a ektodomeną gp41. W drugim temacie ucieczka była spowodowana zmianami w V1V2. Ten zależny od V1V2 szlak ucieczki był zachowywany w czasie, a jego użyteczność znalazła odzwierciedlenie w zdolności wirusa do ucieczki przed dwoma różnymi przeciwciałami monoklonalnymi (Mab) pochodzącymi od tego samego pacjenta poprzez wprowadzenie pojedynczego potencjalnego miejsca N-glikozylacji w V2. Przestrzenna reprezentacja zmian sekwencji w gp120 sugerowała, że ​​presja selekcyjna działała na te same regiony Env u tych dwóch osobników, mimo że domeny Env, które powodowały ucieczkę, były różne. Razem odkrycia dowodzą, że pojedynczy szlak mutacji nie jest wystarczający, aby zapewnić ucieczkę we wczesnym zakażeniu HIV-1 podtypu C, i wspierają model, w którym wiele strategii, w tym potencjalne przesunięcia glikanów, bezpośrednia zmiana sekwencji epitopu i kooperacja konformacji domeny Env maskujące, służą do unikania neutralizacji.

cijyfa4j

Struktura krystaliczna domeny kinazy N-acetylomannozaminy GNE

TŁO: UDP-GlcNAc 2-epimeraza / ManNAc 6-kinaza, GNE, jest bifunkcjonalnym enzymem, który odgrywa kluczową rolę w biosyntezie kwasu sialowego. Mutacje białka GNE powodują miopatię sialomocznika lub autosomalną recesywną miopatię ciałek wtrętowych/miopatię Nonaka. GNE jest jedynym ludzkim białkiem, które zawiera domenę kinazową należącą do rodziny ROK (represor, ORF, kinaza). GŁÓWNE USTALENIA: Rozwiązaliśmy strukturę domeny kinazy GNE w stanie wolnym od ligandów. Białko występuje głównie jako dimer w roztworze, z małymi populacjami monomeru i oligomeru wyższego rzędu w równowadze z dimerem. Analiza upakowania kryształów ujawnia istnienie krystalograficznego heksameru i że domena kinazy ulega dimeryzacji poprzez subdomenę płata C. Mapowanie związanych z chorobą mutacji zmiany sensu na strukturę domeny kinazy ujawniło, że miejsca mutacji można podzielić na cztery różne grupy w oparciu o lokalizację – granicę dimeru, helisy międzypłatowe, powierzchnię białka lub w obrębie innych drugorzędowych elementów strukturalnych. WNIOSKI: Struktura krystaliczna domeny kinazy GNE dostarcza strukturalnej podstawy do zrozumienia mutacji powodujących choroby oraz modelu heksamerycznego enzymu typu dzikiego o pełnej długości. WERSJA ROZSZERZONA: Ten artykuł można również oglądać jako wersję rozszerzoną, w której tekst artykułu jest zintegrowany z interaktywnymi reprezentacjami 3D i animowanymi przejściami. Należy pamiętać, że aby uzyskać dostęp do tej rozszerzonej funkcji, wymagana jest wtyczka internetowa. Instrukcje dotyczące instalacji i korzystania z wtyczki internetowej są dostępne w Text S1.

out6zg61

Zwiększona różnorodność gatunków żywicieli i zmniejszona częstość występowania wirusa Sin Nombre

Pojawiające się epidemie chorób odzwierzęcych dotykają ludzi w alarmującym tempie. Dopóki czynniki ekologiczne związane z chorobami odzwierzęcymi nie zostaną lepiej poznane, pojawianie się choroby będzie kontynuowane. W przypadku boreliozy tłumienie choroby wykazano poprzez efekt rozcieńczenia, dzięki czemu zwiększenie różnorodności gatunkowej zmniejsza częstość występowania choroby w populacjach żywiciela. Aby przetestować efekt rozcieńczenia w innej chorobie, zbadaliśmy 17 zmiennych ekologicznych związanych z występowaniem bezpośrednio przenoszonego wirusa Sin Nombre (rodzaj Hantawirus, czynnik etiologiczny hantawirusowego zespołu płucnego) u dzikiego żywiciela, jelenia myszy (Peromyscus maniculatus). Jedynie różnorodność gatunkowa była statystycznie powiązana z występowaniem infekcji: wraz ze spadkiem różnorodności gatunkowej częstość występowania infekcji wzrastała. Wzrost był umiarkowany, ale częstość występowania wzrosła wykładniczo przy niskim poziomie zróżnicowania, co jest zjawiskiem określanym jako uwalnianie odzwierzęce. Wyniki sugerują, że różnorodność gatunkowa wpływa na powstawanie chorób.

n4duwd0x

Chiński szczep epidemicznego wirusa biegunki świń, Tajlandia

Od końca 2007 r. w Tajlandii pojawiło się kilka ognisk zakażenia wirusem epidemicznej biegunki świń (PEDV). Analiza filogenetyczna umieszcza wszystkie tajskie izolaty PEDV podczas epidemii w tym samym kladu, co chiński szczep JS-2004-2. Ten nowy genotyp PEDV dominuje i obecnie powoduje sporadyczne epidemie w Tajlandii.

xsjdy3yz

Optymizm/pesymizm i jakość życia związana ze zdrowiem podczas ciąży na trzech kontynentach: dopasowane badanie kohortowe w Chinach, Ghanie i Stanach Zjednoczonych

TŁO: Niewiele wiadomo na temat porównania optymizmu/pesymizmu i jakości życia związanej ze zdrowiem w różnych kulturach. METODY: Trzy próbki kobiet w ciąży w ostatnim trymestrze ciąży zostały zrekrutowane z Chin, Ghany i Stanów Zjednoczonych (USA). Uczestnicy wypełnili ankietę, która zawierała zrewidowany test orientacji życiowej (LOT-R, miara optymizmu/pesymizmu), Short Form 12 (SF-12, miara jakości życia) oraz pytania dotyczące zdrowia i czynników demograficznych. Do analizy stworzono zestaw obejmujący trzy kraje, dopasowując kobiety pod względem wieku, wieku ciążowego w momencie rejestracji oraz liczby wcześniejszych ciąż. Do porównania wyników w kohortach wykorzystano Anova z porównaniami parami post-hoc. Do stworzenia modelu identyfikującego zmienne najsilniej związane z optymizmem/pesymizmem wykorzystano analizę regresji wielowymiarowej. WYNIKI: Wyniki LOT-R różniły się znacząco między kulturami w tych próbach, przy czym kobiety w ciąży z Ghany były najbardziej optymistyczne i najmniej pesymistyczne, a kobiety w ciąży z Chin były najmniej optymistyczne i najmniej pesymistyczne w analizie podskalowej. Cztery kluczowe zmienne przewidywały około 20% wariancji w ogólnych wynikach optymizmu: kraj pochodzenia (p = 0,006), praca za pieniądze (p = 0,05); poziom wykształcenia (p = 0,002) i kiedykolwiek leczony z powodu problemów emocjonalnych za pomocą leków (p < 0,001). Wyniki jakości życia również różniły się w zależności od kraju w tych próbach, przy czym najbardziej wyraźna różnica występowała w pomiarze żywotności. Ciężarne kobiety w USA zgłosiły znacznie niższe wyniki witalności niż kobiety ciężarne z Chin i Ghany w naszej próbce. WNIOSEK: Badanie to stawia ważne pytania dotyczące tego, co takiego jest w kraju pochodzenia, co tak silnie wpływa na optymizm/pesymizm kobiet w ciąży. Dalsze badania są uzasadnione, aby zbadać podstawową konceptualizację optymizmu/pesymizmu i jakości życia związanej ze zdrowiem w różnych krajach.

d0eur1hq

Nowe technologie wykrywania wirusa wścieklizny: wyzwania i nadzieje w XXI wieku

Rozpoznanie wścieklizny jest rutynowo oparte na informacjach klinicznych i epidemiologicznych, zwłaszcza gdy narażenia są zgłaszane w krajach, w których występuje wścieklizna. Testy diagnostyczne z użyciem konwencjonalnych testów, które wydają się być negatywne, nawet jeśli są wykonywane w późnym stadium choroby i pomimo diagnozy klinicznej, czasami są zawodne. Testy te rzadko są optymalne i całkowicie zależą od charakteru i jakości dostarczonej próbki. W ciągu ostatnich trzech dekad zastosowanie biologii molekularnej pomogło w opracowaniu testów, które pozwalają na szybsze wykrywanie wirusa wścieklizny. Testy te umożliwiają identyfikację szczepu wirusa z próbek klinicznych. Obecnie istnieje szereg testów molekularnych, które można wykorzystać jako uzupełnienie konwencjonalnych testów w diagnostyce wścieklizny. Rzeczywiście wyzwania XXI wieku dla rozwoju diagnostyki wścieklizny nie mają charakteru technicznego; te testy są już dostępne. Wyzwania XXI wieku stojące przed twórcami testów diagnostycznych są dwojakie: po pierwsze, osiągnięcie akceptowanej na arenie międzynarodowej walidacji testu, która następnie doprowadzi do jego akceptacji przez organizacje na całym świecie. Po drugie, obszary świata, w których takie testy są potrzebne, to głównie regiony rozwijające się, gdzie bariery finansowe i logistyczne uniemożliwiają ich realizację. Chociaż kraje rozwijające się ze słabą infrastrukturą opieki zdrowotnej zdają sobie sprawę, że molekularne testy diagnostyczne będą niedostępne do rutynowego stosowania, nadal należy mierzyć stosunek kosztów do korzyści. Przyjęcie szybkich i przystępnych cenowo testów diagnostycznych wścieklizny do użytku w krajach rozwijających się podkreśla znaczenie dzielenia się i transferu technologii poprzez współpracę bliźniaczą w laboratoriach między krajami rozwiniętymi i rozwijającymi się. Co ważne dla krajów rozwijających się, korzyścią płynącą z metod molekularnych jako narzędzi jest możliwość diagnostyki różnicowej chorób człowieka o podobnych objawach klinicznych. Testy przedśmiertne w kierunku wścieklizny u ludzi są teraz możliwe przy użyciu technik molekularnych. Bariery te nie są nie do pokonania i oczekujemy, że jeśli takie testy zostaną zaakceptowane i wdrożone tam, gdzie są najbardziej potrzebne, zapewnią znaczną poprawę w diagnostyce i monitorowaniu wścieklizny. Pojawienie się biologii molekularnej i nowych inicjatyw technologicznych, które łączą postępy w biologii z innymi dyscyplinami, wesprą rozwój technik zdolnych do wysokowydajnych testów z krótkim czasem realizacji diagnozy wścieklizny.

f0vud3gu

Kaczki: „konie trojańskie” grypy H5N1

Streszczenie Dzikie kaczki są głównym rezerwuarem wirusów grypy typu A, które mogą być przenoszone na drób domowy i ssaki, w tym ludzi. Spośród 16 podtypów hemaglutyniny (HA) wirusów grypy A tylko podtypy H5 i H7 powodują wysoce zjadliwą (HP) grypę u naturalnych żywicieli. Kilka gatunków kaczek jest naturalnie odpornych na wirusy HP Asian H5N1 grypy. Te gatunki kaczek mogą wydalać i rozprzestrzeniać wirusa zarówno z dróg oddechowych, jak i przewodu pokarmowego, wykazując jednocześnie niewiele objawów choroby lub nie wykazując ich wcale. Podczas gdy wirusy HP Asian H5N1 są w 100% śmiertelne dla kurcząt i innego drobiu grzebiącego, brak objawów choroby u niektórych gatunków kaczek doprowadził do koncepcji, że kaczki są „końmi trojańskimi” wirusa H5N1 w ukradkowym rozprzestrzenianiu się wirusa. Ważnym nierozwiązanym problemem jest to, czy wirusy HP H5N1 utrzymują się w populacji dzikich kaczek na świecie. Tutaj dokonujemy przeglądu ekologii i patobiologii kaczek zakażonych wirusami grypy A oraz roli kaczek w utrzymywaniu i rozprzestrzenianiu się wirusów HP H5N1. Identyfikujemy również kluczowe pytania dotyczące roli kaczek, które należy rozwiązać, aby zrozumieć pojawienie się i kontrolę grypy pandemicznej. Powszechnie przyjmuje się, że gatunki dzikich kaczek mogą rozprzestrzeniać wirusy HP H5N1, ale nie ma wystarczających dowodów, aby wykazać, że kaczki utrzymują te wirusy i przenoszą je z pokolenia na pokolenie.

ujgcsx3o

Flawiwirusy niehemaglutynujące: mechanizmy molekularne powstawania nowych szczepów poprzez przystosowanie do kleszczy europejskich

Wirus kleszczowego zapalenia mózgu (TBEV) powoduje epidemie u ludzi w całej Eurazji. Objawy kliniczne wahają się od pozornych infekcji i gorączki do śmiertelnego zapalenia mózgu, ale czynniki determinujące ciężkość choroby są obecnie nieokreślone. TBEV jest charakterystycznie wirusem hemaglutynującym (HA); zdolność do aglutynacji erytrocytów wstępnie odzwierciedla aktywność receptora/fuzji wirionowej. Jednak w ciągu ostatnich kilku lat od pacjentów, a także od naturalnego europejskiego kleszcza-żywiciela, Ixodes persulcatus, wyizolowano wiele nietypowych szczepów z niedoborem HA. Analizując sekwencje szczepów pozbawionych HA zidentyfikowaliśmy 3 unikalne podstawienia aminokwasowe (D67G, E122G lub D277A) w białku otoczki, z których każda zwiększa ładunek netto i hydrofobowość powierzchni wirionu. Dlatego zmodyfikowaliśmy genetycznie mutanty wirusa, z których każdy zawierał jedną z tych 3 podstawień; wszystkie wykazywały niedobór HA. Nieoczekiwanie, każdy genetycznie zmodyfikowany wirus bez HA wykazywał zwiększoną reprodukcję TBEV w karmieniu Ixodes ricinus, który nie jest rozpoznawanym żywicielem kleszcza dla tych szczepów. Co więcej, skuteczność przenoszenia wirusa między zakażonymi i niezainfekowanymi kleszczami współżywiącymi się na myszach była również intensyfikowana przez każdą substytucję. Retrospektywnie mutacja D67G została zidentyfikowana w wirusach izolowanych od pacjentów z zapaleniem mózgu. Proponujemy, że pojawienie się w Europie nietypowych syberyjskich szczepów TBEV z niedoborem HA jest związane z ich molekularną adaptacją do lokalnych kleszczy. Proces ten wydaje się być napędzany przez selekcję pojedynczych mutacji, które zmieniają powierzchnię wirionu, wzmacniając w ten sposób funkcję receptora/fuzję istotną dla wejścia TBEV do nieznanego gatunku kleszcza. W wyniku tej adaptacyjnej mutagenezy niektóre z tych mutacji wydają się również zwiększać zdolność TBEV do przekraczania bariery krew-mózg, co jest prawdopodobnym wyjaśnieniem śmiertelnego zapalenia mózgu. Przyszłe badania ujawnią, czy te pojawiające się syberyjskie szczepy TBEV nadal rozprzestrzeniają się na zachód w całej Europie poprzez adaptację do rodzimych gatunków kleszczy i czy są związane z ciężkimi postaciami TBE.

3qxun84i

Diagnostyka i leczenie śródmiąższowej choroby płuc związanej z lekami

Objawy choroby śródmiąższowej płuc związanej z lekami (ILD) są niespecyficzne i mogą być trudne do odróżnienia od wielu chorób, które często występują u pacjentów z niedrobnokomórkowym rakiem płuc (NSCLC) podczas terapii. Identyfikacja zaangażowania leków i różnicowanie z innymi chorobami jest problematyczne, chociaż objawy radiologiczne i badania kliniczne umożliwiają wykluczenie wielu alternatywnych przyczyn objawów zaawansowanego NSCLC. U pacjentów z rakiem płuc tomografia komputerowa o wysokiej rozdzielczości (HRCT) jest bardziej czuła niż radiogram klatki piersiowej w ocenie ciężkości i progresji choroby miąższu płuc. Rzeczywiście, zastosowanie obrazowania HRCT doprowadziło do rozpoznania wielu różnych wzorców zajęcia płuc i, wraz z klinicznymi oznakami i objawami, pomaga przewidzieć zarówno wynik, jak i odpowiedź na leczenie. Niniejszy manuskrypt przedstawia w zarysie radiologię ILD związanej z lekami i jej diagnostykę różnicową w NSCLC. Opisano również algorytm, który wykorzystuje testy kliniczne do wykluczenia alternatywnych diagnoz.

kxtdv6q9

Pierwotna marskość żółciowa wątroby

Pierwotna żółciowa marskość wątroby (PBC) jest przewlekłą cholestatyczną chorobą wątroby o podłożu immunologicznym o wolno postępującym przebiegu. Bez leczenia większość pacjentów ostatecznie rozwija zwłóknienie i marskość wątroby i może wymagać przeszczepienia wątroby w późnym stadium choroby. PBC dotyka przede wszystkim kobiety (przewaga kobiet 9–10:1) z częstością występowania do 1 na 1000 kobiet w wieku powyżej 40 lat. Częstymi objawami choroby są zmęczenie i świąd, ale większość pacjentów jest bezobjawowa przy pierwszym zgłoszeniu. Rozpoznanie opiera się na utrzymującym się podwyższeniu w surowicy markerów cholestazy, tj. fosfatazy alkalicznej i gamma-glutamylotransferazy oraz obecności w surowicy przeciwciał antymitochondrialnych skierowanych przeciwko podjednostce E2 kompleksu dehydrogenazy pirogronianowej. Histologicznie PBC charakteryzuje się czerwienią w przewodach żółciowych z uszkodzeniem komórek nabłonka dróg żółciowych, często gęstym naciekiem zapalnym wrotnym i postępującą utratą małych wewnątrzwątrobowych dróg żółciowych. Chociaż w ciągu ostatniej dekady wgląd w patogenetyczne aspekty PBC ogromnie się rozwinął i ujawniono liczne czynniki genetyczne, środowiskowe i zakaźne, które mogą przyczyniać się do rozwoju PBC, dokładna patogeneza pozostaje enigmatyczna. Kwas ursodeoksycholowy (UDCA) jest obecnie jedynym zatwierdzonym przez FDA lekiem na PBC. Przy podawaniu w odpowiednich dawkach 13–15 mg/kg/dobę do dwóch na trzech pacjentów z PBC może przeżyć normalną długość życia bez dodatkowych działań terapeutycznych. Mechanizm działania UDCA jest nadal przedmiotem dyskusji, ale kluczowe mechanizmy mogą stanowić stymulacja upośledzonego wydzielania komórek wątrobowych i dróg żółciowych, detoksykacja żółci i działanie antyapoptotyczne. Jeden na trzech pacjentów nie reaguje odpowiednio na terapię UDCA i może potrzebować dodatkowej terapii medycznej i/lub przeszczepu wątroby. Niniejszy przegląd podsumowuje aktualną wiedzę na temat klinicznych, diagnostycznych, patogenetycznych i terapeutycznych aspektów PBC.

vrd89yk0

ORMA: narzędzie do identyfikacji gatunkowych odmian w genach 16S rRNA i projektowaniu oligonukleotydów

Gen 16S rRNA jest jednym z preferowanych celów w rozwiązywaniu problemów filogenezy gatunków w kontekście mikrobiologicznym. Jednak identyfikacja odmian jednonukleotydowych zdolnych do rozróżnienia sekwencji spośród zestawu homologicznych może być problematyczna. W tym miejscu przedstawiamy zestaw skryptów do wyszukiwania pozycji dyskryminacyjnych oraz do przeprowadzania selekcji wysokiej jakości sond oligonukleotydowych do zastosowań molekularnych ORMA (Oligonukleotyd Retrieving for Molecular Applications). Przedstawiono dwa testy oparte na reakcji wykrywania ligazy (LDR). Najpierw porównano nowy zestaw par sond na sekwencjach 16S rRNA cyjanobakterii z 18 różnych gatunków z poprzednim badaniem. Następnie oceniono zestaw par sond LDR do rozróżniania 13 patogenów zanieczyszczających mleko krowie. Oprogramowanie określiło ponad 100 par sond kandydujących na zestaw danych, z ponad 300 sekwencji 16S rRNA, w czasie krótszym niż 5 minut. Wyniki pokazały, w jaki sposób ORMA poprawiła wydajność testu LDR na sinicach, poprawnie zidentyfikowała 12 z 14 próbek i umożliwiła doskonałe rozróżnienie wśród 13 gatunków związanych z patogenami mleka. ORMA stanowi znaczące ulepszenie w stosunku do innych kontekstów, w których techniki oparte na enzymach zostały zastosowane do znanych już mutacji pojedynczej zasady lub całych podsekwencji.

0ybn2igj

Początkowe reakcje psychologiczne na grypę A, H1N1 („świńska grypa”)

TŁO: Wybuch grypy pandemicznej, Influenza A H1N1 (świńska grypa) na początku 2009 r., stanowił poważne wyzwanie dla służby zdrowia na całym świecie. Wcześniejsze pandemie doprowadziły do ​​gromadzenia zapasów towarów, wiktymizacji określonych grup ludności oraz odwołania podróży i bojkotu określonych produktów spożywczych (np. wieprzowiny). Zbadaliśmy początkowe reakcje behawioralne i postawy wobec grypy A, H1N1 („świńska grypa”) w ciągu sześciu dni po 5 poziomie alarmu pandemicznego WHO oraz regionalne różnice w tych odpowiedziach. METODY: 328 respondentów wypełniło przekrojowe internetowe lub papierowe badanie ankietowe w Malezji (N = 180) lub Europie (N = 148). Mierniki oceniły zmiany w wykorzystaniu transportu, zakup towarów przygotowawczych do pandemii, postrzegane grupy ryzyka, wskaźniki lęku, oszacowano szacunkowe wskaźniki śmiertelności z powodu grypy sezonowej, skuteczność szczepień przeciwko grypie sezonowej oraz zmiany w spożyciu wieprzowiny WYNIKI: 26% respondentów „bardzo zaniepokojony” byciem ofiarą grypy (42% Malezyjczyków, 5% Europejczyków, p < 0,001). 36% zgłosiło zmniejszenie korzystania z transportu publicznego (48% Malezja, 22% Europa, p < 0,001), 39% odwołania lotów (56% Malezja, 17% Europa, p < 0,001). 8% zakupiło materiały przygotowawcze (np. maski na twarz: 8% Malezja, 7% Europa), 41% Malezja (15% Europa) zamierzało to zrobić (p < 0,001). 63% Europejczyków, 19% Malezyjczyków rozmawiało o pandemii z przyjaciółmi (p < 0,001). Grupy postrzegane jako „wysokie ryzyko” infekcji obejmowały osoby z osłabioną odpornością (wymienione przez 87% respondentów), hodowców świń (70%), osoby starsze (57%), prostytutki/wysoce aktywne seksualnie (53%) i bezdomnych (53). %). W danych zebranych tylko w Europie, 64% znacznie zaniżało wskaźniki śmiertelności związanej z grypą sezonową, a 26% uważało, że szczepienia przeciwko grypie sezonowej zapewniają ochronę przed świńską grypą. 7% zmniejszyło/przestało jeść wieprzowinę. 3% zakupiło leki przeciwwirusowe do użytku domowego, a 32% zamierzało to zrobić, gdyby pandemia się nasiliła. WNIOSEK: Początkowe reakcje na grypę A wykazują duże regionalne różnice w lęku, przy czym Malezyjczycy są bardziej niespokojni i bardziej skłonni do ograniczania podróży oraz kupowania masek i jedzenia. Dyskusje z rodziną i przyjaciółmi mogą wzmocnić istniejący poziom lęku. Poszczególne grupy (homoseksualiści, prostytutki, bezdomni) są postrzegane jako bardziej zagrożone, co może prowadzić do wzrostu uprzedzeń podczas pandemii. Europejczycy nie docenili śmiertelności związanej z grypą sezonową i potrzebują więcej informacji na temat ochrony zapewnianej przez szczepienie przeciwko grypie sezonowej.

l1khrk52

O zarządzaniu złożonymi systemami adaptacyjnymi motywowanymi przez zastosowanie biosystemów do infekcji

Wiele prób kontrolowania złożonych systemów adaptacyjnych (CAS) zakończyło się niepowodzeniem. Tutaj próbujemy uczyć się od biosystemów, aby wyprowadzić pewne zasady zarządzania CAS. Podano aplikację do zarządzania infekcjami.

duwfxeyt

Częstość występowania przeciwciał i DNA ludzkiego wirusa opryszczki 6 u pacjentów po allogenicznym przeszczepie komórek macierzystych: dwuletnie doświadczenie w jednym ośrodku

WPROWADZENIE: Ludzki herpeswirus 6 (HHV-6) został uznany za potencjalnie istotny patogen u biorców hemopoetycznych komórek macierzystych (HSCT). Opisano różne objawy kliniczne, w tym gorączkę, wysypkę skórną, zahamowanie czynności szpiku kostnego i zapalenie mózgu. MATERIAŁ I METODY: Przeprowadzono retrospektywny przegląd grupy 26 dorosłych biorców allogenicznych HSCT. Próbki surowicy pobrane przed przeszczepem zbadano pod kątem obecności swoistych przeciwciał anty-HHV-6 IgM i IgG. Po przeszczepie zastosowano ilościową reakcję PCR w czasie rzeczywistym w celu określenia miana wirusa w próbkach osocza od 0 do 80 dni po przeszczepie. WYNIKI: DNA HHV-6 wykryto w próbkach osocza u 8 (30%) z 26 biorców między 18 a 40 dniem po przeszczepie. U wszystkich z nich rozwinęła się gorączka niewiadomego pochodzenia, a ponad 50% miało cechy choroby przeszczep przeciwko gospodarzowi. Trzy osoby z tej grupy zmarły podczas wykrywalnej wiremii HHV-6. Kolejni dwaj biorcy wykazali później jeden pozytywny wynik PCR. Zakażenie HHV-6 zostało zatem potwierdzone u 10 (38,5%) z 26 biorców przeszczepu. WNIOSKI: W Polsce występuje wysoka częstość wykrywalnego miana wirusa HHV-6 u biorców komórek macierzystych. Dalsze badania mające na celu monitorowanie reaktywacji HHV-6 u biorców przeszczepu będą ważne dla poprawy wyników u tych pacjentów.

qs82fva6

Zakażenie pierwotnych komórek nabłonka tchawicy ptaków wirusem zakaźnego zapalenia oskrzeli

Tutaj przedstawiamy system hodowli do izolacji, pasażowania i amplifikacji komórek nabłonka tchawicy ptaków (ATE). Pożywka ATE, która zawiera ekstrakt z zarodków kurzych i płodową surowicę bydlęcą, wspomaga wzrost komórek rzęskowych, komórek kubkowych i komórek podstawnych z tchawicy kurzej na szalkach pokrytych fibronektyną lub matrigelem. Komórki nienabłonkowe stanowią mniej niż 10% całej populacji. Ponadto pokazujemy, że komórki ATE wspierają replikację i rozprzestrzenianie się wirusa zakaźnego zapalenia oskrzeli (IBV). Co ciekawe, immunocytobarwienie wykazało, że komórki podstawne są odporne na zakażenie IBV. Wykazujemy również, że glikozaminoglikan nie miał wpływu na infekcję komórek przez IBV. Podsumowując, odkrycia te sugerują, że pierwotne komórki ATE zapewniają nowy system hodowli komórkowej do amplifikacji IBV i charakteryzacji in vitro cytopatogenezy wirusowej.