Datasets:

clarin-knext

/

trec-covid-pl

like 0

i9arl3oi

Selektywna regulacja redoks sygnalizacji receptora cytokinowego przez zewnątrzkomórkową tioredoksynę-1

Wiadomo, że oksydoreduktaza tiolowo-dwusiarczkowa, tioredoksyna-1 (Trx1), jest wydzielana przez leukocyty i wykazuje właściwości podobne do cytokin. Zewnątrzkomórkowe efekty Trx1 wymagają funkcjonalnego miejsca aktywnego, co sugeruje mechanizm działania oparty na redoks. Jednak do tej pory nie zidentyfikowano specyficznych białek powierzchniowych komórek i szlaków sprzęgających zewnątrzkomórkową aktywność redoks Trx1 z odpowiedziami komórkowymi. Stosując technikę pułapkowania kinetycznego opartą na mechanizmie w celu identyfikacji interakcji wymiany dwusiarczkowej na nienaruszonej powierzchni żywych limfocytów, odkryliśmy, że Trx1 oddziałuje katalitycznie z pojedynczym głównym białkiem docelowym. To docelowe białko zidentyfikowano jako członka 8 nadrodziny receptora czynnika martwicy nowotworu (TNFRSF8/CD30). Pokazujemy, że oddziaływanie redoks jest wysoce specyficzne zarówno dla Trx1 jak i CD30 i że stan redoks CD30 determinuje jego zdolność do angażowania pokrewnego ligandu i sygnałów transdukcyjnych. Ponadto potwierdzamy, że Trx1 wpływa na zależne od CD30 zmiany w funkcji efektorowej limfocytów. W związku z tym dochodzimy do wniosku, że interakcje sygnalizacyjne receptor-ligand mogą być selektywnie regulowane przez zewnątrzkomórkowy katalizator redoks.

z5klydpi

Ekran dla deubikwitinaz reagujących krzyżowo ISG15

TŁO: Rodzina cząsteczek podobnych do ubikwityny (UbL) obejmuje kilku członków, z których każdy ma podobieństwo sekwencyjne, strukturalne lub funkcjonalne do ubikwityny. ISG15 jest homologiem ubikwityny u kręgowców i ulega silnej regulacji w górę po indukcji przez interferon typu I. ISG15 może być kowalencyjnie przyłączony do białek, analogicznie do ubikwitynacji iz rzeczywistym wsparciem czynników sprzęgających ubikwitynę. Specyficzne proteazy są zdolne do odwrócenia modyfikacji za pomocą ubikwityny lub UbL poprzez hydrolizę wiązania kowalencyjnego między ich C-końcami a białkami substratowymi. Regiony ogona ubikwityny i ISG15 są identyczne i dlatego postawiliśmy hipotezę, że mogą istnieć promiskuityczne proteazy deubikwitynujące (DUB), zdolne do rozpoznawania zarówno ubikwityny, jak i ISG15. WYNIKI: Sklonowaliśmy i eksprymowaliśmy 22 ludzkie DUBs, reprezentujące główne klady rodziny proteaz USP. Wykorzystując inhibitory samobójstwa oparte na ubikwitynie i ISG15, zidentyfikowaliśmy USP2, USP5 (IsoT1), USP13 (IsoT3) i USP14 jako proteazy reaktywne względem ISG15, oprócz proteazy specyficznej dla ISG15 USP18 (UBP43). USP14 jest DUB związanym z proteasomem, a jego aktywność izopeptydazy ISG15 wzrasta po skompleksowaniu z proteasomem. WNIOSKI: Według standardów ewolucyjnych ISG15 jest nowicjuszem wśród UbL-ów i najwyraźniej wykorzystuje nie tylko mechanizm koniugacji, ale także dekoniugacji swojej bardziej ugruntowanej względnej ubikwityny. Funkcjonalne nakładanie się tych dwóch modyfikatorów potranslacyjnych może zatem być bardziej rozległe niż wcześniej sądzono i wyjaśniać raczej nieszkodliwy fenotyp myszy zerowych ISG15.

lz37rh82

s-RT-MELT do szybkiego skanowania mutacji przy użyciu selekcji enzymatycznej i topienia DNA w czasie rzeczywistym: nowe możliwości dla multipleksowej analizy genetycznej

Szybko rosnące zrozumienie ludzkich szlaków genetycznych, w tym tych, które pośredniczą w biologii raka i reakcji na leki, prowadzi do rosnącej potrzeby szeroko zakrojonych i niezawodnych badań przesiewowych mutacji w populacji lub u jednego pacjenta. W tym miejscu opisujemy s-RT-MELT, nowatorską technologię, która umożliwia wysoce rozbudowane skanowanie enzymatycznych mutacji w próbkach ludzkich pod kątem mutacji zarodkowych lub mutacji somatycznych niskiego poziomu lub do wykrywania SNP. Produkty PCR zawierające GC-clamp z badanych próbek i próbek typu dzikiego są hybrydyzowane w celu wygenerowania niedopasowań w pozycjach mutacji w jednej lub wielu równoległych sekwencjach. Niedopasowania są przekształcane w dwuniciowe pęknięcia przy użyciu endonukleazy DNA (Surveyor™), a ogony oligonukleotydowe są przyłączane enzymatycznie w pozycji mutacji. Nowe zastosowanie PCR umożliwia selektywną amplifikację fragmentów DNA zawierających mutacje. Następnie analiza krzywej topnienia na konwencjonalnych lub nanotechnologicznych platformach PCR w czasie rzeczywistym wykrywa próbki, które zawierają mutacje w sposób wysokoprzepustowy i w zamkniętych probówkach. Stosujemy s-RT-MELT w badaniach przesiewowych mutacji p53 i EGFR w liniach komórkowych i próbkach klinicznych oraz wykazujemy jego zalety w szybkim, multipleksowym skanowaniu mutacji w nowotworach oraz w badaniach przesiewowych zmienności genetycznych w biologii i medycynie.

n9sih438

Szybka identyfikacja kandydatów do szczepienia przeciwko malarii w oparciu o motyw białka α-Helical Coiled Coil

Aby zidentyfikować antygeny malarii do opracowania szczepionki, wybraliśmy domeny α-helikalnej spirali z białek, o których przewidywano obecność w stadium erytrocytów pasożyta. Oczekuje się, że odpowiednie syntetyczne peptydy naśladują strukturalnie „natywne” epitopy. Rzeczywiście, wszystkie 95 chemicznie zsyntetyzowanych peptydów zostało specyficznie rozpoznanych przez ludzkie surowice odpornościowe, chociaż z różną częstością. Przeciwciała specyficzne dla peptydu otrzymano zarówno przez oczyszczanie powinowactwa z surowicy odpornościowej na malarię, jak i przez immunizację myszy. Przeciwciała te nie wykazywały znaczących reakcji krzyżowych, tj. były specyficzne dla oryginalnego peptydu, reagowały z natywnymi białkami pasożyta w zakażonych erytrocytach, a kilka z nich było aktywnych w hamowaniu wzrostu pasożyta in vitro. Badania dichroizmu kołowego wykazały, że wybrane peptydy zakładały częściową lub wysoką zawartość α-helisy. W ten sposób wykazujemy, że opisane tutaj podejście bioinformatyczne/synteza chemiczna może prowadzić do szybkiej identyfikacji cząsteczek, które celują w biologicznie aktywne przeciwciała, identyfikując w ten sposób odpowiednich kandydatów na szczepionki. Strategia ta może być w zasadzie rozszerzona na odkrycie szczepionek na wiele innych patogenów.

be8rxglx

FluGenome: narzędzie internetowe do genotypowania wirusa grypy A

Wirusy grypy typu A są żywione przez liczne gatunki ptaków i ssaków, które ukształtowały swoją ewolucję w odrębne rody na całym świecie. Genom wirusa składa się z ośmiu segmentów RNA, które są często wymieniane między różnymi wirusami w procesie znanym jako reasortyment genetyczny. Pełna nomenklatura genotypów jest niezbędna do opisania reasortacji segmentów genów. Nie są dostępne specjalistyczne narzędzia bioinformatyczne do analizy reasortymentu, co utrudnia postęp w zrozumieniu jego roli w zakresie występowania, zjadliwości i przenoszenia wirusów grypy. Aby sprostać tej potrzebie, opracowaliśmy nomenklaturę do nazywania genotypów grypy A i wdrożyliśmy serwer sieciowy FluGenome (http://www.flugenome.org/) do przypisywania linii i genotypów. FluGenome udostępnia funkcje umożliwiające użytkownikowi przeszukiwanie bazy danych w różnych trybach i uzyskiwanie szczegółowych raportów dotyczących linii i genotypów. Cechy te sprawiają, że FluGenome jest wyjątkowy pod względem zdolności do automatycznego wykrywania różnic genotypowych, które można przypisać zdarzeniom przearanżowania w ewolucji wirusa grypy A.

2ks9iimj

Planowanie interwencji na wypadek pandemii grypy przy użyciu InfluSim: interwencje farmaceutyczne i niefarmaceutyczne

TŁO: Plany gotowości na wypadek pandemii grypy są obecnie opracowywane i udoskonalane na poziomie krajowym i międzynarodowym. Wiele uwagi poświęcono podawaniu leków przeciwwirusowych, ale redukcja kontaktu może być również skuteczną częścią strategii łagodzenia i ma tę zaletę, że nie jest ograniczana per se. Skuteczność tych interwencji zależy od różnych czynników, które należy zbadać w analizach wrażliwości, opartych na modelach matematycznych. METODY: Korzystamy z ogólnodostępnego narzędzia do planowania InfluSim, aby zbadać, w jaki sposób interwencje farmaceutyczne i niefarmaceutyczne mogą złagodzić pandemię grypy. W szczególności badamy, w jaki sposób harmonogramy interwencji, ograniczone zapasy i redukcja kontaktów (środki dystansowania społecznego i izolacja przypadków) determinują przebieg fali pandemicznej i powodzenie interwencji. WYNIKI: W celu znacznego przedłużenia szczytu epidemii i zmniejszenia jej wysokości konieczne jest terminowe zastosowanie leków przeciwwirusowych w połączeniu z szybkim wdrożeniem środków ograniczających kontakt. Opóźnienia w rozpoczęciu leczenia przeciwwirusowego (np. z powodu oszczędnego stosowania ograniczonych zapasów) prowadzą do znacznie bardziej pesymistycznych wyników, a nawet mogą prowadzić do paradoksalnego efektu polegającego na wcześniejszym wyczerpaniu zapasów w porównaniu z wczesną dystrybucją leków przeciwwirusowych. WNIOSEK: Środki farmaceutyczne i niefarmaceutyczne nie powinny być stosowane wyłącznie. Przedłużanie się fali pandemicznej jest niezbędne, aby zyskać czas w oczekiwaniu na opracowanie i produkcję szczepionek. Jednak jest to szczyt epidemii, która może łatwo przeciążyć lekarzy rodzinnych, szpitale, a nawet całe publiczne systemy opieki zdrowotnej, powodując wąskie gardła w podstawowej i doraźnej opiece medycznej.

1n69h3i3

Szczepionki DNA przeciwko pierwotniakom pasożytniczym: postępy i wyzwania

W ciągu ostatnich 15 lat szczepionki DNA przeszły z naukowej ciekawostki do jednej z najbardziej dynamicznych dziedzin badawczych i mogą oferować nowe alternatywy dla kontroli chorób pasożytniczych, takich jak leiszmanioza i choroba Chagasa. Dokonujemy tutaj przeglądu niektórych postępów i wyzwań związanych z opracowaniem szczepionek DNA przeciwko tym chorobom. Wiele badań potwierdziło koncepcję stosowania szczepionek DNA zarówno do ochrony, jak i terapii przeciwko tym pierwotniakom pasożytniczym w różnych modelach mysich. Obecnie wyzwaniem jest przełożenie tego, co osiągnięto w tych modelach, na szczepionki weterynaryjne lub ludzkie o porównywalnej skuteczności. Ponadto eksploracja genomu i nowe strategie odkrywania antygenów mogą dostarczyć nowych narzędzi do bardziej racjonalnego poszukiwania nowych kandydatów na szczepionki.

yfn8sy1m

Szacowanie indywidualnej i domowej liczby rozrodczości w nadchodzącej epidemii

Liczby reprodukcyjne, definiowane jako średnie liczby osób zarażonych typowym przypadkiem, odgrywają kluczową rolę w śledzeniu epidemii chorób zakaźnych. Celem tego artykułu jest opracowanie metod szacowania liczby reprodukcji, które są na tyle proste, że mogą być stosowane przy ograniczonych danych lub w czasie rzeczywistym podczas epidemii. Przedstawiam nowy estymator indywidualnej liczby rozrodczości, który opisuje stan epidemii w danym momencie, a nie śledzenie osobników w czasie, i omawiam niektóre potencjalne korzyści. Następnie, aby uchwycić więcej szczegółów, które, jak wykazały mikrosymulacje, są ważne w dynamice epidemii, analizuję model transmisji w obrębie gospodarstw domowych i między nimi oraz opracowuję metodę szacowania liczby reprodukcji gospodarstw domowych, definiowanej jako liczba gospodarstw zarażonych każde zainfekowane gospodarstwo domowe. Metoda ta jest weryfikowana przez symulacje numeryczne rozprzestrzeniania się grypy i odry z wykorzystaniem danych historycznych, a także uzyskuje się szacunki dotyczące potencjalnych pojawiających się epidemii tych wirusów. Twierdzę, że liczba reprodukcji w gospodarstwie domowym jest przydatna w ocenie wpływu środków, które są ukierunkowane na izolację, kwarantannę, szczepienia lub leczenie profilaktyczne, a także środków, takich jak dystans społeczny i zamknięcie szkół lub miejsc pracy, które ograniczają przenoszenie między gospodarstwami domowymi. odgrywają kluczową rolę w obecnym myśleniu o łagodzeniu przyszłych chorób zakaźnych.

cbl00d50

Komórki naturalnych zabójców promują wczesną odpowiedź komórek T CD8 przeciwko cytomegalowirusowi

Zrozumienie mechanizmów, które pomagają promować ochronne odpowiedzi immunologiczne na patogeny, jest głównym wyzwaniem w badaniach biomedycznych i ważnym celem projektowania innowacyjnych strategii terapeutycznych lub szczepień. Chociaż komórki NK mogą bezpośrednio przyczyniać się do kontroli replikacji wirusa, to czy iw jaki sposób mogą pomóc w organizacji globalnej obrony przeciwwirusowej jest w dużej mierze nieznane. Aby odpowiedzieć na to pytanie, wykorzystaliśmy dobrze zdefiniowane interakcje molekularne zaangażowane w rozpoznawanie mysiego cytomegalowirusa (MCMV) przez komórki NK. Wykorzystując kongeniczne lub zmutowane myszy i wirusy typu dzikiego w porównaniu z wirusami modyfikowanymi genetycznie, zbadaliśmy wpływ na przeciwwirusowe odpowiedzi limfocytów T CD8 określonych defektów w zdolności komórek NK do kontrolowania MCMV. Ten system pozwolił nam po raz pierwszy wykazać, zgodnie z naszą wiedzą, że komórki NK przyspieszają odpowiedź komórek T CD8 na infekcję wirusową in vivo. Co więcej, identyfikujemy podstawowy mechanizm jako zdolność komórek NK do ograniczania wytwarzania IFN-α/β do poziomów nie immunosupresyjnych wobec gospodarza. Osiąga się to poprzez wczesną kontrolę cytomegalowirusa, która radykalnie zmniejsza aktywację plazmacytoidalnych komórek dendrytycznych (pDC) do produkcji cytokin, zachowuje konwencjonalny przedział komórek dendrytycznych (cDC) i przyspiesza przeciwwirusowe odpowiedzi limfocytów T CD8. Odwrotnie, podawanie egzogennego IFN-α u opornych zwierząt powoduje ablację cDC i opóźnia aktywację komórek T CD8 w obliczu kontroli replikacji wirusa przez komórki NK. Podsumowując, nasze dane pokazują, że zdolność komórek NK do bardzo wczesnej odpowiedzi na infekcję wirusem cytomegalii w sposób krytyczny przyczynia się do zrównoważenia intensywności innych wrodzonych odpowiedzi immunologicznych, co tłumi wczesną immunopatologię i sprzyja optymalnej inicjacji przeciwwirusowych odpowiedzi limfocytów T CD8. Zatem zakres, w jakim odpowiedzi komórek NK przynoszą korzyść gospodarzowi, wykracza poza ich bezpośrednie działanie przeciwwirusowe i rozciąga się na zapobieganie wrodzonemu wstrząsowi cytokinowemu i promowanie odporności nabytej.

dh9n3j23

Badanie nad kurczakiem trojańskim, Minnesota

Przeprowadziliśmy badanie latem 2004 r. na targach hrabstwa na Środkowym Zachodzie, aby zbadać rolę eksponatów drobiu w rozprzestrzenianiu się ptasich patogenów na ludzi. Prawie niewidoczny proszek (substytut patogenu), który fluoryzuje w świetle UV, był ukradkiem spryskiwany każdego dnia na 1 ptaku wystawowym na każdym z 2 targów. W czasie pokazów drobiu codziennie badano ręce 94 uczestników wystawy drobiu (zaślepionych w odniesieniu do wyników w boksach UV) przez okres do 4 dni. Kwestionariusze rekrutacyjne i ankiety na koniec badania zgromadziły dane dotyczące czynników ryzyka patogenów. Osiem (8,5%) z 94 uczestników miało dowody na zanieczyszczenie proszkiem fluorescencyjnym (95% przedział ufności 2,76%-14,26%). To skażenie i rzadkie praktyki mycia rąk sugerują, że targi okręgowe są możliwym miejscem przenoszenia patogenów ze zwierzęcia na człowieka.

yya6w976

Ograniczenie przenoszenia odzwierzęcego PERV przez człowieka APOBEC3G

Ludzkie białko APOBEC3G jest wrodzonym czynnikiem przeciwwirusowym, który może w dominujący sposób hamować replikację niektórych retrowirusów endogennych i egzogennych. Trwają badania nad perspektywą celowego wykorzystania takiej obrony antywirusowej. W tym przypadku zastosowano długoterminowe eksperymenty z kokulturami, aby wykazać, że transmisja endogennego retrowirusa świń (PERV) ze świni do komórek ludzkich jest zmniejszona do prawie niewykrywalnych poziomów poprzez ekspresję ludzkiego APOBEC3G w komórkach nerki świni produkujących wirusy. Hamowanie nastąpiło dzięki mechanizmowi niezależnemu od deaminacji, prawdopodobnie po wytworzeniu cząstek, ale zanim wirus mógł zostać unieśmiertelniony poprzez integrację z ludzkim genomowym DNA. Hamowanie PERV nie wymagało aktywności deaminazy cytozyny DNA APOBEC3G i, odpowiednio, nie wykryto hipermutacji związanych z APOBEC3G. W przeciwieństwie do tego, nadekspresja jedynego endogennego białka APOBEC3 świń nie zakłócała ​​znacząco transmisji PERV. Łącznie dane te stanowią pierwszy dowód na to, że białka APOBEC3 można wykorzystać do wzmocnienia wrodzonej obrony przeciwwirusowej komórek w celu zapobiegania przenoszeniu odzwierzęcego endogennego retrowirusa. Badania te sugerują, że ludzkie świnie transgeniczne APOBEC3G zapewnią bezpieczniejsze, pozbawione PERV zasoby do ksenotransplantacji i że analogiczne międzygatunkowe strategie restrykcyjne zależne od APOBEC3 mogą być przydatne do udaremniania innych endogennych i egzogennych infekcji retrowirusowych.

wm4c7rk6

Eksperymentalne zakażenie H5N1 HPAI u myszy BALB/c

TŁO: W 2005 roku w Rosji wystąpiła ogromna epizooia wirusa H5N1 HPAI. Było jasne, że terytorium Rosji staje się endemiczne dla H5N1 HPAI. W 2006 roku miało miejsce kilka epidemii. Aby opracować nowe szczepionki i terapie przeciwwirusowe, należało zbadać modele zwierzęce. Do tych badań wybieramy wysoce patogenny szczep. WYNIKI: A/duck/Tuva/01/06 należy do grupy wirusów podobnych do Quinghai. Markery molekularne – miejsce cięcia, K627 w PB2 charakteryzują ten wirus jako wysoce patogenny. Dane te zostały potwierdzone przez bezpośrednie testy patogenności: IVPI = 3,0, MLD(50)=1,4Log10EID(50). Również analiza molekularna wykazała wrażliwość wirusa na adamantany i inhibitory neuraminidazy. Analiza serologiczna wykazała szeroką reaktywność krzyżową tego wirusa z surowicami wytworzonymi na wirusy HPAI H5N1 wyizolowane wcześniej w Azji Południowo-Wschodniej. Średni czas do śmierci zarażonych zwierząt wynosił 8,19 +/- 0,18 dni. Po raz pierwszy ostry opóźniony zespół krwotoczny zaobserwowano w modelu śmiertelności myszy. Hipercytokinemię określano na podstawie podwyższonych poziomów IFN-gamma, IL-6, IL-10 w surowicy. WNIOSEK: Przyjmując wszystkie uzyskane dane można stwierdzić, że scharakteryzowano podstawowe parametry modelu i wirus A/kaczka/Tuva/01/06 może być wykorzystany do oceny szczepionek i leków przeciwgrypowych.

9zm4per4

Przewidywanie pseudoknotów RNA przy użyciu modelowania heurystycznego z mapowaniem i składaniem sekwencyjnym

Przewidywanie drugorzędowej struktury RNA jest często pierwszym krokiem do określenia struktury RNA. Podejścia prognostyczne historycznie unikały poszukiwania pseudowęzłów z powodu ekstremalnej kombinatorycznej i czasowej złożoności problemu. Jednak zaniedbanie pseudowęzłów ogranicza użyteczność takich podejść. W tym miejscu wprowadzono algorytm wykorzystujący mapowanie struktury i termodynamikę do przewidywania pseudowęzłów RNA, który znajduje minimalną energię swobodną i identyfikuje informacje o elastyczności RNA. Podejście heurystyczne wykorzystuje kierunek fałdowania od 5′ do 3′ wielu biologicznych cząsteczek RNA i jest zgodne z hipotezą hierarchicznego fałdowania i modelem rzędów kontaktów. Metody mapowania służą do budowania i analizowania złożonej struktury pod kątem pseudowęzłów oraz do dodawania ważnych zagadnień konstrukcyjnych 3D. Program potrafi poprawnie przewidzieć niektóre dobrze znane struktury pseudowęzłów. Wyniki tego badania sugerują, że wiele funkcjonalnych sekwencji RNA jest zoptymalizowanych pod kątem prawidłowego fałdowania. Sugerują także kierunki, w jakich możemy podążać w przyszłości, aby osiągać jeszcze lepsze wyniki.

noscodew

Peptydy penetrujące komórki jako transportery oligomerów morfolino: wpływ składu aminokwasowego na dostarczanie wewnątrzkomórkowe i cytotoksyczność

Bogate w argininę peptydy penetrujące komórki (CPP) są obiecującymi transporterami do wewnątrzkomórkowego dostarczania antysensownych oligomerów morfolino (PMO). Tutaj określiliśmy wpływ L-argininy, D-argininy i aminokwasów innych niż α na wychwyt komórkowy, aktywność korekcji splicingu, toksyczność komórkową i wiązanie surowicy dla 24 CPP-PMO. Wstawienie reszt kwasu 6-aminoheksanowego (X) lub β-alaniny (B) do oligoargininy R(8) zmniejszyło wychwyt komórkowy, ale zwiększyło aktywność korekcji splicingu powstałego związku, z większym wzrostem dla sekwencji zawierających więcej reszt X . Toksyczność komórkowa nie została zaobserwowana dla żadnego z koniugatów do 10 μM. Do 60 μM tylko koniugaty z ~ 5 Xs wykazywały toksyczność zależną od czasu i stężenia. Zastąpienie L-argininy D-argininą nie zwiększyło aktywności wychwytu ani korekcji splicingu. Wysokie stężenie surowicy znacząco zmniejszyło wychwyt i aktywność korekcji splicingu koniugatów oligoargininy, ale miało znacznie mniejszy wpływ na koniugaty zawierające X lub B. Podsumowując, włączenie X/B do oligoargininy wzmocniło aktywność antysensowną i profil wiązania surowicy CPP-PMO. Na toksyczność koniugatów zawierających X/B wpływała liczba Xs, czas traktowania i stężenie. Bardziej aktywne, stabilne i mniej toksyczne CPP można zaprojektować poprzez optymalizację pozycji i liczby reszt R, D-R, X i B.

kdws9vn2

Zagubiony w świecie genomiki funkcjonalnej, biologii systemów i badań translacyjnych: czy istnieje życie po nagrodzie Milsteina?

Zawsze chcieliśmy ratować świat przed plagą infekcji wirusowej poprzez opracowywanie lepszych leków i szczepionek. Jednak pełne zrozumienie zawiłości interakcji wirus-gospodarz, które jest pierwszym krokiem do osiągnięcia tego celu, wymaga umiejętności spojrzenia na ten proces na dużą skalę. Pojawienie się technologii o wysokiej przepustowości, takich jak mikromacierze DNA i spektrometria mas, dało pierwsze możliwości uzyskania takiego poglądu. W tym miejscu opisujemy nasze wysiłki, aby wykorzystać te narzędzia do skupienia się na zmianach w ekspresji genów komórkowych i obfitości białek, które występują w odpowiedzi na infekcję wirusową. Badając te zmiany w sposób kompleksowy, byliśmy w stanie odkryć nowe, ekscytujące wglądy w odporność wrodzoną, sygnalizację interferonową i cytokinową oraz strategie stosowane przez wirusy w celu przezwyciężenia tych komórkowych mechanizmów obronnych. Genomika funkcjonalna może jeszcze uratować świat przed zabójczymi wirusami.

gyzbzx53

Rozszczepialny przez elektrorozpylanie tandemowy znacznik masy kwasu nukleinowego – koniugaty kwasu nukleinowego peptydowego: synteza i zastosowania do ilościowej analizy genomowej przy użyciu jonizacji elektrorozpylania-MS/MS

Opisano syntezę i charakterystykę koniugatów izotopomerowego tandemowego kwasu nukleinowego – znacznika masowego z kwasem nukleinowym peptydu (TNT-PNA) oraz ich zastosowanie jako sond hybrydyzacyjnych rozszczepialnych metodą elektrorozpylania (ESI-Cleavable) do wykrywania i oznaczania ilościowego docelowych sekwencji DNA za pomocą elektrorozpylania jonizacyjna tandemowa spektrometria mas (ESI-MS/MS). Rozszczepialne ESI izotopomery peptydowe TNT wprowadzono do sekwencji oligonukleotydowych PNA w podejściu syntezy całkowitej. Koniugaty te oceniono jako sondy hybrydyzacyjne do wykrywania i oznaczania ilościowego unieruchomionych syntetycznych docelowych DNA przy użyciu ESI-MS/MS. W tych eksperymentach część koniugatu PNA działa jak sonda hybrydyzacyjna, podczas gdy peptyd TNT jest uwalniany w procesie zderzenia podczas jonizacji koniugatu sondy w źródle jonów do elektrorozpylania. Rozszczepiony TNT działa jako unikatowo rozpuszczalny marker do identyfikacji i ilościowego określenia unikalnej docelowej sekwencji DNA. Metoda powinna mieć zastosowanie do szerokiej gamy testów wymagających wysoce multipleksowanej, ilościowej analizy DNA/RNA, w tym monitorowania ekspresji genów, profilowania genetycznego i wykrywania patogenów.

l92nlegt

Struktura spinki do włosów w obrębie 3′UTR polimerazy DNA β mRNA działa jako posttranskrypcyjny element regulatorowy i oddziałuje z Hax-1

Nieprawidłowa ekspresja polimerazy DNA β, kluczowego enzymu zaangażowanego w naprawę przez wycinanie zasady, prowadzi do niestabilności genetycznej i karcynogenezy. Wykazano wcześniej, że ekspresja Pol β jest regulowana na poziomie transkrypcji, ale istnieją również dowody na regulację potranskrypcyjną, ponieważ transkrypty szczurze podlegają alternatywnej poliadenylacji, a powstały 3′UTR zawierają co najmniej jeden element regulatorowy. Przedstawione tu dane wskazują, że RNA krótkiego 3′UTR fałduje się, tworząc silną strukturę drugorzędową (szpilka do włosów). Jego rolę regulacyjną ustalono z wykorzystaniem systemu reporterowego opartego na lucyferazie. Dalsze badania doprowadziły do ​​identyfikacji czynnika białkowego, który wiąże się z tym pierwiastkiem – antyapoptotycznego białka Hax-1 związanego z cytoszkieletem. Wyniki analizy wiązania in vitro wskazują, że tworzenie kompleksu RNA–białko jest znacząco zaburzone przez przerwanie motywu spinki do włosów. Wykazujemy, że Hax-1 wiąże się z Pol β mRNA wyłącznie w postaci dimeru. Analiza biochemiczna wykazała obecność Hax-1 w mitochondriach, ale także w macierzy jądrowej, co wraz z właściwościami wiązania transkryptów sugeruje, że Hax-1 odgrywa rolę w potranskrypcyjnej regulacji ekspresji Pol β.

wnuqe66q

Globalne dobra publiczne i globalna agenda zdrowia: problemy, priorytety i potencjał

Koncepcja „globalnego dobra publicznego” (GPG) cieszy się coraz większym zainteresowaniem zarówno w kręgach zdrowia, jak i rozwoju. Jednak ucierpiała w znalezieniu waluty jako ogólnego narzędzia globalnej mobilizacji zasobów i jest zagrożona przywiązaniem do prawie wszystkiego, co promuje rozwój. Przeciąża to i dewaluuje ważność i użyteczność koncepcji. W tym artykule najpierw zdefiniowano GPG i opisano wyzwania polityczne, jakie stanowią. Po drugie, identyfikuje dwa kluczowe obszary, badania i rozwój w dziedzinie zdrowia oraz kontrolę chorób zakaźnych, w których koncepcja GPG jest wyraźnie istotna i uwzględnia zakres, w jakim została zastosowana. Zwracamy uwagę, że chociaż pojawiło się wiele nowych inicjatyw, nie jest jasne, czy pojawiły się dodatkowe środki z nietradycyjnych źródeł. Jednak osiągnięcie tego jest w rzeczywistości całym celem zastosowania koncepcji GPG w globalnym zdrowiu. Co więcej, rozprzestrzenianie się programów dotyczących konkretnych chorób związanych z rozumowaniem GPG ma tendencję do promowania interwencji wertykalnych kosztem bardziej ogólnego wzmocnienia sektora zdrowia. Po trzecie, przyjrzymy się dwóm głównym globalnym inicjatywom w zakresie polityki zdrowotnej, Światowemu Funduszowi Przeciwko AIDS, Gruźlicy i Malarii (GFATM) oraz połączeniu długoterminowych międzynarodowych celów zdrowotnych w formie Milenijnych Celów Rozwoju (MDG), pytając, w jaki sposób perspektywa GPG ma przyczynił się do określenia celów i strategii. Dochodzimy do wniosku, że obie inicjatywy najlepiej interpretować w kontekście tradycyjnej pomocy rozwojowej i, pomijając retorykę jednego świata, mają niewiele wspólnego z wyzwaniem, jakie dla zdrowia stanowią GPG. Artykuł kończy się rozważeniem, w jaki sposób koncepcja GPG może być skuteczniej wykorzystana do promowania zdrowia na świecie.

zzkkm496

Wynik pacjentów po intensywnej terapii pediatrycznej

Rozwój intensywnej opieki pediatrycznej przyczynił się do poprawy przeżywalności dzieci w stanie krytycznym. Fizyczne i psychologiczne następstwa i konsekwencje dla jakości życia (QoL) u osób, które przeżyły, mogą być znaczące, co zostało stwierdzone u osób, które przeżyły oddział intensywnej opieki medycznej (OIOM). Świadomość następstw związanych z pierwotną chorobą i jej leczeniem może skutkować zmianami w leczeniu i wsparciem podczas ostrej fazy i po jej zakończeniu. W celu określenia aktualnej wiedzy na temat fizycznych i psychologicznych następstw oraz jakości życia osób, które przeżyły pediatryczną intensywną opiekę medyczną, przeprowadziliśmy skomputeryzowane, kompleksowe przeszukanie internetowych baz danych pod kątem badań opisujących następstwa u osób, które przeżyły pediatryczną intensywną opiekę medyczną. Badania opisujące następstwa u dzieci, które przeżyły operację kardio-torakochirurgiczną i uraz, zostały wykluczone, podobnie jak badania opisujące tylko śmiertelność. Wszystkie inne badania opisujące aspekty następstw fizycznych i psychicznych zostały przeanalizowane. Dwadzieścia siedem badań obejmujących 3444 osoby, które przeżyły, spełniało kryteria wyboru. Określono wyraźne fizyczne i psychologiczne następstwa u pacjentów, które wydają się wpływać na jakość życia. Następstwa psychologiczne u rodziców wydają się być powszechne. Niewielkie liczby, ograniczenia metodologiczne oraz niejednorodność ilościowa i jakościowa utrudniają interpretację danych. Wnioskujemy, że u dzieci, które przeżyły intensywną opiekę medyczną oraz ich rodziców, występują fizyczne i psychologiczne następstwa wpływające na jakość życia. Dalsze dobrze zaprojektowane prospektywne badania oceniające następstwa pierwotnej choroby i jej leczenie są uzasadnione.

sabz03c0

Ocena porównawczego sekwencjonowania genomu (CGS) poprzez porównanie dwóch wcześniej zsekwencjonowanych genomów bakteryjnych

TŁO: Wraz z rozwojem nowej technologii, w ostatnim czasie praktyczne stało się ponowne sekwencjonowanie genomu bakterii po manipulacji eksperymentalnej. Bardzo ważne jest jednak poznanie dokładności zastosowanej techniki i ustalenie pewności, że wszystkie mutacje zostały wykryte. WYNIKI: W celu oceny dokładności resekwencjonowania genomu za pomocą usługi porównawczego sekwencjonowania genomu opartej na mikromacierzach, świadczonej przez Nimblegen Systems Inc., zsekwencjonowaliśmy szczep E. coli W3110 Kohara przy użyciu MG1655 jako odniesienia, z których oba zostały całkowicie zsekwencjonowane przy użyciu tradycyjne metody sekwencjonowania. CGS wykryło 7 z 8 małych różnic w sekwencji, jedną dużą delecję i 9 z 12 insercji elementów IS obecnych w W3110, ale nie wykryło dużej inwersji chromosomowej. Ponadto potwierdziliśmy, że CGS wykryło również 2 SNP, jedną delecję i 7 insercji elementów IS, które nie są obecne w sekwencji genomu, co przypisujemy zmianom, które nastąpiły po utworzeniu biblioteki klonów W3110 lambda. Odsetek fałszywie dodatnich dla SNP wynosił jeden na 244 Kb sekwencji genomu. WNIOSEK: CGS jest skutecznym sposobem wykrywania wielu mutacji występujących w jednej bakterii w stosunku do innej, i chociaż jest wysoce opłacalny, jest podatny na pewne błędy. Mutacje występujące w powtarzających się sekwencjach lub sekwencjach o wysokim stopniu struktury drugorzędowej mogą pozostać niewykryte. Bardzo ważne jest również śledzenie interesujących regionów, w których nie wywołano SNP, ponieważ często wskazują one na delecje lub insercje elementów IS.

z2u5frvq

Szczepionki przeciwko HIV-1 oparte na przeciwciałach: ostatnie zmiany i przyszłe kierunki: raport podsumowujący Globalnej Grupy Roboczej ds. Szczepień przeciwko HIV

Autorzy omawiają humoralne odpowiedzi immunologiczne na HIV i podejścia do projektowania szczepionek, które indukują przeciwciała neutralizujące wirusy i inne potencjalnie ochronne przeciwciała.

6lezilfv

Profilowanie ekspresji genów gospodarza zakażenia wirusem dengi w liniach komórkowych i pacjentach

TŁO: Pomimo powagi choroby związanej z denga, przy około 50–100 milionach przypadków gorączki denga i 250 000–500 000 przypadków gorączki krwotocznej denga/zespołu wstrząsu denga, jasne zrozumienie patogenezy dengi pozostaje nieuchwytne. Z powodu braku modelu choroby u zwierząt i złożonej interakcji immunologicznej w zakażeniu denga, badanie odpowiedzi gospodarza i immunopatogenezy jest trudne. Rozwój technologii genomicznej, mikromacierzy i wysokowydajnej ilościowej PCR umożliwił naukowcom badanie zmian ekspresji genów na znacznie szerszą skalę. Dlatego zastosowaliśmy to podejście do zbadania odpowiedzi gospodarza w liniach komórkowych zakażonych wirusem dengi oraz u pacjentów z gorączką denga. METODOLOGIA/GŁÓWNE WYNIKI: Stosując mikromacierz i wysokoprzepustową ilościową metodę PCR do monitorowania odpowiedzi gospodarza na replikację wirusa dengi w modelach infekcji linii komórkowych oraz w próbkach krwi pacjentów z dengą, zidentyfikowaliśmy geny o zróżnicowanej ekspresji wzdłuż trzech głównych szlaków; NF-κB inicjuje odpowiedzi immunologiczne, interferon typu I (IFN) i szlak ubikwitynowo-proteasomowy. Wśród genów o najwyższym stopniu regulacji w górę były chemokiny IP-10 i I-TAC, oba ligandy receptora CXCR3. Zwiększoną ekspresję IP-10 i I-TAC we krwi obwodowej dziesięciu pacjentów we wczesnym początku gorączki potwierdzono testem ELISA. Wysoce regulowany w górę gen w szlaku IFN, viperyna, ulegał nadekspresji w komórkach A549, co skutkowało znacznym zmniejszeniem replikacji wirusa. Regulacja w górę genów w szlaku ubikwityna-proteasom skłoniła do testowania inhibitorów proteasomów MG-132 i ALLN, z których oba zmniejszały replikację wirusa. WNIOSEK/ZNACZENIE: Bezstronna analiza ekspresji genów pozwoliła zidentyfikować nowe geny gospodarza związane z zakażeniem gorączką denga, które zwalidowaliśmy w badaniach funkcjonalnych. Wykazaliśmy, że niektóre części odpowiedzi gospodarza można wykorzystać jako potencjalne biomarkery choroby, podczas gdy inne można wykorzystać do kontrolowania replikacji wirusa dengi, stanowiąc w ten sposób realne cele terapii lekowej.

7gk8uzo0

Specyficzna gatunkowo ewolucja receptorów immunologicznych opartych na motywie aktywacji tyrozyny zawierających CEACAM1 związanych z receptorami immunologicznymi u psa

TŁO: Chociaż wpływ patogenów na ewolucję układu odpornościowego ssaków jest wciąż przedmiotem dyskusji, białka, które zarówno regulują odpowiedzi immunologiczne, jak i służą jako receptory komórkowe dla patogenów, powinny znajdować się na czele ewolucji gospodarza sterowanej patogenami. Rodzina genów CEA (antygen rakowo-płodowy) koduje takie białka i rzeczywiście wykazuje ogromną zmienność gatunkową między ludźmi a gryzoniami. Ponieważ niewiele wiadomo na temat rodziny genów CEA w innych liniach ssaków łożyskowych, spodziewaliśmy się zyskać nowy wgląd w ewolucję szybko rozbieżnej rodziny CEA poprzez analizę rodziny CEA psa. WYNIKI: Tutaj opisujemy całą rodzinę genów CEA u psa. Odkryliśmy, że gen kodujący cząsteczkę immunoregulacyjną zawierającą ITIM CEACAM1 dał początek niedawnej ekspansji rodziny psich genów CEA poprzez duplikację genu, podobną do tej, którą wcześniej stwierdzano u ludzi i myszy. Jednakże, podczas gdy mysie i ludzkie CEACAM (cząsteczki adhezji komórek związanych z antygenem rakowo-płodowym) są głównie wydzielane i zakotwiczone w GPI u psów, większość CEACAM reprezentuje białka transbłonowe zawierające ITAM. Jedno z tych białek, CEACAM28, wykazuje prawie całkowitą identyczność sekwencji z domeną N wiążącą ligand CEACAM1, ale antagonizujące motywy sygnalizacyjne w ogonie cytoplazmatycznym. Porównanie podstawień niesynonimicznych i synonimicznych wskazuje, że domena N CEACAM28 znajduje się pod najsilniejszą selekcją oczyszczającą spośród wszystkich psich CEACAM1 związanych z CEACAM1. Ponadto CEACAM28 wykazuje podobny wzór ekspresji w spoczynkowych komórkach i tkankach układu odpornościowego jak CEACAM1. Jednak po aktywacji mRNA CEACAM28 i mRNA CEACAM1 są regulowane w różny sposób. WNIOSEK: Tak więc CEACAM1 i CEACAM28 są pierwszymi sparowanymi receptorami odpornościowymi zidentyfikowanymi w rodzinie genów CEA, które ulegają ekspresji na limfocytach T i są najprawdopodobniej zaangażowane w dostrajanie odpowiedzi limfocytów T. Kierunek konwersji genów, któremu towarzyszy selekcja oczyszczająca i ekspresja w komórkach odpornościowych, sugeruje możliwość, że CEACAM28 ewoluował w odpowiedzi na presję selekcyjną wywieraną przez patogeny gatunkowe.

y2nhss9u

Nucleolus: fascynujące ciało jądrowe

Jąderka są wyraźnie kontrastującymi strukturami jądra komórkowego. W jąderku rybosomalne RNA są syntetyzowane, przetwarzane i łączone z białkami rybosomalnymi. Polimeraza RNA I syntetyzuje rybosomalne RNA i ta aktywność jest regulowana przez cykl komórkowy. Jąderko ujawnia funkcjonalną organizację jądra, w której obserwuje się podział na różne etapy biogenezy rybosomów, podczas gdy mechanizmy jąder są w ciągłej wymianie z nukleoplazmą i innymi ciałami jądrowymi. Po mitozie zespół jąderkowy jest procesem regulowanym w czasie i przestrzeni, kontrolowanym przez cykl komórkowy. Ponadto, wytwarzając dużą objętość w jądrze przy pozornie braku aktywności polimerazy RNA II, jąderko tworzy domenę retencji/sekwestracji cząsteczek normalnie aktywnych poza jąderkiem. Wirusy oddziałują z jąderkiem i rekrutują białka jąderkowe, aby ułatwić replikację wirusa. Jąderko jest również czujnikiem stresu z powodu redystrybucji białek rybosomalnych w nukleoplazmie przez rozerwanie jąderka. Jąderko pełni w jądrze kilka kluczowych funkcji: oprócz pełnienia funkcji fabryki rybosomów komórek jest wielofunkcyjną domeną jądrową, a aktywność jąderka wiąże się z kilkoma patologiami. Zaproponowano perspektywy ewolucji tego obszaru badawczego.

odnpx3ib

Leki przeciwcukrzycowe i przeciw otyłości Lagerstroemia speciosa

Liście Lagerstroemia speciosa (Lythraceae), południowo-wschodnioazjatyckiego drzewa, bardziej znanego jako banaba, były tradycyjnie spożywane w różnych formach przez Filipińczyków w leczeniu cukrzycy i chorób związanych z nerkami. W latach 90. popularność tego ziołolecznictwa zaczęła przyciągać uwagę naukowców na całym świecie. Od tego czasu naukowcy przeprowadzili liczne badania in vitro i in vivo, które konsekwentnie potwierdzały przeciwcukrzycowe działanie banaby. Naukowcy zidentyfikowali różne składniki banana, które są odpowiedzialne za jego aktywność. Stosując komórki nowotworowe jako model komórkowy, kwas korozolowy wyizolowano z metanolowego ekstraktu banana i wykazano, że jest on związkiem aktywnym. Niedawno inny model komórkowy i skupienie się na rozpuszczalnej w wodzie frakcji ekstraktu doprowadziło do odkrycia innych związków. Elagitaniny Lagerstroemin została zidentyfikowana jako skuteczny składnik ekstraktu z banana odpowiedzialny za aktywność. W innym podejściu, wykorzystując adipocyty 3T3-L1 jako model komórkowy i test wychwytu glukozy jako funkcjonalną metodę przesiewową, Chen et al. wykazali, że ekstrakt wodny z banana wykazywał aktywność indukującą transport glukozy podobną do insuliny. Łącząc frakcjonowanie HPLC z testem wychwytu glukozy, w ekstrakcie z banana zidentyfikowano gallotaniny jako składniki odpowiedzialne za aktywność, a nie kwas korozolowy. Penta-O-galloiloglukopiranoza (PGG) została zidentyfikowana jako najsilniejsza galotanina. Porównanie opublikowanych danych z wynikami uzyskanymi dla PGG wskazuje, że PGG wykazuje istotnie większą aktywność stymulującą transport glukozy niż Lagerstroemin. Chen i in. wykazali również, że PGG oprócz stymulacji wychwytu glukozy w adipocytach wykazuje właściwości antyadipogenne. Połączenie wychwytu glukozy i działania antyadipogenetycznego nie występuje w obecnie stosowanych lekach insulinomimetycznych i może wskazywać na duży potencjał terapeutyczny PGG.

gaemgm0t

Przenoszenie wirusa grypy w pandemii z 1918 r.

TŁO: Wraz ze wzrostem zaniepokojenia pandemią grypy staraliśmy się lepiej zrozumieć pandemię grypy z 1918 roku, najbardziej niszczycielską epidemię ubiegłego wieku. METODOLOGIA/GŁÓWNE WYNIKI: Korzystamy z danych z kilku społeczności w stanie Maryland w USA, a także z dwóch statków, które doświadczyły dobrze udokumentowanych wybuchów epidemii grypy w 1918 roku. Stosując metodę opartą na prawdopodobieństwie i metodę nieparametryczną, szacujemy odstęp seryjny i liczbę rozrodczą w trakcie każdej epidemii. Analiza ta pokazuje, że podstawowa liczba reprodukcji jest nieco niższa w społecznościach Maryland (między 1,34 a 3,21) niż w zamkniętych populacjach na statkach (R(0) = 4,97, SE = 3,31). Ponadto efektywna liczba rozrodcza spadała na statkach do poziomu poniżej epidemii szybciej (w ciągu około 10 dni) niż w społecznościach (w ciągu 30-40 dni). Średni odstęp szeregowy dla statków był spójny (3,33, SE = 5,96 i 3,81, SE = 3,69), podczas gdy odstępy szeregowe w społecznościach znacznie się różniły (pomiędzy 2,83, SE = 0,53 i 8,28, SE = 951,95). WNIOSKI/ZNACZENIE: Wyniki te ilustrują znaczenie uwzględniania dynamiki populacji podczas formułowania oświadczeń na temat parametrów epidemiologicznych grypy. Metody, które stosujemy do szacowania liczby reprodukcyjnej i odstępu seryjnego, można łatwo odtworzyć w innych populacjach i innych chorobach.

chz8luni

Terapia surfaktantami ostrej niewydolności oddechowej u dzieci: przegląd systematyczny i metaanaliza

WPROWADZENIE: Egzogenny środek powierzchniowo czynny jest stosowany w leczeniu ostrej niewydolności oddechowej u dzieci, chociaż korzyści i szkody w tym przypadku nie są jasne. Celem niniejszego przeglądu systematycznego jest ocena wpływu egzogennego surfaktantu płucnego na śmiertelność z jakiejkolwiek przyczyny u dzieci wentylowanych mechanicznie z powodu ostrej niewydolności oddechowej. METODY: Przeszukaliśmy bazy danych MEDLINE, EMBASE, CINAHL i Ovid Healthstar, bibliografie włączonych badań i artykułów przeglądowych, materiały z konferencji i rejestry badań. Włączyliśmy prospektywne, randomizowane, kontrolowane badania surfaktanta płucnego, które obejmowały zaintubowane i wentylowane mechanicznie dzieci z ostrą niewydolnością oddechową. Wykluczyliśmy badania, które obejmowały wyłącznie noworodki lub pacjentów z astmą. Dwóch recenzentów niezależnie oceniło badania pod kątem włączenia, wyodrębniło dane i oceniło jakość metodologiczną. W stosownych przypadkach zebraliśmy ilościowo wyniki prób, stosując model efektów losowych. WYNIKI: Włączono sześć badań randomizujących 314 pacjentów. Stosowanie surfaktantów zmniejszyło śmiertelność (ryzyko względne = 0,7, 95% przedział ufności = 0,4 do 0,97, p = 0,04), było związane ze zwiększoną liczbą dni bez respiratora (średnia ważona różnica = 2,5 dnia, 95% przedział ufności = 0,3 do 4,6 dni, p = 0,02) i skrócił czas trwania wentylacji (średnia ważona różnica = 2,3 dni, 95% przedział ufności = 0,1 do 4,4 dni, p = 0,04). WNIOSEK: Stosowanie środków powierzchniowo czynnych zmniejszyło śmiertelność, wiązało się z większą liczbą dni bez wentylacji i skróceniem czasu trwania wentylacji. Nie zgłoszono żadnych poważnych zdarzeń niepożądanych.

kfwbqp4p

Przegląd kliniczny: Aktualizacja zakażeń ptasią grypą A u ludzi

Wirusy grypy typu A mają szeroki zakres nosicieli infekcji, od dzikiego ptactwa wodnego, przez drób, po ludzi. Ostatnio międzygatunkowe przenoszenie ptasiej grypy A, szczególnie podtypu H5N1, uwydatniło znaczenie podtypów innych niż ludzkie, a ich częstość występowania w populacji ludzkiej wzrosła w ciągu ostatniej dekady. Podczas przenoszenia międzygatunkowego choroba człowieka może mieć postać od bezobjawowego do łagodnego zapalenia spojówek, do piorunującego zapalenia płuc i śmierci. Jednak w takich przypadkach wzrasta ryzyko zmian genetycznych i rozwoju nowego wirusa, zwiększając potrzebę podjęcia środków w zakresie zdrowia publicznego i szpitali. W niniejszym przeglądzie omówiono epidemiologię, zakres gospodarzy, choroby człowieka, wyniki, leczenie i zapobieganie krzyżowemu przenoszeniu ptasiej grypy A na ludzi.

mzn448zk

Przegląd kliniczny: Segregacja poszkodowanych masowych – pandemia grypy i intensywna opieka zdrowotna

Najgorsze scenariusze planowania pandemii grypy w USA obejmują ponad 700 000 pacjentów wymagających wentylacji mechanicznej. Plany w Wielkiej Brytanii przewidują, że obecnie obłożenie łóżek poziomu 3 (oddział intensywnej terapii) wynosi 231%. Planiści opieki krytycznej muszą zdawać sobie sprawę, że śmiertelność jest prawdopodobnie wysoka, a ryzyko dla pracowników służby zdrowia znaczne. Planowanie awaryjne powinno zatem być wieloaspektowe, obejmujące solidną strukturę dowodzenia w zakresie zdrowia, placówkę umożliwiającą rozszerzenie świadczenia intensywnej opieki pod względem przestrzeni, wyposażenia i personelu oraz kohortowanie dotkniętych pacjentów we wczesnych stadiach. Należy również zauważyć, że pomimo ekspansji intensywnej opieki, popyt przewyższy podaż i należy opracować ważny, powtarzalny, przejrzysty i spójny ze sprawiedliwością dystrybucyjną proces segregacji. Opowiadamy się za opracowaniem i walidacją wyników fizjologicznych do wykorzystania jako narzędzie segregacji, w połączeniu z szczerą publiczną dyskusją na temat procesu.

fite9vs8

Wybuch ptasiej grypy w Turcji na podstawie opinii personelu medycznego: badanie jakościowe

TŁO: Ptasia grypa zagraża zdrowiu publicznemu na całym świecie, ponieważ zwykle wiąże się z ciężką chorobą, a w konsekwencji z wyższym ryzykiem zgonu. W pierwszych miesiącach 2006 roku Turcja doświadczyła pierwszej epidemii ludzkiej ptasiej grypy. W sumie zidentyfikowano 21 przypadków u ludzi, z których 12 zostało potwierdzone przez Narodowy Instytut Badań Medycznych. Dziewięć przypadków, w tym cztery śmiertelne, pochodziło z regionu Dogubeyazit-Van. Niniejsze badanie ma na celu ocenę wysiłków na rzecz opanowania epidemii ptasiej grypy w regionie Van-Dogubeyazit w 2006 roku poprzez doświadczenia personelu medycznego. METODY: Przeprowadziliśmy szczegółowe wywiady z siedemnastoma kluczowymi informatorami, którzy odgrywali aktywne role podczas wybuchu epidemii ptasiej grypy we wschodniej Turcji w pierwszych miesiącach 2006 roku. Zebraliśmy informacje o początkowych reakcjach, postępach i zarządzaniu kontrolą epidemii oraz reakcje pracowników służby zdrowia i społeczeństwa. Wyniki badania przedstawiane są według tematów, które pojawiły się w analizie tematycznej transkrypcji wywiadów. WYNIKI: W następstwie pierwszych przypadków podejrzenia ptasiej grypy utworzono Komitet Koordynacyjny ds. Kryzysu Van jako organ koordynujący i decyzyjny, który odegrał ważną rolę w odpowiednim czasie podejmowania decyzji. Służby zdrowia i rolnictwa nie mogły być dobrze skoordynowane ze względu na brak zintegrowanego planowania w ramach przygotowań do wybuchu epidemii oraz zintegrowanych programów nadzoru. Tradycyjna praktyka drobiarska wraz z niskim statusem społeczno-ekonomicznym ludności i brakiem dostępu do opieki zdrowotnej w regionie wydawały się stanowić poważne zagrożenie dla przeniesienia zakażenia ze zwierzęcia na zwierzę i ze zwierzęcia na człowieka. Mocne i słabe strony obecnego systemu opieki zdrowotnej – podstawowa opieka zdrowotna, krajowe systemy nadzoru i powiadamiania, zasoby ludzkie i zarządzanie – wpłynęły na koordynację międzyorganizacyjną podczas epidemii. Otwarta komunikacja między rządem a społeczeństwem odegrała ważną rolę w przezwyciężaniu trudności. WNIOSEK: Chociaż podczas wybuchu ptasiej grypy w Turcji wystąpiły problemy, szybkie reakcje centralnych i regionalnych organów ds. zdrowia oraz wydajność pracowników służby zdrowia były kluczowymi punktami w kontrolowaniu epidemii. Wnioski z tej epidemii powinny dać szansę na zintegrowanie planów przygotowawczych organizacji zdrowotnych i rolniczych oraz na zrewidowanie systemu nadzoru i wzmocnienie roli podstawowej opieki zdrowotnej w kontrolowaniu epidemii. Opracowanie skutecznych strategii opartych na wiedzy i doświadczeniu może odegrać cenną rolę w opóźnianiu pandemii ptasiej grypy.

d37u3qbd

Aktywność grypy w Europie w ciągu ośmiu sezonów (1999–2007): ocena wskaźników stosowanych do pomiaru aktywności oraz ocena czasu, długości i przebiegu szczytowej aktywności (rozprzestrzeniania się) w Europie

TŁO: Europejski Program Nadzoru nad Grypą (EISS) gromadzi dane kliniczne i wirusologiczne dotyczące grypy od 1996 roku w coraz większej liczbie krajów. Zestaw danych EISS został wykorzystany do scharakteryzowania ważnych cech epidemiologicznych aktywności grypy w Europie podczas ośmiu zim (1999-2007). Postawiono następujące pytania: 1) czy raporty kliniczne wartowniczych są dobrym miernikiem aktywności grypy? 2) jak długo trwa typowy sezon grypowy w Europie? 3) czy w Europie występuje przebieg szczytowej aktywności („rozprzestrzenianie się”) grypy w kierunku zachodnio-wschodnim i/lub południowo-północnym? METODY: Aktywność grypy mierzono, zbierając dane od lekarzy ogólnych (GP) wartowniczych oraz raporty krajowych laboratoriów referencyjnych. Raporty strażników zostały najpierw ocenione przez porównanie ich z raportami laboratoryjnymi, a następnie zostały wykorzystane do oceny czasu i rozprzestrzeniania się aktywności grypy w Europie w ciągu ośmiu sezonów. WYNIKI: Znaleźliśmy dobre dopasowanie między klinicznymi danymi wartowniczymi a raportami laboratoryjnymi dotyczącymi grypy zebranymi przez lekarzy wartowniczych (ogólne dopasowanie 72% dla różnicy +/- 1 tydzień). Znaleźliśmy również umiarkowaną lub dobrą zgodność między klinicznymi danymi wartowniczymi a raportami laboratoryjnymi dotyczącymi grypy ze źródeł innych niż wartownicze (ogólne dopasowanie 60% przez +/- 1 tydzień). Nie było statystycznie istotnych różnic między krajami stosującymi ILI (choroba grypopodobna) lub ARI (ostra choroba układu oddechowego) jako definicję przypadku. Patrząc na szczytowe tygodnie aktywności klinicznej, średnia długość sezonu grypowego w Europie wynosiła 15,6 tygodnia (mediana 15 tygodni; zakres 12–19 tygodni). Wykreślenie tygodni szczytowej aktywności klinicznej grypy zgłoszonych przez lekarzy-opiekunów wartowniczych w odniesieniu do długości lub szerokości geograficznej każdego kraju wykazało, że w ciągu czterech zim (2001–2002, 2002–2003) nastąpiło rozprzestrzenianie się szczytowej aktywności (rozprzestrzeniania się) grypy w Europie z zachodu na wschód. , 2003-2004 i 2004-2005) oraz rozprzestrzenianie się z południa na północ przez trzy zimy (2001-2002, 2004-2005 i 2006-2007). WNIOSEK: Stwierdziliśmy, że: 1) dane kliniczne zgłaszane przez lekarzy-wartowników są ważnym wskaźnikiem aktywności grypy; 2) czas trwania aktywności grypy w całej Europie był zaskakująco długi i wahał się od 12 do 19 tygodni; 3) w 4 z 8 sezonów wystąpiło rozprzestrzenianie się grypy z zachodu na wschód, w 3 sezonów z południa na północ; niezwiązany z typem dominującego wirusa w tych porach roku.

b0oiig7g

Diagnostyka i leczenie ciężkiej sepsy

Obciążenie infekcjami w krajach uprzemysłowionych skłoniło do podjęcia znacznych wysiłków w celu poprawy wyników leczenia pacjentów z sepsą. Zostało to sformalizowane poprzez „zestawy” kampanii Surviving Sepsis Campaign, wywodzące się z zaleceń 11 stowarzyszeń zawodowych, które promują globalną poprawę tych praktyk, których głównym celem jest zmniejszenie liczby zgonów związanych z sepsą. Pozostają jednak trudności we wdrażaniu wszystkich zalecanych przez ekspertów procedur, mimo pozornego pragmatyzmu tych procedur. Podsumowujemy główne propozycje kampanii Surviving Sepsis Campaign i skupiamy się na trudnościach związanych z postawieniem właściwej diagnozy i szybkim zapewnieniem odpowiedniego leczenia pacjentom z sepsą.

in6w5d2y

Małpi wirus 40 wektorów do terapii genowej płuc

TŁO: Sepsa pozostaje główną przyczyną zgonów u pacjentów w stanie krytycznym. Jednym z głównych narządów dotkniętych sepsą jest płuco, prezentujące się jako zespół ostrej niewydolności oddechowej (ARDS). Uszkodzenie narządów w posocznicy wiąże się ze zmianą ekspresji genów, co sprawia, że ​​transfer genu jest potencjalną metodą terapeutyczną. W pracy zbadano możliwość zastosowania wektorów wirusa małpiego 40 (SV40) w terapii genowej płuc. METODY: ARDS wywołany posocznicą ustalono przez podwójne nakłucie kątnicy (2CLP). Wektory SV40 niosące gen reporterowy lucyferazy (SV/luc) podawano dotchawiczo natychmiast po wywołaniu sepsy. Jako kontrole służyły szczury operowane pozornie (SO), jak również szczury 2CLP, którym podano dotchawiczo PBS lub adenowirusy wyrażające lucyferazę. Transdukcję Luc oceniano przez detekcję światła in vivo, test immunologiczny i detekcję mRNA lucyferazy przez RT-PCR w tkance zebranej od septycznych szczurów. Obfitość i dystrybucję wektora do komórek pęcherzykowych oceniano za pomocą barwienia immunologicznego dla białka kapsydu SV40 VP1, jak również przez podwójne barwienie dla VP1 i dla białka powierzchniowo czynnego C (proSP-C). Do oceny komórkowej odpowiedzi immunologicznej indukowanej przez wektor zastosowano barwienie immunologiczne limfocytów T. WYNIKI: Ekspresja Luc mierzona przez detekcję światła in vivo korelowała z testem immunologicznym z tkanki płucnej pobranej od tych samych szczurów. Ponadto nasze wyniki wykazały obecność wektora w komórkach pęcherzykowych typu II. Wektor nie indukował znaczącej komórkowej odpowiedzi immunologicznej. WNIOSEK: W niniejszym badaniu wykazaliśmy skuteczny wychwyt i ekspresję wektora SV40 w płucach zwierząt z ARDS wywołanym sepsą. Wydaje się, że wektory te są zdolne do transdukcji in vivo komórek pęcherzykowych typu II, a zatem mogą stać się przyszłym narzędziem terapeutycznym.

cpz8yb16

Rola polimorfizmu receptora i glikozylacji w indukcji syncytium i zmienności zakresu gospodarza ekotropowych mysich gammaretrowirusów

TŁO: Wcześniej zidentyfikowaliśmy niezwykłe warianty ekotropowych gammaretrowirusów myszy Moloney i Friend, które mają zmieniony zakres gospodarzy i są cytopatyczne w komórkach dzikiego gatunku myszy Mus dunni. Cytopatyzm przypisano różnym podstawieniom aminokwasowym w tej samej krytycznej reszcie env zaangażowanej w interakcję receptora: S82F w wariancie Moloneya Spl574 i S84A w F-S MLV wirusa białaczki myszy Friend. Ponieważ komórki M. dunni niosą wariant receptora powierzchniowego wirusa CAT-1 (dCAT-1), zbadaliśmy rolę tego wariantu receptora w cytopatyczności i zakresie gospodarza. WYNIKI: Wyrażaliśmy dCAT-1 lub mCAT-1 pochodzenia NIH 3T3 w komórkach, które normalnie nie są zakażone ekotropowymi MLV i ocenialiśmy transfektanty pod kątem podatności na infekcję wirusową i indukowane wirusem tworzenie się syncytium. Transfektanty dCAT-1, ale nie transfektanty mCAT-1, były podatne na cytopatyczność indukowaną wirusem i tej odpowiedzi cytopatycznej towarzyszyło nagromadzenie niezintegrowanego wirusowego DNA. Jednak transfektanty dCAT-1 nie odtwarzały również względnej oporności komórek M. dunni na Moloney MLV, a transfektanty mCAT-1 nie wykazały względnej oporności komórek NIH 3T3 na Spl574. Analiza Westerna, zastosowanie inhibitorów glikozylacji i mutagenezy w celu usunięcia miejsc glikozylacji receptora zidentyfikowała możliwą rolę glikozylacji swoistej dla komórki w modulowaniu wnikania wirusa. WNIOSEK: Wejście wirusa i indukowane wirusem tworzenie syncytium przy użyciu receptora CAT-1 odbywa się za pośrednictwem małej liczby krytycznych reszt aminokwasowych w receptorze i wirusie Env. Wejście wirusa jest modulowane przez glikozylację białek komórkowych, a efekt ten jest specyficzny dla komórki i wirusa.

ipwm9uob

Obecność struktury TAR RNA zmienia zaprogramowaną -1 wydajność rybosomalnego przesunięcia ramki odczytu ludzkiego wirusa niedoboru odporności typu 1 (HIV-1) poprzez modyfikację szybkości inicjacji translacji

HIV-1 używa zaprogramowanego przesunięcia ramki rybosomalnego -1 do syntezy prekursora swoich enzymów, Gag-Pol. Wydajność przesunięcia ramki odczytu, która ma kluczowe znaczenie dla replikacji wirusa, jest kontrolowana przez interakcję między rybosomem a specyficzną strukturą na wirusowym mRNA, sygnał stymulujący przesunięcie ramki. Wiadomo, że szybkość inicjacji translacji zależnej od czapeczki jest zmieniana przez strukturę RNA TAR, obecną na końcu 5' i 3' wszystkich mRNA HIV-1. W zależności od stężenia TAR aktywuje lub hamuje kinazę białkową zależną od dwuniciowego RNA (PKR). Zbadaliśmy tutaj, czy zmiany w inicjacji translacji spowodowane przez TAR wpływają na wydajność przesunięcia ramki HIV-1. Komórki T CD4+ i komórki 293T transfekowano konstruktem podwójnej lucyferazy, gdzie ekspresja lucyferazy świetlika zależy od przesunięcia ramki odczytu HIV-1. Inicjację translacji zmieniono przez dodanie TAR w cis lub trans reporterowego mRNA. Pokazujemy, że skuteczność przesunięcia ramki HIV-1 jest ujemnie skorelowana ze zmianami szybkości inicjacji translacji wywołanej przez TAR i za pośrednictwem PKR. Przedstawiono model, w którym zmiany szybkości inicjacji wpływają na prawdopodobieństwo przesunięcia ramki poprzez zmianę odległości między wydłużającymi się rybosomami na mRNA, co wpływa na częstotliwość spotkania tych rybosomów z sygnałem stymulującym przesunięcie ramki.

emnln2ix

Ustanowienie ogólnokrajowego systemu nadzoru syndromicznego opartego na oddziałach ratunkowych w celu lepszego reagowania na zdrowie publiczne na Tajwanie

TŁO: Ze względu na międzynarodowe zaniepokojenie pojawiającymi się chorobami zakaźnymi (EID) i atakami bioterrorystycznymi, od zdrowia publicznego wymaga się posiadania systemów wczesnego wykrywania epidemii. Zespół nadzoru nad chorobami został zorganizowany w celu ustanowienia systemu nadzoru syndromicznego opartego na oddziałach ratunkowych szpitala (ED-SSS), zdolnego do automatycznego przesyłania danych pacjentów drogą elektroniczną ze szpitali odpowiedzialnych za opiekę w nagłych wypadkach w całym kraju do Centrów Kontroli Chorób na Tajwanie (Tajwan- CDC) począwszy od marca 2004 r. Raport ten opisuje wyzwania i kroki związane z rozwojem ED-SSS oraz dostarczanych na czas informacji w celu poprawy procesu podejmowania decyzji dotyczących zdrowia publicznego. METODY: Pomiędzy czerwcem 2003 a marcem 2004, po porównaniu różnych systemów nadzoru stosowanych na całym świecie i konsultacjach z lekarzami oddziału ratunkowego, pediatrami i internistami zajmującymi się kontrolą chorób zakaźnych, zespół badawczy ds. nadzoru syndromicznego na Tajwanie pracował nad epidemią w czasie rzeczywistym i Laboratorium Nadzoru Chorób (RODS) na Uniwersytecie w Pittsburghu w celu stworzenia ED-SSS na Tajwanie. System został oceniony poprzez analizę codziennych elektronicznych danych dotyczących zaburzeń erekcji otrzymywanych w czasie rzeczywistym ze 189 szpitali uczestniczących w tym systemie w okresie od 1 kwietnia 2004 r. do 31 marca 2005 r. WYNIKI: Tajwańska agencja ED-SSS zidentyfikowała zimowe i letnie skoki w dwóch grupach zespołów: choroby grypopodobne i choroby układu oddechowego, podczas gdy całkowita liczba wizyt na SOR była znacznie wyższa w weekendy, święta państwowe i dni chińskiego nowego roku księżycowego niż w dni powszednie (p < 0,001). Zidentyfikowano również wzrost w grupach górnego, dolnego i całkowitego zespołu żołądkowo-jelitowego (GI) począwszy od listopada 2004 r. oraz dwa wyraźne skoki w zakażeniach podobnych do enterowirusów zbiegające się z dwoma semestrami szkolnymi. Wykorzystanie ED-SSS do nadzoru nad chorobami grypopodobnymi i zakażeniami związanymi z enterowirusami poprawiło gotowość Tajwanu do pandemii grypy i możliwości kontrolowania chorób. WNIOSEK: Tajwański system ED-SSS stanowi pierwszy ogólnokrajowy system nadzoru syndromicznego w czasie rzeczywistym, jaki kiedykolwiek powstał w Azji. Doświadczenia przedstawione w niniejszym dokumencie mogą zachęcić inne kraje do opracowania własnych systemów nadzoru. System można dostosować do innych środowisk kulturowych i językowych w celu lepszego globalnego nadzoru chorób zakaźnych i współpracy międzynarodowej.

x80cs5bc

Podobieństwo aminokwasów odpowiada za reaktywność krzyżową komórek T i „dziury” w repertuarze komórek T

TŁO: Uważa się, że reaktywność krzyżowa cytotoksycznych komórek T (CTL) odgrywa kluczową rolę w generowaniu odpowiedzi immunologicznych, ale zakres i mechanizmy reaktywności krzyżowej CTL pozostają w dużej mierze nieznane. Kilka badań sugeruje, że klony CTL mogą rozpoznawać bardzo zróżnicowane peptydy, niektóre nie mają wyraźnej identyczności sekwencji. Pojawiająca się świadomość w tej dziedzinie polega na tym, że receptory komórek T (TcR) rozpoznają wiele różnych ligandów. GŁÓWNE USTALENIA: Najpierw przeanalizowaliśmy skany peptydów epitopu HIV SLFNTVATL (SFL9) i stwierdziliśmy, że specyficzność TCR jest zależna od pozycji i że biochemicznie podobne podstawienia aminokwasów nie wpływają drastycznie na rozpoznawanie. Zainspirowani tym, opracowaliśmy ogólny model rozpoznawania peptydów TCR przy użyciu macierzy podobieństwa aminokwasów i odkryliśmy, że taki model był w stanie przewidzieć reaktywność krzyżową zróżnicowanego zestawu epitopów CTL. Za pomocą tego modelu byliśmy w stanie wykazać, że pozornie różne epitopy komórek T, tj. te o niskiej identyczności sekwencji, są w rzeczywistości bardziej biochemicznie podobne niż oczekiwano. Dodatkowo analiza danych immunogenności HIV z naszym modelem wykazała, że ​​CTL mają tendencję do odpowiadania głównie na peptydy, które nie przypominają antygenów własnych. WNIOSKI: Reaktywność krzyżową komórek T można zatem, w stopniu większym niż wcześniej sądzono, wyjaśnić podobieństwem aminokwasów. Wyniki przedstawione w tym artykule pomogą rozwiązać niektóre z długotrwałych dyskusji w dziedzinie reaktywności krzyżowej komórek T.

fae3sczm

Rozróżnianie cech molekularnych i charakterystyki klinicznej przypuszczalnego nowego gatunku rinowirusa, ludzkiego rinowirusa C (HRV C)

TŁO: Ludzkie rinowirusy (HRV) są najczęściej wykrywanymi patogenami w ostrych infekcjach dróg oddechowych (ARTI), a jednak niewiele wiadomo na temat częstości występowania, nawrotów, struktury i wpływu klinicznego poszczególnych członków. W 2007 roku zgłoszono kompletne sekwencje kodujące sześciu wcześniej nieznanych i wysoce rozbieżnych szczepów HRV. W celu skatalogowania cech molekularnych i klinicznych wyróżniających rozbieżne szczepy HRV, po raz pierwszy podjęliśmy się analizy in silico wszystkich dostępnych sekwencji poliproteinowych oraz przeprowadziliśmy retrospektywne przeglądy dokumentacji medycznej przypadków, w których warianty prototypowego szczepu HRV-QPM , został wykryty. WYNIKI METODOLOGII/ZASAD: Analizy genomowe wykazały, że sześć rozbieżnych szczepów, należących do kladu, który wcześniej nazywaliśmy HRV A2, miało najkrótszą poliproteinę ze wszystkich badanych pikornawirusów. Dopasowania aminokwasowe oparte na strukturze pozwoliły zidentyfikować konserwatywne motywy wspólne dla członków rodzaju Rhinovirus, a także znaczące delecje i insercje unikalne dla rozbieżnych szczepów. Delecje dotyczyły głównie regionów kodujących białka tradycyjnie zaangażowane w antygenowość i służące jako ślady receptorów HRV i HEV. Ponieważ szczepów HRV A2 nie można jeszcze hodować, stworzyliśmy modele homologii przewidywanych białek strukturalnych HRV-QPM. Porównania in silico potwierdziły, że HRV-QPM był najściślej powiązany z HRV grupy głównej. HRV-QPM był najczęściej wykrywany u niemowląt ze świszczącym oddechem lub uporczywym kaszlem, które zostały przyjęte do szpitala i wymagały dodatkowego tlenu. Był to jedyny wirus wykryty u 65% osób z pozytywnym wynikiem. Obserwacje te przyczyniły się do obiektywnego wpływu klinicznego, od łagodnego do ciężkiego. WNIOSKI: Odmienne szczepy nie spełniały wymagań klasyfikacyjnych dla żadnego istniejącego gatunku z rodzaju Rhinovirus lub Enterovirus. Szczepy HRV A2 należy podzielić na co najmniej jeden nowy gatunek, rzekomo nazywany ludzkim rinowirusem C, zasiedlony przez członków wykrywanych z dużą częstotliwością, pochodzących od osób z objawami oddechowymi wymagających hospitalizacji.

1ldebnq8

Apoptoza komórek nabłonka i rekrutacja neutrofili w ostrym uszkodzeniu płuc — jednocząca hipoteza? Czego nauczyliśmy się z małych interferujących RNA

Pomimo ochronnych strategii wentylacyjnych, Ostre Uszkodzenie Płuc (ALI) pozostaje związane z wysoką zachorowalnością i śmiertelnością. Jedną z przyczyn braku opcji terapeutycznych może być fakt, że ALI jest współwystępującym zdarzeniem związanym z różnorodną rodziną chorób, a zatem może być wynikiem odrębnych procesów patologicznych. Wśród nich, uszkodzenie tkanki wywołane aktywowanymi neutrofilami (PMN) i uszkodzenie płuc, w którym pośredniczy apoptoza komórek nabłonka, stanowią dwa potencjalnie ważne kandydujące patomechanizmy, które zostały zaproponowane. W celu przetestowania tych hipotez podjęto kilka podejść, które odniosły znaczny sukces w leczeniu eksperymentalnych postaci ALI. Mając to na uwadze, krótko podsumujemy te dwie obecne hipotezy ALI, podkreślając rolę apoptozy w regulacji odpowiedzi PMN i/lub komórek nabłonka płuc. Ponadto rozważony zostanie wkład, jaki zapalenie za pośrednictwem Fas może odgrywać jako potencjalny biologiczny związek między apoptozą komórek płuc a rekrutacją PMN, a także zastosowanie in vivo małego interferującego RNA (siRNA) jako nowego podejścia do hamowania ALI i jego implikacje terapeutyczne.

x7wva1ax

Gen kukumowirusa 2b steruje selekcją rekombinantów międzywirusowych wpływających na miejsce krzyżowania, akceptorowy RNA i szybkość selekcji

Rekombinacja RNA-RNA jest ważnym szlakiem ewolucji wirusa i została opisana dla wielu wirusów. Jednak czynniki kierujące rekombinacją lub sprzyjające selekcji rekombinantów są nadal niejasne. Tutaj pokazujemy, że białko małego ruchu (2b) było w stanie promować selekcję rekombinantów RNA 1/2–RNA 3 w chimerycznym wirusie mającym RNA 1 i 2 z wirusa mozaiki ogórka oraz RNA 3 z pokrewnego wirusa aspermii pomidora, wraz z heterologicznymi genami 2b. Źródło 2b determinowało również selekcję akceptorowego RNA i miejsca krzyżowania, jak również wpływało na szybkość selekcji rekombinowanych RNA. Charakter RNA 3 również wpłynął na wybór rekombinowanych RNA. 163-nt powtórzenie tandemowe w RNA 3 znacząco wpłynęło na szybkość selekcji rekombinowanego RNA, podczas gdy pojedynczy nukleotyd w powtórzeniu wpłynął na miejsce krzyżowania. Rekombinacja zachodziła w sposób nielosowy, nie obejmowała produktów pośrednich i prawdopodobnie została wygenerowana poprzez mechanizm wyboru kopii podczas syntezy nici (+) nici RNA.

397hp1yt

Epigrass: narzędzie do badania chorób rozprzestrzeniających się w złożonych sieciach

TŁO: Konstrukcja złożonych modeli symulacji przestrzennych, takich jak te stosowane w epidemiologii sieciowej, jest trudnym zadaniem ze względu na dużą ilość danych związanych z ich parametryzacją. Takie dane, które często znajdują się w dużych bazach danych georeferencyjnych, muszą zostać przetworzone i przypisane do różnych komponentów modelu. Wszystko po to, aby zbudować model, a potem jeszcze go symulować i analizować w różnych scenariuszach epidemiologicznych. Ten przepływ pracy można skutecznie osiągnąć tylko za pomocą narzędzi obliczeniowych, które mogą zautomatyzować większość, jeśli nie wszystkie, te czasochłonne zadania. W niniejszym artykule przedstawiamy oprogramowanie symulacyjne Epigrass, które ma pomóc w projektowaniu i symulowaniu modeli epidemii sieci z dowolnym zachowaniem węzłów. WYNIKI: Model epidemiologiczny sieci przedstawiający rozprzestrzenianie się bezpośrednio przenoszonej choroby za pośrednictwem sieci transportu autobusowego łączącej średniej wielkości miasta w Brazylii. Wyniki pokazują, że kontekst topologiczny punktu początkowego epidemii ma duże znaczenie zarówno z perspektywy kontroli, jak i prewencji. WNIOSEK: Wykazano, że Epigrass znacznie ułatwia budowę, symulację i analizę złożonych modeli sieci. Wyjście wyników modelu w standardowych formatach plików GIS ułatwia przetwarzanie końcowe i analizę wyników za pomocą zaawansowanego oprogramowania GIS.

zurd5d64

Autoimmunologiczne zapalenie dróg żółciowych u myszy SJL/J jest antygenowo nieswoiste

Pierwotna marskość żółciowa wątroby (PBC) jest chorobą autoimmunologiczną charakteryzującą się zniszczeniem wewnątrzwątrobowych dróg żółciowych i wytwarzaniem przeciwciał antymitochondrialnych (AMA). Brak modelu zwierzęcego był uderzającą przeszkodą w definiowaniu molekularnych podstaw choroby. Wcześniejsze prace sugerowały, że myszy SJL/J immunizują kompleksem dehydrogenazy pirogronianowej (PDC-E2), głównym autoantygenem mitochondrialnym PBC, co prowadzi do rozwoju nacieku komórek limfoidalnych w drogach wrotnych i systemu modelowego określanego jako autoimmunologiczne zapalenie dróg żółciowych. Postawiliśmy hipotezę, że ta patologia uległaby wzmocnieniu, gdyby immunizacja wystąpiła w obecności iniekcji IFN-γ. W związku z tym myszy SJL/J immunizowano PDC-E2 i, w celu kontroli, α-kazeiną. Podgrupy myszy były również leczone egzogennym IFN-γ. Jak oczekiwano, myszy immunizowane PDC-E2 z lub bez IFN-γ rozwinęły AMA o wysokim mianie. Natomiast myszy immunizowane kazeiną α wytwarzają przeciwciała przeciwjądrowe. Co ważniejsze, wątroby z myszy immunizowanych PDC-E2 i/lub immunizowanych kazeiną α wszystkie wykazywały naciek komórek limfoidalnych do dróg wrotnych, niezależnie od wielkości przewodu żółciowego. Rzeczywiście, nie było znaczącej różnicy między grupą eksperymentalną a kontrolną w analizie histologicznej. Zatem autoimmunologiczne zapalenie dróg żółciowych u tych myszy jest antygenowo niespecyficzne.

eflxldnr

Zakaźność, patogeneza i immunogenność wirusa La Crosse u myszy i małp

TŁO: Wirus La Crosse (LACV), rodzina Bunyaviridae, został po raz pierwszy zidentyfikowany jako ludzki patogen w 1960 roku po jego izolacji od 4-letniej dziewczynki ze śmiertelnym zapaleniem mózgu w La Crosse, Wisconsin. LACV jest główną przyczyną pediatrycznego zapalenia mózgu w Ameryce Północnej i zaraża każdego roku do 300 000 osób, z których 70-130 powoduje ciężką chorobę ośrodkowego układu nerwowego (OUN). Jako pierwszy krok w tworzeniu użytecznych modeli zwierzęcych wspierających rozwój szczepionek, zbadaliśmy zakaźność, patogenezę i immunogenność LACV zarówno u myszy odsadzonych, jak i małp rezus. WYNIKI: Po dootrzewnowym zaszczepieniu myszy LACV replikuje się w różnych narządach przed dotarciem do OUN, gdzie replikuje się do wysokiego miana powodując śmierć z powodu choroby neurologicznej. Miejscem obwodowym, w którym LACV replikuje się do najwyższego miana, są małżowiny nosowe i prawdopodobnie LACV może dostać się do OUN przez neurony węchowe z nabłonka węchowego nosa. Dawka zakaźna dla myszy (50) i dawka śmiertelna (50) były podobne dla LACV podawanego donosowo lub dootrzewnowo. LACV był wysoce zakaźny dla małp rezus i zainfekował 100% zwierząt przy 10 PFU. Jednak infekcja przebiegała bezobjawowo, a małpy rozwinęły silną odpowiedź przeciwciał neutralizujących. WNIOSEK: U myszy LACV prawdopodobnie uzyskuje dostęp do OUN przez strumień krwi lub przez neurony węchowe. Zdolność do skutecznego zarażania myszy drogą donosową zwiększa prawdopodobieństwo, że LACV może wykorzystać tę drogę do zarażenia swoich naturalnych żywicieli. Małpy rezus są podatne na infekcję LACV i rozwijają silne odpowiedzi przeciwciał neutralizujących po zaszczepieniu zaledwie 10 PFU. Myszy i małpy rezus są użytecznymi modelami zwierzęcymi do testowania immunologicznego szczepionki LACV, chociaż model małpy rezus nie jest optymalny.

navrmhqm

Wewnętrznie nieuporządkowana domena C-końcowa nukleoproteiny wirusa odry oddziałuje z domeną C-końcową fosfoproteiny przez dwa różne miejsca i pozostaje w przeważającej mierze niesfałdowana

Wirus odry jest wirusem o jednoniciowym RNA o negatywnym znaczeniu, należącym do rzędu Mononegavirales, który obejmuje kilka ludzkich patogenów, w tym wirusy wścieklizny, Ebola, Nipah i Hendra. Nukleoproteina wirusa theeasles składa się ze strukturalnej domeny N-końcowej i nieuporządkowanej z natury domeny C-końcowej, N(TAIL) (aa 401–525), która ulega indukowanemu fałdowaniu w obecności domeny C-końcowej (XD, aa 459-507) wirusowej fosfoproteiny. W N(TAIL) zidentyfikowano α-helikalny element rozpoznawania molekularnego (α-MoRE, aa 488–499) zaangażowany w wiązanie z P i indukowane fałdowanie, a następnie zaobserwowano go w strukturze krystalicznej XD. Wykorzystując rozpraszanie promieni rentgenowskich pod małymi kątami, wyprowadziliśmy model strukturalny kompleksu pomiędzy XD i N(TAIL) o niskiej rozdzielczości, który pokazuje, że większość N(TAIL) pozostaje nieuporządkowana w kompleksie pomimo fałdowania indukowanego przez P w obrębie α-WIĘCEJ. Model składa się z wydłużonego kształtu mieszczącego wiele konformacji przyjętych przez nieuporządkowany region N-końcowy N(TAIL) oraz masywnego regionu kulistego, odpowiadającego XD i końcowi C N(TAIL) (aa 486-525 ). Korzystając z powierzchniowego rezonansu plazmonowego, dichroizmu kołowego, spektroskopii fluorescencyjnej i heterojądrowego rezonansu magnetycznego, pokazujemy, że N(TAIL) ma dodatkowe miejsce (aa 517–525) zaangażowane w wiązanie z XD, ale nie w przejściu z niestruktury do struktury. Ta praca dostarcza dowodów na to, że domeny nieuporządkowane wewnętrznie mogą nawiązywać złożone interakcje ze swoimi partnerami i mogą kontaktować się z nimi za pośrednictwem wielu miejsc, z których niekoniecznie wszystkie uzyskują regularną strukturę drugorzędową.

22rf9kuq

Badanie wiedzy, postaw i praktyk wobec ptasiej grypy wśród dorosłej populacji Włoch

WPROWADZENIE: Aby skutecznie zapobiegać i kontrolować ptasią grypę (AI), konieczne jest kilka strategicznych interwencji w zakresie zdrowia publicznego i konieczne jest stworzenie planu komunikacji, aby rodziny były odpowiednio poinformowane o tym, jak unikać lub ograniczać narażenie. Badanie to określiło wiedzę, postawy i zachowania związane z AI wśród dorosłej populacji we Włoszech. METODY: Od grudnia 2005 r. do lutego 2006 r. losowa próba 1020 osób dorosłych otrzymała ankietę dotyczącą cech społeczno-demograficznych, wiedzy na temat przenoszenia i zapobiegania sztucznej inteligencji, postaw wobec sztucznej inteligencji, zachowań związanych ze stosowaniem środków zapobiegawczych i praktyk postępowania z żywnością oraz źródeł informacje o sztucznej inteligencji. WYNIKI: Osiągnięto odsetek odpowiedzi 67%. Osoby z wyższych klas społeczno-ekonomicznych częściej identyfikowały sposoby przenoszenia i nośniki sztucznej inteligencji zwierząt. Ci starsi, którzy znali sposoby transmisji i pojazdy zwierząt dla sztucznej inteligencji, i którzy nadal potrzebują informacji, byli bardziej skłonni wiedzieć, że mycie rąk mydłem przed i po dotknięciu surowego mięsa drobiowego oraz używanie rękawiczek jest zalecane, aby uniknąć rozprzestrzeniania się AI przez jedzenie. Ryzyko zarażenia było znacznie wyższe u osób z niższych klas społeczno-ekonomicznych, jeśli nie znali definicji AI, jeśli wiedzieli, że AI może być przenoszona przez jedzenie i dotykanie surowych jaj i pokarmów dla drobiu oraz jeśli nie potrzebowali informacji . Zgodność z praktykami higienicznymi podczas obchodzenia się z surowym mięsem drobiowym była bardziej prawdopodobna u osób, które uważały się za bardziej zagrożone, które znały praktyki higieniczne, które znały sposoby przenoszenia i pojazdy zwierząt dla sztucznej inteligencji oraz które otrzymywały informacje od służby zdrowia specjalistów i czasopism naukowych. WNIOSEK: Respondenci wykazują brak szczegółowego zrozumienia sztucznej inteligencji, większe postrzegane ryzyko i mniejszą zgodność z zachowaniami ostrożności i strategiami edukacji zdrowotnej są bardzo potrzebne.

fj9l8che

Ewolucja wirusów ludzkiej grypy typu A w latach 1999-2006: pełne badanie genomu

TŁO: Wiedza na temat pełnej konstelacji genomu wirusów grypy sezonowej typu A z różnych krajów jest cenna dla monitorowania i zrozumienia ewolucji i migracji szczepów. Obecnie dostępnych jest publicznie niewiele sekwencji pełnych genomów wirusów grypy A z Europy, a także przeprowadzono niewiele długoterminowych badań genomu wirusów ludzkiej grypy A. Zbadaliśmy ewolucję krążących ludzkich wirusów grypy A H3N2, H1N1 i H1N2 w latach 1999-2006, przeanalizowaliśmy 234 duńskie wirusy ludzkiej grypy A i scharakteryzowaliśmy 24 kompletne genomy. WYNIKI: H3N2 był dominującym szczepem w Danii w okresie badania, ale H1N1 dominował w sezonie 2000-2001. Wirusy H1N2 po raz pierwszy zaobserwowano w Danii w latach 2002–2003. Po latach niewielkich zmian genetycznych w wirusach H1N1 sezon 2005–2006 charakteryzował się większą zmiennością wirusa H1N1 niż wcześniej. Wskazuje to, że wirusy H1N1 ewoluują i że H1N1 wkrótce ponownie stanie się dominującym szczepem. Ogólnie rzecz biorąc, hemaglutynina grypy A (HA) wirusów H3N2 tworzyła sezonowe klastry filogenetyczne. Zaobserwowano również różne rody współkrążące w tym samym sezonie. Ewolucja była stochastyczna, pod wpływem niewielkich „skoków” w odległości genetycznej, a nie stałego dryfu, zwłaszcza po wprowadzeniu wirusów podobnych do Fujian w latach 2002-2003. Zaobserwowano również ewolucyjne okresy zastoju, które mogą wskazywać na dobrze dopasowane wirusy. Na ewolucję wirusów H3N2 wpłynęły również reasortymenty genów między liniami z różnych pór roku. Żaden z genów grypy nie był pod wpływem silnej pozytywnej presji selekcyjnej. Miejsce antygenowe B w H3N2 HA było preferowanym miejscem zmiany genetycznej w okresie badania prawdopodobnie dlatego, że miejsce A zostało zamaskowane przez glikozylację. Zaobserwowano podstawienia w epitopach CTL w genach kodujących neuraminidazę (NA), białko kwaśne polimerazy (PA), białko macierzy 1 (M1), białko niestrukturalne 1 (NS1), a zwłaszcza nukleoproteinę (NP). Wzorzec N-połączonej glikozylacji zmieniał się w okresie badania, a izolaty H3N2 od 2004 do 2006 były silnie glikozylowane z dziesięcioma przewidywanymi sekwenami w HA, największą ilością glikozylacji zaobserwowaną w tym okresie badania. WNIOSEK: Niniejsze badanie jest pierwszym w naszej wiedzy, które charakteryzuje ewolucję pełnych genomów izolatów wirusa grypy A H3N2, H1N1 i H1N2 z Europy na przestrzeni siedmiu lat od 1999 do 2006 roku. implikacje dla przewidywania szczepów w kolejnym sezonie, a tym samym lepszego dopasowania składu szczepionki.

1dus0u4m

Czy „domniemana zgoda” może uzasadniać obowiązek leczenia chorób zakaźnych? Analiza

TŁO: AIDS, SARS i niedawne epidemie ptasiej grypy przypominają nam o debacie na temat granic moralnego obowiązku opieki. Ważne jest, aby najpierw rozważyć kwestię, czy „obowiązek leczenia” może podlegać ograniczeniom kontekstowym. Celem niniejszego opracowania było zbadanie opinii i przekonań zarówno lekarzy, jak i lekarzy stomatologów na temat ryzyka zawodowego związanego z chorobami zakaźnymi oraz przeanalizowanie argumentu, że pojęcie „domniemanej zgody” ze strony profesjonalistów może być podstawą poparcia dla obowiązek leczenia. METODY: Do tego przekrojowego badania populacja badana została wybrana spośród lekarzy i dentystów w Ankarze. Wszyscy z 373 uczestników otrzymali kwestionariusz do samodzielnego wypełnienia. WYNIKI: Łącznie 79,6% uczestników stwierdziło, że albo posiadali pewną wiedzę na temat zagrożeń, kiedy wybierali zawód, albo dowiedzieli się o zagrożeniach później podczas edukacji i szkoleń. Spośród uczestników 5,2% stwierdziło, że nie wybraliby tego zawodu, gdyby zostali poinformowani o ryzyku. Stwierdzono, że 57% uczestników uważało, że istnieje standardowy poziom ryzyka, a 52% uczestników stwierdziło, że niektóre choroby przekroczą poziom dopuszczalnego ryzyka, jeśli nie zostaną wdrożone specjalne środki ochronne. WNIOSEK: Jeśli użyjemy argumentu domniemanej zgody w celu ustalenia obowiązku świadczenia opieki przez POZ, staniemy przed problemami obejmującymi trudność samodzielnego wyboru zawodu, stały poziom niepewności obecny w zawodzie lekarza, prawie niemożliwość możliwości retrospektywnej oceny, czy każdy był poinformowany, oraz pozornie nieuniknionego problemu, że taka praktyka legitymizuje, a być może nawet sprzyja dyskryminacji pacjentów z pewnymi chorobami. Nasze wyniki sugerują, że do listy można dodać kolejny problem: jedna piąta uczestników tego badania albo nie miała odpowiedniej wiedzy na temat zagrożeń zawodowych przy wyborze zawodu lekarza, albo nie była wystarczająco poinformowana o tych zagrożeniach podczas kształcenia i szkolenia wydziałowego . Ponadto, jeśli chodzi o moralny obowiązek zapewnienia opieki, wydaje się, że większość pracowników służby zdrowia jest bardziej zaniepokojona dostępnością środków ochronnych niż tym, czy zostali wcześniej poinformowani o konkretnym zagrożeniu. Z tych wszystkich powodów argument domniemanej zgody nie jest wystarczająco przekonujący i nie może być wykorzystany do uzasadnienia obowiązku zapewnienia opieki. W związku z tym bardziej przydatne jest podkreślenie uzasadnień innych niż domniemana zgoda przy określaniu obowiązku świadczenia opieki przez pracowników służby zdrowia, takich jak umowa społeczna między społeczeństwem a zawodem lekarza oraz fakt, że pracownicy służby zdrowia mają większą zdolność do udzielania pomocy medycznej.

gnnd0zmo

Poprawiona produkcja ludzkiego prokolagenu typu II w drożdżach Pichia pastoris w wytrząsanych kolbach za pomocą bezprzewodowego systemu okresowego

TŁO: W tym miejscu opisujemy nowe rozwiązanie techniczne do optymalizacji hodowli w kolbach do wytrząsania Pichia pastoris na przykładzie wytwarzania stabilnego ludzkiego kolagenu typu II. Wytwarzanie rekombinowanych białek w P. pastoris odbywa się zwykle przez kontrolowanie ekspresji genów silnym promotorem AOX1, który jest indukowany przez dodanie metanolu. Optymalizacja procesów z zastosowaniem promotora AOX1 w P. pastoris jest zwykle przeprowadzana w bioreaktorach przez fermentację okresową z zasilaniem z kontrolowanym ciągłym dodawaniem metanolu w celu uniknięcia zatrucia metanolem i głodu węgla/energii. Opracowanie protokołów żywienia i badanie wytwarzania rekombinowanego białka kontrolowanego przez AOX1 przeprowadzono w dużej mierze w kolbach do wytrząsania, chociaż kolby do wytrząsania mają bardzo ograniczone możliwości pomiaru i kontroli. WYNIKI: Poprzez zastosowanie monitoringu on-line pO(2) wykazujemy, że szeroko stosowane pulsacyjne zasilanie metanolem powoduje długie fazy wyczerpania metanolu, a w konsekwencji niską ekspresję genów kontrolowanych przez AOX1. Ponadto zapewniamy rozwiązanie umożliwiające zastosowanie strategii wsadowej z zasilaniem w kolbach wstrząsanych. W prezentowanym rozwiązaniu zastosowano bezprzewodowy zespół żywienia, który można elastycznie pozycjonować i który pozwala na zastosowanie profili żywienia sterowanych komputerowo. Na przykładzie ludzkiego kolagenu II pokazujemy, że quasi-ciągły profil żywieniowy, będący najprostszym sposobem fermentacji okresowej z zasilaniem, skutkuje wyższym poziomem produkcji ludzkiego kolagenu II. Ponadto produkt ma wyższą stabilność proteolityczną w porównaniu z hodowlami kontrolnymi ze względu na zwiększoną ekspresję 4-hydroksylazy prolilowej ludzkiego kolagenu, monitorowaną przez poziomy mRNA i białka. WNIOSEK: Zalecany standardowy protokół dodawania metanolu do wytrząsanych kolb z zastosowaniem zasilania pulsacyjnego jest nieoptymalny i prowadzi do powtarzających się długich faz głodu metanolu. Problem można rozwiązać, stosując technologię wsadową. Prezentowany bezprzewodowy podajnik wraz z systemem monitoringu on-line oferuje elastyczne, proste i tanie rozwiązanie do wstępnej optymalizacji produkcji w kolbach wstrząsanych, które mogą być prowadzone równolegle. W ten sposób strategia okresowa z zasilaniem może być stosowana od wczesnych etapów badań przesiewowych również w laboratoriach, które nie mają dostępu do kosztownych i skomplikowanych systemów bioreaktorów.

xa9a5p0q

HMGB1: Sygnalizacja zagrożenia endogennego

Chociaż od dawna wiadomo, że obce patogeny i ich produkty aktywują wrodzony układ odpornościowy, niedawne rozpoznanie grupy endogennych cząsteczek, które pełnią podobną funkcję, dostarczyło podstaw do zrozumienia nakładania się odpowiedzi zapalnych aktywowanych przez patogeny i uszkodzenia. Te endogenne cząsteczki, zwane alarmynami, są normalnymi składnikami komórkowymi, które mogą być uwalniane do środowiska pozakomórkowego w stanach stresu komórkowego lub uszkodzenia, a następnie aktywować układ odpornościowy. Jedno białko jądrowe, High Mobility group box-1 (HMGB1), zwróciło szczególną uwagę jako spełniające funkcje alarmyny poprzez udział zarówno w zakaźnych, jak i niezakaźnych stanach zapalnych. Po uwolnieniu HMGB1 przekazuje sygnał przez różne receptory, aby aktywować komórki odpornościowe zaangażowane w proces odpornościowy. Chociaż wstępne badania wykazały, że HMGB1 jest późnym mediatorem sepsy, ostatnie odkrycia wskazują, że HMGB1 odgrywa ważną rolę w modelach niezakaźnego zapalenia, takich jak autoimmunizacja, rak, uraz i niedokrwienie reperfuzyjne. Ponadto, w przeciwieństwie do jego funkcji prozapalnych, istnieją dowody na to, że HMGB1 ma również działanie naprawcze prowadzące do naprawy i regeneracji tkanek. Przedstawiono tutaj złożone funkcje HMGB1 jako archetypowej alarmyny, aby zrewidować nasze obecne zrozumienie cząsteczki, która ma potencjał leczenia wielu ważnych chorób człowieka.

33mqfj2t

Ilościowy pomiar mRNA tyreoglobuliny we krwi obwodowej pacjentów po całkowitej tyreoidektomii

Wcześniejsze badania wykazały kliniczną przydatność wykrywania mRNA tyreoglobuliny (TG) we krwi obwodowej pacjentów ze zróżnicowanym rakiem tarczycy za pomocą reakcji łańcuchowej polimerazy z odwrotną transkrypcją (RT-PCR). Aby ocenić tę przydatność, zmierzyliśmy mRNA TG we krwi obwodowej pacjentów ze zdiagnozowanym rakiem tarczycy po całkowitej tyreoidektomii za pomocą ilościowej RT-PCR w czasie rzeczywistym z użyciem mRNA dehydrogenazy gliceraldehydo-3-fosforanowej (GAPDH) jako kontroli wewnętrznej. Co zaskakujące, wykryliśmy mRNA TG we wszystkich próbkach uzyskanych po całkowitej tyreoidektomii, w tym z 4 raków rdzeniastych. Ponadto nie było statystycznej różnicy w poziomach ekspresji mRNA TG u pacjentów z przerzutami lub bez przerzutów i nie stwierdzono istotnej korelacji między stężeniami TG w surowicy a poziomami ekspresji mRNA TG. Wyniki te nasuwają pytanie o zastosowanie kliniczne nie tylko detekcji RT-PCR, ale także ilościowego pomiaru mRNA TG we krwi obwodowej. © 2001 Kampania Badań nad Rakiem http://www.bjcancer.com

7jszm1nd

Analiza funkcjonalna sekwencji genomowej 5′ norowirusa bydła

TŁO: Wirus Jeny (JV), bydlęcy Norowirus, powoduje chorobę jelitową u bydła i stanowi potencjalny model do badania zakażenia norowirusem jelitowym i patogenezy. Dodatni sensowny genom RNA JV jest zorganizowany w ORF1 (białka niestrukturalne), ORF2 (główne białko kapsydu) i ORF3 (poboczne białko kapsydu). Brak systemu hodowli komórek do badania replikacji JV oznacza, że ​​dotychczasowe prace opierały się na systemach in vitro do badania syntezy i przetwarzania białek niestrukturalnych. GŁÓWNE USTALENIA: Tylko dwa z trzech głównych białek ORF1 zostały zidentyfikowane (p110 i 2C) po translacji in vitro JV RNA, N-końcowe białko nie zostało wykryte. N-terminowa sekwencja genomowa kodująca (5′GS) została przetestowana pod kątem funkcji podobnej do IRES w systemie bicistronowym i nie wykazała żadnych dowodów aktywności podobnej do IRES. Określono, że miejsce inicjacji translacji w JV znajduje się w przewidywanym nukleotydzie 22. Po wstawieniu epitopu do 5'GS, białko N-końca JV zostało zidentyfikowane in vitro iw komórkach transfekowanych RNA. WNIOSKI: System transkrypcji/translacji in vitro jest obecnie najlepszym systemem do analizy syntezy i przetwarzania białek w JV. W przeciwieństwie do podobnie badanych ludzkich norowirusów, JV początkowo nie wydawał się wyrażać białka N-końcowego, co przedstawia możliwość, że kodująca sekwencja RNA pełni funkcję regulatorową, najprawdopodobniej zaangażowaną w inicjację translacji w sposób podobny do IRES. Tak nie było i po określeniu miejsca inicjacji translacji wykryto N-końcowe białko przy użyciu znacznika epitopowego, zarówno in vitro, jak i in vivo. Chociaż nieco większe niż przewidywano, N-końcowe białko zostało wykryte w postaci przetworzonej in vivo, tym samym wykazując nie tylko początkową translację poliproteiny ORF1, ale także aktywność proteazy wirusowej. Te odkrycia wskazują, że blokada replikacji nowirusa w hodowanych komórkach leży gdzie indziej.

543aq9dx

Wstępne wyniki randomizowanego badania niefarmaceutycznych interwencji zapobiegających przenoszeniu grypy w gospodarstwach domowych

TŁO: Istnieją nieliczne dane na temat tego, czy interwencje niefarmaceutyczne mogą ograniczyć rozprzestrzenianie się grypy. Przeprowadziliśmy badanie wykonalności i skuteczności masek na twarz i higieny rąk w celu ograniczenia przenoszenia grypy wśród członków gospodarstwa domowego w Hongkongu. METODOLOGIA/GŁÓWNE WYNIKI: Przeprowadziliśmy klaster randomizowanych, kontrolowanych badań gospodarstw domowych (składających się z co najmniej 3 członków), w których osoba z indeksu prezentowała chorobę grypopodobną trwającą <48 godzin. Po potwierdzeniu grypy w przypadku indeksowym za pomocą szybkiego testu Quick Vue Influenza A+B, gospodarstwo domowe osoby objętej indeksem zostało losowo przydzielone do 1) grupy kontrolnej lub 2) masek chirurgicznych na twarz lub 3) higieny rąk. Odwiedzino gospodarstwa domowe w ciągu 36 godzin oraz 3, 6 i 9 dni później. Podczas każdej wizyty domowej pobierano wymazy z nosa i gardła od badanych osób i wszystkich osób z gospodarstwa domowego i badano za pomocą kultury wirusowej. Pierwszorzędową miarą wyniku była potwierdzona w hodowli laboratoryjnej grypa w kontakcie z gospodarstwem domowym; drugorzędowym punktem końcowym była klinicznie rozpoznana grypa (na podstawie zgłaszanych objawów). Zrandomizowaliśmy 198 gospodarstw domowych i odbyliśmy kontrolne wizyty domowe w 128; przypadki wskaźnikowe w 122 z tych gospodarstw miały grypę potwierdzoną laboratoryjnie. Odnotowano 21 kontaktów domowych z potwierdzoną laboratoryjnie grypą, co odpowiadało wskaźnikowi wtórnych ataków wynoszącym 6%. Wskaźniki wtórnych ataków klinicznych wahały się od 5% do 18% w zależności od definicji przypadku. Laboratoryjne lub kliniczne wskaźniki wtórnego ataku nie różniły się istotnie w ramionach interwencji. Przestrzeganie interwencji było zmienne. WNIOSKI / ZNACZENIE: Wskaźniki wtórnych ataków były niższe niż oczekiwano i niższe niż zgłaszane w innych krajach, być może ze względu na różne wzorce podatności, brak znaczącego dryfu antygenowego w krążących szczepach wirusa grypy w ostatnim czasie i/lub problemy związane z nasileniem objawów projekt. Wnioski wyciągnięte z tego programu pilotażowego wpłynęły na zmiany w głównym badaniu w 2008 roku. REJESTRACJA BADANIA: ClinicalTrials.gov NCT00425893 HKClinicalTrials.com HKCTR-365

nmmimc71

Bayesowskie szacowanie w czasie rzeczywistym potencjału epidemicznego pojawiających się chorób zakaźnych

TŁO: Szybkie zmiany w demografii człowieka na całym świecie w połączeniu ze zwiększoną mobilnością i zmodyfikowanym użytkowaniem gruntów sprawiają, że zagrożenie pojawiającymi się chorobami zakaźnymi staje się coraz ważniejsze. Obecnie na całym świecie alarmuje się, że ptasia grypa H5N1 staje się tak samo przenoszona na ludzi jak grypa sezonowa i potencjalnie powoduje pandemię o bezprecedensowych rozmiarach. W tym miejscu pokazujemy, w jaki sposób dane z nadzoru epidemiologicznego dotyczące pojawiających się chorób zakaźnych mogą być interpretowane w czasie rzeczywistym w celu oceny zmian w przenoszeniu z ilościową niepewnością oraz wykonywania prognoz czasu przebiegu nowych przypadków i kierowania alokacjami logistycznymi. METODOLOGIA/GŁÓWNE USTALENIA: Opracowujemy rozszerzenie standardowych modeli epidemiologicznych, odpowiednich dla pojawiających się chorób zakaźnych, które opisują probabilistyczną progresję liczby przypadków z powodu równoczesnych skutków (początkowej) transmisji przez ludzi i wielokrotnego wprowadzania ze zbiornika. Model jest oddany pod kątem obserwacji obserwacyjnych i od razu sugeruje prostą procedurę graficzną estymacji efektywnej liczby reprodukcyjnej R (średnia liczba przypadków wygenerowanych przez osobnika zakaźnego) standardowych epidemii. W przypadku pojawiających się chorób zakaźnych, które zazwyczaj wykazują duże wahania względnej liczby przypadków w czasie, opracowujemy schemat bayesowski do szacowania w czasie rzeczywistym rozkładu prawdopodobieństwa efektywnej liczby rozrodczości i pokazujemy, jak wykorzystać takie wnioski do formułowania testów istotności przyszłych obserwacji epidemiologicznych. WNIOSKI/ZNACZENIE: Naruszenia tych testów istotności definiują anomalie statystyczne, które mogą sygnalizować zmiany w epidemiologii pojawiających się chorób i powinny zapoczątkować dalsze badania terenowe. Stosujemy tę metodologię do danych przypadków ze sprawozdań Światowej Organizacji Zdrowia, aby ustalić ograniczenia dotyczące aktualnej przenoszenia wirusa grypy H5N1 u ludzi i ustanowić podstawę statystyczną do monitorowania jej ewolucji w czasie rzeczywistym.

rzzsmuoc

DetectiV: wizualizacja, normalizacja i testowanie istotności dla danych z mikromacierzy do wykrywania patogenów

Mikromacierze DNA dają możliwość testowania obecności tysięcy mikroorganizmów w jednym eksperymencie. Brakuje jednak wiarygodnych narzędzi bioinformatycznych do analizy takich danych. Opracowaliśmy DetectiV, pakiet oprogramowania statystycznego R. DetectiV oferuje potężne, ale proste narzędzia do wizualizacji, normalizacji i testowania istotności. Pokazujemy, że DetectiV działa lepiej niż wcześniej opublikowane oprogramowanie na dużym, publicznie dostępnym zbiorze danych.

8rrkf78o

Ekspresja białek kapsydowych wirusa pryszczycy w układzie ekspresji jedwabników-bakulowirusa i jej wykorzystanie jako szczepionki podjednostkowej

TŁO: Pryszczyca (FMD) jest wysoce zaraźliwą chorobą zwierząt gospodarskich, która powoduje poważne straty ekonomiczne u podatnych zwierząt parzystokopytnych. Chociaż tradycyjna szczepionka inaktywowana okazała się skuteczna, może ona doprowadzić do nowego wybuchu FMD z powodu niepełnej inaktywacji FMDV lub ucieczki żywego wirusa z warsztatu produkującego szczepionki. Dlatego pilnie należy opracować nową szczepionkę przeciwko FMDV, która będzie bezpieczniejsza, skuteczniejsza i bardziej ekonomiczna niż szczepionki tradycyjne. METODOLOGIA I GŁÓWNE WYNIKI: Opracowano rekombinowanego bakulowirusa jedwabnika Bm-P12A3C, który zawierał nienaruszone regiony kodujące proteazę P1-2A i 3C FMDV Asia 1/HNK/CHA/05. Do sprawdzenia, czy Bm-P12A3C może ekspresjonować kasetę docelową, zastosowano pośredni test immunofluorescencyjny i test kanapkowy ELISA. Produkty ekspresji z jedwabników rozcieńczono 30-krotnie i zastosowano jako antygen do immunizacji bydła. U wszystkich szczepionych zwierząt indukowano specyficzne przeciwciała. Po prowokacji zjadliwym wirusem homologicznym, cztery z pięciu zwierząt były całkowicie chronione, a objawy kliniczne zostały złagodzone i opóźnione u pozostałego. Ponadto przeprowadzono test PD(50) (50% bydlęca dawka ochronna) w celu oceny bydlęcej mocy szczepionki podjednostkowej. Wynik pokazał, że szczepionka podjednostkowa może osiągnąć 6,34 PD(50) na dawkę. WNIOSEK: Wyniki sugerują, że ta strategia może zostać wykorzystana do opracowania nowej podjednostkowej szczepionki przeciwko FMDV.

iy4c7404

Wpływ wzorców mieszania sieci na dynamikę epidemii i skuteczność śledzenia kontaktu z chorobą

W sieciach węzły mogą preferencyjnie kontaktować się z innymi węzłami o podobnej (mieszanej assortatywnie) lub różnej (mieszanej assortatywnie) liczbie kontaktów. Różne wzorce kontaktu wspierają różną dynamikę epidemii, potencjalnie wpływając na skuteczność środków kontroli, takich jak śledzenie kontaktów, które ma na celu identyfikację i izolację węzłów z kontaktami zakaźnymi. Wykorzystaliśmy symulacje stochastyczne, aby zbadać wpływ wzorców mieszania na dynamikę epidemii i skuteczność śledzenia kontaktu. W przypadku niekontrolowanych epidemii, epidemie występują z niższym wskaźnikiem infekcji w bardziej assortatywnie wymieszanych sieciach, z szybszym początkowym tempem wzrostu epidemii i krótszym czasem trwania epidemii niż w przypadku nieasortymentalnie wymieszanych sieci. Śledzenie kontaktu działa lepiej w przypadku mieszania assortacyjnego, gdzie wielkość epidemii jest duża, a szybkość śledzenia niska, ale działa lepiej w przypadku mieszania nieasortacyjnego przy wyższych szybkościach kontaktu. W przypadku selektywnie mieszanych sieci choroba rozprzestrzenia się najpierw na silnie połączone węzły, ale jest to równoważone przez śledzenie kontaktów, które szybko identyfikuje te same węzły. Odwrotna sytuacja ma miejsce w przypadku mieszania dysasortacyjnego, w którym zarówno choroba, jak i śledzenie mają mniejsze szanse na celowanie w silnie połączone węzły. W przypadku małych epidemii śledzenie kontaktów jest skuteczniejsze w sieciach rozłącznych ze względu na większą odporność sieci rozróżniających na usuwanie łączy. Wieloetapowe śledzenie kontaktów jest skuteczniejsze niż śledzenie jednoetapowe w przypadku mieszania assortatywnego, ale efekt ten jest mniejszy w przypadku sieci mieszanych nieasortymentalnie.

ze511t38

Ogólna praktyka i pandemiczna grypa: ramy planowania i porównywania planów w pięciu krajach

WPROWADZENIE: Chociaż podstawowa opieka zdrowotna, aw szczególności ogólna praktyka, będzie na pierwszej linii w odpowiedzi na pandemię grypy, nie ma ram, które mogłyby kierować systematycznym planowaniem tego zadania lub oceniać dostępne plany pod kątem ich znaczenia dla ogólnej praktyki. Naszym celem było opracowanie ram, które ułatwią planowanie dla ogólnej praktyki i wykorzystaliśmy je do oceny planów pandemicznych z Australii, Anglii, USA, Nowej Zelandii i Kanady. METODOLOGIA/GŁÓWNE WYNIKI: Dostosowaliśmy macierz Haddona, aby opracować strukturę, wypełniając jej komórki za pomocą wielometodowego badania, które obejmowało literaturę recenzowaną i szarą, wywiady z lekarzami ogólnymi, pielęgniarkami praktyków i starszymi decydentami oraz symulacją komputerową ćwiczenia. Wykorzystaliśmy te ramy do przeanalizowania 89 publicznie dostępnych planów jurysdykcyjnych na podobnych szczeblach zarządzania w pięciu krajach. Ramy identyfikują cztery obszary funkcjonalne: opieka kliniczna nad grypą i innymi potrzebami, obowiązki w zakresie zdrowia publicznego, środowisko wewnętrzne i makrootoczenie praktyki ogólnej. Żaden plan nie obejmował wszystkich czterech domen. Większość planów albo została zignorowana, albo była pobieżna w odniesieniu do potrzeb klinicznych niezwiązanych z grypą oraz wkładu ogólnej praktyki w zdrowie publiczne poza nadzorem. W kilku planach zajęto się współpracą między praktykami ogólnymi, a jeszcze rzadziej – wzajemnymi relacjami z szerszym systemem opieki zdrowotnej. WNIOSKI: Jest to pierwsze badanie, które zapewnia ramy do prowadzenia ogólnego planowania praktyki w przypadku pandemii grypy. Ramy pomogły zidentyfikować krytyczne niedociągnięcia w dostępnych planach. Skuteczne zaangażowanie ogólnej praktyki w planowanie jest wyzwaniem, szczególnie tam, gdzie struktury zarządzania podstawową opieką zdrowotną są słabe. Identyfikujemy implikacje dla praktyki i badań.

ftlb5b95

Sygnały apoptotyczne wywołują specyficzną degradację rybosomalnego RNA u drożdży

Organizmy narażone na reaktywne formy tlenu, generowane endogennie podczas oddychania lub przez warunki środowiskowe, podlegają stresowi oksydacyjnemu. Odpowiedź na stres może naprawić uszkodzenie lub aktywować jeden z mechanizmów zaprogramowanej śmierci komórki (PCD), na przykład apoptozę, i ostatecznie zakończyć się śmiercią komórki. Jedną uderzającą cechą, która towarzyszy apoptozie zarówno u kręgowców, jak i drożdży, jest fragmentacja DNA komórkowego, a apoptoza ssaków jest często związana z degradacją różnych RNA. Pokazujemy, że u drożdży narażonych na bodźce, o których wiadomo, że indukują apoptozę, takie jak nadtlenek wodoru, kwas octowy, stres hiperosmotyczny i starzenie, dwa duże podjednostkowe rybosomalne RNA, 25S i 5,8S, uległy znacznej degradacji z nagromadzeniem specyficznych półproduktów, które różnią się nieznacznie w zależności od warunki śmierci komórkowej. Proces ten jest najprawdopodobniej endonukleolityczny, skorelowany z reakcją na stres i zależy od stanu układu oddechowego mitochondriów: rRNA jest mniej podatny na degradację w oddychających komórkach z funkcjonalną obroną przed stresem oksydacyjnym. Ponadto fragmentacja RNA jest niezależna od dwóch czynników apoptotycznych drożdży, metakaspazy Yca1 i czynnika indukującego apoptozę Aif1, ale opiera się na apoptotycznej kondensacji chromatyny indukowanej przez modyfikacje histonu H2B. Dane te opisują nowy fenotyp niektórych szlaków PCD związanych ze stresem i starzeniem się u drożdży.

7vvj0vfs

Adhezyna Moraxella UspA1 wiąże się z ludzkim receptorem CEACAM1 za pomocą odkształcalnej trimerycznej spiralnej cewki

Moraxella catarrhalis jest wszechobecną bakterią specyficzną dla człowieka, powszechnie związaną z zakażeniami górnych i dolnych dróg oddechowych, w tym zapaleniem ucha środkowego, zapaleniem zatok i przewlekłą obturacyjną chorobą płuc. Bakteria wykorzystuje autotransporterowe białko UspA1 do celowania w ważny ludzki receptor komórkowy związany z antygenem rakowo-płodowym, cząsteczkę adhezyjną 1 (CEACAM1). Wykorzystując krystalografię rentgenowską, pokazujemy, że region UspA1 wiążący receptor CEACAM1 niezwykle składa się z wydłużonej, podobnej do pręcika lewoskrętnej trimerycznej spiralnej cewki. Badania mutagenezy i wiązania UspA1 i domeny N CEACAM1 zostały wykorzystane do wyznaczenia powierzchni oddziałujących między ligandem i receptorem oraz do prowadzenia zespołu kompleksu. Jednak rozpraszanie roztworu, modelowanie molekularne i analizy mikroskopii elektronowej wskazują, że występuje również znaczne wygięcie łodygi cewki UspA1. Wyjaśnia to, w jaki sposób UspA1 może angażować CEACAM1 w miejscu znacznie odległym od swojej grupy czołowej, umożliwiając bliższe sąsiedztwo odpowiednich powierzchni komórek podczas infekcji.

3ib99gup

Adaptacja wirusa poprzez manipulację ekspresją genu gospodarza

Wirusy dostosowują się do swoich gospodarzy, unikając mechanizmów obronnych i przejmując metabolizm komórkowy dla własnej korzyści. Zmiany w metabolizmie komórkowym, a także skutki uboczne odpowiedzi przeciwwirusowych przyczyniają się do rozwoju objawów i zjadliwości. Czasami wirus może przerodzić się ze zwykłego gatunku żywiciela w nowego, gdzie zwykle nie udaje się skutecznie zainfekować i dalej przenosić się na nowego gospodarza. Jednak w niektórych przypadkach wirus przenosi się i utrzymuje po naprawieniu korzystnych mutacji, które pozwalają na lepszą eksploatację nowego gospodarza. Ta sytuacja stanowiłaby przypadek dla nowego pojawiającego się wirusa. Tutaj przedstawiamy wyniki eksperymentu ewolucyjnego, w którym wirus roślinny mógł zainfekować i ewoluować na naiwnym gospodarzu. Po 17 kolejnych pasażach w genomie wirusa zgromadzono tylko pięć zmian, z których trzy były niesynonimiczne. Za pojawienie się objawów odpowiedzialna była substytucja aminokwasowa w wirusowym białku VPg, natomiast jedna substytucja w wirusowym białku P3 epistatycznie przyczyniła się do zaostrzenia objawów. Analizy mikromacierzy DNA pokazują, że wyewoluowane i przodkowie wirusów wpływają na globalne wzorce ekspresji genów gospodarza w radykalnie odmienny sposób. Główna różnica polega na tym, że geny zaangażowane w stres i odpowiedź patogenu nie są aktywowane po zakażeniu wyewoluowanym wirusem, co sugeruje, że selekcja faworyzowała strategie wirusowe, aby uciec przed mechanizmami obronnymi gospodarza.

gy2b7of9

Usunięcie ludzkiego metapneumowirusa M2-2 zwiększa częstotliwość mutacji i osłabia wzrost chomików

Wstęp: Zakażenie ludzkim metapneumowirusem (hMPV) może powodować ostrą chorobę dolnych dróg oddechowych u niemowląt, osób z obniżoną odpornością i osób starszych. Obecnie nie ma licencjonowanych środków zapobiegawczych dla infekcji hMPV. Stosując wariant hMPV/NL/1/00, który nie wymaga suplementacji trypsyną do wzrostu w hodowli tkankowej, usunęliśmy gen M2-2 i oceniliśmy replikację wirusa rhMPV/ΔM2-2 in vitro i in vivo. WYNIKI: Badania in vitro wykazały, że ablacja M2-2 zwiększyła skłonność do wstawiania nukleotydów U w ciągi poli-U genomowego RNA. Ponadto transkrypcja wirusowa była podwyższona, chociaż poziom genomowego RNA pozostał porównywalny z rhMPV. Zatem usunięcie M2-2 zmienia stosunek między kopiami genomu hMPV a transkryptami. In vivo rhMPV/ΔM2-2 było osłabione w porównaniu z rhMPV w płucach i małżowinach nosowych chomików. Chomiki immunizowane jedną dawką rhMPV/ΔM2-2 były chronione przed prowokacją 10(6)PFU dzikiego typu (wt) hMPV/NL/1/00. WNIOSEK: Nasze wyniki sugerują, że hMPV M2-2 zmienia regulację transkrypcji i wpływa na wierność kompleksu polimerazy podczas replikacji genomu wirusa. W modelu chomika rhMPVΔM2-2 jest atenuowany i ochronny, co sugeruje, że delecja M2-2 może skutkować potencjalnym kandydatem na żywą szczepionkę. Dokładniejsza wiedza na temat kompleksu polimerazy hMPV i roli M2-2 podczas replikacji hMPV jest badana, gdy opracowujemy potencjalnego kandydata na żywego wirusa hMPV, który nie wykazuje ekspresji M2-2.

cc5thj1g

Nie jest już niewinnym obserwatorem: sygnalizacja nabłonkowego receptora podobnego do sygnału w rozwoju zapalenia błony śluzowej

Choroby zapalenia błony śluzowej stanowią ważne przyczyny zachorowalności i śmiertelności i doprowadziły do ​​intensywnych wysiłków badawczych w celu zrozumienia czynników, które prowadzą do ich rozwoju. Powszechnie przyjmuje się, że rozpad normalnie nieprzepuszczalnej bariery nabłonkowej jelita, płuca i nerki jest związany z rozwojem choroby zapalnej w tych narządach, jednak istnieje wiele kontrowersji co do tego, jak ten rozpad faktycznie zachodzi i w jaki sposób awaria może prowadzić do zapalenia. W związku z tym wiele prac koncentrowało się na roli nabłonka jako „niewinnego obserwatora”, celu kaskady zapalnej, w której pośredniczą leukocyty, która prowadzi do jego zniszczenia w procesie zapalnym błony śluzowej. Jednak ostatnie dowody z różnych laboratoriów wskazują, że nabłonek jest nie tylko biernym składnikiem etapów prowadzących do zapalenia błony śluzowej, ale jest głównym uczestnikiem tego procesu. Odnosząc się do tej kontrowersji, my i inni ustaliliśmy, że komórki nabłonkowe wyrażają receptory Toll-podobne (TLR) wrodzonego układu odpornościowego, a aktywacja TLR przez ligandy endogenne i egzogenne może odgrywać kluczową rolę w określaniu równowagi między stanem „homeostaza błony śluzowej”, jaka jest wymagana dla optymalnego funkcjonowania narządów, oraz „uszkodzenie błony śluzowej”, prowadzące do zapalenia błony śluzowej i rozpadu bariery. W szczególności aktywacja TLR w komórkach nabłonka jelitowego prowadzi do rozwoju uszkodzenia komórek i upośledzenia naprawy śluzówki w patogenezie zapalenia jelit, podczas gdy aktywacja TLR w płucach i nerkach może brać udział w rozwoju odpowiednio zapalenia płuc i zapalenia nerek. Ostatnie prace wspierające te koncepcje są szeroko omawiane, podczas gdy nakreślono podstawowe obszary dalszych badań, które są wymagane do określenia znaczenia nabłonkowej sygnalizacji TLR w stanach zdrowia i choroby.

lrtt9r1h

Ubikwitynacja jest wymagana do skutecznej replikacji wirusa Coxsackie B3

TŁO: Ubikwitynacja białek i/lub degradacja przez układ ubikwityna/proteasom (UPS) uznano za krytyczne mechanizmy w regulacji wielu podstawowych funkcji komórkowych. Znaczenie UPS w patogenezie wirusów staje się coraz bardziej widoczne. Używając mysich kardiomiocytów, wykazaliśmy wcześniej, że UPS odgrywa kluczową rolę w replikacji wirusa Coxsackie B3 (CVB3), ważnego ludzkiego patogenu związanego z różnymi chorobami. Aby dokładniej wyjaśnić mechanizmy leżące u podstaw wirusa, zbadaliśmy wzajemne oddziaływanie między UPS i CVB3, koncentrując się na roli ubikwitynacji w cyklu życia wirusa. METODOLOGIA/GŁÓWNE WYNIKI: Jak oceniono za pomocą hybrydyzacji in situ, Western blot i testu łysinek, wykazaliśmy, że hamowanie proteasomu zmniejszyło replikację RNA CVB3, syntezę białek i miana wirusa w komórkach HeLa. Nie było widocznych zmian w aktywności proteasomu 20S po zakażeniu CVB3. Jednak stwierdziliśmy, że infekcja wirusowa prowadzi do akumulacji koniugatów białko-ubikwityna, czemu towarzyszy obniżona ekspresja białka wolnej ubikwityny, co wskazuje na ważną rolę ubikwitynacji w replikacji wirusa za pośrednictwem UPS. Używając małego, zakłócającego RNA, wykazaliśmy, że wyciszanie genów ubikwityny znacząco obniżyło miana wirusów, prawdopodobnie poprzez regulację w dół ubikwitynacji białek i późniejszą zmianę funkcji białek i/lub degradację. Hamowanie enzymów deubikwitynujących najwyraźniej wzmacnia hamujące działanie inhibitorów proteasomu na replikację CVB3. Wreszcie, za pomocą immunoprecypitacji wykazaliśmy, że polimeraza wirusowa Coxsackie 3D została zmodyfikowana potranslacyjnie przez ubikwitynację i taka modyfikacja może być warunkiem wstępnym jej funkcji w regulacji transkrypcyjnej genomu wirusa. WNIOSEK: Zakażenie wirusem Coxsackie sprzyja ubikwitynacji białek, przyczyniając się do skutecznej replikacji wirusa, prawdopodobnie poprzez modyfikację polimerazy wirusowej przez ubikwitynę.

umvrwgaw

Profesjonalne i domowe maseczki do twarzy zmniejszają narażenie na infekcje dróg oddechowych wśród ogólnej populacji

TŁO: Rządy przygotowują się na potencjalną pandemię grypy. Dlatego potrzebują danych, aby ocenić możliwy wpływ interwencji. Maski na twarz noszone przez ogólną populację mogą być dostępną i niedrogą interwencją, jeśli są skuteczne, gdy są noszone w rutynowych okolicznościach. METODOLOGIA: Oceniliśmy potencjał redukcji transmisji zapewniany przez osobiste maski oddechowe, maski chirurgiczne i maski domowej roboty podczas noszenia podczas różnych czynności przez zdrowych ochotników i symulowanego pacjenta. GŁÓWNE USTALENIA: Wszystkie rodzaje masek zmniejszają ekspozycję na aerozol, są stosunkowo stabilne w czasie, bez wpływu na czas noszenia lub rodzaj aktywności, ale z dużym stopniem indywidualnej zmienności. Respiratory osobiste były bardziej wydajne niż maski chirurgiczne, które były bardziej wydajne niż maski domowej roboty. Bez względu na rodzaj maski dzieci były gorzej chronione. Ochrona zewnętrzna (maska ​​noszona przez głowę mechaniczną) była mniej skuteczna niż ochrona wewnętrzna (maska ​​noszona przez zdrowych ochotników). WNIOSKI/ZNACZENIE: Każdy rodzaj masek ogólnych może zmniejszyć ekspozycję na wirusy i ryzyko infekcji na poziomie populacji, pomimo niedoskonałego dopasowania i niedoskonałości przylegania, osobiste maski oddechowe zapewniają największą ochronę. Maski noszone przez pacjentów mogą nie zapewniać tak wysokiego stopnia ochrony przed przenoszeniem aerozolu.

fw6q4qpq

Ekspresja utrzymywała właściwości pnia nowotworowego podobne do macierzystych w komórkach CD133-dodatnich pochodzących z raka płuc

CD133 (prominina-1), 5-transbłonowa glikoproteina, została ostatnio uznana za ważny marker reprezentujący podzbiór populacji nowotworowych komórek macierzystych podobnych do komórek macierzystych. W niniejszym dokumencie opisujemy izolację komórek CD133-dodatnich (LC-CD133(+)) i komórek CD133-ujemnych (LC-CD133(-)) z próbek tkanek dziesięciu pacjentów z niedrobnokomórkowym rakiem płuc (LC) i pięciu LC linie komórkowe. LC-CD133(+) wykazywał wyższą ekspresję Oct-4 ze zdolnością do samoodnawiania i może stanowić rezerwuar z potencjałem proliferacyjnym do generowania komórek raka płuc. Co więcej, LC-CD133(+), w przeciwieństwie do LC-CD133(-), wykazywał wysoką koekspresję wielolekoopornego markera ABCG2 i wykazywał znaczną oporność na środki chemioterapeutyczne (tj. cisplatynę, etopozyd, doksorubicynę i paklitaksel) i radioterapię. Traktowanie siRNA Oct-4 wektorem lentiwirusowym może specyficznie blokować zdolność LC-CD133(+) do tworzenia sfer i może dalej ułatwiać LC-CD133(+) różnicowanie do LC-CD133(-). Ponadto, obniżenie ekspresji Oct-4 w LC-CD133(+) może znacząco hamować zdolność inwazji nowotworu i tworzenia kolonii oraz zwiększać aktywność apoptotyczną kaspazy 3 i polimerazy poli(ADP-rybozy) (PARP). Wreszcie, badania in vitro i in vivo potwierdzają, że efekt leczenia chemioradioterapii LC-CD133(+) można poprawić przez leczenie siRNA Oct-4. Podsumowując, wykazaliśmy, że ekspresja Oct-4 odgrywa kluczową rolę w utrzymaniu samoodnawialnych, przypominających pień raka i chemoradioopornych właściwości LC-CD133(+). Uzasadnione są dalsze badania dotyczące zwiększonej ekspresji Oct-4 w LC-CD133(+) i złośliwym raku płuc.

b8xb1f12

Wczesna odpowiedź transkrypcyjna w jelicie czczym prosiąt wolnych od zarazków po infekcji jamy ustnej wirulentnym rotawirusem

Wolne od zarazków prosięta infekowano doustnie wirulentnym rotawirusem w celu zebrania zeskrobin z błony śluzowej jelita czczego w 12 i 18 godzinach po zakażeniu (dwa prosięta na punkt czasowy). Ekspresję mRNA IFN-gamma stymulowano w błonie śluzowej wszystkich czterech zakażonych prosiąt, co wskazuje, że wszystkie zareagowały na infekcję rotawirusem. Pule RNA przygotowane z dwóch zakażonych prosiąt użyto do porównania ekspresji całego genu śluzówki przy 12 i 18 hpi z ekspresją u niezakażonych prosiąt wolnych od zarazków (n = 3) przy użyciu mikromacierzy cDNA z jelit świni. Analiza mikromacierzy zidentyfikowała 13 genów regulowanych w dół i 17 genów regulowanych w górę. Analiza Northern blot wybranej grupy genów potwierdziła dane z mikromacierzy. Geny funkcjonalnie połączono w geny regulowane przez interferon, geny proliferacji/różnicowania, geny apoptozy, geny cytoszkieletu, geny transdukcji sygnału oraz geny trawienia, wchłaniania i transportu enterocytów. Regulacja w dół klastra genów transportu odzwierciedla częściowo utratę zakażonych rotawirusem enterocytów z końcówek kosmków. Eksploracja danych zasugerowała, że ​​kilka genów było regulowanych w niedojrzałych enterocytach i komórkach kubkowych dolnej lub środkowej części kosmków, prawdopodobnie w celu wsparcia naprawy uszkodzonej warstwy komórek nabłonkowych na końcach kosmków. Ponadto zaobserwowano podwyższenie poziomu białka wiążącego guanylan 2 indukowanego przez IFN-γ, białka, które skutecznie hamowało replikację VSV i EMCV in vitro (Arch Virol 150:1213–1220, 2005). Białko to może odgrywać rolę we wrodzonej obronie jelita cienkiego przed wirusami jelitowymi, takimi jak rotawirus. ELEKTRONICZNY MATERIAŁ UZUPEŁNIAJĄCY: Wersja online tego artykułu (doi:10.1007/s00705-008-0118-6) zawiera materiały uzupełniające, które są dostępne dla uprawnionych użytkowników.

ujbclp35

Strażnicy zdrowia: jakościowa ocena perspektyw, praktyk i wyzwań personelu placówek opieki nad dziećmi w zakresie zapobiegania chorobom jelitowym i zarządzania nimi w placówkach opieki nad dziećmi

TŁO: Epidemie jelit związane z ośrodkami opieki nad dziećmi (CCC) zostały dobrze udokumentowane na arenie międzynarodowej iw Kanadzie. Aktualna literatura koncentruje się na identyfikacji potencjalnych czynników ryzyka wprowadzenia i transmisji choroby jelitowej, ale nie analizuje, dlaczego te czynniki ryzyka występują, w jaki sposób personel CCC rozumie ryzyko i zarządza nim, ani jakie wyzwania napotykają w odpowiedzi na chorobę jelit. Celem tego badania było zbadanie zrozumienia, wiedzy i działań personelu CCC w odniesieniu do chorób jelitowych i wybuchów epidemii oraz zidentyfikowanie wyzwań, z jakimi stykają się pracownicy podczas zarządzania nimi. METODY: Grupy fokusowe zostały przeprowadzone z pracownikami regulowanych CCC w południowym Ontario. Zorganizowano pięć grup fokusowych z 40 uczestnikami. Zastosowano otwarty styl rozmów kwalifikacyjnych. Dane zostały przeanalizowane za pomocą analizy treści. WYNIKI: Personel CCC odgrywa ważną rolę w zapobieganiu i leczeniu chorób jelit. Personel wykorzystał dogłębną wiedzę o dzieciach, ośrodku i ich osobistych doświadczeniach, aby pomóc w podejmowaniu decyzji związanych z chorobami jelit. Decyzje i działania mogą różnić się od wskazówek udzielanych przez urzędników zdrowia publicznego, szczególnie w obliczu wyzwań związanych z czasem, pieniędzmi, personelem i rodzicami. WNIOSEK: Personel CCC opierał się na doświadczeniu i osądzie w koordynacji z informacjami dotyczącymi zdrowia publicznego, aby wspomóc podejmowanie decyzji w zakresie postępowania z chorobami jelit i wybuchami epidemii. Porady i wytyczne od urzędników ds. zdrowia publicznego dla pracowników CCC muszą być spójne, a jednocześnie elastyczne, aby można je było dostosować w różnych sytuacjach i spełniać wymogi regulacyjne i dotyczące zdrowia publicznego.

kamvao4b

Datowanie czasu rozbieżności podtypów wirusowych

Precyzyjne datowanie rozbieżności podtypów wirusa umożliwia naukowcom skorelowanie rozbieżności z występowaniem zjawisk geograficznych i demograficznych. W przypadku braku danych historycznych (tj. przytłaczającej większości), próbkowanie sekwencji wirusa w skali czasowej proporcjonalnej do tempa substytucji pozwala wnioskować o czasach rozbieżności podtypów. Obecnie badacze stosują dwie strategie, aby podejść do tego zadania, obie wymagające silnych warunków w założeniu zegara molekularnego o szybkości substytucji. Ponieważ podstawowa struktura procesu szybkości substytucji w czasie rozbieżności podtypów nie jest zrozumiała i prawdopodobnie wysoce zmienna, przedstawiamy prostą metodę, która szacuje szybkość substytucji, a stamtąd czasy rozbieżności, bez użycia zakładanego zegara molekularnego. Osiągamy to poprzez mieszanie szacunków współczynnika podstawienia trojaczków datowanych sekwencji, w których każda sekwencja pochodzi z odrębnego podtypu wirusa, zapewniając przybliżenie zerowego rzędu współczynnika między podtypami. Jako przykład obliczyliśmy czas dywergencji dla trzech genów wśród podtypów grypy A-H3N2 i B, wykorzystując podtyp C jako grupę obcą. Pokazujemy czas rozbieżności około 100 lat temu, znacznie nowszy niż poprzednie szacunki, które wahają się od 250 do 3800 lat temu.

rnvh9ut8

Odkrycie i rozwój antagonistów receptora Toll-podobnego 4 (TLR4): nowy paradygmat leczenia sepsy i innych chorób

Sepsa pozostaje najczęstszą przyczyną zgonów na oddziałach intensywnej opieki medycznej w USA, z obecnymi szacunkami na co najmniej 750 000 przypadków rocznie i 215 000 zgonów rocznie. Pomimo szeroko zakrojonych badań wciąż nie do końca rozumiemy mechanizmy komórkowe i molekularne zaangażowane w wywoływanie i propagację urazu septycznego. Endotoksyna (lipopolisacharyd z bakterii Gram-ujemnych lub LPS) została uznana za główną przyczynę tego zespołu. Wstrząs zapalny w wyniku uwolnienia LPS pozostaje poważnym problemem klinicznym. U ludzi reakcje zapalne na LPS powodują uwalnianie cytokin i innych mediatorów komórkowych z monocytów i makrofagów, co może powodować gorączkę, wstrząs, niewydolność narządów i śmierć. Zbadano wiele różnych podejść, aby spróbować leczyć i/lub zapobiegać wstrząsowi septycznemu związanemu z zakażeniami wywołanymi przez bakterie Gram-ujemne, w tym blokadą jednej lub więcej cytokin indukowanych przez LPS. Ostatnio opracowano kilka nowych związków amfipatycznych jako bezpośrednich antagonistów LPS na receptorze LPS, TLR4. Ten artykuł przeglądowy przedstawi obecną wiedzę na temat syntezy TLR4-LPS i omówi sygnalizację, przedkliniczną i in vivo ocenę kliniczną antagonistów TLR4 i ich potencjalne zastosowanie w posocznicy i różnych chorobach, takich jak miażdżyca czy wątroba. i niewydolność nerek.

ajafw966

Złożony profil cytokin od pacjentów z dengą: MIP-1beta i IFN-gamma jako czynniki predykcyjne dla nasilenia

TŁO: Patogeneza wirusa denga nie jest jeszcze w pełni poznana, a identyfikacja pacjentów z wysokim ryzykiem rozwoju ciężkich postaci choroby jest nadal dużym wyzwaniem w opiece nad pacjentami z gorączką denga. W niniejszym badaniu ocenialiśmy prospektywnie potencjał cytokin obecnych w osoczu pacjentów z dengą w stratyfikacji ciężkości choroby. METODY: Do równoczesnego wykrywania u 59 pacjentów z dengą użyto 17-cytokin multipleks fluorescencyjny fluorescencyjny test immunologiczny. Określono modele GLM wykorzystujące rodzinę bimodalną lub gaussowską w celu powiązania cytokin z objawami klinicznymi i diagnostyką laboratoryjną. WYNIKI: IL-1β, IFN-γ, IL-4, IL-6, IL-13, IL-7 i GM-CSF były istotnie podwyższone u pacjentów z ciężkimi objawami klinicznymi (ciężka denga) w porównaniu z łagodnymi postaciami choroby (łagodne denga). W przeciwieństwie do tego, u pacjentów z łagodną dengą zaobserwowano podwyższone poziomy MIP-1β. MIP-1β był również powiązany z szybkością krążenia komórek CD56+NK. IL-1β, IL-8, TNF-α i MCP-1 były związane z wyraźną małopłytkowością. Zwiększone poziomy MCP-1 i GM-CSF korelowały z niedociśnieniem. Co więcej, MIP-1β i IFN-γ były niezależnie związane zarówno z nasileniem dengi, jak i wynikiem choroby. WNIOSEK: Nasze dane wykazały, że zastosowanie platformy do oznaczania wielu cytokin było odpowiednie do identyfikacji różnych profili cytokin związanych z klinicznymi objawami dengi i jej nasileniem. MIP-β jest wskazany po raz pierwszy jako dobry marker prognostyczny w przeciwieństwie do IFN-γ, który był związany z nasileniem choroby.

5blxgsfi

Trendy czasowe w odkrywaniu ludzkich wirusów

Średnio każdego roku zgłaszane są ponad dwa nowe gatunki ludzkich wirusów. Skonstruowaliśmy kumulatywną krzywą odkrywania gatunków dla ludzkich wirusów, począwszy od 1901 roku. Do tych danych dopasowaliśmy model statystyczny; kształt krzywej silnie sugeruje, że proces wykrywania wirusów jest daleki od zakończenia. Wygenerowaliśmy 95% wiarygodny przedział dla puli jeszcze nieodkrytych gatunków wirusów 38-562. Dokonaliśmy ekstrapolacji krzywej i oszacowaliśmy, że do 2020 r. zostanie odkrytych 10–40 nowych gatunków. Chociaż nie możemy przewidzieć poziomu zagrożenia zdrowia, jakie będą przedstawiać te nowe wirusy, dochodzimy do wniosku, że nowe gatunki wirusów należy przewidzieć w planowaniu zdrowia publicznego. Należy rozważyć bardziej systematyczne programy odkrywania wirusów, obejmujące zarówno ludzi, jak i potencjalne rezerwuary ludzkich wirusów u zwierząt.

yp7zhgj9

Badanie selekcji wirusów: podejście statystycznego dopasowania

TŁO: Badania nad selekcją w genomach wirusowych komplikują dwa problemy: po pierwsze, obecność genów w nakładających się ramkach odczytu oznacza, że ​​selekcja w jednej ramce odczytu może wpływać na nasze szacunki współczynników neutralnych mutacji w innej ramce odczytu. Po drugie, wysokie wskaźniki mutacji, z jakimi możemy się spotkać, komplikują wnioskowanie o wiarygodnym dopasowaniu genomów. Aby rozwiązać te problemy, opracowaliśmy model, który wyraźnie modeluje selekcję w nakładających się ramkach odczytu. Następnie integrujemy ten model w ramy statystycznego dopasowania, co pozwala nam oszacować wybór, jednocześnie wyraźnie zajmując się niepewnością poszczególnych dopasowań. Pokazujemy, że w ten sposób uzyskujemy bezstronne parametry selekcji dla różnych interesujących regionów genomowych i możemy poprawić dokładność w porównaniu z zastosowaniem stałego dopasowania. WYNIKI: Przeprowadzamy serię badań symulacyjnych, aby ocenić, jak dobrze radzimy sobie w szacowaniu selekcji, zwłaszcza w porównaniu z zastosowaniem stałego wyrównania. Pokazujemy, że standardowa praktyka stosowania wyrównania ClustalW może prowadzić do znacznych błędów systematycznych i że dokładność estymacji znacznie wzrasta, gdy jawnie integruje się z niepewnością w wywnioskowanych wyrównaniach. Udało nam się nawet konkurować na korzyść ogólnych dystansów ewolucyjnych z wyrównaniem stworzonym przez GenAl. Następnie przeprowadzamy naszą metodę na sekwencjach HIV2 i wirusowego zapalenia wątroby typu B. WNIOSEK: Proponujemy, że marginalizowanie wszystkich dopasowań, w przeciwieństwie do stosowania ustalonego, powinno być brane pod uwagę w każdym parametrycznym wnioskowaniu z danych o rozbieżnych sekwencjach, dla których dopasowania nie są znane z pewnością. Co więcej, w przypadku HIV2 odkrywamy, że regiony podwójnego kodowania wydają się podlegać mniej rygorystycznej selekcji niż regiony kodujące pojedynczo. Dodatkowo, wydaje się, że istnieją dowody na selekcję różnicową, gdzie jedna nakładająca się ramka odczytu jest pod selekcją pozytywną, a druga pod selekcją negatywną.

4z38v9rg

Sezonowość wirusa grypy A(H3N2): perspektywa Hongkongu (1997–2006)

TŁO: Podstawowa podstawa sezonowości wirusów grypy A jest nadal niepewna. W badaniach filogenetycznych zbadano to zjawisko, ale brakowało sekwencji z bardziej subtropikalnych i tropikalnych regionów, zwłaszcza z Azji Południowo-Wschodniej. METODOLOGIA/GŁÓWNE WYNIKI: 281 kompletnych sekwencji hemaglutyniny (HA) i neuraminidazy (NA) uzyskano z wirusów grypy A(H3N2) zebranych w ciągu 10 lat (1997–2006) z Hongkongu. Te datowane sekwencje zostały przeanalizowane z sekwencjami szczepu szczepionki przeciwko grypie A(H3N2) (Syd/5/97, Mos/10/99, Fuj/411/02, Cal/7/04) i 315 innymi publicznie dostępnymi datowanymi sekwencjami z innych miejsc na całym świecie. . Ponadto, dopasowanie sekwencji NA sprawdzono pod kątem obecności jakichkolwiek naturalnie występujących, znanych mutacji aminokwasowych związanych z opornością na inhibitor neuraminidazy (NAI) (R292K i E119V). Przed 2001 r. sekwencje HA i NA z Hongkongu były bardziej zgrupowane ze starszymi sekwencjami szczepionek (Syd/5/97, Mos/10/99) niż sekwencje z innych miejsc. Po 2001 roku trend ten uległ odwróceniu, a znaczące klastry zawierające sekwencje HA i NA z różnych lokalizacji, wyizolowane w różnym czasie, sugerują, że migracja wirusa może odpowiadać za znaczną część sezonowości grypy A(H3N2) w tym 10-letnim okresie. Jednakże znaleziono co najmniej jeden przykład z Hongkongu sugerujący, że w niektórych latach wirusy grypy A(H3N2) mogą utrzymywać się w tym samym miejscu, być może nadal krążąc, subklinicznie, na niskim poziomie między sezonami, aby ponownie pojawić się w sezon grypowy w następnym roku, stosunkowo niezmieniony. Żadna z tych sekwencji NA grypy Hongkongu A(H3N2) nie zawierała żadnej ze znanych mutacji związanych z opornością NAI. WNIOSKI/ZNACZENIE: Sezonowość grypy A(H3N2) może być w dużej mierze spowodowana globalną migracją, przy czym podobne wirusy pojawiają się w różnych krajach w różnym czasie. Jednak czasami niektóre wirusy mogą pozostać w jednym miejscu i nadal krążyć w tej populacji, aby ponownie pojawić się w następnym sezonie grypowym, przy stosunkowo niewielkich zmianach genetycznych. Naturalnie występujące mutacje oporności NAI były nieobecne lub przynajmniej bardzo rzadkie w tej populacji.

7gmtp6km

Wyniki zakażenia wirusem grypy pandemicznej H5N1 i 1918 we wczesnej i nadmiernej infiltracji makrofagów i neutrofili w płucach myszy

Śmiertelna choroba układu oddechowego u ludzi związana z pandemicznym wirusem grypy 1918 i potencjalnie pandemicznym wirusem H5N1 charakteryzuje się ciężką patologią płuc, w tym obrzękiem płuc i rozległym naciekiem zapalnym. W tym miejscu określiliśmy ilościowo komórkową odpowiedź immunologiczną na infekcję płuca myszy za pomocą cytometrii przepływowej i wykazaliśmy, że myszy zakażone wysoce zjadliwymi (HP) wirusami grypy H1N1 i H5N1 wykazują znacząco wysoką liczbę makrofagów i neutrofili w płucach w porównaniu do myszy zakażonych niskim wirusy patogenne (LP). Myszy zakażone wirusem pandemicznym 1918 i niedawnym ludzkim izolatem H5N1 wykazują znaczne podobieństwa w ogólnej komórkowości płuc, składzie subpopulacji komórek odpornościowych płuc i czasowej dynamice komórkowej odporności. Co ciekawe, chociaż zaobserwowano te podobieństwa, wirus HP H5N1 konsekwentnie wywoływał znacznie wyższe poziomy cytokin prozapalnych w całych płucach i pierwotnych ludzkich makrofagach, ujawniając potencjalnie krytyczną różnicę w patogenezie zakażeń H5N1. Wyniki te razem pokazują, że zakażenie wirusami HP grypy, takimi jak H5N1 i wirus pandemiczny z 1918 r., prowadzi do szybkiej rekrutacji makrofagów i neutrofili do płuc, co sugeruje, że komórki te odgrywają rolę w ostrym zapaleniu płuc związanym z zakażeniem wirusem HP grypy. Ponadto pierwotne makrofagi i komórki dendrytyczne były również podatne na zakażenie wirusem grypy 1918 i H5N1 in vitro oraz w zakażonej tkance płucnej myszy.

es5t9kvt

Wzorce doboru pozytywnego w sześciu genomach ssaków

Skany całego genomu pod kątem dodatnio wybranych genów (PSG) u ssaków dostarczyły wglądu w dynamikę ewolucji genomu, genetyczne podstawy różnic między gatunkami oraz funkcje poszczególnych genów. Jednak poprzednie skany miały ograniczoną moc i dokładność ze względu na niewielką liczbę dostępnych genomów. Tutaj przedstawiamy najbardziej kompleksowe jak dotąd badanie PSG ssaków, przy użyciu sześciu zestawów genomów o dużym pokryciu, które są obecnie dostępne dla ssaków eutherycznych. Zwiększona głębokość filogenetyczna tego zestawu danych skutkuje znacznie lepszą mocą statystyczną i pozwala na zastosowanie kilku nowych testów specyficznych dla linii i kladu. Spośród ~16500 ludzkich genów z ortologami o wysokim stopniu ufności w co najmniej dwóch innych gatunkach, 400 genów wykazało znaczące dowody pozytywnej selekcji (FDR<0,05), zgodnie ze standardowym testem ilorazu wiarygodności. Dodatkowe 144 geny wykazały dowody pozytywnej selekcji w określonych liniach lub kladach. Podobnie jak w poprzednich badaniach, zidentyfikowane PSG zostały wzbogacone o role w obronie/odporności, percepcji chemosensorycznej i reprodukcji, ale wzbogacenia były również widoczne dla bardziej specyficznych funkcji, takich jak odporność za pośrednictwem dopełniacza i percepcja smaku. Kilka szlaków zostało silnie wzbogaconych w PSG, co sugeruje możliwą koewolucję genów wchodzących w interakcje. Nowatorska analiza bayesowska możliwych „historii selekcji” każdego genu wykazała, że ​​większość PSG wielokrotnie przełączała się między selekcją pozytywną a nieselekcję, co sugeruje, że selekcja pozytywna jest często epizodyczna. Szczegółowa analiza danych z macierzy eksonów Affymetrix wykazała, że ​​PSG ulegają ekspresji na znacznie niższych poziomach i w sposób bardziej specyficzny tkankowo niż PSG. Geny, które są specyficznie eksprymowane w śledzionie, jądrach, wątrobie i sutkach, są znacznie wzbogacone w PSG, ale nie znaleziono dowodów na wzbogacenie PSG wśród genów specyficznych dla mózgu. Badanie to dostarcza dodatkowych dowodów na szeroko rozpowszechnioną selekcję pozytywną w ewolucji ssaków oraz nowe, obejmujące cały genom, wgląd w funkcjonalne implikacje selekcji pozytywnej.

ueglfhux

Analiza matematyczna zmienności liczby kopii w próbce DNA przy użyciu cyfrowego PCR na urządzeniu nanoprzepływowym

Odmiany liczby kopii (CNV) regionów genomu ludzkiego są związane z wieloma chorobami. Przedstawiamy algorytm, który jest matematycznie poprawny i wydajny obliczeniowo, aby dokładnie analizować CNV w próbce DNA przy użyciu urządzenia nanoprzepływowego, znanego jako macierz cyfrowa. Ten algorytm numeryczny jest wykorzystywany do obliczania zmienności liczby kopii i związanego z nią statystycznego przedziału ufności i jest oparty na wynikach teorii prawdopodobieństwa i statystyki. Dostarczamy również formuły, które można stosować jako bliskie przybliżenia.

wdcmb4x5

Geosymulacja propagacji wirusa Zachodniego Nilu: wieloczynnikowe i wrażliwe na klimat narzędzie do zarządzania ryzykiem w zdrowiu publicznym

TŁO: Od 1999 r. ekspansja epidemii wirusa Zachodniego Nilu (WNV) skłoniła władze ds. zdrowia publicznego do budowy i obsługi systemów nadzoru w Ameryce Północnej. Systemy te są bardzo przydatne do gromadzenia danych, ale nie można ich używać do prognozowania prawdopodobnego rozprzestrzeniania się wirusa w nadchodzących latach. Takie prognozy, jeśli okażą się wiarygodne, umożliwią wprowadzenie środków zapobiegawczych na odpowiednim poziomie przewidywanego ryzyka i we właściwym czasie. W tym kontekście wybrano podejście Multi-Agent GeoSimulation do opracowania systemu, który symuluje interakcje populacji komarów i ptaków w przestrzeni i czasie w odniesieniu do rozprzestrzeniania się i przenoszenia WNV. Ta symulacja odbywa się w wirtualnym środowisku mapowym reprezentującym duże terytorium administracyjne (np. prowincję, stan) i przeprowadzana w różnych scenariuszach klimatycznych w celu symulacji skutków środków kontroli wektorów, takich jak larwicydy w skali 1/20 000 lub mniejszej. WYNIKI: Po postawieniu kilku hipotez opracowano model koncepcyjny i architekturę systemu w celu opisania dynamiki populacji i interakcji komarów (rodzaj Culex) i wron amerykańskich, które zostały wybrane jako główni uczestnicy symulacji. W oparciu o matematyczny model przedziału stosowany do symulacji dynamiki populacji opracowano prototyp operacyjny dla południowej części Quebecu (Kanada). System umożliwia użytkownikowi modyfikację parametrów modelu, wybór różnych scenariuszy klimatycznych i larwicydowych, wizualizację na mapie cyfrowej postępu (w trybie tygodniowym lub dziennym) infekcji w i wokół kryjówek wron oraz generowanie wykresów pokazując ewolucję populacji. Podstawowymi jednostkami wizualizacji są gminy. WNIOSEK: Z dużym prawdopodobieństwem ten system może być używany do wspierania krótkoterminowych decyzji związanych ze środkami kontroli wektorów WNV, w tym ze stosowaniem larwicydów, zgodnie ze scenariuszami klimatycznymi. Po pełnej kalibracji w kilku rzeczywistych kontekstach, to obiecujące podejście otwiera drzwi do badania i leczenia innych chorób odzwierzęcych, takich jak borelioza.

ue9azoyf

Alternatywne leki na AIDS w warunkach ubogich w zasoby: spostrzeżenia z eksploracyjnych badań antropologicznych w Azji i Afryce

Pojawienie się alternatywnych leków na AIDS w Azji i Afryce zostało omówione podczas sympozjum satelitarnego i równoległej sesji na temat alternatywnych i tradycyjnych metod leczenia na spotkaniu AIDSImpact, które odbyło się w Marsylii w lipcu 2007 r. Leki te są niejednorodne, zarówno pod względem prezentacji, jak i ich geograficzne i kulturowe pochodzenie. Sesje koncentrowały się na roli tych leków w wybranych środowiskach ubogich w zasoby w Afryce i Azji, teraz, gdy dostęp do terapii antyretrowirusowej wzrasta. Celem sesji było (1) zidentyfikowanie podmiotów zaangażowanych w rozpowszechnianie tych alternatywnych leków na HIV/AIDS, (2) zbadanie zastosowań i form oraz sposobu, w jaki te leki są legalne, (3) refleksja nad procesami leżącymi u ich podstaw. globalizacji i zróżnicowania kulturowego oraz (4) zdefiniować pytania priorytetowe dla przyszłych badań w tej dziedzinie. Niniejszy artykuł przedstawia spostrzeżenia uzyskane podczas spotkania, zilustrowane niektórymi wynikami przedstawionych studiów przypadku (Uganda, Senegal, Benin, Burkina Faso, Chiny i Indonezja). Te studia przypadków ujawniają szeroki zakres podmiotów zaangażowanych w marketing i dostarczanie leków alternatywnych. Mechanizmy regulacyjne są słabe. Oświadczenia dotyczące skuteczności leków alternatywnych często wzmacniają paradygmat biomedyczny dotyczący HIV/AIDS i pasują do ideologii zdrowego życia promowanej przez programy opieki nad AIDS i grupy wsparcia. Sesja AIDSImpact doszła do wniosku, że potrzebne są bardziej interdyscyplinarne badania nad doświadczeniami osób żyjących z HIV/AIDS z tymi alternatywnymi lekami oraz nad sposobami, w jakie te produkty oddziałują (lub nie) z terapią antyretrowirusową na poziomie farmakologicznym i psychospołecznym .

4kpkhz0o

Dynamika ewolucji i przenoszenia wirusa grypy reasortant H5N1 w Indonezji

Wirusy wysoce zjadliwej grypy ptaków (HPAI) H5N1 poważnie wpłynęły na azjatycki przemysł drobiarski od czasu ich ponownego pojawienia się w 2003 roku. Wirusy stwarzają zagrożenie wystąpienia globalnej pandemii grypy poprzez mutację punktową lub reasortację prowadzącą do szczepu, który może skutecznie przenosić się między ludźmi. W tym badaniu przedstawiamy dowody filogenetyczne na przearanżowanie międzyliniowe wśród wirusów HPAI H5N1 izolowanych od ludzi, kotów i ptaków w Indonezji oraz identyfikujemy potencjalnych genetycznych rodziców przearanżowanych segmentów genomu. Analizy skąpstwa filogeografii wirusów sugerują, że reasortanty wirusów mogły pochodzić z większej Dżakarty i okolic, a następnie rozprzestrzenić się na inne regiony prowincji Jawa Zachodnia. Ponadto zastosowano metody bayesowskie w celu wyjaśnienia dynamiki różnorodności genetycznej szczepu reasortanta i jednego z jego genetycznych rodziców, co ujawniło szybszy początkowy wzrost różnorodności genetycznej reasortantów wirusów w stosunku do ich genetycznego rodzica. Wyniki te pokazują, że międzyliniowa wymiana informacji genetycznych może odgrywać kluczową rolę w określaniu wirusowej różnorodności genetycznej w populacji ogniskowej. Ponadto nasze badanie ujawniło również istotnie silniejszą selekcję różnicującą na genach M1 i PB2 odpowiednio w liniach poprzedzających i następujących po pojawieniu się reasortantów wirusów. Omawiamy, w jaki sposób odpowiednie mutacje mogą napędzać adaptację i dalsze przekazywanie nowo powstałych wirusów reasortantów.

fpsyem7x

Komórki śródbłonka wspierają uporczywą infekcję Gammaherpeswirusem 68

Z gammaherpeswirusami związane są różne choroby ludzkie, w tym nowotwory limfocytów (np. chłoniak Burkitta) i komórki śródbłonka (np. mięsak Kaposiego). Zakażenia wirusem gammaherpes zwykle skutkują albo produktywną infekcją lityczną, charakteryzującą się ekspresją wszystkich genów wirusowych i szybką lizą komórek, albo infekcją utajoną, charakteryzującą się ograniczoną ekspresją genów wirusowych i brakiem lizy komórek. Tutaj opisujemy charakterystykę infekcji komórek śródbłonka mysim gammaherpeswirusem 68 (γHV68), wirusem spokrewnionym filogenetycznie i biologicznie podobnym do ludzkich gammaherpeswirusów. Komórki śródbłonka wspierały replikację γHV68 in vitro, ale były wyjątkowe pod tym względem, że znaczna część komórek uniknęła lizy, proliferowała i pozostawała żywotna w hodowli przez dłuższy czas. Po infekcji komórki śródbłonka stały się nieprzylegające i miały zmieniony rozmiar, złożoność i ekspresję białek na powierzchni komórki. Komórki te były jednakowo zakażone i wyrażały program transkrypcji litycznej oparty na wykrywaniu licznych transkryptów genów wirusowych, fluorescencji GFP z genomu wirusa i ekspresji wirusowego białka powierzchniowego. Dodatkowo komórki śródbłonka nadal wytwarzały nowe zakaźne wiriony, aż do 30 dni po zakażeniu. Wynik tej długotrwałej infekcji był promowany przez v-cyklinę γHV68, ponieważ przy braku v-cykliny żywotność była znacznie zmniejszona po infekcji. Co ważne, zakażone pierwotne komórki śródbłonka również wykazywały zwiększoną żywotność w stosunku do zakażonych pierwotnych fibroblastów, a ta zwiększona żywotność była zależna od v-cykliny. Wreszcie dostarczamy dowodów na infekcję komórek śródbłonka in vivo u myszy z niedoborem odporności. Wydłużona żywotność i wytwarzanie wirusa zakażonych komórek śródbłonka wskazywały, że komórki śródbłonka zapewniały źródło przedłużonej produkcji wirusa i identyfikowały specyficzną dla typu komórki adaptację replikacji gammaherpeswirusa. Podczas gdy zakażone komórki śródbłonka prawdopodobnie zostałyby usunięte u zdrowego osobnika, uporczywie zakażone komórki śródbłonka mogłyby stanowić źródło ciągłej replikacji wirusa u osobników z obniżoną odpornością, w kontekście, w którym często występuje patologia związana z gammaherpeswirusem.

kswby0it

Analiza użycia synonimicznych kodonów i ewolucji begomowirusów

Begomowirusy są jednoniciowymi wirusami DNA i powodują poważne choroby w głównych roślinach uprawnych na całym świecie. Na podstawie aktualnych analiz sekwencji genomu stwierdziliśmy, że różnice w wykorzystaniu synonimicznych kodonów w genach kodujących białka begomowirusów zależą głównie od błędu mutacji. Analiza składu zasad sugerowała, że ​​stronniczość wykorzystania kodonów genów AV1 i BV1 jest znacząca, a ich ekspresja jest wysoka. Czternaście kodonów określono jako optymalne translacyjne na podstawie porównania wzorców wykorzystania kodonów między genami o wysokiej i niskiej ekspresji. Co ciekawe, zastosowania kodonów między begomowirusami ze Starego i Nowego Świata są najwyraźniej różne, co potwierdza tezę, że dwudzielne begomowirusy Nowego Świata mogą pochodzić od dwudzielnych begomowirusów Starego Świata, podczas gdy te ostatnie ewoluują z jednoczęściowych begomowirusów Starego Świata.

dg3pfydf

Modele zwierzęce ostrego uszkodzenia płuc

Ostre uszkodzenie płuc u ludzi charakteryzuje się histopatologicznie neutrofilowym zapaleniem pęcherzyków płucnych, uszkodzeniem nabłonka i śródbłonka pęcherzyków płucnych, tworzeniem się błony szklistej i skrzeplin mikronaczyniowych. Do zbadania mechanizmów uszkodzenia płuc wykorzystano różne modele zwierzęce eksperymentalnego uszkodzenia płuc. Większość z nich opiera się na odtwarzaniu u zwierząt znanych czynników ryzyka ARDS, takich jak posocznica, zator lipidowy wtórny do złamania kości, aspiracja kwasu, niedokrwienie-reperfuzja płucnego lub dystalnego łożyska naczyniowego oraz inne zagrożenia kliniczne. Jednak żaden z tych modeli nie odwzorowuje w pełni cech uszkodzenia płuc człowieka. Celem tego przeglądu jest podsumowanie mocnych i słabych stron istniejących modeli uszkodzenia płuc. Dokonujemy przeglądu specyficznych cech ludzkiego ARDS, które powinny być modelowane w eksperymentalnym uszkodzeniu płuc, a następnie omawiamy specyficzne cechy gatunków zwierząt, które mogą wpływać na odpowiedź płucną gospodarza na szkodliwe bodźce. Kładziemy nacisk na te modele uszkodzenia płuc, które opierają się na odtwarzaniu czynników ryzyka ludzkiego ARDS u zwierząt i omawiamy zalety i wady każdego modelu oraz stopień, w jakim każdy model odtwarza ludzki ARDS. Niniejszy przegląd pomoże badaczom w projektowaniu i interpretacji badań ostrego uszkodzenia płuc na zwierzętach.

r3c1b8bn

Dopłucne podanie rekombinowanego aktywowanego czynnika VII w rozlanym krwotoku pęcherzykowym: opis dwóch przypadków

Wstęp: Rozlany krwotok pęcherzykowy (DAH) jest poważnym powikłaniem płucnym charakteryzującym się wysoką śmiertelnością i brakiem specyficznego leczenia. Heslet i wsp. opublikowali niedawno dopłucne podanie aktywowanego rekombinowanego czynnika VII (rFVIIa) w DAH u sześciu pacjentów ze skutecznym efektem hemostatycznym. Opisujemy dwa przypadki DAH leczone dopłucnym rFVIIa. METODY: Dwa przypadki DAH zostały przyjęte na OIT po wystąpieniu nagłej desaturacji, przyspieszonego oddechu, kaszlu i krwioplucia, wymagających intubacji dotchawiczej i wentylacji mechanicznej. Rozpoznanie postawiono na podstawie krwawego nawrotu podczas płukania oskrzelowo-pęcherzykowego, podczas zabiegu przez bronchoskop podawano rFVIIa (50 μg/kg w 50 ml izotonicznej soli fizjologicznej). WYNIKI: Obserwowano natychmiastowe ustąpienie krwawienia. Przed dopłucnym podaniem rFVIIa, FiO(2) wynosił 1, który został obniżony do 0,4 24 godziny później. Po zabiegu efekt hemostatyczny sprawił, że transfuzja krwi stała się zbędna. Nie zaobserwowano powikłań zakrzepowych związanych z podaniem leku. Po interwencji oba przypadki postępowały szybko i zostały wypisane z OIT bez dalszych epizodów krwawienia. WNIOSEK: 1. Wykazano, że miejscowe wewnątrzoskrzelowe odkładanie DAH z rFVIIa jest skuteczne w kontrolowaniu zagrażającego życiu DAH. 2. W opisanym powyżej przypadku nie zaobserwowano powikłań zakrzepowych po dopłucnym podaniu rFVIIa.

zt6i3o86

Aktywacja odpowiedzi rozwiniętego białka jest wymagana do obrony przed bakteryjną toksyną tworzącą pory in vivo

Toksyny tworzące pory (PFT) stanowią największą pojedynczą klasę białkowych czynników wirulencji bakterii i są wytwarzane przez wiele najważniejszych patogenów bakteryjnych. Odpowiedzi gospodarza na te toksyny są złożone i słabo poznane. Odkryliśmy, że odpowiedź na niesfałdowane białko retikulum endoplazmatycznego (UPR) jest aktywowana po ekspozycji na PFT zarówno w Caenorhabditis elegans, jak iw komórkach ssaków. Aktywacja UPR chroni in vivo przed PFT, ponieważ zwierzęta pozbawione ramion ire-1-xbp-1 lub atf-6 w UPR są bardziej wrażliwe na PFT niż zwierzęta typu dzikiego. UPR działa bezpośrednio w komórkach docelowych PFT. Utrata UPR prowadzi do prawidłowej odpowiedzi na niepowiązane toksyny lub bakterie chorobotwórcze, co wskazuje na specyficzną rolę chroniącą przed PFT. Wykazano wcześniej, że szlak kinazy białkowej aktywowanej mitogenem p38 (MAPK) jest ważny dla obrony komórkowej przed PFT. Stwierdzamy tutaj, że UPR jest jednym z kluczowych dalszych celów szlaku p38 MAPK w odpowiedzi na PFT, ponieważ utrata funkcjonalnego szlaku p38 MAPK prowadzi do niepowodzenia PFT w prawidłowej aktywacji ramienia ire-1-xbp-1 UPR. Aktywacja za pośrednictwem UPR i odpowiedź na PFT różni się od kanonicznej, za pośrednictwem UPR, odpowiedzi na niezfałdowane białka zarówno pod względem aktywacji, jak i wrażliwości funkcjonalnej. Dane te pokazują, że UPR, podstawowy szlak wewnątrzkomórkowy, może działać w wewnętrznej obronie komórkowej przed atakiem bakterii.

104sqoxz

Skład i funkcja tkanek hemolimfatycznych u ryjówki aksamitnej

TŁO: Badania dzikich zwierząt reagujących na ich rodzime pasożyty są niezbędne, jeśli chcemy zrozumieć, jak układ odpornościowy funkcjonuje w środowisku naturalnym. Chociaż obrona immunologiczna może zwiększyć przeżywalność, może to kosztować inne cechy fizjologiczne, w tym reprodukcję, kosztem zasobów. Tutaj przetestowaliśmy hipotezę, że dzikie ryjówki aksamitne (Sorex araneus), które wydają dużą liczbę potomstwa podczas jednego sezonu lęgowego ich krótkiego życia, rezygnują z inwestycji w odporność i utrzymanie układu odpornościowego, ponieważ zwiększona długowieczność raczej nie przyniesie dalszych możliwości do krycia. W szczególności przewidzieliśmy, że dorosłe ryjówki, o krótszej oczekiwanej długości życia, nie zareagują tak skutecznie jak młode zwierzęta na infekcję. METODOLOGIA/GŁÓWNE WYNIKI: Zbadaliśmy tkanki hemolimfatyczne dziko odłowionych ryjówek aksamitnych za pomocą mikroskopii świetlnej i transmisyjnej elektronowej, stosowanej w połączeniu z immunohistologią. Porównaliśmy skład i funkcję tych tkanek u ryjówek w różnym wieku oraz zakres i rodzaj reakcji zapalnych obserwowanych w odpowiedzi na naturalne infekcje pasożytnicze. Wszystkie grupy wiekowe wydawały się zdolne do narastania ogólnoustrojowej, swoistej odpowiedzi immunologicznej, ale dorosłe ryjówki wykazywały pewne oznaki wyczerpania tkanki limfatycznej: pęcherzyki limfatyczne u dorosłych (n = 21) były mniejsze niż u osobników niedorosłych (n = 18; Wald = 11,1, p<0,05) i wykazywał wyższy poziom zubożenia (Wald = 13,3, p<0,05). WNIOSKI / ZNACZENIE: Wbrew naszym oczekiwaniom ryjówki skutecznie reagują na swoje naturalne pasożyty, a w wieku dorosłym wykazują niewielkie oznaki immunostarzenia. Trzustka Aselli, unikalny narząd limfatyczny, może pomóc w zapewnieniu skutecznych odpowiedzi immunologicznych poprzez przechowywanie dużej liczby komórek plazmatycznych. Może to umożliwić starszym zwierzętom skuteczną reakcję na wcześniej napotkane pasożyty, ale infekcja nowymi czynnikami i ewentualne wyczerpanie rezerw komórek plazmatycznych mogą nadal być czynnikami prawie synchronicznej śmiertelności dorosłych ryjówek obserwowanej wkrótce po rozmnożeniu.

h8upyzb1

Zapobieganie ucieczce cytotoksycznych komórek T za pomocą heteroklitycznego subdominującego wirusowego determinanty komórek T

Specyficzne wobec antygenu komórki T o wysokim powinowactwie odgrywają kluczową rolę podczas ochronnych odpowiedzi immunologicznych. Wzmocnienie epitopów może wywoływać silniejsze odpowiedzi komórek T, a następnie może prowadzić do silniejszej puli pamięci; jednak podstawa molekularna takiego wzmocnienia jest niejasna. Użyliśmy konsensusowego motywu wiążącego peptyd dla cząsteczki głównego układu zgodności tkankowej H-2K(b) do zaprojektowania heteroklitycznej wersji subdominującej determinanty S598 specyficznej dla mysiego wirusa zapalenia wątroby. Wykazujemy, że pojedyncze podstawienie aminokwasu w drugorzędowej reszcie kotwiczącej (Q na Y w pozycji 3) zwiększyło stabilność skonstruowanej determinanty w kompleksie z H-2K(b). Strukturalna podstawa tej zwiększonej stabilności była związana z lokalnymi zmianami w konformacji pMHC w wyniku podstawienia Q na Y. Rekombinowane wirusy kodujące tę zmodyfikowaną determinantę wywołały odpowiedzi CTL, które również reagowały na epitop typu dzikiego ze znacznie wyższą awidnością funkcjonalną i chroniły przed selekcją wirusa zmutowanego w drugiej determinantze CTL i w konsekwencji postępem choroby u trwale zakażonych myszy. Podsumowując, nasze odkrycia dostarczają podstawy dla zwiększonej immunogenności zmodyfikowanej determinanty, która posłuży jako szablon do kierowania rozwojem heteroklitycznych determinant komórek T z zastosowaniami w zapobieganiu ucieczce CTL w przewlekłych infekcjach wirusowych, a także w odporności na nowotwory.

3dgjv0x1

Komórki T swoiste dla HIV akumulują się w wątrobie podczas współzakażenia HCV/HIV

TŁO I CELE: Choroba wątroby związana z wirusem zapalenia wątroby typu C (HCV) postępuje szybciej u osób współzakażonych ludzkim wirusem niedoboru odporności 1 (HIV), chociaż podstawowe mechanizmy immunologiczne nie są znane. Zbadaliśmy, czy komórki T specyficzne dla HIV są identyfikowane w wątrobie osób współzakażonych HCV/HIV i promują zapalenie wątroby poprzez reakcje immunologiczne. METODY: Limfocyty wewnątrzwątrobowe ex-vivo od osób zakażonych HCV mono i współzakażonych HCV/HIV oceniano pod kątem odpowiedzi immunologicznej na antygeny HIV i HCV za pomocą polichromatycznej cytometrii przepływowej. WYNIKI: Biopsje wątroby HCV/HIV miały podobną częstość limfocytów, ale niższy odsetek limfocytów T CD4(+) w porównaniu z biopsjami HCV. We współzakażeniu wykryto wewnątrzwątrobowe limfocyty T CD8(+) i CD4(+) CD8(+) i CD4(+) wewnątrzwątrobowe wytwarzające IFN-γ i TNF-α, a ich częstość występowania była porównywalna do tych, które były specyficzne dla HCV. U osób współzakażonych limfocyty T CD8(+) swoiste dla wirusa wytwarzały więcej cytokiny fibrogennej, TNF-α. Zarówno u osób zakażonych jedno-, jak i współzakażonych wewnątrzwątrobowe limfocyty T swoiste dla HCV były słabo funkcjonalne w porównaniu z limfocytami T swoistymi dla HIV. We współzakażeniu HAART nie wiązał się z rekonstytucją wewnątrzwątrobowych limfocytów T CD4(+) i był związany z redukcją wewnątrzwątrobowych odpowiedzi cytokin swoistych zarówno dla HIV, jak i HCV. WNIOSEK: Nagromadzenie funkcjonalnych komórek T swoistych dla wirusa HIV w wątrobie podczas koinfekcji HCV/HIV może stanowić przypadkową rolę wirusa HIV w wywoływaniu szybszego postępu choroby wątroby.

etjqaovc

Niewydolność wielonarządowa spowodowana zespołem hemofagocytarnym: opis przypadku

WPROWADZENIE: Zespół hemofagocytarny (HFS) jest potencjalnie śmiertelnym zaburzeniem spowodowanym niekontrolowaną odpowiedzią immunologiczną na czynnik wyzwalający. Naszym celem jest podniesienie znaczenia wczesnej diagnozy HFS poprzez przedstawienie reprezentatywnego przypadku. OPIS PRZYPADKU: U szesnastoletniej dziewczynki z rozpoznaniem choroby Stilla rozwinęła się postępująca niewydolność wielonarządowa obejmująca ostrą niewydolność oddechową (ARDS), niedokrwistość i trombopenię, podwyższoną aktywność enzymów wątrobowych, niewydolność nerek, koagulopatię z hipofibrynogenemią i podwyższenie poziomu odczynów ostrej fazy pomimo szerokiego antybiotyki o spektrum. Wykonano biopsję punkcji szpiku kostnego i stwierdzono hemofagocytozę. Przedłużająca się gorączka, powiększenie śledziony, bicytopenia, hipofibrynogenemia, hiperferrytynemia i hipertriglicerydemia potwierdziły rozpoznanie HFS. Otrzymała terapię wspomagającą intensywnej terapii, w tym wentylację mechaniczną i terapię swoistą zgodnie z protokołem HLH 2004, z bardzo dobrą odpowiedzią. WNIOSEK: Nasz przypadek pokazuje złożoność diagnozy HFS z powodu objawów podobnych do wstrząsu septycznego. Wczesna diagnoza jest niezbędna do rozpoczęcia odpowiedniego leczenia i uzyskania lepszych wyników.

prsvv6l9

Badanie zmian liczby kopii za pomocą platformy nanoprzepływowej

Zmienność liczby kopii (CNVs) w ludzkim genomie jest konwencjonalnie wykrywana przy użyciu wysokoprzepustowych technologii skanowania, takich jak porównawcza hybrydyzacja genomu i mikromacierze polimorfizmu pojedynczego nukleotydu o wysokiej gęstości (SNP) lub stosunkowo niskoprzepustowe techniki, takie jak ilościowa reakcja łańcuchowa polimerazy (PCR). Wszystkie te podejścia mają ograniczoną rozdzielczość i mogą co najwyżej rozróżnić dwukrotną (lub 50%) różnicę w liczbie kopii. Opracowaliśmy nową technologię do badania liczby kopii za pomocą platformy znanej jako macierz cyfrowa, nanoprzepływowego biochipu zdolnego do dokładnej ilościowej oceny genów będących przedmiotem zainteresowania w próbkach DNA. Oceniliśmy wydajność cyfrowej macierzy za pomocą systemu modelowego, aby pokazać, że ta technologia jest niezwykle czuła, zdolna do różnicowania zaledwie 15% różnicy w liczbie kopii genu (lub między 6 a 7 kopiami genu docelowego). Przeanalizowaliśmy również komercyjne próbki DNA pod kątem liczby kopii CYP2D6 i potwierdziliśmy, że nasze wyniki były zgodne z wynikami uzyskanymi niezależnie przy użyciu konwencjonalnych technik. W eksperymencie przesiewowym z rakiem piersi i normalnymi próbkami DNA stwierdzono, że gen ERBB2 jest amplifikowany w około 35% próbek raka piersi. Zastosowanie matrycy cyfrowej umożliwia dokładny pomiar liczby kopii genów i ma duże znaczenie w badaniach CNV.

seass3p0

Analiza zdolności szpitalnych w zakresie gotowości na wypadek sytuacji zagrożenia zdrowia publicznego w czterech regionach Chin: Pekin, Shandong, Guangxi i Hainan

TŁO: Gotowość szpitala ma kluczowe znaczenie dla wczesnego wykrywania i zarządzania sytuacjami zagrożenia zdrowia publicznego (PHE). Zrozumienie aktualnego stanu gotowości PHE jest pierwszym krokiem w planowaniu zwiększenia zdolności szpitali do reagowania w sytuacjach kryzysowych. Celem tego badania jest zrozumienie aktualnego stanu gotowości szpitalnych PHE w Chinach. METODY: Czterysta szpitali w czterech miastach i prowincjach Chin zostało przebadanych za pomocą standardowego kwestionariusza. Dane dotyczące szpitalnych danych demograficznych; przygotowanie PHE; reakcja na PHE w społeczności; zapasy leków i materiałów; wykrywanie i identyfikacja PHE; procedury leczenia; diagnostyka laboratoryjna i zarządzanie; trening personelu; oraz informacje o ryzyku zostały zebrane i przeanalizowane. WYNIKI: Prawidłowe odpowiedzi otrzymano od 318 (79,5%) z 400 ankietowanych szpitali. Spośród ważnych odpowiedzi 264 (85,2%) szpitali posiadało plany awaryjne; 93,3% posiadało centra dowodzenia i personel PHE; 22,9% uwzględniło w szkoleniach dla PHE organizacje społeczne; 97,4% mogło przetransportować potrzebny personel medyczny do PHE; 53,1% oceniło zapasy leków; 61,5% oceniło swoje systemy zaopatrzenia; 55,5% opracowało systemy nadzoru; a 74,6% mogło monitorować nieprawidłowość (patrz w załączniku). Lekarze w 80,2% analizowanych szpitali poinformowali o aktualnej znajomości protokołu PHE swojej placówki. Spośród 318 respondentów 97,4% przestrzegało ścisłych przepisów laboratoryjnych, jednak tylko około 33,5% miało protokoły dla podejrzanych próbek. Co więcej, tylko 59,0% potrafiło wyizolować i zidentyfikować salmonellę i gronkowce, a mniej niż 5% potrafiło wyizolować i zidentyfikować ludzką ptasią grypę H5N1 i SARS. Programy szkoleń lub ćwiczeń dla pracowników odnotowano w 94,5% instytucji; 50,3% oceniało okresowo skuteczność szkolenia personelu; 45% posiadało ekspertów do udzielania porad psychologicznych; 12,1% przeszkoliło personel medyczny w zakresie oceny stresu związanego z PHE. Wszystkie powyższe zdolności związane są z charakterystyką demograficzną szpitali i zostaną szczegółowo omówione w niniejszym artykule. WNIOSEK: Nasze badanie sugerowało, że w czasie badania przygotowanie szpitali do PHE w Chinach było na wczesnym etapie rozwoju. Należy podjąć kompleksowe środki w celu zwiększenia możliwości szpitala w zakresie zapobiegania i leczenia PHE.

p56v8wi1

Molekularne dowody na ewolucję ichnowirusów z askowirusów przez symbiogenezę

Tło: Samice endopasożytniczych os osowatych wstrzykują cząstki wirusopodobne do swoich gąsienic, aby osłabić odporność. Cząsteczki te są klasyfikowane jako wiriony ichnowirusów i przypominają wiriony askowirusa, które są również przenoszone przez pasożytnicze osy i atakują gąsienice. Askowirusy replikują DNA i wytwarzają wiriony. DNA polidnawirusa składa się z DNA osy replikowanego przez osę z jej genomu, który również kieruje syntezą cząstek. Podobieństwa strukturalne między cząsteczkami askowirusa i ichnowirusa oraz biologia ich przenoszenia sugerują, że ichnowirusy wyewoluowały z askowirusów, chociaż brakuje dowodów molekularnych potwierdzających tę hipotezę. WYNIKI: Tutaj pokazujemy, że rodzina unikalnych białek NTPazy pox-D5 w ichnowirusie Glypta fumiferanae jest spokrewniona z trzema białkami askowirusa Diadromus pulchellus kodowanymi przez ORF 90, 91 i 93. Nowa technika dopasowania pokazuje również, że dwa białka z pokrewnego ichnowirusa są ortologami innych białek wirionu askowirusa. WNIOSEK: Nasze wyniki dostarczają dowodów molekularnych potwierdzających pochodzenie ichnowirusów z askowirusów poprzez boczne przeniesienie genów askowirusowych do genomów osy ichneumonidów, być może pierwszego przykładu symbiogenezy między dużymi wirusami DNA a organizmami eukariotycznymi. Omawiamy również ograniczenia tego dowodu poprzez badania uzupełniające, które wykazały, że bierny boczny transfer genów wirusowych między genomami polidnawirusowymi, bakteryjnymi i osami mógł zachodzić wielokrotnie w wyniku ścisłego sprzężenia zarówno rekombinacji, jak i replikacji genomów wirusowych podczas ewolucji. Wpływ pasywnych transferów bocznych na relacje ewolucyjne między polidnawirusami a wirusami o dużych dwuniciowych genomach rozważany jest w kontekście teorii symbiogenezy.

pr9i9swk

Podawanie donosowe szczepionki na bazie adenowirusa omija istniejącą wcześniej odporność na nosiciela szczepionki i poprawia odpowiedź immunologiczną u myszy

Istniejąca wcześniej odporność na ludzki adenowirus serotyp 5 (Ad5) jest powszechna w populacji ogólnej. Ominięcie istniejącej wcześniej odporności może zmaksymalizować skuteczność szczepionki Ad5. Szczepienie drogą domięśniową (I.M.), donosową (IN) lub doustną (PO) z ekspresją Ad5 glikoproteiną Ebola Zaire (Ad5-ZGP) w pełni chroniło naiwne myszy przed śmiertelną prowokacją Ebolą. W obecności wcześniej istniejącej odporności, tylko myszy szczepione I.N. przeżył. Częstość występowania limfocytów T IFN-γ+ CD8+ zmniejszyła się o 80% i 15% u zwierząt zaszczepionych domięśniowo i P.O. tras odpowiednio. Przeciwciała neutralizujące nie mogły być wykryte w surowicy z żadnej grupy leczenia. Istniejąca wcześniej odporność nie wpływała negatywnie na częstość występowania limfocytów T IFN-γ+ CD8+ (3,9±1% naiwnych vs. 3,6±1% wcześniej istniejącej odporności, PEI) ani przeciwciał neutralizujących Ebola (NAB, 40±10 wzajemne rozcieńczenie , obie grupy). Liczba komórek INF-γ+ CD8+ wykrytych w płynie z płukania oskrzelowo-pęcherzykowego (BAL) po I.N. immunizacja nie była zagrożona przez istniejącą wcześniej odporność na Ad5 (146±14, naiwne vs. 120±16 SFC/milion MNC, PEI). Jednak istniejąca wcześniej odporność obniżyła poziomy NAB w BAL o około 25% w tej grupie. Aby poprawić odpowiedź immunologiczną po szczepieniu doustnym, szczepionkę opartą na Ad5 poddano PEGylowaniu. Myszy, którym podano zmodyfikowaną szczepionkę, nie przeżyły prowokacji i miały obniżone poziomy komórek T IFN-γ+ CD8+ 10 dni po podaniu (0,3±0,3% PEG w porównaniu z 1,7±0,5% niezmodyfikowanych). PEGylacja dwukrotnie zwiększyła poziomy NAB. Wyniki te dostarczają pewnego wglądu w stopień odporności pośredniczonej przez komórki T i B niezbędne do ochrony przed wirusem Ebola i sugerują, że modyfikacja kapsydu wirusa może wpływać na typ odpowiedzi immunologicznej wywoływanej przez szczepionkę opartą na Ad5.

e0ou9zjb

Badanie przesiewowe pacjentów z zapaleniem płuc na obecność Mimivirus

Acanthamoeba polyphaga mimivirus (APM), wirus wolno żyjących ameb, powodował podobno chorobę układu oddechowego u ludzi. Używając 2 nowo opracowanych testów PCR w czasie rzeczywistym, przebadaliśmy 496 próbek z dróg oddechowych z 9 populacji pacjentów z zapaleniem płuc pod kątem APM. Wirus ten nie został wykryty w żadnej próbce, co sugeruje, że nie jest powszechnym patogenem układu oddechowego.

sswimukk

Przydział zasobów podczas pandemii grypy

Przydział zasobów podczas pandemii grypy

g9f6bdlp

Zakażenie poliomawirusem WU u dzieci, Niemcy

gcjgfasj

Czynniki wpływające na stres psychiczny podczas epidemii choroby: dane z pierwszego ogniska grypy koni w Australii

TŁO: W 2007 r. Australia doświadczyła pierwszego wybuchu wysoce zakaźnej grypy koni. Wprowadzono rządowe środki kontroli chorób w celu kontrolowania, ograniczania i eliminowania choroby; środki te obejmowały ograniczenia ruchu i kwarantannę nieruchomości. Badanie to przeprowadzono w celu oceny psychospołecznych skutków tej choroby, a niniejszy artykuł opisuje występowanie i czynniki wpływające na stres psychiczny podczas tej epidemii. METODY: Dane zostały zebrane za pomocą ankiety internetowej, z linkiem skierowanym do dotkniętej populacji za pośrednictwem wielu grup branżowych. Głównym wynikiem pomiaru był stres psychiczny, określony przez Kessler 10 Psychological Distress Scale. WYNIKI: Łącznie w badaniu wzięło udział 2760 osób. Respondenci w tym badaniu zgłaszali niezwykle wysoki poziom niespecyficznego stresu psychicznego, przy czym 34% zgłaszało wysoki poziom stresu psychicznego (K10 > 22), w porównaniu z poziomami około 12% w ogólnej populacji Australii. Analiza, przy użyciu analizy regresji logistycznej wstecznie krokowej, binarnej, wykazała, że ​​osoby żyjące w strefach wysokiego ryzyka infekcji (czerwone) (OR = 2,00; 95% CI: 1,57–2,55; p < 0,001) i strefach buforowych dla choroby (bursztynowe) (OR = 1,83 95% CI: 1,36–2,46; p < 0,001) byli znacznie bardziej narażeni na wysoki poziom stresu psychicznego niż osoby żyjące w niezainfekowanych (białych strefach). Chociaż rozpowszechnienie wysokiego stresu psychicznego było większe w zakażonych strefach EI i stanach, podwyższony poziom stresu psychicznego był doświadczany u właścicieli koni w całym kraju. Analiza statystyczna wykazała, że ​​niektóre grupy były bardziej podatne na wysoki stres psychiczny; zwłaszcza osoby młodsze oraz osoby o niższym poziomie formalnych kwalifikacji edukacyjnych. Respondenci, których głównym źródłem dochodów był przemysł związany z końmi, ponad dwukrotnie częściej mieli wysoki poziom stresu psychicznego niż ci, których główne źródło dochodów nie było związane z przemysłem związanym z końmi (OR = 2,23; 95% CI: 1,82–2,73 ; p < 0,001). WNIOSEK: Chociaż metodologicznie badanie to miało dobrą trafność wewnętrzną, ma ograniczoną możliwość uogólnienia, ponieważ nie było możliwe dokładne zidentyfikowanie, powiązanie ani próbkowanie populacji docelowej. Jednak to badanie jest pierwszym, w którym zebrano dane dotyczące cierpienia psychicznego od dotkniętej populacji podczas wybuchu takiej choroby i może dostarczyć informacji osobom zaangażowanym w ocenę potencjalnych psychologicznych skutków ludzkich chorób zakaźnych, takich jak pandemia grypy.

amvlm09p

Wirus grypy A hamuje sygnalizację IFN typu I poprzez indukcję ekspresji SOCS-3 zależną od NF-κB

Układ interferonu typu I (IFN) stanowi pierwszą linię obrony przed infekcjami wirusowymi. Wirusy wypracowały różne mechanizmy przeciwdziałania tej reakcji. Dotychczas aktywność antagonistyczną interferonu wirusów grypy A obserwowano głównie na poziomie indukcji genu IFNβ poprzez działanie wirusowego niestrukturalnego białka 1 (NS1). Przedstawiamy tutaj dane wskazujące, że wirusy grypy A nie tylko hamują indukcję genu IFNβ, ale także hamują sygnalizację IFN typu I poprzez mechanizm polegający na indukcji supresji białka sygnalizacyjnego cytokiny-3 (SOCS-3). Nasze badanie opierało się na obserwacji, że w komórkach zakażonych wirusem grypy A, a następnie stymulowanych IFNα/β, fosforylacja przetwornika sygnału i aktywatora białka transkrypcyjnego 1 (STAT1) była silnie obniżona. Ta zaburzona aktywacja STAT1 nie była spowodowana działaniem białek wirusowych, ale raczej wydawała się być indukowana przez akumulację wirusowego 5' trifosforanowego RNA w komórce. Białka SOCS są silnymi endogennymi inhibitorami sygnalizacji kinazy Janus (JAK)/STAT. Bliższe badanie ujawniło, że poziomy mRNA SOCS-3, ale nie SOCS-1, wzrastają w sposób zależny od RNA i czynnika jądrowego kappa B (NF-κB), ale niezależny od IFN typu I na wczesnym etapie cyklu replikacji wirusa. Ta bezpośrednia indukcja wirusowa mRNA i ekspresji białka SOCS-3 wydaje się być istotna dla tłumienia odpowiedzi przeciwwirusowej, ponieważ w komórkach z niedoborem SOCS-3 trwała fosforylacja STAT1 korelowała z podwyższoną ekspresją genów zależnych od IFN typu I. W konsekwencji miana wirusa potomnego były obniżone w komórkach z niedoborem SOCS-3 lub w komórkach, w których ekspresja SOCS-3 została osłabiona przez siRNA. Dane te dostarczają pierwszego dowodu, że wirusy grypy A hamują sygnalizację IFN typu I na poziomie aktywacji JAK/STAT. Efekt hamujący jest przynajmniej częściowo spowodowany indukcją ekspresji genu SOCS-3, co skutkuje upośledzoną odpowiedzią przeciwwirusową.

g370ygbu

Bioobrona a bioterroryzm

Genomika była niezbędna do zidentyfikowania źródła śmiertelnego szczepu wąglika uwolnionego po atakach terrorystycznych z 11 września w USA. Te same badania, które są potrzebne do zwalczania ataków bioterrorystycznych o niskim prawdopodobieństwie, są potrzebne do zwalczania naturalnych czynników zakaźnych o wysokim prawdopodobieństwie.

hx77tpbt

Kluczowa rola komórek szpikowych śledziony w odpowiedzi IFN-αβ na adenowirusy in vivo

Wczesna ogólnoustrojowa produkcja interferonu (IFN)-αβ jest zasadniczym składnikiem przeciwwirusowych mechanizmów obronnych gospodarza, ale uważa się również, że przyczynia się do toksycznych skutków ubocznych towarzyszących terapii genowej wektorami adenowirusowymi. Tutaj zbadaliśmy odpowiedź IFN-αβ na ludzkie adenowirusy (Ads) u myszy. Porównując odpowiedzi normalnych myszy pozbawionych komórek szpiku (m)DC i plazmocytoidu (p)DC oraz mierząc ekspresję mRNA IFN-αβ w różnych narządach i typach komórek, wykazaliśmy, że in vivo reklamy wywołują silny i szybki IFN- Produkcja αβ, prawie wyłącznie w mDC śledziony. Wykorzystując myszy knockout, różne szczepy Ad (dzikiego typu, zmutowane i inaktywowane UV) oraz inhibitory kinazy MAP, wykazaliśmy, że indukowana przez Ad odpowiedź IFN-αβ nie wymaga receptorów Toll-podobnych (TLR), znanych czujników cytozolowych RNA (RIG-I/MDA-5) i DNA (DAI) oraz czynnik regulujący interferon (IRF)-3, ale jest zależne od wirusowej ucieczki endosomalnej, sygnalizacji przez kinazę MAP SAPK/JNK i IRF-7. Ponadto pokazujemy, że Ads indukuje IFN-αβ i IL-6 in vivo różnymi szlakami i potwierdzamy, że IFN-αβ pozytywnie reguluje odpowiedź IL-6. Wreszcie, mierząc odpowiedzi TNF-α na LPS u myszy typu dzikiego zakażonych Ad i myszy IFN-αβR(-/-), pokazujemy, że IFN-αβ jest kluczowym mediatorem nadwrażliwości na LPS indukowanej Ad. Odkrycia te wskazują, że podobnie jak endosomalna sygnalizacja TLR w pDC, niezależne od TLR rozpoznawanie wirusa w mDC śledziony może również wywoływać silną wczesną odpowiedź IFN-αβ, która jest odpowiedzialna za większość wytwarzania IFN-αβ indukowanego przez adenowirusa in vivo. Wymagania sygnalizacyjne różnią się od znanych mechanizmów indukcji IFN-αβ zależnych od TLR lub cytozolowych i sugerują nowy cytozolowy szlak indukcji wirusa. Nadwrażliwość na składniki flory bakteryjnej i inwazyjne patogeny może częściowo wyjaśniać toksyczne skutki uboczne terapii genowej adenowirusami i przyczyniać się do patogenezy choroby adenowirusowej.

oz823tw4

Zespół wstrząsu krwotocznego i encefalopatii – markery wczesnej diagnozy HSES

Wstęp: Zespół wstrząsu krwotocznego i encefalopatii (HSES) to wyniszczająca choroba dotykająca małe dzieci. Wyniki pacjentów z HSES często są śmiertelne lub wykazują ciężkie następstwa neurologiczne. Dokonaliśmy przeglądu markerów do wczesnej diagnozy HSES. METODY: Przebadaliśmy wyniki kliniczne, biologiczne i radiologiczne 8 pacjentów (w wieku od 4 miesięcy do 9 lat), którzy spełniali kryteria HSES. Wyniki: Chociaż obrzęk mózgu, rozsianą koagulopatię wewnątrznaczyniową (DIC) i niewydolność wielonarządową obserwowano we wszystkich 8 przypadkach w trakcie ich przebiegu klinicznego, tomografia komputerowa mózgu (TK) wykazała prawidłowy lub tylko niewielki obrzęk u 5 pacjentów przy przyjęciu. Wszystkich 8 pacjentów miało prawidłową liczbę płytek krwi i żaden nie był we wstrząsie. Jednak wszyscy mieli ciężką kwasicę metaboliczną, która utrzymywała się nawet po 3 godzinach (mediana nadmiaru zasad (BE), -7,6 mmol/l). A 6 godzin po przyjęciu (BE, -5,7 mmol/L) wymagali wentylacji mechanicznej. W ciągu 12 godzin po przyjęciu konieczna była resuscytacja płynowa i wlew wazopresyjny w celu obniżenia ciśnienia tętniczego. Siedmiu pacjentów miało podwyższony poziom enzymów wątrobowych i kinazy kreatynowej (CK) przy przyjęciu. Dwadzieścia cztery godziny po przyjęciu wszystkich 8 pacjentów wymagało wlewu środka wazopresyjnego w celu utrzymania ciśnienia krwi. WNIOSEK: Tomografia komputerowa, liczba płytek krwi, stężenie hemoglobiny i czynność nerek przy przyjęciu nie są przydatne do wczesnego rozpoznania HSES. Jednak podwyższona aktywność enzymów wątrobowych i CK przy przyjęciu, hipotensja we wczesnym stadium po przyjęciu z opornymi zaburzeniami kwasowo-zasadowymi na resuscytację płynową i wlew wazopresyjny są użytecznymi markerami we wczesnej diagnostyce HSES i wskazówką do rozpoczęcia intensywnego leczenia neurologicznego.