fungi_diagnostic_chars_comparison_japanese
大菌輪「識別形質まとめ」データセット
最終更新日 / Last updated: 2024/9/28（R3-12108まで / up to R3-12108）

Languages

Japanese

This dataset is available in Japanese only.

概要 / Overview

Atsushi Nakajima（中島淳志）が個人で運営しているWebサイト大菌輪では、数千件以上の菌類分類学論文を「論文3行まとめ」という形で要約および索引付け（インデキシング）した情報を提供しています。その一環として、ある菌と別の菌の「共通する」あるいは「異なる」識別形質 (diagnostic characters) に関する記述を人手で抽出しています。

Daikinrin, a website personally operated by Atsushi Nakajima, provides summaries and indexing information for thousands of mycological taxonomy papers in the form of "Three-line Paper Summaries." As part of this process, descriptions of "common" or "different" diagnostic characters between fungi are manually extracted.

本データセットは、抽出された識別形質の一覧に、「色/color」、「形状/shape」などのカテゴリを半自動的に付与して集積したものです。

This dataset is a compilation of the extracted diagnostic characters, semi-automatically categorized with labels such as "color" and "shape."

「論文3行まとめ」は毎日更新していますが、本データセットの更新はおおむね1ヶ月に一度とする予定です。

While the "Three-line Paper Summaries" are updated daily, this dataset is planned to be updated approximately once a month.

関連データセット / Related Datasets

1. 「論文3行まとめ」 / "Three-line Paper Summary"
   Atsushi/fungi_indexed_mycological_papers_japanese

2. 「Trait Circusデータセット」（統制形質） / "Trait Circus Dataset" (Controlled Traits)
   Atsushi/fungi_trait_circus_database

各カラムの説明 / Column Descriptions

カラム名 Column Name	説明 Description
R3ID	大菌輪「論文3行まとめ」のID ID for Daikinrin "Three-line Paper Summary"
No	各識別文を一意のIDで区別するために、各R3IDにおいてナンバリングしたもの Numbering within each R3ID to uniquely identify each diagnostic sentence
comparison_source	比較元の分類群（学名） Source taxon (scientific name) for comparison
comparison_target	比較先の分類群（学名） Target taxon (scientific name) for comparison
sentence	識別文（全て日本語） Diagnostic sentence (all in Japanese)
label	半自動的に付与されたカテゴリ（人手で修正していますが、ダブルチェックは行っていないので誤分類もあると思います） Semi-automatically assigned category (manually corrected, but not double-checked, so there may be misclassifications)
common_or_different	共通する形質は「1」、異なる形質は「0」 "1" for common traits, "0" for different traits
data_source	各情報の出典（文献）のURL URL of the source (literature) for each piece of information

ラベルのカテゴリ / Label Categories

• サイズ/size
• 分子系統解析/molecular_phylogenetic_analysis
• 形状/shape
• 色/color
• 地理的分布/geographical_distribution
• 生息環境/habitat
• 表面性状/surface_characteristics
• 構造/structure
• 有無/presence
• 形態全般/general_morphology
• 位置/position
• 二次代謝産物/secondary_metabolite
• 呈色反応/chemical_reaction
• 数量/amount
• 発達/development
• 生理学的形質/physiological_characters
• 分類/classification
• 資化・発酵能/assimilation_and_fermentation
• 質感/texture
• 味・臭い/taste_and_smell
• 病害・病原性関連/disease_and_pathogenecity
• 全般/general_characters
• 耐性・感受性/resistance_and_susceptibility
• 栄養摂取様式/nutrition_style
• 未分類/unclassified