Datasets:

siddharthtumre
/

JNLPBA-Processed

id stringlengths 1 5	tokens sequence	ner_tags sequence
1	[ "IL", "-", "2", "gene", "expression", "and", "NF", "-", "kappa", "B", "activation", "through", "CD28", "requires", "reactive", "oxygen", "production", "by", "5", "-", "lipoxygenase", "." ]	[ 1, 2, 2, 2, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0 ]
2	[ "Activation", "of", "the", "CD28", "surface", "receptor", "provides", "a", "major", "costimulatory", "signal", "for", "T", "cell", "activation", "resulting", "in", "enhanced", "production", "of", "interleukin", "-", "2", "(", "IL", "-", "2", ")", "and", "cell", "proliferation", "." ]	[ 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0 ]
3	[ "In", "primary", "T", "lymphocytes", "we", "show", "that", "CD28", "ligation", "leads", "to", "the", "rapid", "intracellular", "formation", "of", "reactive", "oxygen", "intermediates", "(", "ROIs", ")", "which", "are", "required", "for", "CD28", "-", "mediated", "activation", "of", "the", "NF", "-", "kappa", "B", "/", "CD28", "-", "responsive", "complex", "and", "IL", "-", "2", "expression", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 0, 1, 2, 2, 2, 0, 1, 2, 2, 0, 0 ]
4	[ "Delineation", "of", "the", "CD28", "signaling", "cascade", "was", "found", "to", "involve", "protein", "tyrosine", "kinase", "activity", ",", "followed", "by", "the", "activation", "of", "phospholipase", "A2", "and", "5", "-", "lipoxygenase", "." ]	[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 1, 2, 2, 0 ]
5	[ "These", "findings", "should", "be", "useful", "for", "therapeutic", "strategies", "and", "the", "development", "of", "immunosuppressants", "targeting", "the", "CD28", "costimulatory", "pathway", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0 ]
6	[ "The", "peri", "-", "kappa", "B", "site", "mediates", "human", "immunodeficiency", "virus", "type", "2", "enhancer", "activation", "in", "monocytes", "but", "not", "in", "T", "cells", "." ]	[ 0, 1, 2, 2, 2, 2, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
7	[ "HIV", "-", "1", "and", "HIV", "-", "2", "display", "significant", "differences", "in", "nucleic", "acid", "sequence", "and", "in", "the", "natural", "history", "of", "clinical", "disease", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
8	[ "Consistent", "with", "these", "differences", ",", "we", "have", "previously", "demonstrated", "that", "the", "enhancer", "/", "promoter", "region", "of", "HIV", "-", "2", "functions", "quite", "differently", "from", "that", "of", "HIV", "-", "1", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
9	[ "Whereas", "activation", "of", "the", "HIV", "-", "1", "enhancer", "following", "T", "-", "cell", "stimulation", "is", "mediated", "largely", "through", "binding", "of", "the", "transcription", "factor", "NF", "-", "kappa", "B", "to", "two", "adjacent", "kappa", "B", "sites", "in", "the", "HIV", "-", "1", "long", "terminal", "repeat", ",", "activation", "of", "the", "HIV", "-", "2", "enhancer", "in", "monocytes", "and", "T", "cells", "is", "dependent", "on", "four", "cis", "-", "acting", "elements", ":", "a", "single", "kappa", "B", "site", ",", "two", "purine", "-", "rich", "binding", "sites", ",", "PuB1", "and", "PuB2", ",", "and", "a", "pets", "site", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 1, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 2, 0 ]
10	[ "We", "have", "now", "identified", "a", "novel", "cis", "-", "acting", "element", "within", "the", "HIV", "-", "2", "enhancer", ",", "immediately", "upstream", "of", "the", "kappa", "B", "site", ",", "designated", "peri", "-", "kappa", "B", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 0 ]
11	[ "This", "site", "is", "conserved", "among", "isolates", "of", "HIV", "-", "2", "and", "the", "closely", "related", "simian", "immunodeficiency", "virus", ",", "and", "transfection", "assays", "show", "this", "site", "to", "mediate", "HIV", "-", "2", "enhancer", "activation", "following", "stimulation", "of", "monocytic", "but", "not", "T", "-", "cell", "lines", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
12	[ "Further", ",", "while", "specific", "constitutive", "binding", "to", "the", "peri", "-", "kappa", "B", "site", "is", "seen", "in", "monocytes", ",", "stimulation", "with", "phorbol", "esters", "induces", "additional", ",", "specific", "binding", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
13	[ "E1A", "gene", "expression", "induces", "susceptibility", "to", "killing", "by", "NK", "cells", "following", "immortalization", "but", "not", "adenovirus", "infection", "of", "human", "cells", "." ]	[ 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
14	[ "Adenovirus", "(", "Ad", ")", "infection", "and", "E1A", "transfection", "were", "used", "to", "model", "changes", "in", "susceptibility", "to", "NK", "cell", "killing", "caused", "by", "transient", "vs", "stable", "E1A", "expression", "in", "human", "cells", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0 ]
15	[ "Only", "stably", "transfected", "target", "cells", "exhibited", "cytolytic", "susceptibility", ",", "despite", "expression", "of", "equivalent", "levels", "of", "E1A", "proteins", "in", "Ad", "-", "infected", "targets", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
16	[ "The", "inability", "of", "E1A", "gene", "products", "to", "induce", "cytolytic", "susceptibility", "during", "infection", "was", "not", "explained", "by", "an", "inhibitory", "effect", "of", "viral", "infection", "on", "otherwise", "susceptible", "target", "cells", "or", "by", "viral", "gene", "effects", "on", "class", "I", "MHC", "antigen", "expression", "on", "target", "cells", "." ]	[ 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0 ]
17	[ "This", "differential", "effect", "of", "E1A", "expression", "on", "the", "cytolytic", "phenotypes", "of", "infected", "and", "stably", "transfected", "human", "cells", "suggests", "that", "human", "NK", "cells", "provide", "an", "effective", "immunologic", "barrier", "against", "the", "in", "vivo", "survival", "and", "neoplastic", "progression", "of", "E1A", "-", "immortalized", "cells", "that", "may", "emerge", "from", "the", "reservoir", "of", "persistently", "infected", "cells", "in", "the", "human", "host", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
18	[ "The", "CD4", "coreceptor", "interacts", "with", "non", "-", "polymorphic", "regions", "of", "major", "histocompatibility", "complex", "class", "II", "molecules", "on", "antigen", "-", "presenting", "cells", "and", "contributes", "to", "T", "cell", "activation", "." ]	[ 0, 1, 2, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
19	[ "We", "have", "investigated", "the", "effect", "of", "CD4", "triggering", "on", "T", "cell", "activating", "signals", "in", "a", "lymphoma", "model", "using", "monoclonal", "antibodies", "(", "mAb", ")", "which", "recognize", "different", "CD4", "epitopes", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0 ]
20	[ "We", "demonstrate", "that", "CD4", "triggering", "delivers", "signals", "capable", "of", "activating", "the", "NF", "-", "AT", "transcription", "factor", "which", "is", "required", "for", "interleukin", "-", "2", "gene", "expression", "." ]	[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0 ]
21	[ "Lack", "of", "full", "activation", "of", "NF", "-", "AT", "could", "be", "correlated", "to", "a", "dramatically", "reduced", "capacity", "to", "induce", "calcium", "flux", "and", "could", "be", "complemented", "with", "a", "calcium", "ionophore", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
22	[ "The", "results", "identify", "functionally", "distinct", "epitopes", "on", "the", "CD4", "coreceptor", "involved", "in", "activation", "of", "the", "Ras", "/", "protein", "kinase", "C", "and", "calcium", "pathways", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0 ]
23	[ "Ligand", "-", "dependent", "repression", "of", "the", "erythroid", "transcription", "factor", "GATA", "-", "1", "by", "the", "estrogen", "receptor", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 1, 2, 2, 0, 0, 1, 2, 0 ]
24	[ "High", "-", "dose", "estrogen", "administration", "induces", "anemia", "in", "mammals", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
25	[ "In", "chickens", ",", "estrogens", "stimulate", "outgrowth", "of", "bone", "marrow", "-", "derived", "erythroid", "progenitor", "cells", "and", "delay", "their", "maturation", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
26	[ "This", "delay", "is", "associated", "with", "down", "-", "regulation", "of", "many", "erythroid", "cell", "-", "specific", "genes", ",", "including", "alpha", "-", "and", "beta", "-", "globin", ",", "band", "3", ",", "band", "4", ".", "1", ",", "and", "the", "erythroid", "cell", "-", "specific", "histone", "H5", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 1, 0 ]
27	[ "We", "show", "here", "that", "estrogens", "also", "reduce", "the", "number", "of", "erythroid", "progenitor", "cells", "in", "primary", "human", "bone", "marrow", "cultures", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
28	[ "We", "demonstrate", "that", "the", "transcriptional", "activity", "of", "GATA", "-", "1", "is", "strongly", "repressed", "by", "the", "estrogen", "receptor", "(", "ER", ")", "in", "a", "ligand", "-", "dependent", "manner", "and", "that", "this", "repression", "is", "reversible", "in", "the", "presence", "of", "4", "-", "hydroxytamoxifen", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
29	[ "GATA", "-", "1", "and", "ER", "bind", "to", "each", "other", "in", "vitro", "in", "the", "absence", "of", "DNA", "." ]	[ 1, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
30	[ "Mapping", "experiments", "indicate", "that", "GATA", "-", "1", "and", "the", "ER", "form", "at", "least", "two", "contacts", ",", "which", "involve", "the", "finger", "region", "and", "the", "N", "-", "terminal", "activation", "domain", "of", "GATA", "-", "1", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 0, 1, 2, 2, 0 ]
31	[ "We", "speculate", "that", "estrogens", "exert", "effects", "on", "erythropoiesis", "by", "modulating", "GATA", "-", "1", "activity", "through", "protein", "-", "protein", "interaction", "with", "the", "ER", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0 ]
32	[ "Mouse", "interleukin", "-", "2", "receptor", "alpha", "gene", "expression", "." ]	[ 1, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0 ]
33	[ "Interleukin", "-", "1", "and", "interleukin", "-", "2", "control", "transcription", "via", "distinct", "cis", "-", "acting", "elements", "." ]	[ 1, 2, 2, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 0 ]
34	[ "We", "have", "shown", "that", "interleukin", "-", "1", "(", "IL", "-", "1", ")", "and", "IL", "-", "2", "control", "IL", "-", "2", "receptor", "alpha", "(", "IL", "-", "2R", "alpha", ")", "gene", "transcription", "in", "CD4", "-", "CD8", "-", "murine", "T", "lymphocyte", "precursors", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
35	[ "Here", "we", "map", "the", "cis", "-", "acting", "elements", "that", "mediate", "interleukin", "responsiveness", "of", "the", "mouse", "IL", "-", "2R", "alpha", "gene", "using", "a", "thymic", "lymphoma", "-", "derived", "hybridoma", "(", "PC60", ")", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
36	[ "IL", "-", "1", "induces", "a", "rapid", ",", "protein", "synthesis", "-", "independent", "appearance", "of", "IL", "-", "2R", "alpha", "mRNA", "that", "is", "blocked", "by", "inhibitors", "of", "NF", "-", "kappa", "B", "activation", "." ]	[ 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 0, 0 ]
37	[ "This", "segment", "functions", "as", "an", "IL", "-", "2", "-", "inducible", "enhancer", "and", "lies", "within", "a", "region", "that", "becomes", "DNase", "I", "hypersensitive", "in", "normal", "T", "cells", "in", "which", "IL", "-", "2R", "alpha", "expression", "has", "been", "induced", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0 ]
38	[ "IL", "-", "2", "responsiveness", "requires", "three", "distinct", "elements", "within", "the", "enhancer", "." ]	[ 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0 ]
39	[ "Two", "of", "these", "are", "potential", "binding", "sites", "for", "STAT", "proteins", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0 ]
40	[ "Hematopoietic", "lineage", "commitment", ":", "role", "of", "transcription", "factors", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0 ]
41	[ "This", "review", "focuses", "on", "the", "roles", "of", "transcription", "factors", "in", "hematopoietic", "lineage", "commitment", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0 ]
42	[ "A", "brief", "introduction", "to", "lineage", "commitment", "and", "asymmetric", "cell", "division", "is", "followed", "by", "a", "discussion", "of", "several", "methods", "used", "to", "identify", "transcription", "factors", "important", "in", "specifying", "hematopoietic", "cell", "types", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
43	[ "Next", "is", "presented", "a", "discussion", "of", "the", "use", "of", "embryonic", "stem", "cells", "in", "the", "analysis", "of", "hematopoietic", "gene", "expression", "and", "the", "use", "of", "targeted", "gene", "disruption", "to", "analyze", "the", "role", "of", "transcription", "factors", "in", "hematopoiesis", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0 ]
44	[ "Finally", ",", "the", "status", "of", "our", "current", "knowledge", "concerning", "the", "roles", "of", "transcription", "factors", "in", "the", "commitment", "to", "erythroid", ",", "myeloid", "and", "lymphoid", "cell", "types", "is", "summarized", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
45	[ "Epstein", "-", "Barr", "virus", "replicative", "gene", "transcription", "during", "de", "novo", "infection", "of", "human", "thymocytes", ":", "simultaneous", "early", "expression", "of", "BZLF", "-", "1", "and", "its", "repressor", "RAZ", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 1, 0 ]
46	[ "We", "and", "others", "have", "shown", "that", "EBV", "can", "also", "infect", "a", "subset", "of", "thymocytes", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
47	[ "Infection", "of", "thymocytes", "was", "accompanied", "by", "the", "appearance", "of", "linear", "EBV", "genome", "within", "8", "hr", "of", "infection", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
48	[ "Circularization", "of", "the", "EBV", "genome", "was", "not", "detected", "." ]	[ 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0 ]
49	[ "This", "is", "in", "contrast", "to", "the", "infection", "in", "B", "cells", "where", "the", "genome", "can", "circularize", "within", "24", "hr", "of", "infection", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
50	[ "The", "appearance", "of", "a", "novel", "fusion", "transcript", "(", "RAZ", ")", ",", "which", "comprised", "regions", "of", "the", "BZLF", "-", "1", "locus", "and", "the", "adjacent", "BRLF", "-", "1", "locus", ",", "was", "detected", "by", "RT", "-", "PCR", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
51	[ "ZEBRA", "protein", "was", "also", "identified", "in", "infected", "thymocytes", "by", "immunoprecipitation", "." ]	[ 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
52	[ "In", "addition", ",", "we", "demonstrated", "that", "the", "EBNA", "-", "1", "gene", "in", "infected", "thymocytes", "was", "transcribed", "from", "the", "Fp", "promoter", ",", "rather", "than", "from", "the", "Cp", "/", "Wp", "promoter", "which", "is", "used", "in", "latently", "infected", "B", "cells", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
53	[ "These", "observations", "suggest", "that", "de", "novo", "EBV", "infection", "of", "thymocytes", "differs", "from", "infection", "of", "B", "cells", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
54	[ "Identification", "and", "purification", "of", "human", "Stat", "proteins", "activated", "in", "response", "to", "interleukin", "-", "2", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0 ]
55	[ "A", "key", "cytokine", "induced", "during", "the", "immune", "response", "is", "IL", "-", "2", "." ]	[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0 ]
56	[ "Following", "T", "cell", "activation", ",", "the", "genes", "encoding", "IL", "-", "2", "and", "the", "various", "chains", "of", "its", "receptor", "are", "transcriptionally", "induced", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
57	[ "In", "turn", ",", "secreted", "IL", "-", "2", "serves", "to", "stimulate", "the", "proliferation", "and", "differentiation", "of", "T", "lymphocytes", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
58	[ "Following", "this", "lead", ",", "we", "set", "out", "to", "identify", "transcription", "factors", "induced", "in", "response", "to", "IL", "-", "2", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0 ]
59	[ "Human", "peripheral", "blood", "lymphocytes", "were", "observed", "to", "contain", "several", "IL", "-", "2", "-", "inducible", "DNA", "binding", "activities", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
60	[ "Similar", "activities", "were", "also", "observed", "in", "a", "transformed", "human", "lymphocyte", "line", ",", "termed", "YT", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
61	[ "We", "have", "purified", "these", "activities", "and", "found", "that", "the", "principal", "IL", "-", "2", "-", "inducible", "component", "bears", "significant", "relatedness", "to", "a", "prolactin", "-", "induced", "transcription", "factor", "first", "identified", "in", "sheep", "mammary", "gland", "tissue", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
62	[ "We", "hypothesize", "that", "activation", "of", "this", "protein", ",", "designated", "hStat5", ",", "helps", "govern", "the", "biological", "effects", "of", "IL", "-", "2", "during", "the", "immune", "response", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0 ]
63	[ "E2F", "-", "1", "and", "a", "cyclin", "-", "like", "DNA", "repair", "enzyme", ",", "uracil", "-", "DNA", "glycosylase", ",", "provide", "evidence", "for", "an", "autoregulatory", "mechanism", "for", "transcription", "." ]	[ 1, 2, 2, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 1, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
64	[ "The", "cell", "cycle", "-", "dependent", "transcription", "factor", ",", "E2F", "-", "1", ",", "regulates", "the", "cyclin", "-", "like", "species", "of", "the", "DNA", "repair", "enzyme", "uracil", "-", "DNA", "glycosylase", "(", "UDG", ")", "gene", "in", "human", "osteosarcoma", "(", "Saos", "-", "2", ")", "cells", "." ]	[ 0, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
65	[ "The", "major", "putative", "downstream", "site", "for", "E2F", ",", "located", "in", "the", "first", "exon", ",", "serves", "as", "a", "target", "for", "E2F", "-", "1", "/", "DP1", "complex", "binding", "in", "vitro", "." ]	[ 0, 1, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0 ]
66	[ "We", "also", "provide", "evidence", "for", "the", "functional", "relationship", "between", "the", "cyclin", "-", "like", "UDG", "gene", "product", "and", "E2F", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 1, 0 ]
67	[ "High", "levels", "of", "UDG", "expression", "in", "a", "transient", "transfection", "assay", "result", "in", "the", "down", "-", "regulation", "of", "transcriptional", "activity", "through", "elements", "specific", "for", "E2F", "-", "mediated", "transcription", "." ]	[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0 ]
68	[ "This", "hypothetical", "model", "integrates", "one", "mechanism", "of", "DNA", "repair", "with", "the", "cell", "cycle", "control", "of", "gene", "transcription", ",", "likely", "through", "E2F", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0 ]
69	[ "This", "implicates", "E2F", "as", "a", "multifunctional", "target", "for", "proteins", "and", "enzymes", ",", "possibly", ",", "responsive", "to", "DNA", "damage", "through", "the", "negative", "effect", "of", "UDG", "on", "E2F", "-", "mediated", "transcriptional", "activity", "." ]	[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0 ]
70	[ "Interferon", "-", "gamma", "(", "IFN", "-", "gamma", ")", "is", "an", "important", "immunoregulatory", "protein", "produced", "predominantly", "by", "T", "cells", "and", "large", "granular", "lymphocytes", "(", "LGL", ")", "in", "response", "to", "different", "extracellular", "signals", "." ]	[ 1, 2, 2, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
71	[ "In", "particular", ",", "two", "interleukins", "(", "ILs", ")", ",", "IL", "-", "2", "and", "IL", "-", "12", ",", "have", "been", "shown", "to", "be", "potent", "inducers", "of", "IFN", "-", "gamma", "gene", "expression", "in", "both", "T", "cells", "and", "LGL", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
72	[ "Although", "it", "has", "been", "reported", "that", "there", "are", "some", "T", "cell", "lines", "that", "produce", "IFN", "-", "gamma", "in", "response", "to", "IL", "-", "2", "and", "IL", "-", "12", "stimulation", ",", "there", "has", "as", "yet", "been", "no", "report", "of", "a", "natural", "killer", "(", "NK", ")", "cell", "line", "that", "responds", "in", "a", "similar", "manner", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
73	[ "In", "this", "report", "we", "present", "evidence", "that", "the", "cell", "line", "NK3", ".", "3", "derived", "from", "human", "NK", "cells", ",", "responds", "to", "both", "IL", "-", "2", "and", "IL", "-", "12", ",", "as", "measured", "by", "increases", "in", "IFN", "-", "gamma", "and", "granulocyte", "-", "macrophage", "colony", "-", "stimulating", "factor", "(", "GM", "-", "CSF", ")", "cytoplasmic", "mRNA", "and", "protein", "expression", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
74	[ "The", "results", "suggest", "that", "activation", "of", "protein", "kinase", "C", ",", "but", "not", "new", "protein", "synthesis", ",", "is", "required", "for", "IL", "-", "2", "induction", "of", "IFN", "-", "gamma", "and", "GM", "-", "CSF", "cytoplasmic", "mRNA", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0 ]
75	[ "In", "contrast", ",", "IL", "-", "12", "induction", "of", "IFN", "-", "gamma", "cytoplasmic", "mRNA", "appears", "to", "only", "partially", "depend", "on", "activation", "of", "protein", "kinase", "C", "." ]	[ 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0 ]
76	[ "Furthermore", ",", "both", "transforming", "growth", "factor", "-", "beta", "and", "genistein", ",", "a", "tyrosine", "kinase", "inhibitor", ",", "could", "suppress", "IL", "-", "2", "and", "IL", "-", "12", "signaling", "but", "CsA", "was", "generally", "inactive", "." ]	[ 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
77	[ "It", "also", "was", "observed", "that", "suppression", "of", "cytokine", "gene", "expression", "by", "these", "agents", "was", "independent", "of", "the", "inhibition", "of", "proliferation", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
78	[ "These", "data", "indicate", "that", "IL", "-", "2", "and", "IL", "-", "12", "may", "have", "distinct", "signaling", "pathways", "leading", "to", "the", "induction", "of", "IFN", "-", "gamma", "and", "GM", "-", "CSF", "gene", "expression", ",", "and", "that", "the", "NK3", ".", "3", "cell", "line", "may", "serve", "as", "a", "novel", "model", "for", "dissecting", "the", "biochemical", "and", "molecular", "events", "involved", "in", "these", "pathways", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
79	[ "A", "functional", "T", "-", "cell", "receptor", "signaling", "pathway", "is", "required", "for", "p95vav", "activity", "." ]	[ 0, 0, 1, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0 ]
80	[ "Stimulation", "of", "the", "T", "-", "cell", "antigen", "receptor", "(", "TCR", ")", "induces", "activation", "of", "multiple", "tyrosine", "kinases", ",", "resulting", "in", "phosphorylation", "of", "numerous", "intracellular", "substrates", "." ]	[ 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
81	[ "It", "contains", "a", "number", "of", "structural", "motifs", ",", "including", "Src", "homology", "2", ",", "Src", "homology", "3", ",", "and", "pleckstrin", "homology", "domains", "and", "a", "putative", "guanine", "nucleotide", "exchange", "domain", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 0 ]
82	[ "The", "role", "of", "p95vav", "in", "TCR", "-", "mediated", "signaling", "processes", "is", "unclear", "." ]	[ 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
83	[ "Here", ",", "we", "show", "that", "overexpression", "of", "p95vav", "alone", "in", "Jurkat", "T", "cells", "leads", "to", "activation", "of", "the", "nuclear", "factors", ",", "including", "NFAT", ",", "involved", "in", "interleukin", "-", "2", "expression", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0 ]
84	[ "In", "contrast", ",", "NFAT", "activation", "by", "a", "G", "-", "protein", "-", "coupled", "receptor", "is", "not", "modulated", "by", "p95vav", "overexpression", ",", "suggesting", "that", "the", "effect", "is", "specific", "to", "the", "TCR", "signaling", "pathways", "." ]	[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0 ]
85	[ "Although", "removal", "of", "the", "first", "67", "amino", "acids", "of", "p95vav", "activates", "its", "transforming", "potential", "in", "NIH", "3T3", "cells", ",", "this", "region", "appears", "to", "be", "required", "for", "its", "function", "in", "T", "cells", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
86	[ "We", "further", "demonstrate", "that", "the", "p95vav", "-", "induced", "NFAT", "activation", "is", "not", "mimicked", "by", "Ras", "activation", ",", "though", "its", "function", "is", "dependent", "upon", "Ras", "and", "Raf", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0 ]
87	[ "To", "further", "dissect", "p95vav", "involvement", "in", "TCR", "signaling", ",", "we", "analyzed", "various", "Jurkat", "mutants", "deficient", "in", "TCR", "signaling", "function", "or", "TCR", "expression", "and", "showed", "that", "an", "intact", "TCR", "signaling", "pathway", "is", "required", "for", "p95vav", "to", "function", "." ]	[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0 ]
88	[ "However", ",", "overexpression", "of", "p95vav", "does", "not", "appear", "to", "influence", "TCR", "-", "induced", "protein", "tyrosine", "phosphorylation", "or", "increases", "in", "cytoplasmic", "free", "calcium", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
89	[ "Taken", "together", ",", "our", "data", "suggest", "that", "p95vav", "plays", "an", "important", "role", "at", "an", "yet", "unidentified", "proximal", "position", "in", "the", "TCR", "signaling", "cascade", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0 ]
90	[ "Positive", "and", "negative", "regulation", "of", "granulocyte", "-", "macrophage", "colony", "-", "stimulating", "factor", "promoter", "activity", "by", "AML1", "-", "related", "transcription", "factor", ",", "PEBP2", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 0, 1, 0 ]
91	[ "The", "granulocyte", "-", "macrophage", "colony", "-", "stimulating", "factor", "(", "GM", "-", "CSF", ")", "gene", "promoter", "contains", "a", "consensus", "sequence", "for", "the", "polyomavirus", "enhancer", "binding", "-", "protein", "2", "(", "PEBP2", ")", "transcription", "factor", ",", "which", "consists", "of", "alpha", "and", "beta", "subunits", "." ]	[ 0, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 0 ]
92	[ "There", "are", "at", "least", "two", "genes", ",", "alpha", "A", "and", "alpha", "B", ",", "encoding", "the", "alpha", "subunit", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 1, 2, 0 ]
93	[ "PEBP2", "alpha", "A1", ",", "alpha", "B1", ",", "and", "alpha", "B2", "proteins", "bound", "the", "PEBP2", "site", "within", "the", "mouse", "GM", "-", "CSF", "promoter", "." ]	[ 1, 2, 2, 0, 1, 2, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 0 ]
94	[ "PEBP2", "alpha", "A1", "and", "alpha", "B1", "enhanced", "the", "expression", "of", "the", "GM", "-", "CSF", "promoter", "-", "driven", "reporter", "plasmid", "in", "unstimulated", "and", "12", "-", "O", "-", "tetradecanoylphorbol", "13", "-", "acetate", "/", "phytohemagglutinin", "-", "stimulated", "human", "Jurkat", "T", "cells", "." ]	[ 1, 2, 2, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
95	[ "In", "contrast", ",", "the", "promoter", "activity", "was", "suppressed", "by", "alpha", "B2", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0 ]
96	[ "Coexpression", "of", "alpha", "B1", "and", "alpha", "B2", "showed", "that", "the", "promoter", "activity", "could", "be", "determined", "by", "the", "alpha", "B1", "/", "alpha", "B2", "ratio", "." ]	[ 0, 0, 1, 2, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 1, 2, 2, 0, 0 ]
97	[ "Jurkat", "cell", "extract", "contained", "PEBP2", "site", "-", "binding", "protein", "(", "s", ")", "that", "cross", "-", "reacted", "with", "antimouse", "alpha", "A1", "antibodies", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 0 ]
98	[ "Northern", "blot", "analysis", "indicated", "the", "expression", "of", "human", "PEBP2", "alpha", "A", ",", "alpha", "B", "(", "AML1", ")", ",", "and", "beta", "genes", "in", "Jurkat", "cells", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 1, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0 ]
99	[ "The", "augmentation", "of", "LPS", "responses", "by", "interferon", "gamma", "(", "IFN", "-", "gamma", ")", ",", "referred", "to", "as", "priming", ",", "is", "well", "established", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
100	[ "However", ",", "the", "mechanism", "(", "s", ")", "by", "which", "priming", "occurs", "is", "poorly", "defined", "." ]	[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]