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Timestamp: 2016-10-24 12:21:59+00:00
Document Index: 221710323

Matched Legal Cases: ['ATF ', 'ATF ', 'art. 71', 'art. 83', 'art. 82', 'art. 146', 'art. 24', 'art. 73', 'ATF ', 'art. 100', 'art. 90', 'ATF ', 'art. 86', 'art. 89', 'art. 9', 'ATF ', 'ATF ', 'art. 1', 'art. 5', 'ATF ', 'art. 9', 'ATF ', 'art. 5', 'ATF ', 'art. 57', 'art. 58', 'ATF ', 'ATF ', 'art. 58', 'art. 58', 'art. 57', 'ATF ', 'art. 24', 'art. 57', 'ATF ', 'art. 24', 'art. 57', 'ATF ', 'ATF ', 'art. 57', 'art. 2', 'art. 9', 'art. 9', 'art. 9', 'art. 11', 'art. 24', 'art. 57', 'art. 24', 'art. 12', 'art. 24', 'art. 9', 'art. 66', 'art. 68']

2C_603/2012 (10.12.2012)
Arr�t du 10 d�cembre 2012
repr�sent�e par Mes Fr�d�ric Cottier et
Imp�t f�d�ral direct et imp�ts cantonal et communal 2006,
La soci�t� anonyme SI de la Fondation X.________ SA (ci-apr�s: la soci�t� ou la recourante), constitu�e en 1947 et sise � A.________, a pour but de mettre � la disposition de la Fondation Y.________ (ci-apr�s: la fondation), pour les besoins des activit�s de cette derni�re, des locaux se trouvant dans les immeubles que la soci�t� poss�de � A.________.
Dans un courrier du 30 ao�t 1990 adress� � la soci�t�, la direction de la division des personnes morales de l'Administration fiscale cantonale genevoise s'est r�f�r�e � un accord conclu avec elle le 11 janvier 1977, en consid�rant que le maintien de celui-ci au taux actuel n'�tait pas satisfaisant. En effet, "compte tenu de l'accroissement r�gulier des charges et frais d'entretien ordinaires", cette convention ne permettait plus � l'administration "d'imposer un quelconque b�n�fice" dans le chef de la soci�t�. La direction proposait d�s lors d'appliquer, "� titre exceptionnel", les principes suivants en vue de la d�termination du b�n�fice imposable de la soci�t�:
Int�r�ts hypoth�caires
Int�r�ts th�oriques admis
./. hypoth�ques
Il �tait pr�cis� que le b�n�fice imposable ne pourrait �tre inf�rieur � 20'000 fr. par an. Ces r�gles �taient applicables d�s l'ann�e fiscale 1990 s'agissant des imp�ts cantonal et communal (ci-apr�s: ICC) et � compter de la p�riode 1989/1990 concernant l'imp�t f�d�ral direct (IFD).
Dans un courrier du 10 octobre 1995 faisant suite � une demande de renouvellement du r�gime fiscal particulier accord� le 30 ao�t 1990, la direction de la division des personnes morales a indiqu� que celui-ci �tait maintenu � partir de la p�riode fiscale 1995, tant pour les ICC que pour l'IFD. Toutefois, le b�n�fice imposable ne pourrait �tre inf�rieur � celui ressortant du compte de pertes et profits de la soci�t�. L'arrangement �tait valable jusqu'au 31 d�cembre 1999 et pourrait �tre renouvel� "pour autant que les conditions de fait subsistent".
Par courrier du 8 avril 1999, le directeur de l'Administration fiscale cantonale a fait savoir � la soci�t� que l'"accord donn� le 30 ao�t 1990, valable jusqu'au 31 d�cembre 1994, est reconduit pour les ann�es fiscales 1995 � 1998". A partir de l'ann�e fiscale 1999, la soci�t� serait impos�e "sans b�n�fice d'un statut particulier, conform�ment aux dispositions l�gales". Cela signifiait que les comptes de celle-ci devraient enregistrer le loyer d�bit� au compte de pertes et profits de la fondation, que ce loyer devrait repr�senter le prix du march� et que les r�gles relatives � la sous-capitalisation seraient appliqu�es.
Dans une �criture du 1er octobre 2001 adress�e au mandataire de la soci�t�, la direction de la taxation des personnes morales de l'Administration fiscale cantonale a confirm� le traitement fiscal de celle-ci dans les termes suivants:
"Taxation annuelle � partir de la p�riode fiscale 1999 (cl�ture 30 juin 1999)
La taxation ordinaire de la S.I. de la Fondation X.________ s'effectuera sur la base d'un b�n�fice imposable fix� � 3% du 20% de la valeur comptable apr�s amortissement de l'immeuble.
Dans le cas o� cette solution ferait appara�tre dans l'avenir une diff�rence trop importante avec le b�n�fice qui r�sulterait de l'obligation pour la Fondation Y.________ de prendre � bail des locaux analogues aupr�s d'un tiers, votre cliente reprendrait contact avec les administrations fiscales comp�tentes.
Enfin, si la soci�t� immobili�re concern�e venait � comptabiliser de nouveaux amortissements sur le bien immobilier, notre administration se r�serve le droit de d�noncer le pr�sent accord.
Dans sa d�claration d'imp�t pour la p�riode 2006 (exercice commercial allant du 1er juillet 2005 au 30 juin 2006), dat�e du 30 avril 2007, la soci�t� a fait �tat d'un b�n�fice net imposable de 56'187 fr., alors que son b�n�fice net total dans le canton de Gen�ve �tait de 74'873 fr. Le montant de 56'187 fr. �quivalait � 3% des 20% de la valeur comptable des immobilisations sous d�duction des amortissements au 30 juin 2006 (12'091'681 fr. ./. amortissements de 2'727'170 fr. = valeur nette de 9'364'511 fr. dont les 3% des 20% = 56'187 fr.). Parmi les produits conduisant au r�sultat de 74'873 fr. figuraient notamment des loyers de 631'900 fr. vers�s par la fondation et, parmi les charges, des int�r�ts de 4,75% sur une dette de 8'730'101 fr. (solde au 30 juin 2005) � l'�gard de la fondation, soit 414'680 fr.
Le 17 juillet 2007, l'Administration fiscale cantonale a notifi� � la soci�t� les bordereaux pour l'IFD et les ICC de la p�riode 2006. Le b�n�fice imposable se montait � 195'300 fr. pour le premier et � 195'397 fr. pour les seconds. Ce dernier montant s'obtenait en ajoutant au b�n�fice net de 74'873 fr. une somme de 120'524 fr., qui avait �t� reprise sur les int�r�ts de 414'680 fr. L'Administration fiscale cantonale avait calcul� l'endettement maximal admissible sur la base d'une valeur d�terminante des immeubles de 12'954'454 fr. Elle avait admis un taux de 3,375% sur les deux tiers de ce montant, soit 8'614'803 fr. Sur le solde de la dette, � savoir 77'862 fr. (= moyenne corrig�e de 8'692'665 ./. 8'614'803), elle avait retenu un taux de 4,375%. Les int�r�ts totaux admissibles se montaient ainsi � 294'156 fr., de sorte qu'un montant de 120'524 fr. devait �tre repris (= 414'680 ./. 294'156).
A l'encontre de ces d�cisions, la soci�t� a form� r�clamation. Elle s'est pr�value de l'accord du 1er octobre 2001, conform�ment auquel elle avait �t� tax�e lors des p�riodes 2002 � 2004. En 2005, elle avait �t� impos�e sur la base de son r�sultat comptable, plus �lev� que le b�n�fice d�termin� selon l'accord, consid�r� par l'Administration fiscale cantonale comme un "b�n�fice minimum". Elle avait (pour ainsi dire � bien plaire) accept� ce proc�d�, m�me s'il ne ressortait pas de ladite convention qu'il s'agissait d'un b�n�fice minimum.
Dans un courrier du 29 f�vrier 2008, l'Administration fiscale cantonale a relev� ce qui suit � propos de l'accord en question:
"1. B�n�fice minimum imposable
La SI de la Fondation X.________ [...] a �t� mise au b�n�fice d'un accord d'imposition en date du 1er octobre 2001 qui fixe forfaitairement son b�n�fice imposable � concurrence de 3% du 20% de la valeur comptable de l'immeuble apr�s amortissement.
Fondamentalement, les accords d'imposition fixant forfaitairement un b�n�fice imposable s'inscrivent strictement dans une logique de fixation d'un prix de transfert qui est r�put� �tre conforme au principe de pleine concurrence ("dealing at arm's length").
D�s lors que le b�n�fice comptable r�sultant des �tats financiers statutaires [...] est sup�rieur au montant du prix de transfert d�termin� de mani�re forfaitaire, c'est le b�n�fice comptable sup�rieur qui doit �tre retenu comme base d'imposition.
Il serait en effet choquant qu'une quelconque �conomie d'imp�ts puisse r�sulter d'une situation visant � admettre que le b�n�fice imposable soit inf�rieur au b�n�fice comptable, dans la mesure o�, parall�lement, la soci�t� affili�e qui a support� le co�t effectif de la prestation a normalement pu se pr�valoir d'une charge justifi�e par l'usage commercial qui est pleinement d�ductible sur le plan fiscal.
Dans le sens de ce qui pr�c�de, c'est bien le r�sultat comptable, sup�rieur au b�n�fice fiscal r�sultant de l'application d'un prix de transfert d�termin� de mani�re forfaitaire, qui doit �tre retenu".
Par d�cisions du 23 juin 2008, concernant l'une l'IFD et l'autre les ICC, l'Administration fiscale cantonale a rejet� les r�clamations et r�form� la taxation au d�triment de la soci�t�, les int�r�ts repris �tant port�s � 163'987 fr. Elle a admis un taux de 2,875% (au lieu de 3,375%) sur les deux tiers du montant de 12'954'454 fr. et de 3,875% (au lieu de 4,375%) sur le solde de la dette. Les int�r�ts totaux admissibles se montaient ainsi � 250'693 fr., de sorte qu'un montant de 163'987 fr. devait �tre repris (= 414'680 ./. 250'693).
La soci�t� a d�f�r� ces prononc�s � la Commission cantonale de recours en mati�re d'IFD et � la Commission cantonale de recours en mati�re d'ICC du canton de Gen�ve (int�gr�es par la suite dans la Commission cantonale de recours en mati�re administrative, dont les comp�tences ont �t� reprises par le Tribunal administratif de premi�re instance du canton de Gen�ve).
Par jugement du 14 juin 2011, le Tribunal administratif de premi�re instance a joint les proc�dures et admis les recours. Les dossiers �taient renvoy�s � l'Administration fiscale cantonale pour qu'elle proc�de � une nouvelle taxation bas�e sur le b�n�fice imposable d�clar� par la soci�t� de 56'187 fr. Le Tribunal administratif de premi�re instance a consid�r� que l'endettement de la soci�t� ne posait pas probl�me - celle-ci n'�tant pas sous-capitalis�e -, mais bien le taux d'int�r�t de 4,75% sur la dette de la soci�t� � l'�gard de la fondation - comme entit� proche -, lequel n'�tait pas conforme au march�. En consid�rant comme admissible un taux de 2,875%, un montant de 163'689 fr. (soit 4,75 - 2,875% = 1,875% de 8'730'101 fr.) - au lieu de la somme de 163'987 fr. retenue dans les d�cisions sur r�clamation - devait en soi �tre repris. Toutefois, la d�termination du b�n�fice net de la soci�t�, apr�s d�duction de toutes les charges, y compris celles des int�r�ts de la dette, avait fait l'objet de l'accord du 1er octobre 2001. Cette convention avait pour but de d�terminer le b�n�fice de la soci�t� compte tenu en particulier des loyers tir�s de la location des locaux am�nag�s pour accueillir l'�cole exploit�e par la fondation. Comme il existait peu de loyers de comparaison sur le march� immobilier et que les r�gles servant � l'�valuation des surfaces commerciales ne pouvaient �tre appliqu�es, l'Administration fiscale cantonale �tait fond�e � conclure l'accord en question. En application de celui-ci, le b�n�fice imposable de la soci�t� correspondait � 3% de 20% de la valeur comptable apr�s amortissement des immeubles de cette derni�re, soit au montant de 56'187 fr. ressortant des comptes et de la d�claration d'imp�t.
A l'encontre de ce prononc�, l'Administration fiscale cantonale a interjet� un recours que la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Gen�ve a admis par arr�t du 8 juin 2012. Les juges cantonaux ont consid�r� que l'accord du 1er octobre 2001 �tait invalide, car il ne satisfaisait pas aux exigences auxquelles �tait soumise la conclusion de telles conventions. En effet, ni la d�termination de la valeur du b�timent, m�me utilis� par une �cole, ni celle du b�n�fice de la soci�t� ne posait de probl�me majeur. Selon la Cour de justice, il �tait ainsi "regrettable" que l'Administration fiscale cantonale signe de tels accords. La soci�t� ne pouvait d'ailleurs se pr�valoir de cette convention au titre du droit � la protection de la confiance l�gitime en les assurances re�ues des autorit�s, car les conditions restrictives dont la jurisprudence fait d�pendre ce droit n'�taient pas r�unies en l'occurrence. Le montant de la reprise de 163'689 fr. calcul� par le Tribunal administratif de premi�re instance n'�tant en lui-m�me pas contest� par les participants � la proc�dure, le dossier devait �tre retourn� � l'Administration fiscale cantonale pour qu'elle proc�de � une nouvelle taxation sur la base de cette somme.
Agissant par la voie du recours en mati�re de droit public, la soci�t� demande au Tribunal f�d�ral, sous suite de frais et d�pens, d'annuler l'arr�t du 8 mai 2012 et de renvoyer la cause � l'Administration fiscale cantonale pour nouvelle taxation bas�e sur le b�n�fice imposable d�clar� de 56'187 fr. Elle d�nonce une violation des principes de la l�galit� et de la protection de la bonne foi.
L'autorit� pr�c�dente s'en remet � justice quant � la recevabilit� du recours et persiste au surplus dans les consid�rants et le dispositif de son arr�t. L'Administration f�d�rale des contributions, Division principale de l'imp�t f�d�ral direct, de l'imp�t anticip�, des droits de timbre, propose de rejeter le recours. L'Administration fiscale cantonale s'en remet � justice pour ce qui est de la recevabilit� du recours et conclut � son rejet sur le fond.
La soci�t� a r�pliqu� dans une �criture dat�e du 15 octobre 2012.
La Cour de justice a rendu une seule d�cision valant pour les deux cat�gories d'imp�ts (ICC et IFD), ce qui est admissible, d�s lors que la question juridique � trancher est r�gl�e de la m�me fa�on en droit f�d�ral et dans le droit cantonal harmonis� (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262 s.). Dans ces circonstances, on ne peut reprocher � la recourante d'avoir, dans son recours au Tribunal f�d�ral, form� les m�mes griefs et pris des conclusions valant pour les deux cat�gories d'imp�ts (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.2 p. 263 s.). Par souci d'unification par rapport � d'autres cantons dans lesquels deux d�cisions sont rendues, la Cour de c�ans a toutefois ouvert deux dossiers, l'un concernant l'IFD (2C_604/2012) et l'autre les ICC (2C_603/2012). Comme l'�tat de fait est identique et que les questions juridiques se recoupent, les deux causes seront n�anmoins jointes et il sera statu� dans un seul arr�t (cf. art. 71 LTF et 24 PCF [RS 273]).
2.1 L'arr�t attaqu� concerne le b�n�fice imposable de la p�riode fiscale 2006. Comme ce domaine rel�ve du droit public et qu'aucune des exceptions pr�vues � l'art. 83 LTF n'est r�alis�e, la voie du recours en mati�re de droit public est ouverte sur la base de l'art. 82 let. a LTF. L'art. 146 de la loi f�d�rale du 14 d�cembre 1990 sur l'imp�t f�d�ral direct (LIFD; RS 642.11) confirme du reste l'existence de cette voie de droit pour l'IFD. S'agissant des ICC, l'imposition du b�n�fice �tant une mati�re harmonis�e aux art. 24 ss de la loi f�d�rale du 14 d�cembre 1990 sur l'harmonisation des imp�ts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), la voie du recours en mati�re de droit public est aussi r�serv�e par l'art. 73 al. 1 LHID (cf. ATF 134 II 186 ss).
2.2 Pour le reste, d�pos� en temps utile (cf. art. 100 al. 1 LTF), le recours est dirig� contre une d�cision consid�r�e comme finale (cf. art. 90 LTF et ATF 138 I 143 consid. 1.2 p. 148; 134 II 124 consid. 1.3 p. 127) rendue par un tribunal sup�rieur statuant en derni�re instance cantonale (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). Il a en outre �t� interjet� par la contribuable destinataire de la d�cision attaqu�e et qui a un int�r�t digne de protection � son annulation ou sa modification (cf. art. 89 al. 1 LTF). Il convient donc en principe d'entrer en mati�re.
3.1 Un accord ou un arrangement fiscal (Steuerabkommen, Steuerabmachung) est une convention entre l'autorit� fiscale comp�tente et le contribuable, qui porte sur l'existence, l'�tendue ou les modalit�s d'une obligation fiscale dans une situation concr�te et qui s'�carte des dispositions l�gales (arr�t 2C_296/2009 du 11 f�vrier 2010 consid. 3.1, in RF 65/2010 p. 453, StE 2010 A 21.14 no 18 et la jurisprudence cit�e; Blumenstein/Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 6e �d., 2002, p. 320; Martin Zweifel/Hugo Casanova, Schweizerisches Steuerverfahrensrecht Direkte Steuern, 2008, � 1 no 6; Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, 4e �d., 2012, � 25 no 33; Markus Reich, Steuerrecht, 2e �d., 2012, � 4 no 33). Il est largement admis qu'une telle convention constitue un contrat de droit administratif (Blumenstein/Locher, op. cit., p. 321; Oberson, op. cit., � 25 no 34; Reich, op. cit., � 4 no 33).
Eu �gard aux principes de la l�galit� et de l'�galit�, un accord fiscal doit �tre autoris� par la loi ou, du moins, ne pas �tre express�ment exclu par celle-ci. Les conventions sans base l�gale, voire contraires � la loi, sont nulles et ne sauraient par cons�quent avoir d'effet contraignant. La jurisprudence et la doctrine ne font exception � ce principe que si la r�gle applicable est incertaine et que l'autorit� proc�de selon celle que le l�gislateur aurait adopt�e s'il avait voulu r�glementer le cas particulier (arr�ts 2A.306/1993 du 23 juin 1994 consid. 5a, in Archives 63 p. 661, JdT 1997 II 90; 2A.227/2006 du 10 octobre 2006 consid. 3.1, in Archives 76 p. 748, RDAF 2006 II p. 419, SJ 2007 I p. 224, Pra 2007 no 30 p. 183; 2C_164/2009 du 13 ao�t 2009 consid. 8.1, in RDAF 2009 II p. 531; Danielle Yersin, in Commentaire romand, Imp�t f�d�ral direct, 2008, Remarques pr�liminaires, nos 88 s.). Lorsque l'accord est nul, il n'est pas exclu que le contribuable puisse invoquer sa bonne foi, afin d'�tre (n�anmoins) trait� conform�ment aux dispositions de la convention. Il faut pour cela que les conditions auxquelles le principe de la bonne foi (art. 9 Cst.) prot�ge le citoyen dans la confiance l�gitime qu'il a mise dans les assurances re�ues des autorit�s soient r�unies (arr�ts pr�cit�s 2C_164/2009 consid. 8.3; 2A.227/2006 consid. 3.3; arr�t 2A.53/1998 du 12 novembre 1998 consid. 8b, in RDAF 1999 II p. 97, RF 54/1999 p. 118, Pra 1999 no 108 p. 587).
Selon la jurisprudence plus ancienne, les vices - en particulier l'absence de base l�gale - affectant un contrat de droit administratif n'entra�naient pas sans autres consid�rations la nullit� de la convention. Les cons�quences du vice d�pendaient d'une pes�e d'int�r�ts, entre l'int�r�t (public) � l'application du droit positif et l'int�r�t (priv�) � la protection de la bonne foi du contribuable (ATF 103 Ia 505 consid. 4 p. 514 s.; arr�t A.454/1987 du 25 ao�t 1988 consid. 2d, in Archives 58 p. 210, RDAF 1991 p. 12, RF 44/1989 p. 432, StE 1989 A 21.14 no 9; dans le m�me sens Oberson, op. cit., � 25 no 38). Pour ce qui est des conventions accordant des avantages fiscaux, il �tait toutefois admis que l'int�r�t � l'application du droit positif l'emportait g�n�ralement (ATF 103 Ia 505 consid. 4c p. 515 [o� il ne s'agissait cependant pas d'une telle convention et o� l'int�r�t du contribuable � la protection de la bonne foi a �t� jug� pr�pond�rant]; arr�t A.454/1987, pr�cit�, consid. 2e).
En l'absence de base l�gale dans la LIFD, des accords ne peuvent en principe �tre conclus en mati�re d'IFD (arr�ts pr�cit�s 2C_296/2009 consid. 3.1; 2A.227/2006 consid. 3.1; Blumenstein/Locher, op. cit., p. 321; Yersin, op. cit., Remarques pr�liminaires, no 89). Pour ce qui est des ICC, les accords fiscaux sont de mani�re g�n�rale prohib�s par le concordat intercantonal sur l'interdiction des arrangements fiscaux du 10 d�cembre 1948 (s'agissant du canton de Gen�ve, cf. RS/GE D 3 60; ci-apr�s: le concordat), auquel tous les cantons ont adh�r�. Le concordat permet toutefois d'accorder certains all�gements fiscaux (imposition d'apr�s la d�pense des personnes physiques, all�gements en faveur d'entreprises industrielles nouvellement cr��es, ainsi que d'entreprises au capital desquelles une corporation de droit public participe ou qui sont affect�es principalement � un but public ou d'utilit� g�n�rale, cf. art. 1 al. 3 du concordat). Pr�vus par la l�gislation, de tels r�gimes sp�ciaux ne constituent pas des accords fiscaux � proprement parler (Yersin, op. cit., Remarques pr�liminaires, no 90). Depuis l'entr�e en vigueur de la LHID, le concordat a perdu une grande partie de son importance, du moment que nombre des limitations qu'il pr�voit sont �galement r�glement�es par cette loi f�d�rale (cf. not. art. 5, 6 et 23 al. 3 LHID) qui l'emporte sur les dispositions du droit intercantonal (Oberson, op. cit., � 3 no 67; Reich, op. cit., � 4 no 36).
3.2 L'accord fiscal au sens ci-dessus doit �tre distingu� de l'accord de proc�dure (Verst�ndigung, Einigung), que l'autorit� fiscale et le contribuable concluent durant la phase de la taxation, sans d�roger � la loi, en vue de fixer des �l�ments de fait d�terminants, dont l'�tablissement est difficile ou exigerait des mesures disproportionn�es. Tel est le cas notamment lorsqu'il s'agit d'�tablir la valeur d'un immeuble et que la d�termination ou l'estimation de celle-ci se heurte � d'importantes difficult�s. Conforme au droit mat�riel, un accord de ce genre ne n�cessite pas de base l�gale (ATF 119 Ib 431 consid. 4 p. 437 s.; arr�t 2C_296/2009, pr�cit�, consid. 3.1 et 3.2 et la jurisprudence cit�e; Blumenstein/Locher, op. cit., p. 320; Zweifel/Casanova, op. cit., � 1 no 7; Oberson, op. cit., � 25 no 33).
D�coulant directement de l'art. 9 Cst. et valant pour l'ensemble de l'activit� �tatique, le principe de la bonne foi prot�ge le citoyen dans la confiance l�gitime qu'il met dans les assurances re�ues des autorit�s, lorsqu'il a r�gl� sa conduite d'apr�s des d�cisions, des d�clarations ou un comportement d�termin� de l'administration. Selon la jurisprudence, un renseignement ou une d�cision erron�s de l'administration peuvent obliger celle-ci � consentir � un administr� un avantage contraire � la r�glementation en vigueur, � condition que (a) le renseignement ait �t� donn� sans r�serve, (b) que l'autorit� soit intervenue dans une situation concr�te � l'�gard de personnes d�termin�es, (c) qu'elle ait agi ou soit cens�e avoir agi dans les limites de ses comp�tences et (d) que l'administr� n'ait pas pu se rendre compte imm�diatement de l'inexactitude du renseignement obtenu. Il faut encore que celui-ci se soit fond� sur les assurances ou le comportement dont il se pr�vaut pour (e) prendre des dispositions auxquelles il ne saurait renoncer sans subir de pr�judice, (f) que la r�glementation n'ait pas chang� depuis le moment o� l'assurance a �t� donn�e et que (g) l'int�r�t � l'application du droit positif ne l'emporte pas sur la protection de la confiance (ATF 137 II 182 consid. 3.6.2 p. 193 et les r�f�rences cit�es).
Le principe de la bonne foi r�git aussi les rapports entre les autorit�s fiscales et les contribuables. Le droit fiscal est toutefois domin� par le principe de la l�galit�, de telle sorte que le principe de la bonne foi ne saurait avoir qu'une influence limit�e, surtout s'il vient � entrer en conflit avec le principe de la l�galit� (cf. art. 5 et 9 Cst.; ATF 131 II 627 consid. 6.1 p. 637; 118 Ib 312 consid. 3b p. 316; Blumenstein/Locher, op. cit., p. 28). Ainsi, le contribuable ne peut b�n�ficier d'un traitement d�rogeant � la loi que si les conditions mentionn�es ci-dessus - qui doivent �tre interpr�t�es de mani�re stricte - sont remplies de mani�re claire et sans �quivoque (arr�t 2C_382/2007 du 23 novembre 2007 consid. 3 et la jurisprudence cit�e).
5.1 Aux termes de l'art. 57 LIFD, l'imp�t sur le b�n�fice a pour objet le b�n�fice net. Selon l'art. 58 al. 1 LIFD, le b�n�fice net imposable comprend notamment le solde du compte de r�sultats (let. a), ainsi que tous les pr�l�vements op�r�s sur le r�sultat commercial avant le calcul du solde du compte de r�sultats, qui ne servent pas � couvrir des d�penses justifi�es par l'usage commercial (let. b). Au nombre de ces pr�l�vements figurent les distributions dissimul�es de b�n�fice (let. b 5e tiret).
Selon la jurisprudence, il y a distribution dissimul�e de b�n�fice, lorsqu'une personne morale fait � ses actionnaires ou � toute personne la ou les touchant de pr�s, sans contre-prestation �quivalente, une prestation appr�ciable en argent, qu'elle n'aurait pas consentie � des tiers dans les m�mes circonstances (ATF 131 II 593 consid. 5.1 p. 607). Encore faut-il que les organes de la soci�t� aient pu reconna�tre le caract�re insolite de cette prestation (ATF 119 Ib 431 consid. 2b p. 435; arr�t 2C_421/2009 du 11 janvier 2010 consid. 3.1 et la jurisprudence cit�e).
5.2 Jusqu'en 2004, les soci�t�s de services, d�finies comme des "soci�t�s de capitaux charg�es de surveiller du point de vue technique ou �conomique les affaires d'une entreprise", �taient soumises � un r�gime sp�cial. Dans une lettre-circulaire du 17 septembre 1997 (pub. in Archives 66 p. 300 s.), consid�rant que la libre formation des prix sur le march� est entrav�e lorsque ces soci�t�s fournissent leurs prestations � des entreprises auxquelles elles sont li�es, l'Administration f�d�rale des contributions avait en effet maintenu la pratique �tablie par des circulaires ant�rieures (datant de 1959 et 1960), selon laquelle les soci�t�s en question "doivent �tre impos�es au moins sur le rendement net qu'une soci�t� ind�pendante retirerait, dans des circonstances analogues, des m�mes prestations de services". Ces soci�t�s �taient d�s lors impos�es sur une marge b�n�ficiaire consid�r�e comme un b�n�fice minimal (cf. Peter Br�lisauer/Flurin Poltera, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/2a, Bundesgesetz �ber die direkte Bundessteuer [DBG], 2e �d., 2008, no 105 ad art. 58 LIFD), qui �tait calcul�e d'apr�s la m�thode dite du prix de revient major� ("cost plus") et qui �quivalait, selon la circulaire en question, � 5% du total des prix de revient ou 1/12 du total des salaires. Si la comparaison avec des tiers faisait appara�tre des taux plus �lev�s, ces derniers �taient d�terminants et devaient �tre appliqu�s.
Ce r�gime particulier devait permettre d'estimer, en l'absence de transactions comparables entre des personnes ind�pendantes (les soci�t�s en question fournissant leurs prestations principalement � des personnes proches � l'�tranger), le b�n�fice qui aurait �t� r�alis� sur un march� de pleine concurrence (Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, Handkommentar zum DBG, 2e �d., 2009, nos 60 s. ad art. 58 LIFD). Il �tait consid�r� comme une pr�cision et une mesure de simplification de la loi (Yersin, op. cit., Remarques pr�liminaires, no 109; Robert Danon, in Commentaire romand, Imp�t f�d�ral direct, op., cit., no 113 ad art. 57-58 LIFD). Il a entre-temps �t� abandonn� (sous r�serve de cas exceptionnels), une nouvelle circulaire du 19 mars 2004 (pub. in Archives 72 p. 708) pr�voyant, en se r�f�rant aux directives de l'OCDE en mati�re de prix de transfert, que la marge b�n�ficiaire imposable des soci�t�s de services doit �tre d�termin�e conform�ment au principe de pleine concurrence, sur la base de prestations comparables entre tiers.
Une autre mesure de simplification �tait la pratique 50/50, applicable aux soci�t�s de domicile et de facturation, selon laquelle, jusqu'� concurrence de 50% du b�n�fice brut de la soci�t�, la justification commerciale des charges pay�es � des personnes proches � l'�tranger �tait admise sans autres preuves (cf. circulaire no 9 de l'Administration f�d�rale des contributions du 19 d�cembre 2001, pub. in Archives 70 p. 520 ss; ATF 119 Ib 431 consid. 4 p. 437; Stephan Kuhn/ Peter Br�lisauer, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/1, Bundesgesetz �ber die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden, 2e �d., 2002, no 72 ad art. 24 LHID; Yersin, op. cit., Remarques pr�liminaires, no 109; Danon, op. cit., no 113 ad art. 57-58 LIFD).
Dans l'affaire publi�e aux ATF 119 Ib 431, l'Administration f�d�rale des contributions avait proc�d� � la taxation de l'imp�t anticip� d� par une soci�t� en appliquant la pratique 50/50. Elle avait pr�cis� que cette taxation �tait faite � bien plaire en vue d'un r�glement � l'amiable et que cette proposition ne l'engageait qu'� la condition qu'elle soit accept�e par la soci�t� contribuable. Le Tribunal f�d�ral a consid�r� qu'il s'agissait l� d'une offre de conclure un accord de proc�dure en vue d'estimer les �l�ments imposables, offre que la soci�t� avait d�clin�e en formant une opposition o� elle contestait le principe m�me de l'imposition. Dans ces conditions, la pratique 50/50 n'�tait plus applicable en l'esp�ce (consid. 4 p. 437 s.; cf. aussi arr�t 2A.12/1994 du 7 novembre 1995 consid. 5, in Archives 65 p. 397, RDAF 1997 II p. 516; Kuhn/Br�lisauer, op. cit., no 73 ad art. 24 LHID).
La Suisse a renonc� � la pratique 50/50 dans le cadre des discussions men�es entre les pays membres de l'OCDE sur la concurrence fiscale dommageable (Danon, op. cit., no 113 ad art. 57-58 LIFD). D�sormais, les r�gles ordinaires sur la justification commerciale des charges comptabilis�es sont applicables (cf. circulaire no 9 de l'Administration f�d�rale des contributions du 22 juin 2005, pub. in Archives 74 p. 205).
6.1 La recourante fait valoir, � l'instar du Tribunal administratif de premi�re instance, que, s'agissant des locaux abritant l'�cole exploit�e par la fondation, l'estimation d'un loyer justifi� par l'usage commercial est difficile sinon impossible en l'absence de donn�es de comparaison sur le march� immobilier local. En se pr�valant notamment de l'ATF 119 Ib 431, elle pr�tend que la convention du 1er octobre 2001 constitue ainsi un accord licite sur des �l�ments de fait, qui tend � simplifier l'application des dispositions l�gales sur la d�termination du b�n�fice net. En niant sa validit�, l'autorit� pr�c�dente aurait viol� le principe de la l�galit�.
Implicitement, la recourante interpr�te l'accord en ce sens que le b�n�fice imposable est dans tous les cas celui fix� forfaitairement (� 3% des 20% de la valeur comptable des immeubles), alors que l'Administration fiscale cantonale (dans sa d�termination sur le recours devant le Tribunal de c�ans, comme d�j� dans son courrier � la recourante du 29 f�vrier 2008) consid�re que le b�n�fice fix� forfaitairement repr�sente un b�n�fice imposable minimal, le r�sultat comptable effectif devant �tre impos� s'il est sup�rieur.
6.2 Le contenu de l'accord du 1er octobre 2001 pr�sente des similitudes avec la pratique qui consistait � d�terminer le b�n�fice imposable des soci�t�s de services sur la base d'un pourcentage du total des prix de revient ou des salaires: comme elle, il para�t s'expliquer par l'absence de donn�es de comparaison permettant de s'assurer de la justification commerciale des transactions avec des personnes proches; il pr�voit un mode de calcul forfaitaire du b�n�fice imposable, cens� correspondre � celui qui serait r�alis� entre des personnes ind�pendantes; ce mode de calcul doit �tre adapt� lorsque des donn�es de comparaison, devenues disponibles, indiquent que le b�n�fice forfaitaire n'�quivaut pas � celui qui serait obtenu dans des conditions de pleine concurrence (cf. la phrase "[d]ans le cas o� cette solution ferait appara�tre dans l'avenir une diff�rence trop importante avec le b�n�fice qui r�sulterait de l'obligation pour la Fondation Y.________ de prendre � bail des locaux analogues aupr�s d'un tiers, votre cliente reprendrait contact avec les administrations fiscales comp�tentes [...]" dans le courrier du 1er octobre 2001).
En l'occurrence, il ne s'agit toutefois pas d'une pratique applicable � toute une cat�gorie de contribuables - le cas �ch�ant moyennant l'accord de l'int�ress� en proc�dure de taxation (cf. ATF 119 Ib 431 et consid. 5.2 ci-dessus) -, mais d'un arrangement r�glant les obligations fiscales d'un contribuable particulier (qui n'a d'ailleurs pas �t� conclu dans le cadre d'une proc�dure de taxation). La conclusion d'un tel accord pose donc probl�me sous l'angle du principe d'�galit�. En outre, l'arrangement en question n'est conciliable avec les art. 57 et 58 al. 1 let. b LIFD que s'il est interpr�t� - comme le pr�conise l'Administration fiscale cantonale - en ce sens que le b�n�fice fix� forfaitairement (� 3% des 20% de la valeur comptable des immeubles) repr�sente un b�n�fice imposable minimal, le r�sultat comptable effectif devant �tre impos� s'il est sup�rieur. Quoi qu'il en soit de son interpr�tation, au plan de l'IFD, l'accord en question ne saurait produire d'effets d�j� pour le motif qu'il n'a pas �t� conclu par l'autorit� comp�tente en la mati�re, � savoir l'Administration f�d�rale des contributions et que rien n'indique non plus que celle-ci ait "ratifi�" la convention par la suite (cf. Yersin, op. cit., no 3 ad art. 2 LIFD, selon qui, pour toutes les op�rations et d�cisions en mati�re d'IFD qui touchent la situation juridique des contribuables, les cantons n'ont pas de r�elle marge de manoeuvre, sauf dispositions l�gales ou r�glementaires contraires).
6.3 La recourante invoque la protection de la bonne foi garantie par l'art. 9 Cst., en faisant valoir qu'en cas d'invalidit� de la convention, cette disposition lui permet d'�tre (n�anmoins) trait�e conform�ment � celle-ci.
Ind�pendamment de la question de l'interpr�tation de l'accord, les conditions pos�es � la mise en oeuvre de l'art. 9 Cst. (cf. consid. 4 ci-dessus) ne sont pas r�unies, m�me s'il est vrai que la recourante a b�n�fici� de plusieurs r�gimes sp�ciaux successifs sur une longue p�riode, ce qui �tait de nature � renforcer l'apparence de validit� de l'arrangement. En effet, la recourante, qui �tait repr�sent�e par un mandataire professionnel, ne pouvait de bonne foi consid�rer que l'Administration fiscale cantonale �tait comp�tente pour conclure un accord en mati�re d'IFD (cf. arr�t 2A.53/1998, pr�cit�, consid. 8c). Surtout, on ne voit pas quelles dispositions la recourante aurait prises au vu de l'accord en question, sur lesquelles elle ne saurait revenir sans subir de pr�judice. Celle-ci fait tout au plus valoir qu'elle a "calcul� des int�r�ts th�oriques de 4.75% conform�ment � la m�thode de calcul retenue dans son statut". Or, cet argument est inop�rant d�j� pour le motif que le taux en question n'est pas pr�vu par l'accord du 1er octobre 2001, mais par la convention du 30 ao�t 1990.
Ainsi, la recourante ne peut valablement invoquer l'art. 9 Cst. aux fins d'�tre trait�e conform�ment � l'accord.
L'autorit� pr�c�dente a confirm� la reprise de 163'689 fr. - montant ressortant de l'arr�t du Tribunal administratif de premi�re instance du 14 juin 2011 -, somme qui venait s'ajouter au b�n�fice net comptable de 74'873 fr.
Le Tribunal administratif de premi�re instance a en effet estim� que le taux d'int�r�t de 4,75% sur la dette de la recourante � l'�gard de la fondation - comme entit� proche - n'�tait pas conforme au march�. Il a retenu un taux admissible de 2,875% repr�sentant la moyenne de 3% (= taux maximal applicable � un cr�dit immobilier �gal � la premi�re hypoth�que, soit jusqu'� concurrence des 2/3 de la valeur v�nale de l'immeuble, dans la branche de la construction de logements, selon la lettre-circulaire de l'Administration f�d�rale des contributions du 26 janvier 2005, intitul�e "Taux d'int�r�t 2005 d�terminants pour le calcul des prestations appr�ciables en argent") et de 2,75% (= taux correspondant selon la lettre-circulaire du 26 janvier 2006 valant pour l'ann�e 2006), compte tenu du fait que l'exercice commercial en cause, allant du 1er juillet 2005 au 30 juin 2006, est � cheval sur les deux ann�es civiles. La diff�rence entre ce taux moyen et celui de 4,75% appliqu� par la recourante donne, en relation avec le montant de la dette de 8'730'101 fr., la somme de 163'689 fr.
On ne voit pas en quoi cette fa�on de proc�der serait contraire aux r�gles du droit f�d�ral sur les prestations appr�ciables en argent. La recourante, � qui il incombe d'�tablir que la prestation constitue une charge justifi�e par l'usage commercial - et non une distribution dissimul�e de b�n�fice - (cf. arr�t 2C_386/2012 du 16 novembre 2012 consid. 5 et la jurisprudence cit�e), n'�voque d'ailleurs pas une telle violation. Dans ces conditions, rien ne s'oppose � ce que la d�cision attaqu�e soit confirm�e pour ce qui est de l'IFD.
Les art. 11 et 12 let. a de la loi genevoise du 23 septembre 1994 sur l'imposition des personnes morales (LIPM; RS/GE D 3 15) correspondent � l'art. 24 al. 1 LHID et aux art. 57 et 58 al. 1 let. a LIFD. Selon l'art. 24 al. 1 let. a LHID, le b�n�fice net imposable comprend les charges non justifi�es par l'usage commercial, port�es au d�bit du compte de r�sultats. Au nombre de celles-ci figurent les distributions dissimul�es de b�n�fice (cf. aussi art. 12 let. h LIPM). De mani�re g�n�rale, les pratiques cantonales relatives � cette derni�re notion correspondent largement � la jurisprudence f�d�rale (Kuhn/ Br�lisauer, op. cit., no 76 ad art. 24 LHID). Tel est le cas en l'esp�ce, o� l'autorit� pr�c�dente s'est r�f�r�e � la jurisprudence du Tribunal de c�ans.
L'accord du 1er octobre 2001 n'est conciliable avec les dispositions pr�cit�es que s'il est interpr�t� en ce sens que le b�n�fice fix� forfaitairement repr�sente un minimum imposable, le solde du compte de r�sultats devant �tre impos� s'il est sup�rieur. Si l'on suit au contraire l'interpr�tation pr�conis�e par la recourante, selon laquelle le b�n�fice imposable est dans tous les cas celui fix� forfaitairement, la convention d�roge � ces dispositions et n�cessite ainsi une base l�gale. L'exigence de base l�gale vaut d'ailleurs, quelle que soit l'interpr�tation faite de la convention, au regard du principe d'�galit� (cf. consid. 6.2 ci-dessus). La conclusion d'un tel accord n'�tant pas autoris�e par la LHID, celui-ci est priv� d'effets �galement en mati�re d'ICC. Par ailleurs, la recourante ne peut, pas plus que pour l'IFD, se pr�valoir de l'art. 9 Cst. afin d'obtenir d'�tre tout de m�me trait�e conform�ment � la convention.
Quant � la d�termination par l'autorit� pr�c�dente du b�n�fice imposable de la recourante, compte tenu d'une reprise de 163'689 fr., il n'appara�t pas qu'elle serait contraire � la LHID. La recourante, � nouveau, ne fait rien valoir de tel. La d�cision entreprise peut ainsi �tre confirm�e aussi en ce qui concerne les ICC.
Vu ce qui pr�c�de, le recours doit �tre rejet� tant s'agissant de l'IFD que des ICC.
Succombant, la recourante doit supporter un �molument judiciaire (cf. art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer de d�pens (cf. art. 68 al. 3 LTF).
Le recours est rejet� en ce qui concerne l'imp�t f�d�ral direct (cause 2C_604/2012).
Le recours est rejet� en ce qui concerne les imp�ts cantonal et communal (cause 2C_603/2012).
Le pr�sent arr�t est communiqu� aux mandataires de la recourante, � l'Administration fiscale cantonale genevoise, � la Cour de justice du canton de Gen�ve, Chambre administrative 1�re section, et � l'Administration f�d�rale des contributions, Division principale de l'imp�t f�d�ral direct, de l'imp�t anticip�, des droits de timbre.
Lausanne, le 10 d�cembre 2012