Source: http://profipravo.cz/index.php?page=article&id_category=16&id_article=259930&csum=3eeabee7
Timestamp: 2017-07-25 22:52:47+00:00
Document Index: 39034483

Matched Legal Cases: ['§ 82', '§ 145', 'zákona č. 280', '§ 65', '§ 82', '§ 19', 'zákona č. 456', '§ 7', '§ 69', '§ 145', '§ 141', '§ 251', '§ 251', 'soud ', '§ 145', '§ 144', '§ 145', '§ 145', '§ 145', '§ 145', '§ 145', '§ 145', '§ 145', '§ 17', '§ 145', 'soud ', 'soud ', 'soud ', 'soud ', 'soud ', 'soud ', 'soud ', '§ 16', 'zákona č. 337', '§ 82', '§ 85', '§ 16', 'zákona č. 337', '§ 84', 'soud ', 'soud ', '§ 145', '§ 143', '§ 145', 'soud ', '§ 5', '§ 145', '§ 145', '§ 1', '§ 143', '§ 145', '§ 145', '§ 85', '§ 145', '§ 87', '§ 82', '§ 145', 'soud ', 'soud ', 'soud ', 'soud ', '§ 2', '§ 5', 'soud ', '§ 143', '§ 145', '§ 7', 'zákona č. 586', '§ 9', '§ 143', '§ 145', '§ 70', '§ 107', 'čl. 2', 'čl. 2', '§ 82', '§ 82', '§ 82', '§ 148', '§ 85', '§ 86', '§ 81', '§ 82', '§ 143', '§ 65', '§ 82', '§ 65', '§ 65', 'Soud ', 'soud ', '§ 148', '§ 65', '§ 65', '§ 82', 'soud ', 'soud ', 'čl. 1', 'soud ', 'soud ', '§ 56', '§ 65', '§ 48', '§ 5', '§ 1', '§ 141', '§ 143', '§ 145', '§ 145', '§ 141', '§ 87', '§ 87', '§ 143', 'in fine', '§ 251', '§ 251', '§ 145', '§ 143', '§ 145']

NSS: Daňová kontrola; doměření daně
Zdroj: č. 3566/2017, Sbírka rozhodnutí Nejvyššího správního soudu (sbirka.nssoud.cz) DAŇOVÉ ŘÍZENÍ: DAŇOVÁ KONTROLA; DOMĚŘENÍ DANĚk § 82 a násl. soudního řádu správníhok § 145 odst. 2 zákona č. 280/2009 Sb., daňového řáduPrejudikatura: č. 1572/2008 Sb. NSS, č. 1983/2010 Sb. NSS, č. 2206/2011 Sb. NSS, č. 2925/2013 Sb. NSS, č. 3015/2014 Sb. NSS a č. 3348/2016 Sb. NSS.Věc: Akciová společnost ALGON PLUS proti Odvolacímu finančnímu ředitelství o zákonnost daňové kontroly, o kasační stížnosti žalobkyně.Jádrem sporu v řízení před rozšířeným senátem byly dvě právní otázky. Tou první bylo, zda v případě, že daňový subjekt má za to, že daňová kontrola (její zahájení, průběh, dílčí úkony či samotný fakt, že se vůbec konala) byla nezákonná a na základě zjištění z této daňové kontroly mu byla doměřena daň, může tvrzenou nezákonnost kontroly uplatňovat jako důvod nezákonnosti rozhodnutí o doměření daně v žalobě proti rozhodnutí správního orgánu podle § 65 a násl. s. ř. s., i když proti nezákonnosti kontroly nebrojil zásahovou žalobou podle § 82 a násl. s. ř. s.Druhou právní otázkou bylo, zda pokud se správce daně dozví o informaci, která by měla vést k doměření daně daňovému subjektu, musí mu vždy dát možnost sám přiznat vyšší daň dodatečným daňovým přiznáním předtím, než zahájí daňovou kontrolu, anebo zda může zahájit i za těchto okolností bez dalšího daňovou kontrolu bez předchozí výzvy k podání dodatečného daňového přiznání a na základě této kontroly daň doměřit.Finanční úřad Praha – západ (správce daně) čtyřmi rozhodnutími ze dne 22. 9. 2011 žalobkyni dodatečně vyměřil na základě daňové kontroly daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období od 1. 1. 2007 do 31. 7. 2008, od 1. 8. 2008 do 31. 12. 2008, od 1. 1. 2009 do 30. 4. 2009 a od 1. 5. 2009 do 31. 12. 2009.Žalobkyně proti těmto rozhodnutím podala odvolání, která žalovaný [zde ještě Finanční ředitelství v Praze, které bylo s účinností od 1. 1. 2013 dle § 19 odst. 1 zákona č. 456/2011 Sb., o Finanční správě České republiky, zrušeno a jeho právním nástupcem se ve smyslu § 7 písm. a) citovaného zákona ve spojení s § 69 s. ř. s. stalo Odvolací finanční ředitelství se sídlem v Brně, s nímž bylo v řízení pokračováno] čtyřmi rozhodnutími ze dne 25. 6. 2012 zamítl.Rozhodnutí žalovaného napadla žalobkyně žalobou u Krajského soudu v Praze. Namítala krom jiného, že správní rozhodnutí byla vydána na základě nezákonně zahájené daňové kontroly, protože správce daně nesplnil povinnost danou § 145 odst. 2 daňového řádu a nevyzval žalobkyni k podání dodatečného daňového tvrzení. Byla tak zkrácena na právu podat na základě výzvy správce daně dodatečné daňové přiznání podle § 141 daňového řádu a vyhnout se doměření daně na základě daňové kontroly. Důsledkem nezákonně zahájené daňové kontroly je zásah do individuálních majetkových práv žalobkyně spočívající v rozdílné právní úpravě sankce v případě doměření daně na základě daňové kontroly (§ 251 odst. 1 až 3 daňového řádu) oproti doměření daně na základě dodatečného platebního výměru (§ 251 odst. 4 daňového řádu). Pokud by byla daň doměřena na základě dodatečných daňových přiznání, nemusela by žalobkyně hradit celkové penále ve výši 12 083 766 Kč.Krajský soud žalobu zamítl rozsudkem ze dne 28. 8. 2014, čj. 45 Af 25/2012-59. K námitce nezákonného zahájení daňové kontroly uvedl, že postup podle § 145 odst. 2 daňového řádu se uplatní pouze tam, kde správce daně může důvodně předpokládat, že podáním dodatečného daňového přiznání v rozsahu nových skutečností a důkazů známých správci daně (a tedy označených ve výzvě) dojde k doměření daně podle § 144 odst. 1 daňového řádu, tedy ve výši, která se nebude odchylovat od daně dodatečně tvrzené. Ovšem v případě potřeby širšího prověření správnosti původně přiznané daně v rámci daňové kontroly by předchozí výzva dle § 145 odst. 2 daňového řádu s pouze dílčím dopadem byla neúčelná a nehospodárná.Proti rozsudku krajského soudu podala žalobkyně (stěžovatelka) kasační stížnost, ve které namítala mimo jiné nesprávné posouzení povinnosti aplikovat v posuzovaném případě § 145 odst. 2 daňového řádu. Přestože § 145 odst. 2 daňového řádu obsahuje slovo „může“, neznamená to, že by byl správce daně jako správní orgán nadán tak širokým správním uvážením, jak uvádí krajský soud.Žalovaný se ve vyjádření ztotožnil s posouzením skutkového stavu a právních otázek krajským soudem. Nesouhlasí s namítanou povinností správce daně aplikovat § 145 odst. 2 daňového řádu, kterou stěžovatelka vyvozuje ze skutečnosti, že správci daně byly před zahájením daňové kontroly předány Policií ČR kopie nezaúčtovaných faktur vystavených stěžovatelkou. Daňová kontrola byla správcem daně naplánována ještě předtím, než byly správci daně Policií ČR poskytnuty faktury. Pouze na žádost stěžovatelky bylo její zahájení odloženo ze dne 6. 12. 2010 na dobu po 15. 1. 2011. Daňová kontrola navíc nebyla zaměřena pouze na nezaúčtované faktury, ale na daňové povinnosti, tvrzení daňového subjektu a jiné okolnosti rozhodné pro správné zjištění a stanovení daně z příjmů za uvedená zdaňovací období. Bylo na správním uvážení správce daně, aby zhodnotil, zda mu vznikl důvodný předpoklad, že bude daň doměřena, a zda se k tomuto předpokladu neváží pochybnosti, jež by bylo nutno ověřit v rámci daňové kontroly. Při posuzování naplnění podmínek pro použití § 145 odst. 2 daňového řádu je nutné brát v úvahu také jednotlivé zásady správy daní, které působí jako korektiv jednotlivých ustanovení daňového řádu. V posuzovaném případě se správce daně musel vypořádat zejména se zásadou ekonomie řízení a rychlosti. Vzhledem k tomu, že správce daně neměl v úmyslu zaměřit daňovou kontrolu pouze na výše zmíněné nezaúčtované faktury, ale obecně na celé příslušné zdaňovací období daně z příjmů právnických osob, byl by postup podle § 145 odst. 2 daňového řádu a až následné zahájení daňové kontroly značně neekonomický a současně neadekvátně zdlouhavý, čili zcela v rozporu s výše uvedenými zásadami. Žalovaný je proto toho názoru, že správce daně posoudil vzniklou situaci správně, jestliže nevyzval stěžovatele ve smyslu § 145 odst. 2 daňového řádu k podání dodatečného daňového tvrzení.První senát dospěl k závěru, že jsou v souladu s § 17 odst. 1 s. ř. s. dány dva důvody pro předložení věci rozšířenému senátu.Prvním je rozporná judikatura Nejvyššího správního soudu v otázce přípustnosti námitek proti zahájení a průběhu daňové kontroly v žalobě proti rozhodnutí (dodatečnému vyměření daně), jemuž tato kontrola předcházela.Druhým je rozporná judikatura v otázce, zda má správce daně před zahájením daňové kontroly povinnost vyzvat daňový subjekt k podání dodatečného daňového tvrzení, případně vyloučit způsobilost případného dodatečného daňového tvrzení pro doměření daně podle § 145 odst. 2 daňového řádu.V posuzované věci stěžovatelka v žalobě namítala nezákonnost zahájení daňové kontroly. Krajský soud se touto námitkou zabýval a jako nedůvodnou ji zamítl. Totožnou námitku poté vznesla stěžovatelka i v kasační stížnosti. Při předběžném posouzení věci první senát nalezl rozdílnou judikaturu Nejvyššího správního soudu v otázce možnosti přezkumu daňové kontroly až při přezkumu následně vydaných správních rozhodnutí.V rozhodnutích Nejvyššího správního soudu již byl vysloven jak právní názor, podle něhož v řízení o žalobě proti rozhodnutí nelze posuzovat zákonnost daňové kontroly, protože tato mohla a měla být napadena žalobou proti nezákonnému zásahu, tak právní názor opačný, podle kterého lze výše uvedené namítat i v řízení o žalobě proti následně vydanému rozhodnutí.První ze zmíněných názorů vyslovil druhý senát v rozsudku ze dne 25. 2. 2013, čj. 2 Afs 65/2012-64, v němž uvedl následující: „Považoval-li žalobce provádění daňové kontroly za nezákonné, mohl a měl proti tomu brojit žalobou proti nezákonnému zásahu podanou ve lhůtě navazující na rozhodnutí o námitkách. Vady, pro které krajský soud označil zahájení a provádění daňové kontroly za nezákonné, by mohly znamenat, že se jednalo o nezákonný zásah. Krajský soud k nezákonnosti zahájení a provádění daňové kontroly, tedy k provedení nezákonného zásahu, nemůže přihlížet až v žalobě podané proti rozhodnutí o věci samé. Výjimkou by bylo, pokud by tato nezákonnost měla vliv na vydání rozhodnutí po uplynutí lhůty – k prekluzi totiž musí soud přihlížet vždy (k tomu srovnej např. nález Ústavního soudu sp. zn. I. ÚS 1169/07, č. 38/2009 Sb. ÚS, či sp. zn. III. ÚS 1420/07, č. 117/2008 Sb. ÚS).“ V posuzované věci bylo výše uvedené jedním z důvodů, proč Nejvyšší správní soud zrušil rozsudek krajského soudu a vrátil mu věc k dalšímu řízení.Týž senát vydal i rozsudek ze dne 28. 11. 2012, čj. 2 As 68/2011-75. Předmětem soudního řízení bylo posouzení zákonnosti rozhodnutí o uložení pokuty, část námitek však směřovala k tvrzené nezákonnosti kontroly označování a evidence turů, která předcházela vydání sankčního rozhodnutí. Podle Nejvyššího správního soudu tato argumentace šla nad rámec soudního přezkumu zákonnosti rozhodnutí o uložení pokuty, a proto nemohla být předmětem tohoto řízení. V rozsudku pak konstatoval, že „[s]těžovatel ale protokol po seznámení bez výhrad podepsal a námitky proti němu nepodal. Proto nemůže teď, v rámci řízení o přezkumu rozhodnutí o uložení sankce, brojit proti údajně nezákonnému zásahu, který měl být způsoben provedenou kontrolou a nahrazovat tak jiný procesní prostředek ochrany, který mu byl k dispozici; toto jednání by bylo možno označit za obcházení zákona. Uvedené, pochopitelně, neznamená, že by případné deficity prováděné kontroly nemohly být v rámci řízení o žalobě proti následně vydanému rozhodnutí vůbec uplatněny. Lze si jistě představit řadu případů, kdy jednotlivé úkony prováděné kontroly mohly být zatíženy, třebas i závažnými, nedostatky. Pokud není zpochybňováno samotné zahájení kontroly či způsob jejího vedení, ale jen soulad některého z jejích kroků se zákonem, není zde prostředkem soudní ochrany žaloba dle části třetí hlavy druhé dílu třetího soudního řádu správního, ale tyto námitky mohou být uplatněny v řízení o žalobě proti rozhodnutí z takové kontroly vzešlému. Stěžovatel však, jak již bylo uvedeno, nesouhlasí s provedenou kontrolou principiálně, neboť ji považuje za neodůvodněnou a svévolnou. Předmětem nyní vedeného soudního řízení ovšem není posuzovat důvody výběru hospodářství stěžovatele, ani způsob provedení kontroly. Proto námitky stěžovatele ohledně zákonnosti provedené kontroly a proti postupu ČPI při jejím provádění, nejsou pro toto řízení podstatné, a zdejší soud je tedy neshledal za nutné vypořádávat.“V obou výše citovaných rozhodnutích druhý senát za prejudikaturu označil usnesení rozšířeného senátu ze dne 31. 8. 2005, čj. 2 Afs 144/2004-110, č. 735/2006 Sb. NSS, v němž soud vyslovil, že „zahájení daňové kontroly podle § 16 zákona č. 337/1992 Sb., o správě daní a poplatků, může být podle okolností nezákonným zásahem, proti kterému je možno podat žalobu podle § 82 a násl. s. ř. s. Taková žaloba je přípustná pouze poté, kdy žalobce bezvýsledně vyčerpal právní prostředek stanovený podle zákona k jeho ochraně (§ 85 s. ř. s.). Tímto právním prostředkem jsou námitky podle § 16 odst. 4 písm. d) zákona č. 337/1992 sb., o správě daní a poplatků. Lhůta k podání žaloby (§ 84 s. ř. s.) počíná běžet od okamžiku, kdy se daňový subjekt dozvěděl o vyřízení námitek.“ Podle rozšířeného senátu musí být soudní ochrana poskytnuta nejen proti nezákonně vydaným platebním výměrům, ale rovněž proti jim předcházejícím daňovým kontrolám.Otázku, zda lze nezákonnost daňové kontroly namítat i následně v řízení o žalobě proti rozhodnutí vydanému na základě daňové kontroly, však rozšířený senát v tomto usnesení výslovně neřešil. Prvnímu senátu nebylo zřejmé, z čeho dovodil druhý senát své jednoznačné závěry.Oproti tomu v rozsudku ze dne 26. 10. 2009, čj. 8 Afs 46/2009-46, č. 1983/2010 Sb. NSS, Nejvyšší správní soud výslovně uvedl, že „[n]evyužije-li daňový subjekt možnosti bránit se podle něj nezákonně zahájené daňové kontrole cestou žaloby na ochranu před nezákonným zásahem, jistě to nijak nebrání jeho možnosti namítat nezákonnost takového zahájení později v rámci žaloby proti rozhodnutí“.V řadě dalších rozhodnutí Nejvyšší správní soud sice explicitně nevyslovil tento závěr, nicméně se námitkami ve vztahu k zahájení, průběhu či ukončení daňové kontroly zabýval (např. rozsudky ze dne 5. 12. 2013, čj. 9 Afs 98/2013-31, ze dne 4. 1. 2012, čj. 1 Afs 74/2011-126, či ze dne 9. 3. 2011, čj. 2 Afs 85/2010-119).První senát dále poukázal na to, že i podle relevantní odborné literatury, „[d]omnívá-li se daňový subjekt, že výsledkem daňové kontroly je nesprávné nebo nezákonné rozhodnutí a k nápravě nedošlo v průběhu daňové kontroly, je možné se bránit i po jejím skončení“ (viz Zatloukal, T. Daňová kontrola v širších souvislostech. 2. vyd. Praha: C. H. Beck, 2011, s. 281).S ohledem na výše uvedené měl první senát za to, že závěry o přezkumu námitek vztahujících se k daňové kontrole v řízení o žalobě proti rozhodnutí jsou rozporné. Prvnímu senátu proto nezbylo než se obrátit na rozšířený senát, jehož názor je nutný pro posouzení, zda je namístě zabývat se kasačními námitkami stěžovatelky ve vztahu k zákonnosti zahájení daňové kontroly.Podle předkládajícího senátu by měly být námitky vztahující se k daňové kontrole přípustné rovněž v žalobě proti dodatečnému platebnímu výměru, jakkoliv nemusí být shledány důvodnými, mimo jiné i proto, že ne každá vada v postupu správních orgánů může způsobovat nezákonnost jejich meritorního rozhodnutí.V souvislosti s nastíněnou problematikou vyvstává celá řada otázek: Lze žalovat daňovou kontrolu v žalobě proti rozhodnutí, pokud daňová kontrola může být zásahem? Bylo by možno podat žalobu proti dodatečnému platebnímu výměru a namítat v ní nezákonnost daňové kontroly, pokud již proti ní byla podána zásahová žaloba, o níž doposud nebylo rozhodnuto?První senát dodal, že pokud by bylo možné napadat daňovou kontrolu jak zásahovou žalobou, tak žalobou proti rozhodnutí, mohlo by vzhledem k bezprostřední návaznosti dodatečných platebních výměrů na provedenou daňovou kontrolu docházet k tomu, že by před rozhodnutím o zásahové žalobě byla podána žaloba proti rozhodnutí o daňové povinnosti. Zakládala by pak zásahová žaloba překážku litispendence či překážku věci rozhodnuté? Společnou podmínkou v případě obou překážek je totožnost věci. Ta se v případě obou žalobních typů odvíjí shodně od totožnosti účastníků, a dále v případě žaloby proti rozhodnutí od totožnosti napadeného rozhodnutí. V případě zásahové žaloby pak hraje roli totožnost účastníků a požadavek uložení shodné povinnosti (srov. Potěšil, L., Šimíček, V. a kol. Soudní řád správní. Komentář. 1. vyd. Praha: Leges, 2014, s. 365). Vzhledem k takto vymezené totožnosti věci by podle prvního senátu dříve podaná zásahová žaloba překážku litispendence ani překážku rei iudicatae nezakládala. Paralelně by tak mohla být vedena dvě soudní řízení a následně vydána dvě soudní rozhodnutí s rozdílnými závěry ve vztahu k téže daňové kontrole.První senát dále uvedl, že pokud by rozšířený senát otevřel obě cesty soudního přezkumu a umožnil by v posuzovaném případě zabývat se námitkami stěžovatelky ve vztahu k zákonnosti daňové kontroly i v rámci soudního přezkumu následně vydaných správních rozhodnutí, vyvstává v předkládané věci další otázka, a to zda má správce daně před zahájením daňové kontroly povinnost vyzvat daňový subjekt k podání dodatečného daňového tvrzení, případně vyloučit způsobilost případného dodatečného daňového tvrzení pro doměření daně podle § 145 odst. 2 daňového řádu, podle něhož „[p]okud lze důvodně předpokládat, že bude daň doměřena, může správce daně vyzvat daňový subjekt k podání dodatečného daňového tvrzení a stanovit náhradní lhůtu. Nevyhoví-li daňový subjekt této výzvě ve stanovené lhůtě, může správce daně doměřit daň podle pomůcek. S tímto ustanovením souvisí § 143 odst. 3 téhož zákona, podle kterého platí, že ‚[k] doměření z moci úřední může dojít pouze na základě výsledku daňové kontroly. Zjistí-li správce daně nové skutečnosti nebo důkazy mimo daňovou kontrolu, na jejichž základě lze důvodně předpokládat, že bude daň doměřena, postupuje podle § 145 odst. 2.‘ “K těmto ustanovením daňového řádu se Nejvyšší správní soud vyjádřil v rozsudku ze dne 6. 5. 2015, čj. 2 Afs 209/2014-23 (ve věci šlo o zásahovou žalobu proti daňové kontrole), v němž uvedl, že za jejich smysl „je třeba považovat především regulaci postupu správce daně v případě naplnění hypotézy důvodného předpokladu doměření daně. Zákonodárce tím dává najevo, že v takovém případě není určení dalšího postupu zcela na volné úvaze správce daně. Jedná se v podstatě o pokyn k umožnění realizace povinnosti tvrzení daňového subjektu, a v důsledku vlastně o průmět základních zásad správy daní, konkrétně zásad přiměřenosti a zdrženlivosti (§ 5 odst. 3 daňového řádu).“ V témž rozhodnutí pak druhý senát dospěl k striktnímu závěru, že „[p]akliže správce daně nevyzve daňový subjekt k podání dodatečného daňového tvrzení, a namísto toho zahájí daňovou kontrolu bez předchozího vyloučení způsobilosti případného dodatečného daňového tvrzení pro doměření daně, dojde tím k nerespektování zásady přiměřenosti a zásady zdrženlivosti při správě daní. Takto zahájenou daňovou kontrolu je pak nutno považovat za nezákonně zahájenou, přičemž jednotlivé úkony prováděné daňové kontroly i její celek nutně představují nezákonný zásah do práv daňového subjektu.“Oproti tomu v rozsudku ze dne 5. 12. 2013, čj. 9 Afs 98/2013-31 (ve věci šlo o žalobu proti rozhodnutí o dodatečném vyměření daně), dospěl devátý senát k závěru, že správce daně nepostupoval nezákonně, pokud i přes existenci důvodných pochybností po provedení místního šetření nevyzval daňový subjekt k podání dodatečného daňového tvrzení podle § 145 odst. 2 daňového řádu, protože v daném případě vedle předpokladu doměření daně existovaly i pochybnosti, které bylo vhodné prověřit v rámci kontroly.První senát měl za to, že rovněž tato rozhodnutí jsou ve vzájemném rozporu, a je proto namístě, aby rozšířený senát zodpověděl otázku, zda lze považovat za nezákonně zahájenou daňovou kontrolu bez předchozího vyloučení výzvy k podání dodatečného daňového tvrzení podle § 145 odst. 2 daňového řádu.Předkládající senát k samotné otázce vyjádřil názor, že má-li správce daně konkrétní indicie týkající se nesprávnosti daňového tvrzení, je namístě výzva k dodatečnému daňovému tvrzení. Svůj názor opřel o úvodní ustanovení daňového řádu vymezující předmět a účel právní úpravy, v nichž zákon stanoví, že základem pro správné zjištění a stanovení daně je řádné, popřípadě dodatečné daňové tvrzení podané daňovým subjektem (§ 1 odst. 3 daňového řádu). Toto ustanovení následně potvrzují a konkretizují i výše citované § 143 odst. 3 a § 145 odst. 2 daňového řádu.Pokud má tedy správce daně indicie nasvědčující povinnosti k podání daňového tvrzení, musí nejprve vyzvat daňový subjekt, aby takový úkon sám učinil, a současně jej poučit o důsledcích nesplnění výzvy; až poté lze zahájit daňovou kontrolu. Jednotlivé kroky (výzva podle § 145 daňového řádu, daňová kontrola podle § 85 daňového řádu) by tedy měly být prováděny v logické návaznosti.Současně si je první senát vědom, že výzva nemusí předcházet každé daňové kontrole. Oproti potvrzování zjištění, kdy správce daně při kontrole prověřuje a má podle prvního senátu povinnost k výzvě podle § 145 odst. 2 daňového řádu, stojí situace, kdy správce daně konkrétní indicie nemá a při prvním úkonu teprve začne zjišťovat daňovou povinnost nebo její rozsah (srov. § 87 odst. 1 daňového řádu), aniž by předtím musel daňový subjekt vyzývat k daňovému tvrzení.Rozšířený senát Nejvyššího správního soudu rozhodl, že v žalobě proti rozhodnutí o stanovení daně lze namítat nezákonnost daňové kontroly, která předcházela jeho vydání, i pokud žalobce nenapadl její nezákonnost zásahovou žalobu dle § 82 a násl. s. ř. s., a dále, že dozví-li se správce daně jinak než na základě daňové kontroly (zejména z poznatků při správě jiných daní, z informací od jiných orgánů či soukromých subjektů nebo z vlastní vyhledávací činnosti) o skutečnostech či důkazech nasvědčujících tomu, že by daňovému subjektu měla být určitá daň doměřena, je zásadně povinen daňový subjekt o tom zpravit a vyzvat jej podle § 145 odst. 2 věty první daňového řádu k podání dodatečného daňového tvrzení.Z ODŮVODNĚNÍ:III.Posouzení věci rozšířeným senátemIII.1 Pravomoc rozšířeného senátu(...)III.1.1 Pravomoc ve vztahu k otázce uplatnitelnosti námitek proti zákonnosti daňové kontroly v řízení o žalobě proti rozhodnutí správního orgánu[33] Ve vztahu k první sporné právní otázce je pravomoc rozšířeného senátu zjevně dána. V rozsudcích ze dne 25. 2. 2013, čj. 2 Afs 65/2012 - 64, a ze dne 28. 11. 2012, čj. 2 As 68/2011 - 75, Nejvyšší správní soud vyjádřil právní názor, že námitky týkající se zákonnosti kontrolního postupu, jímž byly zjištěny skutečnosti rozhodné pro následné shledání či uložení povinnosti k nápravě nebo sankce (v daňovém řízení konkrétně povinnosti platit vyšší než předtím stanovenou daň), nelze uplatnit v žalobě proti rozhodnutí, jímž byla tato povinnost stanovena, nebyly-li uplatněny v žalobě na ochranu před samotným kontrolním postupem. Naopak v rozsudku ze dne 26. 10. 2009, čj. 8 Afs 46/2009-46, č. 1983/2010 Sb. NSS, týž soud uvedl, že taková podmíněnost neplatí; implicitně pak tento názor vyjádřil Nejvyšší správní soud i v dalších svých prvním senátem zmiňovaných rozhodnutích.III.1.2 Pravomoc ve vztahu k otázce, zda je nezbytné před zahájením daňové kontroly vyzvat daňový subjekt k podání dodatečného daňového přiznání[34] Pravomoc rozšířeného senátu je dána i ve vztahu ke druhé sporné právní otázce, jakkoli na první pohled rozpor v právních názorech vyslovených v již vydaných rozhodnutích Nejvyššího správního soudu není tak výrazný.[35] V rozsudku ze dne 6. 5. 2015, čj. 2 Afs 209/2014-23, vyšel Nejvyšší správní soud důsledně, byť nikoli kategoricky, ze zásady zdrženlivosti a přiměřenosti zásahu do právní sféry daňového subjektu (§ 2 odst. 2 dřívějšího zákona o správě daní a poplatků, nyní § 5 odst. 3 daňového řádu). Uvedl (zvýraznění provedeno rozšířeným senátem): „Přednostně přichází v úvahu právě výzva daňovému subjektu k podání dodatečného daňového přiznání, k níž je třeba přistoupit vždy, kdy není prima facie zjevné, že na základě dodatečného daňového přiznání nebude možné dosáhnout cíle řízení, pročež by využití výzvy nebylo v souladu s požadavkem rychlosti a hospodárnosti daňového řízení. Podstatné je v takovém případě vyhodnocení všech známých skutkových okolností vztahujících se k důvodu pochybností, k daňovému subjektu a jeho postoji k plnění daňových povinností, nevyjímaje z toho ani časový faktor, vyžadující volbu postupu ovlivňujícího běh lhůty, pokud je toho třeba.“[36] Oproti tomu v rozsudku ze dne 5. 12. 2013, čj. 9 Afs 98/2013-31, ponechal Nejvyšší správní soud správci daně podstatně větší a konkrétními omezujícími pravidly reflektujícími požadavek zdrženlivosti a přiměřenosti zásahu do právní sféry daňového subjektu prakticky nelimitovaný prostor pro volbu, zda nejprve vyzvat k podání dodatečného daňového přiznání, anebo rovnou zahájit daňovou kontrolu. Uvedl (zvýraznění provedeno rozšířeným senátem): „Zjistí-li správce daně nové skutečnosti nebo důkazy mimo daňovou kontrolu, na jejichž základě lez důvodně předpokládat, že bude daň doměřena, může vyzvat daňový subjekt k podání dodatečného daňového tvrzení (§ 143 odst. 3 a § 145 odst. 2 daňového řádu). Ze správního spisu je zřejmé, že finanční úřad měl důvodné pochybnosti o zařazení příjmů stěžovatele z podnájmu vozidla třetí osobě pod příjmy dle § 7 odst. 1 písm. b) zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů [namísto § 9 odst. 1 písm. b) zákona o daních z příjmů], a to zejména s ohledem na tvrzení stěžovatele o používání vozidla pro své podnikání a s ohledem na listinný důkaz o pronájmu vozidla třetí osobě. Správci daně nebylo zřejmé, v jakém poměru bylo v letech 2009 a 2010 vozidlo užíváno zúčastněnými subjekty. Finanční úřad však nemusel s jistotou předvídat doměření daně, neboť doměření daně bylo závislé na zjištění uvedených skutečností z dalších důkazů (např. knihou jízd). Lze tedy sice souhlasit se stěžovatelem, že dodatečné doměření daně představovalo potvrzení již počátečních pochybností finančního úřadu ohledně klasifikace příjmů stěžovatelem, nicméně daňový řád vyžaduje pro postup dle § 143 odst. 3 ve spojení s § 145 odst. 2 daňového řádu ‚důvodný předpoklad doměření daně‘. V projednávané věci nelze konstatovat, že by správce daně zahájením daňové kontroly porušil práva daňového subjektu, neboť vedle předpokladu doměření daně existovaly i pochybnosti, které bylo vhodné prověřit v rámci daňové kontroly.[37] Rozdíl v náhledu mezi shora zmíněnými rozsudky druhého a devátého senátu spočívá v tom, v jaké míře je volba mezi výzvou k podání dodatečného daňového přiznání, anebo k bezprostřednímu zahájení daňové kontroly věcí zásadně nelimitované úvahy správce daně, a v jaké míře naopak je svázána jednou ze základních zásad správy daní, konkrétně se zásadou zdrženlivosti a přiměřenosti zásahu do právní sféry daňového subjektu. Zatímco druhý senát trvá na důsledném uplatňování této zásady, byť připouští široký okruh výjimek a vyžaduje komplexní zhodnocení situace správcem daně, devátému senátu postačuje k bezprostřednímu zahájení daňové kontroly bez předchozí výzvy k podání dodatečného daňového tvrzení, že je takový postup vzhledem ke konkrétním okolnostem vhodný k prověření situace daňového subjektu. I v druhé sporné právní otázce je tedy pravomoc rozšířeného senátu dána.III.2 Právní názor rozšířeného senátuIII.2.1 K otázce uplatnitelnosti námitek proti zákonnosti daňové kontroly v řízení o žalobě proti rozhodnutí správního orgánu[38] Daňový řád systematicky rozlišuje mezi „řízeními“ a „(dalšími) postupy“ (viz jeho systematika v hlavě VI, § 70 až § 107). Zatímco „postupy“ jsou komplexní soubory pravomocí správce daně zjišťovat rozhodné skutečnosti, a to někdy i prostředky silně vstupujícími do nejrůznějších soukromých sfér daňového subjektu, „řízení“ povětšinou směřují k vlastnímu shledání či uložení povinností (výjimečně i práv, např. na odpočet DPH) daňového subjektu.[39] „Postupy“ se od „řízení“ liší povahou svých případných zásahů do právní sféry daňového subjektu. Postupy se právní sféry daňového subjektu dotýkají již samy o sobě tím, že jsou správcem daně prováděny, jakkoli konkrétní povaha a závažnost dopadů provádění postupů může být případ od případu velmi různá - někdy provádění daňové kontroly nemusí daňový subjekt fakticky nijak výrazně pocítit. Podstatné je však to, že „postup“ je uplatněním pravomoci, k němuž je třeba zákonného podkladu a který je možno provádět jen a pouze v zákonem stanovených mezích a zákonem stanovenými způsoby (viz čl. 2 odst. 2 Listiny základních práv a svobod a čl. 2 odst. 3 Ústavy).[40] Soudní ochrana před „postupem“, mezi jinými tedy i před daňovou kontrolou, tedy slouží k tomu, aby uplatnění pravomoci správcem daně udržela v zákonných mezích a zabránila mu, případně zpětně deklarovala jeho protizákonnost, v případech, kdy by bylo ze zákonných mezí vykročeno. K tomu slouží ve správním soudnictví tzv. zásahová žaloba podle § 82 a násl. s. ř. s. Jí se lze bránit proti všem aspektům daňové kontroly, které mají dopady do právní sféry daňového subjektu popsané v § 82 s. ř. s.[41] Podle § 82 s. ř. s. „[k]aždý, kdo tvrdí, že byl přímo zkrácen na svých právech nezákonným zásahem, pokynem nebo donucením [...] správního orgánu, který není rozhodnutím, a byl zaměřen přímo proti němu nebo v jeho důsledku bylo proti němu přímo zasaženo, může se žalobou u soudu domáhat ochrany proti němu nebo určení toho, že zásah byl nezákonný“. Z citovaného ustanovení plyne, že se v první řadě musí jednat o přímé zkrácení práv daňového subjektu v tom smyslu, že daňová kontrola musí směřovat přímo proti daňovému subjektu, který proti ní žalobou brojí. Nelze například brojit žalobou proti daňové kontrole vůči třetí osobě, která má nepřímé (např. ekonomické, reputační aj.) dopady na právní pozici žalobce, třeba proto, že třetí osobu váže se žalobcem nějaké právní či faktické pouto.[42] Zásahovou žalobou se lze domáhat ochrany před různými aspekty daňové kontroly. V první řadě připadá v úvahu ochrana před tím, že daňová kontrola byla vůbec zahájena nebo že vůbec probíhá. Součástí zákonných limitů kontroly jsou totiž časové i jiné podmínky jejího zahájení a provádění (zejména zahájení a provádění kontroly jen ve lhůtě pro stanovení daně, viz zejm. § 148 odst. 3 daňového řádu, a zahájení opakované daňové kontroly jen za splnění podmínek podle § 85 odst. 5 daňového řádu). Dále lze brojit proti konkrétním úkonům správce daně v rámci kontroly, zejména proti konkrétním excesům ze zákonných mezí při zásazích do soukromé sféry daňového subjektu, například při zjišťování skutečností a zajišťování důkazů v podnikatelských prostorách, event. obydlí daňového subjektu postupem podle § 86 odst. 4 ve spojení s § 81 odst. 1 daňového řádu. Konečně je daňový subjekt oprávněn zásahovou žalobou brojit proti nezákonné nečinnosti správce daně při kontrole. Pomocí zásahové žaloby nicméně nelze docílit „předstižného“ posouzení zákonnosti takových jednotlivých procesních úkonů správce daně, které samy o sobě nemají povahu zásahu ve smyslu § 82 s. ř. s., ale jejichž zákonnost může mít význam při posuzování zákonnosti případného rozhodnutí, jímž by na základě zjištění z daňové kontroly byla stanovena daň (viz k tomu rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 31. 7. 2006, čj. 8 Aps 2/2006-95, podle něhož „prostřednictvím žaloby na ochranu před nezákonným zásahem nelze podrobovat testu zákonnosti jednotlivé procesní úkony správního orgánu, které zpravidla směřují k vydání rozhodnutí a samy o sobě nepředstavují zásah do práv účastníka řízení“).[43] Z výše uvedeného je patrné, co je předmětem řízení o zásahové žalobě ve věci daňové kontroly – není jím výsledek kontroly, tedy samotný obsah zjištění při kontrole získaných, nýbrž naopak samotné jednání správce daně v kontrole. Soudní ochrana proti daňové kontrole směřuje k tomu, aby zajistila, že správce daně uplatní své pravomoci v souladu se zákonem; naopak neposkytuje ochranu před výsledkem kontroly, tedy před kontrolními zjištěními.[44] Smyslem a účelem kontroly je prověřit skutečnosti rozhodné pro stanovení daně. V případě, že se skutkový stav kontrolou zjištěný či jeho právní důsledky odchylují od skutkového stavu resp. právních důsledků předtím relevantně deklarovaných či zjištěných (typicky od tvrzení daňového subjektu v jeho dřívějším řádném či dodatečném daňovém přiznání, výjimečně však i zjištěných jiným způsobem, například v předchozí daňové kontrole, jde-li nyní o daňovou kontrolu opakovanou v souladu se zákonem), jsou zjištění z daňové kontroly podkladem pro navazující postup správce daně, a sice úpravu daňové povinnosti daňového subjektu. To se typicky děje v „řízení“, a sice v řízení doměřovacím, konkrétně doměřením daně z moci úřední (§ 143 odst. 1 věta první, 2. alt. daňového řádu, viz též jeho odst. 3 větu první). Zjištění z daňové kontroly jsou v tomto řízení klíčovým podkladem pro rozhodnutí správce daně.[45] Předmětem doměřovacího řízení je daňová povinnost daňového subjektu a výstupem tohoto řízení je „rozhodnutí“ správce daně (resp. odvolacího orgánu) ve smyslu § 65 odst. 1 s. ř. s., které podléhá soudnímu přezkumu na základě žaloby proti rozhodnutí správního orgánu.[46] Je proto nutno důsledně rozlišovat mezi dvěma typy předmětu řízení ve správním soudnictví – na jedné straně daňovou kontrolou jako typovým předmětem řízení o zásahové žalobě podle § 82 a násl. s. ř. s. a na straně druhé samotnou daňovou povinností jako typovým předmětem řízení o žalobě proti rozhodnutí správního orgánu podle § 65 a násl. s. ř. s.[47] Výše uvedené nicméně neznamená, že by daňová kontrola nemohla být v určitých ohledech zkoumána i v řízení podle § 65 a násl. s. ř. s.[48] V řízení o zásahové žalobě je jeho předmětem daňová kontrola takříkajíc per se, tedy sama o sobě, jako taková. Soud posuzuje, zda byla prováděna způsobem, který do právní sféry žalobce zasáhl toliko v souladu se zákonem. Pokud ne, jeho výrok směřuje opět proti kontrole samotné – zakáže její další provádění, přikáže ji neprodleně ukončit, dochází-li v ní k průtahům, nařídí nápravu nepřípustného excesu, k němuž v rámci kontroly došlo, anebo – skončila-li již kontrola, deklaruje její nezákonnost jako celku či nezákonnost nějakého konkrétního úkonu správce daně v rámci kontroly.[49] V řízení o žalobě proti rozhodnutí správního orgánu je daňová kontrola, v rámci níž byla učiněna zjištění, jež se stala podkladem doměření daně, posuzována již nikoli sama o sobě, nýbrž jen a pouze z toho hlediska, zda jsou zjištění z ní plynoucí zákonným podkladem pro doměření daně a nakolik je lze považovat za vypovídající, dostatečná a spolehlivá. Správní soud v první řadě hodnotí, zda zjištění byla kontrolou učiněna za situace, že vůbec být pořízena mohla (například zjištění pořízená kontrolou po uplynutí lhůty pro stanovení daně či kontrolou nezákonně opakovanou nemohou být vůbec podkladem pro stanovení daně). Dále u obecně přípustných zjištění hodnotí, nakolik z nich plyne, co z nich správce daně usoudil. V některých případech může samotné hodnocení daňové kontroly a jejího průběhu být důležité pro posouzení, zda bylo vůbec možno daň doměřit (typicky při zkoumání, byla-li daňová kontrola zahájena a prováděna tak, že její konání mělo účinek předpokládaný v § 148 odst. 3 daňového řádu).[50] Z odlišnosti typových předmětů řízení u zásahové žaloby a u žaloby proti rozhodnutí správního orgánu, týkají-li se obě řízení v určitém ohledu daňové kontroly, je patrné, že oba prostředky soudní ochrany jsou žalobci k dispozici vedle sebe (v praxi však z časového hlediska bude obvykle zásahová žaloba předcházet žalobě podle § 65 a násl. s. ř. s.), neboť každý z nich slouží poněkud jinému účelu a zabývá se daňovou kontrolou z odlišných úhlů pohledu. Již jen z tohoto důvodu nelze ve vztahu mezi takovýmito řízeními uvažovat o překážce litispendence či věci rozhodnuté. Nelze proto dovozovat, že podmínkou přípustnosti výtek v řízení o žalobě podle § 65 a násl. s. ř. s. vůči doměření daně opírajících se o tvrzenou nezákonnost daňové kontroly jako takové či nějakého jejího konkrétního úkonu, byla-li zjištění opatřená kontrolou podkladem pro doměření daně, je předchozí uplatnění těchto výtek v žalobě podle § 82 s. ř. s. směřující vůči této kontrole. Z ustanovení o podmínkách přípustnosti obou žalob nic takového neplyne. Neplyne to ani ze vzájemného poměru těchto žalob v systému správního soudnictví – oba typy žalob stojí vedle sebe relativně autonomně, v obou případech je předmětem žaloby autoritativní jednání orgánu veřejné správy, navzájem se však liší formou (blíže k tomu viz body 17 až 21 usnesení rozšířeného senátu ze dne 16. 11. 2010, čj. 7 Aps 3/2008-98, č. 2206/2011 Sb. NSS).[51] Na druhé straně však nutno připustit – a předkládající první senát na to důvodně upozorňuje –, že někdy bude nezbytné řešit napětí mezi skutkovými a právními závěry správních soudů učiněnými na straně jedné v rámci řízení o zásahové žalobě, na straně druhé v rámci řízení o žalobě proti rozhodnutí správního orgánu, budou-li se týkat téže konkrétní daňové kontroly. V řízení o zásahové žalobě například může správní soud dospět k závěru, že daňová kontrola či její žalobou napadený konkrétní úkon je v souladu se zákonem, zatímco soud v řízení o žalobě proti rozhodnutí správního orgánu bude mít pro účely posouzení přípustnosti či relevance zjištění jsoucích podkladem pro doměření daně tendenci dospět při řešení téže otázky k závěru opačnému.[52] Je nepochybné, že orgány veřejné moci by zásadně měly tytéž skutkové či právní otázky hodnotit shodně, to ostatně plyne již ze zákazu libovůle, jenž je klíčovou součástí pojmu materiálního právního státu (čl. 1 odst. 1 Ústavy, srov. obdobně ve vztahu dvou daňových řízení rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 30. 1. 2008, čj. 2 Afs 24/2007-119, č. 1572/2008 Sb. NSS). Obecně vzato není v pořadí druhý ze soudů, jež rozhodují, vázán závěry prvního ve smyslu vázanosti rozhodnutím o předběžné otázce. Pokud se však již jeden ze soudů k otázce zákonnosti daňové kontroly vyslovil, je druhý soud povinen jeho názor reflektovat. Znamená to, že je povinen se tímto názorem zabývat, vzít jej v úvahu a odchýlit se od něho pouze z důvodů, které důkladně vyloží. Nezřídka mohou být odchylky v závěrech obou soudů dány nikoli v odlišném vidění reality, nýbrž v procesní aktivitě nebo pasivitě anebo argumentační přesvědčivosti samotných účastníků řízení. Stejně tak mohou být odlišnosti v závěrech soudů dány tím, že určité aspekty první z nich nehodnotil, nepovažoval za relevantní apod., zatímco druhý soud ano. Konečně, jakkoli by k tomu mělo docházet jen výjimečně, může být závěr prvního ze soudů v očích druhého nesprávný; v takovém případě je třeba, aby odůvodnění odchylky od závěrů prvního soudu bylo obzvláště precizní a přesvědčivé.[53] O zásahové žalobě se rozhoduje přednostně (§ 56 odst. 1 a 3 s. ř. s.), proto by obecně vzato mělo rozhodnutí v této věci časově výrazně předcházet rozhodnutí o žalobě proti rozhodnutí o stanovení daně opírajícímu se o skutková zjištění učiněná v dotyčné daňové kontrole. Ne vždy tomu tak však z nejrůznějších důvodů musí být. V takových případech pak bude obvykle vhodné, poběží-li současně jak řízení o zásahové žalobě, tak řízení o žalobě podle § 65 a násl. s. ř. s., přičemž obě se budou zabývat z určitých úhlů pohledu toutéž daňovou kontrolou, aby později zahájené řízení bylo podle § 48 odst. 3 písm. d) s. ř. s. přerušeno do skončení prvního z nich.III.2.2 K otázce, kdy má správce daně před zahájením daňové kontroly povinnost vyzvat daňový subjekt k podání dodatečného daňového přiznání[54] Podle § 5 odst. 3 daňového řádu „[s]právce daně šetří práva a právem chráněné zájmy daňových subjektů a třetích osob [...] v souladu s právními předpisy a používá při vyžadování plnění jejich povinností jen takové prostředky, které je nejméně zatěžují a ještě umožňují dosáhnout cíle správy daní“.[55] V souladu s touto základní zásadou správy daní jsou nastavena i konkrétní pravidla daňového řádu pro případy, kdy vyjde najevo, že skutečná daňová povinnost daňového subjektu má být jiná, než jak byla naposledy stanovena. Daňový řád vychází z toho, že ve lhůtě pro stanovení daně může být výše daňové povinnosti měněna (zvýšena i snížena) podle toho, co skutečně vyjde najevo; cílem je správné zjištění a stanovení daní (§ 1 odst. 2 daňového řádu, viz k tomu rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 23. 8. 2013, čj. 5 Afs 83/2012-46, č. 2925/2013 Sb. NSS, a ze dne 27. 2. 2014, čj. 9 Afs 41/2013-33, č. 3015/2014 Sb. NSS).[56] Zásadně má „napravit“ nesprávnou výši daně samotný daňový subjekt. Podle § 141 odst. 1 daňového řádu, „[z]jistí-li daňový subjekt, že daň má být vyšší než poslední známá daň, je povinen podat do konce měsíce následujícího po měsíci, ve kterém to zjistil, dodatečné daňové přiznání nebo dodatečné vyúčtování a ve stejné lhůtě rozdílnou částku uhradit. Tato povinnost trvá, pokud běží lhůta pro stanovení daně. Poslední známá daň je výsledná daň, jak byla správcem daně dosud pravomocně stanovena v dosavadním průběhu daňového řízení o této dani.“ Možnost nápravy vlastním právním jednáním (dodatečným daňovým tvrzením) má být daňovému subjektu poskytnuta i tehdy, zjistí-li skutečnosti nasvědčující zvýšení daňové povinnosti samotný správce daně, a to jakýmkoli způsobem s výjimkou daňové kontroly. Podle § 143 odst. 3 věty druhé daňového řádu, „[z]jistí-li správce daně nové skutečnosti nebo důkazy mimo daňovou kontrolu, na jejichž základě lze důvodně předpokládat, že bude daň doměřena, postupuje podle § 145 odst. 2“. Podle § 145 odst. 2 věty první daňového řádu, „[p]okud lze důvodně předpokládat, že bude daň doměřena, může správce daně vyzvat daňový subjekt k podání dodatečného daňového tvrzení a stanovit náhradní lhůtu“.[57] Pouze pokud již byla zahájena daňová kontrola, resp. pokud nebyla zahájena kvůli jednání samotného daňového subjektu, nelze k nápravě nesprávně stanovené daně využít dodatečného daňového tvrzení. Podle § 141 odst. 6 věty první daňového řádu „[d]odatečné daňové přiznání nebo dodatečné vyúčtování není přípustné k dani, která je předmětem probíhající daňové kontroly, popřípadě je-li předmětem výzvy podle § 87 odst. 2, která byla oznámena daňovému subjektu“. Lze dodat, že v § 87 odst. 2 daňového řádu se praví, že „[n]eumožní-li daňový subjekt správci daně zahájit daňovou kontrolu, může k tomu být správcem daně vyzván“.[58] Z citovaných ustanovení daňového řádu je zjevné, že zákonodárce vytvořil za účelem dosažení pokud možno správného stanovení daně, jistou hierarchii postupů správce daně. Její základní logikou je postupné posilování vrchnostenské stránky správy daní a oslabování její „dialogické“ či kooperativní stránky. Jinak řečeno, daňový subjekt má zásadně napravit svoji chybu, jež jde k tíži fisku, sám. Pokud to neudělá a správce daně jinak než daňovou kontrolou, tedy jinak než uplatněním nejsilnějšího a nejkomplexnějšího kontrolního postupu, jejž má k dispozici, zjistí, že daň má být vyšší, než jak bylo posledně stanoveno, má správce daně dát daňovému subjektu prostor k nápravě. Pouze v případech, kdy správce daně zahájil kontrolu, aniž byly důvody k předchozímu postupu, již nelze nápravy dosáhnout úkonem samotného daňového subjektu a dojde k doměření daně z moci úřední (§ 143 odst. 1 věta první in fine ve spojení s odstavcem 3 větou první daňového řádu). Následkem toho je vznik zvláštní sankční povinnosti (viz usnesení rozšířeného senátu ze dne 24. 11. 2015, čj. 4 Afs 210/2014-57, č. 3348/2016 Sb. NSS) daňového subjektu, a sice povinnosti platit penále. Podle § 251 odst. 4 daňového řádu totiž platí, že „[p]okud je doměřována daň podle dodatečného daňového přiznání nebo dodatečného vyúčtování, povinnost uhradit penále z částky, která je v něm uvedena, nevzniká“. A contrario tedy platí, že nejedná-li se o v citovaném ustanovení vyjmenované případy, povinnost platit penále, jak je v ostatních odstavcích § 251 daňového řádu stanoveno, vzniká.[59] Výše uvedenou hierarchii definovanou zákonodárcem a odpovídající i ústavním kautelám nabádajícím k šetření autonomie jedince a ke zdrženlivosti při uplatňování razantních vrchnostenských oprávnění veřejné moci je při výkladu daňového řádu třeba respektovat. Pokud se tedy správce daně jinak než na základě daňové kontroly (zejména z poznatků při správě jiných daní, z informací od jiných orgánů či soukromých subjektů či z vlastní vyhledávací činnosti) dozví o skutečnostech či důkazech nasvědčujících tomu, že by daňovému subjektu měla být určitá daň doměřena, je zásadně povinen daňový subjekt o tom zpravit a vyzvat jej k podání dodatečného daňového tvrzení.[60] Jen výjimečně, pokud by samotné zpravení daňového subjektu o tom, jaké informace má správce daně k dispozici, mohlo vést ke zmaření cíle správy daní, tedy správného stanovení daně, lze od výzvy k podání dodatečného daňového tvrzení upustit a bez dalšího u daňového subjektu zahájit daňovou kontrolu. O takové případy se bude jednat zejména tehdy, bude-li mít správce daně poznatky ukazující na předchozí podvodné jednání daňového subjektu související se zjištěnými informacemi či na to, že daňový subjekt by se snažil následným jednáním (typicky úpravami svých povinných evidencí nebo jinými kroky nepřípustně zakrývajícími skutečný stav věci) zmařit správné stanovení daně.[61] Teprve v případě, že správcem daně učiněná výzva k podání dodatečného daňového tvrzení nebude oslyšena, je na místě, aby správce daně uvážil, zda bude postupovat podle § 145 odst. 2 věty druhé daňového řádu a stanoví daň kvalifikovaným odhadem podle pomůcek, anebo zahájí daňovou kontrolu a podle jejích výsledků stanoví daň (dokazováním, anebo opět podle pomůcek). Úvahy o dalším postupu by přitom neměly být založeny na svévoli a měly by vycházet z toho, jaké informace má správce daně o daňovém subjektu k dispozici. Pokud jsou skutečnosti či důkazy získané správcem daně mimo daňovou kontrolu takového druhu, že naznačují izolované pochybení v tvrzení daně daňovým subjektem, které se omezuje jen na tyto skutečnosti resp. důkazy, je na místě stanovení daně podle pomůcek; jimi mohou být samozřejmě i dotyčné skutečnosti či důkazy. Pokud však informace dostupné správci daně naznačují nedostatky obecného rázu ve stanovení daňové povinnosti daňového subjektu, je vhodné provést u něho daňovou kontrolu. V tomto ohledu správci daně přísluší široké uvážení, limitované nicméně základní zásadou správy daní již vícekrát zde zmíněnou, a sice stanovit daň správně.[62] Ustanovení § 143 odst. 3 a § 145 odst. 2 daňového řádu se přirozeně neuplatní tehdy, zahajuje-li správce daně daňovou kontrolu bez konkrétních důvodů vztažených ke kontrolovanému daňovému subjektu.