File size: 7,273 Bytes
4ccc8ac 8ab0040 4ccc8ac 8ab0040 4ccc8ac 8ab0040 4ccc8ac 8ab0040 4ccc8ac 8ab0040 4ccc8ac |
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 |
---
language:
- vi
metrics:
- f1
pipeline_tag: fill-mask
license: mit
datasets:
- VietAI/vi_pubmed
tags:
- transformer
- vietnamese
- nlp
- bert
- deberta
- deberta-v2
---
# ViPubMedDeBERTa: A Vietnamese pretrained biomedical language representation model
## Model description
## Model variations
## How to use
You can use this model directly with a pipeline for masked language modeling:<br>
**_NOTE:_** The input text should be already word-segmented, you can use [Pyvi](https://github.com/trungtv/pyvi) (Python Vietnamese Core NLP Toolkit) to segment word before passing to the model.
```python
>>> from transformers import pipeline
>>> model = pipeline('fill-mask', model='manhtt-079/vipubmed-deberta-base')
>>> text_with_mask = """Chúng_tôi mô_tả một trường_hợp bệnh_nhân nữ 44 tuổi được chẩn_đoán sarcoma tế_bào tua nang ( FDCS ) . FDCS là bệnh rất hiếm ảnh_hưởng đến tế_bào trình_diện kháng_nguyên đuôi gai và thường bị chẩn_đoán nhầm . Phẫu_thuật được coi là phương_thức điều_trị tốt nhất , tiếp_theo là hóa_trị . Trong trường_hợp của chúng_tôi , [MASK] cắt bỏ không_thể thực_hiện được , do đó bệnh_nhân được hóa_trị hai dòng , sau đó là cấy_ghép tủy xương , sau đó là hóa_trị ba với đáp_ứng trao_đổi chất hoàn_toàn được thấy trên"""
>>> model(text_with_mask)
[{'score': 0.8662233948707581,
'token': 1621,
'token_str': 'phẫu_thuật',
'sequence': 'Chúng_tôi mô_tả một trường_hợp bệnh_nhân nữ 44 tuổi được chẩn_đoán sarcoma tế_bào tua nang ( FDCS ). FDCS là bệnh rất hiếm ảnh_hưởng đến tế_bào trình_diện kháng_nguyên đuôi gai và thường bị chẩn_đoán nhầm. Phẫu_thuật được coi là phương_thức điều_trị tốt nhất, tiếp_theo là hóa_trị. Trong trường_hợp của chúng_tôi, phẫu_thuật cắt bỏ không_thể thực_hiện được, do đó bệnh_nhân được hóa_trị hai dòng, sau đó là cấy_ghép tủy xương, sau đó là hóa_trị ba với đáp_ứng trao_đổi chất hoàn_toàn được thấy trên'},
{'score': 0.098423071205616,
'token': 83,
'token_str': 'việc',
'sequence': 'Chúng_tôi mô_tả một trường_hợp bệnh_nhân nữ 44 tuổi được chẩn_đoán sarcoma tế_bào tua nang ( FDCS ). FDCS là bệnh rất hiếm ảnh_hưởng đến tế_bào trình_diện kháng_nguyên đuôi gai và thường bị chẩn_đoán nhầm. Phẫu_thuật được coi là phương_thức điều_trị tốt nhất, tiếp_theo là hóa_trị. Trong trường_hợp của chúng_tôi, việc cắt bỏ không_thể thực_hiện được, do đó bệnh_nhân được hóa_trị hai dòng, sau đó là cấy_ghép tủy xương, sau đó là hóa_trị ba với đáp_ứng trao_đổi chất hoàn_toàn được thấy trên'},
{'score': 0.011126251891255379,
'token': 589,
'token_str': 'phương_pháp',
'sequence': 'Chúng_tôi mô_tả một trường_hợp bệnh_nhân nữ 44 tuổi được chẩn_đoán sarcoma tế_bào tua nang ( FDCS ). FDCS là bệnh rất hiếm ảnh_hưởng đến tế_bào trình_diện kháng_nguyên đuôi gai và thường bị chẩn_đoán nhầm. Phẫu_thuật được coi là phương_thức điều_trị tốt nhất, tiếp_theo là hóa_trị. Trong trường_hợp của chúng_tôi, phương_pháp cắt bỏ không_thể thực_hiện được, do đó bệnh_nhân được hóa_trị hai dòng, sau đó là cấy_ghép tủy xương, sau đó là hóa_trị ba với đáp_ứng trao_đổi chất hoàn_toàn được thấy trên'},
{'score': 0.002344579203054309,
'token': 454,
'token_str': 'điều_trị',
'sequence': 'Chúng_tôi mô_tả một trường_hợp bệnh_nhân nữ 44 tuổi được chẩn_đoán sarcoma tế_bào tua nang ( FDCS ). FDCS là bệnh rất hiếm ảnh_hưởng đến tế_bào trình_diện kháng_nguyên đuôi gai và thường bị chẩn_đoán nhầm. Phẫu_thuật được coi là phương_thức điều_trị tốt nhất, tiếp_theo là hóa_trị. Trong trường_hợp của chúng_tôi, điều_trị cắt bỏ không_thể thực_hiện được, do đó bệnh_nhân được hóa_trị hai dòng, sau đó là cấy_ghép tủy xương, sau đó là hóa_trị ba với đáp_ứng trao_đổi chất hoàn_toàn được thấy trên'},
{'score': 0.0020732595585286617,
'token': 3766,
'token_str': 'chẩn_đoán',
'sequence': 'Chúng_tôi mô_tả một trường_hợp bệnh_nhân nữ 44 tuổi được chẩn_đoán sarcoma tế_bào tua nang ( FDCS ). FDCS là bệnh rất hiếm ảnh_hưởng đến tế_bào trình_diện kháng_nguyên đuôi gai và thường bị chẩn_đoán nhầm. Phẫu_thuật được coi là phương_thức điều_trị tốt nhất, tiếp_theo là hóa_trị. Trong trường_hợp của chúng_tôi, chẩn_đoán cắt bỏ không_thể thực_hiện được, do đó bệnh_nhân được hóa_trị hai dòng, sau đó là cấy_ghép tủy xương, sau đó là hóa_trị ba với đáp_ứng trao_đổi chất hoàn_toàn được thấy trên'}]
```
#### Get features:
- With PyTorch:
```python
from transformers import AutoTokenizer, AutoModel
tokenizer = AutoTokenizer.from_pretrained('manhtt-079/vipubmed-deberta-base')
model = AutoModel.from_pretrained("manhtt-079/vipubmed-deberta-base")
text = "Chúng_tôi mô_tả một trường_hợp bệnh_nhân nữ 44 tuổi được chẩn_đoán sarcoma tế_bào tua nang ( FDCS )."
model_inputs = tokenizer(text, return_tensors='pt')
outputs = model(**model_inputs)
```
- With TensorFlow
```python
from transformers import AutoTokenizer, TFAutoModel
tokenizer = AutoTokenizer.from_pretrained('manhtt-079/vipubmed-deberta-base')
model = TFAutoModel.from_pretrained("manhtt-079/vipubmed-deberta-base")
text = "Chúng_tôi mô_tả một trường_hợp bệnh_nhân nữ 44 tuổi được chẩn_đoán sarcoma tế_bào tua nang ( FDCS )."
model_inputs = tokenizer(text, return_tensors='tf')
outputs = model(**model_inputs)
```
## Pre-training data
The ViPubMedDeBERTa model was pre-trained on [ViPubmed](https://github.com/vietai/ViPubmed), a dataset consisting of 20M Vietnamese Biomedical abstracts generated by large scale translation.
## Training procedure
### Data deduplication
A fuzzy deduplication, targeting documents with high overlap, was conducted at the document level to enhance quality and address overfitting. Employing Locality Sensitive Hashing (LSH) with a threshold of 0.9 ensured the removal of documents with overlap exceeding 90%. This process resulted in an average reduction of the dataset's size by 3%.
### Pretraining
We employ our model based on the [ViDeBERTa](https://github.com/HySonLab/ViDeBERTa) architecture and leverage its pre-trained checkpoint to continue pre-training. Our model was trained on a single A100 GPU (40GB) for 270 thousand steps, with a batch size of 16 and gradient accumulation steps set to 4 (resulting in a total of 64). The sequence length was limited to 512 tokens and the model peak learning rate of 1e-4.
## Evaluation results |