Dataset Preview Go to dataset viewer
sid (string)sentence (string)entities (json)
1177_0
Memantin ( Ebixa ) ger sällan några biverkningar.
{ "start": [ 9 ], "end": [ 18 ], "text": [ "Ebixa" ], "type": [ 0 ] }
1177_1
Det är också lättare att dosera [ flytande medicin ] än att dela på tabletter.
{ "start": [ 32 ], "end": [ 52 ], "text": [ "flytande medicin" ], "type": [ 1 ] }
1177_2
( Förstoppning ) är ett vanligt problem hos äldre.
{ "start": [ 0 ], "end": [ 16 ], "text": [ "Förstoppning" ], "type": [ 0 ] }
1177_3
[ Medicinen ] kan också göra att man blöder lättare eftersom den påverkar { blodets } förmåga att levra sig.
{ "start": [ 0, 74 ], "end": [ 13, 85 ], "text": [ "Medicinen", "blodets" ], "type": [ 1, 2 ] }
1177_4
Barn har större möjligheter att samarbeta om de i förväg får veta vad som ska hända.
{ "start": [], "end": [], "text": [], "type": [] }
1177_5
Eftersom de påverkar hela kroppen mer än övriga mediciner bör man bara ta dem när olika kombinationer av receptfria mediciner inte hjälper.
{ "start": [], "end": [], "text": [], "type": [] }
1177_6
För att få ett skydd mot ( hepatit B ) behövs tre doser vaccin.
{ "start": [ 25 ], "end": [ 38 ], "text": [ "hepatit B" ], "type": [ 0 ] }
1177_7
Effekten av naproxen sitter i längre och varar cirka 12 timmar jämfört med cirka 6 timmar för ibuprofen.
{ "start": [], "end": [], "text": [], "type": [] }
1177_8
[ Cox-hämmare ] finns även som gel och sprej.
{ "start": [ 0 ], "end": [ 15 ], "text": [ "Cox-hämmare" ], "type": [ 1 ] }
1177_9
Det är bra om ett litet barn är mätt och utsövt, eftersom de flesta påfrestningar då känns mindre.
{ "start": [], "end": [], "text": [], "type": [] }
1177_10
Du kan då få flytta till någon form av särskilt boende, till exempel ett gruppboende.
{ "start": [], "end": [], "text": [], "type": [] }
1177_11
Om du behöver sjukvård men har svårt att ta dig till vårdcentralen kan du få hemsjukvård.
{ "start": [], "end": [], "text": [], "type": [] }
1177_12
Sedan mitten på 1970-talet erbjuds BCG-vaccination i Sverige bara till barn som har ökad risk att utsättas för smitta.
{ "start": [], "end": [], "text": [], "type": [] }
1177_13
Många gånger kan det vara svårt att veta vilken [ medicin ] som passar bäst.
{ "start": [ 48 ], "end": [ 59 ], "text": [ "medicin" ], "type": [ 1 ] }
1177_14
( Alzheimers sjukdom ) är en av flera ( demenssjukdomar ) .
{ "start": [ 0, 38 ], "end": [ 22, 57 ], "text": [ "Alzheimers sjukdom", "demenssjukdomar" ], "type": [ 0, 0 ] }
1177_15
Många äldre upplever att minnet försämras med åren.
{ "start": [], "end": [], "text": [], "type": [] }
1177_16
I många kommuner finns demenssjuksköterskor som kan ge råd och stöd.
{ "start": [], "end": [], "text": [], "type": [] }
1177_17
Numera finns det behandling mot ( tuberkulos ) , som är en i världen mycket spridd infektionssjukdom, men behandlingen kan vara svår och långdragen och sjukdomen kan fortfarande vara allvarlig.
{ "start": [ 32 ], "end": [ 46 ], "text": [ "tuberkulos" ], "type": [ 0 ] }
1177_18
Forskarna har ännu inte kommit fram till något sätt att förebygga ( Alzheimers sjukdom ) .
{ "start": [ 66 ], "end": [ 88 ], "text": [ "Alzheimers sjukdom" ], "type": [ 0 ] }
1177_19
Man ska inte använda [ paracetamol ] tillsammans med andra [ smärtlindrande mediciner ] utan att man först talat med läkare eller apotekspersonal.
{ "start": [ 21, 59 ], "end": [ 36, 87 ], "text": [ "paracetamol", "smärtlindrande mediciner" ], "type": [ 1, 1 ] }
1177_20
Giftet kan skada många av kroppens { organ } , till exempel { hjärtat } och { njurarna } .
{ "start": [ 35 ], "end": [ 88 ], "text": [ "organ } , till exempel { hjärtat } och { njurarna" ], "type": [ 2 ] }
1177_21
Om diagnosen är oklar eller osäker kan du behöva genomgå fler undersökningar.
{ "start": [], "end": [], "text": [], "type": [] }
1177_22
Vaccinationen erbjuds dem som lever i miljöer där sjukdomarna är mer vanliga.
{ "start": [], "end": [], "text": [], "type": [] }
1177_23
Hur fungerar [ cox-hämmare ] mot smärta?
{ "start": [ 13 ], "end": [ 28 ], "text": [ "cox-hämmare" ], "type": [ 1 ] }
1177_24
Under de tre sista månaderna ska de inte användas alls.
{ "start": [], "end": [], "text": [], "type": [] }
1177_25
Om det är absolut nödvändigt kan läkare skriva ut dessa [ läkemedel ] under de sex första månaderna av graviditeten.
{ "start": [ 56 ], "end": [ 69 ], "text": [ "läkemedel" ], "type": [ 1 ] }
1177_26
Dagverksamheten brukar vara öppen måndag till fredag.
{ "start": [], "end": [], "text": [], "type": [] }
1177_27
Risken för biverkningar är större om man är förkyld eller om det har gått för lång tid mellan allergivaccinationerna.
{ "start": [], "end": [], "text": [], "type": [] }
1177_28
Du ska också få reda på vart du ska vända dig om du ( blir sämre ) .
{ "start": [ 52 ], "end": [ 66 ], "text": [ "blir sämre" ], "type": [ 0 ] }
1177_29
En vanlig kombination är [ antihistamintabletter ] och [ nässprej med kortison ] .
{ "start": [ 25, 55 ], "end": [ 50, 80 ], "text": [ "antihistamintabletter", "nässprej med kortison" ], "type": [ 1, 1 ] }
1177_30
Flera vacciner blandas i en kombinationsspruta för att barnet ska få så få stick som möjligt.
{ "start": [], "end": [], "text": [], "type": [] }
1177_31
Om en { tand } ska tas ut används till exempel ofta [ bedövningsmedel med adrenalin ] , som minskar ( blödningen ) .
{ "start": [ 6, 52, 100 ], "end": [ 14, 85, 114 ], "text": [ "tand", "bedövningsmedel med adrenalin", "blödningen" ], "type": [ 2, 1, 0 ] }
1177_32
Dessa kan användas på { huden } i samband med ( muskel- och ledskador ) och ( lokal inflammation ) i { leder } och { muskelfästen } .
{ "start": [ 22, 46, 76, 101 ], "end": [ 31, 71, 98, 131 ], "text": [ "huden", "muskel- och ledskador", "lokal inflammation", "leder } och { muskelfästen" ], "type": [ 2, 0, 0, 2 ] }
1177_33
Ibland kombineras [ acetylsalicylsyra ] med koffein, som drar ihop { blodkärlen } i { hjärnan } .
{ "start": [ 18, 67 ], "end": [ 39, 95 ], "text": [ "acetylsalicylsyra", "blodkärlen } i { hjärnan" ], "type": [ 1, 2 ] }
1177_34
Det innebär att du kan nå samma sjuksköterska för de behov som uppstår under ( sjukdomen ) .
{ "start": [ 77 ], "end": [ 90 ], "text": [ "sjukdomen" ], "type": [ 0 ] }
1177_35
Vårdpersonalen är skyldig att se till så att du gör det.
{ "start": [], "end": [], "text": [], "type": [] }
1177_36
Avföringen kan bli lös och du kan bli illamående.
{ "start": [], "end": [], "text": [], "type": [] }
1177_37
Om du till exempel tränar minnet för telefonnummer blir du bra på just det, men kan fortfarande ha lika svårt att komma ihåg namn och ansikten.
{ "start": [], "end": [], "text": [], "type": [] }
1177_38
Man kan också köpa färdiga [ koksaltlösning ] eller [ koksaltsprej ] på apotek.
{ "start": [ 27, 52 ], "end": [ 45, 68 ], "text": [ "koksaltlösning", "koksaltsprej" ], "type": [ 1, 1 ] }
1177_39
Skolsköterskan skickar hem information till föräldrarna innan vaccinationen.
{ "start": [], "end": [], "text": [], "type": [] }
1177_40
De har inte förmågan att bedöma när [ bedövning ] är nödvändig.
{ "start": [ 36 ], "end": [ 49 ], "text": [ "bedövning" ], "type": [ 1 ] }
1177_41
Du ska få veta vem du ska kontakta och när för att ta del av svaren efter provtagningar och undersökningar.
{ "start": [], "end": [], "text": [], "type": [] }
1177_42
Om man är rädd och ängslig kan spänningen och oron göra att ( smärtan ) upplevs starkare.
{ "start": [ 60 ], "end": [ 71 ], "text": [ "smärtan" ], "type": [ 0 ] }
1177_43
Så småningom kan man få svårare att hålla sig ren, att duscha och tvätta sig.
{ "start": [], "end": [], "text": [], "type": [] }
1177_44
En del tycker inte om bedövningskänslan och vill därför slippa den.
{ "start": [], "end": [], "text": [], "type": [] }
1177_45
Det gäller speciellt om man tar höga doser under lång tid.
{ "start": [], "end": [], "text": [], "type": [] }
1177_46
Om en behandling med [ kortison ] inte hjälper har man oftast besvär som inte beror på ( allergi ) .
{ "start": [ 21, 87 ], "end": [ 33, 98 ], "text": [ "kortison", "allergi" ], "type": [ 1, 0 ] }
1177_47
Därför ska man inte dricka alkohol och samtidigt ta [ läkemedel ] som innehåller [ acetylsalicylsyra ] eller någon annan [ cox-hämmare ] .
{ "start": [ 52, 81, 121 ], "end": [ 65, 102, 136 ], "text": [ "läkemedel", "acetylsalicylsyra", "cox-hämmare" ], "type": [ 1, 1, 1 ] }
1177_48
Enkla blodprover tas för att kontrollera ämnesomsättningen, och för att undersöka om du kan ha ( brist på vitamin B12 ) eller ( rubbade kalkvärden ) .
{ "start": [ 95, 126 ], "end": [ 119, 148 ], "text": [ "brist på vitamin B12", "rubbade kalkvärden" ], "type": [ 0, 0 ] }
1177_49
Många går bara omkring och plockar bland sina saker eller talar osammanhängande.
{ "start": [], "end": [], "text": [], "type": [] }
1177_50
Vilken typ av gruppboende du kommer att flytta till beror på om det är ( demenssjukdomen ) eller de övriga ( sjukdomarna ) som överväger.
{ "start": [ 71, 107 ], "end": [ 90, 122 ], "text": [ "demenssjukdomen", "sjukdomarna" ], "type": [ 0, 0 ] }
1177_51
De vanligaste symtomen är att { ögon } och { näsa } börjar rinna och klia.
{ "start": [ 30 ], "end": [ 51 ], "text": [ "ögon } och { näsa" ], "type": [ 2 ] }
1177_52
Senare i ( sjukdomen ) får man svårare att utföra praktiska sysslor som att betala räkningar, planera matinköp, handla, laga mat eller resa på egen hand.
{ "start": [ 9 ], "end": [ 22 ], "text": [ "sjukdomen" ], "type": [ 0 ] }
1177_53
HPV är ett virus som kan ge upphov till ( vårtor på könsorganen ) , så kallade ( kondylom ) , eller andra mindre synliga förändringar.
{ "start": [ 40, 79 ], "end": [ 65, 91 ], "text": [ "vårtor på könsorganen", "kondylom" ], "type": [ 0, 0 ] }
1177_54
Ofta kan personen inte längre prata eller tolka sin omgivning och sina egna { kroppssignaler } .
{ "start": [ 76 ], "end": [ 94 ], "text": [ "kroppssignaler" ], "type": [ 2 ] }
1177_55
[ Cox-hämmare ] påverkar { blodet } och gör det svårare för { blodet } att levra sig.
{ "start": [ 0, 25 ], "end": [ 15, 70 ], "text": [ "Cox-hämmare", "blodet } och gör det svårare för { blodet" ], "type": [ 1, 2 ] }
1177_56
Ett sätt är att ta längre tid på dig när du ska försöka inpränta något i minnet.
{ "start": [], "end": [], "text": [], "type": [] }
1177_57
För att du ska kunna vara aktiv i din vård och ta beslut är det viktigt att du förstår informationen du får.
{ "start": [], "end": [], "text": [], "type": [] }
1177_58
Dessutom erbjuds de äldre flickor som är födda efter 1 januari 1993 gratis vaccination.
{ "start": [], "end": [], "text": [], "type": [] }
1177_59
Denna lagring kan bero på ärftliga kromosomförändringar, med det är mycket ovanligt.
{ "start": [], "end": [], "text": [], "type": [] }
1177_60
Även om man får behandling i tid kan ( infektioner ) orsakade av Hib orsaka både ( bestående handikapp ) och vara livshotande.
{ "start": [ 37, 81 ], "end": [ 52, 104 ], "text": [ "infektioner", "bestående handikapp" ], "type": [ 0, 0 ] }
1177_61
[ Kromoner ] används förebyggande mot allergi och andra överkänslighetsreaktioner.
{ "start": [ 0 ], "end": [ 12 ], "text": [ "Kromoner" ], "type": [ 1 ] }
1177_62
Den som är ( sjuk ) känner sig lätt utanför och mindervärdig, vilket ofta leder till att hen helst undviker att träffa andra människor.
{ "start": [ 11 ], "end": [ 19 ], "text": [ "sjuk" ], "type": [ 0 ] }
1177_63
Däremot är det klarlagt att det finns olika omständigheter som ökar risken för att få ( sjukdomen ) .
{ "start": [ 86 ], "end": [ 99 ], "text": [ "sjukdomen" ], "type": [ 0 ] }
1177_64
Stress, ( sömnproblem ) , ( depression ) och hög arbetsbelastning kan ( försämra minnet ) tillfälligt.
{ "start": [ 8, 26, 70 ], "end": [ 23, 40, 89 ], "text": [ "sömnproblem", "depression", "försämra minnet" ], "type": [ 0, 0, 0 ] }
1177_65
Därefter får man en spruta var sjätte till åttonde vecka under tre till fem år.
{ "start": [], "end": [], "text": [], "type": [] }
1177_66
Olika { leder } kan drabbas, exempelvis { fingerleder } , { knä- och höftled } .
{ "start": [ 6 ], "end": [ 78 ], "text": [ "leder } kan drabbas, exempelvis { fingerleder } , { knä- och höftled" ], "type": [ 2 ] }
1177_67
De verksamma ämnena donepezil, som finns i [ läkemedlet Aricept ] , rivastigmin som finns i [ Exelon ] och galantamin, som finns i [ Reminyl ] , kan minska symtomen och förbättra tänkandet och minnet.
{ "start": [ 43, 92, 131 ], "end": [ 65, 102, 142 ], "text": [ "läkemedlet Aricept", "Exelon", "Reminyl" ], "type": [ 1, 1, 1 ] }
1177_68
Man kan få [ bedövning ] hos tandläkaren för att lindra smärta och obehag när man till exempel ska få tandsten bortskrapad, ett hål lagat, { tänder } utdragna eller om man ska få en rotfyllning.
{ "start": [ 11, 139 ], "end": [ 24, 149 ], "text": [ "bedövning", "tänder" ], "type": [ 1, 2 ] }
1177_69
I texten om ekonomiskt stöd när man är ( sjuk ) finns mer information om vad en god man kan hjälpa till med.
{ "start": [ 39 ], "end": [ 47 ], "text": [ "sjuk" ], "type": [ 0 ] }
1177_70
I bland påverkas även språket och den som är ( sjuk ) får svårt att hitta ord och uttrycka sig.
{ "start": [ 45 ], "end": [ 53 ], "text": [ "sjuk" ], "type": [ 0 ] }
1177_71
Man kan ha god hjälp av pollenrapporter när man ska planera medicineringen, inte minst om man reser mellan olika delar av landet.
{ "start": [], "end": [], "text": [], "type": [] }
1177_72
Flickor i 11–12-årsåldern erbjuds kostnadsfri vaccination i skolan.
{ "start": [], "end": [], "text": [], "type": [] }
1177_73
En vanlig biverkning till allergivaccination i form av [ tabletter ] är att man blir svullen i { munnen } .
{ "start": [ 55, 95 ], "end": [ 68, 105 ], "text": [ "tabletter", "munnen" ], "type": [ 1, 2 ] }
1177_74
En reaktion på själva vaccinationen kan komma efter ungefär några veckor.
{ "start": [], "end": [], "text": [], "type": [] }
1177_75
När cox hämmas minskar { kroppens } bildning av prostaglandiner.
{ "start": [ 23 ], "end": [ 35 ], "text": [ "kroppens" ], "type": [ 2 ] }
1177_76
Ibland kan man bli aggressiv och misstänksam.
{ "start": [], "end": [], "text": [], "type": [] }
1177_77
Andra symtom är att man kan få ( svårt att prata ) och kan ( känna sig orolig ) , ( nedstämd ) och ( oföretagsam ) .
{ "start": [ 31, 59, 82, 99 ], "end": [ 50, 79, 94, 114 ], "text": [ "svårt att prata", "känna sig orolig", "nedstämd", "oföretagsam" ], "type": [ 0, 0, 0, 0 ] }
1177_78
Har man tagit en enstaka [ värktablett ] med [ cox-hämmare ] när man är gravid behöver man inte vara orolig.
{ "start": [ 25, 45 ], "end": [ 40, 60 ], "text": [ "värktablett", "cox-hämmare" ], "type": [ 1, 1 ] }
1177_79
{ Magsäckens slemhinna } ger ett sämre skydd mot det sura innehållet i { magen } .
{ "start": [ 0 ], "end": [ 80 ], "text": [ "Magsäckens slemhinna } ger ett sämre skydd mot det sura innehållet i { magen" ], "type": [ 2 ] }
1177_80
När det gäller vaccination av barn i skolåldern måste föräldern först skriva under ett papper för att visa sitt samtycke till att barnet vaccineras.
{ "start": [], "end": [], "text": [], "type": [] }
1177_81
Svenska barn började vaccineras då, och epidemierna upphörde i början av 1960-talet när fyra av fem hade skydd mot sjukdomen.
{ "start": [], "end": [], "text": [], "type": [] }
1177_82
För att undvika irritation i { näsan } ska sprejen riktas mot den { yttre näsväggen } och inte mot { mellanväggen } , där man är mer känslig och blöder lättare.
{ "start": [ 29 ], "end": [ 115 ], "text": [ "näsan } ska sprejen riktas mot den { yttre näsväggen } och inte mot { mellanväggen" ], "type": [ 2 ] }
1177_83
Det gäller till exempel barn som har någon nära släkting som haft ( tuberkulos ) , barn i familjer som kommer från länder där det är vanligt med ( tuberkulos ) eller barn som kommer att vistas länge i ett sådant land.
{ "start": [ 66, 145 ], "end": [ 80, 159 ], "text": [ "tuberkulos", "tuberkulos" ], "type": [ 0, 0 ] }
1177_84
Vissa [ ögondroppar ] kan ges till riktigt små barn om det behövs.
{ "start": [ 6 ], "end": [ 21 ], "text": [ "ögondroppar" ], "type": [ 1 ] }
1177_85
De olika ämnena skiljer sig inte åt när det gäller effekten.
{ "start": [], "end": [], "text": [], "type": [] }
1177_86
Barnet bör också ha kläder som är lätta att ta av och på.
{ "start": [], "end": [], "text": [], "type": [] }
1177_87
Det är mycket ovanligt att personer under 50 år får ( Alzheimers sjukdom ) .
{ "start": [ 52 ], "end": [ 74 ], "text": [ "Alzheimers sjukdom" ], "type": [ 0 ] }
1177_88
När man är allergisk känner { kroppen } igen pollen som fastnar på { ögonen } eller i { näsan } , och släpper ut histamin från så kallade { mastceller } i { slemhinnorna } .
{ "start": [ 28 ], "end": [ 171 ], "text": [ "kroppen } igen pollen som fastnar på { ögonen } eller i { näsan } , och släpper ut histamin från så kallade { mastceller } i { slemhinnorna" ], "type": [ 2 ] }
1177_89
Exakt hur dessa mekanismer hänger ihop är ännu inte klarlagt, men forskning har visat att beta-amyloid kan bidra till förändringen av { neurofibrillerna } .
{ "start": [ 134 ], "end": [ 154 ], "text": [ "neurofibrillerna" ], "type": [ 2 ] }
1177_90
( Febern ) kommer i så fall oftast inom två dygn efter vaccinationen.
{ "start": [ 0 ], "end": [ 10 ], "text": [ "Febern" ], "type": [ 0 ] }
1177_91
Det bästa medlet mot oro och rädsla är det psykologiska omhändertagandet som personalen ställer upp med.
{ "start": [], "end": [], "text": [], "type": [] }
1177_92
Det finns flera olika smärtstillande [ läkemedel ] som man kan köpa utan recept.
{ "start": [ 37 ], "end": [ 50 ], "text": [ "läkemedel" ], "type": [ 1 ] }
1177_93
Ett [ läkemedel ] som innehåller ibuprofen är [ Ipren ] , som finns i flytande form och som stolpiller.
{ "start": [ 4, 46 ], "end": [ 17, 55 ], "text": [ "läkemedel", "Ipren" ], "type": [ 1, 1 ] }
1177_94
Men för vissa typer av smärta kan det spela en viss roll vilken typ av [ värkmedicin ] man väljer.
{ "start": [ 71 ], "end": [ 86 ], "text": [ "värkmedicin" ], "type": [ 1 ] }
1177_95
Det är bara om man brukar ha väldigt svåra allergiska besvär som man får en allergivaccination.
{ "start": [], "end": [], "text": [], "type": [] }
1177_96
Effekten kommer lite långsammare än för de andra [ cox-hämmarna ] .
{ "start": [ 49 ], "end": [ 65 ], "text": [ "cox-hämmarna" ], "type": [ 1 ] }
1177_97
För att få inflammationsdämpande verkan bör man ta högsta rekommenderade dosen samt använda [ medicinen ] regelbundet under några dagar.
{ "start": [ 92 ], "end": [ 105 ], "text": [ "medicinen" ], "type": [ 1 ] }
1177_98
Samtidigt har förbättrade medicinska och kirurgiska behandlingsmetoder bidragit till att skjuta upp och lindra många sjukdomar som kommer med stigande ålder.
{ "start": [], "end": [], "text": [], "type": [] }
1177_99
Då kan [ paracetamol ] ge ( svåra leverskador ) , även om man följer doseringsanvisningen på förpackningen.
{ "start": [ 7, 26 ], "end": [ 22, 47 ], "text": [ "paracetamol", "svåra leverskador" ], "type": [ 1, 0 ] }
End of preview (truncated to 100 rows)

Dataset Card for swedish_medical_ner

Dataset Summary

SwedMedNER is Named Entity Recognition dataset on medical text in Swedish. It consists three subsets which are in turn derived from three different sources respectively: the Swedish Wikipedia (a.k.a. wiki), Läkartidningen (a.k.a. lt), and 1177 Vårdguiden (a.k.a. 1177). While the Swedish Wikipedia and Läkartidningen subsets in total contains over 790000 sequences with 60 characters each, the 1177 Vårdguiden subset is manually annotated and contains 927 sentences, 2740 annotations, out of which 1574 are disorder and findings, 546 are pharmaceutical drug, and 620 are body structure.

Texts from both Swedish Wikipedia and Läkartidningen were automatically annotated using a list of medical seed terms. Sentences from 1177 Vårdguiden were manuually annotated.

Supported Tasks and Leaderboards

Medical NER.

Languages

Swedish (SV).

Dataset Structure

Data Instances

Annotated example sentences are shown below:

( Förstoppning ) är ett vanligt problem hos äldre.
[ Cox-hämmare ] finns även som gel och sprej.
[ Medicinen ] kan också göra att man blöder lättare eftersom den påverkar { blodets } förmåga att levra sig.

Tags are as follows:

  • Prenthesis, (): Disorder and Finding
  • Brackets, []: Pharmaceutical Drug
  • Curly brackets, {}: Body Structure

Data example:

In: data = load_dataset('./datasets/swedish_medical_ner', "wiki")
In: data['train']:
Out: 
Dataset({
    features: ['sid', 'sentence', 'entities'],
    num_rows: 48720
})

In: data['train'][0]['sentence']
Out: '{kropp} beskrivs i till exempel människokroppen, anatomi och f'
In: data['train'][0]['entities']
Out: {'start': [0], 'end': [7], 'text': ['kropp'], 'type': [2]}

Data Fields

  • sentence
  • entities
    • start: the start index
    • end: the end index
    • text: the text of the entity
    • type: entity type: Disorder and Finding (0), Pharmaceutical Drug (1) or Body Structure (2)

Data Splits

In the original paper, its authors used the text from Läkartidningen for model training, Swedish Wikipedia for validation, and 1177.se for the final model evaluation.

Dataset Creation

Curation Rationale

Source Data

  • Swedish Wikipedia;
  • Läkartidningen - contains articles from the Swedish journal for medical professionals;
  • 1177.se - a web site provided by the Swedish public health care authorities, containing information, counselling, and other health-care services.

Initial Data Collection and Normalization

[More Information Needed]

Who are the source language producers?

[More Information Needed]

Annotations

Annotation process

  • A list of seed terms was extracted using SweMeSH and SNOMED CT;
    • The following predefined categories was used for the extraction: disorder & finding (sjukdom & symtom), pharmaceutical drug (läkemedel) and body structure (kroppsdel)
  • For Swedish Wikipedia, an initial list of medical domain articles were selected manually. These source articles as well as their linked articles were downloaded and automatically annotated by finding the aforementioned seed terms with a context window of 60 characters;
  • Articles from the Läkartidningen corpus were downloaded and automatically annotated by finding the aforementioned seed terms with a context window of 60 characters;
  • 15 documents from 1177.se were downloaded in May 2016 and then manually annotated with the seed terms as support, resulting 2740 annotations.

Who are the annotators?

[More Information Needed]

Personal and Sensitive Information

[More Information Needed]

Considerations for Using the Data

Social Impact of Dataset

[More Information Needed]

Discussion of Biases

[More Information Needed]

Other Known Limitations

[More Information Needed]

Additional Information

Dataset Curators

Licensing Information

This dataset is released under the Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International Public License (CC BY-SA 4.0).

Citation Information

@inproceedings{almgrenpavlovmogren2016bioner,
  title={Named Entity Recognition in Swedish Medical Journals with Deep Bidirectional Character-Based LSTMs},
  author={Simon Almgren, Sean Pavlov, Olof Mogren},
  booktitle={Proceedings of the Fifth Workshop on Building and Evaluating Resources for Biomedical Text Mining (BioTxtM 2016)},
  pages={1},
  year={2016}
}

Contributions

Thanks to @bwang482 for adding this dataset.

Update on GitHub