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Há nesta fase processual uma competência concorrente, mas que é limitada e com separação das respectivas competências, face ao princípio da legalidade ao qual estão sujeitas ambas as magistraturas, impondo-se aquela cisão de competências por força do princípio do acusatório e da estrutura acusatória do processo penal, a qual implica «uma separação orgânica e funcional entre as duas magistraturas», razão pela qual, «durante o inquérito, o juiz de instrução só pode conhecer da ilegalidade de actos da sua competência e o magistrado do Ministério Público só pode conhecer da ilegalidade de actos da sua competência, neste se incluindo todos os actos investigatórios», conforme refere Paulo Pinto de Albuquerque, no "Comentário do Código de Processo Penal”, Lisboa 2008, página 300 também assim: Costa Pimenta, 1991: 390; Maia Gonçalves, 2005: 304; Dá Mesquita, 2003:, referindo ainda o mesmo autor que, «a competência do juiz de instrução não deve constituir oportunidade para ele se alçar em senhor do inquérito, o que aconteceria se o juiz se colocasse numa posição de sindicante permanente da actividade do Ministério Público e até ordenasse a repetição de actos do Ministério Público.