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No mesmo sentido, os art.s 2, n. 2 e 2, n. 2, do ECDU estipulam que "a nomeação definitiva dos professores auxiliares efectua-se mediante deliberação do conselho científico.” e que "aprorrogação só pode ser autorizada mediante proposta fundamentada do conselho científico, baseada em relatório do professor responsável pela disciplina, grupo de disciplinas ou departamento respectivo, e desde que o assistente tenha em fase adiantada de realização o trabalho de investigação conducente à elaboração da dissertação de doutoramento.” Portanto, a deliberação do que antecede a decisão do Reitor, no que se refere a estas matérias, já não é um mero parecer, mas configura uma verdadeira proposta de decisão, que apesar de não ser vinculativa, em princípio, não deve ser contrariada.