# Swiss Legal Decision

**Decision ID:** 33783316-c995-48cf-9f10-d89af153030d
**Court:** VD_TC
**Chamber:** VD_TC_031
**Year:** 2020
**Language:** fr
**Jurisdiction:** VD / Région lémanique
**Law Area:** $law_area
**Law Sub-area:** nan

## Facts

Vu les faits suivants:
A. A._ (ci-après: la contribuable ou la recourante) est une société ayant son siège à ********. Elle a pour but social la "fourniture de prestations de service, analyse et gestion en matière d'assurances; la spécialisation dans l'assurance de personnes ainsi que le suivi des dossiers liés au personnel; les services dans le domaine de la prévention et du management de la santé (wellness check-point) ainsi que les services dans la recherche de ressources des entreprises (outsourcing)". Son capital-actions de 200'000 fr. se compose de 200 actions au porteur d'une valeur nominale de 1'000 francs. B._ en était l'unique actionnaire jusqu'à fin mai 2007, lorsqu'il a vendu ses actions à la société C._. B._ est demeuré administrateur de A._ jusqu'en juin 2007, date à compter de laquelle D._ en est devenu l'administrateur président avec signature individuelle et E._, le directeur général avec signature individuelle également. Cette organisation est demeurée inchangée jusqu'à la fin de l'année 2009.
B. Dans sa déclaration d'impôt relative à la période fiscale 2003, A._ a déclaré un bénéfice imposable de 24'470 fr. et un capital imposable de 260'913 fr. Le 7 mars 2007, l'OIPM a fixé les éléments imposables en retenant un bénéfice net imposable de 127'800 fr. tant pour l'ICC que pour l'IFD et un capital imposable de 260'000 fr. pour l'ICC.
A._ a formé une réclamation à l'encontre de la décision de l'OIPM du 7 mars 2007, contestant certaines reprises et en admettant d'autres, portant le bénéfice net imposable qu'elle reconnaissait avoir réalisé à 35'400 fr. Sur cette base, l'OIPM a établi, le 29 juin 2010, un nouveau calcul de l'impôt dû en relation avec la période fiscale 2003.
Le 13 octobre 2010, l'OIPM a adressé à A._ des bulletins de versement correspondant au solde, après déduction des acomptes, des impôts dus sur la base des éléments admis, soit 2'272 fr. 15 pour l'ICC et 935 fr. pour l'IFD. A._ s'est acquittée de ces montants le 3 décembre 2010.
A._ a ainsi versé au total des montants de 8'011 fr. 50 pour l'ICC et de 3'009 fr. pour l'IFD en lien avec la période fiscale 2003.
C. Dans sa déclaration d'impôt relative à la période fiscale 2007, A._ a déclaré un bénéfice imposable de 9'002 fr. et un capital imposable de 317'628 fr.
Par décision du 16 novembre 2010, l'OIPM a fixé le bénéfice net imposable de A._ à 200'100 fr. pour l'ICC et l'IFD et le capital imposable ICC à 317'000 fr. L'OIPM a notamment repris dans le bénéfice imposable de A._ le poste de charges "honoraires et frais divers", d'un montant de 200'197,75 fr. Cette reprise concernait notamment un montant d'honoraires de 155'059 fr. 80 versés à F._, société qui a pour but "toutes activités dans les domaines de l'informatique, de la sécurité, du télémarketing, du conseil en assurances et financier, du bien-être et de la culture". Inscrite au registre du commerce le 11 mai 2017, cette société avait son siège social à la même adresse que A._ et l'administrateur en était B._.
A._ a formé, le 2 décembre 2010, une réclamation contre cette décision de taxation, qui a été transmise à l'ACI comme objet de sa compétence.
D. Dans sa déclaration d'impôt relative à la période fiscale 2009, A._ a déclaré un bénéfice imposable de 38'461 fr. et un capital imposable de 444'403 fr.
Par décision du 8 décembre 2015, l'OIPM a fixé le bénéfice net imposable de A._ pour la période fiscale 2009 à 286'400 fr. pour l'ICC et l'IFD et le capital imposable ICC à 444'000 fr. L'OIPM a repris dans le bénéfice imposable de A._ le produit de la cession d'un brevet à la société G._, comptabilisé à hauteur de un franc. G._ est une société ayant pour but l'acquisition et la gestion de participations financières à toute entreprise commerciale, financière et industrielle. Inscrite au registre du commerce le 26 mars 2009, elle avait son siège social à la même adresse que A._ et, au moment de sa fondation, comme administrateur E._ et comme directeur D._. La reprise calculée, d'un montant de 248'000 fr., correspond aux frais de développement du brevet, majoré de 10%.
A._ a formé, le 5 janvier 2016, une réclamation contre cette décision de taxation, qui a été transmise à l'ACI comme objet de sa compétence.
E. A la suite d'une première entrevue le 17 novembre 2009, l'OIPM a requis de A._ la production du détail du compte "Honoraires divers" pour l'année 2007. Le détail du compte faisait notamment état d'honoraires versés à F._ pour un montant de 155'059 fr. 80 le 1er juin 2007. L'écriture en question est liée à une facture émise par F._ pour un montant correspondant le 12 mai 2007 (identifiée par le n° 200'101'2007) relative à un mandat d'étude de faisabilité pour la période du 1er juin au 31 décembre 2007, portant notamment sur les prestations suivantes: "maintenance et mise à jour de base de données; système de gestion clients; programmation et développement de script; étude de conversion des systèmes; transfert de technologie".
Le 9 septembre 2013, l'ACI a notamment demandé à A._ de lui faire parvenir, en relation avec l'exercice comptable 2007, les factures relatives aux montants comptabilisés au titre d'honoraires et frais divers, ainsi qu'en relation avec l'exercice comptable 2009, le détail du compte "Honoraires et frais divers", ainsi que le détail du compte "Entretien informatique". A._ y a répondu le 9 octobre 2013.
F. Le 15 janvier 2019, l'ACI a indiqué à la contribuable vouloir maintenir une reprise portant sur un montant de 155'059 fr., en relation avec la période fiscale 2007, ainsi qu'une reprise de 248'000 fr., en relation avec la période fiscale 2009, du fait de la cession pour un montant symbolique d'un franc du brevet ******** à G._. L'ACI a par ailleurs constaté que la prescription absolue du droit de taxer était survenue en ce qui concerne la période fiscale 2003. Elle a en conséquence annulé les reprises contestées y relatives.
A._ a requis, le 5 février 2019, le remboursement des acomptes versés en relation avec la période fiscale 2003. La société a maintenu ses réclamations en relation avec les périodes fiscales 2007 et 2009. Divers échanges ont eu lieu, au terme desquels les parties ont maintenu leurs positions respectives, l'ACI s'opposant en particulier au remboursement des acomptes versés par la société A._ en relation avec la période fiscale 2003. Une entrevue a en particulier été organisée le 2 mai 2019, au cours de laquelle des pièces caviardées provenant du dossier de la société G._ ont été portées à la connaissance de A._.
G. Le 4 novembre 2019, l'ACI, statuant sur réclamation, a admis partiellement la réclamation de A._ relative à la période fiscale 2007 et a établi son bénéfice imposable à 164'000 fr. et son capital imposable à 317'000 fr. Elle a rejeté la demande de A._ tendant à la restitution des impôts acquittés en relation avec la période fiscale 2003.
H. A._ a recouru, par acte de sa mandataire du 3 décembre 2019, à l'encontre de la décision de l'ACI (ci-après aussi: l'autorité intimée) du 4 novembre 2019 auprès de la Cour de droit administratif et public (CDAP) du Tribunal cantonal, en concluant implicitement à sa réforme, en ce sens que les reprises retenues sur son bénéficie imposable en relation avec les périodes fiscales 2007 et 2009 sont annulées. Elle a conclu également à ce que les montants payés en relation avec les impôts 2003 lui soient restitués à concurrence de 8'011 fr. 50 pour l'ICC et 3'009 fr. pour l'IFD, intérêts en sus.
Dans sa réponse du 3 février 2020, l'ACI a conclu au rejet du recours.
A._ a répliqué le 21 février 2020, par l'intermédiaire de sa mandataire, maintenant ses conclusions.
I. Le Tribunal a statué par voie de circulation.

## Considerations

Considérant en droit:
1. A teneur de l’art. 140 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11), le contribuable peut s'opposer à la décision sur réclamation de l'autorité de taxation en s'adressant, dans les 30 jours à compter de la notification de la décision attaquée, à une commission de recours indépendante des autorités fiscales. Aux termes de l’art. 199 de la loi cantonale du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI; BLV 642.11), le recours au Tribunal cantonal s'exerce conformément à la loi sur la procédure administrative. Le recours ayant été interjeté dans la forme prescrite (cf. art. 140 al. 2 LIFD et 79 de la loi cantonale du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative [LPA-VD; BLV 173.36]) et le délai de trente jours (cf. art. 140 al. 1 LIFD et 95 LPA-VD), il y a lieu d’entrer en matière.
2. Il convient d'abord d'examiner les griefs de la recourante en lien avec les périodes fiscales 2007 et 2009 pour lesquelles la décision attaquée procède à des reprises en lien avec des opérations réalisées avec d'autres sociétés.
a) Les tribunaux cantonaux, lorsqu’ils se prononcent sur une question relevant tant de l’impôt fédéral direct que de l’impôt cantonal et communal, comme en l’occurrence, doivent en principe rendre deux décisions – qui peuvent toutefois figurer dans le même arrêt -, l’une pour l’impôt fédéral direct et l’autre pour l’impôt cantonal et communal, avec des motivations séparées et des dispositifs distincts, ou du moins un dispositif distinguant expressément les deux impôts. Cette exigence se justifie par le fait qu’il s’agit d’impôts distincts, qui reviennent à des collectivités différentes et font l’objet de procédures et de taxations séparées (ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262, et les références citées). Il y a lieu cependant de relativiser cette jurisprudence lorsque la question juridique à trancher par l’autorité cantonale de dernière instance est réglée de la même façon en droit fédéral et en droit cantonal harmonisé et peut, partant, être soumise à un raisonnement identique. Dans un tel cas, il est admissible de statuer sur le litige par un seul arrêt, sans que le dispositif ne distingue entre les deux catégories d’impôt; encore faut-il que la motivation de l’arrêt permette de saisir clairement que l’arrêt vaut aussi bien pour un impôt que pour l’autre (ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262/263).
b) En l’espèce, les questions à trancher sont les mêmes pour les deux catégories d’impôt, les règles sur la prescription du droit de taxer, sur le rappel d'impôt et sur l'imposition du bénéfice étant similaires en droit fédéral et cantonal. Le Tribunal statuera dès lors en un seul arrêt, sans distinguer entre l’impôt fédéral direct, d’une part, et l’impôt cantonal et communal, d’autre part, comme la jurisprudence qui vient d’être rappelée lui permet de le faire (cf. arrêt FI.2016.0037 du 16 décembre 2016 consid. 2).
c) Aux termes de l'art. 57 LIFD, l'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net. Selon l'art. 58 al. 1 LIFD, le bénéfice net imposable de la société comprend en particulier le solde du compte de résultats (let. a; cf. également art. 94 al. 1 let. a LI), ainsi que tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que les distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l’usage commercial (let b; cf. également art. 94 al. 1 let. b LI). L'art. 58 al. 1 let. a LIFD énonce le principe de l'autorité du bilan commercial ("Massgeblichkeitsprinzip"), selon lequel le bilan commercial est déterminant en droit fiscal. Les comptes établis conformément aux règles du droit commercial lient les autorités fiscales, à moins que le droit fiscal ne prévoie des règles correctrices spécifiques. L'autorité fiscale peut en revanche s'écarter du bilan remis par le contribuable lorsque des dispositions impératives du droit commercial sont violées ou que des normes fiscales correctrices l'exigent (ATF 141 II 83 consid. 3.1 p. 85; 137 II 353 consid. 6.2 p. 359; 132 I 175). Au nombre des prélèvements visés par l'art. 58 al. 1 let. b LIFD figurent notamment les distributions dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial (let. b 5ème tiret).
Il y a distribution dissimulée de bénéfice lorsque quatre conditions cumulatives sont remplies: 1) la société fait une prestation sans obtenir de contre-prestation correspondante; 2) cette prestation est accordée à un actionnaire ou à une personne le ou la touchant de près; 3) elle n'aurait pas été accordée dans de telles conditions à un tiers; 4) la disproportion entre la prestation et la contre-prestation est manifeste, de telle sorte que les organes de la société auraient pu se rendre compte de l'avantage qu'ils accordaient (cf. par exemple ATF 140 II 88 consid. 4.1 p. 92 s.; 138 II 57 consid. 2.2 p. 59 s.; 131 II 593 consid. 5.1 p. 607; 119 Ib 116 consid. 2 p. 119; arrêt 2C_394/2013 du 24 octobre 2013 consid. 5.1). Il convient ainsi d'examiner si la prestation aurait été accordée dans la même mesure à un tiers étranger à la société, soit si la transaction a respecté le principe de pleine concurrence ("Dealing at arm's length"; ATF 138 II 545 consid. 3.2 p. 549; 138 II 57 consid. 2.2 p. 60 et les références citées, in RDAF 2012 II p. 299; arrêt 2C_644/2013 du 21 octobre 2013 consid. 3.1). 2C_798 et 799/2015 du 26 septembre 2016.
Les opérations entre sociétés d'un même groupe doivent intervenir comme si elles étaient effectuées entre tiers dans un environnement de libre concurrence (ATF 140 II 88 consid. 4 et 4.1 p. 92 s. et les références; 138 II 57 consid. 2.2 p. 59 s.).
La question de savoir s'il existe une disproportion entre la prestation fournie par la société et la contre-prestation qu'elle en retire se détermine au moyen d'une comparaison avec ce qui aurait été convenu entre personnes indépendantes ("Drittvergleich"): il s'agit d'examiner si la prestation aurait été accordée, dans la même mesure, à un tiers étranger à la société, soit de vérifier si le principe de pleine concurrence ("Dealing at arm's length ") a été respecté (ATF 140 II 88 consid. 4.1 p. 92 s. et les références citées; arrêt TF 2C_863/2015 du 24 juillet 2016 consid. 6.2). Or, la mise en œuvre du principe de pleine concurrence suppose l'identification de la valeur vénale du bien transféré ou du service rendu. Lorsqu'il existe un marché libre, les prix de celui-ci sont déterminants et permettent une comparaison effective avec les prix appliqués dans la transaction examinée. S'il n'existe pas de marché libre permettant une comparaison effective, il convient alors de procéder selon la méthode de la comparaison avec une transaction comparable (ou méthode du prix comparable), qui consiste à procéder à une comparaison avec le prix appliqué entre tiers dans une transaction présentant les mêmes caractéristiques, soit en tenant compte de l'ensemble des circonstances déterminantes (ATF 140 II 88 consid. 4.2 p. 93 s.; arrêt TF 2C_49 et 70/2018 du 23 avril 2019 consid. 4.2.2; 2C_1082/2013 du 14 janvier 2015 consid. 5.2 et autres références citées, in Archives 83 p. 611 et RF 70/2015 p. 432).
d) La procédure de taxation est régie par la maxime inquisitoriale (ATF 92 I 253 consid. 2). Cette maxime est également applicable dans le cadre de la procédure de recours en matière fiscale, à défaut d'une disposition contraire de la loi fiscale (cf. art. 142 al. 4 LIFD; art. 199 LI et 28 al. 1 LPA-VD; arrêt TF 2P.215/2002 et 2A.479/2002 du 7 avril 2003 consid. 4.1).
En matière fiscale, les règles générales du fardeau de la preuve ancrées à l'art. 8 CC, destinées à déterminer qui doit supporter les conséquences de l'échec de la preuve ou de l'absence de preuve d'un fait, ont pour effet que l'autorité fiscale doit établir les faits qui justifient l'assujettissement et qui augmentent la taxation, tandis que le contribuable doit prouver les faits qui diminuent la dette ou la suppriment (ATF 133 II 153 consid. 4.3; 121 II 257 consid. 4c/aa; 92 I 253 consid. 2 p. 256 s.; arrêt TF 2C_722/2017 du 13 décembre 2017 consid. 5.2 et les références citées). La justification commerciale des dépenses revendiquées en déduction d’une recette doit, en conséquence de ces principes, être établie par le contribuable (cf. arrêt TF 2C_1081/2013 et 2C_1164/2013 du 2 juin 2014 consid. 5.5 et les références). Dans le domaine des prestations appréciables en argent, le fardeau de la preuve se répartit comme suit: les autorités fiscales doivent apporter la preuve que la société a fourni une prestation et qu'elle n'a pas obtenu de contre-prestation ou une contre-prestation insuffisante; si les preuves recueillies par l'autorité fiscale fournissent suffisamment d'indices révélant l'existence d'une telle disproportion, il appartient alors au contribuable d'établir l'exactitude de ses allégations contraires (ATF 138 II 57 consid. 7.1 p. 66; 133 II 153 consid. 4.3 p. 158 précité; arrêts TF 2C_674/2015 du 26 octobre 2017 consid. 7.4; 2C_927/2013 21 mai 2014 consid. 5.4, in RDAF 2014 II 463). Cependant, une fois qu'un fait est tenu pour établi, la question du fardeau de la preuve ne se pose plus (ATF 137 III 226 consid. 4.3 p. 235; arrêts TF 2C_49 et 70/2018 du 23 avril 2019 consid. 4.2.4; 2C_674/2015 du 26 octobre 2017 consid. 7.4; 2C_445/2015 du 26 août 2016 consid. 7.1).
3. En relation avec la période fiscale 2007, l'autorité intimée a repris, dans le bénéfice imposable de la recourante, les honoraires versés à la société F._, à concurrence de 155'059 fr. le 1er juin 2007. La comptabilisation de cette charge est liée à une facture n° 200'101'2007 du 12 mai 2007 adressée à A._, à teneur de laquelle F._ assume un mandat d'étude de faisabilité, qui porte notamment sur la maintenance et la mise à jour de base de données, le système de gestion clients, la programmation et le développement Script, l'étude de conversion des systèmes et le transfert de technologie. Le prix pour se mandat a été fixé de manière forfaitaire à 21'400 fr.
a) Pour l'autorité intimée, F._ n'était pas en mesure d'offrir les services qu'elle s'est engagée à fournir, la société ayant été inscrite au registre du commerce la veille et n'était alors dotée d'aucun autre actif que les liquidités liées à l'apport de 100'000 fr. au capital-actions. Par ailleurs, la proximité entre la recourante et la société F._ serait démontrée par le fait que B._ était, à l'époque de l'établissement de la facture du 12 mai 2007, actionnaire unique et administrateur avec signature individuelle de ces deux sociétés. Au moment du paiement de cette facture, il n'était certes plus actionnaire de A._, mais en était toujours l'administrateur avec pouvoir d'engager la société par sa signature individuelle. Compte tenu de l'ampleur du mandat, l'autorité intimée considère qu'il est peu crédible qu'une société tierce indépendante s'engage sur la base d'une seule description sommaire du mandat d'étude de faisabilité. Elle relève par ailleurs qu'il n'existe pas d'autre pièce susceptible d'établir l'ampleur du mandat assumé par F._, alors que les deux sociétés concernées devaient conserver la documentation y relative durant dix ans, soit jusqu'en 2017, soit bien après la survenance du présent litige, qui trouve son origine dans la taxation relative à la période fiscale 2007 effectuée en 2010. L'attestation établie le 25 avril 2019 par B._, au nom de F._, ne permettrait pas de prouver l'existence et le bien-fondé de la charge revendiquée. Les explications qu'elle contient concernent en effet la "facture 200175" relative à un "mandat de maintenance informatique", précisant qu'il avait consisté à fournir le programme d'offres universel ******** que la société aurait développé.
La recourante relève que F._ pouvait remplir son mandat sans avoir de substance particulière, dans la mesure où la majeure partie de l'activité requise se déroulait dans les locaux de la recourante. Elle relève par ailleurs que les prestations fournies par F._ au cours de l'année 2008 n'ont donné lieu à aucune reprise. S'agissant de l'ampleur des tâches réalisées, elle relève avoir prouvé celle-ci au moyen de l'attestation du 25 avril 2019 et du descriptif du logiciel ********. La société F._ n'avait pas encore développé le logiciel lors de la demande d'acomptes du 12 mai 2007, cette prestation étant justement visée par le mandat. Elle soutient qu'il ne peut lui être fait le reproche de n'avoir pas conservé les pièces relatives aux honoraires versés en 2007, compte tenu de l'écoulement du délai de dix ans du Code des obligations.
b) Certes, il existe une certaine proximité entre F._ et la recourante puisque ces sociétés étaient domiciliées à la même adresse et avaient des liens personnels. La recourante ne le conteste au demeurant pas. En outre, au moment de l'établissement de la facture du 12 mai 2007, F._ venait d'être constituée et n'était dotée que des liquidités libérées lors de la création de la société.
Ces éléments ne sont toutefois pas suffisants pour retenir l'absence de contre-prestation pour le montant de 155'059 fr. que la recourante a comptabilisé dans ses charges.
A suivre l'autorité intimée, la facture du 12 mai 2007 tendrait à démontrer l'absence de contre-prestation de la part de F._. Certes, il peut paraître surprenant qu'une facture pour un montant relativement important énonce de manière sommaire cinq objets d'un mandat d'étude de faisabilité. Toutefois, on ne saurait totalement exclure que des mandats de ce type puissent exister dans le secteur informatique où ces deux sociétés sont actives. Il résulte en outre du dossier que le mandat en faveur de la recourante, s'il était d'une certaine importance, ne représentait pas l'essentiel du chiffre d'affaires de F._ pendant l'année 2007, mais une part de moins de 10%.
Dans ces circonstances, l'autorité intimée ne pouvait pas considérer qu'il existait une disproportion entre les prestations fournies par F._ et le montant acquitté par la recourante. Il est donc sans incidence que la recourante n'ait pas pu démontrer, notamment par des pièces supplémentaires qu'elle prétend ne pas avoir conservé, l'ampleur de l'activité déployée par F._.
Il s'ensuit que le recours doit être admis sur ce point et la cause renvoyée à l'autorité intimée pour qu'elle fixe les éléments imposables pour la période fiscale 2007 sans tenir compte de la reprise de 155'059 fr. correspondant aux prestations de F._.
4. En relation avec la période fiscale 2009, l'autorité intimée a repris, dans le bénéfice imposable de la recourante, la valeur d'un brevet (projet "********") que la recourante a cédé à la société G._ pour le prix symbolique de 1 franc. Elle a considéré que la valeur vénale de cet actif correspondait aux frais de recherche et développement, ainsi qu'aux frais d'un cabinet de conseils en propriété intellectuelle encourus en 2007 (22'639,05 fr.) et en 2008 (137'392 fr.). Un business plan de G._ précise que la recourante a dépensé une somme de 225'570 fr. pour le développement du projet. C'est ce montant que l'autorité intimée a repris dans le bénéfice imposable de la recourant et auquel elle a ajouté une marge estimée à 10%. La recourante considère que cette valeur ne correspond pas à la valeur vénale du brevet, la technologie brevetée étant inexploitable par G._.
a) La recourante ne conteste pas avoir dépensé au minimum une somme de 225'570 fr. pour développer le brevet "********". Elle ne conteste pas non plus sa proximité avec la société G._.
En consultant la base de donnée Swissreg (www.swissreg.ch), qui répertorie notamment les brevets déposés en Suisse et au niveau mondial, on constate que A._ n'a formulé qu'une demande de brevet le 3 octobre 2007, intitulée "procédé et dispositif pour mesurer et enregistrer divers paramètres physiques liés à un événement sur un véhicule" (fascicule du brevet accessible avec le lien suivant: ********). Le brevet y relatif a été délivré le 30 avril 2013 et a été radié le 31 octobre 2016 suite à l'absence de paiement de l'annuité (********).
Les autres brevets ont été déposés directement par G._ (********), soit en particulier les demandes déposées le 16 février 2009 et le 5 juin 2009 (********), de sorte qu'ils ne font manifestement pas l'objet de la cession litigieuse du 1er juillet 2009. La demande du 16 février 2009 a été rejetée, celle du 5 juin 2009, qui est intitulée, "Procédé et dispositif de traitement automatisé et de communication à distance d'au moins une information concernant un objet mobile, notamment un véhicule automobile", ayant conduit à la délivrance d'un brevet le 28 novembre 2014.
Si le brevet développé par A._ avait perdu toute utilité suite au développement de la technologie, comme la recourante le soutient, on ne voit pas pour quelle raison sa cession était nécessaire. En outre, on ne voit pas pourquoi G._ aurait continué à s'acquitter des annuités nécessaires à la protection du brevet jusqu'en 2016. Dans de telles circonstances, il paraît au contraire plus vraisemblable de retenir que le brevet déposé par A._ en 2007 était un élément indispensable au développement, par G._, de son projet "********". Le fait que des améliorations technologiques aient conduit G._ à déposer ultérieurement de nouveaux brevets ne fait en effet pas perdre toute substance au brevet initialement déposé par A._. On observera en particulier que la demande déposée par A._ concerne la "mesure" et l'"enregistrement" de certains paramètres, alors que la demande déposée par G._ concerne le "traitement automatisé" et la "communication à distance", soit des objets qui semblent à première vue complémentaires.
Selon le business plan de G._ du 24 juillet 2009, les coûts de développement du projet ******** avaient été supportés à concurrence d'un montant total de 1'583'745 fr., dont 225'570 fr. par A._ (708'175 fr. pour G._).
Il importe peu que le brevet développé par A._ n'ait donné lieu qu'à un chiffre d'affaires très faible, dès lors qu'est déterminante la valeur du brevet au moment de sa vente. Or, lors de la cession, l'intérêt de la société G._ de pouvoir disposer du brevet était incontestablement important. A teneur du business plan élaboré peu après la cession du brevet, G._ escomptait en effet des rendements importants de la technologie brevetée, mettant en évidence à cette occasion les investissements conséquents consentis par A._. Dite société a également activé d'importants frais de recherche et développement en relation avec le projet ********, à concurrence de 2'334'166 fr. en 2010. Les mesures d'assainissement décidées ultérieurement ne sont pas non plus pertinentes, dès lors qu'elles se rapportent à une période postérieure.
b) La méthode utilisée par l'autorité intimée pour déterminer le prix auquel la transaction aurait dû être effectuée ne prête pas non plus le flanc à la critique.
La recourante ne prétend pas que la valeur du brevet cédé pourrait être déduite d'une autre transaction comparable. Une telle comparaison, dans le domaine de l'innovation technologique paraît quoi qu'il en soit peu vraisemblable. Il convient dès lors de s'appuyer sur la méthode du coût majoré, qui est généralement appliquée pour le transfert de prestations de recherche et développement (arrêt TF 2C_11/2018 du 10 décembre 2018 et la référence à Jean-Frédéric Maraia, Prix de transfert des biens incorporels, 2008, n° 252 s. et 748 p. 77 et 218, lequel estime notamment que cette méthode peut convenir à la détermination du prix de pleine concurrence de prestations de recherche et de développement).
Il n'est en l'occurrence pas contesté que la recourante a encouru des dépenses à concurrence d'un montant de 225'570 fr. La recourante ne critique pas non plus l'application de la marge de 10% retenue, qui paraît appropriée en l'occurrence.
La décision attaquée, qui s'appuie à juste titre sur la méthode du coût majoré pour déterminer le prix admissible de la transaction entre la recourante et une société apparentée, doit ainsi être confirmée.
5. Il convient encore d'examiner la question de l'éventuelle restitution des montants versés par la recourante pour la période fiscale 2003.
a) La recourante critique la décision attaquée dans la mesure où celle-ci refuse la restitution des montants versés à titre d'acomptes en 2003. Elle se réfère en particulier à un arrêt du Tribunal fédéral (arrêt TF 2C_586/2017 du 30 novembre 2018) dans lequel celui-ci a confirmé la restitution d'acomptes perçus par le fisc neuchâtelois pour des années fiscales pour lesquelles la prescription du droit de taxer était intervenue.
Pour sa part, l'autorité intimée soutient que la créance d'impôt existe indépendamment de la décision de taxation si bien qu'une fois prescrite, elle subsisterait en tant qu'obligation naturelle; la recourante ne pourrait dès lors réclamer la restitution des montants versés. Elle considère en substance que l'arrêt précité concernait une situation différente dans la mesure où les décisions de taxation avaient été rendues après le délai de prescription absolue alors qu'en l'espèce celle-ci est intervenue en cours de procédure de réclamation.
b) Selon l'art. 162 al. 1 LIFD, l'impôt fédéral direct est perçu sur la base de la taxation. Lorsque la taxation n'est pas encore effectuée au terme d'échéance (1er mars de l'année civile qui suit l'année fiscale; cf. art. 161 LIFD et art. 1 de l'ordonnance du Département fédéral des finances (DFF) sur l'échéance et les intérêts en matière d'impôt fédéral direct, du 10 décembre 1992 [OEI; RS 642.124]), l'impôt est perçu à titre provisoire. Il est fixé sur la base de la déclaration ou sur celle de la taxation précédente ou encore selon une estimation du montant dû. Les montants perçus en trop sont restitués (art. 162 al. 3 LIFD).
La LHID étant muette s'agissant de la perception et de la restitution de l'impôt, la perception d'acomptes versés en vue de s'acquitter des impôts cantonaux et communaux et leur restitution relèvent uniquement du droit cantonal (arrêt TF 2C_586/2017 précité, consid. 2.3). A cet égard, l'art. 219 LI prévoit que l'impôt des personnes morales est perçu sur la base de la décision de taxation ou, à ce défaut, d'un calcul provisoire (al. 1). En cas de réclamation et de recours, l'impôt est dû sur les éléments déclarés ou admis par le contribuable (al. 2). Selon l'art. 220 LI, des acomptes, arrêtés sur la base de la dernière taxation, des acomptes de la période fiscale précédente ou sur une estimation des impôts dus, doivent être acquittés sur l'impôt sur le bénéfice et sur le capital, ainsi que l'impôt minimum dus pour la période fiscale. Un décompte final intervient pour chaque période fiscale sur la base de la taxation; le cas échéant, l'autorité fiscale peut notifier un acompte supplémentaire fondée sur un calcul provisoire de l'impôt (art. 220 al. 3 LI).
Quant à l'art. 225 LI, qui traite de la restitution lorsque le montant dû est inférieur au montant perçu, il a la teneur suivante :
"Art. 225 Restitution: montant dû inférieur au montant perçu
1 Lorsque l'impôt, ou l'amende, dû sur la base d'une décision définitive et exécutoire est inférieur au montant perçu conformément aux articles 216 à 221, la différence est restituée au contribuable.
2 La restitution est effectuée:
a. en principe par inscription au crédit du contribuable au titre d'avance selon l'article 226;
b. par remboursement, lorsque le contribuable en fait la demande et pour autant qu'aucun impôt ne soit dû.
3 Le montant à restituer porte intérêt au taux fixé par le Conseil d'Etat dès le paiement et jusqu'à la restitution selon l'alinéa 2. Les articles 217a, alinéa 3 et 221, alinéa 2 sont réservés.
c) En l'espèce, la période fiscale 2003 a fait l'objet d'une décision de taxation de l'OIPM du 7 mars 2007 contre laquelle la recourante a déposé une réclamation contestant la reprise des primes LPP et des charges salariales excessives mais admettant d'autres éléments (reprises de parts privées sur véhicules). En cours de procédure de réclamation, soit le 29 juin 2010, l'OIPM a adressé à la recourante un calcul de l'impôt 2003 dû sur la base des éléments déclarés ou admis comportant un solde dont la recourante s'est acquitté. La prescription absolue du droit de taxer est intervenue tant en ce qui concerne l'IFD (art. 120 al. 4 LIFD) qu'en ce qui concerne l'ICC quinze ans après la fin de la période fiscale (art. 47 al. 1 LHID; art. 170 al. 4 LI), soit le 31 décembre 2018, alors que la procédure de réclamation était toujours pendante, ce qui n'est au demeurant pas contesté par les parties.
La réclamation est une voie de droit ordinaire, complète ("vollkommen") et réformatoire; elle a pour effet d'empêcher l'entrée en force de la décision de taxation (TF arrêt 2C_832/2008 du 4 mai 2009 consid. 2; Hugo Casanova/Claude-Emmanuel Dubey, in Commentaire romand, n. 1 ad art. 132 LIFD; Peter Locher, Kommentar zum Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, Bâle 2015, n. 7 ad art. 132 LIFD). L'autorité saisie de la réclamation peut revoir l'ensemble des éléments de la décision de taxation (Locher, op. cit., n. 8 ad art. 132 LIFD). La réclamation a les mêmes effets en matière d'impôt cantonal direct (art. 48 LHID; Martin Zweifel/Silvia Hunziker, in Zweifel/Beusch (édit), n. 1 ad art. 48 StHG).
En l'occurrence, dès lors que la prescription est intervenue en cours de procédure de réclamation, la décision de taxation du 7 mars 2007 aurait dû être annulée. Cela a également pour conséquence qu'aucun impôt n'est dû par la recourante pour la période considérée.
Lorsqu'aucun impôt n'est dû pour une période fiscale donnée, il résulte tant de l'art. 162 al. 3 LIFD en ce qui concerne l'IFD que de l'art. 225 LI s'agissant de l'ICC que les montants versés par le contribuable sur une base provisoire doivent être restitués (cf. TF arrêt 2C_586/2017 du 30 novembre 2018, consid. 4.4).
Contrairement à ce que retient la décision attaquée, il ne résulte pas de ces dispositions qu'il en irait différemment lorsque c'est en raison de la prescription du droit de taxer qu'aucun n'impôt n'est dû. Le texte de l'art. 162 LIFD comme celui de l'art. 225 LI ne permettent pas de faire des distinctions selon le motif pour lequel le contribuable ne doit pas payer d'impôt et il n'existe pas d'indice pour s'écarter en l'espèce d'une interprétation littérale. De ce point de vue, la décision qui constate qu'aucun impôt n'est dû en raison de la prescription doit être assimilée à une décision de taxation définitive fixant l'impôt dû à zéro (dans le même sens: TF arrêt 2C_586/2017 du 30 novembre 2018, consid. 4.4). L'interprétation de l'autorité intimée aurait de surcroît pour conséquence que le contribuable qui n’a pas satisfait à son obligation d’acquitter l’impôt provisoire serait en définitive mieux traité que celui qui s’y est conformé.
Il n'y a pas lieu non plus d'appliquer par analogie à l'obligation de restitution de l'autorité fiscale l'art. 63 al. 2 CO selon lequel ce qui a été payé pour acquitter une dette prescrite ou pour accomplir un devoir moral ne peut être répété. En effet, les art. 162 LIFD et 225 LI doivent être considérés comme exhaustifs en ce sens qu'ils contiennent une règlementation complète de l'obligation de restitution de la collectivité publique. Il appartenait dès lors cas échéant au législateur de prévoir expressément que les montants versés ne donnaient pas lieu à restitution en cas de prescription du droit de taxer (cf. TF arrêt 2C_586/2017 précité où le TF avait toutefois confirmé, sous l'angle de l'arbitraire, l'application par le Tribunal cantonal neuchâtelois des dispositions sur l'enrichissement illégitime à l'obligation de restituer en constatant que l'application des dispositions de la loi cantonale aboutissait au même résultat). Il n'y a dès lors pas lieu de trancher ici la question de savoir si une créance fiscale prescrite subsiste comme une obligation naturelle au sens de l'art. 63 al. 2 CO ou si elle doit être considérée comme étant inexistante (cette question est par ailleurs controversée : cf. ATF 133 II 366 consid 3.3, traduit in JdT 2007 II 54 et réf. citées; Michael Beusch, in Zweifel/Beusch (édit.), n. 20 ad art. 120 DBG).
Contrairement à ce que soutient l'autorité intimée, il est en outre sans incidence sur son obligation de restituer que la recourante se soit acquitté non seulement d'acomptes pendant l'année fiscale 2003 mais également d'un montant complémentaire sur la base du calcul d'impôt envoyé par l'OIPM le 29 juin 2010. Certes, le droit cantonal (art. 219 al. 2 LI pour les personnes morales; art. 216 al. 2 LI pour les personnes physiques) prévoit qu'en cas de réclamation et de recours, l'impôt est dû sur les éléments déclarés ou admis par le contribuable. Cette disposition, qui doit être interprétée de manière conforme au droit fédéral (art. 49 Cst.), ne saurait toutefois avoir pour effet de permettre une entrée en force partielle de la décision de taxation, ce qui serait contraire à la nature même de la réclamation. On ne saurait donc inférer du paiement des montants correspondant aux éléments déclarés ou admis – comme d'ailleurs pour les acomptes –que la recourante aurait renoncé à en demander la restitution. En effet, à ce moment-là, la décision de taxation, qui faisait toujours l'objet d'une réclamation, n'était pas entrée en force. Le paiement opéré sur la base de l'art. 219 al. 2 LI correspond donc à celui d'un impôt perçu à titre provisoire qui doit être restitué s'il s'avère au final qu'il n'est pas dû.
Il résulte de ce qui précède que l'autorité intimée a rejeté à tort la demande de la recourante de lui restituer les montants versés à titre d'avances pour l'année fiscale 2003, soit 8'011 fr. 50 pour l'ICC et 3'009 fr. pour l'IFD. Il appartiendra en outre à l'autorité intimée de calculer le montant des intérêts moratoires auxquels a droit la recourante.
6. Le recours doit ainsi être partiellement admis. La décision attaquée est réformée en ce sens que les acomptes versés par la contribuable en relation avec la période fiscale 2003, tant pour l'IFD que pour l'ICC, lui sont restitués. Elle est confirmée pour le surplus. Un émolument réduit est mis à la charge de la recourante, qui succombe partiellement (art. 49 LPA-VD). La recourante, qui obtient par ailleurs partiellement gain de cause avec l'assistance d'un mandataire professionnel, a droit à des dépens réduits (art. 55 LPA-VD).