# Swiss Legal Decision

**Decision ID:** 3f3fef10-1061-4829-b8b1-cf0b939fb322
**Court:** CH_BGer
**Chamber:** CH_BGer_002
**Year:** 2021
**Language:** de
**Jurisdiction:** CH / Federation
**Law Area:** $law_area
**Law Sub-area:** nan

## Facts

Sachverhalt:
A.
Bei der Flughafen Zürich AG führte die Eidgenössische Steuerverwaltung (EStV) im Jahr 2016 eine Mehrwertsteuer-Kontrolle durch (Kontrollperiode 2010 bis 2014). Die Kontrolle zog eine Nachbelastung von Fr. 19'427'635.-- nach sich, insbesondere aufgrund von fünf verschiedenartigen Leistungen, deren Entgelte (von der Steuerpflichtigen als "Gebühr" bezeichnet) nicht versteuert worden waren. Die Pflichtige hatte angenommen, bei den Gebühren für das Abstellen von Flugzeugen, die Nutzung von Applikationen und Terminals ("CUTE-Gebühren"), die sog. "Baggage-Reconciliation" ("BRTS-Gebühren" für die Nutzung einer Applikation, welche für jeden eingestiegenen Passagier die Freigabe für das Einladen der zugehörigen Gepäckstücke auslöst), die Nutzung der Gepäcksortieranlage ("GSA-Gebühren"), die Versorgung der Flugzeuge mit Energie und Klima ("EVA-Gebühren") handle es sich um ein Entgelt für hoheitliche Leistungen.
B.
Die EStV bestätigte ihre Nachbelastung mit einer begründeten Verfügung vom 22. Juni 2018. Darauf gelangte die Flughafen Zürich AG mit Sprungbeschwerde an das Bundesverwaltungsgericht. Dieses hat das Rechtsmittel mit Urteil vom 26. Juni 2019 insofern gutgeheissen, als es die Angelegenheit unter teilweiser Aufhebung der erstinstanzlichen Verfügung an die Veranlagungsbehörde zurückgewiesen hat, soweit die GSA-, die CUTE-, die BRTS- und die EVA-Gebühren betroffen seien; die EStV habe ergänzende Sachverhaltserhebungen vorzunehmen und gestützt darauf neu zu entscheiden; zwar handle es sich nicht um hoheitliche Leistungen, doch namentlich zur Bestimmung des Leistungsorts werde zu klären sein, ob und inwiefern gegebenenfalls Luftfahrtunternehmen (etwa aufgrund von Selbstabfertigung) und nicht Bodenabfertigungsdienste mehrwertsteuerlich gesehen Leistungsempfänger der von der Gesellschaft erbrachten Leistungen gewesen seien. Im Übrigen hat das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde abgewiesen.
C.
Am 2. September 2019 hat die Eidgenössische Steuerverwaltung Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht eingereicht. Sie stellt den Antrag, das Urteil des Bundesverwal-tungsgerichts vom 26. Juni 2019 aufzuheben, soweit dieses die Beschwerde der Flughafen Zürich AG gutgeheissen und die Sache an die erste Instanz zurückgewiesen habe; die Verfügung vom 22. Juni 2018 sei zu bestätigen.
D.
Die Flughafen Zürich AG schliesst auf Nichteintreten; eventuell sei die Beschwerde abzuweisen. Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Stellungnahme verzichtet.
E.
Mit Replik vom 29. Januar 2020 und Duplik vom 16. März 2020 haben die Verfahrensbeteiligten an ihren jeweiligen Rechtsstandpunkten festgehalten.

## Considerations

Erwägungen:
1.
1.1. Angefochten ist ein Urteil des Bundesverwaltungsgerichts in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss Art. 83 BGG fällt und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a und Art. 86 Abs. 1 lit. a BGG). Dafür ist die Beschwerdeführerin legitimiert (Art. 89 Abs. 2 lit. a BGG i.V.m. Art. 141 der Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009; MWStV; SR 641.201).
1.2. Gemäss Art. 90 BGG ist die Beschwerde an das Bundesgericht zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen (sog. Endentscheide). Rückweisungsentscheide sind grundsätzlich keine End-, sondern Zwischenentscheide, gegen die nur unter den Voraussetzungen von Art. 92 oder 93 BGG beim Bundesgericht Beschwerde erhoben werden kann.
1.2.1. Sie stellen in der Regel Zwischenentscheide dar, weil sie das Verfahren nicht abschliessen (BGE 134 II 124 E. 1.3. S. 127; 133 V 477 E. 4 S. 480-482). Anders verhält es sich bloss, wenn der unteren Instanz, an welche die Sache zurückgewiesen wird, kein Entscheidungsspielraum mehr bleibt und die Rückweisung bloss der (rein rechnerischen) Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient; diesfalls liegt ein Endentscheid vor (BGE 134 II 124 E. 1.3; ausführlich Urteil 2C_258/2008 vom 27. März 2009 E. 3.3, publiziert in: StE 2009 B 96.21 Nr. 14; s. auch Urteil 2C_469/2013 vom 22. Mai 2013 E. 2.2). Die selbständige Anfechtbarkeit von Zwischenentscheiden bildet aus prozessökonomischen Gründen eine Ausnahme vom Grundsatz, dass sich das Bundesgericht mit jeder Angelegenheit nur einmal befassen soll. Die Ausnahme ist restriktiv zu handhaben (BGE 138 III 94 E. 2.2; 135 I 261 E. 1.2), zumal die Parteien keine Rechte verlieren, wenn sie einen Zwischenentscheid im Sinne von Art. 93 BGG nicht selbständig anfechten können; sie können sich immer noch mit Beschwerde gegen den Endentscheid beim Bundesgericht zur Wehr setzen (Art. 93 Abs. 3 BGG; BGE 133 IV 288 E. 3.2).
1.2.2. Gemäss Art. 93 Abs. 1 BGG ist die Beschwerde gegen Zwischenentscheide nur dann zulässig, wenn solche Entscheide einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b). Ein nicht wieder gutzumachender Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG muss nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung rechtlicher Natur sein, was voraussetzt, dass er sich auch mit einem späteren günstigen Endentscheid nicht oder nicht gänzlich beseitigen lässt (BGE 137 V 314 E. 2.2.1, 137 III 382 E. 1.2.1; 136 II 165 E. 1.2.1; 135 I 261 E. 1.2; 135 II 30 E. 1.3.4; 134 III 188 E. 2.1; 133 III 629 E. 2.3.1, je mit Hinweisen). Die blosse Möglichkeit eines nicht wieder gutzumachenden Nachteils rechtlicher Natur genügt (BGE 137 III 382 E. 1.2.1; 134 III 188 E. 2.1 mit Hinweis). Dagegen reichen rein tatsächliche Nachteile wie die Verfahrensverlängerung oder -verteuerung nicht aus (BGE 137 III 382 E. 1.2.1; 134 III 188 E. 2.2; 133 III 629 E. 2.3.1).
1.2.3. Ein Rückweisungsentscheid, mit dem eine Sache zu neuer Abklärung und Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen wird, bewirkt in der Regel keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil, selbst wenn damit über materielle Teilaspekte der Streitsache entschieden wird, sondern führt bloss zu einer Verlängerung des Verfahrens (BGE 137 III 380 E. 1.2.1; 136 II 165 E. 1.2.1; 134 II 124 E. 1.3; 133 V 477 E. 4.2 und E. 4.3; 133 V 477 E. 5.2.1).
Das Bundesgericht nimmt einen solchen Nachteil aber dann an, wenn eine beschwerdebefugte Behörde durch einen Rückweisungsentscheid gezwungen wird, eine ihrer Ansicht nach rechtswidrige Verfügung zu erlassen. Ihren eigenen Entscheid kann die Behörde nicht anfechten. Er könnte dadurch rechtskräftig werden, ohne dass sie je Gelegenheit hatte, ihn dem Bundesgericht zu unterbreiten. Um dies zu vermeiden, darf die Behörde unter Berufung auf Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG bereits gegen den Rückweisungsentscheid oder den ihn bestätigenden Entscheid an das Bundesgericht gelangen (vgl. u.a. BGE 133 V 477 E. 5; 133 II 409 E. 1.2 m.w.H.).
1.2.4. Ein solcher nicht wieder gutzumachender Nachteil besteht unter den gegebenen Umständen. Die Beschwerdegegnerin vertritt zwar die Auffassung (Ziff. 16 S. 6; Ziff. 2 S. 3 der Duplik), dass die Vorinstanz vorliegend der Beschwerdeführerin gerade keine materiell-rechtlichen Vorgaben mache, sondern sie einzig zur rechtsgenüglichen Erstellung des Sachverhalts im Rahmen der ihr von Gesetzes wegen obliegenden Untersuchungspflichten verpflichte.
Diese Sichtweise wird der Rechts- und Sachlage nur ungenügend gerecht und lässt die wirkliche Tragweite dessen ausser Acht, was die Vorinstanz hier gegenüber der Veranlagungsbehörde angeordnet hat, auch wenn es diese Anordnungen nicht mit (aller) letzter Deutlichkeit formuliert hat. Ausgehend von einem bestimmten Verständnis der hier massgeblichen Rechtsbestimmungen (vgl. unten E. 2), enthält das angefochtene Urteil sehr wohl wesentliche materiellrechtliche Vorgaben, die der Rechtsauffassung der EStV grundlegend zuwiderlaufen, u.a. in Bezug auf die verschiedenen Kategorien von Indizien, welche die Beschwerdeführerin anlässlich der angeordneten Neuprüfung der Sachverhalts- und Beweislage mitzuberücksichtigen habe. Wenn die EStV diese materiellrechtlichen Vorgaben befolgen würde, müsste sie einen ihren Rechtsüberzeugungen widersprechenden Neuentscheid treffen, gegen den sie sich in der Folge nicht mehr zur Wehr setzen könnte (vgl. dazu auch unten E. 4.2.4; siehe weiter nachfolgend E. 1.3). Auf die Beschwerde ist somit einzutreten.
1.3. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann namentlich die Verletzung von Bundesrecht und Völkerrecht gerügt werden. Bei der Prüfung verfügt das Bundesgericht über volle Kognition und wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist daher weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen oder mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (BGE 140 III 86 E. 2 unten; 140 V 136 E. 1.1).
1.4. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, wie ihn die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann diesen bloss berichtigen oder ergänzen, wenn er offensichtlich unrichtig, unvollständig oder in Verletzung wesentlicher Verfahrensrechte ermittelt wurde (Art. 105 Abs. 2 BGG).
2.
2.1. Die Beschwerdegegnerin ist eine private Flughafenhalterin, die als gemischtwirtschaftliche Unternehmung in der Form einer Aktiengesellschaft nach Art. 762 OR konstituiert ist (vgl. § 2 Abs. 1 des zürcherischen Gesetzes vom 12. Juli 1999 über den Flughafen Zürich [Flughafengesetz]; Tobias Jaag, Die schweizerischen Flughäfen: Rechtsgrundlagen, Organisation und Verfahren, in: Rechtsfragen rund um den Flughafen, [Hrsg.] von Tobias Jaag, 2004, S. 38). Mit dem Betrieb eines dem öffentlichen Verkehr dienenden Flughafens nimmt sie eine öffentliche Aufgabe des Bundes wahr, die einer entsprechenden Konzession durch den Bund bedarf (vgl. Art. 36a Abs. 1 des Bundesgesetzes über die Luftfahrt vom 21. Dezember 1948; Luftfahrtgesetz; LFG; SR 748.0; Urteil 2C_715/2008 vom 15. April 2009 E. 3.3).
2.1.1. Mit der Konzession wird das Recht eingeräumt, den Flughafen gewerbsmässig zu betreiben und insbesondere Gebühren zu erheben (Art. 36a Abs. 2 LFG; Art. 10 Abs. 1 der Verordnung vom 23. November 1994 über die Infrastruktur der Luftfahrt; VIL; SR 748.131.1). Damit verbunden sind mithin die durch die Konzession abgedeckten hoheitlichen Befugnisse (vgl. BGE 129 II 331 E. 2.3.1 S. 338; Urteil 2C_715/2008 E. 3.3; Jaag, 2004, a.a.O., S. 44).
2.1.2. Mit der Konzession, die vom UVEK erteilt wird, wird der Konzessionär verpflichtet, den Flughafen unter Vorbehalt der im Betriebsreglement festgelegten Einschränkungen für alle Luftfahrzeuge im nationalen und internationalen Verkehr zur Verfügung zu stellen, einen ordnungsgemässen, sicheren Betrieb zu gewährleisten und für die dafür erforderliche Infrastruktur zu sorgen (Art. 36a Abs. 2; siehe auch Art. 10 Abs. 1 VIL). Er muss ein Betriebsreglement erlassen, worin insbesondere die Organisation des Flugplatzes und die besonderen Vorschriften für dessen Benutzung festzuhalten sind (Art. 36c Abs. 1 und 2 LFG). Das Betriebsreglement unterliegt der Genehmigung durch das BAZL (Art. 36c Abs. 3 LFG; Urteile 2C_377/2016 vom 16. April 2018 E. 4.1; 2C_488/2012 vom 1. April 2013 E. 5.1).
2.2. Die Konzession kann mit Zustimmung des UVEK auf einen Dritten übertragen werden (Art. 36a Abs. 3 Satz 1 LFG). Dem Konzessionär steht auch das Recht zu, nur einzelne Rechte oder Pflichten aus der Konzession auf Dritte zu übertragen (Art. 36a Abs. 3 Satz 2 erster Teil LFG; Art. 15 VIL). Insofern steht es grundsätzlich im Ermessen des Konzessionärs, einzelne Rechte oder Pflichten zu übertragen. Grenze einer solchen Übertragung bilden dabei aber die Anforderungen der Konzession und eine Gleichbehandlung der Konkurrenten (vgl. Urteil 2C_488/2012 vom 1. April 2013 E. 4.1). Aus diesem Grund ist auch das BAZL in das Übertragungsverfahren involviert (Art. 15 VIL; Urteil 2C_377/2016 E. 4.2; vgl. aber auch dort E. 4.6 betreffend einen fehlenden Anspruch auf Drittabfertigung).
2.2.1. Art. 87 BV erlaubt nach herrschender Lehre dem Gesetzgeber, im Bereich der Luftfahrt von der Wirtschaftsfreiheit abzuweichen. Das Gesetz unterwirft denn auch sowohl die regelmässige Personen- und Güterbeförderung auf einer Luftverkehrslinie als auch den Betrieb von Flugplätzen, die dem öffentlichen Verkehr dienen (Flughäfen), der Konzessionspflicht (Art. 28 und 36a LFG) und entzieht diese damit dem sachlichen Geltungsbereich der Wirtschaftsfreiheit. Auch soweit das Gesetz die Luftfahrt nicht der Konzessionspflicht unterwirft und damit im Schutzbereich der Wirtschaftsfreiheit belässt (vgl. BGE 128 II 292 E. 5), gibt diese keinen Anspruch auf Benützung eines Flughafens für die kommerzielle Nutzung (BGE 125 I 182 E. 5b; 117 Ib 387 E. 6c/bb). Soweit allerdings Private aufgrund des Gesetzes die Möglichkeit haben, auf dem Flughafen wirtschaftliche Tätigkeiten auszuüben, haben sie aufgrund von Art. 27 BV Anspruch auf Gleichbehandlung der Konkurrenten (BGE 128 II 292 E. 5; Tobias Jaag/Julia Hänni, Infrastruktur der Luftfahrt, in: Georg Müller [Hrsg.], Verkehrsrecht, SBVR Bd. IV, 2008, S. 374 Rz. 93; zum Ganzen Urteil 2C_488/2012 E. 4.1).
2.2.2. Wenn dem Konzessionär das Recht zusteht, nur einzelne Rechte oder Pflichten aus der Konzession auf Dritte zu übertragen (Art. 36a Abs. 3 Satz 2 erster Teil LFG; Art. 15 VIL), so gilt das nicht für den Bereich der Bodenabfertigung. Diesbezüglich ist ein Flughafen unter bestimmten Voraussetzungen zu einer solchen Übertragung rechtlich verpflichtet. Auch hier ist das BAZL in das Verfahren involviert (vgl. Ziff. 11 Anh. VIL; Urteil 2C_377/2016 E. 4.2).
2.3. Mit der Konzessionierung geht u.a. die Verpflichtung einher, unter Vorbehalt der im Betriebsreglement festgelegten Einschränkungen für alle Luftfahrzeuge im nationalen sowie internationalen Verkehr die erforderliche Flughafen-Infrastruktur zur Verfügung zu stellen. Daraus ergibt sich, dass die Flughafen Zürich AG eine Infrastrukturanlage unterhält, welche verschiedene konzessionierte Luftverkehrsunternehmungen bzw. Fluggesellschaften für ihren Betrieb benützen. Die Dienstleister und Selbstabfertiger (vgl. dazu näher unten E. 2.4.1, 2.4.2 u. 2.5) sind verpflichtet, die zentralen Infrastruktureinrichtungen zu nutzen und dafür ein Entgelt zu bezahlen (vgl. zum Ganzen das Urteil 2C_488/2012 E. 5.3 m.H. auf die im Einzelnen anwendbaren Bestimmungen).
2.3.1. Anhang 4 Art. 1 Ziff. 6 BRegl. definiert als zentrale Infrastruktureinrichtungen Einrichtungen auf dem Flughafen Zürich zur Erbringung von Bodenabfertigungsdiensten, die aufgrund ihrer Komplexität oder aus Kosten- oder Umweltschutzgründen nicht geteilt oder in zweifacher Ausführung geschaffen werden können. Zu den zentralen Infrastruktureinrichtungen zählen die in Beilage 2 aufgeführten Einrichtungen. Die Errichtung und der Betrieb der zentralen Infrastruktureinrichtungen sind dem Leitungsorgan des Flughafens Zürich (d.h. der Flughafen Zürich AG) vorbehalten (Anhang 4 Art. 7 Abs. 1 BRegl.; Urteil 2C_488/2012 E. 5.3 u. 7.1).
2.3.2. Gemäss Art. 7 Abs. 3 von Anhang 4 kann das BAZL auf Antrag des Leitungsorgans und nach Anhörung des Nutzerausschusses weitere Infrastruktureinrichtungen zu zentralen Infrastruktureinrichtungen erklären, wenn die auf dem Flughafen Zürich bestehenden Platz- und Kapazitätsverhältnisse sowie der sichere und wirtschaftliche Flugbetrieb es erfordern.
Wenn das BAZL eine von der Flughafen Zürich AG eingereichte Änderung des Betriebsreglements genehmigt und die Ergänzung der Liste der zentralen Infrastruktureinrichtungen in Beilage 2 des Anhanges 4 zum BRegl anordnet, so hat diese Aufnahme in der genannten Beilage somit zur Folge, dass die Fluggesellschaften nicht eigene solche Einrichtungen installieren und betreiben dürfen, sondern diejenigen zu benützen haben, die von der Flughafen Zürich AG zur Verfügung gestellt werden, soweit diese mit Art. 8 RL 96/96/EG (vgl. dazu näher unten E. 2.5.3) übereinstimmen (vgl. zum Ganzen Urteil 2C_488/2012 E. 5.3).
2.4. Das dem Konzessionär allgemein zustehende Recht, nur einzelne Rechte oder Pflichten aus der Konzession auf Dritte zu übertragen gilt - wie erwähnt (vgl. oben E. 2.2.3) - nicht für den Bereich der Bodenabfertigung, für den der Flughafen unter bestimmten Voraussetzungen zu einer solchen Übertragung rechtlich verpflichtet ist.
2.4.1. Das vom Konzessionär zu erlassende Betriebsreglement, in dem namentlich die Organisation des Flugplatzes und die besonderen Vorschriften für dessen Benützung festzuhalten sind, hat u.a. Vorschriften über die Bodenabfertigungsdienste zu enthalten (Art. 23 lit. e VIL). Zu den in Art. 29a und 29b VIL geregelten Bodenabfertigungsdiensten zählen etwa die Betankung der Flugzeuge, die Flugzeug-, Passagier-, Gepäck-, Post- und Frachtabfertigung (vgl. das Urteil 2C_488/2012 E. 5.1; 2C_715/2008 E. 4.1; Jaag/Hänni, Luftverkehrsrecht Teil I: Infrastruktur der Luftfahrt, in: Georg Müller [Hrsg.], Verkehrsrecht, 2008, S. 373, Rz. 92; Jaag, 2004, a.a.O., S. 49).
2.4.2. Wenn der Flughafenhalter dem Bund gegenüber für die Erfüllung der durch Gesetz oder Konzession begründeten Pflichten weiterhin verantwortlich bleibt, so gilt das insbesondere für diese Bodenabfertigungsdienste. Bereits der Sachzusammenhang spricht dafür, dass das Verhältnis zwischen der Konzessionärin und deren Partner bei der Bodenabfertigung - im Unterschied zu den Erbringern kommerzieller Dienstleistungen (wie Verkaufsläden und Restaurants) - grundsätzlich öffentlich-rechtlicher Natur bleibt. Für den Flughafen Zürich ist dies zudem ausdrücklich in der Betriebskonzession desselben festgehalten (vgl. das Urteil 2C_715/2008 vom 15. April 2009 E. 4.1; Jaag/Hänni, a.a.O., S. 374 Rz. 93; Jaag, 2004, a.a.O., S. 50; Marc Patrick Streit, Grundlagen und Ausgestaltung von Flughafengebühren im schweizerischen Recht, 2005, S. 99 ff.).
2.5. Art. 29a VIL verweist für die Organisation und den Betrieb der Bodenabfertigungsdienste auf den Flughäfen auf die Richtlinie 96/67/EG des Rates vom 15. Oktober 1996 über den Zugang zum Markt der Bodenabfertigungsdienste auf den Flughäfen der Gemeinschaft (ABl. L 272 vom 25. Oktober 1996, S. 36; dazu Regula Dettling-Ott, Das bilaterale Luftverkehrsabkommen der Schweiz und der EG, in: Thürer/Weber/Portmann/Kellerhals [Hrsg.], Bilaterale Verträge I & II Schweiz - EU, 2007, S. 540 ff. Rz. 120 ff.; siehe auch das Urteil 2C_715/2008 E. 4.3). Diese Richtlinie gilt mit den Regelungen, welche nach Art. 23 des Abkommens vom 21. Juni 1999 zwischen der Europäischen Gemeinschaft und der Schweizerischen Eidgenossenschaft über den Luftverkehr (LVA; SR 0.748.127.192.68) durch den gemischten Ausschuss vereinbart wurden und gemäss Artikel 1 Abs. 2, Art. 32 sowie Anhang Ziff. 1 LVA auch in der Schweiz massgebend sind (vgl. BGE 138 II 42 E. 2.1 mit weiteren Hinweisen; Urteile 2C_377/2016 E. 4.3; 2C_488/2012 E. 5.1).
2.5.1. Nach Art. 29b VIL regelt der Flugplatzhalter im Betriebsreglement den Marktzugang zu den Bodenabfertigungsdiensten nach den Anforderungen der RL 96/67/EG und des Anhangs dieser Verordnung betreffend die Bodenabfertigungsdienste (Abs. 1); er gibt dem BAZL alle Dienstleister und Selbstabfertiger bekannt und beschreibt dabei deren Tätigkeit auf dem Flughafen. Er meldet auch jede Änderung der Verhältnisse (Abs. 2); das UVEK kann die Tätigkeit eines Dienstleisters oder eines Selbstabfertigers von einer Zulassung im Sinn von Artikel 14 der RL 96/67/EG abhängig machen (Abs. 3; Urteil 2C_488/2012 E. 5.1).
Die RL 96/67/EG will im Sinne des freien Dienstleistungsverkehrs schrittweise den Zugang zum Markt der Bodenabfertigungsdienste liberalisieren und dabei die Funktionsfähigkeit der Flughäfen sicherstellen. Zu diesem Zweck treffen die Mitgliedstaaten die erforderlichen Massnahmen, um den Bodenabfertigungsdienstleistern den freien Zugang zum Markt der Drittabfertigungsdienste (Art. 6 Abs. 1 RL 96/67/EG) und um die freie Ausübung der Selbstabfertigung (Art. 7 Abs. 1 RL 96/67/EG) zu gewährleisten; Urteile 2C_377/2016 E. 4.4; 2C_488/2012 E. 5.2). Selbstabfertigung bedeutet, dass ein Flughafennutzer (also eine Fluggesellschaft) selber Abfertigungsdienste erbringt (Art. 2 lit. d und f der RL 96/67/EG). Unter Vorbehalt der Ausnahmen gemäss Art. 7 Abs. 2 der RL 96/67/EG muss die Selbstabfertigung grundsätzlich allen Nutzern diskriminierungsfrei erlaubt sein (Art. 16 der RL 96/67/EG; Urteil 2C_488/2012 E. 5.2).
2.5.2. Unbeschadet der Art. 6 und 7 der RL 96/67/EG können sodann die Mitgliedstaaten Verwaltung und Betrieb der zentralen Infrastruktureinrichtungen zur Erbringung von Bodenabfertigungsdiensten, die aufgrund ihrer Komplexität bzw. aus Kosten- oder Umweltschutzgründen nicht geteilt oder in zweifacher Ausführung geschaffen werden können, dem Leitungsorgan des Flughafens oder einer anderen Stelle vorbehalten (vgl. dazu schon oben E. 2.3). Sie können vorschreiben, dass die Dienstleister und Selbstabfertiger diese Infrastruktureinrichtungen nutzen. Sie sorgen für eine transparente, objektive und nichtdiskriminierende Verwaltung dieser Einrichtungen und vor allem dafür, dass der gemäss der Richtlinie vorgesehene Zugang der Dienstleister und Selbstabfertiger durch sie nicht behindert wird (Art. 8 der RL 96/67/EG). Beschliesst ein Flugplatzhalter, Verwaltung und Betrieb zentraler Infrastruktureinrichtungen nach Artikel 8 der RL 96/67/EG einer einzigen Stelle vorzubehalten, so hat er im Betriebsreglement die betreffenden Einrichtungen zu bezeichnen und deren Verwaltung zu regeln (Anhang Ziff. 6 VIL; Urteil 2C_488/2012 E. 5.2).
2.5.3. Im Bereich der Bodenabfertigung (Handling) lassen sich somit drei Anbieterkategorien unterscheiden (vgl. Art. 2 lit. e - g und Anh. RL 96/67/EG) : Flughäfen, Airlines (sog. Selbstabfertigung) und unabhängige Unternehmen (sog. Drittabfertigung; Urteil 2C_377/2016 E. 4.3). Entweder ist die Dritt- und Selbstabfertigung zulässig, wobei dieses Recht grundsätzlich allen Drittabfertigungsdiensten und Nutzern gleichermassen zustehen muss (Art. 6 und 7 der RL 96/67/EG; Art. 27 BV), oder der Abfertigungsdienst wird als zentrale Infrastruktureinrichtung durch das Leitungsorgan des Flughafens betrieben, wobei die Einrichtung allen Nutzern diskriminierungsfrei zur Verfügung stehen muss (Art. 8 der RL 96/67/EG). Die Zuweisung einer Einrichtung zur obligatorisch zu benützenden zentralen Infrastruktur verunmöglicht zwar die Dritt- und Selbstabfertigung, wahrt aber die Gleichbehandlung der Konkurrenten, d.h. der Dritten oder der Nutzer unter sich (vgl. das Urteil 2C_488/2012 E. 7.2).
Ein möglichst diskriminierungsfreier Zugang aller Nutzer zu den Bodenabfertigungsdiensten kann also auf zwei verschiedene Arten erreicht werden: Entweder ist die Dritt- und Selbstabfertigung zulässig, wobei dieses Recht grundsätzlich allen Drittabfertigungsdiensten und Nutzern gleichermassen zustehen muss (Art. 6 und 7 der RL 96/67/EG; Art. 27 BV), oder der Abfertigungsdienst wird als zentrale Infrastruktureinrichtung durch das Leitungsorgan des Flughafens betrieben, wobei die Einrichtung allen Nutzern diskriminierungsfrei zur Verfügung stehen muss (Art. 8 der RL 96/67/EG; Urteil 2C_488/2012 E. 7.2).
2.5.4. Art. 16 der RL 96/67/EG schreibt für den Fall, dass der Zugang mit einem Entgelt verbunden wird, vor, dass dessen Höhe nach sachgerechten, objektiven, transparenten und nichtdiskriminierenden Kriterien festzulegen ist (Abs. 3). Bei diesem Entgelt darf es sich einzig um eine Gegenleistung für das Zurverfügungstellen und den Unterhalt der Anlagen und Vorrichtungen des Flughafens handeln, während namentlich eigentliche Marktzutrittsentgelte ausgeschlossen sind (vgl. das Urteil 2C_715/2008 E. 4.3).
3.
3.1. Hinsichtlich der Gebühr für das Abstellen der Luftfahrzeuge hat das Bundesverwaltungsgericht erwogen, dass es sich um eine nicht-hoheitliche Leistung der Beschwerdegegnerin handelt, nämlich die Vermietung von nicht im Gemeingebrauch stehenden Abstellplätzen für Luftfahrzeuge, womit eine zum Normalsatz steuerbare Lieferung (Vermietung von Parkplätzen) abgegolten wird (vgl. dazu näher E. 5 u. 6.1 des angefochtenen Urteils). Diese Beurteilung der Vorinstanz ist unangefochten in Rechtskraft erwachsen, so dass hier nicht weiter darauf einzugehen ist.
3.2. Dann hat sich das Bundesverwaltungsgericht näher mit der sog. GSA-Gebühr (für die Benutzung der Gepäcksortieranlage) auseinandergesetzt.
3.2.1. Dabei hat es sich namentlich auf folgende Rechtsgrundlagen gestützt: Für die Bereitstellung und den Betrieb zentraler Infrastruktureinrichtungen zur Erbringung von Bodenabfertigungs- und Wartungsdiensten, kann der Flughafenhalter nach Art. 44 Abs. 1 der Verordnung über die Flughafengebühren ein Nutzungsentgelt erheben (vgl. auch die Legaldefinition der zentralen Infrastruktur in Art. 2 lit. d der Verordnung vom 25. April 2012 über die Flughafengebühren sowie Art. 44 Abs. 2 dieser Verordnung in Verbindung mit Anhang 4 Art. 1 Ziff. 6 des Betriebsreglements für den Flughafen Zürich vom 30. Juni 2011.
Gemäss Art. 7 Abs. 4 des Anhangs 4 des Betriebsreglements des Flughafens Zürich haben Dienstleister (d.h. natürliche oder juristische Personen, welche einen oder mehrere Bodenabfertigungsdienste für Dritte erbringen) und Selbstabfertiger die zentralen Infrastruktureinrichtungen zu nutzen. Nach Abs. 6 derselben Vorschrift ist für die Nutzung der zentralen Infrastruktureinrichtungen durch das Leitungsorgan des Flughafens Zürich oder durch den Betreiber ein Entgelt zu erheben, wobei dessen Höhe nach sachgerechten, objektiven, transparenten sowie nichtdiskriminierenden Kriterien in Abfertigungsberechtigungen festzulegen ist (vgl. zum Ganzen E. 6.2.2 des angefochtenen Urteils; siehe dort auch E. 3).
3.2.2. Gestützt auf diese Bestimmungen hat die Vorinstanz geurteilt: Die vom Flughafen Zürich erbrachten Leistungen bilden Dienstleistungen. Anders als bei der Überlassung eines Gegenstandes zum Gebrauch oder zur Nutzung, welche als Lieferung zu qualifizieren ist, wird nämlich die Anlage von verschiedenen Personen gemeinsam genutzt, wobei diese Anlage als Gesamtinfrastruktur im Rahmen einer globalen Leistung zur Verfügung gestellt wird, weshalb es sich seitens der Beschwerdegegnerin um die Einräumung eines Nutzungsrechts und damit um eine Dienstleistung handelt. Davon ausgehend legen die zitierten Bestimmungen (vgl. oben E. 3.2.1) nahe, dass das hier interessierende Nutzungsentgelt je nachdem, ob eine Selbstabfertigung oder eine Drittabfertigung erfolgt, von den Selbstabfertigern (bzw. den entsprechenden Fluggesellschaften) oder aber von Drittabfertigern zu entrichten ist.
Nach Ansicht der EStV bilden die sog. Handling Agents, d.h. die Bodenabfertigungsdienste, Leistungsempfänger der erbrachten Dienstleistungen. Träfe diese Auffassung zu, läge der Ort der Leistung im Inland mit den entsprechenden Steuerfolgen zulasten des Flughafens. Demgegenüber hält der Flughafen dafür, dass die Fluggesellschaften die Leistungsempfänger sind: Bei Annahme nicht hoheitlicher Dienstleistungen bedeutet das, dass diese Leistungen entweder - soweit sie gegenüber ausländischen Fluggesellschaften ohne Betriebsstätte in der Schweiz erbracht wurden - gemäss dem Empfängerortsprinzips nicht der Inlandsteuer unterliegen oder sie (bei inländischen Empfängern) nach Art. 23 Abs. 2 Ziff. 8 MWSTG als für den unmittelbaren Bedarf dieser Luftfahrzeuge und ihrer Ladungen bestimmte Leistungen steuerbefreit sind (vgl. zum Ganzen E. 6.2.1 des angefochtenen Urteils).
3.2.3. Zur Beurteilung der Frage, ob die effektive Nutzung der Infrastrukturen nun den Handling Agents oder den Fluggesellschaften zuzurechnen sei, hat die Vorinstanz dann folgendes festgestellt: Bei den Akten liege namentlich das Muster einer Selbstabfertigungsberechtigung, nach welchem die Benutzung der Anlage in einem separaten Service Level Agreement mit den Dienstleistern geregelt werde und die Dienstleister für die Nutzung der Anlage ein Entgelt pro abfliegendem Passagier gemäss einer separaten Preisliste entrichten würden. Aktenkundig seien sodann mehrere Rechnungen der Beschwerdegegnerin an Fluggesellschaften, mit welchen u.a. eine "Baggage sorting fee" fakturiert worden sei; dabei gehe aus den Unterlagen nicht hervor, ob es sich bei den betreffenden Fluggesellschaften um Selbstabfertiger handle oder nicht.
Insgesamt lasse sich anhand der vorliegenden Akten nicht schlüssig beurteilen, ob und schon gar nicht in welchem Umfang die von der EStV angenommenen Dienstleistungen der Einräumung von Nutzungsrechten tatsächlich ausschliesslich gegenüber den Handling Agents (als Drittabfertiger) oder gegenüber den Fluggesellschaften (allenfalls als Selbstabfertiger) erbracht worden seien; insbesondere erscheine es nicht als ausgeschlossen, dass die Beschwerdegegnerin diese Leistungen gegenüber den (allenfalls als Selbstabfertiger handelnden) Fluggesellschaften erbracht und diesen direkt in Rechnung gestellt habe; entgegen der EStV gehe es dabei nicht an, den aktenkundigen, an die Fluggesellschaften adressierten Rechnungen keinerlei Bedeutung beizumessen; sie würden mindestens als Indiz für die Bestimmung des Leistungsempfängers gelten, jedenfalls dann, wenn wie hier die Fakten unklar seien; der rechtserhebliche Sachverhalt sei somit nicht hinreichend erstellt (vgl. zum Ganzen E. 6.2.3 des angefochtenen Urteils).
3.3. Abschliessend hat sich die Vorinstanz mit den drei sonst noch umstrittenen Gebühren befasst, um dabei zum selben Ergebnis wie für die GSA-Gebühr (vgl. oben E. 3.2) zu gelangen.
3.3.1. Das Bundesverwaltungsgericht hat sich diesbezüglich ebenfalls auf die schon dargestellten Rechtsgrundlagen gestützt (vgl. oben E. 3.2.1) und dann erwogen: Bei Leistungen an die Handling Agents wäre eine Steuerbefreiung nach Art. 23 Abs. 2 Ziff. 8 des Bundesgesetzes über die Mehrwertsteuer vom 12. Juni 2009 (Mehrwertsteuergesetz: MWSTG; SR 641.20) ausgeschlossen, unabhängig davon, ob Lieferungen oder Dienstleistungen auf dem Spiel stünden, weil sie nicht als an "Luftfahrtunternehmen" erbracht gelten könnten; wenn diese Handling Agents zudem ihren Sitz in der Schweiz hätten, so folge aus dem Empfängerortsprinzip, dass der Leistungsort hier und nicht im Ausland liege. Weiter sei festzuhalten, dass die Leistungen im Zurverfügungstellen der zentralen Infrastruktur bestehen würden.
3.3.2. Auch in Bezug auf diese drei sonst noch umstrittenen Gebühren lägen zum einen Aktenstücke vor, welche für die Handling Agents als Leistungsempfänger sprächen, zum anderen auch Dokumente (wie Verträge und Rechnungen), welche gegenteilig auf die Luftfahrtunternehmen als mögliche Leistungsempfänger (allenfalls im Rahmen einer Selbstabfertigung) hindeuteten (z.B. in diesem zweiten Sinne die CUTE-Nutzungsvereinbarungen zwischen der Beschwerdegegnerin und drei Fluggesellschaften, zudem mehrere Rechnungen gegenüber Fluggesellschaften); aufgrund dieser Aktenlage vermöge die EStV den Nachweis nicht zu erbringen, dass die hier interessierenden Leistungen bzw. die im Rahmen dieser Leistungen zur Verfügung gestellten Einrichtungen tatsächlich ausschliesslich von - mit einer Drittabfertigungsberechtigung ausgestatteten - Handling Agents genutzt und somit mehrwertsteuerlich gesehen nur diesen gegenüber erbracht worden seien. Deshalb sei die Sache (wie für die zuvor diskutierte GSA-Gebühr) an die EStV zurückzuweisen; diese habe ergänzende Sachverhaltserhebungen vorzunehmen und gestützt darauf neu zu entscheiden; namentlich werde näher zu klären sein, ob und inwiefern gegebenenfalls Luftfahrtunternehmen bei den als nicht hoheitlich bestätigten Tätigkeiten im Zusammenhang mit diesen Gebühren (etwa aufgrund von Selbstabfertigung) mehrwertsteuerlich gesehen Leistungsempfänger der von der Gesellschaft erbrachten Leistungen gewesen seien (vgl. zu diesen drei Gebühren gesamthaft: E. 6.3 des angefochtenen Urteils; siehe dort zudem E. 8 sowie oben Sachverhalt/B.).
4.
In ihrer Beschwerde an das Bundesgericht argumentiert die EStV, die hier massgeblichen Entgelte seien - je nachdem ob Selbst- oder Drittabfertigung vorliegen würde - von den Selbst- oder den Drittabfertigern zu erbringen. Aus den massgeblichen rechtlichen Grundlagen (insbesondere dem Betriebsreglement, dem Pflichtenheft für die Erbringer von Bodenabfertigungsdiensten, dem Mustervertrag Drittabfertigungsberechtigung, usw.) folgert sie, es sei rechtlich gar nicht anders möglich, als dass es einer Selbst- oder Drittabfertigungsberechtigung bedürfe, um die zentralen Infrastrukturen zu nutzen und Leistungsempfänger zu sein. Nun habe der Flughafen aber in einer E-Mail vom 17. Juni 2016 erklärt, dass keine aktiv genutzte Selbstabfertigungsberechtigung vorliege. Somit hätten ausschliesslich die Handling Agents die zentralen Infrastrukturanlagen genutzt; nur sie hätten Bodenabfertigungen vorgenommen und seien Leistungsempfänger gewesen. Soweit Verträge zwischen dem Flughafen und Fluggesellschaften etwas anderes besagen würden, wären sie gesetzwidrig.
4.1. Gegen das angefochtene Urteil macht die EStV vorab geltend, dass das Bundesverwaltungsgericht die genannte E-Mail vom 17. Juni 2016, die sich für die Beantwortung der hier zu beurteilenden Fragen als entscheidwesentlich erweise, ausser Acht gelassen habe, weshalb die Vorinstanz bei ihrer Beurteilung des Falls von einem unvollständig und somit rechtswidrig ermittelten Sachverhalt (vgl. oben E. 1.4) ausgegangen sei.
4.1.1. Am 17. Juni 2016 liess die Beschwerdegegnerin der Veranlagungsbehörde eine umfangreiche und detaillierte E-Mail zukommen. Darin hielt sie für hier umstrittene Gebühren sowie die zu beurteilende Zeitspanne 2010 bis 2014 fest, dass nur eine einzige Fluggesellschaft über eine Selbstabfertigungsberechtigung verfüge, sie aber nicht aktiv nutze. Stattdessen sei die Benutzung der Infrastrukturen einer bestimmten Anzahl von Drittabfertigern (jeweils mit Sitz oder Betriebsstätte in der Schweiz) zugestanden. Daraus hat die EStV geschlossen, diese Drittabfertiger (und nur sie) seien als Empfänger und Schuldner der durch die Beschwerdegegnerin erbrachten Dienstleistungen zu erachten.
4.1.2. Namentlich aufgrund der besagten E-Mail erliess die EStV am 4. Juli 2016 ihre Einschätzungsmitteilung gegenüber der Beschwerdegegnerin und dann am 22. Juni 2018 eine auf 23 Seiten eingehend begründete Veranlagungsverfügung. Dort (in Ziff. 5.2, S. 17 - 19) hat die EStV sich ausführlich mit der besagten E-Mail und den damit in Zusammenhang stehenden Fragen befasst: Unter den gegebenen Umständen sei nicht ausschlaggebend, auf wen die Rechnungen betreffend Benutzung der Bodenabfertigungsdienste ausgestellt gewesen seien; die Rechnungsstellung könne fehlerhaft sein, womit nicht allein darauf abzustellen sei; stattdessen müssten sämtliche Umstände berücksichtigt werden, um zu beurteilen, durch wen die zentralen Infrastruktureinrichtungen tatsächlich genutzt worden seien.
In Übereinstimmung mit der E-Mail vom 17. Juni 2016 habe der Flughafen seine Leistungen hier nicht gegenüber den Luftfahrtgesellschaften, sondern einzig den mit einer Drittabfertigungsberechtigung ausgestatteten Handling Agents erbracht, was auch dem Pflichtenheft entsprochen habe. In Gesamtwürdigung sei somit die Voraussetzung des Aussenauftritts in Bezug auf die Handling Agents gegeben. Diese seien denn auch ausdrücklich im eigenen Namen tätig geworden, weshalb ein eigenständiges Auftreten zu bejahen sei.
4.1.3. Die Beschwerdegegnerin hat ihre Angaben in ihrer E-Mail vom 17. Juni 2016 in keiner der nachfolgenden Phasen des Veranlagungsverfahrens widerrufen, als unzutreffend oder (teilweise) irrelevant erklärt, noch hat sie sie in sonst einer Weise relativiert oder in Zweifel gezogen. Dasselbe gilt für ihre Rechtsschriften im vorinstanzlichen Verfahren (vgl. S. 15-22 der Beschwerde vom 27. August 2018; S. 9-11 der Replik vom 11. Februar 2019; S. 4-5 der Triplik vom 12. März 2019) : In all diesen Schriften haben die Rechtsvertreter der Beschwerdegegnerin die der Veranlagungsbehörde zuvor zugesandten Angaben gänzlich unerwähnt gelassen, sie aber auch nicht widerrufen oder in Frage gestellt. Stattdessen haben sie eingehend ihr Verständnis der anwendbaren Vorschriften erläutert, wonach die Luftfahrtgesellschaften Leistungsempfänger seien und namentlich auf die ausgestellten Rechnungen zu achten sei.
4.1.4. Aufgrund der verschiedenen Verfahrensphasen gegenüber der Veranlagungsbehörde und danach im Rechtsmittelstadium hätte das Bundesverwaltungsgericht somit begründeten Anlass gehabt, sich mit der E-Mail vom 17. Juni 2016 zumindest als möglicherweise wesentliche Urteilsgrundlage auseinanderzusetzen. Obwohl es diese E-Mail ausser Acht gelassen hat, hat das Bundesverwaltungsgericht eine Sachverhaltswürdigung vorgenommen, die aus den beiden folgenden Gründen trotzdem nicht als rechtswidrig oder unvollständig eingestuft werden kann.
Das beruht einerseits darauf, dass die besagte E-Mail die Gepäcksortierungsgebühr (GSA) überhaupt nicht erwähnt, während der quantitativ grösste Teil der streitigen Forderungen aber gerade den GSA-Bereich betrifft. Gemäss Betriebsreglement Anhang 4 Beilage 2 ist das Gepäckabfertigungssystem eine zentrale Infrastruktur, was mit Art. 8 der RL 96/67/EG (vgl. oben E. 2.5.3) übereinstimmt. Ob der Flughafen diese Dienstleistung in der hier massgeblichen Kontrollperiode selber (und nicht via Drittabfertiger) den Airlines erbracht hat, wird die EStV in ihrer durch die Vorinstanz bundesrechtskonform angeordneten ergänzenden Sachverhaltsabklärung zu überprüfen haben.
Andererseits ist es nach Durchsicht der Akten in der Tat so, dass die Beschwerdegegnerin nirgends behauptet hat, sie erbringe alle streitigen Leistungen direkt gegenüber den Fluggesellschaften ohne Mitwirkung von Handling Agents. Sie hat allerdings auch nirgends klar gesagt, dass alle streitigen Leistungen an Handling Agents erbracht werden, insbesondere nicht in der E-Mail vom 17. Juni 2016. Diese bezieht sich zwar unter EVA, CUTE und BRTS jeweils auf die Kategorie "Vertrag/Bewilligung mit einer Airline mit Selbstabfertigungsberechtigung" und verweist dann darauf, dass nur eine Fluggesellschaft (A._) ein solche Berechtigung habe, sie aber nicht (aktiv) nutze. Weiter aufgeführt ist "Vertrag/Bewilligung mit einer Airline mit Drittabfertigungsberechtigung" mit dem dazugehörigen Vermerk: "Gibt es nicht". Daneben erwähnt die E-Mail aber "Vertrag/Bewilligung mit einer Airline ohne Selbstabfertigungsberechtigung". Daraus ist soweit ersichtlich zu schliessen, dass es neben den Verträgen mit Handling Agents offenbar auch Verträge mit Airlines gibt, die keine Selbstabfertigungsberechtigung haben (vgl. dazu auch Ziff. 33 S. 10 der Beschwerdeantwort vor Bundesgericht). Zumindest ergibt sich aus dieser E-Mail für die Bereiche EVA/CUTE/ BRTS ebenfalls nicht klar, dass der Flughafen all seine Leistungen einzig den Handling Agents gegenüber erbracht hätte.
4.2. Unabhängig von der E-Mail vom 17. Juni 2016 kann der Auffassung der EStV, wonach es rechtlich gar nicht anders möglich sei, als dass die Selbstabfertiger oder die Drittabfertiger Leistungsempfänger seien (und wenn es keine Selbstabfertiger gebe, kämen nur die Drittabfertiger als Leistungsempfänger in Frage) so nicht gefolgt werden.
4.2.1. Grundsätzlich ist es nicht zutreffend, dass nur die Alternative zwischen Selbst- oder Drittabfertigung bestehen würde. Wenn es keine Fluggesellschaften gibt, die Selbstabfertiger sind, folgt daraus nicht, dass die Leistungen an Drittabfertiger gegangen sind; sie könnten genauso gut direkt vom Flughafenbetreiber an die Airlines erbracht worden sein, nachdem der Flughafen den Betrieb der zentralen Infrastrukturanlagen sich selber vorbehalten hat (Art. 8 der RL 96/67/EG; vgl. oben E. 2.5.3 u. 4.1.4). In diesem Fall stellt er direkt den Fluggesellschaften Rechnung, auch wenn diese nicht Selbstabfertiger sind.
Unstreitig werden bestimmte Flughafengebühren von den Fluggesellschaften direkt dem Flugplatz bezahlt (vgl. Kontrollbericht, Akten ESTV 17, Modul 11 S. 1 f.). Seit der Revision des LFG vom 1. Oktober 2010 (und entgegen der früheren Rechtsprechung, vgl. u.a. BGE 129 II 331 E. 2.3; 125 I 182 E. 4; Urteil 2C_715/2008 E. 4.2) gelten nun auch die Benutzungsentgelte für die zentralen Infrastruktur als Flughafengebühr (vgl. Art. 39 Abs. 3-4 LFG). Vor diesem Hintergrund kann es sich grundsätzlich als rechtlich durchaus zulässig erweisen, dass die Beschwerdegegnerin selber den Fluggesellschaften Bodenabfertigungsleistungen erbringt, auch wenn diese nicht Selbstabfertiger sind. Das wird auch nicht durch die gesetzliche Regelung betreffend Drittabfertigung (vgl. oben E. 2.4) ausgeschlossen, ebenso wenig dadurch, dass Drittabfertigungsberechtigungen bestehen.
4.2.2. Wenn die Vorinstanz den Sachverhalt diesbezüglich als ungenügend erstellt eingestuft und die Sache für ergänzende Abklärungen an die EStV zurückgewiesen hat, so ist das nicht als bundesrechtswidrig zu qualifizieren. Im Rahmen dieser Abklärungen wird die Veranlagungsbehörde aber auch zu prüfen haben, ob (bzw. inwieweit) das vom Flughafen im Bereich der verschiedenen hier massgeblichen Dienstleistungen tatsächlich gewählte System der Leistungserbringung mit den oben dargestellten rechtlichen Vorgaben (vgl. namentlich E. 2.4 u. 2.5) übereinstimmt oder gegen sie verstösst.
Konzessionsrechtlich gilt im hier zu beurteilenden Einzelbereich der Bodenabfertigungsdienste ein komplexes und durch mehrere ineinander greifende Regelungsebenen (u.a. Gesetzgebungs- und Verordnungsrecht des Bundes, Betriebsreglement des Flughafens, aber auch die die EU-Richtlinie RL 96/97/EG) geprägtes Vorschriftensystem zur gegenseitigen Abwägung der legitimen Interessen aller Beteiligten, namentlich des Flughafens, der Luftfahrtunternehmen und der (lokalen) Abfertigungsdienstleister am Boden. All diesen Regelungen liegt die Befürchtung zugrunde, dass die notwendige Abwägung zwischen sämtlichen Interessen durch Machtmissbrauch und zugangsdiskriminierende Marktzutrittsschranken erschwert, gegebenenfalls sogar verunmöglicht werden könnte. Zu befürchten ist in diesem Bereich namentlich Zweierlei: zum Einen besteht die Gefahr, dass der Flughafen seine Machtinteressen diskriminierend und marktzutrittsbehindernd sowohl gegen die Selbst- als auch die Drittabfertiger durchsetzt, zum Anderen soll vermieden werden, dass der Konzessionär mit (den) Fluggesellschaften zusammenarbeitet, um die legitimen Ansprüche der lokalen Bodenabfertigungs-Handling Agents in Sachen Wirtschaftsfreiheit und Gleichbehandlungsansprüche einzuschränken oder auszuschliessen (vgl. zum Ganzen oben die verschiedenen Unterteilungen von E. 2.5).
Im Rahmen der von ihr vorzunehmenden ergänzenden Sachverhaltsabklärungen wird die EStV deshalb prüfen müssen, ob die gegebenenfalls zwischen dem Flughafen und Fluggesellschaften vereinbarten Dienstleistungsverhältnisse zur Benutzung zentraler Infrastrukturen für die hier zu erfolgende mehrwertsteuerrechtliche Beurteilung von Belang sind oder als rechtlich irrelevant einzustufen sind, weil sie zu einer rechtswidrigen Diskriminierung von Drittabfertigern führen.
Im Weiteren sind die vom Flughafen erhobenen Nutzungsentgelte nach sachgerechten, objektiven, transparenten und nichtdiskriminierenden Kriterien zu gestalten und zu beziehen (vgl. oben u.a. E. 2.5.4). Dabei kann es insbesondere nicht angehen, dass neben den Abfertigungsberechtigungen abgeschlossene Nutzungsvereinbarungen und ausgestellte Rechnungen dazu führen, die auf den gemäss den zugestandenen Abfertigungsberechtigungen geschuldeten Nutzungsentgelte der Erfassung durch die Mehrwertsteuer zu entziehen. Auch danach wird die EStV die tatsächlich bestehende Ausgestaltung der Leistungsbeziehungen zu überprüfen haben.
4.3. Ausserdem fragt sich, ob der Begriff des Dienstleistungsempfängers gemäss Mehrwertsteuerrecht mit dem luftfahrtrechlichen Begriff der Abfertigungsberechtigung übereinstimmt.
4.3.1. Zur Frage, wer im Sinne der hier massgeblichen Rechtsbestimmungen als "Leistungsempfänger" der vier durch den Flughafen dargebrachten Dienstleistungen zu verstehen sei, ergibt sich gemäss der Beschwerdegegnerin aus Art. 20 Abs. 1 MWSTG, dass eine Leistung von derjenigen Person als erbracht worden zu gelten habe, die nach aussen als Leistungserbringerin auftrete. Im Einklang mit der bundesgerichtlichen Rechtsprechung (vgl. u.a. 2C_45/2008 vom 16. Dezember 2008 E. 3.2) werde in der Regel auf die Rechnungsstellung bzw. die diesbezüglichen Vertragsbestimmungen abgestellt. Wenn es aber auf die Rechnungsstellung ankomme, dann seien die Nutzer und Leistungsempfänger zumindest überall dort, wo die Rechnungen nicht auf den Namen der Handling Agents ausgestellt worden seien, die Fluggesellschaften. Die mit Gebühren abgegoltenen Leistungen seien immer dann nicht an die Bodenabfertigungsdienste erbracht worden, sondern an die jeweiligen Luftfahrtgesellschaften, wenn diesen Rechnung gestellt werde.
4.3.2. Dazu ist festzuhalten, dass die Rechnungsstellung nicht für sich allein entscheidend ist (2C_1001/2015 E. 4.3.2), rechtsprechungsgemäss aber doch ein Indiz für Aussenauftritt darstellt (2C_767/2018 E. 5.1). Das mag namentlich insoweit gelten, als es hier um Bereiche der Leistungserbringung geht, die weder eine Selbstabfertigung noch eine Drittabfertigung betreffen, sondern einer Benutzung der zentralen Infrastrukturen entsprechen.
Diesbezüglich erweist es sich somit ebenfalls als bundesrechtskonform, wenn die Vorinstanz den Sachverhalt als unzureichend festgestellt eingestuft und die Sache zu ergänzender Abklärung an die EStV zurückgewiesen hat. Bei dieser Abklärung wird gleichzeitig zu prüfen sein, ob die tatsächliche Ausgestaltung der Leistungsverhältnisse nicht gegen die massgeblichen Rechtsgrundlagen verstösst, so dass aus diesem Grund nicht auf sie abgestellt werden kann.
5.
5.1. Nach dem Gesagten ist das angefochtene Urteil zu bestätigen und die Sache im Sinne der vorinstanzlichen Anordnungen (vgl. insb. E. 8 des angefochtenen Urteils) an die EStV zurückzuweisen.
5.2. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die EStV, die Vermögensinteressen wahrnimmt, kosten- und entschädigungspflichtig (vgl. Art. 65 f. u. 68 BGG).