# Swiss Legal Decision

**Decision ID:** 4c710148-9d75-443a-a8e6-e4510da07db4
**Court:** VD_TC
**Chamber:** VD_TC_004
**Year:** 2020
**Language:** fr
**Jurisdiction:** VD / Région lémanique
**Law Area:** $law_area
**Law Sub-area:** nan

## Facts

E n f a i t :
A.
a)
D._ (ci-après : le demandeur), né en 1964, divorcé depuis 2004 et père d’un enfant, né en 1998, a travaillé pour F._ du [...] 1985 jusqu’à son licenciement par cette société avec effet [...] 2000. Il était assuré à ce titre pour la prévoyance professionnelle auprès de la Fondation de prévoyance et de secours en faveur du personnel de F._ (laquelle a été reprise en 2002 par la Fondation de prévoyance en faveur du personnel des sociétés suisses de W._ ou en mission à l’étranger, devenue par la suite Fondation de Prévoyance G._).
Le demandeur a revendiqué le versement d’indemnités de chômage à compter du 1
er
septembre 2000. Il a bénéficié d’un délai-cadre d’indemnisation du 1
er
septembre 2000 au 31 août 2002. Dans ce cadre, il a obtenu le 18 novembre 2002 un diplôme fédéral d’économiste d’entreprise. L’intéressé a retrouvé, dès le 1
er
janvier 2003, un emploi à 100% au sein de l'entreprise familiale de ses parents à [...]. Toutefois, il semble que le demandeur ait dû rapidement travailler dans un atelier séparé et que son rendement soit de 50%.
Le 30 septembre 2003, le demandeur s'est annoncé à l'Office de l'assurance-invalidité pour le canton de Vaud (ci-après : l'OAI). Dans le cadre de l'instruction de la demande, l’OAI a recueilli des renseignements auprès de F._ (rapport du 15 décembre 2003 comportant en annexe une liste des absences pour cause de maladie au cours des années 1999 et 2000) et a mandaté le Prof. Q._, spécialiste en médecine interne générale et en gastroentérologie, pour la réalisation d’une expertise. Après s'être adjoint les services du Dr Z._, spécialiste en psychiatrie et psychothérapie (rapport du 13 avril 2005), l'expert a posé les diagnostics avec effet sur la capacité de travail de maladie de Crohn depuis 1980, de status après résection iléo-caecale en 1986, de spondylarthropathie depuis 1996, d'état dépressif de degré moyen à sévère et de troubles mixtes de la personnalité. Il a estimé que le demandeur présentait depuis le 31 août 2000 une diminution de sa capacité de travail de 20% au moins et était actuellement capable de travailler à 50% (rapport du 11 mai 2005). Vu l’absence d’élément tant dans l’anamnèse que dans le status pouvant expliquer les diagnostics sur le plan psychiatrique, l’OAI a confié la réalisation d'une expertise au Dr H._, spécialiste FMH en psychiatrie et psychothérapie. Ce médecin a retenu un état dépressif de gravité légère à moyenne, un grave trouble de la personnalité (probable variante de la personnalité sensitive parfois appelée « psychasthénique-obsessionnelle »), une maladie de Crohn, ainsi que des difficultés socio-économiques et familiales, lesquels avaient entraîné une baisse de rendement de 50% entre le 31 août 2000 et le 31 décembre 2005, puis de 40 % (rapport du 8 novembre 2006).
Dans un rapport du 13 août 2007 à l’OAI, le Dr V._, spécialiste en psychiatrie et psychothérapie, psychiatre traitant depuis le 15 janvier 2007, a confirmé l’appréciation du Dr Z._ sur la capacité de travail exigible, soit une réduction de 50% dans son activité d’[...], mais a contesté l’évaluation du Dr
H._ quant à l’amélioration constatée le 1
er
janvier 2006. Se fondant sur l’avis du Dr L._ du [...] (ci-après : le [...]) du 7 avril 2009, l'OAI a considéré que le demandeur était invalide depuis le 1
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janvier 1999 et lui a octroyé, par décision du 20 septembre 2011, une rente entière à partir du 1
er
septembre 2002, compte tenu du caractère tardif de la demande.
Le 6 mars 2012, l'intéressé a demandé à Fondation de Prévoyance G._ de lui ser
vir des prestations d'invalidité, dès lors qu'il s'était vu reconnaître un droit à une rente entière d'invalidité par l’OAI, dès le 1
er
septembre 2002 et une incapacité de travail dès le 1
er
janvier 1999, ce qu’elle a refusé par courrier du 6 septembre 2012. Le 22 novembre 2012, le demandeur a ouvert action contre la Fondation de Prévoyance G._ devant la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, concluant à l'octroi d'une rente d'invalidité de la prévoyance professionnelle de 76'800 fr. par an à partir du 1
er
janvier 2002, subsidiairement à partir du 1
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septembre 2002. Il a déposé une liste, qu'il a rédigée lui-même, d'absences professionnelles pour maladie concernant les années 1999 et 2000. La Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, a rejeté la demande par jugement du 4 septembre 2013 (ATAS/872/2013) en considérant notamment ce qui suit :
« 8. Il convient en premier lieu d’examiner s’il y a en l’espèce un lien de connexité temporelle entre l’invalidité du demandeur et ses précédentes incapacités de travail.
Force est de constater que selon le relevé d’absences établi par son ancien employeur, qui figure dans le dossier de l’OAI et dont le contenu se recoupe largement avec la liste d’absences produite par le demandeur lui-même, il n’existe – hormis une incapacité de travail de plusieurs semaines en été 1999, en raison d’une hospitalisation consécutive à une hernie inguinale et une fistule anale a priori sans lien avec la maladie de Crohn – aucune incapacité de travail significative en 1999 et 2000, à l’exception de courts arrêts de travail isolés. En particulier, après une absence d’une semaine et un jour en janvier 2000, le demandeur n’a plus été en incapacité de travail médicalement attestée du 15 janvier au 31 août 2000, soit durant plus de sept mois. A cet égard, il convient de souligner que la jurisprudence considère qu’une période supérieure à six mois est suffisamment longue pour interrompre le lien de connexité temporelle entre les incapacités de travail et l'invalidité survenue postérieurement (ATFA non publié B 77/05 du 27 octobre 2006, consid. 5.4).
Il est vrai que l’OAI, se fondant sur l’avis du Dr L._, a fixé au 1
er
janvier 1999 le début du délai de carence, lequel correspond au commencement de l’incapacité de travail. Ce faisant, l’OAI s’est écarté des conclusions des experts, qui avaient tous deux retenu que l’incapacité de travail remontait au 31 août 2000, soit à la fin des rapports de service. Par ailleurs, contrairement à ce qu'indique le médecin du SMR, l'expert psychiatre n'a pas fait état d'une tentative de suicide en 1999. La date retenue par l’OAI paraît dès lors erronée. De plus, conformément à la jurisprudence et à la doctrine citées ci-dessus, lorsque la fixation par l’OAI du début de l’incapacité de travail n’a pas d’incidence sur le droit à la rente une année plus tard en raison de la tardiveté de la demande de prestations, comme en l'espèce, l’institution de prévoyance n’est pas liée par la date retenue.
Le demandeur affirme que la diminution de salaire subie de 1999 à 2000 est imputable à ses problèmes de santé, lesquels ont induit une baisse de rendement. La comparaison des revenus inscrits sur son compte AVS révèle en effet une réduction du revenu de 25.2 % de 1998 à 1999. Or, si lors de l’entretien que l’OAI a eu le 30 mars 2012 avec l’ancien employeur, ce dernier a émis l’hypothèse qu’une période de maladie pourrait expliquer l'abaissement de la rémunération, cette éventualité est infirmée tant par le décompte des absences de l’employeur que par la liste d'absences établie par le demandeur. Certes, l’incapacité de travail est définie par la jurisprudence comme la diminution - attestée médicalement - du rendement fonctionnel dans l'accomplissement des travaux habituels (ATF 130 V 97 consid. 3.3). On pourrait dès lors se demander si une baisse des performances sans diminution du temps de présence doit être qualifiée d'incapacité de travail. Cependant, cette question peut rester ouverte en l'espèce dès lors qu'il n’existe aucun certificat médical qui attesterait de l'origine médicale d’une éventuelle diminution de rendement. Il semble au demeurant que le demandeur n’ait pas bénéficié d’un traitement médical régulier à l’époque et il n'existe d'ailleurs aucun élément permettant de retenir que l’employeur aurait constaté une diminution de rendement. En particulier, le congé n’a pas été signifié pour ce motif, mais en raison des dissensions entre l’employeur et le demandeur.
Ainsi, s’il est possible que l’état de santé psychique du demandeur se soit détérioré en 1999, en l’absence de documents médicaux, il n'est pas démontré au degré de la vraisemblance prépondérante que la baisse de revenu est imputable à une dégradation de l’état de santé ayant entraîné une diminution de rendement qui doit être assimilée à une incapacité de travail.
Par surabondance, le demandeur a bénéficié de prestations de l’assurance-chômage dans la période qui a suivi son licenciement et a même suivi une formation d’économiste d’entreprise. Ces éléments démontrent qu’il était apte au placement, ce qui suppose notamment la capacité de travail conformément à l’art. 15 al. 3 de la loi sur l'assurance-chômage obligatoire et l'indemnité en cas d'insolvabilité (LACI ; RS 837.0) (ATF non publié 8C_24572010 du 9 février 2011, consid. 5.3). Ainsi, la capacité de travail pendant la période où le demandeur a perçu des indemnités de chômage, soit durant 145 jours, permet également de considérer que la connexité temporelle est rompue.
Par conséquent, on ne peut admettre de lien de connexité temporelle entre l’invalidité reconnue par l’OAI et les quelques arrêts de travail survenus alors que le demandeur était au service de F._ est rompu.
(...) ».
Saisie d’un recours en matière de droit public contre ce jugement, le Tribunal fédéral l’a rejeté par arrêt du 7 avril 2014 (9C_736/2013), en considérant notamment ce qui suit :
« 6.
6.1. Le recourant ne cherche pas à démontrer l'existence en 1999 et jusqu'au 31 août 2000 de périodes d'absence professionnelle que la juridiction cantonale aurait ignorées et ne prétend pas que son hospitalisation en 1999 serait liée à la maladie de Crohn. Il ne mentionne en outre pas de motifs pertinents qui justifieraient d'abandonner la jurisprudence constante citée plus haut (consid. 3.2) et partant n'établit pas en quoi les premiers juges auraient agi de manière contraire au droit en s'écartant de l'appréciation faite par l'office AI de sa capacité de travail.
6.2. La rémunération du recourant, si elle a diminué fortement en 1999 ainsi que l'ont constaté les premiers juges (116'688 fr., contre 156'004 fr. l'année précédente), a atteint 97'868 fr. en 2000 pour une période de huit mois, ce qui correspond à un montant annuel de 146'802 fr.; la thèse selon laquelle l'évolution du salaire versé à l'intéressé par son ancien employeur établirait une diminution drastique et irréversible de ses prestations à partir du début de l'année 1999 doit ainsi être rejetée. Le recourant, en soutenant sans se référer à aucune pièce figurant au dossier que la mésentente à l'origine de son licenciement est liée à ses troubles psychiques, se livre à une critique purement appellatoire du jugement entrepris sur laquelle il n'y a pas lieu de se prononcer; en outre, on ne peut pas inférer l'existence d'une incapacité de travail des seuls renseignements d'ordre général sur la maladie de Crohn invoqués.
6.3. Par ailleurs, les rapports du professeur Q._ et du docteur Z._, ainsi que du docteur H._ – qui ont procédé à un examen clinique du recourant respectivement en octobre 2004, avril 2005 et août 2006 – ne permettent pas au regard des exigences posées par la jurisprudence en matière de valeur probante de documents médicaux (ATF 125 V 351 consid. 3a p. 352 ; 122 V 157 consid. 1c p. 160 et les références) de retenir une incapacité de travail à partir du 31 août 2000. Le professeur Q._ a certes indiqué cette date en réponse à la question de savoir depuis quand le recourant présentait une incapacité de travail de 20% au moins, précisant que ce moment était celui de la " perte de travail " de l'intéressé, mais il n'a aucunement motivé cette conclusion, alors que le docteur Z._ n'a pas spécifié le début de l'incapacité de travail qu'il a retenue dans son rapport du 13 avril 2005, au terme d'une anamnèse et d'une discussion succinctes et sans avoir procédé à des tests psychométriques. Pour sa part, le docteur H._ ne s'est pas montré affirmatif en retraçant l'évolution de l'état de santé du recourant depuis 1998 et s'est à cet égard référé largement aux observations des médecins précités, de manière partiellement erronée du reste (mentionnant à tort que le docteur Z._ avait retenu un grave trouble de la personnalité).
6.4. On notera finalement que l'intéressé se prévaut à tort de l'avis de
Hürzeler
pour affirmer qu'une pleine capacité de travail ne peut pas être admise dans le présent contexte sur la base de l'octroi d'indemnités journalières de l'assurance-chômage, cet auteur n'excluant aucunement que tel puisse être le cas (Commentaire LPP et LFLP, 2010, ad art. 23 LPP, n° 30 p. 355). En outre, le recourant ne conteste pas avoir suivi des cours ayant débouché sur l'obtention en novembre 2002 d'un brevet fédéral d'économiste d'entreprise.
(...). »
B.
Par courrier du 8 avril 2015, le demandeur, désormais représenté par Me Gilles-Antoine Hofstetter, avocat à Lausanne, a sollicité le versement de prestations d’invalidité pour les personnes au chômage auprès de la S._, à [...] (ci-après : la défenderesse), précisant que l’incapacité de travail invalidante du demandeur était survenue durant sa période de chômage.
Par courrier du 21 avril 2015, la défenderesse a confirmé qu’elle renonçait à se prévaloir de l’exception de prescription jusqu’au 31 décembre 2016 ou jusqu’à 90 jours après droit connu dans la procédure AI, dans la mesure où cette dernière n’était pas déjà survenue à ce jour.
Le 15 mai 2015, la défenderesse a rejeté la demande de l’intéressé, précisant que l’incapacité de travail ayant conduit à son invalidité avait commencé le 31 août 2000 et l’a incité à s’adresser à l’institution de prévoyance de l’époque auprès de laquelle il était couvert à cette date.
Le 31 août 2015, la défenderesse, désormais représentée par Me Didier Elsig, avocat à Lausanne, a estimé qu’il n’était pas possible de retenir, à la lecture du jugement du Tribunal fédéral, que l’incapacité de travail de l’intéressé était survenue durant sa période de chômage, soit du 1
er
septembre 2000 au 31 août 2002. Le licenciement avait été prononcé pour cause d’incompatibilité d’humeur et non de maladie. De plus, durant sa période de chômage, l’intéressé avait perçu cent quarante-cinq jours d’indemnités de chômage, ainsi que cent nonante-trois jours de cours afin de suivre une formation d’économiste d’entreprise pendant le délai-cadre d’indemnisation. Il était dès lors apte au placement conformément à l’art. 15 al. 3 LACI. Enfin, dans le cadre du dépôt d’une demande tardive, l’Institution de prévoyance n’était pas liée par la date retenue par l’OAI. Cette position a été confirmée par la défenderesse le 15 février 2016.
C.
Par demande du 18 mai 2016, D._, par son conseil, a ouvert action contre la S._, en concluant, sous suite de frais et dépens, à l’admission de la demande, au versement d’une rente d’invalidité complète à compter du 1
er
septembre 2000, dont le montant sera déterminé à dire de justice mais qui ne saura être inférieur à 8'000 fr. par mois avec intérêts moratoires sur les arriérés dès cette date, indexations légales et conventionnelles en sus, ainsi qu’au versement d’une rente d’invalidité pour son fils à compter de la même date avec intérêts moratoires sur les arriérés dès cette date, indexations légales et conventionnelles en sus. Il indique que sa capacité de placement s’est notablement détériorée après son inscription au chômage suite à son licenciement du fait de la dégradation de son état de santé. Après l’épuisement de son droit aux indemnités de chômage, il n’a jamais retrouvé un véritable emploi et a été engagé en qualité d’ [...] dans l’entreprise familiale pour un revenu mensuel brut de 4'200 francs. Prenant conscience de son handicap, il a déposé une demande AI le 29 septembre 2003. Il relève que le TF a jugé dans un arrêt entré en force que son invalidité n’avait pas commencé avant d’être assuré par la défenderesse. Par ailleurs, il souligne qu’il perçoit une rente d’invalidité sur la base d’une décision AI qui retient que sa demande était tardive. Dans la mesure où son invalidité a forcément débuté postérieurement au 31 août 2000 et antérieurement au 1
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septembre 2002, l’obligation de prester de la défenderesse est, en application du principe de la vraisemblance prépondérante, incontestable. Il indique en outre avoir été licencié pour le 30 avril 2016. Il dépose enfin un lot de pièces sous bordereau.
Dans sa réponse du 5 octobre 2016, la défenderesse par son conseil Me Didier Elsig, conclut au rejet de la demande dans toutes ses conclusions dans la mesure où elles sont recevables, subsidiairement de lui permettre de prouver par toutes les voies de droit les faits allégués dans la présente écriture. Elle produit un lot de pièces et requiert la production des dossiers AI et LACI du demandeur. Elle relève que le demandeur a travaillé dès le mois de septembre 2002 auprès de l’entreprise familiale [...] et qu’il était assuré en LPP auprès de la caisse de pension de cette entreprise. Le fait que le demandeur n’ait pas été en mesure de démontrer avoir présenté une incapacité de travail à l’origine de l’invalidité mise en évidence par l’OAI durant son affiliation auprès de la Fondation G._, ne signifie pas pour autant que c’est à la défenderesse d’intervenir. Elle requiert la production des dossiers de la Fondation de prévoyance G._ (pièce 151), de la Caisse de pension [...] (pièce 152), de l’OAI (pièce 153) et de la caisse d’assurance-chômage [...] (pièce 154).
Dans sa réplique du 24 janvier 2017, le demandeur confirme les conclusions de sa demande et conclut en outre subsidiairement à constater à quelle date a débuté, au sens du droit de la prévoyance professionnelle, l’incapacité de travail en lien de connexité matériel et temporel avec l’invalidité reconnue par décision de l’AI du 20 septembre 2011. Il soutient par ailleurs qu’il était inapte au placement dans l’économie libre et qu’il n’avait dès lors aucune chance de trouver un véritable emploi durant son inscription au chômage, ajoutant que « de guerre lasse, son conseiller en matière de placement a exigé qu’il suive un cours d’adaptation et de perfectionnement » qui a duré quatre mois seulement de novembre 2001 à mars 2002 à raison de deux jours et demi de cours par semaine, mesure qu’il qualifie de peu contraignante dont le suivi ne nécessitait pas d’investissement particulier. Il ajoute qu’à l’issue de sa période de chômage, il a été capable de faire acte de présence à un taux horaire de 100% dans l’entreprise familiale et que sa capacité de travail résiduelle était également suffisante pour donner l’illusion d’une « capacité de placement » à l’époque de son affiliation auprès de la défenderesse. Il indique en outre que l’assurance-chômage ne s’est tout simplement pas rendue compte qu’il était devenu incapable de travailler pendant la durée de son affiliation, élément qui ne saurait conduire à nier que l’incapacité de travail soit survenue durant cette période d’inactivité inhérente au chômage pouvant en soi s’avérer éprouvante psychologiquement.
Dans sa duplique du 8 mai 2017, la défenderesse maintient intégralement ses conclusions et doute de la recevabilité de la nouvelle conclusion prise par le demandeur. Elle est d’avis que le demandeur ne parvient pas à établir un lien de connexité matérielle et temporelle entre ses troubles invalidants et sa période de chômage, malgré l’illusion qu’il veut désormais donner.
Dans son écriture du 29 mai 2017, le demandeur se réfère à un certificat du Dr V._ du 15 mai 2017, qu’il produit en annexe, par lequel le psychiatre traitant expose qu’en raison de son trouble de la personnalité, son patient n’a longtemps pas été en mesure de demander de l’aide et qu’il a longtemps nié la gravité de son état en raison de ce trouble sans aucune volonté de tromperie.
Dans son écriture du 16 août 2017, la défenderesse se réfère entièrement à ses précédentes écritures.
A la demande de la juge instructrice, le dossier AI a été produit et les parties ont eu l’occasion de se déterminer.
Compte tenu de la destruction du dossier chômage conformément à l’art. 125 al. 1 OACI, il n’a pas pu être versé au dossier. Les parties se sont déterminées par courriers des 17 juillet 2019 et 26 août 2019.

## Considerations

E n d r o i t :
1.
a)
Le for des litiges du droit de la prévoyance professionnelle est au siège ou domicile suisse du défendeur ou au lieu de l’exploitation dans laquelle la personne assurée a été engagée (art. 73 al. 3 LPP [loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité ; RS 831.40] ; également art. 49 al. 2 ch. 22 LPP).
b)
Chaque canton doit désigner un tribunal qui connaît, en dernière instance cantonale, des contestations opposant les institutions de prévoyance, employeurs et ayants droit (art. 73 al. 1 LPP). Dans le canton de Vaud, cette compétence est dévolue à la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal (art. 93 al. 1 let. c LPA-VD [loi cantonale vaudoise du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative ; RSV 173.36]).
c)
En matière de prévoyance professionnelle, les institutions de prévoyance ne sont pas habilitées à rendre des décisions proprement dites. Lorsqu’un litige survient au sujet de prétentions qu’elles font valoir envers des assurés ou qu’elles leur refusent, ce litige doit se résoudre par la voie d’une action devant le tribunal compétent, de façon analogue à un litige privé (ATF 115 V 224 consid. 2). L’acte introductif d’instance revêt la forme d’une action (ATF 118 V 158 consid. 1 ; 117 V 237 et 329 consid. 5d ; 115 V 224 et 239, confirmés par ATF 129 V 450 consid. 2). L’ouverture de l’action prévue à l’art. 73 LPP n’est soumise, comme telle, à l’observation d’aucun délai. Les prétentions qu’un assuré fonde sur la LPP ou sur le règlement de l’institution de prévoyance ne peuvent s’éteindre, par suite de l’écoulement du temps, qu’en raison de la prescription (ATF 117 V 329 consid. 4 ; 117 V 336). Faute pour la LPGA (loi fédérale du 6 octobre 2000 sur la partie générale du droit des assurances sociales ; RS 830.1) de trouver application en matière de prévoyance professionnelle, il y a lieu d’appliquer sur le plan procédural les règles des art. 106 ss LPA-VD sur l’action de droit administratif.
d)
En l’espèce, l’action du demandeur, formée devant le tribunal compétent à raison du siège de la défenderesse, est recevable en la forme. Il y a donc lieu d’entrer en matière. La valeur litigieuse étant manifestement supérieure à 30'000 fr., la cause doit être tranchée par une cour composée de trois magistrats (art. 83
c
al. 1 LOJV [loi vaudoise du 12 décembre 1979 d’organisation judiciaire ; RSV 173.01]) et non par un juge unique (art. 94 al. 1 let. a
a contrario
et 109 al. 1 LPA-VD).
e)
Conformément aux art. 28 et 41 LPA-VD qui sont applicables par analogie à la procédure d'action en vertu de l’art. 109 al. 1 LPA-VD, le Tribunal établit les faits d'office et applique le droit d'office ; il n'est pas lié par les offres de preuves formulées par les parties.
Dans le domaine des assurances sociales, la procédure est régie par le principe inquisitoire, selon lequel les faits pertinents de la cause doivent être constatés d'office par le juge. Il découle de l'art. 73 al. 2 LPP que la maxime inquisitoire est également applicable à la procédure de l'art. 73 LPP. Si le principe inquisitoire dispense les parties de l'obligation de prouver, il ne les libère pas du fardeau de la preuve. En effet, en cas d'absence de preuve, c'est à la partie qui voulait en déduire un droit d'en supporter les conséquences, sauf si l'impossibilité de prouver un fait peut être imputée à l'adverse partie (ATF 139 V 176 consid. 5.2 ; 117 V 264 consid. 3 et les références citées).
Conformément à l’art. 108 al. 2 LPA-VD, dans le domaine du droit des assurances sociales, le Tribunal cantonal n’est pas lié par les conclusions des parties. Il peut, aux conditions fixées par l’art. 89 al. 3 LPA-VD, statuer au détriment de la partie demanderesse ou lui accorder plus qu’elle n’a demandé.
3. a)
S'agissant du droit applicable
ratione temporis
, il y a lieu d'appliquer les dispositions légales en vigueur au moment où les faits juridiquement déterminants se sont produits (ATF 130 V 445 consid. 1 ; 129 V 1 consid. 1.2). Du point de vue temporel, il convient d’appliquer les normes légales et réglementaires telles qu’elles étaient en vigueur à l’époque où est survenue l’incapacité de travail déterminante pour le risque assuré (l’invalidité en l’espèce). Ne sont ainsi pas applicables les modifications apportées postérieurement à ces dates (ATF 138 V 176 consid. 7.1 ; 138 V 409 consid. 6.1 en lien avec l’art. 23 LPP).
b)
En l’espèce, le demandeur fait valoir que le début de son incapacité de travail invalidante doit être fixé au 1
er
septembre 2000 et au plus tard au 31 août 2002, ce qui correspond à son délai-cadre d’indemnisation. La novelle du 3 octobre 2003 modifiant la LPP (première révision) est entrée en vigueur le 1
er
janvier 2005 (sous réserve de certaines dispositions dont l'entrée en vigueur a été fixée au 1
er
avril 2004 et au 1
er
janvier 2006 [RO 2004 1700]), entraînant la modification de nombreuses dispositions légales dans le domaine de la prévoyance professionnelle (RO 2004 1677). Ces modifications n'ont pas d'incidence en l'espèce, car les règles applicables sont celles en vigueur au moment où les faits juridiquement déterminants se sont produits.
4.
Le litige porte en l’occurrence sur le droit du demandeur à des prestations d’invalidité de la prévoyance professionnelle, singulièrement la date à laquelle a débuté au sens de la LPP l’incapacité de travail en lien de connexité matériel et temporel avec l’invalidité.
5. a
) Aux termes de l'art. 2 al. 1
bis
LPP (en vigueur jusqu'au 31 décembre 2004), les bénéficiaires d'indemnités journalières de l'assurance-chômage sont soumis à l'assurance obligatoire en ce qui concerne les risques de décès et d'invalidité. Selon l'art. 60 LPP, l'institution supplétive est une institution de prévoyance (al. 1). Elle est tenue d'affilier l'assurance-chômage et de réaliser la couverture obligatoire des bénéficiaires d'indemnités journalières annoncés par cette assurance (al. 2 let. e).
Selon l'article 23 LPP (dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2004), ont droit à des prestations d’invalidité les personnes qui sont invalides à raison de 50 % au moins au sens de l'AI et qui étaient assurées lorsqu'est survenue l’incapacité de travail dont la cause est à l’origine de l’invalidité. Selon la jurisprudence, l'événement assuré au sens de l'art. 23 LPP est uniquement la survenance d'une incapacité de travail d'une certaine importance, indépendamment du point de savoir à partir de quel moment et dans quelle mesure un droit à une prestation d'invalidité est né. La qualité d'assuré doit exister au moment de la survenance de l'incapacité de travail, mais pas nécessairement lors de l'apparition ou de l'aggravation de l'invalidité. Lorsqu'il existe un droit à une prestation d'invalidité fondée sur une incapacité de travail survenue durant la période d'assurance, l'institution de prévoyance concernée est tenue de prendre en charge le cas, même si le degré d'invalidité se modifie après la fin des rapports de prévoyance. Dans ce sens, la perte de la qualité d'assuré ne constitue pas un motif d'extinction du droit aux prestations au sens de l'art. 26 al. 3 LPP (ATF 138 V 409 consid. 6.2 ; 123 V 262 consid. 1a ; 118 V 35 consid. 5). Conformément à l'art. 26 al. 1 LPP, les dispositions de la LAI (loi fédérale du 19 juin 1959 sur l’assurance-invalidité ; RS 831.20) s'appliquent par analogie à la naissance du droit aux prestations d'invalidité. Ainsi, si une institution de prévoyance reprend – explicitement ou par renvoi – la définition de l'invalidité dans l’assurance-invalidité, elle est en principe liée, lors de la survenance du fait assuré, par l'estimation de l'invalidité par les organes de cette assurance, sauf si cette estimation apparaît d'emblée insoutenable. Cette force contraignante vaut aussi en ce qui concerne la naissance du droit à la rente, par conséquent également pour la détermination du moment à partir duquel la capacité de travail de l'assuré s'est détériorée d'une manière sensible (ATF 129 V 150 consid. 2.5 ; 123 V 269 consid. 2a ; ATFA non publié B 49/05 du 23 janvier 2007, consid. 4.2). En matière de prévoyance plus étendue, il est cependant loisible aux institutions de prévoyance, en vertu de l'autonomie que leur confère l'art. 49 al. 2 LPP, d'adopter dans leurs statuts ou règlements une notion de l'invalidité différente que dans l'assurance-invalidité. C'est ainsi qu'elles peuvent accorder des prestations à des conditions moins strictes que dans l'assurance-invalidité (ATF 136 V 65 consid. 3.2 ; 120 V 106 consid. 3c). Si l'institution de prévoyance adopte une définition de l'invalidité qui ne concorde pas avec celle de l'assurance-invalidité, il lui appartient de statuer librement, selon ses propres règles, sans être liée par l'estimation de cette dernière (ATF 138 V 409 consid. 3.1 ; TF 9C_54/2008 du 9 octobre 2008 consid. 3.1). De plus, l’assureur qui rend une décision touchant l’obligation d’un autre assureur d’allouer des prestations est tenu de lui en communiquer un exemplaire. Cet autre assureur dispose des mêmes voies de droit que l’assuré (art. 49 al. 4 LPGA).
b)
Pour que l'institution de prévoyance reste tenue à prestations, après la dissolution du rapport de prévoyance, il faut non seulement que l'incapacité de travail ait débuté à une époque où l'assuré lui était affilié, mais encore qu'il existe entre cette incapacité de travail et l'invalidité une relation d'étroite connexité. La connexité doit être à la fois matérielle et temporelle (ATF 130 V 270 consid. 4.1). Il y a connexité matérielle si l'affection à l'origine de l'invalidité est la même que celle qui s'est déjà manifestée durant le rapport de prévoyance (et qui a entraîné une incapacité de travail). La connexité temporelle implique qu'il ne se soit pas écoulé une longue interruption de l'incapacité de travail ; elle est rompue si, pendant une certaine période qui peut varier en fonction des circonstances du cas, l'assuré est à nouveau apte à travailler. L'institution de prévoyance ne saurait, en effet, répondre de rechutes lointaines plusieurs années après que l'assuré a recouvré sa capacité de travail (ATF 138 V 409 consid. 6.2). Une brève période de rémission ne suffit pas pour interrompre le rapport de connexité temporelle. On ne saurait considérer qu'une interruption de trente jours consécutifs suffit déjà pour fonder la responsabilité de la nouvelle institution de prévoyance, du moins lorsqu'il est à prévoir que la diminution ou la disparition des symptômes de la maladie sera de courte durée (ATF 123 V 262 consid. 1c ; 120 V 112 consid. 2c/aa). Pour apprécier la connexité temporelle, il peut également être tenu compte d’événements extérieurs, tel le fait qu’une personne reçoive des indemnités journalières de l’assurance-chômage en qualité de demandeur d’emploi pleinement apte au placement. Le versement d’indemnités de chômage ne saurait toutefois avoir la même valeur qu’une période de travail effective (ATF 134 V 20 consid. 3.2.1 ; TF 9C_714/2017 du 6 septembre 2018 consid. 6.1).
c)
Selon l'art. 2 LPP, les bénéficiaires d'indemnités journalières de l'assurance-chômage sont soumis à l'assurance obligatoire en ce qui concerne les risques de décès et d'invalidité (al. 1
bis
, introduit dans la loi lors de la modification de la loi sur l'assurance-chômage du 23 juin 1995, entrée en vigueur le 1
er
juillet 1997 ; actuellement : al. 3, suite à la 1
re
révision de la LPP en vigueur depuis le 1
er
janvier 2005). En vertu de l'art. 10 al. 1 LPP, l’assurance obligatoire commence en même temps que les rapports de travail. Pour les bénéficiaires d’indemnités journalières de l’assurance-chômage, elle commence le jour où ils perçoivent pour la première fois une indemnité de chômage. L'institution supplétive est tenue d'affilier l'assurance-chômage et de réaliser la couverture obligatoire des bénéficiaires d'indemnités journalières annoncés par cette assurance (art. 60 al. 2 litt. e LPP). Les règles en matière de salaire coordonné trouvent application (art. 2 al. 1 LPP).
Dans le cas où la personne concernée a perçu des indemnités de chômage, il convient de prendre en considération la situation telle qu’elle apparaît de l’extérieur pour apprécier s’il y a ou non existence d’une connexité temporelle (TFA B 100/02 du 26 mai 2003 consid. 4.1 ; B 18/06 du 18 octobre 2006 consid. 4.2.1). On ne peut cependant accorder la même valeur à ces périodes qu'à celles pendant lesquelles l'intéressé a effectivement exercé une activité lucrative (TFA B 23/01 du 21 novembre 2002 consid. 3.3). Il y a lieu d’accorder une importance à la perception d’indemnités journalières de l’assurance-chômage, en cas de pleine aptitude au placement, lorsqu’il n’existe aucun élément indiquant que la personne assurée serait redevenue inapte à travailler pendant sa période de chômage (Marc Hürzeler in : Schneider/Geiser/Gächter, Commentaire LPP et LFLP, Berne 2010, ad art. 23 LPP, ch. 30 ;
RSAS 1997 p. 459 ss). Enfin, il faut rappeler qu’une personne handicapée physique ou mentale peut être réputée apte au placement si un travail convenable peut lui être procuré sur le marché de l’emploi, conformément à l’art. 15 al. 2 LACI (loi fédérale du 25 juin 1982 sur l’assurance-chômage et l’indemnité en cas d’insolvabilité ; RS 837.0), et elle est réputée apte à être placée jusqu’à la décision de l’assurance-invalidité ou d’un autre assureur compétent, sans que cette reconnaissance n'ait d’incidence sur l'appréciation par ces assureurs de son aptitude au travail ou à l'exercice d'une activité lucrative, selon l’art. 15 al. 3 OACI (ordonnance du 31 août 1983 sur l’assurance-chômage et l’indemnité en cas d’insolvabilité ; RS 837.02).
6.
a)
En l'occurrence, le demandeur s’est vu octroyer par l’OAI une rente entière d’invalidité à partir du 1
er
septembre 2002, compte tenu du caractère tardif de la demande (décision du 20 septembre 2011). L’OAI s’était alors fondé sur l’avis du Dr L._ du [...] du 7 avril 2009 qui a considéré que le demandeur présentait une incapacité de travail depuis le 1
er
janvier 1999. La défenderesse n'ayant pas reçu les décisions et communications de l'OAI, il y a donc lieu de déterminer la survenance de l'incapacité de travail qui a constitué la cause de l'invalidité constatée le 20 septembre 2011 par l'OAI, en procédant à une appréciation du cas au regard des rapports versés au dossier.
b) aa)
On rappellera que le Tribunal fédéral a considéré que les premiers juges (jugement du 4 septembre 2013 de la Cour de Justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales ; ATAS/872/2013) n’avaient pas agi de manière contraire au droit en s'écartant de l'appréciation faite par l’OAI, lequel avait fixé le début de l’incapacité de travail de l’intéressé au 1
er
janvier 1999 et en estimant que le début de l'incapacité de travail ayant conduit à l'invalidité n'avait pas eu lieu pendant que le demandeur était assuré en prévoyance professionnelle auprès de F._, soit du [...] 1985 au [...] 2000 (TF 9C_736/2013 consid. 6). Le demandeur a bénéficié d’un délai-cadre d’indemnisation du 1
er
septembre 2000 au 31 août 2002 compte tenu de son licenciement avec effet au [...] 2000, date qui correspond à la perte de travail de l’intéressé selon le Prof. Q._. Le Tribunal fédéral a toutefois relevé que les rapports du Prof. Q._ et des experts-psychiatres Z._ et H._ – qui ont procédé à un examen clinique du recourant respectivement en octobre 2004, avril 2005 et août 2006 – ne permettent pas, au regard des exigences posées par la jurisprudence en matière de valeur probante de documents médicaux (ATF 125 V 351 consid. 3a p. 352 ; 122 V 157 consid. 1c p. 160 et les références), de retenir une incapacité de travail à partir du 31 août 2000. Le Tribunal fédéral a notamment considéré que le Prof. Q._ n'avait aucunement motivé cette conclusion, alors que le Dr Z._ n'avait pas spécifié le début de l'incapacité de travail qu'il a retenue dans son rapport du 13 avril 2005, au terme d'une anamnèse et d'une discussion succinctes et sans avoir procédé à des tests psychométriques. Pour sa part, le Dr H._ ne s'est pas montré affirmatif en retraçant l'évolution de l'état de santé du recourant depuis 1998 et s'est, à cet égard, référé largement aux observations des médecins précités, de manière partiellement erronée du reste (mentionnant à tort que le Dr Z._ avait retenu un grave trouble de la personnalité).
bb)
Il sied de constater que l’inscription au chômage a été effectuée avec une pleine aptitude au placement donnant ainsi aux tiers l'impression que le demandeur disposait d'une capacité de travail entière. On ne dispose
a contrario
d’aucun élément indiquant que le demandeur serait en réalité devenu inapte à travailler pendant sa période de chômage et le dossier ne contient pas d'avis médical circonstancié à cet égard. En effet, durant son délai-cadre d’indemnisation, le demandeur n’a pas présenté de périodes d’incapacité de travail significatives au vu des rapports médicaux figurant au dossier. Ainsi, sur le plan rhumatologique, le demandeur était suivi depuis le 4 février 2002 par la Dre B._, laquelle a exposé dans un rapport du 14 octobre 2003 à l’OAI que les manifestations rhumatologiques de la maladie de Crohn semblaient s’être produites pour la première fois vers 1996 et concernaient les membres inférieurs (chevilles, orteils). Lorsqu’elle l’avait vu pour la première fois en février 2002, il présentait une arthrite de la cheville gauche, des 2
e
et 3
e
orteils gauches, le rachis étant asymptomatique et sans atteinte clinique. La Dre B._ a qualifié l’évolution de favorable après deux infiltrations locales et une corticothérapie à doses dégressives, écartant toute limitation fonctionnelle. Elle a ajouté qu’à cette époque, il préparait des examens complexes et était en plein divorce. Sur le plan gastro-entérologique, le Prof. Q._ n’a fait état dans son rapport d’expertise d’aucune consultation durant la période en question. Sur le plan psychiatrique, il n’est pas davantage fait état de consultations médicales. On s’étonne qu’aucun des experts consultés n’a évoqué, dans le cadre de son appréciation de la capacité de travail de l’intéressé, le fait que ce dernier avait bénéficié, pendant le délai-cadre d'indemnisation courant du 1
er
septembre 2000 au 31 août 2002, de cent quarante-cinq jours d'indemnités de chômage, de cinq jours de maladie et de cent nonante-trois jours de cours (ATAS/872/2013, p. 11, point 21b ; extrait du compte chômage du demandeur), et obtenu le 18 novembre 2002 – soit postérieurement au délai-cadre d’indemnisation – un diplôme fédéral d’économiste d’entreprise pris en charge par l’assurance-chômage.
cc)
En définitive, l’impression que le demandeur disposait d'une capacité de travail entière est concrètement renforcée par le fait que l’intéressé a obtenu, le 18 novembre 2002, un diplôme fédéral d’économiste d’entreprise suite à une formation prise en charge par l’assurance-chômage. Quoiqu’en dise le demandeur au stade de sa réplique, on ne saurait retenir que la formation d’économiste d’entreprise n’a duré que quatre mois et demi à raison de deux jours et demi par semaine, dès lors que son droit aux indemnités journalières de cours a perduré durant près de neuf mois (193 : 21,7 [moyenne de jours de travail par mois]) dans l’hypothèse de cours dispensés sur toute la semaine. Par ailleurs, cette formation ne saurait être qualifiée de peu contraignante. Outre le fait qu’il s’agit d’un diplôme fédéral, le demandeur a lui-même indiqué en 2002 à la Dre B._ que les examens étaient complexes. Au demeurant, on ne saurait suivre l’appréciation du Dr V._ (psychiatre traitant depuis 2007) lorsqu’il affirme que les tentatives de reclassement de son patient durant sa période de chômage se sont heurtées à des échecs en raison de sa maladie de Crohn (rapport du 13 août 2007 à l’OAI). En tout état de cause, on ne trouve pas d’incapacité de travail qui se serait manifestée pendant la période d’affiliation à la défenderesse. Le demandeur n’a pas fait état de périodes durant lesquelles il aurait été déclaré inapte au placement ou aurait été privé d’indemnités journalières normales ou de cours à la suite d’une période d’incapacité de travail, seuls cinq jours de maladie ayant été signalés durant le délai-cadre d’indemnisation. Il est précisé, à toutes fins utiles, que les attestations de prestations de l’assurance-chômage pour les années 2000, 2001 et 2002 (pièce 1 du bordereau de pièces produites par la défenderesse) font état d’un versement total de 158'802 fr. d’indemnités journalières et de cinq cent sept jours de chômage contrôlés. En pareilles circonstances, l'existence d'une incapacité de travail à compter du 1
er
septembre 2000 ne demeure qu'une simple possibilité, l'éventualité inverse étant tout aussi plausible, voire vraisemblable. Finalement, l’affirmation du demandeur selon laquelle après son inscription à l’assurance-chômage, sa
« capacité de placement [...] s’est notablement détériorée du fait de la dégradation de son état de santé, jusqu’à devenir nulle »
(recours du 18 mai 2016), n’a pas été établie au degré de la vraisemblance suffisante, au sens où la jurisprudence en matière de preuve le requiert, pour que l'on doive admettre qu’une incapacité de travail prévalait durant le délai-cadre d’indemnisation, à tout le moins dans une mesure importante.
c)
La condition de la connexité temporelle n’étant pas réalisée, il convient de nier l’existence d’une obligation de prestations de la défenderesse pour l’invalidité actuelle du demandeur. En effet, pour que la défenderesse soit tenue de prester, il faut que l’incapacité de travail dont la cause est à l’origine de l’invalidité soit survenue au cours des rapports de prévoyance, ce qui n’est pas le cas en l’occurrence. Le demandeur échoue ainsi à apporter la preuve de son droit à une prestation de la part de la défenderesse.
7.
Le dossier est complet, permettant à la Cour de céans de statuer en pleine connaissance de cause. Il n'y a dès lors pas lieu de compléter l'instruction par la production des pièces 151 et 152 requises par la défenderesse. Le juge peut en effet mettre fin à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de se forger une conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, il a la certitude qu'elles ne pourraient pas l'amener à modifier son avis (ATF 134 I 140 consid. 5.3 ; ATF 131 I 153 consid. 3 ; ATF 130 II 425 consid. 2 ; TF 9C_748/2013 du 10 février 2014).
8. a)
Mal fondée, la demande formée par D._ contre la S._, doit par conséquent être rejetée.
b)
La procédure étant gratuite (art. 73 al. 2 LPP), il ne sera pas perçu de frais de justice.
c)
Bien que la défenderesse obtienne gain de cause, elle ne peut prétendre à des dépens de la part du demandeur. En effet, selon la jurisprudence, l'assureur social qui obtient gain de cause devant une juridiction de première instance n'a pas droit à des dépens, y compris dans une procédure d'action en matière de prévoyance professionnelle, sous réserve du cas où la partie demanderesse a agi de manière téméraire ou témoigné de légèreté (ATF 128 V 323 ; 126 V 143 consid. 4), ce qui n'est pas le cas en l'espèce.