# Swiss Legal Decision

**Decision ID:** 28d1ec21-c4b7-4e1a-920b-535f32a9463e
**Court:** CH_BSTG
**Chamber:** CH_BSTG_001
**Year:** 2010
**Language:** fr
**Jurisdiction:** CH / Federation
**Law Area:** $law_area
**Law Sub-area:** 

## Facts

Faits:
A. C. a été nommé le 5 avril 1989 par le Conseil d’Etat du canton P. en tant que professeur ordinaire à la Faculté des sciences, Institut de chimie organique de l’Institution A. L’accusé a été chargé de l’enseignement et de la direction du groupe de recherche au sein du laboratoire de chimie biomimétique et des  (cl. 15 pag. 0900040137ss). Son entrée en fonction a été fixée au 1er  1989 (cl. 15 pag. 0900040137). Sur le plan administratif, il a en outre été directeur de l’Institut de chimie organique de l’Institution A. du 1er mars 1995 (cl. 15 pag. 0900040079 à 81) au 31 août 2001 (cl. 15 pag. 0900040047 à 50).
B. Le 1er octobre 2001, la section de chimie de l’Institution A. a été transférée à l’Institution B. (cl. 15 pag. 0900040188). C. a été nommé le 12 juillet 2001 par le Conseil des écoles polytechniques fédérales en tant que professeur ordinaire en chimie bio-organique avec effet au 1er octobre 2001 (0900030074ss). Dans les faits, ce transfert n’a pas eu d’effet particulier sur l’activité de C. qui l’a poursuivie au sein du même laboratoire et dans les mêmes locaux (cl. 15 pag. 0900040195).
Dès 1991, l’accusé a signé divers contrats de collaboration et de recherche avec des entreprises privées (infra consid. 2.2.1) sans en référer à la direction de l' pour laquelle il travaillait. Il a perçu les montants provenant de sa  avec lesdites sociétés directement sur ses comptes privés.
C. Le 6 avril 2000, C. a créé la Fondation F., qui a son siège a Zoug (cl. 3 pag. 04010006). Elle a été constituée par G. et Me H., avocat qui gère la  de la fondation en son étude et qui a été chargé de demander l’exemption fiscale de celle-ci (cl. 19 pag. 120200003 et 25; cl. 20 pag. 12170003) en tant que fondation sans but lucratif afin de recevoir des donations faites par des tiers, en particulier par l’industrie pharmaceutique. C. est président de la fondation, avec pouvoir de signature individuelle. Les autres membres du conseil de  sont I. (Professeur de l'Hôpital J., à la retraite), G. (administrateur et caissier) et K. (vice-présidente de la fondation). G. s’occupe de la gestion des fonds et de l’exécution des ordres de paiement sur instruction de l'accusé (cl. 19 pag. 12020009). Le compte de la Fondation F. a été régulièrement alimenté par des versements provenant des entreprises privées pour lesquelles l'accusé  des mandats privés (infra consid. 3.2.4.1). Les rapports annuels de la  étaient établis par la fiduciaire L. à Zoug (cl. 19 pag. 12020022 et 30).
D. Le 16 mars 2005, la société M. a versé la somme de Fr. 20'000.-- sur le compte de l’Institution B., dans le cadre d’un contrat de recherches conclu par C. (cl. 20 pag. 12120016). Suite au courrier de la société M. du 29 mars 2005, qui expli-
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quait que ce paiement avait été effectué par erreur (cl. 20 pag. 12120012), l’Institution B. a été intriguée et a cherché à comprendre de quoi il en retournait. Le fait que la facture en question ait été rédigée par l’accusé sur papier à en-tête de l’Institution B. (cl. 20 pag. 12120013) et qu'il n'y ait aucun compte "M." ouvert au nom de C., a poussé le service financier de ladite institution à déterminer la cause du paiement. L’accusé a alors demandé une entrevue avec la secrétaire générale de l'Institution B., N. Lors d’un premier entretien ayant eu lieu le 2 mai 2005, il lui a alors parlé de la Fondation F., fondation qu'il avait créée et dont il était le président (cl. 20 pag. 12120003). Il lui a appris que les contrats avec la société M. portaient sur des recherches payées par le budget de fonctionnement de l’Institution B. ou par des subventions du Fonds national suisse de la  scientifique (ci-après: FNS). N. a compris que l’argent provenant de la  M. aurait dû être versé sur un compte "fonds de tiers" à l’Institution B. dont C. aurait été ayant droit de signature et non sur les comptes bancaires privés de ce dernier ou sur ceux de sa fondation (cl. 20 pag. 12120004). La secrétaire  a alors écrit un mail le 4 mai 2005 au président de l’Institution B., O., pour lui exposer la situation et lui expliquer que C. était conscient du fait qu’il y avait un problème et qu’il était disposé à remettre le contrôle de la Fondation F. à l’Institution B. (cl. 20 pag. 12120017).
Lors d’une deuxième entrevue avec N., le 17 mai 2005, C. lui a parlé du fait qu’il voulait prendre sa retraite de manière anticipée. Il lui a expliqué que l’argent sur le compte de la Fondation F. était destiné à financer son salaire et ses  après sa retraite. N. l’a alors notamment rendu attentif aux conséquences financières d’une retraite anticipée, à savoir une réduction du taux de calcul de la retraite et partant de la rente (cl. 20 pag. 12120004). Après cet entretien, l’accusé a communiqué par mail du 18 mai 2005 à la Secrétaire générale qu’il souhaitait revoir son plan de retraite et terminer son activité à l’âge de 65 ans (cl. 3 pag. 04020001).
A l'occasion d’une séance du 24 mai 2005, le président de l’Institution B., O., a déclaré que C. avait détourné des fonds et volé la propriété de l’Institution B., et qu’il considérait qu’il s’agissait-là d’un abus manifeste au détriment de l’institution. Sur requête de N., l'accusé a été d’accord de verser immédiatement sur un fonds de tiers toutes les sommes dues, passées et futures (cl. 20 pag. 12120019).
Par courrier du 25 mai 2005, l’Institution B., agissant par l’intermédiaire de sa Secrétaire générale, a dénoncé C. pour manquements à ses obligations  et transmis le dossier au Ministère public de la Confédération (: MPC) comme objet de sa compétence (cl. 20 pag. 12120009).
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E. Le 30 mai 2005, le MPC a ouvert une enquête de police judiciaire à l’encontre de C. pour présomption de gestion déloyale des intérêts publics au sens de l'art. 314 CP (cl. 1 pag. 01010001). Le MPC a délivré également cinq mandats de perquisition visant les membres du conseil de fondation de la Fondation F., le siège de cette fondation, ainsi que le siège de la société M. L’exécution de ces mandats a fait l’objet d’un rapport de la PJF daté du 7 juin 2005 (cl. 4 pag. 05000002 à 8) ainsi que d’un rapport complémentaire du 25 août 2005 (cl. 4 pag. 050000141 à 143).
F. Le 11 août 2005, le MPC a présenté au Département fédéral de justice et police une demande d’autorisation d’ouvrir une poursuite pénale à l’encontre de C. au sens de l’art. 15 al. 1 de la loi fédérale du 14 mars 1958 sur la responsabilité de la Confédération, des membres de ses autorités et de ses fonctionnaires (: loi sur la responsabilité [LRCF: RS 170.32]). Le 8 novembre 2005, le  de justice et police a rendu une ordonnance d’autorisation de  pénalement l’accusé au sens de la disposition précitée (cl. 1 pag. 01020010 à 22).
G. Le 10 octobre 2005, le MPC a rendu une ordonnance prévoyant la jonction en mains des autorités fédérales, de la poursuite de la gestion déloyale des intérêts publics commise par C. durant son activité au service de l’Institution A., dans le cadre de la procédure ouverte contre ce dernier pour présomption d’infraction à l’art. 314 CP à l’encontre de la Confédération (cl. 1 pag. 02000002 à 4). Par  du 24 octobre 2005, le MPC a étendu l’enquête de police judiciaire ouverte en date du 30 mai 2005, aux faits constitutifs de gestion déloyale des  publics commis par C. dans le cadre de son activité au sein de l’Institution A., soit du 1er septembre 1989 au 30 septembre 2001 (cl. 1 pag. 01010002).
H. Le MPC a admis la constitution de l'Institution B. en tant que partie civile le 6 juin 2005 (cl. 22 pag.15010016), et celle de l'Institution A. le 3 novembre 2005 (cl. 22 pag. 15020119).
I. Le 11 août 2006, la Police judiciaire fédérale (ci-après: PJF) a remis son rapport final au sens de l’art. 104 al. 2 PPF (cl. 5 pag. 05000381 à 450). Ledit document se fonde sur les rapports d’analyse établis précédemment par la PJF.
J. Le 19 septembre 2006, le Juge d’instruction fédéral (ci-après: JIF) a ordonné l’ouverture d’une instruction préparatoire (cl. 1 pag. 0100010016 à 19). Le 19  2007, le JIF a remis son rapport de clôture (cl. 28 pag. 2200000047 à 97).
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K. Le JIF a admis la constitution du canton P. en tant que partie civile le 3  2007 (cl. 22 pag. 1500030105).
L. Le MPC a saisi le Tribunal pénal fédéral d’un acte d’accusation daté du 24  2008.
M. Le 2 avril 2009, le MPC a ordonné la jonction en mains des autorités fédérales, de la poursuite et du jugement de l'infraction de gestion déloyale (cl. 37 pag. 37960010).
N. Les débats se sont tenus du 31 août au 2 septembre 2009, à Bellinzone. A leur issue, les représentants des parties ont pris les conclusions suivantes:
N.1 Le MPC a requis que C. soit reconnu coupable d'infractions répétées aux art. 314 CP (gestion déloyale des intérêts publics), 158 ch. 1 al. 3 CP (gestion déloyale aggravée), d'infraction aux art. 320 CP (violation du secret de fonction) et 138 ch. 2 CP (abus de confiance); qu'il soit condamné à une peine privative de liberté de 20 mois avec sursis, assortie d'un délai d'épreuve de deux ans, ainsi qu'à une peine pécuniaire ferme de 90 jours-amende; que les frais de la  soient arrêtés aux montants mentionnés dans l'annexe à l'acte d', augmentés d'un émolument de Fr. 4'000.-- pour la rédaction de l'acte d' et le soutien de l'accusation, ainsi que les frais issus des débats et d'un émolument pour le jugement; que les frais de procédure arrêtés soient mis à la charge du condamné; que les valeurs patrimoniales séquestrées, sises auprès de la Banque Q. sur les comptes n° 1, au nom de C., et n° 2, au nom de la  F., soient confisquées comme produit ou remploi du produit des  (art. 70 al. 1 CP); que les valeurs patrimoniales séquestrées, sises auprès de la Banque R. sur les comptes n° 3 et 4, tous deux au nom de la Fondation F., soient confisquées comme produit ou remploi du produit des infractions (art. 70 al. 1 CP); que le produit des infractions qui a été versé à K. sans  soit séquestré et confisqué (art. 70 al. 2 CP); que C. soit condamné à payer une créance compensatrice d'un montant égal au dommage établi à CHF. 1'755'158.85, sous déduction des valeurs patrimoniales confisquées (art. 71 al. 1 CP); que le séquestre ordonné au Registre foncier sur l'immeuble appartenant pour moitié à chacun des époux BB. soit maintenu afin de garantir le paiement de la créance compensatrice (art. 71 al. 1 CP); que les valeurs  confisquées ainsi que la créance compensatrice réalisée soient , respectivement allouées aux lésés selon requête des parties civiles (art. 70 al. 1 et 73 al. 1 CP).
N.2 C. a conclu à son acquittement ainsi qu'à l'allocation d'une indemnité à titre de dépens.
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O. Situation personnelle
C. a suivi des études de chimie à Z., puis à Y. (D), où il a obtenu un doctorat en chimie en 1972. Il a fait un post-doctorat en Californie et son habilitation à Y. (D). Il a ensuite été nommé professeur à X. (D) puis à l’Université de Z., où il a , de 1983 à 1988, en tant que professeur extraordinaire en chimie organique. Il a ensuite travaillé une année à W. (D) en qualité de professeur ordinaire, avant d’être nommé le 5 avril 1989 par le Conseil d'Etat du canton P. professeur  à la Faculté des sciences, Institut de chimie organique de l’Institution A. L'accusé a travaillé pour l'Institution A. jusqu'au 1er octobre 2001, date à laquelle a eu lieu le transfert de la section de chimie à l'Institution B. C. est demeuré actif auprès de cette institution jusqu'au 31 décembre 2007, date à laquelle il a pris sa retraite. Actuellement, il touche un montant total de Fr. 9'000.-- par mois au titre de retraite (y compris une petite pension de EUR. 200.-- par mois pour l'activité qu'il avait exercée en l'Allemagne). De plus, depuis le 1er janvier 2008, il travaille à mi temps pour la société M. en qualité de conseiller et perçoit un revenu de Fr. 10'000.-- par mois (cl. 37 pag. 37910020, 37910139).
C. s’est marié à AA. en 1968. Le couple a adopté deux enfants, S. et T., tous deux maintenant majeurs et indépendants. Par jugement du 19 octobre 2000, le Tribunal de district de YY. a prononcé le divorce de C. et AA. (cl. 2 pag. 0300000362). L'accusé a ensuite épousé en secondes noces, en date du 5 avril 2001, K. et le couple vit à V. K. est Docteur en chimie et exerce la fonction de maître d’enseignement et de recherche (MER) à l’Institution B. (cl. 19 pag. 12010005). A partir du 1er octobre 2003, elle a réduit son taux d’occupation de 100 à 60% (cl. 14 pag.0900030289) et consacre le 40% restant de son temps de travail à des travaux de recherche qui concernent essentiellement la littérature scientifique et des dessins de nouvelles molécules ou de nouveaux concepts (cl. 19 pag. 1200010031). En cours de procédure, cette dernière a produit un  médical faisant état d'une incapacité de travail totale à compter du 3 juin 2009 (cl. 37 pag. 37850021). Ses revenus mensuels nets s'élèvent à Fr. 6'000.-- par mois (cl. 37 pag. 37910138).
Les époux BB. sont copropriétaires, chacun pour moitié, d'une villa à V. (cl. 18 pag. 0900070004) dont la valeur fiscale s'élève à Fr. 1'169'000.--, et qui est  à hauteur de Fr. 400'000.--. C. est également propriétaire d'un terrain en Allemagne qui est estimé à Fr. 130'000.-- (cl. 37 pag. 37910138 et 139).
P. Le dispositif du présent arrêt a été lu en audience publique le 10 septembre 2009. A cette occasion, il a été précisé que les questions liées aux prétentions civiles et au sort des avoirs séquestrés feraient l'objet d'une décision ultérieure (cf. chiffres 8 et 9 du dispositif).
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## Considerations

La Cour considère en droit:
Sur les questions préjudicielles et incidentes
1. Compétence
1.1 A l'audience de jugement, l'accusé a soulevé à nouveau la question de la  du tribunal de céans et requis que cette thématique soit examinée dans le jugement au fond (cl. 37 pag. 37910003).
1.2 L'art. 336 let. g CP dispose que les infractions prévues aux titres 18 et 19 CP commises par un membre d’une autorité fédérale ou un fonctionnaire fédéral ou contre la Confédération suisse, sont soumises à la juridiction fédérale.
En l’espèce, tombent sous le coup de cette disposition, les faits constitutifs de gestion déloyale des intérêts publics (art. 314 CP) et de violation du secret de fonction (art. 320 CP) reprochés à l’accusé durant son engagement auprès de l’Institution B., soit à partir du 1er octobre 2001. S'agissant en revanche des faits constitutifs de gestion déloyale des intérêts publics reprochés à l'accusé durant la période où il était employé de l'Institution A., ainsi que des violations visées par le MPC relevant des art. 138 et 158 CP, leur poursuite est en principe du ressort des cantons.
En vertu de l'art. 18 al. 2 PPF, le MPC peut ordonner la jonction en ses mains d'une affaire de droit fédéral soumise aussi bien à la juridiction fédérale qu’à la juridiction cantonale. Une telle jonction suppose en principe l'émission d'une  formelle, notifiée aux parties et sujette à recours (arrêt du Tribunal  fédéral du 28 février 2007 consid. 1.2 et références citées).
En application de la disposition précitée, le MPC, considérant qu’il y avait lieu, par souci d’économie de procédure et par analogie avec les règles du for (art. 346 al. 2 CP), de poursuivre pénalement C. sous l’égide d’une seule et même autorité judiciaire, soit du lieu où la première instruction avait été ouverte, a ordonné la jonction en mains des autorités fédérales, de la poursuite des faits constitutifs de gestion déloyale des intérêts publics commis durant la période où C. était employé de l’Institution A. (cl. 1 pag. 02000002 à 4). Le 14 octobre 2005, l'accusé a déposé contre l'ordonnance précitée une plainte qui a été rejetée par arrêt émis le 19 décembre 2005 par la Ire Cour des plaintes du TPF (arrêt du  pénal fédéral BB.2005.108 du 19 décembre 2005).
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Par ailleurs, en date du 2 avril 2009, le MPC a également ordonné la jonction en mains des autorités fédérales, de la poursuite et du jugement de l'infraction de gestion déloyale (cl. 37 pag. 37960010). Par acte du 9 avril 2009, C. a déposé plainte contre ladite ordonnance auprès de la Ire Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral (cl. 37 pag. 37960003). Le dossier a été transmis à la Cour des  pénales du Tribunal pénal fédéral comme objet de sa compétence (cl. 37 pag. 37960001). Le 23 avril 2009, l'accusé a retiré sa plainte, arguant que dans le souci d'éviter toute prolongation de la procédure, il ne requérait plus que la question soit tranchée préalablement et séparément du fond (cl. 37 pag. 37960014).
1.3 Au vu des éléments susmentionnés, on constate que les différentes infractions reprochées à l'accusé, quelle que soit la fonction qu'il occupait au moment de leur commission (professeur auprès de l'Institution A. ou de l'Institution B.),  à l'évidence en concours entre elles (art. 49 CP) et doivent par conséquent faire l'objet d'un seul jugement. Bien que les actes reprochés à C. portent sur  contrats, conclus à des époques différentes, ils s'inscrivent dans une seule et même affaire de droit pénal fédéral au sens de l'art. 18 PPF. En  de joindre en mains des autorités fédérales l'ensemble des poursuites  contre l'accusé, le MPC n'a rien fait d'autre que d'utiliser une compétence qui lui est expressément octroyée par la PPF. De plus, le large pouvoir d' dont jouissent les autorités fédérales a été utilisé à bon escient en ce sens que les ordonnances en question sont fidèles au principe d'économie de  qui a inspiré l'adoption de l'art. 18 PPF (HAUSER/SCHWERI/HARTMANN, Schweizerisches Strafprozessrecht, 6ème éd., Bâle-Genève-Munich 2005, p. 136 § 12; Message du Conseil fédéral du 31 mars 1999 concernant la modification du code pénal, du code pénal militaire et de la procédure pénale fédérale, FF 1999 p. 4911).
Enfin, selon la jurisprudence récente du Tribunal fédéral, les principes d'efficacité et de célérité de la procédure pénale interdisent à la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral de remettre en cause sa compétence, même en l'absence d'accord explicite entre les autorités de la Confédération et des cantons,  faite des cas où des motifs impérieux (triftige Gründe), non donnés en l', imposeraient une telle solution (ATF 133 IV 235 consid. 7.1).
1.4 Au vu de ce qui précède, la Cour est dès lors compétente pour connaître de l' des infractions reprochées à l'accusé.
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Sur le fond
2. Gestion déloyale des intérêts publics
C. est accusé, en premier lieu, de gestion déloyale des intérêts publics au sens de l'art. 314 CP, pour les actes figurant sous chiffre 1 let. a) à l) de l'acte d'.
Réalisent une telle infraction et sont passibles d'une peine privative de liberté de cinq ans au plus ou d'une peine pécuniaire, les membres d'une autorité et les fonctionnaires qui, dans le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un avantage illicite, auront lésé dans un acte juridique les intérêts publics qu'ils avaient mission de défendre. En cas de peine privative de liberté, une peine  est également prononcée (art. 314 CP).
2.1 Il faut se demander tout d'abord si l'accusé doit être considéré comme un  au sens de la disposition précitée. La notion de fonctionnaire est définie à l'art. 110 ch. 3 CP. A teneur de cette disposition, correspondent à cette , les fonctionnaires et les employés d’une administration publique ainsi que les personnes qui occupent une fonction publique à titre provisoire, ou qui sont employés à titre provisoire par une administration publique ou encore qui  une fonction publique temporaire.
Les actes reprochés à l'accusé, au titre de gestion déloyale des intérêts publics, ont été accomplis alors qu'il était professeur ordinaire de l'Institution A. puis de l'Institution B. En effet, C. a été nommé, à partir du 1er septembre 1989,  ordinaire à la Faculté des sciences, Institut de chimie organique de l' A., puis, vu le transfert de la section de chimie de l'Institution A. à l'Institution B. en date du 1er octobre 2001, il a continué à oeuvrer pour l'Institution B. et a été nommé le 12 juillet 2001 par le Conseil des écoles polytechniques fédérales en tant que professeur ordinaire en chimie bio-organique avec effet au 1er octobre 2001.
En vertu de l'art. 1 de la Loi vaudoise du 6 décembre 1977 (du 6 juillet 2004) sur l'Institution A. (ci-après: LUL; RSV 414.11), l'Institution A. est un établissement de droit public doté de la personnalité morale. Le personnel de cet établissement est aujourd'hui soumis à la Loi cantonale du 12 novembre 2001 sur le personnel du canton P. (ci-après: LPers/canton P.; RSV 172.31).
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La gestion des écoles polytechniques fédérales constitue une tâche publique de la Confédération suisse (art. 63a al. 1 Cst, art. 27 et 27sexies aCst). A teneur des art. 5 al. 1 et 17 al. 2 de La loi fédérale du 4 octobre 1991 sur les écoles  fédérales (ci-après: loi sur les EPF: RS 414.110), l'Institution B. est un établissement autonome de droit public, dont le personnel est aujourd'hui soumis aux dispositions de la loi fédérale du 24 mars 2000 sur le personnel de la  (ci-après: LPers; RS 172.220.1).
Au vu des éléments précités, l'accusé est donc un fonctionnaire au sens de l'art. 110 ch. 3 CP.
2.2. Comme le relève la jurisprudence du Tribunal fédéral, pour que l'infraction visée par l'art. 314 CP puisse être retenue, il faut que des intérêts publics (qui peuvent être financiers ou moraux), soient lésés par un acte juridique ou par les effets de celui-ci (ATF 117 IV 286 consid. 4c; 114 IV 133 consid. 1; 109 IV 168). Il ressort du dossier de la cause que l'accusé, alors professeur ordinaire de l'Institution A./Institution B., a conclu toute une série de contrats avec des entreprises  portant notamment sur des travaux de recherche et de développement  l'utilisation de certaines ressources humaines et matérielles de ces . Il faut dès lors déterminer si et dans quelle mesure C. était habilité à engager son institution pour pouvoir ensuite se prononcer sur la validité de tels accords.
2.2.1 Il sied d'analyser préalablement la teneur desdits contrats:
2.2.1.1 La collaboration avec la société M.
La société M. est une société anonyme dont les actions sont en mains de la  CC. Elle a été créée le 9 juillet 1979 dans le canton P. Elle fait partie du groupe D. dont le président responsable est DD. La société a pour but "toute opération entrant dans le cadre de la recherche, de la mise au point, de la , de la commercialisation de produits chimiques, biologiques, molécules, substances ainsi que tout appareil et dispositif ayant trait notamment au domaine biologique, médical, paramédical, pharmaceutique et vétérinaire; acquisition et concession de licences". DD. en est l’administrateur président (cl. 5 pag. 05000388) et EE. le vice-président exécutif (cl. 37 pag. 37910051).
Il ressort du dossier de la cause que DD. a croisé l’accusé lors de congrès  dans le domaine des peptides. La société M. étant active dans ce  de recherche, elle s’est tournée vers C. pour bénéficier de ses  (cl. 20 pag. 12130002). En 1991, elle a demandé à l’accusé de bien  fonctionner comme président d’un prix qu’elle parrainait. Ce dernier exerçait
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également une activité de conseil et consultant du groupe D. sur le sujet des peptides (cl. 20 pag. 12130002). Par la suite la société M. a signé plusieurs contrats avec C. portant sur des recherches dans le domaine des  et de Alzheimer. Il est établi que l’accusé ne travaillait pas dans les locaux de la société M. mais dans son laboratoire de l’Institution A./Institution B. (cl. 20 pag. 12130003 et 4).
Les contrats conclus par la société M. avec C. • Accord de coopération du 7 mars 1991 valable une année (ci-après: A1): en vertu de cet accord, l’accusé s’est engagé à présider le jury d'un prix institué par la société M. et qui était décerné dans le cadre du Congrès européen sur les Peptides. En contrepartie il était prévu que C. reçoive de la société M. un soutien régulier, à raison de Fr. 30'000.-- par an, ainsi qu’un poste d’assistant de  à mi-temps. En outre les frais relatifs à l’activité définie par l’accord étaient pris en charge par la société M. (cl. 4 pag. 05000017 et 18).
• Contrat cadre de collaboration du 12 décembre 1995 (ci-après: A2): ce contrat détermine le cadre dans lequel s’inscrivent les différents travaux sur de nouvelles molécules dont C. a été chargé par la société M. D’une durée d’une année, ce contrat mentionne le versement à l’accusé d’une indemnité annuelle de Fr. 30'000.--, ainsi que des honoraires déterminés, de cas en cas, d’entente entre les parties pour les travaux d’une certaine importance, qui lui sont  (cl. 4 pag. 05000019 à 21). Ledit contrat a été renouvelé le 12 décembre 1996 pour valoir jusqu’au 31 octobre 1997, aux mêmes conditions (ci-dessous: A3 [cl. 4 pag. 05000022]). Le 27 octobre 1997, l’art. 6 du contrat cadre de  a été reformulé de la façon suivante (ci-dessous A4 [cl. 4 pag. 05000081]):
Le présent contrat est conclu pour une durée de trois ans dès le 1er novembre 1995 et se renouvellera par tacite reconduction pour des durées additionnelles d’un an sauf  par écrit adressée par l’une des parties à l’autre avec un préavis de trois mois pour la fin de la première période de trois ans ou d’une des périodes additionnelles.
En cas de résiliation, le Prof. C. s’engage, à la demande de la société M., à poursuivre les travaux déjà commencés jusqu’au terme prévu.
• Accord de recherche et de développement du 27 janvier 1997 (ci-après: A5): cet accord a pour but la recherche concernant la cyclosporine A. L’accord porte sur une durée de deux ans et prévoit, en cas de dépôt du brevet, que C. et ses associés reçoivent chacun, de la part de la société M., pour la durée de validité du brevet et chacun des pays où il est valable, une rémunération correspondant à 30% des redevances nettes de la société M. et ses filiales en relation avec la
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commercialisation du produit, après déduction des taxes et impôts et d’éventuelles redevances à des tiers (cl. 4 pag. 05000023 à 27). Par ailleurs, sur la base de l’annexe "schedule B", la société M. s’engage à verser Fr. 360'000.--, soit Fr. 15'000.-- par mois, sur le budget global de recherche de Fr. 560'000.--, les autres Fr. 180'000.-- étant payés par l’Institution A. En outre, dite annexe mentionne que l’infrastructure des laboratoires de chimie du groupe de recherche de l’accusé (au sein de l’Institution A.) peut être utilisée librement pour l’exécution du projet (cl. 4 pag. 0500031).
• Accord de recherche et de développement du 25 mars 1999 (ci-après: A6): cet accord porte également sur deux ans. Il a le même but que celui du 27 janvier 1997 et prévoit également, en cas de dépôt du brevet, que C. et ses associés  chacun, de la part de la société M., pour la durée de validité du brevet et pour chacun des pays où il est valable, une rémunération correspondant à 30% des redevances nettes reçues par la société M. et ses filiales, pour la  du produit, après déduction des taxes et impôts et d’éventuelles  à des tiers (cl. 4 pag. 05000032 à 36).
• Contrat de recherche du 5 juillet 1999 (ci-après: A7): ce contrat, signé par la société M., C. et le Dr. FF. a pour objet la consolidation des accords et contrats passés le 27 janvier 1997, le 1er juillet 1997 (qui concerne uniquement la  entre la société M. et FF.) et le 25 mars 1999 en un seul contrat. Il porte sur l’étude des analogues de la cyclosporine A (CS) hydrosolubles ou non, et ses dérivés pseudo-proline. Pour la réalisation par C. du programme de recherche, la société M. s’est engagée à payer la somme totale de Fr. 360'000.-- selon le  joint au contrat. A titre supplémentaire, en cas de commercialisation des  issus de l’étude par la société M. ou un de ses licenciés, il était prévu que C. et FF. reçoivent chacun, de la part de la société M., pays par pays, pour une durée de 10 ans dès la première vente commerciale ou, en cas de brevet,  la durée de validité du brevet, une rémunération complémentaire  à 15% des redevances nettes reçues par la société M. du fait de la commercialisation des produits, après déduction des taxes et impôts et d’éventuelles redevances à des tiers (cl. 4 pag. 05000038 à 52).
• Amendement du 24 juillet 2001 au contrat du 5 juillet 1999 (ci-après: A8): cet amendement spécifie que l’étude mentionnée dans le contrat du 5 juillet 1999 a débuté le 25 mars 1999 pour une durée initiale de deux ans et que les parties soit la société M., C. et FF. désirent prolonger la durée de l’étude pour deux  supplémentaires, soit jusqu’au 24 mars 2003. Pour la réalisation de l’étude par C., la société M. s’est engagée à payer à l’accusé, en sus des Fr. 360'000.-- déjà versés, la somme totale de Fr. 380'000.-- pour deux ans, soit Fr. 45'000.-- à la date de signature de l’amendement, Fr. 15'000.-- à la fin de chaque mois pen-
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dant les 21 mois restants de l’étude, et Fr. 20'000.-- à l’acceptation du rapport  par la société M. (cl. 4 pag. 05000080). L’annexe B "budget" mentionne un montant total de Fr. 760'000.-- dont la moitié est prise en charge par l’Institution A./Institution B. (cl. 4 pag. 05000080).
• Le 14 novembre 2002, la société M. et C. ont signé un document portant sur les conditions de collaboration concernant les activités de recherche de l’accusé en relation avec une nouvelle méthode de traitement de la maladie d’Alzheimer (ci-après: A9). Cet accord mentionne que C. certifie et garantit que les résultats des recherches en question sont obtenus uniquement par lui et qu’il n’a aucune obligation envers une tierce partie concernant lesdits résultats. Ledit document spécifie en outre que si l’accusé devait avoir de telles obligations envers son , l’Institution B., il entreprendrait de faciliter les contacts et les  entre l’Institution B. et la société M. afin d’arriver à un accord garantissant une option exclusive à la société M. sur les résultats des activités  (cl. 4 pag. 05000082).
• En date du 18 juillet 2003, la société M., C. et FF. ont signé un contrat de  dénommé "5" (ci-après: A10 [cl. 4 pag. 05000084 à 94]). Il y est  expliqué que conformément à l’accord du 5 juillet 1999 et à son  du 24 juillet 2001, FF. et C. ont terminé les activités de recherche et de développement prévues, lesquelles ont abouti à l’identification de deux produits potentiellement intéressants sur le plan thérapeutique, dont le produit connu sous le nom de code "5" (un dérivé de la cyclosporine A). Il est également précisé que la société M. a déposé une demande de brevet couvrant le produit "5" et qu’elle souhaite poursuivre le développement pré-clinique et clinique du produit. Le contrat spécifie en outre à ses articles 3 (licence), 5 (confidentialité) et 10 ( de conflit d’intérêt):
FF. et C. confèrent à la société M. une licence exclusive mondiale sur le savoir-faire et la recherche en vue de notamment développer, utiliser, fabriquer, enregistrer,  et vendre les produits. En contrepartie, la société M. s’engage à payer à FF. 8% des redevances nettes, et 2% à C. FF. et C. garantissent que, à leur connaissance et à la date d’entrée en vigueur, tous les droits sur le savoir-faire et sur la recherche leur appartiennent pleinement, et qu’il n’existe aucune restriction ou empêchement au transfert desdits droits en faveur de la société M. en relation avec le dépôt des brevets. FF. et C. certifient que par la signature du contrat, ils ne violent aucun engagement pris à l’égard de tiers avant la date d’entrée en vigueur.
• Ce même 18 juillet 2003, un contrat similaire à celui portant sur "5",  également le dépôt d’un brevet par la société M. concernant le produit
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connu sous le nom de code "6" (ci-après: A11). Par ce contrat, dite entreprise s’engage à payer à FF. 10% des redevances nettes et à C., 5% (cl. 4 pag. 05000095 à 105).
• Toujours en date du 18 juillet 2003, C. a conclu avec la société M. un contrat de "consultance" par lequel il s’est engagé envers cette dernière à lui fournir conseil et assistance pour le développement des produits "5" et "6" (ci-après: A12). Ce contrat est entré en vigueur rétroactivement au 1er avril 2003 et a été conclu pour une période initiale de 3 ans, soit jusqu’au 31 mars 2006. La société M. s’est engagée à payer à C. Fr. 60'000.-- par an, soit Fr. 15'000.-- par , ainsi que les frais directement liés à l’exécution du contrat (cl. 4 pag. 05000106ss).
• En date du 28 mai 2004, C. a conclu un contrat de services avec la société M., pour la période du 1er juin 2004 au 31 mai 2006, par lequel il s’est engagé à effectuer une recherche ayant pour objet la synthèse de "5", renommé "7", sur support solide (ci-après: A13). Il est mentionné que les résultats de la recherche, brevetables ou non brevetables, sont la propriété exclusive de la société M. et l’accusé certifie qu’il ne contrevient à aucune règlementation ou obligation contractuelle envers des tiers, et que les activités faisant l’objet du contrat n’entrent pas en conflit avec d’autres obligations professionnelles. Le contrat de services prévoit une rémunération forfaitaire de Fr. 160'000.--, toutes taxes , montant payable par tranches de Fr. 20'000.-- tous les trois mois (cl. 4 pag. 05000109 à 114). Il a été dénoncé, d’entente entre les deux parties, et a pris fin le 29 juin 2005 (cl. 21 pag. 13010040).
Il convient de préciser que les contrats conclus par l'accusé avec la société M. mentionnaient que les droits de propriété intellectuelle sur les résultats de la , brevetable ou non brevetable, revenaient à cette entreprise.
2.2.1.2 La collaboration avec la société GG.
La société GG. a été créée à Tortola, aux Iles Vierges Britanniques. En Suisse, elle est domiciliée chez HH. à U., mais elle n'est pas inscrite au registre du commerce. La société GG. est gérée par le Dr. II. domicilié à ZZ., et par HH., de U. Ces derniers utilisent cette société dans le cadre de la recherche et du  de vaccins contre les substances susceptibles de créer des . A la fin des années 1990, la société GG. a repris l’entier des activités de la société JJ., créée en Irlande (cl. 5 pag. 05000388).
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Les contrats conclus entre la société GG. et C. • Accord de recherche et de développement du 1er novembre 1998 (ci-après: B1): ce contrat a été signé le 18 janvier 1999 avec effet rétroactif au 1er  1998. Il lie la société JJ. et C. pour une période de trois ans, prolongé  jusqu’au 31 janvier 2003 (cl. 19 pag. 12080004). Le 21 mai 1998, la société GG. a repris ce contrat à son compte (cl. 5 pag. 05000394). Le budget à la charge de la société JJ., respectivement GG., est de Fr. 65'000.-- par année, comprenant la rémunération de l’accusé s’élevant à Fr. 30'000.--, Fr. 25'000.-- pour le salaire d’une étudiante calculé sur la base d’un barème de l’Institution A. (LL.) et Fr. 10'000.-- à titre forfaitaire pour l’utilisation des instruments, appareils et consommables (cl. 22 pag. 15010048 à 56). A la demande de l’accusé, la  JJ., respectivement GG., a effectué ses versements sur un compte intitulé "Professeur C./Institution A." (cl. 19 pag. 12080003).
• Contrat de consultance du 14 mars 2003 (ci-après: B2): ce contrat, passé entre C. et la société GG., a pour objet des travaux de recherche et de  d’un vaccin anti-nicotine. Il a été conclu avec effet rétroactif au 1er février 2003, pour une durée de six mois. Les honoraires prévus pour C. s’élevaient à Fr. 2'500.-- par mois, payables pour la première fois le 14 mars 2003 (cl. 5 pag. 05000394; cl. 22 pag. 15010041 et 2).
• Contrat de consultance du 19 décembre 2003 (ci-après: B3): ce contrat, passé entre C. et la société GG., a pour objet des travaux de recherche et de  d’un vaccin anti-nicotine. Il a remplacé le contrat du 14 mars 2003 et a été conclu pour une durée limitée, soit jusqu’au 31 juillet 2004. Les  prévus pour C. s’élevaient à Fr. 2'500.-- par mois, toutes taxes comprises, payables pour la première fois le 20 janvier 2004 (cl. 5 pag. 05000394; cl. 22 pag. 15010043 à 46).
Il convient de préciser que les contrats conclus par l'accusé avec les sociétés JJ. et GG. mentionnaient que tous les droits de propriété intellectuelle sur les  de la recherche, brevetables ou non brevetables, revenaient à ces .
2.2.1.3 La collaboration avec la société MM.
La société MM. a pour but l’assistance professionnelle dans le domaine des  alimentaires. Elle est détenue par la société NN. (cl. 5 pag. 05000388).
La collaboration de la société MM. avec C. De 1998 à 2002, C. a été chargé de superviser les travaux de doctorat de OO., doctorante et employée au centre de recherche NN., entité de la société MM.
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Aucun contrat n’a été signé et C. effectuait cette supervision dans le cadre de son poste de professeur à l’Institution A., respectivement à l’Institution B. Il n’était pas rétribué pour ce faire (cl. 20 pag. 12240002ss).
Dans le cadre de ses travaux de doctorat, OO. a eu besoin de peptides, lesquels ont été fabriqués par PP., employé de laboratoire de C. (cl. 20 pag. 12210002, 12240003). En date du 4 septembre 2001, l'accusé a adressé à la société MM. une facture de Fr. 8'976.- pour les produits utilisés dans le cadre de la fabrication de peptides (cl. 20 pag. 12240006). La société MM. s’est acquittée de cette  le 21 septembre 2001 en versant la somme sur un compte bancaire de la Fondation F., conformément au bulletin de versement joint à la facture établie par C. (cl. 4 pag. 05000188; cl. 21 pag. 13010185).
2.2.1.4 La collaboration avec la société QQ., devenue par la suite la société RR.
La société RR. a ses origines dans trois entreprises: TT., dont la création  au milieu du 18ème siècle, SS., fondée vers 1859 et la société QQ. en 1886. En 1970, SS. et TT. ont fusionné pour former la société AAA. Le 7 mars 1996, les sociétés QQ. et AAA. ont fusionné pour devenir le groupe RR. qui est un leader mondial dans l'offre de produits pharmaceutiques innovants. Basé à Z., le groupe RR. emploie plus de 96'000 collaborateurs et déploie ses activités dans plus de 140 pays à travers le monde. La société QQ., aujourd'hui filiale de RR., est spécialisée dans le développement et la mise à disposition d'une large variété de spécialités génériques.
Selon les explications de l’accusé, lors d’une conférence qu’il avait donnée chez la société QQ. en 1984, le Dr. BBB. qui était le chef de la production  à l’époque, l’a approché car il était intéressé par la recherche qu’effectuait à ce moment-là C. sur la synthèse de peptides. L'accusé s’est alors engagé de 1984 à 1995, à présenter tous les trois mois auprès de la société QQ., un  sur les différents projets de recherche de son groupe, contre une  s'élevant à Fr. 30'000.-- par an (cl. 21 pag. 1300010364 et 5).
Les contrats conclus par la société QQ./RR. avec C. • "Vereinbarung" du 1er juillet 1992 (ci-après: C1) entre la société QQ. et C., Institut für Organische Chemie, Institution A.: ce contrat prévoyait que l’accusé effectue une recherche dans le domaine de la synthèse de peptides avec ses doctorants, dans son laboratoire. Tous les droits de propriété intellectuelle  à la société QQ. Le rapport de collaboration débutait le 1er juillet 2001. La durée du contrat était de trois ans et la rémunération de C. s’élevait à Fr. 33'000.- par année (cl. 18 pag. 0900060128 à 33).
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• "Agreement" du 1er juin 1996 (ci-dessous: C2) entre la société QQ. et C.,  de Chimie Organique, Institution A.: ce contrat prévoyait que l’accusé  une étude concernant la "preparation of template assembled synthetic  (TASP molecules") ; tous les droits relatifs à la propriété intellectuelle  à la société QQ. L’accusé devait fournir au moins trois molécules TASP dans les neuf mois qui suivaient le début de l’étude. La durée du contrat était de deux ans et la rémunération de C. de Fr. 20'000.-- pour l’acquisition du matériel de départ et ensuite de Fr. 80'000.-- par année (cl. 18 pag. 09000060117 à 121).
2.2.1.5 La collaboration avec la société CCC.
La société japonaise CCC. est active principalement dans le domaine du  de produits cosmétiques. DDD. en est le responsable des ressources humaines (cl. 6 pag. 0500000732 et 83). Le 18 septembre 1996, l’accusé a reçu de la société CCC. un montant de Fr. 39'216.-- correspondant aux frais de  et de recherche du Dr. EEE. (cl. 6 pag. 0500000764). C. a en effet accueilli au sein du laboratoire qu’il dirigeait un post-doctorant japonais dénommé EEE. afin de lui dispenser un enseignement contre rétribution de la part de l’entreprise CCC. (cl. 20 pag. 1200200017).
2.2.2. S'agissant de la capacité de l'auteur à engager la collectivité publique par un acte juridique valable, on constate que doctrine et jurisprudence du Tribunal fédéral divergent, l'une considérant que l'art. 314 CP suppose une autorisation de  la collectivité publique, l'autre se satisfaisant de ce que l'auteur ait un  décisionnel de fait.
2.2.2.1 Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, il n'est pas nécessaire que l'agent public dispose formellement d'un pouvoir de décision. Il suffit que, par sa position ou son rôle dans une institution chargée d'intérêts publics, l'auteur puisse  cette dernière à un point tel qu'elle prenne une décision contraire à ses intérêts, respectivement favorable aux intérêts propres de l'auteur (arrêt du  fédéral 6B_921/2008 du 21 août 2009, consid. 5.8; ATF 114 IV 133 consid. 1b).
2.2.2.2 Selon la doctrine dominante, l'auteur doit avoir l'autorisation formelle (Befugnis) de représenter dans les actes juridiques, la collectivité publique ([Hrsg.], Strafgesetzbuch II, Bâle-Genève-Munich 2003, ad art. 14 CP n°11, STRATENWERTH, Schweizerisches Strafrecht, BT II, 6ème éd., Berne 2008 § 57 n° 27). Il convient dès lors de déterminer si C., lorsqu'il a signé les contrats précités, avait la capacité d'engager l'institution pour laquelle il .
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2.2.2.3 In casu, comme on le verra plus avant, l'accusé a passé des contrats avec l' privée alors que la conclusion de tels accords s'est successivement  régie par trois ensembles de règles différentes. Il convient dès lors de , période par période, si C., lorsqu'il a signé les contrats précités, avait le pouvoir d'engager l'institution pour laquelle il travaillait, en déterminant, le cas échéant, s'il convient de retenir la conception que propose le Tribunal fédéral de ce pouvoir de décision ou plutôt celle qu'en donne le doctrine. A cet égard, il sied de distinguer trois périodes:
a) Première période Institution A. (du 5 avril 1989 au 31 août 2000) L'accusé a été engagé à l'Institution A. le 1er septembre 1989. Il a signé le 1er contrat avec la société M. le 7 mars 1991. A cette époque, il était soumis à la loi sur l’Université du 6 décembre 1977 (ci-après: LUL; cl. 29 pag. 1900060009). L'art. 65 LUL, dans son ancienne version, avait la teneur suivante:
"Les membres du corps enseignant nommés à plein temps ne peuvent accepter des mandats particuliers, expertises notamment, que dans la mesure où ceux-ci ne portent pas préjudice à leur enseignement ou à leurs recherches. Lorsqu'ils acceptent de tels mandats, ils le font sous leur responsabilité personnelle: ils en informent leurs mandants. Le mandat est porté à la connaissance du Rectorat. Si l'exécution du mandat entraîne des frais pour l'Université, celle-ci en exige le remboursement (al. 2 )".
Par ailleurs, l'art. 96 du Règlement général du 9 mars 1994 de l'Institution A. ( RGUL), posait le principe d'une redevance à l'Université (overhead) sur les revenus de travaux de recherche effectués au moyen de l'infrastructure et/ou du personnel de l'Université. Toutefois, force est de constater que sur le plan , le champ d'application de cette disposition dépasse largement celui de l'art. 65 LUL pour les revenus liés à des mandats particuliers. Il convient de  que s'est alors posée la question de la légalité de cet article du règlement général (cf. rapport du 20 octobre 1999 du Conseil d'Etat du canton P. au Grand Conseil sur les mesures Table ronde et exposé des motifs et projets de loi  la loi du 6 décembre 1977 sur l'Institution A., p. 30 [cl. 29 pag. 1900060044]).
b) Deuxième période Institution A. (du 1er septembre 2000 au 30 septembre 2001) Le 1er septembre 2000, est entré en vigueur le règlement du 26 juin 2000 sur les mandats particuliers du personnel de l’Institution A. (ci-après RMP, cl. 29 pag. 1900060101ss), concrétisant le nouvel art. 65 LUL, entré en vigueur, quant à lui, le 1er janvier 2000 et dont la teneur a été modifiée comme suit (cf. loi du 14 décembre 1999 modifiant la LUL; [cl. 29 pag. 1900060028]):
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"Le Conseil d'Etat fixe par règlement, après consultation du Rectorat, les conditions  sont soumis les mandats des membres du personnel de l'Université qui n'entrent pas dans leur cahier des charges. Ces mandats ne doivent pas porter préjudice à leur enseignement et à leurs recherches (al. 1). Ce règlement prévoit notamment que les membres du personnel de l'Université doivent lui verser une part échelonnée entre 20% et 60% des revenus perçus dans l'exécution des mandats susmentionnés (al. 2). Ces dispositions s'appliquent également au personnel administratif et technique ainsi qu'aux collaborateurs scientifiques de l'Université (al. 3)".
Le RMP prévoit notamment ce qui suit:
"art. 7 (modalités pratiques): Les contrats de mandats de recherche sont rédigés en la forme écrite (al. 1). Ces contrats doivent être autorisés préalablement par le Rectorat, s'ils engagent l'Université pour un an et plus ou si les prestations fournies par un tiers  ou dépassent Fr. 500'000.-- (al. 2). Dans tous les cas, les contrats sont portés à la connaissance du Rectorat par la voie de service (al. 3). Les mandats privés sont  portés à la connaissance du Rectorat par les membres du personnel de l'Université, en respectant la voie de service (al. 4). Le Rectorat règle les modalités de la communication des mandats privés, eu égard au devoir de discrétion pesant sur le  (al. 5);
art. 8 (répartition des revenus provenant de l'exécution de mandats de recherche): Les revenus des mandats de recherche sont à la disposition des subdivisions de l'Université qui ont exécuté le mandat, sous déduction de la redevance forfaitaire prévue à l'art. 9 du présent règlement (al. 1 ). L'éventuelle répartition du solde des revenus entre une  de l'Université et un membre de son personnel est réglée par un accord interne porté à la connaissance du Rectorat (al. 2). Sont dispensés de ces redevances les  confiés par le Fonds national suisse de la recherche scientifique [FNS] et les autres fonds dont la liste est arrêtée par le Rectorat (al. 3);
art. 9 (redevance perçue par l'Université): Une redevance de 3% du montant total des  perçus dans le cadre de l'exécution du mandat de recherche est versée à l' qui l'affecte au financement de la recherche et à la couverture des frais de gestion;
art. 12 (modalités de déclaration et de perception): Les revenus des mandats de  et des mandats privés sont annoncés au 20 décembre de chaque année (al. 1). Les membres du personnel et les subdivisions de l'Université rétrocèdent les montants  dans un délai de 30 jours dès la réception du formulaire de déclaration (al. 2). Sur le formulaire de déclaration des revenus perçus pour l'exécution des mandats de recherche ou des mandats privés doivent figurer les informations suivantes: les revenus bruts  encaissés pendant l'année, les frais déductibles des revenus bruts au sens de l'art. 11 al. 1 du présent règlement et l'utilisation faite de l'infrastructure universitaire (al.3). Sur délégation du Rectorat, le service financier de l'Université contrôle la  des déclarations aux formules et le versement des rétrocessions (al. 4).
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c) Volet Institution B. (du 1er octobre 2001 à fin juin 2005 [fin de la période ]) Le 1er octobre 2001, la section de chimie de l'Institution A. a été transférée à l' B. Les rapports de travail de C., nommé en qualité de professeur ordinaire depuis le 1er octobre 2001 auprès de l'Institution B., étaient soumis à la loi sur les Ecoles polytechniques fédérales du 4 octobre 1991, en vigueur depuis le 1er  1993 (LEPF; RS 414.110, cl. 30 pag. 1900060238ss), ainsi qu'à ses  et règlements d'application.
Les contrats passés par l'accusé avec l'industrie privée étaient également régis par les Directives sur les contrats de recherche édictées par le Conseil des EPF le 20 janvier 1988 et entrées en vigueur le 1er avril 1988 (ci-après: DCR, cl. 30 pag. 1900060548ss). Ces directives avaient notamment pour but d'assurer la transparence en matière de gestion et de surveillance lors de l'exécution de contrats de recherche et d'autres prestations de service scientifiques (art. 1 let. e DCR). Elles s'appliquaient aux contrats de recherche et autres prestations  conclus par les EPF avec des tiers lorsque la Confédération était de ce fait engagée dans une activité de recherche ou scientifique (art. 2 al. 1 let. a DCR), ou lorsque l'exécution du contrat était liée à la mise à disposition de  et de moyens des EPF (art. 2 al. 1 let b DCR).
L'art. 7 DCR, avait la teneur suivante:
La compétence de conclure des contrats de recherche et de prestations de services est réglée de manière interne par chaque EPF et établissement annexe. Les contrats de  nationale sont soumis à l'approbation de la direction de l'EPF ou de la direction de l'établissement annexe concerné (al. 1 ). Le chef d'unité est compétent pour négocier et conclure le contrat au nom de l'Ecole. (al. 2 ). Il fera appel à l'assistance et aux conseils des services centraux compétents, à savoir: au délégué à la valorisation et à ses  pour les dispositions contractuelles et de propriété intellectuelle, la compatibilité avec les stratégies de recherche définies par l'Ecole, un juste équilibre avec les missions d' et de recherche, la disponibilité des compétences, des contributions  de l'Ecole, du personnel et des infrastructures existantes ainsi que des contributions déjà investies; aux services administratifs compétents pour les questions relatives au  et à la gestion financière, au personnel et son statut (al. 3). Lorsque le  de l'apport financier du tiers dépasse Fr. 50'000.--, le chef d'unité sollicite l' de la direction préalablement à la conclusion du contrat de mandat ou de . Cette approbation est donnée par le délégué à la valorisation (al. 4). Le projet de contrat est soumis au service des relations industrielles (SRI) (al. 5). Après signature du contrat - et quel qu'en soit le montant -, le chef d'unité en adresse une copie pour  au SRI (al. 6). Les présentes dispositions s'appliquent également aux contrats portant sur un transfert de technologie (al. 7).
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En outre, l'art. 6 de l'ordonnance du 18 septembre 2003 sur le corps professoral des écoles polytechniques fédérales (Ordonnance sur le corps professoral; RS 172.220.113.40), entrée en vigueur le 1er janvier 2004 a la teneur suivante:
Les professeurs peuvent avoir en leur propre nom, pour leur propre compte et sous leur propre responsabilité des activités professionnelles en dehors de leurs rapports de travail avec l'EPF, notamment en qualité d'experts, pour autant que cela ne soit pas au  des obligations découlant de leurs rapports de travail (al. 1 ). Ils doivent obtenir l' du président de l'EPF exigeant au total plus d'une journée hebdomadaire pour un emploi à plein temps (al. 2 ). Ils doivent obtenir l'autorisation du président de l'EPF pour siéger dans un conseil d'administration ou à la direction d'une entreprise. L' leur est accordée lorsqu'aucun intérêt de l'EPF ne s'y oppose (al. 3). Si les  recourent à du matériel de laboratoire ou au secrétariat, pour une activité  à l'EPF, ils doivent dédommager l'EPF. Les deux EPF édictent les dispositions  (al. 4).
2.2.2.4 Au vu de ce qui précède, force est de constater que dans le cas d'espèce, lors de la première période "Institution A.", il n'était pas interdit à l'accusé, par la  en vigueur, de conclure des contrats de recherche avec l'industrie privée. A contrario il avait donc le droit de conclure de tels accords. Il est dès lors inutile en l'occurrence de se demander si le pouvoir de conclure de l'accusé  pu n'être que de nature informelle, au sens où le définit le Tribunal fédéral. Si, à cette l'époque, il était loisible à l'accusé de conclure des contrats avec l' privée, ce dernier avait cependant le devoir d'en informer l'Institution A. et de lui rembourser les frais occasionnés par l'exécution de ces mandats. C'est dès lors la non rétrocession desdits frais en faveur de l'Institution A. qui était de  à léser les intérêts publics de l'institution. Cela étant, lors de cette première période considérée, la lésion des intérêts publics n'a pas découlé de la  d'un acte juridique valable au sens de l'art. 314 CP. En effet, en acceptant des mandats de l'industrie privée, C. n'a pas imposé à l'Institution A. des accords qui lui étaient financièrement défavorables ab initio mais c'est son comportement subséquent qui est critiquable, dans la mesure où il se devait de rembourser à l'Institution A. les frais qu'avait entraînés l'exécution des mandats privés ou à tout le moins d'informer cette dernière de ces mandats de manière à ce qu'elle puisse faire valoir ses droits à une indemnité.
Lors de la deuxième période, l'accusé n'avait le droit de conclure librement des contrats avec l'industrie privée que si ceux-ci ne dépassaient pas une durée d'un an et qu'ils ne portaient pas sur une somme supérieure à Fr. 500'000.--.
Lors de la troisième période, où l'accusé oeuvrait pour l'Institution B., il a  outrepassé ses pouvoirs formels de conclure des contrats avec l'industrie privée puisqu'une autorisation aurait dû être obtenue auprès du délégué à la va-
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lorisation de l'Institution B. pour tout engagement comportant un apport financier dépassant Fr. 50'000.--.
Les strictes restrictions à la faculté de conclure des contrats privés qu'imposaient aux professeurs les règles en vigueur à l'Institution A. entre septembre 2000 et 2001, puis à l'Institution B., sont trop précises pour que, par leurs connaissances techniques ou leur position, les professeurs puissent encore exercer une  décisive (arrêt du Tribunal fédéral 6B_921/2008 du 21 août 2009, consid. 5.8; ATF 114 IV 133 consid. 1b) sur la conclusion, par leur institution, de contrats de recherche avec l'industrie privée. Il est donc là aussi sans utilité de se , à propos de cette troisième période, si l'accusé se serait rendu coupable de gestion déloyale des intérêts publics sur la base de ses seuls pouvoirs  au sens où le définit le Tribunal fédéral.
2.2.3 L'accusation soutient que le caractère répréhensible du comportement de C. réside également dans le fait pour ce dernier d'avoir cédé, par des contrats, aux partenaires industriels, des droits de propriété intellectuelle qui revenaient aux institutions pour lesquelles il travaillait et qu'il a dès lors imposé à ses  des accords qui leur étaient défavorables sur ce point.
2.2.3.1Il sied avant tout de rappeler que c'est uniquement pendant la première période de son activité au sein de l'Institution A. que l'accusé avait la faculté, à la lumière de la règlementation en vigueur, de conclure avec les partenaires industriels, des actes juridiques au sens de l'art. 314 CP. Or durant cette première période " A.", les accords prévoyant une cession de la propriété intellectuelle en  de l'industrie privée sont les contrats A2 (renouvelé sous A3 et précisé sous A4), A5 et A6 [tous deux unifiés sous A7], A8 [qui est un amendement de A7], B1, C1 et C2). Dans ces conventions, il est mentionné que les résultats de la  effectuée par C., brevetables ou non brevetables, sont la propriété  de la société M., respectivement de la société GG.
2.2.3.2 Il est vrai que la jurisprudence constante admet que l'intérêt public lésé au sens de l'art. 314 CP, n'est pas nécessairement de nature financière, mais peut être aussi un intérêt idéal (ATF 117 IV 286 consid. 4c; 114 IV 133 consid. 1; 109 IV 168 consid. 1; 101 IV 411 consid. 2; CORBOZ, Les infractions en droit suisse, Berne 2002, ad art. 314 CP, p. 599 n°29). Dans cette optique, la perte des droits de propriété intellectuelle sur le résultat des recherches de l'accusé, peut  une lésion d'un intérêt public idéal au sens de la jurisprudence.
2.2.3.3 Or on constate que durant la première période pendant laquelle l'accusé était actif auprès de l'Institution A., la législation relative à l'institution et aux mandats privés ne réservait pas de droit de propriété intellectuelle à l'institution. En effet, l'exposé des motifs et projet de loi sur l'Institution A. du 13 juillet 1977 précise uniquement, s'agissant de l'art. 65 LUL visant les mandats particuliers, qu'il pour-
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rait se trouver qu'à l'occasion d'un tel mandat, le membre du corps enseignant ait recours à du personnel ou à du matériel de l'Université, et qu'il paraît donc  que celle-ci, se fondant sur l'alinéa 3, puisse exiger le remboursement des frais ainsi entraînés (cl. 29 pag. 1900060015). Par ailleurs, les débats du Grand Conseil vaudois sur l'art. 65 LUL mettent en exergue certaines préoccupations quant au fait que l'exécution de mandats externes par les professeurs pourrait nuire à la qualité de leur enseignement ou encore au fait que ces derniers, dans la mesure où ils consacreraient une partie importante de leur temps à l'économie privée, pourraient être tenus de verser une partie de leur revenu à un fonds de recherche et de perfectionnement (cl. 29 pag. 1900060018). Ces  de séances ne font toutefois état d'aucune inquiétude particulière quant aux droits de propriété intellectuelle de l'Institution A. sur les résultats des  effectuées par les professeurs qu'elle emploie. On constate que, par la suite, le nouvel art. 70 LUL, entré en vigueur le 1er janvier 2005, a explicitement conféré à l'Institution A. les droits de propriété intellectuelle portant sur les  de recherche obtenus par les membres du corps enseignant dans l'exercice de leurs activités au service de cette institution. Cette disposition a la teneur :
"A l'exception des droits d'auteur, l'Institution A. est titulaire des droits de propriété  portant sur toute création intellectuelle technique ainsi que sur les résultats de recherche obtenus par les membres du corps enseignant dans l'exercice de leurs  au service de l'Institution A. Sont réservés les accords comportant des clauses de cession ou de licence en faveur de tiers ayant financé partiellement ou totalement les ".
Il convient en outre de préciser que, ainsi que cela a été souligné par l', l'art. 68 aLUL prévoit l'application de certaines dispositions de la loi du 9 juin 1947 sur le statut général des fonctions publiques cantonales (ci-après: Statut), aux membres du corps enseignant du canton P. L'art. 75 du Statut spécifie que le Code des obligations s'applique aux inventions faites par les fonctionnaires dans l'exercice de leurs fonctions.
Aux termes de l'art. 332 CO, les inventions brevetables ou non, que le travailleur a faites ou auxquelles il a participé dans l'exercice de ses activités au service de l'employeur et conformément à ses obligations contractuelles appartiennent à l'employeur. Or en l'occurrence la Cour ne saurait considérer que l'accusé a agi "au service de son employeur et conformément à ses obligations contractuelles" puisqu'il a passé avec des tiers, des contrats devant précisément leur conférer les droits de disposer des découvertes qu'il était censé faire. L'art. 332 CO n'est dès lors pas applicable en l'espèce.
2.2.3.4 Compte tenu de ce qui précède, force est de conclure qu'en ne préservant pas la propriété intellectuelle de l'Institution A. sur ses travaux de recherche, durant la
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première période pendant laquelle il était actif auprès de cette institution, l'accusé n'a pas lésé les intérêts publics au sens de l'art. 314 CP.
2.2.4 Au vu des éléments qui précèdent, on doit considérer qu'en l'espèce, aucun  public n'a été lésé dans un acte juridique au sens de l'art. 314 CP. C. sera dès lors libéré de ce chef d'accusation.
3. Gestion déloyale
La jurisprudence fédérale précise que l'art. 314 CP est une lex specialis par  à la gestion déloyale de l'art. 158 CP. Si toutes les conditions de l'art. 314 CP ne sont pas réunies, le membre d'une autorité ou le fonctionnaire qui a la qualité de gérant des biens publics peut se rendre coupable de gestion déloyale au sens de l'art. 158 CP (ATF 118 IV 246 consid. 2a; 81 IV 231; STRATENWERTH, op. cit., § 57 n° 31; TRECHSEL, Schweizerisches Strafgestezbuch, , ad art. 314 CP n°6). Il se justifie dès lors d'analyser le contenu des contrats signés par C. (figurant sous chiffres 1 let. a) à l) de l'acte d'accusation) sous l' de l'art. 158 CP.
C. est par ailleurs accusé de gestion déloyale au sens de l'art. 158 ch. 1 al. 3 CP, pour les actes figurant sous chiffres 2 let a) à j) de l'acte d'accusation.
Selon l'art. 158 ch. 1 CP, celui qui en vertu de la loi, d'un mandat officiel ou d'un acte juridique, est tenu de gérer les intérêts pécuniaires d'autrui ou de veiller sur leur gestion et qui, en violation de ses devoirs, aura porté atteinte à ces intérêts ou aura permis qu'ils soient lésés, est passible d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire (ch. 1 al. 1). Si l'auteur a agi dans le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un enrichissement illégitime, le juge pourra prononcer une peine privative de liberté de un à cinq ans (ch. 1 al. 3).
Aux termes de l'art. 158 ch. 2 CP, celui qui dans le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un enrichissement illégitime, aura abusé du pouvoir de  que lui confère la loi, un mandat officiel ou un acte juridique et aura ainsi porté atteinte aux intérêts pécuniaires du représenté sera puni d'une peine privative de liberté de cinq ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
Il convient à nouveau de faire une distinction entre la première période pendant laquelle l'accusé a travaillé pour l'Institution A. (soit du 5 avril 1989 au 30 août 2000) et où il pouvait être qualifié de gérant au sein de l'institution, et les deux autres périodes énumérées ci-dessus (supra consid. 2.2.2.2) où il ne bénéficiait plus de la même autonomie.
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3.1 Première période durant laquelle l'accusé a travaillé pour l'Institution A.:
3.1.1 Selon la doctrine et la jurisprudence, seul peut avoir la position de gérant au sens de l'art. 158 ch. 1 CP, celui qui dispose d'une indépendance suffisante et qui jouit d'un pouvoir de disposition autonome sur les biens qui lui sont remis (ATF 120 IV 190 consid. 2a et références citées, 118 IV 144 consid. 2a, /JENNY, Schweizerisches Strafrecht, BT I, Berne 2003, § 19 n°6; , op. cit., ad art. 158 CP n°2). Ce pouvoir peut se manifester non seulement par la passation d'actes juridiques, mais également par la défense, sur le plan , d'intérêts patrimoniaux ou par des actes matériels; il faut cependant que le gérant ait une autonomie suffisante sur tout ou partie de la fortune d'autrui, sur les moyens de production ou le personnel d'une entreprise (ATF 118 IV 244 consid. 2a; 105 IV 307 consid. 2a; 102 IV 90 consid. 1b). L'art. 158 CP peut  trouver application lorsque l'acte délictueux a été commis par un  dans l'exercice d'une fonction publique (ATF 113 Ib 175 consid. 7b; NIGGLI/WIPRÄCHTIGER [Hrsg], op. cit., ad art. 158 CP n° 37).
3.1.2 En l'espèce, C. a été nommé le 5 avril 1989 par le Conseil d'Etat du canton P. en tant que professeur ordinaire à la Faculté des sciences, Institut de chimie  (ci-après: ICO) de l'Institution A. Il était chargé de l'enseignement et de la  du groupe de recherche au sein d'un laboratoire, dont il devait gérer le budget. Il ressort des actes de la cause que le budget global de l'ICO était réparti entre les 5-6 professeurs qui y travaillaient. De plus, les fonds provenant du FNS étaient attribués aux professeurs nommément et mis à leur disposition sur un compte de l'Institution A. (cl. 20 pag. 12160004). Il est établi que de 1989 à 1992, C. a obtenu des crédits du FNS pour un montant total de Fr. 2'590'000.-- (Fr. 800'000.-- de 1989 à 1992, Fr. 890'000.-- de 1992 à 1994 et Fr. 900'000.- de 1994 à 1996 [cl. 15 pag. 0900040059: rapport d'activité pour la période ]). Sur le plan administratif, l'accusé a en outre été directeur de l’Institut de chimie organique de l’Institution A. du 1er mars 1995 (cl. 15 pag. 0900040079 à 81) au 31 août 2001 (cl. 15 pag. 0900040047 à 50) et responsable de son unité budgétaire (cl. 15 pag. 0900040280). Ces éléments confirment qu'il était chargé de la gestion d'intérêts patrimoniaux d'un certaine importance (cf. ATF 86 IV 12). Par ailleurs, comme on l'a vu plus haut (supra consid. 2.2.2.2), il disposait d'une indépendance suffisante et jouissait d'un pouvoir de disposition autonome sur les biens qui lui étaient confiés qui se manifestait par la possibilité de conclure des actes juridiques en vertu desquels il utilisait des biens qui lui étaient remis ( [budget], matériel et personnel appartenant à l'Institution A.) (cf. ATF 123 IV 17 consid. 3b, 100 IV 167 consid. 3a).
3.1.3 Pour qu'il y ait gestion déloyale, il ne suffit pas que l'auteur ait été gérant, ni qu'il ait violé une quelconque obligation de nature pécuniaire à l'endroit de la per-
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sonne dont il gère tout ou partie du patrimoine; la définition légale de l'infraction de gestion déloyale exige que l'obligation qu'il a violée soit liée à la gestion confiée (ATF 120 IV 190 consid. 2a; 118 IV 244 consid. 2b; 105 IV 307 consid. 3a; 102 IV 90 consid. 1b; 81 IV 276 consid. 2a; 80 IV 243 consid. 1; STRATENWERTH, op. cit., BT I, § 19 n°11ss).
In casu, l'accusé a signé toute une série de contrats avec l'industrie privée, en sa qualité de Professeur à l'Institution A., Institut de chimie organique, et il a établi les factures sur papier à en-tête de l'institution. Il a ainsi fait naître, sous la raison sociale de son employeur, des engagements qui n'étaient en soi pas  à ce dernier ab initio, mais qui, par la suite, lui ont causé un dommage . En effet, il ressort de l'instruction qu'aucun des contrats en cause, ni les revenus provenant de ceux-ci n'ont été communiqués à l'Institution A., laquelle n'a dès lors pas pu exiger le remboursement des frais occasionnés par l' de ses ressources.
Il convient d'analyser un à un et dans le détail, chacun des contrats signés par C. pendant cette première période durant laquelle il a travaillé pour l'Institution A. et de déterminer dans quelle mesure il a violé son obligation de veiller aux intérêts pécuniaires de son employeur.
3.1.3.1 Pendant la première période durant laquelle il a travaillé pour l'Institution A., l' a conclu les contrats de recherche suivants:
- agreement du 1er juin 1996 (C2) conclu avec la société QQ. pour une durée de deux ans, prévoyant le versement par cette dernière d'un montant de Fr. 20'000.-- pour l'acquisition du matériel de départ et ensuite de Fr. 80'000.-- par an (cl. 18 pag. 0900060117).
- accord de recherche et de développement du 1er novembre 1998 (B1) conclu avec la société GG. pour une durée de trois ans (prolongé tacitement jusqu'au 31 janvier 2003) et prévoyant le versement par cette dernière d'un montant de Fr. 65'000.-- par an (cl. 22 pag. 15010048ss, particulièrement 15010053);
- accord de recherche et de développement du 27 janvier 1997 (A5) conclu avec la société M. pour une durée de deux ans et prévoyant le versement par cette dernière d'un montant de Fr. 360'000.-- par an (cl. 4 pag. 05000023ss, et notamment pag. 05000031);
- accord de recherche et de développement du 25 mars 1999 (A6) conclu avec la société M. pour une durée de deux ans et prévoyant le versement par cette dernière d'un montant de Fr. 360'000.-- par an (cl. 4 pag. 05000038ss);
- contrat de recherche du 5 juillet 1999 (A7) conclu avec la société M. pour une durée de deux ans et prévoyant le versement par cette dernière d'un montant
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forfaitaire de Fr. 360'000. Cet accord a pour objet la consolidation des accords et contrats passés le 27 janvier 1997 (A5), le 1er juillet 1997 (qui concerne  la collaboration entre la société M. et FF.) et le 23 mars 1999 (A6) en un seul contrat (cl. 4 pag. 05000053ss).
C. soutient que lesdits contrats ne sauraient être considérés comme des  du fait que les travaux sur lesquels ils portaient auraient de toute façon été effectués et qu'ils étaient déjà payés par son employeur et le FNS (cl. 21 pag. 13010125). Selon lui, le travail de son laboratoire a été valorisé en ce sens qu'il a été financé une deuxième fois en partie au moins, par le biais des contrats de recherche signés avec les sociétés M. et GG. (cl. 21 pag. 13010125). A l' des débats, il a déclaré qu'aux fins de valorisation, il examinait d'abord si un projet en cours pouvait intéresser l'industrie privée et que, dans l'affirmative, il le présentait à cette dernière. Il a également soutenu que c'est lui qui allait à la recherche de partenaires industriels. Il a en outre reconnu qu'en l'espèce, comme tout était déjà financé, il y a avait ainsi eu un double financement. Il a prétendu qu'il avait utilisé cet argent d'une part pour des participations à des conférences et d'autre part pour son laboratoire à Z., qu'il a conservé jusqu'en 1999, le reste étant destiné à créer une start-up. A ce propos, il a soutenu qu'il avait réservé un laboratoire au Biopôle de U. mais qu'ensuite il avait eu un problème de santé et qu'il avait laissé tomber ce projet (cl. 37 pag. 37910013, 37910014).
Les contrats de recherche prévoient une activité dont les résultats sont destinés à une entreprise privée distincte de l'institution, soit une activité exercée pour le compte d'un tiers par un membre du personnel de l'Université ou une subdivision de cette dernière, mais qui engage l'institution soit par la nature de l'activité, soit par les moyens en personnel et en infrastructure mis à disposition des  par l'Université. Selon les termes de l'expertise établie par le Dr. GGG. le 10 août 2009: "lorsqu'un partenaire industriel conclut un contrat de recherche avec un chercheur universitaire, il part du présupposé que ce dernier est en droit de conclure le contrat, et qu'il respecte les obligations qui découlent de son contrat d'engagement. Aussi le partenaire industriel va-t-il accepter que le budget négocié par le chercheur universitaire, ainsi que les adresses de paiement, soient fixés d'entente avec l'employeur universitaire. Au fil des années, la société M. a commencé à avoir certains doutes. Cela se déduit du fait que dans les contrats conclus ultérieurement apparaît expressément un passage dans lequel le Prof C. confirme qu'il peut disposer librement de ses droits et du résultat de ses recherches, et qu'il n'existe pas de droits d'autrui."
Il ressort en effet des auditions de HHH., DD. et HH., que les partenaires  de l'accusé étaient persuadés que les sommes qu'ils payaient en vertu des contrats qu'ils avaient signés, étaient utilisés pour effectuer la recherche,  pour payer du personnel nécessaire à l'étude en cause (cl. 19
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pag. 12080003; cl. 20 pag. 12130004,12130005, 12140005, 1214009). Il est  établi que les contrats de recherche ne prévoyaient pas d'indemnités en faveur de C. pour son activité au service de l'industrie privée, mais plutôt une  sous la forme de royalties, calculées sur les redevances qu'aurait pu obtenir le partenaire industriel en cas de commercialisation des produits issus des études en cause (cl. 4 pag. 05000031, 05000039, 05000054; cl. 18 pag. 0900060117; cl. 19 pag. 12140005, 1214009 à 12140011; cl. 22 pag. 15010053). On peut dès lors considérer que l'entier du budget prévu par les contrats conclus par C. avec les industries privées correspond à ce que l'Institution A. aurait dû recevoir, de la part de ces dernières, en dédommagement des frais induits par la réalisation des programmes de recherche (personnel et matériel de laboratoire); quant à elle, l'institution assumait de facto les coûts de mise à disposition de  ainsi que d'infrastructure.
Or il ressort du dossier de la cause que l'argent versé par les partenaires  n'a pas été utilisé pour couvrir les frais des projets de recherche  au budget établi, mais il a été encaissé sur des comptes bancaires dont C. et la Fondation F. étaient titulaires.
3.1.3.2 Durant cette même période, l'accusé a conclu divers contrats de consultance avec ses partenaires industriels. Pour les accords en question (A1 à A4), aucun dommage n'a été allégué. En effet, il s'agit d'une activité extérieure personnelle n'entraînant en principe aucun frais pour l'Institution A.
3.1.3.3 Enfin, pendant cette première période où il a travaillé en qualité de chercheur de l'Institution A., C. a encaissé des indemnités versées par ses partenaires  en raison de l'exécution de prestations ponctuelles, facturées ensuite à ces derniers.
En ce qui concerne la purification de peptides facturée le 13 novembre 1995 à hauteur de Fr. 10'717.-- à la société M., C. affirme que cette activité a été  dans le cadre de sa recherche financée par le FNS. Il prétend avoir voulu valoriser cette recherche en offrant des résultats potentiels à la société M. et avoir ainsi obtenu, en plus de l'argent du Fond national et pour le même travail effectué dans son laboratoire, une somme de Fr. 10'717.-- qu'il a utilisée pour des dépenses scientifiques qu'il aurait dû autrement supporter avec son budget de laboratoire (cl. 21 pag. 13010075). Lors de son audition du 24 janvier 2006 devant la PJF, C. a admis que ce travail avait été effectué par son épouse au sein du laboratoire de l'Institution A. et avec les ressources de l'institution (cl. 21 pag. 13010076; cl. 37 pag. 37910017).
Il en va de même de la formation pratique et théorique du post-doctorant  EEE. facturée le 18 septembre 1996 par C. à la société CCC. pour un montant de Fr. 39'216.-- (cl. 6 pag. 0500000764). En effet l'activité en cause a eu
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lieu au sein du laboratoire dirigé par C. grâce aux infrastructures de l'Institution A. (cl. 15 pag. 0900040352, 0900040353; cl. 20 pag. 1200200017, 1200200018).
Au vu de ce qui précède, il appert que les budgets établis pour déterminer la  financière des partenaires industriels de l'Institution A. à la réalisation des programmes de recherche correspondent à une grande partie des coûts  par les études en question. Le comportement répréhensible de C. ne réside pas dans le fait d'avoir signé les contrats précités mais dans l'inexécution de ses obligations relatives au remboursement des frais causés à l'Institution A. De même, il est constant que l'accusé était en droit de fournir des prestations  ponctuelles à des industries privées, au moyen des infrastructures et du matériel de l'Institution A., mais il était toutefois tenu d'annoncer lesdites  à son employeur pour que ce dernier puisse exiger le remboursement des frais entraînés par l'exécution des mandats.
Par ses agissements, C. a violé l'obligation de gestion qui lui incombait en sa qualité de professeur ordinaire de ladite institution. Il convient de préciser que la Cour considère que chaque fois qu'il a conclu un nouvel accord avec ses  industriels, l'accusé a pris une décision coupable. En effet, à chacune de ces occasions, il a renoncé à informer l'Institution A. du contrat en question et l'a ainsi empêchée d'exiger un dédommagement. C. a eu, à de réitérées reprises, des comportements relevant de la gestion déloyale au sens de l'art. 158 CP.
3.1.4 Pour que l'infraction visée par l'art. 158 CP soit réalisée, il faut également qu'un préjudice patrimonial en soit résulté pour la victime (ATF 120 IV 190 consid. 2a; STRATENWERTH, op. cit., BT I, § 19 n°15ss, TRECHSEL, op. cit., ad art. 158 CP n°12), à savoir une véritable lésion du patrimoine, soit une diminution de l'actif, soit une augmentation du passif, mais aussi une non-augmentation de l'actif ou une non-diminution du passif, ou encore une mise en danger de celui-ci telle qu'elle a pour effet d'en diminuer la valeur d'un point de vue économique (ATF 121 IV 104 consid. 2c et les références citées).
En l'espèce, le dommage patrimonial résulte de la non rétrocession à l'Institution A. des sommes encaissées par C. pour l'utilisation, au profit de l'industrie privée, des ressources de cette institution dans le cadre de projets de recherche pour lesquels l'accusé avait engagé son employeur, ainsi que de l'utilisation du  et du personnel de l'institution pour fournir aux partenaires industriels, des prestations ponctuelles, sans que l'Institution A. ne soit remboursée pour ses frais.
3.1.5 L'infraction prévue et punie par l'art. 158 CP est une infraction intentionnelle, mais le dol éventuel suffit (ATF 120 IV 190 consid. 2a; 105 IV 189 consid. 1b; 86 IV 12 consid. 5 et 6; STRATENWERTH, op. cit., BT I, § 19 n°18; TRECHSEL, op. cit., ad art. 158 CP n°14). Il y a dol éventuel lorsque l'auteur envisage le résultat
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dommageable, mais agit néanmoins, même s'il ne le souhaite pas, parce qu'il s'en accommode pour le cas où il se produirait (ATF 199 IV 1 consid. 4b et les arrêts cités). En matière de gestion déloyale cependant, il faut exiger que le dol éventuel soit nettement et strictement caractérisé vu l'imprécision des éléments objectifs de cette infraction (ATF 120 IV 190 consid. 2a; 86 IV 12 consid. 6).
3.1.5.1 C. conteste avoir lésé les intérêts de son employeur, avoir eu l'intention de s' ou encore avoir voulu cacher quelque chose (cl. 21 pag. 13010131, 1300010339). Il estime au contraire avoir "valorisé" la recherche au bénéfice de l'Institution A. (cl. 21 pag. 13010125 et 126, 13010203, 13010259ss: bilan  de la recherche par l'industrie établi par l'accusé en annexe de son  du 26.07.2006 devant le MPC, 1300010336). Selon lui, les recherches  de toute façon été effectuées au sein de son laboratoire avec les  normalement à disposition (Institution A. ou FNS) et il a obtenu de l'industrie privée, en plus de ces ressources, des fonds supplémentaires (cl. 21 pag. 13010126; pag. 13010073: ["J'estime ne jamais avoir reçu un mandat de l'industrie. Je n'ai fait que valoriser notre travail. Avec ou sans apport financier de l'industrie, notre travail serait resté le même. Il s'agissait du même projet  la partie scientifique]). S'agissant de l'obligation d'informer son employeur de ses collaborations avec le secteur privé, l'accusé soutient que d'une manière générale, il était pris par ses recherches et leur valorisation et qu'il ne voyait pas de raison de se renseigner sur les règles administratives en vigueur. En outre, il estimait que les négociations faites à son arrivée avec le rectorat primaient sur cette obligation d'annoncer (cl. 21 pag. 13010074).
3.1.5.2 Or il ressort des actes de la cause que C. a reconnu qu’il ne s’était pas comporté conformément aux règles en vigueur à l’Institution A. en avançant pour  de ses comportements le fait qu’il avait obtenu du rectorat, lors de son  à l’Université, des conditions particulières lui permettant de passer des contrats avec l’industrie privée en toute liberté (cl. 37 pag. 37910013; cl. 21 pag. 13010073). Ces conditions particulières, qui n’auraient jamais été formulées qu’oralement (cl. 21 pag. 13010073) n’ont pas été confirmées par les  universitaires de l’époque (cl. 20 pag. 12220004; 12330012). Il n’y a donc pas lieu de penser que l’accusé s’est cru au bénéfice de conditions particulières et qu’il aurait pu faire erreur quant aux obligations qui étaient les siennes face à l’Institution A. Toutefois, l’invocation de conditions particulières par C. indique qu’il savait, dès son entrée en fonction à l’Institution A., que des règles en  à l’Université faisaient certaines obligations aux professeurs concluant des mandats privés et qu’elles étaient suffisamment contraignantes pour qu’il eût valu la peine d’obtenir des dérogations. Même s’il n’avait alors connu ces directives que de façon superficielle, l'accusé devait à tout le moins savoir et comprendre, puisqu’il s’agit là de règles simples et frappées au coin du bon sens, que les pro-
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fesseurs concluant des mandats privés devaient indemniser l’Institution A. pour les frais résultant de ces mandats. C. a en outre reconnu qu’à l’Institution A. il avait eu "deux fois un contact avec un responsable de l’Université en charge des relations industrielles" et qu’il s’était "renseigné auprès de lui quant aux règles en vigueur pour les contrats avec l’industrie privée" (cl. 21 pag. 13010035). L'accusé a enfin assumé des responsabilités administratives accrues dès le 1er mars 1995, date à laquelle il a été nommé directeur de son Institut.
Ainsi donc, si l'accusé s’était cru dans son bon droit en encaissant sur ses  ou ceux de sa fondation les profits des contrats passés avec l’industrie , il n’aurait pas eu besoin de tenir l’administration universitaire dans l’ignorance des contrats passés par lui et des frais qui en ont résulté pour l’Institution A., de façon à ce que cette dernière ne puisse exiger d’indemnité pour ces frais. C’est en particulier lorsqu’il a rencontré, à deux reprises, des  de l’Institution A. en charge des relations industrielles, que C. s’est bien  de saisir l’occasion pour informer ceux-ci des contrats passés avec la société M., invoquant pour simple justification de ce silence, le fait que les réponses qu'il avait reçues de ces responsables lui avaient fourni la confirmation que les  industrielles étaient dans l'intérêt de l'institution (cl. 21 pag. 13010036). En se gardant ainsi sciemment de faire savoir à l’Institution A. qu’il avait accepté des mandats de recherche privés, l'accusé a pris le risque de placer l’institution dans l'impossibilité de revendiquer le remboursement des frais occasionnés par la  de ces mandats et donc de causer un enrichissement illégitime de ses propres comptes en banque ou de ceux de la Fondation F. Le caractère illégitime de cet enrichissement n’a pas pu échapper à l'accusé qui, à l’appui des contrats qu’il passait notamment avec la société M., établissait lui-même des budgets  être assumés par ses clients dans lesquels il calculait les coûts prévisibles, notamment en personnel, résultant de la réalisation des mandats. Sachant que les sommes qu’il encaissait correspondaient à une part des coûts de réalisation des recherches qu’il effectuait à l’Institution A. pour ses clients et que ces coûts étaient supportés dans un premier temps par les fonds de l’institution, C. ne  pas ne pas comprendre qu’il s’enrichissait illégitimement en conservant pour lui-même ou pour la Fondation F. l’argent perçu auprès de ses clients privés, auxquels il faisait d’ailleurs croire qu’ils assumaient une partie desdits frais (cl. 19 pag. 12080003; cl. 20 pag. 12130004,12130005, 12140005, 12140009).
Les justifications diverses données par l'accusé pour tenter d’expliquer pourquoi il n’avait pas respecté cette règle sont d’autant moins convaincantes qu’elles sont peu compatibles entre elles. En effet, parmi les explications données à ses , en particulier celui d’encaisser, sans partage avec l’Université, le fruit de ses mandats privés, C. a affirmé, à diverses occasions qu’il entendait faire de la valorisation, soit vendre à l’industrie privée des projets susceptibles de
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l’intéresser et déjà payés par le FNS ou l’Université (cl. 21 pag. 13010076; 13010078), qu’il voulait mettre de l’argent de côté pour pouvoir ensuite  ses activités de recherche après l’âge de la retraite en qualité de post-doc (cl. 21 pag. 13010008, 13010058 et 13010121), ou pour fonder une start-up (cl. 21 pag. 13010097), ou encore qu’il avait utilisé une partie de cet argent pour prendre part à des conférences (cl. 37 pag. 37910014). Ces explications, peu compatibles entre elles, ne sont pas crédibles, et ne sont guère corroborées par la réalité des dépenses ayant été effectuées par l'accusé. En effet, l’argent qu'il a encaissé a notamment servi à payer des factures privées (cl 37. pag. 37910016) et à payer une partie de l’appartement que son épouse et lui occupaient à titre privé (cl. 37 pag. 37910019). Quant aux dépenses en relation avec la recherche, elles sont difficilement démontrables dans la mesure où elles auraient été  en grande partie avec de l’argent liquide (cl. 21 pag. 13010103) ou elles ne sont que très vaguement mises en relation directe avec une activité ayant trait à la recherche (cl. 21 pag. 13010104ss). Ainsi, les agissements de C. se sont  contraires à son idéal déclaré, soit "la recherche fondamentale et la  de celle-ci" au profit de son établissement (cl. 21 pag. 13010097). La Cour constate que l'accusé a multiplié les justifications les plus diverses, qu’il a  le flou artistique et l’ambiguïté dans ses réponses aux questions posées  l’enquête en jouant notamment sur les divers sens qu’on peut donner au terme "valorisation" et qu’il a principalement cherché à donner de lui l’image d’un bienfaiteur désintéressé, désireux d'œuvrer en faveur d'institutions ayant des  humanitaires, et mal compris de sa hiérarchie universitaire (cl. 20 pag. 12120038; cl. 21 pag. 1300010346). Si les diverses explications de C. n’ont pas emporté la conviction de la Cour, elles lui ont à tout le moins permis de  qu'il comprenait pleinement que les règles en vigueur à l’Institution A. ou à tout le moins ce qu’il en savait n’étaient pas de nature à justifier ses , dont certains se sont révélés au contraire incompatibles avec celles-là.
Ainsi, depuis son embauche à l’Institution A., l'accusé devait savoir qu’il lui  de dédommager l’institution pour l’accomplissement des mandats  des frais à celle-ci. La règle est d’autant plus facile à assimiler et  qu’elle est simple et n’a rien de contre-intuitif. D’ailleurs C. n’a jamais  qu’il ne connaissait ou n’avait pas saisi cette norme au moment des faits qui lui sont reprochés. Quant à l’affirmation selon laquelle il serait impossible aux professeurs de se tenir à jour au sujet des changements administratifs qui leur sont communiqués (cl 21 pag. 13010074), elle est trop forfaitaire pour donner à croire que l'accusé aurait manqué des informations spécifiques qui l’auraient convaincu d’adopter un autre comportement que celui qui lui est reproché. Même à penser, à l’instar de l'accusé, qu’il s’est trouvé fort occupé par ses recherches et leur valorisation (cl. 21 pag. 13010074), la Cour considère qu'il n'était pas justi-
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fié pour autant à se désintéresser des règles en vigueur dans l’institution qui l’emploie et qui l'a nommé directeur d'Institut en 1995.
3.1.5.3 En conclusion, il appert que l'accusé savait qu'il accomplissait, en violation de ses obligations contractuelles envers son employeur, des actes de nature à  atteinte aux intérêts pécuniaires de celui-ci, sur lesquels il avait le devoir de veiller. Il a agi dans un dessein de lucre, opérant avec une totale désinvolture et au mépris de ses obligations de chercheur et de professeur. L'intention sera dès lors retenue à son égard, à tout le moins le dol éventuel.
3.1.6 Constitue une circonstance aggravante le fait pour l'auteur d'avoir agi dans le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un enrichissement illégitime (art. 158 ch. 1 al. 3 CP).
3.1.6.1 Selon la doctrine, le dessein est ce que l'auteur avait en vue; déterminer le  est une question de fait (CORBOZ, op. cit. p. 226 n°13). Par enrichissement, il faut entendre tout avantage économique (Corboz, op. cit., p. 226 n°14ss et  citées). L'enrichissement est le contraire de l'appauvrissement; la  a d'ailleurs relevé que l'enrichissement de l'auteur et l'appauvrissement de la victime sont normalement l'envers et l'avers de la même médaille (ATF 119 IV 210 consid. 4b). En parlant d'enrichissement, on songe tout d'abord à une amélioration de la situation patrimoniale, c'est-à-dire (à l'inverse d'un dommage) d'une augmentation de l'actif, d'une diminution du passif, d'une non-diminution de l'actif ou d'une non-augmentation du passif (cf. ATF 121 IV 104 consid. 2c). L' réside ordinairement dans la valeur du bien obtenu, ou encore dans sa valeur d'aliénation ou d'usage. Mais la notion est large: tout avantage  suffit. Ainsi il y a enrichissement si l'auteur échappe à un risque  concret, s'il peut utiliser une chose sans bourse délier (CORBOZ, op. cit., p. 226 n°14ss) ou encore s'il peut tirer profit d'une chose sans valeur (ATF 111 IV 74 consid. 1). L'enrichissement peut être seulement provisoire ou temporaire (ATF 118 IV 27 consid. 3a). L'auteur doit vouloir son enrichissement ou de celui d'un tiers ou s'accommoder, même s'il n'est pas sûr que cet enrichissement  (CORBOZ, op. cit., p. 226 n°14ss). Il faut encore que l'enrichissement puisse être qualifié d'illégitime. Selon la jurisprudence, l'enrichissement n'est pas illégitime si l'auteur y a droit (ou croit qu'il y a droit en raison d'une erreur de fait) (cf. ATF 105 IV 29; CORBOZ, op. cit., p. 226 n°14ss). Si l'auteur n'est pas  convaincu de son droit, mais agit néanmoins en acceptant l'éventualité d'un enrichissement illégitime, le dessein doit être retenu sous la forme du dol éventuel (ATF 105 IV 29 consid. 3a).
3.1.6.2 En l'espèce, l'accusé nie tout dessein d'enrichissement illégitime. Il fait valoir que son but était de favoriser et valoriser la recherche fondamentale au profit des  pour lesquelles il travaillait (cl. 21 pag. 13010097). Or il apparaît claire-
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ment qu'ayant fourni contre rétribution des travaux de recherche à certaines , ainsi que d'autres prestations en relation avec son domaine professionnel, C. n'a pas utilisé l'argent versé par les partenaires industriels pour couvrir tout ou partie des frais induits par l'exécution des mandats en cause comme le  les budgets, mais qu'il l'a fait verser sur des comptes bancaires dont il est titulaire, respectivement la Fondation F.
Il convient d'examiner en détails sur quels comptes ont été versés les montants en cause et quelle a été ensuite leur affectation.
A.1) Les fonds provenant des contrats de recherche avec la société M. (A5, A6, A7) ont été versés du 27 mars 1997 au 27 juillet 2000 à hauteur de Fr. 635'000.-- sur le compte privé n° 8 de C. auprès de la banque III. (cl. 6 pag. 05000171, 269; cl. 12 pag. 08050007ss, cl. 21 pag. 13010103) ouvert le 6 janvier 1997 (cl. 12 pag. 08050005) et sur lequel son épouse K. avait une procuration individuelle depuis le 1er juillet 1997 (cl. 12 pag. 08050010). Ce compte a été débité pour de nombreuses dépenses privées de l’accusé, dont:
Amortissement d’une dette hypothécaire (cl. 4 pag. 05000237; cl. 21 pag. 13010104): Fr. 30'000.-- le 9 mai 1997 (cl. 12 pag. 08050052); Fr. 25'000.-- le 11 novembre 1997 (cl. 12 pag. 08050069). Transferts au crédit des comptes de K. (cl. 21 pag. 13010103, voir également  C ci-dessous); de Fr. 40'000.-- le 17 juin 1997 (cl. 12 pag. 08050056); de Fr. 41'000.-- le 8 août 1997 (cl. 12 pag. 08050063, voir également lettre C ) de Fr. 29'000.-- le 3 février 1998 (cl. 12 pag. 08050076). Virement le 31 janvier 2000 de Fr. 320'000.-- sur le compte privé n°1 que C. a ouvert, en date du 20 janvier 2000, auprès de la banque Q., à Genève, et dont son épouse est ayant droit économique (cl. 11 pag. 08030009ss, 08030018 [ par K., le 20 janvier 2000, du formulaire A au sens des art. 3 et 4 CDB]; cl. 12 pag. 08050126; cl. 21 pag. 13010031). Virement le 29 mars 2000 de Fr. 50'000.-- au crédit de l’étude de Me H., à Zoug, pour les frais de constitution de la Fondation F. (cl. 8 pag. 08010914; cl. 21 pag. 1301103). Virement le 26 septembre 1997 de Fr. 17'900.-- en faveur de l’agence de voyage JJJ. pour des vacances de C. à Hawaï en septembre 1997 (cl. 4 pag. 05000260 à 63; cl. 12 pag. 08050066; cl. 21 pag. 13010180). Virement le 22 juillet 1998 de Fr. 6'753.-- en faveur de l’agence de voyage JJJ. pour des vacances de C. aux Iles Canaries (cl. 12 pag. 08050087; cl. 21 pag. 13010180). Paiements d’impôts le 28 juin 1997 Fr. 2'079.-- (cl. 12 pag. 08050058); le 2  1997 Fr. 1'117.50 (cl. 12 pag. 08050071); le 10 décembre 1997
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Fr. 1'117.50 (cl. 12 pag. 08050073); le 28 février 1998 Fr. 6'093.75 (cl. 12 pag. 08050078); le 30 mars 1998 Fr. 10'753.95 (cl. 12 pag. 08050081). Remboursements de la carte Visa de l'accusé le 2 décembre 1997 Fr. 4'932.15 (cl. 12 pag. 08050071); le 28 février 1998 Fr. 727.65 (cl. 12 pag. 08050078); le 30 juin 1999 Fr. 8'974.90 (cl. 12 pag. 08050107). Paiements de gérances immobilières le 30 mars 1998 Fr. 1'203.05 (cl. 12 pag. 08050081); le 21 octobre 1998 Fr. 121.50 (cl. 12 pag. 08050092); le 30 juin 1999 Fr. 2'290.05 (cl. 12 pag. 08050107). Paiements d’assurances le 1er juillet 1997 Fr. 769.80 (cl. 12 pag. 08050060); le 2 décembre 1997 Fr. 490.50 (cl. 12 pag. 08050071); le 10 décembre 1997 Fr. 270.60 (cl. 12 pag. 08050073); le 30 mars 1998 Fr. 535.20 (cl. 12 pag. 08050081); le 22 juillet 1998 Fr. 1'649.40 (cl. 12 pag. 08050087). Paiement du service de ses automobiles: le 2 décembre 1997 Fr. 65.-- (cl. 12 pag. 08050071). Paiement à l'entreprise KKK.: le 3 août 1998 Fr. 6'500.-- (cl. 12 pag. 08050089). Prélèvements privés le 29 juin 2000 Fr. 51'000.-- (cl. 12 pag. 08050136); le 18 décembre 2000 Fr. 15'944.-- (cl. 12 pag. 08050138).
Il sied de préciser que des crédits ne provenant pas de la société M. ont  été enregistrés sur ce compte.
A.2) Les fonds provenant des contrats de consultance avec la société M.,  du contrat cadre de collaboration du 12 décembre 1995 (supra A1 à A4 et A12) ont été versés du 22 janvier 1996 au 25 mars 2005 à hauteur de Fr. 382'500.-- sur le compte privé n° 9 de C. auprès de la banque R. (cl. 4 pag. 0500269; cl. 21 pag. 13010102), ouvert le 26 septembre 1989 (cl. 7 pag. 08010067) et sur lequel son ex épouse AA. bénéficiait d'une procuration  depuis le 28 août 1993 (cl. 7 pag. 08010065).
B) Les fonds provenant de l’activité de recherche effectuée du 1er novembre 1998 au 31 janvier 2003 en faveur de la société GG. (supra B1) ont été versés du 27 mars 1997 au 27 juillet 2000 à hauteur de Fr. 248'534.-- sur le compte privé n° 10 de C. intitulé "Prof. C./Institution A." auprès de la banque III. (cl. 4 pag. 05000173; cl. 12 pag. 08050018, 08050148, 150, 154, 156, 158, 160, 162, 164) ouvert le 6 novembre 1998. Ces fonds ont notamment été utilisés pour les dépenses suivantes:
Prélèvements cash pour un montant total de Fr. 107'305.-- (Fr. 14'000.-- le 29 juin 2000 [cl. 12 pag. 08050159], Fr. 44'805.-- le 18 décembre 2000 [cl. 12 pag. 08050163], Fr. 16'000.-- le 1er mars 2001 [cl. 12 pag. 08050165], Fr. 16'500.-- le 17 avril 2001 [cl. 12 pag. 08050172], Fr. 16'000.-- le 28 juin 2001 [cl. 12 pag. 08050175].
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Transfert de Fr. 30'000.-- en date du 28 mars 2000 sur le compte n° 8 de la  III. (cl. 12 pag. 08050157).
Transfert de Fr. 59'584.-- en faveur de la Fondation F. en date du 19 février 2002 (cl. 12 pag. 08050178).
C) En ce qui concerne la collaboration avec les sociétés QQ./RR., les fonds  du contrat C1 ont été versés sur le compte privé n° 24 de C. auprès de la banque R. (anc. LLL.). L’utilisation n’en est pas établie. Les fonds provenant du contrat de recherche C2 ont été versés du 4 septembre 1996 au 2 septembre 1998 à hauteur de Fr. 180'000.-- (Fr. 60'000.-- en date du 4 septembre 1996 [cl. 6 pag. 0500000763], Fr. 40'000.-- en date du 13.05.1997 [cl. 6 pag. 0500000770], Fr. 40'000.-- en date du 2 juillet 1997 [cl. 6 pag. 0500000772], et Fr. 40'000.-- en date du 2 septembre 1998 [cl. 6 pag. 0500000774]) sur le compte privé n° 16 de l’accusé auprès de la banque R. (anc. LLL.) (rubr. nat. fonds 2.164/0.83 [cl. 19 pag. 1000040034ss]). Ces fonds ont été utilisés  pour les dépenses suivantes:
Versement de Fr. 60'000.-- en date du 20 septembre 1996 sur le compte n° 11 de K. (cl. 6 pag. 0500000766; cl. 8 pag. 08010668) dans le cadre de l'acquisition d'un appartement à XX.
Versement de Fr. 40'000.-- en date du 13 juin 1997 sur le compte n° 8 de C.  de la banque III. (cl. 6 pag. 0500000771), puis transfert de ce montant le 17 juin 1997 (voir également lettre A ci-dessus puisqu'il s'agit du même versement), sur le compte n° 12 de K. auprès de la banque MMM. (cl. 12 pag. 08050056 et 61; cl. 21 pag. 010103), puis transfert de ce montant, le 19 juin 1997, sur le compte n° 11 de K. auprès de la banque R., dans le cadre du remboursement d'un crédit hypothécaire (cl. 8 pag. 08010681 et 2; cl. 19 pag. 1000040034ss).
Versement de Fr. 20'000.-- sur le compte n° 8 de C. auprès de la banque III., puis versement de Fr. 41'000.-- de la part de l'accusé en date du 8 août 1997 (voir également lettre A ci-dessus puisqu'il s'agit du même versement) de ce compte auprès de la banque III. sur le compte n° 13 de K. auprès de la banque R. (cl. 8 pag. 08010574; cl. 12 pag. 08050007 et 63).
Versement de Fr. 20'000.-- en date du 25 juillet 1997, en faveur de C. sur le compte n° 14 (Konto C. et AA.) auprès de la banque R. (anc. LLL.), placé en  (cl. 6 pag. 0500000773, cl. 7 pag. 08010521 et 529; cl. 19 pag. 1000040034).
Versement de Fr. 40'527.85 en date du 15 septembre 1998 sur le compte n° 13 de K. auprès de la banque R. (cl. 6 pag. 0500000775; cl. 7 pag. 08010034).
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D) En ce qui concerne l’activité de purification de peptides, facturée Fr. 10'717.-- le 13 novembre 1995 à la société M., ce montant a été encaissé, le 19 janvier 1996, sur le compte n° 9 de C. auprès de la banque R. (cl. 21 pag. 13010086), lequel l’a versé à K. le 13 février 1996 sur son compte n° 11 auprès de la banque R. (cl. 10 pag. 0800011435). Cette dernière a déclaré ne pas se souvenir d’avoir reversé ce montant à l’Institution A. pour le matériel et l’utilisation des locaux concernant cette activité. En fait, ces Fr. 10'717.-- ont été utilisés par K. le 29  1996 lors de l’acquisition d’un bien immobilier à XX. (cl. 10 pag. 0800011435).
E) Enfin, s’agissant de l’enseignement/formation en relation avec le  dénommé EEE., le montant de Fr. 39'216.-- versé le 17 septembre 1996 par la société CCC. sur le compte privé n° 16 de l’accusé auprès de la  R. (anc. LLL.), rubr. nat. fonds 2.164/0.83 (cl. 6 pag. 0500000764) a été transféré le 1er octobre 1996 sur le compte n° 12 de K. auprès de la banque MMM. (anc. NNN.) à hauteur de Fr. 39'000.-- (cl. 6 pag. 0500000767).
Au vu de ce qui précède, force est de constater que l'accusé a utilisé les fonds provenant des partenaires industriels pour de multiples dépenses de nature . Il a en particulier versé des sommes importantes en faveur de son épouse K. que celle-ci a notamment pu investir dans l'acquisition d'un bien immobilier à XX. (cl. 21 pag. 1300010356). En outre, il a désigné cette dernière comme ayant droit économique de son compte privé n°1 auprès de la banque Q., compte sur lequel il a fait verser un montant de Fr. 320'000.--, provenant de l'industrie privée (supra lettre A.1; cl. 21 pag. 1300010355).
3.1.6.3 L'accusé soutient qu'une partie importante des fonds provenant des contrats en cause était utilisée pour des dépenses professionnelles, qu'il payait  et que ces coûts se sont élevés à Fr. 550'000.-- au total (Fr. 50'000.-- par an en cash pendant 11 ans), si l'on tient compte de toute la durée de son  auprès de l'Institution A./Institution B. (cl. 21 pag. 13010128, pag. 13010178). Selon ses dires, il s'agirait par exemple de tous ses trajets vers le laboratoire de Z., de ses déplacements à des conférences, de l'argent cash qu'il donnait à ses collaborateurs pour de petits déplacements, de cotisations à des associations et d'acquisitions de livres (cl. 21 pag. 13010128). Ces  ne sont étayées par aucun élément probant. En particulier, C. a admis ne plus être en possession des factures justifiant ces dépenses (cl. 21 pag. 13010128). L'accusé fait également valoir qu'il a utilisé sa carte de crédit privée Visa Gold n°17, liée à son compte n° 18 auprès de la banque R., pour des dépenses professionnelles. Or il ressort des actes de la cause que, durant la  se situant entre le 1er janvier 1995 et le 14 mars 2006, les dépenses  avec ladite carte se sont élevées à Fr. 269'563.--. Le détail de ces frais a
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fait l'objet d'une liste de la part de la PJF et elle permet de constater que même si une partie des dépenses a un caractère professionnel, la majorité de celles-ci a une affectation privée (cl. 5 pag. 05000316ss; cl. 21 pag. 13010102; cl. 37 pag. 37910033).
Interrogé sur ce point durant l'instruction, l'accusé n'a par ailleurs pas pu  de façon claire en ce qui concerne les retraits en cash et l'utilisation de sa carte de crédit privée (cl. 21 pag. 13010102; cl. 37 pag. 37910033). Or s'agissant de dépenses opposées en compensation, il appartient à celui qui s'en prévaut de les établir (art. 8 du Code civil suisse [CCS; RS.210], ce que C. n'a pas été en mesure de faire en l'espèce puisqu'il s'est limité à évoquer sa participation aux frais liés à la recherche sans fournir ni chiffres précis ni justificatifs à l'appui de ses propos (cl. 21 pag. 13010128, 13010178 et 179).
3.1.6.4 S'agissant de son compte n° 8 auprès de la banque III., sur lequel il a fait verser les revenus liés aux contrats signés avec la société M. les 27 janvier 1997, 25 mars et 5 juillet 1999 (A5, A6 et A7), et qui a été débité pour diverses dépenses privées (supra consid. 3.1.6.2 lettre A), l'accusé a expliqué qu'il avait considéré lesdits fonds comme la somme qui lui était due pour le consulting et pour le  de valorisation qu'il avait effectué en faveur de l'Institution A. En effet, selon lui, il avait droit à des honoraires à prélever sur les sommes versées par les  industriels dans le cadre des contrats de service et de recherche 'il lui était loisible de travailler à raison de 20% de son temps pour des contrats extérieurs. ce qui équivaudrait à un supplément de salaire de 20% (cl. 21 pag. 13010079; pag. 13010103; cl. 37 pag. 37910016). Il estimait qu'il pouvait faire ce qu'il voulait de cet argent (cl. 21 pag. 13010103).
Cette argumentation ne saurait être suivie. En effet, il résulte des actes de la cause qu'aucune disposition légale ne justifie un éventuel droit de C. au  d'honoraires. S'agissant en particulier des 20% de son temps de travail qu'il aurait eu le droit d'utiliser pour des contrats extérieurs, aucune disposition de la LUL ou règlement de l'Institution A. ne le prévoit. Au demeurant, il sied de  qu'il ne s'agit pas en l'espèce d'une activité externe personnelle mais de  de recherche conduits au sein de l'Institution A. grâce aux ressources de l'institution (matériel et personnel).
3.1.6.5 Pour ce qui a trait aux versements en faveur de son épouse K. pour la période de 1996 à 1998 (supra consid. 3.1.6.2 lettre C: transfert des fonds provenant des sociétés QQ./RR. à hauteur de Fr.160'000.-- en faveur de K.), l'accusé a soutenu lors de son audition du 26 janvier 2006 devant la PJF, qu'il s'agissait pour moitié d'un dédommagement pour le travail que cette dernière avait effectué pour son compte en plus de son cahier des charges, et pour l'autre moitié d'un versement
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à titre privé dans le but de constituer une réserve en prévision de la création d'une start-up à son nom (cl. 21 pag. 1301103, 13010127). Le 3 octobre 2007, il a précisé devant le JIF qu'à partir de 1996, son épouse avait dû en effet le  plusieurs fois au pied levé pour des conférences par exemple, lors de ses incapacités de travail dues à ses problèmes de santé (vertiges positionnels) (cl. 21 pag. 1300010357). S'agissant de l'intention de créer une start-up, il a  le 9 février 2006 devant la PJF, qu'il avait œuvré dès 1993 à la réalisation de ce projet (cl. 21 pag. 13010119 et 210). Par ailleurs en ce qui concerne l’activité de purification des peptides, facturée Fr. 10'717.-- le 13 novembre 1995 à la société M., montant qui a ensuite été reversé à K., l'accusé a déclaré:"C'est un travail qu'elle a accompli le week-end en raison de la haute toxicité des  impliqués (peptido-mimétique). C'était une purification de substance faite au profit d'un scientifique qui travaillait pour la société M. et qui allait assumer les tests biologiques pour nous. Je précise que K. est spécialisée dans cette  de purification. Le montant de Fr. 10'717.-- correspond au montant qui m'a été payé par la société M. pour ce travail-là". L'accusé a également précisé qu'il s'agissait d'un travail lié marginalement à l'activité du laboratoire qui ne rentrait dans aucun programme de recherche précis, et qui n'était pas prévu par le cahier des charges de l'intéressée, même si cela pouvait être considéré comme une . Il a également affirmé que dans la mesure où ce travail avait pris quatre week-ends, il estimait que K. devait être dédommagée (cl. 21 pag. 13010255).
Les allégations de l'accusé ne résistent pas à l'examen. En effet, il n'est pas prouvé que les diverses prestations susmentionnées aient été fournies par l' hors de ses heures de travail et de son cahier des charges. On doit donc considérer que les travaux effectués par K. étaient déjà rémunérés par son  ordinaire de maître d’enseignement et de recherche (MER) à l'Institution A. Par ailleurs, il ressort des actes de la cause que cet argent a été utilisé par l' pour financer l'acquisition de son logement à XX. (cl. 19 pag. 1200010023ss, 1200010028; cl. 37 pag. 37910019). Or de l'aveu même de l'accusé la vente de cet appartement a ensuite servi à financer partiellement l' du terrain pour la construction de la villa des époux BB. à V. (cl. 19 pag. 1000040004; 37 pag. 37910020). Lors de son audition du 20 juin 2007  le JIF, K. a du reste admis que c'était l'accusé qui s'était occupé des  relatives à l'acquisition de son logement à XX. (cl. 19 pag. 1200010028). Il apparaît donc à la Cour que C., sous un prétexte lié à la recherche, a en réalité investi un montant important dans le bien immobilier de son épouse, pour pouvoir ensuite en profiter lors de l'achat de leur villa commune.
3.1.7 Sur le vu de ce qui précède, il est manifeste que C. considérait les contrats en cause et les revenus en découlant comme une affaire purement personnelle et qu'il entendait pouvoir disposer desdits fonds tout à fait librement. Pour ce faire, il
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a fait verser l'argent sur ses comptes bancaires privés. Par ailleurs, il convient de préciser que lors de son audition du 20 juin 2007 devant le JIF, l'accusé a admis qu'il n'avait pas déclaré les versements provenant des sociétés M. et GG. au fisc. Pris en défaut par ledit magistrat, il a reconnu que dans la mesure où il  qu'il s'agissait de son argent, il aurait dû le déclarer au fisc, comme il l'avait fait pour les revenus issus du consulting (cl. 21 pag. 1300010340). En date du 3 octobre 2007 toujours devant le JIF, C. a soutenu que du fait qu'il avait utilisé cet argent pour la recherche, il n'était pas tenu de le déclarer au fisc. Puis il a admis qu'il avait également utilisé ces fonds à des fins privées (cl. 21 pag. 13000100357).
Il ressort de l'ensemble de ces circonstances que l'accusé avait pour dessein de se procurer un avantage auquel il n'avait pas droit et qu'il a obtenu en violation des règles en vigueur, cela au détriment des intérêts pécuniaires de son  qu'il avait pour mission de défendre. Des considérations qui précèdent, il découle que C. s'est rendu coupable d'infractions répétées de gestion déloyale au sens de l'art. 158 ch. 1 al. 3 CP.
3.2 Deuxième période durant laquelle l'accusé a travaillé pour l'Institution A. et volet Institution B.:
Durant cette période, C. n'a pas toujours joui d'un pouvoir de disposition  sur les biens qui lui étaient confiés car il n'était plus systématiquement  à conclure, seul, des contrats avec l'industrie privée (supra consid. 2.2.2.2). Ses agissements doivent ainsi être analysés sous l'angle de l'art. 158 ch. 2 CP. En effet, de par sa fonction de professeur auprès de l'Institution A.,  de l'Institution B., l'accusé avait un pouvoir de représentation bien délimité au sens de la disposition précitée. C'est par exemple à lui qu'incombait la tâche d'entamer les pourparlers avec les partenaires industriels en vue d'une  collaboration.
3.2.1 Selon le message du Conseil fédéral, le comportement délictueux visé par l'art. 158 ch. 2 CP consiste à abuser du pouvoir de représentation, c'est-à-dire à l'employer sur le plan externe, dans un rapport avec autrui, mais en violation des règles internes fixant les limites et les buts du pouvoir conféré (FF 1991 II 1018ss; CORBOZ, op. cit., ad art. 158 CP n°15). En l'espèce, l'accusé a signé toute une série de contrats avec l'industrie privée, en mentionnant sa fonction au sein de l'Institution A., et sa qualité de Professeur pour ce qui concerne les  passés avec les partenaires industriels sous l'égide de l'Institution B. Par ailleurs il a établi les factures sur papier à en-tête desdites institutions. Il a ainsi fait naître, sous la raison sociale de ses employeurs, des engagements qui leur ont causé un dommage important. En raison du fait que C. a outrepassé ses
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pouvoirs de représentation, aucun des contrats en cause, ni les revenus  de ceux-ci n'ont été communiqués à l'Institution A., respectivement l' B., lesquelles n'ont dès lors pas eu l'occasion de s'opposer à la conclusion desdits accords, ou de consentir à ces engagements vis-à-vis de l'industrie , en s'assurant d'être dédommagées pour les frais occasionnés par la  des mandats susmentionnés. Ne connaissant pas l'existence des contrats précités, et n'ayant pas été informées des montants versés par les partenaires industriels, les deux institutions se sont par ailleurs trouvées dans l'impossibilité d'exiger le remboursement des frais occasionnés par l'utilisation de leurs 
Il convient d'analyser, un à un, chacun des contrats conclus par C. pendant la deuxième période durant laquelle il a travaillé pour l'Institution A. et durant le  Institution B., et de déterminer dans quelle mesure l'accusé a abusé de son pouvoir de représentation au détriment desdites institutions.
3.2.1.1 Contrats de recherche conclus par C. avec l'industrie privée:
- Prolongation tacite de l'accord de recherche et de développement du 1er  1998 (B1) jusqu’au 31 janvier 2003 (cl. 19 pag. 12080004) (période entre le 1er septembre 2000 et le 31 janvier 2003). Le budget à la charge de la société JJ., respectivement la société GG., est de Fr. 65'000.-- par année, comprenant la rémunération de l’accusé s’élevant à Fr. 30'000.--, Fr. 25'000.-- pour le salaire d’une étudiante calculé sur la base d’un barème de l’Institution A. (LL.) et Fr. 10'000.-- à titre forfaitaire pour l’utilisation des instruments, appareils et consommables (cl. 22 pag. 15010048 à 56).
- amendement du 24 juillet 2001 (A8) au contrat du 5 juillet 1999 conclu avec la société M. pour une durée de deux ans supplémentaires (par rapport au contrat initial du 25 mars 1999) et prévoyant le versement par cette dernière d'un montant forfaitaire de Fr. 380'000.-- (cl. 4 pag. 05000080);
- contrat de services du 28 mai 2004 (A13) conclu avec la société M. pour une durée de deux ans et prévoyant le versement par cette dernière d'un  forfaitaire de Fr. 160'000.-- (cl. 4 pag. 05000109ss).
3.2.1.2 S'agissant des contrats de consultance signés par C. avec ses partenaires  durant la 2ème période pendant laquelle il a travaillé pour l'Institution A. et le volet Institution B. (A12, B2 et B3), aucun dommage n'a été allégué.
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3.2.1.3 Prestation ponctuelle en faveur de la société MM.:
Dans le courant de l'été 2001, l'accusé a effectué des travaux de synthèse de peptides sur la base d'un contrat conclu avec la société MM. et facturés à cette dernière le 30 août 2001 pour un montant de Fr. 8'976.--.
3.2.2 En l'espèce, il y a eu abus du pouvoir de représentation dans la mesure où C. n'avait pas le pouvoir de conclure les contrats de recherche auxquels il a souscrit sans demander une autorisation du rectorat en ce qui concerne l'Institution A. et de la direction en ce qui concerne l'Institution B. Tel fut du moins le cas des contrats qui engageaient l'Institution A. pour plus d'un un ou si les prestations fournies par le tiers atteignaient ou dépassaient Fr. 500'000.--, et des contrats comportant une contribution financière du tiers supérieure à Fr. 50'000.-- en  de l'Institution B. (supra consid. 2.2.2.2).
3.2.3 L'abus du pouvoir de représentation doit causer un dommage au représenté, et non pas seulement une mise en danger de ses intérêts pécuniaires (FF 1991 II 1019). In casu, le dommage résulte de la perception indue par C., des sommes versées par l'industrie privée, pour l'utilisation à son profit des ressources de l'Institution A. et de l'Institution B.
3.2.4 L'infraction prévue et punie par l'art. 158 CP est une infraction intentionnelle, mais le dol éventuel suffit (ATF 120 IV 190 consid. 2a; 105 IV 189 consid. 1b; 86 IV 12 consid. 5 et 6; STRATENWERTH, op. cit., BT I, § 19 n°18; TRECHSEL, op. cit., ad art. 158 CP n°14). Il y a dol éventuel lorsque l'auteur envisage le résultat dommageable, mais agit néanmoins même s'il ne le souhaite pas, parce qu'il s'en accommode pour le cas où il se produirait (ATF 199 IV 1 consid. 4b et les arrêts cités). En matière de gestion déloyale cependant, il faut exiger que le dol éventuel soit nettement et strictement caractérisé vu l'imprécision des éléments objectifs de cette infraction (ATF 120 IV 190 consid. 2a; 86 IV 12 consid. 6).
3.2.4.1 C. conteste avoir lésé les intérêts de son employeur et avoir eu l'intention de s'enrichir ou encore avoir voulu cacher quelque chose (cl. 21 pag. 13010131, 1300010339). Il prétend au contraire avoir valorisé la recherche au bénéfice de l'Institution A. et de l'Institution B. (cl. 21 pag. 13010125 et 126, 13010203, 13010259ss: bilan valorisation de la recherche par l'industrie établi par l'accusé en annexe de son audition du 26.07.2006 devant le MPC, 1300010336). Selon lui, comme les recherches auraient de toute façon été effectuées au sein de son laboratoire avec les ressources normalement à disposition (Institution A.,  B. ou FNS), il a obtenu de l'industrie privée, en plus de ces ressources, des
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fonds supplémentaires (cl. 21 pag. 13010126; pag. 13010073). S'agissant de l'obligation d'informer son employeur de ses collaborations avec le secteur privé, l'accusé soutient que d'une manière générale, il était pris par ses recherches et leur valorisation et qu'il ne voyait pas de raison de se renseigner sur les règles administratives en vigueur. En outre, il a prétendu avoir à l'Institution B. les  droits qu'à l'Institution A. et donc bénéficier de conditions particulières lui permettant de passer des contrats avec l'industrie privée en toute liberté (supra consid. 3.1.5.2).
3.2.4.2 Il ressort des actes de la cause que pour ce qui a trait à la deuxième période "Institution A.", se situant entre le 1er septembre 2000 et le 30 septembre 2001, la règlementation en vigueur au sein de l'institution a quelque peu changé par  aux dispositions en vigueur jusqu'à ce moment-là, en ce sens que les  directives ont fait obligation aux chercheurs de rédiger les mandats de  par écrit et de les porter à la connaissance du rectorat, et qu'elles ont prévu de mettre les revenus de ces mandats à la disposition des subdivisions de l’Institution A. les ayant exécutés, déduction faite de 3% de redevances destinées à financer la recherche et à couvrir les frais de gestion. Il s'agit manifestement de règles qui ne sont pas difficiles à comprendre et que C., en ses qualités de  chargé de l’enseignement et de la direction du groupe de recherche au sein du laboratoire de chimie biomimétique et des peptides ainsi que de directeur de l’Institut de chimie organique de l’Institution A. (depuis le 1er mars 1995), se devait de connaître et d’appliquer. L'accusé devait savoir et comprendre qu’une partie au moins de l’argent provenant de contrats passés avec des entreprises du secteur privé devait revenir à l’Institution A. et que, pour permettre à celle-ci de faire valoir ses droits, il fallait à tout le moins l’informer de l’existence des contrats ainsi conclus.
Il en va de même pour le volet Institution B. En effet, lorsqu'il a commencé à  pour cette institution, C. ne pouvait pas être sans savoir que les contrats passés entre son employeur et des partenaires privés devaient être signalés au service financier de l’institution à partir de Fr. 50'000, pour autorisation, et qu’il en allait de même des contrats prévoyant un projet réalisé exclusivement ou  dans l’intérêt d’un tiers ou réalisé grâce à la mise à disposition,  ou mise en valeur de compétences et connaissances détenues par ladite institution. Il appert que l'accusé avait dûment été informé des règles en vigueur à l’Institution B. ayant trait à la collaboration avec des partenaires industriels, à tout le moins par courrier électronique. En effet, lors de son audition du 20 juillet 2006 devant le MPC, C. a déclaré: Les nouvelles directives m’ont été  par lettre et par courriel et plus seulement par courriel comme " (cl. 21 pag. 13010199). Puis en date du 26 juillet 2006, il a admis toujours devant le MPC qu'après le transfert de la section de chimie de l'Institution A. à
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l'Institution B., il y avait eu une séance d'information du service des relations  (SRI) et que comme il se trouvait à l'étranger pour des raisons , il n'y avait pas participé. Il a précisé que l'annonce de cette séance avait été faite par courriel (cl. 21 pag. 13010252). En outre, selon le témoin I., l'accusé, avec qui il avait eu l’occasion de parler des conditions dans lesquelles des contrats pouvaient être signés avec l’industrie privée, semblait informé des règles du jeu et ne pas les apprécier beaucoup. En effet, à l'occasion de son  du 4 juin 2007 devant le JIF, I. a fait les déclarations suivantes: "Sur votre question quant à savoir si C. m'a parlé du fait qu'il ne pouvait pas signer  les contrats de l'industrie privée, sans passer par l'Institution B., je pense qu'il m'en a parlé car tout le monde parlait de ces questions. C'est la même chose avec le fait que l'institution gardait un pourcentage pour elle-même sur les contrats avec l'industrie privée. Tout le monde le savait en tous cas tous ceux qui étaient dans la recherche. C'était perçu comme quelque chose de négatif et qui n'incitait en tous cas pas à la recherche de fonds. Sur votre question quant à  si C. m'a parlé de ces questions, je dirais que oui, certainement nous avons dû en discuter, mais je ne pourrais pas vous donner les détails. Sur votre , C. voyait cela certainement de façon négative. Je me rappelle qu'il m'avait dit qu'à son engagement de Z. à l'Institution A., il avait négocié de pouvoir traiter avec l'industrie privée et lorsqu'il a été transféré à l'Institution B. sans qu'on lui demande quoique ce soit, je ne sais pas si cette négociation pouvait être valable (cl. 20 pag. 1200150025 et 26). C. savait en outre qu’en cas de conclusion de contrat avec l’industrie privée, l’Institution B. se chargeait d’ouvrir un compte , un compte dit de tiers (cl. 21 pag. 13010010), sur lequel elle gardait un certain contrôle. L'accusé a reconnu qu’il avait délibérément choisi de laisser l’argent provenant des mandats privés sur le comptes de sa fondation plutôt que de le placer sur un compte de tiers de l’Institution B. notamment parce qu’il tenait les services des relations industrielles de ladite institution pour incompétents dans son domaine d'activité (cl. 21 pag. 13010183), mais aussi pour pouvoir  librement des fonds à disposition (cl. 21 pag. 13010034), et ceci même après l'âge de la retraite (cl. 21 pag. 13010010). Il a voulu ignorer l’intérêt de l’Institution B. à ce que l’argent des mandats privés soit placé sur des comptes de tiers: "Je ne vois aucun avantage, ni aucune raison de faire verser cet argent sur un compte de tiers" (cl. 21 pag. 13010129) et a préféré créer une fondation, la Fondation F., dont il s’est bien gardé de signaler l’existence à l’Institution B. (cl. 21 pag. 13010124) et à l’intérieur de laquelle il avait le contrôle des dépenses (cl. 21 pag. 13010194).
L'accusé a aussi reconnu qu’il avait choisi de ne pas informer l’Institution B. de l’existence des contrats avec la société M. mais pour des raisons qui ne justifient nullement ce manquement, soit que la recherche effectuée par le laboratoire de C. à l’Institution B. ne s’inscrivait pas dans le même domaine de recherche que
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celle qui était réalisée pour la société M., que le seul projet intéressant pour l' B. (sur la maladie d'Alzheimer) avait été réalisé avec son accord (cl. 37 pag. 37910015), que l'année 2000 avait été très chargée, notamment en raison de son divorce, de son remariage, de la construction de sa villa de V. et de le prise en charge de sa dernière volée de doctorants (cl. 21 pag. 13010036) ou encore que les travaux sur la cyclosporine étaient en relation avec un projet  à l'Institution A. et ne concernaient en rien l’Institution B. (cl. 21 pag. 13010122). Bien qu’ayant soutenu devant la police fédérale qu’il n’avait pas caché ses collaborations extérieures à l’Institution B. (cl. 21 pag. 13010122), l' est conscient d’avoir manqué à l’obligation d’informer cette dernière de ses contrats passés avec l’industrie privée et de l’avoir ainsi empêchée d’ouvrir un compte de tiers. C’est ainsi que C. a, en date du 24 mai 2005, soit très peu de temps après la découverte par l’Institution B. de la situation litigieuse, proposé de verser à cette dernière Fr. 400'000.-- (cl. 21 pag. 13010183; cl. 37 pag. 37910036), ou de lui céder les pouvoirs de signature sur les comptes de la Fondation F. (cl. 37 pag. 37910036), admettant implicitement avoir disposé, sans droit, d’une partie au moins des revenus issus des contrats signés avec les  industriels. Conscient de ce que cette offre comportait une certaine  de responsabilité, l'accusé a ensuite feint d'avoir été poussé par l’Institution B. à formuler cette proposition, en déplorant, sans le démontrer, que l'institution ne lui ait pas donné la chance de s’expliquer et "de faire comprendre son système de valorisation" (cl. 21 pag. 13010130).
Il sied encore de préciser que la signature par l'accusé de l'amendement au contrat du 5 juillet 1999 avec la société M., est intervenue à une date (le 24 juillet 2001) qui est à cheval entre la deuxième période Institution A. et le volet  B. En effet, l'accord en question a été passé deux mois et sept jours avant le transfert de la section de chimie de l'Institution A. à l'Institution B. et c'est donc la réglementation de l'université qui est applicable, à savoir le règlement du 26 juin 2000 sur les mandats particuliers, dont l'art. 7 al 2 dispose que les contrats de recherche doivent être autorités préalablement par le Rectorat s'ils engagent l'institution pour un an et plus ou si les prestations fournies par un tiers atteignent ou dépassent Fr. 500'000.-- (supra consid. 2.2.2.2). Or même si l'amendement en cause a été conclu pour une durée de deux ans, force est de considérer qu'au moment où il a apposé sa signature sur le document en question, C. ne pouvait valablement engager l'Institution A. que pour deux mois et sept jours puisque le transfert de la section de chimie a eu lieu le 1er octobre 2001. Par conséquent, il apparaît à la Cour que l'accusé ne saurait se voir imputer la conclusion, sans  ad hoc du contrat précité sous l'angle de l'art. 158 ch. 2 CP, eu égard au contenu de l'art. 7 al. 2 RMP. Par contre, il est punissable pour avoir placé l'Institution A. dans l'impossibilité d'exiger le remboursement de ses frais (art. 158 ch. 1 al. 3 CP). En outre, il est constant que dès que C. est passé sous le régime
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de l'Institution B., il se devait de demander à son employeur l'autorisation de maintenir le contrat de recherche en cours en vertu de l'art. 7 al. 4 DCR et, ce faisant, de le faire connaître (supra consid. 2.2.2.2) . Il est dès lors punissable pour avoir manqué à cette obligation, et pour avoir ainsi placé ladite institution dans l'impossibilité de faire valoir son veto et/ou d'exiger le remboursement de ses frais. A ce propos, il convient de relever que dans son "questionnaire  à l'engagement par l'Institution B.", daté du 1er septembre 2001, l'accusé n'a mentionné aucune activité accessoire alors qu'il exécutait des mandats privés pour ses partenaires industriels et que des montants importants étaient versés sur ses comptes privés et sur ceux de la Fondation F. en vertu de ces accords (cl. 14 pag. 0900030051). En outre, dans sa déclaration d'intégralité du 23  2002, il a spécifié, en sa qualité de responsable du centre financier du  de chimie biomimétique et des peptides qu'il n'avait: "pas de comptes ou de fonds en dehors de ceux gérés par le Service financier de l'Institution B." (cl. 14 pag. 0900030011), déclaration qui est contraire à la réalité des faits . Enfin, C. n'a fait aucune mention dans son rapport d'activité pour les années 2000-2004 (cl. 14 pag. 0900030109; cl. 21 pag. 13010122), d'un soutien financier externe à l'institution pour la recherche qui y était réalisée, alors qu'il avait bénéficié de tels apports durant toute cette période.
S'agissant de la prolongation tacite du contrat passé avec la société GG. le 1er novembre 1998 (B1), on observe que ledit accord a été en vigueur pendant 13 mois sous l'empire de la deuxième période Institution A. (règlement du 26 juin 2000 sur les mandats particuliers). L'accusé était donc dans l'obligation de le  à l'Institution A. en vertu de l'art. 7 al. 2 RMP. En outre, on constate que le contrat en question a été conclu initialement pour une période de trois ans, ce qui signifie que la prolongation tacite a eu lieu le 1er novembre 2001, soit un mois après le transfert de la section de chimie à l'Institution B. Ayant prolongé  ledit accord sous le régime de l'Institution B., l'accusé se devait de  à son employeur l'autorisation de prendre cet engagement puisqu'il porte sur un montant supérieur à F. 50'000.-- (art. 7 al. 4 DCR). Il est dès lors punissable pour avoir manqué à cette obligation, et pour avoir ainsi placé ladite institution dans l'impossibilité de faire valoir son veto et/ou d'exiger le remboursement de ses frais. Il sied de préciser que tout comme pour le contrat conclu le 24 juillet 2001 avec la société M., C. n'a signalé le contrat passé le 1er novembre 1998 et la prolongation tacite de ce dernier, ni dans son questionnaire personnel à l' par l'Institution B. du 1er septembre 2001, ni dans sa déclaration d' du 23 septembre 2002, ni encore dans son rapport d'activité pour les années 2000-2004.
Enfin, pour ce qui a trait au contrat portant sur la prestation ponctuelle effectuée en faveur de la société MM. dans le courant de l'été 2001, force est de constater
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qu'au regard de l'art. 7 al. 2 RMP, l'accusé n'était pas tenu de le communiquer à son employeur. Il ne saurait dès lors se voir imputer la conclusion de l'accord précité sous l'angle de l'art. 158 ch. 2 CP mais il demeure toutefois punissable pour avoir placé l'Institution A. dans l'impossibilité d'exiger le remboursement de ses frais (art. 158 ch. 1 al. 3 CP).
3.2.4.3 En conclusion, il appert que C. avait conscience du fait qu'il accomplissait, en violation de ses obligations contractuelles, des actes de nature pour certains à constituer des abus successifs du pouvoir de représentation au sens de l'art. 158 ch. 2 CP et pour d'autres des actes de gestion déloyale au sens de l'art. 158 ch. 1 al. 3 CP. Il a donc agi intentionnellement, à tout le moins sous la forme du dol éventuel.
3.2.5 A la différence de la gestion déloyale au sens strict, l'abus du pouvoir de  n'est punissable que si l'auteur agit dans le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un enrichissement illégitime (CORBOZ, op. cit., ad art. 158 CP n°19). In casu il apparaît clairement que C. a fourni contre rétribution des  de travaux de recherche à certaines sociétés, ainsi que d'autres  en relation avec son domaine professionnel et il ressort de l'enquête que l'argent versé par les partenaires industriels n'a pas été utilisé pour couvrir tout ou partie des frais induits par la réalisation des mandats en cause, conformément aux budgets établis, mais qu'il a été encaissé sur des comptes bancaires dont l'accusé et la Fondation F. sont les titulaires. S'agissant de ladite fondation, il sied de préciser que du 4 octobre 2001 au 23 décembre 2004, un montant total de Fr. 405'000.-- a été transféré du compte de la fondation F. auprès de la banque R. au bénéfice du compte n° 2 ouvert au nom de celle-ci auprès de la banque Q., à Zurich, en date du 14 février 2001 (cl. 4 pag. 05000175; cl. 11 pag. 08030158ss).
3.2.5.1 Il convient d'examiner en détails sur quels comptes ont été versés les montants provenant des partenaires industriels et quelle a été ensuite leur affectation.
A.1) Du 25 août 2000 au 30 mars 2005, les fonds provenant de l’activité de  et de service en faveur de la société M. (supra A7, A8, A13) ont été  à hauteur de Fr. 670'000.-- sur le compte n° 19 de la Fondation F. auprès de la banque R. (cl. 4 pag. 05000174 et 5; 05000269; cl. 21 pag. 13010105 et 106).
A.2) Comme on l'a vu plus haut (supra consid. 3.1.6.2), les fonds provenant des contrats de consultance avec la société M. (supra A1, A2, A12) ont été versés du 22 janvier 1996 au 25 mars 2005 à hauteur de Fr. 382'500.-- sur le compte privé n° 9 de C., auprès de la banque R. (cl. 4 pag. 0500269; cl. 21 pag. 13010102), ouvert le 26 septembre 1989 (cl. 7 pag. 08010067) et sur lequel son ex épouse
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AA. bénéficiait d'une procuration individuelle depuis le 28 août 1993 (cl. 7 pag. 08010065).
B) S'agissant des fonds provenant de l'activité de consultance en faveur de la société GG., ils ont été versés du 2 avril 2003 au 23 juillet 2004 à hauteur de Fr. 45'000.-- sur le compte n° 19 de la Fondation F. auprès de la banque R. (cl. 21 pag. 13010106). ll convient de préciser que lesdits versements ont été  par l'Hôpital KK., avec la mention "projet nicotine", sur le compte précité (cl. 9 pag. 08011051ss, pag. 08011078).
C) Quant au montant de Fr. 8'976.-- facturé à la société MM. le 30 août 2001 pour une synthèse de peptides effectuée au sein du laboratoire de C., il a  été encaissé sur le compte n° 21 de la Fondation F. auprès de la banque R. le 20 septembre 2001 (cl. 4 pag. 05000188; cl. 21 pag. 13010185 et 186).
3.2.5.2 S'agissant de l'utilisation de l'argent versé sur le compte n° 19 de la Fondation F. auprès de la banque R., l'accusé soutient qu'il a notamment servi à financer des opérations qu'il était difficile de subventionner avec d'autres sources. Il a précisé que ceci constituait une contribution de la Fondation F. à l'institution et qu'il s'agissait aussi d'une valorisation pour cette dernière (cl. 21 pag. 13010182; cl. 37 pag. 37910016 et 18). Selon les dires de l'accusé, la fondation aurait versé Fr. 152'712.-- à la société OOO., Fr. 70'000.-- à K., Fr. 20'000.-- au Fonds de  des maladies cardio-vasculaires, Fr. 10'230.- à l'Institut suisse de sérum et de vaccin, Fr. 17'010.-- au total pour des salaires de collaborateurs et Fr. 25'000.-- pour G. (cl. 21 pag. 13010260). Il convient d'analyser en détails ces différents postes:
A) Le 15 octobre 2000, la Fondation F. a versé un montant de Fr. 10'230.-- à l'Institut suisse de sérum et de vaccin. Lors de son audition du 26 janvier 2006 par la PJF, l'accusé a expliqué qu'il s'agissait de dépenses pour des tests  mais il n'a toutefois produit aucune facture relative audit montant (cl. 21 pag. 13010106).
B) La Fondation F. a procédé au règlement de travaux de recherche  accomplis par AA., ex épouse de l'accusé et titulaire de la société OOO., sur la base de documents présentés par cette dernière (facture de Fr. 4'573.-- du 12.03.2001 acceptée par C. le 15.03.2001 [cl. 19 pag. 12070013], facture de Fr. 4'702.10 datée du 5 octobre 2001 et acceptée par C. le 8.10.2001 [cl. 19 pag. 12070011], facture de Fr. 3'497.-- datée du 7 décembre 2001 et acceptée par C. le 11.12.2001 [cl. 19 pag. 12070010], facture de Fr. 69'940.-- du 13.05.2002 acceptée par C. le 15.05.2002 [cl. 19 pag. 12072002], facture de Fr. 70'000.-- le 24.11.2003 [cl. 19 pag. 1207007]). C’est G. qui a procédé au rè-
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glement des factures sur la base des ordres de paiement reçus de C. (cl. 19 pag. 12020012).
Lors de son audition du 26 janvier 2006 par la PJF, C. a déclaré que les  précités avaient été versés à son ex épouse pour des travaux effectués par cette dernière dans le cadre du projet Alzheimer (cl. 20 pag. 1200300008; cl. 21 pag. 13010106). En date du 20 juillet 2006, l'accusé a précisé, devant le MPC, que la collaboration avec AA. avait permis de compenser en partie le départ de PPP., maître assistant, numéro 3 de son laboratoire, et dont le poste n'avait pas été repourvu. L'accusé a soutenu qu'en raison du départ de PPP., son budget avait été réduit de Fr. 150'000.-- (cl. 20 pag. 1200300008 et 9; cl. 21 pag. 13010106, 13010203).
A ce propos, il convient de préciser que malgré les factures établies par AA., il est difficile de croire qu'elle a effectué des recherches bibliographiques pour un tel montant. En effet, il s'agit habituellement d'un travail qu'il est plus aisé de  à l'Institution B., laquelle dispose de nombreux abonnements à des revues et peut en commander d'autres très facilement. Toutefois le doute devant profiter à l'accusé, les coûts relatifs à ces travaux seront admis au titre de frais de  payés par la Fondation F.
C) Le 2 mai 2001, la Fondation F. a versé un montant de Fr. 3'970.-- à RRR.,  collaboratrice de C., qui avait travaillé sur le projet Alzheimer un mois après sa thèse au sein du laboratoire de celui-ci (cl. 21 pag. 13010106).
D) Le 9 juillet 2001, la Fondation F. a versé une somme de Fr. 1'000.-- à SSS. au titre de dédommagement forfaitaire pour un stage que celle-ci avait effectué du 14 mai au 29 juin 2001 au sein du groupe de recherche de l’institut de chimie  de l’Institution A. C’est C. qui avait demandé à la stagiaire de lui  une facture et lui avait assuré que le montant de Fr. 1'000.-- serait payé (cl. 19 pag. 12030006 et 7).
E) Le 15 août 2001, la Fondation F. a versé un montant de Fr. 2'200.-- en faveur de TTT./Institution FFFF. pour un test sur un peptide que C. avait fait effectué dans cette institution (cl. 21 pag. 13010106).
F) Le 20 décembre 2002, la Fondation F. a versé à AAAA. la somme de Fr. 3'840.-- représentant le salaire du mois de novembre 2002 pour son activité de doctorant au sein du laboratoire de l’accusé. A la demande de C., il avait  un travail pendant le mois de novembre 2002 et l’accusé lui avait  d’établir une facture afin de percevoir son salaire. Lors de son audition du 24 août 2005 par la PJF, l'intéressé a précisé que c'était l’unique fois qu'il avait a dû
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présenter un tel document pour pouvoir être rétribué. Habituellement, son salaire était payé en partie par le canton P., et en partie par le FNS (cl. 19 pag. 12040003, 4 et 6).
G) Le 26 février 2003, la Fondation F. a versé un montant de Fr. 20'000.-- en  du Fonds de recherche des maladies cardio-vasculaires (cl. 5 pag. 0500000472ss, en particulier 0500000475 et 6). Il ressort des actes de la cause que ledit versement résulte d'un arrangement entre l'accusé et I.  le "paiement croisé" des salaires de PP. et de BBBB., biologiste à l'Hôpital J. (cl. 20 pag. 12200007; cl. 21 pag. 13010180).
H) Le 5 mars 2003, la Fondation F. a payé la somme de Fr. 4'200.-- à LL. car, d’entente avec C., elle avait poursuivi pour une durée de deux mois (décembre 2002 et janvier 2003) un travail de synthèse d’un vaccin anti-nicotine (TASP ) qu’elle avait commencé lors de la préparation de son doctorat au sein du laboratoire de l’accusé (cl. 19 pag. 12050002). Le montant de Fr. 4'200.-- a donc été versé à LL. pour la synthèse de cette molécule EEEE. et l’intéressée a  à C. une facture à ce propos (cl. 19 pag. 12050007), laquelle a été  par ce dernier.
I) Le 19 décembre 2003, la Fondation F. a versé Fr. 1'800.-- à CCCC. Il ressort des actes de la cause que cette dernière effectuait un apprentissage de  en chimie au sein du laboratoire de C. et que dans le cadre de cette activité professionnelle, celui-ci lui avait demandé de préparer un produit spécial.  que le travail qu’elle avait effectué dépassait les attentes que l’on pouvait avoir à l'endroit d’une laborantine, il a décidé de lui verser une prime de fin d’année en décembre 2003. A la demande de l’accusé, CCCC. a rédigé une  dans laquelle sont décrits les travaux qu’elle a réalisés (cl. 19 pag. 12060002 à 5). Interrogé sur ce point le 26 janvier 2006 par la PJF, l'accusé a confirmé qu'il s'agissait d'une prime de fin d'année pour le travail effectué en 2003 (cl. 21 pag. 13010107).
J) Le 30 janvier 2004, la Fondation F. a également payé un montant de Fr. 70'000.-- à l'épouse de l'accusé, K. (cl. 19 pag. 12010012 et 13, 1200020053). Auditionnée le 5 août 2005 par la PJF en qualité de personne  à titre de renseignements, l'intéressée a expliqué que ce montant de Fr. 70'000.-- lui avait été versé pour des travaux effectués sur la maladie d'. Elle a précisé qu'en septembre 2003, elle avait réduit son pourcentage d'activité auprès de l'Institution B. de 100% à 60% afin de dégager plus de temps pour pouvoir se consacrer à la recherche sur la maladie d'Alzheimer et que le montant précité, qui lui avait été versé en janvier 2004, correspondait plus ou moins à la perte de salaire dû à son temps partiel. Selon ses dires, il s'agissait
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donc d'un forfait pour le travail effectué au sein du laboratoire de l'accusé dans le cadre du projet Alzheimer. C. a confirmé ces déclarations (cl. 21 pag. 13010204). Lors de son audition du 4 juillet 2007 devant le JIF, en qualité de témoin, G. a expliqué qu'il avait procédé au règlement de la facture de K. sur la base de l’ordre de paiement reçu de C. (cl. 19 pag. 1200020053).
K) Enfin le 30 septembre 2004, la Fondation F. a effectué un paiement de Fr. 25'000.-- en faveur de G. Ce dernier a reconnu avoir reçu ledit montant (notes de frais accumulées), enregistré dans la comptabilité de la Fondation F. pour l’exercice 2004, pour un mandat défini par C. et qui consistait à chercher des  de l’industrie pharmaceutique pour un projet nommé "DDDD.", ainsi que pour son activité de conseil lors de meetings de l’accusé concernant le projet Alzheimer ou encore la collaboration avec la société M. (cl. 19 pag. 12020041 et 42; cl. 21 pag. 13010201).
Au vu de ces différents éléments, même si tout doute n'a pas été dissipé, il peut être admis que, comme le prétend l'accusé, les montants en question ont été  au paiement de travaux de recherche pour la période considérée. Il s'agit au total de Fr. 294'952.--, qui constituent toutefois un montant fort modeste en comparaison avec la somme totale des fonds qui ont été versés à C. par les  industriels. Par conséquent, si ladite somme pourra être déduite du montant du dommage causé par l'accusé à l'Institution A. et à l'Institution B. (qui sera calculé ultérieurement conformément au chiffre 8 du dispositif du présent arrêt), elle ne saurait être opposée en contre valeur de l'emploi illicite des valeurs patrimoniales qui devaient revenir à ses employeurs. En effet, des sommes bien plus importantes provenant des industries privées sont demeurées sur les  privés de l'accusé ou sur les comptes de la Fondation F. ou encore ont été dépensées par l'intéressé, et ceci au mépris des intérêts pécuniaires de l' A. et de l'Institution B.
3.2.5.3 L'accusé soutient qu'une partie importante des fonds provenant des contrats en cause a été utilisée pour des dépenses professionnelles, qu'il payait  et que ces coûts se sont élevés à Fr. 50'000.-- par année. A ce propos, il y a lieu de se référer à ce qui a été dit au considérant 3.1.6.3. Il en va de même pour ce qui a trait aux autres prétentions émises par l'accusé (système de  à son unique profit, droit à d'éventuels honoraires à 20% de son temps de travail). Sur ce dernier point, il sied néanmoins de préciser que comme l'a indiqué le témoin N. à l'occasion des débats, en ce qui concerne l'activité au sein de l' B., les professeurs peuvent disposer de 20% de leur temps de travail pour faire de la consultance mais ceci implique qu'ils n'utilisent pas l'infrastructure de l'institution car dans ce cas, il faudrait un retour financier pour cette dernière (cl. 37 pag. 37910036).
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L'accusé prétend également que du 9 juillet 2001 au 24 mai 2004, il a utilisé la carte de la banque R. Visa Business Classic n° 22 liée au compte de la  F. auprès de la banque R. pour s'acquitter de frais de représentation ou de déplacement liés à la recherche à hauteur de Fr. 30'358.-- au total (cl. 4 pag. 05000175; cl. 21 pag. 13010108). Or il ressort des relevés de débit de ladite carte qu'il s'agit en fait uniquement de frais de repas ou d'hôtel. Interrogé sur ce point par la PJF, l'accusé a soutenu que ces coûts concernaient des personnes qu'il avait invitées dans le cadre de la recherche sur Alzheimer ou de , ou encore qu'il s'agissait de réunions avec G. ou I. pour la Fondation F.,  que d'autres rencontres professionnelles (cl. 21 pag. 13010108). Au vu de la nature de ces dépenses, la Cour n'a pas acquis la conviction qu'elles sont liées aux travaux de recherche menés par C. au sein de l'Institution B. Elles semblent plutôt concerner l'activité externe personnelle de l'accusé et ces coûts ne  donc être considérés comme une contribution de la Fondation F. aux frais de recherche de l'institution.
3.2.6 Au vu de ce qui précède, il appert que C. considérait les contrats en cause et les revenus en découlant comme une affaire purement personnelle et qu'il entendait pouvoir disposer desdits fonds tout à fait librement. Pour ce faire, il a d'abord fait usage de ses comptes bancaires privés, puis de sa Fondation F., à l’intérieur de laquelle il avait le contrôle des dépenses (cl. 21 pag. 13010124, 13010194). L'existence de ladite fondation n'était par ailleurs connue ni de l'Institution A. ni de l'Institution B., et ces dernières n'avaient sur elle aucun droit de regard (cl. 21 pag.13010124). En outre, en ce qui concerne son compte privé n° 1, ouvert le 20 janvier 2000 auprès de la banque Q., et dont son épouse K. est ayant droit  (cl. 11 pag. 08030009ss, 08030018), l'accusé a déclaré: "Je possède également un compte auprès de la banque Q., qui est géré par G. Le compte a été ouvert en 2000. Il s'agit entre guillemets de ma caisse de pension. En 2000, j'avais une dernière possibilité de faire un versement volontaire sur ma caisse de pension. J'ai préféré placer cet argent. Il s'agit d'une somme d'environ Fr. 300'000.--. La somme a diminué a cause de la bourse" (cl. 21 pag. 13010031). Puis lors de son audition du 3 octobre 2007, il a affirmé: "Cet argent m'appartient en tant que professeur et pour effectuer de la recherche" (cl. 21 pag. 1300010354).
Il ressort de l'ensemble des ces circonstances que l'accusé avait pour dessein de se procurer un avantage auquel il n'avait pas droit et qu'il a obtenu en violation des règles en la matière, cela au détriment des intérêts pécuniaires de son  qu'il avait pour mission de défendre. Des considérations qui précèdent, il découle que C. s'est rendu coupable d'infractions répétées de gestion déloyale au sens de l'art. 158 ch. 1 al. 3 et ch. 2 CP.
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4. Abus de confiance
4.1 La Cour s’est réservé d’examiner les comportements reprochés à l’accusé sous l’angle de l’art. 138 CP, qui définit l’abus de confiance. Aux termes de cette , celui qui, pour se procurer ou procurer à un tiers un enrichissement , se sera approprié une chose mobilière appartenant à autrui et qui lui avait été confiée ou qui, sans droit, aura employé à son profit ou au profit d’un tiers des valeurs patrimoniales qui lui avaient été confiées, sera puni d’une peine  de liberté de cinq ans au plus ou d’une peine pécuniaire. Si l’auteur a agi en qualité de fonctionnaire, la peine sera une peine privative de liberté de dix ans ou une peine pécuniaire (ch. 2). L’abus de confiance peut dès lors se commettre de deux façons: soit par appropriation d’une chose mobilière confiée, soit par emploi de valeurs patrimoniales confiées. Dans ce second cas de figure, la  de l’abus de confiance suppose que des valeurs patrimoniales soient confiées à un individu qui les emploie à son profit ou à celui d’un tiers.
4.2 En l’espèce, l’accusé s’est vu confier, par l’Institution B., un laboratoire et du  devant être utilisé dans ce laboratoire. Toutefois, compte tenu du fait que le laboratoire était accessible à une équipe de chercheurs et non pas seulement à l’accusé, il est impossible de se convaincre que l’accusé avait une maîtrise  sur les biens ainsi confiés. C’est plutôt le cas de figure de la maîtrise conjointe qui semble réalisé en l’occurrence. Or, selon la jurisprudence, en cas de maîtrise conjointe, avec des tiers ou avec le lésé, il faut que la chose confiée ait été remise à l’auteur de l’abus en raison d’un lien de confiance primordial (ATF 101 IV 33). Dès lors que la Cour n’a pas de motif de croire que l’accusé pouvait se prévaloir d’un lien de confiance primordial par rapport à tous ceux qui avaient une certaine maîtrise sur les biens confiés, elle conclut que tous les  constitutifs de l’abus de confiance ne sont pas réalisés en l'espèce.
4.3 De cela résulte que C. doit être acquitté de ce chef d'accusation.
5. Violation de secret de fonction
5.1 C. est en outre prévenu du chef de violation du secret de fonction au sens de l'art. 320 CP pour les faits décrits au chiffre 3 de l'acte d'accusation. Aux termes de cette disposition, celui qui aura révélé un secret à lui confié en sa qualité de membre d'une autorité ou de fonctionnaire, ou dont il avait eu connaissance à
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raison de sa charge ou de son emploi, sera puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire. La révélation demeure punissable alors même que la charge ou l'emploi a pris fin (art. 320 ch. 1 al. 2 CP). La  ne sera pas punissable si elle a été faite avec le consentement écrit de l'autorité supérieure (art. 320 ch. 2 CP).
Il est reproché à l'accusé d'avoir intentionnellement révélé un secret dont il avait connaissance à raison de sa charge de professeur ordinaire de l'Institution B., chef du laboratoire de chimie biométrique et des peptides, en transmettant à la société M., entre le 13 novembre et fin mai 2005 au moins, le résultat des  effectuées au sein du laboratoire qu'il dirigeait à l'Institution B., en  les informations scientifiques nécessaires à faire breveter ou développer les brevets existants concernant les produits "5" et "6", et en communiquant à la société GG., entre le 13 novembre 2001 et janvier 2003 au moins, le résultat des recherches effectuées au sein du laboratoire qu'il dirigeait à l'Institution B.
5.2 Situé au titre 18 du Code pénal suisse, l’art. 320 tend à une double protection: d’une part, celle de la collectivité publique et, d’autre part, celle des particuliers dont le cas est traité par l’autorité et dont les intérêts légitimes commandent qu’ils ne subissent pas d’indiscrétions préjudiciables à ces intérêts. Dans le cas qui nous occupe, les découvertes scientifiques de l’accusé peuvent être considérées comme des secrets de fonction si l’on part de l’idée qu’elles sont obtenues par des activités déployées par l’accusé dans le cadre de ses fonctions de . C’est principalement d’un intérêt d’ordre économique qu’il en va en l’espèce dans la mesure où certains des résultats de recherche obtenus par l’accusé étaient susceptibles d’être commercialisés. Cela étant, dès lors que, par contrats, des industries privées contribuaient au financement des recherches ainsi effectuées, C. pouvait décemment considérer que les entreprises qui  ses recherches faisaient partie du cercle limité de personnes ayant  aux résultats de la recherche. En effet, même si, comme cela eût dû se faire, l’Institution B. avait pris part à la conclusion desdits contrats, l’accusé ne pouvait en déduire que, tout en payant à cette fin, ses partenaires privés n’avaient pas le droit d’accéder aux résultats de ses recherches. Ainsi, même à penser que les conditions objectives de l’art. 320 CP puissent être réalisées dans le cas d’espèce, il demeure difficile de considérer que les conditions subjectives le soient également. Dans le doute, l’accusé doit être acquitté du chef de violation du secret de fonction.
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6. Fixation de la peine
6.1. Les actes retenus à la charge de l'accusé ont été commis avant l’entrée en , le 1er janvier 2007, des nouvelles dispositions régissant le droit des . En application du principe énoncé à l’art. 2 al. 2 CP, il convient donc de  quel est le droit le plus favorable. A cette fin, il faut considérer l’ancien et le nouveau droit dans leur ensemble et dans leur application concrète au cas d’espèce (ATF 119 IV 145 consid. 2c; RIKLIN, Revision des Allgemeinen Teils des Strafgesetzbuchs; Fragen des Übergangsrechts, in PJA 2006, p. 1473; HURTADO POZO, Droit pénal, Partie générale, Genève/Zurich/Bâle 2008, p. 115 n°335-337; TRECHSEL, op. cit., n°11 ad art. 2 CP). Le nouveau droit doit être appliqué s’il conduit effectivement à un résultat plus favorable au condamné (ATF 114 IV 1 consid. 2a; arrêt du Tribunal fédéral 6B_202/2007 du 13 mai 2008 consid. 3.2). L’ancien et le nouveau droit ne peuvent être combinés. Ainsi, on ne saurait, à  d’un seul et même état de fait, appliquer l’ancien droit pour déterminer quelle infraction a été commise et le nouveau droit pour décider si et comment l’auteur doit être puni. Si l’un et l’autre droit conduisent au même résultat, c’est l’ancien droit qui est applicable (ATF 134 IV 82, consid. 6.2; 126 IV 5 consid. 2c; arrêt du Tribunal fédéral 6B_33/2008 du 12 juin 2008, consid. 5.1).
6.2 L'art. 158 al. 1 ch. 3 CP, dans sa teneur en vigueur au moment de la survenance des faits retenus à la charge de l'accusé, prévoyait une peine de réclusion de cinq ans au plus. La nouvelle teneur de cette disposition prévoit une peine  de liberté de un à cinq ans (modification de nature terminologique [v. arrêt du Tribunal pénal fédéral SK.2007.27 du 30 octobre 2008, consid. 16]). Sous l' de l’ancien droit, l'art. 158 ch. 2 CP prévoyait une peine de réclusion de cinq ans au plus ou l'emprisonnement, alors que les peines prévues par le nouveau droit sont la peine privative de liberté de cinq ans au plus ou la peine pécuniaire. Pour ce qui a trait à l'art. 158 ch. 2 CP, on constate que le nouveau droit, à la  de l'ancien, permet de renoncer à une peine privative de liberté en lui substituant une peine pécuniaire, soit une sanction considérée généralement comme plus favorable (RIKLIN, op. cit., eod loc.). A cela s’ajoute que la peine  peut être assortie du sursis (art. 42 CP), ce qui n’était pas le cas sous l’ancien droit. En effet, l'ancien droit (art. 41 ch. 1 aCP) prévoyait l'octroi du sursis pour des peines privatives de liberté uniquement et n'excédant pas dix-huit mois tandis que le nouveau (art. 42 al. 1 CP) permet d'en assortir non seulement les peines privatives de liberté de six mois au moins et de deux ans au plus mais également les peines pécuniaires et celles de travail d'intérêt général. Enfin,  aux deux infractions précitées, il sied de relever que, de manière , alors que sous l’ancien droit, l’octroi du sursis était subordonné à l’existence d’un pronostic favorable, l’art. 42 al. 1 CP renverse l’ancienne formulation légale
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en exigeant l’absence d’un pronostic défavorable (DUPUIS/GELLER//MOREILLON/PIguet, Code pénal I, Partie générale, Bâle 2008, ad art. 42 CP n°9). La loi présume ainsi l’existence d’un pronostic favorable et cette  doit être renversée par le juge pour exclure le sursis. Le sursis constitue la règle dont on ne peut s’écarter qu’en présence d’un pronostic défavorable. Il prime en cas d’incertitude (ATF 134 IV 1 consid. 4.2.2; arrêts du Tribunal fédéral 6B_713/2007 du 4 mars 2008 consid. 2.1, publié dans SJ 130/2008, N.°22 p. 277ss; 6B_435/2007 du 12 février 2008 consid. 3.2). L'art. 43 CP prévoit enfin de nouvelles institutions inconnues de l'ancien droit, à savoir le sursis partiel à l'exécution d'une peine privative de liberté ou pécuniaire d'un an au moins et de trois ans au plus.
Au vu de ce qui précède, le nouveau droit se révèle donc dans son ensemble plus favorable à l'accusé et doit par conséquent être appliqué dans le cas d’espèce.
6.3 La peine doit être fixée d’après la culpabilité de l’auteur, en prenant en  les antécédents et la situation personnelle de ce dernier, ainsi que l’effet de la peine sur son avenir (art. 47 al. 1 CP). La culpabilité est notamment  par la gravité de la lésion ou de la mise en danger du bien juridique , par le caractère répréhensible de l’acte, par la motivation et les buts de l’auteur et par la mesure dans laquelle celui-ci aurait pu éviter la mise en danger ou la lésion, compte tenu de sa situation personnelle et des circonstances  (art. 47 al. 2 CP). Les critères à prendre en considération pour la fixation de la peine selon cette nouvelle disposition sont ainsi essentiellement les mêmes que ceux que la jurisprudence appliquait dans le cadre de l’ancien art. 63 CP (cf. ATF 129 IV 6 consid. 6.1). Comme sous l’ancien droit, la peine doit être fixée de sorte qu’il existe un rapport entre la faute commise par le condamné et l’effet que la sanction produira sur lui. Les critères déterminants sont dès lors la faute, d’une part, les antécédents et la situation personnelle, notamment la sensibilité du condamné à la peine, d’autre part. L’importance de la faute dépend aussi de la liberté de décision dont disposait l’auteur; plus il lui aurait été facile de  la norme qu’il a enfreinte, plus lourdement pèse sa décision de l’avoir  et partant sa faute; et vice-versa (ATF 127 IV 101 consid. 2a; 122 IV 241 consid. 1a; WIPRÄCHTIGER, Basler Kommentar, Strafrecht I, 2ème éd, Bâle 2007, ad art. 47 N. 90; STRATENWERTH, Schweizerisches Strafrecht, Allgemeiner Teil II, 2ème éd, Berne 2006, § 6 n° 13). Le texte du nouvel art. 47 CP ajoute aux critères mentionnés par l’ancien art. 63 CP la nécessité de prendre en considération l’effet de la peine sur l’avenir du condamné. Il ne fait en cela que codifier la  selon laquelle le juge doit éviter les sanctions qui pourraient détourner l’intéressé de l’évolution souhaitable (ATF 128 IV 73 consid. 4; ATF 127 IV 97 consid. 3; ATF 121 IV 97, consid. 2c; ATF 119 IV 125 consid. 3b; ATF 118 IV 337
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consid 2c et consid. 2f). Sous réserve de ce que prévoient les dispositions  au sursis, cette considération de prévention spéciale n’autorise que des  marginaux, l’effet de la peine devant toujours rester proportionné à la faute (arrêt 6B_673/2007 du 15 février 2008, consid. 3.1); le juge ne saurait, par exemple, renoncer à toute sanction en cas de délits graves (/WOHLERS, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Handkommentar, Berne 2007, ad art. 47 CP N. 17-18; SCHWARZENEGGER/HUG/JOSITSCH, Strafen und Massnahmen, 8ème éd., Zurich/Bâle/Genève 2007, p. 104). Comme l’ancien art. 63, le nouvel art. 47 CP confère un certain pouvoir d’appréciation au juge ( 6B_207/2007 du 6 septembre 2007, consid. 4.2.1, publié in Forumpoenale, 2008, nr. 8 p. 25 ss.). En vertu du nouvel art. 50 CP – qui reprend les exigences précédemment fixées par la jurisprudence (cf. Message du Conseil fédéral concernant la modification du code pénal suisse du 21 septembre 1998, FF 1998 p. 1787ss, spéc. p. 1869) – le juge doit indiquer dans sa décision de quels , relatifs à l’acte ou à l’auteur, il tient compte pour fixer la peine, de façon que l’on puisse vérifier si tous les aspects pertinents ont été pris en considération et, le cas échéant, comment (arrêt du Tribunal fédéral 6B_207/2007 du 6  2007 consid. 4.2.1, publié in Forumpoenale 2008, N. 8, p. 26 ss.). Le juge n’est pas obligé d’exprimer en chiffres ou en pourcentages l’importance qu’il  à chacun des éléments qu’il cite, mais la motivation de son jugement doit permettre aux parties et à l’autorité de recours de suivre le raisonnement qui l’a conduit à adopter le quantum de la peine prononcée (cf. ATF 127 IV 101 . 2c p. 105; STRATENWERTH/WOHLERS, op. cit., ad art. 50 CP n°2).
6.4 C. s'est rendu coupable de gestion déloyale, infraction commise à plusieurs  au détriment de ses employeurs, l'Institution A., puis l'Institution B. Il a agi afin de se procurer, respectivement de procurer à son épouse K. un  illégitime. Cette infraction est passible d'une peine privative de liberté de cinq ans et revêt donc une gravité manifeste.
Les agissements de l'accusé se sont écoulés sur une longue période et ont porté sur un montant considérable, dont l'essentiel a été consacré à des dépenses  sans rapport avec son activité professionnelle. Il ressort des faits établis qu'il a clairement violé les normes qui l'enjoignaient à mettre à disposition de ses employeurs les fonds recueillis auprès de l'industrie privée, normes qui lui étaient connues et qui étaient d'ailleurs appliquées sans difficulté aucune par ses . Il a non seulement abusé ses employeurs mais aussi induit ses partenaires privés en erreur en leur confirmant, suite à leurs demandes de plus en plus , qu'il était en droit de procéder de la sorte. Même l'intitulé de certains de ses comptes bancaires, utilisés pour recueillir l'argent de ses partenaires privés, était propre à leur donner l'impression qu'ils concluaient avec l'Institution A.,  l'Institution B.; c'est d'ailleurs cette ressemblance qui a amené la
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Fondation F. à verser par erreur une somme sur un "vrai" compte de l'Institution B. et à révéler les agissements de C.
Tous ces éléments permettent de discerner un système: l'accusé usait de sa bonne réputation scientifique - à laquelle contribuait sa fonction de professeur auprès de l'Institution A., puis de l'Institution B. - et de la qualité de la logistique offerte par ses employeurs (laboratoires, doctorants, etc...) pour conclure avec l'industrie privée des contrats dont les charges étaient assumées par ses  en terme de travail et de matériel mais dont les profits lui revenaient à titre privé.
Si une partie des sommes ainsi détournées a été consacrée à des dépenses en rapport plus ou moins étroit avec ses activités (congrès à l'étranger), l'essentiel a servi des fins strictement privées (notamment l'amortissement de l'hypothèque de K. et des prélèvements en liquide très importants). Les explications fumeuses de l'accusé quant à la "valorisation" de son travail en faveur de ses employeurs et à sa volonté de se constituer un laboratoire privé pour sa retraite n'ont pu que convaincre la Cour qu'il avait agi dans un but strictement égoïste. Il est aussi  à la Cour que, porté à tort ou à raison par la très haute idée qu'il avait de l'intérêt collectif de ses recherches, C. semblait considérer que les institutions pour lesquelles il travaillait se devaient, en lui abandonnant la disposition de l' provenant des mandats privés, de lui permettre d'en disposer comme bon lui semblait et que les actes illicites qu'il commettait étaient le moyen de parvenir à cette fin.
C. est maintenant à la retraite de l'Institution B., mais poursuit ses activités de consultant pour le compte de la société M. et réalise un revenu assez important à ce titre (Fr. 10'000.-- par mois). La société M., par la voix de son représentant, ayant déjà laissé entendre qu'une éventuelle condamnation n'aurait pas d' sur la poursuite de la collaboration avec l'accusé, il convient de constater que toute peine qui n'entraverait pas la liberté de ce dernier de poursuivre son travail n'aurait pas d'effet trop considérable sur son avenir professionnel. Au , il n'a pas d'antécédents judiciaires, jouit, hormis le cas présent, d'une réputation sans tache et il a fait preuve de coopération durant la phase de l'. Il n'a plus eu maille à partir avec la police et la justice depuis la  des faits susdits. Par conséquent la Cour estime qu'il devrait être sensible à une sanction modérée, n'ayant jamais fait jusqu'ici l'objet de sanctions pénales.
Vu ce qui précède, la Cour estime qu'une peine de 20 mois sanctionne  les actes commis par C. La Cour estime également que la plus grande partie de cette peine, soit 18 mois, doit être prononcée sous forme de peine  de liberté.
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6.5 Selon l’art. 42 CP, le juge suspend en règle générale l’exécution d’une peine pécuniaire, d’un travail d’intérêt général ou d’une peine privative de liberté de six mois au moins et de deux ans au plus lorsqu’une peine ferme ne paraît pas  pour détourner l’auteur d’autres crimes ou délits (al. 1). Si, durant les cinq ans qui précèdent l’infraction, l’auteur a été condamné à une peine privative de liberté ferme ou avec sursis de six mois au moins ou à une peine pécuniaire de 180 jours-amende au moins, il ne peut y avoir de sursis à l’exécution de la peine qu’en cas de circonstances particulièrement favorables (al. 2). L’octroi du sursis peut également être refusé lorsque l’auteur a omis de réparer le dommage comme on pouvait raisonnablement l’attendre de lui (al. 3). Le juge peut , en plus du sursis, une peine pécuniaire sans sursis ou une amende selon l’art. 106 CP (al. 4).Sur le plan subjectif, le juge doit poser, pour l’octroi du sursis, un pronostic quant au comportement futur de l’auteur. La question de savoir si le sursis sera de nature à détourner l’accusé de commettre de nouvelles infractions doit être tranchée sur la base d’une appréciation d’ensemble, tenant compte des circonstances de l’infraction, des antécédents de l’auteur, de sa réputation et de sa situation personnelle au moment du jugement, notamment de l’état d’esprit qu’il manifeste. Le pronostic doit être posé sur la base de tous les éléments  à éclairer l’ensemble du caractère de l’accusé et ses chances d’amendement. Il n’est pas admissible d’accorder un poids particulier à certains critères et d’en négliger d’autres qui sont pertinents. Le juge doit par ailleurs  sa décision de manière suffisante (art. 50 CP); sa motivation doit permettre de vérifier s’il a été tenu compte de tous les éléments pertinents et comment ils ont été appréciés (ATF 134 IV 1 consid. 4.2.1; ATF 128 IV 193 consid. 3a; 118 IV 97 consid. 2b; arrêt du Tribunal fédéral 6B_713/2007 du 4 mars 2008, consid. 2.1).
L’art. 43 CP prévoit que le juge peut suspendre partiellement l’exécution d’une peine pécuniaire, d’un travail d’intérêt général ou d’une peine privative de liberté d’un an au moins et de trois ans au plus afin de tenir compte de façon appropriée de la faute de l’auteur (al. 1). La partie à exécuter ne peut excéder la moitié de la peine (al. 2). En cas de sursis partiel à l’exécution d’une peine privative de , la partie suspendue, de même que la partie à exécuter, doivent être de six mois au moins. Les règles d’octroi de la libération conditionnelle ne lui sont pas applicables (al. 3).
Les conditions objectives des art. 42 et 43 CP divergent entre elles: les peines privatives de liberté jusqu’à une année ne peuvent être assorties du sursis ; une peine de douze à vingt-quatre mois peut être assortie du sursis ou du sursis partiel; le sursis complet à l’exécution d’une peine privative de liberté est exclu, dès que celle-ci dépasse vingt-quatre mois alors que jusqu’à trente-six mois, le sursis partiel peut être octroyé (cf. ATF 134 IV 1 consid. 5.3.2; arrêt du
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Tribunal fédéral 6B_713/2007 du 4 mars 2008, consid. 2.2.2, publié dans SJ 2008 I p. 277ss).
En revanche, les conditions subjectives permettant l’octroi du sursis (art. 42 CP), à savoir les perspectives d’amendement, valent également pour le sursis partiel prévu à l’art. 43 CP dès lors que la référence au pronostic ressort implicitement du but et du sens de cette dernière disposition (SCHNEIDER/GARRÉ, Commentaire bâlois, vol. I, 2ème éd., Bâle 2007, n°9 ad art. 43 CP).
Dans le cas des peines privatives de liberté qui entrent dans le champ d’application commun des art. 42 et 43 CP (soit entre un et deux ans), le sursis ordinaire (art. 42 CP) constitue la règle et le sursis partiel (art. 43 CP) l’exception. Celle-ci ne peut être admise que si l’octroi du sursis à l’exécution d’au moins une partie de la peine nécessite, à des fins de prévention spéciale, que l’autre partie de la peine soit exécutée. La situation est similaire à celle de l’examen des  d’amendement en cas de révocation du sursis (ATF 116 IV 97).
Ainsi, lorsque le pronostic quant au comportement futur de l’auteur n’est pas , la loi exige que l’exécution de la peine soit au moins partiellement . Mais s’il existe des doutes très importants au sujet du comportement  de l’auteur, notamment au vu de condamnations antérieures, le juge peut  une peine assortie du sursis partiel au lieu d’un sursis total, et ceci même si les doutes mentionnés ne suffisent pas, après appréciation globale de tous les éléments pertinents, pour poser un pronostic défavorable. Le juge peut ainsi  le dilemme du "tout ou rien" en cas de pronostic fortement incertain. Mais un pronostic clairement défavorable exclut également le sursis partiel. En effet, s’il n’existe aucune perspective que l’auteur puisse être influencé de quelque  par un sursis complet ou partiel, la peine doit être entièrement exécutée (ATF 134 IV 1 consid. 5.3.1 et les références citées). L’importance de l’art. 43 CP réside dans le fait que l’effet dissuasif du sursis partiel peut parfois être renforcé par l’exécution de l’autre partie de la peine, ce qui permet d’envisager un meilleur pronostic. Encore faut-il que l’exécution partielle de la peine apparaisse  pour améliorer les perspectives d’amendement. Tel n’est pas le cas, lorsque la combinaison d’une amende au sens de l’art. 42 al. 4 CP avec le sursis apparaît suffisante sous l’angle de la prévention spéciale. Le tribunal doit donc examiner préalablement cette possibilité (ATF 134 IV 14 consid. 5.5.2; arrêt du Tribunal fédéral 6B_713/2007 du 4 mars 2008, consid. 2.2.3, publié dans SJ 2008 I p. 277ss; arrêt du Tribunal fédéral 6B_435/2007 du 12 février 2008, consid. 3.5).
6.6 En l'espèce, la peine privative de liberté infligée à C. permet aussi bien de le met-
tre au bénéfice du sursis complet (art. 42 CP) que du sursis partiel (art. 43 CP),
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le premier étant la règle et le second l'exception. Celle-ci ne se justifie que si l'impératif de prévention spéciale exige, en cas d'octroi du sursis à une partie de la peine, que l'autre partie soit exécutée. Si des doutes importants demeurent quant au comportement futur de l'accusé - en d'autres termes que le pronostic au sujet de l'absence de pronostic défavorable est très incertain - le juge peut  au sursis partiel dont l'effet dissuasif permet d'améliorer le pronostic.
En l'occurrence, les motifs de refuser le sursis au sens de l'art. 42 al. 2 et 3 CP
ne sont pas donnés. C. n'a pas d'antécédents judiciaires. Il a laissé à la Cour une impression qui n'est pas défavorable - en dehors des faits pour lesquels il a été condamné - et il a paru comprendre la nature délictuelle des faits qui lui sont , même s’il n’est pas certain qu’il en a pris toute la mesure. En effet, il a persisté à justifier ses comportements par des explications fumeuses et peu compatibles entre elles. Toutefois, au vu de l'ensemble des circonstances, une peine privative de liberté ferme ne semble pas nécessaire pour le dissuader de commettre de nouvelles infractions.
L'exécution de la peine peut donc être suspendue en vertu de l'art. 42 al. 1 CP,
ce qui rend l'examen du sursis partiel superflu. La durée du sursis est fixée à deux ans, soit le minimum légal prévu par l'art. 44 al. 1 CP. A nouveau, il n’existe pas de raison d’aller au-delà de ce minimum.
6.7 Ceci étant, la Cour n’a pas eu l’impression que l'accusé avait pleinement pris
conscience de la gravité et de la portée de ses actes, même si son intelligence lui a permis de comprendre que les faits qui lui étaient imputés sont de nature . L’arrangement qu’il a tenté de conclure avec ses employeurs ne semblait emporter qu'indirectement et implicitement l’aveu de sa culpabilité et l'accusé a laissé à la Cour l’impression qu’il plaçait sa propre valeur au-delà de l’intérêt  ou confondait celle-ci avec celui-là. Par conséquent, afin de le dissuader clairement et définitivement de commettre de nouvelles infractions au détriment de ses employeurs actuels ou futurs et d’ancrer en lui la conscience de la faute commise, la Cour estime qu’il convient de lui infliger une peine complémentaire au sens de l’art. 42 al. 4 CP, ce d'autant plus que les actes délictueux ont été commis dans un dessein d'enrichissement. La peine pécuniaire ferme est fixée à un dixième de la peine d’ensemble, soit 60 jours.
Compte tenu des revenus de C. (à la retraite, il réalise encore plus de Fr.19'000.-
mensuels entre sa pension et ses activités professionnelles), de sa fortune nette hors biens immobiliers (Fr. 150'000.--), de son patrimoine immobilier estimé (Fr. 1'169'000 de valeur fiscale pour Fr. 400'000.-- de charge hypothécaire) et de sa situation personnelle, le montant du jour-amende est fixé à Fr. 500.--.
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7. Sur les frais
Concernant les frais de procédure, ceux-ci comprennent les émoluments et les débours exposés pendant la procédure de recherche, l’instruction préparatoire, la rédaction de l’acte d’accusation et les débats (art. 172 al. 1 PPF).
Leur quotité est déterminée par les dispositions de l’ordonnance sur les frais de la procédure pénale fédérale (ordonnance sur les frais: RS 312.025), du  sur les dépens et indemnités alloués devant le Tribunal pénal fédéral (RS 173.710.31) et du règlement sur les émoluments judiciaires perçus par le  pénal fédéral (RS 173.710.32).
7.1 Les frais sont en principe à la charge du condamné, la Cour pouvant pour des motifs spéciaux, les remettre totalement ou partiellement (art. 172 al. 1 PPF). Une telle remise est notamment possible lorsque le condamné est indigent ou s’il existe une disproportion évidente entre le montant des frais et la culpabilité du condamné. En cas d’acquittement partiel, le condamné peut aussi être dispensé du paiement des frais liés à des actes d’enquête spécifiquement exécutés pour établir les frais relatifs aux infractions pour lesquelles l’acquittement est prononcé (TPF SK.2004.13 du 6 juin 2005 consid. 12.1). S’il y a plusieurs condamnés, la Cour décide s’ils répondent solidairement ou non des frais (art. 172 al. 1 et 2 PPF). En cas d’acquittement complet, les frais sont à la charge de la .
Aux termes de l’art. 3 de l’ordonnance sur les frais, les émoluments doivent être fixés en fonction de l’importance de l’affaire, des intérêts financiers en jeu, du temps et du travail requis.
La répartition des frais, dépens et émoluments est réglée par les art. 172ss PPF et, pour le surplus, par les art. 62 à 68 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF; RS 173.110), applicable par renvoi de l’art. 245 al. 1 PPF. Le montant des frais judiciaires est de Fr. 200.-- au moins et de Fr. 250'000.-- au plus. Si des motifs particuliers le justifient, le Tribunal pénal fédéral peut doubler ces montants (art. 245 al. 2 PPF).
7.2 Les frais comprennent les émoluments et les débours occasionnés par la  de recherches, l'instruction préparatoire, le rédaction de l'acte d'accusation et les débats (art. 172 al. 1 PPF). Ils sont calculés selon les principes de l' sur les frais de la procédure pénale fédérale (ordonnance sur les frais; RS 312.025), par le règlement sur les dépens et indemnités alloués devant le Tribunal pénal fédéral (Règlement sur les dépens; RS 173.711.31) et par le Rè-
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glement fixant les émoluments judiciaires perçus par le Tribunal pénal fédéral (Règlement sur les émoluments; RS 173.711.32).
7.2.1 Pour ce qui a trait aux débours dans la présente affaire, il sied de formuler les remarques suivantes:
En ce qui concerne les frais de déplacement, leur remboursement peut être  du condamné dans la mesure où, comme c'est le cas en l'espèce, ils sont liés à des actes de procédure qui doivent être exécutés en dehors des locaux où siège l'autorité.
Le MPC a exposé des frais d'intervention (interpellation/perquisitions) de la PJF à hauteur de Fr. 1'050.--. Ce poste ne saurait toutefois être admis. En effet, de telles prestations ne constituent pas des débours au sens de l'art. 1 al. 3 ou de l'art. 5 de l'ordonnance sur les frais. Elles entrent dans les activités couvertes par les émoluments prévus par cette même ordonnance et la Cour a tenu compte de façon adéquate de ces frais supplémentaires en fixant l'émolument relatif à la procédure de recherches.
S'agissant enfin des coûts relatifs aux recherches effectuées par l'Institut fédéral de la propriété intellectuelle ainsi qu'à l'expertise rédigée par le Dr. GGG., ils  être admis au titre de frais opposables au condamné.
7.2.2 A teneur de l'art. 3 de l'Ordonnance sur les frais, les émolument doivent être fixés en fonction de l'importance de l'affaire, des intérêts financiers en jeu, du temps et du travail requis. En l'espèce, les versions des faits souvent divergentes de l'accusé, ont nécessité bon nombre d'interrogatoires et autres actes d'. Il se justifie, dans les limites fixées à l'art. 4 de l'ordonnance sur les frais, d'arrêter les émoluments à Fr. 9'000.-- pour la procédure de recherches et le soutien à l'acte d'accusation, à Fr. 8'000.-- pour l'instruction préparatoire et à Fr. 9'000.-- pour la procédure de jugement. S'agissant de la procédure devant la Cour, les débours s'élèvent à Fr. 12'702.--, les indemnités pour le travail fourni par l'interprète pendant les débats étant à la charge de l'Etat (ATF 127 I 141 consid. 3a; ATF 106 Ia 214 consid. 4b). En application de l'art. 2 du règlement sur les frais, l'émolument sera fixé à Fr. 9'000.--.
7.3 Au total, les frais de procédure s'élèvent ainsi à Fr. 41'921.35, répartis comme suit:
- pour la procédure de recherches: Fr. 11'689.--, y compris un émolument de Fr. 9'000.--
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- pour l'instruction préparatoire: Fr. 8'530.35, y compris un émolument de Fr. 8'000.--
- pour la procédure de jugement: Fr. 21'702.--, y compris un émolument de Fr. 9'000.--.
8. Exécution de la décision
L'exécution de la présente décision est confiée aux autorités du canton P.
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Par ces motifs, la Cour:
1. Déclare C. coupable d'infractions répétées de gestion déloyale (art. 158 CP).
2. L’acquitte des chefs d'accusation de gestion déloyale des intérêts publics (art. 314 CP) et de violation du secret de fonction (art. 320 CP).
3. Le condamne à une peine privative de liberté de 18 mois.
4. Le met au bénéfice du sursis, le délai d’épreuve étant fixé à deux ans.
5. Le condamne à une peine pécuniaire ferme de 60 jours-amende au montant de Fr. 500.-- par jour.
6. Le condamne à participer au paiement des frais de la cause à hauteur de Fr. 41'921,35.
7. Confie l'exécution de la présente décision aux autorités du canton P.
8. Dit que les questions civiles seront traitées ultérieurement.
9. Dit que le sort des avoirs séquestrés fera l'objet d'une décision ultérieure.
Au nom de la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral
Le président: La greffière:
Distribution: - Ministère public de la Confédération, case postale, 3003 Berne - Me Henri Baudraz, - Me Alain Thévenaz,
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Après son entrée en force, la décision sera communiquée au Ministère public de la Confédération en tant qu'autorité d'exécution (version complète)