# Swiss Legal Decision

**Decision ID:** 44391de6-29be-482a-9a5b-db73cab5963b
**Court:** JU_TC
**Chamber:** JU_TC_005
**Year:** 2022
**Language:** fr
**Jurisdiction:** JU / Espace_Mittelland
**Law Area:** $law_area
**Law Sub-area:** nan

## Facts

En fait :
A. La Commune de Basse-Allaine a mis à l’enquête publique les documents relatifs à la révision de son plan d’aménagement local (ci-après : PAL) du 10 septembre au 12 octobre 2020 (JOJ 2020 p. 656).
B. Le 9 octobre 2020, A._ Sàrl (ci-après : la recourante), propriétaire de la parcelle n° 1190 du ban de Basse-Allaine-Montignez, a formé opposition contre cette modification (dossier intimé p. 797 ; les pages désignées ci-après sans autre indication renvoient au dossier de l’intimé). La séance de conciliation qui s’est tenue le 7 octobre 2021 n’a pas permis de lever l’opposition (p. 821-824).
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C. L’assemblée communale a adopté le PAL le 28 octobre 2021. Le 6 mai 2022, le Service du développement territorial (ci-après : l’intimé) a rejeté l’opposition formée par la recourante et a approuvé la révision du PAL de la commune de Basse-Allaine (p. 898 et 969 à 973).
D. Le 7 juin 2022, la recourante a déposé un mémoire de recours contre cette décision auprès de la Cour administrative. Elle conclut à l’annulation de la décision d’approbation n° 2.849b et au renvoi du dossier de la cause à l’autorité intimée pour nouvelle décision dans le sens des considérants, sous suite de frais et dépens.
En substance, la recourante fait valoir qu’elle est en pleine expansion et que pour assurer son développement à long terme au regard de ses activités croissantes, elle a besoin de plus de place. Dans ce contexte, elle conteste le refus de la commune de placer, même partiellement, les parcelles nos 1201 et 2002 du ban de -Montignez (ci-après : les parcelles nos 1201 et 2002), en zone , ce qui aurait permis de répondre à ses besoins de développement. Il n’a pas non plus été tenu compte des besoins de la commune et de ses habitants en matière de déchets. De plus, les choix de la commune dans le cadre de la révision de son PAL sont constitutifs d’une inégalité de traitement et contreviennent aux principes d’utilisation judicieuse du sol et d’occupation rationnelle du territoire. Elle a pourtant reçu des garanties claires de la part des autorités communales en 2016 qu’elle pourrait obtenir une bande de terre sur les parcelles nos 1201 et 2002 qui seraient placées en zone à bâtir, violant ainsi le principe de la protection de la bonne foi.
E. Par courrier du 22 juin 2022, la commune de Basse-Allaine a informé la Cour administrative de sa volonté de participer à la procédure en qualité d’appelée en cause.
F. Le 13 juillet 2022, la commune a requis le retrait de l’effet suspensif au recours, estimant qu’elle avait un intérêt à ce que le PAL entre en vigueur immédiatement dans la mesure où les projets de deux citoyens et d’une entreprise sont actuellement bloqués car ils ne répondent pas aux prescriptions du plan actuel alors qu’ils seraient admissibles selon le nouveau plan, étant précisé que ces projets concernent uniquement Courtemaîche. De plus, les recours ne remettent pas en cause le PAL dans son ensemble mais concernent des parcelles ou des secteurs bien définis.
G. Dans sa réponse au recours du 26 juillet 2022, l’intimé a conclu au rejet du recours et à la confirmation de la décision attaquée, sous suite de frais et dépens.
En substance, il considère que les zones à bâtir destinées à l’habitat (zones centre, mixte et d’habitation ; zones CMH) de la commune de Basse-Allaine sont nettement surdimensionnées et doivent par conséquent être réduites. Une extension de la zone à bâtir aurait très probablement pour conséquence d’accroître les nuisances, déjà non négligeables pour les habitants, provenant des activités de la recourante. Aucune garantie n’avait été fournie à la recourante par les autorités communales.
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Il n’est également pas démontré que les besoins communaux en matière de gestion des déchets nécessitent effectivement une extension sur une partie des parcelles nos 1201 et 2002. Une mise en zone de bâtir de ces parcelles n’est pas justifiée car elle contrevient à différents intérêts publics qui trouvent racine dans le droit fédéral et repose ainsi essentiellement sur un intérêt d’ordre privé qui ne peut pas être pris en compte. Enfin, l’égalité de traitement n’a, par nature, qu’une portée restreinte en aménagement du territoire.
H. Le 15 septembre 2022, l’intimé a informé la Cour administrative qu’il laisse à cette dernière le soin de statuer que de droit sur la requête d’effet suspensif (recte : requête de retrait de l’effet suspensif) déposée par la commune.
I. Dans sa détermination du 19 septembre 2022, la commune a conclu au rejet du recours, sous suite des frais et dépens.
En résumé, elle expose que la recourante ne dispose d’aucune autorisation pour les activités autres que le broyage du bois et qu’il y a peu de chance qu’elle les obtienne à l’avenir. La commune reçoit régulièrement des plaintes de voisins relatant des atteintes à l’environnement causées par les activités non autorisées de la recourante. L’affirmation de la recourante selon laquelle elle aurait des garanties claires de la part des autorités communales qu’elle pourrait obtenir une bande de terre sur les parcelles nos 1201 et 2002 est erronée. Le volume des déchets provenant de la commune et récolté par la recourante est négligeable par rapport à l’ensemble des déchets que la recourante collecte et trie, actuellement, hormis le broyage du bois, de façon illégale. La commune ne s’oppose pas au développement des activités de la recourante, mais n’est simplement pas favorable à ce que ce développement se fasse sur les parcelles nos 1201 et 2002. C’est le surdimensionnement de toutes les zones constructibles qui a obligé la commune à réduire drastiquement lesdites zones. La décision attaquée respecte toutes les dispositions légales et réglementaires en matière d’aménagement du territoire.
J. Le 20 septembre 2022, la recourante a conclu au rejet de la requête de retrait de l’effet suspensif, sous suite de frais et dépens.
K. Par courrier du 14 octobre 2022, la recourante a communiqué ses observations sur les prises de position respectives de l’intimé et de la commune. Elle confirme intégralement son mémoire de recours du 7 juin 2022 et ses conclusions.
Elle précise qu’avec une mise en zone mixte d’une petite partie uniquement des parcelles nos 1201 et 2002, les exigences de la LAT relatives à une utilisation mesurée du sol seraient respectées. Aucune augmentation de la zone mixte n’est demandée mais seulement une juste répartition de celle-ci sur le territoire communal. Il aurait ainsi été possible pour la commune et l’intimé d’approuver un PAL qui prenait en compte les besoins de la recourante pour son développement à long terme tout en respectant les principes fondamentaux en matière d’aménagement du territoire.
L. Il sera revenu ci-après sur les autres éléments du dossier en tant que besoin.
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## Considerations

En droit :
1. La Cour administrative est compétente pour connaître du recours formé contre une décision d’approbation rendue par l’intimé (art. 73 al. 3 LCAT et 160 let. b Cpa).
Dans la mesure où la recourante est destinataire de la décision attaquée et que le choix de la commune de ne pas classer en zone à bâtir les parcelles nos 1201 et 2002 impacte directement sa situation, elle dispose de la qualité pour recourir.
Pour le surplus, déposé dans les forme (art. 126 et 127 Cpa) et délai légaux (art. 73 al. 3 LCAT), le recours est recevable et il convient d'entrer en matière.
2. La révision du plan d’aménagement local dans la commune de Basse-Allaine intervient notamment suite au besoin du canton du Jura de réduire ses zones à bâtir. Le Jura présente un taux cantonal d’utilisation (ci-après : TCU) inférieur à 95% (Rapport d’examen et approbation des chapitres urbanisation et mobilité du plan directeur cantonal du Canton du Jura, par l’Office fédéral du développement territorial, ARE, du 9 avril 2019, p. 19 ; plan directeur cantonal, zones à bâtir destinées à l’habitat, rapport explicatif de la fiche U.02, p.7). Pour rappel, le TCU a pour vocation de présenter l’intensité de l’utilisation du territoire cantonal en établissant un rapport entre le nombre d’habitants et d’emplois anticipé dans 15 ans dans les zones d’habitation, mixtes et centrales et la capacité cantonale d’accueil (Directive technique sur les zones à bâtir du DETEC approuvées le 17 mars 2014, p. 8). Ainsi, si le résultat du calcul du taux cantonal d’utilisation est inférieur à 100%, cela signifie que les zones sont surdimensionnées (ADM 76/2022 du 20 septembre 2022 consid. 3 consultable sur https://jurisprudence.jura.ch/, lequel concerne également la Commune de Basse-Allaine). Dans cette dernière hypothèse, le canton doit procéder à une réduction de sa zone à bâtir. À cet égard, conformément à l’art. 8a al.1 let. d LAT, le canton doit poser les jalons dans son plan directeur cantonal pour assurer la conformité des zones à bâtir aux conditions de l’art. 15 LAT.
S’agissant plus spécifiquement de la commune de Basse-Allaine, la révision du PAL vise à permettre à cette commune, née de la fusion entre les localités de Buix, Courtemaîche et Montignez en 2009, de disposer d’un seul instrument de planification et ainsi d’avoir une vision et une réflexion communes sur l’ensemble du territoire (p. 123). Le rapport d’opportunité, dans sa version du 8 octobre 2013, a mis en évidence plusieurs problématiques, à savoir, notamment, la décroissance démographique, l’offre surdimensionnée en terrain à bâtir et l’étalement de l’urbanisation (p. 122). En effet, la commune de Basse-Allaine a vu, durant les quinze dernières années, sa population diminuer (p. 119), ce qui a eu pour conséquence que certaines extensions de la zone à bâtir destinées à la construction de nouveaux logements sont restées non construites, favorisant l’apparition de dents creuses dans les quartiers résidentiels (p. 122).
Des réflexions visant à densifier le milieu bâti (p. 125) ainsi qu’à modifier l’affectation des surfaces non construites (p. 143) ont donc été entreprises.
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Avant la révision du PAL, le surdimensionnement des zones CMH de la commune était de 11.4 ha (p. 356), de telle sorte qu’il s’avère nécessaire de procéder à un redimensionnement. Ainsi, les modifications apportées au PAL, consistant à réduire la zone à bâtir, visent à se conformer au droit fédéral et à l’obligation pour la commune de réduire sa zone à bâtir de 165 logements (p. 218).
3. Dans un premier grief, la recourante conteste le choix de la commune de ne pas prévoir une extension de la zone mixte sur les parcelles nos 1201 et 2002. Selon elle, cette extension répond à un réel besoin pour la population et est nécessaire pour son propre développement. Il existe donc un intérêt public concret à permettre le développement des activités de la recourante. Ce faisant, la commune a violé le droit fédéral et cantonal dans la mesure où elle n’a pas tenu compte des besoins de la commune et de ses habitants pour les quinze années à venir, de même que des besoins futurs à long terme de la recourante.
3.1. Conformément à l’art. 15 al. 1 LAT, la zone à bâtir doit être définie de manière à répondre aux besoins prévisibles pour les quinze années suivantes. Les zones à bâtir surdimensionnées doivent être réduites (art. 15 al. 2 LAT).
Aux termes de l’art. 15 al. 4 LAT, de nouveaux terrains peuvent être classés en zone à bâtir s’ils sont propres à la construction (let. a), seront nécessaires à la construction dans les quinze prochaines années même si toutes les possibilité d’utilisation des zones à bâtir réservées ont été épuisées et seront équipés et construits à cette échéance (let. b), les terres cultivables ne sont pas morcelées (let. c), leur disponibilité est garantie sur le plan juridique (let. d) et s’ils permettent de mettre en œuvre le plan directeur (let. e).
Selon l’art. 2 al. 3 LAT, il est laissé une large liberté d’appréciation aux autorités chargées de l’aménagement du territoire. De plus, l’art. 3 OAT prévoit que lorsque dans l’accomplissement et la coordination de tâches ayant des effets sur l’organisation du territoire, les autorités disposent d’un pouvoir d’appréciation, elles sont tenues de peser les intérêts en présence. Lorsqu’il s’agit de déterminer les besoins en terrains à bâtir, doivent notamment être pris en considération, selon la jurisprudence, la réserve en terrains disponibles dans les zones à bâtir actuelles, l’utilisation passée et future des terrains à bâtir, le développement démographique et économique, l’état et le développement du réseau de transports publics, ainsi que les possibilités financières et techniques de la commune en matière d’équipement (TF 1C_496/2016 du 26 novembre 2018, consid. 3.1). Les autorités sont ainsi tenues de déterminer les intérêts concernés, apprécier les intérêts notamment en fonction du développement spatial souhaité et des implications qui en résultent, tout en veillant à prendre en considération, dans la mesure du possible, l’ensemble des intérêts concernés. Il faut ainsi que la mesure de planification soit objectivement justifiable (ATF 145 II 18 consid. 3.1). Le Tribunal fédéral a régulièrement affirmé que les zones à bâtir surdimensionnées sont contraires à la LAT et doivent être réduites (ATF 141 II 393 consid. 2).
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La réduction des zones à bâtir surdimensionnées relève d’un intérêt public important (TF 1C_629/2019 du 31 mars 2021 consid. 3.3 et les références), susceptible d’avoir, sur le principe, le pas sur l’intérêt public à la stabilité des plans ainsi que sur les intérêts privés des propriétaires concernés (TF 1C_645/2020 du 21 octobre 2021 consid. 3.2 et les références).
3.2. Saisie d’un recours contre l’approbation d’un PAL, la Cour administrative dispose d’un libre pouvoir d’examen (art. 33 al. 3 let. b LAT et 73 al. 3 LCAT). Procéder à un libre examen signifie examiner s’il y a violation du droit, y compris s’il y a excès de pouvoir d’appréciation ou abus du pouvoir d’appréciation, examiner s’il y a constatation inexacte ou incomplète des faits juridiquement pertinents et examiner si une mesure est inopportune. L’obligation qu’a l’autorité de recours de procéder à un libre examen n’exclut pas que celle-ci s’impose une certaine retenue lorsqu’il s’agit d’affaire locales et lorsque l’autorité de niveau inférieure bénéfice d’une certaine marge de manœuvre dans l’application de notions juridiques indéterminées ou dans le cadre de son activité de planification (AEMISEGGER/HAAG, Commentaire pratique LAT : autorisation de construire, protection juridique et procédure, 2019, nos 82 ss ad art. 33 LAT et les références citées ; ADM 76/2022 du 20 septembre 2022 consid. 2).
3.3. En l’espèce, les parcelles nos 1201 et 2002 sises à Montignez se trouvent actuellement en zone agricole et font partie des surfaces d’assolement (cf. géoportail SIT-Jura, thème agriculture), seule une petite partie contiguë à la parcelle 1190 étant en zone à bâtir. Avec la révision du PAL, ces parcelles retournent intégralement à la zone agricole. L’art. 15 al. 3 LAT prévoit expressément que les surfaces d’assolement doivent être maintenues. On entend par là que la terre agricole fertile matériellement adaptée à l’agriculture doit être maintenue pour une utilisation agricole (AEMISEGGER/KISSLING, Commentaire pratique LAT : planifier l’affectation, 2016, ad art. 15 no 78). Ainsi, les surfaces d’assolement ne peuvent être classées en zone à bâtir que si un objectif jugé important par le canton ne peut être judicieusement atteint sans recourir aux surfaces d’assolement (art. 30 al. 1bis OAT). Dans le cadre de la pesée des intérêts, une attention particulière doit dès lors être accordée aux surfaces d’assolement. Cela ne signifie pas que ce critère a une priorité absolue sur les autres buts et principe de l’aménagement du territoire. Toutefois, la pesée des intérêts doit lui attribuer un grand poids (AEMISEGGER/KISSLING, op. cit. no 78)
3.4. La pesée des différents intérêts en présence effectuée par l’intimé et l’appelée en cause n’est pas critiquable.
En premier lieu, elle tient compte du fait que la parcelle de la recourante, qui se trouve en zone mixte (MA), se situe à proximité de zones mixtes (MA) et de zone centre A (CA), lesquelles sont notamment réservées à l’habitat, aux activités engendrant peu de nuisances et dans lesquelles un degré au sensibilité au bruit III est prévu. Or, selon le plan de développement produit par la recourante dans le cadre de la révision du PAL (p. 483ss), l’augmentation du trafic des poids lourds va, en cas d’extension de l’entreprise, doubler (p. 491).
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De plus, certaines personnes, dont la parcelle jouxte celle de la recourante, se sont déjà plaintes que les activités de tri et de dépôt de déchets engendrent du bruit, des émissions de poussières ou des émanations incommodantes comme le gaz d’échappement des véhicules (p. 713). La préservation des lieux d’habitation par rapport aux atteintes nuisibles ou incommodantes constitue, qui plus est, l’un des principes fondamentaux de la LAT (art. 3 al. 3 let. b LAT). D’ailleurs, suite au constat que des problèmes de plus en plus fréquents de cohabitation avec l’industrie se présentent dans les zones mixtes, la fiche 4.05 du plan directeur cantonal exige qu’une attention particulière soit donnée aux nuisances sonores. L’appelée en cause fait en outre état de nombreux problèmes en lien avec le développement de l’entreprise qui ne serait pas tel que la recourante le présente, précisant notamment que le seul contrat en matière de girobroyage de la recourante a été résilié pour fin 2022 et que la recourante a déjà été condamnée pour avoir construit sur les parcelles 1201 et 2002 sans permis (PJ 1 appelée en cause). Dans ces circonstances, le fait que la commune ait renoncé à l’extension de la zone à bâtir sur les parcelles nos 1201 et 2002 par crainte d’une augmentation des nuisances, notamment sonores, olfactives et environnementales (p. 612) n’est pas critiquable.
En outre, la requête de la recourante se heurte fondamentalement à la protection des surfaces d’assolement (cf. consid. 3.3), et n’est pas conforme aux dispositions légales, respectivement à la fiche U.01.4 du plan directeur cantonal relatif à la mise en zone de surface d’assolement. Selon cette dernière, le canton n’accepte pas de nouvelles emprises sur les surfaces d’assolement sauf s’il est démontré qu’aucune solution sans emprise n’est envisageable. Tel n’est manifestement pas le cas en l’espèce. Le projet ne répond pas non plus à un objectif important du point de vue cantonal. Il n’existe ainsi pas un réel besoin d’étendre l’exploitation de la recourante pour le dépôt des déchets verts et autres matériaux de recyclage, ce d’autant plus que la commune connaît, depuis plusieurs années, une situation de décroissance démographique ainsi qu’une diminution du nombre d’emplois et que la commune a résilié le seul contrat de girobroyage que la recourante avait (p. 355) pour entreposer ses déchets verts ailleurs (prise de position appelée en cause, art. 4).
Il apparait ainsi qu’il n’existe aucun intérêt public à la mise en zone à bâtir des parcelles nos 1201 et 2002. En réalité, la demande de la recourante poursuit exclusivement des intérêts privés.
A cet égard, comme le rappelle à juste titre l’intimé, si, au regard des objectifs d’intérêts publics qu’il a à concrétiser, le PAL est correctement établi, l’intérêt privé du propriétaire n’a que peu de poids. Cela s’explique par le fait que les intérêts publics posés par la LAT doivent être concrétisés par le PAL. Dès lors que ce dernier les réalise effectivement, il est conforme au droit fédéral, ce qui suffit à sa validité. L’intérêt privé ne peut donc être pris en compte qu’à l’intérieur de la marge de liberté que la correcte mise en œuvre du droit fédéral laisse à l’autorité (JEANNERAT/MOOR, in : Commentaire pratique LAT : Planifier l’affectation, 2016, art. 14 LAT, n° 43).
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En l’occurrence, le PAL respecte les principes issus du droit supérieur et la commune a effectué une pesée des intérêts non critiquable, l’amenant à refuser l’extension de la zone à bâtir sur les parcelles nos 1201 et 2002.
Au vu de ce qui précède, c’est donc à bon droit que l’intimé a donné son approbation à la modification du PAL.
4. Dans un second grief, la recourante conteste la manière dont les autorités ont procédé à la réduction de la zone à bâtir, estimant que d’autres parcelles n’ont pas été placées en zone agricole alors qu’elles auraient pu l’être ou qu’il a été renoncé à placer certaines parcelles en zone agricole sans réel motif. A titre exemplatif, elle mentionne les parcelles nos 398, 190, 548, 549, 2584 et 204 du ban du Basse- qui n’auraient pas dû être classées en zone à bâtir. Certains terrains auraient ainsi pu aisément être placés en zone agricole pour compenser le très faible développement de la zone mixte-artisanale sur les parcelles nos 1201 et 2002. Il s’agit là, selon elle, d’une inégalité de traitement crasse et de la preuve d’un arbitraire certain dans l’affectation des zones.
4.1. Une décision viole le droit à l'égalité de traitement lorsqu'elle établit des distinctions juridiques qui ne se justifient par aucun motif raisonnable au regard de la situation de fait à réglementer ou lorsqu'elle omet de faire des distinctions qui s'imposent au vu des circonstances (cf. TF 1C_466/2013 du 24 avril 2014 consid. 5.1 ; ATF 131 V 107 consid. 3.4.2 p. 114; 129 I 113 consid. 5.1 p. 125 et les arrêts cités). Ce principe n'a qu'une portée réduite dans l'élaboration des plans d'affectation. Il est en effet dans la nature même de l'aménagement local que la délimitation des zones crée des inégalités et que des terrains de mêmes situation et nature puissent être traités différemment en ce qui concerne tant leur attribution à une zone déterminée que leur possibilité d'utilisation. Du point de vue constitutionnel, il suffit que la planification soit objectivement soutenable, c'est-à-dire qu'elle ne soit pas arbitraire (TF 1C_ 398/2018 du 16 avril 2020 consid. 5.1 ; 1C_76/2011 consid. 4.1 publié in SJ 2012 I 77; ATF 121 I 245 consid. 6e/bb p. 249 et les arrêts cités). Dans le domaine de la planification en effet, l’analyse comparative de parcelles considérées isolément est remplacée par un examen plus large, celui des motifs justifiant des différences de classement dans la cohérence du plan dans son ensemble et dans la concrétisation qu’il donne sur le terrain aux buts, principes et objectifs de l’aménagement du territoire (JEANNERAT/MOOR, in : Commentaire pratique LAT : Planifier l’affectation, 2016, n° 47 ad art. 14).
4.2. En l’espèce, l’affectation et l’emplacement des parcelles mentionnées par la recourante répondent pleinement aux objectifs de planification décrits ci-dessus, à savoir, en particulier, favoriser une densification de l’espace bâti et éviter l’étalement de l’urbanisation, en conformité avec l’art. 1 al. 2 let. abis et b LAT et la fiche U.01.2 du plan directeur cantonal. S’agissant plus spécifiquement de la parcelle n°204,  n’est pas concernée par la révision du PAL. Elle demeure ainsi en zone agricole de sorte que la recourante ne peut rien en déduire.
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Les autorités ayant en l’espèce tenu compte de l’ensemble des dispositions légales en matière d’aménagement du territoire, des principes contenus dans le plan directeur cantonal et effectué une pesée complète des intérêts en présence, le grief d’une violation de l’inégalité de traitement est mal fondé. En tout état de cause, les choix de l’appelée en cause, validés par l’intimé, n’apparaissent pas arbitraire au point de violer le principe de l’égalité de traitement.
Compte tenu de ce qui précède, le grief tiré d’une mauvaise répartition des zones à bâtir sur le territoire communal, respectivement d’une inégalité de traitement, est mal fondé.
5. La recourante fait ensuite valoir que les autorités communales se sont comportées de manière contraire à la bonne foi. A l’appui de ce grief, elle estime avoir reçu de celles-ci des garanties claires en 2016 qu’elle pourrait obtenir une bande de terre sur les parcelles nos 1201 et 2002 qui seraient placées en zone à bâtir, respectivement en zone mixte-artisanale, pour le développement de ses activités.
5.1 Aux termes de l'art. 5 al. 3 Cst., les organes de l'Etat et les particuliers doivent agir de manière conforme aux règles de la bonne foi. Cela implique notamment qu'ils s'abstiennent d'adopter un comportement contradictoire ou abusif (ATF 136 I 254 consid. 5.2). De ce principe général découle le droit fondamental du particulier à la protection de sa bonne foi dans ses relations avec l'Etat, consacré à l'art. 9 in fine Cst. (ATF 138 I 49 consid. 8.3.1). Le principe de la bonne foi protège le citoyen dans la confiance placée dans les assurances reçues des autorités (lorsqu'il règle sa conduite d'après les décisions, les déclarations ou le comportement de l'administration) ; un renseignement ou une décision erronés peuvent contraindre l'administration à consentir à l'administré un avantage contraire à la réglementation en vigueur ; il faut alors que l'autorité soit intervenue dans une situation concrète envers une personne particulière, qu'elle ait agi, ou soit censée avoir agi, dans les limites de ses compétences, que l'administré n'ait pas pu immédiatement réaliser l'inexactitude de l'information obtenue, qu'il se soit fondé sur les assurances ou sur le comportement dont il se prévaut pour prendre des dispositions auxquelles il ne peut renoncer sans subir de préjudice et que la loi n'ait pas changé depuis le moment où l'assurance a été donnée (ATF 143 V 95 consid. 3.6.2 ; 141 V 530 consid. 6.2 ; TF 1C_617/2019 du 27 mai 2020 consid. 4.1).
5.2 En l’espèce, la recourante se réfère à un échange de courriels qu’elle a eu le 21 décembre 2016 avec B._, alors maire de Basse-Allaine (PJ n° 7 de la recourante).
La recourante ne saurait être suivie. Contrairement à ce qu’elle allègue, la lecture de l’échange de courriels ne permet pas de déceler une quelconque assurance donnée par B._. En effet, comme cela ressort clairement de son courriel, celui-ci a uniquement indiqué à la recourante avoir « sollicité une extension de la zone à bâtir d’environ 1'200 à 1'300 m2 » pour la recourante « dans le cadre de la révision du PAL ».
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A cet égard, le fait que B._ indique à la recourante que le déplacement d’une partie de son entreprise « semble, en l’état, la meilleure solution à long terme » démontre bien qu’il n’avait aucune certitude quant au classement d’une partie des parcelles nos 1201 et 2002 en zone à bâtir. La recourante l’avait d’ailleurs bien compris puisqu’elle a, le 22 novembre 2017, établi un rapport « Plan de développement de la société A._ Sàrl à Montignez – Basse-Allaine » à l’intention des autorités communales (pp. 483 ss). On ajoutera encore que si, conformément à l’art. 46 al. 1 et 2 LCAT, le conseil communal, in corpore, est l’autorité responsable de l’aménagement local, son adoption est du ressort de l’assemblée communale (art. 13 du nouveau règlement communal sur les constructions de Basse-Allaine), ce dont B._, alors maire, ne pouvait qu’être conscient.
De plus, on peine à comprendre les dispositions qu’a pris la recourante sur la base des prétendues garanties données par B._, dans la mesure où elle n’en mentionne pas. Le fait que la recourante, à la demande de B._, ait préparé un projet concret et précis, détaillant les modifications envisagées de l’entreprise, et un document attestant que C._, propriétaire des parcelles nos 1201 et 2002, s’est déclaré prêt à céder à la recourante une partie de celles-ci (PJ n° 5 de la recourante), n’y change rien. C’est d’autant plus vrai que dans un premier temps, il était question d’une extension de 1'226 m2 (pp. 579 et 599), alors que la recourante requiert, depuis la procédure d’opposition, 2'000 m2 (pp. 787 ss).
Au vu de ce qui précède, le grief de la violation du principe de la bonne foi est mal fondé.
6. La recourante expose encore que D._, actionnaire principal de la recourante est disposé à ce que sa parcelle n° 195 du ban du Basse-Allaine-Montignez, actuellement en zone mixte-artisanale, soit entièrement restituée à la zone agricole. De ce fait, la commune pourrait classer une partie des parcelles nos 1201 et 2002 en zone mixte, tout en respectant les exigences fédérales et cantonales relatives à la réduction des zones à bâtir. Une telle façon de faire consisterait en un changement mineur qui peut être revu par l’autorité d’approbation.
6.1. Selon la jurisprudence, l’autorité d’approbation ne peut, dans le cadre du contrôle de la légalité et de l’opportunité qui lui incombe en vertu de l’art. 73 al. 2 LCAT, remplacer à sa guise par ses propres normes les prescriptions édictées en procédure communale d'adoption des normes. Une telle intervention viole l'autonomie communale garantie par le droit constitutionnel. L'autorité d'approbation ne doit intervenir que si la solution adoptée par la commune lui paraît inopportune et elle ne peut imposer une autre solution que si cette dernière est mieux appropriée que la réglementation de la commune (ADM 131 / 2014 du 25 mars 2015 consid. 3.2.2, et les références citées).
Des modifications de la part de l’autorité d’approbation ne sont dans tous les cas possibles que si elles portent sur des points mineurs.
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On considère qu’une modification est mineure lorsqu’on peut partir du principe que si elle avait été envisagée dès le début, elle n’aurait pas influencé la décision de l’autorité planificatrice. Une telle question dépend des circonstances locales ; ainsi, une modification dans une commune de grande taille peut apparaître comme mineure et ne pas représenter un intérêt public, alors qu’elle peut revêtir une importance significative dans une petite commune (ADM 131 / 2014 du 25 mars 2015 consid. 3.2.2 ; ZAUGG/LUDWIG, Baugesetz des Kantons Bern, Kommentar, Band II, 4e éd., 2017, N 4a ad Vorbemerkungen zu den Art. 58-63 ; cf. également la casuistique présentée au N 4 ss ad Vorbemerkungen zu den Art. 58-63).
6.2. En l’espèce, indépendamment de la question de savoir si la modification demandée par la recourante peut être qualifiée de mineure ou non, la cause ne saurait, quoi qu’il en soit, être renvoyée à l’intimé.
En effet, compte tenu de l’emplacement de la parcelle n° 195, qui se trouve en zone MA dans un secteur construit et au bord d’une route, son retour en zone agricole n’apparaît pas judicieux.
Enfin, comme le relève à juste titre la commune, la parcelle n° 195, qui fait 2'148 m2 et non pas 2'400 m2 a été, dans le cadre de la révision du PAL, partiellement affectée à la zone agricole. Seuls 900 m2 de la parcelle subsistent en zone à bâtir. D._, propriétaire de ladite parcelle, n’a pas contesté ce changement d’affectation. Dès lors, la demande de la recourante n’est pas pertinente dans la mesure où elle implique une augmentation de la zone à bâtir, contraire à la volonté de la commune de la réduire.
Par conséquent, ce grief doit être rejeté, tout comme la conclusion tendant au renvoi de la cause à l’intimé pour nouvelle décision.
7. Pour le surplus, la recourante ne peut être suivie lorsqu’elle affirme que la commune et l’intimé ont clairement pris le parti de léser les intérêts de la recourante en ne donnant pas suite à sa demande. D’ailleurs, la commune était dans un premier temps favorable à l’extension de la zone à bâtir sur une partie des parcelles nos 1201 et 2002 en faveur de la recourante (pp 373 et 506). C’est seulement suite à la réception du rapport d’examen préalable n° 2.849 du 15 mai 2017 du Département de l’environnement (pp. 278 ss), enjoignant la commune de réduire sa zone à bâtir de 5 ha supplémentaires (p. 284) que des nouveaux choix ont dû être effectués. Ainsi, il a été décidé, dans le cadre de cette nouvelle réduction, de renoncer à l’extension, initialement prévue, des parcelles nos 1201 et 2002 (p. 612). Le fait que les activités de la recourante provoquent de nombreuses nuisances envers son voisinage, objets de plaintes récurrentes, et donnent l’allure de chantier permanent assez peu accueillant pour une entrée de village a conforté ce choix, de même que la volonté de la commune de préserver les qualités paysagères de la campagne à l’ouest, au nord et à l’est du village de Montignez (p. 370), conformément à l’art. 1 al. 2 let. a LAT.
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8. Dans ces conditions, il n’y a pas lieu de donner suite aux compléments de preuve de la recourante tendant à son interpellation, dans la mesure où le dossier est suffisamment instruit pour permettre à la Cour de statuer.
9. Compte tenu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans son intégralité.
10. Les frais de procédure sont mis à charge de la recourante qui succombe (art. 219 al. 1 Cpa). Pour les mêmes raisons, il ne lui est pas alloué de dépens (art. 227 al. 1 Cpa). Il n’est pas non plus alloué de dépens à l’intimé (art. 230 al. 1 Cpa)., ni à l’appelée en cause qui n’est pas assistée d’un mandataire.