# Swiss Legal Decision

**Decision ID:** a94d9d54-19e0-4b2a-94a9-4c99211abdf4
**Court:** CH_BGer
**Chamber:** CH_BGer_002
**Year:** 2019
**Language:** de
**Jurisdiction:** CH / Federation
**Law Area:** $law_area
**Law Sub-area:** nan

## Facts

Sachverhalt:
A.
A._ (geb. 1955; nachfolgend: die Steuerpflichtige) hat steuerrechtlichen Wohnsitz in U._/SG. In den hier interessierenden Steuerperioden 2008 bis 2010 war sie unselbständig erwerbstätig. Zum einen betätigte sie sich bei der B._ als Leiterin der Heilpädagogischen Schule, deren Schulhaus sich in V._ befindet. Zum anderen wirkte sie als Geschäftsführerin (heute: Liquidatorin) der C._ GmbH (heute: in Liquidation) mit Sitz in W._/AR, deren Mehrheitsgesellschafterin sie ist. Am 8. September 2009 reichte sie ihre private Steuererklärung zur Steuerperiode 2008 ein. Mit E-Mail vom 29. Oktober 2010 an das Steueramt des Kantons St Gallen (KStA/SG) beantragte sie alsdann, es sei mit dem Erlass der Veranlagungsverfügung 2008 noch zuzuwarten. Die Buchhaltung der C._ GmbH befinde sich in Überarbeitung, was Auswirkungen auf ihre eigene Veranlagung haben werde. Am 20. Januar 2011 gab sie, wie in Aussicht gestellt, die modifizierten Einkünfte bekannt. Die Steuererklärungen zu den Steuerperioden 2009 und 2010 reichte sie am 15. März 2011 bzw. 19. Juli 2011 ein.
B.
Am 29. Dezember 2014 teilte das KStA/SG der Steuerpflichtigen mit, mangels vollständiger Unterlagen könne die Veranlagung 2008 noch nicht vorgenommen werden. Mit dem vorliegenden Schreiben werde der Lauf der Veranlagungsverjährung unterbrochen. Am 18. Dezember 2015 erging ein gleichlautendes Schreiben zur Steuerperiode 2009. In der Folge setzte das KStA/SG die Staats- und Gemeindesteuern des Kantons St. Gallen und die direkte Bundessteuer, Steuerperioden 2008-2010, mit Veranlagungsverfügungen vom 6. April 2016 fest. Die Steuerpflichtige focht die Verfügungen an. Mit Einspracheentscheiden vom 3. Januar 2017 (2008 und 2009) bzw. 4. Januar 2017 (2010) hiess das KStA/SG die Einsprachen insofern teilweise gut, als es die Mehrkosten für die auswärtige Verpflegung (2008-2010) bzw. die Schuldzinsen von Fr. 698.-- (2010) zum Abzug zuliess. Die Kosten des privaten Fahrzeugs für die Fahrt an die Heilpädagogische Sonderschule liess die Veranlagungsbehörde auch weiterhin nicht zu. In grundsätzlicher Hinsicht erkannte das KStA/SG, die Einrede der Veranlagungsverjährung sei unbegründet (2008-2010).
C.
Die Verwaltungsrekurskommission hiess die dagegen gerichteten Rekurse am 20. Juni 2017 teilweise gut. Unter dem Titel Berufswegkosten berücksichtigte sie die Kosten des öffentlichen Verkehrs von Fr. 1'953.-- (2008-2009) bzw. Fr. 1'519.-- (2010, sieben Monate). Das steuerbare Einkommen belief sich nunmehr für die Staats- und Gemeindesteuern des Kantons St. Gallen bzw. die direkte Bundessteuer auf Fr. 135'400.-- und Fr. 134'700.-- (2008), Fr. 95'800.-- und Fr. 94'900.-- (2009) bzw. Fr. 66'300.-- und Fr. 65'400.-- (2010). Das steuerbare Vermögen erreichte unverändert Fr. 111'000.--, Fr. 0.-- und Fr. 132'000.--.
D.
Die Steuerpflichtige rief das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen an, dessen Abteilung III die Beschwerden mit Entscheid B 2017/158 / B 2017/159 vom 27. August 2018 abwies. Das Verwaltungsgericht erkannte hauptsächlich, mit ihren E-Mails vom 29. Oktober 2010 bzw. 20. Januar 2011 (Steuerperiode 2008) und den Steuererklärungen vom 15. März 2011 bzw. 19. Juli 2011 (Steuerperioden 2009 und 2010) habe die Steuerpflichtige die laufende Veranlagungsverjährung unterbrochen. Die Veranlagungsverfügungen vom 6. April 2016 seien alsdann innerhalb von fünf Jahren seit der Unterbrechung der Verjährung und damit rechtzeitig ergangen. Was die Kosten des Berufswegs angehe, habe die C._ GmbH der Steuerpflichtigen unentgeltlich ein Generalabonnement zur Verfügung gestellt, was auf Ebene der Steuerpflichtigen aufgerechnet worden sei. Die Vorinstanz habe zutreffend (nur) die Kosten des öffentlichen Verkehrs zugelassen. Die im verwaltungsgerichtlichen Verfahren vorgebrachten Argumente (medizinische Notfälle, unregelmässige Arbeitszeiten, Sitzungen bis spätabends) seien unbewiesen geblieben, ebenso wie die angeblichen konkreten Kosten und überhaupt der Besitz eines Motorfahrzeugs. Der öffentliche Verkehr zwischen U._/SG und V._/SG sei gut ausgebaut und erlaube das Reisen bis in die Nachtstunden.
E.
Mit Eingabe vom 29. September 2018 erhebt die Steuerpflichtige beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten sowie subsidiäre Verfassungsbeschwerde. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und es sei festzustellen, dass die Veranlagungsverjährung hinsichtlich der Steuerperioden 2008-2010 eingetreten sei. Eventualiter seien die Kosten des Berufswegs im deklarierten Umfang (Fr. 8'315.--, Fr. 7'222.--, Fr. 4'479.--) zum Abzug zuzulassen.
F.
Der Abteilungspräsident hat die Akten des kantonalen Verfahrens beigezogen, von weiteren Instruktionsmassnahmen, namentlich von einem Schriftenwechsel (Art. 102 Abs. 1 BGG [SR 173.110]), aber abgesehen (Art. 32 Abs. 1 BGG).

## Considerations

Erwägungen:
I. Prozessuales
1.
1.1. Die Voraussetzungen der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten sind erfüllt (Art. 82 lit. a, Art. 83 e contrario, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2, Art. 89 Abs. 1, Art. 90 und Art. 100 Abs. 1 BGG in Verbindung mit Art. 146 DBG [SR 642.11] und Art. 73 StHG [SR 642.14]). Auf die Beschwerde ist einzutreten. Für die subsidiäre Verfassungsbeschwerde (Art. 113 ff. BGG) bleibt mithin kein Raum.
1.2. Das Bundesgericht prüft das Bundesrecht, wozu auch die direkte Bundessteuer und die harmonisierten Steuern von Kantonen und Gemeinden zählen (Art. 128 und 129 BV), von Amtes wegen (Art. 106 Abs. 1 BGG; BGE 143 V 19 E. 2.3 S. 23 f.) und mit uneingeschränkter (voller) Kognition (Art. 95 lit. a BGG; BGE 144 II 313 E. 5.1 S. 319).
1.3. Im Unterschied dazu geht das Bundesgericht der angeblichen Verletzung verfassungsmässiger Individualrechte (unter Einschluss der Grundrechte) nur nach, falls und soweit eine solche Rüge in der Beschwerde überhaupt vorgebracht und ausreichend begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; qualifizierte Rüge- und Begründungsobliegenheit; BGE 144 II 313 E. 5.1 S. 319). In der Beschwerde ist daher klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen, dass und inwiefern verfassungsmässige Individualrechte verletzt worden sein sollen (BGE 143 I 1 E. 1.4 S. 5).
1.4. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG; BGE 144 V 173 E. 1.2 S. 175). Die Sachverhaltskontrolle ist auf offensichtlich unrichtige Feststellungen beschränkt (Art. 105 Abs. 2 BGG). "Offensichtlich unrichtig" ist mit "willkürlich" gleichzusetzen (BGE 144 IV 35 E. 2.3.3 S. 42 f.). Tatfrage ist auch die Beweiswürdigung. Die Anfechtung der vorinstanzlichen Feststellungen unterliegt der qualifizierten Rüge- und Begründungsobliegenheit (BGE 144 V 50 E. 4.1 S. 52 f. mit Hinweisen; vorne E. 1.3). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen vor Bundesgericht nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (unechte Noven; Art. 99 Abs. 1 BGG; BGE 144 IV 35 E. 2.1 S. 40).
II. Direkte Bundessteuer
2.
2.1. Als Steuerperiode gilt bei den natürlichen Personen in jedem Fall das Kalenderjahr (Art. 40 Abs. 1 DBG). Das Recht des Kantons, die direkte Bundessteuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der betreffenden Steuerperiode (Art. 120 Abs. 1 DBG; relative Verjährung), in jedem Fall aber 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode (Art. 120 Abs. 4 DBG; absolute Verjährung). Die Verjährung beginnt namentlich neu zu laufen mit jeder auf Feststellung oder Geltendmachung der Steuerforderung gerichteten Amtshandlung, die einer steuerpflichtigen oder mithaftenden Person zur Kenntnis gebracht wird (Art. 120 Abs. 3 lit. a DBG), und mit jeder ausdrücklichen Anerkennung der Steuerforderung durch die steuerpflichtige oder mithaftende Person (Art. 120 Abs. 3 lit. b DBG).
2.2.
2.2.1. Art. 120 Abs. 3 lit. b DBG lautet in den drei gleichwertigen Amtssprachen (Art. 14 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 18. Juni 2004 über die Sammlungen des Bundesrechts und das Bundesblatt [PublG; SR 170.512]; BGE 142 II 100 E. 4.1 S. 108; 140 II 495 E. 2.3.1 S. 499 f.) folgendermassen (Auszeichnungen durch das Bundesgericht) :
"Die Verjährung beginnt neu mit (...) jeder ausdrücklichen Anerkennung der Steuerforderung durch den Steuerpflichtigen oder den Mithaftenden."
"Un nouveau délai de prescription commence à courir (...) lorsque le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui reconnaît expressément la dette d'impôt."
"Un nuovo termine di prescrizione decorre con (...) ogni riconoscimento esplicito del debito fiscale da parte del contribuente o del corresponsabile dell'imposta."
Die direkte Gegenüberstellung zeigt auf, dass die drei Sprachfassungen im hier wesentlichen Punkt grammatikalisch übereinstimmen: Verjährungsunterbrechend ist das Verhalten der steuerpflichtigen oder der mithaftenden Person nur, aber immerhin, falls und soweit die Anerkennung der Steuerforderung (dette d'impôt, debito fiscale) "ausdrücklich", "expressément" oder "esplicito"erfolgt.
2.2.2. Mit dem Erfordernis der ausdrücklichen Anerkennung nimmt das DBG eine Sonderstellung ein. In den übrigen, teils auch jüngeren bundesrechtlichen Abgabeerlassen fehlt dieses verschärfende Attribut und reicht die blosse "Anerkennung" aus (so namentlich Art. 30 Abs. 3 StG; Art. 23 Abs. 3 TStG; Art. 23 Abs. 1 BStG; Art. 20 Abs. 1 AStG; Art. 25 Abs. 2 lit. a MinöStG; Art. 17 Abs. 3 VStG). Eine Besonderheit besteht einzig im Mehrwertsteuerrecht. So hat der Gesetzgeber in Art. 42 Abs. 3 MWSTG 2009 davon abgesehen, die Anerkennung der Steuerforderung als verjährungsunterbrechendes Verhalten der steuerpflichtigen Person zu würdigen. Den Materialien lässt sich indes entnehmen, dass auch eine mehrwertsteuerpflichtige Person den Fristenlauf unterbrechen kann (Botschaft vom 25. Juni 2008 zur Vereinfachung der Mehrwertsteuer, BBl 2008 6885, insb. 6985 zu Art. 42 Abs. 3 E-MWSTG). Es soll einem "allgemeinen Rechtsgrundsatz" entsprechen, dass die "Verjährung grundsätzlich durch jede Anerkennung von Seiten eines Zahlungspflichtigen unterbrochen wird" (MICHAEL BEUSCH, in: Felix Geiger/Regine Schluckebier [Hrsg.], MWSTG, Kommentar, 2012, N. 14 zu Art. 42 MWSTG). Entsprechend sah der Gesetzgeber keinen Anlass, die Anerkennung der Steuerforderung im MWSTG 2009 eigens als Unterbrechungsgrund zu erwähnen.
2.2.3. Besonders bedeutsam für die Auslegung von Art. 120 Abs. 3 lit. b DBG ist aus naheliegenden Gründen das harmonisierte Steuerrecht von Kantonen und Gemeinden. Die Veranlagungsverjährung findet in Art. 47 Abs. 1 StHG lediglich eine rudimentäre Regelung. Der Gesetzgeber ergänzt einzig, dass die Veranlagungsverjährung bei Stillstand oder Unterbrechung "spätestens 15 Jahre" nach Ablauf der Steuerperiode eintrete. Auf diese Weise ermöglicht er es den Kantonen und Gemeinden, die Veranlagungsverjährung kantonal- und kommunalrechtlich bereits vor Ablauf der bundesrechtlichen 15-jährigen Frist eintreten zu lassen (so etwa die zehnjährige Frist gemäss Art. 125 Abs. 4 des Steuergesetzes [des Kantons Graubünden] vom 8. Juni 1986 [StG/GR; BR 720.000] in der inzwischen revidierten Fassung vom 10. März 1996; dazu Urteil 2C_505/2017 vom 21. November 2017 E. 9, zur Publ. vorgesehen). Das Nähere zu Stillstand und Unterbrechung bleibt ungeregelt (dazu MICHAEL BEUSCH, in: Martin Zweifel/Michael Beusch [Hrsg.], Kommentar StHG, 3. Aufl. 2017 [nachfolgend: Komm. StHG], N. 35 zu Art. 47 StHG). Insbesondere verlangt Art. 47 Abs. 1 StHG, anders als Art. 120 Abs. 3 lit. b DBG, gerade nicht, dass die Unterbrechung "ausdrücklich" zu erfolgen habe.
2.2.4. Die vertikale Harmonisierung der Steuerrechtsordnungen von Bund einerseits und Kantonen und Gemeinden anderseits (Art. 128 und 129 BV) entspricht einem Grundanliegen des Gesetzgebers von 1990. Entsprechend legt das Bundesgericht die Art. 120 DBG und Art. 47 StHG grundsätzlich übereinstimmend aus (BGE 142 II 182 E. 3.2.1 S. 193 f.), wobei noch nicht zu entscheiden war, wie es sich mit dem Attribut "ausdrücklich" verhält. Was die Eigenheiten der Verjährungsunterbrechung betrifft, stehen sich eine detaillierte Regelung (Art. 120 Abs. 3 lit. b DBG) und eine weitgehende "Nichtregelung" (Art. 47 Abs. 1 StHG) gegenüber. Soll das Harmonisierungsziel erreicht werden, bedeutet dies, dass Art. 47 Abs. 1 StHG - mit Ausnahme der erwähnten Fristenfrage (vorne E. 2.2.3) - insofern ein übereinstimmender Normzweck beizumessen ist, als auch nach Art. 47 Abs. 1 StHGeine "ausdrückliche" Unterbrechung zu verlangen ist.
2.2.5. Das zusätzliche Attribut führt dazu, dass nicht alles, was beispielsweise vertragsrechtlich als verjährungsunterbrechend erachtet wird, auch direktsteuerlich zur Unterbrechung der Veranlagungsverjährung führen darf. Schuldrechtlich (Art. 135 Ziff. 1 OR) stehen sich zwei gleichgeordnete Vertragssubjekte gegenüber, von denen erwartet werden kann, dass sie sich bei Wahrnehmung ihrer Privatautonomie vernünftig verhalten. Das Gesetz greift erst ein, wenn ein (qualifizierter) Willensmangel (Irrtum, Täuschung, Drohung gemäss Art. 23 ff. OR) oder Handlungsunfähigkeit (Art. 17 ff. ZGB) vorliegt. Anders als im koordinierten Verhältnis bedarf die steuerpflichtige oder mithaftende Person im direktsteuerlichen Subordinationsverhältnis, das als Massenverfahren ausgestaltet ist, eines gewissen minimalen Selbstschutzes. Niemand soll beiläufig und unbeabsichtigt, möglicherweise aus Unwissenheit, zu seinen eigenen Ungunsten den Verlauf der Veranlagungsverjährung unterbrechen können. Im Bereich der übrigen bundesrechtlichen Abgabeerlasse (MWSTG, TStG usw.; vorne E. 2.2.2) ist dieses Schutzbedürfnis naturgemäss etwas weniger ausgeprägt, stehen sich dort doch der Staat und ein Subjekt des Privatrechts gegenüber, das kraft Sachzusammenhangs vermutungsweise über gewisse steuerliche Kenntnisse verfügt.
2.2.6. Der konzeptionelle Unterschied zwischen Art. 120 Abs. 3 lit. b DBG bzw. Art. 47 Abs. 1 StHG einerseits und Art. 135 Ziff. 1 OR anderseits besteht mithin darin, dass die Anerkennung der Forderung vertragsrechtlich auch anders als "ausdrücklich" erfolgen kann. Verjährungsunterbrechend wirkt nach Art. 135 Ziff. 1 OR jedes Verhalten des Schuldners, das vom Gläubiger nach Treu und Glauben als Bestätigung der rechtlichen Schuldverpflichtung gewürdigt werden darf (BGE 134 III 591 E. 5.2.1 S. 594; 119 II 368 E. 7b S. 378 f.; 110 II 176 E. 3 S. 180 f.). Massgebend ist die Optik des Gläubigers, wobei die Umstände des konkreten Falles zu berücksichtigen sind (Urteil 4A_109/2014 vom 21. Mai 2014 E. 4.1). Von der direktsteuerlichen "Ausdrücklichkeit" der Willenserklärung ist dagegen zu verlangen, dass nicht nur die Veranlagungsbehörde (als Vertreterin des Gläubigers), sondern auch die steuerpflichtige Person der Ansicht ist, durch das Verhalten würden Bestand und Höhe der Steuerforderung anerkannt. Die Anerkennung der Steuerforderung soll, wie dargelegt, nicht unvermittelt und unbeabsichtigt geschehen können.
2.2.7. Nach der Praxis zum früheren Recht, welches das Erfordernis der "Ausdrücklichkeit" noch nicht kannte, konnte etwa das (vorbehaltlose) Einreichen der Steuererklärung durch die steuerpflichtige Person genügen, um den Lauf der Verjährung zu unterbrechen. Darin lag "die Anerkennung des Steueranspruchs" (BGE 90 I 18 E. 2b S. 25). Dies ist mit Blick auf Art. 120 Abs. 3 lit. b DBG und Art. 47 Abs. 1 StHG dahingehend zu präzisieren, dass die eingereichte Steuererklärung als solche nicht ohne Weiteres ausreicht, um als ausdrückliche Anerkennung der Steuerforderung zu dienen. Retourniert eine steuerpflichtige oder mithaftende Person die Steuererklärung beispielsweise, ohne sie überhaupt auszufüllen, vermag dies die Verjährung jedenfalls nicht zu unterbrechen. Nicht schon der Akt, dass die Steuererklärung eingereicht wird, begründet die "ausdrückliche Anerkennung" der Steuerforderung, sondern der Inhalt der Steuererklärung. Verjährungsunterbrechend wirkt eine Steuererklärung nach dem geltenden Recht nur, soweit sie ausgefüllt ist und vorbehaltlos eingereicht wird. Diesfalls äussert die steuerpflichtige oder mithaftende Person ein Verhalten, das einerseits objektiv als ausdrückliche Anerkennung der deklarationsgemässen, betraglich noch nicht feststehenden Steuerforderung zu würdigen ist und subjektiv von der Veranlagungsbehörde nicht anders verstanden werden kann.
2.2.8. Gleich verhält es sich mit einer vorbehaltlos beglichenen Ratenzahlung (auch dazu BGE 90 I 18 E. 2b S. 25; MARKUS BINDER, Die Verjährung im schweizerischen Steuerrecht, 1985, S. 281). Im Bereich der Mehrwertsteuer ist an die Quartals- oder Semesterabrechnungen zu denken, auch an später nachgereichte Korrekturabrechnungen. Alle Erscheinungsformen der Abrechnung dienen letztlich der Festsetzung oder Korrektur einer Steuerforderung, weshalb ihnen verjährungsunterbrechende Wirkung zukommt (IVO P. BAUMGARTNER/DIEGO CLAVADETSCHER/MARTIN KOCHER, Vom alten zum neuen Mehrwertsteuergesetz, 2010, § 8 N. 45).
2.2.9. Bei aller gebotenen Ausdrücklichkeit ist nicht erforderlich, dass die "ausdrückliche" Anerkennung der Steuerforderung in diesem Sinne verbalisiert wird (Beispiel: "Mit der vorliegenden Eingabe anerkenne ich die sich aus dem von mir deklarierten Einkommen ergebende Steuerforderung"). Solcherlei verlangt das Gesetz nicht. Anders als nach Art. 135 Ziff. 1 OR ist die Willenserklärung aber eben ausdrücklich abzugeben, was in aller Regel bedeuten dürfte, dass die steuerpflichtige oder mithaftende Person ihren Unterbrechungswillen nur im Rahmen einer mitwirkungsbezogenen Tathandlung äussern kann (PETER LOCHER, Kommentar DBG, III. Teil, 2015, N. 36 zu Art. 120 DBG; DIETER EGLOFF, in: Marianne Klöti-Weber/Dave Siegrist/Dieter Weber [Hrsg.], Kommentar zum Aargauer Steuergesetz, 4. Aufl. 2015, N. 38 zu § 177 StG/AG; THOMAS MEIER, Verjährung und Verwirkung öffentlich-rechtlicher Forderungen, 2013, S. 229). Soweit die Praxis einen weniger hohen Massstab ansetzt (FELIX RICHNER/WALTER FREI/STEFAN KAUFMANN/HANS ULRICH MEUTER, Handkommentar zum DBG, 3. Aufl. 2016, N. 12 zu Art. 120 DBG; dies., Kommentar zum Zürcher Steuergesetz, 3. Aufl. 2013, N. 13 zu § 130 StG/ZH; BEUSCH, namentlich in: Komm. DBG, N. 43 zu Art. 120 DBG) oder unentschieden zu sein scheint (LYDIA MASMEJEAN-FEY/GUILLAUME VIANIN, in: Yves Noël/Florence Aubry Girardin [Hrsg.], Commentaire romand zum LIFD, 2. Aufl. 2017, N. 14 zu Art. 120 DBG), ist dies mit dem klaren Wortlaut von Art. 120 Abs. 3 lit. b DBG und dem diesem innewohnenden Selbstschutzgedanken nicht vereinbar. Ein bloss konkludent geäussertes Verhalten kann nicht als "ausdrücklich" gelten.
3.
3.1. Die Veranlagungsverjährung der Steuerperioden 2008 bis 2010 trat fünf Jahre nach deren Ablauf der Steuerperiode, das heisst am 31. Dezember der Jahre 2013, 2014 und 2015 ein (Art. 120 Abs. 1 DBG). Es fragt sich, ob der Lauf der Verjährung "ausdrücklich" unterbrochen worden sei.
3.2.
3.2.1. Zunächst ist die Steuerperiode 2008zu prüfen. Nach den vorinstanzlichen Feststellungen trat das KStA/SG mit Schreiben vom 29. Dezember 2014 an die Steuerpflichtige heran (Sachverhalt lit. B). Zu Ratenrechnungen, früheren Korrespondenzen und dergleichen hat die Vorinstanz keine Feststellungen getroffen. Es ist daher anzunehmen, dass der erste von der Steuerpflichtigen wahrnehmbare Verwaltungsakt im Schreiben von Ende Dezember 2014 bestand. Zu diesem Zeitpunkt war die ordentliche fünfjährige Verjährungsfrist, die am 31. Dezember 2013 endete, bereits verstrichen. Es ist zu prüfen, ob die Steuerpflichtige die Steuerforderung vor dem 31. Dezember 2013 anerkannt und dadurch die relative Frist unterbrochen habe.
3.2.2. Die Steuerpflichtige gelangte zunächst mit E-Mail vom 29. Oktober 2010 an das Steueramt der Einwohnergemeinde U._/SG (Sachverhalt lit. A). Das von der Steuerpflichtigen mandatierte Treuhandbüro teilte darin mit, dass die Buchhaltung der C._ GmbH zurzeit überarbeitet werde. Die Begründung endet mit folgender Passage: "Um nun ein Nach- und Strafsteuerverfahren zu vermeiden, bitten wir Sie höflichst, mit der Veranlagung 2008 noch zu warten, bis wir die definitiven Zahlen haben, um das Einkommen von Frau D._ richtig zu deklarieren". Im E-Mail vom 20. Januar 2011 (auch dazu Sachverhalt lit. A) dankte das Treuhandbüro dem Steueramt für das Zuwarten und ergänzte es den Aktenstand. So berichtete es über die Aufrechnungen, welche das KStA/SG auf Ebene der C._ GmbH vorgenommen habe (ca. Fr. 17'000.--) und wies es detailliert nach, weshalb die Einkünfte aus unselbständiger Erwerbstätigkeit nunmehr Fr. 222'959.-- betrügen. Das E-Mail endet mit folgender Wendung: "Bitte geben Sie uns kurz Bescheid, ob Sie die Deklaration gemäss diesem E-Mail ergänzen."
3.2.3. Die Steuerpflichtige bestreitet, dass mit den beiden E-Mails eine "ausdrückliche Anerkennung der Steuerforderung" im Sinne von Art. 120 Abs. 3 lit. b DBG verbunden gewesen sei. Dieser Auffassung kann nicht gefolgt werden. Zur Unterbrechung der Verjährung führt jedenfalls, wenn die steuerpflichtige oder mithaftende Person die Steuererklärung ausgefüllt und insoweit vorbehaltlos einreicht (vorne E. 2.2.7). Dies geschah am 8. September 2009 (Sachverhalt lit. A). Die E-Mails stellten sich als ausdrückliche Fortsetzung der vorbehaltlosen Steuererklärung dar. Die damalige "ausdrückliche" Anerkennung der Steuerforderung wurde in den E-Mails (sinngemäss: "bitte mit der Veranlagung noch zuwarten, da die Steuererklärung ergänzt werden wird") wiederholt. Die E-Mails vom 29. Oktober 2010 bzw. 20. Januar 2011 vermochten damit den Lauf der Verjährung zu unterbrechen.
3.2.4. Die in Gang gesetzte neue Frist endete zuletzt am 20. Januar 2016. Die Veranlagungsverfügung 2008 erging freilich erst am 6. April 2016. Das KStA/SG war allerdings mit Schreiben vom 29. Dezember 2014 an die Steuerpflichtige gelangt, unter anderem in der ausdrücklichen Absicht, die Frist zu unterbrechen (Sachverhalt lit. B). Diese Mitteilung qualifizierte klarerweise als Vorgang im Sinne von Art. 120 Abs. 3 lit. a DBG (Urteil 2C_1098/2014 / 2C_1099/2014 vom 1. Dezember 2015 E. 5.1, in: StE 2016 B 92.9 Nr. 11). Dadurch erstreckte sich die Frist bis zum 29. Dezember 2019. Die Veranlagungsverfügung vom 6. April 2016 zur Steuerperiode 2008 erfolgte damit rechtzeitig.
3.2.5. Nichts anderes ergibt sich aus BGE 79 I 248, den die Steuerpflichtige anruft. Der Entscheid erging zur Bezugsverjährung nach Art. 128 des Bundesratsbeschlusses vom 9. Dezember 1940 über die Erhebung einer direkten Bundessteuer (BdBSt; AS 1940 1947). Dieser kannte keine Veranlagungsverjährung, sondern bloss eine Befristung des Rechts zur Einleitung der Veranlagung (Botschaft vom 25. Mai 1983 über die Steuerharmonisierung, BBl 1983 III 1, insb. 207 zu Art. 125 E-DBG). Bei der Befristung handelte es sich um eine Verwirkungsfrist, die als solche nicht unterbrochen werden konnte (ERNST KÄNZIG/URS R. BEHNISCH, Die direkte Bundessteuer, III. Teil, 2. Aufl., 1992, N. 1 zu Art. 98 BdBSt).
3.3.
3.3.1. Was die Steuerperioden 2009 und 2010betrifft, ist vorinstanzlich festgestellt, dass die Steuerpflichtige ihre handschriftlich unterzeichneten Steuererklärungen am 15. März 2011 bzw. am 19. Juli 2011 einreichte (Sachverhalt lit. A). Die Steuerpflichtige deklarierte, wie die Vorinstanz festhielt und was die Steuerpflichtige unbestritten lässt, ein steuerbares Einkommen von Fr. 52'871.-- (2009) bzw. ein solches von Fr. 61'128.-- (2010), dies bei einem steuerbaren Vermögen von jeweils Fr. 0.--.
3.3.2. Die Steuerpflichtige macht geltend, die Vorinstanz habe den Rechtsbegriff der "ausdrücklichen Anerkennung der Steuerforderung" geradezu "widerrechtlich extensiv" ausgelegt. Dem ist nicht zu folgen. Eine vollständig ausgefüllte, eigenhändig unterzeichnete und vorbehaltlos eingereichte Steuererklärung stellt eine ausdrückliche Anerkennung der Steuerpflicht dar (vorne E. 2.2.7). Wollte man der Steuerpflichtigen folgen, wäre anzunehmen, dass der Steuererklärung gewissermassen ein genereller Vorbehalt innewohnt. Das Gegenteil ist der Fall. Die Veranlagungsbehörde hätte sonst in jedem einzelnen Fall abzuklären, ob die Mitwirkungspflicht (Art. 124 und 125 DBG) mit oder ohne Vorbehalt wahrgenommen worden sei. Das Verfahren der gemischten Veranlagung, wie es die direkte Bundessteuer beherrscht (Art. 123 Abs. 1 DBG; BGE 142 II 69 E. 5.1 S. 76), würde dadurch geradezu ad absurdum geführt. Denn dem klaren Gesetzestext zufolge hat die steuerpflichtige Person alles zu tun, was dazu dient, eine vollständige und richtige Veranlagung zu ermöglichen (Art. 126 Abs. 1 DBG; BGE 142 II 69 E. 5.1.1 S. 76; Urteile 2C_1018/2015 / 2C_1019/2015 vom 2. November 2017 E. 6.1, in: ASA 86 S. 407, RDAF 2017 II 630, StR 73/2018 S. 255; 2C_16/2015 vom 6. August 2015 E. 2.5.1, in: ASA 84 S. 254, RDAF 2016 II 110, StE 2015 A 21.12 Nr. 16). Die gesetzliche Konzeption von Art. 123 Abs. 1 und Art. 126 Abs. 1 DBG hat freilich nicht zwangsläufig zur Folge, dass die steuerpflichtige Person die Steuerforderung anerkennt, sobald sie in irgendeiner Form mitwirkt. Wirkt sie aber massgeblich mit (namentlich durch Einreichen einer ausgefüllten Steuererklärung [vorne E. 2.2.7]), darf von ihr verlangt werden, ihre etwaigen Vorbehalte in einer Art und Weise auszudrücken, dass die Bestreitung bzw. Nichtanerkennung der Steuerforderung nicht zu übersehen ist.
3.3.3. Die Steuerpflichtige hat hinsichtlich ihrer grundsätzlich vollständig ausgefüllten Steuererklärungen 2009 und 2010 keinen Vorbehalt angebracht. Den Eingaben vom 15. März 2011 und vom 19. Juli 2011 kommt verjährungsunterbrechende Wirkung zu. Das KStA/SG unterbrach den Lauf der Verjährung zur Steuerperiode 2009 mit unbestrittenem Schreiben vom 18. Dezember 2015 (Sachverhalt lit. B). Die Veranlagungsverfügungen 2009 und 2010 ergingen in der Folge am 6. April 2016 (auch dazu Sachverhalt lit. B), was in beiden Fällen rechtzeitig war. Die Einrede der Verjährung erweist sich auch hinsichtlich der Steuerperioden 2009 und 2010 als unbegründet.
4.
4.1. Zu klären bleiben die Kosten des Berufswegs. Die Steuerpflichtige war als Leiterin der Heilpädagogischen Schule (Sachverhalt lit. A) unselbständig erwerbstätig. Die Abzugsfähigkeit richtet sich daher nach Art. 26 Abs. 1 lit. a DBG, und zwar in der ursprünglichen, bis Ende 2015 wirksamen Fassung vom 14. Dezember 1990 (AS 1991 1184). Danach konnten als Berufskosten die "notwendigen Kosten für Fahrten zwischen Wohn- und Arbeitsstätte" abgezogen werden.
4.2. Die Vorinstanz hat hierzu beweiswürdigend festgestellt, der Besitz eines Motorfahrzeugs sei nicht nachgewiesen, ebenso wenig die Erforderlichkeit eines Autos und die tatsächlichen Kosten. Der öffentliche Verkehr sei gut ausgebaut, auch in Randstunden, und dessen Benützung ohne weiteres zumutbar (weitergehend dazu Sachverhalt lit. C). Die Steuerpflichtige hält dem entgegen, sie habe neben der eigentlichen Leitungsfunktion auch Sitzungen mit dem Vorstand, den vorgesetzten Behörden, der B._, mit anderen Schulen und Sozialinstitutionen wahrzunehmen gehabt. Hinzu seien Fahrten zu Informations- und Weiterbildungsveranstaltungen gekommen. Diese Schilderung geht teils über die vorinstanzlichen Feststellungen hinaus und hat insoweit aufgrund des Novenverbots unbeachtlich zu bleiben (vorne E. 1.4). Die Vorinstanz hat ohnehin festgehalten, das Halten eines Motorfahrzeugs sei unbewiesen geblieben. Die Steuerpflichtige scheint dies nicht - jedenfalls nicht ausdrücklich - zu bestreiten, wenngleich sie dartut, anstelle eines Geschäftsfahrzeugs einen Wagen benützt zu haben. Die vorinstanzliche Beweiswürdigung, ebenso die angebliche Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV), ficht sie damit aber in keiner Weise an, die der qualifizierten Rüge- und Begründungsobliegenheit genügt (vorne E. 1.3 und 1.4). Die Kritik ist appellatorischer Natur und lässt die sich stellende Verfassungsfrage mit keinem Wort anklingen. Ebenso wenig in qualifizierender Weise bestreitet die Steuerpflichtige die Zumutbarkeit des öffentlichen Verkehrs.
4.3. Das Bundesgericht hat folglich davon auszugehen, dass lediglich die Kosten des öffentlichen Verkehrs angefallen sind. Diese hat die Vorinstanz im gebührenden Umfang (Jahresstreckenabonnement in den Jahren 2008 und 2009, Streckenabonnement für sieben Monate im Jahr 2010) zugesprochen. Die Beweiswürdigung erweist sich als verfassungsrechtlich haltbar, ebenso wie die Rechtsanwendung bundesrechtskonform ausgefallen ist. Die Beschwerde ist auch im Eventualstandpunkt abzuweisen.
III. Staats- und Gemeindesteuern des Kantons St. Gallen
5.
5.1. Der hier betroffene Kanton St. Gallen hat Art. 120 Abs. 3 lit. a und b DBG bzw. Art. 47 Abs. 1 StHG widerspruchsfrei in Art. 183 Abs. 3 Ziff. 1 und 2 des Steuergesetzes (des Kantons St. Gallen) vom 9. April 1998 (StG/SG; sGS 811.1) überführt. Es kann auf das zur direkten Bundessteuer Dargelegte verwiesen werden.
5.2. Was den Gewinnungskostenpunkt betrifft, war Art. 9 Abs. 1 StHG in der ursprünglichen Fassung vom 14. Dezember 1990 (AS 1991 1256) bezüglich der Kosten des Berufswegs offener gehalten als Art. 26 DBG in der damaligen Fassung. Es bestand aber inhaltliche Übereinstimmung (MARKUS REICH, in: Martin Zweifel/Peter Athanas, Komm. StHG, 2. Aufl. 2002, N. 17 zu Art. 9 StHG 1990). Entsprechend wurden gemäss Art. 39 Abs. 1 lit. a StG/SG in der ursprünglichen Fassung vom 9. April 1998 die notwendigen Kosten für Fahrten zwischen Wohn- und Arbeitsstätte als Berufskosten abgezogen. Das zu Art. 26 Abs. 1 lit. a DBG 1990 Gesagte trifft auch auf das hier massgebende kantonale Recht zu.
5.3. Die Beschwerde ist auch harmonisierungsrechtlich unbegründet. Dies führt zur Abweisung.
IV. Kosten und Entschädigung
6.
Nach dem Unterliegerprinzip sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der Steuerpflichtigen aufzuerlegen (Art. 65 und Art. 66 Abs. 1 Satz 1 BGG). Dem Kanton St. Gallen, der in seinem amtlichen Wirkungskreis obsiegt, ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 68 Abs. 3 BGG).