# Swiss Legal Decision

**Decision ID:** cbfcab6a-992c-4a4c-8723-104837efd457
**Court:** CH_BGer
**Chamber:** CH_BGer_002
**Year:** 2007
**Language:** fr
**Jurisdiction:** CH / Federation
**Law Area:** $law_area
**Law Sub-area:** nan

## Facts

Faits :
Faits :
A. A.A._, né en 1932, et B.A._, née en 1938, ont été employés par la société X._ SA (ci-après: la Société) depuis sa création en 1979. La Société, dont le siège est à Genève, a notamment pour but l'étude et le conseil financier et de placement. A.A._ en était le fondateur et, jusqu'à sa retraite en 1998, l'administrateur-président avec signature individuelle; B.A._ a occupé, également jusqu'à sa retraite en 2001, la fonction de directrice adjointe. A.A._ détenait 49% du capital-actions de la société, le solde étant réparti entre quatre autres administrateurs disposant chacun de la signature collective à deux. Ces derniers n'étaient toutefois pas employés par la Société. Entre 1995 et 1996, la Société a en outre pris à son service deux employées, chacune pour une durée inférieure à 12 mois.
En matière de prévoyance professionnelle, la Société a affilié ses employés à la Caisse interprofessionnelle d'assurance vieillesse et survivants de la Fédération romande des syndicats patronaux à Genève (ci-après: la Caisse interprofessionnelle) ainsi qu'à la Fondation de prévoyance X._ SA (ci-après: la Fondation); la Fondation a été exonérée des impôts sur le revenu et la fortune par arrêté du Conseil d'Etat de la République et canton de Genève du 23 janvier 1980. Elle a été dissoute en 2001.
Selon l'art. 3 ch. 1 de ses statuts du 12 septembre 1979, la Fondation avait pour but de prémunir les collaborateurs de la Société et leurs familles contre les conséquences économiques de la vieillesse, de l'invalidité, de la maladie, d'accidents et de décès. La Fondation a été dotée à sa constitution d'un capital de 10'000 fr. et disposait, notamment, des contributions réglementaires et extraordinaires de la Société (art. 5 des statuts).
Un premier règlement de 1979 a été remplacé par un nouveau en 1986, approuvé le 26 février 1987 par le Service de surveillance et dont la teneur, nonobstant les art. 6 et 7, était identique à celui de 1979. Il est resté en vigueur jusqu'à la dissolution de la Fondation en 2001. Selon l'art. 6 du règlement de 1986, à la fin de chaque exercice annuel, la Société versait à la Fondation des contributions qu'elle fixait en fonction de son propre résultat financier et non plus, comme le prévoyait le règlement de 1979, des contributions statutaires de 25% au moins des salaires annuels bruts des participants; selon l'art. 7 du règlement de 1986, si le résultat financier d'une année ne le permettait pas, la Société ne versait aucune contribution; elle n'était ainsi plus tenue de rattraper les montants non versés comme le prévoyait le règlement de 1979. Selon l'art. 9, aucune contribution ne pouvait être faite par les participants. Selon l'art. 21, le collaborateur entrant en service de la Société était admis au plan après 12 mois de service. Les avoirs des bénéficiaires étaient déterminés par un mode de calcul prenant en compte le dernier salaire et le nombre d'années de service (points-années x points-salaires) en qualité de participants au plan (art. 15 à 18 des statuts de 1986).
En 1985, le Service de surveillance a constaté que la Société n'avait versé aucune contribution à la Fondation durant les années 1980/ 1981, 1981/1982, 1982/1983 et 1983/1984, ce qui s'expliquait, selon les organes de la Société, par le fait qu'elle n'avait pas réalisé de bénéfice jusqu'à l'exercice 1983/1984.
Dans un rapport de contrôle rédigé le 3 avril 1995, le Service de surveillance exposait qu'il était impossible de vérifier que les montants octroyés annuellement par la Société étaient bien en rapport avec les salaires déclarés par les deux bénéficiaires (au maximum 20% du salaire déclaré).
Dans un rapport de contrôle rédigé le 3 avril 1995, le Service de surveillance exposait qu'il était impossible de vérifier que les montants octroyés annuellement par la Société étaient bien en rapport avec les salaires déclarés par les deux bénéficiaires (au maximum 20% du salaire déclaré).
B. Selon les certificats de salaire produits en annexe des déclarations fiscales, A.A._ a perçu un salaire de 190'000 fr. pour 1991, de 204'000 fr. pour 1992, de 240'000 fr. pour 1993 et de 235'000 fr. pour 1994, tandis que B.A._ a perçu un salaire de 161'500 fr. pour 1991, de 171'000 fr. pour 1992, de 204'000 fr. pour 1993 et de 203'000 fr. pour 1994. Ces certificats, signés par A.A._, indiquaient le versement de cotisations à la Caisse interprofessionnelle au titre de prévoyance professionnelle obligatoire, mais aucun versement relatif à la prévoyance sur-obligatoire.
Durant les années 1991 à 1994, la Société a versé à la Fondation 100'000 fr., 123'000 fr., 125'000 fr. puis 150'000 fr.
En matière d'impôt fédéral direct, les époux A._ ont été taxés le 30 mars 1994 pour la période 1993/1994 sur un revenu imposable de 228'600 fr., (impôt de 39'666 fr.) et, le 7 juin 1996 pour la période 1995/1996, sur un revenu imposable de 294'000 fr. (impôt de 56'670 fr.). Ces taxations sont entrées en force.
En matière d'impôt fédéral direct, les époux A._ ont été taxés le 30 mars 1994 pour la période 1993/1994 sur un revenu imposable de 228'600 fr., (impôt de 39'666 fr.) et, le 7 juin 1996 pour la période 1995/1996, sur un revenu imposable de 294'000 fr. (impôt de 56'670 fr.). Ces taxations sont entrées en force.
C. Le 22 novembre 1996, l'Administration fiscale cantonale a notifié à la Société un bordereau rectificatif d'impôt cantonal et communal pour la période fiscale 1995 en raison d'une reprise de 150'000 fr. sur ses contributions à la Fondation. Par décision sur réclamation du 20 mars 1997, entrée en force, cette somme a été ramenée à 80'808 fr. Le 22 octobre 1997, pour les mêmes motifs, l'Administration fiscale cantonale a notifié à la Société trois bordereaux rectificatifs pour l'impôt fédéral 1993/1994 et 1995 ainsi que pour les impôts cantonaux et communaux de 1992 à 1994. Confirmés par la Commission cantonale de recours en matière d'impôts, ces trois bordereaux ont été annulés par arrêt du Tribunal administratif du 22 mai 2001. Ce dernier a jugé que les déclarations de la Société étaient exactes et complètes de sorte qu'un rappel d'impôt était exclu.
Le 30 octobre 1997, l'Administration fiscale cantonale a informé les intéressés de l'ouverture d'une procédure en soustraction d'impôt fédéral direct et d'impôts cantonal et communal pour les périodes 1993/1994 et 1995/1996.
En matière d'impôts cantonal et communal, cette procédure a débouché sur la notification aux époux A._ de quatre bordereaux rectificatifs représentant un rappel d'impôt d'un montant total de 86'854 fr.35 et une amende pour soustraction fiscale de 10'857 fr. Ces décisions sont entrées en force.
Le 5 mars 2004, l'Administration fiscale cantonale a notifié aux intéressés deux bordereaux rectificatifs arrêtant l'impôt fédéral dû pour la période 1993/1994 à 54'122 fr. (comprenant un rappel d'impôt de 14'456 fr.), et pour la période 1995/1996, à 74'272 fr. (comprenant un rappel d'impôt de 17'602 fr. et des intérêts de retard de 5'581 fr. 30). Les reprises s'élevaient à 45'367 fr. pour 1991, à 65'625 fr. pour 1992, à 54'608 fr. pour 1993 et à 80'808 fr. pour 1994. Elles correspondaient aux montants et cotisations versés par la Société à la Fondation et à la Caisse interprofessionnelle excédant le 20% du salaire annuel des intéressés. Le même jour, l'Administration fiscale cantonale a en outre prononcé une amende de 4'705 fr. en application de l'art. 175 al. 2 LIFD pour la seule période fiscale 1995/1996.
Par décision du 7 avril 2004, l'Administration fiscale cantonale a rejeté une réclamation des époux A._ contre les décisions rendues le 5 mars 2004. Un recours contre cette dernière décision auprès de la Commission cantonale de recours en matière d'impôts a été rejeté par décision du 5 octobre 2005. Le 23 novembre 2005, les époux A._ ont recouru contre la décision du 5 octobre 2005 auprès du Tribunal administratif.
Par décision du 7 avril 2004, l'Administration fiscale cantonale a rejeté une réclamation des époux A._ contre les décisions rendues le 5 mars 2004. Un recours contre cette dernière décision auprès de la Commission cantonale de recours en matière d'impôts a été rejeté par décision du 5 octobre 2005. Le 23 novembre 2005, les époux A._ ont recouru contre la décision du 5 octobre 2005 auprès du Tribunal administratif.
D. Par arrêt du 26 juillet 2006, le Tribunal administratif a rejeté le recours des époux A._. Il a jugé en substance que les conditions d'un rappel d'impôt au sens des art. 129 al. 1 de l'arrêté du Conseil fédéral sur la perception d'impôt fédéral direct du 9 décembre 1940 (AIFD) et de l'art. 151 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) étaient réunies, les intéressés ayant omis de déclarer les montants versés en leur faveur par E.F. A._ SA à la Fondation durant les années 1991 à 1994. Ces versements ne respectaient pas les principes de collectivité, d'adéquation et de solidarité régissant la prévoyance professionnelle. Les intéressés étaient en effet seuls à bénéficier du plan de prévoyance. Le montant des cotisations versées à la Fondation n'était pas préétabli, mais fonction du résultat financier de la Société et il était trop élevé. Il s'agissait d'une distribution dissimulée de bénéfice, qui devait être imposée dans le chapitre des intéressés, la prescription n'étant pas acquise. Enfin, ces derniers ayant agi par négligence, les conditions pour prononcer une amende étaient remplies et le montant de l'amende (14,7% des montants d'impôts soustraits) était proportionné à l'infraction commise.
D. Par arrêt du 26 juillet 2006, le Tribunal administratif a rejeté le recours des époux A._. Il a jugé en substance que les conditions d'un rappel d'impôt au sens des art. 129 al. 1 de l'arrêté du Conseil fédéral sur la perception d'impôt fédéral direct du 9 décembre 1940 (AIFD) et de l'art. 151 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) étaient réunies, les intéressés ayant omis de déclarer les montants versés en leur faveur par E.F. A._ SA à la Fondation durant les années 1991 à 1994. Ces versements ne respectaient pas les principes de collectivité, d'adéquation et de solidarité régissant la prévoyance professionnelle. Les intéressés étaient en effet seuls à bénéficier du plan de prévoyance. Le montant des cotisations versées à la Fondation n'était pas préétabli, mais fonction du résultat financier de la Société et il était trop élevé. Il s'agissait d'une distribution dissimulée de bénéfice, qui devait être imposée dans le chapitre des intéressés, la prescription n'étant pas acquise. Enfin, ces derniers ayant agi par négligence, les conditions pour prononcer une amende étaient remplies et le montant de l'amende (14,7% des montants d'impôts soustraits) était proportionné à l'infraction commise.
E. Agissant par la voie du recours de droit administratif, A.A._ et B.A._ demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais, d'annuler l'arrêt rendu le 26 juillet 2006 par le Tribunal administratif et de mettre les frais des précédentes procédures à la charge de l'Administration fiscale cantonale. Ils se plaignent d'une constatation inexacte et incomplète des faits ainsi que de la violation des principes qui régissent la prévoyance professionnelle. Ils affirment que les conditions pour procéder à un rappel d'impôt ne sont pas remplies et que le principe de la présomption d'innocence a été violé.
Le Tribunal administratif renonce à déposer des observations sur le recours. L'Administration fédérale des contributions et l'Administration fiscale cantonale concluent au rejet du recours.

## Considerations

Le Tribunal fédéral considère en droit:
Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. 1.1 L'arrêt attaqué a été rendu avant l'entrée en vigueur, le 1er janvier 2007, de la nouvelle loi sur le Tribunal fédéral du 17 juin 2005 (LTF; RS 173.110). Le présent recours doit dès lors être examiné au regard des dispositions de la loi fédérale d'organisation judiciaire du 16 décembre 1943 (OJ; art. 132 al. 1 LTF).
1.2 Déposé en temps utile et dans les formes prescrites par la loi contre un arrêt rendu par une autorité judiciaire statuant en dernière instance cantonale et fondé sur le droit public fédéral, le présent recours est en principe recevable en vertu des art. 97 ss OJ, ainsi que de la règle particulière des art. 112 AIFD et 146 LIFD.
Il est toutefois irrecevable dans la mesure où il conclut à ce que l'Administration fiscale cantonale soit condamnée aux frais des procédures précédant celle menée devant le Tribunal administratif, étant donné l'effet dévolutif du recours déposé auprès de ce dernier (cf. art. 67 al. 1 de la loi genevoise du 12 septembre 1985 sur la procédure administrative [LPA; RSGE E 5 10] et art. 2 al. 2 de la loi genevoise du 4 octobre 2001 de procédure fiscale [LPFisc, RSGE D 3 17]; cf. Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann, Grundriss des Allgemeinen Verwaltungsrecht, 5e éd., Zurich 2006, n. 1805 p. 386).
1.3 Conformément à l'art. 104 lettre a OJ, le recours de droit administratif peut être formé pour violation du droit fédéral, y compris l'excès et l'abus du pouvoir d'appréciation (ATF 128 II 145 consid. 1.2.1). Le Tribunal fédéral revoit d'office l'application du droit fédéral qui englobe notamment les droits constitutionnels du citoyen (ATF 130 III 707 consid. 3.1 p. 709). Comme il n'est pas lié par les motifs que les parties invoquent, il peut admettre le recours pour d'autres raisons que celles avancées par le recourant ou, au contraire, confirmer la décision attaquée pour d'autres motifs que ceux retenus par l'autorité intimée (art. 114 al. 1 in fine OJ; ATF 130 III 707 consid. 3.1 p. 709 et les arrêts cités). De surcroît, en matière de contributions publiques, le Tribunal fédéral peut aller au-delà des conclusions des parties, à l'avantage ou au détriment de celles-ci, lorsque le droit fédéral est violé ou lorsque des faits ont été constatés de manière inexacte ou incomplète (art. 114 al. 1 OJ).
En l'espèce, les recourants se plaignent à juste titre d'une constatation inexacte des faits. Contrairement à ce qu'a retenu le Tribunal administratif, le recours qui lui a été adressé date bien du 11 novembre 2006 et non pas du 23 novembre 2006. En outre, le Tribunal administratif a jugé sur un état de fait incomplet dans la mesure où il ne mentionne pas certaines démarches entreprises par la Société concernant la conformité de son règlement aux principes de prévoyance professionnelle. Ces précisions n'ont toutefois pas d'incidence sur la décision attaquée dont il convient d'examiner le bien-fondé.
En l'espèce, les recourants se plaignent à juste titre d'une constatation inexacte des faits. Contrairement à ce qu'a retenu le Tribunal administratif, le recours qui lui a été adressé date bien du 11 novembre 2006 et non pas du 23 novembre 2006. En outre, le Tribunal administratif a jugé sur un état de fait incomplet dans la mesure où il ne mentionne pas certaines démarches entreprises par la Société concernant la conformité de son règlement aux principes de prévoyance professionnelle. Ces précisions n'ont toutefois pas d'incidence sur la décision attaquée dont il convient d'examiner le bien-fondé.
2. Les recourants reprochent au Tribunal administratif la violation de la présomption d'innocence ancrée à l'art. 32 al. 1 Cst. et 6 § 2 de la Convention européenne de sauvegarde des droits de l'homme et des libertés fondamentales du 4 novembre 1950 (CEDH; RS 0.101).
Dans la mesure où ils sont d'avis que le Tribunal a violé les règles relatives à la preuve dont le fardeau incombait à l'Administration fiscale cantonale, leur grief se confond avec celui de la violation des art. 129 AIFD et 175 LIFD; ce grief sera examiné sur le fond.
Dans la mesure, en revanche, où, au moins implicitement, les recourants entendent se plaindre d'un défaut de motivation de l'arrêt attaqué, leur grief doit être rejeté. En effet, le droit d'être entendu inscrit à l'art. 29 al. 2 Cst. implique pour l'autorité l'obligation de motiver sa décision; elle peut toutefois se limiter aux points essentiels pour la décision à rendre (ATF 130 II 530 consid. 4.3 p. 540, 473 consid. 4.1 p. 477). En l'espèce, en constatant que les recourants avaient manifestement une grande expérience des affaires, le Tribunal administratif a exposé, d'une manière laconique mais suffisante, pour quelles raisons il imputait aux recourants une imprévoyance coupable. Ceux-ci ne s'y trompent pas puisqu'ils font valoir qu'ils ne disposaient d'aucune expérience en matière de prévoyance professionnelle et avoir pris toutes les précautions commandées par leur situation et les circonstances. Dans ces conditions, ils reprochent au Tribunal administratif non pas une motivation insuffisante mais bien plutôt le résultat auquel il parvient. Ce résultat fait l'objet d'un examen au fond ci-dessous.
Dans la mesure, en revanche, où, au moins implicitement, les recourants entendent se plaindre d'un défaut de motivation de l'arrêt attaqué, leur grief doit être rejeté. En effet, le droit d'être entendu inscrit à l'art. 29 al. 2 Cst. implique pour l'autorité l'obligation de motiver sa décision; elle peut toutefois se limiter aux points essentiels pour la décision à rendre (ATF 130 II 530 consid. 4.3 p. 540, 473 consid. 4.1 p. 477). En l'espèce, en constatant que les recourants avaient manifestement une grande expérience des affaires, le Tribunal administratif a exposé, d'une manière laconique mais suffisante, pour quelles raisons il imputait aux recourants une imprévoyance coupable. Ceux-ci ne s'y trompent pas puisqu'ils font valoir qu'ils ne disposaient d'aucune expérience en matière de prévoyance professionnelle et avoir pris toutes les précautions commandées par leur situation et les circonstances. Dans ces conditions, ils reprochent au Tribunal administratif non pas une motivation insuffisante mais bien plutôt le résultat auquel il parvient. Ce résultat fait l'objet d'un examen au fond ci-dessous.
3. Avec l'entrée en vigueur le 1er janvier 1995 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11), l'arrêté du 9 décembre 1940 concernant la perception d'un impôt fédéral direct (AIFD) a été abrogé (art. 201 LIFD). Les dispositions de droit matériel de l'ancien arrêté du Conseil fédéral restent toutefois applicables aux périodes fiscales antérieures. Les dispositions de droit matériel de l'arrêté du Conseil fédéral sont par conséquent applicables à la période fiscale 1993/1994 et celles de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct à la période 1995/1996. Enfin, l'amende prononcée à l'encontre des recourants ne visant que la soustraction relative à la période fiscale 1995/1996, elle n'est soumise qu'aux dispositions de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct.
3. Avec l'entrée en vigueur le 1er janvier 1995 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11), l'arrêté du 9 décembre 1940 concernant la perception d'un impôt fédéral direct (AIFD) a été abrogé (art. 201 LIFD). Les dispositions de droit matériel de l'ancien arrêté du Conseil fédéral restent toutefois applicables aux périodes fiscales antérieures. Les dispositions de droit matériel de l'arrêté du Conseil fédéral sont par conséquent applicables à la période fiscale 1993/1994 et celles de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct à la période 1995/1996. Enfin, l'amende prononcée à l'encontre des recourants ne visant que la soustraction relative à la période fiscale 1995/1996, elle n'est soumise qu'aux dispositions de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct.
4. Les recourants reprochent au Tribunal administratif d'avoir considéré que les contributions litigieuses violaient les principes de la prévoyance professionnelle.
4.1 En vertu de l'art. 33 al. 1 lettre d LIFD, les primes, cotisations et montants légaux, statutaires ou réglementaires versés en vue de l'acquisition des droits aux prestations dans le cadre d'institutions de la prévoyance professionnelle sont déduits du revenu. Les art. 22 al. 1 lettres fbis et h AIFD contiennent des dispositions similaires.
Ces dispositions reprennent la teneur de l'art. 81 al. 1 et 2 LPP (dans sa teneur en vigueur jusqu'au 1er janvier 2005) qui considère comme charges d'exploitation en matière d'impôts directs de la Confédération, des cantons et des communes les contributions des employeurs à des institutions de prévoyance et déclare déductibles, en matière d'impôts directs de la Confédération, des cantons et des communes, les cotisations que les salariés versent à des institutions de prévoyance, conformément à la loi ou aux dispositions réglementaires.
Ces dispositions légales trouvent application aussi bien pour les montants périodiques que pour les montants uniques versés en vue de l'acquisition des droits en matière de prévoyance obligatoire et surobligatoire (arrêt 2A.408/2002 du 13 février 2004, consid. 2.1 in: Archives 75, p. 159 et les références citées). La déduction des cotisations ordinaires et des contributions volontaires au titre de frais justifiés par l'usage commercial n'est toutefois possible que si l'institution de prévoyance utilise ces contributions conformément à la loi sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (ATF 131 II 593 consid. 4.3 p. 605 ss).
4.2 Toutefois, lorsque les contributions de personnes morales aux institutions de prévoyance professionnelles constituent une distribution dissimulée de bénéfice, elles font partie du bénéfice net imposable au sens des art. 49 al. 1 let. b AIFD et 58 al. 1 lettre b LIFD (ATF 131 II 593 consid. 5 p. 607 ss et les références citées) et sont en outre imposées dans le chapitre de leur bénéficiaire au même titre (art. 21 al. 1 lettre c in fine AIFD et 20 al. 1 lettre c LIFD).
4.2 Toutefois, lorsque les contributions de personnes morales aux institutions de prévoyance professionnelles constituent une distribution dissimulée de bénéfice, elles font partie du bénéfice net imposable au sens des art. 49 al. 1 let. b AIFD et 58 al. 1 lettre b LIFD (ATF 131 II 593 consid. 5 p. 607 ss et les références citées) et sont en outre imposées dans le chapitre de leur bénéficiaire au même titre (art. 21 al. 1 lettre c in fine AIFD et 20 al. 1 lettre c LIFD).
5. 5.1 Le financement et la mise en oeuvre de la prévoyance obligatoire et sur-obligatoire doivent respecter les principes d'adéquation, de collectivité (solidarité), d'égalité de traitement, de planification ainsi que d'assurance (ATF 131 II 593 consid. 4.1 p. 603 s. et les références citées, en particulier ATF 120 Ib 199 consid. 3d p. 204). L'art. 1 al. 3 LPP, issu de la 1ère révision de la loi fédérale sur la prévoyance professionnelle, vieillesse, survivants et invalidité en vigueur depuis le 1er janvier 2006, reprend expressément ces notions, qui ont été précisées par le Conseil fédéral aux art. 1 à 1h de l'ordonnance du 18 avril 1984 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (OPP 2; RS 831.441.1).
5.2 Le principe d'adéquation est respecté lorsque, conformément aux art. 111 et 113 Cst., qui reprennent l'art. 34quater aCst., la prévoyance professionnelle permet aux personnes âgées, aux survivants et aux invalides de maintenir de façon appropriée leur niveau de vie antérieur, compte tenu des prestations de l'assurance fédérale (art.1 al. 1 LPP). Le maintien du niveau de vie antérieur est garanti, à titre d'exigence minimale (art. 6 LPP), par une rente globale (rente du premier et du deuxième pilier) de 60 pour cent du dernier salaire brut d'une personne ayant eu une carrière professionnelle normale (Message à l'appui de la LPP, FF 1976 I 117 ss, p. 125). Il est toutefois loisible aux institutions de prévoyance reconnues de prévoir des prestations supérieures (Message à l'appui de la LPP, FF 1976 I 117 ss, p. 127 s.; nommée prévoyance sur-obligatoire, 2ème pilier b). De l'avis de la doctrine et de la jurisprudence, le principe d'adéquation est considéré comme respecté lorsque le montant total des cotisations réglementaires de l'employeur et des salariés destinés au financement des prestations ne dépassait pas 20% des salaires bruts annuels et que les prestations réglementaires ne dépassaient pas 60 à 70% du dernier salaire net (arrêt 2A.45/2003 du 29 juillet 2004, consid. 3.3, in: Archives 74 p. 749 qui cite Martin Steiner, Beletage-Versicherung - Möglichkeiten und Grenzen aus steuerlicher Sicht, in: Archives 1990/58, p. 625 ss, spéc. 632 s.). L'art. 1 OPP 2 fixe nouvellement ces limites respectivement à 25% de la somme des salaires AVS assurables pour les salariés et à 70% du dernier salaire ou revenu AVS assurable perçu avant la retraite.
5.3 Le principe de collectivité (ou encore de solidarité) est respecté lorsque l'ensemble des salariés d'une entreprise est inclus dans la prévoyance professionnelle. Ce principe s'accommode de l'existence de plusieurs plans de prévoyance établis en fonction de critères objectifs, notamment, en fonction du nombre d'années de service, de la fonction exercée, de la situation hiérarchique, de l'âge ou du niveau de salaire (cf. art. 1c al. 1 OPP 2). Sont en revanche interdits les plans de prévoyance individuel élaborés pour une seule personne, au sens d'une assurance « à la carte » (arrêt 2A.45/2003 du 29 juillet 2004, consid. 3.1, in: Archives 74 p. 749; arrêt 2A.408/2002 du 13 février 2004, consid. 3.3.1 in: Archives 75, p. 159 et les références citées). Les actionnaires employés par une société peuvent être inclus dans un plan de prévoyance pour autant qu'ils ne soient pas traités différemment des autres employés ou que des mesures de prévoyance analogues soient octroyées aux autres employés. Un plan de prévoyance complémentaire dont bénéficient les deux seuls actionnaires employés d'une société, à l'exclusion d'un troisième employé dont le salaire ne dépasse pas la limite supérieure du salaire LPP, parce que, selon le règlement de prévoyance, tous les employés, sans exception, sont également assurés dans le cadre de la prévoyance sur-obligatoire dès que leur salaire excède la limite supérieur du salaire LPP respecte le principe de collectivité (arrêt 2A.404/2001 du 20 mars 2002 in: RF 57 2002 p. 488 et RDAF 2004 II 53). L'art. 1c al. 2 OPP 2 (dans sa version en vigueur depuis le 1er janvier 2006) concrétise cette jurisprudence en précisant que le principe de la collectivité est également respecté lorsqu'une seule personne est assurée dans le plan de prévoyance mais que le règlement prévoit la possibilité d'assurer en principe d'autres personnes.
5.4 Le principe d'égalité de traitement est respecté lorsque tous les assurés d'un même collectif sont soumis à des conditions réglementaires identiques dans le plan de prévoyance (arrêt 2A.45/2003 du 29 juillet 2004, consid. 3.4, in: Archives 74 p. 749; cf. également art. 1f OPP 2).
5.5 Le principe de planification est respecté lorsque le financement et la mise en oeuvre de la prévoyance obligatoire et extra-obligatoire sont fixés à l'avance dans les statuts et les règlements selon des critères schématiques et objectifs. Comme le principe de collectivité, le principe de planification n'autorise pas les plans de prévoyance individuels élaborés selon les désirs de l'assuré, en particulier quant à sa participation au plan de prévoyance, quant au mode de financement, aux modalités et à l'importances des prestations assurées (arrêt 2A.45/2003 du 29 juillet 2004, consid. 3.2, in: Archives 74 p. 749; arrêt 2A.408/2002 du 13 février 2004, consid. 3.3.1 in: Archives 75, p. 159 et les références citées; cf. également l'art. 1g OPP 2).
5.6 Le principe d'assurance est respecté lorsque les rapports entre l'assuré et l'institution de prévoyance atteignent les buts de la prévoyance professionnelle non seulement pour les cas de vieillesse, mais également pour les cas d'invalidité et de décès. Le principe est par conséquent violé lorsqu'en cas d'invalidité de l'assuré le règlement ne prévoit que la libération du service des primes (ATF 131 II 267 consid. 4.4 p. 634 et les références citées). L'art. 1h OPP 2 précise notamment que le principe d'assurance est respecté lorsque l'institution de prévoyance affecte au moins 6 % du montant total des cotisations au financement des prestations relevant de la couverture des risques de décès et d'invalidité.
5.6 Le principe d'assurance est respecté lorsque les rapports entre l'assuré et l'institution de prévoyance atteignent les buts de la prévoyance professionnelle non seulement pour les cas de vieillesse, mais également pour les cas d'invalidité et de décès. Le principe est par conséquent violé lorsqu'en cas d'invalidité de l'assuré le règlement ne prévoit que la libération du service des primes (ATF 131 II 267 consid. 4.4 p. 634 et les références citées). L'art. 1h OPP 2 précise notamment que le principe d'assurance est respecté lorsque l'institution de prévoyance affecte au moins 6 % du montant total des cotisations au financement des prestations relevant de la couverture des risques de décès et d'invalidité.
6. 6.1 Le Tribunal administratif a considéré que le principe de collectivité était formellement respecté, mais ne l'était pas sur le plan matériel, du moment que seuls les recourants avaient été assurés au sein de la Fondation. Le principe de planification n'était pas non plus respecté, puisque le montant des cotisations versées à la Fondation n'était pas préétabli mais fonction du résultat de la Société. Le principe d'adéquation était aussi violé parce que le montant global des cotisations versées ne respectait pas la règle des 20% du salaire, largement reconnue dans la pratique. En outre, les prestations élevées versées au bénéfice des recourants devaient être mises sur le compte de leur position d'actionnaires.
Les recourants rétorquent que le principe de collectivité était formellement et matériellement respecté, du moment que la Société était de petite taille, n'employait pas d'autres salariés qu'eux-mêmes et que, n'étant, pour l'un, pas actionnaire majoritaire et, pour l'autre, pas actionnaire du tout, ils n'avaient pas été favorisés. De même, le versement de cotisations en fonction du résultat financier de la Société n'était pas un obstacle au principe de planification, le Tribunal fédéral ayant confirmé, dans un arrêt du 10 août 2005, le bien-fondé des contributions volontaires et des réserves libres dans le domaine de la prévoyance sur-obligatoire. Enfin, la prévoyance sur-obligatoire était adéquate puisque les mesures prises avaient pour objectif des prestations équivalant à 70 ou 80% du dernier salaire et que les attributions faites à la Société représentaient en moyenne seulement 19,985% des salaires versés entre 1970 et 1997. Sur ce dernier point, il convenait de prendre en considération le fait que la Fondation avait été créée avant 1985, que son règlement avait été adopté seulement en 1987 et qu'il avait reçu l'aval d'un spécialiste en la matière en avril 1991.
6.2 En l'espèce, il résulte de l'art. 9 du règlement de 1986, qui interdit toute contribution des participants, que la Fondation est une caisse patronale alimentée uniquement par les contributions de la Société. Ses bénéficiaires uniques étaient les recourants, la Société n'ayant en effet jamais gardé d'employés à son service plus de douze mois. Celle-ci n'a en outre commencé à verser des contributions à la Fondation qu'en 1984. Ces contributions étaient inégales en importance et, nonobstant leur dépendance réglementaire aux résultats financiers de la Société, elles étaient de facto librement décidées par les recourants, qui étaient seuls à disposer de la signature individuelle et bénéficiaient ensemble d'une position majoritaire au sein du conseil de la Fondation composé de trois membres uniquement. Dans ces conditions, les recourants pouvaient faire verser tout ou partie des bénéfices de la Société dans la Fondation sur leur deux comptes individuels et, peu avant la retraite, augmenter leurs deux salaires, afin d'influencer les prestations de retraite. Versées sur des comptes individuels lorsque l'accumulation de richesse de la Société le permettait, les contributions litigieuses ont servi à la constitution d'une épargne privée. Comme l'a jugé à bon droit le Tribunal administratif, cet état de fait viole le principe de planification.
Contrairement à ce qu'ils affirment, les recourants ne peuvent se prévaloir des dispositions de l'art. 32 LPP relatives à la génération d'entrée, quand bien même ils appartiennent tous deux à la catégorie des assurés qui, lors de l'entrée en vigueur de la loi sur la prévoyance professionnelle, avaient plus de 25 ans et n'avaient pas encore atteint l'âge ouvrant le droit à la rente (art. 31 LPP). Il est vrai que les institutions de prévoyance sont relativement libres dans le choix des mesures qu'elles sont tenues de prendre en vertu de l'art. 32 LPP et bénéficient d'une large marge d'appréciation (ATF 131 II 593 consid. 4.2 p. 604 s.). Cette marge d'appréciation n'est toutefois pas exempte de limites. Elle doit, d'une part, respecter les possibilités financières de l'institution et, d'autre part, favoriser notamment les assurés d'un certain âge et plus particulièrement ceux d'entre eux qui ne disposent que de revenus modestes. Dans ces conditions, les dispositions de l'art. 32 LPP n'ont d'effet que sur l'uniformité des plans de prévoyance dont elles atténuent la portée à l'égard de la génération d'entrée et restent en revanche sans influence sur le principe de planification qui gouverne les modalités de financement du plan de prévoyance lui-même.
6.3 Le principe d'adéquation est aussi violé parce que, durant les années de calcul 1991 à 1994, avec les cotisations versées à la Caisse interprofessionnelle, les contributions de la Société représentaient 32,9% des salaires AVS de 1991, 37,5% de ceux de 1992, 32,3% de ceux de 1993 et 38,4% de ceux de 1994. Ces contributions ont par conséquent largement excédé la règle limitant celles-ci à 20% au maximum des salaires AVS annuels.
C'est en vain que les recourants procèdent à un calcul moyen répartissant les contributions sur les années 1970 à 1997; un tel calcul est en effet contraire à la réalité, la Société s'étant trouvée de nombreuses années dans l'incapacité de verser des contributions.
Ils tentent également sans succès de tirer parti de ce que le règlement de 1986 avait été soumis à un spécialiste en la matière en 1991. Ils perdent de vue que ce spécialiste n'est pas habilité à fournir des assurances sur sa conformité aux conditions fiscales de la prévoyance professionnelle. Au demeurant, au moment où ce spécialiste a donné son avis, la doctrine faisait déjà état de la règle dite des 20% (Martin Steiner, op. cit., p. 625 ss, spéc. 632 s., qui cite des articles datant de 1989 déjà).
6.4 Enfin, bien que, selon ses statuts et son règlement de 1986, la Fondation ait eu formellement pour but de prémunir les collaborateurs de la Société et leurs familles contre les conséquences économiques de la vieillesse, de l'invalidité, de la maladie, d'accidents et de décès, force est d'admettre que ce n'est que dans les dernières années avant sa dissolution en 2001 qu'elle a disposé des moyens financiers qui lui auraient permis, le cas échéant, d'accorder des prestations d'invalidité aux recourants. Dans ces conditions, il est douteux que le principe d'assurance ait été respecté. Cette question peut rester ouverte. Tout au plus faut-il reconnaître que les autorités fiscales ont fait preuve de souplesse en n'ajoutant au revenu imposable des recourants que le montant des contributions qui dépassait le 20% des salaires AVS déclarés par ces derniers.
6.5 Par conséquent, en jugeant que le contrat complémentaire de prévoyance des recourants ne respectait pas les principes qui régissent la prévoyance professionnelle et entrait en partie tout au moins dans le cadre de la prévoyance privée (3e pilier B) individuelle, le Tribunal administratif a correctement appliqué le droit fédéral.
Dans ces conditions, il est inutile d'examiner si, au surplus, les contributions versées par la Société à la Fondation en faveur des recourants ne trouvaient de justifications que dans leur qualité d'actionnaires ou de proches de la Société ou si elles représentaient un complément de salaire, ni de quelle manière ces montants ont été traités dans le chapitre de la Société, en particulier par l'arrêt rendu le 29 mai 2001 par le Tribunal administratif à propos de la Société. Il suffit de constater que les montants de 45'367 fr., 65'625 fr., 54'608 et 80'808 fr. au moins devaient être ajoutés aux revenus imposables des recourants pour les périodes fiscales 1993/1994 et 1995/1996.
Dans ces conditions, il est inutile d'examiner si, au surplus, les contributions versées par la Société à la Fondation en faveur des recourants ne trouvaient de justifications que dans leur qualité d'actionnaires ou de proches de la Société ou si elles représentaient un complément de salaire, ni de quelle manière ces montants ont été traités dans le chapitre de la Société, en particulier par l'arrêt rendu le 29 mai 2001 par le Tribunal administratif à propos de la Société. Il suffit de constater que les montants de 45'367 fr., 65'625 fr., 54'608 et 80'808 fr. au moins devaient être ajoutés aux revenus imposables des recourants pour les périodes fiscales 1993/1994 et 1995/1996.
7. Les recourants considèrent que les conditions d'un rappel d'impôt n'étaient pas réunies.
7.1 Aux termes de l'art. 151 al. 1 LIFD, lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Toutefois, lorsque le contribuable a déposé une déclaration complète et précise concernant son revenu, sa fortune et son bénéfice net, qu'il a déterminé son capital propre de façon adéquate et que l'autorité fiscale en a admis l'évaluation, tout rappel d'impôt est exclu, même si l'évaluation était insuffisante. Un rappel d'impôts peut être réclamés indépendamment de l'existence d'une soustraction fiscale (cf. Art. 151 LIFD; Peter Agner/Beat Jung/Gotthard Steinmann, Kommentar zum Gesetz über die direkte Bundessteuer, Zurich 1995, n. 1 ad art. 151).
En revanche, un rappel d'impôt au sens de l'art. 129 al. 1 AIFD ne peut être effectué que si l'existence d'une soustraction fiscale est établie (cf. Archives 52 p. 454 consid. 2 p. 458), ce qui nécessite la réunion de trois éléments: la soustraction d'un montant d'impôt, la violation d'une obligation légale incombant au contribuable et la faute de ce dernier (cf. Arrêt du 7 octobre 1986 in StE 1987 B 101.2 n. 3 consid. 3 et les références citées).
7.2 En l'espèce, contrairement à ce qu'affirment les recourants, rien dans leur dossier ne permettait aux autorités fiscales de savoir qu'ils bénéficiaient de montants supplémentaires versés en leur faveur et pour leur compte par la Société à la Fondation. Les certificats de salaire et les déclarations d'impôts - incomplets - ont créé l'impression erronée que la prévoyance professionnelle des recourants demeurait dans les normes usuelles. Dans ces circonstances, les conditions d'un rappel d'impôt sont remplies pour les périodes fiscales en cause, sous réserve toutefois de l'existence d'une soustraction fiscale pour la période fiscale 1993/1994 (cf. consid. 8 ci-dessous).
7.2 En l'espèce, contrairement à ce qu'affirment les recourants, rien dans leur dossier ne permettait aux autorités fiscales de savoir qu'ils bénéficiaient de montants supplémentaires versés en leur faveur et pour leur compte par la Société à la Fondation. Les certificats de salaire et les déclarations d'impôts - incomplets - ont créé l'impression erronée que la prévoyance professionnelle des recourants demeurait dans les normes usuelles. Dans ces circonstances, les conditions d'un rappel d'impôt sont remplies pour les périodes fiscales en cause, sous réserve toutefois de l'existence d'une soustraction fiscale pour la période fiscale 1993/1994 (cf. consid. 8 ci-dessous).
8. Il reste à examiner si, comme les recourants s'en défendent, cet état de fait constituait une soustraction d'impôt fédéral direct.
8.1 En vertu de l'art. 175 al. 1 LIFD, le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait notamment en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète, est puni d'une amende. En règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait. Si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut être triplée (art. 175 al. 2 LIFD).
Selon l'art. 129 al. 1 AIFD, celui qui se soustrait totalement ou partiellement à l'impôt en éludant les obligations qui lui incombent, conformément aux art. 82 à 87, 89, 91 et 97 AIFD, dans la procédure de taxation, de réclamation, de recours et d'inventaire (lettre a) ou en celant des éléments essentiels à la détermination de l'existence ou de l'étendue de l'obligation fiscale ou en donnant, intentionnellement ou par négligence, des indications inexactes (lettre b), est passible d'une amende allant jusqu'à quatre fois le montant soustrait; ce montant doit être payé en sus de l'amende.
La notion de négligence des art. 129 AIFD et 175 LIFD est identique à celle de l'art. 18 CP (dans sa version applicable jusqu'au 31 décembre 2006): commet un crime ou un délit par négligence quiconque, par une imprévoyance coupable, agit sans se rendre compte ou sans tenir compte des conséquences de son acte. L'imprévoyance est coupable quand l'auteur n'a pas usé des précautions commandées par les circonstances et par sa situation personnelle.
8.2 Les montants ajoutés aux revenus imposables des recourants correspondent à la part des contributions versées par la Société à la Fondation qui dépassait le 20% des salaires annuels. Ne respectant pas les principes régissant la prévoyance professionnelle (cf. consid. 6 ci-dessus), ces montants excédentaires devaient être déclarés comme revenus par les recourants (art. 21 AIFD et 16 LIFD) et devaient par conséquent être ajoutés au revenu imposable des recourants pour les périodes fiscales 1993/1994 et 1995/1996, ce qui n'a pas été le cas. Par cette omission, les recourants ont enfreint l'obligation de déposer une déclaration complète et véridique (art. 86 et 87 AIFD ainsi que 124 al. 2, 125 al.1 lettre a et 130 al. 1 LIFD). Les décisions de taxation des 30 mars 1994 et 7 juin 1996 sont par conséquent entrées en force incomplètes. L'élément objectif d'une soustraction fiscale est donc réalisé.
8.3 Dans son arrêt, le Tribunal administratif a jugé qu'en ne déclarant pas les versements faits en leur faveur par la Société, les recourants - qui avaient manifestement une grande expérience du monde des affaires - avaient à tout le moins fait preuve de négligence justifiant le prononcé d'une amende.
Selon les recourants, le Tribunal administratif ne pouvait pas confirmer leur condamnation pour négligence. Ils étaient certes actifs dans le domaine du conseil financier et du placement mais n'avaient aucune connaissance particulière en matière de prévoyance professionnelle. Pour preuve, la Société avait été assistée par un spécialiste en matière de prévoyance professionnelle en la personne de M. C._ au sein de Y._ ainsi que d'un avocat. En outre, le règlement de 1986 avait été approuvé par le Service cantonal de surveillance des fondations. Ils avaient par conséquent pris les précautions commandées par les circonstances.
Le point de vue des recourants ne peut être suivi. En effet, il résulte du courrier rédigé le 21 janvier 1999 par C._ sur demande des mandataires des recourants aux fins d'être produit à titre de preuve dans la procédure de soustraction d'impôts que ce dernier avait uniquement pour « mission de réviser » les comptes de la Fondation, c'est-à-dire d'en attester l'exactitude formelle au regard des dispositions de droit comptable à l'attention du Service de surveillance des fondations. Même si, à cette occasion et de manière informelle, la légalité des plans de prévoyance mis en place par la Fondation a été évoquée, comme l'affirme C._, il n'en demeure pas moins que la « note concernant la fondation X._ SA à Genève » datée du 10 septembre 1995 n'examine le respect du principe d'adéquation que sous l'angle des prestations réglementaires et non pas sous l'angle des contributions versées par l'employeur. Même s'ils ne disposaient pas de connaissances particulières en matière de prévoyance professionnelle, les recourants connaissaient néanmoins suffisamment le monde des affaires pour savoir qu'un simple renseignement mettant en jeu des sommes d'argent aussi élevées dans un domaine qu'ils affirmaient ignorer n'est pas opposable aux autorités fiscales. Pareille ignorance est en outre relative au regard de la concurrence que se livrent depuis le début des années nonante les institutions financières et les assurances. Dans ces conditions, ils devaient se renseigner auprès des autorités fiscales elles-même, dont ils devaient savoir qu'elles ne sont pas liées par les avis d'autres autorités lorsqu'il s'agit d'examiner notamment le régime fiscal de mesures de prévoyance professionnelle. Ils le devaient d'autant plus qu'ils revêtaient tout à la fois la qualité de salariés et d'employeurs tant dans la Société que vis-à-vis de la Fondation.
Par conséquent, en jugeant que les recourants n'avaient pas usé des précautions commandées par les circonstances et par leur situation personnelle et en considérant dès lors que l'élément subjectif de la soustraction fiscale était réalisé, le Tribunal administratif n'a pas violé le droit fédéral ni le principe de la présomption d'innocence.
8.4 Les recourants ne contestent pas le montant de l'amende unique de 4'705 fr. Le Tribunal fédéral constate néanmoins d'office qu'en confirmant ce montant, le Tribunal administratif a violé le droit fédéral. En effet, d'après le prononcé d'amende du 2 mars 2004, l'Administration fiscale cantonale n'a condamné les recourants au paiement de l'amende que pour la période de taxation 1995/1996 en application de l'art. 175 LIFD. Or, l'impôt soustrait durant la période en cause s'élève à 17'602 fr. L'amende prononcée est donc largement inférieure au tiers du montant soustrait qui correspond à la réduction maximale autorisée par l'art. 175 al. 2 LIFD en cas de faute légère. Le Tribunal fédéral renonce toutefois à procéder à une reformatio in pejus en l'espèce.
Le fait que les recourants ont été libérés de toute sanction pénale pour la période fiscale 1993/1994 ne signifie pas qu'ils ne peuvent être astreints au paiement des impôts soustraits. En vertu de l'art. 129 al. 1 AIFD, il n'est en effet pas nécessaire qu'une amende soit prononcée, il suffit qu'une soustraction ait été commise, ce qui est le cas en l'espèce (cf. Archives 67 p. 470 consid. 3 p. 475; ATF 124 II 480 consid. 3b p. 487).
9. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. L'arrêt rendu le 26 juillet 2006 par le Tribunal administratif du canton de Genève est confirmé. Succombant, les recourants doivent supporter les frais judiciaires (art. 156 al. 1, 153 et 153a OJ) et n'ont pas droit à des dépens (art. 159 al. 1 OJ).