# Swiss Legal Decision

**Decision ID:** 520ee4dc-c2b0-4b3d-8125-f1bc55fcbc64
**Court:** ZH_VG
**Chamber:** ZH_VG_001
**Year:** 2012
**Language:** de
**Jurisdiction:** ZH / Zürich
**Law Area:** $law_area
**Law Sub-area:** 

## Facts

hat sich ergeben:
I.
Die am 27. November 2003 neu gegründete A Consulting AG (die Pflichtige) bezweckt die Erbringung von Dienstleistungen aller Art im Finanzbereich. Das Aktienkapital von Fr. ... wurde von den Gründern C und D bar liberiert. Die Gründer brachten zusätzlich sämtliche Stammanteile der E GmbH im Nennwert von insgesamt Fr. ... in die Pflichtige ein, welche die Beteiligung mit Fr. ... aktivierte.
Mit "Kauf- und Abtretungsvertrag" vom 16. Februar 2004 veräusserte die Pflichtige 55 % der Beteiligung E GmbH, entsprechend einem Nominalwert von Fr. ..., an die F Bank in G. Der vereinbarte Kaufpreis belief sich auf EUR ..., wovon ein Teilbetrag von EUR ... als Entschädigung der Geschäftsführung durch die Pflichtige bei der E GmbH bis zum 30. Juni 2008 bezeichnet wurde. Betreffend "Vollzug des Kaufs" wurde vereinbart, dass die Käuferin den Kaufpreis innerhalb von vier Arbeitstagen nach rechtsgültiger Übertragung des Stammanteils durch Überweisung von je EUR ... auf zwei Konti bei der H Bank zu begleichen habe. Eines der beiden Konti wurde als K-Konto bezeichnet und die Verkäuferin verpflichtete sich, dieses Konto als Sicherheit für die Ansprüche der Käuferin aus einem separaten Zusammenarbeitsvertrag zu verpfänden. Einzelheiten zur Verpfändung des Kontoguthabens auf dem sogenannten K-Konto wurden in einem separaten Pfandvertrag ("spezieller Pfandvertrag") vom 16. Februar 2004 geregelt. Die Pflichtige schloss ferner gleichentags mit der F Bank und der E GmbH einen sogenannten Zusammenarbeitsvertrag ab, in welchem die Zusammenarbeit der Parteien insbesondere im Bereich von strukturierten Finanzierungen vereinbart wurde.
Für das erste, vom 27. November 2003 bis 31. Dezember 2004 dauernde Geschäftsjahr reichte die Pflichtige am 28. Juli 2005 eine mit "Juli 2005" datierte Steuererklärung und die von der damaligen Revisionsstelle I AG ausgefertigte Jahresrechnung für das Geschäftsjahr 2003/04 samt Generalversammlungsprotokoll über die Abnahme derselben ein. Im Anhang der Jahresrechnung wurde auf die Verpfändung des Aktivguthabens auf dem K-Konto hingewiesen. In der Steuererklärung wurde der im Abschluss ausgewiesene Reingewinn von Fr. ... deklariert. Weil die Pflichtige unter Ziffer 6 der Steuererklärung (Rubrik Abzüge/Vorjahresverluste, mit dem zusätzlich angebrachten Vermerk "Beteiligungsgewinn") einen Betrag von Fr. ... in Abzug brachte, resultierte aus der Deklaration per Saldo ein steuerbarer Gewinn von Fr. ....
In einer am 6. Dezember 2005 nachgereichten, als Rektifikat bezeichneten Steuererklärung deklarierte die Pflichtige für die Steuerperiode 2003/04 neu einen Reingewinn von Fr. ... und brachte (ebenfalls unter Ziff. 6 der Steuererklärung) einen "Beteiligungsgewinn" von Fr. ... in Abzug, was wiederum einen steuerbaren Reingewinn von Fr. ... ergab. Der rektifizieren Steuererklärung lag ein Schreiben der J Treuhand AG an die Pflichtige bei, in welchem Erstere als "designierte neue Kontrollstelle" die Vornahme von zwei Nachtragsbuchungen empfahl, und zwar die Ausbuchung des K-Kontos zulasten des verbuchten Kapitalgewinns und eine Wertberichtigung auf Forderungen der Pflichtigen gegenüber der E GmbH. Beigelegt wurde zudem ein Bilanzstatus per 31. Dezember 2004 nach Korrekturbuchungen. Eine revidierte Jahresrechnung im Sinn von Art. 662 Abs. 2 OR wurde nicht eingereicht. Einem der rektifizierten Steuererklärung beiliegenden Vertrag vom 31. Oktober 2005 liess sich entnehmen, dass die Zusammenarbeit zwischen den Vertragsparteien auf den 1. November 2005 aufgehoben worden war und die Pflichtige von der F Bank deren Stammanteile an der E GmbH unter Verwendung des K-Guthabens für EUR ... zurückgekauft hatte.
II.
Das kantonale Steueramt führte in der Folge eine Bücherrevision betreffend das erste Geschäftsjahr der Pflichtigen durch. Der steueramtliche Revisor gelangte zum Schluss, es sei nach wie vor auf die ursprüngliche, von der Generalversammlung genehmigte Jahresrechnung abzustellen, allerdings unter Vornahme diverser kleinerer Korrekturen. Weiter stellte er sich auf den Standpunkt, der Pflichtigen sei der Beteiligungsabzug im Sinn von § 72 f. des Steuergesetzes vom 8. Juni 1997 (StG) mit Bezug auf den Kapitalgewinn aus der Veräusserung der E GmbH-Anteile zu verweigern, weil sich diese lediglich rund 90 Tage in deren Eigentum befunden hätten und somit die einjährige Mindesthaltedauer nicht gegeben sei.
Nach Durchführung einer Besprechung sowie Korrespondenzen schätzte das kantonale Steueramt die Pflichtige für die Steuerperiode vom 27.11.2003 bis 31.12.2004 mit einem steuerbaren Reingewinn von Fr. ... (zum Satz von Fr. ...) und einem steuerbaren Kapital von Fr. ... ein. Der Beteiligungsabzug wurde auf 0,922% festgesetzt. Die Einsprache wurde mit Entscheid vom 31. Oktober 2007 abgewiesen. Mit Rekurs beantragte die Pflichtige Einschätzung gemäss rektifizierter Steuererklärung. Der Rekurs wurde von der Steuerrekurskommission I (seit 1. Januar 2011: Steuerrekursgericht) am 19. März 2008 abgewiesen.
III.
Die von der Pflichtigen erhobene Beschwerde wurde vom Verwaltungsgericht am 17. Dezember 2008 teilweise gutgeheissen. Die Sache wurde zur weiteren Untersuchung und zum Neuentscheid im Sinn der Erwägungen an das kantonale Steueramt im Einspracheverfahren zurückgewiesen. Nach den Feststellungen des Verwaltungsgerichts war ungeklärt geblieben, ob die Beteiligung an der E GmbH im Rahmen einer steuerneutralen Umstrukturierung in die Pflichtige eingebracht worden war oder ob es sich um einen steuerbaren Veräusserungsvorgang gehandelt hatte.
Nach Durchführung einer ergänzenden Untersuchung kam das kantonale Steueramt zum Schluss, die Beteiligung E GmbH habe zum Geschäftsvermögen der Einzelfirma A Consulting gehört und sei anlässlich der Gründung der Pflichtigen steuerneutral zum Buchwert in die Pflichtige überführt worden. Die Einsprache wurde im 2. Rechtsgang mit Entscheid vom 2. November 2010 erneut abgewiesen. Der Beginn der Steuerperiode wurde dabei auf den 1. November 2003 vorverschoben und der satzbestimmende Reingewinn auf Fr. ... festgesetzt (übrige Steuerfaktoren unverändert). Der gegen den Einspracheentscheid erhobene Rekurs wurde im 2. Rechtsgang vom Steuerrekursgericht am 18. Februar 2011 abgewiesen.
Am 28. März 2011 liess die Pflichtige dem Verwaltungsgericht unter Kosten- und Entschädigungsfolgen beantragen, sie sei mit einem Gewinn von Fr. ... und einem steuerbaren Kapital von Fr. ... einzuschätzen. Eventualiter sei die Sache an das Steuerrekursgericht zurückzuweisen.
Das kantonale Steueramt beantragt Abweisung der Beschwerde, während das Steuerrekursgericht auf Vernehmlassung verzichtete.
Die Kammer

## Considerations

erwägt:
1.
1.1
Mit der Steuerbeschwerde an das Verwaltungsgericht können laut § 153 Abs. 3 StG alle Rechtsverletzungen, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, und die unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts geltend gemacht werden.
Das Verwaltungsgericht hat sich infolgedessen auf die reine Rechtskontrolle zu beschränken; dazu gehört auch die Prüfung, ob die Vorinstanzen den rechtserheblichen Sachverhalt gesetzmässig festgestellt haben. Dem Gericht ist es daher verwehrt, das von der Rekurskommission in Übereinstimmung mit dem Gesetz ausgeübte Ermessen auf Angemessenheit hin zu überprüfen und so sein Ermessen anstelle desjenigen der Rekursinstanz zu setzen. Die Prüfungsbefugnis des Verwaltungsgerichts erstreckt sich
lediglich auf rechtsverletzende Ermessensfehler, d. h. auf Ermessenüberschreitung und auf Ermessensmissbrauch (RB 1999 Nr. 147).
1.2
Im Beschwerdeverfahren gilt das Novenverbot. Für das Verwaltungsgericht ist somit die gleiche Aktenlage massgebend wie für das Rekursgericht. Tatsachen oder Beweismittel, die nicht spätestens im Rekursverfahren behauptet bzw. vorgelegt oder angerufen worden sind, dürfen infolgedessen im Beschwerdeverfahren grundsätzlich nicht nachgebracht werden (RB 1999 Nrn. 149 und 150; BGr 16. September 2005, StE 2005 B 96.22 Nr. 3). Vom Novenverbot ausgenommen sind dagegen echte Noven, namentlich neue tatsächliche Behauptungen und Beweismittel, die auf einem Revisions- oder Nachsteuergrund (§ 155 beziehungsweise § 160 StG) beruhen oder der Stützung von geltend gemachten Rechtsverletzungen dienen, die ihrer Natur nach neuer tatsächlicher Vorbringen oder Beweismittel bedürfen. Neue, erstmals vor Verwaltungsgericht gestellte Rechtsbegehren sind schliesslich allgemein zulässig, sofern sie sich nicht auf Tatsachen und Beweismittel stützen, welche unter das Novenverbot fallen (RB 1999 Nr. 149, bestätigt in BGE 131 II 548).
2.
Nach der ergänzenden Untersuchung durch das kantonale Steueramt steht nunmehr fest, dass die Pflichtige aus der Umwandlung einer Personenunternehmung hervorging. Die Feststellung des Steuerrekursgerichts, die Beteiligung an der E GmbH sei im Rahmen einer steuerneutralen Umstrukturierung zum Buchwert von Fr. ... in die Pflichtige eingebracht worden, ist unbestritten, ebenso der – aus der steuerneutralen Umwandlung folgende – Beginn der ersten Steuerperiode der Pflichtigen mit dem als unbestritten festgestellten Umwandlungsstichtag vom 1. November 2003.
3.
Der Streit dreht sich zunächst um die Frage, welche steuerbaren Einkünfte der Pflichtigen in der Steuerperiode vom 01.11.2003 bis 31.12.2004 im Zusammenhang mit dem Verkauf einer Beteiligung von 55 % der E GmbH an die F Bank zugeflossen sind.
3.1
Nach den Feststellungen des Rekursgerichts belief sich der Kaufpreis nach dem Kauf- und Abtretungsvertrag vom 16. Februar 2004 für die 55-%-Beteiligung E GmbH auf EUR ... (Gesamterlös EUR ... abzüglich Geschäftsführungsentschädigung von EUR ...). Vom Gesamterlös wurden EUR ... auf das freie Bankkonto der Pflichtigen und EUR ... auf das im Vertrag als K-Konto bezeichnete Bankkonto einbezahlt. Bei Letzterem handelte sich nach den Feststellungen des Rekursgerichts um ein im Zusammenhang mit dem unter den Parteien abgeschlossenen Pfandvertrag eröffnetes Sperrkonto bei der H Bank.
Die Pflichtige vertritt den Standpunkt, beim Beteiligungsverkauf habe es sich um ein aufschiebend bedingtes Rechtsgeschäft gehandelt, weshalb die Pflichtige den auf das Sperrkonto (nachfolgend K-Konto) einbezahlten Betrag während des über das Ende des Geschäftsjahres 2003/04 hinaus andauernden Schwebezustands noch nicht realisiert habe und aus diesem Grund dafür eine Rückstellung habe bilden müssen.
3.2
Der steuerbare Reingewinn bemisst sich grundsätzlich nach dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrags des Vorjahres (§ 64 Abs. 1 StG). Der Steuergesetzgeber knüpft die steuerrechtliche Gewinnermittlung dem Grundsatz nach an die kaufmännische Rechnungslegung an. Weil eigenständige steuerrechtliche Rechnungslegungsvorschriften fehlen, stützt sich die Steuergesetzgebung auf die kaufmännische Gewinnermittlungsmethode, wie sie im Wesentlichen in den Art. 957−963 des Obligationenrechts (OR; mit Sonderbestimmungen für Aktiengesellschaften: Art. 662−670 OR) verankert ist (vgl. Peter Brülisauer/Flurin Poltera in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/2a, 2. A., Basel etc. 2008, Art. 58 DBG N. 9; Felix Richner/Walter Frei/Stefan Kaufmann/Hans Ulrich Meuter, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, 2. A., Zürich 2006, § 64 N. 5 ff.). Nach dem steuerrechtlichen Grundsatz der Massgeblichkeit der Handelsbilanz bildet die kaufmännische Bilanz und Erfolgsrechnung Ausgangspunkt und Grundlage der steuerrechtlichen Gewinnermittlung. Massgeblich sind die nach den zwingenden Vorschriften des Handelsrechts ordnungsmässig geführten Bücher (RB 2002 Nr. 106; Martin Zweifel/Michael Beusch, Ausgewählte Fragen zur Bedeutung der Handelsbilanz für die steuerliche Gewinnermittlung, in: Ernst A. Kramer/Peter Nobel/Robert Waldburger [Hrsg.], Festschrift für Peter Böckli zum 70. Geburtstag, Zürich 2006, S. 63).
3.3
Der Steuerpflichtige muss sich grundsätzlich bei der von ihm in seinen ordnungsgemäss geführten Büchern erscheinenden Darstellung der Vermögenslage und des Jahresergebnisses behaften lassen. Wurden offensichtlich handelsrechtswidrige Ansätze gewählt, ist eine Korrektur bis zum Eintritt der Rechtskraft der Veranlagung zulässig (sogenannte Bilanzberichtigung). Demgegenüber sind blosse Bilanzänderungen, bei denen ein handelsrechtskonformer Wertansatz durch eine andere, ebenfalls handelsrechtskonforme Bewertung ersetzt wird, nur bis zum Einreichen der Steuererklärung zulässig (BGr, 22. Februar 2005, 2A.314/2004; Zweifel/Beusch, S. 66 m. H.).
Nach den unbestrittenen Feststellungen des Rekursgerichts wurde mit der rektifizierten Steuererklärung keine revidierte, von der Generalversammlung abgenommene Jahresrechnung eingereicht, sondern lediglich ein Bilanzstatus per 31. Dezember 2004, welcher Korrekturbuchungen auswies. Der steuerbare Reingewinn bemisst sich demzufolge nach wie vor aufgrund des einzigen vorliegenden, formell ordnungsmässigen Jahresabschlusses, der mit der ersten Steuererklärung eingereicht worden war. Weil die Pflichtige nach den Feststellungen des Rekursgerichts in der am 28. Juli 2005 eingereichten Steuererklärung einen Reingewinn von Fr. ... deklariert hatte, der sich aus dem der Steuererklärung beigelegten, formell ordnungsgemässen Jahresabschluss ergab, stellte das Rekursgericht zu Recht auf dieses Ergebnis ab. Die Pflichtige lässt demgegenüber geltend machen, dieser Jahresabschluss verstosse gegen zwingende handelsrechtliche Buchführungsvorschriften, weshalb für die Steuerveranlagung nicht darauf abgestellt werden könne.
4.
4.1
Bei der Überprüfung der Handelsrechtskonformität einer im Verfahren eingereichten Bilanz und Erfolgsrechnung haben Steuerverwaltung und Steuerjustiz grosse Zurückhaltung zu üben. Es kann nicht Aufgabe der steuerrechtlichen Gewinnermittlung sein, umstrittene Fragen der Bilanzierung und Bewertung vorfrageweise einer Lösung zuzuführen oder gar die kaufmännische Rechnungslegung weiterzuentwickeln. Steuerrechtlich darf und muss deshalb lediglich bei offenkundigen, ins Auge springenden Verstössen gegen zwingendes Handelsrecht von einer von der Revisionsstelle geprüften und von der Generalversammlung genehmigten Handelsbilanz – genauer: von der Bilanz und Erfolgsrechnung umfassenden Jahresrechnung – abgewichen werden (RB 1997 Nr. 38; Brülisauer/Poltera, Art. 58 DBG N. 36; kritisch hierzu: Markus Berger, Probleme der Bilanzberichtigung, ASA 70 [2001/02], 550 ff.). Vorbehalten bleiben freilich die verschiedenen Korrekturen, die sich aufgrund der steuerrechtlichen Gewinnermittlungsvorschriften ergeben (vgl. Brülisauer/Poltera, Art. 58 DBG N. 35 ff.). Rechtsgrund solcher Abweichungen bilden indessen nicht handelsrechtliche, sondern steuerrechtliche Regeln und Prinzipien.
4.2
Wie das Rekursgericht mit zutreffender Begründung – auf die verwiesen werden kann – feststellte, ist bei im Steuerveranlagungsverfahren eingereichten Jahresrechnungen von der Vermutung auszugehen, die dieser zugrunde liegenden Geschäftsbücher seien nach den handelsrechtlichen Buchführungsvorschriften ordnungsgemäss geführt worden. Wird geltend gemacht, die Jahresrechnung verstosse gegen zwingende Vorschriften der kaufmännischen Buchführung und verfechte die steuerpflichtige Gesellschaft eine Reduktion des buchmässig ausgewiesenen Reingewinns, ist erstens eine Korrektur nur bei einem offensichtlichen Verstoss gegen die zwingenden Vorschriften des Handelsrechts möglich und trägt zweitens die Pflichtige die Beweislast dafür, dass die von ihr behauptete steuermindernde Abweichung vom in Bilanz und Erfolgsrechnung ausgewiesenen Ergebnis wegen Verletzung von zwingenden handelsrechtlichen Normen erforderlich ist.
4.3
Die Pflichtige macht geltend, die Verbuchung des gesamten Veräusserungserlöses als Ertrag sei handelsrechtswidrig gewesen, weil es sich beim Beteiligungsverkauf um ein aufschiebend bedingtes Rechtsgeschäft gehandelt habe. Die im speziellen Pfandvertrag genannte Summe hätte nicht der Erfolgsrechnung gutgeschrieben werden dürfen, sondern wäre nach den handelsrechtlichen Buchführungsvorschriften zu passivieren und entsprechend der Freigabe durch die F Bank periodengerecht aufzulösen gewesen. In der von ihr eingereichten Stellungnahme der L AG vom 5. Mai 2007 wird ohne Bezugnahme auf den Vertragstext und ohne Begründung behauptet, der Betrag von EUR ... sei – abzüglich Geschäftsführungshonorar von EUR ... – nur "bedingt" geschuldet. Es ist unklar, ob darunter eine aufschiebende Bedingung im vertragsrechtlichen Sinn verstanden wird oder ob untechnisch gemeint ist, dieser Kaufpreisanteil sei infolge des Pfandvertrags noch nicht frei verfügbar. Dies kann aber mangels Begründung der Sachverhaltsannahme und der fehlenden Schlüssigkeit der Stellungnahme offenbleiben. Demgegenüber kam das kantonale Steueramt aufgrund der durchgeführten Buchprüfung und der Aktenlage zum Schluss, der Kauf- und Abtretungsvertrag sei rechtsgültig zustande gekommen und habe keine Bedingungen enthalten, es habe sich demzufolge nicht um einen aufschiebend bedingten Verkauf gehandelt. Wie das Rekursgericht mit ausführlicher Begründung – worauf verwiesen werden kann – dargelegt hat, war es der Pflichtigen weder gelungen, das aufschiebend bedingte Vertragsverhältnis noch die behauptete Notwendigkeit einer sich steuermindernd auswirkenden Berichtigung der Bilanz und der Erfolgsrechnung nachzuweisen.
4.4
Die Pflichtige macht demgegenüber zunächst geltend, die drei am gleichen Tag abgeschlossenen Verträge gehörten zusammen und teilten ein gemeinsames Schicksal. Dass mit den drei Verträgen verschiedene Rechtsgeschäfte abgeschlossen wurden, die alle auf dem gleichen wirtschaftlichen Grundentschluss – Verkauf einer 55-%-Beteiligung und künftige Zusammenarbeit – beruhten, ist aktenkundig. Dass sich daraus ein gemeinsames Schicksal der Verträge ergeben kann, ist aus wirtschaftlicher Sicht zwar nachvollziehbar, aber nicht relevant für die Frage der Handelsrechtswidrigkeit des Abschlusses. Wirtschaftlich zusammengehörende Verträge können auch ohne Vereinbarung einer Suspensivbedingung enden bzw. rückgängig gemacht werden, sei es durch eine Resolutivbedingung, durch Kündigung oder gemeinsame Willenserklärung der Parteien. Die entscheidende Frage für die steuerliche Behandlung des Veräusserungserlöses ist, ob es sich nach den konkreten vertragsrechtlichen Normen um einen suspensiv bedingten Kaufvertrag gehandelt hatte.
4.5
In der Präambel des Kauf- und Abtretungsvertrags wurde die Absicht der Verkäuferin beschrieben, 55 % des Stammkapitals der E GmbH an die Käuferin zu veräussern, ohne dass dafür Bedingungen erwähnt worden sind. Auch nach dem Wortlaut des Vertragstextes handelte es sich nach den zutreffenden Feststellungen des Rekursgerichts um einen nicht an spezielle Bedingungen geknüpften Beteiligungsverkauf. Die Käuferin war gemäss Ziff. 2.2 verpflichtet, den Kaufpreis innert vier Tagen nach der Übertragung der Stammanteile durch Überweisung auf das frei verfügbare Konto und auf das K-Konto zu begleichen. Gemäss Vertrag Ziff. IV. 1 gibt der Kauf- und Abtretungsvertrag "die gesamte Vereinbarung der beiden Parteien in Bezug auf den Gegenstand dieser Vereinbarung wieder". Dass das Steuerrekursgericht aufgrund dieser Feststellungen zum Schluss gekommen ist, es habe sich nicht um einen aufschiebend bedingten Verkauf gehandelt und demzufolge sei auch der auf das K-Konto einbezahlte Kaufpreisanteil erfolgswirksam zugeflossen, erweist sich als gesetzmässig. Dass dieses Bankguthaben für die Käuferin noch nicht frei verfügbar war, sondern der Sicherstellung von allfälligen Ansprüchen der Käuferin gedient hat, führt nicht zur Umqualifikation der Kaufpreiszahlung in eine blosse Anwartschaft.
4.6
Die Pflichtige lässt dazu ausführen, die Käuferin sei nur bereit gewesen, den gesamten Kaufpreis für die Beteiligung zu bezahlen, wenn sie dafür als Gegenleistung die 55-%-Beteiligung sowie eine Zusammenarbeit für 4 1⁄2 Jahre erhalte. Der dem Kaufpreis zugrunde gelegte Wert der Beteiligung sei von der Zusammenarbeit abhängig gewesen. Ferner sei im Zusammenarbeitsvertrag ein Kaufrecht für den Rest der Beteiligung vorgesehen gewesen, was ebenfalls die Einheit des ganzen Konstrukts aufzeige.
Die Annahmen der Parteien über die Werthaltigkeit der Beteiligung und die Erwartungen der Käuferin in Bezug auf die künftige Zusammenarbeit könnten steuerlich von Bedeutung sein, wenn sie sich im  Abtretungsvertrag rechtswirksam niedergeschlagen hätten. Parteiannahmen und Motive werden oft über vertragliche Nebenabreden, Zusicherungen und Gewährleistungen in Kaufverträge aufgenommen. Die Vereinbarung eines suspensiv bedingten Kaufvertrags ist dafür wohl eher weniger gebräuchlich, jedenfalls aber keineswegs notwendig. Nachdem jedoch die Wertvorstellungen der Käuferin und Annahmen über die künftige Zusammenarbeit in keiner Form zu Bedingungen und Abreden im Kauf- und Abtretungsvertrag geführt haben, bleiben sie für die Beurteilung der Ordnungsmässigkeit der Bilanzierung bedeutungslos und ist auch keine Verletzung des rechtlichen Gehörs durch die Vorinstanz ersichtlich, indem diese dazu offerierte Zeugen nicht befragt habe.
4.7
Die Pflichtige bringt überdies vor, sie hätte eine Rückstellung in Höhe der im speziellen Pfandvertrag genannten Summe mit entsprechender Passivierung bilden müssen, weil sie aufgrund des Zusammenarbeitsvertrags noch künftige Leistungen zu erbringen gehabt habe.
Rückstellungen dienen dazu, einer Geschäftsperiode einen tatsächlich oder zumindest wahrscheinlich verursachten, in seiner Höhe aber noch nicht genau bekannten Aufwand oder Verlust, der erst in einer späteren Periode geldmässig verwirklicht wird, gewinnmindernd anzurechnen (vgl. RB 1986 Nr. 40 = StE 1987 B 23.43.2 Nr. 4, B 72.14.2 Nr. 6; Felix Richner/Walter Frei/Stefan Kaufmann/Hans Ulrich Meuter, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, 2. A., Zürich 2006, § 64 N. 75 ff.).
Erfolgen hingegen Zahlungseingänge für noch nicht oder erst teilweise erbrachte Leistungen, handelt es sich um Zahlungen, die für die Dauer des Schwebezustands als Voraus- oder Anzahlungen zu passivieren sind. Zahlungseingänge im Zusammenhang mit einem aufschiebend bedingten Rechtsgeschäft wären deshalb wohl eher als Anzahlungen und nicht als Rückstellungen zu verbuchen. Insofern widerspräche eine Rückstellung wohl der Annahme eines suspensiv bedingten Rechtsgeschäfts. Diese Frage nach der korrekten Bilanzposition kann hier aber offengelassen werden, weil die Pflichtige im massgebenden Jahresabschluss keine diesbezügliche Passivierung vorgenommen hat.
4.8
Nach den unbestrittenen vorinstanzlichen Feststellungen schlossen die Parteien mit Öffentlicher Urkunde vom 31. Oktober 2005 einen Kauf- und Abtretungsvertrag betreffend Veräusserung der 55-%-Beteiligung von der F Bank an die Pflichtige zu einem Preis von EUR ... ab und vereinbarten sie im gleichen Dokument die Aufhebung des Zusammenarbeitsvertrags mit Wirkung ab dem 1. November 2005. Diese Vereinbarungen entfalteten keine Rückwirkung, sondern regelten die Verhältnisse unter den Parteien mit Wirkung für die Zukunft neu. Demzufolge konnten sie nicht bewirken, dass sich der Jahresabschluss per 31. Dezember 2004 als gegen zwingende handelsrechtliche Vorschriften verstossend erweist, sondern die damit verbundenen finanziellen Konsequenzen sind periodengerecht dem Geschäftsjahr 2005 zuzurechnen.
Der Entscheid des Rekursgerichts, nach dem Massgeblichkeitsprinzip sei für die Ermittlung des steuerbaren Reingewinns von der eingereichten, formell ordnungsgemässen Jahresrechnung auszugehen und die Voraussetzungen für eine Bilanzberichtigung seien nicht erfüllt, erweist sich demnach als rechtsbeständig. Weil das Steuergesetz keinen steuerrechtlichen Abzug für einen "Beteiligungsgewinn" vorsieht, wurde der in Ziffer 6 der Steuererklärung beantragte Abzug zu Recht verweigert.
5.
5.1
Nachdem im steuerbaren Reingewinn ein Kapitalgewinn aus der Veräusserung der 55-%-Beteiligung E GmbH enthalten ist, bleibt zu prüfen, ob die Pflichtige dafür gestützt auf § 72 Abs. 1 StG eine Entlastung mittels Beteiligungsabzugs beanspruchen kann. Gemäss § 72a Abs. 1 StG gehören zum Ertrag aus Beteiligungen u. A. auch Kapitalgewinne auf Beteiligungen, welche wenigstens 20 % des Grund- oder Stammkapitals der andern Gesellschaft ausmachen. Vorausgesetzt wird indessen gemäss § 72a Abs. 2 lit. b StG u. A., dass die veräusserte oder aufgewertete Beteiligung während wenigstens eines Jahres im Besitz der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war.
Es steht als unbestritten fest, dass die am 27. November 2003 gegründete Pflichtige das Eigentum an der Beteiligung erst mit der Gründung bzw. mit Rückwirkung auf den Stichtag der steuerneutralen Umwandlung am 1. November 2003 erworben hatte. Bis zum Verkauf vom 16. Februar 2004 waren somit weniger als vier Monate vergangen, weshalb sie die einjährige Besitzesdauer von § 72 Abs. 2 lit. b StG nicht erfüllt hatte und sie deshalb nach dem Gesetzeswortlaut den Beteiligungsabzug für den Kapitalgewinn nicht beanspruchen kann. Die Pflichtige macht indessen geltend, bei dieser Voraussetzung handle es sich um eine als wirtschaftliche Berechtigung zu verstehende Mindestbesitzesdauer, die erfüllt sei, weil ihr die Besitzesdauer der Personenunternehmung, welche von C in die Pflichtige eingebracht worden sei, zuzurechnen sei.
5.2
Die Pflichtige vertritt somit die Auffassung, die Auslegung der Norm ergebe, dass unter der Mindestbesitzesdauer auch die Besitzesdauer des früheren Eigentümers zu verstehen sei, wenn die Beteiligung Bestandteil von dessen Geschäftsvermögen dargestellt habe und sie auf dem Weg einer steuerneutralen Umstrukturierung ins Eigentum der Verkäuferin überführt worden sei. Weil es sich im vorliegenden Fall bei der Rechtsvorgängerin um eine Personenunternehmung gehandelt hatte, geht es hier nicht um die allfällige Anrechnung der Besitzesdauer einer juristischen Person als Rechtsvorgängerin.
Wie das Rekursgericht erwogen hat, unterstehen realisierte Kapitalgewinne auf Beteiligungen des Geschäftsvermögens beim Selbständigerwerbenden der Einkommenssteuer (§ 18 Abs. 2 StG; die mittels Teilbesteuerung oder Teilsatzverfahren eingeführten Steuerentlastungen für Beteiligungserträge fallen für die streitbetroffene Steuerperiode noch nicht in Betracht). Für Beteiligungen von Kapitalgesellschaften und Genossenschaften gilt jedoch eine Sonderregelung, nach welcher deren Erträge unter bestimmten Voraussetzungen entweder mit dem Beteiligungsabzug entlastet werden können oder objektiv steuerbefreit sind (§§ 71–74 StG). Das Rekursgericht ist deshalb zum Schluss gekommen, die Änderung des Steuersystems bei der Beteiligungsübertragung von der Personenunternehmung auf die Kapitalgesellschaft schliesse eine Anrechnung der Besitzesdauer des Rechtsvorgängers aus.
5.3
Die Gewinnsteuerminderung durch den Beteiligungsabzug lässt sich mit dem Ziel der Vermeidung einer Vielfachbelastung des ursprünglich auf der untersten Unternehmensebene erwirtschafteten (und dort in der Regel steuerbaren) Gewinns begründen (vgl. Marco Greter, Der Beteiligungsabzug im harmonisierten Gewinnsteuerrecht, Zürich 2000, S. 8 ff.). Damit wird indessen die Beseitigung der wirtschaftlichen Doppelbelastung auf den Ebenen Kapitalgesellschaft und letztem Inhaber der Beteiligungsrechte weder angestrebt noch erreicht. Aus dem Institut des Beteiligungsabzugs lässt sich deshalb nicht die steuerliche Entlastung von Kapitalgewinnen aus der Auflösung von stillen Reserven herleiten, die aus einem Personenunternehmen in die Kapitalgesellschaft gelangt sind.
5.4
Die Pflichtige bringt dagegen vor, die steuerliche Privilegierung von Umstrukturierungen in Form der Umwandlung beruhe im Wesentlichen darauf, dass es nur zu einem Rechtskleidwechsel komme und sich in materieller Hinsicht nichts ändere. Diese Aussage ist jedoch unpräzis und unvollständig. Die steuerneutrale Übertragung von Wirtschaftsgütern mit stillen Reserven setzt nach Lehre und Rechtsprechung deren fiskalische Verknüpfung voraus (vgl. Markus Reich, Die Realisation stiller Reserven im Bilanzsteuerrecht, Zürich 1983, S. 247 ff.). Aus diesem Grund ist die Steuerneutralität nach dem Gesetz mit der Buchwertübernahme verbunden, die gewährleisten soll, dass die Wirtschaftsgüter einkommenssteuerrechtlich in dem Zustand übernommen werden, in welchem sie der Veräusserer übergeben hat, einschliesslich der Steuerfolgen bezüglich stille Reserven, deren Einkommensbesteuerung hinausgeschoben wurde (Reich, S. 251 m. H.). Als weitere Voraussetzung der fiskalischen Verknüpfung wird deshalb auch die Gleichartigkeit der Besteuerung beim Rechtsnachfolger verlangt (Reich, S. 252). Wie das Rekursgericht in Bezug auf die Besteuerung von Beteiligungsgewinnen zutreffend festgestellt hat, steht der Besteuerung beim Personenunternehmer eine Freistellung bzw. eine vollständige gewinnsteuerliche Entlastung des (Netto-)Beteiligungsertrags bei der Kapitalgesellschaft gegenüber. Dieser Unterschied verbietet es, die gesetzlich vorgesehene Mindesthaltefrist für den Beteiligungsabzug extensiv auszulegen und – zumindest in derartigen Systemwechselfällen – die Besitzesdauer des Personenunternehmers anzurechnen.
5.5
Wie bereits das Rekursgericht zutreffend ausgeführt hat, widersprechen die Ausführungen von Duss/Altorfer, auf welche in der Beschwerde verwiesen wird, diesem Ergebnis nicht (vgl. Marco Duss/Jürg Altorfer in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/2a, 2. A., Basel etc. 2008, Art. 70 DBG N. 47). Aufgrund der ausdrücklichen Sperrfristregelung von § 19 Abs. 2 StG wird die fiskalische Verknüpfung für stille Reserven mit dem früheren Rechtsträger nach fünf Jahren aufgelöst und mittels Buchwertfortführung auf die Ebene der Gesellschaft beschränkt. Zur Anrechnung der Besitzesdauer einer Personenunternehmung als Rechtsvorgängerin lässt sich der Kommentarstelle nichts entnehmen. Dass die Nichtanrechnung der Besitzesdauer – wie behauptet – eine Drei- und Mehrfachbelastung des realisierten Kapitalgewinns auslösen soll, wird von der Pflichtigen nicht begründet. Das gesetzgeberische Motiv, Handelsgewinne vom Beteiligungsabzug auszuschliessen, ist entgegen der Auffassung der Pflichtigen nicht hinreichend, um die vom Rekursgericht auf den klaren Gesetzeswortlaut abgestützte Auslegung als gesetzwidrig zu betrachten. Wie schliesslich das Rekursgericht zutreffend festgestellt hat, lässt sich auch aus dem Kreisschreiben Nr. 9 der ESTV vom 9. Juli 1998 zum Beteiligungsabzug nichts anderes ableiten. Die Qualifikation einer Beteiligung als Altbeteiligung bezieht sich auf den übergangsrechtlichen Ausschluss des Beteiligungsabzugs gemäss Art. 207a Abs. 1 f. DBG und betrifft ausschliesslich Beteiligungen, die sich vor dem 1. Januar 1997 im Besitz der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft befanden (KS 9/1998 Ziff. 3.1). Für die erst unter Geltung des neuen Rechts im Jahr 2000 gegründete E GmbH stellt sich somit die Frage nach der übergangsrechtlichen Qualifikation für den Beteiligungsabzug nicht und bezüglich Mindestbesitzesdauer lässt sich weder Ziff. 3.1 noch 3.3.1 des KS 9/1998, auf welche die Pflichtige verweist, etwas entnehmen. Die Feststellung des Rekursgerichts, die Mindestbesitzesdauer habe von der Pflichtigen selber erfüllt zu werden bzw. jedenfalls sei die Haltedauer der Vorbesitzerin nicht anzurechnen, wird dadurch nicht widerlegt.
Der Entscheid des Rekursgerichts erweist sich somit auch insofern als gesetzmässig, als für den Kapitalgewinn aus dem Verkauf der 55-%-Beteiligung E GmbH mangels Erfüllung der gesetzlichen Voraussetzungen kein Beteiligungsabzug zu gewähren ist.
Damit ist die Beschwerde vollumfänglich abzuweisen.
6.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (§ 151 Abs. 1 in Verbindung mit § 153 Abs. 4 StG) und steht ihr keine Parteientschädigung zu (§ 17 Abs. 2 des Verwaltungsrechtspflegegesetzes vom 24. Mai 1959 in Verbindung mit § 152 und § 153 Abs. 4 StG).