# Swiss Legal Decision

**Decision ID:** f837c61b-8fd2-4dbb-93a5-46ea67555fff
**Court:** VD_TC
**Chamber:** VD_TC_031
**Year:** 2009
**Language:** fr
**Jurisdiction:** VD / Région lémanique
**Law Area:** $law_area
**Law Sub-area:** nan

## Facts

Vu les faits suivants
A.
X._ SA (ci-après: la société ou la recourante), dont le siège est à Lausanne, a pour but la réalisation de travaux d'étanchéité et d'isolation des toitures, de terrasses et d'ouvrages d'art. Y._ en est l'administrateur et l'un des actionnaires.
B.
La société est propriétaire de locaux industriels à Lausanne, à l'avenue des 1******** (PPE 11735, 11726 et 11726). Elle est propriétaire également d'une villa mitoyenne à Epalinges, au chemin 2******** (PPE 3********), qu'elle loue à son administrateur et actionnaire Y._. Le loyer s'élève actuellement à 43'020 fr. par an.
C.
a) Le 18 octobre 2001, la société a remis sa déclaration d'impôt pour la période fiscale 2000. Elle a fait état d'un bénéfice imposable de 225'069 fr. et d'un capital imposable de 1'368'229 francs.
Le 3 juillet 2003, l'Office d'impôt des personnes morales (ci-après: l'OIPM) a notifié à la société une décision de taxation définitive. Elle a fixé pour l'impôt cantonal et communal et pour l'impôt fédéral direct le bénéfice imposable à 326'400 fr. et le capital imposable à 1'437'000 francs.
Le 18 juillet 2003, la société a déposé une réclamation contre cette décision.
b) Le 20 novembre 2002, la société a remis sa déclaration d'impôt pour la période fiscale 2001. Elle a annoncé un bénéfice imposable de 198'563 fr. et un capital imposable de 1'273'989 francs.
L'OIPM a rendu une décision de taxation provisoire sur les éléments déclarés par la contribuable.
c) Le 19 septembre 2003, la société a déposé sa déclaration d'impôt pour la période fiscale 2002. Elle a indiqué un bénéfice imposable de 151'751 fr. et un capital imposable de 1'128'807 francs.
L'OIPM a rendu une décision de taxation provisoire sur les éléments déclarés par la contribuable.
d) Le 31 août 2004, la société X._ a déposé sa déclaration d'impôt pour la période fiscale 2003. Elle a annoncé un bénéfice imposable de 149'069 fr. et un capital imposable de 978'177 francs.
L'OIPM a rendu une décision de taxation provisoire sur les éléments déclarés par la contribuable.
D.
Le 31 janvier 2005, l'Administration cantonale des impôts (ci-après: l'ACI) a informé la société qu'elle procéderait à un contrôle de ses comptes, ainsi que des postes de ses déclarations d'impôt pour les périodes fiscales 2000 à 2003. Ce contrôle a eu lieu le 29 mars 2005.
Le 7 juin 2005, l'ACI a avisé la société qu'il ressortait du contrôle effectué que la détermination de son bénéfice imposable était inexacte et qu'elle ouvrait dès lors une procédure en soustraction fiscale à son encontre.
Le 9 décembre 2005, l'ACI a adressé à la société un avis de prochaine clôture, l'informant des reprises et compléments d'impôts envisagés.
Le 26 janvier 2006, les inspecteurs de l'ACI ont entendu dans leurs bureaux les représentants de la société.
Le 8 février 2006, l'ACI a réclamé la remise de pièces complémentaires. La société les a transmises par courrier du 20 avril 2006.
E.
Le 14 novembre 2006, l'ACI a notifié à la société une proposition de règlement pour la période fiscale 2000 (objet d’une procédure de réclamation), une décision de taxation définitive pour chacune des périodes fiscales 2001 à 2003 et un prononcé d'amendes pour les périodes fiscales 2000 à 2003. L'autorité fiscale a procédé à des compléments d'impôts portant sur un montant total de 242'964 fr. 65 pour l'impôt cantonal et communal et de 77'469 fr. pour l'impôt fédéral direct et prononcé des amendes pour soustraction fiscale d'un montant de 1'500 fr. pour l'impôt cantonal et communal et de 540 fr. pour l'impôt fédéral direct. Le détail des compléments d'impôts effectués et des amendes prononcées se présente comme il suit:
- en matière d'impôt cantonal et communal:
Période de taxation
Bénéfice imposable
Compléments d'impôts
Capital imposable
Compléments d'impôts
Amendes
2000
577'600
112'754.25
1'695'000
1'496.80
350 (arrondis)
2001
399'400
44'660.10
1'744'000
1'299.25
250 (arrondis)
2002
221'100
15'427.65
1'596'000
1'290.30
500 (arrondis)
2003
437'500
64'133.50
1'668'000
1'902.80
400 (arrondis)
Totaux
236'975.50
5'989.15
1'500
- en matière d'impôt fédéral direct:
Période de taxation
Bénéfice imposable
Compléments d'impôts
Amendes
2000
577'600
29'971
100 (arrondis)
2001
399'400
17'076.50
90 (arrondis)
2002
221'100
5'899
200 (arrondis)
2003
437'500
24'522.50
150 (arrondis)
Totaux
77'469
540
L'ACI a retenu en substance que la société n'avait pas comptabilisé l'intégralité de ses recettes et qu'elle avait grevé son compte de résultats de charges non admises par l'usage commercial; elle a considéré en outre que l'intéressée avait fait bénéficier ses actionnaires, respectivement des proches de ses actionnaires, de prestations constituant des distributions dissimulées de bénéfice. Le montant total des reprises affectant le bénéfice effectuées par l'autorité fiscale s'élève à 911'271 fr. et le montant total de celles affectant le capital à 1'931'582 francs. Les reprises affectant le bénéfice portent essentiellement sur les trois postes 2.04 (05), 2.06 et 2.07 (08), comme exposé dans le tableau ci-dessous:
2. Eléments de reprises ne constituant pas une soustraction
2000
1992
2000
2001
2002
2003
Totaux
Locaux industriels Lausanne, av. des 1********
2.04
Amortissement 2003 comptabilisé (15% de la valeur comptable) non justifié
122'400
122'400
2.05
Amortissement 2003 admis (7% de la valeur comptable)
Valeur comptable admise au 31.12.2004 (amortie au taux de 7%)
Travaux de transformation des bureaux (selon budget du 20.09.2005 établi par version B intérieur et architectures SA)
Valeur vénale après transformation 2005 (selon expertise Maurice Dorier du 10.04.2006)
706'020
223'500
1'050'000
-57'140
-57'140
Villa Epalinges, ch. 2********
2.06
Reprise provision pour perte de valeur, eu égard aux travaux de réfection et de transformation 1999-2002 (total = Fr. 734'890)
316’401
146'906
463'307
2.07
Loyer (correspondant à un rendement brut de 6.5% de la valeur comptable admise)
58’500
87'750
97'500
97'500
341'250
2.08
Loyer comptabilisé selon bail à loyer du 24.09.1998 (loyer dès le 01.01.1999 = Fr. 43'020) remplaçant celui du 30.11.1988
-42'605
-43'020
-43'020
-43'020
-171'665
F.
Par lettre du 14 décembre 2006, la société a maintenu sa réclamation contre la décision de taxation définitive relative à la période fiscale 2000 et déposé une réclamation contre les décisions de taxation définitive relatives aux périodes fiscales 2001 à 2003.
Par décision sur réclamation du 23 avril 2008, l'ACI a rejeté les réclamations déposées par l'intéressée les 18 juillet 2003 et 14 décembre 2006.
G.
La société, par l'intermédiaire de son conseil, a recouru le 21 mai 2008 contre cette décision devant la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal. Elle conteste les reprises 2.04, 2.06 et 2.07 affectant le bénéfice telles qu’effectuées par l'ACI. Elle ne s'en prend en revanche pas aux amendes infligées pour soustraction fiscale.
Dans sa réponse du 14 juillet 2008, l'autorité intimée a conclu au rejet du recours. Interpellée, l’Administration fédérale des contributions n’a pas déposé de déterminations.
Le 25 août 2008, la recourante a produit les plans de la villa sise au chemin 2********, à Epalinges.
Le 8 septembre 2008, l'autorité intimée s'est déterminée sur ces documents.
Les arguments respectifs des parties seront repris ci-après dans la mesure utile.

## Considerations

Considérant en droit
1.
Déposé dans le délai de trente jours prévu par les art. 200 de la loi cantonale du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI; RSV 642.11) et 140 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11), le recours est intervenu en temps utile; il répond en outre aux exigences de forme fixées par l'art. 31 de la loi cantonale sur la juridiction et la procédure administratives (LJPA). Il y a donc lieu d'entrer en matière sur le fond.
2.
Le litige porte sur les reprises 2.04, 2.06 et 2.07 opérées au bénéfice imposable de la recourante pour les périodes de taxation 2000 à 2003, ainsi qu'aux compléments d'impôts y relatifs. Les amendes infligées pour soustraction fiscales ne sont en revanche pas contestées.
3.
Il convient de déterminer tout d'abord le droit applicable. Selon la jurisprudence, la détermination des éléments imposables est arrêtée selon le droit en vigueur au moment de la taxation (arrêt FI.1999.0016 et FI.1999.0020 du 19 décembre 2000, ainsi que les références citées). En matière d'impôt fédéral direct, la LIFD est entrée en vigueur le 1
er
janvier 1995; elle a abrogé l'arrêté du Conseil fédéral du 9 décembre 1940 sur la perception d'un impôt fédéral direct (AIFD; art. 201 LIFD). Elle s'appliquera donc à toutes les périodes de taxation litigieuses. En matière d'impôt cantonal et communal, la LI est entrée en vigueur le 1
er
janvier 2001; elle a abrogé la loi du 26 novembre 1956 sur les impôts directs cantonaux (aLI). Elle s'appliquera dès lors aux périodes de taxation 2001 à 2003; en revanche, la aLI s'appliquera à la période de taxation 2000.
4.
a) En droit fiscal suisse, le bénéfice imposable des sociétés anonymes se détermine d'après le solde du compte de profits et pertes (art. 58 al. 1 let. a LIFD; art. 94 al. 1 let. a LI; art. 54 al. 1 let. a aLI). A ce solde sont ajoutés tous les prélèvements opérés avant le calcul de celui-ci, qui ne servent pas à couvrir des frais généraux justifiées par l'usage commercial (art. 58 al. 1 let. b LIFD; art. 94 al. 1 let. b LI; art. 54 al. 1 let. b aLI). Comptent au nombre des prélèvements qui entrent dans le calcul du solde du compte de profits et pertes les
"libéralités en faveur de tiers"
(l'art. 58 al. 1 let b 5
ème
tiret LIFD parle d'
"avantages procurés à des tiers"
). D'après la doctrine et la jurisprudence, la notion de
"libéralités en faveur de tiers"
comprend notamment les prestations appréciables en argent faites par la société, sans contre-prestation, à ses actionnaires, aux membres de l'administration ou à d'autres organes, ou encore à toute personne la touchant de près et qu'elle n'aurait pas faites dans les mêmes circonstances à des tiers non participants. De telles prestations ne sont pas justifiées par l'usage commercial et doivent être réintégrées au bénéfice imposable de la société, car elles n'ont pas le caractère de frais généraux (ATF 119 Ib 116 consid. 2; 115 Ib 111 consid. 5a et les références citées). Selon le Tribunal fédéral, l'existence d'une prestation appréciable en argent suppose la réalisation de quatre conditions cumulatives: la société fait une prestation sans obtenir de contre-prestation correspondante; cette prestation est accordée à un actionnaire ou à une personne le touchant de près; elle n'aurait pas été accordée dans de telles conditions à un tiers; la disproportion entre la prestation et la contre-prestation est manifeste, de telle sorte que les organes de la société auraient pu se rendre compte de l'avantage qu'ils accordaient (en particulier, ATF 115 Ib 238; 113 Ib 25).
b) Le compte de profits et pertes et le bilan annuel de la société anonyme sont dressés conformément aux principes généralement admis dans le commerce et doivent être complets, clairs et faciles à consulter (art. 959 CO). Dans la mesure où ces dispositions sont respectées, le compte de profits et pertes lie à la fois le contribuable et les autorités fiscales (Rivier, La fiscalité de l'entreprise, société anonyme, Lausanne 1994, p. 237). En revanche, une comptabilité dépourvue de pièces justificatives ne lie pas le fisc qui peut dans ce cas fixer le bénéfice imposable par voie d'appréciation, en se fondant notamment sur les coefficients d'expérience (ATF 105 Ib 181 consid. 4a). En l'absence de lacune matérielle ou d'irrégularité formelle permettant de mettre en doute la force probante d'une comptabilité, celle-ci bénéficie en principe d'une présomption d'exactitude; dans ces conditions, le recours aux coefficients expérimentaux n'est admissible que lorsqu'il existe une disproportion manifeste et importante entre les résultats comptabilisés et le revenu qui aurait pu être obtenu, selon l'expérience, sans que le contribuable puisse expliquer cette divergence de manière plausible (ATF 106 Ib 316 consid. 3d; Arch. 49, p. 670; Arch. 56, p. 79, consid. 4b). Il s'ensuit qu'en cas de comptabilité entachée d'une irrégularité formelle, le fardeau de la preuve est renversé. Cela n'exclut cependant pas que le contribuable apporte la preuve de l'exactitude de la comptabilité d'une autre manière. Dans un tel cas, la simple vraisemblance ne suffit toutefois pas.
c) Selon un principe généralement admis en matière fiscale, il incombe à celui qui prétend à l'existence d'un fait de nature à éteindre ou à diminuer sa dette fiscale d'en apporter la preuve et de supporter les conséquences de l'échec de cette preuve (Revue fiscale 54 118 consid. 9a; ATF 121 II 257 consid. 4c/aa).
Ceci exposé, on reprend les griefs exposés par la recourante qui conteste les reprises 2.04, 2.06 et 2.07 effectuées par l'ACI.
5.
Reprise 2.04: locaux industriels Lausanne, avenue des 1********, amortissement de 15% de la valeur comptable
La recourante est propriétaire de locaux industriels à Lausanne, à l'avenue des 1********. Jusqu'en 2002, la recourante, conformément à la pratique fiscale admise, a régulièrement amorti son immeuble à un taux de 7% (Circulaire vaudoise sur les provisions et amortissements, janvier 2002, ch. 4.3.1.2). Au 31 décembre 2002, l'immeuble figurait au bilan à une valeur de 816'300 francs. En 2003, la recourante a procédé à un amortissement de 15% (122'400 fr.). Au 31 décembre 2003, l'immeuble figurait ainsi au bilan à une valeur de 693'900 francs. L'ACI n'a pas admis cet amortissement de 15%; elle a considéré que la recourante n'avait pas allégué que l'immeuble avait subi une dépréciation extraordinaire qui justifiait un taux d'amortissement plus élevé. Elle a repris dès lors un montant de 65'260 fr. (122'400 ./. 57'140).
La recourante explique qu'il a été constaté lors du bouclement des comptes de l'exercice 2003 que le montant des investissements immobiliers dépassait la valeur de l'objet. Elle a donc procédé à un amortissement de 15% au lieu de 7%. La recourante se réfère également à l'expertise établie le 10 avril 2006 par Maurice Dorier pour justifier l'amortissement comptabilisé. L'expert a estimé la valeur vénale de l'immeuble de la recourante à 1'050'000 francs. Il a tenu compte dans son estimation des travaux de transformation réalisés en 2005. Selon un budget provisoire figurant au dossier, ces travaux se sont élevés à au moins 223'550 francs.
Alors même qu'elle relève que le marché des locaux commerciaux est alors difficile, l'expertise ne permet pas de conclure que l'immeuble figurait au bilan à une valeur surévaluée. En effet, comme l'a relevé l'ACI dans sa réponse, si la recourante avait continué à procéder à un amortissement ordinaire de 7% depuis 2003, la valeur de l'immeuble au bilan à la fin 2005 s'élèverait (avant l'amortissement de l'exercice) à 929'570 fr., soit à un montant inférieur à la valeur vénale fixée par l’expert.
Un amortissement de 15% n'était dès lors pas justifié. La reprise 2.04 effectuée par l'ACI doit donc être confirmée.
6.
Reprise 2.06: villa Epalinges, ch. 2********, provision pour perte de valeur
a) L'ACI n'a pas admis les provisions pour perte de valeur sur cet immeuble comptabilisées en 2000 et 2001 par la recourante. Considérant que les provisions constituées n'étaient pas justifiées, l’intimée a repris les montants de 316'401 fr. en 2000 et de 146'906 fr. en 2001. Dans sa décision sur réclamation, l’ACI retrace l’historique des travaux exécutés sur l’immeuble et s’explique sur les reprises effectuées comme il suit (p. 7 à 9):
"Par acte du 5 juillet 1988, M. R. K. a vendu à la société pour le prix de 810'000 fr. la parcelle 3********... (représentant 50/100 de la parcelle 4********), laquelle octroie un droit exclusif sur la villa nord, comprenant un sous-sol, un rez-de-chaussée, un 1er étage, des combles, un jardin et des bois (ci-après la villa). La construction datait de 1986.
Dès le 1
er
août 1988, la villa a été louée par la société [à l'actionnaire et à son épouse].
Pendant les années 1990 à 1993, la société a procédé à des travaux d'agrandissement de la villa. Selon les explications de sa mandataire (lettre à l'ACI du 9 mars 2001), la société a réalisé des travaux pour environ 370'000 fr. selon le détail suivant:
- aménagement d'une piscine, travaux effectués en 1990-1991,
- création d'une véranda, travaux effectués en 1991-1992,
- aménagement des extérieurs, travaux effectués en 1991-1992,
- aménagement des combles, soit bureau, douche, wc et chambre, travaux effectués en 1993.
Ces travaux ont été en grande partie comptabilisés en augmentation de la valeur de l'immeuble, si bien que la villa figurait pour une valeur de 1'212'410 fr. 80 au bilan de l'année 1994. Suite à l'agrandissement, la société a demandé à l'ECA de réajuster la valeur de la villa, qui a été fixée à 1'520'910 fr. par taxation du 27 février 1990.
(...) Dans les comptes 1998, la société a passé une provision pour perte de valeur d'un montant de 312'410 fr. 80, ce qui a eu pour effet de réduire la valeur de la villa à 900'000 francs. Interpellée par l'OIPM sur la justification de cette provision, la société a fait valoir que la valeur de la villa se situait à 900'000 fr. selon l'expertise de M. Maurice Dorier, expert immobilier. En effet, sur demande de la société, M. Dorier a estimé en date
du 28 juin 1999 la valeur intrinsèque de la villa à 960'000 fr. (remplacement net de la villa: 730'000 fr. + valeur du terrain: 230'000 fr.) et sa valeur vénale à 900'000 francs.
Pendant les années 1999 à 2003, des travaux de transformations et de rénovations totalisant 835'636 fr. ont été effectués dans la villa, soit la transformation de la cuisine (76'000 fr.), la reconstruction de la véranda / jardin d'hiver (250'000 fr.)
[fourniture et pose d'une nouvelle véranda avec chauffage au sol électrique et poêle-cheminée], la reconstruction de la piscine (465'000 fr.), la pose de stores, la création d'une terrasse, des travaux de plâtrerie-peinture et de parquet.
La société a considéré qu'une partie des dépenses liées aux travaux constituaient une plus-value et a activé, respectivement en 2000 et 2001, les montants de 153'990 fr. 04 et de 146'906 fr. 60, ce qui portait la valeur de la villa au bilan à 1'366'400 fr. 84 en 2000 et à 1'513'307 fr. 44 en 2001.
Elle a également passé pour l'exercice 2000 une provision supplémentaire de 3'990 fr., laquelle, ajoutée à la provision de 312'410 fr. 80 constituée en 1988, a permis de réduire la valeur comptable de la villa à 1'050'000 francs. Pour l'année 2001, la provision a été augmentée de 146'906 fr. 64, ce qui portait la provision totale à 463'307 fr. 44 et maintenait ainsi la valeur comptable de la villa à 1'050'000 francs.
La valeur de 1'050'000 fr. correspondait à la valeur vénale déterminée par l'agence immobilière Régisa SA (courrier du 16 juillet 2001). La valeur vénale était déterminée par la moyenne entre la valeur intrinsèque estimée à 1'200'000 fr. et la valeur de rendement estimée à 990'000 francs.
En 2000, la valeur ECA s'élevait à 1'663'640 fr., selon la facture envoyée le 3 février 2000. En 2004, la valeur ECA de la villa s'élevait à 1'742'560 fr. (indice de construction : 110), selon la police du 21 septembre 2004.
Selon l'estimation succincte réalisée par Bernard Nicod SA en date du 26 avril 2005, la valeur intrinsèque de la villa s'élevait à 1'173'800 fr. et la valeur vénale se situait entre 800'000 fr. et 830'000 fr. + garage double 50'000 francs.
Bernard Nicod SA a réalisé une nouvelle estimation succincte le 9 février 2006 et a estimé la valeur intrinsèque de la villa à 1'048'350 fr. et la valeur vénale entre 1'000'000 fr. et 1'200'000 francs.
La société souhaitait vendre la villa à son actionnaire et a demandé à l'OIPM de confirmer le prix de sortie de 1'050'000 francs. En date du 18 décembre 2007, l'ACI a fixé le prix de sortie à 1'600'000 francs.
On peut résumer l'évolution de la valeur de la villa selon le tableau suivant:
Années
1998
1999
2000
2001
2002
Valeur à l'actif
1'212'411
1'212'411
1'366'400
1'513'307
1'513'307
Plus-value
153'990
146'906
Provision
(augmentation)
312'411
312'411
316'401
(+ 3'990)
463'307
(+146'906)
463'307
Valeur nette
900'000
900'000
1'050'000
1'050'000
1'050'000
Coût travaux
191'961
202'700
Expertise valeur vénale villa
900'000
1'050'000
Estimation ECA
>1'520'910
(en 1990)
1'663’640
Années
2003
2004
2005
2006
2007
Valeur à l'actif
1'513'307
1'513'307
1'513'307
1'513'307
1'513'307
Plus-value
Provision
(augmentation)
463'307
463'307
463'307
463'307
463'307
Valeur nette
1'050'000
1'050'000
1'050'000
1'050'000
1'050'000
Coût travaux
Expertise valeur vénale villa
850'000 à
880'000
1'000'000 à
1'200'000
Estimation ECA
1'742'560
1'600'000
Dans la décision querellée, l'ACI a refusé les provisions pour perte de valeur qui grevaient le bénéfice de la société à partir de l'exercice 2000 et a repris dans le bénéfice imposable les montants de 316'401 fr. pour l'année 2000 et de 146'906 fr. pour l'année 2001. L'ACI a considéré que la valeur de la villa n'était pas inférieure à la valeur comptable inscrite au bilan, soit 1'366'400 fr. 84 (pour l'année 2000) et 1'513'407 fr. 44 (dès l'année 2001), de sorte qu'une provision n'était pas justifiée".
b) Se fondant sur l'expertise Dorier du 28 juin 1999, l'OIPM n'a pas discuté de l'existence de la provision pour perte de valeurs de 312'411 fr. portée au bilan de l'exercice 1999 et a donc admis une valeur nette de l'immeuble maintenue à 900'000 francs. L'exercice suivant, en 2000, la recourante a comptabilisé une plus-value de 153'994 fr. et porté la valeur comptable de l'immeuble à 1'050'000 fr., moyennant une provision augmentée de 3'990 fr., comme l'indique le tableau exposé par l'ACI. La démarche de la recourante est fondée; elle s'appuie sur l'expertise Dorier du 28 juin 1999 et sur celle de Régisa SA du 16 juillet 2001, qui arrête la valeur vénale à 1'050'000 fr. (obtenue par la moyenne entre une valeur intrinsèque fixée à 1'200'000 fr. et une valeur de rendement de 900'000 francs).
Revenant sur son appréciation antérieure, l'ACI note que la valeur vénale fixée à 900'000 fr. se révèle basse pour une villa achetée en 1988 pour le prix de 810'000 fr. et qui a fait l'objet de plus-values pour environ 370'000 fr. dans les années 1990-1993. De même, l'intimée critique l'expertise de Régisa SA, compte tenu de la faible plus-value comptée sur les travaux (investissement de 853'636 fr., dont seule une part de 300'896 fr. a été qualifiée de plus-value au cours des exercices 2000 et 2001). Enfin, c'est surtout au regard de la valeur ECA, fixée à 1'663'640 fr. en 2000 que l'ACI doute de la pertinence des deux expertises citées.
Le tribunal s'est fait produire les plans du bâtiment érigé sur la parcelle 4********: il s'agit de deux villas mitoyennes d'une surface totale au sol de 255 m
2
et présentant un volume de 2'511 m
3
(annexe, véranda et local technique de la piscine étant compris). Il ressort de ces plans et du descriptif de la police d'assurance que la valeur ECA s'étend au bâtiment entier et non pas à la seule part de la recourante. Compte tenu du fait que le montant assuré est une valeur à neuf, la police ECA conforte la position de la recourante, contrairement à ce que soutient encore l'ACI dans ses dernières écritures.
A l'appui encore de sa décision, l'ACI a indiqué le prix annoncé pour des villas de 6 à 7,5 pièces, de standing plus ou moins comparable, en vente à Epalinges (montant compris entre 1'490'000 fr. et 1'950'000 francs). Les objets portent cependant sur des villas (et non sur des bâtiments mitoyens) et les valeurs mentionnées concernent les années 2005 à 2007, quand le marché subissait une forte pression. Les comparaisons ne sont de ce fait guère convaincantes en l'espèce, si bien que la reprise effectuée par l'ACI en 2000 n'apparaît pas justifiée.
c) En 2001, la recourante a comptabilisé une plus-value de 146'906 fr. et augmenté la provision du même montant, afin de laisser la valeur nette de l'immeuble à 1'050'000 francs. Le procédé est à l'opposé de celui qui avait été adopté lors de l'exercice précédent. Dans ses déterminations du 25 août 2008, la recourante s'en explique, mais de manière contradictoire, en relevant qu'il s'agissait de travaux de réparation coûteux destinés à remédier à des défauts de construction. A suivre ce raisonnement, on ne voit pas pourquoi une plus-value a été comptabilisée cette seconde année. Ici, la recourante – à laquelle incombe le fardeau de la preuve – n'a en définitive pas justifié ces nouvelles écritures comptables, si bien que la reprise de l’exercice 2001 doit être confirmée.
7.
Reprise 2.07: villa Epalinges, ch. 2********, loyers
a) Il y a en règle générale distribution dissimulée de bénéfices lorsqu'une personne morale s'appauvrit en accordant consciemment à ses membres, ou à des personnes proches, des avantages qu'elle n'aurait pas accordés à des tiers et qu'elle fait figurer cette dépense comme charge dans sa comptabilité (v. la jurisprudence citée supra au consid. 4a). La comparaison avec les tiers est à cet égard déterminante; il y a prestation en argent lorsque et dans la mesure où pareilles prestations n’auraient pas été effectuées - ou dans une mesure sensiblement moindre - à un tiers ne détenant aucune participation dans la société (v. Archives 64, 644 consid. 2b et 3 ; ATF 119 Ib 116 consid. 2). En particulier, la société anonyme immobilière qui perçoit de son actionnaire et locataire un loyer insuffisant lui accorde une telle prestation en argent (ATF 2A.39/2003 du 26 novembre 2003, RDAF 2004 II 60, consid. 2; ATF 107 Ib 325 et arrêt TA FI.1999.0082 du 7 juin 2006; FI.1993.0094 du 14 mars 1997). La prestation en argent résultant d'un loyer de faveur se calcule notamment en fonction du loyer du marché et des frais respectivement à charge du bailleur ou du locataire conformément au droit des obligations (ATF 2A.39/2003 du 26 novembre 2003, RDAF 2004 II 60, consid. 3.3, p. 64).
C'est à l’administration fiscale qu'il revient de prouver que la société aurait obtenu des conditions plus avantageuses en louant ses immeubles à des tiers et non à ses actionnaires, mais on ne saurait l'obliger à faire des études de marché dans chaque cas (arrêt TA FI.1999.0082 du 7 juin 2006; FI.2003.0051 du 19 mai 2004).
b) Dès août 1988, la société a loué la villa d'Epalinges à l'actionnaire et à son épouse pour un loyer de 48'000 fr. par année, à charge pour les locataires de pourvoir au chauffage et à l'entretien du jardin (contrat du 1
er
novembre 1988). Dès janvier 1999, le loyer a été réduit à 43'020 fr. (contrat du 24 septembre 1998, qui se réfère au taux hypothécaire de 4,25% et à l'indice suisse des prix à la consommation, de 104.1 point). C'est le montant du loyer qui a été réglé au cours des années 2001 à 2003 (en 2000, la société a comptabilisé un loyer de 42'605 fr.).
La recourante a fait procéder à deux expertises; la première, établie par la société de courtage, de gestion et d'expertises immobilières Cogestim SA, fixe un loyer annuel indicatif de 43'020 fr. (3'585 fr. par mois); l'expertise est datée du 19 août 1999 (soit près de huit mois après la réduction du loyer intervenue déjà en janvier 1999, comme le relèvera l'ACI). La seconde, du 22 juillet 2003, émane de l'agence immobilière Régisa SA; elle arrête la "valeur locative" de l'immeuble à 4'500 fr. par mois, soit à 54'000 fr. par an. La recourante n'a cependant pas adapté le loyer à ce montant.
L'ACI a considéré que le loyer payé par l'actionnaire était inférieur au prix du marché et qu'il était dès lors constitutif d'une prestation appréciable en argent en faveur de l'actionnaire. Elle a retenu que la recourante aurait, dans des relations avec un tiers, fixé un loyer correspondant à un rendement brut de 6.5% calculé sur la valeur de villa. Elle a dès lors repris les montants suivants:
Années
2000
2001
2002
2003
Loyer contractuel
43'020
43'020
43'020
43'020
Loyer encaissé
42'605
43'020
43'020
43'020
Valeur villa pour calcul du rendement
900'000
1'350'000
1'500'000
1'500'000
Loyer estimé par l'ACI (rendement 6.5%)
58'500
87'750
97'500
97'500
Reprise ACI
15'895
44'730
54'480
54'480
c) Dans sa décision sur réclamation (p. 14), l'ACI s'explique comme il suit sur ces reprises:
"L'ACI relève qu'il est douteux qu'un loyer conforme au prix du marché ait pu rester linéaire de 1999 à 2003. En effet, plusieurs facteurs auraient dû avoir une influence à la hausse sur le loyer, soit: augmentation de l'indice suisse des prix à la consommation (base mai 1993, indice de 104.0 en septembre 1998 et de 108.4 en décembre 2003), variation du taux hypothécaire (4% au 1
er
juin 1999, 4,5% au 1
er
février 2000), plus-value apportée à l'immeuble d'au moins 300'896 fr. (selon la valeur comptabilisée).
L'ACI a appliqué la méthode relative au rendement brut et a fixé la part de rendement à 6,5%. Cette méthode a déjà été utilisée par la jurisprudence tant fédérale que vaudoise (ATF 118 II 124, EF 1993/068 et références citées), lesquelles ont arrêté le calcul de la valeur de rendement au taux d'intérêt hypothécaire de référence en vigueur au moment de la détermination de l'état locatif, majoré de deux points".
(L'ACI se réfère en outre à l'ATF 4C.323/2001 pour considérer que la méthode du rendement brut peut s'appliquer en l'espèce, dès lors que la construction pourrait encore être qualifiée de récente).
"L'ACI a constaté que le taux hypothécaire de référence fixé par la Banque cantonale vaudoise a oscillé entre 4,5% et 3,5% entre 2000 et 2003. L'ACI a ainsi tenu compte du taux le plus haut (4,5%) pour fixer la valeur de rendement à 6,5% (2 + 4,5)".
Afin de conforter son analyse, l'ACI a cherché à déterminer le loyer sur la base d'une autre méthode, celle des prestations supplémentaires (art. 14 de l'ordonnance du 9 mai 1990 sur le bail à loyer et le bail à ferme d'habitations et de locaux commerciaux [RS 221.213.11; OBLF]); elle a procédé à un calcul rétroactif depuis le début du contrat de bail à loyer, et y a inclus les variations résultant des augmentations, respectivement des diminutions, du taux hypothécaires et de l'IPC. Ce calcul révèle les loyers suivants, en comparaison avec le loyer contractuel et le loyer déterminé par la méthode du rendement brut:
1
er
avril
2000
2001
2002
2003
Loyer contractuel
43'020
43'020
43'020
43'020
Loyer selon la méthode du rendement brut
58'500
87'750
97'500
97'500
Loyer selon calcul 14 OBLF
76'191
85'800
99'600
115'800
On constate, conclut l'intimée, que ce dernier calcul, beaucoup plus précis, aboutit à des loyers encore plus élevés, ce qui confirme que les loyers déterminés par un rendement brut de 6,5% sur la valeur de la villa ne sont pas surfaits eu égard au prix du marché.
Enfin, l'ACI relève encore que la location de la villa n'a engendré aucun profit pour la société. Bien au contraire, elle aurait essuyé sur quatre ans une perte nette de 608'832 fr. sur la location de l'immeuble, si l'on prend en compte les provisions comptabilisées avant les reprises qui font l'objet du considérant précédent (pour les années 2000 à 2003, loyers encaissés: 171'665 fr.; intérêts hypothécaires: 110'748 fr.; frais d'entretien 518'853 fr.; attribution à la provision des années 2000 et 2001: 150'896 fr., soit une perte nette de 608'832 francs).
d) Dès lors que c'est le prix du marché qui doit être déterminant et que la recourante peut s'appuyer sur des expertises, le tribunal s'en tiendra aux chiffres arrêtés par les experts. Pour les motifs exposés au considérant précédent (consid. 6 let. b), il convient d'écarter les "valeurs estimées pour le calcul du rendement" déterminées par l'ACI; au surplus, la jurisprudence citée applique un taux de 6.5% à des loyers d'immeubles locatifs, ce qui ne paraît guère adapté à une villa, même mitoyenne. En revanche, la seconde expertise détermine un loyer mensuel de 4'500 fr. ou annuel de 54'000 fr., considéré comme une valeur minimale (on ne s'arrêtera pas sur le terme inapproprié de "valeur locative" qui ne s'applique pas à l'actif immobilier d'une société anonyme; cf sur ce point FI.1993.0094 du 14 mars 1997, consid. 2c; FI. 2003.0051 du 19 mai 2004, consid. 2a/cc). La recourante, comme d'ailleurs l'actionnaire, devaient dès lors être conscients de l'avantage consenti: la prestation en argent est ainsi établie; on peut considérer en outre que le caractère reconnaissable de l'avantage est réalisé dès l'année 2001, compte tenu des travaux déjà effectués. La reprise sera dès lors limitée à la différence entre le montant retenu par l'expert (54'000 fr.) et les loyers encaissés (43'020 fr.), soit à une différence de 10'980 fr., comptée sur les années 2001 à 2003. Quant à l'année 2000, la reprise sera réduite à la différence entre le loyer contractuel (43'020 fr.) et le montant encaissé (42'605 fr.), soit à 415 francs.
8.
Les considérants qui précèdent conduisent à une admission partielle du recours. Dans ces conditions, l'émolument réduit qui devrait être mis à la charge de la recourante peut être compensé en partie avec les dépens, réduits également, auxquels la recourante peut prétendre de la part de l'Etat. Les frais laissés ainsi à la charge de la recourante s'élèveront à 2'000 fr. (1'000 fr. pour l'impôt fédéral direct, 1'000 fr. pour l'impôt cantonal et communal) et il ne sera pas alloué de dépens.