Decision ID: 733f9866-cb93-4fbb-8f05-cac2e6661423
Year: 2009
Language: fr
Court: VD_TC
Chamber: VD_TC_031
Canton: VD
Region: Région lémanique
Law Area: public_law

Vu les faits suivants
A. A.X._ a été engagé en qualité de "Chief Investment Officer" au sein de Y._ (Suisse) SA à Genève dès le 1er août 1997. La lettre d'engagement accompagnant son contrat de travail mentionne que sa rémunération annuelle brute est fixée à 250'003 fr. et que son salaire, par 19'231 fr., lui sera versé en treize mensualités, la dernière mensualité étant versée en deux fois, l'une en juin et l'autre en décembre. Cette lettre indique également que l'employeur lui garantit le versement pour la première année de service d'un bonus de 100'000 francs.
Son épouse, B.X._, est également salariée et travaille pour le compte de Z._ SA.
Le couple X._ est domicilié à ********, dans le Canton de Vaud.
B. Le 27 août 2001, A.X._ et B.X._ (ci-après: les contribuables) ont déposé leur déclaration d'impôts pour la période fiscale 2001-2002. A titre de revenu net de l'activité dépendante, le contribuable a déclaré pour l'année 1999 un montant de 384'976 fr. et pour l'année 2000 un montant de 380'585 francs. Il ressort également de cette déclaration d'impôts que les contribuables ont déclaré à titre d'autres revenus un montant de 7'190 fr. en 1999 et de 7'200 fr. en 2000 provenant d'actions gratuites. Ces chiffres n'ont pas été remis en cause par l'autorité fiscale.
Il ressort également des pièces du dossier que le contribuable a perçu avec son salaire du mois de mars 2000 une gratification d'un montant brut de 175'000 fr. en raison des bons résultats de son employeur en 1999 et en remerciement pour ses prestations.
C. Le 29 août 2003, les contribuables ont déposé leur déclaration d'impôts pour la période fiscale 2001-2002 bis. A titre de revenus provenant d'une activité lucrative dépendante, le contribuable a déclaré pour l'année 2001, un montant net de 503'258 fr. et pour l'année 2002, un montant net de 641'831 francs. Les contribuables ont également déclaré des charges extraordinaires dans la formule ad hoc jointe à la déclaration.
D. Par courrier du 20 octobre 2003, l'Office d'impôt du district de Morges (ci-après: l'office) a requis des contribuables qu'ils produisent les copies des décomptes de salaire mensuels de A.X._ pour les années 2001-2002 justifiant l'augmentation de salaire par rapport aux années précédentes, accompagnés du contrat de travail valable durant ces deux années. Les contribuables ont fait parvenir un certain nombre de pièces à l'office le 4 décembre 2003.
Par avis du 16 décembre 2003, l'office a à nouveau requis des contribuables la production d'une attestation de la Y._ mentionnant le mode de calcul des gratifications touchées durant les années 2001 et 2002, ainsi que les justificatifs des gratifications touchées en 1999 et 2000, demande à laquelle les contribuables ont partiellement répondu.
Le 10 mars 2004, l'office a encore demandé aux contribuables une copie du certificat de salaire de A.X._, ainsi que les décomptes de salaires mensuels pour 2003. A la suite de cette requête, les contribuables ont produit des pièces le 31 mars 2004.
Il ressort ce qui suit des pièces produites dans le cadre de l'instruction menée par l'office:
- En 2001, Christoph Früh-Leprêtre a perçu avec son salaire du mois de mars une gratification d'un montant de 132'500 fr., avec son salaire du mois de mai une gratification d'un montant de 50'000 fr. et avec son salaire du mois de décembre un montant de 5'915 fr. 75 à titre de "GEP 1998". Il est également indiqué sur le certificat de salaire relatif à cette année-là, que le salaire brut annuel total comprend un montant de 117'144 fr. à titre de "stock plan".
- En 2002, le contribuable a perçu avec son salaire du mois de janvier un montant de 196'426 fr. 95 à titre de "GEP Buy-out", avec son salaire du mois de février une gratification d'un montant de 145'000 fr. 70 et avec son salaire du mois de décembre une gratification d'un montant de 99'999 fr. 30. Il résulte en outre du certificat de salaire de cette année-là qu'un montant de 215'822 fr. à titre de "Y._ Shares" est compris dans le salaire annuel brut total.
- En 2003, A.X._ a perçu un revenu annuel net de 296'092 fr., y compris un montant brut de 24'739 fr. à titre de "Y._ Shares". Cette année-là, le contribuable a reçu une gratification d'un montant de 65'001 fr. avec son salaire du mois de février.
- Le 13 février 2001, le contribuable a reçu de son employeur un courrier lui communiquant les éléments de sa rémunération annuelle et qui a la teneur suivante:
· Salaire annuel 2000 (valable jusqu’au 28. 2.2001) CHF 255'012
· Bonus pour l’année 2000: CHF 185’000
(Le bonus ne confère aucun droit ultérieur à une distribution intégrale ou proportionnelle)
composé comme suit:
Cash — Bonus versé en mars 2001 CHF 132’500
* Bonus sous forme de PB BEP en Y._ Shares EUR 34'365
· ** PB BEP Introduction Plan en Y._ Shares EUR 8'591
(prime unique exceptionnelle)
· Prime spéciale unique versée en mars 2001 CHF 400
(Cette prime compense l’entrée en vigueur décalée de votre nouveau salaire au 01.03.01)
· Salaire annuel 2001 (dès le 1.3.2001) CHF 255'012
* PB BEP = le Private Banking Bonus Equity Plan verse, sous forme d’actions Y._ AG en EUR, une partie de votre bonus, soit, 1/3 en août 2001, 1/3 en août 2002, 1/3 en août 2003.
(Le taux de change utilisé est EUR = 1.5277 CHF)
La prime unique exceptionnelle en actions Y._ AG est une prime qui sera versée en août 2003, pour autant que vous soyez toujours employé auprès de la Y._ et que vous n’ayez pas donné votre démission. Plus de détails vous seront donnés dans une brochure explicative qui vous sera adressée.
- A.X._, de part sa position au sein de son employeur, s'est vu offrir la possibilité de participer à un "Global Equity Plan [GEP]". Selon une traduction libre des documents en anglais concernant ce plan, il s'avère que le GEP permettait aux employés choisis de souscrire à l'achat d'obligations convertibles spécifiquement émises pour le GEP. Ces obligations pouvaient ensuite être converties, au bout de trois ans, en actions de la Y._, selon un taux de conversion calculé en fonction des performances de la banque. Si ce taux était inférieur à un certain montant, les obligations n'étaient pas convertibles, et dès lors, la banque les remboursait à l'employé. Le contribuable a accepté de participer à ce GEP et a souscrit à l'achat de 3'000 obligations.
En novembre 2001, la direction de la Y._ a décidé de mettre un terme à ce GEP qui lui coûtait trop cher et a ainsi demandé à ses filiales, dont la Y._ (Suisse) SA, de racheter les obligations GEP de ses employés, ce qui a été proposé au contribuable à fin novembre 2001. Il ressort de la proposition de rachat qu'on lui offrait la possibilité soit de se faire racheter ses obligations, soit de les garder jusqu'à l'échéance du délai de trois ans, au terme duquel les obligations devenaient convertibles. Le contribuable a opté pour le premier choix en date du 26 novembre 2001.
E. Le 2 avril 2004, l'office a notifié aux contribuables une décision de taxation définitive complémentaire, tant pour l'impôt cantonal et communal que pour l'impôt fédéral direct, concernant des revenus extraordinaires perçus en 2001 et 2002. Il a arrêté le revenu imposable pour la période fiscale 2001 à 12'700 fr. au taux de 7'000 fr. (quotient 1.8) s'agissant de l'impôt cantonal et communal et à 252'900 fr. au taux de 140'500 fr. (quotient 1.8), pour période fiscale 2002. En ce qui concerne l'impôt fédéral direct, il a arrêt le revenu imposable extraordinaire, qui ne concernait que la période fiscale 2002, à 252'900 fr. au taux de 252'900 fr. (barème marié). La décision a en outre la teneur suivante:
"(...) Après examen de votre déclaration d'impôt 2001-2002 bis qui a été déposée en date du 10 septembre 2003, nous vous informons que les montants de fr. 12'737.—et de fr. 252'972.—doivent être soumis à l'impôt au titre de revenus extraordinaires des années 2001 et 2002.
En effet, les gratifications versées par votre employeur en 2001 et 2002 étant supérieures aux années précédentes, le complément doit être considéré comme du revenu extraordinaire après déduction des charges sociales. Nous avons également dû reprendre la part de votre plan de participation (GEP Buy-out) pour 1998, 1999 et 2000 touchée durant la brèche fiscale."
Par lettre du 30 avril 2004, les contribuables ont formé réclamation contre la décision précitée en contestant le caractère extraordinaire des revenus en cause.
A la suite de cette réclamation, l'office a requis des contribuables, par avis du 18 mai 2004, qu'ils produisent une attestation de la Y._ mentionnant le mode de calcul des gratifications touchées entre 1999 et 2003.
Le 25 juin 2004, le contribuable a fait parvenir la pièce requise à l'office. Elle a la teneur suivante:
"Voici la politique de bonus de notre banque: Le principe et le montant d'un bonus est déterminé en fonction des résultats annuels de l'employeur et de la performance de l'employé. Le bonus éventuel constitue toujours un payement à bien plaire de l'employeur.
Pour les employés de Y._ (Suisse) SA, le mode (cash, actions, options, etc.) ainsi que la date du payement est déterminé par le Group Y._. (...)"
Le 30 juillet 2004, l'office a informé les contribuables que, malgré les nouvelles pièces produites, il maintenait sa position. Les contribuables étaient également invités, par ce courrier, à indiquer s'ils maintenaient leur réclamation ou pas. Par courrier du 3 août 2004, les contribuables ont maintenu leur réclamation.
Le 11 mai 2007, l'Administration cantonale des impôts (ci-après: ACI), à qui la réclamation avait été transmise par l'office, a requis des contribuables la production d'un certain nombre de pièces.
Les contribuables ont donné suite à la réquisition de production par courrier du 8 novembre 2007. A cette occasion, une nouvelle attestation de la Y._ (Suisse) SA a été produite; elle mentionne ce qui suit:
"(...) Nous informons les services fiscaux (...) que pour les années 1998 et 1999 l'attribution des Bonus payés par la Y._ (Suisse) SA ne sont l'objet d'aucun(s) calcul(s) spécifique(s).
Ces montants sont reportés sur les bulletins de salaires réclamés pour les exercices 1999 et 2000.
Comme indiqué dans les lettres annuelles de gratification, celles-ci:
- sont de caractère discrétionnaire
- dépendent des performances individuelles et des résultats d'exploitation de la société
- sont versées après la clôture de l'exercice concerné, soit dans l'année qui suit (...)".
Le 11 août 2008, l'ACI a fait parvenir aux contribuables une proposition de règlement contenant une nouvelle détermination des revenus imposables en défaveur des contribuables. Rectifiant la décision de l'office, l'ACI a fixé le revenu imposable pour l'année 2001 à 110'900 fr. (GEP) et à 280'000 fr. (94'749 fr. 35 de bonus + 186'117 fr. 40 de GEP) pour l'année 2002. Les contribuables ont refusé la proposition de règlement et ont déclaré maintenir leur réclamation par courrier du 13 octobre 2008.
Par décision sur réclamation du 6 novembre 2008, l'ACI a rejeté la réclamation et fixé le revenu imposable concernant l'impôt unique et distinct sur les revenus extraordinaires réalisés au cours des périodes fiscales 2001 et 2002 à:
- pour l'impôt cantonal est communal 2001 à 110'900 fr. au taux de 61'600 fr. (quotient 1.8);
- pour l'impôt fédéral direct 2001 à 110'900 fr. au taux de 110'900 fr. (barème personne mariée);
- pour l'impôt cantonal est communal 2002 à 280'800 fr. au taux de 156'000 fr. (quotient 1.8);
- pour l'impôt fédéral direct 2002 à 280'800 fr. au taux de 280'800 fr. (barème personne mariée).
A l'appui de sa décision, l'ACI a notamment considéré, en ce qui concerne la période fiscale 2001, que le montant de 117'144 fr. perçu par le contribuable était un revenu extraordinaire car ne constituant pas une partie ordinaire du salaire et qu'il avait été versé pour la première fois en 2001. Quant à la période fiscale 2002, l'ACI a estimé que le montant de 186'117 fr. 40 provenant du rachat des obligations GEP n'était pas une partie intégrante du salaire, que ce versement était intervenu de manière unique et singulière et que le contribuable avait la liberté de se faire rembourser ses actions et ainsi faire tomber le revenu en résultant dans la brèche de calcul, plutôt que d'attendre 2003 pour convertir ses obligations en actions, motifs pour lesquels ce montant devait être qualifié de revenu extraordinaire. Elle a outre considéré que le fait que l'employeur du contribuable lui avait versé deux bonus par année uniquement pendant la brèche de calcul et ni avant, ni après, avait un caractère insolite et laissait penser que celui-ci avait voulu profiter de la brèche de calcul. Elle n'a en revanche retenu, à titre de revenu extraordinaire, que le second bonus versé en 2002 d'un montant de 94'749 fr. 35 net, car le total des bonus versé cette année-là était singulièrement plus élevé en comparaison des gratifications versées en 1999 et 2000, ce qui n'était pas le cas du total des bonus versés en 2001, raison pour laquelle seul le deuxième bonus de 2002 devait être taxé de revenu extraordinaire.
F. Par acte motivé du 5 décembre 2008, les contribuables ont recouru contre cette décision concluant, avec dépens, à ce que les prétentions de l'ACI soient annulées.
Par déterminations du 29 janvier 2009, l'ACI a conclu au rejet du recours. Dans le cadre d'un deuxième échange d'écriture, les recourants ont maintenu leur conclusion.
Pour les recourants, M. A._, de la Fiduciaire Michel Favre SA, et pour l'ACI, Mme B._ et M. C._, ont été entendus lors de l'audience du 10 juin 2009. Le représentant des recourants a admis en début d'audience que seule la qualification des montants retenus par l'ACI était litigieuse et non leurs quotités. Lors de cette audience, un témoin, D._, a également été entendu.
Il ressort ce qui suit du procès-verbal de l'audience:
"(...) Le témoin suivant est introduit et entendu après avoir été exhorté à dire la vérité:
- Mme D._, née en 1965, domiciliée à Carrouge, employée au sein du service RH de la Y._ (Suisse) SA à Genève.
Elle déclare notamment ce qui suit:
"Je suis employée de la Y._ depuis 5 ans. Je n'étais donc pas encore en fonction durant les années litigieuses. Le recourant est quant à lui gestionnaire de fortune et n'a pas de fonction dirigeante au sein de son service.
En ce qui concerne la question des bonus, je confirme que depuis que je travaille au sein de la Y._, les bonus ne sont versés qu'une fois par année, en février. Je ne connais cependant pas la situation qui prévalait au sein de la banque avant mon arrivée. Je n'ai néanmoins jamais observé, chez mon précédent employeur, qui était également une banque, un versement de bonus en deux fois durant l'année. Je n'ai aucune explication quant aux deux versements perçus à ce titre par le recourant.
Je confirme que le recourant ne peut agir d'aucune manière sur la date du versement de son bonus. Il peut agir en revanche sur le montant versé car celui-ci est fonction de ses résultats.
Pour le surplus, je peux encore préciser que la direction générale du groupe Y._, à Frankfort, décide du montant global des bonus chaque année. Ce montant est ensuite réparti au sein des divisions et sous-divisions du groupe. Une fois cela fait, dans chaque sous-division, le montant des bonus est distribué aux employés en fonction notamment de leur performance. C'est à ce niveau que se situe le recourant.
Par ailleurs, il me semble important de préciser encore qu'il n'y aucune possibilité de se voir verser une avance sur bonus."
Les parties sont entendues dans leurs explications.
Le représentant des recourants indique ne pas pouvoir expliquer pour quelle raison son client a décidé de liquider son GEP en 2001. Il suppose que celui-ci a préféré choisir la voie la plus sûre, plutôt que d'être livré aux fluctuations boursières.
En réponse aux questions de la cour, l'ACI précise n'avoir pas établi une taxation par appréciation, bien qu'elle n'ait pas obtenu toutes les pièces qu'elle avait requises auprès des recourants. Elle disposait néanmoins de pièces suffisantes pour statuer sur la réclamation.
A ce propos, le représentant des recourants précise que ses mandants n'ont pas cherché à se soustraire à la production des pièces requises, mais certaines d'entre elles étaient tout simplement difficiles, voire même impossibles, à obtenir pour le recourant.
Finalement, l'ACI précise encore au sujet des bonus qu'elle n'a pas taxé le deuxième bonus versé en 2001 par gain de paix, un montant conséquent était en effet déjà réclamé aux recourants en raison de la taxation à titre extraordinaire des revenus provenant de la clôture du GEP.(...)"
Les parties ont été invitées à se déterminer sur le contenu du procès-verbal de l'audience. Elles n'ont cependant formulé aucune remarque sur celui-ci.
Les moyens des parties, ainsi que les pièces produites, seront repris ci‐dessous dans la mesure utile.
G. La cour a délibéré à huis clos.

Considérant en droit
1. Interjeté en temps utile et en la forme, le présent recours est recevable (art. 140 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct [LIFD; RS 642.11] et art. 200 de la loi du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux [LI; RSV 642.11]).
2. Le litige a trait à l'impôt cantonal et communal, ainsi qu'à l'impôt fédéral direct. A l’instar de l’ACI, et comme la jurisprudence le lui permet, la cour de céans tranchera les recours aussi bien pour ce qui concerne l’impôt cantonal et communal, d’une part, que l’impôt fédéral direct, d’autre part (ATF 131 II 553 consid. 4.2 p. 559; 130 II 509 consid. 8.3 p. 511).
3. Les recourants invoquent une violation du principe de célérité et contestent fermement les allégations de l'autorité intimée selon lesquelles ils n'auraient pas respecté leur devoir de collaborer. Il convient d'examiner en premier lieu ces griefs.
a) aa) L'art. 29 al. 1 Cst stipule que toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
A l'instar de l'article 6 CEDH, article cependant inapplicable au présent cas qui porte sur des obligations de droit public et non sur une "contestation sur des droits et obligations à caractère civil" (ATF 2P.19/2005 du 11 novembre 2005, consid.2), l'art. 29 al. 1 Cst consacre le principe de la célérité, autrement dit prohibe le retard injustifié à statuer. L'autorité viole cette garantie constitutionnelle lorsqu'elle ne rend pas la décision qu'il lui incombe de prendre dans le délai prescrit par la loi ou dans un délai que la nature de l'affaire ainsi que toutes les autres circonstances font apparaître comme raisonnable (ATF C 15/05 du 23 mars 2006, consid. 1.2 et réf. citées).
Le caractère raisonnable de la durée de la procédure s'apprécie en fonction des circonstances particulières de la cause, lesquelles commandent généralement une évaluation globale. Entre autres critères sont notamment déterminants le degré de complexité de l'affaire, l'enjeu que revêt le litige pour l'intéressé ainsi que le comportement de ce dernier et celui des autorités compétentes. A cet égard, il appartient au justiciable d'entreprendre ce qui est en son pouvoir pour que l'autorité fasse diligence, que ce soit en l'invitant à accélérer la procédure ou en recourant, le cas échéant, pour retard injustifié. Cette obligation s'apprécie toutefois avec moins de rigueur en procédure pénale et administrative. On ne saurait par ailleurs reprocher à une autorité quelques temps morts; ceux-ci sont inévitables dans une procédure. Une organisation déficiente ou une surcharge structurelle ne peuvent cependant justifier la lenteur excessive d'une procédure; il appartient en effet à l'Etat d'organiser ses juridictions de manière à garantir aux citoyens une administration de la justice conforme aux règles (ATF C 15/05 précité, consid. 1.3 et réf. citées).
La sanction du dépassement du délai raisonnable ou adéquat consiste d'abord dans la constatation de la violation du principe de célérité, qui constitue une forme de réparation pour celui qui en est la victime. Cette constatation peut également jouer un rôle sur la répartition des frais et dépens, dans l'optique d'une réparation morale (ATF C 15/05 précité, consid. 1.4 et réf. citées).
ab) En l'espèce, on ne peut reprocher à l'autorité intimée une violation du principe de célérité. La procédure de réclamation s'est prolongée dans le temps principalement en raison de plusieurs réquisitions de pièces auxquelles les contribuables n'ont pas toujours répondu dans les plus brefs délais. En outre, entre le moment où la réclamation a été transmise par l'office à l'ACI et le moment où celle-ci a interpellé les recourants, il ne ressort nullement des pièces au dossier que ces derniers se seraient inquiétés du sort de leur réclamation et en auraient informé l'autorité intimée. Ainsi, il est malvenu de la part des recourants de reprocher à l'autorité intimée de n'avoir pas agi plus rapidement, vu qu'ils n'ont pas entrepris de leur côté tout ce qui était en leur pourvoir pour qu'elle fasse diligence. En conséquence, ce grief doit être rejeté.
b) ba) En vertu des art. 124 à 126 LIFD ou/et des art. 173 à 176 LI, le contribuable se voit imposer un devoir de collaborer avec l'autorité fiscale, devoir qui passe notamment par le dépôt d'une déclaration d'impôt dans les délais prescrits. Cette déclaration doit être remplie de manière conforme à la vérité et complète. Le contribuable doit notamment joindre un certain nombre de documents à sa déclaration afin de permettre à l'autorité de taxation de contrôler la déclaration rendue.
Selon les art. 126 LIFD et 176 LI, le contribuable a en outre un devoir de collaboration ultérieure en ce sens qu'il doit faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte, notamment en donnant suite aux réquisitions de pièces complémentaires que l'autorité de taxation pourrait requérir.
bb) En l'espèce, si certes l'autorité intimée a reproché aux recourants de n'avoir pas produit toutes les pièces requises ou d'avoir tardé à le faire, il n'en demeure pas moins qu'elle a admis en audience avoir été en mesure de statuer sur la réclamation avec les pièces en sa possession. Par ailleurs, rien ne permet de mettre en doute les déclarations des recourants selon lesquelles certaines pièces requises étaient difficiles, voire même impossibles à obtenir. Dès lors que l'autorité intimée ne s'est pas trouvée entravée outre mesure dans le traitement de la réclamation des recourants et qu'il convient d'admettre que certaines pièces requises dépassaient peut-être ce qui était raisonnablement exigible d'un contribuable, on peut admettre que les recourants n'ont pas violé leur devoir de collaborer.
4. Sur le fond, les recourants contestent la qualification de revenus extraordinaires donnée par l'ACI au second bonus perçu par le recourant en 2002, ainsi qu'au remboursement du GEP. Ils allèguent notamment que le recourant, bien qu'exerçant une fonction de cadre au sein de la Y._, n'a pas une fonction dirigeante lui permettant d'influer sur les décisions en matière de rémunération ou de gratifications. Ils contestent également l'argumentation de l'autorité intimée selon laquelle la Y._ aurait modifié sa politique de rémunération dans le but de profiter de la brèche fiscale. En effet, la politique de rémunération est fixée par la maison mère et non par ses filiales, comme celle qui emploie le recourant. En outre, il apparaît, aux yeux des recourants, inconcevable que la Y._ (Suisse) SA ait planifié des versements extraordinaires pendant la brèche fiscale vaudoise pour favoriser fiscalement son employé.
a) Au 1er janvier 2003, le canton de Vaud a passé du système de la taxation bisannuelle praenumerando au système de la taxation annuelle postnumerando. Dans le système praenumerando, l'impôt était fixé avant la fin de la période fiscale à laquelle il se rapportait, le calcul de ce dernier s'effectuant sur la base des données des deux années précédentes. Dans le système postnumerando, l'impôt est calculé après la fin de l'année fiscale sur la base des revenus effectivement réalisés. Dans la mesure où la déclaration d'impôt 2001-2002, la dernière avant le passage au nouveau système de taxation, était basée sur les revenus des années 1999 et 2000, et la suivante sur les revenus de l'année 2003, les revenus des années 2001 et 2002 n'ont pas été pris en compte à des fins de taxation. Le passage d'un système à l'autre a ainsi entraîné une brèche de calcul dont il a fallu corriger les effets pour éviter que des contribuables touchant des revenus exceptionnellement élevés en 2001 et 2002 uniquement ne soient favorisés en ce sens que ces revenus ne seraient jamais taxés.
En examinant la question de la brèche de calcul et des corrections à apporter au système, le législateur vaudois a constaté que le droit fédéral avait tranché la question à l'article 218 LIFD dont la teneur est la suivante:
" 1 Pour la première période fiscale (n) suivant la modification mentionnée à l’art. 41,la taxation relative à l’impôt sur le revenu des personnes physiques est régie par le nouveau droit.
2 Les revenus extraordinaires réalisés durant les années n-1 et n-2 ou lors d’un exercice clos au cours de ces années sont soumis à un impôt annuel entier pour l’année fiscale où ils ont été acquis, au taux correspondant à ces seuls revenus; les art. 37 et 38 sont réservés. Les déductions sociales prévues à l’art. 35 ne sont pas autorisées. Les charges qui sont en rapport immédiat avec l’acquisition des revenus extraordinaires peuvent être déduites.
3 Sont en particulier considérés comme des revenus extraordinaires les prestations en capital, les revenus de fortune non périodiques, les gains de loterie et, par analogie avec l’art. 206, al. 3, les revenus extraordinaires provenant d’une activité lucrative indépendante.
4 La moyenne des charges extraordinaires supportées pendant les années n-1 et n-2 est en outre déductible. Le canton qui effectue la taxation détermine si ce montant est déduit:
a. du revenu imposable afférent à la période fiscale n-1/n-2; les taxations déjà entrées en force seront révisées en faveur du contribuable;
b. ou du revenu imposable afférent aux périodes fiscales n et n+1.
5 Sont considérés comme des charges extraordinaires:
a. les frais d’entretien d’immeubles, dans la mesure où ils excèdent chaque année le montant de la déduction forfaitaire;
b. les cotisations de l’assuré versées à des institutions de prévoyance professionnelle pour le rachat d’années de cotisation;
c. les frais de maladie, d’accident, d’invalidité, de perfectionnement et de reconversion professionnels, dans la mesure où ils dépassent les frais déjà pris en compte.
6 Les autorités fiscales cantonales déterminent le revenu provenant d’une activité lucrative indépendante conformément à l’art. 9 al. 2 LAVS pour les années n-1 et n-2 et communiquent ce revenu aux caisses de compensation.
7 En cas de modification de l’imposition dans le temps en vertu de l’art. 41, les al. 1 à 6 sont applicables pour la première fois à compter du 1er janvier 1999."
La solution préconisée par cet article a été reprise à l'art. 69 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID, RS 642.14), qui s'impose aux cantons. Cet article a la teneur suivante:
" 1 Pour la première période fiscale (n) suivant la modification mentionnée à l’art. 16, la taxation relative à l’impôt sur le revenu des personnes physiques est régie par le nouveau droit.
2 Les revenus extraordinaires réalisés durant la période fiscale précédant la modification ou lors d’un exercice clos au cours de cette période sont soumis à un impôt annuel entier pour l’année fiscale où ils ont été acquis; l’art. 11, al. 2 et 3, est réservé. Les charges qui sont en rapport immédiat avec l’acquisition des revenus extraordinaires peuvent être déduites.
3 Sont en particulier considérés comme des revenus extraordinaires les prestations en capital, les revenus non périodiques de fortune, les gains de loterie et les revenus extraordinaires provenant d’une activité lucrative indépendante.
4 Les charges extraordinaires supportées pendant la période fiscale précédant la modification sont en outre déductibles. Le canton décide si elles sont déduites:
a. du revenu imposable afférent à la période fiscale précédant la modification, en cas d’assujettissement dans le canton au 1er janvier de l’an n; les taxations déjà entrées en force seront révisées en faveur du contribuable;
b. ou, en cas de modification de la période fiscale bisannuelle, du revenu imposable afférent aux périodes n et n+1, aussi longtemps que dure l’assujettissement dans le canton;
c. ou, en cas de modification de la période fiscale annuelle, du revenu imposable afférent à la période fiscale n, aussi longtemps que dure l’assujettissement dans le canton.
5 Sont considérés comme des charges extraordinaires:
a. les frais d’entretien d’immeubles, dans la mesure où ils excèdent chaque année le montant de la déduction forfaitaire;
b. les cotisations de l’assuré versées à des institutions de prévoyance professionnelle pour le rachat d’années de cotisation;
c. les frais de maladie, d’accident, d’invalidité, de perfectionnement et de reconversion professionnels, dans la mesure où ils dépassent les frais déjà pris en compte.
6 Les autorités fiscales cantonales déterminent le capital propre engagé dans l’entreprise des indépendants et la fortune des personnes sans activité lucrative avant la modification mentionnée à l’art. 16 et les communiquent aux caisses de compensation.
7 En cas de modification de l’imposition dans le temps en vertu de l’art. 16, les al. 1 à 6, sont applicables à compter du 1er janvier 1999. Sont réservées les procédures cantonales de modification de l’imposition dans le temps autres que celle prévue à l’al. 1 et qui sont en vigueur au 1er janvier 1999."
Il en ressort que l'impôt se calcule selon le nouveau droit lors de l'année du changement, c'est-à-dire sur la base des revenus obtenus durant cette même année. Afin d'éviter que les revenus extraordinaires obtenus durant les deux années précédant le changement de système n'échappent à l'impôt, l'art. 69 al. 2 LHID prévoit qu'ils feront l'objet d'une imposition distincte; la loi en a dressé une liste exemplative à l'al. 3. Dans la mesure où cette énumération n'est pas exhaustive, le législateur vaudois, à l'instar d'autre d'autres législateurs cantonaux, en a déduit qu'une certaine marge d'appréciation était laissée à l'autorité cantonale chargée d'appliquer la loi. Ainsi, dans la mesure où le critère déterminant était de savoir si un revenu avait un caractère périodique ou non, seul un revenu non périodique pouvait être qualifié de revenu extraordinaire (v. Exposé des motifs et projet de loi modifiant la loi du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux et Réponse du Conseil d'Etat à l'interpellation Philippe Leuba sur les conséquences de l'imposition annuelle des personnes physiques, BGC 5A Novembre 2001, p. 4889). A cet égard, le Tribunal fédéral a confirmé que la notion de "revenu extraordinaire" reprise à l'art. 69 al. 3 LHID était la même que celle de l'art. 218 al. 3 LIFD dans sa teneur du 9 octobre 1998 – étant précisé qu'il s'agit de celle en vigueur depuis le 1er janvier 1999 (ATF 2A.439/2002 du 16 septembre 2003, consid. 1.2.1). Il est donc possible de se référer à l'art. 218 LIFD pour interpréter la notion de revenu extraordinaire, la réglementation et le but poursuivi étant identiques dans les deux lois (JAB 2004 25 consid. 4; TA FI.2005.0197 du 7 septembre 2006).
A ce propos, l'Administration fédérale des contributions définit dans sa circulaire n° 6 du 20 août 1999, les revenus extraordinaires de l'art. 218 al. 3 LIFD comme ceux réalisés au cours de la brèche de calcul. Cette circulaire mentionne également qu'un revenu ne peut faire partie des revenus extraordinaires que s'il n'a pas été inclus dans la base de calcul du revenu imposable d'une période fiscale antérieure à l'année n, ensuite d'une taxation intermédiaire par exemple. Il en ressort en outre ce qui suit:
"Dans le contexte d'une modification du système de l'imposition dans le temps, le caractère extraordinaire d'un revenu peut résulter:
· soit du caractère unique d'une prestation
En principe tout revenu unique est un revenu extraordinaire au sens de l’art. 218 LIFD. Il peut remplacer, ou non, des prestations périodiques.
Exemples: gain de loterie, indemnité obtenue lors de la renonciation ou de la cessation d'une activité, revenu de fortune non périodique, bénéfice de liquidation.
· soit du caractère extraordinaire d’un revenu par nature périodique
L'attribution de ce revenu au cours des années n-2 et n-1 est exceptionnelle, sort de l'ordinaire.
Exemples: dividende nettement supérieur aux dividendes des exercices précédents, indemnité pour prestations spéciales, gratification d'un montant exceptionnel.
· soit d’un changement dans l'aménagement de la source du revenu
Exemples: provision dissoute ensuite du changement de méthode de comptabilisation, omission d'amortissements et de provisions justifiés par l'usage commercial, modification des conditions de rémunération d'une activité salariée.
Ces divers critères peuvent être combinés. Dans le cadre de la qualification d'un revenu en tant que revenu extraordinaire, il peut être tenu compte du fait que le contribuable est à même d'influer sur les modalités d’attribution d’un revenu et de mettre ainsi à profit la brèche de calcul."
Enfin, en droit vaudois, l'article topique en la matière est l'art. 273 LI dont la teneur est la suivante:
" 1 Les revenus extraordinaires réalisés durant les années 2001 et 2002 ou lors d'un exercice clos au cours de cette période sont soumis à un impôt annuel entier perçu à la moitié du taux applicable à ces seuls revenus, pour l'année fiscale où ils ont été acquis.
2 Sont en particulier considérés comme des revenus extraordinaires les revenus non périodiques de fortune tels les revenus provenant de l'aliénation ou du remboursement d'obligations à intérêt unique prédominant et les dividendes de substance, les prestations en capital, les gains de loterie (art. 27, lettre e) et les revenus extraordinaires provenant de l'activité lucrative indépendante tels que les bénéfices en capital réalisés, les réévaluations comptables d'éléments de la fortune commerciale, les dissolutions de provisions et de réserves, ainsi que les amortissements et provisions justifiés par l'usage commercial qui ont été omis. Il en va de même des revenus inhabituellement élevés par rapport aux années antérieures en raison d'une modification de la politique salariale de l'entreprise."
b) ba) En l'espèce, l'autorité intimée a considéré que le montant brut de 99'999 fr. 30 versé au recourant à titre de gratification en décembre 2002 était un revenu extraordinaire de part son caractère insolite, tout comme le deuxième versement intervenu à ce titre en 2001, mais sur lequel elle ne s'est pas arrêtée par gain de paix, selon ses déclarations en audience.
S'il ne fait pas de doute au vu des pièces produites et des déclarations du témoin D._ que le recourant n'exerce pas une fonction lui permettant d'influer sur la politique de rémunération de son employeur et, ainsi, de mettre à profit la brèche fiscale intervenue en 2001 et 2002 dans le canton de Vaud, il n'en demeure pas moins qu'un revenu peut être qualifié d'extraordinaire indépendamment de toute intervention du contribuable. En effet, l'influence du contribuable sur les modalités d'attribution d'un revenu est un élément dont il peut être tenu compte dans le cadre de la qualification d'un revenu d'extraordinaire, mais il ne constitue pas l'élément principal à la base de la qualification. Dès lors que, dans le cas présent, les recourants n'ont pas su expliquer pour quelle raison un deuxième bonus avait été versé au recourant en 2002 et que ce fait ne trouve pas non plus d'explication dans les déclarations du témoin D._ qui a confirmé que les bonus, au sein de la Y._, n'étaient versés qu'une fois par année, en février, il s'avère que le versement litigieux est insolite, unique et a un caractère exceptionnel. Il s'ensuit que c'est à juste titre que l'autorité intimée l'a qualifié de revenu extraordinaire.
En outre, si on comprend bien la variation des montants versés au recourant à titre de bonus, ceux-ci découlant des résultats de l'entreprise, les recourants n'ont pas démontré que le deuxième versement opéré en 2002 à ce titre n'était pas exceptionnel et que c'était bien plutôt la faiblesse du montant versé à titre de bonus en 2003 qui avait un caractère unique.
En conclusion, le recours doit être rejeté sur ce point.
bb) L'autorité intimée a encore retenu que les montants de 117'144 fr. bruts et de 196'426 fr. 95 bruts payés au contribuable en décembre 2001 et janvier 2002 à titre de "GEP Buy-out" étaient un revenu extraordinaire car le recourant était en mesure de choisir le moment du versement de ce montant et que ces obligations convertibles ne faisaient pas partie de la rémunération fixe du contribuable.
Contrairement à ce que soutiennent les recourants, c'est bien à juste titre que l'autorité intimée a considéré ces versements comme extraordinaires. Ces revenus provenant de la vente d'obligations convertibles n'avaient aucun caractère régulier. De part leur caractère ponctuel, ils étaient insolites et ce seul fait amène à les qualifier d'extraordinaire. En outre, le recourant n'a pas du tout été en mesure d'expliquer les raisons qui l'on conduit à accepter l'offre de rachat de son employeur pendant les années en cause, de sorte que, comme il était en mesure d'influer sur les modalités de versement en acceptant l'offre de rachat à ce moment-là, on ne peut affirmer avec certitude qu'il n'a pas cherché à mettre à profit la brèche de calcul, ce qui tend à confirmer le caractère extraordinaire des revenus précités.
Ainsi, les griefs des recourants doivent être également rejetés sur ce point.
5. En conclusion, le recours doit être rejeté et la décision attaquée confirmée.
Les frais de justice, par 5'000 fr. (art. 2 al. 1 du tarif des frais judiciaires en matière de droit administratif et public [TFJAP; RSV 173.36.5.1) doivent être mis à la charge des recourants qui succombent (art. 49 LPA-VD).
Il n'est pas alloué de dépens à l'autorité intimée, conformément à l'art. 56 al. 3 LPA-VD.