Decision ID: 97d49526-0f6d-51cd-a041-2aba001cac5e
Year: 2011
Language: fr
Court: GE_CJ
Chamber: GE_CJ_014
Canton: GE
Region: Région lémanique
Law Area: social_law

EN FAIT
Monsieur M_ (ci-après l'assuré), ressortissant suisse et tunisien né en 1954, est arrivé en Suisse en 1975. Il a suivi une formation d'analyste programmeur sanctionnée par un diplôme obtenu auprès de l'Institut international d'enseignement commercial en 1979. L'assuré a travaillé auprès de divers établissements bancaires et entreprises à Genève de 1980 à 1984 comme analyste-programmeur, avant de suivre des cours d'informatique de gestion auprès de la faculté des sciences économiques et sociales de l'Université de Genève de 1985 à 1987.
L'assuré a travaillé en Tunisie de 1988 à 1995, date à laquelle il est revenu à Genève, où il s'est inscrit auprès de l’Office cantonal de l’emploi en mai 1996, sans toutefois bénéficier d’indemnités de chômage car il ne remplissait pas les conditions requises. Il n’a plus exercé d’activité lucrative depuis lors.
En date du 7 février 2000, l’assuré a déposé une demande de rente auprès de l'OFFICE DE L'ASSURANCE-INVALIDITE (OAI) en faisant état d'une très grave hernie discale, de difficultés énormes pour marcher, bouger et faire le moindre mouvement, et de problèmes de dos et au ventre. Il a déclaré souffrir de ces atteintes depuis au moins six ans malgré un traitement suivi auprès de l'Hôpital cantonal de Genève.
Dans leur rapport du 25 avril 2000, les Drs A_ et B _ du département de médecine communautaire des HÔPITAUX UNVIERSITAIRES DE GENÈVE (HUG) ont fait état d’une suspicion de trouble somatoforme indifférencié (F 45.1) avec douleurs dorsales et abdominales. Ils ont précisé que l'assuré avait décrit des douleurs abdominales de l'hypocondre gauche, sous forme d'un "point" survenant depuis une quinzaine d'années par périodes pouvant durer plusieurs mois, déclenchées en particulier par le décubitus latéral et la position assise, disparaissant en décubitus dorsal et debout, sans relation avec les efforts, les repas, ou le transit digestif. Récemment, des nausées et des vomissements s'y étaient associés. L'intéressé s’était également plaint de douleurs dorsales présentes depuis trois ans environ, semblant prédominer en région lombaire, décrites comme une "boule métallique" dans le dos, irradiant de manière diffuse dans le haut du dos et dans les membres inférieurs avec une extension variable, soulagées transitoirement par la position couchée ou s'il prenait appui (meuble, béquille). Une hypoesthésie fluctuante des membres inférieurs a par ailleurs été évoquée. Les médecins ont en outre relevé que l'assuré avait une perception nettement subjective de son état de santé et qu'il avait interrompu la prise en charge par la policlinique de médecine lorsqu'une évaluation par un psychiatre lui avait été proposée. Ils ont estimé l'incapacité de travail à 100% du 7 décembre 1999 au 30 avril 2000. Selon eux la capacité de travail pouvait être améliorée par des antidépresseurs à but antalgique ainsi qu'une évaluation, voire un suivi par un psychiatre. Compte tenu du fait que les compétences de l'assuré n’étaient plus à jour en raison de son inactivité prolongée, des mesures professionnelles étaient également indiquées, bien que ses capacités d’apprentissage soient très altérées par son état actuel. Ils n'ont pas vu de contre-indication dans la profession exercée jusqu'ici.
Dans un rapport daté du 16 août 2002, les Dresses C _ et D _ (HUG) ont fait état de douleurs dorso-lombaires chroniques depuis 1996 ayant des répercussions sur la capacité de travail de l’assuré et ont confirmé qu'il était en incapacité de travail à 100% depuis cette date. Elles ont précisé que depuis 1996, le patient se plaignait de douleurs lombaires et abdominales, ainsi que, depuis environ une année, de diarrhées aqueuses chroniques et vomissements. Elles ont préconisé des séances de physiothérapie ainsi que des analgésiques. Selon elles, l'état de santé de l'assuré était stationnaire et sa capacité de travail ne pouvait être améliorée par des mesures médicales. Des mesures professionnelles n'étaient pas indiquées non plus. L'activité habituelle n'était plus exigible en raison des douleurs dorsales déclenchées par la position assise notamment, et il y avait une diminution de rendement de 100%. Elles ont précisé que l'on ne pouvait exiger de l'assuré une autre activité, le patient se plaignant de douleurs continues, insupportables, se disant invalide, et que jusqu'à présent il avait été impossible d'entrer en matière quant à une prise en charge multidisciplinaire des douleurs.
L'OAI a diligenté une expertise psychiatrique qu'il a confiée au Dr E_. Dans son rapport établi le 3 décembre 2002, celui-ci a dit n’avoir pu déceler aucune pathologie psychiatrique évidente. A son sens, l'assuré était cohérent, il ne présentait pas de trouble de la pensée ni de trouble de la thymie, il n'était pas déprimé et ne formulait aucune plainte dans ce sens. Il se bornait à demander au médecin de croire que tout se limitait exclusivement à ses douleurs physiques ainsi qu’à ses médicaments et évitait toute autre discussion. L'expert a déclaré ne pouvoir déterminer l'impact des affections somatiques sur la capacité de travail, mais pencher vers une appréciation diagnostique de trouble somatoforme chronique avec un mécanisme d'accoutumance à cette condition. Le Dr E_ a exposé que l'assuré s’était décrit comme impotent et définitivement incapable de reprendre toute activité professionnelle ; toutefois, il n'y avait pas de pathologie psychiatrique qui permette de comprendre ce refus d'envisager une amélioration de sa condition de santé. Selon lui, il était impératif de procéder à une évaluation en milieu socioprofessionnel et cela pendant une période de trois mois, afin de déterminer avec précision quelles étaient les capacités de l'intéressé et comment on pourrait les adapter à une activité, fût-elle partielle, à l'avenir. Sur le plan psychique et mental, il a estimé que l'assuré montrait une attitude d'échec: il se trouvait trop vieux pour travailler mais ne considérait pas d'intermédiaire, comme une occupation partielle ou des essais en milieu socioprofessionnel. L'assuré avait dit ne plus pouvoir travailler en raison de son état physique, mais ceci était à objectiver selon l'expert. Quant à savoir si l'activité exercée jusqu'ici était encore exigible, le Dr E_ a souligné que si le travail de programmeur était dévalorisé de manière générale vu les progrès de l’informatique, une activité de consulting par exemple serait possible, même dans une modeste mesure.
L'OAI a confié un examen clinique bidisciplinaire aux Dresses F_, spécialiste en médecine physique et rééducation, et G_, spécialiste FMH en psychiatrie, médecins au SERVICE MÉDICAL RÉGIONAL DE L'AI (SMR). Dans leur rapport du 23 septembre 2003, ces médecins ont posé les diagnostics de trouble somatoforme indifférencié, sans comorbidité psychiatrique (F45.1), de lombalgies sur trouble de la statique, d'hernie intra-spongieuse au plateau inférieur D12 et d'arthrose inter-apophysaire L5-S1 débutante (M 54.05), ainsi que de stéatose hépatique. Elles ont constaté une discordance entre les plaintes de l'assuré et les données cliniques, les investigations radiologiques n'ayant pas fourni d'explications pour ces douleurs, ce qui évoquait le diagnostic de douleurs fonctionnelles. L'examen clinique psychiatrique n'avait pas montré de dépression majeure, de décompensation psychotique, d'anxiété généralisée, de trouble phobique, de trouble de la personnalité morbide, ou de limitation fonctionnelle psychiatrique. Aucune perturbation de l'environnement psychosocial n'était notée, malgré l'allégation par l'assuré de lourds handicaps. Il n'y avait pas de limitations fonctionnelles au plan psychique. Du point de vue rhumatologique, les limitations, liées aux troubles statiques, étaient les suivantes: pas de travail en position penchée, en avant ou en rotation du rachis ni port de charges supérieures à 20 kilos et en porte-à-faux. La capacité de travail était entière dans la profession d'informaticien pour autant que la position de travail soit ergonomique.
Par décision sur opposition du 17 février 2004, l'OAI a refusé l'octroi d'une rente d'invalidité en l'absence de toute invalidité, retenant que l'examen bidisciplinaire réalisé par le SMR devait se voir reconnaître une pleine valeur probante et que l'assuré n'avait amené aucun élément susceptible de remettre en cause les conclusions de cet examen.
Saisi d'un recours contre cette décision, le Tribunal cantonal des assurances sociales l'a rejeté par arrêt du 22 mars 2005 (
ATAS/208/2005
). Il a considéré en substance qu'un trouble somatoforme douloureux invalidant ne pouvait être retenu, et que l'examen réalisé par le SMR revêtait une pleine valeur probante. En l'absence d'autres éléments médicaux permettant de mettre en doute les conclusions des médecins du SMR et du Dr E_, c'est à bon droit que l'OAI avait refusé l'octroi d'une rente à l'assuré.
Le 9 juillet 2007, l'assuré a déposé une nouvelle demande de rente en invoquant une hernie discale et une maladie de Crohn.
Dans un rapport du 3 septembre 2007, la Dresse H_, cheffe de clinique au service de gastro-entérologie et hépatologie des HUG, a posé les diagnostics de douleurs dorsolombaires chroniques depuis dix ans et de maladie de Crohn iléo-colique depuis mars 2007. L'incapacité de travail en tant qu'information était totale depuis 1995. Elle a estimé la diminution de rendement de 50%, en raison des selles fréquentes. Elle a précisé qu'une autre activité était envisageable si elle s'exerçait à domicile avec des toilettes à disposition et la possibilité de s'absenter régulièrement de son poste de travail.
Dans leur rapport du 27 septembre 2007, les Drs I_ et J_ du département de médecine communautaire des HUG ont indiqué que l'état de l'assuré était stationnaire, son incapacité de travail étant complète depuis 1995.
Dans un courrier du 10 décembre 2007, le Dr K_, spécialiste FMH en gastro-entérologie et hépatologie, a précisé que la particularité du cas de l'assuré était que l'invalidité avait son origine essentiellement dans des douleurs anales insupportables. Celles-ci étaient consécutives à une fissure anale hyperalgique dont le lien de causalité avec la maladie de Crohn n'était pas absolument certain. De telles fissures constituaient souvent un problème chronique et réfractaire, dont la solution était occasionnellement chirurgicale, mais que les chirurgiens hésitent souvent à opérer en présence d'une maladie de Crohn par crainte des complications post-opératoires. En outre, l'assuré ressentait toutes ses plaintes dans le cadre d'un ancien trouble somatoforme, de sorte que les répercussions psychosociales de ses douleurs étaient bien plus graves que ne le laisseraient attendre les lésions.
Une expertise a été confiée aux Drs L_ et P_, médecins internistes, et aux Drs Q_ et R_, psychiatres auprès de la POLICLINIQUE MÉDICALE UNIVERSITAIRE du CENTRE HOSPITALIER UNIVERSITAIRE VAUDOIS (CHUV).
Dans leur rapport d'expertise daté du 19 juin 2008, les médecins ont retenu sur le plan somatique, les diagnostics suivants avec influence essentielle sur la capacité de travail : syndrome douloureux chronique de l'appareil moteur à prédominance lombaire d'origine indéterminée, épisode dépressif moyen avec syndrome somatique et maladie de Crohn iléo-colique et possiblement ano-périnéale évoluant depuis 2002. Ils ont précisé qu'ils n'avaient pas fait procéder à une nouvelle évaluation gastro-entérologique mais s'étaient fondés sur les examens du Dr K_ de décembre 2007, car la symptomatologie n’avait pas évolué.
Au plan psychiatrique, les experts ont diagnostiqué un épisode dépressif moyen avec syndrome somatique, étant précisé que ce trouble thymique n’était ni reconnu par l'assuré ni traité.
Dans une activité de type administratif, dans le domaine informatique par exemple, les médecins ont considéré que l'assuré restait a priori capable d'avoir une capacité de travail de l'ordre de 50%, pour autant qu'il bénéficie d'un encadrement spécifique pour lui permettre de la concrétiser, ce en tout cas depuis 2007, date de la découverte des nouveaux diagnostics somatiques. Le pronostic était défavorable en raison de l'importance et de la complexité de l'atteinte somatique et psychologique.
Le 16 septembre 2008, l'OAI a transmis à l'assuré un projet de décision aux termes duquel le droit à une demi-rente d'invalidité lui était reconnu dès le 1
er
janvier 2008.
L'assuré s'est opposé à ce projet par courrier du 17 octobre 2008. Il a reproché à l'OAI de ne pas tenir compte de ses douleurs rachidiennes et de ses douleurs diffuses somatomorphes et abdominales dans l'estimation de sa capacité de travail. Il a produit à cet égard un certificat du 16 octobre 2008 du Dr S_, médecin rhumatologue, faisant état de la maladie de Crohn et d'une lombalgie chronique, ayant des répercussions sur la capacité de travail et entraînant les limitations fonctionnelles suivantes: positions limitées à une heure assis, vingt minutes debout, pas de travail penché, à genoux ou comportant le port de charges.
Dans son avis du 30 octobre 2008, le Dr T_, spécialiste FMH en médecine générale auprès du SMR, a relevé que l'assuré ne souffrait pas d'un trouble somatoforme douloureux chronique puisque ses douleurs lombaires chroniques reposaient sur une atteinte organique, et que la maladie de Crohn était effectivement invalidante. Il a admis les limitations fonctionnelles établies par le Dr S_ en soulignant que ce dernier ne contenait aucun élément nouveau, et n'attestait en particulier pas d'une incapacité de travail totale. En conséquence, la capacité de travail de 50 % retenue restait valable.
Par décision du 3 décembre 2008, l'OAI a octroyé à l'assuré une demi-rente d'invalidité, assortie de rentes complémentaires pour enfants, à partir du 1
er
janvier 2008.
Dans un certificat du 17 décembre 2008, la Dresse H_ a indiqué que l'évolution de l'assuré sous traitement se faisait en dents de scie. Une incapacité de travail à 100% était justifiée jusqu'en mars 2008, date à laquelle l'assuré avait connu une certaine amélioration jusqu'en septembre 2008. Depuis lors, une nouvelle exacerbation des symptômes justifiait une incapacité de travail à 100%. Cette spécialiste a ajouté que la maladie de Crohn était particulièrement difficile à prendre en charge et nécessiterait une expertise par un autre gastro-entérologue.
L'assuré a interjeté recours le 16 janvier 2009 contre la décision de l'OAI, alléguant que ses souffrances physiques et psychiques continuaient malgré ses différents traitements et ses contrôles presque journaliers aux HUG, le rendant totalement invalide. Il a joint à son recours un certificat du Dr S_ du 15 décembre 2008, attestant d'une maladie de Crohn et d'une douleur arthrosique ancienne entraînant un syndrome dépressif réactionnel qui rendaient difficile toute orientation professionnelle. Il a également produit un rapport établi par les Dresses U_ et V_ du Département de médecine communautaire des HUG, faisant état de douleurs lombaires, d'arthrose au genou droit et d'une maladie de Crohn entraînant une incapacité de travail totale.
Le Dr K_ a indiqué dans son avis du 27 janvier 2009 que l'assuré présentait une maladie de Crohn iléale non sténosante et colique a minima, avec une fissure anale hyperalgique, ceci dans un contexte d'anamnèse imprécise, d'observance thérapeutique incomplète et surtout d'un syndrome somatoforme douloureux depuis environ 10 ans. L'activité inflammatoire de la maladie de Crohn était difficile à juger en raison des difficultés de l'anamnèse et de la contribution choléréique par dysfonction iléale étendue, mais entraînait un syndrome invalidant "d'obsession défécatoire" dans lequel les contributions somatique et fonctionnelle étaient difficiles à départager. Les plaintes anales étaient centrées autour d'un prurit péri-anal, avec une contribution liée à la fissure, qui cependant allait objectivement mieux. Il y avait un contexte d'asthénie d'origine incertaine et de plaintes ostéo-articulaires multiples, l'ensemble résultant d'un état de désespoir et d'incapacité complète de travail depuis de nombreuses années. Ce spécialiste a indiqué que l'assuré ressentait la récente décision de l'OAI comme très injuste, et la constellation physique et émotionnelle qui en découlait se répercutait tellement sur les plaintes somatiques qu'on pouvait admettre qu'aucune optimisation du traitement médicamenteux ne serait réellement à même de soulager ses symptômes et son vécu général tant qu'il n'aurait pas obtenu une rente complète.
Ces nouvelles pièces médicales ont été soumises au Dr T_ qui, dans deux notes des 28 janvier et 13 février 2009, a confirmé ses précédentes conclusions. S'agissant du rapport du Dr K_, il a relevé que celui-ci notait plutôt une amélioration de la maladie de Crohn et non une aggravation.
Se référant à ces avis du SMR, l'OAI a conclu au rejet du recours dans sa réponse du 26 février 2009.
Par arrêt du 9 juin 2009 (
ATAS/726/2009
), le Tribunal cantonal des assurances sociales a admis le recours de l'assuré et renvoyé la cause à l'OAI pour que ce dernier mette en œuvre une expertise gastro-entérologique. Il a en substance retenu que les experts mandatés par l'OAI avaient examiné l'assuré en juin 2008 alors que la maladie de Crohn se trouvait dans une phase d'amélioration, mais que l'état de l'assuré s'était à nouveau dégradé en septembre 2008, laissant penser que l'incapacité de travail pourrait être supérieure à 50 %. Le Tribunal a également souligné, s'agissant de la problématique thymique de l'assuré, que celui-ci devait se soumettre au traitement raisonnablement exigible pour la traiter, en vertu de son obligation de réduire le dommage.
Les Drs W_ et AA_ du Service de gastro-entérologie et d'hépatologie du CENTRE HOSPITALIER UNIVERSITAIRE VAUDOIS (CHUV) ont procédé à l'expertise de l'assuré, qu'ils ont examiné le 22 janvier et le 4 mars 2010. Dans leur rapport du 7 mai 2010, ils ont indiqué dans l'anamnèse qu'une coloscopie de contrôle effectuée en décembre 2009 avait montré une atteinte iléale importante avec des ulcères profonds ainsi qu'une ulcération de la valve. L'entéro-IRM du 26 janvier 2010 confirmait l'atteinte iléale terminale de 45 cm, ainsi qu'une seconde lésion de 10 cm située en amont. Ils ont relaté que l'assuré se plaignait de lombalgies basses avec raideurs matinales ainsi que de cervicalgies chroniques, soulagées par la position couchée. Il avait des diarrhées jusqu'à sept fois par jour, un ballonnement important et des douleurs abdominales localisées en fosse iliaque droite. L'assuré décrivait également une fatigue chronique dont l'impact sur les activités de la vie quotidienne était important, des vomissements post-prandiaux douze à quinze fois par mois, accompagnés de prodromes nauséeux. Il devait s'allonger environ une demi-heure après les repas pour éviter les vomissements. Il souffrait également de douleurs péri-anales et rectales de type brûlures constantes. Les médecins ont précisé qu'il était difficile de juger si ces douleurs correspondaient à la maladie inflammatoire puisqu'aucune lésion n'avait été objectivée. L'examen clinique était quasiment impossible, l'assuré refusant le toucher rectal en raison de ses douleurs. La fissure anale évoquée dans le passé semblait au décours. A l'issue de l'examen clinique, les experts ont posé les diagnostics suivants, en précisant qu'ils avaient des répercussions sur la capacité de travail: maladie de Crohn connue depuis 2007, actuellement en phase active et de localisation iléale, douleurs anales chroniques d'origine indéterminée, lombalgies basses chroniques depuis 2000. De plus, l'assuré souffrait d'un status après ulcère gastrique en 1979 et d'infection à l'helicobacter pylori éradiquée en avril 2002, ces atteintes étant sans incidence sur sa capacité de travail. Dans leur appréciation, les experts ont noté que la maladie de Crohn n'était pas contrôlée pour l'heure malgré le traitement immunosuppresseur. Elle se manifestait par des diarrhées, un ballonnement, des douleurs abdominales, une perte pondérale de 4 kg depuis 2003. Il était possible que les brûlures anales rentrent dans le cadre de la maladie de Crohn puisqu'une colonoscopie en 2007 avait montré une atteinte rectale. La fatigue chronique était également probablement en lien avec la maladie de Crohn. Le pronostic était délicat car la maladie se trouvait en phase active avec une intensification du traitement. Néanmoins, les plaintes de l'assuré étaient multiples et il était parfois difficile d'établir le lien de causalité entre celles-ci et la maladie de Crohn. En ce qui concernait la capacité de travail de l'assuré, les Drs W_ et AA_ ont indiqué qu'elle était limitée par la fatigue et les diarrhées chroniques. Ces dernières obligeaient l'assuré à se rendre fréquemment aux toilettes, ce qui était difficilement compatible avec une activité professionnelle. Les douleurs anales empêchaient la position assise prolongée. Au plan psychique et mental, les médecins ont relevé que les symptômes avaient une incidence sur l'humeur de l'assuré, qui avait eu des idées noires durant l'entretien. Enfin, le fait de devoir être en permanence à proximité de toilettes limitait la vie sociale de l'assuré. Les experts considéraient qu'il était difficile d'imaginer une activité professionnelle suivie, bien qu'une amélioration des symptômes digestifs sous traitement optimal fût imaginable. La fatigue pourrait également s'améliorer si la composante inflammatoire de la maladie était mieux contrôlée. Dans un tel cas, une reprise à temps partiel serait envisageable. L'activité d'informaticien était en revanche beaucoup trop exigeante. Une diminution de rendement de plus de 50 % était admise même dans le cadre d'une reprise du travail à un faible taux d'activité, en raison des absences fréquentes, de la fatigabilité, des douleurs chroniques et d'une baisse de concentration. Les experts ont retenu que l'incapacité de travail était totale depuis 2007. Des mesures de réadaptation professionnelle paraissaient difficilement envisageables même en cas de réponse positive de la maladie de Crohn à d'autres traitements plus agressifs, dans la mesure où elles n'avaient pas été possibles à l'époque où les douleurs lombaires étaient au premier plan. Aucune autre activité n'était exigible.
Le 2 septembre 2010, le Dr AB_, médecin au SMR, a considéré que l'expertise devait se voir reconnaître une pleine valeur probante. Si elle mettait en évidence une période aiguë de la maladie de Crohn, elle n'apportait pas d'élément à la faveur d'une affection durable perdurant malgré un traitement suffisant. Les limitations relevées par les experts n'étaient valables qu'en période aiguë, mais leur caractère durable n'était pas démontré. Le Dr AB_ s'est également interrogé sur la compliance de l'assuré, dont l'évolution en dents de scie pourrait être expliquée par une prise médicamenteuse irrégulière. Dans ces circonstances, les conclusions du rapport du SMR du 7 juillet 2008 restaient valables.
Le 6 octobre 2010, l'OAI a adressé un projet de décision octroyant une demi-rente à l'assuré dès le 1
er
janvier 2008, en retenant que celui-ci disposait depuis le 1
er
janvier 2007 d'une capacité de travail réduite à 50 %, conformément aux conclusions du SMR.
L'assuré a contesté le projet de décision, insistant sur son invalidité complète reconnue par les experts et sur la lourdeur de son traitement médicamenteux. Il a joint à son envoi un certificat de la Dresse H_ du 4 décembre 2007 indiquant qu'il suivait un régime diététique, des copies de ses ordonnances ainsi que le relevé du nombre de fois où il était allé à selles en juillet 2010.
Dans son rapport du 20 octobre 2010, la Dresse H_ s'est ralliée aux conclusions des experts s'agissant de la capacité de travail de l'assuré. Elle s'est déclarée surprise par l'affirmation du Dr AB_ selon laquelle l'assuré souffrait de la maladie de Crohn dans une phase aiguë, sans affection durable perdurant malgré le traitement. Elle a souligné que la maladie n'était pas en phase aiguë puisqu'elle persistait malgré un traitement immunosuppresseur, accompagnée d'un syndrome rectal douloureux qui ne laissait présager aucune amélioration de la capacité de travail de l'assuré dans le contexte d'anxiété chronique dont il souffrait.
Dans son avis du 22 novembre 2010, le Dr AB_ a indiqué que la liste des médicaments prescrits n'amenait aucun élément nouveau. Sur le point de savoir si la maladie se trouvait dans une phase aiguë, il a indiqué se référer à l'expertise des médecins du CHUV faite en période de crise et sans traitement de fond. En conclusion, le Dr AB_ a maintenu qu'aucun élément à la faveur d'une affection ayant des répercussions durables sur la capacité de travail de l'assuré ne pouvait être retenu.
Dans un rapport du 9 décembre 2010, le Dr K_ a communiqué son appréciation de la capacité de travail de l'assuré à l'OAI. Il a souligné que l'activité de la maladie de Crohn était chronique malgré un traitement très bien conduit, et que l'assuré souffrait également d'une fissure anale hyperalgique. La symptomatologie actuelle était extrêmement invalidante puisque l'assuré avait jusqu'à six évacuations quotidiennes de selles particulièrement impérieuses, le forçant à se trouver en permanence à proximité de lieux d'aisance sous peine d'incontinence fécale très grave. Il ne pouvait ainsi exercer aucune activité soutenue. Il ressentait de plus des douleurs anales extrêmement intenses après chaque passage à selles. L'introduction d'un traitement anti-TNF alpha n'avait pas été tentée, mais l'évolution générale des symptômes dans le cadre des autres traitements ne permettait pas d'espérer qu'un tel médicament amènerait une amélioration. Le Dr K_ a relevé que la reprise par l'assuré de son activité professionnelle d'analyste programmeur requerrait un effort très important de mise à jour de ses connaissances, que son état de santé l'empêchait de fournir. A l'instar de sa consœur la Dresse H_ et des experts du CHUV, ce praticien a conclu à une incapacité de travail totale de l'assuré. Il a ajouté que l'aspect psychiatrique du cas de l'assuré était sous-estimé, celui-ci étant tombé dans un état dépressif assez profond qu'il peinait toutefois à admettre.
Par décision du 10 février 2011, l'OAI a confirmé la teneur de son projet.
Par écriture du 17 février 2011, l'assuré (ci-après le recourant) a interjeté recours contre la décision de l'OAI (ci-après intimé). Il conclut, sous suite de dépens, à l'octroi d'une rente entière d'invalidité dès le 1
er
juillet 2006, et subsidiairement au calcul de son taux d'invalidité après avoir déterminé les activités professionnelles encore exigibles. Il allègue que l'expertise réalisée par le CHUV et les avis rédigés par le Dr AB_ ne tiennent compte que de ses atteintes gastro-entérologiques, bien qu'il souffre également des deux genoux et de la hanche, ainsi que d'importantes pathologies lombaires objectivées, qui ont également des répercussions sur sa capacité de travail. Il conteste les avis du Dr AB_, en alléguant qu'il n'y a pas lieu de s'écarter sans motif pertinent des conclusions d'une expertise et que l'appréciation différente du cas par le médecin du SMR ne constitue pas un tel motif. Le recourant soutient que le caractère durable de son atteinte est démontré, et que les experts ont estimé que le traitement prodigué était suffisant. Les Drs H_ et K_ se sont prononcés sur le caractère adéquat du traitement, et l'avis du Dr AB_, qui ne justifie pas d'une spécialisation en gastro-entérologie, n'est dès lors pas pertinent. Le recourant relève au demeurant qu'il ne saurait être tenu pour responsable de l'inadéquation du traitement prodigué. S'agissant de l'activité exigible, le recourant rappelle les contraintes de sa maladie, et le fait que ses connaissances professionnelles sont dépassées. Une reprise de l'activité d'analyste-programmeur est partant impossible, et les activités envisageables n'ont pas été déterminées. Selon le recourant, aucun employeur n'engagerait une personne présentant ses limitations fonctionnelles. Le recourant reproche également à l'intimé de lui avoir reconnu une capacité de travail de 50 % dans son activité antérieure sans comparaison des revenus et sans procéder à une réduction du salaire, compte tenu notamment de sa baisse de rendement, de son âge et de ses limitations. S'agissant du début du droit à la rente, le recourant soutient qu'il souffrait de la maladie de Crohn bien avant qu'elle ne soit diagnostiquée, puisqu'il avait des douleurs abdominales depuis plusieurs années. Partant, la rente doit être versée douze mois avant le dépôt de sa demande, soit dès le 1
er
juillet 2006.
Le Dr AB_, dans son avis du 28 mars 2011, a maintenu que le recourant disposait d'une capacité de travail de 50 % depuis le début 2007, en considérant que l'expertise gastro-entérologique des médecins du CHUV avait été faite dans une période de crise sans traitement de fond.
Dans sa réponse du 16 mai 2011, l'intimé a conclu au rejet du recours. Il allègue que l'évaluation par les experts du CHUV a eu lieu en phase active de la maladie et n'est ainsi pas déterminante, d'autant plus que ces experts ont indiqué que la situation pourrait s'améliorer sous traitement optimal. Par ailleurs, il conteste que l'évaluation par le SMR ne tienne compte des seules atteintes gastro-entérologiques, puisque les limitations fonctionnelles retenues excluent le port de charges, la marche prolongée et imposent des changements de position fréquents.
Par réplique du 24 mai 2011, le recourant a persisté dans ses conclusions. Il fait grief à l'intimé d'écarter les conclusions des spécialistes en gastro-entérologie et rappelle que les problèmes de genoux et de hanche n'ont pas été évoqués dans le rapport d'expertise. Il reproche de surcroît à l'intimé de ne pas avoir déterminé quelles activités étaient exigibles.
L'intimé, dans son courrier du 22 juin 2011, a persisté dans ses conclusions en renvoyant à l'argumentation développée dans sa réponse du 16 mai 2011.
Copie de cette écriture a été adressée au recourant le 24 juin 2011.
Sur ce, la cause a été gardée à juger.

EN DROIT
Conformément à l'art. 134 al. 1 let. a ch. 2 de la loi sur l'organisation judiciaire du 26 septembre 2010 (LOJ; RS
E 2 05
) en vigueur dès le 1
er
janvier 2011, la Chambre des assurances sociales de la Cour de justice connaît, en instance unique, des contestations prévues à l'art. 56 de la loi fédérale sur la partie générale du droit des assurances sociales du 6 octobre 2000 (LPGA;
RS 830.1
) relatives à la loi fédérale sur l’assurance-invalidité du 19 juin 1959 (LAI;
RS 831.20
).
Sa compétence pour juger du cas d’espèce est ainsi établie.
La LPGA est entrée en vigueur le 1
er
janvier 2003, est applicable.
S'agissant des modifications de la LAI du 6 octobre 2006 (5
ème
révision de la LAI), entrées en vigueur le 1
er
janvier 2008, elles sont à prendre en considération pour déterminer les prestations dès cette date dans la mesure de leur pertinence, eu égard au principe selon lequel les règles applicables sont celles en vigueur au moment de la réalisation de l'état de fait dont les conséquences juridiques font l'objet de la décision (ATF
129 V 1
, consid. 1.2).
Le recours ayant été interjeté dans les forme et délai prévus par la loi, il est recevable (art. 56 ss LPGA).
Le litige porte sur le droit du recourant à une rente d’invalidité, singulièrement sur son degré d’invalidité et le début du droit à une rente.
Aux termes de l’art. 8 al. 1
er
LPGA, est réputée invalidité l’incapacité de gain totale ou partielle qui est présumée permanente ou de longue durée. Selon l'art. 6 LPGA, est réputée incapacité de travail toute perte, totale ou partielle, de l'aptitude de l'assuré à accomplir dans sa profession ou son domaine d'activité le travail qui peut raisonnablement être exigé de lui, si cette perte résulte d'une atteinte à sa santé physique, mentale ou psychique. En cas d'incapacité de travail de longue durée, l'activité qui peut être exigée de lui peut aussi relever d'une autre profession ou d'un autre domaine d'activité. En vertu de l'art. 7 LPGA, est réputée incapacité de gain toute diminution de l'ensemble ou d'une partie des possibilités de gain de l'assuré sur un marché du travail équilibré dans son domaine d'activité, si cette diminution résulte d'une atteinte à sa santé physique, mentale ou psychique et qu'elle persiste après les traitements et les mesures de réadaptation exigibles. Pour évaluer le taux d'invalidité, le revenu que l'assuré aurait pu obtenir s'il n'était pas invalide est comparé avec celui qu'il pourrait obtenir en exerçant l'activité qui peut raisonnablement être exigée de lui après les traitements et les mesures de réadaptation, sur un marché du travail équilibré (art. 16 LPGA et art. 28 al. 2 LAI).
En vertu de l’art. 28 al. 1
er
LAI, l’assuré a droit à une rente d’invalidité aux conditions suivantes : sa capacité de gain ou sa capacité d’accomplir ses travaux habituels ne peut pas être rétablie, maintenue ou améliorée par des mesures de réadaptation raisonnablement exigibles (let. a); il a présenté une incapacité de travail (art. 6 LPGA) d’au moins 40% en moyenne durant une année sans interruption notable (let. b); au terme de cette année, il est invalide (art. 8 LPGA) à 40% au moins (let. c). L’art. 28 al. 2 LAI dispose que l’assuré a droit à une rente entière s’il est invalide à 70% au moins, à trois quarts de rente s’il est invalide à 60% au moins, à une demi-rente s’il est invalide à 50% au moins ou à un quart de rente s’il est invalide à 40% au moins.
a) Pour pouvoir calculer le degré d'invalidité, l'administration ou l'instance de recours a besoin de documents que le médecin ou d'autres spécialistes doivent lui fournir. La tâche du médecin consiste à porter un jugement sur l'état de santé et à indiquer dans quelle mesure et pour quelles activités l'assuré est incapable de travailler. En outre, les données médicales constituent un élément utile pour déterminer quels travaux on peut encore, raisonnablement, exiger de l'assuré (ATF
125 V 256
, consid. 4; ATF
115 V 133
, consid. 2).
b) Selon le principe de libre appréciation des preuves, pleinement valable en procédure judiciaire de recours dans le domaine des assurances sociales (cf. art. 61 let. c LPGA), le juge n’est pas lié par des règles formelles, mais doit examiner de manière objective tous les moyens de preuve, quelle qu’en soit la provenance, puis décider si les documents à disposition permettent de porter un jugement valable sur le droit litigieux. En cas de rapports médicaux contradictoires, le juge ne peut trancher l’affaire sans apprécier l’ensemble des preuves et sans indiquer les raisons pour lesquelles il se fonde sur une opinion médicale et non pas sur une autre. L’élément déterminant pour la valeur probante d’un rapport médical n’est ni son origine, ni sa désignation, mais son contenu. À cet égard, il convient que les points litigieux importants aient fait l’objet d’une étude fouillée, que le rapport se fonde sur des examens complets, qu’il prenne également en considération les plaintes exprimées, qu’il ait été établi en pleine connaissance du dossier (anamnèse), que la description des interférences médicales soit claire et enfin que les conclusions de l’expert soient bien motivées (ATF
125 V 351
, consid. 3; ATF
122 V 157
, consid. 1c).
c) Sans remettre en cause le principe de la libre appréciation des preuves, le Tribunal fédéral a posé des lignes directrices en ce qui concerne la manière d'apprécier certains types d'expertises ou de rapports médicaux. Ainsi, lorsqu'au stade de la procédure administrative, une expertise confiée à un médecin indépendant est établie par un spécialiste reconnu, sur la base d'observations approfondies et d'investigations complètes, ainsi qu'en pleine connaissance du dossier, et que l'expert aboutit à des résultats convaincants, le juge ne saurait les écarter aussi longtemps qu'aucun indice concret ne permet de douter de leur bien-fondé (ATF
125 V 351
, consid. 3b/bb).
d) S'agissant de la valeur probante des rapports établis par les médecins traitants, le juge peut et doit tenir compte du fait que, selon l'expérience, le médecin traitant est généralement enclin, en cas de doute, à prendre parti pour son patient en raison de la relation de confiance qui l'unit à ce dernier. Ainsi, la jurisprudence accorde plus de poids aux constatations faites par un spécialiste qu'à l'appréciation de l'incapacité de travail par le médecin de famille (ATF
125 V 351
, consid. 3b/cc et les références). Au surplus, on ne saurait remettre en cause une expertise ordonnée par l'administration ou un juge et procéder à de nouvelles investigations du seul fait qu'un ou plusieurs médecins traitants ont une opinion contradictoire. Il n'en va différemment que si ces médecins font état d'éléments objectivement vérifiables ayant été ignorés dans le cadre de l'expertise et qui sont suffisamment pertinents pour remettre en cause les conclusions de l'expert (ATF
9C_405/2008
du 29 septembre 2008, consid. 3.2).
En l'espèce, l'expertise réalisée par les Drs W_ et AA_ satisfait aux réquisits jurisprudentiels développés ci-dessus. Elle a en effet été établie en parfaite connaissance du dossier médical du recourant, contient une anamnèse, repose sur l'examen clinique de l'assuré dont elle relate les plaintes subjectives, et ses conclusions sont claires et motivées.
Les appréciations différentes du Dr AB_ ne permettent pas de remettre en cause ces conclusions. On notera d'ailleurs que ce médecin admet lui-même que l'expertise doit se voir reconnaître une pleine valeur probante. On comprend dès lors mal pour quels motifs il s'en écarte. Il considère que les conclusions de l'expertise ne seraient pas valables au motif que celle-ci aurait été réalisée en période de crise et sans traitement tombe à faux. Or, en premier lieu, il sied de souligner que cette appréciation du Dr AB_ est contestée par la Dresse H_, dont les explications du 20 octobre 2010 sont parfaitement convaincantes, ainsi que par le Dr K_ qui a souligné l'adéquation du traitement médicamenteux. De plus, même à supposer que tel ait été le cas, la maladie de Crohn dont est atteint le recourant semble évoluer par phases lors desquelles les symptômes sont plus ou moins exacerbés, ce qui a d'ailleurs conduit le Tribunal cantonal des assurances sociales à renvoyer le dossier à l'intimé pour expertise dans son arrêt du 9 juin 2009. Dans ces conditions, il ne serait pas admissible de calculer le degré d'invalidité en se fondant uniquement sur la capacité de travail qu'a présentée le recourant lors d'une phase d'accalmie de sa maladie. Il y a lieu d'ajouter qu'une éventuelle amélioration de l'état de santé du recourant pourrait être prise en compte dans le cadre d'une éventuelle révision. On peine en outre à comprendre que le Dr AB_ nie le caractère durable de l'atteinte, alors que le SMR, soit le Dr T_, a admis une incapacité de travail de 50 % en se fondant essentiellement sur cette pathologie dans ses avis des 30 octobre 2008, 28 janvier et 13 février 2009, et que cette maladie est chronique, comme le rappelle le Dr K_ dans son rapport du 9 décembre 2010. Par surabondance, on relèvera que les experts et des médecins traitants sont unanimes sur l'incapacité de travail totale du recourant. L'opinion du Dr AB_ étant isolée et ce médecin ne disposant pas d'une formation spécialisée en gastro-entérologie, contrairement aux autres praticiens et experts, on ne peut s'y rallier.
Compte tenu de ce qui précède, la Cour de céans ne s'écartera pas des conclusions de l'expertise et admettra que le recourant est totalement incapable de travailler depuis janvier 2007. En effet, si les experts du CHUV se sont contentés d'indiquer que le recourant subit une incapacité de travail "dès 2007", il faut comprendre que cette incapacité a débuté en janvier 2007 et perduré par la suite. C'est d'ailleurs à la même conclusion que l'intimé est parvenu.
Le recourant conclut à l'octroi d'une rente dès le 1
er
juillet 2006, soit une année avant le dépôt de sa demande de rente, arguant du fait qu'il souffrait de la maladie de Crohn avant qu'elle ne soit découverte.
A cet égard, il convient de rappeler que le juge des assurances sociales fonde sa décision, sauf dispositions contraires de la loi, sur les faits qui, faute d’être établis de manière irréfutable, apparaissent comme les plus vraisemblables, c’est-à-dire qui présentent un degré de vraisemblance prépondérante. Il ne suffit donc pas qu’un fait puisse être considéré seulement comme une hypothèse possible. Parmi tous les éléments de fait allégués ou envisageables, le juge doit, le cas échéant, retenir ceux qui lui paraissent les plus probables (ATF
126 V 353
, consid. 5b; ATF
125 V 193
, consid. 2). Aussi n'existe-t-il pas, en droit des assurances sociales, un principe selon lequel l'administration ou le juge devrait statuer, dans le doute, en faveur de l'assuré et le défaut de preuve va au détriment de la partie qui entendait tirer un droit du fait non prouvé (ATF I 339/03 du 19 novembre 2003, consid. 2; ATF 126 V 319, consid. 5a).
S'il est probablement fréquent qu'un temps de latence de quelques semaines ou quelques mois existe entre l'apparition d'une maladie et le moment auquel elle est diagnostiquée, cela ne suffit pas en l'espèce à démontrer au degré de la vraisemblance prépondérante que le recourant était déjà atteint de la maladie de Crohn en juillet 2006. On rappelle en effet que la Dresse H_ a fait état de cette pathologie pour la première fois dans son rapport du mois de septembre 2007, en indiquant qu'elle existait depuis mars de la même année, et qu'aucun des nombreux médecins consultés auparavant par le recourant ne l'a diagnostiquée. Par ailleurs, ce n'est pas la survenance d'une maladie en tant que telle qui fonde un droit à une rente d'invalidité, mais bien ses répercussions sur la capacité de travail. A cet égard, les experts sont clairs, et considèrent que c'est depuis 2007 que le recourant n'est plus à même d'exercer une activité.
En l’espèce, la demande a été déposée le 2 juillet 2007. Jusqu'au 31 décembre 2007, l'invalidité était réputée survenue au moment où le droit à la rente prenait naissance, conformément à l’art. 29 al. 1
er
aLAI, soit dès que l’assuré présentait une incapacité de gain durable de 40% au moins (variante A) ou dès qu’il avait présenté, en moyenne, une incapacité de travail de 40% au moins pendant une année sans interruption notable (variante B), mais au plus tôt le premier jour du mois qui suit le dix-huitième anniversaire de l’assuré. La variante A présupposait une invalidité permanente, soit une atteinte à la santé en bonne partie stabilisée, et essentiellement irréversible (Jean-Louis DUC; L'assurance-invalidité,
in
: Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht [SBVR]; ATF
111 V 21
, consid. 2a). Il est patent que dans le cas du recourant, la maladie de Crohn ne constituait pas une invalidité permanente et stabilisée lors de son diagnostic en 2007, de sorte que c'est la variante B, prévoyant une période de carence d'une année, qui est applicable à son cas. Partant, c'est bien après un délai d'une année, soit dès le 1
er
janvier 2008, que naît le droit à la rente du recourant.
Eu égard à ce qui précède, le recours doit être partiellement admis en ce sens que le recourant a droit à une rente entière depuis le 1
er
janvier 2008.
Le recourant, qui obtient partiellement gain de cause, à droit à une indemnité de dépens qu'il convient de fixer à 2'000 fr (art. 61 let. g LPGA). Elle sera versée par l'intimé, qui supporte également l'émolument de justice de 1'000 fr. (art. 69 al. 1
bis
LAI).