Decision ID: 57176e3f-9bbd-4380-bcc8-331cbfb17abe
Year: 2007
Language: fr
Court: VD_TC
Chamber: VD_TC_031
Canton: VD
Region: Région lémanique
Law Area: public_law

Vu les faits suivants
A. A._ est le président du conseil d’administration de 2a.******** S.A. (ci-après: 2a.********), dont le siège est à 3.******** et qui déploie son activité dans le nettoyage industriel et professionnel. 2b.******** S.A. (ci-après: 2b.********), dont le siège est également à 3.********, détient la totalité du capital de 2a.********. A._, à raison de 75% (soit 38 actions), et 2c.******** (ci-après: 2c.********), établissement sis à 4.********, à raison de 25%, détiennent le capital-actions de 2b.********, dont le directeur est A._. Le père de celui-ci, B._, avait fondé la société 2d._ S.A. Il en avait vendu le capital, dans les années 1970, à 2c.********, laquelle en avait fait l’apport à 2b.********, lors de la constitution de celle-ci, en 1982. Depuis 1979, A._ gérait les affaires de son père, décédé en 1986. Domicilié à 3.******** dès 1983, il s’est installé à 1.******** à la fin de 1990.
B. Dans sa déclaration d’impôt adressée à l’administration fiscale du canton de Genève pour 1990, A._ avait fait état d’une fortune nette totale de 443'910 fr. Dans la déclaration adressée aux autorités vaudoises pour la période 1991-1992, il a fait état d’une fortune imposable de 7'260'000 fr. au 1er janvier 1991. Interpellé su sujet de cette forte augmentation par l’Administration cantonale des impôts (ci-après: l’ACI), A._ a expliqué qu’elle provenait de la succession de son père. Celui-ci aurait, de son vivant, remis un patrimoine en fidéicommis à C._, ami et homme de confiance, avec l’instruction de transmettre à A._, quatre ans après le décès de son père, 38 actions de 2b.********, un montant de 3'000'000 fr. , sous la forme d’une créance correspondant à la partie d’un prêt chirographaire accordé par 2c.******** à 2b.********, ainsi qu’un montant de 4'000'000 fr. en espèces. Ces biens devaient être remis à A._ par l’entremise de 2c.********. A titre de preuve, A._ a produit une lettre datée du 2 septembre 1990 et signée par C._, domicilié à 5.******** et prétendu ayant droit de 2c.********.
Le 27 février 1998, l’ACI a rendu deux décisions séparées, l’une portant sur l’impôt cantonal et communal, l’autre sur l’impôt fédéral direct, relativement aux périodes 1991-1992, 1993-1994 et 1995-1996. Elle a retenu la soustraction fiscale, en considérant que, contrairement à ses allégations, A._ détiendrait la totalité du capital-actions de 2b.******** et serait le seul titulaire du prêt chirographaire inscrit au passif du bilan de cette société. L’ACI a dès lors repris, au titre des revenus et de la fortune, le compte intitulé «créanciers chirographaires», 50 actions de 2b.********, ainsi que la totalité des intérêts versés entre 1991 et 1994 par 2b.******** à 2c.********. S’agissant de l’impôt cantonal et communal, les rappels d’impôt et prononcés d’amende pour les périodes considérées se sont élevés au montant total de 664'994,70 fr. Pour l’impôt fédéral direct, ce montant total des rappels d’impôt et amendes est de 345'734 fr.
C. A._ a recouru contre la décision du 27 février 1998 concernant l’impôt cantonal et communal (cause FI.1998.0047). Par arrêt du 20 août 2002, le Tribunal administratif, statuant dans une section présidée par le Juge Jacques Giroud, a rejeté le recours et confirmé la décision attaquée. Il a considéré, en bref, que le recourant n’avait pas prouvé ne pas être le véritable ayant droit de 2c.********, de sorte que l’ACI pouvait retenir que les actifs litigieux, non déclarés, se trouvaient effectivement dans la sphère de disposition du recourant. Par arrêt du 7 avril 2003, le Tribunal fédéral a déclaré irrecevable le recours de droit administratif et rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, le recours de droit public formés par A._ contre l’arrêt du 20 août 2002 (causes 2P.215/2002 et 2A.479/2002).
D. Le 14 mars 2003, A._ a recouru contre la décision de l’ACI du 11 février 2003, rejetant la réclamation qu’il avait formée contre la décision du 27 février 1998 relative à l’impôt fédéral direct. L’instruction de cette cause (FI.2003.0022) a été confiée au Juge Jacques Giroud.
E. Le 18 août 2003, l’ACI a ouvert une nouvelle procédure pour soustraction fiscale à l’encontre d’A._. Elle s’est fondée sur les mêmes motifs que ceux évoqués dans la décision du 27 février 1998, mais en étendant leur application aux périodes 1997-1998, 1999-2000 et 2001-2002. L’ACI a retenu en outre que le prêt accordé à 2b.******** n’avait produit aucun rendement entre 1996 et 1998, à raison des mauvais résultats de la filiale suisse de la holding. Les abandons de créance d’intérêts consentis par le contribuable à 2b.******** devaient être considérés comme des apports dissimulés à la société et ajoutés au revenu imposable de l’actionnaire.
Le 21 mars 2005, l’ACI a rendu une décision de taxation définitive, rappels d’impôt et prononcé d’amendes, à l’encontre d’A._, pour les périodes 1999-2000 et 2001-2002, s’agissant de l’impôt cantonal et communal, et pour les périodes 1997-1998, 1999-2000 et 2001-2002, s’agissant de l’impôt fédéral direct. Les rappels relatifs à l’impôt cantonal et communal atteignent le montant total de 555'389,10 fr. (414'054,60 fr. au titre du revenu et 141'334,50 fr. au titre de la fortune). En matière d’impôt fédéral direct, l’ACI a fixé le rappel pour l’imposition du revenu à 298'594 fr. Elle a infligé à A._ une amende d’un montant total de 118'700 fr., relativement à la soustraction de l’impôt cantonal et communal, et de 55'000 fr., relativement à l’impôt fédéral direct. Les reprises dans le revenu (Annexe I) concernent la partie des intérêts chirographaires et débiteurs non déclarés sur les comptes courants intitulés «Créanciers actionnaires» figurant dans la comptabilité de 2b.******** (rubriques 1.01 et 1.02), les intérêts créanciers produits par ce prêt (rubrique 2.01), des déductions non admises pour les frais de transports et les intérêts des capitaux de l’épargne (rubriques 2.02 et 2.03), la valeur locative (rubriques 2.04 et 2.05), ainsi que les frais d’entretien d’immeubles (rubriques 2.06 et 2.07). Les reprises relatives à la fortune (Annexe Ia) portent sur la valeur fiscale des 50 actions de 2b.********, sous déduction de la valeur nominale de 38 actions 2b.******** déclarée (rubriques 1.01 et 1.02), sur la partie du prêt non-déclaré consenti à cette société (rubriques 1.03 et 1.04), ainsi que sur une déduction non admise (rubrique 2.01).
Le 20 avril 2005, A._ a élevé une réclamation contre la décision du 21 mars 2005, dont il a contesté tous les éléments. Il s’est notamment prévalu de ce que la taxation de 2b.********, pour les périodes 1996 à 1998, était entrée en force. S’agissant des intérêts dus à raison du prêt, A._ a exposé qu’ils avaient été comptabilisés en 1996, 1997 et 1998, puis extournés à la date du bouclement, afin d’éviter le surendettement de la société. Il a également contesté la valeur fiscale retenue pour les actions de 2b.********.
Le 25 novembre 2005, l’ACI a rejeté la réclamation. Se référant aux décisions antérieures, elle a retenu que A._ détenait les 50 actions du capital de 2b.********. Elle a considéré comme apport dissimulé la renonciation aux intérêts par A._. Quant au montant des amendes, il devait être confirmé.
F. A._ a recouru en concluant principalement à l’annulation de la décision, subsidiairement à son annulation et au renvoi de l’affaire à l’ACI (cause FI.2006.0001). Il conteste être le seul actionnaire de 2b.******** et de la créance chirographaire figurant au passif du bilan de cette société, et l’ayant droit de 2c.********. Il soutient en outre que les comptes de 2b.********, opposables au fisc, ne mentionneraient pas d’intérêts créanciers en sa faveur, car extournés. Il a contesté les amendes. A titre subsidiaire, il a fait valoir que seule une faute légère (et non point moyenne) pourrait lui être reprochée. L’ACI propose l’admission partielle du recours, dans le sens de renoncer à l’amende infligée sur la différence existant entre la valeur nominale et la valeur fiscale de 38 actions de 2b.********. S’agissant de l’impôt cantonal et communal, la fortune imposable devrait partant être fixée à 11'890'000 fr. pour la période 1999-2000 et le montant de l’amende pour la période 2001-2002 arrêté à 101'800 fr. L’ACI a convenu que la renonciation par le recourant de sa créance contre 2b.******** ne pouvait être considérée comme un apport dissimulé. La reprise devait cependant être confirmée, mais pour un autre motif : le procédé consistant à comptabiliser les intérêts, puis à les extourner en fin d’exercice, reviendrait à abandonner la créance; cela ne changerait rien au fait que le montant des intérêts était entré dans le revenu du recourant. Dans le cadre d’un second échange d’écritures, les parties ont maintenu leurs conclusions.
G. A la suite d’une redistribution interne des dossiers, le nouveau juge instructeur a, le 7 mars 2006, repris les causes FI.2003.0022 et FI.2006.0001, qu’il a jointes. Le 11 septembre 2006, le recourant a accepté que le tribunal statue simultanément sur les rappels d’impôt et les prononcés d’amendes.
H. Le Tribunal a délibéré à huis clos.

Considérant en droit
1. a) Le litige porte, d’une part, sur les rappels d’impôt et prononcés d’amendes, relatifs à l’impôt fédéral direct pour les périodes 1991-1992 et 1993-1994, selon la décision rendue par l’ACI le 27 février 1998 (cause FI.2003.0022). Il a trait, d’autre part, aux rappels d’impôt et prononcés d’amendes, relatifs à l’impôt cantonal et communal sur le revenu et la fortune pour les périodes 1999-2000 et 2001-2002, ainsi qu’aux rappels d’impôt et prononcés d’amendes, relatifs à l’impôt fédéral direct pour les périodes 1997-1998, 1999-2000 et 2001-2002, selon la décision rendue par l’ACI le 25 novembre 2005. Compte tenu du fait que les parties sont les mêmes et les problèmes à résoudre connexes, il se justifie de joindre les procédures et de statuer par un seul arrêt. A l’instar de l’ACI, et comme la jurisprudence lui permet de le faire, le Tribunal tranchera les recours aussi bien pour ce qui concerne l’impôt cantonal et communal, d’une part, et l’impôt fédéral direct, d’autre part (ATF 131 II 553 consid. 4.2 p. 559; 130 II 509 consid. 8.3 p. 511).
b) En tant qu’il protège le droit de l’accusé de ne pas s’incriminer lui-même (selon l’adage «nemo tenetur se ipsum accusare vel procedere»), l’art. 6 CEDH s’applique à la procédure fiscale de caractère pénal; en revanche, le contentieux qui se rapporte à la taxation fiscale n’entre pas dans le champ d’application de cette disposition; partant, la maxime précitée ne vaut pas dans ce domaine (arrêts de la Cour européenne des droits de l’homme Ferrazzini c. Italie du 12 juillet 2001, Recueil 2001-VII p. 327, par. 29, et J.B. c. Suisse du 3 mai 2001, Recueil 2001-III p. 455 ; ATF 132 I 140 consid. 2.1 p. 145/146; 121 II 257 consid. 4b p. 264, et les références citées; ATF 2P.34 et 2A.67/2004 du 17 février 2005, consid. 4.2). Afin d’éviter que les renseignements obtenus dans la procédure de taxation – à laquelle le contribuable a le devoir de collaborer – ne soient utilisés pour les besoins de la procédure pénale dans laquelle l’accusé a le droit de se taire, le Tribunal statuait en deux étapes: il rendait un arrêt partiel sur la taxation, avant de se prononcer, par un arrêt séparé, sur les amendes (cf. arrêts FI.2005.0191, consid. 2; FI.2005.0206 du 12 juin 2006, consid. 1; FI.2004.0038 du 18 avril 2006, consid. 1a; FI.2005.0003 du 21 juin 2005). Le 17 juillet 2006, la Chambre fiscale du Tribunal a estimé que, pour des motifs liés à l’économie de la procédure, il convenait toutefois de laisser au contribuable le choix d’opter soit pour une procédure unifiée (dans laquelle le Tribunal, dans la même composition, statue à la fois sur la taxation et les amendes), soit pour une procédure séparée. Averti de cette possibilité, le recourant a expressément consenti, le 11 septembre 2006, que la procédure soit conduite de manière unifiée, raison pour laquelle le Tribunal rendra un seul arrêt sur les rappels d’impôt et les prononcés d’amende.
c) S’agissant de l’impôt cantonal et communal, la loi sur les impôts directs cantonaux, du 4 juillet 2000 (LI; RSV 642.11) a abrogé la loi homonyme, du 26 novembre 1956 (aLI), dès son entrée en vigueur le 1er janvier 2001 (art. 278 et 279 LI). Pour la période 1999-2000, cette matière est régie par l’ancienne loi, par la nouvelle pour la période 2001-2002. S’agissant de l’impôt fédéral direct, la loi fédérale y relative, du 14 décembre 1990 (LIFD; RS 642.11) a abrogé l’arrêté du Conseil fédéral concernant la perception d’un impôt fédéral direct, du 9 décembre 1940 – AIFD (art. 201 LIFD), dès son entrée en vigueur le 1er janvier 1995. Pour les périodes 1991-1992 et 1993-1994, cette matière est régie par l’ancien droit, par le nouveau pour les périodes 1997-1998, 1999-2000 et 2001-2002.
2. a) Le droit de commencer la taxation s’éteint trois ans après la clôture de la période de taxation (art. 98 AIFD). La taxation est introduite par le premier acte de l’autorité portant sur la taxation du contribuable, en règle générale par la notification du formulaire de déclaration (ATF 2A.407/1993 du 17 juillet 1995, consid. 2; ATF du 23 mai 1986, reproduit in: Archives 56 p. 557ss). En l’occurrence, la date d’envoi des formulaires de déclarations n’est pas déterminée. Peu importe, car la déclaration d’impôt a été déposée le 8 octobre 1991 pour la période 1991-1992 et le 7 décembre 1993 pour la période 1993-1994, soit à chaque fois avant l’expiration du délai de trois ans, qui expirait le 31 décembre 1995 au plus tôt.
Hormis des exceptions non réalisées en l’espèce, le droit de taxer se prescrit par quatre ans après la fin de la période de taxation, pour ce qui est de l’impôt cantonal et communal régi par l’ancien droit (art. 98a al. 1 aLI), par cinq ans pour ce qui concerne l’impôt cantonal et communal et l’impôt fédéral direct régis par le nouveau droit (art. 47 al. 1 de la loi fédérale sur l’harmonisation des impôts directs des cantons et des communes, du 14 décembre 1990 (LHID; RS 642.14), 170 al. 1 LI et 120 al. 1 LIFD). La prescription ne court pas ou est suspendue notamment pendant la durée des procédures de réclamation, de recours ou de révision (art. 98a al. 2 let. a aLI; 170 al. 2 let. a LI; art. 120 al. 2 let. a LIFD; l’art. 47 al. 1 LHID évoque la suspension ou l’interruption de la prescription, sans en préciser les motifs). Elle est interrompue par tout acte de l’autorité tendant à fixer ou faire valoir la créance d’impôt (art. 98a al. 3 aLI; 170 al. 3 let. a LI; 120 al. 3 let. a LIFD), ainsi que par l’ouverture d’une procédure pénale fiscale (art. 98a al. 3 aLI; 170 al. 3 let. d LI; 120 al. 3 let. d LIFD). Elle est acquise, dans tous les cas, douze ans (art. 98a al. 4 aLI) et quinze ans (art. 47 al. 1 LHID; 170 al. 4 LI; 120 al. 4 LIFD), après la fin de la période fiscale. Quant à l’AIFD, il ne prévoit pas de délai de prescription absolue. Il s’agit là d’un silence qualifié (ATF 126 II 1 consid. 3 p. 5/6).
Les créances fiscales se prescrivent par cinq ans dès l'entrée en force de la décision qui les fonde (art. 128 AIFD; 118 al. 1 aLI; 47 al. 2 LHID; 238 al. 1 LI; 121 al. 1 LIFD) et au plus tard dix ans après la fin de l'année au cours de laquelle la taxation est entrée en force (art. 118 al. 2 aLI; 47 al. 2 LHID; 238 al. 3 LI; l’AIFD ne contient pas de règle relative à la prescription absolue; cf. Ernst Känzig/Urs R. Behnisch, Die direkte Bundessteuer (Wehrsteuer), 3ème partie, 2ème éd., Bâle, 1992, N. 12 ad art. 128 AIFD). Les motifs de suspension et d’interruption de la prescription régissant le droit de taxer, s’appliquent par analogie (cf. le renvoi que font les art. 118 al. 2 aLI, 238 al. 2 LI et 121 al. 2 LIFD aux art. 98a al. 2 et 3, 170 al. 2 et 3 et 120 al. 2 et 3 des mêmes lois; l’art. 128 AIFD prévoit l’interruption du délai de prescription par tout acte tendant au recouvrement de la créance; à ce propos, cf. Känzig/Behnisch, op. cit., N.10 ad art. 128 AIFD).
Pour la période la plus ancienne régie par l’AIFD (soit 1991-1992), le cours de la prescription a été interrompu le 27 février 1998, date du prononcé de la décision de rappel d’impôt et de prononcé d’amendes. Pour la période la plus ancienne régie par l’IFD (soit 1997-1998), ainsi que pour la période la plus ancienne régie par le droit cantonal (soit 1999-2000), le cours de la prescription a été interrompu le 18 août 2003, date de l’ouverture par l’ACI de la procédure en soustraction fiscale, relativement aux périodes considérées, ainsi que par le prononcé de la décision de taxation définitive, du 25 novembre 2005, qui fait l’objet de la présente procédure. La prescription du droit de taxer n’est ainsi pas acquise, qu’elle soit relative ou absolue (cf. arrêts FI.2006.0028 du 8 septembre 2006, consid. 2; FI.2005.0206 du 12 juin 2006, consid. 3; FI.2004.0038 et 0039 du 18 avril 2006, consid. 3a et b; FI.2004.0007 du 4 avril 2006, consid. 3).
b) A teneur de l'art. 133 aLI al. 1, la contravention est prescrite quatre ans après la fin de la période de taxation, la prescription étant interrompue par tout avis de l'Administration cantonale des impôts ou du Département des finances aux intéressés les informant qu'une enquête est en cours. L’alinéa 2 rend caduc cet avis, lequel est réputé non avenu si aucune suite ne lui est donnée dans le délai d'une année.
Cette disposition fait courir un premier délai de quatre ans dont le dies a quo est le 1er janvier de l'année suivant la fin de la période de taxation concernée. La prescription est atteinte à l'échéance de ces quatre ans à moins que, dans l'intervalle, elle ait été valablement interrompue. A cela s’ajoute que l'avis interruptif de la prescription doit lui-même avoir été validé par une opération d'instruction dans le délai d'une année. Lorsque ces conditions sont réunies, un deuxième délai de prescription de quatre ans commence à courir. Un nouveau délai naît par la suite, à compter de tout acte de l'autorité tendant à fixer ou faire valoir la créance d'impôt. Le dies a quo de ce nouveau délai est le 1er janvier de l'année suivant celle durant laquelle l'avis interruptif a été notifié (v. sur toutes ces questions, arrêts FI.2004.0038 du 18 avril 2006; FI 1999.0083 du 8 juin 2000 ; FI 1996.0070 du 25 août 1999 ; FI 1996.0088 du 17 juin 1997, avec références).
A teneur de l'art. 184 al. 1 let. a LIFD, la poursuite pénale se prescrit en cas, notamment, de tentative de soustraction d'impôt par quatre ans à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle elle a été commise. L’alinéa 2 précise que la prescription est interrompue par tout acte de procédure tendant à la poursuite du contribuable ou de l'une des personnes visées à l'art. 177 (participants). L'interruption est opposable tant au contribuable qu'à ces autres personnes. Un nouveau délai commence à courir à chaque interruption; la prescription ne peut toutefois être prolongée de plus de la moitié de sa durée initiale. Dans un ATF 2A.719/2004 du 11 mai 2005, le Tribunal fédéral a rappelé que la prescription de la tentative de soustraction ne saurait commencer à courir avant la clôture définitive de la procédure de taxation précitée, celle-ci étant pour sa part soumise à la prescription du droit de taxer (art. 120 LIFD). Or, cette procédure ne peut être clôturée au plus tôt qu'avec l'entrée en force de la décision définitive, soit à la clôture définitive de la procédure de taxation. En cas de litige, cette procédure sera prolongée par celles de réclamation et de recours devant la Commission cantonale de recours (art. 140 ss LIFD), le cas échéant devant une seconde instance cantonale (art. 145 LIFD) et le Tribunal fédéral (art. 146 LIFD). Pour ce qui est de l’AIFD, l’art. 128 est applicable par analogie à la perception des montants soustraits et des amendes (art. 135 AIFD).
Pour la période la plus ancienne régie par l’AIFD (soit 1991-1992), le cours de la prescription a été interrompu le 27 février 1998, date du prononcé de la décision de rappel d’impôt et de prononcé d’amendes. Pour la période la plus ancienne régie par l’IFD (soit 1997-1998), ainsi que pour la période la plus ancienne régie par le droit cantonal (soit 1999-2000), le cours de la prescription a été interrompu le 18 août 2003, date de l’ouverture par l’ACI de la procédure en soustraction fiscale, relativement aux périodes considérées, ainsi que par le prononcé de la décision de taxation définitive, du 25 novembre 2005, qui fait l’objet de la présente procédure. La prescription de la procédure pénale n’est ainsi pas acquise, qu’elle soit relative ou absolue.
3. A l’appui du recours dirigé contre la décision du 27 février 1998 (cause FI.2003.0022), le recourant reproche en premier lieu à l’ACI d’avoir violé le fardeau de la preuve et son obligation de motiver sa décision, en renvoyant le recourant à l’arrêt rendu le 20 août 2002 dans la cause FI.1998.0097.
a) S’agissant du premier moyen, le Tribunal fédéral a jugé, dans son arrêt du 7 avril 2003 concernant le même complexe de faits, que n’impliquait pas un renversement du fardeau de la preuve le procédé consistant à considérer la soustraction fiscale comme réalisée, lorsque cette appréciation repose, à défaut de preuves matérielles, sur un faisceau d’indices convergents. Le Tribunal fédéral a souligné, sur ce point, que le Tribunal administratif, en rendant son arrêt du 20 août 2002, n’avait pas inversé le fardeau de la preuve, comme il l’avait indiqué erronément (ATF 2P.215/2002, 2A.479.2002, précité, consid. 4). Il n’y a dès lors plus lieu de revenir sur ce point.
b) Il découle du droit d’être entendues des parties (art. 29 al. 2 Cst.), l’obligation pour l'autorité d’indiquer dans son prononcé les motifs qui la conduisent à sa décision (art. 27 al. 2 Cst./VD; ATF 129 I 232 consid. 3.2 p. 236; 123 I 31 consid 2c p. 34; 112 Ia 107 consid. 2b p. 109, et les arrêts cités). L’autorité n'est pas tenue de discuter de manière détaillée tous les arguments soulevés par les parties; elle n'est pas davantage astreinte à statuer séparément sur chacune des conclusions qui lui sont présentées. Elle peut se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige; il suffit que le justiciable puisse apprécier correctement la portée de la décision et l'attaquer à bon escient (ATF 130 II 530 consid. 4.3 p. 540; 126 I 15 consid. 2a/aa p. 17; 125 II 369 consid. 2c p. 372, et les arrêts cités). De ce point de vue, il n’y a rien à redire au fait que l’autorité renvoie à sa décision antérieure ou à la décision d’une autre autorité, qu’elle reprend et dont elle fait siens les motifs (ATF 123 I 31 consid. 2c p. 34; ATF 2A.407/1993, précité, consid. 3).
S’agissant de l’élément essentiel du litige, portant sur le point de savoir si le recourant était ou non l’ayant droit de 2a.********, l’ACI a, dans la décision attaquée, répété ce qu’elle avait déjà dit précédemment au sujet du rôle joué par C._; elle s’est référée pour le surplus à la solution retenue par le Tribunal administratif dans son arrêt rendu le 20 août 2002 dans la cause FI.1998.0097. Sur la base de ce renvoi, le recourant n’avait aucun doute à éprouver sur les motifs pour lesquels sa réclamation a été rejetée. Son droit d’être entendu a été respecté à cet égard, de sorte que, contrairement à ce qu’il affirme, le recourant n’a pas été privé de la voie de la réclamation.
4. Le recourant conteste être l’ayant droit de 2c.********.
a) Dans l’arrêt du 20 août 2002, le Tribunal administratif a rejeté la thèse du recourant. Il s’est fondé pour cela sur un faisceau d’indices. Il a retenu que le but de l’opération initiée par B._ était de transférer l’ensemble des sociétés du groupe Dosim au recourant. Il était impossible, sur le vu de la structure du groupe, que celui-ci n’en contrôlât point la société faîtière. Le recourant ne pouvait dès lors sérieusement soutenir n’entretenir aucune relation avec 2c.********. De surcroît, les circonstances de la confection de la lettre du 2 septembre 1990 paraissaient objectivement suspectes, au point d’avoir été établie uniquement pour les besoins de la cause. Dans son arrêt du 7 avril 2003, le Tribunal fédéral a estimé que ces constatations n’étaient pas manifestement fausses. Partant, il a rejeté le grief de l’arbitraire, en relation avec l’établissement des faits, soulevé par le recourant à ce propos (consid. 2).
Le recourant revient sur les divers points évoqués précédemment à se sujet, sans apporter d’autres éléments de fait propres à amener le Tribunal à se détacher de la solution retenue dans les arrêts des 20 août 2002 et 7 avril 2003. En particulier, l’authentification de la signature de C._ ne change rien au fait que celui-ci ait joué le rôle d’un simple intermédiaire.
b) Le recours dirigé contre la décision du 11 février 2003 (cause FI.2003.0022) doit ainsi être rejeté, y compris pour ce qui concerne le prononcé d’amendes, que le recourant ne conteste pas. Par identité de motifs, doit aussi être écarté le moyen soulevé à nouveau dans le recours dirigé contre la décision du 25 novembre 2005 (cause FI.2006.0001), selon lequel le recourant ne disposerait pas de la totalité des actifs de 2c.******** et de 2b.********. Il suit de là que le recourant doit être tenu pour titulaire de la créance de la première contre la seconde de ces sociétés.
c) Pour les périodes fiscales 1999-2000 et 2001-2002, le recourant a déclaré détenir uniquement 38 actions de 2b.********, à leur valeur nominale, ne disposant pas de leur valeur fiscale. Pour l’ACI, ce procédé relèverait de la tentative de soustraction. En cours de procédure, le recourant a été dans l’incapacité de déclarer la valeur fiscale des actions, faute d’avoir reçu cette information de la part des autorités fiscales genevoises. Sur cette base, l’ACI a réduit le montant des amendes prononcées pour les périodes fiscales concernées, soit 1999-2000 et 2001-2002, pour l’impôt cantonal sur la fortune. Eu égard à l’issue du litige, le Tribunal se dispense de revoir la nouvelle solution retenue par l’ACI, puisque celle-ci devra de toute manière statuer à nouveau (cf. consid. 6d ci-dessous). Elle le fera donc y compris sur cet aspect des amendes.
5. Dans la cause FI.2006.0001, le recourant conteste toute reprise découlant du prêt octroyé par 2c.******** à 2b.********.
a) Sur ce point, la position de l’ACI a varié. Dans un premier temps, et jusqu’au prononcé de la décision sur réclamation du 21 novembre 2005, elle a soutenu que le fait, pour 2b.********, de ne pas comptabiliser les intérêts créanciers dus au recourant, équivalait à un apport dissimulé de l’actionnaire à 2b.********; le montant des intérêts devait être ajouté au revenu imposable du recourant. Celui-ci aurait ainsi touché les intérêts pour faire un abandon de créance par la suite en faveur de la société. A ce propos, le recourant avait expliqué, notamment dans sa réclamation du 20 avril 2005, que les intérêts lui étant dus avaient été comptabilisés mensuellement, puis avaient été extournés lors du bouclement des exercices correspondants. N’ayant pas pu disposer des intérêts, il ne pouvait être imposé pour ce revenu. Dans sa réponse au recours, du 28 février 2006, l’ACI a abandonné la thèse de l’apport dissimulé. Elle a néanmoins maintenu les reprises contestées, mais en les fondant sur des motifs nouveaux. Elle soutient désormais que les intérêts ont été comptabilisés sur le compte-courant actionnaire. L’extourne, comme celle effectuée après le bouclement de l’exercice, n’entrerait en ligne de compte que si le versement initial reposait sur une base erronée. (Il convient de relever d’emblée que, contrairement à ce que l’ACI a retenu, l’extourne a été effectuée lors du bouclement comptable de l’exercice, et non pas postérieurement). Or, selon l’ACI, tel n’aurait pas été le cas en l’espèce: l’extourne litigieuse ne constituait pas la correction d’une erreur, mais relevait de l’appréciation de la situation compromise de la société, équivalant dès lors à un abandon de créance de l’actionnaire. L’essentiel était que les intérêts, versés, étaient entrés dans la sphère privée du recourant; partant, leur montant devait être ajouté au revenu. Bien qu’elle ait ajouté les intérêts au revenu imposable du recourant, elle n’a pas considéré ces montants comme soustraits. Elle les a repris, sans prononcer d’amende à ce titre pour les périodes pour lesquelles le recourant affirme avoir renoncé aux intérêts en raison des difficultés financières de la société.
b) Dans sa réplique du 10 mai 2006, le recourant a soutenu que cette substitution de motifs violerait les principes de la bonne foi et de la sécurité du droit.
Le recours produit un effet dévolutif, selon lequel le Tribunal hérite de toutes les compétences de l’instance prédédente relative à la cause. Ayant perdu la maîtrise du litige, l’autorité qui a rendu la décision attaquée ne peut modifier ou révoquer celle-ci, ni ordonner des mesures d’instructions nouvelles ou complémentaires (arrêt FI.2003.0009 du 25 juin 2003, consid. 1b). L’art. 52 al. 2 LJPA tempère toutefois cette règle; il permet expressément à l’autorité intimée de rapporter ou modifier sa décision pendant le cours de la procédure. En l’espèce, l’ACI n’a pas formellement retiré ou modifié la décision du 21 novembre 2005 qui est le seul objet du litige, mais proposé – ce qui revient de fait au même – d’admettre partiellement le recours et de réformer cette décision dans un sens favorable au recourant – sans toutefois lui allouer l’intégralité de ses conclusions. On peut certes s’interroger sur le fait que l’ACI, comme autorité de réclamation, propose la modification de la taxation au fond. Ce procédé reste toutefois admissible dans la mesure où il porte sur des conclusions prises par l’intimée dans le cadre de la procédure de recours et non point d’une modification de la décision attaquée. Pour le surplus, le recourant a eu l’occasion de faire valoir ses moyens relativement à la position nouvellement adoptée par l’ACI, dans sa réplique du 10 mai 2006. Son droit d’être entendu a été respecté. Pour le surplus, il paraît étrange que le recourant s’insurge contre un revirement de l’administration qui lui donne raison, même si ce n’est que partiellement.
6. Sur le fond, le recourant conteste que le montant des intérêts relatifs au prêt soit repris dans son revenu pour toutes les périodes litigieuses; pour les périodes 1997–1998 à 1999-2000, il allègue que les intérêts ne peuvent pas être réintégrés dans son revenu, car 2b.********, n’aurait pas pu les verser en raison de sa situation financière obérée.
a) Le bénéfice net imposable comprend notamment tous les prélèvements opérés avant le calcul du solde du compte de pertes et profits, qui ne servent pas à couvrir des frais généraux autorisés par l’usage commercial, tels que des prestations et avantages accordés aux actionnaires, la distribution de bénéfice et l’octroi de libéralités à des tiers (art. 54 let. b aLI; art. 58 al. 1 let. b, 5ème tiret, LIFD ; cf. également, pour l’ancien droit, la norme équivalente de l’art. 49 al. 1 let. b AIFD). Cette dernière notion comprend notamment les prestations appréciables en argent faites par la société, sans contreprestation, à ses actionnaires, aux membres de l’administration ou à d’autres organes, ou encore à toute personne la ou les touchant de près et qu’elle n’aurait pas faites dans les mêmes circonstances à des tiers; entrent également en considération à ce titre les prestations faites par une société non seulement à une personne physique mais aussi à une personne morale qui lui est proche; de telles prestations ne sont pas justifiées par l’usage commercial et doivent être ajoutées au rendement de la société, car elles ne présentent pas le caractère de frais généraux (ATF 131 II 593 consid. 5.1 p. 607; 119 Ib 116 consid. 2 p. 119; 115 Ib 111 consid. 5a p. 116/117 ; 113 Ib 23 consid. 2c p. 25, et les références citées; arrêt FI.1995.0017 du 23 juin 2000; Peter Brülisauer/Stephan Kuhn in : Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht I/2a, N. 104 ad art. 58 LIFD, Felix Richner/Walter Frei/Stefan Kaufmann, Handkommentar zum DBG N. 91-95 ad art. 58 LIFD). Font partie de ces prestations non seulement les distributions apparentes, mais également les distributions de bénéfices dissimulées, c’est-à-dire les répartitions de bénéfices d’une société de capitaux qui ne figurent pas ouvertement dans la comptabilité commerciale, mais qui sont au contraire dissimulées par des écritures comptables, de telle sorte qu’elles n’apparaissent pas, ou seulement sous un faux jour (ATF 2P.92/2005 du 30 janvier 2006, consid. 7.1; Archives 63 p. 145 consid. 4a p. 151, et les références citées).
En l’espèce, aucun indice ne vient confirmer que le recourant, en abandonnant sa créance d’intérêts, aurait obtenu de 2b.******** une rémunération quelconque, directe ou indirecte, sans contreprestation.
b) Selon la circulaire de l’Administration fédérale des contributions, du 1er juillet 1981 (reproduite in: Archives 50 p. 64), les abandons de créances de l’actionnaire en faveur de la société doivent en principe être traités comme des abandons de créances accordés par des tiers. Ils entraînent pour la société un accroissement de son patrimoine, qui influe sur son rendement. Les pertes épongées, les amortissements opérés, et les provisions constituées à la charge du bénéfice d’assainissement sont tenus pour l’avoir été fiscalement. A titre d’exception, ces pertes, amortissements et provisions, peuvent être repris lorsque et dans la mesure où les prêts des actionnaires ont été traités comme capital propre dissimulé avant l’assainissement, d’une part, ou lorsque des prêts ont été octroyés par les actionnaires une première fois ou subséquemment, en raison de la mauvaise marche des affaires, et que des tiers indépendants ne les auraient pas accordés dans des circonstances identiques. Le Tribunal fédéral a expressément confirmé cette conception (ATF 115 Ib 269 ; pour un tableau des réactions contrastées de la doctrine, cf. Pierre-Marie Glauser, Apports et impôt sur le bénéfice, Genève, Zurich, Bâle, Bruxelles, 2005, p. 228ss).
Selon l’ACI, les intérêts au paiement desquels le recourant a renoncé étaient entrés en sa possession; ils devaient dès lors être intégrés à son revenu. En l’espèce, peu importe la qualification donnée à la renonciation aux intérêts, car elle ne produit d’effets que pour l’imposition de la société bénéficiaire. Le seul point à trancher est de savoir si le recourant a effectivement réalisé un revenu, auquel il aurait renoncé par la suite. Un revenu est considéré comme réalisé lorsque le contribuable peut effectivement en disposer, c’est-à-dire lorsqu’un bien ou une prestation est passé en sa possession ou lorsqu’il a acquis un droit ferme à obtenir un tel bien ou prestation; les revenus en argent sont réalisés notamment au moment du virement sur un compte bancaire (ATF 113 Ib 23 consid. 2e p. 26; 2A.471/2003 du 16 juin 2004).
2b.******** n’a pas versé les intérêts sur un compte bancaire appartenant au recourant, mais sur son compte courant actionnaire; les montants accumulés ont ensuite été extournés durant le même exercice. Il s’agit là d’une opération purement comptable, sans implication financière réelle. La thèse défendue par l’ACI sur ce point ne peut donc être suivie.
c) Il reste à envisager l’évasion fiscale, qui suppose la réunion de trois conditions: la forme juridique choisie par le contribuable apparaît comme insolite, inappropriée ou étrange, en tout cas inadaptée au but économique poursuivi; ce choix a été arbitrairement exercé uniquement dans le but d’économiser des impôts qui seraient dus si les rapports de droit étaient aménagés de manière appropriée; le procédé choisi conduirait effectivement à une notable économie d’impôt s’il était accepté par l’autorité fiscale. Si ces trois conditions sont remplies, l’imposition doit se fonder non point sur la forme choisie par le contribuable, mais sur celle qui aurait dû être l’expression appropriée au but économique poursuivi (ATF 131 II 627 consid. 5.2 p. 635/636, et les références citées; ATF 2P.92/2005 du 30 janvier 2006).
Le recourant a renoncé à percevoir les intérêts de son prêt, en faisant valoir la situation financière délicate de la société 2b.********, et le risque de surendettement encouru par celle-ci si elle versait les intérêts. Il est à noter toutefois que 2b.******** a continué à rembourser son prêt au recourant, y compris durant ces périodes critiques. Si le recourant a ainsi obtenu le remboursement partiel de sa créance, il n’a pas touché de revenu (sous forme d’intérêts) de la part de sa société. Le recourant allègue à ce propos avoir été libre de renoncer aux intérêts en principe dus, à cause de la situation financière précaire de la société à l’époque. Il ressort de l’analyse des comptes des sociétés que 2a.******** a enregistré des pertes de 1995 à 1999, dues principalement à une diminution du chiffre d’affaires. 2b.********, actionnaire de 2a.********, a accordé des prêts à ses filles. De 1996 à 1998, 2a.******** n’a pas versé les intérêts du prêt accordé par 2b.********. Elle a également supprimé les dividendes versés à cette dernière. Les mauvais résultats de la société fille ont amené 2b.******** à procéder à des amortissements et à des provisions sur la participation et sur les prêts. Ces opérations sont justifiées. Elles ont eu pour effet de diminuer le bénéfice imposable de 2b.********. 2b.********, débitrice du recourant, n’a pas rémunéré les prêts accordés par ce dernier, pendant les exercices 1996-1998. Le recourant a renoncé à sa créance d’intérêts, ce qui a évité à 2b.******** le risque de se trouver dans une situation de surendettement au sens de l’art. 725 al. 2 CO. Les montants d’intérêts pris en considération sont ceux retenus par l’ACI au titre de reprises pour les années 1996 à 1998. 2b.******** a continué à rembourser le prêt au recourant, soit 1'109'618.00 fr. en 1996, 582'229.00 fr. en 1997, 165'073.00 fr. en 1998, et 546'036.00 fr. en 1999. Ces montants sont à peu près équivalents à ceux des intérêts pour 1996 et 1997.
Si le remboursement n’affecte pas le résultat de l’exercice de 2b.********, il n’augmente ni le revenu, ni la fortune imposable du recourant. Une société menacée de surendettement ou surendettée doit obtenir des postpositions de créances, des augmentations de capital ou des versements à fonds perdus, afin d’éviter l’avis au juge et la faillite. En optant pour le remboursement de la créance que le recourant avait contre elle, plutôt que le paiement des intérêts pour un montant équivalent, 2b.******** a contribué à assainir sa situation. En recevant un montant comparable à celui des intérêts, mais sous la forme d’un remboursement de prêt non soumis à l’impôt sur le revenu, le recourant ne s’est pas enrichi: sa créance s’est simplement transformée en liquidités. Ce faisant, il a certes réalisé une économie d’impôts. Mais ce choix n’est pas illicite en soi; il découle du fait que le recourant n’a pas obtenu de revenu de la part de sa société. On ne saurait en tout cas dire que cela équivaut à une évasion fiscale, au sens que la jurisprudence donne à cette notion.
d) Ainsi, le procédé consistant à renoncer au versement des intérêts dus, tout en obtenant le remboursement du prêt, dans les circonstances spéciales de la cause, ne peut être assimilé ni à une prestation appréciable en argent de la société à l’actionnaire, ni à une évasion fiscale. Il n’y a partant pas lieu de procéder à ce titre à des reprises dans le revenu du recourant, s’agissant de l’impôt fédéral direct comme de l’impôt cantonal et communal, pour les périodes considérées. Compte tenu de l’issue du recours, il est superflu de statuer sur les amendes relatives à cet aspect du litige. En revanche, les reprises liées à la prise en compte de la titularité de l’entier du capital de 2c.******** et de 2b.********, doivent être maintenues, du moins dans leur principe. La valeur des actions étant contestée, cet aspect du litige devra faire l’objet d’un nouvel examen, y compris pour ce qui concerne le montant des amendes y relatives. Il appartiendra à l’ACI de statuer à nouveau sur la réclamation du 20 avril 2005, dans le sens de ce qui précède.
7. En conclusion, le recours dans la cause FI.2003.0022 doit être rejeté, et la décision rendue par l’ACI le 11 février 2003 confirmée. Les frais en sont mis à la charge du recourant. Le recours dans la cause FI.2006.0001 doit être admis au sens des considérants 4c et 6d, et la décision rendue le 25 novembre 2005 par l’ACI annulée. La cause est renvoyée à l’ACI pour nouvelle décision au sens des considérants. Le recourant n’obtenant que partiellement gain de cause, un émolument (dont le montant sera toutefois réduit) sera mis à sa charge; il a droit à des dépens, également réduits.