Decision ID: ce394966-f0b6-5cc7-bc98-866a51011e0c
Year: 2021
Language: fr
Court: GE_CJ
Chamber: GE_CJ_013
Canton: GE
Region: Région lémanique
Law Area: public_law

EN FAIT
1) A_ SA (ci-après : la société) est une société anonyme inscrite au registre du commerce de Genève, canton dans lequel elle a son siège. Elle a pour but statutaire toutes prestations médicales au chevet du patient.
2) La société emploie des médecins dont la plupart sont domiciliés en France et soumis à l’impôt à la source (ci-après : IS) en Suisse. Les médecins sont payés par la société, sur la base d’une rétribution de 42,25 % des honoraires acquittés par les patients. Dans le cas de patients de passage en Suisse, ceux-ci rétribuent toutefois directement le médecin par un « encaissé sur place » (ci-après : ESP), sans envoi de facture, la société prélevant une retenue forfaitaire de CHF 50.- par consultation à titre de frais administratifs.
3) Pour l’IS des années 2008 à 2013, la société a remis à l’administration fiscale cantonale (ci-après : AFC-GE) les décomptes des mois de janvier à décembre, comportant les montants des retenues brutes totales, la commission de perception ainsi que le montant à verser.
4) La société a également remis, pour chaque année concernée, les listes récapitulatives de tous les salariés soumis à l’IS, qui comportaient, pour chacun de ceux-ci, les prestations soumises, l’impôt retenu et les retenues totales. Pour certains des employés, des prestations soumises étaient mentionnées, mais aucun impôt n’était retenu.
5) Sur cette base, entre 2009 et 2014, l’AFC-GE a régulièrement notifié à la société, en tant que débitrice de la prestation imposable (ci-après : DPI), des bordereaux d’IS de CHF 348'205.35 le 19 mai 2009 pour 2008, de CHF 441'726.15 le 25 février 2010 pour 2009, de CHF 379'624.- le 10 février 2011 pour 2010, de CHF 369'827.55 le 14 février 2012 pour 2011, de CHF 385'963.40 le 5 février 2013 pour 2012 et de CHF 448'091.- le 11 février 2014 pour 2013. Ces bordereaux sont entrés en force.
6) Par courrier du 21 octobre 2014, l’AFC-GE a informé la société de l’ouverture d’une procédure en rappel et soustraction d’impôt pour l’impôt cantonal et communal (ci-après : ICC) et l’impôt fédéral direct (ci-après : IFD) des années 2004 à 2013. Des éléments avaient été portés à sa connaissance permettant d’envisager des déclarations inexactes ou incomplètes, si bien qu’un contrôle était prévu dans ses locaux, du 11 au 13 novembre 2014, au cours duquel elle sollicitait que lui soient remis divers documents, à savoir notamment le grand livre, le plan comptable, le journal des écritures avec les pièces justificatives, les relevés mensuels des comptes bancaires et les listes de l’assurance-vieillesse et survivants (ci-après : AVS).
7) Ce contrôle a eu lieu dans les locaux de la société du 11 au 13 novembre 2014.
8) Par courrier du 5 décembre 2014, l’AFC-GE a informé la société de l’ouverture d’une procédure en rappel et soustraction d’impôt pour l’IS 2004 à 2013. Lors du contrôle effectué dans ses locaux, elle avait constaté que l’IS sur les salaires versés à ses employés durant les périodes concernées n’avait pas été correctement prélevé. Un nouveau contrôle devait avoir lieu du 18 au 19 décembre 2014, au cours duquel elle la priait de mettre à sa disposition, pour les années concernées, l’ensemble des écritures comptables liées aux opérations libellées « ESP » ainsi que le montant des prestations effectivement facturées pour chaque médecin dans ce cadre.
9) Lors du contrôle effectué dans les locaux de la société les 18 et 19 décembre 2014, plusieurs documents ont été remis à l’AFC-GE, à savoir les jours de consultation de chaque médecin employé pour les années 2006 à 2013, les horaires 2014 par médecin et par jour de travail, la liste des ESP pour les années 2004 à 2013 pour chaque médecin ainsi que les rétributions versées par mois pour l’année 2013.
10) Le 22 janvier 2015, l’AFC-GE a requis de la société de lui indiquer le nombre de jours de travail effectué par chaque médecin pour les années 2004 à 2013.
11) Le 4 février 2015, la société a transmis à l’AFC-GE le tableau général du nombre de jours de consultation des différents médecins pour les années 2006 à 2013, précisant qu’était pris en compte chaque jour où un médecin avait effectué une prestation facturable.
12) Le 24 mars 2015, les dirigeants de la société ont été reçus dans les locaux de l’AFC-GE.
13) Le 28 avril 2015, la société a expliqué à l’AFC-GE, comme elle avait eu l’occasion de le mentionner lors de l’entretien du 24 mars 2015, que les spécificités du cas d’espèce rendaient extrêmement difficile la détermination du taux applicable aux médecins assujettis à l’IS. Lesdits médecins étaient payés à l’acte et travaillaient sur appel selon des durées variables, certains d’entre eux pouvant travailler deux jours par année, et d’autres plus de deux cent trente jours. Leur taux d’activité dépendait de la fréquence à laquelle ils étaient sollicités et ne pouvait être déterminé à l’avance. D’autres facteurs, variables et imprévisibles, comme les saisons ou les épidémies, influaient aussi sur leur travail. Il n’existait pas de salaire annuel, mensuel, semestriel ou quotidien fixe, le mode de rémunération consistant en un pourcentage des honoraires encaissés, calculé en fonction des actes médicaux réalisés. Lorsqu’un patient ne s’acquittait pas de sa facture, elle ne percevait rien et le médecin non plus. Il en résultait un fréquent décalage entre le travail effectué et le montant de la rémunération, les factures qu’elle encaissait dans le mois pouvant concerner plusieurs mois de travail.
En raison de ces particularités, elle prélevait l’IS sur la base du salaire annuel. Pour ce faire, son système informatique effectuait chaque mois une correction du taux pour qu’en fin d’exercice le prélèvement de l’IS corresponde au taux annuel prévu pour la rémunération annuelle globale versée aux médecins concernés, étant précisé que certains médecins exerçaient également une autre activité professionnelle en parallèle, pour une entité de son groupe, une entité tierce ou en tant qu’indépendants en Suisse ou en France. D’ailleurs, la distinction entre les personnes ayant une activité accessoire et celles n’en ayant pas ne figurait pas dans la loi. Dans le premier cas, il appartenait au médecin concerné de l’indiquer et d’entreprendre les démarches nécessaires notamment d’un point de vue fiscal, et non à son employeur. Ce n’était qu’en 2014 qu’une nouvelle directive en matière d’IS incluait le principe d’annualisation et prévoyait une rubrique dans laquelle l’employé devait mentionner s’il exerçait ou non une activité à temps complet, ce qui n’était pas le cas durant les périodes fiscales en cause. Au regard de la spécificité de son cas, elle partait ainsi du principe que les médecins avaient le cas échéant demandé une rectification et que le prélèvement final de l’IS était correct, ce dont elle ne pouvait être tenue pour responsable.
Pour les ESP, l’IS n’était pas prélevé, étant donné que les médecins étaient uniquement payés par les patients de passage, cette manière de procéder ayant été validée par les services de l’AVS.
14) Par courriel du 29 juin 2015, l’AFC-GE a remis à la société une « ébauche de simulation des éventuels suppléments d’IS pour l’année 2013 », qui mentionnait les noms des collaborateurs concernés, les revenus annualisés pour le taux d’imposition sur la base de deux cent quarante jours de travail ainsi que le montant des ESP non déclarés.
15) Le 5 août 2016, l’AFC-GE a informé la société de la clôture de la procédure en rappel et soustraction d’impôt pour l’IS 2013, lui notifiant un bordereau de supplément d’impôt de CHF 370'884.75 et un bordereau d’amende de CHF 123'628.-.
Elle a annexé au bordereau de rappel d’impôt une liste récapitulative pour 2013 pour chaque médecin indiquant les prestations soumises, l’impôt retenu et les retenues totales.
Par ailleurs, l’amende correspondait au tiers du montant d’impôt soustrait, la société ayant commis une négligence en n’usant pas des précautions nécessaires commandées par les circonstances. Ses explications, l’incidence de la peine et sa bonne collaboration étaient pris en compte pour la fixation de l’amende.
16) Le 5 septembre 2016, la société a élevé réclamation contre ces bordereaux de rappel d’impôt et d’amende, concluant à leur annulation. Le bordereau de rappel d’impôt et la liste annexée ne détaillaient pas le calcul du taux de l’IS, pas plus que les bases légales applicables.
17) a. Les 20 et 23 décembre 2016, l’AFC-GE a informé la société de la clôture des procédures en rappel et soustraction d’impôt pour l’IS 2006 à 2012, lui notifiant les bordereaux correspondants.
b. Les bordereaux de supplément d’impôt étaient de CHF 273'712.20 pour 2006, de CHF 312'936.70 pour 2007, de CHF 272'450.80 pour 2008, de CHF 344'946.92 pour 2009, de CHF 341'241.15 pour 2010, de CHF 333'070.- pour 2011 et de CHF 448'474.94 pour 2012.
Elle a joint à ces bordereaux une liste, pour chacune des années concernées, indiquant, par médecin, les reprises, le nombre de jours travaillés, le montant des prestations déclarées ainsi que ce même montant annualisé sur deux cent quarante jours.
c. Elle lui a également notifié des bordereaux d’amende de CHF 91'237.- pour 2006, de CHF 104'312.- pour 2007, de CHF 90'817.- pour 2008, de CHF 114'982.- pour 2009, de CHF 113'747.- pour 2010, de CHF 111'023.- pour 2011 et de CHF 149'491.- pour 2012.
Les amendes correspondaient au tiers du montant d’impôt soustrait, la société ayant commis une négligence en n’usant pas des précautions nécessaires commandées par les circonstances. Ses explications, l’incidence de la peine et sa bonne collaboration étaient pris en compte pour la fixation de l’amende.
18) Le 20 janvier 2017, la société a élevé réclamation contre ces bordereaux de rappel d’impôt et d’amende, concluant à leur annulation.
Elle reprenait ses précédents arguments, précisant que certains de ses médecins exerçaient une autre activité en parallèle, ce dont il n’avait pas été tenu compte. Il était également inexact de prétendre que tous les médecins qu’elle employait travaillaient deux cent quarante jours par année, au regard de la spécificité et la pénibilité de la profession de médecin urgentiste, qui requérait de prendre en compte tout au plus cent quatre-vingts jours de travail par année. L’absence de base légale mentionnée dans les décisions litigieuses démontrait leur manque de fondement juridique, ce qui ne pouvait lui être imputé, pas davantage que le manque de clarté du système d’IS.
19) Par décision du 20 octobre 2017, l’AFC-GE a rejeté les réclamations de la société, confirmant les bordereaux de rappel d’impôt et d’amende pour l’IS 2006 à 2013.
Lors du contrôle effectué dans les locaux de la société du 11 au 13 novembre 2014 pour l’ICC et l’IFD, il était apparu qu’elle n’avait pas correctement prélevé l’IS sur les salaires versés à certains collaborateurs, qui avaient été rétribués en argent liquide directement par les patients lors de consultations, ces ESP n’ayant pas été soumis à l’IS. Lors du deuxième contrôle s’étant déroulé dans les mêmes locaux les 18 et 19 décembre 2014 afin de déterminer les rémunérations non soumises à l’IS, des grilles horaires et des tableaux indiquant pour chaque collaborateur le nombre de jours de consultations effectués durant les périodes 2006 à 2013 lui avaient été remis. Il avait été constaté sur la base des informations fournies que le taux d’imposition appliqué à certains collaborateurs, indépendamment des ESP non imposés, n’était pas adéquat, puisque les prestations soumises à l’IS avaient été imposées au taux annuel correspondant à ces prestations, même si elles n’avaient été réalisées que durant quelques jours par mois. Il en résultait des taux systématiquement trop faibles et des situations aberrantes de collaborateurs réalisant des revenus de plusieurs milliers de francs en quelques jours sans le prélèvement d’aucun IS. Le 24 mars 2015, un nouvel entretien avait eu lieu, au cours duquel les problèmes précédemment constatés avaient été rappelés à la société, de même que la nécessité d’annualiser les revenus perçus par les médecins afin de déterminer les taux applicables, au demeurant illustrés par des exemples. Il lui avait également été rappelé que le taux d’impôt se déterminait compte tenu d’un revenu annualisé sur une base de deux cent quarante jours.
Dans la mesure où ils constituaient une partie du revenu de l’activité lucrative dépendante des collaborateurs de la société, les ESP, d’un montant total de CHF 1'392'765.- pour les années concernées, devaient être soumis à l’IS, ce qui n’avait pas été le cas, puisque la différence conservée par les collaborateurs, bien que constituant un revenu de leur activité lucrative dépendante, n’avait pas été imposée à la source, en violation des dispositions légales applicables. Par ailleurs, les taux appliqués n’étaient pas corrects, puisque s’agissant de revenus périodiques réguliers, ils devaient être convertis sur une année, étant précisé que les collaborateurs concernés n’effectuaient pour le compte de la société qu’un nombre de jours de travail limité durant l’année. Il n’était pas contesté que la rémunération de chaque collaborateur pouvait différer d’un jour à l’autre, du fait du mode de calcul des salaires qu’elle avait librement choisi et d’un nombre de consultations variant chaque jour. S’agissant toutefois des collaborateurs concernés, ceux-ci n’effectuaient qu’un nombre de jours de travail limité durant l’année et n’étaient pas engagés à plein temps. Dès lors, les barèmes disponibles pour l’IS étaient adéquats et des annualisations devaient être effectuées pour déterminer le taux d’imposition applicable.
Conformément à la pratique, il s’agissait de prendre en compte une base de deux cent quarante jours de travail par an, les spécificités de la profession ne permettant pas d’aboutir à un nombre inférieur. À cela s’ajoutait que certains de ses collaborateurs avaient travaillé plus de deux cent vingt jours en 2012 et même plus de deux cent soixante en 2013, ce qui allait à l’encontre de ses arguments.
Étant donné que la société devait procéder aux retenues d’IS de manière adéquate, elle ne pouvait se défausser de sa responsabilité au motif que ses collaborateurs auraient dû lui signaler leurs autres sources de revenus. Il n’était pas non plus question d’autres revenus qui auraient dû faire l’objet d’une taxation complémentaire, mais bien des revenus d’activités lucratives dépendantes qu’elle avait versés et qui auraient dû faire l’objet de retenus d’IS plus élevées. Par ailleurs, quasiment aucun des collaborateurs pour lesquels des reprises avaient été effectuées n’exerçait exclusivement au sein de la société, si bien que les arguments en lien avec un traitement identique de tous ses collaborateurs étaient infondés.
Les amendes étaient également justifiées tant dans leur principe que dans leur quotité, dès lors que les organes de la société avaient fait preuve de négligence en omettant de prélever l’IS de manière suffisante, ce dont le montant de l’amende, fixé au minimum légal, tenait compte. Sa bonne collaboration et l’incidence financière de la peine étaient également pris en compte.
L’argument selon lequel ses collaborateurs n’auraient pas pu lui expliquer comment l’IS devait être prélevé dans sa situation au vu de ses particularités et de sa complexité ne pouvait pas non plus être suivi, des explications lui ayant été fournies à l’occasion de l’entretien du 24 mars 2015 sur la manière dont elle aurait dû imposer les prestations reçues, soit en soumettant l’intégralité des rémunérations, y compris les ESP, et en annualisant pour le taux d’imposition lesdites rémunérations sur une base de deux cent quarante jours de travail, ce qui avait du reste été effectué lors de l’édition des bordereaux litigieux.
20) Le 20 novembre 2017, la société a recouru auprès du Tribunal administratif de première instance (ci-après : TAPI) contre cette décision, concluant à son annulation ainsi qu’à celle des bordereaux y relatifs.
Elle reprenait ses précédents arguments, indiquant que l’AFC-GE avait ignoré les particularités de son cas, pourtant déterminantes pour le calcul de l’IS. L’annualisation pratiquée par l’AFC-GE ne reposait sur aucune base légale, les directives applicables jusqu’en 2013 ne la mentionnant pas non plus. Ce n’était que depuis 2014 que ce principe avait été consacré pour le contribuable exerçant plusieurs activités à temps partiel et que la formule y relative contenait une partie spécifique dans laquelle l’employé devait mentionner son taux d’activité et la perception d’un revenu de la part d’un ou de plusieurs employeurs. Ainsi, en l’absence de barème « à l’acte », elle avait prélevé l’IS sur la base du salaire annuel, ce qui permettait de prendre en compte de manière optimale le caractère variable des rémunérations perçues ainsi que des particularités de chaque cas. En tout état de cause, si une annualisation devait être retenue, elle devait se baser non sur deux cent quarante jours comme l’avait estimé l’AFC-GE, mais sur cent vingt jours, eu égard à la statistique fédérale de l’observatoire suisse de la santé, qui attestait que le taux d’activité des médecins de premier recours en médecine privée était de 50 % en cas d’activité dans un cabinet situé à proximité d’un centre universitaire.
La méthode de calcul de l’AFC-GE était en outre arbitraire et contraire à l’égalité de traitement, puisqu'avait été appliqué, sans distinction, le procédé d’annualisation à tous les médecins, y compris à ceux travaillant exclusivement pour elle.
La décision relative aux ESP était également erronée, dès lors que les médecins étaient payés directement par les patients, de sorte qu’elle n’avait pas à prélever d’IS, une telle pratique ayant été admise par l’AVS.
S’agissant des amendes, elle ne devait pas supporter les conséquences du manque de clarté, voire des faiblesses juridiques du système de l’IS, l’AFC-GE n’ayant jamais pu lui indiquer selon quelles modalités exactes devaient s’effectuer les prélèvements. Une éventuelle négligence de la part des médecins qui auraient rempli leurs déclarations de manière incorrecte ne pouvait pas non plus lui être imputée, dès lors qu’il ne lui appartenait pas de remettre en doute la véracité des indications fournies par ses employés ni de procéder à des investigations supplémentaires.
21) Le 26 février 2018, l’AFC-GE a conclu au rejet du recours.
S’agissant des ESP, les médecins ne pouvaient être considérés comme indépendants sous l’angle du droit fiscal, de sorte qu’il ne leur appartenait pas d’annoncer leurs revenus à ce titre. Il s’agissait de salaires versés par la société en tant qu’employeur, sur lesquels l’IS devait être perçu.
Au vu des dispositions légales applicables durant les périodes fiscales concernées, des annualisations devaient être effectuées pour déterminer le taux d’imposition applicable. Par ailleurs, dans la mesure où de nombreux médecins travaillaient plus de cent vingt jours, il ne se justifiait pas de retenir une telle base d’imposition.
22) Le TAPI a tenu une audience de comparution personnelle des parties le 12 septembre 2018.
a. Selon les représentants de l’AFC-GE, avant l’adoption de la directive de 2014, dans les cas d’emploi à temps partiel, elle ne se posait pas la question de savoir si l’employé travaillait également pour un autre employeur et annualisait systématiquement le taux, l’entrée en vigueur en 2014 de la nouvelle directive n’ayant pas modifié cette situation. C’étaient ces instructions qui étaient données à l’employeur à charge pour l’employé, si nécessaire, de contacter l’autorité fiscale en fin d’année afin qu’il soit procédé aux rectifications utiles, à la baisse ou à la hausse. L’information donnée visait en réalité les employés à temps complet, dont les employeurs pouvaient rectifier en fin d’année l’imposition, s’agissant du barème à appliquer, annuel ou horaire journalier, ce qui n’était pas le cas pour les employés à temps partiel, pour lesquels aucune rectification de la part de l’employeur n’était possible. En 2014, compte tenu de l’introduction d’un nouveau barème et de l’adoption de directives fédérales plus claires, la directive 2014 avait été adoptée afin que l’imposition se fasse de manière plus conforme à la loi fédérale sur l’harmonisation des impôts directs des cantons et des communes du 14 décembre 1990 (LHID -
RS 642.14
).
Dès qu’il y avait plus d’un employeur, le taux annualisé était applicable, en considération du fait que l’employeur principal ne pouvait pas connaître les éventuels autres employeurs. Une annualisation du taux évitait en outre qu’en fin d’année un employé ne se retrouve avec une imposition supplémentaire trop importante. Auparavant, la prise en compte de revenus étrangers n’était pas expressément prévue, ce qui était le cas selon la directive 2014. Une situation comme celle de la société ne s’était jamais présentée, puisqu’en cas de doute les employeurs la contactaient en général et il était discuté de ce qui était envisageable. Dans des cas similaires, notamment s’agissant des sociétés de location de services dans le bâtiment, le taux était toujours annualisé, les entreprises en cause ne pouvant pas se permettre de ne pas prélever en suffisance l’IS. Pour effectuer les reprises en lien avec les ESP, elle s’était basée sur les chiffres fournis par la société. Par ailleurs, le risque qu’un patient ne paie pas ou seulement tardivement la facture qui lui était adressée était inhérent à toute activité professionnelle. Dans le cadre de la présente procédure, le calcul du « gross up » (calcul en dedans) n’avait pas été effectué, en considération du fait que la société se retournerait ensuite auprès des médecins concernés, étant précisé qu’elle n’entendait pas communiquer à ce sujet compte tenu du secret fiscal. S’il s’avérait qu’un montant avait été imposé à double, à savoir chez le médecin et ensuite réclamé à la société, il appartenait au contribuable de réclamer à son encontre. Dans le cadre du contrôle, il avait été décidé d’appliquer un taux annualisé du fait qu’elle disposait du nombre de jours travaillés par les médecins. D’autres barèmes étaient applicables, en fonction des informations fournies, mais n’avaient pas pu l’être en l’occurrence, puisque les chiffres retenus n’avaient pas été contestés par la production d’une nouvelle liste récapitulative corrective par la société, seul document qui lui aurait permis de corriger le préavis de reprise.
b. Les représentants de la société ont indiqué que, depuis 2001, la majeure partie de ses médecins étaient domiciliés à l’étranger. Les ESP représentaient environ 2 % de ses activités. La société ne se renseignait en outre pas sur la qualité d’indépendant de ses médecins. Ceux-ci étaient payés à l’acte et ne percevaient pas de revenus périodiques pouvant être annualisés.
23) Par courrier du 24 septembre 2018, l’AFC-GE a précisé qu’elle n’avait effectué aucune reprise s’agissant des médecins domiciliés à Genève, qui n’étaient pas soumis à l’IS. Entre son courriel du 29 juin 2015 et la clôture de la procédure en rappel et soustraction d’IS s’était écoulé plus d’un an, période durant laquelle la société ne lui avait fait parvenir aucune proposition.
S’agissant des médecins soumis à l’IS, il ressortait des listes récapitulatives annexées aux bordereaux qu’elle avait tenu compte des retenues IS déjà effectuées par la société. En outre, après vérification, il s’avérait que pendant les années litigieuses, cinquante-trois demandes de rectifications avaient été présentées par dix-neuf contribuables distincts, sur un total de septante-sept contribuables qui avaient fait l’objet d’une reprise dans le cadre de la procédure de rappel d’impôt de la présente procédure. Aucun médecin n’avait déclaré les ESP.
Avant l’adoption de la directive 2014, elle avait clairement indiqué lors de l’audience que sa pratique était, dans le cas d’une activité à temps partiel et l’existence de plusieurs employeurs, l’annualisation systématique du taux. La situation n’avait pas changé depuis l’adoption de ladite directive, les modifications apportées ne concernant que l’adaptation des bases de calcul des barèmes de l’IS.
La société ne pouvait pas non plus avancer qu’aucune explication ne lui avait été fournie, dès lors que pour chaque année fiscale concernée, une liste récapitulative avait été annexée aux bordereaux.
24) Le 10 octobre 2018, la société a indiqué qu’elle avait eu connaissance de deux cas dans lesquels ses médecins, domiciliés à Genève, avaient fait l’objet de reprises. Par ailleurs, il n’était pas acceptable que l’AFC-GE effectue des reprises sur des médecins soumis à l’IS et à son égard, sous peine d’un paiement à double de l’impôt, pour le même revenu. L’AFC-GE n’avait pas non plus indiqué qu’elle rembourserait les contribuables concernés. En outre, l’AFC-GE n’était pas habilitée à ouvrir à son encontre une procédure en rappel d’impôt, qui ne pouvait être dirigée que contre le contribuable, le DPI étant, quant à lui, soumis à la procédure en paiement complémentaire, qui était désormais prescrite pour les années 2006 à 2008.
25) Les 19 novembre et 3 décembre 2018, l’AFC-GE a précisé que pour les périodes fiscales 2006 et 2007, aucun bordereau n’avait été édité, dès lors qu’elle partait du principe que les listes récapitulatives des contribuables issues de son dossier informatique faisaient office de bordereaux. Les affirmations de la société étaient erronées, dès lors qu’une procédure en rappel et soustraction d’impôt pouvait être ouverte à l’encontre d’un employeur n’ayant pas prélevé l’IS sur le salaire de ses employés ou l’ayant prélevé de manière insuffisante. La prescription n’était ainsi pas acquise, les périodes fiscales litigieuses ayant déjà fait l’objet d’une taxation. Il en allait de même de la prescription des amendes. En outre, la présente procédure concernait uniquement les médecins soumis à l’IS et non ceux soumis au rôle ordinaire, étant rappelé que deux procédures en rappel d’impôt ouvertes à l’encontre de médecins portaient sur les ESP, non inclus dans la procédure ouverte à l’encontre de la société. Les rectifications qui concernaient les dix-neuf contribuables, à leur demande, n’étaient pas en lien avec les ESP. Par conséquent, contrairement à ce que soutenait la société, elle n’entendait aucunement prélever deux fois l’impôt.
26) Le 8 janvier 2019, la société a expliqué que, dans les relations entre l’AFC-GE et le DPI, il n’existait pas de bordereaux, mais des décomptes. L’AFC-GE ne pouvait ainsi procéder par un rappel d’impôt qu’à l’encontre de taxations, soit dans sa relation avec le seul contribuable, et non la concernant en tant que DPI.
27) Par jugement du 14 janvier 2019, le TAPI a partiellement admis le recours de la société.
Pour l’IS 2006 et 2007, bien que l’AFC-GE ait qualifié la procédure de rappel d’impôt, il s’agissait d’un paiement complémentaire à l’IS insuffisamment perçu, en l’absence de décision fixant le montant de l’impôt préalablement notifiée à la société, pour lequel le délai de prescription, de cinq ans, était échu le 5 décembre 2014. Les bordereaux d’impôt devaient ainsi être annulés pour ces deux années. Il en allait différemment des autres années fiscales, pour lesquelles l’AFC-GE avait notifié à la société des bordereaux d’IS avant l’échéance du délai de prescription du droit de taxer. Il s’agissait dans ce cas d’un rappel d’impôt, dont le délai d’ouverture n’était pas échu et dont le bien-fondé n’était en outre pas contesté.
Les bases légales et réglementaires applicables permettaient de procéder à l’annualisation de revenus périodiques soumis à l’IS pour le calcul du taux d’imposition, que l’employé travaillât ou non à plein temps. Le fait qu’avant 2014 les directives soient muettes à ce sujet n’était pas déterminant. La spécificité de la profession de médecin urgentiste ne changeait rien au fait que les revenus découlant des consultations se renouvelaient durant les années en cause, même s’il n’était pas possible de définir précisément cette régularité. La rémunération devait ainsi être qualifiée de périodique et être annualisée pour déterminer le taux d’imposition. Pour le calcul du taux, il devait être tenu compte d’une activité à plein temps, du fait que les médecins de premier recours travaillaient plus de quarante-cinq heures par semaine, sur la base d’une durée annuelle de deux cent trente et un jours correspondant aux jours travaillés par année à Genève. La société n’ayant pas procédé à une telle annualisation, elle avait effectué des retenues d’IS insuffisantes. Il en allait de même des ESP, qui étaient soumis à l’IS en tant que revenu de l’activité salariée, indépendamment de la dénomination du rapport juridique entre le médecin et la société et de l’avis des services de l’AVS, qui ne liait pas l’AFC-GE.
Le fait que l’AFC-GE ait annualisé le revenu de l’ensemble des médecins travaillant pour la société, sans égard à leur taux d’activité, pouvait certes paraître critiquable sous l’angle de l’égalité de traitement. Il n’en demeurait pas moins que les barèmes d’IS étaient limitativement prévus par la réglementation applicable et établis compte tenu d’un revenu horaire, mensuel ou annuel, un système tel que pratiqué par la société étant inconnu. Par nature schématique, les barèmes ne pouvaient prendre en compte la situation individuelle de chaque médecin.

S’agissant des amendes, elles n’étaient prescrites en application ni du nouveau ni de l’ancien droit, celles relatives aux années 2006 et 2007 n’entrant plus en considération. Durant les années en cause, la société avait prélevé des montants d’IS insuffisants, comme précédemment indiqué. Elle ne pouvait se prévaloir du manque de clarté des normes légales et des directives applicables et, en cas de doute, il lui appartenait de contacter l’AFC-GE, ce qu’elle n’avait pas fait. Ses organes avaient ainsi commis une faute, à tout le moins par négligence, qui lui était imputable. La quotité des amendes retenue par l’AFC-GE constituait la sanction minimale incompressible, si bien qu’elle était confirmée.
28) Par acte du 15 février 2019, la société a recouru auprès de la chambre administrative de la Cour de justice (ci-après : la chambre administrative) contre ce jugement, concluant principalement à son annulation concernant les rappels d’impôt et les amendes pour l’IS 2008 à 2013 et à l’octroi d’une indemnité de procédure, subsidiairement à la modification des reprises en tenant compte de la base de calcul de deux cent trente-et-un jours et à la modification des amendes en tenant compte de celle des reprises.
Elle reprenait ses précédents arguments, précisant que, contrairement à ce qu’avait retenu le TAPI, la période IS 2008 était prescrite, la procédure en rappel d’impôt ne pouvant être dirigée contre le DPI mais uniquement contre le contribuable, ce qu’elle avait du reste indiqué devant les premiers juges, qui avaient à tort considéré qu’elle n’avait pas contesté l’ouverture de la procédure en rappel d’impôt.
Il ne pouvait être question d’annualisation du revenu en considérant simplement qu’il suffisait a posteriori de demander une rectification de l’IS. En cette matière, il fallait au contraire tenir compte des principes constitutionnels, la charge fiscale des non-résidents ne devant pas différer de manière importante de celle des contribuables imposés selon la procédure ordinaire. À cela s’ajoutait qu’aucune disposition légale ne prévoyait une annualisation des revenus périodiques réguliers en cas d’assujettissement de moins d’une année. Une telle annualisation des revenus des médecins soumis à l’IS ayant une activité à temps partiel constituait en outre une inégalité de traitement par rapport à leurs confrères soumis à l’impôt ordinaire. La question de savoir si un médecin exerçait ou non une autre activité relevait de sa sphère privée et n’avait pas à être communiquée à son employeur, à qui il n’appartenait pas de mener des investigations à ce sujet. Subsidiairement, il convenait de retenir non pas deux cent trente et un jours travaillés, mais cent vingt jours, sur la base de la statistique de l’observatoire suisse de la santé.
Le principe des amendes était contesté, en l’absence de faute commise, dès lors qu’il ne lui appartenait pas de supporter le manque de clarté et les faiblesses juridiques du système de l’IS. Subsidiairement, le jugement du TAPI était erroné en tant qu’il maintenait en l’état, sans les corriger, les amendes relatives aux années 2008 à 2013, puisqu’il avait modifié la base de calcul retenue.
29) Le 22 mars 2019, l’AFC-GE a conclu au rejet du recours.
Le litige ne portait pas sur le bien-fondé de l’ouverture de la procédure en rappel d’impôt, question que la société n’avait pas contestée dans son recours au TAPI, mais évoquée en lien avec la qualité de contribuable dans des échanges ultérieurs d’écritures. En tout état de cause, le contribuable qui était partie à la présente procédure était bien la société, soit le DPI responsable du prélèvement correct de l’IS. Dès lors qu’elle avait notifié en date du 19 mai 2009 le bordereau d’IS 2008, la procédure ouverte le 5 décembre 2014 relevait du rappel d’impôt, dont le délai de prescription n’était pas échu.
Les médecins travaillaient selon une grille horaire et une durée de travail convenues, de sorte que les revenus étaient obtenus de manière régulière pendant les périodes concernées ou acquis à intervalles réguliers. Le raisonnement du TAPI était fondé sur la législation en vigueur en matière d’IS, qui permettait de procéder à l’annualisation des revenus périodiques pour le calcul du taux d’imposition, la méthode proposée par la société ne reposant sur aucun fondement.
Une personne physique exerçant plusieurs activités à temps partiel se voyait imposer au rôle ordinaire sur la base du cumul des revenus, qui déterminait le taux, de sorte que dans un tel cas l’annualisation n’avait pas lieu d’être. Aux fins d’assurer le respect du principe de la capacité contributive des personnes imposées à l’IS exerçant plusieurs activités à temps partiel, chacune de ces activités était imposée pour elle-même, sans cumul, et donc annualisée, afin d’obtenir un taux correct. Le principe d’égalité de traitement était ainsi respecté, puisqu’elle opérait une rectification.
Elle se ralliait aux développements et conclusions du TAPI pour le surplus.
30) Dans sa réplique du 2 mai 2019, la société a persisté dans les conclusions et termes de son recours.
En alléguant devant le TAPI que le médecin était le contribuable et qu’elle était le DPI, elle avait contesté le bien-fondé de l’ouverture de la procédure en rappel d’impôt à son encontre. Contrairement à ce que prétendait l’AFC-GE, les bordereaux concernaient le contribuable, et non le DPI, qui se voyait remettre un décompte, de sorte que les dispositions en matière de rappel d’impôt ne lui étaient pas applicables.
31) Par arrêt du 26 novembre 2019 (
ATA/1726/2019
), la chambre administrative a partiellement admis le recours de la société, annulé le jugement entrepris au sens des considérants et renvoyé le dossier à l’AFC-GE pour l’établissement de nouveaux bordereaux d’amende pour l’IS 2008 à 2013.
32) Le 27 avril 2021 (
2C_60/2020
), le Tribunal fédéral a admis le recours de la société en tant qu’il portait sur l’IFD et l’ICC 2008 à 2013, annulé l’arrêt du 26 novembre 2019 et renvoyé la cause à la chambre administrative pour qu’elle procède dans le sens des considérants.
L’AFC-GE avait notifié à la société des bordereaux d’impôt, à juste titre qualifiés de décisions, qui étaient entrés en force faute d’avoir été contestés. L’on se trouvait dès lors dans le cadre d’une procédure en rappel d’impôt, dirigée contre le DPI, pour laquelle la prescription n’était pas atteinte, pour aucune des périodes fiscales concernées, soit 2008 à 2013. Avant de vérifier le bien-fondé des reprises, l’autorité cantonale devait toutefois contrôler si les conditions du rappel d’impôt étaient réunies, même si le TAPI ne s’était pas prononcé sur ce point. La cause devait par conséquent être renvoyée à l’autorité précédente pour qu’elle procède à l’établissement des faits, puis se prononce sur lesdites conditions et rende une nouvelle décision. Pour les amendes, qui n’étaient prescrites pour aucune des périodes fiscales en cause, ni sous l’ancien ni sous le nouveau droit, la société ne contestait plus qu’elle n’avait pas retenu, à tort, l’IS sur les ESP. Elle contestait toutefois, dans le cadre de la procédure de rappel d’impôt, l’annualisation des revenus des médecins qu’elle employait pour la détermination du taux d’imposition. Le point de savoir si la société avait retenu un montant d’IS insuffisant en lien avec ces revenus, entraînant une perte fiscale, supposait donc de connaître quelle méthode de calcul devait être appliquée, ce qui devait être déterminé dans le cadre de la procédure de rappel d’impôt, dont il convenait de connaître l’issue avant de pouvoir statuer sur l’existence d’une soustraction fiscale.
33) Le 11 juin 2021, devant la chambre administrative, l’AFC-GE a conclu au rejet du recours.
La procédure en rappel et soustraction d’impôt litigieuse avait été ouverte à l’encontre de la société au motif que l’IS retenu était insuffisant, après l’apparition, dans le cadre de la procédure en rappel et soustraction d’impôt pour l’ICC et l’IFD 2004 à 2013, de l’absence de retenue d’IS sur les ESP. Pour les années encore litigieuses, la société lui avait remis les décomptes des mois de janvier à décembre et les listes récapitulatives correspondantes, documents sur lesquels elle s’était fondée pour établir les bordereaux d’IS entrés en force. Elle n’avait alors pas eu connaissance de l’absence de prélèvement de l’IS sur les prestations reçues en espèces par les médecins lors de consultations de patients de passage en Suisse, les documents susmentionnés ne lui ayant pas non plus permis de constater que les prestations soumises à l’IS n’avaient pas été imposées aux taux correct. Elle ne disposait en particulier d’aucun moyen de se rendre compte que l’annualisation des revenus des médecins pour la détermination du taux n’avait pas été effectuée ni que la société avait procédé à des prélèvements d’IS à des taux annuels alors que certaines prestations n’avaient été réalisées que durant quelques jours par mois, ce qui n’avait été mis en évidence que lors du contrôle dans les locaux de la société.
Elle avait alors été mise en possession des tableaux récapitulant les montants facturés aux patients par les médecins et du tableau général de leurs jours de consultation pour les années en cause. Avant de disposer des horaires et du nombre de jours travaillés, qui étaient variables de mois en mois, elle n’avait pas eu la possibilité de déterminer, au moyen des décomptes et des listes récapitulatives remises, que les prestations soumises à l’IS n’avaient pas été imposées au taux correct et n’avait, dans ce cadre, aucune raison de procéder à des investigations complémentaires au moment de la notification des bordereaux d’IS, en l’absence d’inexactitude flagrante. Il s’ensuivait qu’elle était légitimée à ouvrir une procédure en rappel d’impôt lors de la découverte de nouveaux éléments, apparus à l’occasion du contrôle sur place, qui lui permettaient de supposer que la société n’avait pas procédé à une retenue complète de l’IS sur le salaire de ses employés pour les années litigieuses. Cette omission constituait une violation d’une obligation légale lui incombant entraînant une perte fiscale pour la collectivité, si bien que les conditions objectives d’une soustraction fiscale étaient réalisées. Elle persistait par ailleurs dans ses précédentes écritures, auxquelles elle se référait.
34) Le 25 juin 2021, la société a conclu à l’annulation du jugement du TAPI concernant les rappels d’impôt et les amendes pour l’IS 2008 à 2013 et à l’octroi d’une indemnité de procédure, subsidiairement à la modification des reprises en tenant compte de la base de calcul de cent vingt jours et à la modification des amendes en tenant compte de celle des reprises.
Les conditions pour ouvrir une procédure en rappel d’impôt n’étaient pas réalisées. Elle avait ainsi rempli les déclarations d’IS pour les années 2008 à 2013 conformément aux directives en vigueur, comme elle le faisait de manière constante depuis plus de vingt ans. Aucun reproche n’ayant été formulé à son encontre au sujet de sa manière de procéder jusqu’alors, elle n’avait aucune raison d’interroger l’AFC-GE, ce d’autant moins au regard du droit applicable, qui ne laissait aucun doute sur le montant d’IS à prélever.
Les critiques de l’AFC-GE n’avaient été initiées que fin 2014, à la suite de l’adoption de la directive de 2014, ce qui ne pouvait constituer un motif de rappel d’impôt, lequel ne pouvait pas non plus pallier une instruction déficiente au cours de la procédure ordinaire de taxation. Dans ce cadre, le dossier contenait déjà des listes récapitulatives, qui indiquaient, pour de nombreux médecins, un impôt « 0.00 », ainsi que le revenu correspondant dans chaque cas. Au vu de ces éléments, l’AFC-GE devait se rendre compte que l’IS n’était pas prélevé et que les revenus étaient extrêmement bas, si bien que la question de savoir si ces médecins disposaient d’une source de revenus accessoires devait se poser. L’AFC-GE ne lui ayant jamais demandé de renseignements complémentaires à ce sujet, elle ne pouvait à présent se prévaloir de ces éléments pour justifier un rappel d’impôt. De surcroît, la question de savoir si un médecin exerçait une autre activité ressortissait à sa sphère privée et il n’avait pas à communiquer une telle information à son employeur ni à l’indiquer dans la formule remise à ce dernier avant 2014. En définitive, elle avait, du point de vue fiscal, rempli toutes ses obligations et il appartenait à l’AFC-GE de procéder aux investigations nécessaires, ce qu’elle n’avait pas fait. Par ailleurs, en tant que l’annualisation des revenus des médecins pour la détermination du taux d’imposition ne trouvait pas application pour les périodes concernées, aucune taxation n’était « à tort » restée incomplète. À cela s’ajoutait que l’IS ayant fait l’objet d’une rectification pour dix-neuf contribuables, comme l’avait indiqué l’AFC-GE, celle-ci entendait encaisser deux fois l’impôt, de sorte qu’il n’en résultait aucune perte fiscale pour la collectivité. Par conséquent, toute ouverture d’une procédure en rappel d’impôt était exclue.
À défaut, des mesures d’instruction devaient être ordonnées. Il convenait en particulier de déterminer si l’ouverture des procédures en rappel et soustraction d’impôt n’était pas fondée sur une nouvelle appréciation juridique du dossier, en établissant le contenu de celui-ci au moment de la taxation ordinaire, de vérifier l’existence d’une perte fiscale, au regard des rectifications apportées pour dix-neuf contribuables ou encore d’établir si le substrat fiscal n’avait pas fait l’objet d’une taxation auprès des médecins concernés. En tant que de besoin, la cause devait être renvoyée au TAPI, afin de garantir le respect du double degré de juridiction.
Sur le fond, la société reprenait les arguments développés dans ses précédentes écritures. S’agissant des amendes, elle n’en contestait pas la quotité, mais les éléments constitutifs de l’infraction, qui n’étaient pas réalisés puisque les conditions pour ouvrir les procédures en rappel d’impôt n’étaient pas remplies. L’AFC-GE ne pouvait pas lui reprocher l’application d’une méthode erronée, dès lors que cette autorité n’avait pas su lui expliquer comment procéder et s’était abstenue, comme le TAPI, de mentionner les bases légales applicables.
35) Dans sa réplique du 29 juillet 2021, la société a persisté dans les conclusions et termes de son recours.
Les éléments mentionnés par l’AFC-GE pour justifier l’ouverture de la procédure en rappel d’impôt n’étaient pas pertinents, dès lors que la problématique des ESP n’était plus litigieuse. De plus, le rappel d’impôt n’équivalait pas à un nouvel examen complet de la taxation, mais ne portait que sur les points pour lesquels l’autorité fiscale disposait de nouveaux éléments, et il devait se limiter aux aspects au sujet desquels les conditions légales étaient remplies. Même si l’AFG-GE avait considéré que les conditions du rappel d’impôt étaient réalisées pour les ESP, lesdites conditions ne permettaient pas d’étendre la procédure en rappel d’impôt sur la question de savoir si les revenus globaux des médecins devaient être extrapolés pour la détermination du taux d’imposition. L’AFC-GE ne pouvait pas non plus se prévaloir des pièces produites après l’initiation du contrôle pour soutenir qu’elle n’avait pas connaissance de tous les détails qui l’intéressaient et justifier a posteriori l’ouverture de la procédure de rappel d’impôt. La question était seulement de savoir si l’AFC-GE aurait dû se rendre compte au moment de l’émission des bordereaux d’un élément de fait essentiel à la lecture du dossier et procéder, le cas échéant, aux investigations requises.
36) Invitée à se déterminer, l’administration fédérale des contributions (ci-après : AFC-CH) ne s’est pas prononcée sur le recours.
37) Sur quoi, la cause a été gardée à juger, ce dont les parties ont été informées.
EN DROIT
1) La recevabilité du recours ayant déjà été admise, il n’y a pas lieu d’y revenir.
2) a. Le présent arrêt fait suite à celui du Tribunal fédéral du 27 avril 2021 (
2C_60/2020
).
En application du principe de l’autorité de l’arrêt de renvoi du Tribunal fédéral, l’autorité cantonale à laquelle la cause est renvoyée par celui-ci est tenue de fonder sa nouvelle décision sur les considérants de droit de l’arrêt du Tribunal fédéral. Elle est ainsi liée par ce qui a déjà été définitivement tranché par le Tribunal fédéral et par les constatations de fait qui n’ont pas été attaquées devant lui ou l’ont été sans succès. La motivation de l’arrêt de renvoi détermine dans quelle mesure la cour cantonale est liée à la première décision, décision de renvoi qui fixe aussi bien le cadre du nouvel état de fait que celui de la nouvelle motivation juridique (arrêt du Tribunal
6B_904/2020
du 7 septembre 2020 consid. 1.1 et les références citées ;
ATA/1179/2021
du 2 novembre 2021 consid. 2).
b. En l’espèce, à la suite de l’arrêt de renvoi du Tribunal fédéral, demeurent litigieuses les conditions permettant l’ouverture de la procédure en rappel d’impôt pour l’IS 2008 à 2013, de même que, pour lesdites périodes, la méthode de détermination du taux d’IS et les amendes pour soustraction fiscale, étant précisé que le fait pour la recourante de ne pas avoir retenu l’IS sur les ESP n’est plus contesté.
Comme l’a relevé le Tribunal fédéral, le droit de procéder au rappel d’impôt pour les années 2008 à 2013 n’est pas prescrit, pas plus que l’infraction de soustraction d’impôt pour les mêmes années.
Par ailleurs, s’agissant du droit applicable, il sera renvoyé aux considérants de l’arrêt du Tribunal fédéral y relatif, étant précisé qu’il s’agit de celui en vigueur pendant les périodes fiscales en cause.
3) Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque-là inconnus de l’autorité fiscale lui permettent d’établir qu’une taxation n’a pas été effectuée, alors qu’elle aurait dû l’être, ou qu’une taxation entrée en force est incomplète ou qu’une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l’autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l’impôt qui n’a pas été perçu, y compris les intérêts (art. 151 al. 1 de la loi fédérale sur l’impôt fédéral direct du 14 décembre 1990 - LIFD -
RS 642.11
; art. 53 al. 1 LHID ; art. 59 al. 1 de la loi de procédure fiscale du 4 octobre 2001 - LPFisc -
D 3 17
).
Le rappel d’impôt est le pendant, en faveur du fisc, de la révision en faveur du contribuable. Cette procédure porte sur la perception d’impôts qui n’ont pas pu être prélevés par l’administration fiscale au cours de la taxation ordinaire. Le rappel d’impôt n’est soumis qu’à des conditions objectives : il implique qu’une taxation n’a, à tort, pas été établie ou est restée incomplète, de sorte que la collectivité publique a subi une perte fiscale. Il suppose aussi l’existence d’un motif de rappel, qui peut résider dans la découverte de faits ou de moyens de preuve inconnus jusque-là, soit des faits ou moyens de preuve qui ne ressortaient pas du dossier dont disposait l’autorité fiscale au moment de la taxation. Le rappel d’impôt ne peut porter que sur les points pour lesquels l’autorité fiscale dispose de nouveaux éléments (ATF
144 II 359
consid. 4.5.1 et les références citées arrêt du Tribunal fédéral
2C_116/2021
du 8 juillet 2021 consid. 6.1).
Selon la jurisprudence, l’autorité fiscale peut, en principe, considérer que la déclaration d’impôt est exacte et complète et elle n’est pas tenue, à défaut d’indices correspondants, de rechercher des informations complémentaires. En raison de la maxime inquisitoire, l’autorité doit cependant procéder à une analyse plus approfondie lorsqu’il ressort manifestement du dossier que les faits déterminants sont incomplets ou peu clairs. Lorsque l’autorité fiscale aurait dû se rendre compte de l’état de fait incomplet ou inexact, le rapport de causalité adéquate entre la déclaration lacunaire et la taxation insuffisante ou incomplète est interrompu et les conditions pour procéder ultérieurement à un rappel d’impôt font défaut (ATF
144 II 359
consid. 4.5.1 ; arrêt du Tribunal fédéral
2C_116/2021
précité consid. 6.2). Par ailleurs, la décision sur rappel d’impôt fixe le supplément à payer par le contribuable en lien avec l’élément qui n’a – à tort – pas été imposé et ne représente pas une prétention fiscale de nature différente de la créance primitive d’impôt (ATF
144 II 359
consid. 4.5.1).
4) L’IS est notamment perçu sur le revenu de l’activité des travailleurs qui, sans être domiciliés ni en séjour en Suisse au regard du droit fiscal, exercent une activité lucrative dépendante dans le canton pendant de courtes périodes, durant la semaine ou comme frontaliers (art. 91 aLIFD, art. 35 al. 1 aLHID et art. 7 de la loi sur l’imposition à la source des personnes physiques et morales du 23 septembre 1994 [LISP -
D 3 20
], dans leur teneur avant le 1
er
janvier 2014). L’IS se substitue à l’IFD perçu selon la procédure ordinaire (art. 99 aLIFD ; art. 35 al. 2 aLHID ; art. 17 aLISP). Le système d’imposition à la source se fonde sur le principe de l’auto-taxation (ATF
135 II 274
consid. 3.3). L’IS est perçu en une fois par le DPI, à savoir l’employeur du contribuable, qui a l’obligation de retenir l’impôt dû, de remettre au contribuable un relevé ou une attestation et de verser périodiquement les impôts à l’autorité fiscale compétente (art. 100 al. 1 let. a à c LIFD). Il est responsable du paiement de l’IS et reçoit en contrepartie une commission de perception (art. 100 al. 2 et 3 LIFD ; art. 37 LHID ; art. 18a LISP). Dans le système d’imposition à la source, le DPI a les obligations formelles et matérielles liées au rapport juridique d’impôt à la place du contribuable, la doctrine parlant à ce sujet de substitution fiscale. Celle-ci est dite cumulative du point de vue formel, car le contribuable reste soumis à l’obligation de collaborer et de fournir des renseignements selon l’art. 136 LIFD. Du point de vue matériel, la substitution était, sous l’ancien droit, au niveau de l’IFD, dite « privative » ou exclusive, en ce sens que le contribuable n’assumait aucune responsabilité solidaire (arrêt du Tribunal fédéral
2C_60/2020
précité consid. 6.1 et les références citées). Le DPI se substitue au contribuable également pour l’ICC (arrêt du Tribunal fédéral
2C_713/2019
du 30 avril 2020 consid. 4.1). Toutefois, si les impôts retenus sont insuffisants, la différence peut être exigée du contribuable (art. 38 al. 3 aLHID ; art. 21 al. 2 aLISP).
5) a. En l’espèce, la recourante conteste les conditions d’ouverture de la procédure en rappel d’impôt, qui ne seraient pas réunies pour l’IS 2008 à 2013.
Il ressort du dossier que l’autorité intimée a informé la recourante de l’ouverture d’une procédure en rappel et soustraction d’impôt concernant spécifiquement l’IS 2004 à 2013 par courrier du 5 décembre 2014, après un contrôle effectué dans ses locaux du 11 au 13 novembre 2014 concernant l’ICC et l’IFD pour les mêmes périodes, qui avait mis en évidence que les ESP n’avaient pas été soumis à l’IS. Un nouveau contrôle a été effectué au siège de la société du 18 au 19 décembre 2014 lors duquel il est apparu non seulement que la recourante n’avait pas soumis les salaires des médecins percevant l’ESP à l’IS, mais également que le taux appliqué par la recourante pour le prélèvement de l’IS de ses employés n’était pas correct.
b. La recourante allègue que ces éléments n’étaient pas nouveaux, dès lors qu’ils ressortaient déjà des décomptes d’IS pour les années concernées et des listes récapitulatives, documents régulièrement remis à l’autorité intimée, laquelle pouvait se rendre compte du taux appliqué puisque pour certains de ses employés, l’impôt était de « 0.00 ». Même s’il n’est pas contesté que la recourante a remis ces documents à l’AFC-GE en sa qualité de DPI et que pour certains employés aucun IS n’était perçu, ces seuls éléments ne présentaient pas d’inexactitudes flagrantes au point de permettre à l’autorité fiscale de se rendre compte de l’insuffisance du prélèvement d’IS opéré, tant s’agissant des ESP – même si cet élément n’est plus litigieux – que du taux appliqué. En effet, ce n’est que lors de la remise des documents à l’occasion du contrôle du mois de décembre 2014, à savoir les jours de consultation de chaque médecin, les horaires par médecin et par jour de travail, la liste des ESP pour chaque médecin, les rétributions versées par mois ainsi que, le 4 février 2015, le tableau général du nombre de jours de consultation des différents médecins que l’AFC-GE a été en mesure de se rendre compte que les prestations soumises à l’IS n’avaient pas été imposées au taux correct, en particulier que l’annualisation des revenus des médecins n’avait pas été effectué et que la recourante avait en réalité procédé à des prélèvement d’IS à des taux annuels, et ce alors même que certaines prestations n’avaient été réalisées que durant quelques jours par mois. Ces éléments ne ressortaient ainsi pas des documents remis par la recourante à l’occasion de la taxation ordinaire, si bien que l’AFC-GE n’avait pas à effectuer des investigations complémentaires, ce d’autant moins au regard du rôle du DPI en matière d’IS.
La recourante soutient que ce n’est que lors de l’entrée en vigueur de la directive 2014 que l’autorité intimée aurait décidé de procéder à une annualisation des salaires pour le taux d’IS, ce que ses représentants auraient admis lors de leur audition. Elle se méprend toutefois sur le sens et la portée des déclarations desdits représentants devant le TAPI, lesquels ont, au contraire, expliqué que le taux était systématiquement annualisé et que l’entrée en vigueur de cette directive n’avait rien changé de ce point de vue, laquelle avait été adoptée afin que l’imposition se fasse de manière plus conforme à la LHID. Ce faisant, la recourante ne saurait prétendre que l’AFC-GE n’aurait, avant 2014, pas procédé de manière conforme à la LHID, ce qui ne ressort pas des déclarations de ses représentants. Ceux-ci ont également expliqué que des instructions dans le sens d’une annualisation avaient été données avant même l’adoption de la directive 2014 et qu’une situation comme celle de la recourante ne s’était jamais présentée, puisqu’en cas de doute, les employeurs contactaient l’AFC-GE. La recourante ne saurait ainsi se prévaloir du fait qu’elle n’avait pas connaissance desdites instructions, ce que rien ne permet d’affirmer, le fait qu’elle aurait procédé d’une autre manière pendant près de vingt ans démontrant au surplus que la méthode appliquée n’était pas reconnaissable par l’autorité fiscale. La recourante ne peut pas non plus affirmer que l’absence de rubrique correspondante dans la formule remise par le salarié à l’employeur ne lui permettait pas de savoir si ses employés exerçaient ou non une autre activité pour le compte d’un employeur tiers, ni du fait qu’une telle information ressortirait à leur vie privée, étant donné que l’annualisation systématique pratiquée, comme l’ont indiqué les représentants de l’autorité intimée, permettait de pallier un tel déficit d’information, afin de simplifier la procédure. Enfin, c’est également en vain que la recourante se prévaut d’un manque de clarté de la méthode à appliquer, au regard des spécificités de son cas, puisque rien ne l’empêchait, en raison desdites spécificités, de prendre contact avec l’AFC-GE avant d’appliquer sa propre méthode pour déterminer le taux, étant encore rappelé qu’aucun élément du dossier ne permet d’affirmer que l’autorité intimée n’aurait pas su la renseigner sur la méthode à appliquer.
Au vu de ces éléments découverts lors des contrôles effectués dans les locaux de la recourante et qui constituent une violation de ses obligations légales, l’autorité intimée était fondée à ouvrir une procédure en rappel d’impôt pour l’IS 2008 à 2013 à son encontre.
c. La recourante soutient qu’il n’en serait résulté aucune perte fiscale pour la collectivité, dès lors que l’IS aurait fait l’objet d’une rectification pour dix-neuf contribuables et que l’AFC-GE entendait encaisser à double l’impôt. Un tel raisonnement ne saurait être suivi et ne repose pas sur le dossier. Outre qu’il s’agit seulement d’une partie des employés de la recourante, et non pas de la totalité de ceux qui sont concernés, l’AFC-GE a indiqué à plusieurs reprises durant la procédure qu’elle n’entendait pas prélever deux fois l’IS et que les rectifications en cause n’étaient pas en lien avec les ESP. Les retenues insuffisantes de l’IS pour les années en cause ont par conséquent bien entraîné une perte fiscale pour la collectivité, de sorte que de ce point de vue également, l’AFC-GE était fondée à ouvrir une procédure en rappel d’impôt pour les années 2008 à 2013. Il sera au surplus rappelé que la recourante, en tant que DPI, se substitue, dans le système de l’IS en vigueur lors des périodes fiscales en cause, au contribuable et que l’autorité fiscale peut exiger du DPI le paiement de l’impôt soustrait.
d. La recourante requiert, subsidiairement, des mesures d’instruction supplémentaires pour déterminer si les conditions d’ouverture de la procédure de rappel d’impôt sont réalisées. Il n’y a toutefois pas lieu d’y donner suite, puisque l’ensemble des éléments pertinents permettant d’admettre la réalisation desdites conditions figurent au dossier, comme précédemment mentionné, tant lors des taxations initiales, entrées en force, que lors de l’ouverture de la procédure en rappel et soustraction d’impôt. Il ne se justifie pas non plus de renvoyer le dossier à l’autorité précédente, dès lors que la chambre de céans dispose du même pouvoir d'examen en fait et en droit que le TAPI (art. 54 LPFisc ; art. 61 al. 1 de la loi sur la procédure administrative du 12 septembre 1985 - LPA-GE -
E 5 10
; arrêt du Tribunal fédéral
8C_257/2019
du 12 mai 2020 consid. 5.2).
6) La recourante conteste l’annualisation du revenu pour la détermination du taux d’IS effectué par l’autorité intimée.
a. Selon l’art. 91 aLIFD, les travailleurs qui, sans être domiciliés ni en séjour en Suisse, y exercent une activité lucrative dépendante pendant de courtes périodes, durant la semaine ou comme frontaliers, sont soumis à l’IS sur le revenu de leur activité, conformément aux art. 83 à 86 aLIFD. L’impôt est calculé sur le revenu brut, qui comprend tous les revenus provenant d’une activité pour le compte d’autrui, y compris les revenus accessoires (art. 84 aLIFD). L’AFC-CH établit le barème des retenues d’après les taux de l’IFD et fixe, en accord avec l’autorité cantonale, les taux qui doivent être incorporés dans le barème cantonal au titre de l’IFD (art. 85 al. 1 et 2 aLIFD). La retenue comprend par conséquent les impôts fédéral, cantonal et communal, les mêmes modalités de retenue à la source étant imposées aux cantons par les art. 2 al. 1 let. c LHID, 32 à 34 aLHID (art. 2 ss aLISP). L’IS se substitue à l’IFD perçu selon la procédure ordinaire (art. 99 aLIFD) et par conséquent également à l’ICC perçu selon la procédure ordinaire (ATF
136 II 241
consid. 10.3). D’après l’art 86 aLIFD, le barème tient compte des frais professionnels (art. 26 LIFD) et des primes et cotisations d’assurances (art. 33 al. 1 let. d, f et g LIFD) sous forme de forfait, ainsi que des charges de famille du contribuable (art. 35 et 36 LIFD).
b. Selon l’art. 209 al. 3 aLIFD, dans sa teneur au moment des périodes fiscales en cause et qui correspond désormais à l’art. 40 al. 3 LIFD, si les conditions d’assujettissement ne sont remplies que durant une partie de la période fiscale, l’impôt est prélevé sur les revenus obtenus durant cette période. Pour les revenus à caractère périodique, le taux de l’impôt se détermine compte tenu d’un revenu calculé sur douze mois ; les revenus à caractère non périodique sont soumis à un impôt annuel entier, mais ne sont pas convertis en un revenu annuel pour le calcul du taux. L’art. 63 al. 3 aLHID (désormais art. 15 al. 3 LHID) avait la même teneur. Sur le plan cantonal, il en va de même de l’art. 62 al. 3 de la loi sur l’imposition des personnes physiques du 27 septembre 2009 (LIPP -
D 3 08
), applicable à compter du 1
er
janvier 2010, et de l’art. 2 al. 4 de l’ancienne loi sur l’imposition dans le temps des personnes physiques du 31 août 2000 (aLIPP-II -
D 3 12
), applicable jusqu’au 31 janvier 2009.
Les revenus à caractère périodique correspondent à des revenus obtenus à intervalles réguliers (mensuellement, trimestriellement ou semestriellement) au cours de la période fiscale. Les revenus acquis en une seule fois au cours de la période fiscale correspondent en revanche à des revenus à caractère non périodique (Yves NOËL/Florence AUBRY GIRARDIN [éd.], Impôt fédéral direct, Commentaire romand, 2
ème
éd., 2017, p. 912 n. 26 et 30 ad art. 40 LIFD). Si le revenu a influencé la situation économique du contribuable pendant toute la période d’assujettissement, ce revenu aura un caractère périodique ; il sera considéré comme non périodique s’il n’a influencé la situation économique du contribuable que pendant une partie de la période d’assujettissement (Yves NOËL/Florence AUBRY GIRARDIN [éd.], op. cit., p. 913 n. 30 ad art. 40 LIFD). Le salaire mensuel, également celui provenant d’une activité à temps partiel, est un revenu à caractère périodique (Yves NOËL/Florence AUBRY GIRARDIN [éd.], op. cit., p. 913 n. 34 ad art. 40 LIFD).
Dans sa teneur en vigueur jusqu’au 31 décembre 2013, l’art. 1 al. 3 de l’ordonnance du département fédéral des finances sur l’imposition à la source dans le cadre de l’IFD du 19 octobre 1993 (OIS -
RS 642.118.2
) traitant des barèmes pour les travailleurs prévoyait que l’AFC-CH établissait les barèmes et les déductions applicables pour la taxation annuelle. Pour déterminer le taux, les revenus périodiques réguliers étaient convertis sur une année.
c. Dans le système fiscal suisse, l’annualisation des revenus pour fixer le taux de l’impôt se présente comme un principe généralement admis pour l’imposition des revenus à caractère périodique soumis à un taux progressif (ATF
131 II 562
consid. 3.7). La règle de l’annualisation des revenus est destinée à garantir le respect des principes constitutionnels de l’égalité de traitement entre contribuables et de l’imposition selon la capacité économique (art. 127 al. 2 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 - Cst. -
RS 101
). Le principe de la capacité contributive exige en effet que chaque contribuable participe à la couverture des dépenses publiques compte tenu de sa situation personnelle et en fonction de ses moyens, avec une charge fiscale adaptée à sa substance économique (ATF
131 II 562
consid. 3.7 et les références citées). Dans un cas concernant l’impôt sur le produit des jeux en application de l’ancienne loi fédérale sur les jeux de hasard et les maisons de jeu du 18 décembre 1998 (aLMJ -
RS 935.52
), le Tribunal fédéral a considéré que l’absence de règle d’annualisation avait valeur de lacune proprement dite que les autorités étaient fondées et tenues de combler dans une perspective d’interprétation conforme à la Cst. Une telle manière de faire n’avait pour effet ni d’étendre la qualité de contribuable, ni de créer de nouvelles matières imposables ou de nouveaux faits générateurs d’imposition, mais visait à compléter les règles relatives à la procédure de taxation et à l’imposition dans le temps. L’impôt sur le produit brut des jeux devait ainsi être prélevé selon les mêmes bases d’imposition pour tous les contribuables, quelle que soit la durée de leur assujettissement (ATF
131 II 562
consid. 3.8).
7) Les barèmes, de même que les déductions sociales, ont pour but d’adapter, de manière schématique, la charge d’impôt à la situation personnelle et économique particulière de chaque catégorie de contribuable, conformément au principe de l’imposition selon la capacité économique de l’art. 127 al. 2 Cst. Ce sont autant d’ajustements légaux de la charge fiscale qui montrent que le législateur a distingué les catégories de contribuables en fonction de leur capacité économique de façon à établir entre elles et, sous cet angle restreint, une certaine égalité de traitement. La réglementation légale en matière de déductions comprend nécessairement un certain schématisme en raison de la multiplicité des situations individuelles à considérer, ce qui est toutefois, de manière générale, compatible avec les principes ancrés à l’art. 127 Cst. Le Tribunal fédéral a retenu à plusieurs reprises qu’il n’était pas réalisable, pour des raisons pratiques, de traiter chaque contribuable de façon exactement identique d’un point de vue mathématique et que, de ce fait, le législateur était autorisé à choisir des solutions schématiques. S’il n’est pas possible de réaliser une égalité absolue, il suffit que la réglementation n’aboutisse pas de façon générale à une charge sensiblement plus lourde ou à une inégalité systématique à l’égard de certaines catégories de contribuables (ATF
141 II 338
consid. 4.5 et les références citées ; arrêt du Tribunal fédéral
2C_380/2020
du 19 novembre 2020 consid. 4.3).
8) a. En l’espèce, contrairement à ce que soutient la recourante, l’annualisation des revenus des médecins travaillant pour son compte en vue du calcul du taux d’imposition de l’IS repose bien sur les bases légales et réglementaires susmentionnées, qui prévoient expressément ce principe, lequel constitue au demeurant une règle généralement admise en droit fiscal suisse, indépendamment d’une activité à plein temps ou à temps partiel. Il importe ainsi peu que, comme l’allègue la recourante, les directives applicables pendant les périodes fiscales litigieuses ne prévoyaient rien à ce sujet.
La recourante ne peut pas non plus être suivie lorsqu’elle se prévaut de l’absence de périodicité des revenus perçus par ses médecins, en raison de leur irrégularité. S’il est vrai que leur rémunération peut être variable en fonction du nombre et de la durée des consultations effectuées dans l’année, il n’en demeure pas moins que les médecins qu’elle a engagés sur la base d’un contrat de travail offrent leurs prestations selon un horaire déterminé d’entente avec la recourante, pour un nombre de jours déterminés par année, une telle situation se renouvelant d’année en année. Ainsi, en tant qu’ils ont été obtenus à intervalles réguliers par les différents médecins qu’elle emploie, sur plusieurs années, les revenus perçus par ceux-ci doivent être qualifiés de périodiques. C’est dès lors à juste titre que l’AFC-GE a procédé à l’annualisation de leur rémunération pour déterminer le taux d’imposition, ce qu’a également confirmé le TAPI.
b. La recourante conteste le nombre de jours retenus par le TAPI pour procéder à une annualisation, indiquant que seuls cent vingt jours devaient être retenus, ce qui correspond à une activité à temps partiel, conformément à une étude de l’observatoire suisse de la santé. Une telle argumentation ne repose sur aucun fondement, ce d’autant moins que la recourante a indiqué que les médecins qu’elle employait avaient également une autre activité pour le compte d’autres entités ou en qualité d’indépendants, de sorte qu’ils n’exerçaient ainsi techniquement pas une activité à temps partiel. En retenant une activité exercée à plein temps pendant deux cent trente et un jours de travail par année civile sur la base du nombre légal de semaines de vacances par année, du nombre de jours travaillés par semaine et de jours fériés légaux à Genève, le TAPI, dont le raisonnement ne prête pas le flanc à la critique, a ainsi correctement procédé à l’annualisation des revenus des médecins pour la détermination du taux de l’IS, de sorte que le grief de la recourante sera également écarté.
c. Il en va de même de l’inégalité de traitement et de l’arbitraire invoqués. En particulier, l’AFC-GE n’apparaît pas avoir traité de manière différente les médecins soumis à l’IS, lesquels ont vu leur revenu systématiquement annualisé, comme ses représentants l’ont indiqué devant le TAPI, étant précisé que, d’une part, l’imposition à la source des étrangers non établis repose selon la jurisprudence sur des motifs objectifs (ATF
124 I 247
consid. 6) et, d’autre part, l’établissement de barèmes repose nécessairement sur un certain schématisme qui ne permet pas de prendre en compte chaque particularité, comme la fixation, en l’espèce, du salaire des médecins par rapport à un pourcentage du montant facturé aux patients. Ces griefs seront également écartés, de sorte que le jugement du TAPI sera confirmé sur le point considéré.
9) La recourante conteste les amendes infligées par l’autorité intimée pour soustraction d’impôt, arguant qu’aucune faute ne lui serait imputable.
a. Lorsque des obligations de procédure ont été violées ou qu’une soustraction ou une tentative de soustraction d’impôt a été commise au profit d’une personne morale, celle-ci est punie d’une amende (art. 181 al. 1 LIFD ; art. 57 al. 1 LHID ; art. 74 al. 1 LPFisc).
Ces dispositions renvoient respectivement aux art. 175 al. 1 LIFD, 56 al. 1 LHID et 69 al. 1 LPFisc pour définir l’infraction de soustraction fiscale. Aux termes de celles-ci, est puni d’une amende le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu’une taxation ne soit pas effectuée alors qu’elle devrait l’être, ou qu’une taxation entrée en force soit incomplète. Pour qu’il y ait soustraction, il faut qu’il y ait soustraction d’un montant d’impôt en violation d’une obligation légale incombant au contribuable et une faute de ce dernier, ainsi qu’un lien de causalité entre le comportement illicite et la perte fiscale subie par la collectivité (arrêt du Tribunal fédéral
2C_1006/2020
du 20 octobre 2021 consid. 8.1).
Pour qu’une soustraction fiscale soit réalisée, trois éléments doivent dès lors être réunis : la soustraction d’un montant d’impôt, la violation d’une obligation légale incombant au contribuable et la faute de ce dernier. Les deux premières conditions sont des éléments constitutifs objectifs de la soustraction fiscale, tandis que la faute en est un élément constitutif subjectif (
ATA/1179/2021
précité consid. 4).
Lorsque la soustraction d’impôt est commise par une personne morale, la faute ne peut être qu’un attribut de la personne physique, en l’espèce d’un organe de la personne morale, dont le comportement doit être imputé à celle-ci (ATF 135 II 86 consid. 4.2 et les références citées). La soustraction est punissable aussi bien lorsqu’elle est commise intentionnellement que lorsqu’elle l’est par négligence. Agit par négligence celui qui, par une imprévoyance coupable, ne se rend pas compte ou ne tient pas compte des conséquences de son acte. L’imprévoyance est coupable quand le contribuable n’a pas usé des précautions commandées par les circonstances et par sa situation personnelle, ce par quoi l’on entend sa formation, ses capacités intellectuelles et son expérience professionnelle (ATF
135 II 86
consid. 4.3).
b. La quotité de l’amende est, en général, fixée au montant de l’impôt soustrait. Si la faute est légère, l’amende peut être réduite jusqu’au tiers de ce montant ; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée (art. 175 al. 2 LIFD ; art. 56 al. 2 LHID ; art. 69 al. 2 LPFisc). Il convient notamment de réduire le montant de l’amende lorsque le contribuable a agi par négligence, celle-ci devant être considérée comme un cas de faute légère (
ATA/685/2021
du 29 juin 2021 consid. 11a).
10) En l’espèce, c’est à juste titre que le TAPI a retenu que l’action pénale n’était prescrite ni sous l’angle de l’ancien ni sous celui du nouveau droit, ce qui n’est du reste pas litigieux. Il résulte en outre de ce qui précède, en particulier des éléments mentionnés en lien avec les conditions d’ouverture de la procédure en rappel d’impôt, que les conditions objectives de l’infraction de soustraction d’impôt sont réalisées, puisqu’en ne procédant pas à l’annualisation des rémunérations de ses employés pour la détermination du taux d’IS et en n’effectuant aucun prélèvement en lien avec les ESP, la recourante a prélevé un montant d’IS insuffisant pour les années 2008 à 2013, créant ainsi un dommage pour la collectivité.
La recourante se prévaut d’un manque de clarté des dispositions légales applicables, l’AFC-GE n’ayant pas été en mesure de lui expliquer la manière de procéder à la détermination du taux de l’impôt. Comme précédemment expliqué, outre le fait qu’il ne ressort pas du dossier que tel aurait été le cas, la recourante, en sa qualité d’employeur et de DPI, ne pouvait ignorer le contenu des dispositions légales et réglementaires susmentionnées, applicables pendant les périodes fiscales en cause, indépendamment de l’existence ou non de directives en la matière. Si elle n’était pas certaine de la méthode à utiliser pour le prélèvement de l’IS, il lui appartenait de prendre contact avec l’AFC-GE, comme l’aurait fait tout employeur dans la même situation, et non pas de procéder selon une méthode qui lui était propre. C’est dès lors à juste titre que l’AFC-GE, tout comme le TAPI, a reconnu que ses organes avaient commis une faute, à tout le moins par négligence, qui lui est imputable.
S’agissant de la quotité des amendes infligées, que la recourante ne conteste pas, elle correspond au minimum, incompressible, prévu par la loi, soit le tiers du montant d’impôt soustrait, de sorte qu’elle sera également confirmée. Toutefois, étant donné que le TAPI a procédé à une correction, en faveur de la recourante, de la base de calcul retenue pour l’IS, en se fondant sur deux cent trente et un jours et non sur deux cent quarante jours comme l’avait fait l’autorité intimée, le montant des amendes doit être adapté en conséquence, de sorte que le recours sera très partiellement admis, sur ce seul point, et le dossier renvoyé à l’AFC-GE pour l’établissement de nouveaux bordereaux d’amende pour l’IS 2008 à 2013. Il appartiendra ainsi à l’AFC-GE de réduire proportionnellement le montant desdites amendes sur la base des reprises en matière d’IS, lesquelles doivent être effectuées en annualisant le revenu des médecins sur deux cent trente-et-un jours.
11) Vu l’issue du litige, un émolument de CHF 1'000.- sera mis à la charge de la recourante, qui succombe dans une très large mesure (art. 87 al. 1 LPA), et une indemnité de procédure de CHF 500.- lui sera allouée, étant donné qu’elle n'obtient que très partiellement gain de cause (art. 87 al. 2 LPA).
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