Decision ID: a4a3a241-da08-4553-9103-91e46d8b5676
Year: 2009
Language: fr
Court: VD_TC
Chamber: VD_TC_010
Canton: VD
Region: Région lémanique
Law Area: 

En fait :
A.
Par jugement du 2 mars 2009, dont la motivation a été envoyée le 9 avril 2009, le Tribunal civil de l'arrondissement de Lausanne a admis partiellement les conclusions du demandeur B._ (I), dit que le défendeur V._ doit payer au demandeur les sommes de 4'867 fr. 75 brut à titre d'indemnité pour vacances, de 2'882 fr. à titre de restitution de la part du demandeur à la ristourne versée par F._, de 5'250 fr. brut à titre de treizième salaire pour l'année 2004, sous déduction d'un montant de 1'274 fr., et de 54'185 fr. 60 brut à titre de paiement des heures supplémentaires (II), fixé les frais de justice du demandeur à 6'149 fr. 50 et ceux du défendeur à 5'779 fr. 50 (III), alloué au demandeur des dépens, par 12'149 fr. 50 (IV) et rejeté toutes autres ou plus amples conclusions (V).
La Chambre des recours fait sien dans son entier l'état de fait du jugement, dont il ressort ce qui suit :
"1. a) J._, dont le siège est situé à [...], est une entreprise individuelle qui a pour but l'étude, la fabrication et le commerce d'appareils électroniques et électriques, la maintenance d'appareils et d'installations et le commerce de tout produit ou substance à usage technique.
Le défendeur V._ en est le titulaire, avec signature individuelle.
Par lettre du 10 décembre 1987, le défendeur a confirmé l'engagement dans sa société du demandeur B._ à compter du 1
er
janvier 1988, ce en qualité d'ingénieur de développement. Son statut, qui n'est pas défini par un contrat de travail écrit, a évolué en celui d'ingénieur chef de projet et responsable informatique.
b) A son engagement, le demandeur gagnait un salaire mensuel brut de Fr. 5'900.-, treizième salaire en sus. La progression salariale s'est faite de la manière suivante : dès juillet 1989, le demandeur a perçu Fr. 6'400.- brut, dès mai 1990 Fr. 7'400.-, dès avril 1991 Fr. 7'800.-, dès juillet de la même année Fr. 7'850.-, dès avril 1992 Fr. 8'320.-, dès avril 1993 Fr. 8'610.-, dès avril 1994 Fr. 8'825.-, en avril 1995 Fr. 9'365.-, et Fr. 10'000.- dès le mois suivant, dès avril 1996 Fr. 10'200.-, dès avril 1997 Fr. 10'500.-, montant qui est resté fixe jusqu'en 2004.
Durant les rapports de travail, le défendeur a toujours remis au demandeur des décomptes de salaire annuels lui permettant de vérifier les retenues ponctionnées sur son salaire brut.
Il ressort du rapport d'expertise de Michel Pasche, de la Fiduciaire René Ischi & Partenaire, du 14 novembre 2005, que, dès 1995, le demandeur a bénéficié d'un salaire correct pour un cadre de son âge, du nombre d'années d'expérience et de sa formation, sa rémunération correspondant à celle d'un cadre moyen à supérieur. Pour arriver à cette conclusion, l'expert s'est fondé sur une conversation téléphonique avec M. L._ de l'entreprise R._, sur une évaluation des salaires dans différents domaines parue dans le journal l'HEBDO du 7 octobre 2004, ainsi que sur une évaluation réalisée par l'intermédiaire d'un site internet par le demandeur.
Sur la base du témoignage de A._, fille du défendeur, responsable administrative de l'entreprise, et de celui de S._, employé depuis 1982, il semblerait que le demandeur était la personne la mieux payée de J._.
Les témoins s'accordent à dire qu'il se considérait comme un cadre.
c) Dans un premier temps, l'horaire de travail était de 45 heures par semaine. Ainsi que cela ressort d'une note de service no 5.1 du défendeur, datée du 13 janvier 2003, il est passé à 42,50 heures par semaine, soit 8,50 heures par jour ou 2'216 heures par an, dès le 1
er
janvier 1994, pour un taux d'activité de 100 %. Dite note mentionne également ce qui suit : "
chaque personne est tenue de remplir à chaque arrivée et à chaque départ et de manière exacte le formulaire "
grille horaire
" qui permet le contrôle et la gestion des heures.
Aucun de ces formulaires
numérotés
ne doit être détruit
, perdu ou stocké dans un tiroir. Les grilles qui auraient été mal remplies doivent sans exception être remises avec le rapport mensuel, biffées, avec la mention "annulée
".
C'est à l'initiative du demandeur que le système de la grille horaire a été mis en place. Malgré les multiples demandes d'une bonne partie du personnel, le défendeur n'a jamais voulu introduire l'usage d'une timbreuse.
Toujours selon la note de service no 5.1, le droit aux vacances, fixé à la base à 4 semaines par année (170 heures), augmentait en fonction du nombre d'années de service, pour atteindre au maximum 220 heures par an (5 semaines) après 15 années de service dans l'entreprise, ce qui était le cas du demandeur à la fin des rapports de travail. Le document détaille le droit aux vacances de la manière suivante : 175 heures par année dès la 6
ème
année de service, 180 heures dès la 7
ème
année, 185 heures dès la 8
ème
année, 190 heures dès la 9
ème
année, 195 heures dès la 10
ème
année, 200 heures dès la 11
ème
année, 205 heures dès la 12
ème
année, 210 heures dès la 13
ème
année, 215 heures dès la 14
ème
année et 220 heures dès la 15
ème
année.
2. a) Depuis janvier 1998, le demandeur remplissait chaque mois un rapport mensuel d'activité, complété par une fiche de travail FG, établissant le nombre d'heures à travailler, le nombre d'heures effectivement travaillées et les heures supplémentaires qui en résultaient (pièce 53a).
Une note de service no 2 b, établie le 28 février 1997, sous-entend que les rapports mensuels sont indispensables à la facturation du travail, tout retard pouvant entraîner des pertes de facturation. Ils doivent être remis impérativement le deuxième jour ouvrable du mois.
Une note de service no 3.1, établie le 17 avril 2001, rappelle l'ensemble des points exposés dans la note précédente. Les témoignages recueillis concordent pour dire que le demandeur avait du retard dans la remise de ses rapports, mais qu'il s'agissait d'un fait général, régulièrement répandu parmi les autres cadres, et qui, selon les témoins Z._ et K._, eux-mêmes piliers de l'entreprise, n'aurait pas entraîné de perte de clients, mais tout au plus des difficultés de gestion pour le défendeur. Seule A._, responsable de la facturation dans l'entreprise depuis 1999, affirme que ces problèmes de facturation ont eu pour conséquence la perte d'un projet G._.
Le 4 juillet 2002, le défendeur a encore adressé une note de service no 6.2 aux collaborateurs de l'entreprise, parmi lesquels le demandeur, leur demandant de participer tous les mercredis à 10 heures à une réunion "afin de favoriser la collaboration, l'organisation et la communication au sein de l'entreprise".
b) Le demandeur a toujours réalisé des heures supplémentaires, lesquelles ont été particulièrement importantes de l'année 1994 à l'année 2001. En procédure, le demandeur a d'abord calculé que, compte tenu des horaires de travail et des vacances, les heures supplémentaires entre 1988 et 2003 représentaient un total de 2'500, qui, sur la base d'un salaire annuel brut de Fr. 136'500.-, devaient être rémunérées à concurrence de Fr. 185'378.-. Face à de telles prétentions, le défendeur a soulevé l'exception de prescription, ainsi que la compensation par rapport à des heures de vacances prises en trop (à raison de 280 h) entre 2000 et 2002.
Dans son mémoire de recours, adressé au Tribunal cantonal, le demandeur a limité ses prétentions, relatives aux heures supplémentaires, à Fr. 71'702.88 brut, correspondant à 895,74 heures supplémentaires entre 1999 et 2003.
La pièce 7 du demandeur, établie le 30 juin 2004, est un décompte global des heures pour les années 1988 à 2003. Pour les besoins de la cause, il convient de reprendre les chiffres suivants, tels qu'ils ressortent de dite pièce :
Années 1999 2000 2001 2002 2003
Heures à faire 2'218.50 2'210 2'218.50 2'218.50 2'218.50
Heures faites 2'360.25 2'633.75 2'625.50 2'295.75 2'279.75
Différence 141.75 423.75 407 77.25 61.25
Droit vacances 210 215 220 220 220
Vacances faites 331.50 297.50 331.50 306 212.50
Ce récapitulatif se fonde sur les rapports mensuels d'activité et les fiches de travail dont il est question ci-dessus. Il est précisé qu'il ressort de ces dernières pièces, qu'entre les mois d'octobre et décembre 1999, le demandeur a totalisé 84 heures supplémentaires. Pour l'année 2002, les rapports mensuels de janvier à juin permettent d'additionner 77,25 heures supplémentaires, soit le montant reporté sur le tableau de la pièce 7. En revanche, pour les mois de juillet à décembre, il est fait mention pour chaque rapport de "0,00 heures supplémentaires" et du nombre d'heures "pas comptées", dont le total représente 106,49 heures. Le demandeur affirme qu'à l'époque, il en aurait fait "cadeau" à l'entreprise, décision sur laquelle il entend revenir.
Dans son rapport du 14 novembre 2005, l'expert Pasche constate que, pour les années 1998 à 2003, les décomptes récapitulatifs tenus par le demandeur correspondent aux décomptes remis au défendeur. L'expert précise que les décomptes du 1
er
janvier 1998 au 30 juin 2004 prennent en considération les vacances du demandeur, sans qu'il soit possible d'affirmer qu'elles aient été "réellement prises" du fait qu'il ne s'agit que d'écrits sur des décomptes. L'expert a rendu un complément d'expertise, daté du 12 septembre 2006, dans lequel il confirme la première allégation et précise, au sujet de la seconde, que les vacances mentionnées dans les fiches de travail FG correspondent bien à celles comptabilisées dans les récapitulatifs établis par le demandeur. En réponse à la question posée par le demandeur s'agissant de la problématique des heures supplémentaires effectuées les samedis et dimanches, l'expert se base sur les fiches de travail numérotées (feuilles vertes) qui lui ont été remises par le défendeur et dont il ressort que le demandeur a travaillé, entre 1999 et 2003, un total de 194,25 heures les samedis et dimanches. Il précise que ce sont les heures qu'il a pu établir de manière claire comme étant des heures faites les samedis et dimanches, car, dans bien des cas, il relève, sur les feuilles vertes, des heures de travail effectuées pour une période de plusieurs jours sans qu'il soit possible de déterminer celles faites les samedis et dimanches.
c) Pour les témoins interrogés sur la question, les heures supplémentaires étaient justifiées par le cahier des charges et les tâches confiées au demandeur.
La question des heures supplémentaires, non soumises à une réglementation, était un problème connu du personnel, qui faisait régulièrement l'objet de discussions, sans qu'il y ait à l'origine de conflit ouvert à ce sujet. Il a ainsi été question, projet qui est toujours latent, de transformer l'entreprise en société anonyme et de permettre notamment au défendeur, au demandeur et aux cadres Z._ et K._ d'acquérir des actions de manière à compenser leur capital d'heures supplémentaires.
Il est vraisemblable que le demandeur a réclamé le paiement de ses heures supplémentaires avant son licenciement.
3. Le demandeur bénéficiait de beaucoup d'indépendance dans la conduite de ses projets. L'un de ceux-ci consistait dans la collaboration avec la société I._ : dite société avait conclu le 19 août 1993 un contrat avec le défendeur lui confiant un mandat portant sur le développement, la fabrication et la fourniture d'un système de commande électronique d'un pistolet projetant des billes de verre, granulés ou autres produits assimilés (pour le marquage des routes). Avant d'être confié au demandeur, à sa requête, le projet était conduit par K._. C'est sous l'égide principale du demandeur, lequel a apposé ses initiales sur le document préparatoire, qu'a été signé, par le client et le défendeur le 16 janvier 1997, un avenant au contrat.
Pour le même client, le demandeur a établi le 16 janvier 1997 un document relatif aux coûts d'un distributeur de billes version monoaxe, réf. 1671.
Le demandeur gérait ses activités de manière indépendante jusqu'à la facturation, le défendeur lui faisant pleinement confiance à cet égard. Ses collaborateurs, entendus comme témoins, admettent qu'il organisait librement son horaire, comme les autres cadres. C'est ainsi qu'il a bénéficié, grâce à cette liberté, de vacances supplémentaires, prises chaque année jusqu'en 2002, excepté pour l'année 1992.
4. a) Comme le confirme l'expert Pasche, sur la base des comptes d'exploitation remis et signés par le défendeur, l'entreprise J._ est déficitaire depuis plusieurs années.
Le produit lancé en collaboration avec la société I._ n'a pas obtenu le succès escompté, de sorte que le projet a dû être stoppé au cours de l'année 2003, même si J._ a encore fourni en 2006 quelques pièces de rechange à son ancien client. Or, jusqu'en 2003, une quote-part importante du temps de travail du demandeur était précisément consacrée à des travaux commandés par I._. Le témoin H._, à l'époque patron de la société I._, décrit le demandeur comme un homme ponctuel, serviable et perfectionniste.
G._ s'est également éloignée de J._, ensuite, notamment, de différends relatifs à la facturation, à des questions de propriété intellectuelle et à des désaccords techniques.
b) Le 24 septembre 2003, le défendeur a rédigé une lettre, adressée au demandeur, dont les termes sont essentiellement les suivants :
"
Conformément à notre entretien de ce jour, je me vois à regret dans la situation de vous confirmer la suppression de votre poste dans le délai légal, soit pour le 31 décembre 2003, cela malgré vos excellentes qualifications techniques qui ne sont pas remises en cause
."
La copie de la pièce produite par le défendeur indique en bas de page, avec une écriture manuscrite, que le demandeur n'a pas voulu que cette lettre lui soit remise; la pièce produite par le demandeur indique que la lettre a dès lors fait l'objet d'un envoi en express et recommandé.
Le défendeur a signé une attestation de l'employeur à l'attention de l'assurance-chômage. Celle-ci, datée des 30 octobre et 13 novembre 2003, signale comme motif de résiliation une "suppression de poste".
c) Le licenciement a été un coup très rude pour le demandeur qui l'a mal vécu, au point qu'il a été déclaré en incapacité de travail totale par son médecin dès le 27 novembre 2003, prolongée jusqu'au 19 avril 2004, date à partir de laquelle elle a été de 50% jusqu'au 8 juin 2004. Dès cette date, le demandeur a retrouvé une capacité entière de travailler.
Pour ce motif, les rapports de travail se sont poursuivis jusqu'au 30 juin 2004.
Par courrier du 27 juin 2004, le demandeur a fait opposition à son licenciement qu'il qualifie d'abusif, motif qu'il reprend à l'appui de ses prétentions pour réclamer de ce chef une indemnité au sens de l'article 336 alinéa 1 CO. Dans sa procédure, il allègue que le licenciement est consécutif à ses réclamations pour le paiement de ses heures supplémentaires. Par lettre recommandée du 30 juin 2004, le défendeur confirmait le motif du licenciement pour une suppression de poste, rejetant l'allégation de licenciement abusif.
Le 28 juin 2004, le défendeur a signé une nouvelle attestation de l'employeur à l'attention de l'assurance chômage dans laquelle il mentionne, sous la rubrique motif de résiliation, la double raison de problèmes relationnels avec le demandeur et de suppression de poste. Cette nouvelle formulation s'est faite sur requête du demandeur. Le témoin A._ est la seule à confirmer les problèmes relationnels, en les justifiant par le fait que le défendeur, ignorant ce que faisait concrètement le demandeur, rencontrait avec lui des difficultés pour faire fonctionner son équipe.
d) Le poste du demandeur n'a pas été repourvu. Les gros projets sur lesquels il travaillait ont pris fin et l'entreprise n'a pas reçu de nouveaux mandats avec de gros investissements de Software, tel que le projet I._.
Si l'entreprise J._ a progressivement diminué son quota de personnel, en revanche les licenciements ont été peu fréquents. On peut noter celui d'Q._ en mars 2003 et celui de C._ en mars 2004, le premier ayant dénoncé des décomptes incompréhensibles.
5. Lorsqu'il devait se déplacer pour son entreprise, le demandeur établissait des fiches de travail (rapports d'intervention et notes de frais). En principe, il devait être indemnisé pour ses frais. Il en a fait l'inventaire sur des tableaux rétroactifs, sans produire de justificatifs, et estime que les frais non remboursés, entre avril 1990 et juin 2004, s'élèvent à Fr. 6'594.90. Dans son bordereau de pièces, le défendeur produit ce qui lui aurait été adressé, à savoir l'inventaire des frais, accompagné de l'un des rapports d'intervention, daté de juin 1999, où il apparaît que Fr. 25.20 de frais ont été remboursés, et quelques tickets de train sur les années 1991 à 2003.
Le défendeur conteste ces prétentions et invoque en outre l'exception de prescription.
6. Lorsque le demandeur a été engagé, le défendeur avait contracté une assurance perte de gain maladie pour ses employés auprès de la F._. Le contrat a été résilié, une ristourne étant reversée au défendeur et, en janvier 1998, celui-ci a conclu une assurance perte de gain collective auprès de P._.
Interrogé sur la question de la ristourne, l'expert Pasche répond que J._ a touché le 28 août 1997 de " M._" une participation aux excédents de Fr. 21'344.40. Le défendeur a calculé le montant de ristourne pour chacun de ses collaborateurs, y compris pour le demandeur, en fonction des primes payées par chacun de ses employés et a versé à certains collaborateurs leur part à dite ristourne, mais non au demandeur, sa part s'élevant à Fr. 2'882.-.
7. Depuis que l'entreprise J._ existe, l'employeur verse à ses employés un treizième salaire, correspondant au douzième du total des salaires nets versés durant l'année concernée, après déduction des indemnités perte de gain versées par la P._ et la CNA. Ce mode de calcul, comme le confirme l'expert, a été de tout temps appliqué par le défendeur.
Il ressort de l'expertise du 14 novembre 2005 que le demandeur n'a pas perçu en 2002 et 2003 l'intégralité de son treizième salaire, ceci provenant du fait que la méthode de calcul du treizième salaire utilisée par le défendeur est erronée. Ce dernier déduit du salaire brut annuel les indemnités perçues de la SUVA (perte de gain maladie). Selon l'expert, cela ne peut se réaliser du fait que la société est couverte à 100% du salaire assuré, dès le premier jour, pour treize salaires par année.
Dans son complément d'expertise du 12 septembre 2006, l'expert établit que, selon la méthode de calcul du défendeur, le demandeur aurait dû toucher, à titre de treizième salaire, Fr. 17'863.- en 2002, Fr. 16'216.- en 2003 et Fr. 1'308.- en 2004. Il note que la méthode utilisée par le défendeur est divergente des directives édictées par l'Office fédéral des assurances sociales.
Dans ses deux rapports, l'expert confirme que le montant dû à titre de treizième salaire pour l'année 2004, pro rata temporis, équivaut à Fr. 5'250.- brut, compte tenu du fait que le défendeur a continué à assumer le paiement du salaire au demandeur.
Le montant net déjà perçu par le demandeur à titre de treizième salaire pour l'année 2004 est de Fr. 1'274.- net.
8. A l'appui de sa demande, le demandeur constate qu'au vu de son incapacité de travail, il n'a pas été en mesure de prendre ses vacances pour le premier semestre 2004. Il évalue son solde de vacances à 101,50 heures, soit 11,94 jours, ce qui correspondrait à un montant brut de Fr. 6'961.-. Il tient le même raisonnement pour les jours fériés du premier semestre 2004, au nombre de quatre, soit 34 heures, correspondant à un montant brut de Fr. 2'184.-.
9. Par courrier du 3 décembre 2004, N._, caisse de pensions des employés de J._, ont avisé le défendeur qu'en raison des incapacités de travail du demandeur, un montant de cotisations facturées en trop de Fr. 2'799.60 serait déduit de la prochaine facture. Le demandeur réclame que lui soit retournée la moitié de ce montant. Selon pièce produite, un montant de Fr. 1'400.- a été déduit du salaire du demandeur à titre de participation à la caisse de retraite, soit la moitié du montant précité.
Le 31 décembre 2004, le demandeur a encore touché du défendeur un montant net de Fr. 1'957.-.
10. Le 7 octobre 2004, l'Office des poursuites de Lausanne-Ouest a notifié au défendeur, à la requête du demandeur, un commandement de payer, poursuite no [...], portant sur la somme de Fr. 250'000.-, avec intérêts à 5% l'an dès le 1
er
juillet 2004. Opposition totale a été formée audit commandement de payer.
Pour rester dans la compétence du Tribunal d'arrondissement, le demandeur a limité ses conclusions à Fr. 100'000.-.
Le défendeur oppose les exceptions de compensation et de prescription aux prétentions, contestées, du demandeur.
11. Par demande du 27 décembre 2004, B._ a conclu, avec dépens, à ce que le défendeur soit reconnu son débiteur et lui doive prompt et immédiat paiement du montant de Fr. 100'000.- avec intérêts à 5% l'an dès le 1
er
juillet 2004 (I) et à ce que l'opposition formée au commandement de payer de l'Office des poursuites de Lausanne-Ouest no [...] soit définitivement levée à concurrence de ce montant, libre cours étant laissé à dite poursuite (II).
Par réponse du 14 mars 2005, le défendeur a conclu au rejet des conclusions de la demande, reconventionnellement, avec dépens, à ce que la poursuite no [...] de l'Office des poursuites de Lausanne-Ouest soit annulée.
Une audience de jugement s'est tenue le 29 mars 2007, en présence des parties et de leurs conseils. Neuf témoins ont été entendus. A l'issue de l'audience, le tribunal a rendu son dispositif le 17 avril 2007.
Le jugement motivé a été notifié aux parties le 9 juillet 2007.
Suite au recours du demandeur, la Chambre des recours du Tribunal cantonal a rendu son arrêt le 30 janvier 2008. Par cette décision, notifiée le 28 mai 2008, l'autorité de recours a admis le recours, annulé le jugement entrepris et renvoyé la cause devant le tribunal de céans pour nouvelle instruction et nouveau jugement dans le sens des considérants.
La nouvelle audience de jugement s'est tenue le 5 février 2009. Les parties et leurs conseils ont été entendus sur la seule question litigieuse à revoir, soit celle des heures supplémentaires.
Le dispositif du jugement a été notifié le 2 mars 2009.
Le 4 mars 2009, le conseil du défendeur a requis la motivation du jugement."

En droit, les premiers juges ont considéré que le demandeur n'avait pas établi de lien de causalité entre le congé litigieux et ses réclamations relatives aux heures supplémentaires. Ils ont admis, sur la base de l'expertise et du fait que les fiches de travail et les décomptes d'heures avaient été remis au défendeur, que celles-ci avaient été établies. Compte tenu de la prescription des prétentions antérieures au 7 octobre 1999, ils n'ont retenu que 15,25 heures supplémentaires pour l'année 1999. Pour les années 2000-2001, ils ont retenu un droit aux vacances respectivement de 210 heures et 215 heures. Pour l'année 2002, les premiers juges n'ont pas pris en compte les heures offertes par le demandeur entre les mois de juillet et de décembre. Ils ont retenu 68,75 heures supplémentaires pour l'année 2003.
B.
B._ a recouru contre ce jugement en concluant, avec dépens, principalement à sa réforme en ce sens que le défendeur doit lui payer, en sus des indemnités pour vacances non prises, à titre de ristourne sur la restitution opérée par la F._ et à titre de treizième salaire allouées par le jugement, une indemnité de 70'373 fr. bruts, avec intérêt à 5 % l'an dès le 1
er
octobre 2001 (échéance moyenne), sous déduction des charges sociales usuelles, de pleins dépens de première instance lui étant alloués. Subsidiairement, le recourant a conclu à l'annulation du jugement.
Dans son mémoire, le recourant a développé ses moyens, réduit sa conclusion en paiement d'une indemnité d'heures supplémentaires à 69'641 fr. 65 et n'a pas repris sa conclusion en annulation.
L'intimé V._ a conclu, avec dépens, au rejet du recours.
En droit :
1.
Les art. 444, 445 et 451 ch. 2 CPC (Code de procédure civile du 14 décembre 1966; RSV 270.11) ouvrent la voie des recours en nullité et en réforme contre les jugements principaux rendus par un tribunal d'arrondissement.
2.
Le recourant n'a pas formellement retiré sa conclusions en annulation. Il ne fait valoir aucun moyen de nullité, de sorte que cette conclusion est irrecevable dans la mesure où elle n'a pas été retirée (cf. Poudret/Haldy/Tappy, Procédure civile vaudoise, 3
ème
éd. 2002, n. 2 ad art. 465 CPC, p. 722).
3.
Saisie d'un recours en réforme contre un jugement principal rendu en procédure accélérée par un tribunal d'arrondissement, la Chambre des recours revoit librement la cause en fait et en droit (art. 452 al. 2 CPC). Les parties ne peuvent toutefois articuler des faits nouveaux, sous réserve de ceux qui résultent du dossier et qui auraient dû être retenus ou de ceux pouvant résulter d'une instruction complémentaire selon l'art. 456a CPC (art. 452 al. 1 ter CPC).
Ainsi, le Tribunal cantonal
revoit
la cause en fait et en droit sur la base du dossier, sans réadministration des preuves déjà administrées en première instance. Il développe donc son raisonnement juridique après avoir vérifié la conformité de l'état de fait du jugement aux preuves figurant au dossier et l'avoir, le cas échéant, corrigé ou complété au moyen de celles-ci
(JT 2003 III 3).
En l'espèce, l'état de fait du jugement est conforme aux pièces du dossier et aux autres preuves administrées. Il sera complété dans la mesure utile par les pièces du dossier dans le cadre de l'examen des moyens de fond.
Il n'y a pas lieu de procéder à une instruction complémentaire, la cour de céans étant à même de statuer en réforme.
4. a)
Le recourant soutient que le fait d'avoir pris en compte les vacances prises antérieurement à la date de prescription des prétentions en heures supplémentaires, le 7 octobre 1999, viole l'art. 128 ch. 3 CO (Code des obligations du 30 mars 1911; RS 220). Il soutient en conséquence qu'il a droit au paiement de huitante-quatre heures supplémentaires pour l'année 1999, soit 6'483 fr. 75, au lieu des 15,25 allouées.
Il ressort des faits de la cause que la gestion indépendante de l'horaire de travail du recourant lui permettait de coordonner heures supplémentaires et vacances comme l'indiquent les décomptes adressés à l'intimé. Il n'y a pas lieu de s'écarter de la manière de calculer des premiers juges, initiée par le recourant, qui déduit des heures supplémentaires à rémunérer les heures de vacances au-delà du droit progressif admis dans l'entreprise. Dans cette mesure, la restitution des vacances perçues en trop, respectivement de leur contrepartie financière, procède d'un fondement contractuel entre travailleur et employeur (Streiff/von Kaenel, Arbeitsvertrag, 6
ème
éd., 2006, n. 9 ad art. 329a CO, pp. 421-422; Staehelin, Zürcher Kommentar, 1996, n. 24 ad art. 329c CO, p. A 371; Vischer, Der Arbeitsvertrag, 2005, pp. 189-190). La pratique appliquée par le recourant de soustraire la valeur des vacances prises en sus démontre ainsi l'existence d'un accord sur ce point sans qu'il soit nécessaire de rechercher la responsabilité de la fin des rapports de travail pour déterminer l'existence d'un droit au remboursement (Cerottini, Le droit au vacances, thèse Lausanne 2001, pp. 323-324 et 325-326).
Le recours doit être rejeté sur ce point.
b)
L'intimé soutient que le recourant a pris dix-sept heures de vacances en sus de celles mentionnées dans le décompte du recourant pour l'année 1999. Les pièces requises n° 53b confirment le calcul de l'intimé, et, sans remettre en cause le report sur toute la période de référence annuelle adopté à juste titre par les premiers juges, il faut ainsi admettre la compensation pour ces heures en sus des vacances de 1'312 fr. 20. La compensation de cette prétention contractuelle, exigible à l'échéance de la période de référence, est possible dès lors que la prétention en paiement des heures supplémentaires était payable au même moment (art. 120 al. 3 CO).
Le moyen de l'intimé doit être admis.
5.
Le recourant soutient qu'en 2000, son droit au vacances s'élevait à deux cent quinze heures et à deux cent vingt heures en 2001, soit cinq heures de plus par année que selon le décompte des premiers juges. Il fait valoir qu'avant le 1
er
janvier 1994, le temps de travail journalier s'élevait à 8,75 heures, ce qui donnait, pour quatre semaines de vacances, un total de cent septante-cinq heures, et que selon la réglementation en vigueur, il avait eu droit à cinq heures de vacances supplémentaires dès l'entrée dans la sixième année d'activité, soit cent huitante heures, dès le 1
er
janvier 1993, ainsi que l'établit la pièce 8f de son bordereau du 27 décembre 2004, puis cinq heures de plus par année pour atteindre deux cent vingt heures en 2001.
Il ressort de la note de service n° 30 du 27 mars 1985 (pièce n° 18 du bordereau du demandeur du 13 juin 2005) que le droit aux vacances de quatre semaines, soit cent septante-cinq heures était augmenté de cinq heures dès la sixième année de service jusqu'à une augmentation maximale de cinquante heures dès la 15
ème
année de service, soit deux cent vingt-cinq heures de vacances. On ne saurait admettre que la réduction de travail intervenue dès le 1
er
janvier 1994 aurait entraîné un modification de l'augmentation par palier de cinq heures pour chaque année de service supplémentaire.
Le recourant a en conséquence effectué droit à dix heures de vacances supplémentaires que celles reconnues par les premiers juges et le recours doit être admis sur ce point.
6.
Le recourant conteste avoir valablement renoncé à 106,49 heures supplémentaires en 2002. L'intimé conteste la réalité de ces heures.
En l'espèce, il paraît certain que le décompte du 30 juin 2004 du recourant ne peut être interprété, malgré sa prétention à l'exhaustivité, comme une renonciation à la rémunération d'heures supplémentaires effectuées ou, le cas échéant, comme la confirmation d'une renonciation déjà antérieure à cette rémunération. Une telle renonciation serait nulle en vertu de l'art. 341 al. 1 CO, soit parce que fait le dernier jour des rapports de travail, soit parce que confirmant une renonciation faite pendant les rapports de travail (ATF 124 III 469 c. 3a, JT 1999 I 354; ATF 105 II 39 c. 2b, ).
Un abus de droit visant à revenir sur le décompte, respectivement la renonciation antérieure, abus qui ne saurait être retenu qu'avec une extrême retenue en cas d'application de l'art. 341 al. 1 CO (
ATF 126 III 337 c. 7b), ne ressort pas des faits de la cause. Il appartenait à l'intimé d'en apporter les éléments de fait décisifs. Le seul écoulement du temps n'est pas abusif en l'espèce. En outre, le Tribunal fédéral n'a pas considéré comme abusif l'exercice de droits par le travailleur postérieurs à la signature d'une quittance pour solde de comptes dans la mesure où, au moment où il la signait, il ne pouvait te
nir l'existence de ces droits pour possible (TF 4C.219/2006 du 24 juillet 2007 c. 2). En l'occurrence, il n'est pas établi que, le 30 juin 2004, lors du décompte, le recourant ait pu penser possible d'exercer encore des prétentions d'heures supplémentaires auxquelles il avait renoncé. Ce qui vaut pour une quittance pour solde de compte vaut à plus forte raison pour un simple décompte, qui n'emporte aucune obligation de reconnaissance vis-à-vis de l'employeur.
Il est constant en outre que la péremption faute d'annonce par le travailleur n'a pas pu frapper les prétentions litigieuses dès lors que les fiches ont été remises par le recourant à l'intimé (ATF 129 III 171 c. 2.3, JT 2003 I 241). Toutefois dès lors qu'elles ont été annoncées avec le libellé "0,0", il faut admettre en conséquence que l'on ne peut reprocher à l'intimé d'avoir omis de contrôler ces annonces. Le libellé en cause n'indiquant pas non plus la nature du travail, il ne permettait pas comme tel un contrôle par l'employeur. Les heures litigieuses ne peuvent donc être traitées comme celles figurant sur les autres fiches d'annonces figurant au dossier (pièces requises n° 53b), de sorte que si l'expert a pu établir la coïncidence des décomptes individuels avec les décomptes récapitulatifs, de façon à lier l'employeur (Jahrbuch des Schweizerischen Arbeitsrechts [JAR] 1992, p. 113; TF 4C.133/2000 du 8 septembre 2000), ces heures, non détaillées - ce qui excluait leur contrôle par l'employeur - doivent encore être mises en relation quant au travail prétendument fourni avec les nécessités de l'entreprise. Les éléments au dossier ne permettent pas cette corrélation, ce que le recourant doit supporter en application de l'art. 8 CC (Code civil du 10 décembre 1907; RS 210) (ATF 129 III 171, JT 2003 I 241), de sorte que le nombre de 77,25 heures retenu par les premiers juges peut être confirmé.
Le recours doit être rejeté sur ce point.
7.
Le recourant réclame le paiement de 8,5 heures supplémentaires, dès lors qu'il a travaillé durant des jours fériés - élément attesté par l'expertise - et que, selon la note de service du 13 janvier 2003 (pièce n° 6 du bordereau du demandeur du 27 décembre 2004), les jours fériés tombant sur des week-ends étaient "accordés".
Les premiers juges n'ont pas motivé les raisons pour lesquelles ils n'ont pas accordé les heures litigieuses et l'intimé n'indique pas en quoi leur indemnisation ne serait pas conforme au contrat. La motivation donnée par le recourant apparaît conforme aux pièces du dossier et le recours doit être admis sur ce point.
8.
En définitive, le recourant a droit, en sus des montants alloués par les premiers juges, au paiement respectivement de 8,5 (cf. c. 7 ci-dessus), et de 10 heures supplémentaires (cf. c. 5 ci-dessus), sous déduction de 17 heures (cf. c. 4 ci-dessus), soit un solde en faveur du recourant de 1,5 heures supplémentaires représentant une rémunération de 115 fr. 75 (61 fr. 75 x 1,5 x 125 %).
L'indemnité allouée par les premiers juges au recourant à titre d'indemnité pour heures supplémentaires doit donc être portée de 54'185 fr. 60 à 54'301 fr. 35.
9.
En conclusion, le recours doit être très partiellement admis et le jugement réformé en ce sens que l'indemnité d'heures supplémentaires allouée au demandeur est fixée à 54'301 fr. 35.
Les frais de deuxième instance du recourant sont arrêtés à 230 fr. (art. 232 et 235 TFJC; tarif du 4 décembre 1984 des frais judiciaires en matière civile; RSV 270.11.5).
Obtenant dans une plus grande mesure gain de cause en deuxième instance, l'intimé a droit à des dépens de deuxième instance réduits d'un tiers, fixés à 600 fr. (art. 91 et 92 CPC; art. 2 al. 1 ch. 33, art. 3 et 5 ch. 2 TAv, tarif du 17 juin 1986 des honoraires d'avocat dus à titre de dépens; RSV 177.11.3).