Decision ID: 3d271110-2d55-4f89-a53d-4ef9ee607679
Year: 2012
Language: fr
Court: VD_TC
Chamber: VD_TC_031
Canton: VD
Region: Région lémanique
Law Area: public_law

Vu les faits suivants
A. Le territoire de la Commune d'Yverdon-les-Bains est régi par un plan des zones de 1969 ainsi que par divers plans partiels d'affectation et plans de quartier réglant l'affectation de secteurs particuliers. Le plan des zones a fait l'objet d'une modification importante lors de l'adoption du plan no 120-002 désigné "Territoire périphérique", approuvé par le Conseil d'Etat le 8 décembre 1989. Ce plan règle pour l'essentiel l'affectation des terrains situés de part et d'autre de l'autoroute sur le côté sud-ouest de la commune. Le plan classe en zone agricole la portion du territoire comprise entre l'avenue Kiener et l'autoroute limitée au nord par le canal du Mujon et au sud par le canal de Déversoir reliant le cours du Mujon à la Thièle. Le plan des territoires périphériques classe en outre les terrains situés de part et d'autre du chemin du Couchant en zone à restructurer. Selon l'art. 1er du règlement annexé au plan, la zone à restructurer, en grande partie construite, est destinée à l'habitation, ou aux activités commerciales et artisanales non gênantes pour le voisinage (bruit, pollution, etc...). Les exigences d'aménagement et de circulation nécessitent un réexamen de cette zone. La légalisation d'un plan d'extension partiel est nécessaire avant de délivrer toute autorisation de construire. Le plan des territoires périphériques a fait l'objet d'un complément approuvé par le Conseil d'Etat le 12 février 1993. Le plan attribue le degré de sensibilité III à la zone à restructurer.
B. La Municipalité d'Yverdon-les-Bains (ci-après : la municipalité) a entrepris l'étude d'un plan partiel d'affectation concernant la création d'une zone horticole et maraîchère à la suite d'une décision du Conseil d'Etat admettant partiellement une requête formée par Willy Stoll concernant notamment le statut de la parcelle 3342 tel que défini par le plan du territoire périphérique. Le plan partiel d'affectation no 120-007 "Zone horticole et maraîchère" a été adopté par le Conseil communal le 6 mai 1993 et prévoyait de classer en zone horticole et maraîchère l'ensemble du secteur situé entre l'avenue Kiener et l'autoroute et entouré au nord et au sud par le Canal du Mujon et le Déversoir reliant le cours de la Thièle. Par arrêt du 13 juin 1995, le Tribunal administratif a admis partiellement les recours formés par Léon Sauterel, Pierre Netter et la société Alpina SA contre le classement de leurs parcelles en zone horticole et maraîchère. L'arrêt précise à cet égard que l'admission partielle implique le maintien de leur parcelle en zone agricole conformément au plan concernant le territoire périphérique. Le recours formé par Alpina SA, Pierre Netter et Léon Sauterel au Tribunal fédéral contre l'arrêt du Tribunal administratif a été déclaré irrecevable le 18 octobre 1995. Le Tribunal fédéral a considéré en substance que la municipalité devait statuer à nouveau sur les oppositions des recourants concernant le sort de la zone litigieuse et qu'une nouvelle décision leur permettrait de contester l'affectation qui serait finalement arrêtée.
C. La municipalité a entrepris une révision du plan général d'affectation. Elle a engagé préalablement, en avril 1995, différentes études qui ont fait l'objet du plan directeur communal, lequel comprend notamment un plan directeur de l’utilisation du sol et un plan directeur du site. Le plan directeur de l'utilisation du sol prévoit pour le secteur compris entre l'avenue Kiener et l'autoroute une destination désignée comme suit : "territoire de la ceinture horticole et maraîchère, et des jardins familiaux". Selon le commentaire du plan directeur, ces territoires sont destinés principalement à l'agriculture et peuvent être aussi destinés à l'exploitation horticole et maraîchère du sol et de ce fait aux équipements construits adéquats. De plus, une portion délimitée de ce territoire est destinée aux jardins familiaux. Le plan de l'utilisation du sol prévoit également que le même secteur fait partie des réserves stratégiques. Selon la légende du plan « Les Réserves Stratégiques », les terrains font partie des réserves stratégiques libres de construction. Il s’agit de terrains qui doivent être maintenus en réserve pour répondre aux défis des grandes métropoles européennes (Lyon, Francfort, Milan) en contribuant à la création d’un réseau de villes suisses concurrentiel et en apportant à la Ville d’Yverdon les espaces nécessaires pour les nouveaux rôles qu'elle sera appelée à jouer dans l'organisation du territoire au niveau suisse et européen. C'est pour préparer cette future mission que le plan directeur prévoit des terrains pouvant être considérés comme stratégiques "et qui doivent être mis en réserve". Le plan directeur mentionne aussi comme réserve stratégique les terrains industriels situés à proximité de la gare. En ce qui concerne le chemin du Couchant, le plan directeur de l’utilisation du sol prévoit un secteur destiné aux activités secondaires, destination qui peut être enrichie par celle des services publics ou privés et par de l'habitat.
D. La municipalité a étudié dans le secteur du Couchant un projet de plan de quartier désigné : "Treycovagnes nord" approuvé par la municipalité le 2 novembre 1995. Le projet comprenait les terrains situés de part et d’autre de la route du Couchant et prévoyait d’attribuer le degré de sensibilité II au secteur de la route du Couchant constitué par des habitations résidentielles. Le projet n’a pas abouti en raison des oppositions liées au projet de la route Collectrice Sud dont le tracé projeté longeait la partie nord-est du secteur résidentiel de la rue du Couchant.
E. Par un arrêt du 21 mars 2002, le Tribunal administratif a rejeté les recours qui avaient été formés par André et Corinne Overney ainsi que par l’Association d’opposition à la Collectrice Sud contre le plan d’alignement du projet de Collectrice Sud. Le tribunal a considéré en substance que le plan d’alignement contesté avait pour seul effet de réserver le tracé futur de la route et le tribunal ne disposait pas des éléments permettant de procéder à une pesée des intérêts qui aurait justifié ou exclu d’emblée la réalisation de la route. En particulier, il n’appartenait pas au tribunal d’effectuer la pesée des intérêts liée au projet de construction, ni d’examiner les variantes qui pouvaient être envisagées (Arrêt TA AC 1999/0005 du 21 mars 2002).
F. La municipalité a mis à l’enquête publique du 20 octobre au 18 novembre 1998 un projet d’un nouveau plan général d’affectation. Le projet prévoit pour le secteur compris entre l’avenue Kiener, l’autoroute, le canal du Mujon et le Déversoir de la Thièle, une zone d’activités II sur la partie du secteur longeant l’avenue Kiener et une zone horticole et maraîchère sur le solde du terrain en prenant les parcelles 3333, 3334 et 3335. Pierre Netter, propriétaire de la parcelle 3333, Léon Sauterel propriétaire de la parcelle 3334 et la Société foncière Alpina SA, propriétaire de la parcelle 3335, se sont opposés à cette affectation le 18 novembre 1998. Dans son préavis n° 31 du 25 octobre 1999, la municipalité a proposé au Conseil communal d’Yverdon-les-Bains (ci après : le conseil communal) de classer les parcelles concernées en zone d’activités avec des prescriptions spéciales exigeant l’élaboration d’un plan d’ensemble. Lors de sa séance du 2 mars 2000, le Conseil communal a adopté le plan général d’affectation et son règlement ainsi que les réponses aux oppositions, précisant que les modifications qui en résultent seront soumises à une enquête publique complémentaire. Le plan modifié comporte sur l’ensemble du secteur compris entre l’avenue Kiener, l’autoroute, le canal du Mujon et le Déversoir de la Thièle, une zone d’activités, « secteur II », divisée en deux étapes. La première étape comporte les terrains longeant l’avenue Kiener et la seconde étape ceux compris entre l’autoroute, le canal du Mujon et le Déversoir de la Thièle. Le règlement du plan général d’affectation prévoit une disposition spéciale pour la zone d’activités, comprise dans un périmètre soumis à l’élaboration d’un plan d’ensemble (art. 57bis RPGA). L’autorisation de construire est soumise à l’élaboration d’un plan d’ensemble réglant l’organisation générale des volumes, les accès à la circulation, la péréquation entre les propriétaires et l’ordre d’engagement du sol (al. 2). Le plan d’ensemble doit notamment assurer une réalisation en deux étapes successives, telles qu’elles figurent sur le plan des destinations de base (al. 3). La réalisation de la deuxième étape sera subordonnée à la réalisation de l’essentiel des possibilités de bâtir de la première étape et de la mise en service de la Collectrice Sud entre la jonction A1 Yverdon-les-Bains – sud, et le carrefour Kiener/Moulins (al. 4). La municipalité peut en outre exiger l’élaboration d’un plan de quartier, notamment s’il n’y a pas d’entente entre les propriétaires (al. 5).
G. a) Cette modification a donné lieu à une enquête publique complémentaire ouverte du 5 décembre 2000 au 8 janvier 2001. Les propriétaires des parcelles 3333, 3334, et 3335 se sont opposés à la mesure. Ils ont contesté le système des étapes en demandant la suppression de la condition par laquelle la deuxième étape peut être réalisée lorsque l’essentiel des possibilités de bâtir de la première étape ont été épuisées. Dans le préavis n°3 du 16 février 2001, la municipalité a relevé que les parcelles du secteur en cause représentent environ une surface de 115’000m2, soit plus de 11 hectares destinés à la construction. L’importance de cette surface ne permettait pas de l’engager d’un bloc pour des motifs urbanistiques et aussi en raison de la conception du réseau routier en l’état actuel, qui ne permet pas de prendre en charge le trafic que représenterait la mise à disposition immédiate de l’ensemble des terrains.
b) André et Corinne Overney ainsi que l’Association d’opposition à la Collectrice Sud se sont opposés à la nouvelle affectation en contestant pour l’essentiel la nécessité d’élaborer une telle zone ainsi que la condition liée à la réalisation de la Collectrice Sud. Dans son préavis n°3 du 16 février 2001, la municipalité a proposé de rejeter les deux oppositions. Lors de sa séance du 5 avril 2001, le Conseil communal a adopté les modifications du plan général d’affectation qui ont fait l’objet de l'enquête complémentaire ouverte du 5 décembre 2000 au 8 janvier 2001. Il a également adopté les réponses aux oppositions concernant les modifications qui ont fait l’objet de l’enquête complémentaire.
H. Lors de la première enquête publique du plan général d’affectation ouverte du 20 octobre au 18 novembre 1998, André et Corinne Overney se sont également opposés à l’attribution du degré de sensibilité III au secteur du Couchant en demandant que le degré de sensibilité II soit appliqué. Ils s’opposaient aussi à ce que le secteur fasse partie d’une aire stratégique ou alternative, afin de conserver son caractère d’habitat. Dans son préavis n° 31 du 25 octobre 1999, la municipalité a proposé de lever l’opposition compte tenu de la destination de la zone composite. Elle a précisé en outre que les destinations alternatives contribuaient au maintien du caractère multifonctionnel au bord de la ville. En outre, le secteur faisait partie des aires annexes directement liées aux aires stratégiques et constituaient une destination alternative de la zone. Lors de la séance du Conseil communal d’Yverdon-les-Bains du 2 mars 2000, l’affectation du secteur du Couchant ainsi que le projet de réponse à l’opposition de Corinne et André Overney ont été adoptés.
I. Les recours formés par la Société Alpina SA, par Pierre Netter et Alain Sauterel, ainsi que par Corinne et André Overney et l’Association d’opposition à la Collectrice Sud contre les décisions d’adoption du Conseil communal d’Yverdon-les-Bains ont été rejetés le 17 juin 2003 par le Département des infrastructures (ci -après : le département).
J. a) André et Corinne Overney ont contesté cette décision par le dépôt d’un recours auprès du Tribunal administratif en concluant à l’annulation de la décision du département dans la mesure où elle confirme les décisions du Conseil communal concernant l’affectation du quartier du Couchant en zone composite et à l’attribution de ce secteur aux destinations « alternatives et stratégiques », ainsi qu’à l’adoption du degré de sensibilité III. Ils demandent que le secteur compris entre l’avenue Kiener, l’autoroute, le Déversoir et le Mujon soit maintenu en zone de non bâtir compatible avec les critères de la zone agricole. Ils demandent en outre que le secteur du Couchant soit affecté principalement à l’habitation, accessoirement à des activités non gênantes pour le voisinage avec un degré de sensibilité II.
b) L’association d’opposition à la Collectrice Sud a également contesté la décision du Département des infrastructures le 14 juillet 2003. Elle conclut à l’annulation de la décision cantonale et au maintien de l’affectation en zone de non bâtir, respectant les critères de la zone agricole et demande également que les articles du règlement communal liés à ces modifications, notamment les art. 57bis et 86 bis, soient annulés.
c) Le Service de l’environnement et de l’énergie s’est déterminé sur les recours le 22 juillet 2003, le Service des transports le 19 août 2003, le Service des eaux, sols et assainissements le 19 août 2003, et le Service de l’aménagement du territoire le 18 août 2003, en concluant à leur rejet. La municipalité a déposé un mémoire de réponse au recours le 6 octobre 2003 en concluant également au rejet des recours. La possibilité a été donnée aux recourants André et Corinne Overney, ainsi qu’à l’Association d’opposition à la Collectrice Sud de déposer un mémoire complémentaire. Les propriétaires concernés par les recours, à savoir la Société Alpina SA, Pierre Netter et Léon Sauterel ont déposé leurs observations sur les recours le 14 mai 2004, en concluant à leur rejet. Les autres propriétaires concernés, à savoir Christian Ballestraz et l'hoirie Beyeler ont également été invités à participer à la procédure. A la demande du tribunal, la municipalité a produit un inventaire des zones d’activités ainsi qu’une correspondance du Centre Saint-Roc du 14 juin 2004 précisant qu’une surface de 12’524m2 restait encore à louer. La municipalité a également produit une lettre des Chemins de Fer Fédéraux suisses du 17 juin 2004, précisant que la surface totale des ateliers était utilisée pour l’entretien des nouvelles rames de trains et qu’une extension des ateliers était envisagée.
K. Le tribunal a tenu une audience à Yverdon-les-Bains le 29 juin 2004 en présence des parties, qui ont eu la possibilité de se déterminer sur compte-rendu résumé de l’audience, dont il convient de citer les extraits sivants :
"(...)
En ce qui concerne les degrés de sensibilité, le représentant du Service de l'environnement et de l'énergie précise que le degré III est applicable lorsque des entreprises moyennement gênantes sont autorisées dans la zone. Le conseil des recourants André et Corinne Overney précise qu'il conteste non seulement le degré de sensibilité III mais également la réglementation communale dans la mesure où elle autorise les constructions moyennement gênantes de part et d'autre de la rue du Couchant. Il relève que le secteur est voué essentiellement à l'habitation et aux activités non gênantes de sorte que le degré de sensibilité II devrait s'appliquer.
Les représentants de la municipalité expliquent que la commune entend favoriser la mixité dans la zone composite en autorisant les activités moyennement gênantes. Le but recherché consisterait à autoriser le propriétaire d'une habitation à construire sur son terrain un atelier de serrurerie ou de menuiserie. Le projet de plan partiel d'affectation Treycovagnes nord prévoyait pour le secteur de la rue du Couchant un degré de sensibilité II mais ce plan aurait été abandonné, bien qu’il y soit fait référence dans le nouveau règlement communal.
Les représentants de la municipalité expliquent que la commune entend favoriser la mixité dans la zone composite en autorisant les activités moyennement gênantes. Le but recherché consisterait à autoriser le propriétaire d'une habitation à construire sur son terrain un atelier de serrurerie ou de menuiserie. Le projet de plan partiel d'affectation Treycovagnes nord prévoyait pour le secteur de la rue du Couchant un degré de sensibilité II mais ce plan aurait été abandonné, bien qu’il y soit fait référence dans le nouveau règlement communal.
(...). Le conseil de la municipalité précise que de nombreuses demandes d'implantation d'entreprises ont été refusées pour les terrains situés dans le parc scientifique et technologique. La municipalité pose des exigences élevées quant à la nature des entreprises admises. Il doit s'agir d'entreprises qui travaillent avec un niveau technologique élevé. Les entreprises traditionnelles de production, les dépôts ou les centres de distribution ne sont pas admis dans la zone et les entreprises intéressées sont dirigées vers les zones industrielles des communes voisines notamment celles de la Commune d'Orbe. C'est la raison pour laquelle la zone d'activité sur le secteur litigieux serait nécessaire dès lors qu'il ne reste plus de grandes surfaces disponibles pour accueillir ce type d'entreprise. Les propriétaires concernés ainsi que la municipalité ont d'ailleurs été abordés par une entreprise allemande qui souhaitait implanter un centre de distribution sur une surface d'environ 15'000 m2. Les représentants de la municipalité précisent que l'Association de développement du nord vaudois procède à une bonne gestion des demandes en terrains industriels disponibles dans la région et elle dirige les entreprises intéressées sur les communes qui répondent le mieux aux caractéristiques de ces entreprises et des constructions projetées.
(...)
Le représentant de la municipalité confirme que de nombreux refus sont opposés aux demandes d'implantation dans le périmètre du parc scientifique et technologique. Aussi plusieurs entreprises situées dans le centre d’Yverdon doivent se délocaliser car les sites existants présenteraient trop d'inconvénients ; mais ces entreprises ne trouveraient pas de place à l'extérieur et devraient partir de la commune. L'entreprise Leclanché aurait par ailleurs prévu de restreindre ses activités et de transférer le solde de l'exploitation dans le périmètre du parc scientifique et technologique. Il est prévu d'affecter les surfaces libérées par Leclanché à du logement. Par ailleurs, la mise en valeur des surfaces disponibles à proximité de la gare se heurterait au problème des places de stationnement. On ignore toutefois si des zones industrielles sont encore disponibles sur le territoire de la commune voisine de Montagny. Le Service de l'aménagement du territoire ne dispose d'aucun relevé chiffré des surfaces disponibles en zone industrielle dans la région en particulier ni d'ailleurs dans le canton.
Le tribunal procède ensuite à la visite des lieux en présence des parties. Il se rend devant la parcelle 3331. Le recourant André Overney montre des photographies de la zone inondée lors de fortes pluies de 2001. L'hoirie propriétaire de la parcelle 3331 a toutefois effectué des travaux pour surélever le terrain, notamment par la pose de tout-venant sous la couche végétale de manière à éviter le problème des inondations. Ce secteur fait partie des zones inondables répertoriées par le plan directeur communal. L'aménagement d'un plan d'eau pour le ski nautique permettrait toutefois d'améliorer la situation.
(...)"
L. A la demande des recourants, le tribunal a ordonné l'apport au dossier du rapport d’expertise qui avait été réalisé dans le cadre du recours concernant la Collectrice Sud (dossier AC 99/ 00005). Le rapport d’expertise met en évidence à son chapitre 5, les relations entre la Collectrice Sud et l’urbanisation future de la Commune d’Yverdon-les-Bains, et qui abouti à la conclusion suivante:
« 5.4 Conclusion
La collectrice sud représenterait une incitation à l’urbanisation au sud de la ville et le potentiel de densification à l’intérieur du tissu bâti, en particulier dans la couronne du centre-ville et aux abords de la gare, aurait peu de chances d’être réalisé.
La réalisation de la collectrice sud compromettrait d’autres objectifs du plan directeur. Par exemple, l’amélioration dans les transports collectifs risque d’être reportée, d’autant plus que ceux-ci seraient de moins en moins demandés par une population qui se déplacerait de plus en plus en voiture. La même chose vaut pour les aménagements en faveur des piétons et des cyclistes. En ce sens, on peut dire que le plan directeur comporte des contradictions intrinsèques. »
Le rapport d’expertise préconise l’étude d’une variante « statu quo plus», visant à une réduction générale du trafic motorisé et une réduction du bruit et des émissions polluantes, en particulier sur l’axe central et sur la petite ceinture. La variante vise à mettre en valeur les possibilités de transit et de distribution urbaines résultant de l’autoroute et de prendre différentes mesures visant la promotion de la marche et du vélo, le développement des transports collectifs, des autres mesures de modération du trafic, la réalisation d’une urbanisation de proximité et l’amélioration de la qualité esthétique des espaces publics.
M. Par arrêt du 31 octobre 2005, le Tribunal administratif a admis les recours formés par l’Association d’opposition à la Collectrice sud, et par Corinne et André Overney et il a annulé la décision du Département des infrastructures du 17 juin 2003 ainsi que les décisions de Conseil communal de la Commune d’Yverdon-les-bains des 2 mars 2000 et 5 avril 2001 levant l’opposition des recourants et il a retourné le dossier à l’autorité communale afin qu’elle modifie le plan général d’affectation et son règlement dans le sens des considérants.
N. La Commune d’Yverdon-les-bains, André et Corin Overney, l’Association d’opposition à la Collectrice Sud, ainsi que la Société foncière immobilière Alpina SA, Pierre Netter et Léon Sauterel ont recouru contre l’arrêt du 31 octobre 2005. Par arrêt du 13 mars 2008, le Tribunal f fédéral a admis les recours et il a annulé l’arrêt du Tribunal administratif du 31 octobre 2005; et il a renvoyé l’affaire au Tribunal administratif afin pour nouvelle décision.
O. L’instruction de la cause a donc été reprise le 28 avril 2008. Le Service du développement territorial s’est déterminé le 22 mai 2008 en expliquant qu’un projet d’agglomération avait été déposé auprès de l’Office fédéral de l’aménagement du territoire (OFDT); il précise que ce projet, et il fixe des objectifs concernant la circulation et l’urbanisation dans le secteur concerné par les recours qui sont très différents de ceux définis par le plan directeur communal, de telle sorte que les dispositions réglementaires qui faisaient l’objet du recours étaient sont devenues « obsolètes ». L’instruction de la cause a ensuite été suspendue à la demande des parties.
P. En l’absence d’un accord entre les parties, la cause a été reprise par la tenue d’une audience le 21 septembre 2011. Le compte rendu de l’audience comporte les précisions suivantes :
« Suite à l’arrêt rendu par le Tribunal fédéral le 13 mars 2008, le représentant de la municipalité estime que le Tribunal cantonal doit se pencher sur la question de l’affectation du sol des parcelles nos 3’333, 3’334 et 3’335 du cadastre de la Commune d’Yverdon-les-Bains, ainsi que sur la question du degré de sensibilité au bruit dans le quartier du Couchant.
S’agissant des études de planification en cours dans le secteur « Les Parties » (parcelles nos 3'333, 3'334 et 3'335), l’urbaniste de la commune explique que la municipalité a donné un mandat d’études parallèles à plusieurs groupes. L’idée est d’affecter la zone concernée à de l’habitat dans le secteur longeant l’avenue Kiener, et à des activités dans le secteur plus proche de l’autoroute. Les représentants de la municipalité précisent que des accords ont été signés avec les propriétaires concernant le déroulement de ces études et leur financement.
A cet égard, Me Bovay estime que l’arrêt rendu par le Tribunal fédéral donne des indications, mais qu’en définitive, la question de l’affectation ne serait plus déterminante. Il considère d’ailleurs que les recourants n’ont plus d’intérêt actuel à recourir. Il estime en effet que le Tribunal fédéral a fixé le degré de sensibilité au bruit dans le quartier concerné.
Le représentant des recourants le conteste. Il estime que le recours ne deviendrait sans objet que si la nouvelle planification dans le secteur concerné était adoptée. S’agissant de l’attribution du degré de sensibilité au bruit, il renvoie le tribunal à la page 26 de l’arrêt du Tribunal fédéral.
Les recourants confirment qu’ils habitent toujours à la rue du Couchant et qu’il n’y a pas, dans ce secteur, d’activités de type moyennement gênantes, telles que des ateliers de menuiserie par exemple.
A la demande du président, le représentant de la municipalité indique que sa cliente n’entend pas distinguer dans la zone composite, les secteurs d’habitation sans activités moyennement gênantes et les secteurs déjà affectés par de telles activités afin de conserver une certaine marge de manœuvre. Il considère d’ailleurs qu’un PGA ne requiert pas un tel degré de précision. Pour sa part, Me Bovay estime qu’il ressort de l’arrêt du Tribunal fédéral que tout autre degré de sensibilité au bruit que le III est exclu.
Le représentant de la municipalité précise que le projet de construction de la route « collectrice-sud » a été abandonné. Il admet que le plan d’alignement confirmé par le Tribunal fédéral, n’est pas prévu d’être abrogé, mais qu’aucun plan d’exécution de la route n’a été réalisé pour le tronçon litigieux, l’avenue Kiener étant plutôt prévue pour être réaménagée en zone 30.
Le mandataire des recourants explique qu’il a fait des propositions transactionnelles qui n’ont pas été accueillies favorablement. A cet égard, le représentant de la municipalité confirme que sa cliente n’entend pas transiger, ce d’autant plus que le recours n’a pas été retiré. Il estime que le tribunal doit trancher les questions qui restent en suspens à la suite de l’arrêt du Tribunal fédéral.
Me Bovay indique que ses clients ne sont pas opposés à une suspension jusqu’à ce que la nouvelle planification spéciale à l’étude sur le secteur en cause soit adoptée. Il en va de même des recourants.
Concernant les autres secteurs demeurant disponibles au nord de l’autoroute, situés entre le Y-Parc et l’avenue Kiener, l’urbaniste explique que la commune n’a pas prévu de développement dans ces secteurs. L’objectif se limite au parc scientifique. Il y aurait une forte demande pour le type d’activité admis dans ce plan.
Les parties conviennent que le tribunal ne peut statuer sur le recours sans que l’inventaire des zones d’activité soit mis à jour.
Le représentant de la municipalité précise que quatre groupes ont participé aux mandats sur les études parallèles et que les propriétaires sont déjà été impliqués à ce stade. Les résultats de l’étude seront publics et feront l’objet d’une exposition.
Me Bovay estime que le tribunal ne doit statuer que sur la question du degré de sensibilité au bruit.(...) »
Q. a) Les parties ont été invitées à se déterminer sur le compte -rendu de l’audience et le tribunal a requis de nouvelles mesures d’instruction, en demandant à la municipalité de produire un inventaire mis à jour des zones d’activités, avec l’indication des capacités et du potentiel d’accueil des zones d’activités par secteur. Le tribunal a également demandé au Service du développement territorial de se déterminer sur la question de savoir si le secteur en cause faisait partie des surfaces d’assolement.
b) Le conseil des propriétaires Frédéric Beyeler et Martial Beyeler s’est déterminé le 13 octobre 2011. Il estime que les recours seraient devenus sans objet dès lors que le projet de Collectrice Sud avait a été définitivement retiré par la municipalité. Ils relèvent encore que le plan à l’étude prévoit que l’avenue Kiener deviendra une zone de détente avec une vitesse limitée à 30 km/h. La seule question qui pourrait se poser est celle du degré de sensibilité, mais qui aurait a été tranchée par le Tribunal fédéral.
c) Le Service du développement territorial s’est déterminé le 21 octobre 2011. Il a précisé que les surfaces comprises dans le secteur en cause n’étaient pas comprises dans les surfaces d’assolement pour le motif suivant: le département compétent à l’époque avait approuvé, le 17 juin 2003, l’affectation des parcelles 3331, 3333, 33334 et 3335 en zone d’activité et ces parcelles avaient ainsi été soustraites à la zone agricole et donc aux surfaces d’assolement.
d) La municipalité a transmis, le 24 octobre 2011, une mise à jour de l’inventaire des zones d’activités, un extrait du plan d’agglomération et l’évolution du nombre d’emplois des secteurs d’activités.
e) Les recourants Corinne et André Overnay ont encore requis, le 3 novembre 2011, différentes mesures d’instruction concernant l’état d’avancement du projet d’agglomération, de la nouvelle planification prévue pour le secteur litigieux, ainsi que l’état des friches industrielles réutilisables et l’état d’avancement de la procédure de révision du plan partiel d’affectation concernant le parc scientifique et technologique (PST).
f) La municipalité s’est déterminée le 16 janvier 2012. Elle précise que le projet d’agglomération était dans une phase de consolidation et qu’un nouveau rapport sera rendu à la Confédération en juin 2012. En ce qui concerne les friches industrielles situées dans le secteur « Gare-Lac », elles faisaient l’objet d’un plan directeur localisé sur qui ne prévoyait pas d’instruired’industrie, mais plutôt du logement avec un peu de tertiaire. Enfin, la modification du PPA concernant le Parc Scientifique et Technologique (PST) avait fait l’objet d’un examen préalable et son entrée en vigueur pouvait être attendue pour fin 2012 ou début 2013. La municipalité a aussi apporté des précision concernant l’avancement « du PPA et du PST ».
g) Par lettre du tribunal du 25 juin 2012, la municipalité a encore été invitée à indiquer si elle maintenait ses conclusions prises dans la procédure AC.2003.0132, et à préciser si les besoins de la commune en zones d’activités s’étendaient à l’entier du secteur en cause ou si des besoins en logements devaient aussi être pris en considération. La municipalité devait aussi préciser si un mandat avait été donné pour l’étude du plan de quartier et si un projet avait déjà pu être soumis à l’examen préalable. La municipalité a répondu le 25 juin 2012 que le projet AggloY du 21 décembre 2007 prévoyait sur le site un potentiel de 280 emplois et 630 habitants. Le programme comportait aussi une école avec salle de gymnastique. Le projet à l’étude prenait donc en compte des besoins en logements malgré le manque de zones d’activités dans la commune. Enfin, un mandat a été donné pour l’étude d’un plan partiel d’affectation qui doit être soumis à l’examen préalable en janvier 2013. Enfin, la municipalité a transmis au tribunal le projet AggloY 2012 le 27 juillet 2012.

Considérant en droit
1. a) Le Tribunal fédéral a annulé l’arrêt cantonal sur la question de l’affectation du secteur formé par les parcelles 3'331, 3'333, 3'334, 3'335 et 3'337 que le conseil communal avait décidé de classer en zone d’activité de première étape (parcelles 3'331 et 3'337) et de deuxième étape (parcelles 3'333, 3'334, et 3'335). Le Tribunal fédéral a retenu pour l’essentiel que la motivation retenue par l’instance cantonale contre l'extension de la zone d'activités n'apparaissaient pas concluantse. En particulier, le Tribunal administratif avait nié l'existence d'un besoin au sens de l'art. 15 let. b de la loi fédérale sur l’aménagement du territoire du 22 juin 1979 (RS 700; LAT) sans se fonder sur des éléments clairs et pertinents. Il avait donc a fait une mauvaise application des normes du droit fédéral de l'aménagement du territoire régissant la révision des plans d'affectation et la création de nouvelles zones à bâtir (art. 21 al. 2 LAT, art. 15 let. b LAT).
Le Tribunal fédéral a encore précisé que l’annulation de l’arrêt n’avait pas pour effet de contraindre le Tribunal administratif à confirmer la mesure d’aménagement du territoire retenue par la commune dans les termes suivants:
« Une autre appréciation des besoins et des intérêts en jeu n'est pas exclue, sur la base d'éléments supplémentaires, éventuellement de l'évolution des circonstances, dans la planification communale ou le développement de la ville, depuis la date de l'arrêt attaqué (le 31 octobre 2005), éléments ou circonstances que le Tribunal fédéral ne pouvait pas prendre en considération dans la présente cause parce qu'ils n'avaient pas été établis par le Tribunal administratif. Le Tribunal fédéral, qui n'est pas une autorité supérieure de planification, n'est quoi qu'il en soit pas en mesure de donner d'autres indications à ce propos. » (ATF 1A.315/2005 du 13 mars 2008, consid. 5.3)
b) Le Tribunal fédéral a d'ailleurs rappelé, dans l’arrêt du 13 mars 2008, la jurisprudence relative à l’art. 21 al. 2 LAT selon laquelle l'intérêt à la stabilité du plan, doit être mis en balance avec l'intérêt à l'adoption d'un nouveau régime d'affectation. Selon les cas, des intérêts publics pourront également justifier soit la stabilité du plan, soit son adaptation. Il incombe donc à l'autorité appelée à statuer sur un projet de modification d'un plan en vigueur d'examiner, en fonction des circonstances concrètes, une pluralité d'intérêts (ATF 132 II 408 consid. 4.2 p. 413 et la jurisprudence citée). »
Il convient donc de déterminer si l’affectation adoptée par le Conseil communal d’Yverdon-les-Bains, les 2 mars 2000 et 5 avril 2001, pour le secteur litigieux est conforme à ces critères.
c) La zone d’activité adoptée pour le secteur précité (environ 115'000 m2 au total), est régie par l'art. 57bis du règlement du plan général d'affectation (RPGA) dans les termes suivants:
« Art. 57bis, Partie à prescriptions spéciales
1 Pour la zone d'activités comprise dans le périmètre soumis à l'élaboration d'un plan d'ensemble, le présent article s'applique.
2 L'autorisation de construire est soumise à l'élaboration d'un plan d'ensemble réglant l'organisation générale des volumes, les accès et circulations, la péréquation entre les propriétaires et l'ordre d'engagement du sol.
3 Le plan d'ensemble doit notamment assurer une réalisation en deux étapes successives, telles qu'elles figurent sur le plan des destinations de base.
4 La réalisation de la deuxième étape sera subordonnée à:
- la réalisation de l'essentiel des possibilités de bâtir de la première étape;
- la mise en service de la Collectrice-Sud entre la jonction A1 "Yverdon-les-Bains Sud" et le carrefour Kiener/Moulins.
5 [...]
6 [...]
Les parcelles nos 3333, 3334 et 3335 constituent le secteur à réaliser en deuxième étape (cf. art. 57bis al. 4 RPGA). »
Il convient donc de procéder à une nouvelle appréciation des besoins en zone d’activité en fonction des critères proposés par le Tribunal fédéral. A cet égard, le Tribunal fédéral a reproché à l’instance cantonale d’avoir pris en compte aussi bien les surfaces du PST, soit 460'000 m2 immédiatement utilisables ou disponibles ultérieurement, ainsi que les surfaces des autres zones, légalisées, à savoir plusieurs secteurs épars classés en zone d’activité, soit 40'000 m2. L’instance fédérale a estimé que la disponibilité de terrains dans le périmètre du parc scientifique et technologique n’était pas un élément décisif pour refuser une extension des zones d’activités traditionnelles pour des entreprises dont l’activité ne répond pas aux critères fixés par le PST pour la destination des constructions à savoir, les entreprises vouées à la recherche et au développement et à la production liée à la recherche. Or, l’instance cantonale n’avait pas démontré que les réserves de terrains disponibles (40'000 m2) seraient suffisantes. Le Tribunal fédéral a donc jugé que l’instance cantonale avait nié l’existence d’un besoin sans se fonder sur des éléments clairs et pertinents (voir consid. 1a ci-dessus).
En l’espèce, le tribunal a repris l’instruction de la cause sur la question du besoin en zones d’activités. La municipalité a produit à cet égard un extrait du projet de plan Aggloy 2012, duquel il ressort que le potentiel de développement en matière d’activité s’élève à 4'890 emplois pour la Commune d’Yverdon-les-Bains et à 6180 pour l’ensemble de l’agglomération. La municipalité a aussi produit un plan montrant l’occupation des zones d'activités au mois d’octobre 2011. Ce plan ne comprend toutefois pas un calcul des surfaces disponibles en zone d’activités. Par ailleurs, les commentaires du projet du plan AggloY 2012 précise que « La reconversion des friches urbaines à Yverdon-les-Bains et, dans une plus modeste mesure à Grandson, offre des capacités importantes et certainement insoupçonnées.
Par ailleurs, le projet AggloY 2012, tel qu’il a été finalisé au mois de juin 2012, mentionne que le nombre d’emplois à Yverdon-les-Bains a passé de 10'989 en 2001 à 12'790 en 2008, ce qui représente une augmentation de 16%. Les objectifs de développement sont chiffrés de la manière suivante: soit 4'340 emplois en plus pour la période 2011-2022 et 2'150 emplis pour la période 2022-2030. Dans cette perspective, il est précisé que le secteur « Aux Parties » offre un potentiel de 1'000 habitants et 540 emplois. Le projet apporte encore les précisions suivantes:
« Un mandat d’études parallèles (2011) a permis de définir le concept urbanistique et paysager. Le programme comprend un nouveau complexe bâti qui rassemblera les services techniques communaux et les entreprises de transports publics (Travys SA et CarPostal SA), ce qui libèrerait des terrains stratégiques dans le périmètre Gare-Lac. Le plan de quartier et les avant-projets d’équipement sont en cours d’étude. » (projet AggloY 2012, p. 37)
Par ailleurs, pour apprécier le besoin en terrains à bâtir, il convient encore de prendre en considération les objectifs de développement retenus par les plans directeurs (AC.2010.0298 du 15 mai 2012 consid. 4).
A cet égard, Le Plan directeur cantonal (PDCn) est entré en vigueur le 1er août 2008. Il encourage à travailler par projets de territoire et consacre l’importance d’un réseau de centres. L’objectif consiste à maintenir le poids démographique des centres cantonaux, régionaux et locaux en stimulant et en facilitant l’urbanisation dans le territoire déjà urbanisé et bien desservi par les transports publics. C’est ainsi que dans les centres, la création de nouvelles zones à bâtir et la densification des zones à bâtir existantes sont encouragées alors qu’en dehors des centres, la légalisation de nouvelles zones à bâtir doit être maîtrisée (PDCn volet stratégique p. 38). Or, l’agglomération yverdonoise est confirmée comme un centre cantonal avec un renforcement au profit de l’ensemble du Nord-vaudois. Par ailleurs, la municipalité a produit un plan démontrant l’état de l’occupation des zones d’activité légalisées établi au mois d’octobre 2011. Il ressort de ce plan que la plupart des zones d’activité sont largement occupées sur l’ensemble du territoire communal dans une proportion importante que l’on peut estimer au 4/5. Par ailleurs, le projet AggloY 2012 précise que le développement de l’agglomération compacte repose sur trois nouveaux pôles urbains principaux, décrits de la manière suivante :
«(...)
• Gare-Lac, situé au coeur d’agglomération, projet phare de reconversion d’une friche dans le but de créer un complément contemporain au centre-ville et de le relier au lac avec des services, des commerces, des bureaux, des équipements, des logements et des espaces publics de qualité.
• Chamard-Châtelard, en entrée de ville, au nord-ouest de l’agglomération, pôle commercial et artisanal destiné à articuler différents quartiers en mutation ou en devenir, comprenant des franges de mixité pour créer la cohésion entre les quartiers et un projet paysager global intégrant parcs et espaces publics.
• Y-Parc, en entrée de ville, au sud de l’agglomération, réservé aux entreprises de pointe, en lien avec l’école d’ingénieurs HEIG-VD, mais aussi avec le cœur de l’agglomération, par le biais notamment, de la mise en place d’un axe direct de mobilité douce entre Y-Parc et la gare d’Yverdon-les-Bains.» (projet AggloY 2012, p. 93)
Le secteur « Aux Parties » n’est pas compris dans l’un de ces trois pôles de développement, mais il est lié aux objectifs d'aménagement recherchés pour ces pôles en ce sens qu’il est destiné à un complexe de construction permettant de libérer les terrains stratégiques du pôle de développement « Gare Lac. Dans ces condition, le tribunal doit considérer que les circonstances se sont modifiées à un tel point depuis l’étude de la planification litigieuse, élaborée sur la base du plan directeur communal de 1995, pour faire l’objet d’une première enquête publique en 1998 et d’une adoption en mars 2000, avec des modifications mises à l’enquête en décembre 2000 pour être définitivement adopté en avril 2001, que le besoin en terrains à bâtir sur le secteur « Aux Parties » doit en définitive être reconnu au sens de l’art. 15 let. b LAT.
Il se pose toutefois encore la question de savoir si l’affectation décidée en 2001 par le conseil communal permet de tenir compte également de l’évolution des circonstances, en particulier des nouveaux objectifs de développement tels qu’ils ressortent du plan directeur cantonal et du projet AggloY de 2012. En effet, le Conseil communal a classé l’entier du secteur « Aux Parties » en zone d’activités, ce qui exclut la construction de logements, de même que les équipement publics envisagés, tels que les classes d’une école avec sa salle de gymnastique. Il est ainsi douteux que le Conseil communal adopte aujourd’hui encore la même mesure de planification que celle qui a été votée il y a plus de dix ans. L’approbation de la mesure de planification contestée aurait pour effet d’empêcher la construction de logements en accordant aux propriétaires fonciers des droits à bâtir sur la base d’une affectation qui ne correspond plus aux objectifs de développement et aux études en cours. Or, ces droits à bâtir seraient mis au bénéfice du principe de la sécurité de droit; en effet, la stabilité des plans est un aspect du principe, plus général, de la sécurité du droit, qui doit permettre aux propriétaires fonciers, comme aux autorités chargées de mettre en oeuvre la planification, de compter sur la pérennité des plans d'affectation (ATF 1C_384/2009
Arrêt du 26 février 20101C_384/2009 du 26 février 2010 consid. 4.1).
Il est donc important de permettre au Conseil communal de se prononcer à nouveau sur l’affectation du secteur « Aux parties », afin qu’il puisse décider d’une affectation qui tienne le mieux compte de l’évolution des circonstances et des nouveaux besoins de la commune en matière de logements et d’infrastructure scolaire notamment. Le Conseil communal peut d’ailleurs faire correspondre sa décision avec celle concernant l’adoption de planification en cours d’élaboration. Le recours doit donc être admis par substitution de motifs en ce qui concerne l’affectation du secteur « Aux Parties ».
En effet, la planification communale adoptée en 2000 et 2001 dans le secteur « Aux Parties » n'est plus conforme à l’art. 21 al. 2 LAT car elle ne tient pas compte de l'évulution des circonstances intervenues depuis lors.
1. Les mesures de planification ont donc été adoptée par la commune pour ce secteur il y a plus de 10 ans. Or, les circonstances qui étaient déterminantes pour adopter ces mesures à l’époque se sont modifiées notablement. En particulier, la commune a définitivement abandonné le projet de Collectrice Sud. L’abandon de ce projet a modifié aussi les objectifs d’aménagement dans le secteur de la première étape de la zone d’activité formé par les parcelle 3'331 et 3'337, qu’il est prévu d’affecter au logement, l’avenue Kiener étant elle-même destiné à l’aménagement d’une zone 30 favorable à l’habitat. En revanche, la commune maintien l’idée d’affecter le secteur de 2ème étape (parcelles 3'333, 3'334 et 3'335) en zone d’activité, s’agissant du secteur le plus exposé aux nuisances. La confirmation de la mesure d’aménagement contestée qui se réfère encore au projet de Collectrice Sud irait manifestement à l’encontre des nouveaux objectifs d’aménagement recherchés par la commune pour ce secteur, objectifs qui semblent aussi avoir été admis par les parties qui ont signé une convention d’aménagement avec la commune.
Ainsi, les circonstances ont évolué de telle manière depuis l’adoption de la mesure d’aménagement en mars 2000 et avril 2001, que les conditions de l’art. 21 al. 2 LAT ne permettent plus de confirmer cette mesure. D’une part, en maintenant une zone d’activité de première étape sur les parcelles 3'331 et 3'337, la mesure irait directement à l’encontre des objectifs retenus par la commune visant à affecter le secteur au logement. D’autres part, en confirmant la zone d’activité en deuxième étape, la réglementation poserait une condition impossible à exécuter en subordonnant sa réalisation à la mise en service de la Collectrice Sud qui a précisément été abandonnée. C’est pour ce même motif, en relation avec le projet de Collectrice Sud, que la qualité pour recourir des recourants peut leur être reconnue, comme elle l’avait été dans la première cause (arrêt AC.2003.0132 du 313 octobre 2005 consid. 1c). Les recours doivent donc être admis pour ces motifs et les décisions du Conseil communal d’Yverdon les bains adoptant la zone d’activité et la réglementation sur le secteur en cause, soit l’art. 57 bis RPGA, doit être annulée.
2. Le recours des recourants Corinne et André Overney porte aussi sur la question du degré de sensibilité attribué à la zone composite du secteur du Couchant. Le Tribunal administratif avait admis le recours sur ce point pour les motifs suivants:
« En l’espèce, l’inspection locale a démontré que le secteur de la rue du Couchant est constitué dans une part très prépondérante d’habitations. Seuls deux locaux d’activités sont installés, soit un atelier d’architecture et les bureaux de l’entreprise du recourant. Ces deux activités ne sont pas gênantes et font partie des activités tertiaires compatibles avec une destination réservée à l’habitation. Ainsi, il apparaît que le principe de prévention commande de ne pas prévoir une planification qui permette d’augmenter le bruit dans une zone urbanisée calme. Dans ces conditions, l’application du degré de sensibilité III n’est pas conforme au principe de prévention tout comme la définition de la zone qui permet des activités moyennement gênantes dans un secteur qui n’en comporte aucune. L’autorité communale a excédé son pouvoir d’appréciation par une mesure de planification qui a pour effet de permettre d’emblée une augmentation du niveau de bruit dans un secteur calme et entouré d’habitations. Le recours doit donc être admis sur ce point et la décision du département annulée, de même que la décision du conseil communal levant l'opposition des recourants sur ce point. Le dossier doit être renvoyé à l'autorité communale afin que le degré de sensibilité II soit appliqué au secteur de la rue du Couchant et que l’art. 47 RPGA soit modifié en ce sens que les activités moyennement gênantes ne sont pas admises dans ce secteur. »
Le Tribunal fédéral a cependant annulé l’arrêt cantonal sur ce point par le raisonnement suivant:
« La zone composite, telle qu'elle est définie à l'art. 47 RPGA, a une destination clairement fixée et il s'agit d'une véritable zone mixte (cf. supra, faits, B.a). La commune devait en principe lui attribuer le degré de sensibilité III. En ne prévoyant pas un régime spécial pour le secteur litigieux dans le cadre de l'art. 43 al. 1 OPB - parce que la surface concernée est trop peu importante, et aussi à cause de l'affectation des zones directement voisines, où il pourrait se trouver des sources de bruit -, la commune a appliqué de manière correcte cette norme du droit fédéral de la protection de l'environnement. Le département cantonal a d'ailleurs confirmé cette décision.
Il faudrait pouvoir se fonder sur d'autres éléments que ceux retenus par le Tribunal administratif - lequel s'est borné à constater la présence prépondérante d'habitations dans un petit quartier de neuf parcelles - pour admettre que la destination de la zone composite est en réalité, vu la situation concrète, moins largement définie que ce qu'énonce le texte clair de l'art. 47 RPGA. Dans ses déterminations, l'Office fédéral de l'environnement qualifie a priori de "défendable" la solution du Tribunal administratif, car la zone composite pourrait éventuellement être "séparable en plusieurs secteurs", avec l'attribution du degré de sensibilité II à un secteur "suite à un assouplissement admissible de l'énoncé, même clair, de l'art. 47 RPGA". Cet office fédéral conclut toutefois que, sur la base du dossier, il ne peut pas se prononcer. Il faut en déduire que, faute de circonstances spéciales, l'application correcte du droit fédéral impose l'attribution du degré de sensibilité III, la latitude de jugement conférée par l'art. 43 al. 1 OPB étant en définitive très restreinte (cf. ATF 120 Ib 287 consid. 3c/bb p. 295).
Au demeurant, le fait que le Tribunal administratif a ensuite donné à l'autorité communale l'injonction de modifier l'art. 47 RPGA "en ce sens que les activités moyennement gênantes ne sont pas admises dans ce secteur" (cf. à ce propos infra, consid. 8.3), démontre également que sur la base du plan et de la réglementation adoptés, préalable l'attribution des degrés de sensibilité, la décision communale confirmée par le département cantonal ne violait pas le droit fédéral. Il s'ensuit qu'en imposant un autre degré de sensibilité, le Tribunal administratif a mal appliqué l'art. 43 al. 1 OPB, ce qui entraîne l'admission du recours de droit administratif de la commune.
Toutefois, le Tribunal fédéral semble avoir constaté que la commune recourante n’avait pas contesté, dans son recours de droit public, le dispositif de l’arrêt cantonal demandant à la commune de modifier l’art. 47 RPGA afin que les activités gênantes ne soient pas admises dans ce secteur. Les explications du Tribunal fédéral sont les suivantes à cet égard:
« (...) En renvoyant l'affaire à l'autorité communale afin qu'elle modifie l'art. 47 RPGA, le Tribunal administratif a pris une décision complémentaire qui découle de ce que, d'après lui, le degré de sensibilité II doit être attribué au secteur litigieux.
Néanmoins, le recours de droit administratif de la commune ne porte pas sur ce point, ni dans sa motivation ni dans ses conclusions. Du reste, comme il s'agit d'une question relevant de la définition du mode d'utilisation du sol, au sens de l'art. 14 al. 1 LAT - même si le Tribunal administratif se réfère à ce propos au "principe de prévention", donc implicitement à l'art. 1 al. 2 LPE -, la matière est régie par le droit fédéral et cantonal de l'aménagement du territoire. Les griefs à ce sujet devaient donc en principe être soumis au Tribunal fédéral par la voie du recours de droit public (cf. supra, consid. 4.1). Le recours de droit public de la commune (cause 1P.797/2005) et les recours de droit public connexes des opposants (causes 1P.799/2005, 1P.801/2005 et 1P.803/2005) ne contiennent pas de tels griefs. Cette question n'a donc pas à être examinée car elle ne fait pas l'objet de la contestation devant le Tribunal fédéral.
(...) Par conséquent, l'admission du recours de droit administratif entraîne l'annulation partielle de l'arrêt attaqué en tant que le Tribunal administratif renvoie l'affaire à l'autorité communale en vue de l'attribution du degré de sensibilité II au secteur de la rue du Couchant. Le Tribunal fédéral n'a pas à statuer lui-même sur le fond dans le cas particulier. L'affaire doit donc être renvoyée pour nouvelle décision au Tribunal administratif (art. 114 al. 2 OJ). »
Ainsi, le Tribunal fédéral a admis le recours de la commune en ce qui concerne l’attribution du degré de sensibilité II au secteur du Couchant de la zone composite, en imposant le degré de sensibilité III, de sorte que le recours cantonal des recourants Corinne et André Overney doit être rejeté sur ce point. En outre, le Tribunal fédéral a constaté que l’arrêt du Tribunal administratif du 31 octobre 2005 était entré en force en ce qui concerne le renvoi de l’affaire à l’autorité communale pour étudier une éventuelle modification de l’art. 47 RPGA concernant les activités admissibles dans le secteur du Couchant. Il appartiendra donc à la commune de se prononcer sur ce point et, le cas échéant, de décider si elle souhaite diviser la zone composite en différents secteurs où les activités moyennement gênantes ne seraient pas admises.
3. Il résulte des considérants qui précèdent que les recours doivent être partiellement admis dans le sens des considérants. Les décisions du Conseil communal d’Yverdon-les-Bains des 2 mars 2000 et 5 avril 2001, levant les oppositions des recourants et adoptant le nouveau plan général d’affectation ainsi que la décision du département du 17 juin 2003 sont annulées, dans la mesure où elles concernent le classement des parcelles 3'331, 3'333, 3'334, 3'335 et 3'337 en zone d’activités et l’adoption de l’art. 57 bis RPGA; le dossier doit donc être retourné à la commune pour décider d’une nouvelle affectation conforme au considérant 1 du présent arrêt.
En outre, l’arrêt du Tribunal administratif du 31 octobre 2005 est maintenu dans la mesure où il concerne le renvoi du dossier à l’autorité communale en rapport avec la modification de l’art. 47 RPGA concernant les activités admissibles dans le secteur du Couchant. Les décisions communales et cantonales étant sont confirmées pour le surplus.
Compte tenu de ce résultat, il y a lieu de laisser les frais de justice à la charge de l’Etat et de compenser les dépens.