Decision ID: 70c74e0a-7d22-4592-b25d-5c9a93acae7a
Year: 2010
Language: fr
Court: VD_TC
Chamber: VD_TC_031
Canton: VD
Region: Région lémanique
Law Area: public_law

Vu les faits suivants
A. Y._ AG est une société anonyme inscrite au registre du commerce du canton de Schwytz le 11 août 1997. Son but est défini comme suit:
"Import, Export und Handel mit technischen Produkten und Anlagen, insbesondere mit klimatechnischen Produkten und Anlagen für Komfortklimatisierung und Schwimmbadentfeuchtung; kann sich an anderen Unternehmungen beteiligen sowie Grundeigentum erwerben, verwalten und veräussern."
B. Le 27 décembre 1997, Y._ AG a conclu avec B.X._ un contrat de représentation ("Gebietsvertretungsvertrag") aux termes duquel elle a cédé à ce dernier la représentation des produits de l'entreprise Y._ GmbH dont le siège est à Mülheim an der Ruhr, en Allemagne, dans les régions de Genève, Lausanne, Fribourg, Yverdon, Vevey, Montreux, Sion, Neuchâtel, La Chaux-de-Fonds, Delémont et Porrentruy. Ce contrat prévoit que B.X._ est rémunéré sous forme de commissions sur les produits vendus, lesquelles sont versées mensuellement après le règlement intégral de la facture par le client.
C. Le 12 février 1998, Y._ AG et B.X._ ont conclu un contrat aux termes duquel cette société lui prêtait la somme de 200'000 fr. à titre d'acompte sur les commissions. Le remboursement de ce prêt pouvait avoir lieu sous la forme de compensation avec les commissions de vente.
D. Le 12 juin 1998, B.X._ a inscrit au registre du commerce vaudois la raison sociale "B.X._" dont le but est la représentation et le conseil dans le domaine de la climatisation, du chauffage et des sanitaires.
E. Le 17 juillet 1999, Y._ AG a encore prêté à B.X._ la somme de 25'000 fr. à titre d'avance sur les commissions.
F. B.X._ a cessé son activité pour le compte de Y._ AG le 31 décembre 2000.
G. Selon le décompte définitif établi le 15 janvier 2001, le montant des commissions dues pour l'année 2000 s'élevait à 425'140 fr. 87 (montant ensuite rectifié à 431'049 fr.) dont 365'140 fr. 87 n'avaient pas encore été versés à B.X._ à cette date. Il ressort d'un autre document intitulé "Schlussabrechnung per 31.12.2000" que B.X._ était encore créancier d'un montant total de 407'420 fr. 90, y compris un solde de commissions antérieures de 42'280 francs.
H. Le 13 septembre 1999, B.X._ et A.X._ (ci-après: les époux X._) ont retourné leur déclaration d'impôt pour la période fiscale 1999-2000 dans laquelle ils ont déclaré un revenu imposable de 5'000 fr. au taux de 2'700 fr. et une fortune nulle.
Le 3 novembre 2000, la Commission d'impôt de Lausanne-Ville a rendu une décision de taxation définitive fixant le revenu imposable à 62'800 fr. au taux de 35'000 fr. et la fortune imposable à 0 franc.
I. Le 30 octobre 2001, les époux X._ ont retourné leur déclaration d'impôt pour la période fiscale 2001-2002 dans laquelle ils ont déclaré un revenu imposable de 81'300 fr. au taux de 45'100 fr. et une fortune imposable nulle. Ils ont indiqué que le revenu provenant de l'activité indépendante de B.X._ s'était élevé à 106'320 fr. en 1999 et à 106'320 fr. en 2000.
Le 1er février 2002, l'Office d'impôt du district de Lausanne-Ville a rendu une décision provisoire de taxation fixant le revenu imposable à 81'300 fr. au taux de 45'100 fr. et la fortune imposable à 0 franc.
J. Le 28 novembre 2003, les époux X._ ont retourné leur déclaration d'impôt "2001-2002 bis" dans laquelle ils ont déclaré avoir réalisé un revenu provenant de l'activité indépendante de B.X._ de 389'302 fr. en 2001 et 185'089 fr. en 2002.
K. Du 19 au 21 octobre 2004, l'Administration cantonale des impôts (ci-après: ACI) a contrôlé les comptes des époux X._. A cette occasion, elle a constaté que leur déclaration d'impôt 2001-2002 ainsi que les déclarations relatives aux années antérieures n'apparaissaient pas exactes. Par lettre du 13 décembre 2004, l'ACI a partant informé les époux X._ qu'elle ouvrait une procédure pour soustraction d'impôt.
Par lettre du 21 janvier 2005, les époux X._ ont communiqué à l'ACI les éléments de revenu et de fortune non déclarés pendant les périodes fiscales 1999-2000, 2001-2002 et 2001-2002 bis.
Le 1er mars 2005, l'ACI a procédé à une demande de pièces détaillée.
Un entretien a eu lieu entre B.X._ et l'ACI le 13 avril 2005.
Le 28 avril 2005, les époux X._ ont transmis à l'ACI un certain nombre de pièces.
Le 2 février 2006, l'ACI a adressé aux époux X._ un avis de prochaine clôture de l'enquête pour soustraction d'impôt portant sur leurs déclarations 1999-2000, 2001-2002 et 2003 (impôt cantonal, communal et fédéral direct) et leur a communiqué les modifications et les compléments d'impôt qu'elle entendait leur notifier.
Un deuxième entretien a eu lieu entre le mandataire des époux X._ et l'ACI le 23 février 2006 à l'occasion duquel la production de plusieurs pièces a été demandée.
Par courrier électronique du 12 juillet 2006, l'ACI a imparti aux époux X._ un délai au 10 septembre 2006 pour produire les justificatifs permettant de réfuter les reprises envisagées, sans quoi un prononcé d'amendes serait rendu.
Les époux X._ se sont exprimés sur ces reprises par lettre du 26 septembre 2006.
Compte tenu de ces explications, l'ACI a annulé certaines reprises, imparti aux époux X._ un délai au 20 novembre 2006 pour lui faire part de son accord ou de son désaccord à cet égard et leur a notifié un nouvel avis de prochaine clôture le 27 octobre 2006.
En absence de réponse, l'ACI a, par courrier électronique du 28 novembre 2006, imparti aux époux X._ un ultime délai au 30 novembre 2006.
Les époux X._ ont, par courrier électronique du 29 novembre 2006, sollicité une nouvelle entrevue avec l'ACI. Cette entrevue s'est déroulée le 30 août 2007. A son issue, B.X._ s'est engagé à soumettre à l'ACI une proposition de règlement sur la base des renseignements à fournir par l'ACI. Le 16 octobre 2007, l'ACI a communiqué ces données aux époux X._.
Les époux X._ ont communiqué à l'ACI des informations complémentaires par lettre du 2 novembre 2007. Le 14 novembre 2007, ils ont encore affirmé à l'ACI qu'ils n'approuvaient pas les éléments imposables retenus pour les périodes fiscales 2004 à 2006. Par lettre du 2 décembre 2007, ils ont proposé de régler leur dette fiscale par le versement d'un solde de toute compte de 30'036 fr. 60.
Constatant que les montants dus pour les années 1999 à 2003 et 2004 à 2006 s'élevaient à 287'183 fr. 75 respectivement 15'773 fr. 90, l'ACI a répondu, par lettre du 12 décembre 2007, que cette proposition était inacceptable.
Le 21 décembre 2007, l'ACI a rendu une décision de rappel d'impôts, de taxation définitive et de prononcé d'amendes dont le dispositif est le suivant:
"l'Administration cantonale des impôts,
respectivement l'Administration cantonale de l'impôt fédéral direct:
A. En matière d'impôt cantonal et communal
I. procède au rappel de l'impôt cantonal et communal et à la taxation définitive suivants à l'endroit de B.X._ et A.X._ contribuables 2********:
Impôts sur le revenu
Années Canton Commune Lausanne Totaux Fr. Fr. Fr. 1999 6'420.65 5'226.10 11'646.75 2000 6'420.65 5'226.10 11'646.75 2001 38'833.85 31'609.00 70'442.85 2002 (339 j) 36'568.60 29'765.10 66'333.70 2002 (21 j) 2'285.10 1'859.95 4'145.05 Totaux 90'528.85 73'686.25 164'215.10
Les compléments d'impôts ci-dessus correspondent à la différence entre les éléments imposables et les éléments imposés et déclarés
Impôts sur la fortune
Années Canton Commune Lausanne Totaux Fr. Fr. Fr. 2001 463.30 377.10 840.40 2002 (339 j) 436.30 355.10 791.40 2002 (21 j) 36.80 29.95 66.75 Totaux 936.40 762.15 1'698.55
Les compléments d'impôts ci-dessus correspondent à la différence entre les éléments imposables et les éléments imposés et déclarés
Récapitulation générale (canton et commune) Totaux
Fr.
Compléments d'impôts cantonal 91'465.25
Compléments d'impôt communal 74'448.40
Total des compléments d'impôts 165'913.65
II. prononce à l'encontre de B.X._, contribuable 2********, des peines d'amendes de
a) Fr. 23'200.-- (vingt trois mille deux cents francs) pour les soustractions d'impôt cantonal et communal commises durant la période fiscale 1999-2000, à savoir:
Fr. 12'800.-- pour le canton et
Fr. 10'400.-- pour la commune de Lausanne
b) Fr. 94'900.-- (nonante quatre mille neuf cents francs) pour les soustractions d'impôt cantonal et communal tentées durant la période fiscale 2001-2002, à savoir:
Fr. 52'300.-- pour le canton et
Fr. 42'600.-- pour la commune de Lausanne
Récapitulation des amendes cantonales et communales Totaux
Fr.
Amendes cantonales 65'100.00
Amendes communales 53'000.00
Total des amendes 118'100.00
B. En matière d'impôt fédéral direct
III. procède au rappel de l'impôt fédéral direct et à la taxation définitive suivants à l'endroit de B.X._ et A.X._, contribuables 2********:
Impôts sur le revenu
Années Dus Facturés Compléments Fr. Fr. Fr. 1999 4'815.00 1'097.00 3'718.00 2000 4'815.00 1'097.00 3'718.00 2001 31'543.00 1'685.00 29'858.00 2002 (339 j) 29'702.95 1'586.70 28'116.25 2002 (21 J) 1'840.00 98.25 1'741.75 Totaux 72'715.95 5'563.95 67'152.00
Les compléments d'impôts ci-dessus correspondent à la différence entre les éléments imposables et les éléments imposés et déclarés
IV. prononce à l'encontre de B.X._, contribuable 2********, des peines d'amendes de
a) Fr.7'400.-- (sept mille quatre cents francs) pour les soustractions d'impôt fédéral direct commises durant la période fiscale 1999-2000,
b) Fr.39'800.-- (trente neuf mille huit cents francs) pour les soustractions d'impôt fédéral direct tentées durant la période fiscale 2001-2002.
Récapitulation des amendes pour l'impôt fédéral direct Totaux
Fr.
Année 1999 3'700.00
Année 2000 3'700.00
Année 2001 19'900.00
Année 2002 19'900.00
Total des amendes 47'200.00
Total général (ICC et IFD) Fr. 398'365.65
V. laisse les frais de l'enquête pénale fiscale à la charge de l'Etat;
VI. dit que l'exécution de la présente décision / du présent prononcé se fera ultérieurement par bordereau(x) d'impôts, de petites différences dues aux arrondis étant réservées;
VII. précise que les compléments d'impôts calculés ne tiennent pas compte des paiements effectués, mais correspondent à la différence entre les éléments imposables et les éléments imposés et déclarés."
Il ressort de l'annexe I à cette décision que l'ACI a repris les éléments suivants rectifiant les taxations des déclarations d'impôt:
ÉLÉMENTS DE REVENUS NON DÉCLARÉS OU ERRONÉS 1997 1998 1999 2000 Total 1. ÉLÉMENTS SOUSTRAITS À REPRENDRE Définitive TI. 01.07.98 Définitive TI. 01.07.98 Provisoire TI. 01.07.98 Provisoire Activité indépendante de Monsieur 1.01 Chiffre d'affaires non comptabilisés Encaissement Y._ SA 8'127 8'127 8'127 24'381 Solde commissions 1998 Y._ SA non provisionné et non compris dans les débiteurs au 01.07.98 42'280 42'280 42'280 126'840 Solde commissions 2000 Y._ SA non provisionné 425'141 425'141 Encaissements sur comptes WIR non déclarés 18'500 18'500 18'500 3'500 59'000 1.02 Frais privés comptabilisés à charge de l'exploitation 2'063 2'063 2'063 3'757 9'946 1.03 Frais concernant B.X._ + Z._ SA à charge de l'exploitation 0 0 0 0 0 1.04 Ass. A._ 1/2 indemnité journalière B.X._ non admise 2'326 2'326 2'326 1'861 8'839 1.05 Prime B._ assurance 9******** privée 395 395 Total reprises effectives (exercice 1999 : 18 mois) 73'296 73'296 73'296 219'888 Annulation reprises 12/18 48'864 48'864 48'864 146'592 Autres éléments de taxation 1.06 Revenus des titres non déclarés 1'580 2'001 2'767 6'349 1.07 Déd. int. capitaux d'épargne admise s/titres non déclarés -1'871 -1'871 1.08 Déd. int. capitaux d'épargne non admise s/titres déclarés 0 1.09 FAFM admise sur fortune non déclarée -46 -101 -101 -247 TOTAL DES SOUSTRACTIONS 48'864 50'399 50'765 435'449 585'477 2. ÉLÉMENTS DE REPRISES NE CONSTITUANT PAS UNE SOUSTRACTION Activité indépendante de Monsieur 2.01 Honoraires BDO (contrôle fiscal) admis exceptionnellement 0 2.02 TI 10.12.02 - modification des bases de répartition Valeur locative 8******** (SO) -29'280 -29'280 -58'560 Frais d'entretien d'immeuble 8******** (SO) 5'856 5'856 11'712 Intérêts hypothécaires 8******** (SO) 24'029 26'674 50'703 TOTAL DES CORRECTIONS 0 0 605 3'250 3'855 3. TOTAL DES REPRISES SUR REVENUS 48'864 50'399 51'370 438'699 589'332
ÉLÉMENTS DE LA FORTUNE NON DÉCLARÉS OU ERRONÉS 01.01.1999 01.01.2001 Total 1. ÉLÉMENTS SOUSTRAITS À REPRENDRE Définitive Provisoire Activité indépendante de Monsieur 1.01 Solde commissions 1998 Y._ SA 42'280 42'280 1.02 Solde commissions 2000 Y._ SA 425'141 425'141 1.03 Cpl AVS 2000-2001 payés 9.01.03, mais en créanciers 2003 0 Autres éléments de taxation 1.04 BCV 2******** compte non déclaré 1'588 1'588 1.05 BCV 3********- compte non déclaré 65'408 65'408 1.06 Part C._ Sàrl 0 1.07 Bateau 1/3 0 1.08 Assurance vie A._ N° 4******** 15'000 15'000 1.09 Assurance vie A._ N° 5******** 10'000 10'000 TOTAL DES SOUSTRACTIONS 0 559'417 559'417 2. ÉLÉMENTS DE REPRISES NE CONSTITUANT PAS UNE SOUSTRACTION Activité indépendante de Monsieur 2.01 Honoraires BDO (contrôle fiscal) à payer admis exceptionnellement 0 Autres éléments de taxation 2.02 Regiobank N° 6******** - compte non déclaré 1'785 1'785 2.03 Regiobank N° 7********- compte non déclaré 28580 28'580 2.04 TI 10.12.02 - modification des bases de répartition Villa 8******** (SO) -609'560 -609'560 Dettes hypothécaires villa 8******** (SO) 547'500 547'500 TOTAL DES CORRECTIONS 30'365 -62'060 -31'695 3. TOTAL DES REPRISES SUR LA FORTUNE 30'365 497'357 527'722
L. Le 31 décembre 2007, les époux X._ ont formé une réclamation contre cette décision qu'ils ont motivée par lettre du 17 juillet 2008.
Par décision sur réclamation du 3 novembre 2008, l'ACI a modifié la décision de rappel d'impôt et de taxation définitive du 21 décembre 2007 et fixé les compléments d'impôts suivants:
"Impôt cantonal et communal
Impôts sur le revenu
Compléments d'impôts correspondant à la différence entre les éléments imposables et les éléments imposés ou/et déclarés
Années Canton Commune Totaux Fr. Fr. Fr. 1999 2'728.25 2'220.65 4'948.90 2000 2'728.85 2'220.65 4'948.90 2001 36'282.50 29'532.30 65'814.80 2002 (339 j) 34'166.05 27'809.55 61'975.60 2002 (21 j) 2'136.70 1'739.15 3'875.85 Totaux 78'042.35 63'522.30 141'564.05
au lieu de CHF 164'215.10.- (décision du 21 décembre 2007).
Impôts sur la fortune
- pas de modification par rapport à la décision du 21 décembre 2007
Impôt fédéral direct
Impôts sur le revenu
Années Canton Commune Totaux Fr. Fr. Fr. 1999 2'238.00 1'097.00 1'141.00 2000 2'238.00 1'097.00 1'141.00 2001 29'710.00 1'685.00 28'025.00 2002 (339 j) 27'976.90 1'586.70 26'390.20 2002 (21 j) 1'733.05 98.25 1'634.80 Totaux 63'895.95 5'563.95 58'332.00
au lieu de CHF 67'152.- (décision du 21 décembre 2007)."
L'ACI a par conséquent modifié les amendes comme suit:
"Impôt cantonal et communal
a) Fr. 9'800.-- pour les soustractions d'impôt cantonal et communal commises durant la période fiscale 1999-2000, à savoir:
Fr. 5'403.- pour le canton et
Fr. 4'397.- pour la commune de Lausanne
b) Fr. 86'200.- pour les soustractions d'impôt cantonal et communal tentées durant la période fiscale 2001-2002 (699 jours), à savoir:
Fr. 47'523.- pour le canton et
Fr. 38'677.- pour la commune de Lausanne
c) Fr. 2'600.- pour les soustractions d'impôt cantonal et communal tentées durant la période fiscale 2001-2002 (21 jours), à savoir:
Fr. 1'433.- pour le canton et
Fr. 1'167.- pour la commune de Lausanne,
Soit un montant total d'amendes pour les soustractions d'impôt cantonal et communal de CHF 98'600 au lieu de CHF 118'100.- (décision du 21 décembre 2007)
Impôt fédéral direct
a) Fr. 2'200.- pour les soustractions d'impôt fédéral direct commises durant la période fiscale 1999-2000,
b) Fr. 37'300.- pour les soustractions d'impôt fédéral direct tentées durant la période fiscale 2001-2002,
soit un montant total d'amendes pour les soustractions d'impôt fédéral direct de CHF 39'500.- au lieu de CHF 47'200 (décision du 21 décembre 2007)."
Pour le surplus, l'ACI a confirmé sa décision du 21 décembre 2007.
Le détail du calcul de ces reprises annexé à cette décision se présente comme suit:
ÉLÉMENTS DE REVENUS NON DÉCLARÉS OU ERRONÉS 1997 1998 1999 2000 Total 1. ÉLÉMENTS SOUSTRAITS À REPRENDRE Définitive TI. 01.07.98 Définitive TI 01.07.98 Provisoire TI 01.07.98 Provisoire Activité indépendante de Monsieur 1.01 Chiffre d'affaires non comptabilisés: Encaissement Y._ SA (compta BCV à Privé) 8'127 8'127 8'127 24'381 Solde commissions 1998 Y._ SA non provisionné et non compris dans les débiteurs au 01.07.98 0 0 0 0 Solde commissions 2000 Y._ SA non provisionné 425'141 425'141 Encaissements sur comptes WIR non déclarés 18'500 18'500 18'500 3'500 59'000 1.02 Frais privés comptabilisés à charge de l'exploitation 2'063 2'063 2'063 3'757 9'946 1.03 Frais concernant B.X._ + Z._ SA à charge de l'exploitation 0 0 0 0 0 1.04 Ass. A._ 1/2 indemnité journalière B.X._ non admise 2'326 2'326 2'326 1'861 8'839 1.05 Prime B._ assurance 9******** privée 395 395 Total reprises effectives (exercice 1999 : 18 mois) 31'016 31'016 31'016 93'048 Annulation reprises 12/18 20'677 20'677 20'677 62'031 Autres éléments de taxation 0 1.06 Revenus des titres non déclarés 1'580 2'001 2'767 6'349 1.07 Déd. int. capitaux d'épargne admise s/titres non déclarés -1'871 -1'871 1.08 Déd. int. capitaux d'épargne non admise s/titres déclarés 0 1.09 FAFM admise sur fortune non déclarée -46 -101 -101 -247 TOTAL DES SOUSTRACTIONS 20'677 22'212 22'578 435'449 500'916 2. ÉLÉMENTS DE REPRISES NE CONSTITUANT PAS UNE SOUSTRACTION Activité indépendante de Monsieur 2.01 Honoraires BDO (contrôle fiscal) admis exceptionnellement 0 2.02 TI 10.12.02 - modification des bases de répartition Valeur locative 8******** (SO) -29'280 -29'280 -58'560 Frais d'entretien d'immeuble 8******** (SO) 5'856 5'856 11'712 Intérêts hypothécaires 8******** (SO) 24'029 26'674 50'703 TOTAL DES CORRECTIONS 0 0 605 3'250 3'855 3. TOTAL DES REPRISES SUR REVENUS 20'677 22'212 23'183 438'699 504'771
ÉLÉMENTS DE LA FORTUNE NON DÉCLARÉS OU ERRONÉS 01.01.1999 01.01.2001 Total 1. ÉLÉMENTS SOUSTRAITS À REPRENDRE Définitive Provisoire Activité indépendante de Monsieur 1.01 Solde commissions 1998 Y._ SA 42'280 42'280 1.02 Solde commissions 2000 Y._ SA 425'141 425'141 1.03 Cpl AVS 2000-2001 payés 9.01.03, mais en créanciers 2003 0 Autres éléments de taxation 1.04 BCV 2******** compte non déclaré 1'588 1'588 1.05 BCV 3********- compte non déclaré 65'408 65'408 1.06 Part C._ Sàrl 0 1.07 Bateau 1/3 0 1.08 Assurance vie A._ N° 4******** 15'000 15'000 1.09 Assurance vie A._ N° 5******** 10'000 10'000 TOTAL DES SOUSTRACTIONS 0 559'417 559'417 2. ÉLÉMENTS DE REPRISES NE CONSTITUANT PAS UNE SOUSTRACTION Activité indépendante de Monsieur 2.01 Honoraires BDO (contrôle fiscal) à payer admis exceptionnellement 0 Autres éléments de taxation 2.02 Regiobank N° 6******** - compte non déclaré 1'785 1'785 2.03 Regiobank N° 7********- compte non déclaré 28'580 28'580 2.04 TI 10.12.02 - modification des bases de répartition Villa 8******** (SO) -609'560 -609'560 Dettes hypothécaires villa 8******** (SO) 547'500 547'500 TOTAL DES CORRECTIONS 30'365 -62'060 -31'695 3. TOTAL DES REPRISES SUR LA FORTUNE 30'365 497'357 527'722
M. Les époux X._ ont saisi la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal (ci-après: CDAP) d'un recours contre cette décision en concluant à son annulation ainsi qu'à l'annulation de la décision de l'ACI du 21 décembre 2007, la cause étant renvoyé à l'autorité inférieure pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
L'ACI a conclu au rejet du recours. Dans sa réponse, elle a précisé sa décision sur réclamation du 3 novembre 2008 en ce sens que chacun des conjoints répond des amendes suivantes:
"Impôt cantonal et communal
a) Fr. 9'800.-- pour les soustractions d'impôt cantonal et communal commises durant la période fiscale 1999-2000, à savoir:
Fr. 350.- pour Madame, dont Fr. 193.- pour le canton et Fr. 157.- pour la commune de Lausanne,
Fr. 9'450.- pour Monsieur, dont Fr. 5'210.- pour le canton et Fr. 4'240 pour la commune de Lausanne,
b) Fr. 86'200.- pour les soustractions d'impôt cantonal et communal tentées durant la période fiscale 2001-2002, à savoir:
Fr. 350.- Pour Madame, dont Fr. 193.- pour le canton et Fr. 157.- pour la commune de Lausanne,
Fr. 85'850.- pour Monsieur, dont Fr. 47'330.- pour le canton et CHF 38'520.- pour la commune de Lausanne,
c) Fr. 2'600.- pour les soustractions d'impôt cantonal et communal tentées durant la période fiscale 2001-2002 (21 jours), à savoir:
Fr. 2'600.- pour Monsieur, dont Fr. 1'433.- pour le canton et Fr. 1'167.- pour la commune de Lausanne.
Impôt fédéral direct
a) Fr. 2'200.- pour les soustractions d'impôt fédéral direct commises durant la période fiscale 1999-2000,
Fr. 78.- pour Madame,
Fr. 2'122.- pour Monsieur.
b) Fr. 37'300.- pour les soustractions d'impôt fédéral direct tentées durant la période fiscale 2001-2002,
Fr. 160.- pour Madame,
Fr. 27'140.- pour Monsieur."
Les époux X._ ont déposé un mémoire complémentaire et requis que Y._ AG indique la date de la fin des travaux des chantiers A.D._, E._ et Banque F._ ainsi que le moment où le droit de B.X._ à percevoir la commission pour ces chantiers est né.
L'ACI a dupliqué et requis qu'il soit demandé à Y._ AG de produire une copie de la convention passée le 15 janvier 2001 avec B.X._.
Interpellée par le juge instructeur, Y._ AG a indiqué que les chantiers A.D._, E._ et Banque F._ avaient pris fin respectivement entre les 14 et 21 novembre 2001, 16 et 17 novembre 2001 et 21 février et 7 mars 2001. Pour ces trois chantiers, les versements avaient été effectués par les clients le 28 décembre 2000 pour A.D._, les 14 novembre et 8 décembre 2000 pour E._ et le 21 décembre 2000 pour la Banque F._. Les commissions ont été versées à B.X._ les 18 janvier, 6 février et 26 mars 2001 pour les chantiers de D_,.E._ et les 6 février et 26 mars 2001 pour le chantier de la Banque F._. Y._ AG a en outre produit le décompte définitif établi en accord avec B.X._ le 15 janvier 2001, pièce figurant déjà au dossier.
A l'occasion d'un troisième échange d'écritures, les parties ont persisté dans leurs conclusions. B.X._ a produit une lettre adressée par Y._ AG à son conseil dans laquelle elle expose ceci:
"Die Formulierung im Zusammenarbeitsvertrag mit Herrn B.X._ bezüglich des Zeitpunkts der Fälligkeit des Provisionsanspruches ist wie folgt zu interpretieren:
Die Provision ist fällig, wenn alle gestellten Rechnungen eines Auftrages vom Kunden bezahlt sind und die Anlage vom Kunden anstandslos abgenommen wurde. Eventuelle berechtigte spätere Forderungen des Kunden, die Leistungen betreffen, die von Herrn B.X._ hätten erbracht werden müssen, werden späteren Provisionsabrechnungen belastet. Vorkassezahlungen, die der finanziellen Absicherung von Aufträgen dienen, berechtigen nicht zum Bezug von Akontoprovisionen. Diese Regelung wurde während all den Jahren der Zusammenarbeit mit Herrn B.X._ bis zur Übergabe der Aktivitäten an die G._ GmbH ende 2003 angewendet und hat nie Anlass zu Diskussionen gegeben.
Anfangs 2001 hatte Herr B.X._ den Wunsch die bestehenden Schulden bei der Y._ AG zu begleichen. Angesichts des voraussichtlich hohen Provisionsanspruchs von Herr B.X._ in 2001 haben wir diesem Wunsch am 15.1.2001 entsprochen, trotzdem die oben beschriebenen Konditionen bei den in der Tabelle aufgeführten Aufträgen aus verschiedenen Gründen noch nicht erfüllt waren.
Zur Dokumentation dieses Umstandes finden Sie im der Beilage als Beispiele folgende Dokumente:
A.D._
Schriftverkehr mit der Firma D._ vom September 2001, der belegt, dass die finanziellen Belange noch nicht geklärt waren. Die Lieferdaten für die einzelnen Anlageteile können sie dem beiliegenden Ausdruck der Eintragungen im Intranet der Firma Y._ Mülheim/D entnehmen.
E._
Zwei Rechnungen aus dem Jahre 2001. Die Lieferdaten für die einzelnen Anlageteile können sie dem beiliegenden Ausdruck der Eintragungen im Intranet der Firma Y._ MüIheim/D entnehmen.
Banque F._
Ein Schreiben der Firma G._ in dem eine Garantieverlängerung gewünscht wird, weil die Bauarbeiten erhebliche Verzögerungen erwarten liessen. Dieses Objekt wurde bis heute nie ordentlich abgeschlossen, wie der Gerätedokumentation im Intranet der Firma Y._ Mülheim/D entnommen werden kann.
Offensichtlich geben die Zahlungseingänge für die oben erwähnten drei Objekte im Jahre 2000 Anlass zu Diskussionen mit den Steuerbehörden. Bei diesen Zahlungen handelte es sich um Vorkassezahlungen, die wie eingangs erwähnt nicht zu einem Provisionsbezug berechtigten."
A la demande des époux X._, la CDAP a tenu audience le 22 avril 2010. Le procès-verbal établi à cette occasion à la teneur suivante:
(...)
L'ACI expose d'entrée de cause avoir commis une erreur en affirmant qu'aucun débiteur n'avait jamais été enregistré dans la comptabilité 2000 du recourant. A l'appui de ses explications, elle produit un choix de pièces qui figurent toutefois déjà au dossier.
B.X._ indique accepter l'unification de la procédure.
Les parties sont entendues. Elles s'expriment en ces termes:
L'ACI:
"Nous tenons à préciser que si la reprise du montant de 425'141 fr. devait être confirmée, il faudrait en déduire le montant de 33'040 francs."
B.X._:
"Il n'y a pas eu d'autre convention que celle du 15 janvier 2001. Elle a été imprimée au mois de mars, mais reprend un accord conclu pour liquider les relations au 31 décembre 2000. Pour répondre à votre question, je vous confirme que depuis le 1er janvier 2001, j'ai travaillé pour le compte de Y._ AG par le truchement de G._."
S'agissant du montant de la reprise du chiffre d'affaires non comptabilisé, l'ACI précise qu'elle n'avait pas envisagé de le corriger. Cela étant, les parties ne s'opposent pas à ce qu'un montant de 431'049 fr. soit pris en compte en lieu et place du montant de 425'141 francs.
B.X._:
"La provision était due au moment du paiement de la facture finale. C'est pour cette raison que Y._ AG me prêtait des montants dans l'intervalle, afin que je puisse disposer des liquidités. Vu le montant des commissions escomptées pour l'année 2001, la question du remboursement de ces prêts s'est posée. L'objectif de l'accord rédigé le 15 janvier 2001 était de mettre un terme à nos relations, y compris les prêts qui portaient des intérêts."
L'ACI:
"Dans notre esprit, il a toujours été clair que B.X._ a continué son activité à partir de 2001 pour le compte de G._ GmbH."
B.X._:
"A l'heure actuelle, je n'exerce plus d'activité indépendante; depuis 2004, je suis employé de G._ GmbH."
L'ACI:
"Les revenus perçus entre 2001 et 2004 provenaient de G._ GmbH".
B.X._:
"Vous me montrez un décompte dont il ressort que le poste "chiffre d'affaires 6000" comprend des montants versés par G._ GmbH; j'en suis étonné, je ne m'en souviens pas."
L'ACI:
"S'agissant du montant de 42'280 fr., nous avons renoncé à le reprendre comme élément de revenu; nous le prenons en compte uniquement comme reprise sur la fortune."
B.X._:
"La reprise du montant de 8'127 fr. n'est pas contestée. S'agissant du montant de 18'500 fr. sur trois ans et de 3'500 fr. sur la dernière année, il s'agissait de frais exclusivement privés. Les reprises 1.02 à 1.09 ne sont pas non plus contestées. Je tiens à préciser que concernant les éléments dont la reprise n'est pas contestée, il s'agit d'oublis de ma part, mais que je n'ai pas voulu les soustraire. Il y a peut-être aussi eu un malentendu avec la fiduciaire. S'agissant de mon épouse, elle s'en remettait à moi pour la déclaration de nos revenus et de notre fortune même s'il est vrai qu'elle a contresigné cette déclaration. Je ne connaissais pas la problématique de la brèche fiscale et n'ai pas eu l'intention d'en profiter. Il n'y a pas eu de changement de comptabilité en 2001. La seule chose qui s'est produite, c'est que Y._ a accepté de rendre exigible certaines commissions pour les compenser avec les prêts qu'elle m'avait octroyés. Je procédais moi-même au calcul des commissions dues par Y._ AG".
L'ACI:
"Si nous nous sommes effectivement trompés s'agissant des débiteurs enregistrés dans la comptabilité 2000, nous soutenons en revanche que ces débiteurs étaient sous-évalués".
(...)"
N. A l'issue de l'audience, le tribunal a statué à huis-clos.
O. Les arguments respectifs des parties seront repris ci-après dans la mesure utile.

Considérant en droit
1. Le litige porte sur les reprises d'impôts décidées par l'autorité intimée sur les revenus et la fortune des recourants ainsi que sur les amendes fiscales prononcées à leur encontre.
a) Le litige a trait aussi bien à l’impôt cantonal et communal sur le revenu et la fortune qu’à l’impôt fédéral direct. Il porte sur les périodes 1999-2000 et 2001-2002. En matière d'impôt fédéral direct, la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) est entrée en vigueur le 1er janvier 1995; elle a abrogé l'arrêté du Conseil fédéral du 9 décembre 1940 sur la perception d'un impôt fédéral direct (AIFD; art. 201 LIFD). Elle s'appliquera donc à toutes les périodes de taxation litigieuses. En matière d'impôt cantonal et communal, la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI; RSV 642.11) est entrée en vigueur le 1er janvier 2001; elle a abrogé la loi du 26 novembre 1956 sur les impôts directs cantonaux (aLI). Elle s'appliquera dès lors aux périodes 2001 et 2002; en revanche, l'aLI s'appliquera aux périodes antérieures.
S’agissant des amendes ayant trait à l’impôt cantonal et communal, l’aLI reste applicable aux amendes relatives à la période 1999-2000, tandis que celles relatives à la période 2001-2002 sont régies par la LI. Dans le domaine de la soustraction fiscale, s’applique toutefois la loi la plus favorable, selon la règle de la lex mitior qui vaut en droit pénal (arrêts FI.2005.0191 du 10 juillet 2006 consid. 3b pp. 6 s.; FI.1996.0085 du 12 décembre 2002 consid. 2 p. 6 et les arrêts cités). En l’occurrence, les dispositions de la LI sont moins rigoureuses pour les recourants que celles de l’aLI. Celle-ci s’effacera donc devant celle-là.
Compte tenu du fait que les parties sont les mêmes et les problèmes à résoudre connexes, il se justifie de joindre les procédures et de statuer par un seul arrêt. A l’image de l’autorité intimée et comme la jurisprudence lui permet de le faire, le tribunal de céans tranchera le recours aussi bien pour ce qui concerne l’impôt cantonal et communal d’une part que pour l’impôt fédéral direct d’autre part (ATF 131 II 553 consid. 4.2 p. 559; 130 II 509 consid. 8.3 p. 511).
b) Le canton de Vaud est passé de la taxation bisannuelle praenumerando à la taxation annuelle postnumerando pour les personnes physiques à partir du 1er janvier 2003. Ainsi, la LI a été modifiée le 4 décembre 2001 dans ce but. Dans le système postnumerando, l'impôt est calculé après la fin de l'année fiscale sur la base des revenus effectivement réalisés. Le passage au système postnumerando a entraîné une brèche de calcul dans l'imposition dans la mesure où les revenus et déductions des années 2001-2002 ne sont pas pris en compte à des fins de taxation. Toutefois, le dépôt de la déclaration d’impôt 2001-2002bis vaut demande de révision; les taxations déjà entrées en force sont révisées en faveur (ou en défaveur) du contribuable, conformément aux art. 203 ss LI (art. 275 al. 1 LI). Cet article fait partie des dispositions transitoires des art. 271 ss LI relatives au passage au régime de la taxation annuelle postnumerando (en vigueur depuis le 1er janvier 2003). En substance, ces dispositions prévoient le dépôt d’une déclaration spéciale (période 2001-2002 bis) ayant pour objet de déterminer les revenus et les charges extraordinaires intervenus durant la brèche de calcul des années 2001 et 2002 (ces années de calcul n’étant en effet en principe pas prises en considération dans le cadre d’une taxation ordinaire). Dans ce contexte, le contribuable est invité à remplir une déclaration portant spécifiquement sur des charges extraordinaires (art. 218 al. 5 LIFD et art. 275 al. 2 LI); au cas où il invoquerait des charges extraordinaires, le dépôt de sa déclaration vaut demande de révision.
c) En tant qu’il protège le droit de l’accusé de ne pas s’incriminer lui-même (selon l’adage «nemo tenetur se ipsum accusare vel procedere»), l’art. 6 de la convention du 4 novembre 1950 de sauvegarde des droits de l'homme et des libertés fondamentales (CEDH; RS 0.101) s’applique à la procédure fiscale de caractère pénal; en revanche, le contentieux qui se rapporte à la taxation fiscale n’entre pas dans le champ d’application de cette disposition; partant, la maxime précitée ne vaut pas dans ce domaine (arrêts de la Cour européenne des droits de l’homme rendus en l'affaire Ferrazzini c. Italie du 12 juillet 2001 publié in Recueil 2001-VII p. 327, § 29, et en l'affaire J. B. c. Suisse du 3 mai 2001 publié in Recueil 2001-III p. 455; ATF 132 I 140 consid. 2.1 pp. 145 s.; 121 II 257 consid. 4b p. 264 et les réf. cit.; arrêts du Tribunal fédéral 2P.34 et 2A.67/2004 du 17 février 2005 consid. 4.2). Afin d’éviter que les renseignements obtenus dans la procédure de taxation – à laquelle le contribuable a le devoir de collaborer – ne soient utilisés pour les besoins de la procédure pénale dans laquelle l’accusé a le droit de se taire, le tribunal statuait en deux étapes: il rendait un arrêt partiel sur la taxation, avant de se prononcer, par un arrêt séparé, sur les amendes (cf. arrêts FI.2005.0191 du 12 juillet 2006 consid. 2 p. 6; FI.2005.0206 du 12 juin 2006 consid. 1 pp. 4 ss; FI.2004.0038 du 18 avril 2006 consid. 1a pp. 13 ss; FI.2005.0003 du 21 juin 2005 consid. 1a p. 8). Le 17 juillet 2006, la Chambre fiscale du tribunal a estimé que, pour des motifs liés à l’économie de la procédure, il convenait toutefois de laisser au contribuable le choix d’opter soit pour une procédure unifiée (dans laquelle le tribunal, dans la même composition, statue à la fois sur la taxation et les amendes), soit pour une procédure séparée.
Avertis de cette possibilité, les recourants ont expressément consentis à ce que la procédure soit conduite de B.X._ère unifiée, raison pour laquelle le tribunal de céans rendra un seul arrêt sur les rappels d’impôt et les taxations définitives, d’une part, les prononcés d’amendes, d’autre part.
2. De façon générale, les questions qui sont soulevées dans le cadre du présent litige ont toutes trait au déroulement de la procédure de taxation en impôt direct.
a) Le contribuable a l'obligation de déposer une déclaration complète et exacte au début de chaque période fiscale ou au début de l'assujettissement (art. 124 al. 2 LIFD et 173 al. 1 LI). Cette obligation présente à la fois un côté formel et un côté matériel. D'un point de vue formel, la déclaration, faite sur un formulaire officiel, doit être complète et signée par le contribuable et déposée dans le délai imparti par la loi; en outre, elle doit être accompagnée des annexes (état des dettes, titres, certificat de salaire, etc.). D'un point de vue matériel, le contribuable est tenu d'indiquer tous les éléments constitutifs de l'obligation fiscale (cf. Denis Berdoz/Marc Bugnon, in: Les procédures en droit fiscal, 2ème éd. OREF, Berne/Stuttgart/Vienne 2005, pp. 628-629). Selon la jurisprudence constante, la procédure de taxation est régie par la maxime inquisitoriale (ATF 92 I 253 consid. 2 p. 255), laquelle est également applicable dans le cadre de la procédure de recours (art. 142 al. 4 LIFD; 172 al. 1 LI). L’invocation de l'art. 6 CEDH, disposition dont la jurisprudence a, notamment, tiré le droit de tout prévenu de se taire durant son procès, est dénué de pertinence, car cette disposition ne s'applique qu'aux procédures de droit pénal fiscal et non aux procédures purement fiscales, telles la procédure de taxation et le rappel d’impôt (arrêts du Tribunal fédéral 2A.67/2004 et 2P.34/2004 du 17 février 2005 consid. 4.2 et les réf. cit.). De façon générale, le contribuable a une obligation de collaboration; il doit renseigner l'autorité fiscale sur tous les faits pertinents; il doit faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte. Conformément aux art. 126 al. 2 LIFD et 176 LI, il doit en particulier produire, à la demande de l'autorité de taxation, les livres comptables, les documents et pièces justificatives en sa possession (ATF 133 II 114 consid. 3.2 et 3.3 pp. 116 s.; arrêt FI.2004.0038 du 18 avril 2006 consid. 4a p. 17).
b) L'autorité de taxation vérifie d'office le contenu de la déclaration; elle est tenue à cet égard par la maxime inquisitoire; il lui appartient d'établir tous les faits pertinents pour trancher la question qui lui est soumise pour aboutir à une taxation complète et exacte (cf. Martin Zweifel, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht édité par Martin Zweifel/Peter Athanas, 2ème éd., Bâle 2008, vol. I/2b n° 2 ad art. 130 LIFD p. 335; Isabelle Althaus-Houriet, in Commentaire de la loi sur l’impôt fédéral direct édité par Danielle Yersin/Yves Noël, Bâle 2008, n° 2 et 3 ad art. 130 LIFD, pp. 1248 ss et réf. cit.). Lorsque la déclaration remise est dûment remplie et accompagnée des annexes requises, les éléments imposables peuvent en théorie être déterminés, sans qu'il soit nécessaire de procéder à d'autres recherches. L'autorité de taxation peut ainsi se fier aux indications figurant dans la déclaration ou aux renseignements fournis par le contribuable s'ils sont crédibles et complets et ne sont pas affectés de contradictions (Walter Ryser/Bernard Rolli, Précis de droit fiscal suisse, 4ème éd., Berne 2002, p. 461). Celui-ci est en effet censé connaître sa propre situation et la présenter de manière correcte; sa déclaration bénéficie en conséquence à cet égard d'une présomption naturelle d'exactitude (Berdoz/Bugnon, ibid.). Lorsqu'en revanche, l'autorité a des doutes quant à l'exactitude de la déclaration d'impôt, elle doit entreprendre des investigations; en vertu des art. 130 al. 1 LIFD et 172 al. 2 LI, elle peut élucider les faits et recueillir les preuves nécessaires (Heinz Masshardt, Kommentar zur direkten Bundessteuer, 2. Auflage, Zurich 1985, n° 1 ad art. 88 AIFD et réf. cit.). Il reste que la taxation doit reposer sur une appréciation consciencieuse et s’approcher le plus possible de la réalité (Berdoz/Bugnon, op. cit., p. 659).
c) L'autorité apprécie les preuves librement sur la base des éléments recueillis dans la procédure et selon son intime conviction. L'obligation faite au contribuable de collaborer à l'établissement de la taxation trouve cependant sa contrepartie dans le droit de participer à la procédure; l'occasion doit lui être procurée d'offrir des preuves et de participer à l'administration de celles qui seront ordonnées (Berdoz/Bugnon, op. cit. pp. 624 s.). Quant au fardeau de la preuve, on retire de l'art. 8 du Code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC; RS 210), applicable par analogie en matière fiscale, qu'il appartient à l'autorité fiscale d'établir les faits qui fondent la créance d'impôt ou qui l'augmentent. Le contribuable doit, quant à lui, démontrer de façon générale que les indications figurant dans sa déclaration sont exactes; de même, il a la charge d'alléguer et prouver les faits qui suppriment ou réduisent la créance fiscale (ATF 121 II 257 consid. 4c/aa p. 266; 92 I 253; arrêts FI.2005.0206 du 12 juin 2006 consid. 8b p. 14; FI.2004.0038 du 18 avril 2006 consid. 4d et e p. 19; FI.2002.0045 du 10 mars 2003 consid. 3a/bb p. 12). Ainsi, la justification commerciale des dépenses revendiquées en déduction d’une recette doit être établie par le contribuable; ce principe est issu de l'art. 8 CC, selon lequel chaque partie doit alléguer et prouver les faits dont elle entend déduire son droit, disposition applicable par analogie en matière fiscale (v. Xavier Oberson, in: Les procédures en droit fiscal, 2ème éd. OREF, 2005, p. 723).
L'autorité doit déterminer d'office tous les éléments pertinents en vue de la taxation et ceci, même en cas de violation de son obligation de coopérer par le contribuable (Ryser/Rolli, op. cit., p. 461-462; arrêt FI.2004.0038 du 18 avril 2006 consid. 4b p. 18). Dès lors, si des indices précis rendent vraisemblable l'existence des conditions fondant l'obligation fiscale, l'autorité peut sans arbitraire exiger du contribuable qu'il apporte la preuve du contraire (cf. ATF 121 II 257 consid. 4c/aa p. 266; 92 I 253; Archives de droit fiscal suisse 64 pp. 493 ss consid. 3c p. 498; cf. en outre Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, 3ème éd., Bâle/Genève/Munich 2007, § 22, n° 9, pp. 442 s.).
d) Le fisc et le contribuable sont donc tenus de collaborer dans l'administration des preuves, soit en précisant les allégations qu'il appartient à la partie chargée de la preuve de détruire, soit en apportant des preuves ou indices positifs contraires ; l'omission ou l'échec de ces preuves contraires peut être considéré comme un indice suffisant de la véracité des allégations de la partie adverse si celles-ci sont vraisemblables. Le Tribunal cantonal a sur ce point les mêmes compétences que l'autorité de taxation (art. 142 al. 4 LIFD et 201 LI). Il peut demander un complément d'instruction et apprécie librement les preuves apportées par les parties (ATF 120 Ia 31 consid. 4b p. 40 et les arrêts cités). Confronté à des actes émanant du contribuable, le juge peut s'en tenir à la formulation utilisée par l'intéressé, celui-ci ayant toutefois la faculté de rapporter la preuve du contraire; par exemple, les rapports de droit et les actes juridiques doivent être attribués (sous réserve de preuve contraire) à celui au nom duquel ils sont établis, tels des versements effectués sur le compte d'une société, qui sont présumés constituer des recettes de celle-ci (cf. Archives de droit fiscal suisse 58, p. 516; 47; p. 536; arrêts FI.2005.0003 du 21 juin 2005; FI.1991.0036 du 6 octobre 1993).
3. La décision du 21 décembre 2007 taxe de façon définitive les périodes fiscales 2001 et 2002. S’agissant en revanche de la période 1999-2000, les recourants se sont vus notifier un rappel d’impôt, puisque la taxation de celle-ci était définitive au début du contrôle.
a) L’art. 151 al. 1 LIFD permet à l’autorité fiscale de procéder à un rappel d'impôt, notamment « lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète(...)». Lorsqu’en revanche, le contribuable a déposé une déclaration complète et précise concernant ses éléments imposables et que l'autorité fiscale en a admis l'évaluation, un rappel d'impôt est exclu, même si cette évaluation était insuffisante (al. 2). Contrairement à ce qui prévalait antérieurement sous le régime de l'AIFD, le rappel d'impôt ne dépend plus exclusivement de la commission d'une infraction fiscale.
En matière d'impôt direct cantonal et communal, la procédure de révision était, jusqu’au 31 décembre 2000, réglée aux art. 107 à 109 aLI. L’art. 109 al. 1 aLI permettait à l'autorité de taxation de réviser la taxation définitive en défaveur du contribuable « (...) dans les trois mois dès la découverte du motif de révision, mais au plus tard dans les quatre ans dès la communication de la décision, lorsqu'elle découvre des faits nouveaux importants ou des preuves qu'elle n'avait pu invoquer dans la procédure de taxation, de réclamation ou de recours ». Selon la jurisprudence rendue par le Tribunal administratif (depuis le 1er janvier 2008: la CDAP), cette règle exigeait seulement que la procédure de révision soit entamée dans le délai de trois mois dès la découverte du motif de révision, mais non pas que la décision arrêtant la taxation révisée soit prise à cette échéance (arrêts FI.1993.0100 du 28 octobre 1994 et FI.1993.0101 du 15 mars 1995). Cette disposition a été remplacée par l’art. 207 al. 1 LI en vigueur depuis le 1er janvier 2001. A teneur de cette disposition, «Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation passée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Lorsque le contribuable a déposé une déclaration complète et précise concernant ses éléments imposables et que l'autorité fiscale en a admis l'évaluation, un rappel d'impôt est exclu, même si cette évaluation était insuffisante. »
Tant s’agissant de l’ancien que du nouveau texte, on entend par faits nouveaux des faits antérieurs à la décision de taxation, mais découverts après seulement. Ce motif de révision est admissible pour autant que l'autorité n'ait pas été en mesure, en faisant preuve de l'attention que l'on pouvait exiger d'elle compte tenu des circonstances, de les faire valoir déjà auparavant dans la procédure de taxation, de réclamation ou de recours (cf. Pierre Moor, Droit administratif, Berne 1991, vol II n° 2.4.4.1; Blaise Knapp, Précis de droit administratif, 4ème éd., Bâle et Francfort-sur-le-Main 1991 n° 1300 ss; cf. aussi Hugo Casanova, Le rappel d'impôt, in RDAF 1999 II pp. 1 ss). Entre autres conditions, il faudrait par conséquent, pour que la voie de la révision soit ouverte, que l'autorité se soit fondée, dans sa première décision, sur des indications erronées du contribuable ou qu'elle ait, postérieurement à cette dernière, découvert des faits nouveaux concluants, qui se sont produits avant la décision entrée en force, et qu'elle ait été empêchée sans sa faute, en ayant fait preuve de toute la diligence requise, de retenir dans sa décision. Les faits et preuves invoqués doivent être pertinents; selon Moor, ils le sont s'il y a lieu d'admettre qu'ils eussent amenés à une décision différente s'ils avaient été connus à temps (ibid., p. 230; v. en outre plus généralement sur cette question, Ursina Beerli-Bonorand, Die ausserordentliche Rechtsmittel in der Verwaltungsrechtspflege des Bundes und der Kantone, Zürich 1985, pp. 96-97).
On rappellera par ailleurs que la législation cantonale distingue l'hypothèse de la révision (que l'on peut appeler rappel d'impôt, lorsqu'elle intervient en défaveur du contribuable), de celle de la soustraction d'impôt. A l'inverse de l'AIFD, qui, comme on le verra ci-dessous, ne permettait pas à l'autorité fiscale de revenir sur une taxation définitive hormis la constatation d'une soustraction (cf. FI.1996.0053 du 2 septembre 1997), cette solution est également consacrée par la LIFD (cf. notamment art. 151 ss LIFD, qui ne présuppose plus l'existence d'une faute; cf. au surplus sur ce point Hugo Casanova, Änderungen rechtskräftiger Verfügungen und Entscheide, in Archives de droit fiscal suisse 61, pp. 447 ss, spéc. pp. 453 s.; cf. aussi Thomas Meister, Rechtsmittelsystem der Steuerharmonisierung, Berne 1995, pp. 234 ss; cf. aussi Känzig/Behnisch, Die direkte Bundessteuer, n° 26, dans lequel est rappelé le système mis en oeuvre par l'AIFD, et 33 s. ad. art. 126 AIFD qui décrivent le nouveau régime de la LIFD).
4. Les recourants font grief à l'autorité intimée d'avoir repris dans leur revenu imposable en 2000 le solde des commissions réalisées pendant cette année, soit 425'141 {recte: 431'049} francs. Dans la décision attaquée, l'autorité intimée relève qu'après avoir réuni tous les décomptes de commissions qui sont répertoriées dans le décompte final, elle a pu constater que toutes les factures avaient été réglées pendant l'année 2000. Dès lors que le revenu est réalisé au moment du paiement de la facture par le client et non au moment de l'envoi d'une facture par le recourant à Y._ AG, ces commissions constituaient des revenus réalisés pendant l'année 2000. Les recourants soutiennent pour leur part qu'aucun élément figurant dans le décompte final ne permet de déterminer la date de paiement des factures émises par Y._ AG pour ses clients. Ils affirment que les factures n° 100445, 100406, 100502 et 100486 établies pour les chantiers A.D._, E._ et Banque F._ pour un montant total de 353'076 fr. n'ont pas été réglées en 2000.
En outre, les recourants contestent également la reprise d'un montant total de 59'000 fr. correspondant à des "encaissements sur comptes WIR non déclarés" pour les années 1997 à 2000 (soit 18'500 fr. en 1997, 1998 et 1999 et 3'500 fr. en 2000).
a) aa) En l’absence de définition légale, la doctrine et la jurisprudence définissent l’activité lucrative indépendante comme toute activité économique exercée en vue de la recherche d’un profit, pour le compte et aux risques du contribuable, selon une organisation propre, librement choisie et reconnaissable à l’extérieur (cf. ATF 125 II 113 consid. 5b pp. 120 s. et les réf. cit., cf. en outre, notamment, Francis Cagianut/Ernst Höhn, Unternehmungssteuerrecht, 3ème éd., Berne, 1993, § 1, n° 17; Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, op. cit., § 7 n° 24, p. 77). Le produit de l’activité indépendante est imposable tant selon la législation cantonale (art. 21 LI) que selon la législation fédérale (art. 18 LIFD). Il se définit comme tout avantage matériel obtenu en relation avec une activité exercée par le contribuable sous la forme indépendante, de telle sorte que l’un n’aurait pas été acquis sans l’autre (cf. au surplus, arrêt FI.2005.0003 du 21 juin 2005 et réf. cit.).
bb) Tous les revenus des personnes physiques provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale ou industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante sont soumis à l'impôt (art. 18 al. 1 LIFD et 20 aLI). A cet effet, le contribuable doit remplir la formule de déclaration d'impôt de manière conforme à la vérité et complète (art. 124 al. 2 et 126 al. 1 LIFD). L'art. 125 al. 2 LIFD ne précise pas ce qu'il faut entendre par "état des actifs et des passifs, relevé des recettes et des dépenses ainsi que des prélèvements et apports privés". Les exigences auxquelles doivent répondre ces états dépendent des circonstances du cas d'espèce, en particulier du type d'activité et de l'ampleur de cette dernière. Dans tous les cas, ils doivent être propres à garantir une saisie complète et fiable du revenu et de la fortune liés à l'activité lucrative indépendante et pouvoir être contrôlés dans des conditions raisonnables par les autorités fiscales (Archives de droit fiscal suisse 73 p. 656, arrêt du Tribunal fédéral 2A.272/2003 du 13 décembre 2003;
Martin Zweifel, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht édité par Martin Zweifel/Peter Athanas, 2ème éd., Bâle 2008, vol. I/2b n° 30 ss ad art. 125 LIFD p. 260; cf. circulaire n° 2 de l'Administration fédérale des contributions publiée en janvier 1980 sur l'obligation de conserver les documents et pièces justificatives et d'établir des relevés et des états faite aux contribuables exerçant une activité lucrative indépendante, in Archives de droit fiscal suisse 48, p. 412).
Les personnes physiques dont le revenu provient d'une activité lucrative indépendante et les personnes morales doivent joindre à leur déclaration les extraits de comptes signés (bilan, compte de résultats) de la période fiscale ou, à défaut d'une comptabilité tenue conformément à l'usage commercial, un état des actifs et des passifs, un relevé des recettes et des dépenses ainsi que des prélèvements et apports privés. Le compte de profits et pertes et le bilan annuel de l’entreprise sont dressés conformément aux principes généralement admis dans le commerce et doivent être complets, clairs et faciles à consulter (art. 959 de la loi fédérale du 30 mars 1911 complétant le code civil suisse - Code des obligations - CO; RS 220). Dans la mesure où ces dispositions sont respectées, le compte de profits et pertes lie à la fois le contribuable et les autorités fiscales (Jean-Marc Rivier, La fiscalité de l'entreprise, société anonyme, Lausanne 1994, p. 237). En outre, le contribuable doit faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte et, sur demande de l'autorité de taxation, il doit notamment fournir des renseignements oraux ou écrits, présenter ses livres comptables, les pièces justificatives et autres attestations ainsi que les pièces concernant ses relations d'affaires (art. 126 al. 2 LIFD; cf. 88 aLI). Il n'appartient pas aux autorités fiscales de rétablir la comptabilité défaillante du contribuable. Elles peuvent ordonner des expertises aux frais du contribuable lorsqu'elles ont été rendues nécessaires par un manquement coupable à ses obligations de procédure (art. 123 al. 2 LIFD).
b) aa) Les recourants contestent l'assimilation des commissions litigieuses à leur revenu imposable pour l'année 2000. Ils soutiennent en effet que ces commissions étaient exigibles au moment du paiement par le client de la facture émise par Y._ AG. Or, les chantiers des clients concernés n'étaient pas achevés au 31 décembre 2000, ce qui tendrait à prouver à leur avis que les factures finales n'avaient pas encore été émises ni a fortiori payées, et partant, que les commissions n'étaient pas encore exigibles à cette date. Il ressort cependant clairement du dossier que le recourant a conclu, à la fin de l'année 2000, un accord réglant la fin de ses relations contractuelles avec Y._ AG. Un premier document intitulé "Schlussabrechnung per 31.12.2000" établit le décompte définitif des commissions dues au recourant à cette date. Il règle encore le calcul des intérêts des prêts consentis par Y._ AG en arrêtant leur cours au 31 décembre 2000 également. Un autre document intitulé "Definitive Abrechnung PR gemäss Vereinbarung vom 15.1.2001" mentionne le total des provisions pour l'année 2000 ("Total Provisionen im Jahr 2000"). De plus, le recourant a confirmé au tribunal de céans que ses relations directes avec Y._ AG avaient pris fin au 31 décembre 2000. Il a poursuivi son activité pour le compte de cette société au-delà de cette date, mais par l'intermédiaire d'une autre société, G._ GmbH, laquelle lui versait ses commissions, ce qui est corroboré par la comptabilité du recourant dont il ressort qu'à partir de 2001, les commissions lui étaient versées par G._ GmbH et non plus Y._ AG (cf. pièce "Compte 6000 Chiffre d'affaires 01.01.2001 - 31.12.2001"). Enfin, Y._ AG a confirmé que les factures concernant les trois chantiers de A.D._, E._ et Banque F._ avaient été réglées par les clients respectivement les 14 novembre, 8 et 21 décembre 2000. Partant, il existe un faisceau d'indices tendant à prouver que les commissions étaient exigibles au 31 décembre 2000. L'on ajoutera par ailleurs que même si tel n'avait pas été le cas, ces commissions auraient dû être enregistrées dans les comptes 2000 du recourant comme travaux en cours, la connaissance de leur versement étant intervenue bien avant l'établissement de ses comptes. Il s'ensuit que c'est à juste titre que l'autorité intimée a repris les commissions litigieuses dans les revenus 2000 des recourants. La décision attaquée sera dès lors confirmée sur ce point, sous réserve de la correction du montant des commissions perçues en 2000, soit 431'049 fr. au lieu de 425'141 fr., auquel il faut encore soustraire le montant de 33'040 fr. (selon déclarations de l'autorité intimée en audience au sujet des débiteurs enregistrés dans la comptabilité 2000).
bb) S'agissant de la reprise d'un montant total de 59'000 fr. correspondant à des "encaissements sur comptes WIR non déclarés", il sied de relever que la période fiscale 1999-2000 ayant fait l'objet d'une taxation définitive et exécutoire, cette reprise est en partie soumise aux conditions du rappel, qui seules autorisent la réouverture par l’autorité fiscale d’une taxation entrée en force. Cette condition est réalisée en l'espèce, l'autorité intimée n'ayant pas été en mesure, en faisant preuve de l'attention que l'on pouvait exiger d'elle compte tenu des circonstances, de faire valoir cette reprise avant la procédure de taxation, ce que les recourants ne contestent d'ailleurs pas. En effet, c'est la première fois à l'occasion du contrôle de leur compte en octobre 2004 provoqué par la réception de la déclaration d'impôt "2001-2002 bis" que l'autorité intimée a pu prendre connaissance de ces montants non déclarés.
Quant au bien-fondé de cette reprise, l'on retiendra que les recourants soutiennent qu'il s'agit exclusivement d'éléments de nature privée, alors qu'il ressort des pièces que tel n'est pas le cas. Les recourants n'apportent d'ailleurs aucun élément propre à prouver leur allégation. Partant, la reprise de cet élément de revenu pour les années 1997 à 2000 doit également être confirmée.
cc) Les autres reprises d'éléments de revenus non déclarés ou erronés n'étant pas contestées par les recourants, il convient de confirmer la décision de l'autorité intimée sur ces points, sous réserve de corrections éventuelles du calcul des montants.
5. Concernant l'impôt sur la fortune, les recourants contestent uniquement la reprise du solde des commissions versées par Y._ AG en 2000. Ils prétendent en outre avoir remboursé les deux prêts consentis par Y._ AG en 1998 et en 1999 pour un montant total de 225'000 fr. par compensation avec le montant dû par Y._ AG selon le décompte définitif. Ils estiment que ces prêts doivent partant être portés en déduction de leur fortune pour la période fiscale 1999-2000.
Dans la mesure où les commissions litigieuses constituent des éléments de revenu réalisés par les recourants en 2000 pour un total de 431'049 fr., ce montant doit également être pris en compte dans le calcul de leur fortune. Par ailleurs, l'autorité intimée a pris en compte les dettes des recourants pour un montant de 225'000 fr. dans la détermination de la fortune imposable pour la période fiscale 2001-2002 déterminée sur la base de l'état de la fortune au 1er janvier des années 1999 et 2000, si bien que l'argument des recourants qui prétendent que le montant de ces prêts doit être déduit de leur fortune ne leur est d'aucun secours. Il en va de même de la reprise du montant de 42'280 fr. dans les éléments de fortune.
Pour le surplus, les recourants ne contestent pas les reprises des autres éléments de fortune décidées par l'autorité intimée. La décision entreprise doit dès lors également être confirmée sur ce point, sous réserve de l'adaptation des montants, notamment concernant les commissions perçues par le recourant en 2000 pour un total de 431'049 francs.
6. Compte tenu de ce qui précède, il convient d'examiner le bien-fondé des amendes prononcées à l'encontre des recourants. Ces derniers soutiennent en premier lieu que la décision entreprise, qui ne précise pas la quotité de l'amende qui incomberait à la recourante, viole les art. 180 al. 1 LIFD et 247 LI. Dans sa réponse au recours, l'autorité intimée a cependant précisé ce point. Les recourants ont cependant répliqué que seule une tentative de soustraction pouvait leur être reprochée, leur déclaration d'impôt 2001-2002 ayant fait l'objet d'une taxation provisoire le 1er février 2002. Les recourants sont en outre d'avis que l'autorité intimée n'a pas établi le caractère intentionnel des actes de la recourante. Tout au plus pourrait-on retenir la commission par négligence d'une infraction par cette dernière. En outre, sa faute devrait être qualifiée de légère et le montant de l'amende infligée réduit à un tiers en application des art. 175 LIFD et 242 LI. Enfin, Les recourants soutiennent que les amendes prononcées en relation avec les reprises contestées sont injustifiées et doivent être annulées. Au demeurant, dans l'hypothèse où ces reprises seraient justifiées, l'élément subjectif de la soustraction ne serait pas réalisé, car le recourant n'aurait pas été en mesure, à la lecture du décompte final, de déterminer si les commissions constituaient un revenu réalisé en 2000, aucune date n'étant mentionnée sur ce décompte.
a) aa) Selon l'art. 175 al. 1 LIFD, le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu’une taxation ne soit pas effectuée alors qu’elle devrait l’être, ou qu’une taxation entrée en force soit incomplète, est puni d'une amende. L'art. 176 al. 1 LIFD prévoit pour sa part que celui qui tente de se soustraire à l’impôt sera aussi puni d’une amende.
En droit fédéral, la soustraction fiscale est réalisée lorsqu'une taxation n'a pas été effectuée ou est demeurée insuffisante, parce qu'un contribuable a violé de manière fautive l'obligation qui lui est imposée par la loi de collaborer à la taxation et de renseigner l'autorité fiscale de manière exacte et complète sur tous les éléments nécessaires à une taxation correcte (Archives de droit fiscal suisse 52, p. 454; 54 p. 660; 56 p. 345). La tentative de soustraction est réalisée dans les mêmes conditions, mais elle suppose que la taxation insuffisante ne soit pas encore entrée en force au moment de l'intervention du fisc.
La réalisation des éléments objectifs de la soustraction fiscale suppose, d’une part, que les montants non déclarés constituent des éléments imposables, d’autre part, que ces montants soient entrés dans la sphère de disposition du contribuable. Ainsi, selon le Tribunal fédéral, l'état de fait de la soustraction fiscale est notamment réalisé lorsqu'une société comptabilise comme frais généraux des dépenses privées de son actionnaire, alors qu'elle sait qu'une telle manière d'agir est illicite; il suffit que la société ait eu pour but d'obtenir une taxation insuffisante (Archives de droit fiscal suisse 63 p. 208).
La condition subjective de la soustraction est réalisée lorsque le contribuable a agi de manière fautive, soit intentionnellement, soit par négligence. Contrairement à la soustraction consommée qui est déjà punissable lorsqu’elle est commise par négligence, la tentative de soustraction ne peut être punie que si elle est intentionnelle (RDAF 1987 p.15; ATF 100 Ib 480, consid. 2; Archives de droit fiscal suisse 54 p. 662; 44 p. 55; ATF 85 I 259). La preuve du caractère intentionnel d'une soustraction incombe à l'autorité fiscale, celle-ci étant toutefois facilitée par la présomption que celui qui agit avec conscience agit aussi avec volonté (StE 1988 B 101.21 n°7 consid. 4). Le Tribunal fédéral considère que cette preuve est apportée lorsqu'il est établi de manière suffisamment certaine que le contribuable était conscient du caractère inexact ou incomplet de sa déclaration. Si cette conscience est établie, il faut alors partir de l'idée que le contribuable a aussi agi de manière intentionnelle, c'est-à-dire dans le but de tromper l'autorité fiscale et d'obtenir une taxation trop basse ou du moins, agissant par dol éventuel, qu'il a compté sérieusement avec cette possibilité (ATF 114 Ib 27; StE 1988 B 101.21 n°6). Lorsque des éléments imposables ne sont pas indiqués dans la déclaration, on peut admettre ordinairement qu'il y a intention de les soustraire à l'impôt (StE 1987 B. 101.2 n° 3). La jurisprudence admet également que celui qui déclare un revenu de loin inférieur à son revenu réel a conscience que les indications qu'il donne sont fausses ou incomplètes et, partant, qu'il agit intentionnellement (Archives de droit fiscal suisse 56 p. 138). La négligence est définie par l’art. 12 al. 3 du Code pénal suisse du 20 décembre 1937 (CP; RS 311.0). Ainsi, un contribuable commet une infraction par négligence lorsque, par une imprévoyance coupable, il agit sans se rendre compte ou sans tenir compte des conséquences de son acte. L’imprévoyance est coupable quand l’auteur de l’acte n’a pas usé des précautions commandées par les circonstances et par sa situation personnelle. Selon la jurisprudence, il faut poser des exigences sévères quant à la prévoyance requise: si un contribuable a des doutes sur ses droits et obligations, il doit faire en sorte de les lever ou, du moins, en informer l'autorité fiscale (StE 1989 B. 101.9 n° 6 et les réf. cit.).
bb) En droit cantonal, l'art. 242 al. 1 LI prévoit que le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète, est puni d'une amende. Celui qui tente de se soustraire à l'impôt est également puni d'une amende (art. 243 al. 1 LI).
Les conditions de la soustraction sont les mêmes qu'en droit fédéral, l’ancienne LI n'opérant toutefois pas de distinction entre la soustraction consommée et la tentative de soustraction suivant l'entrée en force ou non de la taxation. Ainsi, l'art. 128 aLI consacre uniquement une infraction de mise en danger qui est achevée lorsque le contribuable a accompli tous les actes nécessaires à la soustraction, même si les irrégularités commises n'ont pas abouti à une taxation définitive au préjudice de l'Etat.
cc) Le contribuable marié qui vit en ménage commun avec son conjoint ne répond que de la soustraction des éléments imposables qui lui sont propres (art. 180 LIFD et 247 LI).
dd) S'agissant de la quotité de l'amende, l'art. 175 al. 2 LIFD prévoit qu'elle est en règle générale fixée au montant de l’impôt soustrait. Si la faute est légère, l’amende peut être réduite jusqu’au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée. En cas de tentative de soustraction, l'amende est fixée aux deux tiers de la peine qui serait infligée si la soustraction avait été commise intentionnellement et consommée (art. 176 al. 2 LIFD). En droit cantonal, l'art. 242 al. 1 LI prévoit qu'en règle générale, l'amende est fixée au montant correspondant à l'impôt soustrait. Si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée (art. 242 al. 1 LI). En cas de tentative de soustraction, elle est fixée aux deux tiers de la peine qui serait infligée si la soustraction avait été commise intentionnellement et consommée (art. 243 LI). Les dispositions de la LI étant plus favorables que celles de l'aLI, les amendes seront calculées à l'aune de la nouvelle loi (cf. supra consid. 1a).
Conformément à l’art. 47 CP (correspondant à l'art. 63 CP dans son ancienne teneur), la peine est fixée d’après la culpabilité de l’auteur, en tenant compte de ses antécédents, de sa situation personnelle ainsi que de l'effet de la peine sur son avenir. Le montant de l’amende est ainsi déterminé d’après la situation de l’auteur, de façon à ce que la perte à subir constitue une peine correspondant à sa culpabilité. Pour apprécier la situation de l’auteur, le juge tiendra compte notamment du revenu et du capital, de l’état civil et des charges de famille, de sa profession et du gain qu’elle lui procure, de son âge et de son état de santé (art. 34 CP, correspondant à l'art. 48 CP dans son ancienne teneur); il convient notamment d’éviter que l’amende frappe plus durement celui qui est économiquement faible que celui qui est économiquement fort (ATF 114 Ib 27 consid. 4a pp. 30 s.; arrêt du Tribunal fédéral 2P.237/2001 du 6 mars 2002 consid. 6.1 et les arrêts cités; arrêts FI.2006.0191 du 10 juillet 2006 consid 7a p. 13 et les réf. cit.; FI.1993.0126 du 17 juillet 2000 consid. 2b; FI.1993.0103 du 1er novembre 1999 consid. 8c; FI.1997.0158 du 2 juillet 1998 consid. 2b; cf. également la circulaire n° 21 de l’Administration fédérale des contributions, relative au rappel d’impôt et au droit fiscal pénal selon la LIFD, reproduite in: Archives de droit fiscal suisse 64 pp. 539 ss ch. 2.4).
La peine "ordinaire" - qui correspond au montant de l'impôt soustrait - est généralement prononcée lorsque l’acte punissable a été commis intentionnellement, en l’absence de circonstances aggravantes ou de circonstances atténuantes (cf. Roman Sieber in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht édité par Martin Zweifel/Peter Athanas, Bâle/Genève/Munich 2000, vol. I/2b, n° 45 ad art. 175 LIFD). Par faute grave, il faut comprendre entre autres la récidive de même que l’attitude continuellement récalcitrante du contribuable vis-à-vis des autorités fiscales. Il y a également circonstance aggravante lorsque le contribuable dispose de connaissances fiscales particulières (cf. Circulaire AFC n° 21 du 7.4.1995 ; RDAF 1996 p. 32). Quant à la faute légère, elle peut exister dans les cas de circonstances atténuantes mentionnées à l’art. 48 CP. L’attitude coopérative du contribuable lors de l’établissement des faits doit être appréciée sous l’angle d’une atténuation de la faute (cf. Agner/Digeronimo/Neuhaus/Steinmann, op.cit., p. 374 ch. 2.4).
b) aa) En l'espèce, les éléments objectifs de la soustraction respectivement de la tentative sont indiscutablement réalisés pour toutes les reprises confirmées. S'agissant de l'élément subjectif, l'on retiendra que, dans la mesure où le recourant a déclaré le solde des commissions versées par Y._ AG dans sa déclaration pour la période fiscale 2001-2002 bis, aucune volonté de soustraction ne peut lui être imputée. Même si les factures émises par Y._ AG ont été réglées par ses clients au cours de l'année 2000, l'on peut concevoir que le recourant ait pu considérer que ses commissions concernaient l'année 2001 puisqu'il les a effectivement perçues au printemps 2001. Cette situation est consécutive à la volonté des parties de mettre un terme à leurs relations contractuelles avec effet au 31 décembre 2000 avec anticipation de l'exigibilité des commissions, alors que les chantiers n'étaient pas terminés. Au regard de cette situation particulière, le doute doit profiter au recourant, la volonté de soustraction n'étant pas suffisamment établie. Il apparaît dès lors que l'autorité intimée a abusé de son pouvoir d'appréciation en retenant que le recourant a tenté de soustraire le montant des commissions perçues pour l'année 2000 à leurs revenus. La décision entreprise doit dès lors être annulée sur ce point. En revanche, s'agissant des "encaissements sur comptes WIR", l'on retiendra que le recourant était conscient que ces montants auraient dû être déclarés. Entendu par le tribunal de céans, il n'a d'ailleurs fourni aucune explication susceptible d'expliquer son omission de déclarer ses montants, se contentant d'affirmer qu'il s'agissait d'éléments de nature exclusivement privée. Partant, la condition subjective est réalisée pour cette reprise. L'on précisera que le recourant a agi de B.X._ère intentionnelle. Concernant les reprises d'autres éléments de revenus non contestées, la condition de l'élément subjectif est clairement réalisée.
Le même raisonnement s'applique mutatis mutandis aux amendes sanctionnant la soustraction respectivement la tentative de soustraction d'éléments de fortune. L'on retiendra ainsi que le recourant n'a pas commis une soustraction en omettant de déclarer les commissions versées par Y._ AG pour 2000 dans sa fortune pour la période fiscale 2001-2002.
bb) S'agissant du montant des amendes, il convient de prendre en compte les circonstances aggravantes ou atténuantes ainsi que les antécédents et la situation personnelle du contribuable. A cet égard, l'on retiendra que le recourant n'a pas d'antécédent en la matière. En revanche, il ressort du dossier qu'il n'a pas fait preuve de beaucoup de collaboration en vue du redressement de la taxation de ses revenus et de sa fortune. L'autorité intimée a dû lui réclamer de nombreuses pièces et le relancer à maintes reprises. Le recourant a d'ailleurs notamment persisté à contester la reprise des encaissements sur compte WIR sans apporter ni même offrir d'apporter aucune preuve permettant d'établir ses allégations. Par ailleurs, invité par l'autorité intimée à lui soumettre une proposition de règlement, il a émis une proposition qui n'était à l'évidence pas acceptable pour mettre un terme au litige. L'on rappellera pour le surplus que la soustraction respectivement la tentative de soustraction portent sur un montant de l'ordre de 75'000 francs. La faute du recourant ne saurait dès lors, au vu de la jurisprudence rendue en la matière, être qualifiée de légère. Partant, l'autorité intimée n'a pas abusé de son pouvoir d'appréciation en fixant la quotité des amendes au taux de 1 x 1 pour les soustractions consommées et de 1 x 2/3 pour les soustractions tentées (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.607/2006 du 24 avril 2007 consid. 3.4; arrêts FI.2008.0013 du 23 juillet 2009 consid. 8 pp. 22 ss; FI.2008.0028 du 23 juillet 2009 consid. 8 pp. 23 ss; FI.2008.0133 du 30 juin 2009 consid. 3 pp. 6 ss; FI.2005.0191 du 10 juillet 2006 consid. 7 pp. 12 ss).
En ce qui concerne la recourante en revanche, il sied en premier lieu de rappeler qu'elle ne répond que de la soustraction des éléments liés à son activité lucrative. Si le fait qu'elle ait laissé le soin à son mari de procéder aux démarches en vue de déclarer leurs revenus et leur fortune ne la disculpe pas de l'infraction de soustraction de ses propres revenus et de sa propre fortune, l'on retiendra dans son cas la commission d'une faute légère seulement, dans la mesure où elle n'a joué qu'un rôle passif et que les montants qu'elle a soustraits sont bien moins élevés que ceux que son mari a soustraits. Partant, les amendes que l'autorité intimée lui a infligées seront diminuées de moitié, soit de 0,5 x 1 pour les soustractions consommées et 0,5 x 2/3 pour les soustractions tentées. La décision attaquée sera par conséquent annulée sur ce point.
7. Il découle des considérations qui précèdent que le recours est partiellement admis et le dossier renvoyé à l'autorité intimée pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Un émolument réduit est mis à la charge des recourants qui obtiennent partiellement gain de cause, le solde des frais étant laissé à la charge de l'Etat. Les recourants ont droit à des dépens dont le montant sera également réduit (art. 49 et 55 de la loi du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative - LPA; RSV 173.36).