Decision ID: 5deb210f-67da-4318-ac8f-b6290ee51f4a
Year: 2000
Language: fr
Court: VD_TC
Chamber: VD_TC_031
Canton: VD
Region: Région lémanique
Law Area: public_law

Vu les faits suivants:
A. La Commune de Lausanne est propriétaire, sur son propre territoire, des parcelles contiguës 2022, 2026, 2027, 2028 et 2051 situées du côté ouest de l'avenue de la Borde. A cet endroit, l'avenue de la Borde marque une pente descendant vers le centre de la ville situé plus au sud. Du côté ouest, elle est dominée par le coteau au sommet duquel se trouve l'étroite avenue des Oiseaux. Les parcelles communales en question forment un triangle délimité à l'est par la rue de la Borde, au sud par le débouché de la rue des Crêtes sur l'avenue de la Borde, et à l'ouest par les parcelles situées le long de l'avenue des Oiseaux et portant des bâtiments appartenant respectivement à Vernancia SA (av. des Oiseaux 6 et 8) et à Zurich compagnie d'assurance sur la vie (av. des Oiseaux 2 et 4).
Ces parcelles sont soumises à un "plan d'extension concernant la rive droite de la rue de la Borde" (no 366) approuvé par le Conseil d'Etat le 24 mai 1957. Formulées de manière presque exclusivement graphique, les règles instaurées par ce plan prévoient, au nord (soit à l'amont) du débouché de la rue des Crêtes et après démolition des bâtiments existants, la construction de plusieurs bâtiments contigus allongés étagés en fonction de la pente le long de la rue de la Borde. Le plan d'extension comprend une élévation des façades vues depuis la rue de la Borde dont on peut déduire que les bâtiments situés le long de cette avenue à l'amont du débouché de la rue des Crêtes comporteraient cinq niveaux culminant à une hauteur maximale de 15 m. mesurée à mi-longueur de la façade. Les deux premiers bâtiments depuis l'aval auraient une longueur d'environ 30 mètres. Tel qu'il sont figurés, ces bâtiments ne comportent pas de toit mais l'une des seules règles du plan formulée verbalement prévoit ceci :
"Toits
Ceux-ci peuvent être prévus à 3,2 m. au maximum au-dessus de la hauteur des corniches fixées par le plan.
Les combles seront inhabitables."
Un autre bâtiment (non litigieux en l'espèce) est prévu sur l'ensemble de parcelles déjà décrit, aligné sur la rue des Crêtes et perpendiculairement aux précédents. Il se voit assigner, pour six niveaux, une hauteur maximale de 18 m comptée dès la chaussée de la rue des Crêtes.
En regard de la légende des diverses surfaces constructibles ainsi disposées, le plan d'extension ajoute : "les rez seront réservés à l'artisanat".
B. Au bénéfice d'un droit distinct et permanent (droit de superficie d'après les explications des recourants) en cours de constitution sur les parcelles de la commune décrites plus haut, la recourante Cité-Joie, dont l'architecte d'alors José Louis Truan entretenait avec la commune au sujet de ce projet des contacts remontant à fin 1994, a mis à l'enquête, du 1er au 21 décembre 1995, la construction de deux immeubles d'habitation "sur une même parcelle" dans la disposition décrite ci-dessus, reliés entre eux par un parking souterrain.
Le bâtiment projeté le long de l'avenue de la Borde (dont un des étages est l'objet du litige) occupe l'angle formé par l'avenue de la Borde et le débouché du chemin des Crêtes. Le long de l'avenue de la Borde, l'immeuble s'étend sur une longueur d'environ 46 mètres. A l'amont (soit au nord), il serait contigu avec l'immeuble voisin existant. Il comprend un rez-de-chaussée occupé par des locaux (garderie, locaux communs ou commerces) dont la vitrine donne sur la rue de la Borde. Ce niveau est surmonté de quatre étages de logement avec balcons vitrés servant de protection acoustique. Ces cinq niveaux culminent à la cote 565.78, soit 15 m au-dessus de la cote de référence.
D'après les explications fournies en audience, le pied de cette cote de hauteur à 15 mètre a été fixé (on rappelle que l'avenue de la Borde est en pente) en tenant compte du fait que le projet s'étend le long de l'avenue de la Borde, entre le débouché de la rue des Crêtes et le bâtiment déjà construit à l'amont, sur une longueur d'environ 46 mètres alors que le plan d'extension de 1957 prévoyait deux bâtiments de 30 mètres environ chacun (en somme, la moitié du second bâtiment est déjà construite). On relève sur le plan d'enquête no 265 un gabarit rouge dans la prolongation du "niveau faîte immeuble mitoyen" qui se prolonge en superposition sur la partie nord de l'immeuble prévu. Il s'agit du gabarit du second immeuble long de 30 mètres prévu par le plan d'extension à cet endroit. Le conseil de la recourante a observé en audience que d'après ce gabarit rouge, la partie nord de l'immeuble litigieux est moins haute que ce que prévoyait le plan d'extension.
Au-dessus des cinq premiers niveaux délimité par cette cote de hauteur à 15 mètres se trouve un étage supplémentaire couvert d'un toit à pan unique de très faible pente, convexe, culminant du côté de la rue de la Borde à 3,20 m au-dessus de la cote des 15 mètres. Le sommet de chacune des trois cages d'escalier dépasse légèrement le niveau de ce toit.
C'est ce dernier niveau qui forme l'objet du litige. Il apparaît notamment sur trois des documents mis à l'enquête :
- sur le plan no 235 intitulé "terrasse", cet étage, qui comporte des balcons donnant sur la rue de la Borde, apparaît sans subdivisions internes à l'exception des éléments porteurs que constituent la cage d'escaliers et les murs de refend, éléments que l'on retrouve tous dans les étages inférieurs. La surface de l'étage est recouverte d'un quadrillage suscitant l'idée d'un dallage et elle porte la mention "terrasse couverte". Au nord (où le bâtiment est contigu au bâtiment voisin existant) et au sud, l'étage est fermé à chacune de ses extrémités par la façade du bâtiment qui s'élève jusque sous le toit. On reviendra plus loin sur la configuration des côtés est et ouest de cet étage, qui est l'objet du litige.
- sur le plan d'enquête no 265 "élévation Borde" où figure la façade donnant sur cette avenue, le dernier étage litigieux est muni d'une barrière. Comme le relèvent les recourants, le dessin le montre couvert d'une trame qui correspond à celle qui couvre les vitrines du rez-de-chaussée; mais qui diffère de la trame qui couvre les balcons fermés.
- un troisième document d'enquête portant également le no 265 semble correspondre au précédent, après réduction, notamment par le présence de barrière au 5e étage, mais sa lecture est rendue plus difficile par la figuration d'ombres portées. On relève quelques divergences, notamment aux extrémités du bâtiment où la façade striée horizontalement semble se prolonger jusqu'au toit.
Par lettre du 4 mars 1996, la Direction des travaux de la commune intimée a communiqué à l'architecte d'alors les oppositions formulées durant l'enquête et ordonné la modification du projet sur divers points (accès au parking, anticipation, aménagement du hors-ligne, plan des aménagements extérieurs, etc.). Cette lettre commence par le passage suivant :
"Sur le principe même du projet, nous continuons à admettre que le plan d'extension (PE) 366 constitue la base légale de référence pour cette réalisation. C'est donc dans ce sens que notre examen s'est effectué. Comme précisé à plusieurs reprises lors d'examens préalables, nous émettons une réserve quant au choix d'une ligne horizontale de la corniche de la toiture côté Borde en comparaison à un décrochement tel qu'on le lit sur l'élévation du PE. La cote de hauteur prescrite étant respectée, nous considérons le projet comme étant conforme. Le volume de la toiture comprenant les terrasses munies de balcons peut être estimé conforme à la disposition spéciale du PE. Nous ne comprenons toutefois pas l'utilité de ce volume de toiture qui donnera l'apparence d'un étage inachevé puisque tout le squelette du bâtiment (murs porteurs, noyaux, ascenseur) s'y retrouve; vous voudrez bien nous expliquer les raisons de ce choix. Nous précisons d'ores et déjà que l'espace constitué par cette toiture-terrasse couvert ne pourra en aucun cas être transformé en locaux d'habitation ou d'activité professionnelle, sous réserve d'une révision du PE 366, et nous vous signalons qu'une "charge" sera inscrite au permis de construire à ce propos."
L'architecte d'alors de la recourante s'est déterminé par lettre du 15 mars 1996 (contestant les remarques relatives à la circulation) et par lettre du 21 mars 1996 en observant, au sujet du volume de la toiture du bâtiment, qu'il avait été
"conçu architecturalement comme un volume constructif dont l'affectation définitive est un DROIT RESERVE à la Municipalité de Lausanne pour créer des habitations supplémentaires, afin de retrouver un équilibre harmonieux avec l'investissement qu'elle a consenti de faire pour l'achat de ce terrain"
.
De nouveaux plans ont été déposés par l'architecte pour donner suite aux remarques de l'autorité intimée.
Le permis de construire a été délivré, après décision municipale du 3 juillet 1996, en date du 30 juillet 1996. Il contient quatre pages de clauses particulières qui se réfèrent à des exigences de divers services communaux. Celles-ci exigent notamment le dépôt de plans modifiés (nos 215, 270, 285, 205, 210 et 265). Elle contient aussi, sous la rubrique "charges", le texte suivant :
"L'espace constitué par la toiture-terrasse couverte ne pourra en aucun cas être transformé en locaux d'habitation ou d'activité professionnelle sous réserve d'une révision du Plan d'extension 366".
Dans sa version modifiée le 18 avril 1996, le plan "terrasse" no 235, qui porte un tampon humide indiquant qu'il se rapporte à l'autorisation de construire du 3 juillet 1996, présente la modification suivante : l'espace compris entre chacune des trois cages d'escaliers apparaît désormais fermé par des murs délimitant un volume désigné comme lessiverie-séchoir, tandis que le reste de la terrasse couverte, qui occupe tout le pourtour du bâtiment, est désigné, dans certaines de ses portions, comme séchoir plein air ou occupé par un cercle portant l'indication "jeux".
La Direction des travaux a répondu à une lettre du 19 août 1996 de l'architecte d'alors de la recourante, qui se préoccupait du début du chantier, par une lettre du 30 août 1996 qui lui réclamait notamment les plans corrigés conformément aux "charges" du permis de construire (suppression au 1er étage de deux balcons dont la hauteur par rapport au trottoir était insuffisante). Par lettre du 24 septembre 1996, la Direction des travaux a encore demandé que le plan no 265 (élévation Borde) soit mis en concordance avec le no 215 (il s'agit du plan du 1er étage).
Par lettre du 22 octobre 1996, la Direction des travaux, accusant réception des plans corrigés 205 et 210 (sous-sol et rez-de-chaussée), a déclaré qu'il pouvaient être considérés "comme exécutoires au permis de construire"; elle a encore demandé une modification des plans 215, 265, 270, et 285 conformément aux charges du permis de construire.
La Direction des travaux, le 11 novembre 1996, a accusé réception des plans corrigés nos 215 et 265, 270 et 285 en déclarant qu'ils pouvaient être considérés comme "plans exécutoires au permis de construire du 30 juillet 1996".
La constitution du droit de superficie en faveur de la recourante a fait l'objet d'un préavis no 189 du 19 septembre 1986 adressé au conseil communal. Ce préavis expose notamment que le volume de la toiture ne peut pas être affecté en locaux d'habitation ou d'activité professionnelle mais que pour ce qui concerne le rez, la notion d'artisanat a évolué depuis les années 50 vers une "notion d'activité au sens large". Il y est question d'une convention, conforme à la loi du 9 septembre 1975 sur le logement, entre la recourante, l'Etat de Vaud et la Commune de Lausanne.
L'architecte d'alors de la recourante est encore intervenu par lettre du 7 novembre 1996 sur différentes modalités d'exécution des démolitions et sur le subventionnement de la commune.
Le 19 décembre 1996, l'architecte de la recourante, se référant à des entretiens avec le Service communal des routes et avec la Service d'architecture, a transmis au Service communal d'urbanisme des plans modifiés en demandant leur approbation par enquête administrative. Les modifications concernaient notamment l'ascenseur extérieur de l'immeuble du chemin des Crêtes, la décoration de la façade pignon (sud) de l'immeuble litigieux et les vitrages des balcons orientés sur la rue de la Borde, avec partie frontale ouverte.
Par lettre du 6 février 1997, le Service d'urbanisme de la Direction des travaux a déclaré que la dérogation concernant la décoration du pignon pouvait être admise (de même que d'autres modifications, mais cette lettre ne mentionne pas les vitrages des balcons). Elle indiquait en revanche que la modification de l'ascenseur devrait être refusée mais que l'architecte pouvait déposer pour cette dérogation un dossier complet pour enquête publique complémentaire, la décision de la municipalité étant réservée. Suite à de nouvelles explications de l'architecte au sujet de la cage d'ascenseur, le Service de l'urbanisme a écrit le 27 février 1997 à l'architecte qu'il proposerait à la municipalité d'accepter l'ensemble des modifications sans enquête publique.
Un permis de construire complémentaire a été délivré selon décision municipale du 10 avril 1997. Un certain nombre des plans du projet figurent au dossier dans une version modifiée indiquant qu'ils se rapportent à l'autorisation de construire accordée par la municipalité le 10 avril 1997. Toutefois, il n'existe pas de version modifiée à cette date du plan no 265 "Elévation Borde" où sont visible les balcons et leur vitrage.
C. La recourante Cité-Joie invoque différentes difficultés qu'elle a rencontrées durant la construction.
Tout d'abord, un glissement de terrain s'est produit au début du chantier, en mars 1997, puis en juillet 1997, déstabilisant des immeubles de l'avenue des Oiseaux située en contre-haut (ceux de Vernancia SA et de la Zurich Assurances). Zurich compagnie d'assurances, propriétaire de l'immeuble de l'avenue des Oiseaux 4, a ouvert contre la recourante Cité-Joie et la ville de Lausanne une action en paiement de 200'000 francs, conclusions qu'elle fonde sur les frais de remise en état. Quant à Vernancia SA, propriétaire de l'immeuble avenue des Oiseaux 6 - 8, elle a actionné la recourante Cité-Joie et la ville de Lausanne en paiement de 3'970'000 francs, conclusion qu'elle fonde sur le préjudice causé par la perte de l'immeuble.
Par lettre du 23 mai 1997, l'architecte de la recourante a demandé à la commune de modifier le PPE 366 pour permettre l'affectation du cinquième étage au logement, afin de permettre de mieux supporter le surcoût (865'000 francs) dû au glissement de terrain. Le Service de l'urbanisme a refusé d'entrer en matière par lettre du 6 juin 1997.
Puis un litige a opposé l'architecte Truan à la recourante, qui allègue qu'il s'agissait d'un ancien fonctionnaire de la commune intimée qui lui avait été recommandé par le chef du Service communal du logement. Par lettre du 12 février 1998, l'atelier d'architecte Maurice Pidoux SA, recourant dans la présente cause, a signalé à la commune intimée qu'il était mandaté et demandé qu'elle lui transmette une copie du dossier intégral avec les plans et la correspondance. La recourante Cité-Joie a aussi déposé, contre son précédent bureau d'architecte, une requête de mesures provisionnelles du 6 mars 1998 tendant à la restitution des plans d'exécution par ce bureau.
D. Dans divers contacts avec le Service d'architecture de la commune intimée, le nouvel architecte de la recourante Cité-Joie, Maurice Pidoux, a discuté de la question de la réalisation des dispositifs de protection antibruit des balcons vitrés donnant sur l'avenue de la Borde. Lors d'une séance du 9 mars 1998 concernant cette question (il y a été prévu de confier des mesures de bruit à la brigade communale antibruit), de même que dans une lettre au Service d'architecture communal du 18 mars 1998, l'architecte Pidoux est revenu sur la question de l'affectation du cinquième étage au logement. D'après le procès-verbal de la séance du 9 mars 1998, l'architecte de la recourante, à qui la position ferme du Service d'urbanisme a été rappelée, a été invité à s'adresser par écrit à ce service.
En vue d'une séance avec le Service communal d'architecture prévue le 24 juillet 1998, l'architecte Maurice Pidoux a transmis au Service d'architecture communal, avec une lettre du 15 juillet 1998, divers plans au 1/100 du 29 mai 1998 et au 1/200 du 30 juin 1998.
Au cinquième étage litigieux, ces plans montrent des murs de refend qui divisent l'immeuble transversalement en six sections. A l'intérieur de chacune de ces sections apparaissent des cloisonnements indiqués en traitillé correspondant à l'aménagement d'appartements comparables à ceux des étages inférieurs. Sur la façade côté Borde apparaissent, derrière les balcons prévus à tous les étages, de larges portes ou portes-fenêtres, y compris au 5ème étage litigieux; entre ces fenêtres apparaissent des pans de murs prolongeant la façade jusqu'au toit. Quant à la façade opposée (côté rue des Oiseaux), elle comporte des fenêtres, y compris au 5ème étage.
Une séance destinée au choix des matériaux de façade, convoquée par l'architecte Pidoux par lettre du 21 juillet 1998, a eu lieu le 21 août 1998 avec le Service d'architecture. L'architecte Pidoux a encore transmis le 20 octobre 1998 au Service d'architecture des plans concernant notamment les aménagements extérieurs, la création d'une dalle pour assurer l'entretien des parois ancrées, la cage d'ascenseur de l'immeuble de la rue des Crêtes et l'escalier extérieur du bâtiment de la rue de la Borde.
Tel qu'il a été achevé (en septembre 1998 d'après les déclarations de l'architecte Pidoux en audience), le cinquième étage de l'immeuble litigieux (que le tribunal a visité durant l'inspection locale) est entièrement fermé: du côté de la rue de la Borde (soit à l'est), la façade s'élève jusqu'au toit et, en face des balcons, elle comporte des fenêtre vitrées jusqu'au sol. Le linteau qui surmonte ces fenêtres est constitué d'une poutre en lamellé-collé qui s'appuie de part et d'autre de la fenêtre sur toute la longueur des pans de murs de façade qui séparent les fenêtres les unes des autres. Le toit est posé sur ce linteau. La même configuration s'observe du côté ouest, à ceci près que les poutres soutenant le toit sont posées sur d'étroits meneaux, la façade étant pratiquement vitrée sur toute sa longueur. Vu dans son ensemble, l'immeuble présente au cinquième étage le même aspect que dans les quatre niveaux inférieurs occupés par des appartements, la principale différence provenant de ce que du côté de la rue de la Borde, les balcons du cinquième étage ne sont pas fermés latéralement. Tous les balcons, y compris dans les niveaux inférieurs, sont ouverts du côté de la rue de la Borde. D'après les explications fournies en audience, notamment par le représentant du Service communal d'architecture, des mesures de bruit étaient nécessaires pour déterminer si la fermeture vitrée des balcons pouvait être abandonnée, mais elle nécessitaient que l'endroit de la mesure soit suffisamment achevé pour que les constatations soient probante, ce qui été le cas en septembre 1998, où les mesures effectuées ont finalement montré qu'il était possible de renoncer à la fermeture initialement prévue au profit d'une isolation phonique apposée sur les surfaces intérieures des balcons.
E. La décision attaquée du 23 décembre 1998, communiquée par lettre de la Direction des travaux du 29 décembre 1998 dans la même teneur tant au président de la recourante Cité-Joie, M. Perreaud, qu'à l'architecte Pidoux, a la teneur suivante:
"Nous relevons que vous avez réalisé, sans avoir requis l'autorisation municipale nécessaire, la transformation de la terrasse d'attique du bâtiment côté avenue de la Borde, en rendant cet étage habitable, lequel est ainsi non conforme au Plan d'extension 366.
Aussi, la Municipalité, en sa séance du 23 décembre 1998, a-t-elle décidé:
a) de nous autoriser à vous dénoncer à la Préfecture du district (...)
b) d'exiger, en application de l'article 105 de la loi sur l'aménagement du territoire et les constructions (LATC) - la restitution de cet étage non conforme au PE 366, en respectant le projet autorisé par la Municipalité le 3 juillet 1996 et conformément au permis de construire délivré le 30 juillet 1996.
c) d'octroyer un délai au 30 juin 1999 pour dite restitution."
Par lettre du 11 janvier 1999, l'architecte Pidoux s'est adressé à la Directrice des travaux. Se référant à la décision du 29 décembre 1998, il exposait ce qui suit :
"Permettez-nous de vous faire part de notre étonnement devant la tournure que prend ce dossier, car M. Perreaud de Cité-Joie et M. Pidoux de notre atelier d'architecte ont obtenu l'accord de M. Pierre-Alain Bochatay du Service d'Architecture afin de mettre en place des vitrages de protection dans le niveau 5/attique.
Cette autorisation est intervenue après plusieurs entrevues sur place depuis le mois de mars 1998 et sur la base de nos courriers auxquels des plans ont été annexés.
La réglementation qui précise que des locaux habitables ne doivent pas être aménagés dans ce niveau sera respectée puisque nous prévoyons de l'affecter à des galetas/dépôts."
Cité-Joie s'est également adressée, par lettre du 13 janvier 1999, à la Directrice des travaux, en exposant notamment que son architecte était en contact avec le Service d'architecture communal et que les dispositions prises, consistant à fermer le 5ème étage pour assurer la protection des lieux contre les intempéries et les pigeons ainsi que la stabilité de la toiture, avaient été prises en accord avec le Service d'architecture par souci de sécurité et d'économie.
Par lettre du 13 janvier 1999, la Directrice des travaux a exposé à l'architecte Pidoux que la transformation de l'attique et sa fermeture par des vitrages constituaient des modifications importantes nécessitant l'autorisation de la municipalité et que si le représentant du Service d'architecture n'avait pas formulé d'objection, c'est qu'il ne savait pas que la fermeture de ce niveau par des vitrages posait un problème délicat sur le plan urbanistique. Cette lettre expose encore que même si ce représentant a commis l'erreur d'attendre les plans des autres modifications apportées au projet (ce qui n'a pas permis au Service d'urbanisme de réagir plus rapidement), cette erreur ne dispensait pas la recourante d'attendre l'autorisation formelle pour entreprendre l'exécution des modifications litigieuses.
F. Par acte du 19 janvier 1999, Cité-Joie, Atelier d'architecte Maurice Pidoux SA, ainsi que Maurice Pidoux ont recouru contre les décisions du 29 décembre 1998 en concluant, en substance, à leur annulation, à ce qu'il n'y ait pas lieu de dénoncer les intéressés à la préfecture, et à ce que la municipalité soit invitée à statuer sans retard sur les demandes d'autorisation sollicitées, notamment pour l'attique. Les recourants ont demandé l'effet suspensif tant pour la dénonciation à la préfecture que pour le refus d'admettre les transformations sollicitées.
L'effet suspensif a été accordé au recours dans la mesure où la décision attaquée exigeait l'exécution de travaux. En revanche, le juge instructeur a considéré qu'une dénonciation ne pouvait pas faire l'objet d'une décision sur effet suspensif et il a rejeté la requête sur ce point-là. Le préfet a cependant renvoyé l'audience qu'il avait appointée.
La commune intimée a conclu au rejet du recours par acte du 8 mars 1999.
Les recourants, qui ont effectué une avance de frais de 2'500 francs, ont encore déposé un mémoire complémentaire du 16 avril 1999.
G. Le Tribunal administratif a tenu le 13 mars 2000 une audience à laquelle, suivant les réquisitions des recourants, il a convoqué l'architecte Truan comme témoin tout en invitant la commune intimée à faire accompagner ses représentants à l'audience par les fonctionnaires communaux que les recourants souhaitaient faire entendre également.
D'entrée de cause, le conseil des recourants a protesté contre l'absence à l'audience de la Directrice des travaux. Les représentants de la commune, à savoir M. Cosenday du Service d'urbanisme et M. Bochatay du Service d'architecture, ont été interpellés sur la pratique communale, et notamment sur les différentes versions (plan d'enquête, plan modifiant celui de l'enquête, plan exécutoire) dans lesquelles apparaissent la plupart des plans du dossier. On en retiendra en bref (et compte tenu aussi de l'expérience des assesseurs) que le Service d'urbanisme suit le dossier jusqu'à l'octroi du permis de construire. C'est ensuite le Service d'architecture qui surveille le chantier après avoir recueilli les "plans exécutoires" conformes aux charges imposées par le permis de construire, ainsi que le cas échéant les plans d'exécution. Il est rare qu'un chantier s'achève sans que des plans modifiés ne soient soumis à la commune. Si les plans évoluent au point de n'être plus conformes, ils doivent circuler entre les services. Des plans d'exécution au 1:50 sont aussi recueillis à la fin du chantier ("plans révisés") dans un but d'archivage. Dans le cas litigieux, par exemple, l'abandon de la fermeture des balcons du côté de l'avenue de la Borde a nécessité des mesures phoniques qui ne pouvaient être exécutées que dans un logement terminé, ce qui n'a été possible qu'en septembre 1998. Les mesures effectuées ont alors montré que la suppression des vitrages était admissible. Ce n'est qu'en novembre que le Service de l'urbanisme a constaté qu'il y avait finalement un étage supplémentaire.
Le tribunal a entendu l'architecte Truan comme témoin en examinant avec lui les plans figurant au dossier dont il est l'auteur. On retiendra de ses déclarations qu'il n'était pas prévu de fermer le 5ème étage du côté ouest (avenue des Oiseaux). Malgré le trait s'élevant du sol au plafond sur la coupe B-B (plan no 245), c'est une simple barrière qui était prévue à cet endroit. Sur le plan "élévation Borde" (no 265), la trame qui couvre le 5ème étage, identique à celle qui recouvre les vitrines du commerce du rez, signifie simplement que cet endroit était vide ou en retrait par rapport à la façade, comme les vitrines. Sur le plan "élévation Crêtes" (no 270) la façade pignon (sud) est fermée jusque sous le toit par le prolongement en hauteur du mur de la façade.
Le tribunal a procédé à une inspection locale. Il a examiné notamment l'aspect du bâtiment vu depuis l'autre côté de l'avenue de la Borde. Vu de l'extérieur, le 5ème étage ne se distingue guère des étages inférieurs aménagés en appartement, si ce n'est par le fait que les balcons du 5ème étage ne sont pas fermés latéralement. Le tribunal s'est ensuite rendu dans l'immeuble. Depuis l'intérieur de la cage d'escalier, les différents volumes qui constituent le 5ème étage sont accessibles par des portes qui ressemblent à celles des appartements des étages inférieurs, qui sont terminés et déjà loués. A l'intérieur du cinquième étage, le volume correspondant n'est pas aménagé: au plafond sont visibles les lattes de bois qui retiennent la couche d'isolation. Les murs et le sol sont en béton brut, sans isolation au sol. Hormis les murs de refend, il n'y a pas de cloisons intérieures (sauf une cloison partielle servant de gaine technique à mi-largeur du bâtiment) mais des plaques de plâtre permettant de les construire sont entreposées, du moins dans celui des volumes que le tribunal a visité. Les canaux de ventilation, avec les embranchements nécessaires pour desservir le 5ème étage, se prolongent jusque sur la toiture. Les tuyauteries et canalisations parviennent jusqu'au 5ème étage et les murs existants comportent des gaines électriques, où les fils ont été tirés dans la plupart des cas. On a déjà décrit plus haut la manière dont, à l'aplomb des façades est et ouest, des poutres en lamellé-collé formant linteau au-dessus des fenêtres s'appuient sur le sommet des murs ou des meneaux pour soutenir la toiture.
Les représentants de la commune ont été interpellés sur la définition des travaux qu'impliquerait l'exécution de la décision attaquée. Interpellés encore, ils ont précisé que la commune n'avait pas entrepris de calculer le coût des travaux correspondant.

Considérant en droit:
1. Touchée par un ordre de modification de l'immeuble qu'elle a construit, la recourante Cité-Joie a évidemment qualité pour recourir. Il n'est pas nécessaire de déterminer si, sur ce point des conclusions du recours, les consorts qui procèdent avec elle, à savoir l'architecte qui a achevé la construction et la société anonyme qui exploite son bureau d'architecture, pourraient également invoquer un intérêt digne de protection.
Quant aux conclusions relatives à la dénonciation au Préfet, elles seront traitées sur le fond à la fin de considérants.
2. La loi du 4 décembre 1985 sur l'aménagement du territoire et des constructions (LATC), telle qu'elle a été modifiée notamment par la novelle du 4 février 1998, prévoit notamment ce qui suit:
Chapitre V. Permis de construire ou de démolir
Caractère obligatoire - Art. 103
Aucun travail de construction ou de démolition, en surface ou en sous-sol, modifiant de façon sensible la configuration, l'apparence ou l'affectation d'un terrain ou d'un bâtiment, ne peut être exécuté avant d'avoir été autorisé. Les art. 69a, alinéa 1, et 72a, alinéa 2, sont réservés.
Les installations techniques intérieures mentionnées dans le règlement cantonal ne sont pas soumises à autorisation. Elles font l'objet d'un contrôle de conformité aux normes légales et réglementaires au plus tard lors de la délivrance du permis d'habiter ou d'utiliser.
Travaux non conformes aux dispositions légales et réglementaires - Art. 105
La municipalité, à son défaut le Département des travaux publics, est en droit de faire suspendre et, le cas échéant, supprimer ou modifier, aux frais du propriétaire, tous travaux qui ne sont pas conformes aux prescriptions légales et réglementaires.
Les dispositions pénales cantonales et fédérales sont réservées.
Forme de la demande de permis - Art. 108
La demande de permis est adressée à la municipalité. Elle est signée par celui qui fait exécuter les travaux et, s'il s'agit de travaux à exécuter sur le fonds d'autrui, par le propriétaire du fonds. Elle indique les dérogations requises et les dispositions réglementaires sur lesquelles elles sont fondées.
Le règlement cantonal et les règlements communaux déterminent, pour les divers modes de construction et catégories de travaux, les plans et les pièces à produire avec la demande, ainsi que le nombre d'exemplaires requis. La demande n'est tenue pour régulièrement déposée que lorsque ces exigences sont remplies.
(...)
Dispense d'enquête publique Art. 111
La municipalité peut dispenser de l'enquête publique les projets de minime importance, notamment ceux qui sont mentionnés dans le règlement cantonal.
[ancien texte: La municipalité peut dispenser de l'enquête publique les travaux intérieurs ainsi que ceux qui n'apportent pas de changement notable à l'aspect du sol et du bâtiment ou à sa destination et qui ne sont pas de nature à porter atteinte à l'environnement ou à influer sur la nature ou le volume des eaux à traiter.]
Modifications de minime importance - Art. 117
Lorsqu'elle impose des modifications de minime importance, la municipalité peut délivrer un permis de construire subordonné à la condition que ces modifications soient apportées au projet.
Selon la jurisprudence (voir le rappel qu'en font par exemple les arrêts AC 99/051, M. c/ Penthaz, du 22 octobre 1999, ou AC 98/110, R. c/ Bex, du 8 septembre 1999), la seule violation des dispositions de forme relatives à la procédure d'autorisation de construire ne suffit pas pour ordonner la démolition d'un ouvrage non autorisé lorsqu'il est conforme aux prescriptions matérielles qui lui sont applicables (voir arrêts AC 98/0042 du 5 mai 1999 consid. 3, AC 97/0089 du 15 décembre 1997 consid. 2, AC 96/0131 du 29 mai 1997 consid. 2c, AC 95/0177 du 12 décembre 1996 consid. 3a, AC 93/0011 du 8 décembre 1993 consid. 1, AC 92/0152 du 15 janvier 1996 consid. 4 et AC 00/7415 du 17 février 1992 consid. 3, publiés à la RDAF 1992 p. 488 et ss; voir aussi RDAF 1979 p. 231 et ss, 1978 p. 412 et ss.). En outre, le fait que les travaux ne soient pas conformes aux prescriptions matérielles ne justifie pas encore un ordre de remise en état. La question doit être examinée en application des principes constitutionnels de la proportionnalité et de la protection de la bonne foi. Le constructeur peut se voir dispensé de démolir l'ouvrage lorsque la violation est de peu d'importance ou lorsque la démolition n'est pas compatible avec l'intérêt public ou encore lorsque le constructeur a pu croire de bonne foi qu'il était autorisé à édifier l'ouvrage et que le maintien d'une situation illégale ne heurte pas des intérêts prépondérants (ATF 111 Ib 221 consid. 6, voir aussi arrêts AC 00/7476 du 30 novembre 1993 consid. 2a et AC 00/6116 du 28 janvier 1992 consid. 3a). L'autorité doit examiner d'office quel est le moyen le plus approprié pour atteindre le but recherché sans porter excessivement atteinte au droit du constructeur. Elle peut offrir à celui-ci la possibilité de faire des propositions sur la manière de remédier aux violations de la réglementation existante. Si ces propositions sont inadéquates, l'autorité n'en reste pas moins tenue de rechercher, parmi les mesures d'exécution envisageables, celles qui apparaissent le mieux proportionnées; elle examinera par exemple au moment d'exécuter sa décision si le but recherché ne peut être atteint par une solution moins rigoureuse (ATF 108 Ib 219 consid. 4d).
Le Tribunal administratif a aussi jugé (voir par exemple AC 97/052 du 16 décembre 1998) que le coût des travaux de remise en état représente également un élément important à prendre en considération dans le cadre de la pesée des intérêts en présence à laquelle l'autorité doit se livrer. En outre, celui qui place l'autorité devant le fait accompli doit accepter que celle-ci accorde une importance accrue au rétablissement d'une situation conforme au droit, par rapport aux inconvénients qui résultent pour lui de la démolition de l'ouvrage (RDAF 1992 p. 479 consid. 2c et la référence citée). Toutefois, le fait qu'un administré ne puisse se prévaloir de sa bonne foi ne le prive pas de la possibilité d'invoquer le principe de la proportionnalité : il constitue cependant un élément d'appréciation en sa défaveur (voir A. Grisel, Droit administratif suisse, 1984, vol. I, p. 352; ATF 108 Ia 216, JT 1984 I 514; ATF 111 Ib 213, JT 1987 I 564).
3. En l'espèce, les recourants soutiennent en bref qu'ils ont sollicité l'autorisation de modifier le 5ème étage litigieux et qu'ils ont obtenu cette autorisation par voie orale dans le cadre de leurs contacts avec le Service communal d'architecture. De son côté, l'autorité intimée le conteste en faisant valoir, en réponse au recours, que la simple remise de plans modifiés le 15 juillet 1998 ne saurait être considérée comme une demande d'autorisation et que celle-ci n'a pas été délivrée aux recourants, qui connaissaient par ailleurs les exigences formelles d'une demande de permis complémentaire comme celui qu'ils avaient obtenu en avril 1997.
a) A titre préliminaire, il faut éclaircir la situation de fait en confrontant, dans leurs différentes versions (plan d'enquête, plan modifiant celui de l'enquête, plan exécutoire) les plans que l'autorité intimée tient pour déterminants quant à la teneur de l'autorisation délivrée, d'une part, et d'autre part l'état de la construction telle qu'elle a été réalisée, qui correspond pour autant qu'on puisse en juger aux plans de l'architecte Pidoux daté des 29 mai et 30 juin 1998.
- Le gabarit général de l'immeuble correspond à ce qui a été autorisé au 5ème étage : il en va ainsi de la configuration du toit, de la présence de six balcons sur la façade est donnant sur la rue de la Borde, ainsi que pour la configuration de la façade pignon sud, qui s'élève jusque sous le toit.
- Pour ce qui concerne la façade ouest, du côté de la rue des Oiseaux, il faut admettre avec l'architecte actuel de la recourante que les plans initiaux sont ambigus : sur le plan 235 mis à l'enquête, cette façade est représentée par un double trait de la même manière que celle du 4ème étage où des vitrages sont prévus. Sur le plan 235 portant le timbre humide "plan modifiant celui de l'enquête", le double trait est complété par un troisième trait interrompu pas des meneaux implantés à mi-distance des différents murs de refend transversaux. L'interprétation de l'auteur de ces plans, fournis en audience, selon laquelle ce double trait correspondrait à la barrière placée au bord de l'étage, ne s'impose pas d'emblée. On note cependant que l'indication "terrasse, séchoir plein air" serait en contradiction avec l'idée d'un étage fermé de ce côté.
- La situation est claire en revanche pour la façade est du côté de la rue de la Borde : dans ses deux versions, le plan 235 ne présente ni fenêtres derrière les balcons, ni murs de façade entre ceux-ci. Le cinquième étage était ainsi prévu de ce côté-ci comme étage ouvert, avec cette particularité qu'il était néanmoins muni de six balcons.
- On notera pour terminer qu'on ne peut pas suivre l'autorité intimée quant elle expose dans sa réponse du 8 mars 1999 (p. 24) que les volumes construits ne manqueront pas d'être affectés à l'habitation parce qu'aucune transformation à cette fin ne serait nécessaire : l'inspection locale a montré au contraire que si les façades est et ouest sont effectivement fermées par des vitrages, des murs et des fenêtres, les volumes délimités par les murs de refend, non cloisonnés, ne sont pas aménagés en logement, les murs et le sol étant en béton brut tandis qu'au plafond l'isolation du toit reste visible. C'est donc finalement à tort que les décisions attaquées retiennent que la recourante a rendu le cinquième étage habitable.
b) Si on la confronte à l'exigence légale d'un permis de construire délivré par la municipalité statuant sur une demande formelle (art. 103 et 108 LATC), la position des recourants paraît téméraire lorsqu'ils affirment avoir obtenu verbalement du Service communal d'architecture, organe subordonné à la municipalité, l'autorisation de modifier le cinquième étage litigieux.
Il faut bien voir cependant que dès le début de l'élaboration du projet, les services communaux sont intervenus intensément (peut-être parce que la commune est propriétaire du terrain) pour le faire modifier, comme le montre les volumineuses clauses particulières dont le permis est assorti. En outre, après la délivrance du permis de construire originel, diverses modifications du projet ont été discutées par l'architecte avec le Service communal de l'urbanisme, qui a d'emblée admis certaines d'entre elles dans une lettre du 6 février 1997. Il est d'ailleurs frappant de constater qu'à la première lecture, cette lettre du 6 février 1997 paraît autoriser d'emblée différentes modifications du projet, ne réservant que la question de la cage d'ascenseur "qui devrait être refusée" mais pour laquelle, si la constructrice tient à demander cette dérogation à la Municipalité, ledit service préconise la constitution d'un dossier d'enquête publique complémentaire (à laquelle le Service d'urbanisme a d'ailleurs renoncé au vu des explications complémentaires de l'architecte).
On note aussi qu'en pratique, apparemment sur la base de l'art. 17 du règlement communal sur les constructions du 4 décembre 1990, qui prévoit l'obligation d'aviser la Direction des travaux "avant l'application des peintures et coloration de façades, avec présentation d'échantillons de teintes", le choix des couleurs fait l'objet d'une "approbation" dont on peut se demander si elle a le caractère d'une décision administrative. A l'audience, les parties se sont exprimées de manière catégoriquement opposée à se sujet, la commune affirmant qu'il ne s'agit pas d'une décision tandis que le conseil de la recourante y voit à l'évidence une décision administrative. On notera au passage qu'en l'espèce, la demande de permis de construire indique seulement que les façades sont en béton de couleur "gris + diverses", ce qui laisse apparemment place à des précisions supplémentaires que la pratique semble placer dans la responsabilité d'un organe communal subordonné à la Municipalité. On peut en l'espèce s'abstenir d'examiner plus avant cette question.
Il n'est d'ailleurs pas toujours aisé de savoir quelles sont les modification du projet pour lesquelles le permis de construire complémentaire du 10 avril 1997 (qui ne les énumère pas verbalement) a été délivré: ainsi, pour ce qui concerne par exemple la fermeture frontale des balcons vitrés donnant sur la rue de la Borde, le plan no 265 "Elévation Borde" figure au dossier en trois versions successives (plan d'enquête, plan modifiant celui de l'enquête, plan exécutoire) mais il n'y a pas de version qui se rapporterait au permis de construire complémentaire du 10 avril 1997. Or d'après les explications fournies en audience, la suppression des vitrages a pourtant été admise (cela n'est pas contesté quand bien même aucune pièce n'en fait état) mais seulement au moment où il a été possible de tester l'efficacité d'une isolation phonique apposée sur les surfaces intérieures des balcons, soit en septembre 1998, ce qui montre que ce n'est pas le permis complémentaire d'avril 1997 qui a autorisé cette modification-là du projet.
Ce qui précède montre que la pratique ne s'organise pas entièrement selon une conception rigide dans laquelle toute modification du projet ferait l'objet d'une autorisation délivrée par la municipalité, mais que les services communaux, intervenant intensément dans les détails du projet, concourent à le façonner sans enquête complémentaire et parfois sans intervention de la municipalité. On rappellera au passage (voir l'arrêt AC 93/172 du 1er février 1994) que l'enquête complémentaire est une procédure qui s'est imposée d'abord dans la pratique et qui n'a été réglée expressément que par une modification récente du RATC (novelle du 27 août 1990). On signalera en outre que les nouvelles dispositions introduites par la novelle du 4 février 1998 tendent à assouplir la pratique (en étendant notamment les cas dispensés d'enquête publique, voir AC 98/110 du 8 septembre 1999 citant BGC no 57, séance du lundi 26 janvier 1998, p. 7307 et 7308; voir encore le nouvel art. 103 al. 2 LATC, qui soustrait certaines installations à l'exigence d'une autorisation de construire; ces dispositions se réfèrent à une liste devant figurer dans le règlement cantonal mais celui-ci n'a pas encore été modifié en conséquence).
c) Il n'en reste pas moins qu'au vu des pièces du dossier, le nouvel architecte de la recourante semble avoir usé d'un procédé cavalier en saisissant l'occasion d'une séance destinée au choix des couleurs des façades, en été 1998, pour soumettre au Service d'architecture des plans d'exécution dont un examen attentif montre surtout qu'il modifiait le 5ème étage en en fermant les façades est et ouest.
On note cependant à cet égard que dans sa lettre du 13 janvier 1999, la Direction des travaux admet que le Service d'architecture n'a effectivement pas formulé d'objection au projet présenté dans les séances organisées en mai et juillet 1998 pour le choix des matériaux et des couleurs, ce qui semble conforme à la pratique évoquée ci-dessus quant au rôle des services communaux dans l'évolution du projet. Cette lettre ajoute que le collaborateur du Service d'architecture ne savait pas que la fermeture de ce niveau par des vitrages posait un problème délicat sur le plan urbanistique mais cette affirmation paraît en contradiction avec le reste du dossier, notamment avec le procès-verbal de la séance du 9 mars 1998 tenu par ledit collaborateur et durant laquelle la position du Service d'urbanisme interdisant l'habitation dans les combles avait été rappelée aux recourants.
d) On retiendra finalement que si l'autorisation de fermer le cinquième étage litigieux n'a effectivement pas été délivrée par la municipalité dans un permis de construire formel (c'est clair au moins pour le côté donnant sur la rue de la Borde, les plans approuvés étaient en revanche ambigus du côté opposé), l'examen des circonstances, compte tenu des contacts entre les parties, montre qu'on ne peut pas non plus considérer que la recourante ait mis subrepticement la commune devant le fait accompli.
4. La décision attaquée exige, au sujet de l'étage litigieux,
"la restitution de cet étage non conforme au PE 366, en respectant le projet autorisé par la municipalité le 3 juillet 1996 et conformément au permis de construire délivré le 30 juillet 1996"
. Malgré les explications fournies en audience, la portée du terme "restitution" demeure obscure et de toute manière, la décision ne précise pas en quoi consistent les travaux exigés. Compte tenu du dossier et de ce que l'instruction en audience a révélé, il ne saurait s'agir de modifier la configuration du toit, ni celle de la façade pignon sud qui s'élève jusqu'au toit, ni de supprimer les balcons du 5ème étage, car tous ces éléments ont été autorisés. Il s'agirait en revanche de supprimer les fenêtres (et le linteau qui les surmonte jusqu'au toit), et d'araser au niveau de la dalle du 5ème étage les pans de mur qui séparent les fenêtres les unes des autres sur la façade donnant sur l'avenue de la Borde, ce qui nécessiterait à première vue l'implantation d'une barrière dans les étroits intervalles séparant les balcons. Cette modification permettrait de reconstituer une "corniche" (quand bien même le toit la surmonterait de plus de 3 mètres) culminant à la hauteur de 15 mètres imposée par le plan d'extension 366. Il y va là de l'intérêt public au respect de la réglementation en vigueur.
Du point de vue l'intérêt du constructeur, il faut bien admettre, d'après ce que l'inspection locale a montré, que ces travaux nécessiteraient probablement la démolition de toute la toiture car dans sa construction actuelle, celle-ci repose sur les linteaux surmontant les fenêtres, eux-mêmes soutenus par les pans de mur séparant ces dernières. En outre, comme ces modifications auraient pour effet d'ouvrir l'étage aux intempéries, il serait nécessaire de poser une isolation complète sur la dalle et de la raccorder au sol des balcons existants. Quant aux vitrages fermant la façade ouest, leur suppression serait probablement moins problématique puisque les linteaux qui les surmontent sont soutenus par des meneaux qui, s'ils n'étaient pas prévus sur le plan d'enquête no 235, apparaissent néanmoins sur sa seconde version "plan modifiant celui de l'enquête" sanctionné par l'autorisation délivrée le 3 juillet 1996. De ce côté également, l'ouverture de la façade nécessiterait l'isolation de la dalle.
Contrairement à ce qu'exige la jurisprudence citée au début des présents considérants, l'autorité intimée n'a pas procédé à une pesée des intérêts en présence. Elle n'a pas, selon ses déclarations à l'audience, procédé à l'évaluation du coût des travaux exigés. On retiendra à cet égard, compte tenu des éléments décrits ci-dessus, qu'il s'agirait le cas échéant de plusieurs centaines de milliers de francs. Quant à l'intérêt public à faire ressortir une ligne de corniche culminant à la hauteur réglementaire de 15 mètres, il apparaît en comparaison singulièrement limité si l'on songe que de toute manière, la toiture autorisée comporte un avant-toit culminant à plus de 3 mètres au-dessus de la ligne de la corniche, qui serait de plus interrompue par des balcons (autorisés à cet étage également) formant six avant-corps larges d'environ 6 mètres chacun, entre lesquels la ligne de corniche ne serait visible que dans d'étroits interstices. On observera d'ailleurs que pour l'observateur situé au sol (tel n'est pas le cas de la prise de vue figurant au dossier), même s'il se trouve comme l'a fait le tribunal de l'autre côté de la rue de la Borde par rapport au bâtiment litigieux, les avant-corps constitués par les balcons cachent la façade du dernier étage presque jusque sous la toiture. On rappellera pour terminer que la question litigieuse n'est pas de savoir si des logements peuvent être aménagés au 5ème étage en violation de la réglementation applicable, mais seulement de savoir si les "combles" que la toiture autorisée ouvre sur les côtés peuvent demeurer fermés latéralement. Quant aux craintes que l'autorité pourrait formuler au sujet d'une transformation sauvage de l'étage litigieux en logement, elles ne sauraient justifier de manière purement préventive l'engagement des dépenses considérables examinées ci-dessus. Le risque est d'ailleurs limité puisqu'il s'agit d'un immeuble bien visible au bord d'une artère très fréquentée de la ville.
Vu ce qui précède, la décision attaquée doit être annulée. La fermeture latérale de l'étage litigieux doit être autorisée, étant précisé que l'interdiction (non contestée) de transformer cet étage en locaux d'habitation ou d'activité professionnelle est maintenue. Il appartiendra à l'autorité communale de rendre, après avoir cas échéant procéder à une constatation détaillée de l'état des lieux, une nouvelle décision dans ce sens.
5. Les conclusions du recours tendent également à faire constater qu'il n'y a pas lieu de dénoncer à la préfecture le président et l'architecte de la société coopérative recourante.
Il est vrai que les décisions attaquées informent les recourants que la municipalité a "décidé" d'autoriser la Direction des travaux à procéder à cette dénonciation. Cependant, il ne s'agit pas là d'une décision sujette à recours. Conformément aux principes généraux qu'on retrouve aux art. 5 LPA et 29 LJPA, la décision administrative sujette à recours a pour caractéristique de créer, de modifier, d'annuler ou de constater des droits ou des obligations. Tel n'est pas le cas de la "décision" de dénoncer un administré à une autorité pénale. Cet acte n'a pour effet que de saisir l'autorité destinataire qui seule rendra une décision, dont les recourants ne soutiennent d'ailleurs pas qu'elle pourrait faire l'objet d'un recours au Tribunal administratif. On signalera dans le même sens que le Tribunal administratif a déjà jugé qu'on ne se trouve pas en présence d'une décision au sens de l'art. 29 LJPA lorsqu'un service social communal dénonce un administré à la Justice de paix en vue d'instaurer des mesures tutélaires (PS 92/058 du 26 février 1993).
6. Vu ce qui précède, le recours est admis pour l'essentiel des conclusions de la recourante. Le litige procédant de circonstances dont chacune des parties répond pour une part sensiblement égale, l'arrêt sera sans frais ni dépens.