Decision ID: 8fedea78-4be4-4d96-bcd3-f3f6ed839918
Year: 2010
Language: fr
Court: VD_TC
Chamber: VD_TC_004
Canton: VD
Region: Région lémanique
Law Area: social_law

E n f a i t :
A.
a)
S._ (ci-après: l'assurée), née en 1951, travaillait depuis le 2 février 1982 en qualité d'enseignante à Lausanne et était à ce titre assurée auprès de La Caisse vaudoise (ci-après: la caisse) contre les accidents professionnels et non professionnels.
b)
Le 12 juillet 2002, l'assurée a été victime d'un accident de la circulation, la voiture qu'elle conduisait ayant été percutée à l'arrière par le véhicule qui la suivait. L'assurée a immédiatement ressenti de fortes douleurs, notamment à la tête et à la nuque, et a reçu des soins aux urgences du CHUV. Il en est résulté un syndrome douloureux panrachidien à focalisation cervicale dans un contexte de probable whiplash, des troubles statiques et dysbalances musculaires dans un contexte de déconditionnement physique global et un état de stress post-traumatique.
Dans un rapport du 20 août 2002, le Dr L._, médecin associé du service d'oto-rhino-laryngologie et de chirurgie cervico-faciale, unité d'oto-neurologie, du CHUV, a notamment posé le diagnostic de vertige positionnel paroxystique bénin post-traumatique sur cupulolithiase droite. Un rapport d'accident a été établi le 20 juillet 2002 par la police municipale de Pully, de même qu'un rapport de l'assureur de l'employeur de l'assurée, le 28 novembre 2002. L'assurée a présenté une incapacité de travail à 100% dès le 12 juillet 2002, rétablie à 50% dès le 26 août 2002. Le cas a été pris en charge par la caisse.
c)
Du 6 au 28 janvier 2003, l'assurée a séjourné à la Clinique romande de réadaptation (ci-après: la CRR), à Sion. Le 3 février 2003, le Dr M._, chef de clinique au Service de réadaptation neurologique, a posé le diagnostic primaire de rééducation neurologique et les diagnostics secondaires de cervicalgies ainsi que de trouble de l'adaptation avec prédominance d'une réaction anxieuse. La capacité de travail a été fixée à 0% du 6 au 28 janvier 2003 et à 50% du 29 janvier au 1
er
mars 2003. En date du 28 juillet 2003, le Dr V._, spécialiste FMH en chirurgie orthopédique et médecin-conseil de la caisse, a constaté des rachialgies diffuses et des cervico-brachialgies droites et a proposé un examen neurologique, une IRM cervicale et un bilan radiologique de la région sacrée.
Le 28 août 2003, le Dr V._ a relevé que des examens complémentaires (consilium neurologique, bilan radiologique du rachis cervical et du sacrum, IRM cervicale) mettaient en évidence une évolution favorable en l'absence de lésions anatomiques macroscopiques au niveau du rachis cervical, suite à l'événement du 12 juillet 2002. La capacité de travail a été évaluée à 75% dès le 5 mai 2003, à 85% dès le 15 septembre 2003 et à 100% un mois plus tard.
Dans un rapport médical du 22 octobre 2003, le Dr K._, spécialiste FMH en psychiatrie et psychothérapie à Lausanne, a retenu que l'assurée avait présenté, peu après l'accident, une réaction sévère aiguë à un facteur de stress important, puis un état de stress post-traumatique. Il a attesté de la disparition des symptômes anxieux majeurs en moins de six mois, précisant que le traitement proprement dit de l'état de stress post-traumatique lié à l'accident était terminé.
Le 30 janvier 2004, le Dr D._, spécialiste FMH en médecine interne à Cully et médecin traitant de l'assurée, a proposé à la caisse un projet d'arrangement, en ce sens que, du 5 mai 2003 au 31 janvier 2004, une incapacité de travail de 25%, prise en charge par la caisse, était reconnue à l'assurée, cette incapacité étant prolongée jusqu'au 31 juillet 2004 et assumée par l'assurance-maladie de l'intéressée, avec le projet de reprise du travail à 100% dès le 1
er
août 2008. Le 8 décembre 2004, la Dresse A._, spécialiste FMH en chirurgie maxillo-faciale à Lausanne, a notamment posé les diagnostics de distorsion cervicale, d'état catabolique, sur séquelles d'un traumatisme de la voie publique, de flore et immunité intestinales diminuées, d'épuisement nerveux cérébral sur mal absorption digestive, de développement de maladies auto-immunes du type rhumatismal et de surcharge somatique sur non-reconnaissance d'un traumatisme.
d)
Le 31 mars 2005, l'assurée a rempli une demande de prestations AI pour adultes auprès de l'Office de l'assurance-invalidité pour le canton de Vaud, tendant au reclassement dans une nouvelle profession et à l'octroi d'une rente. Dans ce cadre, le 21 avril 2005, le Dr D._ a posé les diagnostics ayant des répercussions sur la capacité de travail d'état de stress post-traumatique consécutif à un accident de la circulation, le 12 juillet 2002, et de polyarthrite rhumatoïde, le 10 février 2004. Il a évalué l'incapacité de travail à 100% du 12 juillet au 25 août 2002, à 50% du 26 août au 7 novembre 2002, à 100% du 8 au 17 novembre 2002, à 50% du 18 novembre 2002 au 4 mai 2003, et à 25% dès le 5 mai 2003.
Le 26 avril 2005, le Dr W._, médecin cadre au service de rhumatologie, médecine physique et réhabilitation du CHUV, a posé les diagnostics de polyarthrite rhumatoïde séropositive non nodulaire depuis janvier 2004, de rachialgies diffuses chroniques non spécifiques persistantes, à focalisation cervicale, de troubles statiques et dysbalances musculaires, d'état de stress post-traumatique et de déconditionnement physique global, depuis septembre 2002 en tout cas. Il a retenu une incapacité de travail de 75% depuis août 2002.
B.
a)
Par décision du 23 mars 2006, la caisse a mis un terme aux prestations d'assurance au 31 janvier 2004, indiquant qu'un lien de causalité entre les troubles de la colonne cervicale et l'événement accidentel (du 12 juillet 2002) ne pouvait être admis que jusqu'à cette date. L'intéressée a formé opposition, réclamant un complément d'instruction sur le plan médical.
En date du 22 juin 2006, la Dresse A._ a notamment posé les diagnostics de séquelle d'une réaction sévère aiguë à un facteur de stress important avec prédominance anxieuse correspondant à un état de stress post-traumatique, d'états de thymies fluctuantes et de surcharge liée à une situation conflictuelle avec les assureurs. La capacité résiduelle de travail a été fixée à 25% à court terme, à 50% à moyen terme, l'assurée devant pouvoir travailler au même taux d'activité qu'avant l'accident à long terme.
b)
Mandaté en qualité d'expert, le Dr T._, spécialiste FMH en psychiatrie et psychothérapie à Pully, a établi un rapport médical le 28 août 2006, posant les diagnostics d'épisode dépressif moyen, sans syndrome somatique, de trouble mixte de la personnalité avec traits narcissiques et anankastiques, de polyarthrite rhumatoïde et de séquelles d'une distorsion cervicale post-traumatique. Cet expert a retenu ce qui suit dans la partie discussion de son rapport:
"L'expertisée frappe d'emblée par l'ampleur des répercussions psychiques des atteintes à la santé somatique. Les limitations et les troubles actuels sont vécus comme des atteintes à l'intégrité et comme des préjudices insupportables et injustes. L'intéressée présente une labilité émotionnelle rarement rencontrée par l'expert, ce qui atteste d'une angoisse sous-jacente massive.
[...]
Ainsi toutes les limitations somatiques sont vécues comme des atteintes insupportables qui déstabilisent l'équilibre psychique précaire de l'intéressée. Ces limitations prennent une ampleur qui peut paraître démesurée. Mais l'assurée n'est pas à même d'affronter les affects dépressifs de séparation et de deuil que peuvent impliquer les atteintes à la santé. Il est vraisemblable que ces affects dépressifs pourraient réactiver des affects archaïques qu'elle n'est pas à même d'affronter sans crainte de s'effondrer psychiquement. Il n'est donc pas étonnant que l'expertisée présente maintenant une symptomatologie dépressive nette avec des troubles du sommeil, une anhédonie, une absence de perspectives d'avenir, une perte de tout espoir et un sentiment aigu d'injustice.
[...] L'accident du 12 juillet 2002 est lui responsable de séquelles majeures dont l'expertisée ne voit pas le terme. Depuis ce 12 juillet, elle souffre de troubles divers: nucalgies, céphalées, douleurs lombo-sacrées, troubles du sommeil, fatigue diurne constante, sentiment d'épuisement, irritabilité et labilité émotionnelle. Cette symptomatologie se rencontre dans un certain nombre de cas de séquelles d'entorse cervicale dont l'évolution est particulièrement défavorable. Je considère qu'il y a un lien de causalité naturelle indubitable entre l'accident du 12 juillet 2002 et la symptomatologie que présente actuellement cette expertisée et non seulement un lien de connexité.
Il est vraisemblable que c'est en raison de la structure de la personnalité de l'expertisée que cette dernière a connu une évolution si défavorable des conséquences de la distorsion cervicale dont elle a été victime le 12 juillet 2002. Mais il est évident que sans cet accident, l'expertisée n'aurait pas connu une telle dégradation de son état de santé psychique.
Enfin, les douleurs engendrées par la polyarthrite rhumatoïde viennent compliquer le tableau de la symptomatologie psychique actuelle. Ces douleurs limitent encore davantage les capacités déjà diminuées de l'assurée et aggravent la symptomatologie dépressive.
[...]
L'évaluation de la capacité de travail est délicate. Les limitations physiques, d'un point de vue rhumatologique, devraient permettre, selon le rapport du Dr W._ du 13 février 2006, une capacité de travail de l'ordre de 40% à 50%. Les limitations psychiques sont très importantes. Cette expertisée est constamment fatiguée. Elle ne supporte plus les facteurs de stress qu'elle supportait bien par le passé comme de remplacer une collègue au pied levé. Toutes les contraintes, quelles qu'elles soient, sont vécues comme des facteurs de stress et causent une angoisse importante et une déstabilisation émotionnelle qui a des répercussions pendant plusieurs jours. Dans ces conditions, j'estime que la capacité de travail est limitée actuellement à 25%. Il n'est pas possible d'améliorer cette capacité de travail actuellement par des mesures médicales psychiatriques.
J'estime qu'il est utile de reconnaître cette capacité de travail de 25% à l'expertisée et de prévoir une nouvelle évaluation de cette capacité de travail et de son état de santé dans deux ans environ. Mais le pronostic reste très réservé aussi bien en ce qui concerne une amélioration notable de l'état de santé qu'en ce qui concerne un recouvrement d'une capacité de travail nettement supérieure à celle d'aujourd'hui".
c)
Par décision sur opposition du 12 mars 2007, la caisse a confirmé sa position et a rejeté l'opposition formée par l'assurée contre la décision du 23 mars 2006. S'écartant de l'avis du Dr T._, elle a nié la présence d'un lien de causalité naturelle entre l'accident du 12 juillet 2002 et les troubles physiques et psychiques de l'assurée pour la période postérieure à mi-janvier 2004, relevant que ces derniers étaient dus à la polyarthrite rhumatoïde et à la personnalité de l'assurée. Par surabondance, elle a indiqué que l'accident, de gravité moyenne, ne se trouvait pas dans un rapport de causalité adéquate avec les troubles psychiques de l'assurée pour la période postérieure au 31 janvier 2004.
C.
a)
L'assurée a fait recours contre cette décision sur opposition le 26 avril 2007 auprès du Tribunal des assurances, concluant à l'octroi d'une rente calculée sur la base d'un taux d'invalidité et à partir d'une date fixés à dire de justice ainsi qu'à l'octroi d'une indemnité pour atteinte à l'intégrité (ci-après: IPAI) fixée à dire de justice, subsidiairement au renvoi du dossier à la caisse pour complément d'instruction. En résumé, elle a soutenu qu'il y avait un lien de causalité tant naturelle qu'adéquate entre ses problèmes de santé et l'accident du 12 juillet 2002.
Dans sa réponse du 29 juin 2007, la caisse a conclu au rejet du recours, se référant à ses arguments précités. Les parties ont ensuite répliqué et dupliqué, confirmant leurs conclusions et leur position.
b)
Une audience d'instruction et de jugement a eu lieu le 6 décembre 2007, lors de laquelle le Dr D._, entendu en qualité de témoin, a relaté l'évolution de l'état de santé de l'assurée, retenu que celle-ci n'était plus apte à travailler à un taux d'activité supérieur à 25% et estimé que la part de l'incapacité de travail due à la maladie était de l'ordre de 20%, en relevant toutefois que les conséquences dues à l'accident et à la maladie étaient intimement liées.
c)
Le Tribunal des assurances a décidé de mettre en œuvre une expertise pluridisciplinaire, laquelle a été effectuée par la clinique R._, à Genève. Dans leur rapport du 16 mai 2008, les Drs X._, spécialiste FMH en psychiatre et psychothérapie, F._, spécialiste FMH en chirurgie orthopédique et traumatologie de l'appareil locomoteur, et E._, spécialiste FMH en neurologie, ont retenu les diagnostics avec répercussion sur la capacité de travail de syndrome douloureux chronique post-traumatique du rachis cervical en flexion-extension, secondaire à un accident de la voie publique le 12 juillet 2002, de polyarthrite rhumatoïde diagnostiquée en janvier 2004, de céphalées et douleurs myofaciales de tension musculaire et de cervico-brachialgies droites non déficitaires suivant le dermatome C7-C8. Ces médecins ont retenu en particulier ce qui suit s'agissant de leur évaluation pluridisciplinaire:
"L'examen clinique pratiqué lors de l'expertise ne met en évidence que des limitations douloureuses discrètes au niveau rachidien et cervico-scapulaire droit, et quelques séquelles mineures de la polyarthrite rhumatoïde. Il confirme l'absence de trouble neurologique. Sur le plan psychique, on relève essentiellement une anxiété généralisée, une certaine fragilité narcissique accompagnée de traits de personnalité anankastique et paranoïaque (une tendance histrionique et hypocondriaque ressort également au test de personnalité du MMPI-2), ainsi qu'une probable majoration de symptômes physiques pour des raisons psychologiques.
Actuellement, il n'y a plus d'incapacité de travail pour raisons psychiques. Par contre, compte tenu de la polyarthrite rhumatoïde et du syndrome douloureux chronique post-traumatique du rachis cervical, une diminution de rendement de 30% (pour un travail à plein temps) est retenue dans l'emploi actuel de l'examiné[e], qui est du reste considéré comme adapté.
Toutefois, l'intensité subjective des douleurs et une possible recherche de bénéfices secondaires pourraient constituer des éléments défavorables à une reprise professionnelle.
Une optimalisation du traitement antalgique, ainsi que la poursuite du traitement de méthotrexate et de la prise en charge psychiatrique, sont préconisées".
Ces médecins ont ensuite indiqué ce qui suit au sujet de l'influence de l'état de santé de l'assurée sur sa capacité de travail:
1. Limitations (qualitatives et quantitatives) en relation avec les troubles constatés
Sur le plan de l'appareil locomoteur
Au jour de l'expertise, au vu de l'efficacité du traitement instauré (méthotrexate), en particulier aux niveaux des poignets, des mains et des membres inférieurs, les limitations en tant qu'infirmière enseignante sont peu importantes. On retiendra une baisse de la résistance à l'effort, ainsi qu'une baisse de la force pour la rédaction de travaux écrits. On retiendra également une discrète diminution de la capacité à se déplacer sur de longues distances. [...] De façon globale, en tant qu'infirmière enseignante, le pronostic est bon. Il faut toutefois préciser que l'intensité subjective des douleurs ressenties par l'intéressée, en particulier en rapport avec son traumatisme cervical, pourrait constituer un facteur limitant.
Sur le plan neurologique
En l'absence de déficit neurologique, la présence d'un déséquilibre des structures ostéo-ligamentaires cervico-scapulaires limite les mouvements répétitifs ainsi que le port de charges avec les membres supérieurs, et entraîne une fatigabilité plus importante des régions concernées. Toutefois, les répercussions sont mineures dans l'activité d'infirmière enseignante.
Sur le plan psychiatrique
En l'état actuel et en l'absence de symptômes psychiatriques invalidants, il n'existe pas de limitations. Cependant, la présence de bénéfices secondaires sous forme d'obtention de temps libre, notamment pour s'occuper de son mari, et d'avantages financiers, est un facteur de mauvais pronostic.
2. Influences des troubles sur l'activité exercée jusqu'ici
Sur les plans locomoteur et neurologique
[...] le degré d'incapacité de travail dans l'emploi d'infirmière enseignante est de 30% pour une activité exercée à plein temps, essentiellement pour des raisons orthopédiques (syndrome douloureux post-traumatique cervical résiduel, polyarthrite rhumatoïde).
Sur le plan psychiatrique
Actuellement, la capacité de travail est pleine et entière. [...]"
Ces mêmes médecins ont également répondu aux questions des parties, et ce de la façon suivante:
- Parmi les affections diagnostiquées, sur le plan somatique, seul le syndrome douloureux chronique post-traumatique du rachis cervical est en lien de causalité naturelle (vraisemblance de plus de 50%) avec l'accident. Toutefois, l'intensité des douleurs est partiellement subjective, avec une probable composante psychologique surajoutée. Sur le plan strictement psychiatrique, il n'y a pas de troubles en lien avec l'accident. En effet, l'anxiété généralisée présentée par l'expertisée est une affection probablement chronique, qui était simplement plus discrète auparavant, car l'activité professionnelle investie lui permettait d'être globalement moins soumise à l'anxiété.
- Ainsi, la polyarthrite rhumatoïde et l'anxiété généralisée, probablement préexistante, sont étrangères à l'accident. La polyarthrite rhumatoïde aurait évolué sans l'accident. Depuis janvier 2004, un traitement classique à base de Méthotrexate a été mis en place. Ce traitement est indispensable. Quant à l'anxiété, elle a été passagèrement décompensée, mais a bien répondu au traitement instauré par le Dr K._. Sur la base des documents à disposition, on peut considérer que le statu quo sine a été atteint durant l'été 2003.
- Le taux d'invalidité de l'assurée est de 30% au total, la part imputable à l'accident du 12 juillet 2002 étant de 10%.
- Sur le plan locomoteur et neurologique, on peut considérer qu'il existe actuellement, et depuis janvier 2004, une diminution de la capacité de travail de 30% pour une activité à temps plein, essentiellement en raison de la polyarthrite rhumatoïde. Au niveau psychique, il n'y a plus d'incapacité de travail depuis l'été 2003. Avant cette date, il faut se baser sur les incapacités de travail prescrites suite au syndrome de stress post-traumatique.
- En raison des séquelles douloureuses secondaires au traumatisme cervical, mais en l'absence de pathologie psychiatrique actuellement imputable à l'accident, on peut considérer que l'expertisée présente une atteinte à l'intégrité corporelle définitive de 10%.
- Sur le plan psychique, le statu quo sine a été atteint durant l'été 2003 et, du point de vue ostéo-articulaire, au plus tard fin 2003, l'incapacité de travail persistante étant essentiellement due depuis 2004 à la polyarthrite rhumatoïde.
d)
A la demande du juge instructeur, dans un rapport complémentaire du 18 août 2008, la clinique R._, sous la signature du Dr J._, directeur médical, a confirmé les diagnostics retenus dans l'expertise du 16 mai 2008 et précisé qu'elle s'écartait, en raison d'une approche différente sur le plan psychologique, des conclusions du Dr T._. Ce médecin a ensuite répondu comme suit à des questions complémentaires:
- L'amélioration des douleurs post-traumatiques (au niveau cervical) lorsque le sevrage médicamenteux sera terminé sera probablement minime. Le sevrage médicamenteux est surtout proposé afin de réduire les céphalées qui sont entretenues par l'abus chronique d'analgésiques.
- L'incapacité de travail en rapport avec l'accident, actuellement évaluée au maximum à 10%, ne pourra pas être réduite. La situation évolue maintenant depuis six ans et doit être considérée comme chronifiée.
- Compte tenu la durée d'évolution des douleurs, il est peu probable qu'un traitement par acupuncture ait une efficacité quelconque.
- Une optimalisation du traitement antalgique pourrait être tentée par le biais d'un traitement stabilisateur de membrane neuronale de type tricyclique à doses progressives. Le résultat n'est cependant nullement garanti; un tel traitement avait été introduit en 2003, mais abandonné en raison des effets secondaires. Une telle thérapie ne pourra probablement pas diminuer l'incapacité de travail, évaluée actuellement au maximum à 10%, d'une part, parce que ce traitement risque d'être mal supporté et, d'autre part, parce que le syndrome douloureux est chronifié. Bien que les chances d'amélioration soient faibles, cette possibilité devrait toutefois être tentée.
- L'incapacité de travail accidentelle de 10% ne tient compte que de la part organique du syndrome douloureux chronique post-traumatique du rachis cervical. Il est cependant précisé qu'actuellement l'intensité majorée des douleurs n'est pas seulement en rapport avec cette part organique, mais avec une composante psychologique surajoutée. Cette composante n'est pas incluse dans l'appréciation.
- En référence à l'annexe 3 OLAA (ordonnance du 20 décembre 1982 sur l'assurance-accidents, RS 832.202) et par rapport à une atteinte très grave et douloureuse de la colonne vertébrale donnant droit à une IPAI de 50%, il a été considéré que l'atteinte était légère et a été évaluée à 10%.
e)
Le 25 septembre 2008, la caisse a produit la table n
o
7 de la SUVA intitulée "Indemnisation des atteintes à l'intégrité selon la LAA (loi fédérale du 20 mars 1981 sur l'assurance-accidents, RS 832.20), Atteinte à l'intégrité dans les affections de la colonne vertébrale", et a relevé que l’octroi d’une IPAI n'était pas médicalement justifié et que, au vu du dossier, le lien de causalité naturelle entre le syndrome douloureux du rachis cervical et l’accident n’était pas établi. La caisse a pour le surplus réitéré ses précédents arguments et confirmé ses conclusions.
f)
Une audience d’instruction et de jugement s'est tenue le 9 octobre 2008. L'assurée, par son mandataire, a déclaré qu'elle était au bénéfice d'un trois quarts de rente d'invalidité de l'AI, fondée sur la base d’un taux d’invalidité de 60%. La recourante s'est ralliée aux conclusions de l’expertise de la clinique R._, sous réserve de l’aspect psychiatrique où elle s'est fondée sur le rapport du Dr T._; la caisse a pour sa part confirmé ses conclusions.
D.
a)
Par jugement du 13 octobre 2008, notifié le 26 février 2009, le Tribunal des assurances a partiellement admis le recours formé par l'assurée et a réformé la décision attaquée, en ce sens que le droit à une rente de 10%, dès le 1
er
février 2004, et à une IPAI de 10% a été reconnu à l'intéressée.
Le tribunal a retenu que les conclusions des médecins de la clinique R._, corroborées par l'avis des Drs K._, V._ et B._, avaient pleine valeur probante et qu'il convenait de s'écarter de l'expertise psychiatrique du Dr T._ et de l'avis du médecin traitant de l'assurée, le Dr D._, de sorte que la caisse était fondée à mettre un terme au versement des prestations au 31 janvier 2004. Sur la base des constatations des médecins de la clinique R._, le tribunal a relevé que l'assurée présentait une incapacité de travail en rapport de causalité avec l'accident de 10%, en précisant qu'une adaptation du traitement n'était pas en mesure d'améliorer la capacité de travail, l'assurée ayant donc droit à une rente de 10% depuis février 2004. Egalement sur la base de l'avis desdits médecins, dont aucun indice médical ne permettait de s'écarter sur ce point, il a retenu qu'une IPAI de 10% devait être accordée à l'assurée.
b)
Par acte du 1
er
avril 2009, la caisse a formé un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral contre ce jugement, concluant à la négation du droit à une rente de l'assurance-accidents, subsidiairement au renvoi de la cause pour complément d'instruction et nouvelle décision sur le taux d'invalidité. Il a soutenu que les troubles de l'assurée n'étaient pas en lien de causalité adéquate avec l'accident du 12 juillet 2002, à l'aune des critères en la matière.
Se prononçant le 8 juin 2009, l'assurée a conclu au rejet du recours formé par la caisse, relevant que le jugement entrepris était correct.
c)
Par arrêt du 26 octobre 2009 (cause 8C_311/2009), le Tribunal fédéral a admis le recours et annulé le jugement du 13 octobre 2008 du Tribunal des assurances, dans la mesure où il portait sur le droit à une rente d'invalidité et sur le montant des dépens, la cause étant renvoyée à la Cour des assurances sociales pour qu'elle statue conformément aux considérants.
Se basant sur les conclusions de l'expertise judiciaire effectuée par les médecins de la clinique R._, le Tribunal fédéral a constaté que rien ne permettait de conclure à la persistance de troubles physiques objectivables pouvant être consécutifs à l'accident, notamment en raison de l'absence d'atteinte osseuse et neurologique ainsi que d'une chronification des douleurs. Dès lors, il a considéré que le caractère adéquat du lien de causalité, la causalité naturelle n'était pas discutable, devait être examiné à la lumière des critères posés à l'ATF 134 V 109. Les faits constatés par le Tribunal des assurances ne permettant pas de vérifier si ces critères étaient ou non réalisés dans le cas concret, l'affaire devait être renvoyée à la Cour des assurances sociales pour qu'elle complète les faits et statue à nouveau.
E.
a)
Le 16 novembre 2009, le juge instructeur a invité les parties à présenter leurs réquisitions tendant à des mesures d'instruction complémentaires et leurs éventuelles observations ensuite du renvoi de la cause par le Tribunal fédéral.
b)
Le 7 décembre 2009, la caisse indique maintenir à titre principal que le lien de causalité adéquate entre les troubles au-delà du 31 janvier 2004 et l’accident du 12 juillet 2002 doit être nié, comme déjà développé dans la décision sur opposition et dans le recours en matière de droit public au Tribunal fédéral, auxquels elle se réfère expressément. A titre subsidiaire, pour le cas où le lien de causalité adéquate devait être admis par la Cour de céans, la caisse estime que la recourante n’aurait pas droit à l’octroi d’une rente, car le taux d’incapacité de travail d’au maximum 10% déterminé par l’expertise de la clinique R._ (p. 28) est un maximum et doit être réévalué à la baisse après le sevrage des analgésiques et en tenant compte des traits de la personnalité de l'assurée (cf. expertise de la clinique R._, p. 36 et 38); elle relève que comme une diminution de 1% de l’incapacité de travail est déterminante dans l’examen d’un éventuel droit à une rente (10%→9%), cette diminution ne saurait être écartée par la Cour de céans.
c)
Le 15 janvier 2010, la recourante estime que la Cour de céans doit retenir l’existence d’un lien de causalité adéquate entre les troubles invalidants de l'assurée et son accident, de sorte que le jugement du 13 octobre 2008 du Tribunal des assurances doit être purement et simplement confirmé en ce sens que la recourante a droit à une rente d'invalidité de 10% dès le 1
er
février 2004.
En préambule, la recourante soutient que la nature des troubles à caractère invalidant tels que retenus en lien de causalité naturelle avec son accident n’entraîne pas l’application de la jurisprudence développée en cas de traumatisme de type "coup du lapin" à la colonne cervicale, de traumatisme analogue à la colonne cervicale ou de traumatisme crânio-cérébral (ATF 134 V 109), dans la mesure où l'incapacité de travail de 10% retenue ne tient compte que de la part organique du syndrome douloureux chronique post traumatique du rachis cervical (cf. jugement du 13 octobre 2008 du Tribunal des assurances, p. 46), comme cela ressort expressément du rapport d’expertise des médecins de la clinique R._ et de l’avis du Dr J._. lI n’y aurait donc pas à recourir aux critères rappelés par le Tribunal fédéral. Cela étant, la recourante reprend les sept critères de la jurisprudence fédérale (ATF 134 V 109), qui selon elle seraient tous remplis.
La recourante a déposé un certificat médical du 15 décembre 2009 du Dr D._, attestant de traitement médicamenteux (notamment d'antidépresseurs et d'antalgiques), un bon de physiothérapie du 25 octobre 2005 du CHUV et un rapport du 2 juillet 2008 du Dr W._.
d)
Le 20 janvier 2010, le juge instructeur a informé les parties que la cause était gardée à juger et qu'un arrêt serait rendu dès que l'état du rôle le permettrait.

E n d r o i t :
1.
a)
Le recours formé par l'assurée contre la décision sur opposition du 12 mars 2007 de l'intimée est recevable, ainsi que l'a retenu le Tribunal des assurances par jugement du 13 octobre 2008 (consid. 1).
b)
Selon l'art. 117 al. 1 LPA-VD (loi cantonale vaudoise du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative, RSV 173.36), les causes pendantes devant les autorités administratives et de justice administratives à l'entrée en vigueur de la présente loi sont traitées selon cette dernière. Cette loi s'applique aux recours et contestations par voie d'action dans le domaine des assurances sociales (art. 2 al. 1 let. c LPA-VD). La Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal, qui succède au Tribunal des assurances, est ainsi compétente pour statuer dans la présente cause (art. 93 al. 1 let. a LPA-VD).
2.
a)
Une décision de renvoi prise par le Tribunal fédéral lie le Tribunal cantonal; celui-ci doit ainsi fonder sa nouvelle décision sur les considérants de droit par lesquels le Tribunal fédéral a motivé le renvoi (ATF 135 III 334 et les références citées; TF 4A_603/2009 du 9 juin 2010 consid. 1.3). En l'occurrence, compte tenu de l'arrêt rendu par le Tribunal fédéral le 26 octobre 2009 (cause 8C_311/2009), il s'agit d'examiner le caractère adéquat du lien de causalité entre l'accident du 12 juillet 2002 et les troubles de santé présentés par l'assurée – la causalité naturelle n'étant pas discutable selon la haute Cour pour ce qui est des troubles consécutifs à l'accident – à la lumière des critères posés à l'ATF 134 V 109, afin de déterminer le droit éventuel de la recourante à une rente d'invalidité de la part de l'intimée.
Cela étant, la recourante soutient, du moins à titre principal, que ces critères ne sont applicables dans le cas présent, dans la mesure où l'incapacité de travail de 10% retenue ne tient compte que de la part organique du syndrome douloureux chronique post traumatique du rachis cervical. Or, ainsi que l'a relevé le Tribunal fédéral, le dossier médical ne permet pas de conclure à la persistance de troubles physiques objectivables pouvant être consécutifs à l'accident, notamment en raison de l'absence d'atteinte osseuse et neurologique ainsi que d'une chronification des douleurs (arrêt du Tribunal fédéral du 26 octobre 2009, consid. 3.2). Force est ainsi de constater que la jurisprudence précitée est applicable en l'espèce, en l'absence de preuve d'un déficit organique objectivable.
b)
Le Tribunal fédéral a exposé que les faits constatés par la juridiction cantonale ne permettaient pas de vérifier si les critères de l'ATF 134 V 109 étaient ou non réalisés et a renvoyé la cause à l'autorité de céans pour qu'elle les complète. L'état de fait a ainsi été complété sur la base du dossier, les parties, dûment interpellées, n'ayant pas requis de mesures d'instruction complémentaires et le dossier étant suffisamment instruit sur le plan médical, ainsi qu'on le verra dans les considérants qui suivent.
c)
Le droit à une indemnité pour atteinte à l'intégrité (IPAI) n'est plus litigieux, cette prestation ayant été reconnue à l'assurée à hauteur de 10% dans le jugement du 13 octobre 2008 du Tribunal des assurances, ce qui n'a pas été contesté devant le Tribunal fédéral.
3.
a)
En vertu de l'art. 4 LPGA (loi fédérale du 6 octobre 2000 sur la partie générale du droit des assurances sociales, RS 830.1), est réputé accident toute atteinte dommageable, soudaine et involontaire, portée au corps humain par une cause extérieure extraordinaire qui compromet la santé physique, mentale ou psychique ou qui entraîne la mort. Aux termes de l'art. 6 al. 1 LAA (loi fédérale du 20 mars 1981 sur l'assurance-accidents, RS 832.20), si la loi n'en dispose pas autrement, les prestations d'assurance sont allouées en cas d'accident professionnel, d'accident non professionnel et de maladie professionnelle.
Le droit à des prestations d'assurance suppose, entre l'événement dommageable de caractère accidentel et l'atteinte à la santé, un lien de causalité naturelle mais aussi adéquate. Il faut que, d'après le cours ordinaire des choses et l'expérience de la vie, l'accident soit propre à entraîner un effet du genre de celui qui s'est produit, la survenance de ce résultat paraissant de façon générale favorisée par une telle circonstance (ATF 129 V 177 consid. 3.2 p. 181 et les références citées), au point que le dommage puisse encore équitablement être mis à la charge de l'assurance-accidents eu égard aux objectifs poursuivis par la LAA (ATF 123 V 98 consid. 3 et les références; TF 8C_336/2008 du 5 décembre 2008 consid. 3.1).
b)
La jurisprudence a posé plusieurs critères pour juger du caractère adéquat du lien de causalité entre un accident et les troubles d'ordre psychique développés ensuite par la victime. Elle a tout d'abord classé les accidents en trois catégories, en fonction de leur déroulement: les accidents insignifiants ou de peu de gravité (chute banale); les accidents de gravité moyenne et les accidents graves. Pour procéder à cette classification, il convient non pas de s'attacher à la manière dont l'assuré a ressenti et assumé le choc traumatique, mais bien plutôt de se fonder, d'un point de vue objectif, sur l'événement accidentel lui-même. Il convient de se fonder sur différents critères, qui ne doivent pas être tous réunis pour que la causalité adéquate soit admise. Un seul d'entre eux peut être suffisant, notamment si l'on se trouve à la limite de la catégorie des accidents graves. Inversement, en présence d'un accident se situant à la limite des accidents de peu de gravité, les circonstances à prendre en considération doivent se cumuler ou revêtir une intensité particulière pour que le caractère adéquat du lien de causalité soit admis (ATF 115 V 140 consid. 6c/aa et 409 consid. 5c/aa et les références citées; TFA U 7/06 du 29 septembre 2006 consid. 4.1).
c)
Dans un arrêt récent (ATF 134 V 109, précité; TF 8C_428/2007 du 9 juillet 2008 consid. 5.1; TF 8C_406/2009 du 9 avril 2010 consid. 4.2.2), le Tribunal fédéral a précisé sur plusieurs points sa jurisprudence au sujet de la relation de causalité entre des plaintes et un traumatisme de type "coup du lapin" ou un traumatisme analogue à la colonne cervicale ou encore un traumatisme cranio-cérébral, sans preuve d'un déficit organique objectivable. Selon cet arrêt, il y a lieu de s'en tenir à une méthode spécifique pour examiner le lien de causalité adéquate en présence de tels troubles (consid. 7 à 9 de l'arrêt précité). Par ailleurs, le Tribunal fédéral n'a pas modifié les principes qui ont fait leur preuve, à savoir la nécessité, d'une part, d'opérer une classification des accidents en fonction de leur degré de gravité et, d'autre part, d'inclure, selon la gravité de l'accident, d'autres critères lors de l'examen du caractère adéquat du lien de causalité (consid. 10.1). Cependant, il a modifié en partie les critères à prendre en considération lors de l'examen du caractère adéquat du lien de causalité (consid. 10). Ces critères sont désormais formulés de la manière suivante:
• les circonstances concomitantes particulièrement dramatiques ou le caractère particulièrement impressionnant de l'accident (inchangé);
• la gravité ou la nature particulière des lésions (inchangé);
• l'administration prolongée d'un traitement médical spécifique et pénible (formulation modifiée);
• l'intensité des douleurs (formulation modifiée);
• les erreurs dans le traitement médical entraînant une aggravation notable des séquelles de l'accident (inchangé);
• les difficultés apparues au cours de la guérison et les complications importantes (inchangé);
• l'importance de l'incapacité de travail en dépit des efforts reconnaissables de l'assuré (formulation modifiée).
4.
a)
En l'espèce, au vu de son déroulement et de ses conséquences immédiates, l'accident du 12 juillet 2002 doit être classé dans la catégorie des accidents de gravité moyenne, sans qu'il ne soit à la limite des accidents graves (à titre de comparaison: ATF 115 V 133 consid. 6; 115 V 403 consid. 5; TF 8C_60/2008 du 6 août 2008 consid. 5; TF 8C_541/2007 du 1
er
juillet 2008 consid. 4.3). En effet, selon le rapport de police du 20 juillet 2002 et le rapport du 28 novembre 2002 établi par l'assureur de l'employeur de l'assurée, le véhicule qui avait percuté la voiture de l'intéressée circulait à une vitesse de 40 km/h environ (l'assurée ayant estimé que la vitesse était supérieure) et n'a pas pu empêcher l'impact malgré un freinage d'urgence; la voiture de l'assurée, dont l'airbag n'a pas fonctionné, a subi un dommage partiel, le montant des réparations de carrosserie s'élevant à 7'679 fr. On précisera que la manière dont l'assurée a ressenti ou assumé le choc traumatique n'est pas déterminante. Par ailleurs, si l'assurée a immédiatement ressenti des douleurs, notamment à la tête et à la nuque, et qu'elle a dû recevoir des soins aux urgences du CHUV, elle n'a pas perdu connaissance suite au choc, n'a pas été victime de fracture et a recouvré une capacité de travail à 50% dès le 26 août 2002.
aa)
Compte tenu des pièces versées au dossier, les circonstances concomitantes de l'accident n'étaient pas particulièrement dramatiques et celui-ci n'a pas revêtu un caractère particulièrement impressionnant. Il s'agit en effet d'un accident classique de collision par l'arrière, soit de type "coup du lapin", n'ayant au demeurant pas causé de dégâts matériels réellement importants ni de blessures graves immédiates (par exemple des fractures). S'agissant des moyens dont se prévaut la recourante dans ses déterminations du 15 janvier 2010, on relèvera que si le véhicule percutant pouvait certes circuler à une vitesse de 50 km/h au moment de l'impact, il ne s'agit pas d'un indice permettant de remettre en cause ce qui précède. Une expertise biomécanique n'est en outre à ce sujet pas nécessaire.
bb)
A la suite de l'accident du 12 juillet 2002, l'assurée a certes présenté plusieurs affections, notamment des cervicalgies, des rachialgies diffuses, des céphalées, des vertiges et des troubles psychiques, ainsi que l'a retenu, en particulier, le Dr M._ (rapport du 3 février 2003). Il s'agit toutefois, à l'évidence, de lésions typiques des accidents de type "coup du lapin" (ATF 117 V 359 consid. 4b; TF U 428/06 du 30 octobre 2007 consid. 3.1). Or, s'agissant précisément de la gravité ou de la nature particulière des lésions, un diagnostic de lésions de type coup du lapin ne suffit pas à lui seul pour admettre que ce critère est réalisé; il faut que les douleurs typiques soient particulièrement intenses, ou que des circonstances très particulières aient influencé le tableau clinique (Jean-Michel Duc, La jurisprudence des assurances sociales concernant les traumatismes cervicaux, in RSAS 2008, p. 62 ss et les arrêts cités). De plus, l'assurée n'a pas subi de blessures particulièrement graves ou menaçantes pour la vie et n'a pas été victime de lésions neurologiques ou organiques, le Dr V._ ayant relevé, suite à des examens complémentaires (consilium neurologique, bilan radiologique du rachis cervical et du sacrum, IRM cervicale), que l'évolution était favorable et qu'il n'y avait pas de lésions anatomiques macroscopiques au niveau du rachis cervical. Les Drs X._, F._ et E._ ont du reste relevé que l'intensité des douleurs était
partiellement subjective, avec une probable composante psychologique surajoutée (rapport du 16 mai 2008).
Si les troubles psychiques subis par l'assurée peuvent sembler importants, du moins selon le rapport du 28 août 2006 du Dr T._, on relèvera que l'avis de ce médecin a été écarté par le Tribunal des assurances au profit de celui des médecins de la clinique R._ (jugement du 13 octobre 2008, consid. 6b/bb) et que le Tribunal fédéral ne s'est basé, pour déterminer l'état de santé de l'assurée, que sur l'avis des médecins de ladite clinique (arrêt du 26 octobre 2009, consid. 3.1). Sur ce point, les Drs X._, F._ et E._, de la clinique R._, ont retenu que la capacité de travail était entière du point de vue psychiatrique, que sur le plan psychique le statu quo sine avait été atteint durant l'été 2003 et que
l'anxiété généralisée de l'assurée était une affection
probablement chronique (rapport du 16 mai 2008). De plus, le Dr J._, a explicitement précisé que ses confrères de la clinique R._ s'écartaient "complètement" des conclusions du Dr T._ et qu'ils maintenaient leurs conclusions (rapport du 18 août 2008).
On retiendra donc que les lésions subies, tant somatiques que psychiques, n'étaient pas graves et qu'elles ne revêtaient pas une nature particulière.
cc)
Le traitement prodigué à l'assurée, de juillet 2002 à fin 2003, a consisté principalement en de la physiothérapie et de la rééducation physique dans un contexte de déconditionnement global avec prise de médicaments, de consultations psychiatriques pour état de stress post-traumatique avec prise d'antidépresseurs et d'une prise en charge à la clinique romande de réadaptation à Sion, du 6 au 28 janvier 2003. L'assurée a par la suite bénéficié de séances de rééducation pour atténuer ses cervicalgies. Dans ces conditions, et quand bien même l'assurée a bénéficié de plusieurs approches thérapeutiques pour soigner ses problèmes de santé, on ne saurait parler d'administration prolongée d'un traitement médical spécifique et pénible, ce d'autant plus que le Dr V._, après des examens neurologiques, radiologiques et une IRM cervicale, a mis en évidence une évolution favorable (rapport du 28 août 2003) et que le Dr K._ a attesté de la disparition des symptômes anxieux majeurs en moins de six mois, précisant que le traitement proprement dit de l'état de stress post-traumatique lié à l'accident était terminé (rapport du 22 octobre 2003).
dd)
Si l'assurée a pu ressentir des douleurs physiques importantes, notamment à la nuque et à la tête dans les suites immédiates de l'accident du 12 juillet 2002, on ne saurait dire que ces douleurs, par la suite, étaient particulièrement intenses. En effet, les différents médecins qui ont examiné l'assurée n'ont pas relevé que les douleurs revêtaient une intensité particulière; le Dr V._ a au contraire constaté que les vertiges s'étaient amendés depuis mars 2003 (rapport du 28 juillet 2003) puis signalé une évolution favorable (rapport du 28 août 2003). Lors de son examen du 19 avril 2005, le Dr W._ n'a du reste plus fait état de douleurs physiques résultant de l'accident (rapport du 21 avril 2005). Par ailleurs, il n'y a pas eu d'erreur dans le traitement médical qui aurait entraîné une aggravation notable des séquelles de l'accident.
ee)
Au vu du dossier, il semble ne pas y avoir eu de difficultés apparues au cours de la guérison ni de complications importantes, étant donné que les douleurs sont progressivement allées en diminuant depuis mars 2003, même si le Dr D._ a établi une liste des médicaments dont l'assurée n'a pas supporté les effets secondaires (certificat médical du 15 décembre 2009). Sur ce dernier point, on relèvera, comme indiqué par le Tribunal fédéral, qu'il y a vraisemblablement un abus chronique d'analgésiques de la part de l'assurée (arrêt du 26 octobre 2009, consid. 3.2). Du point de vue psychique, la recourante a certes présenté un état de stress post-traumatique peu après son accident, mais le Dr K._ a attesté de la disparition des symptômes anxieux majeurs en moins de six mois, précisant que le traitement proprement dit de l'état de stress post-traumatique lié à l'accident était terminé (rapport du 22 octobre 2003). Les médecins de la clinique R._ ont pour leur part retenu qu'il n'y avait pas d'incapacité de travail sur le plan psychique.
ff)
Enfin, le Dr D._ a retenu que l'incapacité de travail avait été de 100% du 12 juillet au 25 août 2002, de 50% du 26 août au 7 novembre 2002, de 100% du 8 au 17 novembre 2002, de 50% du 18 novembre 2002 au 4 mai 2003, et de 25% dès le 5 mai 2003 (rapport du 21 avril 2005). L'assurée a été en mesure de reprendre son activité professionnelle à 50% dès le 26 août 2002, puis à 75% le 5 mai 2003, avant de connaître quelques brèves périodes d'incapacité de travail. On relèvera que les Drs X._, F._ et E._ ont indiqué qu'on pouvait escompter une légère augmentation de la capacité de travail, jusqu'à atteindre un taux de 80% pour un plein temps (rapport du 16 mai 2008, p. 43). Dans ces conditions, l'assurée semble avoir fourni des efforts en vue de recouvrer, à tout le moins partiellement, sa capacité de travail. Ce seul critère, dans la mesure où il devait être considéré comme étant réalisé, ne saurait toutefois être déterminant.
b)
En conséquence, à l'aune des critères applicables en matière d'accident de
type "coup du lapin" sans preuve d'un déficit organique objectivable, on retiendra que les troubles de santé de l'assurée ne sont pas en relation de causalité adéquate avec l'accident du 12 juillet 2002. Il s'ensuit que la recourante n'a pas droit à une rente d'invalidité de la part de l'intimée.
c)
Il n'y a dès lors pas lieu de se prononcer sur les autres arguments présentés par les parties, ni sur la fixation du taux d'invalidité, étant donné que la recourante n'a pas droit à la prestation litigieuse.
5.
Partant, le recours doit être rejeté, étant donné que le présent litige est limité à la question de la rente d'invalidité, à laquelle la recourante n'a pas droit. Il ne sera pas perçu de frais de justice, la procédure étant gratuite (art. 61 let. a LPGA) ni alloué de dépens, vu l'issue du présent litige (art. 61 let. g LPGA).