Decision ID: ebf9c416-489b-5983-943b-7b96f1ac8619
Year: 2013
Language: fr
Court: GE_CJ
Chamber: GE_CJ_013
Canton: GE
Region: Région lémanique
Law Area: public_law

EN FAIT
1) I_ S.A., gestion financière privée (ci-après : la contribuable, la société ou la recourante) est une société anonyme qui a été inscrite au registre du commerce de Genève le _ 1982. Elle a pour but la gestion de biens mobiliers et immobiliers confiés par la clientèle auprès de banques ou d'autres établissements financiers ainsi que le conseil en matière de gestion financière, commerciale, fiscale et juridique. Monsieur O_ en est l'administrateur président et délégué avec signature individuelle.
2) Le litige concerne une procédure de rappel d'impôt pour soustraction à l'impôt fédéral direct (ci-après : IFD) et à l'impôt cantonal et communal (ci-après : ICC) pour la période 2004 à 2008.
3) Le 6 novembre 2009, l'administration fédérale des contributions, division principale de la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après : l'AFC-CH) a informé la contribuable du résultat d'un contrôle couvrant la période 2004 au 31 mars 2009. Le contrôle portait notamment sur l'utilisation à des fins privées d'un véhicule de la société. Selon le relevé annexé, cette part s'élevait à CHF 14'554.- en 2004, 2005 et 2006 et à CHF 11'643.- en 2007 et 2008.
4) L'administration fiscale cantonale (ci-après : l'AFC-GE) a informé la contribuable le 4 juin 2010 de l'ouverture d'une procédure en rappel et soustraction d'impôt pour les années 2004 à 2008, l'AFC-CH lui ayant communiqué la comptabilisation de charges non justifiées par l'usage commercial sous forme de parts privées (frais de véhicule). Elle envisageait d'effectuer des reprises sur bénéfice à hauteur de CHF 13'686.- pour 2004, 2005 et 2006 et de CHF 11'643.- pour 2007 et 2008.
5) Le 11 juin 2010, la contribuable a contesté l'ouverture des procédures en rappel et soustraction d'impôt. Les erreurs vraisemblablement commises dans l'établissement de certificats de salaire s'agissant de frais de véhicule n'étaient pas intentionnelles.
6) L'AFC a informé la contribuable le 3 septembre 2010 de la clôture de la procédure et lui a notifié les suppléments d'impôt suivants :
IFD
Année fiscale 2004 2005 2006 2007 2008
Rappel d'impôt 1'164,50 1'164,50 1'164,50 986.- 986.-
Intérêts de retard 242,95 202,20 161,45 102,15 62,75.
ICC
Année fiscale 2004 2005 2006 2007 2008
Rappel d'impôt 3'214,85 3'214,80 3'213,50 2'733,75 2'734,90
Intérêts de retard 468,15 371,70 278,35 156,15 68,70.
Les suppléments d'impôt étaient accompagnés de deux bordereaux d'amende. Leur montant correspondait aux droits éludés, soit CHF 5'465.- pour l'IFD et CHF 15'111.- pour l'ICC.
7) Le 1
er
octobre 2010, la société a formé réclamation contre tous les bordereaux précités. L'AFC-GE avait passé sous silence sa détermination du 11 juin 2010. La communication de l'AFC-CH ne faisait pas mention de frais non justifiés par l'usage commercial. La part privée de la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après : TVA) ne pouvait être assimilée à une prestation appréciable en argent ou à un salaire en nature. Les frais de véhicule étaient justifiés par l'usage commercial. Elle n'avait pas procédé à une déclaration d'impôt inexacte et les bordereaux devaient être annulés. Dans l'hypothèse inverse, l'amende devait être réduite au tiers du montant soustrait.
8. L'AFC-GE a rejeté la réclamation le 22 octobre 2010. L'utilisation à des fins privées du véhicule de l'entreprise constituait une distribution dissimulée de bénéfice qui devait être intégrée au bénéfice imposable. Les conditions relatives à l'existence d'une prestation appréciable en argent étaient remplies, les relations que la société concluait avec ses actionnaires ou leurs proches devant respecter le prix de pleine concurrence. En l'espèce, l'utilisation du véhicule à des fins privées allait au-delà du simple trajet du domicile au travail.
9. Le 24 novembre 2010, la contribuable a recouru devant la commission cantonale de recours en matière administrative (remplacée le 1
er
janvier 2011 par le Tribunal administratif de première instance, ci-après : TAPI) en reprenant les arguments et les conclusions contenus dans sa réclamation. La problématique des véhicules d'entreprise utilisés à des fins privées n'avait été communiquée que le 22 septembre 2009 seulement par la diffusion d'une directive qui n'était applicable que depuis l'année 2010 et qui ne liait pas les tribunaux.
10. L'AFC-GE a conclu au rejet du recours le 15 juillet 2011. Les reprises se fondaient sur une directive prévoyant que la part privée mensuelle sur la valeur d'un véhicule considérée comme normale, soit jusqu'à CHF 100'000.-, s'élevait à 0,8 %. La part mensuelle du prix d'achat excédant ce montant, considéré comme partie luxe du véhicule, était de 0,4 %.
Aucun montant n'avait été porté sous la rubrique « part privée voiture de service » dans les certificats de salaire de M. O_ pour les années 2004 à 2008. Des frais forfaitaires avaient été indiqués en 2007 et 2008 alors que l'intéressé utilisait le véhicule à des fins privées et professionnelles. La remise des bordereaux litigieux résultait de la comptabilisation de charges non justifiées par l'usage commercial.
11. Le TAPI a partiellement admis le recours le 23 janvier 2012. L'ouverture de la procédure en rappel d'impôt était justifiée, compte tenu des éléments transmis à l'AFC-GE par l'AFC-CH. Les prestations qu'une société anonyme accordait sans contreprestation à ses actionnaires ou à des personnes les touchant de près n'étaient pas justifiées par l'usage commercial et devaient être ajoutées à son rendement. La contribuable avait mis à disposition de son administrateur président un véhicule d'une valeur de CHF 142'751.-. La nécessité de l'achat d'un tel véhicule et de sa mise à disposition pour des motifs autres qu'une pure convenance personnelle n'avait pas été démontrée. L'AFC-GE ayant appliqué pour 2004, 2005 et 2006 un taux de 0,8 % par mois sur la part du prix d'achat excédant CHF 100'000.- au titre de la part privée mensuelle sur la partie luxe du véhicule, au lieu de 0,4 %, le montant des reprises fiscales pour ces années devait être rectifié et fixé à CHF 11'643.- au lieu de CHF 13'686.-. L'amende était justifiée, mais son montant pour les années 2004, 2005 et 2006 devait être recalculé pour tenir compte de la rectification des reprises sur bénéfice. Le dossier a été renvoyé à l'AFC-GE pour nouvelle décision de taxation et d'amende.
12. Le 9 février 2012, la société a déposé auprès du TAPI une demande de reconsidération, d'interprétation et de correction d'erreur de calcul du jugement précité et demandé une rectification du calcul de la part privée d'utilisation du véhicule pour le montant excédant CHF 100'000.- en limitant celle-ci à CHF 2'043.- au lieu de CHF 11'643.-.
13. Le TAPI a rejeté la demande le 13 février 2012, le jugement ne comportant pas d'erreur quant aux montants retenus.
14. La société a recouru le 8 mars 2012 auprès de la chambre administrative de la Cour de justice (ci-après : la chambre administrative) et conclu principalement à l'annulation du jugement du TAPI, subsidiairement à la réduction du montant des reprises et des amendes.
Le TAPI ne s'était pas prononcé sur les points contenus dans le recours, ce qui constituait un déni de justice. La part privée pour les fais de véhicule ne constituait pas une augmentation de bénéfice, mais une charge déductible au titre de composante salariale justifiée par l'usage commercial, sauf si elle concernait un actionnaire ou un proche de celui-ci et si ce dernier percevait un salaire excessif. Or, M. O_ n'était ni actionnaire, ni proche d'un actionnaire et son salaire n'était pas excessif. La société n'avait pas violé d'obligations comptables et fiscales, aucune disposition légale n'exigeant la comptabilisation séparée de la part privée relative aux frais de véhicules. La directive utilisée pour calculer les reprises n'avait été communiquée que le 22 septembre 2009. Aucune directive n'avait été émise antérieurement sur le traitement fiscal des véhicules d'entreprise utilisés à des fins privées, les instructions précédentes ne concernant que les indépendants et non les salariés. La directive appliquée ne pouvait déployer d'effet rétroactif. La part privée liée à l'utilisation du véhicule de la société ayant été déclarée pour 2007, aucune reprise ne devait être effectuée pour cette année. En outre, si une reprise fiscale devait être retenue, son montant devait être de CHF 2'043.- par an et l'amende réduite à 50 %, voire 75 % du montant de l'impôt. La société n'avait eu aucune intention dolosive.
15. Le 28 mars 2012, le TAPI a déposé son dossier et indiqué n'avoir pas d'observations à formuler.
16. L'AFC-GE a conclu le 25 avril 2012 au rejet du recours.
17. Le 7 mai 2012, le juge délégué a fixé aux parties un délai au 15 juin suivant pour formuler toute requête complémentaire, après quoi la cause serait gardée à juger.
18. La recourante a indiqué le 14 juin 2012 que la réponse de l'AFC-GE mentionnait une communication de l'AFC-CH du 26 février 2010 qui, contrairement aux règles de la bonne foi, ne lui avait pas été transmise antérieurement et qui présentait des contradictions avec les documents qui lui avaient été remis à l'issue du contrôle TVA.
19. Le 28 juin 2012, l'AFC-GE a indiqué ne pas avoir d'observation complémentaire à formuler.
20. Sur quoi, la cause a été gardée à juger.

EN DROIT
1. Interjeté en temps utile devant la juridiction compétente, le recours est recevable (art. 132 de la loi sur l'organisation judiciaire du 26 septembre 2010 - LOJ -
E 2 05
; art. 2 al. 2 de la loi de procédure fiscale du 4 octobre 2001 - LPFisc -
D 3 17
cum
art. 62 al. 1 let. a de la loi sur la procédure administrative du 12 septembre 1985 - LPA -
E 5 10
).
2. a. La recourante reproche au TAPI de ne pas s'être prononcé sur les arguments exposés dans son recours.
Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale du 18 avril 1999 (Cst. -
RS 101
) implique notamment pour l'autorité l'obligation de motiver sa décision afin que son destinataire puisse la comprendre et la contester utilement s'il y a lieu et que la juridiction de recours soit en mesure d'exercer son contrôle à bon escient. Le droit d'être entendu ne contient pas l'obligation de discuter tous les faits, griefs et moyens de preuve invoqués par les parties. Il suffit que le juge traite ceux qui lui paraissent pertinents pour l'issue du litige (ATF
138 IV 81
consid. 2.2 p. 84 ;
134 I 83
consid. 4.1 p. 88 ;
ATA/283/2011
du 10 mai 2011 consid. 3a et les références citées). La motivation est suffisante lorsque l'autorité mentionne au moins brièvement les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision (ATF
137 II 266
consid. 3.2 p. 270 ;
136 I 229
consid. 5.2 p. 236). Elle peut être implicite et résulter des considérants de la décision. Le droit d'être entendu n'est violé que si l'autorité ne satisfait pas à son devoir minimum d'examiner et de traiter les problèmes pertinents (Arrêts du Tribunal fédéral
5A_807/2012
du 6 février 2013 consid. 4.2.1 ;
2C_23/2009
du 25 mai 2009 consid. 3.1, in RDAF 2009 II p. 434).
b. Le jugement querellé analyse point par point les éléments qui ont conduit à l'ouverture de la procédure en rappel et soustraction d'impôt. Il expose en quoi la société a gratuitement mis à disposition de son administrateur président un véhicule de luxe et en quoi cette prestation constitue une distribution dissimulée de bénéfice, aucun élément des comptes joints à la déclaration de la contribuable ne permettant à l'AFC- GE de se rendre compte de l'acquisition de ce véhicule et de son utilisation par un membre de la direction. Les éléments dont la recourante conteste la pertinence permettent d'expliciter, références doctrinales et jurisprudentielles à l'appui, le raisonnement par lequel les premiers juges lui ont en définitive partiellement donné raison. La démarche suffit amplement à assurer le respect du droit d'être entendu. Le grief doit par conséquent être rejeté.
3. a. Aux termes de l'art. 57 de la loi sur l'impôt fédéral direct du 14 décembre 1990 (LIFD -
RS 642.11
), l'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net. Selon l'art. 58 al. 1 LIFD, le bénéfice net imposable comprend notamment le solde du compte de résultats (let. a), tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultats qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial (let. b), ainsi que les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats (let. c). Au nombre des prélèvements au sens de la lettre b de cette disposition figurent les distributions dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial.
b. En définissant le bénéfice imposable par renvoi au solde du compte de résultats, l'art. 58 al. 1 let. a LIFD énonce le principe de l'autorité du bilan commercial, selon lequel celui-ci est déterminant en droit fiscal. Les comptes établis conformément aux règles du droit commercial lient les autorités fiscales. L'autorité fiscale peut toutefois s'écarter du bilan remis par le contribuable lorsque des dispositions impératives du droit commercial sont violées ou que des normes fiscales correctrices l'exigent (ATF
137 II 353
consid. 6.2 p. 359 ; arrêts du Tribunal fédéral
2C_499/2011
du 9 juillet 2012 consid. 4.4 ;
2C_895/2008
du 9 juin 2009 consid. 2.1, in RDAF 2009 II p. 522).
Selon la jurisprudence, il y a prestation appréciable en argent - également qualifiée de distribution dissimulée de bénéfice qui doit être réintégrée dans le bénéfice imposable de la société au sens de l'art. 58 al. 1 let. b LIFD - lorsque quatre conditions sont réalisées : 1) la société fait une prestation sans obtenir de contre-prestation correspondante ; 2) cette prestation est accordée par la société à un actionnaire ou à une personne la ou les touchant de près ; 3) la prestation n'aurait pas été accordée dans de telles conditions à un tiers ; 4) la disproportion entre la prestation et la contre-prestation est manifeste, de sorte que le caractère insolite de la prestation est reconnaissable par les organes de la société (Arrêts du Tribunal fédéral
2C_645/2012
du 13 février 2013 consid. 3.1 ;
2C_421/2009
du 11 janvier 2010 consid. 3.1 ;
ATA/633/2011
du 11 octobre 2011 consid. 6 ;
ATA/152/2011
du 8 mars 2011 consid. 4d ; X. OBERSON, Droit fiscal suisse, 4
e
éd., Bâle 2012, p. 236 n° 41 et les autres références citées). D'après la jurisprudence, il ne s'agit pas d'examiner si les parties ont reconnu la disproportion, mais plutôt si elles auraient dû la reconnaître (E. MELLER/J. SALOM, Le salaire excessif en droit fiscal suisse, RDAF 2011 II, p. 105, 110 et les références citées).
c. La justification commerciale d'une dépense dépend de son contexte. Sa nécessité effective n'est pas déterminante. Il suffit qu'il existe un rapport de causalité objectif entre la dépense et le but économique de l'entreprise. Le lien de causalité existe lorsque la dépense aurait été consentie par un gestionnaire ordinaire faisant preuve de la diligence objective requise par le droit commercial. Tel n'est pas le cas des dépenses encourues pour l'entretien et l'amortissement de biens acquis par la société qui ne servent qu'à l'entretien de l'actionnaire ou à son propre plaisir. Dans ce cas, la société grève indûment son compte de résultats en prenant à sa charge des dépenses privées sous couvert de frais de représentation (Arrêts du Tribunal fédéral
6B_435/2011
du 20 décembre 2011 consid. 5.3 ;
2P.195/2005
et
2A.473/2005
du 16 février 2006 consid. 3.2 et les autres références citées).
Les prestations appréciables en argent peuvent apparaître de diverses façons comme l'accroissement injustifié des frais généraux ou la comptabilisation insuffisante d'un produit. Le versement d'un salaire disproportionné accordé à un actionnaire-directeur constitue une situation classique de distribution dissimulée de bénéfice (Arrêt du Tribunal fédéral
2C_421/2009
du 11 janvier 2010 et les références citées ;
ATA/25/2013
du 15 janvier 2013 consid. 5), au même titre que l'octroi d'un loyer de faveur ou d'un prêt (OBERSON, op. cit., p. 236 s., n° 42 et 44).
4. a. L'art. 151 al. 1 LIFD prévoit que, lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque-là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Il y a motif à rappel d'impôt lorsque l'autorité découvre des faits ou des moyens de preuve qui ne ressortaient pas du dossier dont disposait l'autorité fiscale au moment de la taxation (Arrêts du Tribunal fédéral
2C_610/2012
du 1
er
février 2013 consid. 7 ;
2C_724/2010
du 27 juillet 2011 consid. 8.1 et les autres arrêts cités, in RDAF
2012 II 37
).
Conformément aux règles sur le fardeau de la preuve, il appartient au contribuable d'établir que la prestation constitue une charge justifiée par l'usage commercial. S'il ne saurait être question que les autorités fiscales se prononcent sur l'opportunité de tel poste de charges en substituant leur propre appréciation à celle de la direction de l'entreprise, la société contribuable doit prouver que les prestations en question sont justifiées par l'usage commercial afin que les autorités fiscales puissent s'assurer que seuls des motifs commerciaux, et non les étroites relations personnelles et économiques entre la société et le bénéficiaire de la prestation ont conduit à l'octroi de cette dernière (Arrêt du Tribunal fédéral
2C_386/2012
du 16 novembre 2012 consid. 5 et les références citées).
b. Le jugement querellé se réfère aux cinq lois genevoises sur l'imposition des personnes physiques des 31 août et 22 septembre 2000 pour soutenir que leur contenu est identique à la LIFD et que les questions litigieuses sont en l'occurrence les mêmes. Le cas d'espèce ne concerne toutefois pas l'imposition sur le revenu d'une personne physique, mais l'impôt sur le bénéfice d'une personne morale. L'inadvertance ne prête pas à conséquence, dès lors que la loi sur l'imposition des personnes morales du 23 septembre 1994 (LIPM -
D 3 15
) applicable au cas d'espèce contient, en ses art. 11 et 12, une réglementation comparable aux art. 57 et 58 LIFD tels qu'appliqués par le TAPI (Arrêt du Tribunal fédéral
2C_603/2012
du 10 décembre 2012 consid. 8 ;
ATA/152/2011
précité, consid. 4c).
Il s'ensuit que les mêmes principes sont applicables à l'IFD et à l'ICC. Il en va de même en ce qui concerne l'art. 59 al. LPfisc relatif au rappel d'impôt, qui a la même teneur que l'art. 151 al. 1 LIFD. Comme l'a relevé le TAPI, il peut ainsi être renvoyé, s'agissant de l'ICC, à la motivation développée en matière d'IFD.
5. a. La recourante fait valoir qu'elle n'a pas contrevenu à des obligations comptables ou fiscales en l'absence de disposition légale concernant la comptabilisation séparée de la part privée relative aux frais de véhicules.
b. Il est établi et non contesté que la société a, gratuitement, mis à disposition de son administrateur président un véhicule d'une valeur de CHF 142'571.-. En application des standards résultant de la loi et de la jurisprudence, il s'agit d'un véhicule de luxe, dont l'utilisation présente des caractéristiques de confort et de puissance qui ne sont pas justifiées par l'usage commercial. La société, à qui incombe le fardeau de la preuve, n'a pas démontré que cet emploi ressortirait à l'accomplissement d'une quelconque tâche professionnelle, pas plus qu'elle n'a exposé en quoi l'usage d'un véhicule de ce genre serait indispensable à la marche de ses affaires. Le bénéficiaire du véhicule est par ailleurs une personne qui entretient, en raison de sa fonction et de ses activités, un rapport particulièrement étroit et intense avec la contribuable, même s'il n'en est pas actionnaire.
Il est également établi que les éléments ayant fait l'objet des reprises n'avaient pas été déclarés dans le cadre de l'imposition sur le bénéfice. L'AFC-GE était fondée à ouvrir une procédure de rappel d'impôt sur la base des éléments portés à sa connaissance par l'AFC-CH. Il apparaît par ailleurs que, si des frais forfaitaires liés à l'emploi d'un véhicule ont été portés sur certains certificats de salaire de l'administrateur président, aucune mention relative à des parts privées n'a été indiquée. S'agissant du certificat 2007, les frais indiqués sont forfaitaires et doivent être distingués de ceux qui sont liés à l'utilisation d'un véhicule de la société. C'est donc à tort que la recourante prétend avoir porté cette mention. La reprise d'impôt sur le bénéfice s'avère dans ces conditions justifiée et c'est à bon droit que l'utilisation privée du véhicule a été taxée.
6. a. Selon la recourante, aucune base légale ne permet de taxer la mise à disposition d'un véhicule de luxe pour la période antérieure à l'année 2009.
b. Le principe de la taxation d'une prestation appréciable en argent repose sur les art. 57 et 58 LIFD. La taxation de l'utilisation privée de véhicules de luxe appartenant à des sociétés commerciales est connue de longue date non seulement en matière de TVA, mais aussi pour les impôts directs (Arrêt du Tribunal fédéral
2C_645/2012
précité, consid. 9.2, avec la référence à l'arrêt
2P.195/2005
et
2A.473/2005
précité).
Le Tribunal fédéral a précisé que le mode de calcul consistant à taxer la part privée relative à l'utilisation d'un véhicule de fonction à hauteur de 0,8 % jusqu'à CHF 100'000.-, puis à ajouter une reprise de 0,4 % pour la part excédant ce montant afin de réintégrer cette valeur dans le bénéfice imposable est conforme au droit, même pour la période antérieure à l'introduction du nouveau certificat de salaire, le 1
er
janvier 2007. De même, la jurisprudence a souligné que les principes applicables à TVA tels qu'ils résultent d'une notice applicable à partir du 1
er
janvier 2008 (disponible sur le site www.estv.admin.ch/mwst/dokumentation/00130/00222/index.html?lang=fr) correspondent à une pratique appliquée antérieurement et qu'ils peuvent être mis en oeuvre dans le cadre de l'imposition sur le bénéfice. Au reste, il est toujours loisible à l'employé comme à l'employeur de contester, preuves à l'appui, l'évaluation faite par l'administration fiscale d'avantages en argent tels que la mise à disposition d'une voiture de service utilisée à titre privé (Arrêt du Tribunal fédéral
2C_645/2012
précité, consid. 9).
c. Le jugement querellé énumère de manière détaillée les diverses règles qui permettent à l'AFC-GE de déterminer la taxation de prestations de ce genre. L'application de ces éléments a permis de prendre en compte une valeur qui a conduit à une taxation conforme aux standards de la jurisprudence et qui, en l'occurrence, s'avère en définitive moins élevée sur la part privée dépassant CHF 100'000.- par rapport à ce qu'avait retenu l'AFC-GE.
Le TAPI a en effet appliqué un mode de calcul de la part privée qui tient compte du prix d'achat du véhicule et de son entretien au sens large, en réduisant à 0,4 % par mois la part excédant CHF 100'000.-. Cette modification a conduit à rectifier le montant des reprises sur le bénéfice pour les années 2004, 2005 et 2006 en les faisant passer de CHF 13'686.- à CHF 11'643.-. L'argument tiré de l'absence de base légale s'avère dans ces conditions infondé.
7. a. La recourante fait valoir qu'une reprise calculée uniquement sur la différence entre le prix d'acquisition du véhicule et le montant de CHF 100'000.- au taux de 0,4 % par mois devrait conduire à une reprise annuelle limitée à CHF 2'043.-, et non à CHF 11'643.-.
Le TAPI a exposé que le mode de calcul effectué sur la base d'un taux mensuel de 0,4 % appliqué à la partie luxe du véhicule conduisait à une reprise sur le bénéfice s'élevant à CHF 11'643.- par an pour les années 2004, 2005 et 2006, au lieu du chiffre de CHF 13'686.- retenu par l'AFC-GE. Le montant de CHF 11'643.- résulte de l'addition de CHF 2'043.- pour la taxation spécifique de la partie luxe du véhicule et de CHF 9'600.-. Ce dernier chiffre correspond à la part privée mensuelle du prix d'achat sur la valeur du véhicule considérée comme usuelle, soit jusqu'à CHF 100'000.-.
b. Le mode de calcul consistant à taxer la part privée d'utilisation d'un véhicule de fonction à hauteur de 0,8 %, puis à ajouter une reprise de 0,4 % pour la part excédant CHF 100'000.- est conforme au droit, même pour la période antérieure à l'introduction du nouveau certificat de salaire, le 1
er
janvier 2007.
En limitant la reprise à CHF 2'043.- pour les années 2004, 2005 et 2006, la recourante fait abstraction de la part privée mensuelle sur la valeur du véhicule jusqu'à CHF 100'000.-, soit CHF 9'600.- par année, dont elle ne conteste par ailleurs pas le montant pour les années 2007 et 2008. Ce mode de calcul a d'ailleurs été exposé par l'AFC à la recourante de manière détaillée dans ses écritures du 15 juillet 2011.
Le raisonnement suivi par les premiers juges n'est empreint d'aucune erreur, étant précisé qu'il appartiendra à l'AFC-GE de recalculer la reprise fiscale correspondant aux années considérées. Le grief de la recourante doit par conséquent être rejeté.
c. Il en va de même du grief articulé par la recourante le 14 juin 2012 relatif à la communication par laquelle l'AFC-CH a informé les autorités chargées de l'IFD et de l'ICC du rappel TVA auquel la contribuable a été soumise. Ce document établit que la procédure de rappel TVA a été motivée par l'utilisation à des fins privées du véhicule de l'entreprise par M. O_. Sa transmission à la division principale de l'IFD et à l'AFC-GE a permis d'attirer l'attention sur des montants non déclarés par la société.
La recourante ne pouvait l'ignorer, dès lors que le courrier que lui avait adressé l'AFC-GE le 4 juin 2010 se référait explicitement à la procédure de rappel TVA. Elle prétend ainsi à tort que la communication de l'AFC-CH viole la bonne foi. La recourante ayant eu la possibilité de s'exprimer au sujet des montants qui lui ont été réclamés au titre de la procédure de rappel TVA, elle ne peut pas remettre en cause la communication de l'AFC-CH dans le cadre de la procédure en rappel et soustraction concernant l'IFD et l'ICC.
8. a. Selon l'art. 175 al. 1 LIFD, le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète est puni d'une amende (al. 1). En règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait. Si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée (al. 2). L'art. 69 LPFisc a une teneur identique de sorte que les mêmes principes valent en matière de soustraction aux plans cantonal et fédéral (
ATA/42/2011
du 25 janvier 2011 consid. 4 ;
ATA/715/2010
du 19 octobre 2010 consid. 9).
La réalisation d'une soustraction fiscale suppose la réunion de trois éléments : la soustraction d'un montant d'impôt, la violation d'une obligation légale incombant au contribuable et la faute de ce dernier. Sur le plan subjectif, la soustraction fiscale suppose un agissement intentionnel de l'auteur (Arrêt du Tribunal fédéral
2C_480/2009
du 16 mars 2010 consid. 5.1 et les références citées). Le contribuable doit donc avoir agi intentionnellement, soit avec conscience et volonté. Le dol éventuel suffit ; il suppose que l'auteur envisage le résultat dommageable, mais agit néanmoins parce qu'il s'en accommode au cas où ce dernier se produirait (ATF
130 IV 58
consid. 8.2 p. 61 ; Arrêt du Tribunal fédéral
2C_1007/2012
du 15 mars 2013 consid. 5.1).
b. La prévention d'un comportement intentionnel est considérée comme réalisée en matière de soustraction fiscale lorsqu'il est établi avec une sécurité suffisante que le contribuable était conscient que les informations qu'il a fournies étaient incorrectes ou incomplètes. Si cette conscience est avérée, il faut présumer qu'il a volontairement voulu tromper les autorités fiscales ou, du moins, qu'il a agi par dol éventuel afin d'obtenir une taxation moins élevée. Cette présomption ne se laisse pas facilement renverser, car aucun autre motif pourrait conduire un contribuable à fournir au fisc des informations incorrectes ou incomplètes (ATF
114 Ib 27
consid. 3a p. 29 ; Arrêt du Tribunal fédéral
2A.607/2006
du 24 avril 2007 consid. 3.3).
c. Selon la jurisprudence constante, l'autorité doit faire preuve de sévérité afin d'assurer le respect de la loi. Elle jouit d'un large pouvoir d'appréciation pour infliger une amende et en fixer le montant. L'autorité de recours ne censure que l'abus du pouvoir d'appréciation (
ATA/42/2011
précité, consid. 6 ;
ATA/693/2009
du 22 décembre 2009 consid. 10a ;
ATA/410/2007
du 28 août 2007 consid. 20 et les autres références citées).
9. a. En l'espèce, la quotité des amendes infligées à la contribuable correspond aux montants de l'IFD et de l'ICC qui ont été éludés, l'infraction ayant été commise par intention, à tout le moins par dol éventuel, aucune circonstance atténuante n'étant réalisée.
La recourante conclut à la réduction de l'amende à hauteur de 50 %, voire 75 %, en faisant valoir qu'aucune erreur ne lui est imputable pour 2005 et 2006. Si elle a effectivement omis de cocher la rubrique « auto de l'entreprise » sur le certificat de salaire de son administrateur président pour l'année 2004, cette mention a été indiquée les années suivantes.
b. Comme indiqué, la procédure en rappel d'impôt a été ouverte, puis conduite dans le respect des exigences légales. L'argumentation de la recourante doit être rejetée, dès lors qu'il est établi qu'elle a, durant plusieurs années, manqué à ses obligations fiscales. Les indications figurant sur le certificat de salaire de son administrateur président sont à cet égard dépourvues de pertinence par comparaison avec les éléments qu'elle devait faire figurer dans la comptabilité permettant de taxer son propre bénéfice. La société, dont le but social consiste précisément dans le conseil en matière de gestion financière, commerciale, fiscale et juridique ne pouvait l'ignorer. A cela s'ajoute, comme l'a relevé le TAPI, que la part du prix d'achat du véhicule considéré comme luxueux était importante et donc d'autant plus reconnaissable.
c. Dans leur principe, les amendes seront confirmées, leur quotité, calculée sur la base de l'impôt éludé, conformément aux art. 175 LIFD et 69 LPFisc, n'étant nullement disproportionnée. L'amende ne saurait être réduite, car la faute commise ne peut être considérée comme légère au vu de la persistance du comportement illicite durant plusieurs années.
10. a. Au vu de ce qui précède, le recours sera rejeté.
b. Vu l'issue du litige, un émolument de CHF 1'500.- sera mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 87 al. 1 LPA). Aucune indemnité ne lui sera allouée (art. 87 al. 2 LPA).
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