Decision ID: e9ae5d5c-1cc2-4b9e-9c01-310305ac92db
Year: 2015
Language: fr
Court: VD_TC
Chamber: VD_TC_031
Canton: VD
Region: Région lémanique
Law Area: public_law

Vu les faits suivants
A. A. X._ et son épouse B. X._-Y._ sont domiciliés à 1********. Ils ont trois enfants nés respectivement en 1994, 1996 et 2003.
B. A. X._ a été engagé dès 1990 en qualité d'informaticien par la C._, dont le siège se trouve à Genève et le but consiste notamment à fournir des services, en particulier exercer des activités de surveillance en contrôlant entre autres la quantité, la qualité et la conformité de tous produits bruts et de tous objets semi-manufacturés et manufacturés ainsi que de toutes machines et ensembles industriels, et à fournir des prestations de service dans le cadre de la production, de la commercialisation, de la manutention, des transports, du stockage et de la distribution des produits et objets énumérés ci-dessus. L'intéressé est devenu l'un des responsables informatiques de cette société; il a donné son congé à la fin de l'année 2000 pour le 28 février 2001.
Dans l'intervalle, le 27 novembre 1995, A. X._ a fondé l'entreprise individuelle D._, dont le siège se trouvait à Genève et dont le but consistait dans la vente de matériel informatique. Cette entreprise a été radiée d'office le 7 mai 2012, après que sa faillite a été prononcée le 23 septembre 2010.
C. Dès 1996, D._ a été mandatée par C._ pour la réalisation de projets informatiques.
Au début des années 2000, C._ a déposé plainte pénale contre A. X._ pour gestion déloyale, alléguant en substance qu'elle ignorait que D._ était détenue par l'intéressé. Ce dernier a toutefois été acquitté par arrêt rendu le 11 novembre 2003 par la Cour correctionnelle de Genève, laquelle a notamment retenu qu'il était douteux qu'il ait eu un pouvoir de gérant au sein de C._ s'agissant de la fixation des montants des budgets afférents aux services qui lui étaient demandés et qu'il était également douteux qu'il ait violé ses devoirs - pour autant qu'il en ait eu en qualité de gérant - en confiant des mandats à sa propre société. Les pourvois formés par le Procureur général et par C._ contre cet arrêt ont été rejetés par arrêt de la Cour de cassation du canton de Genève du 26 novembre 2004 (après que cette cour a rendu un premier arrêt annulé par le Tribunal fédéral).
C._ a également assigné A. X._ devant la Juridiction des prud'hommes du canton de Genève en paiement d'un montant de 1'826'267 francs. Par jugement du 3 novembre 2006, la Juridiction des prud'hommes a débouté C._ des fins de sa demande, retenant en substance que l'intéressé n'avait pas violé ses obligations contractuelles en mandatant D._ mais uniquement en taisant son implication au sein de cette société et que le dommage allégué n'apparaissait pas en lien avec cette omission, respectivement que "quand bien même l'on estimerait que le défendeur aurait violé ses obligations, la conclusion serait la même, la demanderesse ayant échoué à établir la réalité du dommage allégué". Il résulte de ce jugement en particulier ce qui suit (let. Z):
"Concernant la marge bénéficiaire du défenseur, la demanderesse a déclaré qu'A. X._ avait reconnu, lors de l'instruction pénale, que le montant total facturé par D._ à C._ s'était élevé à fr. 4'058'370.-; que, toutefois, les versements documentés par pièces sur son compte postal démontraient un total de fr. 4'108'750.-, chiffre faisant désormais foi; qu'il avait admis avoir réalisé une marge nette de 40 à 45 %, avant de se rétracter dans le cadre de la présente procédure; qu'à teneur des pièces exhaustives qu'il avait lui-même produites sur injonction du Tribunal, A. X._ avait payé, entre 1997 et 2000, un total de fr. 1'824'983.- à ses consultants, de sorte que sa marge bénéficiaire s'était élevée au minimum à fr. 2'283'767.-; qu'une autre méthode de calcul, consistant à additionner aux montants dont il avait disposé pour d'autres dépenses (soit fr. 400'000.- qu'il avait reconnu avoir utilisés pour acheter sa maison, ainsi que les dépenses « non pertinentes » telles que réssortant des pièces produites caviardées) le solde de ses différents comptes au 31 décembre 2000, faisait ressortir un montant de fr. 2'281'278.-; que sa marge bénéficiaire s'était dès lors élevée à 56 % au minimum;
[...] A. X._ [a soutenu] que la marge de 40 à 45 % alléguée par la demanderesse ne correspondait à rien; qu'elle avait omis de tenir compte des montants versés en espèces par D._ à ses consultants [...];"
D. A. X._ et son épouse ont déposé leurs déclarations d'impôt pour les périodes fiscales 1999-2000, 2001-2002 et 2003; il apparaît toutefois que leur déclaration pour la période 1999-2000 a été détruite par l'autorité fiscale.
Les époux ont annoncé un revenu imposable de 147'100 fr. pour la période 2001-2002. Par décision du 4 décembre 2003, l'Office d'impôt de Nyon a arrêté leur revenu imposable à titre d'impôt fédéral direct (IFD) à 75'700 fr. pour la période en cause.
Les intéressés ont annoncé un revenu imposable IFD de 116'300 fr. pour la période 2003. Par décision du 29 septembre 2004, l'Office d'impôt de Nyon a arrêté leur revenu imposable IFD à 116'300 fr. pour la période en cause.
E. Par courrier du 8 février 2005, C._ a dénoncé A. X._ aux autorités fiscales, alléguant que l'intéressé n'avait pas déclaré la totalité des revenus de son entreprise D._.
L'administration cantonale des impôts (ACI) a ouvert une procédure en soustraction à l'encontre d’A. X._ le 5 avril 2005. Dans le cadre de cette procédure, l'intéressé a notamment été entendu les 20 avril 2005, 11 janvier 2006 et 18 janvier 2010; il a par ailleurs produit différentes pièces.
Informée qu'A. X._ avait été taxé par le canton de Genève pour la période fiscale 2000 au niveau de l'impôt cantonal et communal (ICC) et après avoir pris contact avec l'administration cantonale genevoise, l'ACI a renoncé à imposer les revenus de l'activité indépendante provenant de D._ à ce niveau. Le 31 janvier 2012, elle a adressé à intéressé et à son épouse un avis de prochaine clôture de l'enquête pour soustraction fiscale portant ainsi uniquement sur l'IFD, pour un montant total de 229'881 fr. (sans les amendes).
A. X._ et son épouse, par l'intermédiaire de leur conseil, se sont déterminés par courrier du 29 mars 2012, contestant en substance les bases de calcul retenues par l'ACI et concluant principalement à l'abandon de toute reprise fiscale.
Le 23 mai 2012, l'ACI a rendu une décision de rappel d'impôt IFD et de prononcé d'amende dont le dispositif a la teneur suivante:
"l'Administration cantonale des impôts,
Respectivement l'Administration cantonale de l'impôt fédéral direct:
A. En matière d'impôt fédéral direct
I. p r o c è d e au rappel de l'impôt fédéral direct suivant à l'endroit de A. et B. X._-Y._ [...]:
Impôts sur le revenu
Années Dus Fr. Facturés Fr. Compléments Fr. 1999 13'551.00 3'237.00 10'314.00 2000 13'551.00 3'237.00 10'314.00 2001 105'811.00 1'365.00 104'446.50 2002 105'811.00 1'365.00 104'446.50 2003 3'990.00 3'630.00 360.00 Totaux 242'715.00 12'834.00 229'881.00
Les compléments d'impôt ci-dessus correspondent à la différence entre les éléments imposables et les éléments imposés
II. p r o n o n c e à l'encontre de A. X._-Y._ [...] des peines d'amendes de
a) Fr. 20'600.-- (vingt mille six cents francs) pour les soustractions d'impôt fédéral direct commises durant la période fiscale 1999-2000,
b) Fr. 208'800.-- (deux cent huit mille huit cents francs) pour les soustractions d'impôt fédéral direct commises durant la période fiscale 2001-2002,
c) Fr. 300.-- (trois cents francs) pour les soustractions d'impôt fédéral direct commises durant la période fiscale 2003.
Récapitulations des amendes pour l'impôt fédéral direct Totaux Fr. Année 1999 10'300.00 Année 2000 10'300.00 Année 2001 104'400.00 Année 2002 104'400.00 Année 2003 300.00 Total des amendes 229'700.00
Total général (IFD) Fr. 459'581.--"
L'ACI a notamment retenu qu'au vu des circonstances, la faute commise par l'intéressé pouvait être qualifiée de moyenne, de sorte que les amendes correspondaient aux montants respectifs de l'IFD soustraits ("soustraction consommée [x 1] / faute moyenne [x 1]"). Etait joint à cette décision le tableau des "reprises sur le revenu" suivant:
F. A. X._ et B. X._-Y._ ont déposé une réclamation à l'encontre cette décision le 25 juin 2012, faisant en substance valoir que les chiffres retenus ne reposaient sur aucune preuve, que le taux de 1.0 retenu à titre de pénalité était "inopportun et totalement disproportionné" et que la reprise d'impôt et les amendes étaient arbitraires. Ils concluaient principalement à l'abandon de toute reprise, subsidiairement à ce qu'il soit procédé à une "instruction approfondie au vu de la fausseté des chiffres non établis par preuve", plus subsidiairement encore à une pénalité fixée au taux minimum de 0.3.
Par décision sur réclamation du 12 novembre 2013, l'ACI a partiellement admis la réclamation, annulé le rappel d'impôts pour la période fiscale 1999-2000 et l'amende afférente à cette période - compte tenu du fait que le dossier fiscal des intéressés pour cette période avait été détruit - et confirmé pour le reste les rappels d'impôt en matière d'IFD pour les périodes fiscales 2001-2002 et 2003 ainsi que les amendes prononcées pour les périodes concernées, retenant en particulier ce qui suit:
"1. ELEMENTS SOUSTRAITS À REPRENDRE
1.01 Honoraires versés par la C._
La C._ a produit des attestations indiquant qu'elle a versées à l'entreprise de M. X._, les montants suivants, en échange de prestations informatiques effectuées par des consultants mis à disposition par D._:
1998 SFr. 358'700
1999 SFr. 1'743'200
2000 SFr. 2'006'850
SFr. 4'108'750
Le contribuable n'a annoncé aucun revenu d'activité indépendante dans ses déclarations d'impôt. Il convient dès lors d'examiner dans quelle mesure les revenus de son activité indépendante doivent être imposés, s'agissant de chiffre d'affaires brut.
On rappelle en préambule qu'en matière fiscale le fardeau de la preuve est supporté par le contribuable pour tout élément qui permet de réduire sa créance fiscale. [...]
Dans le cadre de la procédure pénale dirigée à l'encontre de M. X._, ce dernier a affirmé n'avoir jamais tenu de comptabilité et ne pas avoir établi de quittance lorsqu'il versait aux informaticiens mandatés par D._ leur rémunération.
A de nombreuses reprises au cours de la procédure pénale, il a indiqué que D._ dégageait une marge bénéficiaire oscillant entre 45 et 55 %. Il n'a pas contesté cette marge devant la Cour correctionnelle (arrêt du 11 novembre 2003, p. 7).
Compte tenu de ce qui précède, force est de constater que le contribuable n'a pas pu prouver les charges liées à son activité indépendante, de sorte que l'ACI serait fondée à imposer l'intégralité des revenus perçus de la C._. Toutefois, au vu de la marge articulée par le contribuable, l'ACI admet de retenir en faveur du contribuable ces allégations sans autre preuve et retient la marge bénéficiaire la plus faible, soit celle de 45 %.
Par conséquent, c'est à juste titre que l'ACI a repris les montants versés par la C._, sous déduction de charge représentant 55 % du montant. Les reprises de CHF 788'440.- (1999) et de CHF 903'083 (2000) sont confirmées, étant rappelé que les reprises sont annulées sur la période fiscale 1999-2000.
1.02 Honoraires de E._
La reprise est annulée, dans la mesure où toutes les reprises de la PF [période fiscale] 2001-2002 sont annulées.
1.03 Intérêts et dividendes non déclarés
L'instruction a mis en évidence le fait que le contribuable n'avait pas déclaré l'intégralité de ses comptes bancaires et que les rendements (intérêts et dividendes) suivants n'avaient pas été déclarés:
[...]
Les reprises de CHF 345.- (1999), CHF 874.- (2000) et CHF 4'017.- (2003) sont confirmées dans le revenu imposable des contribuables.
3. Justification des amendes
[...]
3.4 Fixation de l'amende
[...]
En l'espèce, au titre de circonstances atténuantes, il est à relever que la contribuable n'a pas d'antécédents en matière pénale fiscale et que, sans pour autant que l'on puisse parler de repentir sincère, l'autorité fiscale a pu compter sur sa collaboration à la présente procédure. Au titre des circonstances aggravantes, on s'aperçoit que le contribuable n'a pas déclaré les revenus de son activité indépendante de 1997 à 2000 (même si l'ACI a abandonné la période 1999-2000 pour d'autres motifs) et que le total des éléments de revenus soustraits s'élève à CHF 1'692'759.-. Par conséquent, la faute du réclamant doit être qualifiée de moyenne.
Dès lors, s'agissant de soustractions consommées, c'est à bon droit que l'ACI a fixé la quotité de 1 tant pour l'impôt cantonal et communal que pour l'impôt fédéral direct conformément à l'article 175 LIFD. Par conséquent, les amendes prononcées à l'encontre de M. X._ sont confirmées, sous réserve de l'annulation des amendes prononcées pour la période fiscale 1999-2000 (reprises abandonnées)."
G. A. X._ et B. X._-Y._ ont formé recours contre cette décision devant la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal par acte du 12 décembre 2013, concluant à son annulation avec pour suite principalement leur libération de tout rappel d'impôt, subsidiairement le renvoi de la cause à l'ACI pour nouvelle instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants, et plus subsidiairement encore leur libération de toute pénalité respectivement la fixation d'une pénalité au taux de 0.3 au maximum. Ils ont en substance fait valoir que la présente procédure et les chiffres retenus par l'ACI étaient arbitraires et se sont plaints d'une violation de leur droit d'être entendus et de leur "droit à la preuve" - estimant que la procédure ne reposait que sur les dires de C._, dont ils rappelaient qu'elle avait été "désavouée par les autorités pénales et civiles". Ils se plaignaient également, pour les mêmes motifs, de l'appréciation arbitraire des preuves par l'ACI, d'une motivation insuffisante de la décision attaquée et d'un déni de justice (en tant que les arguments exposés dans leur réclamation du 25 juin 2012 avaient pour la plupart été passés sous silence). Ils se prévalaient enfin du caractère arbitraire des pénalités, en particulier de "l'extrême sévérité du taux de 1.0 retenu".
Dans sa réponse du 3 février 2014, l'autorité intimée a conclu au rejet du recours, relevant notamment qu'il résultait de la procédure devant l'autorité prud'homale genevoise qu'A. X._ disposait de pièces pour étayer son chiffre d'affaires net - en référence en particulier aux pièces produites sur injonction de ce tribunal attestant de charges de salaire pour un montant total de 1'824'983 fr. (cf. let. C supra), ce qui correspondait à une marge bénéficiaire de 55 % (plus élevée que celle de 45 % qu'elle avait retenue).
Les recourants ont confirmé leurs conclusions dans leur mémoire complémentaire du 7 mai 2014, relevant que les déclarations d'A. X._ relatives à une marge bénéficiaire de l'ordre de 40 à 45 % sur les sommes encaissées de C._ avaient été recueillies le 2 avril 2001 après qu'il avait passé quatre jours en prison, qu'il était arrivé devant le juge d'instruction ""extrêmement choqué et désorienté et ayant promis sa collaboration aveugle pour autant qu'on le libère le jour même". Or, une telle marge était contredite par ses déclarations ultérieures, dont il résultait qu'il ne prélevait que 100 fr. par jour et par informaticien sur les sommes concernées (soit un gain annuel de l'ordre de 100'000 à 150'000 fr., pour un montant total de 450'000 fr. au maximum sur trois ans); il était en effet notoire, selon les recourants, que les honoraires perçus dans un système de facturation - et non de portage salarial à proprement parler - par la société fournissant les consultants étaient limités à 100 à 150 fr. par jour et par consultant. Ils estimaient pour le reste que dans l'hypothèse où il ne serait pas fait droit à leur conclusion principale en libération de tout rappel d'impôt, il était impératif d'instruire la preuve par témoins, notamment par l'audition des informaticiens ayant "transité par D._" pour C._ afin de prouver que "la marge de 45 % alléguée par l'intimée [était] totalement surfaite et incompatible avec les montants effectivement perçus par ces informaticiens".
Par écriture du 20 mai 2014, l'autorité intimée a confirmé ses conclusions dans le sens du rejet du recours, maintenant en substance qu'A. X._ n'avait pas apporté la preuve des charges salariales évoquées.
Interpellés par le tribunal, les recourants ont précisé le 11 juin 2014 l'identité des quatre personnes dont ils requéraient l'audition en qualité de témoin. Invités à produire toute pièce attestant des charges salariales supportées par D._ durant les années concernées, ils ont requis la prolongation des délais successifs qui leur ont été impartis pour s'exécuter, en dernier lieu au 18 septembre 2014 (date de l'audience mentionnée ci-dessous).
H. Une audience a été tenue le 18 septembre 2014. Il résulte en particulier ce qui suit du procès-verbal établi à cette occasion:
"Le recourant indique d'emblée qu'il n'est pas parvenu à obtenir, des mains de son ancien conseil, les pièces produites dans le cadre de la procédure prud'homale en lien avec les charges supportées par l'entreprise D._ durant les années concernées. Interpellé, il précise qu'il s'agit selon toute vraisemblance de pièces relatives à des opérations sur le compte postal de cette entreprise durant les années 1998 à 2000. Cela étant, il déclare renoncer à requérir la production des pièces en cause.
Les parties sont entendues dans leurs explications.
Le recourant confirme qu'il ne conteste pas le montant total de 4'108'750 fr. retenu à titre de chiffre d'affaires de l'entreprise D._ durant les années concernées (et correspondant aux honoraires versés par la C._), respectivement que, outre la question des amendes, seule demeure litigieuse sur le fond la détermination du bénéfice imposable en découlant. Il rappelle le contexte dans lequel il a admis à ce titre, dans le cadre de la procédure pénale, un taux de 45 % du chiffre d'affaires, étant précisé qu'il s'est par la suite rétracté et a évoqué à plusieurs reprises une rémunération de 100 fr. par informaticien et par jour, correspondant à un bénéfice imposable total de l'ordre de 400'000 à 500'000 francs.
[...]
Avec l'accord des parties, le président ordonne la suspension de la cause afin de leur permettre de poursuivre leurs discussions en vue d'une éventuelle issue transactionnelle au litige. Pour le reste et avec l'accord des parties, il est en l'état renoncé à l'audition des témoins amenés par le recourant."
Le 5 novembre 2014, l'autorité intimée a informé le tribunal de l'échec des pourparlers engagés en vue d'une issue transactionnelle au recours et requis la reprise de la procédure. Une nouvelle audience d'instruction a dès lors été agendée au 27 janvier 2015; par écriture du 22 janvier 2015, les recourants ont toutefois informé le tribunal que les témoins amenés ne pouvaient être disponibles à cette date et requis le report de cette audience - laquelle a dès lors été annulée.
Interpellés, les recourants ont produit le 5 février 2015 des attestations écrites de trois des quatre personnes dont ils requéraient l'audition en qualité de témoins (savoir F._, G._ et H._), confirmant que ces dernières n'auraient ainsi pas à être entendues.
I. Le tribunal a statué par voie de circulation.

Considérant en droit
1. Interjeté en temps utile (cf. art. 140 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct - LIFD; RS 642.11), le recours satisfait par ailleurs aux autres conditions formelles de recevabilité (cf. art. 140 al. 2 LIFD), de sorte qu'il y a lieu d'entrer en matière sur le fond.
2. S'agissant en premier lieu de la question de la prescription - qu'il y a lieu d'examiner d'office, s'agissant d'une créance de droit public à l'égard d'un particulier (cf. ATF 106 Ib 357 consid. 3a; TF, arrêt 2P.296/2006 du 28 mars 2007 consid. 2; arrêt FI.2010.0078 du 9 février 2011 consid. 2a) -, les périodes fiscales concernées (2001-2002 et 2003) ont fait l'objet de taxations définitives, dont la modification est soumise aux dispositions sur le rappel d'impôts.
Dans ce cadre, l'art. 152 al. 1 LIFD prévoit que le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète (al. 1). En l'occurrence, la procédure a été initiée le 5 avril 2005, de sorte que le délai de dix ans prévu par cette disposition a été respecté.
Quant à la prescription absolue du droit de taxer, il résulte de l'art. 152 al. 3 LIFD que le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint 15 ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte. Il s'impose de constater que la prescription absolue n'est pas davantage acquise dans le cas d'espèce - étant précisé à toutes fins utiles que, pour les périodes fiscales bisannuelles (cf. art. 40 al. 2 LIFD dans sa teneur applicable avant le 1er janvier 2001), le délai commence à courir après la fin de la deuxième année concernée (cf. ATF 140 I 168 consid. 6.1 et les références), de sorte que le délai de 15 ans prévu par l'art. 152 al. 3 LIFD n'arrivera à échéance qu'à la fin de l'année 2017 pour la période fiscale 2001-2002.
Il en va de même, mutatis mutandis, de la prescription de la poursuite pénale, qui n'est pas non plus acquise (cf. art. 184 al. 1 let. b et al. 2 LIFD).
3. Cela étant, il convient de rappeler le cadre légal applicable aux reprises litigieuses.
a) L'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques (art. 16 al. 1 LIFD). Sont en particulier imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante (art. 18 al. 1 LIFD); le revenu net se calcule en défalquant du total des revenus imposables les déductions générales et les frais mentionnés aux art. 26 à 33a LIFD (art. 25 LIFD; en lien avec une acticité lucrative indépendante, cf. art. 27 à 31 LIFD).
Le contribuable doit remplir la formule de déclaration d'impôt de manière conforme à la vérité et complète; il doit la signer personnellement et la remettre à l'autorité compétente avec les annexes prescrites dans le délai qui lui est imparti (art. 124 al. 2 LIFD). Les personnes physiques dont le revenu provient d'une activité lucrative indépendante et les personnes morales doivent joindre à leur déclaration les extraits de comptes signés (bilan, compte de résultats) de la période fiscale ou, à défaut d'une comptabilité tenue conformément à l'usage commercial, un état des actifs et des passifs, un relevé des recettes et des dépenses ainsi que des prélèvements et apports privés (art. 125 al. 2 LIFD). Selon l'art. 126 LIFD, le contribuable doit faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte (al. 1); sur demande de l'autorité de taxation, il doit notamment fournir des renseignements oraux ou écrits, présenter ses livres comptables, les pièces justificatives et autres attestations ainsi que les pièces concernant ses relations d'affaires (al. 2).
Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts (art. 151 al. 1 LIFD).
b) La procédure de taxation est régie par la maxime inquisitoriale (ATF 92 I 253 consid. 2); cette maxime est également applicable dans le cadre de la procédure de recours en matière fiscale (cf. art. 142 al. 4 LIFD; TF, arrêt 2P.215/2002 et 2A.479/2002 du 7 avril 2003 consid. 4.1).
L'autorité doit vérifier le contenu de la déclaration (cf. art. 123 et 126 LIFD). Elle doit déterminer d'office tous les éléments pertinents en vue de la taxation, même en cas de violation de son obligation de coopérer par le contribuable. Il appartient ainsi à l'autorité d'établir les faits qui fondent la créance d'impôt ou qui augmentent la taxation, tandis que le contribuable doit prouver les faits qui diminuent la dette ou la suppriment (ATF 133 II 153 consid. 4.3; 121 II 257 consid. 4c/aa). Quand des indices clairs et précis rendent vraisemblable l'état de fait établi par l'autorité, il revient ensuite au contribuable de réfuter, preuves à l'appui, les faits avancés par celle-ci; les parties ont en effet l'obligation de collaborer à l'établissement de la taxation (art. 126 al. 1 LIFD), et ce également dans le cadre de la procédure de rappel d’impôt (cf. art. 153 al. 3 LIFD; TF, arrêt 2C_239/2013 et 2C_240/2013 du 27 mai 2014 consid. 5.1).
Le fisc et le contribuable sont donc tenus de collaborer dans l'administration des preuves, soit en précisant les allégations qu'il appartient à la partie chargée de la preuve de détruire, soit en apportant des preuves ou indices positifs contraires; l'omission ou l'échec de ces preuves contraires peut être considéré comme un indice suffisant de la véracité des allégations de la partie adverse si celles-ci sont vraisemblables. L'autorité de recours apprécie les preuves apportées par les parties avec un large pouvoir d'appréciation (ATF 120 Ia 31 consid. 4b et les références; TF, arrêt 2P.185/2006 et 2A.429/2006 du 27 novembre 2006 consid. 8.1).
4. En l'espèce, il convient de relever d'emblée que le seul fait que C._ ait été "désavouée" (pour reprendre l'expression des recourants) dans le cadre des procédures pénales et civiles introduites à l'encontre d'A. X._ n'a pas d'incidence directe sur le bien-fondé de la décision sur réclamation litigieuse; les arrêts et autres jugements rendus dans ce cadre ne remettent pas en cause, en particulier, le fait que l'entreprise individuelle D._ a été fondée et était détenue par l'intéressé et que cette entreprise a loué des informaticiens à C._ pour un montant total de 4'108'750 fr. pendant les années 1998 à 2001 - comme l'a expressément admis A. X._ à l'occasion de l'audience du 18 septembre 2014. Sous l'angle fiscal, seul importe dès lors (et seule demeure litigieuse, sous réserve des amendes) la détermination du bénéfice imposable découlant de ce chiffre d'affaires brut, peu important pour le reste que l'intéressé ait été libéré du chef d'accusation de gestion déloyale au pénal et que C._ ait échoué à établir la réalité de son dommage au civil (cf. let. C supra).
Cela étant, l'autorité intimée a retenu qu'A. X._ n'avait pas apporté la preuve des charges liées à son activité indépendante, notamment de ses charges salariales - faute en particulier d'avoir tenu une comptabilité et d'avoir établi des quittances des rémunérations versées aux informaticiens mandatés par D._ -, de sorte qu'elle serait fondée à imposer l'intégralité des revenus perçus de C._. Relevant que l'intéressé avait indiqué à plusieurs reprises dans le cadre de la procédure pénale que D._ dégageait une marge bénéficiaire oscillant entre 45 et 55 %, elle a toutefois admis de retenir en sa faveur ces allégations sans autre preuve et de prendre en compte la marge bénéficiaire la plus faible, soit celle de 45 % (cf. let F supra).
Les recourants soutiennent pour leur part que, s'agissant d'un système de facturation, A. X._ ne prélevait que 100 fr. par jour et par informaticien sur les sommes transitant par D._, ce qui correspond à un gain annuel de l'ordre de 100'000 à 150'000 fr. (soit un montant total de 450'000 fr. au maximum sur trois ans). A l'appui de leurs allégations, ils se prévalent en particulier des déclarations de l'intéressé des 28 et 29 mars 2001 dans le cadre de cette même procédure pénale ainsi que des attestations de tiers produites à l'appui de leur écriture du 5 février 2015.
a) Il convient de relever d'emblée que les déclarations d'A. X._ dans le cadre de la procédure pénale ne sauraient en tant que telles suffire à apporter la preuve de la marge bénéficiaire de l'intéressé durant les périodes concernées. Si c'est en se fondant sur les allégations de l'intéressé dans ce cadre que l'autorité intimée a admis de prendre en compte, sans autre preuve, une marge bénéficiaire de 45 %, le seul fait qu'il ait également évoqué à plusieurs reprises n'avoir prélevé que 100 fr. par informaticien et par jour, respectivement avoir réalisé de ce chef un gain annuel de l'ordre de 100'000 à 150'000 fr., ne saurait suffire à remettre en cause l'appréciation de l'autorité intimée. A cet égard, le grief des recourants selon lequel la marge bénéficiaire retenue de 45 % l'aurait été "sans preuve aucune" ne résiste manifestement pas à l'examen - bien plutôt, il appartient aux intéressés d'apporter la preuve des faits de nature à éteindre ou diminuer leur dette fiscale et à supporter les conséquences de l'échec de cette preuve (cf. consid. 3b supra; cf. ég. arrêt FI.2008.0044 du 17 septembre 2009 consid. 4c et les références).
Au surplus, il s'impose de constater que les déclarations d'A. X._ dans le cadre de la procédure pénale en cause apparaissent d'autant moins déterminantes qu'elles manquent singulièrement de constance et de clarté. Ainsi les recourants ont-ils notamment produit à l'appui de leurs allégations le procès-verbal d'audience du 29 mars 2001, surlignant le passage où l'intéressé "maintien[t], comme [il] l'[a] déclaré à la police, qu'[il] ne touchait[t] que CHF 100.- par jour et par personne" (p. 4). Or, à la lecture des lignes qui suivent directement la phrase en cause, il apparaît qu'il a expressément admis que ce montant pouvait être plus important dans certains cas ("lors d'assemblées générales par exemple, lorsqu'il s'agissait d'un projet à forfait") et pouvait atteindre 30 % de la facture, mentionnant un projet pour lequel il aurait touché "CHF 200'000.- à CHF 300'000.-". Dans le cadre du procès-verbal d'audience du 2 avril 2001, A. X._ est au demeurant revenu sur ses déclarations et a indiqué que sa marge bénéficiaire sur les prestations fournies par D._ s'élevait de "40 à 45 % des montants facturés".
A cela s'ajoute encore que les pièces produites sur injonction de l'autorité prud'homale genevoise (cf. let. C supra) - "selon toute vraisemblance de[s] pièces relatives à des opérations sur le compte postal de cette entreprise [D._] durant les années 1998 à 2000", selon les déclarations d'A. X._ à l'occasion de l'audience du 18 septembre 2014 - ont (semble-t-il) permis d'établir que l'intéressé avait versé, entre 1997 et 2000, un montant total de fr. 1'824'983.- aux consultants mandatés par D._, ce qui correspond à environ 45 % du chiffres d'affaires de 4'108'750 fr.; pour le reste, il s'impose de constater qu'aucune pièce au dossier ne permet d'établir formellement l'existence des prétendus versements en espèces évoqués par l'intéressé - lequel a au demeurant indiqué, dans sa "déclaration" initiale du 28 mars 2001 dans le cadre de la procédure pénale, que le paiement des prestations de D._ par C._ était effectué sur son compte personnel et que l'argent était ensuite "dispatché sur d'autres comptes bancaires ou postaux pour payer les informaticiens" (p. 2), respectivement qu'il payait ces derniers "directement via leur compte postal ou bancaire" (p. 5), sans aucune mention de versements en espèces (dont il n'a fait état qu'ultérieurement).
b) Quant aux attestations de tiers produites par les recourants à l'appui de leur écriture du 5 février 2015, elles émanent de trois personnes déclarant avoir travaillé pour C._ et avoir "utilisé D._ informatique pour facturer" les prestations concernées. Il en résulte en substance ce qui suit:
- dans une attestation du 28 janvier 2015, le dénommé F._ expose qu'il s'occupait lui-même de sa facturation, qu'il n'a jamais eu aucun prélèvement sur ses honoraires de la part d'A. X._ ni fait de rétrocessions sur ses heures facturées et qu'il n'avait pas de contrat avec D._;
- dans une attestation du 29 janvier 2015, le dénommé G._ évoque pour sa part une rétrocession à l'intéressé d'un montant de 100 fr. par jour facturé, étant précisé qu'il a toujours reçu ses honoraires de la part de D._ mais n'a jamais eu de contrat ou de document qui le liait à cette société;
- dans une attestation du 30 janvier 2015 enfin, le dénommé H._ indique que son tarif journalier était de 1'200 fr. et qu'il versait un montant de 100 fr. à D._ par jour facturé, précisant qu'il rédigeait lui-même ses factures et les soumettait à son manager C._ pour validation et paiement.
Il s'impose de constater que ces attestations ne sont pas de nature à établir que la marge bénéficiaire d'A. X._ était inférieure à celle de 45 % admise par l'autorité intimée.
En premier lieu, on ne saurait exclure que les attestations en cause n'aient été établies pour les besoins de la cause, étant précisé qu'elles ne sont corroborées par aucune pièce probante. On relèvera en particulier que les déclarations de H._ sont en contradiction flagrante avec la teneur du procès-verbal d'audience du 29 mars 2001 déjà mentionné, dans le cadre duquel A. X._ a indiqué ce qui suit s'agissant de l'activité déployée par l'intéressé:
"C'est moi qui signais les contrats pour la C._. C'est également moi qui signais les contrats pour D._ INFORMATIQUE.
Vous me faites remarquer que les contrats de D._ INFORMATIQUE versés à la procédure sont signés pour D._ INFORMATIQUE par un dénommé H._. Je vous explique que je me suis mal exprimé. Je ne signais que pour C._.
Vous me demandez si D._ INFORMATIQUE avait un collaborateur nommé H._. Je vous réponds que c'était un intérimaire. C'est lui qui rencontrait les chefs de projets à la C._.
Vous me demandez qui est M. I._. Je vous réponds que [c]'est un cuisiniste. J'entends par là qu'il vend des cuisines pour [...].
M. I._ a des connaissances commerciales en général.
M. I._ devait travailler deux heures par semaine pour D._ INFORMATIQUE. Il était rémunéré en fonction des mandats qu'il amenait. J'entends par là des mandats en général qu'il aurait pu amener en dehors de la C._.
Il a touché environ CHF 5'000.-- par mois pour deux heures par semaine.
M. I._ est un ami depuis une dizaine d'années.
Il fait ce travail pour moi depuis environ un an. Il était payé par bulletin postal.
Vous trouverez dans mon compte de chèques postal les virements effectués à l'intention de M. I._."
On relèvera au demeurant que le caractère vraisemblable de cette version des faits apparaît renforcé par le fait qu'A. X._ se réfère expressément aux virements dans son compte de chèques postaux en attestant - c'est dire que l'attestation établie le 30 janvier 2015 par H._ est pour le moins sujette à caution. S'agissant par ailleurs de l'attestation établie par F._, on peut s'étonner que l'intéressé affirme n'avoir jamais versé aucun montant à A. X._ (sous forme de prélèvement ou de rétrocession), alors qu'il aurait utilisé D._ pour facturer ses prestations "durant plus de 3 ans" - en contradiction avec ce qu'affirment les recourants, qui évoquent, comme on l'a déjà vu, un montant de 100 fr. par informaticien et par jour. Quant à G._, il apparaît qu'il pourrait n'avoir collaboré que de manière ponctuelle voire très ponctuelle avec D._ - contrairement aux deux autres, l'intéressé ne précise pas la durée d'une telle collaboration, et A. X._ semble n'en avoir eu qu'un souvenir imprécis lors de l'audience du 19 mars 2001 (s'agissant des cinq personnes ayant travaillé pour D._ qu'il mentionne spontanément à cette occasion, c'est la seule pour laquelle il précise "je crois"; cf. p. 3).
A cela s'ajoute au demeurant que même à admettre, par hypothèse et nonobstant ce qui précède, le caractère probant de ces attestations, il s'impose de constater qu'elles ne permettent pas d'établir les montants qui ont été versés par D._ (respectivement par A. X._) aux intéressés durant les années concernées - faute en particulier de connaître les nombres de jours respectifs travaillés par les intéressés durant les années en cause. On ne saurait au demeurant exclure, en pareille hypothèse, que les autres personnes ayant alors exercé une activité pour D._ (qui auraient été au nombre de six à tout le moins, dont deux personnes habitant en Roumanie, si l'on en croit le procès-verbal d'audience du 29 mars 2001) n'aient pas bénéficié des mêmes conditions de rétribution. C'est le lieu de rappeler une fois encore qu'il aurait appartenu aux recourants d'apporter la preuve des faits de nature à éteindre ou à diminuer leur dette fiscale (cf. à cet égard TF, arrêt 2C_651/2012 du 28 septembre 2012 consid. 4.1, rappelant, dans le cas d'un administré qui soutenait que les charges salariales effectives auraient dû être déduites même si les pièces comptables en attestant avaient disparu, que la taxation d'office prévue par l'art. 130 al. 2 LIFD "n'est pas là pour suppléer aux règles sur le fardeau de la preuve et pour permettre au contribuable, à qui il incombe de prouver les faits de nature à éteindre ou diminuer sa dette fiscale [...], d'échapper aux conséquences de l'échec de cette preuve en obtenant une déduction portant sur des éléments qu'il aurait pu et dû démontrer à temps"); pour le même motif, il apparaît manifestement que les seules allégations des recourants en lien avec le système de rétribution habituelle dans le cadre d'un système de facturation (et non de portage à proprement parler) ne sauraient suffire à établir la marge bénéficiaire d'A. X._ à prendre en considération dans le cas d'espèce - une telle marge devant être établie en fonction des charges dont il est prouvé qu'elles ont effectivement été supportées par l'intéressé, et non en fonction de charges qui pourraient théoriquement se justifier.
c) Dans ces conditions, il s'impose de constater que les recourants ne sont pas parvenus à réfuter, preuves à l'appui, l'état de fait pris en considération par l'autorité intimée pour procéder à la reprise en cause, singulièrement qu'ils n'ont pas apporté la preuve que la marge bénéficiaire d'A. X._ durant la période concernée était inférieure à celle retenue dans la décision sur réclamation attaquée. Les intéressés doivent supporter les conséquences de l'échec de cette preuve, de sorte que bien-fondé de la reprise en cause doit être confirmé.
5. S'agissant pour le reste de la reprise relative aux "intérêts et dividendes non déclarés" (reprise 1.03 dans la décision sur réclamation en partie reproduite sous let. F supra), il apparaît que les recourants n'ont pas avancés de grief sur ce point - ni sur le principe sur la quotité des montants en cause. Cette reprise doit dès lors également être confirmée, en tant qu'il s'agit d'intérêts d'avoirs au sens de l'art. 20 al. 1 let. a LIFD.
6. L'ensemble des reprises auxquelles a procédé l'autorité intimée doivent ainsi être confirmées. Cela étant, les recourants contestent les amendes prononcées à leur encontre pour soustraction fiscale.
a) La soustraction fiscale est réalisée lorsqu'une taxation n'a pas été effectuée ou est demeurée insuffisante, parce qu'un contribuable a violé de manière fautive l'obligation qui lui est imposée par la loi de collaborer à la taxation et de renseigner l'autorité fiscale de manière exacte et complète sur tous les éléments nécessaires à une taxation correcte (cf. art. 175 al. 1 LIFD).
La réalisation des éléments objectifs de la soustraction fiscale suppose d’une part que les montants non déclarés constituent des éléments imposables, et d’autre part que ces montants soient entrés dans la sphère de disposition du contribuable (cf. TF, arrêt 2C_620/2012 du 14 février 2013 consid. 3.4).
Quant à la condition subjective d'une telle soustraction, elle est réalisée lorsque le contribuable a agi de manière fautive, soit intentionnellement soit par négligence. Selon la jurisprudence, la preuve d'un comportement intentionnel doit être considérée comme apportée dans ce cadre lorsqu'il est établi de façon suffisamment sûre que le contribuable était conscient que les informations données étaient incorrectes ou incomplètes, ce qui doit s'établir en fonction du comportement de l'intéressé lors de la déclaration. Si tel est le cas, il faut présumer qu'il a volontairement voulu tromper les autorités fiscales, ou du moins qu'il a agi par dol éventuel, afin d'obtenir une taxation moins élevée; cette présomption ne se laisse pas facilement renverser - on peine en effet à imaginer quel autre motif pourrait conduire un contribuable à fournir au fisc des informations qu'il sait incorrectes ou incomplètes (ATF 114 Ib 27 consid. 3a; TF, arrêt 2C_1221/2013 et 2C_1222/2013 précité, consid. 3.2 et les références; TF, arrêt 2C_898/2011 du 28 mars 2012 consid. 2.2). La soustraction par négligence (au sens de l'art. 12 al. 3 CP) est réalisée lorsque, par une imprévoyance coupable, le contribuable agit sans se rendre compte ou sans tenir compte des conséquences de son acte - étant précisé que, selon la jurisprudence, il faut poser des exigences sévères quant à la prévoyance requise: si un contribuable a des doutes sur ses droits et obligations, il doit faire en sorte de les lever ou, du moins, en informer l'autorité fiscale (TF, arrêt 2C_664/2008 du 4 février 2009 consid. 4.3).
b) En règle générale, l’amende est fixée au montant de l’impôt soustrait; si la faute est légère, elle peut être réduite jusqu’au tiers de ce montant; si elle est grave elle peut être au plus triplée (art. 175 al. 2 LIFD).
Conformément à l’art. 47 CP, la peine est fixée d’après la culpabilité de l’auteur, en tenant compte de ses antécédents, de sa situation personnelle ainsi que de l'effet de la peine sur son avenir. Le montant de l’amende est ainsi déterminé d’après la situation de l’auteur, de façon à ce que la perte à subir constitue une peine correspondant à sa culpabilité (cf. ATF 114 Ib 27 consid. 4a p. 30/31; arrêt FI.2013.0077, FI.2013.0078 du 4 septembre 2014 consid. 9c et les références).
La peine "ordinaire" - qui correspond au montant de l'impôt soustrait - est généralement prononcée lorsque l’acte punissable a été commis intentionnellement, en l’absence de circonstances aggravantes ou de circonstances atténuantes. Par faute grave, il faut comprendre entre autres la récidive de même que l’attitude continuellement récalcitrante du contribuable vis-à-vis des autorités fiscales; il y a également circonstance aggravante, en particulier, lorsque le contribuable dispose de connaissances fiscales particulières, ou encore lorsque la soustraction d'impôt s'étend sur plusieurs années et s'effectue selon différents procédés. Quant à la faute légère, elle peut exister dans les cas de circonstances atténuantes mentionnées à l’art. 48 CP (correspondant à l'ancien art. 64); à cet égard, l’attitude coopérative du contribuable lors de l’établissement des faits doit être appréciée sous l’angle d’une atténuation de la faute (cf. arrêt FI.2013.0077, FI.2013.0078 précité, consid. 9c; CR LIFD-Sansonetti, art. 175 LIFD N 47 et 54).
c) En l'espèce, il apparaît manifestement que les recourants ont été taxés sur des montants trop bas et qu'ils ont violé leur obligation de déclarer la totalité de leur revenu durant les périodes fiscales concernées. Il apparaît tout aussi manifestement que cette soustraction est intentionnelle; à l'évidence en effet et quoi qu'en disent les intéressés, les procédure pénales et civiles intentées par C._ ne changent rien au fait qu'ils ne pouvaient pas ne pas savoir que les revenus provenant de l'exploitation de D._ étaient imposables - au surplus, il résulte du procès-verbal d'audience du 29 mars 2001 déjà mentionné qu'interpellé sur ce point, A. X._ a indiqué qu'il n'avait "pas encore" déclaré ces revenus aux impôts (mentionnant le système des périodes fiscales bisannuelles alors en vigueur dans le canton de Vaud).
Pour le reste, le tribunal relève que les amendes litigieuses s'inscrivent dans le cadre légal, qu'elles ne sont pas fondées sur des critères étrangers à l'art. 47 CP et que l'autorité intimée a clairement exposé les éléments tant à charge qu'à décharge des recourants (cf. la décision sur réclamation attaquée, en partie reproduite sous let. F supra); compte tenu de ces différents éléments, la qualification de la faute comme faute moyenne et la fixation de la quotité de l'amende à une fois le montant de l'impôt soustrait apparaissent tout à fait justifiés. Les circonstances du cas dont les recourants se prévalent, en lien notamment avec le fait que la procédure a été initiée par la dénonciation de C._, sont sans incidence sur la gravité de la faute qu'ils ont eux-mêmes commise en ne déclarant pas la totalité de leurs revenus; le tribunal ne voit pas pour le reste en quoi la situation de fait déterminante dans le cadre de la présente procédure devrait être qualifiée de particulièrement complexe, quoi qu'en disent les intéressés.
7. Il résulte des considérants qui précèdent que le recours doit être rejeté et la décision sur réclamation attaquée confirmée.
Compte tenu de l'issue du litige, un émolument de 10'000 fr. est mis à la charge des recourants (art. 49 al. 1 LPA-VD), solidairement entre eux (art. 51 al. 2 LPA-VD). Il n'y a pas lieu pour le reste d'allouer une indemnité à titre de dépens (cf. art. 55 al. 1 LPA-VD).