Decision ID: 34a17f8e-3d8f-4499-a317-2bc695e10b3d
Year: 2005
Language: fr
Court: VD_TC
Chamber: VD_TC_031
Canton: VD
Region: Région lémanique
Law Area: public_law

Vu les faits suivants:
A. Jean et Georges Perrin sont propriétaires de la parcelle N° 222 du cadastre de la Commune de Coinsins, au lieu dit « La Condamine ». Cette parcelle est classée en zone agricole et viticole par le plan . Elle est longée à l’est par la route cantonale 29 f. Au nord, un chemin d’amélioration foncière, construit dans le cadre du remaniement parcellaire réalisé en 1979, la sépare des vignobles du Clos de Barin sur le territoire de la Commune de Genolier.
Le 23 août 1989, l’ancien Département des travaux publics, de l’aménagement et des transports (actuellement le Département de la sécurité et de l’environnement ; ci-après : le département) a délivré à l’entreprise Ronchi SA, à Gland, le permis d’exploiter une gravière sur la parcelle N° 222 jusqu’au 30 juin 1996; il a autorisé « l’extraction hors des zones à bâtir pour un volume exploitable de 280'000 m3 ».
Le permis de gravière comportait notamment les prescriptions suivantes concernant la remise en état des lieux :
« (...)
7. Le talus actuel, situé au nord sera subdivisé au minimum en deux tranches. La remise en état du talus se fera par la constitution d’un talus sec à définir d’entente avec le propriétaire au moment de l’aménagement, mais qui représentera environ huit mètres de largeur et sera muni à son sommet d’un andin terreux le séparant du terrain agricole.
L’exécution de l’aménagement s’inspirera du croquis ci-annexé et la Section de la protection de la nature sera associée aux travaux de remise en état.
L’exploitant veillera notamment à ce que le talus offre un milieu propice à la petite faune, permis les herbes, buissons et petits arbres qui pourront s’y développer à nouveau.
(...)
9. Il est pris acte des réserves civiles des propriétaires des vignes voisines.
(...) ».
B. Le 5 avril 1996, la Ligue vaudoise pour la protection de la nature (actuellement Pro Natura Vaud ; ci-après Pro Natura) a adressé au département une demande de modification des exigences de remise en état de la gravière pour permettre, au nord de la parcelle N° 222, d'une part, le maintien de la falaise sablo graveleuse, créée à l’adret du talus lors de l’exploitation, et, d’autre part, la création d’un étang. Elle expliquait l’intérêt de ces lieux devenus un refuge pour nombre d’espèces pionnières, en particulier pour les hirondelles de rivage et les crapauds calamites.
Le 29 avril 1996, le département a informé Pro Natura que la demande de modification des conditions de remise en état de la gravière avait rencontré un préavis favorable de la Conservation de la nature et du Service des eaux et de la protection de l’environnement. Il relevait que la Municipalité de Coinsins (ci-après : la Municipalité) exigeait une enquête publique et invitait Pro Natura a lui faire parvenir les documents nécessaires à cet effet.
Le 5 septembre 1996, à la suite d’une séance qui avait réuni les représentants de Ronchin SA, de la Municipalité, de Pro Natura, de la Conservation de la nature et de la faune et de la Division des eaux souterraines ainsi que le propriétaire Jean Perrin, le département a adressé la lettre suivante aux intéressés :
« (...) Notre séance sur place du 4 septembre 1996 a permis à la Ligue vaudoise pour la protection de la nature de préciser sa demande d’implantation d’un biotope au nord de l’exploitation citée en titre.
Elle renonce au projet d’aménagement d’un étang, mais souhaite le maintien d’une cavité qui éviterait la disparition d’une falaise sablo graveleuse abritant actuellement des hirondelles de rivage. Consciente de l’effondrement progressif du talus, elle souhaite le maintien d’un accès depuis la RC 29 f et propose un entretien par ses soins, selon une convention que l’exploitation pourrait passer avec elle pour une durée de quelques années.
En revanche, le secteur nord-est situé entre la route cantonale et le profil B-B’ figuré sur le plan de situation du 30 novembre 1988, peut être comblé à niveau, recouvert de la terre végétale disponible et aménagé pour l’agriculture, conformément à nos prescriptions du 22 août 1989.
Un délai au 20 décembre 1996 est imparti à l’exploitant et à la LVPN pour produire dite convention, laquelle permettra la délivrance d’un nouvel avenant au permis initial de gravière. Sans accord entre les parties, le département signifiera la remise en état des lieux selon les documents soumis à l’enquête publique le 3 mars 1989.
Si la cavité peut être maintenue provisoirement quelques années, une décision sera prise sur son comblement à terme ou au contraire son maintien, assortie d’une procédure LCar ou LATC à définir en temps opportun. »
Par courrier adressé au département le 10 octobre 1996, la Municipalité estimait qu’une enquête publique se justifiait dans le cas du maintien de la falaise aux hirondelles.
Le 20 décembre 1996, à la requête de Ronchi SA, le département a prolongé le délai pour produire les conventions requises au 20 janvier 1997. Le 6 janvier 1997, la LVPN, d’une part, et Jean et Georges Perrin, d’autre part, ont signé une convention aux termes de laquelle Jean et Georges Perrin louent une partie de la parcelle N° 222 à la LPVN à charge pour celle-ci d’effectuer des travaux d’aménagement du site et d’assurer son entretien. Par convention du même jour, la société Ronchi SA s’est engagée à effectuer pour le compte de la LPVN les travaux d’aménagement et d’entretien du site. La Municipalité s’est adressé les 29 janvier et 27 mars 1997 au département pour s’étonner que le projet n’ait toujours pas été soumis à l’enquête publique. Le 11 avril 1997, le département a répondu en ces termes :
« (...) Nous (...) vous rappelons qu’à la suite de notre séance du 4 septembre 1996 sur place, nous avons confirmé à l’exploitant l’échéance au 30 juin 1997 pour la remise en état topographique de la seconde étape nord, jusqu’à la cavité qui a été maintenue à la demande de la Ligue vaudoise pour la protection de la nature.
Nous procéderons à l’inspection de la remise en état topographique et de l’aménagement superficiel de ce secteur dans un peu plus de deux mois,
(...)
A l’occasion de cette visite, nous souhaitons constater la bienfacture des travaux et décider avec toutes les parties de la procédure à appliquer pour le maintien provisoire du biotope sous l’égide de la loi sur les carrières durant quelques années, avec dépôt d’une créance de fr. 15'000.--. Les conventions civiles du 6 janvier 1997, dont vous avez eu copie, fixent les modalités entre le propriétaire foncier, l’entreprise exploitante et la LPVN.
A la fin de ce délai, une décision définitive et une procédure adéquate seront fixées d’entente avec les autorités cantonales et communales. (...) ».
Le 2 juillet 1997, le département a procédé à la reconnaissance partielle des travaux d’aménagement effectués par Ronchi SA sur les lieux d’exploitation de l’ancienne gravière, à l’exception du secteur susceptible d’accueillir le biotope souhaité par la LPVN. Le 8 juillet 1997, le département a adressé une lettre à Pro Natura en ces termes :
« (...) Le biotope aménagé à l’initiative de Pro Natura au nord du périmètre d’exploitation doit, puisque votre intention est de le maintenir, faire l’objet d’une enquête publique, selon la procédure prévue par la loi sur les carrières en cas de modification des éléments du permis d’exploiter (enquête ouverte durant vingt jours par les soins du département dans ses propres locaux et au greffe municipal, suivie de la décision du département, qui règle les oppositions éventuelles).
(...) ».
Par décision du 21 octobre 1997, le département a libéré Ronchi SA des obligations découlant de la loi sur les carrières, dans le secteur du biotope aménagé par Pro Natura et il a accordé la mainlevée partielle de la garantie de fr. 290'000.— du 19 mai 1992 ; exigeant le dépôt d’un cautionnement de fr. 170'000.— qui remplacerait le précédent.
C. Du 21 novembre au 11 décembre 1997, le projet de constitution d’un biotope dans l’ancienne gravière remise en état, au lieu-dit « En Condamine » a été mis à l’enquête publique. Selon le rapport technique qui figure au dossier d’enquête, les travaux suivants ont déjà été réalisés :
«1.- Talutage des fronts de comblement
(...) Au début des travaux d’aménagement, les matériaux qui constituaient les fronts de remblais allaient de la boue au gros blocs, mais étaient particulièrement riches en argile et contenaient passablement de déchets de chantiers tels que briques, tuiles et morceaux de béton armé. A l’aide d’un bulldozer habilement piloté, les fronts de remblais ont été profilés afin de leur donner les pentes souhaitées. Puis pour ne plus avoir de déchets de chantier visibles en surface, des matériaux choisis ont été mis en œuvre sur les talus. On en a particulier utilisé du sable limoneux qui n’avait pas été exploité et allait être recouvert de remblais pour réaliser le substrat destiné à recevoir des prairies maigres riches en espèces.
2.- Stabilisation des talus
Pour les talus les plus raides et les plus sujets à érosion et glissement, on a eu recours à la plantation ou au bouturage d’espèces fixatrices telles que les saules.
Pour les talus moins raides, sans délais après le profilage de finition, on a pratiqué un ensemencement selon la méthode de l’apport d’herbe à graines.
3.-Accès pour travaux d’entretien
L’intérêt naturel d’un site comme Condémine est lié à la possibilité d’y effectuer des travaux d’entretien destinés notamment à conserver le caractère pionnier de certaines zones. (...)
Une rampe d’accès à l’ancien plancher d’exploitation a (...) été profilée et stabilisée à l’est de l’ancienne fosse d’exploitation et une zone d’accès a également été prévue sur le pourtour des hauts de talus.
4.- Réalisation d’étangs à alimentation pluviale
(...) Les étangs temporaires qui s’étaient spontanément formés au cours de la phase de comblement et où se reproduisait le crapaud calamite ont été détruits par les travaux de remise en état de la zone à vocation agricole située au sud de la parcelle No 222 et la parcelle louée par la LVPN ne comprenait pas d’étang de ce type.
Des travaux d’imperméabilisation à l’argile d’étangs à alimentation pluviale ont donc débuté.
5.- Plantation d’arbres hautes tiges isolés
Afin de démarquer les zones à vocation agricole d’une part, et naturelle d’autre part, par soucis d’intégration paysagère et pour répondre au vœu exprimé par la Municipalité de Coinsins de masquer la dépression à partir de la route cantonale, des plantations d’arbres hautes tiges sont prévues et partiellement réalisées vers le sud.
Selon ce même rapport, les travaux d’aménagement prévus sont :
« Finition des travaux d’aménagement déjà réalisés.
A l’entrée de la parcelle LVPN depuis le chemin AF du Clos de Barin, une barrière fermée à clé sera installée pour ne laisser l’accès au site qu’aux visiteurs à pied ou aux véhicules autorisés pour travaux d’entretien. (...)"
Enfin, le dossier technique précise les travaux d’entretien prévus de la manière suivante :
« 1.- Evacuation des matériaux qui s’éboulent naturellement au pied de la falaise
Ces matériaux seront valorisés sur place ou éventuellement ailleurs pour des objectifs de protection de la nature (milieux pionniers).
2.- Entretien des accès
Les accès seront toujours maintenus sur substrats naturels dont l’entretien visera à garder la fonction. On pourra utiliser les matériaux issus des travaux mentionnés ci-dessus.
3.- Maintien des milieux pionniers
Il s’agit essentiellement de garder le caractère minéral de l’ancien fond de gravière et de conserver des étangs pluviaux qui répondent aux exigences du crapaud calamite.
La LVPN pourra éventuellement procéder à des essais de maintien de milieux pionniers en ayant par exemple recours au concours de cochons laineux.
4.- Entretien des prairies nouvellement créées
Ces prairies seront en principe fauchées de manière à conserver ou même accroître leur biodiversité.
Si elle juge intéressant du point de vue de la protection de la nature, la LPVN pourra procéder à des essais de pâture par des vaches highlander par exemple.
Des arbres ou arbustes intéressants qui pourraient s’y installer spontanément pourront être conservés, mais on évitera en tout cas que la végétation ligneuse ne ferme ces zones.
5.- Entretien de la végétation ligneuse
a) Les arbres hautes tiges plantés sur le pourtour de la parcelle Pro Natura seront taillés de manière à ne présenter aucune gêne pour le passage des machines agricoles.
b) Les nouvelles plantations de stabilisation des talus seront entretenues de manière à conserver cette fonction, mais sans jamais ne pouvoir être considérées comme forêt au terme de la loi et sur avis de l’inspectorat des forêts.
c) La végétation ligneuse qui s’est installée spontanément sur le talus exposé vers le vignoble du Clos de Barin sera entretenue de manière à ne pas prendre un caractère forestier. Si quelques arbres isolés pourront être maintenus, la majeure partie de cette végétation sera régulièrement recepée ou rabattue.»
Le 10 décembre 1997, la Municipalité s’est opposée au projet, expliquant notamment qu’elle craignait que les parcelles N° 182 et 223 du cadastre de la Commune de Genolier, en nature de vigne, et dont elle est propriétaire, soient soumises à la pression des milieux écologiques et à des restrictions quant à leur exploitation ; en outre, elle craignait aussi une diminution de leur valeur locative.
Par lettre du 11 décembre 1997, la Société rurale d’assurance de protection juridique FRV (ci-après : FRV), agissant au nom de 17 propriétaires et exploitants des parcelles voisines du Clos de Barin, s’est également opposée au projet en faisant valoir notamment ce qui suit :
« (...)
2. La présente opposition n’est pas chicanière, mais elle trouve sa raison d’être dans le refus des personnes précitées de devoir subir de graves préjudices liés à l’impact qu’aurait l’aménagement projeté sur les vignes sises au nord du bien-fonds.
En effet, le maintien d’un talus arborisé d’une hauteur supérieure de plusieurs mètres à celle initialement prévue engendrerait de sensibles pertes de récolte, car l’ombre portée, ainsi que la présence de nombreux oiseaux bénéficiant d’un perchoir idéal occasionnerait manifestement d’importants dégâts aux cultures. Pour s’en convaincre, il suffit de comparer le rendement de parcelles viticoles du Clos de Barin d’ores et déjà à l’ombre de la forêt à celui des parcelles jouissant d’un bon ensoleillement. Si nécessaire, il ne fait aucun doute que le chef du Service de la viticulture pourrait corroborer ces affirmations. »
Le 5 décembre 1997, le Centre de conservation de la faune et de la nature a délivré un préavis favorable aux conditions suivantes :
« 1) L’ensemble du périmètre du biotope sera clôturé de manière à assurer l’absence de pénétration du public et à éviter les dépôts non autorisés.
2) La haie située en bordure de la falaise nord sera maintenue. Son entretien habituel est autorisé.
3) Les travaux d’aménagement qui auront lieu dans le site (curage, transplantation d’espèces, etc.) seront soumis à l’accord préalable du Centre de Conservation de la faune et de la nature.
4) Le Centre de Conservation de la faune et de la nature rejette toute responsabilité sur les effets indirects qui pourraient provenir du maintien ou l’évolution du biotope, notamment de la falaise nord.
5) Le Centre de Conservation de la faune et de la nature doit être informé de tout changement pouvant modifier l’exploitation du biotope. »
Le 19 janvier 1998, le Service de la viticulture s’est rallié aux observations des propriétaires exploitants ce vignoble et de la Municipalité. Le Service des améliorations foncières a pour sa part apporté les précisions suivantes :
« En matière d’améliorations foncières, le Service de l’Etat y relatif est chargé de veiller à la pérennité des ouvrages construits avec l’aide des subventions des pouvoirs publics. Dans le présent dossier, le chemin situé entre le Clos de Barin et la gravière est un ouvrage réalisé dans le cadre du Syndicat AF du Clos de Barin. De par la loi sur les AF, cet ouvrage a été remis à la Commune territoriale qui en est responsable et en a charge d’entretien (LAF, art. 41 et 42).
Dans la mesure où la réalisation de l’objet mis à l’enquête fait que l’ancienne gravière ne sera pas entièrement remblayée, ni le terrain rendu conforme à l’ancienne topographie, le service des AF demande à la Commune responsable de s’assurer que le chemin AF ne sera pas mis en péril à l’avenir (par une érosion progressive de la falaise de la gravière par exemple). »
Le 12 février 1998, Pro Natura s’est déterminée sur les oppositions et les observations soulevées par l’enquête publique. Elle relève, sur un plan procédural, une certaine contradiction entre les affirmations de la Municipalité selon lesquelles l’intérêt du projet pour les hirondelles de rivage serait limité dans le temps, et son exigence d’une enquête publique qui tendrait à la protection des hirondelles de rivage. Pro Natura justifiait le projet en soulignant toutefois qu’il est évident qu’une certaine surface de dégagement devant la falaise est indispensable à son entretien.
Le 11 mars 1998, le département a procédé à l’audition des opposants.
Selon le courrier adressé par le département en date du 4 septembre 1998 à la FRV, les opposants viticulteurs voisins étaient disposés à retirer leur opposition sous réserve de l’introduction des 4 paragraphes suivants dans les prescriptions d’exploitation du permis de carrière :
« 1. La cavité existante, résultant d’une part de l’abandon du comblement du solde de la gravière de Condamine 3, ainsi que la surprofondeur déjà réalisée, destinée à l’aménagement d’un biotope conforme aux documents soumis à l’enquête publique le 21 novembre 1997, seront conservés en l’état.
2. La colline oblongue, qui devrait être en partie maintenue par décision du 22 août 1989 selon le croquis établi par le représentant de la Section de la protection de la nature le 20 mars 1989, accord qui modifie le profil B-B’ soumis à l’enquête publique le 3 mars 1989, sera partiellement arasée jusqu’au toit du banc de gravier d’environ 50 cm. Affleurant dans le tiers supérieur de la falaise aux hirondelles de rivage.
Ces travaux pourront être entrepris immédiatement, car leur emprise est couverte par le permis de gravière délivré le 23 août 1989.
3. La municipalité est invitée à contrôler, dans le cadre de ses prérogatives communales découlant de la LATC, les travaux ultérieurs touchant le biotope selon le mémoire technique du 7 octobre 1997 soumis à l’enquête publique le 21 novembre 1997.
4. Une convention civile réglant l’entretien du biotope sera passée entre Pro Natura et les propriétaires fonciers opposants. Elle sera concrétisée par l’établissement d’une servitude. »
Cette solution transactionnelle n’a toutefois pas abouti. Le 4 février 1999, une séance de conciliation a été organisée entre les parties mais sans succès à nouveau.
Par décision du 11 février 1999, le DSE a refusé le permis de constituer un biotope En Condamine et il a admis le comblement de la dépression selon les conditions de remise en état des lieux du permis initial de gravière du 23 août 1989. La décision est formulée comme suit :
« 1. Le permis de constituer un biotope En Condamine est refusé.
2. Le comblement de la dépression peut commencer et la remise en état des lieux sera exécutée selon les prescriptions du 22 août 1989 mentionnées dans le permis initial de gravière du 23 août 1989, sous réserve de l’abandon de la correction du tracé de la route cantonale 29 d.
3. Le Centre de conservation de la faune et de la nature sera associé aux travaux d’aménagement du talus sec mentionné sur le croquis du 20 mars 1989.
4. Le délai pour la remise en état topographique des lieux, ainsi que pour leur aménagement superficiel est fixé au 31 décembre 2000. Mon département procédera à la reconnaissance finale prescrite à l’article 30 de la loi sur les carrières, selon les modalités définies à l’article 60 de son règlement d’application.
5. Le permis de gravière En Condamine 3, suspendu jusqu’à droit connu sur le projet de biotope, est prolongé jusqu’à la même date .»
D. Le 26 février 1999, Pro Natura Vaud et tant que de besoin Pro Natura suisse ont déclaré recourir par lettre recommandée contre cette décision. Dans un mémoire posté le 5 mars 1999, Pro Natura a développé ses moyens et a conclu à l’annulation de la décision du département du 11 février 1999. Ronchi SA a déposé des observations sur le recours le 31 mars 1999.
Le 7 avril 1999, le Service des eaux, sols et assainissements (ci-après: SESA) a déclaré se remettre à la justice. Le même jour, le Service des forêts, de la faune et de la nature (ci-après: SFFN) a conclu au rejet du recours. Le 23 avril 1999, le Service de l’aménagement du territoire (ci-après: SAT) a déclaré s’en remettre à la justice. Dans ses observations du 26 avril 1999, la Municipalite conclu avec dépens au rejet du recours. du 24 juin 1999. La recourante a déposé un mémoire complémentaire le 24 juin 1999.
E. a) Le 18 octobre 2003, le Tribunal administratif a tenu une audience sur place. Le représentant du SESA a rappelé que l’autorisation d’exploiter la gravière « En Condamine » était intervenue avant l’entrée en vigueur de la loi vaudoise sur les carrières du 24 mai 1988 (LCar) et que le permis de gravière accordé en 1989 était assorti de prescriptions particulières concernant le remblaiement, notamment le ch. 7 qui exige le maintien du talus, situé au nord de l’exploitation.
b) Au cours de cette audience, les vignerons se sont plaints d’un préjudice pour l’exploitation de la vigne, lié à la présence du biotope sans toutefois l’établir de manière concrète. L’un des assesseurs a relevé que, dans la région du Lavaux, le maintien de zones naturelles à proximité de la vigne ne présentait pas d’inconvénients pour la viticulture car il existe des moyens ponctuels pour éloigner les oiseaux. Cette appréciation a été contestée par le représentant des vignerons, qui a aussi relevé que le point essentiel de ce conflit portait sur l’aménagement du biotope sans les autorisations nécessaires.
c) Dans le cadre de cette audience, G. Werren a été entendu comme témoin. Il a entrepris une étude sur une période de cinq ans, pour suivre l’évolution de la présence des hirondelles de rivage dans le biotope. Il a relevé qu’il s’agit d’une espèce pionnière en voie de disparition de par l’aménagement des cours d’eau qui implique la disparition des parois créées par l’érosion des berges des rivières. Il a pu constaté une diminution du cheptel en 2002 puis une considérable augmentation en 2003. Selon le rapport qu’il a établi, la réduction significative de la colonie en 2002 s’explique par la dégradation de la falaise, en raison des obstacles de procédure qui ont empêché la réalisation des aménagements prévus par Pro Natura. Il a admis que le site de reproduction de l’hirondelle de rivage pouvait être maintenu au moins une dizaine d’années grâce aux travaux d’entretiens envisagés par Pro Natura. Il a également relevé l'intérêt que présentait le site pour d'autres espèces d'oiseaux telles que les passereaux et les linottes, pour les grenouilles rousses, mais aussi et surtout pour les crapauds calamites, plus rares car cette espèce vit dans de petites dépressions en voie de disparition sur le site mais qui pourraient être recréées en cas de maintien de biotope.
d) Le Conservateur de la nature a souligné encore le caractère provisoire du biotope lié à l’effondrement progressif de la falaise qui ne permettrait pas l’adoption d’une mesure de protection durable du biotope.
e) Le 27 novembre 2003, J. Perrin et l’hoirie de Monsieur G. Perrin, propriétaires de la partie de la parcelle N° 222 louée à la LVPN, ont résilié la convention et le contrat de location signé le 6 janvier 1997 pour sa prochaine échéance, soit le 31 décembre 2005.
f) Les parties ont eu la possibilité de se déterminer sur le procès-verbal de l’audience et l’étude de G. Werren. Le Centre de Conservation de la faune et de la nature s’est prononcé par courrier le 23 décembre 2003 sur le rapport de G. Werren ; il doute que le biotope de Condamine puisse assurer ses fonctions pour cette espèce à courte échéance.
g) Le tribunal a encore sollicité l'avis de la Station ornithologique suisse de Sempach au sujet de l'importance de la gravière de Condamine en tant que lieu de nidification pour les hirondelles de rivage. La Station ornithologique a délivré, le 27 janvier 2005 l'avis suivant :
"Les hirondelles de rivage nichent en colonies dans des falaises abruptes de sable et de gravier comme celles que l'on trouve sur les rives en pente raide des rivières naturelles aux nombreuses méandres. Ce biotope d'origine a disparu de Suisse. Dans le meilleur des cas, il pourra de nouveau réapparaître localement et à long terme, dans le cadre de mesures de renaturalisation. Actuellement, et probablement encore pour longtemps, la quasi totalité des effectifs suisses d'hirondelles de rivage niche dans des biotopes secondaires, à savoir dans les falaises abruptes de gravières actives ou désaffectées. Afin que ces sites de nidification se maintiennent à long terme, il est nécessaire de les entretenir régulièrement, pour éviter que l'érosion ne les rende inutilisables. C'est justement grâce à de telles mesures de conservation pratiquées en maints endroits que l'espèce est considérée comme seulement "potentiellement menacée" dans la Liste rouge suisse actuelle (Keller et al., 2001). Sans cette aide ciblée, ses effectifs déclineraient si fortement que l'espèce devrait être classée dans une catégorie de danger plus élevée (Keller & Zbinden 2001). Malgré ces mesures de protection, les effectifs vont probablement décliner à long terme. La diminution du nombre de gravières se prêtant à l'établissement d'une colonie est une des raisons essentielles à cela (Schmid et al., 2001). Même à moyen terme, on observe actuellement de nettes tendances négatives. Ainsi, les colonies des cantons de Berne, de Soleure et de Fribourg qui bénéficient d'un bon suivi, ont perdu la moitié de leurs effectifs depuis 1997 (Schmid et al., 2004). L'hirondelle de rivage fait partie des 50 espèces prioritaires, pour lesquelles des mesures de protection sont considérées comme urgentes et judicieuses en Suisse (Bollmann et all, 2002)
Finalement, il faut mentionner que les hirondelles de rivage, comme tous les autres insectivores, dépendent fortement des conditions météorologiques tout au long de l'année. La période de sécheresse ayant débuté en 1967 dans le Sahel africain, leur quartier d'hiver, a frappé très durement l'espèce (Bauer & Berthold, 1996). De tels déclins pourraient encore se produire à l'avenir.
Au vu de l'analyse de la situation, nous sommes d'avis que l'avenir de l'espèce dans notre pays repose essentiellement sur l'intensité des efforts de protection consentis pour maintenir les colonies existantes. La colonie de Coinsins existe depuis plusieurs années. Avec ses quelque 40 couples nicheurs par année ces cinq dernières années et compte tenu du faible nombre de colonies dans le canton de Vaud - c'est-à-dire 5 en 1996 (Sermet & Ravussin 1996) et en 2000 (Etat de Vaud dans Werren 2003) - elle a, selon notre point de vue, une importance dépassant le cadre régional et mérite d'être conservée.
Moyennant l'évacuation des débris d'érosion au pied du talus, la paroi pourrait offrir au minimum 2 à 3 ans de bonnes conditions de nidification aux hirondelles de rivage. La suite dépendra des conditions locales du sol, de l'érosion ainsi que des éventuelles mesures mises en place."
Les parties ont eu la possibilité se déterminer sur cet avis et les vignerons du Clos de Barin ont précisé le 12 février 2005 que les hirondelles de rivage ne causaient pas de problème pour l'exploitation des vignes mais bien plutôt le talus qui fait face au bas du vignoble. Dès lors que le rejet du recours de Pro Natura conduirait au comblement jusqu'au sommet de la falaise et maintiendrait le talus face au Clos de Barin, alors que le projet de Pro Natura conduirait à l'érosion progressive de la falaise et ferait perdre d'autant de l'importance au talus, les vignerons du Clos de Barin se sont déclarés favorables au projet de Pro Natura.

Considérant en droit:
1. a) Le Tribunal administratif examine d’office et avec un plein pouvoir d’examen la recevabilité des recours qui lui sont soumis (art. 53 de la loi sur la juridiction et la procédure administrative du 18 décembre 1989 ; ci-après : LJPA). La qualité pour recourir devant le Tribunal administratif est régie par l’art. 37 LJPA, dont la teneur est la suivante :
« Le droit de recours appartient à toute personne physique ou morale qui est atteinte par la décision attaquée et a un intérêt digne de protection à ce qu’elle soit annulée ou modifiée.
Sont réservées :
a) les dispositions des lois spéciales légitimant d’autres personnes ou autorités à recourir,
b) les dispositions du droit fédéral. »
b) La définition de la qualité pour recourir donnée par l’art. 37 al. 1 LJPA correspond à celle de l’art. 103 lit. a de la loi fédérale d’organisation judiciaire (ci-après: OJ) selon laquelle la qualité pour recourir est reconnue à « quiconque est atteint par la décision attaquée et a un intérêt digne de protection à ce qu’elle soit annulée ou modifiée ». La jurisprudence du Tribunal fédéral sur l’art. 103 lit. a OJ est ainsi directement applicable à l’art. 37 al. 1 LJPA pour définir l’étendue du cercle des administrés autorisés à contester devant le Tribunal administratif une décision susceptible de recours. Selon la jurisprudence fédérale, l’intérêt digne de protection peut être de fait ou de droit. Il permet au recourant de faire valoir ses droits lorsqu’il est menacé dans ses intérêts de nature matérielle, économique, idéale ou autre, par la décision contestée. Le recourant peut en outre invoquer la violation de dispositions de droit public qui n’ont pas pour but de protéger ses intérêts ; mais lorsque la décision contestée favorise un tiers, il y a lieu, selon la jurisprudence récente, pour éviter l’action populaire, que le recourant soit touché dans une mesure et avec une intensité plus grande que quiconque, de façon spéciale et directe. Il doit être dans un rapport spécial, digne d’intérêt et particulièrement étroit avec l’objet du litige (ATF 121 II 174 consid. 2b ;120 Ib 51-52 consid. 2a ; 119 Ib 183-184 consid. 1c). la qualité pour agir est en principe reconnue au destinataire de la décision,
c) Le destinataire de la décision peut aussi bien être le propriétaire du bien-fonds touché par la décision, le titulaire d’un droit réel restreint ainsi que le titulaire d’un droit personnel tel qu’un locataire, à condition qu’il soit touché dans sa situation personnelle (AC 2002/0085 et la référence citée). L’intérêt invoqué, qui n’est pas nécessairement un intérêt juridiquement protégé, peut être un intérêt de fait, mais il doit se trouver, avec l’objet du litige, dans un rapport particulier, digne d’être pris en considération. L’admission du recours doit ainsi procurer au recourant un avantage de nature économique, matérielle ou idéale. La question est donc de savoir si Pro Natura, en sa qualité de locataire, se trouve dans une relation suffisamment étroite avec l’objet du litige pour pouvoir se prévaloir d’un intérêt digne de protection au sens de l’art. 37 LJPA. En l’espèce, l’association recourante a déjà procédé à des travaux et des investissements relativement important pour l'aménagement du biotope qu'elle entretien au bénéfice d'un contrat de location. La décision attaquée entraînerait la disparition du biotope et d’un milieu favorable à la nature, en particulier pour des espèces pionnières et les hirondelles de rivage. Elle est donc touchée de manière spéciale et directe par la décision attaquée dont l'annulation permettrait le maintien du biotope; elle peut donc se voir reconnaître un intérêt digne de protection à conteste la décision cantonale et sa qualité pour recourir peut donc être admise en tant que locataire.
La résiliation du contrat de location par J. Perrin et l’hoirie de Monsieur G. Perrin, pour la prochaine échéance, soit le 31 décembre 2005 ne permet pas de nier l’intérêt de Pro Natura Vaud à contester cette décision dès lors qu'elle peut en tous les cas maintenir et continuer d'entretenir le biotope jusqu'à la fin de l'année au moins. Au demeurant, la qualité d'un biotope n'est pas dépendante de l'existence d'un contrat de bail avec l'association recourante; dès lors que le biotope fait partie des objets régis par la législation fédérale sur la protection de la nature, les obligations d'entretien et de conservation s'appliquent directement au propriétaire.
2. La qualité pour recourir des associations à but idéal peut aussi être admise en vertu de dispositions légales spécifique qui leur accorde le droit de recourir dans certains domaines spécifiques de droit, tels que des art. 90 de la loi sur la protection de la nature, des monuments et des sites du 10 décembre 1969 (ci-après : LPNMS) et 12 de la loi fédérale sur la protection de la nature du 1er juillet 1966 (ci-après : LPN).
a) Selon l’art. 90 LPNMS, les associations d’importance cantonale, qui, aux termes de leurs statuts, se vouent à la protection de la nature, des monuments et des sites sont habilitées à recourir contre les décisions prises en application de cette loi et susceptibles de recours.
aa) Dans le cadre de l’art. 90 LPNMS, la qualité pour recourir des associations n’est pas subordonnée à l’existence d’un intérêt digne de protection, mais résulte directement de la loi qui limite celle-ci à la sauvegarde des intérêts inhérents à la protection de la nature, des monuments et des sites et ne s’étend pas à d’autres intérêts publics (AC 2002/0013 du 10 décembre 2002 ; AC 1995/108 du 11 octobre 1995, confirmé par l’ATF 1P.644/1995 du 4 mars 1996, RDAF 1996 p. 485). En effet, il en va de la qualité pour recourir de l’art. 90 LPNMS comme de celle de l’art. 12 LPN (ATF 112 Ib 543 = JT 1988 I 694 ; ATF 109 Ib 342 = JT 1985 I 548). Seuls sont donc recevables de la part des associations les griefs afférents à la protection de la nature, des monuments et des sites ; il s’agit notamment des décisions sur les plans d’affectation ou les autorisations de construire qui doivent tenir compte des impératifs de protection résultant de cette législation (voir art. 2 et 28 du règlement du 22 mars 1989 d’application de la LPNMS et l’arrêt AC 1994/102 du 3 mai 1995 ; voir aussi RDAF 1986 p. 219).
bb) En l’espèce, la première condition selon laquelle il doit s’agir d’une association d’importance cantonale est remplie. En effet, en tant que section vaudoise de la Ligue suisse pour la protection de la nature, elle-même reconnue d’importance nationale, Pro Natura Vaud revêt incontestablement une importance cantonale. S’agissant de la seconde condition, l’art. 90 LPNMS doit être interprété en ce sens que la qualité pour agir des associations leur est pour le moins reconnue à l’encontre des décisions cantonales touchant des objets classés, mis à l'inventaire ou soumis à la protection générale prévue par l'art. 4 LPNMS. Selon cette disposition, tous les objets, territoires, paysages, sites, localités, immeubles, meubles, qui méritent d’être sauvegardés en raison de l’intérêt général, notamment esthétique, historique, scientifique ou éducatif qu’ils présentent sont protégés. Le biotope litigieux entre dans le champ d’application de cette disposition et Pro Natura Vaud fait notamment valoir que le biotope en cause devrait être préservé en raison de son intérêt scientifique quant à la reproduction d’espèces pionnières en voie de disparition. Ainsi, la qualité pour recourir à Pro Natura Vaud doit aussi être reconnue sur la base de l’art. 90 LPNMS (AC 1996/0001 du 27 mai 1997).
b) Selon l’art. 12 al. 1 LPN les communes et les organisations d’importance nationale à but non lucratif qui existent depuis dix ans au moins et se vouent à la protection de la nature, à la protection du paysage, à la conservation des monuments historiques ou à des tâches semblables ont qualité pour recourir contre les décisions du canton pouvant faire l’objet d’un recours de droit administratif au Tribunal fédéral. Ces organisations sont désignées par le Conseil fédéral (art. 12 al. 2 LPN). L’annexe à l’ordonnance relative à la désignation des organisations habilitées à recourir dans les domaines de la protection de l’environnement ainsi que de la protection de la nature et du paysage (ODO, RS 814.076) mentionne Pro Natura Suisse, comme organisation habilitée à intervenir dans le domaine de la protection de la nature et du paysage.
aa) Il convient d’examiner si l’on est en l’espèce en présence d’une décision pouvant faire l’objet d’un recours de droit administratif au Tribunal fédéral. Selon l’art. 97 de la loi fédérale d’organisation judiciaire du 16 décembre 1943 (OJ, RS 173.110), il doit s’agir d’une décision au sens de l’art. 5 al. 1 de la loi fédérale sur la procédure administrative du 20 décembre 1968 (PA, RS 172.021); c'est-à-dire une mesures fondée sur le droit public fédéral et ayant pour objet: de créer, de modifier ou d’annuler des droits ou des obligations (let. a). Il faut que les conclusions du recours mettent en cause le droit public fédéral directement applicable. C'est ainsi que le recours de droit administratif est aussi recevable contre une décision fondée à tort sur le droit cantonal et qui aurait dû appliquer le droit fédéral, ou contre une décision dans laquelle le droit fédéral a été appliqué au lieu du droit cantonal ou encore contre une décision mixte ou lorsque la décision est fondé sur le droit cantonal de procédure et empêche l'application du droit fédéral (voir notamment ATF 120 Ia 29 consid. 2a, 228 consid. 2a, 119 Ib 338 consid. 1b, 118 Ib 329 consid. 1b, 392 consid. 2b, 117 Ib 143 consid. 3a, 218 consid. 5b). Le recours de droit administratif est également recevable lorsque la décision est fondée sur une norme de droit cantonal, qui ne constitue qu'une simple réglementation d’exécution du droit fédéral (voir notamment ATF 109 Ib 142 consid. 2c p. 144 ; ATF 112 Ib 238 c. 2a p. 237). En revanche, si la décision est fondée sur le droit cantonal qui conserve une portée propre par rapport au droit fédéral, seule la voie du recours de droit public (art. 84 OJ) est ouverte. Tel est le cas de l’adoption de plans d’affectation (ATF 112 Ib 70 consid. 4b p. 75) ou d’un plan routier (ATF 120 Ib 27 consid. 2 pp. 30 ss.), sauf si le plan applique le droit public fédéral et concerne une nombre restreint de parcelles pour un projet déterminé en présentant ainsi les caractéristiques d'une décision (ATF 123 II 88 consid. 1a p.92, 121 II 72 consid. 1c p. 76, et 115 Ib 505ss). Font en revanche partie des décisions relevant du droit public fédéral, les autorisations prévues par les art. 24 et 25 de l’ancienne loi fédérale sur la pêche (RO 1975 p. 2345, soit art. 8 et 9 de l’actuelle loi fédérale sur la pêche, RS 923.0) pour les interventions techniques dans les cours d’eau (ATF 117 Ib 178 consid. 2 p. 185), ainsi que les autorisations de supprimer la végétation des rives de l’art. 22 al. 2 LPN (ATF 118 Ib 1 consid. 1b p. 6) et les autorisations pour les constructions situées hors des zones à bâtier fondées sur l'art. 24 LAT (ATF 119 Ib 224 consid. 1b, 115 Ib 340 consid. 4b, 479 consid. bb).
bb) Le Tribunal fédéral a jugé que la protection des biotopes d’importance régionale et locale était une tâche de la Confédération, car le mandat impératif de protéger ces biotopes se dégageait avec suffisamment de netteté des art. 18 al. 1 bis et 18b LPN compte tenu de la large compétence attribuée à la Confédération en matière de protection de la faune et de la flore par l'ancien art. 24 sexies al. 4 aCst. et l'actuel art. 78 al. 4 Cst. (ATF 116 Ib 203 consid. 3a p. 208). Ce mandat impératif est encore précisé par l’art. 14 de l’ordonnance sur la protection de la nature et du paysage (OPN, RS 451.1). Le nouvel art. 4a de la loi vaudoise du 10 décembre 1969 sur la protection de la nature des monuments et des sites (LPNMS) prévoit que les biotopes au sens des art. 18 ss. LPN sont protégés (al. 1), et que toute construction ou installation portant atteinte à un biotope doit faire l’objet d’une autorisation spéciale du Département de la sécurité et de l’environnement (al. 2). L’art. 21 de la loi du 28 février 1989 sur la faune (LFaune) prévoit que le Conseil d'Etat prend toutes mesures pour maintenir les biotopes propres aux diverses espèces indigènes, notamment par la conservation d'un nombre suffisant de haies vives, boqueteaux, buissons, rideaux de verdure, clairières, zones marécageuses et roselières. Toute atteinte à un milieu qui risque de porter préjudice à la faune locale doit faire l'objet d'une autorisation de la Conservation de la faune ou de la commune au bénéfice d'une délégation, qui fixe dans chaque cas les mesures conservatoires à prendre (art. 22 LFaune). Ces principes posés aux art. 4a LPNMS et 22 LFaune en font des dispositions cantonales qui assurent la mise en œuvre da la protection des biotopes au sens des art. 18 al. 1bis et 18b LPN. Elles constituent ainsi des dispositions d’exécution des art. 18 ss. LPN et 14 OPN et elles peuvent faire l'objet d'un recours de droit administratif au Tribunal fédéral (ATF 121 Ib 161 ss).
cc) La jurisprudence a précisé par la suite que le simple fait d’affirmer, de manière abstraite, que la décision touche un biotope au sens des art. 18 et 18b LPN ne suffit pas pour reconnaître la qualité pour recourir en application de l'art. 12 LPN. Encore faut-il que l'organisation en cause allègue, avec une certaine vraisemblance, que l'on est en présence d'un biotope digne de protection soumis à la réglementation fédérale. L’existence d’un biotope au sens de l’art. 18b LPN doit être jugée suffisamment sérieuse et crédible (ATF 123 II 5 consid. 2c p. 7). En l’espèce, la falaise constitue un site de nidification de l'hirondelle de rivage (riparia riparia) qui fait partie des espèces animales protégées selon la loi fédérale du 20 juin 1986 sur la chasse et la protection des mammifère et des oiseaux sauvages (LCh, RS 922.0) et des espèces strictement protégées par la Convention internationale du 16 septembre 1979 relative à la conservation de la vie sauvage et du milieu naturel de l'Europe (RS 0.455; voir l'annexe I qui désigne les toutes les espèces d'Hirundinidae). L'hirondelle de rivage est aussi mentionnée dans la liste rouge des espèces menacées, établie par la station ornithologique de Sempach figure dans la catégorie des espèces potentiellement menacées en raison de leur dépendance à un biotope déterminé. Des indices suffisamment importants permettent d'établir l'existence d'un biotope digne de protection au sens de l'art. 18b LPN, ce que confirme l'avis de la Station ornithologique de Sempach du 28 janvier 2005. Or, la protection fait partie des tâches fédérale que le législateur à mis à la charge des cantons et les travaux touchant un tel biotope sont soumis aux autorisations requises par les art. 4a LPNMS et 22 LFaune. La qualité pour recourir de l'association Pro Natura Suisse doit donc être admise sur la base de l'art. 12 LPN.
3. Pro Natura soutient en substance que la parcelle en question constitue un biotope digne de protection, que les travaux de remise en état de la gravière détruiraient. L’art. 78 al. 4 Cst. donne à la Confédération un pouvoir étendu pour légiférer dans le domaine de la protection de la faune et de la flore.
a) L’art. 18 al. 1 LPN dispose que "la disparition d’espèces animales et végétales indigènes doit être prévenue par le maintien d’un espace vital suffisamment étendu (biotopes), ainsi que par d’autres mesures appropriées". L’art. 18 al. 1 bis LPN énumère les biotopes qu’il y a lieu de protéger en particulier les rives, les roselières et les marais, (...) et autres milieux qui jouent un rôle dans l’équilibre naturel ou présentent des conditions particulièrement favorables pour les biocénoses. Le Conseil fédéral a toutefois constaté que ces dispositions n'avaient pas permis de protéger avec suffisamment d'efficacité les biotopes. Dans son message concernant l'initiative Rothenthurm, il a relevé que de nombreuses espèces végétales et animales indigènes diminuaient ou étaient même menacés d'extinction. La gravité des menaces qui pèsent sur la faune et la flore indigène pouvait se constater par l'allongement des listes rouges des espèces végétales et animales menacée et rares établies par les institutions scientifiques. Ces menaces n'étaient pas dues uniquement à l'expansion de la construction et des activités de loisir, ni au morcellement du paysage résultant d'un réseau de communication toujours plus dense, mais aussi aux méthodes d'exploitation du sol. Le message du Conseil fédéral précise que pour des motifs éthiques, les plantes et les animaux méritaient d'être protégés "en tant que partie de la création" (FF 1985 II p. 1468). Dans un contre projet à l'initiative Rothenthurm, le Conseil fédéral a ainsi proposé de renforcer les dispositions concernant la protection des biotopes en soumettant directement à la protection du droit fédéral les biotopes d'importance nationale (art. 18a LPN) et en chargeant les cantons de protéger les biotopes d'importance régionale et locale (art. 18b LPN). Ces dispositions, adoptées le 19 juin 1987, sont entrées en vigueur le 1er février 1988.
b) Le droit fédéral ne définit pas précisément la notion de biotope. Il ressort toutefois de la jurisprudence du Tribunal fédéral, que les exigences de l’art. 18 LPN ne s’appliquent pas à tout milieu biotique offrant à un peuplement animal et végétal bien déterminé des conditions d’habitat relativement stables ; le concept de biotope auquel se réfère la législation fédérale en la matière se rapporte à « un espace vital suffisamment étendu ». (voir ATF 121 II 161, consid. 2a/bb ; 116 Ib 203, consid. 4b). L’art. 18 al. 1 ter LPN prévoit par ailleurs que seules les atteintes aux « biotopes dignes de protection » doivent en principe être évitées. La notion "d'espace vital suffisamment étendu" implique une grande marge d'appréciation; l'imprécision de la notion ainsi que la diversité des situations impliquent que les cantons désignent les biotopes entrant en ligne de compte et fixent les buts visés par leur protection, car ceux-ci ne ressortent tout simplement pas des notions imprécises dont se sert la loi. La jurisprudence fédérale précise que les cantons sont tenus d'assurer leur devoir de protection des biotopes d'importance locale et régionale au sens de l'art. 18b LPN et qu'il leur incombe à cet effet de réglementer la procédure de désignation des biotopes pour assurer la mise en œuvre le mandat impératif qui leur est assigné (ATF 116 Ib 203 consid. 5e p. 212). L'art. 14 al. 5 OPN prévoit à cet effet que les cantons doivent prévoir une procédure de constatation appropriée pour prévenir toute détérioration de biotopes dignes de protection. En outre, l'art. 14 al. 6 OPN précise qu'une atteinte d’ordre technique qui peut entraîner la détérioration de biotopes dignes de protection ne peut être autorisée que si elle s’impose à l’endroit prévu et qu’elle correspond à un intérêt prépondérant. Cette disposition a pour effet de soumettre au régime d'une autorisation préalable tous travaux touchant un biotope digne de protection, procédure qui a été instaurée par l'adoption du nouvel art. 4a LPNMS.
c) Le canton de Vaud n'a toutefois pas encore adopté une procédure claire permettant de désigner les biotopes dignes de protection alors même que la procédure de l'inventaire prévue par les art. 12 ss LPNMS se prête à la procédure de constatation de biotopes d'importance régionale et locale, exigée par la jurisprudence (ATF 116 Ib 203 consid. 5i p. 215) et aussi par l'art. 14 al. 5 OPN. Si le canton ne satisfait à son obligation de désigner les biotopes d'importance régionale et locale ou si la désignation de ces biotopes est incomplète ou encore si elle ne peut, en raison de la diversité des situations, être exhaustive, cela ne signifie pas que la protection voulue par législateur fédéral ne s'applique pas. Les autorités sont simplement privées de l'instrument de coordination permettant de prévenir les éventuelles atteintes à des biotopes qui n'ont pas été répertoriés ni identifiés comme étant digne de protection et soumis à la protection du droit fédéral. Dès lors, nonobstant le fait que les cantons n’ont pas délimité de manière anticipée des zones à considérer comme biotopes d’importance régionale ou locale, c’est lors de l’octroi d’autorisation particulière que leur existence et leur emplacement doivent être déterminés au moyen d’une pesée des intérêts en jeu (ATF 121 II 161 consid. 2b/bb p. 164, 118 Ib 485; voir aussi Keller/Zufferey/Fahrländer/Maurer, op. cit., art. 18 no 22 ).
d) Aussi bien la délimitation du biotope digne de protection que la définition des objectifs de protection imposent à l’autorité de procéder à la pesée des intérêts publics et privés en présence. Plus les espèces en question sont rares, et plus les mesures à prendre quant à la protection des espèces dont la survie est menacée doivent être sévères (voir ATF 118 Ib 485 114 Ib 272, consid. 4a). Les restrictions au droit de propriété que nécessitent les mesures de protection des biotopes doivent être justifiées par un intérêt public important et respecter le principe de proportionnalité. Il est toutefois nécessaire de déterminer le plus rapidement possible les divers intérêts en cause, et d'assurer la coordination dans les cadre des plans directeurs notamment; le cas échéant, la protection d'un biotope peut nécessiter la modification d'un plan d'affectation lorsque les conditions fixées par l'art. 21 LAT sont remplies (ATF 116 Ib 213 consid. 5g). La protection des biotopes que le droit fédéral impose peut entraîner une modification des conditions d'utilisation du sol définies par les plans d'affectation (art. 14 al. 1 LAT) qui devrait s'accomplir dans le cadre du processus de planification prévu par la loi fédérale sur l’aménagement du territoire, le cas échéant, par la création de zones protégées au sens de l’art. 17 al. 1 LAT ou par d’autres mesures du droit cantonal selon l'art. 17 al. 2 LAT (voir Moor, Commentaire LAT ad. art. 17 n° 65 à 72), pour autant que celles-ci soient adéquates (ATF du 19 novembre 1999, publié in DEP 2000, 369).
4. a) Pour déterminer si l’on se trouve en présence d'un biotope d'importance régionale ou locale au sens de l'art. 18b LPN, il faut se reporter notamment aux critères que pose l’art. 14 al. 3 OPN (voir Keller/Zufferey/ Fahrländer/Maurer, op. cit., art. 18b no 17). Cette disposition prévoit que les biotopes peuvent être qualifiés de dignes de protection notamment sur la base des espèces de la flore et de la faune protégées en vertu de l’art. 20 OPN (let. b) et des espèces végétales et animales rares et menacées, énumérées dans les listes rouges publiées ou reconnues par l’OFEFP (let. d).
b) Il a déjà été constaté que l'hirondelle de rivage fait partie de la liste des espèces menacées et vulnérables en raison de la disparition progressive de leur biotope naturel. En effet, les mesures d'endiguement des cours d'eau ont conduit à la quasi disparition des sites naturels de nidification que constituaient les rives escarpées de sable ferme. L'espèce est aujourd'hui presque entièrement liée aux gravières et au mode d'exploitation. L'atlas des oiseaux nicheurs de suisse révèle un déclin de l'espèce avant tout dans les régions périphériques. L'espèce recule à long terme car on dénombrait en 1960 18'400 galeries dans 194 colonies, puis en 1975-77 9'639 galeries dans 143 colonies et en 1980, 4600 couples dans 123 colonies. Toutefois, en 1995-1996 il était dénombré 5'550 à 6'500 couples dans au moins 131 colonies. Ainsi, même si la situation de l'hirondelle de rivage paraît relativement stable, une attention suffisante doit être accordée à cette espèce, ce qui implique de développer des concepts en vue de remédier à la raréfaction des sites favorables (Avifaune, Rapport Sempach 2001, p. 309-310).
Lors de l’audience du 18 novembre 2003 à Coinsins, la recourante a produit une étude réalisée sur une période de cinq ans, montrant l'évolution de la colonie. Il en ressort que si le nombre de nichées a été relativement stable entre 1999 et 2001 (62 en 1999, 44 en 2000 56 en 2001), il avait connu une forte baisse en 2001 (6) pour reprendre en 2003 (50). Le maintien du biotope présente dont une importance non négligeable en assurant le maintien d'une colonie dans une région qui ne dispose pas ou peu de sites appropriés pour cette espèce. A cela s'ajout le fait que le site abrite d'autres espèces d'oiseaux protégés telles que les passereaux et les linottes. On y trouve également les grenouilles rousses, mais aussi et surtout les crapauds calamites plus rares. Le tribunal estime ainsi que le site présente un intérêt suffisant pour le qualifier de biotope d'importance régionale. Il est vrai que le maintien de la falaise à long terme n'est pas garanti en raison de l'érosion naturelle, mais les travaux d'entretien que la recourante s'est engagée à réaliser permettent précisément son maintien à moyen terme ce qui justifie d'accorder à ce site la protection prévue par le droit fédéral à l'art 18b LPN pour les biotopes d'importance régionale et locale. La Station ornithologique suisse de Sempach relève dans son avis que la quasi totalité des effectifs suisses d'hirondelles de rivage niche dans des biotopes secondaires, à savoir dans les falaises abruptes de gravières actives ou désaffectées. Afin que ces sites de nidification se maintiennent à long terme, il est nécessaire de les entretenir régulièrement pour éviter que l'érosion ne les rendent inutilisables. C'est précisément grâce à de telles mesures de conservation que l'espèce est considérée comme seulement potentiellement menacée dans la Liste rouge suisse; car sans cette aide ciblée, les effectifs déclineraient si fortement que l'espèce devrait être classée dans une catégorie de danger plus élevée. Toutefois, malgré ces mesures de protection, les effectifs vont probablement décliner à long terme en raison de la diminution du nombre de gravières se prêtant à l'établissement d'une colonie. Cette tendance est constatée dans les cantons de Berne, de Soleure et de Fribourg, qui bénéficient d'un bon suivi. En fait, l'hirondelle de rivage fait partie des 50 espèces prioritaires pour lesquelles des mesures de protection sont considérées comme urgentes et judicieuses en Suisse. Il est donc nécessaire que la colonie de Coinsins, dans le site de la gravière de Condamine, soit protégée et maintenue, et que l'Etat, en particulier le Centre de conservation de la faune et de la nature, en collaboration avec le Service des eaux, sols et assainissement, la recourante et les propriétaires, prennent toutes les mesures nécessaires pour maintenir et entretenir le biotope afin de conserver le plus longtemps possible le site de nidification, qui présente un intérêt dépassant le cadre régional.
c) Le refus du permis d'aménagement du biotope implique le maintien des conditions de remise en état de la gravière telles qu'elles ont été définies lors de l'octroi du permis d'exploiter du 23 août 1989. Pour savoir si une telle décision peut être révoquée, il convient de procéder à une pesée des intérêts. Il y a lieu de mettre en balance d’une part, l’intérêt visant à modifier la décision pour la rendre conforme au droit (respect de la légalité), et d’autre part, l'intérêt à la sécurité des relations juridiques (sécurité du droit) visant à protéger l'administré dans la confiance qu'il a placée dans le maintien de la décision en cause (André Grisel, Traité de droit administratif, volume I p. 431). Lorsque la loi ne règle pas la question de la révocation d'une décision, le principe de la sécurité du droit doit l'emporter si la décision en cause a créé un droit subjectif au profit de l'administré ou lorsque l'administré a déjà fait usage d'une autorisation qui lui a été délivrée, ou encore, lorsque la décision est intervenue au terme d'une procédure au cours de laquelle les divers intérêts en présence ont fait l'objet d'un examen approfondi. Cette règle n'est cependant pas absolue et la révocation peut intervenir même dans une des trois hypothèses précitées lorsqu'elle est commandée par un intérêt public particulièrement important, ou encore en cas de survenance de faits nouveaux ou de nouvelles découvertes scientifiques comme en cas de changement de législation ou lorsqu'il existe des motifs de révision au sens des art. 136 et 137 OJ ou de l'art. 66 PA. Dans certains cas, la révocation pourra intervenir seulement contre une juste indemnité. Mais les exigences de la sécurité du droit peuvent aussi être prioritaires lorsque aucune de ces trois hypothèses n'est réalisée (ATF 119 Ia 305 consid. 4c p. 310; 115 Ib 152 consid. 3a p. 155; 109 Ib 246 consid. 4b p. 252; 107 Ib 35 consid. 4a p. 36s).
aa) En l’espèce, un intérêt public important impose de révoquer la décision fixant les conditions de remise en état de la gravière. La remise en état de la gravière aurait pour effet de supprimer un biotope digne de protection au sens des art. 18 al. 1bis et 18b LPN, que le droit fédéral impose de préserver. La protection du biotope nécessite une modification des conditions de remise en état de la gravière de manière à assurer son maintien et à fixer les travaux d'entretien qui s'impose pour préserver le site de nidification dans la falaise. Il est vrai que le maintien du biotope implique des restrictions au droit des propriétaires du terrain. Mais de telles restrictions ne sauraient être qualifiées de graves dès lors qu'elles sont limitées dans le temps et que la remise en état des lieux, classés en zone agricole, ne permet qu'un usage agricole. Il est vrai que l'entreprise Ronchi SA est provisoirement privée de la possibilité d'exploiter l'excavation comme décharge, mais elle a prévu à cet effet un dédommagement par la recourante.
bb) Les exploitants du vignoble du Clos de Barin se sont plaints des éventuels inconvénients qui seraient liés au maintien du biotope. Toutefois, Le tribunal a constaté que le vignoble du Clos de Barin est déjà entouré de milieux boisés (forêts, rives boisées, haies et bosquets) et que le talus buissonnant limitant le secteur de l'ancienne gravière de la Condamine n'est pas un élément nouveau pouvant nuire à la viticulture. Le sommet de ce talus correspond approximativement au niveau du terrain naturel antérieur à l'exploitation de la gravière et la pente raide du talus coté vignoble date du creusement du terrain pour la construction du chemin AF situé en limite du vignoble. Au surplus, l'hirondelle de rivage se nourrit essentiellement d'insectes, notamment de mouches, moustiques, pucerons éphémères, plécoptères, trichoptères, puniases et cicadelles (voir rapport Werren de septembre 2003), sans porter préjudicie aux récoltes du vignoble du Clos de Barin. A la suite de l'avis délivré par la Station ornithologique suisse de Sempach, les vignerons du Clos de Barin ont d'ailleurs admis que le projet de Pro Natura était plus favorable dans la mesure où il permettait l'érosion progressive du sommet de la falaise en limitant ainsi l'importance et la hauteur de ce talus.
cc) En définitive, les intérêts liés à la conservation du biotope, qui résultent de l'application de dispositions fédérales impératives (art. 18 al. 1 bis et 18b LPN), apparaissent prépondérants aux intérêts des propriétaires concernés tendant au maintien des conditions de remise en état de la gravière, telles qu'elles avaient été fixées par le département dans la décision du 23 août 1989. Le maintien du biotope est compatible avec la garantie de la propriété et il respecte aussi le principe de proportionnalité par la limitation dans le temps, liée à la durée de vie de la falaise dans les conditions favorables qu'elle offre à l'hirondelle de rivage. Enfin, dans la mesure où le maintien et l'entretien du biotope serait compromis par la résiliation du contrat de bail de Pro Natura, il appartiendrait au Centre de conservation de la faune de prendre les mesures appropriées pour assurer sa conservation et son maintien, autant que le permettent l'état de la falaise et l'avancement de l'érosion.
5. Il résulte des considérants qui précèdent que le recours doit être admis et la décision attaquée annulée. Le dossier est renvoyé au département afin qui modifie les conditions de remise en état de la gravière de manière conforme aux considérants qui précèdent. Au vu de ce résultat, il convient de laisser les frais de justice à la charge de l'Etat; il n'y a en outre pas lieu d'allouer de dépens. En revanche, les indemnités aux témoins (550 fr.), et les frais d'expertise (1029.30 fr.) sont laissés à la charge de l'autorité intimée, conformément à l'art. 55 al. 1 LJPA.