Decision ID: 4ab1213b-fa80-4d7d-a378-e885b621f028
Year: 2008
Language: fr
Court: VD_TC
Chamber: VD_TC_031
Canton: VD
Region: Région lémanique
Law Area: public_law

Vu les faits suivants
A. La société 2.******** SA (ci-après: 2.******** SA) a été constituée le 20 octobre 1981, avec pour but la fabrication et le commerce de produits chimiques, biologiques et autres, d'objets en matière plastique et autres, dans les domaines pharmaceutique, cosmétique et vétérinaire. Son siège était d'abord dans le canton de Vaud, avant d'être transféré dans le canton du Valais, à 3.********, dès le 20 mars 2006. La fonction d'administratrice avec signature individuelle a été occupée dès le 6 septembre 1993 par C._, D._ étant réviseur. A tout le moins dès l'année 1999, la totalité du capital-actions de 2.******** SA était aux mains de AX._.
La société 4.******** SA (4.******** compagnie de recherche en matière dentaire SA; ci-après: 4.******** SA) a été constituée le 16 mai 1978 avec pour but tous travaux scientifiques et commerciaux dans la branche dentaire. Son capital-actions, d'une valeur nominale de 1'200'000 fr., comportait 1'200 actions nominatives (d'une valeur nominale de 1'000 fr.), dont 400 détenues par 2.******** SA.
Le 3 juin 1993, E._, F._, BX._, C._ et D._ ont été inscrits respectivement en tant que président, administrateur, secrétaire, fondé de procuration et réviseur, les quatre premiers avec signature collective à deux. Le siège de 4.******** SA a été transféré de Vevey à Villeneuve le 29 juin 1993. Le 2 novembre 1995, BX._ a été remplacé au conseil d'administration par le père de son épouse, G._, ce dernier étant inscrit comme administrateur avec signature collective à deux. Le 17 mai 2002, E._ et G._ ont été radiés en tant qu'administrateurs. F._ a été inscrit en tant que président et AX._ comme nouvelle administratrice, de même que C._ (le 19 février 2008, celle-ci sera radiée de cette fonction).
B. Entre-temps, le 11 août 2000, l'Administration cantonale des impôts (ci-après: ACI), par son bureau d'estimation des titres, a informé 4.******** SA que "sur la base des extraits de comptes que vous avez bien voulu nous adresser et compte tenu des éléments ressortant du dossier de la société, la valeur fiscale est établie comme il suit: Fr. 200.-- par action / part d'une valeur nominale de Fr 1000.--". Il était précisé: "Cette estimation, au 1er janvier 2000, est en principe déterminante pour la déclaration d'impôt 2001 / 2002 des porteurs domiciliés dans le canton de Vaud. Elle peut être revue, à votre demande, en cours de période de taxation si elle s'écarte sensiblement de celle qui découlerait des comptes annuels suivants." Le détail du calcul était le suivant:
Valeur de rendement Fr. Fr. Fr.
résultat net de la 1ère année - 1998 28'236
corrections du résultat net 0 28'236
résultat net de la 2ème année - 1999 17'372
corrections du résultat net 0 17'372
2ème année (doublé) 17'372
62'980
moyenne (: 3) 20'993
moins 30% déduction pour risques - 6'298
résultat net déterminant 14'695
capitalisé à 6% 244'922
doublée 244'922
Valeur intrinsèque (bilan: 31.12.1999)
capital-actions (1'200 à Fr. 1000) 1'200'000
perte reportée 461'429 738'571
réserves ouvertes y compris le report 0
./. Perte reportée au 1.1.1999 - 478'801 259'770
(...)
autres réserves latentes imposées 259'770
Total (2 x valeur de rendement / 1 x valeur intrinsèque) 749'614
moyenne (: 3) 249'871
divisée par le nombre d'actions (: 1200) 208
Valeur fiscale brute au 1er janvier 2000 arrondie à 200
C. Le 2 novembre 2000, 2.******** SA d'une part (représentée par C._), BX._ et AX._ d'autre part, ont passé une convention par laquelle la première vendait aux seconds ses 400 actions nominatives de 4.******** SA (soit 1/3 du capital-actions) au prix de 80'000 fr. au total, à savoir au prix déterminé par l'ACI de 200 fr. par action. On extrait de la convention les passages suivants:
"Il est préliminairement exposé que 2.******** [2.******** SA] détient actuellement le 33 1/3 % du capital-actions de 4.******** S.A. à Villeneuve, soit 400 actions nominatives de Fr. 1'000.-- de nominal chacune, entièrement libérées.
Que par décision de ce jour, conformément aux articles 7 à 9 de ses statuts, les autres actionnaires de 4.******** S.A. ont accepté de renoncer à leur droit d'acquisition prioritaire en faveur de [BX._ et AX._].
Les parties conviennent dès lors de ce qui suit:
Article 1
2.******** déclare vendre à ABX._, qui déclare les acquérir, 400 actions nominatives de 4.******** S.A.
Article 2
Le prix de vente est fixé d'un commun accord à la somme de Fr. 80'000.-- (huitante mille francs suisses), correspondant à la valeur fiscale de ces titres, communiquée en date du 11 août 2000 par l'Administration cantonale vaudoise des impôts.
(...)
Les acheteurs: 2.******** S.A.
BX._ AX._ C._"
D. L'année suivante, par convention du 21 novembre 2001, E._ a vendu à F._ (déjà actionnaire pour 1/3) ses propres 400 actions de 4.******** SA au prix de 150'000 fr. au total, soit de 375 fr. par action. Ce montant était acquitté par "annulation du prêt de Fr. 150'000.-" qui avait été accordé par F._ à E._. Possédant désormais 2/3 du capital-actions, F._ est ainsi devenu actionnaire majoritaire de 4.******** SA.
E. Dans sa déclaration d'impôt pour la période fiscale 1999-2000, 2.******** SA a présenté des comptes faisant apparaître une provision pour perte sur participation de 320'000 fr. au 31 décembre 1999, les 400 actions de 4.******** SA étant inscrites à cette même date à leur valeur nominale de 1'000 fr., soit au total à 400'000 fr. Toujours pour la période fiscale 1999-2000, 4.******** SA faisait état, selon bilan produit en annexe à la déclaration, de pertes de 461'429 fr. au 31 décembre 1999 et de 423'598 fr. au 31 décembre 2000. Par lettre du 7 janvier 2002, l'Office d'impôt des personnes morales (ci-après: OIPM) a demandé à 2.******** SA de produire pour les exercices 1999 et 2000 les pièces et explications suivantes:
- Justification de la "Provision pour perte sur participation" de Fr. 320'000.-
- (...)
- Copie de la convention de vente des actions "4.******** S.A." avec calcul détaillé et justification du prix de vente.
La fiduciaire D._, organe de révision de 2.******** SA, a remis copie de la convention de vente précitée à l'OIPM par courrier du 28 janvier 2002, en précisant par ailleurs:
"(...)
La vente a été effectuée sur la base de la valeur fiscale des titres, déterminée par vos services en date du 11 août 2000.
Cette participation, acquise en 1985, a évolué défavorablement depuis le début; c'est la raison pour laquelle une provision a été constituée et adaptée d'année en année en fonction de l'évaluation des actions.
(...)"
F. Taxations de 2.******** SA - Année 2000
a) Par décisions de taxation définitive du 6 mars 2002 portant sur l'impôt cantonal et communal et l'impôt fédéral direct de 2.******** SA pour l'année 2000, l'OIPM a retenu que la valeur de l'estimation fiscale des actions de 4.******** SA n'était pas déterminante pour leur prix de vente. Il fallait prendre en considération leur valeur comptable au 31 décembre 1999, à savoir leur valeur nominale de 1'200'000 fr. diminuée du report des pertes de 461'429 fr., soit 738'571 fr., partant 615 fr. chacune. En d'autres termes, l'OIPM a fixé la valeur des actions de 4.******** SA sur la base des fonds propres. Les 400 actions vendues à BX._ et AX._ à raison de 200 fr. chacune, soit 80'000 fr., valaient ainsi 246'000 fr., ce qui impliquait une reprise de 166'000 fr. L'OIPM a dès lors modifié le résultat net de 2.******** SA à 59'000 fr., ainsi qu'il suit:
"Résultat de l'exercice 10'709
Différence entre valeur vénale et estimation fiscale
de la participation reprise par l'actionnaire 166'000
Bénéfice net déterminant ou perte de l'exercice 176'709
./. pertes non compensées des 7 exercices précédents - 117'688
Bénéfice net déterminant ou perte nette
après imputation des pertes 59'021
=====
Bénéfice imposable vaudois 100,000 % 59'021
=====
(...)"
b) Le 2 avril 2002, 2.******** SA a déposé une réclamation contre les décisions de taxations du 6 mars 2002 en invoquant les motifs suivants:
"Compte tenu des circonstances particulières qui ont amené nos clients à procéder au transfert des titres de la société 4.******** SA qui vous ont été exposées en détail, ainsi que des divers justificatifs qui vous ont été soumis à cette occasion, nous ne pouvons admettre la reprise effectuée.
En effet, la valeur retenue, qui correspond à l'estimation fiscale déterminée par vos propres services en date du 11 août 2000 sur la base du bilan au 31.12.1999 soit le dernier bilan établi avant le transfert, est calculée selon un mode équivalant à la méthode dite des praticiens qui est reconnue, admise et largement utilisée dans notre pays. Le fait de s'en écarter uniquement parce que l'une des parties est un actionnaire est, à notre avis, discriminatoire et laisse la porte ouverte à tous les abus.
Pour terminer, et comme proposé lors de notre entrevue, nous vous rappelons que nos clients, désireux de prouver qu'ils n'ont pas effectué cette opération dans le but d'en tirer un quelconque profit, sont prêts à annuler cette opération et à restituer à la société les titres vendus aux mêmes conditions et avec effet rétroactif, opération pouvant être en cas d'accord comptabilisée dans l'exercice 2001 pas encore clôturé à ce jour.
(...)"
c) L'OIPM a confirmé ses décisions le 15 avril 2002.
Le 30 avril 2002, par l'intermédiaire de son conseil, 2.******** SA a maintenu sa réclamation en contestant avoir procédé à une distribution dissimulée de bénéfice:
"(...)
2.- En l'espèce, vous considérez que la valeur des titres selon les instructions concernant l'estimation des titres non cotés en vue de l'impôt sur la fortune ne correspond pas à la valeur vénale d'une action. Or, il est patent que ces instructions sont fondées sur la principale méthode d'évaluation des entreprises reconnues en Suisse, soit la méthode des praticiens. On considère que la valeur d'une société correspond à la moyenne pondérée de deux-tiers de la valeur de rendement et un tiers de la valeur vénale. Il n'est pas possible de s'arrêter à la seule estimation des fonds propres dans la mesure où les investisseurs sont principalement intéressés par la capacité de rendement d'une entreprise. Les fonds propres ne sont pas seuls déterminants car il s'agit généralement d'actifs circulants ou immobilisés nécessaires à l'entreprise dont la valeur de liquidation est très basse en comparaison de leur valeur de continuation. On peut toutefois s'écarter d'une telle pratique lorsque les actifs d'une société ne sont constitués que de liquidités ou d'actifs très facilement négociables comme des titres. Tel est le cas des sociétés holding pures, sociétés de gérance de fortune et sociétés de financement au sens des Instructions (No 46 à 49).
3.- En l'espèce, les parties ont négocié les actions de 4.******** SA à la valeur calculée par votre autorité en date du 11 août 2000, soit trois mois avant l'acte de vente. Les parties se sont au demeurant clairement basées sur la valeur indiquée par l'autorité fiscale pour procéder au transfert. Cette estimation correspondant à une valeur reconnue de façon générale en Suisse pour le transfert d'une entreprise est conforme à la valeur vénale d'un titre. Il n'y a donc pas disproportion évidente pour les parties lorsqu'elles ont transféré les titres. Enfin, les parties se fondant sur une estimation de l'autorité fiscale ne pouvaient être que de bonne foi lorsqu'elles ont fixé cette valeur, ce qui exclut également une distribution dissimulée de bénéfice en l'absence de volonté de favoriser un actionnaire ou l'un de ses proches."
d) L'OIPM a présenté une "proposition de règlement" par lettre du 26 novembre 2003, rappelant les principes dégagés par la doctrine et la jurisprudence du Tribunal fédéral en matière de distribution dissimulée de bénéfice. Il a notamment relevé:
"(...)
Dans le cadre de ses compétences, l'autorité fiscale doit veiller à ce que les personnes morales traitent avec leurs membres ou des personnes proches comme elles le feraient avec des tiers. En effet, lorsqu'une personne morale s'appauvrit en accordant consciemment à ses membres, ou à des personnes proches, des avantages qu'elle n'aurait pas accordés à des tiers elle procède à une distribution dissimulée de bénéfice.
(...)
Déterminer si la société a en l'occurrence procédé à des répartitions de bénéfices dissimulés à ses actionnaires implique donc de vérifier si le prix de vente des actions 4.******** [4.******** SA] correspond au prix qui aurait été convenu entre tiers indépendant, respectivement de vérifier si l'estimation fiscale peut être retenue à ce titre.
(...)
L'évaluation d'entreprise est une matière complexe, nécessitant des connaissances techniques particulières. Il ne s'agit pas ici de calculer une valeur vénale exacte, mais uniquement de vérifier si le prix de vente des actions 4.******** [4.******** SA] correspond à un prix de vente qui aurait été convenu entre tiers indépendant.
(...)
L'argument selon lequel les parties ont arrêté le prix de vente sur la base l'estimation fiscale, au seul motif qu'elle émane de notre autorité et qu'elle est assise sur une méthode comparable à celle dite des praticiens, doit être rejeté. D'une part, comme il a été expliqué plus haut, cette estimation schématique vise avant tout une taxation uniforme de l'impôt sur la fortune des personnes physiques. D'autre part, si la réelle volonté des parties était de se fonder sur l'estimation fiscale, au motif qu'elle est comparable à celle des praticiens, la prudence aurait commandé au vendeur de vérifier le calcul de cette estimation fiscale. En l'occurrence, tel n'a pas été le cas."
Dans le courrier précité, l'OIPM a en outre constaté que le calcul de l'estimation fiscale, notifié le 11 août 2000, se fondait sur une valeur intrinsèque erronée. La rectification conduisait à fixer l'estimation fiscale des actions de 4.******** SA à 340 fr., ainsi qu'il suit:
"(...) Le calcul de la valeur intrinsèque tient compte à la fois de la perte reportée au 31.12.1998 de 478'801 francs que de la perte reportée au 31.12.1999 de 461'429 francs (double déduction).
Le calcul corrigé est le suivant:
fr. fr.
Valeur de rendement (Vr) (doublée) 489'844
Valeur intrinsèque * (Vi) Capital-actions 1'200'000
Pertes reportées - 461'429 738'571
Sous total 1'228'415
* Pas de réserves latentes
Estimation fiscale Vr2 + Vi 409'471 3 _
Par action (arr) 340
Soit, pour 400 actions 136'000
Au lieu de 80'000
Compte tenu de ce qui précède, nous devons confirmer la décision de l'OI PM tendant à fixer la valeur vénale du capital-actions de 4.******** [4.******** SA] à 738'000 francs, soit la valeur de ces fonds propres au 31 décembre 1999 (qui, au demeurant, ne tient pas compte du résultat positif réalisé dans l'année de la vente).
En conséquence, et contrairement à vos conclusions, nous considérons que la différence entre le prix de vente de 80'000 francs et la valeur vénale fixée par l'OI PM de 246'000 francs (738'000 francs / 3) est suffisamment significative pour considérer que la société a fait une prestation sans recevoir une contre-prestation équivalente et qu'elle n'aurait pas été accordée, ou du moins pas dans la même mesure, à une personne étrangère à la société et que cette disproportion était reconnaissable par les organes de la société.
La reprise de l'OI PM est maintenue à 166'000 francs. Les éléments déterminants pour le calcul de l'impôt restent à 59'000 francs pour le bénéfice net imposable et à 175'000 francs pour le capital imposable. (...)"
e) Par lettre du 15 juillet 2004, le conseil de 2.******** SA a confirmé qu'il maintenait la réclamation formée le 2 avril 2002 contre les décisions de taxation du 6 mars 2002. Il contestait la valorisation faite de la société 4.******** SA, dont les fonds propres, en cas de liquidation, n'auraient peut-être pas pu être remboursés, en prenant les chiffres suivants sur la base des comptes annuels 1999 et 2000:
"- les capitaux étrangers (1999: Fr. 992'129.-; 2000: Fr. 881'256.-) n'auraient pu être remboursés que partiellement par les disponibles, actifs transitoires et débiteurs clients sous déduction du Ducroire (1999: Fr. 497'253.-; 2000: Fr. 687'811).
- Il découle de ce qui précède que les valeurs immobilisées (1999: Fr. 119'520.-; 2000: Fr. 101'739.-) et le stock de marchandises (1999: Fr. 1'113'886.-; 2000: Fr. 868'108.-), soit au total Fr. 1'233'136.- pour 1999 et Fr. 969'847.- pour 2000 auraient dû être mis à contribution pour payer le solde de fonds étrangers par Fr. 494'556.- pour 1999 et Fr. 193'445.- pour 2000.
- A titre d'exemple, avec une moins-value de 50% sur la réalisation des actifs immobilisés et du stock (sans constitution de réserve ni provision), ce qui n'a rien d'exceptionnel en cas de liquidation, ces postes ne vaudraient alors plus que Fr. 616'568.- en 1999 et Fr. 484'924.- en 2000. Après remboursement des dettes sociales, les fonds disponibles pour rembourser le capital de Fr. 1'200'000.- passent à Fr. 122'012.- en 1999 et Fr. 291'479.- en 2000. Si la dévaluation du stock est encore plus importante, les fonds propres risquent, en cas de liquidation, de ne jamais être remboursés."
Le conseil a encore relevé que le stock de marchandises de 4.******** SA était constitué de 13'000 articles, dont des instruments difficilement vendables, en raison de l'évolution des techniques et des dates de péremption (composites et films radiologiques). Il s'agissait de matériel qui pouvait perdre jusqu'à 90% de sa valeur, comme le montraient les prix adjugés lors de ventes aux enchères suite à des faillites pour du matériel dentaire. A cela s'ajoutait que la participation avait été achetée alors que la société ne dégageait pas de marge bénéficiaire importante (exercices 1997, 1998 et 1999) et que le résultat de l'exercice 2000 n'était pas encore connu. S'agissant au surplus d'une participation minoritaire, aucun acquéreur sans lien d'actionnariat ne l'aurait acquise à la valeur de ses fonds propres. L'achat ultérieur de 400 actions de 4.******** SA au prix de 150'000 fr. permettait par contre à l'acheteur F._ de devenir actionnaire majoritaire, sa participation passant de 1/3 à 2/3 du capital social. A cela s'ajoutait que le bénéfice de l'année 2001 était en augmentation de plus de 400% par rapport à celui de l'année 2000. En outre, on pouvait se demander si le prix pour cette deuxième vente était réellement représentatif, dans la mesure où l'acquéreur avait une créance envers le vendeur et que le rachat des titres permettait de récupérer la créance par compensation avec le prix des actions.
f) Le 2 octobre 2006, la section juridique de l'ACI a formulé à 2.******** SA une nouvelle "proposition de règlement". Elle relevait à titre préliminaire que l'estimation fiscale du 11 août 2000 ne pouvait être considérée comme une promesse de l'autorité fiscale d'accepter un transfert des actions sur cette base. Quant à l'erreur de calcul, l'administré ou à tout le moins son représentant, aurait dû se rendre compte que l'estimation tenait compte à la fois de la perte reportée au 13 décembre 1998 et de celle au 31 décembre 1999. L'ACI a finalement déclaré accepter, compte tenu des circonstances particulières du cas, de baser sa reprise sur l'estimation fiscale des titres, toutefois sur la valeur corrigée de 136'000 fr. pour 400 actions (soit 340 fr. par action) et non sur la valeur erronée de 200 fr. par action, résultant de la double prise en compte de la perte. Le bénéfice imposable de 2.******** SA pour l'année 2000 se trouvait ainsi réduit à une perte à reporter de 50'979 fr. (bénéfice net déterminant 66'709 fr., moins les pertes non compensées 117'688 fr.).
Par lettre adressée le 8 novembre 2006 par son conseil à l'ACI, 2.******** SA a refusé la proposition de règlement du 2 octobre 2006. Afin de liquider le litige, elle réitérait une proposition faite par téléphone à l'ACI, à savoir que l'autorité fiscale se fonde effectivement pour le prix du transfert des actions sur la valeur corrigée de l'action (soit 340 fr.), mais sous déduction d'un abattement de 30% pour participation minoritaire. Sa participation dans 4.******** SA portait en effet sur un paquet de 33 1/3 % et les conditions pour refuser l'abattement de 30% n'étaient dès lors pas réunies en l'espèce.
G. Taxations de 2.******** SA - périodes fiscales 2001 à 2003
Entre-temps, soit le 23 mars 2006, l'OIPM a rendu pour 2.******** SA des décisions de taxation définitive (impôt cantonal et communal et impôt fédéral direct) pour les périodes 2001 à 2003. Pour 2001, elle a retenu un bénéfice net imposable de 14'300 fr., pour 2002 une perte nette de 38'400 fr., et pour 2003 une perte nette de 4'800 fr.
Par courrier du 10 avril 2006, la fiduciaire D._ a déposé une réclamation contre ces décisions précitées du 23 mars 2006.
H. Décision sur réclamation - Taxations 2.******** SA - périodes fiscales 2000 à 2003
Par décision sur réclamation rendue le 30 janvier 2007, l'ACI a statué sur la réclamation de 2.******** SA du 2 avril 2002 (période fiscale 2000) et sur celle du 10 avril 2006 (périodes fiscales 2001 à 2003). Elle a partiellement admis les réclamations pour les périodes fiscales 2000 et 2001 (sur la base de la proposition de règlement du 2 octobre 2006 comptant la participation à 4.******** SA à 340 fr. par action), fixant le bénéfice imposable à fr. zéro et les pertes reportables à respectivement 50'979 fr. (2000) et 36'644 fr. (2001). Pour les périodes fiscales 2002 et 2003, elle a déclaré les réclamations irrecevables et elle a fixé les pertes reportables à 38'402 fr. (2002) et 41'541 fr. (2003).
Cette décision est entrée en force.
I. Taxation de ABX._ - période fiscale 2001-2002
Par décision de taxation du 2 décembre 2002 (période fiscale 2001-2002), l'Office d'impôt du district de Vevey (ci-après: OID Vevey) a fixé le revenu imposable de ABX._ à 203'300 fr. au taux de 72'900 fr. et la fortune imposable à 429'000 fr. Il a expliqué avoir ajouté aux revenus déclarés une prestation à l'actionnaire de 166'000 fr. (conformément à la décision de taxation du 6 mars 2002 de 2.******** SA comptant ses actions de 4.******** SA à 615 fr. par action), avec la justification suivante:
"Autres revenus 166.000
Concerne: Société 2.******** SA
Achat d'une participation à un prix sous-estimé selon reprise fiscale effectuée dans la société le 6 mars 2002."
Par lettre du 6 décembre 2002 à l'OID Vevey, la fiduciaire D._, agissant au nom de ABX._, a formé une réclamation contre cette décision de taxation du 2 décembre 2002, demandant que les modifications apportées à la taxation soient suspendues jusqu'à droit connu sur la question de la reprise auprès de 2.******** SA.
Le 23 mars 2007, l'OID Vevey a adressé à la fiduciaire D._ une proposition de règlement tenant compte de la décision sur réclamation du 30 janvier 2007 portant sur la taxation de 2.******** SA pour la période fiscale 2000, fixant la participation à 4.******** SA à 340 fr. par action, selon l'estimation fiscale rectifiée. Elle augmentait également la fortune imposable de ABX._. Elle invoquait ainsi les motifs suivants:
"Société 2.******** SA, achat d'une participation à un prix sous-estimé selon reprise fiscale effectuée dans la société le 6 mars 2002 et modifiée à la baisse le 30 janvier 2007 (de Fr. 166'000.- à Fr. 56'000.-) et augmentation de l'estimation des titres 4.******** SA de Fr. 80'000.- à Fr. 136'000.-."
Par courrier du 29 mars 2007, agissant par l'intermédiaire du conseil de 2.******** SA, ABX._ ont maintenu leur réclamation, pour les mêmes motifs qu'invoqués dans la procédure relative à 2.******** SA.
J. Décision sur réclamation - Taxation ABX._ - période fiscale 2001-2002
La section juridique de l'ACI a rendu une décision sur réclamation le 20 avril 2007 admettant partiellement la réclamation formée par ABX._ et fixant leur revenu imposable de la période fiscale 2001-2002 à 148'300 fr. (quotient 2,8) et leur fortune imposable à 485'000 fr. (impôt cantonal et communal), ainsi que le revenu imposable pour l'impôt fédéral direct à 139'100 fr. Elle se conformait ainsi à la proposition de règlement du 23 mars 2007, comptant la participation à 4.******** SA à 340 fr. par action, selon l'estimation fiscale rectifiée, tout en refusant l'abattement de 30% pour participation minoritaire.
L'ACI a retenu en substance que les règles de calcul de l'estimation fiscale ne pouvaient être appliquées strictement à la détermination du bénéfice en capital imposable lorsqu'une personne, soumise au principe de la valeur comptable, procédait à la vente de participations (ou les transférait dans sa fortune privée s'il était indépendant). Il ne s'agissait pas ici de calculer une valeur vénale exacte, mais uniquement de vérifier si le prix de vente des actions de 4.******** SA correspondait à un prix qui aurait été convenu entre tiers indépendants. Un des composants du prix était la valeur que l'actionnaire donne à l'entreprise et qui correspond au prix qu'il serait disposé à accepter pour la vendre. Cette valeur correspondait généralement au produit de liquidation de la société (fonds propres, y compris les réserves latentes). C'était donc à juste titre que l'OIPM, puis l'OID, s'étaient écartés de l'estimation fiscale des actions pour baser leur reprise sur le total des fonds propres; l'actionnaire n'aurait en effet pas conclu une vente à un prix inférieur à cette valeur, qui représentait la valeur de liquidation. A cela s'ajoutait qu'un tiers des actions avait été vendu par la suite, le 21 novembre 2001, à un prix plus élevé, soit 150'000 fr. De surcroît, pour tenir compte des arguments des époux X._ tenant à la dépréciation rapide du stock de marchandises dans leur domaine d'activité (matériel dentaire), l'ACI avait accepté, à titre exceptionnel, de retenir l'estimation fiscale corrigée. Quant à l'abattement de 30% pour participation minoritaire sollicité, elle refusait de l'appliquer car, au moment de la vente aux époux X._ du 1/3 du capital-actions, ceux-ci exerçaient une influence déterminante. En effet, 2.******** SA avait une influence égale à celle de deux autres actionnaires, possédant chacun 1/3 du capital, BX._ était administrateur de 4.******** SA depuis 1985 et 2.******** SA était à 100% en mains de AX._ (en tout cas depuis 1999).
Quant à la fortune imposable des époux X._, elle avait été augmentée "pour tenir compte de l'erreur faite par l'ACI lors de la détermination de l'estimation fiscale". L'abattement de 30% pour participation minoritaire devait également être refusé pour les raisons déjà exposées.
K. Recours de ABX._ contre la décision sur réclamation du 20 avril 2007 - période fiscale 2001-2002
a) Par l'intermédiaire de leur conseil, ABX._ ont déféré la décision de l'ACI du 20 avril 2007 au Tribunal administratif (dès le 1er janvier 2008, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal; CDAP), concluant à sa réforme en ce sens que la reprise d'une soi-disant distribution dissimulée de bénéfice en provenance de 2.******** SA soit annulée et que pour l'impôt sur la fortune la déduction de 30% pour participation minoritaire dans 4.******** SA soit accordée. A titre de mesures d'instruction, les recourants ont notamment requis une audience de jugement, afin que BX._ puisse expliquer les modalités de l'opération litigieuse, puisque l'aspect subjectif était un des éléments constitutifs de la distribution dissimulée de bénéfice et qu'il s'était fondé de bonne foi sur la notification de l'estimation fiscale des actions de 4.******** SA pour fixer le prix de vente des actions.
S'agissant de la décision sur réclamation notifiée le 30 janvier 2007 (taxations 2.******** SA - périodes fiscales 2000 à 2003), les recourants ont confirmé ne pas l'avoir contestée. Les réclamations ayant été partiellement admises au point que le résultat était négatif pour l'année 2000, ramené à zéro pour 2001, et celui des années 2002 et 2003 étant déjà de zéro, il y avait en effet absence d'intérêt actuel à ce que 2.******** SA s'y oppose, cela indépendamment de la reprise.
Les recourants se sont déclarés prêts à accepter la valeur corrigée de l'estimation fiscale (340 fr. par action), mais avec la déduction forfaitaire de 30% pour participation minoritaire. Ils contestent en effet que l'estimation fiscale rectifiée corresponde réellement à la valeur de la société, à tout le moins si la déduction forfaitaire ne leur est pas accordée. Il n'y avait pas eu volonté et conscience de favoriser l'actionnaire. La disproportion n'aurait pas été manifeste, surtout si leur position de minoritaire avait été prise en compte. Quant aux conditions de la transaction entre les actionnaires E._ et F._, une année plus tard, elles étaient fondamentalement différentes, le premier étant débiteur du second pour la somme de 150'000 fr. et se trouvant en difficultés financières, ce qui ne lui permettait pas de rembourser son prêt facilement. C'est la raison pour laquelle il avait accepté de transférer ses titres pour un montant lui permettant de compenser le prêt. Pour l'acquéreur, le transfert lui permettait de passer d'une position d'actionnaire minoritaire à celle d'actionnaire majoritaire disposant de 2/3 du capital. A cela s'ajoutait que la situation financière de 4.******** SA s'était considérablement améliorée en 2001 (v. résultats).
Les recourants invoquent leur bonne foi, non par rapport à un renseignement de l'autorité qu'ils auraient sollicité, mais par rapport à un document qui leur a été spontanément remis, en l'espèce l'estimation fiscale des titres.
Ils demandent l'application de la déduction forfaitaire de 30%, car ils contestent avoir eu une influence déterminante sur la société au moment de la vente des actions.
b) Dans sa réponse du 14 juin 2007, l'ACI a conclu au rejet du recours. Elle a rappelé que la valeur retenue pour le transfert des actions de 4.******** SA correspondait à la valeur des fonds propres, soit celle du capital-actions au 31 décembre 1999, sous déduction de la perte reportée (soit 615 fr.). Or, il est douteux que 2.******** SA aurait vendu les actions à un tiers pour un prix inférieur à celui de ces fonds propres. L'autorité intimée a relevé qu'elle avait largement tenu compte de la surévaluation des stocks (v. chiffres). Pour ce qui est de la valeur des actions retenue lors de la transaction, l'autorité intimée a maintenu que la fiduciaire aurait dû se rendre compte de l'erreur sur l'estimation fiscale, valeur qui ne pouvait être reprise telle quelle, ce dont les parties auraient dû se rendre compte (valeur vénale de la société). S'agissant de la réduction de 30% pour participation minoritaire, elle a confirmé son argumentation.
Dans leur réplique déposée le 3 septembre 2007, les recourants ont complété leur motivation (valeur du stock, augmentation inattendue et spectaculaire du bénéfice de l'année 2001, bonne foi et attitude contradictoire de l'ACI).
L'ACI s'est encore déterminée le 19 septembre 2007 sur les arguments des recourants.
Le tribunal a statué sans audience et par voie de circulation.

Considérant en droit
1. Les recourants contestent la reprise d'une distribution dissimulée de bénéfice à hauteur de 56'000 fr. en raison de leur acquisition le 2 novembre 2000 des 400 actions de 4.******** SA appartenant à 2.******** SA. Ils affirment que la valeur de celles-ci correspond bien au prix de vente de 80'000 fr. (soit 200 fr. par action), et non à 136'000 fr. (soit 340 fr. par action), comme décidé par l'autorité intimée, dans la procédure de taxation de 2.******** SA.
2. En droit fédéral, selon l'art. 58 al. 1 let. b de la loi du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11), le bénéfice net imposable d'une personne morale comprend tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultats, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l’usage commercial, tels que les distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial (ATF 2A.588/2006 du 19 avril 2007 consid. 4.1). Le droit cantonal prévoit les mêmes règles à l'art. 94 let. a à b de la loi du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI; RSV 642.11). Selon la jurisprudence, il y a prestation appréciable en argent lorsque: (a) la société ne reçoit aucune contre-prestation ou pas de contre-prestation équivalente, (b) le bénéficiaire acquiert directement ou indirectement (par exemple par l'intermédiaire d'une personne ou d'une entreprise qui lui est proche) un avantage qui n'aurait pas été accordé à un tiers dans les mêmes conditions, ce qui rend la prestation insolite, enfin (c) lorsque le caractère de cette prestation était reconnaissable pour les organes de la société (ATF 131 II 593 consid. 5 p. 607 ss; 119 Ib 431 consid. 2b p. 435; 115 Ib 274 consid. 9b p. 279; v. aussi arrêt FI.1995.0017 du 23 juin 2000; Peter Brülisauer/Stephan Kuhn in: Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht I/2a, N. 104 ad art. 58 LIFD, Felix Richner/Walter Frei/Stefan Kaufmann, Handkommentar zum DBG N. 91-95 ad art. 58 LIFD). Font partie de ces prestations non seulement les distributions apparentes, mais également les distributions de bénéfices dissimulées, c’est-à-dire les répartitions de bénéfices d’une société de capitaux qui ne figurent pas ouvertement dans la comptabilité commerciale, mais qui sont au contraire dissimulées par des écritures comptables, de telle sorte qu’elles n’apparaissent pas, ou seulement sous un faux jour (ATF 2P.92/2005 du 30 janvier 2006, consid. 7.1; Archives 63 p. 145 consid. 4a p. 151, et les références citées).
3. En liminaire, il sied d'examiner la portée, dans l'examen d'une reprise de distribution dissimulée de bénéfice, des estimations fiscales opérées par l'autorité intimée.
a) L'autorité intimée a effectué l'estimation fiscale des actions de 4.******** SA selon les "Instructions concernant l'estimation des titres non cotés en vue de l'impôt sur la fortune" (ci-après: les instructions). Celles-ci rappellent que la valeur fiscale des titres pour l'impôt sur la fortune est fixée à leur valeur vénale (art. 14 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l’harmonisation des impôts directs des cantons et des communes; LHID; RS 642.14). Elles précisent qu'on entend par valeur vénale le prix d'un bien que l'on peut obtenir dans des circonstances normales (ch. 1). S'agissant des sociétés anonymes commerciales, industrielles et de service, leur valeur résulte de la moyenne pondérée entre la valeur de rendement doublée d'une part, et la valeur intrinsèque déterminée selon principe de continuation d'autre part (E = (2Vr + Vi) / 3) (ch. 41 ss).
En application de ces directives, les actions de la société 4.******** SA ont été d'abord estimées à 200 fr. par l'ACI le 11 août 2000 (v. lettre B supra).
Conformément au courrier du 26 novembre 2003 de l'OIPM (v. lettre F/e supra), ce calcul contient une erreur dans la mesure où la perte reportée de 478'801 fr. au 31 décembre 1998, respectivement au 1er janvier 1999, a été prise en compte une deuxième fois au 31 décembre 1999 à hauteur de 461'429 fr., montant qui correspond à la perte reportée de l'exercice 1998, moins le résultat net de l'exercice 1999 (478'801 - 17'372 = 461'429). Il est donc établi qu'un calcul correct de l'estimation fiscale des actions de 4.******** SA au 1er janvier 2000 est le suivant:
Valeur de rendement (doublée, soit 2 x 244'922) 489'844
Valeur intrinsèque Capital-actions 1'200'000
Pertes reportées - 461'429 738'571
Total (2 x valeur de rendement / 1 x valeur intrinsèque 1'228'415
Moyenne (: 3) 409'471
divisée par le nombre d'actions (: 1200) 341
Valeur fiscale brute au 1er janvier 2000 arrondie à 340
b) Se prévalant en substance de leur bonne foi dans les assurances de l'autorité, les recourants estiment que l'autorité intimée ne saurait revenir sur sa première estimation fiscale, partant que seul le montant de 200 fr. par action alors retenu doit être pris en considération dans la présente procédure de reprise de bénéfice dissimulé.
L'estimation fiscale a pour but de fixer la valeur fiscale des actions utilisée pour la taxation des contribuables au titre de l'impôt sur la fortune (ainsi que l'indique l'intitulé des instructions), parfois aussi au titre de l'impôt sur les donations et successions. Elle ne vise pas à fixer la valeur vénale des actions, décisive dans l'examen d'une reprise de bénéfice dissimulé. La méthode préconisée dans les instructions est proche de la méthode dite des praticiens, mais seulement s'agissant de la formule de calcul. Ainsi, sous réserve d'exceptions, la valeur obtenue au moyen des instructions est basée uniquement sur les valeurs comptables, sans aucun retraitement. Elle ne constitue donc qu'un élément parmi d'autres lors d'une transaction portant sur des actions: la valeur convenue entre les parties est donc susceptible de s'écarter de la valeur fiscale, soit à la hausse, soit à la baisse, notamment en fonction de retraitements comptables ou le cas échéant d'éléments subjectifs.
En l'espèce par conséquent, les recourants ne pouvaient fixer la valeur de la transaction litigieuse en s'appuyant exclusivement sur l'estimation fiscale des actions, celle-ci n'étant qu'un élément pouvant être pris en compte, parmi d'autres, pour déterminer la valeur vénale des titres. C'est donc en vain qu'ils arguent de leur bonne foi à l'égard de la première estimation fiscale de l'autorité intimée.
On ajoutera encore que le fait que l'autorité intimée se soit finalement fondée sur une estimation fiscale - la seconde - pour déterminer la reprise de bénéfice dissimulé, ne conduit pas à une autre conclusion. C'est en effet uniquement compte tenu des circonstances particulières du cas, notamment des arguments relatifs à la dépréciation rapide du stock de marchandise, que l'ACI a accepté de baser sa reprise sur cette estimation à 340 fr., au lieu des 615 fr. d'abord retenus par l'OIPM le 6 mars 2002 et par l'OID Vevey le 2 décembre 2002.
4. Il convient d'examiner si le prix de vente de 200 fr. par titre accordé par les recourants à 2.******** SA pour 400 actions de 4.******** SA (soit 80'000 fr. au total) constituait une contre-prestation équivalente, ou si celle-ci était insuffisante et pouvait être fixée par l'autorité intimée à 340 fr. par action (soit 136'000 fr. au total).
a) L'autorité intimée a rappelé qu'une des composantes du prix de vente est la valeur que l'actionnaire donne à l'entreprise, qui correspond au prix qu'il serait disposé à accepter pour la vendre. Cette valeur correspond généralement au produit de la liquidation de la société, soit les fonds propres, y compris les réserves latentes (v. courrier ACI OIPM du 26.11.2003 p. 4-5). Dans le cas d'espèce, l'autorité intimée avait effectivement déterminé la valeur vénale des actions transférées sur le total des fonds propres, moins les pertes, soit à 615 fr. (valeur nominale du capital de 1'200'000 fr. diminuée du report des pertes de 461'429 fr. au 31 décembre 1999, soit au total 738'571 fr. divisés par le nombre d'actions; cf. let. F/a de la partie "En fait").
On précisera en outre qu'au 31 décembre 1999, les comptes de 4.******** SA font état d'actifs pour un montant total de 1'745'709.32 fr., dont des valeurs immobilisées de 119'520 fr. et un stock de marchandises de 1'113'886.09 fr.
Les recourants contestent que la valeur des actions transférées puisse être déterminée sur la base des fonds propres. A cet égard, ils exposent que les capitaux étrangers (à hauteur de 992'129 fr.) n'auraient pu être remboursés que partiellement par les disponibles, actifs transitoires et débiteurs clients sous déduction du Ducroire (497'253 fr.), de sorte que les valeurs immobilisées et le stock auraient dû être mobilisés pour payer le solde des fonds étrangers (de 494'556 fr., recte: 494'876 fr.). Or, avec une moins-value de 50% sur la réalisation des valeurs immobilisées et du stock, ce qui n'a rien d'exceptionnel en cas de liquidation, ces postes ne vaudraient ainsi plus que 616'568 fr. Ainsi, toujours selon les recourants, après remboursement des dettes sociales, les fonds disponibles pour rembourser le capital de 1'2000'000 passeraient à 122'012 fr.
Toutefois, s'il est vrai que le réviseur a relevé dans son rapport établi le 20 avril 2000 que le stock de marchandises devait, à son avis, faire l'objet d'une décote de l'ordre de 75'000 fr. à 100'000 fr., voire plus, ce montant n'est en rien comparable aux 50% évoqués par les recourants. Au 31 décembre 2000, les actifs étaient de 1'672'657.77 fr., soit une légère diminution par rapport à l'exercice précédent, avec un stock de marchandises de 868'107.97 fr. et aucune remarque du réviseur s'agissant d'une décote du stock de marchandises. Il convient dès lors d'admettre que l'argument des recourants consistant à prétendre que les actions de la société n'atteignaient pas la valeur des capitaux propres (738'570.51 fr. au 31.12.1999 - soit 615 fr. par action - et 776'401.38 au 31.12.2000) ne saurait être retenu.
b) Au demeurant, l'autorité fiscale a finalement fixé la valeur des actions de 4.******** SA vendues aux recourants non pas à 615 fr. par action (soit 246'000 fr. au total), mais à 340 fr. par action (soit à 136'000 fr. au total) correspondant à l'estimation fiscale rectifiée. Or, même une forte dévaluation des valeurs immobilisées et du stock ne justifierait pas de descendre en dessous de ce dernier montant. De surcroît, la valeur retenue est raisonnable, puisqu'elle prend en compte la valeur de rendement, donc en particulier l'impact des résultats des deux derniers exercices connus.
On rappellera d'ailleurs que l'actionnaire et administrateur E._ a vendu une année plus tard à F._ son propre paquet de 400 actions au prix de 375 fr. par action, soit à une somme supérieure aux 340 fr. retenus par l'autorité intimée. Les explications des recourants à cet égard - prix aurait été fixé en fonction de la situation financière du vendeur et du prêt consenti par l'acquéreur, qui pouvait ainsi devenir actionnaire majoritaire - ne sont pas convaincantes ni déterminantes. Il paraît en effet pour le moins surprenant que F._ ait renoncé en novembre 2000 à son droit d'acquisition prioritaire sur les actions de 4.******** SA en faveur des recourants, alors que ce droit lui permettait de devenir actionnaire majoritaire de 4.******** SA au prix de 80'000 fr., au lieu des 150'000 fr. payés l'année suivante. Même prise sous l'angle des résultats de la société (résultat net de l'exercice), la différence de prix ne se justifie pas puisqu'ils ont passé de 28'236.55 fr. (31.12.1998), à 17'371.92 fr. (31.12.1999), puis à 37'830.87 fr. (31.12.2000) et enfin à 165'690.95 (31.12.2001). L'argument des recourants qui prétendent que le résultat de l'exercice 2000 (de plus du double du précédent) n'était pas encore connu au moment de la vente en novembre 2000, tout en affirmant que celui de l'exercice 2001, accusant aussi une importante augmentation, aurait influencé le prix de la vente en novembre 2001, doit être écarté.
c) On peut donc admettre que le montant finalement retenu de 340 fr. par action correspond à la valeur vénale des titres, les recourants n'ayant pas apporté d'éléments permettant d'établir le contraire.
Il est dès lors établi que le montant de 80'000 fr. (soit 200 fr. par action) versé par les recourants à 2.******** SA pour l'acquisition de 400 actions de 4.******** SA ne constituait pas une contre-prestation équivalente, celle-ci devant être fixée à 136'000 fr. (soit 340 fr. par action).
5. Dans ces conditions, force est de confirmer également que les recourants ont acquis un avantage qui n'aurait pas été accordé à un tiers dans les mêmes conditions, ce qui rend la prestation insolite. On soulignera à cet égard que AX._ détenait à tout le moins dès 1999 l'entier du capital-actions de 2.******** SA et que BX._ était annoncé comme "proche actionnaire" titulaire d'un compte courant débiteur auprès de 2.******** SA de 80'426 fr. au 31.12.2000.
De même, il sied de retenir qu'en faisant preuve de l'attention commandée par les circonstances, ils ne pouvaient ignorer que le prix payé pour la participation était inférieur à la valeur vénale et qu'il s'agissait d'un prix de faveur qui n'aurait pas été accordé à des tiers (principe dit du "dealing at arm’s length") (cf. aussi sur cette question le consid. 3 ci-dessus).
6. Par conséquent, la différence de 56'000 fr. doit être ajoutée aux revenus des prénommés en tant que prestation appréciable en argent versée par 2.******** SA à des personnes proches de la société.
Elle doit également être ajoutée à leur fortune.
7. Les recourants invoquent la déduction forfaitaire pour restrictions apportées à des droits patrimoniaux, puisque la participation acquise ne représentait que 33 1/3 % du capital-actions.
a) La déduction forfaitaire pour restrictions apportées à des droits patrimoniaux permet de tenir compte tant de l'influence réduite dont jouit le porteur d'une participation minoritaire au sein de la direction de l'entreprise ou dans la prise de décisions à l'assemblée générale, que de la transmissibilité restreinte des parts de la société (ch. 71 des instructions). La déduction forfaitaire est accordée généralement à toutes les participations jusqu'à 50% du capital-actions y compris. Sont déterminants les rapports de participation à la fin de la période fiscale (ch. 72 1 des instructions). La déduction forfaitaire n'est plus accordée dès que le titulaire d'une participation minoritaire exerce une influence déterminante (droit d'administration commune, addition de titres, etc.) (ch. 72 3 des instructions).
b) En l'espèce, la question de savoir si les conditions pour une déduction forfaitaire sont remplies a perdu l'essentiel de sa portée, dès lors qu'il a été admis ci-dessus que la valeur retenue par l'autorité intimée correspond à la valeur vénale des titres.
Quoi qu'il en soit, les conditions en cause ne sont pas satisfaites, pour les motifs qui suivent. Il est vrai que les recourants n'ont acquis que le tiers des actions de 4.******** SA, les autres actionnaires au moment de l'acquisition de la participation étant F._ pour un tiers et E._ pour un autre tiers. Toutefois, BX._ était secrétaire du conseil d'administration de 1993 à 1995 et il a été remplacé au conseil d'administration dès le 2 novembre 1995 par G._ qui n'est autre que le père de AX._, respectivement son beau-père, et qui a pris la fonction d'administrateur, avec pouvoir de signature collective à deux. Ainsi, avec une participation d'un tiers du capital-actions et un membre de la famille proche siégeant comme administrateur au conseil d'administration de la société, l'influence de la famille X._ était déterminante. Ce fait est confirmé par la reprise de la fonction d'administrateur par AX._, le 17 mai 2002, lorsque son père G._ et l'administrateur E._ ont quitté leurs fonctions respectives d'administrateur et d'administrateur président.
8. Il résulte des considérants qui précèdent que le recours doit être rejeté et la décision querellée confirmée. Un émolument de justice est mis à la charge des recourants qui succombent. Il n'est pas alloué de dépens.