Decision ID: 874c93bc-721f-53d2-9b77-247a156fa7be
Year: 2009
Language: de
Court: CH_BVGE
Chamber: CH_BVGE_001
Canton: CH
Region: Federation
Law Area: 

Sachverhalt:
A. Die Kollektivgesellschaft X. (....) ist seit dem 1. Januar 1995 im  der Mehrwertsteuerpflichtigen der Eidgenössischen  (ESTV) eingetragen. Nach einer Kontrolle stellte die ESTV  die Steuerperioden 1. Quartal 1995 bis 2. Quartal 1999 unter anderem die Ergänzungsabrechnung (EA) Nr. 102'418 über Fr. ... aus. In einem Schreiben vom 20. Dezember 2000 kam die ESTV zum Teil auf ihre Qualifikationen im Rahmen der EA zurück. Insbesondere seien die Beiträge des Bundes für die Forschung im Rahmen der europäischen Forschungsprogramme F. als Subventionen bzw. Beiträge der öffentlichen Hand anzusehen, die nicht der Steuer , aber zu einer Vorsteuerkürzung führten. Die Zahlungen des Bundes aufgrund des Vertrags betreffend Koordination bzw. Führung des Sekretariats im Rahmen der Aktion F. hingegen stellten steuerbare Gegenleistung dar. Mit Gutschriftsanzeige (GS) vom 31. Januar 2001 über Fr. ... wurde eine entsprechende Korrektur der Steuerforderung vorgenommen. Mit Entscheid vom 4. Dezember 2001 erkannte die ESTV, sie habe von der X. zu Recht Fr. ... Mehrwertsteuer zuzüglich Verzugszins nachgefordert. Hiergegen wurde am 16. Januar 2002 Einsprache erhoben.
B. Mit Einspracheentscheid vom 15. November 2006 stellte die ESTV – neben anderem – die Rechtskraft des Entscheids vom 4. Dezember 2001 im Umfang von Fr. ... (zuzüglich Verzugszins) fest (Ziff. 1 Dispositiv), hiess die Einsprache im Umfang von Fr. ... gut (Ziff. 2), und stellte fest, die Kollektivgesellschaft X. schulde der ESTV für die Steuerperioden 1. Quartal 1995 bis 2. Quartal 1999 Fr. ... Mehrwertsteuer zuzüglich Verzugszins, wobei die Zahlung vom 12. Januar 2000 über Fr. ... an diese Steuerschuld angerechnet werde (Ziff. 3). Die teilweise Gutheissung (Ziff. 2 Dispositiv) beruhte darauf, dass die ESTV den Forschungsbeitrag des Bundesamts für Bildung und Wissenschaft (BBW) im Zusammenhang mit dem Projekt .... anders als zuvor und entsprechend der Ansicht der Einsprecherin als Subventionen qualifizierte. Die Aufrechnung gemäss EA Nr. 102'418 Ziff. 1 (Fr. ....) werde entsprechend wieder gutgeschrieben, wobei aufgrund der vorzunehmenden verhältnismässigen Vorsteuerkürzung (von Fr. ....) die Gutschrift Fr. ... betrage. Die gestützt auf verschiedene Verträge erfolgten Zahlungen der Bundesämter betreffend die Führung
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des Sekretariats im Rahmen der F.-Zusammenarbeit hingegen stellten steuerbare Entgelte dar und insofern sei die Nachbelastung mittels EA Nr. 102'418 zu bestätigen. Es sei dabei ein Auftrag für im Interesse der Bundesämter vorzunehmende Aufgaben erteilt worden und es gehe nicht um eine Unterstützung von Forschungen oder die generelle Förderung eines wissenschaftlichen Projekts. Im Gegensatz zur eigentlichen Forschungstätigkeit im Zusammenhang mit dem Projekt F., wo die vom Bund geleisteten Zahlungen nicht der Mehrwertsteuer unterworfen worden seien, gebe es auch keine für eine breite Öffentlichkeit zugänglichen Forschungsresultate.
C. Mit Beschwerde an die Eidgenössische Steuerrekurskommission (SRK) vom 27. Dezember 2006 beantragt die X. (Beschwerdeführerin) unter Kosten- und Entschädigungsfolgen sinngemäss, es sei der Einspracheentscheid aufzuheben und die Umsätze im Zusammenhang mit dem F. Sekretariat (...) steuerfrei zu belassen. Sie vertritt, es sei beim F.-Sekretariat kein Leistungsaustausch gegeben. Der Beitragszahler fordere vom Beitragsempfänger keine konkrete Gegenleistung, sondern wolle diesen zu einem bestimmten Verhalten zu veranlassen. Stossend sei überdies, dass ein Teil der besteuerten Fr. ..., nämlich Fr. ..., Beiträge der Europäischen Union (EU) darstellten und (diesbezüglich) Auftraggeber die Europäische Kommission sei. Dabei handle es sich um ausgenommene Umsätze bzw. Auslandumsätze. Schliesslich sieht die Beschwerdeführerin in verschiedener Hinsicht eine rechtsungleiche Behandlung.
D. Mit Vernehmlassung vom 26. April 2007 beantragt die ESTV  Abweisung der Beschwerde, wiederholt im Wesentlichen den im Einspracheentscheid wiedergegebenen Standpunkt und nimmt Stellung zu verschiedenen Vorbringen der Beschwerdeführerin.
E. Auf die weiteren Begründungen in den Eingaben der Parteien wird – soweit entscheidrelevant – im Rahmen der Erwägungen eingegangen.

Das Bundesverwaltungsgericht zieht in Erwägung:
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1.
1.1 Auf dem Gebiet der Mehrwertsteuer konnten  der ESTV nach Art. 65 des Mehrwertsteuergesetzes vom 2.  1999 (MWSTG, SR 641.20) bzw. Art. 53 der Verordnung vom 22. Juni 1994 über die Mehrwertsteuer (MWSTV, AS 1994 1464) mit Beschwerde bei der SRK angefochten werden. Die SRK ist per 31.  2006 aufgelöst worden und das Bundesverwaltungsgericht hat am 1. Januar 2007 seine Tätigkeit aufgenommen. Gemäss Art. 31 des Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das  (VGG, SR 173.32) beurteilt dieses Beschwerden gegen  nach Art. 5 des Bundesgesetzes vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (VwVG, SR 172.021), sofern keine  nach Art. 32 VGG gegeben ist. Im Bereich der Mehrwertsteuer liegt eine solche Ausnahme nicht vor. Das Bundesverwaltungsgericht ist für die Beurteilung der vorliegenden Beschwerde zuständig. Es wendet das neue Verfahrensrecht an (Art. 53 Abs. 2 VGG). Auf die  ist einzutreten.
1.2 Am 1. Januar 2001 sind das MWSTG sowie die zugehörige  in Kraft getreten. Der zu beurteilende Sachverhalt bezieht sich auf die Jahre 1996 bis 1998 (vgl. hierzu auch unten E. 4.3.2), so dass vorliegend noch die MWSTV anwendbar ist (Art. 93 Abs. 1 MWSTG).
2.
2.1 Das Bundesverwaltungsgericht kann den angefochtenen  grundsätzlich in vollem Umfang überprüfen. Neben der  von Bundesrecht (Art. 49 Bst. a VwVG) und der unrichtigen oder unvollständigen Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes (Art. 49 Bst. b VwVG) kann auch die Rüge der Unangemessenheit erhoben werden (Art. 49 Bst. c VwVG). Im Beschwerdeverfahren gelten die Untersuchungsmaxime, wonach der Sachverhalt von Amtes wegen festzustellen ist (Art. 12 VwVG), und der Grundsatz der  von Amtes wegen (Art. 62 Abs. 4 VwVG). Das  ist verpflichtet, auf den – unter Mitwirkung der  – festgestellten Sachverhalt die richtige Rechtsnorm  (BGE 132 II 112 E. 3.2, 131 II 205 E. 4.2; Urteile des  [BVGer] A-2036/2008 vom 19. August 2009 E. 1.2; A-4072/2007 vom 11. März 2009 E. 1.2). Dies bedeutet, dass es eine Beschwerde auch aus einem anderen als den geltend ge-
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machten Gründen gutheissen oder den angefochtenen Entscheid im Ergebnis mit einer Begründung bestätigen kann, die von jener der  abweicht (sog. Motivsubstitution, statt vieler: BVGE 2007/41 E. 2 mit weiteren Hinweisen; Entscheid der SRK vom 12. Oktober 1998, Verwaltungspraxis der Bundesbehörden [VPB] 63.29 E. 4a). Die Rechtsmittelinstanz ist jedoch nicht gehalten, allen denkbaren  von sich aus auf den Grund zu gehen; für entsprechende  müssen sich immerhin mindestens Anhaltspunkte aus den  oder den Akten ergeben (BGE 121 III 274 E. 2b; 119 V 349 E. 1a; 117 V 263 E. 3b; 117 Ib 117 E. 4a; 110 V 53 E. 4a; ANDRÉ MOSER/ MICHAEL BEUSCH/LORENZ KNEUBÜHLER, Prozessieren vor dem , Basel 2008, S. 73 Rz. 1.54 f.; vgl. zum Ganzen auch Urteil des BVGer A-1359/2006 vom 26. Juli 2007 E. 1.3).
2.2 Die Beweiswürdigung endet mit dem richterlichen Entscheid , ob eine rechtserhebliche Tatsache als erwiesen zu gelten hat oder nicht. Der Beweis ist geleistet, wenn das Gericht gestützt auf die freie Beweiswürdigung zur Überzeugung gelangt ist, dass sich der  Sachumstand verwirklicht hat (BGE 130 III 321 E. 3.2; Urteil des Bundesgerichts 2A.110/2000 vom 26. Januar 2001 E. 3c; FRITZ GYGI, Bundesverwaltungsrechtspflege, Bern 1983, S. 279 f.; MARTIN ZWEIFEL, Die Sachverhaltsermittlung im Steuerveranlagungsverfahren, Zürich 1989, S. 109 f.). Gelangt das Gericht nicht zu diesem Ergebnis, so fragt sich, ob zum Nachteil der Steuerbehörde oder des  zu entscheiden ist, wer also die Folgen der Beweislosigkeit zu tragen hat. Nach der objektiven Beweislastregel ist bei  zu Ungunsten desjenigen zu urteilen, der die Beweislast trägt (GYGI, a.a.O., S. 279 f.; ZWEIFEL, a.a.O., S. 109 f.). Die Steuerbehörde trägt die Beweislast für die steuerbegründenden und  Tatsachen und der Steuerpflichtige für die steueraufhebenden und -mindernden Tatsachen (Urteil des Bundesgerichts vom 14. Juli 2005, Archiv für Schweizerisches Abgaberecht [ASA] 75 S. 495 ff. E. 5.4; statt vieler: Urteile des BVGer A-1418/2006 vom 14. Mai 2008 E. 5.1; A-1354 vom 24. August 2007 E. 2, je mit zahlreichen Hinweisen). Die Beweislast für das Bestehen eines Steuerobjekts und namentlich eines mehrwertsteuerlichen Leistungsaustauschs obliegt damit – als steuerbegründende Tatsache – der ESTV (Urteil des Bundesgerichts 2A.264/2006 vom 3. September 2008 E. 4.1; Urteile des BVGer A-1385/2006 vom 3. April 2008 E. 7.2; A-1354 vom 24. August 2007 E. 7.2.4, 8.2.2 in fine; A-1501/2006 vom 6. November 2008 E. 5.1).
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3.
3.1 Nach Art. 4 MWSTV unterliegen Lieferungen und Dienstleistungen der Mehrwertsteuer nur, wenn sie gegen Entgelt erbracht werden. Die Entgeltlichkeit erfordert einen Leistungsaustausch zwischen dem steuerpflichtigen Leistungserbringer und dem Empfänger. Besteht kein solches Austauschverhältnis, ist die Aktivität mehrwertsteuerlich  und fällt nicht in den Geltungsbereich der Mehrwertsteuer (statt vieler: BVGE 2008/63 E. 2.3; Urteil des BVGer A-6152/2007 vom 21. August 2009 E. 2.2.1; Entscheid der SRK vom 18. November 2002, VPB 67.49 E. 2a/cc, alle mit Hinweisen). Die Annahme eines solchen Leistungsaustauschs setzt voraus, dass zwischen Leistung und  eine innere wirtschaftliche Verknüpfung bzw. ein direkter ursächlicher Zusammenhang gegeben ist (BGE 132 II 353 E. 4.1; 126 II 443 E. 6a; Urteile des Bundesgerichts 2A.410/2006 vom 18. Januar 2007 E. 5.1; vom 30. April 2004, ASA 75 241 E. 3.3; 2A.175/2002 vom 23. Dezember 2002 E. 3.2; BVGE 2007/39 E. 2.1).
Die Beurteilung, ob ein Leistungsaustausch besteht, hat in erster Linie nach wirtschaftlichen, tatsächlichen Kriterien zu erfolgen (sog.  Betrachtungsweise). Die zivil- bzw. vertragsrechtliche Sicht ist nicht entscheidend, hat aber immerhin Indizwirkung (statt vieler: Urteil des Bundesgerichts 2A.304/2003 vom 14. November 2003 E. 3.6.1; BVGE 2007/23 E. 2.3.2 mit Hinweisen; Entscheid der SRK vom 5. Juli 2005, VPB 70.7 E. 2a).
3.2 Das Entgelt stellt zudem die Bemessungsgrundlage für die  der Mehrwertsteuer dar (Art. 26 Abs. 1 MWSTV; vgl. BGE 126 II 451 E. 6). Dazu gehört alles, was die Empfängerin oder an ihrer Stelle eine dritte Person als Gegenleistung für die Lieferung oder Dienstleistung aufwendet (Art. 26 Abs. 2 MWSTV).
3.3 Das Bestehen eines mehrwertsteuerlichen Leistungsaustauschs wie auch Begriff und Umfang des Entgelts als Bemessungsgrundlage sind primär aus der Sicht des Leistungsempfängers zu definieren, was namentlich der Konzeption der Mehrwertsteuer als Verbrauchsteuer entspricht (statt vieler: Urteil des Bundesgerichts vom 9. April 2002, ASA 72 S. 792 E. 5.1; Urteile des BVGer A-1567/2006 vom 28.  2007 E. 2.2.3, 2.5; A-1441/2006 vom 18. September 2008 E. 2.1.2; A-1354/2006 vom 24. August 2007 E. 3.1 mit Hinweisen; Entscheid der SRK vom 14. Juni 2005, VPB 69.126 E. 2a/dd; DANIEL RIEDO, Vom Wesen der Mehrwertsteuer als allgemeine Verbrauchsteuer
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und von den entsprechenden Wirkungen auf das schweizerische Recht, Bern 1999, S. 226 ff., 230 ff.).
3.4 Für die Frage, ob der Handelnde als Leistungserbringer bzw. - zu gelten hat, ist in mehrwertsteuerlicher Hinsicht , ob er in eigenem Namen auftritt oder nicht (Art. 10 MWSTV). Das Handeln wird grundsätzlich demjenigen mehrwertsteuerlich , der nach Aussen, gegenüber Dritten in eigenem Namen auftritt (Urteile des BVGer A-1562/2006 vom 26. September 2008 E. 2.2.3; A-1444/2006 vom 22. Juli 2008 E. 5; A-1341/2006 vom 7. März 2007 E. 3.2.1 mit Hinweisen; Entscheide der SRK vom 4. Dezember 2003, VPB 68.71 E. 2b, vom 15. November 2002, VPB 67.50 E. 2b, vom 21. Januar 1997, VPB 64.46 E. 3a und b; RIEDO, a.a.O., S. 253; zum Leistungsempfänger vgl. auch Urteil des Bundesgerichts 2A.202/2006 vom 27. November 2006 E. 3.2, 4.2; Urteil des BVGer A-1626/2006 vom 20. April 2009 E. 2.5; Entscheid der SRK vom 20. März 2006 [CRC 2005-021] E. 3b).
3.5 Nicht zum Entgelt gehören gemäss Art. 26 Abs. 6 Bst. b MWSTV "Subventionen und andere Beiträge der öffentlichen Hand". Diese  nicht in die Bemessungsgrundlage ein und unterliegen der Steuer nicht. Hingegen ist nach Art. 30 Abs. 6 MWSTV der Vorsteuerabzug verhältnismässig zu kürzen, soweit ein Steuerpflichtiger Subventionen oder andere Beiträge der öffentlichen Hand erhält (BGE 126 II 443 E. 6b, c; 132 II 353 E. 4.3, 7.1; Urteil des Bundesgerichts 2A.410/2006 vom 18. Januar 2007 E. 5.2, 7.1).
Die MWSTV (und das MWSTG) definieren den Begriff Subvention nicht. Das Bundesgericht umschreibt Subventionen (im Sinn von Art. 26 Abs. 6 Bst. b MWSTV wie auch Art. 30 Abs. 6 MWSTV)  als Leistungen kraft öffentlichen Rechts, die anderen  für bestimmte Zwecke zukommen, ohne dass dies zu einer  Gegenleistung an den Subventionsgebenden führe. Zur Beantwortung der Frage, ob eine Subvention vorliegt, ist zu prüfen, ob das Tatbestandsmerkmal der Entgeltlichkeit im vorn (E. 3.1)  Sinn gegeben ist. Subventionen sind Beiträge der öffentlichen Hand, die ohne entsprechende marktwirtschaftliche Gegenleistung ausgerichtet werden. Der Subventionsgeber will damit beim  ein bestimmtes Verhalten hervorrufen oder , das zur Erreichung eines bestimmten Zieles als geeignet ; diese Zielsetzung muss im öffentlichen Interesse liegen und
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wird mit der Subventionierung zu verwirklichen versucht. Abgesehen von dieser Verhaltensbindung erfolgt die Subventionierung aber ohne Gegenleistung (BGE 126 II 443 E. 6; Urteile des Bundesgerichts vom 30. September 2003, ASA 74 523 E. 2.2; vom 11. Februar 2002, ASA 73 147 E. 1.2; vom 1. September 2005, ASA 76 248 E. 2.3; vom 25. August 2000, ASA 71 157 E. 6; 2C_105/2008 vom 25. Juni 2008 E. 3.2, 3.3; vom 7. Mai 2008, ASA 78 174 E. 3.1; ausführlich und statt vieler auch: Urteile des BVGer A-1354/2006 vom 24. August 2007 E. 3.2; A-6213/2007 vom 24. August 2009 E. 2.4).
4.
4.1 Streitgegenstand sind vorliegend einzig noch die Zahlungen des Bundes im Zusammenhang mit der Führung des F. Sekretariats (...) (vgl. Beschwerde Antrag 1 und 2 sowie Ziff. 5 und 6). Zu beurteilen ist, ob mit der ESTV von steuerbaren Entgelten im Sinn der MWSTV oder mit der Beschwerdeführerin von einem fehlenden mehrwertsteuerlichen Leistungsaustausch, und damit von  (E. 3.5), auszugehen ist.
Das Projekt F.-Sekretariat steht im Zusammenhang mit anderen F.- Projekten, an welchen die Beschwerdeführerin beteiligt war und wofür sie ebenfalls Zahlungen vom Bund erhalten hat. Diese Zahlungen wurden mit Schreiben der ESTV vom 20. Dezember 2000 und der GS vom 31. Januar 2001 von der ESTV als Subventionen anerkannt und sind vorliegend nicht (mehr) strittig.
Auch die im Einspracheentscheid noch strittige Entschädigung des Bundes im Zusammenhang mit dem Projekt .... bildet vorliegend nicht mehr Streitgegenstand, nachdem die ESTV die Zahlungen im  als Subvention qualifiziert hat und die  auch die daraus folgende Vorsteuerkürzung nicht anficht.
4.2 Vorab kann zum Umfeld der fraglichen F.-Programme Folgendes festgehalten werden:
Mit dem Forschungsgesetz vom 7. Oktober 1983 (FG, SR 420.1; hier massgebliche ursprüngliche Fassung: BBl 1983 III 1062) will der Bund gemäss dem Zweckartikel in Art. 1 (a.) die wissenschaftliche  fördern und die Auswertung ihrer Ergebnisse unterstützen; (b.) die Zusammenarbeit der Forschungsorgane überwachen und, wenn nötig, regeln; (c.) die wirtschaftliche und sparsame Verwendung der
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Bundesmittel für die Forschung sicherstellen. Die Förderung der  erfolgt insbesondere über Beiträge an die Institutionen der Forschungsförderung (Art. 6 FG). Im Zusammenhang mit der  bestimmt Art. 19 FG, dass der Bundesrat darüber wacht, dass die Bundesmittel für die Forschung koordiniert und wirksam verwendet werden (Abs. 1). Lässt sich die Zusammenarbeit nicht durch  verwirklichen, trifft der Bundesrat die erforderlichen . Er kann zu diesem Zweck insbesondere bestehenden  bestimmte Koordinationsaufträge erteilen oder besondere Kommissionen einsetzen (Abs. 2).
Gemäss den Informationen auf der Internetseite des  für Bildung und Forschung (SBF) ist F. (Europäische  auf dem Gebiet der wissenschaftlichen und technischen ) ein wichtiger Teil der Forschungszusammenarbeit mit Europa. F. bietet den Schweizer Forschenden die Möglichkeit, sich an einer europäischen Verbundforschung gleichberechtigt zu beteiligen. Das SBF unterstützt eine ganze Reihe von F.-Projekten. Der F.-Kredit des SBF wird nur teilweise für Forschungsförderung eingesetzt, er wird insbesondere auch für die Kosten der Koordination verwendet. Im heutigen Zeitpunkt existiert eine "Nationale F. Koordinatorin", welche die Schweiz in den F. Gremien vertritt, den Kontakt zwischen den nationalen und internationalen Gremien und Aktivitäten sichert und die Information und Beratung über F. sicherstellt (....).
4.3 Aktenkundig sind folgende Verträge, mit welchen die Führung des Sekretariats im Rahmen der F.-Zusammenarbeit geregelt wurde:
4.3.1 In einem Vertrag zwischen S. (als Beauftragter bezeichnet) und dem Bundesamt für Aussenwirtschaft (BAWI) (als Auftraggeber) vom ... (act. 22) wurden dem Beauftragten folgende Aufgaben übertragen: Führung des Sekretariats von Forschungsvorhaben im Rahmen der F.-Zusammenarbeit als externer Experte und Koordinator; Betreuung und Koordination der F.-Aktion F. und Zusammenarbeit mit den entsprechenden Verwaltungsausschüssen (Ziff. 1.1). Im Pflichtenheft (Anhang zum Vertrag) wurden diese Aufgaben wie folgt näher spezifiziert: Wissenschaftliche und administrative Betreuung von F.-Forschungsvorhaben als externer Experte; Zusammenarbeit mit dem F.-Sekretariat der EG-Kommission und den entsprechenden technischen F.-Ausschüssen und Verwaltungsausschüssen der F.- Aktionen sowie den nationalen F.-Koordinatoren. Weiter sehen der
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Vertrag und das Pflichtenheft Rechenschafts- und Auskunftspflichten des Beauftragten vor. Er ist zur halbjährlichen Berichterstattung zuhanden des Auftraggebers und der anderen interessierten Bundesstellen und zur Auskunfterteilung an den Auftraggeber verpflichtet (Pflichtenheft). Er hat zudem bei Abschluss seiner Tätigkeit einen Bericht über seine Tätigkeit zu verfassen. Liegt ein besonderes Interesse vor, kann der Auftraggeber unabhängig davon Auskunft verlangen (Ziff. 1.3 des Vertrags). Sodann untersteht gemäss Ziff. 2 des Vertrags der Beauftragte der für Bedienstete des Bundes geltenden Arbeitszeit- und Urlaubsregelung, wobei spezifiziert wird, dass der Umfang der Tätigkeit einem Beschäftigungsgrad von 50% entspreche. Als Salär wird dem Beauftragten jährlich ein Betrag von Fr. ... vergütet. Der Bund übernimmt zudem den Arbeitgeberanteil an den AHV/IV/EO- und ALV-Beiträgen des Beauftragten (Ziff. 4.1, 4.2). Reisekosten und weitere Spesen gehen zu Lasten der EU-Kommission (Ziff. 4.3). Weiter ist vereinbart, dass S. den Auftrag persönlich und in völliger Unabhängigkeit ausführt und dabei die öffentlichen Interessen wahrt (Ziff. 5). Die Allgemeinen Geschäftsbedingungen (AGB) der Bundesverwaltung für Experten und Beauftragte wurden zum Bestandteil des Vertrags erklärt (Ziff. 6).
Im ... wurde zwischen dem BBW (Auftraggeber) und S., X. (Beauftragter) ein weiterer Vertrag geschlossen (act. 23). Dieser stimmt in Bezug auf die übertragenen Aufgaben (Ziff. 1.1 und 1.3 des Vertrags und Pflichtenheft im Anhang) praktisch vollständig mit dem vorerwähnten Vertrag überein. Sodann wird basierend auf einer Auslastung des Beauftragten für die Erfüllung der Aufgaben unter diesem Mandat von ca. 50% ein Pauschalbetrag für die Zeit vom 1. Januar bis Ende August 1998 ein Honorar von max. Fr. ... vereinbart (Ziff. 3.1). Reisekosten und weitere Spesen werden nicht vergütet. Hierzu wird festgehalten, dass der Beauftragte bei der EU-Kommission um einen finanziellen Beitrag für Spesen ersuchen wird (Ziff. 3.2). Der Bund übernimmt die Hälfte der Sozialversicherungskosten (Ziff. 4). Ziff. 5 und 6 des Vertrags stimmen wiederum mit dem vorerwähnten Vertrag überein.
4.3.2 Im Einspracheentscheid beruft sich die ESTV zudem auf einen Vertrag vom 1. März 1993 (act. 24) zwischen dem BBW und einem  damaligen Kollektivgesellschafter. Dieser Vertrag dauerte jedoch nur bis 31. Januar 1996 (Ziff. 10 des Vertrags). Die vorliegend strittigen Aufrechnungen der ESTV (F. Sekretariat) betreffen jedoch die Jahre
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1996 bis 1998, während im Jahr 1995 noch keine Aufrechnung betreffend das Sekretariat (....) erfolgte (siehe Beilagen zur EA Nr. 102'418 und Beilage zum Einspracheentscheid). Entsprechend ist der fragliche Vertrag – wie auch die Beschwerdeführerin vorbringt – kaum entscheidrelevant. Ohnehin wurde im Grossen und Ganzen das selbe geregelt wie in den beiden vorerwähnten Verträgen.
4.4 Die Parteien scheinen darin einig zu gehen, dass die  aus diesen Verträgen berechtigt und verpflichtet ist und die Leistungen betreffend F. Sekretariat ihr zuzurechnen sind. Aufgrund der Tatsache, dass S. in den Verträge in act. 22 und 23 als Beauftragter bezeichnet wird, ist die Identität des Leistungserbringers jedoch nicht ohne Weiteres klar und aufgrund des  und der Rechtsanwendung von Amtes wegen (vgl. E. 2.1) ist auf diese Problematik, obwohl unter den Parteien nicht strittig, zumindest kurz einzugehen.
S. war in der fraglichen Zeit Kollektivgesellschafter der . Tritt er gegen Aussen für diese in Erscheinung, ist  entscheidend, ob er dabei ausdrücklich im Namen der Kollektivgesellschaft gehandelt hat (E. 3.4). Wäre dies zu verneinen, müsste er selbst als Leistungserbringer der fraglichen Leistungen  werden.
In Bezug auf den Vertrag mit dem BBW vom ... (act. 23), in welchem als Beauftragter "S., X." bezeichnet und dabei die Adresse der Kollektivgesellschaft angefügt wurde, kann mit den Parteien davon ausgegangen werden, dass die Beschwerdeführerin  ist. Zweifel bestehen aber bezüglich des Vertrags mit dem BAWI vom ... (act. 22). In diesem wird die X. überhaupt nicht erwähnt, weder im Kopf des Vertrags noch bei den Unterschriften. Allein aufgrund des Vertrags gälte damit S. als mehrwertsteuerlicher Leistungserbringer (E. 3.4). Da die weiteren Sachumstände nicht bekannt sind, kann die Identität des Leistungserbringers aber nicht abschliessend eruiert werden. Die Beschwerdeführerin bestreitet wie erwähnt nicht, dass die Verträge sie (zivilrechtlich) berechtigten und verpflichteten und die Leistungen aus den Verträgen ihr zuzurechnen sind. Nicht umstritten ist auch, dass die Zahlungen schlussendlich der Beschwerdeführerin zukamen und ihr als Umsatz oder – wie sie geltend macht – als Subventionszahlungen zuzurechnen sind. Unter diesen Umständen ist es nicht am Bundesverwaltungsgericht, in dieser Richtung weitere
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Abklärungen zu treffen (vgl. E. 2.1). Es ist mit den Parteien anzunehmen, dass die Beschwerdeführerin in mehrwertsteuerlicher Hinsicht Vertragspartei und Erbringerin der vereinbarten Leistungen war.
4.5 Die vertraglich vereinbarte Tätigkeit bestand im Führen des  für die Forschungsvorhaben im Rahmen der F.-. Dabei galt es, die F.-Aktionen zu betreuen und zu koordinieren und den Kontakt und die Zusammenarbeit mit den verschiedenen F.- Ausschüssen zu übernehmen. Ferner wurden Auskunfts- und Rechenschaftspflichten statuiert (vorn E. 4.3.1). Massgebliche Frage ist nun, ob diese Arbeiten im Rahmen eines mehrwertsteuerlichen Leistungsaustauschs mit den fraglichen Zahlungen des Bundes ausgeführt wurden.
In beiden Verträgen ist explizit festgehalten, es werde ein Auftrag zur Ausführung übertragen. Auch angesichts der Bezeichnung als Auftrag bzw. Mandat und der Vertragsparteien als Auftraggeber und  wollten die Parteien offensichtlich einen zivilrechtlichen Auftrag . Weiter werden die AGB der Bundesverwaltung für  und Beauftragte zum Bestandteil des Vertrags erklärt (zum  vorn E. 4.3.1). Wenn auch die zivilrechtliche Qualifikation als  nicht allein entscheidend ist, ist darin bereits ein Indiz für einen mehrwertsteuerlichen Leistungsaustausch zu sehen (vorn E. 3.1).
Das Austauschverhältnis und die innere wirtschaftliche Verknüpfung zwischen vereinbarter Leistung und Entgelt (E. 3.1) ergibt sich – abgesehen von der Bezeichnung – auch aus dem Vertragsinhalt.
Der Bund hat in den Verträgen bestimmte, genau spezifizierte  auf die Beschwerdeführerin übertragen und diese damit zu deren Erfüllung verpflichtet. Der Bund befand es, nachdem er sich zur  und Subventionierung der EU-Forschungsprogramme (F.)  hatte, offenbar für notwendig, für deren Koordination und ordnungsgemässen Ablauf zu sorgen. Er wollte weiter sicherstellen, dass der Austausch mit den verschiedensten F.-Organen gewährleistet und die Schweiz in den internationalen Gremien vertreten ist.  benötigte er für sich eine Kontaktperson, welche über die nötigen Informationen und den Überblick über die einzelnen Projekte verfügt, Auskunft geben und Berichte abliefern kann. Dass die Koordination der F.-Projekte, aber auch das Zusammenwirken mit und die Vertretung in den F.-Gremien usw., als Aufgabe des Bundes betrachtet wird, die es
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zu erfüllen gilt, ergibt sich auch aus Art. 19 FG und der Tatsache, dass heute eine vom Bund gestellte Koordinatorin existiert, welche Aufgaben erfüllt, die den vorliegend zur Diskussion stehenden weitgehend entsprechen (E. 4.2). Der Bund hat damit ein eigenes Interesse an der Erfüllung der mittels diesem Auftrag vereinbarten Leistungen und um diese Leistungen zu erhalten, hat er mit der Beschwerdeführerin die Verträge geschlossen.
Das in den Verträgen vereinbarte Entgelt wurde sodann klarerweise im Austausch für diese Leistungen vereinbart. Aus der (hier , vorn E. 3.3) Sicht des Bundes besteht ein Leistungsaustausch, indem der Bund die fraglichen Leistungen bei der Beschwerdeführerin einkaufte, für sich erbringen liess und hierfür die fraglichen Zahlungen leistete. Dies wird zudem durch einzelne Punkte der Verträge bestätigt, wie die Bezeichnung des Entgelts als "Salär" oder "Lohn" (Vertrag in act. 22) bzw. Honorar (Vertrag in act. 23), die Übernahme eines Teils der Sozialversicherungsbeiträge, die Präzisierung (vgl. Vertrag in act. 23), dass das Honorar "basierend auf einer Auslastung des  für die Erfüllung der Aufgaben unter diesem Mandat von ca. 50%" ausgerichtet werde; all dies impliziert eine Abgeltung für geleistete Arbeit.
Eine Subvention fällt bei diesen Gegebenheiten ausser Betracht. Es kann keine Rede sein davon, dass der Bund bloss die Tätigkeit der  allgemein fördern will. Die Führung des Sekretariats F. beruht auf einem mehrwertsteuerlichen Leistungsaustausch und die Zahlungen des Bundes sind steuerbares Entgelt.
4.6 Es bleibt auf einzelne Argumente der Beschwerdeführerin einzugehen.
4.6.1 Sie bringt vor, von den vertraglich vereinbarten Aufgaben hätten die "besonderen Aufgaben" gemäss Pflichtenheft, nämlich die  und die Auskunftserteilung (vgl. E. 4.3.1), nur etwa 5% der Arbeitszeit von S. ausgemacht. Die ganze restliche Arbeitszeit habe sich also auf die "allgemeinen" Aufgaben bezogen. Dieses Argument ist nicht stichhaltig, denn anders als die Beschwerdeführerin offenbar annimmt, haben angesichts der Verträge nicht nur die besonderen Aufgaben gemäss Pflichtenheft als Teil des vereinbarten  zu gelten, sondern auch die allgemeinen Aufgaben; auch für sie wurden die Zahlungen geleistet.
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4.6.2 Weiter wird in verschiedener Hinsicht die Verletzung des  gerügt.
So wird vorgebracht, es stelle eine rechtsungleiche Behandlung dar, wenn die EU-Forschungsprojekte (F., ...) und die Nationalen Forschungsprogramme (NFP) einerseits und das Projekt F.-Sekretariat andererseits ungleich behandelt würden. Diesbezüglich hebt die ESTV richtig hervor, dass die die Beiträge für die F.-Projekte und die Beiträge für die Führung des Sekretariats für diese F.-Projekte separat zu qualifizieren sind. Dass Erstere als Subventionen zu betrachten sind, führt zu keinerlei Schluss für die Qualifikation der Führung des Sekretariats. Letzteres beruht nach dem Gesagten anders als die Forschungsbeiträge auf einen Leistungsaustausch. Insofern kann auch nicht von einem Verstoss gegen das Gleichbehandlungsgebot gesprochen werden. Dasselbe gilt für als Subventionen erachtete Zahlungen für andere Forschungsprojekte (NFP, ...), soweit es bei diesen um die Förderung der Forschung bzw. bestimmter Forschungsprojekte geht. Bei der Vereinbarung betreffend die Führung des F.-Sekretariats besteht – wie dargestellt – eine ganz andere Ausgangslage.
Weiter wird vorgebracht, bis im Jahr 1999 seien die NFP von  geleitet worden, deren Aufgaben (Koordination, , Abrechnung und Verfassen eines Schlussberichts) mit jenen von S. als Sekretär des F.-Programms ... direkt vergleichbar gewesen seien. Diese Arbeit sei aber von der Mehrwertsteuer ausgenommen bzw. dieser nicht unterworfen worden worden. Die ESTV erwidert dem, die Verhältnisse bei den Programmleitern seien nicht vergleichbar mit den vorliegenden. Wie es sich damit verhält, ist nicht bekannt. Die Beschwerdeführerin hat die Verhältnisse betreffend die fraglichen Programmleiter und die Vergleichbarkeit mit dem vorliegenden Fall nicht dargelegt und damit nicht aufgezeigt, dass "Gleiches" zu Unrecht ungleich behandelt worden wäre. Mangels Anhaltspunkten, dass eine Rechtsungleichheit bestehen könnte, rechtfertigen sich weitere Abklärungen durch das Bundesverwaltungsgericht nicht (vorn E. 2.1). Zudem ist nach dem Gesagten nicht zweifelhaft, dass die Tätigkeit des Sekretärs der F.-Projekte der Mehrwertsteuer untersteht. Wäre die Tätigkeit der besagten Programmleiter tatsächlich vergleichbar, so wäre die Beschwerdeführerin folglich darauf hinzuweisen, das ein Anspruch auf Gleichbehandlung im Unrecht grundsätzlich nicht besteht. Nur ausnahmsweise wird solches anerkannt, nämlich wenn
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eine rechtsanwendende Behörde eine gesetzwidrige Praxis pflegt und überdies zu erkennen gibt, dass sie davon auch in Zukunft nicht abweichen werde (vgl. BGE 132 II 485 E. 8.6; 112 Ib 381 E. 6; 122 II 446 E. 4a, mit Hinweisen; Urteil des Bundesgerichts 2A.47/2005 vom 7. Juni 2007 E. 4; Urteile des BVGer A-1474/2006 vom 28. Januar 2008 E. 3.4.2; A-1493/2006 vom 30. August 2007 E. 3.3; A-1383/2006 vom 19. Juli 2007 E. 3.4.5). Dafür, dass diese Voraussetzungen erfüllt sind, bestehen hier ebenfalls keine Hinweise.
4.6.3 Schliesslich verweist die Beschwerdeführerin auf zwei Tabellen in der Beilage zur EA Nr. 102'418 und bringt vor, der Revisor habe die besteuerten Beträge in den zwei verschiedenen Tabellen  qualifiziert, nämlich einmal als ausgenommen oder  (vertikale Tabelle) und einmal als steuerpflichtig (querformatige Tabelle). Deswegen sei davon auszugehen, dass der Revisor einem Irrtum unterlegen ist (vgl. Ziff. 10 ff. Beschwerde). Vorab könnte eine vereinzelte "Qualifikation" durch einen Revisor, die von allen späteren Qualifikationen der ESTV abweicht, nicht als entscheidrelevant  werden und vermöchte auch keinen Gutglaubensschutz zu . Zudem kann auf die nachvollziehbare Angabe in der  verwiesen werden, wonach in der vertikalen Tabelle die Umsätze so aufgelistet worden seien, wie von der Beschwerdeführerin deklariert, es sich also gar nicht um eine Qualifikation der ESTV handle. Diese befinde sich in den querformatigen Tabellen.
5. Die Beschwerdeführerin macht weiter geltend, ein Teil des unter dem Titel F. Sekretariat besteuerten Betrags von Fr. ... umfasse Beiträge der EU. Auftraggeber im Zusammenhang mit der Führung dieses Sekretariats sei neben dem BAWI, dem BUWAL und dem BBW ( von insgesamt Fr. ....) auch die Europäische Kommission gewesen, welche Direktzahlungen von Fr. ... geleistet habe. Dieser von der EU ausgerichtete Betrag sei zu Unrecht besteuert worden, es handle sich um ausgenommene Umsätze bzw. Auslandumsätze (Beschwerde Ziff. 14, Einsprache Ziff. 7 f.). In der Einsprache (Ziff. 8) wird spezifiziert, es gehe (u.a.) um die Bezahlung von Reise- und Unterkunftskosten von S.
5.1 Vorab ist festzuhalten, dass aus den Akten nicht ersichtlich ist, ob und inwiefern im aufgerechneten Betrag von Fr. ... (zu diesem Betrag vgl. etwa Beilage zum Einspracheentscheid) auch Zahlungen seitens
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der EU enthalten sind. Die Angaben der Beschwerdeführerin werden von der ESTV zwar nicht bestritten, es wird aber zu diesem Vorbringen auch nur in der Vernehmlassung kurz Stellung genommen und dabei von "allfälligen Zahlungen der EU" gesprochen. Diesen Punkt hätte die ESTV gegebenenfalls noch zu klären (siehe unten E. 5.4). Im Folgenden wird vorläufig unterstellt, dass die Angabe der Beschwerdeführerin zutrifft.
5.2 Dem Einwand der Beschwerdeführerin hält die ESTV in der Vernehmlassung entgegen, die Tatsache, dass diese allfällige  von der EU erhalten habe (z.B. Reisekosten und weitere Spesen gemäss dem Vertrag zwischen BAWI und S. in act. 22 Ziff. 4.3), befreie noch nicht per se von der Mehrwertsteuerpflicht. Massgebend sei, wer Leistungsempfänger war und dies sei gemäss den Verträgen die Eidgenossenschaft gewesen und nicht die EU.
Soweit aus dieser – reichlich knappen – Begründung ersichtlich, geht die ESTV also davon aus, dass die Zahlungen der EU Entgelt bildeten für die Leistungen der Beschwerdeführerin gegenüber dem Bund. Es trifft zwar zu, dass das Entgelt nach Art. 26 Abs. 2 MWSTV statt durch den Leistungsempfänger auch durch eine dritte Person geleistet  kann (Art. 26 Abs. 2 Satz 1 MWSTV; vorn E. 3.2). Wer das Entgelt aufwendet, ist entsprechend auch nicht allein entscheidend für die  des Leistungsempfängers. Damit die Zahlungen der  in diesem Sinn von dritter Seite geleistetes steuerbares Entgelt darstellen könnten, müssten sie aber tatsächlich auf dem – vorstehend umschriebenen – Leistungsaustausch zwischen der  und dem Bund beruhen. D.h. die Beiträge der EU müssten Entgelt (geleistet von dritter Seite) bilden für die Leistungen, welche die Beschwerdeführerin gestützt auf die erwähnten Verträge dem Bund erbringt (zum Ganzen E. 3.1 f.).
Ob dies hier der Fall ist, kann aufgrund der Aktenlage nicht  werden. Die rechtlichen bzw. vertraglichen Grundlagen der  Zahlungen der EU-Kommission sind nicht bekannt. Anzunehmen ist lediglich, dass eine Vereinbarung zwischen dem Beauftragten und der EU-Kommission existierte und das F. Sekretariat Beiträge der  erhielt (vgl. Ziff. 1.2 und 4.3 des Vertrags in act. 22 bzw. Ziff. 1.2 imd 3.2 des Vertrags in act. 23, vorn E. 4.3.1; ferner Beilage zu act. 23: Bestätigung der EU-Kommission, wonach diese für die Jahre 1997 und 1998 finanzielle Unterstützung zusichert). Davon, dass diese
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Beiträge der EU Teil des Entgelts für die mit dem Bund vereinbarten Leistungen darstellen sollten, ist nirgends die Rede. Weder der ursächliche Zusammenhang noch die innere wirtschaftliche Verknüpfung zwischen den Zahlungen der EU-Kommission und den Leistungen der Beschwerdeführerin an den Bund sind erstellt und die ESTV hat ihre Annahme in der Vernehmlassung (sofern die dortige Bemerkung überhaupt richtig interpretiert wurde) nicht belegt.
5.3 Statt als Entgelt im Rahmen des Leistungsaustauschs zwischen der Beschwerdeführerin und dem Bund könnten die Zahlungen der EU-Kommission im Übrigen auch in deren eigenem Interesse  worden sein. Dann wäre wiederum zu prüfen, ob darin eine Subvention läge, oder ob die Zahlungen in einem  Leistungsaustausch mit einer Leistung der Beschwerdeführerin an die EU-Kommission stünden. Im zweiten Fall könnten die  allenfalls in die Bemessungsgrundlage fallen, wobei weiter zu untersuchen wäre, ob überhaupt eine in der Schweiz steuerbare  oder ob vielmehr eine Ausfuhrleistung nach Art. 15 Abs. 2 Bst. l MWSTV vorläge. Mangels Dokumentation der massgeblichen  kann auch keine dieser Konstellationen bejaht werden.
5.4 Dass den Zahlungen der EU-Kommission ein Leistungsaustausch zugrunde liegt und sie steuerbares Entgelt bilden, ist damit nicht . Dies ist auf eine ungenügende Abklärung des Sachverhalts durch die ESTV zurückzuführen, welche nicht plausibel erläutert und schon gar nicht belegt hat, worin der massgebliche  liegen soll. Hat die Vorinstanz den Sachverhalt unrichtig oder unvollständig festgestellt und damit Art. 49 Bst. b VwVG verletzt, hat eine Rückweisung im Sinn von Art. 61 Abs. 1 VwVG an diese zu  (MOSER/BEUSCH/KNEUBÜHLER, a.a.O., Rz. 3.195). Hinzu kommt, dass die ESTV zum fraglichen – bereits in der Einsprache (S. 5)  – Argument der Beschwerdeführerin im Einspracheentscheid keinerlei und in der Vernehmlassung nur sehr kurz Stellung genommen hat. Damit hat sie auch der Begründungspflicht nicht Genüge getan (siehe hierzu: BGE 129 I 232 E. 3.2; 126 I 97 E. 2b; 112 Ia 107 E. 2b). Auch aufgrund der Verletzung der Begründungspflicht ist die  an die Vorinstanz zurückzuweisen (Urteile des BVGer A-1506/2006 vom 3. Juni 2008 E. 2.1.1; A-1543/2006 vom 14. April 2009; E. 2.1; BVGE 2008/26 E. 5.2; MOSER/BEUSCH/KNEUBÜHLER, a.a.O., Rz. 3.106, 3.113 f.).
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Die Beschwerde ist damit teilweise gutzuheissen und die Sache zur Abklärung der Frage, ob die Zahlungen der EU-Kommission als steuerbares Entgelt betrachtet werden können, an die ESTV . Es ist daran zu erinnern, dass die ESTV für den Bestand eines Steuerobjekts die Beweislast trägt (E. 2.2) und sie damit zu beweisen hat, dass die Zahlungen Entgelt in einem  Leistungsaustausch darstellen. Nur dann dürften sie in die Bemessungsgrundlage gezogen werden. Wie bereits erwähnt, hat die ESTV zudem auch abzuklären, ob und bejahendenfalls in welchem Umfang in der Aufrechnung eines Umsatzes von Fr. ... effektiv auch Zahlungen enthalten sind, die nicht vom Bund, sondern von der EU geleistet worden sind (vorn E. 5.1).
6. Die Beschwerde ist im Sinn der Erwägungen teilweise gutzuheissen (E. 5), im Übrigen aber abzuweisen. Angesichts der teilweisen  werden die Verfahrenskosten von Fr. 3'000.-- der  im reduzierten Umfang von Fr. 2'000.-- auferlegt (Art. 63 Abs. 1 VwVG). Die ESTV hat zudem der teilweise obsiegenden und vertretenen Beschwerdeführerin eine reduzierte Parteientschädigung zu entrichten (Art. 64 Abs. 1 und 2 VwVG). Diese wird in Anwendung von Art. 14 des Reglements vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE, SR 173.320.2) auf Fr. 3'500.-- (inkl. Auslagen und Mehrwertsteuer) festgesetzt.