Decision ID: 74f3400d-e009-456d-8095-87749afc4d6e
Year: 2010
Language: fr
Court: VD_TC
Chamber: VD_TC_031
Canton: VD
Region: Région lémanique
Law Area: public_law

Vu les faits suivants
A. A.X._ est propriétaire de la parcelle 2********, à Chéserex. Y._ SA, dont le siège est à Chéserex, est propriétaire de la parcelle 1******** adjacente, dans laquelle est enchâssée une bande de terrain de 682 m2 appartenant à la parcelle 2******** mais n’ayant pas de contact direct avec cette dernière. Au début 2005, les deux parcelles étaient en zone agricole.
Le Z._, le Y._ et le A._ sont situés dans un plan d’extension "Bonmont" permettant, à certaines conditions, des constructions. Le 8 février 2005, la commune de Chéserex a émis un préavis municipal qui prévoyait I’agrandissement du plan d’extension "Bonmont" en y intégrant la parcelle 1******** et, par conséquent, la bande de terrain enchâssée relevant de la parcelle 2********, ainsi que la parcelle 3******** abritant la propriété de B._ (cf. plan ci-dessous). Ces mesures permettaient, d’une part, à B._ d’effectuer des transformations sur sa résidence, et, d’autre part, au Y._ SA et à B._ de construire une maison de gardiennage commune sur la parcelle 1********. Le préavis municipal précisait que le projet avait fait l'objet d'une mise à l'enquête publique du 17 décembre 2004 au 27 janvier 2005 et que celle-ci n'avait soulevé aucune remarque ni aucune opposition.
Plan d'extension "Bonmont"
"plan supprimé"
Le 12 juillet 2005, Y._ SA, par son administrateur, C._, et A.X._ ont passé une promesse d’échange de terrain. En fonction de cette promesse, A.X._ a cédé la bande de terrain enchâssée dans la parcelle 1******** contre une bande de terrain de même surface située entre les parcelles 1******** et 2********.
Plan de l'échange des terrains
"plan supprimé"
Cet échange a fait l'objet d'une demande de morcellement d'immeubles agricoles, le 19 juillet 2005, libellée comme suit:
«Le Y._ S.A. et A.X._ ont convenu d’un échange mètre pour mètre au terme duquel le Y._ S.A. cède à A.X._ un terrain de 682 m2 (...) à détacher de la parcelle 1******** de Chéserex, terrain situé en zone agricole et qui sera réuni à la parcelle 2******** de Chéserex, propriété de A.X._ .
De son côté, A.X._ cède au Y._ S.A. également un terrain de 682 m2 (...) à détacher de la parcelle 2******** de Chéserex, terrain situé dans le périmètre du plan d’extension de Bonmont et qui sera réuni à la parcelle 1******** de Chéserex, propriété du Y._ S.A. Ce plan d’extension a fait l’objet d’une modification ratifiée par le Département du Conseiller d’Etat Mermoud.
Cet échange a été prévu dans le cadre du Syndicat d’améliorations foncières de Chéserex, d’entente entre les propriétaires (...).
Vu l’adoption définitive de la modification du plan d’extension de Bonmont, la procédure simplifiée par la loi sur les améliorations foncières n’est plus applicable et c’est la raison pour laquelle l’échange prévu doit faire l’objet de la procédure habituelle auprès de votre Service.
(...)»
La Commission foncière rurale a consenti à l’échange le 2 septembre 2005.
Le 12 septembre 2005, l’acte d’échange du 12 juillet 2005 a été passé définitivement entre A.X._ et Y._ SA, représentée par son administrateur, C._. Il y était précisé que le prix du terrain cédé par Y._ SA à A.X._ était fixé, sans aucune autre prestation, à 2'728 fr., que le prix du terrain cédé par A.X._ à Y._ SA était fixé, sans aucune autre prestation, à 2'728 fr. et qu'en conséquence aucune soulte n'était due ni d'une part ni de l'autre. Le même jour, Y._ SA, toujours représentée par son administrateur, C._, a promis de vendre à B._ une partie de la parcelle 1******** sise à Chéserex, comprenant notamment la bande de terrain acquise par échange de A.X._.
Le 11 novembre 2005, B._ a déposé un projet de transformation et de construction auprès de la Municipalité de Chéserex.
Par courrier du 24 novembre 2005, B.X._, fils de A.X._ et exploitant agricole de la parcelle 2********, a formé opposition à la mise à l’enquête de B._.
Le 30 novembre 2005, A.X._, sous la plume de son mandataire, l’avocat Albert J. Graf, a également formé opposition contre ce projet. Il a fait valoir qu’il avait fait l’objet d’une tromperie en cédant un terrain constructible contre un terrain agricole, qui n’avait qu’une valeur bien moindre, et a émis l’intention de faire déclarer nul l’acte d’échange intervenu avec le Y._ SA et de faire constater qu’il était resté le propriétaire civil de la bande de terrain qu'il avait cédée à celle-ci lors de l'échange. Le 17 mai 2006, B._ a adressé à A.X._ une lettre au contenu suivant:
"Cher Monsieur,
Je reviens sur dernières discussions, que je me permets de résumer ci-dessous:
1) Par courrier du 30 novembre 2005, Me Albert J. Graf a formé opposition, en votre nom, au projet de transformation et construction que j‘ai déposé auprès de la Municipalité de Chéserex en date du 11 novembre 2005.
2) Votre fils C.X._ a également formé opposition à ce projet par lettre du 24 novembre 2005.
3) Par promesse de vente et d’achat datée du 12 septembre 2005, Y._ SA a promis de me vendre une surface de 4’413 m2, jouxtant directement ma parcelle, pour le prix de CHF 500'000.-.
4) Une partie du terrain promis-vendu provient d’un échange de terrain précédemment conclu entre vous-même et Y._ SA.
5) Cet échange avait porté mètre pour mètre sur du terrain agricole. Vous estimez avoir été lésé par cette façon de faire, qui aurait - selon vous - dû tenir compte de la nouvelle affectation de votre terrain.
Afin de gagner du temps et pour éviter des développements judiciaires, je vous propose ce qui suit:
1) Moyennant respect des engagements et conditions ci-dessous, je m’oblige à vous payer la somme de CHF 500'000.- (cinq cent mille francs suisses). Cette somme correspond au prix que je payerai à Y._ SA en vertu de la promesse de vente et d’achat précitée.
2) Le montant précité sera payable comme suit:
a. CHF 100'000.- à la signature de la présente
b. CHF 400'000.- au jour du permis de construire définitif.
3) De votre côté, vous déclarez par la présente retirer votre opposition et vous vous engagez à obtenir le retrait de celle de votre fils C.X._.
4) Vous vous engagez pour vous-même, vos fils et votre épouse à ne plus vous opposer directement ou indirectement à mon projet de construction et transformation et à en tolérer la réalisation complète. Cela vaut tant pour d’éventuelles oppositions au permis de construire que pour toutes autres procédures (par exemple mesures provisionnelles requises contre Y._ SA et M. C._ en vertu de l’échange de terrain, etc.).
5) Vous me donnez quittance pour solde de tout compte et de toutes prétentions. Vous me promettez de faire de même envers Y._ SA et M. C._.
En signe d’accord, vous voudrez bien me retourner le double de la présente dûment signé."
Le 18 mai 2006, A.X._ et son fils B.X._ ont signé cette convention, avec la mention "pour accord complet" concernant A.X._ . Le même jour, par la plume de son mandataire, A.X._ a adressé une lettre à la Municipalité de Chéserex dans laquelle il a indiqué retirer son opposition "dès lors que Madame B._ a intégralement pris en considération et à satisfaction les griefs formulés".
Le 5 juillet 2006, Y._ SA a vendu à B._, pour le prix de 500'000 fr., la parcelle n° 4******** (incluant la parcelle de 682 m2 antérieurement propriété de A.X._).
B. Le 28 juin 2007, A.X._ et B.X._ ont déposé leur déclaration d'impôt 2006. Ils ont déclaré un revenu imposable de 39'000 fr. au taux de 21'600 francs (quotient 1.8) et une fortune imposable de 670'000 francs. Dans la formule relative aux informations complémentaires, les intéressés ont mentionné sous la rubrique "autres revenus exonérés de tout impôt" un dédommagement lié au litige B._, s'élevant à 500'000 francs.
Le 24 juin 2008, l’Office d’impôt du district de Nyon (ci-après: l’Office d’impôt) a adressé aux contribuables une décision de taxation définitive concernant l'impôt cantonal et communal pour la période fiscale 2006. Il a arrêté le revenu imposable à 465'000 fr. au taux de 258'300 fr. (quotient 1.8) et la fortune imposable à 670'000 fr. au taux de 670'000 fr. s'agissant de l'impôt cantonal et communal, tandis que, pour l'impôt fédéral direct, il a arrêté le revenu imposable à 471'000 fr. au taux de 471'000 francs (barème marié). La décision indiquait que l’indemnité de 500'000 fr., sous déduction de frais de 82'095 fr., devait être imposée au titre d’une indemnité obtenue en échange de la renonciation à l’exercice d’un droit, conformément à l’art. 27 al. 1er let. d de la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts cantonaux (LI; RSV 642.11).
Le 16 juillet 2008, A.X._ et son mandataire, Hubert Parmelin, du cabinet fiscal Fiscalparm, ont été entendus par un collaborateur de l’Office d’impôt.
Le 24 juillet 2008, le nouveau mandataire des époux X._, l’avocat Jean-Claude Perroud, a déposé une réclamation contre la décision de taxation du 24 juin 2008. Il a contesté l’application de l’art. 27 al. 1er let. d LI à l’indemnité de 500'000 fr. au motif qu'"après un premier examen sommaire, (il) arriv(ait) à la conclusion que cette disposition n'(était) pas applicable dans les circonstances particulières du cas concret". Il a ajouté ce qui suit:
"Je me permettrai de vous adresser une argumentation complémentaire dès que j'aurai pu examiner tous les éléments du dossier, tout en précisant qu'en fonction de la complexité de l'affaire, je me réserve de transmettre ce dossier à un avocat fiscaliste, ce dont vous serez bien entendu informé, le cas échéant.
Je souhaiterais par ailleurs pouvoir consulter votre dossier, raison pour laquelle je vous serais reconnaissant de bien vouloir m'en adresser une copie. (...)"
L'Office d'impôt n'a ni envoyé de copie du dossier au mandataire, ni répondu à sa lettre du 24 juillet 2008, mais a transmis cette réclamation à l’Administration cantonale des impôts (ACI).
Par décision sur réclamation du 25 novembre 2008, l’ACI a rejeté la réclamation formée par les époux X._.
C. C’est contre cette décision sur réclamation que A.X._ et B.X._ ont interjeté recours le 23 décembre 2008 auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal (ci-après: la CDAP), concluant principalement à son annulation et au renvoi de la cause à l’Office d’impôt afin que celui-ci les entende, procède à un complément d’établissement des faits et rende une nouvelle décision, subsidiairement à sa réforme et à la constatation que l’indemnité de 500'000 fr. perçue dans le cadre de l’accord du 18 mai 2006 était un gain immobilier privé imposable au titre des art. 61 et suivants Ll dont l’imposition pouvait être différée en application de l’art. 65 al. 1er let. d et e LI. Ils ont également conclu plus subsidiairement à la réforme de la décision attaquée et à la constatation que l’indemnité était un gain immobilier privé, imposable, selon les art. 61 et suivants LI, au taux de 7% compte tenu de la durée de possession de l’immeuble et après déduction du prix d’acquisition et des impenses.
Ils ont fait valoir en substance que l’Office d’impôt, et, à sa suite, l’ACI avaient violé leurs droits fondamentaux de procédure en ne répondant pas à la demande de consultation du dossier du 24 juillet 2008 de leur précédent mandataire, l’avocat Jean-Claude Perroud, ce qui avait eu pour conséquence qu'ils n'avaient pas pu motiver leur position, et que cette violation devait entraîner le renvoi du dossier à l'Office d'impôt pour nouvel examen. S’agissant du fond du litige, ils ont fait valoir que l’indemnité de 500'000 fr. perçue par A.X._ de B._ constituait non pas une indemnité pour la renonciation à l’exercice d’un droit mais un dédommagement pour le préjudice que A.X._ estimait avoir subi en échangeant une parcelle constructible en zone d'extension de "Bonmont" contre du terrain non constructible en zone agricole. Ils ont expliqué que A.X._ ayant réalisé, lors de la mise à l'enquête de la transformation de la demeure de B._ et de la construction de la maison du gardien, que la bande de terrain qu'il avait échangée avec Y._ SA était désormais constructible, avait rapidement fait bloquer les travaux par le dépôt d'une opposition contre le projet immobilier, ce afin de pouvoir ensuite entreprendre les procédures judiciaires qui s'imposaient. Cette démarche lui avait permis de facilement et rapidement bloquer toute mesure de construction irréversible que B._ aurait été susceptible d’entreprendre et qui aurait rendu impossible la restitution de la bande de terrain échangée en cas de succès d’une action en nullité de l’acte d’échange fondée sur les art. 23 et suivants du Code des obligations (vice de la volonté). Les recourants ont admis que des mesures préprovisionnelles auraient pu être requises, mais ils ont rappelé que l’action au fond aurait dû être ouverte contre Y._ SA, le co-échangiste, et non directement contre B._, et qu'il aurait ainsi été très difficile d’obtenir des mesures préprovisionnelles à l’encontre d’une personne non-partie au litige et dont la bonne foi lors de l’acquisition était présumée, à ce stade de la procédure. L’opposition avait permis ainsi, à moindre frais, de faire bloquer les travaux, ce d’autant que le recourant était assisté d’un avocat qui savait que ses clients n’obtiendraient pas de mesures préprovisionnelles sur le plan civil contre la propriétaire actuelle du fonds. La procédure d'opposition avait permis d’aboutir au résultat désiré puisque le recourant avait été dédommagé à concurrence de son préjudice, soit la différence de prix entre la valeur réelle du terrain acquis et celle du terrain cédé, le montant de 733 fr. le m2 (500'000 fr. pour 682 m2) étant en effet approprié pour du terrain constructible à Chéserex. Ils ont ajouté que si le montant de 500'000 francs avait certes été payé par B._, qui n’était pas co-échangiste de A.X._ mais était l’acquéreur définitif de la bande de terrain échangée, celle-ci avait toutefois procédé, par le biais d’une stipulation pour autrui, à la libération de toute responsabilité de Y._ SA et de son administrateur, C._, que A.X._ ne pouvait ainsi plus ouvrir action en annulation du contrat de vente contre Y._ SA en raison d’un vice de la volonté et que cette condition de l‘accord du 18 mai 2006 montrait que l’indemnité reçue correspondait bien à un complément de prix de vente et qu'on pouvait supposer que le complément de prix auquel Y._ SA aurait été condamné aurait certainement été répercuté chez l'acquéreur final. Les recourants ont relevé que le fait que, comme cela ressortait de la convention passée le 18 mai 2006, B._ eût acquis de Y._ SA une parcelle pour 113 fr. le m2 (500'000 fr. pour 4’413 m2), alors que le prix du terrain à Chéserex avoisinait plutôt 750 fr. le m2, laissait supposer que ce terrain avait été cédé à un prix bien inférieur à sa valeur car B._ s’était probablement engagée à ériger à ses propres frais une maison de gardiennage qui servait également les intérêts de Y._ SA et de I'administrateur qui y résidait, C._. Les recourants ont également fait valoir que le montant même de l’indemnité perçue montrait qu’il ne pouvait s’agir que du «prix» négocié du terrain, et non d’une indemnité obtenue en échange de la renonciation à l'exercice d'un droit, qu'en effet, obtenir 500'000 fr. contre le retrait d'une opposition paraissait en l’espèce totalement disproportionné en regard des droits civil et pénal.
Les recourants ont requis la tenue d’une audience afin que B._ et C._ soient entendus comme témoins. Ils ont fait valoir que leurs témoignages permettraient de montrer la véritable volonté des parties dans chacune des transactions passées (échange immobilier, vente de la parcelle 1********, transaction entre B._ et A.X._), en particulier le fondement du paiement de l’indemnité de 500'000 francs.
Dans sa réponse du 2 mars 2009, l’autorité intimée a conclu au rejet du recours et au maintien de la décision attaquée. Elle a contesté le grief de violation des règles essentielles de procédure lors du traitement de la réclamation du recourant auprès de l'Office d'impôt et, s’agissant du fond du litige, elle a fait valoir en substance qu’il ressortait de la proposition d’indemnisation du 17 mai 2006 que le versement du montant de 500'000 francs avait été conditionné au retrait des oppositions formées par A.X._ et par son fils et qu’en outre, il y était expressément mentionné que la proposition avait été faite dans le but «de gagner du temps et pour éviter des développements judiciaires». L'ACI a ajouté que l’indemnité de 500'000 fr. ne pouvait pas être qualifiée de complément du prix de vente puisqu’elle n’avait pas été payée par le co-échangiste mais par l’acquéreur final qui n’était pas lié au contrat d’échange et elle a réfuté que B._ ait procédé par le biais d’une stipulation pour autrui. Enfin, elle a contesté que le montant de 500'000 francs versé en tant qu’indemnité en raison du retrait d’une opposition fût disproportionné ou abusif en regard des droits civil et pénal.
D. Dans leurs déterminations du 28 avril 2009, les recourants ont relevé que ce n’était pas parce que B._ avait versé le montant de 500'000 fr. - dont on pouvait se demander s’il l’avait été pour le compte de Y._ SA puisqu’elle avait fait prendre à A.X._ une obligation de ne pas attaquer cette société ni son administrateur - qu’il n’y avait pas lieu de voir ce montant comme un complément de prix de vente, qu’en effet, les recourants ignoraient tout des relations entre B._ et Y._ SA, raison pour laquelle iIs désiraient les faire entendre comme témoins, afin que ces derniers expliquent l’entier de leurs droits et obligations réciproques. Ils ont expliqué pouvoir légitimement supposer que tant B._ que Y._ SA avaient discuté de la prise en charge de l’indemnité de 500'000 fr. puisque B._ avait fait prendre des engagements en faveur de la société et de son administrateur par A.X._. S’agissant de l’argument de l’autorité intimée selon lequel l'indemnité ne correspondait pas à un prix de vente complémentaire puisque le co-échangiste n'en avait pas acquitté le montant, les recourants ont fait valoir que, pour des raisons pratiques et de rapidité bien compréhensibles, B._ avait payé ou avancé cette somme, qui avait probablement fait l’objet d’une rémunération, soit directement dans le cadre d’une convention que les recourants ne pouvaient pas connaître, soit dans le cadre des décomptes établis lors de la construction de la maison de gardiennage commune.
Dans ses déterminations du 27 mai 2009, l’autorité intimée a maintenu ses conclusions.
E. Faisant suite à la demande des recourants, le juge instructeur a invité, par lettre du 12 octobre 2009, B._ à verser au dossier toutes pièces (et explications) permettant de déterminer si elle avait consenti à la société Y._ SA ou à son administrateur, C._, certaines prestations autres que le prix d'achat (par exemple un engagement écrit à construire à ses propres frais à elle, ou à frais partagés, la maison de gardiennage commune), ainsi que toutes pièces (et explications) permettant d'établir si le montant de 500'000 fr. versé à A.X._ avait été mis, en tout ou partie, à la charge de la société Y._ SA ou à celle d'C._.
Par courrier du 17 décembre 2009, B._, par la plume de son mandataire, l'avocat Yannis Egloff, a répondu qu'en contrepartie de l’acquisition de la parcelle 4******** (dont faisait désormais partie la parcelle de 682 m2 antérieurement propriété de A.X._), elle n'avait pas consenti à Y._ SA d’autre prestation que le prix d’achat figurant dans l’acte de vente, comme le prouvait ledit acte de vente dont elle produisait copie, que c’était elle qui avait payé le montant de 500'000 francs versé à A.X._, que ni Y._ SA ni C._ n’avaient participé, en tout ou en partie, au paiement de ce montant qui découlait d’une convention à laquelle seuls B._, A.X._ et B.X._ étaient parties, qu'en effet, la convention du 18 mai 2006 indiquait clairement que ce montant avait pour but de mettre un terme définitif aux oppositions de A.X._ et de son fils B.X._ contre le projet de construction de B._ et de régler tout éventuel futur litige avec A.X._ et B.X._ relatif au projet de B._.
Par lettre du 19 février 2010, les recourants ont relevé que le mandataire de B._ n'avait pas répondu de manière complète aux questions posées par le juge instructeur et ont réitéré leur demande d'entendre B._ et C._ comme témoins, ce qui était le seul moyen d'obtenir des renseignements plus précis.
Dans un courrier du 6 janvier 2010, l'autorité intimée a maintenu sa position.
F. Par lettre du 19 mai 2010, les recourants ont renouvelé leur demande que soient entendus B._ et C._ comme témoins. Ils ont également requis que soit produite la promesse de vente et d'achat de droit d'emption du 12 septembre 2005 que B._ mentionnait dans la convention du 18 mai 2006, qui semblait traiter de la question de la reprise de l'obligation par Y._ SA de construire une structure de gardiennage commune à Y._ SA et B._.
Le tribunal a statué par voie de délibération.

Considérant en droit
1. Interjeté en temps utile et en la forme, le présent recours est recevable.
2. Il convient tout d'abord d'établir si l'Office d'impôt et, à sa suite, l'ACI ont violé le droit d'être entendu des recourants en n'envoyant pas leur dossier à leur mandataire suite à la lettre du 24 juillet 2008 de celui-ci.
a) Le droit d'être entendu comprend le droit de s'expliquer avant qu'une décision ne soit prise au détriment de l'intéressé, de fournir des preuves pertinentes, d'avoir accès au dossier, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins d'en prendre connaissance et de se déterminer à son propos, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 133 I 270 consid. 3.1 p. 277 et la jurisprudence citée).
L'art. 35 al. 3 de la loi vaudoise du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative (LPA; RSV 173.36), entrée en vigueur le 1er janvier 2009, soit postérieurement à la procédure de réclamation devant l'Office d'impôt dont il est question en l'espèce, dispose que la consultation des dossiers a lieu au siège de l'autorité appelée à statuer et que, sauf motifs particuliers, le dossier est adressé pour consultation aux mandataires professionnels. Il convient cependant de relever qu'avant l'entrée en vigueur de cette loi, le principe selon lequel les mandataires professionnels pouvaient se faire envoyer un dossier était déjà appliqué dans la pratique, même si le droit de procédure applicable ne le prévoyait pas expressément (cf. Les procédures en droit fiscal, Ordre romand des experts fiscaux diplômés, Berne, 2005, 2ème édition, p. 602; ATF 122 I 112-113).
b) En l’espèce, il ressort clairement du courrier du 24 juillet 2008 du mandataire des recourants qu’il a requis que le dossier lui soit adressé. Au vu de la pratique en vigueur, il pouvait donc s’attendre à ce qu’il lui soit envoyé. Il est dès lors établi qu’en ne le faisant pas, l'Office d'impôt a violé le droit d'être entendu des recourants. Et c'est à tort que l'autorité intimée prétend que le mandataire, dès lors qu’il n’avait pas reçu de réponse de la part de l’Office d’impôt, aurait dû interpeller celui-ci et s’enquérir sur les motifs pour lesquels il n’avait pas reçu le dossier en consultation. En effet, le mandataire avait clairement formulé sa requête et l'Office d'impôt devait à tout le moins lui répondre et ne pas transmettre sans autre le dossier à l’ACI. Il est constant qu'en procédant comme il l’a fait, l'Office d'impôt a privé les recourants de la possibilité d'exposer leurs arguments et de bénéficier de deux réexamens complets (au stade de l’Office d’impôt et de l‘ACI) de leur situation conformément aux art. 187 et 188 LI. Cependant, au vu du pouvoir d'examen étendu du tribunal de céans (cf. RDAF 2001 I 586 pour l'établissement des conditions auxquelles peut être tolérée la perte de l'examen par une instance), il convient de considérer que ce vice a été réparé lors de l'instruction de la présente cause.
3. Au fond, est litigieuse la question de la qualification de l'indemnité de 500'000 francs perçue par les recourants suite à la convention du 18 mai 2006. Cette qualification déterminera à quel titre l’indemnité doit être imposée.
Selon l'autorité intimée, elle constitue une indemnité obtenue en échange de la renonciation à l'exercice d'un droit et doit être imposée selon l'art. 27 al. 1 let. d LI et l'art. 23 al. 1 let. d de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) qui prévoient l'imposition sur le revenu des indemnités obtenues en échange de la renonciation à l'exercice d'un droit.
Les recourants, quant à eux, prétendent que cette indemnité constitue un complément ou une correction au prix de la parcelle de 682 m2 échangée contre une autre parcelle de même surface le 12 juillet 2005 avec Y._ SA et qu'elle doit être imposée en tant que gain immobilier privé selon les art. 61 et suivants Ll, étant précisé que, sur le plan du droit fédéral, un tel gain est exempté d'impôt sur le revenu, conformément à l'art. 16 al. 3 LIFD.
a) Le litige a trait à l'impôt cantonal et communal, ainsi qu'à l'impôt fédéral direct. A l’instar de l’ACI, et comme la jurisprudence le lui permet, la cour de céans tranchera le recours aussi bien pour ce qui concerne l’impôt cantonal et communal, d’une part, que pour ce qui concerne l’impôt fédéral direct, d’autre part (ATF 131 II 553 consid. 4.2 p. 559; 130 II 509 consid. 8.3 p. 511).
b) Sont imposables au titre du revenu les indemnités obtenues en échange de la renonciation à l’exercice d’un droit (art. 27 let. d LI; art. 23 let. d LIFD). Le montant reçu en échange du retrait de l’opposition formée contre un projet de construction est imposable (arrêt FI.2004.0091 du 17 janvier 2006; Yves Noël, Commentaire romand LIFD, N. 28 ad art. 23 LIFD; Rainer Zigerlig/Guido Jud, Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, N.16 ad art. 23 LIFD; Felix Richner/Walter Frei/Stefan Kaufmann, Handkommentar zum DBG, N.46 ad art. 23 LIFD; Peter Locher, DBG Kommentar N.40 ad art. 23 LIFD). A la suite de Locher, l'arrêt FI.2004.0091 précité, ainsi que la doctrine, émettent à ce propos une réserve: si le bien-fonds subit une diminution de valeur en raison de la construction projetée, l'indemnité peut, pour partie, représenter une compensation de la moins-value et, en tant que gain en capital (art. 16 al. 3 LIFD), être franche d'impôt. Dans l’affaire qui a conduit au prononcé de son arrêt du 20 juin 2002 dans la cause 2P.55/2002 et 2A.88/2002 (StE 2002 B.26.27 Nr. 5, Archives 2004 11), le Tribunal fédéral a jugé que ne constituait pas un gain en capital une indemnité de 300'000 fr. en échange du retrait d’une action civile dirigée contre la constitution d’une servitude. Le Tribunal fédéral a notamment retenu que l’immeuble du contribuable n’avait perdu aucune valeur dans l’opération litigieuse.
c) En l'espèce, A.X._ était propriétaire d’une bande de terrain agricole de 682 m2, enclavée entre la parcelle propriété de B._ et la parcelle propriété de Y._ SA. Le 8 février 2005, la commune de Chéserex a émis un préavis municipal qui prévoyait notamment le changement d’affectation de la bande de terrain propriété de A.X._, qui devenait terrain constructible. Ce projet a fait l'objet d'une mise à l'enquête publique du 17 décembre 2004 au 27 janvier 2005 et n'a soulevé aucune opposition. Le 12 juillet 2005, A.X._ a convenu avec Y._ SA d’échanger la bande de terrain précitée contre une bande de terrain agricole de même surface, située, elle, en bordure de sa parcelle. Le 12 septembre 2005, l’acte d’échange a été passé définitivement entre A.X._ et Y._ SA sans qu'aucune soulte ne soit due ni d'une part ni de l'autre. Le même jour, Y._ SA a promis de vendre à B._ une parcelle comprenant la bande de terrain que A.X._ lui avait échangée. Lorsque B._ a déposé un projet de transformation et de construction sur cette parcelle, A.X._ a formé opposition contre ledit projet. Par lettre du 17 mai 2006, B._ a proposé à A.X._ de lui verser une indemnité de 500'000 francs s’il retirait son opposition et s’engageait à ne plus s’opposer à son projet de construction et de transformation. Le 18 mai 2006, A.X._ a accepté la proposition de B._ et a retiré son opposition.
d) Le recourant soutient qu’il a fait l'objet d'une tromperie de la part de Y._ SA lors de l'échange de terrain, que, du fait que ledit terrain a changé de propriétaire, la voie de l'action civile était vouée à l'échec, qu'il a donc procédé par la voie de l'opposition contre le projet de construction de B._ et que cette procédure lui a permis en définitive de "récupérer" le gain dont il s'estime avoir été lésé.
Or, il convient de relever que le projet de changement d’affectation de la zone dans laquelle était située la bande de terrain dont A.X._ était propriétaire a été mis à l'enquête publique de décembre 2004 à janvier 2005. Les éléments au dossier ne permettent pas de déterminer la date de son entrée en vigueur. Cela n'importe toutefois pas. En effet, est déterminant le fait qu'à partir de janvier 2005, il était public que la bande de terrain du recourant était susceptible de devenir constructible. On relève d'ailleurs que la demande de morcellement d'immeubles agricoles du 19 juillet 2005 mentionne également que la parcelle cédée par A.X._ est située "dans le périmètre du plan d'extension de Bonmont (qui) a fait l'objet d'une modification ratifiée par le Département du Conseiller d'Etat Mermoud". Le recourant a donc passé la promesse d’échange de terrain avec Y._ SA, le 12 juillet 2005, puis l’acte définitif d’échange, le 12 septembre 2005, dans l’ignorance d’un fait dont il aurait pu avoir connaissance sans difficulté. Ainsi, il ne peut prétendre qu'il a fait l'objet d'une tromperie de la part de Y._ SA. Par ailleurs, dès lors qu'un ancien propriétaire ne peut réclamer la plus-value résultant du changement d’affectation ultérieur d’une parcelle cédée à un tiers, on ne peut que constater que le recourant ne pouvait obtenir gain de cause sur le plan civil.
e) Il est donc établi que le recourant a utilisé la procédure d’opposition pour obtenir un gain qu’il aurait pu percevoir lors de l’échange de terrain s’il avait été plus attentif. Si cette manière de procéder n’est pas répréhensible en soi, il est cependant clair que le gain perçu lors du retrait de l’opposition dans un tel cas ne saurait être imposé au titre d’un gain immobilier. En effet, d’une part, ce cas n’entre pas dans ceux admis par la jurisprudence et la doctrine (cités au consid. 3b ci-dessus) comme exceptions au principe selon lequel l’indemnité perçue à la suite d’une renonciation à un droit constitue du revenu. Il n'y a en effet pas de lien entre le projet contre lequel A.X._ a fait opposition et une quelconque diminution de la valeur de son terrain. D’autre part, même dans l’hypothèse où l'on envisagerait d’étendre les exceptions admises par la doctrine et la jurisprudence citées ci-dessus, une telle extension ne saurait concerner le recours à la procédure d’opposition pour obtenir un complément au prix d’un terrain que le contribuable a aliéné sans se soucier des possibilités de construire ultérieures.
f) Dès lors que le recourant n’a pas fait l’objet d’une tromperie, il apparaît que la quittance envers Y._ SA que B._ a incluse dans la convention du 18 mai 2006 n’a pas le sens que le recourant lui attribue (c’est-à-dire qu’elle constituerait la preuve de l’existence d’un accord entre Y._ SA et B._, ce qui prouverait qu’il a fait l’objet d’une tromperie). Il apparaît d’ailleurs que B._, en englobant Y._ SA et C._ dans les personnes envers lesquelles le recourant s’engageait à s’abstenir de faire opposition, n’a pas voulu régler un quelconque litige entre les trois parties X-Y._ SA-B._ mais a voulu régler tout problème d’opposition dans son ensemble afin que son projet de construction avance au plus vite.
g) Les considérations qui précèdent amènent au surplus à refuser la demande des recourants de tenir une audience afin que soient entendus à titre de témoins C._ et B._ et de faire produire la promesse de vente et d'achat et droit d'emption du 12 septembre 2005 passée entre Y._ SA et B._. En effet, ces témoignages et ce document n’auraient pas d’incidence sur la solution du litige puisque, comme on l’a vu, le tribunal retient que le recourant n’a pas fait l’objet d’une tromperie. On relève par ailleurs que, de par les nombreuses pièces qui constituent le dossier, ainsi que par les réponses du mandataire de B._ aux questions posées par le juge instructeur, le dossier est suffisamment documenté pour permettre au tribunal de former sa conviction.
4. Il ressort de ce qui précède que c’est à juste titre que l’ACI a considéré que l’indemnité de 500'000 francs perçue par le recourant constitue une indemnité obtenue en échange de la renonciation à l’exercice d’un droit et doit être imposée selon l'art. 27 al. 1 let. d LI et l'art. 23 al. 1 let. d LIFD.
En conséquence, tant en matière d’impôt cantonal et communal qu’en matière d’impôt fédéral direct, le recours doit être rejeté et la décision sur réclamation du 25 novembre 2008 de l’ACI confirmée.
Les frais de justice, par 2'500 francs, sont mis à la charge des recourants, qui succombent, solidairement entre eux. Il n’est pas alloué de dépens.