Decision ID: ca6cb8b4-1f86-4975-a897-bca6a2f4ca36
Year: 2021
Language: fr
Court: VD_TC
Chamber: VD_TC_031
Canton: VD
Region: Région lémanique
Law Area: public_law

Vu les faits suivants:
A. A._ (ci-après: A._, la société ou la recourante), dont le siège était à ********, a été inscrite au registre du commerce du canton de Vaud depuis le ********, jusqu'au ********, date de sa radiation. Elle avait pour but ********; le ******** (date de publication FOSC), son but est devenu le suivant: la société a pour but "******** (pour but complet cf. statuts)". Le ******** (date de publication FOSC), la société a été radiée par suite de fusion, et les actifs et les passifs envers les tiers repris par la société B._, à ********.
B. Par décision du 12 mai 2004, le Chef du Département des finances a accordé à A._ une exonération fiscale temporaire, selon les modalités suivantes:
"Exonération du bénéfice net et du capital imposables,
- de cent pour cent pour une durée de cinq ans dès la fondation de la société,
- de cinquante pour cent pour les cinq années suivantes.
Cette exonération est subordonnée,
- au maintien du siège et de l'activité de l'entreprise dans le canton pendant dix ans à compter de la fin de l'exonération,
- en principe, à la création effective des emplois projetés,
- à la réalisation des investissements prévus,
- au devoir d'informer l'Administration cantonale des impôts (division de la taxation) et le Service de l'économie, du logement et du tourisme de toute modification importante du projet présenté, ceci en vue du réexamen possible de l'allégement fiscal octroyé.
Une éventuelle extension de l'allégement de 50% à 100% pour la seconde période de cinq ans pourra être examinée s'il apparaît que 35 emplois ont été créés après cinq ans et que "Société Principale" s'engage à augmenter ce nombre à 40 personnes jusqu'à la fin de la période de dix ans.
Je vous rappelle d'autre part, que, durant la période d'exonération, la société est tenue de déposer régulièrement les déclarations d'impôts ainsi que les bilans, comptes d'exploitation et de pertes et profits.
Je vous remercie par ailleurs de bien vouloir informer l'Administration cantonale des impôts (division de la taxation) de la raison sociale choisie pour la "Société Principale".
C. Le 26 novembre 2009, A._ a requis une extension de l'exonération fiscale temporaire de 50% à 100% des impôts cantonaux et communaux (ICC) pour les années fiscales 2010 à 2014 dans la mesure où elle employait plus de 40 personnes. La société envisageait la création de 150 à 200 postes d'ici le début de l'année 2011.
D. Le 15 septembre 2010, l'Administration cantonale des impôts (ACI), en accord avec le Service de l'économie, du logement et du tourisme, a fait savoir au représentant de la société qu'elle pouvait accéder à sa requête et étendre l'exonération de 50% à 100% pour la seconde période de cinq ans. Pour le surplus, l'ACI a précisé que les conditions mentionnées dans la décision du 12 mai 2004 demeuraient valables.
E. La société A._ a régulièrement été taxée, en lien avec les périodes fiscales 2005 à 2014, sur la base des bénéfices et capitaux imposables suivants, en lien avec l'impôt cantonal et communal:
2005 (exercice commercial du 26.1.2004 au 31.8.2005) 2006 (exercice commercial du 1.9.2005 au 31.8.2006) 2007 (exercice commercial du 1.9.2006 au 31.8.2007) 2008 (exercice commercial du 1.9.2007 au 31.8.2008) 2009 (exercice commercial du 1.9.2008 au 31.8.2009) Bénéfice imposable ******** ******** ******** ******** ******** Capital imposable ******** ******** ******** ******** ********
2010 (exercice commercial du 1.9.2009 au 31.8.2010) 2011 (exercice commercial du 1.9.2010 au 31.8.2011) 2012 (exercice commercial du 1.9.2011 au 31.8.2012) 2013 (exercice commercial du 1.9.2012 au 31.8.2013) 2014 (exercice commercial du 1.9.2013 au 31.8.2014) Bénéfice imposable ******** ******** ******** ******** ******** Capital imposable ******** ******** ******** ******** ********
Compte tenu de l'exonération accordée, la société a été imposée sur la base d'un taux d'impôt de 0% et aucun impôt cantonal ou communal n'a dès lors été prélevé sur la base des décisions de taxation définitive relatives aux périodes fiscales 2005 à 2014.
F. Le 4 avril 2016, l'ACI a indiqué à la société A._ que son exonération temporaire, qui avait débuté avec la période fiscale 2005, avait pris fin au terme de la période fiscale 2014, soit le 31 août 2014 (clôture de l'exercice commercial). Elle a rappelé à la société les obligations auxquelles elle demeurait soumise jusqu'à la fin de la période fiscale 2024, soit le maintien du siège et de l'activité dans le Canton de Vaud.
G. Le 19 avril 2016, la société A._ a informé l'ACI d'une réduction de ses effectifs de 146 à 72 employés. A la demande de l'ACI, elle a expliqué que cette mesure trouvait sa justification par une restructuration interne des activités du groupe, une partie de celles-ci étant transférées à une autre société du groupe, basée à ********. Le 26 août 2016, l'ACI a confirmé à la société A._ que la réduction du personnel envisagée ne modifiait pas l'activité déployée par la société en Suisse et ne contrevenait pas à l'engagement pris en terme d'emplois.
H. Le groupe B._ a acquis le groupe A._ dans le courant de l'année 2018. La société A._ a informé l'ACI le 15 novembre 2018 de son intention de réorganiser les activités qui étaient jusqu'alors exercées à ******** et de les transférer à ********, probablement en 2020, ce dont a pris acte l'ACI le 20 décembre 2018, en rappelant à la société A._ que, dès la survenance d'un cas de non-respect des conditions de subordination, le Conseil d'Etat révoquerait l'exonération avec effet rétroactif pour toute la durée de l'exonération. La société A._ a poursuivi une partie de ses activités à son siège de ********, puisqu'elle employait, au 1er octobre 2019, 46 personnes, puis 44 personnes en décembre 2019. Dès le mois de février 2020, A._ a officiellement cessé toute activité sur le site de ********, les contrats des personnes ne rejoignant pas le siège de B._ à ******** ayant été résiliés. Ses actifs et passifs ont été repris selon bilan au 31 janvier 2020. La société A._ a été radiée par suite de fusion du registre du commerce du canton de Vaud le ******** 2020.
I. Par décision du 18 décembre 2019, le Conseil d'Etat a révoqué l'exonération octroyée à A._ le 12 mai 2004 pour les périodes fiscales 2005 à 2014 avec effet rétroactif. Il a également décidé de percevoir les impôts économisés pour les années 2005 à 2014, et a informé la société que les bordereaux relatifs à cette décision lui seraient communiqués par l'Office d'impôt des personnes morales (OIPM).
Le 23 décembre 2019, l'ACI a communiqué à A._ un décompte final relatif à l'impôt sur le bénéfice et le capital, en se référant à la décision du Conseil d'Etat précitée, d'un montant de ******** fr., avec délai de paiement au 1er février 2020.
J. Le 23 janvier 2020, A._ a formé réclamation à l'encontre du décompte final auprès de l'ACI, en demandant son annulation, faisant valoir qu'un tel décompte ne pourrait être émis qu'une fois que les bordereaux de rappel d'impôts auraient été notifiés pour chacune des périodes fiscales concernées. A ses yeux, le décompte avait été rendu de manière prématurée, dès lors qu'aucune décision de taxation n'avait été émise, si bien que le décompte ne respectait à ses yeux ni les conditions de l'art. 217a LI, ni ses droits procéduraux.
K. Par acte du 30 janvier 2020, A._ a recouru à l'encontre de la décision du Conseil d'Etat du 18 décembre 2019 auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal (CDAP), en concluant principalement à son annulation, et subsidiairement à son annulation et au renvoi du dossier au Conseil d'Etat pour nouvelle décision.
L. A._ a déposé un recours parallèle contre la décision du Conseil d'Etat auprès du Tribunal fédéral. Par ordonnance du 5 février 2020 (cause 2C_141/2020), le président de la IIe Cour de droit public du Tribunal fédéral a suspendu la procédure 2C_141/2020 jusqu'à droit connu sur le recours déposé devant le Tribunal cantonal vaudois contre la décision rendue le 18 décembre 2019 par le Conseil d'Etat.
M. Dans sa réponse du 28 mai 2020, l'ACI, agissant également pour le compte du Conseil d'Etat, a conclu au rejet du recours et à la confirmation de la décision du Conseil d'Etat du 18 décembre 2019.
A._ a répliqué le 20 juillet 2020, maintenant ses conclusions.
L'ACI a dupliqué le 11 septembre 2020.
A._ s'est encore déterminée par écriture du 25 septembre 2020.
A la demande du Tribunal, l'ACI a produit une copie des décisions de taxation de A._ au titre de l'ICC pour les périodes fiscales 2005, ainsi que 2010 à 2014.
N. Le tribunal a statué par voie de circulation, sans ordonner d'autre mesure d'instruction.

Considérant en droit:
1. Dès lors que l'art. 92 al. 2 de la loi du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative (LPA-VD; BLV 173.36) dispose que les décisions du Grand Conseil et du Conseil d'Etat, en première instance ou sur recours, ne sont pas susceptibles de recours au Tribunal cantonal, il convient de statuer d'emblée sur la recevabilité du recours.
a) La cour de céans a déjà interprété l'art. 92 al. 2 LPA-VD à la lumière des travaux parlementaires et du droit supérieur, singulièrement la garantie constitutionnelle de l'accès au juge prévue à l'art. 29a de la Constitution fédérale du 18 avril 1999 (Cst.; RS 101; voir aussi art. 191b al. 1 Cst.), ainsi que l'art. 86 al. 2 et 3 la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF; RS 173.110). Ces dispositions ont la teneur suivante:
" Art. 29a Cst. Garantie de l'accès au juge
Toute personne a droit à ce que sa cause soit jugée par une autorité judiciaire. La Confédération et les cantons peuvent, par la loi, exclure l'accès au juge dans des cas exceptionnels."
" Art. 86 LTF Autorités précédentes en général
[...]
2 Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3 Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal."
En substance, il a été jugé que dans le domaine d'application de l'art. 29a Cst., lorsqu'il est statué dans une cause ("Rechtsstreitigkeit"), l'exclusion de l'art. 92 al. 2 LPA-VD ne se justifie que lorsque les décisions concernées revêtent un caractère politique prépondérant. Si, en revanche, une décision rendue par l'une de ces autorités dans un cas particulier ne présente pas un caractère politique prépondérant, le recours au Tribunal cantonal est ouvert à son encontre, en vertu du droit fédéral, nonobstant l'art. 92 al. 2 LPA-VD (arrêts GE.2019.0220 du 6 novembre 2019 consid. 2b ; GE.2018.0148 du 5 décembre 2018 consid. 1 et les références citées; GE.2016.0130 du 6 mars 2017 consid. 1a; GE.2015.0121 du 18 mai 2016 consid. 1a/bb et GE.2015.0066 du 24 avril 2015 consid. 2a/bb).
L'exception figurant à l'art. 86 al. 3 LTF doit être interprétée de manière restrictive, dans la mesure où elle déroge à la garantie de l'accès au juge (ATF 136 I 42 consid. 1.5.4 p. 46). Le texte de l'art. 86 al. 3 LTF, par l'exigence du caractère politique "prépondérant" ("vorwiegend"; "prevalentemente"), indique du reste que seules les situations revêtant à l'évidence un caractère politique sont visées. Il ne suffit donc pas que la cause ait une connotation politique, encore faut-il que celle-ci s'impose de manière indubitable et relègue à l'arrière-plan les éventuels intérêts privés en jeu (ATF 136 I 42 consid. 1.5.4 p. 46).
Le Tribunal fédéral a considéré qu'une décision de refus d'exonération des droits d'enregistrement et/ou de succession pour une donation ne revêtait pas un caractère politique prépondérant. L'intérêt politique à favoriser la recourante sur le plan financier a été considéré comme accessoire par rapport aux intérêts privés de la fondation à obtenir une exonération fiscale (ATF 136 I 42 consid. 1.6 p. 46 s.). La fondation sollicitait dans le cas d'espèce une exonération de la totalité du droit, en dérogation avec l'arrêté cantonal, prévoyant une exonération de la moitié du droit pour les institutions d'utilité publique. Dans une autre affaire, le Tribunal fédéral a constaté que la garantie d'accès au juge n'avait pas été violée, après que la CDAP a décliné sa compétence pour se prononcer sur une décision du Conseil communal libérant un crédit de 107'000 fr., prise dans l'unique but de mettre sur pieds un cahier des charges pour lancer un appel d'offres tendant à faire construire un centre de loisirs et des infrastructures d'hébergement. Le Tribunal fédéral a relevé que cette décision, à l'instar de ce qu'avait considéré l'autorité précédente, donnait une impulsion politique en vue de développer économiquement la Commune par des mesures favorisant le tourisme et permettant en particulier aux personnes venant profiter des infrastructures de rester dans la station. Cette décision, prise par une autorité à caractère politique ("parlement" communal), n'avait aucune incidence sur d'éventuels intérêts individuels, aucun particulier ne voyant sa liberté ou un droit quelconque restreint par la décision entreprise (arrêt TF 2C_266/2018 du 19 septembre 2018, rendu sur recours contre l'arrêt GE.2017.0200 du 15 février 2018, consid. 4.3).
b) En l'occurrence, la décision attaquée, révoquant l'avantage fiscal consenti en faveur de la recourante, revêt incontestablement un caractère politique. L'art. 91 de la loi du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI; BLV 642.11) (qui se base sur l'art. 23 al. 3 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]) confère en effet un large pouvoir d'appréciation au Conseil d'Etat pour décider d'accorder des allègements fiscaux et déterminer quelles sont les entreprises qui servent les intérêts économiques du Canton. Il en va de même de la décision qui révoque cet avantage mais dans une moindre mesure. Le caractère politique d'une décision d'octroi, respectivement de révocation d'une exonération fiscale, n'apparaît toutefois pas prépondérant par rapport à l'intérêt particulier dont dispose la recourante à obtenir une exonération fiscale ou à contester sa révocation. Le cas d'espèce doit ainsi être distingué de la situation ayant donné lieu à l'arrêt du TF 2C_266/2018 du 19 septembre 2018, auquel se réfère l'autorité intimée, qui concernait une décision sans effet sur d'éventuels intérêts individuels. La clause d'exclusion de l'art. 92 al. 2 LPA-VD n'est ainsi pas applicable, de sorte qu'il convient d'admettre la compétence du Tribunal cantonal pour se saisir du litige.
c) Déposé dans le délai de trente jours fixé par l'art. 95 LPA-VD, le recours est intervenu en temps utile. Il satisfait également aux conditions formelles énoncées par l'art. 79 LPA-VD. Il y a donc lieu d'entrer en matière.
2. La recourante, dans un premier grief d'ordre formel, se plaint d'une violation de son droit d'être entendue, la décision attaquée souffrant d'un défaut de motivation.
a) Le droit d'être entendu garanti à l'art. 29 al. 2 Cst. confère à toute personne le droit d'exiger, en principe, qu'un jugement ou une décision défavorable à sa cause soit motivé. Cette garantie tend à éviter que l'autorité ne se laisse guider par des considérations subjectives ou dépourvues de pertinence; elle contribue ainsi à prévenir une décision arbitraire. L'objet et la précision des indications à fournir dépend de la nature de l'affaire et des circonstances particulières du cas; néanmoins, en règle générale, il suffit que l'autorité mentionne au moins brièvement les motifs qui l'ont guidée (ATF 133 III 439 consid. 3.3; 126 I 97 consid. 2b). L'autorité n'est pas tenue de discuter de manière détaillée tous les arguments soulevés par les parties. Elle peut se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige; il suffit que le justiciable puisse apprécier correctement la portée de la décision et l'attaquer à bon escient et que l'autorité de recours puisse exercer son contrôle (ATF 134 I 83 consid. 4.1; 133 I 270 consid. 3.1; 126 I 15 consid. 2a/aa et les références citées).
Le droit d'être entendu est une garantie de nature formelle, dont la violation entraîne en principe l'annulation de la décision attaquée, indépendamment des chances de succès du recours sur le fond (ATF 142 II 218 consid. 2.8.1; ATF 135 I 187 consid. 2.2; ATF 126 I 19 consid. 2d/bb). Selon la jurisprudence, sa violation peut cependant être réparée lorsque la partie lésée a la possibilité de s'exprimer devant une autorité de recours jouissant d'un plein pouvoir d'examen (ATF 142 II 218 consid. 2.8.1; ATF 135 I 279 consid. 2.6.1; ATF 133 I 201 consid. 2.2 et les références citées).
b) En l'occurrence, la décision attaquée n'est pas particulièrement motivée. Elle se limite en effet à énoncer les faits pertinents et à constater que la recourante ne satisfait plus aux conditions posées lors de l'octroi de l'exonération temporaire, notamment en termes d'emplois. Comme le relève à juste titre la recourante, la décision attaquée n'examine pas les motifs justifiant la révocation de la totalité de l'avantage fiscal concédé auparavant. Cette motivation, certes lacunaire, n'a toutefois pas empêché la recourante de déposer un recours d'une cinquantaine de pages et de développer utilement sa motivation. La recourante a encore eu l'occasion de se déterminer ultérieurement, à deux reprises, au sujet des prises de positions détaillées de l'autorité intimée. L'éventuelle violation du droit d'être entendu de la recourante a par conséquent été réparée dans le cadre de la présente procédure.
3. La recourante a proposé l'audition, en qualité de témoin, de l'un de ses représentants, C._, ayant participé à la restructuration du groupe B._.
a) Le droit d'être entendu comprend en particulier le droit pour le justiciable de participer à l'administration des preuves, d'en prendre connaissance, de se déterminer à leur propos et d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 143 III 65 consid. 3.2 p. 67; 142 II 218 consid. 2.3 p. 222). L'autorité peut cependant renoncer à procéder à des mesures d'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 p. 299 et les arrêts cités).
b) L'audition de C._ est supposée établir les raisons pour lesquelles la recourante a choisi de déplacer son siège à ********. Les circonstances de ce transfert de siège ne sont toutefois pas litigieuses. Le tribunal se dispensera dès lors de procéder à l'audition de C._ par appréciation anticipée des moyens de preuve.
4. Le présent litige porte sur la révocation de l'exonération fiscale temporaire dont a bénéficié l'entreprise recourante en matière d'impôt cantonal et communal.
L'art. 23 al. 3 LHID expose ce qui suit:
"Les cantons peuvent prévoir, par voie législative, des allégements fiscaux en faveur des entreprises nouvellement créées qui servent les intérêts économiques du canton, pour l'année de fondation de l'entreprise et pour les neuf années suivantes. Une modification importante de l'activité de l'entreprise peut être assimilée à une fondation."
Dans les limites posées par le droit fédéral, les cantons sont libres de faire usage du droit que leur accorde l'art. 23 al. 3 LHID d'octroyer les allégements en question à certains sujets fiscaux (arrêts TF 2C_382/2016 du 11 juillet 2017 consid. 2.2; 2C_910/2010 du 5 mai 2011 consid. 4.1) et ils gardent une certaine autonomie concernant les modalités et l'ampleur desdits allégements (cf. Greter/Greter, in Zweifel/Beusch [éd.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht - Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG], 3e éd., 2017, n° 4 ad art. 5 LHID, n° 44 ad art. 23 LHID; Marco Rostetter, Die Verjährung im Recht der direkten Bundessteuer und der harmonisierten kantonalen Steuern, Berne 2019, n°791, p. 300).
L'art. 91 LI, qui constitue la base légale cantonale autorisant le canton de Vaud à octroyer des allègements fiscaux visés par l'art. 23 al. 3 LHID, est formulé en ces termes:
" Le Conseil d'Etat peut accorder des allégements fiscaux aux entreprises nouvellement créées qui servent les intérêts économiques du canton, pour l'année de fondation de l'entreprise et pour les neuf années suivantes. La modification importante de l'activité de l'entreprise peut être assimilée à une fondation nouvelle."
Le Tribunal fédéral a déjà eu l'occasion de relever que, en raison du caractère potestatif du droit des cantons d'accorder les allégements en question aux entreprises (cf. articles 23 al. 3 LHID et 91 LI précités), l'autorité cantonale "dispose d'une large marge d'appréciation s'agissant de l'octroi et, par voie de conséquence, des conditions et de la révocation d'un privilège fiscal" (arrêts TF 2C_382/2016 du 11 juillet 2017 consid. 6.2; 2C_910/2010 du 5 mai 2011 consid. 5.2).
5. La recourante soutient que les périodes fiscales de 2005 à 2009, qui ont fait l'objet d'une décision de taxation définitive, ne peuvent pas faire l'objet d'une procédure de rappel d'impôt. La décision devrait ainsi dans tous les cas être annulée en ce qui concerne ces périodes, le rappel d'impôt étant prescrit. La recourante s'appuie à cet égard sur l'avis de droit du professeur Xavier Oberson du 20 mai 2020.
a) D'emblée, on relèvera que les avis de droit privés ne constituent pas des moyens de preuve, mais sont largement traités comme des allégués de partie (cf. ATF 141 IV 369 consid. 6.2 p. 373 et les références; arrêt 6B_1243/2015 du 8 janvier 2016 consid. 3), y compris lorsqu'ils émanent d'une personne expérimentée et reconnue (ATF 141 IV 369 précité).
Il est admis d'une manière générale, aussi bien par la jurisprudence que par la doctrine, que l'autorité ayant octroyé une exonération d'impôt est en droit de révoquer celle-ci si les conditions dont elle est assortie ne sont pas respectées (arrêt TF 2C_910/2010 du 5 mai 2011 consid. 5.2; Rostetter, op. cit., n°801, p. 303 et les références citées). Il convient, cela étant, de s'interroger sur les modalités d'une telle révocation, qui revient à modifier une décision de taxation définitive et doit ainsi en principe s'inscrire dans l'un des motifs qui permettent de revenir sur une décision entrée en force (ATF 142 II 433 consid. 3.1, traduit in RDAF 2018 II 673; arrêts TF 2C_212/2016 du 6 septembre 2016 consid. 5.3 ; 2C_322/2015 du 4 avril 2016 consid. 3.4; 2C_961/2014 du 8 juillet 2015 consid. 3.2, in Archives 84 p. 251; 2C_200/2014 du 4 juin 2015 consid. 2.4.1, in RF 70/2015 p. 711 et Archives 84 p. 250).
Dans le cadre de l'affaire 2C_382/2016 du 11 juillet 2017, le Tribunal fédéral a constaté que ni la loi cantonale, ni la décision d'exonération ne se prononçaient clairement sur la durée admissible de la révocation. Il n'en a pas pour autant déduit que la révocation ne pouvait intervenir que si la société concernée cessait ses activités durant la période d'exonération. A moins que cela ait été expressément exclu dans la décision d'exonération, le Tribunal fédéral a retenu qu'il était possible à l'autorité de taxation de révoquer sa décision d'octroi d'un privilège fiscal même après la fin de la période pendant laquelle le contribuable a profité de l'allégement en question, en se fondant sur le fait nouveau constitué par la fin des activités de l'entreprise intéressée dans le canton. Dans ce contexte, il a appliqué par analogie les dispositions du rappel d'impôt. Cette approche permet d'éviter qu'une entreprise au bénéfice d'une exonération soit traitée de manière plus favorable qu'une autre entreprise établie dans le canton et soumise à une taxation ordinaire, à qui le fisc pourrait opposer un rappel d'impôt basé sur la découverte d'un fait nouveau susceptible de fonder une imposition (consid. 6.5 et 6.6, ainsi que la référence à l'arrêt TF 2C_910/2010 du 5 mai 2011 consid. 5.3; voir aussi, s'agissant de la pratique, arrêt TF 2C_227/2015 du 31 mai 2016 consid. 8.1, où la décision d'exonération prévoyait en ce sens un délai de 5 ans après la fin de la période d'allégement; cf. aussi Greter/Greter, op. cit., n. 8 ad art. 5 LHID p. 116 cum n. 44 ad art. 23 LHID p. 575).
Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, la référence aux règles sur le rappel d'impôt implique l'application des délais y relatifs. Pour cette raison, conformément au délai prévu à l'art. 53 al. 2 LHID, il sied de retenir que la possibilité de révoquer un privilège fiscal après la fin de la période concernée, lorsque la décision d'exonération ne prévoit pas de délai exprès en ce sens, est limitée à dix ans. La révocation du privilège en question doit ainsi intervenir au plus tard dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle l'allégement a été octroyé (arrêt TF 2C_382/2016 du 11 juillet 2017 consid. 6.6.1).
L'art. 53 LHID ne trouvant application que par analogie, il convient de réserver le cas où la loi cantonale, respectivement la décision d'exonération, s'écarteraient des conditions de cette disposition, notamment en ce qui concerne le délai (cf. Rostetter, op. cit., n°815ss, p. 307).
b) En l'occurrence, les faits de la présente affaire ne sont pas identiques à ceux de l'arrêt 2C_382/2016 du 11 juillet 2017 précité, ainsi que le relève à juste titre l'autorité intimée. La décision d'exonération en cause conditionne en effet expressément l'octroi de l'avantage fiscal accordé à la recourante au maintien de son siège et de ses activités dans le Canton de Vaud pendant une période de dix ans suivant l'exonération. La loi cantonale ne contient toutefois aucune disposition qui traite spécifiquement de la problématique de la révocation des décisions d'exonération. Elle ne précise ainsi ni les conditions auxquelles une telle révocation est subordonnée, ni la durée admissible de la révocation. La décision d'exonération ne contient pas non plus de précision à ce sujet, dans la mesure où elle se limite à conditionner l'octroi de l'avantage fiscal au maintien du siège et de l'activité de la recourante dans le canton de Vaud pendant une période de dix ans à l'échéance de la période d'exonération. On ne saurait ainsi y voir une réglementation spécifique autorisant l'autorité de taxation à revenir, pendant une période de près de vingt ans, sur une décision de taxation entrée en force. En cela, la situation ayant donné lieu à l'arrêt précité se rapproche des circonstances du présent litige, ce qui justifie que la révocation des décisions de taxation entrées en force ne puisse s'effectuer qu'aux conditions du rappel d'impôt, en particulier en ce qui concerne le délai de prescription. Une autre solution irait en effet à l'encontre du principe de la légalité, qui domine le droit fiscal et représente un droit constitutionnel indépendant déduit de l'art. 127 al. 1 Cst. (ATF 144 II 454 consid. 3.4 p. 461; 143 I 220 consid. 5.1.1 p. 224).
c) L'art. 53 LHID (cf. également l'art. 208 LI sur le plan cantonal), qui concerne le rappel d'impôt, a la teneur suivante:
"1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
2 Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
3 Le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte".
d) En l'occurrence, le transfert du siège de la recourante dans un autre canton, tout comme la cessation de ses activités dans le canton de Vaud en début d'année 2020, non remis en cause, vont à l'encontre des conditions posées par l'autorité intimée dans le cadre de la décision d'exonération, qui subordonnait expressément l'avantage fiscal concédé au respect de ces exigences pendant une période de dix ans suivant la fin de l'exonération. Ces circonstances nouvelles constituent des faits inconnus de l'autorité fiscale qui l'autorisent en principe à revenir sur les décisions de taxation entrées en force.
Il convient cela étant d'examiner pour quelles périodes fiscales la décision de révocation de l'exonération est susceptible de conduire à une perception rétroactive des impôts non prélevés auprès de la recourante. La prescription ou la péremption sont en effet des questions de droit matériel que le tribunal examine d'office lorsqu'elles jouent en faveur du contribuable (cf. ATF 138 II 169 consid. 3.2 p. 171) tant pour l'IFD que l'ICC, lorsque celles-ci se fondent sur le droit fédéral (cf. ATF 138 II 169 consid. 3.4 p. 172; arrêts 2C_333/2017 du 12 avril 2018 consid. 8; 2C_12/2017 du 23 mars 2018 consid. 4.3 non publié dans l'ATF 144 IV 136).
En l'espèce, le premier acte assimilable à un avis d'ouverture d'une procédure de rappel d'impôt consiste en la décision de révocation de l'exonération communiquée à la recourante le 18 décembre 2019. Le droit d'ouvrir une procédure de rappel d'impôt était alors prescrit pour les périodes fiscales du 26 janvier 2004 au 31 août 2009, étant précisé que l'exercice commercial de la recourante s'étend du 1er septembre au 31 août (hormis pour le premier exercice commercial, qui s'est étendu du 26 janvier 2004 au 31 août 2005 et qui correspond à la période fiscale 2005). La procédure de rappel d'impôt ne peut ainsi porter que sur les périodes fiscales 2010 à 2014, qui correspondent aux exercices commerciaux du 1er septembre 2009 au 31 août 2014, date qui marque le terme de l'exonération totale d'impôt dont a bénéficié la recourante. Pour le surplus, il convient de constater que, s'agissant de ces mêmes périodes fiscales, le délai de prescription de quinze ans de l'art. 53 al. 3 LHID n'est pas encore atteint.
6. La recourante soutient que l'autorité intimée a abusé, respectivement excédé de son pouvoir d'appréciation en s'écartant des solutions retenues dans la Circulaire de l'ACI de juin 2012 relative à l'exonération temporaire des entreprises (ci-après: la Circulaire 2012), qui permettrait la prise en compte des circonstances particulières du cas au moment de décider de l'ampleur de la révocation rétroactive. Elle relève en particulier qu'au terme de la deuxième étape de l'exonération, soit après une période de dix ans, on examine à nouveau dans quelle mesure les objectifs ont été atteints; s'ils ne sont pas atteints, l'exonération peut être revue à la baisse; toutefois, la révocation rétroactive concernant la première période ne peut avoir lieu que dans les cas d'abus (circulaire, n. 3.5.4); elle en déduit que, sauf en cas d'abus, le fait que les objectifs ne soient pas atteints dans la période suivant la fin de la deuxième période d'exonération ne peut donner lieu à une révocation de l'exonération pendant la première période, laquelle reste acquise. La révocation devrait en outre être graduelle et tenir compte de l'étendue du non-respect des conditions fixées dans la décision d'exonération.
a) Il y a abus du pouvoir d'appréciation lorsque l'autorité, tout en restant dans les limites du pouvoir d'appréciation qui est le sien, se fonde sur des considérations qui manquent de pertinence et sont étrangères au but visé par les dispositions légales applicables, ou viole des principes généraux du droit tels que l'interdiction de l'arbitraire et de l'inégalité de traitement, le principe de la bonne foi et le principe de la proportionnalité (ATF 137 V 71 consid. 5.1 p. 73).
A teneur de la Circulaire 2012 (ch. 3.4.1), la décision d'exonération s'inscrit dans le cadre de la politique d'appui au développement économique (PADE) telle que validée par le Conseil d'Etat et régulièrement mise à jour. L'autorité compétente procède à une analyse de la concurrence, afin de maintenir le principe de l'égalité de traitement entre acteurs économiques. La concurrence s'apprécie en tenant compte du positionnement de l'entreprise sur le marché (local, national ou international), du secteur d'activités (présence d'entreprises directement concurrentes sur le territoire cantonal) et du produit (degré d'innovation).
La Circulaire 2012 précise par ailleurs ce qui suit s'agissant des clauses de "claw back" (ch. 3.5.3):
"L'exposé des motifs envisage également la possibilité de subordonner l'exonération à la condition du maintien de l'entreprise dans le canton durant un certain laps de temps. Il s'agit d'éviter un tourisme intercantonal ou international. Cet aspect du problème doit être pris en compte en particulier pour les entreprises du secteur tertiaire, plus mobiles que celles des autres secteurs économiques. En pratique, une entreprise doit demeurer dans le canton durant la période d'exonération et au terme de celle-ci, pour une durée équivalente à la moitié de celle de l'allégement accordé (période de blocage dite "claw back"), pour autant que l'allégement se décline en deux étapes. Dans le cas contraire (une seule étape), la période de blocage est en principe fixée pour une durée équivalente à la période d'allégement accordé. Le non-respect de tout ou partie des conditions de subordination à l'exonération temporaire entraîne un retrait de tout ou partie de l'allégement. Un retrait opéré durant la période d'exonération ou durant la période de blocage conduit à une reprise rétroactive des impôts exonérés. Le traitement fiscal des cas où le non-respect des conditions de subordination est occasionné par un changement fondamental des circonstances ayant présidé à l'octroi pour des motifs économiques (notamment, situation de faillite, de cessation des activités du groupe auquel la société appartient) non liés à des considérations fiscales demeure réservé".
Le Tribunal fédéral a déjà jugé, s'agissant d'une exonération de l'impôt sur le bénéfice et le capital à 90 %, que la contrepartie consistant au maintien durable du siège dans le canton n'était pas disproportionnée au regard de l'importance de la réduction fiscale consentie (arrêt TF 2C_910/2010 du 5 mai 2011 consid. 5.2). En effet, le principe de l'égalité de traitement (art. 8 al. 1 Cst.) exige que l'octroi d'un privilège fiscal, lequel déroge par définition à l'imposition ordinaire, puisse se justifier par une différence notable quant à la situation de fait concrète; en d'autres termes, le privilège fiscal ne peut favoriser unilatéralement le contribuable exonéré, mais doit lui imposer une charge économique qui, compte tenu des circonstances externes du cas d'espèce, se trouve dans une juste proportion par rapport à la charge fiscale que doit supporter la généralité des contribuables (cf. Ernst Blumenstein/Peter Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 2016, p. 389). Renoncer à procéder au recouvrement rétroactif des montants exonérés, alors que l'entreprise bénéficiaire de l'avantage fiscal n'a, en transférant son siège, pas respecté les termes clairs de l'arrêté lui accordant un allégement fiscal, placerait les autres entreprises implantées dans le canton dans une situation indûment désavantageuse du point de vue fiscal (arrêt TF 2C_910/2010 du 5 mai 2011 consid. 5.2).
b) En l'occurrence, l'exonération de la recourante a été conditionnée notamment au maintien de son siège dans le canton de Vaud pendant dix ans après la fin de l'exonération. Il n'est pas contesté que cette condition n'a pas été respectée par la recourante, qui a déplacé son siège dans un autre canton suisse durant cette période et a cessé de déployer son activité dans le canton de Vaud. L'accord signé par la recourante prévoit au demeurant expressément le devoir d'informer l'Administration cantonale des impôts (division de la taxation) et le Service de l'économie, du logement et du tourisme de toute modification importante du projet présenté, ceci en vue du réexamen possible de l'allégement fiscal octroyé. Cette clause, mise en relation avec les autres conditions posées à l'octroi du privilège fiscal, doit être comprise comme une clause de "claw back" au sens de la Circulaire 2012 précitée, qui autorise l'autorité intimée à revenir sur l'avantage concédé. Il importe peu pour le surplus que la Circulaire 2012 précitée distingue la situation des exonérations consenties en deux étapes, de celles qui sont octroyées pour une période globale. Comme on l'a vu ci-dessus (consid. 5), l'autorité intimée n'était plus en droit, lorsqu'elle a entamé la procédure de révocation, de revenir sur les taxations des cinq premières périodes fiscales, le droit de procéder au rappel d'impôt étant prescrit.
Ainsi que le relève à juste titre l'autorité intimée, il ne suffit pas, comme le prétend la recourante, de procéder à la révocation de l'exonération au prorata des périodes durant lesquelles la recourante a maintenu son siège dans le canton de Vaud. Au contraire, il s'agit de déterminer si, compte tenu du non-respect des termes de l'accord relatif à l'exonération fiscale de la recourante, l'installation de la recourante a néanmoins contribué aux intérêts économiques du canton dans une mesure comparable à la situation envisagée initialement.
L'autorité intimée pouvait en l'occurrence accorder un poids particulièrement important à l'exigence du maintien du siège et de l'activité de la recourante dans le canton de Vaud durant une période de dix ans suivant la fin de l'exonération. La recourante exerce en effet une activité de type "quartier-général", qui centralise des fonctions essentiellement entrepreneuriales, en particulier le risque d'entreprise, justifiant des marges importantes. Les bénéfices de la société qui peuvent être générés par ce biais ne résultent toutefois ni d'investissements conséquents opérés sur le territoire cantonal, ni d'une main d'œuvre conséquente. De surcroît, il s'agit de sociétés qui, actives dans le domaine tertiaire, peuvent aisément déplacer leur siège social. Dans ces circonstances, l'intérêt économique prépondérant du canton qui accueille de telles sociétés tient essentiellement à la possibilité d'imposer les bénéfices qui seront générés postérieurement à l'exonération.
On ne se trouve par ailleurs pas dans les cas de figure envisagés par la Circulaire 2012, soit un changement fondamental des circonstances ayant présidé à l'octroi pour des motifs économiques. Parmi les cas de figure envisagés, la Circulaire 2012 mentionne la faillite ou la cessation des activités du groupe à laquelle la société appartient. De telles exceptions visent des cas dans lesquels le recouvrement de l'impôt dû à titre rétroactif paraît d'emblée compromis. La situation de la recourante ne saurait être comparée, d'un point de vue économique, à celle d'une société en faillite ou qui a cessé son activité. La société recourante ne se trouvait en effet pas dans une situation qui l'empêchait de poursuivre son activité dans le canton de Vaud.
7. La recourante soutient que l'autorité intimée a abusé de son pouvoir d'appréciation, violant les principes d'égalité de traitement, de proportionnalité et d'interdiction de l'arbitraire. Elle prétend en particulier que la décision attaquée omet de prendre en considération son importante contribution durant la période pendant laquelle elle a bénéficié de l'exonération et les années postérieures à celle-ci.
a) Selon la jurisprudence, l'arbitraire, prohibé par l'art. 9 Cst., ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution pourrait entrer en considération ou même qu'elle serait préférable; le Tribunal n'annulera la décision attaquée que lorsque celle-ci est manifestement insoutenable, qu'elle se trouve en contradiction claire avec la situation de fait, qu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique indiscuté, ou encore lorsqu'elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Pour qu'une décision soit annulée pour cause d'arbitraire, il ne suffit pas que la motivation formulée soit insoutenable, il faut encore que la décision apparaisse arbitraire dans son résultat (ATF 137 I 1 consid. 2.4 p. 5; 136 III 552 consid. 4.2 p. 560), ce qu'il appartient à la partie recourante de démontrer en vertu de l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 138 I 232 consid. 6.2 p. 239; 133 II 396 consid. 3.2 p. 400).
Conformément à ce principe, la révocation d'un privilège fiscal ne doit ainsi pas procéder d'une interprétation insoutenable des dispositions applicables. En particulier, à mesure que le temps passe, elle doit se justifier par des motifs toujours plus importants. Plus une exonération a été accordée pour une longue période, plus on peut exiger de l'entreprise qu'elle reste longtemps dans le canton concerné. Envisagée sous l'angle de l'arbitraire, il faut cependant que la révocation paraisse choquante pour qu'elle puisse tomber dans le champ d'application de l'art. 9 Cst. (arrêt TF 2C_382/2016 du 11 juillet 2017 consid. 6.7).
Une décision ou un arrêté viole le principe de l'égalité de traitement consacré à l'art. 8 al. 1 Cst. lorsqu'il établit des distinctions juridiques qui ne se justifient par aucun motif raisonnable au regard de la situation de fait à réglementer ou qu'il omet de faire des distinctions qui s'imposent au vu des circonstances, c'est-à-dire lorsque ce qui est semblable n'est pas traité de manière identique et ce qui est dissemblable ne l'est pas de manière différente. Il faut que le traitement différent ou semblable injustifié se rapporte à une situation de fait importante (ATF 142 I 195 consid. 6.1 p. 213 et les références). En matière fiscale, le principe d'égalité de l'art. 8 al. 1 Cst. est concrétisé par les principes de la généralité et de l'égalité de l'imposition, ainsi que par celui de l'imposition selon la capacité économique. Le principe de la généralité de l'impôt exige que toute personne ou groupe de personnes soit imposé selon la même réglementation juridique: les exceptions qui ne reposent sur aucun motif objectif sont inadmissibles (ATF 141 II 338 consid. 3.2 p. 340 s. et les références).
Quant au principe de la proportionnalité, exprimé de manière générale à l'art. 5 al. 2 Cst., il exige que la mesure prise par l'autorité soit raisonnable et nécessaire pour atteindre le but d'intérêt public ou privé poursuivi (cf. ATF 136 I 87 consid. 3.2 p. 91 s.). Bien qu'étant de rang constitutionnel, le principe de la proportionnalité n'est pas un droit ayant une portée propre (ATF 136 I 241 consid. 3.1 p. 251).
b) Il ne faut en l'occurrence pas perdre de vue que la recourante est, comme on l'a vu, une société qui exerce une activité de type "quartier-général". Les bénéfices de la société qui peuvent être générés par ce biais ne résultent ni d'investissements importants opérés sur le territoire cantonal, ni de l'emploi d'une main d'œuvre conséquente. La mobilité dont jouissent de telles sociétés, dont l'ancrage territorial n'est par définition que peu relevant et se limite souvent à la location de bureaux administratifs, restreint d'emblée l'impact économique durable que leur installation est susceptible de générer pour un canton. Dans de telles circonstances, l'autorité intimée pouvait en déduire que l'intérêt économique prépondérant du canton qui accueille de telles sociétés tient essentiellement à la possibilité d'imposer les bénéfices qui seront générés postérieurement à l'exonération. Le seul fait que la recourante ait en définitive dépassé les attentes de l'autorité intimée en matière de création d'emplois durant la période d'exonération ne permet pas de compenser la perte des retombées économiques escomptées par l'autorité intimée durant la période de dix ans suivant l'octroi de l'avantage fiscal. On ne saurait en effet se référer aux avantages, directs et indirects, dont a pu effectivement bénéficier le canton de Vaud lorsque la recourante avait son siège à ********. La nature même de l'exonération, qui suppose une appréciation abstraite et anticipée des potentielles retombées économiques de l'avantage fiscal, autorisait l'autorité intimée, compte tenu du large pouvoir d'appréciation qui lui est reconnu, à ne pas retenir cette circonstance (augmentation de la masse salariale par rapport aux attentes de l'autorité intimée) dans la pesée des intérêts en présence. Les conditions posées à l'octroi de l'exonération étaient en outre claires et prévisibles. Elles ont été énoncées dans une convention qui lie aussi bien l'autorité intimée que la recourante. On ne saurait a posteriori s'en écarter du seul fait que les circonstances ont évolué différemment des projections, qui constituaient un minimum. Une solution contraire pourrait en effet représenter une atteinte au principe d'égalité de traitement à l'égard des autres sociétés qui sont imposées de manière ordinaire et des sociétés qui ont satisfait intégralement aux conditions d'exonération.
Même si l'augmentation de la masse salariale par rapport aux projections de la recourante devait être pondérée dans le cadre de la pesée des intérêts en présence, elle ne justifierait pas à elle seule la renonciation de l'autorité intimée à toute perception rétroactive des impôts non prélevés durant l'exonération. Cet accroissement peut être en effet corrélé à une augmentation du chiffre d'affaires escompté par la recourante. L'ampleur de l'avantage fiscal dont elle a bénéficié doit incontestablement être également prise en considération dans ce contexte. En revanche, l'autorité intimée devait tenir compte du fait que la recourante a satisfait, durant plus de cinq ans après la fin de son exonération, les conditions auxquelles était subordonnée la convention d'exonération, tirant ainsi profit de l'installation de la recourante dans le canton de Vaud. Compte tenu toutefois de la prescription du droit de procéder au rappel d'impôt, la décision de révocation ne concerne en définitive que la moitié de la durée de l'exonération dont a bénéficié la recourante. Dans ces circonstances, il convient d'admettre qu'une perception rétroactive des impôts correspondant à la seconde moitié de la période d'exonération de la recourante est conforme au principe de la proportionnalité. Le Tribunal fédéral a d'ailleurs jugé que la révocation de l'exonération partielle dont avait bénéficié une société pendant douze ans, six ans après la fin de la période au cours de laquelle elle avait profité de l'exonération fiscale, constituait un cas limite mais n'était pas insoutenable, compte tenu notamment de la large marge de manœuvre dont disposent les autorités cantonales (arrêt TF 2C_382/2016 du 11 juillet 2017 consid. 6.7). Dans le cas présent, la recourante a certes bénéficié d'une exonération pour un laps de temps plus court (un peu plus de dix ans compte tenu du fait que le premier exercice comptable s'étend du 26 janvier 2004 au 31 août 2005). La recourante, dont l'exonération a pris fin le 31 août 2014, a toutefois quitté le canton de Vaud un peu plus de cinq ans après cette échéance, soit une période moindre que celle qui ressort de l'arrêt précité. Il convient en outre de relever que la recourante a bénéficié d'une exonération totale des impôts cantonaux et communaux, ce qui distingue également la présente affaire de celle ayant donné lieu à l'arrêt du Tribunal fédéral 2C_382/2016 du 11 juillet 2017.
Il suit de ce qui précède que l'autorité intimée était en droit de révoquer l'exonération dont a bénéficié la recourante. Dans la mesure où elle porte sur les seules périodes fiscales 2010 à 2014, la décision attaquée respecte les principes de la proportionnalité, de l'égalité de traitement et de l'interdiction de l'arbitraire.
8. Le recours doit ainsi être admis partiellement. La décision attaquée est réformée en ce sens que la révocation de l'exonération fiscale de la recourante est limitée aux périodes fiscales 2010 à 2014. Elle est confirmée pour le surplus. Un émolument réduit est mis à la charge de la recourante, qui succombe partiellement (art. 49 LPA-VD). La recourante, qui obtient par ailleurs partiellement gain de cause avec l'assistance d'un mandataire professionnel, a droit à des dépens réduits (art. 55 LPA-VD).