Decision ID: dd719168-9f72-4efe-b880-13633c0ce0c2
Year: 2007
Language: fr
Court: CH_BGer
Chamber: CH_BGer_002
Canton: CH
Region: Federation
Law Area: public_law

Faits :
Faits :
A. Le 30 août 2005, la Communauté israélite de Genève a déposé pour la fondation Maghen Abraham, en constitution, une demande d'exonération de l'impôt sur le bénéfice et le capital, des droits de succession et des droits d'enregistrement sur les donations.
La fondation Maghen Abraham (ci-après: la Fondation) a été constituée par acte authentique du 1er novembre 2005, aux termes duquel il s'agit d'une fondation ecclésiastique de droit civil (art. 80 ss CC), sise à Genève. Son but est le suivant (art. 2 des statuts):
"La Fondation a pour but d'assurer la construction à Genève d'un bâtiment comportant une synagogue de rite séfarade et des locaux pour des activités associatives, elle subvient à ses frais d'entretien, notamment de conservation, d'amélioration et de réparation, ainsi qu'aux frais de fonctionnement de la synagogue. La Fondation devra également, sous l'égide de la Communaute israelite de Geneve [...] et sous l'autorité religieuse de son rabbinat, permettre l'observance, le maintien et la transmission aux nouvelles générations des traditions et du culte juif de rite sépharade.
La Fondation organise ses activités et gère ses institutions en respectant les principes fondamentaux du judaïsme (Halacha)".
Par décision du 15 novembre 2005, la Conseillère d'Etat chargée du Département des finances du canton de Genève a statué comme suit sur la demande d'exonération:
1) La Fondation était exonérée de l'impôt sur le bénéfice et le capital; l'exonération ne s'étendait pas à l'impôt immobilier complémentaire, ni à l'impôt sur les plus-values immobilières ou les bénéfices résultant d'aliénations de biens et d'actifs immobiliers.
2) Elle bénéficiait d'une réduction de 70% des droits de succession afférents aux libéralités mobilières pour cause de mort, pour autant que le testateur n'ait pas mis les droits à la charge des héritiers légaux ou institués.
3) Elle était totalement exonérée des droits d'enregistrement afférents à son capital initial de dotation.
4) Elle bénéficiait d'une réduction de 70% des droits d'enregistrement relatifs aux donations mobilières qui lui étaient faites.
La décision précisait que ces exonérations totales ou partielles étaient prononcées pour une durée de cinq ans, à l'exception de celle relative au capital initial de dotation. Du reste, l'exonération ne s'étendait pas aux droits d'enregistrement afférents aux actes et opérations immobiliers.
La décision en question se référait notamment aux dispositions suivantes:
- à l'art. 9 al. 1 lettre f de la loi genevoise du 23 septembre 1994 sur l'imposition des personnes morales (LIPM; RS/GE D 3 15), aux termes duquel sont exonérées de l'impôt "les personnes morales qui poursuivent des buts de service public ou d'utilité publique, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts";
- à l'art. 6 al. 2 de la loi genevoise du 26 novembre 1960 sur les droits de succession (RS/GE D 3 25; ci-après: LDS), en vertu duquel "le Conseil d'Etat peut exempter partiellement ou totalement des droits d'autres sociétés et institutions [que celles énumérées à l'alinéa 1] ayant la personnalité civile, à la double condition qu'elles exercent une activité d'utilité publique, philanthropique ou de charité et que le testateur n'ait pas mis les droits à la charge des héritiers légaux ou institués";
- aux art. 28 et suivant de la loi genevoise du 9 octobre 1969 sur les droits d'enregistrement (RS/GE D 3 30; ci-après: LDE).
Il était précisé que la décision pouvait faire l'objet d'une réclamation en tant qu'elle portait sur le point 1. S'agissant en revanche des points 2 à 4, la décision avait été prise sur délégation du Conseil d'Etat, de sorte qu'elle était définitive.
Le 28 novembre 2005, la Fondation a déposé une demande complémentaire tendant à ce qu'elle soit exonérée totalement - et non pas seulement partiellement - des droits d'enregistrement sur les donations et exonérée des droits de mutation relatifs à l'acquisition de la parcelle de l'avenue Krieg destinée à accueillir la nouvelle synagogue séfarade ainsi que de l'impôt immobilier complémentaire en relation avec le même immeuble. En tant que de besoin, la demande devait être considérée comme une réclamation pour l'impôt immobilier complémentaire et comme une demande de reconsidération pour l'exonération partielle des droits d'enregistrement. A titre principal, la Fondation a fait valoir qu'elle assurerait directement le culte séfarade, de sorte qu'elle devait être considérée comme une Eglise au sens de l'art. 28 al. 1 lettre a LDE, bénéficiant d'une pleine exonération des droits d'enregistrement. A titre subsidiaire, elle a relevé que si elle n'était pas qualifiée d'Eglise, mais d'institution d'utilité publique au sens de l'art. 28 al. 1 lettre q LDE, elle devait également bénéficier d'une exonération entière de l'impôt sur les donations.
Le 5 décembre 2005, la Conseillère d'Etat chargée du Département des finances du canton de Genève a rendu une décision annulant et remplaçant celle du 15 novembre 2005. Elle a mis la Fondation au bénéfice des mêmes exonérations que dans la précédente décision, si ce n'est que l'exonération des droits d'enregistrement relatifs aux donations mobilières était désormais entière.
La décision ne se référait plus aux art. 28 et suivant LDE, mais plus précisément au seul art. 28 LDE, notamment à son alinéa 1 lettre q, la Fondation étant qualifiée d'"institution d'utilité publique établie dans le canton et oeuvrant en règle générale en faveur de bénéficiaires de nationalité genevoise ou résidant dans le canton de Genève". Pour le reste, la décision mentionnait les mêmes dispositions que celle du 15 novembre 2005. Par ailleurs, l'indication des voies de droit était la même que dans le prononcé du 15 novembre 2005.
Dans un courrier du 18 janvier 2006 adressé au Conseiller d'Etat chargé du Département des finances, la Fondation a indiqué qu'elle avait acquis pour 1'404'000 fr. la parcelle destinée à abriter la nouvelle synagogue de rite séfarade. Elle a demandé qu'il soit constaté par voie d'arrêté du Conseil d'Etat que ce transfert immobilier était exonéré des droits de mutation, conformément à l'art. 42 en relation avec l'art. 28 al. 1 lettre a LDE.
Dans un courrier du 18 janvier 2006 adressé au Conseiller d'Etat chargé du Département des finances, la Fondation a indiqué qu'elle avait acquis pour 1'404'000 fr. la parcelle destinée à abriter la nouvelle synagogue de rite séfarade. Elle a demandé qu'il soit constaté par voie d'arrêté du Conseil d'Etat que ce transfert immobilier était exonéré des droits de mutation, conformément à l'art. 42 en relation avec l'art. 28 al. 1 lettre a LDE.
B. Par décision du 10 mai 2006, prise sur délégation du Conseil d'Etat, le Conseiller d'Etat chargé du Département des finances a refusé d'exonérer des droits d'enregistrement et des émoluments du registre foncier l'acquisition par la Fondation de la parcelle en question. Il a considéré ce qui suit:
"Selon les dispositions de l'article 42, alinéa premier, de la loi sur les droits d'enregistrement du 9 octobre 1969, seules les institutions énumérées exhaustivement aux lettres a) à p) de l'article 28 de ladite loi peuvent être exonérées des droits d'enregistrement lors d'acquisitions faites dans un but d'utilité publique.
L'institution que vous représentez, dont l'activité n'est nullement mise en doute, n'étant pas citée aux lettres a) à p) de l'article 28 précité, il ne m'est pas possible de donner une suite favorable à votre demande".
La décision précisait qu'étant prise sur délégation du Conseil d'Etat, elle était définitive et pouvait seulement faire l'objet d'un recours de droit public au Tribunal fédéral.
La décision précisait qu'étant prise sur délégation du Conseil d'Etat, elle était définitive et pouvait seulement faire l'objet d'un recours de droit public au Tribunal fédéral.
C. Agissant le 9 juin 2006 par la voie du recours de droit public (affaire 2P.157/2006), la recourante demande au Tribunal fédéral d'annuler cette décision. Elle dénonce la violation de la liberté des cultes, de la liberté de conscience et de croyance ainsi que des principes de l'égalité de traitement et de l'interdiction de l'arbitraire.
L'Administration fiscale du canton de Genève conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable, sous suite de frais.
Nonobstant l'indication des voies de droit, la Fondation a également déféré la décision du Conseiller d'Etat en charge du Département des finances du 10 mai 2006 au Tribunal administratif du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif).
Par ordonnance du Président de la IIème Cour de droit public du Tribunal fédéral du 14 juin 2006, la procédure fédérale dans la cause 2P.157/2006 a été suspendue jusqu'à droit connu sur le recours cantonal.
Par arrêt du 19 septembre 2006, le Tribunal administratif a déclaré le recours irrecevable. Il a relevé que le Conseil d'Etat avait rejeté la demande pour le motif que l'une des conditions de l'art. 42 LDE n'était pas réalisée, à savoir celle qui limite l'exemption aux communes et aux institutions énumérées à l'art. 28 al. 1 lettres a à p LDE. Le Conseil d'Etat avait estimé en effet que la Fondation ne faisait partie d'aucune de ces catégories. Or, l'art. 28 LDE disposait que la décision du Conseil d'Etat était définitive et, comme l'art. 42 LDE se référait à cette disposition, il devait en aller de même du prononcé litigieux. De plus, le recours était tardif, car la Fondation prétendait être une Eglise et contestait ainsi la qualification d'institution d'utilité publique retenue dans la décision du 5 décembre 2005, laquelle était entrée en force.
Par ordonnance du Président de la IIème Cour de droit public du Tribunal fédéral du 3 novembre 2006, l'instruction de l'affaire 2P.157/2006 a été reprise.
Par ordonnance du Président de la IIème Cour de droit public du Tribunal fédéral du 3 novembre 2006, l'instruction de l'affaire 2P.157/2006 a été reprise.
D. Agissant par la voie du recours de droit public (affaire 2P.297/2006), la Fondation demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du Tribunal administratif du 19 septembre 2006, sous suite de frais et dépens. Elle dénonce un déni de justice et un refus de statuer ainsi que la violation de l'interdiction de l'arbitraire.
L'autorité intimée renonce à se déterminer, en persistant dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fiscale du canton de Genève conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable, sous suite de frais.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. 1.1 La loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF; RS 173.110) est entrée en vigueur le 1er janvier 2007 (RO 2006 p. 1205 ss, 1242). L'acte attaqué ayant été rendu avant cette date, la procédure reste régie par la loi fédérale d'organisation judiciaire du 16 décembre 1943 (ci-après: OJ; art. 132 al. 1 LTF).
1.2 Les deux recours reposent sur le même état de fait et opposent les mêmes parties, de sorte qu'il se justifie de joindre les causes par économie de procédure.
Il convient de traiter d'abord le recours de droit public dirigé contre l'arrêt d'irrecevabilité du Tribunal administratif du 19 septembre 2006 (2P.297/2006). En effet, si celui-là est bien fondé, la cause doit être renvoyée au Tribunal administratif pour qu'il entre en matière sur le recours et le recours de droit public dirigé contre la décision du 10 mai 2006 (2P.157/2006) est irrecevable, celle-ci n'ayant pas été rendue en dernière instance cantonale.
I. Recours de droit public dirigé contre l'arrêt du Tribunal administratif du 19 septembre 2006 (2P.297/2006)
I. Recours de droit public dirigé contre l'arrêt du Tribunal administratif du 19 septembre 2006 (2P.297/2006)
2. L'arrêt attaqué a été notifié à la recourante le 28 septembre 2006. Le délai de recours de 30 jours qui expirait le samedi 28 octobre 2006 était reporté au lundi 30 octobre 2006 (cf. art. 32 al. 2 OJ en relation avec l'art. 1 de la loi fédérale du 21 juin 1963 sur la supputation des délais comprenant un samedi [RS 173.110.3]; Walter Kälin, Das Verfahren der staatsrechtlichen Beschwerde, 2ème éd., Berne 1994, p. 359). Le recours a été remis à la poste suisse le 30 octobre 2006, de sorte que, quoi qu'en dise l'Administration fiscale cantonale, il a été interjeté en temps utile.
Au demeurant, interjeté contre une décision finale prise en dernière instance cantonale, qui, étant fondée uniquement sur le droit cantonal, ne peut être attaquée que par la voie du recours de droit public et qui touche la recourante dans ses intérêts juridiquement protégés, le recours est recevable au regard des art. 84 ss OJ.
Au demeurant, interjeté contre une décision finale prise en dernière instance cantonale, qui, étant fondée uniquement sur le droit cantonal, ne peut être attaquée que par la voie du recours de droit public et qui touche la recourante dans ses intérêts juridiquement protégés, le recours est recevable au regard des art. 84 ss OJ.
3. La recourante fait valoir que l'art. 56A al. 2 de la loi genevoise du 22 novembre 1941 sur l'organisation judiciaire (RS/GE E 2 05; ci-après: LOJ), entré en vigueur le 1er janvier 2000, instaure une clause générale de compétence en faveur du Tribunal administratif. En vertu de cette disposition envisagée en relation avec les art. 4 et 5 de la loi genevoise du 12 septembre 1985 sur la procédure administrative (RS/GE E 5 10; ci-après: LPA), les décisions du Conseil d'Etat et de ses départements, notamment, peuvent faire l'objet d'un recours au Tribunal administratif, sauf exception prévue par la loi. L'art. 42 LDE n'établirait pas une telle exception, car il ne prévoit pas que le Conseil d'Etat statue en dernier ressort et, contrairement à l'opinion de l'autorité intimée, la référence à l'art. 28 LDE qui dispose, lui, que la décision du Conseil d'Etat est définitive, ne concerne pas la procédure. Le refus de l'autorité intimée d'entrer en matière sur le recours serait contraire à l'interprétation littérale, historique et téléologique des normes pertinentes et apparaîtrait également injustifié à la lumière des art. 29a Cst. et 86 al. 2 LTF, même si ces dispositions ne sont pas encore applicables dans le cas d'espèce. En agissant de la sorte, l'autorité intimée aurait commis un déni de justice formel prohibé tant par l'art. 29 Cst. que par l'art. 9 Cst. (protection contre l'arbitraire). La décision attaquée violerait au surplus cette dernière disposition dans la mesure où elle serait arbitraire. Au surplus, la recourante reprend les griefs ayant trait au fond du litige qui sont développés dans le recours de droit public du 9 juin 2006 (2P.157/2006).
3. La recourante fait valoir que l'art. 56A al. 2 de la loi genevoise du 22 novembre 1941 sur l'organisation judiciaire (RS/GE E 2 05; ci-après: LOJ), entré en vigueur le 1er janvier 2000, instaure une clause générale de compétence en faveur du Tribunal administratif. En vertu de cette disposition envisagée en relation avec les art. 4 et 5 de la loi genevoise du 12 septembre 1985 sur la procédure administrative (RS/GE E 5 10; ci-après: LPA), les décisions du Conseil d'Etat et de ses départements, notamment, peuvent faire l'objet d'un recours au Tribunal administratif, sauf exception prévue par la loi. L'art. 42 LDE n'établirait pas une telle exception, car il ne prévoit pas que le Conseil d'Etat statue en dernier ressort et, contrairement à l'opinion de l'autorité intimée, la référence à l'art. 28 LDE qui dispose, lui, que la décision du Conseil d'Etat est définitive, ne concerne pas la procédure. Le refus de l'autorité intimée d'entrer en matière sur le recours serait contraire à l'interprétation littérale, historique et téléologique des normes pertinentes et apparaîtrait également injustifié à la lumière des art. 29a Cst. et 86 al. 2 LTF, même si ces dispositions ne sont pas encore applicables dans le cas d'espèce. En agissant de la sorte, l'autorité intimée aurait commis un déni de justice formel prohibé tant par l'art. 29 Cst. que par l'art. 9 Cst. (protection contre l'arbitraire). La décision attaquée violerait au surplus cette dernière disposition dans la mesure où elle serait arbitraire. Au surplus, la recourante reprend les griefs ayant trait au fond du litige qui sont développés dans le recours de droit public du 9 juin 2006 (2P.157/2006).
4. 4.1 La loi s'interprète en premier lieu selon sa lettre. Selon la jurisprudence, il n'y a lieu de déroger au sens littéral d'un texte clair par voie d'interprétation que lorsque des raisons objectives permettent de penser que ce texte ne restitue pas le sens véritable de la disposition en cause. De tels motifs peuvent découler des travaux préparatoires, du but et du sens de la disposition, ainsi que de la systématique de la loi. Si le texte n'est pas absolument clair, si plusieurs interprétations de celui-ci sont possibles, il convient de rechercher quelle est la véritable portée de la norme, en la dégageant de tous les éléments à considérer, soit notamment des travaux préparatoires, du but de la règle, de son esprit, ainsi que des valeurs sur lesquelles elle repose ou encore de sa relation avec d'autres dispositions légales (ATF 132 V 159 consid. 4.4.1 p. 163/164; 132 III 555 consid. 3.4.3.1 p. 561/562).
Par ailleurs, dans le cadre d'un recours de droit public, sauf exceptions non réalisées en l'espèce, le Tribunal fédéral examine sous l'angle de l'arbitraire l'interprétation et l'application du droit cantonal (ATF 131 I 217 consid. 2.1 p. 219; 127 I 115 consid. 2 p. 116/117).
Une décision est arbitraire lorsqu'elle contredit clairement la situation de fait, lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou lorsqu'elle heurte d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. A cet égard, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si elle apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs ou en violation d'un droit certain. De plus, il ne suffit pas que les motifs de l'arrêt attaqué soient insoutenables, encore faut-il que ce dernier soit arbitraire dans son résultat. Il n'y a en outre pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution que celle de l'autorité intimée paraît concevable, voire préférable (ATF 132 III 209 consid. 2.1 p. 211; 132 I 13 consid. 5.1 p. 17; 131 I 217 consid. 2.1 p. 219 et la jurisprudence citée).
4.2 Une importante réforme de la juridiction administrative genevoise est entrée en vigueur le 1er janvier 2000 (voir le projet de loi du Conseil d'Etat modifiant la loi sur l'organisation judiciaire, Mémorial des séances du Grand Conseil 1997 p. 9372 ss). Les dispositions sur le Tribunal administratif, qui étaient contenues dans une loi spéciale, ont été insérées dans la loi sur l'organisation judiciaire, dont elles constituent désormais le titre XI (art. 56 ss). La réforme a établi une clause générale de compétence: aux termes de l'art. 56A al. 2 LOJ, le recours est ouvert contre les décisions des autorités et juridictions administratives, au sens des art. 4, 5, 6 al. 1 lettre c et 57 LPA, sauf exception prévue par la loi. L'art. 4 LPA définit la notion de décision d'une manière analogue au droit fédéral (art. 5 PA). Parmi les autorités administratives énumérées à l'art. 5 LPA figurent le Conseil d'Etat (lettre a) et ses départements (lettre c).
La loi sur l'organisation judiciaire prévoit elle-même des exceptions à la clause générale de compétence à l'art. 56B al. 2 et 3. D'autres exceptions sont prévues par des lois spéciales aux termes desquelles certaines décisions sont définitives ou ne peuvent faire l'objet d'un recours.
4.3 Le canton de Genève perçoit des droits d'enregistrement notamment sur les donations entre vifs (titre IV de la loi sur les droits d'enregistrement, art. 11 à 32) et sur les "ventes" (titre V, art. 33 à 61), c'est-à-dire sur les actes translatifs à titre onéreux de la propriété, de la nue-propriété ou de l'usufruit de biens immobiliers ou mobiliers (cf. art. 33 al. 1 et 52 al. 1 LDE).
L'art. 28 LDE institue des exemptions des droits sur les donations. Il a la teneur suivante:
«1 Sont exemptes de tous droits, les donations faites:
a) aux Eglises, pour les besoins des cultes si celles-ci exercent leur activité dans le canton de Genève;
b) à l'Etat de Genève, ainsi qu'aux établissements qui en dépendent;
c) aux communes du canton de Genève, ainsi qu'aux établissements qui en dépendent;
d) à l'Hospice général, au bureau central d'aide sociale et aux institutions qui en dépendent;
e) aux Hôpitaux universitaires de Genève;
f) (abrogé)
g) (abrogé)
h) aux cliniques genevoises de Joli-Mont et de Montana;
i à la maison de retraite du Petit-Saconnex créée par la loi du 17 septembre 1993;
j) à la fondation officielle de la jeunesse;
k) à l'office des allocations aux personnes âgées, veuves, orphelins et invalides créé par la loi du 25 octobre 1968;
l) aux caisses de secours des sapeurs-pompiers visées par la loi du 22 mars 1899;
m) à la fondation de secours mutuels aux orphelins;
n) (abrogé)
o) à la Croix-Rouge suisse ou à sa section genevoise;
p) au Comité international de la Croix-Rouge;
q) aux sociétés et institutions ayant la personnalité civile et leur siège dans le canton de Genève, qui exercent une activité d'utilité publique, culturelle ou de bienfaisance, dont les bénéficiaires, en règle générale, résident dans le canton de Genève ou sont de nationalité genevoise;
r) aux sociétés et institutions ayant la personnalité civile et leur siège dans un autre canton qui exercent sur l'ensemble du territoire de la Confédération l'une ou l'autre des activités mentionnées sous lettre q;
s) aux sociétés et institutions ayant la personnalité civile et leur siège dans un autre canton et qui exercent essentiellement dans ce canton, l'une ou l'autre des activités mentionnées sous lettre q. L'exemption de l'enregistrement et du paiement des droits n'est accordée dans ce cas que sous réserve de réciprocité.
2 En outre, le Conseil d'Etat peut exempter de l'enregistrement ou du paiement partiel ou total des droits d'autres sociétés et institutions ayant la personnalité civile et qui exercent soit dans le canton, soit hors de celui-ci, dans une mesure prépondérante, l'une ou l'autre des activités mentionnées sous lettre q de l'alinéa 1».
Pour ce qui est de la procédure, l'art. 28 al. 3 LDE dispose ce qui suit:
« Le Conseil d'Etat statue sur chaque cas particulier qui lui est soumis. Sa décision est définitive ».
La seconde phrase a été ajoutée lors de la réforme de la juridiction administrative, entrée en vigueur le 1er janvier 2000. Selon le projet de loi, il se justifiait d'exclure le recours au Tribunal administratif - ce qui correspondait à la situation d'alors - du fait que "les exemptions de droits visées par cet article [étaient] fondées en opportunité" (Mémorial des séances du Grand Conseil 1997 p. 9447).
Intitulé « Acquisition d'immeubles par une commune ou des institutions énumérées à l'article 28, alinéa 1, lettres a à p », l'art. 42 LDE régit les exemptions des droits d'enregistrement sur les ventes. Il a la teneur suivante:
« 1 Les acquisitions d'immeubles faites dans un but d'utilité publique par les communes ou les institutions énumérées à l'article 28, alinéa 1, lettres a à p, sont exemptées des droits prévus au présent titre.
2 Le Conseil d'Etat constate, dans chaque cas, par un arrêté spécial, si l'acquisition a un but d'utilité publique et remplit les conditions exigées ».
Contrairement à l'art. 28 al. 3 LDE, l'art. 42 al. 2 LDE n'a pas été modifié lors de la réforme de la juridiction administrative. Cette disposition n'est pas mentionnée dans le projet de loi.
Au demeurant, les dispositions sur l'exonération des personnes morales des impôts directs et sur l'exemption de certaines institutions des droits de succession ont été modifiées lors de la réforme de la juridiction administrative: les art. 9 al. 3 LIPM et 6 al. 3 LDS prévoient désormais que la décision du Conseil d'Etat est définitive. Ces modifications étaient motivées de la même manière que celle de l'art. 28 al. 3 LDE (Mémorial des séances du Grand Conseil 1997 p. 9446 s.).
Dans un arrêt du 6 novembre 2001, le Tribunal fédéral a jugé que l'art. 9 al. 3 LIPM, dans la mesure où il prévoit que le Conseil d'Etat statue de manière définitive sur les exonérations, est contraire à la réglementation de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14; ATF 128 II 56 consid. 5e et 6c p. 64/65).
4.4 L'argumentation de l'autorité intimée repose sur le fait que l'art. 42 LDE définit le cercle des institutions qui peuvent être exemptées des droits d'enregistrement sur les ventes en renvoyant en partie à l'art. 28 LDE concernant l'exemption des droits sur les donations. Qu'il s'agisse d'une exemption des droits sur les donations ou sur les ventes, le Conseil d'Etat doit ainsi examiner si l'institution requérante appartient à l'une de ces catégories, ce qui peut soulever des questions d'appréciation. A l'art. 28 LDE, le législateur a exclu le recours au Tribunal administratif pour laisser au Conseil d'Etat une certaine liberté d'appréciation. Selon l'autorité intimée, il n'y a pas de raison qu'il en aille différemment dans le cadre de l'art. 42 LDE, même si cette disposition ne prévoit pas que la décision du Conseil d'Etat est définitive.
Quoi qu'en dise la recourante, cette argumentation est soutenable. La recourante tente de justifier des procédures différentes en faisant valoir que le Conseil d'Etat bénéficie d'une grande liberté d'appréciation en relation avec l'art. 28 LDE, spécialement avec son alinéa 2, alors qu'il n'aurait "aucune marge de manoeuvre" s'agissant de l'exemption des droits d'enregistrement sur les ventes. Toutefois, l'art. 42 LDE définit le cercle des institutions pouvant bénéficier de l'exemption en se référant à l'art. 28 LDE, de sorte que les deux dispositions soulèvent en partie les mêmes questions. De plus, l'art. 42 LDE fait dépendre l'exemption de la condition que l'immeuble soit acquis dans un but d'utilité publique, ce qui peut aussi poser des questions d'appréciation. Dès lors, on ne voit guère la raison de prévoir un recours à l'autorité judiciaire dans un cas et de l'exclure dans l'autre. Cela reviendrait à accorder au Conseil d'Etat une liberté d'appréciation s'agissant de l'exemption des droits sur les donations, tout en la lui refusant pour ce qui est de l'exemption des droits d'enregistrement sur les ventes, ce qui serait d'autant moins compréhensible que l'une des conditions de l'exemption est en partie identique dans les deux cas. En droit genevois, ces deux impôts sont liés, puisqu'ils sont régis par deux titres successifs de la même loi sur les droits d'enregistrement. Il est constant qu'avant la réforme de la juridiction administrative genevoise, le Conseil d'Etat statuait en dernier ressort sur l'exemption des deux impôts. Lors de la réforme, le législateur a complété la disposition relative à l'exemption des droits sur les donations par une phrase selon laquelle la décision du Conseil d'Etat est définitive, alors qu'il a laissé la disposition sur l'exemption des droits d'enregistrement sur les ventes inchangée, sans que le projet de loi contienne aucune explication sur cette différence de traitement. Dans ces conditions, on ne saurait soutenir qu'il s'agit d'un silence qualifié. L'autorité intimée avait de bonnes raisons de croire que le législateur n'a pas entendu, dans le cas des droits d'enregistrement sur les ventes non plus, modifier la situation en ouvrant la voie du recours au Tribunal administratif.
Par ailleurs, les droits d'enregistrement sur les ventes ne constituent pas des impôts directs, de sorte qu'ils n'entrent pas dans le champ d'application de la loi fédérale sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes et que les règles définies dans l'ATF 128 II 56 ne leur sont pas applicables de manière impérative. Un recours à une autorité judiciaire ne saurait non plus être imposé par l'art. 29a Cst., qui ne s'applique pas encore (cf. RO 2006 1059).
Au demeurant, commet un déni de justice formel au sens étroit l'autorité qui omet de statuer, alors qu'elle y est tenue. Tel n'est pas le cas de l'autorité qui n'entre pas en matière sur le recours en rendant une décision d'irrecevabilité (cf. Rhinow/Koller/Kiss, öffentliches Prozessrecht und Justizverfassungsrecht des Bundes, Bâle/Francfort-sur-le-Main 1996, n. 224).
Au vu de ce qui précède, l'autorité intimée n'est pas tombée dans l'arbitraire et n'a pas commis de déni de justice formel en déclarant irrecevable le recours formé contre la décision du 10 mai 2006. Dans cette mesure, le recours est mal fondé. Les autres griefs ayant trait au fond du litige sont irrecevables dans le cadre d'un recours dirigé contre une décision d'irrecevabilité.
II. Recours de droit public dirigé contre la décision rendue le 10 mai 2006, sur délégation du Conseil d'Etat, par le Conseiller d'Etat chargé du Département des finances (2P.157/2006)
II. Recours de droit public dirigé contre la décision rendue le 10 mai 2006, sur délégation du Conseil d'Etat, par le Conseiller d'Etat chargé du Département des finances (2P.157/2006)
5. 5.1 L'intimée fait valoir que le statut de la recourante a été déterminé dans la décision de la Conseillère d'Etat en charge du Département des finances du 5 décembre 2005, aux termes de laquelle il s'agit d'une institution d'utilité publique. Ce prononcé n'ayant pas été contesté, il serait entré en force et la recourante ne pourrait pas remettre en question cette qualification en s'en prenant à la décision du 10 mai 2006.
Cette argumentation ne peut être suivie: seul le dispositif d'une décision entre en force et est revêtu de l'autorité de la chose décidée, à l'exclusion de la motivation. Or, en l'occurrence, la qualification de la recourante comme institution d'utilité publique relève de la motivation de la décision du 5 décembre 2005. Au demeurant, la demande complémentaire du 28 novembre 2005 tendait aussi à l'exonération, en vertu de l'art. 42 LDE, des droits d'enregistrement relatifs à l'acquisition de la parcelle de l'avenue Krieg destinée à accueillir la nouvelle synagogue. On peut donc partir de l'idée que la décision du 5 décembre 2005 rejetait la demande également sur ce point. D'un autre côté, il semble que ce prononcé, qui ne se référait pas à l'art. 42 LDE, constituait une décision-cadre à concrétiser lors de chaque acquisition immobilière. La question de savoir si la décision du 5 décembre 2005 statuait aussi de manière définitive sur l'exonération des droits d'enregistrement relatifs à l'acquisition de la parcelle de l'avenue Krieg peut toutefois demeurer indécise. En effet, le 10 mai 2006, le Conseiller d'Etat chargé du Département des finances est entré en matière et a rendu sur ce point une décision sur le fond assimilable pour le moins à une décision nouvelle sur reconsidération. Un tel prononcé peut faire l'objet d'un recours, nonobstant l'autorité de la chose décidée dont serait éventuellement revêtu celui du 5 décembre 2005.
5.2 Au surplus, déposé en temps utile contre une décision finale (cf. consid. 4.4 ci-dessus), qui ne peut être attaquée que par la voie du recours de droit public et qui touche la recourante dans ses intérêts juridiquement protégés, le recours est recevable au regard des art. 84 ss OJ.
5.2 Au surplus, déposé en temps utile contre une décision finale (cf. consid. 4.4 ci-dessus), qui ne peut être attaquée que par la voie du recours de droit public et qui touche la recourante dans ses intérêts juridiquement protégés, le recours est recevable au regard des art. 84 ss OJ.
6. 6.1 La recourante se plaint d'une violation du principe de l'égalité de traitement. Selon elle, il est notoire que les églises qui sont "reconnues publiques" en vertu d'un règlement du Conseil d'Etat du 17 mai 1944 (RS/GE C 4 15.03), à savoir l'Eglise nationale protestante, l'Eglise catholique romaine et l'Eglise catholique chrétienne, sont exonérées des droits de mutation. Elle relève que la Communauté israélite de Genève, association qui assure le culte selon le rite ashkénaze, est elle-même considérée comme une Eglise au sens de l'art. 28 al. 1 lettre a LDE et peut ainsi bénéficier de l'exemption des droits de mutation. La recourante produit à cet égard la décision du 11 octobre 2002 de la Conseillère d'Etat en charge du Département des finances, faisant suite à la demande de renouvellement de l'exonération fiscale de l'association précitée. Il en ressort que le but de cette dernière est le suivant:
"a) grouper en son sein les juifs qui désirent y adhérer, en particulier ceux de Genève et des environs;
b) promouvoir, encourager et développer l'éducation et la culture juive, l'observance religieuse ainsi que le maintien des traditions juives;
c) assurer la célébration du culte, des cérémonies, des inhumations et des autres actes religieux qui ponctuent la vie juive;
d) développer et resserrer entre ses membres les liens de fraternité, de solidarité et d'entraide dans le respect des diversités culturelles et cultuelles;
e) apporter une aide sociale aux personnes qui en ont besoin;
f) promouvoir la participation active des membres à ses activités et à sa gestion, notamment en les informant et en les consultant, en particulier par l'envoi d'un périodique;
g) représenter la population suisse de Genève auprès des autorités;
h) lutter contre l'antisémitisme et représenter les intérêts du judaïsme en général, ceux de la population juive de Genève en particulier;
i) resserrer les liens avec les juifs de Suisse et du monde entier, spécialement ceux d'Israël."
La recourante fait valoir que sa mission est d'assurer à Genève des cultes selon le rite sépharade et qu'il n'existe aucun motif raisonnable de ne pas lui reconnaître à elle également le statut d'Eglise et, partant, de ne pas la mettre au bénéfice de l'exemption des droits de mutation.
6.2 Une décision viole le principe de l'égalité de traitement lorsqu'elle établit des distinctions juridiques qui ne se justifient par aucun motif raisonnable au regard de la situation de fait à réglementer ou lorsqu'elle omet de faire des distinctions qui s'imposent au vu des circonstances, c'est-à-dire lorsque ce qui est semblable n'est pas traité de manière identique et ce qui est dissemblable ne l'est pas de manière différente. Il faut que le traitement différent ou semblable injustifié se rapporte à une situation de fait importante (ATF 131 V 107 consid. 3.4.2 p. 114; 129 I 113 consid. 5.1 p. 125; 125 I 1 consid. 2b/aa p. 4 et la jurisprudence citée).
6.3 La décision attaquée se limite à affirmer que la recourante ne fait pas partie des institutions énumérées à l'art. 28 al. 1 lettres a à p LDE. Elle n'indique pas les motifs pour lesquels elle ne constituerait pas, en particulier, une Eglise au sens de la lettre a de cette disposition. Il en va de même de la décision du 5 décembre 2005, qui se limite à qualifier la recourante d'"institution d'utilité publique" au sens de l'art. 28 al. 1 lettre q LDE. Or, au vu des éléments ressortant du dossier, on voit mal la raison de traiter la recourante différemment de la Communauté israélite de Genève, notamment, dont il n'est pas contesté qu'elle a été qualifiée d'Eglise au sens de l'art. 28 al. 1 lettre a LDE. Le but de la recourante, qui est en particulier de permettre, "sous l'égide de la Communauté israélite de Genève et sous l'autorité religieuse de son rabbinat", l'"observance, le maintien et la transmission aux nouvelles générations des traditions et du culte juif de rite sépharade", est en effet semblable à celui de cette dernière. La recourante apparaît comme une branche autonome de la Communauté israélite de Genève, qui est elle-même reconnue comme Eglise. Au demeurant, le fait que la recourante constitue une fondation ne saurait justifier un traitement différent, car l'art. 165 al. 2 de la Constitution de la République et canton de Genève du 24 mai 1847 (RS/GE A 2 00) prévoit expressément que les Eglises peuvent prendre cette forme juridique.
Au vu de ce qui précède, force est d'admettre qu'en l'état du dossier la décision entreprise apparaît contraire au principe de l'égalité de traitement. Le recours doit donc être admis, sans qu'il soit besoin d'examiner les autres griefs soulevés par la recourante.
III. Frais et dépens
III. Frais et dépens
7. Vu ce qui précède, il y a lieu de rejeter, dans la mesure où il est recevable, le recours de droit public dirigé contre l'arrêt du Tribunal administratif du canton de Genève du 19 septembre 2006 (affaire 2P.297/2006) et d'admettre le recours de droit public formé à l'encontre de la décision du Conseiller d'Etat chargé du Département des finances du 10 mai 2006 (affaire 2P.157/2006).
Succombant dans l'affaire 2P.297/2006, la recourante supporte les frais judiciaires (art. 156 al. 1 OJ). Obtenant en revanche gain de cause dans l'affaire 2P.157/2006, elle a droit à des dépens (art. 159 al. 1 OJ), qu'il convient de mettre à la charge du canton de Genève.
Succombant dans l'affaire 2P.157/2006, le canton de Genève, dont les intérêts pécuniaires sont en cause, supporte les frais judiciaires (art. 156 al. 1 et 2 OJ).