Decision ID: 47872131-7d56-4d4a-8b2d-c78ca46b0d81
Year: 2003
Language: fr
Court: VD_TC
Chamber: VD_TC_031
Canton: VD
Region: Région lémanique
Law Area: public_law

Vu les faits suivants:
I Recours M. et Mme X._.
A. M. X._ est actionnaire et administrateur de la société X._ SA (ci-après : la société). Il a reçu de l'Administration cantonale des impôts (ci-après l'ACI ou l'administration) le 30 novembre 1992 un avis d'ouverture d'une procédure en soustraction fiscale. La lettre précisait que dans la mesure où la déclaration d'impôt 1991-1992 n'avait pas encore fait l'objet d'une taxation définitive, celle-ci était maintenue provisoire. Un avis d'interruption de la prescription a été notifié le 22 juin 1993, informant le contribuable que les rectifications à apporter aux déclarations d'impôts 1987-1988, 1989-1990 et 1991-1992 n'avaient pas pu encore être déterminées exactement et que les travaux d'expertise se poursuivaient. Un nouvel avis d'interruption de la prescription a été notifié le 1er décembre 1993 précisant que l'enquête se poursuivait. Un même avis a aussi été notifié le 5 décembre 1994, puis le 27 juin 1995.
B. Dès le mois de mars 1996, une correspondance s'est établie entre l'inspecteur fiscal chargé du dossier, les époux X._ et la fiduciaire Rais à Lausanne en ce qui concerne notamment trois promotions immobilières réalisées par une société simple formée de A._, entrepreneur à ********, B._, architecte à Y._ et M. X._. Il s'agissait de la réalisation de constructions à vendre par lots aux lieux-dits "E._" à F._ (villa jumelle), "G._" à D._ (bâtiment professionnel et bâtiment de 8 appartements) et "C._" à D._ également (villas mitoyennes A B C D E). Il résulte des investigations menées par l'inspecteur fiscal et des pièces et renseignements donnés par la fiduciaire les éléments suivants.
a) Les trois opérations auraient dû se solder par la vente totale des constructions; mais en janvier 1997, toutes les unités n'étaient pas encore vendues et des travaux de finition restaient à effectuer.
b) Des bons de complaisance avaient été émis pour échapper aux règles des arrêtés fédéraux urgents destinés à lutter contre la spéculation foncière. Le bénéfice à réaliser était prélevé sous la forme de bons de complaisance dont la contre-valeur était reversée aux promoteurs. Pour la promotion "E._" à F._, deux bons d'un montant total de 22'000 fr. avaient été émis et reversés. "G._" à D._, trois bons de complaisance totalisant 77'000 fr. avaient également été émis et reversés. Pour "C._" à D._, la fiduciaire relevait que de tels bons avaient probablement été émis, mais elle n'avait pas eu accès à la comptabilité de cette promotion et elle ne pouvait donc produire les bons en question.
c) Les travaux d'installations électriques ont été adjugés à l'entreprise X._ SA sur la base d'offres établies en février 1989 pour la promotion "G._", en juin 1990 pour celle "E._" et en janvier 1992 pour "C._". A la demande de l'ACI, ces travaux ont fait l'objet de factures finales le 15 janvier 1997. Ces factures comprennent une réduction de 10% pour travaux inachevés et un rabattement conjoncturel de 30 % selon le tableau suivant :
Promotions Montant de l'offre Travaux adjugés Acomptes encaissés Réduction 10% Abattement conj. 30% Montants facturés "E._" F._ 63'798.50 59'200.00 26'500.00 5'920.00 15'984.00 38'200.00 "G._" à D._ 119'466.15 119'400.00? 75'000.00 11'941.10 32'237.65 75'221.25 "C._" à D._ 135'854.35 120'000.00 40'000.00 12'000.00 32'400.00 75'600.00
C. L'administration a notifié aux époux X._ un avis de prochaine clôture le 9 mars 1998, auquel étaient joint deux tableaux indiquant les reprises envisagées pour l'impôt cantonal et communal d'une part et pour l'impôt fédéral d'autre part. En ce qui concerne l'impôt cantonal et communal, les reprises concernant les périodes fiscales 1987-1988 et 1989-1990 ont été abandonnées pour des motifs de prescription.
a) Pour l'impôt cantonal et communal le tableau des reprises se présente comme suit :
Années de taxation 1991-1992 1993-1994 1995-1996 Années de calcul 1989 1990 1991 1992 1993 1994 Reprises provenant de X._ SA - H._ assurance maladie 3'631 - I._ assurance maladie 1'075 1'612 2'150 2'150 - I._ LPP 4'850 - Ristournes J._ 2'192 3'729 - Ristournes K._ 1'412 3'145 - Ristournes L._ 2'500 1'801 Honoraires administrateur Monsieur 3'000 3'000 3'000 3'000 Honoraires administrateur Madame 3'000 3'000 3'000 3'000 Reprises de chiffre d'affaires (X._ SA) Promotion immobilière G._ Acompte de 24. 11. 1989 5'000 Acompte du 2. 10. 1990 40'000 Acompte du 9. 10. 89 30'000 Solde facture 1. 3. 93, soit date de la dernière vente 32'438 E._ à F._ Acompte du 13. 5. 1991 (fr. 21'500 - 10'000 cpta) 11'500 Solde facture au 1. 4. 92 (date location villa) 26'780 C._ à D._ Acompte du 1. 11. 1992 4'000 Acompte 22. 7. 1993 20'000 Solde facture, environs à la date de location (1. 5. 1994) 68'000 O._ à M._. Vente le 31. 3. 1992 à P._ Fact. du 30. 3. 1992 non comptabilisée 19'875 Total 56'660 56'287 19'650 58'805 52'438 68'000
b) Les reprises envisagées pour l'impôt fédéral résultent du tableau suivant :
Années de taxation 1987-1988 1989-1990 1991-1992 1993-1994 1995-1996 Années de calcul 1985 1986 1987 1988 1989 1990 1991 1992 1993 1994 Reprises de X._ SA - H._ assurance maladie 1'936 3'631 - I._ assurance maladie 2'150 1'075 1'612 2'150 2'150 - I._ LPP 2'500 4'315 4'850 - Ristournes J._ 1'124 2'192 3'729 - Ristournes K._ 883 2'000 1'412 3'145 - Ristournes L._ 974 480 2'500 1'801 - Honoraires administ. Monsieur 3'000 3'000 3'000 3'000 - Honoraires administ. Madame 3'000 3'000 3'000 3'000 Reprises de Duc et X._ SA Ristournes L._ 2'451 3'028 6'973 Ristournes ******** SA 275 260 123 Reprises de chiffre d'affaires (X._ SA) Promotion immobilière G._ Acompte de 24. 11. 1989 5'000 Acompte du 2. 10. 1990 40'000 Acompte du 9. 10. 89 30'000 Solde facture 1. 3. 93 32'438 E._ à F._ Acompte du 13. 5. 1991 11'500 Solde facture au 1. 4. 92 26'780 C._ à D._ Acompte du 1. 11. 1992 4'000 Acompte 22. 7. 1993 20'000 Solde facture, environs à la date de location (1. 5. 1994) 68'000 O._ à M._ Vente à P._ Fact. du 30. 3. 1992 19'875 Total 2'726 3'288 13'389 10'069 56'660 56'287 19'650 58'805 52'438 68'000
c) Pour l'impôt cantonal et communal, l'administration a encore corrigé les éléments du revenu imposable dans les déclarations d'impôts concernant les périodes fiscales en cause selon le tableau suivant :
Années de taxation 1991-1992 1993-1994 1995-1996 Années de calcul 1989 1990 1991 1992 1993 1994 Revenu imposable selon déclaration 14'300 14'300 -62'314 42'976 30'491 70'649 Reprises selon tableau 56'600 56'287 19'150 58'805 52'438 68'000 Pénalités 10% selon art. 128 let. a LI 5'666 5'629 1'915 5'880 5'244 6'800 Déduct. pour gain accessoire non admise (hon. adm. M) 700 700 Déduct. pour gain accessoire non admise (hon. adm. Mme) 700 700 Autres frais professionnels Monsieur non admis 1'700 1'700 1'700 1'700 Frais de repas pour Mme non admis 1'100 1'100 Frais d'entretien d'immeubles admis - 5'809 - 6'617 Frais d'entretien d'immeuble revendiqués 8'743 6'617 Déduction primes OPP 3 b - 3'476 3'376 - 3'520 - 1'107 Primes déduites 4'650 4'445 4'250 1'288 Déduction intérêts capitaux d'épargne admise - 419 - 360 Déduction intérêts capitaux d'épargne déduite 1'001 859 Gain immobilier M._ 28'624 Pénalité 2'300 Gain immobilier M._, part de 1******** 963 Perte immobilière N._ - 9'961 Gain immobilier N._ - 10'913 - 10'913 Gain immobilier N._ 1'578 0 Perte immobilière F._ - 18'975 Perte immobilière déclarée 4'300 8'271 Gain immobilier "G._" D._ 49'030 Gain immobilier déclaré 37'000 Perte immobilière "C._ à D._" -18'576 Perte immobilière "C._ à D._" - 4'076 Perte immobilière "C._ à D._" - 23'576 Pertes immobilières déduites dans la déclaration sous 2c 23'576 54'076 Déduction pour loyer non admise 4'600 4'600 5'100 5'500 Déduction pour le logement admise Déduction pour contribuable modeste non admise. 9'000 9'000 Déduction pour contribuable modeste admise. - 2'800 - 2'800 Nouveau revenu imposable après reprises 82'943 167'107 - 56'294 142'039 91'855 185'972 Moyenne 125'000 42'800 138'900
d) La fortune imposable n'a en revanche pas fait l'objet de modifications. Le montant total des reprises envisagées s'élève à 80'608 fr. 20 pour l'impôt cantonal et communal et à 34'844 fr. 40 pour l'impôt fédéral.
D. Une séance s'est déroulée le 1er avril 1998 dans les locaux de l'administration en présence des contribuables et de M. Rais. A la suite de cette séance divers documents complémentaires ont été demandés par l'administration le 6 avril 1998. De son côté la fiduciaire Rais a précisé le 7 avril 1998 que pour les trois promotions litigieuses à D._ et à F._, les travaux des devis étaient supérieurs de 15 à 20% par rapport aux devis qui auraient été établis pour un autre client de la même importance. En outre, les deux autres partenaires de ces promotions n'étaient pas liés au contribuable. Seul un tiers des montants abandonnés par M. X._ devrait ainsi être repris. La fiduciaire Rais a encore produit des pièces complémentaires le 15 avril 1998 (certificats de prévoyance).
E. L'ACI a notifié aux époux X._ le 19 mai 1998 les décisions de taxations définitives, comprenant les pénalités pour l'impôt cantonal et communal des périodes fiscales 1991-1992 à 1995-1996, ainsi que les décisions de rappels d'impôts, prononcés d'amende et taxations définitives pour l'impôt fédéral concernant les périodes fiscales 1987-1988 à 1995-1996. En ce qui concerne l'impôt fédéral, les reprises effectuées et les amendes sont les suivantes :
Période fiscale Différence annuelle entre les éléments imposés et imposables (moyenne) Rapport entre l'impôt soustrait et l'impôt total dû Reprise d'impôt par période Amendes (coefficient) 1987-1988 3'100 3% 818.40 500.- (0.61) 1989-1990 11'700 4% 3'042.00 2'000.- (0.66) 1991-1992 82'300 97% 12'624.00 3'000.- (tentative) 1993-1994* 39'100 100% 400.00 -- 1995-1996 72'000 87% 13'618.00 5'000.- (tentative) Total 30'502.40 10'500.-
Le montant des reprises et des pénalités pour l'impôt cantonal et communal s'établit comme suit :
Période fiscale Différence en moyenne annuelle des éléments imposés et imposables Proportion des montants non déclarés par rapport à une taxation exacte Reprises par périodes Amendes (coefficient) 1991-1992 102'500 88% 33'445.70 maj 10% 1993-1994* 27'900 100% 6'546.80 maj 10% 1995-1996 81'600 62% 30'155.40 maj 10% Total 70'247.90
F. a) Agissant par l'intermédiaire de Me Félix Paschoud, avocat à Lausanne, M. et Mme X._ ont déposé le 19 juin 1998 des réclamations auprès de l'Administration cantonale des impôts contre les décisions relatives à l'impôt fédéral d'une part et à l'impôt cantonal et communal d'autre part. Les recourants contestent les reprises effectuées sur les soldes de factures abandonnés pour les trois promotions de D._ et de F._. Ils contestent en outre la quotité des amendes pour toutes les périodes fiscales et le principe même des pénalités pour la période fiscale 1995-1996. S'agissant de l'impôt cantonal et communal, la réclamation porte sur la majoration de 10% dans la mesure où elle s'applique à des reprises contestées. Par deux décisions du 19 octobre 1998, l'administration a rejeté les réclamations. Elle estime en substance que l'abattement conjoncturel de 30% consenti sur les factures représenterait une distribution de bénéfice cachée.
b) Les époux X._ ont recouru le 20 novembre 1998 auprès du Tribunal administratif contre les décisions sur réclamation. Ils invoquent le fait que les devis réalisés pour les trois promotions étaient largement surestimés pour différentes raisons. D'une part, ils avaient été établis à une époque de conjoncture où les prix avaient connu des sommets dans le domaine de la construction et ne correspondaient plus à la réalité. D'autre part, des devis élevés permettaient d'obtenir des crédits de construction plus importants. L'autorité intimée devait ainsi se fonder sur le coût réel des travaux, le cas échéant majoré par la marge habituelle. Par ailleurs, les crédits de construction obtenus pour les promotions en cause avaient été épuisés avant même que les travaux soient achevés et la situation financière des partenaires de la société simple ne leur permettait plus d'engager des fonds propres; les factures qui auraient été établies pour réclamer le solde du coût des travaux devisés n'auraient de toute manière pas pu être réglées. Le rabattement consenti ne modifiait pas le bénéfice de la société car elle aurait dû de toute manière inscrire ultérieurement une perte sur débiteurs afférente à cette créance.
c) Les recourants soutiennent subsidiairement que la non-facturation des travaux n'aurait pas profité à M. X._ seulement, mais également, à parts égales, aux deux autres associés. Ils contestent aussi l'application de la théorie dite du "triangle". En ce qui concerne les amendes, les recourants soutiennent que le mode de calcul des montants serait trop schématique et ne tiendrait pas assez compte de leur collaboration au redressement de la situation fiscale. Les recourants concluent à l'annulation des décisions sur réclamation; ils demandent la tenue d'une audience publique et l'audition des partenaires de la société simple B._ et A._. Ils demandent aussi que l'instruction de la cause soit suspendue jusqu'à droit jugé sur la procédure de recours formée par la Société X._ SA contre les décisions de reprises la concernant.
II Recours de la Société X._ SA.
G. La Société X._ SA a déjà fait l'objet d'un contrôle fiscal qui a donné lieu le 18 janvier 1996 à des rappels d'impôts et taxations définitives. Les bénéfices imposables ont été fixé à 30'400 fr. au lieu de 13'200 fr. pour la période fiscale 1991-1992 et à 9'800 fr. au lieu de 7'400 fr. pour 1993-1994. Pour la période fiscale 1995, le bénéfice imposable a été fixé à 8'700 fr. par une taxation provisoire du 2 mai 1997 fr.
H. a) Dans le cadre de l'enquête ouverte contre les époux X._, l'administration a notifié à la société le 30 octobre 1996 un nouvel avis d'ouverture d'enquête. L'ACI demandait les renseignements sur des travaux qui auraient été effectués par l'entreprise au profit de proches et dont les factures n'auraient pas été établies ou pas comptabilisées. L'ACI a notifié ensuite à l'entreprise un avis d'interruption de la prescription le 13 décembre 1996. La fiduciaire Rais a répondu le 31 janvier 1997; les travaux concernant les promotions "E._", "G._" et "C._" auraient dû se solder par la vente totale des constructions; mais toutes les unités n'avaient pu être vendues et des travaux de finition restaient à exécuter. Les promotions elles même étaient en situation financière difficile et l'émission de factures, même provisoires, n'aurait généré aucun paiement. Par la suite, l'administration a demandé à la société le 6 mars 1997 de produire le détail du compte chiffre d'affaires pour les exercices 1989 à 1994. Une séance s'est déroulée dans les locaux de l'ACI le 29 septembre 1997 au cours de laquelle la question d'éventuelles reprises sur les rabattements conjoncturels accordés à la société simple a été débattue, ainsi que celle de versements non déclarés effectués en rapport avec les promotions.
b) L'ACI a adressé à la société le 9 mars 1998 un avis de prochaine clôture comprenant le tableau des reprises envisagées :
Années de taxation 1991-1992 1993-1994 1995-1996 Années de calcul 1989 1990 1991 1992 1993 1994 Promotion immobilière G._ Acompte de 24 . 11. 1989 5'000 Acompte du 2. 10. 1990 40'000 Acompte du 9. 10. 1989 30'000 Solde facture 1. 3. 93, soit date de la dernière vente 32'438 E._ à F._ Acompte du 13. 5. 1991 (fr. 21'500 - 10'000 cpta) 11'500 Solde facture au 1. 4. 92 (date location villa) 26'780 C._ à D._ 3 acptes ont été reçus, un seul est compt. Acompte du 4. 11. 1992 4'000 Acompte du 22. 7. 1993 20'000 Solde facture, environs à la date de location (1. 5. 1994) 68'000 Années de calcul (suite) 1989 1990 1991 1992 1993 1994 O._ à M._ Fact. du 30. 3. 1992 non comptabilisée 19'875 Total 35'000 40'000 11'500 50'655 52'438 68'000
c) Une séance s'est déroulée le 1er avril 1998 dans les locaux de l'ACI au sujet des reprises envisagées selon l'avis de prochaine clôture. La fiduciaire a encore donné des explications complémentaires dont il est fait état ci-dessus (p. 5 let. D) par courriers des 7 et 15 avril 1997.
I. a) L'administration a notifié à la société le 19 mai 1998 des décisions de rappels d'impôts, prononcés d'amendes et taxations définitives pour l'impôt fédéral et pour l'impôt cantonal et communal concernant les périodes fiscales 1991-1992, 1993-1994, 1995 praenumerando et 1995 postnumerando. En ce qui concerne l'impôt fédéral, les reprises et les amendes résultent du tableau suivant :
Période fiscale Différence annuelle entre les éléments imposés et imposables (moyenne) Rapport entre l'impôt soustrait et l'impôt total dû Reprise d'impôt par période Amendes (coefficient) 1991-1992 37'500 55% 7'350.00 7300.- (99%) 1993-1994* 31'100 84% 6'726.60 6'700.- (100%) 1995 - prae 60'300 92% 5'646.95 3'700.- (tentative) Total 19'723.55 17'700.-
b) Le montant des reprises et des amendes pour l'impôt cantonal et communal s'établit comme suit :
Période fiscale Différence en moyenne annuelle des éléments imposés et imposables Proportion des montants non déclarés par rapport à une taxation exacte Reprises par périodes Amendes (coefficient) 1991-1992 37'500 58% 22'522.60 22'400.00 (0.99) 1993-1994* 31'100 76% 16'656.10 16'000.00 (0.96) 1995 prae. 66'300 97% 8'730.70 4'200.00 (0.48) Total 47'909.40 42'600.00
c) La décision relative à l'impôt cantonal et communal est signée par le Chef du Département des finances sur papier à lettre de l'administration, alors que la décision concernant l'impôt fédéral est signée par le Chef a. i. de l'ACI.
J. La société a recouru directement auprès du Tribunal administratif le 19 juin 1998 contre la décision concernant l'impôt fédéral et cantonal et elle a déposé une réclamation le 19 juin 1998 également, contre la décision concernant l'impôt fédéral, laquelle a été rejetée le 19 octobre 1998. La société a recouru au Tribunal administratif contre cette dernière décision le 20 novembre 1998. Dans ses deux recours, la société conclut à l'annulation des décisions attaquées et au renvoi du dossier à l'administration pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle demande comme mesure d'instruction la tenue d'une audience publique et l'audition des associés B._ et A._. Elle demande aussi la mise en oeuvre d'une expertise portant sur la surévaluation des devis concernant les trois promotions. Les motifs du recours sont identiques à ceux des recours des époux X._.
K. a) Les recours formés par la société et par les époux X._ ont été joint pour l'instruction et le jugement. L'administration s'est déterminée le 24 août 1998 sur le recours formé par la société contre la décision relative à l'impôt cantonal et communal et le 15 février 1999 sur les autres recours. Elle conclut au rejet des recours. En ce qui concerne les mesures d'instruction elle demande que le tribunal requiert la production par les recourants des plans financiers préalables des trois promotions. Les recourants ont déposé encore un mémoire complémentaire le 18 juin 1999 par l'intermédiaire de leur nouveau conseil, Me Olivier Weniger. Ils ont apportés les précisions suivantes concernant les facturations des trois promotions en cause :
A) Promotion "C._", à D._ Le plan financier, qui figure d'ailleurs au dossier, mais dont je produis une copie (pièce 1), arrête les montants dus pour les installations électriques plus chauffage à
CHF 71'175.- pour les logements A, B et C; CHF 54'175.- pour les logements D et E
à savoir un montant total de 125'350 fr.-.
Or selon une facture du 20 juillet 1993, les travaux ont effectivement été adjugés à ce prix (pièce 2).
De surcroît, la facture du 15 janvier 1997 se réfère à un prix de CHF 120'000.-. Il apparaît dès lors que non seulement le "plan financier préalable" est surestimé, mais que le devis, qui reprend le même montant, l'est également. Une note manuscrite arrête d'ailleurs l'adjudication réelle à CHF 87'000.- (pièce 1).
B) Promotion "E._"
Le "plan financier préalable" mentionne un montant de CHF 50'000.- en relation avec les installations électriques (pièce 3). La confirmation de commande (pièce 4) arrête le prix des travaux à CH 59'200.-. Il apparaît ainsi clairement que non seulement le "plan financier préalable", mais également la commande est surévaluée. Dans ce dernier cas, la commande est même encore plus surévaluée que le plan financier. Quant à la facture, elle reprend le montant de CHF 59'200.- alors que selon la note manuscrite l'adjudication réelle se monte à CHF 41'400.-. Dans ce cas aussi, il apparaît clairement que la facture doit faire l'objet d'un abattement afin de correspondre au montant réel des travaux.
C) Promotion "G._" à D._
Le plan financier, qui figure au dossier arrête le poste "électricité" à CHF 140'000.-. Dans ce cas, il est exact que le montant de CHF 104'000.- repris dans la facture du 15 juillet 1997 est inférieur. Il n'en demeure pas moins que ce dernier est également surévalué. en effet, le montant figurant dans le plan financier était tellement excessif, qu'il a dû être réduit. Il n'en demeure pas moins que le montant de CHF 104'000.- est également surévalué et a dû faire l'objet d'un abattement conjoncturel."
b) Les recourants maintiennent que les factures du 15 juillet 1997 ont été établies à la requête des autorités fiscales et qu'elles n'ont jamais été formellement notifiées à B._. Les partenaires de la société simple savaient que les factures étaient surévaluées et un éventuel procès dans le but d'encaisser les montants de ces factures ne pouvait entraîner aucun bénéfice pour l'entreprise, qui aurait été incapable d'établir que ces factures étaient justifiées. Les recourants contestent aussi l'argumentation de l'autorité fiscale selon laquelle M. X._ pourrait revendiquer une créance dans le cadre de la société simple. Ils estiment aussi que la "théorie du triangle" ne s'appliquerait pas. A leur avis, la société entretenait des relations d'affaires avec la société simple formée par les trois associés X._, B._ et A._. Si l'abattement devait être jugé excessif, il ne devrait être corrigé que dans le chapitre de la société, mais pas dans celui de l'actionnaire. Il s'agirait uniquement d'un abattement excédant l'usage commercial, mais ne constituant pas une prestation à l'actionnaire.
c) L'ACI s'est encore prononcée sur les déterminations du recourant en maintenant sa position concernant la justification de la reprise sur les abattements. Elle relève que les pièces produites par les recourants ne sont que des documents manuscrits ni datés, ni signés, qui n'auraient aucune force probante.
L. Le tribunal a tenu une audience le 10 avril 2000; à cette occasion, il a procédé à l'audition du témoin B._, architecte à Y._. Ce dernier confirme avoir participé aux différentes opérations immobilières en cause avec la société X._ SA et l'entreprise de M. A._. Il s'agit des trois opérations désignées "E._" à F._, "G._" à D._ et "C._" à D._. Il était chargé d'établir un plan financier afin d'obtenir un crédit bancaire. Les parts des associés avaient été surévaluées sur leurs propres prestations car ils ne disposaient pas de fonds propres suffisants pour obtenir une ligne de crédit. Les devis des trois associés étaient "gonflés", ce qui n'était pas le cas des prestations des autres entreprises. Ces opérations ont donné lieu à des pertes qui ont été réparties entre trois membres de la société simple. A un certain moment, la société simple n'avait plus du tout d'argent. Les factures établies à la demande de l'ACI par la société X._ SA le 15 février 1997 ne pouvaient de toute manière pas être payées car la société simple ne disposait pas de cette somme. Le témoin a perdu la totalité de ses fonds propres dans ces trois opérations et précise qu'il lui était impossible de les récupérer compte tenu des prix de vente et de location. Les terrains avaient été acquis en 1989, et le terrain de la promotion "G._" avait même été acheté auparavant. Le témoin tenait la comptabilité de ces promotions; il s'agissait simplement d'établir une liste des paiements. Il effectuait également les bilans. C'est sur la base de ces comptes que le comptable, M. Rais, établissait les documents fiscaux. En ce qui concerne les acomptes de complaisance, ils constituaient un moyen de paiement admis par la banque. L'achat des terrains avait été financé en totalité par la banque.
A la suite de l'audition du témoin; l'inspecteur de l'ACI précise qu'il ne disposait pas des documents permettant d'établir le coût réel des travaux. En ce qui concerne les promotions "E._" et "C._", l'abattement conjoncturel de 30% ainsi que le solde des factures font l'objet de reprises. En revanche, pour la promotion "G._" seul l'abattement conjoncturel de 30% est repris.
Le recourant M. X._ précise qu'il devait apporter une part de fonds propres dans les trois opérations. Il a demandé un crédit à cet effet à la banque qui lui aurait conseillé d'augmenter le prix de son devis pour se constituer une part de fonds propres. La banque connaissait les montants en cause. Par exemple, pour la promotion immobilière "C._" les honoraires de l'architecte avaient été surestimés de 30'000 fr. L'opération revenait ainsi à 3'698'000 fr. au total et les devis des trois associés étaient surévalués d'environ 90'000 fr. uniquement sur leur part de travaux. Mais les trois associés ont également dû apporter une part de fonds propres. L'offre a été faite sur cette base en 1992; le prix de 135'000 fr. auquel un rabais de 5% était appliqué et avait en réalité "gonflé" sur tous les postes de la soumission en appliquant un facteur de correction qui augmente chaque unité de prix. Il existe à cet effet un programme permettant d'appliquer les tarifs particuliers en fonction de la marge recherchée. Il avait appliqué un tarif désigné "liste C" dont le facteur de correction aboutissait à une marge de 15 à 20% qui devait servir de fonds propres. Le prix d'adjudication arrêté finalement à 120'000 fr. représentait un rabais de l'ordre de 12% usuel dans le cadre d'une adjudication compte tenu de la marge prévue. En ce qui concerne les bons de complaisance, ceux-ci consistaient un moyen de disposer d'argent cash pour le réinjecteur dans la société. L'acompte de 40'000 fr. payé sur le débit de 120'000 fr. avait immédiatement été utilisé pour couvrir les charges et c'est pour cette raison qu'il n'avait pas été enregistré dans la comptabilité de la société. Dans le cadre de cette opération, seules deux maisons n'étaient pas vendues et avaient été mises en location. Les villas qui ont été vendues avaient occasionné des pertes. Un des trois associés, M. A._ avait fait faillite. Pour les trois opérations de promotion immobilière "G._", "E._" et "C._" le coût réel des prestations de l'entreprise X._ SA correspond aux acomptes qui ont été perçus. En ce qui concerne les comptes de la société simple, les trois partenaires ont admis les pertes; la banque maintenait le financement de l'opération et le vente permettait de rembourser une partie des sommes dues. Les trois associés remettaient ensuite régulièrement à la banque le produit des locations afin d'éviter une vente forcée. Le comptable, M. Rais précise que la société de l'associé A._ était en liquidation et que ce dernier n'avait plus de travail et se trouvait au bénéfice des prestations de l'assurance-invalidité. Tous ses biens ont été vendus par l'Office des poursuites et il existe à son sujet un acte de défaut de biens d'environ 1 million.
Le recourant M. X._ précise que l'exploitation de son entreprise arrivait à son terme. Il devait encore liquider les affaires en cours et son fils a créé sa propre société. Il bénéficiait d'une excellente situation financière privée avant 1990, puis il a hypothéqué sa villa à deux reprises laquelle a finalement été vendue il y a deux ans. Le représentant de l'ACI explique qu'il existe des indices pour évaluer les coûts de construction par corps de métier. M. Rais confirme que la facture du mois de janvier 1997 a été établie expressément à la demande de l'ACI. Le recourant M. X._ confirme que les montants qu'il a perçus à titre d'acomptes étaient directement reversés à la banque.
M. L'Administration cantonale des impôts a encore indiqué par lettre du 27 mars 2003 que le recourant M. X._, considéré comme professionnel de l'immobilier, a requis et obtenu dans le cadre de l'impôt sur les gains immobiliers, la déduction des pertes subies dans les trois promotions litigieuses, comprenant les soldes de factures du 15 janvier 1997 avec la majoration de 30%.

Considérant en droit:
I. RECOURS DE LA SOCIETE X._ SA
1. Le recours formé par X._ SA le 20 novembre 1998 contre la décision sur réclamation rendue le 19 octobre 1998 par l'Administration cantonale de l'impôt fédéral direct en matière de soustraction pour les périodes fiscales 1991-1992, 1993-1994 et 1995 a été déposé dans le délai de 30 jours fixé par les art. 132 et 140 de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct du 14 décembre 1990 (ci-après : LISD, ou loi fédérale). Le recours formé par X._ SA le 19 juin 1998 contre la décision rendue le 19 mai 1998 par le Département des finances en matière de soustraction pour les périodes fiscales 1991-1992, 1993-1994, 1995 a également été déposé dans le délai de 30 jours fixé par l'art. 104 de l'ancienne loi vaudoise sur les impôts-directs cantonaux du 26 novembre 1956 (ci-après : aLI ou ancienne loi cantonale). Les deux recours répondent en outre aux exigences de forme requises par l'art. 31 de la loi vaudoise sur la juridiction et la procédure administrative du 18 décembre 1989 (LJPA). Il y a donc lieu d'entrer en matière sur le fond.
A. Recours concernant l'impôt cantonal et communal
2. Le tribunal est chargé d'appliquer le droit d'office sans être lié par les moyens des parties (art. 53 LJPA), ni par leurs conclusions (art. 104 al. 4 a LI). Il convient donc d'examiner d'office si les règles concernant la prescription sont respectées en raison du temps écoulé depuis la première période fiscale en cause (1991-1992).
a)Les décisions attaquées ont été rendues sous l'empire de l'ancienne loi cantonale qui réglemente la prescription selon la nature et les caractéristiques de l'acte soumis au délai. Il s'agit notamment des délais fixés pour procéder à une taxation définitive et pour engager une procédure en soustraction fiscale.
aa) Selon l'art 98 aLI l'autorité de taxation peut procéder à une taxation provisoire sur la base des éléments déclarés ou admis par le contribuable (al. 1). A défaut de taxation définitive à l'échéance d'un délai de six mois dès la fin de la période de taxation, la taxation provisoire devient définitive sous réserve des deux exceptions suivantes (al. 2): le contribuable a tardé à donner des renseignements qu'il était en mesure de fournir (let. a) ou des faits importants pour la taxation ne peuvent pas encore être établis (let. b). En pareil cas, l'autorité fiscale avise le contribuable (al. 3). Faute d'avoir été modifiée dans le délai de quatre ans dès la fin de la période de taxation, la taxation provisoire devient définitive (al. 4 ).
bb) L'art. 98a aLI traite de la prescription du droit de procéder à la taxation définitive. Selon cette disposition, le droit de procéder à une taxation définitive, sous réserve des cas de révision des décisions de taxation (art. 107 à 109 aLI) ou de soustraction fiscale (art. 128 aLI), se prescrit par quatre ans dès la fin de la période de taxation (al. 1); L'alinéa 2 prévoit que la prescription ne court pas (ou est suspendue) pendant les procédures de réclamation, de recours et de révision (let. a), lorsque l'impôt est garanti par des sûretés ou que le recouvrement est ajourné (let b) ou encore si le contribuable - ou une personne solidairement responsable du paiement de l'impôt - n'a pas de domicile en Suisse. Selon l'alinéa 3, la prescription est interrompue par tout acte de l'autorité tendant à fixer ou à faire valoir la créance d'impôt, par toute reconnaissance de dette d'impôt par le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui ou encore par le dépôt d'une demande de remise et par l'introduction d'une poursuite de l'infraction fiscale. Un nouveau délai commence alors à courir dès l'interruption. L'alinéa 4 précise que la prescription du droit de taxer est acquise dans tous les cas, douze ans après la fin de la période de taxation.
cc) La prescription des contraventions fait l'objet d'une réglementation spéciale au chapitre IX de la loi cantonale, qui traite des infractions. Selon l'art. 128 aLI, le contribuable qui se soustrait à l'impôt en éludant intentionnellement ou par négligence les obligations qui lui incombent en vertu de la loi cantonale commet une contravention (al. 1), qui est réprimée par une majoration de 10% des éléments soustraits lorsqu'elle est constatée avant la fin de la période de taxation (al. 2 let. a) et par une amende pouvant atteindre pour chaque année en cause, cinq fois le montant de l'impôt soustrait, indépendamment de son montant (al. 2 let. b). Selon l'art. 129 aLI, la contravention prévue par l'art. 128 al 2. let. a aLI (majoration des éléments soustraits de 10%) est de la compétence de l'autorité de taxation (al. 1); quant à l'amende, pour les soustractions commises pendant les deux périodes précédentes, elle est prononcée par le Département des finances (ci-après : le département) après que l'administration a procédé aux investigations nécessaires (al. 2). L'art. 133 LI prévoit que la contravention est prescrite quatre ans après la fin de la période de taxation, la prescription pouvant toutefois être interrompue par tout avis informant le contribuable qu'une enquête est en cours (al. 1), sauf si aucune suite ne lui est donnée dans le délai d'une année (al. 2).
dd) Enfin, la prescription liée aux procédures de révision des décisions de taxations définitives est réglementée par les art. 107 à 109 LI. Selon l'art. 107 aLI, la taxation définitive peut être révisée sur demande du contribuable, dans les trois mois dès la découverte du motif de révision, mais au plus tard dans les quatre ans dès la communication de la décision attaquée. L'art. 109 aLI prévoit que l'autorité de taxation peut également réviser la taxation définitive dans les trois mois dès la découverte du motif de révision, mais au plus tard dans les quatre ans dés la communication de la décision en cause, lorsqu'elle découvre des faits nouveaux importants ou des preuves qu'elle n'avait pu invoquer dans la procédure de taxation, de réclamation ou de recours.
ee) Il convient encore de préciser que la soustraction d'impôt définie à l'art. 128 aLI constitue un motif de révision d'une décision de taxation définitive au sens de l'art. 109 aLI; cette dernière disposition constitue la base légale formelle qui permet à l'autorité de prononcer un rappel d'impôt. Les art. 128 et 129 aLI ne réglementent que la répression des contraventions, l'art. 129 aLI précisant la compétence des autorités pouvant prononcer soit la majoration de 10% (autorité de taxation), soit l'amende (département). Le tribunal a cependant jugé que dans la procédure concernant la poursuite des contraventions pour soustraction fiscale, le département (et sur délégation l'administration) pouvait arrêter à la fois les prononcés d'amendes et procéder aux rappels d'impôt sans qu'il soit nécessaire que l'autorité de taxation statue préalablement sur le cas de révision en ouvrant la voie de la réclamation (arrêt TA FI 1996/0057 du 5 novembre 1996 consid. 1); il a aussi admis que la prescription relative de quatre ans définie par l'art. 133 aLI était non seulement applicable aux contraventions mais également aux rappels d'impôt liés à la procédure de soustraction et que la prescription absolue des amendes et rappels d'impôt était régie par l'art. 98a al. 4 aLI même pour la révision de taxations définitives (arrêts TA FI 1996/0088 du 17 juin 1997 consid. 2 et FI 1996/0070 du 24 août 1999 consid. 2c).
b) La nouvelle loi sur les impôts directs cantonaux du 4 juillet 2000 (LI) fixe de nouveaux délais de prescription. L'art. 169 LI permet à l'autorité de taxation de procéder à une taxation provisoire sur la base des éléments déclarés ou admis par le contribuable, laquelle devient alors définitive et l'échéance d'un délai de deux ans calculé dès la fin de la période fiscale pour les personnes physiques, sauf avis motivé contraire de l'autorité fiscale. Dans tous les cas, faute d'avoir été modifiée dans un délai de cinq ans dès la fin de la période fiscale, la taxation provisoire devient définitive. Selon l'art. 170 LI, le droit de procéder à la taxation définitive se prescrit par 5 ans à compter dès la fin de la période fiscale, sous réserve des dispositions concernant les rappels d'impôts et la poursuite pour soustraction fiscale. La prescription ne court pas ou est suspendue pour les décisions de taxation qui font l'objet de procédures de réclamation, de recours et de révision notamment. En outre, un nouveau délai de prescription commence à courir dès que l'autorité prend une mesure tendant à fixer ou à faire valoir la créance d'impôt et en informe le contribuable. Mais la prescription du droit de procéder à la taxation est acquise dans tous les cas 15 ans après la fin de la période fiscale.
c) Avec le nouveau droit, la possibilité d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint 10 ans après la fin de la période fiscale concernée qui a donné lieu à une taxation en force incomplète. L'introduction d'une procédure de poursuite pénale à la suite d'une soustraction d'impôt ou d'un autre délit fiscal entraîne également l'ouverture de la procédure de rappel d'impôts. Le droit de procéder au rappel d'impôts s'éteint en tous les cas 15 ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte (art. 208 LI). Enfin, l'art. 154 LI précise que la poursuite pénale se prescrit par 10 ans en cas de soustraction d'impôt consommée, à compter depuis la fin de la période fiscale en cause et par 4 ans en cas de tentative de soustraction d'impôts à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la tentative de soustraction a été commise. Mais la prescription est interrompue par tous actes de procédure tendant à la poursuite du contribuable; un nouveau délai commence à courir à chaque interruption, la prescription ne peut toutefois pas être prolongée de plus de la moitié de sa durée initiale.
d) Ainsi, il apparaît de manière générale que les délais de prescription prévus par la nouvelle loi cantonale sont plus longs que ceux de l'ancienne loi. En particulier, le délai pour procéder à la taxation définitive passe de 4 ans à 5 ans et le délai de la prescription absolue du droit de taxer passe de 12 à 15 ans (art. 98 a aLI et 170 LI). En outre, le droit d'ouvrir une procédure en rappel d'impôts était limité à 4 ans dès la communication de la décision de taxation à réviser (art. 109 aLI) alors que le droit d'introduire une telle procédure est maintenant fixé à 10 ans (art. 208 LI) à compter de la fin de la période fiscale en cause; enfin le délai de prescription absolu du droit de procéder au rappel d'impôts passe de 12 à 15 ans et le délai de prescription pour ouvrir une procédure en soustraction fiscale a été augmenté de 4 à 10 ans (art. 133 aLI et 254 b LI).
e) Le principe de la non rétroactivité des lois, déduit par la jurisprudence fédérale de l'art. 4 aCst fait obstacle à l'application d'une norme à des faits entièrement révolus avant son entrée en vigueur. Ce principe est relié au principe de la publicité qui interdit à l'administration de prendre des mesures défavorables aux administrés en vertu de règles dont ils ne pouvaient attendre l'adoption (ATF 122 V 405 consid. 3b p. 408). Il n'y a toutefois pas de rétroactivité proprement dite lorsque le législateur entend réglementer un état de fait qui, bien qu'ayant pris naissance dans le passé, se prolonge au moment de l'entrée en vigueur du nouveau droit. Cette rétroactivité dite impropre est en principe admissible sous réserve du respect des droits acquis (ATF 122 II 113 consid. 3 b p. 124). C'est ainsi qu'une créance soumise à prescription s'avère être un fait durable auquel le nouveau droit peut s'appliquer sans déployer d'effet rétroactif proprement dit; il est admissible de soumettre aux nouveaux délais de prescription des créances nées et devenues exigibles sous l'empire de l'ancien droit et qui ne sont pas prescrites ou périmées au moment de l'entrée en vigueur du nouveau droit; les délais prévus par ceux-ci commencent alors à courir qu'à partir de son entrée en vigueur. Le Tribunal fédéral a donc admis en matière d'impôt cantonal et communal que les délais de prescription prévus par le nouveau droit s'appliquaient aux procédures qui n'étaient pas encore prescrites selon l'ancien droit lors de l'entrée en vigueur du nouveau droit. (Voir ATF non publié rendu le 22 mai 1997 dans la cause T. c/ le Tribunal administratif du canton de Vaud, procédure 2P.432/1996, consid. 7 à p. 16-17). La jurisprudence fédérale a toutefois adopté une position différente en ce qui concernent l'impôt fédéral direct. Le Tribunal fédéral a jugé que les créances en matière d'impôt fédéral direct nées et interrompues sous l'empire de l'ancien arrêté sur l'impôt fédéral direct ne pouvaient être soumises aux règles relatives à la prescription de la nouvelle loi sur l'impôt fédéral direct, entrée en vigueur le 1er janvier 1995. Le Tribunal fédéral a considéré que la prescription était une institution de droit matériel et qu'il se justifiait d'examiner, l'application de ces règles d'après les dispositions de l'ancien droit en vigueur au moment où le délai a commencé à courir et a été interrompu (voir ATF non publié rendu le 23 novembre 2001 en la cause M. c/ Tribunal administratif du canton de Vaud, 2P.291/2000 consid. 5b p. 12).
f) En l'espèce, il n'est pas nécessaire de se déterminer s'il convient d'appliquer les règles de prescription du nouveau droit ou celles de l'ancien droit dès lors que les délais de prescription prévus par l'ancien droit sont respectés.
aa) Pour la période fiscale 1991-1992, la société recourante ne conteste que la quotité de l'amende sans remettre en cause le principe des reprises. Le délai de prescription de 4 ans applicable à la poursuite pénale ne peut toutefois être interrompu qu'aux conditions fixées par l'art. 133 al. 2 aLI. Chaque acte interruptif de prescription doit ainsi être validé l'année suivante par une mesure d'instruction effective, la simple notification d'un nouvel avis d'interruption de la prescription ne suffit en principe pas (FI 1998/0007 du 18 mai 2000 et FI 1996/0088 du 17 juin 1997). En l'espèce, pour la période de taxation 1991-1992, la prescription de la poursuite pénale est acquise au 1er janvier 1997. Mais, le délai de 4 ans a valablement été interrompu par la notification à la société recourante le 30 octobre 1996 d'un nouvel avis d'ouverture d'enquête par lequel l'autorité demandait des renseignements sur les trois promotions immobilières "E._, G._ et C._". Cet acte d'interruption de la prescription a été validé l'année suivante lorsque l'autorité fiscale a demandé à la société recourante le 6 mars 1997 de produire le détail du chiffre d'affaires des trois promotions, pour les exercices 1989 à 1994, et par la séance qui s'est déroulée dans les locaux de l'ACI le 29 septembre 1997. En outre, le prononcé de l'amende notifié le 19 mai 1998 est intervenu dans le délai de prescription qui avait été prolongé de 4 ans et qui a à nouveau été interrompu par la décision sur réclamation, le dépôt de recours et les différentes mesures d'instruction ordonnées par le tribunal, en particulier l'audience du 10 avril 2000. Par ailleurs, le délai de la prescription absolue pour les amendes arrive à échéance au 1er janvier 2005 et il est respecté par la notification du présent arrêt. Enfin, les rappels d'impôt et prononcé d'amendes pour les périodes ultérieures 1993-1994 et 1995 (prénumerando) sont également respectés étant précisé que les périodes fiscales 1991-1992 et 1993-1994 avaient déjà fait l'objet d'une décision de taxation définitive du 18 janvier 1996 et la période fiscale 1995 d'une taxation provisoire du 2 mai 1997.
bb) Il ressort des explications qui précèdent que la décision comprenant les taxations définitives et prononcés d'amendes respecte les règles sur la prescription relative et absolue; en outre, la révision des taxations des périodes fiscales 1991-1992 et 1993-1994 ne sont possibles qu'aux conditions posées par l'art. 109 aLI. A cet égard, la découverte d'une soustraction fiscale constitue un motif de révision soumis aux règles de prescription spéciales prévues par l'art. 133 aLI (arrêt TA FI 96/057 du 5 novembre 1996 consid. 1). En revanche, l'autorité de taxation ne peut modifier une décision de taxation définitive lorsqu'elle disposait de tous les éléments d'appréciation nécessaires lors de la taxation et qu'il n'existe pas de motif de révision au sens de l'art. 109 LI (FI 96/0053 du 2 septembre 1997 consid. 4a). La procédure de révision n'a en effet pas pour conséquence un nouvel examen complet de la précédente taxation. La nouvelle taxation issue de la révision doit au contraire se limiter aux points sur lesquels une modification doit intervenir en raison d'éléments de faits nouveaux découverts (ATF 98 Ia 22 = JT 1974 I 122, arrêt FI 96/0053 du 2 septembre 1997 consid. 5a).
cc) En l'espèce, pour les périodes fiscales 1991-1992, 1993-1994, la société recourante conteste essentiellement les reprises effectuées sur les soldes des factures qu'elle a établies au mois de janvier 1997 à la demande de l'autorité intimée. La société recourante ne conteste toutefois pas que les acomptes reçus pendant ces périodes n'apparaissaient pas dans les comptes de la société et qu'il n'était ainsi pas possible de les prendre en considération tout comme les soldes de facture lors de la taxation définitive intervenue en janvier 1996. Ainsi, la procédure de rappel d'impôt au sens de l'article 109 aLI permet en principe la révision de la décision de taxation définitive du mois de janvier 1996 pour les périodes fiscales 1991-1992 et 1993-1994. La société recourante ne conteste pas les reprises sur les différents acomptes qui lui ont été versés dans le cadre des trois promotions immobilières "G._" à raison de 75'000 fr. "E._" par 11'500 fr. et pour l'opération "C._" par 24'100 francs. Elle s'oppose uniquement aux reprises opérées sur les soldes des factures par 32'438 fr. pour la promotion immobilière "G._", par 26'780 fr. pour l'opération "E._" et par 68'000 fr. pour la promotion "C._".
3. a) Selon l'art. 54 al. 1 aLI, le bénéfice imposable des personnes morales comprend notamment le solde du compte de pertes et profits (let. a) ainsi que tous les prélèvements opérés avant le calcul du solde du compte de pertes et profits qui ne servent pas à couvrir les frais généraux autorisés par l'usage commercial, tels que les dépenses en vue de l'acquisition et de l'amélioration de biens, les prestations et avantages accordés aux actionnaires, les libéralités à des tiers etc. (let. b) ainsi que les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de pertes et profits (let. f). La jurisprudence fédérale qualifie de prestation appréciable en argent toute attribution faite par la société, sans contre-prestation équivalente, à ses actionnaires ou à toutes personnes les touchant de près et qu'elle n'aurait pas faite dans les mêmes circonstances à des tiers non participants; il faut aussi que le caractère insolite de cette prestation soit reconnaissable par les organes de la société (Archives 61 p. 541 consid. 2 et ATF 115 Ib 279 consid. 9b et les arrêts cités; voir aussi Walter Ryser et Bernard Rolli; Précis de droit fiscal suisse Berne 1994 p. 241). Le contribuable doit prouver le caractère de charge de la prestation insolite; en particulier démontrer que les prestations en question sont justifiées par l'usage commercial afin que les autorités fiscales puissent s'assurer que seules des raisons commerciales, et non les étroites relations personnelles et économiques entre la société et le bénéficiaire de la prestation, ont conduit à la prestation insolite (concernant l'impôt anticipé, voir Archives 60 p 564/565 consid. 3).
b) Les soldes de factures repris par l'autorité intimée correspondent à des créances fondées sur des contrats d'entreprise fixant un prix d'adjudication. Ces contrats d'entreprise ont été signés entre la société recourante d'une part et la société simple formée par l'actionnaire de la société recourante, l'architecte B._ à Y._, ainsi que l'entrepreneur A._. La créance de l'entreprise est en principe exigible à l'achèvement des travaux selon le prix adjugé. Mais la marge de 30% calculée dans les devis n'a donné lieu à aucun bénéfice, mais au contraire correspond aux pertes subies et prises en considération dans le calcul du gain immobilier. Ce rabattement conjoncturel de 30% n'a donc jamais pu donner lieu à un encaissement par l'entreprise ni un bénéfice par la société simple et ne correspond à aucun avantage financier de quelque ordre que ce soit en faveur des recourants et de la société. Dans ces conditions, cette part de 30% ne saurait être assimilée à un bénéfice imposable et la reprise effectuée sur ces montants doit donc être annulée.
Les soldes des factures qui subsistent après le rabattemernt conjoncturel ne peuvent non plus être encaissés par la société en raison de la situation déficitaire de la promotion immobilière; ces soldes ne sauraient non plus être assimilés à un bénéfice ni à une prestation à l'actionnaire. Il s'agit d'une perte subie par la société en raison du déficit de l'opération de promotion immobilière. La reprise ne peut donc pas être admise sur les soldes des factures à savoir un montant de 35'600 fr. pour la promotion "C._" à D._, un montant de 10'700 fr. pour la promotion "E._" à F._ et un solde de 200 fr. pour la promotion "G._" à D._.
4. La société recourante conteste la quotité des amendes pour les périodes fiscales 1991-1992 et 1993-1994 ainsi que le principe de l'amende pour la période fiscale 1995. Pour la période 1991-1992, la recourante estime que les amendes sont trop élevés par rapport à celles de la période suivante. Pour la période 1993-1994, la recourante conteste avoir effectué une soustraction pour les montants correspondant au rabattement de 30% et au solde de factures non payé. Enfin, pour l'année 1995, la société recourante estime que la taxation n'était pas encore définitive lorsque la procédure de soustraction a été ouverte et que le calcul de l'impôt postnumerando n'avait pas encore été établi. Seule une majoration des éléments imposables auraient ainsi pu être effectuée.
a) L'art. 128 LI réprime le comportement du contribuable qui se soustrait à l'impôt en éludant intentionnellement ou par négligence les obligations qui lui incombent en vertu de la loi; comme cela a déjà été exposé, cette disposition distingue la soustraction constatée avant la fin de la période de taxation (al. 2 let a), de la soustraction commise lors des deux périodes qui précédent celle où elle a été constatée (al. 2 let b). Dans le premier cas, une majoration de 10% est opérée sur les éléments soustraits; dans le second cas, l'amende peut atteindre cinq fois le montant de l'impôt soustrait. Le montant de l'amende doit être fixé d'après le degré de la faute du contribuable (al. 3). L'infraction prévue par l'art. 128 LI est ainsi réalisée lorsque le contribuable a accompli tous les actes nécessaires à la soustraction sans qu'il soit nécessaire que ceux-ci aboutissent à une taxation définitive au préjudice de l'Etat; la différence entre la soustraction découverte après la période de taxation et la soustraction découverte avant la fin de la période de taxation réside dans le montant de la pénalité. La pénalité de 10% n'est applicable que si la soustraction est découverte avant la fin de la période de taxation; enfin, une amende sera prononcée pour tentative si la soustraction est découverte ultérieurement, mais avant la taxation définitive.
b) L'infraction appartient au droit pénal fiscal cantonal réservé par l'art. 335 al. 2 du code pénal suisse du 21 décembre 1937 (CP). Il s'agit d'une contravention au sens de l'art. 5 al. 2 de la loi pénale vaudoise du 19 novembre 1940 (LPv); cette loi prévoit que les contraventions sont soumises aux dispositions de la loi sur la répression des contraventions (art. 12 LPv). L'art 4 de la loi sur les contraventions du 18 novembre 1969 (LC) précise que les dispositions générales du code pénal (art. 1 à 110) font règle pour les contraventions réprimées par la législation cantonale; en outre, l'art. 6 LC prévoit que la contravention est punissable même quand elle est commise par négligence, à moins qu'il ne ressorte des dispositions applicables qu'elle est réprimée seulement si elle a été commise intentionnellement. Cependant, l'art. 2 al. 2 let. a LC précise expressément que la loi sur les contraventions ne s'applique pas à celles dont la répression est de la compétence des autorités fiscales. Les dispositions générales du code pénal ne sont donc pas applicables aux contraventions pour soustraction fiscale dans le canton de Vaud (ATF non publié du 22 mai 1997 consid. 5).
c) La société recourante ne conteste pas la réalisation des éléments objectifs de la soustraction fiscale selon l'art. 128 LI concernant les différents acomptes reçus pour les promotions immobilières en cause. En revanche, les éléments constitutifs d'une soustraction fiscale ne sont pas réalisés pour les soldes de factures comprenant la majoration de 30% effectuée sur les devis et les contrats d’adjudication; ces montants ont en effet été admis comme des pertes subies dans l'opération immobilière dans le calcul de l’impôt immobilier. Il n’y a donc pas de soustraction concernant ces montants.
d) La contravention n'est punissable que si le contribuable a commis une faute, en éludant intentionnellement ou par négligence les obligations fiscales qui lui incombaient. La notion de contribuable à l'art. 128 al. 1 LI comprend non seulement la personne physique, mais également la personne morale (RDAF 1994 p. 69 ss). La faute est imputable à la personne morale lorsqu'elle est le fait non seulement des membres du conseil d'administration, de la direction générale et de l'organe de contrôle, mais également de tout organe ou autre personne gérant en fait la personne morale et qui a commis, de manière fautive, des actes ayant abouti à une soustraction (RDAF 1990, p. 187 ss). Lorsque la personne qui intervient au nom de la société est consciente du caractère inexact ou incomplet de la déclaration, il est en général admis qu'elle agit intentionnellement (ATF 114 Ib 27). Le contribuable commet une infraction par négligence lorsque, par une imprévoyance coupable, il agit sans se rendre compte ou sans tenir compte des conséquences de son acte. L’imprévoyance est coupable quand l’auteur de l’acte n’a pas usé des précautions commandées par les circonstances et par sa situation personnelle. S'il a des doutes concernant ses obligations fiscales, il doit faire en sorte de les lever ou en informer l'autorité fiscale (StE 1989 B. 101.9 n 6s).
e) En l'espèce, la société recourante n'a pas fait apparaître dans ses comptes ni dans la déclaration d'impôt les acomptes reçus pour les promotions immobilières en cause. La soustraction fiscale reprochée aux organes de la société a donc été commise avec conscience ou à tout le moins par dol éventuel. Il apparaît ainsi que tous les éléments constitutifs de la soustraction fiscale réprimée par l'art. 128 LI sont réunis.
f) Il convient encore de déterminer si la quotité des amendes prononcées contre la société est en rapport avec la faute commise (art. 128 al. 3 LI). A cette fin, le département a précisé, dans un rapport adressé au Conseil d'Etat le 5 août 1992 concernant la délégation de compétence à l'ACI pour prononcer les amendes en matière de soustraction, les principes qu'il entendait appliquer pour en fixer le montant :
"5. Dans le cadre fixé par la loi (amende pouvant aller jusqu'à cinq fois le montant de l'impôt soustrait, indépendamment de celui-ci), le montant de la pénalité doit être fixé d'après la gravité objective et subjective de l'infraction.
La gravité objective trouve sa mesure dans le rapport entre les éléments soustraits et les éléments totaux (éléments soustraits et éléments de la taxation rectifiée).En règle générale, la soustraction est:
- légère lorsque le rapport précité est inférieur à 20%, - moyenne, lorsque ce rapport est compris entre 20 et 50% - et grave, lorsque ce rapport est supérieur à 50%.
La gravité subjective de l'infraction sera déterminée en tenant compte des facteurs suivants:
- infraction sans ou avec usage de pièces justificatives fausses ou falsifiées (soustraction "simple" ou "qualifiée")
- la nature de la soustraction ( consommée ou tentative),
- le degré de culpabilité (soustraction intentionnelle, par négligence grave ou légère),
- le comportement du contribuable lors du contrôle (opposition au contrôle, absence de collaboration, participation active au rétablissement d'une situation conforme au droit, annonce spontanée),
- les antécédents du contribuable.
La fixation de l'amende, lorsque la même prestation soustraite est imposée dans le chef de la société, puis auprès de son bénéficiaire, tient compte de ce cumul.
On tiendra compte enfin du revenu et de la fortune imposable du contribuable, de son état civil et de ses charges diverses.
Le tableau ci-dessous, établi par le Département des finances, sert de guide à la fixation des amendes:
Nature de l'infraction quotité de l'amende soustraction légère soustraction moyenne soustraction grave A: Soustraction qualifiée 1. sans collaboration 1,5 à 2 1,5 à 3,5 2 à 5 1.2. avec collaboration 1 à 1,75 1 à 2,25 1,5 à 3,5 1.3 annonce spontanée 0,5 à 1 0,75 à 1,5 1 à 2 B. Soustraction simple 2. Intentionnelle 2.1. sans collaboration 1 à 1,5 1,25 à 2 1,5 à 2,5 2.2. avec collaboration 0,5 à 1,25 0,75 à 1,5 1 à 2 2.3. annonce spontanée 0,3 à 1 0,4 à 1,25 0,5 à 1,5 3. Négligence grave 3.1. sans collaboration 0,75 à 1,5 1 à 1,75 1 à 2 3.2. avec collaboration 0,4 à 1 0,5 à 1,25 0,75 à 1,5 3.3. annonce spontanée 0,3 à 1 0,4 à 1 0,5 à 1,25 4. Négligence légère 4.1. sans collaboration 0,5 à 1,25 0,75 à 1,5 0,75 à 1,75 4.2. avec collaboration 0,3 à 1 0,4 à 1,25 0,5 à 1,5 4.3. annonce spontanée 0,2 à 0,75 0,3 à 1 0,4 à 1
En cas de tentative de soustraction, les quotités indiquées sont en principe réduites de moitié.
En aucun cas, les amendes ne seront inférieures au montant qui serait dû au titre d'intérêts de retard, si de tels intérêts pouvaient être mis à charge du contribuable.
Dans l'affaire dite des ristournes, les soustractions commises sont des soustractions qualifiées, les comptabilités établies par les contribuables et produites à l'appui de leurs déclarations étant incomplètes. Compte tenu de la double imposition société/actionnaire et de la perception d'un impôt anticipé non récupérable, avec amende, le Département des finances retiendra comme normes générales les quotités d'amendes minimales."
Ces directives, internes à l'administration fiscale cantonale, n'ont pas force de loi et elles ne lient pas le tribunal. Cependant, elles constituent un élément de référence permettant d'assurer une certaine égalité de traitement entre les contribuables et qui sert de base pour apprécier le montant de l'amende (voir notamment l'arrêt FI 1994/0013 du 23 mars 2000) dès lors que les dispositions générales du code pénal ne sont pas applicables (consid. 4b ci-dessus). Il convient encore de préciser que l'art. 6 de la Convention de sauvegarde des droits de l'homme et des libertés fondamentales du 4 novembre 1950 (CEDH) s'applique aux procédures pénales fiscales (ATF 121 II consid. 4b 264-265); cette disposition prévoit notamment que toute personne a droit à ce que sa cause soit entendue équitablement, publiquement et dans un délai raisonnable par un tribunal indépendant et impartial, établi par la loi, qui décidera du bien fondé de toute accusation en matière pénale dirigée contre elle. Ces garanties de procédure sont actuellement reprises pour l'essentiel aux art. 29, 30 et 32 de la nouvelle Constitution fédérale du 18 avril 1999 (nCst).
g) En l'espèce, l'autorité intimée a appliqué un coefficient de 0.99 pour la période fiscale 1991-1992 pour laquelle une reprise de 22'520 fr. 60 a été ordonnée, ce qui fixe le montant de l'amende à 22'400 fr. Pour la période fiscale 1993-1994, le coefficient de 0.96 a été appliqué à un rappel d'impôt s'élevant à 16'656 fr. 10, ce qui correspond à une amende de 16'000 fr. Mais le rappel d’impôt concernant cette période devra être modifié pour déduire le solde de facture de l’opération “E._” à F._. Enfin, pour la période fiscale 1995, l'autorité intimée a retenu un coefficient de 0.48. Pour apprécier les coefficients retenus par l'autorité intimée, il convient de se référer aux directives qui constituent un élément d'appréciation objectif. La soustraction en cause peut être qualifiées de grave pour la période fiscale 1991-1992 dès lors que le rapport entre les éléments soustraits et les élément de la taxation rectifiée sont supérieurs à 50%. Il s'agit d'une gravité objective de l'infraction. Pour les périodes ultérieures, la gravité de la soustraction doit être nuancée en fonction des montants des rappels d’impôts calculés sans tenir compte les soldes de factures. La gravité subjective de l'infraction est atténuée par le comportement et les antécédents du contribuable et les lourdes pertes qu'il a subies dans les opérations de promotion immobilière en cause. En retenant le coefficient de 0.99 pour la période fiscale 1991-1992, l'Administration cantonale des impôts a appliqué correctement le barème qu'elle a arrêté dans ses directives. Ce résultat n'est pas en désaccord avec les nouvelles dispositions sur la soustraction d'impôt prévues par la loi du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux entrée en vigueur le 1er janvier 2001. Selon l'art. 242 LI, l'amende est fixée en principe au montant correspondant à l'impôt soustrait. Si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant alors que si la faute est grave, elle peut être triplée. Pour la période fiscale 1995 où seule la tentative de soustraction peut être retenue, l'art. 243 LI fixe une règle plus défavorable au recourant en précisant que l'amende doit être fixée aux deux tiers de la peine qui serait infligée si l'instruction avait été commise intentionnellement et consommée. Or, le coefficient retenu de 0.48 est inférieur à la réduction du tiers prévu par l'art. 243 LI. Enfin, la majoration de 10% des éléments soustraits prévue par l'art. 128 al. 2 let. a aLI ne peut être appliquée dès lors que la soustraction a été constatée après la fin de la période de taxation.
Ainsi, il résulte des explications que précèdent que les reprises et les prononcés d'amendes pour la période fiscale 1991-1992 doivent être confirmées alors que pour les périodes fiscales 1993-1994, ainsi que 1995, le montant des reprises doit être diminué du solde des factures comprenant le rabattement conjoncturel de 30 % et les amendes modifiées en fonction du montant de l'impôt soustrait. Il convient donc d'annuler la décision en tant qu'elle porte sur ces éléments et de retourner le dossier à l'Administration cantonale des impôts enfin qu'elle statue à nouveau sur les rappels d'impôt et prononcés d'amendes concernant les périodes 1993-1994 et 1995.
B. Recours concernant l'impôt fédéral direct
5. Dans le recours déposé contre la décision sur réclamation en 1998, la société recourante reprend pour l'essentiel les mêmes griefs qui sont soulevés dans le recours dirigé contre la décision relative à l'impôt cantonal et communal.
a) Il convient donc de déterminer si les obligations fiscales (rappels) et les amendes fixées par la décision attaquée sont prescrites.
aa) En ce qui concerne les prononcés d'amendes, l'art. 134 AIFD prévoit que le droit d'engager la procédure en soustraction s'éteint cinq ans après la période de taxation en question. Selon la jurisprudence, cette disposition ne doit pas être considérée comme une règle sur la prescription absolue de l'action pénale; elle doit plutôt être mise en relation avec les règles concernant les rappels d'impôt fiscaux, qui ne peuvent être réclamés que si les procédures spéciales sont ouvertes dans des délais déterminés. Le délai de cinq ans est un délai de péremption ne pouvant être prolongé et qui n'est sauvegardé que par l'ouverture de la procédure en soustraction (ATF du 12 avril 1985 publié aux Archives 54, 578 et traduit à la RDAF 1987, 265). Ainsi, l'arrêté fédéral ne comporte aucun délai fixant la prescription absolue de la procédure en soustraction. Le Tribunal fédéral a considéré qu'il s'agissait d'une lacune qu'il convenait de combler par le juge, de la même manière que s'il agissait comme législateur, en appliquant les principes généraux du droit (ATF 112 Ia 263 consid. 5). Il a relevé que la nouvelle loi sur l'impôt fédéral direct prévoit pour la soustraction d'impôt consommée un délai de prescription de dix ans à compter de la fin de la période fiscale pour la quelle la taxation n'a pas été effectuée ou l'a été de façon incomplète (art. 184 al. 1 let. b LIFD) et que ce délai est interrompu par tout acte de procédure tendant à la poursuite de l'infraction; mais qu'il ne peut être prolongé de plus de la moitié de sa durée initiale (art. 184 al. 2 LIFD). La soustraction d'impôt se prescrit ainsi 15 ans après la fin de la période fiscale en question. Cette réglementation étant identique à celle prévue par la législation fédérale sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes, le Tribunal fédéral a estimé que le législateur se serait prononcé pour une solution semblable s'il avait voulu régler la prescription de la poursuite de l'action dans l'arrêté fédéral. Ainsi, pour combler la lacune de l'arrêté fédéral de 1940 sur la prescription absolue de l'action pénale, le Tribunal fédéral a estimé qu'il fallait retenir la solution du délai de 15 ans que le législateur a prévu à l'art. 185 al. 1 let. b LIFD pour l'impôt fédéral direct (ATF 119 Ib 311, spécialement 320, 323 consid. 4, aussi publié aux Archives 63, 307 et traduit à la RDAF 1995, 118). Pour la prescription absolue de la tentative de soustraction, la jurisprudence a aussi retenu le délai de 6 ans qui résulte de l'art. 184 al. 1 let. a LIFD pour les infractions commises avant son entrée en vigueur (ATF rendu le 10 août 1998 en la cause X c/ Administration cantonale des impôts de Nidwald, publié à la Revue fiscale 1998, 733).
bb) En résumé, la prescription relative du droit d'ouvrir la procédure pénale en soustraction reste régie par l'art. 134 AIFD, qui prévoit un délai de 5 ans plus favorable que le délai de 10 ans du nouveau droit (art. 184 al. 1 let. b LIFD) et la prescription absolue s'élève à 15 ans en application de la jurisprudence fédérale précitée (ATF 119 Ib 320-323 consid. 4). Pour la tentative de soustraction, le nouveau droit fixe la prescription relative du droit d'engager la poursuite pénale à quatre ans (art. 184 al. 1 let. a LIFD); ce délai est donc plus court que l'ancien délai de cinq ans; cependant, la loi fédérale définit de manière différente le point de départ du délai, qui court dès "la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la tentative de soustraction a été commise" alors que l'art. 134 AIFD fixait le délai de cinq ans après la clôture de la période de taxation en cause. Ainsi, lorsque que la clôture définitive de la procédure de taxation correspond avec la fin de la période de taxation en cause, la prescription relative de quatre ans du nouveau droit est plus favorable que celle de cinq ans fixée par l'arrêté fédéral; en revanche, si la clôture définitive de la procédure intervient plus d'une année après la période de taxation en cause, l'ancien droit reste plus favorable au contribuable.
b) En l'espèce, pour la première période de taxation qui entre en ligne de compte (1987-1988), la procédure pénale en soustraction devait être ouverte avant le 1er janvier 1994 et le délai de prescription absolu arrive a échéance au 1er janvier 2004. Ces délais sont respectés en l'espèce dès lors que le premier avis d'ouverture de l'enquête en soustraction a été adressé à la société recourante en 1992. Pour les tentatives de soustraction concernant les périodes fiscales 1991-1992 et 1993-1994, le délai de prescription de 6 ans commence à courir à partir de la "clôture définitive de la procédure au cours de laquelle (...) la tentative de soustraction a été commise" (art. 184 al. 1 let. a LIFD). Les décisions de taxation provisoires prises en 1991 et en 1992 ne peuvent être assimilées à une clôture définitive de la procédure de taxation, qui s'est poursuivie dans le cadre de l'enquête en soustraction ouverte dès le mois de mai 1992. Seule la décision attaquée du 7 octobre 1997 peut être assimilée à une clôture définitive de la procédure de taxation relative aux périodes fiscales 1991-1992 et 1993-1994. Le délai de la prescription absolue de 6 ans arrive ainsi à échéance en octobre 2003 et il est donc aussi respecté. En ce qui concerne la prescription relative; le délai de cinq ans de l'art. 135 AIFD est plus favorable à la société recourante; il arrive à échéance le 1er janvier 1998 pour la période fiscale 1991-1992; il est respecté par l'envoi de l'avis de l'ouverture de l'enquête en 1992 et par les mesures d'instruction ordonnées en 1993.
6. a) La nouvelle loi fédérale sépare la procédure concernant le rappel d'impôt (art. 151 à 153 LIFD) de celle relative à la poursuite d'infractions à caractère pénal (art. 174 à 185 LIFD). Cette différence se justifie par le fait que la nature des créances en jeu est différente. L'amende réprimant la soustraction fiscale selon l'art. 129 AIFD ou l'art. 175 LIFD est une sanction de caractère pénal alors que le rappel est une prétention fiscale comparable à la créance primitive d'impôt. Il s'agit en effet de prélever au cours d'une nouvelle taxation les impôts qui n'ont pas été perçus à tort. Le rappel d'impôt est une révision en faveur du fisc de la décision de taxation entrée en force et n'a pas de caractère pénal (ATF 121 II 265 consid. 4b). Ainsi, l'assujettissement au rappel d'impôt se détermine toujours selon le droit qui était en vigueur pendant la période fiscale sur laquelle porte le rappel et non pas selon le droit le plus favorable au contribuable (ATF rendu le 8 mai 1998 en la cause A.X. c/ l'Administration fiscale du canton de Berne, traduit à la RDAF 1999, 543, consid. 1b 546-547).
b) L'arrêté fédéral de 1940 ne prévoyait pas la possibilité de réviser les décisions de taxation en force et définitives; mais cette possibilité avait été admise par le Tribunal fédéral comme un droit déduit de l'ancien art. 4 aCst., notamment lorsque la révision intervenait sur l'initiative de l'autorité de taxation au détriment du contribuable même en l'absence d'une base légale expresse (ATF 78 I 200 consid. 1, 87 I 178-179 consid. 3, RDAF 1971 p. 110 ss); cette solution se justifiait notamment par rapport aux règles applicables à la révision des arrêts du Tribunal fédéral, posées aux art. 136 et 137 OJ (ATF 111 Ib 210-211 consid. 1, 105 Ib 251-252 consid. 3a,103 Ib 88 consid. 1; voir aussi G. Steinmann, Die Revision im Wehrsteurrecht, in Revue fiscale n° 34 p. 194 ss ainsi que H. Masshardt et F. Gendre, Commentaire IDN 1980, p. 434). Par ailleurs, l'arrêté fédéral liait la procédure de répression de l'infraction à celle de la perception de l'impôt soustrait, ce qui résultait expressément des art. 129 al. 2 AIFD ("... est passible d'une amende allant jusqu'à quatre fois le montant soustrait. Ce montant doit être payé en plus de l'amende."), 132 al. 2 AIFD ("...l'Administration cantonale ... fixe le montant de l'amende et de l'impôt et notifie sa décision au contrevenant...") et 135 AIFD ("Pour la perception des montants soustraits et des amendes..."). Cette relation étroite entre le rappel de l'impôt soustrait et le prononcé de l'amende pour soustraction fiscale avait amené le Tribunal fédéral à considérer que le rappel ne pouvait être ordonné que si tous les éléments constitutifs de l'infraction fiscale, notamment l'élément subjectif de la faute, étaient réalisés (ATF du 21 janvier 1983 rendu en la cause G c/ canton de St Gall consid. 2, publié aux Archives 52, 454 et traduit à la RDAF 1984, 282; voir aussi l'ATF du 29 septembre 1986 publié aux Archives 57, 218 et traduit à la RDAF 1989, 429).
c) Ainsi, pour déterminer si les rappels d'impôt concernant les taxations définitives des périodes fiscales 1987-1988 et 1989-1990 se justifient, il convient d'examiner si les reprises contestées réalisent tous les éléments constitutifs de la soustraction fiscale.
7. a) L'art. 129 al. 1 AIFD définit l'infraction de soustraction fiscale de la manière suivante : Celui qui se soustrait totalement ou partiellement à l'impôt pour la défense nationale en éludant les obligations qui lui incombent selon les art. 82 à 87, 89, 91 et 97 dans la procédure de taxation, de réclamation de recours ou d'inventaire (let. a) ou en celant des éléments essentiels à la détermination de l'existence ou de l'étendue de l'obligation fiscale ou en donnant, intentionnellement ou par négligence, des indications inexactes (let. b), est passible d'une amende allant jusqu'à quatre fois le montant soustrait; ce montant devant être payé en plus de l'amende. La tentative de soustraction est définie par l'art. 131 al. 2 AIFD : S'il apparaît, au cours de la procédure de taxation, d'inventaire, de réclamation ou de recours, que le contribuable, en vue d'obtenir une taxation moins élevée ou un inventaire insuffisant, a donné des indications inexactes ou incomplètes ou a tenté en produisant des documents faux, falsifiés ou inexacts, d'induire en erreur, sur des éléments essentiels à la détermination de l'existence ou de l'étendue de son obligation fiscale, les autorités chargées de fixer le montant de l'impôt pour la défense nationale, l'amende sera de 20 à 20'000 fr.
b) Dans une circulaire du 28 mai 1958, qui a fait l'objet d'une édition complémentaire en 1987, l'Administration fédérale des contributions a édicté des "Instructions concernant la poursuite et la répression de la soustraction d'impôt consommée, de la tentative de soustraction et d'autres infractions". Selon ces instructions, l'état de fait de la soustraction fiscale est réalisé lorsque les trois éléments suivants sont réunis : Il faut tout d'abord la soustraction d'un montant d'impôt; c'est à dire une taxation insuffisante par rapport aux exigences de l'arrêté fédéral ou l'absence même d'une taxation qui aurait dû intervenir (1ère condition); ensuit que l'insuffisance de la taxation ou l'absence de taxation soit imputable à la violation d'une obligation imposée au contribuable par l'arrêté fédéral (2ème condition), et qu'il s'agisse d'une violation fautive, c'est-à-dire commise intentionnellement ou par négligence (3ème condition). La première et la seconde conditions (éléments objectifs de l'infraction) sont remplies lorsqu'une partie du revenu et de la fortune pour les personnes physiques ou du bénéfice et du capital pour les personnes morales échappe à l'impôt à la suite de l'omission de déclarer des revenus, des recettes ou des prestations dans les déclarations d'impôt concernant les périodes fiscales en cause. La troisième condition (élément subjectif de l'infraction) est celle de la faute.
c) La condition de la faute ou de la culpabilité, c'est à dire de l'intention ou de la négligence, doit s'analyser selon les dispositions générales du code pénal, applicables en vertu de l'art 333 al. 1 CP; cette disposition prévoit en effet que les dispositions générales du code pénal sont applicables aux infractions prévues par d'autres lois fédérales à moins qu'elles ne réglementent de manière particulière le domaine en question. L'art. 18 CP (applicable aux contraventions par le renvoi de l'art. 102 CP), précise que l'auteur commet intentionnellement une infraction s'il la commet avec conscience et volonté (al. 2) et la commet par négligence si, par une imprévoyance coupable, il agit sans se rendre compte ou sans tenir compte des conséquences de son acte; l'imprévoyance est coupable lorsque l'auteur de l'acte n'a pas usé des précautions commandées par les circonstances et par sa situation personnelle (al. 3).
d) La jurisprudence a précisé que la preuve du caractère intentionnel d'une soustraction incombe à l'autorité fiscale. Mais cette preuve est facilitée par la présomption que celui qui agit avec conscience, agit aussi avec volonté. La preuve du caractère intentionnel de la soustraction est censée être apportée lorsqu'il est établi de manière suffisamment certaine que le contribuable était conscient du caractère inexact ou incomplet de sa déclaration. Le contribuable accepte ainsi de tromper l'autorité fiscale en vue d'obtenir une taxation inférieure (ATF 114 Ib 29-30 consid. 3a). L'autorité ne peut d'ailleurs effectuer une vérification approfondie de toutes les déclarations qu'elle reçoit et elle doit aussi partir de l'idée que le contribuable exécute correctement ses obligations; le principe de la bonne foi ne concerne en effet pas uniquement l'activité de l'Etat mais également les particuliers en les invitant aussi à agir de bonne foi (André Grisel, Traité de droit administratif vol. I p. 389). Ainsi, la jurisprudence admet que celui qui remet une déclaration d'impôt établie par exemple sur la base d'une comptabilité incomplète et a connaissance de ce défaut a aussi, selon l'expérience de la vie, rempli sa déclaration d'impôt de manière incomplète dans l'intention de payer moins d'impôts (ATF 114 Ib 30 consid. 3b). Pour apprécier la négligence, la jurisprudence et la doctrine posent des exigences sévères quant à la prévoyance requise, c'est-à-dire aux mesures de précautions commandées par les circonstances selon l'art. 18 al. 3 CP. Si le contribuable a un doute concernant ses obligations fiscales et la manière de remplir sa déclaration d'impôt, il doit faire en sorte de lever ce doute ou au moins d'en informer l'autorité fiscale (arrêt de la Commission cantonale de recours en matière d'impôt du canton de Fribourg du 14 avril 1989, publié à la RDAF 1991, 288 consid. 4b et les références citées).
e) Lorsqu'un contribuable ne remplit pas lui-même sa déclaration d'impôt, mais la soumet à un représentant contractuel, la soustraction commise par ce dernier est imputée au contribuable, à moins qu'il ne prouve qu'il n'aurait pas été en mesure d'empêcher l'acte ou d'en faire disparaître les effets (ATF 89 I 405; ATF du 6 février 1970 publié aux Archives 39 p. 258). En effet, le contribuable agit par négligence lorsqu'il signe les déclarations d'impôt que sa fiduciaire lui présente, sans aucun contrôle et sans se préoccuper de ses affaires fiscales, dans la mesure où il est à même de constater qu'elles étaient incomplètes et d'en empêcher les effets (Revue fiscale 1991, p. 355 et Archives, 60, 259). Même lorsque le mandataire adresse la déclaration d'impôt à l'autorité fiscale sans la faire signer ni même la montrer au contribuable, ce dernier n'est pas déchargé de ses obligations fiscales et il doit aussi assumer la responsabilité du fait des auxiliaires qu'il met en oeuvre (voir art. 101 CO). En particulier, il incombe au contribuable d'informer la fiduciaire qu'il mandate sur tous ses revenus ainsi que sur toutes les opérations inhabituelles afin qu'elle soit à même de remplir correctement la déclaration d'impôt (ATF rendu le 30 juin 1999 en la cause AFC c/ X publié à la RDAF II 1999, 535). Ainsi, le contribuable qui ne vérifie pas si la déclaration d'impôt remplie par son épouse ou un autre représentant mentionne bien tous ses revenus commet une soustraction d'impôt par négligence lorsqu'une partie de ses revenus provenant d'une activité accessoire, des intérêts d'un compte bancaire ou des indemnités forfaitaires dépassant les frais effectifs de déplacement, n'est pas déclarée (ATF rendu le 8 mai 1998 en la cause A.X. c/ Administration fiscale du canton de Berne traduit à la RDAF 1999, 543).
f) Les éléments constitutifs de la soustraction d'impôt et de la tentative de soustraction prévus par le nouveau droit fédéral aux art. 175 et 176 LIFD sont similaires à ceux définis par l'arrêté fédéral. Comme l'art. 129 al. 1 AIFD, l'art. 175 al. 1 LIFD vise le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète. Dans les deux cas le contribuable n'exécute pas les obligations qui lui incombent pour déclarer un fait constitutif d'un prélèvement d'impôt et il doit agir soit intentionnellement, avec conscience et volonté, soit par négligence (ATF du 10 juin 1998 rendu en la cause Administration fiscale du canton de Berne c/ X, traduit à la RDAF 1999, 555). En outre, l'art. 176 LIFD réprime de la même manière que l'art 131 al. 2 AIFD la tentative de soustraction en prévoyant que celui qui tente de se soustraire à l'impôt sera puni de l'amende. En revanche une différence notable apparaît en ce qui concerne la fixation de la peine. L'art. 129 al. 1 AIFD prévoit une amende pouvant aller jusqu'à quatre fois le montant soustrait et les instructions de l'Administration fédérale des contributions, révisées en 1987, comprennent un barème fixant les coefficients par rapport au montant soustrait en fonction de la proportion en pour-cent entre l'impôt soustrait et l'impôt dû selon le tableau suivant :
Rapport en pour-cent entre l'impôt soustrait et l'impôt total dû Montant de l'amende en pour-cent du montant de l'impôt soustrait jusqu'à et y compris 10% 100% de plus de 10 % jusqu'à et y compris 20% 110% de plus de 20 % jusqu'à et y compris 30% 120% de plus de 30 % jusqu'à et y compris 40% 130% de plus de 40 % jusqu'à et y compris 50% 140% de plus de 50 % jusqu'à et y compris 60% 150% de plus de 60 % jusqu'à et y compris 70% 160% de plus de 70 % jusqu'à et y compris 80% 170% de plus de 80 % jusqu'à et y compris 90% 185% de plus de 90 % 200% max. 400%
Les instructions précisent que lorsque le montant soustrait ne dépasse pas 500 fr. l'amende ne doit pas en principe dépasser 100% du montant de l'impôt soustrait. Elles indiquent en outre que l'amende doit être fixée en tenant compte des circonstances de nature à atténuer ou à aggraver la sanction. L'amende pouvant ainsi être augmentée jusqu'à concurrence de 400% du montant soustrait ou ramenée en dessous de 100% de ce montant. L'art. 175 al. 2 LIFD fixe une fourchette différente en prévoyant que l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait (coefficient 1) et en permettant une réduction jusqu'au tiers de ce montant en cas de faute légère (coefficient 0.33) et une aggravation jusqu'au triple de l'impôt soustrait si la faute est grave (coefficient 3). Pour la tentative, l'art. 131 al. 2 AIFD prévoit une amende pouvant aller de 20 à 20'000 fr. alors que l'art. 176 al. 2 LIFD fixe une proportion de deux tiers de la peine qui serait infligée pour une soustraction consommée, commise intentionnellement, ce qui détermine un minimum de l'amende au deux tiers du tiers du montant qui serait fixé en application de l'art. 175 al. 2 LIFD.
g) La nouvelle loi fédérale sur l'impôt fédéral direct ne comporte pas de dispositions transitoires en ce qui concerne le droit pénal fiscal. Il faut donc se référer aux disposions générales du code pénal qui s'appliquent aux contraventions par le renvoi des art. 333 al. 1 et 102 CP, en particulier à l'art. 2 al. 2 CP. Cette disposition pose le principe de la loi la plus favorable (lex mitior) dans les termes suivants : "Le présent code est aussi applicable aux crimes et aux délits commis avant la date de son entrée en vigueur, si l'auteur n'est mis en jugement qu'après cette date et si le présent code lui est plus favorable que la loi en vigueur au moment de l'infraction". Le juge doit rechercher concrètement quelle est la disposition qui abouti à un résultat le plus favorable à l'auteur. A cet égard, le Tribunal fédéral a constaté que le barème de l'art. 175 al. 2 LIFD n'était pas dans tous les cas plus favorable à celui de l'art. 129 al. 1 AIFD. En effet, lorsque l'impôt soustrait est peu important et si la faute n'est que légère, l'art. 175 al. 2 LIFD ne permet de réduire l'amende que jusqu'au tiers du montant soustrait alors que l'art. 129 al. 1 AIFD ne fixe pas de minimum (ATF précité du 10 juin 1998 traduit à la RDAF 1999, p. 555).
8. a) L'impôt fédéral dû par les sociétés anonymes comprend notamment un impôt sur le rendement net (art. 48 let a AIFD). L'art. 49 al. 1 AIFD précise que le calcul du rendement net englobe le solde du compte de profits et pertes, comprenant notamment tous les prélèvements opérés avant le calcul du solde du compte de profits et pertes qui ne servent pas à couvrir des frais généraux autorisés par l'usage commercial, par exemple, les frais d'acquisition et d'amélioration de biens, les versements au capital social et les libéralités en faveur de tiers (let. b), ainsi que les amortissements et les réserves d'amortissements non autorisés par l'usage commercial (let. c). Selon la jurisprudence, la notion de libéralités en faveur de tiers comprend notamment les prestations appréciables en argent faites par la société, sans contre prestation, à ses actionnaires, aux membres de l'administration ou à d'autres organes, ou encore à toute personne la ou les touchant de près et qu'elle n'aurait pas faite dans les mêmes circonstances à des tiers non participants (ATF 119 Ib 119 consid. 2).
b) En l'espèce, l'examen effectué par le tribunal pour les reprises ordonnées en vertu du droit cantonal est également valable pour l'impôt fédéral direct. Seuls les acomptes versés peuvent faire l'objet d'une reprise alors que les soldes de factures comprenant la majoration de 30% représentent pour la société anonyme et les recourants des pertes qui auraient dû de toute manière être comptabilisées ne pouvaient être prises en considération dans le calcul du bénéfice ou du revenu. Les décisions de l'autorité intimée concernant ces éléments doivent donc être modifiées pour tenir compte de cet élément.
c) La recourante conteste également la quotité des amendes pour la période fiscale 1991-1992 et 1993-1994 ainsi que le principe de l'amende pour la période fiscale 1995. Les constatations faites pour les amendes prononcée en vertu du droit cantonal sont également valables pour celles du droit fédéral. Les éléments constitutifs objectifs et subjectifs de la soustraction fiscale sont réalisés uniquement en ce qui concerne les acomptes. L'autorité intimée a retenu un coefficient de 99% du montant de la reprise d'impôt pour fixer l'amende de la période fiscale 1991-1992. Pour la période fiscale 1993-1994 un coefficient de 100% a été retenu. Enfin, pour la période fiscale 1995, le montant de l'amende, pour tentative de soustraction fiscale est fixé à 3'700 fr. pour une reprise d'impôt de 5'646 fr. 95.
Le coefficient retenu pour la période fiscale 1991-1992 est conforme à la situation effective et en particulier à la faute retenue contre les organes de la société recourante qui n'ont pas annoncé dans leurs déclarations d'impôt et lors du premier contrôle fiscal les acomptes versés. Les coefficients à fixer pour les périodes fiscales 1993-1994 doivent être nuancés dès lors que seuls les acomptes non déclarés peuvent faire l’objet d’une reprise de sorte que le montant du rappel d’impôt est moins élevé. La décision doit ainsi être annulée pour tenir compte d'une reprise d'impôt portant sur les seuls acomptes versés pour les périodes fiscales concernées. La reprise d'impôt pour la période 1995 doit également être annulée pour ce motif étant précisé que le coefficient retenu pour l'amende est conforme à la proportion des 2/3 prévue par l'art. 176 LIFD.
II. RECOURS DE M. ET MME X._
9. Dans les deux recours concernant à la fois l'impôt cantonal et communal et l'impôt fédéral, les recourants soulèvent les mêmes griefs que ceux formulés à l'encontre des décisions concernant la société X._ SA.
a) Les principes applicables au rappel d'impôt et au prononcé d'amende pour soustraction fiscale en droit fédéral et en droit cantonal ont été exposé dans le cadre de l'examen du recours de la société X._ SA. Ces principes sont également applicables aux reprises d'impôts et aux prononcés d'amendes concernant les recourants M. et Mme X._ de sorte qu'il n'est pas nécessaire d'y revenir.
b) En ce qui concerne la prescription, pour l'impôt cantonal et communal, le délai de prescription absolu de 12 ans arrive à échéance le 1er janvier 2005. Le délai de la prescription relative de 4 ans concernant le droit de taxer a valablement été interrompu par l'avis d'ouverture de la procédure en soustraction fiscale le 30 novembre 1992 et les avis d'interruption de la prescription des 22 juin 1993, 1er décembre 1993, 5 décembre 1994 et 27 juin 1995, ainsi que par les différentes mesures d'instruction réalisées en 1996 concernant les trois promotions immobilières en cours. En ce qui concerne l'impôt fédéral, le délai de prescription absolu de 15 ans applicable à la première période fiscale en cause 1987-1988, arrive à échéance au 31 décembre 2003. Le délai de prescription relatif de 5 ans du droit de taxer a valablement été interrompu par l'avis d'ouverture de la procédure en soustraction fiscale du 30 novembre 1992, et ensuite par les avis d'interruption notifiés ultérieurement les 22 juin 1993, 1er décembre 1993 et 5 décembre 1994 ainsi que 27 juin 1995. En outre, la décision de taxation du 19 mai 1998, la décision sur réclamation du 19 octobre 1998 ainsi que l'audience tenue devant le Tribunal administratif le 10 avril 2000 ont également interrompu le délai de prescription de 5 ans.
En ce qui concerne l'exigence particulière de la prescription de l'action pénale en droit cantonal, l'avis d'interruption de la prescription du 13 décembre 1996 a été validée en 1997 par différentes mesures d'instruction notamment une demande de production de pièces du 23 juillet 1997 et l'organisation d'une séance le 29 septembre 1997.
c) L'examen effectué dans le cadre de la société est également applicable à l'actionnaire. Les reprises effectuées sur le rabattement conjoncturel de 30% ainsi que sur les soldes de factures ne se justifient pas dès lors que les montants concernés correspondent aux pertes subies par l'opération de promotion immobilière et admises dans le calcul du gain immobilier. Seules les reprises concernant les acomptes avec la majoration de 10% pour le droit cantonal et communal se justifient, le coefficient de l’amende appliqué à la société pour le droit fédéral pouvant également être retenu pour l'actionnaire.
10. Il résulte des explications qui précèdent que les recours doivent être partiellement admis et les décisions attaquées annulées en ce qui concerne les reprises effectuées auprès de la société et de l'actionnaire en droit fédéral ainsi qu'en droit cantonal et communal, qui doivent être modifiées afin de ne pas prendre en considération les soldes de factures avec la majoration de 30 % . En ce qui concerne les prononcés d’amende, seuls les montants fixés pour la période fiscale 1991-1992 peuvent êtres maintenus, les prononcés d’amende pour les périodes fiscales ultérieures devant être adaptés aux montants soustraits.