Decision ID: b7975c9c-1f40-5a8e-8349-9ebe04d21d3f
Year: 2009
Language: de
Court: CH_BVGE
Chamber: CH_BVGE_001
Canton: CH
Region: Federation
Law Area: 

Sachverhalt:
A. Die A._AG bezweckt insbesondere den Betrieb einer mechanischen Werkstätte und den Handel mit Produkten der Landtechnik (vgl. Handelsregisterauszug). Sie ist seit dem 1. Januar 1995 im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen bei der  Steuerverwaltung (ESTV) eingetragen.
B. Vom 3. bis 6. sowie am 10. Juni 2003 führte die ESTV bei der A._AG eine Kontrolle durch. In der Folge forderte die ESTV von dieser u.a. mit der Ergänzungsabrechnung (EA) Nr. 233'578 vom 10. Juni 2003 für das 1. Quartal 1998 bis 4. Quartal 2000 Fr. 42'736.-- zuzüglich Verzugszins nach. Diese Nachforderung resultierte, da – gemäss Angaben der ESTV – auf den margenbesteuerten  teilweise auf die Steuer hingewiesen worden sei.
C. Mit Schreiben vom 3. September 2003 forderte die A._AG einen anfechtbaren Entscheid. Sie brachte vor, dass es sich um einen blossen Formfehler handle. Der Revisor habe ihr bestätigt, dass die Steuerverwaltung nicht geschädigt worden sei, da ihre Kunden nicht steuerpflichtig seien. Diese hätten somit keine Vorsteuer in Abzug bringen können. Auf den Rechnungen habe sie den Hinweis „“ angebracht und zusätzlich den Mehrwertsteuersatz . Ihre finanzielle Lage sei sehr angespannt. Die  würde dazu führen, dass sie ihre Bilanz deponieren müsste. In der Folge erliess die ESTV am 2. Oktober 2003 einen Entscheid nach Art. 63 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 2. September 1999 über die Mehrwertsteuer (MWSTG, SR 641.20), in dem sie ihre Nachforderung bestätigte.
D. Am 8. Oktober 2003 erhob die A._AG Einsprache gegen den Entscheid der ESTV vom 2. Oktober 2003. Sie machte insbesondere wiederum geltend, dass die ESTV die Steuern vollständig erhalten habe. Es handle sich um einen Formfehler und die Nachforderung sei ungerechtfertigt. Mit Schreiben vom 6. Dezember 2005 forderte die ESTV die A._AG auf, die fraglichen Rechnungen im Original einzureichen. Die A._AG antwortete am 12. Dezember 2005
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und sandte der ESTV sechs Rechnungen in Kopie zu. Am 24. Januar 2006 reichte sie noch die restlichen Rechnungen in Kopie ein. Auf erneute Aufforderung der ESTV vom 27. September 2006 reichte sie schliesslich am 31. Oktober 2006 die verlangten Originalfakturen für das Jahr 2000 ein.
E. Mit Einspracheentscheid vom 22. November 2006 hiess die ESTV die Einsprache im Umfange von Fr. 14'045.-- gut, wies sie im Übrigen aber ab. Sie erkannte, dass die A._AG ihr für das 1. Quartal 1998 bis 4. Quartal 2000 Fr. 28'691.-- Mehrwertsteuer zuzüglich Zins schulde. Zur Begründung führte sie im Wesentlichen aus, dass die Rechnungen der Jahre 1998 und 1999 einen Hinweis auf die Mehrwertsteuer enthielten und deshalb die Differenzbesteuerung nicht möglich sei bzw. die Regelbesteuerung zur Anwendung gelange. Insoweit sei die Nachforderung somit zu Recht erfolgt. Die Rechnungen des Jahren 2000 enthielten demgegenüber – mit einer Ausnahme – widersprüchliche Angaben. Einerseits enthielten sie einen Hinweis auf die Steuer, andererseits auch den Vermerk „margenbesteuert“. Unter Berücksichtigung von Art. 14 Abs. 2 der Verordnung vom 29. März 2000 zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer (MWSTGV, SR 641.201) könne bei diesen in sich widersprüchlichen Rechnungen, mit Ausnahme einer Rechnung, die einen steuerpflichtigen Rechnungsadressaten aufweise, die  erfolgen. Insoweit hiess sie die Einsprache gut.
F. Am 20. Dezember 2006 führte die A._AG (Beschwerdeführerin) Beschwerde gegen den Einspracheentscheid der ESTV vom 22. November 2006 bei der Eidgenössischen Steuerrekurskommission (SRK). Sie stellte folgende Begehren: „Die A._AG ist von der Nachbelastung bzw. Nachforderung der MWST für die Zeit vom 1. Quartal 1998 bis 4. Quartal 2000 vollständig zu befreien. Für den Mehraufwand ist eine Parteientschädigung auszurichten.“ Zur  führte sie im Wesentlichen aus, dass sie sich redlich bemüht habe, die Mehrwertsteuer korrekt abzuwickeln. So habe sie nebst mündlichen auch schriftliche Anfragen an die ESTV gerichtet. Auskünfte habe sie jedoch – wenn überhaupt – nur mit grosser Verzögerung erhalten. Es treffe zu, dass sie auf den  den MWST-Satz festgehalten habe. Doch all ihre Kunden seien Landwirte gewesen, welche die Vorsteuer ohnehin nicht in Abzug
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bringen konnten. Es sei also nicht zu einem Steuerausfall gekommen. Im Weiteren sei die Margenbesteuerung erst im Jahr 1998 eingeführt worden und sie sei in der Anfangsphase besonders gefordert gewesen. Sie habe sich um eine korrekte Behandlung der Mehrwertsteuerung bemüht und zu diesem Zweck von einem Teil der Kunden schriftliche Bestätigungen zur Anpassung der Rechnungen eingeholt. Die übrigen Kunden seien mündlich orientiert worden. Nach ihrer Ansicht seien die Voraussetzungen von Art. 14 Abs. 2 MWSTGV erfüllt und die Margenbesteuerung deshalb zuzulassen. Sie fühle sich durch den Einspracheentscheid zu Unrecht bestraft. Sie stehe in einem branchenbedingt schwierigen Umfeld und habe nach allen Regeln der Kunst die Mehrwertsteuer korrekt abgeliefert.
G. In ihrer Vernehmlassung vom 30. April 2007 schliesst die ESTV auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde. Der zuständige Inspektor habe mehrfach beteuert im Anhang der EA Nr. 233'578 ausschliesslich Positionen aufgelistet zu haben, bei denen er anlässlich der Kontrolle im Juni 2003 eindeutig eine offen ausgewiesene Steuer festgestellt habe. Im Rahmen des laufenden Steuerjustizverfahrens habe die Beschwerdeführerin – beschränkt auf das Jahr 2000 – plötzlich Unterlagen eingereicht, auf denen kein Hinweis auf die  (mehr) zu finden sei. Auch wenn das Wort „“ offensichtlich nicht dieselbe Maschinenschrift aufweise wie der restliche Text der eingereichten Rechnungen, habe die ESTV im Sinne eines Entgegenkommens und in Würdigung der Umstände des Einzelfalls überwiegend zu Gunsten der Beschwerdeführerin . Einzig in Bezug auf die Fakturen „X._“ (kein in sich widersprüchlicher Beleg) und „Y._“ (steuerpflichtige Rechnungsadressatin) habe keine Gutschrift erfolgen können.
Auf die Eingaben der Parteien wird – soweit entscheidwesentlich – im Rahmen der nachfolgenden Erwägungen eingegangen.

Das Bundesverwaltungsgericht zieht in Erwägung:
1. 1.1 Gemäss Art. 31 des Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG, SR 173.32) beurteilt das Bundesverwaltungsgericht Beschwerden gegen Verfügungen nach Art. 5 des Bundesgesetzes vom 20. De-
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zember 1968 über das Verwaltungsverfahren (VwVG, SR 172.021), sofern keine Ausnahme nach Art. 32 VGG gegeben ist. Eine solche liegt nicht vor und die Vorinstanz ist eine Behörde im Sinne von Art. 33 VGG. Das Bundesverwaltungsgericht ist daher für die Beurteilung der vorliegenden Beschwerde zuständig. Es übernimmt die Beurteilung der Ende 2006 bei der SRK hängigen Rechtsmittel und wendet das neue Verfahrensrecht an (Art. 53 Abs. 2 VGG).
1.2 Das Bundesverwaltungsgericht kann den angefochtenen  grundsätzlich in vollem Umfang überprüfen. Die Beschwerdeführerin kann neben der Verletzung von Bundesrecht (Art. 49 Bst. a VwVG) und der unrichtigen oder unvollständigen Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes (Art. 49 Bst. b VwVG) auch die Rüge der Unangemessenheit erheben (Art. 49 Bst. c VwVG; ANDRÉ MOSER/MICHAEL BEUSCH/LORENZ KNEUBÜHLER, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Basel 2008, Rz. 2.149 ff.; ULRICH HÄFELIN/GEORG MÜLLER/FELIX UHLMANN, Allgemeines Verwaltungsrecht, 5. Aufl., Zürich 2006, Rz. 1758 ff.).
1.3 Das Verfahren vor der ESTV wie auch jenes vor dem  wird von der Untersuchungsmaxime beherrscht. Danach muss die entscheidende Behörde den rechtlich relevanten Sachverhalt von sich aus abklären und darüber ordnungsgemäss Beweis führen. Hat eine der Untersuchungsmaxime unterworfene Behörde den Sachverhalt nicht von Amtes wegen abgeklärt oder hat sie dies nur unvollständig getan, so bildet das einen Beschwerdegrund nach Art. 49 Bst. b VwVG (statt vieler: Urteile des  A-1624/2006 vom 4. November 2008 E. 1.3, /2007 vom 29. Januar 2008 E. 1.2; MOSER/BEUSCH/KNEUBÜHLER, a.a.O., Rz. 1.49 ff.).
1.4 Gemäss Art. 61 Abs. 1 VwVG entscheidet die Beschwerdeinstanz in der Sache selbst oder weist diese ausnahmsweise mit verbindlichen Weisungen an die Vorinstanz zurück. Ein solcher  rechtfertigt sich vor allem dann, wenn weitere Tatsachen festgestellt werden müssen und ein umfassendes Beweisverfahren durchzuführen ist (ALFRED KÖLZ/ISABELLE HÄNER, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2. Aufl., Zürich 1998, Rz. 694; MOSER/BEUSCH/KNEUBÜHLER, a.a.O., Rz. 3.194). Auch wenn der Rechtsmittelinstanz die Befugnis zusteht, weitere  vorzunehmen, soll in diesem Fall die mit den örtlichen
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Verhältnissen besser vertraute oder sachlich kompetentere Behörde über die Angelegenheit des Beschwerdeführers entscheiden. Diese Methode wahrt das Prinzip der Garantie des doppelten , da die Beschwerdeführerin den aufgrund der Rückweisung getroffenen neuen Entscheid der Vorinstanz wiederum mit allen zulässigen Rechtsmitteln anfechten kann (zum Ganzen: Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-7512/2006 vom 23. August 2007 E. 6.1, A-1363/2006 vom 30. Mai 2007 E. 1.3).
1.5 Am 1. Januar 2001 sind das MWSTG sowie die zugehörige Verordnung (MWSTGV) in Kraft getreten. Der zu beurteilende Sachverhalt bezieht sich auf die Jahre 1998 bis 2000, so dass auf die vorliegende Beschwerde noch das damalige Recht der Verordnung vom 22. Juni 1994 über die Mehrwertsteuer (MWSTV, AS 1994 1464) anwendbar ist (Art. 93 und 94 MWSTG).
2. 2.1 Nach dem im Mehrwertsteuerrecht geltenden  (Art. 37 f. MWSTV; vgl. ERNST BLUMENSTEIN/PETER LOCHER, System des schweizerischen Steuerrechts, 6. Aufl., Zürich 2002, S. 421 ff.) trägt die mehrwertsteuerpflichtige Person nach konstanter Rechtsprechung und Lehre die Verantwortung für die richtige und vollständige Versteuerung ihrer Umsätze (Urteile des Bundesgerichts 2C.356/2008 vom 21. November 2008 E. 3.2, vom 31. Mai 2002, veröffentlicht in Archiv für Schweizerisches Abgaberecht [ASA] 72 S. 727 ff. E. 1; Entscheid der SRK vom 5. Januar 2000, veröffentlicht in Verwaltungspraxis der Bundesbehörden [VPB] 64.83 E. 2 mit weiteren Hinweisen; DIETER METZGER, Kurzkommentar zum , Muri/Bern 2000, N 1 zu Art. 46). Die MWSTV stellt hohe  an den Steuerpflichtigen, indem sie ihm wesentliche, in anderen Veranlagungsverfahren der Steuerbehörde obliegende  überträgt. Er hat nicht nur selber zu bestimmen, ob er die Voraussetzungen für die Steuerpflicht erfüllt, sondern ist auch für die korrekte (vollständige und rechtzeitige) Deklaration und die Ablieferung der Steuer verantwortlich (Art. 34 ff. MWSTV). Gemäss  Rechtsprechung kann der Steuerpflichtige aufgrund des Selbstveranlagungsprinzips insbesondere nicht vorbringen, dass er die Verwaltungspraxis der ESTV nicht gekannt habe (Urteil des Bundesgerichtes 2A.320/2002 vom 2. Juni 2003 E. 4.2.2; Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1377/2006 vom 20. März 2007 E. 3.3).
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2.2 Der Mehrwertsteuer unterliegen u.a. die durch Steuerpflichtige im Inland gegen Entgelt erbrachten Lieferungen von Gegenständen und Dienstleistungen (Art. 4 Bst. a und b MWSTV).
2.2.1 Das Entgelt ist nicht nur Tatbestandsmerkmal der  relevanten Leistung, sondern bildet auch die , d.h. die Steuer wird vom Entgelt berechnet. Dazu gehört alles, was der Leistungsempfänger oder ein Dritter für ihn als Gegenleistung für die Leistung aufwendet. Die Gegenleistung umfasst auch den Ersatz aller Kosten, selbst wenn diese gesondert in Rechnung gestellt werden (Art. 26 Abs. 1 und 2 MWSTV). Nur jene Zuwendungen des Abnehmers gehören nicht zum steuerbaren Entgelt, die keinen ursächlichen Zusammenhang mit der steuerbaren Leistung aufweisen und ihren Rechtsgrund in einem selbstständigen, von der Leistung unabhängigen Leistungsaustauschverhältnis haben.  dem Wesen der Mehrwertsteuer als Verbrauchsteuer ist auch hier die Sicht des Verbrauchers massgeblich. So sieht denn das anwendbare Recht vor, zum Entgelt gehöre alles, was der Verbraucher für die Leistung aufwendet, und nicht etwa, was der Erbringer dafür erhält (Art. 26 Abs. 2 MWSTV). Begriff und Umfang des Entgelts definiert sich folglich aus der Optik des Abnehmers:  ist letztlich, was der Verbraucher (Abnehmer) bereit oder verpflichtet ist, für die erhaltene Leistung aufzuwenden bzw. um die Leistung zu erhalten (statt vieler: Urteile des  A-1567/2006 vom 28. Dezember 2007 E. 2.5, A-1386/2006 vom 3. April 2007 E. 2.3, mit Hinweisen auf die Rechtsprechung; DANIEL RIEDO, Vom Wesen der Mehrwertsteuer als allgemeine Verbrauchsteuer und von den entsprechenden Wirkungen auf das schweizerische Recht, Bern 1999, S. 96, 228; METZGER, a.a.O., S. 110 Rz. 3).
2.3 Verwendet ein Steuerpflichtiger Gegenstände oder  für steuerbare Ausgangsleistungen, so kann er in seiner Steuerabrechnung Vorsteuern für Lieferungen und Dienstleistungen gemäss Art. 29 Abs. 1 und 2 MWSTV abziehen.  ist der steuerpflichtige Leistungsempfänger einer Leistung, auf welcher die Vorsteuern abgezogen werden sollen (siehe RIEDO, a.a.O., S. 247, 251, 253; IVO P. BAUMGARTNER, in: mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Basel 2000, N. 13 zu Art. 38). Das Recht zum Vorsteuerabzug kann der Steuerpflichtige grundsätzlich nur bezüglich der ihm selbst durch einen anderen Steuerpflichtigen in Rechnung gestellten Mehrwertsteuer beanspru-
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chen (Urteile des Bundesverwaltunsgerichts A-1555/2006 vom 27. Juni 2008 E. 2.3.1, A-1394/2006 vom 3. Juni 2008 E. 2.1, A-1538/2006 vom 28. Mai 2008 E. 2.2 mit weiteren Hinweisen).
3. 3.1 Für den Handel mit gebrauchten Fahrzeugen enthält Art. 26 Abs. 7 MWSTV eine Sonderregelung. Hat der Steuerpflichtige ein  Motorfahrzeug für den Verkauf bezogen, so kann er für die Berechnung der Steuer auf dem Verkauf den Ankaufspreis vom Verkaufspreis abziehen, sofern er auf dem Ankaufspreis keine Vorsteuer abziehen durfte oder den möglichen Vorsteuerabzug nicht geltend gemacht hat (Art. 26 Abs. 7 MWSTV). Mit dieser Bestimmung wird die sogenannte Differenz- oder Margenbesteuerung geregelt. Bemessungsgrundlage für die Steuer auf dem Verkauf ist die Marge zwischen Verkaufs- und Einkaufspreis. In Abweichung von Art. 29 MWSTV tritt hierbei der Abzug des Ankaufspreises, der sog. Vorumsatzabzug, an die Stelle des Vorsteuerabzugs. Dadurch wird der Steuerpflichtige im Ergebnis so gestellt, als hätte er auf der Eingangsleistung die Vorsteuer abziehen können (vgl. Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1352/2006 vom 25. April 2007 E. 2.2). Insbesondere für Fälle, wo kein Vorsteuerabzug möglich ist (z.B. beim Erwerb von einem Nicht-Steuerpflichtigen), erweist sich die  für die Beteiligten im Allgemeinen günstiger, als wenn die Mehrwertsteuer, mit Recht auf Vorsteuerabzug, auf dem vollen Verkaufspreis berechnet wird, zumal sich bei voller Überwälzung der Steuer auch ein höherer Verkaufspreis ergeben würde (vgl. Urteil des Bundesgerichts 2A.416/1999 vom 22. Februar 2001 E. 4a). Der Steuerpflichtige kann aber nach seiner Wahl auch die  anwenden (Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-4072/2007 vom 11. März 2009 E. 4.3.1, A-1352/2006 vom 25. April 2007 E. 2.2).
3.2 Gemäss Art. 26 Abs. 7 MWSTV kann die Margenbesteuerung nur angewendet werden, wenn die gebrauchten Motorfahrzeuge zum Zweck des Wiederverkaufs bezogen worden sind. Damit es bei der Differenzbesteuerung zu keiner ungerechtfertigten  kommt, darf der Verkäufer gegenüber dem Käufer keine Steuer ausweisen. Deshalb bestimmt Art. 28 Abs. 4 MWSTV, dass der Steuerpflichtige, wenn er die Steuer auf dem Verkauf gebrauchter Motorfahrzeuge nach Art. 26 Abs. 7 MWSTV berechnet, weder in Preisanschriften, Preislisten oder sonstigen Angeboten noch in Rechnungen auf die Steuer hinweisen darf. Das gilt namentlich für
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Rechnungsstellungen. Denn mit dem Steuerausweis in der Rechnung erklärt der Aussteller dem Empfänger, dass er die ausgewiesene Mehrwertsteuer der ESTV abgeliefert hat oder noch abliefern wird. Die Rechnung dient dem Empfänger überdies dazu, die bezahlte  als Vorsteuer geltend zu machen (ALOIS CAMENZIND/NIKLAUS HONAUER/KLAUS A. VALLENDER, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz [MWSTG], Bern 2003, 2. Aufl., Rz. 1312; siehe auch Urteil des Bundesgerichts 2C_285/2008 vom 29. August 2008 E. 3.3 sowie BGE 131 II 185 E. 5 zum Grundsatz "fakturierte MWST gleich geschuldete MWST", der selbst dann gilt, wenn es sich beim Leistungsempfänger nicht um einen Steuerpflichtigen handelt). Laut Bundesgericht bildet Art. 28 Abs. 4 MWSTV nicht eine blosse Ordnungsvorschrift, sondern die notwendige Ergänzung zu Art. 26 Abs. 7 MWSTV und regelt mit diesem die Voraussetzungen für die Differenzbesteuerung. Art. 28 Abs. 4 MWSTV will bei den nach der Differenzmethode abgerechneten Geschäften einen Vorsteuerabzug wirksam verhindern (vgl. Urteil des Bundesgerichts 2A.416/1999 vom 22. Februar 2001 E. 6). Mit anderen Worten ausgedrückt, bildet Art. 28 Abs. 4 MWSTV grundsätzlich Gültigkeitsvorschrift für die Anwendung der Differenzbesteuerung (Urteil des Bundesgerichts 2A.546/2000 vom 31. Mai 2002 E. 2). Hat der Wiederverkäufer Art. 28 Abs. 4 MWSTV nicht befolgt und namentlich in der Kundenrechnung einen Hinweis auf die  angebracht, so ist die Differenzbesteuerung ausgeschlossen und es greift die Regelbesteuerung ein. Dieser strenge Formalismus rechtfertigt sich insbesondere, um Fehlern bei der Steuerabrechnung vorzubeugen (Urteil des Bundesgerichts 2A.546/2000 vom 31. Mai 2002 E. 2; Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-4072/2007 vom 11. März 2009 E. 4.3.3).
3.3 3.3.1 Nach neuem Verordnungsrecht ist nun ein gleichzeitiger Hinweis auf die MWST und die Margenbesteuerung nicht mehr unbedingt schädlich. Gemäss Art. 14 Abs. 2 Satz 2 MWSTGV (nur Satz 2 ist neu) wird die Margenbesteuerung trotzdem zugelassen, wenn erkennbar ist oder die steuerpflichtige Person nachweist, dass für den Bund kein Steuerausfall auf Grund dieses Mangels entstanden ist. Dieser  ist grundsätzlich von der steuerpflichtigen Person in schriftlicher Form zu erbringen, indem sie sich beispielsweise von ihren  schriftlich bestätigen lässt, dass diese keine Vorsteuern geltend gemacht haben bzw. machen werden. Von einem Nachweis der steuerpflichtigen Person kann nur dann abgesehen werden, wenn
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ohne Weiteres erkennbar ist, dass kein Steuerausfall entstanden ist (Praxismitteilung der ESTV vom 31. Oktober 2006 zur Behandlung von Formmängeln, S. 14).
3.3.2 Art. 14 Abs. 2 Satz 2 MWSTGV ist wie Art. 15a und 45a MWSTGV am 1. Juli 2006 in Kraft getreten und soll gleichermassen dem Formalismus in der Mehrwertsteuer entgegenwirken (siehe Praxismitteilung der ESTV vom 27. Oktober 2006, S. 14). Das  hat die Rückwirkung dieser neuen "" auf (zum Zeitpunkt ihrer Inkraftsetzung) bereits  Fälle (selbst unter dem Geltungsbereich der MWSTV) in  Weise bejaht (vgl. Urteile des Bundesverwaltungsgerichts /2006 vom 10. September 2007 E. 4.6 mit Hinweis auf BGE 133 II 153 E. 6.1, A-1352/2006 vom 25. April 2007 E. 4.1 und 4.2). Für den Anwendungsbereich der Margenbesteuerung bildet Art. 14 Abs. 2 MWSTGV in Bezug auf Art. 45a MWSTGV lex specialis (vgl. Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1483/2006 vom 16. Oktober 2007 E. 4.3.4.1, A-1466/2006 vom 10. September 2007 E. 4.5 in fine mit Hinweis auf BGE 133 II 153 E. 6.1).
3.4 Zusammenfassend hat der Steuerpflichtige, der mit gebrauchten Motorfahrzeugen handelt, somit die Möglichkeit, entweder den Vorsteuerabzug auf dem Ankaufspreis geltend zu machen und  den gesamten Wiederverkaufspreis als steuerbaren  zu deklarieren oder in Anwendung von Art. 26 Abs. 7 MWSTV auf einen Vorsteuerabzug auf dem Ankaufspreis zu verzichten und nur die Differenz zwischen Verkaufs- und Ankaufspreis der Umsatzsteuer zu unterwerfen (CAMENZIND/HONAUER/VALLENDER, a.a.O., Rz. 1429). Bei  der Margenbesteuerung ist jedoch (neben dem  als Grundvoraussetzung) auch jeglicher spätere  ausgeschlossen, da in der Rechnung ein Hinweis auf die Mehrwertsteuer unzulässig ist (vgl. zum Ganzen: Urteil des  A-1368/2006 vom 12. Dezember 2007 E. 4.2).
4. Im vorliegenden Fall verweigerte die ESTV der Beschwerdeführerin beim Verkauf von gebrauchten Motorfahrzeugen die  hinsichtlich der Fakturen der Jahre 1998 und 1999, da sie in diesen auf die Steuer hingewiesen und zudem keinen Hinweis auf die Margenbesteuerung angebracht habe, so dass nicht von in sich  Rechnungen im Sinn Art. 14 Abs. 2 MWSTGV
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auszugehen sei (E. 4.1.1). Zudem akzeptierte die ESTV ebenfalls bei zwei weiteren Rechnungen des Jahres 2000 die Margenbesteuerung nicht (E. 4.1.2) und rechnete die Differenz zur Regelsteuer auf. Nach Ansicht der Beschwerdeführerin erfüllen dagegen alle Rechnungen die Voraussetzungen von Art. 14 Abs. 2 MWSTV, da kein Steuerausfall entstanden sei und die Belege in sich widersprüchlich seien.
4.1 4.1.1 Die Kundenrechnungen der Jahre 1998 und 1999 enthalten unbestrittenermassen den Hinweis „MWST 6,5%“ bzw. „MWST 7,5%“ (vgl. amtl. Akten Nr. 8). Ein solcher Hinweis auf der Rechnung ist bei der Margenbesteuerung gemäss Art. 28 Abs. 4 MWSTV unzulässig (E. 3.2). Sie kann indessen nach Art. 14 Abs. 2 Satz 2 MWSTGV trotzdem zugelassen werden, wenn ein gleichzeitiger (und damit widersprüchlicher) Hinweis auf die MWST und die Margenbesteuerung vorgenommen worden ist sowie der Nachweis erbracht wurde, dass dem Bund kein Steuerausfall entstanden ist (E. 3.3.1). Bei den fraglichen Rechnungen liegt indessen kein Hinweis auf die Margenbesteuerung vor. An diesem Resultat vermögen auch die von der Beschwerdeführerin nachträglich eingeholten Bestätigungen von verschiedenen Kunden, dass die betreffenden Rechnungen falsche Angaben über die Mehrwertsteuer enthielten, nichts zu ändern (vgl. Beschwerdebeilage Nr. 17). Die nach der Rechnungsstellung erfolgten Bestätigungen können nicht beachtet werden, da Art. 14 Abs. 2 Satz 2 MWSTGV die widersprüchlichen Hinweise auf die Steuer und die Margenbesteuerung im selben Beleg verlangt. Eine nachträgliche Korrektur ist somit nicht ausreichend. Die entsprechende , deren Berechnung im Übrigen nicht bestritten ist, erfolgte damit zu Recht.
4.1.2 Hinsichtlich der zwei von der ESTV nicht akzeptierten  des Jahres 2000 ist zunächst festzuhalten, dass die Rechnung vom 27. März 2000 an X._ zwar auf die Steuer („inkl. MWST 7,5%“), nicht aber auf die Margebesteuerung hinweist und deshalb von vornherein die Voraussetzungen von Art. 14 Abs. 2 Satz 2 MWSTGV nicht erfüllt. Die entsprechende Nachforderung ist somit rechtens. Im Weiteren verweigerte die ESTV die Margenbesteuerung bei der Rechnung vom 12. Juni 2000, da der Rechnungsadressat (Y._) ein steuerpflichtiges Unternehmen sei. Bei dieser Rechnung gibt es indessen keinen Hinweis auf die MWST. Insoweit hat die Beschwerdeführerin somit Art. 28 Abs. 4 MWSTV eingehalten und die
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Margenbesteuerung kann erfolgen. Der Einwand der ESTV, dass der Hinweis „Margenbesteuert“ auf der Rechnung mit einer anderen  erstellt worden sei und der Revisor bei der Kontrolle (noch) eine offen ausgewiesene Steuer festgestellt habe, vermag zwar durchaus Zweifel zu wecken, ob die Rechnung nicht im Nachhinein verändert bzw. die zuvor ausgewiesene Steuer mit dem Begriff „Margenbesteuert“ überdeckt worden ist. Solche Mutmassungen  aber die von der ESTV vorgenommene Nachbelastung nicht. Hat die ESTV Zweifel an der Echtheit einer Rechnung, kann sie diese nicht einfach aus dem Recht weisen, sondern hat gemäss ihrer Untersuchungspflicht weitere Abklärungen zu treffen (vgl. E. 1.3; CAMENZIND/HONAUER/ VALLENDER, a.a.O., Rz. 1708). Naheliegenderweise kann sie die entsprechende Rechnung beim Rechnungsempfänger einverlangen und diese mit der vorliegend zweifelhaften Faktura vergleichen. Hinsichtlich der Nachforderung betreffend die Rechnung vom 12. Juni 2000, ausmachend Fr. 1'395.35 Mehrwertsteuer (7,5% von Fr. 20'000.-- brutto), ist der Einspracheentscheid deshalb  und die Sache an die ESTV zur näheren Abklärung zurückzuweisen (E. 1.4). Im Falle einer nachträglichen Manipulation der Rechnung wäre im Übrigen ein Strafverfahren einzuleiten.
4.2 Die Beschwerdeführerin wendet grundsätzlich ein, dass sie sich redlich bemüht habe, die Mehrwertsteuer korrekt abzuwickeln. So habe sie nebst mündlichen auch schriftliche Anfragen an die ESTV gerichtet. Antworten habe sie jedoch – wenn überhaupt – nur mit grosser Verzögerung erhalten. Als Beweismittel reichte sie das  der ESTV vom 12. Juni 2002 ein (Beschwerdebeilage Nr. 16). Darin nahm die ESTV Bezug auf die Anfrage der Beschwerdeführerin vom 20. Juni 2001 und legte dar, dass derjenige, der die  anwendet, in seiner Rechnung an den  nicht auf die Steuer hinweisen dürfe (Ziff. 1.2 des Schreibens). Die betreffende Anfrage war somit nach der hier relevanten Zeit (1. Quartal 1998 bis 4. Quartal 2000) erfolgt und vermag deshalb am vorliegenden Resultat nichts zu ändern. Im Übrigen war die Antwort der ESTV korrekt. Nicht nachgewiesen sind früher getätigte Anfragen durch die Beschwerdeführerin, weshalb darauf nicht näher eingegangen werden kann. Ebenso wenig  ist das Argument der Beschwerdeführerin, dass sie bei der Einführung der Margenbesteuerung in der Anfangsphase besonders gefordert gewesen sei. Die Beschwerdeführerin ist in diesem  daran zu erinnern, dass es sich bei der Mehrwertsteuer
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um eine Selbstveranlagungssteuer handelt (E. 2.1). In Art. 28 Abs. 4 MWSTV wird klar geregelt, dass der Steuerpflichtige, der die  anwendet, insbesondere in seinen Rechnungen nicht auf die Steuer hinweisen darf (E. 3.2). Ebenso enthält u.a. die Wegleitung 1997 für Mehrwertsteuerpflichtige klare Ausführungen, dass in einem solchen Fall ein Hinweis auf die Steuer unzulässig ist (Rz. 363). Die Beschwerdeführerin kann sich nicht erfolgreich darauf berufen, sie habe die entsprechende Verordnungsbestimmung bzw. die  nicht gekannt. Nach einem allgemeinen Grundsatz kann niemand Vorteile aus seiner eigenen Rechtsunkenntnis ableiten (etwa BGE 124 V 215 E. 2b/aa, 111 V 405 E. 3) und die Verwaltungspraxis der ESTV wird als bekannt vorausgesetzt (E. 2.1 in fine).
5. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde im Sinne der Erwägungen teilweise gutzuheissen. Die ESTV hat weitere Abklärungen hinsichtlich der Echtheit der von der Beschwerdeführerin eingereichten Rechnung vom 12. Juni 2000 zu treffen. Der Einspracheentscheid der ESTV vom 22. November 2006 wird insoweit aufgehoben und die Sache an die ESTV zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Verfahrenskosten, die auf Fr. 3'000.-- festgelegt werden (Art. 4 des Reglements vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem  [VGKE, SR 173.320.2]), der zum grössten Teil unterliegenden Beschwerdeführerin gemäss Art. 63 Abs. 1 VwVG im Umfang von Fr. 2'800.-- aufzuerlegen. Der Vorinstanz können keine Verfahrenskosten auferlegt werden (Art. 63 Abs. 2 VwVG). Die ESTV hat der teilweise obsiegenden Beschwerdeführerin eine reduzierte Parteientschädigung, die auf Fr. 200.-- (inkl. MWST) festgesetzt wird, auszurichten (Art. 64 Abs. 1 VwVG i.V.m. Art. 7 bis 9 VGKE).