Decision ID: 9f51b713-80f4-4775-a88f-bca717641525
Year: 2020
Language: fr
Court: CH_BGer
Chamber: CH_BGer_001
Canton: CH
Region: Federation
Law Area: Public

Faits :
A.
A._, entrepreneur agricole, est propriétaire depuis 2003 des parcelles adjacentes n°s 1236 et 1237 du registre foncier de la commune d'Echichens. Ces deux parcelles sont séparées par la rivière la Morges. Elles font partie des surfaces d'assolement (SDA). La première de ces parcelles, d'une surface de 100'987 m2, est colloquée en zone agricole et accueille neuf bâtiments (ECA n° 1161, 1229, 1230, 1178, 1157, 1158, 1359a, 1359b, B139), un garage (ECA n° 1211) ainsi qu'un couvert (ECA n° 1237). La seconde, d'une surface de 37'773 m2, est répertoriée en zone agricole et dans l'aire forestière en ce qui concerne les abords de la Morges.
Différentes demandes de permis de construire ont été déposées en 2005, 2007 (après un incendie) et 2008.
Le Service du développement territorial du canton de Vaud (SDT) a, lors des inspections locales qui ont été tenues les 29 mai 2015 et 1er juin 2016, constaté que le propriétaire avait effectué divers travaux, dont certains sans autorisations et d'autres sans respecter les plans mis à l'enquête.
B.
Par décision du 1 er septembre 2016, le SDT a énuméré les travaux qui pourront éventuellement être régularisés à l'issue d'une nouvelle procédure, ceux pouvant être tolérés et ceux devant être remis en état. Ces derniers concernaient le bâtiment ECA n° 1157, les abords du bâtiment ECA n° 1157, le bâtiment ECA n° 1158, les installations liées à la nouvelle stabulation, les abords du bâtiment ECA n° 1158, le bâtiment ECA n° 1178, le bâtiment ECA n° 1230, les aménagements de la parcelle n° 1236, les aménagements de la parcelle n° 1237, les corrections de la Morges et le chemin du domaine public longeant la parcelle n° 1237. La décision se réfère, sur plusieurs points, à un préavis du 29 septembre 2014 du Service de l'agriculture et de la viticulture (SAVI, devenu la Direction générale de l'agriculture, de la viticulture et des affaires vétérinaires).
Saisie d'un recours contre cette décision, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal) l'a partiellement admis par arrêt du 23 mai 2019. Le Tribunal cantonal a considéré en effet que certains travaux, dont la remise en état avait été exigée par le SDT, pouvaient éventuellement être régularisés à l'issue d'une nouvelle procédure. Il a rejeté le recours pour le surplus.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt attaqué, en ce sens que les ordres de démolition et de remise en état relatifs aux objets suivants sont supprimés:
a. la planie et l'accès en béton réalisés aux abords du bâtiment ECA n° 1157;
b. les prolongements de la dalle de l'étage de part et d'autre du pont de grange du bâtiment ECA n° 1158;
c. le mur de refend des dépendances et la surface de la nouvelle étable du bâtiment ECA n° 1158;
d. les travaux effectués au sous-sol, au rez de chaussée et à l'étage du dépôt de stockage et des locaux de citernes du bâtiment ECA n° 1158;
e. la rampe et le bétonnage de la cour existante entre la nouvelle stabulation et l'ancienne porcherie ECA n° 1178 et le bâtiment ECA n° 1158;
f. l'atelier mécanique dans le bâtiment ECA n° 1359b;
g. l'agrandissement du sous-sol par un nouveau local accessible par un escalier réalisé sous le couvert est et le prolongement de l'avant-toit du bâtiment ECA n° 1178;
h. les travaux effectués pour recevoir du cheptel bovin sur le bâtiment ECA n° 1230;
i. les terres agricoles productives à l'emplacement de trois chemins: le chemin principal depuis la route cantonale, le chemin d'accès à la nouvelle stabulation depuis l'est et le chemin au droit de la maison d'habitation ECA n° 1157;
j. les éventuels déchets déposés au sol sur la parcelle n° 1236;
k. les éventuels déchets enfouis dans le sous-sol de la parcelle n° 1237.
Le recourant mentionne expressément ne pas contester les autres éléments de la décision attaquée.
Le Tribunal cantonal renonce à se déterminer et se réfère aux considérants de l'arrêt attaqué. Invité à se prononcer, l'Office fédéral du développement territorial (ARE) déclare soutenir dans les grandes lignes l'arrêt attaqué. Le SDT conclut au rejet du recours et renonce à se déterminer sur l'écriture de l'ARE. La Municipalité d'Echichens déclare adhérer aux déterminations du SDT et de l'ARE. Aux termes de sa réplique, le recourant persiste dans ses conclusions.

Considérant en droit :
1.
Dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public des constructions (art. 82 let. a LTF), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les art. 82 ss LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée. Le recourant a pris part à la procédure de recours devant le Tribunal cantonal. En tant que destinataire des ordres de démolition et de remise en état relatifs aux parcelles dont il est propriétaire, le recourant peut se prévaloir d'un intérêt personnel et digne de protection à l'annulation de l'arrêt attaqué. Il a dès lors qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF. Les autres conditions de recevabilité sont au surplus réunies, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière.
2.
S'agissant tout d'abord de l'atelier mécanique dans le bâtiment ECA n° 1359b (cf. supra C.f), le recourant expose que ledit atelier est réservé aux machines et véhicules de l'exploitation agricole et que le jugement attaqué, bien qu'admettant une utilisation agricole du bâtiment, maintient qu'il doit être démoli. Il conclut dès lors à la suppression de cet ordre de démolition.
Vu le matériel - notamment de ferblanterie - trouvé dans l'atelier lors de l'inspection locale, le SDT a, dans le dispositif de sa décision du 1 er septembre 2016, sous le titre " L'atelier mécanique ", retenu que " Le garage dans le bâtiment portant le n° 1359b doit être supprimé ". Dans les considérants de sa décision, il a exposé ce qui suit: " Atelier mécanique: Les dispositions des articles 37a LAT et 34 OAT ne sont nullement applicables en l'espèce car celles-ci ne concernent que les entreprises créées licitement hors des zones à bâtir avant l'entrée en vigueur de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire, soit le 1er janvier 1980. En conséquence, aucune activité commerciale, notamment liée à l'entreprise de ferblanterie ne doit avoir lieu dans la partie rurale ". Dans le jugement attaqué, le Tribunal cantonal, se rapportant aux considérants qui précèdent de la décision du SDT, a considéré que l'injonction de la décision attaquée tendait à ce qu'il soit mis fin à l'utilisation non agricole de l'atelier.
En exigeant la suppression du "garage", le SDT a donc requis la cessation de l'activité non agricole illicite supposément exercée dans l'atelier en question, sans ordonner la démolition de ce dernier. Le Tribunal cantonal a d'ailleurs clarifié ce dispositif dans les considérants de son arrêt (arrêt attaqué consid. 10d p. 33). Partant, en tant qu'il conclut à la suppression de l'ordre de démolition de l'atelier, le recours est sans objet.
3.
En qui concerne les objets C.a à C.e, C.g et C.i, le recourant fait en substance valoir que les travaux effectués doivent être autorisés a posteriorien application des dispositions légales topiques de la LAT, en particulier de l'art. 16a LAT et de l'art. 34 OAT, parce qu'ils ont un caractère agricole et sont nécessaires à son exploitation agricole au regard de ses besoins actuels et futurs. Il considère, en ce qui concerne la plupart des travaux, que la prise de position du SAVI, qui a retenu que les travaux litigieux n'étaient pas nécessaires, est infondée. Il estime que le SAVI s'est montré partial à son égard. Enfin, il soutient qu'en refusant de mettre en oeuvre une expertise neutre, les premiers juges l'ont empêché d'apporter la preuve de la nécessité des travaux en question et ont ainsi violé le droit à la preuve.
3.1.
3.1.1. Le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral qui comprend les droits de nature constitutionnelle (cf. art. 95 let. a et art. 106 al. 1 LTF), sous réserve des exigences de motivation figurant à l'art. 106 al. 2 LTF. Il y procède en se fondant sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF), sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). Si le recourant entend s'écarter de ces constatations de fait, il doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées et la correction du vice susceptible d'influer sur le sort de la cause (cf. art. 97 al. 1 LTF; ATF 142 I 135 consid. 1.6 p. 144 s.). A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergent de celui qui est contenu dans l'arrêt attaqué (ATF 143 V 19 consid. 2.2 p. 23; 141 IV 416 consid. 4 p. 421). Les faits et les critiques invoqués de manière appellatoire sont irrecevables (ATF 141 IV 369 consid. 6.3 p. 375).
3.1.2. Tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., le droit d'être entendu comprend en particulier le droit pour le justiciable de participer à l'administration des preuves, d'en prendre connaissance et de se déterminer à leur propos. Cette garantie constitutionnelle n'empêche pas l'autorité de mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion. Un tel refus d'instruire ne viole le droit d'être entendu des parties que si l'appréciation anticipée de la portée du moyen de preuve proposé est entachée d'arbitraire (ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 p. 299 et les références citées).
3.1.3. En vertu de l'art. 22 LAT, aucune construction ou installation ne peut être créée ou transformée sans autorisation de l'autorité compétente (al. 1); l'autorisation est délivrée si la construction ou l'installation est conforme à l'affectation de la zone et le terrain est équipé (al. 2). Selon l'art. 16a LAT, sont conformes à l'affectation de la zone agricole les constructions et installations qui sont nécessaires à l'exploitation agricole ou à l'horticulture productrice (al. 1) et celles qui servent au développement interne d'une exploitation (al. 2). L'art. 34 OAT précise ces conditions: sont notamment conformes à l'affectation de la zone agricole les constructions et installations qui servent à l'exploitation tributaire du sol ou au développement interne - en particulier à la garde d'animaux de rente (al. 1), ou au logement indispensable à l'entreprise agricole (al. 3).
Selon l'art. 34 al. 4 OAT, l'autorisation ne peut être délivrée que si la construction ou l'installation est nécessaire à l'exploitation en question (let. a), si aucun intérêt prépondérant ne s'oppose à l'implantation de la construction ou de l'installation à l'endroit prévu (let. b), et s'il est prévisible que l'exploitation pourra subsister à long terme (let. c). La pesée des intérêts exigée à l'art. 34 al. 4 let. b OAT doit se faire à l'aune des buts et principes de l'aménagement du territoire énoncés aux art. 1 et 3 LAT (arrêts 1C_618/2014 du 29 juillet 2015 consid. 4.1, in RDAF 2015 I p. 499; 1C_96/2018 du 11 octobre 2018 consid. 3.3.1; 1C_107/2011 du 5 septembre 2011 consid. 4.1), en particulier l'intérêt public tendant à prévenir le mitage du territoire (arrêts 1C_17/2015 du 16 décembre 2015 consid. 3.2, in DEP 2016 p. 37; 1C_165/2016 du 27 mars 2017 consid. 3.3).
L'art. 16 LAT prescrit notamment que les zones agricoles devraient (" sollen " dans la version en langue allemande, " devono " dans la version en langue italienne) être maintenues autant que possible libres de toute construction. Ce principe dicte l'interprétation des dispositions concernées, qui doit toujours être guidée par cette exigence (RUCH/ MUGGLI, Commentaire pratique LAT: Construire hors zone à bâtir, 2017, nos 13 et 15 ad art. 16 LAT). Les exceptions légales doivent dès lors être admises de façon restrictive, celles-ci représentant l'une des principales causes du mitage du territoire ( ibidem).
Il y a ainsi lieu de limiter les constructions nouvelles à celles qui sont réellement indispensables à l'exploitation afin de garantir que la zone en question demeure une zone non constructible (ATF 133 II 370 consid. 4.2 p. 374; 129 II 413 consid. 3.2 p. 415). L'autorité compétente doit dès lors examiner en premier lieu si la nouvelle activité peut être réalisée dans des locaux existants (ATF 129 II 413 consid. 3.2 p. 416; arrêt 1C_170/2019 du 9 avril 2020 consid. 3.1), ou sur des surfaces disponibles dans la zone constructible (ATF 123 II 499 consid. 3b/cc p. 508). Si tel n'est pas le cas, elle doit vérifier que la nouvelle construction correspond à l'utilisation envisagée et aux besoins objectifs de l'exploitation (ATF 129 II 413 consid. 3.2 p. 416; 125 II 278 consid. 3a p. 281; 123 II 499 consid. 3b/cc p. 508; plus récemment arrêts 1C_58/2017 du 18 octobre 2018 consid. 5.3.1; 1C_457/2017 du 25 mars 2019 consid. 5).
La nécessité s'apprécie en fonction de critères objectifs. Elle dépend notamment de la surface cultivée, du genre de cultures et de production (dépendante ou indépendante du sol), ainsi que de la structure, de la taille et des besoins de l'exploitation (arrêt 1C_618/2014 du 29 juillet 2015 consid. 4.1 in RDAF 2015 I p. 499). L'appréciation doit se faire à l'aune des buts et principes énoncés aux art. 1 et 3 LAT (arrêts 1C_618/2014 du 29 juillet 2015 consid. 4.1, in RDAF 2015 I p. 499; 1C_170/2019 du 9 avril 2020 consid. 3.1). Dans tous les cas, vu l'important intérêt public à éviter la dispersion des constructions, les bâtiments et installations doivent être regroupés autant que possible (" Konzentrationsprinzip ") (ATF 141 II 50 consid. 2.5 p. 54; arrêts 1C_892/2013 du 1 er avril 2015 consid. 3.1 in RDAF 2015 I p. 453).
3.2.
3.2.1. Si le recourant soutient plus ou moins explicitement que les constatations de fait, les calculs et les appréciations de preuves du SAVI sont infondés, il ne prouve ni même n'expose en quoi ils le seraient. Il ne tente pas non plus de démontrer concrètement que ses besoins actuels et futurs justifient les travaux litigieux. Il ne fait par ailleurs guère valoir que le SAVI, le SDT ou le Tribunal cantonal auraient omis de prendre en compte un élément de preuve déterminant.
Ainsi, en ce qui concerne:
- La planie et l'accès en béton réalisés aux abords du bâtiment ECA n° 1157 (cf. supra C.a) :
Le recourant se contente de soutenir qu'ils facilitent la circulation, ce qui ne tend pas à démontrer qu'ils sont nécessaires. Il ajoute qu' "il est manifeste que ceux-ci sont [...] nécessaires à l'exploitation agricole comme tout chemin de desserte", opinion qui ne saurait raisonnablement se concevoir. Il ne démontre ni n'allègue par exemple que l'ampleur du chemin autorisé est insuffisante pour effectuer les manoeuvres requises par les besoins de l'exploitation. Par ailleurs, en faisant valoir que "la décision ne dit pas en quoi ces aménagements ne seraient pas nécessaires", il perd de vue que c'est à lui qu'il appartient d'établir les éléments dont il entend se prévaloir et qui ne ressortent pas du dossier.
- Les prolongements de la dalle de l'étage de part et d'autre du pont de grange du bâtiment ECA n° 1158 (cf. supra C.b) :
Le recourant expose laconiquement que le jugement attaqué est "sans fondement", sans exposer en quoi elle le serait.
- Le mur de refend des dépendances et la surface de la nouvelle étable du bâtiment ECA n° 1158 (cf. supra C.c) :
Le recourant note seulement que "si l'on construit une nouvelle étable, c'est évidemment pour qu'elle puisse servir". Ce faisant, il échoue à prouver que ladite étable est nécessaire à l'exploitation agricole.
- Les travaux effectués au sous-sol, au rez de chaussée et à l'étage du dépôt de stockage et des locaux de citernes du bâtiment ECA n° 1158 (cf. supra C.d) :
Le recourant expose qu'il n'est "pas assez stupide pour construire des citernes surdimensionnées qui ne lui serviraient à rien". La nécessité desdits travaux ne peut ainsi être considérée comme établie. Le recourant soutient de plus que la réalisation des citernes au sous-sol correspond aux recommandations de l'ECA. Toutefois, en l'occurrence, l'ECA n'a en 2008 pas imposé la réalisation au sous-sol, mais l'a au contraire admis au niveau du sol en exigeant des compartiments coupe-feu. Son argument tombe donc à faux.
- La rampe et le bétonnage de la cour existante entre la nouvelle stabulation et l'ancienne porcherie ECA n° 1178 et le bâtiment ECA n° 1158 (cf. supra C.e) :
Le recourant se borne à prétendre que la réalisation de la rampe est logique et le bétonnage nécessaire. Il reporte derechef faussement le fardeau de la preuve sur le Tribunal cantonal.
- L'agrandissement du sous-sol par un nouveau local accessible par un escalier réalisé sous le couvert est et le prolongement de l'avant-toit du bâtiment ECA n° 1178 (cf. supra C.g) :
Le recourant se limite à déclarer que "la nécessité de l'abri est une question de bon sens".
- Les terres agricoles productives à l'emplacement de trois chemins, soit le chemin principal depuis la route cantonale, le chemin d'accès à la nouvelle stabulation depuis l'est et le chemin au droit de la maison d'habitation ECA n° 1157 (cf. supra C.i) :
Le recourant soutient, sans plus amples explications, que ces voies d'accès sont nécessaires et proportionnées aux véhicules utilisés sur l'exploitation.
En somme, toutes les critiques qui précèdent consistent uniquement à opposer l'appréciation du recourant à celle des autorités. De type appellatoire, elles sont irrecevables (supra consid. 3.1.1).
3.2.2. Quant au grief de prévention soulevé, le Tribunal fédéral constate que le recourant n'expose pas en quoi les constatations et considérations du SAVI seraient empreintes de partialité, ni ne décrit quelles circonstances donneraient l'apparence de la prévention et feraient redouter une activité partiale (cf. ATF 139 III 433 consid. 2.1.1 p. 436; 138 IV 142 consid. 2.1 p. 144) : exciper, sans autre forme d'explication, du fait que le SAVI aurait "manifestement une dent contre le recourant" n'apparaît à cet égard pas suffisant.
Le moyen tiré du grief de prévention ne peut ainsi qu'être rejeté dans la faible mesure de sa recevabilité.
3.2.3. Dans le jugement attaqué, le Tribunal cantonal a procédé à l'examen anticipé du moyen de preuve requis par le recourant, soit la mise en oeuvre d'une expertise.
Le recourant devait dès lors démontrer, conformément aux exigences accrues de motivation rappelées ci-dessus (supra consid. 3.1.2), en quoi cette appréciation ayant conduit à refuser d'ordonner une expertise serait arbitraire.
Or, le recourant s'est contenté de requérir une expertise afin d'obtenir un point de vue "neutre", autre que celui émis par le SAVI. Il ne démontre cependant pas qu'il serait arbitraire de s'être fié aux documents établis par le SAVI ainsi qu'aux autres pièces figurant au dossier. En présence d'un avis émis par une autorité spécialisée, la nécessité d'ordonner l'expertise requise par le recourant n'apparaît par ailleurs pas évidente. Le moyen tiré d'une violation du droit d'être entendu du recourant est dès lors rejeté.
3.2.4. Ainsi, ces constructions érigées illégalement ne peuvent être autorisées a posteriorien application des dispositions topiques de la LAT. Les ordres de démolition et de remise en état y relatifs doivent ainsi, sur le principe, être confirmés.
4.
En ce qui concerne les travaux effectués pour recevoir du cheptel bovin sur le bâtiment ECA n° 1230 (cf. supra C.h), le recourant soutient que l'arrêt cantonal serait contradictoire, dans la mesure où il permet d'une part au recourant de déposer une demande de régularisation pour les travaux effectués et maintient d'autre part l'ordre de remise en état du bâtiment.
Il ressort du jugement attaqué, de manière à lier le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF), que le bâtiment ECA n° 1230 ne reçoit plus de bovins depuis juin 2016 et que le bail portant sur la location dudit bâtiment à un tiers pour la détention de 16 chevaux a été résilié par le recourant. Cela étant et dans la mesure où le recourant n'expose pas avoir besoin du bâtiment ECA n° 1230 pour recevoir du cheptel bovin ou des chevaux, il n'y a en l'état pas lieu de considérer qu'une procédure de régularisation devrait être ouverte.
L'ordre de remise en état du bâtiment doit donc être confirmé. Une éventuelle demande de régularisation des travaux illégaux effectués devra être examinée dans le cadre d'une nouvelle procédure, distincte de la procédure de remise en état.
5.
5.1. Selon l'art. 40c al. 1 du règlement vaudois d'application de la loi du 4 décembre 1985 sur l'aménagement du territoire et les constructions (LRATC; RSV 700.11.1), hors de la zone à bâtir, le dépôt de matériaux non pollués provenant d'excavations pour réaliser un aménagement de parcelle, un terrassement ou pour être stockés définitivement est soumis à une autorisation spéciale du département (cf. également le point 4 de la directive vaudoise relative aux remblayages pour aménagement de parcelle hors des zones à bâtir du 14 septembre 2004 du Service des eaux, sols et assainissement et du Service de l'aménagement du territoire du canton de Vaud).
Par ailleurs, à son art. 13, la loi vaudoise du 5 septembre 2006 sur la gestion des déchets (LGD; BLV 814.11) prévoit qu'il est interdit de déposer des déchets en dehors des lieux prévus à cet effet.
5.2.
5.2.1. En ce qui a trait aux éventuels déchets déposés au sol sur la parcelle n° 1236 (cf. supra C.j), le recourant reproche aux autorités cantonales de lui faire un procès d'intention. Il affirme qu'aucun déchet n'a été déposé au sol de ladite parcelle.
De manière à lier le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF), l'instance précédente, en se fondant sur les constatations de la Division géologie, sols et déchets de la Direction générale de l'environnement (DGE-GEODE/Sols), a retenu que des matériaux - soit des matériaux terreux, des tuiles, du béton, etc. - avaient été déposés sur la surface concernée, plus précisément sur les 10'000 m2 se trouvant au nord de la ferme. Cette constatation de faits n'a d'ailleurs jamais été contestée par le recourant et son propre expert, B._, l'a également confirmée.
La qualification juridique de déchets attribuée aux matériaux retrouvés dans le remblai non autorisé, ne fait aucun doute, attendu que cette notion, définie à l'art. 7 al. 6 de la loi fédérale du 7 octobre 1983 sur la protection de l'environnement (LPE; RS 814.01), recouvre les déchets de chantier (art. 3 let. e de l'ordonnance du 4 décembre 2015 sur la limitation et l'élimination des déchets [OLED; RS 814.600]) et les matériaux d'excavation et de percement (art. 3 let. f OLED). Si le recourant conteste expressément cette qualification, il n'en explique aucunement la raison.
L'atteinte aux sols a en outre été attestée par B._, expert mandaté par le recourant pour justifier sa demande tendant à un nouvel apport de terre sur la parcelle n° 1236, au motif de sa fertilité dégradée.
En somme, il est établi que des matériaux devant être qualifiés de déchets ont été déposés sans autorisation au sol sur la parcelle n° 1236, générant ainsi une atteinte. A l'évidence, un tel dépôt ne saurait être autorisé a posteriori, le recourant ne le faisant d'ailleurs pas valoir.
Quant à la question de savoir si le recourant est à l'origine de ce dépôt de déchets, soit de matériaux d'excavation et inertes, l'appréciation des preuves effectuée par l'instance précédente ne prête pas le flanc à la critique. Les juges cantonaux ont en effet, sur la base essentiellement de deux photographies aériennes, l'une datant de 2012 et l'autre de 2016, retenu qu'une partie de la parcelle n° 1236 au nord de la ferme n'avait pas été utilisée pour l'agriculture, dans la mesure où la présence de machines, de tas de matériaux et de bennes y avait été constatée. Ils en ont conclu que c'est en raison des activités non agricoles du recourant que le sol a été recouvert de matériaux qui en compromettent la fertilité. Cette conclusion est d'ailleurs confirmée par l'analyse des autorités administratives cantonales, selon laquelle des matériaux d'excavation et des matériaux avaient progressivement été déposés sur le terrain sur une épaisseur de 60 à 80 cm.
En tant que perturbateur par comportement, le recourant doit donc, sur le principe, remettre la parcelle n° 1236 en état, avec une qualité atteignant la qualité SDA qui lui avait été attribuée avant l'atteinte.
5.2.2. Quant aux éventuels déchets enfouis dans le sous-sol de la parcelle n° 1237 (cf. supra C.k), le recourant expose que le rapport d'expertise privée de C._ a donné diverses sources potentielles à la présence d'éléments anthropogènes. Il soutient que les juges cantonaux n'étaient pas habilités à retenir qu'il avait enfoui des déchets.
Il ressort cependant tant de la prise de position du 2 mai 2018 de la DGE que du rapport d'expertise privée du 5 mars 2018 de C._ que des éléments anthropogènes ou matériaux exogènes ont été enfouis sans autorisation dans le sous-sol de la parcelle n° 1237, que ces éléments doivent être qualifiés de déchets et qu'ils ont causé une atteinte à la fertilité du sol sur ladite parcelle. Les remblais litigieux ne sauraient donc être autorisés a posteriori.
Quant à la question de savoir si l'enfouissement de ces déchets est le fait du recourant, le Tribunal fédéral constate que si C._ a certes cité diverses origines potentielles de l'apport autres que le déversement de déchets par le recourant, elle n'a pas exclu cette dernière origine, tout au contraire (l'utilisation du terme "également" en témoigne). La DGE a, pour sa part, considéré qu'aucune des autres origines présentées par C._ n'avait vocation à expliquer une couche de remblai de 15 à 50 cm d'épaisseur compactée et des déchets de chantier enfouis sous la couche supérieure du sol. L'appréciation des preuves effectuée par les juges cantonaux n'apparaît, dans cette mesure, pas arbitraire.
En tant que perturbateur par comportement, le recourant doit donc, sur le principe, remettre la parcelle n° 1237 en état, avec une qualité atteignant la qualité SDA qui lui avait été attribuée avant l'atteinte. L'arrêt cantonal ne contient donc aucune violation du droit fédéral.
6.
Reste à voir si, comme le soutient le recourant, il convient de renoncer aux mesures ordonnées pour des motifs de proportionnalité. Le recourant fait en particulier valoir que certains ordres de démolition et de remise en état ne sont fondés sur aucun intérêt public pertinent. Il ajoute en substance que les mesures ordonnées engendreraient des coûts démesurés.
6.1. Lorsque des constructions ou des installations illicites sont réalisées en dehors de la zone à bâtir, le droit fédéral exige en principe que soit rétabli un état conforme au droit. Le principe de la séparation de l'espace bâti et non bâti, qui préserve différents intérêts publics, est de rang constitutionnel; il fait partie intégrante de la notion d'utilisation mesurée du sol de l'art. 75 al. 1 Cst. (cf. Message du Conseil fédéral du 20 janvier 2010 relatif à une révision partielle de la LAT, FF 2010 964 ch. 1.2.1 et 973 ch. 2.1; arrêt 1C_76/2019 du 28 février 2020 consid. 7.1 et les références citées). Cette séparation doit par conséquent, en dehors des exceptions prévues par la loi, demeurer d'application stricte (ATF 132 II 21 consid. 6.4 p. 40; arrêt 1A.301/2000 du 28 mai 2001 consid. 6c publié in ZBl 2002 p. 364). Si des constructions illégales, contraires au droit de l'aménagement du territoire, sont indéfiniment tolérées en dehors de la zone constructible, le principe de la séparation du bâti et du non-bâti est remis en question et un comportement contraire au droit s'en trouve récompensé (arrêt 1C_76/2019 du 28 février 2020 consid. 7.1). S'ajoute à cela que la remise en état poursuit encore d'autres intérêts publics, à savoir la limitation du nombre et des dimensions des constructions en zone agricole (cf. ATF 132 II 21 consid. 6.4 p. 40; 111 Ib 213 consid. 6b p. 225; arrêt 1A.301/2000 du 28 mai 2001 consid. 6c in ZBl 2002 p. 364) ainsi que le respect du principe de l'égalité devant la loi (arrêt 1C_276/2016 du 2 juin 2017 consid. 3.3).
Selon la jurisprudence, l'autorité peut renoncer à un ordre de démolition, conformément au principe de la proportionnalité, si les dérogations à la règle sont mineures, si l'intérêt public lésé n'est pas de nature à justifier le dommage que la démolition causerait au maître de l'ouvrage, si celui-ci pouvait de bonne foi se croire autorisé à construire ou encore s'il y a des chances sérieuses de faire reconnaître la construction comme conforme au droit (ATF 132 II 21 consid. 6 p. 35; 123 II 248 consid. 3a/bb p. 252). Celui qui place l'autorité devant un fait accompli doit s'attendre à ce que celle-ci se préoccupe plus de rétablir une situation conforme au droit que d'éviter les inconvénients qui en découlent pour lui (ATF 123 II 248 consid. 4a p. 255; 111 Ib 213 consid. 6b p. 224 et la jurisprudence citée).
En outre, selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, la compétence pour exiger le rétablissement d'une situation conforme au droit est soumise en principe à un délai de péremption de trente ans, inspiré du droit civil (ATF 136 II 359 consid. 8). En règle générale, le Tribunal fédéral examine librement si un ordre de remise en état, qui constitue une restriction du droit de propriété garanti par l'art. 26 al. 1 Cst., est justifié par un intérêt public suffisant et respecte le principe de la proportionnalité.
6.2. En l'espèce, les dérogations à la règle sont importantes. De plus, les intérêts publics majeurs que constituent la préservation des zones non constructibles et la distinction fondamentale entre espace bâti et non-bâti, ainsi que la préservation des SDA, l'emportent manifestement sur l'intérêt du recourant à maintenir les travaux effectués qui ne sont pas conformes à l'affectation de la zone. S'agissant des frais de démolition et de remise en état proprement dits, ils ne sauraient être qualifiés d'excessifs au point de devoir renoncer à la mesure. Ils n'ont d'ailleurs pas été chiffrés par le recourant, lequel n'a pas allégué non plus que ces mesures pourraient mettre en péril son exploitation. Enfin, le recourant a fait preuve de mauvaise foi, dans la mesure où il a effectué une multitude de travaux sans avoir obtenu les autorisations de construire nécessaires à cet effet ou en outrepassant les autorisations obtenues.
En ce qui concerne l'agrandissement du sous-sol par un nouveau local accessible par un escalier réalisé sous le couvert est et le prolongement de l'avant-toit du bâtiment ECA n° 1178 (cf. supra C.g), le recourant a seulement suggéré dans son écriture de recours que le délai de péremption de 30 ans pour exiger le rétablissement d'une situation conforme au droit pouvait éventuellement être atteint. Les juges cantonaux ont toutefois clairement démontré le contraire. Il n'y a donc pas lieu d'y revenir.
Le Tribunal cantonal n'a ainsi pas violé le principe de la proportionnalité en confirmant les ordres de démolition et de remise en état litigieux.
7.
Le recourant se plaint, au surplus, de devoir déposer de nouveaux dossiers de régularisation, alors qu'il avait déjà déposé des demandes de permis de construire impliquant des régularisations en 2011 et 2015 et que ces demandes n'ont pas été traitées dans l'intervalle. Il estime que la procédure suivie par le SDT viole le principe de la bonne foi.
7.1. Le principe de la bonne foi entre administration et administré, exprimé aux art. 5 al. 3 et 9 Cst., exige que l'une et l'autre se comportent réciproquement de manière loyale. En particulier, l'administration doit s'abstenir de toute attitude propre à tromper l'administré et elle ne saurait tirer aucun avantage des conséquences d'une incorrection ou insuffisance de sa part (ATF 124 II 265 consid. 4a p. 269/270 et les arrêts cités; voir également ATF 126 II 97 consid. 4b p. 104/105 et les références citées).
7.2. En l'occurrence, le recourant exploite une entreprise agricole de grande taille et l'ampleur des travaux illicites qui ont été réalisés est considérable. Le choix opéré par le SDT de procéder à une analyse globale portant sur l'ensemble des travaux illicites - en distinguant les travaux devant faire l'objet d'une nouvelle procédure de régularisation, ceux pouvant être tolérés et ceux devant être remis en état - n'apparaît dès lors aucunement critiquable, tout au contraire. Le dépôt de nouvelles demandes se justifie par ailleurs d'autant plus que les demandes de 2011 et 2015 ne portaient pas uniquement sur les travaux pouvant dès lors être régularisés. En se plaignant du fait de devoir déposer de nouvelles demandes de permis de construire pour des régularisations déjà requises en 2011 et 2015, c'est bien plutôt le recourant qui contrevient au principe de la bonne foi, attendu qu'il est seul responsable des circonstances exceptionnelles prévalant sur ses parcelles et des procédures complexes qui en ont découlé.
8.
Il s'ensuit que le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité, aux frais du recourant, qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens (art. 68 al. 3 LTF).