Decision ID: f927e8e7-704a-4e30-8cfb-d0c7372727bf
Year: 2014
Language: fr
Court: VD_TC
Chamber: VD_TC_031
Canton: VD
Region: Région lémanique
Law Area: public_law

Vu les faits suivants
A. La procédure ouverte contre X. _ SA et Y. _ SA a fait l’objet de l’arrêt rendu le 28 mars 2013 dans les causes FI.2011.0063 et FI.2011.0064; les faits suivants ont été retenus par le Tribunal:
« (...) A. X. _ SA (ci-après: X._), à 1********, est inscrite au Registre du commerce depuis le 20 novembre 1969. Elle a pour but social l’exploitation d’une "entreprise de transports et de terrassements, ateliers de réparations pour camions et automobiles". Le capital-actions de cette société est de 50'000 fr. entièrement libérés, divisé en 50 actions nominatives de 1'000 fr. chacune, avec restriction quant à la transmissibilité. Le conseil d'administration est composé de A._, président, de B._ et de C._, administrateurs. Entre 2001 et 2005, D._ a également siégé dans le conseil d’administration.
Y. _ SA (ci-après: Y._), à 1********, est inscrite au Registre du commerce depuis le 7 décembre 1988. Elle a pour but social le "service de voirie, curage de canalisations, transports, vidange de fosses, entretien de routes". Le capital-actions de cette société est de 100'000 fr. entièrement libérés, divisés en 100 actions nominatives de 1'000 fr. chacune, avec restriction quant à la transmissibilité.
Le conseil d'administration est composé de A._, président, de B._ et de C._, administrateurs. Entre 2001 et 2005, D._ a également siégé dans le conseil d’administration.
Tous les administrateurs sont employés et actionnaires de X._ et de Y._. Outre leur salaire de base, ils perçoivent, hormis C._, une part correspondant aux chiffres d’affaires et au bénéfice de ces sociétés (cf. courrier du 6 décembre 2005 de l’ACI).
B. S’agissant de l’impôt sur le bénéfice et le capital, X._ a été taxée définitivement pour les périodes allant de 2001 à 2005. En mai 2007, la division de l'Inspection fiscale de l'administration cantonale des impôts (ci après: l'ACI) a procédé à un contrôle des comptes de X._ pour ces périodes. Il en est ressorti que selon l’ACI, la détermination du bénéfice imposable serait inexacte, notamment à raison de charges non justifiées par pièces, de frais non justifiés commercialement et de réserves latentes constituées arbitrairement à charge du compte de résultat. A raison de cela, l’ACI a, le 2 octobre 2007, ouvert une procédure pour soustraction d’impôt à l’encontre de X._.
Le 7 juin 2011, après avoir reçu les explications de la contribuable, l’ACI a rendu une décision de rappel d’impôt, taxation définitive et prononcé d’amendes. Pour l’impôt cantonal et communal, les rappels d’impôt ont porté sur le bénéfice imposable pour les périodes 2001 (soit 353'400 fr. au lieu de 253'700 fr.), 2002 (soit 257'400 fr. au lieu de 139'800 fr.), 2003 (soit 237'200 fr. au lieu de 133'900 fr.) et 2004 (soit 233'700 fr. au lieu de 143'000 fr), les montants fixés au titre du capital imposable n’étant de surcroît pas modifiés. Pour 2005, l’ACI a, au titre de la taxation définitive, arrêté le bénéfice imposable à 653'200 fr. (au lieu de 15'800 fr. déclaré) et le capital imposable à 1'838'000 fr. (au lieu de 1'330'000 fr. déclaré). Pour l’impôt fédéral direct, les compléments retenus pour le bénéfice imposable ont porté sur les périodes 2001 (soit 360'400 fr. au lieu de 258'700 fr.), 2002 (soit 262'600 fr. au lieu de 142'600 fr.), 2003 (soit 242'100 fr. au lieu de 136'700 fr.) et 2004 (soit 239'100 fr. au lieu de 146'300 fr). Pour 2005, l’ACI a, au titre de la taxation définitive, arrêté le bénéfice imposable à 671'500 fr. (au lieu de 16'200 fr.). Le montant total des compléments s’est élevé à 234'218,70 fr. pour l’impôt cantonal et communal (dont 232'823,65 fr. pour l’impôt sur le bénéfice), à 91'392 fr. pour l’impôt fédéral direct. Le montant total des amendes prononcées s’est élevé à 112'300 fr. pour l’impôt cantonal et communal, 43'800 fr. pour l’impôt fédéral direct. L’ACI a fixé à 481'710,70 fr. le total final des compléments dus. Le 4 juillet 2011, X._ a formé une réclamation contre cette décision.
Pour la période 2006, l’Office d’impôt des personnes morales (ci-après: l’OIPM) a, le 9 août 2011, fixé le bénéfice net de X._ à 207'400 fr., et le capital imposable à 1'982'000 fr., s’agissant de l’impôt cantonal et communal. L’OIPM a établi l’impôt dû à ce titre à 50'185,80 fr. Pour l’impôt fédéral direct et la même période, l’OIPM a fixé le bénéfice imposable à 207'400 fr., et l’impôt dû à 17'629 fr. Le 6 septembre 2011, X._ a élevé une réclamation contre cette décision.
Le 14 octobre 2011, l’ACI a admis partiellement la réclamation du 4 juillet 2011, concernant les périodes allant de 2001 à 2005. Elle a réformé la décision du 7 juin 2011, en arrêtant le total des compléments dus au titre de l’impôt cantonal et communal sur le bénéfice à 229'003,20 fr. (au lieu de 232'823,65 fr.), le total de l’impôt dû au titre de l’impôt fédéral direct à 89'887,50 fr. (au lieu de 91'392 fr.). L’ACI a également réduit le montant des amendes, soit 108'800 fr. pour l’impôt cantonal et communal (au lieu de 112'300 fr.), et 42'500 fr. pour l’impôt fédéral direct (au lieu de 43'800 fr.). Elle a rejeté la réclamation et confirmé la décision du 7 juin 2011 pour le surplus. Le total final des compléments ainsi arrêté s’élève à 470'190,70 fr. L’ACI a rejeté la réclamation du 6 septembre 2011, concernant la période 2006.
X._ a recouru, en concluant à l’annulation, respectivement la réforme, de la décision du 14 octobre 2011, pour certaines reprises et amendes. L’ACI propose le rejet du recours. Invitée à répliquer, la recourante a maintenu ses conclusions (cause FI.2011.0064).
C. S’agissant de l’impôt sur le bénéfice et le capital, Y._ a déposé sa déclaration d’impôt pour les périodes 2005 et 2006. En mai 2007, la division de l'Inspection fiscale de l'administration cantonale des impôts (ci après: l'ACI) a procédé à un contrôle des comptes de Y._ pour ces périodes. Il en est ressorti que selon l’ACI, la détermination du bénéfice imposable serait inexacte, notamment à raison de charges non justifiées commercialement et de réserves latentes constituées arbitrairement à charge du compte de résultat. A raison de cela, l’ACI a, le 2 octobre 2007, ouvert une procédure pour soustraction d’impôt à l’encontre de Y._.
Le 27 février 2009, l’OIPM a, pour la période 2005 et s’agissant de l’impôt cantonal et communal, arrêté le bénéfice imposable à 1'064'600 fr., et le capital imposable à 2'348'000 fr. L’OIPM a fixé le montant de l’impôt dû à ce titre à 226'451,80 fr. Pour la même période et s’agissant de l’impôt fédéral direct, l’OIPM a arrêté le bénéfice imposable à 1'064'600 fr., et fixé le montant de l’impôt dû à ce titre à 90'491 fr. Le 27 mars 2009, Y._ a formé une réclamation contre cette décision.
Le 24 mai 2011, l’OIPM a, pour la période 2006 et s’agissant de l’impôt cantonal et communal, arrêté le bénéfice imposable à 75'500 fr., et le capital imposable à 2'424'000 fr. L’OIPM a fixé le montant de l’impôt dû à ce titre à 22'033,45 fr. Pour la même période et s’agissant de l’impôt fédéral direct, l’OIPM a arrêté le bénéfice imposable à 75’500 fr., et fixé le montant de l’impôt dû à ce titre à 6'417,50 fr. Le 6 juin 2011, Y._ a formé une réclamation contre cette décision.
Le 14 octobre 2011, l’ACI a admis partiellement les réclamations des 27 mars 2009 et 6 juin 2011, et réformé les décisions des 27 février 2009 et 24 mai 2011. Pour la période 2005, l’ACI a arrêté le bénéfice imposable à 1'044'300 fr., (au lieu de 1'064'600 fr.) pour l’impôt cantonal et communal, ainsi que pour l’impôt fédéral direct, et le capital imposable à 2'186’900 fr. (au lieu de 2'348'000 fr.). Pour la période 2006, l’ACI a arrêté le bénéfice imposable à 59’000 fr. (au lieu de 75’500 fr.) pour l’impôt cantonal et communal, ainsi que pour l’impôt fédéral direct, et le capital imposable à 2'391’800 fr. (au lieu de 2'424'000 fr.).
Y._ a recouru, en concluant à l’annulation, respectivement la réforme, de la décision du 14 octobre 2011, pour certaines reprises et amendes. L’ACI propose le rejet du recours. Invitée à répliquer, la recourante a maintenu ses conclusions (cause FI.2011.0063). (...)»
B. Le 28 mars 2013, le Tribunal a rendu un arrêt, dont le dispositif est le suivant:
« (...) I. Les causes FI.2011.0063 et FI.2011.0064 sont jointes.
II. Le recours de Y. _ SA est partiellement admis au sens du considérant 8.
III. La décision concernant Y. _ SA, rendue le 14 octobre 2011 par l'Administration cantonale des impôts, est annulée.
IV. Le dossier est renvoyé à l'Administration cantonale des impôts pour nouvelle décision de taxation concernant Y. _ SA.
V. Les recours de Y. _ SA et X. _ SA sont rejetés pour le surplus.
VI. Un émolument réduit de 2'000 fr. est mis à la charge de X. _ SA et de Y. _ SA, prises solidairement entre elles.
VII. L'Administration cantonale des impôts versera 1'000 fr. à Y._ SA à titre de dépens.
VIII. Il n'est pas alloué de dépens pour le surplus ».
C. L’instruction des recours formés par X. _ SA contre les prononcés d’amende contenus dans les décision sur réclamation du 14 octobre 2011 a été confiée à un autre magistrat instructeur que celui ayant présidé la section chargée de juger les causes FI.2011.0063 et FI.2011.0064. Le 2 avril 2013, la cause a été enregistrée sous n°FI.2013.0028. Elle a été suspendue le 15 mai 2013 jusqu’à droit jugé par le Tribunal fédéral.
Par arrêt du 24 octobre 2013 dans les causes 2C_394/2013 et 2C_395/2013, auquel on renvoie tant en fait qu’en droit, le Tribunal fédéral a rejeté, dans la mesure où ils étaient recevables, les recours en matière de droit public dont il avait été saisi par Y. _ SA et X. _ SA contre l’arrêt du 28 mars 2013, tant en matière d’impôt fédéral direct, qu’en matière d’impôt cantonal et communal.
Le 15 novembre 2013, l’instruction de la cause n° FI.2013.0028 a été confiée à un nouveau juge instructeur, suite au départ à la retraite du magistrat précédent. Le 4 décembre 2013, l’instruction a été reprise et les parties, acheminées à se déterminer.
X. _ SA maintient ses conclusions tendant à l’annulation des décisions du 14 octobre 2011, en tant que celles-ci prononcent des amendes à son encontre, tant en matière d’impôt fédéral direct, qu’en matière d’impôt cantonal et communal. Elle a requis la tenue d’une audience et la possibilité pour ses représentants de pouvoir s’exprimer oralement.
L’Administration cantonale des impôts (ci-après: ACI) propose le rejet du recours et la confirmation des décisions attaquées.
D. Le Tribunal a tenu audience au Palais de justice de l’Hermitage, le 15 mai 2014. Il a recueilli les explications des parties et de leurs représentants, soit pour X._ SA: A._, président du conseil d’administration et C._, administrateur, assistés de Me Paul Marville; E._ et F._ représentaient, pour leur part, l’ACI. Les représentants de X._ SA ont produit en audience une convention passée le 8 mai 2014 avec l’ACI, portant sur les modalités du règlement de l’arriéré d’impôts, à l’exclusion des amendes. A l’issue des débats, chaque partie a maintenu ses conclusions.
A l’issue de l’audience, le Tribunal a délibéré à huis clos.

Considérant en droit
1. Aucune amende n’a été prononcée à l’encontre de Y. _ SA. Dès lors, la procédure pénale fiscale ne s’étend pas à cette société, ce qu’admettent du reste les parties, qui est dès lors dépourvue de la qualité de partie et doit être mise hors de la procédure.
2. La recourante a requis l’audition en qualité de témoins de deux préposés et d’un ancien préposé aux offices des poursuites et faillites.
a) La procédure réprimant la soustraction fiscale en matière d'impôt fédéral direct est une procédure à caractère pénal à laquelle l'art. 6 de la Convention de sauvegarde des droits de l'homme et des libertés fondamentales, du 4 novembre 1950 (CEDH; RS 0.101) est applicable (ATF 121 Ib 257 consid. 4 p. 264; 119 Ib 311, consid. 2 p. 314; Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, 4ème éd. Bâle 2012, § 26 n. 4 p. 582); Felix Richner/Walter Frei/Stefan Kaufmann/Hans Ulrich Meuter, Handkommentar zum DGB, 2ème éd., Zurich 2009, N. 12 ad art. 175 LIFD; Henri Torrione, Les infractions fiscales en matière d’impôts directs et dans le domaine de l’impôt anticipé, des droits de timbre et de la TVA, in: Les procédures en droit fiscal, OREF [éd.], 2ème éd. Berne, 2005, p. 911 et ss). Il en résulte, pour le contribuable mis en cause, un droit non seulement d'être entendu personnellement par la juridiction cantonale, mais par surcroît, de participer aux débats (ATF 119 Ib 311 consid. 7 p. 331 ss; 2A.617/1998 du 30 mars 2000, consid. 2b et les références citées, publié in EuGRZ 200 p. 453 ss; v. également Torrione, p. 1040). Plus généralement, l’art. 6 CEDH part de l’idée que l’ensemble de la procédure doit se dérouler devant l’autorité judiciaire, en particulier pour ce qui concerne l’administration des preuves et l’exercice du droit d’être entendu du contribuable (Torrione, op. cit., p.1041).
b) En procédure pénale, ce principe est concrétisé par l’art. 147 al. 1, 1ère phrase, du Code de procédure pénale, du 5 octobre 2007 (CPP; RS 312.0), à teneur duquel les parties ont le droit d'assister à l'administration des preuves par le ministère public et les tribunaux et de poser des questions aux comparants. Il est possible néanmoins de renoncer dans cette mesure à l’immédiateté de l’administration des preuves devant l’autorité judiciaire si les preuves administrées dans l’enquête antérieure l’ont été dans le respect du droit d’être entendu de l’accusé (Torrione, ibid.). Devant la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal, les parties participent à l'administration des preuves (art. 34 al. 1 de la loi du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative [LPA-VD; RSV 173.36]). A cet effet, l’autorité peut, notamment, entendre les parties et recueillir des témoignages (cf. art. 29 al. 1 let. a et f LPA-VD). Elle n'est toutefois pas liée par les offres de preuves formulées par les parties (art. 28 al. 2 LPA-VD); elle doit examiner les allégués de fait et de droit et administrer les preuves requises, si ces moyens n'apparaissent pas d'emblée dénués de pertinence (art. 34 al. 3 LPA-VD). Sans qu’il n’en résulte une violation du droit d’être entendu, garanti par les art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse, du 18 avril 1999 (Cst.; RS 101) et 27 al. 2 de la Constitution du Canton de Vaud, du 14 avril 2003 (Cst./VD; RSV 101.01), l'autorité peut toutefois renoncer au moyen de preuve offert par une partie, pour autant qu'elle puisse admettre sans arbitraire que ce moyen n'aurait pas changé sa conviction (ATF 131 I 153 consid. 3 p. 157; 130 II 425 consid. 2.1 p. 429; 124 I 241 consid. 2 p. 242, et les arrêts cités).
Aux termes de l’art. 6 § 3 let. d CEDH, tout accusé a le droit d’interroger ou faire interroger les témoins à charge et obtenir la convocation et l'interrogation des témoins à décharge dans les mêmes conditions que les témoins à charge. A teneur de l’art. 162 CPP, on entend par témoin toute personne qui n'a pas participé à l'infraction, qui est susceptible de faire des déclarations utiles à l'élucidation des faits et qui n'est pas entendue en qualité de personne appelée à donner des renseignements. Le rôle du témoin consiste à faire des déclarations utiles à l’élucidation des faits (cf. Nathalie Dongois, in: Commentaire romand, Code de procédure pénale suisse, Kuhn/Jeanneret [éds], Bâle 2011, ad art. 162 n° 8).
c) En l’espèce, l’on peut se dispenser d’entendre les témoins dont l’audition a été requise. Comme on le verra plus loin, la recourante se voit reprocher une soustraction et une tentative de soustraction par le fait d’avoir, notamment, grevé le résultat de cinq exercices annuels en comptabilisant des achats de pneumatiques non documentés. Durant la procédure ayant abouti à l’arrêt du 23 mars 2013, elle a effectivement exposé au Tribunal que l’achat de pneumatiques sans justificatifs constituerait la règle lors de ventes aux enchères organisées par les offices de poursuite. Or, elle a elle-même admis qu'il était possible d'en obtenir la délivrance après une attente d'environ deux heures à l’issue de l’adjudication (consid. 4b). Il ne s’impose dès lors pas d’entendre sur ce point des préposés des offices de poursuites. Il n’apparaît pas, dans ces conditions, que ces trois témoins dont l’audition a été requise puissent apporter des éléments utiles et déterminants pour l’issue du recours. Dans l’arrêt du 24 octobre 2013, le Tribunal fédéral a du reste jugé que l'instance précédente n'avait pas violé le droit de la recourante d'être entendue ni apprécié de manière arbitraire les preuves, dès lors que les quittances d'achat étaient disponibles et qu'il n'était pas nécessaire d'entendre les trois témoins déjà proposés par la recourante (consid. 3.2). Ceci étant, la recourante n’en a pas moins maintenu sa demande d’audition dans la présente procédure. Il n’en demeure pas moins que les conséquences de l’obligation faite à la recourante de prouver, pièces à l’appui, la réalité des achats de pneumatiques sont d’ordre exclusivement juridique. Par appréciation anticipée des preuves, le Tribunal estime pouvoir se dispenser de donner suite aux réquisitions d’instruction formulées par la recourante et renonce par conséquent à convoquer ces trois témoins.
3. a) En tant qu’il protège le droit de l’accusé de ne pas s’incriminer lui-même (selon l’adage « nemo tenetur se ipsum accusare vel procedere »), l’art. 6 CEDH s’applique à la procédure fiscale de caractère pénal; en revanche, le contentieux qui se rapporte à la taxation fiscale n’entre pas dans le champ d’application de cette disposition ; partant la maxime précitée ne vaut pas dans ce domaine (arrêts de la Cour européenne des droits de l’homme Ferrazzini c/Italie du 12 juillet 2001, Recueil 2001-VII p. 327, et J.B. c/Suisse du 3 mai 2001, Recueil 2001-III p. 455ss, RDAF 2001 II p. 1ss; ATF 121 II 257 consid. 4b p. 264; 2P.34 et 2A.67/2004 du 17 février 2005, consid. 4.2). Afin d’éviter que les renseignements obtenus du contribuable dans la procédure de taxation – à laquelle il a le devoir de collaborer – puissent être utilisés pour les besoins de la procédure pénale dans laquelle l’accusé a le droit de se taire, le Tribunal statue en deux étapes: il rend un arrêt partiel sur la taxation, avant de statuer dans une procédure séparée, sur les amendes (arrêts FI.2006.0065 du 19 novembre 2006; FI.2004.0038 du 18 avril 2006; FI.2005.0003 du 21 juin 2005). C’est là précisément l’objet du présent arrêt, qui sera rendu par le même Tribunal, mais siégeant dans une composition entièrement différente de la précédente.
b) Le présent arrêt complète ainsi celui rendu le 28 mars 2013 sur les points laissés en suspens, à savoir les amendes pour soustraction fiscale, prononcées par l’ACI et par l'Administration cantonale de l'impôt fédéral direct. Ce volet des décisions sur réclamation du 14 octobre 2011, en tant que celle-ci a trait aux amendes, constitue le seul objet de la présente procédure. Pour mémoire, ces amendes ont été arrêtées aux montants suivants:
Période de taxation Amendes ICC Amendes IFD 2001 22’100 8’600 2002 26’100 10’200 2003 22’900 8’900 2004 17’300 6’800 2005 20’400 8’000
A l’image de l’autorité intimée et comme la jurisprudence lui permet de le faire, le Tribunal statue en un seul arrêt sur le recours aussi bien pour ce qui concerne l’impôt cantonal et communal d’une part, que pour l’impôt fédéral direct d’autre part (ATF 131 II 553 consid. 4.2 p. 559; 130 II 509 consid. 8.3 p. 511).
4. a) En droit fédéral, comme en droit cantonal, la soustraction fiscale est réalisée lorsqu'une taxation n'a pas été effectuée ou est demeurée insuffisante, parce qu'un contribuable a violé de manière fautive l'obligation qui lui est imposée par la loi de collaborer à la taxation et de renseigner l'autorité fiscale de manière exacte et complète sur tous les éléments nécessaires à une taxation correcte (cf. art. 175 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l’impôt fédéral direct [LIFD; RS 642.11] et 242 de la loi du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux [LI; RSV 642.11]; cf. en outre Archives de droit fiscal 56, p. 345; 54, p. 660; 52, p. 454). La tentative de soustraction est réalisée dans les mêmes conditions, mais elle suppose que la taxation insuffisante ne soit pas encore entrée en force au moment de l'intervention du fisc; elle est réprimée par les art. 176 LIFD et 243 LI. Pour qu'il y ait tentative, l'autorité de taxation doit découvrir que les renseignements fournis sont inexacts avant que la décision de taxation ne soit entrée en force, car après, la soustraction est consommée (ATF 2C_528/2011 du 17 janvier 2012 consid. 2; 2C_480/2009 du 16 mars 2010 consid. 5.1 et les références).
La soustraction d’impôt est réalisée lorsque les trois éléments constitutifs objectifs suivants sont réunis: un comportement illicite du contribuable, une perte financière pour la collectivité et l’existence d’un lien de causalité entre le comportement illicite et le résultat dommageable (Pietro Sansonetti, in: Commentaire romand, Impôt fédéral direct, Bâle 2008, Yersin/Noël [éds], ad art. 175 LIFD n°7; Diane Monti, Les contraventions fiscales en droit fiscal harmonisé, thèse Lausanne, 2001, p. 48). La réalisation des éléments objectifs de la soustraction fiscale suppose en outre que les montants non déclarés constituent des éléments imposables, d’une part, et que ces montants soient entrés dans la sphère de disposition du contribuable, d’autre part. Pour les personnes morales, il s’agit souvent d’irrégularités dans la tenue de la comptabilité, le revenu imposable se déterminant à partir du solde du compte de pertes et profits (cf. Torrione, op. cit., p. 1015 et ss). Ainsi, selon le Tribunal fédéral, l'état de fait de la soustraction fiscale est notamment réalisé lorsqu'une société comptabilise comme frais généraux des dépenses privées de son actionnaire, alors qu'elle sait qu'une telle manière d'agir est illicite; il suffit que la société ait eu pour but d'obtenir une taxation insuffisante (Archives 63, p. 208).
La condition subjective de la soustraction est réalisée lorsque le contribuable a agi de manière fautive, soit intentionnellement, soit par négligence. Contrairement à la soustraction consommée, qui est déjà punissable lorsqu’elle est commise par négligence, la tentative de soustraction ne peut être punie que si elle est intentionnelle (RDAF 1987 p.15; ATF 100 Ib 480, consid. 2; Archives 54, p. 662; 44, p. 55; ATF 85 I 259). Si le contribuable est une personne morale, l’intention ou la négligence ne peuvent être réalisées que dans le chef des organes ou des représentants, lesquels peuvent également être punissables en vertu de l’art. 177 al. 1 LIFD et 244 al. 1 LI s’ils ont participé à une soustraction d’impôt commise au profit de cette personne morale (Sansonetti, op. cit., n° 31). La preuve du caractère intentionnel d'une soustraction incombe à l'autorité fiscale, celle-ci étant toutefois facilitée par la présomption que celui qui agit avec conscience agit aussi avec volonté (StE 1988 B 101.21 n°7, consid. 4). Le Tribunal fédéral considère que cette preuve est apportée lorsqu'il est établi de manière suffisamment certaine que le contribuable était conscient du caractère inexact ou incomplet de sa déclaration. Si cette conscience est établie, il faut alors partir de l'idée que le contribuable a aussi agi de manière intentionnelle, c'est-à-dire dans le but de tromper l'autorité fiscale et d'obtenir une taxation trop basse ou du moins, agissant par dol éventuel, qu'il a compté sérieusement avec cette possibilité (ATF 114 Ib 27; StE 1988 B 101.21 n°6). Lorsque des éléments imposables ne sont pas indiqués dans la déclaration, on peut admettre ordinairement qu'il y a intention de les soustraire à l'impôt (ATF du 7 octobre 1986, StE 1987 B. 101.2 n°3). La jurisprudence admet également que celui qui déclare un revenu de loin inférieur à son revenu réel a conscience que les indications qu'il donne sont fausses ou incomplètes et, partant, qu'il agit intentionnellement (Archives 56, p. 138). La négligence est définie par l’art. 12 al. 3 du Code pénal suisse, du 21 décembre 1937 (CP; RS 311.0). Ainsi, un contribuable commet une infraction par négligence lorsque, par une imprévoyance coupable, il agit sans se rendre compte ou sans tenir compte des conséquences de son acte. L’imprévoyance est coupable quand l’auteur de l’acte n’a pas usé des précautions commandées par les circonstances et par sa situation personnelle. Pour retenir l'intention, à tout le moins par dol éventuel, il importe cependant que le contribuable ait pu reconnaître le caractère erroné de la déclaration fiscale s'il avait agi avec la diligence requise et qu'il ait ainsi été en mesure de la faire corriger (cf. Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, op. cit., N. 73 ad art. 175 LIFD). Selon la jurisprudence, il faut poser des exigences sévères quant à la prévoyance requise: si un contribuable a des doutes sur ses droits et obligations, il doit faire en sorte de les lever ou, du moins, en informer l'autorité fiscale (StE 1989 B. 101.9 n° 6 et les références citées).
b) Dans la procédure d’amende, il incombe à l’autorité de taxation de prouver que l’imposition est incomplète (ATF 2P.215/2002 du 7 avril 2003, consid. 4; ATF du 8 février 1991, reproduit in: RDAF 1993 p. 32); à défaut de preuve matérielle, un faisceau d’indices concordants peut suffire (ATF 2P.215/2002, précité, consid. 4.2). La preuve d’un comportement intentionnel doit être considérée comme apportée, en matière de soustraction fiscale, lorsqu’il est établi avec une sécurité suffisante que le contribuable était conscient que les informations qu’il a données étaient incorrectes ou incomplètes. Si l’intention est établie, il faut présumer que le contribuable a délibérément voulu tromper les autorités fiscales, ou du moins, qu’il a agit par dol éventuel, afin d’obtenir une taxation moins élevée; cette présomption ne se laisse pas facilement renverser, car l’on peine à imaginer quel autre motif pourrait conduire le contribuable à fournir au fisc des informations qu’il sait inexactes ou incomplètes (cf. ATF 114 Ib 27 consid. 3a p. 29/30; 2A.351/2002 du 5 novembre 2002 consid. 3.3; 2P.237/2001 du 6 mars 2002 consid. 5.2, et les arrêts cités; arrêt FI.1995.0013 du 31 août 2000, consid. 4a). Il incombe alors au contribuable d’infirmer ces éléments par la preuve du contraire, du moment que les faits, établis sur la base d’indices précis, sont hautement vraisemblables (ATF 2P.215/2002, précité, consid. 4.2; arrêt FI.1992.0100 du 29 septembre 2000, consid. 4a). Lorsque des éléments imposables ne figurent pas dans la déclaration, on peut admettre ordinairement qu’il y a intention de les soustraire à l’impôt (arrêts FI.1992.0100, précité, consid. 4a ; FI.1993.0126 du 17 juillet 2000, consid. 1a). On doit admettre que celui qui déclare un revenu de loin inférieur à son revenu réel a conscience que les indications qu’il donne sont fausses ou incomplètes et, partant, qu’il agit intentionnellement (arrêt FI.1992.0100, précité, consid. 4a). Le contribuable ne saurait à cet égard prétendre que l’insuffisance de taxation est due au comportement de l’autorité de taxation, laquelle aurait négligé de procéder aux vérifications propres à éviter l’erreur (ATF 100 Ib 480; cf. en outre Torrione, op. cit., p. 1025, et les références citées). Pour le surplus, le juge de l’amende est libre d’utiliser les documents et renseignements librement fournis par le contribuable dans le cadre de la procédure de taxation (Torrione, op. cit., p. 907ss, spéc. p. 1045).
c) Tant en droit fédéral qu'en droit cantonal harmonisé, l’amende est fixée en règle générale au montant de l’impôt soustrait; si la faute est légère, elle peut être réduite jusqu’au tiers de ce montant; si elle est grave elle peut être au plus triplée (art. 175 al. 2 LIFD et 242 al. 2 LI). La tentative est réprimée de l’amende (art. 176 al. 1 LIFD et 243 al. 1 LI), fixée au deux tiers de la peine qui serait infligée si la soustraction avait été commise intentionnellement et consommée (art. 176 al. 2 LIFD et 243 al. 2 LI).
Conformément à l’art. 47 CP, disposition correspondant à l'art. 63 CP dans son ancienne teneur), la peine est fixée d’après la culpabilité de l’auteur, en tenant compte de ses antécédents, de sa situation personnelle ainsi que de l'effet de la peine sur son avenir. Le montant de l’amende est ainsi déterminé d’après la situation de l’auteur, de façon à ce que la perte à subir constitue une peine correspondant à sa culpabilité (ATF 114 Ib 27 consid. 4a p. 30/31; 2P.237/2001 du 6 mars 2002, consid. 6.1, et les arrêts cités; arrêts FI.2006.0068, consid. 8, FI.1993.0126 du 17 juillet 2000, consid. 2b; FI.1993.0103 du 1er novembre 1999, consid. 8c; FI.1997.0158 du 2 juillet 1998, consid. 2b; cf. également la circulaire n°21 de l’Administration fédérale des contributions, relative au rappel d’impôt et au droit fiscal pénal selon la LIFD, reproduite in: Archives 64 p. 539 ss, ch. 2.4).
La peine "ordinaire" - qui correspond au montant de l'impôt soustrait - est généralement prononcée lorsque l’acte punissable a été commis intentionnellement, en l’absence de circonstances aggravantes ou de circonstances atténuantes (cf. Roman Sieber, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/2b, vol. 2, Zweifel/Athanas [éds], 2ème éd. Bâle 2008, N. 45 ad art. 175 LIFD). Par faute grave, il faut comprendre entre autres la récidive de même que l’attitude continuellement récalcitrante du contribuable vis-à-vis des autorités fiscales. Il y a également circonstance aggravante lorsque le contribuable dispose de connaissances fiscales particulières (cf. Circulaire AFC n° 21 du 7.4.1995; RDAF 1996, 32). Quant à la faute légère, elle peut exister dans les cas de circonstances atténuantes mentionnées à l’art. 48 CP (correspondant à l'ancien art. 64). A cet égard, l’attitude coopérante du contribuable lors de l’établissement des faits doit être appréciée sous l’angle d’une atténuation de la faute (cf. Peter Agner/Angelo Digeronimo/Hans-Jürg Neuhaus/Gotthard Steinmann, Commentaire de la loi sur l'impôt fédéral direct, Complément, Zurich 2001, p. 374 ch. 2.4).
5. Dans la procédure ayant abouti à l’arrêt du 28 mars 2013, l’autorité intimée a mis en avant deux éléments qui lui ont permis de reprocher à la recourante d’avoir commis une soustraction d’impôt, respectivement une tentative de soustraction.
a) La recourante a ouvert, dans sa comptabilité, un compte de charges n°3005, dans lequel elle enregistre les achats de pneumatiques pour ses véhicules. Or, le contrôle fiscal a permis de révéler que pour une certaine quantité de pneumatiques, ces achats n’étaient pas documentés. Cela concerne en l’occurrence des montants de 101'670 fr. pour 2001, 120'000 fr. pour 2002, 105'448 fr. pour 2003, 75'800 fr. pour 2004 et 136'717 fr. pour 2005, à hauteur desquels une reprise a été opérée. Cette reprise a été confirmée dans l’arrêt FI.2011.0063/0064.
Sur le plan objectif, la soustraction est réalisée. La recourante, qui est une société anonyme, doit tenir une comptabilité (cf. art. 662 ss, 957 CO) et observer les règles du droit commercial sur la comptabilisation des charges. On rappelle à cet égard que la comptabilité est tenue conformément au principe de régularité, qui comprend notamment: la justification de chaque enregistrement par une pièce comptable (art. 957a al. 2 CO). En vigueur sans doute depuis le 1er janvier 2013, cette dernière disposition ne fait que consacrer le principe préexistant de la documentation des écritures comptables (v. Manuel suisse d’audit, vol. I, Zurich 1998, pp. 12-13). Or, la recourante s’est ici affranchie de ce principe puisqu’elle a passé dans un compte de charges des écritures sans disposer de contrepartie justificative. Le résultat bénéficiaire de cinq des exercices annuels de la recourante a ainsi été grevé de manière indue. Cela a eu pour effet que la taxation des exercices 2001 et 2004 était en réalité insuffisante et incomplète, ce dont l’autorité fiscale ne pouvait se rendre compte avant qu’un contrôle ne soit opéré dans les livres de la recourante.
Sur le plan subjectif, le Tribunal a relevé, dans l’arrêt du 28 mars 2013, que l’achat des pneumatiques sans quittance frappait en l’occurrence par sa régularité, de trois à huit fois l’an, ainsi que par son importance, puisque ce poste représente 40% des charges totales de la rubrique n°3005 en 2001, 72% en 2002, 53% en 2003, 38% en 2004, 65% en 2005. La recourante a expliqué qu’elle avait acquis ces lots au cours de ventes aux enchères, mais également auprès de garages en difficulté. Après avoir tenté de soutenir qu’aucun justificatif n’était en règle générale fourni par les offices des poursuites chargés des ventes forcées, elle a dû, durant la procédure de recours contre la décision de rappel d’impôts, concéder le fait que deux heures après l’adjudication, des quittances d’achat auraient pu lui être délivrées si elle en avait fait la demande. Quoi qu’il en soit, la recourante devait obtenir des quittances en contrepartie de ses achats. Bien que ces quittances fussent disponibles, la recourante y a cependant renoncé, de façon délibérée au demeurant. Faute de quittance, elle dit avoir renoncé en outre à récupérer la TVA préalablement perçue par le vendeur, ensuite de ces achats. C._ a en outre expliqué en audience qu’il gardait des sommes en espèces pour ces achats; aucun avis de débit ne permet par conséquent de pallier l’absence de quittance. Force est dès lors de constater que la recourante a ainsi comptabilisé des écritures non documentées, avec conscience et volonté. En audience, les représentants de la recourante ont sans doute expliqué qu’ils avaient mis en œuvre une fiduciaire réputée sur la place pour réviser les comptes. Or, ils n’ont pas le souvenir de ce que ce réviseur leur ait fait une remarque formelle au sujet de l’absence de documentation des écritures. Quoi qu’il en soit, la recourante ne saurait se libérer en invoquant une prétendue négligence de son réviseur. Le contribuable qui s’adjoint les services d’un mandataire ne doit pas s’abriter derrière celui-ci pour échapper à sa responsabilité pénale et se trouver ainsi favorisé par rapport au contribuable qui accomplit personnellement ses obligations (Monti, op. cit., p. 65, réf. citée). La recourante a pris le risque, assumé, que cette comptabilisation non-conforme et d’une certaine ampleur, ait pour effet de diminuer fictivement son résultat comptable et par conséquent, sa dette fiscale. Du reste, ses représentants en étaient parfaitement conscients, puisqu’ils ont expliqué avoir cessé, dès l’année 2007, d’acquérir des pneus aux enchères forcées.
Les éléments constitutifs objectifs et subjectifs sont par conséquent réunis. C’est dans cette mesure qu’il y a lieu effectivement de reprocher à la recourante une soustraction d’impôt durant les années 2001 à 2004, puisque les taxations de ces quatre périodes sont entrées en force et se sont avérées incomplètes, comme le prescrivent les art. 175 al. 1 LIFD et 242 al. 1 LI. Durant la période 2005, le comportement de la recourante est en revanche constitutif d’une tentative de soustraction, puisque les éléments soustraits ont été découverts avant que cette dernière taxation ne soit entrée en force, au sens où l’entendent les art. 176 al. 1 LIFD et 242 al. 1 LI.
b) L’autre volet a trait à la comptabilisation, dans les charges de la recourante, de l’achat d’un véhicule Audi A3, le 23 février 2004, au prix de 42'323 fr.40. Or, la jouissance exclusive de ce véhicule a été laissée à G._, épouse de l’un des administrateurs et actionnaires, C._. La recourante a également pris à sa charge tous les frais d’utilisation de ce véhicule, y compris l’amortissement, pour un montant de 16'929 fr. en 2004 et de 10'158 fr. en 2005 (montants qui ressortent d'une estimation de l'ACI et correspondant à 40% du prix d'achat du véhicule). Le permis de circulation a été annulé le 14 octobre 2005. L’autorité intimée a repris dans les comptes de la recourante le produit du rendement imputé à ce véhicule; elle a retenu un coût financier de 2% du montant de l’investissement, un amortissement de 10% et une marge de 3%, soit 15% au total. Ainsi, elle a fixé la reprise à 4'300 fr. pour 2004 et 5'200 fr. pour 2005. Ces montants ont été confirmés dans l’arrêt FI.2011.0063/0064. Sans doute. cette méthode de calcul de la reprise a, depuis lors, été remise en cause par le Tribunal fédéral dans l’ATF 2C_589/2013 & 2C_590/2013 du 17 janvier 2014 (cf. consid. 8.2), dans un contexte différent cependant (la société avait acquis la propriété d’un véhicule de luxe, non utilisé quotidiennement, à l'aide de ses propres liquidités et en avait aussitôt remis la jouissance exclusive, sans la propriété, à son actionnaire). Il n’y a ainsi pas lieu de s’écarter ici des montants repris par l’autorité intimée.
Sur le plan objectif, l’instruction de la cause FI.2011.0063/64 a démontré que G._ n’avait jamais été au service de la recourante, mais exclusivement de Y. _ SA. La recourante a expliqué à cet égard qu’il avait été convenu avec G._ que sa rémunération soit prise en charge par Y. _ SA et ses frais de véhicule, par la recourante, de sorte qu’aucune reprise ne devait être opérée dans ses comptes. Ces allégations ont été contredites par les pièces du dossier, qui montrent que G._ n’a jamais été l’employée de la recourante. Aucune raison commerciale ne commandait par conséquent à celle-ci de faire l’acquisition de ce véhicule et d’en assumer les frais d’utilisation par sa conductrice. Au contraire, il s’agit bien d’une prestation accordée à un proche de l’actionnaire, constitutive de soustraction. On rappelle à cet égard que selon la jurisprudence citée par l’ATF du 24 octobre 2013, il y a distribution dissimulée de bénéfice, lorsqu'une personne morale fait à ses actionnaires ou à toute personne la ou les touchant de près, sans contre-prestation équivalente, une prestation appréciable en argent, qu'elle n'aurait pas consentie à des tiers dans les mêmes circonstances (ATF 131 II 593 consid. 5.1 p. 607). Encore faut-il que les organes de la société aient pu reconnaître le caractère insolite de cette prestation (ATF 119 Ib 431 consid. 2b p. 435).
Subjectivement, la recourante avait conscience au demeurant de ce qu’en comptabilisant comme charge commerciale une faveur octroyée à un proche de son actionnaire, elle prenait le risque de grever ses résultats comptables pour les exercices 2004 et 2005. Elle ne pouvait l’ignorer et s’est accommodée de ce risque. Il s’ensuit que c’est de manière intentionnelle qu’elle a soustrait, respectivement tenté de soustraire, des montants d’impôts.
6. S’agissant de la quotité des amendes, on relève que les montants suivants ont été repris dans les comptes de la recourante en relation avec ces deux opérations comptables: 101'670 fr. en 2001, 120'000 fr. en 2002, 105'448 fr. en 2003, 80'100 fr. en 2004 et 141'917 en 2005, soit au total 549'315 francs. L’autorité intimée a ainsi prononcé des pénalités équivalant à une fois le montant d’impôt soustrait de 2001 à 2004. Elle a sanctionné la tentative de soustraction en 2005 par une pénalité équivalant au deux tiers du montant d’impôt.
La recourante fait valoir à cet égard trois circonstances qui, selon elle, seraient susceptibles de conduire à l’atténuation des amendes. En premier lieu, elle semble vouloir tirer parti de la répétition d’un acte unique dans le temps, soit en fait la réalisation d’un délit continu, notion de droit pénal (cf. sur ce point, Jean Gauthier, in: Commentaire romand du Code pénal I, Roth/Moreillon [éds], Bâle 2009, ad art. 2 n° 17). Dans la même optique, elle a tenté de soutenir en audience que le concours rétrospectif, tel qu’il est défini à l’art. 49 al. 2 CP, était applicable à la présente procédure et qu’il aurait dû conduire l’autorité intimée à sanctionner son comportement par une pénalité unique, mais en tout cas pas en lui infligeant une amende pour chaque période. Cette discussion n’a pas sa place ici, dès lors que les périodes fiscales sont étanches et que la comptabilisation contraire aux usages commerciaux s’est répétée durant chacune d’elles. Du reste, on peut se demander si le prononcé d’une pénalité unique, couvrant les agissements de la recourante durant l’ensemble des périodes concernées par le contrôle, ne serait pas contraire au texte même de l’art. 175 al. 2 LIFD, aux termes duquel l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait; quoi qu’il en soit, cela reviendrait en l’occurrence à cumuler les montants d’impôt soustraits. Quant à l’art. 49 al. 2 CP, il s’applique d’autant moins en l’occurrence qu’aucune pénalité n’a été infligée à la recourante avant la décision dont est recours. La recourante soutient en deuxième lieu que la pratique des offices des poursuites consistant à ne pas délivrer de quittance lors d’acquisition durant une vente forcée était apparemment connue des autorités fiscales. On peut en douter, ce d’autant plus que les représentants de la recourante ont eux-mêmes admis que deux heures après l’adjudication, il leur était possible d’obtenir une quittance. Enfin, la recourante fait valoir que la faute qui lui est reprochée est légère; elle met en avant à cet effet la coopération dont elle a fait preuve avec les autorités fiscales durant l’enquête. L’autorité intimée a effectivement tenu compte de cette dernière circonstance dans la fixation des amendes. Or, ce facteur d’atténuation de peine est en quelque sorte contrebalancé par la réalisation d’une autre circonstance qui, elle, est susceptible d’aggraver la peine: le concours réel. On doit en effet reprocher à la recourante d’avoir commis une soustraction sur plusieurs années; cela constitue effectivement un facteur d’aggravation de la sanction (cf. Sieber, op, cit., ad art. 175 LIFD n° 47), puisqu’à chaque nouvelle déclaration d’impôt, le contribuable commet une nouvelle soustraction fiscale (Monti, op. cit., p. 73). Quant à la convention passée le 8 mai 2014 avec l’autorité intimée, elle ne porte que sur les modalités du règlement de l’arriéré d’impôts; son contenu devra du reste être réexaminé lorsque le Tribunal aura statué sur les amendes. Cette convention n’est donc pas déterminante pour la fixation des pénalités qui doivent sanctionner le comportement de la recourante.
Par conséquent, la quotité des amendes infligées à la recourante par l’autorité intimée ne prête en aucun cas le flanc à la critique.
7. Les considérants qui précèdent conduisent par conséquent le Tribunal à rejeter le recours et à confirmer la décision attaquée, tant s’agissant de l’impôt fédéral direct que de l’impôt cantonal et communal. La recourante, qui succombe, supportera un émolument de justice (art. 49 al. 1 et 91 LPA-VD). L’allocation de dépens n’entre pas en ligne de compte (art. 55 al. 1 et 91 LPA-VD).