Decision ID: 018a440d-1abc-4df4-b894-0d6d4352be12
Year: 2020
Language: fr
Court: VD_TC
Chamber: VD_TC_031
Canton: VD
Region: Région lémanique
Law Area: public_law

Vu les faits suivants:
A. A._ (anciennement B._; ci-après: la société) est inscrite au Registre du commerce du canton de Vaud depuis le ******** 1974. Son siège est à ******** et elle a pour but depuis le 1er mars 2011: ********. Jusqu’alors, son but était: ********. Elle a pour administrateur avec signature individuelle C._, qui est également l'actionnaire unique de la société.
B. La société tient un inventaire des véhicules qu'elle utilise dans le cadre de son activité. Il s'agit des véhicules suivants pour la période 2006 :
- Mercedes 307 D 1983 (immatriculé VD ********), mentionné comme étant hors d'usage depuis 2005;
- Mercedes 309 D 1989 (immatriculé VD ********), mentionné comme étant peu utilisé dès 2005, puis hors d'usage dès 2008;
- Mercedes 312 D 1998 (immatriculé VD ******** selon l’inventaire, mais qui était en réalité rattaché en 2006 à la plaque d’immatriculation VD ********);
- Mercedes 100 MB 1990 (immatriculé VD ********, puis VD ******** dès 2009);
- Mitsubishi L 300 1995 (immatriculé VD ********);
- Ford Escort 1993 (immatriculé VD ********);
- Opel Omega break 1989 (immatriculé VD ********), mentionné comme hors d'usage dès 2005;
- Ford Courier 1.3 1999 (immatriculé VD ********).
Tous ces véhicules, hormis l'Opel Omega, sont des utilitaires. En 2006 notamment, la société a par ailleurs loué à l'épouse de l'actionnaire le véhicule Mercedes 310 D 1995, le montant de la location acquittée par la société s'élevant à 9'600 francs.
Selon les extraits du Service des automobiles et de la navigation, les plaques d'immatriculations ******** VD ******** et VD ******** (remorque) étaient établies au nom de la société B._, les plaques d'immatriculation VD ********, VD ******** et VD ******** au nom de D._ (épouse de C._), la plaque d'immatriculation VD ******** au nom de E._ (fils de C._), et les plaques d'immatriculation VD ********, VD ********, VD ******** et VD ******** au nom de C._.
La plupart des véhicules mentionnés dans l'inventaire de la société bénéficient de plaques interchangeables avec des véhicules de tourisme, ne figurant pas à l'inventaire.
C. Le 2 novembre 2007, B._ a déposé sa déclaration d’impôt pour l’année 2006; elle a annoncé un bénéfice imposable de 5'917 fr. et un capital imposable de 79'267 francs.
Le 10 juin 2009, l'Office d'impôt des personnes morales (ci-après: l’OIPM) a notifié à B._ la décision de taxation pour la période fiscale 2006, et a arrêté le bénéfice net à 16'900 fr. et le capital imposable à 99'000 francs.
Par proposition de règlement du 15 octobre 2009, l'OIPM a maintenu sa décision du 10 juin 2009, à la suite de la réclamation de la contribuable.
Le 30 avril 2015, l'Administration cantonale des impôts (ci-après : l’ACI), à qui le dossier a été transmis comme objet de sa compétence, a établi une proposition de règlement portant sur les années 2003 à 2010, dans laquelle, pour chaque année fiscale, elle n'a admis en déduction que 4/9e de l'ensemble des frais de véhicules comptabilisés par la société. Celle-ci a contesté cette proposition.
D. Le 26 août 2016, l’ACI a rejeté la réclamation de la société, dans la mesure où elle portait sur la période fiscale 2006. Pour les frais de véhicules, l'ACI a constaté qu'à teneur des inventaires des véhicules fournis, plusieurs véhicules dont les propriétaires sont les époux C._ et D._ et leur fils avaient été activés dans les comptes de la société. L'ACI a admis que ces véhicules remplissaient une fonction utilitaire pouvant être nécessaire à la contribuable. Tous les véhicules inscrits n'avaient toutefois pas été mis en circulation ou n'étaient pas en état de l'être. L'ACI a dès lors établi un ratio (sur un total de neuf véhicules) pour calculer la part privée, en déterminant, pour chaque période fiscale, le nombre de véhicules immatriculés pouvant être considérés comme justifiés commercialement. S’agissant spécifiquement de la période fiscale 2006, l’ACI a procédé à une reprise auprès de la société d'une part privée correspondant à 3/9e de l'ensemble des frais comptabilisés pour 2006.
E. Par acte de son mandataire du 26 septembre 2016, A._ a recouru auprès de la Cour de droit administratif et public (CDAP) du Tribunal cantonal à l'encontre de la décision sur réclamation de l'ACI du 26 août 2016, en concluant à sa réforme, en ce sens que la part privée sur les frais de véhicule correspond à l'addition des frais de réparation et d'exploitation directement attribuables au véhicule privé et d'une quote-part des frais d'exploitation des véhicules non directement attribuables calculés proportionnellement aux kilomètres roulés à titre privé par rapport au total des kilomètres.
F. Par arrêt du 5 avril 2019, le Tribunal cantonal a partiellement admis le recours, qui portait sur les périodes fiscales 2003 à 2010, et partiellement annulé la décision sur réclamation du 26 août 2016 (cause FI.2016.0118). Il a constaté que le droit de taxer la période fiscale 2003 était prescrit et renvoyé, pour les périodes fiscales 2004 à 2010, le dossier à l'Administration cantonale pour nouvelle décision. En substance, le Tribunal cantonal a confirmé le principe des reprises au titre de frais privés de véhicules dans le chef de la société, ainsi que, dans son principe, la méthode de calcul de l'Administration cantonale, mais lui a renvoyé le dossier pour qu'elle établisse un nouveau calcul de l'impôt tenant compte d'un ratio de 4/9e à titre de part privée pour les périodes fiscales 2004 à 2010, 5/9e des frais comptabilisés étant considérés comme justifiés commercialement.
G. A._, agissant par la voie du recours en matière de droit public, a recouru à l’encontre de cet arrêt auprès du Tribunal fédéral, concluant à la réforme de l’arrêt cantonal dans le sens que la reprise de la part non justifiée par l'usage commercial sur les frais de véhicules corresponde à l'addition des frais de réparation et d'exploitation directement attribuables au véhicule privé et d'une quote-part des frais d'exploitation non directement attribuables, calculée proportionnellement aux kilomètres roulés à titre privé par rapport au total des kilomètres, subsidiairement à la proportion entre le véhicule privé et tous les véhicules considérés dans les frais de véhicules.
Par arrêt du 6 novembre 2019 (cause 2C_484/2019), le Tribunal fédéral a confirmé l’arrêt cantonal, en tant qu'il concernait les périodes fiscales 2004, 2005, 2007, 2008, 2009 et 2010, mais a admis le recours en tant qu’il concerne l’impôt fédéral direct (IFD) et l’impôt cantonal et communal (ICC) de la période fiscale 2006 et a annulé l’arrêt cantonal dans la mesure où il porte sur la période fiscale 2006, la cause étant renvoyée au Tribunal cantonal pour nouvelle décision dans le sens des considérants. En substance, le Tribunal fédéral a considéré que le Tribunal cantonal avait violé le droit d’être entendue de la recourante, en ne lui donnant pas l’occasion de s’exprimer au sujet de la reformatio in peius envisagée, consistant en une reprise supplémentaire pour la période fiscale 2006. La violation de cette garantie formelle, qui ne concernait que la période fiscale 2006, devait conduire à l’admission du recours. Pour le surplus, il ressort ce qui suit des considérants de l'arrêt du Tribunal fédéral, s’agissant des reprises relatives aux frais privés de véhicule :
« 7.3. En l'espèce, il n'est pas contesté que des frais relatifs à neuf véhicules, respectivement neuf plaques d'immatriculation, ont été portés en tant que charges commerciales dans les comptes de la société recourante (comptes "véhicules", "frais d'exploitation véhicules" [carburant et huile; pneumatique; taxes et ass. auto] et "frais de réparation véhicules") durant les périodes fiscales en cause.
La recourante admet en outre que, parmi ces frais, certains étaient privés. Il résulte en effet de l'arrêt entrepris que la recourante a reconnu qu'un des véhicules (Mercedes SLK) n'avait qu'une utilisation privée, par l'épouse de l'actionnaire, alors que les frais y relatifs avaient été portés à la charge de la société. Elle a par ailleurs admis que de nombreux frais de réparation enregistrés dans les comptes de la société se rapportaient à des véhicules de tourisme privés.
Dès lors que des frais privés ont été portés en charge des comptes de la société, c'est à juste titre que le Tribunal cantonal a confirmé le principe d'une reprise. Il convient en outre de qualifier la prise en charge des frais privés de véhicules par la société de distribution dissimulée de bénéfice. En effet, il résulte de l'arrêt entrepris que la recourante n'a pas contesté que la prise en charge de certains frais privés avait bénéficié à son actionnaire unique ou à ses proches (épouse et fils). Il est en outre certain que la société n'aurait pas payé sans contre-prestation ainsi qu'elle l'a fait les frais de véhicules privés de tiers.
7.4. Reste à déterminer les montants à reprendre dans le bénéfice de la société.
7.4.1. Dans son arrêt, le Tribunal cantonal a relevé la grande confusion des comptes de la recourante entre frais privés et commerciaux, l'interchangeabilité des plaques des véhicules de l'entreprise avec des véhicules de tourisme et l'absence d'indications précises quant à l'utilisation des véhicules privés. Pour ces motifs, il a confirmé la méthode de l'Administration cantonale consistant à considérer comme justifiée commercialement une quote-part sur l'ensemble des frais relatifs aux neuf véhicules et plaques d'immatriculation comptabilisés par la société, correspondant au nombre de véhicules et plaques d'immatriculation utiles à l'entreprise, et à reprendre en tant que part privée le solde. Etant donné qu'il avait fixé à cinq véhicules et plaques d'immatriculation sur neuf le nombre de véhicules utiles à l'entreprise, le Tribunal cantonal a arrêté, pour l'ensemble des frais, à 5/9e la part des frais commerciaux et à 4/9e la part des frais privés devant être reprise dans le bénéfice de la société.
7.4.2. La recourante s'oppose à cette méthode. Elle estime tout d'abord que la part privée ne peut correspondre qu'aux frais liés au véhicule Mercedes SLK, dont il est admis qu'il était utilisé par l'épouse de l'actionnaire. On ne pourrait en revanche retenir une part privée en lien avec les véhicules utilitaires écartés par le Tribunal cantonal, ceux-ci n'ayant aucune utilité pour l'actionnaire ou sa famille. Par ailleurs, la recourante s'oppose à une application indifférenciée du ratio de 4/9e à l'ensemble des frais de véhicules. Elle estime que les frais privés à reprendre doivent correspondre, pour les frais de réparation, aux frais directement attribuables au véhicule privé. Pour les frais de circulation (carburant, pneumatique), les véhicules n'ayant pas roulé ne devraient pas être pris en compte.
7.4.3. Il est indéniable que les montants à reprendre dans le bénéfice de la recourante doivent correspondre aux frais privés comptabilisés à tort. En l'occurrence cependant, il est impossible de déterminer avec précision quels sont les frais privés et quels sont les frais commerciaux parmi l'ensemble des frais comptabilisés. En effet, de l'aveu même de la recourante, sa comptabilité est erronée en ce qu'elle comprend de nombreux frais privés de véhicules au titre des charges commerciales. Il est donc justifié de ne pas se fier aux comptes produits par la contribuable pour calculer la part de frais privés à reprendre. Par ailleurs, il a été constaté que les véhicules utilitaires de l'entreprise étaient munis de plaques interchangeables, utilisables sur des véhicules de tourisme, au sujet desquels la recourante n'a fourni aucune indication. Les frais enregistrés en lien avec ces plaques d'immatriculation peuvent donc être aussi bien privés que commerciaux. Contrairement à ce que prétend la recourante, il ne s'agit donc pas de retenir une part privée sur des véhicules utilitaires de l'entreprise qui n'ont pas roulé, mais en lien avec les plaques de ces véhicules.
Compte tenu de la grande confusion constatée dans la comptabilité de la recourante entre les frais privés et les frais commerciaux, du fait que les plaques d'immatriculation utilisées pour les véhicules de l'entreprise pouvaient être employées sur des véhicules de tourisme et que la recourante n'a pas donné d'indications au sujet de ces véhicules de tourisme privés, manquant à son devoir de collaboration, l'application d'une méthode schématique retenant comme frais justifiés commercialement une quote-part de l'ensemble des frais équivalente au nombre de véhicules utiles commercialement n'apparaît pas critiquable.
Il se justifie en outre d'appliquer ce ratio à l'ensemble des frais de véhicules. Pour ce qui a trait aux frais de réparation, on ne saurait en effet suivre la recourante lorsqu'elle indique qu'il faudrait uniquement tenir compte des frais qu'elle-même désigne comme étant privés, puisqu'il a été retenu que sa comptabilité n'était pas probante. Pour ce qui a trait aux frais liés au nombre de kilomètres parcourus par un véhicule (frais d'essence, de pneus, d'huile), l'application du ratio n'aboutit pas comme le prétend la recourante à imputer des frais de carburant à des véhicules qui n'ont pas roulé, mais aux véhicules privés pouvant être munis de plaques d'immatriculation interchangeables et au sujet desquels la recourante n'a fourni aucune information.
En résumé, l'utilisation d'une méthode schématique retenant le principe d'un ratio pour déterminer les frais justifiés ou non commercialement et l'application de ce ratio à l'ensemble des frais de véhicules comptabilisés par la recourante doivent être confirmées.
7.4.4. Sur le vu de ce qui précède et dans la mesure où le Tribunal cantonal a constaté sans arbitraire qu'il fallait retenir que cinq véhicules/plaques d'immatriculation sur neuf étaient utiles commercialement à la recourante durant les périodes litigieuses, c'est à bon droit que l'instance précédente a fixé la part justifiée commercialement à 5/9e et la part privée à 4/9e de l'ensemble des frais. On soulignera au surplus que si la recourante critique la méthode suivie, à aucun moment elle ne prétend, ni a fortiori ne démontre que le ratio retenu aboutirait un résultat arbitraire en ce sens que des charges justifiées commercialement seraient à tort considérées en tant que frais privés. »
H. Le Tribunal cantonal a repris l’instruction de la cause, s’agissant de la seule période fiscale 2006 demeurant litigieuse, sous la référence FI.2019.0183. Il a informé la recourante, par avis du 21 novembre 2019, qu’il envisageait de procéder à une reformatio in peius de la décision sur réclamation de l’ACI du 26 août 2016, s’agissant de la période fiscale 2006. La recourante a eu la possibilité de se déterminer à ce sujet et de retirer son recours.
La recourante s’est déterminée le 20 janvier 2020, indiquant maintenir son recours. Elle a joint à ses déterminations les pièces suivantes: l’acte de décès de E._ en date du 15 janvier 2006 ; diverses attestations médicales relatives à D._; des attestations de F._ et G._; la liste des clients de B._; le rapport d’inspection technique du véhicule Mercedes 307D; la taxe d’inspection technique du véhicule Mercedes 309D ainsi que la taxe de circulation 2006; la taxe automobile 2006 concernant les véhicules Mercedes 312D et 307D; la taxe de circulation du Mitsubishi L300 pour l’année 2006 et la taxe d’inspection technique de ce véhicule en 2006; l’extrait du cahier de travail de F._; les inventaires 2005 et 2006 des véhicules de B._; le détail des comptes 4290 et 4210, des extraits des comptes 4220, 4240, 4241, 4242, 4244, 4245 et 4248, ainsi qu’un extrait du compte 4290 avec un calcul manuscrit séparant les frais privés et commerciaux. La recourante a par ailleurs sollicité l’audition de C._, ainsi que de F._ et de G._.
L’autorité intimée a conclu à la confirmation de l’arrêt du 5 avril 2019 en ce qu’il concerne la période fiscale 2006.
La recourante a répliqué le 11 juin 2020, maintenant ses conclusions.
I. Le Tribunal a statué par voie de circulation, sans ordonner d’autre mesure d’instruction.

Considérant en droit:
1. La recourante sollicite l’audition, en qualité de témoin, de son actionnaire, ainsi que de deux employés de la société.
a) Le droit d'être entendu découlant des art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst.; RS 101) et 27 al. 2 de la Constitution du Canton de Vaud du 14 avril 2003 (Cst.-VD; BLV 101.01) comprend notamment le droit pour l'intéressé de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou, à tout le moins, de s'exprimer sur son résultat lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre. A lui seul, l'art. 29 al. 2 Cst. ne confère pas le droit d'être entendu oralement, ni celui d'obtenir l'audition de témoins ou la mise en œuvre d’un expert. Le droit d'être entendu n'empêche pas l'autorité de mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient pas l'amener à modifier son opinion (ATF 140 I 285 consid. 6.3.1; 140 I 68 consid. 9.6; 131 I 153 consid. 3 et les arrêts cités). Les art. 29 al. 2 Cst. et 27 al. 2 Cst.-VD n'accordent pas à la partie dans la procédure devant la juridiction administrative le droit inconditionnel d'être entendu oralement, ni celui d'obtenir l’audition de témoins ou la mise en œuvre d’une expertise (ATF 134 I 140 consid. 5.3 p. 148; 122 II 464 consid. 4c p. 469/470).
b) En l'espèce, le Tribunal ne voit pas quels éléments d'appréciation pourrait apporter l'audition des témoins, leurs attestations écrites figurant déjà au dossier. Quant à l’actionnaire de la recourante, il en est le seul représentant et a pu s’exprimer à ce titre dans le cadre des diverses écritures produites. Il y a donc lieu de rejeter, par appréciation anticipée des preuves, ces mesures d'instruction.
2. a) Les tribunaux cantonaux, lorsqu’ils se prononcent sur une question relevant tant de l’impôt fédéral direct que de l’impôt cantonal et communal, comme en l’occurrence, doivent en principe rendre deux décisions – qui peuvent toutefois figurer dans le même arrêt -, l’une pour l’impôt fédéral direct et l’autre pour l’impôt cantonal et communal, avec des motivations séparées et des dispositifs distincts, ou du moins un dispositif distinguant expressément les deux impôts. Cette exigence se justifie par le fait qu’il s’agit d’impôts distincts, qui reviennent à des collectivités différentes et font l’objet de procédures et de taxations séparées (ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262, et les références citées). Il y a lieu cependant de relativiser cette jurisprudence lorsque la question juridique à trancher par l’autorité cantonale de dernière instance est réglée de la même façon en droit fédéral et en droit cantonal harmonisé et peut, partant, être soumise à un raisonnement identique. Dans un tel cas, il est admissible de statuer sur le litige par un seul arrêt, sans que le dispositif ne distingue entre les deux catégories d’impôt; encore faut-il que la motivation de l’arrêt permette de saisir clairement que l’arrêt vaut aussi bien pour un impôt que pour l’autre (ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262/263).
b) En l’espèce, les questions à trancher sont les mêmes pour les deux catégories d’impôt; la notion de prestation appréciable en argent en matière d'ICC, et partant l'application de la théorie du triangle, est traitée de manière identique à celle qui prévaut en matière d'IFD. Le Tribunal statuera dès lors en un seul arrêt, sans distinguer entre l’impôt fédéral direct, d’une part, et l’impôt cantonal et communal, d’autre part, comme la jurisprudence qui vient d’être rappelée lui permet de le faire (cf. arrêt FI.2016.0037 du 16 décembre 2016 consid. 2).
3. Le litige a trait en l’espèce exclusivement à la reprise dans le bénéfice de la recourante des frais de véhicules privés pour la période fiscale 2006. La recourante se plaint de la violation de l'art. 58 al. 1 let. a et b de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct du 14 décembre 1990 (LIFD; RS 642.11) et estime que la proportion retenue à titre de part privée sur les frais de véhicules n’est pas justifiée.
a) Aux termes de l'art. 57 LIFD, l'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net. D'après l'art. 58 al. 1 let. a LIFD, le bénéfice net imposable comprend le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent. Cette disposition énonce le principe de l'autorité du bilan commercial, selon lequel les comptes, et notamment le compte de résultats, établis conformément aux règles du droit commercial lient les autorités fiscales à moins que le droit fiscal ne prévoie des règles correctrices particulières (ATF 137 II 353 consid. 6.2 p. 359 s.). L'autorité du bilan commercial tombe en revanche lorsque des normes impératives du droit commercial sont violées ou que des normes fiscales correctrices l'exigent (ATF 141 II 83 consid. 3 p. 85; 137 II 353 consid. 6.2 p. 359 s.).
L'art. 58 al. 1 let. b LIFD constitue une telle règle fiscale correctrice (cf. arrêt TF 2C_766/2014 du 31 août 2015 consid. 9). Selon cette disposition, le bénéfice net imposable comprend tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultats, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial. L'art. 58 al. 1 let. b LIFD dresse une liste exemplative des éléments dont la déduction n'est pas admise. En font notamment partie les distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial (art. 58 al. 1 let. b 5e tiret LIFD).
Selon la jurisprudence, sont justifiées par l'usage commercial les dépenses qui apparaissent comme acceptables du point de vue commercial (cf. ATF 142 II 488 consid. 3.6.8 p. 503; 124 II 29 consid. 3c p. 33; 113 lb 114 consid. 2c p. 118 s.; arrêt 2C_509/2019 du 3 octobre 2019 consid. 4.3). La justification commerciale d'une dépense dépend de son contexte. Sa nécessité effective pour l'entreprise n'est pas déterminante. Il suffit qu'il existe un rapport de causalité objectif entre la dépense et le but économique de l'entreprise. Le lien de causalité existe lorsque la dépense aurait été consentie par un gestionnaire ordinaire faisant preuve de la diligence objective requise par le droit commercial. Tel n'est pas le cas des dépenses qui ne servent qu'à l'entretien de l'actionnaire ou à son propre plaisir. Dans ce cas, la société grève indûment son compte de résultats en prenant à sa charge des dépenses privées sous couvert de frais commerciaux (cf. arrêts TF 2C_509/2019 du 3 octobre 2019 consid. 4.3; 2C_124/2016 du 31 janvier 2017 consid. 6.1 et les arrêts cités; 2C_697/2014 du 1er mai 2015 consid. 2.2, in RDAF 2016 II 413). Lorsque des frais s'expliquent pour des raisons en partie commerciales, en partie privées, il faut procéder à une répartition entre une part commerciale et une part privée (cf. arrêts TF 2C_509/2019 du 3 octobre 2019 consid. 4.3; 2C_374/2014 du 30 juillet 2015 consid. 2.3, in RDAF 2016 II 70). L'estimation de la part privée relève du pouvoir d'appréciation de l'autorité de taxation, qui peut retenir des solutions forfaitaires (cf. Yves Noël, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, Noël/ Aubry Girardin [édit.], 2e éd., 2017, n° 28 ad art. 27 LIFD).
De jurisprudence constante, il y a distribution dissimulée de bénéfice lorsque les quatre conditions cumulatives suivantes sont remplies: 1) la société fait une prestation sans obtenir de contre-prestation correspondante; 2) cette prestation est accordée à un actionnaire ou à une personne le ou la touchant de près; 3) elle n'aurait pas été accordée dans de telles conditions à un tiers; 4) la disproportion entre la prestation et la contre-prestation est manifeste de telle sorte que les organes de la société auraient pu se rendre compte de l'avantage qu'ils accordaient (ATF 140 II 88 consid. 4.1 p. 92).
En ce qui concerne le fardeau de la preuve et selon le principe général de l'art. 8 CC, il appartient à l'autorité fiscale d'établir les faits qui justifient l'assujettissement et qui augmentent la taxation, tandis que le contribuable doit prouver les faits qui diminuent la dette fiscale ou la suppriment (cf. ATF 140 II 248 consid. 3.5 p. 252; 121 II 257 consid. 4c) aa) p. 266). C'est partant à la société qui fait valoir une dépense d'apporter la preuve de son existence, ainsi que de sa justification commerciale (arrêts TF 2C_232/2015 du 20 août 2015 consid. 5.1; 2C_697/2014 du 1 er mai 2015 consid. 2.3). En revanche, il appartient en principe au fisc de prouver l'existence de prestations appréciables en argent faites par la société, sans contre-prestation, à ses actionnaires. Le contribuable n'a donc pas à supporter les conséquences d'un manque de preuves, à moins qu'on ne puisse lui reprocher une violation de ses devoirs de collaboration (cf. arrêts TF 2C_124/2016 du 31 janvier 2017 consid. 6.2; 2C_589/2013 du 17 janvier 2014 consid. 7.2; 2C_60/2013 du 14 août 2013 consid. 6.1; 2C_567/2012 du 15 mars 2013 consid. 6.3).
b) Les frais de véhicules font partie des dépenses nécessaires pour la marche de l'entreprise; ils ne sont toutefois admis en déduction du résultat que s'ils sont justifiés par l'usage commercial, à l’exclusion de la couverture des besoins privés de l'actionnaire ou de proches de ce dernier (art. 58 al. 1 lit. b LIFD, a contrario; art. 94 al. 1 let. b de la loi vaudoise sur les impôts directs cantonaux du 4 juillet 2000 [LI; BLV 642.11], a contrario). Il appartient dans cette situation au contribuable de prouver que tous les frais comptabilisés ont effectivement été assumés à titre professionnel. La mise à disposition d’un véhicule de l’entreprise à l’actionnaire ou à un proche de celui-ci implique en contrepartie la comptabilisation d’une part privée. En pareil cas, lorsque la reprise dans les comptes de l’entreprise d'une part privée sur les frais de véhicules de l'entreprise se justifie, il a été admis que l’autorité fiscale puisse se conformer à sa pratique en reprenant un montant correspondant selon la norme TVA à 12% du prix d'achat des véhicules (arrêt FI.2014.0080 du 28 octobre 2015 consid. 7d et les références citées).
c) Le Tribunal cantonal a en l’occurrence déjà constaté ce qui suit, s’agissant des frais de véhicules comptabilisés par la recourante (arrêt FI.2016.0118 du 5 avril 2019 consid. 5b et 5c):
« b) En l'occurrence, il n'est pas contesté par la recourante que des frais privés ont été comptabilisés, notamment pour ce qui concerne les frais de réparation des véhicules (compte 4240). Elle admet en effet spontanément que seuls 826 fr. 50 sur un total de 1'454 fr. 80 en 2006 sont justifiés commercialement. L'ampleur de la confusion entre frais privés et frais justifiés par l'usage commercial permet déjà de mettre sérieusement en doute la valeur de la comptabilité de la recourante. On peut également s'étonner du fait que la recourante ait pris à sa charge les frais de réparation des véhicules qu'elle loue, ce qui ne paraît pas correspondre à l'usage commercial.
S'agissant des frais comptabilisés à titre de carburant et huile (compte 4210) et de pneumatique (compte 4220), la recourante ne conteste pas non plus le bien-fondé d'une reprise en relation avec des charges qui ne sont pas justifiées commercialement. Plutôt que l'application d'un ratio tel que calculé par l'autorité intimée, la recourante demande que les coûts y relatifs soient ventilés en fonction des kilomètres parcourus par les véhicules. La recourante a fourni à cet égard des indications permettant d'établir le nombre de kilomètres parcourus chaque année par les véhicules figurant à l'inventaire. Dès lors que tous les véhicules utilisés par la société disposent de plaques interchangeables avec des véhicules utilisés à titre privé, dont on ignore le kilométrage, il n'est pas possible de déterminer objectivement la part des frais privés et commerciaux. Compte tenu en outre de la faible valeur probante qu'il convient d'attribuer à la comptabilité de la recourante, on ne saurait retenir que l'intégralité des frais comptabilisés dans les comptes 4210 et 4220 est justifiée commercialement. Dans ces circonstances, l'application d'un ratio, comme l'a fait l'autorité intimée, paraît justifiée.
Le même raisonnement peut s'appliquer, s'agissant des assurances, ce que la recourante admet d'ailleurs, du fait de l'impossibilité d'évaluer le surcoût lié à l'interchangeabilité de la plaque.
Pour établir le ratio applicable, l'autorité intimée s'est référée au nombre total de plaques d'immatriculation apparaissant dans la comptabilité de la recourante, soit neuf. Elle a rapporté cette valeur au nombre d'immatriculations correspondant à des véhicules dont l'utilisation commerciale avait pu être démontrée. Cette manière de procéder, même si elle apparaît très schématique, doit être confirmée. On ne saurait, à l'instar de la recourante, faire grief à l'autorité intimée de s'être attachée aux immatriculations, plutôt qu'aux véhicules pris individuellement. Compte tenu de l'interchangeabilité de la majorité des plaques d'immatriculation avec des véhicules privés et en l'absence de toute indication fournie par la recourante en relation avec l'utilisation de ces véhicules privés, l'autorité intimée n'avait en effet d'autre choix, pour estimer le montant des parts privées à comptabiliser, que de s'appuyer sur les seules données dont elle avait connaissance.
Reste à examiner si le ratio retenu par l'autorité intimée est justifié, s'agissant de la seule période fiscale 2006 qui fait encore l'objet du présent litige.
c) Pour déterminer le nombre de véhicules présentant une utilité commerciale, l'autorité intimée s'est appuyée sur l'inventaire des véhicules fourni par la recourante dans le cadre de la procédure de réclamation. Ce document, qui répertorie la flotte de véhicules de l'entreprise et leur kilométrage au 31 décembre de chaque année, paraît constituer une base relativement fiable pour déterminer l'utilité commerciale des véhicules qui y figurent. Hormis la Mercedes SLK 200, exclusivement utilisée à des fins privées, tous les véhicules mentionnés dans l'inventaire sont en effet des utilitaires, avec caisse isothermique ou isolation thermique. Il convient dès lors de présumer qu'ils sont effectivement affectés au but de la société recourante, dont l'activité, durant les périodes fiscales litigieuses, portait majoritairement sur le transport de poisson. Le seul fait que ces véhicules soient immatriculés au nom de l'actionnaire de la société ou de l'un des membres de sa famille ne permet pas de renverser cette présomption. Il est en revanche exclu de prendre en considération les véhicules privés Opel Vectra et Opel Omega break, qui ne figurent pas à l'inventaire et dont l'utilité commerciale n'a nullement été démontrée. Ainsi que le relève à juste titre la recourante, il convient toutefois d'ajouter à cette liste le véhicule Mercedes 310 D (pour les périodes 2004 à 2008, avant son rachat par la société), et le véhicule Ford Transit 280 S (pour les périodes 2009 et 2010). Ces véhicules étant loués à l'actionnaire, respectivement à son épouse, il est normal qu'ils ne figurent pas à l'inventaire des véhicules dont la société est propriétaire. La recourante avait toutefois à en assumer les coûts de fonctionnement, de sorte qu'il apparaît justifié que leur utilisation grève le résultat de la recourante.
L'autorité intimée était en revanche fondée à retrancher de la liste des véhicules fournie par la recourante ceux qui n'ont pas circulé durant l'année prise en considération. Même s'il s'agissait, comme le soutient la recourante, de véhicules de dépannage conservant une utilité commerciale, le fait qu'ils bénéficient de plaques interchangeables avec des véhicules privés conforte dans l'idée que leur utilité commerciale était minime. On doit en revanche admettre la possibilité, pour la recourante, de démontrer que les indications figurant dans l'inventaire sont erronées et lui permettre de prouver l'effectivité de l'utilisation commerciale d'un véhicule. »
Dans le cadre de l’arrêt 2C_484/2019 du 6 novembre 2019, le Tribunal fédéral a confirmé l’arrêt cantonal, dans la mesure où il concernait les périodes fiscales 2004, 2005, 2007, 2008, 2009 et 2010. Aux considérants 7.3 et 7.4 de son arrêt, il a en particulier confirmé que l’utilisation d’une méthode schématique retenant le principe d’un ratio pour déterminer les frais justifiés ou non commercialement et l’application de ce ratio à l’ensemble des frais de véhicules comptabilisés par la recourante devait être confirmées. On ne discerne pas pour quelle raison cette conclusion ne devrait pas trouver application s’agissant de la période fiscale 2006. Dans ces circonstances, il n’y a pas de motif de s’écarter de la méthode précédemment utilisée pour déterminer les frais non justifiés commercialement. Il convient ainsi uniquement d’examiner si le ratio établi pour la période fiscale 2006 doit être confirmé.
d) Pour la période fiscale 2006, l'autorité intimée a exclu la prise en compte du véhicule Mercedes 307 D (immatriculé VD ********), au motif qu'il n'avait parcouru aucun kilomètre en 2006. Elle a considéré que, sur les sept plaques d'immatriculation répertoriées à l'inventaire, six pouvaient être considérées comme étant justifiées commercialement.
La recourante n'est pas parvenue à démontrer que le véhicule Mercedes 307 D avait roulé en 2006, ni son utilisation en tant que frigo de dépannage, l'inventaire précisant expressément que le véhicule est hors d'usage. Les conclusions du rapport d’inspection technique de ce véhicule attestent uniquement que celui-ci est en état de circuler. Cela ne signifie pas encore qu’il était effectivement utilisé. On ne peut pour le surplus considérer que le témoignage écrit de F._, établi près de quinze ans plus tard, permette de remettre en cause ce constat, la valeur probante de l’inventaire étant manifestement supérieure. L'inventaire fait également ressortir que les véhicules Mercedes 309 D (immatriculé VD ********) et Mitsubishi L300 (immatriculé VD ********) n'ont effectué aucun kilomètre en 2006, de sorte que l'utilité commerciale de ces deux immatriculations peut également être niée. Les pièces nouvelles produites par la recourante ne permettent pas d’établir le contraire. Le paiement des taxes d’inspection technique et des taxes de circulation ne constituent pas une preuve du fait que ces véhicules ont roulé en 2006. Il en va de même de l’extrait du cahier de travail de l’employé de la recourante, qui illustre seulement des travaux entrepris par ce dernier sur ce véhicule et non son utilisation effective dans le cadre de l’activité de la recourante. On relèvera, par surabondance, que la taxe automobile 2006 concernant les véhicules Mercedes 312D et 307D montre que ces deux utilitaires bénéficiaient en réalité (contrairement aux indications ressortant de l’inventaire produit par la recourante) d’un jeu de plaques interchangeables. Dès lors que l’utilité commerciale du véhicule Mercedes 312D a été admise, il importe peu que celle-ci soit également reconnue pour le véhicule Mercedes 307D. La recourante ne saurait en outre tirer argument des inventaires qu’elle avait initialement produits, et qui sont contredits par les inventaires remis dans le cadre de la procédure pendante auprès du Tribunal cantonal.
En tenant compte du véhicule en location Mercedes 310 D, le nombre d'immatriculations pouvant être rattachées à des véhicules dont l'utilité commerciale est démontrée se monte dès lors à cinq, en lieu et place des six retenues par l'autorité intimée.
e) La recourante conteste l'application de ce ratio à l'ensemble des frais de véhicules qu'elle a comptabilisés. Ses reproches concernent principalement les frais de réparation, qui, dès lors qu'ils peuvent être rattachés aisément à chaque véhicule figurant à l'inventaire, devraient être déduits des frais totaux. Ces remarques, certes non dénuées de fondement, ne sont pas déterminantes. A suivre la recourante, il faudrait en effet appliquer un ratio différent pour tenir compte des particularités inhérentes à chaque compte. La nécessité d'établir un ratio tient précisément au fait que la majorité des charges comptabilisées ne peuvent être identifiées comme étant privées ou commerciales. L'autorité intimée était fondée, par mesure de simplification, d'appliquer un ratio à l'ensemble des frais de véhicules comptabilisés. Si les parts privées ainsi établies, rapportées au nombre de kilomètres supposés parcourus, paraissent élevées, il ne faut pas perdre de vue que deux personnes au moins (soit l'actionnaire de la société et son épouse) ont bénéficié de la comptabilisation de certains frais privés qu'ils avaient à assumer. Le décès de l’un des fils de l’actionnaire de la recourante au début de l’année 2006 n’y change rien, de même que le fait que son épouse ait été temporairement dans l’incapacité de conduire un véhicule automobile pour des raisons de santé. Dans la mesure où la recourante n’a pas pu démontrer la justification commerciale des charges dont elle revendique la déduction de son bénéfice imposable, elle échoue à établir l’existence d’un fait dont elle a la charge de la preuve.
f) Il n'est enfin pas contesté par la recourante que la prise en charge de certains frais privés a directement profité à son actionnaire ou à ses proches. La reprise doit dès lors être confirmée dans son principe, le dossier étant renvoyé à l'autorité intimée pour qu'elle établisse un nouveau calcul de l'impôt, tenant compte d'un ratio de 4/9e appliqué aux frais de véhicules à titre de part privée, 5/9e des frais comptabilisés étant considérés comme justifiés commercialement.
4. a) Conformément à l'art. 143 al. 1 LIFD, la commission cantonale de recours prend sa décision après instruction du recours. Après avoir entendu le contribuable, elle peut également modifier la taxation au désavantage de ce dernier. L'art. 89 al. 2 et 3 de la loi vaudoise sur la procédure administrative du 28 octobre 2008 (LPA-VD; BLV 173.36) prévoit que l'autorité peut modifier la décision à l'avantage ou au détriment du recourant, mais que, dans ce dernier cas, elle l'en informe et lui impartit un délai pour se déterminer ou pour retirer son recours.
L'obligation, pour l'autorité de recours qui envisage de procéder à une reformatio in pejus de la décision attaquée, d'avertir le recourant de son intention et de lui donner l'occasion de s'exprimer résulte directement de la garantie constitutionnelle du droit d'être entendu (ATF 122 V 166 consid. 2a p. 167). Conformément à la jurisprudence, cette obligation s'applique chaque fois que l'autorité de recours entend modifier la décision attaquée devant elle au détriment du contribuable, sans égard aux raisons de la modification envisagée (cf. arrêt TF 2A.403/2002 du 24 mars 2003 consid. 2.2, in RDAF 2003 II 369 [à propos de l'art. 143 al. 1 LIFD]).
b) En l’occurrence, la recourante a été dûment avertie de l’intention du Tribunal cantonal de procéder à une reformatio in pejus de la décision attaquée. La recourante a eu l’occasion de s’exprimer à ce sujet et de retirer son recours. Elle a confirmé vouloir maintenir son recours.
5. Le recours, dans la mesure où il porte sur la période fiscale 2006, doit être rejeté. La décision attaquée est réformée en défaveur de la contribuable, en ce sens que la reprise des frais non justifiés par l'usage commercial correspond à un ratio de 4/9e des charges comptabilisées à titre de "frais de véhicule". La cause doit être ainsi renvoyée à l’autorité intimée, pour qu’elle procède à une nouvelle détermination des éléments imposables de la recourante en tenant compte de la modification de cette reprise. La répartition des frais et dépens, telle qu’elle ressort de l’arrêt rendu dans la cause FI.2016.0118, est confirmée.