Decision ID: aa3fc3b9-11f8-4224-8dbc-75f147b8ddcb
Year: 2009
Language: fr
Court: VD_TC
Chamber: VD_TC_031
Canton: VD
Region: Région lémanique
Law Area: public_law

Vu les faits suivants
A. La société X._ SA (ci-après: X._ SA ou la recourante), ayant son siège à ********, avait pour but la commercialisation de tout article dans le domaine de la chaussure, de la maroquinerie, du sport, de la confection et autres secteurs assimilés. A.X._ et B.X._ en étaient à la fois les actionnaires (chacun détenant 50% du capital) et les administrateurs. La société X._ SA a été dissoute le 10 mai 2006 par l'assemblée générale. Elle est entrée en liquidation le 26 mai 2006 (date de la publication dans la FOSC).
B. Le 24 juin 2002, l'Administration cantonale des impôts (ci-après: l'ACI) a adressé à la société X._ SA un avis d'ouverture d'enquête pour soustraction fiscale. Elle a relevé qu'il ressortait de ses investigations que le bénéfice imposable annoncé par la société était inexact pour diverses raisons, notamment l'absence de comptabilisation d'une part privée sur les frais de voyage et de repas, ainsi que la prise en charge de primes d'assurance-vie au bénéfice des actionnaires, non justifiées commercialement.
A l'ouverture d'enquête, les taxations fédérales, cantonales et communales de la société X._ SA pour les périodes 1995, 1996, 1997, 1998 étaient définitives; celles des périodes 1999 et 2000 provisoires.
Au terme des opérations de contrôle, le 24 août 2004, l'ACI a adressé à la société X._ SA un avis de prochaine clôture, l'informant des reprises et des rappels d'impôts envisagés. Le 4 avril 2005, les administrateurs de la société ont été entendus par l'ACI. Le 7 juin 2005, ces derniers ont transmis à l'ACI leurs observations écrites sur les mesures envisagées.
C. Le 16 septembre 2005, l'ACI et l'Administration cantonale de l'impôt fédéral direct (ci-après: l'ACIFD) ont notifié à la société X._ SA une décision de rappel d'impôt (portant sur le bénéfice imposable, non sur le capital) et de taxation définitive, ainsi qu'un prononcé d'amendes. Ces décisions peuvent être résumés par les tableaux suivants:
Impôt fédéral direct (ci-après: IFD)
Périodes fiscales Différence annuelle entre éléments de bénéfice imposés et imposables Proportion des éléments de bénéfice soustraits Compléments d'impôt par période Amendes 1995 70'200.- 100% 4'221.15 4'200.- 1996 76'200.- 84.24% 4'455.90 3700.- 1997 96'200.- 85.97% 6'582.70 5600.- 1998 106'600.- 71.80% 9'061.- 6'500.- 1999 128'400.- 60.17% 10'914.- 4'300.- 2000 127'000.- 56.44% 10'795.- 4'000.-
Impôt cantonal et communal (ci-après: ICC)
Périodes fiscales Différence annuelle entre éléments de bénéfice imposés et imposables Proportion des éléments de bénéfice soustraits Compléments d'impôt par période Amendes 1997 38'500.- 85.97% 8'099.75 6'900.- 1998 42'200.- 71.80% 9'466.05 6'700.- 1999 49'800.- 60.17% 12'744.15 5'100.- 2000 49'100.- 56.44% 12'607.70 4'700.-
Figurait en annexe à ces décisions le tableau récapitulatif des reprises opérées par l'ACI, exposé ci-dessous:
Pos Libellé Totaux Années de références ou de calcul 1995 1996 1997 1998 1999 2000 ELEMENTS DE REVENUS NON DECLARES OU ERRONES AFFECTANT LE BENEFICE: déf. déf. déf. déf. prov. prov. 1 ELEMENTS SOUSTRAITS A REPRENDRE: Prestations appréciables en argent en faveur de MM. B.X._ et A.X._ 1.1 Compte 4761/71. Assurances. Reprises des primes d'assurances vie sur les polices suivantes, [...]: - Police 1******** avec Y._ Cie assurance Vie – M. A.X._ 2'800 500 2'800 2'800 2'800 2'690 14'390 - Police 2******** avec la Z._ – MM. B.X._ et A.X._ 4'650 4'650 4'650 4'650 4'650 4'650 27'900 - Police 3******** avec la Z._ – M. B.X._ 2'813 2'813 2'813 2'813 2'813 2'813 16'878 1.2 Compte 9902. Assurances. Reprise des frais non justifiés par l'usage commercial. - A._, primes RC pour l'immeuble, à charge du propriétaire 568 568 - A._, primes assurances de choses pour les bâtiments, à charge du propriétaire 1'011 1'011 1.3 Compte 4621/4622/71. Frais organisation et révision. Honoraires non justifiés. - Fid. B._ et M. C._: Honoraires liés aux immeubles appartenant aux MM. A.B.X_ 3'200 3'200 - Fid. C._: Honoraires lés aux déclarations personnelles 4'700 1'600 500 2'150 8'950 1.4 Compte 4782/71. Frais voyages-repas. 2 achats de lunettes chez Créations d'opta à Paris. 1'110 1.5 Compte 4782/71 et 3083/73. Frais de voyages. Répartition de ces 2 comptes en frais de Visa, frais de restaurants, frais forfaitaire JAF et JEF, frais de voyagistes et frais divers admis. Détermination d'une part privée. - 10% sur les frais imputés par la carte de crédit Visa [...] 2'200 2'820 3'470 4'110 3'260 2'700 18'560 - 20% sur les frais de restaurant [...] 7'840 8'210 6'890 5'460 6'410 5'310 40'120 - Reprise de l'augmentation sur les frais forfaitaires alloués dès le 01.01.1996, laquelle n'a pas été approuvée par notre Administration. Les anciens forfaits restent admis. 13'170 15'700 18'650 21'020 68'540 1.6 Compte 4751/71. Cotisations. Part privée concernant Mme C.X._ auprès du D._. [...] 1'500 1'500 1.7 Compte 4103/71/73, 4311/71/73. Leasing, entretien, réparation de véhicules. [...] - Reprise suite à l'utilisation de véhicules de luxe [...] 800 9'070 8'840 8'120 4'530 6'370 37'730 - Reprise d'une part privée selon la norme TVA de 12% sur le prix d'achat [...] 15'440 19'440 19'440 19'440 19'440 18'760 111'960 - Reprise de la totalité des frais de la Jeep Cherokee. Il s'agit du véhicule de C.X._. [...] 21'780 7'860 13'050 8'880 10'380 5'800 67'750 Prestations appréciables en argent en faveur de M. D.X._: 1.10 Compte 4799/71. Frais divers. Reprise des frais liés au décès de M. D.X._. [...] 1.11 Compte 4781/71. Frais de représentation. Reprise partielle d'indemnités kilométriques allouées à M. D.X._. [...] 8'400 8'400 7'200 A déduire: indemnités admises selon la taxation de sa DI personnelle (DI 95/96) -2'700 -2'700 -1'800 TOTAUX SOUSTRACTIONS 70'223 64'163 82'757 76'536 77'243 71'692 442'614 2 ELEMENTS DE REPRISES NE CONSTITUANT PAS UNE SOUSTRACTION: Prestations appréciables en argent en faveur de MM. B.X._ et A.X._ 2.1 [...] 2.2 Compte 4101/71. Loyers. Reprise des loyers mis à charge pour la location d'un bureau au domicile privé des MM. B.X._ et A.X._, soit Fr. 500.- par mois/personne. [...] 12'000 12'000 12'000 12'000 12'000 60'000 Prestations appréciables en argent en faveur de E.X._ 2.10 Compte 4001/71. Salaires. Reprise du salaire et des honoraires d'administratrice de Mme E.X._. [...] - reprise des salaires à charge dans la société 1'505 18'064 18'064 18'064 55'697 - reprise des honoraires d'administratrice à charge dans la société 21'064 25'276 46'340 TOTAUX CORRECTIONS 12'000 13'505 30'064 51'128 55'340 162'037 3 TOTAUX DES REPRISES AFFECTANT LE BENEFICE 70'223 76'163 96'262 106'600 128'371 127'032 604'651
Compte tenu de la nature et de l'importance des éléments soustraits (308'228 fr. pour l'ICC et 442'614 fr. pour l'IFD) et des qualités professionnelles des organes de la société X._ SA, l'ACI a qualifié la soustraction commise, respectivement la tentative de soustraction, d'intentionnelles. Dans la fixation de la peine, l'ACI a pris en compte le montant total des éléments de bénéfice soustraits, le fait que l'activité incriminée portait sur quatre ans (ICC) et sur six ans (IFD), la bonne collaboration des organes de la société contribuable, ainsi que l'absence d'antécédents de cette dernière en matière pénale fiscale. L'autorité fiscale a estimé sur la base de ces éléments que la faute de la société pouvait être qualifiée de moyenne, tant sous l'angle de l'impôt cantonal et communal que de l'impôt fédéral direct.
D. Le 17 octobre 2005, la société X._ SA a formé une réclamation contre ces décisions. Elle a contesté la quasi-totalité des reprises effectuées et les prononcés d'amendes qui en ont résulté.
Par décision du 3 juillet 2006, l'ACI et l'ACIFD ont rejeté la réclamation.
E. Par acte du 28 juillet 2006, la société X._ SA, par l'intermédiaire de son conseil, a recouru auprès du Tribunal administratif (devenu depuis le 1er janvier 2008 la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal) contre cette décision, en concluant à l'annulation des reprises opérées par l'ACI et par l'ACIFD.
Dans sa réponse du 11 septembre 2006, l'autorité intimée a conclu au rejet du recours.
Le 7 décembre 2006, la recourante s'est déterminée brièvement sur les écritures de l'autorité intimée. Elle a requis par ailleurs une audience et l'assignation de témoins.
Le 16 avril 2009, le tribunal a tenu audience en présence: pour la recourante, de B.X._ et A.X._, administrateurs et actionnaires, assistés de leurs conseils Mes Dan Bally et Alexandre Kirchmann, avocats à Lausanne, et E._, liquidateur; et pour l'ACI, de F._, juriste, de G._ et H._, inspecteurs. Il ressort du procès-verbal et compte-rendu d'audience les éléments suivants:
"A. Recours de la société (FI.2006.0068):
[...]
Reprises:
ad 1.1 (reprises sur les primes d'assurances-vie):
L'ACI abandonne la reprise concernant les primes de la "police 2********, La Z._".
M. B.X._:
Nous avons conclu ces assurances à la requête de notre créancier. Ces assurances ont été nanties. Il est vrai que nous avons déclaré les valeurs d'achat de ces assurances dans notre fortune privée.
E._:
S'agissant de la reprise 1.1, je relève que ces assurances ont été conclues à la demande des banques et qu'elles ont été nanties en leur faveur. Le paiement des primes d'assurance par la société est dès lors à mon sens parfaitement justifié. Je connais la pratique de l'ACI en la matière et votre jurisprudence. Les banques ont toutefois refusé que le bénéficiaire soit une société.
M. G._:
Je fais remarquer que la police 2******** avec la Z._ avait pour bénéficiaire la société.
M. A.X._:
Au moment de la liquidation, on a remboursé nos crédits. La banque nous a alors restitué les polices d'assurance. Nos polices sont désormais annoncées dans nos déclarations privées.
ad 1.2 (assurance RC immeuble et choses pour le bâtiment):
M. A.X._:
Pour nous, le risque RC est lié au magasin. On a dès lors conclu un accord selon lequel il appartient au locataire de payer les primes RC.
Mme F._:
De notre point de vue, ce n'est pas une charge commerciale. Le contrat de bail n'a de toute manière pas été produit.
ad 1.3, 1er tiret (honoraires liés aux immeubles appartenant à A.B.X_):
M. B.X._:
Les immeubles nous appartiennent à mon frère et à moi-même. Notre banque a exigé que nos immeubles figurent à l'actif de la société. Elle voulait davantage de garantie. Notre organe de révision n'a toutefois pas voulu approuver l'achat de nos immeubles par la société sans qu'il y ait une expertise d'un réviseur local. Pour nous, l'opération a donc un caractère purement commercial. Il faut préciser que nous avions une ligne de crédit pour les achats de marchandises de 3 à 4 millions.
Mme F._:
L'immeuble appartient aux actionnaires. Une partie de la transaction relevait dès lors de la restructuration de la fortune privée des frères A.B.X_. Nous maintenons par conséquent notre position.
ad 1.5, premier et deuxième tiret (10% sur les frais imputés par la carte de credit Visa et 20% sur les frais de restaurant):
Mme F._:
Nous avons constaté dans les décomptes Visa qu'une partie des frais n'était pas justifiée par l'usage commercial. On a énuméré dans notre décision sur réclamation toute une série d'exemples. On a estimé qu'une part privée de 10% était appropriée.
M. B.X._:
S'agissant du voyage à Chypre, on s'y est rendu pour voir un partenaire. Ce n'étaient pas des vacances. Ce partenaire nous permettait d'avoir des contacts avec l'Extrême-Orient. J'aimerais à cet égard préciser notre stratégie en matière de publicité. A l'époque, nous opérions à l'aide de prospectus et d'annonces dans les journaux. On a toutefois très rapidement remarqué qu'on était battu par nos concurrents sur ce terrain. On a adopté alors une stratégie différente basée sur le contact direct avec les clients et sur la formation des employés. Grâce à cette stratégie, nous avons pu économiser nos frais de publicité. Cela nous a permis également de rester leader sur nos emplacements jusqu'à la liquidation de la société. Cela impliquait évidemment de nombreux frais de restaurant. Par souci d'équité entre nous, nous avons toujours fait attention à ne pas confondre dépenses privées et dépenses professionnelles. Nous avions des cartes de crédit privées pour nos dépenses privées et des cartes de crédit d'entreprise pour nos dépenses professionnelles.
M. A.X._:
Je le confirme. Je précise que nos cadres avaient aussi des cartes de crédit d'entreprise. Je relève également que nous avions souvent des repas d'affaires le week-end. Dans le commerce de détails, le samedi est en effet le jour principal de l'activité.
Mme F._:
Nous maintenons notre position. Je comprends que les contacts avec les clients sont importants. C'est toutefois difficilement soutenable que tous les frais soient justifiés par l'usage commercial. Nous avons tenu compte de la spécificité de l'activité des frères A.B.X_ en ne reprenant qu'une part de 10% sur la totalité des frais.
M. A.X._:
Nous avons pu justifier toutes les factures de restaurant de plus de 200 francs. Cela nous a pris beaucoup de temps d'indiquer la relation commerciale pour chaque poste.
M. H._:
En principe, on doit d'office indiquer les relations commerciales avant la comptabilisation de la facture.
M. E._:
Je ne peux pas parler des périodes antérieures à 2003. J'ai toutefois vérifié l'exercice 2003 et constaté que les frais des actionnaires étaient très importants. Je me suis penché sur le problème et j'ai remarqué que les actionnaires faisaient très attention à ne pas confondre privé et commercial, par souci d'équité entre eux. Il n'y a pas eu de changement de politique à cet égard.
ad 1.5, troisième tiret (reprise de l'augmentation sur les frais forfaitaires alloués dès le 1.1.1996):
M. A.X._:
Le règlement approuvé par l'ACI datait de 1986. On a édicté en 1996 un nouveau règlement pour tenir compte de l'inflation. On a demandé à notre fiduciaire de soumettre ce règlement à l'ACI pour approbation. Cela n'a pas été fait. Mais pour nous, tout était en règle.
Mme F._:
La société s'était engagée à soumettre toutes modifications du règlement à l'ACI. Cela n'a pas été fait. Par ailleurs, les montants figurant dans le règlement de 1986 sont selon notre pratique suffisants.
M. B.X._:
S'agissant des voyages, on recourait selon les circonstances soit au forfait soit aux frais effectifs. Il n'y avait pas véritablement de règle. On a toutefois fait très attention à ne pas faire de cumuls.
M. G._:
On a pu identifier deux cas de cumul, portant cependant sur des montants relativement modestes. Il s'agit tout d'abord d'un voyage du 4 au 5 août 1997 à Zurich et ensuite d'un voyage au 30 août au 3 septembre 1997 à Alicante (dans ce dernier cas, 5 forfaits ont été comptabilisés, soit 1500 fr., et une facture d'hôtel de 5'000 pesetas).
ad 1.6 (part privée concernant Mme C.X._ auprès du D._):
M. A.X._:
La société était sponsor du club D._ et équipait les 40 juniors du club. J'étais membre de ce club. Mon épouse également. Elle ne jouait toutefois pas. Elle était membre uniquement pour entretenir les relations commerciales avec les clients.
M. B.X._: Quant à moi, membre du club de I._ (et non de D._), je ne mettais pas mes frais de cotisations à la charge de la société.
ad 1.7 (reprise d'une part privée sur les véhicules):
M. B.X._:
Nous avions chacun des véhicules privés et des véhicules d'entreprise. Par souci d'équité entre nous, nous faisions attention de distinguer véhicules privés et véhicules d'entreprise. Je précise par ailleurs que les prix retenus par l'ACI ne sont pas les prix d'achat. Les prix figurant sur les contrats de leasing indiquent en effet les prix de catalogue, mais non le prix payé (comportant une réduction pour véhicule d'exposition).
M. G._:
Il n'y a pas de justificatifs.
M. A.X._:
On peut facilement calculer le prix payé sur la base des primes de leasing.
Me Bally produit une note interne de l'inspecteur de l'ACI relative à cette question de prix. On en extrait le tableau suivant:
prix catalogue prix payé
1. Audi RS 2 106'000 84'000
2. Mercedes C43 95'752 86'000
3. Mercedes 560 SEC 148'360 82'000
M. G._:
Je constate que nous avons fait une erreur en ce qui concerne la Mercedes C43. Le prix payé est de 86'000 fr. et non de 95'700 fr. comme indiqué. L'ACI renonce dès lors à la reprise "véhicule de luxe" pour ce véhicule.
M. H._:
Nous avons comptabilisé une part privée, car nous avons constaté que les véhicules d'entreprise étaient utilisés fréquemment le soir et durant le week-end. Par ailleurs, on a remarqué que les véhicules privés des actionnaires n'étaient pas équivalents aux véhicules de l'entreprise.
M. B.X._:
Lorsqu'on fait entre 40'000 et 60'000 km par an pour des motifs professionnels, on n'a pas envie de faire beaucoup de déplacements le week-end. C'est pourquoi on n'avait pas besoin pour le privé d'une "grosse voiture".
ad 1.7, troisième tiret (frais de la jeep Cherokee):
M. A.X._:
Mon ex-épouse était responsable du contrôle de toutes les factures de l'entreprise. Elle y consacrait un 50%. Il est vrai que son salaire n'était pas en relation avec son activité. Pour cette raison, on a convenu qu'une partie de son salaire serait la mise à sa disposition d'un véhicule de l'entreprise.
Me Bally précise que c'est une pratique très courante dans une entreprise de type familial.
Mme F._:
L'ACI considère que Mme X._ aurait dû être rémunérée en relation avec son activité.
M. B.X._:
Pour nous, c'était une solution correcte. On n'a pas réfléchi à l'aspect fiscal. On n'a jamais cherché à tromper le fisc.
[...]
ad 1.11 (indemnités kilométriques allouées à M. D.X._):
M. B.X._:
Notre père nous conseillait. Son point de vue était complémentaire aux nôtres. Il nous rendait beaucoup de services. Il se rendait notamment régulièrement dans nos magasins. Son salaire était de 1'500 fr. par mois.
Compte tenu des explications données, l'ACI renonce à cette reprise.
ad 2.2 (location d'un bureau au domicile privé de MM. A.B.X._):
M. B.X._:
Nous avions chacun de nous un bureau à notre domicile, car nous étions régulièrement appelés à communiquer par fax avec des pays situés dans un autre fuseau horaire. On travaillait par ailleurs fréquemment le dimanche.
Mme F._:
L'ACI maintient sa position. Pour nous, il s'agit d'un fait nouveau, d'où le rappel d'impôt pour les périodes fiscales 1995 à 1998. Les loyers n'étaient en effet pas déclarés par les actionnaires dans leurs déclarations personnelles. On ne pouvait dès lors pas connaître leur existence.
ad 2.10 (salaire et honoraires d'administratrice de Mme E.X._):
M. B.X._:
Nous avions besoin d'une personne de confiance qui nous modère et qui nous fasse part de son expérience. A la mort de notre père, notre mère a repris cette place. Elle participait régulièrement au conseil d'administration. Elle était inscrite en tant qu'administratrice au registre du commerce.
Mme F._:
Pour l'ACI, Mme X._ a été choisie non pas pour ses qualités mais parce qu'elle était la mère des recourants.
M. A.X._:
Ma mère accompagnait régulièrement mon père aux séances d'achat. Elle était dès lors très au fait des affaires de la société."
Le tribunal a délibéré à huis clos à l'issue de l'audience.
Les arguments respectifs des parties seront repris ci-après dans la mesure utile.

Considérant en droit
1. Le recours du 28 juillet 2006 contre la décision sur réclamation du 3 juillet 2006 de l'ACI et de l'ACIFD a été formé par acte écrit et motivé dans le délai de trente jours prévu par les art. 200 de la loi cantonale du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI; RSV 642.11) et 140 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11); partant, il est recevable en la forme.
2. Le litige porte d'une part sur les reprises effectuées par l'ACI dans le bénéfice déclaré de la recourante pour les périodes fiscales 1995 à 2000 en matière d'impôt fédéral direct et pour les périodes fiscales 1997 à 2000 en matière d'impôt cantonal et communal, ainsi que les rappels d'impôts et taxations définitives y relatifs, et d'autre part sur les amendes infligées pour soustraction fiscale.
3. Il convient tout d'abord d'examiner la question de la prescription soulevée par la recourante en audience. Dans le cas d'espèce, deux types de prescription entrent en considération: la prescription du droit de taxer (traitée aux considérants 3a et 3b) et la prescription de la poursuite pénale (considérants 3c et 3d).
a) En matière d'impôt fédéral direct, la LIFD est entrée en vigueur le 1er janvier 1995; elle a abrogé l'arrêté du Conseil fédéral du 9 décembre 1940 sur la perception d'un impôt fédéral direct (AIFD; art. 201 LIFD). En l'espèce, les rappels d'impôt et décisions de taxation définitive litigieux se rapportent tous à des périodes (1995 à 2000) postérieures à l'entrée en vigueur de la LIFD; la loi fédérale est donc applicable en ce qui concerne la question de la prescription du droit de taxer.
L'art. 120 LIFD dispose que le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale (al. 1). La prescription ne court pas ou est suspendue notamment pendant la durée des procédures de réclamation, de recours ou de révision (al. 2, let. a). Elle est interrompue notamment par tout acte de l'autorité tendant à fixer ou faire valoir la créance d'impôt (al. 3, let a). Elle est acquise, dans tous les cas, quinze ans après la fin de la période fiscale.
L'art. 120 LIFD réserve l'application de l'art. 152 LIFD relatif au rappel d'impôt. Selon cette dernière disposition, le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète (al. 1). Le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte (al. 3).
En l'espèce, pour les périodes fiscales 1995 à 1998, l'ACI a introduit la procédure de rappel d'impôt dans le délai de dix ans de l'art. 152 al. 1 LIFD en notifiant le 24 juin 2002 son avis d'ouverture d'une procédure pour soustraction fiscale. Par ailleurs, la prescription absolue du droit de procéder au rappel d'impôt n'arrivera à échéance pour la plus ancienne période en cause (1995) qu'à fin 2010. Pour les périodes fiscales 1999 et 2000, la prescription du droit de taxer a été suspendue au cours de la procédure de réclamation devant l'ACI, puis de la présente procédure. Par ailleurs, la prescription absolue ne sera acquise pour la période fiscale 1999 qu'à fin 2014 et pour la période fiscale 2000 qu'à fin 2015.
b) En matière d’impôt cantonal et communal, la LI est entrée en vigueur le 1er janvier 2001; elle a abrogé la loi du 26 novembre 1956 sur les impôts directs cantonaux (aLI). En l'espèce, les rappels d’impôt et les décisions de taxation définitive litigieuses concernent des périodes fiscales (1997 à 2000) antérieures à l'entrée en vigueur de la LI. Se pose dès lors la question du droit applicable à la prescription du droit de taxer.
Selon la jurisprudence, les règles concernant la prescription sont celles du droit en vigueur au moment de la naissance de la créance d’impôt (RDAF 2000 II 212; ATF 2P.411/1998 et 2A.568/1998, du 23 novembre 2001; RDAF 2002 II 89; RDAF 2003 II 497, 499). On appliquera en conséquence les dispositions sur la prescription de l'aLI.
A cet égard, l’art. 109 aLI prévoit que l’autorité de taxation peut réviser la taxation définitive dans les trois mois dès la découverte du motif de révision, mais au plus tard dans les quatre ans dès la communication de la décision en cause lorsqu’elle découvre des faits nouveaux importants ou des preuves qu’elle n’avait pu invoquer dans la procédure de taxation, de réclamation ou de recours.
En l'espèce, pour les périodes fiscales 1997 (taxation définitive notifiée le 24 novembre 1998) et 1998 (taxation définitive notifiée le 10 juin 1999), l’ACI a introduit dans ce délai de quatre ans la révision des taxations en notifiant le 24 juin 2002 son avis d’ouverture d’une procédure pour soustraction fiscale.
L’art. 98a al. 4 aLI qui détermine la prescription absolue du droit de taxer prévoit que la prescription est acquise, dans tous les cas, douze ans après la fin de la période de taxation.
En l'occurrence, pour la plus ancienne période fiscale en cause (1997), la période de taxation qui suit (art. 73 al. 3 aLI) porte l'échéance de la prescription absolue au plus tôt à fin 2010 – voire à fin 2011 si l'on considère que la période de taxation couvrait alors deux années civiles, comme l'évoque l'arrêt FI.2004.0055 consid. 1 a/bb du 4 novembre 2004, puisqu'en droit vaudois les règles d'imposition dans le temps n'ont été adaptées au système postnumerando qu'en 2003.
c) En matière d'impôt fédéral direct, les prononcés d'amendes litigieux se rapportent tous à des périodes fiscales (1995 à 2000) postérieures à l'entrée en vigueur de la LIFD. On appliquera en conséquence le nouveau droit.
La LIFD règle la question de la prescription pénale à son art. 184, dont la teneur est la suivante:
Art. 184
1 La poursuite pénale se prescrit:
a. En cas de violation des obligations de procédure par deux ans et en cas de tentative de soustraction d’impôt par quatre ans à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la violation des obligations de procédure ou la tentative de soustraction a été commise;
b. En cas de soustraction d’impôt consommée, par dix ans à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n’a pas été effectuée ou l’a été de façon incomplète (...).
2 La prescription est interrompue par tout acte de procédure tendant à la poursuite du contribuable ou de l’une des personnes visées à l’art. 177. L’interruption est opposable tant au contribuable qu’à ces autres personnes. Un nouveau délai commence à courir à chaque interruption; la prescription ne peut toutefois être prolongée de plus de la moitié de sa durée initiale.
En l'espèce, pour les périodes fiscales 1995 à 1998, l'ACI avait notifié à la recourante des décisions définitives de taxation, avant d'ouvrir après coup une procédure pour soustraction. On se trouve ainsi en présence d'une soustraction consommée. En revanche, pour les périodes fiscales 1999 et 2000, aucune taxation définitive n'avait encore été notifiée. On se trouve donc en présence d'une tentative de soustraction. Pour les périodes fiscales 1995 à 1998, la prescription de l'art. 184 al. 1 let. b LIFD a été interrompue par l'envoi le 24 juin 2002 de l'avis d'ouverture d'enquête. Par ailleurs, la prescription absolue pour ces périodes ne sera atteinte au plus tôt qu'à fin 2010. Pour les périodes fiscales 1999 et 2000, la prescription de l'art. 184 al. 1 let. a LIFD n'a pas encore commencé à courir.
d) En matière d'impôt cantonal et communal, les prononcés d'amendes litigieux concernent tous des périodes fiscales (1997 à 2000) antérieures à l'entrée en vigueur de la LI. Se pose dès lors la question du droit applicable pour la prescription de la poursuite pénale.
Les règles de droit transitoire en matière de prescription de la poursuite pénale divergent de celles du droit de taxer. Selon la jurisprudence, les dispositions nouvelles sur la prescription pénale sont applicables aux infractions commises avant l'entrée en vigueur et jugées après, à moins que l'ancien droit ne soit plus favorable à l'auteur de l'infraction (ATF 129 IV 49: principe de la lex mitior). Il convient donc pour les périodes litigieuses de comparer l'effet de l'ancien droit et du nouveau droit pour déterminer la loi la plus favorable.
La LI règle la question de la prescription de la procédure pénale à son art. 254, dont la teneur est calquée sur le modèle de l'art. 184 LIFD.
Sous l'empire de l'ancien droit, l'art. 133 aLI prévoit que la contravention est prescrite quatre ans après la période de taxation, la prescription pouvant toutefois être interrompue par tout avis informant le contribuable d'une enquête en cours (al. 1), sauf si aucune suite ne lui est donnée dans le délai d'une année. Selon la jurisprudence, l'art. 133 al. 2 aLI doit être interprété en ce sens que l'avis interruptif de la prescription doit être validé par une opération d'instruction dans le délai d'une année (arrêts FI.1996.0057 du 5 novembre 1996; FI.1996.0088 du 17 juin 1997). L'art. 133 aLI ne prévoit aucun délai de prescription absolue. Selon la jurisprudence, l'art. 98a al. 4 aLI - qui prévoit un délai de prescription absolue de douze ans - est applicable à la contravention (arrêts FI.1998.0009 du 14 décembre 2000 consid. 2; FI.1996.0088 du 17 juin 1997; FI.1996.0070 du 24 août 1999).
En résumé, les art. 133 aLI et 98a al. 4 aLI qui prévoient des délais plus courts que la nouvelle loi (quatre ans au lieu de dix et douze ans au lieu de quinze) se révèlent plus favorables au contribuable; ils s’appliqueront donc à toutes les périodes litigieuses.
En l'espèce, même pour la plus ancienne période fiscale en cause (1997), la prescription absolue de douze ans à compter de la fin de la période de taxation n'est pas venue à échéance, comme exposé plus haut.
4. Avant d'examiner le bien-fondé des reprises opérées par l’autorité intimée, il convient au préalable de rappeler quelques considérations juridiques déterminantes.
a) Le bénéfice net imposable comprend le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l’exercice précédent (art. 57 al. let. a LIFD; 54 al. 1 let. a aLI), de même que tous les prélèvements opérés avant le calcul du solde du compte de pertes et profits, qui ne servent pas à couvrir des frais généraux autorisés par l’usage commercial, tels que les amortissements et les provisions qui ne sont pas justifiés par l’usage commercial (art. 58 al. 1 let. b, 2ème tiret, LIFD; 54 let. b et c aLI). Une dépense dûment comptabilisée est justifiée par l’usage commercial lorsqu’il existe entre celle-ci et l’activité commerciale exercée par l’entreprise une connexité objective (Robert Danon, in Commentaire romand de la LIFD, Bâle 2008, ad 57-58 LIFD n° 65). Cette connexité existe lorsque la dépense aurait été consentie par un gestionnaire ordinaire faisant preuve de la diligence objective requise par le droit commercial (ATF 2A.473/2005 du 16 février 2006, consid. 3.2).
On rappelle à cet égard qu’en l’absence de lacune matérielle ou d’irrégularité formelle propre à mettre en doute la force probante d’une comptabilité, celle-ci bénéficie, en principe, d’une présomption d’exactitude à l’égard du fisc (ATF 134 II 207 consid. 3.3 p. 211; 106 Ib 311 consid. 3c et d p. 315ss). Cette exigence de conformité aux règles comptables présuppose toutefois que la loi fiscale y renvoie expressément, comme c’est en principe le cas pour l’estimation du bénéfice comptable des personnes morales (ATF 134 II 207 consid. 3.3 p. 211/212, et les arrêts cités). En revanche, si les principes comptables sont violés et que le compte de pertes et profits ne reflète pas le bénéfice réel de la société anonyme, le résultat doit être corrigé en faveur, comme au détriment du contribuable (ATF 2A.461/2001 du 21 février 2002 in Revue fiscale 57/2002, p. 816, consid. 2 et référence citée).
b) Pour les périodes fiscales 1995 à 1998 qui ont fait l’objet d’une taxation définitive et exécutoire, la reprise est soumise aux conditions du rappel d'impôt, qui seul autorise la réouverture par l’autorité fiscale d’une taxation entrée en force.
Sur le plan procédural, on relève que le rappel d’impôt est notifié à l’issue d’une procédure de révision au détriment du contribuable. Il s’agit d’une voie de droit extraordinaire qui permet exceptionnellement de remettre en cause une décision entrée en force (voir arrêts FI.1995.0046 du 13 juin 1996, FI.1994.0065 du 18 août 1995, FI.1993.0053 du 20 décembre 1994, FI.1993.0016 du 10 mai 1994).
En matière d'impôt direct cantonal et communal, la procédure de révision était, jusqu’au 31 décembre 2000, réglée aux art. 107 à 109 aLI. L’art. 109 al. 1, première phrase, aLI permettait à l'autorité de taxation de réviser la taxation définitive en défaveur du contribuable "(...) dans les trois mois dès la découverte du motif de révision, mais au plus tard dans les quatre ans dès la communication de la décision, lorsqu'elle découvre des faits nouveaux importants ou des preuves qu'elle n'avait pu invoquer dans la procédure de taxation, de réclamation ou de recours". Selon la jurisprudence du Tribunal administratif (arrêts FI.1993.0100 du 28 octobre 1994 et FI.1993.0101 du 15 mars 1995), cette règle exigeait seulement que la procédure de révision soit entamée dans le délai de trois mois dès la découverte du motif de révision, mais non pas que la décision arrêtant la taxation révisée soit prise à cette échéance. Cette disposition a été remplacée par l’art. 207 al. 1 LI, en vigueur depuis le 1er janvier 2001. A teneur de cette disposition: "Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation passée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Lorsque le contribuable a déposé une déclaration complète et précise concernant ses éléments imposables et que l'autorité fiscale en a admis l'évaluation, un rappel d'impôt est exclu, même si cette évaluation était insuffisante."
S’agissant tant de l’ancien que du nouveau texte légal, on entend par faits nouveaux des faits antérieurs à la décision de taxation, mais découverts après seulement. Ce motif de révision est admissible pour autant que l'autorité n'ait pas été en mesure, en faisant preuve de l'attention que l'on pouvait exiger d'elle compte tenu des circonstances, de les faire valoir déjà auparavant dans la procédure de taxation, de réclamation ou de recours (sur cette question, Jean-François Poudret, Commentaire de la loi fédérale d'organisation judiciaire, Berne 1992, vol. V, ad art. 136 n° 5, p. 17 et ss, 137 nos 2.2 et 2.3, p. 26 ss ainsi que les références citées; voir aussi, Pierre Moor, Droit administratif, II, Berne 1991, n° 2.4.4.1; Blaise Knapp, Précis de droit administratif, 4ème édition, Bâle et Francfort-sur-le-Main 1991 nos 1300 ss; voir aussi, Hugo Casanova, Le rappel d'impôt, in RDAF 1999 II 1 ss). Entre autres conditions, il faudrait par conséquent, pour que la voie de la révision soit ouverte, que l'autorité se soit fondée, dans sa première décision, sur des indications erronées du contribuable ou qu'elle ait, postérieurement à cette dernière, découvert des faits nouveaux concluants, qui se sont produits avant la décision entrée en force, et qu'elle ait été empêchée sans sa faute, en ayant fait preuve de toute la diligence requise, de retenir dans sa décision. Les faits et preuves invoqués doivent être pertinents; selon Moor, ils le sont s'il y a lieu d'admettre qu'ils eussent amenés à une décision différente s'ils avaient été connus à temps (ibid., p. 230; voir en outre plus généralement sur cette question, Ursina Beerli-Bonorand, Die ausserordentliche Rechtsmittel in der Verwaltungsrechtspflege des Bundes und der Kantone, Zürich 1985, pp. 96-97).
En matière d'impôt fédéral direct, la LIFD, en vigueur depuis le 1er janvier 1995, prévoit, à son art. 151 al. 1, le rappel d'impôt, notamment "lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète (...)". Contrairement à ce qui prévalait antérieurement sous le régime de l'AIFD, le rappel d'impôt ne dépend plus exclusivement de la commission d'une infraction fiscale (voir FI 1996.0053 consid. 4b du 2 septembre 1997; au surplus sur ce point Hugo Casanova, Änderungen rechtskräftiger Verfügungen und Entscheide, in Archives 61, 447 ss., spéc. p. 453 s.; v. aussi Thomas Meister, Rechtsmittelsystem der Steuerharmonisierung, Berne 1995, p. 234 ss; voir aussi Känzig/Behnisch, Die direkte Bundessteuer, no 26, dans lequel est rappelé le système mis en oeuvre par l'AIFD, et 33 s. ad art. 126 AIFD qui décrivent le nouveau régime de la LIFD).
c) On rappellera que la procédure de taxation est régie par la maxime inquisitoriale (ATF 92 I 253 consid. 2 p. 255). Cette maxime est également applicable dans le cadre de la procédure de recours, en matière fiscale (art. 142 al. 4 LIFD; art. 201 LI).
L'autorité doit vérifier la déclaration (cf. art. 123 et 126 LIFD, 172 et 176 LI). Elle doit déterminer d'office tous les éléments pertinents en vue de la taxation et ceci, même en cas de violation de son obligation de coopérer par le contribuable. Dès lors, si des indices précis rendent vraisemblable l'existence des conditions fondant l'obligation fiscale, l'autorité peut sans arbitraire exiger du contribuable qu'il apporte la preuve du contraire (cf. ATF 121 II 257 consid. 4c/aa p. 266; 92 I 253; Archives 64 493 consid. 3c; Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, Bâle, 3ème éd. 2007, § 22, n° 9 p. 443); dans sa jurisprudence, le Tribunal administratif a confirmé plusieurs fois ce principe (voir arrêts FI.2002.0043 du 10 mars 2003; FI.2000.0003 du 29 juin 2000; FI.1997.0049 du 15 avril 1999; FI.1992.0082 du 12 février 1993). En effet, les parties ont l'obligation de collaborer à l'établissement de la taxation (cf. art. 126 al. 1 LIFD, 90 al. 2 aLI et 176 al. 1 LI; v. Jean-Marc Rivier, op. cit., p. 142; Martin Zweifel, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/1, ad art. 42 LHID, n° 2, p. 496); cette obligation s’étend du reste à la procédure de rappel d’impôt (art. 153 al. 3 LIFD et 209 al. 3 LI; cf. Klaus A. Vallender, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/2b, ad art. 153 LIFD n° 4, p. 415). S’agissant du fardeau de la preuve, on retient dans la règle qu’il appartient à l'autorité de taxation d'établir les faits qui fondent la créance d'impôt ou qui l'augmentent (ATF 105 Ib 382); le contribuable, pour sa part, doit alléguer et prouver les faits qui suppriment ou réduisent cette créance (ATF 92 I 253 consid. 2 p. 256/257). Ainsi, la justification commerciale des dépenses revendiquées en déduction d’une recette doit être établie par le contribuable; ce principe est issu de l'art. 8 du code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC; RS 210), selon lequel chaque partie doit alléguer et prouver les faits dont elle entend déduire son droit, disposition applicable par analogie en matière fiscale (v. ATF 2A.461/2001 du 21 février 2002 in Revue fiscale 57/2002, p. 816, consid. 2.3; Xavier Oberson, in: Les procédures en droit fiscal, OREF, 1997, pp. 136-137).
Le fisc et le contribuable sont donc tenus de collaborer dans l'administration des preuves, soit en précisant les allégations qu'il appartient à la partie chargée de la preuve de détruire, soit en apportant des preuves ou indices positifs contraires; l'omission ou l'échec de ces preuves contraires peut être considéré comme un indice suffisant de la véracité des allégations de la partie adverse si celles-ci sont vraisemblables (v., outre Rivier, ibid., Walter Ryser/Bernard Rolli, Précis de droit fiscal suisse, Berne 2001, 4e éd., p. 462). L'autorité de recours a les mêmes compétences que l'autorité de taxation (art. 142 al. 4 LIFD et 201 LI) et peut demander un complément d'instruction. Elle apprécie les preuves apportées par les parties et a un large pouvoir d'appréciation dans ce domaine (ATF 120 Ia 31 consid. 4b p. 40 et les arrêts cités).
5. a) En droit fédéral, la soustraction fiscale est réalisée lorsqu'une taxation n'a pas été effectuée ou est demeurée insuffisante, parce qu'un contribuable a violé de manière fautive l'obligation qui lui est imposée par la loi de collaborer à la taxation et de renseigner l'autorité fiscale de manière exacte et complète sur tous les éléments nécessaires à une taxation correcte (Arch. 52, p. 454; Arch. 54, p. 660; Arch. 56, p. 345). La tentative de soustraction est réalisée dans les mêmes conditions, mais elle suppose que la taxation insuffisante ne soit pas encore entrée en force au moment de l'intervention du fisc; elle est réprimée par l'art. 176 LIFD.
La réalisation des éléments objectifs de la soustraction fiscale suppose, d’une part, que les montants non déclarés constituent des éléments imposables, d’autre part, que ces montants soient entrés dans la sphère de disposition du contribuable. Ainsi, selon le Tribunal fédéral, l'état de fait de la soustraction fiscale est notamment réalisé lorsqu'une société comptabilise comme frais généraux des dépenses privées de son actionnaire, alors qu'elle sait qu'une telle manière d'agir est illicite; il suffit que la société ait eu pour but d'obtenir une taxation insuffisante (ATF du 22 novembre 1992, Arch. 63, p. 208).
b) La condition subjective de la soustraction est réalisée lorsque le contribuable a agi de manière fautive, soit intentionnellement, soit par négligence. Contrairement à la soustraction consommée qui est déjà punissable lorsqu’elle est commise par négligence, la tentative de soustraction ne peut être punie que si elle est intentionnelle (RDAF 1987 p.15; ATF 100 Ib 480, consid. 2; Arch. 54, p. 662; Arch. 44, p. 55; ATF 85 I 259). La preuve du caractère intentionnel d'une soustraction incombe à l'autorité fiscale, celle-ci étant toutefois facilitée par la présomption que celui qui agit avec conscience agit aussi avec volonté (StE 1988 B 101.21 n°7, consid. 4). Le Tribunal fédéral considère que cette preuve est apportée lorsqu'il est établi de manière suffisamment certaine que le contribuable était conscient du caractère inexact ou incomplet de sa déclaration. Si cette conscience est établie, il faut alors partir de l'idée que le contribuable a aussi agi de manière intentionnelle, c'est-à-dire dans le but de tromper l'autorité fiscale et d'obtenir une taxation trop basse ou du moins, agissant par dol éventuel, qu'il a compté sérieusement avec cette possibilité (ATF 114 Ib 27; StE 1988 B 101.21 n°6). Lorsque des éléments imposables ne sont pas indiqués dans la déclaration, on peut admettre ordinairement qu'il y a intention de les soustraire à l'impôt (ATF du 7 octobre 1986, StE 1987 B. 101.2 n° 3). La jurisprudence admet également que celui qui déclare un revenu de loin inférieur à son revenu réel a conscience que les indications qu'il donne sont fausses ou incomplètes et, partant, qu'il agit intentionnellement (Arch. 56, p. 138). La négligence est définie par l’art. 12 al. 3 du Code pénal (CP). Ainsi, un contribuable commet une infraction par négligence lorsque, par une imprévoyance coupable, il agit sans se rendre compte ou sans tenir compte des conséquences de son acte. L’imprévoyance est coupable quand l’auteur de l’acte n’a pas usé des précautions commandées par les circonstances et par sa situation personnelle. Selon la jurisprudence, il faut poser des exigences sévères quant à la prévoyance requise: si un contribuable a des doutes sur ses droits et obligations, il doit faire en sorte de les lever ou, du moins, en informer l'autorité fiscale (StE 1989 B. 101.9 n° 6 et les références citées).
c) En droit cantonal, les conditions de la soustraction sont les mêmes, l’ancienne LI n'opérant toutefois pas de distinction entre la soustraction consommée et la tentative de soustraction suivant l'entrée en force ou non de la taxation. Ainsi, l'art. 128 aLI consacre uniquement une infraction de mise en danger qui est achevée lorsque le contribuable a accompli tous les actes nécessaires à la soustraction, même si les irrégularités commises n'ont pas abouti à une taxation définitive au préjudice de l'Etat.
6. Ces considérations générales exposées, il convient d'examiner poste par poste les reprises qui sont contestées:
a) primes d'assurance-vie (reprise 1.1: primes 1995-2000 pour respectivement 14'390 fr., 27'900 fr. et 16'878 fr. sur toutes les années pour chacune des trois polices concernées)
De 1995 à 2000, la société X._ SA a comptabilisé comme charges les primes des polices d'assurance-vie suivantes:
- la police 1******** (conclue avec Y._ Cie assurance Vie), dont A.X._ est le preneur, l'assuré et le bénéficiaire;
- la police 2******** (La Z._), dont B.X._ et A.X._ sont les assurés et les bénéficiaires et dont la société en nom collectif, devenue la recourante par la suite, est le preneur;
- la police 3******** (La Z._), dont B.X._ est le preneur, l'assuré et le bénéficiaire.
Considérant que la prise en charge de ces primes d'assurances par la société constituait une prestation en faveur des actionnaires, l'ACI a repris sur toutes les années un montant de respectivement 14'390 fr., 27'900 fr. et 16'878 fr. pour chacune des trois polices concernées. A l'audience, l'autorité intimée a toutefois abandonné la reprise concernant les primes de la "police 2******** avec La Z._", au motif que la société était preneur de cette assurance. Il y a lieu d'en prendre acte.
Selon une jurisprudence constante, une prime d'assurance-vie n'est déductible fiscalement, en principe, que pour autant que la société soit à la fois preneur et bénéficiaire de l'assurance (arrêt FI.1996.0085 du 12 décembre 2002, ainsi que les références citées). Il ne suffit pas, pour que la prise en charge des primes par la société soit acceptable, que le chef d'entreprise ait conclu l'assurance dans l'optique d'assurer la survie de l'entreprise à son décès ou même qu'il l'ait nantie pour garantir des dettes de l'entreprise (arrêt FI.1993.0123 du 13 avril 1999). Il en va de même lorsqu'une assurance a été contractée dans le but d'obtenir l'adjudication de travaux de la part du co-contractant (arrêt FI.1993.0100 du 28 octobre 1994) ou d'obtenir des emprunts (arrêt FI.1993.0123 précité).
En l'espèce, l'ACI s'est conformée à cette jurisprudence, dont il n'y a pas lieu de s'écarter, en n'admettant pas la déduction de primes d'assurance-vie, dont la société n'était ni preneur ni bénéficiaire. Il importe peu comme on l'a vu que ces assurances aient été contractées à la demande des banques et qu'elles aient été nanties en leur faveur. Les reprises opérées par l'autorité intimée doivent dès lors être maintenues. Quant au caractère de soustraction intentionnelle, il doit également être confirmé. La pratique de l'ACI en matière de traitement fiscal des primes d'assurance-vie et la jurisprudence du Tribunal administratif sont en effet connues et, en cas d'éventuels doutes, il appartenait aux organes de la société d'interroger le fisc, ce qu'ils n'ont pas fait. En agissant ainsi, ils ont pris le risque et compté sérieusement avec la possibilité de soumettre de fausses déclarations aux autorités fiscales. Un tel comportement relève du dol éventuel et doit être assimilé pénalement à un acte intentionnel (dans ce sens, voir arrêts FI.1993.0100 et FI.1993.0123 précités).
b) primes d'assurance RC et d'assurance choses d'immeubles appartenant à B.X._ et A.X._ (reprise 1.2: 568 fr. et 1'010 fr. en 2002)
En 2000, la société X._ SA a comptabilisé comme charges les primes d'assurance RC (568 fr.) et d'assurance choses (1'011 fr) d'immeubles appartenant à B.X._ et A.X._. Considérant que la prise en charge de ces primes d'assurances par la société constituait une prestation aux actionnaires, l'ACI a repris un montant total de 1'579 fr. sur la période fiscale 2000.
La recourante conteste ce point de vue s'agissant des primes d'assurance RC. Elle fait valoir que le bail mentionnait expressément que ces primes étaient payables par la société. A cet égard, les actionnaires ont expliqué qu'ils avaient opté pour cette solution pour tenir compte du fait que le risque RC était lié à l'activité de la société (en particulier à la présence des enseignes qu'elle avait fait poser).
Le bail en question n'a pas été produit. Quoi qu'il en soit, le fait qu'il mentionnait expressément que les primes d'assurance RC étaient payables par la société n'est pas déterminant. C'est en effet le propriétaire de l'immeuble qui est responsable au sens de l'art. 58 du Code des obligations (CO; RS 220), ceci sans préjudice de son recours contre le locataire si celui-ci est à l'origine des dommages. C'est donc à lui et non au locataire qu'incombe le paiement des primes d'assurance RC.
La prise en charge des primes d'assurance RC et d'assurance chose par la société constitue dès lors une forme de distribution dissimulée de bénéfice aux actionnaires. La reprise opérée à ce titre doit donc être confirmée. Vu la nature de ces frais, la qualification de soustraction intentionnelle est par ailleurs justifiée.
c) honoraires liés aux immeubles appartenant à B.X._ et A.X._ (reprise 1.3, premier tiret: 3'200 fr. en 1999, montant qui regroupe une part privée comptée sur trois notes d'honoraires des fiduciaires B._ SA et C._ SA)
Cette reprise concerne les trois factures suivantes:
- une facture du 23 octobre 1998 d'un montant total de 4'885 fr. (hors taxes) de la fiduciaire B._ SA, à Martigny, portant le libellé suivant: "Etude fiscale relative à la restructuration de la fortune et revenus de MM A.X._ et B.X._ et de la société". L'ACI a considéré que cette facture revêtait un aspect privé s'agissant de la "restructuration de la fortune et revenu de MM A.X._ et B.X._". L'autorité fiscale a estimé la part privée de la facture à la moitié du montant total. Elle a dès lors repris 2'440 fr. (arrondi) sur la période fiscale 1999.
- une facture du 16 décembre 1998 d'un montant total de 1'430 fr. (hors taxe) de la fiduciaire Michel C._ SA. Il ressort du libellé de cette facture qu'elle portait en particulier sur la prestation suivante: "recherches fiscales relatives au transfert d'immeubles (amortissements fiscaux, coût du transfert)". L'ACI a considéré qu'il s'agissait clairement d'une prestation privée, puisque les immeubles appartenaient à B.X._ et A.X._. L'autorité fiscale a estimé la part privée à un tiers du montant total, dès lors que la facture comportait outre la rubrique précitée deux autres postes qui concernaient des prestations justifiées par l'usage commercial ("diverses recherches juridiques en relation avec le droit du travail, la perte de matériel, etc." et "discussion finale de révision, le 4 mai 1998"). Elle a donc repris un montant de 470 fr. (arrondi) sur la période fiscale 1999.
- une facture du 11 juin 1998 d'un montant total de 6'850 fr. (hors taxe) de la fiduciaire Michel C._ SA. Il ressort du libellé de cette facture qu'elle portait notamment sur la prestation suivante: "calcul du coût de transfert des immeubles dans la société". L'ACI a considéré que cette prestation revêtait en partie un caractère privé, puisqu'elle concernait le transfert d'immeubles privés dans la société. Elle a dès lors repris la moitié du montant de la facture afférant à cette prestation (qu'elle a estimé à un total de 600 fr.), soit 300 fr.
A l'audience, B.X._ et A.X._ ont expliqué que leur banque, qui souhaitait bénéficier de davantage de garantie, avait exigé que leurs immeubles soient transférés à la société, dès lors que celle-ci bénéficiait d'une ligne de crédit de trois à quatre millions pour les achats de marchandises. Ils ont mandaté la fiduciaire C._ SA afin qu'elle se charge de l'opération. Celle-ci a toutefois requis l'expertise d'un réviseur local avant de valider l'achat des immeubles par la société. Les actionnaires ont dès lors fait appel à la fiduciaire B._ SA à Martigny pour cette expertise.
Ces explications montrent que l'opération avait un caractère purement commercial: elle était demandée par la banque, à titre de garantie pour la ligne de crédit consentie à la société; la "restructuration" en cause ne présentait en soi aucun intérêt pour les actionnaires et, s'agissant de la reprise de biens d'un actionnaire, l'expertise requise était justifiée au regard des règles relatives à la responsabilité notamment des réviseurs (art. 628 al. 2, 755 CO). C'est dès lors à tort que l'ACI a repris une part privée sur les trois factures précitées. La reprise sur ces frais doit être annulée.
d) honoraires liés aux déclarations d'impôt personnelles (reprise 1.3, 2ème tiret: 4'700 fr. en 1995, 1'600 fr. en 1996, 500 fr. en 1997 et 2'150 fr. en 1998)
La recourante n'a à juste titre pas contesté cette reprise. Elle n'a pas remis non plus en cause son caractère de soustraction intentionnelle.
e) deux achats de lunettes (reprise 1.4: 1'110 fr. en 1999)
En 1999, la société X._ SA a pris à sa charge deux achats de lunettes par 1'110 fr. (4'460 FF) pour A.X._. Il s'agit manifestement d'une dépense privée. Peu importe que l'administrateur ait cassé ses lunettes à l'occasion d'un séminaire effectué pour le compte de l'entreprise. La reprise opérée par l'autorité intimée doit dès lors être confirmée, étant rappelé que la période en cause a fait l'objet d'une taxation provisoire. Cependant, l'élément intentionnel de la soustraction fait ici défaut: les lunettes entrent dans la liste des moyens auxiliaires nécessaires, qui peuvent donner lieu à une prestation prévue par la loi fédérale du 20 mars 1981 sur l'assurance-accidents (LAA; RS 832.20); dans cette perspective, le justiciable peut penser qu'il est en droit de mettre à la charge de l'entreprise le remplacement d'une paire de lunettes endommagée lors d'une activité professionnelle (cf. l'annexe à l'ordonnance du 18 octobre 1984 sur la remise de moyens auxiliaires par l'assurance accidents; OMAA; RS 832.205.12).
f) part privée sur les frais de voyage et de représentation (reprise 1.5)
aa) reprise globale de 10% sur les frais imputés par la carte de crédit VISA (1er tiret: 18'560 fr. sur toutes les périodes)
L'ACI a procédé à une reprise globale de 10% sur la totalité des dépenses effectuées par carte de crédit pour prendre en compte une part privée. Elle a mentionné dans la décision attaquée quelques exemples de dépenses qu'elle a considérées comme manifestement privées: achats de chaussures, de vêtements ou d'accessoires, frais de restaurant à Chypre, factures d'essence, notamment.
Sur l'essentiel de ces points (hormis une facture de 200 DM pour un massage), les administrateurs se sont expliqués. En particulier, le voyage à Chypre constituait une tentative d'ouverture vers les fournisseurs d'Extrême Orient; les achats de chaussures et d'accessoires visaient à acquérir des échantillons destinés à être copiés. Les actionnaires ont insisté surtout sur leur préoccupation de bien distinguer les dépenses privées et professionnelles, afin d'éviter de se porter mutuellement préjudice.
Compte tenu des explications fournies en cours d'instruction, une nouvelle appréciation de ces dépenses effectuées par carte de crédit n'apparaît pas suffisamment justifiée; elle l'est d'autant moins qu'elle conduit l'administration à procéder à des reprises sous une forme forfaitaire. La reprise globale de 10% opérée par l'ACI sera dès lors annulée.
bb) reprise globale de 20% sur les frais de restaurant (2ème tiret: 40'120 fr. sur toutes les périodes)
Lors du contrôle, l'ACI a constaté que la société avait comptabilisé un nombre important de frais de restaurants, notamment durant les week-ends. Elle a dès lors demandé aux actionnaires d'indiquer la relation commerciale pour toutes les factures de restaurant comptabilisées sur les périodes 1998 et 1999 dont le montant dépasse 200 francs. L'ACI a constaté que les actionnaires n'avaient pas pu donner d'explications sur toutes les factures. Elle a considéré qu'il se justifiait dès lors de reprendre une part privée sur l'ensemble des frais de restaurants. Elle a estimé cette part à 20%.
A l'audience, B.X._ et A.X._ ont expliqué que la société n'était pas en mesure de rivaliser en matière de publicité avec les grands groupes qui multiplient les annonces et les dépliants "tous ménages"; de ce fait, ils avaient opté pour une stratégie basée sur le contact direct avec les clients, ce qui impliquait des frais de restaurants importants. Ils ont rappelé que, par souci d'équité entre eux, ils avaient toujours pris bien garde de distinguer les dépenses professionnelles et privées.
En analysant la période 1999, on constate qu'en fait seules trois factures de plus de 200 fr. n'ont pas fait l'objet d'explications de la part des actionnaires. En outre, ces factures, qui se montent à respectivement 216 fr., 205 fr. 50 et 205 fr, représentent moins de 2% de la totalité des frais de restaurant comptabilisés sur la période 1999 (32'050 fr.).
Au regard de ces éléments et des explications convaincantes des actionnaires sur leur stratégie en matière publicitaire et sur le souci de chacun d'eux de ne pas prétériter l'autre, une nouvelle appréciation conduisant à une reprise globale de 20% sur la totalité des frais de restaurant comptabilisés n'apparaît pas justifiée; le tribunal ne peut ici encore se rallier au procédé qui conduit à opérer de telles reprises sous une forme forfaitaire. Celles-ci seront en conséquence annulées.
cc) reprise de l'augmentation des frais de représentation forfaitaires dès le 1er janvier 1996 (3ème tiret: 68'540 fr. sur les périodes 1997 à 2000)
La société X._ SA a adopté le 1er décembre 1986 un "règlement concernant les frais et dépenses professionnels de la Maison", qui prévoit en particulier ce qui suit:
"4. Forfaits
Il est décidé d'allouer un montant de Fr. 100.- par jour pour les voyages en Suisse ou Fr. 150.- pour les voyages à l'étranger à titre de frais forfaitaires. Le départ du collaborateur doit intervenir avant 8 h 00 le matin et la rentrée au domicile après 19 h 30.
Le montant forfaitaire englobe les repas hors domicile, les déplacements en taxis, bus, etc."
L'ACI a approuvé ce règlement le 26 janvier 1987.
Lors du contrôle, l'ACI a constaté que la société avait adopté le 4 décembre 1995 un nouveau règlement concernant les frais et dépenses et qu'elle avait en particulier doublé les forfaits avec effet au 1er janvier 1996. Ce nouveau règlement n'a toutefois jamais été approuvé par l'ACI. La recourante s'était pourtant engagée dans une lettre du 12 décembre 1986 adressée à l'ACI "à annoncer spontanément à l'autorité fiscale toute modification du règlement". L'ACI a dès lors repris la différence entre les nouveaux et les anciens forfaits.
Lors de l'audience, B.X._ et A.X._ ont admis que le nouveau règlement n'avait pas été soumis à l'ACI et, partant, qu'il n'avait pas été approuvé. Ils ont expliqué qu'ils avaient chargé à l'époque leur fiduciaire de soumettre le nouveau règlement à l'autorité fiscale, ce qui n'avait toutefois pas été fait. Ils étaient néanmoins partis de l'idée que le règlement avait été approuvé (ou qu'il le serait à titre rétroactif).
Dans la mesure où le nouveau règlement n'a pas été approuvé par l'autorité fiscale et que les forfaits résultant du règlement de 1986 demeurent suffisants au regard de la pratique, la reprise opérée sera confirmée.
B.X._ et A.X._ contestent le caractère de soustraction de cette reprise. Ils font valoir leur bonne foi, en invoquant la faute de leur mandataire qui n'a pas soumis le nouveau règlement à l'autorité fiscale pour approbation malgré leur demande. Les actionnaires auraient toutefois dû attendre la réponse de leur fiduciaire avant de partir de l'idée que l'ACI avait approuvé le nouveau règlement. En s'en abstenant, ils ont pris le risque et compté sérieusement avec la possibilité de soumettre de fausses déclarations aux autorités fiscales. Un tel comportement relève du dol éventuel et doit être assimilé pénalement à un acte intentionnel. La qualification de soustraction intentionnelle sera dès lors confirmée.
g) les cotisations de C.X._ auprès du D._ (reprise 1.6: 1'500 fr. en 1995 et 1996)
En 1994 et 1995, la société X._ SA a comptabilisé dans ses charges les cotisations annuelles de A.X._ et de son épouse au D._. L'ACI a repris la part de la cotisation relative à C.X._, soit 1'500 fr. (différence entre la cotisation pour couple et la cotisation individuelle) pour la période fiscale 1995 et 1'500 fr. pour la période fiscale 1996. L'ACI a relevé que C.X._ ne figurait pas dans l'organigramme de la société et que seul un salaire modique lui était versé (salaires bruts de 5'532 fr. en 1995, 1'294 fr. en 1996; 2'376 fr. en 1997 et nuls de 1998 à 2000). Elle a dès lors estimé que la prise en charge des cotisations en question par la société n'était pas justifiée par l'usage commercial et qu'elle constituait manifestement une prestation à un proche de l'actionnaire.
A l'audience, A.X._ a expliqué que la société était sponsor du club de golf de D._ et qu'elle équipait les 40 juniors du club. Il a ajouté que son épouse ne pratiquait pas personnellement le golf et qu'elle était membre du club uniquement pour entretenir des relations commerciales avec des clients potentiels.
Compte tenu de ces explications, la prise en charge par la société de la cotisation de C.X._ au club de golf de D._ avait une justification commerciale. Aussi, la reprise opérée par l'autorité intimée doit-elle être abandonnée.
h) la part privée sur les frais de véhicules (reprise 1.7: 37'730 fr., 111'960 fr., 67'750 fr. sur toutes les périodes)
aa) reprise pour utilisation de "véhicules de luxe" (1er tiret: 37'730 fr. sur toutes les périodes)
L'ACI a repris un montant total sur les six périodes de 37'730 fr. sur les frais des Audi RS2 et Mercedes C43 utilisés par B.X._ et A.X._, pour tenir compte du fait que ces véhicules étaient "somptuaires". Selon sa pratique, un véhicule dont le prix d'achat dépasse 80'000 fr. est en effet considéré comme "somptuaire".
L'autorité fiscale s'est fondée sur les prix indiqués dans les contrats de leasing, à savoir 106'000 fr. pour l'Audi RS2 et 95'752 fr. pour la Mercedes C43. La recourante conteste ces chiffres. Les prix d'achat s'élèvent selon elle à 84'000 fr. pour l'Audi RS2 et 86'000 fr. pour la Mercedes C43. Lors de l'audience, B.X._ et A.X._ ont expliqué que les contrats de leasing mentionnaient les prix de catalogue et non les prix effectivement payés qui comportaient une réduction pour véhicule d'exposition. Sur ce point, on relève que la mention "prix catalogue" et non "prix d'achat" figure en effet sur les contrats de leasing. L'ACI a reconnu son erreur s'agissant de la Mercedes C43 et a abandonné la reprise "véhicule de luxe" pour ce véhicule. Elle a en revanche faute de pièce maintenu sa position en ce qui concerne l'Audi RS2.
Une note au dossier d'un inspecteur de l'ACI indique pourtant pour ce dernier véhicule un prix payé de 84'000 fr. De plus, en comparant les redevances mensuelles de leasing des deux véhicules, on constate que celle de l'Audi RS2 (2'590 fr. 10) est légèrement inférieure à celle de la Mercedes C43 (2'726 fr. 40). Le prix d'achat de 84'000 fr. indiqué par la recourante qui est légèrement inférieur à celui de la Mercedes C43 (86'000 fr.) paraît dans ces conditions très vraisemblable. Il sera retenu par le tribunal, sans qu'il soit nécessaire de compléter l'instruction sur ce point.
Compte tenu de la faible part somptuaire de l'Audi RS2 (4'000 fr.), la reprise opérée à ce titre par l'ACI sera annulée.
bb) reprise d'une part privée sur les frais de véhicules de l'entreprise (2ème tiret: 111'960 fr. sur toutes les périodes)
L'ACI a repris un montant total de 111'960 fr. sur les frais des véhicules de l'entreprise (à l'exception de la Jeep Cherokee), pour tenir compte de leur utilisation à titre privé.
Lors de l'audience, B.X._ et A.X._ ont affirmé ne pas avoir utilisé les véhicules de l'entreprise à des fins privées, préoccupés ici encore par le souci de ne pas se prétériter l'un l'autre. Ils ont invoqué le fait qu'ils possèdent chacun des véhicules privés, mais de taille plus modeste (deux VW golfs pour B.X._ et une BMW 316 i, une Toyota Starlet 1300, ainsi qu'une moto pour A.X._) et qu'ils parcouraient 40'000 à 60'000 km par année pour leurs activités professionnelles, si bien qu'ils limitaient leurs déplacements pour leurs loisirs.
Ces allégations n'ont pas convaincu le tribunal. Le principe demeure, on le rappelle, qu'une part privée doit être comptabilisée; l'absence de toute part privée relève dès lors de la soustraction fiscale (cf. à titre d'exemple, FI.1996.0091 consid. 5.1 du 12 décembre 2002).
En l'occurrence, la reprise d'une part privée sur les frais de véhicules de l'entreprise se justifie. L'ACI s'est conformée à cet égard à la pratique en reprenant un montant correspondant selon la norme TVA à 12% du prix d'achat des véhicules. Cette reprise sera dès lors maintenue. Au surplus, aucune part privée n'a été comptabilisée; les attestations A/02 qui figurent au dossier de la société (elles concernent les exercices 1996 à 2000 pour les deux administrateurs) ne portent aucune indication sur la question de la mise à disposition d'un véhicule d'entreprise. Ces éléments conduisent à confirmer la qualification de soustraction intentionnelle.
cc) reprise de la totalité des frais de la Jeep Cherokee (3ème tiret: 67'750 fr sur toutes les périodes)
L'ACI a procédé à la reprise de la totalité des frais de la Jeep Cherokee utilisée par C.X._, épouse de A.X._. L'autorité intimée a considéré qu'au vu du faible montant de son salaire (salaire annuel entre 3'000 et 5'000 fr.), l'activité de C.X._ pour la société ne justifiait manifestement pas la mise à disposition d'un véhicule.
Lors de l'audience, A.X._ a indiqué que son épouse ne recevait pas un salaire correspondant au travail effectué (elle s'occupait du contrôle de toutes les factures de l'entreprise, ce qui représentait un taux d'activité de 50%) et qu'en compensation, un véhicule de l'entreprise était mis à sa disposition. Les actionnaires ont admis qu'il s'agissait pour C.X._ d'une part de salaire déguisé.
La mise à disposition de C.X._ d'un véhicule d'entreprise n'était dans ces circonstances pas justifiée par l'usage commercial. Les frais y relatifs doivent dès lors être repris. La qualification de soustraction fiscale doit par ailleurs être confirmée.
i) indemnités kilométriques allouées à D.X._ (reprise 1.11: 16'800 fr. sur les périodes 1995 à 1997)
A l'audience, compte tenu des explications données par les actionnaires, l'ACI a abandonné cette reprise. Il y a lieu d'en prendre acte.
j) loyers pour la location d'un bureau au domicile privé de B.X._ et A.X._ (reprise 2.2: 60'000 fr. sur les périodes 1996 à 2000)
L'ACI a repris les loyers pris en charge par la société pour la location d'un bureau au domicile privé de B.X._ et A.X._ (500 fr. par mois et par actionnaire). L'autorité a considéré que le caractère nécessaire de cette dépense n'avait pas été établi.
Lors de l'audience, B.X._ et A.X._ ont indiqué qu'ils étaient régulièrement appelés à communiquer par fax avec des pays situés dans d'autres fuseaux horaire. Ces explications ne suffisent pas à démontrer la nécessité pour les administrateurs de disposer à leur domicile privé d'une pièce réservée à leurs activités professionnelles. C'est dès lors à juste titre que l'autorité intimée a considéré qu'il s'agissait d'une distribution dissimulée de bénéfice aux actionnaires.
L'ACI n'a pas retenu la soustraction sur ce point. La question se pose alors de savoir si un fait nouveau justifie la reprise portant sur les périodes 1996 à 1998 qui sont définitives. On relève à cet égard que les actionnaires n'ont pas indiqué dans leurs déclarations d'impôt personnelles les loyers en question au titre de revenu imposable. L'ACI n'a dès lors pu apprendre leur existence que lors du contrôle des comptes de la société. On est donc bien en présence d'un fait nouveau justifiant les rappels d'impôts opérés. Les reprises seront en conséquence confirmées pour l'ensemble des périodes.
k) salaires et honoraires d'administratrice de E.X._ (reprise 2.10: 55'697 sur les périodes 1997 à 2000; 46'340 fr. sur les périodes 2000 et 2001)
L'ACI a repris les salaires et honoraires d'administratrice versés par la société à E.X._, mère des actionnaires. Au vu de l'âge de l'intéressée (78 ans en 1997), l'autorité a considéré qu'il s'agissait d'un avantage à un proche des actionnaires sans contre-prestation équivalente pour la société.
A l'audience, B.X._ et A.X._ ont expliqué qu'ils avaient besoin d'une personne de confiance qui les modère et leur fasse part de son expérience et qu'à la mort de leur père, leur mère avait repris cette place. Ils ont ajouté que leur mère participait régulièrement au conseil d'administration et qu'elle était inscrite en tant qu'administratrice de la société au registre du commerce. A.X._ a précisé encore que leur mère accompagnait régulièrement leur père aux séances d'achat et qu'elle était dès lors très au fait des affaires de la société.
Ces explications convainquent le tribunal qui tient pour établi que E.X._ travaillait pour la société et que son salaire et ses honoraires d'administratrice ne constituaient pas un avantage à un proche des actionnaires sans contre-prestation équivalente. La reprise opérée par l'ACI sera en conséquence annulée.
7. Compte tenu des corrections apportées ci-dessus, le tableau des reprises doit être modifié comme il suit:
Pos Libellé Totaux Années de références ou de calcul 1995 1996 1997 1998 1999 2000 ELEMENTS DE REVENUS NON DECLARES OU ERRONES AFFECTANT LE BENEFICE: déf. déf. déf. déf. prov. prov. 1 ELEMENTS SOUSTRAITS A REPRENDRE: Prestations appréciables en argent en faveur de MM. B.X._ et A.X._ 1.1 Compte 4761/71. Assurances. Reprises des primes d'assurances vie sur les polices suivantes, [...]: - Police 1******** avec Y._ Cie assurance Vie – M. A.X._ 2'800 500 2'800 2'800 2'800 2'690 14'390 - Police 3******** avec la Z._ – M. B.X._ 2'813 2'813 2'813 2'813 2'813 2'813 16'878 1.2 Compte 9902. Assurances. Reprise des frais non justifiés par l'usage commercial. - A._, primes RC pour l'immeuble, à charge du propriétaire 568 568 - A._, primes assurances de choses pour les bâtiments, à charge du propriétaire 1'011 1'011 1.3 Compte 4621/4622/71. Frais organisation et révision. Honoraires non justifiés. - Fid. C._: Honoraires lés aux déclarations personnelles 4'700 1'600 500 2'150 8'950 1.5 Compte 4782/71 et 3083/73. Frais de voyages. Répartition de ces 2 comptes en frais de Visa, frais de restaurants, frais forfaitaire JAF et JEF, frais de voyagistes et frais divers admis. Détermination d'une part privée. - Reprise de l'augmentation sur les frais forfaitaires alloués dès le 01.01.1996, laquelle n'a pas été approuvée par notre Administration. Les anciens forfaits restent admis. 13'170 15'700 18'650 21'020 68'540 1.7 Compte 4103/71/73, 4311/71/73. Leasing, entretien, réparation de véhicules. [...] - Reprise d'une part privée selon la norme TVA de 12% sur le prix d'achat [...] 15'440 19'440 19'440 19'440 19'440 18'760 111'960 - Reprise de la totalité des frais de la Jeep Cherokee. Il s'agit du véhicule de C.X._. [...] 21'780 7'860 13'050 8'880 10'380 5'800 67'750 Prestations appréciables en argent en faveur de M. D.X._: 1.10 Compte 4799/71. Frais divers. Reprise des frais liés au décès de M. D.X._. [...] 1'734 2'413 4'147 TOTAUX SOUSTRACTIONS 47'533 32'213 53'507 54'196 54'083 52'662 294'194 2 ELEMENTS DE REPRISES NE CONSTITUANT PAS UNE SOUSTRACTION: Prestations appréciables en argent en faveur de MM. B.X._ et A.X._ 1.4 Compte 4782/71. Frais voyages-repas. 2 achats de lunettes chez Créations d'opta à Paris. 1'110 1'110 2.1 [...] 2.2 Compte 4101/71. Loyers. Reprise des loyers mis à charge pour la location d'un bureau au domicile privé des MM. B.X._ et A.X._, soit Fr. 500.- par mois/personne. [...] 12'000 12'000 12'000 12'000 12'000 60'000 Prestations appréciables en argent en faveur de E.X._ TOTAUX CORRECTIONS 0 12'000 12'000 12'000 13'110 12'000 61'110 3 TOTAUX DES REPRISES AFFECTANT LE BENEFICE 47'533 44'213 65'507 66'196 67'193 64'662 355'304
8. Les reprises et leur qualification ayant été examinées, le dernier objet du litige porte sur les amendes prononcées à l'encontre de la recourante.
a) Il convient au préalable de déterminer le droit applicable pour la fixation des amendes. Selon la jurisprudence du Tribunal administratif, lorsqu'un contribuable a commis une infraction fiscale sous l'empire de l'ancienne loi et qu'il est jugé après l'entrée en vigueur de la nouvelle loi, il faut appliquer la loi la plus favorable, selon la règle de la lex mitior qui vaut en droit pénal (arrêts FI.2006.0065 du 29 novembre 2006; FI.1999.0016 et FI.1999.0020 du 19 décembre 2000, ainsi que les références citées).
aa) En matière d'impôt fédéral direct, la question de la lex mitior ne se pose pas, dès lors que les périodes litigieuses sont toutes postérieures à l'entrée en vigueur de la LIFD.
bb) En matière d'impôt cantonal et communal, le Tribunal administratif a déjà eu l'occasion de juger qu'en matière de soustraction consommée, l'art. 242 al. 4 LI était plus favorable que l'art. 128 al. 2 let. b aLI qui prévoit un plafond de l'amende beaucoup plus élevé (cinq fois le montant de l'impôt soustrait au lieu de trois fois; cf. arrêt FI.2005.0191 du 12 juillet 2006). En revanche, en matière de tentative de soustraction, il a considéré que l'art. 128 al. 2 let. a aLI était plus favorable que l'art. 243 LI, puisque la première de ces dispositions prévoit que la soustraction est réprimée par une majoration de 10% des éléments soustraits lorsqu'elle est constatée avant la fin de la période de taxation (cf. arrêt FI.2006.0065 du 29 novembre 2006). Dans le cas contraire, si l'infraction n'est constatée qu'après la fin de la période de taxation, l'art. 243 LI se révèle plus favorable.
En l'occurrence, les amendes pour les périodes 1997 et 1998 sanctionnent une soustraction consommée; les dispositions de la LI qui, comme on l'a vu, sont moins rigoureuses pour le contribuable s'appliqueront. Les amendes pour les périodes 1999 et 2000 sanctionnent quant à elles une tentative de soustraction; il ne sera toutefois pas fait application de l'art. 128 al. 2 let. a aLI, étant donné que la soustraction a été constatée en 2002, soit après la fin des périodes de taxation, si bien qu'ici encore il sera fait application de l'art. 243 LI.
b) Tant en droit fédéral qu'en droit cantonal harmonisé, l’amende est fixée en règle générale au montant de l’impôt soustrait; si la faute est légère, elle peut être réduite jusqu’au tiers de ce montant; si elle est grave elle peut être au plus triplée (art. 175 al. 2 LIFD, 56 al. 1 LHID, 242 al. 2 LI). La tentative est réprimée de l’amende (art. 176 al. 1 LIFD, 243 al. 1 LI), fixée au deux tiers de la peine qui serait infligée si la soustraction avait été commise intentionnellement et consommée (art. 176 al. 2 LIFD, 56 al. 2 LHID, 243 al. 2 LI).
Conformément à l’art. 47 CP (correspondant à l'art. 63 CP dans son ancienne teneur), la peine est fixée d’après la culpabilité de l’auteur, en tenant compte de ses antécédents, de sa situation personnelle ainsi que de l'effet de la peine sur son avenir. Le montant de l’amende est ainsi déterminé d’après la situation de l’auteur, de façon à ce que la perte à subir constitue une peine correspondant à sa culpabilité. Pour apprécier la situation de l’auteur, le juge tiendra compte notamment du revenu et du capital, de l’état civil et des charges de famille, de sa profession et du gain qu’elle lui procure, de son âge et de son état de santé (cf. art. 34 CP, correspondant à l'art. 48 CP dans son ancienne teneur); il convient notamment d’éviter que l’amende frappe plus durement celui qui est économiquement faible que celui qui est économiquement fort (ATF 114 Ib 27 consid. 4a p. 30/31; 2P.237/2001 du 6 mars 2002, consid. 6.1, et les arrêts cités; arrêts FI.1993.0126 du 17 juillet 2000, consid. 2b; FI.1993.0103 du 1er novembre 1999, consid. 8c; FI.1997.0158 du 2 juillet 1998, consid. 2b; cf. également la circulaire n°21 de l’Administration fédérale des contributions, relative au rappel d’impôt et au droit fiscal pénal selon la LIFD, reproduite in: Archives 64 p. 539 ss, ch. 2.4).
La peine "ordinaire" - qui correspond au montant de l'impôt soustrait - est généralement prononcée lorsque l’acte punissable a été commis intentionnellement, en l’absence de circonstances aggravantes ou de circonstances atténuantes (cf. Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/2b, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, Art. 1-82 / Art. 83-222, édité par Martin Zweifel et Peter Athanas, Bâle/Genève/Munich 2000, Sieber, n. 45 ad art. 175 LIFD). Par faute grave, il faut comprendre entre autres la récidive de même que l’attitude continuellement récalcitrante du contribuable vis-à-vis des autorités fiscales. Il y a également circonstance aggravante lorsque le contribuable dispose de connaissances fiscales particulières (cf. Circulaire AFC n° 21 du 7.4.1995; RDAF 1996, 32). Quant à la faute légère, elle peut exister dans les cas de circonstances atténuantes mentionnées à l’art. 48 CP (correspondant à l'ancien art. 64). L’attitude coopérative du contribuable lors de l’établissement des faits doit être appréciée sous l’angle d’une atténuation de la faute (cf. Agner/Digeronimo/Neuhaus/Steinmann, op.cit., p. 374 ch. 2.4).
c) En l'espèce, l'ACI a qualifié la faute de la société X._ SA de moyenne tant sous l'angle de l'impôt cantonal et communal que de l'impôt fédéral direct. Elle a pris en compte dans son appréciation le montant total des éléments de bénéfice soustraits, le fait que l'activité incriminée portait sur quatre ans (ICC) et sur six ans (IFD), la bonne collaboration des organes de la société contribuable, ainsi que l'absence d'antécédents de cette dernière en matière pénale fiscale. En matière d'impôt cantonal et communal, l'autorité fiscale a retenu un coefficient de 1 pour les périodes fiscales 1997 et 1998 (soustraction consommée [x1] / faute moyenne [x1]) et de 2/3 pour les périodes 1999 et 2000 (soustraction tentée [x2/3] / faute moyenne [x1]), dès lors qu'il s'agissait de tentatives. Pour ce qui est de l'impôt fédéral direct, l'ACI a appliqué un coefficient de 1 pour les périodes fiscales 1995 à 1998 et de 2/3 pour les périodes 1999 et 2000 qui concernaient des tentatives.
Malgré les corrections effectuées au considérant 6, les éléments de bénéfice soustraits restent relativement importants (294'194 fr. pour les six périodes prises en compte pour l'IFD et 214'448 fr. pour les quatre dernières périodes retenues pour l'ICC). De tels montants ne permettent pas de qualifier la faute commise de légère. S'agissant des coefficients retenus par l'ACI (1 pour la soustraction consommée et 2/3 pour la tentative de soustraction), ils correspondent à ceux appliqués en cas de faute moyenne (voir art. 175 al. 2 et 176 al. 2 LIFD; art. 242 al. 2 et 243 al. 2 LI). Ils seront par conséquent confirmés. Les montants des amendes doivent néanmoins être adaptés pour tenir compte des corrections apportées aux éléments de bénéfice soustraits (voir supra consid. 6). A cet effet, le dossier sera retourné à l'autorité intimée pour qu'elle adapte le montant des amendes à l'impôt soustrait.
9. Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission partielle du recours. La recourante aura dès lors à supporter des frais quelque peu réduits et peut prétendre à l'allocation de dépens également réduits, qui seront compensés en partie par les frais. En définitive, l'émolument de justice sera fixé à 4'000 fr., soit 3'000 fr. pour le recours en matière d'impôt cantonal et communal, 1'000 fr. pour ce qui concerne l'impôt fédéral direct, et il ne sera pas alloué de dépens.