Decision ID: 31039959-103e-4e1a-b31a-a5a70f936359
Year: 2020
Language: fr
Court: VD_TC
Chamber: VD_TC_031
Canton: VD
Region: Région lémanique
Law Area: public_law

Vu les faits suivants:
A. Par testament olographe du 11 décembre 2013, B._ a institué en qualité d'héritiers ses trois enfants, C._, D._ et E._, pour leur réserve légale, soit un quart, ainsi que, chacune pour une part d'un douzième, l'Association F._, la Fondation G._, et A._.
A._ (ci-après: la fondation A._) est une fondation inscrite au registre du commerce depuis le 19 mai 1992, qui a pour but ********. Elle soutient également ********. Elle est exonérée d'impôt en raison de son but d'utilité publique.
B._ est décédé le 2 février 2017.
Par convention de partage du 22 juin 2018, F._, la Fondation G._ et la fondation A._ ont cédé leur part respective d'un douzième sur les parcelles ******** d'O._, et ******** et ******** de P._, à C._, D._, et E._. Le ch. 9 de la convention précitée a la teneur suivante:
"Les parties estiment à:
- cinq cent nonante-neuf mille six cent nonante francs (fr. 599'690.--) la valeur de la parcelle ******** d'O._ dans son entier,
- sept cent vingt-six mille quatre cent huitante francs (fr. 726'480.--) la valeur globale des parcelles ******** et ******** de P._ dans leur entier.
La valeur globale des trois parcelles concernées est dès lors d'un million trois cent vingt-six mille cent septante francs (fr. 1'326'170.--).
Le prix de cession global des trois parts indivises objets de cet acte est donc fixé à
TROIS CENT TRENTE-ET-UN MILLE CINQ CENT QUARANTE-DEUX FRANCS ET CINQUANTE CENTIMES
(fr. 331'542.50)
Ce prix sera entièrement payé en conformité des dispositions y-relatives de la convention de partage cité [sic] en préambule.
Quittance en est ici délivrée aux cessionnaires, sous réserve de bonne et complète exécution de la dite convention."
Les deux premiers paragraphes du ch. 12 de la convention prévoient encore ce qui suit:
"La perception de l'impôt sur le gain immobilier est différée par application de l'article 65 lettre a) de la Loi sur les impôts directs du 4 juillet 2000 en cas de cession valant partage successoral; en tel cas, dit impôt est perçu en cas de revente de la part de la parcelle concernée par les cessionnaires.
En l'espèce, il est convenu qu'en cas de revente des parcelles ******** d'O._ et ******** et ******** de P._ par C._, D._ et E._, l'impôt frappant le gain réalisé par les cédantes sera assumé par les cessionnaires prénommés."
B. Le 9 novembre 2018, l'Administration cantonale des impôts (ci-après: ACI) a fait savoir à la fondation A._ qu'elle avait été informée qu'elle avait cédé sa part d'un douzième des parcelles ******** et ******** de P._ et ******** d'O._, opération qui était susceptible d'être soumise à l'impôt sur les gains immobiliers. Un délai lui était dès lors imparti pour compléter la déclaration pour l'imposition sur les gains immobiliers, en y joignant copie de l'acte de vente, ainsi que de l'acte d'achat, accompagnée des impenses justifiées.
Par courriel du 13 décembre 2018, l'ACI a informé la fondation A._ que, bien qu'exonérée de l'impôt, elle demeurait soumise à l'impôt sur les gains immobiliers, se référant à l'art. 90 al. 1 let. g et al. 3 LI. Un délai prolongé au 31 janvier 2019 lui était dès lors imparti pour déposer la déclaration pour l'imposition des gains immobiliers.
Donnant suite à cette requête le 21 janvier 2019, la fondation A._ a déclaré un gain immobilier imposable de 41'540 fr. (prix de vente de 726'480 fr. - prix d'acquisition de 228'000 fr./12) pour les parcelles de P._, et de 33'558 fr. (prix de vente de 599'690 fr. – prix d'acquisition de 197'000 fr./12) pour celle d'O._. Elle a coché la case "privée" à la question de savoir si les immeubles en cause faisaient partie de sa fortune privée ou commerciale.
Le 25 janvier 2019, Me Eric Châtelain, pour la fondation A._, a adressé à l'ACI une déclaration relative aux parcelles ******** et ******** de P._, et ******** d'O._. Il a requis le report d'imposition, en expliquant que l'opération en cause valait un partage successoral.
C. Par décision de taxation du 19 février 2019, l'ACI a arrêté le gain immobilier imposable à 43'994 fr. pour les parcelles de P._, en retenant un prix d'acquisition de 190'000 fr. et des impenses (frais d'achat) à hauteur de 8'850 fr., arrêtant ainsi le prix de revient déterminant à 198'550 fr., et le gain immobilier à 527'930 fr. (726'480 fr. – 198'550 francs). La part de propriété étant d'un douzième, et le taux d'imposition de 7%, le total d'impôt dû au titre du gain immobilier pour les parcelles de P._ se montait à 3'079 fr. 60. Quant à la parcelle d'O._, par décision de taxation du même jour, l'ACI a retenu un prix d'acquisition de 125'000 fr. et des impenses (frais d'achat) à hauteur de 4'875 fr., arrêtant le prix de revient déterminant à 129'875 fr., et le gain immobilier à 469'815 fr. (599'690 fr. – 129'875 francs). Compte tenu d'une part de propriété d'un douzième, le gain immobilier imposable se montait à 39'151 fr., ce qui, au taux d'imposition de 7%, conduisait à arrêter l'impôt dû au titre du gain immobilier à 2'740 fr. 55. L'ACI a par ailleurs considéré que les immeubles en cause appartenaient à la fortune commerciale de la fondation A._.
Le 7 mars 2019, Me Châtelain, pour le compte de la fondation A._, a formé une réclamation contre ces deux décisions. Il a contesté le refus de l'ACI d'appliquer le différé d'imposition à l'opération en cause, en soutenant que l'autorité de taxation ne disposait d'aucune base légale lui donnant le droit de "trier" parmi les dispositions du titre V de la LI pour déterminer les dispositions qu'elle entendait appliquer aux gains réalisés par des contribuables exonérés et celles qu'elle allait écarter. Dans un autre moyen, la fondation A._ a contesté le mode de calcul du gain imposable, en relevant qu'en cas d'application du report d'imposition, le contribuable était le cessionnaire et non le cédant, se référant à l'arrêt du Tribunal administratif FI.2005.0228 du 14 novembre 2006, consid. 1, let. f. En l'occurrence, il s'agirait de C._, ainsi que de D._ et de E._, à savoir des personnes physiques assujetties à l'impôt sur le revenu, auxquelles les règles particulières des art. 66 al. 3 et 67 al. 3 LI n'étaient pas applicables. Au demeurant, le refus de report d'imposition les priverait du droit de bénéficier de la durée de possession calculée depuis l'acquisition des parcelles en cause par le défunt, sans qu'une base légale ne justifie de les traiter différemment sur ce point par rapport à un cessionnaire membre d'une hoirie ne comprenant que des personnes physiques soumises à l'impôt sur le revenu. La fondation A._ a ainsi conclu à l'application sans restriction de l'art. 65 al. 1 let. a LI au gain réalisé, "et donc à l'admission du report d'imposition", ainsi qu'à la détermination du gain immobilier dont la perception était reportée en conformité avec la déclaration du 21 janvier 2019.
Par courriel du 3 avril 2019 à l'ACI, la fondation A._, par son représentant, a indiqué qu'elle ne pensait pas nécessaire d'être entendue à ce stade de l'affaire. Le même jour, une fiscaliste de l'ACI lui a répondu, également par courriel, avoir pris note qu'à ce stade de la procédure, elle ne souhaitait pas être entendue.
Le 2 mai 2019, l'ACI a pris position sur la réclamation formée le 7 mars 2019, en exposant d'une part le mode de calcul du gain immobilier imposable, et, d'autre part, les raisons pour lesquelles la fondation A._ ne pouvait être mise au bénéfice du différé de l'impôt sur les gains immobiliers au sens de l'art. 65 al. 1 let. a LI. Elle a précisé que sans nouvelle dans un délai de trente jours, elle considérerait que la fondation A._ avait renoncé à exercer son droit d'être entendue et rendrait une décision sur réclamation sur la base des éléments en sa possession.
Par courrier daté du 15 mars 2019, reçu le 16 mai 2019 par l'ACI, le représentant de la fondation A._ a maintenu sa réclamation.
Le 3 septembre 2019, l'ACI a rejeté la réclamation.
D. Par acte du 4 octobre 2019, la fondation A._ a recouru auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal (CDAP) contre cette décision. Ses conclusions sont les suivantes:
"Sur la base de ce qui précède, je conclus donc:
- à l'annulation de la décision sur réclamation rendue le 3 septembre 2019 par l'ACI.
- à l'application sans restriction de l'art. 65 al 1 lettre a) LI au gain réalisé par A._ et donc à l'admission du report d'imposition,
- à la détermination du gain immobilier dont la perception est reportée en conformité de la déclaration qui a été produite, datée du 21 janvier 2019 et déterminant un gain immobilier imposable de fr. 33'558.—s'agissant de la parcelle ******** d'O._ et de fr. 41'540.—s'agissant des parcelles ******** et ******** de P._."
L'ACI a produit son dossier; dans sa réponse du 11 décembre 2019, elle propose le rejet du recours.
Dans sa réplique, la fondation A._ maintient ses conclusions.
E. Le Tribunal a statué à huis clos, par voie de circulation.

Considérant en droit:
1. Aux termes de l’art. 199 de la loi cantonale du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI; BLV 642.11), le recours au Tribunal cantonal s'exerce conformément à la loi sur la procédure administrative. Le recours ayant été interjeté dans la forme prescrite (art. 79 de la loi cantonale du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative [LPA-VD; BLV 173.36]) et le délai de trente jours (art. 95 LPA-VD), il y a lieu d’entrer en matière.
2. Sur le plan formel, la recourante se plaint d'un défaut de motivation de la décision attaquée, dans la mesure où celle-ci renvoie simplement à la proposition de règlement du 2 mai 2019, sans en joindre une copie, y voyant une violation de la LI devant conduire à ses yeux à l'annulation de la décision dont est recours.
a) S'agissant du droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., la jurisprudence en a déduit l'obligation pour l'autorité de motiver sa décision, afin que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause (ATF 142 I 135 consid. 2.1 p. 145; 138 I 232 consid. 5.1 p. 237; 136 V 351 consid. 4.2 p. 355). La motivation d'une décision est suffisante lorsque l'autorité mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé son raisonnement. L'autorité ne doit toutefois pas se prononcer sur tous les moyens des parties; elle peut se limiter aux questions décisives (ATF 142 II 154 consid. 4.2 p. 157; 137 II 266 consid. 3.2 p. 270; 136 I 229 consid. 5.2 p. 236). La motivation peut pour le reste être implicite et résulter des différents considérants de la décision (cf. arrêts TF 1C_167/2015 du 18 août 2015 consid. 3; 2C_23/2009 du 25 mai 2009 consid. 3.1, publié in RDAF 2009 II p. 434).
b) En l'occurrence, c'est en vain que la recourante soutient que la décision attaquée souffre d'un défaut de motivation. Elle en a en effet pleinement compris les éléments déterminants, et l'articulation de ses moyens de fond démontre sa bonne compréhension de la décision en cause. Elle ne conteste pas avoir reçu la prise de position de l'ACI du 2 mai 2019, ainsi que la décision attaquée du 3 septembre 2019. Les faits sont au demeurant compréhensibles et permettent au tribunal de vérifier la bonne application de la loi. S'il est exact que l'art. 188 al. 2 LI prévoit que l'ACI rend une décision motivée sur réclamation, cette formulation ne signifie pas pour autant que l'ACI doive reprendre intégralement les moyens qu'elle aurait déjà – comme en l'espèce - exposés dans le cadre d'une prise de position, si cette dernière est intégralement maintenue. Le moyen tiré du défaut de motivation est d'autant moins soutenable que du propre aveu de la recourante, son droit d'être entendue n'a pas été violé (cf. réplique, p. 3). La recourante a quoi qu'il en soit eu tout loisir de s'exprimer dans le cadre d'un double échange d'écritures. Le grief doit dès lors être écarté.
3. La recourante reproche à l'intimée d'avoir refusé l'imposition différée du gain immobilier.
a) L’impôt sur les gains immobiliers frappe les gains réalisés lors de l’aliénation de tout ou partie d’un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d’un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le prix de l’aliénation soit supérieur aux dépenses d’investissement (art. 12 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l’harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]). Constitue une aliénation imposable tout acte qui transfère la propriété d’un immeuble, telle que la vente, l’expropriation ou la cession d’une part de propriété commune (art. 12 al. 2 let. a LHID). A l'image de l'art. 12 al. 2 LHID, l'art. 64 al. 1 LI définit l'aliénation imposable comme un acte qui transfère la propriété d'un immeuble, telle que la vente, l'expropriation ou la cession d'une part de propriété commune.
L'art. 12 al. 4 LHID prévoit par ailleurs que les cantons peuvent percevoir l’impôt sur les gains immobiliers également sur les gains réalisés lors de l’aliénation d’immeubles faisant partie de la fortune commerciale du contribuable, à condition que ces gains ne soient pas soumis à l’impôt sur le revenu ou sur le bénéfice ou que l’impôt sur les gains immobiliers soit déduit de l’impôt sur le revenu ou sur le bénéfice.
Les personnes morales exonérées selon l'art. 23 al. 1 let. f LHID sont soumises dans tous les cas à l'impôt sur les gains immobiliers (art. 23 al. 4 LHID). Cette disposition ne laisse aucune marge de manœuvre aux cantons, qui ne sont pas autorisés à exonérer de telles entités de l'impôt sur les gains immobiliers.
b) L'art. 61 al. 1 LI soumet ainsi à l'impôt sur les gains immobiliers, conformément à la loi d'harmonisation, les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble, situé dans le canton, qui fait partie de la fortune privée du contribuable (let. a), qui est destiné à l'exploitation agricole ou sylvicole du contribuable (let. b) ou qui appartient à un contribuable exonéré de l'impôt sur le revenu ou le bénéfice (let. c). A teneur de l'art. 90 al. 3 LI, les personnes morales mentionnées notamment à l'art. 90 al. 1 let. g LI (personnes morales poursuivant des buts de service public ou de pure utilité publique), sont soumises à l'impôt sur les gains immobiliers, les dispositions relatives aux biens acquis en remploi, aux amortissements, aux provisions et à la déduction des pertes s'appliquant par analogie. Le gain immobilier, imposable en vertu de l'art. 61 al. 1 let. c LI, est déterminé selon les règles applicables aux biens faisant partie de la fortune commerciale (art. 66 al. 3 LI). Le contribuable exonéré de l'impôt sur le revenu et sur le bénéfice (art. 61 al. 1 let. c LI) ne peut pas se prévaloir d'une estimation fiscale comme prix d'acquisition (art. 67 al. 3 LI).
c) On peut s'interroger en l'occurrence en premier lieu sur la problématique de savoir si la cession des biens immobiliers litigieuse se rapporte à la fortune privée ou à la fortune commerciale de la contribuable, une fondation exonérée d'impôt.
La fondation a pour objet l'affectation de biens en faveur d'un but spécial (art. 80 CC). Elle peut se définir comme une masse de biens personnalisée, affectée à la poursuite d'un but déterminé et dotée d'une organisation propre (Parisima Vez, in Code civil I, Art. 1-539 CC, Commentaire romand, 2010, n° 1 ad art. 80 CC; Harold Grüninger, in Zivilgesetzbuch I, Art. 1-456 ZGB, Basler Kommentar, 6ème éd. 2018, n° 1 ad art. 80 CC). En tant qu'établissement, une fondation n'a ni membres ni propriétaires, mais des destinataires (Vez, in op. cit., n° 2 ad art. 80 CC; Grüninger, in op. cit., n° 20 ad art. 80 CC). L'acte de fondation indique les organes de la fondation et son mode d'administration (art. 83 CC). Les dispositions du code des obligations relatives à la comptabilité commerciale et à la présentation des comptes sont applicables par analogie à la fondation (cf. le renvoi de l'art. 83a CC) et seules les fondations qui n'ont pas l'obligation de requérir leur inscription au registre du commerce (soit les fondations de famille et ecclésiastiques au sens de l'art. 52 al. 2 CC) et les fondations qui sont dispensées de l'obligation de désigner un organe de révision peuvent se limiter à tenir une comptabilité des recettes et des dépenses ainsi que du patrimoine (art. 957 al. 2 ch. 2 et 3 CO).
Sont exonérées de l'impôt les personnes morales poursuivant des buts de service public ou de pure utilité publique, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts (art. 56 let. g de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct [LIFD; RS 642.11]; 23 al. 1 let. f LHID; 90 al. 1 let. g LI). En l'occurrence, il est constant que la recourante est une personne morale exonérée de l'impôt en raison de son but d'utilité publique et qu'elle n'exerce par conséquent pas d'activité commerciale.
Si les fondations sont tenues de se soumettre aux règles relatives à la comptabilité commerciale, cela ne signifie pas pour autant que le patrimoine qu'elles détiennent appartient nécessairement à leur fortune commerciale. Au contraire, il est admis que, lorsque des biens immobiliers sont dévolus à une fondation exonérée qui ne saurait exercer une activité commerciale, la dévolution successorale entraîne une réalisation systématique et provoque partant l'imposition du bénéfice en capital comme revenu selon l'art. 18 al. 2 LIFD au moment même de cette dévolution (arrêt TF 2A.105/2007 du 3 septembre 2007; Archives 65, p. 660; voir aussi Archives 74, p. 737; 65, p. 660 et les références citées; cf. Fabian Amschwand, Geschäftsvermögen oder Privatvermögen? Eine Übersicht, Revue Fiscale 55/2000, p. 480 ss, en particulier p. 488). Il paraît cela étant douteux qu’une fondation, personne morale, puisse avoir une fortune privée (cf. Markus Reich, Steuerrecht, 3e éd., 2020, § 20 n. 8, selon lequel la fortune des personnes morales – qui n'ont pas de sphère privée – échappe au dualisme fortune commerciale/fortune privée, étant précisé que les fondations sont en principe soumises aux mêmes règles d'imposition que les sociétés de capitaux et sociétés coopératives [Reich, op. cit., § 18 n. 29 ss]).
Il n’est en l’occurrence pas nécessaire de trancher la problématique de savoir si le patrimoine de la fondation recourante appartient à sa fortune privée – de sorte que son imposition pourrait se déduire de l’art. 61 al. 1 let. a LI - ou commerciale. Son imposition se déduit en effet de l'art. 61 al. 1 let. c LI, qui constitue une lex specialis par rapport à l'art. 61 al. 1 let. a LI, dans la mesure où elle prévoit des règles particulières pour l'estimation du gain immobilier, qui tiennent compte des exigences comptables auxquelles sont soumises les fondations.
4. Reste ainsi à examiner si la recourante peut bénéficier du report d'imposition, tel qu'il est prévu aux art. 12 al. 3 LHID, respectivement à l'art. 65 LI.
a) Selon ces dispositions, l’imposition est différée notamment en cas de transfert de propriété par succession (dévolution d'hérédité, partage successoral, legs), avancement d'hoirie ou donation. Le législateur fédéral a décrit à l'art. 12 al. 3 LHID de manière exhaustive les états de fait qui fondent un report d'imposition (cf. ATF 141 II 207 consid. 2.2.4 p. 210 et 4.5.2 p. 217). Les états de fait visés à l'art. 12 al. 3 LHID relèvent du droit harmonisé, l'art. 12 al. 3 LHID ne laissant aucune marge de manœuvre aux cantons pour décider dans quels cas l'imposition doit être différée (cf. ATF 141 II 207 consid. 2.2.4 p. 210 et 4.5.3 p. 217 s.; 130 II 202 consid. 3.2 p. 206 s.). Ils doivent donc être repris par les cantons dans leur législation sur l'imposition des gains immobiliers (cf. arrêts TF 2C_227/2017 du 17 novembre 2017 consid. 4.2; 2C_497/2011 du 15 mars 2012 consid. 4.3 non publié in ATF 138 II 105; 2C_797/2009 du 20 juillet 2010 consid. 2.1). L'art. 65 al. 1 let. a LI a, en l'occurrence, la même teneur que l'art. 12 al. 3 let. a LHID.
En vertu de l'art. 560 al. 1 CC, les héritiers acquièrent de plein droit l'universalité de la succession dès que celle-ci est ouverte. La succession s'ouvre par la mort et dure en principe jusqu'au partage accompli (art. 537 al. 1 cum 602 al. 1 in fine CC). Chaque héritier peut demander le partage en tout temps (art. 604 al. 1 CC). Le partage n'est achevé que lorsque tous les biens sont partagés. Normalement, les héritiers décident de procéder au partage en une seule fois. Mais ils peuvent aussi convenir de ne partager que certains biens et de demeurer dans la communauté héréditaire pour le reste. Il est également possible qu'un cohéritier souhaite sortir de la communauté héréditaire, qui se poursuit entre les autres; ses cohéritiers lui remettent alors la valeur de sa part (Paul-Henri Steinauer, Le droit des successions, 2015, p. 630). Ces deux possibilités peuvent se combiner. La cession de droits successifs à un ou plusieurs cohéritiers, prévue à l'art. 635 al. 1 CC, équivaut à un partage partiel quant aux personnes (Bastien Verrey, L'imposition différée du gain immobilier: harmonisation fédérale et droit cantonal comparé, 2011, p. 286).
Le différé d'imposition en cas de transfert de propriété par succession concerne le transfert de propriété au moment du décès (en tant qu'acquisition universelle), ainsi que tous les transferts de propriété jusqu'à la fin du partage de la succession (cf. art. 537 à 640 CC) (Bernhard Zwahlen, Natalie Nyffenegger, in: Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, StHG, 3ème éd., 2017, n°62 ad art. 12 LHID). Partant, il sied d'admettre que le partage partiel est également couvert par l'art. 12 al. 3 let. a LHID. Le partage successoral tel que visé par le report d'imposition peut être ainsi défini comme chaque dissolution d'un rapport de propriété commune issu d'un transfert fondé sur le droit des successions (Bastien Verrey, op. cit., p. 286).
b) La prorogation ou le report de l'imposition signifie qu'un transfert constituant en soi un acte d'aliénation n'est pas soumis à l'impôt. Tout se passe, sous l'angle de l'impôt sur les gains immobiliers, comme si le transfert n'avait pas eu lieu ou, en d'autres termes, comme s'il n'y avait pas eu réalisation d'un gain (cf. ATF 141 II 207 consid. 4.2.1 p. 214; 100 Ia 209 consid. 2c p. 212; arrêts TF 2C_539/2010 du 15 décembre 2010 consid. 2.1; 2C_797/2009 du 20 juillet 2010 consid. 2.3). Ainsi que l'indique le libellé même de l'art. 12 al. 3 LHID, la prorogation n'implique toutefois pas une exemption définitive (ATF 141 II 207 consid. 4.2.1 p. 214).
L'éventuelle augmentation de la valeur qui s'est produite entre la dernière aliénation imposable (l'achat par le de cujus dans le cas de la succession) et l'acte prorogeant l'imposition (la dévolution successorale) n'est provisoirement pas taxée; l'imposition est simplement différée jusqu'à une nouvelle aliénation imposable, qui tiendra alors compte de l'augmentation de la valeur qui s'est produite depuis l'achat par le de cujus (cf. arrêt TF 2C_797/2009 du 20 juillet 2010 consid. 2.3). Le fait que le transfert de propriété par succession constitue obligatoirement un cas d'imposition différée en vertu de l'art. 12 al. 3 let. a LHID a pour conséquence que les cantons ne sont pas autorisés à prendre en compte ces transferts dans le calcul de l'impôt sur les gains immobiliers lors d'une aliénation ultérieure imposable (cf. arrêt TF 2C_147/2008 du 29 juillet 2008 consid. 2.3 et 3; cf. Zwahlen/Nyffenegger, in Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden, 3ème éd., 2017, n°63 ad art. 12 LHID). Dans le système de prorogation de l'imposition, le prix d'acquisition déterminant pour le calcul du gain immobilier imposable lors d'une aliénation ultérieure est en effet celui du dernier transfert imposable, soit le prix d'acquisition payé par le de cujus (cf. arrêts TF 2C_227/2017 du 17 novembre 2017 consid. 4.4; 2C_797/2009 du 20 juillet 2010 consid 4.2; cf. Bastien Verrey, op. cit., p. 34, 254; cf. aussi l'art. 82 al. 3 de la loi genevoise générale sur les contributions publiques du 9 novembre 1998 [LCP] pour le calcul du gain imposable dans le canton de Genève en cas de report d'imposition).
c) La recourante soutient que la LI ne prévoit pas d'exception au report de la perception de l'impôt sur les gains immobiliers, qui s'applique de son point de vue également à la situation d'un contribuable exonéré de l'impôt sur le revenu ou sur le bénéfice. Elle considère que les dispositions du titre V LI s'appliquent aux gains immobiliers réalisés par des contribuables exonérés, sous la seule réserve introduite par l'art. 90 al. 3 2ème phrase LI.
L'autorité intimée considère pour sa part que le texte clair de la loi et sa systématique permettent de retenir que les motifs de report d'imposition ne s'appliquent qu'aux personnes physiques, pour autant que le bien transféré appartienne à sa fortune privée.
d) La loi s'interprète en premier lieu selon sa lettre (interprétation littérale). Si le texte n'est pas absolument clair, si plusieurs interprétations de celui-ci sont possibles, le juge doit rechercher la véritable portée de la norme au regard notamment de la volonté du législateur telle qu'elle ressort, entre autres, des travaux préparatoires (interprétation historique), du but de la règle, de son esprit, ainsi que des valeurs sur lesquelles elle repose, singulièrement de l'intérêt protégé (interprétation téléologique) ou encore de sa relation avec d'autres dispositions légales (interprétation systématique [ATF 141 II 280 consid. 6.1 p. 287; 140 II 202 consid. 5.1 p. 204]).
Il ne ressort pas de la lettre des art. 12 al. 3 LHID et 65 LI que le différé d'imposition serait réservé aux transferts du patrimoine immobilier issu de la fortune privée d'une personne physique. Ces dispositions ne précisent pas expressément si elles s'appliquent exclusivement au patrimoine privé des personnes physiques, ou s'il convient d'étendre leur application aux situations de transfert par des personnes morales exonérées qui en rempliraient les conditions. Le message du Conseil fédéral du 25 mai 1983 relatif à l'adoption de la LHID ne contient aucune indication à ce sujet (cf. FF 1983 III 1). Quant à l’art. 23 al. 4 LHID, il est formulé en ces termes:
« Les personnes morales mentionnées à l’al. 1, let. d à g et i, sont toutefois soumises dans tous les cas à l’impôt sur les gains immobiliers. Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) s’appliquent par analogie.»
L’art. 90 al. 3 LI a une teneur similaire.
Dans les cantons dualistes, le fait que, en vertu de l'art. 23 al. 4 LHID, les personnes morales exonérées de l'impôt sur le bénéfice sont soumises à l'impôt sur le gain immobilier est contraire au système (TF 2C_1080/2014 du 5 juillet 2016 consid. 5.5.2). Dans la mesure où l'art. 23 al. 4 2ème phrase LHID renvoie à l'art. 8 al. 4 LHID, disposition qui s'applique par analogie (en ce sens qu'elle est applicable ici des personnes morales, alors qu'elle régit en soi les personnes physiques), le Tribunal fédéral a reconnu que les personnes morales exonérées d’impôt pouvaient bénéficier d’un report d’imposition en cas de remploi (arrêt TF 2C_340/2011 du 1er février 2012 consid. 2.1 et le commentaire d'Hugo Casanova in Archives 82 119 ss; Marco Greter/Alexander Greter, in Zweifel/Beusch (édit.), Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden, 3e éd., 2017, n. 48 ad art. 23 LHID).
Marco Greter/Alexander Greter considèrent qu'en cas de restructuration, le report d'imposition doit être accordé (malgré l'absence de renvoi à l'art. 23 al. 4 2ème phrase LHID) en vertu de l'art. 12 al. 4 let. a LHID (loc. cit.). A cet égard, l'art. 65 al. 1 let. c LI dispose que l'imposition est différée sur les gains résultant de la fusion ou de la division d'institutions de prévoyance (voir à ce sujet arrêt FI.2004.0021 du 16 mars 2005 consid. 1b/bb). Mais il ne s'agit là que d'une catégorie de personnes morales exonérées.
Même s’il ne se prononce pas explicitement sur la question, Verrey semble partir de l’idée que la personne morale ne bénéficie pas du report d’imposition en cas de succession ou de donation (Bastien Verrey, Nouveautés vaudoises en matière d'imposition des gains immobiliers, de droits de mutation et d'impôt sur les successions et donations, RDAF 2008 II 293 ss, 299).
L'art. 23 al. 4 2ème phrase LHID ne renvoie pas à d'autres dispositions prévoyant le report de l'imposition. La question est dès lors de savoir s'il s'agit d'un silence qualifié ou d'une inadvertance du législateur, ce qui n'est pas clair (cf. Olivier Margraf, Ersatzbeschaffungen von subjektiv steuerbefreiten Personen im Sinn von Art. 24 Abs. 4 StHG, Revue fiscale 2016 p. 556 ss, 559 s'agissant de l'absence de renvoi à l'art. 24 al. 4bis LHID).
On ne saurait retenir, comme le soutient l'autorité intimée, que l'art. 12 al. 3 LHID s'applique seulement à la fortune privée des personnes physiques. Cette affirmation est en contradiction avec les différents cas de différé envisagés par cette disposition, soit en particulier les situations visées par l'art. 12 al. 3 let. d LHID (cf. également art. 65 al. 1 let. e LI), qui se rapporte en particulier à la fortune commerciale de l'agriculteur, respectivement sur les gains résultant de la fusion ou de la division d'institutions de prévoyance (cf. art. 65 al. 1 let. c LI), qui a également trait à la fortune commerciale de telles institutions pouvant être par ailleurs constituées sous la forme de fondations exonérées d'impôt (cf. notamment art. 56 al. 1 let. e LIFD).
On ne voit pour le surplus pas quelles seraient les difficultés d'application auxquelles l'autorité intimée serait confrontée, si la recourante était mise au bénéfice d'un report d'imposition. Dans le système de prorogation de l'imposition, le prix d'acquisition déterminant pour le calcul du gain immobilier imposable lors d'une aliénation ultérieure est en effet celui du dernier transfert imposable, soit le prix d'acquisition payé par le de cujus (cf. arrêt TF 2C_227/2017 du 17 novembre 2017 consid. 4.4). Il n'est ainsi pas tenu compte de l'opération intermédiaire impliquant la fondation recourante, de sorte que l'assiette de l'impôt n'a pas à être fixée en tenant compte des règles particulières d'estimation de l'art. 90 al. 3 LI, ainsi que des art. 66 al. 3 et 67 al. 3 LI. La situation de la personne physique cessionnaire est ainsi comparable à celle de tout autre héritier qui se voit attribuer un immeuble dans le cadre d'un partage successoral. Certes, l'art. 68 al. 3 LI pourrait rendre par hypothèse plus difficile le recours à la valeur de l'estimation de l'immeuble (cf. art. 67 al. 2 LI), dans la mesure où il appartiendra au contribuable cessionnaire d'établir la valeur du gain immobilier dont l'imposition a été différée. Or, le contribuable peut se trouver en difficulté pour obtenir les pièces comptables de la fondation exonérée, nécessaires à la détermination de son gain immobilier imposable fictif. Il peut néanmoins se prémunir de telles conséquences lors de la signature de l'acte translatif de propriété. Pour le surplus, les droits du fisc ne sont pas lésés, dès lors que la prérogative de l'art. 68 al. 3 LI est une alternative à la détermination du gain immobilier imposable, destinée à faciliter la preuve du prix d'acquisition.
Cela étant, compte tenu de la formulation des art. 23 al. 4 LHID et 90 al. 3 LI, qui précise que les personnes morales exonérées sont soumises dans tous les cas à l’impôt sur les gains immobiliers, il convient de se montrer plutôt restrictif pour admettre le report d'imposition. Même si, dans un tel cas, il ne s’agit pas d'exempter ces personnes morales de l'impôt, mais uniquement de reporter l'imposition, il en résulte qu’il n’y a plus d'imposition, en tout cas dans le chef de la personne morale exonérée. Du moment que les art. 23 al. 4 LHID et 90 al. 3 LI soumettent à l'impôt sur le gain immobilier les personnes morales exonérées de l'impôt sur le bénéfice – ce qui est contraire au système dans les cantons dualistes –, en reprenant certaines règles régissant l'imposition des personnes morales au titre du bénéfice (amortissements, provisions, report de pertes), on peut y voir une réglementation spéciale, qui l'emporte sur les règles générales des art. 12 LHID et 61 ss LI. Les art. 23 al. 4 LHID et 90 al. 3 LI constituant une réglementation spéciale, les règles générales ne sont applicables qu'en vertu d'un renvoi par les normes spéciales. Or, les art. 23 al. 4 2ème phrase LHID et 90 al. 3 2ème phrase LI ne renvoient pas aux règles générales sur le report des art. 12 al. 3 LHID et 65 LI. Sur le vu de ce qui précède, il convient de retenir que l’autorité intimée a refusé à juste titre de mettre la recourante au bénéfice du différé d'imposition.
e) Les motifs d'égalité de traitement et d'égalité de l'imposition soulevés par la recourante ne sont pas déterminants en l’occurrence.
Une décision ou un arrêté viole le principe de l'égalité de traitement consacré à l'art. 8 al. 1 Cst. lorsqu'il établit des distinctions juridiques qui ne se justifient par aucun motif raisonnable au regard de la situation de fait à réglementer ou qu'il omet de faire des distinctions qui s'imposent au vu des circonstances, c'est-à-dire lorsque ce qui est semblable n'est pas traité de manière identique et ce qui est dissemblable ne l'est pas de manière différente. Il faut que le traitement différent ou semblable injustifié se rapporte à une situation de fait importante (ATF 142 I 195 consid. 6.1 p. 213 et les références).
En matière fiscale, le principe d'égalité de l'art. 8 al. 1 Cst. est concrétisé par les principes de la généralité et de l'égalité de l'imposition, ainsi que par celui de l'imposition selon la capacité économique. Le principe de la généralité de l'impôt exige que toute personne ou groupe de personnes soit imposé selon la même réglementation juridique: les exceptions qui ne reposent sur aucun motif objectif sont inadmissibles (ATF 141 II 338 consid. 3.2 p. 340 s. et les références).
En l’occurrence, il ressort clairement de la loi que le législateur a entendu traiter de manière distincte des autres contribuables les personnes morales exonérées d’impôt, s’agissant spécifiquement de l’impôt sur les gains immobiliers. Il a prévu en particulier des règles spécifiques quant à la détermination de l’assiette imposable, qui excluent toute comparaison avec la situation d’un contribuable qui aurait hérité d’un immeuble appartenant à sa fortune privée.
f) C'est ainsi à juste titre que l'autorité intimée a considéré que la fondation recourante ne pouvait pas bénéficier du report d'imposition de l'art. 12 al. 3 LHID. Le report de l’imposition n’étant pas admis, la requête de la recourante tendant à la détermination du gain immobilier dont la perception aurait été reportée est sans objet. Enfin, il ne fait pas de doute qu’en l’occurrence, la recourante est bien l’aliénatrice et est, partant, débitrice de l’impôt (cf. art. 63 LI), dans la mesure où elle transfert, par l’acte de partage, la quote-part de propriété des biens dont elle a hérité.
5. La recourante conteste en dernier lieu le mode de calcul retenu par l’autorité intimée pour déterminer l’assiette de l’impôt sur le gain immobilier.
a) L'imposition des gains immobiliers réalisés dans le canton de Vaud qui ne peuvent être imposés au moyen de l'impôt sur le revenu des personnes physiques ou de l'impôt sur le bénéfice net des personnes morales est régie par l'art. 61 al. 1 LI, à teneur duquel :
"1 L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble, situé dans le canton, a) qui fait partie de la fortune privée du contribuable; b) qui est destiné à l'exploitation agricole ou sylvicole du contribuable; c) qui appartient à un contribuable exonéré de l'impôt sur le revenu ou sur le bénéfice; d) ... (...)"
En principe, le gain immobilier imposable est constitué de la différence entre le produit de l'aliénation et le prix d'acquisition augmenté des dépenses d'investissement (cf. Jean-Marc Rivier, Droit fiscal suisse, L'imposition du revenu et de la fortune, 2ème éd., Lausanne 1998 p. 496, Bernhard Zwahlen, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/1, Basel/Genève/München, 2. Auflage 2002, ad art. 12 LHID, n° 43). La base d'imposition ainsi déterminée s'applique à un immeuble demeuré le même entre son acquisition et son aliénation, quant à sa contenance et ses qualités juridiques (« Kongruenzprinzip »; cf. Peter Locher, Das Objekt des bernischen Grundstückgewinnsteuer, Diss. Bern 1976, p. 67 ; arrêt FI.2004.0031 du 7 octobre 2005 consid. 4a).
b) L'assiette de l'impôt est définie à l'art. 66 LI, à teneur duquel:
"1 Le gain imposable est constitué par la différence entre le produit de l'aliénation et le prix d'acquisition augmenté des impenses. 2 L'article 68 est réservé. 3 Le gain immobilier, imposable en vertu de l'art. 61 al. 1 lettres c et d, est déterminé selon les règles applicables aux biens faisant partie de la fortune commerciale."
L'al. 3 de la disposition précitée a été introduit par la loi du 4 juillet 2000. Il résulte des travaux préparatoires que, pour la détermination de l’assiette lors de l’aliénation d’immeubles commerciaux exceptionnellement soumis à l’impôt spécial, c'est la valeur du bien, telle qu’elle ressort de la comptabilité du contribuable, qui doit être prise en considération (cf. BGC mai 2000, p. 974). Il en va ainsi lorsque l’immeuble appartient à un contribuable exonéré de l’impôt sur le revenu ou sur le bénéfice (art. 61 al. 1 lit. c LI ; cf. arrêt FI.2004.0031 du 7 octobre 2005 consid. 4b, confirmant le recours aux valeurs comptables).
Selon l’art. 67 al. 2 LI, le contribuable peut invoquer l'estimation fiscale de l'immeuble, en lieu et place du prix payé, si elle a été notifiée après l'acquisition et qu'elle est en vigueur depuis au moins dix ans, lors de l'aliénation. L’art. 67 al. 3 LI exclut expressément la possibilité, pour le contribuable exonéré au sens de l’art. 61 al. 1 let. c LI, de se prévaloir d’une estimation fiscale comme prix d’acquisition. Quoi qu’en dise la recourante, ces dispositions trouvent application en l’occurrence, dans la mesure où la recourante est bien la débitrice de la créance fiscale.
C’est donc bien le principe de la valeur de l’immeuble telle qu’elle ressort de la comptabilité de la recourante qu’il convient de prendre en considération pour déterminer l’assiette du gain immobilier, comme l’admet d’ailleurs l’autorité intimée. Dans la décision attaquée, l’autorité intimée a toutefois calculé le montant de l’impôt sur la base du prix d’acquisition des parcelles en cause. Il convient dès lors de lui renvoyer le dossier, pour qu’elle établisse la valeur du bien ressortant de la comptabilité de la recourante et détermine, sur cette base, l’assiette imposable.
6. Le recours doit ainsi être très partiellement admis. La décision attaquée est annulée et le dossier est renvoyé à l’autorité intimée pour complément d’instruction et nouvelle décision au sens du consid. 5. Les frais sont mis à la charge de la recourante, qui succombe dans une très large mesure. Il n’est pour le surplus, et pour les mêmes raisons, pas alloué de dépens.