Decision ID: 3f306bbb-ba04-49dd-92a2-0517bf815e0e
Year: 2018
Language: fr
Court: VD_TC
Chamber: VD_TC_031
Canton: VD
Region: Région lémanique
Law Area: public_law

Vu les faits suivants:
A. La colline du Mormont, sise sur le territoire des Communes de Bavois, d'Eclépens, de La Sarraz et d'Orny, représente un important promontoire rocheux calcaire qui s'élève entre les plaines alluviales de la Venoge, au Sud, et du Nozon, au Nord. Elle figure à l'Inventaire fédéral des paysages, sites et monuments naturels d'importance nationale (IFP, n° 1023 "Le Mormont"), de même qu'à l'Inventaire cantonal des monuments naturels et des sites (IMNS: n° 95 "Collines du Mormont et de la Tilerie"). Une carrière de calcaire est exploitée à cet endroit depuis le début des années 1950 pour la fabrication de ciment. La société actuellement exploitante est L._ (ci-après "L._"), à Eclépens. Cette carrière est recensée dans le Plan directeur des carrières (PDCar), dans ses versions du 18 septembre 1991, du 9 septembre 2003 et de 2014 (adopté par le Grand Conseil le 16 juin 2015), sous la référence n° 1222/104. Selon le PDCar 2014, il s'agit de la seule carrière pour la production de ciment du canton. Le volume estimé est de 20'000'000 m3. Elle est incluse dans le Plan d'affectation cantonal PAC n° 308 "Du Mormont" (ci-après le "PAC n° 308"), en vigueur depuis le 16 juin 2000 et modifié le 31 août 2005, modification entrée en vigueur le 4 mai 2007. Ce plan inclut les aires nécessaires à l'exploitation de la carrière de calcaire, soit les secteurs A et B. Le secteur A est antérieur au PAC et défini par un permis d'exploiter de 1990 (cf. art. 10 du règlement du PAC n° 308: RPAC). Le secteur B, actuellement exploité, est prolongé de deux secteurs au Nord (au lieu-dit la Fontaine) et à l'Ouest (au lieu-dit la Birette). Ces secteurs alternatifs d'extraction sont réservés à titre directeur, pour une éventuelle extension de l'extraction. Ils sont situés hors du périmètre de l'IFP n° 1023 qui entoure cependant la carrière. L'art. 11 RPAC prévoit que le choix de l'un éliminera l'autre, à l'exception de la surface qui leur est commune. Dans tous les cas, une nouvelle procédure d'affectation et d'autorisation soumise à l'enquête publique sera nécessaire.
La carrière du Mormont assure l'approvisionnement en calcaire de la région, en particulier des cantons romands.
B. Une extension autorisée en 2000 arrivant en fin d'exploitation, la poursuite de l'activité de la cimenterie de la société L._ nécessite une nouvelle extension de la carrière. Celle-ci a été envisagée sur le plateau de "La Birette." L'extension est projetée sur une largeur de 200 m en moyenne et une profondeur allant jusqu'à 70 m. Le périmètre d'extension est prévu sur les parcelles nos 490, 499, 505, 506, 509 et 510 de la Commune de La Sarraz se trouvant en milieux agricole et forestier. Il inclut également le DP 15. Le volume des matériaux exploitables sur cette extension est estimé à 2.8 millions de m3, correspondant à 7 ans de réserve, à un rythme d'extraction estimé de 400'000 m3 par an.
Le secteur se trouvant en zones forestière et agricole, le Service du développement territorial (SDT) a requis une procédure de modification du PAC n° 308 en parallèle à la procédure de plan d'extraction, compte tenu de la modification de l'affectation envisagée. Le projet nécessitait également un défrichement. Ces procédures ont été coordonnées de manière à pouvoir être mises à l'enquête publique puis approuvées simultanément.
Mandatée par l'exploitant L._, la société M._ a élaboré, dans un seul document, un rapport conformément à l'art. 47 de l'ordonnance fédérale du 28 juin 2000 sur l'aménagement du territoire (OAT; RS 700.1) ainsi qu'un rapport d'impact sur l'environnement (ci-après "rapport 47 OAT et RIE").
Les services cantonaux ont rendu leurs préavis dans le cadre de leur examen préalable, le 14 avril 2015 (synthèse CAMAC n° 151410). Dans ce cadre, la Direction générale de l'environnement, Division biodiversité et paysage (DGE-BIODIV), a notamment rappelé que le projet se situait dans le périmètre de l'IMNS. Cette autorité relevait en particulier ce qui suit en relation avec le rapport d'impact sur l'environnement (synthèse CAMAC, p. 11):
"Le projet se situe dans le périmètre de l'inventaire cantonal des monuments naturels et des sites. Cet aspect a été ignoré. De plus, le chapitre consacré au paysage (chapitre 22 Protection du paysage naturel et paysage) se contredit en affirmant tout d'abord que la visibilité de la carrière a été prise en compte lors de l'élaboration du PAC en 1999, avec des plantations forestières autour du site pour limiter les lignes de vues directes, puis en concluant que le même PAC, en interdisant le comblement de la carrière, empêche de redonner un caractère plus naturel au site.
Le dossier doit prendre en compte le PAC dans son état actuel, en l'optimisant.
Le chapitre sur le paysage doit faire l'objet d'une analyse plus poussée et étudier les possibilités de gommer autant que possible l'effet d'entaille au projet."
Un examen complémentaire a eu lieu, le 5 juin 2015, suite aux compléments apportés au projet. LA DGE-BIODIV a notamment préavisé favorablement le dossier.
Le 8 juin 2015, la société M._ a complété son rapport 47 OAT et RIE en vue de la mise à l'enquête publique. Ce rapport prévoit diverses mesures à prendre dans le cadre du projet d'extension de la carrière (cf. pages 106-117 du rapport 47 OAT et RIE). Ce document comporte plusieurs annexes, dont un accord de CFF SA, sous conditions, délivrée le 26 janvier 2015, conformément à l'art. 18m de la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF; RS 742.101), ainsi qu'un dossier photographique illustrant l'impact visuel du projet.
Le 10 juin 2015, le SDT a rendu un rapport de synthèse d'examen préalable au sens de l'art. 56 de la loi vaudoise du 4 décembre 1985 sur l'aménagement du territoire et les constructions, dans sa teneur en vigueur à ce moment-là (LATC; RSV 700.11). Dans ce cadre, la DGE-BIODIV a requis une précision, à l'art. 16 RPAC, que la terre végétale issue des opérations de décapage soit réutilisée exclusivement pour des opérations de remise en état de la carrière et qu'aucune terre exogène ne soit utilisée à cette fin. Cette synthèse mentionne encore que selon l'inventaire cantonal des surfaces d'assolement (SDA), l'extension envisagée aurait une emprise sur les SDA d'environ 7 hectares. Selon le rapport 47 OAT et RIE, le terrain ne répondrait pas au critère de la profondeur utile, de sorte qu'il n'aurait pas la qualité de SDA.
Le projet nécessitant également un défrichement, la société M._ a élaboré un rapport de défrichement, du 8 juin 2015 également (ci-après le "rapport de défrichement").
Toujours en date du 8 juin 2015, la société précitée a élaboré un mémoire technique en relation avec l'extension projetée de la gravière (ci-après: le "mémoire technique").
Il ressort du dossier que l'extension de la carrière est prévue en deux étapes.
C. Le projet d'extension de "La Birette" se trouve entièrement en secteur Au de protection des eaux. Compte tenu de l'impact géologique et hydrogéologique du projet, L._ a mandaté le Bureau d'ingénieurs N._, qui a rendu un rapport géologique et hydrogéologique, le 14 avril 2015 (ci-après: le "rapport hydrogéologique N._"). Il ressort notamment de ce rapport que des secteurs S de protection des eaux se trouvent de part et d'autre du Mormont, dans la plaine, pour protéger deux puits de pompage publics d'eau de boisson, à savoir le nouveau puits de Cinq Sous, sur le territoire communal d'Eclépens, et le puits d'Entreroches, sur le territoire communal d'Orny. Différentes sources privées et publiques se situent principalement au Sud du Mormont et font l'objet d'un suivi régulier par L._, depuis 2001. En particulier, la source En Fallette est située à 300 m environ du projet de carrière de La Birette et le propriétaire de la parcelle n° 26 de la Commune d'Eclépens, O._, bénéficie d'un droit d'eau (canalisations, fouilles, prise et passage d'eau) par rapport à ce captage. Selon le rapport hydrogéologique N._, cette source non potable n'est plus utilisée depuis 2001. Toujours selon le rapport précité, le bassin d'alimentation de cette source est fortement dépendant des précipitations, ce qui explique des tarissements complets observés en périodes d'étiage en raison de faibles réserves disponibles.
Un groupe de 5 captages du Château d'Eclépens (parcelle n° 26) sont recensées à l'aval, dans le bas du village d'Eclépens. D'après les surveillances régulières en cours depuis mai 2014, leur débit est toutefois faible. La qualité de l'eau de l'ensemble des petits captages privés au Sud du Mormont ne répond pas aux objectifs d'eaux de boisson fixés dans le Manuel Suisse sur les denrées alimentaires (MSDA).
S'agissant du secteur Au de protection des eaux, le rapport N._ conclut que l'emprise du projet d'extension de la carrière, sur le plateau de la Birette, ne comprend pas d'eaux souterraines exploitables et ne correspond pas à une zone attenante nécessaire à la protection de ressources en eaux exploitables (cf. p. 40). A titre de mesure de précaution supplémentaire, ce rapport précise que le projet n'atteindra pas l'aquitard inférieur (A inf) qui contient de l'eau en charge entre la MergelKalkZone marneuse (MKZ m) et les marnes de l'Hauterivien inférieur (MHI). Cet aquitard constitue une protection naturelle supplémentaire des aquifères profonds. L'objectif essentiel de la législation en matière de protection des eaux étant de sauvegarder les ressources en eaux souterraines exploitables, à la fois sur le plan quantitatif que qualitatif, cet objectif est respecté. L'application à titre sécuritaire de mesures d'accompagnement proposées dans le RIE permettra de gérer les risques résiduels. Les aquitards ne contenant pas de véritables nappes au sens strict du terme, il n'est pas nécessaire de fixer une cote de fond d'exploitation de 2 m au-dessus du niveau décennal de la nappe.
D. L'exploitation de l'extension projetée implique des tirs de mine, susceptibles d'avoir des effets de vibrations sur les constructions et les personnes. Le rapport 47 OAT et RIE précité (p. 28 ss) se réfère à cet égard à l'art. 15 de la loi fédérale du 7 octobre 1983 sur la protection de l'environnement (LPE; RS 814.01), ainsi qu'à la norme SN 640 312a de l'Union des professionnels suisses de la route (VSS), d'avril 1992, et la norme allemande DIN 4150/2 relative au bruit solidien. En retenant la valeur indicative pour des bâtiments normalement sensibles, la norme SN 640 312a fixe la limite à 6 mm/s pour assurer la protection des bâtiments impactés par l'exploitation de la carrière. Par mesure de précaution supplémentaire, le Canton de Vaud a demandé à l'exploitante de se tenir dans la mesure du possible en dessous de 3 mm/s (cf. rapport précité, p. 30). Le rapport conclut au respect de ces valeurs, de même que pour les vibrations sur les personnes. Plusieurs mesures sont intégrées au projet à ce sujet (cf. p. 106-7), en particulier la limite de 3 mm/s pour les tirs de mines, un suivi des vibrations sur les bâtiments, ainsi qu'une annonce des tirs sur demande. Selon une étude effectuée par la société P._, le 14 février 2012 (ci-après: le rapport P._), les niveaux de vibrations mesurées par L._ sont comparables à ceux obtenus par le bureau P._.
E. En ce qui concerne la protection des sols, le projet prévoit de décaper les sols pendant les phases d'exploitation de la carrière. A terme, la remise en état des terrains permettra de rendre ces surfaces à la nature et à la forêt (cf. notamment rapport 47 OAT et RIE, p. 96 ss). Les sols décapés doivent être stockés et vu les contraintes retenues, le site retenu à cet effet est la parcelle n° 231 de la Commune d'Eclépens, propriété de L._. Parmi les mesures d'accompagnement du projet, la mesure S5 prévoit la remise en état de la parcelle n° 231.
F. S'agissant des surfaces d'assolement, le rapport 47 OAT et RIE conclut qu'il n'y a aucun sol du site de la Birette qui réponde au critère de définition des SDA concernant la profondeur utile (p. 99).
G. Quant à l'impact du projet sur la nature, le rapport 47 OAT et RIE prévoit une série de mesures de compensation (p. 107 ss), notamment la création de mares temporaires et permanentes, de pelouses maigres et rocheuses, la plantation de différentes plantations, la création de divers aménagements pour la faune et les oiseaux, etc. Le suivi des mesures de compensation continuera 5 ans après la fin de l'exploitation de la carrière de la Birette. En outre, le périmètre de la carrière faisant partie du PAC n° 308, le suivi du projet d'extraction sera assuré par la Commission de suivi prévue par l'art. 6 RPAC.
H. Le projet de modification du PAC n° 308 intègre l'extension de la carrière sous un secteur C nouveau, étant rappelé que le secteur A concerne la carrière antérieure au PAC de 2000 et le secteur B, soit la carrière de Mormont 6, concerne le secteur exploité depuis 2000 (cf. art. 10 RPAC). L'art. 16 RPAC est modifié comme suit:
"Secteurs A et B et C, Procédés d'extraction
Les procédés techniques d'extraction du calcaire devront être constamment conformes aux dispositions légales en vigueur afin de sauvegarder et respecter l'environnement bâti, d'éviter les rejets de poussières et de prévenir les éventuelles chutes de rocher à partir des falaises dominant le village.
Secteurs A et B et C, Terre végétale
La terre végétale issue des opérations de décapage doit être réutilisée exclusivement pour des opérations de remise en état de la carrière après l'exploitation de cette dernière.
En aucun cas des terres exogènes ne seront utilisées pour ces remises en état."
I. Le projet de modification du PAC n° 308, le plan d'extraction et la demande de permis d'exploiter de l'étape 1 de la carrière de la Birette ainsi que la demande de défrichement ont été mis à l'enquête publique aux greffes des communes de Bavois, Eclépens, La Sarraz et Orny, du 16 juin au 16 juillet 2015.
Ce projet a suscité plusieurs oppositions, notamment de la part des associations A._, B._ et C._, D._ et E._, ainsi que de personnes individuelles, dont H._ et I._, J._ et K._, F._ et G._. Ces derniers opposants sont domiciliés respectivement au ********, à Eclépens (H._ I._), ******** à Eclépens (J._ K._) et ******** à La Sarraz (F._ ).
Le projet prévoyant une partie des mesures de compensation et de reboisement à l'intérieur du périmètre IFP, la Direction générale de l'environnement (DGE) a sollicité, le 2 septembre 2015, le préavis de la Commission fédérale pour la protection de la nature et du paysage (CFNP). Cette commission a rendu son préavis le 4 décembre 2015. Ses conclusions sont les suivantes:
"vu les documents présentés et suite à la visite des lieux d'une délégation de la commission, la CFNP arrive à la conclusion que l'extension de la Birette constitue une atteinte importante aux objectifs de protection de l'objet IFP, notamment à l'intégrité de la silhouette et au caractère paysager du Mormont ainsi qu'à sa fonction importante en terme de réseau écologique.
Afin de réduire le projet d'extension à une atteinte supplémentaire légère, et de répondre au plus grand ménagement possible selon l'article 6 LPN, la commission est d'avis qu'il est nécessaire de:
- conserver un cordon paysager d'une largeur d'environ 100 m – incluant le cordon boisé existant – entre la carrière du Mormont et l'extension de la Birette, formant ainsi un pont partiellement boisé entre les deux côtés nord et sud de la carrière.
La commission souhaite être tenue au courant de la suite de cette affaire."
Le 13 janvier 2016, la DGE a présenté des compléments d'information à la CFNP, en sollicitant une réévaluation des conclusions de son préavis du 4 décembre 2015. Elle expliquait en particulier qu'une exploitation sous forme de galerie souterraine, avec le maintien d'un pont boisé ou sous forme de tunnel n'était pas faisable pour des raisons techniques et économiques. La CFNP a rendu un préavis complémentaire, le 15 mars 2016, dans lequel elle se rallie aux explications fournies. Elle rappelle que le plus important est de limiter l'atteinte sur les objectifs de protection de l'objet IFP qui est de préserver l'intégrité de la silhouette du Mormont. Dans ce contexte, la CFNP constate qu'un comblement du périmètre de la Birette jusqu'au point le plus haut actuellement exploité, de manière à reconstituer une ligne de crête nord-sud, représenterait finalement la meilleure solution pour répondre aux objectifs de protection. Cette commission demande à être régulièrement informée par le Canton des résultats intermédiaires de l'étude de comblement de la carrière de la Birette et des planifications y relatives.
J. Par ailleurs, la DGE a relevé, le 23 septembre 2015, que le flanc Sud de la colline du Mormont était colloqué en zone de danger moyen à élevé sur la carte des dangers naturels en voie d'être publiée (cf. carte des dangers de chute de pierres et blocs, dans son état au 9 novembre 2017). Elle entendait engager une expertise, aux frais de l'exploitante L._, ayant pour but d'évaluer les effets possibles de l'exploitation de la carrière de la Birette sur les instabilités reconnues.
A la demande du DTE, le bureau d'ingénieurs N._ a rendu un rapport d'expertise complémentaire, le 26 mai 2016 (ci-après: le rapport N._ 2016), relatif à l'effet des vibrations liées aux tirs de mines sur les instabilités naturelles du flanc Sud de la colline du Mormont, recensées lors de la réalisation de la carte des dangers naturels du Canton de Vaud. Cette étude fait notamment suite à un éboulement survenu en 2015 à l'arrière de la parcelle n° 477 d'Eclépens, propriété d'J._ et de K._. Ce rapport formule les conclusions suivantes:
"7. Conclusions
Les facteurs liés à la végétation et aux facteurs météorologiques sont prépondérants sur le déclenchement des éboulements par rapport aux effets des vibrations liées aux tirs de mines.
L'analyse détaillée de l'éboulement de mai 2015 à l'arrière de la parcelle n° 477 confirme une influence prépondérante de l'altération, de l'eau et de la végétation.
Les vibrations liées aux tirs de mines du projet Birette ne peuvent pas augmenter le volume des instabilités répertoriées, ou générer de nouvelles instabilités.
Les degrés de danger de la carte des dangers naturels ne sont pas modifiés par le projet Birette.
La carte des dangers du Canton de Vaud a mis en évidence un déficit de protection au niveau des falaises étudiées. L'exploitation de la carrière n'a aucun effet sur le type ou la taille des mesures de protection à mettre en oeuvre. Un projet est actuellement en cours d'élaboration par la commune d'Eclépens. Ce projet sera de nature à protéger les habitations concernées de manière adéquate."
Une séance d'information a eu lieu en présence des opposants, le 4 novembre 2015.
Le 23 mai 2016, l'Office fédéral de l'environnement (OFEV) a donné un avis positif sur le défrichement et sur le reboisement de compensation, sous réserve de la prise en compte des demandes et recommandations formulées sous chiffres 1.3 et 1.5. Ces demande et recommandation sont libellées comme suit:
"Demande
[1] Les travaux doivent se faire dans le respect de l'annexe 4 chiffre 211 alinéa 3 de l'OEaux.
[...]
Recommandation
[2] L'OFEV recommande de poursuivre les réflexions concernant la modification du projet dans le sens d'un comblement.
[...]"
K. Le 26 mai 2016, la DGE a délivré une autorisation de défrichement définitif d'une surface de 12'560 m2. Cette décision pose plusieurs conditions, notamment une compensation d'une surface équivalente. Une autre condition est de poursuivre les réflexions en vue d'un comblement, conformément à la demande de l'OFEV.
L. Le 6 juin 2016, le DTE a rendu la décision finale relative à l'étude de l'impact sur l'environnement, adopté le plan d'extraction et octroyé le permis d'exploiter la carrière de la Birette; enfin il a approuvé la modification du PAC n° 308. Il a également confirmé l'autorisation de défrichement rendue le 26 mai 2016 par la DGE.
M. Le 5 juillet 2016, H._ et I._, J._ et K._, F._ et G._ ont formé un recours commun contre ces décisions devant la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal (CDAP). La cause a été enregistrée sous la référence AC.2016.0237.
Le 7 juillet 2016, les associations A._, C._ et B._ ainsi que D._ et E._ ont formé un recours contre ces décisions par leur conseil commun devant la CDAP. La cause a été enregistrée sous la référence AC.2016.0238.
Le 8 septembre 2016, l'Office fédéral de l'agriculture (OFAG) a également formé recours contre les décisions précitées devant la CDAP. La cause a été enregistrée sous la référence AC.2016.0298.
Les causes ont été jointes sous la référence AC.2016.0238.
Les autorités intimées et concernées, ainsi que l'exploitante L._ (ci-après: la constructrice), se sont déterminées sur les recours.
Un délai de réplique, prolongé au 15 décembre 2016, a été imparti aux recourants pour se déterminer. Les recourants F._ et consorts ont répliqué, le 14 décembre 2016.
N. L'instruction a ensuite été suspendue, suite à des discussions entreprises entre la DGE et l'OFAG. Dans ce contexte, la société M._ a élaboré, le 20 avril 2017, un addendum modifiant le Rapport 47 OAT et RIE du 8 juin 2015. Cet addendum modifie les rapports précités sur la question des surfaces d'assolement. Il confirme en particulier le stockage sur la parcelle n° 231 d'Eclépens des sols agricoles et forestiers pendant la durée de l'exploitation, étant précisé que cette parcelle est comprise dans l'inventaire des SDA. L'emprise sur cette parcelle sera toutefois temporaire. En ce qui concerne la compensation des emprises définitives du projet sur des surfaces d'assolement, ce rapport constate l'absence de possibilités de compensation sur les territoires communaux concernés et propose de prendre ces emprises sur la marge de manoeuvre cantonale. La marge cantonale serait ainsi amputée de 7.691 hectares (ha), étant précisé que les 1.369 ha de la parcelle n° 231 redeviendraient à terme des surfaces d'assolement. En définitive la marge de manoeuvre cantonale serait ainsi amputée de 6.052 ha.
O. A l'issue de ces discussions, le DTE a rendu une décision complémentaire, le 2 mai 2017, modifiant la décision finale du 6 juin 2016. Aux termes de cette décision, le DTE confirme les chiffres 5.1 à 5.5, 5.7 et 5.8 de sa décision initiale et modifie le chiffre 5.6 de cette décision comme suit:
"Dit que les emprises sur les SDA inventoriées dans les géodonnées cantonales sont compensées par soustraction sur la marge cantonale, qui est suffisante."
P. L'OFAG a en conséquence retiré son recours, le 15 mai 2017, ce dont il a été pris acte par décision du 8 juin 2017, la procédure se poursuivant pour les autres recourants.
Q. Les parties se sont encore exprimées par écrit et le Tribunal a tenu une audience le 29 novembre 2017. A cette occasion, il a procédé à une inspection locale en présence des parties qui ont été entendues dans leurs explications. Les recourantes A._ et consorts ont requis plusieurs mesures d'instruction complémentaires.
Les parties ont bénéficié de la faculté de s'exprimer sur le compte-rendu d'audience et de formuler des observations finales. Les recourants F._ et consorts se sont déterminés le 29 janvier 2018 et le 2 mars 2018. Les autorités intimées se sont déterminées le 31 janvier et le 2 mars 2018 et la constructrice, le 31 janvier 2018. Les recourantes A._ et consorts ont déposé des observations finales le 16 février 2018. La DGE et les recourants F._ et consorts se sont encore déterminés spontanément, le 2 mars 2018.
La DGE a complété le dossier, à la requête du Tribunal, le 30 août 2018. A cette occasion, elle a produit le procès-verbal de la séance de la Commission cantonale pour la protection de la nature (CCPN), du 25 mai 1999, ainsi que le procès-verbal d'une autre séance de cette commission, du 10 novembre 2014. Il ressort du premier document précité que la CCPN a préavisé favorablement à l'extension de la carrière HCB à Eclépens et au PAC Mormont, aux conditions suivantes:
"les modifications apportées au projet présenté en séance de Comité de pilotage du 20 mai 1999 (suppression du secteur cynologique – précision concernant les passages à faune et les lisières forestières) seront intégrées définitivement au projet;
l'exploitant veillera à ce que la réalisation des vires et plate-forme soit réalisée de manière à éviter les risques de ruissellement;
la mesure de reboisement compensatoire principale à la Birette sera réalisée sous la forme d'un massif en chênaie indigène;
la Commission de suivi sera paritaire, de manière à assurer la présence des milieux intéressés par la protection de la nature."
Les associations recourantes se sont déterminées à ce sujet, le 28 septembre 2018 et la constructrice, les 19 septembre et 1er octobre 2018.
Le Tribunal a ensuite statué.
Les arguments des parties sont repris ci-après dans la mesure utile.

Considérant en droit:
1. a) La qualité pour recourir est régie par l'art. 75 de la loi vaudoise du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative (LPA-VD; RSV 173.36), applicable par renvoi de l'art. 99 LPA-VD. Cette disposition a la teneur suivante:
"A qualité pour former recours :
a. toute personne physique ou morale ayant pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou ayant été privée de la possibilité de le faire, qui est atteinte par la décision attaquée et qui dispose d'un intérêt digne de protection à ce qu'elle soit annulée ou modifiée ;
b. toute autre personne ou autorité qu'une loi autorise à recourir."
Le législateur cantonal a expressément refusé de faire dépendre la qualité pour agir d’une atteinte spéciale ou particulière, telle qu'elle est exigée pour le recours en matière de droit public selon l'art. 89 al. 1 let. b de la loi sur le Tribunal fédéral du 17 juin 2005 (LTF; RS 173.110). Le Tribunal cantonal a cependant relevé que cela ne signifiait pas que l’action populaire est admise, dès lors que l’art. 75 let. a LPA-VD exige un intérêt digne de protection à l’annulation ou à la modification de la décision attaquée (cf. également art. 89 al. 1 let. c LTF). Selon la jurisprudence cantonale, les principes développés au regard des art. 37 de l'ancienne loi vaudoise du 18 décembre 1989 sur la juridiction et la procédure administratives (aLJPA), 103 let. a de l'ancienne loi fédérale du 16 décembre 1943 d’organisation judiciaire (aOJ) et 89 LTF, s'agissant de la notion d'intérêt digne de protection, s’appliquent donc toujours à l’art. 75 let. a LPA-VD (voir dans la jurisprudence récente AC.2016.0212 du 7 août 2017; AC.2016.0330 du 24 mars 2017 consid. 1a; GE.2015.0236 du 20 décembre 2016 consid. 2 et les références; AC.2016.0304 du 25 novembre 2016 consid. 2a; AC.2016.0091 du 6 octobre 2016 consid. 1a et les références; AC.2014.0331 du 1er juillet 2016 consid. 1a et les références; voir également TF 1C_198/2015 du 1er février 2016 consid. 4.1 et les références).
Constitue ainsi un intérêt digne de protection, tout intérêt pratique ou juridique à demander la modification ou l'annulation de la décision attaquée. Il consiste dans l'utilité pratique que l'admission du recours apporterait au recourant, en lui évitant de subir un préjudice de nature économique, idéale, matérielle ou autre que la décision attaquée lui occasionnerait. Cet intérêt doit être direct et concret; en particulier, le recourant doit se trouver, avec la décision entreprise, dans un rapport suffisamment étroit, spécial et digne d'être pris en considération. Il doit être touché dans une mesure et avec une intensité plus grandes que l'ensemble des administrés (ATF 138 II 162 consid. 2.1.2; 135 II 145 consid. 6.1; 133 II 400 consid. 2.2; 133 II 409 consid. 1.3; TF 2C_885/2014 du 28 avril 2015 consid. 5.3 et les références). Un intérêt de fait suffit pour que la condition de l'intérêt digne de protection soit remplie. Pour que l'intéressé puisse recourir, il n'est donc pas nécessaire qu'il soit affecté dans des intérêts que la norme prétendument violée a pour but de protéger. Toutefois, le lien avec la norme invoquée ne disparaît pas totalement: le recourant ne peut en effet se prévaloir d'un intérêt digne de protection à invoquer des dispositions édictées dans l'intérêt général ou dans l'intérêt de tiers que si elles peuvent avoir une influence directe sur sa situation de fait ou de droit (ATF 137 II 30 consid. 2.2.3; 135 II 145 consid. 6.2; TF 2C_869/2012 du 12 février 2013 consid. 5.2). Le recours d'un particulier formé dans l'intérêt de la loi ou d'un tiers est, en revanche irrecevable. Ces exigences ont été posées de manière à empêcher une "action populaire", lorsqu'un particulier conteste une autorisation donnée à un tiers (ATF 139 II 499 consid. 2.2; 137 II 30; 133 II 400 consid. 2.4.2; 133 V 239 consid. 6.2; 131 V 298 consid. 3; AC.2016.0091 précité).
Il incombe au recourant d'alléguer les faits propres à fonder sa qualité pour recourir lorsqu'ils ne ressortent pas de façon évidente de la décision attaquée ou du dossier (ATF 142 V 395 consid. 4.3.2; 133 II 249 consid. 1.1; 120 Ia 227 consid. 1; 115 Ib 505 consid. 2; TF 1C_390/2010 du 17 mai 2011; AC.2016.0212 précité; AC.2016.0061 du 5 avril 2017).
b) En ce qui concerne les recourants F._ et consorts, il ressort du guichet cartographique cantonal qu'ils sont tous sis à une distance relativement importante du projet litigieux, soit à environ 300 m pour les recourants J._ K._, plus de 500 m pour les recourants de H._ I._ et plus d'un km pour les recourants F._ G._. Dans la mesure où, nonobstant cette distance, il résulte du dossier que les recourants J._ K._ et H._ I._ sont susceptibles d'être touchés par le projet, étant notamment propriétaires de parcelles sises dans les zones de surveillance des tirs de mines et étant propriétaires ou bénéficiant de sources susceptibles d'être concernées par le projet, leur qualité pour recourir peut être admise. Il est en revanche douteux que les recourants F._ G._ puissent se prévaloir d'un intérêt digne de protection vu la distance qui sépare leur parcelle du projet. Leur attachement moral allégué au site litigieux ne constitue pas un intérêt personnel se distinguant nettement de celui de tout un chacun à fréquenter cet endroit. Quoi qu'il en soit, il convient d'entrer en matière sur le recours, la qualité pour recourir des recourants J._ K._ et H._ I._ étant, comme on l'a vu, admise.
c) Quant aux associations recourantes, leur qualité pour recourir n'est pas litigieuse en l'espèce (cf. notamment TF 1C_414/2013, 1C_415/2013 du 30 avril 2014).
2. Les recourantes A._ et consorts ont requis plusieurs mesures d'instruction en cours de procédure, soit la consultation du dossier après production des préavis cantonaux et la production du procès-verbal d'une séance du 15 février 2016. Elles ont également requis que l'Office fédéral du développement territorial (OFDT ou ARE) soit interpellé et se détermine sur la pertinence de la compensation des surfaces d'assolement résultant de la décision complémentaire du 2 mai 2017. Elles requièrent la mise en oeuvre d'une expertise indépendante sur la faisabilité, d'un point de vue géologique, des possibilités d'exploitation retenues initialement par la CFNP, notamment l'hypothèse de conserver un cordon paysager sous la forme d'un pont partiellement boisé ou d'exploiter la carrière en tunnel. Elles demandent encore la production des études mentionnées en page 7 de la correspondance de la DGE du 13 janvier 2016 relative à des réflexions sur un éventuel comblement du site à la fin de l'exploitation. Les recourantes ont encore requis la production des études faites depuis 2006 quant à un éventuel comblement ainsi que la production de l'intégralité du dossier à ce sujet.
a) Le droit d’être entendu tel que garanti par l’art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst.; RS 101) comprend le droit pour l’intéressé de s’expliquer avant qu’une décision ne soit prise à son détriment, celui de fournir des preuves quant aux faits de nature à influer sur le sort de la décision, celui d’avoir accès au dossier, de participer à l’administration des preuves essentielles et de se déterminer sur son résultat lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 137 II 266 consid. 3.2; 137 IV 33 consid. 9.2; 136 I 265 consid. 3.2 et les références citées). En particulier, le droit de faire administrer les preuves suppose notamment que le fait à prouver soit pertinent et que le moyen de preuve proposé soit apte et nécessaire à prouver ce fait. L’autorité peut donc mettre un terme à l’instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de forger sa conviction et que, procédant d’une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves proposées, elle a la certitude qu’elles ne pourraient pas l’amener à modifier sa décision (ATF 140 I 285 consid. 6.3.1; 136 I 229 consid. 5.3; 134 I 140 consid. 5.3.1; 130 II 425 consid. 2.1 p. 429 et les références citées).
b) En l'occurrence, le dossier produit comporte les préavis des services cantonaux et les recourants ont pu consulter le dossier. S'agissant de la requête de production d'un procès-verbal d'une séance tenue le 15 février 2016 entre la CFNP, des représentants de L._ et de la Direction des ressources et du patrimoine naturels, séance mentionnée par la CFNP dans sa lettre du 15 mars 2016, les autorités intimées ont confirmé qu'aucun procès-verbal formel n'avait été tenu à cette occasion. Cette requête est dès lors sans objet. Quant aux mesures requises en relation avec un projet de comblement du site en fin d'exploitation ou en relation avec l'interpellation de l'OFDT, ces questions seront abordées ci-dessous en relation avec les griefs topiques au fond.
Pour le surplus, le dossier apparaît suffisamment complet pour permettre au Tribunal de statuer, sans qu'il n'apparaisse nécessaire d'ordonner d'autres mesures d'instruction, au vu des motifs qui suivent.
3. Les recourantes A._ et consorts contestent l'absence de préavis de la Commission cantonale pour la protection de la nature (CCPN), qui serait nécessaire en vertu de l'inscription du site dans l'IMNS. Les autorités intimées considèrent qu'un tel préavis n'est pas nécessaire, cette commission s'étant déjà prononcée lors de l'élaboration du PAC n° 308.
a) L'art. 81 de la loi vaudoise du 10 décembre 1969 sur la protection de la nature, des monuments et des sites (LPNMS; RSV 450.11) prévoit que la CCPN donne son préavis, en matière de protection de la nature et des sites, notamment sur des projets de travaux affectant des objets protégés (art. 81 al. 1 ch. 3). Cette commission a un caractère consultatif et peut déléguer ses pouvoirs à des sous-commissions permanentes ou occasionnelles (art. 80 al. 1 et 3 LPNMS).
b) Dans la réponse commune présentée par la DGE, le DTE et le SDT, du 17 octobre 2016, la DGE a indiqué que la CCPN n'avait pas à être consultée puisque le classement et la protection de l'objet IMNS étaient déjà réglés par le plan d'affectation cantonal. Elle a confirmé ceci, dans son écriture du 2 mars 2018, en indiquant notamment que la CCPN avait eu l'occasion de s'exprimer lors de l'adoption du PAC n° 308 et que l'extension de l'exploitation sur le site de la Birette avait valablement fait l'objet de son examen. La DGE a encore précisé que, le 10 novembre 2014, la CCPN avait décidé de donner une ligne plus stratégique à son travail et de laisser le soin au service en charge de la protection de la nature de décider des objets à soumettre au préavis de la commission. Sur cette base, il n'y avait pas lieu de resoumettre le dossier à la CCPN. La DGE a été invitée à produire le préavis de la CCPN rendu dans le cadre de l'élaboration du PAC n° 308, ainsi qu'à produire la décision prise le 10 novembre 2014 à laquelle la DGE se référait. Cette autorité a produit un extrait d'un procès-verbal d'une séance de la CCPN, du 25 mai 1999, portant notamment sur "l'extension de la carrière HCB à Eclépens et du PAC". Elle a également produit un procès-verbal de la séance de la CCPN, du 10 novembre 2014.
Il ressort du procès-verbal de la séance de la CCPN du 25 mai 1999 que cette commission a préavisé favorablement au projet d'extension prévu à ce moment-là, à certaines conditions, en particulier à la condition suivante: "la mesure de reboisement compensatoire principale à la Birette sera réalisée sous la forme d'un massif en chênaie indigène". Cette formulation paraît ambigüe: il n'est pas clair s'il faut comprendre cette condition comme réservant d'ores et déjà une compensation pour une extension future de la carrière à la Birette, ou au contraire si, en 1999, une mesure compensatoire pour une extension antérieure de la carrière était prévue sur le site même de la Birette. A priori, la seconde interprétation paraît la plus logique si l'on considère que, même si une extension future de la carrière était déjà prévue en 1999, la question de l'endroit précis (à la Birette ou à la Fontaine), n'était pas encore tranchée. On ne voit ainsi pas comment, à ce moment-là, la question d'une compensation pour les défrichements à venir sur le site de la Birette aurait déjà pu être envisagée et déterminée. On ne saurait en tout état retenir, sur la base de ce seul document, que la CCPN s'était déjà prononcée de manière complète sur les extensions futures de la carrière et de leur impact sur l'objet IMNS concerné. Au demeurant, même si une extension de la carrière a été prévue déjà en 1999, la concrétisation de cette intention ainsi que la modification du PAC n° 308 plus de 15 ans après justifie assurément un nouvel examen par la commission précitée qui n'a pas pu connaître et se déterminer, en 1999, sur l'impact du projet litigieux dans la présente procédure et des mesures de compensation préconisées.
La DGE indique encore qu'un préavis de cette commission ne serait plus nécessaire, dès lors que depuis 2014, la CCPN a décidé de donner une ligne plus stratégique à son travail et de laisser le soin au service en charge de la protection de la nature de décider des objets à soumettre au préavis de dite commission. Le procès-verbal de la séance de la CCPN, du 10 novembre 2014, indique bien une telle intention. Il ressort néanmoins de ce document que la fonction de préavis de la commission est maintenue, pour des projets particuliers d'envergure (cf. pages 2 et 3). Dans sa lettre du 30 août 2018, la DGE indique que la notion de projets particuliers d'envergure a trait à des projets nouveaux, ce qui ne serait pas le cas du projet litigieux dans la présente procédure.
Cette affirmation ne convainc pas: d'une part, quand bien même la Commission précitée envisage d'assumer un rôle plus stratégique, elle demeure liée par ses tâches résultant de la loi, en particulier celle de donner un préavis sur des projets de travaux affectant des objets protégés, conformément à l'art. 81 al. 1 ch. 3 LPNMS. Elle ne saurait dans cette mesure décider unilatéralement de quels projets elle entend se saisir. A cela s'ajoute qu'une extension de carrière, telle que celle qui est litigieuse en l'espèce, constitue assurément un objet d'envergure qui aura des incidences conséquentes sur une partie du territoire recensé dans l'IMNS. Un préavis de la part de la CCPN s'avère ainsi nécessaire dans le cas présent. Enfin, même si cette commission peut déléguer ses compétences (art. 80 al. 3 LPNMS), il ne ressort pas des documents produits que tel aurait été le cas en l'espèce.
Ce grief est en conséquence admis. Le dossier devra être complété par un préavis de la CCPN. Un tel préavis n'a certes qu'un caractère consultatif (art. 80 al. 1 LPNMS), mais il conviendra d'en tenir compte dans la pesée des intérêts à effectuer par l'autorité intimée (DTE). Il n'apparaît dès lors pas possible de réformer les décisions contestées (art. 90 al. 1 LPA-VD), celles-ci pouvant être amenées à varier, en fonction des éventuels recommandations faites par cette commission. Les décisions contestées doivent en conséquence être annulées et le dossier renvoyé aux autorités intimées pour complément d'instruction sur ce point et nouvelles décisions. Par économie de procédure, il se justifie, dans la mesure du possible, d'examiner les autres griefs soulevés par les recourants.
4. Les recourants mettent en doute la pesée des intérêts effectuée. Ils contestent notamment la prépondérance de l'intérêt à étendre l'exploitation de la carrière, au détriment de la protection du paysage et de la faune. Ils contestent également les modalités d'exploitation, en particulier la renonciation à maintenir un cordon paysager sous forme de pont partiellement boisé entre les deux côtés Nord et Sud de la carrière, suggéré initialement par la CFNP.
a) Conformément à la jurisprudence, en matière de planification, l'adoption d'un plan d'affectation doit résulter d'une pesée de l'ensemble des intérêts qui apparaissent pertinents, notamment les intérêts visés aux art. 1 et 3 LAT (ATF 118 Ia 504 ss). S'agissant d'une activité ayant des effets sur l'organisation du territoire au sens de l'art. 1 al. 2 let. b OAT, l'autorité de planification doit notamment procéder aux différents examens prévus par l'art. 2 al. 1 OAT, en particulier étudier les possibilités et variantes qui entrent en ligne de compte (let. b) et vérifier si la solution choisie est compatible avec les plans et prescriptions de la Confédération, des cantons, des régions et des communes, relatives à l'utilisation du sol, en particulier les plans directeurs (let. e). L'autorité d'approbation du plan doit procéder à une pesée globale des intérêts en jeu, requise par l'art. 3 OAT, en assurant la coordination de l'ensemble des dispositions légales qui entrent en ligne de compte (art. 25a LAT). Elle doit notamment prendre en considération les intérêts privés des propriétaires en ce qui concerne les empiètements sur leur fonds et l'expropriation qui en serait la conséquence. Il en va de même des intérêts de la protection de la nature et du paysage qui doivent faire l'objet d'une pesée complète dans le cadre de la procédure d'élaboration et d'adoption du projet définitif (ATF 118 Ia 504 consid. 5a et b p. 507; AC.2013.0059 du 26 novembre 2013 consid. 6).
Le Tribunal cantonal dispose, comme autorité de recours, d'un libre pouvoir d'examen en matière de contrôle de la planification (art. 33 LAT; cf. aussi l'art. 15 de la loi vaudoise du 4 décembre 1985 [LATC; RSV 700.11], dans sa nouvelle teneur au 1er septembre 2018). Un tel contrôle comprend aussi le contrôle de l'opportunité de la planification contestée, laquelle doit être juste et adéquate. Le rôle spécifique de l'autorité de recours ne se confond toutefois pas avec celui de l'autorité compétente pour adopter le plan. L'autorité de recours doit ainsi préserver la liberté d'appréciation dont celle-ci a besoin dans l'accomplissement de sa tâche (art. 2 al. 3 LAT). Cette liberté d'appréciation implique qu'une mesure d'aménagement appropriée doit être confirmée; l'autorité de recours n'est pas habilitée à lui substituer une autre solution qui serait également convenable (ATF 134 II 117 consid. 6.1; AC.2013.0059 précité). Le contrôle de l'opportunité s'exerce également avec retenue dans l'appréciation d'intérêts locaux; en revanche la prise en compte d'intérêts supérieurs doit être imposée par un contrôle strict (ATF 131 II 81 consid. 7.2.1 p. 100; AC.2009.0132 du 20 mars 2013 consid. 13 et références).
b) Dans le cas présent, dès lors qu'il manque au dossier un préavis de la Commission cantonale pour la protection de la nature, qui, même s'il n'a qu'un caractère consultatif, devra être pris en considération dans la pesée des intérêts, il est prématuré d'examiner plus avant ce grief.
5. Les recourants ont contesté la conformité du projet au regard des surfaces d'assolement. Dans la mesure où la décision finale du 6 juin 2016 a été modifiée sur ce point, ce grief a perdu son objet. Les recourantes A._ et consorts mettent en doute la compensation effectuée sur la marge de manoeuvre cantonale et sollicitent l'intervention de l'OFDT.
a) L'art. 27 OAT prévoit que le DETEC et le Département fédéral de l'économie, de la formation et de la recherche déterminent sous forme de chiffres indicatifs, la surface totale minimale d'assolement et sa répartition entre les cantons. Les cantons renseignent l'OFDT (ou ARE) au moins tous les quatre ans sur les modifications affectant l'emplacement, l'étendue et la qualité des surfaces d'assolement (art. 30 al. 4 OAT).
b) Selon le Plan directeur cantonal, dans sa 4ème adaptation au 31 janvier 2018 (cf. mesure F12), le contingent cantonal de SDA s'élève à 75'800 ha. Depuis 2011, les emprises sur les SDA se sont poursuivies de telle sorte que la marge de manoeuvre cantonale a diminué et ne serait plus que de 61 ha à fin 2016. La décision complémentaire du 2 mai 2017, modifiant la décision finale du 6 juin 2016 contestée dans la présente procédure, constate qu'une marge de 25 ha serait actuellement disponible pour des compensations, à laquelle il serait possible d'ajouter une centaine d'hectares. Le projet litigieux nécessitant une compensation de 7.691 ha, une compensation avec la marge de manoeuvre cantonale disponible est donc possible. La décision complémentaire précitée a reçu l'aval de l'OFAG qui a en conséquence renoncé à contester davantage le projet litigieux et a retiré son recours. Le DTE a précisé dans ses écritures que l'OFDT (ou ARE) avait participé aux pourparlers qui ont eu lieu avec l'OFAG et qui ont abouti à la décision du 2 mai 2017. Elle a produit, à l'appui de cette allégation, un courriel du 6 février 2017 qui concerne l'ordre du jour d'une séance prévue le 14 février 2017 en relation avec le projet litigieux. Aux termes de ce courriel, des représentants tant de l'OFAG que de l'ARE sont annoncés. Il apparaît donc bien que cette autorité fédérale a eu connaissance et a pu intervenir dans les discussions menées entre les autorités cantonales et l'OFAG dans le cadre de la présente procédure. Au demeurant, l'OFDT n'a pas contesté la nouvelle décision complémentaire du DTE. Il n'apparaît ainsi pas nécessaire de l'interpeller davantage dans la présente procédure.
L'appréciation de l'autorité intimée quant au respect des exigences légales relatives aux surfaces d'assolement peut être confirmée. Il ressort tant du Plan directeur cantonal que de la décision précitée que l'emprise en termes de SDA du projet litigieux reste possible sur la marge de manoeuvre cantonale. Le Tribunal de céans ne voit pas de raison de mettre en cause ces constatations de fait qui relèvent des autorités cantonales spécialisées (cf. notamment AC.2013.0363 du 2 mars 2015 consid. 4b). Il n'y a pas lieu au demeurant de douter que le contrôle requis par l'art. 30 al. 4 OAT est respecté et il n'apparaît dans cette mesure pas nécessaire de solliciter l'avis de l'OFDT qui a été informé de la présente procédure et qui conserve au demeurant un droit de recours contre le présent arrêt.
c) Quant au grief des recourants F._ G._ contestant l'opportunité d'utiliser la parcelle n° 231 comme surface de stockage, il ressort de ce qui précède que cette emprise temporaire sur des surfaces d'assolement a bien été prise en compte et respecte ainsi la législation précitée. Pour le surplus, le Tribunal ne voit pas de raison de s'écarter de l'appréciation des autorités spécialisées qui ont validé le choix de la parcelle précitée pour stocker la couche de terre prélevée lors de l'exploitation.
Ce grief est en conséquence rejeté.
6. Les recourants contestent les mesures de compensation retenues, en particulier les mesures de reboisement, qui seraient inconciliables avec un projet de comblement de la carrière en fin d'exploitation. Face à une telle contradiction, le projet accuse selon eux un défaut de coordination. Les recourantes A._ et consorts sollicitent la production du dossier complet relatif à un projet de comblement, ainsi que la suspension de la procédure.
a) L'art. 25a LAT pose des principes de coordination en matière d'aménagement du territoire. En particulier, l'art. 25a al. 2 let. d LAT prévoit que l'autorité chargée de la coordination veille à la concordance matérielle ainsi que, en règle générale, à une notification commune ou simultanée des décisions. Les décisions ne doivent pas être contradictoires (art. 25a al. 3 LAT).
L'art. 8 de la loi vaudoise du 24 mai 1988 sur les carrières (LCar; RSV 931.15) prévoit que le règlement d'application, du 26 mai 2004 (RLCar, RSV 931.15.1) fixe le contenu des plans d'extraction, qui contiennent notamment les éléments suivants: l'affectation future du sol, suspendue jusqu'à la fin de l'exploitation, et la remise en état conformément à cette affectation (art. 8 al. 1 let. l LCar), ainsi que l'état final des terrains et les travaux de remise en état (art. 8 al. 1 let. m LCar).
b) Selon l'art. 25 LPA-VD, l'autorité peut, d'office ou sur requête, suspendre la procédure pour de justes motifs, notamment lorsque la décision à prendre dépend de l'issue d'une autre procédure ou pourrait s'en trouver influencée d'une manière déterminante.
c) En l'occurrence, le projet litigieux est subordonné à une série de mesures de compensation qui sont envisagées à la fin de l'exploitation et sur un site non comblé. Toutes les décisions nécessaires en relation avec le projet, soit la décision finale relative à l'étude de l'impact sur l'environnement, l'adoption du plan d'extraction et l'octroi du permis d'exploiter, la modification du PAC n° 308 ainsi qu'une autorisation de défrichement ont été coordonnées, de sorte que l'art. 25a LAT est respecté. Il ressort certes du dossier que la question d'un comblement du site de la Birette fait l'objet de réflexions. L'OFEV a notamment recommandé de poursuivre les réflexions à ce sujet et la CFNP a demandé à être informée des résultats intermédiaires de l'étude de comblement. Enfin, l'autorisation de défrichement, du 26 mai 2016, rappelle comme condition au défrichement, la demande précitée de l'OFEV. Il est manifeste qu'un éventuel comblement mettrait à néant certaines mesures de compensation prévues en l'état, en particulier les reboisements compensatoires. Cela dit, à l'heure actuelle, le projet objet de la présente procédure ne prévoit aucun comblement et a été conçu sans une telle mesure. Il convient en conséquence de retenir que les mesures de remise en état sont celles figurant dans le dossier, en particulier dans le rapport 47 OAT et RIE. Le projet respecte ainsi l'art. 8 LCar. La question d'un éventuel comblement excède l'objet du présent litige et devra faire l'objet d'une procédure distincte à l'occasion de laquelle une nouvelle pesée des intérêts aura lieu, s'agissant d'autres modalités de remise en état du site. Il n'y a en conséquence pas lieu de suspendre la présente procédure dans l'attente d'un éventuel projet ultérieur de comblement, ni de compléter l'instruction sur cette question.
Ce grief est en conséquence rejeté.
7. Les recourants F._ et consorts contestent les études effectuées par la constructrice relative aux eaux souterraines et les sources proches. Ils estiment que la source "En Fallette", sur la parcelle n° 493 de la Commune de La Sarraz, serait directement menacée, de même que le vignoble du Château d'Eclépens qui puise ses ressources dans le système hydrique profond du Mormont.
a) Aux termes de l'art. 19 de la loi fédérale du 24 janvier 1991 sur la protection des eaux (LEaux; RS 814.20), les cantons subdivisent leur territoire en secteurs de protection des eaux, en fonction des risques auxquels sont exposées les eaux superficielles et souterraines (al. 1). La construction et la transformation de bâtiments et d'installations, ainsi que les fouilles, les terrassements et autres travaux analogues dans les secteurs particulièrement menacés sont soumis à autorisation cantonale s'ils peuvent mettre en danger les eaux (al. 2). Selon l'art. 29 al. 1 let. a de l'ordonnance fédérale du 28 octobre 1998 sur la protection des eaux (OEaux; RS 814.201), les secteurs particulièrement menacés au sens de l'art. 19 LEaux comprennent notamment le secteur Au de protection des eaux, destiné à protéger les eaux souterraines exploitables. L'art. 44 LEaux prévoit que quiconque entend exploiter du gravier, du sable ou d'autres matériaux ou entreprendre des fouilles préliminaires à cette fin doit obtenir une autorisation (al. 1). Ces exploitations ne sont pas autorisées (al. 2): dans les zones de protection des eaux souterraines (let. a); au-dessous du niveau des nappes souterraines exploitées (let. b); dans les cours d'eau, lorsque le débit solide charrié ne compense pas les prélèvements (let. c). L'exploitation de matériaux peut être autorisée au-dessus de nappes souterraines exploitables à condition qu'une couche protectrice de matériau soit maintenue au-dessus du niveau le plus élevé que la nappe peut atteindre. L'épaisseur de cette couche sera fixée en fonction des conditions locales (al. 3). L'annexe 4, chiffre 211 al. 3 OEaux précise qu'en cas d'extraction de gravier, de sable et d'autres matériaux dans le secteur Au de protection des eaux, il y a lieu de laisser une couche de matériau de protection d'au moins 2 m au-dessus du niveau naturel maximum décennal de la nappe; dans le cas d'une installation d'alimentation artificielle, le niveau effectif de la nappe est déterminant s'il est situé plus haut que le niveau maximal décennal (let. a), de limiter la surface d'extraction de manière à garantir l'alimentation naturelle des eaux du sous-sol (let. b) et de reconstituer la couche de couverture après la fin des travaux de manière à ce que son effet protecteur corresponde à celui d'origine (let. c).
b) Dans le cas présent, la constructrice a requis une expertise relative à l'impact géologique et hydrogéologique du projet (rapport N._ du 14 avril 2015). Comme on l'a vu ci-dessus, ce rapport conclut que l'emprise du projet litigieux sur le plateau de la Birette ne comprend pas d'eaux souterraines exploitables et ne correspond pas à une zone attenante nécessaire à la protection de ressources en eaux exploitables (cf. p. 40). A titre de mesure de précaution supplémentaire, ce rapport précise que le projet n'atteindra pas l'aquitard inférieur (A inf) qui contient de l'eau en charge entre la MergelKalkZone marneuse (MKZ m) et les marnes de l'Hauterivien inférieur (MHI). Cet aquitard constitue une protection naturelle supplémentaire des aquifères profonds. L'objectif essentiel de la législation en matière de protection des eaux étant de sauvegarder les ressources en eaux souterraines exploitables, à la fois sur le plan quantitatif que qualitatif, cet objectif est respecté. L'application à titre sécuritaire de mesures d'accompagnement proposées dans le rapport 47 OAT et RIE permettra de gérer les risques résiduels. Les aquitards ne contenant pas de véritables nappes au sens strict du terme, il n'est pas nécessaire de fixer une cote de fond d'exploitation de 2 m au-dessus du niveau décennal de la nappe. La décision attaquée, du 6 juin 2016, indique la présence en profondeur d'un important aquifère se situant cependant à plus de 100 m de profondeur, soit largement en-dessous du fond d'exploitation prévu. Les nombreux forages et tests réalisés dans le cadre des études montrent que les formations situées au-dessus des calcaires aquifères sont constituées soit de roches marneuses (niveaux imperméables), soit d'aquitards, c'est-à-dire de roches de très faible perméabilité, ne permettant pas une exploitation des eaux qu'elles pourraient contenir.
Quant aux sources privées et publiques proches, le rapport N._ indique que des secteurs S de protection des eaux se trouvent de part et d'autre du Mormont, dans la plaine, pour protéger deux puits de pompage publics d'eau de boisson, à savoir le nouveau puits de Cinq Sous, sur le territoire communal d'Eclépens, et le puits d'Entreroches, sur le territoire communal d'Orny. Les différentes sources privées et publiques qui se situent principalement au Sud du Mormont, font l'objet d'un suivi régulier par la constructrice, depuis 2001. S'agissant plus particulièrement de la source En Fallette, il s'agit d'une source non potable qui n'est plus utilisée depuis 2001. Le bassin d'alimentation de celle-ci est fortement dépendant des précipitations, ce qui explique des tarissements complets observés en périodes d'étiage en raison de faibles réserves disponibles.
Faisant suite à cette étude, le rapport 47 OAT et RIE préconise plusieurs mesures en relation avec les eaux souterraines (mesures E1 à E9). L'autorité cantonale compétente, soit la Direction générale de l'environnement, Direction des ressources en eau et économie hydraulique (DGE-EAU) a délivré l'autorisation spéciale conformément à l'art. 44 LEaux (cf. préavis des services cantonaux des 5 et 10 juin 2015), en précisant que les mesures indiquées dans le rapport 47 OAT et RIE destinées à la protection générale des eaux souterraines étaient parfaitement adéquates et devaient être intégrées dans le permis d'exploiter. Dans sa réponse au recours, du 17 octobre 2016, la DGE a précisé que seuls trois captages privés, dont l'eau est impropre à la consommation (notamment la source "En Fallette"), pourraient voir leurs débits sensiblement réduits par l'exploitation de la carrière de la Birette. Deux de ces captages se tarissent déjà naturellement. Si une modification sensible du débit de ces sources ne peut être totalement écartée, l'exploitation de la carrière de la Birette ne perturbera pas le fonctionnement hydrogéologique du versant Sud du Mormont qui est lié à une alimentation locale. En ce sens, le comportement des eaux souterraines sous le vignoble ne sera pas modifié. Aucun impact n'est à attendre sur ce dernier.
Le Tribunal ne voit en principe pas de raisons de s'écarter des rapports précités, ni de l'avis du service cantonal spécialisé qui a contrôlé et validé les conclusions de ces rapports, aux termes desquels le projet litigieux respecte les exigences en matière de protection des eaux, moyennant certaines conditions intégrées dans le permis d'exploiter. Il convient toutefois de relever que, dans sa prise de position du 23 mai 2016, l'OFEV a expressément demandé le respect de l'annexe 4 chiffre 21 al. 3 OEaux, alors même que cette exigence a été estimée inutile selon le rapport hydrogéologique N._ de 2015. La décision contestée du 6 juin 2016 ne prend pas position à cet égard et paraît ainsi souffrir d'un défaut de motivation. Dès lors que le recours doit de toute façon être admis (cf. ci-dessus considérant 3), il convient de renvoyer le dossier à l'autorité intimée qui est invitée à compléter la motivation de sa décision sur ce point.
Ce grief est en conséquence partiellement admis.
8. Les recourants F._ et consorts allèguent des risques d'instabilité pour les bâtiments proches en relation avec les tirs de mines effectués pour abattre la roche. Ils se réfèrent également à des chutes de pierre qui seraient en relation avec l'exploitation de la carrière, en particulier l'éboulement survenu en 2015 à l'arrière de la parcelle des recourants J._ K._.
a) L'art. 15 LPE prévoit que les valeurs limites d'immissions s'appliquant au bruit et aux vibrations sont fixées de manière que, selon l'état de la science et de l'expérience, les immissions inférieures à ces valeurs ne gênent pas de manière sensible la population dans son bien-être.
Les autorités intimées précisent qu'en l'absence de valeurs limites d'immissions relatives aux vibrations, les règles déduites de l'état de la technique en Suisse sont celles retenues dans la norme VSS SN 640 312a. Cette norme préconise une limite de 6mm/s. A la demande des autorités cantonales, la constructrice s'est engagée à respecter un plafond de 3 mm/s. Selon les autorités précitées, le projet d'extension litigieux ne devrait entraîner aucune augmentation des vibrations par rapport à la situation actuelle. Elles se réfèrent également à la norme allemande DIN 41502, éditée par le Deutsches Institut für Normung (DIN), s'agissant de la perception des vibrations par l'être humain dans les bâtiments, dont les valeurs sont aussi respectées. Le rapport P._ , de 2012, confirme le respect des valeurs limites de 3 mm/s pour les tirs. Le rapport 47 OAT et RIE prévoit plusieurs mesures relatives aux vibrations, en particulier le maintien de la limite à 3 mm/s pour les tirs, ainsi qu'un suivi des vibrations sur les bâtiments (mesures V1-V5).
Quant aux risques d'éboulement, le rapport N._ 2016 confirme l'absence de corrélation entre les tirs de mines et les éboulements déjà survenus.
A la lumière de ce qui précède, le Tribunal ne voit pas de raison de s'écarter de l'appréciation des autorités cantonales spécialisées qui concluent que le projet litigieux respecte les exigences légales en termes de vibrations en relation avec les tirs de mines. Les mesures retenues dans le rapport 47 OAT et RIE apparaissent propres à assurer la sécurité des personnes et des biens, étant précisé qu'il est de la responsabilité de l'exploitante de prendre toute mesure pour éviter d'éventuels dangers qui pourraient résulter de son activité (art. 89 LATC).
Ce grief est rejeté.
9. Les recourants F._ et consorts critiquent encore l'absence d'études sur les effets climatiques du projet.
Le DTE a relevé, dans la décision attaquée du 6 juin 2016 (p. 35, ch. 3.5.19), que l'impact de la carrière sur le climat local dépendant des circulations atmosphériques est insignifiant du fait des différences d'échelles entre la carrière et ces circulations. Plus localement, la carrière prend place sur un axe perpendiculaire au vent dominant s'orientant Nord-Est/Sud-Ouest (figure 3, p. 22 RIE). Les flancs du massif protègent le site des vents dominants. Aucune accélération des vents n'est attendue par effet venturi. Seuls des mouvements de convection à l'intérieur de la carrière, appréciés des rapaces, pourraient survenir. Aucune perturbation du climat n'est attendue au niveau des villages d'Eclépens et La Sarraz. Dans leur réponse du 17 octobre 2016, les autorités intimées, se référant au rapport 47 OAT et RIE (ch. 18) ont encore précisé que l'impact du projet sur la qualité de l'air était jugé faible. Les recourants n'apportent aucun élément de nature à contester cette appréciation. Quoi qu'il en soit, comme l'ont relevé les autorités intimées dans leur écriture du 24 août 2017, aucun cadre légal spécifique n'existe en Suisse en relation avec la thématique climatologique.
Ce grief est en conséquence rejeté.
10. Les recourants critiquent enfin l'absence de mesures de protection de la végétation présente sur la parcelle n° 506, en particulier des orchidées.
A cet égard, les représentants de la constructrice ont précisé en audience qu'un recensement des orchidées sur cette parcelle avait été effectué, et le Tribunal a pu constater la présence de marqueurs sur place. La constructrice a confirmé qu'un déplacement de ces plantations était prévu.
Ce grief est en conséquence rejeté.
11. Il résulte des considérants qui précèdent que les recours doivent être admis. Les décisions contestées sont annulées et le dossier sera renvoyé au DTE pour complément d'instruction et nouvelles décisions. Conformément à la jurisprudence, lorsque la procédure met en présence, outre le recourant et l'autorité intimée, une ou plusieurs autres parties dont les intérêts sont opposés à ceux du recourant, c'est en principe à cette partie adverse déboutée, à l'exclusion de la collectivité publique dont la décision est annulée ou modifiée, d'assumer les frais et dépens (AC.2017.0009 du 9 février 2018; AC.2014.0389 du 15 décembre 2015 consid. 9; AC.2012.0241 du 17 juin 2013 consid. 8 et les références). Il appartient en conséquence à la constructrice, qui succombe, de supporter les frais judiciaires et les dépens à verser aux recourantes A._ et consorts, qui ont procédé avec l'assistance d'un avocat (art. 49 et 55 LPA-VD). Il n'est pas alloué de dépens aux recourants F._ et consorts qui n'ont pas procédé avec l'assistance d'un mandataire professionnel (art. 55 LPA-VD).