Decision ID: 2874190f-784c-47cb-ae3d-520e4554d45b
Year: 2016
Language: fr
Court: VD_TC
Chamber: VD_TC_031
Canton: VD
Region: Région lémanique
Law Area: public_law

Vu les faits suivants
A. Victor Fankhauser est propriétaire des parcelles n° 10, 538 et 539, les deux dernières au lieu-dit "En Greybin", de la Commune de Molondin (ci-après: la commune). Ces biens-fonds résultent de la division intervenue le 26 novembre 2014 de la parcelle n° 10, qui couvrait une surface de 26'465 m2 (cf. ci-après let. D). D'une surface de 17'241 m2, le bien-fonds n° 538 en particulier comprend plusieurs bâtiments (n° ECA 165 et 168), d'une surface de 3'636 m2, un accès et une place privée, de 11'603 m2, ainsi qu'un jardin de 2'002 m2. Green Pack SA (anciennement: Greybin SA) est au bénéfice d'un droit de superficie (n° 451) de 17'241 m2, constitué en droit distinct et permanent, sur la parcelle n° 538. La parcelle n° 539, d'une surface de 5'521 m2 et de forme allongée, est contiguë au Nord-Ouest, du bien-fonds n° 538 et la parcelle n° 10, de 3'703 m2, également de forme allongée, contiguë à l'Est de ce dernier. La parcelle n° 538, sise à l'Ouest du village de Molondin, est colloquée, de même que le bien-fonds n° 539, en zone para-agricole selon le Plan général d'affectation (PGA) et le Règlement communal sur le plan général d'affectation et la police des constructions (RPGA), tous deux approuvés par le Conseil d'Etat le 23 août 1995, ainsi que selon le Plan partiel d'affectation "En Greybin" (ci-après: le PPA "En Greybin") et son règlement (ci-après: le RPPA "En Greybin"), tous deux approuvés par le Département des infrastructures le 3 septembre 1998 et ayant fait l'objet d'une modification approuvée préalablement par le Département des institutions et des relations extérieures le 18 avril 2005. Le bien-fonds n° 538 est plus particulièrement affecté par les PPA et RPPA "En Greybin" au secteur d'activités de la zone para-agricole, qui regroupe au Nord du bien-fonds le secteur de transit, au Nord également, tout à l'Ouest, au centre, à l'Est ainsi qu'au Sud le secteur de circulation et place et au centre le périmètre d'implantation des constructions, ce dernier comprenant à son angle Sud-Est un sous-périmètre A. La parcelle n° 539 est pour sa part colloquée par les PPA et RPPA précités en secteur de compensation écologique (verger) de la zone para-agricole. Le périmètre du PPA "En Greybin" englobe une partie, sise en zone agricole, des parcelles n° 1, 10, l'autre partie de ce bien-fonds étant en zone village, et 14, les parcelles n° 103, 105, 107, 109 et 533, toutes colloquées en zone agricole, ainsi que les bien-fonds n° 538 et 539.
Selon le registre du commerce, Green Pack SA, qui a son siège à Molondin, a pour but l'achat, la vente, la récolte, la réception, le conditionnement, la valorisation, le transfert et la commercialisation de produits agro-alimentaires et industriels tant suisses qu'étrangers; Stéphane Fankhauser y occupe les fonctions d'administrateur et de président. Ce dernier occupe les mêmes fonctions dans la société Green Pack Swiss SA, qui a également son siège à Molondin, et pour but l'achat, la vente, la récolte, la réception, le conditionnement, la valorisation, le transfert et la commercialisation de produits agro-alimentaires et industriels tant suisses qu'étrangers.
B. Dans le cadre de la procédure d'adoption des PPA et RPPA "En Greybin", il ressortait en particulier ce qui suit du rapport qui avait été établi en juillet 1998 par la commune:
"Généralités
Depuis 1993, le plan d'affectation de MOLONDIN a été légalisé et le développement de l'entreprise du domaine de "Greybin" s'est confirmé dans le sens d'une récolte et mise en valeur intensive d'une partie de la production agricole locale et régionale.
Du point de vue de son implantation actuelle, l'entreprise constitue une ramification à l'ouest du village de Molondin, en situation dominante. Elle est composée d'une grande halle destinée au tri et à la réception des marchandises, d'un couvert pour l'entreposage des machines et des engrais, ainsi que d'une halle de stockage construite en 1996.
L'établissement du présent PPA a pour but la mise en conformité de l'exploitation actuelle et future du domaine de Greybin, de type para-agricole.
(...)
Evolution envisagée
Les bâtiments construits actuellement, y compris la halle du périmètre B, correspondent juste aux besoins actuels de l'exploitation. Si le développement continue à se manifester régulièrement, ce sont de nouveaux volumes de stockage qu'il faudra d'abord envisager de construire. Subséquemment, de nouvelles installations et des locaux techniques seront nécessaires. Les surfaces directement voisines des bâtiments existants sont pratiques et disponibles. Ce sont donc bien les périmètres C et D qui seront sollicités pour satisfaire aux besoins futurs.
(...)
Zone para-agricole
(...)
Le site construit constituera une ramification ouest du village de Molondin, à proximité immédiate de celui-ci, mais toutefois séparé par des vergers qu'il serait souhaitable de maintenir.
(...)
Equipements
Les bâtiments à créer doivent permettre le développement de l'exploitation par étapes, les liens de fonctionnalité entre eux restant privilégiés.
Le logement du personnel (saisonnier) doit en principe pouvoir être assuré au village. En particulier les chambres disponibles de l'auberge communale doivent pouvoir être sollicitées à cet effet. Toutefois, un logement de fonction directement lié à l'exploitation pourra être prévu dans le périmètre d'implantation "A", ainsi que des dortoirs occasionnels (au coup par coup, selon les récoltes).
(...)
Zone agricole
La délimitation nouvelle de la zone para-agricole étant ainsi déterminée, le solde des terrains compris dans le PPA peut être affecté à la zone agricole, dans sa forme usuelle et sans contrainte particulière".
Le site sur lequel se trouvent les bâtiments en lien avec l'exploitation para-agricole précitée a pour dénomination "Agropôle".
C. Le 23 mars 2004, dans le cadre de la modification précitée du PPA "En Greybin", le Service du développement territorial (SDT), alors Service de l'aménagement du territoire (SAT), a communiqué à la Municipalité de Molondin (ci-après: la municipalité) son rapport d'examen comprenant l'appréciation globale du dossier ainsi que les préavis des services cantonaux consultés. Il en ressort notamment ce qui suit:
"0. PRESENTATION
Le plan général d'affectation (PGA) de la Commune de Molondin comporte une zone para-agricole, dont l'organisation est définie par le PPA "En Greybin". Le PPA a été approuvé en 1998.
Ce PPA fait aujourd'hui l'objet d'une demande de modification relative à une augmentation de la surface constructible (environ 1500 m2 dans le périmètre d'implantation des constructions) et du secteur de transit et de circulation (env. 3000 m2).
La zone para-agricole définie par le PPA a été créée pour répondre aux demandes d'un exploitant ayant d'importantes activités para-agricoles (principalement stockage et vente de pommes de terre). Il légalise un secteur d'activités d'une surface d'environ 2.5 ha, prévoit un secteur d'infiltration et de rétention et réaffecte le solde du périmètre en zone agricole.
La zone para-agricole définie dans le PPA est une zone spéciale au sens de l'art. 50a LATC. Elle n'est ni une zone agricole (traditionnelle et diversifiée), ni une zone à bâtir. Elle se justifie pour un but précis, en l'occurrence pour des activités para-agricoles.
(...)
2. JUSTIFICATION DU PROJET
Le projet de modification vise à adapter le PPA au développement économique actuel de l'exploitation para-agricole "En Greybin".
La demande de modification du PPA est motivée par le fait que l'exploitation nécessite de nouvelles infrastructures pour pouvoir s'adapter aux nouvelles conditions économiques (augmentation du volume des produits exploités). Elle a besoin de plus de surface constructible et de plus de surface de circulation des camions et de stockage.
Le secteur économique primaire étant en pleine mutation, son évolution n'avait pas pu être anticipée en 1998 (année d'approbation du plan). C'est pourquoi, six ans après, une adaptation du PPA doit être apportée pour que l'exploitation puisse continuer à être viable.
2.1 Nécessité de légaliser (art. 18 LAT)
La nécessité de légaliser la modification du PPA "En Greybin" est vérifiée dans la mesure où:
· la surface constructible supplémentaire demandée ne s'étend pas au-delà des périmètres d'implantation des constructions existants; l'augmentation se fait entre ces périmètres: elle est d'env. 1500 m2;
· le secteur de réserve (secteur à étudier ultérieurement) a été définitivement affecté en secteur de compensation écologique (verger) et en secteur de transit et de circulation. L'augmentation totale du secteur d'activités est d'environ 3000 m2.
(...)".
Par décision du 18 avril 2005, le Département des institutions et des relations extérieurs a approuvé préalablement, sous réserve des droits des tiers, la modification du PPA "En Greybin" et son règlement, qui sont simultanément entrés en vigueur.
D. Par décision du 1er octobre 2010, la Commission foncière a refusé le non-assujettissement tel que requis à la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur le droit foncier rural (LDFR; RS 211.412.11) de la totalité de la surface de la parcelle alors n° 10 située dans le PPA "En Greybin" et demandé un deuxième fractionnement qui en exclurait la surface affectée au "secteur de compensation écologique".
Par décision du 28 février 2011, le Département de l'économie a accordé l'autorisation sollicitée par Victor Fankhauser suivante, selon le plan de fractionnement du 18 octobre 2010:
"Parcelle A (environ 3'703 m2): située dans le PGA, soit ̴2'429 m2 en zone village et ̴ 1'274 m2 en zone agricole
(...)
Parcelle B (environ 17'241 m2), située dans le PPA "En Greybin" comprend les bâtiments industriels de production agro-alimentaire, entrepôts, bureaux ainsi que les aménagements nécessaires (accès, place). La définition de la parcelle correspond aux besoins actuels et futurs nécessaires au trafic et au stationnement devant les quais de nombreux camions de 18 m de long, avec de nombreuses rotations par jour (...).
Parcelle C (env 5'521 m2), située dans le PPA "En Greybin" comprend la zone herbée et plantée d'arbres".
E. Le 14 mai 2012, Green Pack Swiss SA a déposé une demande d'enquête réduite auprès de la commune. Elle indiquait projeter de construire rapidement sur la parcelle n° 10, désormais n° 538, une structure modulaire d'une dimension de 10 m x 20 m et d'une hauteur maximale de 5 m 70, selon les plans figurant au dossier, pour l'hébergement du laboratoire de recherche de l'un des clients de l'Agropôle et précisait que cette construction se positionnerait en face de son bâtiment existant et qu'elle devrait y rester pour une période de 24 mois.
La demande de construction précitée a été mise à l'enquête publique, qualifiée d'"enquête simple" par la municipalité, du 15 au 25 mai 2012.
Par décision du 25 mai 2012, la municipalité a autorisé la construction de la structure modulaire requise, indiquant que cette dernière resterait en place pour une durée de 24 mois. Elle précisait que, n'ayant reçu aucune opposition à la suite de l'enquête simple, elle dispensait Green Pack Swiss SA de l'ouverture d'une enquête publique, et ce en application de l'art. 111 de la loi du 4 décembre 1985 sur l'aménagement du territoire et les constructions (LATC; RSV 700.11).
Green Pack SA indique que, depuis lors et actuellement, le local précité comporte des bureaux, un secrétariat et une salle de conférence.
F. Le 25 août 2014, Green Pack SA et Victor Fankhauser ont déposé une demande de permis de construire portant sur la mise en conformité de la structure modulaire précitée. Cette demande comportait une demande de dérogation à l'art. 4 RPPA "En Greybin". Stéphane Fankhauser expliquait que la parcelle n° 10, désormais n° 538, était au bénéfice de ce PPA et d'un addendum du 18 avril 2005 au RPPA "En Greybin". Il précisait qu'au vu de l'évolution de Green Pack SA, propriétaire des bâtiments, le RPPA "En Greybin" en vigueur ne correspondait plus aux voeux de cette société et qu'une demande de révision était en cours depuis mai 2014, afin de définir des possibilités d'agrandissement sans devoir momentanément bouleverser l'exploitation en cours. C'était pourquoi la structure modulaire existante était difficilement déplaçable et devrait pouvoir subsister jusqu'à la concrétisation du nouveau projet d'Agropôle de Molondin d'ici deux à trois ans. Une fois le PPA et son règlement modifiés, la structure en cause devrait pouvoir être déplacée.
Le 4 septembre 2014, le Réseau intercommunal de bureaux techniques (RIBT) a rendu un rapport duquel il découlait que, contrairement à ce que prévoyait l'art. 4 al. 2 RPPA "En Greybin" le projet se situait hors du périmètre d'implantation et du sous-périmètre A.
Mis à l'enquête publique du 12 septembre au 13 octobre 2014, le projet n'a suscité aucune opposition.
G. Le 5 décembre 2014, un rapport de conformité au sens de l'art. 47 de l'ordonnance fédérale du 28 juin 2000 sur l'aménagement du territoire (OAT; RS 700.1) (ci-après: rapport 47 OAT 2014) concernant un nouveau projet de modification du PPA "En Greybin" établi par la commune a été transmis au SDT en vue d'un accord préliminaire. Ce rapport précisait que seul le secteur d'activités de la zone para-agricole était concerné par la modification et que l'objectif était de permettre l'agrandissement et la rénovation du site de l'Agropôle.
H. Le 19 décembre 2014, à la suite de la demande de permis déposée le 25 août 2014, la Centrale des autorisations CAMAC a adressé à la municipalité sa synthèse (n° CAMAC 150455). Il en résultait que le SDT refusait de délivrer l'autorisation spéciale requise et ordonnait ainsi la démolition des locaux administratifs et l'évacuation des matériaux qui les composaient, lesquels devaient être acheminés vers un lieu approprié. Un délai au 30 avril 2015 était imparti au propriétaire pour procéder aux mesures de remise en état précitées et une séance de constat sur place fixée au 5 mai 2015 en présence du propriétaire et des autorités communale et/ou cantonale. Le SDT relevait que la structure modulaire en cause n'était pas conforme au secteur de la zone para-agricole dans lequel elle était sise, soit, selon l'art. 9 RPPA "En Greybin", le secteur de circulation/place de parc du PPA. L'intérêt public lésé en l'occurrence, soit la séparation du bâti et du non bâti, était tel qu'il justifiait la remise en conformité des lieux. L'ordre de remise en état n'apparaissait ainsi pas disproportionné au regard de l'ensemble des circonstances.
Le Service de l'agriculture (SAgr) préavisait pour sa part le projet de manière favorable au vu de la nécessité des bureaux pour le développement de la société Green Pack SA, d'autant qu'ils étaient également utilisés pour la gestion globale de l'Agropôle.
I. Par décision du 13 janvier 2015, la municipalité a, compte tenu de la décision précitée du SDT, refusé de délivrer le permis de construire requis.
J. Par acte du 9 février 2015, Victor Fankhauser (c-après: le recourant) et Green Pack SA (ci-après: la recourante) ont interjeté recours auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal (CDAP) contre les décisions rendues les 19 décembre 2014 et 13 janvier 2015 par le SDT, respectivement la municipalité, concluant à l'annulation des décisions entreprises et au renvoi du dossier à la municipalité pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Ils ont en particulier fait valoir que, dès lors que la construction en cause était située à l'intérieur d'une zone à bâtir, le SDT n'était pas compétent pour statuer sur la demande de mise en conformité qu'ils avaient formulée. Pour le reste, ils soutiennent qu'à supposer le SDT compétent pour statuer, le refus de prolonger l'autorisation provisoire délivrée par la municipalité en 2012 et l'ordre de démolition de la structure litigieuse apparaissent disproportionnés.
K. Le 10 février 2015, le SDT s'est déterminé sur le rapport 47 OAT 2014 à l'attention de la municipalité, le projet de modification du PPA "En Greybin" faisant l'objet d'un accord préliminaire de sa part, tout étant soumis à différentes exigences. Il a en particulier relevé que la modification prévue du RPPA "En Greybin" n'était pas compatible avec une zone spéciale au sens de l'art. 50a LATC, que la zone en cause devait donc être affectée en zone à bâtir au sens de l'art. 15 de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (LAT; RS 700), que, conformément aux art. 38a LAT et 52a OAT, une telle mise en zone à bâtir devait être compensée par le déclassement d'une surface équivalente, que le besoin d'agrandir l'Agropôle nécessitant la création d'une nouvelle zone à bâtir dans la commune devait également être justifiée et que la modification du PPA "En Greybin" projetée n'était pas non plus compatible avec une zone para-agricole telle que décrite à l'art. 52a LATC.
L. Le 24 mars 2015, la municipalité s'en est remise à justice quant au sort du recours.
Le 27 avril 2015, le SDT a conclu au rejet du recours.
Le 18 mai 2015, les recourants ont maintenu leurs conclusions.
Le 10 juin 2015, le SDT a également maintenu ses conclusions.
M. Le 2 juin 2015, dans le cadre de la procédure de modification du PPA "En Greybin", la municipalité a en particulier fait valoir à la Cheffe du Département du territoire et de l'environnement (DTE) le fait que le secteur d'activités, qui était très largement bâti, avait été soustrait au régime de la LDFR et ne faisait pas partie des surfaces d'assolement, était déjà une zone à bâtir au sens de l'art. 15 LAT, voire constituait une zone agricole spéciale au sens de l'art. 52a LATC.
A la suite de la rencontre le 24 septembre 2015 entre la Cheffe du DTE et une délégation comprenant notamment des représentants de la commune, la municipalité a, le 21 octobre 2015, en particulier déclaré considérer que le secteur en cause constituait déjà une zone à bâtir.
Le 16 novembre 2015, la Cheffe du DTE a indiqué à la municipalité ne pas soutenir son appréciation et précisé avoir donné son accord pour une planification colloquant le projet de l'Agropôle en zone spéciale selon l'art. 50a LATC, accord qui supposait de la part de la municipalité une justification claire et précise du respect des exigences liées à ce type de zone.
N. Le 6 avril 2016, la commune a déposé le dossier de modification du PPA "En Greybin" et de son règlement au SDT pour examen préalable, modification qui concerne uniquement le secteur d'activités de la zone para-agricole. Il était en particulier accompagné d'un rapport explicatif selon l'art. 47 OAT (ci-après: le rapport 47 OAT 2016) dont des extraits seront reproduits ci-après au considérant 4b.
O. Le 12 avril 2016, le SDT a informé le tribunal de l'état d'avancement de la procédure de modification du PPA "En Greybin".
P. Le 27 avril 2016, le juge instructeur a relevé qu'après une étude plus approfondie du dossier pourrait se poser la question de l'application des art. 24 à 24e LAT à la construction en cause et interpellé les parties à ce propos.
Le 12 mai 2016, le SDT a fait valoir qu'aucun des art. 24 à 24e LAT ainsi que des art. 37a LAT et 43 OAT ne trouvait application à la construction litigieuse.
Le 17 mai 2016, les recourants ont précisé qu'ils considéraient que les caractéristiques de la zone spéciale dans laquelle était implantée la construction en cause faisaient que cette zone spéciale devait être considérée comme une zone à bâtir, de sorte que le SDT n'était pas compétent pour statuer sur la demande de permis de construire, que le bâtiment en cause, qui avait été dûment autorisé par la municipalité, avait pour seule fonction de fournir à l'Agropôle une fonctionnalité opérationnelle temporaire pendant la durée d'un chantier, qu'à supposer que la zone spéciale en cause doive être assimilée à une zone agricole, se poserait plutôt la question de l'application de l'art. 22 LAT, dans la mesure où la construction provisoire litigieuse, qui empiète simplement sur un secteur de circulation et de places défini par le PPA "En Greybin", n'est pas en elle-même contraire à l'affectation de la zone para-agricole, et que le maintien provisoire des structures en cause doit, pour des motifs notamment liés au principe de la proportionnalité, être toléré, aucun intérêt prépondérant ne s'opposant à un tel maintien.
Q. Dans la mesure utile, les arguments des parties seront repris par la suite.
R. Le tribunal a statué par voie de circulation.

Considérant en droit
1. Les décisions attaquées, soit celle du SDT refusant la régularisation d'une structure modulaire d'une dimension de 10 m x 20 m et d'une hauteur maximale de 5 m 70 sur la parcelle n° 10, en fait n° 538, et celle de la municipalité refusant d'octroyer le permis de construire requis, peuvent faire l’objet d’un recours de droit administratif au Tribunal cantonal (art. 92 ss de la loi cantonale du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative [LPA-VD; RSV 173.36]). Le propriétaire et la titulaire du droit distinct et permanent n° 451 sur la parcelle n° 538 à l'encontre desquels ces décisions ont été rendues ont manifestement qualité pour recourir (art. 75 let. a LPA-VD). Les autres conditions de recevabilité du recours sont remplies, de sorte qu’il y a lieu d’entrer en matière.
2. Les recourants sollicitent la tenue d'une inspection locale.
L'autorité peut mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de forger sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a acquis la certitude qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion (ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 p. 299; 138 III 374 consid. 4.3.2 p. 376; 136 I 229 consid. 5.3 p. 236; cf. aussi arrêts TF 6B_1155/2015 du 14 mars 2016 consid. 2.2; 1C_608/2014 du 3 septembre 2015 consid. 2.1). Vu les pièces du dossier, en particulier les plans et les photographies qui y figurent, la mesure d'instruction requise n'apparaît ni nécessaire ni utile à l'établissement des faits pertinents pour l'issue du litige; elle ne pourrait amener la Cour de céans à modifier son opinion (cf. aussi les considérants suivants). Cela vaut en particulier pour la question de savoir si la parcelle en cause doit être considérée comme sise en zone à bâtir ou non.
3. Se pose la question, sur laquelle les parties sont divisées, de savoir si la zone para-agricole, et plus particulièrement le secteur d'activités de la zone para-agricole auquel la parcelle n° 538 est affectée, constitue une zone à bâtir ou une zone inconstructible et si dès lors une autorisation spéciale cantonale était ou non nécessaire.
a) Le permis de construire est délivré si la construction ou l'installation est conforme à l'affectation de la zone et si le terrain est équipé, le droit fédéral et le droit cantonal pouvant poser d'autres conditions (art. 22 LAT). À l'intérieur de la zone à bâtir, c'est le droit cantonal qui règle les exceptions (art. 23 LAT). En revanche, les exceptions prévues hors de la zone à bâtir sont régies par le droit fédéral (art. 24 ss LAT). Les cantons règlent la compétence et la procédure (art. 25 al. 1 LAT), ce que le canton de Vaud a fait en désignant la municipalité comme autorité compétente pour délivrer le permis de construire (art. 104 LATC). Le droit fédéral impose en outre, pour tous les projets de construction situés hors de la zone à bâtir, l'intervention d'une autorité cantonale (en l'occurrence le département cantonal en charge de l'aménagement du territoire qui comprend le SDT, art. 10 et 81 LATC et art. 1 de l’arrêté du 2 juillet 2012 sur la composition des départements et les noms des services de l’administration [AdèsA ; RSV 172.215.1.1]). C'est cette autorité cantonale qui décide si les projets de construction situés hors de la zone à bâtir sont conformes à l'affectation de la zone ou si une dérogation peut être accordée (art. 25 al. 2 LAT).
b) Selon l’art. 14 LAT, les plans d’affectation règlent le mode d’utilisation du sol (al. 1); ils délimitent en premier lieu les zones à bâtir, les zones agricoles et les zones à protéger (al. 2). Cette disposition pose le principe fondamental de la séparation entre secteur bâti et non bâti. Les zones à bâtir sont définies par l’art. 15 LAT, les zones agricoles par l’art. 16 LAT, les zones à protéger par l’art. 17 LAT. Outre cela, le droit cantonal peut prévoir d’autres zones d’affectation (art. 18 al. 1 LAT), qui sont elles aussi soumises à la règle cardinale de la séparation entre le territoire bâti et non bâti (cf. arrêts CDAP AC.2014.0398 du 7 décembre 2015 consid. 5a; AC.2014.0164 du 30 décembre 2014 consid. 1a ; AC.2009.0215 du 20 mars 2010 consid. 3a).
c) A teneur de l’art. 15 LAT, qui a fait l'objet d'une modification le 15 juin 2012, entrée en vigueur le 1er mai 2014 (RO 2014 p. 899 ss), les zones à bâtir sont définies de telle manière qu’elles répondent aux besoins prévisibles pour les quinze années suivantes (al. 1). Les zones à bâtir surdimensionnées doivent être réduites (al. 2). L’emplacement et la dimension des zones à bâtir doivent être coordonnés par-delà les frontières communales en respectant les buts et les principes de l’aménagement du territoire; en particulier, il faut maintenir les surfaces d’assolement et préserver la nature et le paysage (al. 3). De nouveaux terrains peuvent être classés en zone à bâtir s’ils sont propres à la construction (al. 4 let. a), s’ils seront probablement nécessaires à la construction dans les quinze prochaines années même si toutes les possibilités d’utilisation des zones à bâtir réservées ont été épuisées et s’ils seront équipés et construits à cette échéance (let. b), si les terres cultivables ne sont pas morcelées (let. c), si leur disponibilité est garantie sur le plan juridique (let. d) et s’ils mettent en œuvre le plan directeur (let. e). L’art. 15 LAT en vigueur avant la modification du 15 juin 2012, qui prévoyait que les zones à bâtir comprenaient les terrains propres à la construction qui étaient déjà largement bâtis (al. 1 let. a) ou qui seraient probablement nécessaires à la construction dans les quinze ans à venir et seraient équipés dans ce laps de temps (al. 1 let. b), était surtout destiné à formuler à l’intention des cantons et des communes les prescriptions nécessaires pour la délimitation initiale de zones à bâtir. On peut considérer que cette première délimitation a en grande partie déjà eu lieu. Etant donné que l’art. 21 al. 1 LAT prévoit que les plans d’affectation ont force obligatoire pour chacun, les zones à bâtir incluent tout territoire ayant été affecté à une zone à bâtir, en particulier le territoire déjà largement bâti (Message du Conseil fédéral relatif à une révision partielle de la loi sur l’aménagement du territoire du 20 janvier 2010, FF 2010 959, spéc. 981).
La notion de "terrains déjà largement bâtis" doit être comprise de manière étroite. Elle ne s'applique pas à n'importe quel groupe de constructions; il faut que l'on soit en présence d'un milieu bâti, qui présente les caractéristiques d'une "agglomération", avec les infrastructures habituelles ("Siedlungsstruktur"). Les critères à prendre en compte sont notamment le caractère compact de l'ensemble construit, les équipements, les liaisons avec les autres zones à bâtir ou l'infrastructure publique. Les constructions agricoles peuvent être exceptionnellement prises en compte; il ne suffit toutefois pas qu'un ensemble de maisons n'ait plus de fonctions agricoles pour qu'il réponde à cette définition (ATF 132 II 218 consid. 4.1 p. 222 s.; 121 II 417 consid. 5a p. 424; 116 Ia 197 consid. 2b p. 201, et les références citées ; cf. aussi arrêt TF 1C_483/2012, 1C_485/2012 du 30 août 2013 consid. 3.2.1).
La jurisprudence considère que l'un des buts principaux de la législation fédérale sur l'aménagement du territoire est de concentrer le peuplement dans les zones à bâtir et d'empêcher de construire en ordre dispersé, de sorte que les petites zones à bâtir paraissent en principe non seulement inappropriées, mais également contraires à la loi (ATF 124 II 391 consid. 3a p. 395; 121 I 245 consid. 6e p. 248; 119 Ia 300 consid. 3b p. 303; cf. également arrêts TF 1C_374/2011 du 14 mars 2012 consid. 3, publié in ZBl 2013 p. 389; 1C_225/2008 du 9 mars 2009 consid. 4.1, publié in RDAF 2011 I p. 563; 1C_404/2014 du 24 mars 2015 consid. 4.1.1; 1C_483/2012, 1C_485/2012 du 30 août 2013 consid. 3.2.1; 1C_13/2012 du 24 mai 2012 consid. 3.1). En effet, les petites zones à bâtir (une zone à bâtir en situation d’îlot, isolée au milieu de terrains inconstructibles) favorisent une urbanisation dispersée, alors que cette dernière devrait se concentrer dans des zones à bâtir d’un seul tenant (cf. Sonia Blind, Petites entités urbanisées hors zone à bâtir et petites zones à bâtir, VLP-ASPAN 4/2014 p. 2). Le principe fondamental est qu’il ne faut pas classer en zone à bâtir des biens-fonds peu ou pas construits, dès lors que le périmètre comprenant les terrains déjà largement bâtis suffit aux besoins probables dans les quinze prochaines années (cf. Alexandre Flückiger/Stéphane Grodecki, Commentaire LAT, 2010, n° 36 ad art. 15 LAT).
d) Selon l'art. 16 LAT, les zones agricoles servent à garantir la base d'approvisionnement du pays à long terme, à sauvegarder le paysage et les espaces de délassement et à assurer l'équilibre écologique; elles devraient être maintenues autant que possible libres de toute construction en raison des différentes fonctions de la zone agricole et comprennent les terrains qui se prêtent à l’exploitation agricole ou à l’horticulture productrice et sont nécessaires à l’accomplissement des différentes tâches dévolues à l’agriculture (al. 1 let. a) et les terrains qui, dans l’intérêt général, doivent être exploités par l’agriculture (al. 1 let. b). Il importe, dans la mesure du possible, de délimiter des surfaces continues d’une certaine étendue (al. 2). Dans leurs plans d'aménagement, les cantons tiennent compte de façon adéquate des différentes fonctions des zones agricoles (al. 3).
L'art. 16a LAT fixe les conditions générales auxquelles des constructions et des installations peuvent être considérées comme conformes à l'affectation de la zone agricole. Il dispose en particulier (al. 1) que sont conformes à l'affectation de la zone agricole les constructions et installations qui sont nécessaires à l'exploitation agricole ou à l'horticulture productrice, mais que cette notion de conformité peut être restreinte en vertu de l'art. 16 al. 3 LAT. Il prévoit également que les constructions et installations qui servent au développement interne d'une exploitation agricole ou d'une exploitation pratiquant l'horticulture productrice sont conformes à l'affectation de la zone, le Conseil fédéral réglant les modalités (al. 2). Enfin, les constructions et installations dépassant le cadre de ce qui peut être admis au titre du développement interne peuvent être déclarés conformes à l'affectation de la zone et autorisées lorsqu'elles seront implantées dans une partie de la zone agricole que le canton a désignés à cet effet moyennant une procédure de planification (al. 3).
L'art. 34 al. 1 OAT précise que sont conformes à l'affectation de la zone agricole les constructions et installations qui servent à l'exploitation tributaire du sol ou au développement interne, ou qui sont – dans les parties de la zone agricole destinées à cet effet conformément à l'art. 16a al. 3 LAT – nécessaires à une exploitation excédant les limites d'un développement interne et qui sont utilisées pour la production de denrées se prêtant à la consommation et à la transformation et provenant de la culture de végétaux et de la garde d'animaux de rente (let. a) et pour l'exploitation de surfaces proches de leur état naturel (let. b). Sont en outre conformes à l'affectation de la zone, à certaines conditions, les constructions et installations qui servent à la préparation, au stockage ou à la vente de produits agricoles ou horticoles (al. 2). Sont enfin conformes à l'affectation de la zone les constructions qui servent au logement indispensable à l'entreprise agricole, y compris le logement destiné à la génération qui prend sa retraite (al. 3). A teneur de l’alinéa 4, une autorisation ne peut toutefois être délivrée que si la construction ou l’installation est nécessaire à l’exploitation, si aucun intérêt prépondérant ne s’oppose à l’implantation de la construction ou de l’installation à l’endroit prévu et s’il est prévisible que l’exploitation pourra subsister à long terme. Les art. 36 al. 1, respectivement 37 al. 1, OAT précisent qu'est réputée développement interne, sous certaines conditions, l'édification de constructions et installations destinées à la garde d'animaux de rente selon un mode de production indépendant du sol, respectivement à la culture maraîchère et à l'horticulture selon un mode de production indépendant du sol. Le développement interne doit être quantitativement subordonné à l'exploitation tributaire du sol (Alexander Ruch, Commentaire LAT, 2010, n° 43 ad art. 16a LAT). L'art. 38 OAT indique pour sa part que les cantons déterminent, dans le cadre de l'élaboration de leur plan directeur ou par voie législative, les exigences à respecter lors de la délimitation de zones au sens de l'art. 16a al. 3 LAT. Dans le canton de Vaud, il s'agit de zones dites "agricoles spécialisées". L'art. 52a LATC prévoit à cet égard que les zones agricoles spécialisées sont destinées aux activités dépassant le cadre de ce qui peut être admis au titre de développement interne et liées à des exploitations agricoles, horticoles ou viticoles existantes (al. 1), que les constructions liées à ces activités y sont autorisées dans la mesure où elles respectent les prescriptions définies par le règlement communal (al. 2), que les zones agricoles spécialisées sont justifiées par un besoin suffisamment concret (al. 3) et que l’équipement de ces zones est approprié (al. 5).
e) Conformément à l'art. 18 al. 1 LAT, le droit cantonal peut prévoir d'autres affectations que les zones à bâtir, agricoles et à protéger des art. 15 à 17 LAT. Ces autres zones sont elles aussi soumises aux principes établis par la loi, notamment en ce qui concerne la séparation des terrains bâtis ou à bâtir et de ceux qui ne le sont pas. Ainsi, la création d'une zone à bâtir par le biais d'un plan d'affectation spécial pour un projet concret est en principe admissible si les buts et les principes de l'aménagement du territoire sont respectés. La mesure de planification ne doit pas éluder les règles des art. 24 ss LAT par la création de petites zones à bâtir inacceptables. De telles zones ne peuvent pas être admises si elles tendent à contourner les buts de l'aménagement du territoire que sont la concentration de l'habitation dans les zones à bâtir et l'interdiction des constructions en ordre dispersé (ATF 132 II 408 consid. 4.2 p. 414; 124 II 391 consid. 2c et 3a p. 393 ss; 119 Ia 300 consid. 3b p. 303 ; cf. aussi arrêts TF 1C_404/2014 du 24 mars 2015 consid. 4.1.1 ; 1C_483/2012, 1C_485/2012 du 30 août 2013 consid. 3.2.2). Dans la mesure où la nouvelle zone ne favorise pas la dispersion des constructions, mais prévoit uniquement l'agrandissement minime d'un secteur déjà construit ou l'agrandissement mesuré de bâtiments existants, elle est admissible pour autant qu'elle soit fondée sur une pesée des intérêts objectivement justifiée (ATF 124 II 391 consid. 3a p. 395; cf. aussi arrêts TF 1C_404/2014 du 24 mars 2015 consid. 4.1.1 ; 1C_ 234/2014 du 6 octobre 2014 consid. 2.3; 1C_252/2012 du 12 mars 2013 consid. 7.1). La délimitation de petites zones à bâtir hors du territoire constructible proprement dit est également admise pour des installations ayant des effets considérables sur le territoire, mais dont l'implantation est imposée par leur destination (p. ex. sites d'extraction de matériaux) ou si les petites zones en question visent à compléter le territoire urbanisé ou les infrastructures le desservant (Blind, op. cit., VLP-ASPAN 4/2014 p. 12; Rudolf Muggli, Commentaire LAT, 2010, n° 17 ad Remarques préliminaires relatives aux art. 24 à 24d et 37a LAT, et les références citées). Cela étant, le terme de zone à "bâtir" ne doit pas faire croire, par opposition, qu'il est impossible de construire dans les zones qui ne sont pas "à bâtir". Dans ces dernières, les constructions ne sont pas exclues a priori, mais ne sont admises que si elles sont conformes à l'affectation de la zone – art. 22 LAT –, ou que si leur implantation est imposée par leur destination, et encore à la condition qu'aucun intérêt prépondérant ne s'y oppose – art. 24 LAT – (cf. arrêts TF 1C_483/2012, 1C_485/2012 du 30 août 2013 consid. 3.2.2 ; 1C_157/2009 du 26 novembre 2009 consid. 3, in RDAF 2012 I p. 464; 1A.185/2004 du 25 juillet 2005 consid. 2.2; Flückiger/Grodecki, op. cit., n° 9 ad art. 15 LAT; Peter Hänni, Planungs-, Bau- und besonderes Umweltschutzrecht, 5e éd. 2008, p. 194).
Des zones nouvellement définies au sens de l'art. 18 LAT se révèlent notamment adéquates lorsque doit être pris en considération, en zone non constructible, un besoin spécifique d'affectation, ou, à l'inverse, en zone constructible, un besoin particulier de protection (cf. arrêt TF 1C_404/2014 du 24 mars 2015 consid. 4.1.1; Waldmann/Hänni, Raumplanungsgesetz, 2006, n. 4 ad art. 18 LAT, p. 429). Ainsi, les autres zones de l'art. 18 LAT destinées à répondre à des besoins spécifiques hors des zones à bâtir, telles que les zones de maintien de l'habitat rural ou d'extraction, ou celles qui englobent de grandes surfaces non construites, comme les aires de délassement ou les zones réservées à la pratique de sports ou de loisirs en plein air (ski, golf, etc.), sont en principe imposées par leur destination à l'emplacement prévu par le plan d'affectation; elles sont clairement à l'extérieur des zones à bâtir de l'art. 15 LAT et, sous réserve de leur affectation spécifique, obéissent au régime de la zone non constructible (arrêts TF 1C_404/2014 du 24 mars 2015 consid. 4.1.1 ; 1C_483/2012, 1C_485/2012 du 30 août 2013 consid. 3.2.2, et les références citées). La création d'une zone spéciale au sens de l'art. 18 LAT à l'intérieur du territoire non constructible ne confère pas au secteur concerné le statut de zone à bâtir au sens de l'art. 15 LAT, c'est-à-dire qu'elle ne représente pas une extension du territoire constructible (Muggli, op. cit., n° 17 ad Remarques préliminaires relatives aux art. 24 à 24d et 37a LAT, et la référence citée). Le Tribunal fédéral a ainsi en particulier jugé que le plan partiel d'affectation qui régit un périmètre destiné aux activités équestres crée une zone spéciale (art. 18 LAT), mais qu'il ne crée pas pour autant une zone constructible, si bien que les autorisations d'installations conformes à l'affectation de la zone au sens de l'art. 22 LAT doivent être délivrés par l'autorité cantonale et non par l'autorité municipale (arrêt TF 1C_483/2012, 1C_485/2012 du 30 août 2013 consid. 3.3 et 4.1, qui ajoute que la disposition du règlement du PPA qui habilite la municipalité à accorder des dérogations est contraire au droit fédéral).
Dans le canton de Vaud, le législateur a adopté l’art. 50a LATC, introduit par la loi du 4 février 1998, puis modifié le 16 août 2002. Cette disposition prévoit que les communes peuvent définir des zones spéciales pour assurer le maintien de petites entités urbanisées sises hors de la zone à bâtir (zones de hameaux, zones de maintien de l’habitat rural, etc.) (al. 1 let. a) ou pour permettre l'exercice d'activités spécifiques (sports, loisirs, extraction de gravier, etc.) dont la localisation s'impose hors de la zone à bâtir (al. 1 let. b). L’établissement de zones spéciales mentionnées à la lettre a du premier alinéa doit respecter les critères définis par le plan directeur cantonal ; l’équipement existant doit être suffisant (al. 2). Les zones spéciales mentionnées à la lettre b sont prévues dans le cadre fixé par les plans directeurs; elles sont équipées de manière appropriée (al. 3).
4. a) Dans la commune de Molondin, la zone para-agricole est destinée, aux termes de l'art. 28 al. 1 RPGA, à l'implantation et à l'agrandissement d'entreprises para-agricoles; l'organisation de la zone (périmètres constructibles, destination des constructions, accès, équipements, ...) est à définir par l'élaboration d'un plan partiel d'affectation (PPA).
Aux termes de son art. 1 al. 1, le RPPA "En Greybin" est applicable au périmètre du PPA "En Greybin" comprenant la zone para-agricole définie sur le plan général d’affectation (PGA), conformément aux disposition de l'art. 28 RPGA, et la parcelle n° 103, affectée en zone agricole. Selon l'art. 2 RPPA "En Greybin", le PPA "En Greybin", dont le périmètre général est délimité par un traitillé noir, fixe en plan d'une part la zone para-agricole, dont le périmètre est défini au plan (par un pointillé noir) et qui comprend le secteur d'activités, le secteur de circulations et places, un périmètre d'implantation des constructions, le secteur de compensation écologique (verger) et des coupes schématiques qui fixent le gabarit maximum des constructions et des aménagements, d'autre part la zone agricole. Le PPA "En Greybin" proprement dit comprend en outre un sous-périmètre A, situé dans l'angle Sud-Est du périmètre d'implantation des constructions, un secteur de transit et un secteur d'infiltration et rétention. Conformément à l'art. 3 RPPA "En Greybin", le secteur d'activités est destiné au stockage, au conditionnement, à la transformation et à la commercialisation de produits issus des exploitations agricoles de la région ainsi qu'aux activités agricoles traditionnelles (al. 1). Les activités doivent être compatibles avec les installations existantes et la zone du village voisine (taille, trafic, nuisances) (al. 2). Seules sont autorisées les constructions conformes à la destination de la zone (al. 3). L'art. 4 RPPA "En Greybin" prévoit, s'agissant de la zone para-agricole, qualifiée de zone spéciale selon l'art. 50a LATC, que les constructions et installations nouvelles doivent être édifiées à l'intérieur du périmètre d'implantation des constructions (al. 1). Les affectations spéciales telles que logement de fonction, dortoir, magasin et bureaux ne peuvent prendre place qu'à l'intérieur du sous-périmètre A exclusivement (al. 2). Leur surface de plancher maximale devra toutefois rester inférieure aux surfaces mises à disposition pour les activités agricoles traditionnelles et para-agricoles (stockage, conditionnement, transformation de produits issus des exploitations agricoles) (al. 3). L'équipement spécifique dudit sous-périmètre (raccordement au réseau EU du village) est maintenu dans les anciennes limites du périmètre A (al. 4). Conformément à l'art. 9 RPPA "En Greybin", qui a trait à la circulation et aux places de parc, les places de parc nécessaires aux livreurs, aux clients et au personnel seront aménagées dans les espaces de circulation; les garages seront implantés à l'intérieur des périmètres d'implantation des constructions (al. 1).
b) La parcelle en cause n° 538 ainsi que le bien-fonds n° 539 sont tous deux affectés à la zone para-agricole par le PGA. Cette zone comprend, sur le bien-fonds n° 538, le secteur d'activités qui se subdivise lui-même d'une part, en un périmètre d'implantation des constructions, qui regroupe plusieurs bâtiments et comprend un sous-périmètre A dans son angle Sud-Est, et d'autre part le secteur de transit dans sa partie Nord, et enfin le secteur de circulation et place également au Nord, à l'Ouest, au Centre, à l'Est et au Sud (cf. PPA « En Greybin »). Le secteur d'activités est destiné au stockage, au conditionnement, à la transformation et à la commercialisation de produits issus des exploitations agricoles de la région ainsi qu'aux activités agricoles traditionnelles (art. 3 al. 1 RPPA "En Greybin"). Le sous-périmètre A peut plus particulièrement accueillir des affectations spéciales telles que le logement de fonction, un dortoir, un magasin et des bureaux (art. 4 al. 1 RPPA "En Greybin"). La zone para-agricole comprend également, sur la parcelle n° 539, un secteur de compensation écologique. Du rapport 47 OAT 2016 (cf. ci-dessus let. N), il ressort par ailleurs ce qui suit s'agissant des activités exercées sur la parcelle n° 538 et donc dans la zone para-agricole:
"1.1 Contexte
Le site de l'Agropôle de Molondin réunit les caractéristiques particulières lui permettant d'accueillir un centre de compétences, de recherches appliquées et d'hébergement de jeunes entreprises dans le domaine de l'agroalimentaire:
- Il bénéficie d'une surface affectée spécialement et destinée à l'accueil d'activités de transformation de produits agricoles et alimentaires;
- Des sociétés de services actuellement basées sur le site offrent des compétences supplémentaires de conseil, d'accès aux marchés et de logistique, propres à ce secteur d'activités;
(...)
2.1.3 Accessibilité
(...)
Actuellement, environ 80 employés travaillent sur le site de l'Agropôle. Une partie habite le village de Molondin tandis qu'une autre partie vient de la région et des villages alentours. Les déplacements se font essentiellement en voiture avec du covoiturage. En ce sens, une quarantaine de véhicules sont régulièrement stationnés sur le site de l'Agropôle. En ce qui concerne la mobilité liée au trafic des poids-lourds, entre 20 à 40 camions se rendent sur le site quotidiennement. Le nombre peut fluctuer en fonction des saisons.
(...)
2.2.1 Surfaces d'assolement
Les terrains agricoles entourant le village de Molondin sont, pour la majorité, classés en tant que surface d'assolement de qualité I ou II. Une grande partie du PPA "En Greybin" est elle-même affectée en zone agricole et comprise dans ces surfaces. Cependant, le PPA "En Greybin" étant composé de plusieurs zones et secteurs, le secteur concerné par la présente modification – secteur d'activités – n'est pas compris dans les surfaces d'assolement.
(...)
3.1 Le besoin
Le site de l'Agropôle de Molondin étant actif depuis plusieurs années, il dispose déjà d'installations mutualisées tels que des entrepôts frigorifiques, des ateliers mécaniques, des quais de chargement ou encore des zones de pesage, de tri et de calibrage. Ceci pour répondre aux besoins des différentes sociétés se trouvant au sein de l'Agropôle et étant actives dans l'agriculture, l'agroalimentaire ou l'alimentation".
(...)
3.2 Affectation
Actuellement, le Plan partiel d'affectation "en Greybin" est affecté en tant que "zone spéciale selon l'art. 50a LATC". Le périmètre est divisé en deux secteurs distincts: une zone agricole et une zone para-agricole regroupant les périmètres d'implantation des constructions ainsi que les secteurs pour les circulations et les manoeuvres.
(...)
5.1.3 Développement de la vie sociale et décentralisation
(...)
Principalement dédiée à l'agroalimentaire, l'activité majeure du site, depuis ses débuts, consiste en l'achat des produits agricoles de la région pour ensuite les conditionner et les valoriser en vue de la vente.
(...)
Tant Green Pack SA que Green Pack Swiss SA, qui ont leur siège à Molondin, sur le site de l'Agropôle, ont pour but l'achat, la vente, la récolte, la réception, le conditionnement, la valorisation, le transfert et la commercialisation de produits agro-alimentaires et industriels, tant suisses qu'étrangers.
c) Malgré les différentes activités que permet la zone para-agricole, et plus particulièrement son secteur d'activités, ainsi que l'existence de plusieurs bâtiments sis sur la parcelle n° 538 affectée à cette zone, celle-ci ne satisfait à l'évidence pas aux conditions de l'art. 15 LAT qui définit les zones à bâtir; tel n'était pas non plus le cas au moment de la construction de l'ouvrage litigieux. En effet, le secteur affecté à la zone para-agricole se situe clairement à l'écart du village de Molondin proprement dit, dont il est séparé par une zone agricole qui l'entoure entièrement. Ce secteur, qui n'est pas compris dans les surfaces d'assolement et n'est pas soumis au droit foncier rural, comprend certes plusieurs bâtiments accueillant des entreprises actives dans le domaine de l'agro-alimentaire et comprenant notamment des installations tels que des entrepôts frigorifiques, des ateliers mécaniques, des quais de chargement et des zones de pesage, de tri et de calibrage. Une quarantaine de véhicules sont par ailleurs régulièrement stationnés sur le site affecté à la zone para-agricole, site qui accueillerait également quotidiennement entre 20 et 40 camions. Il n'en demeure pas moins qu'un tel groupe de constructions et d'aménagements, qui s'insèrent dans un périmètre bien défini et à la destination précise, ne présente pas les caractéristiques d'une "agglomération" avec les infrastructures habituelles au sens de la jurisprudence précitée relative à l'art. 15 LAT (cf. ci-dessus consid. 3c), et aucune continuité avec la zone urbanisée. La zone para-agricole comprend en outre un secteur de compensation écologique, auquel est affecté le bien-fonds n° 539. L'on ne saurait ainsi considérer qu'il s'agit d'une zone à bâtir au sens de l'art. 15 LAT. Les recourants eux-mêmes ne s'y sont d'ailleurs pas trompés au moment du dépôt le 25 août 2014 de leur demande de permis de construire concernant la mise en conformité de la structure modulaire en cause, puisqu'ils ont alors indiqué, en particulier sous chiffre 12 du formulaire de demande de permis de construire, que le projet était partiellement ou entièrement hors des zones à bâtir.
d) Quel que soit le type de zone – zone spéciale au sens de l'art. 18 LAT à l'intérieur du territoire non constructible, voire zone agricole – auquel devrait être affectée la zone para-agricole en cause, il est ainsi manifeste que le secteur affecté à cette zone se trouve hors de la zone à bâtir et qu'une autorisation cantonale est nécessaire.
5. a) L'on ne saurait considérer – et les recourants ne le prétendent pas sérieusement –, dans l'hypothèse où la zone para-agricole ferait partie de la zone agricole, que la construction litigieuse, qui consiste en une structure modulaire provisoire d'une dimension de 10 m x 20 m et d'une hauteur maximale de 5 m 70 et qui comporte des bureaux, un secrétariat et une salle de conférences, serait conforme à l'affectation de la zone agricole au sens des art. 16a LAT et 34 ss OAT. Dans leur écriture du 18 mai 2015, les recourants précisent d'ailleurs que les activités actuellement exercées sur le site relèveraient clairement de la transformation et du conditionnement de matières premières, soit du secteur secondaire et non du secteur primaire. A supposer par ailleurs que la zone para-agricole se trouverait dans une partie de la zone agricole que le canton aurait désignée, moyennant une procédure de planification, pour accueillir des constructions et installations dépassant le cadre de ce qui peut être admis au titre du développement interne (art. 16 al. 3 LAT), il ressort de l'art. 52a al. 2 LATC que les constructions liées aux activités dépassant le cadre de ce qui peut être admis au titre de développement interne et liées à des exploitations agricoles, horticoles et viticoles existantes ne peuvent y être autorisées que dans la mesure où elles respectent les prescriptions définies par le règlement communal, ce qui n'est, comme on le verra ci-après (cf. consid. 5b), en l'occurrence pas le cas.
b) Dans l'hypothèse où la zone para-agricole constituerait une zone spéciale au sens des art. 18 LAT et 50a LATC, l'on ne saurait considérer que la construction en cause serait conforme à l'affectation du secteur particulier de la zone para-agricole dans lequel elle se trouve. En effet, cette structure modulaire provisoire est sise dans le secteur de circulation et place, soit en dehors du périmètre d'implantation des constructions à l'intérieur duquel les constructions et installations nouvelles doivent être édifiées (art. 4 al. 1 RPPA "En Greybin"). Or, conformément à l'art. 9 RPPA "En Greybin", le secteur de circulation et place est destiné à accueillir les places de parc nécessaires aux livreurs, aux clients et au personnel ainsi que des couverts, pour autant qu'ils correspondent à la définition de dépendances de minime importance au sens de l'art. 39 RLATC, et non pas une construction de 10 m x 20 m et d'une hauteur maximale de 5 m 70 qui comporte, ainsi que l'indiquent les recourants dans leur recours, des bureaux, un secrétariat et une salle de conférences.
La construction en cause n'étant pas conforme au secteur de circulation et place, elle ne pourrait le cas échéant être autorisée qu'à l'aune des dispositions dérogatoires des art. 24 ss LAT.
6. L'art. 24a LAT, qui a trait au changement d'affectation de constructions et d'installations sises hors de la zone à bâtir ne nécessitant pas de travaux de transformation, n'est pas applicable en l'espèce, dès lors que des travaux sont en cause et qu’il ne s’agit pas uniquement d’un changement d’affectation (cf. ATF 127 II 215 consid. 4 ; TF 1A.214/2002 du 12 septembre 2003 consid. 5.1.1, partiellement publié in RDAF 2006 p. 622 et ZBl 2005 p. 152 ; 1C_254/2009 du 25 septembre 2009 consid. 2.3 ; Muggli, op. cit., n° 9 ss ad art. 24a LAT). Tel ne saurait non plus être le cas de l'art. 24b LAT, qui traite des activités accessoires non agricoles hors de la zone à bâtir, activités qui supposent, ce qui n'est pas le cas en l'occurrence, que l'on soit en présence d'une entreprise agricole au sens de la loi fédérale sur le droit foncier rural (LDFR) qui ne peut subsister sans un revenu complémentaire.
L'art. 24c LAT soumet pour sa part à certaines conditions la rénovation, la transformation partielle, l'agrandissement mesuré et la reconstruction de constructions et installations anciennes sises hors de la zone à bâtir. Cette disposition est applicable aux constructions et installations qui ont été érigées ou transformées légalement avant l'attribution du bien-fonds à un territoire non constructible au sens du droit fédéral (art. 41 OAT). La date déterminante est en principe celle du 1er juillet 1972, date de l'entrée en vigueur de l'ancienne loi fédérale du 8 octobre 1971 sur la protection des eaux contre la pollution (aLPEP; RO 1972 I 958) – abrogée par la loi fédérale du 24 janvier 1991 sur la protection des eaux (LEaux; RS 814.20) – qui a introduit expressément le principe de la séparation du territoire bâti et non bâti (cf. ATF 129 II 396 consid. 4.2.1; 127 II 209 consid. 2c). Construite en 2012, sans qu'en outre une modification quant au zonage de la parcelle en cause ne soit par la suite intervenue, la construction en cause ne peut être mise au bénéfice de l'art. 24c LAT.
N'est pas non plus applicable à l'ouvrage litigieux, qui comporte des bureaux, un secrétariat et une salle de conférences, l'art. 24d al. 1 LAT qui prévoit que l'utilisation de bâtiments d'habitation agricoles conservés dans leur substance peut être autorisée à des fins d'habitation sans rapport avec l'agriculture. Tel ne saurait non plus être le cas de l'art. 24d al. 2 LAT, dont l'application est subordonnée à l'existence de constructions et d'installations jugées dignes d'être protégées. La question ne se pose pas non plus pour l'art. 24e LAT, qui concerne la détention d'animaux à titre de loisirs, ni pour l'art. 37a LAT, qui a trait aux changements d'affectation de constructions et d'installations à usage commercial qui ont été érigées avant le 1er janvier 1980 ou qui sont devenues contraires à l'affectation de la zone en raison d'une modification du plan d'affectation.
La situation ne peut ainsi être examinée que sous l'angle de l'art. 24 LAT.
7. a) L'art. 24 LAT prévoit qu'en dérogation à l'art. 22 al. 2 let. a LAT, des autorisations de construire peuvent être délivrées pour de nouvelles constructions ou installations ou pour tout changement d'affectation si l'implantation de ces constructions ou installations hors de la zone à bâtir est imposée par leur destination (let. a) et si aucun intérêt prépondérant ne s'y oppose (let. b).
L'implantation d'une installation est imposée par sa destination au sens de l'art. 24 let. a LAT, d'après la jurisprudence constante du Tribunal fédéral, lorsqu'elle requiert un emplacement spécifique en dehors de la zone à bâtir pour des motifs techniques, d'exploitation, en raison de la disponibilité du sol ou encore lorsqu'elle est exclue de le zone à bâtir pour des motifs spécifiques (ATF 136 II 214 consid. 2.1 p. 218; 132 II 21 consid. 7.2 p. 44; 129 II 63 consid. 3.1 p. 68). Une implantation relativement imposée par sa destination suffit: il n'est pas nécessaire qu'absolument aucun autre emplacement n'entre en considération; il suffit que des raisons particulièrement importantes et objectives fassent apparaître l'emplacement prévu comme beaucoup plus avantageux que d'autres endroits à l'intérieur de la zone à bâtir (ATF 136 II 214 consid. 2.1 p. 218, et les références citées). Une construction existante non conforme à l'affectation de la zone ne justifie pas, en tant que telle, une extension de l'utilisation contraire à l'affectation de la zone, et ne permet par conséquent pas de reconnaître l'implantation de nouvelles installations non conformes à l'affectation de la zone comme imposée par sa destination (Muggli, op. cit., n° 13 ad art. 24 LAT). La jurisprudence a toutefois admis dans certains cas que l'implantation hors de la zone à bâtir d'un nouvel ouvrage non conforme à la zone puisse être imposée par sa destination à titre "dérivé", lorsqu'il constitue une annexe à une exploitation principale existante. Il faut cependant que l'implantation hors de la zone à bâtir de l'ouvrage principal ait elle-même été imposée par sa destination et que des impératifs techniques et économiques sérieux propres à l'exploitation principale rendent indispensable la réalisation de la nouvelle construction à l'endroit et dans les dimensions prévus (arrêts TF 1C_55/2012, 1C_56/2012, 1C_57/2012 du 27 juin 2013 consid. 4; 1A.26/2003 du 22 avril 2003 consid. 5; ATF 124 II 252 consid. 4c, et les arrêts cités). Le Tribunal fédéral a néanmoins jugé qu'il fallait faire preuve de retenue avant d'admettre que les conditions de l'implantation d'un ouvrage imposée par sa destination à titre "dérivé" étaient remplies (ATF 124 II 252 consid. 4d).
Les constructions sises hors de la zone à bâtir devant, selon l'intention du législateur, rester exceptionnelles, celui-ci a limité les motifs de dérogation valables à des circonstances objectives définies de façon très restrictive (Muggli, op. cit., n° 9 ad art. 24 LAT). Les points de vue subjectifs du constructeur, les considérations financières ou les motifs de convenance personnelle n'entrent pas en ligne de compte dans l'appréciation (ATF 129 II 63 consid. 3.1 p. 68, et les arrêts cités; cf. également arrêts CDAP AC.2014.0398 du 7 décembre 2015 consid. 11a; AC.2014.0240 du 14 juillet 2015 consid. 8a; AC.2014.0178 du 6 juillet 2015 consid. 3a).
b) La création en zone inconstructible d'une structure modulaire, qui comporte des bureaux, un secrétariat et une salle de conférences, non conforme à l'affectation de la zone ne répond objectivement à aucune nécessité technique, économique ou inhérente à la disponibilité du sol. Les recourants n'indiquent par ailleurs pas que des impératifs techniques et économiques sérieux rendraient indispensable le maintien de la construction en cause à l'endroit et dans les dimensions prévus. Une construction de la dimension requise n'est en outre a priori nullement exclue en zone à bâtir, s'agissant d'autant plus d'une structure modulaire provisoire. Les soucis de convenance personnelle des recourants ne justifient pas l'octroi d'une dérogation au sens de l'art. 24 LAT.
c) Vu ce qui précède, la construction en cause ne peut pas être autorisée, voire régularisée.
8. Dans la mesure où l'ouvrage litigieux, qui a été réalisé sans l'autorisation cantonale spéciale requise (art. 120 al. 1 let. a LATC), ne peut être régularisé a posteriori, il reste à examiner l'ordre de remise en état.
a) Selon les art. 105 al. 1 et 130 al. 2 LATC, la municipalité, et à son défaut, le département compétent, est en droit de faire supprimer, aux frais des propriétaires, tous travaux qui ne sont pas conformes aux prescriptions légales et réglementaires. Contrairement à ce que sa formulation peut laisser entendre, cette disposition n'accorde pas une latitude de jugement ou un pouvoir d'appréciation à l'autorité compétente, mais lui impose une obligation quand les conditions en sont remplies (cf. arrêts CDAP AC.2015.0062 du 11 mars 2016 consid. 9a; AC.2015.0087 du 9 février 2016 consid. 2b; AC.2014.0398 du 7 décembre 2015 consid. 12a). Le respect du principe de la proportionnalité exige qu'il soit procédé à une pesée des intérêts publics et privés opposés (principe de la proportionnalité au sens étroit, impliquant une pesée des intérêts en présence – ATF 137 I 167 consid. 3.6 p. 175/176; 136 I 87 consid. 3.2 p. 91/92, 197 consid. 4.4.4 p. 205, et les arrêts cités).
Selon une jurisprudence bien établie, lorsque des constructions ou des installations illicites sont réalisées en dehors de la zone à bâtir, le droit fédéral exige en principe que soit rétabli un état conforme au droit. L'autorité renonce à une telle mesure, conformément au principe de la proportionnalité, si les dérogations à la règle sont mineures, si l'intérêt public lésé n'est pas de nature à justifier le dommage que la démolition causerait au maître de l'ouvrage, si celui-ci pouvait de bonne foi se croire autorisé à construire ou encore s'il y a des chances sérieuses de faire reconnaître la construction comme conforme au droit (ATF 132 II 21 consid. 6 p. 35; 123 II 248 consid. 3a/bb p. 252; cf. aussi arrêts TF 1C_61/2014 du 30 juin 2015 consid. 5.1; 1C_544/2014 du 1er avril 2015 consid. 4.1). Même un constructeur qui n'est pas de bonne foi peut invoquer le principe de proportionnalité. Toutefois, celui qui place l'autorité devant un fait accompli doit s'attendre à ce que celle-ci se préoccupe plus de rétablir une situation conforme au droit que d'éviter les inconvénients qui en découlent pour lui (ATF 123 II 248 consid. 4a p. 255; 111 Ib 213 consid. 6b p. 224; cf. aussi arrêts TF 1C_61/2014 du 30 juin 2015 consid. 5.1; 1C_544/2014 du 1er avril 2015 consid. 4.1).
Il existe un intérêt public important, maintes fois rappelé par la jurisprudence, à ce que le principe de la séparation de l'espace bâti et non bâti, déduit aujourd'hui de l'art. 75 al. 1 Cst., soit respecté et à limiter le nombre et les dimensions des constructions hors zone à bâtir (cf. ATF 132 II 21 consid. 6.4 p. 40; 111 Ib 213 consid. 6b p. 225; arrêts TF 1C_61/2014 du 30 juin 2015 consid. 5.3; 1A.301/2000 du 28 mai 2001 consid. 6c, in ZBl 103/2002 p. 364). Les constructions illégales, contraires à la LAT, doivent en principe être démolies; à défaut, le principe de la séparation du territoire bâti et non bâti serait battu en brèche, et la violation de la loi récompensée (ATF 136 II 359 consid. 6 p. 364). Toujours en ce qui concerne l'intérêt public, la jurisprudence considère que l'application du droit fédéral dérogatoire hors zone à bâtir se doit d'être rigoureuse, de sorte que les autorités chargées de son application puissent le faire de manière cohérente et assurent ainsi le respect du principe de la sécurité du droit (ATF 132 II 21 consid. 6.4 p. 39 ss).
b) Selon la jurisprudence, une autorisation délivrée en dehors de la zone à bâtir par l'autorité communale est absolument nulle, l'autorisation cantonale étant un élément constitutif et indispensable; une simple autorisation communale est donc insuffisante (ATF 132 II 21 consid. 3.2.2, traduit in JdT 2006 I p. 707; 111 Ib 213, traduit in JdT 1987 I p. 630; arrêts TF 1C_483/2012, 1C_485/2012 du 30 août 2013 consid. 4.1; 1C_265/2012 du 25 mars 2013 consid. 3; 1C_537/2011 du 26 avril 2012 consid. 2.2.1; cf. aussi arrêts CDAP AC.2015.0062 du 11 mars 2016 consid. 2a; AC.2014.0398 du 7 décembre 2015 consid. 7b; AC.2014.0240 du 14 juillet 2015 consid. 3a).
9. Le SDT exige la démolition du local modulaire de 200 m2 comportant bureaux, secrétariat et salle de conférences, les matériaux devant être évacués et acheminés vers un lieu approprié.
a) Les recourants considèrent que le refus de prolonger l'autorisation qui avait été délivrée par la municipalité en mai 2012 et l'ordre de démolition de la structure litigieuse apparaissent disproportionnés. Ils ne contestent certes pas que cette dernière a été érigée dans le secteur de circulation et place du PPA "En Greybin", où un tel bâtiment ne saurait en principe être aménagé. Ils font cependant valoir que cette construction a été expressément autorisée, certes à titre provisoire, par la municipalité et que la demande qu'ils ont formulée en l'occurrence ne porte en définitive que sur la prolongation de cette autorisation provisoire. Ils invoquent également le fait qu'une procédure de révision du PPA "En Greybin" a été engagée en mai 2014, révision qui vise à répondre aux besoins de développement des activités sur le site. Ils précisaient également dans leur recours qu'au terme de cette procédure de révision, soit vraisemblablement d'ici deux à trois ans, les divers aménagements sis sur la parcelle n° 10 (ndlr.: en fait désormais n° 538) seraient revus et la structure litigieuse, qui est provisoire, remplacée par de nouveaux bureaux, ailleurs sur le site; il était également prévu d'étendre le secteur d'activités (ndlr.: plutôt le périmètre d'implantation des constructions, le secteur d'activités comprenant aussi le secteur de circulation et place), qui gagnerait ainsi sur le secteur de circulation et place, notamment à l'emplacement de la structure litigieuse. Aucun intérêt prépondérant ne s'opposerait enfin au maintien temporaire de la structure en cause dans le secteur de circulation et place.
b) Les recourants ne sauraient se prévaloir de leur bonne foi, en particulier du fait que la structure en cause aurait été expressément autorisée en 2012 par la municipalité. L'autorisation donnée par cette dernière ne l'avait été que pour une durée limitée de 24 mois. De toute manière, conformément à la jurisprudence précitée, une telle autorisation, s'agissant d'une construction érigée hors de la zone à bâtir, est absolument nulle. Les intéressés n'ignoraient par ailleurs visiblement pas que la parcelle n° 538 était affectée à une zone sise hors de la zone à bâtir et qu'une autorisation cantonale était dès lors nécessaire. En effet, au moment du dépôt le 25 août 2014 par le biais de leur architecte de leur demande de permis de construire concernant la mise en conformité de la structure modulaire en cause, ils ont alors indiqué, en particulier sous chiffre 12 du formulaire de demande de permis de construire, que le projet était partiellement ou entièrement hors des zones à bâtir.
L'argument des recourants selon lequel l'ordre de démolition de la structure modulaire litigieuse serait disproportionné dès lors qu'une procédure de révision du PPA "En Greybin" est en cours et que d'ici deux à trois ans environ, les divers aménagements sis sur la parcelle n° 538 seraient revus n'est pas non plus déterminant. Il ressort en effet des pièces figurant au dossier relatives à cette procédure de révision que la Commune de Molondin et la Cheffe du DTE sont partiellement en désaccord sur la manière de procéder à cette révision, dont la procédure risque dès lors de durer. Les intéressés relèvent d'ailleurs dans leur recours que cette procédure pourrait durer jusqu'en 2018, soit deux ans encore. Surtout, il résulte des considérants qui précèdent que les recourants ne sauraient faire reconnaître comme conforme au droit l'ouvrage litigieux. Celui-ci a en outre été construit sans l'autorisation cantonale nécessaire en violation du principe, central en aménagement du territoire, de la séparation entre les zones bâties et non bâties, qui constitue ainsi un intérêt public important. Les dérogations à la règle ne sont de plus pas mineures, puisque c'est une construction de 10 m x 20 m et d'une hauteur maximale de 5 m 70 qui a été érigée hors de la zone à bâtir.
Certes, l'intérêt des recourants est évident, puisqu'ils devront trouver un autre endroit pour accueillir les bureaux, le secrétariat et la salle de conférences qu'abrite la structure modulaire en cause. Il sied néanmoins de relever à ce propos que, lors de la demande de permis de construire déposée le 14 mai 2012 par Green Pack Swiss SA, celle-ci avait précisé que la construction litigieuse ne devrait être érigée que pour une période de 24 mois, durée que la municipalité avait d'ailleurs confirmée dans sa décision du 25 mai 2012. Les intéressés n'avaient donc en vue en 2012 que la construction d'une structure provisoire et la municipalité n’avait admis que cela. Quant au préjudice financier, que les recourants ne chiffrent par ailleurs pas, il ne saurait avoir le pas sur l'intérêt public au rétablissement d'une situation conforme au droit, sachant en particulier que des ordres de démolition et de remise en état ont été confirmés pour des montants de 300'000 fr. (arrêts TF 1C_61/2014 du 30 juin 2015 consid. 5.3; 1C_136/2009 du 4 novembre 2009; 1C_167/2008 du 22 août 2008).
C'est en conséquence à juste titre que le SDT a ordonné la démolition du local modulaire litigieux de 200 m2 comportant bureaux, secrétariat et salle de conférences, les matériaux devant être évacués et acheminés vers un lieu approprié, et que la municipalité a refusé de délivrer le permis de construire requis.
10. Vu ce qui précède, le recours doit être rejeté et les décisions attaquées confirmées.
Le délai d'exécution fixé au 30 avril 2015 par la décision du SDT entreprise et la date d'une séance de constat sur place fixée au 5 mai 2015 étant aujourd'hui échus, il appartiendra au SDT de fixer de nouveaux délais d'exécution et date de séance sur place.
Compte tenu de l'issue de la cause, les frais judiciaires, fixés à 3'000 fr., sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux (art. 49, 51 al. 2, 91 et 99 LPA-VD, art. 4 al. 1 du Tarif cantonal du 28 avril 2015 des frais judiciaires et des dépens en matière administrative [TFJDA ; RSV 173.36.5.1]). Il n'est pas alloué de dépens, dans la mesure où les recourants succombent, la municipalité n'est pas assistée et où le SDT, qui obtient gain de cause, n'a, outre qu'il n'est pas assisté, de toute manière pas droit à des dépens (art. 52, 55, 56 al. 3, 91 et 99 LPA-VD).