Decision ID: f542e55c-029b-4495-af09-816704324412
Year: 2019
Language: fr
Court: VD_TC
Chamber: VD_TC_031
Canton: VD
Region: Région lémanique
Law Area: public_law

Vu les faits suivants:
A. A._ (ci-après aussi: l'intéressée ou la recourante), née le ******** 1979, est titulaire d'un diplôme fédéral de médecin depuis 2004. Elle a par la suite également obtenu les spécialisations de la FMH (Fédération des médecins suisses) en médecine interne générale en 2013 et en ******** en 2014.
B. A._ a poursuivi ses études en tant que doctorante en médecine et ès sciences (MD-PhD) et a effectué ses recherches sous la direction du Professeur B._, directeur du Service ******** du Centre hospitalier universitaire vaudois (CHUV), ainsi que du Docteur C._, chef du laboratoire de ce service.
En 2009, A._ a présenté à la Faculté de biologie et de médecine de l'Université de Lausanne (ci-après: la FBM) une thèse de doctorat en médecine et ès sciences intitulée ********. Outre le Professeur B._ et le Docteur C._, le jury de thèse était composé du Professeur D._, qui le présidait, et des Professeurs E._, F._, G._, experts de la FBM ainsi que du Professeur H._, expert externe.
Une partie de la thèse (p. 49-72) de A._ a donné lieu à une publication parue en juin 2009 dans la revue scientifique X._ sous le titre Y._ (désigné ci-après comme: l'article publié dans X._) dont celle-là est première auteure, B._ et C._ figurant parmi les autres coauteurs.
A._ a soutenu sa thèse en public le 10 décembre 2009.
Par décision du 20 décembre 2009, la Direction de l'Université de Lausanne (ci-après: la Direction de l'UNIL) lui a conféré, sur proposition de la faculté, le titre de docteur en médecine et ès sciences (MD-PhD).
C. Durant sa formation FMH en ******** comme médecin assistante (du 1er décembre 2011 au 31 mars 2014) et ensuite comme cheffe de clinique dans le Service ******** (du 1er avril 2014 au 30 avril 2017), A._ a poursuivi ses recherches au sein du laboratoire du Service ******** du CHUV. Pour ce faire, A._ a eu le soutien de laborantins et de biologistes mis à sa disposition par le Service ******** du CHUV. La réalisation des projets de recherches a été rendue possible grâce à l'obtention de plusieurs donations. A._ bénéficiait pendant cette période d'un temps protégé pour effectuer ses recherches. Elle a également bénéficié de deux congés de maternité, l'un entre novembre 2012 et avril 2013, et l'autre entre octobre 2014 et avril 2015.
Un manuscrit présentant le résultat de ces recherches, intitulé Z._ (désigné ci-après comme: le projet d'article Z._) dont A._ était première auteure, a été soumis pour révision, notamment au Docteur C._.
Dans le cadre de la relecture d'un projet envoyé par A._ pendant l'été 2015, C._ a découvert des anomalies sur les figures et légendes – Western blots – qui pouvaient faire penser à une manipulation. Il a sollicité une réunion avec A._ et B._ qui a eu lieu le 21 juin 2016. A l'issue de cette réunion, il a été convenu que A._ allait procéder à des vérifications, notamment en remontant aux données originales.
Le 29 juillet 2016, A._ a adressé à B._ et à C._ des réponses écrites aux questions soulevées. On extrait ce qui suit de ce document:
"Contexte:
Pour rappel, les figures présentées sont le résultat d'un travail de laboratoire débuté en 2008, projet initié par moi-même à la fin de ma thèse de doctorat MD-PhD. J'ai quitté le laboratoire en 2009 afin de poursuivre ma formation clinique et les expériences ont été poursuivies par I._, J._, K._ et L._ dans le laboratoire. J'étais en congé maternité de novembre 2012 à avril 2013. J'ai obtenu un pourcentage de fin 2013 à octobre 2014 au laboratoire. J'étais en congé maternité d'octobre 2014 à avril 2015. J'ai essentiellement travaillé pour ce projet par courriel avec les différents intervenants. J'ai proposé le plan des expériences sous la supervision de C._ et B._ (protocole hebdomadaire envoyé aux protagonistes avec copie à C._ et B._). Les expériences étaient discutées lors de réunion de laboratoire. Il est à noter qu'une masse considérable de données ont été générées au cours des 7 dernières années. Les résultats des expériences ont été présentés lors de réunion à C._ et B._. Le projet s'est ainsi étiré sur plusieurs années. Les figures ont été proposées à C._ et B._ par moi-même pour correction. Elles ont été revues et modifiées par C._ le 22.12.2013. Un manuscrit a été fourni à C._ et B._ le 01.01.2014. Des corrections ont été fournies par C._ le 23.03.2014. Le manuscrit a à nouveau été envoyé durant l'été 2015 par moi-même."
Elle a également indiqué dans un courrier du même jour que certaines données originales n'étaient pas accessibles en raison de l'absence d'un collaborateur du laboratoire, L._, et que le rapport devait être encore complété.
Par courrier du 14 août 2016, B._ a indiqué à A._ que les données originales sauvegardées étaient à sa disposition et lui a imparti un délai au 31 août 2016 pour compléter son rapport et pour confirmer que les Western blots correspondaient aux conditions mentionnées dans les figures.
Le 1er septembre 2016, A._ a remis à B._ un complément à son rapport du 29 juillet 2016. Elle y indiquait en substance qu'en raison notamment du grand nombre de données à vérifier, elle ne pouvait en l'état fournir toutes les explications souhaitées.
Le 12 septembre 2016, B._ a informé par écrit A._ qu'il constatait que les réponses aux questions précises posées le 21 juin 2016 et réitérées dans son courrier du 14 août 2016 n'avaient pas été fournies et qu'en conséquence, il allait introduire une procédure pour manquement à l'intégrité.
D. En date du 21 septembre 2016, B._ a dénoncé A._ auprès du Doyen de la FBM pour soupçon de manquement à l'intégrité scientifique selon la Directive 4.2. de la Direction de l'UNIL "Intégrité dans le domaine de la recherche et procédure à suivre en cas de manquement à l'intégrité" adoptée le 28 août 2006 (ci-après: la Directive de l'UNIL sur l'intégrité scientifique) en raison de problèmes et anomalies constatés dans les figures et légendes de cet article par C._.
E. Le 13 octobre 2016, le Professeur M._, Délégué à l'intégrité scientifique de la FBM, a adressé au Doyen de la FBM, le Professeur N._, un courrier dont on extrait ce qui suit:
"[...]
En tant que délégué à l'intégrité scientifique de notre faculté et au vu du mandat que vous m'avez confié le 27 septembre 2016, je vous ai adressé sous pli séparé mon rapport de l'affaire A._ suite à un examen préliminaire.
Mon impression est que les reproches énoncés par le Prof. B._ et le Dr C._ envers la Dre A._ sont fondés et qu'il y a des éléments dans le manuscrit en question qui suscitent des interrogations sur la manipulation délibérée des données scientifiques.
Selon les directives en vigueur (Directive de l'UNIL 4.2), il me semble qu'il y aurait lieu de procéder à une investigation détaillée par la constitution d'une commission chargée d'établir les faits. Néanmoins, vu les circonstances du cas (la Dre A._ ne possède pas encore de titre académique de notre faculté; l'impact de l'investigation concernera donc plus sa carrière clinique que sa carrière académique future), j'estime qu'une autre voie doit être aussi prise en considération, c'est-à-dire envisager une procédure de conciliation entre les deux parties. Cette dernière voie n'est envisageable que si la personne mise en cause reconnaît qu'il y a des graves lacunes dans son comportement scientifique et qu'elle consente à une telle procédure.
[...]"
F. On extrait en outre ce qui suit du rapport non daté de M._:
"[...]
Reproches
Les reproches faits par B._ et C._ sont:
1. Suspicion de manipulations de données et des images dans un manuscrit en préparation pour soumission à publication.
2. La réponse non-satisfaisante aux questions formulées par B._ et C._ qui ont été adressées à A._ pour clarification.
[...]
Les constats de M._
A. A._ admet sa négligence dans la gestion des résultats de recherche et dans la préparation et la vérification des données en voie de publication qui expliquerait les erreurs indiquées (points 1-4 ci-dessus) et elle en assume la responsabilité.
B. A._ n'a pas fourni une explication claire et compréhensible pour ses actions et les erreurs signalées dans le point 5 cités [sic] ci-dessus. Elle met en avant l'ancienneté d'une partie des données (western blots), qui ont déjà fait l'objet de présentations aux membres du labo dans le passé et n'ont pas suscité de critiques, dont elle a repris les figures sans un examen détaillé. Elle n'a pas présenté d'exemple des anciennes présentations pour illustrer la façon dont elle a préparé les figures en question. Cependant, sans un examen détaillé par un expert en imagerie digitale et sans preuve que les manipulations proviennent de A._, il m'est impossible de déterminer si A._ est à l'origine des fautes commises.
C. Le manuscrit est encore dans une phase assez préliminaire pour que les problèmes identifiés soient corrigés et vérifiés à temps avant une soumission. Il sera probablement nécessaire lors d'une soumission de fournir les blots "bruts", car les revues demandent de plus en plus que les preuves que les figures complexes, comme la figure 7, sont authentiques du point de vue expérimental."
G. Dans un courrier du 21 novembre 2016 adressé au Doyen de la FBM, A._ a reconnu qu'il existait dans le cadre du projet de manuscrit scientifique précité, "diverses irrégularités susceptibles de constituer un manquement à l'intégrité scientifique" au sens de la Directive de l'UNIL sur l'intégrité scientifique. Elle soulignait en outre que "ces erreurs liées à la longueur du projet ne [relevaient] aucunement d'actes intentionnels de [sa] part dans un dessein de publication, d'obtention de bourse ou autre".
H. Le 25 novembre 2016, le Doyen de la FBM a informé A._ que compte tenu des éléments que celle-ci avait confirmés dans le courrier précité, il allait demander que "l'autorité d'engagement du CHUV" et la Direction de l'UNIL lui adressent un avertissement "lui rappelant la nécessité de respecter les éléments fondamentaux de toute recherche scientifique, que celle-ci soit clinique, translationnelle ou fondamentale: intégrité, honnêteté et originalité. Le plagiat, la fabrication de résultats, l'élimination de données sont des agissements inacceptables". Le même jour, il a adressé un courrier en ce sens au Directeur général du CHUV ainsi qu'à la Direction de l'UNIL relevant également que les relations de confiance avec le chef du Service ********, B._, et le chef du laboratoire, C._, étaient rompues et que, si la poursuite de la carrière médicale de A._ ne devait pas être "entravée", elle devait "certainement" être poursuive en dehors du Service ********.
I. Le 28 décembre 2016, B._ a à nouveau dénoncé A._ au Doyen de la FBM pour soupçon de manquement à l'intégrité scientifique. Il indiquait avoir procédé, avec C._, à l'examen des publications du laboratoire pour lesquelles A._ apparaît comme première auteure et avoir constaté dans l'article publié en 2009 dans X._ qui faisait partie de sa thèse de doctorat l'existence de problèmes et anomalies similaires à ceux dont il avait fait état précédemment.
J. Une commission composée des Professeurs O._, président, P._, Q._ et D._ a été désignée pour établir les faits. Cette commission s'est réunie à six reprises et a notamment procédé à l'audition de B._, de C._, de L._, collaborateur au laboratoire du Service ********, toujours en présence de A._, ainsi qu'à deux reprises à l'audition de cette dernière, laquelle était assistée par son mandataire.
Dans son rapport daté du 19 mai 2017 (en-tête), respectivement du 7 juin 2017 (dernière page; ci-après: le rapport du 19 mai 2017), la commission constate notamment ce qui suit:
" [...] Considérations de la commission.
1. Les entretiens et examens de pièces
La commission a demandé à A._ de fournir toutes les autoradiographies originales qui ont fait l'objet de la publication dans X._ ainsi que les cahiers de laboratoire qui couvrent la période de sa thèse dans le laboratoire. Les visites de A._ au laboratoire pour retrouver ces documents ont eu lieu les 10 et 11 avril en présence du délégué à l'intégrité. Les classeurs qui devaient contenir les autoradiographies originales des Western blots restent introuvables. Ceux-ci auraient pu disparaître lors du déménagement du laboratoire à ******** en septembre 2014. A la connaissance du responsable du laboratoire C._ les autoradiographies faites par A._ pour cet article sont les seules manquantes à l'archivage qui remonte à 1997. Par ailleurs, les cahiers de laboratoires ne contiennent aucune indication pouvant faire penser que les expériences illustrées dans les figures S1D et S1F aient été faites durant la période de révision. Ces expériences ont très vraisemblablement été faites antérieurement et les résultats obtenus utilisés pour générer les figures S1D et S1F en vue de la deuxième révision. Les cahiers des périodes 2007 à 2009 mentionnent effectivement des expériences de Western blot, mais sans protocoles précis, ni dates précises auxquelles les expériences de Western blot ont été faites.
En ce qui concerne la disparition des classeurs d'autoradiographie, A._ affirme avoir laissé ses cahiers de laboratoire et autres documents expérimentaux aux soins du laboratoire et de son responsable lorsqu'elle a quitté le laboratoire en 2009 pour poursuivre sa formation en médecine interne puis en ******** au CHUV. Après renseignements pris auprès du Prof. B._, A._ a continué à mener des projets de recherche dans le laboratoire du Service ******** durant toute sa formation clinique, du 1.1.2010 au 31.4.2017. Pour sa recherche, A._ a reçu le soutien du laboratoire et de différentes bourses de recherche, y compris un soutien important de la faculté avec une bourse ********. A ce titre, A._ faisait partie du laboratoire de recherche du Service durant cette période. En tant que membre active du laboratoire jusqu'au 31.4.2017, la commission estime que A._ avait la responsabilité des données expérimentales qu'elle y avait produite.
Concernant la paternité des figures incriminées, A._ fournit des renseignements peu précis, et en partie discordants par rapport à ceux de C._ quant à sa participation dans l'élaboration des figures. La commission a demandé à C._ des précisions à ce sujet, pour lesquelles il précise: "Toutes les figures mises en causes (Western blots) de l'article ont été élaborées par A._, à partir de données primaires sans aucune intervention de ma part. Les figures ont été construites dans un fichier ppt par A._ avec des blots scannés. Les bandes ont été sélectionnées, découpées, annotées et montées par elle-même. Les bandes de Western blot sélectionnées, découpées et montées ainsi que leur orientation et leur dénomination sont celles élaborées par A._ ". Cette affirmation de C._ est en accord avec la déclaration de A._ lors de son premier entretien avec la commission.
2. Les manipulations de données
La commission confirme la duplication et la réutilisation des blots des figures 6B et 9A du manuscrit pour générer les figures S1D et S1F de l'article de 2009 publié dans X._ (voir annexe). La commission a eu accès au travail de demi-thèse (2008) de A._ et elle a également constaté que dans la figure 24 de ce travail de demi-thèse, les bandes du Western blot labellisé STAT-1 sont identiques aux bandes dénommées « Total JNK » de la figure 9A de l'article (voir annexe). Il semble donc que les duplications et la réutilisation des données ne touchent pas que les figures supplémentaires S1D et 51F pour la révision du manuscrit mais également les figures originales du manuscrit (et de la thèse).
Les bandes identiques de Western blots, dupliquées et réutilisées dans les différentes figures incriminées sous des dénominations diverses, ont subi des retournements successifs verticaux et/ou horizontaux. Il s'agit donc de manipulations complexes et subtiles qui rendent difficilement décelables les duplications et la réutilisation de ces données de Western blot. En effet, ces manipulations n'ont été décelées qu'après un réexamen particulièrement attentif des figures de l'article par B._ et C._ dans le contexte particulier de la première dénonciation à l'encontre de A._. Ces manipulations étant présentes dans des figures placées sur des pages non-adjacentes, il n'est du reste pas surprenant qu'elles aient échappé à l'attention des responsables du laboratoire, ainsi qu'aux auteurs et aux responsables éditoriaux lors de la préparation et de la soumission de l'article en 2008-2009.
A._ reconnaît ces manipulations de données. Elle ne nie pas pouvoir en être l'auteure, mais réfute le fait de l'avoir fait intentionnellement. La commission a de la peine à imaginer comment de telles manipulations aient pu échapper à l'attention de son auteure. D'autre part, la commission relève le côté systématique de ces manipulations qui selon elle, reste difficilement conciliable avec de simples erreurs.
La disparition du classeur contenant les données originales sous la forme d'autoradiographie, ne remet pas en cause la duplication et la manipulation des données de Western blot dans les figures incriminées. La disparition de ces documents empêche de reconstituer précisément la manière dont les figures en question ont été construites.
La commission a constaté une tenue des cahiers de laboratoire de A._ insuffisante, et regrette qu'au cours de cette recherche, les responsables du laboratoire n'aient pas, de manière plus systématique, eu recours aux données brutes et originales produites par A._, ni exigé une tenue de cahier plus complète.
La duplication et l'utilisation de bandes identiques de Western blot sous des dénominations diverses pour la génération des différentes figures de l'article, implique que les résultats présentés dans ces figures sont inventés et ne correspondent pas à une réalité expérimentale. Ces données doivent donc être considérées comme fausses, ce qui en soi justifierait une rétraction de l'article.
Conclusion
Sur le constat des duplications et manipulations manifestes observées dans les figures 6B, 9A, S1D et S1F de l'article publié dans X._ 2009, et sur la base des témoignages et des documents recueillis par la commission, celle-ci conclut à la fabrication et à l'invention de résultats de recherche.
Le matériel utilisé pour la fabrication de ces données a été obtenu par A._ et provient d'expériences de Western blots faites par elle-même. Les figures dans lesquelles sont présentés ces résultats fabriqués ont été élaborés par A._.
A._ reconnaît les duplications et les manipulations constatées par les dénonciateurs et la commission, elle reconnaît avoir pu être l'auteure de ces manipulations de résultats, mais nie l'avoir fait de manière intentionnelle.
La commission estime peu vraisemblable que ces manipulations de résultats puissent provenir d'erreurs dans la gestion de données scientifiques, et se doit d'évoquer la possibilité de manipulations intentionnelles. [...] "
K. Le 10 juillet 2017, le Professeur B._ a adressé des déterminations sur le rapport de la commission chargée d'établir les faits au Doyen de la FBM. Il a notamment insisté sur la nécessité de prendre en considération l'ensemble des faits mis en évidence par les deux dénonciations et a conclu que "leur répétition, leur grande similarité et le genre de procédés utilisés doit conduire les autorités universitaires à écarter l'idée qu'ils pourraient être le résultat d'inadvertances ou de hasards malheureux".
L. Le 18 août 2017, le Doyen de la FBM a adressé à la Rectrice de l'UNIL un courrier l'informant de la procédure relative à un soupçon de manquement à l'intégrité scientifique de A._ et y a joint le dossier. Il a proposé à la Direction de l'UNIL de:
"- retirer le grade de docteur MD-PhD de l'UNIL conféré à Madame A._;
- prononcer une interdiction de poursuite de toute activité de recherche au sein de la Faculté de Biologie et de Médecine;
- tenant compte de la gravité des faits, informer l'employeur (le CHUV), afin qu'il puisse prendre les mesures à l'encontre de Madame A._;
- se réserver des droits en dommages et intérêts si les investigateurs étaient dans l'obligation de rembourser les partenaires financiers impliqués dans cette recherche."
M. Le 8 septembre 2017, la Direction de l'UNIL a informé le Doyen de la FBM qu'après avoir pris connaissance de son rapport et des pièces figurant au dossier, il lui apparaissait qu'un complément d'expertise portant sur les faits dénoncés le 21 septembre 2016 par le Professeur B._ – soit ceux en lien avec le projet d'article Z._ – était nécessaire avant de prendre une décision dans le cadre de cette affaire. Selon la Direction, la répétition des manquements dénoncés revêtait une certaine importance dans l'appréciation du dossier et de la décision si bien qu'il paraissait important de compléter le dossier à cet égard.
Par courrier de son conseil du 27 octobre 2017, A._ s'est opposée à la "réouverture" du dossier concernant la première dénonciation. Dans un courrier du 3 novembre 2017 au conseil de A._, la Direction de l'UNIL a indiqué que la deuxième dénonciation constituait un fait nouveau justifiant la réouverture de la première enquête. Il s'est ensuivi un échange de courriers entre la Direction de l'UNIL et le conseil de la recourante, celle-ci invoquant notamment "l'acharnement" du Professeur B._ à son encontre.
N. Le 12 février 2018, la commission chargée d'établir les faits, qui était composée des Professeurs O._, président, P._, D._ et M._, ce dernier ayant remplacé la Professeure Q._ qui était excusée en raison d'un congé scientifique, a rendu son rapport complémentaire dont on extrait ce qui suit:
" [...] Considérations de la commission
Onze anomalies ont été constatées par la commission dans les figures du manuscrit intitulé Z._; ces anomalies sont listées dans le document en annexe (Annexe 5). Ces constatations se basent sur les documents relatifs aux figures 7 et S7 fournis à la commission par C._ (Annexe 1), aux documents des figures S2 (Annexe 2) et S3 (Annexe 3) transmis par B._, au document concernant la figure 8 fourni par L._ (Annexe 4).
Certaines anomalies peuvent relever d'erreurs dues à une mauvaise organisation et gestion des données expérimentales. Toutefois la majorité de ces anomalies relèvent de manipulations complexes et de fabrication de données à partir de données originales. Ces manipulations sont trompeuses en ce sens qu'elles changent l'interprétation des données originales.
Toutes les données expérimentales originales du manuscrit, sont disponibles et accessibles dans les archives du laboratoire. Pour les WB [Western Blots, ndr] des figures 7 et S7, C._ a pu démontrer qu'il est possible de remonter aux données originales, répertoriées et classées dans le laboratoire. Pour les données numériques sous formes de graphes dans la figure S3 et la figure 8, B._ et L._ ont pu fournir à la commission les données originales.
Durant son audition A._ n'a fourni à la commission aucune explication claire et documentée quant à la manière dont ont été élaborées les figures du manuscrit. La seule explication donnée par A._, est que cette étude s'est déroulée sur plusieurs années ce qui complique la gestion des données. La commission juge cette explication irrecevable. De même A._ n'a pas répondu aux questions de B._ de manière satisfaisante concernant les anomalies constatées dans le manuscrit. A._ affirme ne pas avoir été en mesure d'identifier les documents qui ont servi à l'élaboration des figures du manuscrit, alors que toutes les données originales sont répertoriées dans le laboratoire. A._ affirme qu'elle ne s'est pas systématiquement basée sur les données originales pour élaborer les figures du manuscrit, mais invoque l'utilisation de fichiers intermédiaires et retravaillés à partir des données originales par elle et d'autres. A._ n'est pas en mesure de documenter ces affirmations. En l'absence d'explications clairement documentées de la part de A._ sur l'élaboration des figures du manuscrit, la commission doit considérer A._, en tant qu'auteure de ces figures, comme directement responsable des irrégularités constatées par la commission (Annexe 5).
La commission constate que les manipulations de données de WB sont très similaires à celles identifiées dans l'article X._. A la différence de l'article X._, les manipulations constatées dans le manuscrit ne touchent pas uniquement les résultats de WB, mais également les données numériques. Des manipulations générant des données trompeuses, sont donc récurrentes dans le travail scientifique de A._.
Les raisons qui ont motivé A._ à procéder à ces manipulations de données scientifiques n'ont pas pu être éclaircies. Le nombre, la récurrence et la complexité de ces manipulations ne peuvent être dues à de simples erreurs. La commission doit donc conclure que les manipulations constatées relèvent de falsifications intentionnelles et de traitements trompeurs de résultats de recherche.
Conclusions
La commission a constaté de nombreuses manipulations souvent complexes de résultats de recherche dans les figures élaborées par A._ dans le manuscrit intitulé Z._ dont A._ est première auteure.
Ces manipulations font suite à d'autres manipulations de résultats scientifiques constatées par la commission dans l'article X._ en 2009, qui fait partie intégrante de la thèse de A._.
Pour l'ensemble de ces manipulations, A._ n'a pas été en mesure de donner à la commission une explication précise et documentée de la manière dont ces manipulations sont survenues.
Compte tenu du nombre, de la récurrence et de la complexité des manipulations constatées, la commission conclut à une falsification intentionnelle de données scientifiques de base et à la présentation trompeuse de résultats de recherche. [...]"
O. Le 15 février 2018, le Doyen de la FBM a transmis à la Direction de l'UNIL le rapport complémentaire de la commission. Il a relevé que l'examen des pièces concernant la première dénonciation effectuée par la commission dans son rapport complémentaire confirmait les observations de la première enquête qui avait fait suite à la deuxième dénonciation et que A._ avait violé de manière volontaire et répétée les règles de l'intégrité scientifique. Il invitait dès lors la Direction de l'UNIL à prendre les décisions proposées dans son courrier du 18 août 2017.
P. Le 14 mars 2018, la Direction de l'UNIL a transmis à A._ un projet de décision dont on extrait ce qui suit:
" [...] Nous rappelons que ce rapport fait suite à la demande de complément d'enquête formulée par la Direction dans le cadre de la procédure de manquement à l'intégrité scientifique ouverte à l'encontre de votre mandante suite aux deux dénonciations faites par le Professeur B._.
Il en ressort que la commission a constaté 11 anomalies dans les figures du manuscrit intitulé Z._, dont la majorité relèvent de manipulations complexes et de fabrication de données à partir de données originales. La commission constate que ces manipulations sont trompeuses en ce sens qu'elles changent l'interprétation des données originales. Elle considère qu'en tant qu'auteure des figures du manuscrit, votre mandante est directement responsable des irrégularités constatées par la commission.
La commission constate également, dans son rapport, que ces manipulations de données sont très similaires à celles identifiées dans l'article publié dans X._ en juin 2009 dans le cadre de la thèse MD-PhD de Mme A._ et en conclut que des manipulations générant des données trompeuses sont récurrentes dans son travail scientifique. Compte tenu du nombre, de la récurrence et de la complexité des manipulations constatées, la commission conclut qu'elles ne peuvent être dues à de simples erreurs, mais relèvent de falsifications intentionnelles et de traitements trompeurs de résultats de recherche.
Dans son courrier du 15 février 2018, le Doyen relève que ce rapport confirme les observations de la première enquête qui a fait suite à la seconde dénonciation du Professeur B._, à savoir que votre mandante a violé de manière volontaire et répétée les règles de l'intégrité scientifique. Le Doyen note que les faits sont graves et motivent selon lui les mesures proposées à la Direction dans son courrier du 18 août 2017.
La procédure d'instruction étant désormais terminée, la Direction constate qu'il ressort des diverses investigations menées par les commissions chargées d'établir les faits, et des rapports délivrés, que les manipulations de données scientifiques reprochées à Mme A._ dans son manuscrit de 2016 constituent une répétition de procédés frauduleux présentant une grande similarité, déjà commis dans le cadre de sa thèse MD- PhD, et que les faits dénoncés par le Professeur B._ le 21 septembre 2016 et ceux dénoncés le 28 décembre 2016 forment un tout.
Pour rappel, il ressort du rapport du 19 mai 2017 de la commission chargée d'investiguer la dénonciation du 28 décembre 2016 concernant des anomalies constatées dans l'article publié en 2009 dans le cadre de la thèse MD-PhD de Mme A._, que votre mandante a reconnu qu'il y avait eu duplication et réutilisation de bandes présentées dans les Western blots des figures litigieuses, que ces bandes avaient subi des renversements verticaux ou horizontaux et que leurs dénominations avaient changé d'une figure à l'autre, que Mme A._ ne niait pas être l'auteure de ces manipulations, mais réfutait le fait de l'avoir fait intentionnellement. La commission a constaté dans son rapport du 19 mai 2017 qu'il s'agissait de manipulations complexes et subtiles, dont elle relevait le côté systématique, et estimait peu vraisemblable que ces manipulations de résultats puissent provenir de simples erreurs. Elle évoquait déjà la possibilité de manipulations intentionnelles. Le rapport du 19 mai 2017 indiquait toutefois que la disparition du classeur contenant les données originales sous la forme d'autoradiographie empêchait de reconstituer précisément la manière dont les figures en question avaient été construites.
Les investigations complémentaires menées par la commission sur les anomalies constatées dans le manuscrit de votre mandante de 2016 ont permis, grâce notamment à la consultation des données expérimentales originales du manuscrit, disponibles et accessibles dans les archives du laboratoire, de conclure au caractère intentionnel des manipulations de données et à la présentation trompeuse de résultats de recherche (cf. rapport ci-joint du 12 février 2018).
La Direction ne voit aucun motif de s'éloigner de ces rapports. Dès lors, la Direction considère qu'il ressort de l'instruction que les manipulations de données constatées dans l'article publié en 2009 dans le cadre de la thèse de doctorat de votre mandante et celles constatées dans son manuscrit de 2016 constituent une répétition de procédés frauduleux présentant une grande similarité.
Pour ces motifs, la Direction considère que Mme A._ s'est rendue coupable de manquements à l'intégrité scientifique au sens de la Directive 4.2. de la Direction, et ce tant dans le cadre du manuscrit de juin 2016 intitulé Z._, que dans le cadre de l'article intitulé Y._, publié dans X._ en 2009 et qui faisait partie intégrante de sa thèse MD-PhD. Les manipulations commises par votre mandante sont très graves; leur caractère répété démontre une intention persistante de manipulations scientifiques, portant sur la fabrication, la falsification et l'invention de données et de résultats scientifiques.
Il apparaît ainsi que la décision de l'Université de Lausanne du 20 décembre 2009 octroyant à votre mandante le grade de docteur en médecine et ès sciences de la vie (MD-PhD) est entachée d'une irrégularité majeure, cette décision ayant été prise sur la base d'un travail de recherche qui présentait un manquement grave à l'intégrité scientifique commis de manière intentionnelle. Ce grade a ainsi été obtenu de manière frauduleuse. Pour ces motifs, la Direction envisage de retirer à votre mandante le grade de docteur en médecine et ès sciences de la vie (MD-PhD) de l'Université de Lausanne. La Direction considère que cette mesure envisagée se justifie, au regard de la gravité de la faute de Mme A._, et de l'intérêt public prépondérant au respect de l'intégrité scientifique et à la crédibilité de l'institution universitaire.
Étant donné le caractère récurrent, dans le travail scientifique de Mme A._, des manipulations générant des données trompeuses, la Direction envisage également de lui faire interdiction de poursuivre toute activité de recherche et de publication au sein de la Faculté de Biologie et de Médecine de l'Université de Lausanne et de tout autre centre, institut ou faculté de l'Université de Lausanne.
La Direction envisage d'informer la Direction du CHUV, en tant qu'autorité d'engagement de votre mandante, de la décision qui sera prise, compte tenu des conséquences qu'aurait la décision envisagée sur ses activités professionnelles.
Enfin, en raison des manquements commis par Mme A._, l'Université de Lausanne pourrait devoir rembourser en tout ou en partie les bailleurs de fonds qui ont participé au financement des projets de recherche menés par votre mandante, ou réparer le préjudice éventuellement causé aux autres personnes ayant participé aux projets de recherche impactés par les manquements commis par Mme A._. Pour ces motifs, la Direction envisage de réserver tous ses droits envers votre mandante pour le cas où l'Université de Lausanne devrait réparer l'éventuel dommage causé à des tiers du fait des manquements reprochés à votre mandante.
Par conséquent, la Direction vous informe qu'elle envisage de rendre à l'encontre de votre mandante une décision prononçant:
I. Il est constaté que Mme A._ s'est rendue coupable d'infractions aux principes de l'intégrité scientifique.
II. Le grade de docteur en médecine et ès sciences de la vie (MD-PhD) de l'Université de Lausanne, attribué à Mme A._ le 20 décembre 2009, lui est retiré.
III. Interdiction est faite à Mme A._ de poursuivre toute activité de recherche et de publication au sein de la Faculté de Biologie et de Médecine de l'Université de Lausanne et de tout autre centre, institut ou faculté de l'Université de Lausanne.
IV. La Direction de l'Université de Lausanne informe la Direction du CHUV et le Doyen de la Faculté de biologie et de médecine (FBM) de la présente décision.
V. L'Université de Lausanne réserve tous ses droits à l'encontre de Mme A._ en relation avec les dommages qu'elle pourrait avoir causés à des tiers par les manquements commis dans ses activités de recherche et de publication [...].
Un délai de 30 jours était imparti à A._ pour faire valoir son droit d'être entendue.
Q. A._ s'est déterminée par l'intermédiaire de son avocat le 16 avril 2018. Elle a conclu à ce qu'aucune sanction ne soit prise à son encontre et à ce que toute démarche utile soit prise pour interdire au Professeur B._ de lui nuire.
R. Le 6 juin 2018, la Direction a rendu une décision dont le dispositif est le suivant:
"I. Il est constaté que A._ s'est rendue coupable d'infractions aux principes de l'intégrité scientifique.
II. Le grade de docteur en médecine et ès sciences (MD-PhD) de l'Université de Lausanne, attribué à A._ le 20 décembre 2009, lui est retiré.
III. Interdiction est faite à A._ de poursuivre toute activité de recherche et de publication au sein de la Faculté de Biologie et de Médecine de l'Université de Lausanne et de tout autre centre, institut ou faculté de l'Université de Lausanne, pour une durée de 10 ans.
IV. La Direction de l'Université de Lausanne informe la Direction du CHUV et le Doyen de la Faculté de biologie et de médecine (FBM) de la présente décision.
V. L'Université de Lausanne réserve tous ses droits à l'encontre de A._ en relation avec les dommages qu'elle pourrait avoir causés à des tiers par les manquements commis dans ses activités de recherche et de publication."
S. Le 18 juin 2018, A._ a déposé un recours contre cette décision auprès de la Commission de recours de l'Université de Lausanne (ci-après: la CRUL) en concluant à son annulation, à ce qu'il soit constaté qu'elle ne s'était pas rendue coupable d'infraction au principe de l'intégrité scientifique et à ce qu'aucune sanction ne lui soit infligée. Elle a notamment contesté les faits établis par la Direction de l'UNIL, a invoqué une violation du principe de la légalité de la décision attaquée ainsi qu'une violation du principe de la proportionnalité.
Par arrêt du 28 novembre 2018, la CRUL a partiellement admis le recours, a maintenu les ch. I, II, IV et V de la décision de la Direction du 6 juin 2018 et a annulé le ch. III de la décision précitée. En substance, la CRUL a considéré que l'interdiction prononcée sous ch. III n'était pas conforme au principe de la proportionnalité, la révocation du titre de docteur étant suffisante pour atteindre le but recherché.
T. Le 14 janvier 2019, A._ a déféré cette décision auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal (CDAP) en concluant principalement à sa réforme en ce sens qu'il est constaté qu'elle ne s'est pas rendue coupable d'infraction au principe de l'intégrité scientifique et qu'aucune "sanction" ne lui est infligée; subsidiairement, en ce sens qu'il est renoncé à prononcer une sanction et à ce que la Direction du CHUV n'est pas informée; plus subsidiairement, en ce sens qu'un avertissement lui est donné et que la Direction du CHUV n'est pas informée; plus subsidiairement encore, à l'annulation de la décision attaquée et au renvoi de la cause à l'autorité intimée.
La CRUL s'est référée à son arrêt.
Dans sa réponse du 14 mars 2019, la Direction de l'UNIL a conclu au rejet du recours et à la confirmation de la décision attaquée.
Dans son écriture du 12 avril 2019, la recourante a renoncé à se déterminer sur la réponse de la Direction de l'UNIL et a requis l'audition du Professeur B._ à titre de témoin.
U. Il n'a pas été ordonné d'autres mesures d'instruction.

Considérant en droit:
1. Dirigé contre une décision rendue par une autorité administrative de recours qui n'est pas susceptible de recours devant une autre autorité et déposé par la destinataire de la décision, qui est directement atteinte par celle-ci, dans le délai légal compte tenu des féries, le recours satisfait pour le surplus aux autres exigences formelles posées par la loi si bien qu'il convient d'entrer en matière (art. 75, 79, 92, 95 et 99 de la loi du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative [LPA-VD; BLV 173.36]).
2. La recourante requiert l'audition de B._.
a) Devant le Tribunal cantonal, la procédure est en principe écrite (cf. art. 27, 81 al. 1 et 3 LPA-VD). L’autorité peut, notamment (art. 29 al. 1 LPA-VD), entendre les parties (let. a), recourir à la production de documents, titres et rapports officiels (let. d), aux renseignements fournis par les parties, des autorités ou des tiers (let. e) et recueillir des témoignages (let. f). Elle n'est pas liée par les offres de preuves formulées par les parties (art. 28 al. 2 LPA-VD); elle doit examiner les allégués de fait et de droit et administrer les preuves requises, si ces moyens n'apparaissent pas d'emblée dénués de pertinence (art. 34 al. 3 LPA-VD). Sauf disposition expresse contraire, les parties ne peuvent prétendre être auditionnées par l'autorité (art. 33 al. 2 LPA-VD).
Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend notamment le droit pour l'intéressé de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 135 II 286 consid. 5.1; 135 I 279 consid. 2.3). L'autorité peut cependant renoncer à procéder à des mesures d'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de forger sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (ATF 140 I 285 consid. 6.3.1; 134 I 140 consid. 5.2; 130 II 425 consid. 2.1).
b) En l'espèce, la recourante estime que l'audition de B._, qui exerçait un étroit suivi sur ses activités, permettrait en substance d'établir que les supposées manipulations de données n'auraient pas pu échapper à la vigilance de ce dernier.
Il ressort du dossier que, dans le cadre de l'instruction des dénonciations pour violation de l'intégrité scientifique dont la recourante a fait l'objet, la commission chargée d'établir les faits a entendu à plusieurs reprises B._ en présence de la recourante (art. 34 al. 2 let. b LPA-VD). Lors de son audition du 27 mars 2017 par la commission, B._ s'est en particulier expliqué sur le rôle des différents auteurs dans la publication incriminée et la manière dont se sont déroulées les révisions de l'article (voir les deux premières questions en page 4 des minutes de cette audition). Il a en outre exposé en détail l'organisation du service qu'il dirige. La commission a en outre procédé à une deuxième audition de B._ en date du 18 octobre 2017.
Vu ce qui précède, le tribunal ne considère pas qu'une nouvelle audition de B._ soit nécessaire pour établir les faits pertinents. Il s'estime dès lors, par appréciation anticipée des preuves, suffisamment renseigné sur la base du dossier de la cause pour statuer sans donner suite à la réquisition de la recourante.
3. La recourante se plaint d'une constatation inexacte et incomplète des faits pertinents (art. 98 al. 1 let. b LPA-VD). Elle conteste tout acte intentionnel et fait valoir que les manquements constatés seraient dus à un manque de rigueur dans le travail administratif. Elle n'aurait en revanche jamais eu une volonté de tricherie. Elle soutient que les pièces du dossier ne seraient pas de nature à prouver la fabrication de données. Elle fait grief à la décision attaquée de ne pas tenir compte de différentes circonstances concernant tant l'article publié dans X._ que le projet d'article Z._. Elle n'aurait pas intentionnellement violé le principe de l'intégrité scientifique.
a) Comme le prévoit la jurisprudence en matière de contrôle judiciaire des résultats d'examens, notamment universitaires (ATF 136 I 229 consid. 6.2, traduit in JdT 2011 I 58; arrêt CDAP GE.2018.0252 du 15 mai 2019 consid. 3c et réf. citées), le tribunal de céans doit faire preuve d'une certaine retenue s'agissant d'établir des infractions au principe de l'intégrité scientifique. En effet, il appartient en premier lieu aux autorités universitaires, qui disposent de l'expertise nécessaire, d'établir l'existence de violations au principe de l'intégrité scientifique (Message du Conseil fédéral relatif à la révision totale de la loi sur l'encouragement de la recherche et de l'innovation du 9 novembre 2011, FF 2011 8089 ss, p. 8153). L'art. 26 de la loi du 14 décembre 2012 sur l'encouragement de la recherche et de l'innovation (LERI; RS 420.1) permet au Conseil fédéral de lier l'octroi d'une aide financière aux établissements de recherche du domaine des hautes écoles à l'adoption par ceux-ci de directives sur l'intégrité scientifique et à la mise en place de procédures et de sanctions pour les faire respecter.
Pour lutter contre les fraudes à l'intégrité scientifique, la Direction de l'UNIL a adopté la Directive sur l'intégrité scientifique précitée. Selon cette directive (ch. 4), les dénonciations pour soupçon de manquement à l'intégrité scientifique sont adressées au doyen de la faculté concernée, avec copie à la Direction (ch. 4.1). Les dénonciations sont ensuite transmises par l'intermédiaire du doyen au délégué à l'intégrité, lequel est désigné par le Conseil de faculté et doit disposer d'une solide expérience scientifique. Le délégué procède à un examen préliminaire à l'issue duquel il peut proposer au doyen le classement du dossier s'il estime que la dénonciation est à l'évidence non fondée, régler l'affaire à l'amiable si la violation d'éventuels intérêts est de moindre importance, ou, si le délégué est d'avis qu'il y a lieu de procéder à une investigation, désigner une commission chargée d'établir les faits (ch. 4.3). Si le doyen est d'avis qu'il y a lieu à des investigations, il peut également charger le délégué à l'intégrité de former une commission chargée d'établir les faits (ch. 4.5). Lorsqu'une telle commission est désignée, sa composition doit comprendre au moins trois membres du corps professoral. Elle procède aux investigations nécessaires dans un délai de 60 jours et peut s'adjoindre les compétences d'experts scientifiques. Elle doit notamment procéder à l'audition du dénonciateur, de la personne mise en cause ainsi que d'éventuels témoins. A l'issue de son enquête, elle rédige un rapport qu'elle adresse un doyen avec des recommandations sur le règlement de l'affaire (ch. 4.4.). Si le doyen estime que les reproches formulés sont en partie fondés, il indique dans un rapport à la Direction qui est l'auteur du manquement à l'intégrité scientifique et en quoi consiste le comportement frauduleux (ch. 4.5).
b) En l'espèce, il ressort des décisions des autorités précédentes que celles-ci se sont essentiellement fondées sur les deux rapports établis les 19 mai 2017 et le 12 février 2018 par la commission chargée d'établir les faits instituée en application de la Directive de l'UNIL sur l'intégrité scientifique pour retenir que la recourante avait intentionnellement manipulé des données scientifiques tant dans l'article publié dans X._ que dans le projet d'article Z._.
A l'instar des autorités précédentes, le tribunal ne voit pas de motif de s'écarter des faits tels qu'ils ont été établis par la commission chargée d'établir les faits. Après le premier examen par le Délégué à l'intégrité de la FBM, les deux soupçons d'infractions à l'intégrité scientifique ont fait l'objet de rapports circonstanciés de ladite commission, composée de plusieurs professeurs de la FBM, donc de personnes disposant de toute l'expertise nécessaire pour établir les faits et apprécier si ceux-ci sont constitutifs ou non de violations au principe de l'intégrité scientifique.
Contrairement à ce que soutient la recourante, ces rapports tiennent compte de l'ensemble des circonstances. Dans son premier rapport du 19 mai 2017 portant sur l'article publié dans X._, la commission chargée d'établir les faits constatait déjà que les Western Blots avaient subi des "manipulations complexes et subtiles" qui les rendaient difficilement décelables mêmes pour des professionnels aguerris (p. 5). Devant l'attitude de la recourante, qui admettait pouvoir être à l'origine de ces manipulations mais niait l'avoir fait de manière intentionnelle, la commission a estimé qu'il était peu vraisemblable que ces manipulations aient pu échapper à leur auteure et que le caractère systématique de celles-ci était difficilement conciliable avec de simples erreurs. Elle en a donc conclu que la recourante avait délibérément présenté des figures ne correspondant pas à une réalité expérimentale (rapport précité, p. 7). Même si certaines des données originales n'ont pas pu être retrouvées, la commission est arrivée à la conclusion que la duplication et l'utilisation de bandes identiques de "Western blots" sous des dénominations diverses pour la génération des différentes figures de l'article impliquaient que les résultats avaient été inventés et ne correspondaient pas à une réalité expérimentale.
Dans son rapport complémentaire du 12 février 2018 portant sur le projet d'article Z._, la commission chargée d'établir les faits s'est fondée sur un semblable faisceau d'indices à savoir la présence de onze anomalies dans des figures révélant des manipulations et fabrications qui ne peuvent pas s'expliquer par de simples erreurs. La recourante n'a en outre pas été en mesure de fournir une explication crédible sur la manière dont ont été élaborées les figures à partir des données originales. Ainsi, selon la commission, le nombre, la récurrence et la complexité des manipulations constatées permettent de conclure à une falsification intentionnelle de données scientifiques de base et à la présentation trompeuse des résultats de recherche (rapport du 12 février 2018, p. 4-5). La méthode employée – duplication et utilisation de bandes identiques de "Western blots" – est en outre identique dans les deux cas, ce qui constitue selon la commission un élément supplémentaire permettant de retenir que, dans les deux situations, la recourante a intentionnellement manipulé des données scientifiques.
Les griefs de la recourante en lien avec l'établissement des faits doivent donc être écartés.
4. La recourante soutient que la révocation de son titre universitaire violerait le principe de la légalité. Elle conteste que l'intérêt public à la prévention d'infractions à l'intégrité scientifique puisse en l'espèce prévaloir sur son intérêt privé au maintien de son grade de docteur. La révocation ne serait pas justifiée par la balance des intérêts en présence qui doit notamment tenir compte de la liberté économique de la recourante et de l'écoulement du temps. Le but réel poursuivi par la Direction de l'UNIL serait de punir la recourante en raison d'un acharnement du Professeur B._ à son encontre. La recourante fait également valoir que la décision attaquée serait contraire au principe de la proportionnalité. Ces différents moyens doivent être examinés conjointement.
a) A son ch. 4.7 "Sanctions", la Directive de l'UNIL sur l'intégrité scientifique prévoit ce qui suit:
"En cas de culpabilité retenue par la Direction selon l'article 4.6, celle-ci se réserve la possibilité de prononcer à l'encontre de l'auteur du manquement à l'intégrité scientifique des mesures destinées à y remédier telles que notamment:
· informer l'éditeur ou le périodique concerné qu'une publication est l'objet d'une violation à l'intégrité scientifique;
· annoncer au monde scientifique et académique l'existence d'une violation à l'intégrité scientifique et/ou reconnaître publiquement la contribution d'un tiers à une publication ou à une découverte;
· réduire ou suspendre un fonds de recherche mis à disposition par l'UNIL lorsque l'infraction a eu lieu dans le cadre d'un projet soutenu par elle et/ou prononcer des mesures d'encadrement et de surveillance des travaux réalisés par l'auteur du manquement à l'intégrité scientifique;
· retrait du titre universitaire lausannois à l'auteur du manquement à l'intégrité.
Sont réservées les procédures et sanctions prévues par la Directive 3.15 sur le traitement des cas de plagiat dans l'enseignement, ainsi que les dispositions légales régissant le lien contractuel existant avec l'auteur du manquement à l'intégrité."
Ni la loi du 6 juillet 2004 sur l’Université de Lausanne (LUL; BLV 414.11) ni le règlement du 18 décembre 2013 d'application de cette loi (RLUL; BLV 414.11.1) ne contiennent de disposition prévoyant expressément la possibilité pour la Direction de l'UNIL de retirer ou de révoquer un titre universitaire notamment parce qu'il aurait été obtenu de manière illicite (cf. pour un contre-exemple: ZH § 47 Universitätsgesetz du 15 mars 1998, Gesetzessammlung 415.11 qui prévoit le retrait d'un titre acquis de manière illicite ["ein unrechtmässig erworbener Titel wird durch die Instanz entzogen, die ihn verliehen hat"]). Le retrait d'un titre universitaire ne figure en outre pas parmi les sanctions disciplinaires énumérées par l'art. 77 al. 1 LUL. Or, le principe de la légalité trouve strictement application en matière disciplinaire, l'autorité ne pouvant infliger une sanction qui n'est pas prévue par la loi (cf. TF arrêt 2A_191/2003 du 22 janvier 2004 consid. 7.2; Ursula Marti/Roswitha Petry, La jurisprudence en matière disciplinaire rendue par les juridictions administratives genevoises, in RDAF 2007 I 226, 235; Dominique Favre, Les principes pénaux en droit disciplinaire, in Mélanges Robert Patry, Lausanne 1988, p. 331-332). Quoi qu'il en soit, la décision attaquée n'a pas été prise par l'autorité compétente en matière disciplinaire – soit le Conseil de discipline – mais par la Direction de l'UNIL, ce qui exclut de toute manière qu'elle puisse se fonder sur l'art. 77 LUL.
Certes, le retrait du titre universitaire de l'auteur d'un manquement à l'intégrité scientifique est prévu par le ch. 4.7 de la Directive sur l'intégrité. Toutefois, cette directive, qui est un acte interne adopté par la Direction de l'UNIL, ne saurait constituer une base légale suffisante pour pouvoir fonder à elle seule la décision de retirer un titre universitaire en raison du comportement adopté par l'auteur.
Il résulte de ce qui précède que la révocation du titre de docteur de la recourante ne peut en l'espèce se fonder sur une base légale expresse. Le contraire ne résulte d'ailleurs pas des décisions rendues par les instances précédentes qui se sont fondées sur les principes généraux (cf. infra let. b).
b) Selon la jurisprudence, une décision entrée en force qui se trouve être matériellement irrégulière peut être révoquée en application des principes généraux. Au moment de rendre sa décision, l'autorité détermine la situation de fait et y applique les dispositions légales en vigueur. Lorsque, par la suite, cette décision, qui est entrée en force, se révèle affectée d'une irrégularité initiale ou subséquente à son prononcé, que cette irrégularité soit de fait ou de droit, l'autorité a la possibilité de révoquer sa décision, dans la mesure où l'intérêt à une correcte application du droit objectif l'emporte sur l'intérêt de la sécurité du droit, respectivement à la protection de la confiance. Dans le cas contraire, il n'est en principe pas possible de révoquer la décision en cause. Cela est par exemple le cas lorsque la décision administrative fonde un droit subjectif, que la procédure qui a mené à son prononcé a déjà mis en balance les intérêts précités ou que le justiciable a déjà fait usage du droit que lui a conféré la décision. Cette règle n'est toutefois pas absolue et une révocation est également possible dans ces cas, lorsqu'un intérêt public particulièrement important l'impose (cf. ATF 143 II 1 consid. 5.1 précité; ATF 139 II 185 consid. 10.2.3 p. 202 s.; ATF 137 I 69 consid. 2.3 p. 71 s.; ATF 135 V 215 consid. 5.2 p. 221 s.; ATF 127 II 306 consid. 7a p. 313 s. et les références citées; Thierry Tanquerel, op. cit., n. 945 et 946). Une base légale n'est pas nécessaire pour procéder à la révocation d'une décision entrée en force qui était initialement viciée ou erronée puisque elle a pour but de rétablir une situation conforme au droit (Tanquerel, op. cit., n. 974, p. 334; Moor/Poltier, op.cit., p. 383). Autrement dit, une révocation sans base légale suppose en principe que la révocation n'intervienne pas pour sanctionner le comportement de l'administré mais pour corriger une décision initialement viciée ou erronée.
c) L'obtention d'un titre universitaire intervient à l'issue d'une formation et sur la base d'examens et de validations de travaux prévus par les textes règlementaires (cf. art. 78 LUL et 100 RLUL). S'agissant plus particulièrement du doctorat, il suppose la rédaction d'une thèse qui est soumise à un jury d'experts et fait l'objet d'une publication (cf. art. 102 et 103 RLUL et, plus particulièrement concernant le Doctorat en médecine et ès sciences [MD-PhD], le règlement du programme MD-PhD de l'Université de Lausanne et de l'Ecole polytechnique fédérale de Lausanne approuvé par le Conseil de faculté de la Faculté de biologie et de médecine le 28 février 2018 [Règlement MD-PhD UNIL-EPFL 2019 - FR], ainsi que par le règlement pour l'obtention du grade de doctorat ès sciences de la vie approuvé par le Conseil de faculté le 13 octobre 2016 [Règlement PhD 2017 -FR]; tous deux consultés le jour de l'arrêt sur le site de l'Ecole doctorale de la FBM [https://www.unil.ch/mdphd/home/menuguid/reglement-informations-et-fo.html]).
En application des principes rappelés ci-dessus (supra let. b), la révocation d'un titre universitaire peut être prononcée sans base légale lorsque la décision octroyant ce titre était viciée ou erronée, notamment parce que le candidat l'aurait obtenu frauduleusement (cf. Grégoire Geissbühler, Les recours universitaires, Genève – Zurich – Bâle 2016, n. 555, p. 157, pour qui une révocation des diplômes universitaires sans base légale est toutefois difficile au vu de la nécessaire pesée des intérêts et de la protection des droits de l'administré).
Une révocation sans base légale n'est donc possible que pour autant que la décision d'octroi du titre universitaire apparaisse comme étant d'emblée viciée, notamment parce qu'elle se serait fondée sur des faits qui se révèlent par la suite erronés. Le retrait ou la révocation d'un titre universitaire pour des faits qui se sont produits postérieurement à son obtention et sont donc sans rapport avec les conditions d'obtention de celui-ci n'est possible que moyennant une base légale expresse, qui n'existe pas en l'espèce (Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, vol. II, Berne 2011, p. 133 ss; Thierry Tanquerel, Manuel de droit administratif, 2ème édition 2018, Genève Zurich Bâle, n. 952, p. 335).
d) Pour déterminer si la révocation du titre de docteur de la recourante est en l'espèce justifiée au regard des principes qui précèdent, il convient dès lors de déterminer si les manipulations de données commises par la recourante en lien avec sa thèse sont de nature à entacher la décision lui conférant le titre de docteur d'une grave irrégularité. Un large pouvoir d'appréciation doit être à cet égard reconnu à l'autorité compétente – soit en l'espèce à la Direction de l'Université – pour procéder à la balance des intérêts en cause, le tribunal de céans ne pouvant revoir la décision en opportunité (art. 98 LPA-VD).
Selon les instances précédentes (arrêt de la CRUL, p. 10; décision de la Direction de l'UNIL du 6 juin 2018, p. 4), la décision octroyant à la recourante le titre de docteur serait entachée d'une irrégularité majeure parce que le travail de recherche qui a mené à son obtention présentait un manquement grave à l'intégrité scientifique commis de manière intentionnelle. Pour arriver à cette conclusion, les autorités précédentes se sont notamment fondées sur la "manipulation répétée et systématique des données scientifiques par la recourante" (arrêt de la CRUL, p. 10), respectivement le caractère "répété" des infractions commises – ce tant dans le cadre de l'article publié dans X._ que dans le cadre du projet d'article Z._ – qui démontrerait de la part de la recourante une "intention persistante de manipulations scientifiques, portant sur la fabrication, la falsification et l'invention de données et de résultats scientifiques" (décision de la Direction de l'UNIL du 6 juin 2018, p. 5). Autrement dit, les autorités précédentes ont considéré du point de vue de la balance des intérêts à opérer que les faits en lien avec les deux publications formaient un tout (projet de décision de la Direction de l'UNIL du 14 mars 2018, p. 2).
D'ailleurs, lorsqu'elle a été saisie du courrier du Doyen de la FBM du 18 août 2017 lui transmettant le rapport du 19 mai 2017 de la commission chargée d'établir les faits portant sur l'article publié dans X._ et proposant notamment de retirer à la recourante son doctorat, la Direction de l'UNIL n'a pas statué immédiatement mais a considéré qu'un complément d'expertise portant sur les faits en lien avec le projet d'article Z._ était nécessaire avant de prendre une décision dans le cadre de cette affaire. Selon la lettre de la Direction aux parties du 8 septembre 2017, ce complément d'expertise était nécessaire parce que la répétition des manquements dénoncés revêtait "une certaine importance" dans l'appréciation du dossier. Le rapport complémentaire du 12 février 2018 a notamment permis de constater l'existence de "nombreuses manipulations souvent complexes de résultats de recherche dans les figures élaborées par A._ dans le manuscrit Z._". Il résulte des conclusions de ce rapport que la commission chargée d'établir les faits a considéré que, "compte tenu du nombre, de la récurrence et de la complexité des manipulations constatées", cette constatation était de nature à renforcer sa conviction, déjà exprimée dans le rapport précédent, que la recourante s'était également rendue coupable de manipulations intentionnelles en lien avec l'article X._.
Il résulte de ce qui précède que, pour parvenir à la conclusion que la révocation du titre de docteur de la recourante était justifiée, les autorités précédentes ont non seulement tenu compte des fraudes scientifiques commises par la recourante dans le cadre de son travail de thèse (soit celles en lien avec l'article publié dans X._) mais également de celles commises postérieurement dans le cadre de son travail pour le laboratoire du Département ******** du CHUV (soit celles en lien avec le projet d'article Z._). Or, pour les raisons exposées précédemment (cf. supra consid. 4c in fine), la révocation du titre de docteur de l'intéressée ne peut être prononcée qu'à raison des faits en lien avec la délivrance de ce titre – en particulier des irrégularités décelées dans son travail de thèse. Le comportement postérieur de la recourante, notamment les violations de l'intégrité scientifique commises en lien avec des travaux de recherche subséquents effectués par la recourante alors qu'elle travaillait au CHUV, ne peut en revanche être pris en considération pour justifier la révocation de son titre de docteur. Les deux dénonciations doivent donc être distinguées du point de vue des conséquences des violations du principe de l'intégrité scientifique. Au demeurant, faute de base légale (cf. également consid. 5 ci-dessous), il est douteux que les autorités universitaires puissent prendre des mesures à l'encontre de la recourante alors que celle-ci déployait son activité au sein du Service ******** du CHUV et n'était ni une étudiante ni une collaboratrice de l'UNIL.
Compte tenu du pouvoir d'appréciation qui doit être reconnu à la Direction de l'UNIL pour déterminer si la révocation du titre de docteur se justifie uniquement au regard des faits antérieurs à l'attribution de ce titre, le tribunal de céans ne saurait se substituer à celle-ci. Il se justifie donc sur ce point d'annuler la décision attaquée et de renvoyer la cause à la Direction de l'UNIL pour nouvelle décision dans le sens des considérants sur ce point (art. 90 al. 2 LPA-VD, applicable par renvoi de l'art. 99 LPA-VD).
d) Le recours doit donc être accueilli sur ce point, la cause étant renvoyée à la Direction de l'Université de Lausanne pour qu'elle examine si la révocation du titre de docteur de la recourante se justifie uniquement en raison des violations à l'intégrité scientifique commises en lien avec l'article paru dans X._.
5. La recourante fait valoir que la communication de la décision litigieuse à la Direction du CHUV ne reposerait pas sur une base légale suffisante.
Au moment des faits, la recourante travaillait au CHUV si bien que son employeur était l'Etat de Vaud, le CHUV étant un service du département en charge de la santé ne disposant pas en tant que tel de la personnalité juridique (art. 1 et 2 de la loi du 16 novembre 1993 sur les Hospices cantonaux [LHC; BLV 810.11]). Le personnel du CHUV est soumis à la loi sur le personnel de l'Etat de Vaud, sous réserve des dispositions de la LHC ainsi que des règlements et conventions propres à certaines catégories de ses collaborateurs (art. 3a LHC). Selon les art. 1 al. 2 et 7a LHC, le CHUV et l'UNIL collaborent dans le but d'assurer leurs missions respectives d'enseignement et de recherche dans le domaine de la médecine et de la biologie. Les modalités de cette collaboration sont notamment définies dans le règlement du 16 novembre 2005 sur la gestion du domaine de l'enseignement et de la recherche en biologie et en médecine par l'Université de Lausanne, le Centre hospitalier universitaire vaudois et la Policlinique médicale universitaire (RGDER; BLV 420.25.1) ainsi que dans le règlement du 25 février 2009 sur la valorisation des résultats de recherche au sein de l'Université de Lausanne et des Hospices cantonaux (RVRR; BLV 414.11.2). Il en résulte notamment que le doyen de la FBM est également directeur de la formation et de la recherche du CHUV et qu'il siège de droit au sein de la Direction générale du CHUV (art. 4 RGDER). En outre, il a notamment pour responsabilité de coordonner la communication pour les objets concernant l'enseignement et la recherche en biologie et en médecine, en concertation avec l'Université, le CHUV et la PMU [Polyclinique médicale universitaire; actuellement: Unisanté] (art. 5 al. 1 let. d RGDER).
Ces dispositions ne prévoient toutefois pas expressément la possibilité pour l'UNIL de communiquer au CHUV les cas d'infraction à l'intégrité scientifique et les mesures prises. Or, tant le constat d'infractions au principe de l'intégrité scientifique que la révocation d'un titre universitaire constituent des données personnelles au sens de la loi du 11 septembre 2007 sur la protection des données personnelles [LPrD; BLV 172.65) qui s'applique tant à l'UNIL qu'au CHUV. Leur transmission doit donc reposer sur une base légale (art. 5 et 13 LPrD). Contrairement à ce qu'ont retenu les autorités précédentes, l'existence d'une collaboration étroite entre l'UNIL et le CHUV dans le domaine de la recherche scientifique n'est pas à elle seule suffisante; une disposition légale doit prévoir au moins la possibilité d'une communication de ces informations à l'institution qui emploie la personne concernée (voir par exemple art. 12 al. 4 LERI qui prévoit expressément une telle communication).
Il résulte de ce qui précède que le ch. IV de la décision de première instance ne repose pas sur une base légale suffisante dans la mesure où il prévoit la communication de la décision à la Direction du CHUV. Le recours doit donc être admis sur ce point et le ch. IV de la décision de première instance annulé.
6. Même si elle ne prend pas explicitement de conclusions à cet égard, la recourante conteste également la décision attaquée en ce qu'elle réserve les prétentions en dommages-intérêts.
En droit vaudois, les conclusions en responsabilité civile relèvent de la compétence des tribunaux civils, non pas du juge administratif (cf. art. 14 de la loi vaudoise du 16 mai 1961 sur la responsabilité de l'Etat, des communes et de leurs agents [LRECA; BLV 170.11]; CDAP GE.2018.0120 du 18 octobre 2018 consid. 2b; CDAP GE.2017.0170 du 15 février 2018 consid. 1a; CDAP GE.2014.0076 du 24 octobre 2014 consid. 1b; CDAP GE.2008.0205 du 4 juin 2009 consid. 3 et les références citées). Tel est en particulier le cas des prétentions qu'une corporation de droit public pourrait faire valoir contre son agent pour réparer un dommage que celui-ci lui a causé (art. 9 LRECA) ou pour recourir contre celui-ci après avoir réparé le dommage causé à un tiers (art. 10 LRECA).
Une constatation à cet égard est donc dépourvue de toute portée juridique, ce qui doit conduire à l'annulation du ch. V de la décision de la Direction de l'UNIL du 6 juin 2018.
7. Il résulte de ce qui précède que le recours doit être admis, la cause étant renvoyée en ce qui concerne la révocation du titre de docteur à la Direction de l'Université de Lausanne pour nouvelle décision dans le sens des considérants et annulée pour le surplus. Au vu des circonstances, on renoncera à percevoir un émolument (art. 49 LPA-VD). La recourante étant représentée par un mandataire professionnel, elle a droit à une indemnité à titre de dépens qui sera mise à la charge de l'Université de Lausanne (art. 55 LPA-VD).