Decision ID: e67772d2-f497-48cc-8be5-ea8180cc0ee6
Year: 2022
Language: fr
Court: VD_TC
Chamber: VD_TC_031
Canton: VD
Region: Région lémanique
Law Area: public_law

Vu les faits suivants:
A.
a) A._ (ci-après également: la société ou la recourante) est une société ayant son siège à Lavigny, dont les buts sont la gestion de déchets, le compostage, le traitement de matières organiques, la vente de produits organiques, le centre de récolte et le tri de déchets de chantier, la gestion de déchetterie, la gestion de bennes, la vente de produits recyclés, ainsi que la réalisation d'aménagements paysagers. La société est propriétaire notamment des parcelles n
os
173 et 557 de la commune de Lavigny. Ces deux parcelles sont soumises au Plan partiel d’affectation "Entre-Deux-Monts III" (ci-après également: le PPA) et à son règlement d’application du 8 février 2008 (ci-après: RPPA). Le PPA constitue une zone spéciale au sens de l’art. 50a de la loi cantonale vaudoise du 4 décembre 1985 sur l’aménagement du territoire et les constructions (LATC; BLV 700.11), dans sa version en vigueur jusqu’au 31 août 2018, lequel prévoyait que les communes pouvaient définir des zones spéciales, pour permettre l'exercice d'activités spécifiques (sports, loisirs, extraction de gravier, etc.) dont la localisation s'imposait hors de la zone à bâtir, et qui étaient prévues dans le cadre fixé par les plans directeurs. Dans le guichet cartographique cantonal, la surface occupée par les parcelles n
os
173 et 557 est qualifiée de "zone affectée à des besoins publics (15 LAT)".
Le PPA "Entre-Deux-Monts III" a pour but de permettre aux exploitants du secteur d’utiliser rationnellement la place à disposition en y exerçant des activités de paysagiste-pépiniériste, de traitement de déchets organiques (compostage et production de biogaz) et de gestion de la déchetterie communale. Le RPPA prévoit que la zone soumise au PPA est divisées en 9 aires, qui sont les suivantes: aire de compostage, aire de stockage, aires
constructibles
, aire de la déchetterie communale, aire de la réserve d’eau, aire de verdure, aire de la pépinière, aire de promotion, accès et parcage. L’art. 7 RPPA prévoit que les aires constructibles se subdivisent en trois secteurs, à savoir celui en liseré rose sur le PPA où la cote maximale des constructions est fixée à 540 m., celui en liseré et hachures roses où la cote maximale des constructions est fixée à 533 m. et enfin celui en liseré et pointillés roses où cette cote est fixée à 530 m. (cf. également les profils A-A’-A’’, B-B’ et C-C’ du plan partiel d’affectation).
A._ fait partie des installations régionales de traitement des déchets en tant que compostière régionale, pour les périmètres "La Côte" et "Ouest" selon la liste des organismes de coordination et des installations régionales de traitement des déchets établie en septembre 2017 par le Département du territoire et de l’environnement et la Direction générale de l’environnement.
A._ exploite depuis 1992 la compostière régionale de Lavigny. Par la suite, elle a ajouté à ses infrastructures une installation de biogaz. Le développement de ses installations s’est poursuivi en plusieurs étapes, à savoir notamment: réalisation d’une installation de méthanisation "Kompogas" (permis de construire délivré le 17 mars 2006), construction d’une halle de maturation de compost fermée avec traitement de l’air ambiant (permis délivré le 5 mars 2008), construction d’un silo de stockage du liquide de compost (permis délivré le 9 octobre 2013), construction d’un bâtiment abritant deux unités de post-traitement de biogaz avec production de chaleur et d’électricité, construction d’une unité de criblage fixe pour le compost en remplacement d’une unité mobile (permis délivré le 9 juillet 2014), construction de deux hangars destinés au stockage de déchets avec panneaux photovoltaïques sur les deux toitures (permis délivré le 30 septembre 2014).
b) Le 20 juillet 2018, la Commune a délivré un permis de construire (n° CAMAC 171’694) à A._ portant sur des travaux de transformation de la place de compostage, en particulier sur la construction d’une halle d’affinage du compost et installation d’un système de traitement de l’air, la création d’un sas de chargement du compost, la construction d’un couvert de liaison avec traitement de l’air et brumisateur entre la zone d’affinage et le digesteur, ainsi que l’installation d’un système de traitement de l’air de la galerie des Cosmodômes (ces derniers ont pour but de confiner les zones de fermentation pour permettre un traitement de l’air efficace) et encore l’installation d’un système de tri optique des matières plastiques présentes dans les matières organiques.
c) A._ a mandaté le Bureau d’études B._, ingénieurs – géomètre officiel (ci-après: le Bureau d’études B._) afin d’étudier la rationalisation de la gestion des eaux pluviales suite aux transformations effectuées en 2019. Le Bureau d’études B._, a rendu son rapport le 31 octobre 2019, intitulé "Gestion des eaux météoriques liées aux transformations effectuées depuis 2017". Il en ressort qu’actuellement, le site contient au nord-est, sur la parcelle n° 173, un bassin de sécurité de 1’300 m
2
et un bassin amortisseur et de repompage de 300 m
2
, servant à récolter et stocker les parties liquides provenant du processus de méthanisation ainsi qu’à stocker les eaux météoriques (qui sont également infiltrées dans le sol ou dirigées vers le réseau public d’eau claires en fonction du degré de saturation en matière organique). Ces deux bassins se situent dans l’aire de la réserve d’eau, au sens des art. 13 et 14 RPPA. Il est relevé dans le rapport qu’à la suite des travaux susmentionnés de réorganisation de la place de compostage (le projet étant pratiquement terminé), le régime hydrique des eaux de surface a été modifié, de même que les besoins en eau pour le processus de fabrication du compost et que les bassins existants ne sont plus adaptés. Il est exposé que fort de ces constats, A._ souhaite réorganiser et réaffecter l’espace dévolu à ces bassins. Il est ainsi prévu de supprimer les bassins amortisseur et de sécurité et de construire à la place un silo couvert afin de contenir les liquides de digestat, une installation de traitement de biogaz et de modifier le système de gestion des eaux de surface avec la construction d’un séparateur d’hydrocarbures, d’un bassin de rétention et d’un système d’infiltration des eaux à travers toutes les couches biologiquement actives du sol. Selon le rapport, ces modifications doivent également permettre de supprimer la source potentielle d’odeurs que sont les bassins actuels. Le rapport conclut qu’avec le projet de remplacement des bassins actuels par un bassin de rétention de 150 m
2
et un système d’infiltration des eaux à travers les couches biologiquement actives du sol, aucun déversement d’eau supplémentaire n’est prévu dans le réseau des eaux claires de la route cantonale aboutissant au Boiron, que dans les cas extrêmes en cas de débordement du bassin, une 2
ème
surface d’infiltration est disponible pour empêcher tout déversement dans le Boiron, et que la stabilité des talus en amont de la route cantonale reste assurée.
Le 1
er
novembre 2019, A._ a déposé une nouvelle demande de permis de construire auprès de la Commune de Lavigny, portant sur la construction d’un silo, d’un bassin et d’une installation de traitement de biogaz (n° CAMAC 190’859), sur la parcelle n° 173, en particulier dans l’aire de la réserve d’eau au sens des art. 13 et 14 RPPA. L’application d’une dérogation à l’art. 13 RPPA "Entre-Deux-Monts III" (concernant l’aire de la réserve d’eau) était demandée. Avec la demande, A._ a notamment annexé un plan de géomètre et un plan de situation du 31 octobre 2019 avec façades et coupes (ci-après : le plan de situation), ainsi que des images de synthèse et photomontage pour rendre compte des dimensions du silo, lequel fait 14 m. de haut et atteint la cote d’altitude de 540 mètres. Il ressort du plan de situation que le silo peut contenir un volume de liquides maximal de 1’884 m
3
et un volume de gaz maximal de 1’930 m
3
. A._ a également produit, avec la demande de permis de construire, le rapport du 31 octobre 2019 du Bureau d’études B._ ainsi qu’un rapport d’étude hydrogéologique et de gestion des eaux claires du 24 juillet 2019 établi par C._.
Par courrier du 27 novembre 2019, la Municipalité de Lavigny a fait savoir à A._ qu’elle avait soumis sa demande au bureau D._, pour vérification de la conformité du projet, lequel avait rendu son rapport le 19 novembre 2019. Il en ressortait que plusieurs éléments du projet relèvent du pouvoir d’appréciation de la Municipalité. En particulier, il est relevé les éléments suivants:
-
la demande de dérogation à l’art. 13 RPPA correspond à une dérogation à la destination du secteur "aire de la réserve d’eau". Selon les auteurs du rapport, une telle dérogation ne paraissait pas justifiée et une modification du PPA était nécessaire, car dans le cas contraire une opposition au projet aurait toutes les chances d’aboutir;
-
Le silo a une hauteur de plus de 10 mètres, ce qui nécessite une autorisation de la Municipalité selon l’art. 66 du Règlement communal du 23 novembre 1994 sur le plan d’affectation et la police des constructions de la Commune de Lavigny (ci-après: Le RPAC);
-
Les matériaux apparents et revêtements principaux devaient être approuvés par la Municipalité sur la base d’échantillons avant l’exécution;
-
Une demande d’autorisation pour l’abattage des arbres devait être soumise à la Municipalité.
-
Les auteurs du rapport relevaient que le projet prévoyait plusieurs infrastructures d’importance dans l’aire de la réserve d’eau, et en dehors des surfaces constructibles, ce qui ne correspondait pas à la destination de la zone.
La Municipalité indiquait à A._ qu’avant de se prononcer sur ces points, elle souhaitait pouvoir constater l’avancement et la bienfacture des travaux réalisés dans le cadre du projet de réorganisation de la place de compostage (n° CAMAC 171'694). La Municipalité demandait également à A._ de lui indiquer à quelle date elle pourrait mandater une entreprise afin de vérifier l’étanchéité des installations.
Dans un courrier du 1
er
décembre 2019, A._ a demandé à la Municipalité l’autorisation d’abattage de quelques arbres situés dans le cordon boisé, comme indiqué sur le plan déposé pour la mise à l’enquête du projet. La société précisait qu’il était prévu que les végétaux seraient remplacés dans les espaces du bassin comblé en cas de réalisation du projet.
Dans un second courrier du 1
er
décembre 2019, A._ a indiqué à la Municipalité avoir soumis le rapport du Bureau D._ pour analyse au bureau d’ingénieur E._ (auteur du plan de situation avec façades et coupes du 31 octobre 2019 annexé au projet n° CAMAC 190'859) et a produit le rapport d’analyse du 30 novembre 2019 rédigé par ce dernier. La société relevait également avoir mandaté, à la demande de la Municipalité, dans le cadre du projet n° CAMAC 171'694, le bureau F._ afin de réaliser les mesures et analyses du système de traitement de l’air; A._ indiquait que ce bureau effectuerait lesdites mesures en décembre. Quant à la nécessité de modifier le PPA, la société estimait que cela n’avait pas de sens dès lors que la destination du projet était en lien direct avec l’activité autorisée. Elle relevait également que toutes les installations projetées avaient pour but le traitement de fluides et seraient construites dans une aire destinée à stocker un fluide. Enfin la société exposait que selon elle, l’ensemble des travaux projetés aurait globalement un impact favorable sur la maîtrise des odeurs et du bruit pour les habitants situés au nord de la parcelle. La société faisait finalement savoir à la Municipalité qu’elle souhaitait que sa demande de permis de construire puisse être mise à l’enquête publique dans les plus brefs délais.
Le 4 décembre 2019, la Municipalité a répondu à A._ que concernant la vérification du système de traitement de l’air, elle souhaitait recevoir le protocole à l’avance, ajoutant que les mesures devaient être réalisées par une entreprise tierce et en présence d’une délégation de la Municipalité. Elle rappelait qu’avant de mettre le projet n° CAMAC 190’859 à l’enquête publique, elle souhaitait pouvoir constater l’avancement et la bienfacture des travaux réalisés dans le cadre de la réorganisation de la place de compostage (n° CAMAC 171’694), ceci afin d’avoir les éléments nécessaires pour pouvoir répondre aux éventuelles questions de la population concernant le nouveau projet.
Dans un courrier du 14 décembre 2019, A._ a fourni à la Municipalité une "Note préalable à la réception sur la mise en service des installations" rédigée par F._, dans le projet n° CAMAC 171'694, portant sur les travaux de la phase I concernant les bâtiments G1 (dédié à l’affinage et hall de distribution) et G2 (Compodômes II). La note indiquait qu’un rapport plus complet allait être fourni mais qu’en l’état, la conformité des constructions aux exigences contractuelles de confinement et de traitement de l’air de plusieurs éléments (notamment étanchéité de l’enveloppe des bâtiments, constitution des ouvertures, essais des ventilateurs satisfaisants, traitement de l’air vicié dûment constaté) pouvait déjà être constatée. La note relevait toutefois des réserves sur certains aspects des constructions. A._ précisait encore que le solde des travaux liés au permis de construire n° CAMAC 171’694 (travaux de la phases 2) commencerait en mars 2020 (construction de la halle de réception des tournées vertes, du lavage des poubelles, et construction d’un digesteur) et répétait qu’elle souhaitait que le permis de construire n° CAMAC 190’859 soit délivré rapidement car les travaux en cause devraient être réalisés en même temps que ceux de la phase 2 susmentionnée compte tenu de leurs liens étroits.
Dans un courriel du 27 février 2020, G._ du bureau F._ a écrit à A._ que suite à sa visite sur place le jour précédent, il était convenu que ledit bureau documenterait la réception des phases 1 et 2 relatives au permis de construire n° CAMAC 171’694 et qu’A._ mandaterait d’ici fin mars un laboratoire pour contrôler les performances des trois nouvelles tours de désodorisation.
A._ a transmis ce courriel à la Municipalité de Lavigny le 2 mars suivant en lui demandant de mettre à l’enquête le projet n° CAMAC 190’859, relevant que la quasi-totalité des travaux de la phase 1 du projet n° CAMAC 171’694 seraient bientôt terminés. La société ajoutait que l’ingénieur conseil de la Municipalité avait relevé la bienfacture de l’ouvrage et que le bâtiment était étanche.
Dans un courrier du 28 avril 2020, la Municipalité a répondu à A._ l’avoir déjà informé que le projet n° CAMAC 190’859 était non conforme au PPA, et ajouté que la construction liée au dossier n° CAMAC 171’694 n’était pas terminée. Elle relevait par ailleurs que ce dernier projet avait été présenté comme nécessaire et suffisant pour assurer une exploitation optimale du site tout en supprimant les nuisances olfactives. La Municipalité estimait dès lors que la mise à l’enquête du projet n° CAMAC 190’859 comportait des risques d’oppositions et demandait à l’entreprise si elle souhaitait tout de même le mettre à l’enquête.
B.
La mise à l’enquête du projet n° CAMAC 190’859 a finalement eu lieu du 16 mai au 14 juin 2020. Il y était notamment indiqué que le projet impliquait l’abattage d’arbres ou de haies. Plusieurs oppositions ont été formulées. Dans leurs oppositions du 8 juin 2020, H._ et I._ ainsi que J._ et K._ relevaient que des travaux étaient en cours depuis plusieurs mois pour contenir les émanations d’odeurs qui étaient sources de nuisances pour la population de Lavigny et demandaient qu’avant d’autoriser toute augmentation de la capacité de production du site, l’on attende la fin des travaux actuels et la mise en service complète des nouvelles installations, afin de permettre l’évaluation des nuisances olfactives à ce stade. L’opposition de L._ du 11 juin 2020 allait dans le même sens.
Le 2 octobre 2020, la centrale des autorisations en matière de construction (CAMAC) a rendu sa synthèse. L’ensemble des autorisations spéciales a été accordée, sous réserves du respect de conditions impératives. Dans son préavis, la DGE/DIREV-ARC a notamment relevé ce qui suit :
Emissions d’odeurs:
Le projet permet d’éliminer deux sources potentielles d’odeurs que sont les terpènes issus de l’installation de traitement de biogaz et les bassins amortisseurs et de sécurité.
En ce sens, le projet amène une plus-value positive dans la maîtrise des odeurs conformément à l’art. 4 OPair (limitation préventive des émissions). La DGE/DIREV-ARC le préavise donc positivement.
Le 23 novembre 2020, la Municipalité de Lavigny a organisé une séance de conciliation entre les opposants au projet et A._. A l’issue de cette séance, les oppositions ont été maintenues. Les opposants faisaient valoir que tant que l’efficacité des mesures de maîtrise des nuisances olfactives n’étaient pas attestées au terme des travaux en cours dans le cadre du projet n° CAMAC 171’694, les dérogations demandées ne devaient pas être octroyées et de nouvelles extensions ne pouvaient pas envisagées.
Dans un courriel du 25 novembre 2020 à la Municipalité, E._ a précisé qu’actuellement, l’aire de la réserve d’eau était occupée par des étangs artificiels munis de bâches pour assurer la rétention d’eau; il précisait s’agissait d’ouvrages construits et non de simples aménagements car le terrain avait été creusé et des nattes d’étanchéité posées. Il exposait encore que le projet mis à l’enquête portant le n° CAMAC 190’859 prévoyait que les nouvelles constructions auraient des murs en béton, afin de retenir l’eau mélangée à des éléments organiques. Il estimait dès lors que ces contenants étaient conformes à l’aire de la réserve d’eau, car il s’agissait de construire des ouvrages contenant des fluides, et que l’interprétation du bureau D._ qui les estimait non conformes à la destination de la zone était trop rigoriste. Il exposait encore que l’installation de traitement de biogaz n’était pas un bâtiment, mais un ouvrage technique consistant en la juxtaposition de containers et de tuyaux et que cet ouvrage n’était pas soumis à la législation concernant l’implantation d’une construction immobilière pérenne.
C.
Par décision du 7 janvier 2021, la Municipalité a refusé de délivrer le permis de construire au motif que le projet n° CAMAC 190’859 n’était pas conforme à la destination de l’aire de la réserve d’eau telle qu’elle résultait de l’art. 13 RPPA. De plus, le RPPA ne prévoyait pas la possibilité d’accorder des dérogations au sens l’art. 85 LATC. Au demeurant, une dérogation ne pouvait pas être accordée selon la Municipalité, faute de motif objectif suffisant pour déroger à la destination de la zone. La Municipalité estimait enfin qu’il était nécessaire d’adapter le PPA pour que le projet puisse être réalisé et invitait A._ à prendre contact avec elle pour entamer les démarches nécessaires à cet égard.
Dans des courriers du 14 janvier 2021, la Municipalité a informé les opposants qu’elle ne délivrerait pas le permis de construire.
D.
Par acte du 8 février 2021, A._ a recouru devant la Cour de droit administratif et public (CDAP) du Tribunal cantonal contre la décision du 7 janvier 2021, en concluant à sa réforme en ce sens que le permis de construire un silo, un bassin et une installation de traitement de biogaz sur la parcelle n° 173 de Lavigny, lui soit accordé. Elle fait valoir qu’entre l’état de la technique prévalant en 2007, lorsque le PPA a été adopté et celui existant actuellement, la situation a évolué, en particulier suite aux importants travaux réalisés pour couvrir les espaces dans le but de réduire les nuisances, ce qui a rendu obsolètes les deux bassins tels qu’ils existent actuellement dans l’aire de la réserve d’eau. La recourante fait encore valoir que le bassin et le silo prévus sont conformes à la destination de l’aire de la réserve d’eau, car ces deux constructions sont en relation directe avec la nécessité de gérer les liquides de la compostière: d’abord le bassin de réserve de stockage des eaux de surface remplace le bassin existant actuellement, de sorte qu’il est absolument conforme à la destination de l’aire et devrait donc être autorisé. Quant au silo, il a pour but de remplacer le bassin actuel de récolte de "jus de compost", ce qui améliorerait grandement la situation puisqu’il s’agit d’un bassin avec des murs verticaux en béton sur lesquels seront disposées des bâches en plastique, ce qui permettrait de réduire les éventuelles nuisance olfactives; la recourante souligne que ce fait a été relevé par le bureau d’ingénieur B._ et par la DGE/DIREV/ARC dans son autorisation spéciale (cf. synthèse CAMAC du 2 octobre 2020). En ce qui concerne l’installation de traitement du biogaz, la recourante reconnaît qu’elle ne concerne pas la gestion des eaux nécessaires à l’exploitation, mais elle estime que cette installation reste néanmoins conforme au PPA. Elle relève que l’art. 21 RPPA permet une certaine flexibilité dans la délimitation des aires, que la pratique de la Municipalité est souple à cet égard et que plusieurs constructions ont été autorisées par le passé alors qu’elles n’entraient pas strictement dans la définition des aires. La recourante ajoute que la réalisation de l’installation de traitement de biogaz à l’endroit prévu respecte le but du PPA. A._ fait encore valoir que l’emprise de cette installation sur l’aire est réduite et qu’elle est pour l’essentiel démontable. Quoi qu’il en soit, la recourante estime que si les travaux devaient être considérés comme non conformes à l’aire de la réserve d’eau, la Municipalité aurait la possibilité d’accorder une dérogation, comme elle l’a déjà fait par le passé lorsqu’elle a délivré des permis de construire à la société pour lui permettre de s’adapter dans divers domaines. La recourante relève encore que l’art. 69 RPAC permet d’octroyer des dérogations aux conditions de l’art. 85 LATC. Elle produit notamment une copie du RPAC.
Dans sa réponse du 19 avril 2021, la Municipalité conclut au rejet du recours, estimant que ni le silo, relevant que ce dernier mesure 14 mètres de haut, ni l’installation de traitement de biogaz ne sont conformes à l’affectation de la zone où leur construction est prévue, celle-ci étant destinée au bassin de stockage des eau et ne prévoyant pas d’installations hors sol, d’autant moins si elles atteignent une telle hauteur. La Municipalité répète qu’à son sens, une adaptation du PPA est nécessaire pour intégrer une destination correspondant aux installations que la société recourante souhaite mettre en place, ce dont la recourante serait consciente puisqu’elle a d’ores et déjà sollicité une modification du PPA, comme cela ressortirait d’un courrier du 24 mars 2021 d’A._ à la Municipalité, que cette dernière produit. Quant à la question d’une dérogation, la Municipalité est d’avis qu’elle ne peut pas être accordée, le PPA ne prévoyant pas de disposition permettant d’accorder de telles dérogations. Avec sa réponse, la Municipalité produit notamment une lettre de la recourante du 24 mars 2021 dans laquelle celle-ci demandait à pouvoir rencontrer la Commune afin de relancer la procédure de révision et d’extension du PPA IV.
Dans ses déterminations du 21 juin 2021, la recourante répète ses arguments concernant la conformité à la destination de l’aire du bassin et du silo. S’agissant de l’installation de traitement de biogaz, elle précise qu’elle a pour but de compléter le système d’épuration existant déjà dans le bâtiment ECA 546, ajoutant que cette extension est nécessaire en raison de l’augmentation des matières organiques à traiter et répétant que la DGE a préavisé favorablement les nouvelles constructions. La recourante ajoute que l’adaptation des installations à la progression des besoins fait partie intégrante d’une telle structure et qu’il y a en l’occurrence nécessité à réaliser les trois installations. Elle estime par ailleurs que la Municipalité a la possibilité d’accorder une dérogation en ce qui concerne l’installation de traitement du biogaz. Elle est encore d’avis que l’exigence de révision du PPA est disproportionnée compte tenu des démarches administratives de longue haleine que cela implique et ajoute qu’elle n’a nullement reconnu la nécessité d’une telle révision, exposant que sa demande du 2 mars 2021 ne visait que l’extension du PPA à la parcelle 172 et non la présente problématique. A titre de mesures d’instruction, la recourante demande la production des échanges concernant la révision du PPA depuis juillet 2014 et la mise en œuvre d’une inspection locale.
Dans sa duplique du 22 juillet 2021, la Municipalité maintient ses arguments et conclusions. Elle produit une nouvelle demande de permis de construire n° CAMAC 205’331 déposé le 8 juillet 2021 par A._ portant sur la construction d’une installation de traitement de biogaz sur la parcelle n° 557. Cette demande est accompagnée d’un courrier du 9 juillet 2021 dans lequel l’entreprise explique que le projet consiste à déplacer l’unité d’épuration du biogaz faisant l’objet de l’enquête n° CAMAC 190’859 à un emplacement (sous un couvert existant) où aucune dérogation ne sera nécessaire. Elle précise toutefois que ce nouvel emplacement n’est pas satisfaisant car il occupe une place initialement destinée au stockage de co-substrats et de terreaux. L’entreprise indique toutefois garder l’espoir que la Municipalité revoie sa décision au sujet du permis de construire n° CAMAC 190’859 et que compte tenu du délai de commande du matériel qui était d’une année, il serait finalement possible de poser l’installation à l’endroit prévu dans ce dernier projet.
Dans un courrier du 10 septembre 2021, le juge instructeur a indiqué aux parties que sur la base d’un examen sommaire du dossier, une inspection locale n’apparaissait pas nécessaire, l’avis contraires des juges assesseurs étant réservé.
E.
La Cour a statué par voie de circulation.

Considérant en droit:
1.
Déposé dans le délai de trente jours suivant la notification de la décision attaquée, le recours a été interjeté en temps utile (cf. art. 95 de la loi cantonale vaudoise sur la procédure administrative [LPA-VD; BLV 173.36]) et respecte les autres conditions formelles prévues par la loi (cf. art. 79 LPA-VD notamment), de sorte qu’il y a lieu d’entrer en matière au fond.
2.
Le litige porte sur le point de savoir si c’est à juste titre que la Municipalité de Lavigny a refusé de délivrer à A._ le permis de construire un bassin, un silo et une installation de biogaz dans l’aire de la réserve d’eau au sens du PPA "Entre-Deux-Monts III" (n° CAMAC 190’859).
La recourante est d’avis que le permis de construire doit lui être délivré car le bassin et le silo sont conformes à l’aire de la réserve d’eau, dès lors que ces constructions ont pour but la gestion des eaux nécessaires à l’exploitation. Quant à l’installation de traitement de biogaz, la recourante admet qu’elle ne vise pas la gestion des eaux, mais estime qu’elle est néanmoins conforme au PPA, dès lors que l’art. 21 RPPA permet une certaine flexibilité dans la délimitation des aires, relevant par ailleurs que la Municipalité aurait accordé par le passé plusieurs dérogations dans le cadre de demandes de permis de construire.
a) Il convient de rappeler que, d’après une jurisprudence constante, la municipalité jouit d’un certain pouvoir d’appréciation dans l’interprétation qu’elle fait des règlements communaux. Elle dispose notamment d’une latitude de jugement pour interpréter des concepts juridiques indéterminés dont la portée n'est pas imposée par le droit cantonal; ainsi, dans la mesure où la lecture que la municipalité fait des dispositions du règlement communal n'est pas insoutenable, l'autorité de recours s'abstiendra de sanctionner la décision attaquée (CDAP AC.2020.240 du 10 février 2021 consid. 2; AC.2018.0264 du 13 juin 2019 consid. 4b et les références citées). Le Tribunal fédéral a confirmé que la municipalité dispose d'une importante latitude de jugement pour interpréter son règlement, celle-ci découlant de l'autonomie communale garantie par l'art. 50 al. 1 de la Constitution fédérale (Cst.; RS 101; TF 1C_340/2015 du 16 mars 2016 consid. 4.3). Selon le Tribunal fédéral, l'autorité cantonale de recours n'est toutefois pas définitivement liée par l'interprétation faite d'une disposition réglementaire communale et peut adopter une autre interprétation si celle-ci repose sur des motifs sérieux, objectifs et convaincants, tirés du texte ou de la systématique de la norme, de sa genèse ou de son but (TF 1C_114/2016 du 9 juin 2016 consid. 5.4; 1C_138/2010 du 26 août 2010 consid. 2.6).
b) Les art. 1 et 2 RPPA, qui concernent l’aire de compostage, prévoient ce qui suit:
Art. 1 Destination:
Cette aire est réservée à la production de compost et de biogaz, c’est-à-dire à l’entreposage, au broyage, brassage et criblage des matériaux compostables. Elle sera rendue étanche.
Art. 2 Installations:
Les bâtiments y sont interdits; seule la construction d’installations nécessaires liées à la production du compost et du biogaz est autorisée (arrosage, mur, fosse, digesteur, halle de compostage automatisée, traitement des lavues, stockage des jus, épuration de biogaz, etc.). Leur hauteur est délimitée à la cote maximale de 540 m.
Des mesures seront prises afin de limiter au maximum les nuisances olfactives et la prolifération excessive d’insectes comme, par exemple, les mouches.
Les art. 13 et 14 RPPA, consacrés à l’aire de la réserve d’eau, sont libellés en ces termes:
Art. 13 Eaux de surface:
Dans cette aire sont aménagés deux bassins de stockage de toutes les eaux de surface provenant du périmètre du présent plan partiel d’affectation à l’exception des eaux provenant de l’aire de la pépinière, de l’aire de promotion et de l’aire d’accès et parcage. Ces eaux y sont conduites via le bassin réalisé sur la parcelle 173. Cette réserve d’eau est destinée à l’arrosage du compost en formation, ainsi qu’occasionnellement à l’arrosage des plantations de la pépinière. Le trop plein des bassins se déverse dans une tranchée filtrante étanche; son utilisation doit être exceptionnelle.
Art. 14 Protection:
Les eaux stockées étant relativement chargées (jus de compost), toutes les précautions doivent être prises pour éviter l’accès au plan d’eau (barrière, grillage à mailles serrées pour la petite faune).
Les art. 20 et 21 RPPA étant pour leur part des règles applicables à l’ensemble du plan partiel d’affectation, prévoient ce qui suit:
Art. 20 Interdiction de bâtir:
Hormis les aires des constructions, le plan est caractérisé par l’interdiction de bâtir.
Art. 21 Représentation graphique des aires:
Hormis les aires de constructions,
la représentation graphique des diverses aires est schématique; leur situation peut être légèrement adaptée en fonction de l’organisation de l’exploitation de la place.
c) En l’occurrence, la Municipalité est d’avis que ni le silo, ni l’installation de traitement de biogaz ne sont conformes à la destination de l’aire de la réserve d’eau.
Il est admis par les deux parties que l’installation de traitement de biogaz n’est pas conforme à l’aire de la réserve d’eau. La recourante est d’avis que cette installation serait néanmoins conforme au plan partiel d’affectation, dès lors que l’art. 21 RPPA permet une certaine flexibilité dans la délimitation des aires, dont la Municipalité aurait déjà fait usage par le passé.
Selon l’art. 2 RPPA, la construction d’installations nécessaires liées à la production du compost et du biogaz, notamment à l’épuration du biogaz, est autorisée dans l’aire de compostage, qui est située à côté de l’aire de la réserve d’eau. Or, le projet de la recourante prévoit que l’installation d’épuration du biogaz serait construite entièrement et uniquement dans l’aire de la réserve d’eau, ce qui reviendrait à supprimer environ un tiers de l’aire de la réserve d’eau au profit d’une installation qui devrait prendre place dans l’aire de compostage, étendant ainsi cette dernière aire dans une mesure non négligeable. Dans ces circonstances, il apparaît que la Municipalité n’a pas abusé de son large pouvoir d’appréciation dans l’interprétation de son Règlement en considérerant que la construction de l’installation de traitement du biogaz dans l’aire de la réserve d’eau excédait une "légère adaptation" de la représentation graphique des aires de compostage et de la réserve d’eau au sens de l’art. 21 RPPA. Le fait que la Municipalité ait par le passé usé du pouvoir d’appréciation que lui octroie cette dernière disposition pour autoriser la mise en place d’autres installations sur le site n’y change rien.
Quant au silo, il vise certes à stocker du liquide de compost (notamment). Cependant, selon le RPPA, le silo doit être considéré comme une construction (cf. 9 RPPA qui qualifie expressément les silos métalliques de constructions) et ne peut dès lors prendre place que dans l’une des aires de constructions du site, vu la teneur des art. 20 et 21 RPPA. On relèvera que contrairement à ce qui prévaut pour les autres autres aires que celles dédiées aux constructions, l’art. 21 RPPA ne prévoit pas que la représentation graphique des aires de construction est schématique. Par ailleurs, l’art. 20 RPPA prévoit que les constructions doivent prendre place dans les aires de constructions. Ces dispositions ne laissent donc pas de marge d’appréciation à la Municipalité pour autoriser des constructions à d’autres endroits que ceux prévus à cet effet par le RPPA. Il en découle que le silo ne peut pas prendre place dans l’aire de la réserve d’eau, à la lumière des dispositions précitées. On ajoutera que le profil D-D’ du PPA concernant l’aire de la réserve d’eau ne prévoit aucune cote d’altitude maximale pour des constructions dans cette aire, précisément puisque le PPA et le RPPA n’autorisent pas de constructions à cet endroit.
S’agissant du nouveau bassin prévu par le projet, il n’apparaît pas qu’il serait contraire à l’aire de la réserve d’eau. La Municipalité ne le soutient d’ailleurs pas.
Vu ce qui précède, au regard des art. 2, 20 et 21 RPPA, c’est de manière soutenable que la Municipalité a considéré que l’installation de traitement de biogaz et le silo ne pouvaient pas prendre place dans l’aire de la réserve d’eau, ainsi que le prévoit le projet de la recourante.
Il convient dès lors d’examiner si tel peut être le cas moyennant l’octroi d’une dérogation par la Municipalité, question qui est examinée à présent.
3.
A cet égard, la recourante estime que la Municipalité a la possibilité d’accorder une dérogation sur la base de l’art. 69 RPAC – qui renvoie à l’art. 85 LATC – comme elle l’aurait d’ailleurs déjà fait par le passé lorsqu’elle lui a délivré des permis de construire pour lui permettre de s’adapter dans divers domaines. La recourante cite à cet égard plusieurs cas dans lesquels la Municipalité lui aurait accordé des dérogations; elle en conclut que ces exemples démontreraient que la Municipalité considère qu’il n’est pas nécessaire que le RPPA prévoie la possibilité d’accorder une dérogation pour que tel soit le cas.
L’autorité intimée est quant à elle d’avis qu’elle ne peut pas accorder des dérogations dans le cadre du PPA car le RPPA ne prévoit pas cette possibilité. Quant à l’art. 69 RPAC, il ne s’applique selon elle pas au PPA faute de renvoi du RPPA au RPAC. Par ailleurs, la Municipalité ajoute que la recourante ne peut pas se prévaloir d’un droit à l’égalité dans l’illégalité et que même si l’octroi d’une dérogation était sur le principe possible, elle ne saurait être exigée, dès lors qu’il s’agirait d’une faculté et non pas d’une obligation, ajoutant que la condition d’une dérogation aussi importante et fondamentale que celle demandée en l’espèce ne serait pas justifiée.
a) Aux termes de l'art. 85 LATC, dans la mesure où le règlement communal le prévoit, des dérogations aux plans et à la réglementation y afférente peuvent être accordées par la municipalité pour autant que des motifs d'intérêt public ou des circonstances objectives le justifient. L'octroi des dérogations ne doit pas porter atteinte à un autre intérêt public ou à des intérêts prépondérants de tiers (al. 1). Ces dérogations peuvent être accordées à titre temporaire ou définitif et être assorties de conditions et charges particulières (al. 2).
Selon la jurisprudence, les dispositions dérogatoires, telles que l'art. 85 LATC, ne doivent pas nécessairement être interprétées de manière restrictive, mais selon les méthodes d'interprétation ordinaires. Une dérogation importante peut ainsi se révéler indispensable pour éviter les effets rigoureux de la réglementation ordinaire. En tous les cas, la dérogation doit servir la loi ou, à tout le moins, les objectifs recherchés par celle-ci: l'autorisation exceptionnelle doit permettre d'adopter une solution reflétant l'intention présumée du législateur s'il avait été confronté au cas particulier. L'octroi d'une dérogation suppose une situation exceptionnelle et ne saurait devenir la règle, à défaut de quoi l'autorité compétente pour délivrer des permis de construire se substituerait au législateur cantonal ou communal par le biais de sa pratique dérogatoire. Il implique une pesée entre les intérêts publics et privés de tiers au respect des dispositions dont il s'agirait de s'écarter et les intérêts du propriétaire privé à l'octroi d'une dérogation, étant précisé que des raisons purement économiques ou l'intention d'atteindre la meilleure solution architecturale, ou encore une utilisation optimale du terrain, ne suffisent pas à elles seules à justifier une dérogation (cf. ATF 112 Ib 51 consid. 5; TF 1C_452/2020 du 23 mars 2021 consid. 4.3; 1C_104/2020 du 23 septembre 2020 consid. 3.2; TF 1C_257/2019 du 24 avril 2020 consid. 4.1 et les références; voir aussi AC.2020.0350 du 2 juin 2021 consid. 2d; AC.2020.0121 du 7 janvier 2021 consid. 2d et les références citées). La clause dérogatoire est une émanation du principe de la proportionnalité. Elle ne peut porter atteinte à des intérêts publics importants ou heurter des intérêts privés prépondérants; elle doit résulter d'une pesée globale des intérêts en présence, prenant en compte l'ensemble des circonstances. Confrontée à l'octroi ou au refus d'une dérogation, l’autorité de recours devra se limiter à sanctionner un abus ou un excès dans le pouvoir d'appréciation de la municipalité (cf. AC.2021.0243 du 21 octobre 2021 consid. 2; AC.2019.0008 du 31 août 2021 consid. 4a; AC.2018.0091 du 5 décembre 2018 consid. 3c).
b) En l’occurrence, les parties fondent leur raisonnement quant à la possibilité ou non de la Municipalité d’octroyer une dérogation sur la base l’art. 69 RPAC.
aa) Or, un nouveau plan général d’affectation ainsi qu’un règlement du plan général d’affectation (ci-après : RPGA, disponible à l’adresse suivante:
https://www.lavigny.ch/images/reglements_communaux/PGA-Lavigny-Reglement-approuve.pdf
, consulté le 27 janvier 2022), ont été approuvés par le Département compétent le 20 décembre 2020. Ils sont donc entrés en vigueur à cette date (cf. art. 26 LAT qui dispose que l’approbation des plans d’affectation par l’autorité cantonale leur confère force obligatoire). Vu que la décision litigieuse a été rendue le 7 janvier 2021, soit postérieurement à l’entrée en vigueur du RPGA, celui-ci est applicable à la présente cause.
L’art. 1.2 RPGA, consacré au champ d’application du Règlement, prévoit ce qui suit:
Le présent règlement s’applique à l’ensemble du territoire communal. Il ne s’applique toutefois qu’à titre subsidiaire aux surfaces régies par plan partiel d’affection, plan de quartier ou plan d’extension partiel dont le contenu est expressément réservé.
Quant à l’art. 19.6 RPGA, situé dans le chapitre 19 "Règles applicables aux zones à bâtir", il est rédigé en ces termes:
La Municipalité peut accorder des dérogations aux dispositions du présent règlement, dans les limites prévues par le droit cantonal (85 LATC).
bb) En l’occurrence, il convient de retenir que le RPGA, adopté postérieurement au RPPA, et prévoyant l’application à titre subsidiaire du RPGA aux surfaces régies par plan partiel d’affectation (cf. art. 1.2 RPGA), s’applique au RPPA à titre subsidiaire. Comme le RPPA ne prévoit aucune disposition sur la dérogation, il se justifie de considérer que l’art. 19.6 RPGA, est applicable en la matière. Par conséquent, sous l’angle de ces dispositions, la Municipalité dispose de la faculté d’accorder des dérogations dans l’application du RPPA, dans le cadre du projet litigieux.
Cela étant, comme l’a relevé la Municipalité, l’octroi d’une dérogation est une faculté et non une obligation et elle dispose à cet égard d’un large pouvoir d’appréciation. A cela s’ajoute que son refus d’octroyer les dérogations nécessaires en l’occurrence apparaît fondé sur le fait que des intérêts opposés importants sont en jeu (d’une part, l’intérêt de la recourante à pouvoir réorganiser l’aire de la réserve d’eau qui n’est plus totalement adaptée aux besoins de l’exploitation, suite à la réorganisation de la place de compostage, ainsi que l’intérêt à ce que les installations puissent répondre à l’augmentation des matières organiques à traiter; d’autre part, nécessité de prendre en compte l’impact des nouvelles installations sur l’environnement et la situation des voisins), sans que la volonté du législateur quant à la solution à apporter à ces problématiques puisse être déterminée de manière claire. Par ailleurs, on relèvera qu’autoriser les constructions requises dans le cas d’espèce, alors qu’il découle clairement des art. 20 et 21 RPPA que des constructions ne sont pas autorisées dans l’aire de la réserve d’eau (cf. ci-dessus consid. 2), excéderait le cadre d’une dérogation. Dans ces conditions, la Municipalité n’a pas abusé de son pouvoir d’appréciation en refusant d’octroyer les dérogations demandées et en considérant qu’une procédure de révision du PPA était nécessaire afin que l’organe législatif communal examine et se prononce sur ces questions.
En conclusion, la décision de la Municipalité est confirmée par substitution de motifs. Vu cette issue, point n’est besoin d’examiner si l’autorité intimée pouvait ou non accorder une dérogation sous l’angle de l’art. 69 RPAC, ni si la recourante pouvait se prévaloir d’un droit à l’égalité dans l’illégalité. S’agissant du nouveau bassin prévu par le projet, il n’apparaît pas, comme on l’a vu, qu’il serait contraire à l’aire de la réserve d’eau. Il n’appartient cependant pas à la cour de céans d’autoriser cet ouvrage qui fait partie d’un projet de construction global, jugé pour l’essentiel non réglementaire.
4.
Enfin, s’agissant des mesures d’instruction requises par la recourante dans ses déterminations du 21 juin 2021, à savoir la production des échanges concernant la révision du PPA depuis juillet 2014 et la mise en œuvre d’une inspection locale, il apparaît superflu de les ordonner, dès lors que
le dossier est suffisamment complet pour permettre à la Cour de céans de statuer en toute connaissance de cause. En effet, la garantie du droit d’être entendu (
art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 [Cst.; RS 101])
–
comprenant en particulier le droit pour le justiciable de participer à l'administration des preuves, d'en prendre connaissance, de se déterminer à leur propos et d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre
–
n'empêche pas l'autorité de
mettre un terme à l'instruction
lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion (cf. ATF 145 I 167 consid. 4.1; 140 I 285 consid. 6.3.1; TF 2C_110/2020 du 9 juin 2020 consid. 3.2; CDAP PE.2020.0118 du 24 mars 2021 consid. 2a et les références citées).
5.
Dès lors, mal fondé, le recours est rejeté, ce qui entraîne la confirmation de la décision attaquée.
Les frais judiciaires, fixés à 3'000 francs vu l’importance du litige, sont mis à la charge de la recourante qui n’obtient pas gain de cause
(cf. art. 49 al. 1 LPA-VD; art. 4 al. 1 du tarif des frais judiciaires et des dépens en matière administrative [TFJDA]).
La Municipalité de Lavigny, qui obtient gain de cause, a droit à des dépens à hauteur de 2'000 francs, à la charge de la recourante (art. 55 al. 1 et 2 LPA-VD et art. 11 TFJDA).