Decision ID: 0ccd1a88-1a31-48b4-83cb-3debf1e7a9bb
Year: 2012
Language: fr
Court: VD_TC
Chamber: VD_TC_031
Canton: VD
Region: Région lémanique
Law Area: public_law

Vu les faits suivants
A. La Commune de Cudrefin est propriétaire de la parcelle 101 sise sur son territoire, au bord du lac de Neuchâtel, au Sud-Ouest du port du village, dans le secteur dit "Les Chavannes".
B. Des droits de superficie distincts et permanents (DDP), permettant la construction et le maintien de maisons de vacances, ont été constitués sur cette parcelle en 1969 et 1970 notamment. Ces DDP ont ensuite été assortis d'autorisations d'usage du domaine public du lac de Neuchâtel, délivrées par l'ancien Département des travaux publics, permettant l'aménagement de pontons.
Typiquement, les conditions de ces autorisations pour usage du domaine public prévoient notamment:
"(...)
Art. 2.- Cette autorisation est accordée à bien plaire; le bénéficiaire peut être tenu en tout temps d'enlever et de faire disparaître, sans avoir droit à dédommagement, ni indemnité, les travaux qui font l'objet de cette autorisation. Après mise en demeure régulièrement faite, il peut y être pourvu d'office et aux frais du bénéficiaire.
(...)
Art. 5.- Le bénéficiaire paie à l'Etat une finance annuelle de Fr. (...), dès et y compris 19(...)."
Ainsi, le 8 avril 1970, un droit de superficie distinct et permanent (DDP 85) valide jusqu'au 31 décembre 2030 a été inscrit à la charge de la Commune de Cudrefin (ID.2001.000075). Appartenant ce jour, en copropriété à part égale entre eux, à Pierre Haldemann et Marie Fovanna, il comporte une place-jardin, une habitation et un garage. Il fait l'objet d'une autorisation pour usage du domaine public 88, accordée le 23 juillet 1980, autorisant à maintenir une passerelle sur le domaine public du lac. L'art. 7 des conditions de l'autorisation précise: "Les bateaux ne devront en aucun cas stationner partiellement ou entièrement dans la roselière."
De même, le 30 septembre 1969, un DDP identique (DDP 86) a été inscrit (ID.2001/000106). Appartenant ce jour à Alexander Neiger, il comporte une place-jardin, une habitation et une dépendance. Il fait l'objet d'une autorisation pour usage du domaine public 81, accordée le 22 février 1972, autorisant à utiliser le domaine public du lac par une passerelle d'embarquement.
Le même jour, un DDP identique (DDP 87) a été inscrit (ID.2001/000046). Appartenant ce jour à Margaritha Blaser, il comporte une place-jardin et une habitation. Aucune autorisation d'usage du domaine public n'a toutefois été associée à ce DDP quand bien même, selon les dires de la propriétaire, une rampe en béton et un ponton ont été réalisés entre 1950 et 1970.
Le même jour, un DDP identique (DDP 88) a été inscrit (ID.2001/000077). Appartenant ce jour à Res Hebeisen, il comporte une place-jardin et une habitation. Il fait l'objet d'une autorisation pour usage du domaine public 84, accordée le 31 juillet 1972, autorisant à utiliser le domaine public du lac par une passerelle d'embarquement, une échelle métallique et un escalier d'accès. L'art. 6 des conditions de l'autorisation précise: "La passerelle faisant l'objet de la présente autorisation ne devra en aucun cas porter atteinte aux roseaux. L'ancienne passerelle sera démontée au complet."
Le même jour, un DDP identique (DDP 89) a été inscrit (ID.2001/000093). Appartenant ce jour à la communauté héréditaire Claudie Linder, Ariane Linder et Delphine Linder pour une demie, à Ariane Linder pour un quart et à Delphine Linder pour un quart, il comporte une place-jardin et une habitation. Il fait l'objet d'une autorisation pour usage du domaine public 87, accordée le 23 mai 1979, autorisant à utiliser le domaine public du lac par la construction d'une passerelle d'embarquement.
Actuellement, le secteur comporte ainsi un ponton communal, d'environ 60 m de long, et cinq pontons privés (auxquels s'ajoute celui de la "maison du pêcheur") d'approximativement 10 à 20 m. Selon l'extrait du plan riverain de la Commune de Curdrefin, du 24 août 2009, produit par le Service des forêts, de la faune et de la nature (ci-après: le SFFN), il a la configuration suivante:
C. Sis dans une bande de roselières, le secteur des Chavannes (parcelle 101 et rive au droit de celle-ci) entre dans les champs de l'Inventaire fédéral des paysages, sites et monuments naturels d’importance nationale (IFP, objet 1208, Rive sud du lac de Neuchâtel) et de l'Inventaire fédéral des sites marécageux d’une beauté particulière et d’importance nationale (ISM, objet 416, Grande Cariçaie). La roselière située à l'Est, devant la "maison du pêcheur" est en outre protégée par l'Inventaire fédéral des bas-marais d'importance nationale (IBM, objet 645, Grèves du lac); il en va de même de la roselière située à l'Ouest, devant les DDP 87 et 82. Enfin, cette seconde roselière est également soumise à l'Inventaire fédéral des zones alluviales d'importance nationale (IZA, objet 207, Les Grèves de Portalban-Cudrefin). Au niveau cantonal, la rive du secteur des Chavannes est assujettie à la décision de classement des 4 octobre 2001 et 25 mars 2002 des réserves naturelles de la rive sud du lac de Neuchâtel (sous-périmètre des Grèves de la Motte, étant précisé que les recours dont ce classement a fait l'objet ont été rejetés en dernier lieu par la CDAP le 30 juillet 2010 [AC.2008.0302] et par le Tribunal fédéral le 17 mai 2011 [1C_390/2010 et 1C_402/2010]). Le secteur des Chavannes fait également l'objet de l'accord intercantonal sur la protection de la rive sud du lac de Neuchâtel et des rives du lac de Morat signé par les Conseils d'Etat des cantons de Fribourg et de Vaud les 1er et 9 juin 1982 respectivement (ci-après: le plan directeur de 1982). Au niveau communal, la parcelle est colloquée dans sa bande riveraine en zone de verdure et pour le solde en zone de maisons de vacances, selon le règlement communal de 1977 sur le plan d'extension et la police des constructions (RPE).
D. Par courrier du 10 mars 2009, le Service des eaux, sols et assainissements (ci-après: le SESA) a indiqué aux propriétaires précités (hormis Margaritha Blaser, cf. ci-dessous):
"(...) Vous êtes au bénéfice d’une autorisation d’usage du domaine public du lac de Neuchâtel pour le maintien d’un ponton d’embarquement au droit de votre droit distinct et permanent de superficie N° (...) de la commune de Cudrefin.
Ce ponton se situe dans une zone protégée à proximité immédiate d’une roselière importante.
Cette situation a été tolérée jusqu’à ce jour car il n’était pas possible de vous offrir une autre solution. Or, la commune de Cudrefin entreprend actuellement des travaux de reconstruction de la digue de Joran du Port du Village, qui sera complétée par la création d’un nouveau ponton d’amarrage permettant la création de 8 places supplémentaires.
Au vu de ce qui précède, nous vous proposons donc, pour autant que vous soyez propriétaires d’un bateau, de contacter de suite l’Autorité communale de Cudrefin afin de réserver une place d’amarrage au port, en remplacement de celle au droit de votre parcelle.
En effet, dès la mise en exploitation de ces places supplémentaires dans le Port du Village, nous nous verrons dans l’obligation de vous transmettre une décision de retrait de l’autorisation existante N° (...), avec une exigence de démolition et d’évacuation du ponton d’embarquement concerné. (...)"
Le même jour, le SESA a écrit à Margaritha Blaser une lettre similaire, rappelant néanmoins que le ponton d'embarquement et la rampe de mise à l'eau figurant au droit de son DDP n'avaient pas fait l'objet d'une autorisation d'usage du domaine public.
E. Par décision du 5 février 2010, signée par son chef de service et un collaborateur, le SESA a retiré l'autorisation d'usage du domaine public 81 au bénéfice d'Alexander Neiger dès le 31 mars 2010. Le SESA expliquait que les travaux de réaménagement d'un ponton supplémentaire dans le port du village de Cudrefin étaient terminés et les places y relatives mises en exploitation. L'aménagement faisant l'objet de l'autorisation d'usage devait être démoli et évacué, dans le délai fixé au 31 mars 2010.
Le même jour, le SESA a rendu une décision identique envers Res Hebeisen (autorisation 84), l'hoirie Linder (autorisation 87) et la copropriété Haldemann (autorisation 88).
F. Agissant le 8 mars 2010 (recours enregistré sous la référence AC.2010.0060) par l'intermédiaire de leur mandataire, Pierre Haldemann, Marie-Louise Fovanna, Alexander Neiger, Res Hebeisen, Claudine Linder, Ariane Linder et Delphine Linder ont déféré les décisions précitées du 5 février 2010 devant la Cour de droit administratif et public (ci-après: la CDAP) du Tribunal cantonal, concluant à l'annulation de ces prononcés, subsidiairement à ce qu'un délai d'au moins deux ans, dès le jour où l'arrêt à intervenir serait devenu définitif et exécutoire, leur soit accordé pour effectuer les travaux d'évacuation des pontons litigieux, les autorisations d'usage du domaine public devant demeurer valables pendant le même délai. Sur la forme, ils dénonçaient une violation de leurs droits d'être entendus et remettaient en cause la compétence des deux signataires des décisions attaquées pour rendre de tels prononcés. Sur le fond, ils affirmaient que la loi sur la police des eaux dépendant du domaine public leur donnait droit à une autorisation, que les conditions de révocation d'une autorisation, respectivement d'une concession n'étaient pas satisfaites, et que le règlement de la décision de classement, de même que le principe de la protection de la situation acquise imposaient de maintenir les autorisations litigieuses. Enfin, ils se plaignaient de la brièveté du délai de remise en état, compte tenu notamment de la très longue durée des autorisations en cause.
G. Le 23 avril 2010, le SESA a fixé à Margaritha Blaser un ultime délai au 31 mai 2010 pour démolir et évacuer les installations érigées sur le domaine public du lac, au droit de son DDP.
Agissant le 21 mai 2010 (recours enregistré sous la référence AC.2010.0149), par l'intermédiaire du même mandataire, Margaritha Blaser a également recouru contre la décision précitée du 23 avril 2010 devant la CDAP, concluant de même à l'annulation de ce prononcé, subsidiairement à ce qu'un délai d'au moins deux ans, dès le jour où l'arrêt à intervenir serait devenu définitif et exécutoire, lui soit accordé pour effectuer les travaux d'évacuation du ponton litigieux, l'autorisation d'usage du domaine public devant demeurer valable pendant le même délai. Elle soulevait des arguments similaires à ceux évoqués dans la cause parallèle AC.2010.0060.
H. A la requête du SESA du 29 avril 2010, la procédure a été suspendue. Le SESA expliquait qu'au vu des arguments soulevés par les recourants, il souhaitait les entendre et leur communiquer les informations nécessaires à la compréhension de la situation.
La séance annoncée par le SESA a eu lieu le 9 septembre 2010, en présence de représentants de ce service, du SFFN et de la Municipalité de Cudrefin (ci-après: la municipalité), ainsi qu'en présence du mandataire des recourants et de certains d'entre eux personnellement.
Entre-temps, les causes AC.2010.0060 et AC.2010.0149 ont été jointes, sous la première référence.
Par courrier du 11 octobre 2010, le SESA a transmis au mandataire des recourants le procès-verbal de la séance du 9 septembre 2010, dont on extrait ce qui suit:
(...) M. Cosendai [SESA] répète que le retrait des autorisations a été précédé d'une proposition de “reloger” les bateaux dans le port de Cudrefin (proposition portant sur une douzaine de places d’amarrages en lieu et place des pontons existants). (...) La proposition du SESA n’a été suivie d’aucune réaction de la part des bénéficiaires des pontons. Les nouvelles places situées dans le port de Cudrefin ont été mises en exploitation à la fin de l’année 2009, puis en avril 2010, le SESA a prononcé le démantèlement des pontons privés, provoquant les recours cités sous rubrique.
Me Thévenaz demande ce qu’il advient du ponton communal (réf. n° 73).
M. Cosendai fait état de la différence de statut entre un ponton communal et des pontons destinés à des particuliers; le ponton communal reste actif jusqu’à l’entrée en fonction du nouveau port. Sur ce point, M. Roulin, syndic de Cudrefin, fait part du souhait de la commune de pouvoir conserver cet ouvrage pour permettre l’accès au lac pour la baignade, des négociations sont en cours. La commune souhaite pouvoir maintenir un secteur d’accueil à cet endroit et ce ponton représente de longue date un point de rencontre pour la population. Selon le plan de la réserve naturelle des Grèves de la Motte, le secteur lacustre du lieu-dit “Les Chavannes” se trouve dans un secteur interdit à la navigation mais autorisé à la baignade.
Les utilisateurs des pontons privés disposent-ils d’une place d’amarrage ailleurs? A l’exception des Mmes Linder qui ne possèdent actuellement pas de bateaux, les personnes présentes disposent de places d’amarrage dans le port de Cudrefin. Ils demandent le maintien des anciens pontons au droit de leur DDP par commodité personnelle.
Pourquoi n’ont-ils pas réagi au courrier du SESA du 10 mars 2009? Me Thévenaz répond que la solution de remplacement ne correspond pas à ce qu’ils ont à l’heure actuelle, soit la proximité immédiate de leurs embarcations par rapport aux DDP. Sur ce point, il convient de relever que les DDP inscrits sur la parcelle n° 101 ne jouxtent pas immédiatement la rive mais qu’il reste une bande de largeur variable de la parcelle de base n° 101 entre chaque DDP et le lac. Les aménagements réalisés jusqu’en bordure immédiate de l’eau révèlent une forme d’accaparement de la rive par certains DDP.
Les bénéficiaires des pontons sont également questionnés sur la nécessité de conserver leur ponton:
1. M. Pierre Haldeman, DDP n° 85 — Ponton en bois réf. 38/88
M. Haldemann a toujours utilisé son ponton. Il dispose de 2 bateaux, l’un est situé au port. Il rencontre un problème de taille de roseaux pour pouvoir aller de chaque côté de son ponton avec un bateau.
2. M. Alexander Neiger et Mme Neiger - Blaser DDP n° 86 - Ponton en bois réf. 38/81
M. Neiger a trois canoës et un bateau pneumatique à rame portés de la maison au lac. Il dispose d’une place d’amarrage dans le port pour un voilier. Il paie la redevance pour son ponton.
Mme Neiger-Blaser déplore la situation actuelle. Elle insiste sur le fait que plusieurs générations de familles se sont succédées sur ce site et qu’elles ont toujours eu à coeur de protéger la nature. Elle a de la peine à comprendre qu’il faille aujourd’hui tout supprimer alors même que la nature n’est pas menacée par leur présence.
3. M. Blaser, DDP n° 87
La rampe en béton et le ponton étroit existants n’ont pas de références. Il s’agit d’installations non légalisées mais présentes de longue date (réalisées entre 1950 et 1970). M. Blaser a repris ces constructions de son père décédé en 1998. Il dispose d’un bateau à moteur qui se trouve actuellement au port de Cudrefin ainsi que de quelques bateaux à rame et d’un voilier (dériveur).
4. M. Michael Hebeisen pour son père Res Hebeisen - DDP n° 88 - Ponton réf. 38/84
Le DDP n° 88 abrite une construction réalisée dans les années soixante, propriété de famille depuis 1976. M. Hebeisen a deux bateaux: un voilier situé au port et un bateau à moteur fixé à une bouée.
5. Mmes Linder, DDP n° 89 — Ponton réf. 38/87
La construction située sur le DDP n° 89 date des années 1930. Le ponton est utilisé par les bénéficiaires pour accéder au lac avec un bateau à rame. Elles n’ont actuellement pas de bateau et n’ont pas demandé à avoir une place au port, situé trop loin par rapport à l’état existant. Elles mentionnent que le secteur de roseaux en face de leur construction s’est considérablement étendu et que le ponton leur permet d’avoir un accès à l’eau. Elles précisent également qu’à environ un mètre de leur ponton, se trouve un ponton utilisé par un pêcheur professionnel âgé de 89 ans, M. Gilliéron. Elles font état d’un problème de vue sur le lac avec le développement de la roselière. (...)"
I. Le 19 octobre 2010, le SESA a requis la reprise de la procédure, confirmant que le but de la séance du 9 septembre 2010 était principalement d'entendre l'ensemble des recourants, de manière à réparer un vice de forme constaté au début de la procédure, soit la violation du droit d'être entendu.
La procédure a été reprise et le SESA a déposé sa réponse le 17 décembre 2010. Il a conclu au rejet des recours et a maintenu la même durée d'exécution pour l'évacuation des pontons. En bref, le SESA relevait qu'il existait un intérêt public à protéger la zone de roselières, donc à regrouper les bateaux au port de Cudrefin et à supprimer certains pontons d'amarrage privés.
Le SFFN a fourni ses observations le même jour, concluant également au rejet des recours. Il relevait la valeur écologique de la roselière, et les dispositions la protégeant. Il faisait valoir par ailleurs:
"(...) Les discussions sur le déplacement des amarrages sis au lieu-dit “Les Chavannes” et leur regroupement au Port de Cudrefin ont débuté en 1993. A cette époque déjà, alors que la réserve naturelle n’existait pas encore, le GEG [groupe d'étude et de gestion chargé de la gestion de la Grande Cariçaie] était favorable à un agrandissement du port communal de Cudrefin, en ce sens qu’une concentration au port communal de tous les amarrages des Chavannes était souhaitable, tout en permettant de libérer complètement le secteur des Chavannes et d’assurer une tranquillité optimale des roselières vu la présence d’espèces sensibles comme le blongios et la rousserolle turdoïde. L’extension du port communal constitue un gain substantiel en matière d’aménagement du territoire et de préservation des rives naturelles sur la commune de Cudrefin, car il permet de regrouper en zone d’aménagement public les amarrages dispersés dans la réserve naturelle des Grèves de la Motte. Selon la décision de classement du 4 octobre 2001 des Grèves de la Motte, le secteur des Chavannes est interdit à la navigation mais est ouvert à la baignade.
Compte tenu de la sensibilité naturelle du site, de la présence d’espèces d’oiseaux rares et de l’intérêt public des dispositions légales de protection régissant ce secteur, le SFFN considère que les intérêts privés des propriétaires des DDP au maintien des installations d’amarrage pour des motifs de commodités personnelles doivent être écartés.
La séance d’audition du 9 septembre 2010 a mis en lumière que tous les recourants, à l’exception de Mmes Linder (DDP 89) qui ne possèdent actuellement pas d’embarcation, sont au bénéfice de place d’amarrages dans le port de Cudrefin. Compte tenu de l’interdiction de naviguer dans le secteur selon la décision de classement des Grèves de la Motte, il n’y a pas lieu de permettre le maintien de ces installations mais bien au contraire de procéder à la remise en état des lieux, ceci dans un but de protection du milieu naturel. En ce sens, la décision querellée met en oeuvre la politique cantonale visant, dans les secteurs de rives présentant un potentiel naturel élevé, à favoriser la renaturation de ces milieux, considérés comme secteurs prioritaires en matière de protection de la nature. (...)"
Les recourants ont déposé un mémoire complémentaire le 26 avril 2011. Le SESA s'est exprimé une nouvelle fois le 19 mai 2011.
J. Une audience suivie d'une inspection locale a été aménagée le 11 juillet 2011. On extrait du procès-verbal ce qui suit:
"(...)
Concernant la violation du droit d'être entendu, Me Thévenaz [recourants] souligne que la nature exacte de l'audience organisée par le SESA en date du 9 septembre 2010 avec l'ensemble des recourants n'a jamais pu être clairement établie. Dès lors que toute modification de la décision entreprise semble avoir été exclue d'emblée par le SESA, il estime que le vice initial affectant la décision de démolition des pontons litigieux n'a pas pu être réparée. Me Bétrix [SESA] estime quant à lui que la tenue de l'audience était de toute manière superfétatoire dès lors que les recourants ont eu la possibilité de se prononcer suite au premier envoi leur ayant été adressé (courrier du SESA du 10 mars 2009), lequel indiquait clairement l'intention du SESA d'exiger le démantèlement des pontons litigieux. A titre subsidiaire, il estime toutefois qu'il convient de considérer la séance tenue le 9 septembre 2010 comme faisant partie d'une procédure de révision; un argument pertinemment soulevé durant celle-ci aurait pu donner lieu à une reconsidération de la décision entreprise. L'objectif de la séance n'a toutefois pas pu être indiqué aux parties avant qu'elle ne débute faute de connaître l'argumentaire des recourants. (...).
Interpellés sur l'utilisation de leur ponton d'amarrage, les recourants relèvent ce qui suit. La famille Haldemann dispose d'une place dans le port de Cudrefin. Le ponton litigieux est essentiellement utilisé en vue de venir chercher les personnes désireuses d'aller se baigner au large. La famille Blaser dispose également d'une place dans le port communal. Le ponton litigieux est essentiellement destiné à déposer les estivants au moyen de bateaux à voile ou à rames. La famille Neiger dispose également d'une place dans le port principal. Le ponton est principalement destiné à accueillir des bateaux à rames ou des planches à voiles. La famille Hebeisen est également titulaire d'une place d'amarrage dans le port de Cudrefin. L'utilisation du ponton litigieux est dorénavant limitée à l'accueil de petits bateaux venant chercher les estivants désireux de se baigner au large. Quant à la famille Linder, elle a renoncé à acquérir un droit d'amarrage au port communal en raison de la distance séparant celui-ci de son chalet. Elle indique vouloir conserver le ponton d'amarrage de sorte à pouvoir recevoir la visite de bateaux à rames. En définitive, aucun des recourants n'amarre un bateau de manière continue aux pontons litigieux.
(...) Me Thévenaz soutient que le maintien du ponton communal constitue une incohérence dès lors que celui-ci est utilisé aussi bien pour la baignade que pour l'amarrage de bateaux à rames et à moteur dans le même secteur que les pontons devant être démantelés. Le SESA précise que les bateaux amarrés au ponton communal devraient être également évacués à l'avenir. Aucune décision ce concernant n'a toutefois encore été prise dès lors que le déplacement des embarcations suppose l'existence de possibilités d'amarrage au port communal de Cudrefin. Dans l'intervalle, la présence des bateaux est tolérée. Une politique rigoureuse exigerait le démantèlement du ponton communal, mais celui-ci pourrait selon les circonstances être maintenu pour la baignade, à la demande de la commune.
Interpellé sur le but de la protection de la zone concernée, le SFFN expose que la démolition des pontons litigieux permettrait d'obtenir un massif de roselière continu assurant ainsi la tranquillité des espèces qui s'y reproduisent. Le syndic relève que la zone protégée jouxte immédiatement le secteur touristique de la commune; il doute ainsi de la possibilité d'obtenir la tranquillité nécessaire au développement des espèces. Les recourants soulignent quant à eux qu'ils ont toujours veillé à protéger la nature aux alentours de leur chalet. Les bateaux de la société de navigation du lac de Neuchâtel seraient à l'origine de dégâts plus importants que ceux occasionnés par leurs propres embarcations. M. Fovanna évoque que la faune lui semblait d'ailleurs plus diversifiée alors que la roselière n'avait pas encore atteint sa taille actuelle. A ce propos, le représentant du SFFN relève que les espèces peuplant les roselières sont relativement discrètes mais qu'elles n'en sont pas moins significatives pour la biodiversité.
Interpellé quant à la possibilité de maintenir les pontons litigieux uniquement dans un but exclusif de baignade, le SESA indique que leur maintien nuirait à la continuité du milieu naturel. M. Hebeisen relève quant à lui que la coupe des roseaux sera de toute manière nécessaire afin de maintenir à l'avenir une possibilité de baignade au bout du ponton communal. M. Blaser insiste sur le fait que le maintien des pontons litigieux dans le secteur des Chavannes permettrait une meilleure répartition des estivants lors des jours de forte affluence à la plage communale.
Le Tribunal procède à une vision locale. Il est constaté que le ponton communal est affecté à la baignade et à l'amarrage de petite batellerie. Il est bordé sur sa gauche et sur sa droite par les pontons des recourants, tous étant notablement moins longs que ce dernier. Un chenal a été créé dans la roselière de telle sorte que les bateaux puissent accéder et quitter le secteur. Pour le reste, les recourants indiquent que la roselière n'aurait plus été élaguée depuis dix ans. Celle-ci a notamment repris ses droits devant l'habitation d'un ancien pêcheur professionnel. Son ponton d'amarrage est cependant toujours en place. A terme, le SESA demandera à ce que celui-ci soit également démantelé.
Me Thévenaz soutient que les autorités cantonales poursuivent une politique générale sans procéder à une pesée des intérêts de chaque recourant en exigeant le démantèlement général des pontons litigieux. Me Bétrix rappelle la protection dont la zone fait l'objet et souligne le caractère non conforme des installations litigieuses. Le Syndic indique pour sa part que la Commune n'entend pas laisser la zone de roselière entraver la baignade depuis le ponton communal. Elle sollicitera les autorisations nécessaires à l'élagage auprès des autorités concernées.
Tant la Municipalité que les recourants dénoncent l'extension de la zone protégée devant les chalets situés dans le secteur des Chavannes. Selon eux, c'est le ruisseau de l'Etat qui aurait dû constituer la limite du secteur protégé. Le Tribunal se déplace jusqu'au cours d'eau précité puis jusqu'au port communal afin d'estimer la distance à parcourir entre celui-ci et les chalets des recourants. Une fois sur place, M. Blaser souligne que le chemin à parcourir est relativement long pour les personnes ayant des difficultés à se déplacer. (...)"
K. Le 16 août 2011, le SFFN s'est exprimé et a déposé le règlement de la décision de classement des 4 octobre 2001 et 25 mars 2002 ainsi qu'un extrait du plan de ladite décision dont il ressort que le secteur des Chavannes et ses alentours est interdit à la navigation mais ouvert à la baignade estivale. Le SFFN a également fourni, pour le même secteur, les extraits topiques des plans des inventaires fédéraux concernés.
Le 29 septembre 2011, le SESA a indiqué que "les pontons ne doivent en aucun cas être maintenus, même uniquement pour la baignade". En particulier, les propriétaires concernés pouvaient bénéficier du ponton communal à cet effet.
Le 11 octobre 2011, le SFFN s'est exprimé d'une part sur la compatibilité de l'autorisation de baignade estivale prévue par la décision de classement avec l'objectif allégué de réunir la roselière de Chavannes en un seul massif continu. Il a précisé que cette autorisation était le fruit de négociations entre le canton et la Commune de Cudrefin (initialement, le canton proposait la suppression de la baignade et de la navigation) et ajoutait:
" Concernant la baignade, la rive sur laquelle les pontons se trouvent est située dans la réserve naturelle et abrite une végétation protégée; l’autorisation de baignade négociée autrefois entre le canton et la commune de Cudrefin ne signifie toutefois pas que la rive peut être entretenue et que la végétation riveraine peut être essartée. In casu, le massif de roselière abrite plusieurs espèces particulièrement sensibles au dérangement, au nombre desquelles le grèbe castagneux, la rousserole turdoïde, et le blongios nain. Le développement d’un massif d’un seul tenant garantira un habitat et des conditions de tranquillité plus favorables pour l’avifaune. Par ailleurs, l’interdiction de la navigation et la suppression des pontons vont permettre à la végétation de recoloniser naturellement le site. Les baigneurs s’adapteront à ce changement en s’écartant du massif de roselière ou opteront pour une plage située hors de la réserve en fonction de leurs attentes.
Dans cette mesure, l’activité - jugée mesurée - jadis admise par le canton dans le cadre des négociations avec la commune est considérée comme compatible avec l’objectif de réunir la roselière de Chavannes en un seul massif continu."
Le SFFN s'est exprimé d'autre part sur la question de la démolition des pontons en regard de l'art. 23d al. 2 let. b de la loi fédérale du 1er juillet 1966 sur la protection de la nature et du paysage (LPN; RS 451), ainsi qu'il suit:
"Les pontons, qu’ils soient illégaux ou au bénéfice d’une autorisation d’usage du domaine public des eaux, constituent une atteinte à la végétation riveraine dans la mesure où ils empêchent son développement. Les nuisances - en particulier aux roselières, qui sont un élément clé du paysage des sites marécageux - sont fortement accentuées par le passage des bateaux. Le maintien des pontons et leur entretien portent en conséquence atteinte au site marécageux de la Grande Cariçaie.
En vertu de l’article 8 de l’ordonnance du 1 mai 1996 sur la protection des sites marécageux d’une beauté particulière et d’importance nationale (Ordonnance sur les sites marécageux), “les cantons veillent à ce que les atteintes déjà portées à des objets soient réparées le mieux possible, chaque fois que l’occasion s’en présente”. Or, la modification du port de Cudrefin et la réfection de sa jetée permettent à la fois de préserver les rives naturelles en regroupant les places d’amarrage en zone d’aménagement public, et, dans le respect du principe de proportionnalité, de satisfaire aux besoins des actuels bénéficiaires de DDP, en leur proposant la possibilité de réserver une place dans le nouveau port (cf. courrier du SESA du 10 mars 2009).
L’intérêt public à la préservation des rives dans la réserve naturelle des Grèves de la Motte, en regroupant dans le port de Cudrefin les amarrages qui y sont dispersés, doit donc l’emporter sur les intérêts privés au maintien des installations d’amarrage."
Enfin, la municipalité et les recourants se sont déterminés tous deux le 3 novembre 2011. La municipalité a rappelé "les accords intervenus avec le [SESA] au sujet du maintien du ponton communal des Chavannes pour la baignade"; elle s'est déclarée d'avis qu'il n'avait pas été fait, jusqu'ici, d'usage abusif des pontons litigieux et que leur maintien, au moins pour permettre l'accès au lac, ne semblait pas être une revendication excessive. Les recourants ont affirmé sous l'angle de l'art. 24d al. 2 let. b LPN que les pontons, existant depuis plusieurs dizaines d'années, ne portaient pas atteinte aux éléments caractéristiques des sites marécageux. Du reste, il apparaissait que le SESA n'entendait pas seulement protéger la roselière existante, mais en permettre une nouvelle extension, illégale dès lors qu'elle allait au-delà du plan de classement récemment adopté.
L. Le tribunal a ensuite statué.

Considérant en droit
1. Les recourants dénoncent en premier lieu une violation de leur droit d'être entendus. D'une part, ils reprochent au SESA d'avoir rendu ses décisions sans leur donner la possibilité de se déterminer au préalable et affirment que la séance aménagée le 9 septembre 2010 n'a pas permis de réparer la violation dénoncée, pas plus que la procédure devant le Tribunal cantonal. D'autre part, ils relèvent que certaines décisions n'ont pas été notifiées à tous les propriétaires concernés, sans qu'il n'y ait eu une quelconque élection de domicile en faveur de l'un d'entre eux. Ainsi, la décision relative à l'autorisation 88 n'a été notifiée qu'à Pierre Haldemann, à l'exclusion de Marie-Louise Fovanna, et la décision concernant l'autorisation 87 n'a été notifiée qu'à Claudie Linder, et non pas à Ariane et Delphine Linder.
a) Selon la jurisprudence, le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend notamment le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, le droit de consulter le dossier et de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 136 I 265 consid. 3.2 p. 272; 135 II 286 consid: 5.1 p: 293; 132 II 485 consid. 3.2 p. 494, V 368 consid. 3.1 p. 371; 129 II 497 consid. 2.2 p. 504 s.; 127 I 54 consid. 2b p. 56; 124 I 48 consid. 3a p. 51 et les arrêts cités).
Le Tribunal fédéral détermine le contenu et la portée de l'art. 29 al. 2 Cst. au regard de la situation concrète et des intérêts en présence (ATF 135 I 279 consid. 2.2; 123 I 63 consid. 2d p. 68 ss). Il prend notamment en considération, d'une part, l'atteinte aux intérêts de la personne touchée, telle qu'elle résulte de la décision en cause, et, d'autre part, l'importance et l'urgence de l'intervention administrative (ATF 135 I 279 consid. 2.2; 2P.63/2003 du 29 juillet 2003 consid. 3.2). D'une manière générale, plus la décision est susceptible de porter gravement atteinte aux intérêts de la personne touchée, plus le droit d'être entendu doit lui être accordé et reconnu largement (ATF 135 I 279 consid. 2.2; 105 Ia 193 consid. 2b/cc p. 197; voir aussi ATF 2P.46/2006 du 7 juin 2006 consid. 4.3, avec réf.). Il faut en outre tenir compte des garanties que la procédure offre globalement à cette personne pour sa défense; en particulier, on se montrera moins exigeant sur le strict respect du droit d'être entendu s'il existe une possibilité de porter la contestation devant une autorité de recours exerçant un pouvoir d'examen complet (ATF 135 I 279 consid. 2.2; 123 I 63 consid. 2d p. 69 ss; 111 Ia 273 consid. 2b), pour autant que la violation ne soit pas particulièrement grave (ATF 135 I 279 consid. 2.2; 126 I 68 consid. 2).
b) Comme le SESA le reconnaît lui-même (cf. courrier du 19 octobre 2010), il n'est pas certain en l'espèce que le droit d'être entendu des recourants ait été respecté dès le début de la procédure, dans la mesure où le SESA les a certes tenus informés des décisions qu'il envisageait de rendre, mais ne les a pas expressément invités à s'exprimer à cet égard. La question souffre néanmoins de demeurer indécise dès lors que le vice éventuel a été réparé pendant la présente procédure. Le SESA, le SFFN et la municipalité ont d'une part entendus les recourants lors de la séance aménagée à cet effet le 9 septembre 2010; ceux-ci ont pu s'y exprimer de manière complète, même si cette séance ne répondait pas à l'un des buts du droit d'être entendu, à savoir permettre au justiciable d'influencer la décision à rendre, dès lors que le SESA avait annoncé d'emblée qu'il n'entendait pas revenir sur sa décision. D'autre part, compte tenu de l'instruction complète menée par le Tribunal cantonal, comportant notamment une audience avec inspection locale, ainsi que du libre pouvoir d'examen de ce tribunal, on retiendra que le vice éventuel a en définitive été intégralement réparé.
Pour le surplus, si l'on peut regretter que les décisions attaquées n'aient pas été notifiées à la totalité des copropriétaires, il est établi que cette lacune n'a pas empêché les intéressés de prendre connaissance des prononcés et de recourir valablement et à temps contre ceux-ci.
Les griefs tenant au droit d'être entendu doivent ainsi être écartés.
2. Les recourants soutiennent ensuite que les signataires des décisions attaquées, soit le chef de service du SESA et l'un de ses collaborateurs, n'étaient pas compétents pour rendre de tels prononcés.
a) Les pontons litigieux sont implantés sur le lac de Neuchâtel, qui fait partie du domaine public (art. 664 al. 3 CC et art. 138 al. 1 de la loi du 30 novembre 1910 d’introduction dans le canton de Vaud du Code civil suisse [LVCC; RSV 211.01]). La loi du 5 septembre 1944 sur l'utilisation des lacs et cours d'eau dépendant du domaine public (LLC; RSV 731.01) prévoit à son art. 1er que le droit de disposer des eaux dépendant du domaine public appartient à l'Etat.
b) Lorsque les autorisations pour usage du domaine public ont été délivrées aux recourants en 1969 et 1970, l'art. 2 al. 1 LLC, dans son ancienne version alors en vigueur, modifiée par la novelle du 6 mai 2008, disposait que "nul ne peut détourner les eaux du domaine public, ni les utiliser, sans l'autorisation préalable du Conseil d'Etat."
D'après l’art 4 LLC, également dans son ancienne version antérieure à la novelle du 6 mai 2008, l'autorisation du Conseil d'Etat était accordée sous la forme d'une concession; sa durée était de huitante ans au maximum (al.1). Toutefois, pour des installations provisoires ou de très faible importance, le Conseil d'Etat pouvait accorder des autorisations à bien plaire, révocables en tout temps (al. 2).
Le règlement d'application du 17 juillet 1953 de ladite loi (RLLC; RSV 731.01.1) prévoyait de même à son art. 83, jusqu'à sa modification du 20 janvier 2010 entrée en vigueur le 1er janvier 2010 (sic), que "la concession est accordée par le Conseil d'Etat s'il s'agit d'installations durables et d'une certaine importance (...) (al. 1). Le département est compétent pour autoriser les installations temporaires ou peu importantes, entre autres (...) les petites constructions nautiques (...) (al. 2)".
L'art. 84 RLLC, également dans son ancienne version antérieure au 20 janvier 2010, précisait que "l'autorisation du Conseil d'Etat est donnée sous forme de concession dont la durée n'excède pas (...) trente ans s'il s'agit d'installations privées (al. 1); à l'exception du permis de vivier et du permis d'extraction de matériaux, l'autorisation du département est accordée à bien plaire; elle est révocable en tout temps (al. 2); les art. 21 et 22 (relatifs à la teneur de la concession et à son acceptation), sont applicables par analogie (al. 3).
Ces dispositions fondaient également la compétence pour retirer les autorisations, suivant le principe du parallélisme des formes.
En l'espèce, les autorisations d'usage du domaine public pour les pontons litigieux ont été effectivement été délivrées par le département (et à bien plaire), en application de l'al. 2 de l'ancien art. 83 RLLC, s'agissant de petites constructions nautiques.
Dans sa nouvelle version du 6 mai 2008, en vigueur depuis le 1er janvier 2009, l'art. 2 al. 1 LLC attribue - sans autre changement - la compétence de délivrer l'autorisation préalable non plus au Conseil d'Etat, mais "au département en charge de la gestion des eaux du domaine public". La distinction initialement prévue par l'art. 83 du règlement ayant perdu son objet - toutes les concessions étant délivrées par le département -, cet art. 83 a été radié.
Par conséquent, le département est l'autorité compétente pour "retirer" les autorisations d'usage du domaine public par des pontons.
c) En l'espèce toutefois, c'est le chef du SESA qui a rendu les décisions querellées. Il sied ainsi d'examiner s'il bénéficiait d'une délégation de compétence valable à cet égard.
Selon la doctrine et la jurisprudence, les règles attributives de compétence sont en principe impératives. En matière de décisions (au sens technique), la répartition des compétences telle qu'elle est fixée par une loi ou une ordonnance s'impose, sauf si une disposition spéciale ou une norme générale prévoit la faculté d'y déroger (Pierre Moor, Droit administratif, vol. III, 1992, ch. 1.2.2.4, p. 18; dans le même sens, Blaise Knapp, Précis de droit administratif, 4ème éd., 1991, n. 2545 p. 530). L'autorité que la loi désigne comme compétente n'est pas autorisée à déléguer son pouvoir de décision à une autre instance, que ce soit de manière générale ou dans un cas particulier. Ceci vaut aussi bien pour les compétences administratives qui ont trait à l'exercice de la puissance publique, que pour les autres (Imboden/Rhinow, Schweizerische Verwaltungs-rechtsprechung, 1986, n° 141 B I, p. 1045 s.). Bien entendu, la délégation est admissible lorsque la loi l'autorise expressément (Moor, loc. cit.; Knapp, loc. cit.) (cf. GE.1992.0037 du 2 février 1993 publié in RDAF 1994 p. 140).
Dans le canton de Vaud, les délégations de compétences sont expressément autorisées par la loi, plus précisément par l'art. 67 de la loi du 11 février 1970 sur l'organisation du Conseil d'Etat (LOCE; RSV 172.15), ainsi libellé:
Art. 67 Délégations de compétences
1. Avec l'approbation du Conseil d'Etat, un chef de département peut déléguer à un fonctionnaire supérieur certaines compétences dans des domaines déterminés.
2. La chancellerie d'Etat tient un registre de ces délégations de compétences.
Une délégation de compétence décisionnelle est dès lors en principe valide si elle respecte les conditions de l'art. 67 LOCE. Ces critères sont remplis en l'espèce. En effet, selon la liste de mars 2006 des délégations de compétences du Département de la sécurité et de l'environnement au SESA, la compétence d'autoriser des installations peu importantes ou temporaires au sens de l'art. 83 al. 2 RLLC est déléguée au "Chef du Service des eaux, sols et assainissement, avec pouvoir de substitution au Chef de la Division Economie hydraulique et au Chef de la Division Administration". Or, le Conseil d'Etat a approuvé cette liste par décision du 12 avril 2006 et ordonné l'inscription des délégations en cause, par la Chancellerie d'Etat, au registre des délégations de compétences. Enfin, bien que la liste de mars 2006 n'ait pas été expressément mise à jour depuis les modifications législatives évoquées ci-avant, il est manifeste que la délégation au sens de l'ancien art. 83 al. 2 RLLC conserve sa validité aujourd'hui, l'autorité compétente selon la loi (soit le département), de même que l'objet de la délégation (soit une concession d'utilisation des eaux du domaine public pour des installations temporaires ou peu importantes), restant identiques.
d) Ainsi, les décisions attaquées ont été rendues par une autorité compétente, soit le chef du SESA sur délégation valide du département.
3. Sur le fond, on rappellera en liminaire que la situation des maisons de vacances des recourants - sises dans une zone à bâtir communale en vertu de DDP - n'est pas remise en cause. Seuls les pontons font l'objet de la présente procédure.
Par ailleurs, la question du maintien des pontons doit être examinée en deux volets, soit d'abord le point de savoir s'ils pourraient être aménagés au regard du droit actuel (consid. 4 à 9) et ensuite, dans la négative, s'ils peuvent être néanmoins maintenus en application des principes de protection de la situation acquise (consid. 10).
4. Les recourants affirment en premier lieu que la loi du 3 décembre 1957 sur la police des eaux dépendant du domaine public (LPDP; RSV 721.1), respectivement la LLC, leur donnent droit à une autorisation d'usage du domaine public permettant d'implanter des pontons au droit de leur DDP.
L'art. 2 al. 1 LLC déjà évoqué prévoit que l’utilisation des eaux du domaine public implique une autorisation préalable du département en charge de la gestion des eaux du domaine public.
L'art. 25 LLC dispose que s'il n'existe pas de motifs d'intérêt général de refuser l'autorisation, le département soumet la demande à une enquête publique.
Par ailleurs, aux termes de l'art. 12 al. 1 let. a LPDP, sont subordonnés à l'autorisation préalable du département tout ouvrage de même que toute intervention dans les lacs et sur leurs grèves, dans les cours d'eau, sur leurs rives et dans l'espace cours d'eau. D'après l'art. 8 al. 1 du règlement du 29 août 1958 sur la police des eaux dépendant du domaine public (RLPDP; RSV 721.01.1), s'il n'existe pas de motif d'intérêt général de refuser la demande, le département soumet celle-ci à une enquête de dix jours au greffe municipal de la commune intéressée où le projet peut être consulté.
Il résulte des dispositions qui précèdent que les recourants ne peuvent prétendre à l'implantation de pontons dans le lac de Neuchâtel que s'il n'existe pas de motif d'intérêt général de refuser leur demande.
Par motif d'intérêt général, on entend notamment les exigences de l'aménagement du territoire et de protection de la nature (cf. consid. 5 et 9 infra).
5. a) La construction d’un ponton implique la délivrance d’une autorisation fondée sur la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (LAT; RS 700). A cet égard, il convient tout d'abord d'examiner si une autorisation ordinaire peut être délivrée en application de l’art. 22 al. 2 let. a LAT au motif que l'installation est conforme à l'affectation de la zone. Dans l'ATF 132 II 10, le Tribunal fédéral a rappelé qu’une zone lacustre fait partie des zones à protéger au sens de l’art. 17 LAT, qui comprennent notamment les cours d’eau, les lacs et leurs rives (art. 17 al. 1 let. a LAT). Il a relevé à ce propos que, dans la mesure où un ponton est nécessaire pour permettre l’accès au lac du propriétaire riverain, compte tenu notamment de l’absence d’autres aménagements artificiels de la rive permettant aux nageurs d’entrer directement dans l’eau et aux bateaux d’accoster, ce type d’accès fait partie de l’utilisation normale de la rive du lac par le propriétaire du fond riverain, sous réserve qu'il soit possible et juridiquement admissible selon le droit cantonal sur l’utilisation du domaine public et conformément aux prescriptions spéciales sur la protection de la nature (ATF précité consid. 2.5 p. 18 s.). Le Tribunal fédéral en a déduit que, dans cette hypothèse, les ouvrages nécessaires à cet accès sont en principe conformes à l’affectation de la zone à protéger, au sens de l’art. 22 al. 2 let. a LAT en relation avec l’art. 17 LAT. Il précise cependant que la reconnaissance de la conformité à l’affectation de la zone est une simple condition préalable à l’octroi d’une autorisation. S’agissant d’une installation prévue hors de la zone à bâtir, la conformité est, de façon générale, liée à la nécessité, la construction devant notamment être adaptée, par ses dimensions et son implantation, aux besoins objectifs du propriétaire.
Le Tribunal fédéral ajoute que doivent également être prises en compte les exigences de la LPN, qui tend à la protection des biotopes (art. 18 ss LPN), notamment de la végétation des rives (art. 21 LPN), ou encore celles de la loi fédérale du 21 juin 1991 sur la pêche (LFSP; RS 923.0), qui vise à la préservation des rives naturelles et de la végétation aquatique servant de frayères aux poissons ou d’habitat à leur progéniture (art. 7 ss LFSP) (ATF précité consid. 2.4 p. 16 s. et 2.7 p. 20).
b) En l'espèce, la conformité des pontons à la zone, au sens des art. 17 et 22 LAT, n'est pas contestée. En effet, les pontons répondent au besoin objectif des propriétaires, dès lors que l'état naturel de la rive, tel que constaté par la cour lors de l'inspection locale, empêche les propriétaires d'accéder librement au lac pour embarquer sur un bateau ou y débarquer, de même que pour y nager. De plus, les dimensions des pontons ne sont pas excessives pour leur usage.
Il n'est pas davantage possible d'exiger des recourants qu'ils s'entendent avec des propriétaires voisins pour l'utilisation commune d'un seul ponton (AC.2007.0321 du 30 avril 2008 consid. 2a), faute de moyen juridique permettant d'exiger une telle prestation du propriétaire du ponton en cause (la question du ponton communal étant néanmoins réservée, cf. consid. 9b infra).
c) Cela étant, la conformité de l'installation à la zone ne constitue qu'une simple condition préalable à l'octroi d'une autorisation, qui ne peut être délivrée que lorsque les autres conditions prévues par le droit fédéral et le droit cantonal sont satisfaites.
Il reste ainsi à examiner si des éléments relevant de la protection de la nature et du paysage s'opposent aux pontons litigieux.
6. Comme déjà dit (cf. partie "En fait", let. C), les eaux du secteur des Chavannes, qui baignent les pontons en cause, entrent dans le champ de l'Inventaire fédéral des paysages, sites et monuments naturels d’importance nationale (ci-après: IFP) et de l'Inventaire fédéral des sites marécageux d’une beauté particulière et d’importance nationale (ci-après: ISM). La roselière située à l'Est, devant la "maison du pêcheur" est en outre protégée par l'Inventaire fédéral des bas-marais d'importance nationale (ci-après: IBM); il en va de même de la roselière située à l'Ouest, devant les DDP 87 et 82. Enfin, cette seconde roselière est également soumise à l'Inventaire fédéral des zones alluviales d'importance nationale (ci-après: IZA). Le secteur est encore protégé par la décision de classement 2001/2002 des réserves naturelles de la rive sud du lac de Neuchâtel, et entre dans le champ d'application du plan directeur de 1982.
Il n'est pas inutile de circonscrire brièvement les dispositions relatives à ces différents régimes de protection (cf. infra consid. 7 [droit fédéral] et 8 [droit cantonal]), avant d'examiner le cas d'espèce (cf. infra consid. 9).
7. a) Selon l'art. 18 al. 1 LPN, "la disparition d'espèces animales et végétales indigènes doit être prévenue par le maintien d'un espace vital suffisamment étendu (biotopes), ainsi que par d'autres mesures appropriées". La notion de biotope est ainsi juridiquement définie par cette disposition comme un "espace vital suffisamment étendu" (sur cette problématique, voir Karin Sidi-Ali, La protection des biotopes en droit suisse, thèse de l'Université de Lausanne, 2008, ch. 1.2 p. 8 ss et 1.3 p. 20 notamment). L'al. 1bis de l'art. 18 LPN introduit - de manière exemplative - la notion plus restrictive de biotope "digne de protection" dans les termes suivants: "il y a lieu de protéger tout particulièrement les rives, les roselières et les marais, les associations végétales forestières rares, les haies, les bosquets, les pelouses sèches et autre milieux qui jouent un rôle dans l'équilibre naturel ou présentent des conditions particulièrement favorables pour les biocénoses." De surcroît, l'art. 14 al. 3 de l'ordonnance du 16 janvier 1991 sur la protection de la nature et du paysage (OPN; RS 451.1) donne - non exhaustivement - quelques critères sur la base desquels un biotope peut être considéré comme étant digne de protection. Il s'agit notamment de la liste des milieux naturels dignes de protection figurant à l’annexe 1 (let. a), des espèces de la flore et de la faune protégées en vertu de l’art. 20 (let. b), des espèces végétales et animales rares et menacées, énumérées dans les Listes rouges publiées ou reconnues par l’Office fédéral de l'environnement (ci-après: l'OFEV) (let. d), d’autres critères, tels que les exigences des espèces migratrices ou la connexion des sites fréquentés par les espèces (let. e).
Les art. 18a ss LPN opèrent une distinction entre les biotopes d'importance nationale et ceux d'importance régionale ou locale. Ainsi, les premiers sont désignés par le Conseil fédéral, après avoir pris l'avis des cantons (art. 18a al. 1 LPN). Cependant, tous doivent être protégés et entretenus par les cantons (art. 18a al. 2 LPN). Par ailleurs, les biotopes remplissant les critères des art. 18 al. 1bis LPN et 14 al. 3 OPN sont dignes de protection, qu'ils soient d'importance nationale, régionale ou locale.
S'agissant des mesures générales de sauvegarde des biotopes dignes de protection, l'art. 18 al. 1ter LPN dispose que si, tous intérêts pris en compte, il est impossible d’éviter des atteintes d’ordre technique aux biotopes dignes de protection, l’auteur de l’atteinte doit veiller à prendre des mesures particulières pour en assurer la meilleure protection possible, la reconstitution ou, à défaut, le remplacement adéquat (voir aussi l'art. 14 al. 7 OPN). De surcroît, l'art. 14 al. 2 OPN prévoit des mesures visant à sauvegarder et, si nécessaire, à reconstituer leurs particularités et leur diversité biologique (let. a), un entretien, des soins et une surveillance assurant à long terme l’objectif de la protection (let. b), des mesures d’aménagement permettant d’atteindre l’objectif visé par la protection, de réparer les dégâts existants et d’éviter des dégâts futurs (let. c). La protection des biotopes n'est ainsi pas de caractère absolu: ils sont soumis à une pesée des intérêts qu'ils n'emportent pas aveuglément (Sidi-Ali, op. cit., ch. 3.1.4.2 p. 119 et la référence citée, soit Arnold Marti, Das Schutzkonzept des Natur- und Heimatschutzgesetzes auf dem Prüfstand, in RSJ 2008 p. 81 ss, spéc. p. 84 ss).
b) Si l'art. 18 LPN instaure une protection générale, l'art. 21 LPN introduit en sus une protection spéciale - accrue - en faveur de la végétation des rives. Cette disposition précise ainsi que la végétation des rives (roselières et jonchères, végétation alluviale et autres formations végétales naturelles riveraines) ne doit pas être essartée ni recouverte ou détruite d’une autre manière (al. 1). Dans la mesure du possible, les cantons veillent à ce que les rives soient couvertes d’une végétation suffisante ou du moins à ce que soient réalisées les conditions nécessaires à son développement (al. 2). S'agissant des exceptions possibles à l'interdiction de défrichement prévue à l'art. 21 al. 1 LPN, l'art. 22 LPN dispose notamment que l'autorité cantonale compétente peut autoriser la suppression de la végétation existant sur des rives dans le cas de projets qui ne peuvent être réalisés ailleurs et qui ne contreviennent pas à la législation en matière de police des eaux et de protection des eaux (al. 2). La protection de la végétation des rives n'est dès lors pas absolue.
C'est le lieu de relever également que l'art. 53 de l'ordonnance du 8 novembre 1978 sur la navigation dans les eaux suisses (ONI; RS 747.201.1) prévoit à son al. 3 qu'il est interdit de naviguer dans les champs de végétation aquatique tels que roseaux, joncs et nénuphars. En règle générale, on observera une distance d’au moins 25 m. En outre, l'art. 59 al. 1 de cette même loi édicte qu'il est interdit de stationner dans les roseaux. Une distance de 25 m au moins doit être observée.
c) Les art. 23a ss LPN prévoient également une protection spéciale en faveur des marais et sites marécageux d'une beauté particulière et d'importance nationale.
aa) S'agissant des marais d'une beauté particulière et d'importance nationale, l'art. 23a LPN renvoie aux dispositions relatives aux biotopes d'importance nationale, notamment à l'art. 18a LPN. Ainsi, l'ordonnance du 7 septembre 1994 sur la protection des bas-marais d'importance nationale (ordonnance sur les bas-marais; RS 451.33) s'inscrit dans le cadre des inventaires prévus par l'art. 18a LPN. Selon l'art. 4 de cette ordonnance, les objets doivent être "conservés intacts"; dans les zones marécageuses détériorées, la régénération sera encouragée dans la mesure où elle est judicieuse. Font notamment partie de ce but la conservation et le développement de la flore et de la faune indigènes et des éléments écologiques indispensables à leur existence ainsi que la conservation des particularités géomorphologiques. L'art. 5 ajoute que les cantons, après avoir pris l’avis des intéressés (art. 3 al. 1 et 2), prennent les mesures de protection et d’entretien adéquates pour conserver intacts les objets, en accordant une importance particulière au maintien et à l’encouragement d’une exploitation agricole adaptée. En d'autres termes, la protection des bas-marais d'importance nationale - constituant des biotopes d'importance nationale - est absolue.
bb) En ce qui concerne les sites marécageux d'une beauté particulière et d'importance nationale, l'art. 23b al. 1 LPN définit un site marécageux comme "un paysage proche de l'état naturel, caractérisé par la présence de marais. Une étroite relation écologique, visuelle, culturelle ou historique unit les marais au reste du site". L'al. 2 de cette disposition précise les conditions auxquelles un site marécageux est d'une beauté particulière et d'importance nationale. L'al. 3 prévoit que le Conseil fédéral désigne les sites marécageux répondant à ces conditions.
Selon l'art. 23c LPN, la protection a pour but général de sauvegarder les éléments naturels et culturels des sites marécageux qui leur confèrent leur beauté particulière et leur importance nationale (al. 1). Les cantons veillent à la concrétisation et à la mise en oeuvre des buts de la protection (al. 2). A teneur de l'art. 23d LPN, l'aménagement et l’exploitation des sites marécageux sont admissibles, dans la mesure où ils ne portent pas atteinte aux éléments caractéristiques des sites marécageux (al. 1); sont en particulier admis à la condition prévue à l'al. 1, l’entretien et la rénovation de bâtiments et d’installations réalisés légalement (al. 2 let. b).
L'ordonnance du 1er mai 1996 sur la protection des sites marécageux d’une beauté particulière et d’importance nationale (ordonnance sur les sites marécageux; RS 451.35) a été édictée sur la base de ces dispositions.
Elle recense les sites marécageux d'une beauté particulière et d'importance nationale, au titre de l'inventaire fédéral du même nom (ISM). Les secteurs inscrits comme sites marécageux à cet Inventaire fédéral ne constituent certes pas des biotopes dans toute leur étendue. Toutefois, ils englobent les biotopes d'importance nationale faisant l'objet de l'ordonnance sur les bas-marais (ou de l'ordonnance du 21 janvier 1991 sur les hauts-marais; RS 451.32), à savoir des marais d'importance nationale, étant précisé que le régime juridique de ces biotopes marécageux est réglé par ces ordonnances spécifiques, plus que par l'ordonnance sur les sites marécageux. En outre, l'ordonnance sur les sites marécageux réglemente la situation d'autres biotopes appartenant à un site marécageux de l'Inventaire lorsqu'ils sont considérés comme éléments caractéristiques de l'ensemble (cf. ci-après art. 4 al. 1 de l'ordonnance sur les sites marécageux), même s'ils ne sont pas inscrits à l'ordonnance sur les bas-marais (ou à l'ordonnance sur les hauts-marais). Ainsi, lors de l'application, au sein d'un site marécageux, du régime général de protection des biotopes en vertu de l'art. 18 LPN, une attention accrue doit être portée à un biotope considéré comme caractéristique de l'ensemble, même il n'est pas répertorié dans l'ordonnance sur les bas-marais (ou l'ordonnance sur les hauts-marais) (Karin Sidi-Ali, op. cit., n° 2.2.8 p. 36 s.).
Selon l'art. 4 al. 1 de l'ordonnance sur les sites marécageux, le paysage sera protégé contre les modifications qui portent atteinte à la beauté du site marécageux ou à son importance nationale (let. a); les éléments et les structures caractéristiques des sites marécageux seront sauvegardés, notamment les éléments géomorphologiques, les biotopes, les éléments culturels ainsi que les constructions et les structures traditionnelles de l'habitat (let. b); les espèces végétales et animales protégées en vertu de l'art. 20 OPN, ainsi que les espèces végétales et animales menacées et rares figurant dans les Listes rouges publiées ou approuvées par l'office fédéral seront particulièrement ménagées (let. c). L'art. 5 ajoute que les cantons veillent en particulier à ce que les biotopes au sens de l'art. 18 al. 1bis LPN, qui se trouvent à l'intérieur d'un site marécageux soient désignés (al. 2 let. b) et que l’exploitation à des fins touristiques et récréatives soit en accord avec les buts visés par la protection (al. 2 let. e). L'art. 8 de la même ordonnance précise, sous l'intitulé "réparation des dommages", que les cantons veillent à ce que les atteintes déjà portées à des objets soient réparées le mieux possible, chaque fois que l'occasion s'en présente.
Cela étant, la lecture des art. 23d LPN et 5 de l'ordonnance sur les sites marécageux montre que la protection des sites marécageux d'une beauté particulière et d'importance nationale n'est pas aussi stricte que la protection des bas-marais d'importance nationale (ou des hauts-marais d'importance nationale).
d) L'ordonnance du 28 octobre 1992 sur la protection des zones alluviales d’importance nationale (ordonnance sur les zones alluviales; RS 451.31) s'inscrit également, à l'instar de l'ordonnance sur les bas-marais (ou les hauts-marais) dans le cadre des inventaires des biotopes d'importance nationale prévus par l'art. 18a LPN. A l'instar de l'ordonnance sur les bas-marais, elle dispose à son art. 4 que les objets doivent être "conservés intacts" (al. 1); font notamment partie de ce but la conservation et le développement de la flore et de la faune indigènes typiques des zones alluviales et des éléments écologiques indispensables à leur existence (let. a). L'al. 2 de l'art. 4 admet néanmoins des dérogations du but visé par la protection, pour des projets dont l’emplacement s’impose directement par leur destination et qui sont destinés à assurer la sécurité de l’homme face aux effets dommageables de l’eau ou qui servent un autre intérêt public prépondérant d’importance nationale également. L’auteur de l’atteinte doit être tenu de prendre toutes mesures possibles pour assurer la protection, la reconstitution ou, à défaut, le remplacement adéquat de la zone alluviale.
e) L’inventaire fédéral des paysages, sites et monuments naturels (IFP) est basé sur les art. 5 ss LPN. D'après l'art. 6 al. 1 LPN, l'inscription d'un objet d'importance nationale dans un inventaire fédéral indique que l'objet "mérite spécialement d'être conservé intact ou en tout cas d'être ménagé le plus possible, y compris au moyen de mesures de reconstitution ou de remplacement adéquates". L'art. 2a de l'ordonnance du 10 août 1977 concernant l’inventaire fédéral des paysages, sites et monuments naturels (OIFP; RS 451.11) dispose que les cantons tiennent compte de l'IFP lors de l'établissement de leurs plans directeurs. L'IFP n'a ainsi force obligatoire que pour la Confédération et dans le cadre de l'exécution de tâches qui lui incombent (cf. art. 6 al. 2 LPN). On précisera que les art. 5 ss LPN (et notamment l'art. 6 LPN) s'appliquent aux objets des inventaires IFP (et ISOS), alors que les art. 18 ss LPN s'appliquent aux objets d'inventaires de biotopes d'importance nationale (ordonnance sur les bas-marais, ordonnance sur les hauts-marais, ordonnance sur les zones alluviales notamment), régionale ou locale (Sidi-Ali, op. cit., n° 2.4.5.3 p. 69).
8. a) Sur le plan cantonal, le règlement de la décision de classement 2001/2002, dispose que:
Art. 10 Secteurs lacustres
(...)
Le débarquement est interdit sur les rives constituées de marais et de forêts-refuge hors des plages et des cheminements indiqués sur les plans.
Il est interdit de pénétrer dans les champs de végétation aquatique tels que roseaux, joncs ou nénuphars. En dehors des plages autorisées, on observera une distance d’au moins 25 mètres.
Les dispositions découlant de la législation sur la navigation intérieure sont réservées.
Art. 11 Secteurs lacustres d'accès limité, autorisés à la navigation et à la baignade estivale
En complément aux dispositions de l'art. 10, il est interdit de naviguer avec des bateaux et autres engins flottants et de se baigner dans ces secteurs. La navigation et la baignade sont toutefois autorisées entre le 1er juin et le 3ème lundi du mois de septembre.
Art. 12 Secteurs lacustres interdits à la navigation et à la baignade
En complément aux dispositions de l'art. 10, il est interdit de naviguer avec des bateaux et autres engins flottants et de se baigner dans ces secteurs durant toute l'année. La baignade est autorisée au droit des plages mentionnées sur le plan entre le 1er juin et le 3ème lundi du mois de septembre.
Art. 13 Secteurs terrestres
(...)
(...)
Il est interdit de construire en dehors des secteurs agricoles protégés.
Seuls sont autorisés les travaux d'entretien et de rénovation des bâtiments (tels que résidences secondaires), installations licites existantes et pour autant que les requérants soient au bénéficie d'un titre juridique suffisant.
Art. 21 Disposition transitoire
L’ancrage de bateaux est autorisé aux ayants droit dans le secteur lacustre bordant le secteur de résidences secondaires des Grèves de la Motte, jusqu’à échéance des droits d'amarrage.
(...)"
b) Enfin, le plan directeur de 1982 dispose, à son Annexe I intitulée "Mesures générales":
2. Navigation de plaisance
2.1. a. Faire respecter les règles de navigation édictées dans l’ordonnance sur la navigation dans les eaux suisses du 8.11.1978 (RS 747.201.1) notamment l’article 53.
b. Elaborer des prescriptions cantonales spécifiques et localisées au large des zones protégées et des plages publiques en consultant préalablement les organes et associations intéressés.
c. Informer les usagers du plan d’eau de ces nouvelles dispositions.
2.2. a. Inventorier le nombre d’embarcations par catégorie, par lac et par lieu d’amarrage.
b. Inventorier le nombre de places concédées à l’amarrage soit par les ports, les passerelles et sur les passerelles privées. Distinguer les emplacements illicites des autres.
c. Inventorier les besoins en places d’amarrage à terre et à l’eau en fonction des listes d’attente dans les ports.
d. Inventorier les places d’amarrage libres dans les ports.
e. Procéder par comparaison des chiffres obtenus en a, b, c et d, au regroupement des amarrages sauvages dans les ports existants et, au besoin, prévoir les possibilités d’accueil des embarcations par commune, ce programme permettra de prendre en considération le bien-fondé des projets présentés à l'Etat (demande de concession portuaire).
f. (...)
g. Mettre en demeure les propriétaires de passerelles non licites de régulariser leur situation ou de supprimer leur passerelle.
h. (...)
A son annexe II intitulée "Mesures particulières", le plan directeur de 1982 prévoit notamment, s'agissant de la Commune de Cudrefin:
16. Cudrefin
16.1 Zone naturelle
a. Protection, gestion et entretien des roselières et des prairies à litière, de la forêt riveraine et de la forêt de pente.
b Définition d’un périmètre et d’un statut de réserve naturelle en accord avec les instances intéressées, au sud-ouest du village.
c. Réglementation de la navigation de plaisance, interdiction de pénétrer et d’accoster dans les roselières,
d. Suppression des passerelles et des amarrages sauvages, et regroupement des bateaux dans les ports de Cudrefin.
e. - f. (...)
16.2. Mesures d’encouragement en faveur de la commune pour l’étude et la réalisation des possibilités d’extension et de mise en valeur du périmètre:
a. Protection des roselières existantes.
b. Aménagement et balisage de sécurité des plages.
c. Suppression des passerelles et amarrages sauvages et regroupement des bateaux dans les ports.
d. (...)
16.3. Maintien de la concordance entre le plan des zones et le plan directeur des rives en respectant les objectifs généraux de ce dernier.
9. a) En l'espèce, il ressort de l'examen du plan de la décision de classement que la navigation est interdite toute l'année dans les eaux baignant les pontons du secteur des Chavannes, mais que la baignade y est autorisée en été. Ces eaux sont ainsi régies par l'art. 12 du règlement de la décision de classement. Celle-ci étant entrée en force, elle ne peut être remise en cause.
L'interdiction de navigation dans ce secteur couvert par l'inventaire des sites marécageux d'une beauté particulière et d'importance nationale répond du reste au but de protection de l'ordonnance sur les sites marécageux. Elle correspond en outre à l'art. 53 ONI qui proscrit notamment de naviguer dans les champs de végétation aquatique, ainsi qu'à l'objectif du plan directeur de 1982, qui vise notamment à réglementer la navigation de plaisance, à interdire aux bateaux de pénétrer et d’accoster dans les roselières, et à regrouper les bateaux dans les ports de Cudrefin (cf. ch. 2.1 des mesures générales et ch. 16.1 let. c et d des mesures particulières).
Il découle de ce qui précède que selon la décision de classement interdisant la navigation dans le secteur des Chavannes, les pontons ne peuvent être utilisés pour embarquer ou débarquer des passagers, encore moins pour y amarrer des bateaux à demeure. La nécessité d'accéder à un bateau depuis la rive ne saurait donc justifier le maintien des pontons en l'espèce. Ce d'autant plus que l'agrandissement du port communal de Cudrefin offre la possibilité de déplacer les embarcations situées dans le secteur des Chavannes et de réparer ainsi l'atteinte déjà portée au site marécageux (cf. art. 8 de l'ordonnance sur les sites marécageux).
La question de la nécessité des pontons ne se pose donc plus en termes de places d'embarquement, de débarquement ou d'amarrage au droit des DDP des recourants, mais uniquement sous l'angle de la baignade (cf. consid. 9b ci-dessous).
b) La baignade étant autorisée dans le secteur des Chavannes par l'art. 12 de la décision de classement, ne fût-ce qu'en été, la possibilité d'y exercer cette activité doit être maintenue, dans la mesure permise par les dispositions fédérales de protection de la nature et du paysage.
aa) A cet égard, il faut relever d'emblée que si la roselière existant sur une partie du secteur des Chavannes doit être considérée par définition comme un biotope digne de protection (cf. art. 18 al. 1bis et 21 LPN mentionnant expressément les roselières) et qu'elle se situe dans un site marécageux d'une beauté particulière et d'importance nationale, elle ne se trouve pas dans des zones alluviales ou de bas-marais d'importance nationale, mais entre ces zones. Elle ne constitue donc pas un biotope d'importance nationale. Sa protection n'a dès lors pas la portée définie dans l'ordonnance sur les bas-marais ou l'ordonnance sur les zones alluviales, qui prévoient notamment de conserver intacts les objets inventoriés.
Ainsi, il suffit que l'autorisation de baignade et les aménagements y relatifs respectent, pour la roselière occupant une partie du secteur des Chavannes, les exigences de sauvegarde des biotopes dignes de protection (cf. art. 18 al. 1ter et 21 LPN, art. 14 al. 2 OPN) et, pour tout le secteur, les exigences de sauvegarde des sites marécageux d'une beauté particulière et d'importance nationale (cf. art. 23d al. 1 LPN, art. 4 et 5 de l'ordonnance sur les sites marécageux). Le site étant de surcroît inscrit à l'IFP, il sied de prendre en considération les exigences de protection du paysage.
Comme déjà dit (cf. consid. 7c/bb), selon l'art. 23d al. 1 LPN en particulier, l'aménagement et l'exploitation des sites marécageux sont admissibles pour autant qu'ils ne portent pas atteinte aux éléments caractéristiques des sites marécageux (voir aussi art. 4 al. 1 let. b et 5 al. 2 let. c de l'ordonnance sur les sites marécageux). Notamment, l'art. 4 al. 1 let. a de l'ordonnance sur les sites marécageux dispose que le paysage sera protégé contre les modifications qui portent atteinte à la beauté du site ou à son importance nationale. Il s'agit encore, selon la let. c de cette disposition, de ménager particulièrement les espèces végétales et animales protégées en vertu de l'art. 20 OPN, ainsi que les espèces végétales et animales menacées et rares figurant dans les "Listes rouges" publiées ou approuvées par l'OFEV. L'art. 5 al. 2 let. e de l'ordonnance sur les site marécageux autorise quant à lui l'exploitation des sites marécageux à des fins touristiques et récréatives, mais à condition qu'elles se concilient avec les buts visés par la protection.
bb) Vu la configuration des lieux, notamment le peu de profondeur de l'eau, il est malaisé d'y accéder depuis la rive en l'absence de ponton. Or, il ne semble guère concevable que les auteurs du plan de classement aient entendu ne permettre l'accès à la natation dans ce secteur non pas par la rive sise au droit de celui-ci, mais par une autre rive, en contournant la roselière. Une interprétation de la décision de classement précitée conforme au droit fédéral, notamment à l'art. 5 al. 2 let. e de l'ordonnance sur les sites marécageux autorisant l'exploitation des sites marécageux à des fins touristiques et récréatives, plaide ainsi pour le maintien d'un aménagement facilitant l'accès au lac, afin de permettre aux nageurs d'user de leur droit de se baigner dans le secteur des Chavannes.
Cela ne signifie toutefois pas que l'art. 12 de la décision de classement et l'art. 5 al. 2 let. e de l'ordonnance sur les sites marécageux imposent de maintenir la totalité des pontons. Il ne fait en effet pas de doute que des pontons aussi nombreux portent atteinte aux éléments caractéristiques du site et à sa faune au sens des art. 23d al. 1 LPN et des art. 4 al. 1 let. a, b et c de l'ordonnance sur les sites marécageux, notamment en termes de préservation du paysage naturel et dans la mesure où ils compromettent la tranquillité nécessaire aux espèces en danger, ou vulnérables, qui y nichent. On souligne en particulier que le blongios nain et le grèbe castagneux, dont la présence sur le site est mentionnée par le SFFN, figurent sur la Liste rouge des oiseaux nicheurs, éditée par l'OFEV en 2010, au titre d'espèces en danger, respectivement vulnérables. Enfin, il sied de se référer au plan directeur de 1982, qui vise clairement à réduire le plus possible les pontons et les amarrages, et à les regrouper dans les ports, de manière à protéger les roselières existantes.
Les recourants ne peuvent ainsi prétendre, par commodité, à un ponton privé devant chacune de leurs parcelles. Surtout, les recourants ont accès au ponton communal, qu'ils peuvent utiliser à des fins de baignade. Par sa longueur - d'environ 60 m - celui-ci est du reste plus approprié à cette activité que les pontons privés des recourants, de 10 à 20 m seulement, dès lors qu'il permet d'atteindre d'emblée des eaux plus profondes et moins gagnées par la roselière. Il occupe de surcroît une position centrale parmi les pontons des recourants, et n'est distant du plus éloigné que de 60 m environ. On rappellera enfin que l'existence de ce ponton n'est pas formellement remise en cause actuellement, même si elle fait l'objet de discussions.
c) Vu ce qui précède, compte tenu de la présence du ponton communal, la protection de la nature et du paysage s'oppose à l'implantation des pontons privés des recourants dans le secteur des Chavannes, en dépit de leur conformité à la zone au sens des art. 17 et 22 LAT (cf. consid. 5b supra). Il s'agit de surcroît en ce sens d'un motif prépondérant d'intérêt général, permettant à l'autorité intimée de refuser l'octroi d'autorisations d'usage du domaine public au sens des art. 25 LLC et 8 al. 1 RLPDP (cf. consid. 4 supra).
10. Il reste à examiner si les pontons - existants - peuvent néanmoins être maintenus en vertu de dispositions relevant de la protection de la situation acquise.
a) S'agissant de la protection des doits acquis, l'art. 25b al. 1 LPN prévoit que les cantons désignent les installations, les bâtiments et les modifications de la configuration du terrain réalisés après le 1er juin 1983 dans les marais et les sites marécageux d’une beauté particulière et d’importance nationale, qui sont contraires aux buts visés par la protection et qui n’ont pas été autorisés avec force de chose jugée sur la base de zones d’affectation conformes à la LAT. Il sied de se référer également à l'art. 23d LPN, selon lequel l’aménagement et l’exploitation des sites marécageux sont admissibles, dans la mesure où ils ne portent pas atteinte aux éléments caractéristiques des sites marécageux (al. 1); sont en particulier admis à la condition prévue à l'al. 1, l’entretien et la rénovation de bâtiments et d’installations réalisés légalement (al. 2 let. b). Enfin, entre en considération l'art. 5 de l'ordonnance sur les sites marécageux, selon lequel les cantons veillent en particulier à ce que l’aménagement et l’exploitation admissibles selon l’art. 23d al. 2 LPN, ne portent pas atteinte aux éléments caractéristiques des sites marécageux (let. c).
L'art. 24c LAT relatif à la protection de la situation acquise pour les constructions et installations existantes hors de la zone à bâtir et non conformes à l'affectation de la zone, n'a de portée que dans le cadre des dispositions de protection de la nature susmentionnées. Il en va de même de l'art. 80 de la loi du 4 décembre 1985 sur l'aménagement du territoire et les constructions (LATC; RSV 700.11), selon lequel les bâtiments existants non conformes aux règles de la zone à bâtir entrées en force postérieurement, relatives notamment à l'affectation de la zone, peuvent être entretenus ou réparés.
b) Moor (op. cit., vol. III, 1992, ch. 6.4.4.2) distingue, s'agissant des titres juridiques permettant l'utilisation particulière du domaine public, les autorisations et les concessions. La première a la nature d'une décision, acte unilatéral, et elle en suit le régime; la seconde est un acte mixte, comportant des clauses unilatérales, d'autres bilatérales, suivant un régime contractuel.
aa) En l'espèce, les titres juridiques dont bénéficient les recourants sont des autorisations, délivrées par le département et signées par celui-ci exclusivement, non pas des concessions (cf. art. 4 aLLC). Peu importe à cet égard qu'une redevance annuelle est perçue.
bb) Une autorisation est révocable, mais sa modification n'est valable qu'en fonction du résultat d'une balance des intérêts en présence. Parfois, l'administration munit l'autorisation d'une clause de précarité (Moor, op. cit., vol. III, 1992, ch. 6.4.4.5). Ainsi, l'insertion dans la décision d'une clause de retrait donne à la faculté conférée à l'administré un caractère précaire: l'autorité peut révoquer l'acte, sans être liée aux conditions générales de la révocation. Elle ne dispose cependant pas d'une entière liberté: le "retrait" doit être motivé par des considérations pertinentes d'intérêt public, dans un rapport cohérent avec l'objet même de la décision et de la législation qui la fonde; elle empêche donc surtout que, de bonne foi, l'administré réalise des investissements qui feraient obstacle à la révocation (Moor, op. cit., vol. II, 2011, ch. 1.2.4.3). Quel que soit son libellé, la clause de retrait ne donne pas pleine liberté à l'autorité: celle-ci ne peut se fonder sur des motifs arbitraires, mais doit invoquer des raisons pertinentes d'intérêt public (Moor, op. cit., vol. II, 2011, ch. 2.4.3.6; voir aussi AC.2010.0203 du 17 janvier 2012 consid. 3b). D'une manière générale, une révocation motivée par une raison qui n'aurait pas suffi à légitimer un refus serait arbitraire (Moor, op. cit., vol. III, 1992, ch. 6.4.4.5).
En l'espèce, selon l'art. 2 des autorisations d'usage public délivrées aux recourants, l'autorisation est accordée à bien-plaire; le bénéficiaire peut être tenu en tout temps d'enlever et de faire disparaître, sans avoir droit à dédommagement, ni indemnité, les travaux qui font l'objet de cette autorisation. Il s'agit d'une clause de précarité au sens ci-dessus. Même si ces autorisations ont été régulièrement renouvelées, depuis plus de quarante ans à ce jour, les recourants ne pouvaient ignorer qu'elles demeuraient formellement à bien-plaire, et qu'ils pourraient être requis en "tout temps", selon la teneur de l'autorisation, de démonter les pontons. A plus forte raison, cela vaut également pour Margaritha Blaser, dont le ponton n'a jamais formellement bénéficié d'une quelconque autorisation. Cela ne signifie pas que la révocation de l'autorisation, même à bien-plaire, ne soit pas soumise au respect des principes de l'interdiction de l'arbitraire et de la proportionnalité.
c) Conformément à l'art. 23d al. 2 let. b LPN, l’entretien et la rénovation d’installations réalisées légalement - à l'instar des pontons ici litigieux, le statut de celui de Margaritha Blaser étant néanmoins réservé - ne sont admissibles que s'ils ne portent pas atteinte aux éléments caractéristiques du site marécageux.
En l'espèce, comme déjà vu (consid. 9b/bb supra), il ne fait toutefois pas de doute que le maintien des pontons porte atteinte au site marécageux, notamment en termes de préservation du paysage naturel et dans la mesure où ces ouvrages compromettent la tranquillité des espèces qui y vivent. L'intérêt public à préserver les rives naturelles et à supprimer ces installations de la surface lacustre est donc très important.
Les législations de protection de la nature et du paysage sont par ailleurs des éléments nouveaux, qui n'entraient pas en considération lors de l'octroi des autorisations initiales. Le plan de classement n'a du reste été définitivement approuvé qu'en mai 2011. Il s'agit de changements de circonstances décisifs, propres à justifier une révocation d'autorisations. Les recourants soutiennent en vain que la présence d'une roselière immédiatement devant une zone constructible est une aberration, dès lors que le site en question fait précisément l'objet de la décision de classement qui ne peut plus être remise en cause.
S'agissant de l'intérêt privé des recourants, il ressort du procès-verbal d'audience qu'hormis Claudie Linder et consorts, qui ne possèdent actuellement pas de bateau, tous les recourants disposent de places d'amarrage dans le port de Cudrefin. En définitive, les recourants utilisent leurs pontons comme lieu d'embarquement ou de débarquement: aucun bateau n'y est stationné de manière permanente. Quoi qu'il en soit, l'usage des pontons pour des bateaux relève exclusivement de la commodité personnelle. L'intérêt privé des recourants au maintien des pontons n'est certes pas négligeable, mais l'autorité l'a pris en considération dans la mesure du possible, en leur offrant la possibilité de bénéficier d'une place d'amarrage au port communal désormais agrandi. Le seul désavantage de devoir parcourir quelque deux cents à quatre cents mètres pour atteindre le port ne suffit pas à renverser la pesée des intérêts.
Notons au passage qu'il ne s'agit pas de supprimer tous les pontons privés dans le canton lorsque des places dans les ports publics sont disponibles, mais uniquement d'ordonner la démolition de ceux qui ne respectent plus les exigences des lois fédérales et cantonales sur la protection de la nature et du paysage, adoptées entre-temps. Or en l'espèce, il existe désormais un intérêt public prépondérant à supprimer les pontons privés et à regrouper les bateaux au port de Cudrefin.
Il reste à examiner la compatibilité des décisions attaquées avec l'art. 21 du règlement de la décision de classement. Rappelons que cette disposition autorise l'ancrage de bateaux aux ayants droit dans le secteur lacustre bordant le secteur de résidences secondaires des Grèves de la Motte, jusqu'à échéance des droits d'amarrage. Toutefois, dès lors que les autorisations d'usage du lac ont été octroyées à bien-plaire exclusivement, elles n'ont de ce fait pas de date d'échéance, de sorte qu'il serait concevable de les considérer comme échues par nature. Quoi qu'il en soit, elles ne sauraient bénéficier d'une durée de validité plus longue que celle qui leur aurait été accordée s'il s'était agi de concessions formelles. Or, la durée maximale de telles concessions est de 30 ans, durée qui est déjà écoulée. Les autorisations seraient ainsi de toute façon échues, de sorte que les recourants ne peuvent tirer d'argument de l'art. 21 du règlement de la décision de classement. Pour les mêmes motifs, ils invoquent en vain l'art. 13 al. 4 du règlement de la décision de classement: à supposer que cette disposition soit applicable par analogie aux pontons, elle subordonne de toute façon le maintien d'installations licites existantes à un titre juridique suffisant, ce qui n'est plus le cas ici.
11. Les recourants concluent subsidiairement à ce que qu'un délai d'au moins deux ans, dès que le présent arrêt serait devenu définitif et exécutoire, leur soit accordé pour effectuer les travaux d'évacuation des pontons litigieux, les autorisations d'usage du domaine public devant demeurer valables dans le même délai.
Rappelons que les décisions attaquées, rendues les 5 février et 23 avril 2010, fixaient aux recourants un délai de démolition au 31 mars, respectivement 31 mai 2010, soit de moins de deux mois.
Depuis, près de deux ans se sont encore écoulés. Il n'y a dès lors pas lieu de prolonger encore le délai de démolition. Il appartient ainsi à l'autorité intimée de fixer un nouveau délai, lequel ne sera toutefois pas inférieur à deux mois.
12. Vu ce qui précède, les recours doivent être rejetés et les décisions attaquées confirmées, aux frais des recourants qui succombent. Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens.