Decision ID: 09a22830-880d-4c91-a977-e6bdf19daaec
Year: 2020
Language: fr
Court: VD_TC
Chamber: VD_TC_031
Canton: VD
Region: Région lémanique
Law Area: public_law

Vu les faits suivants:
A. A._, ressortissant du Bénin né le ******** 1981, est entré en Suisse le 15 septembre 2010 au bénéfice d'une autorisation de séjour temporaire pour études délivrée par le Service de la population du Canton de Vaud (ci-après : SPOP). Le but de ce séjour était de suivre une formation auprès de la Haute Ecole d'Ingénierie et de Gestion du Canton de Vaud (ci-après : HEIG-VD) en vue d'obtenir un diplôme de "Bachelor HES en Génie électrique". La durée du cycle complet d'études était de 3 ou 4 ans pour la formation à plein temps, et de 4 ans minimum pour la formation en emploi.
Après avoir effectué une première année académique 2010-2011, le prénommé a changé de filière d'études au sein de la HEIG-VD, passant de la filière "Génie électrique" à la filière "Ingénierie des médias" dès le début de l'année académique suivante. Le 17 juillet 2014, il a été exmatriculé de cet établissement en raison de son échec définitif dans cette filière.
Dès le 15 septembre 2014, A._ a débuté une nouvelle formation auprès de la Haute Ecole de Gestion ARC, à Neuchâtel, en vue d'obtenir un diplôme de "Bachelor HES en Informatique de gestion". Le SPOP a dès lors prolongé l'autorisation de séjour pour études de l'intéressé jusqu'au 31 octobre 2015.
B. En parallèle à ses études, A._ a sollicité et obtenu le droit d'exercer une activité lucrative à raison d'un maximum de 15 heures par semaine. Il a été engagé à concurrence de ce taux d'activité dès le 15 avril 2011 comme auxiliaire dans le domaine de la restauration par un établissement lausannois. Il a ensuite été engagé, toujours au même taux d'activité, en qualité de garçon d'office auprès d'un autre établissement lausannois, le B._, dès le 19 août 2011.
Du 18 septembre au 24 novembre 2017, le prénommé a suivi une formation auprès du Centre de Formation dans le domaine de l'Horlogerie (CFH), à Genève, au terme de laquelle lui a été délivré un "certificat d'opérateur au posage emboîtage".
Par ailleurs, l'intéressé est inscrit sur la liste des interprètes agréés par l'Etat de Vaud, en qualité d'interprète occasionnel en langues fon et mina. Les interprètes occasionnels peuvent être désignés, à bien plaire, par la police ou la justice pour effectuer des tâches de traduction.
C. Au cours de l'année 2013, A._ a fait la connaissance de C._, ressortissante portugaise née le ******** 1976, laquelle a été mise dans le courant de l'année 2014 au bénéfice d'une autorisation de séjour UE/AELE (permis B) avec droit d'exercer une activité lucrative valable jusqu'au 31 août 2018. Le couple s'est marié le 4 décembre 2015 à ******** (VD). A la suite de cette union, A._ s'est vu délivrer une autorisation de séjour (permis B) par regroupement familial, également valable jusqu'au 31 août 2018. Les époux ont emménagé dans l'appartement que C._ partageait avec un ami, D._, également originaire du Bénin. Ce dernier est décédé en janvier 2017.
Les époux ont présenté en avril 2017 une demande de regroupement familial en faveur des deux filles mineures de C._, lesquelles étaient issues de précédentes relations avec des ressortissants portugais. Ayant rejoint leur mère en Suisse apparemment déjà en 2015, les enfants ont été mises au bénéfice d'autorisations de séjour UE/AELE (permis B) valable jusqu'au 31 août 2018.
Les époux se sont séparés le 29 avril 2018. Sur requête de C._, une audience de mesures protectrices de l'union conjugale a été tenue par le Président du Tribunal d'arrondissement de Lausanne le 23 juillet 2018. A cette occasion, les époux ont précisé que chacun avait désormais trouvé un logement indépendant et séparé et considérait qu'il n'existait plus de domicile conjugal. Par ailleurs, ils ont convenu de vivre séparés pour une durée indéterminée; ils ont en outre renoncé réciproquement à toute contribution d'entretien; enfin, ils ont adopté le régime de la séparation de biens entre époux au 23 juillet 2018, en réservant tous droits concernant d'éventuelles dettes ouvertes avant cette date.
D. Le 24 juillet 2018, A._ a requis la prolongation de son autorisation de séjour.
Chacun des époux a été entendu par les collaborateurs du SPOP au sujet de leur situation matrimoniale. Ainsi, le 13 août 2018, C._ a notamment fait les déclarations suivantes :
"[...]
Q.4. Quelle est votre situation matrimoniale actuelle?
R. Je suis séparée effectivement de M. A._ depuis 02.2018 lorsque ma décision a été prise et le 29.04.2018 j'ai quitté la maison pour aller au Foyer Malley-Prairie. Entretemps j'avais réussi à me trouver mon logement actuel.
Nous n'avions jamais été séparés auparavant.
Nous nous sommes mariés à ******** le 04.12.2015.
Q.5. Où et quand avez-vous fait la connaissance de votre conjoint?
R. Je l'ai connu 2 ans avant le mariage. Lorsque je suis arrivée ici l'un de mes amis (décédé maintenant) nous a présentés. A._ et moi faisions des démarches ensemble pour trouver du travail et au bout d'~5 mois notre relation amoureuse a commencé.
En 2014 j'avais pris un appartement avec un compatriote (aussi béninois) à ******** et A._ est venu vivre avec nous à partir du moment où nous avons été mariés.
Lors de ma séparation j'ai tout de suite trouvé mon nouvel appartement à mon adresse actuelle. Par contre A._ a quitté la colocation de ******** et je ne sais pas où il loge.
Q.6. Qui a demandé/proposé le mariage?
R. C'est lui.
Pour vous expliquer, au début il a voulu un enfant avec moi mais j'ai refusé car j'en ai déjà 2. Puis il m'a proposé le mariage mais j'ai refusé aussi, je n'avais jamais été mariée et n'y tenais pas. Il m'a dit «donc si tu ne veux pas d'enfant avec moi ni te marier je vais trouver quelqu'un d'autre à marier» et comme je tenais à lui j'ai accepté de l'épouser.
[...]
Q.8. Depuis quand votre couple a pris fin?
R. Depuis 02.2018
Q.9. Qui a demandé la séparation?
R. C'est moi.
Q.10. Quels sont les motifs de cette séparation?
R. 2 mois après le mariage il a complètement changé : nous n'avions plus de contact, il ne me parlait plus ou alors au minimum. Il me surveillait sans arrêt et j'en ai eu marre. Il disait aussi que notre coloc D._ était mon «copain» ce qui n'était pas vrai. Par contre D._ avait vu des échanges sms dans le tél de A._ dans lesquels une femme lui disait qu'elle allait «le consoler».
En 01.2017 D._ est décédé et en 01.2018 je suis allée apporter toutes ses affaires à sa famille au Bénin. En rentrant de voyage j'ai discuté avec le frère de A._ du fait que notre couple n'allait plus, je les ai avertis que si ça n'allait pas mieux je partirais.
Nous avons eu une discussion dans la voiture – pour que les enfants ne l'entendent pas – et A._ a estimé que notre couple allait bien!
Il faut dire aussi que je n'arrivais jamais à savoir ce qu'il faisait de ses journées, il ne me disait rien et ne répondait pas à mes questions, de plus il me demandait sans arrêt de l'argent. Il travaillait le w-e et il m'a remplacé 1 mois durant mon séjour au Bénin. Je ne sais pas s'il va encore faire des cours. En fait il faisait les choses de son côté.
Q.11. Une procédure de divorce est-elle envisagée?
R. Dès 09.2018, à son retour de vacances, mon avocate va déposer une demande de divorce. Si cela ne marche pas je vais devoir attendre les 2 ans de séparation.
A._ et moi n'avons plus aucun contact depuis 05.2018. On s'est juste vu à l'audience du 23.07.2018.
Q.12. Une reprise de la vie conjugale est-elle envisagée? [...]
R. Non, c'est fini! Je préfère vivre seule.
Q.13. Des enfants sont-ils issus de cette union?
R. Non, nous n'avons pas eu d'enfant ensemble.
Pour ma part j'ai 2 enfants, issus de 2 autres relations, qui vivent avec moi [...].
Quant à A._, à ma connaissance, il a 1 enfant :
1 fils : E._, qui a 15 ou 16 ans. Il vit au Bénin. Je crois que la semaine il est avec sa maman et le w-e chez sa grand-mère maternelle. A._ veut le faire venir en Suisse. J'étais d'accord lorsque cela allait bien entre nous.
[...]
Q.17. Avez-vous été victime ou auteur de violences conjugales? [...]
R. Non, il n'y a jamais eu de violences physiques entre nous, uniquement des disputes verbales. La police n'est jamais venue chez nous.
[...]
Q.19. Parlez-vous français? Votre conjoint parle-t-il français? [...]
R. Oui et lui aussi.
Quand nous avons fait connaissance on essayait de «parler» en français mais c'est D._ qui faisait les traductions, avec le temps j'ai appris le français en parlant toujours avec eux.
Q.20. Connaissez-vous la famille de votre conjoint? Et inversement?
R. J'ai fait la connaissance de sa famille à fin 01.2018, lorsque je suis allée au Bénin apporter les affaires de D._ à sa famille.
Il ne connait pas ma famille car il n'est jamais allé au Portugal et je n'ai pas de famille ici.
Q.21. Lors de votre mariage (à ********), quels membres de vos familles respectives étaient-ils présents?
R. Personne de ma famille.
Du côté de A._ : sa grande sœur qui vit à ********, l'un de ses frères qui vit en France mais je ne sais pas où, celui qui vit à ******** et un 3ème qui est demandeur d'asile, je crois qu'il vit à ********.
Q.22. Quelles étaient vos activités communes? (Occupations, sport, assos', églises ou autres, bénévolat, hobbies etc...)
R. Nous nous promenions, allions à la bibliothèque, on restait à la maison. J'allais quelques fois à l'église mais pas lui.
Q.23. Avez-vous des amis communs?
R. Nous avions D._... C'est tout.
Q.24. Etes-vous partis ensemble en vacances (ou week-end romantique)? Si oui, où? Quand?
R. Jamais ensemble.
Lui n'est jamais parti seul. Il voulait aller au Bénin mais du coup je lui disais que je voulais y aller avec lui, ce qu'il refusait. De ce fait il n'est jamais parti seul.
Et moi je suis allée 1 seule fois au Bénin, apporter les affaires de D._.
Je suis allée au Portugal 1x par an, avec mes enfants.
Q.25. Comment estimez-vous que votre conjoint soit intégré en Suisse?
R. Je pense qu'il est bien intégré, je pense qu'il a aussi des amis suisses.
Q.26. Au vu de la situation, notre autorité pourrait soupçonner un mariage dit «de complaisance». Comment vous déterminez-vous à ce sujet?
R. Je ne sais pas mais...je pense que c'est cela.
Q.27. Nous vous informons qu'au vu de la situation, notre Service pourrait être amené à décider la révocation ou le non renouvellement de son autorisation de séjour et lui impartir un délai pour quitter notre territoire. Comment vous déterminez-vous à ce sujet?
R. Cela m'est égal.
[...]"
Quant à A._, entendu le 2 octobre 2018, il a déclaré notamment ce qui suit :
"[...]
Q.4. Quelle est votre situation matrimoniale actuelle?
R. Je suis séparé effectivement de Madame C._ depuis le 29.04.2018, à cette époque je ne savais pas où elle était allée. Mais pour moi on n'est pas séparés.
Nous n'avons jamais été séparés auparavant.
Nous nous sommes mariés à ******** le 04.12.2015.
Q.5. Où et quand avez-vous fait la connaissance de votre conjointe?
R. J'ai fait sa connaissance en 06 ou 07.2013, sur le bateau «********» et à Ouchy. Je travaillais sur ce bateau et mon collègue D._, qui était aussi un compatriote tout en étant aussi portugais la connaissait, elle venait souvent chez lui et c'est ainsi que notre relation a commencé, elle est portugaise et ne parlait pas français alors je lui donnais des cours. Je lui faisais des avances auxquelles elle n'a pas répondu tout de suite.
Elle est arrivée en Suisse début 2013.
Au début, elle vivait chez une dame qui logeait aussi D._ puis lui et C._ ont pris un appartement ensemble grâce à ma belle-sœur.
Moi j'avais un studio et lui avait proposé de venir vivre chez moi puis de faire venir ses enfants ici mais elle a refusé, me disant qu'elle avait l'habitude de vivre dans un logement plus grand. Je n'ai pas eu le choix lorsqu'elle a pris un logement avec D._ mais c'est moi qui ai demandé à ma belle-sœur d'être leur garant. Elle n'avait pas voulu l'être pour moi car je ne gagnais pas assez pour payer un tel loyer.
C'est après le mariage que je suis allé loger chez eux.
Q.6. Qui a proposé/demandé le mariage?
R. C'est moi. En 2014 mais elle n'a pas été d'accord. Je suis souvent revenu sur la question en lui disant que nous étions seuls ici et que nous savions nous battre, qu'elle n'avait pas de droit de séjour. Donc c'est un peu ça.
[...]
Q.8. Depuis quand votre couple a pris fin?
R. Depuis le 29.04.2018.
Q.9. Qui a demandé la séparation?
R. C'est elle qui a quitté la maison...
Q.10. Quels sont les motifs de cette séparation?
R. Lorsque D._ est mort C._ est allée au Bénin pour rapporter les affaires du défunt au pays. Je lui ai dit que le billet était cher alors je ne pouvais pas y aller et qu'aurions-nous fait des enfants pendant tout ce temps? Elle y est tout de même allée et c'est à son retour qu'elle m'a quitté.
Pour moi nous rencontrons qu'un problème banal et avec le temps elle va s'en rendre compte. Et puis C._ a tissé des liens avec des gens là-bas et leur a dit qu'elle allait les faire venir et le conflit entre nous a commencé comme cela.
En fait elle est seule à connaître ses raisons car nous partagions même toutes les charges du ménage.
Q.11. Une procédure de divorce est-elle envisagée?
R. Je ne sais pas si elle veut divorcer et je ne connais pas ses intentions. Je l'appelle au téléphone et quelques fois elle me répond.
Q.12. Une reprise de la vie conjugale est-elle envisagée? Si oui : à quelle échéance devrait-elle avoir lieu? Et qu'avez-vous entrepris pour permettre à votre couple de refaire ménage commun?
R. C'est mon souhait le plus absolu mais je ne sais pas ce qu'elle pense. Je pense qu'elle va réfléchir et que tout ira mieux.
Q.13. Des enfants sont-ils issus de cette union?
R. Non, nous n'avons pas eu d'enfant ensemble.
Ma conjointe a 2 enfants, issus de 2 autres relations auxquels elle n'était pas mariée. Elles vivent avec leur maman [...].
J'ai 1 fils : E._, il est né et vit au Bénin. Il est né en 2004. Je n'ai que de très rares contacts avec lui.
Ma conjointe n'en a pas d'autre.
[...]
Q.15. Quelle est votre situation professionnelle actuelle? Et celle de C._?
R. Depuis le 19.08.2011 je travaille en tant que nettoyeur au B._, autrefois j'y étais employé à temps partiel à 36,66% et depuis cet été je suis à 100%.
Avant d'être à 100% je travaillais avec C._ lorsqu'elle faisait des nettoyages. Et je faisais des missions pour F._.
A ma connaissance C._ travaille toujours.
Q.16. Quels sont vos moyens financiers actuels?
R. Mon salaire à 100% est d'~3'100.- net/mois, impôts à la source déjà déduits.
C'est ma seule rentrée d'argent.
Je n'ai pas de subsides pour mon assurance maladie (CSS).
Le loyer de mon 2 pces est de Fr. 1'655.-cc/mois. Je cherche un autre logement.
Je n'ai pas de véhicule, juste l'abonnement des CFF.
Je n'ai pas de crédit ni de leasing.
Je n'ai pas de poursuites ni d'ADB.
Quelques fois j'envoie ~Fr. 200.- à 400.- à ma maman au pays.
Q.17. Avez-vous été victime ou auteur de violences conjugales? [...]
R. Jamais. Je ne suis pas violent mais une fois où elle était malade elle a fait une crise et est tombée puis elle a pris le téléphone pour parler avec des béninois et j'étais contre le fait qu'elle parle avec ces gens. Ces gens poursuivent un but, c'est pour cela qu'ils lui téléphonaient quelques fois à 2h du matin : venir en Suisse! Et je n'acceptais pas cela.
C._ n'était pas non plus violente physiquement envers moi. Elle me parlait mal mais c'est ce qui se passe dans un couple.
[...]
Q.19. Parlez-vous français? [...]
R. Oui (Parfaitement).
Q.20. Connaissez-vous la famille de votre conjointe? Et inversement?
R. [...]
C._ connaît mon frère G._ et sa femme H._, et mon autre frère à ********. Ainsi que celui qui vit à ********. Elle les a tous rencontrés.
J'ai une sœur mais elle est au Bénin.
Q.21. Lors de votre mariage (à ********), quels membres de vos familles respectives étaient-ils présents?
R. Tous mes frères étaient présents.
Personne de la famille de C._.
Q.22. Quelles étaient vos activités communes? (Occupations, sport, assos', églises ou autres, bénévolat, hobbies etc...)
R. On travaillait ensemble. Nous allions à la piscine avec les enfants, faire des promenades à Ouchy. Mais C._ n'aime pas trop sortir, elle aime rester à la maison. Quelques fois c'est moi qui faisais la cuisine aux enfants, de la cuisine d'ici! Sinon nous cuisinions ensemble.
Q.23. Avez-vous des amis communs?
R. Oui, nous avons encore une amie commune, chez qui nous allions manger et chacun de nous la voit encore. Sinon C._ a aussi gardé contact avec mon frère et ma belle-sœur.
Q.24. Etes-vous partis ensemble en vacances (ou week-end romantique)? Si oui, où? Quand?
R. Non. Nous avions des projets mais je n'avais pas fait renouveler mon passeport qui était échu depuis 2016. Donc je ne suis jamais parti tout seul.
C._ est partie seule au Portugal car elle avait des choses à y régler.
Nous avons passé un w-e en amoureux à l'Hôtel ********. Je lui ai fait plusieurs propositions qu'elle a toujours refusées.
Q.25. Comment estimez-vous être intégré en Suisse?
R. Je suis parfaitement intégré et mon référent étant mon frère – qui est suisse – il m'a dit que pour s'intégrer il fallait vivre avec les gens du pays, ce que je fais. Ainsi que payer mes impôts.
Q.26. Au vu de la situation, notre autorité pourrait soupçonner un mariage dit «de complaisance». Comment vous déterminez-vous à ce sujet?
R. Non, pas du tout, c'est un mariage fondé sur l'amour.
Q.27. Quelles sont vos intentions/projets d'avenir?
R. Je veux reprendre des cours du soir pour changer de métier, j'avais étudié l'ingénierie des médias imprimés.
Q.28. Nous vous informons qu'au vu de la/votre situation, notre Service pourrait être amené à décider la révocation ou le non renouvellement de votre autorisation de séjour et vous impartir un délai pour quitter notre territoire. Comment vous déterminez-vous à ce sujet?
R. J'ai confiance en vous, quelle que soit la décision que vous allez prendre car ce pays a toujours été juste. J'y ai trouvé ce que je ne trouvais pas au Bénin.
Je ne suis pas négatif jusqu'à penser que vous me demandiez de partir.
Q.29. Comment nous avez-vous compris tout au long de cet entretien?
R. Bien.
Q.30. Avez-vous quelque chose à ajouter?
R. Non."
Entendu à la demande du SPOP par les services de police le 3 octobre 2018, A._ a confirmé dans l'ensemble les déclarations qu'il avait faites aux collaborateurs du SPOP le jour précédent.
E. Le 12 novembre 2018, le SPOP a informé A._ de son intention de considérer que le but de son séjour en Suisse était atteint, de refuser le renouvellement de son autorisation de séjour UE/AELE et de lui impartir un délai pour quitter le territoire suisse, dès lors que, d'une part, les conditions légales liées à cette autorisation n'étaient plus remplies puisque la séparation des époux avait vidé le lien conjugal de toute substance, et que, d'autre part, les conditions légales relatives à la poursuite du séjour du prénommé après dissolution de la famille n'étaient pas réalisées. Le SPOP lui a ainsi imparti un délai pour se déterminer par écrit.
A._ a fait usage de cette faculté le 15 mars 2019. En bref, il s'est prévalu de la durée de son séjour en Suisse ainsi que de son intégration "exceptionnelle" dans ce pays, dans lequel il a de la famille ainsi qu'un réseau social "particulièrement important et élargi". Il relevait également disposer d'un emploi – auprès du même employeur depuis 2011 – lui permettant de subvenir à ses besoins. Enfin, il indiquait qu'un retour au Bénin serait "catastrophique pour [lui], car il n'aurait aucun moyen de se réinsérer socialement ni professionnellement". Au vu de ce qui précède, il faisait valoir qu'il remplissait les conditions du renouvellement de son autorisation de séjour, en dépit de sa séparation d'avec son épouse.
Par décision du 25 juillet 2019, le SPOP a refusé la prolongation de l'autorisation de séjour UE/AELE de A._ et prononcé son renvoi de Suisse, en lui impartissant un délai d'un mois dès notification de cette décision pour quitter le pays. En substance, l'autorité a relevé que les conditions qui avaient présidé à l'obtention de l'autorisation de séjour du prénommé par regroupement familial en vertu de l'art. 3 annexe I de l'Accord du 21 juin 1999 entre, d'une part, la Confédération suisse, et, d'autre part, la Communauté européenne et ses Etats membres sur la libre circulation des personnes (ALCP; RS 0.142.112.681) n'étaient plus remplies, l'union conjugale des époux étant vidée de toute substance à la suite de leur séparation. Retenant en outre que la vie commune des époux avait duré moins de trois ans et qu'aucune raison personnelle majeure ne justifiait par ailleurs la poursuite du séjour du prénommé en Suisse, l'autorité a considéré que les conditions légales présidant à la poursuite du séjour après la dissolution de la famille en application de l'art. 50 al. 1 let a et b et al. 2 de la loi fédérale sur les étrangers et l'intégration du 16 décembre 2005 (LEI; RS 142.20) n'étaient pas réalisées.
F. Par acte du 13 septembre 2019, A._ a interjeté recours auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal (ci-après: CDAP) contre la décision précitée, concluant, avec suite de frais et dépens, principalement à sa réforme en ce sens que son autorisation de séjour soit renouvelée; subsidiairement, le recourant a conclu à l'annulation de la décision attaquée et au renvoi de la cause à l'autorité intimée pour complément d'instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants.
Le 17 septembre 2019, le juge instructeur a enregistré la cause au rôle du tribunal. Il a également imparti au recourant un délai au 17 octobre suivant pour produire sa dernière déclaration d'impôt et un extrait de son compte individuel AVS à requérir auprès de sa caisse de compensation AVS, ainsi que pour se prononcer plus en détail sur sa situation familiale (en particulier parenté en Suisse et dans d'autres pays). Le juge instructeur a par ailleurs rendu le recourant attentif à son devoir de collaboration à l'établissement des faits, l'avertissant que le tribunal de céans pourrait à défaut statuer en l'état du dossier, et il a invité le recourant à informer immédiatement et spontanément le tribunal de toute modification essentielle de sa situation, pendant toute la durée de la présente procédure de recours.
Le 10 octobre 2019, l'autorité intimée a transmis son dossier ainsi que celui concernant l'épouse du recourant et déposé sa réponse au recours, concluant au rejet de celui-ci en indiquant que les arguments invoqués par le recourant n'étaient pas de nature à modifier sa décision, laquelle était dès lors maintenue.
Par avis du 15 octobre 2019, le juge instructeur a transmis au recourant une copie de la réponse de l'autorité intimée et lui a imparti un délai au 5 novembre suivant pour déposer d'éventuelles observations finales.
Faisant suite à l'avis du juge instructeur du 17 septembre 2019, le recourant a produit le 17 octobre 2019 une série de pièces, dont copie a été remise à l'autorité intimée. Il s'agit d'un extrait de son compte individuel AVS au 27 septembre 2019, d'une attestation de l'administration cantonale des impôts établie à la même date, de deux fiches de salaire pour les mois de février et juin 2019 relatives à son activité d'interprète occasionnel, ainsi que d'une attestation de la Croix-Rouge vaudoise du 10 septembre 2019 attestant de l'activité bénévole exercée par le recourant au sein de cette institution. Dans la mesure utile, il sera revenu sur le contenu de ces pièces dans la suite du présent arrêt.
Par avis du 21 octobre 2019, le juge instructeur a constaté que le recourant ne s'était pas prononcé dans le délai imparti au 17 octobre précédent sur sa situation familiale, contrairement à ce qui lui avait été demandé; il a dès lors imparti à l'intéressé un nouveau délai au 5 novembre 2019 pour transmettre ces informations. Par ailleurs, le juge instructeur a imparti le même délai au recourant pour produire tous les certificats et bulletins des notes de ses études et formations par rapport à ses études et formations suivies depuis son arrivée en Suisse (notamment celles de génie électrique, d'ingénierie des médias et en informatique de gestion). Enfin, le juge instructeur a rappelé le recourant à son devoir de collaboration à l'établissement des faits.
Par écriture de son avocat du 5 novembre 2019, dont copie a été transmise à l'autorité intimée, le recourant a déposé ses observations finales. Il a notamment exposé qu'il souhaitait compléter la formation en horlogerie qu'il avait suivie par un diplôme en contrôle de qualité, nécessaire selon lui pour être concurrentiel sur le marché du travail de l'horlogerie. S'agissant de sa situation familiale, le recourant a donné les indications suivantes concernant sa parenté en Suisse et à l'étranger :
"M. A._ a deux frères qui vivent en Suisse. L'un d'eux est naturalisé, marié avec trois enfants et vit à ********. L'autre est titulaire d'un permis B, marié avec également trois enfants et vit à ********. Mon client a également un frère qui vit à ********, en France, au bénéfice d'un permis de séjour. Il n'est pas marié, mais il a un enfant.
S'agissant de ses liens dans son pays d'origine, mon mandant y a encore sa mère, âgée de 72 ans, ainsi qu'une demi-sœur. Son père, avec lequel il avait une meilleure relation qu'avec sa mère, est décédé en 2018. Depuis, il entretient occasionnellement des contacts téléphoniques avec sa mère, ce qui n'est pas facile, car elle ne dispose pas d'un téléphone à la maison. M. A._ a encore une tante qui vit au Bénin ainsi qu'un oncle au Gabon.
Enfin, M. A._ a eu un fils né d'une précédente relation. Lorsqu'il a quitté son pays d'origine, son fils avait 9 ans et il n'a malheureusement plus entretenu de contact avec lui depuis lors.
Il ne l'a d'ailleurs jamais revu depuis qu'il séjourne en Suisse, quand bien même il est retourné au Bénin à une reprise durant une semaine en 2013 (cf. copie de son passeport annexé). La mère de son fils est aujourd'hui remariée et son conjoint est devenu le père de son fils."
Avec l'écriture précitée, le recourant a produit une série de pièces supplémentaires, dont copie a été remise à l'autorité intimée. Il s'agit des bulletins de notes relatives aux modules d'enseignement suivis auprès de la HEIG-VD de 2011 à 2013, ainsi que d'une copie d'un passeport béninois à son nom (arrivé à échéance le 19 avril 2013). Dans la mesure utile, il sera revenu sur le contenu de ces pièces dans la suite du présent arrêt.
Par avis du 6 novembre 2019, le juge instructeur a informé les parties que la cause était gardée pour être jugée selon l'état du rôle, sous réserve d'éventuelles mesures d'instruction supplémentaires ordonnées par la Cour.
G. Le tribunal a statué par voie de circulation.

Considérant en droit:
1. Déposé dans le délai de 30 jours fixé par l'art. 95 de la loi vaudoise du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative (LPA-VD; BLV 173.36), le recours est intervenu en temps utile. Il satisfait aux conditions formelles énoncées par l'art. 79 LPA-VD (par renvoi de l'art. 99 LPA-VD). Il y a donc lieu d'entrer en matière sur le fond.
2. Le 1er janvier 2019 est entrée en vigueur une modification de la loi fédérale du 16 décembre 2005 sur les étrangers (LEtr), qui est désormais intitulée loi fédérale sur les étrangers et l'intégration (LEI; RS 142.20); parallèlement, l'ordonnance fédérale du 24 octobre 2007 relative à l'admission, au séjour et à l'exercice d'une activité lucrative (OASA; RS 142.201) a fait l'objet de différentes modifications également entrées en vigueur le 1er janvier 2019.
En l'occurrence, la situation de fait à l'origine de la décision attaquée – plus particulièrement la séparation du recourant d'avec son épouse – et en particulier la demande de renouvellement de l'autorisation de séjour, dont la validité arrivait à échéance le 31 août 2018, sont antérieures à l'entrée en vigueur des révisions précitées, de sorte que les questions de fond litigieuses restent régies par l'ancien droit applicable jusqu'au 31 décembre 2018 (cf. art. 126 al. 1 LEI, applicable par analogie; Tribunal fédéral [TF] 2C_737/2019 du 27 septembre 2019 consid. 4.1).
3. A titre liminaire, on rappellera qu'à l'exception des cas où une disposition légale prévoit expressément le contrôle de l'opportunité d'une décision, la Cour de céans n'exerce qu'un contrôle en légalité, c'est-à-dire examine si la décision entreprise est contraire à une disposition légale ou réglementaire expresse, ou relève d'un excès ou d'un abus du pouvoir d'appréciation (art. 98 LPA-VD). Ni la LEI, ni une autre loi ne prévoyant dans la présente matière une extension du pouvoir de contrôle de l'autorité de recours à l'inopportunité, ce motif ne saurait être examiné par la Cour de céans (cf. notamment CDAP arrêts PE.2019.0295 du 7 janvier 2020 consid. 2; PE.2013.0379 du 26 mai 2014 consid. 2).
Une autorité abuse de son pouvoir d'appréciation lorsque, exerçant les compétences dévolues par la loi, elle se laisse guider par des considérations non pertinentes ou étrangères au but des dispositions applicables, ou statue en violation des principes généraux du droit administratif que sont l'interdiction de l'arbitraire, l'égalité de traitement, la bonne foi et la proportionnalité (ATF 142 III 140 consid. 4.1.3; 116 V 307 consid. 2 et les arrêts cités).
4. Sont litigieux le refus de prolongation de l'autorisation de séjour du recourant et son renvoi de Suisse.
Les ressortissants étrangers ne bénéficient en principe d'aucun droit à l'obtention d'une autorisation de séjour et de travail, sauf s'ils peuvent le déduire d'une norme particulière du droit fédéral ou d'un traité international (ATF 135 II 1 consid. 1.1; 131 II 339 consid. 1; 130 II 281 consid. 2.1, 493 consid. 3.1).
En l'espèce, ressortissant du Bénin, le recourant ne peut se prévaloir d'aucun traité que la Suisse aurait conclu avec son pays d'origine. Le recours s'examine par conséquent principalement au regard du droit interne, soit essentiellement de la LEI, cela sous réserve de la Convention de sauvegarde des droits de l'homme et des libertés fondamentales du 4 novembre 1950 (CEDH; RS 0.101), ainsi que des autres traités internationaux conclus par la Suisse qui trouveraient à s'appliquer dans le cas présent.
5. a) A teneur de son art. 2 al. 2, la LEI n'est applicable aux ressortissants des Etats membres de la Communauté européenne (à présent, l'Union européenne [UE]) et aux membres de leur famille que dans la mesure où l'Accord du 21 juin 1999 entre la Confédération suisse, d'une part, et la Communauté européenne et ses Etats membres, d'autre part, sur la libre circulation des personnes (ALCP; RS 0.142.112.681) n'en dispose pas autrement ou lorsque la LEI prévoit des dispositions plus favorables.
En l'occurrence, après avoir initialement été mis au bénéfice d'une autorisation de séjour temporaire pour études, le recourant s'est vu délivrer une autorisation de séjour par regroupement familial à la suite de son mariage le 4 décembre 2015 avec une ressortissante portugaise titulaire d'une autorisation de séjour, ceci en application de l'art. 3 par. 1 annexe I ALCP, qui prévoit notamment que le conjoint d'un ressortissant communautaire ayant un droit de séjour a le droit de s'installer avec lui.
Le droit conféré par cette disposition n'est cependant pas absolu. En effet, il y a abus à invoquer celle-ci lorsque le lien conjugal est vidé de toute substance et que la demande de regroupement familial vise seulement à obtenir une autorisation de séjour pour l'époux du ressortissant communautaire. A cet égard, selon la jurisprudence relative à l'art. 7 al. 1 de l'ancienne loi sur le séjour et l'établissement des étrangers du 26 mars 1931 (aLSEE) – laquelle s'applique mutatis mutandis afin de garantir le respect du principe de non-discrimination inscrit à l'art. 2 ALCP et d'assurer une certaine cohésion d'ensemble au système (ATF 130 II 113 consid. 9 et réf. cit.) –, le mariage n'existe plus que formellement lorsque l'union conjugale est rompue définitivement, c'est-à-dire lorsqu'il n'y a plus d'espoir de réconciliation, les causes et les motifs de la rupture ne jouant aucun rôle (ATF 130 II 113 consid. 4.2; 128 II 145 consid. 2.1; 127 II 49 consid. 5a et 5d).
Dans le présent cas, le recourant et son épouse se sont séparés début 2018, et cette dernière a expressément exclu toute reprise de la vie commune lors de son audition par les représentants du SPOP le 13 août 2018; une telle reprise n'a en effet pas eu lieu à ce jour. C'est dès lors à juste titre que le recourant ne se prévaut pas d'un droit de séjour fondé sur l'existence d'une union avec son ex-conjointe.
b) Sous l'angle du droit interne, après la fin de l'union conjugale, le règlement des conditions de séjour des membres de la famille de ressortissants de l'UE s'examine sur la base des dispositions de la LEI. A cet égard, l'art. 50 LEI fixe les conditions auxquelles subsiste après dissolution de la famille le droit de l'ex-conjoint d'un ressortissant suisse ou du titulaire d'une autorisation d'établissement (permis C) à l'octroi d'une autorisation de séjour et à la prolongation de sa durée de validité; cette disposition ne s'applique par contre pas à l'ex-conjoint du titulaire d'une autorisation de séjour (permis B), dont la situation est réglée par l'art. 77 OASA. Le Tribunal fédéral a toutefois introduit une distinction sur ce dernier point afin de respecter l'interdiction de la discrimination prévue à l'art. 2 ALCP. Il a ainsi précisé qu'il se justifie de traiter l'ex-conjoint d'un ressortissant de l'UE de la même manière que celui d'un ressortissant suisse et par conséquent de lui appliquer l'art. 50 LEI même si le ressortissant de l'UE ne bénéficiait que d'une autorisation de séjour UE/AELE et non pas d'une autorisation d'établissement; l'application de l'art. 50 LEI, à la place de l'art. 77 OASA, se justifie toutefois uniquement si l'ex-conjoint qui est ressortissant de l'UE dispose encore d'un droit de séjour en Suisse en vertu de l'ALCP (cf. ATF 144 II 1 consid. 4).
En l'espèce, il ne ressort pas clairement du dossier produit par le SPOP concernant C._ si celle-ci est encore au bénéfice d'une autorisation de séjour en Suisse en vertu de l'ALCP. Vu ce qui suit, cette question peut toutefois rester ouverte, d'autant plus que les conditions pour une prolongation d'une autorisation de séjour selon l'art. 77 OASA sont identiques à celles prévues à l'art. 50 LEI.
c) Selon les art. 50 al. 1 let. a LEI et 77 al. 1 let. a OASA, après dissolution de la famille, le droit du conjoint à l'octroi d'une autorisation de séjour et à la prolongation de celle-ci subsiste si l'union conjugale a duré au moins trois ans et que l'intégration est réussie. Ces deux conditions sont cumulatives (ATF 136 II 113 consid. 3.3.3; Tribunal fédéral [TF], arrêt 2C_87/2014 du 27 octobre 2014 consid. 4.1).
La durée de l'union conjugale d'au moins trois ans requise par cette disposition se calcule depuis la date du mariage, à condition que la cohabitation ait lieu en Suisse, jusqu'à ce que les époux cessent d'habiter sous le même toit (ATF 136 II 133 consid. 3.2 in fine et 3.3). Cette limite de 36 mois est absolue et ne peut être assouplie, même de quelques jours (TF 2C_594/2010 du 24 novembre 2010 consid. 3.1 et réf. cit.). La notion d'union conjugale des art. 50 al. 1 let. a LEI et 77 al. 1 let. a OASA ne se confond pas avec celle du mariage. Alors que celui-ci peut n'être plus que formel, l'union conjugale implique une vie conjugale effective, sous réserve des exceptions mentionnées à l'art. 49 LEI (ATF 137 II 345 consid. 3.1.2; 136 II 113 consid. 3.2; TF 2C_748/2011 du 11 juin 2012 consid. 2.1).
Si cette première condition est réalisée, il importe également au requérant étranger de démontrer que son intégration est réussie. On rappelle à cet égard que le principe de l'intégration doit permettre aux étrangers dont le séjour est légal et durable de participer à la vie économique, sociale et culturelle de la Suisse (art. 4 al. 2 LEI; cf. ATF 134 II 1 consid. 4.1). Selon l'art. 77 al. 4 OASA, un étranger s'est bien intégré, au sens des art. 50 al. 1 let. a LEI et 77 al. 1 let. a OASA, notamment lorsqu'il respecte l'ordre juridique suisse et les valeurs de la Constitution fédérale (let. a) et qu'il manifeste sa volonté de participer à la vie économique et d'apprendre la langue nationale parlée au lieu de domicile (let. b). En vertu de l'art. 4 de l'ordonnance fédérale du 24 octobre 2007 sur l'intégration des étrangers (OIE; RS 142.205, dans sa version en vigueur jusqu'au 31 décembre 2018), la contribution des étrangers à l'intégration se manifeste notamment par le respect de l'ordre juridique et des valeurs de la Constitution fédérale (let. a), par l'apprentissage de la langue nationale parlée sur le lieu de domicile (let. b), par la connaissance du mode de vie suisse (let. c) et par la volonté de participer à la vie économique et d'acquérir une formation (let. d). L'adverbe "notamment", employé tant à l'art. 77 al. 4 OASA qu'à l'art. 4 OIE, illustre le caractère non exhaustif des critères d'intégration qui sont énumérés par ces dispositions, et met par ailleurs en exergue le fait que la notion "d'intégration réussie" doit s'examiner à l'aune d'une appréciation globale des circonstances (TF 2C_364/2017 du 25 juillet 2017 consid. 6.1; 2C_861/2015 du 11 février 2016 consid. 5.1; 2C_777/2013 du 17 février 2014 consid. 3.2).
d) Par ailleurs, les art. 50 al. 1 let. b LEI et 77 al. 1 let. b OASA prévoient que le droit du conjoint à l'octroi d'une autorisation de séjour et à sa prolongation subsiste après la dissolution de la famille lorsque la poursuite du séjour en Suisse s'impose pour des raisons personnelles majeures. Cette disposition vise à régler les situations qui échappent aux hypothèses des art. 50 al. 1 let. a LEI et 77 al. 1 let. a OASA, soit parce que le séjour en Suisse durant le mariage n'a pas duré trois ans, soit parce que l'intégration n'est pas suffisamment accomplie ou encore parce que ces deux aspects font défaut mais que, eu égard à l'ensemble des circonstances, l'étranger se trouve dans un cas de rigueur après la dissolution de la famille.
Selon les art. 50 al. 2 LEI et 77 al. 2 OASA, les raisons personnelles majeures au sens des art. 50 al. 1 let. b LEI et 77 al. 1 let. b OASA sont notamment données lorsque le conjoint est victime de violence conjugale, que le mariage a été conclu en violation de la libre volonté d'un des époux ou que la réintégration sociale dans le pays de provenance semble fortement compromise. Ces dispositions ne sont pas exhaustives et laissent aux autorités une certaine liberté d'appréciation humanitaire (ATF 136 II 1 consid. 5.3; TF 2C_861/2015 du 11 février 2016 consid. 4; 2C_982/2010 du 3 mai 2011 consid. 3.3; 2C_590/2010 du 29 novembre 2010 consid. 2.5.2). Il convient ainsi de déterminer sur la base des circonstances de l'espèce si l'on est en présence d'un cas de rigueur. C'est la situation personnelle de l'intéressé qui est décisive et non l'intérêt public que revêt une politique migratoire restrictive (ATF 137 II 1 consid. 4.1; TF 2C_449/2012 du 28 juin 2012 consid. 6.2). Il s'agit par conséquent uniquement de décider du contenu de la notion juridique indéterminée de "raisons personnelles majeures" et de l'appliquer au cas d'espèce, en gardant à l'esprit que l'art. 50 al. 1 let. b LEI confère un droit à la poursuite du séjour en Suisse (TF 2C_1003/2015 du 7 janvier 2016 consid. 4.1). L'admission d'un cas de rigueur personnel survenant après la dissolution de la communauté conjugale suppose que, sur la base des circonstances d'espèce, les conséquences pour la vie privée et familiale de la personne étrangère liées à ses conditions de vie après la perte du droit de séjour découlant de la communauté conjugale soient d'une intensité considérable (ATF 138 II 393 consid. 3.1; 137 II 345 consid. 3.2.3; TF 2C_1003/2015 du 7 janvier 2016 consid. 4.1).
S'agissant de la réintégration sociale dans le pays d'origine, il n'y a lieu d'y voir, conformément aux art. 50 al. 2 LEI et 77 al. 2 OASA, une raison personnelle majeure que lorsque celle-ci semble fortement compromise. La question n'est donc pas de savoir s'il est plus facile pour la personne concernée de vivre en Suisse, mais uniquement d'examiner si, en cas de retour dans le pays d'origine, les conditions de sa réintégration sociale, au regard de sa situation personnelle, professionnelle et familiale, seraient gravement compromises (TF 2C_861/2015 du 11 février 2016 consid. 4 et les réf. cit.; 2C_1003/2015 du 7 janvier 2016 consid. 4.1; 2C_822/2013 du 25 janvier 2014 consid. 5.2; 2C_982/2010 du 3 mai 2011 consid. 3.3). Le simple fait que l'étranger doive retrouver des conditions de vie qui sont usuelles dans son pays de provenance ne constitue pas une raison personnelle majeure au sens des art. 50 LEI et 77 OASA, même si ces conditions de vie sont moins avantageuses que celles dont cette personne bénéficie en Suisse (ATF 137 II 345 consid. 3.2.3; TF 2C_1188/2012 du 17 avril 2013 consid. 4.1).
e) Il y a lieu de relever en outre que l'art. 30 al. 1 let. b LEI – en relation avec l'art. 31 OASA qui renvoie également à l'art. 50 al. 1 let. b LEI – prévoit qu'il est possible de déroger aux conditions d'admission des étrangers (art. 18 à 29 LEI) notamment dans le but de tenir compte des cas individuels d'extrême gravité. Ainsi, aux termes de l'art. 31 al. 1 OASA, dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2018, une autorisation de séjour peut être octroyée dans les cas individuels d'extrême gravité; lors de l'appréciation, il convient de tenir compte notamment de l'intégration du requérant (let. a), du respect de l'ordre juridique suisse par le requérant (let. b), de la situation familiale particulièrement de la période de scolarisation et de la durée de la scolarité des enfants (let. c), de la situation financière ainsi que de la volonté de prendre part à la vie économique et d'acquérir une formation (let. d), de la durée de la présence en Suisse (let. e), de l'état de santé (let. f) ainsi que des possibilités de réintégration dans l'Etat de provenance (let. g).
L'art. 30 al. 1 let. b LEI diffère de l'art. 50 LEI en ce sens que ce dernier confère un droit au renouvellement du titre de séjour aux personnes concernées par un cas de rigueur post-mariage, alors que l'art. 30 al. 1 let. b LEI n'a pour effet que de laisser aux autorités une marge d'appréciation pour déroger aux conditions légales d'admission des étrangers dans l'analyse du cas individuel à laquelle elles procèdent (ATF 137 II 345 consid. 3.2.1). On peut ici faire état encore de l'art. 96 al. 1 LEI, lequel précise de manière générale, dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2018, que les autorités compétentes tiennent compte, en exerçant leur pouvoir d'appréciation, des intérêts publics, de la situation personnelle de l'étranger, ainsi que de son degré d'intégration.
Selon la jurisprudence rendue en application de l'art. 13 let. f de l'ancienne ordonnance du 6 octobre 1986 limitant le nombre des étrangers [aOLE] – qui demeure applicable sous l'empire de l'art. 30 al. 1 let. b LEI (ATF 136 I 254 consid. 5.3.1) –, les conditions à la reconnaissance d'un cas de rigueur doivent être appréciées restrictivement. Il est ainsi nécessaire que l'étranger concerné se trouve dans une situation de détresse personnelle. Cela signifie que ses conditions de vie et d'existence, comparées à celles applicables à la moyenne des étrangers, doivent être mises en cause de manière accrue, c'est-à-dire que le refus de l'autorisation de séjour comporte, pour l'étranger, de graves conséquences. Lors de l'appréciation d'un cas personnel d'extrême gravité, il y a lieu de tenir compte de l'ensemble des circonstances. Le fait que l'étranger ait séjourné en Suisse pendant une assez longue période, qu'il s'y soit bien intégré, socialement et professionnellement, et que son comportement n'ait pas fait l'objet de plaintes ne suffit pas, à lui seul, à constituer un cas personnel d'extrême gravité; il faut encore que la relation du requérant avec la Suisse soit si étroite qu'on ne puisse pas exiger qu'il aille vivre dans un autre pays, notamment dans son pays d'origine. A cet égard, les relations de travail, d'amitié ou de voisinage que le requérant a pu nouer pendant son séjour ne constituent normalement pas des liens si étroits avec la Suisse qu'ils justifieraient une exemption des mesures de limitation du nombre des étrangers (ATF 130 II 39 consid. 3; 128 II 200 consid. 4; CDAP PE.2018.0361 du 31 janvier 2019 consid. 4c et réf. cit.).
Parmi les éléments déterminants pour la reconnaissance d'un cas de rigueur, il convient de mentionner, en particulier, la très longue durée du séjour en Suisse, une intégration sociale particulièrement poussée, une réussite professionnelle remarquable, une maladie grave ne pouvant être soignée qu'en Suisse, ou encore la situation des enfants, notamment une bonne intégration scolaire aboutissant après plusieurs années à une fin d'études couronnée de succès. Constituent en revanche des facteurs allant dans un sens opposé le fait que la personne concernée n'arrive pas à subsister de manière indépendante et doive recourir à l'aide sociale, ou encore des liens conservés avec le pays d'origine (par exemple sur le plan familial) susceptibles de faciliter sa réintégration (ATF 130 II 39 consid. 3; 128 II 200 consid. 4; CDAP PE.2018.0400 du 26 février 2019 consid. 5b; PE.2018.0361 du 31 janvier 2019 consid. 4c et réf. cit.; PE.2018.0373 du 31 janvier 2019 consid. 2a et réf. cit.).
6. a) En l'espèce, il n'est pas contesté que l'union conjugale des époux a duré moins de trois ans, de sorte qu'il ne s'impose pas d'examiner si la seconde des conditions des art. 50 al. 1 let. a LEI et 77 al. 1 let. a OASA – à savoir si l'intégration du recourant est réussie – est remplie.
b) Il reste dès lors à déterminer si la poursuite du séjour du recourant en Suisse doit s'imposer pour des raisons personnelles majeures au sens des art. 50 al. 1 let. b LEI et 77 al. 1 let. b OASA, voire si elle pourrait être justifiée par la reconnaissance d'un cas de rigueur en application de l'art. 30 al. 1 let. b LEI.
En l'occurrence, le recourant ne fait pas état de violences conjugales à son encontre; il n'y a dès lors pas lieu de s'y arrêter. Par contre, il soutient en substance, principalement, qu'un retour dans son pays d'origine, le Bénin, serait inenvisageable, "car il n'aurait aucun moyen de se réinsérer socialement ni professionnellement", que "sa formation professionnelle en horlogerie ne lui sera[it] manifestement d'aucune aide" et qu'"il n'a[urait] plus aucune attache avec [ce pays]". Il fait en outre valoir qu'il y aurait lieu de prendre en compte dans l'examen du renouvellement de son titre de séjour les raisons de sa séparation avec son épouse, qu'il impute essentiellement au comportement "irrationnel" et "irresponsable" de cette dernière, laquelle se serait selon lui promis de faire venir en Suisse les enfants de leur colocataire et ami commun D._ à la suite du décès de celui-ci, et aurait également "déserté du jour au lendemain" l'appartement conjugal qu'elle occupait après leur séparation. Il expose encore qu'il avait interrompu ses études pour travailler afin de subvenir aux besoins de son épouse et des enfants de celle-ci. Le recourant se prévaut par ailleurs de son intégration "exceptionnelle" en Suisse, relevant qu'il parle parfaitement le français; que son casier judiciaire est vierge et qu'il respecte l'ordre public suisse; qu'il n'a jamais fait l'objet d'aucune poursuite; qu'il a depuis pratiquement le début de son séjour exercé une activité lucrative, ce qui lui a permis de préserver son indépendance financière et celle de sa famille recomposée; que le certificat d'opérateur au posage-emboîtage qu'il a obtenu après une formation de 2 mois en 2017 lui offrirait des perspectives d'emploi dans le domaine de l'horlogerie; qu'il œuvre également en qualité d'interprète pour les autorités judiciaires en langue fon et mina; qu'il exerce aussi une activité bénévole auprès de la Croix-Rouge vaudoise; enfin, qu'il dispose d'un large cercle social en Suisse, où résident également des membres de sa famille.
Au moment de la décision attaquée, le recourant était présent en Suisse depuis presque 9 ans. Si la durée de ce séjour n'est pas négligeable, on ne saurait pas non plus la considérer comme particulièrement longue; il convient dès lors d'en tenir compte au regard de l'ensemble des circonstances du cas. Il n'est certes pas contesté que le recourant maîtrise le français, dispose d'un travail et de revenus stables, n'a jamais émargé à l'aide sociale ni fait l'objet de poursuites ou occupé les autorités pénales. Il y a cependant lieu de relever que, si une inscription au casier judiciaire ou des actes de poursuites sont des éléments plaidant à l'encontre de la personne concernée, leur absence ne conduit pas en soi à admettre une intégration particulièrement remarquable (Tribunal administratif fédéral [TAF], arrêt C-757/2010 du 15 novembre 2011 consid. 7.3; CDAP PE.2018.0446 du 5 février 2019 consid. 4b; PE.2015.0213 du 24 novembre 2015 consid. 2e; PE.2015.0114 du 5 octobre 2015 consid. 5b). En outre, sur le plan professionnel, l'intégration du recourant doit être relativisée. En effet, les premières années, le séjour de l'intéressé n'avait pour but que de lui permettre de suivre une formation professionnelle, de sorte qu'il devait partir du principe qu'il ne pourrait pas rester en Suisse. De plus, il a subi des échecs dans ses formations originales, puis n'a pas achevé une nouvelle formation entreprise en septembre 2014. A cet égard, c'est en vain que le recourant croit pouvoir imputer le non-aboutissement de ses études au fait qu'il ait dû travailler pour soutenir son épouse, dans la mesure où il avait déjà connu des échecs définitifs dans ses premières formations avant d'être marié. Le recourant a certes presque toujours travaillé depuis son arrivée en Suisse, déjà en parallèle à ses études, s'assumant ainsi financièrement et bénéficiant d'une bonne stabilité professionnelle puisqu'il est au service du même employeur depuis 2011. Il ressort de l'extrait du compte individuel AVS qu'il a produit que les revenus tirés de son activité salariée ont connu une augmentation depuis 2016, passant de 25'000 fr. par an en moyenne précédemment à 45'000 fr. par an en moyenne. Alors que le recourant avait effectué pendant plusieurs années des études notamment en Suisse, il a travaillé en tant que nettoyeur et garçon d'office dans l'hôtellerie. Quant à la dernière formation en horlogerie dont le recourant se prévaut, elle n'est apparemment pas achevée – puisque le recourant expose dans son écriture du 5 novembre 2019 qu'il souhaite compléter celle-ci par un diplôme en contrôle de qualité, nécessaire selon lui pour être concurrentiel sur le marché du travail de l'horlogerie – et elle ne semble pas non plus correspondre à une formation complète sur plusieurs années. Le recourant n'a du reste pas non plus exercé d'activité prolongée dans le domaine de l'horlogerie. Il apparaît par conséquent que le recourant n'a pas acquis en Suisse de qualifications ou de connaissances professionnelles spécifiques qu'il ne pourrait mettre à profit qu'en poursuivant son séjour ici. Cela étant, on ne saurait considérer que le recourant puisse se prévaloir d'une intégration professionnelle remarquable. Il en va de même s'agissant de son intégration sociale, qui doit être qualifiée, au mieux, d'ordinaire. En effet, l'intéressé est séparé de son épouse, laquelle exclut toute reprise de la vie commune. Les circonstances de la séparation du couple ne s'avèrent au demeurant pas pertinentes. Le recourant a exposé par ailleurs avoir aussi deux frères qui vivent en Suisse et un autre qui séjourne en France, mais les autres membres de sa famille résident toujours au Bénin et au Gabon; on y reviendra plus bas. Le recourant a en outre produit des lettres de soutien émanant de connaissances. S'il convient certes de ne pas en relativiser la portée, on ne saurait déduire du contenu de ces témoignages assez succincts que son intégration sociale serait particulièrement poussée dans la mesure où leurs auteurs mentionnent essentiellement connaître le recourant et énumèrent ses qualités. Du reste, il ne faut pas perdre de vue qu'il est parfaitement normal qu'une personne effectuant un séjour prolongé dans un pays tiers s'y crée des attaches, se familiarise avec le mode de vie local et parle au moins l'une des langues nationales. Aussi, les relations de travail ou d'amitié que le recourant peut nouer pendant son séjour, si elles sont certes prises en considération, ne sauraient pour autant constituer des éléments déterminants pour la reconnaissance d'une situation d'extrême gravité (ATF 130 II 39 consid. 3; TF 2A.45/2007 du 17 avril 2007 consid. 4). Quant au fait que le recourant exerce une activité bénévole auprès de la Croix-Rouge vaudoise, s'il est louable, il ne permet toutefois pas de retenir, de même que les éléments qui précèdent, que l'intéressé se serait particulièrement investi dans la vie associative ou culturelle locale, ni qu'il aurait développé des liens particulièrement étroits avec des tiers en Suisse.
A cela s'ajoute, du point de vue des possibilités de réintégration dans son pays d'origine, que le recourant, âgé de 38 ans, est en bonne santé (à tout le moins, le contraire n'est pas allégué). Il est vrai qu'il a quitté le Bénin il y a 9 ans maintenant; il y a cependant passé la majorité de son existence, soit les 29 premières années de sa vie. Il y a donc nécessairement conservé des attaches et des liens culturels, de même que familiaux, ce qui lui permettra de faciliter son retour; on retire à cet égard des propres déclarations de l'intéressé que sa mère, qui est âgée de 72 ans, ainsi qu'une tante et une demi-sœur vivent encore au Bénin, de même que son propre fils issu d'une précédente union. Dans son pays d'origine, le recourant a en outre suivi sa scolarité jusqu'au degré secondaire et l'obtention du baccalauréat, et aussi effectué une formation au terme de laquelle il a obtenu une Licence professionnelle en filière Génie Electrique avec option en Réseaux Informatiques et Télécommunications délivrée par l'Université Africaine de Technologie et de Management (pièces 23, 24 et 33 du dossier du SPOP). Il pourra également y mettre à profit les expériences faites lors de son séjour en Suisse. Tout bien considéré, le recourant devrait pouvoir se réintégrer au Bénin sans difficultés particulières, même s'il dit n'avoir plus entretenu de contacts avec son fils après avoir quitté le pays; il sera quand même relevé que le recourant envisageait encore dans une écriture adressée le 28 août 2017 aux autorités que son fils le rejoigne en Suisse. Certes, il n'est pas contesté que la situation économique et sociale au Bénin est moins avantageuse qu'en Suisse. Toutefois, cela ne place pas le recourant dans une situation plus défavorable que celle de ses compatriotes restés au pays ou appelés à y rentrer au terme d'un séjour en Suisse. Il ne devrait notamment pas rencontrer plus de difficultés que ceux-ci pour y trouver du travail.
Au regard de ce qui précède, il n'apparaît pas que la situation personnelle du recourant serait telle qu'elle imposerait la poursuite de son séjour en Suisse.
c) Dans ces circonstances, il convient de constater que l'autorité intimée n'a pas abusé de son pouvoir d'appréciation en considérant que le recourant ne pouvait tirer aucun droit des art. 50 al. 1 et 2 LEI et 77 al. 1 et 2 OASA, ni qu'il ne se trouvait pas dans une situation personnelle justifiant une exception aux conditions d'admission au sens de l'art. 30 al. 1 let. b LEI.
7. a) Un étranger peut se prévaloir de l'art. 8 CEDH, qui garantit à toute personne le droit au respect de sa vie privée et familiale. Selon une jurisprudence constante, cette disposition ne confère pas un droit inconditionnel à une autorisation (ATF 144 I 266 consid. 3.2; 140 I 145 consid. 3.1; TF 2C_330/2018 du 27 mai 2019 consid. 3.1; CDAP PE.2018.0342 du 12 juillet 2019 consid. 4b). Un étranger peut néanmoins, selon les circonstances, invoquer l'art. 8 CEDH au soutien de sa demande d'autorisation. A cet égard, le refus de prolonger une autorisation de séjour ou d'établissement fondé sur l'art. 8 par. 2 CEDH suppose une pesée des intérêts en présence et l'examen de la proportionnalité de la mesure (ATF 139 I 145 consid. 2.2; 135 II 377 consid. 4.3; TF 2C_191/2015 du 12 juin 2015 consid. 4.4). L'examen sous l'angle de cette disposition se confond dès lors avec celui imposé par l'art. 96 LEI (ATF 139 I 16 consid. 2.2.2; 135 II 377 consid. 4.3; TF 2C_20/2019 du 13 mai 2019 consid. 7; 2C_812/2017 du 30 janvier 2018 consid. 5; 2C_191/2015 du 12 juin 2015 consid. 6.2).
La jurisprudence fédérale en lien avec l'art. 8 CEDH sous l'angle étroit de la protection de la vie privée a récemment évolué. Dans l'ATF 144 I 266 et après avoir rappelé la position de la Cour européenne des droits de l'homme sur le droit au respect de la vie familiale et le droit au respect de la vie privée, le Tribunal fédéral a précisé et structuré sa jurisprudence relative au droit à une autorisation de séjour fondée sur l'art. 8 CEDH en établissant des lignes directrices applicables dans le cadre de la pesée des intérêts à effectuer. A cet égard, la durée de résidence en Suisse de l'étranger constitue un critère très important (ATF 144 I 266 consid. 3.9). Il doit néanmoins s'agir d'un séjour légal, étant rappelé que les années passées en Suisse dans l'illégalité ou au bénéfice d'une simple tolérance – par exemple en raison de l'effet suspensif attaché à des procédures de recours – ne revêtent que peu de poids et ne sont par conséquent pas déterminantes (ATF 137 II 1 consid. 4.3; 134 II 10 consid. 4.3; TF 2C_72/2019 du 7 juin 2019 consid. 7.1 et 2C_20/2019 du 13 mai 2019 consid. 7.1; CDAP PE.2018.0400 du 26 février 2019 consid. 4b).
Désormais, lorsque l'étranger réside légalement en Suisse depuis plus de dix ans, ce qui correspond en droit suisse au délai pour obtenir une autorisation d'établissement ou la naturalisation, il est généralement possible de partir de l'idée que les liens sociaux qu'il a développés avec le pays dans lequel il réside sont suffisamment étroits pour que le refus de prolonger ou la révocation de l'autorisation de rester en Suisse doivent n'être prononcés que pour des motifs sérieux. Lorsque la durée de la résidence est inférieure à dix ans mais que l'étranger fait preuve d'une intégration particulièrement poussée en Suisse (non seulement sous l'angle des relations sociales, mais aussi d'un point de vue professionnel, économique et linguistique), le refus de prolonger ou la révocation de l'autorisation de rester en Suisse peut également porter atteinte au droit au respect de la vie privée garanti par l'art. 8 par. 1 CEDH (ATF 144 I 266 consid. 3.9; TF 2C_786/2018 du 27 mai 2019 consid. 3; 2C_1042/2018 du 26 novembre 2018 consid. 4.1; 2C_436/2018 du 8 novembre 2018 consid. 2.3; 2C_757/2018 du 18 septembre 2018 consid. 6.1). Si les conditions de l'intégration particulièrement poussée sont remplies, l'intérêt public à une politique restrictive en matière de séjour des étrangers, bien que légitime, n'est pas suffisant pour refuser la prolongation de l'autorisation de l'étranger (ATF 144 I 266 consid. 3.9 in fine). Cependant, l'étranger qui réside en Suisse au bénéfice d'une autorisation de séjour pour études ne peut pas se prévaloir de la protection de la vie privée garantie à l'art. 8 CEDH (ATF 144 I 266 consid. 3.9; TF 2D_30/2019 du 14 août 2019 consid. 3.2; 2C_459/2019 du 17 mai 2019 consid. 3).
b) En l'espèce, au moment où la décision attaquée a été rendue, la durée du séjour du recourant en Suisse était inférieure à la limite de 10 ans posée par le Tribunal fédéral et qui permet de présumer, en principe, l'existence de liens étroits. Dès lors qu'il ne vit plus avec son épouse et n'a pas d'enfant en Suisse, le recourant ne peut se prévaloir du droit à la vie familiale de l'art. 8 CEDH mais seulement du droit au respect de sa vie privée au sens de cette disposition. Partant, il est nécessaire de procéder à une pesée des intérêts et d'examiner si son intégration est à ce point réussie que la révocation de son autorisation de séjour porterait atteinte à sa vie privée, conformément à la jurisprudence rappelée ci-dessus.
En l'occurrence, à la différence du cas ayant occupé les juges fédéraux à l'ATF 144 I 266, le recourant a bénéficié jusqu'à fin 2015, donc pendant la majeur partie de son séjour légal en Suisse, d'une autorisation de séjour pour études, ce qui ne lui permet en principe pas de se prévaloir de l'art. 8 CEDH, vu que ce séjour était censé être temporaire. Ce n'est que suite à son mariage célébré en décembre 2015 que le caractère de son séjour a changé. La durée de l'union conjugale est toutefois restée en-dessous de deux ans et demi, suite à la séparation des conjoints début 2018. Et depuis septembre 2018, le séjour du recourant n'est plus que toléré en raison de la procédure administrative auprès du SPOP et de la présente procédure judiciaire. De plus, les liens que le recourant entretient avec la Suisse ne peuvent être qualifiés de spécialement intenses. Pour les motifs déjà exposés au considérant 6b ci-dessus, même s'il s'exprime en français, qu'il a un emploi et est autonome financièrement, qu'il n'a jamais émargé à l'aide sociale ni fait l'objet de poursuites ou occupé les autorités pénales, qu'il a tissé des relations de travail ou d'amitié et qu'il exerce une activité bénévole auprès d'une association, on ne saurait déduire de ce qui précède que l'intégration socio-professionnelle du recourant dépasserait l'ordinaire. Enfin et comme déjà mentionné, à l'exception de trois frères qui séjournent en Suisse et en France, la famille du recourant, notamment son fils, vit au Bénin, de sorte qu'on ne saurait considérer que ses attaches familiales se trouvent en Suisse. Sa réintégration dans son pays d'origine, où il a vécu la majeure partie de sa vie, n'est de plus pas compromise. Dans ces conditions, la pesée des intérêts en cause n'aboutit pas à un résultat différent.
c) Cela étant, l'art. 8 CEDH ne peut pas non plus conférer au recourant un droit à demeurer en Suisse et à obtenir une autorisation de séjour.
8. Il résulte des considérants qui précèdent que c'est à bon droit que l'autorité intimée a refusé le renouvellement de l'autorisation de séjour du recourant. Comme préalablement exposé (cf. consid. 3 ci-dessus), il n'appartient pas au tribunal de céans de revoir la décision du SPOP sous l'angle de l'opportunité.
L'autorisation de séjour du recourant étant révoquée, c'est à juste titre que l'autorité intimée a prononcé le renvoi de Suisse de l'intéressé (art. 64 al. 1 let. c LEI).
9. En conclusion, le recours doit être rejeté et la décision attaquée confirmée. Vu l'issue du pourvoi, le SPOP est chargé de fixer un nouveau délai de départ au recourant et de veiller à l'exécution de sa décision.
Les frais de justice, fixés à 600 fr., sont mis à la charge du recourant, qui succombe (art. 49 al. 1, 91 et 99 LPA-VD; art. 4 al. 1 du Tarif du 28 avril 2015 des frais judiciaires et des dépens en matière administrative [TFJDA; BLV 173.36.5.1]).
Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens (art. 55 al. 1 a contrario, 91 et 99 LPA-VD).