Decision ID: 51ca124b-7f98-418a-9158-7dc64d75e163
Year: 2019
Language: fr
Court: VD_TC
Chamber: VD_TC_031
Canton: VD
Region: Région lémanique
Law Area: public_law

Vu les faits suivants:
A.
La société C._ est propriétaire, au lieu-dit "B._", de la parcelle n° 452 de la Commune d'Avenches. En mai 2013, A._, agissant comme auteur des plans et au nom de C._, a déposé une demande de permis de construire trois immeubles d'habitation, deux bâtiments de service (hôtel, logements, services et commerces) et un garage souterrain sur la parcelle n° 452 présentant une surface de 9'363 m2. Elle n'a pas coché la case n° 110 (situation de l'ouvrage dans une région archéologique) du formulaire de la demande de permis de construire, la parcelle en question ne figurant pas (à l'époque) dans une région archéologique dûment répertoriée. Le projet devant néanmoins prendre place dans un secteur archéologique sensible de la ville romaine d'Aventicum, il a été d'office soumis au Département des finances et des relations extérieures (DFIRE), Service Immeubles, Patrimoine et Logistique (SIPaL), Section archéologie cantonale (ARCHE), aux fins d’autorisation spéciale, sur la base de l’art. 67 de la loi cantonale du 10 décembre 1969 sur la protection de la nature, des monuments et des sites (LPNMS; BLV 450.11). Ce service a délivré une autorisation spéciale consignée dans la synthèse de la Centrale des autorisations CAMAC n° 140069 du 28 novembre 2013 (ci-après la "synthèse CAMAC"), aux conditions impératives suivantes:
"Le projet se situe à proximité immédiate de la région archéologique n° 33/416 de la commune d'Avenches, au sens de l’article 67 LPNMS. Une voie et des tombes d'époque romaine pourraient être menacées par les terrassements.
En raison de l'importance des terrassements qui sont engendrés par le projet, la section Archéologie Cantonale souhaite que des sondages préalables soient exécutés avant tous travaux d'excavation (y c. travaux de viabilisation), ceci afin d'éviter toute découverte fortuite de vestiges au sens de l'art. 46 LPNMS qui pourraient occasionner une opération de fouille en urgence durant les travaux.
Ces sondages, à effectuer au moyen d’une pelle rétro, seront à la charge du propriétaire en ce qui concerne l’excavation (pelle mécanique, main d’œuvre éventuelle, etc...), l'analyse des sondages incombant à la Fondation D._.
Dès lors, nous invitons l'architecte ou le maître d'ouvrage à prendre contact le plus rapidement possible avec la Fondation, afin qu'ils puissent régler ensemble l'organisation de ces démarches.
En cas de mise au jour de vestiges lors de cette procédure, les modalités des fouilles de sauvetage qui s'avéreraient nécessaires (art. 38 du règlement d'application de la LPNMS) seront mises au point entre l'archéologie Cantonale, la Fondation D._ et le maître d'ouvrage. En fonction des découvertes, d'éventuelles mesures visant à protéger ces vestiges seront définies et confirmées."
Par décision du 28 janvier 2015, la Municipalité d'Avenches (ci-après: la municipalité) a délivré l’autorisation de construire requise, en précisant que les autorisations spéciales et les conditions particulières cantonales figurant dans la synthèse CAMAC faisaient partie intégrante du permis de construire. N'ayant pas été attaqué, celui-ci est enté en force. Les 4 septembre 2013 et 28 janvier 2015, la Fondation D._ et la municipalité ont également octroyé un permis de fouilles, rappelant que le maître de l'ouvrage ne pouvait entreprendre, respectivement commencer les travaux de construction sans l'accord exprès du responsable des fouilles et que des sondages préliminaires étaient requis préalablement à l'ouverture du chantier afin de vérifier la présence de vestiges et de définir le cas échéant les mesures à prendre, le maître de l'ouvrage devant prendre contact avec elle dans les meilleurs délais afin de planifier le calendrier des interventions archéologiques. Ce permis de fouilles n'a pas non plus été contesté.
B.
Le 3 février 2016, le SIPaL a invité A._ à prendre immédiatement contact avec E._, le responsable des fouilles du Site et musée romains d'Avenches (SMRA), afin de fixer un calendrier des diverses interventions archéologiques préalables prévues sur plusieurs secteurs de la commune. Cette lettre est restée sans réponse. A._ a finalement pris contact avec E._ en juillet 2017 en vue d'organiser le chantier des sondages de diagnostic archéologique.
Il résulte des conclusions du rapport sur les sondages de diagnostic archéologique effectués en septembre 2016 par les archéologues du SMRA que, vu la densité et la répartition des vestiges archéologiques repérés, des fouilles devront être menées sur pratiquement l'entier de la parcelle (n° 452), soit environ 9'000 m
2
. A la suite de ces sondages positifs sur la parcelle n° 452, celle-ci a été incluse dans la région archéologique 33/423 créée le 21 octobre 2016, qui porte le n° 33/2 depuis le
13 février 2017.
Selon une estimation des coûts imputables au maître de l'ouvrage pour les interventions archéologiques préventives établie le 22 septembre 2016 par E._, les frais de fouilles (durée environ 4 mois) s'élèveraient à 292'198 fr. (salaires de l'équipe composée de trois archéologues, de quatre techniciens de fouilles et de deux collaborateurs techniques), tandis que le coûts des salaires pour les post-fouilles seraient de 117'219 fr., ce qui représente un coût global de l'opération de 409'418 fr. (montant auquel il faudrait ajouter les frais de machines, infrastructures et d'analyse).
C.
Le 13 avril 2017, A._ a demandé au SIPaL de rendre une décision portant sur la question de savoir qui de l'Etat ou de la propriétaire devait supporter les frais de fouilles de sauvetage. Elle estimait que, comme la parcelle n° 452 n'était pas située dans la région archéologique n° 33/416, mais à proximité de celle-ci, A._ n'avait pas à prendre à sa charge les frais de fouilles.
Par décision du 27 juin 2017, le chef du Département des finances et des relations extérieures (DFIRE), auquel était rattaché le SIPaL, a considéré que des fouilles de sauvetage devaient impérativement être réalisées avant toute construction ou travaux de terrassement conformément à l'art. 46 LPNMS et qu'il incombait à A._ de prendre à sa charge les frais de fouilles de sauvetage, conformément aux art. 67 LPNMS et 38 al. 4 du règlement du 22 mars 1989 d'application de la loi du 10 décembre 1969 sur la protection de la nature, des monuments et des sites (RLPNMS; BLV 450.11.1). Il ne s'agissait en aucun cas de trouvailles fortuites, vu les sondages préalables ordonnés dans le cadre de l'autorisation spéciale qui a été rendue. Dès lors, il lui appartenait, si elle souhaitait procéder à la construction des immeubles projetés, de procéder à ses frais aux fouilles prescrites par l'Archéologue cantonale. Il attirait son attention sur le fait qu'une subvention pourrait le cas échéant être octroyée sur la base de l'art. 56 LPNMS.
D.
Par acte du 19 juillet 2017, A._ a recouru contre cette décision du 27 juin 2017 auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal (CDAP). Elle conclut à l'admission du recours et, principalement, à la réforme de la décision attaquée en ce sens que les frais des fouilles à effectuer sur la parcelle n° 452, de même que tous autres frais liés à ces fouilles, sont à charge de l'Etat (I); à ce qu'ordre soit donné à l'Etat de Vaud de procéder aux fouilles archéologiques au plus tard trois mois après l'entrée en force du jugement rendu par le Tribunal cantonal (III); à dire qu'elle est autorisée à entreprendre tous travaux de constructions sur la parcelle n° 452, dont elle est propriétaire (sic), si les fouilles archéologiques ne sont pas entreprises dans le délai de trois mois (IV). La recourante conclut subsidiairement à l'annulation de la décision entreprise. En bref, la recourante soutient que l'on serait en présence de trouvailles fortuites situées hors zone archéologique, cas de figure dans lequel il n'existerait aucune base légale permettant de mettre les frais des travaux de fouilles à la charge du propriétaire du fonds concerné.
E.
Par arrêt du 28 mai 2018 (AC.2017.0260), la CDAP a admis le recours, annulé la décision du 27 juin 2017 du Département des finances et des relations extérieures (DFIRE) et lui a renvoyé la cause pour nouvelle décision dans le sens du considérant 3d. Les considérants en droit sont reproduits ci-après:
"1.
Selon l'art. 92 de la loi vaudoise du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative (LPA-VD; RSV 173.36), le Tribunal cantonal connaît des recours contre des décisions et décisions sur recours rendues par les autorités administratives, lorsque la loi ne prévoit aucune autre autorité pour en connaître. Rendue par le Département des finances et des relations extérieures (DFIRE) en application de la LPNMS et du RLPNMS, la décision attaquée n'est pas susceptible de recours auprès d'une autre autorité. Le Tribunal cantonal est dès lors compétent.
Quant à la société recourante, destinataire de la décision et habilitée à agir à la place de la propriétaire de la parcelle n° 452, elle est touchée par la décision attaquée et dispose d'un intérêt digne de protection à ce que la décision soit annulée ou réformée, si bien qu'elle a qualité pour recourir contre celle-ci (art. 75 et 99 LPA-VD).
Formé en temps utile (art. 95 LPA-VD) et répondant au surplus à toutes les exigences de forme (art. 79 et 99 LPA-VD), le présent recours est donc recevable.
2. a) Au chapitre IV de la loi, intitulé "Protection générale des monuments historiques et des antiquités", l'art. 46 LPNMS dispose que sont protégés conformément à la présente loi tous les monuments de la préhistoire, de l'histoire, de l'art et de l'architecture et les antiquités immobilières situés dans le canton, qui présentent un intérêt archéologique, historique, artistique, scientifique ou éducatif (al. 1); sont également protégés les terrains contenant ces objets et leurs abords (al. 2); aucune atteinte ne peut leur être portée qui en altère le caractère (al. 3). D'après l'art. 47 LPNMS, lorsqu'un danger imminent menace un tel objet, le département en charge des monuments, sites et archéologie prend les mesures nécessaires à sa sauvegarde (al. 1). Selon l'art. 56 LPNMS, l'Etat peut participer financièrement aux fouilles ainsi qu'à l'entretien et à la restauration des monuments historiques et antiquités classés. Le sort des trouvailles et fouilles est régi par le chapitre VI de la loi, aux art. 67 à 73 LPNMS. L'art. 67 LPNMS prévoit que "le département en charge des monuments, sites et archéologie (soit actuellement le Département des finances et des relations extérieures) détermine les régions archéologiques dans lesquelles tous travaux dans le sol ou sous les eaux doivent faire l'objet d'une autorisation. L'art. 72 LPNMS précise qu'aucune fouille archéologique ne peut être entreprise sans l'autorisation du département compétent, cette autorisation n'entraînant pas de droit sur les objets découverts. Quant à l'art. 73 al. 1 LPNMS, il prévoit que le propriétaire d'un fonds dans lequel se trouvent des antiquités offrant un intérêt scientifique est tenu de permettre les fouilles nécessaires.
b) Ces dispositions sont complétées par le règlement du 22 mars 1989 d'application de la LPNMS (RLPNMS).
L'art. 38 RLPNMS dispose ce qui suit :
"Art. 38 Régions archéologiques
1 Le Département TPAT tient à jour la liste des régions archéologiques. Il communique aux communes concernées les coordonnées, l'extension et la nature des régions définies sur le territoire communal.
2 Les communes et les services cantonaux ou fédéraux communiquent au Département TPAT tous projets ou travaux susceptibles de porter atteinte au sous-sol des régions archéologiques.
3 Le Département TPAT délivre l'autorisation spéciale pour les travaux. Il arrête les conditions nécessaires pour assurer la protection du site archéologique. Pour apprécier l'atteinte que le projet est susceptible de porter au site archéologique et pour définir les mesures à prendre, il peut entreprendre ou requérir l'exécution de sondages préalables. L'analyse archéologique des sondages incombe au département.
4 L'autorisation spéciale précise les délais nécessaires, les modalités de l'intervention de sauvetage ou les mesures à prendre pour ménager les vestiges archéologiques lors de l'exécution du projet".
Dans sa décision, l'autorité intimée s'est basée sur l'art. 38 al. 4 RLPNMS et sur la jurisprudence y relative pour mettre à la charge de la recourante les frais de fouilles.
Dans un arrêt AC.1998.0214 du 30 juin 1999 (consid. 2c), l'ancien Tribunal administratif, auquel a succédé la CDAP, avait en effet considéré que cette disposition réglementaire constituait une base légale suffisante pour fonder une obligation de prise en charge des frais par le propriétaire, en suivant le raisonnement suivant:
"L'art. 38 al. 4 RPNMS, interprété selon les règles usuelles, peut cependant être compris en ce sens que l'intervention de sauvetage incombe bien au maître de l'ouvrage, qui doit en assumer les frais (on comprendrait mal que l'autorisation spéciale précise les modalités de ces fouilles, si elles incombaient à la SMH
[actuellement: le SIPaL]
). Cette solution n'est au surplus nullement exorbitante. Il appartient par exemple au constructeur d'assumer les frais d'une expertise exigée sur la base de l'art. 89 LATC; il en va de même s'agissant des frais liés à l'élaboration d'un rapport d'impact (art. 9 al. 3 LPE
[loi fédérale du 7 octobre 1983 sur la protection de l'environnement]
; on observe au demeurant que, lorsqu'un projet est soumis à une étude d'impact, celle-ci doit porter également sur les aspects de protection de la nature, des monuments et des sites : art. 3 al. 1 OEIE
[ordonnance du 19 octobre 1988 relative à l’étude de l’impact sur l’environnement]
). L'art. 14 al. 5 OPN
[note: ordonnance du 16 janvier 1991 sur la protection de la nature et du paysage]
, déjà cité pose lui aussi le principe que l'auteur ou le responsable d'une atteinte d'ordre technique à un biotope, liée à un projet de construction par exemple, doit prendre les mesures nécessaires à la sauvegarde de cet objet ou, à défaut, en assurer la compensation écologique, cela à ses frais. Le tribunal considère que la même solution doit prévaloir également en matière de protection des vestiges archéologiques, cela sans faire appel à proprement parler au principe "pollueur-payeur", invoqué par le département.
Il en découle dès lors que c'est à bon droit que la décision attaquée retient, en application de l'art. 38 al. 4 RPNMS, que les frais de l'intervention de sauvetage incombent au maître de l'ouvrage, soit en l'occurrence à la Commune de Lausanne
".
La recourante estime, quant à elle, que cette jurisprudence, qui concernait une parcelle comprise à l'intérieur d'une région archéologique au sens de l'art. 67 LPNMS, n'est cependant pas applicable aux biens-fonds situés, comme en l'espèce, hors zone archéologique. Elle fait valoir que la parcelle n° 452, bien que située à proximité immédiate de la région archéologique n° 33/416 de la commune d'Avenches, n'était pas incluse dans le périmètre de cette région. Selon un arrêt rendu postérieurement par la Cour de céans (AC.2014.0394 du 29 juin 2015 concernant la commune de Corcelles-près-Concise) et invoqué par la recourante, "il ressort en effet clairement de l'intitulé de l'art. 38 RLPNMS concerne uniquement les régions archéologiques. On ne voit pas sur quelle base l'autorité intimée se fonde pour affirmer que l'alinéa 4 de la disposition susmentionnée pourrait s'appliquer également hors de ces zones. D'ailleurs, dans les faits, le SIPAL n'a rendu aucune autorisation spéciale alors que l'art. 38 al. 4 RLPMNS prévoit expressément la délivrance d'une telle autorisation. Or c'est sur l'existence d'une telle autorisation que l'ancien Tribunal administratif avait fondé son raisonnement dans l'arrêt précité pour mettre les frais des fouilles de sauvetage à charge du destinataire de l'autorisation" (consid. 3b/bb)
Se référant toujours à cet arrêt, la recourante ajoute que, hors zones archéologiques, c'est l'art. 39 RLPNMS, consacré aux trouvailles fortuites, qui serait applicable. Cette disposition a la teneur suivante:
"La découverte fortuite de vestiges, d'objets archéologiques ou de curiosités naturelles, effectuée en dehors d'une recherche dûment autorisée, doit être immédiatement annoncée au Département TPAT, qui déléguera le personnel compétent sur les lieux.
Les travaux ou activités qui ont produit la trouvaille doivent être suspendus à l'endroit de la découverte, s'ils sont de nature à porter atteinte aux vestiges. Aucun objet ne doit être déplacé, et les vestiges découverts seront protégés de manière à n'être ni endommagés, ni dérobés. Toute personne témoin de la découverte et susceptible de comprendre sa portée et son intérêt est tenue de l'annoncer au Département TPAT et de prendre les mesures nécessaires
".
Les trouvailles effectuées à proximité de zones archéologiques sont donc des trouvailles fortuites. En effet, la loi distingue les zones archéologiques, auxquelles s'appliquent certaines règles, des autres zones, auxquelles s'appliquent des règles différentes, et ne prévoit aucune autre zone, que l'on pourrait qualifier d'"intermédiaire" ou "tampon". Les parcelles situées à proximité des zones archéologiques, comme la parcelle en cause, demeurent des parcelles non classées en zone archéologique, même si dans les faits l'autorité intimée leur accorde une certaine importance. L'art. 39 RLPNMS s'applique dès lors au cas d'espèce et force est de constater qu'il ne prévoit pas de prise en charge des frais de fouilles par les propriétaires des biens-fonds concernés. Ainsi, il a été constaté qu'il n'existait pas de base légale permettant de mettre à la charge des propriétaires des frais de fouilles liés à des trouvailles fortuites hors zone archéologique (arrêt AC.2014.0394 précité, ibidem).
3. a) Selon l'art. 104 de la loi cantonale du 4 décembre 1985 sur l’aménagement du territoire et des constructions (LATC; RSV 700.11), avant de statuer sur la demande de permis de construire, il incombe à la municipalité non seulement de s'assurer que le projet est conforme aux dispositions légales et réglementaires et aux plans d'affectation (al. 1), mais encore de vérifier "si les autorisations cantonales et fédérales préalables nécessaires ont été délivrées" (al. 2). L'art. 120 LATC énumère exhaustivement les cas dans lesquels la construction ou l’installation est soumise non seulement à un permis de construire délivré par la municipalité (art. 103 et 104 LATC), mais encore à une autorisation spéciale, en principe cantonale (qui présente un caractère accessoire par rapport à la décision municipale). Il s’agit des constructions hors des zones à bâtir (let. a), des constructions et des ouvrages nécessitant des mesures particulières de protection contre le danger d’incendie et d’explosion, ainsi que contre les dommages causés par les forces de la nature (let. b), des constructions, ouvrages, entreprises et installations faisant l’objet d’une liste annexée au règlement d’application de la LATC (let. c), enfin des constructions, ouvrages, installations et équipements soumis à autorisation ou qui doivent être approuvés selon les dispositions légales ou réglementaires fédérales ou cantonales (let. d). Tel est le cas de la LPNMS qui figure sur la liste des textes législatifs à prendre en considération selon la lettre d de l'art. 120 al. 1 LATC (cf. Annexe I au règlement du 19 septembre 1986 d’application de la LATC [RSV 700.11.1; RLATC]) et en particulier de l'art. 67 prévoyant que "le département en charge des monuments, sites et archéologie détermine les régions archéologiques dans lesquelles tous travaux dans le sol ou sous les eaux doivent faire l'objet d'une autorisation". A noter que la définition de la région archéologique constitue une mesure administrative préventive permettant d'assurer une protection des vestiges efficace. Dans un périmètre déterminé de la région archéologique (qu'il est possible par la suite d'élargir ou de modifier), tous les travaux dans le sol sont soumis à autorisation cantonale. L'élaboration de ces zones ne constitue pas encore une mesure de protection. Les régions sont déterminées d'avance, à partir des données de la carte archéologique cantonale; divers sites sont délimités avec précision et soumis au régime de la région archéologique de l'art. 67 LPNMS. Lorsque l'on se trouve face à un site non-recensé, le constructeur doit alors suspendre les travaux et avertir le service concerné (art. 68 et 69 LPNMS). Généralement une indemnité sera versée au propriétaire pour les retards apportés au chantier; le propriétaire est alors invité à faciliter l'exécution des fouilles de sauvetage, dans la mesure où cette aide financière permet souvent de raccourcir les délais requis (Nathalie Tissot, Protection juridique des vestiges archéologiques, thèse Neuchâtel 1991, IX.1.1, p. 167 et ss).
b) En l'occurrence, il n'est pas contesté qu'au moment du dépôt du permis de construire en mai 2013, la parcelle n° 452 n'était pas comprise dans une des régions archéologiques dûment recensées par le département au sens de l'art. 67 LPNMS, de telle sorte que le SIPaL/ARCHE n'avait pas à donner une autorisation spéciale assortie de conditions impératives, mais pouvait tout au plus formuler des remarques dans le cadre d'un préavis. C'était donc à juste titre que la recourante n'avait pas coché la case n° 110 (situation de l'ouvrage dans une région archéologique) du questionnaire de la demande de permis de construire. Du reste, la synthèse CAMAC n° 140069 du 28 novembre 2013 n'indiquait pas que le dossier impliquait une demande d'autorisation spéciale à délivrer par le SIPaL/ARCHE. Cette dernière autorité cantonale a toutefois été consultée au motif que le projet se situait à proximité immédiate de la région archéologique n° 33/416 et qu'il existait une forte probabilité que le terrain litigieux renferme des vestiges archéologiques dignes d'intérêt.
Ainsi, sur la base de la jurisprudence citée plus haut (consid. 2), il incombe en principe à l'Etat de prendre en charge la totalité des frais de fouilles de sauvetage. Il n'existe en effet pas de base légale permettant de mettre à charge de la recourante des frais de fouilles dans un terrain situé hors zone archéologique. Peu importe que la parcelle n° 452 ait été incluse entre-temps dans la région archéologique 33/423 créée le 21 octobre 2016, qui porte le n° 33/2 depuis le 13 février 2017.
c) Il n'en demeure pas moins que, contrairement à ce qu'affirme la recourante, l'on ne se trouve pas en présence de trouvailles fortuites au sens de l'art. 39 RLPNMS. C'est bien parce que le projet litigieux était susceptible de porter à atteinte à un site archéologique que le SIPaL a été consulté; celui-ci a requis que des sondages préalables soient exécutés avant tous travaux de terrassement afin "d'éviter toute découverte fortuite de vestiges". La recourante a été avertie qu'"en cas de mise au jour de vestiges lors de cette procédure, les modalités des fouilles de sauvetage qui s'avéreraient nécessaires (art. 38 du règlement d'application de la LPNMS) seront mises au point entre l'archéologie Cantonale, la Fondation D._ et le maître de d'ouvrage. En fonction des découvertes, d'éventuelles mesures visant à protéger ces vestiges seront définies et confirmées" (cf. CAMAC n° 140069 du 28 novembre 2013). La recourante n'a pas recouru contre cette autorisation spéciale, dont les conditions faisaient partie intégrante du permis de construire. A cela s'ajoute qu'un permis de fouilles a été délivré en même temps que le permis de construire, si bien que la constructrice, qui devait procéder à des sondages préliminaires avant l'ouverture du chantier afin de vérifier la présence de vestiges, ne pouvait ignorer que sa parcelle, vu sa localisation aux abords du site d'Aventicum, était susceptible de receler des vestiges archéologiques, ce qui a été avéré à la suite de sondages effectués sur la parcelle n° 452. La recourante a en quelque sorte accepté de se soumettre aux conditions fixées par le SIPaL quant à une éventuelle participation financière à des frais de fouilles de sauvetage. On peut donc admettre qu'une interprétation des permis de construire et de fouilles conforme au principe de la bonne foi doit conduire à ce que la recourante prenne à sa charge une partie des frais de fouilles.
A noter que l'arrêt AC.2014.0394 précité, dont se prévaut la recourante, concernait un projet de construction d'un immeuble pour lequel qu'aucune autorisation spéciale au sens de l'art. 67 LPNMS en lien avec l'art. 38 RPLMNS n'avait été délivrée par le SIPaL; ce n'est que lors des travaux de terrassement que des vestiges protohistoriques ont été découverts et que le SIPaL est intervenu pour exiger des travaux de fouilles de sauvetage qui, en principe, devaient être effectués par les services de l'Etat, à leurs frais. Or la présente affaire a ceci de particulier que le projet litigieux – bien que situé à l'extérieur d'une région archéologique – a donné lieu à une autorisation spéciale, qui n'a pas été remise en cause par la recourante.
d) Compte tenu de ces circonstances particulières, il paraît équitable que la recourante prenne à sa charge une partie des frais de fouille proprement dite (excavation) figurant sous la rubrique "A Coût des fouilles" (devisé à 292'198 fr. selon l'estimation du 22 septembre 2016), y compris une part des frais de machines de chantier et d'infrastructures en lien avec l'excavation (frais qui n'ont pas été chiffrés), à l'exclusion toutefois des "coûts post-fouilles (salaires SMRA et auxiliaires)" (devisés à 117'219 fr. selon l'estimation du 22 septembre 2016) et des frais d'analyses (estimés à 7'000 fr.) qui seront entièrement pris en charge par l'Etat. Ainsi, une répartition des frais de fouille proprement dite (y compris les frais de machines de chantier et d'infrastructures en relation avec l'excavation) par moitié (50 %) entre l'Etat et la recourante semblerait adéquate.
On peut relever que la recourante a un intérêt évident à ce que la durée des interventions archéologiques soit réduite au minimum afin de pouvoir commencer les travaux de construction dans un délai raisonnable. En effet, ni la LPNMS ni le RLPNMS n'imposent un délai aux services de l'Etat pour procéder à des fouilles de sauvetage. Sans une participation financière de la recourante aux frais de fouilles, le chantier ne pourrait pas débuter avant longtemps. Dans sa réponse, l'autorité intimée constate d'ailleurs qu'en raison de l'ampleur du chantier, de la richesse des vestiges que la parcelle n° 452 contient et de l'urgence dictée par la recourante, les travaux de fouilles dépassent très largement les ressources en personnel du SMRA et de l'Archéologie cantonale, si bien qu'il a été proposé à la recourante de financer en partie une équipe d'archéologues auxiliaires. Elle rappelle que les ressources dédiées à l'Archéologie cantonale ne permettent pas toujours d'agir dans les délais souhaités par les constructeurs. C'est pourquoi dans la grande majorité des projets de construction impliquant des fouilles archéologiques, celle-ci sont confiées à une entreprise privée, sur mandat de la Section Archéologie cantonale, mais aux frais du maître de l'ouvrage.
Cela dit, la participation financière de la recourante aux frais de fouilles devra encore être chiffrée par l'Etat sur la base d'un devis de frais de fouilles détaillé et actualisé et en tenant compte du montant de la subvention au sens de l'art. 56 LPNMS que l'Etat est prêt à verser. Quant aux modalités des fouilles de sauvetage et de la répartition des frais, elles devront être négociées sans tarder entre l'Etat et le maître de l'ouvrage.
Dans ces conditions, il convient d'annuler la décision attaquée et de renvoyer la cause à l'autorité intimée pour nouvelle décision dans ce sens.
4. C'est enfin à tort que la recourante se plaint d'une inégalité de traitement vis-à-vis d'un autre constructeur à Avenches, soit F._, qui n'aurait pas supporté les frais de fouilles sur son terrain. Les deux situations ne sont pas identiques. Comme le relève le SIPaL dans ses déterminations du 28 août 2017, le projet de F._ situé dans le secteur "********" doit être édifié sur des remblais et sans sous-sol de manière à minimiser les atteintes aux riches vestiges archéologiques qui ont été identifiés par des campagnes de sondages; grâce à ces mesures conservatoires, les fouilles préventives sont de beaucoup plus faibles et peuvent être réalisées avec les ressources humaines et financières du SMRA, tandis que le projet de la recourante, qui comprend plusieurs niveaux de parkings souterrains, est sans commune mesure avec celui de F._, tout en précisant que celui-ci avait été amené en 2000 à financer lui-même l'engagement de personnel auxiliaire pour mener les fouilles préventives nécessitées par un autre projet situé dans le même secteur. Le SIPaL cite d'autres cas où des sites archéologiques ont été découverts par sondages et dont les fouilles ont été prises en charge financièrement par les maîtres d'ouvrage, quand bien même les vestiges n'étaient pas inclus préalablement dans une région archéologique donnée (...)".
F.
Par arrêt du 28 juin 2018 (1C_307/2018), le Tribunal fédéral a déclaré irrecevables les recours dirigés contre l'arrêt de la CDAP du 28 mai 2018 pour le motif que l'arrêt cantonal s'analysait comme une décision de renvoi revêtant un caractère incident non susceptible d'être contestée immédiatement.
G.
A la suite de cet arrêt, le SIPaL a requis deux devis. Le premier devis a été établi le 13 juillet 2018 par AVENTUCUM estimant à 514'800 francs les coûts actualisés (par rapport à l'estimation du 22 septembre 2016 de 292'198 fr.) pour les fouilles archéologiques préventives sur la parcelle n° 452. Ces fouilles, qui dureraient environ 5 mois, nécessiteraient une équipe de dix personnes, soit un archéologue responsable de chantier, trois archéologues, quatre techniciens de fouilles et deux collaborateurs techniques. Toujours selon ce devis, la durée du décapage archéologique à la pelle mécanique est estimée à 50 jours. La problématique de l'évacuation des terres de manière à respecter les directives cantonales en matière de protection des sols (pédologie) doit également être prise en compte dans l'évaluation des surcoûts découlant des opérations archéologiques. Une ou deux pistes de chantier devront ainsi être aménagées, d'une extrémité à l'autre de la parcelle, et être décapées au fur et à mesure de l'avancement des travaux; le coût d'exécution de ces pistes d'accès provisoires doit faire l'objet d'une estimation. Une estimation financière, selon les méthodes requises par les décapages archéologiques, a été demandée à l'entreprise G._. Quant aux travaux de post-fouilles, les coûts seraient de 145'400 fr. (au lieu de 117'219 fr. selon l'estimation de 2016), tandis que les frais d'analyse s'élèveraient à 10'000 fr. environ. Le devis ne chiffre pas frais pour la mise en oeuvre des installations de chantier nécessaires à l'équipe de fouilles (bureau, réfectoire, vestiaires, wc, eau courante et électricité).
Selon le second devis établi le 19 juillet 2018 par G._, le coût total des travaux de terrassement pour les fouilles archéologiques est estimé à
650'000 fr., ce montant comprenant 1. Enlèvement de la terre végétale, 2. Evacuation (cubes sur camion), 3. Terrassement, 4. Evacuation, y compris taxes (cubes sur camions) et 5. Installation, pistes de chantier, etc. et, enfin, Divers et imprévus.
Le 15 août 2018, le SIPaL a adressé à A._ ces deux devis, tout en déclarant se tenir à disposition de celle-ci pour tout renseignement ou pour une éventuelle rencontre sur place. La transmission de ces deux devis n'a suscité aucune réaction de la part de A._.
Le 23 août 2018, le Chef du DFIRE a communiqué à A._ un projet de décision
prévoyant
la répartition des frais de fouilles sur la base de ces deux devis et lui a imparti un délai au 7 septembre 2018 pour déposer ses éventuelles déterminations. A._ n'a pas soulevé d'objection à ce projet de décision
.
H.
Le 1
er
octobre 2018, le chef Département des finances et des relations extérieures a décidé a décidé de répartir les coûts des opérations archéologiques de la manière suivante:
"Frais à la charge du Canton :
Fouilles : 50% de CHF 514'800.- CHF 257'400.-
Postfouilles et analyse : CHF 155'400.-
Frais de terrassement : 20% de l'estimation G._,
mais au maximum CHF 130'000.-
Total : CHF 542'800.-
Il est précisé que le montant de CHF 542'800.- est la participation maximale de l'Etat et qu'aucune subvention supplémentaire ne sera versée.
Frais à la charge de A._ :
Fouilles : 50% de CHF 514'800.- CHF 257'400.-
Frais de terrassement : 80% du coût total,
soit selon budget de G._ CHF 520'000.-
Total : CHF 777'400.- ".
I.
Agissant le 31 octobre 2018 par la voie du recours de droit administratif devant la CDAP, A._ conclut principalement à l'admission du recours (I); à la réforme de la décision du 1
er
octobre 2018 du Département des finances et des relations extérieures en ce sens que les frais des fouilles archéologiques proprement dits (y compris les frais de machines de chantier et d'infrastructures), ainsi que la plus-value effective des frais de terrassement due aux fouilles archéologiques qui doivent être effectuées sur la parcelle n° 452 sont entièrement à la charge de l'Etat de Vaud (II) et à ce que ordre est donné à l'Etat de Vaud, sous peine d'amende prévue à l'art. 292 CP, de procéder aux fouilles archéologiques au plus tard trois mois après l'entrée en force du jugement rendu par le Tribunal cantonal (III). A titre subsidiaire, elle conclut à l'annulation de la décision attaquée et au renvoi du dossier à l'autorité précédente pour réexamen dans le sens des considérants.
Le 21 novembre 2018, la municipalité a déclaré renoncer à déposer des déterminations. Dans sa réponse du 26 novembre 2018, le Service Immeubles, Patrimoine et Logistique (SIPaL), Division patrimoine (devenu depuis le 1
er
janvier 2019 la Direction générale des immeubles et du patrimoine [DGIP], Direction archéologie cantonale) a conclu au rejet du recours. Le 27 novembre 2018, le DFIRE a conclu au rejet du recours. Le 20 décembre 2018, la recourante a déposé des déterminations.
J.
Le 27 juin 2019, le juge instructeur a entendu les parties lors d'une séance au cours de laquelle la conciliation a été tentée, mais n'a pas abouti.

Considérant en droit:
1.
Déposé en temps utile contre la décision du chef du DFIRE du 1
er
octobre 2018 par une personne ayant manifestement qualité pour agir, le présent recours – qui remplit au surplus toutes les conditions de forme – est recevable.
2.
Dans la mesure où la recourante reprend les mêmes griefs que ceux développés dans le cade de la précédente procédure de recours dirigée contre la décision du 27 juin 2017 du chef du DFIRE ayant abouti à l'arrêt du AC.2017.0260 du 28 mai 2018, le présent recours est irrecevable.
En effet, l’arrêt cantonal précité du 28 mai 2018 est une décision de renvoi. Cet arrêt oblige l'autorité à laquelle le dossier est renvoyé à statuer et celle-ci doit le faire dans les limites tracées par l'arrêt de renvoi, c'est-à-dire en se conformant aux considérants du jugement. L'autorité de première instance est donc liée non seulement par le dispositif, qui entre immédiatement, sauf recours, en force, mais également par les motifs de l'arrêt dans la mesure où ils tranchent certaines questions de droit.
En cas de renvoi de la cause pour nouvelle décision, l'autorité inférieure voit sa cognition limitée par les motifs de l'arrêt de renvoi, en ce sens qu'elle est liée par ce qui a déjà été jugé définitivement par l'autorité supérieure. Les considérants de l'arrêt retournant la cause lient l'autorité et les parties, en ce sens que ces dernières ne peuvent plus faire valoir dans un nouveau recours contre la nouvelle décision des moyens qui avaient été rejetés ou admis dans l'arrêt de renvoi (ATF 133 III 201 consid. 4 p. 208; 131 III 91 consid. 5.2 p. 94; 113 V 159 consid. 1c p. 159). En raison de l'autorité de la chose jugée, de tels moyens sont irrecevables (voir aussi, ATF
120 V 233
consid.
1a p. 237;
117 V 237
consid.
2 p. 242; TF
2C_217/2015 du 29 décembre 2015 consid. 2.1; 2C_568/2007 & 2C_734/2007 du 2 mai 2008 consid. 6.1
).
Dans cette mesure, la portée d'un arrêt de renvoi diffère quelque peu des arrêts ordinaires, dès lors que l'autorité de la chose jugée, pour ceux-ci, ne s'attache qu'au dispositif. Les considérants de l'arrêt de renvoi lient non seulement l'autorité de renvoi, mais aussi les parties et l'autorité de recours elle-même, qui ne saurait revenir sur sa décision à l'occasion d'un recours subséquent (
v. par analogie ATF 125 III 421 consid. 2a p. 423; 443 consid. 3a p. 446; 120 V 233 consid. 1a; 113 V 159)
, ce même dans le cas où le dispositif de l'arrêt de renvoi ne se réfère pas de façon expresse aux considérants (cf.
Jean-François Poudret, Commentaire de la loi fédérale d'organisation judiciaire, Berne 1990
, vol.
I, ad art. 38 n° 4.2., pp. 327-328, vol. II, ad art. 66, n° 1.3, p. 596 et ss et les références citées).
Tel est le cas même si, entre-temps, l'autorité de recours a modifié sa jurisprudence; à défaut, cela conduirait à une révision en droit - ce qui n'est pas admissible - d'un arrêt de renvoi définitif (ibid., n° 1.3.3, p. 599, références citées).
Le même arrêt peut également contenir des indications contraignantes au sujet d'éventuels compléments d'instruction à effectuer par l'autorité intimée et constitue dans cette mesure une décision incidente, de nature procédurale (v. sur ce point, Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, vol. II, 3
ème
éd., Berne 2011, n° 2.2.4.2; v. arrêt AC.2001.0200, consid. 1a).
Quoi qu’il en soit, le fait, pour l'autorité de recours, d'être ainsi liée par le dispositif et les motifs de son arrêt de renvoi implique dès lors qu'elle ne peut plus revenir sur les points déjà résolus par ce dernier. Elle doit cependant
vérifier si la décision querellée est conforme aux instructions qu'elle y avait énoncées
(arrêts FI.2013.0011 du 23 mai 2013; FI.2007.0001 du 14 novembre 2007;
FI.1998.0101 du 15 mars 1999
)
. En l'espèce, il convient de contrôler si l'autorité intimée s'est conformée aux instructions telles que figurant au considérant 3d) de l'arrêt précité du 28 mai 2018.
3.
Il y a donc lieu d'examiner uniquement les griefs soulevés à l'encontre de la décision du DFIRE du 1
er
octobre 2018, qui est ainsi libellée :
"A._ - Projet « B._ » à Avenches - Fouilles archéologiques –
DECISION
Je me réfère au dossier susmentionné et fais suite à mon courrier du 23 août 2018.
Pour rappel, les coûts de l'opération sont désormais chiffrés comme suit :
Fouilles CHF 514'800.-
Postfouilles et analyses CHF 155'400.-
Frais de terrassement CHF 650'000.-
Il ressort de l'arrêt du Tribunal cantonal du 28 mai 2018 qu'une répartition des frais de fouille proprement dite (y compris les frais de machines de chantier et d'infrastructures en relation avec l'excavation des vestiges) par moitié (50%), entre l'Etat et votre mandante, semble adéquate.
En ce qui concerne les frais de terrassement, il me paraît important de vous informer que la somme de CHF 650'000.- résulte d'un devis estimatif de l'entreprise G._ pour le dégagement fin des vestiges. Il n'est pas exclu que l'entreprise de terrassement que vous mandaterez pour réaliser votre projet de construction puisse effectuer ce travail pour une somme inférieure à CHF 650'000.-
.
Nous attirons par ailleurs votre attention sur le fait que les terrassements à effectuer sont de toute manière indispensable au chantier de construction planifié par votre cliente, de sorte qu'en principe il n'y aurait pas lieu de les prendre en considération. Cela étant et à bien plaire; le Conseil d'Etat accepte d'entrer en matière sur une participation du Canton à ces frais de terrassement, s'agissant de la plus-value imposée par le décapage fin des vestiges.
Enfin, il sied de préciser qu'une prise en charge de plus de 50% des frais de terrassement contraindrait l'Etat à procéder à un appel d'offres au sens de la législation sur les marchés publics.
Par conséquent, dans le cas d'espèce, l'Etat prend à sa charge 20% de l'estimation de G._, au titre de la plus-value effective des frais de terrassement, mais au maximum CHF 130'000.-.
Sur la base de ce qui précède, le Conseil d'Etat, dans sa séance du 26 septembre 2018, a décidé de répartir les coûts des opérations archéologiques de la manière suivante :
Frais à la charge du Canton
:
Fouilles
: 50% de CHF 514'800.- CHF 257'400.-
Postfouilles et analyse
: CHF 155'400.-
Frais de terrassement :
20% de l'estimation G._,
mais
au maximum
CHF 130'000.-
Total : CHF 542'800.-
Il est précisé que le montant de CHF 542'800.- est la participation maximale de l'Etat et qu'aucune subvention supplémentaire ne sera versée.
Frais à la charge de A._ :
Fouilles : 50% de CHF 514'800.- CHF 257'400.-
Frais de terrassement : 80% du coût total,
soit selon budget de G._
CHF 520'000:-
Total : CHF 777'400.-
Modalités de la prise en charge financière
Les frais de fouilles archéologiques seront avancés par l'Etat de Vaud. Une facture relative à la prise en charge de A._ (soit 50% des frais de fouilles) sera adressée semestriellement à votre mandante, avec un délai de paiement. L'Etat de Vaud se réserve la possibilité de modifier les présentes modalités en cas de non-paiement et d'arrêter, cas échéant, immédiatement le chantier archéologique.
La prise en charge par l'Etat des frais de terrassement sera versée à votre mandante sur le compte bancaire de son choix à la fin des travaux, à réception des factures qui attestent de leur coût effectif et après confirmation que les factures ont bien été acquittées.
A cette fin, je vous remercie de m'indiquer les coordonnées bancaires du compte sur lequel le montant y relatif devra être crédité (..)"
.
4.
La recourante s'en prend tout d'abord aux frais de fouilles préventives devisées à 514'800 fr., dont 50% seraient mis à sa charge (257'400 fr.), selon le devis établi le 13 juillet 2018 par AVENTUCUM.
La recourante ne remet pas en cause la répartition par moitié de ces frais de fouilles préventives. Mais elle soutient que les coûts devisés seraient trop élevés. Il est vrai que ces coûts ont passé de 292'198 fr. (état au 22 septembre 2016) à 514'800 francs. L'autorité intimée explique cette forte augmentation par les salaires revus à la hausse compte tenu d'une nouvelle classification du personnel auxiliaire par le Service du personnel de l'Etat de Vaud. Il n'est pas besoin d'examiner plus avant si ces coûts sont surestimés, car cela ne porte pas à conséquence. En effet, si, au final, le prix des travaux de fouilles préventives devait être plus bas, la recourante en profiterait aussi, car elle ne devrait s'acquitter que de la moitié des coûts totaux effectifs. Quoi qu'il en soit, si la recourante estime que les frais de fouilles (chiffrés à 514'800 fr) sont trop élevés, il lui incombe de demander un devis à une autre entreprise spécialisée dans le domaine des fouilles archéologiques et de le soumettre pour approbation à la DGIP. Cela dit, il est regrettable que la recourante n'ait pas réagi au moment où l'autorité intimée lui a transmis le devis de 514'800 fr. (15 août 2018) ou le projet de décision (23 août 2018), mais a attendu la notification décision attaquée pour faire valoir ses griefs dans le cadre du présent recours.
En présentant un devis actualisé et détaillé pour des frais de fouilles, l'autorité intimée s'est conformée aux instructions telles que figurant au consid. 3d de l'arrêt précité du 28 mai 2018.
5.
La recourante critique également le devis établi par G._ le 19 juillet 2018 relatif aux travaux de "terrassement pour fouilles archéologiques", tout en admettant que les coûts du terrassement inhérent au projet de construction sont à sa charge. Si elle ne conteste pas le principe même de la clef de répartition des frais de terrassement (20% à la charge de l'Etat et 80% à sa charge), la recourante prétend cependant que le devis établi par G._ estimant à 650'000 fr. les travaux de terrassement pour fouille archéologique serait largement sous-évalué, car cette société aurait basé ses calculs notamment sur une profondeur des fouilles de 1,15 m au lieu de 1,90 mètres, ce qui aurait une incidence sur le coût du décapage à la pelle mécanique et sur le prix de l'évacuation de la terre. De plus, c'est à tort que les frais liés notamment à la rétention d'eau et à la sécurisation des parois de chantier n'auraient pas été pris en compte dans le devis.
Là encore, si la recourante est d'avis que l'estimation des coûts effectuée par l'entreprise G._ est trop basse, elle a la possibilité de demander une autre offre à une entreprise de son choix et de la soumettre pour approbation au DGIP. Il est regrettable que la recourante n'ait pas réagi au moment où l'autorité intimée lui a communiqué le devis et projet de décision, mais ait attendu la notification de la décision attaquée pour émettre ses critiques dans le cadre du présent recours.
Cela dit, il est vrai que le devis du 19 juillet 2018 qui chiffre à 650'000 fr. les travaux de terrassement pour fouilles archéologiques n'est pas clair, car il ne permet pas de distinguer précisément entre les coûts des travaux de terrassement qui doivent être pris entièrement en charge par la recourante et les surcoûts de ces travaux résultant de la présence des vestiges dans le terrain concerné. Pour plus de clarté, il serait indiqué que la même entreprise – qui sera choisie d'un commun accord entre les parties – présente un devis détaillé pour des travaux de terrassement (comme s'il n'y avait pas de vestiges archéologiques) et un devis pour les travaux de terrassement tenant compte de la présence de vestiges dans le terrain, la différence entre ces deux prix représentant les surcoûts résultant des opérations archéologiques qui devront être mis par moitié à la charge de la recourante et de l'Etat. Autrement dit, un devis pour apprécier la répartition des coûts des travaux entre les parties devra mentionner de manière détaillée tous les postes des travaux supplémentaires dus à la présence des vestiges archéologiques (décapage fin et l'évacuation de terre, installation d'infrastructures diverses, machines, évacuation, pistes de chantier et, si besoin, frais liés notamment à la rétention d'eau et à la sécurisation des parois etc.). A noter que l'Etat ne pourra pas limiter sa participation financière à un montant maximum pour les surcoûts occasionnés par la présence de vestiges dans le terrain, mais doit prendre en charge la moitié de la totalité des frais effectifs liés aux opérations archéologiques, d'autant qu'il n'entend verser aucune subvention au sens de l'art. 56 LPNMS.
Dans la mesure où le devis de G._ qui n'est pas suffisamment clair pour permettre à la cour de céans de vérifier si l'autorité intimée s'est entièrement conformée aux instructions telles que figurant au considérant 3d) de l'arrêt précité du 28 mai 2018, il convient d'admettre le recours sur ce point.
La règle de principe sur la répartition des coûts fixée par la Cour de céans dans le considérant 3d) précité vise les travaux effectifs qui seront réalisés et est applicable à la fin de ceux-ci. Elle est la suivante: hormis les frais de postfouilles et d'analyse qui seront entièrement supportés par l'Etat, tous les autres surcoûts résultant des opérations archéologiques doivent être partagés par moitié entre l'Etat et la recourante, étant précisé que le coût des travaux de terrassement qui auraient dû être entrepris de toute manière par la recourante (indépendamment de la présence des vestiges archéologiques) est à la charge exclusive de celle-ci.
6.
Vu ce qui précède, le recours doit être admis dans la mesure où il est recevable, la décision étant annulée au sens des considérants. Agissant dans le cadre de l'exécution de tâches d'intérêt public, l'autorité intimée n'a pas à supporter un émolument judiciaire (art. 52 et 99 LPA-VD). Compte tenu des circonstances particulières du cas et, notamment du fait que la recourante n'a pas daigné se déterminer sur les devis et sur le projet de décision qui lui avaient été soumis avant le prononcé de la décision attaquée, il se justifie de ne pas allouer de dépens (art. 49, al. 1, 55 et 99 LPA-VD)
.