Decision ID: 0f34fae2-8486-4921-936a-a56ed8220181
Year: 2019
Language: fr
Court: VD_TC
Chamber: VD_TC_031
Canton: VD
Region: Région lémanique
Law Area: public_law

Vu les faits suivants:
A. D._ est propriétaire de la parcelle n° 455 de la Commune de Lutry, sise au chemin du Petit-Bochat, à la Conversion (Commune de Lutry; ci-après: la commune). Cette parcelle, d'une surface de 10'919 m2, jouxte le territoire de la Commune de Paudex. Elle est régie par le plan de quartier "Fénix", du 15 août 1979, modifié le 23 juillet 1998 (ci-après: le PQ), selon lequel elle est colloquée en zone de villas, à l’exception d’une bande de terrain de 10 à 15 m au nord-ouest colloquée en zone verte. Trois arbres (un tilleul, un platane et un if) situés sur la parcelle n° 455 font l’objet d’un classement selon le plan communal de classement des arbres du 13 octobre 1997, approuvé par le Conseil d’Etat le 11 juin 1998. Cette parcelle comprend notamment le bâtiment ECA n° 1329, soit une ancienne ferme implantée le long du chemin du Petit-Bochat (ci-après: le bâtiment ECA n° 1329 ou "la Ferme").
La parcelle n° 455 jouxte la parcelle n° 416 de la commune de Paudex, sise au nord-ouest. Elle est longée à l'est par le chemin du Petit-Bochat et au nord-nord-ouest par le chemin du Grand-Pin. Un chemin d'accès partant du chemin du Grand-Pin par la parcelle n° 416 et traversant une partie de la zone verte sise sur la parcelle n° 455 pour se terminer en cul-de-sac en contre-bas de l'ancienne villa de M. Schmutz a été mis à l'enquête publique du 27 juin au 17 juillet 1997. D._ a ensuite proposé une légère modification du tracé de cet accès par le biais d'un plan d'exécution. Ce plan d'exécution a été admis par la Municipalité de Lutry (ci-après: la Municipalité) le 13 octobre 1997.
B. Du 27 février au 29 mars 2010, D._ a mis à l’enquête publique la construction sur la parcelle n° 455 de trois immeubles d’habitation et de trois garages enterrés abritant 18 places de parc au total, le changement d’affectation partiel du bâtiment ECA n° 1329, la création de six places de stationnement et la construction d’une piscine chauffée extérieure ainsi que la démolition des bâtiments ECA nos 1113a, 1329b, 1339, 1705, 2499 et B33. Le projet a fait l'objet de plusieurs oppositions de propriétaires voisins, qui ont été levées par décision de la Municipalité du 16 juin 2010. Le même jour, la Municipalité a délivré le permis de construire.
Par arrêt du 29 novembre 2011 (AC.2010.0235), la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal (ci-après: CDAP) a admis le recours des opposants et a annulé le permis de construire. Le Tribunal a notamment relevé que les exigences réglementaires relatives au coefficient d'utilisation du sol (CUS) et à la hauteur des constructions n'étaient pas respectées. Il a également constaté que le nouvel accès qui était prévu dans la zone verte n'était pas admissible, tout en relevant que la légalité du chemin existant dans cette zone ne pouvait pas être remise en cause dès lors que le constructeur avait obtenu toutes les autorisations requise (arrêt précité consid. 4).
C. Du 3 mars au 2 avril 2012, D._ a mis à l'enquête publique la démolition des bâtiments nos ECA 1113a, 1113b, 1329b, 1339, 1705, 2499 et B33, la construction sur la parcelle n° 455 de deux immeuble d'habitation (villas n° 1 et 2), le changement d'affectation partiel du bâtiment existant ECA n° 1329, la création de dix places de stationnement intérieures et de six places extérieures et la construction d'une piscine extérieure. En relation avec la villa n° 1, le projet prévoyait notamment la réalisation d'un garage enterré pour six véhicules prolongé à chaque extrémité d'un dépôt. A l'époque, la parcelle n° 455 correspondait aux parcelles nos 301, 455 et 456 (ces parcelles ont été réunies sous le n° 455 le 6 mars 2013). Le permis de construire a été délivré le 14 mai 2012 (permis n° 5861). A la même date, la Municipalité a admis un "plan d'exécution" prévoyant la suppression de deux places de parc et la création de douze places vélos.
Du 27 octobre au 25 novembre 2012, D._ a mis à l'enquête publique une modification de l'implantation de la piscine. Le permis de construire a été délivré le 10 décembre 2012 (permis n° 5861/B).
Les 24 juin 2013 et 15 septembre 2014, la Municipalité a autorisé sans enquête publique l'installation de couverts amovibles pour véhicules sur la parcelle n° 455 pendant la durée du chantier.
Du 29 mars au 27 avril 2014, D._ a mis à l'enquête publique la création sur la parcelle n° 455 d'un garage enterré pour deux véhicules et six vélos (accolé à l'angle nord-ouest du bâtiment ECA n° 1329). Le permis de construire a été délivré le 12 mai 2014 (permis n° 5972).
Le 24 novembre 2014, la Municipalité a autorisé sans enquête publique des modifications souterraines et/ou de minime importance. Pour la villa 1, il s'agissait au niveau du sous-sol de la création de fenêtres et du déplacement d'escaliers, au niveau du rez-de-chaussée de la suppression de fenêtres, du déplacement de colonnes, de l'adjonction d'un pilier, du déplacement de deux autres et de la création d'un avant-toit sur toute la largeur et, au niveau du 1er étage, de l'adjonction d'un pilier et du déplacement de deux autres ainsi que de la création d'un avant-toit sur toute la largeur. Pour la villa 2, il s'agissait de la création d'un escalier extérieur. Pour ce qui était du garage-dépôts, les modifications autorisées concernaient la modification de la répartition intérieure du garage, le déplacement de portes et l'alignement du garage par rapport à la façade de la villa 1.
Le 6 juillet 2015, la Municipalité a autorisé sans enquête publique une modification des niveaux du sous-sol de la villa 1 et de la piscine intervenue au cours de l'élaboration des plans de détail.
Le 28 septembre 2015, la Municipalité a autorisé sans enquête publique la construction d'un réduit pour outils de jardin accolé à la façade nord-est de la construction prévue au nord-est de la villa 1 abritant un garage-dépôt (ci-après: le local d'outillage).
Le 5 octobre 2015, la Municipalité a autorisé sans enquête publique la modification des niveaux des dalles du rez-de-chaussée et du sous-sol de la villa 2.
Le 8 février 2016, la Municipalité a autorisé sans enquête publique la modification des ouvertures du sous-sol de la villa 1.
Le 7 mars 2016, la Municipalité a admis des plans d'exécution relatifs à la modification de l'aspect des fenêtres de l'étage de la villa 1.
Le 23 mai 2016, la Municipalité a autorisé sans enquête publique la création d'un massif pour la climatisation devant s'implanter au nord-ouest de la villa 1.
Le 4 juillet 2016, la Municipalité a autorisé sans enquête publique l'ensemble des modifications apportées au projet de construction de la villa 2.
Le 7 octobre 2016, la Municipalité a autorisé sans enquête publique la démolition/reconstruction du mur séparant la parcelle n° 455 du chemin du Petit-Bochat.
Le 10 octobre 2016, la Municipalité a autorisé sans enquête publique la création d'un mur de soutènement pour la plage de la piscine.
Du 6 août au 4 septembre 2016, D._ a mis à l'enquête publique la transformation et l'agrandissement du bâtiment ECA n° 1329, la création d'un couvert de jardin et d'une place de stationnement extérieure et l'aménagement de douze cases pour vélos sur la parcelle n° 455. Le permis de construire a été délivré le 5 décembre 2016 (permis n° 6104).
Le 1er octobre 2018, la Municipalité a autorisé sans enquête publique la création de trois conduits de cheminées d'appartement sur la toiture du bâtiment ECA n° 1329.
D. Dès l'été 2016, des voisins de la parcelle n° 455 se sont adressés à la municipalité et à la Direction communale des travaux pour demander des explications au sujet des travaux autorisés sans enquête publique postérieurement au permis de construire délivré le 14 mai 2012 et au sujet de travaux et aménagements (notamment la création de nouveaux accès impliquant d'importants mouvements de terre) qui auraient été réalisés sans autorisation. Au mois de février 2018, la Municipalité a informé les voisins du fait que D._ avait apporté de nombreuses modifications à ses projets et qu'une enquête complémentaire allait être demandée afin de régulariser l'ensemble des constructions.
E. Du 14 juillet au 12 août 2018, D._ a mis à l'enquête publique les travaux suivants: "Modification du talus sur la toiture d'un bâtiment abritant un garage, un dépôt et un local outillage, modification d'une ouverture en façade. Construction d'un mur de soutènement (régularisation de travaux effectués)".
A._, propriétaire des parcelles nos 415 et 416 de Paudex jouxtant au nord-ouest la parcelle n° 455, a déposé une opposition le 9 août 2018. L'opposante relevait que l'enquête publique portait sur la régularisation d'un garage construit en violation du permis de construire. Elle invoquait l'insuffisance des plans mis à l'enquête publique de régularisation. Elle faisait valoir que c'était l'entier de l'ouvrage, à savoir le garage, le dépôt et le local d'outillage, construits illicitement selon elle, qui devait faire l'objet de la mise à l'enquête publique. Elle soutenait que la surface et le volume de l'ouvrage devait figurer dans la demande de permis de construire, ainsi que le nombre de places de stationnement. Elle faisait valoir que le constructeur aurait dû remplir le formulaire de demande de permis de construire relatif aux constructions nouvelles, avec notamment le volume SIA du bâtiment, ceci ayant pour conséquence qu'un spécialiste en géotechnique agréé soit consulté. Elle relevait l'absence au dossier des dessins de toutes les façades et d'un plan des aménagements extérieurs avec la route d'accès. Elle soutenait que d'autres objets construits illicitement n'avaient pas été inclus dans la procédure de régularisation, à savoir la création d'un niveau supplémentaire de la villa 1 (sous-sol rendu habitable), la réalisation d'une route d'accès traversant la zone verte inconstructible et des terrassements importants effectués au nord-est de la parcelle. Elle invoquait une violation de l'art. 5 du règlement plan de quartier "Fénix" (ci-après: RPQ) (interdiction des toits plats) en ce qui concernait le garage-dépôt-local d’outillage, en demandant à tout le moins que celui-ci soit végétalisé. Elle demandait également, pour des motifs d'esthétique, un engazonnement en prolongement des jardins de la Ferme.
Avec d'autre voisins, Trine et B._ ont également déposé une opposition le 9 août 2018.
Par courriers du 25 octobre 2018, la Municipalité a informé l'opposante A._ et les opposants Trine et B._ et consorts de sa décision de lever les oppositions et de délivrer le permis de construire. Elle rappelait tous les permis délivrés depuis 2012 (avec ou sans enquête publique). Elle invoquait un respect scrupuleux des procédures légales et réglementaires et un suivi attentif et continu des travaux par les services communaux. Elle relevait que l'ensemble garage-dépôt-local d'outillage avait été formellement légalisé (nombre de places de stationnement compris) au travers du permis de construire délivré le 14 mai 2012, suivi des autorisations municipales des 24 novembre 2014 (incluant le dégagement de sa façade nord-ouest) et du 28 septembre 2015 (incluant le dégagement très partiel de sa façade nord-est). Elle soulignait que le caractère "souterrain" imposé par l'art. 9 du règlement communal sur les constructions et l'aménagement du territoire du 12 juillet 2005 (ci-après: RCAT) n'était plus exigible, dès lors que la limite entre les anciennes parcelles nos 455 et 456 avait été radiée. Pour ce qui était du nombre de places de stationnement, elle relevait qu'un bilan général sur l'ensemble de la parcelle n° 455 figurait dans la demande de permis de construire mise à l'enquête publique du 6 août au 4 septembre 2016 (total de 19 places de stationnement à l'issue des travaux). Se référant également à la demande de permis de construire de 2016, elle relevait que le CUS était respecté, ceci ayant été vérifié lors des précédentes procédures d'autorisation. Elle contestait avoir toléré la création d'une nouvelle route d'accès dans la zone verte inconstructible en relevant que seul l'aménagement à titre provisoire d'un accès au chantier avait été admis. Elle soutenait que les objets dispensés d'enquête publique l'avaient été conformément à ce que prévoit l'art. 72d du règlement du 19 septembre 1986 d'application de la loi du 4 décembre 1985 sur l'aménagement du territoire et les constructions (RLATC; BLV 700.11.1), certains travaux n'étant même pas soumis à autorisation de construire. Elle contestait toute violation des art. 5 RPQ, 4 al. 2 RCAT et 35 al. 1 RCAT. Pour ce qui était de cette dernière disposition, elle relevait que l'esthétique et l'intégration du projet ne différaient pas fondamentalement de celles du projet initial. Elle soulignait que, hormis la modification d'un talus et la construction d'un mur de soutènement, objets de la procédure de régularisation et qu'elle qualifiait de réglementairement conformes et ne présentant rien d'insolite, tous les autres aménagements avaient été dûment autorisés. Elle soulignait enfin que, dans la synthèse CAMAC du 2 avril 2012, l'ECA avait exigé un suivi géotechnique par un spécialiste agréé.
F. Par acte conjoint du 26 novembre 2018, A._, C._ et B._ ont recouru auprès de la CDAP contre les décisions de la Municipalité du 25 octobre 2018. Ils prennent les conclusions suivantes:
"I. Le recours est admis.
Principalement :
II. Les décisions du 25 octobre 2018 de la Municipalité de Lutry, de même que toutes les décisions dispensant d’autorisation de construire ou d’enquête publique les ouvrages permanents érigés sur la parcelle RF 455 (anciennement RF 455, RF 456 et 301 de la commune de Lutry) sont annulées, pour autant qu’elles ne soient pas nulles.
III. Le dossier est renvoyé à la Municipalité de Lutry, afin qu’elle procède à une enquête publique complète de toutes les modifications ou adjonctions d’ouvrages qui n’ont pas fait l’objet d’une enquête publique à ce jour et sont susceptibles de toucher les intérêts des tiers.
Subsidiairement :
III. Les décisions du 25 octobre 2018 de la Municipalité de Lutry sont annulées.
Plus subsidiairement :
IV. Les décisions du 25 octobre 2018 de la Municipalité de Lutry sont réformées, en ce sens que la toiture du bâtiment abritant le garage, le dépôt et le local de l’outillage soient entièrement végétalisée et la butte reconstituée.
La Direction générale de la mobilité et des routes (DGMR) a déposé des déterminations le 8 janvier 2019. Elle relève que le mur mis en cause se situe le long d'un chemin appartenant au domaine public communal et qu'il appartient par conséquent à la commune de se prononcer. La Municipalité a déposé sa réponse et son dossier le 9 janvier 2019. Elle conclut au rejet du recours. Le constructeur a déposé des déterminations le 16 janvier 2019. Il conclut au rejet du recours. Les recourants ont déposé des observations complémentaires le 19 février 2019. Dans un courrier du 11 mars 2019, la Direction générale de l'environnement (DGE) a relevé qu'elle n'avait pas été consultée lorsqu’une climatisation avait été posée sur la parcelle et qu'elle n'avait dès lors pas délivré l'autorisation spéciale requise. Elle demandait que les formulaires nécessaires lui soient transmis. La Municipalité a déposé des déterminations le 12 mars 2019. Elle indiquait qu'une procédure de légalisation du système de climatisation allait être mise en œuvre auprès du service cantonal compétent. Le constructeur a déposé des déterminations le 13 mars 2019.
Le tribunal a tenu audience le 15 mai 2019, au cours de laquelle il a procédé à une vision locale. A sa requête, la DGMR a été dispensée de comparaitre. Le procès-verbal de l'audience a la teneur suivante:
"Le président rappelle brièvement l'historique des faits. Le 14 mai 2012, la Municipalité a autorisé la construction notamment de deux villas et des transformations de constructions existantes sur la parcelle n° 455. Par la suite, plusieurs modifications ont été apportées au projet, la plupart faisant l'objet de permis de construire. Le président relève que lorsque des autorisations sont délivrées, à tort, par la Municipalité et que les constructions effectuées sont conformes à ce qui a été autorisé, on doit examiner la situation sous l'angle des règles sur la révocation des permis de construire. Une des questions qui intéresse particulièrement le tribunal est celle de savoir si des constructions ont été effectuées sans avoir été autorisées.
Me Bouchat indique qu'au vu du nombre de dispenses de mises à l'enquête publique consenties par la Municipalité, les recourants souhaitent une mise à l'enquête simultanée de toutes les modifications apportées au projet autorisé en 2012, conformément aux assurances données par la Municipalité. Elle soutient qu'il est probable que certains ouvrages réalisés n'aient pas été autorisés (par ex. les mouvements de terre). Elle affirme que durant la semaine précédant l'audience, plusieurs travaux ont encore été exécutés.
Me Pache rappelle qu'il s'agit d'un chantier, certes qui dure depuis longtemps, mais qui évolue chaque jour. Les aménagements extérieurs ne sont pas terminés. Il soutient que des modifications d'ordre technique interviennent dans tous les projets de construction. Tant qu'elles ne lèsent pas les tiers et qu'elles sont conformes à la règlementation en vigueur, il ne voit pas le problème.
Le président souhaite passer en revue les éléments litigieux.
La question du garage autorisé en 2012 est abordée. Selon le permis délivré, ce garage, comportant six places de parc et deux dépôts, aurait dû être enterré. Me Bouchat remarque que tel n'est pas le cas actuellement. Elle se réfère aux plans de mise à l'enquête et indique qu'un amas de terre végétalisé aurait dû recouvrir ce garage. Le président relève que le 24 novembre 2014, la Municipalité a autorisé, sans mise à l'enquête publique, des modifications concernant notamment ce garage. Il interpelle la Municipalité sur la raison pour laquelle le garage n'est finalement pas enterré. M. Desaules répond qu'en raison des limites de propriété existant avant la réunification parcellaire, le garage devait être souterrain afin de respecter l'art. 9 RCAT. Lorsque les trois parcelles ont été réunies et que les limites ont été radiées, cette exigence n'avait plus lieu d'être. Me Bouchat remarque que le permis de construire de 2012 conditionne déjà la construction du garage enterré à la réunification des parcelles n° 301, 455 et 456. M. Desaules répond qu'il s'agissait d'obtenir le maximum de garanties du propriétaire par rapport à la règlementation en vigueur. Pour Me Pache, la seule question qui se pose est celle de savoir si le garage est règlementaire, ce qui est le cas selon lui. Me Bouchat réaffirme que selon les plans d'enquête de 2012 le garage était entièrement recouvert d'une butte végétalisée (sur laquelle se trouvaient 17 arbres) et que la hauteur du garage ne devait pas dépasser 3m50. Me Pache rétorque que le garage ne sera plus visible par les voisins une fois les travaux terminés. Des aménagements sont en cours et il est encore possible d'y apporter des modifications afin de limiter l'impact visuel pour les voisins.
M. Desaules déclare que, pour la Municipalité, tout ce qui a été construit l'a été fait sur la base d'autorisations. Selon lui, la Municipalité aurait pu se passer de faire une procédure de régularisation mais elle craignait que cela lui soit reproché par la suite. Sur question de Me Bouchat, il précise que certaines constructions ont été effectuées par anticipation, soit avant l'octroi de permis de construire, mais que ces constructions ont été régularisées par la suite.
Me Bouchat évoque la question du toit du garage-dépôt-local-outillage. De l'avis des recourants, cette construction ne saurait être qualifiée de minime importance au sens de l'art. 39 RLATC. Son toit plat violerait ainsi l'art. 5 RPQ. Ils demandent à ce qu'il soit à tout le moins végétalisé. Me Pache assure que tout le garage sera couvert de végétation. Des arbres seront plantés de manière à ce qu'il ne soit pas visible pour les voisins.
M. Mohn ne comprend pas comment la colline a pu être rasée. Il évoque le va-et-vient de plus de 1000 camions pour évacuer la terre. A cet endroit, se trouvent maintenant un mur de soutènement et un garage au lieu des arbres qui y étaient autrefois plantés. Il déplore tous les changements intervenus depuis l'octroi du permis de construire de 2012. Sur question de Me Pache, M. Mohn confirme qu'il n'a pas formé opposition au projet lors de sa mise à l'enquête en 2012. Il déplore l'inaction de son avocat de l'époque.
Me Bouchat ajoute que la Municipalité a promis aux recourants à trois reprises, par écrit, une mise à l'enquête globale. Elle a affirmé que tant que ça ne serait pas fait, le permis d'habiter ne serait pas délivré. Les recourants invoquent une violation crasse de leur droit d'être entendus. Me Pache rappelle la jurisprudence en matière de consultation du dossier et soutient que les recourants avaient tout loisir de demander à la Municipalité de pouvoir accéder au dossier.
Me Bouchat évoque la question du garage de la ferme où une troisième place de parc aurait été créée alors que seules deux places auraient été autorisées. Me Pache nie l'existence d'une troisième place et soutient qu'il s'agit d'une place vélo.
Me Bouchat en vient à la question de la pompe à chaleur. Elle indique que celle-ci n'est pas enterrée alors que selon l'autorisation obtenue, elle aurait dû l'être. M. Allaoui affirme que la Municipalité est intervenue auprès du constructeur concernant cette pompe à chaleur air-eau et qu'elle s'est adressée au canton, qui a transmis tous les documents nécessaires en vue de la procédure CAMAC. Une mise à l'enquête publique sera effectuée. Il confirme que l'architecte a fait construire la pompe à chaleur par anticipation, sans attendre d'avoir obtenu l'autorisation nécessaire. Les recourants déplorent être à nouveau placés devant le fait accompli. Pour eux, cette façon de procéder n'est pas normale.
Les parties abordent la question de la zone verte. Les recourants soutiennent que cette zone a disparu depuis le début des travaux et qu'aujourd'hui, des arbres sont plantés sur le gabarit du chemin existant. Le constructeur conteste que ce soit le cas.
S'agissant des ouvertures supplémentaires sur le toit de la ferme, les constructeurs indiquent qu'il s'agit en réalité de panneaux solaires thermiques nécessaires au bon fonctionnement de la pompe à chaleur. La question du massif de climatisation est discutée par les parties. Le massif protecteur (l'enveloppe) a été régularisé le 23 mai 2016 mais pas le système de climatisation, qui fera l'objet d'une mise à l'enquête publique.
Le président demande à la Municipalité d'expliquer pourquoi elle n'a pas fait de mise à l'enquête globale pour toutes les modifications effectuées depuis la délivrance du permis de construire en 2012, conformément à ce qu'elle indiquait dans ses courriers adressés aux recourants. M. Desaules répond que la Municipalité a maintenu des contacts réguliers avec les constructeurs et qu'elle est intervenue pour faire respecter la loi. Elle s'engage à contrôler que le chemin en zone verte soit le même que celui autorisé par la CDAP en 2011. Par ses courriers adressés aux recourants, elle les informait de son intention de mettre à l'enquête tous les travaux qui n'auraient pas été régularisés. Le président relève qu'il y a peut-être eu un malentendu entre les recourants et la Municipalité sur ce point.
Me Bouchat observe que lors du second échange d'écritures, la Municipalité a reconnu l'illicéité de certains ouvrages. S'agissant du mur situé au sud du portail, celui-ci a été autorisé à tort en 2012. Les recourants ont évoqué la non-conformité de cet ouvrage au regard de la loi sur les routes. Suite à leur intervention, les constructeurs ont dû réduire la hauteur du mur et l'ont végétalisé.
Me Bouchat indique que les recourants ignorent combien de places de parc pour véhicules et vélos ont été autorisées par la Municipalité. Sur question du président, la Municipalité dit avoir appliqué l'art. 45 RCAT, qui renvoie aux normes VSS. Sauf erreur, elle a autorisé au total 19 places de parc pour véhicules, mais elle doit refaire le calcul pour en être certaine.
Les parties reviennent sur le sujet de la zone verte. La Municipalité indique avoir veillé de près au respect de cette zone par les constructeurs. Me Pache déclare que cet espace a été utilisé pour les besoins du chantier ces dernières années. Me Bouchat affirme qu'effectivement, la zone verte est détruite depuis que les travaux ont commencé, il y a quatre ans. Les constructeurs seraient en outre en train de re-végétaliser la zone en vue de déplacer le chemin d'accès autorisé en 1997. Initialement, celui-ci débouchait sur un cul-de-sac. La Municipalité assure toutefois que le chemin devra être au même endroit qu'à l'origine lorsqu'elle procèdera au contrôle des travaux terminés. Me Pache affirme que ce chemin reste utile aujourd'hui et qu'il respecte le gabarit autorisé en 1997.
Me Bouchat soutient que les modifications apportées à la villa 1 (le sous-sol orienté Sud devenu habitable) entraînent un dépassement du CUS. Par ailleurs, le bonus Minergie permettant d'octroyer 5% de CUS supplémentaire, a été erronément calculé sur l'ensemble de la parcelle alors qu'il aurait dû l'être uniquement sur les bâtiments. Me Pache conteste que le sous-sol de la villa 1 soit habitable. La Municipalité indique avoir rendu le constructeur attentif à sa manière de calculer le CUS et vérifiera une fois les travaux terminés qu'il a été respecté. M. Christmann souhaite connaître les conséquences pour le constructeur dans le cas où la Municipalité constaterait un dépassement du CUS. M. Desaules indique que la Municipalité exigera une remise en conformité. Elle pourra par exemple obliger le constructeur à murer certains locaux afin de les rendre inhabitables.
L'audience est suspendue à 15h15. Elle est reprise à 15h35 sur la parcelle n° 455.
Me Pache fait constater à la Cour qu'à l'entrée de la villa 1, à gauche du portail, est posée la plaque du label Minergie récemment reçue par les constructeurs. Ceux-ci devraient recevoir les deux autres plaques sous peu, puisque les trois bâtiments ont obtenu le label.
La Cour constate que le mur érigé au Sud du portail a été abaissé d'environ 1 mètre à la demande de la commune afin de respecter la loi sur les routes. Du lierre a été planté. Les recourants soutiennent que ce mur n'a, à tort, jamais fait l'objet d'une mise à l'enquête publique. L'entrée située devant le portail serait en outre plus large que ce qui été prévu initialement. M. Allaoui indique que les couleurs blanche ou éclatante sont interdites par le RCAT. En l'occurrence, la Cour constate que le mur est de couleur blanc cassé.
La Cour et les parties passent ensuite le portail et observent le garage situé à gauche de l'entrée. Les constructeurs expliquent qu'il s'agit d'une construction existante, qui a été repeinte. Elle abrite deux places de parc. Un mur de soutènement est érigé à droite du garage. M. Mohn explique qu'avant les travaux, il y avait de la terre qui recouvrait le garage et le mur de soutènement. Il souhaiterait que la butte soit reconstituée. Le constructeur explique que des arbres sont en train d'être plantés pour redonner un aspect naturel à l'endroit.
La Cour et les parties se dirigent devant l'autre garage qui abrite 6 places de parc. Le constructeur explique que des arbres seront également plantés derrière le mur de soutènement.
La Cour et les parties observent ensuite le mur de soutènement de la piscine. Me Bouchat relève que selon le RPQ, ce mur ne devrait pas présenter une hauteur de plus de 1m50 au-dessus du terrain naturel, exigence qui ne serait pas respectée. Elle affirme qu'il ne faisait pas partie de l'enquête publique de 2012, mais qu'il a fait l'objet d'une autorisation (sans mise à l'enquête) en 2016.
La Cour et les parties se déplacent vers le versant Sud de la parcelle, devant la villa 1. La Cour constate que les ouvertures du sous-sol sont murées. Me Bouchat relève que tel n'était pas le cas la semaine dernière. Une fois à l'intérieur, la Cour constate que les pièces ne sont pas habitables, faute de surfaces d'éclairage suffisantes. Me Pache relève qu'une modification de la réglementation pourrait intervenir, ce qui permettrait de rouvrir la façade afin de rendre les pièces habitables. A la question du président, les constructeurs indiquent qu'il y a deux logements dans cette villa.
La Cour se déplace pour observer le massif de climatisation. Elle constate que du lierre a été posé. Me Pache indique que ses clients s'engagent à arboriser l'endroit avec des arbres à feuillage persistant (ci-après: persistant) de manière à ce que le massif ne soit plus visible par les époux Christmann.
La Cour et les parties examinent ensuite l'endroit où devrait se trouver la zone verte, servant aujourd'hui de piste de chantier. L'endroit est aujourd'hui couvert de terre et de gravier. Des véhicules y sont parqués. Les recourants soutiennent que cette situation dure depuis cinq ans. Selon l'art. 17 RPQ, l'arborisation aurait dû être maintenue et la zone ne devrait pas servir de places de parc. Quant à la légalité du chemin existant, les constructeurs soutiennent qu'ils respectent les autorisations délivrées et que la zone verte retrouvera sa configuration d'origine à la fin des travaux.
Mme Metz-Christmann souhaite que l'endroit soit mieux arborisé, avec du persistant. Les constructeurs affirment que tel sera le cas et qu'il faut seulement leur laisser le temps de finir les travaux.
La Cour et les parties se déplacent vers le haut de la zone verte, en direction de l'entrée de la villa de Mme Metz-Christmann. Une clôture en fer cadenassée empêchant le passage est ouverte par un ouvrier. Les recourants remarquent que le cadenas a été posé ce matin.
La Cour observe la vue depuis la cour de Mme Metz-Christmann. Il est constaté que le mur de soutènement de la piscine est visible. Les parties discutent des arbres qui pourront être plantés afin de limiter l'impact visuel des nouvelles constructions. Mme Metz-Christmann souhaiterait également que les constructeurs trouvent un moyen de cacher le massif de climatisation, qui serait très visible depuis ses chambres à coucher.
M. Mohn revient sur le fait qu'avant les travaux, une importante butte de terre descendait sur le toit du garage et qu'il y avait des arbres au lieu des charmilles. Les constructeurs s'engagent à remettre de la terre sur le béton du garage et à végétaliser tout autour.
Depuis ce même endroit, la Cour constate que des panneaux solaires ont été installés sur le toit de la ferme. Les recourants consentent qu'il ne s'agit pas d'ouvertures supplémentaires.
La Cour et les parties se dirigent vers la maison des époux Mohn. Avant d'entrer dans la maison, la Cour et les parties observent le garage de la ferme, situé juste en face. A priori, celui-ci semble pouvoir accueillir 3 véhicules. La maison des époux Mohn et une ancienne construction datant des années 1600 qui a obtenu une note de 2 ou 3 au recensement architectural. M. Mohn regrette que l'ancienne ferme des constructeurs ait été rasée pour laisser place à des constructions modernes. Pour sa part, il dit tout faire pour préserver un mieux sa maison ancienne. Il ne comprend pas comment la Municipalité a pu autoriser l'aménagement de trois appartements par bâtiment alors que nous sommes en zone villas. Le constructeur indique que déjà à l'époque la ferme comptait trois logements.
Les parties discutent du garage situé en face de la maison de M. Mohn, qui comporte six places de parc. La Municipalité s'engage à faire rétablir la situation conforme au droit s'il advenait, au moment du contrôle des constructions avant la délivrance du permis d'habiter, que des places de parc supplémentaires auraient été créées à tort.
La Cour et les parties observent la vue depuis l'intérieur de la maison des époux Mohn. A l'étage, de petites fenêtres présentes dans une chambre et une salle de bains donnent sur le garage des constructeurs. M. Mohn répète qu'il pensait que ce garage allait être recouvert de terre, afin de redonner un aspect naturel à cet endroit. Les constructeurs s'engagent à planter des arbres jusqu'à l'angle du mur. Il est constaté que les principales pièces à vivre donnent de l'autre côté par rapport aux constructions litigieuses.
Me Bouchat souhaite que la Municipalité contrôle le nombre de places de parc total qu'elle a autorisées et ainsi que le respect du CUS. M. Desaules et M. Allaoui s'engagent à transmettre rapidement à la Cour un calcul précis de ces places de parc.
A la question du président, Joaquim Rodigues et Sophie Schmutz indiquent que l'architecte prévoit la fin des travaux pour le mois d'octobre 2019. D'éventuels retards dans le planning ne sont toutefois pas de leur ressort.
Me Bouchat déclare que la fin des travaux était déjà agendée à l'année dernière. Elle consent qu'il n'y a pas d'urgence à ce que cette affaire soit jugée par la CDAP.
Le président informe les parties qu'elles recevront prochainement le procès-verbal de l'audience, sur lequel elles pourront se déterminer. Un délai leur sera également imparti pour déposer des déterminations finales. A cette occasion, elles indiqueront si des pourparlers transactionnels sont en cours."
Le 5 juin 2019, D._ a produit les certificats Minergie relatifs aux villas 1 et 2. Il précisait que le bâtiment ECA n° 1329 était en travaux et que le certificat Minergie serait délivré au terme des travaux.
A la requête du juge instructeur, la Municipalité a produit le 6 juin 2019 un décompte des places de stationnement autorisées sur la parcelle n° 455. Elle relevait que 19 places étaient mentionnées sur le formulaire de demande de permis de construire pour les travaux mis à l'enquête publique du 6 août au 4 septembre 2016 (ayant abouti à la délivrance du permis de construire n° 6104) et que, en l'état, 18 places avaient été réalisées.
D._ s'est déterminé sur le contenu du procès-verbal de l'audience le 27 juin 2019. Il contestait notamment avoir affirmé que tout le toit du garage serait végétalisé et précisait avoir déclaré que des arbres seraient plantés qui devraient cacher la toiture. Il indiquait que les pourparlers entre parties initiés lors de l'audience avaient repris.
Le 25 septembre 2019, le conseil de D._ a transmis au tribunal une convention prévoyant le retrait du recours de C._ et B._. Il indiquait que la procédure ne divisait plus que A._ et D._.
Les recourants ont encore déposé des déterminations en date des 30 septembre 2019, 21 octobre 2019, 25 octobre 2019 et 4 novembre 2019. D._ a déposé des déterminations en date des 30 septembre 2019, 3 octobre 2019, 15 octobre 2019, 21 octobre 2019, 24 octobre 2019 et 29 octobre 2019. La Municipalité a déposé des déterminations le 8 octobre 2019.

Considérant en droit:
1. Il convient de circonscrire en premier lieu l'objet du litige.
a) Aux termes de l'art. 79 al. 2, 1ère phrase, de la loi du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative (LPA-VD; BLV 173.36), applicable par renvoi de l'art. 99 LPA-VD, le recourant ne peut pas prendre des conclusions qui sortent du cadre fixé par la décision attaquée. L’objet du litige est défini par trois éléments: la décision attaquée, les conclusions du recours et les motifs de celui-ci. Selon le principe de l’unité de la procédure, ne peuvent être examinés et jugés, en principe, que les rapports juridiques à propos desquels l’autorité administrative s’est prononcée préalablement, d’une manière qui la lie sous forme de décision. L’objet du litige peut être réduit devant l’autorité de recours, mais pas étendu, ni modifié (ATF 142 I 155 consid. 4.2.2; 136 V 362 consid. 3.4.2). Le juge administratif n’entre pas en matière sur des conclusions qui vont au-delà de l’objet du litige qui lui est soumis (ATF 134 V 418 consid. 5.2.1; 125 V 413 consid. 1a et les références citées).
b) En l'espèce, formellement, le recours est dirigé contre la décision municipale du 23 octobre 2018 levant l'opposition formulée par la recourante dans le cadre de la mise à l'enquête publique qui s'est déroulée du 14 juillet au 12 août 2018. Cette enquête visait à régulariser un certain nombre de modifications des constructions précédemment autorisées sur la parcelle n° 455, qui avaient été réalisées sans autorisation (modification du talus sur la toiture d'un bâtiment abritant un garage, un dépôt et un local outillage, modification d'une ouverture en façade. Construction d'un mur de soutènement).
Dans son recours, A._ s'en prend également à plusieurs autorisations qui ont délivrées par la Municipalité au cours du temps pour des modifications des constructions ayant fait l'objet du permis de construire initial du 14 mai 2012 (permis n° 5861). Dès lors que ces travaux ont été dispensés d'enquête publique et que les autorisations y relatives n'ont pas été notifiées à la recourante, on peut considérer que le recours dirigé à leur encontre a été formé en temps utile et qu'il est recevable. Ces autorisations font par conséquent également partie de l'objet du litige.
2. La recourante invoque une violation du droit d'être entendu au motif que plusieurs modifications des constructions autorisées par le permis de construire du 14 mai 2012, ainsi que des adjonctions, ont successivement fait l'objet d'autorisations délivrées la Municipalité sans enquête publique. Elle mentionne plus particulièrement les modifications du garage-dépôt-local d'outillage. Elle fait ainsi valoir qu'on a autorisé sans enquête publique un ouvrage d'un volume d'environ 1500 m3 (soit le garage et ses annexes [dépôt/atelier-réduit outillage]), qui était initialement moins important et souterrain. Elle mentionne également le massif de climatisation autorisé le 23 mai 2016, le mur de soutènement de la piscine autorisé le 10 octobre 2016, les conduits de cheminée du bâtiment ECA n° 1329 autorisés le 1er octobre 2018 et l'aménagement de baies vitrées au sous-sol de la villa 1. Elle fait en outre état de travaux qui pourraient ne pas avoir fait l'objet d'une autorisation, à savoir la création d'une troisième place de stationnement dans le garage enterré autorisé le 12 mai 2014 à côté du bâtiment ECA n° 1329, l'augmentation de la taille des panneaux solaires sur les pans de toiture du bâtiment ECA n° 1329, des ouvertures supplémentaires créées au-dessus desdits panneaux solaires, l'érection d'un mur situé au sud du portail permettant d'accéder à la villa 1 et d'importants mouvements de terre (dont la suppression d'une colline/butte). Elle soutient que l'enquête publique de juillet 2018 n'a pas réparé ces violations de son droit d'être entendu. Selon elle, toutes les modifications apportées au projet autorisé en 2012 doivent être mises à l'enquête simultanément, conformément à des engagements qui auraient été pris par la Municipalité. Elle invoque à cet égard une violation des principes de l'arbitraire, de l'égalité de traitement, de la bonne foi et de la proportionnalité. Le fait de "saucissonner" les autorisations de construire ne serait également pas admissible au regard du principe de coordination. De manière générale, elle conteste que les conditions pour des dispenses d'enquête publique étaient réunies.
a) aa) Selon l'art. 22 al. 1 de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (LAT; RS 700), aucune construction ou installation ne peut être créée ou transformée sans autorisation de l'autorité compétente. L'art. 103 al. 1 de la loi du 4 décembre 1985 sur l'aménagement du territoire et les constructions (LATC; BLV 700.111) prévoit pour sa part qu'aucun travail de construction ou de démolition, en surface ou en sous-sol, modifiant de façon sensible la configuration, l'apparence ou l'affectation d'un terrain ou d'un bâtiment, ne peut être exécuté avant d'avoir été autorisé.
bb) Selon l'art. 109 al. 1 LATC, la demande de permis est mise à l'enquête publique par la municipalité pendant trente jours. L'enquête publique a un double but. D'une part, elle est destinée à porter à la connaissance de tous les intéressés, propriétaires voisins, associations à but idéal ou autre, les projets de construction au sens large du terme, y compris les démolitions et modifications d'affectation d'un fonds ou d'un bâtiment qui pourraient les toucher dans leurs intérêts; le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst.; RS 101), comprend en effet le droit pour l'intéressé de prendre connaissance du dossier, de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant à sa situation juridique, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre. D'autre part, l'enquête publique doit permettre à l'autorité d'examiner si le projet est conforme aux dispositions légales et réglementaires ainsi qu'aux plans d'affectation légalisés ou en voie d'élaboration en tenant compte des éventuelles interventions de tiers intéressés ou des avis et autorisations spéciales des autorités cantonales; le cas échéant, de fixer les conditions nécessaires au respect de ces dispositions; l'enquête publique est en principe nécessaire lorsque la décision municipale implique une pesée des intérêts en présence (cf. arrêt AC.2017.0192 du 29 août 2018 consid. 3a).
Lorsqu'une modification est apportée ultérieurement à un projet déjà mis à l'enquête publique, il convient d'examiner si une nouvelle enquête se justifie. Les principes de la proportionnalité, respectivement de l'économie de la procédure, impliquent de renoncer à toute enquête pour les modifications de "minime importance" (cf. art. 111 et 117 LATC). Les modifications plus importantes, mais qui ne modifient pas sensiblement le projet, peuvent être soumises à une enquête complémentaire au sens de l’art. 72b RLATC; les modifications plus importantes doivent faire l’objet d’une nouvelle enquête publique selon l’art. 109 LATC (cf. arrêts AC.2017.0030 du 13 décembre 2015 consid. 12; AC.2014.0400 du 20 mai 2015 consid. 1a; AC.2014.0048 du 14 janvier 2015 consid. 2a; AC.2013.0227 du 18 septembre 2014 consid. 1a). Selon la jurisprudence, il n'y a pas lieu de soumettre à une enquête publique complémentaire les modifications apportées à un projet après l'enquête publique, lorsque celles-ci tendent à supprimer ou corriger divers éléments critiqués par les opposants (cf. notamment arrêts AC.2016.0217 du 28 février 2017 consid. 3; AC.2016.0264 du 24 octobre 2017 consid. 1; AC.2014.0163 du 9 octobre 2015 consid. 4a, AC.2014.0038 du 20 août 2015 consid. 3b et les références citées).
cc) L'art. 111 LATC prévoit que la municipalité peut dispenser de l'enquête publique les projets de minime importance, notamment ceux qui sont mentionnés dans le règlement cantonal. La municipalité ne peut accorder une dispense d'enquête que si le projet n'est pas susceptible de porter atteinte à quiconque posséderait un intérêt digne de protection à empêcher la construction (art. 72d RLATC). En d'autres termes, il faut qu'aucune personne pouvant posséder la qualité pour recourir au Tribunal administratif (notamment les voisins) ne soit touchée par la décision attaquée (v. notamment arrêt AC.2006.0054, AC.2006.0288 du 21 mai 2008 consid. 2a et les arrêts cités).
b) En l'occurrence, on relève que plusieurs des modifications du projet ayant fait l'objet du permis de construire du 14 mai 2012 n'étaient pas de minime importance. Ce constat concerne notamment le garage-dépôts, initialement enterré, qui est désormais entièrement visible sur trois façades et partiellement visible sur la 4ème façade et auquel un réduit pour outils de jardin a été ajouté. Cela étant, il résulte de la jurisprudence qu'une mise à l'enquête ne s'impose pas nécessairement après coup, pour juger si des travaux réalisés sans enquête étaient conformes aux dispositions légales et réglementaires, lorsque cette mesure paraît inutile à la sauvegarde des intérêts de tiers et n'est pas susceptible d'apporter au débat des éléments nouveaux, ce qui est en particulier le cas lorsque les travaux sont achevés depuis plusieurs mois et sont visibles pour les tiers. L'enquête publique n'est pas une fin en soi, l'essentiel étant de savoir si son absence gêne l'administré dans l'exercice de ses droits (cf. arrêts AC.2018.0364 du 22 mai 2019 consid. 2a et AC.2017.0410 du 26 juin 2018 consid. 1b et les références citées). La seule violation des dispositions de forme relatives à la procédure d'autorisation de construire ne permet pas en principe d'ordonner la suppression des travaux qui, s'ils avaient fait l'objet d'une demande en bonne et due forme, auraient dû être autorisés (cf. arrêts AC.2018.0424 du 27 août 2019; AC.2006.0054, AC.2006.0288 précité consid. 2a et les arrêts cités).
Dans le cas d'espèce, on constate que toutes les modifications du projet ayant fait l'objet du permis de construire initial du 14 mai 2012 qui ont été autorisées par la Municipalité sans enquête publique l'ont été sur la base de plans suffisamment complets et détaillés, qui ont permis à l'autorité intimée de se prononcer utilement sur leur réglementarité. Les plans correspondant aux travaux autorisés sans enquête publique figurent au dossier municipal, auquel la recourante a eu accès (sous réserve des plans relatifs aux trois conduits de cheminée de la Ferme dont il sera question ci-dessous). La recourante a ainsi pu se faire une idée précise et complète des travaux réalisés et se prononcer sur leur réglementarité dans le cadre de la procédure devant la CDAP. A cet égard, la situation se distingue de celle des deux arrêts mentionnés par la recourante (AC.2003.0262 et AC.2005.0221) où des travaux susceptibles de porter atteinte à des intérêts dignes de protection des voisins avaient été autorisés puis réalisés alors que les constructeurs n'avaient pas établis de plans suffisants pour vérifier valablement leur réglementarité et permettre aux voisins de se déterminer en connaissance de cause. Ceci justifiait dès lors la mise en œuvre d'une mise à l'enquête, comportant un dossier conforme aux exigences de l'art. 69 RLATC.
On relève que les seuls plans qui n'ont pas été produits par la commune sont ceux relatifs aux trois conduits de cheminée de la Ferme qui ont été autorisés par la municipalité le 1er octobre 2018. Ceci ne porte toutefois pas à conséquence dès lors que, ainsi que cela ressort du recours (p. 12), seuls les recourants Mohn étaient touchés par cette modification du projet et avaient qualité pour la contester.
c) Vu ce qui précède, il y a lieu de constater qu'on se trouve dans l'hypothèse où la mise à l'enquête publique de travaux autorisés sans enquête et d'ores et déjà réalisés paraît inutile à la sauvegarde des intérêts de tiers (soit notamment les intérêts de la recourante) et n'est pas susceptible d'apporter au débat des éléments nouveaux. Partant, il n'y a pas lieu de donner suite à la conclusion tendant à ce que le dossier soit renvoyé à la Municipalité afin qu'elle procède à une enquête publique complète de toutes les modifications ou adjonctions qui n'ont pas fait l'objet d'une enquête publique à ce jour. La recourante ne saurait en outre être suivie lorsqu'elle soutient que les dispenses d'enquête publique accordées par la Municipalité violent les principes de l'interdiction de l'arbitraire, de l'égalité de traitement, de la bonne foi et de la proportionnalité (étant précisé que le grief relatif à la violation du principe de la bonne foi en relation avec des engagements qui auraient été pris par la municipalité sera examiné à la let. g ci-dessous).
d) aa) Il convient encore d'examiner si c'est à juste titre que la recourante mentionne des travaux qui auraient été réalisés sans autorisation et qui devraient par conséquent faire l'objet d'une procédure de permis de construire avec mise à l'enquête publique. La recourante mentionne à cet égard la création d'une troisième place de stationnement dans le garage enterré autorisé le 12 mai 2014 à côté du bâtiment ECA n° 1329, l'augmentation de la taille des panneaux solaires sur les pans de toiture du bâtiment ECA n° 1329, des ouvertures supplémentaires créées au-dessus des panneaux solaires du bâtiment ECA n° 1329, la création de nouveaux accès dans la zone verte, l'érection d'un mur au sud du portail permettant d'accéder à la villa 1 et d'importants mouvements de terre (dont la suppression d'une colline, la recourante mentionnant à cet égard la suppression "d'une gigantesque butte de 6 mètres de haut").
bb) Lors de la vision locale, le tribunal a pu constater que le garage autorisé le 12 mai 2014 à côté du bâtiment ECA n° 1329 dispose d'une surface suffisante pour trois véhicules. Cela étant, ce garage est également prévu pour abriter six vélos et on peut partie de l'idée qu'une partie de la surface du garage sera utilisée pour les vélos. Partant, le projet respecte a priori l'autorisation délivrée le 12 mai 2014. Quoi qu'il en soit, il appartiendra à la municipalité de vérifier le respect de cette autorisation au moment de de la délivrance du permis d'utiliser (cf. art. 128 al. 1 LATC et 79 al. 1 let. b RLATC).
Les ouvertures supplémentaires créées au-dessus des panneaux solaires du bâtiment ECA n° 1329 sont en réalité des panneaux solaires thermiques nécessaires au bon fonctionnement d'une pompe à chaleur (cf. déterminations de la municipalité du 12 mars 2019). Conformément à l'art. 18a LAT, ces panneaux solaires ne nécessitent pas d'autorisation. Il en va de même de l'agrandissement des autres panneaux solaires.
Le mur situé au sud du portail permettant d'accéder à la villa 1 (mur longeant le chemin du Petit-Bochat) a été mis à l'enquête publique et autorisé dans le cadre de la procédure qui a abouti au permis de construire du 14 mai 2012. Pour le surplus, il est pris note que la Municipalité a exigé l'abaissement de ce mur à une hauteur de 2 m afin qu'il respecte les exigences de l'art. 8 règlement du 19 janvier 1994 d'application de la loi sur les routes (RLRou; BLV 725.01.1). Dès lors qu'elle va dans le sens d'une diminution des dimensions de la construction, cette modification peut être autorisée sans enquête publique.
Les nouveaux accès dans la zone verte et les mouvements de terre liés à la construction du garage seront examinés au consid. 8 ci-après.
e) Vu ce qui précède, le grief relatif à une violation du droit d'être entendu n'est pas fondé.
f) En relation avec les autorisations successives délivrées par la Municipalité sans enquête publique, la recourante invoque encore une violation du principe de la coordination.
L'art. 25a LAT énonce, à ses al. 1 à 3, des principes en matière de coordination lorsque l'implantation ou la transformation d'une construction ou d'une installation nécessite des décisions émanant de plusieurs autorités. Une autorité chargée de la coordination doit notamment veiller à ce que toutes les pièces du dossier de requête soient mises en même temps à l'enquête publique (art. 25a al. 2 let. b LAT), à ce qu'il y ait une concordance matérielle des décisions ainsi que, en règle générale, une notification commune ou simultanée (art. 25a al. 2 let. d LAT). Les décisions ne doivent pas être contradictoires (al. 3).
Il résulte de ce qui précède que les exigences en matière de coordination s'appliquent lorsqu'un permis de construire implique des décisions émanant de plusieurs autorités. Le principe de coordination n'empêche en revanche pas qu'un projet de construction fasse l'objet de plusieurs modifications avec plusieurs autorisations administratives se succédant dans le temps. Ce grief n'est par conséquent pas fondé.
g) En relation avec l'enquête publique de régularisation qui a eu lieu du 14 juillet au 12 août 2018, la recourante invoque enfin une violation du principe de la bonne foi au motif que la municipalité se serait engagée à mettre simultanément à l'enquête publique toutes les modifications apportées au projet.
aa) Le principe de la bonne foi protège le citoyen dans la confiance légitime qu'il met dans les assurances reçues des autorités, lorsqu'il a réglé sa conduite d'après des décisions, des déclarations ou un comportement déterminé de l'administration. Ce principe découle des art. 5 al. 3 et 9 Cst. et vaut pour l'ensemble de l'activité étatique (ATF 138 I 49 consid. 8.3.1; 129 I 161 consid. 4.1; 128 II 112 consid. 10b/aa; 126 II 377 consid. 3a et les arrêts cités). Selon la jurisprudence, un renseignement ou une décision erronés de l'administration peuvent obliger celle-ci à consentir à un administré un avantage contraire à la réglementation en vigueur, à condition que l'autorité soit intervenue dans une situation concrète à l'égard de personnes déterminées, qu'elle ait agi ou soit censée avoir agi dans les limites de ses compétences, et que l'administré n'ait pas pu se rendre compte immédiatement de l'inexactitude du renseignement obtenu. Il faut encore qu'il se soit fondé sur les assurances ou le comportement dont il se prévaut pour prendre des dispositions auxquelles il ne saurait renoncer sans subir de préjudice, que la réglementation n'ait pas changé depuis le moment où l'assurance a été donnée et que l'intérêt à une application correcte du droit objectif ne soit pas prépondérant par rapport à la protection de la confiance (ATF 137 II 182 consid. 3.6.2; 131 II 627 consid. 6.1; 129 I 161 consid. 4.1; 122 II 113 consid. 3b/cc et les références citées).
Ce principe est l'émanation d'un principe plus général, celui de la confiance, lequel suppose que les rapports juridiques se fondent et s'organisent sur une base de loyauté et sur le respect de la parole donnée. Le principe de la loyauté impose aux organes de l'Etat ainsi qu'aux particuliers d'agir conformément aux règles de la bonne foi. Cela implique notamment qu'ils s'abstiennent d'adopter un comportement contradictoire ou abusif (ATF 136 I 254 consid. 5.2).
bb) En l'espèce, on ne saurait considérer que la recourante s'est fondée sur les assurances ou le comportement dont elle se prévaut pour prendre des dispositions auxquelles elle ne saurait renoncer sans subir de préjudice. On rappelle sur ce point qu'elle a pu prendre connaissance de tous les dossiers relatifs aux modifications qui ont été autorisées sans enquête publique dans le cadre de la présente procédure et se déterminer à ce propos. Partant, le grief relatif à une violation du principe de la bonne foi doit également être écarté.
3. La recourante conteste l'autorisation délivrée le 23 mai 2016 par la Municipalité pour un massif de climatisation. Elle soutient que cette installation doit faire l'objet d'une autorisation spéciale cantonale et que la légalité de l'installation au regard des prescriptions environnementales n'a pas été examinée. Pour ce qui est du système de pompe à chaleur air-eau destiné à la Ferme, construit sans autorisation, elle fait valoir que cette installation est soumise à autorisation et doit faire l'objet d'une procédure d'enquête publique.
a) aa) Conformément à l'art. 104 LATC, avant de délivrer un permis de construire, la municipalité s'assure que le projet est conforme aux dispositions légales et réglementaires et aux plans d'affectation légalisés ou en voie d'élaboration (al.1). Elle vérifie si les autorisations cantonales et fédérales préalables nécessaires ont été délivrées (al. 2) et transmet aux autorités cantonales intéressées, dans les cas prévus à l'art. 120 LATC et dans tous ceux où l'approbation cantonale est requise, la demande d'autorisation, avant l'ouverture de l'enquête publique (art. 113 LATC). L'art. 75 al. 1 RLATC précise que le permis ne peut être délivré par la municipalité avant l'octroi de l'autorisation spéciale cantonale. Le permis indique en effet les autorisations spéciales délivrées par l'Etat et reprend les conditions particulières posées par celles-ci pour l'exécution de l'ouvrage (art. 75 al. 2 RLATC). L'art. 120 al. 1 LATC dispose pour sa part ce qui suit:
"1 Indépendamment des dispositions qui précèdent, ne peuvent, sans autorisation spéciale, être construits, reconstruits, agrandis, transformés, ou modifiés dans leur destination:
a. les constructions hors des zones à bâtir;
b. les constructions et les ouvrages nécessitant des mesures particulières de protection contre les dangers d'incendie et d'explosion ainsi que contre les dommages causés par les forces de la nature;
c. sous réserve de l'alinéa 2, les constructions, les ouvrages, les entreprises et les installations publiques ou privées, présentant un intérêt général ou susceptibles de porter préjudice à l'environnement ou créant un danger ou un risque inhérent à leur présence ou à leur exploitation, faisant l'objet d'une liste annexée au règlement cantonal; cette liste, partie intégrante de ce dernier, indique le département qui a la compétence d'accorder ou de refuser l'autorisation exigée. Le Conseil d'Etat peut déléguer ces autorisations aux communes avec ou sans conditions. La délégation générale aux communes fera l'objet d'un règlement. Les délégations à une ou des communes particulières feront l'objet de décisions qui seront publiées dans la Feuille des avis officiels;
d. les constructions, les ouvrages, les installations et les équipements soumis à autorisation ou qui doivent être approuvés selon des dispositions légales ou réglementaires fédérales ou cantonales.
2 (...)".
bb) Selon l'art. 36 du règlement d'application du 4 octobre 2006 de la loi du 16 mai 2005 sur l'énergie (RVLEne; BLV 730.01.1) le montage, le remplacement ou la modification d'installations de refroidissement et/ou d'humidification des locaux sont soumis à autorisation du service au sens de l'art. 120 LATC. En l'occurrence, la municipalité ne conteste pas que l'autorisation spéciale cantonale requise pour le massif de climatisation en application de cette disposition n'a pas été délivrée.
Dans un arrêt du 13 août 2013 (AC.2013.0174), le Tribunal cantonal a examiné la validité d'un permis de construire qui avait été délivré avant que l'autorité cantonale ne se prononce sur l'autorisation spéciale requise en application de la LDTR. Il a constaté que le permis de construire était vicié, dès lors qu'il avait été délivré avant l'octroi d'une autorisation spéciale cantonale. Le Tribunal cantonal a par conséquent annulé le permis de construire et renvoyé le dossier à l'autorité intimée pour qu'elle complète la procédure de permis de construire en requérant une décision de l'autorité cantonale compétente en matière de LDTR, puis qu'elle statue à nouveau à l'issue de cette procédure. Il a en outre rejeté la requête de la municipalité tendant à ce que, pour des motifs d'économie de procédure, la procédure de recours soit suspendue afin de permettre la saisine de l'autorité cantonale compétente (cf. arrêt précité consid. 2).
cc) Dans le cas d'espèce, il n'y a pas lieu de s'écarter de cette jurisprudence. Dès lors que la décision municipale d'octroi du permis de construire du 23 mai 2016 pour le massif de climatisation a été rendue avant que l'autorité cantonale ne se prononce sur l'autorisation spéciale requise en application du RVLEne, cette décision doit être annulée et le dossier renvoyé à la Municipalité pour qu'elle complète la procédure en requérant une décision de la DGE. Il lui appartiendra ensuite de statuer à nouveau sur la délivrance du permis de construire. Le recours est par conséquent admis sur ce point.
b) Pour ce qui est du système de pompe à chaleur air-eau destiné à la Ferme, installé sans autorisation, les représentants de la Municipalité avaient indiqué lors de l'audience que cette installation allait faire l'objet d'une mise à l'enquête, ceci conformément à la jurisprudence qui exige une enquête publique pour ce type d'installation compte tenu des nuisances sonores qu'elle induit (cf. arrêt AC.2016.0371 du 19 avril 2017 consid. 4b). Le tribunal constate avec surprise que la municipalité a finalement délivré une autorisation avec une dispense d'enquête publique. Cela étant, dès lors que cette autorisation a été délivrée postérieurement au dépôt du recours, elle sort de l'objet du litige et il n'appartient pas à la cour de céans de se prononcer sur sa validité dans le cadre de la présente procédure. On part toutefois de l'idée que, si cela n'a pas encore été le cas, la décision relative à la pompe à chaleur sera communiquée à la recourante avec l'indication des voies de recours.
4. La recourante soutient que le mur de soutènement de la piscine n'aurait pas dû être autorisé dès lors qu'il n'est pas conforme à l'art. 22 al. 3 RPQ.
a) Selon l'art. 22 al. 3 RPQ, les remblais ou les murs de soutènement aménagés autour des piscines ne dépasseront pas de plus de 1.50 m le terrain naturel.
b) Dans ses déterminations du 12 mars 2019, la Municipalité indique que le mur de soutènement de la piscine présente une hauteur de 150 cm au-dessus du terrain nature. Elle se réfère à la coupe A-A, échelle 1/100 du plan établi par Agendec SA le 19.9.216 (dispense d'enquête publique du 10 octobre 2016). Vérification faite sur ce plan de coupe mentionné par la Municipalité, la hauteur de 1 m. 50 semble effectivement respectée. Cela étant, si on se fonde sur la coupe B-B, on constate que celle-ci montre à droite le terrain naturel en bleu. Si on mesure la hauteur du mur depuis le terrain naturel, on obtient une hauteur de 1 m. 80, qui dépasse la hauteur réglementaire de 1 m. 50.
c) aa) Le fait que le mur de soutènement de la piscine ne respecte pas la hauteur réglementaire n'implique pas l'admission du recours sur ce point. En effet, dès lors que le constructeur peut se prévaloir d'un permis de construire délivré le 10 octobre 2016, la question qui se pose est celle de savoir si ce permis de construire peut être révoqué.
bb) Selon la jurisprudence (v. arrêt AC.2018.0016 du 9 avril 2019 consid. 2), une décision peut, à certaines conditions, être annulée ou modifiée. La décision étant un acte unilatéral, elle est par définition modifiable unilatéralement. En tant que manifestation de la puissance publique, l'autorité ne saurait s'abstenir de la possibilité de corriger un vice affectant la régularité de la décision, en particulier son illégalité, ni de la possibilité d'adapter les régimes juridiques qu'elle a créés aux exigences de l'intérêt public. Cependant, la décision définit des rapports de droit et elle détermine ainsi la situation juridique d'administrés qui se fondent sur elle dans leurs activités propres. L'attente qu'ils peuvent placer dans la stabilité des relations créées par la décision est légitime et le droit protège cette attente. Le régime de la modification des décisions est par conséquent soumis à deux exigences contradictoires. D'où le principe selon lequel lorsque l'autorité constate une irrégularité, la modification (ou la révocation) n'est possible qu'après une pesée des intérêts dans laquelle l'intérêt à une application correcte du droit objectif est mis en balance avec l'intérêt à la sécurité juridique, respectivement à la protection de la confiance (Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, vol. II, 3e éd., Berne 2011 p. 382 ss; ATF 137 I 69 consid. 3.3; 135 V 215 consid. 5.2). Sont notamment pertinents dans cette pesée d'intérêts le fait que la décision a créé un droit subjectif au profit de l'administré, que celui-ci a déjà fait usage d'une autorisation ou que la décision est le fruit d'une procédure au cours de laquelle les divers intérêts en présence ont fait l'objet d'un examen approfondi (ATF 137 I 69 consid. 2.3, 127 II 306 consid. 7a). Il en va de même de la bonne foi de l'administré. Celui qui a agi dolosivement ou violé ses obligations en induisant l'administration en erreur au moment de demander l'autorisation ne saurait en principe s'opposer à la révocation, à moins que cette mesure ne soit contraire au principe de la proportionnalité (ATF 98 Ib 241 consid. 4b; arrêt TF 1C_111/2016 du 8 décembre 2016 consid. 6.1).
cc) En l'espèce, les conditions d'une révocation ne sont manifestement pas remplies. On relève tout d'abord que le mur litigieux est d'ores et déjà réalisé, ce qui implique qu'on se trouve dans l'hypothèse où il a déjà été fait usage de l'autorisation litigieuse. Il n'existe au surplus pas d'intérêt privé ou public qui justifierait la révocation de l'autorisation de construire. La vision locale a en effet permis de constater que le mur litigieux ne pose pas de problème particulier au niveau de l'esthétique et de l'intégration. Compte tenu de son éloignement, le mur n'a au surplus pas d'impact significatif pour la recourante.
5. La recourante invoque une violation du coefficient d'utilisation du sol (CUS) en relation avec les transformations autorisées de la villa 1, qui auraient rendu habitable une partie du sous-sol (dégagement de la façade sud et création de baies vitrées). Elle conteste le bonus Minergie attribué lors de la transformation de la Ferme en relevant qu'il est en contradiction avec la pose d'une climatisation. Dans ses déterminations finales du 30 septembre 2019, elle demande que le calcul du CUS avec schémas des surfaces comptabilisées soit explicité par la Municipalité, sur la base des documents transmis par le constructeur.
a) Selon l'art. 3 al. 1 RPQ, le CUS est limité à 0.25.
b) Dans le cadre de la procédure qui a abouti à la délivrance du permis de construire n° 6104 le 5 décembre 2016, la Municipalité a vérifié le respect du CUS en prenant en compte toutes les constructions présentes sur la parcelle n° 455 (v. notamment réponse à l'opposant Jean-Marc Desbaillets du 9 décembre 2016). Il en ressort que le CUS de 0.25 est respecté compte tenu du bonus de 5% prévu par l'art. 97 al. 4 LATC.
Pour le surplus, il appartiendra à la Municipalité d'examiner l'affectation des différents locaux au moment de la délivrances du permis d'habiter afin de vérifier que ceux qui ne sont pas pris en compte ne sont pas habitables. Cette vérification devra notamment porter sur les locaux du sous-sol de la villa 1. Lors de l'audience, les représentants de la Municipalité ont confirmé qu'un tel contrôle allait être effectué une fois les travaux terminés et que, si un dépassement du CUS devait être constaté, une mise en conformité serait ordonnée, ce qui pourrait par exemple se concrétiser par une obligation de murer certains locaux afin de les rendre inhabitables (cf. procès-verbal de l'audience du 15 mai 2019 p. 3).
c) aa) La recourante semble mettre en cause le fait que, s'agissant du CUS, les différentes constructions présentes sur la parcelle n° 455 puissent bénéficier du bonus de 5% prévu par les art. 97 al. 4 LATC et 54 al. 4 RCAT.
bb) Selon l'art. 54 al. 4 RCAT, la Municipalité peut accorder un bonus au CUS de 5% au maximum pour des projets spécialement conçus avec la volonté de rechercher des économies d'énergie, bénéficiant notamment du label "Minergie", ou utilisant des énergies renouvelables. Ce dernier alinéa reprend le principe figurant à l'art. 97 al. 4 LATC, selon lequel les bâtiments neufs ou rénovés atteignant des performances énergétiques sensiblement supérieures aux normes en vigueur bénéficient d'un bonus supplémentaire de 5% dans le calcul des coefficients d'occupation ou d'utilisation du sol.
Selon l'art. 40d al. 2 RLATC, on entend par performances énergétiques sensiblement supérieures aux normes en vigueur (art. 97 al. 4 LATC), un bâtiment certifié selon le standard Minergie ou une autre norme équivalente reconnue par le service cantonal en charge de l’énergie.
Pour ce qui est du bonus de 5% prévu par l'art. 97 al. 4 LATC, il ressort de la jurisprudence qu'un certificat provisoire (délivré par l’Office romand de certification Minergie à Fribourg – désormais à Yverdon-les-Bains) est normalement requis pour pouvoir en bénéficier (voir notamment les arrêts AC.2013.0457 du 30 avril 2014 consid. 2c et AC.2013.0169 du 27 février 2014 consid. 2). L'arrêt AC.2015.0307 du 22 novembre 2016 consid. 4c considère toutefois que le choix de la municipalité consistant à ne pas demander un certificat provisoire Minergie antérieur à l'octroi du permis de construire, mais plutôt un certificat provisoire valable au moment du début des travaux n'est pas critiquable. Dans la cause AC.2018.0104 du 8 février 2019, consid. 7a, le tribunal a jugé que pouvait bénéficier du bonus de 5 % la constructrice qui n'avait dans un premier temps produit qu'une demande de certificats Minergie mais qui avait ensuite, à la demande du tribunal, produit des certificats provisoires alors que le permis de construire ne posait aucune condition imposant le respect des exigences Minergie.
cc) En l'occurrence, le constructeur a produit des certificats Minergie relatifs aux villas 1 et 2 (certification définitive du 6 février 2019). A priori, ces villas peuvent bénéficier du bonus de 5% des art. 97 al. 4 LATC et 54 RCAT. Cet élément devra être vérifié par la Municipalité lors de la délivrance du permis d'habiter. A ce moment-là il appartiendra également à la Municipalité d'exiger la production d'un certificat Minergie pour le bâtiment la Ferme, étant rappelé que le constructeur a indiqué dans son écriture du 5 juin 2019 que le bâtiment ECA n° 1329 était en travaux et que le certificat Minergie serait délivré au terme des travaux. A priori, ce certificat devrait être obtenu dès lors que ce bâtiment sera chauffé au moyen d'une pompe à chaleur.
d) Vu ce qui précède, les griefs de la recourante relatifs au CUS doivent être écartés et il n'y a pas lieu de donner suite à la requête tendant à ce que le calcul du CUS avec schémas des surfaces comptabilisées soit explicité par la Municipalité, sur la base des documents transmis par le constructeur.
6. La recourante met en cause le mur réalisé au sud du portail permettant d'accéder à la villa 1. Elle invoque une violation de l'art. 27 al. 2 RCAT en raison de sa couleur blanche. Selon elle, la hauteur du mur dépasse la limite légale fixée aux art. 39 de la loi du 10 décembre 1991 sur les routes (LRou; BLV 745.01) et 8 RLRou.
L'art. 27 al. 2 RCAT, qui figure dans les dispositions relatives à l'architecture et à l'esthétique, prévoit que les couleurs blanche ou éclatante ne sont pas autorisées, sauf s'il s'agit de bâtiments anciens de valeur dont les façades d'origine étaient revêtues d'un crépi de chaud.
Lors de la vision locale, il a pu être constaté que, comme l'avait relevé la Municipalité dans ses déterminations du 12 mars 2019, la couleur du mur incriminé tire vers le beige. Partant, l'appréciation de la Municipalité selon laquelle l'art. 27 al. 2 RCAT est respecté ne prête pas le flanc à la critique, étant rappelé que l'autorité communale dispose d'une importante latitude de jugement dans l'interprétation de ce type de disposition.
Pour le surplus, le mur réalisé au sud du portail a d'ores et déjà été rabaissé pour respecter la hauteur prescrite par l'art. 8 RLRou. Sur ce point, le recours est par conséquent sans objet.
7. La recourante soutient que les bouleversements successifs des lieux consécutifs aux travaux réalisés, au détriment d'une abondante végétation, violent l'art. 35 RCAT. Elle mentionne notamment l'arasement "d'une gigantesque butte de 6 mètres de haut".
a) L'art. 35 RCAT a la teneur suivante:
"Les remblais ou déblais et les murs de soutènement constituent des ouvrages soumis à autorisation.
La Municipalité peut dispenser de l'enquête publique les ouvrages de minime importance ou ceux qui ont obtenu l'accord écrit des propriétaires voisins directement concernés.
Aucun mouvement de terre en remblai ne peut être supérieur à plus de 2,50 m. du terrain naturel. La Municipalité peut autoriser des exceptions dans l'intérêt du site, pour aménager un accès aux véhicules, ou dans le cadre de mesures de protection contre le bruit.
La hauteur des murs de soutènement est limitée à 2,50 m. au-dessus du terrain naturel, mesurée à l'endroit le plus défavorable jusqu'à l'arête supérieure du garde-corps si celui-ci est en maçonnerie.
A défaut d'entente entre propriétaires voisins, ces murs doivent être implantés à une distance de 2 m. de la limite de la propriété voisine."
b) En l'occurrence, il apparaît que les modifications du terrain et de la configuration des lieux mises en cause par la recourante (arasement d'une butte) sont essentiellement la conséquence des modifications apportées au garage-dépôts autorisé par le permis de construire délivré le 14 mai 2012, qui était initialement enterré et qui est désormais entièrement visible sur trois façades et partiellement visible sur la 4ème façade. On relève que ces modifications ont fait l'objet de trois autorisations de construire délivrées par la Municipalité (autorisation du 24 novembre 2014 [incluant le dégagement de la façade nord-ouest], autorisation du 28 septembre 2015 [incluant le dégagement très partiel de la façade nord-est] et permis de construire du 22 octobre 2018). On relève également que, dès lors que les travaux n'ont pas impliqué des remblais supérieurs à 2,50 m, ils sont conformes à l'art. 35 RCAT. Pour le surplus, comme on le verra ci-dessous, l'ensemble garage-dépôt-local d'outillage est réglementaire.
c) Il est vrai que les modifications du garage autorisées postérieurement au permis de construire initial ont impliqué des mouvements de terre et une modification de la configuration des lieux relativement importants. Ces modifications du terrain, admises par la Municipalité, pourraient éventuellement poser problème au regard d'art. 24 RCAT, qui prévoit que sont interdites toutes constructions de nature à compromettre l'aspect ou le caractère d'un site, d'une localité, d'un quartier ou d'une rue, ou à nuire à l'aspect d'un édifice de valeur historique, artistique ou pittoresque. Sur la base de la vision locale à laquelle il a procédé, le tribunal constate que la modification de la configuration des lieux induite par la construction de l'ensemble garage-dépôt-réduit outillage ne porte pas atteinte à l'aspect d'un édifice de valeur historique, artistique ou pittoresque. Compte tenu de l'important pouvoir d'appréciation dont la Municipalité dispose en matière d'esthétique et d'intégration des constructions, il n'existe au surplus pas de raison de remettre en cause l'appréciation municipale, en tous les cas implicite, selon laquelle cette modification de la configuration des lieux ne compromet pas l'aspect ou le caractère du site au sens de l'art. 24 RCAT.
d) Vu ce qui précède, les griefs de la recourante relatifs aux modifications du terrain induites par la réalisation de l'ensemble garage-dépôt-réduit outillage ne sont pas fondés. En tous les cas, ces griefs ne sauraient justifier la révocation des différentes autorisations de construire délivrées en relation avec cet ensemble.
8. La recourante invoque des atteintes à la zone verte inconstructible liées à la création d'une piste de chantier. Elle relève que ces travaux n'ont pas été autorisés par la Municipalité et que le service cantonal spécialisé (DGE/DIRNA) ne s'est pas prononcé. Elle demande également la suppression du chemin d'accès autorisé en 1997 en faisant valoir que celui-ci n'a plus d'utilité et débouchera sur un cul de sac en pleine zone verte puisqu'il était destiné à l'accès au 3ème bâtiment, auquel le constructeur a renoncé à la suite de l'arrêt de la CDAP du 29 novembre 2011. Elle soutient que la zone verte doit être rendue entièrement à son but initial, soit une zone de préservation par essence inconstructible.
a) Il convient de relever en premier lieu que la compétence pour délivrer des autorisations pour des aménagements dans la zone verte prévue à l'art. 17 RPQ appartient exclusivement à la Municipalité. De tels aménagements ne nécessitent dès lors pas une autorisation spéciale de la DGE/DIRNA, qui peut tout au plus formuler un préavis.
b) Du 27 juin au 17 juillet 1997, les propriétaires des parcelles nos 455, 456 et 457 ont mis à l'enquête publique la construction d'un chemin passant dans la zone verte prévue par le plan de quartier. Le tracé du chemin a ensuite été légèrement modifié par un plan d'exécution admis par la municipalité le 13 octobre 1997 et le chemin a été construit conformément à ce plan d'exécution. Dans son arrêt du 29 novembre 2011 (AC.2010.0235), la CDAP a mis en doute la conformité du chemin au regard des dispositions du règlement du plan de quartier régissant la zone verte. LA CDAP a toutefois relevé que la légalité du chemin existant ne pouvait pas être remise en cause dès lors que celui-ci avait fait l'objet de toutes les autorisations requises. Il n'y a pas lieu de revenir sur cette constatation dans le cadre de la présente procédure.
Cela étant, il ressort de la dernière écriture du constructeur D._ qu'une modification du tracé du chemin (reprise du tracé initialement mis à l'enquête en 1997) va faire l'objet d'une demande d'autorisation auprès de la Municipalité avec mise à l'enquête publique. Ceci implique que l'éventuel rétablissement d'un chemin dans la zone verte va faire l'objet d'une nouvelle décision de la Municipalité. Partant, cette question sort de l'objet du litige et il n'y a pas lieu de l'examiner plus avant.
c) Il convient encore de relever que, lors de l'exécution des travaux autorisés par le permis de construire du 14 mai 2012 et par les autorisations municipales subséquentes, des aménagements provisoires ont été réalisés dans la zone verte, notamment des pistes de chantier, aménagements qui, comme l'a relevé l'a Municipalité, devront faire l'objet d'une remise en état à la fin du chantier. C'est notamment à ce moment-là que la Municipalité devra si nécessaire se prononcer sur des mesures de compensation dans l'hypothèse où des arbres auraient été abattus dans la zone verte, en violation de l'art. 17 al. 2 RPQ qui prévoit que l'arborisation existante dans cette zone doit être maintenue. En l'état, il est prématuré de se prononcer sur ces mesures de remise en état, cette question sortant également de l'objet du litige.
9. La recourante soutient que le bâtiment correspondant à l'ensemble "garage-dépôt/atelier-réduit outillage" n'est pas conforme à l'art. 5 RPQ dès lors qu'il est surmonté d'un toit plat. Dans l'hypothèse où ce toit plat devait être admis, elle demande que celui-ci soit végétalisé, en application de l'art. 28 let. b RCAT. En relation avec cette dernière disposition, elle soutient qu'un engazonnement plutôt qu'une couverture en gravier s'impose au regard du critère de l'esthétisme consacré aux art. 34 RCAT (recte: 24 RCAT) et 4 al. 2 RCAT. Elle souligne que, en application de l'art. 28 al. 2 RCAT, la Municipalité a la faculté d'imposer un mode de toiture. Elle soutient que "par cohérence avec l'historique du chantier, la Municipalité aurait dû imposer une toiture végétalisée, avec reconstruction de la butte initiale". Selon elle, en s'accommodant de la situation actuelle résultant du fait accompli du constructeur, la Municipalité a mésusé de son pouvoir discrétionnaire et s'est rendue coupable d'un abus négatif du pouvoir d'appréciation. Elle souligne à cet égard que celui qui place l'autorité devant un fait accompli doit s'attendre à ce qu'elle se préoccupe plus de rétablir une situation conforme au droit que des inconvénients qui en découlent. Elle en déduit que le permis de construire ne peut pas être confirmé sans prévoir une telle condition, qui s'imposerait au regard de l'ensemble des circonstances.
a) aa) Selon l'art. 5 RPQ, les toits plats sont interdits à l'exception des garages et petites dépendances.
bb) En l'occurrence, la Municipalité a considéré à juste titre dans la décision attaquée que, dès lors qu'il comprend un garage, le bâtiment litigieux peut être couvert d'un toit plat. Le fait qu'un dépôt et un local d'outillage soient annexés à ce garage n'y change rien. S'avère en effet déterminant le fait qu'on se trouve en présence d'un bâtiment comprenant majoritairement un garage, ce qui implique, selon le texte clair de l'art. 5 RPQ, que ce bâtiment peut être doté d'un toit plat. La question de savoir si le dépôt et le local d'outillage doivent être considérés comme des dépendances au sens de l'art. 5 RPQ souffre par conséquent de demeurer indécise.
b) aa) L'art. 4 al. 2 RCAT prévoit notamment que lorsque des bâtiments forment un ensemble important, l'architecture des constructions composant l'ensemble doit être harmonisée. On l'a vu, l'art. 24 RCAT prévoit que sont interdites toutes constructions de nature à compromettre l'aspect ou le caractère d'un site, d'une localité, d'un quartier ou d'une rue, ou à nuire à l'aspect d'un édifice de valeur historique, artistique ou pittoresque. L'art. 28 let. b RCAT prévoit pour sa part que les toits plats doivent être végétalisés ou recouverts d'un gravier dont le type et la teinte doivent être soumis à l'approbation de la Municipalité.
bb) En l'espèce, la vision locale a permis de constater que l'ensemble "garage-dépôt/atelier-réduit outillage" ne pose pas de problème au regard des exigences posées aux art. 4 al. 2 et 24 RCAT. On ne saurait notamment considérer que cet ensemble bâti est de nature à compromettre l'aspect ou le caractère d'un site, d'une localité, d'un quartier ou d'une rue ou qu'il y aurait un problème d'harmonie entre les différents éléments du bâtiment. En tous les cas, la Municipalité n'a pas abusé de son large pouvoir d'appréciation en matière d'esthétique et d'intégration en considérant, à tout le moins implicitement, que ces exigences sont respectées.
c) Pour le surplus, on relève que l'ensemble bâti litigieux est conforme à l'art. 28 let. b RCAT puisque le toit plat est recouvert de graviers. On ne voit pas sur quelle base légale la Municipalité aurait pu se fonder pour exiger une toiture végétalisée ou, a fortiori, la reconstruction de la butte qui existait initialement. Certes, l'art. 28 al. 2 RCAT, relatif aux toitures et couvertures, prévoit que la Municipalité, pour des raisons d'aspect général ou d'unité, a la faculté d'imposer un des modes de toiture. Ceci concerne toutefois manifestement la faculté d'exiger un des modes de toiture mentionné à l'alinéa 1 (soit un toit plat ou un toit en pente) et non pas la faculté, s'agissant des toits plats, d'imposer une toiture végétalisée plutôt que recouverte de graviers. Faute de base légale, une exigence de ce type serait dès lors contraire à la garantie de la propriété dont peut se prévaloir le constructeur (cf. art. 26 al. 1 Cst. et 36 al. 1 Cst.).
10. La recourante met en cause le nombre de places de stationnement réalisées sur la parcelle n° 455.
a) Selon l'art. 45 RCAT, le nombre de places de stationnement doit être calculé sur la base des normes VSS.
b) Les parties sont divisées sur le nombre de places de parc autorisées et réalisées. La recourante fait valoir sur ce point que 16 places ont été autorisées et 19 réalisées. Cette question souffre de demeurer indécise. Il n'est en effet pas contesté que les normes VSS, applicables par renvoi de l'art. 45 RCAT, permettent la réalisation de 25 places de stationnement. Les 19 places mentionnées par la recourante sont par conséquent conformes aux exigences réglementaires.
c) Dans ses déterminations finales, la recourante relève que, lors de l'inspection locale, la Cour n'a pas vu où allaient prendre place les 30 places de vélos exigées par la Municipalité. De fait, cette question n'a pas fait l'objet d'un examen lors de la vision locale dès lors qu'aucun grief n'avait été formulé à cet égard dans le recours. Quoi qu'il en soit, il appartiendra à la Municipalité de vérifier au moment de la délivrance du permis d'habiter que le nombre de places de parc pour vélos exigé est respecté.
11. Il résulte de ce qui précède que, vu le retrait du recours, la cause est rayée du rôle en tant qu'elle concerne C._ et B._, sans frais. Le recours de A._ est partiellement admis. L'autorisation délivrée le 23 mai 2016 par la Municipalité pour un massif de climatisation est annulée. La décision de la Municipalité de Lutry du 25 octobre 2018 et les autres autorisations de construire des ouvrages permanents sur la parcelle n° 455 sont maintenues. Vu le sort du recours, les frais sont principalement mis à la charge de la recourante. Le solde des frais est mis à la charge du constructeur. La recourante versera des dépens, légèrement réduits, au constructeur, qui a procédé par l'intermédiaire d'un mandataire professionnel. Vu la convention conclue avec le constructeur, il n'y a pas lieu d'astreindre C._ et B._ au versement de dépens.