Decision ID: d0b06952-e4a4-46cd-89a9-759141c17ff6
Year: 2018
Language: fr
Court: VD_TC
Chamber: VD_TC_031
Canton: VD
Region: Région lémanique
Law Area: public_law

Vu les faits suivants:
A. A._ est propriétaire depuis 2005 de la parcelle n° 509 du cadastre de la Commune de Vully-les-Lacs (anciennement commune de Bellerive), d'une surface de 1398 m2. Cette parcelle, colloquée en zone de verdure au sens de l'art. 13 let. a du règlement communal sur le plan général d'affectation et la police des constructions de l'ancienne commune de Bellerive (ci-après: RC), borde la rive Nord-Ouest du lac de Morat au lieu-dit "Es Chenevières de Vallamand". Elle supporte trois bâtiments d'habitation (ECA nos 216, 269 et 721). A l'époque de l'acquisition de la parcelle n° 509 par A._, deux pontons se trouvaient au droit de la parcelle, qui comportait un mur de rive avec un plot d'escaliers en son centre. Visuellement, le mur de rive présentait un léger décrochement. En partant de la parcelle n° 509 en direction de l'Est, on trouve un mur de rive d'environ 20 m de long jointoyé puis un tronçon de rive d'environ 20 m faiblement stabilisé par des enrochements puis 70 m de rive avec des enrochements plus conséquents.
B. Le 7 juillet 2005, A._ s'est vu délivrer l'autorisation à bien plaire 34/16 l'autorisant à utiliser le domaine public des eaux du lac de Morat pour le maintien de deux passerelles de 5 m2 et d'une bouée accessoire au lieu-dit "Es Chenevières de Vallamand ", Commune de Bellerive. Par décision du 14 septembre 2007, le Département de la sécurité et de l'environnement, Service des eaux, sols et assainissement (SESA), a autorisé A._ et C._ (qui était copropriétaire à l'époque) à maintenir un escalier d'accès au lac, deux pontons d'embarquement, ainsi que deux bouées accessoire sur le domaine public du lac de Morat, au droit de la parcelle n° 509. Les installations concernées par cette autorisation étaient un ponton Nord-Est de 7 m sur 1m20 précédé d'un bloc de béton, un ponton Sud-Ouest de même dimension également précédé par un bloc de béton et un escalier situé entre les deux pontons de 1m20 sur 0.65 m.
L'autorisation du 14 septembre 2007, qui remplace celle du 7 juillet 2005, prévoit que celle-ci est délivrée à bien plaire et que le bénéficiaire peut être tenu en tout temps et à ses frais de modifier, de déplacer et de totalement évacuer les ouvrages autorisés tout en remettant les lieux en l'état et sans indemnité (art. 1). L'autorisation prévoit également que le bénéficiaire ne peut, sans l'autorisation préalable de l'autorité cantonale, modifier ou déplacer les ouvrages autorisés (art. 6). Elle prévoit en outre que le bénéficiaire doit garantir en tout temps la sécurité et l'entretien des ouvrages autorisés. Il demeure responsable, à l'entière décharge de l'Etat, de tout dommage ou inconvénient dont ils peuvent être l'objet ou la cause (art. 7).
C. Par courrier du 10 février 2008, A._ a informé la municipalité du fait que, de février à avril 2006, de fortes pluies et inondations, accompagnées de glissements de terre dans la région du Vully, avaient causé d'importants dégâts dans deux bâtiments sis sur la parcelle n° 509.
D. En 2010 ou 2011, A._ a procédé sans autorisation à la construction d'un mur-escalier sur toute la largeur de la parcelle (longueur d'environ 14 m) en bordure du lac, en partie sur sa parcelle et en partie sur le domaine public des eaux.
E. Par courrier du 26 mai 2011, le SESA a informé A._ du fait que l'escalier réalisé n'était pas conforme à l'autorisation délivrée en 2007 et l'a mis en demeure de lui faire parvenir les documents nécessaires pour qu'une procédure de régularisation puisse être engagée avec une mise à l'enquête publique. Son attention était attirée sur le fait que, au terme de la procédure, la légalisation de l'ouvrage pouvait être refusée avec, dans cette hypothèse, l'obligation de démolir l'ensemble de l'escalier longeant la parcelle. Par la suite, un échange de correspondances est intervenu entre A._ (respectivement son mandataire) et le SESA (puis la Direction générale de l'environnement [DGE] qui a succédé au SESA) dans le cadre duquel l'intéressé a notamment expliqué les raisons pour lesquels l'ouvrage litigieux avait été réalisé, soit dans le but de protéger les constructions sises sur sa parcelle du danger représenté par les glissements de terrain, lesquels avaient déjà causé des dommages aux habitations. Dans cet échange de courriers, le SESA a notamment évoqué le fait qu'une servitude de passage de 2 m serait exigée dans l'hypothèse où une concession devait être octroyée. A également été évoquée la réalisation d'une rampe-lift pour sortir les bateaux.
F. A._ a mis à l'enquête publique du 16 septembre au 17 octobre 2016 un projet intitulé "Mise en conformité de l'ouvrage de protection de rive, octroi d'une concession, aménagement d'un escalier, agrandissement et déplacement de pontons et création d'une rampe". Le projet portait notamment sur la régularisation du mur-escalier réalisé, sur l'agrandissement des deux pontons et le déplacement du ponton sis à l'Est et sur la création d'une rampe de mise à l'eau des bateaux.
Le projet a suscité une opposition de B._ (ci-après: B._) déposée le 29 septembre 2016 et complétée le 10 novembre 2016. B._ relevait qu'une bonne partie de l'escalier litigieux se trouvait dans la zone de verdure et non pas sur le domaine public. Elle invoquait également le Plan directeur intercantonal des rives du lac de Neuchâtel et du lac de Morat de 1982 (ci-après: le Plan directeur intercantonal).
G. La DGE, Biodiversité et paysage, (ci-après: la DGE BIODIV) a refusé de délivrer les autorisations spéciales requises pour la légalisation de l'aménagement des rives et la construction de la rampe de mise à l'eau. Elle souligne que les stabilisations de la rive en enrochements sont non jointoyées et permettent une certaine transition entre les milieux lacustres et terrestres. Elle relève encore que la stabilisation de la rive de la parcelle n° 508 (recte: 509) a été réalisée il y a plus de 20 ans et qu'elle se présentait sous la forme d'un mur de rive simple (sur la parcelle) et d'un escalier de petite dimension sur le domaine public des eaux. Elle fait valoir que l'aménagement massif d'un escalier en béton/pierre, moitié sur la parcelle privée dans la zone de verdure et moitié sur le domaine public des eaux, dénature et artificialise complètement la rive. Elle soutient en outre que l'aménagement d'une rampe de mise à l'eau aurait un impact négatif sur le fond lacustre et le paysage.
Le Service du développement territorial (SDT) a refusé de délivrer l'autorisation spéciale requise pour les constructions hors de la zone à bâtir, ce refus concernant l'ensemble des ouvrages (projetés ou réalisés). Le SDT relève que les installations (extensions des pontons et rampe de mise à l'eau) pourraient être admises en conformité à l'affectation du domaine public des eaux (art. 22 de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire [LAT; RS 700]) dès lors qu'elles assurent exclusivement l'accès au lac depuis la propriété riveraine. Se référant à l'avis de la DGE BIODIV, il soutient toutefois que ces installations se heurtent à des intérêts publics prépondérants (préservation du paysage riverain). Pour ce qui est du nouvel escalier, il fait valoir que celui-ci a un impact important sur le site et que si un ouvrage de protection devait impérativement être réalisé pour des raisons techniques en remplacement de l'ancien mur (ce qui n'est pas démontré), il aurait été exigé que celui-ci soit refait à l'identique ou tout du moins de manière à s'intégrer aux murs de rive avoisinants. Comme la DGE BIODIV, il relève que seul pourrait être admis le prolongement d'un seul ponton pour autant que l'autre ponton soit démoli.
La DGE, Ressources en eau et économie hydraulique, secteur 2 des lacs et cours d'eau, a préavisé négativement la rampe de mise à l'eau (en raison de son impact visuel) et la prolongation des pontons, au motif que celle-ci ne présente pas d'avantages puisque que le fond du lac est pratiquement horizontal. Est également réservée la prolongation d'un ponton si l'autre est supprimé.
H. Le 28 mars 2017, le Département du territoire et de l'environnement (ci-après: le département) a rendu une décision dont le dispositif est le suivant:
"I. refuse de délivrer l’autorisation, au sens de l’article 12 de la loi sur la police des eaux dépendant du domaine public, pour la réalisation du projet de mise en conformité des aménagements, création d’un escalier et d’une rampe, modification de pontons, sur le domaine public cantonal du « Lac de Morat », au lieu-dit « Es Chenevières de Vallamand » ;
II. dit que toute autre décision relative aux travaux exécutés sans autorisation – en particulier au sujet d’une remise en état – est expressément réservée.
III. rend la présente décision sans prélever d’émolument ni de débours (art. 45 LPA‐VD)."
I. Par acte du 15 mai 2017, A._ a recouru contre la décision du département du 28 mars 2017 auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal. Il conclut principalement à sa réforme en ce sens qu'une autorisation à forme de l'art. 12 de la loi du 3 décembre 1957 sur la police des eaux dépendant du domaine public (LPDP; RSV 721.01), respectivement une concession à forme de l'article 26 de la loi du 5 septembre 1944 sur l’utilisation des lacs et cours d’eaux dépendant du domaine public (LLC; RSV 731.01) lui est accordée pour le mur de soutien de la rive avec escalier, les deux pontons prolongés et la rampe-lift tels que soumis à l'enquête publique du 16 septembre au 17 octobre 2016. Il conclut subsidiairement à l'annulation de la décision et au renvoi de la cause au département pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
B._ a déposé des déterminations le 19 juin 2017. La Municipalité de Vully-les-Lacs a déposé des déterminations le 14 juillet 2017. Tout en relevant qu'elle n'est pas compétente, elle indique soutenir le recours de A._. Le département a déposé sa réponse le 31 août 2017, par l'intermédiaire de la DGE. Il conclut au rejet du recours. Le recourant a déposé des observations complémentaires le 20 octobre 2017. La DGE a déposé des observations complémentaires le 14 novembre 2017. A la requête du juge instructeur, la DGE a produit le 28 novembre 2017 l'autorisation à bien-plaire n° 34/16 délivrée à A._ le 14 septembre 2007, les autorisations à bien-plaire délivrées précédemment et le Plan directeur de la rive sud du lac de Neuchâtel et des rives du lac de Morat.
Le tribunal a tenu audience le 11 janvier 2018. A cette occasion, il a procédé à une vision locale. Le procès-verbal de l'audience a la teneur suivante:
"L'audience débute à 9h30 sur la parcelle du recourant, au bord des rives du lac de Morat.
Le président résume brièvement les faits. Au moment de l'achat de la parcelle par le recourant, il existait déjà deux pontons ainsi qu'un mur de rive et un escalier de petite dimension, tels que représentés sur les photos produites au dossier. En 2005, une autorisation a été délivrée par le canton pour le maintien de deux passerelles d'embarquement de 5 m2 et d'une bouée accessoire.
Le recourant affirme qu'il existait déjà à l'époque un mur sous l'eau construit pour stabiliser le terrain. Selon lui, l'autorisation à bien plaire délivrée en 2005 autorisait la construction d'un escalier.
De l'avis de l'autorité intimée, on ne parle pas d'escalier dans cette autorisation, mais uniquement de passerelles et de bouée. Il était question de maintenir la construction existante.
Le président indique qu'il ressort du dossier que le recourant a procédé à la rénovation des passerelles et à leur agrandissement sans bénéficier préalablement de l'autorisation idoine.
Le recourant conteste avoir agrandi les passerelles. Selon lui, elles sont de la même grandeur qu'à l'époque de l'acquisition de la parcelle n° 509. Il affirme ne pas avoir modifié les pontons entre l'autorisation de 2005 et celle de 2007.
L'assesseur Mercier relève que pourtant, l'autorisation de 2007 mentionne des pontons de plus grande dimension que ceux autorisés en 2005.
La Cour observe le mur-escalier construit par le recourant ainsi que le bloc en béton contenant des plantes.
Le recourant explique que le mur-escalier a été réalisé après que d'importantes inondations aient eu lieu dans la région. Il se prévaut de l'article 7 de l'autorisation de 2007 qui prévoit que le bénéficiaire de l'autorisation garantit en tout temps la sécurité et l'entretien des ouvrages autorisés. Selon lui, les travaux réalisés sont typiquement des travaux d'entretien et de réfection de la structure existante.
Selon les représentants de l'autorité intimée, la construction du mur-escalier serait intervenue dans le courant de l'année 2010.
Le recourant reconnaît ne pas avoir demandé d'autorisation avant de réaliser les travaux.
Le président donne lecture des travaux pour lesquels une autorisation a été demandée dans le cadre de la mise à l'enquête publique.
Le recourant confirme vouloir déplacer le ponton de gauche (situé à l'Est de la parcelle) un peu plus au centre. S'agissant du mur-escalier, il confirme que ce qui a été ajouté – soit environ 20 cm d'épaisseur de béton – est représenté en rose-clair dans la demande de mise à l'enquête.
Le président donne lecture aux parties de ce que la DGE BIODIV a exposé dans sa décision de refus d'autorisation spéciale. La Cour constate que deux murs de rive d'une longueur de 20 mètres chacun se situent des deux côtés de la parcelle n° 509. Le mur côté Est est suivi de stabilisations constituées d'enrochements jusqu'au débarcadère, les derniers 70 mètres étant consitués d'enrochements plus conséquents.
Le recourant insiste sur le fait que, sur le terrain avoisinant à l'Est appartenant au Canton de Vaud, des murs de rive en béton sont déjà construits.
Les représentants de l'autorité intimée relèvent que si le recourant s'était adressé à elle avant de construire, il lui aurait été suggéré de rénover le mur qui existait avant et de respecter la limite du domaine public.
Interrogé sur l'utilisation des pontons, le recourant répond qu'il y amarre ses bateaux les plus petits (pédalo, chaloupe). Les bateaux les plus gros (bateau à moteur, voilier) sont attachés aux bouées.
Le président soulève la question de savoir si les bateaux ne devraient pas se trouver dans les ports avoisinants. Les représentants de la Municipalité indiquent qu'il existe une liste d'attente de plus de dix ans pour obtenir une place d'amarrage dans le port de Vallamand. La Municipalité est dans l'attente d'autorisations afin d'entamer la construction d'un deuxième port.
La Municipalité est d'avis que la prolongation d'un des deux pontons ne permettrait pas de gagner de la profondeur vu le fond horizontal du lac à cet endroit. Ce fond de lac est dragué tous les 3-4 ans.
Le recourant affirme que le canton l'a autorisé à installer une seconde bouée en raison du manque de places pour amarrer ses bateaux dans le port le plus proche. Il précise que les deux pontons sont utilisés par lui-même ainsi que par ses locataires. Actuellement, il a sept locataires. Sur sa parcelle, se dressent trois bâtiments comprenant au total huit logements.
Le Syndic confirme que le règlement de la Commune de Bellerive est toujours en vigueur malgré la fusion. Il signale que c'est précisément ce règlement qui interdit, à son art. 13, toute construction dans les zones de verdure.
Selon B._, la construction actuelle du mur-escalier porte atteinte à la biodiversité. D._ produit deux photos aériennes de la parcelle n° 509 où la Cour constate le nouveau mur-escalier de couleur pâle. D._ affirme que cette construction provoque une cassure entre les milieux aquatique et terrestre. Elle serait néfaste à la vie lacustre.
Le recourant relève que la photo produite date de 2011 et qu'aujourd'hui, la construction est mieux intégrée dans le paysage.
Les représentants de l'autorité intimée confirment que la construction litigieuse est située partiellement sur le domaine public et partiellement sur la parcelle du recourant.
La Cour et les parties longent le bord du lac vers l'Est. La Cour constate le mauvais état du mur de rive en béton situé sur la parcelle appartenant au canton. Par endroits, des blocs de béton ont été posés afin d'éviter que le mur s'écroule. Un mur non jointoyé s'élève à la suite du mur jointoyé.
La Cour et les parties se rendent sur la jetée afin d'observer depuis le lac l'intégration du mur-escalier dans le reste du paysage.
Interpellés sur ce qu’ils attendent du recourant, les représentants de l'autorité intimée expliquent qu’il lui appartient de refaire un mur jointoyé comme celui construit sur la parcelle appartenant au Canton de Vaud.
Me Bruchez relève que la décision attaquée demande la réalisation d’un mur non jointoyé.
Les représentants de l'autorité intimée répondent qu'il s'agissait d'une suggestion parmi d'autres.
Ils précisent que des réfections auront lieu sur la partie du mur de l’Etat en mauvais état. Aucune décision sur la manière dont le mur sera réparé n’a cependant encore été prise.
La question des engagements qui auraient été pris par l’autorité intimée lors des pourparlers ayant précédé la mise à l'enquête et du respect du principe de la bonne foi est discutée.
Le président explique aux parties que le procès-verbal de l'audience leur sera transmis et qu'elles auront la possibilité de s'exprimer à son sujet.
La parole n'étant plus demandée, l'audience est levée, à 10h30."
B._ s'est déterminée le 17 janvier 2018 sur le procès-verbal de l'audience. Elle a joint une photographie des lieux datant de 2016.
La DGE s'est déterminée le 30 janvier 2018 sur le procès-verbal de l'audience. Elle relève notamment ce qui suit:
"Après relecture de ce document, nous souhaitons que quelques précisions soient apportées au dernier paragraphe de la page 2 de la manière suivante : « Interpellés sur ce qu’ils attendent du recourant, les représentants de l’autorité intimée expliquent qu’il lui appartient de refaire un mur jointoyé au minimum comme celui appartenant au voisin. Me Diagne a précisé que c’est la position de la DGE-EAU»"
Le recourant s'est déterminé le 16 février 2018 sur le procès-verbal de l'audience. Il relève notamment ce qui suit:
"A la dernière ligne de la page 1 du procès-verbal, le recourant tient à rappeler – comme indiqué dans ses mémoires de recours et ampliatif – que les travaux de réfection du mur de rive à son emplacement existant sont intervenus dans l’urgence à la fin des années 2000/au début des années 2010 parce que les conditions météorologiques défavorables provoquaient de fortes montées des eaux, une érosion augmentée, un délitement accru dudit mur, provoquant des mouvements de terrains et des fissures aux habitations sur sa parcelle.
Pour éviter l’aggravation de cette situation et finalement sécuriser les habitations existantes – comme l’autorisaient les autorisations délivrées – le recourant a procédé à la consolidation du mur de rive et escalier, à l’endroit où ils existaient depuis son acquisition, ce avec des techniques et matériaux actuels.
En milieu de page no 2, les représentants de la Municipalité de Vully-les-Lacs ont justifié le dragage tous les 3-4 ans du fond du lac par l’amenée et le dépôt d’alluvions par la Broye à son embouchure dans le lac de Morat. Pour mémoire, celle-ci se trouve à proximité de la propriété du recourant de sorte que lesdites alluvions s’accumulent à cet endroit et empêchent le recourant d’approcher des pontons existants sans heurter le fond du lac avec la quille de ses bateaux.
Enfin au sommet de la page 3, les représentants du Département du territoire et de l’environnement ont, non seulement, déclaré qu’aucune décision sur la manière de réparer le mur de rive n’avait été prise, mais encore, ils ont admis que le mur de rive devait être réparé vu son état et qu’aucune réflexion, ni démarches n’avaient été entreprises pour déterminer la manière de le faire à ce jour.
Le recourant répète ici qu’il est prêt à participer à la mise en œuvre de la réflexion relative à la réfection du mur de rives avec toutes les autorités concernées à savoir le Département du territoire et de l’environnement et la Municipalité de Vully-les-Lacs."

Considérant en droit:
1. Il convient d'examiner en premier lieu si c'est à juste titre que l'autorité cantonale a refusé d'autoriser le mur-escalier en béton construit par le recourant.
a) Le recourant soutient que ce qu'il désigne par "l'intervention sur le mur protecteur" (soit la construction du nouveau mur-escalier) a eu lieu dans le cadre strict de la décision n° 34/16 du 14 septembre 2007, en application de l'art. 7 de cette décision. Selon lui, il s'agissait uniquement d'une réfection d'une structure préexistante, à savoir un mur de protection de la rive avec un escalier. Il relève que, précédemment, on ne se trouvait pas en présence d'un enrochement non jointoyé, mais d'une structure en béton armé descendant jusqu'au lac. Il conteste ainsi avoir réalisé un mur monumental avec des matériaux différents de l'ancien. Il soutient que le mur-escalier réalisé est conforme à la "zone lacustre". Il relève également que, au moment de la réalisation de l'aménagement litigieux, la rive était déjà aménagée avec de nombreuses constructions nautiques et qu'on ne saurait dès lors parler de dénaturation et d'artificialisation d'un milieu boisé et/ou proche d'une rive naturelle. Il conteste par conséquent le constat selon lequel on serait en présence d'un impact important sur un paysage riverain préservé jusque-là. Il relève en outre que l'aménagement litigieux n'est pas sur le domaine public et qu'il a démontré son utilité lors des inondations de 2015. Il souligne que, avant la réparation du mur, le sol gorgé d'eau provoquait l'instabilité des constructions, lesquelles se lézardaient. Il prétend par conséquent que la nécessité de cet aménagement pour protéger les constructions est démontrée De manière générale, il souligne que toutes les interventions sur sa parcelle ont été guidées par un souci de maintien de la sécurité. Le recourant conteste enfin les faits retenus dans la décision attaquée relatifs aux modifications du bâtiment n° ECA 296.
Le département relève pour sa part que la construction du mur en béton avec escaliers le long de la rive correspond à des travaux hors de la zone à bâtir soumis au régime de l'art. 24 LAT. Pour être autorisés, ces travaux doivent être imposés par leur destination et aucun intérêt prépondérant ne doit s'y opposer. Se référant aux prises de position de la DGE BIODIV et du SDT, le département soutient que cette seconde condition n'est en tous les cas pas satisfaite. Il relève ainsi que, selon la DGE BIODIV, l'aménagement litigieux "dénature et artificialise complètement la rive qui doit être maintenue la plus naturelle possible". En outre, selon le SDT, la nouvelle installation a un impact important sur le site et, dans la mesure où sa nécessité est démontrée, elle aurait dû être refaite à l'identique ou à tout le moins de manière à s'intégrer aux murs de rive environnants.
b) La LAT définit les zones à bâtir (art. 15 LAT), les zones agricoles (art. 16 LAT) et les zones à protéger (art. 17 LAT), en précisant que le droit cantonal peut prévoir d'autres zones d'affectation (art. 18 LAT). Les zones à protéger comprennent notamment "les cours d'eau, les lacs et leurs rives" (art. 17 al. 1 let. a LAT). L'art. 54 al. 1 de la loi du 4 décembre 1985 sur l'aménagement du territoire et les constructions (LATC; RSV 700.11) définit les "zones protégées" comme des zones "destinées en particulier à la protection des sites, des paysages d'une beauté particulière, des rives de lacs et de cours d'eau, des réserves naturelles ou des espaces de verdure. Seules peuvent y être autorisées les constructions et les installations conformes au but assigné à la zone, ne portant pas préjudice à l'aménagement rationnel du territoire et au site ou imposées par leur destination, si aucun intérêt prépondérant ne s'y oppose".
De manière plus générale, la LATC prévoit que les plans d'affectations cantonaux ou communaux peuvent contenir des dispositions relatives aux paysages, sites, rives, rives de lacs et de cours d'eau (art. 47 al. 2 ch. 2 LATC). Le plan des zones de l'ancienne commune de Bellerive comprend des zones à protéger au sens des dispositions précitées, régies par l'art. 13 RC. Ces zones comprennent une zone de verdure (régie par l'art. 13 let. a RC), qui inclut notamment les rives du lac. Cette zone est caractérisée par l'interdiction de bâtir et par le respect des recommandations du plan directeur des rives du lac de Morat.
Il n'est pas contesté que la zone de verdure dans laquelle se trouve la parcelle n° 509 n'est pas une zone à bâtir au sens de l'art. 15 LAT. Cela étant, il résulte de la jurisprudence du Tribunal fédéral que le terme de zone à "bâtir" ne doit pas faire croire, par opposition, qu'il est impossible de construire dans les zones qui ne sont pas "à bâtir". Dans ces dernières, les constructions ne sont pas exclues a priori, mais ne sont admises que si elles sont conformes à l'affectation de la zone – art. 22 LAT –, ou que si leur implantation est imposée par leur destination, et encore à la condition qu'aucun intérêt prépondérant ne s'y oppose – art. 24 LAT (cf. arrêts TF 1C_483 2012 du 30 août 2013 consid. 3.2.2; 1C_157/2009 du 26 novembre 2009 consid. 3 in RDAF 2012 I p. 464).
c) aa) Il convient d'examiner si l'aménagement peut être autorisé à titre dérogatoire en application de l'art. 24 LAT.
bb) En vertu de l'art. 24 LAT, une autorisation dérogatoire peut être délivrée pour de nouvelles constructions ou installations hors de la zone à bâtir lorsque l'implantation de ces constructions ou installations est imposée par leur destination (let. a) et qu'aucun intérêt prépondérant ne s'y oppose (let. b).
cc) Selon la jurisprudence, une construction est imposée par sa destination au sens de l'art. 24 let. a LAT lorsqu'elle est adaptée aux besoins qu'elle est censée satisfaire et qu'elle ne peut remplir son rôle que si elle est réalisée à l'endroit prévu: une nécessité particulière, tendant à la technique, aux conditions d'exploitation d'une entreprise, ou encore à la configuration ou à la nature du sol, doit imposer le choix de l'endroit. De même, l'implantation hors de la zone à bâtir peut se justifier si l'ouvrage en question ne peut être édifié à l'intérieur de celle-ci en raison des nuisances qu'il occasionne (ouvrage négativement imposé par sa destination). Seuls des critères particulièrement importants et objectifs sont déterminants, à l'exclusion de points de vue subjectifs du constructeur ou de motifs de convenance personnelle (cf. ATF 136 II 214, arrêt TF 1C_88 2016 du 20 octobre 2016 consid. 4.1). L'application de la condition de l'art. 24 let. a LAT doit être stricte, dès lors que cette dernière contribue à l'objectif de séparation du bâti et du non-bâti (cf. arrêt TF 1C_88 2016 du 20 octobre 2016 consid. 4.1; TF 1C_877 2013 du 31juillet 2014 consid. 3.1.1).
En l'espèce, selon l'assesseur spécialisé du tribunal, le mur en béton avec escaliers réalisé le long de la rive est utile pour protéger la berge contre l'érosion. Il existe toutefois d'autres méthodes que celle utilisée par le recourant pour stabiliser une rive. Pourraient ainsi être envisagés des enrochements non jointoyés ou le recours à des plantations. Pour le surplus, le mur réalisé n'apparaît guère utile pour protéger les bâtiments contre les inondations. Comme le relève B._, on voit en effet mal comment un mur à hauteur de rive peut remédier à un risque d'inondation, d'autant plus que le mur ne concerne qu'un tronçon de rive très limité et qu'il n'y a aucune protection de ce type de part et d'autre. De fait, selon l'assesseur spécialisé du tribunal, le mur réalisé a plutôt un impact négatif s'agissant de la protection des constructions sises sur la parcelle n° 509. Le recourant ne saurait par conséquent être suivi lorsqu'il soutient qu'il a agi de manière à garantir la sécurité et l'entretien des ouvrages autorisés, ceci conformément à ce qu'exigerait l'art. 7 de l'autorisation n° 34/16 délivrée le 14 septembre 2007. Le respect de cette disposition n'impliquait en effet pas la construction d'un mur-escalier en béton tel que réalisé.
Vu ce qui précède, il apparaît douteux que, s'agissant du mur en béton avec escaliers réalisé le long de la rive, la condition de l'art. 24 al. 1 let. a LAT soit remplie. Finalement, cette question souffre de demeurer indécise dès lors que, pour les motifs développés ci-dessous, la condition de l'art. 24 al. 1 let. b LAT n'est de toute manière pas respectée.
dd) La pesée des intérêts exigée par l'art. 24 let. b LAT comprend, selon l'art. 3 de l'ordonnance du 28 juin 2000 sur l'aménagement du territoire (OAT; RS 700.1), la détermination de tous les intérêts, publics ou privés, touchés par le projet (art. 3 al. 1 let. a OAT). Il s'agit évidemment d'abord des intérêts poursuivis par la LAT elle-même (notamment la préservation des terres cultivables, l'intégration des constructions dans le paysage, la protection des rives, sites naturels et forêts – art. 3 al. 2 LAT –, la protection des lieux d'habitation – art. 3 al. 3 let. b LAT), mais aussi des autres intérêts protégés dans les lois spéciales (LPE, LPN, LFo, OPB, OPair); les intérêts privés sont également pris en compte (ATF 134 II 97 consid. 3.1). L'autorité doit ensuite apprécier ces intérêts notamment en fonction du développement spatial souhaité et des implications qui en résultent (art. 3 al. 1 let. b OAT). La pesée des intérêts proprement dite tient compte, dans la mesure du possible, des intérêts en présence et doit être motivée (art. 3 al. 1 let. c et al. 2 OAT; cf. arrêt TF 1C_877 2013 du 31 juillet 2014 consid. 3.2.1).
Lors de la vision locale, le tribunal a pu constater que le mur-escalier en béton litigieux a un impact visuel lorsqu'on regarde la rive depuis un point situé à proximité (par exemple depuis l'ancien débarcadère sis à l'Ouest). Si on regarde cet aménagement depuis un peu plus loin (par exemple depuis le nouveau débarcadère sis à l'Est), l'impact visuel devient négligeable, compte tenu notamment du fait que le béton a perdu sa couleur blanche d'origine.
De manière générale, on relève que ce n'est pas l'impact visuel ou l'impact sur le paysage qui est le plus problématique. Ce qui pose avant tout problème, c'est l'impact sur le milieu naturel. L'aménagement litigieux a en effet été réalisé dans un secteur qui constitue une zone de transition et d'échange entre la terre et l'eau, soit un milieu naturel de grande valeur. A cet égard, le recourant ne saurait être suivi lorsqu'il soutient qu'on se trouve en présence d'une simple reconstruction à l'identique du mur de rive préexistant. Un mur en béton compact ne saurait en effet être comparé au mur en maçonnerie qui existait auparavant. Même si l'effet de coupure entre le lac et la parcelle du recourant existait déjà, le nouveau mur a aggravé la situation en diminuant les possibilités d'échanges terre-eau, soit en diminuant la perméabilité. Ceci rend ainsi plus difficile le passage de l'eau à la terre pour la petite faune avec un impact négatif supplémentaire sur les milieux naturels terrestre et lacustre.
Si la nécessité de refaire la stabilisation de la rive n'est pas contestée, il appartenait au recourant de réaliser un aménagement tenant compte des connaissances actuelles et des dispositions légales sur la protection des rives. Sur ce point, on relève que le mur réalisé n'est pas admissible au regard des exigences de protection des rives en tant que zones protégées qui résultent notamment des art. 17 LAT et 54 LATC et du règlement communal. On relève également que le mur, tel que réalisé, empêche toute croissance de la végétation riveraine et n'apparaît ainsi pas conforme à l'art. 21 de la loi fédérale du 21 juillet 1966 sur la protection de la nature et du paysage (LPN; RS 451), qui régit la protection de la végétation des rives.
Vu ce qui précède, il existe des intérêts prépondérants qui s'opposent à la délivrance d'une autorisation pour le mur-escalier en béton tel que réalisé et c'est par conséquent à juste titre que le SDT a refusé de délivrer l'autorisation spéciale requise pour les constructions hors de la zone à bâtir. On ajoutera qu'il n'est pas nécessaire de trancher la question de savoir si le mur litigieux est conforme à la zone de verdure du règlement communal ou à "la zone lacustre" comme le prétend le recourant. En effet, même si c'est le cas, une autorisation pour une construction conforme à l'affectation de la zone (art. 22 al. 2 let. a LAT) ne peut pas être délivrée pour les motifs mentionnés plus haut. C'est également à juste titre que la DGE BIODIV a refusé de délivrer les autorisations spéciales requises pour la légalisation de l'aménagement des rives. Enfin, pour les mêmes motifs, c'est à juste titre que le département a refusé l'autorisation prévue par l’art. 12 LPDP pour la partie du mur-escalier réalisée sur le domaine public.
2. Il convient d'examiner ensuite si la rampe de mise à l'eau avec lift et la prolongation des pontons auraient dû être autorisés.
a) Le recourant soutient que la rampe-lift et les deux pontons sont conformes à la "zone lacustre". Selon lui, ces installations sont de taille modeste, répondent à un besoin et sont adaptées, par leurs dimensions et leur implantation, à ce besoin. Le recourant fait valoir que la prolongation des pontons est nécessaire pour éviter que les bateaux aient à approcher de trop près la terre ferme et s'ensablent en raison du tirant d'eau de son bateau et de la faible profondeur du lac à cet endroit. Il fait également valoir que la rampe-lift est nécessaire, compte tenu de la différence de niveau du sol et du lac, pour retirer de l'eau le bateau pour l'hiver et durant les tempêtes. Le département relève pour sa part que les installations projetées (extension des pontons et rampes de mise à l'eau) assurent exclusivement l'accès au lac depuis la propriété riveraine et pourraient être admises en conformité à l'affectation du domaine public des eaux (art. 22 LAT) pour autant qu'elles ne portent pas une atteinte importante à des intérêts publics prépondérants. Il soutient que, en l'occurrence, les installations en cause ne peuvent pas être admises compte tenu de l'atteinte qu'elles impliquent pour le paysage riverain et, s'agissant de la rampe-lift, pour le fond lacustre. Pour ce qui est du prolongement des deux pontons, la DGE fait valoir dans sa réponse au recours que l'intérêt privé du recourant serait relatif compte tenu du fait que le fond du lac dans le secteur est pratiquement horizontal. Le critère de la nécessite ne serait par conséquent pas satisfait. La DGE souligne que, cas échéant, la prolongation d'un ponton pourrait être envisagée si l'autre ponton est supprimé.
b) Les lacs, les cours d'eau et leurs lits de même que les ports, les enrochements, les grèves ainsi que les rivages jusqu'à la limite des hautes eaux normales, telles que définies par la loi sur le Registre foncier, le cadastre et le système d'information du territoire, sont dépendants du domaine public (cf. art. 64 al. 1 ch. 1 et 2 du Code de droit privé judiciaire vaudois – CDPJ, RSV 211.02; ancien art. 138a al. 1 ch. 1 et 2 de la loi du 30 novembre 1910 d'introduction dans le canton de Vaud du Code civil suisse – LVCC, RSV 211.01). Les choses sans maître et les biens du domaine public sont soumis à la haute police de l'Etat sur le territoire duquel ils se trouvent (art. 664 al. 1 CC).
La LLC pose le principe selon lequel le droit de disposer des eaux dépendant du domaine public appartient à l’Etat (art. 1 LLC). L’art. 2 LLC prévoit que nul ne peut détourner les eaux du domaine public ni les utiliser sans l’autorisation préalable du département en charge de la gestion des eaux et du domaine public. L’autorisation du département est accordée sous la forme d’une concession dont la durée est de huitante ans au maximum (art. 4 al. 1 LLC). Pour les demandes d’autorisation d’utiliser les eaux publiques à un autre usage que la force motrice, l’art. 25 LLC prévoit une procédure d’enquête publique. Le règlement d’application du 17 juillet 1953 de la loi sur l’utilisation des lacs et cours d’eaux dépendant du domaine public et de la loi réglant l’occupation et l’exploitation des eaux souterraines dépendant du domaine public cantonal (RLLC; RSV 731.01.1) précise que l’autorisation est donnée sous forme de concession dont la durée n’excède pas cinquante ans s’il s’agit d’installations communales (art. 84 RLLC). L’art. 4 al. 2 LLC prévoit que, pour des installations provisoires ou de très faible importance, le département peut accorder des autorisations à bien plaire, révocables en tout temps. Cette procédure faisait l’objet d’une réglementation plus détaillée à l’art. 83 RLLC, disposition qui a été abrogée le 20 janvier 2010. La construction d’installations telles que celles qui sont ici en cause peut également être autorisée en application de l’art. 12 LPDP qui, dans sa teneur actuelle, prévoit notamment une "autorisation préalable" pour "tout ouvrage (construction, remblai, excavation, anticipation, consolidation, déversement, dépôt, etc.) de même que toute intervention dans les lacs et sur leurs grèves, dans les cours d’eau, sur leurs rives et dans l’espace cours d’eau" (cf. art. 12 al. 1 let. a LPDP).
La construction d’un ponton et d'une la rampe de mise à l'eau implique également la délivrance d’une autorisation fondée sur la LAT. A cet égard, il convient tout d'abord d'examiner si une autorisation ordinaire peut être délivrée en application de l’art. 22 al. 2 let. a LAT au motif que l'installation est conforme à l'affectation de la zone. Dans un arrêt du 21 septembre 2005 (1A.279/2004 publié aux ATF 132 II 10), le Tribunal fédéral a rappelé qu’une zone lacustre fait partie des zones à protéger au sens de l’art. 17 LAT, qui comprennent notamment les cours d’eau, les lacs et leurs rives (art. 17 al. 1 let. a LAT). Il a relevé à ce propos que, dans la mesure où un ponton est nécessaire pour permettre l’accès au lac du propriétaire riverain, compte tenu notamment de l’absence d’autres aménagements artificiels de la rive permettant aux nageurs d’entrer directement dans l’eau et aux bateaux d’accoster, ce type d’accès fait partie de l’utilisation normale de la rive du lac par le propriétaire du fond riverain, sous réserve qu'il soit possible et juridiquement admissible selon le droit cantonal sur l’utilisation du domaine public et conformément aux prescriptions spéciales sur la protection de la nature. Le Tribunal fédéral en a déduit que, dans cette hypothèse, les ouvrages nécessaires à cet accès sont en principe conformes à l’affectation de la zone à protéger, au sens de l’art. 22 al. 2 let. a LAT en relation avec l’art. 17 LAT. Selon le Tribunal fédéral, admettre la construction d'un ponton en tant que construction ou installation conforme à l'affectation de la zone (art. 22 al. 2 let. a LAT) ne signifie cependant pas que l'autorisation de l'autorité compétente, prescrite par l'art. 22 al. 1 LAT, est à l'instar d'un permis de construire ordinaire une autorisation de police à laquelle le propriétaire du fonds riverain aurait droit. L'application de ces normes de la loi sur l'aménagement du territoire ne modifie ni la nature ni la portée de l'autorisation prévue, en pareil cas, par le droit cantonal, qui est une permission précaire d'utiliser le domaine public. Les autorités peuvent ainsi refuser d'autoriser un nouveau ponton pour tout motif d'intérêt public pertinent, notamment si elles estiment que le besoin de créer un nouvel accès sur le lac n'est pas établi (ATF précité consid. 2.5).
S’agissant d’une installation prévue hors de la zone à bâtir, la conformité est, de façon générale, liée à la nécessité, la construction devant notamment être adaptée, par ses dimensions et son implantation, aux besoins objectifs du propriétaire (ATF précité consid. 2.4). Les autres conditions prévues par le droit fédéral et le droit cantonal doivent être satisfaites. Doivent en particulier être prises en compte les exigences de la loi fédérale sur la protection de la nature et du paysage (LPN), qui tend à la protection des biotopes (art. 18 ss LPN) et notamment de la végétation des rives (art. 21 LPN), ou encore celles de la loi fédérale sur la pêche du 21 juin 1991 (LFSP; RS 923.0), qui vise à la préservation des rives naturelles et de la végétation aquatique servant de frayères aux poissons ou d’habitat à leur progéniture (art. 7 ss LFSP) (ATF précité consid. 2.7). Doit également être vérifié le respect de la mesure E25 du Plan directeur cantonal (PDCn) adoptée dans le cadre de la première adaptation du Plan directeur cantonal par le Grand Conseil, dont il résulte que l'autorité cantonale compétente doit veiller à la préservation du paysage des rives, notamment lors de l'octroi de concessions pour les installations destinées aux activités nautiques. On peut relever que cette exigence de la mesure E25 du PDCn – qui fait partie des éléments du Plan directeur cantonal (signalés par des encadrés gris) qui ont force obligatoire pour les autorités publiques – résulte d'un amendement à l'appui duquel avait expressément été évoqué le problème des atteintes au paysage des rives dues aux installations de mise à l'eau de canots à moteur (rails, pontons, etc.) (cf. arrêt AC.2015.0206 du 21 juillet 2016 consid. 1b/bb).
Ainsi que cela ressort de l'arrêt AC.2015.0203 du 7 octobre 2016 relatif notamment à un projet de ponton sur le lac Léman à Saint-Sulpice, il convient également de prendre en considération la modification de la loi cantonale du 10 mai 1926 sur le marchepied le long des lacs et sur les plans riverains (LML; RSV 721.09) et de la LLC, en vigueur à partir du 1er septembre 2014. La modification en question résulte de la prise en considération de deux motions déposées par les députés Jean-Michel Favez et Fabienne Freymond Cantone, transformées en postulats (cf. Exposé des motifs et projets de lois, tiré à part de juillet 2013, pp. 1-4). Le postulat Jean-Michel Favez proposait plusieurs modifications législatives dans le but de donner aux autorités cantonales des outils pour leur permettre de concrétiser l'objectif de la fiche E 25 – Rives du lac du Plan directeur cantonal tendant à "tenir libres les bords de lac et faciliter au public l'accès aux rives par les chemins de randonnée pédestre et le passage le long de celles-ci". Le postulat Fabienne Freymond Cantone demandait, en référence à cette même fiche E 25, que le Conseil d'Etat définisse et mette en place une planification des constructions sur le domaine public des lacs du canton, les interdisant sauf là où la planification les autoriserait (secteurs limités aux rives fortement urbanisées), d'une part, ainsi qu'une politique de protection des rives sur le domaine public des lacs, définissant de manière plus restrictive quelles sont les constructions considérées comme constructions légères, d'autre part. L'Exposé des motifs précité (p. 4) rappelle qu'en décembre 2012, il existait pour les lacs du Canton de Vaud 333 concessions pour des ouvrages "lourds" comme les ports, les digues et les enrochements et 2'500 installations nautiques de type pontons, bouées, rails et rampes de mise à l'eau. Au chapitre du contexte global, l'Exposé des motifs (p. 5) relève que l'évolution de la technique et le souhait des propriétaires provoquent un accroissement des ouvrages nautiques en nombre et en taille et qu'il est apparu au fil des années, des lifts à bateaux, des pontons et des rails à bateaux beaucoup plus massifs que dans la première partie du vingtième siècle.
La révision de l'art. 16 al. 2 aLML a étendu le régime de la concession – jusque-là limité aux ports, jetées et ouvrages de défense contre l'érosion – aux pontons, rails et lifts à bateaux, installations qui précédemment étaient soumises à l'octroi d'une autorisation à bien plaire, révocable en tout temps, ce qui a permis de subordonner l'autorisation de ces trois nouveaux objets à l'inscription d'une servitude de passage public le long de la rive. Le législateur était d'avis que l'extension du régime de la concession aux pontons, rails à bateaux et lifts à bateaux aurait pour conséquence de restreindre la définition des constructions considérées comme légères et devrait également entraîner une diminution du nombre de demandes pour la réalisation de tels ouvrages, voire conduire à la destruction de certains d'entre eux au regard des contraintes liées à l'inscription d'une servitude en échange de la concession y afférente, en particulier lors des transferts des autorisations concernées à de nouveaux bénéficiaires. Selon l'Exposé des motifs, une telle modification aura ainsi pour conséquence d'améliorer la protection du paysage, en limitant la prolifération des ouvrages d'une part et en conduisant à la suppression d'ouvrages délabrés d'autre part (Exposé des motifs et projets de lois précité, p.7). La modification de l'art. 16 al. 2 aLML a entraîné celle de l'art. 26 aLLC et habilite désormais l'Etat, lors de chaque transfert d'une autorisation à bien plaire d'un titulaire à un autre, en raison du transfert de propriété de la parcelle attenante, de procéder à la transformation de l'autorisation à bien plaire en concession.
c) En l'espèce, les pontons existants permettent d'accéder au lac pour la baignade. La réalisation d'une rampe de mise à l'eau avec lift et le prolongement des pontons ne présente aucun intérêt à cet égard. La prolongation des pontons n'apparaît également pas nécessaire pour l'utilisation des bateaux du recourant dès lors que les gros bateaux (voilier avec quille et bateau moteur) sont amarrés aux bouées (cf. procès-verbal d'audience). Le recourant peut par conséquent les rejoindre avec un canot depuis les pontons. A cela s'ajoute que, étant propriétaire depuis 2005, le recourant aurait pu a priori s'inscrire suffisamment tôt sur une liste d'attente afin d'obtenir une place dans le port de Vallamand (cf. Plan directeur de la rive sud du lac de Neuchâtel et du lac de Morat qui, s'agissant la commune de Bellerive, prévoit la suppression des passerelles et des amarrages sauvages et le regroupement de bateaux dans le port de Vallamand [ch.10.2.1 let. a p. 38]) On relève au surplus que, selon les indications concordantes du département et de la municipalité, le fond du lac est pratiquement horizontal à cet endroit, ce qui implique que la prolongation des pontons semble présenter peu d'intérêt en ce qui concerne le risque d'ensablement invoqué par le recourant.
Le besoin d'une rampe de mise à l'eau avec un lift n'est également pas démontré. En l'absence d'accès en voiture, une telle rampe n'apparaît ainsi d'aucune utilité pour les gros bateaux du recourant. Pour ce qui est des bateaux plus petits, ceux-ci peuvent être sortis de l'eau sans l'aide d'une rampe, comme l'a fait le recourant jusqu'à ce jour.
d) Vu ce qui précède, il y a lieu de constater que la réalisation d'une rampe de mise à l'eau et le prolongement des pontons ne répondent pas à un besoin clairement établi. Pour le surplus, ces installations se heurtent surtout à l'intérêt public à la protection d'un paysage de qualité, soit la rive d'un lac, étant rappelé que l'objectif tendant à éviter autant que possible de nouvelles installations de mise à l'eau (rails, pontons, etc.) afin d'éviter des atteintes au paysage des rives ressort désormais du PDCn (mesure E25). Pour ce qui est du paysage, la vision locale a montré que le secteur concerné a subi un certain nombre d'atteintes. Comme le relève le recourant, des constructions nautiques sont présentes dans les environs et on ne se trouve pas en présence d'un paysage riverain qui aurait été préservé jusque-là. Cela étant, au plan paysager, le secteur concerné a un potentiel intéressant puisqu'il est situé entre deux secteurs de grande qualité avec des biotopes (roselières) à l'Ouest et une rive boisée naturelle à l'Est de la parcelle n° 563. Ainsi que cela ressort des explications des représentants de l'Etat lors de l'audience, la stabilisation des rives dans les environs, notamment sur les parcelles de l'Etat à l'Est, devra être refaite. Il existe par conséquent une possibilité de redonner un caractère paysager intéressant à cette rive, y compris la partie qui borde la parcelle du recourant, ce qui justifie de ne pas autoriser le mur-escalier réalisé ainsi que la rampe de mise à l'eau et le prolongement des pontons.
Dans ces conditions, c'est à juste titre que le département a refusé de délivrer l'autorisation prévue par l'art. 12 LPDP pour le projet mis à l'enquête publique du 16 septembre au 17 octobre 2016.
3. Le recourant invoque une violation du principe constitutionnel de la bonne foi. Se référant aux courriers échangés avec le SESA, il soutient que des garanties lui ont été données selon lesquelles l'autorisation à bien plaire pour les aménagements existants (mur de protection de la rive, pontons et escaliers) serait remplacée par une concession d'usage du domaine public, la seule question encore discutée étant celle de l'accès au lac au moyen d'une servitude de passage public.
a) Le principe de la bonne foi protège le citoyen dans la confiance légitime qu'il met dans les assurances reçues des autorités, lorsqu'il a réglé sa conduite d'après des décisions, des déclarations ou un comportement déterminé de l'administration. Ce principe découle des art. 5 al. 3 et 9 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst.; RS 101) et vaut pour l'ensemble de l'activité étatique (ATF 138 I 49 consid. 8.3.1; 129 I 161 consid. 4.1; 128 II 112 consid. 10b/aa; 126 II 377 consid. 3a et les arrêts cités). Selon la jurisprudence, un renseignement ou une décision erronés de l'administration peuvent obliger celle-ci à consentir à un administré un avantage contraire à la réglementation en vigueur, à condition que l'autorité soit intervenue dans une situation concrète à l'égard de personnes déterminées, qu'elle ait agi ou soit censée avoir agi dans les limites de ses compétences, et que l'administré n'ait pas pu se rendre compte immédiatement de l'inexactitude du renseignement obtenu. Il faut encore qu'il se soit fondé sur les assurances ou le comportement dont il se prévaut pour prendre des dispositions auxquelles il ne saurait renoncer sans subir de préjudice, que la réglementation n'ait pas changé depuis le moment où l'assurance a été donnée et que l'intérêt à une application correcte du droit objectif ne soit pas prépondérant par rapport à la protection de la confiance (ATF 137 II 182 consid. 3.6.2; 131 II 627 consid. 6.1; 129 I 161 consid. 4.1; 122 II 113 consid. 3b/cc et les références citées).
Ce principe est l'émanation d'un principe plus général, celui de la confiance, lequel suppose que les rapports juridiques se fondent et s'organisent sur une base de loyauté et sur le respect de la parole donnée. Le principe de la loyauté impose aux organes de l'Etat ainsi qu'aux particuliers d'agir conformément aux règles de la bonne foi. Cela implique notamment qu'ils s'abstiennent d'adopter un comportement contradictoire ou abusif (ATF 136 I 254 consid. 5.2).
b) En l'espèce, Il n'est pas contesté que le recourant a effectué des aménagements sur sa parcelle (construction d'un nouveau mur-escalier) sans demander les autorisations cantonales et communale requises. Dans ces conditions, c'est à juste titre qu'une procédure de régularisation a été mise en œuvre et qu'il a été demandé à l'intéressé de préparer un dossier en vue d'une mise à l'enquête publique. On relève au surplus que, dans son premier courrier du 26 mai 2011 faisant suite à la dénonciation des travaux effectués sans autorisation, le SESA a attiré l'attention du recourant sur le fait que les services concernés pourraient ne pas délivrer les autorisations requises à la suite de l'enquête publique et que la possibilité d'un défaut de régularisation de l'ouvrage impliquant sa démolition était par conséquent réservée. Cette prise de position initiale du SESA n'a jamais été remise en cause par la suite, étant précisé que le SESA ne pouvait de toute manière prendre aucun engagement dès lors que la construction devait faire l'objet d'une enquête publique susceptible d'entraîner des oppositions de propriétaires voisins ou d'associations, ce qui a au demeurant été le cas. Selon un principe reconnu en droit des constructions, les indications favorables données par l'autorité au seul propriétaire ne peuvent en effet pas être opposées aux tiers qui s'en prennent à une autorisation de construire (cf. TF 1C_6/2009 résumé in SJ 2010 p. 19 s; arrêt AC.2011.0301 du 30 avril 2012 consid. 3b). Au surplus, le recourant ne peut rien déduire du fait que la procédure de régularisation a été menée en vue de la délivrance d'une éventuelle concession devant se substituer à l'autorisation à bien plaire dont il bénéficiait jusqu'alors, étant précisé que l'éventuelle concession ne concernait de toute manière pas la partie de l'ouvrage litigieux sise en dehors du domaine public Dans ces circonstances, c'est à tort que le recourant invoque une violation du principe de la bonne foi.
4. Le recourant soutient que le refus de toutes les installations nautiques, à savoir le mur de soutien de la rive avec escalier, les deux pontons et la rampe-lift, contrevient au principe de la proportionnalité. Il relève à cet égard que, dans leurs préavis, les services cantonaux concernés entraient en matière sur la réalisation d'un mur de soutien strictement identique à l'ancien et d'un ponton prolongé. Il fait valoir que ces nuances ne se retrouvent pas dans la décision attaquée, qui traite de manière identique toutes les constructions en les refusant dans leur globalité. Il soutient dès lors que, en application du principe de la proportionnalité, la décision doit être réformée en ce sens qu'un mur de soutien identique à l'ancien, ainsi qu'un ponton prolongé sont autorisés.
Le recourant a mis à l'enquête publique un projet comportant la régularisation du mur-escalier réalisé sans autorisation, la réalisation d'une rampe de mise à l'eau avec un lift et la transformation des deux pontons existants (prolongation et déplacement). Dès lors que, pour les motifs développés ci-dessus, ces différents aménagements ne sont pas conformes au droit, c'est à juste titre qu'ils n'ont pas été autorisés. Si le recourant entend finalement réaliser un projet différent (soit un projet limité à la réalisation d'un mur de soutien strictement identique à l'ancien et d'un ponton prolongé (impliquant a priori la suppression de l'autre ponton), il lui appartient de soumettre un tel projet aux autorités administratives compétentes afin qu'elles délivrent cas échéant les autorisations requises. Le tribunal de céans ne saurait se prononcer sur un tel projet modifié en lieu et place des autorités administratives compétentes.
5. Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté et la décision attaquée confirmée. Vu le sort du recours, les frais de la cause sont mis à la charge du recourant. Ce dernier versera en outre des dépens au Département du territoire et de l’environnement, qui a partiellement procédé par l'intermédiaire d'un mandataire professionnel.