Decision ID: ea4647f4-2a67-4ba4-acd8-b69ebdeea1f2
Year: 2020
Language: fr
Court: VD_TC
Chamber: VD_TC_031
Canton: VD
Region: Région lémanique
Law Area: public_law

Vu les faits suivants:
A. La F._ (ci-après: la fondation ou la constructrice) a été inscrite au Registre du Commerce le 26 mars 1991. Elle a pour but de venir en aide, par l’octroi de bourses, de subsides ou de prix, ou de toute autre manière à des institutions, associations ou fondations d’intérêt public à but scientifique, artistique, de bienfaisance, ou social ayant leur siège dans l’un des cantons romands. Elle peut occasionnellement attribuer une aide à caractère social à une personne physique directement, à des instituts universitaires de recherche médicale du canton de Vaud, ainsi qu’à des étudiants nécessiteux de l’Université de Lausanne ou de l’Ecole polytechnique fédérale. Le Conseil de fondation est formé de cinq membres.
La fondation a acquis par voie de succession le 1er mai 1991 la parcelle no 3048 du cadastre de la commune de Lausanne (ci-après: la commune), située à l’avenue Jolimont 2. Ce bien-fonds d’une surface de 1'585 m2 comporte un bâtiment d’habitation (ECA 8343) de 175 m2 au sol, et, dans sa partie sud, des jardins potagers et un ancien verger.
La parcelle no 3048 est située en zone à bâtir (zone mixte de forte densité) selon le Plan général d'affectation (PGA) de la commune de Lausanne et son règlement (RPGA; cf. art. 104 ss RPGA), approuvés tous deux par le département compétent le 4 mai 2006 et entrés en vigueur le 26 juin 2006.
La partie supérieure de la parcelle (où se situe le bâtiment locatif existant), est intégrée dans le périmètre 74 (côté ouest) de l'Inventaire fédéral des sites construits à protéger en Suisse (ci-après: ISOS) – publié pour la Commune et le District de Lausanne, en 2015/2016 – décrit comme suit: "Groupement résidentiel constr. dans la ligne de pente, à l’origine en suivant des gabarits decrescendo: immeubles de quatre niveaux en amont, maisons locatives en aval, dès 1890, jardins, immeubles venus combler quelques espaces à l’E, dès années 1960–années 1990". Quant à la partie inférieure de la parcelle (partie sud, jardin), elle est comprise dans le périmètre 73 décrit de la façon suivante: "Secteur résidentiel homogène marqué ess. par de longues rangées d’immeubles de quatre à six niveaux érigées perpendiculairement aux courbes de niveaux de part et d’autre de l’anc. collège classique cantonal; à l’O, rangées définissant nettement la rue du Bugnon, à l’E quelques immeubles en équerre délimitant l’avenue de Béthusy; bâtiments assez soignés de style Art déco avec garages, dès années1930, transf. 2e m. 20es". Les immeubles situés directement à l'ouest du jardin de la parcelle no 3048 sont relevés sous no 73.01 et décrits comme suit: "Rangées d’immeubles, cinq à huit niveaux, disposés dans la ligne de pente, marquant le dénivelé, formant un front net le long de la rue du Bugnon, amorce années 1920, ess. m. 20es". La catégorie d'inventaire de ces périmètres est de "AB", "A" indiquant l'existence d'une substance d'origine et "B" celle d'une structure d'origine. Chacun est assorti d'un objectif de sauvegarde "B", préconisant la sauvegarde de la structure, à savoir la conservation de la disposition et de l'aspect des constructions et des espaces libres et la sauvegarde intégrale des éléments et des caractéristiques essentiels pour la conservation de la structure.
Par ailleurs, le bâtiment existant sur la parcelle no 3048 (dit "Villa Jolimont") est inscrit en note *3* au recensement architectural des bâtiments du canton au sens de l'art. 30 du règlement d'application du 22 mars 1989 de la LPNMS (RLPNMS; BLV 450.11.1). Cette note est donnée à un objet intéressant au niveau local méritant d'être conservé. Plusieurs immeubles environnants sont inscrits en note *3* (not. sur les parcelles nos 20297, 3182, 3188, 3189, 3190) ou *4* (not. sur les parcelles nos 3041, 3042, 3049, 3050), cette dernière note témoignant de leur bonne intégration et indiquant que leur identité mérite d'être sauvegardée. La "Villa Jolimont" a été construite en 1901 et ses caractéristiques architecturales sont mentionnées ainsi sur la fiche de recensement: "Décor en ciment moulé: chaînes d'angle avec pointes de diamant, rosaces et corniche développée avec décor de briques en façade arrière (entrée d'immeuble), riche décor de réseau de bois. En façade sud, balcons vérandas postérieurs. Très belle marquise sur entrée avec consoles en volutes. Dispositif de clôture soigné: piliers en granit, beau portail et clôture en ferronnerie. Grand jardin au sud."
En image, la configuration du quartier est la suivante (cf. www.geoplanet.vd.ch):
B. La fondation a mis à l'enquête publique, du 24 mai au 24 juin 2013, un premier projet de bâtiment d’habitation collective, implanté sur la partie sud de la parcelle no 3048. Ce projet était conçu comme un immeuble d’habitation de quatre niveaux sur rez-de-chaussée, comprenant deux niveaux d’attique en toiture et un sous-sol. Huit places de stationnement à ciel ouvert étaient également prévues dans les aménagements extérieurs.
A._, ainsi que D._, C._, B._ et E._ ont alors formé une opposition par l’intermédiaire de leur conseil le 24 juin 2013. Ils estimaient en substance que la partie inférieure de la parcelle no 3048 présentait les qualités d’un biotope au sens de la législation fédérale sur la protection de la nature et que le permis devait être refusé.
La Centrale des autorisations (CAMAC) a transmis le 25 juin 2013 à la Municipalité de Lausanne (ci-après: la municipalité) la synthèse des différentes autorisations spéciales et préavis des services concernés de l’administration cantonale. La Direction générale de l’environnement, section biodiversité et paysage (DGE-BIODIV) a, dans un premier temps, refusé de délivrer l’autorisation spéciale requise pour les motifs suivants:
"(...) La parcelle no 3048 comprend une mosaïque de milieux naturels qui peut être considérée comme un biotope au sens des articles 19 LPN, 21 LFaune et 4a LPNMS. Elle abrite également de nombreux arbres protégés par le chapitre 3.6 du règlement du plan général d'affectation de la Commune de Lausanne. Les milieux suivants sont présents:
- haies en grande partie constituées d'essences indigènes variées,
- murs présentant des barbacanes, favorables aux reptiles et insectes,
- arbres fruitiers de haute-tige présentant des cavités, dont un cerisier d'environ 9 m de haut et de 50 cm de diamètre,
- une strate herbacée gérée de manière extensive.
Cette mosaïque de milieux est très favorable à l'avifaune et la petite faune en général (habitat et nourrissage) et représente un élément important du réseau écologique urbain (art. 15 OPN).
La parcelle constitue, avec les jardins environnants, un environnement de verdure de grande qualité pour les habitants du quartier.
Le projet de construction va supprimer l'entier de la végétation présente, sans réelle mesure de compensation. En l'état, le dossier est incomplet, car il ne fait pas état des valeurs naturelles de la parcelle, ni des mesures de compensation à prévoir. En conséquence, la DGE-BIODIV n'est pas en mesure de délivrer les autorisations spéciales (art. 22 Lfaune, 4a LPNMS). Elle demande qu'une expertise écologique soit réalisée et que des mesures de conservation et de compensation définies. (...)"
Pour étayer leurs oppositions, les opposants A._ et B., C., D., E._ ont déposé, le 11 juillet 2013, auprès de la municipalité un rapport d’expertise écologique établi par le bureau 1******** daté du 4 juillet 2013. Il ressort de cette expertise les éléments suivants:
"(...) Synthèse – valeur écologique
Les milieux naturels présents sur la parcelle no 3048 constituent, dans le contexte, un ensemble de grande valeur écologique en raison de leur complémentarité et de leur diversité structurale. Cette valeur est confortée par la situation urbaine de ceux-ci et de leur insertion dans un véritable maillage écologique local, à l'échelle d'un quartier. Les milieux n'abritent certes pas d'espèces végétales particulièrement rares, mais offrent une diversité spécifique avérée: la prairie extensive comprend une cinquantaine d'herbacées (sans compter les ornementales) alors que les gazons entretenus de manière intensive, la norme en la matière dans ce genre de situation, recèlent généralement une dizaine d'espèces végétales dans les meilleurs cas.
La végétation ligneuse est majoritairement composée d'essences indigènes.
Faune
L'inventaire de la faune a été effectué lors de deux visites les 13 et 20 juin 2013. Le jardin et le verger à hautes tiges hébergent plusieurs oiseaux nicheurs:
- Pigeon ramier (Columba palumbus)
- Pic épeiche (Dendrocopos major)
- Merle noir (Turdus merula)
- Mésange charbonnière (Parus major)
- Mésange bleue (Parus Caeruleus)
- Grimpereau des jardins (Certhia brachydactyla)
- Chardonneret élégant (Carduelis Carduelis)
Les conifères hébergent les oiseaux nicheurs suivants:
- Mésange noire (Parus ater)
- Sittelle torchept (Sitta europaea)
- Roitelet à triple-bandeau (Regulus ignicapillus)
- Verdier d'Europe (Carduelis chloris)
- Serin cini (Serinus serinus)
Sur les bâtiments environnants nichent les oiseaux suivants:
- Tourterelle turque (Streptopelia decaocto)
- Pigeon biset domestique (Columbia livi)
- Martinet noir (Apus apus)
- Rougequeue noir (Phoenicurus ochruros)
- Moineau domestique
Quand aux oiseaux migrateurs, hivernants ou occasionnellement présents dans la parcelle, il faut notamment ajouter (en gras espèces rares ou menacées figurant sur la liste rouge des espèces menacées de disparition en Suisse):
- Gobemouche noir (Ficedula hypoleuca)
- Rougequeue à front blanc (Phoenicurus phoenicurus)
- Rougegorge familier (Erithacus rubecula)
- Etourneau sandonnet (Sturnus vulgaris)
- Jaseur boréal (Bombycilla garrulus)
- Pouillot véloce (Phylloscopus collybita)
- Mésange huppée (Parus cristatus)
- Pinson des arbres (Fringilla coelebs)
- Geai des chênes (Garrulus glandarius)
- Pie bavarde (Pica pica)
- Corneille noire (Corvus corone)
Concernant les mammifères, un Renard roux (Vulpes vulpes) était présent dans le jardin lors de la visite du 13 juin. Des chauves-souris sont également régulièrement observées, notamment des Pipistrelles (Pipistrellus sp.), ainsi que le Hérisson (Erinaceus europaeus). Des micromammifères tels que musaraignes et mulots sont également présents. Les reptiles sont représentés par le Lézard des murailles (Podarcis muralis) et la rare Coronelle lisse (Coronella austriaca). Ce serpent très discret a été observé en 2012 à proximité du mur de soutènement situé à l'ouest, riche en cavités et qui héberge de nombreux mollusques et insectes (hyménoptères et papillon notamment).
La relique du verger à hautes tiges sur prairie, bordé de vieux murs, de haies et planté de quelques conifères, constitue un refuge important pour les oiseaux, les reptiles et les mammifères (renard, hérisson). De nombreux oiseaux (pics, fauvettes, mésanges, grimpereaux, sittelles) nichant dans le quartier du CHUV viennent s'y nourrir ou y nichent, tout comme les chauves-souris. En effet, les arbres fruitiers vieux ou morts offrent de nombreuses cavités pour la nidification des oiseaux et sont riches en insectes xylophages recherchés par les pics notamment. La présence de la Coronelle lisse est sans doute liée à la conservation des vieux murs au sud et à l'ouest, riches en cavité hébergeant aussi ses proies principales, le Lézard des murailles et divers mollusque et insectes.
Le site fonctionne également comme îlot d'escale important en zone urbaine pour les oiseaux migrateurs et hivernants, notamment le Rougequeue à front blanc, le Gobemouche noir, les pouillots, fauvettes et autres migrateurs transahariens. De nombreux Jaseurs boréaux ont visité le jardin pendant l'invasion de 2004/05, où ils y trouvaient de nombreux fruits tombés à terre.
En conclusion, l'ensemble de ces milieux constitue un espace vital suffisamment étendu qui présente des conditions particulièrement favorables pour les biocénoses. Il remplit ainsi les conditions pour être classé comme biotope digne de protection au sens de l'art. 18 de la Loi fédérale sur la protection de la nature et du paysage (LPN). Il est important que de tels biotopes soient conservés en pleine ville, notamment afin de préserver les oiseaux qui y nichent encore ou permettre le retour des oiseaux disparus mais qui pourraient revenir si les conditions redevenaient plus favorables, comme le Rougequeue à front blanc.
Objets protégés
Outre les aspects liés à la protection au sens de la législation fédérale (voir ci-dessus), la parcelle abrite des objets protégés au sens de la législation cantonale: Loi sur la faune, art. 21 Loi sur la protection de la nature, des monuments et des sites (LPNMS) art. 4a et son règlement d'application RLPNMS de même que le Plan général d'affectation, règlement du 26 juin 2006, de la commune de Lausanne, art. 25 et art. 56.
Parmi les essences présentes sur la parcelle les suivantes:
- sorbier des oiseaux (Sorbus aucuparia)
- houx (Illex aquifolium)
- if (Taxus baccata)
- merisier (Prunus avium)
- frêne (Fraxinus excelsior)
sont des essences majeures, donc protégés.
En outre, la haie arborée est protégée en tant que telle.
Effets du projet
Le projet mis à l'enquête sous no CAMAC 138'293 aura comme conséquences principales:
L'abattage, apparemment, de l'entier de la végétation arborée de la parcelle, en particulier les arbres protégés, les vieux arbres fruitiers à hautes-tiges et la haie vive arborée protégée;
la destruction en quasi-totalité de la prairie extensive avec des compensations qui paraissent insuffisantes au regard de la qualité des milieux existants et de leurs caractéristiques (âge des milieux, de certains des arbres, etc.) et de leur fonctionnalité pour la faune. (...)"
La municipalité a alors transmis le 7 octobre 2013 au bureau d’architectes de la constructrice la copie de la synthèse CAMAC précitée comportant la décision négative de la DGE-BIODIV. La municipalité précisait qu’elle n’était pas en mesure de poursuivre la procédure en vue de l’octroi du permis de construire et invitait le bureau d’architecture à prendre contact avec le service cantonal concerné afin de corriger le projet.
En date du 5 décembre 2013, le bureau d’architectes de la constructrice a transmis au Service d’urbanisme de la commune une expertise écologique réalisée par le bureau d’études 2******** et un plan des aménagements extérieurs intégrant des mesures proposées par ce document. L’expertise 2********, datée du 4 décembre 2013, comporte les précisions suivantes:
"(...) Les éléments considérés comme ayant un intérêt biologique coïncide avec ceux relevés par 1******** à savoir: la prairie extensive, les murs en pierre (murs de soutènement à l'ouest et au sud de la parcelle, ainsi qu'un mur de séparation entre la parcelle no 3048 et celle située au nord no 3049), les arbres fruitiers haute-tige avec vieux bois et cavités, les arbres majeurs, la haie arborée au sud de la parcelle et les haies arbustives.
Il nous semble toutefois important d'apporter quelques éléments qu'1******** ne mentionne pas dans son rapport.
- Les arbres fruitiers sont pour la plupart en fin de vie. Si cela leur apporte un intérêt particulier du point de vu biologique, il est néanmoins fort probable que de tels arbres auraient été abattus ou remplacés dans les années à venir.
- Trois espèces végétales plantées dans le jardin sont répertoriées sur la liste noire des plantes néophytes invasives: il s'agit du solidage (Solidago sp.), qui constitue plusieurs massifs dans la prairie, du buddleja (Buddleja davidii), présent dans la haie est et du laurier-cerise (Prunus laurocerasus) planté dans plusieurs des haies.
- La prairie bien qu'entretenue extensivement est relativement pauvre en espèces. L'important feutrage de végétation qui se remarque par endroit ainsi que l'abondance de la fétuque rouge dénote d'un entretien irrégulier qui n'est pas propice au développement de la biodiversité végétale.
- Les traitements herbicides tels qu'appliqués aux surfaces graveleuses autour du bâtiment principal selon le rapport 1******** sont interdits par l'ordonnance sur la réduction des risques liés aux produits chimiques (ORRChim).
- Les haies, bien qu'entretenues extensivement sont assez peu diversifiées et contiennent une part non négligeable d'espèces horticoles (laurier-cerise, forsythias, lilas) peu favorable à la faune.
- L'observation de coronelle lisse, datant de 2012 et d'origine inconnue, laisse planer le doute quant à la présence effective de cette espèce sur le site. Elle pourrait avoir été confondue avec un orvet.
Pour conclure, la parcelle no 3048 comprend 13 arbres majeurs protégés selon le plan général d'affectation (PGA) de la ville de Lausanne et une haie arborée comme un élément protégé par la loi sur la protection de la nature et du paysage (LPN). Elle ne comprend par contre pas de milieux protégés au sens de l'ordonnance sur la protection de la nature et du paysage OPN.
Concernant les espèces, le lézard des murailles et la coronelle lisse mentionnés comme habitant le jardin dans le rapport 1******** sont, comme tous les reptiles protégés par l'OPN. (...)"
L’expertise propose une série de treize mesures de compensation comprenant le maintien du grillage végétalisé (1), la mise en place d’une prairie extensive autour du nouveau bâtiment (2), l’entretien extensif de la prairie (3), la formalisation des directives d’entretien de la prairie (4), la plantation d’arbres fruitiers haute-tige indigène (5), la plantation d’arbres majeurs indigènes (6), la plantation de haies vives (7), la plantation de haies (8), la plantation de buissons isolés (9), l’emploi de grille-gazon pour les places de parc (10), l’élimination et la surveillance des espèces de plantes néophytes envahissantes présentes sur le site (11), l’arrêt des traitements aux herbicides (12) et la communication avec les futurs locataires. L’expertise 2******** propose en annexe 3 un plan de plantation détaillée pour les haies et les arbres prévus autour du nouveau bâtiment. Les effets des mesures compensatoires sont décrits de la manière suivante par le rapport 2********:
"(...) 5 Effets des mesures compensatoires
Les élément mis en valeur comme intéressants d'un point de vue écologique ne peuvent pas tous être remplacés, plus particulièrement ceux liés à l'ancienneté des arbres (vieux bois et cavités). Malgré cela, les mesures compensatoires prévues ici permettent de faire en sorte que les espaces verts entourant le nouvel immeuble soient de haute valeur écologique. Le tableau 4 présente la liste des valeurs selon 1******** et les mesures compensatoires correspondantes.
Tableau 4 : Liste des valeurs écologique mises en évidence dans le rapport 1******** et les mesures compensatoires proposées pour remédier aux dégâts causés par le chantier.
Valeur écologique selon la rapport 1******** Mesures compensatoires Equivalences Arbres majeurs (13) Plantation de 4 arbres majeurs (mesure 6) partielle Arbres fruitiers Plantation de 2 arbres fruitiers (mesure 5) partielle Vieux bois impossible dans l'immédiat Haie arborée au sud de la parcelle Haie vive arbustive au sud de la parcelle (mesure 7) totale à long terme Haies mi-indigènes mi-horticoles Haie vive entre les deux bâtiments, haies de séparation et buissons isolés (mesure 7, 8 et 9) totale à long terme Prairie extensive Prairie extensive (mesure 2, 3 et 4) partielle Grillage recouvert de plantes grimpantes Conservé (mesure 1) totale - Lutte contre les espèces invasives (mesure 11) supplémentaire - Arrêt des traitements herbicides (mesure 12) supplémentaire - Communication avec le public (mesure 13) supplémentaire - Emploi de grille gazon pour les places de parc (mesure 10) supplémentaire
En résumé, la construction du nouvel immeuble entraîne inévitablement une perte de surface et d'éléments anciens à haute valeur écologique (gros arbres à cavité). Toutefois, la valeur naturelle de la parcelle reste potentiellement haute grâce aux mesures proposées.
Le grillage végétalisé à l'est de la parcelle est conservé, il est toujours doublé par la haie vive du collège de Béthusy. Les arbres majeurs et les arbres fruitiers abattus sont compensés en partie par de nouvelles plantations. Les nouvelles haies d'espèces indigènes prévues sont plus diversifiées que les haies anciennes partielles horticoles, et seront susceptibles de remplir un grand nombre de fonctions écologiques (plus d'arbustes épineux, floraison étalée dans le temps, fruits comestibles par l'avifaune). La haie arborée du sud de la parcelle est compensée par une structure plus basse mais de haut intérêt écologique.
Une partie de la parcelle reste traitée comme une prairie fleurie extensive. Cette prairie est connectée avec le mur exposé au sud qui ne sera pas touché par les travaux, et devrait présenter un terrain de chasse intéressant pour les reptiles. Toutefois, la coronnelle lisse, si elle est effectivement présente, pourrait disparaitre du site en raison de la perte de surface d'habitat.
Les travaux de construction permettent aussi de réaliser quelques améliorations. Les espèces néophytes invasives présentes sur le site sont éliminées durant le chantier. Bien que la surface de terrain goudronné augmente, des grilles gazon sont prévues partout où cela est possible préservant la perméabilité du sol. Finalement les efforts prévus de sensibilisation du public et les explications apportées sur raisons de gérer une partie des espaces verts en prairie extensive nous apparaissent particulièrement importants afin d'intéresser les futurs habitants à leur environnement et de les sensibiliser aux diverses fonctions écologiques que peut offrir un jardin traité de manière extensive en milieu urbain.
6. Conclusion
La construction prévue dans la parcelle no 3048 entraîne des pertes indéniables d'éléments biologiques d'intérêts. Même en prenant en compte la reconstruction de la prairie des haies, la surface à disposition pour la faune et la flore diminue.
Malgré cela, et grâce aux mesures proposées dans ce rapport, les surfaces restantes devraient présenter à moyen terme un intérêt écologique certain en offrant habitat et nourriture à la faune ainsi qu'une flore diversifiée entretenue extensivement.(...)"
La CAMAC a alors transmis à la municipalité le 23 janvier 2014 une nouvelle prise de position de la DGE-BIODIV. En reprenant les éléments de son premier préavis du 25 juin 2013, l’autorité cantonale complète sa prise de position par les éléments suivants:
"(...) Le projet a fait l'objet d'oppositions, appuyées par une expertise écologique rédigée par le bureau 1********.
Le requérant a livré une expertise écologique réalisée par le bureau 2********.
Les deux expertises arrivent à la même conclusion concernant les valeurs naturelles présentes et l'expertise 2********, datée de décembre 2013, définit des mesures de protection et de compensation qui permettent de maintenir/recréer partiellement les valeurs naturelles du site. Les mesures proposées sont reportées sur le plan des aménagements extérieurs (plan modifié, no 201301-100-001C, daté du 28.11.2013 et remplaçant le plan d'enquête du 17.07.2013).
La DGE-BIODIV préavise favorablement le projet modifié et accepte les mesures proposées. Elle délivre l'autorisation de la conservation de la faune, conformément à l'article 22 de la loi du 28 février 1989, sous les conditions impératives suivantes:
- Le présent préavis et ses conditions font partie du permis de construire;
- Toutes les mesures d'aménagement et de plantation décrites dans le rapport 2******** de décembre 2013 (tableau 2, pages 10-12) et reportées sur le plan no 201301.100.001C du 28.11.2013, les mesures d'entretien ainsi que la suppression des plantes néophytes envahissantes seront réalisées;
- Toutes mesure utile sera prise afin de sauvegarder la haie en limite Est vers la parcelle no 3074;
- Une attention particulière sera faite afin d'éviter la propagation des néophytes présents sur le site, notamment les solidages;
- La DGE-BIODIV sera invitée pour la réception des travaux (M. P. Külling, paul.kulling@vd.ch, 021 557 86 46);
- L'entretien des surfaces enherbées (prairie extensive) et des haies vives se fera conformément au rapport 2********; fauchage de la prairie 2 fois par an, élagage des haies en tenant compte des espèces, au maximum tous les 5 ans;
- La DGE-BIODIV se réserve le droit de contrôler périodiquement le bon développement des plantations et de l'entretien adéquat de la prairie extensive et des haies. Une remise en état sera demandée au propriétaire en cas de non respect des dispositions prises.
Remarques: La DGE-BIODIV a gardé le plan des aménagements extérieurs modifié pour ses archives. (...)"
Enfin, la CAMAC a complété son envoi du 23 janvier 2014 en adressant, le 13 mai 2014, à la municipalité les prises de position de la Direction générale de l'environnement, Division Air, Climat et Risque technologique.
Lors de sa séance du 28 mai 2014, la municipalité a décidé de délivrer le permis de construire à la fondation et de lever les oppositions. Un permis de construire a été établi et notifié le 10 juin 2014. Il autorisait l'abattage de différents arbres protégés et précisait encore que les déterminations cantonales assorties des conditions particulières contenues dans la lettre de la CAMAC du 13 mai 2014 faisaient partie intégrante du permis.
A._, ainsi que D._, C._, B._ et E._ B., C., D., E._ ont contesté la décision communale par le dépôt d'un recours auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal (CDAP) en date du 11 juillet 2014 (AC. 2014.0244). Ils invoquaient à l'appui de leur recours la protection du biotope situé sur la parcelle no 3048, l'insuffisance des mesures de compensation, ainsi que l'insuffisance des accès et la non-conformité du projet aux dispositions règlementaires concernant la hauteur des constructions.
A l'appui de leur recours les intéressés ont également produit une analyse critique du rapport 2******** datée du 16 juillet 2014 par G._, biologiste mandataire des opposants et fils de A._, intitulée "Note complémentaire à l'expertise écologique du 4 juillet 2013", jugeant notamment les mesures proposées insuffisantes.
Dans le cadre de la procédure de recours, une analyse des rapports établis par 1******** le 4 juillet 2013, par 2******** le 4 décembre 2013 et par G._ le 16 juillet 2014 a été demandée par les initiateurs du projet au bureau 3******** afin de mettre en évidence les points à compléter pour renforcer le dossier.
Cette étude, intitulée "Examen des expertises biologiques et propositions de mesures complémentaires", a été établie le 20 octobre 2014 et produite dans la procédure AC. 2014.0244. Son auteur émet les recommandations suivantes:
"- Selon l'Etude du réseau vert de Lausanne et de l'ouest lausannois (Delarze, octobre 2013), le quartier est concerné par le sous-réseau des milieux secs (« liaison à renforcer par des stepstones ») et par le sous-réseau forestier (« liaison à renforcer par des stepstones »). Ces qualificatifs indiquent que dans ce secteur il convient de privilégier des mesures pouvant ponctuellement offrir des surfaces et espaces relais (stepstones) pour les espèces propres à ces milieux (voir extrait de plan SIG ci-joint);
- Concrètement ce pourrait être l'aménagement au moins partiel d'une toiture végétalisée, avec une certaine structuration végétale et minérale permettant à la faune et à la flore des milieux secs de s'installer. L'aménagement d'un petit point d'eau permettrait à certaines espèces d'oiseaux de nicher;
- Une mesure spécifique en faveur des reptiles devrait également être proposée (idéalement sur ou aux abords du mur en limite sud de la parcelle);
- L'autre mesure serait de renforcer et compléter les qualités de la haie sur la partie supérieure de la parcelle, en privilégiant des essences indigènes favorable à l'avifaune (en offrant des possibilité de nourrissage hivernal; aubépine, lierre, troène, épine-vinette, etc., tel que prévu en partie dans la liste de plantes proposées par le bureau 2********);
- Des nichoirs à Martinets pourraient être installés sur le nouveau bâtiment ou le bâtiment conservé;
- En dernier lieu, une contribution pour des aménagements complémentaires (fruitiers) sur la parcelle publique voisine (école ?) pourrait également être envisagée.
De notre point de vue, la plus grande plus-value quantitative et qualitative pourrait certainement être obtenue par un aménagement soigneux d'une toiture végétalisée (sous la conduite d'un spécialiste). On répondrait alors pleinement au renforcement du sous-réseau des milieux secs, offrant ainsi une véritable mesure de remplacement au sens de la LPN."
Un autre recours avait été déposé par une société propriétaire de la parcelle voisine no 3046 qui dénonçait une violation de la distance à la limite de sa propre parcelle. Le grief ayant été admis, la CDAP a, par arrêt du 30 octobre 2015 (cause AC.2014.0244 et AC.2014.0256), annulé le permis de construire, sans examiner sur le fond le recours formé par A._, D._, C._, B._ et E._ qui n'avait plus d'objet. Ce jugement a été confirmé par un arrêt du Tribunal fédéral du 3 août 2016 (référence TF 1C_627/2015).
C. Après l'annulation du permis de construire, la constructrice a commandé au bureau 2******** un nouveau rapport sur les mesures à prendre, qui reprend les éléments développés dans le rapport de juillet 2013 en les actualisant au vu des évolutions de la situation et en proposant une liste de mesures d'intégration et de compensation revue et complétée pour tenir compte des éléments soulevés par les analyses de G._ et du bureau 3********. Ce document, intitulé "Propositions de mesures d'intégration Nature" et daté du 27 février 2018, s'appuie sur l'expertise écologique du bureau 1******** de 2013, sur la première autorisation spéciale délivrée par la DGE-BIODIV en janvier 2015, sur l'analyse critique de G._ du 16 juillet 2014, et sur l'analyse de ces documents par le bureau 3******** établie le 20 octobre 2014. Cette étude complémentaire 2******** comprend un inventaire des éléments d'intérêt relevés lors de trois visites sur site (arbres, haies, végétation et herbacés) qui fait l'objet d'une synthèse qui se lit comme suit:
"2.4 Synthèse
Les arbres, haies et buissons, de même que les murs de pierre présents sur la parcelle présentent un grand intérêt en tant qu'habitat pour la faune notamment les oiseaux et les invertébrés en général. La prairie, bien que ne contenant pas d'espèce rare est toutefois constituée d'une bonne proportion d'espèces fleuries. Elle est donc de grand intérêt pour les insectes et la faune en général, compte tenu du contexte urbain.
Les 16 arbres majeurs sont protégés selon le plan général d'affectation (PGA) de la Ville de Lausanne et la haie arborée est aussi considérée comme un élément protégé par la loi sur la protection de la nature et du paysage (LPN). Il faut également mentionner que la végétation des ourlets de type Aeogopodion est protégée au sens de l'Ordonnance sur la protection de la nature (OPN).
Concernant les espèces, le lézard des murailles et la coronelle lisse mentionnés comme habitant le jardin dans le rapport 1******** sont, comme tous les reptiles, également protégés par l'OPN".
Les mesures de compensation proposées sont désormais au nombre de onze. Elles se divisent en deux catégories temporelles, soit celles à mettre en place dès le début du chantier et celles à réaliser à la fin des travaux, et en trois sous-catégories, savoir les mesures de conservation visant à conserver les valeurs naturelles présentes, les mesures de reconstitution visant à rétablir les valeurs naturelles après travaux et des mesures de remplacement visant à compenser les atteintes en remplaçant les valeurs naturelles détruites par d'autres. Pour le détail de ces mesures, on peut renvoyer aux pages 13 à 19 du rapport, étant précisé qu'un tableau en page 17 synthétise les mesures préconisées de la façon suivante:
La conclusion de cette étude est la suivante:
"6. Conclusion
La construction prévue dans la parcelle no 3048 entraine des pertes indéniables d'éléments biologiques d'intérêts. Même en prenant en compte la reconstitution de la prairie, des haies et l'installation de la toiture végétalisée, la surface à disposition pour la faune et la flore diminue.
Malgré cela, et grâce aux mesures proposées dans ce rapport, les surfaces restantes devraient présenter à moyen terme un intérêt écologique certain en offrant habitat et nourriture à la faune ainsi qu'une flore diversifiée entretenue extensivement."
D. Du 4 mai 2018 au 4 juin 2018, la fondation a mis à l'enquête un nouveau projet, consistant en la démolition du cabanon de jardin existant sur la parcelle no 3048 et la construction d'un bâtiment de 16 appartements et abri PCi, bassin de rétention, divers aménagements extérieurs avec place de jeux, création de huit places de parc et relocalisation de deux places de parc existantes.
Le nouveau projet à l'enquête est proche de celui qui avait été déposé en mai 2013. Il s'en distingue en particulier par le fait qu'il ne comporte plus deux niveaux d'attique, mais un seul. Il est ainsi désormais conçu comme un immeuble d’habitation de quatre niveaux sur rez-de-chaussée, comprenant un niveau d’attique en toiture et un sous-sol. Huit places de stationnement à ciel ouvert sont prévues dans les aménagements extérieurs et l’entrée couverte au rez-de-chaussée permet un accès direct sur un local vélos/poussettes et un deuxième accès sur le hall dentrée desservant un logement de deux pièces à l’est et un logement de trois pièces et demi au sud.
L’étage type, identique du 1er au 4ème étage, comprend une cage d’escalier centrale, éclairée naturellement au nord, qui dessert deux logements de deux pièces à l’est et à l’ouest et un logement de trois pièces et demie au sud.
Le niveau d’attique comprend un logement de trois pièces à l’est et au sud, conçu avec une loggia aménagée dans l’angle sud-est du bâtiment, et un logement d'une pièce à l’ouest. Sa toiture est végétalisée
L’accès au sol-sol est assuré par la cage d’escalier centrale et comprend les caves réservées pour chaque logement, un abri de protection civile, une buanderie et le local du concierge avec le local sanitaire.
E. A._, ainsi que D._, C._ et B._ ont formé opposition à ce projet le 4 juin 2018 en faisant valoir pour l'essentiel les mêmes arguments qu'à l'encontre du projet de 2013.
A l'appui de leur opposition, elles ont produit une nouvelle note de G._, datée du 2 juin 2018 et intitulée "Note complémentaire à l'expertise écologique du 4 juillet 2013 – Réactualisation du 2 juin 2018 ", qui met à jour la note du 16 juillet 2014 en analysant les mesures de compensation proposées et en les jugeant insuffisantes.
F. La CAMAC a transmis le 3 juillet 2018 à la municipalité la synthèse des différentes autorisations spéciales et préavis des services concernés de l’administration cantonale. La DGE-BIODIV y délivre son autorisation spéciale en exigeant que toutes les mesures prévues dans le rapport complémentaire 2******** du 27 février 2018 soient mises en œuvre. Elle demande encore que lors des terrassements, les racines maîtresses des arbres soient maintenues et que les terres de chantier déplacées ne soient pas infestées par des graines ou des rhizomes de plantes exotiques indésirées.
Le 3 décembre 2018, le Service d'architecture de la ville de Lausanne a établi son préavis au projet dont la conclusion est la suivante:
"En regard des arguments développés, nous considérons que ce projet s'intègre difficilement dans son contexte bâti. Bien que la totalité des droits à bâtir n'ait pas été exploitée (réduction d'un attique), la volumétrie reste imposante et marque exagérément le paysage et la structure de ce coteau. Dans le même ordre, le parti architectural d'une toiture plate et de façades très ouvertes, crée une rupture avec l'environnement bâti, qu'une expression contemporaine ne justifie pas. L'aspect et le caractère du site est susceptible d'être compromis par ce projet.
Toutefois, la possibilité d'offrir 16 logements supplémentaires, dans un lieu privilégié, au centre-Ville et proches de toutes les commodités, nous incite à considérer ce projet comme admissible. Il s'agit là plus d'une densification raisonnable que qualitative» (cf. Préavis du Service d'architecture du 3 décembre 2018, pp. 3-4, passages mis en évidence par le rédacteur)."
Le 6 décembre 2018, la Déléguée à la protection du patrimoine de la ville de Lausanne (ci-après: la déléguée) a émis son préavis. Tout en déplorant la démolition d'une importante portion du mur qui borde l'avenue Jolimont ainsi que du portail qui lui donnent son caractère particulier et en proposant que soit réévaluée l'organisation des surfaces dédiées au parcage et au mouvement des véhicules, elle a délivré un "préavis de principe admissible" concernant l'édification d'une nouvelle construction dans la partie sud de la parcelle.
Le 19 décembre 2018, faisant suite à la synthèse CAMAC positive du 3 juillet 2018, la municipalité a rendu une décision, délivrant le permis de construire à la constructrice et levant les oppositions. S'agissant de la problématique du biotope la Municipalité, s'exprime comme suit dans la décision attaquée:
"En ce qui concerne le biotope existant sur la parcelle, la Municipalité vous renvoie à la détermination contenue dans la synthèse de la Centrale des autorisations spéciales (CAMAC) du 3 juillet 2018 ci-jointe et plus spécialement à celle de la Direction de ressources et du patrimoine naturels, Biodiversité et paysage (DTE/DGE/DIRNA/BIODI), compétente sur cette question, qui a délivré son autorisation spéciale. Au-delà, il s'agit de problèmes qui relèvent du droit privé. Par conséquent, il appartient à leurs bénéficiaires d'en assurer eux-mêmes le respect, leur intervention à l'enquête publique constituant pour eux une réserve dont ils peuvent faire état."
En mentionnant que la "Villa Jolimont" n'était pas concernée dans son bâti par ce projet mais dans ses abords et que la déléguée avait formulé, le 6 décembre 2018, un préavis admissible concernant l'édification d'une nouvelle construction dans la partie sud de la parcelle, la municipalité, s'agissant de l'intégration précise dans sa décision notamment ce qui suit:
"D'un point de vue architectural, la zone considérée, comprise entre l'avenue Montagibert et l'école de Béthusy, est située, comme évoqué, en ISOS B, dans le voisinage immédiat de l'ensemble ISOS A constitué par le collège de Béthusy. Les dix-neuf volumes constituant ce secteur sont disposés de manière à créer une alternance d'espaces bâtis et d'espaces libres. La vue sur le lac est ainsi dégagée. L'orientation des bâtiments n'est pas dictée par la rue ou la forme de la parcelle, mais par la recherche des meilleures conditions d'ensoleillement et de vue possibles. D'où un léger mouvement rotatif du bâti en direction de l'Ouest. L'immeuble d'habitation projeté vient combler un interstice urbain situé dans le prolongement sud de la parcelle no 3048 sur laquelle est édifiée (au nord) une villa locative en note *3*. Cette nouvelle intervention s'inscrit dans une densification du quartier qui est permise sur le plan urbanistique. Par ailleurs, il est à relever que le projet n'exploite pas tous les droits à bâtir conférés par le PGA. En effet, un niveau d'attique a été supprimé. Dès lors, après pesée d'intérêts, tenant compte de l'environnement bâti, bien que la volumétrie du projet reste imposante et marque peut-être exagérément le paysage et la structure du coteau, la Municipalité a considéré qu'offrir 16 logements supplémentaires sur le marché dont les typologies sont fonctionnelles et lumineuses dans un environnement idéalement proche de toutes les commodités primait et a jugé ce projet comme admissible et respectant les articles 69 PGA et 86 LATC".
G. Par acte du 1er février 2019, A._, ainsi que D._, C._ et B._ (ci-après les recourantes) ont recouru contre la décision municipale du 19 décembre 2018, les autorisations cantonales y relatives et le permis de construire, concluant à leur annulation, avec suite de frais et dépens. Elles font principalement valoir que la parcelle no 3048 abrite un biotope de valeur si élevée qu'il devrait être intégralement préservé. À titre subsidiaire, elles avancent que les mesures de protection et de compensation prévues sont insuffisantes. Enfin, elles allèguent que l'immeuble projeté ne s'intègre pas à son environnement.
La DGE-BIODIV s'est déterminée le 7 mars 2019 et s'est exprimée sur la question du biotope abrité par la parcelle en estimant en substance que les mesures de compensation prévues par l'étude complémentaire 2******** du 27 février 2018 sont suffisantes et que la valeur naturelle de la parcelle reste potentiellement haute grâce aux mesures compensatoires proposées. La DGE-BIODIV conclut ainsi au rejet du recours.
La municipalité a répondu le 15 mars 2019 et la constructrice, le 4 avril 2019, concluant également au rejet du recours et à la confirmation de la décision attaquée.
H. En date du 10 juillet 2019, à la demande des recourantes, le juge instructeur a invité la municipalité à indiquer si le préavis du 6 décembre 2018 de la déléguée auquel il était fait référence dans la décision attaquée était complet, ce qui a été confirmé par lettre du 16 juillet 2019.
I. Les recourantes ont déposé une écriture complémentaire le 14 août 2019.
J. Le tribunal a tenu une audience directement sur place le 9 octobre 2019 en présence des parties et de leurs représentants. On extrait notamment ce qui suit du procès-verbal dressé à cette occasion:
"[...] Me Perroud critique la démolition partielle des murs et du portail qui séparent la parcelle no 3048 de l'avenue Jolimont. M. H._ indique que cela permettra d'améliorer le parcage. Il ajoute que si la démolition partielle est prévue en l'état du projet, des réflexions pourraient néanmoins être menées sur ce point. Le mur et le portail sont examinés.
[...] La cour et les parties se déplacent au sud de la parcelle. Il est constaté la présence de gabarits permettant de se figurer l'emprise et le volume de la future construction. Le front que forment, à l'ouest, les bâtiments érigés en ordre contigu qui bordent la rue du Bugnon est observé, de même que les bâtiments du collège de Béthusy situés au sud-est. Il est constaté que l'architecture des bâtiments du Collège qui sont les plus proches de la parcelle no 3048 est moderne (béton) et date des années 60. M. H._ situe l'aire de jeu prévue par le projet et les murs de soutènement. Dans une vision d'ensemble, cette aire de jeu permettra de séparer les parties nord et sud de la parcelle.
En raison de la végétation, le président constate que le mur de soutènement existant au sud de la parcelle n'est pas visible depuis celle-ci.
Au sujet de la végétation, Me Perroud souligne que le rapport du bureau A. 2******** de février 2018 mentionne que trois arbres, soit les arbres nos 22 à 24 du plan figurant en p. 10 du rapport, pourront être maintenus. De son point de vue, il s'agit d'une plaisanterie car il serait possible de faire beaucoup mieux à cet égard. Il relève également que trois arbres vont être coupés pour aménager des places de stationnement, ce qui est problématique.
A la demande du président, M. H._ explique que le choix d'abattre presque tous les arbres de la parcelle est drastique mais justifié, en particulier par l'emprise du chantier et de la future construction, et admissible. Il expose néanmoins que la constructrice n'est pas opposée à une réflexion sur ce point en vue du maintien de certains arbres au sud de la parcelle, pour autant qu'ils soient dans un bon état de conservation et sains, qu'ils ne constituent pas un obstacle pour le chantier et que leurs racines n'aient pas trop pénétré le mur de soutènement situé au sud, ni son couronnement. En d'autres termes, l'abattage des arbres a été autorisé car il se justifie mais la constructrice pourrait maintenir certains d'entre eux si cela est techniquement et biologiquement possible.
Me Perroud relève que cette problématique avait déjà été abordée dans le cadre de la procédure précédente (AC.2014.0244 et AC.2014.0256), ce qui ressort du procès-verbal d'inspection locale de l'époque.
[...]
En tout état de cause, Me Perroud considère que l'abattage de l'ensemble des arbres situés au sud de la parcelle conduirait inévitablement à l'effondrement du mur de soutènement existant. D'ailleurs, ce constat ressortirait clairement du rapport du bureau A. 2********.
Mme I._ conteste cette lecture du rapport. Elle confirme que le mur sera maintenu, ce qui pourrait toutefois éventuellement impliquer la réfection ou la consolidation de certaines parties de celui-ci si nécessaire, mais pas sa démolition. Or, de tels travaux de réfection ou de consolidation ne sont pas envisageables en présence de la végétation actuellement existante au sud de la parcelle. Elle rappelle les nombreuses mesures de compensation mentionnées dans le rapport.
La cour et les parties regagnent l'avenue de Jolimont qu'elles parcourent en direction du Collège de Béthusy. M. H._ relève que le bâtiment sis au no 8 de l'avenue Jolimont est un immeuble locatif moderne qui ne s'intègre pas du tout dans le tissu bâti, de même que d'autres constructions plus à l'est. Il fait également remarquer que le bâtiment projeté ne serait pas ou que très peu visible depuis l'avenue Jolimont, dès lors qu'il sera situé au sud et plus bas que la maison d'habitation existante sur la parcelle no 3048.
Arrivés à l'angle sud-est de la parcelle no 3051, les parties et la cour observent la parcelle no 3048.
M. H._ relève que l'on peut constater que la hauteur de la future construction correspondra à celle des bâtiments qui bordent la rue du Bugnon. En revanche, le faîte et l'acrotère du projet seront situés plus bas que le faîte du bâtiment existant (ECA no 8343).
Les représentants de la constructrice font valoir à cet égard que la fondation a déjà renoncé à un étage supplémentaire, soit environ 70 m2 de surface habitable, par rapport aux possibilités réglementaires, afin de réduire le volume et l'impact du projet. Elle estime qu'il s'agit d'un sacrifice conséquent.
Me Perroud indique que la prétendue intégration du projet a été critiquée de manière détaillée par le SIPAL.
Me Pache conteste ce point. Il souligne qu'il y a de nombreuses constructions dans les environs dont certaines ne s'intègrent pas du tout dans le tissu bâti. La fondation a par ailleurs accordé un soin particulier à l'intégration du projet. Quoi qu'il en soit, l'appréciation de l'autorité intimée à cet égard n'est pas arbitraire et ne peut par conséquent être sanctionnée.
La cour et les parties se rendent à proximité de la limite de propriété séparant les parcelles nos 3048 et 3074. Il est constaté que le treillis situé sur la parcelle de la constructrice le long de cette limite s'est affaissé en raison de la végétation.
Le mur de soutènement sis au sud de la parcelle est observé. M. H._ confirme qu'il sera maintenu même s'il devra être assaini, en particulier son couronnement. Un assainissement imposerait en revanche de couper la végétation et les arbres qui s'y trouvent. Ce mur constitue une sorte de "bastion" qui entoure la parcelle et il est indispensable au maintien du terrain.
Me Perroud conteste ce point et réaffirme que l'abattage des arbres entraînera immanquablement l'effondrement du mur de soutènement. Cela aurait d'ailleurs été constaté dans le cadre de la précédente procédure.
M. G._ rappelle que la présence de ce mur en pierre est indispensable au biotope, notamment en raison de ses barbacanes. Il constitue un abri pour de nombreux lézards dont se nourrissent les coronelles.
M. H._ précise que la limite de propriété au sud a été légèrement déplacée et qu'elle ne coïncide pas avec le mur en question.
En raison de la pluie, la cour et les parties se déplacent sous l'avant-toit du collège de Béthusy.
A la demande de Me Perroud, M. G._ expose que l'importance du biotope provient notamment du fait qu'il contient des vieux arbres fruitiers haute-tige qui sont des refuges particulièrement utiles et recherchés par la petite faune et les insectes. Il est d'autant plus important que de tels espaces sont rares dans la ville. Il rappelle que certaines espèces très rares et menacées sont actuellement présentes sur la parcelle no 3048 et que le projet met en péril leur survie. M. G._ ajoute que le biotope actuel est irremplaçable et que certaines mesures de compensation s'avèrent artificielles. C'est par exemple le cas des nichoirs ou de la toiture végétalisée qui ne sera pas accessible à toute la faune actuelle, en particulier les serpents. A la demande du président, il confirme que s'il y a de nombreux espaces verts dans le quartier, ceux-ci n'ont toutefois pas la même valeur écologique et biologique. Il s'agit principalement de gazons intensifs qui ne présentent pas du tout les mêmes qualités que le biotope litigieux. Ces espaces verts permettent certes le passage de la petite faune mais ne lui offrent pas d'espace de vie.
A la demande de l'assesseure Uehlinger, I._ expose que les arbres de compensation seront quatre arbres majeurs et deux pommiers qui ne sont en revanche pas considérés comme des arbres majeurs.
A la demande du président, J._ précise que le SPADOM n'a pas rendu de préavis mais a requis que le permis soit assorti de charges. En l'occurrence, il s'agit de l'obligation faite à la constructrice d'impliquer le SPADOM dans le choix du type d'arbre de compensation. Il devra s'agir d'arbres indigènes de seconde grandeur qui présentent une valeur biologique intéressante.
Me Perroud rappelle qu'il ressort du procès-verbal d'inspection locale diligentée dans le cadre de la précédente procédure, qu'il y aura une perte irrémédiable des qualités biologiques du biotope en cas de réalisation du projet.
Le président relève que la représentante de la DGE avait alors indiqué qu'il y aurait certes une perte du point de vue biologique mais que cette perte ne saurait être qualifiée de totale étant donné qu'il y a de grands parcs à proximité, ainsi que des corridors biologiques avec les cours d'eau de la Vuachère et du Flon et que des mesures de compensation ont été proposées.
M. G._ précise que si d'autres espaces verts, tels que la Vuachère, sont situés à proximité, il n'en demeure pas moins que la suppression du biotope litigieux affaiblira l'ensemble du point de vue biologique.
Me Sulliger tient à rappeler que s'il y a un intérêt public à la préservation des aspects biologiques, l'intérêt public à la réalisation du projet doit également être pris en considération. Or, la constructrice est une fondation qui soutient des personnes en difficultés. Le représentant de la fondation expose qu'elle a été créée il y vingt ou trente ans et qu'elle distribue des subsides pour un montant de l'ordre de 70'000 fr. à 100'000 fr. par année. Il s'agit d'une sorte d'aide sociale privée. La réalisation du projet lui permettra d'augmenter ses contributions à environ 300'000 fr. par année. Il ajoute que le projet a démarré il y a environ 7 ans, que les démarches ont déjà coûté 250'000 fr. et qu'elle a renoncé à un étage supplémentaire qui lui aurait garanti des revenus additionnels.
Me Perroud ajoute que le plan général d'affectation de Lausanne est en cours de révision, ce qui pourrait avoir une influence sur la parcelle de la constructrice.
Mme K._ confirme que si la révision du plan général d'affectation est bien en cours, le statut de la parcelle no 3048 ne sera a priori pas modifié. Au demeurant, elle rappelle que le permis a été délivré sur la base de la planification en vigueur et que la DGE, qui est l'autorité compétente en matière de biotope, a préavisé favorablement le projet.
Me Perroud objecte que lors de la précédente inspection locale, la municipalité avait indiqué que l'existence de ce biotope lui avait échappée, ce qui implique que la question de mesures de protection se posera inévitablement. La question est débattue entre les parties.
A la demande du président, Mme K._ précise qu'il existe toujours une pénurie de logements à Lausanne, en particulier à proximité du CHUV.
Me Pache verse au dossier un exemplaire du préavis d'architecture établi en décembre 2018 par le service d'architecture de la Ville de Lausanne. Le président informe les parties que ce document leur sera communiqué avec le procès-verbal d'inspection locale.
Me Perroud expose que le préavis de la déléguée à la protection du patrimoine du 6 décembre 2018 versé au dossier semble incomplet et aurait, selon une source anonyme, été largement amputé par rapport à sa version initiale. Il requiert le tribunal d'ordonner la production du préavis intégral.
Mme K._ expose qu'il arrive fréquemment que plusieurs versions successives d'un document précèdent la version définitive. Seule cette dernière est communiquée aux parties concernées et constitue un document officiel. Les versions de travail sont en revanche des documents internes à l'administration. Elle considère ainsi qu'il n'est pas possible de faire droit à la requête de Me Perroud puisque s'il y a eu des versions de travail du préavis, le document finalement transmis est la version définitive et officielle, soit la seule à laquelle les parties et les tiers peuvent avoir accès. Me Pache s'oppose également à la production des versions antérieures du préavis.
Me Perroud réitère sa requête tendant à la production de la version intégrale de ce document.
Le président indique qu'un délai sera imparti à l'autorité intimée pour produire une confirmation écrite de la déléguée à la protection du patrimoine attestant que le document en mains des recourants correspond à la seule version officielle et définitive de son préavis [...]."
K. En date du 21 octobre 2019, la déléguée s'est adressée au juge instructeur dans les termes suivants:
"Dans le cadre du dossier cité en marge, faisant suite à votre réquisition en audience d'inspection locale du 9 octobre 2019, j'atteste par la présente que mon préavis du 6 décembre 2018 figurant au dossier municipal de la cause est bel et bien le mien, établi dans le cadre de la procédure de permis de construire, après l'enquête publique, et qu'il est rédigé dans sa forme complète et définitive."
Les parties ont eu la possibilité de se déterminer sur le procès-verbal de l’audience. Dans ce cadre, les recourantes ont le 12 novembre 2019 par l'entremise de leur conseil soutenu que le préavis du 6 décembre 2018 avait été "coupé" avant signature de la déléguée et sans que celle-ci ne s'en rende compte. Elles requéraient à nouveau que la déléguée soit invitée à produire le préavis établi dans sa version avant que celui-ci ne soit amputé.
Par lettre du 14 novembre 2019, le conseil de la municipalité a confirmé qu'il n'existait qu'un seul document officiel, à savoir celui figurant au dossier.
Par avis du 15 novembre 2019, le juge instructeur a informé les parties qu'il estimait qu'il n'y avait pas lieu de réclamer de pièces complémentaires ou de procéder à d'autres mesures d'instruction s'agissant du préavis du 6 décembre 2018 et que la cause paraissait en état d'être jugée.
Par lettre du 3 janvier 2020, les recourantes ont requis l'audition du Chef du service de l'urbanisme de la commune qui aurait retranché une partie du texte du préavis du 6 décembre 2018.
L. Les arguments de parties seront repris ci-dessous dans la mesure utile.

Considérant en droit:
1. Déposé dans le délai de 30 jours fixé par l'art. 95 de la loi vaudoise du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative (LPA-VD; BLV 173.36), le recours est intervenu en temps utile et respecte au surplus les conditions formelles énoncées à l'art. 79 LPA-VD, applicables par renvoi de l'art. 99 LPA-VD.
2. En estimant que le préavis de la déléguée du 6 décembre 2018 versé au dossier semblait incomplet et en affirmant que, selon une source anonyme, ce document aurait été largement amputé par rapport à sa version initiale, les recourantes ont requis à plusieurs reprises que le tribunal ordonne la production du préavis intégral.
On rappelle que, selon l'art. 28 LPA-VD, l'autorité établit les faits d'office (al. 1). Elle n'est toutefois pas liée par les offres de preuves formulées par les parties (al. 2). Elle doit examiner les allégués de fait et de droit et administrer les preuves requises, si ces moyens n'apparaissent pas d'emblée dénués de pertinence (art. 34 al. 3 LPA-VD). Le droit d'être entendu découlant des art. 29 al. 2 Cst. et 27 al. 2 Cst./VD comprend notamment le droit pour l'intéressé de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou, à tout le moins, de s'exprimer sur son résultat lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre. Le droit d'être entendu n'empêche toutefois pas l'autorité de mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient pas l'amener à modifier son opinion (ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 p. 299; 140 I 68 consid. 9.6.1 p. 76; 131 I 153 consid. 3 p. 157; 130 II 425 consid. 2.1 p. 429; 124 I 241 consid. 2 p. 242, et les arrêts cités).
En l'espèce, il est vrai que le préavis litigieux est relativement succinct. A sa lecture, on ne saurait toutefois affirmer, comme le font les recourantes, qu'il serait incomplet ou qu'il aurait été tronqué. L'autorité intimée, par l'entremise de son conseil, a confirmé à plusieurs reprises qu'il n'y avait pas d'autres préavis dans le dossier de la commune et qu'il s'agissait d'un document complet et officiel (lettres des 16 juillet 2019 et 14 novembre 2019). A l'occasion de l'inspection locale, la représentante de la commune a également confirmé que le document figurant au dossier était la version définitive et officielle du préavis litigieux. Enfin et surtout, la déléguée a elle-même attesté par écrit dans sa lettre du 21 octobre 2019 que le préavis figurant au dossier était bien le sien dans sa forme complète et définitive. Ainsi, aucun élément ne permet de retenir qu'un document incomplet, tronqué ou falsifié aurait été produit et qu'il existerait une version plus complète de cette pièce. Le tribunal ne saurait en tout cas se fonder sur les déclarations d'une source anonyme dont on ne sait rien pour poursuivre l'instruction sur ce point. Il n'y a dès lors pas matière à faire droit à la requête des recourantes en ce sens. Dès lors, par appréciation anticipée des preuves, le Tribunal s’estime en mesure de statuer en connaissance de cause, en se dispensant de donner suite aux réquisitions d’instruction formulées par les recourantes, ceci d’autant moins au vu du sort réservé au recours, comme on le verra plus loin.
3. Les recourantes font valoir que la destruction du biotope abrité par la parcelle est contraire à la protection des biotopes consacrée par le droit fédéral et cantonal.
a) aa) L’art. 18 de la loi fédérale du 1er juillet 1966 sur la protection de la nature (LPN; RS 451) prévoit notamment ce qui suit:
"1La disparition d’espèces animales et végétales indigènes doit être prévenue par le maintien d’un espace vital suffisamment étendu (biotopes), ainsi que par d’autres mesures appropriées. Lors de l’application de ces mesures, il sera tenu compte des intérêts dignes de protection de l’agriculture et de la sylviculture.
1bis Il y a lieu de protéger tout particulièrement les rives, les roselières et les marais, les associations végétales forestières rares, les haies, les bosquets, les pelouses sèches et autres milieux qui jouent un rôle dans l’équilibre naturel ou présentent des conditions particulièrement favorables pour les biocénoses.
1ter Si, tous intérêts pris en compte, il est impossible d’éviter des atteintes d’ordre technique aux biotopes dignes de protection, l’auteur de l’atteinte doit veiller à prendre des mesures particulières pour en assurer la meilleure protection possible, la reconstitution ou, à défaut, le remplacement adéquat.
[...]"
Le droit fédéral ne définit pas précisément la notion de biotope. Il ressort de la jurisprudence du Tribunal fédéral que les exigences de l’art. 18 LPN ne s’appliquent pas à tout milieu biotique offrant à un peuplement animal et végétal bien déterminé des conditions d’habitat relativement stables; le concept de biotope auquel se réfère la législation fédérale en la matière se rapporte à "un espace vital suffisamment étendu" (cf. ATF 121 II 161 consid. 2a/bb; 116 Ib 203 consid. 4b). L’art. 18 al. 1ter LPN prévoit par ailleurs que seules les atteintes aux "biotopes dignes de protection" doivent en principe être évitées (Tribunal administratif, arrêt AC.2005.0260 du 18 décembre 2006 consid. 5b). Selon le Tribunal fédéral, les cantons disposent d’une importante marge d’appréciation pour déterminer quels sont les "espaces vitaux suffisamment étendus" dignes de protection, car le droit fédéral n’implique pas – comme il le fait pour les forêts – la protection de l’ensemble des biotopes (ATF 121 II 161 consid. 2a/bb; 118 Ib 485 consid. 3a; 116 Ib 203 consid. 4b et 5g).
Selon l'art. 14 al. 3 de l'ordonnance fédérale du 16 janvier 1991 sur la protection de la nature (OPN; RS 451.1), les biotopes sont désignés comme étant dignes de protection sur la base:
"a. de la liste des milieux naturels dignes de protection figurant à l’annexe 1, caractérisés notamment par des espèces indicatrices;
b. des espèces de la flore et de la faune protégées en vertu de l’art. 20;
c. des poissons et écrevisses menacés, conformément à la législation sur la pêche;
d. des espèces végétales et animales rares et menacées, énumérées dans les Listes rouges publiées ou reconnues par l’OFEV;
e. d’autres critères, tels que les exigences des espèces migratrices ou la connexion des sites fréquentés par les espèces."
La LPN distingue les biotopes d’importance nationale (art. 18a LPN) et les biotopes d’importance régionale et locale (art. 18b LPN). Le Conseil fédéral désigne les biotopes d’importance nationale après avoir pris l’avis des cantons (art. 18a al. 1 LPN). Selon l’art. 18a al. 2 LPN, les cantons règlent la protection et l’entretien de ces biotopes. Ils prennent à temps les mesures appropriées et veillent à leur exécution. L'art. 18b al. 1 LPN charge les cantons de veiller également à la protection et à l’entretien des biotopes d’importance régionale et locale. La jurisprudence fédérale précise que les cantons sont tenus d'assurer leur devoir de protection des biotopes d'importance locale et régionale au sens de l'art. 18b LPN et qu'il leur incombe à cet effet de réglementer la procédure de désignation des biotopes pour assurer la mise en œuvre du mandat impératif qui leur est assigné (ATF 116 Ib 203 consid. 5e). Aux termes de l'art. 14 al. 5 OPN, les cantons doivent prévoir à cet effet une procédure de constatation appropriée pour prévenir toute détérioration de biotopes dignes de protection. L'art. 14 al. 6 OPN précise qu'une atteinte d’ordre technique qui peut entraîner la détérioration de biotopes dignes de protection ne peut être autorisée que si elle s’impose à l’endroit prévu et qu’elle correspond à un intérêt prépondérant. Pour l'évaluation du biotope lors de la pesée des intérêts, outre le fait qu'il soit digne de protection selon l'al. 3, les caractéristiques suivantes sont notamment déterminantes: son importance pour les espèces végétales et animales protégées, menacées et rares (a); son rôle dans l'équilibre naturel (b) son importance pour la connexion des biotopes entre eux (c) et sa particularité ou son caractère typique (d). Selon l'art. 14 al. 7 OPN, l’auteur ou le responsable d’une atteinte à un biotope digne de protection doit être tenu de prendre des mesures optimales pour assurer la protection, la reconstitution ou, à défaut, le remplacement adéquat du biotope. L’art. 14 al. 1 OPN précise que la protection des biotopes doit assurer, notamment de concert avec la compensation écologique (art. 15) et les dispositions relatives à la protection des espèces (art. 20), la survie de la flore et de la faune sauvage indigènes.
Les restrictions au droit de propriété que nécessitent les mesures de protection des biotopes doivent être justifiées par un intérêt public important et respecter le principe de proportionnalité. Selon la jurisprudence, plus les espèces en question sont rares, plus les mesures à prendre quant à la protection des espèces dont la survie est menacée doivent être sévères (voir ATF 118 Ib 485, 114 Ib 272 consid. 4a). Lorsqu’il s’agit de protéger des biotopes à l’intérieur de zones à bâtir, il convient de prendre également en considération les intérêts à une utilisation à des fins de construction conforme au plan de zone en vigueur (ATF 116 Ib 203 consid. 5g), de même que l’intérêt à la sécurité du droit (arrêt du TF 1A.113/2005 du 17 janvier 2006 consid. 1.2).
bb) Dans le canton de Vaud, l'art. 4a de la loi vaudoise du 10 décembre 1969 sur la protection de la nature, des monuments et des sites (LPNMS; BLV 450.11) relatif à la protection des biotopes dispose que toute construction ou installation portant atteinte à un biotope doit faire l'objet d'une autorisation spéciale du Département de la sécurité et de l'environnement (al. 2), cette autorisation pouvant être déléguée aux communes selon les circonstances (al. 3).
S'agissant de la faune, l'art. 21 al. 1 de la loi cantonale du 28 février 1989 sur la faune (LFaune; BLV 922.03) prévoit que le Conseil d'Etat prend toutes mesures pour maintenir les biotopes propres aux diverses espèces indigènes, notamment par la conservation d'un nombre suffisant de haies vives, boqueteaux, buissons, rideaux de verdure, clairières, zones marécageuses et roselières. Selon l'art. 22 LFaune, toute atteinte à un milieu qui risque de porter préjudice à la faune locale doit faire l'objet d’une autorisation du service qui fixe dans chaque cas les mesures conservatoires à prendre. Ces principes posés aux art. 4a LPNMS et 22 LFaune en font des dispositions cantonales qui assurent la mise en œuvre de la protection des biotopes au sens des art. 18 al. 1bis et 18b LPN. Elles constituent ainsi des dispositions d’exécution des art. 18 ss LPN et 14 OPN (Tribunal administratif, arrêt AC.1999.0027 du 30 septembre 2005).
Le Canton de Vaud n'a pas réglementé la procédure de désignation des biotopes, comme le lui commande l’art. 14 al. 5 OPN (cf. arrêts AC.2018.0390 du 3 juin 2019 consid. 6b; AC.2016.0219 du 19 janvier 2019 consid. 5a/bb; AC.2005.0260 du 18 décembre 2006 consid. 5b). Si les cantons ne satisfont pas à cette exigence, cela ne signifie pas que la protection voulue par le législateur fédéral ne s'applique pas. Les autorités sont simplement privées de l'instrument de coordination permettant de prévenir les éventuelles atteintes à des biotopes qui n'ont pas été répertoriés ni identifiés comme étant dignes de protection et soumis à la protection du droit fédéral. Dès lors, nonobstant le fait que les cantons n’ont pas délimité de manière anticipée des zones à considérer comme biotopes d’importance régionale ou locale, c’est lors de la procédure de planification ou encore au stade de la procédure d'autorisation de construire que leur existence et leur emplacement doivent être déterminés au moyen d’une pesée des intérêts en jeu (ATF 121 II 161 consid. 2b/bb, 118 Ib 485 et les références citées). Lorsque la réalisation d’une construction ou d’une installation pourrait porter atteinte à un biotope protégé, la pesée des intérêts prévue à l’art. 18 al. 1ter LPN peut ainsi s’effectuer dans le cadre de la procédure d’autorisation ordinaire (ATF 121 II 161 consid. 2b/bb et les références citées).
cc) En bref, la protection des biotopes n'est pas de caractère absolu: ils sont soumis à une pesée des intérêts qu'ils n'emportent pas aveuglément (K. Sidi-Ali, La protection des biotopes en droit suisse, thèse 2008, ch. 3.1.4.2 p. 119 et la référence citée; AC.2012.0248 du 18 novembre 2013 consid. 2b). Un projet immobilier doit idéalement être réalisé de manière à ne pas porter atteinte au biotope (cf. art. 18 al. 1 bis et ter LPN précités). Si ce n'est pas possible, l’auteur de l’atteinte doit veiller à prendre des mesures particulières pour en assurer la meilleure protection possible, la reconstitution ou, à défaut, le remplacement adéquat (cf. 18 al. 1ter LPN et 14 al. 7 OPN).
Le système de l’art. 18 LPN implique de raisonner en trois étapes, de la manière suivante (cf. K. Sidi-Ali, op. cit., p. 91-92 et les références citées). Le biotope est-il digne de protection en tant que tel ? Ceci implique de vérifier si l’on se trouve en présence d’un des milieux mentionnés à l’art. 18 al. 1bis LPN (en tenant compte du fait qu’il s’agit d’une liste non exhaustive, cf. K. Sidi Ali, op. cit., p. 13 et 91). A cet égard, il convient en outre de tenir compte des indications figurant aux art. 14 al. 3 et 6 OPN. Dans l’affirmative, une pesée générale de tous les intérêts doit être effectuée sur la base de laquelle il doit être décidé si l’atteinte se justifie (cf. art. 18 al. 1ter LPN). Si tel est le cas, dès lors que l’atteinte est inévitable, l’auteur doit assurer la meilleure protection possible, la reconstruction ou le remplacement adéquat (art. 18 al. 1ter i.f. LPN).
b) aa) Dans le cas d’espèce, la question de savoir si les milieux naturels répertoriés sur la parcelle no 3048 constituent un biotope n'est plus contestée depuis les mesures d'instruction effectuées dans le cadre du recours déposé en juillet 2014. Ce point est confirmé dans la synthèse CAMAC du 3 juillet 2018, où la DGE rappelle qu'on est en présence d'un biotope au sens des articles 18 ss LPN et de la législation cantonale d'exécution de ces dispositions. Dans la synthèse relative au projet de 2013, la DGE soulignait que la parcelle no 3048 recèle de nombreuses haies en grande partie constituées d'essences indigènes variées, des murs présentant des barbacanes favorables aux reptiles et insectes, des arbres fruitiers à haute tige présentant des cavités favorables aux oiseaux nicheurs, une strate herbacée gérée de manière extensive, tout en ajoutant que cette mosaïque de milieux est très favorable à l'avifaune et à la petite faune en général (habitat et nourrissage) et représente un élément important du réseau écologique urbain. On se trouve en présence d'un biotope d'importance régionale et locale au sens de l'article 18b LPN. A cet égard, le fait qu’il n’a pas fait l’objet d’une décision de classement en application de l’art. 20 LPNMS ou d’une inscription à l’inventaire en application des art. 12 ss LPNMS n’apparaît pas décisif.
4. a) Le projet litigieux va entraîner la destruction de la plus grande partie de ce biotope. Il y a lieu dès lors d’effectuer une pesée générale de tous les intérêts afin de déterminer si cette atteinte est admissible. Lorsque les intérêts du constructeur sont en conflit avec la protection de l'environnement, il faut procéder à une pesée globale des intérêts et s'abstenir de donner une priorité à un intérêt spécifique, afin de déterminer si cette atteinte est admissible. En l'occurrence, il s'agit de protéger un biotope à l'intérieur d'une zone à bâtir. Par conséquent, il convient de prendre en considération les intérêts du propriétaire à une utilisation de la parcelle conforme au PGA en vigueur.
La parcelle qui abrite le biotope est située en zone à bâtir mixte de forte densité, régie par les art. 104 ss du RPGA. Cette zone est affectée à l’habitation, au commerce, aux bureaux, à l’artisanat, aux constructions et installations publiques, ainsi qu’aux équipements destinés à l’enseignement, à la santé, à la culture, au sport, aux loisirs, au tourisme et au délassement (art. 104 RPGA). La longueur des bâtiments y est limitée à 36 m (art. 107 RPGA) et la hauteur à 14 m 50 (art. 108 RPGA). Le projet n'exploite ainsi pas tous les droits à bâtir conféré par le PGA.
b) aa) Les recourantes remettent en cause la validité du PGA approuvé par l'autorité cantonale en 2006, compte tenu du plan directeur communal (PDCom) de la Ville de Lausanne, actuellement en révision, dans lequel figure notamment des objectifs stratégiques comme la nécessité de renforcer la présence de la nature au cœur de la ville par la promotion des jardins ou la valorisation des surfaces privées et le renforcement de la biodiversité en milieu urbain, ainsi que du projet d'agglomération Lausanne-Morges (PALM) qui a notamment comme enjeu de garantir la conservation et l'intégration adéquate des intérêts de la nature et du paysage dans le développement de l'agglomération, et de renforcer le nombre de biotopes relais.
D'après la jurisprudence constante du Tribunal fédéral, les plans d'affectation sont traités du point de vue procédural comme des décisions: ils ne peuvent être attaqués que lors de leur adoption et à défaut, ils entrent en force et ne peuvent plus être réexaminés à titre préjudiciel dans le cadre de la procédure de permis de construire. Selon la jurisprudence, le contrôle incident ou préjudiciel d'un plan d'affectation dans le cadre d'une procédure relative à un acte d'application est ainsi en principe exclu. Un tel contrôle est néanmoins admis, à titre exceptionnel, lorsque les conditions d'un réexamen des plans au sens notamment de l'art. 21 al. 2 LAT sont réunies (cf. ATF 121 II 317 consid. 12c). La disposition cantonale correspondante est, depuis le 1er septembre 2018, l'art. 27 de la loi du 4 décembre 1985 sur l'aménagement du territoire et les constructions (LATC; BLV 700.11) et, auparavant, l'art. 63 aLATC (arrêt AC.2017.0200 du 4 septembre 2018 consid. 5c et les références citées).
Aux termes de l'art. 21 al. 2 LAT, lorsque les circonstances se sont sensiblement modifiées, les plans d'affectation feront l'objet des adaptations nécessaires; une modification sensible des circonstances au sens de l'art. 21 al. 2 LAT peut être purement factuelle, mais également d'ordre juridique, comme une modification législative (cf. ATF 144 II 41 consid. 5.1 et les références citées; 127 I 103 consid. 6b; TF 1C_308/2017 du 4 juillet 2018 consid. 3.1). Cette disposition tend à assurer à la planification une certaine stabilité, sans laquelle les plans d'aménagement ne peuvent remplir leur fonction (ATF 144 II 41 consid. 5. 1 p. 45; 128 I 190 consid. 4.2 p. 198 et les arrêts cités; TF 1C_387/2016 du 1er mai 2017 consid. 4.2).
Les plans d'affectation sont prévus pour un horizon temporel déterminé (15 ans pour les zones à bâtir, art. 15 al. 1 LAT) à l'échéance duquel ils sont par principe soumis à réexamen, ceci même en l'absence de changement des circonstances (TF 1C_543/2016 du 13 février 2017 consid. 2.2 et les réf. citées). Plus une révision du plan s'approche de cette échéance, moins l'on peut en conséquence compter sur la stabilité du plan. Cela vaut d'autant plus lorsque l'horizon de planification est dépassé depuis longtemps et que les circonstances se sont sensiblement modifiées. Dans ces circonstances, un contrôle préjudiciel du plan se justifie dans le cadre de la procédure de permis de construire (TF 1C_62/2018 précité consid. 5.4).
bb) Contrairement à ce que soutiennent les recourantes, le PGA ne saurait être considérée comme obsolète, même si sa révision est en cours. Approuvé en 2006, il n'a pas atteint l'horizon temporel déterminé prévu pour les plans d'affectation (15 ans pour les zones à bâtir, art. 15 al. 1 LAT) à l'échéance duquel ils sont par principe soumis à réexamen. Il y a lieu de prendre en considération le fait que le PGA confirme le caractère constructible du secteur, il n’apparaît pas admissible d’opposer aux propriétaires, dans le cadre d’une procédure de permis de construire, l’existence d’un biotope qui rendrait leurs parcelles inconstructibles au sens de la zone dans laquelle ils s'inscrivent. Cet aspect lié à la sécurité du droit est déterminant.
cc) En l'espèce, la parcelle ne présente aucune particularité, sous réserve de la présence d'un biotope. Elle est équipée et localisée en plein centre de la ville entourée de parcelles d'ores et déjà bâties. Comme mentionné plus haut, elle est incluse dans un périmètre destiné à être densifié. Elle est enfin largement desservie par les transports en commun. On ne se trouve pas en présence d'un cumul rare d'éléments juridiques et factuels susceptible de justifier une modification de la planification communale à cet endroit. Les conditions de l'art. 21 LAT n'étant pas remplies, il n'y a pas lieu de remettre en cause le plan d'affectation communal à l'occasion de la procédure de permis de construire litigieuse.
dd) S'agissant du PDCom, il n'a pas été adopté et, a fortiori, n'a fait l'objet d'aucune concrétisation par un plan d'affection, qui lui conférerait une portée obligatoire à l'égard des particuliers et des autorités (cf. art. 21 al. 1 LAT). Ce projet ne saurait donc l'emporter sur le PGA actuellement en vigueur lequel affecte la parcelle no 3048 en zone urbaine ou constituer une modification des circonstances au sens de la jurisprudence rappelée ci-dessus. On relèvera que selon le site Internet de la ville la mise à l'enquête publique d'un nouveau PGA appelé à succéder au PGA de 2006 est prévue pour 2021 seulement. On relèvera qu'à l'occasion de l'inspection locale, la représentante de la commune a indiqué que le statut de la parcelle no 3048 ne serait a priori pas modifié. Par ailleurs, on ajoutera enfin qu'une éventuelle non-conformité du projet au PDCom (ou a fortiori au projet de nouveau PDCom) ne saurait justifier une annulation du permis de construire pour ce motif. Selon la jurisprudence, un projet de construction conforme au droit ne saurait en effet être refusé au seul motif qu'il contreviendrait à un plan directeur communal liant l'autorité (cf. TF 1C_257/2013 du 13 janvier 2014 consid. 5.3 et l'arrêt cité).
Au demeurant, on relève que si le projet de PDCom identifie six sites majeurs de mutation urbaine (cf. projet PDCom, carte de synthèse), la parcelle est englobée par le site CHUV. De par leur envergure, ces sites constituent d’importantes opportunités de développement pour Lausanne, notamment en termes de logements: ces sites contribuent de façon prépondérante à la production de nouveaux logements répondant à la pénurie de logements. Si la sauvegarde des espaces verts et de la biodiversité lausannoise constitue un enjeu majeur du PDCom, le projet de PDcom n'identifie pas la parcelle litigieuse comme étant à préserver et n'y exclut pas une densification. On comprend bien au niveau de la commune une réflexion qui doit avoir lieu à une échelle plus globale et que l'obligation (au sens large) de sauvegarde des espaces verts et de la biodiversité n'emporte pas une obligation de préserver le biotope sur la parcelle litigieuse précisément.
Il n'en va pas différemment s'agissant du PALM de 2016 qui est un élément d'une politique générale d'aménagement du territoire sur la totalité du territoire de l'agglomération et qui définit les grandes lignes de l’organisation urbaine, paysagère et des transports de l’agglomération, que le PDCom ne fait finalement que compléter et mettre en cohérence à l’échelle communale. Pour maintenir ou parvenir aux objectifs prévus par ces instruments, il appartient aux autorités communales, après cas échéant concertation avec les communes voisines, d'adopter la meilleure solution possible en fonction des circonstances locales et régionales. Il s'agit de choix essentiellement politiques, dépendant du développement territorial souhaité. La commune doit ainsi avoir la faculté de gérer le développement de la ville géographiquement et dans le temps.
c) aa) A la sécurité du droit s'ajoute un intérêt public indéniable à densifier les centres urbains conformément à ce que prescrit désormais la loi sur l'aménagement du territoire. L'art. 1 al. 2 let. abis LAT mentionne désormais le développement de l'urbanisation vers l'intérieur du milieu bâti et le maintien d'un habitat de qualité au titre des buts de l'aménagement du territoire. Une let. abis a également été ajoutée à l'art. 3 al. 3 LAT intitulé "Principes régissant l'aménagement", qui impose d'aménager les territoires réservés à l'habitat et à l'exercice d'activités économiques selon les besoins de la population et de limiter leur étendue, notamment par des "mesures propres à assurer une meilleure utilisation dans les zones à bâtir des friches, des surfaces sous-utilisées ou des possibilités de densification des surfaces de l'habitat". Quant à l'art. 5a al. 3 let. b OAT introduit suite aux modifications de la LAT et intitulé "Prescriptions du plan directeur relatives aux zones à bâtir", il dispose en particulier que dans son plan directeur, le canton donne les mandats permettant de construire et densifier les zones à bâtir existantes ou nouvellement créées de manière efficace et en économisant le sol.
La 4ème adaptation du Plan directeur cantonal, confirme cet objectif (PDCn, 4ème version, Ligne d'action A1, p. 46 ss) et s'attache notamment à combattre le phénomène d'étalement urbain par un développement judicieux des centres, soit des quartiers disposant d'équipements, services et transports publics (cf. TF 1C_630/2015 du 15 septembre 2016 consid. 7.1). La ligne d'action A1 prescrit ainsi de localiser l'urbanisation dans les centres. Le canton, les communes et, le cas échéant, les régions doivent orienter leurs politiques pour offrir un cadre de vie de qualité à environ 940'000 habitants en 2030 et 1'040'000 habitants en 2040 en renforçant le poids démographique dans les centres. Cette ligne d'action prévoit également une priorité pour le développement à l'intérieur du tissu urbanisé, c'est-à-dire le tissu urbain déjà largement bâti (comme c'est le cas en l'espèce) avant la création de nouvelles zones à bâtir. La ligne d'action B1 du PDCn confirme pour sa part que, pour jouer son rôle de moteur économique et assurer à une grande part de la population des services et équipements de proximité, le réseau des centres doit se renforcer en accueillant une partie importante du développement cantonal.
La mesure B11 (Agglomération, centres cantonaux et régionaux) a pour objectif de renforcer le poids démographique des centres. Or, selon la fiche R11, la commune de Lausanne fait partie de l'agglomération Lausanne-Morges. L'urbanisation constitue un enjeu majeur du projet. A l’intérieur du périmètre compact, la stratégie d’urbanisation du projet de territoire du PALM prévoit de concentrer l’urbanisation dans dix sites stratégiques d’agglomération ainsi que dans les centralités principales que sont les villes-centre de Lausanne, Morges, Renens et Pully et dans des centralités secondaires et locales.
Le périmètre compact (équivalent aux périmètres "centre") sert de référence pour l’application des directives du PDCn en matière d’urbanisation. La densification de l’urbanisation est favorisée à l’intérieur du périmètre compact et freinée hors de ce périmètre. La majorité du territoire lausannois est comprise dans le périmètre compact, à l’exception d’une partie des zones foraines. A l’intérieur de ce périmètre, les nouveaux développements sont soumis à des densités minimales (125 habitants et emplois à l’hectare en périmètre compact et 250 habitants et emplois à l’hectare dans les sites stratégiques du PALM).
On rappellera toutefois que selon l'art. 9 al. 1 LAT, le plan directeur n'a de force obligatoire que pour les autorités; il ne produit aucun effet direct contraignant à l'égard des personnes physiques et morales et ne peut avoir pour effet de modifier la réglementation en vigueur (TF 1C_222/2016 du 5 juillet 2017, publié aux ATF 143 II 476 consid 3.7; TF 1C_423/2016 du 3 avril 2017, publié aux ATF 143 II 276 consid. 4).
bb) En l'espèce, et compte tenu de l'emplacement des éléments constituant le biotope, force est de constater que leur maintien rendrait impossible la construction projetée, respectivement limiterait le potentiel constructible de la parcelle en cause de manière significative. En d'autres termes, la conservation de ces sujets porterait atteinte à l'intérêt public à la densification des constructions, qui est particulièrement important dans le centre d'une ville comme Lausanne. Cela est d'autant plus vrai que la parcelle en question se situe dans un secteur de la ville affecté en zone mixte de forte densité, proche notamment des établissements hospitaliers et où sévit une pénurie de logements, comme cela a été confirmé par la représentante de l'autorité intimée à l'occasion de l'inspection locale. On relèvera aussi la concentration d’emplois près du CHUV, premier employeur à Lausanne. La constructrice prévoit des logements de type 1 pièce, 2 pièces et 3,5 pièces, ce qui correspond à une offre intéressante pour d'éventuels employés. La parcelle en question est particulièrement bien desservie par les transports publics (trolleybus et M2). Ainsi et à l'endroit de la parcelle, il existe ainsi un intérêt à la densification évident. La réalisation du projet répond à cet égard à un intérêt public important lié à la densification et à permettre une utilisation rationnelle des terrains à bâtir, ceci particulièrement dans un secteur de la Ville (zone mixte de forte densité) stratégique qui a vocation à accueillir de nouveaux emplois et la création de logements bien situés et accessibles. Cet intérêt public s'est encore renforcé suite aux modifications de la LAT, entrées en vigueur le 1er mai 2014 et qui privilégie un développement de l'urbanisation vers l'intérieur du milieu bâti au titre de but de l'aménagement du territoire.
5. Les recourantes mentionnent que la parcelle no 3048 fait partie du réseau écologique de la commune de Lausanne, d'abord en raison de son appartenance au sous-réseau forestier mais également de son appartenance au sous-réseau lieux secs.
Cela démontre à nouveau un intérêt certain au niveau environnemental. La parcelle ne fait toutefois pas partie des zones stratégiques dudit réseau. Elle n'est pas protégée, n'a pas été inventoriée et ne fait pas l'objet de mesures de protection particulière. L'appartenance de la parcelle à ce réseau n'impose ainsi pas à la commune, dans une zone à bâtir existante, de réduire les possibilités de construire par rapport à ce que prévoient les plans d'affectation. Ce n'est pas une mesure détaillée, dotée d'effets juridiques directs ou concrets, à l'instar d'un plan de classement d'un site. Quoi qu'il en soit, cet argument des recourantes n'est pas propre à faire obstacle à la délivrance d'un permis de construire dans la zone à bâtir, pour un bâtiment conforme à la réglementation de cette zone.
6. a) Comme évoqué, la valeur du biotope présent sur cette parcelle est indéniable. Les éléments considérés par le bureau 2******** Sàrl comme ayant un intérêt biologique coïncident avec ceux relevés par 1******** à savoir: la prairie extensive, les murs en pierre (murs de soutènement l'ouest et au sud de la parcelle, ainsi qu'un mur de soutènement à l'ouest et au sud de la parcelle, ainsi qu'un mur de séparation entre la parcelle no 3048 et celle située au nord no 3049), les arbres fruitiers haute-tige avec vieux bois et cavités, les arbres majeurs, la haie arborée au sud de la parcelle et les haies arbustives. Les auteurs du rapport confirment aussi que les arbres, haies et buissons de même que les murs de pierres sis sur la parcelle présentent un grand intérêt en tant qu'habitat pour la faune notamment les oiseaux et les invertébrés en général. La prairie, bien que ne contenant pas d'espèce rare est toutefois constituée d'une bonne proportion d'espèces fleuries. Elle est donc de grand intérêt pour les insectes et la faune en général, compte tenu du contexte urbain. Ils mentionnent aussi que la végétation des ourlets de type L. Aeogopodion est protégée au sens de l'OPN, tout comme le lézard des murailles et la coronelle lisse mentionnés comme habitant le jardin dans le rapport 1********.
b) Les auteurs du rapport constatent que la construction du nouveau bâtiment aura des conséquences non négligeables sur les éléments naturels de la parcelle no 3048. Ainsi, l'emprise du terrassement et des accès entraine la destruction de la prairie extensive ainsi que la nécessité d'abattre la plus grande partie des arbres présents sur la parcelle dont tous les arbres majeurs. Les haies C, D et E disparaitront en partie à cause de l'emprise du terrassement et la nécessité de refaire ou de consolider les murs de soutènement ouest et sud pour des questions de stabilité, entraînera la destruction de la haie B et certainement de la de haie F (haie arborée du sud de la parcelle). La partie écroulée du grillage végétalisé (haie E) devra également être retirée pour permettre les travaux. Globalement, l'implantation du nouveau bâtiment impliquera une perte importante d'habitat naturel pour la faune et la flore. A l'occasion de l'inspection locale, l'architecte de la constructrice a expliqué que le choix d'abattre presque tous les arbres de la parcelle était drastique mais justifié, en particulier par l'emprise du chantier et de la future construction. Il a indiqué que la constructrice pourrait maintenir certains d'entre eux si cela est techniquement et biologiquement possible.
c) Le rapport 2******** Sàrl propose ensuite des mesures pour préserver les valeurs naturelles autant que possible, et à défaut les reconstituer ou les remplacer. Ce sont les onze mesures préconisées et rendues obligatoires par l'autorisation spéciale délivrée par la DGE-BIODIV.
S'agissant des reptiles le projet prévoit un inventaire des populations de reptiles présents sur le site et le déplacement des individus trouvés dans un biotope favorable choisi à proximité. Il est prévu également de rétablir une végétation de prairie sur le site et d'ensemencer le pourtour du bâtiment à l'exception des jardins privatifs avec un mélange grainier indigène diversifié. Afin de compenser la perte des arbres majeurs et fruitiers due au projet, quatre arbres majeurs sont prévus autour du nouveau bâtiment et deux arbres fruitiers haute-tige de variétés indigènes résistantes aux pathogènes seront également plantés sur la place de jeux. Afin de recréer des structures buissonnantes d'intérêt pour la faune, des haies d'espèces indigènes et en station seront plantées au sud de la parcelle, entre les deux bâtiments, à l'est contre la haie du collège de Béthusy et entre les jardins privatifs (largeur minimale de 80 cm). Des buissons isolés seront également plantés pour marquer la séparation entre les jardins privatifs et la prairie extensive. La haie de laurier cerise située à l'est, le long du bâtiment existant, sera remplacée par une haie d'espèces indigènes large d'au moins 1 m. Afin d'offrir des habitats favorables aux reptiles, le projet prévoit trois tas de pierres qui seront installés en bordure de la haie sud. Ces tas seront composés de 80% de pierres d'un diamètre compris entre 20 et 40 cm, les 20% restant pouvant être plus petites et plus grandes. Les pierres seront empilées aléatoirement en ménageant des interstices suffisants à la base du tas pour permettre le passage de la petite faune. Afin de compenser la perte d'habitat pour les espèces d'oiseaux liées aux vieux arbres, au moins deux nichoirs en faveur des espèces cavernicoles seront installés sur les nouveaux arbres ou à proximité. En lieu et place du deuxième niveau d'attique prévu à l'origine, le projet prévoit la mise en place d'une toiture végétalisée sur le toit de nouveau bâtiment. Cet aménagement permet de répondre au souci exprimé dans l'étude du bureau 3******** de privilégier des mesures pouvant ponctuellement offrir des surfaces et espaces relais pour les espèces propres aux milieux concernés. La structuration végétale et minérale d'une telle toiture permettant à la faune et à la flore des milieux secs de s'installer. Elle permet également de relativiser la perte de surface de la praire et l'imperméabilisation d'une partie de la parcelle engendrés par la construction. A cet égard, on peut relever que la Ville de Lausanne encourage la végétalisation des toitures, dès lors que celle-ci présente des avantages certains en termes de rafraîchissement urbain (atténuation de la surchauffe des villes induite par le rayonnement des bâtiments et des surfaces goudronnées), de compensation écologique, de biodiversité, d'épuration, d'esthétique et de paysage (https://www.lausanne.ch/vie-pratique/nature/la-nature-et-vous/bonnes-pratiques-conseils-nature/toitures-vegetalisees/pourquoi-vegetaliser-son-toit.html). Afin de maintenir la perméabilité du sol, les places de parc pour les voitures seront installées sur des grilles gazon. Toutes les mesures sont répertoriées dans le tableau récapitulatif (tableau 3, p. 17). Les auteurs du rapport 2******** indiquent expressément que les surfaces restantes devraient préserver, à moyen terme, un intérêt écologique certain offrant habitat et nourriture à la faune, ainsi qu'une flore diversifiée entretenue extensivement.
Il y a ainsi lieu de constater que l'impact sur les éléments biologiques d'intérêts a été pris en compte et doit être relativisé compte tenu des constatations figurant dans l'étude complémentaire 2******** de février 2018 et des mesures de compensation prévues.
d) En l'espèce, la DGE-BIODIV a délivré son autorisation spéciale requise à l’art. 4a al. 2 LPNMS; (cf. synthèse CAMAC du 3 juillet 2018). L'octroi de l'autorisation signifie que l'autorité intimée a procédé à la pesée des intérêts requise par les art. 18b LPN et 14 OPN. Elle a ainsi estimé que la présence de ce biotope ne présentait pas un intérêt suffisant qui justifie, compte tenu des mesures préconisées, un refus du permis de construire, une mesure de protection spéciale, ou voire la révision du plan d'affectation sur le secteur en cause. La DGE-BIODIV a considéré que les mesures proposées sont pertinentes et adéquates. Elle souligne que malgré l'importance du jardin pour la faune et le paysage, le milieu naturel présent sur la parcelle n'est pas rare dans la région et n'abrite pas d'espèces en voie de disparition qui ne pourraient pas se déplacer dans un biotope avoisinant. Selon la DGE-BIODIV, il s'agit certes d'un biotope digne de protection, le projet entraînant une perte de surface et d'éléments anciens à haute valeur écologique. Toutefois, la valeur naturelle de la parcelle reste potentiellement haute grâce aux mesures compensatoires proposées et les surfaces restantes devraient présenter à moyen terme un intérêt écologique certain en offrant habitat et nourriture à la faune ainsi qu'une flore diversifiée entretenue extensivement (voir rapport 2******** p. 13 et 17).
Le Tribunal n’a pas de raison de s’écarter de l’avis des services spécialisés dans ce domaine. Il convient de retenir que les mesures prises en cours de chantier, puis après la fin de celle-ci, sauvegardent dans une mesure suffisante les intérêts protégés par la législation. La restriction au droit des recourantes d'exploiter leur parcelle n'impose pas des obligations qui vont au-delà de ce qui est nécessaire pour atteindre le but de protection de la nature recherché.
Il faut également mentionner que lors de l'inspection locale, le tribunal, composé d'une architecte-urbaniste et d'une ingénieure agronome, a pu également relativiser la valeur du biotope en relevant la présence d'arbres fruitiers qui sont pour la plupart en fin de vie, ainsi que d'espèces végétales plantées dans le jardin mais répertoriées sur la liste noire des plantes néophytes invasives. En outre, l'entretien de l'endroit est manifestement irrégulier, ce qui n'est pas propice au développement de la biodiversité végétale. Les haies, bien qu'entretenues extensivement sont assez peu diversifiées et contiennent une part non négligeable d'espèces horticoles (laurier-cerise, forsythias, lilas) peu favorables à la faune.
La cour a également pu observer qu’il y a de grands parcs à proximité ainsi que des corridors biologiques avec les cours d’eau de la Vuachère et du Flon. Une perte de qualité au niveau biologique est indéniable, mais cette perte ne saurait être qualifiée de totale.
On relèvera encore qu'à l'occasion de l'inspection locale, l'architecte du projet a pu préciser que le mur de soutènement sis au sud de la parcelle sera maintenu même s'il devra être assaini, en particulier son couronnement. Si un assainissement impose de couper la végétation et les arbres qui s'y trouvent, l'ouvrage en tant que tel sera conservé et pourra continuer à constituer un abri notamment pour les lézards dont se nourrissent les coronelles.
En conclusion, la mise en œuvre stricte des mesures préconisées permettra de conserver une partie du biotope qui regagnera à moyen terme, un intérêt écologique offrant habitat et nourriture à la faune, ainsi qu'une flore diversifiée entretenue extensivement. Les recourantes ne démontrent pas en quoi les mesures de compensation seraient inadéquates ou insuffisantes, ni en quoi l'appréciation du service cantonal spécialisé serait sujette à caution.
7. Les recourantes reprochent à la municipalité de ne pas avoir procédé à une pesée des intérêts en présence – ou, cas échéant, à une mauvaise pesée –, en autorisant l'abattage des arbres présents sur la parcelle.
a) La LPNMS le RPNMS instaurent une protection des arbres qui méritent d'être protégés en raison de l'intérêt général qu'ils présentent. L'art. 5 LPNMS définit les arbres protégés comme suit:
"Art. 5 Arbres
Sont protégés les arbres, cordons boisés, boqueteaux et haies vives :
a. qui sont compris dans un plan de classement cantonal ou qui font l'objet d'une décision de classement au sens de l'article 20 de la présente loi;
b. que désignent les communes par voie de classement ou de règlement communal, et qui doivent être maintenus soit en raison de leur valeur esthétique, soit en raison des fonctions biologiques qu'ils assurent."
Afin de mettre en œuvre la LPNMS sur son territoire communal, la commune de Lausanne a renoncé à établir un plan de classement, optant pour une protection générale des arbres plantés à Lausanne. Ainsi, l'art. 56 RPGA dispose :
"Art. 56 Principe
En dehors des surfaces soumises à la législation forestière, tout arbre d'essence majeure (voir art. 25), cordon boisé, boqueteau et haie vive est protégé sur tout le territoire communal."
L'art. 25 RPGA donne la définition suivante :
"Art. 25 Arbre d'essence majeure
Un arbre d'essence majeure est défini comme étant une espèce ou une variété à moyen ou grand développement :
a) pouvant atteindre une hauteur de 10,00 mètres et plus pour la plupart,
b) présentant un caractère de longévité spécifique,
c) ayant une valeur dendrologique reconnue."
b) L'art. 6 LPNMS autorise l'abattage des arbres protégés aux conditions suivantes :
"Art. 6 Abattage des arbres protégés
1 L'autorisation d'abattre des arbres ou arbustes protégés devra être notamment accordée pour les arbres dont l'état sanitaire n'est pas satisfaisant et pour les arbres, les haies et boqueteaux lorsqu'ils empêchent une exploitation agricole rationnelle ou lorsque des impératifs techniques ou économiques l'imposent (création de routes, chemins, canalisation de ruisseau, etc.).
2 L'autorité communale peut exiger des plantations de compensation ou, si les circonstances ne le permettent pas, percevoir une contribution aux frais d'arborisation. Un règlement communal en fixe les modalités et le montant.
3 Le règlement d'application fixe au surplus les conditions dans lesquelles les communes pourront donner l'autorisation d'abattage."
L'art. 15 RLPNMS précise :
"Art. 15 Abattage (loi, art. 6, al.3)
1 L'abattage ou l'arrachage des arbres, cordons boisés, boqueteaux, ou haies vives classés est autorisé par la municipalité lorsque :
1. La plantation prive un local d'habitation préexistant de son ensoleillement normal dans une mesure excessive;
2. La plantation nuit notablement à l'exploitation rationnelle du bien-fonds ou d'un domaine agricoles;
3. Le voisin subit un préjudice grave du fait de la plantation;
4. Des impératifs l'imposent tels que l'état sanitaire d'un arbre, la sécurité du trafic, la stabilité des rives bordant un cours d'eau, la création d'une route ou la canalisation d'un ruisseau.
2 Dans la mesure du possible, la taille et l'écimage seront ordonnés en lieu et place de l'abattage ou de l'arrachage."
Il importe de souligner que, selon la jurisprudence, les conditions énumérées tant à l'art. 6 LPNMS qu'à l'art. 15 RLPNMS ne sont pas exhaustives; l'autorité doit tenir compte de l'ensemble des circonstances et mettre en balance l'intérêt public à la conservation de l'objet protégé avec celui de l'administré à sa suppression (ATF 1C_572/2011 du 3 avril 2012 consid. 5; arrêts CDAP AC.2018.0238 du 20 décembre 2018 consid. 1a; AC.2017.0185 du 4 avril 2018 consid. 5c; AC.2016.0219 du 19 janvier 2017 consid. 4; AC.2012.0100 du 18 octobre 2012 consid. 2 et les références citées).
L'article 57 RPGA précise que tout abattage de végétaux protégés nécessite une autorisation. Selon la jurisprudence citée ci-dessus, l'autorité communale doit procéder à une pesée complète des intérêts. Dans ce cadre, il convient de tenir compte notamment de l'importance de la fonction esthétique ou biologique des plantations en cause, de leur âge, de leur situation dans l'agglomération et de leur état sanitaire. L'intérêt à la conservation d'un arbre protégé doit en outre être comparé à l'intérêt visant à permettre une utilisation rationnelle des terrains à bâtir conforme aux plans de zone et aux objectifs de développement définis par les plans directeurs; autrement dit, même si cela ne résulte pas explicitement du texte de la loi, il y a lieu d'interpréter de manière objective les intérêts du constructeur, au regard des droits qui sont conférés au propriétaire par les plans et règlements d'aménagement en vigueur.
b) En l'espèce, il n'est pas contesté que le projet prévoit l'abattage de plusieurs arbres protégés selon les dispositions citées ci-dessus. L'étude 2******** de février 2018 indique sur ce point qu'une liste des arbres avait été dressée en 2013 avec une estimation de leur hauteur, du diamètre de leur couronne et de leur état; elle a été actualisée en 2017. En tout, 16 arbres majeurs ont été dénombrés, dont 5 frênes appartenant à la haie bordant la parcelle au sud (F). Les frênes du périmètre présentaient des bouts de rameaux dégarnis lors de la visite du 10 mai 2017. Cela pourrait être un symptôme de la chalarose ou flétrissement du frêne, une maladie fongique qui affecte actuellement cette espèce à l'échelle européenne. Les arbres fruitiers sont pour la plupart sénescents et en mauvais état. Un pommier est mort et s'est écroulé depuis l'établissement du plan de 2013. Les arbres basse-tige plantés en rangs au sud de la parcelle ont actuellement quasiment disparu dans un fourré de cornouillers. Afin de compenser la perte des arbres majeurs et fruitiers due au projet, ce dernier prévoit de planter quatre arbres majeurs autour du nouveau bâtiment conformément aux exigences du PGA. Deux arbres fruitiers haute-tige (pommiers) de variétés indigènes résistantes aux pathogènes seront également plantés sur la place de jeux. Tous les arbres devront présenter une taille supérieure à 2 m au moment de la plantation selon les exigences du PGA et seront soigneusement protégés.
La municipalité a autorisé l'abattage de 7 frênes de 20 à 60 cm de diamètre, 1 houx de 20 cm de diamètre, 1 cytise de Voss d'un diamètre de 25 cm et 1 sorbier des oiseleurs de 25 cm de diamètre. L'autorité intimée a estimé, après pesée des intérêts, que l'abattage était nécessaire pour permettre l'utilisation rationnelle des droits à bâtir conférés par la réglementation communale d'aménagement du territoire en vigueur. Elle a ainsi autorisé l'abattage, notamment au vu des conditions de l'autorisation de la DGE-BIODV. Consulté, le service des parcs et domaines (SPADOM) n'a pas rendu de préavis mais a requis que le permis soit assorti de charges. En l'occurrence, il s'agit de l'obligation faite à la constructrice d'impliquer le SPADOM dans le choix du type d'arbre de compensation. A l'inspection locale, le représentant du SPADOM a expliqué qu'il devra s'agir d'arbres indigènes de seconde grandeur qui présentent une valeur biologique intéressante.
c) Comme évoqué ci-dessus, la parcelle est située en zone à bâtir mixte de forte densité selon le PGA. Dans la mesure où les arbres occupent quasiment l'ensemble d'une parcelle classée en zone à bâtir et que tout projet exploitant raisonnablement les capacités constructives de dite parcelle implique la suppression de cette végétation, il apparaît qu'à terme les arbres seront amenés à disparaître pour répondre aux objectifs de développement définis par le PGA. L'autorité intimée a estimé que l'intérêt visant à permettre une utilisation rationnelle des terrains à bâtir conforme aux plans des zones l'emportaient en l'espèce sur l'intérêt public à la conservation de ces arbres compte tenu en particulier des mesures de compensation proposées. Vu ce qui précède et pour les motifs exposés ci-dessus (cf. consid. 6), la décision attaquée ne prête pas flanc à la critique sur ce point. Ce grief est en conséquence rejeté.
8. Les recourantes allèguent qu'un projet de construction aux dimensions réduites, permettant de maintenir une partie du biotope, aurait été mieux adapté et aurait dû être envisagée.
Pour rappel, le biotope occupe l'intégralité de la partie sud de la parcelle. Il paraît clair que même une réduction de l'emprise des constructions ne permettrait pas de le sauvegarder entièrement; il ressort des constatations sur place lors de l'inspection locale que l'espace disponible sans porter atteinte au biotope ne permettrait pas une construction permettant une densification acceptable. Un projet plus modeste permettrait vraisemblablement la conservation d'une petite fraction du biotope ou de quelques arbres. Il apparaît ainsi qu'un tel choix limiterait de manière importante l'utilisation rationnelle des droits à bâtir, sans toutefois véritablement permettre la préservation complète de la fonction écosystémique du biotope. Une telle solution n'est pas souhaitable. Il est en effet préférable de maintenir le biotope dans son ensemble ou à défaut, d'utiliser adéquatement les capacités constructives de la parcelle, moyennant compensation écologique adéquate. C'est d'ailleurs la réflexion suivie par la DGE, qui a tout d'abord refusé de donner son accord au projet de construction et ne l'a accepté que dans un deuxième temps, après élaboration de mesures de compensation qu'elle a jugées adéquates et suffisantes.
9. Dans ces conditions, le tribunal parvient à la conclusion que, sur la base d'une pesée des intérêts en présence, l'atteinte d'ordre technique qu'implique le projet pour le biotope concerné doit être considérée comme tolérable, ceci en tenant compte des mesures de compensation prévues. En d'autres termes, l'intérêt au maintien du biotope en question, dont la valeur biologique est indéniable, sans être toutefois exceptionnelle, ne saurait l'emporter sur l'intérêt privé des propriétaires à exploiter leur parcelle de manière rationnelle, en fonction des capacités constructives de la zone dans laquelle elle se situe, sous peine de porter atteinte à la sécurité du droit et à la garantie de la propriété, ainsi qu'à l'intérêt public à la densification des constructions, qui est particulièrement important dans le centre d'une ville comme Lausanne. Il s'agit dès lors de prendre des mesures particulières pour assurer la meilleure protection possible du biotope, sa reconstitution ou, à défaut, son remplacement adéquat.
De manière plus générale, il résulte de la pesée des intérêts que les impacts du projet sur le milieu naturel en général sont admissibles. L'appréciation de l'autorité intimée à cet égard peut par conséquent être confirmée, étant en outre rappelé que lorsqu'une autorité communale apprécie les circonstances locales dans le cadre de l'octroi d'une autorisation de construire ou de l'adoption d'un plan de quartier, elle bénéficie d'une liberté d'appréciation particulière, que l'autorité de recours contrôle avec retenue.
10. À l'appui de leur pourvoi, les recourantes font valoir que le projet s'intègrerait particulièrement mal dans le quartier.
a) A teneur de l’art. 86 LATC, la municipalité veille à ce que les constructions, quelle que soit leur destination, ainsi que les aménagements qui leur sont liés, présentent un aspect architectural satisfaisant et s'intègrent à l'environnement (al. 1). Elle refuse le permis pour les constructions ou les démolitions susceptibles de compromettre l'aspect et le caractère d'un site, d'une localité, d'un quartier ou d'une rue, ou de nuire à l'aspect d'un édifice de valeur historique, artistique ou culturelle (al. 2). Les règlements communaux doivent contenir des dispositions en vue d'éviter l'enlaidissement des localités et de leurs abords (al. 3).
Un projet peut être interdit sur la base de l'art. 86 LATC quand bien même il satisferait par ailleurs à toutes les dispositions cantonales et communales en matière de construction. Selon la jurisprudence, l'application d'une clause d'esthétique ne doit cependant pas aboutir à ce que, de façon générale, la réglementation sur les zones en vigueur soit vidée de sa substance. Une intervention des autorités dans le cas de la construction d'un immeuble réglementaire qui ne serait pas en harmonie avec les bâtiments existants ne peut s'inscrire que dans la ligne tracée par la loi elle-même et par les règlements communaux, qui définissent en premier lieu l'orientation que doit suivre le développement des localités. Ainsi, lorsqu'un plan de zones prévoit que des constructions d'un certain volume peuvent être édifiées dans tel secteur du territoire, une interdiction de construire fondée sur l'art. 86 LATC – par exemple en raison du contraste formé par le volume du bâtiment projeté avec les constructions existantes – ne peut se justifier que par un intérêt public prépondérant. Ceci implique que l’autorité motive sa décision en se fondant sur des critères objectifs et systématiques – ainsi les dimensions, l’effet urbanistique et le traitement architectural du projet –, l'utilisation des possibilités de construire réglementaires devant apparaître déraisonnable (ATF 115 Ia 114 consid. 3d, 363 consid. 3a, 370 consid. 5; 101 Ia 213 consid. 6c; TF 1C_493/2016 du 30 mai 2017 consid. 2.3). Tel sera par exemple le cas s’il s’agit de protéger un site, un bâtiment ou un ensemble de bâtiments présentant des qualités esthétiques remarquables qui font défaut à l'ouvrage projeté ou que mettrait en péril sa construction (cf. ATF 115 Ia 363 consid. 3 et les références; TF 1C_3/2018 du 23 octobre 2018 consid. 3.2; 1C_506/2011 du 22 février 2012 consid. 3.3 et les références; CDAP AC.2013.0378 du 12 mars 2014 consid. 5b/bb et les références).
En droit cantonal vaudois, les communes jouissent d'une autonomie maintes fois reconnue lorsqu'elles définissent, par des plans, l'affectation de leur territoire, et lorsqu'elles appliquent le droit des constructions (art. 50 al. 1 Cst. et art. 139 al. 1 let. d Cst./VD; cf. notamment ATF 115 Ia 114 consid. 3d; TF 1C_493/2016 du 30 mai 2017 consid. 2.1; 1C_424/2014 du 26 mai 2015 consid. 4.1.1, in RDAF 2015 I 474). L'art. 2 al. 3 LAT retient également que les autorités chargées de l'aménagement du territoire veillent à laisser aux autorités qui leur sont subordonnées en cette matière la liberté d'appréciation nécessaire à l'accomplissement de leurs tâches.
En matière d'esthétique des constructions, l'autorité communale qui apprécie les circonstances locales dans le cadre de l'octroi d'une autorisation de construire, bénéficie d'une liberté d'appréciation particulière. Dès lors, le Tribunal cantonal s’impose une certaine retenue dans l'examen de la question de l’esthétique, en ce sens qu'il ne substitue pas son propre pouvoir d'appréciation à celui de l'autorité municipale, mais se borne à ne sanctionner que l'abus ou l'excès du pouvoir d'appréciation, la solution dépendant étroitement des circonstances locales (cf. art. 98 let. a LPA-VD). L’intégration d’une construction ou d’une installation à l’environnement bâti doit être examinée sur la base de critères objectifs et systématiques, sans sacrifier à un goût ou à un sens esthétique particulièrement aigu, de manière que le poids de la subjectivité, inévitable dans toute appréciation, n'influe que dans les limites de principes éprouvés et par référence à des notions communément admises (cf. arrêts AC.2017.0381 du 7 novembre 2018 consid. 2g; AC.2015.0182 du 26 avril 2016 consid. 6b; AC.2013.0478 du 3 septembre 2014 consid. 1a/cc et les références).
b) A Lausanne, le RPGA comporte en matière d'esthétique, d'intégration et de protection du patrimoine les art. 69 et 73, ainsi libellés:
"Art. 69. Intégration des constructions
1 Les constructions, transformations ou démolitions susceptibles de compromettre l’aspect et le caractère d’un quartier, d’un site, d’une place ou d’une rue, ou de nuire à l’aspect d’un édifice de valeur historique, culturel ou architectural sont interdites.
2 Les constructions, quelle que soit leur destination, ainsi que les aménagements qui leur sont liés doivent présenter un aspect architectural satisfaisant et s’intégrer à l’environnement.
Art. 73. Objets figurant dans un recensement
1 La direction des travaux tient à disposition la liste des bâtiments, des objets, des sites et des ensembles figurant au recensement architectural, au recensement des jardins d’intérêt historique et au recensement des ensembles bâtis.
2 Tous travaux les concernant font l’objet d’un préavis du délégué communal à la protection du patrimoine bâti précisant ses déterminations.
3 Sur la base de ce préavis, la Municipalité peut imposer des restrictions au droit de bâtir et interdire les constructions, transformations ou démolitions.
4 Elle peut, également, lorsqu’un ensemble bâti est identifié et qu’il s’agit, notamment, d’éviter une rupture du tissu bâti existant, préserver la volumétrie générale d’ensemble, le rythme du parcellaire, la composition verticale et horizontale des façades, les formes de toiture, ainsi que les aménagements des espaces libres."
Le PGA et son règlement ne protègent aucun bâtiment particulier et se bornent à instaurer une procédure interne faisant intervenir le Délégué communal à la protection du patrimoine bâti. Les art. 69 et 73 RPGA concrétisent au niveau communal la clause d’esthétique prévue par l’art. 86 LATC. Leur portée ne va pas au-delà de cette norme (AC.2012.0114 du 26 février 2013; AC.2008.0324 du 15 novembre 2010 consid. 9 et les références citées). Il convient donc de se référer à la jurisprudence du tribunal relative à la clause générale d'esthétique (AC.2013.0308 du 4 septembre 2014 consid. 3a/bb; AC.2013.0198 du 5 février 2014 consid. 4c/cc; AC.2012.0037 précité consid. 4b/bb). Ainsi, comme la Cour de céans l'a déjà constaté, l'art. 73 RPGA, à l'instar de l'art. 86 LATC, définit de manière particulièrement large les objets susceptibles d'être protégés et ne fixe pratiquement aucun cadre aux mesures qui peuvent être imposées par la municipalité, lesquelles peuvent aller jusqu'à l'interdiction de construire, de transformer ou de démolir. Une base légale aussi large exige que l'on se montre rigoureux lors de la pesée des intérêts en présence et dans l'examen de la proportionnalité de la limitation par rapport aux buts poursuivis et à l'objet de la protection (AC.2017.0017 du 19 octobre 2017 consid. 6c/cc; AC.2009.0209 du 26 mai 2010 consid. 3a avec renvoi aux ATF 115 Ia 363 consid. 2c p. 366; 97 I 639 consid. 6b p. 642; cf. aussi AC.2013.0198 du 5 février 2014 consid. 4d, selon lequel il faut que la base légale réglementaire communale comporte les précisions suffisantes sur les restrictions au droit de propriété qui en découlent; il importe que les buts de la protection et les mesures qui en résultent soient déterminables avec suffisamment de prévisibilité par les propriétaires concernés).
c) Le recensement architectural n'est pas prévu par la LPNMS, mais par l'art. 30 RLPNMS, qui dispose que le département "établit le recensement architectural des constructions en collaboration avec les communes concernées, selon les directives publiées à cet effet". Le recensement architectural, dont le processus est décrit dans une plaquette intitulée "Recensement architectural du canton de Vaud", éditée en novembre 1995 par la section monuments historiques et archéologie de l'ancien Service des bâtiments et rééditée en mai 2002 (disponible sur le site Internet cantonal à la page https://www.vd.ch/fileadmin/user_upload/themes/culture/patrimoine_bati/fichiers_pdf/MS_Brochure_Recensement_mai2002.pdf), est une mesure qui tend à repérer et à mettre en évidence des bâtiments dignes d'intérêt, de manière à permettre à l'autorité de prendre, le cas échéant, les mesures de protection prévues par la loi. Il comporte l'attribution de notes qui sont les suivantes: *1*: Monument d'importance nationale; *2*: Monument d'importance régionale; *3*: Objet intéressant au niveau local; *4*: Objet bien intégrés; *5*: Objet présentant des qualités et des défauts; *6*: Objet sans intérêt; *7*: Objet altérant le site (v. détails sur les notes de recensement sur le site Internet cantonal à la page précitée). Le recensement architectural couvre en principe tous les bâtiments (voir pour les détails la plaquette précitée, p. 6) et n'entraîne pas en soi de mesures de protection spéciales au sens des art. 16 et 17 LPNMS (objets à l'inventaire) ou des art. 23 et 54 LPNMS (objets classés). La note attribuée doit être indiquée dans la demande de permis de construire (art. 69 al. 1 let. h du règlement du 19 septembre 1986 d'application de la loi du 4 décembre 1985 sur l'aménagement du territoire et les constructions [RLATC; BLV 700.11.1]) et apparaître dans la publication relative à l'enquête (art. 72 al. 1 let. c RLATC).
On rappellera encore qu’à l'exception des notes *1* et *2* (qui impliquent une mise à l'inventaire), les notes attribuées dans le recensement architectural ont un caractère purement indicatif et informatif; elles ne constituent pas une mesure de protection. Elles sont en revanche un élément d'appréciation important pour les autorités chargées de l'aménagement du territoire, notamment lors de l'adoption des zones à protéger prévues par l'art. 17 al. 1 LAT ou, dans la procédure de permis de construire, lorsque ces autorités appliquent les règles concernant l'intégration et l'esthétique des constructions ou statuent sur une autorisation cantonale spéciale (cf. TF 1C_493/2016 du 30 mai 2017 consid. 2.5 et 2.6; AC.2017.0279 du 17 octobre 2018 consid. 3f/ee et les réf. cit.).
Une convention, passée les 2 et 30 juillet 2010 entre l'Etat de Vaud et la Commune de Lausanne, règle la coordination et la répartition des tâches en matière de préavis et d'autorisations concernant le patrimoine bâti. Selon cette convention, les objets évalués en notes *1* et *2* au recensement architectural, bénéficiant de mesures de protection spéciales, sont sous la responsabilité du SIPAL (devenu la Direction générale des immeubles et du patrimoine [DGIP] à compter du 1er janvier 2019), qui est compétent pour délivrer toute autorisation spéciale. Dans le cadre du traitement des dossiers de travaux concernant de tels objets, le Délégué communal à la protection du patrimoine bâti établit un préavis à l'attention du SIPAL, qui est libre d'en tenir compte ou pas. S'agissant des objets évalués en note *3*, la municipalité doit, avant de statuer dans le cadre d'une autorisation de construire, solliciter le préavis de son Délégué à la protection du patrimoine bâti au sens de l'art. 73 RPGA.
d) L’art. 5 LPN prévoit l'établissement d'inventaires des objets d'importance nationale. L'ordonnance du 9 septembre 1981 concernant l'Inventaire fédéral des sites construits à protéger en Suisse (OISOS; RS 451.12) contient la réglementation afférente à l'ISOS. Selon l’art. 2 OISOS, le Département fédéral de l’intérieur édite une publication séparée, avec la description des objets, leur présentation sous forme de plans, de photographies et de textes. Depuis le 1er janvier 2006, l'annexe de cette ordonnance mentionne Lausanne parmi les sites construits d'importance nationale à protéger, en tant que ville. Lausanne a ensuite été inventoriée au moyen de la méthode ISOS et son relevé est en vigueur depuis le 1er octobre 2015.
L’art. 6 al. 1 LPN dispose que "l'inscription d'un objet d'importance nationale dans un inventaire fédéral indique que l'objet mérite spécialement d'être conservé intact ou en tout cas d'être ménagé le plus possible, y compris au moyen de mesures de reconstitution ou de remplacement adéquates". En outre, selon l’art. 6 al. 2 LPN, "lorsqu'il s'agit de l'accomplissement d'une tâche de la Confédération, la règle suivant laquelle un objet doit être conservé intact dans les conditions fixées par l'inventaire ne souffre d'exception, que si des intérêts équivalents ou supérieurs, d'importance nationale également, s'opposent à cette conservation". L’octroi, par une municipalité, d’un permis de construire pour un bâtiment d’habitation en zone à bâtir, ne relève cependant pas de l’accomplissement d’une tâche de la Confédération, de sorte que l’art. 6 al. 2 LPN n’entre pas en considération en l’espèce.
Cela étant, si l’art. 6 al. 1 LPN indique qu’un objet d’importance nationale mérite spécialement d’être conservé intact ou en tout cas d’être ménagé le plus possible, le droit fédéral ne règle pas directement la mise en œuvre de cette protection (sur cette question, AC.2017.0279 du 17 octobre 2018 consid. 3f/aa).
L'ISOS n'est en principe déterminant qu'au travers de la planification communale, mais pas directement dans la procédure de permis de construire (cf. TF 1C_488/2015 du 24 août 2016 consid. 4.5.5). Les plans d'affectation (et les prescriptions qui leur sont étroitement liées) ne peuvent pas faire l'objet d'un contrôle accessoire qui viserait à contrôler s'ils sont conformes à l'ISOS (TF 1C_488/2015 précité consid. 4.6). Le Tribunal fédéral a toutefois aussi pris en considération l'inventaire ISOS, en tant que manifestation d'un intérêt fédéral, dans la pesée des intérêts de chaque cas d'espèce – y compris lors de l'accomplissement de tâches purement cantonales et communales –, et notamment lors d'un litige sur l'octroi de permis de démolition et de construction, quand bien même l'ISOS n'avait pas encore été transcrit dans les normes correspondantes (cf. TF 1C_308/2017 du 4 juillet 2018 consid. 3.2.2; 1C_226/2016 du 28 juin 2017 consid. 4.3; cf. aussi TF 1C_353/2014 du 10 mars 2015 consid. 5.2). Les inventaires fédéraux interviennent dans les pesées d'intérêts et influencent l'interprétation des principes juridiques indéterminés du droit des constructions (cf. TF 1C_488/2015 précité consid. 4.3 in fine et les réf. cit., notamment ATF 135 II 209 consid. 2.1 in fine).
Ainsi, les objectifs de l'ISOS ne sont pas directement applicables ni contraignants lorsque, comme en l’espèce, le litige concerne l’octroi d’un permis de construire. Ils pourront toutefois être pris en considération dans la pesée des intérêts et dans l’interprétation des dispositions cantonales et communales pertinentes, notamment celles relatives à la clause d’esthétique. L'évaluation de la valeur d'un objet dans le cadre des procédures d'établissement des inventaires fédéraux et cantonaux constitue en effet un élément d'appréciation à disposition de l'autorité communale pour statuer sur l'application de la clause d'esthétique (TF 1C_452/2016 du 7 juin 2017 consid. 3.3; arrêts AC.2015.0089 du 11 novembre 2015 consid. 3a/dd; AC.2014.0166 du 17 mars 2015 consid. 2a/bb).
11. a) En l'occurrence, le projet de construction prend place dans la partie basse du jardin de la villa locative avenue de Jolimont 2. La "Villa Jolimont" a reçu une note *3* au recensement architectural du Canton de Vaud, avec toutefois une mention négative pour les vérandas au sud, ce qui signifie qu'il s'agit d'un objet intéressant au niveau local et qu'il mérite d'être conservé. La "Villa Jolimont" n'est toutefois pas concernée dans son bâti par le projet mais dans ses abords.
Pour rappel, la partie supérieure de la parcelle no 3048 (où se situe la "Villa Jolimont") est comprise dans le périmètre 74 de l'ISOS (côté ouest). Quant à la partie inférieure de la parcelle, où est censé s'intégrer le projet litigieux, elle se trouve dans un autre périmètre de l'ISOS, soit le périmètre 73, à proximité immédiate de la rangée d'immeubles décrits sous numéro 73.01 qui forme le front de la rue du Bugnon.
b) En ce qui concerne l'appréciation du projet concret qui lui a été soumis, la municipalité a considéré que l'immeuble projeté venait combler un interstice urbain situé dans le prolongement sud de la parcelle no 3048 et s'inscrivait dans une densification du quartier qui est permise sur le plan urbanistique. En tenant compte de l'environnement bâti et bien que la volumétrie du projet reste imposante et marque peut-être exagérément le paysage et la structure du coteau, la municipalité a considéré qu'offrir 16 logements supplémentaires sur le marché dont les typologies sont fonctionnelles et lumineuses dans un environnement idéalement proche de toutes les commodités primait et a jugé ce projet admissible et considéré qu'il respecte les articles 69 PGA et 86 LATC.
c) Le Service d'architecture de la Ville de Lausanne et la déléguée ont tous deux rédigé des préavis à ce projet (cf. préavis du 3 décembre 2018, respectivement du 6 décembre 2018). Ces préavis ne lient pas la municipalité (art. 73 al. 3 RPGA). Emanant de services spécialisés, ils doivent toutefois être pris en considération dans l'appréciation du projet, en particulier celui de la déléguée, découlant d'une exigence réglementaire (AC.2016.0049 du 9 novembre 2017 consid. 2).
A l'instar des recourantes, il faut constater que le préavis du Service d'architecture est particulièrement critique en retenant notamment que l'aspect et le caractère du site est susceptible d'être compromis par le projet et en déplorant son aspect architecturalement pauvre. Il qualifie malgré tout le projet d'admissible en indiquant qu'il s'agissait plus d'une densification raisonnable que qualitative. En ce qui concerne le préavis de la déléguée, s'il déplore la démolition d'une importante portion du mur qui borde l'avenue Jolimont ainsi que du portail qui lui donnent son caractère particulier et propose de réévaluer l'organisation des surfaces dédiées au parcage et au mouvement des véhicules, un maintien ou remploi des piliers et du portail devant être envisagé, il conclut à ce que le projet est sur le principe admissible. Il convient d'en prendre acte en retenant également qu'il s'agit du préavis formel et complet de l'intéressée (cf. consid. 2 ci-dessus).
De tels préavis sont utiles pour permettre à la municipalité d'exercer son pouvoir d'appréciation, en étant consciente des éléments critiques; ils ne sont cependant pas formulés comme des recommandation de refus du permis de construire pour violation claire des art. 86 LATC et 69 RPGA. En d'autres termes, la municipalité pouvait, dans le cadre de ses prérogatives, décider que les critiques ou réserves énoncées par le service de l'architecture ou la déléguée n'excluaient pas une appréciation favorable de sa part, après une pesée des intérêts, étant rappelé que les deux préavis concluent tout de même formellement au caractère admissible du projet et sont donc positifs.
d) Les recourantes estiment en substance que le projet litigieux s'intègre particulièrement mal dans le quartier, dès lors qu'il s'inscrit en rupture avec les bâtiments environnants, en particulier ceux situés le long de l'avenue Jolimont. Pour elles, le quartier de Jolimont doit être considéré comme un ensemble et le projet ne s'intègre pas dans cet ensemble, par sa hauteur excessive qui ne suit pas le decrescendo défini par les autres immeubles, par son implantation qui ne respecte pas le décalage opéré dans les alignements pour préserver les vues et par son volume qui ne se plie pas à une réduction progressive en descendant la pente, visible d'une rangée à l'autre. Elles invoquent le fait que le secteur litigieux figure dans l'inventaire ISOS. Se référant à une notice historique relative au quartier de Jolimont établie par un chercheur en histoire de l'architecture et à une notice paysagère établie par une architecte paysagiste, les recourantes estiment que la municipalité aurait dû faire application de l'article 73 al. 4 RGPA et refuser un permis de construire pour éviter une rupture du tissu bâti existant, préserver la volumétrie générale d'ensemble d'un quartier, le rythme du parcellaire, la composition verticale et horizontale des façades, les formes des toitures, ainsi que les aménagements des espaces libres. Selon elles, la municipalité aurait également dû tenir compte de l'art. 69 al. 2 RPGA compte tenu en particulier de la pauvreté du projet lui-même du point de vue du parti pris architectural.
e) En préambule, il convient de rappeler que le nouveau bâtiment s'inscrit dans une densification du quartier permise par le plan urbanistique. Même si la volumétrie du projet est importante, la municipalité a relevé à juste titre que celui-ci n'exploitait pas tous les droits à bâtir conférés par le PGA, étant précisé qu'un étage d'attique a été supprimé par rapport au premier projet
En l'occurrence, la valeur patrimoniale des bâtiments situés sur le front de l'avenue Jolimont et entre les avenues Montagibert et Jolimont, englobés dans le périmètre 74 de l'ISOS, ne peut être remise en cause et les valeurs historique, patrimoniale et architecturale des bâtiments situés au nord du projet sont indéniables. Il existe donc sans conteste, à l'aune de la clause d'esthétique de l'art. 86 LATC, un intérêt public à la protection du caractère de ces bâtiments et de leurs abords. Au niveau de l'intégration et au-delà de ce quartier, l'inspection locale a permis de réaliser qu'il convenait toutefois de relativiser l'unité de style du secteur mise en avant par les recourantes. Si effectivement plusieurs bâtiments environnants ont été inscrits en note *3* ou *4* au recensement architectural (dont la "Villa Jolimont"), soit des objets d'importance locale (*3*) ou des objets bien intégrés (*4*), le secteur est néanmoins, dans son ensemble, constitué de constructions hétéroclites. En réalité, le sud de la parcelle no 3048, et le projet, se situent dans un contexte urbain à la limite de deux typologies architecturales, de deux échelles d'urbanisation, avec en particulier un front bâti très imposant sur l'avenue du Bugnon immédiatement à l'ouest et des "plots" d'habitations au nord du projet qui constituent le quartier Jolimont. On se trouve donc à l'articulation de deux typologies de bâtiments. D'ailleurs, les deux parties de la parcelle sont inscrites dans des périmètres distincts à l'ISOS.
S'il faut bien admettre que le bâtiment proposé se démarque des bâtiments présents sur le site au nord par une volumétrie plus imposante et un toit plat, ainsi que par l'expression de ses façades et de sa matérialité, il n'en est pas de même à l'ouest du projet où prend place le groupe de bâtiments, formant un front net le long de la rue du Bugnon. En particulier, à la hauteur du bâtiment projeté, on se trouve sur la même ligne que le bâtiment le plus haut de ce groupe (8 étages) et qui présente l'esthétique la plus commune.
Par ailleurs, toujours dans le secteur, à proximité immédiate de deux bâtiments en note *3*, le bâtiment ECA 14249 sur la parcelle no 3051 est un banal et imposant bâtiment locatif des années soixante, avec une toiture plate, qui ne s'intègre pas du tout dans le tissu bâti. Il en est de même s'agissant d'autres constructions plus à l'est. Immédiatement au sud de la parcelle no 3048, l'inspection locale a permis de constater la présence d'un immeuble apparemment récent qui vient d'être rehaussé avec une structure d'aspect sensiblement moderne. Par ailleurs, à proximité immédiate de la parcelle sont érigés des locaux faisant partie de l'établissement scolaire de Béthusy. De dimensions imposantes, les bâtiments visibles de la parcelle, datant des années 1960, présentent des parties en béton brut et des toitures plates dont une est munie d'une antenne de téléphonie mobile. A l'est de la parcelle no 3048, trouve également place, sur le site de l'école, un grand terrain multisport avec un revêtement synthétique couleur brique bordé d'arbres. L'architecture de l'ensemble du secteur et son urbanisme sont ainsi bien hétéroclites, avec plusieurs périodes et styles architecturaux représentés. Comme évoqué, ce caractère disparate est également présent s'agissant des toits des bâtiments sis alentour: certains sont plats, d'autres à deux pans et d'autres à quatre pans.
S'agissant du grief selon lequel le volume du bâtiment présenterait un caractère étranger au quartier, on relève que s'il est vrai que le bâtiment projeté occupera la parcelle de façon conséquente et que ses dimensions sont imposantes, il ne sera pas ou que très peu visible depuis l'avenue Jolimont, dès lors qu'il sera situé au sud et plus bas que la "Villa Jolimont" existante sur la parcelle no 3048. Le bâtiment projeté ne sera pas visible non plus des parcelles situées entre les avenues Montagibert et Jolimont qui constitue un ensemble dont la partie sud de la parcelle no 3048 est séparé. Le bâtiment projeté ne sera pas visible non plus depuis l'avenue de Bugnon par l'usager du domaine public, en raison de l'écran formé par les immeubles massifs bordant cette avenue. La hauteur de la future construction correspondra à celle des bâtiments qui bordent la rue du Bugnon. En revanche, le faîte et l'acrotère du projet seront situés plus bas que le faîte du bâtiment existant ECA no 8348 qui lui fait face au nord-ouest. Vu depuis l'est, le bâtiment projeté ne heurte ainsi pas le decrescendo défini par les autres immeubles et le décalage opéré dans les alignements des constructions qui l'environnent.
S'agissant de l'architecture du bâtiment, le projet propose une architecture sobre, calme et contemporaine qui est de qualité, même si elle n'est pas exceptionnelle. Sous l'angle esthétique au sens strict, le projet présente certes un aspect contemporain, mais cela ne suffit pas, en soi, à considérer qu'il perturberait si fortement la qualité urbaine des façades – plus classiques – de certains bâtiments voisins qu'il devrait être refusé de ce seul fait. Le contraste entre l'ancien et le nouveau ne constitue pas nécessairement un défaut d'intégration. De même, la toiture plate, nécessairement contemporaine, sera végétalisée et ne détone pas compte tenu des toitures similaires sises à proximité, en particulier sur les bâtiments de l'établissement scolaire de Béthusy.
S'agissant du dégagement dont bénéficient les maisons situées au nord nord-est, il est incontestable que les niveaux des bâtiments des alentours verront leur dégagement diminuer, il faut relever que le projet s'inscrit malgré tout plus bas dans la pente et derrière la Villa Jolimont. Il n'est par ailleurs pas contesté que le projet soit réglementaire s'agissant des règles de distance et de hauteur.
On mentionnera enfin que le jardin de la parcelle no 3048 ne figure pas au recensement des jardins d’intérêt historique qui a été réalisé, sur le territoire de la commune de Lausanne, dans le cadre d’un projet initié par la section suisse de l’International Council on Monuments and Sites (ICOMOS). En outre, il n'est pas en particulier identifié ou mentionné par l'ISOS, contrairement aux jardins faisant partie du périmètre 74. Il convient de relativiser l'intérêt public à conserver un espace libre à cet endroit afin de protéger la valeur patrimoniale des bâtiments recensés.
Contrairement à ce que soutiennent les recourantes, le secteur concerné par le projet se distingue ainsi du quartier de la Gottettaz qui a fait l'objet d'une décision de la cour de céans (AC.2015.0111), confirmée par le Tribunal fédéral. La CDAP, dans cette affaire avait retenu que l'hétérogénéité typologique et stylistique résultant d'une urbanisation progressive entre les années 1880 et 1970 était contrebalancée par plusieurs éléments créant une certaine unité et harmonie et conférant au quartier son identité: des volumes assez semblables, des villas qui y était prédominantes, distinguant ainsi le secteur des environs où l'on trouve en majorité des immeubles locatifs, l'emprise des bâtiments sur leur parcelle assez faible, laissant un espace relativement important aux jardins privés, souvent séparés de l'espace public par des murets (parfois encore d'origine et munis de grilles), l'usage des toits à pans et couverts de tuiles est généralisé, l'absence de transformations lourdes, la forme simple, de type orthogonal de toutes les constructions du quartier, ainsi que la présence de haies puis de jardins avec des bâtiments à l'arrière qui sont peu visibles et garantissent une certaine privacité, une échelle étant respectée entre le bâtiment et la parcelle. Le projet, qui s'implantait jusqu'en bordure du domaine public avec la disparition de tous les éléments de transition par rapport à la rue, suivait les limites de la parcelle (a priori dans le but d'une utilisation maximale des possibilités de bâtir) et se caractérisait par une forme complexe. Sa toiture, plate, sans attique, ne faisait pas l'objet d'un traitement soigné et le volume du bâtiment projeté apparaissait disproportionné par rapport aux constructions environnantes. Le tribunal a jugé ainsi que le bâtiment créait une violente brèche dans la trame constructive, avec une disproportion de gabarits manifeste, portant ainsi atteinte à l'équilibre volumétrique architectural des bâtiments environnants. Il faut souligner que le site bâti au cœur duquel se trouvait le projet était concerné par deux périmètres du recensement ISOS de Lausanne, dans la catégorie d'inventaire AB (existence d'une substance d'origine ou d'une structure d'origine) avec l'objectif de sauvegarde le plus élevé (objectif A), soit celui qui préconise la sauvegarde de la substance, soit la conservation intégrale de toutes les constructions et composantes du site, de tous les espaces libres; suppression des interventions parasites.
En l'espèce, s'il est indéniable que la volumétrie du projet est imposante et qu'elle marque le paysage et la structure du quartier, l'on ne saurait parler de la création d'une violente brèche dans la trame constructive environnante qui n'est pas si homogène que cela. Il ne saurait être fait abstraction de l'environnement bâti à l'ouest qui est imposant et conduit relativiser la volumétrie du projet. De même, et afin d'apprécier l'aspect et le caractère du site, l'on ne saurait se limiter à prendre en compte l'environnement des habitations situées au nord qui sont de dimension plus modeste. La zone comprise par le projet ne portera pas une atteinte au secteur ou au quartier dans une mesure qui justifierait d'en interdire sa réalisation. La valeur patrimoniale des immeubles environnant est certes indéniable mais elle n'est pas remarquable dans un environnement densément construits.
De même, la portée de l'ISOS dans le périmètre de la parcelle doit être atténuée et ne constitue pas un obstacle à l'autorisation de construire. Le périmètre s'est vu attribuer l'objectif "B" de sauvegarde, dont on rappellera qu'il préconise la sauvegarde des caractéristiques essentielles pour les composantes attenantes au site et non "A", qui tend à sauvegarder la substance même d'un périmètre, comme l'établissement scolaire de Béthusy. Enfin, l'unité architecturale des immeubles aux alentours est déjà passablement perturbée. L'aspect et le caractère du site n'est pas fondamentalement compromis par ce projet. Les données de l'inventaire fédéral ne sauraient faire obstacle à la construction du bâtiment litigieux.
Enfin, peu importe sur ce point que la responsable adjointe du service d'architecture de l'autorité intimée, dont on rappelle qu'elle a préavisé en faveur du projet, ait considéré qu'il s'intégrait difficilement dans son contexte bâti et que l'aspect et le caractère du site était susceptible d'être compromis par ce projet. Il s'agit uniquement d'un préavis interne, la décision quant à elle étant de la compétence de la municipalité.
f) Partant, la décision communale repose sur une appréciation soutenable des circonstances pertinentes et le projet doit être considéré comme admissible. L'on ne saurait considérer que la décision municipale résulterait ici d'une appréciation insoutenable ou arbitraire. Là également l'autonomie communale consacrée de plus en plus fortement par la jurisprudence doit être respectée. Il y a lieu en définitive de s'en tenir au constat que le législateur communal a résolu d'autoriser dans le secteur des constructions d'un volume important (il n'est pas contesté que le projet litigieux est réglementaire) et qu'un refus du projet litigieux sur la base de la seule clause d'esthétique reviendrait, sans circonstances exceptionnelles, à vider de sa substance la réglementation de la zone en vigueur.
12. Les recourantes relèvent encore que le relevé ISOS est postérieur au PGA. On doit en déduire que le plan est partiellement obsolète et nécessite une révision. Dans ce cas de figure et en se fondant sur l'arrêt du TF 1C_308/2017 du 4 juillet 2018 (consid. 3.2.2), elles estiment que l'autorité intimée aurait dû refuser le permis de construire, ne serait-ce que pour éviter qu'une nouvelle construction contredise les objectifs de la révision, actuellement en préparation, ce tant du point de vue de la protection de l'ISOS que du point de vue de la protection des espaces de verdure en ville mise en évidence par le PDCom et le PALM.
Cette considération excède le cadre du présent litige qui porte uniquement sur l'admissibilité du projet litigieux au regard du droit actuel et non sur d'hypothétiques planifications futures dans le cadre desquelles l'ISOS devra, comme déjà relevé, être pris en considération (cf. consid. 10 d). La parcelle litigieuse fait partie du périmètre de centre et du périmètre compact d'agglomération, appelés à être densifiés conformément à la LAT), au PDCn et au PALM. Comme retenu ci-dessus (cf. consid. 4 b cc), on ne se trouve pas en présence d'un cumul rare d'éléments juridiques et factuels susceptibles de justifier une modification de la planification communale à cet endroit. Les conditions de l'art. 21 LAT n'étant pas remplies, il n'y a pas lieu de remettre en cause le plan d'affectation communal à l'occasion de la procédure de permis de construire litigieuse.
13. En définitive, le recours, mal fondé, doit être rejeté et l'autorisation de construire du 19 décembre 2018 confirmée.
Succombant, les recourantes supporteront solidairement les frais de justice et verseront des dépens en faveur de l'autorité intimée, d'une part, et de la constructrice et propriétaire, d'autre part, qui ont procédé et obtiennent gain de cause par l'entremise de mandataires professionnels. L'autorité concernée n'étant pas assistée d'un conseil, elle n'a pas droit à des dépens (art. 49 al. 1, 55, 91 et 99 LPA-VD).