Decision ID: a3922d86-cd51-4977-949b-db8f8c39d694
Year: 2018
Language: fr
Court: VD_TC
Chamber: VD_TC_031
Canton: VD
Region: Région lémanique
Law Area: public_law

Vu les faits suivants
A. La société A._ (ci-après: A._, la société, la société recourante ou la recourante), dont le siège est à ********, a pour but l'organisation de descentes en rafting, canyoning, hydrospeed, VTT, parapentes et tous autres sports d'aventure, le nettoyage de rivières, l'organisation de "team event" ainsi que toutes opérations convergentes, y compris l'acquisition et la vente d'immeubles. Les frères B._ et C._ en sont les associés gérants.
A._ est inscrite au registre du commerce du Valais central depuis le ********. Elle exerce ses activités depuis plus de dix ans en ayant obtenu les certifications de sécurité nécessaires (SQS).
B. Le 1er janvier 2014 est entrée en vigueur la loi fédérale du 17 décembre 2010 sur les guides de montagne et les organisateurs d'autres activités à risque (LFGM; RS 935.91). Cette législation prévoit entre autres que les prestataires d'activités à risque de type canyoning, rafting et descentes en eaux vives doivent être titulaires d'une autorisation du canton du domicile ou du siège, qui ne peut être délivrée qu'à l'issue d'un processus de certification.
C. A._ a reçu le 26 janvier 2016, du Service du développement économique du canton du Valais (ci-après: le SDE), l’autorisation d’organiser des activités de canyoning, rafting et descentes en eaux vives en vertu de la LFGM et de son ordonnance d’application (à savoir l’ordonnance fédérale du 30 novembre 2012 sur les guides de montagne et les organisateurs d'autres activités à risque - OFGM; RS 935.911). Cette autorisation fédérale était valable jusqu'au 25 janvier 2018.
D. Le 19 janvier 2016, la société a déposé une demande d'autorisation pour une manifestation qui devait se dérouler à ******** le 1er mai 2016 et le 30 septembre 2016.
Par décision du 18 mars 2016, la manifestation en question a été autorisée, notamment par la Cellule des manifestations de la Police cantonale vaudoise.
E. L’entreprise D._ (ci-après: D._), qui est spécialisée dans l’inspection, le contrôle, l’analyse et la certification, a réalisé le 2 juillet 2015 un audit de certification du système de management de A._, dans le but de vérifier sa conformité aux exigences de la norme "Safety in adventures". Le responsable d'audit E._ était alors accompagné de l'expert F._.
D._ a rendu son rapport d’audit le 24 juillet 2015. Ce rapport identifiait six déviations majeures et quatre déviations mineures dans le système de management de A._ et recommandait que la certification soit suspendue jusqu'à ce que les actions correctives à mettre en œuvre soient jugées satisfaisantes. Il était précisé que les corrections, l'analyse des causes et les actions correctives prévues pour les déviations majeures devraient être réalisées immédiatement et qu'un audit complémentaire devrait être effectué sur site pendant un jour afin d’en vérifier l'efficacité. Les corrections, l'analyse des causes et les actions correctives prévues pour les déviations mineures devraient ensuite être documentées dans un plan d'action.
S’agissant du déroulement de l'audit, le ch. 8 du rapport mentionnait ceci (sic):
"L'audit de l'organisme a été effectué dans de conditions très difficiles, avec de nombreux documents n'ayant pas été fourni avant l'audit, et l'accès à de nombreux documents et enregistrements n'étant pas possible durant l'audit. Par ailleurs, l'audité n'a pas souhaité répondre à de nombreuses questions posés par l'auditeur et l'expert pour établir dans quel mesure l'organisme répond ou pas aux exigences de la Norme.
L'audit de l'activité de rafting avec des participants l'après-midi a été rendu très difficile, d'une part par la manque de volonté de l'auditer à auditer l'équipe d'audit dans l'activité, et d'autre part par de faux informations qui ont été relayés par l'audité quant à la base de départ de l'activité rafting. L'équipe d'audit a été réduit à un audit très succinct des guides au départ et à la fin de la descente, sans pouvoir constater l'ensemble du déroulement.
Il n'a pas été possible d'effectuer une clôture de l'audit en présentant les constats et les conclusions de l'audit, l'audité n'étant toujours pas d'accord avec les constats et agissant d'une manière agressive avec l'équipe d'audit (injures, vol de documents du véhicule de l'auditeur).
[...]".
Le 19 février 2016, D._ a rendu un rapport de suivi d'audit, qui était destiné à évaluer les actions entreprises par A._ en réponse aux déviations qui avaient été identifiées lors de l'audit du 2 juillet 2015. Ce rapport confirmait que les déviations en question avaient été clôturées et que le système de management de la société fonctionnait de manière efficace et respectait en outre les exigences du référentiel "Safety in adventures". D._ recommandait par conséquent d'accorder la certification à A._.
D._ a informé A._, le 23 février 2016, qu'elle était parvenue à clore toutes les dernières non-conformités qui avaient été mises en évidence et qu'elle devrait néanmoins se soumettre à un audit complémentaire de vérification. En date du 1er mars 2016, D._ a encore indiqué que si les actions correctives proposées avaient pu être validées à l'issue de cinq cycles de revue, la procédure nécessitait encore de procéder à un audit de vérification afin de pouvoir clôturer les non-conformités restantes.
E._ et F._ se sont rendus le 18 mai 2016 sur le site de A._ pour procéder à l’audit de contrôle. Celui-ci n'a toutefois pas pu être réalisé, car il a été interrompu de manière prématurée en raison d’une mésentente entre E._ et les associés B._ et C._.
La tentative d'audit a donné lieu à un rapport d’audit du 23 mai 2016, qui exposait que l'équipe d'audit n'avait pas pu conduire l'audit à son terme car les conditions nécessaires à sa réalisation n'étaient pas réunies. Les ch. 5 et 6 du rapport apportaient les précisions suivantes:
"[...]
5. Constats d'audit
La direction de l'organisme n'étant pas convaincue le jour de l'audit de l'utilité et du bien fondé de la démarche de certification Safety in Adventures, et a constamment questionné l'équipe d'audit attendant qu'elle lui en fasse la démonstration.
Durant ces échanges, l'équipe d'audit a ressenti une forte agressivité envers elle qui rendait le dialogue impossible. Après avoir passé une heure de temps à essayer d'obtenir les éléments de preuve permettant de mener l'audit à bien, l'équipe d'audit a été contrainte de prendre la décision d'interrompre l'audit.
6. Conclusions
L'équipe d'audit recommande (...) de reporter la certification de l'organisme jusqu'à ce que les conditions nécessaires à la réalisation d'un nouvel audit soient réunies.
Si l'organisme souhaite se présenter à nouveau à la certification, il convient de reprendre le processus de certification depuis le début.
[...]"
F. Le 17 juin 2016, le SDE a retiré avec effet immédiat à A._ l'autorisation fédérale d'exploiter qui lui avait été octroyée le 26 janvier 2016. Il a considéré que la société ne remplissait plus les conditions d'octroi de cette autorisation, puisqu’elle n'avait pas obtenu un résultat positif lors de l'audit du 18 mai 2016.
A._ a formé une réclamation contre cette décision en date du 28 juin 2016. Le SDE a rejeté la réclamation le 2 septembre 2016, en retenant qu'aucune autorisation ne pourrait être délivrée tant que la société ne serait pas au bénéfice d'une certification. Il a par ailleurs estimé que les griefs relatifs aux problèmes rencontrés pendant le déroulement de l'audit de contrôle n’étaient pas déterminants. A._ a recouru contre cette décision le 5 octobre 2016 devant le Conseil d'Etat du canton du Valais. L'issue de cette procédure ne ressort pas du dossier.
G. Le 22 juin 2016, suite au retrait de l'autorisation fédérale d'exploiter, le Service de la circulation routière et de la navigation du canton du Valais (ci-après: le SCN) a retiré avec effet immédiat à A._, d'une part, une autorisation de louer des rafts avec équipage qu'il lui avait accordée le 16 mars 2012, et d'autre part, une autorisation de naviguer sur certains parcours du Rhône (******** et ********) au moyen de rafts qu'il lui avait délivrée le 2 mai 2016. Le 28 juin 2016, la société a interjeté recours contre cette décision devant le Conseil d'Etat du canton du Valais. L'issue de cette procédure ne ressort pas du dossier.
H. Par décision du 1er juillet 2016, prise en application des art. 2 al. 2 et 27 al. 1 de la loi fédérale du 3 octobre 1975 sur la navigation intérieure (LNI; RS 747.201), la Cellule des manifestations de la Police cantonale vaudoise a retiré à A._ l'autorisation de pratiquer le rafting, le canyoning et toute descente de rivière en eaux vives qu'elle lui avait délivrée le 18 mars 2016, en retirant l'effet suspensif d'un éventuel recours. Se référant aux décisions valaisannes des 17 et 22 juin 2016 précitées, elle a considéré que la société ne remplissait manifestement plus les conditions pour pratiquer les activités concernées, y compris sur le territoire vaudois.
I. Par acte du 8 juillet 2016, A._ a recouru contre la décision précitée devant la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal, en concluant à son annulation. Elle a également demandé la restitution de l’effet suspensif au recours.
Le 22 juillet 2016, le juge instructeur a restitué l'effet suspensif au recours.
J. En date du 25 juillet 2016, l'Office de la circulation routière et de la navigation du canton de Berne a retiré avec effet immédiat à la société recourante l'autorisation d'organiser des courses de river-rafting sur la Sarine (gare de ******** jusqu'à la frontière cantonale) et la Simme, dont elle bénéficiait depuis le 12 février 2016 pour la saison 2016, soit du 1er mai au 29 septembre 2016. L'office a estimé que les conditions requises pour l'organisation de courses de river-rafting présentant un degré de difficulté III sur les cours d'eau en question n’étaient plus réalisées.
K. L'autorité intimée a déposé sa réponse au recours le 8 août 2016, en concluant à son rejet. Elle a par ailleurs requis la suspension de la procédure jusqu'à droit connu dans les procédures pendantes dans le canton du Valais.
La société recourante a déposé un mémoire complémentaire le 25 août 2016 et l'autorité intimée des déterminations complémentaires en date du 7 octobre 2016.
La Cour de céans a tenu une audience le 29 novembre 2016 en présence des associés gérants de la société recourante, assistés de leur conseil, ainsi que, pour l’autorité intimée, de G._, chef de la Police administrative, et H._, responsable du Bureau des manifestations nautiques. Trois témoins ont également été entendus. Le compte-rendu de l'audience comporte les précisions suivantes:
"[...]
Le témoin F._, expert externe de D._ (ci‐après: D._), domicilié à ******** (France), est introduit. Il déclare ce qui suit :
« J'interviens pour la partie pratique des audits réalisés par D._. Le 2 juillet 2015, j'ai participé au premier audit réalisé pour A._. J'étais présent sur le site de la société et devais examiner le matériel. Je n'ai pas participé à la descente en raft qui a eu lieu. J'ai ensuite été associé au rapport de suivi d'audit du 19 février 2016, en ce sens que E._ me tenait informé des démarches. J'ignore si l'audit du 18 mai 2016 était un audit de surveillance. Ce jour-là, après notre arrivée à la base de A._, nous avons préparé le matériel et sommes montés assez rapidement dans un véhicule pour nous rendre au point de départ de la descente (cours du Rhône au bois de Finges). Durant le trajet, le ton est monté entre les organes de la société et E._. Il était question de l’utilité de la démarche, qui était comparée à d’autres procédures d’audit en Europe. E._ a décidé de mettre un terme à l'audit car il estimait que les conditions nécessaires à sa bonne marche n'étaient pas réunies. Le véhicule s'est arrêté au point de rencontre avec les clients. Nous en sommes descendus et avons appelé un taxi pour retourner à notre voiture. Nous avons encore un peu discuté avec les organes de la société avant l'arrivée du taxi. Il était prévu que nous fassions une descente en rafting. Je devais contrôler tous les points de sécurité pour vérifier que le système de gestion de A._ était cohérent avec la politique de cette société. Je précise qu'il existe une liste de points à vérifier pour le matériel. Tel n'est en revanche pas le cas pour une descente en rivière.
Interpellé par Me Coudray, je confirme que les frères B._ et C._ étaient prêts à me faire effectuer une descente en raft le 18 mai 2016 et qu'il n'y avait pas d'obstacle technique à ce qu'elle ait lieu. Une descente aurait été un bon moyen de vérifier que A._ présentait toutes les garanties requises en matière de sécurité. Entre le 2 juillet 2015 et le 18 mai 2016, je n'ai pas fait de descente en raft avec A._. Je renonce à répondre à la question de savoir si la société présenterait un danger pour ses clients, car c’était l’objet de l’audit auquel je participais en qualité d’expert. Ce que je peux dire, c’est que lors du premier audit de juillet 2015, tout le matériel était en ordre. J'ignore si la société a connu des accidents dans le cadre de son activité. Je ne reçois pas ce type d'information lorsque je réalise des audits pour d'autres sociétés. »
Libéré, le témoin quitte la salle.
Le témoin E._, auditeur pour D._, domicilié à ********, est introduit. Il déclare ce qui suit:
« D._ est mandatée par la Confédération pour réaliser les audits des entreprises qui proposent des activités à risque en Suisse. Il s'agit de la seule société active dans ce domaine. Le 2 juillet 2015, nous avons effectué pour la première fois un audit pour A._ en appliquant les exigences du référentiel de "Safety in adventures". Il s'agissait d'un audit sur site. Nous avons examiné les aspects documentaires pendant la première partie de la journée, puis les aspects pratiques (activités avec les clients). Lors du premier audit, nous n'avons pas pu délivrer la certification à l'entreprise puisque nous avions identifié six non-conformités majeures. Le 19 février 2016, nous avons effectué un rapport de suivi qui se rapportait uniquement à la partie documentaire de l'audit. Pour ce faire, nous avons réclamé à cinq reprises des documents complémentaires à la société. Les non-conformités majeures ne pouvaient quant à elles pas être résolues seulement dans le cadre de revues documentaires. Nous avons donc décidé de faire un nouvel audit de vérification sur site en mai 2016 dans le but de vérifier que toutes les rectifications jugées nécessaires avaient été entreprises et de les valider. En principe, une telle vérification se fait assez rapidement. Cependant, dans le cas particulier, il a été très difficile d'atteindre cette étape puisque nous avons d'abord dû procéder à cinq revues documentaires.
Le 18 mai 2016, à notre arrivée à la base de A._, nous avons convenu avec les organes de la société de commencer par l'activité pratique et de finir par l'activité documentaire. Nous avons ensuite été pressés de monter dans un véhicule pour rejoindre le lieu de départ de la descente en raft. Durant le trajet, j'ai commencé l'audit en expliquant le déroulement de la journée et de l'audit aux organes de la société. Ceux-ci ont immédiatement commencé à me faire des remarques et à me questionner au sujet de mes compétences, des avantages de la norme "Savety in adventure" et des pratiques en la matière ailleurs en Europe. Ce faisant, ils ont selon moi démontré qu'ils n'étaient pas au clair avec le référentiel de "Safety in Adventure" et qu'ils n'avaient pas la volonté de s'y soumettre. J'avais déjà été confronté à cette situation lors du premier audit. Au vu de leur attitude, j'ai considéré qu'ils n'étaient pas prêts à se faire auditer et à coopérer et que l'audit ne pourrait pas être convenablement mené à son terme. Ainsi, après une quinzaine de minutes de discussions de ce type dans le véhicule, j'ai pris la décision d'arrêter l'audit car je n'arrivais pas à faire correctement mon travail. F._ et moi-même sommes descendus du véhicule et avons appelé un taxi pour rentrer. Après cet incident, compte tenu du fait que nous n'avions pas pu vérifier sur site que les déviations constatées le 2 juillet 2015 avaient été corrigées, j'ai considéré que celles-ci étaient restées ouvertes. J'ajoute que j'estime avoir fait de mon mieux pour mener le processus d'audit à son terme, sans toutefois y parvenir. A mon avis, les organes de A._ ont des difficultés à comprendre l'activité d'audit. Ils n'avaient en effet pas préparé les documents requis à l'avance et la visite sur site s'est mal déroulée.
A._ a toujours la possibilité d'effectuer un nouvel audit de certification auprès de D._. Il faudra toutefois le reprendre depuis le début. Cette solution ne me semble pas trop sévère dès lors qu'elle s'inscrit dans le schéma classique de l'audit, qui s'échelonne sur trois ans. Ce schéma consiste à réaliser un audit de certification la première année, puis deux audits de contrôle les deux années suivantes. Il convient ensuite de recommencer le cycle avec un nouvel audit de certification. Dans le cas particulier, la société peut d'ores et déjà procéder à l'audit documentaire. L'audit de certification devra quant à lui avoir lieu pendant la belle saison. Un nouvel audit coûterait environ 3'500 fr. pour la première année et un total de 6'000 fr. à 7'000 fr pour les trois ans. Je pourrais l'effectuer ou confier ce travail à mes collègues.
A la demande de Me Coudray, je confirme que ni mon expert technique, ni moi-même n'avons fait de descente en raft avec A._. Le 2 juillet 2015, nous avons rencontré du retard pendant la première partie de la journée dans la vérification documentaire et nous n'avons donc pas pu participer à l'activité pratique. L'un des frères B._ ou C._ est parti sur le site de départ de la descente en raft et il était prévu de l'y rejoindre. Nous avons toutefois été envoyés sur le mauvais site et n'avons donc pas pu assister à l'activité pratique. Tout comme F._, je confirme qu'il n'y avait pas d'obstacle technique à faire la descente en raft le 18 mai 2016. Le fait que mon expert technique n'ait pas pu y participer n'est toutefois pas déterminant à mes yeux. Je considère en effet qu'il n'y avait plus de raison de faire la descente puisque l'audit n'allait de toute façon pas aboutir à un résultat positif. Je confirme qu'un auditeur a un devoir d'impartialité et j'estime que je suis encore impartial dans la présente affaire.
A la demande du président, j'indique que j'ai déjà audité une demi-douzaine de sociétés actives dans le même domaine que A._ et que je n'avais jamais interrompu un audit auparavant. C'est la première fois que je suis confronté à une attitude oppositionnelle de la part du client. Je pense que les organes de A._ n'ont pas compris le but de l'audit. Celui-ci doit servir en premier lieu à assurer la sécurité des usagers. »
Libéré, le témoin quitte la salle.
Le témoin I._, guide chez A._, domicilié à ******** (France), est introduit. Il déclare ce qui suit:
« [...]
A la demande de Me Coudray, j'indique ne pas me souvenir d'avoir encadré un auditeur dans le cadre d'une descente en raft le 2 juillet 2015. Ce jour-là, je m'occupais du transport des personnes de la base de la société au site de départ de la descente en raft. L'auditeur qui était présent m'a posé des questions sur l'activité de A._ et sur la sécurité en rivière, concernant par exemple les emplacements où l'on peut rencontrer des dangers objectifs. J'ai répondu que dans un milieu naturel, il existe des dangers partout et qu'il n'est donc pas possible de déterminer précisément des zones de dangers objectifs. Il faut savoir prendre la bonne décision en présence d'un danger concret. Cette personne m'a également interrogé sur mes conditions de travail et sur le management de l'entreprise. Je ne pense pas qu'elle avait de l'expérience en matière de secourisme ou d'intervention sur le terrain. Elle n'était d'ailleurs pas sur le bateau car nous ne pouvions pas accueillir de tierce personne dans le groupe. Je n'ai pas connaissance d'un accident majeur qui aurait eu lieu dans le cadre des activités organisées par A._. En revanche, il y a eu des cas de blessures légères. La sécurité est une question primordiale dans ce domaine et il s'agit de la politique de la société envers ses usagers.
A mon souvenir, l'audit du 2 juillet 2015 n'a pas été annoncé aux collaborateurs puisque l'auditeur présent n'a pas pu participer à la descente qui a eu lieu. Il n'a pas pu monter dans l'embarcation car le client – une école internationale – avait spécifié dans le contrat qu'il ne souhaitait pas que des tiers soient présents. De plus, à mon souvenir, l'embarcation était pleine. J'ajoute que dans le domaine du rafting, il faut jongler avec beaucoup d'éléments qui sont aléatoires. A cet égard, A._ est très organisée, en comparaison avec d'autres sociétés pour lesquelles j'ai travaillé. Elle a le souci de la sécurité avant tout. »
Libéré, le témoin quitte la salle.
B._ conteste les propos de E._ selon lesquels il aurait été envoyé sur le mauvais site de descente le 2 juillet 2015. Il relève en outre que la venue d'un auditeur et d'un expert technique avait été préparée ce jour-là mais qu'il n'y avait malgré tout plus de place sur les embarcations. Il explique qu'avec les écoles internationales, la société ne connaît pas à l'avance le nombre de participants.
C._ expose que l'auditeur avait été informé par e-mail qu'il n'y aurait pas de place pour l'expert technique le 2 juillet 2015. D._ a toutefois répondu que l'audit se tiendrait à cette date, à défaut de quoi la société n'obtiendrait pas sa certification.
Les recourants expliquent qu'ils n'ont pas pu exploiter leur société pendant toute la saison 2016 et qu'ils ont perdu leur crédibilité à l'égard de leurs collaborateurs et de leur clientèle. Compte tenu du changement de législation survenu en 2014, ils ont été contraints de commencer la saison 2015 sans avoir effectué d'audit et sans avoir été certifiés. Ils souhaitent aujourd'hui pouvoir continuer à travailler dans le milieu de rafting.
Les recourants contestent les remarques négatives contenues dans le rapport d'audit du 24 juillet 2015, en particulier les accusations de vol de documents contenues (cf. p. 17). S'agissant des accusations d'injures, B._ explique que E._ s'impatientait alors qu'il était en train de prendre en charge ses clients après la fin de la descente et que le ton est monté. E._ l'a alors menacé en lui faisant savoir qu'il n'obtiendrait pas son audit. B._ précise que les menaces ont commencé au début du processus d'audit déjà.
Les recourants expliquent que le 18 mai 2016, lors du trajet en voiture, ils ont posé des questions et donné leur point de vue à E._, sans pour autant se disputer avec lui. Ce dernier refusait d'entrer dans la discussion et a fini par s'énerver. A leur arrivée au point de rencontre avec les clients, il a décidé de partir et a demandé à son expert technique de renoncer à se rendre à la rivière.
B._ explique que son frère et lui avaient des difficultés à comprendre les exigences posées par E._ dans le cadre de l'audit. Ce dernier se préoccupait plus de l'aspect théorique de l'audit que de son côté pratique. B._ souligne que sa société accorde une grande importance au management de la sécurité et que ses collaborateurs y ont toujours été sensibilisés. Tous les audits réalisés avant l’intervention de E._ étaient très positifs. La société a beaucoup d’expérience et la sécurité de la clientèle est un souci constant. Pour preuve, aucun accident majeur n’a eu lieu depuis le début de son activité.
G._ explique que la Police cantonale vaudoise s'est basée sur les différentes décisions rendues par les autorités valaisannes pour retirer à la société l'autorisation de pratiquer le rafting, le canyoning et toute descente de rivière en eaux vives qu'elle avait délivrée le 18 mars 2016.
B._ relève que sa société a toujours été certifiée jusqu'en 2014 et que l'audit du 2 juillet 2015 aurait logiquement dû être positif.
[...]"
Les parties ont eu la possibilité de se déterminer sur le compte-rendu de l’audience.
L. Le 1er décembre 2016, l'autorité intimée a rendu une nouvelle décision aux termes de laquelle:
"I. A._ n'a pas une interdiction générale de faire un usage accru ou particulier des voies d'eau sur territoire vaudois au sens de l'art. 2 al. 2 LNI.
II. A._ dépose à l'avance, pour chaque manifestation particulière qu'elle entend organiser, une demande d'autorisation spécifique, auprès de la Cellule des manifestations de la Police cantonale, sur la base de l'art. 2 al. 2 LNI".
Il ressort des considérants de la décision que la décision du 1er juillet 2016 concernait exclusivement les activités visées par la LFGM. Lors de l'audience du 29 novembre 2016, la Cour de céans avait toutefois exprimé l'idée que, selon elle, le champ d'application de la LNI ne se recoupait pas exactement avec celui de la LFGM, de sorte que le canton disposerait d'une marge de manœuvre pour autoriser une activité ne relevant pas de la LFGM, mais soumise à une autorisation LNI. Afin de se conformer aux indications données en audience, la Police cantonale vaudoise avait complété son prononcé du 1er juillet 2016 dans le sens du dispositif reproduit ci-dessus, en se fondant sur l'art. 2 al. 2 LNI, subsidiairement l'art. 27 al. 1 LNI.
M. La société recourante s'est déterminée en date du 12 décembre 2016 sur le compte-rendu de l'audience et sur la décision du 1er décembre 2016. L'autorité intimée a transmis de nouvelles déterminations le 19 décembre 2016.
N. La Cour a statué par voie de circulation.

Considérant en droit
1. Le recours est dirigé contre la décision de la Police cantonale vaudoise retirant à la société recourante l'autorisation de pratiquer le rafting, le canyoning et toute descente de rivière en eaux vives sur les eaux du territoire du canton de Vaud. Il se pose la question de savoir si le recours conserve un objet, compte tenu de la nouvelle décision que cette autorité a rendue le 1er décembre 2016.
2. Selon l'art. 75 let. a de la loi vaudoise du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative (LPA-VD; RSV 173.36), a qualité pour former recours toute personne physique ou morale ayant pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou ayant été privée de la possibilité de le faire, qui est atteinte par la décision attaquée et qui dispose d'un intérêt digne de protection à ce qu'elle soit annulée ou modifiée.
L'intérêt n'est digne de protection que s'il est actuel et pratique. Il faut un préjudice porté de manière immédiate à la situation personnelle du recourant (ATF 125 V 339 consid. 4a p. 343; 124 II 499 consid. 3b p. 504/505; 123 II 376 consid. 2 p. 378/379, et les arrêts cités). L'intérêt actuel et pratique doit perdurer jusqu'au moment où il est statué sur le recours, faute de quoi ce dernier est déclaré sans objet (ATF 128 II 34 consid. 1b p. 36; 123 II 285 consid. 4 p. 287, et les arrêts cités). Si l'intérêt actuel disparaît en cours de procédure, le recours devient sans objet, alors qu'il est irrecevable si l'intérêt actuel faisait déjà défaut au moment du dépôt du recours (ATF 142 I 135 consid. 1.3.1 p. 143; 139 I 206 consid. 1.1 p. 208, et la jurisprudence citée). De cette manière, les tribunaux sont assurés de trancher uniquement des questions concrètes et non de prendre des décisions à caractère théorique, ce qui répond à un souci d'économie de procédure (ATF 136 I 274 consid. 1.3 p. 276). Ainsi, une partie qui n'est pas concrètement lésée par la décision ne possède pas la qualité pour recourir.
Le Tribunal fédéral fait exceptionnellement abstraction de l'exigence d'un intérêt actuel lorsque la contestation peut se reproduire en tout temps dans des circonstances identiques ou analogues, que sa nature ne permet pas de la trancher avant qu'elle ne perde son actualité et que, en raison de sa portée de principe, il existe un intérêt public suffisamment important à la solution de la question litigieuse (ATF 139 I 206 consid. 1.1 p. 208, et la jurisprudence citée).
3. a) La LNI règle la navigation sur les voies d'eau suisses, y compris celles qui sont frontalières (cf. art. 1 al. 1). La navigation sur les voies d'eau publiques est libre dans les limites des dispositions de la loi (art. 2 al. 1 LNI). L'usage particulier et l'usage accru de ces voies d'eau sont néanmoins subordonnés à l'autorisation du canton sur le territoire duquel se trouve la voie d'eau utilisée (art. 2 al. 2 LNI). Les cantons, qui détiennent la souveraineté sur les eaux, peuvent ainsi interdire ou restreindre la navigation ou limiter le nombre des bateaux admis sur une voie d'eau si l'intérêt public ou la protection de droits importants le requiert (art. 3 LNI).
Selon la jurisprudence relative à l'art. 2 al. 2 LNI, les compétitions nautiques relèvent de l'usage accru des voies d'eau publiques et elles nécessitent par conséquent une autorisation du canton concerné. Ce dernier jouit d'un pouvoir d'appréciation dans la pesée des intérêts en présence; en particulier, il peut tenir compte d'intérêts publics autres que le simple maintien de la sécurité (cf. arrêts GE.2017.0100 du 21 août 2017 consid. 3a; GE.2008.0132 du 5 novembre 2009 consid. 4, et les références citées).
L'art. 27 LNI précise qu'une autorisation cantonale est nécessaire pour les manifestations nautiques (al. 1) et que le canton peut, pour un temps limité, interdire entièrement ou partiellement la navigation dans la zone de la manifestation (al. 2). Il ressort par ailleurs de l'art. 72 al. 1 de l'ordonnance fédérale du 8 novembre 1978 sur la navigation intérieure (ONI; RS 747.201.1) que les courses de vitesse, les fêtes nautiques ou toute autre manifestation pouvant conduire à des concentrations de bateaux ou gêner la navigation sont soumises à l'autorisation de l'autorité compétente. D’après l'art. 72 al. 2 ONI, l'autorisation sera accordée s'il n'y a pas lieu de craindre des atteintes importantes au déroulement normal de la navigation, à la qualité de l'eau, à l'exercice de la pêche ou à l'environnement, ou s'il est possible de les prévenir en mettant des conditions à la tenue de la manifestation et si la sécurité des personnes concernées est garantie (let. a), et si l'assurance responsabilité civile prescrite a été conclue (let. b).
En tant que loi-cadre, la LNI constitue la base légale permettant d'édicter des dispositions d'exécution uniformes, sans faire appel à d'autres bases légales existantes (conventions internationales, régale des postes, loi sur le registre des bateaux). Ces dispositions d'exécution peuvent se rapporter aussi bien à la navigation concessionnaire qu'à la grande navigation commerciale (notamment sur le Rhin) et la navigation de sport ou de plaisance. Des règles spéciales ne doivent être prévues que pour tenir compte des particularités de certains genres de navigation qui ne se prêtent pas à une réglementation uniforme (cf. Message du Conseil fédéral du 1er mai 1974 concernant un projet de loi sur la navigation intérieure, publié in FF 1974 I 1491, p. 1495).
b) La LFGM, entrée en vigueur le 1er janvier 2014, a été adoptée dans le but d'améliorer la sécurité des clients dans le domaine des activités sportives à risque (cf. rapport de la Commission des affaires juridiques du Conseil national du 27 mars 2009 relatif à l'initiative parlementaire "Assurer l'encadrement législatif de l'activité de guide de montagne et du secteur des activités à risque" publié in FF 2009 5411, p. 5414). Il s'agissait de pallier le fait que la Confédération et les cantons n'avaient pas encore, ou pas totalement, légiféré en la matière. En particulier, si la LNI réglementait l'activité de rafting, elle ne concernait toutefois pas la pratique du sport elle-même, mais le moyen utilisé (ibidem, p. 5419). La nouvelle loi avait ainsi pour objectif de combler un vide.
La LFGM régit l'offre d'activités proposées à titre professionnel dont on peut penser qu'elles présentent un risque ou un potentiel de danger accrus parce qu'elles se déroulent dans des sites montagneux ou rocheux ou des zones de cours d'eau dans lesquels les participants sont exposés à la montée des eaux, à des chutes de pierres ou de glace, à des avalanches ou à des risques de chute ou de glissade, et dont la pratique nécessite des connaissances ou des mesures de sécurité particulières (ibidem, p. 5426; voir aussi art. 1 al. 1 LFGM).
L'art. 3 LFGM soumet l'exercice des activités régies par la loi à l'octroi d'une autorisation. A cet égard, l'art. 3 al. 1 OFGM prévoit ce qui suit:
"Une autorisation est requise pour proposer les activités suivantes:
[...]
i. canyoning;
j. rafting sur des rivières d'eaux vives présentant un degré de difficulté égal ou supérieur à III conformément à l'annexe 3, avec un raft au sens de l'art. 2, let. a, ch. 12 de l'ordonnance du 8 novembre 1978 sur la navigation intérieure;
k. descentes de rivières d'eaux vives présentant un degré de difficulté égal ou supérieur à III conformément à l'annexe 3, avec un bateau gonflable ou un engin de sport tel que le canoë, le kayak, l'hydrospeed, le funyak ou les tubes;
[...]".
L'autorisation est accordée à l'entreprise à condition qu'elle bénéficie d'une certification pour les activités à risque en question et qu'elle offre toute garantie de remplir les devoirs imposés par la loi (art. 6 al. 1 LFGM). L'autorité cantonale du domicile ou du siège du requérant délivre l'autorisation (art. 7 al. 1 LFGM), qui est valable sur l'ensemble du territoire suisse (art. 8 al. 1 LFGM) pour une période de deux ans (art. 9 al. 2 LFGM). Elle retire l'autorisation lorsque les conditions exigées pour son obtention ne sont plus remplies (art. 10 LFGM).
c) Ainsi, le canton du siège de l'entreprise est compétent pour autoriser la pratique d'activités sportives présentant un danger accru compte tenu de la zone de cours d'eau dans laquelle elles s'exercent, et cette autorisation est valable sur tout le territoire suisse. Les autres cantons conservent quant à eux la possibilité d'autoriser des compétitions ou manifestations nautiques sur les eaux de leur territoire, pour autant qu'il ne s'agisse pas d'activités à risque entrant dans le champ d'application de la LFGM (cf. rapport du 27 mars 2009 précité, p. 5429, selon lequel les cantons, s'ils ne peuvent soumettre les activités visées par la loi à aucune exigence supplémentaire, ont la faculté d'édicter, pour leur territoire, des règles de police économique ou sanitaire supplémentaires, dans la mesure où celles-ci ne concernent pas le même objet que la LFGM). Cette compétence découlant de la LNI est résiduelle et a une portée territoriale limitée.
4. a) En l'espèce, le recours tend à l’annulation de la décision de la Police cantonale vaudoise du 1er juillet 2016 retirant à la société recourante l'autorisation de pratiquer le rafting, le canyoning et toute descente de rivière en eaux vives qui lui avait été octroyée le 16 mars 2016. Après le dépôt du recours, l'autorité intimée a rendu le 1er décembre 2016 une décision aux termes de laquelle la recourante n'a pas une interdiction générale de faire un usage accru ou particulier des voies ou plans d'eau sur le territoire vaudois, mais doit solliciter à l'avance une autorisation spécifique pour chaque manifestation particulière qu'elle entend organiser.
b) La société recourante soutient que la décision du 1er décembre 2016 n'aurait aucune portée pratique pour elle, du fait que ses activités principales sont le rafting et le canyoning, et modifierait la décision attaquée dans la seule mesure où elle renonce à prononcer une interdiction générale de faire usage des voies ou plans d'eau sur le territoire vaudois. Le présent recours conserverait ainsi un objet.
Cette argumentation ne peut être suivie.
En effet, la société recourante a son siège à ********, de sorte que la délivrance de l'autorisation de proposer des activités de canyoning, rafting et descentes en eaux vives sur les voies d'eau en Suisse en vertu de la LFGM relève de la seule compétence des autorités valaisannes. Dans un tel cas, les autorités vaudoises ne peuvent rendre de décisions sur la base de la LFGM, mais bien, notamment, en application de la LNI (cf. consid. 3c ci-dessus), laquelle peut avoir un champ d'application plus large que la LFGM. C'est ce qu'a fait l'autorité intimée, qui a au surplus relativisé, dans sa nouvelle décision du 1er décembre 2016, son prononcé du 1er juillet 2016, dont la portée était déjà limitée par le fait qu'il annulait l'autorisation donnée le 16 mars 2016 pour une manifestation déterminée.
Dans la mesure où elle prévoit que la recourante n'est pas sous le coup d'une interdiction générale de faire un usage accru ou particulier des voies et plans d'eau, mais doit déposer pour chaque manifestation une demande d'autorisation au sens de l'art. 2 al. 2 LNI, la nouvelle décision - de nature constatatoire - ne fait qu'appliquer le régime général auquel est soumise toute activité constituant un usage particulier ou accru des voies et plans d'eau. Or, la recourante ne conteste pas que les descentes de rivières d'eaux vives, notamment en rafting ou canyoning, constituent un tel usage accru, comme cela ressort d'ailleurs, à tout le moins implicitement, de la décision du 18 mars 2016.
Dans ces conditions, la Cour ne discerne pas en quoi la société recourante aurait encore un intérêt actuel et pratique à l'annulation de la nouvelle décision du 1er décembre 2016, étant rappelé que l'autorisation fédérale d'exploiter son entreprise en vertu de la LFGM relève d'une autre procédure, menée en Valais, et que l'autorité intimée a pour sa part agi dans le cadre de sa compétence en rendant une décision fondée sur la LNI.
S'agissant de la demande de la société recourante tendant à ce que la Cour contrôle à titre préjudiciel le bien-fondé de la décision du SDE du 17 juin 2016, il convient de relever que l'art. 8 LFGM prévoit que les autorisations délivrées par une autorité cantonale sont valables sur l'ensemble du territoire suisse. Cette conséquence s'impose également au regard notamment de l'art. 2 al. 6 de la loi fédérale du 6 octobre 1995 sur le marché intérieur (LMI; RS 943.02; concernant les rapports entre cette loi et la LFGM, voir le rapport du 27 mars 2009 précité, p. 5423 ss). L'autorité cantonale compétente pour délivrer l'autorisation est celle du siège de la société (art. 7 al. 1 LFGM). Elle est également compétente pour prendre les mesures nécessaires si elle constate que les prescriptions de la loi ou de l'ordonnance ne sont pas respectées (art. 18 al. 1 OFGM). La recourante doit par conséquent être renvoyée à agir dans les procédures devant les instances du canton du Valais.
c) Le recours a ainsi perdu son objet (cf. consid. 2 ci-dessus). Il convient dès lors de rayer la cause du rôle et de statuer sur les frais et les dépens (art. 91, 94 al. 1 let. c et 99 LPA-VD).
5. a) Lorsqu'un procès devient sans objet ou que les parties cessent d'y avoir un intérêt juridique, il convient de statuer sur les frais et dépens en tenant compte de l'état de fait existant avant l'événement mettant fin au litige et de l'issue probable de celui-ci (ATF 125 V 373 consid. 2a p. 375).
La question n'a pas à être tranchée sur la base d'un examen approfondi, mais à la lumière des principes régissant le sort des frais et dépens lorsque l'affaire est classée avant jugement (arrêts TA GE.2006.0114 du 2 juin 2007 consid. 1; AC.1998.0209 du 13 décembre 2004 consid. 1). En pareil cas, le juge tient compte de la position adoptée par chaque partie en début de procédure, afin de déterminer si et dans quelle mesure elle obtient ou non l'allocation de ses conclusions. En principe la partie qui acquiesce est censée succomber (RDAF 1994 p. 324, consid. 2b; André Grisel, Traité de droit administratif, Vol. II 1984 p. 846; Martin Bernet, Die Parteientschädigung in der schweizerischen Verwaltungsrechtspflege, 1986, n. 255, p. 145).
Il arrive aussi que le recours soit retiré ou devienne sans objet pour des motifs qui n'impliquent ni désistement ni acquiescement de la part d'aucune des parties. Dans cette hypothèse, il convient de tenir compte, sur la base d'un examen sommaire du dossier, de l'issue probable du litige avant que le recours ne devienne sans objet (cf. Martin Bernet, op. cit., ch. 253, p. 144). S'il n'est pas en mesure de supputer les chances de succès sur la base d'un examen sommaire du dossier, le juge appliquera les principes généraux du droit de procédure, selon lesquels il y a lieu de mettre les frais et dépens à la charge de la partie qui a provoqué la procédure devenue sans objet ou chez qui résident les motifs pour lesquels elle a pris fin de la sorte (ATF 118 Ia 494/495 consid. 4a).
b) En l'occurrence, l’autorité intimée s’est fondée essentiellement sur les décisions des autorités valaisannes pour retirer l'autorisation de pratiquer le rafting, le canyoning et toute descente de rivière en eaux vives, en revenant sur l'autorisation du 16 mars 2016. Dans sa nouvelle décision du 1er décembre 2016, elle a d'ailleurs relativisé son prononcé du 1er juillet 2016, compte tenu de nouveaux éléments apparus en audience.
On ne saurait faire grief à l'autorité intimée de s'être basée sur le prononcé de l'autorité valaisanne, seule compétente en vertu de la LFGM. D'un autre côté, il résulte des considérants ci-après que la présente procédure - faisant suite à la procédure valaisanne - n'est pas imputable à la seule recourante, puisque la procédure d'audit ne paraît pas échapper à toute critique.
6. a) L'autorisation d'exercer des activités de canyoning, rafting et descentes en eaux vives est accordée à l'entreprise concernée pour autant qu'elle bénéficie d'une certification pour ces activités et qu'elle offre toutes les garanties de remplir les devoirs imposés par la loi (art. 6 al. 1 LFGM). L'OFGM réglemente le processus de certification. L'organisme de certification doit être accrédité (art. 10 OFGM) et doit s'appuyer sur un système de gestion de la sécurité ayant été jugé apte à servir de base pour la certification par le Service d'accréditation suisse (SAS) et reconnu par le Département fédéral de la défense, de la protection de la population et des sports (art. 11 al. 1 OFGM). Selon l'art. 11 al. 2 OFGM, le système de gestion de la sécurité doit prévoir, entre autres, que la certification sera établie tant sur la base de documents écrits que sur la base d'un contrôle des pratiques prestataires (let. e), que le contrôle aura lieu chaque année et que les éventuels manquements constatés seront corrigés dans un délai donné (let. f). L'art. 12 OFGM prévoit que le Département fédéral de la défense, de la protection de la population et des sports peut soutenir la fondation "Safety in adventures" en vue du développement de systèmes de gestion de la sécurité appropriés dans le domaine des activités à risque. A teneur de l'art. 18 OFGM, l'autorité cantonale habilitée à délivrer l'autorisation peut prendre les mesures nécessaires si elle constate que les prescriptions de la loi ou de l'ordonnance ne sont pas remplies (al. 1). Toutefois, s’il apparaît que le manquement sera corrigé, elle doit fixer un délai approprié pour sa correction (al. 2). L'autorisation peut être retirée uniquement s'il apparaît que le manquement ne sera pas corrigé et que la poursuite de l'activité en deviendra alors indéfendable (al. 3).
b) En l'espèce, l'audit de certification qui a été réalisé le 2 juillet 2015 a identifié six déviations majeures et quatre déviations mineures aux exigences de la norme "Safety in adventures", ce qui, d’après le rapport d'audit du 24 juillet 2015, a conduit à la suspension de la certification jusqu'à ce que les actions correctives à mettre en œuvre soient jugées satisfaisantes. Le rapport de suivi d'audit du 19 février 2016 a ensuite confirmé que toutes les déviations qui avaient été identifiées lors de l’audit avaient été clôturées et que le système de management de la société fonctionnait de manière efficace et respectait les exigences du référentiel "Safety in adventures". Il recommandait ainsi d'accorder la certification à la recourante. Cette dernière a cependant été informée, le 23 février 2016, qu'elle devrait auparavant effectuer un audit de contrôle. Or, cet audit n'a pas pu être mené à son terme. Il résulte en effet du rapport d'audit du 23 mai 2016 et des explications que E._ a données à l'audience que l'équipe d'audit aurait été contrainte de prendre la décision d'interrompre l'audit en raison de l'attitude oppositionnelle des représentants de la société recourante, qui n'avaient clairement pas la volonté de s'y soumettre.
Les associés de la société recourante affirment en revanche qu'ils se seraient contentés de discuter de l'audit avec E._ à l'occasion d'un trajet en voiture qui devait les mener au lieu de départ d'une descente en raft et que ce dernier aurait rapidement montré des signes d'énervement à ce sujet. Il aurait ainsi décidé de mettre un terme à l'audit sur le coup d'un "agacement", une trentaine de minutes seulement après son commencement. Sur ce point, E._ a lui-même indiqué à l'audience qu'il avait décidé d'arrêter l'audit après une quinzaine de minutes dans le véhicule, parce que les questions et remarques des associés démontraient qu'ils n'étaient pas prêts à se faire auditer et à coopérer et que l'audit ne pourrait donc pas être convenablement mené à son terme.
c) Il n'est pas possible de déterminer avec certitude quels ont été les rapports entre l'équipe d'audit et les représentants de la société recourante le 18 mai 2016. Cela étant, l'interruption de l'audit résulte plus vraisemblablement d'un conflit entre eux que d'une prétendue attitude oppositionnelle de la part des personnes auditées. Dans ces circonstances, il eût été préférable que le rapport d’audit du 23 mai 2016 se limite à constater l’interruption de la procédure d’audit, puisqu’aucune vérification n’avait pu être effectuée. En particulier, E._ et F._ n'avaient pas fait la descente en raft, alors qu'il n'y avait selon eux pas d'obstacle technique à ce qu'elle ait lieu. F._ a en outre précisé qu'une descente en raft aurait été un bon moyen de vérifier que la société recourante présentait toutes les garanties requises en matière de sécurité. La Cour constate toutefois que dans le rapport d'audit du 23 mai 2016, l'équipe d'audit indique qu'elle a décidé de reporter la certification jusqu'à ce que les conditions nécessaires à la réalisation d'un nouvel audit soient réunies. Elle mentionne de plus les déviations qui ont été relevées lors de l’audit du 2 juillet 2015 alors même que celles-ci ont été clôturées, ce qui est attesté par les conclusions du rapport de suivi d’audit du 19 février 2016, et précise que si la recourante souhaite se présenter à nouveau à la certification, il conviendra de reprendre le processus de certification depuis le début.
Il est ainsi a priori difficile d’accorder au rapport d'audit du 23 mai 2016 une portée juridique. Il semble que seul le rapport de suivi d’audit du 19 février 2016, qui précise que toutes les mesures de correction des déviations constatées dans l’audit du 2 juillet 2015 ont été prises et les déviations clôturées, aurait pu être déterminant pour apprécier les mesures de sécurité prises par la société recourante.
Quoi qu'il en soit, il apparaît au vu de ce qui précède que la procédure valaisanne, puis la procédure devant l'autorité intimée, ne peuvent être imputées à la seule recourante; la société chargée d'effectuer l'audit, qui n'est pas partie à la présente procédure, a aussi sa part de responsabilité dans le déclenchement de ces procédures. Dans ces conditions, il y a lieu de statuer sans frais, ni dépens - ceux-ci ne pouvant être mis à la charge de l'autorité intimée, qui était légitimée, comme il a été dit, à se baser sur la décision de l'autorité valaisanne.