Decision ID: 88077c1a-8515-412d-a062-699fae63e39f
Year: 2017
Language: fr
Court: VD_TC
Chamber: VD_TC_031
Canton: VD
Region: Région lémanique
Law Area: public_law

Vu les faits suivants
A. Divorcé, A._, né en 1947, est père de trois enfants aujourd'hui majeurs. Ingénieur de formation, il a travaillé dès octobre 2000 comme consultant indépendant en technologie de l'information. Il a exercé cette activité sous la raison individuelle ********. Parallèlement, dès 2005, il était employé de la société B._. Il a cessé son activité indépendante en 2009. Il est retraité depuis 2014.
B. a) A une date indéterminée, A._ a déposé sa déclaration d'impôt pour la période fiscale 2001/2002. Celle-ci ayant été détruite, les montants déclarés ne peuvent être retranscrits.
A une date indéterminée également, l'Office d'impôt du district de Lausanne (ci-après: l'office d'impôt) a adressé au contribuable la décision de taxation définitive relative à cette période. Il a arrêté le revenu imposable de l'intéressé à 66'500 fr. au taux de 66'500 fr. (66'400 fr. en matière d'impôt fédéral direct) et sa fortune imposable à zéro franc. Cette décision, qui n'a pas été contestée, est entrée en force.
b) Le 1er mai 2004, A._ a déposé sa déclaration d'impôt pour la période fiscale 2003. Il a annoncé un revenu imposable de 60'500 fr. et une fortune imposable nulle.
Par décision de taxation définitive du 20 avril 2005, l'office d'impôt a arrêté le revenu imposable de l'intéressé à 60'500 fr. au taux de 66'500 fr. (61'500 fr. en matière d'impôt fédéral direct) et sa fortune imposable à 38'000 francs. Cette décision, qui n'a pas été contestée, est entrée en force.
c) Le 4 juillet 2005, A._ a déposé sa déclaration d'impôt pour la période fiscale 2004. Il a annoncé un revenu imposable de 69'800 fr. et une fortune imposable de 59'000 francs.
d) Le 2 août 2006, A._ a déposé sa déclaration d'impôt pour la période fiscale 2005. Il a annoncé un revenu imposable de 119'100 fr. et une fortune imposable nulle.
e) Le 20 septembre 2007, A._ a déposé sa déclaration d'impôt pour la période fiscale 2006. Il a annoncé un revenu imposable de 120'100 fr. et une fortune imposable nulle.
C. Le 28 février 2007, l'office d'impôt, par l'intermédiaire de son inspectorat, a informé A._ qu'il allait procéder à un contrôle de ses comptes et des postes de ses déclarations d'impôt 2004 et 2005.
Le contrôle a eu lieu les 10 et 11 mai 2007. Il a été constaté que les déclarations d'impôt des périodes fiscales 2004 et 2005 et des années antérieures étaient inexactes, s'agissant notamment des charges commerciales invoquées.
Le 24 avril 2008, l'Administration cantonale des impôts (ACI), par l'intermédiaire de sa Division de l'Inspection fiscale, a informé A._ qu'une procédure pour soustraction d'impôt était ouverte à son encontre en raison des faits constatés lors du contrôle fiscal; il était précisé que l'avis suspendait la prescription du droit de taxer, ainsi que celle de l'action pénale pour les périodes litigieuses, à savoir 2001/2002, 2003, 2004 et 2005.
Il s'en est suivi des échanges de courriers et de courriers électroniques entre la mandataire d'alors de A._ et l'administration fiscale. Plusieurs pièces ont été produites.
Le 23 janvier 2009, l'ACI a adressé à A._ un avis de prochaine clôture de l'enquête pour soustraction fiscale, étendue dans l'intervalle à la période fiscale 2006.
Il s'en est suivi de nouveaux échanges de courriers et de courriers électroniques. Un entretien a par ailleurs eu lieu le 28 janvier 2010 dans les locaux de l'ACI.
Le 30 juin 2010, l'ACI a adressé à A._, pour tenir compte de sa bonne collaboration, une proposition de rectification par procédure simplifiée des déclarations litigieuses.
Le 7 septembre 2010, après avoir discuté des modalités d'un plan de remboursement, l'intéressé a donné son accord avec la proposition faite.
Des décisions de taxation définitives (rectifiées pour les périodes 2001/2002 et 2003 déjà taxées) ont dès lors été établies sur la base de la proposition de rectification du 30 juin 2010 et ont été notifiées au contribuable le 17 septembre 2010.
Par lettres des 11 et 17 octobre 2010, A._ a contesté ces décisions, faisant valoir que les corrections effectuées étaient nettement plus significatives que celles convenues.
Il s'en est suivi des échanges de courriers électroniques en vue de la fixation d'un entretien dans les locaux de l'ACI.
Le 18 décembre 2010, A._ a requis l'application de la procédure ordinaire (et non simplifiée). Il a réitéré cette requête le 11 avril 2011.
Par lettre du 15 juillet 2011, l'ACI a informé l'intéressé qu'elle avait pris note qu'il contestait définitivement la proposition de rectification par procédure simplifiée du 30 juin 2010; elle a précisé qu'une décision de rappel d'impôt et un prononcé d'amendes lui parviendraient prochainement.
Un nouvel avis de prochaine clôture de l'enquête pour soustraction d'impôt a été adressé le 30 mai 2013 à A._.
Le 8 août 2013, l'intéressé a fait savoir à l'ACI qu'il contestait les reprises envisagées. Il a précisé dans un courrier ultérieur qu'il souhaitait se défendre devant "une instance impartiale", invoquant notamment les art. 9, 29, 29a et 30 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst.; RS 101).
Le 4 décembre 2014, l'ACI a rendu une décision de rappel d'impôt et de taxation définitive et un prononcé d'amendes pour les périodes fiscales 2001/2002, 2003, 2004, 2005 et 2006. Elle a retenu que A._ avait comptabilisé dans les comptes de sa raison individuelle et porté en déduction de son revenu des charges (loyer, assurance, frais de représentation, frais de téléphone, etc.), qui relevaient entièrement ou partiellement de sa sphère privée. Elle a fixé les compléments d'impôts dus à 45'600 fr. 60 en matière d'impôt cantonal et communal (en abrégé: ICC) et à 12'181 fr. 60 en matière d'impôt fédéral direct (en abrégé: IFD). Quant aux amendes pour soustraction fiscale, respectivement tentative de soustraction, elle les a arrêtées à 23'300 fr. en matière d'ICC et à 5'800 fr. en matière d'IFD.
D. Le 5 décembre 2014, A._ a formé une réclamation contre cette décision. Il s'est plaint de la procédure appliquée et de la partialité de l'administration fiscale. Il a invoqué à nouveau les art. 9, 29, 29a et 30 Cst. Il a répété ses arguments dans des courriers ultérieurs.
Le 19 février 2015, le dossier a été transmis au Centre de Compétences Entreprises de l'ACI, comme objet de sa compétence.
Par décision du 15 septembre 2016, l'ACI a admis très partiellement la réclamation déposée par A._, en ce sens que les amendes prononcées pour les périodes fiscales 2005 et 2006 ont été annulées, ramenant ainsi le montant total des amendes à 23'100 fr. en matière d'ICC et à 5'700 fr. en matière d'IFD; la décision du 4 décembre 2014 a été confirmée pour le surplus.
E. a) Le 17 octobre 2016, A._ a recouru contre cette décision devant la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal (CDAP). Dans le délai imparti, il a régularisé son acte de recours, qui ne comportait pas de motivation suffisante. Le 27 octobre 2016, il a complété ses arguments. Le recourant invoque notamment la prescription pour les périodes fiscales 2001/2002 et 2003, remet en cause l'impartialité de la procédure menée par l'ACI et conteste avoir eu l'intention de commettre une soustraction fiscale, respectivement une tentative de soustraction.
Dans sa réponse du 22 décembre 2016, l'ACI a conclu au rejet du recours et à la confirmation de la décision attaquée. Invitée à se déterminer, l'Administration fédérale des contributions (AFC) n'a pas procédé.
Le recourant a déposé un mémoire complémentaire le 31 janvier 2017. Il a précisé par ailleurs qu'il souhaitait que la procédure soit menée de manière séparée et qu'elle porte dans un premier temps uniquement sur le volet "rappel d'impôt et taxation".
L'ACI s'est déterminée sur cette écriture le 9 février 2017.
b) Le tableau des reprises opérées par l'ACI s'agissant de l'ICC se présente comme il suit (celui concernant l'IFD est similaire à l'exception des éléments non soustraits; les corrections pour l'année de calcul 2004 s'élèvent à 19'417 fr. et concernent les déductions au titre de primes d'assurance, pour enfant et personne à charge et pour frais médicaux):
Code DI Années de calculs 1999 2000 2003 2004 2005 2006 déf. déf. déf. Non taxée Non taxée Non taxée Revenu net selon code 650 de la déclaration 66'968 66'968 60'507 71'965 119'951 120'164 ELEMENTS SOUSTRAITS TI- Début d'activité indépendante le 6 octobre 2000 (Le bénéfice de la période fiscale 2001-2002 est basé sur la moyenne des bénéfices 2001-2002) 180.00 Compte 4100 – Loyers (Domicile – appartement – 4 pièces) - Loyer: CHF 1'895.-/mois 22'740 22'740 17'055 - Loyer: CHF 1'985.-/mois 5'955 23'820 - Décompte Chauffage-eau chaude 797 Compte 4100 – Loyers (appartement de l'un de ses enfants) - Loyer (...): CHF 740.-/mois non admis 3'330 180.01 Compte 4110 – Autres charges loyers - Décompte Chauffage-eau chaude 739 647 - Divers frais non admis 540 633 - ECA – mobilier ménage 44 Compte 4600 – Electricité - Décompte Chauffage-eau chaude 801 ./. Part commerciale 30% - admise sur le loyer -7'062 -7'043 -7'259 -8'587 180.02 Comptes 4500 (6300) et 4502 (6310) – Assurances dommages, bris glace, vols et RC - Generali – Police ménage et RC – privé 357 354 324 351 358 384 - ECA - privé 18 20 28 28 180.03 Compte 4600 (6400) – Electricité, eau - SI – Electricité 806 657 603 735 875 ./. Part commerciale 30% - admise sur Electricité - eau -241 -197 -181 -221 -263 180.04 Comptes 4730 (6510) – Téléphones, Fax - Sunrise – concernant enfants - privé 932 1'633 2'302 1'911 180.05 Compte 6512 - Internet - Téléréseau - privé 247 247 297 180.06 Compte 4770 – Cotisations à associations & dons - Cotisation Holmes place – Fitness 2'670 ./. Part privée comptabilisée -1'707 - Divers frais privés – non admis 3'940 180.07 Compte 4820 (4830) – Frais de déplacement - 2ème abt de train – à double 2'602 - Hôtel- Frais de voyage – à double 4'354 - Vêtements – privé 1'863 1'575 - Amende 120 180.08 Compte 4810 (6641) et 4850 – Frais de représentation - Vêtements 18'193 12'237 7'573 - Fitness 1'439 - Divers frais privés 666 1'139 5'806 TOTAL DES ELEMENTS SOUSTRAITS 25'307 41'311 34'600 42'124 998 384 ELEMENTS NON SOUSTRAITS 300.00 Corrections de taxation Autres assurances de personnes déclarées – 3 enfants non admis 5'500 ./. Déduction admise -1'900 TOTAL DES ELEMENTS NON SOUSTRAITS 0 0 0 3'600 0 0 Déductions ICC codes 660 à 725 800 Nouveau revenu imposable – code 730 92'275 108'279 95'107 117'689 120'149 120'548
c) La cour a statué par voie de circulation.

Considérant en droit
1. Déposé dans le délai de trente jours fixé par l’art. 95 de la loi vaudoise du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative (LPA-VD; RSV 173.36), le recours est intervenu en temps utile. L'acte, qui a été régularisé dans le délai imparti, respecte au surplus les conditions formelles énoncées à l’art. 79 LPA-VD.
2. Le litige porte d'une part sur les reprises opérées par l'ACI dans le revenu déclaré du recourant pour les périodes fiscales 2001-2002, 2003 (objet de taxations définitives), 2004, 2005 et 2006 (qui n'ont pas été taxées), et d'autre part sur les amendes infligées pour soustraction et tentative de soustraction fiscale.
3. a) Les tribunaux cantonaux, lorsqu'ils se prononcent sur une question relevant tant de l'impôt fédéral direct que de l'impôt cantonal et communal, comme en l'occurrence, doivent en principe rendre deux décisions - qui peuvent toutefois figurer dans le même arrêt -, l'une pour l’impôt fédéral direct et l'autre pour l’impôt cantonal et communal, avec des motivations séparées et des dispositifs distincts, ou du moins un dispositif distinguant expressément les deux impôts. Cette exigence se justifie par le fait qu'il s'agit d'impôts distincts, qui reviennent à des collectivités différentes et font l'objet de procédures et de taxations séparées (ATF 135 II 260 consid. 1.3.1, et les références citées). Il y a lieu cependant de relativiser cette jurisprudence lorsque la question juridique à trancher par l'autorité cantonale de dernière instance est réglée de la même façon en droit fédéral et en droit cantonal harmonisé et peut, partant, être soumise à un raisonnement identique. Dans un tel cas, il est admissible de statuer sur le litige par un seul arrêt, sans que le dispositif ne distingue entre les deux catégories d'impôt; encore faut-il que la motivation de l'arrêt permette de saisir clairement que l'arrêt vaut aussi bien pour un impôt que pour l'autre (ATF 135 II 260 consid. 1.3.1).
b) En l'espèce, les questions à trancher sont les mêmes pour les deux catégories d'impôt. La problématique est réglée de manière identique en droit fédéral, en droit harmonisé et en droit cantonal. La cour statuera dès lors en un seul arrêt, sans distinguer entre l'impôt fédéral direct, d'une part, et l'impôt cantonal et communal, d'autre part, comme la jurisprudence qui vient d'être rappelée lui permet de le faire (cf. arrêts FI.2015.0069 du 11 juillet 2016 consid. 2; FI.2013.0033 du 8 janvier 2014 consid. 2).
4. En tant qu’il protège le droit de l'accusé de ne pas s'incriminer lui-même (selon l'adage "nemo tenetur se ipsum accusare vel procedere"), l'art. 6 de la Convention européenne de sauvegarde des droits de l'homme et des libertés fondamentales du 4 novembre 1950 (CEDH; RS 0.101) s’applique à la procédure fiscale de caractère pénal. En revanche, le contentieux qui se rapporte à la taxation fiscale n’entre pas dans le champ d’application de cette disposition; partant, la maxime précitée ne vaut pas dans ce domaine (arrêts de la Cour européenne des droits de l'homme Ferrazzini c. Italie du 12 juillet 2001, Recueil 2001-VII p. 327, par. 29, et J. B. c. Suisse du 3 mai 2001, Recueil 2001-III p. 455; ATF 138 IV 47 consid. 2.6.1 p. 51; 132 I 140 consid. 2.1; 121 II 257 consid. 4b, et les références citées). Afin d'éviter que les renseignements obtenus dans la procédure de taxation – à laquelle le contribuable a le devoir de collaborer – ne soient utilisés pour les besoins de la procédure pénale dans laquelle l'accusé a le droit de se taire, le Tribunal cantonal statue en deux étapes: il rend un arrêt partiel sur la taxation, avant de se prononcer, par un arrêt séparé, sur les amendes. Avec l'accord des contribuables toutefois, il peut adopter une procédure unifiée et rendre un arrêt unique statuant aussi bien sur la taxation que sur les amendes (arrêts FI.2015.0069 du 11 juillet 2016 consid. 3; FI.2010.0015 du 7 avril 2014 consid. 3 et les références citées). Interpellé sur ce point, le recourant a opté pour la procédure séparée. Le présent arrêt portera ainsi uniquement sur la taxation. Suivant le sort du recours, une nouvelle procédure sera ouverte, pour ce qui concerne les amendes.
5. a) Pour les périodes fiscales 2001-2002 et 2003 qui ont fait l'objet d'une taxation définitive et exécutoire, la reprise est soumise aux conditions du rappel d'impôt, qui seul autorise la réouverture par l’autorité fiscale d’une taxation entrée en force.
Selon les art. 151 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) et 207 al. 1 de la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI; RS 642.11), dont les teneurs sont identiques, lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque-là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
Le rappel d'impôt implique ainsi qu'une taxation n'a, à tort, pas été établie ou est restée incomplète, de sorte que la collectivité publique a subi une perte fiscale; il suppose aussi l'existence d'un motif de rappel. Ce motif peut résider dans la découverte de faits ou de moyens de preuve inconnus jusque-là, soit des faits ou moyens de preuve qui ne ressortaient pas du dossier dont disposait l'autorité fiscale au moment de la taxation (TF 2C_724/2010 du 27 juillet 2011 consid. 8.1 et les arrêts cités, in RDAF 2012 II 37). Selon la jurisprudence, l'autorité fiscale peut en principe considérer que la déclaration d'impôt est conforme à la vérité et complète (TF 2C_123 /2012 du 8 août 2012 consid. 5.3.4). Elle ne doit par conséquent se livrer à des investigations complémentaires que si la déclaration contient indiscutablement des inexactitudes flagrantes. Lorsque l'autorité fiscale aurait dû se rendre compte de l'état de fait incomplet ou inexact, le rapport de causalité adéquate entre la déclaration lacunaire et la taxation insuffisante est interrompu et les conditions pour procéder ultérieurement à un rappel d'impôt font défaut (TF 2C_104/2008 du 20 juin 2008 consid. 3.3 et les références citées). En revanche, des inexactitudes qui ne sont que décelables, sans être flagrantes, ne permettent pas de considérer que certains faits ou moyens de preuve étaient déjà connus des autorités au moment de la taxation (cf. arrêt TF 2C_26/2007 du 10 octobre 2007, consid. 3.2.2, in RDAF 2009 II 120). En particulier, que l'autorité de taxation puisse déduire de l'augmentation de fortune d'une année à l'autre qu'il y a eu des revenus non déclarés ne remplace pas une déclaration complète du revenu (TF 2P.15/2004 du 22 décembre 2004 consid. 5.3).
b) En droit fiscal suisse, l'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques (art. 16 al. 1 LIFD et 19 al. 1 LI). Sont notamment imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciales, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante (art. 18 al. 1 LIFD et 21 al. 1 LI).
Les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les frais qui sont justifiées par l'usage commercial ou professionnel (art. 27 al. 1 LIFD et 31 al. 1 LI). La justification commerciale d'une dépense dépend de son contexte. Sa nécessité effective pour l'entreprise n'est pas déterminante. Il suffit qu'il existe un rapport de causalité objectif entre la dépense et le but économique de l'entreprise. Le lien de causalité existe lorsque la dépense aurait été consentie par un gestionnaire ordinaire faisant preuve de la diligence objective requise par le droit commercial. Tel n'est pas le cas des dépenses encourues pour l'entretien et l'amortissement de biens acquis par l'entrepreneur qui ne servent qu'à son entretien ou à son propre plaisir. Dans ce cas, l'entrepreneur grève indûment le compte de résultats de son activité lucrative par des dépenses privées sous couvert de frais de représentation (TF 2A.295/2006 du 16 octobre 2006 consid. 4.2; 2P.153/2002 du 29 novembre 2002 consid. 3.2; 2A.461/2001 du 21 février 2002 consid. 2 et les références citées).
La distinction entre frais professionnels, déductibles, et frais privés, non déductibles, peut être délicate chez l'indépendant. Le critère pour départager les deux catégories de frais sera celui de son lien, ou de son absence de lien, organique avec la réalisation du revenu commercial. La dépense doit être de nature à générer, à maintenir ou à renouveler le revenu professionnel ou alors à en éviter la diminution ou la perte (Yves Noël, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2ème éd., Bâle 2017, n. 21 et 22 ad art. 27, et les références citées).
c) En procédure de taxation, la maxime inquisitoire prévaut. L'autorité n'est pas liée par les éléments imposables reconnus ou déclarés par le contribuable. Elle doit vérifier la déclaration d'impôt et procéder aux investigations nécessaires (art. 130 al. 1 LIFD et 172 LI). Si des indices paraissent mettre en doute l'exactitude de la déclaration, l'administration, après investigation, pourra s'en écarter et modifier les éléments du revenus en faveur ou en défaveur du contribuable (Peter Agner/Beat Jung/Gotthard Steinmann, Commentaire de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct, Zurich 2001, n. 2 ad art. 130, p. 421).
L'autorité doit apprécier les preuves avec soin et conscience. Sous cette réserve, elle forme librement sa conviction en analysant la force probante des preuves administrées, en choisissant entre les preuves contradictoires ou les indices contraires qu'elle a recueillis. Cette liberté d'appréciation, qui doit s'exercer dans le cadre de la loi, n'est limitée que par l'interdiction de l'arbitraire (Jean-Marc Rivier, Droit fiscal suisse, L'imposition du revenu et de la fortune, 2ème éd., Lausanne 1998, p. 139; Ernst Blumenstein/Peter Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 6ème éd., Zurich 2002, p. 403/404). Il n'est pas indispensable que la conviction de l'autorité de taxation confine à une certitude absolue qui exclurait toute autre possibilité; il suffit qu'elle découle de l'expérience de la vie et du bon sens et qu'elle soit basée sur des motifs objectifs (Martin Zweifel, Die Sachverhaltsermittlung im Steuerveranlagungsverfahren, Zurich 1989, p. 109).
Il peut arriver que, même après l'instruction menée par l'autorité, un fait déterminant pour la taxation reste incertain. Ce sont les règles générales du fardeau de la preuve qui s'appliquent pour déterminer qui doit supporter les conséquences de l'échec de la preuve ou de l'absence de preuve d'un tel fait. En matière fiscale, ce principe veut que l'autorité fiscale établisse les faits qui justifient l'assujettissement et qui augmentent la taxation, tandis que le contribuable doit prouver les faits qui diminuent la dette ou la suppriment (TF 2A.262/2006 du 6 novembre 2006 consid. 6.1 et les références citées). Il incombe ainsi à l'entrepreneur de prouver que ses charges sont justifiées par l'usage commercial ou professionnel et de supporter les conséquences de l'échec de cette preuve (TF 2A.295/2006 du 16 octobre 2006 consid. 4.3 et les références citées; ég. Noël, in Commentaire romand, op. cit., n. 2 ad art. 27).
6. Avant d'examiner le bien-fondé des reprises effectuées par l'ACI, il convient de traiter les griefs d'ordre procédural soulevés par le recourant.
a) Le recourant critique tout d'abord de manière générale la procédure menée par l'ACI qu'il juge partiale et inéquitable. Il invoque la violation des garanties générales de procédure, faisant notamment valoir n'avoir jamais eu l'occasion de s'expliquer.
Ces critiques sont infondées. Il ressort en effet des pièces du dossier que le recourant, notamment par l'intermédiaire de sa mandataire d'alors, a eu l'occasion de s'exprimer à plusieurs reprises durant la procédure. Il a pu ainsi se déterminer par écrit sur l'avis de prochaine clôture du 23 janvier 2009. Il s'est expliqué par ailleurs oralement sur les reprises envisagées lors de l'entretien du 28 janvier 2010. Une proposition de rectification par procédure simplifiée (sans prononcé d'amendes, mais avec une majoration des éléments soustraits) lui a été soumise le 30 juin 2010. Après avoir discuté des modalités d'un plan de remboursement, il a accepté cette proposition, avant de se raviser, ce dont l'ACI a pris acte. L'enquête s'est alors poursuivie selon la procédure ordinaire conformément aux art. 207 ss et 249 ss LI, respectivement 151 ss et 182 ss LIFD. Un nouvel avis de prochaine clôture, sur lequel il s'est déterminé par écrit, lui a été adressé le 30 mai 2013. L'ACI l'a par ailleurs invité à plusieurs reprises à prendre contact avec elle en vue de la fixation d'un nouvel entretien, invitation à laquelle le recourant n'a jamais donné suite. Au regard de ces éléments, on ne voit pas en quoi la procédure menée par l'ACI aurait été partiale et inéquitable. Contrairement à ce que le recourant semble croire, l'application de la procédure "ordinaire" (par opposition à la procédure simplifiée) qu'il a revendiquée à plusieurs reprises ne signifie pas qu'une autorité extérieure à l'administration fiscale vaudoise aurait dû instruire l'enquête ouverte à son encontre. Par ailleurs, les garanties de procédure judiciaire des art. 29a et 30 Cst., dont il se prévaut, s'appliquent uniquement devant les autorités judiciaires et non devant les autorités administratives comme l'ACI.
Ce grief doit être écarté.
b) Le recourant soulève également le moyen de la prescription.
aa) En matière d'impôt fédéral direct, l'art. 120 LIFD prévoit que le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale (al. 1). La prescription ne court pas ou est suspendue notamment pendant la durée des procédures de réclamation, de recours ou de révision (al. 2 let. a). Elle est interrompue notamment par tout acte de l'autorité tendant à fixer ou faire valoir la créance d'impôt (al. 3 let. a). Elle est acquise, dans tous les cas, quinze ans après la fin de la période fiscale (al. 4).
L'art. 120 al. 1 LIFD réserve l'application de l'art. 152 LIFD relatif au rappel d'impôt. Selon cette dernière disposition, le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète (al. 1). Le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte (al. 3). La jurisprudence a eu l'occasion de préciser que, pour les périodes fiscales bisannuelles (cf. art. 40 al. 2 LIFD dans sa teneur applicable avant le 1er janvier 2001), ce dernier délai commençait à courir après la fin de la deuxième année concernée, qui serait une année paire (ATF 140 I 168 consid. 6.1 et les références).
En matière d'impôt cantonal et communal, les art. 170 et 208 LI ont un contenu identique.
bb) En l'espèce, pour les périodes fiscales 2001-2002 et 2003 qui ont fait l'objet d'une taxation définitive, l'ACI a introduit la procédure de rappel d'impôt dans le délai de dix ans des art. 152 al. 1 LIFD et 208 LI en notifiant le 24 avril 2008 au recourant un avis d'ouverture d'une procédure pour soustraction fiscale. Par ailleurs, la prescription absolue du droit de procéder au rappel d'impôt n'arrivera à échéance pour la plus ancienne période en cause (2001-2002) qu'à fin 2017 (pour la prescription applicable à la période fiscale 2001-2002, cf. arrêt FI.2009.0002 du 21 janvier 2015 consid. 3 et TF 2C_173,174/2015 du 22 avril 2016 consid. 5.2). Pour les périodes fiscales 2004 à 2006 qui n'ont pas été taxées, la prescription du droit de taxer a été suspendue au cours de la procédure de réclamation devant l'ACI, puis de la présente procédure (art. 120 al. 2 let. a LIFD et 170 al. 2 let. a LI). La prescription absolue n'est en outre pas acquise.
Ce grief est également mal fondé. La question de la prescription de la poursuite pénale, qui entre également en ligne de compte, sera examinée dans l'arrêt portant sur le volet "amendes".
c) Le recourant se plaint encore de l'existence d'une "double imposition virtuelle et discriminatoire". Il souligne en effet qu'une partie des reprises, notamment les parts privées sur le loyer et les charges y relatives, est en effet effectuée sur les années 1999 et 2000 alors qu'il n'a été domicilié à ******** que depuis le 1er septembre 2000 et qu'il était auparavant contribuable genevois.
aa) Dans leur teneur en vigueur au 1er janvier 2001, les art. 79 al. 1 LI et 44 al. 1 LIFD disposaient qu'au début de l'assujettissement, le revenu était calculé: pour la période fiscale en cours, sur la base du revenu acquis du début de l'assujettissement à la fin de la période fiscale, converti en revenu annuel (let. a); pour la période fiscale suivante, sur la base du revenu acquis dès le début de l'assujettissement et pendant une année au moins, converti en revenu annuel (let. b).
Dans le système praenumerando qui a été appliqué dans le Canton de Vaud jusqu'à fin 2002 (cf. art. 271 LI) et qui impliquait un calcul du montant de l'impôt sur la base du revenu réalisé durant la période précédente (ainsi l'impôt de la période fiscale 2001-2002 se calculait sur la moyenne des revenus de la période 1999-2000), il se pouvait que l'assujettissement n'intervienne qu'au cours de la période de calcul ou de la période fiscale. En pareil cas, les autorités fiscales n'avaient pas d'autre alternative que de se fonder sur le calcul du revenu immédiat, le revenu réalisé par le contribuable avant son assujettissement ne pouvant être pris en compte (Marc Bugnon, in Commentaire romand, 1ère éd., Bâle 2008, n. 2 ad art. 44), d'où la règle des art. 79 al. 1 LI et 44 al. 1 LIFD.
bb) En l'espèce, le recourant a pris domicile dans le Canton de Vaud le 1er mars 2000. Il a débuté une activité indépendante en octobre 2000. Conformément aux règles précitées, il aurait dû être imposé pour la période fiscale 2001-2002 en cours sur le revenu réalisé du 1er mars 2000 au 31 décembre 2002.
L'ACI a expliqué dans ses écritures que, dans la mesure où le recourant n'avait débuté son activité indépendante qu'en octobre 2000, elle s'était basée uniquement sur les revenus réalisés du 1er janvier 2001 au 31 décembre 2002. Contrairement aux craintes de l'intéressé, elle n'a ainsi pas pris en compte des revenus antérieurs à son assujettissement. Cela est confirmé par les relevés de compte et récapitulatifs des compléments d'impôts à payer figurant au dossier. Il est vrai que le tableau des reprises prête à confusion, puisque il fait référence aux années de calcul 1999 et 2000. Il indique toutefois clairement en préambule des libellés des reprises que le "bénéfice de la période fiscale 2001-2002 est basée sur la moyenne des bénéfices 2001-2002". L'erreur provient du fait que, dans le système praenumerando, l'impôt de la période fiscale 2001-2002 se calculait sur la moyenne des revenus de la période 1999-2000 et que le tableau des reprises a été formaté ainsi. L'ACI admet qu'elle aurait dû corriger les années de calcul indiquées et mentionner 2001 et 2002. L'erreur n'a toutefois pas eu de conséquence sur le calcul de l'impôt, seuls les éléments de revenu des années 2001 et 2002 ayant fait l'objet des reprises effectuées, que ce soit en matière d'IFD ou en matière d'ICC. On ne saurait ainsi parler de "double imposition virtuelle et discriminatoire".
Ce grief doit aussi être rejeté.
7. S'agissant des reprises effectuées, le recourant les conteste globalement. Il critique en particulier la part professionnelle retenue par l'ACI s'agissant de certains frais. Il convient dès lors d'examiner le bien-fondé des reprises poste par poste.
a) Loyers et autres charges de loyer (reprises codes 180.00 et 108.01 DI; comptes 4100 et 4110):
Il ressort des pièces du dossier que le recourant habitait durant les années litigieuses un appartement de quatre pièces à l'avenue ********, à ********. Il utilisait pour son activité indépendante un bureau, ainsi que deux étagères, qui étaient installés dans le séjour. Le loyer s'élevait à 1'895 fr. par mois. Il a été augmenté à 1'985 fr. par mois dès le 1er décembre 2004.
Lors du contrôle effectué, l'ACI a constaté que le recourant déduisait l'intégralité du loyer et des frais afférents (chauffage, eau chaude, électricité, frais de peinture, etc.) au titre de charges de sa raison individuelle. Dans la mesure où une partie uniquement de l'appartement était utilisée dans le cadre de l'activité indépendante de l'intéressé, elle n'a admis qu'une déduction de 30% du loyer et des frais afférents au titre de charges justifiées commercialement.
S'agissant d'un appartement de quatre pièces, dont une partie du séjour seulement est utilisée à des fins professionnelles, une telle déduction n'apparaît pas critiquable. Le fait que le recourant hébergeait occasionnellement des investisseurs potentiels ne modifie pas cette appréciation. Les reprises effectuées à cet titre sur les années 2001 à 2004 seront dès lors confirmées, étant précisé que le contribuable s'en est tenu dès 2005 à la part commerciale de 30% arrêtée par l'administration fiscale.
L'enquête a révélé également la comptabilisation d'août à décembre 2004 du loyer d'un appartement qui a été en réalité occupé par le fils aîné du recourant. La reprise de cette charge manifestement privée doit être confirmée. Il est à noter que l'ACI a par erreur englobé ce loyer dans la part commerciale de 30% admise en déduction. Elle a toutefois renoncé à effectuer une correction en défaveur du contribuable, ce dont il convient de prendre acte.
b) Assurances dommage, bris de glace, vol et responsabilité civile (reprises code 180.02 DI; comptes 4500 et 4502):
Lors du contrôle effectué, l'ACI a constaté que le recourant déduisait les primes d'assurances ménage, responsabilité civile (RC) et incendie (ECA) au titre de charges de sa raison individuelle.
Comme l'a relevé à juste titre l'autorité intimée, ces primes, qui concernent l'appartement que le recourant occupe, sont sans lien avec l'activité indépendante exercée et ne peuvent dès lors être portées en déduction du revenu réalisé. Les reprises effectuées à ce titre sur les années 2001 à 2006 doivent ainsi être confirmées.
c) Frais d'électricité (reprises code 180.03 DI; compte 4600):
Lors du contrôle effectué, l'ACI a constaté que le recourant portait en charge de sa raison individuelle les frais d'électricité relatifs à l'appartement qu'il loue à l'avenue ********, à ********.
Comme pour le loyer, l'autorité intimée n'a admis qu'une déduction de 30% des charges en question au titre de frais professionnels.
Les reprises effectuées à ce titre sur les années 2001 à 2005 seront confirmées pour les mêmes motifs qui ont conduit la cour à admettre les reprises sur les loyers.
d) Frais de téléphone (reprises code 180.04 DI; compte 4730):
Lors du contrôle effectué, l'ACI a constaté que le recourant avait plusieurs abonnements de téléphones à son nom (cinq portables et un fixe), dont il déduisait l'intégralité des frais au titre de charges commerciales.
Dans le cadre de l'enquête, le recourant a expliqué qu'il utilisait uniquement la ligne fixe et deux lignes de portables, les autres étant employées par ses enfants. Tenant compte des critiques de l'administration fiscale, il n'a dès 2005 comptabilisé qu'une part commerciale de 25% sur l'intégralité des frais de téléphone.
L'ACI a repris entièrement les frais relatifs aux abonnements utilisés par les enfants sur les années 2001 à 2004. Elle a admis en revanche la déduction de l'intégralité des autres frais de téléphone.
Vu l'absence manifeste de connexité entre l'activité du recourant et les abonnements de téléphone utilisés par ses enfants, les reprises effectuées à ce titre sont confirmées.
e) Frais d'abonnement au téléréseau (reprises code 180.05; compte 6512):
Lors du contrôle effectué, l'ACI a constaté que le recourant comptabilisait comme charges professionnelles les frais d'abonnement au téléréseau. Elle a repris l'intégralité de ces frais.
Vu le caractère manifestement privé de cette charge, les reprises effectuées à ce titre sur les années 2001 à 2004 sont confirmées.
f) Frais divers (reprises code 180.06; compte 4770):
Lors du contrôle effectué, l'ACI a constaté que le recourant avait comptabilisé dans le compte 4770 "Cotisations à associations & dons" de nombreux frais à caractère privé, comme par exemple des cours de danse, des entrées au musée et au théâtres et des abonnements au fitness.
Ces frais sont sans lien avec l'activité indépendante exercée et ne peuvent dès lors pas être portés en déduction du revenu du recourant.
Les reprises effectuées à ce titre, qui ont porté sur un montant de 963 fr. en 2003 et 3'940 fr. en 2004, doivent ainsi être confirmées.
g) Frais de déplacement (reprises codes 180.07 DI; comptes 4820 et 4830):
Lors du contrôle effectué, l'ACI a constaté que le recourant avait comptabilité dans les comptes 4820 "Frais de déplacement" et 4830 "Frais de voyage" de nombreux frais de voyage, de repas et de déplacement (trains, taxis, parkings, péages, etc.). Des frais de vêtement relativement importants étaient également enregistrés (1863 fr. en 2002 et 1'575 fr. en 2004).
Dans le cadre de l'enquête, le recourant a expliqué qu'il se déplaçait beaucoup pour les besoins de son activité professionnelle et qu'il lui arrivait également de se rendre à l'étranger, notamment pour des mandats d'expertise.
A l'exception de deux charges comptabilisées à double (abonnement de train et voyage à ********), l'ACI a admis tous les frais de voyage, de repas et de déplacement allégués. Elle a refusé en revanche la déduction des frais de vêtement.
Les reprises effectuées à ce titre sont bien fondées. De tels frais doivent en effet être qualifiés de dépenses d'entretien. Le fait que l'activité du recourant exigeait de lui une bonne présentation n'y change rien. En matière d'habillement, tout vêtement qui peut être utilisé en dehors du milieu professionnel ne saurait constituer une dépense déductible (Jean-Blaise Eckert, in Commentaire romand, 2ème éd., op. cit., n. 12 ad art. 26).
h) Frais de représentation (reprises code 180.08 DI- comptes 6641 et 4850):
Lors du contrôle effectué, l'ACI a constaté que le recourant avait comptabilité dans le compte "Frais de représentation" de nombreux frais de repas, des frais de vêtement (18'193 fr. en 2001/2002, 12'237 fr. en 2003 et 7'573 fr. en 2004) et de divers autres objets (lunettes, parapluie, parfums, montre, etc.).
Les frais de repas ont été admis. En revanche, la déduction des dépenses effectuées pour l'achat de vêtements et d'autres articles sans lien avec l'activité du recourant a été refusée.
Les reprises effectuées à ce titre doivent être confirmées. De tels frais sont en effet des dépenses d'entretien non déductibles (cf. ci-dessus s'agissant des vêtements).
i) Déduction des primes d'assurance, déduction sociale pour enfant ou personne à charge (corrections code 300 DI ICC; code 200 DI IFD):
Le recourant a déduit les primes d'assurance-maladie de ses enfants en 2004.
Il ressort toutefois des pièces du dossier que les deux aînés ne vivaient à cet époque plus chez leurs parents et que la cadette habitait avec sa mère.
Le recourant ne pouvait dès lors revendiquer que la déduction forfaitaire de 1'900 fr. le concernant. Le fait qu'il continuait à contribuer à l'entretien de ses enfants par le versement d'une pension alimentaire n'y change rien. Pour les mêmes motifs, il ne peut pas non plus bénéficier de la déduction sociale pour enfants à charge. Les corrections de taxation effectuées à ce titre sont ainsi confirmées.
j) Déduction pour frais médicaux (correction code 700 DI IFD):
Compte tenu des reprises effectuées sur le revenu, le 5% du revenu net est supérieur au montant des frais médicaux allégués. Une déduction à ce titre ne peut plus être accordée. La correction effectuée sur ce point sera également confirmée.
8. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours et à la confirmation de la décision attaquée, en tant qu'elle concerne le volet "taxation et rappel d'impôt". Le recourant, qui succombe, supportera les frais de justice (art. 49 al. 1 LPA-VD). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens (art. 55 al. 1 a contrario et 56 al. 3 LPA-VD). Le recourant ayant opté pour la procédure séparée, le dossier sera transmis à une nouvelle section de la Chambre fiscale de la Cour de droit administratif et public, pour examen du volet "amendes".