Decision ID: 549bebe4-a6ba-479a-8298-e3db4d4b8634
Year: 2015
Language: fr
Court: VD_TC
Chamber: VD_TC_031
Canton: VD
Region: Région lémanique
Law Area: public_law

Vu les faits suivants
A.
La société X._ S.A. (ci-après: X._) a été inscrite au Registre du commerce le 6 octobre 1986. Elle a pour but la conception, le développement, la fabrication et la commercialisation de produits dans le domaine de la mécanique, de l’électronique, de la robotique et du traitement de l’eau, ainsi que la production de circuits intégrés. Initialement, la société (dénommée Y._ S.A., puis Z._ S.A.) avait son siège à 2********, dans le canton de Neuchâtel. En 2009, la société a adopté son actuelle raison sociale et transféré son siège à 1********, lieu où l’administration et la production avaient déjà été déplacées en 2007. Le capital-actions, de 204'000 fr., est détenu par le groupe indien A._ (à raison de 69,75%), ainsi que par AB._ et BB._ (à raison de 30,25%). X._ s’est spécialisée dans la fabrication de tuyaux d’irrigation, selon un système de goutte à goutte permettant d’économiser de grandes quantités d’eau et de fertilisant. X._ détient des brevets dans ce domaine.
B.
Le 31 octobre 2002, X._ (alors dénommée Y._ S.A.) a, sous les signatures de BB._ et de C._, président, demandé aux autorités du canton de Neuchâtel une
«aide au développement sur 5 ans, au moyen d’un financement avec prise en charge des intérêts (...) en échange de la création de nombreux emplois, en plus de la sous-traitance découlant de l’activité mécanique»
. Le 19 février 2003, le Département de l’économie publique du canton de Neuchâtel a accordé à Y._ S.A. les soutiens suivants, pour l’installation de son unité de production à 2********: un cautionnement fédéral et cantonal pour le financement du projet; un subside par emploi créé; une exonération totale de l’impôt sur le bénéfice, au niveau communal, cantonal et fédéral, pour une période de dix ans à compter de l’année du début de l’exploitation et les neuf années suivantes pour les nouvelles activités. Pour les périodes fiscales allant de 2002 à 2006, X._ n’a payé aucun impôt fédéral direct sur le bénéfice.
C.
Le 24 mars 2009, X._ a demandé au Service cantonal des contributions du canton de Neuchâtel d’admettre le transfert du siège fiscal de la société et des conditions d’exonération octroyées, du canton de Neuchâtel au canton de Vaud, dès le 1
er
janvier 2008. Le 26 mai 2009, le Service cantonal a donné son «bon pour accord»
D.
Le 16 décembre 2009, X._ a demandé à l’Administration cantonale des impôts (ci-après : l’ACI) la reprise de l’exonération accordée en 2003 par les autorités neuchâteloises. Elle a formulé sa requête de la manière suivante:
« ...
-
octroyer à X._ une exonération complète des impôts cantonal et communal sur le bénéfice pour une durée de 9 (neuf) ans à compter de l’exercice commercial qui a clôturé au 31 décembre 2008 («période d’exonération») et
-
octroyer à X._ une exonération partielle (50%) de l’impôt fédéral direct sur le bénéfice pour une période de 9 (neuf) ans à compter de l’exercice commercial qui a clôturé au 31 décembre 2008».
E.
Le 3 novembre 2010, le Chef du Département des finances et des relations extérieures du canton de Vaud a accordé à X._, en application de l’art. 91 de la loi du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI, RSV 642.11), une exonération totale du bénéfice net et du capital imposable, relativement aux impôts cantonaux, pour une période de huit ans, à compter du 1
er
janvier 2008.
F.
Le 30 novembre 2010, X._ a demandé au Secrétariat d’Etat à l’économie (ci-après: le SECO) la reprise de l’exonération de l’impôt fédéral direct, accordée selon la décision du 19 février 2003. Le 6 décembre 2010, le SECO a rejeté cette demande. Il a retenu que la Confédération n’avait pas donné son accord à l’allègement de l’impôt fédéral direct, comme faussement indiqué dans la décision du 19 février 2003.
G.
Le 17 janvier 2012, l’Office d’impôt des personnes morales (ci-après: l’Office d’impôt) a rendu les décisions de taxation de X._ pour les périodes 2008 et 2009. Pour la période 2008, le bénéfice a été considéré comme nul. Quant au capital imposable, de 204'000 fr., il a été exonéré de tout impôt, conformément à la décision du 3 novembre 2010. Pour la période 2009, l’Office d’impôt a arrêté le bénéfice imposable à 1'378'700 fr. et le capital imposable à 1'532'000 fr. Aucun impôt cantonal et communal n’a été perçu, conformément à la décision du 3 novembre 2010. Le montant dû au titre de l’impôt fédéral direct sur le bénéfice a été fixé à 117'189,50 fr. Le 16 février 2012, X._ a élevé une réclamation contre les décisions du 17 janvier 2012, dont elle a demandé l’annulation. Pour les périodes 2008 et 2009, elle a conclu principalement à ce que l’impôt fédéral direct sur le bénéfice soit fixé à zéro franc. Subsidiairement, elle a demandé que le montant de cet impôt soit réduit de 50%, pour les périodes 2008 et 2009. Le 5 mars 2014, l’ACI a rejeté la réclamation et confirmé les décisions de taxation, faute pour X._ de pouvoir se prévaloir d’une décision d’exonération de l’impôt fédéral direct, rendue par une autorité fédérale compétente.
H.
X._ a recouru. Elle a conclu principalement à l’admission du recours (I); à l’exonération de l’impôt fédéral direct, pour les périodes 2008 à 2011 (II), à la réforme de la décision du 5 mars 2014 en ce sens que l’impôt fédéral direct dû pour la période 2008 est fixé à zéro (III), ainsi que pour la période 2009 (IV). A titre subsidiaire, la recourante a conclu à l’admission du recours (V); à l’exonération de l’impôt fédéral direct, pour les périodes 2008 à 2011 (VI); à l’annulation de la décision du 5 mars 2014, avec renvoi de la cause à l’ACI pour nouvelle décision dans le sens des considérants (VII). L’ACI propose le rejet du recours. Le SECO a produit des déterminations allant dans le même sens. Dans le cadre d’un second échange d’écritures, les parties ont maintenu leurs conclusions. La recourante s’est encore déterminée le 25 août 2014.
I.
Le 11 novembre 2014, le juge instructeur a demandé au Département de l’économie et des affaires sociales du canton de Neuchâtel la production du dossier relatif à la procédure d’exonération accordée le 19 février 2003. Le 7 juillet 2015, le Département a transmis son dossier. Les parties ont eu l’occasion de se déterminer à ce sujet, dans le cadre d’un double échange d’écritures. Elles ont maintenu leurs conclusions.
J.
Le Tribunal a délibéré à huis clos.

Considérant en droit
1.
a) L’objet du litige est défini par trois éléments: la décision attaquée, les conclusions du recours et les motifs de celui-ci. Selon le principe de l’unité de la procédure, ne peuvent être examinés et jugés, en principe, que les rapports juridiques à propos desquels l’autorité administrative s’est prononcée préalablement, d’une manière qui la lie sous forme de décision. L’objet du litige peut être réduit devant l’autorité de recours, mais pas étendu, ni modifié (ATF 136 V 362 consid. 3.4.2 p. 365; 136 II 457 consid. 4.2 p. 462/463). Le juge n’entre pas en matière sur des conclusions qui vont au-delà de l’objet du litige qui lui est soumis (ATF 134 V 418 consid. 5.2.1 p. 426; 125 V 413 consid. 1a p. 414, et les références citées).
b) La décision attaquée porte sur la taxation de la recourante pour les périodes 2008 et 2009. Toutefois, seul est disputé le sort de l’impôt fédéral direct sur le bénéfice, dû pour la période 2009. La recourante soutient qu’elle serait exonérée de cet impôt, contrairement à ce qu’a retenu l’ACI, dont la position est soutenue par le SECO. Cette question forme l’unique objet du litige. Sortent de ce cadre les conclusions principale (III) et subsidiaire (VI) du recours, tendant à ce que l’impôt fédéral direct sur le bénéfice soit fixé à zéro pour la période 2008, puisque l’Office d’impôt a considéré comme nul le bénéfice réalisé par la recourante durant cette période. De même, sont exorbitantes du litige les conclusions principale (II) et subsidiaire (VI) du recours, tendant à la constatation que le bénéfice réalisé par la recourante en 2010 et 2011 est exonéré de l’impôt fédéral direct. Dans la décision attaquée, l’ACI n’a pas statué sur ce point. Elle n’avait pas à le faire, au demeurant: les décisions de taxation du 17 janvier 2012, ainsi que la réclamation du 16 février 2012, concernent exclusivement les périodes 2008 et 2009. Le recours n’est recevable qu’en tant qu’il vise l’allègement de l’impôt fédéral direct pour la période fiscale 2009.
2.
La recourante a demandé la suspension de la cause jusqu’à ce que le SECO se prononce sur l’exonération qu’elle revendique.
a) L’autorité peut, d’office ou sur requête, suspendre la procédure pour de justes motifs, notamment lorsque la décision à prendre dépend de l’issue d’une autre procédure ou pourrait s’en trouver influencée d’une manière déterminante (art. 25 de la loi du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative – LPA-VD, RSV 173.36).
b) Dans la présente procédure, le SECO s’est déterminé au sujet de la portée de l’exonération accordée à la recourante le 19 février 2003. Il a indiqué ne pas être saisi, en l’état, d’une demande d’allègement de l’impôt fédéral direct pour la période fiscale litigieuse. De toute manière, selon le SECO, une demande présentée en 2015 pour un tel allègement serait irrecevable, au regard du principe selon lequel les demandes d’allègements de l’impôt fédéral direct sont examinées au regard du droit en vigueur au moment du dépôt de la demande (cf. art. 36 let. a de la loi fédérale du 5 octobre 1990 sur les aides financières et les indemnités, RS 616.1). La recourante ne contredit pas le SECO sur ces deux points.
c) Dès lors que le SECO n’est pas saisi d’une demande ayant trait au litige soumis à la Cour (et ne pourrait l’être, selon le SECO), il n’y a pas lieu de suspendre la présente cause.
3.
A l’appui de sa réplique du 21 juillet 2014, la recourante a invité le Tribunal à ordonner la production, par les autorités neuchâteloises, du dossier complet qui a conduit au prononcé de la décision du 19 février 2003. Cela a été fait, et les pièces produites. Les parties ont eu l’occasion de se déterminer à ce propos. La demande a dès lors perdu son objet.
4.
Les parties sont divisées sur la validité de la décision du 19 février 2003, dont se prévaut la recourante. Pour l’ACI et le SECO, le Département de l’économie publique du canton de Neuchâtel ne pouvait exonérer la recourante de l’impôt fédéral direct sur le bénéfice, sans l’accord exprès de l’autorité fédérale compétente en la matière. La recourante conteste cette appréciation: l’éventuelle nullité de la décision du 19 février 2003 (pour ce qui concerne lallègement de l’impôt fédéral direct) ne lui serait pas opposable.
a) Une décision entachée de nullité est absolument inefficace; elle ne produit aucun effet juridique. L
es actes de l’administration sont nuls lorsque les défauts qui les affectent sont particulièrement graves, qu’ils sont évidents ou aisément reconnaissables et que la prise en compte de la nullité ne compromet pas sérieusement la sécurité du droit. La nullité est l’exception; elle vise en premier lieu l’incompétence fonctionnelle ou matérielle de l’autorité qui a décidé, ainsi que les grossières erreurs de procédure (ATF 139 II 243 consid. 11.2 p. 260; 138 III 49 consid. 4.4.3 p. 56; 138 II 501 consid. 3.1 p. 503/504; 137 I 273 consid. 3.1 p. 275; 133 II 366 consid. 3.2 p. 367). L’incompétence fonctionnelle et matérielle, comme vice particulièrement grave, entraîne la nullité de la décision, à moins que l’autorité ne disposât, dans le domaine concerné, d’un pouvoir de décision général ou que la constatation de la nullité ne mette sérieusement en cause la sécurité du droit. La nullité d’une décision doit être prise en compte d’office et par toute autorité chargée d’appliquer le droit; elle peut aussi être constatée dans la procédure de recours ou d’exécution (ATF 139 II 243 consid. 11.2 p. 260; 138 II 501 consid. 3.1 p. 503/504; 136 II 415 consid. 1.2 p. 417; 133 II 366 consid. 3.1 p. 367, et les références citées; ATAF 2008/59 consid. 4.2; cf., en dernier lieu, arrêts AC.2014.0301 du 16 mars 2015, consid. 2d/bb; AC.2014.0112 du 16 mars 2015, consid. 3d, et les arrêts cités). La constatation de la nullité de la décision produit un effet ex tunc: la décision nulle est censée n’avoir jamais existé (Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, vol. II, 3
ème
éd., Berne, 2011, p. 364; Thierry Tanquerel, Manuel de droit administratif, Genève/Zurich/Bâle, 2011, n°909). A notamment été reconnue la nullité de décisions prises par des autorités administratives fédérales incompétentes pour statuer dans le cas d’espèce, parce qu’elles avaient agi soit à la place d’une autorité étrangère (ATF 136 II 489), soit dans un domaine qui leur échappait à raison de la matière (ATAF 2008/59). De même, sont nulles les décisions prises par une autorité cantonale qui usurpe la compétence matérielle ou fonctionnelle d’une autorité fédérale (Décision de la Commission fédérale de recours en matière de marchés publics, du 4 mars 2003, reproduit
in
: RDAF 2003 I p. 647ss, consid. 6 p. 677ss; ATF 1P.38/2000 du 23 mai 2000, consid. 2, reproduit
in
: RDAF 2000 I p. 446; décision du Département fédéral de justice et police du 10 février 1988, reproduit
in
: JAAC 53.49).
b) A l’époque où a été rendue la décision du 19 février 2003, la matière était régie par l’arrêté fédéral du 6 octobre 1995 en faveur des zones économiques en redéploiement (arrêté dit Bonny, du nom de son inspirateur; AZER; RO 1996 p. 1918; ancien RS 951.93), complété par l’ordonnance fédérale du 10 juin 1996 sur l’aide en faveur des zones économiques en redéploiement (OAZER; RO 1996 p. 1922; ancien RS 951.931). L’AZER a été abrogé à la suite de l’entrée en vigueur, le 1
er
janvier 2008, de la loi fédérale du 6 octobre 2006 sur la politique régionale (LPR; RS 901.0; cf. Annexe à la LPR, mis en relation avec l’art. 24 de cette loi), complétée notamment par l’ordonnance fédérale concernant l’octroi d’allègements fiscaux en application de la politique régionale, du 38 novembre 2007 (ci-après: l’ordonnance; RS 901.022). Il en est allé de même, implicitement, de l’OAZER.
aa) Dans son état au 14 août 2001, l’AZER prévoyait que la Confédération pouvait encourager la réalisation de projets de l’économie privée, visant à créer et réorienter des emplois dans les zones économiques en redéploiement, en accordant des cautionnements, des contributions au service de l’intérêt et des allègements fiscaux (art. 1 al. 1 AZER). Le canton de Neuchâtel constituait à l’époque une zone économique en redéploiement. L’art. 6 AZER, consacré aux allègements fiscaux, avait la teneur suivante:
«1. Une entreprise peut bénéficier d’un allègement de l’impôt fédéral direct lorsque le canton dans lequel le projet est réalisé lui accorde aussi des allègements fiscaux.
2. Les allègements fiscaux accordés par la Confédération ne peuvent excéder, quant à leurs modalités, leur importance et leur durée, ceux que le canton accorde à l’entreprise.
3. La Confédération n’octroie des allègements fiscaux qu’en proportion de l’importance du projet pour l’économie régionale, même si le canton accorde des allègements fiscaux plus importants».
Quant à l’art. 7 AZER, régissant la compétence et la procédure en matière de cautionnements, de contributions au service de l’intérêt et d’allègements fiscaux, il était libellé comme suit:
«1. Les demandes de cautionnements, de contributions au service de l’intérêt et d’allègements fiscaux doivent être adressées à l’autorité compétente du canton dans lequel le projet sera réalisé.
2. Tous les documents nécessaires doivent être joints à la demande, en particulier, dans le cas d’une demande de cautionnement, l’accord de la banque qui octroie le crédit et l’appréciation qu’elle porte sur le projet et ses promoteurs.
3. Le canton décide de sa participation à la couverture des risques sur cautionnement et au service de l’intérêt ainsi que de l’octroi d’allègements fiscaux au niveau cantonal. Il transmet la demande accompagnée de ses décisions et propositions à l’office compétent.
4. L’office compétent examine les demandes et les transmet au département compétent, lequel statue sur l’octroi de cautionnements et de contributions au service de l’intérêt et prend une décision de principe sur l’octroi et l’importance des allègements fiscaux en matière d’impôt fédéral direct.
5. L’autorité cantonale qui procède à la taxation de l’entreprise statue sur l’octroi des allègements en matière d’impôt fédéral direct en se conformant à la décision prise par le département.
6. Lorsque les décisions faisant suite à la demande de cautionnement et de contributions au service de l’intérêt sont entrée en force, l’office compétent conclut, au nom de la Confédération, les contrats de droit public correspondants, auxquels s’appliquent à titre supplétif les dispositions pertinentes du droit privé».
Si le canton approuvait la requête, en tout ou partie, il transmettait son dossier complet au SECO, en y joignant ses décisions et propositions (art. 7 OAZER).
L’art. 8 AZER prévoyait que les décisions du département pouvaient faire l’objet d’un recours devant la Commission des recours du Département fédéral de l’économie (DFE), dans la mesure où la voie du recours de droit administratif devant le Tribunal fédéral était ouverte. Avec l’entrée en vigueur, le 1
er
janvier 2007, de la loi fédérale sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF; RS 173.32), le Tribunal administratif fédéral a été désigné comme le tribunal administratif ordinaire de la Confédération (art. 1 al. 1 LTAF), compétent pour connaître notamment des recours contre les décisions au sens de l’art. 5 PA (art. 31 LTAF). L’art. 8 AZER a été abrogé (cf. art. 49 al. 1 LTAF; ch. 144 de l’annexe à cette disposition, RO 2006 p. 2212ss, 2285), partant la Commission de recours du DFE supprimée.
bb) Sous l’empire de l’AZER, les cantons et la Confédération pouvaient accorder des allègements fiscaux aux entreprises. Un allègement de l’impôt fédéral direct présupposait un allègement préalable des impôts cantonaux (art. 6 al. 1, 7 al. 3 et 7 al. 5 AZER). L’allègement de l’impôt fédéral direct ne pouvait excéder l’allègement de l’impôt cantonal (art. 6 al. 2 et 3 AZER). Les demandes étaient adressées à l’autorité cantonale compétente, qui décidait notamment de l’octroi d’allègements pour les impôts cantonaux (art. 7 al. 1, 2 et 3 al. 1, première phrase, AZER). Cette autorité transmettait à l’office fédéral compétent la demande d’allègement, accompagnée de sa décision et de ses propositions (art. 7 al. 3, deuxième phrase AZER). Sa décision au sens de cette disposition portait sur l’allègement des impôts cantonaux, ses propositions sur l’allègement de l’impôt fédéral direct. L’office fédéral examinait la demande et la transmettait au département fédéral compétent, lequel rendait une «décision de principe» sur l’octroi et l’importance des allègements de l’impôt fédéral direct (art. 7 al. 4 AZER). L’autorité cantonale de taxation statuait sur l’allègement de l’impôt fédéral direct en se conformant à la décision prise par le département (art. 7 al. 5 AZER). Le système était le suivant: le canton décidait de l’octroi des allègements des impôts cantonaux (et communaux), la Confédération de l’octroi des allègements de l’impôt fédéral direct. Cela ressort en particulier du fait que l’AZER évoque les allègements
accordés
par la Confédération (art. 6 al. 2 AZER). Les demandes d’allègements (portant aussi bien sur les impôts cantonaux que sur l’impôt fédéral direct) étaient traitées prioritairement par l’autorité cantonale compétente, qui les examinait, puis décidait de l’octroi de l’allègement des impôts cantonaux. L’autorité cantonale transmettait ensuite le dossier, comprenant la demande, la décision cantonale d’allègement et une proposition d’allègement de l’impôt fédéral direct, à l’office fédéral compétent. Ce traitement en deux phases (la cantonale, puis la fédérale) découle de l’art. 7 al. 3 AZER. Dans la deuxième phase, le département fédéral statuait sur l’allègement de l’impôt fédéral direct, sous la forme d’une décision, que l’art. 7 al. 4 AZER désignait comme une décision de principe, alors que l’art. 7 al. 5 AZER évoque la décision du département fédéral, à laquelle l’autorité cantonale de taxation devait se conformer. Cela signifie que la décision d’allègement de l’impôt fédéral direct était prise par le département fédéral et liait l’autorité cantonale, pour ce qui concerne l’allègement de cet impôt. D’un point de vue formel, la décision de principe de l’autorité fédérale n’était pas notifiée séparément, soit par l’autorité fédérale, soit par l’autorité cantonale; elle était en quelque sorte englobée dans la décision rendue par l’autorité cantonale de taxation (cf. art. 7 al. 5 AZER).
Au regard du système de l’AZER, ne peut être partagée la conception, défendue par la recourante, selon laquelle l’autorité cantonale était compétente pour décider seule de l’allègement de l’impôt fédéral direct, et que la Confédération n’avait aucune compétence décisionnelle dans ce domaine. C’est le contraire qui est vrai.
cc) La procédure d’octroi des allègements d’impôts régie par la LPR diffère de celle de l’AZER, qu’elle a remplacée. Le canton décide en premier de l’octroi d’allègements des impôts cantonaux (art. 19 al. 1, première phrase, LPR, mis en relation avec l’art. 12 al. 1 de la même loi; art. 7 et 8 de l’ordonnance). Il transmet la demande, accompagnée de ses décisions et propositions au SECO (art. 19 al. 1, deuxième phrase, LPR; art. 8 de l’ordonnance). Le SECO examine les demandes et les transmet au Département fédéral de l’économie, de la formation et de la recherche (DEFR), lequel statue sur l’octroi et l’ampleur des allègements de l’impôt fédéral direct (art. 19 al. 2 LPR; art. 9 de l’ordonnance). L’art. 19 al. 3 LPR précise que «les allègements de l’impôt fédéral direct sont notifiés par l’autorité cantonale compétente en fonction de la décision prise par le DEFR en accord avec le Département fédéral des finances». Cette disposition a le mérite de clarifier le point que l’autorité cantonale doit notifier séparément à l’entreprise concernée la décision du DEFR relative à l’allègement de l’impôt fédéral direct. Cette décision peut faire l’objet d’un recours au Tribunal administratif fédéral (art. 23 LPR).
c) La décision du 19 février 2003 accorde notamment une exonération totale de l’impôt sur le bénéfice, au niveau communal, cantonal et fédéral, pour les dix années suivantes. Emanant du Département de l’économie publique du canton de Neuchâtel et signée par le Chef du Service économique du canton de Neuchâtel, elle porte la mention finale suivante:
«Je confirme les propos ci-dessus»,
avec la signature de D._, Chef de l’Office de taxation des personnes morales et de révision de l’administration fiscale neuchâteloise. Cette décision ne fait aucune référence à un allègement de l’impôt fédéral direct octroyé par le département fédéral compétent en cette matière à l’époque. Aucune décision de ce type ne se trouve dans le dossier des autorités neuchâteloises. Le Département de l’économie et de l’action sociale du canton de Neuchâtel a confirmé ce point dans son courrier adressé le 8 juillet 2015 au juge instructeur. Cela est également corroboré par d’autres pièces du dossier. Dans un courrier électronique adressé le 14 septembre 2010 par le SECO à un responsable de la recourante, il est mentionné que l’allègement de l’impôt fédéral a été «stoppé dès que l’erreur formelle de l’absence de décision du DFE a été constatée». Dans un courrier électronique du 5 novembre 2010, le SECO a précisé que l’allègement de l’impôt fédéral direct dès la période 2002 «n’a fait l’objet d’aucune demande au niveau fédéral et aucune décision n’a été établie (...). De ce fait, nous serions en droit de demander le remboursement de l’allègement IFD indûment touché». Dans sa décision du 6 décembre 2010, le SECO a maintenu sa position selon laquelle la compétence pour accorder un allègement de l’impôt fédéral direct appartient exclusivement à la Confédération; que le Département fédéral n’avait jamais «établi de décision d’allègement fiscal en faveur de la société X._ S.A.» et que la société a bénéficié d’un tel allègement pour les périodes allant de 2002 à 2006 «sans aucune base juridique». La recourante a implicitement admis n’avoir pas régulièrement bénéficié de cet allègement. Le 4 avril 2014, elle s’est adressée au SECO pour que l’autorité fédérale se prononce rétroactivement sur le dossier déposé par la recourante le 31 octobre 2002, en rendant la décision de principe au sens de l’art. 7 al. 4 AZER. L’explication du défaut de décision fédérale d’allègement tient sans doute au fait, mentionné dans la demande du 24 mars 2009, que la demande d’allègement de cet impôt n’avait, par erreur, jamais été communiquée à l’autorité fédérale compétente, comme l’autorité neuchâteloise l’avait confirmé au mandataire de la recourante. C’est aussi ce que dit le SECO dans ses écritures.
d) Quoi qu’il en soit, au regard des dispositions de l’AZER en vigueur à l’époque, les autorités neuchâteloises n’étaient pas compétentes pour accorder un allègement de l’impôt fédéral direct, comme elles l’ont fait dans leur décision du 19 février 2003. Cette décision, émanant d’une autorité fonctionnellement et matériellement incompétente, est en principe nulle.
5.
Il convient d’examiner s’il existe des motifs de s’écarter de ce constat, au regard des principes développés par la jurisprudence (cf. consid. 4a ci-dessus). Cela implique de vérifier si, lorsqu’il a rendu la décision du 19 février 2003, le Département de l’économie publique du canton de Neuchâtel
disposait d’un pouvoir de décision général dans le domaine des allègements fiscaux, si son incompétence dans le domaine de l’allègement de l’impôt fédéral direct était évidente ou aisément reconnaissable, et si la constatation de la nullité de la décision du 19 février 2003 mettrait sérieusement en cause la sécurité du droit.
a) Le Département de l’économie publique du canton de Neuchâtel ne disposait pas d’un pouvoir de décision général dans le domaine des allègements fiscaux, puisque, comme on l’a vu, le pouvoir d’accorder des allègements de l’impôt fédéral direct appartenait, à l’époque comme maintenant, exclusivement à la Confédération. De même, on ne saurait dire que la constatation de la nullité de l’octroi de l’allègement litigieux mettrait en péril la sécurité du droit.
b) Pour l’entreprise s’adressant à l’autorité cantonale compétente pour les mesures de soutien prévues par l’AZER, sans l’assistance d’un mandataire professionnel, la décision du 19 février 2003 présente tous les traits d’une décision valable. Elle émane de l’autorité compétente dans la matière, du moins pour ce qui concerne les allègements fiscaux cantonaux et communaux. Cette décision ne fait aucune réserve, relativement à l’allègement de l’impôt fédéral, quant au prononcé d’une décision fédérale favorable. On peut dès lors comprendre que la recourante n’ait pas insisté auprès du Département cantonal, sur le point de savoir si l’autorité fédérale avait elle aussi donné son accord à l’allègement obtenu, pour l’impôt fédéral direct. Pour discerner le défaut affectant la procédure et s’apercevoir de l’incompétence fonctionnelle et matérielle du Département cantonal sur ce point, il eût fallu que la recourante non seulement consultât l’AZER, mais en comprenne le système dual, s’agissant des allègements fiscaux (cf. consid. 5 ci-dessus). Or la demande du 31 octobre 2002 n’évoquait pas directement ces allègements, dont on suppute qu’ils sont devenus ultérieurement un thème de discussion entre la recourante et les autorités neuchâteloises. D’un autre côté, il ne suffit pas de prétendre ne pas connaître la loi pour s’en affranchir (ATF 136 V 331 consid. 4.2.3.1 p. 336, et les arrêts cités). Cela étant, la question du caractère reconnaissable du vice entachant la décision du 19 février 2003 souffre de rester indécise, le recours devant être rejeté de toute manière pour un autre motif.
6.
Du recours, en particulier de ses conclusions, il ressort implicitement que la recourante tient l’allègement de l’impôt fédéral direct, pour les périodes considérées, comme acquis pour elle, dès lors que la décision du 19 février 2003 est entrée en force. La décision attaquée, rendue par l’ACI, à la suite du transfert du siège de la recourante dans le canton de Vaud, devrait être modifiée en ce sens que l’allègement de l’impôt fédéral direct devrait lui être reconnu pour les périodes litigieuses.
a) Par droits acquis, on entend les prétentions patrimoniales que le citoyen peut opposer à l’Etat en se fondant notamment sur le principe de la confiance (cf. ATF 134 I 23 consid. 7.1 p. 35ss; 128 II 112 consid. 10a p. 125 ; 118 Ia 245 consid. 5a p. 245).
Selon ce principe,
une décision erronée de l'administration peut obliger celle-ci à consentir à un administré un avantage contraire à la loi, à condition que le renseignement était univoque; que l'autorité soit intervenue dans une situation concrète à l'égard de personnes déterminées; qu'elle ait agi dans les limites de sa compétence ou que l’administré disposait de motifs suffisants pour le croire; que l'administré n'ait pu se rendre compte immédiatement de l'inexactitude du renseignement obtenu; qu'il se soit fondé sur celui-ci pour prendre des dispositions qu'il ne saurait modifier sans subir de préjudice; que la loi n'ait pas changé depuis le moment où le renseignement a été donné; que l’intérêt à l’application correcte du droit ne l’emporte pas sur celui lié à la protection de la confiance (ATF 137 II 182 consid. 3.6.2 p. 193/194; 129 II 361 consid. 7.1 p. 381; 127 I 31 consid. 3a p. 36, et les arrêts cités).
b) La décision du 19 février 2003 est erronée au sens de la jurisprudence qui vient d’être rappelée, parce qu’elle émane d’une autorité incompétente (cf. consid. 4 et 5 ci-dessus). Le principe de la confiance ne serait opposable à l’ACI que si l’autorité fédérale, seule compétente en la matière, avait accordé à la recourante un allègement à l’impôt fédéral direct. Or tel n’est précisément pas le cas: l’autorité fédérale compétente dans ce domaine n’a pas rendu une décision qui la lierait, que ce soit sous l’empire de l’AZER ou de la LPR. Faute d’identité des parties en cause, le principe de la confiance ne s’applique pas dans ce contexte. A cela s’ajoute que seule une exonération fiscale accordée conformément à la loi peut créer un droit acquis favorable du contribuable (ATF 94 I 446). On ne voit pas comment l’ACI aurait pu octroyer à la recourante un avantage exorbitant de son domaine de compétence, en violation du droit fédéral. S’ajoute à cela que dans sa demande du 16 décembre 2009, la recourante n’a demandé qu’une exonération partielle, soit de 50%, de l’impôt fédéral direct, pour une nouvelle période de neuf ans à compter de l’exercice commercial clôturé au 31 décembre 2008. La recourante a ainsi requis l’autorité d’un autre canton un autre traitement que celui prévu par la décision du 19 février 2003 dont elle se prévaut.
c) En conclusion, la décision du 19 février 2003 ne confère pas à la recourante un droit, opposable à l’ACI, à ce que cette autorité lui accorde un allègement de l’impôt fédéral direct pour la période fiscale 2009.
7.
Le recours doit ainsi être rejeté dans la mesure de sa recevabilité, et la décision attaquée confirmée. Les frais sont mis à la charge de la recourante; il n’y a pas lieu d’allouer des dépens (art. 49, 52, 55 et 56 LPA-VD).