Decision ID: 1efa954f-bf04-56fb-b86f-c87866d8f788
Year: 2008
Language: de
Court: CH_BVGE
Chamber: CH_BVGE_001
Canton: CH
Region: Federation
Law Area: 

Sachverhalt:
A. C._ führt in Zürich eine Praxis als Facharzt für Dermatologie und Venerologie. Er ist seit dem 1. Januar 1995 als Einzelunternehmer unter der Mehrwertsteuernummer (...) im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen bei der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV) eingetragen. Anfangs 1999 wurde die B._AG aus der Einzelunternehmung ausgegliedert. Gemäss Handelsregisterauszug bezweckt sie den Kauf und Verkauf von kosmetischen Produkten sowie ambulante Behandlungen im Zusammenhang mit der Hautpflege; sie betreibt in diesem Zusammenhang das Institut (...) in Zürich. Einzelfirma und AG haben den Sitz an der (...) in Zürich, ebenso wie die weitere A._AG (MWST-Nr. ...). Die B._AG wurde rückwirkend auf den 1. Januar 1999 im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen der ESTV unter der Nummer (...) eingetragen und rechnet nach vereinnahmten Entgelten ab.
B. Vom 15. bis 19. November 1999 führte die ESTV in den gemeinsamen Büros der Einzelunternehmung C._, der B._AG und der A._AG eine Kontrolle durch. Da die Treuhänderin der B._AG verstorben war, konnten die Abrechnungen nicht fristgerecht eingereicht werden. Der steuerbare Umsatz wurde deshalb für das 1. und 2. Quartal 1999 anhand der Einnahmen gemäss den Bankauszügen der Credit Suisse ermittelt. Da keine bezahlten Rechnungen vorgelegt werden konnten, war auch ein Vorsteuerabzug nicht möglich. Die ESTV verlangte aufgrund dieser Berechnung mit der Ergänzungsabrechnung (EA) Nr. 111'413 vom 20. Dezember 1999 Fr. 36'648.00 Mehrwertsteuer zuzüglich Verzugszins von 5 % seit dem 15. Juli 1999 (mittlerer Verfall). Mit Schreiben vom 8. März 2000 verlangte die Steuerpflichtige eine anfechtbare Verfügung und bezahlte am 17. März 2000 die ausstehende Schuld unter Vorbehalt.
C. In ihrem Schreiben vom 25. September 2000 informierte die ESTV die Steuerpflichtige über die Praxisänderung, wonach neu die durch plastische Chirurgen mit kantonaler Berufsausübungsbewilligung im Rahmen ihrer ärztlichen Tätigkeit vorgenommenen Leistungen (, Beratungen und Behandlungen) als Heilbehandlungen im Sinn von Art. 14 Ziff. 3 der Verordnung vom 22. Juni 1994 über die
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Mehrwertsteuer (MWSTV, AS 1994 1464) gelten würden und die daraus erzielten Umsätze von der Steuer ausgenommen seien, selbst wenn keine Kostenübernahme durch eine Krankenkasse, , Invalidenversicherung, Militärversicherung oder durch eine Haftpflichtversicherung erfolge. Damit die Leistungen der B._AG jedoch ebenfalls von der Steuer ausgenommen würden, müsse die Steuerpflichtige den Nachweis erbringen, dass sie eine entsprechende Institutsbewilligung des Kantons Zürich erhalten habe. Zudem wurde ausgeführt, dass die übrigen Leistungen, z.B. kosmetische Leistungen, die nicht in den Bereich der plastischen Chirurgie fallen, sowie der Verkauf von Schönheitsmitteln und Gegenständen aller Art in jedem Fall zu den massgebenden Steuersätzen steuerbar seien. Für den Fall, dass im mit der EA Nr. 111'413 nachbelasteten Umsatz auch von der Steuer ausgenommene Entgelte enthalten wären, forderte die ESTV die Steuerpflichtige auf, die kantonale Berufsausübungsbewilligung von C._, die kantonale Institutsbewilligung, einige Rechnungsmuster sowie eine Aufstellung der Umsätze nach Tätigkeitsgebieten einzureichen. Zudem wurde die Steuerpflichtige gebeten mitzuteilen, ob sie aufgrund der neuen Praxis auf eine einsprachefähige Verfügung verzichte, oder ansonsten die bestrittenen Punkte näher auszuführen.
D. Die Steuerpflichtige hielt an der Bestreitung der EA Nr. 111'413 fest und stellte zudem den Antrag, sämtliche erhobene Mehrwertsteuer für die Zeit seit 1995 zurückzuerstatten. Zudem reichte sie eine kantonale Bestätigung über die Praxisbewilligung von C._ und eine Bestätigung betreffend sein Arztdiplom ein und führte aus, dass sie über keine Institutsbewilligung verfüge, weil im Kanton Zürich eine solche nicht erforderlich sei für Institutionen, die Ärzte beschäftigen.
E. Die ESTV wies die Steuerpflichtige am 12. April 2001 darauf hin, dass eine Rückerstattung nicht für eine Zeit vor ihrer Gründung möglich sei. Weiter könne aufgrund der vorhandenen Akten nicht festgestellt werden, ob Heilbehandlungen verbucht wurden oder nicht. Weiter forderte sie die AG auf, innert 30 Tagen einige Rechnungsmuster und eine Aufstellung der Umsätze für die fraglichen beiden Quartale gegliedert nach Tätigkeitsbereichen und Steuersätzen einzureichen. Diese Aufforderung wurde mehrmals wiederholt.
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F. Am 28. Mai 2002 reichte die Steuerpflichtige schliesslich einige Rechnungen sowie die Bilanzen und Erfolgsrechnungen der Jahre 1999 und 2000 und das Kontoblatt „Honorare“ für die fraglichen beiden Quartale ein. Sie teilte mit, eine Zuordnung der Tätigkeitsbereiche und der Steuersätze sei nicht mehr möglich, schlug jedoch vor, die Hälfte der in der Gewinn- und Verlustrechnung per 31. Dezember 1999 ausgewiesenen Beträge den fraglichen beiden Quartalen .
G. Mit Entscheid vom 17. September 2002 bestätigte die ESTV die EA Nr. 111'413 vom 20. Dezember 1999 im Betrag von Fr. 36'648.00 zuzüglich Verzugszins vollumfänglich. Am 18. Oktober 2002 erhob die Steuerpflichtige gegen den Entscheid Einsprache und verlangte dessen Aufhebung sowie die Feststellung, dass sie für die fraglichen beiden Quartale keine Mehrwertsteuer schulde. Dabei stellte sie sich im Wesentlichen auf den Standpunkt, C._ sei in der fraglichen Zeitperiode ihr Arbeitnehmer gewesen und habe die medizinischen Behandlungen verordnet, welche dann von den Praxisangestellten ausgeführt worden seien. Die Rechnungsstellung für diese Leistungen sei aber durch C._ und nicht durch die Einsprecherin erfolgt, hingegen seien die Einnahmen dieser gutgeschrieben worden. Die von C._ oder den Praxisangestellten erbrachten Leistungen seien steuerbefreit. Aufgrund der Praxisänderung sei die gesamte bisher durch sie und C._ bezahlte Mehrwertsteuer zurückzuerstatten. Weiter habe die ESTV die Rechtsgrundlage für eine Einreichung der Institutsbewilligung nicht darlegen können. Zudem berief sie sich bezüglich der Einreichung von Patientenrechnungen auf das Arztgeheimnis.
Am 11. Dezember 2002 reichte die Einsprecherin zudem weitere Unterlagen ein. Die ESTV wies diese in der Folge ein weiteres Mal darauf hin, dass sie für die Zeit vor dem 1. Januar 1999 keine Rückforderungsansprüche geltend machen könne, weil sie erst seit dann existiere. Zudem unterbrach sie mit Schreiben vom 14. Dezember 2004 die Verjährung für allfällige seit dem 1. Juli 1999 nicht deklarierte Mehrwertsteuer auf dem Verkauf von kosmetischen Produkten und von Leistungen, die nicht als Heilbehandlungen gelten.
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H. Mit Einspracheentscheid vom 13. Oktober 2005 wurde der Entscheid vom 17. September 2002 und damit die EA Nr. 111'413 vollumfänglich bestätigt. Die ESTV stellte sich im Wesentlichen auf den Standpunkt, die Frage, ob die Einsprecherin über eine kantonale  verfüge und damit die Steuerausnahme beanspruchen könne, könne offen gelassen werden, weil sie so oder so nicht nachweisen könne, welcher Teil der Honorare auf solche allenfalls ausgenommene Umsätze entfallen würde. Für diese steueraufhebende Tatsache sei sie aber beweispflichtig. Ein Vorsteuerabzug könne nicht gewährt werden, weil die Einsprecherin mit den eingereichten Rechnungen den erforderlichen Beweis nicht erbracht habe.
I. Gegen diesen Entscheid liess die B._AG (Beschwerdeführerin) am 14. November 2005 Beschwerde bei der Eidgenössischen Steuerrekurskommission (SRK) einreichen mit den Rechtsbegehren, der Einspracheentscheid vom 13. Oktober 2005 sei aufzuheben und die ESTV sei zu verpflichten, der Beschwerdeführerin für die Steuerperioden 1. Quartal 1999 bis 2. Quartal 1999 bezahlte Mehrwertsteuer in der Höhe von Fr. 36'648.00 nebst Zins zu 5 % seit 16. Juli 1999 (mittlerer Verfall) zu erstatten. Ferner sei ein zweiter Schriftenwechsel durchzuführen, alles unter Kosten- und  zu Lasten der ESTV. Sie stellte sich im Wesentlichen auf den Stadtpunkt, dass die ESTV Art. 14 Ziff. 3 MWSTV fehlerhaft auslege, die Richtlinie 77/388 der Europäischen Gemeinschaft fehlinterpretiere und eine Verletzung der Ausübung des pflichtgemässen Ermessens vorliege. Zudem sei das Vorliegen einer kantonalen Institutsbewilligung nicht erforderlich und der Rückforderungsbetrag hätte nach pflichtgemässem Ermessen geschätzt werden müssen.
J. Die ESTV reichte am 9. Januar 2006 die Vernehmlassung ein, in welcher sie an ihren Ausführungen festhielt.
K. Mit Schreiben vom 16. Januar 2006 forderte der Präsident der SRK die Beschwerdeführerin auf mitzuteilen, welches die neuen Aspekte in der Vernehmlassung seien, die einen weiteren Schriftenwechsel . Nachdem sich die Beschwerdeführerin innert der angesetzten
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Frist nicht äusserte, wurde androhungsgemäss auf einen solchen Schriftenwechsel verzichtet.
L. Per 31. Dezember 2006 hat die SRK die Verfahrensakten dem Bundesverwaltungsgericht zur Beurteilung der Sache übergeben, was dieses den Parteien am 2. Februar 2007 mitgeteilt hat.
M. Mit Eingabe vom 19. Februar 2007 verlangte der Vertreter der Beschwerdeführerin, sich zu den Auswirkungen der Änderung der Verordnung vom 29. März 2000 zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer (MWSTGV, SR 641.201), insbesondere zu deren Art. 45a äussern zu dürfen. Die ESTV nahm zur entsprechenden Eingabe vom 30. März 2007 am 24. April 2007 Stellung.
N. Die Beschwerdeführerin änderte gemäss Handelsregisterauszug ihre Firma am 29. Januar 2008 auf „A._AG“, weshalb das Rubrum entsprechend angepasst wurde. Die gleichzeitig erfolgte Zweckänderung hat keinen Einfluss auf das vorliegende Verfahren.
Auf die Eingaben der Parteien wird – soweit entscheidwesentlich – im Rahmen der nachfolgenden Erwägungen eingegangen.

Das Bundesverwaltungsgericht zieht in Erwägung:
1.
1.1 Bis zum 31. Dezember 2006 unterlagen Einspracheentscheide der ESTV der Beschwerde an die SRK. Das Bundesverwaltungsgericht übernimmt beim Inkrafttreten des Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG, SR 173.32) am 1. Januar 2007 die bei der SRK hängigen Rechtsmittel, sofern es zuständig ist und keine Ausnahme vorliegt. Die Beurteilung erfolgt nach neuem Verfahrensrecht (Art. 31 - Art. 33 und Art. 53 Abs. 2 VGG). Soweit das VGG nichts anderes bestimmt, richtet sich gemäss dessen Art. 37 das Verfahren nach dem Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (VwVG, SR 172.021). Vorliegend ist keine Ausnahme gegeben und gegen Einspracheentscheide der Vorinstanz ist die Beschwerde ans Bundesverwaltungsgericht zulässig (Art. 32 e contrario und Art. 33
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Bst. d VGG). Dieses ist mithin zur Beurteilung in der Sache sachlich wie funktionell zuständig. Da auch die weiteren  vorliegen, ist auf die Beschwerde einzutreten.
1.2 Am 1. Januar 2001 sind das Bundesgesetz vom 2. September 1999 über die Mehrwertsteuer (MWSTG, SR 641.20) sowie die MWSTGV in Kraft getreten. Da sich der Sachverhalt vor Inkrafttreten des MWSTG zugetragen hat (1. und 2. Quartal 1999), ist auf die vorliegende Beschwerde grundsätzlich die MWSTV (von 1994) anwendbar (Art. 93 und 94 MWSTG). Auf die Frage der rückwirkenden Anwendung von MWSTG und MWSTGV, wie sie die  verlangt, wird in E. 3.2 eingegangen.
1.3 Das Bundesverwaltungsgericht kann die angefochtenen Einspracheentscheide grundsätzlich in vollem Umfang überprüfen. Die Beschwerdeführerin kann neben der Verletzung von Bundesrecht (Art. 49 Bst. a VwVG) und der unrichtigen oder unvollständigen Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts (Art. 49 Bst. b VwVG) auch die Rüge der Unangemessenheit erheben (Art. 49 Bst. c VwVG; vgl. ANDRÉ MOSER, in: André Moser/Peter Uebersax, Prozessieren vor eidgenössischen Rekurskommissionen, Basel und Frankfurt a.M. 1998, S. 59 Rz. 2.59; ULRICH HÄFELIN/GEORG MÜLLER/FELIX UHLMANN, Allgemeines Verwaltungsrecht, 5. Aufl., Zürich 2006, Rz. 1758 ff.). Das Bundesverwaltungsgericht auferlegt sich allerdings bei der Überprüfung von Ermessensveranlagungen eine gewisse  (vgl. Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1527/2006 und A-1528/2006 vom 6. März 2008 E. 1.4, A-1531/2006 vom 10. Januar 2008 E. 2.1; vgl. auch Entscheide der SRK vom 24. Oktober 2005, veröffentlicht in Verwaltungspraxis der Bundesbehörden [VPB] 70.41 E. 2d.cc, vom 14. Mai 2003, veröffentlicht in VPB 67.122 E. 2c.cc). Ob indessen die Voraussetzungen für die Vornahme einer  gegeben sind, überprüft das Bundesverwaltungsgericht – wie vormals die SRK – uneingeschränkt (Urteil des  A-1454/2006 vom 26. September 2007 E. 2.1; Entscheid der SRK vom 3. Dezember 2003, veröffentlicht in VPB 68.73 E. 1c; vgl. PASCAL MOLLARD, TVA et taxation par estimation, in: Archiv für Schweizerisches Abgaberecht [ASA] 69 S. 526 ff., 557).
1.4 Nach dem Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen ist das Bundesverwaltungsgericht als Beschwerdeinstanz an die rechtliche Begründung der Begehren nicht gebunden; es kann eine
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Beschwerde auch aus anderen als den geltend gemachten Gründen gutheissen oder den angefochtenen Entscheid im Ergebnis mit einer Begründung bestätigen, die von jener der Vorinstanz abweicht (Art. 62 Abs. 4 VwVG; Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1342/2006 vom 3. Mai 2007 E. 1.3; MOSER, a.a.O., S. 17 f. Rz. 1.8 f.).
2.
2.1 Gemäss Art. 17 Abs. 1 MWSTV ist steuerpflichtig, wer eine mit der Erzielung von Einnahmen verbundene gewerbliche oder berufliche Tätigkeit selbständig ausübt, selbst wenn die Gewinnabsicht fehlt, sofern seine Lieferungen, seine Dienstleistungen und sein Eigenverbrauch im Inland jährlich insgesamt 75'000 Franken übersteigen.
2.2
2.2.1 Die Veranlagung und Entrichtung der Mehrwertsteuer erfolgt nach dem Selbstveranlagungsprinzip (Art. 37 f. MWSTV; vgl. ERNST BLUMENSTEIN/PETER LOCHER, System des schweizerischen Steuerrechts, 6. Aufl., Zürich 2002, S. 421 ff.). Dies bedeutet, dass die Mehrwertsteuerpflichtige selbst und unaufgefordert über ihre Umsätze und Vorsteuern abzurechnen und innerhalb von 60 Tagen nach Ablauf der Abrechnungsperiode den geschuldeten Mehrwertsteuerbetrag (Steuer vom Umsatz abzüglich Vorsteuern) an die ESTV abzuliefern hat. Die Verwaltung ermittelt die Höhe des geschuldeten Mehrwertsteuerbetrages nur dann an Stelle der Steuerpflichtigen, wenn diese ihren Pflichten nicht nachkommt (Art. 48 MWSTV; vgl. ALOIS CAMENZIND/NIKLAUS HONAUER/KLAUS A. VALLENDER, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz [MWSTG], 2. Aufl., Bern 2003, Rz. 1680 ff.). Ein Verstoss der Steuerpflichtigen gegen diesen Grundsatz ist als schwerwiegend anzusehen, da sie durch die Nichteinhaltung dieser Vorschrift die ordnungsgemässe Erhebung der Mehrwertsteuer gefährdet (vgl. Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1531/2006 vom 10. Januar 2008 E. 2.2, A-1397/2006 vom 19. Juli 2007 E. 2.2, je mit weiteren Hinweisen; Entscheid der SRK vom 19. Mai 2004, veröffentlicht in VPB 68.131 E. 2b).
2.2.2 Die Mehrwertsteuerpflichtige hat ihre Geschäftsbücher ordnungsgemäss zu führen und so einzurichten, dass sich aus ihnen die für die Feststellung der Mehrwertsteuerpflicht sowie für die Berechnung der Steuer und der abziehbaren Vorsteuern
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massgebenden Tatsachen leicht und zuverlässig ermitteln lassen (Art. 47 Abs. 1 MWSTV). Die ESTV kann hierüber nähere Bestimmungen aufstellen. Von dieser Befugnis hat sie mit dem Erlass von "Wegleitungen" für Mehrwertsteuerpflichtige Gebrauch gemacht (vgl. Wegleitung 1997). Darin sind genauere Angaben enthalten, wie eine Buchhaltung auszugestalten ist (Wegleitung 1997, Rz. 870 ff.). Alle Geschäftsfälle müssen fortlaufend, chronologisch und lückenlos aufgezeichnet werden (Wegleitung 1997, Rz. 874) und alle Eintragungen haben sich auf entsprechende Belege zu stützen, so dass die einzelnen Geschäftsvorfälle von der Eintragung in die Hilfs- und Grundbücher bis zur Steuerabrechnung und bis zum Jahresabschluss sowie umgekehrt leicht und genau verfolgt werden können (sog. "Prüfspur"; vgl. Wegleitung 1997, Rz. 879). Nach der Rechtsprechung ist die Steuerpflichtige zwar mehrwertsteuerlich nicht gehalten, kaufmännische Bücher im Sinne des Handelsrechts zu führen; die Bücher müssen die erzielten Umsätze jedoch lückenlos erfassen und die entsprechenden Belege sind aufzuheben (vgl. Urteil des Bundesgerichts 2A.693/2006 vom 26. Juli 2007 E. 3.1; Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1550/2006 vom 16. Mai 2008 E. 2.2, A-1527/2008 und A-1528/2008 vom 6. März 2008 E. 2.2; Entscheid der SRK vom 24. Oktober 2002, veröffentlicht in ASA 73 S. 233 E. 2c.aa, mit Hinweisen, vgl. auch Entscheid der SRK vom 25. August 1998, veröffentlicht in VPB 63.27 E. 3b, mit weiteren Hinweisen). Damit befinden sich die mehrwertsteuerlichen Anforderungen an die Aufzeichnungspflicht auch im Einklang mit den bei den direkten Steuern geltenden Regelungen (vgl. Wegleitung 1997, Rz. 877).
2.2.3 Die ESTV nimmt eine Schätzung nach pflichtgemässem Ermessen vor, wenn keine oder nur unvollständige Aufzeichnungen vorliegen oder die ausgewiesenen Ergebnisse mit dem wirklichen Sachverhalt offensichtlich nicht übereinstimmen (Art. 48 MWSTV). Eine Schätzung muss insbesondere auch dann erfolgen, wenn die Verstösse gegen die formellen Buchhaltungsregeln derart gravierend sind, dass sie die materielle Richtigkeit der Buchhaltungsergebnisse in Frage stellen (Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1550/2006 vom 16. Mai 2008 E. 2.3, A-1531/2006 vom 10. Januar 2008 E. 2.4; Entscheid der SRK vom 24. Oktober 2002, veröffentlicht in ASA 73 S. 233 E. 2c.aa).
2.2.4 Diesfalls hat die Verwaltung diejenige Schätzungsmethode zu wählen, die den individuellen Verhältnissen im Betrieb der
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Steuerpflichtigen soweit als möglich Rechnung trägt, auf plausiblen Angaben beruht und deren Ergebnis der wirklichen Situation möglichst nahe kommt (Urteile des Bundesgerichts 2C_426/2007 vom 22. November 2007 E. 3.2, 2A.253/2005 vom 3. Februar 2006 E. 4.1; Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1397/2006 vom 19. Juli 2007 E. 2.4; Entscheid der SRK vom 24. Oktober 2005, veröffentlicht in VPB 70.41 E. 2d). Die Ermessensveranlagung hat somit zum Ziel, den tatsächlichen Gegebenheiten möglichst gerecht zu werden. Es haftet ihr deshalb eine gewisse Unsicherheit an, die der Steuerpflichtige aufgrund seiner Pflichtverletzung jedoch selber zu vertreten hat (Urteil des Bundesgerichts 2A.437/2005 vom 3. Mai 2006 E. 3.2; Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1526/2006 vom 28. Januar 2008 E. 3.3 und 3.4, A-1531/2006 vom 10. Januar 2008 E. 2.5.1, A-1393/2006 vom 10. Dezember 2007 E. 3.2.2 mit Hinweisen). Ein pflichtgemässes Ermessen schliesst aber auch ein, dass die ESTV in zumutbarem Rahmen Auskünfte, Nachweise und Belege bei Dritten einholt (DIETER METZGER, KURZKOMMENTAR ZUM MEHRWERTSTEUERGESETZ, BERN 2000, S. 190 Rz. 3).
In Betracht fallen einerseits Methoden, die auf eine Ergänzung oder Rekonstruktion der ungenügenden Buchhaltung hinauslaufen, andererseits Umsatzschätzungen aufgrund unbestrittener  in Verbindung mit Erfahrungssätzen. Die Anwendung von Erfahrungszahlen kommt namentlich in Betracht, wenn die Lohnsumme unbestritten feststellbar ist. Bei der Anwendung von Erfahrungszahlen ist allerdings deren Streubreite zu beachten, wenn eine den individuellen Verhältnissen gerecht werdende Schätzung erfolgen soll (Urteile des Bundesgerichts vom 4. Mai 1983, veröffentlicht in ASA 52 S. 234 E. 4, vom 31. März 1983, veröffentlicht in ASA 50 S. 669 E. 2; Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1550/2006 vom 16. Mai 2008 E. 4.2, A-1528/2006 und A-1528/2006 vom 6. März 2008 E. 2.3; Entscheide der SRK vom 24. Oktober 2005, veröffentlicht in VPB 70.41 E. 2d.aa und E. 4e.bb.aaa., vom 12. August 2002, veröffentlicht in ASA 73 S. 228 E. 2c.aa; vgl. zum Ganzen auch MOLLARD, a.a.O., in: ASA 69 S. 526 ff.). Die brauchbaren Teile der Buchhaltung und allenfalls vorhandene Belege sind soweit als möglich bei der Schätzung mitzuberücksichtigen. Sie können durchaus als Basiswerte der Ermessenstaxation fungieren.
2.2.5 Der ESTV obliegt bloss, den pflichtwidrig nicht oder falsch deklarierten Umsatz des Steuerpflichtigen zu ermitteln. Die
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Geltendmachung der eventuell angefallenen Vorsteuern ist  ein Recht des Steuerpflichtigen; ihm ist es anheim gestellt, ob er davon Gebrauch machen will. Es ist nicht Aufgabe der ESTV, ein Recht, das dem Steuerpflichtigen zusteht, für diesen auszuüben. Da es sich bei den Vorsteuern um steuermindernde Tatsachen handelt, obliegt der formgerechte Beweis für deren Vorliegen dem Steuerpflichtigen (BLUMENSTEIN/LOCHER, a.a.O., S. 379). Abzüge dürfen deshalb grundsätzlich nie geschätzt werden (Urteil des  2A.558/2005 vom 8. Mai 2006 E. 2.3; Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1550/2006 vom 16. Mai 2008 E. 4.4, A-1353/2006 vom 7. April 2008 E. 3.1, A-1374/2006 vom 21. Januar 2008 E. 3.2). Hingegen ist eine Umlage mangelhafter Vorsteuerbelege eines Teils der Kontrollperiode auf den gesamten kontrollierten Zeitraum möglich (Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-3069/2007 vom 29. Januar 2008 E. 3.1; Entscheid der SRK vom 12. Mai 2005 [SRK 2003-167] E. 4b/bb/ccc und 5b/aa). Werden die Abzüge vom Steuerpflichtigen jedoch nicht deklariert bzw. auf Aufforderung hin nicht nachgewiesen, sind sie vollumfänglich zu verweigern, ohne dass eine Schätzung Platz greifen würde. Es bleibt aber darauf hinzuweisen, dass es dem Steuerpflichtigen unbenommen ist, sogar noch im Rahmen einer Beschwerde gegen eine Schätzung mittels Belegen den Nachweis für angefallene Vorsteuern zu erbringen (Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-3069/2007 vom 29. Januar 2008 E. 3.1, A-1535/2006 vom 14. März 2007 E. 2.5.4; Entscheide der SRK vom 10. Oktober 2005 [SRK 2003-186] E. 4f, vom 12. Mai 2005 [SRK 2003-167] E. 4b/bb, vom 9. Januar 2001 [SRK 1999-066] E. 2c; zum Ganzen: Entscheid der SRK vom 15. Oktober 1999, veröffentlicht in VPB 64.47 E. 5b).
2.3 Art. 196 Ziff. 14 Abs. 1 der Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999 (BV, SR 101) (Art. 8 Abs. 1 der Übergangsbestimmungen der (alten) Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 29. Mai 1874, in Kraft bis zum 31. Dezember 1999; aÜB-BV) beauftragt den Bundesrat, die Ausführungsbestimmungen zur Mehrwertsteuer zu erlassen, die bis zum Inkrafttreten der Bundesgesetzgebung gelten. Leistungen im Bereich des Gesundheitswesens sind ohne Anspruch auf Vorsteuerabzug steuerbefreit (Art. 196 Ziff. 14 Abs. 1 Bst. b Ziff. 2 BV; Art. 8 Abs. 2 Bst. b Ziff. 2 aÜb-BV). Art. 14 Ziffer 3 MWSTV nimmt die Heilbehandlungen im Bereich der Humanmedizin, die von Ärzten, Zahnärzten, Zahntechnikern, Krankengymnasten, Hebammen oder
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Angehörigen ähnlicher Heilberufe ausgeübt werden, von der Steuer aus. Die Verfassungsmässigkeit dieser Bestimmung ist in der Rechtsprechung dem Grundsatze nach mehrfach ausdrücklich bestätigt worden (vgl. BGE 124 II 193, 124 II 372). Nach konstanter Rechtsprechung und Literatur sind unechte Steuerbefreiungen restriktiv zu handhaben und auszulegen (BGE 124 II 202 E. 5e; Urteil des Bundesgerichts 2A.273/2004 vom 1. September 2005 E. 4.1; Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1639/2006 vom 27. Juni 2007 E. 2.2.2, Entscheid der SRK vom 29. Juli 2004, veröffentlicht in VPB 69.11 E. 2b/aa, DANIEL RIEDO, Vom Wesen der Mehrwertsteuer als allgemeine Verbrauchsteuer und von den entsprechenden Wirkungen auf das schweizerische Recht, Bern 1999, S. 115).
2.3.1 Die Wegleitung 1997 für Mehrwertsteuerpflichtige (nachfolgend Wegleitung 1997) sowie die Branchenbroschüre Nr. 610.507-24 zur MWSTV über die Heilbehandlungen im Bereich der Humanmedizin (inkl. Zahnmedizin), die Spitalbehandlung und die Körperpflege (inkl. Coiffeur) (nachfolgend BB 1995) präzisieren diese Steuerausnahme wie folgt:
a) Als Heilbehandlungen gelten die Feststellung und Behandlung von Krankheiten, Verletzungen und anderen Störungen der körperlichen und seelischen Gesundheit sowie Tätigkeiten, die der Vorbeugung von Krankheiten und Gesundheitsstörungen dienen, sofern sie von Angehörigen der von der ESTV für Heilbehandlungen anerkannten Berufskategorien erbracht werden (Wegleitung 1997 Rz. 592; BB 1995 Ziff. 2.2). Erforderlich ist jedoch, dass eine ärztliche Verordnung vorliegt (oder die Behandlung im Rahmen eines Aufenthalts in einem Spital erfolgt; BB 1995 Ziff. 2.2).
b) Bei der ESTV als Leistungserbringer für Heilbehandlungen anerkannt sind u.a. Ärzte, welche ein eidgenössisches Diplom als Arzt und die erforderlichen kantonalen Bewilligungen (z.B. - und Praxisbewilligung) vorweisen können (BB 1995 Ziff. 3.1).
c) Folgende ärztliche Leistungen sind u.a. von der Steuer ausgenommen: das Untersuchen eines Patienten, das Stellen einer Diagnose und die ärztliche Heilbehandlung (auch plastische Chirurgie, Psychiatrie und Zweituntersuchungen); das Verabreichen oder Applizieren von Medikamenten (Spritzen, Tabletten) und medizinischen
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Hilfsmitteln (Verbandsmaterial, Schienen, Fixationsmaterial) im Rahmen der Heilbehandlung (BB 1995 Ziff. 3.1).
2.3.2 In Bezug auf die ästhetische Chirurgie galt unter der MWSTV zunächst die Praxis, wonach unter den Begriff der Heilbehandlung lediglich die medizinisch indizierte plastische Chirurgie fiel („wenn eine ärztliche Verordnung vorliegt“, BB 1995 Ziff. 2.2). Als medizinisch angezeigt galten Leistungen dann, wenn die Kosten dafür durch die Krankenkasse im Rahmen der obligatorischen  (Grundversicherung), durch die Unfallversicherung, die Eidgenössische Invalidenversicherung, die Militärversicherung oder eine Haftpflichtversicherung übernommen werden mussten. Nicht medizinisch indizierte Leistungen im Bereich der plastischen Chirurgie (Schönheitschirurgie u.ä.) waren hingegen zum Normalsatz steuerbar. Kosmetische Leistungen, die der Pflege und dem Verschönern des Körpers dienen (z.B. Haarentfernung, Schlankheitsbehandlung, Aufsetzen künstlicher Nägel oder Wimpern, kosmetische Massage oder Fusspflege, Behandlung von Hautunreinheiten, Tätowierungen usw.), galten in keinem Fall als Heilbehandlungen und waren zum Normalsatz steuerbar. Ferner war der Verkauf von Gegenständen aller Art zu versteuern (BB 1995 Ziff. 8.4).
2.3.3 Wie die ESTV im angefochtenen Entscheid und in der Vernehmlassung ausführt, wurde im Herbst 2000 diese Praxis überprüft und schliesslich geändert: Sämtliche durch plastische Chirurgen mit kantonaler Berufsausübungsbewilligung im Rahmen ihrer ärztlichen Tätigkeit persönlich vorgenommenen Leistungen (Untersuchungen, Beratungen und Behandlungen) wurden neu als Heilbehandlungen im Sinne von Art. 14 Ziffer 3 MWSTV anerkannt. Die daraus erzielten Umsätze wurden von der Steuer ausgenommen, selbst wenn keine Kostenübernahme durch eine Krankenkasse, Unfallversicherung usw. erfolgte.
Wurden diese Leistungen im Bereich der plastischen Chirurgie zwar von eidgenössisch diplomierten Ärzten persönlich erbracht, jedoch im Namen eines „Instituts“ - wie vorliegend im Rahmen des Ambulatoriums - und auch von diesem in Rechnung gestellt, waren nach der neuen Praxis die daraus erzielten Umsätze nur unter den Voraussetzungen von der Steuer ausgenommen, dass der Leiter oder die Leiterin des Ambulatoriums als Leistungserbringer/in für Heilbehandlungen im Sinne der MWSTV oder alle im Zentrum
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Behandlungen ausführenden Teilhaber einer juristischen Person oder Personengesellschaft im Sinne der MWSTV als Leistungserbringer für Heilbehandlungen galten und das Institut eine kantonale  vorweisen konnte, soweit eine solche nach kantonalem Recht erforderlich war. Waren diese Voraussetzungen erfüllt, war die Erleichterung gegenüber der früheren Praxis eine doppelte: Zum einen wurde die Steuerausnahme gewährt, selbst wenn der Arzt nicht in seinem Namen Rechnung stellte, sondern das Institut und zum andern waren auch die von ihm vorgenommenen Behandlungen von der Steuer ausgenommen, welche der Hebung des Wohlbefindens oder der Leistungsfähigkeit dienten oder aus ästhetischen Gründen vorgenommen wurden.
Selbst wenn das Ambulatorium über die erforderliche kantonale Bewilligung verfügt, galten weiterhin nicht als Heilbehandlungen namentlich Untersuchungen, Beratungen und Behandlungen, die lediglich der Hebung des Wohlbefindens oder der Leistungsfähigkeit dienen oder ledigIich aus ästhetischen Gründen vorgenommen werden, es sei denn, die Untersuchung, Beratung oder Behandlung erfolge persönlich durch einen Arzt, eine Ärztin, einen Zahnarzt oder eine Zahnärztin, die im Inland zur Ausübung der ärztlichen oder zahnärztlichen Tätigkeit berechtigt sind. Unter Aufsicht der Leitung durch Angestellte durchgeführte und im Namen des  fakturierte Heilbehandlungen, welche der Behandlung von Krankheiten, Verletzungen und anderen Störungen der körperlichen und seelischen Gesundheit dienten, waren weiterhin von der Steuer ausgenommen. Behandlungen hingegen, welche der Hebung des Wohlbefindens oder der Leistungsfähigkeit dienten oder aus ästhetischen Gründen vorgenommen wurden – ausser die , Beratung oder Behandlung erfolgte durch einen Arzt oder Zahnarzt – waren weiterhin zum Normalsatz steuerbar. Diese neue Praxis wurde rückwirkend bis ins Jahr 1995 (Inkrafttreten der MWSTV) angewendet.
2.3.4 Diese Praxis wurde nach den Ausführungen der ESTV ins MWSTG überführt. Art. 18 Ziff. 3 MWSTG enthält jedoch im Unterschied zu Art. 14 Ziff. 3 MWSTV eine Präzisierung: Heilbehandlungen im Bereich der Humanmedizin sind von der Steuer ausgenommen, „soweit die Leistungserbinger über eine  verfügen; der Bundesrat bestimmt die .“ Dieser hat denn auch die entsprechenden Bestimmungen
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(Art. 2 – 4) in die MWSTGV aufgenommen. Alle übrigen kosmetischen Leistungen, die der Pflege und Verschönerung des Körpers dienen, gelten auch unter dem MWSTG nicht als Heilbehandlungen und bleiben zum Normalsatz steuerbar (Branchenbroschüre Nr. 610.540-20 zum MWSTG, Gesundheitswesen, zit. BB 2001, Ziff.17.11).
2.4 Stellt die Steuerpflichtige neben der Steuer unterliegenden Leistungen auch ausgenommene Leistungen in Rechnung, sind die beiden Positionen getrennt aufzuführen.
2.4.1 Die SRK hat in ständiger Rechtsprechung in verschiedenen Bereichen das Gebot der ESTV über die gesonderte  geschützt. Namentlich für Unternehmen, die eine gemischte Tätigkeit ausüben, hielt die SRK es gestützt auf Art. 47 Abs. 1 MWSTV zum Ziele einer leicht und zuverlässig durchführbaren Steuerkontrolle sowohl durch den Pflichtigen selbst als namentlich auch durch die ESTV für gerechtfertigt, dass die als Buchungsbelege dienenden Fakturen nach mehrwertsteuerpflichtigen und unecht befreiten Leistungen aufzuteilen sind (statt vieler vgl. Entscheide der SRK vom 20. Februar 2001, in VPB 66.57, E. 6c, bestätigt durch Urteil des Bundesgerichts vom 12. Februar 2002, in ASA 72 S. 231 ff., E. 7b; vom 9. Juli 2002, in VPB 67.20, E. 2b, vom 19. März 2001, in VPB 65.108, E. 4c je mit Hinweisen; vgl. ferner BGE 126 II 443 E. 5 betr. Erfordernis der pauschalen Rechnungsstellung). Diese  wurde durch das Bundesverwaltungsgericht bestätigt (BVGE 2007/40 E. 12.4 und 12.5).
2.4.2 Ziff. 1.5 der BB 1995 hält fest, dass, wenn bei selbständigen Leistungen in einer Rechnung sowohl steuerbare als auch von der Steuer ausgenommene Leistungen fakturiert werden, diese separat ausgewiesen werden müssen. Andernfalls sei das gesamte in Rechnung gestellte Entgelt zu versteuern. Auch die BB 2001 bestimmt in Ziff. 1.2.6 unter Verweis auf Art. 4 Abs. 1 und 2 MWSTGV, dass in der Rechnung, ausser bei der Verrechnung von tarifvertraglich vereinbarten Pauschalen, die erbrachten Teilleistungen einzeln aufgeführt werden müssen und aus der Umschreibung der erbrachten Teilleistung schlüssig hervorgehen müsse, ob die Voraussetzungen für eine Heilbehandlung gegeben sind oder nicht. Hingegen enthält die BB 2001 keinen Hinweis auf Art. 4 Abs. 3 MWSTGV, wonach wenn die Voraussetzungen nach den vorangehenden beiden Absätzen der
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Verordnungsbestimmung nicht erfüllt sind, die steuerbaren  nach Ermessen geschätzt werden.
2.5 Verwendet der Steuerpflichtige Gegenstände oder  für steuerbare Ausgangsleistungen, so kann er gemäss Art. 29 Abs. 1 Bst. a MWSTV in seiner Steuerabrechnung die ihm von anderen Steuerpflichtigen mit den Angaben nach Art. 28 MWSTV in Rechnung gestellte Steuer für Lieferungen und Dienstleistungen abziehen. Erfüllen die Vorsteuerbelege die Anforderungen von Art. 28 MWSTV nicht, muss der Vorsteuerabzug verweigert werden (siehe ausführlich: Urteile des BVGer A-1476/2006 vom 26. April 2007 E. 4.2.1; A-1438/2006 vom 11. Juni 2007 E. 3.1, 3.2).
2.5.1 Nach neuem Verordnungsrecht hat die ESTV auch Rechnungen und Rechnungen ersetzende Dokumente anzuerkennen, welche die Anforderungen an die Angaben zu Namen und Adresse der steuerpflichtigen Person und zum Empfänger der Lieferung oder der Dienstleistung nach Artikel 37 Abs. 1 Bst. a und b MWSTG (bzw. Art. 28 Abs. 1 Bst. a und b MWSTV) nicht vollumfänglich erfüllen, sofern die tatsächlich vorhandenen Angaben die betreffenden Personen eindeutig identifizieren (Art. 15a MWSTGV). Allein aufgrund von Formmängeln wird überdies keine Steuernachforderung erhoben, wenn erkennbar ist oder die steuerpflichtige Person nachweist, dass durch die Nichteinhaltung einer Formvorschrift des Gesetzes oder dieser Verordnung für die Erstellung von Belegen für den Bund kein Steuerausfall entstanden ist (Art. 45a MWSTGV) (zu diesen neuen Bestimmungen und deren rückwirkenden Anwendung ausführlich: Urteile des BVGer A-1438/2006 vom 11. Juni 2007 E. 3.3; A-1476/2006 vom 26. April 2007 E. 4.2.3, A-1352/2006 vom 25. April 2007 E. 6; A-1455/2006 vom 25. April 2007 E. 5.4). Das Vorhandensein einer Rechnung (oder eines entsprechenden Belegs) allerdings bleibt eine unabdingbare, materiellrechtliche Voraussetzung für den Vorsteuerabzug. Fehlt die Rechnung, kann dieser Mangel nicht durch Art. 15a oder 45a MWSTGV geheilt werden. Hingegen können die einzelnen formellen Anforderungen betreffend den Inhalt der Rechnung von Art. 15a und 45a MWSTGV gegebenenfalls erfasst werden (Urteil des Bundesgerichts 2C_263/2007 vom 24. August 2007 E. 5.1; Urteile des BVGer A-1476/2006 vom 26. April 2007 E. 5.2.2; A-1438/2006 vom 11. Juni 2007 E. 3.2, 3.3).
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2.5.2 Macht ein Steuerpflichtiger geltend, er sei zum Abzug von Vorsteuern auf der Einfuhr gemäss Art. 29 Abs. 1 Bst. c MWSTV berechtigt, so obliegt ihm für diese steuermindernde Tatsache ebenfalls der Beweis (BLUMENSTEIN/LOCHER, a.a.O., S. 416). Bei der Einfuhrsteuer wird nicht auf das Vorliegen einer Leistung, sondern auf die grenzüberschreitende Warenbewegung ins Inland abgestellt. Für den Nachweis der Berechtigung zum Abzug der Steuer auf der Einfuhr sind deshalb nicht Rechnungen gemäss Art. 28 MWSTV, sondern durch die Zollbehörden ausgestellte Belege erforderlich (Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1359/2006 vom 26. Juli 2007 E. 5.2; IVO P. BAUMGARTNER, in mwst.com, a.a.O., zu Art. 38 Abs. 1-4, Rz. 33; CAMENZIND/HONAUER/VALLENDER, a.a.O., Rz. 1387).
2.5.3 Die ESTV legte in ihrer Praxismitteilung über die "Behandlung von Formmängeln" vom 26. Oktober 2006 dar, dass die Steuerbefreiung inskünftig auch dann gewährt werde, wenn in Einzelfällen ein falsches Formular verwendet wurde. Fehlt das zollamtlich gestempelte Ausfuhrdokument des schweizerischen Ausfuhrzollamtes, könne zudem die Steuerbefreiung auch dann geltend gemacht werden, wenn die Ausfuhr anhand anderer zollamtlicher Dokumente einwandfrei nachgewiesen werde ( der ESTV vom 26. Oktober 2006 E. 2.3.2). Das Bundesverwaltungsgericht hat diesbezüglich in konkreten  festgehalten, dass für den vom Steuerpflichtigen zu erbringenden Nachweis der direkten Ausfuhr das Vorhandensein eines zollamtlichen Dokuments unabdingbare materielle Voraussetzung bilde. An dieser zwingenden Vorgabe von Art. 16 Abs. 1 MWSTV vermöge Art. 45a MWSTGV nichts zu ändern (Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1480/2006 vom 11. Juli 2007 E. 2.4, A-1455/2006 vom 25. April 2007 E. 5.4). Das Gleiche gilt auch für den Nachweis der Einfuhr von Gegenständen. Auch hier bildet das Vorhandensein eines zollamtlichen Dokuments unabdingbare materielle Voraussetzung (Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1419/2006 vom 31. Oktober 2007 E. 6.2.2 und A-1418/2006 vom 14. Mai 2008 E. 7.2).
2.6
2.6.1 Die Beweiswürdigung endet mit dem richterlichen Entscheid darüber, ob eine rechtserhebliche Tatsache als erwiesen zu gelten hat
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oder nicht. Der Beweis ist geleistet, wenn der Richter bzw. die Richterin gestützt auf die freie Beweiswürdigung zur Überzeugung gelangt ist, dass sich der rechtserhebliche Sachumstand verwirklicht hat. Gelangt der Richter bzw. die Richterin aufgrund der Beweiswürdigung nicht zur Überzeugung, die feststellungsbedürftige Tatsache habe sich verwirklicht, so fragt es sich, ob zum Nachteil der Abgabebehörde oder des Abgabepflichtigen zu entscheiden ist, wer also die Folgen der Beweislosigkeit zu tragen hat. Nach der objektiven Beweislastregel ist bei Beweislosigkeit zu Ungunsten desjenigen zu urteilen, der die Beweislast trägt (FRITZ GYGI, , Bern 1983, S. 279 f.; MARTIN ZWEIFEL, Die  im Steuerveranlagungsverfahren, Zürich 1989, S. 109 f.). Die Abgabebehörde trägt die Beweislast für Tatsachen, welche die Abgabepflicht als solche begründen oder die Abgabeforderung erhöhen, d.h. für die abgabebegründenden und -mehrenden Tatsachen. Demgegenüber ist der Abgabepflichtige für die abgabeaufhebenden und -mindernden Tatsachen beweisbelastet, d.h. für solche Tatsachen, welche Abgabebefreiung oder Abgabebegünstigung bewirken (statt vieler: Urteile des  A-1503/2006 vom 5. Dezember 2007 E. 1.3, A-1687/2006 vom 18. Juni 2007 E. 2.4; Entscheide der  Zollrekurskommission [ZRK] vom 6. Juli 2004, in VPB 68.166 E. 2d, vom 2. Oktober 1995, in ASA 65 S. 413; BLUMENSTEIN/LOCHER, a.a.O., S. 454; ZWEIFEL, a.a.O., S. 48).
2.6.2 Sind die Voraussetzungen einer Ermessenstaxation erfüllt, obliegt es der Steuerpflichtigen, den Beweis für die Unrichtigkeit der Schätzung zu erbringen. Erst wenn sie den Nachweis dafür erbringt, dass der Vorinstanz bei der Schätzung erhebliche Ermessensfehler unterlaufen sind, nimmt das Bundesverwaltungsgericht eine Korrektur der vorinstanzlichen Schätzung vor (Urteile des  A-1550/2008 E. 5.2, A-1527/2008 und A-1528/2008 vom 6. März 2008 E. 2.4, A-1531/2006 vom 10. Januar 2008 E. 2.5.2; vgl. Entscheid der SRK vom 5. Januar 2000, veröffentlicht in VPB 64.83 E. 2).
3. Zwischen den Parteien strittig ist in erster Linie, ob die von der Beschwerdeführerin vereinnahmten Entgelte – die im Rahmen der Ermessenseinschätzung der Beschwerdeführerin zugerechnet (dazu E. 4.2) – , jedoch von C._ persönlich erbracht wurden, nach
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Art. 14 Ziff. 3 MWSTV ausgenommene Leistungen sind oder nicht. Die ESTV hat diese Frage nicht abschliessend behandelt, weil sie davon ausgegangen ist, dass die Beschwerdeführerin, selbst wenn solche Leistungen ausgenommene Leistungen darstellten, mangels  den Beweis nicht erbringen könnte, welche Umsätze aus Leistungen von C._ persönlich und welche aus solchen der Kosmetikerinnen stamme. Das Bundesverwaltungsgericht ist jedoch der Auffassung, dass die Frage, ob die von C._ persönlich erbrachten Behandlungen ausgenommenen Umsatz darstellen, vorweg zu klären ist. Es muss nämlich nur dann auf die Frage eingegangen werden, wie der auf ausgenommenen Umsatz entfallende Teil der Honorare festzustellen sei (E. 4.2), wenn überhaupt ausgenommener Umsatz vorliegt.
3.1 Die Position der Beschwerdeführerin, welche angesichts  ungenauer Rechtsquellenzitate nicht einfach verständlich und zuweilen auch widersprüchlich ist, lässt sich wohl wie folgt zusammenfassen: a) Die frühere Praxis – welche nur die medizinisch indizierten Behandlungen ausnahm – sei mit übergeordnetem Recht nicht vereinbar gewesen und die neue, im MWSTG und in der MWSTGV festgelegte Praxis müsse deshalb rückwirkend seit 1995 angewendet werden (dazu E. 3.2). b) Es fehle an einer gesetzlichen Grundlage für das zusätzliche Erfordernis – zusätzlich dazu, dass der behandelnde Arzt im Sinn der MWSTV Leistungserbringer für Heilbehandlungen sein muss, nämlich dass das Ambulatorium über eine kantonale Institutsbewilligung verfügen müsse, soweit eine solche nach kantonalem Recht erforderlich sei (dazu E. 3.3). c) Dieses Erfordernis widerspreche der Richtlinie der Europäischen Gemeinschaft vom 17. Mai 1977 und der Bundesverfassung. Die rechtliche Organisation, wie die Leistung erbracht wird, dürfe keine Rolle spielen, da der Arzt im Rahmen der Handels- und Gewerbefreiheit selber entscheiden könne, wie er sich organisiere (dazu E. 3.5). d) Ausgenommen seien nicht nur die Leistungen, die der Arzt persönlich erbringe, sondern auch Leistungen, welche von unter seiner Leitung arbeitenden Kosmetikerinnen vorgenommen werden (dazu E. 3.6).
3.2 Die Beschwerdeführerin verlangt die rückwirkende Anwendung von Art. 18 Ziff. 3 MWSTG und Art. 2 – 4 MWSTGV auf die Steuerperioden 1. und 2. Quartal 1999, also auf Steuerperioden vor Inkrafttreten der beiden Erlasse (E. 1.2). Auf einen Sachverhalt ist
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grundsätzlich jenes Recht anwendbar, welches im Zeitpunkt der Sachverhaltsverwirklichung Geltung hatte. Die Anwendung neuen Rechts auf einen Sachverhalt, der sich abschliessend vor Inkrafttreten dieses Rechts verwirklicht hat, wird als echte Rückwirkung bezeichnet. Es ist vom Grundsatz auszugehen, dass die echte Rückwirkung unzulässig ist. Sie ist gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung nur ausnahmsweise zulässig, sofern sie ausdrücklich angeordnet oder nach dem Sinn des Erlasses klar gewollt ist, zeitlich mässig, durch triftige Gründe gerechtfertigt ist, keine stossende  bewirkt und keinen Eingriff in wohlerworbene Rechte bedeutet. Die Voraussetzungen müssen kumulativ erfüllt sein (vgl. BVGE 2007/25 E. 3.1, Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1396/2006 vom 3. Juni 2008 E. 3.2 sowie A-1715/2006 vom 9. November 2007 E. 2.2.5, HÄFELIN/MÜLLER/UHLMANN, a.a.O., Rz. 329 ff.). Eine Rückwirkung soll namentlich bei begünstigenden Erlassen möglich sein (Urteil des Bundesgerichts 2A.228/2005 vom 23. November 2005, E. 2.3; BGE 105 Ia 36 E. 3; 99 V 200 E. 2; zum Ganzen: Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1352/2006 vom 25. April 2007, E. 3.1, 4.2 mit weiteren Hinweisen sowie A-1394/2006 vom 3. Juni 2008 E. 3.2). Das MWSTG ordnet keine solche Rückwirkung an. Es kann auch nicht gesagt werden, dass die Rückwirkung nach dem Sinn des Erlasses klar gewollt ist, hat doch der Erlass des  in verschiedenen Bereichen der Steuer Änderungen gebracht. Zudem würde eine rückwirkende Anwendung von MWSTG und MWSTGV auf den vorliegenden Sachverhalt der  auch keinen Vorteil bringen. Die entsprechenden Bestimmungen sind nämlich auch ohne direkte Geltung insofern von Belang, als sie die von der ESTV aufgrund der Praxisänderung im Herbst 2000 vertretene Rechtsauffassung widerspiegeln (E. 2.3.4).
Demzufolge muss noch geprüft werden, ob die rückwirkende Anwendung der im Jahr 2000 erfolgten Praxisänderung durch die ESTV auf einen vor diesem Zeitpunkt liegenden Zeitraum zulässig ist. Dies ist zu bejahen, hat doch die Beschwerdeführerin die Mehrwertsteuer lediglich unter Vorbehalt bezahlt und wirkt sich die Praxisänderung materiell zu ihren Gunsten aus (vgl. zur rückwirkenden Anwendung von Praxisänderungen Urteile des Bundesgerichts 2A.321/2002 vom 2. Juni 2003 E. 2.4.3.7 sowie 2A.320/2002 und 2A.326/2002 vom 2. Juni 2003 E. 3.4.3.7).
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3.3 Die Frage, ob die ESTV als Voraussetzung für die Anwendung der Steuerausnahme, wenn der behandelnde Arzt zwar persönlich, aber als Angestellter eines Ambulatoriums handelt, zusätzlich das Vorliegen einer kantonalen Institutsbewilligung verlangen darf, ist eine Frage der Auslegung von Art. 14 Ziff. 3 MWSTV, des Begriffs der „ im Bereich der Humanmedizin, die von Ärzten ausgeübt werden“.
3.3.1 Das Bundesverwaltungsgericht überprüft die Auslegung der MWSTV durch die ESTV frei. Es orientiert sich dabei an den gleichen sachbezogenen Vorgaben der Verfassung wie bei der Überprüfung der Verfassungsmässigkeit der MWSTV (BGE 123 II 30 E. 7, 123 II 299 E. 3b; Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1339/2006 und A-1340/2006 vom 6. März 2007 E. 1.3). Es ist somit zu prüfen, ob die in Art. 41ter Abs. 1 Bst. a und Abs. 3 aBV sowie in Art. 8 aÜB-BV (vgl. Art. 130 und 196 Ziff. 14 BV) enthaltenen Grundsätze beachtet und Gegenstand, Zweck und Umfang der der Verwaltung eingeräumten Kompetenz beachtet wird. Darüber hinaus ist zu untersuchen, ob die Auslegung nicht mit sonstigen Verfassungsnormen, besonders mit Grundrechtsgarantien kollidiert.
Ziel der Auslegung ist die Ermittlung des Sinngehalts der Norm. Ausgangspunkt jeder Auslegung bildet der Wortlaut. Ist der Text nicht klar oder sind verschiedene Deutungen möglich, muss nach seiner wahren Tragweite gesucht werden unter Berücksichtigung der weiteren Auslegungselemente, wie namentlich der Entstehungsgeschichte der Norm und ihres Zwecks. Wichtig ist auch die Bedeutung, die der Norm im Kontext mit andern Bestimmungen zukommt. Die  sind zwar nicht unmittelbar entscheidend, dienen aber als Hilfsmittel, um den Sinn der Norm zu erkennen (BGE 130 II 202 E. 5.1, BGE 129 II 114 E. 3.1). Namentlich bei neueren Texten kommt den Materialien eine besondere Stellung zu, weil veränderte Umstände oder ein gewandeltes Rechtsverständnis eine andere Lösung weniger nahe legen (BGE 133 III 497 E. 4.1, 133 V 9 E. 3.1, 128 I 288 E. 2.4). Die Rechtsprechung lässt sich bei der Auslegung von Erlassen stets von einem Methodenpluralismus leiten und stellt nur dann allein auf das grammatikalische Element ab, wenn sich daraus zweifelsfrei eine sachlich richtige Lösung ergibt (BGE 125 II 333 E. 5 mit Hinweisen). Sind mehrere Lösungen denkbar, ist jene zu wählen, die der Verfassung entspricht (BGE 130 II 65 E. 4.2). Allerdings findet die  Auslegung – auch bei festgestellter Verfassungs-
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widrigkeit – im klaren Wortlaut und Sinn einer Gesetzesbestimmung ihre Schranke (Art. 190 BV; BGE 131 II 697 E. 4.1, BGE 129 II 249 E. 5.4).
3.3.2 Dem Wortlaut von Art. 14 Abs. 3 MWSTV lässt sich nicht entnehmen, dass ein Ambulatorium, welches durch einen Arzt Behandlungen im Bereich der plastischen Chirurgie erbringt, über eine kantonale Bewilligung verfügen muss, damit dessen Leistungen von der Steuer ausgenommen sind. Die Verordnungsbestimmung erwähnt Behandlungen, welche im Rahmen eines Ambulatoriums erbracht werden, überhaupt nicht, sondern nur jene Heilbehandlungen, welche von „Ärzten“ ausgeübt werden. Das Bundesgericht hat jedoch im Urteil 2C_43/2008 vom 14. Mai 2008 E. 3.2 – es ging dort um Art. 14 Ziff. 19 MWSTG – implizite festgehalten, dass auf das Vorliegen einer Bewilligung abgestellt werden kann, auch wenn diese subjektive Seite des Austauschverhältnisses nicht gesetzliches Tatbestandsmerkmal bildet.
3.3.3 Auch aus der Entstehungsgeschichte der Norm lassen sich keine weiterführenden Erkenntnisse gewinnen: Weder der Bericht über das Vernehmlassungsverfahren zum Verordnungsentwurf über die Mehrwertsteuer vom 28. Oktober 1993 noch der Kommentar des Bundesrates zur Mehrwertsteuerverordnung vom 22. Juni 1994 (nachfolgend Kommentar) äussern sich zur Behandlung von Ambulatorien in der vorliegenden Form. Anzumerken ist, dass selbst in den parlamentarischen Beratungen zum Mehrwertsteuergesetz die Frage nicht diskutiert wurde und damit diesen Materialien nichts zur Rechtslage bezüglich der plastischen Chirurgie vor Erlass des MWSTG, d.h. unter der MWSTV, entnommen werden kann. Auch der sozialpolitische Zweck der Norm, die Leistungen im Bereich der Humanmedizin zu „entlasten“, führt nicht weiter.
3.3.4 Dem systematischen Auslegungselement entsprechen zwei Überlegungen: Zum einen ist für die Ärzte selber  sowohl ein eidgenössisches oder diesem gleichgestelltes Diplom als Arzt als auch eine kantonale Bewilligung, eine Praxisbewilligung, erforderlich (BB 1995 Ziff. 3.1). Das Bundesgericht betont, dass von der Steuerausnahme bei den natürlichen Personen nur solche profitieren dürfen, welche einen staatlich anerkannten Heilberuf ausüben, d.h. über eine kantonale Praxisbewilligung verfügen (Urteil des Bundesgerichts 2A.331/2005 vom 9. Mai 2006
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E. 3.1). Nichts spricht dagegen, dieses Erfordernis auch auf juristische Personen zu übertragen. Betrachtet man ferner den Kontext von Art. 14 Ziff. 3 MWSTV, stellt man fest, dass Institutionen wie die Ambulatorien in Art. 14 Ziff. 2 MWSTV erwähnt werden, wo von „Zentren für ärztliche Heilbehandlung“ die Rede ist. Gemäss BB 1995 Ziff. 5.2.1 müssen solche Zentren im Besitz einer kantonalen Betriebsbewilligung für die Führung eines solchen Zentrums sein; dieses Kriterium war und ist im Bereich von Art. 14 Ziff. 2 MWSTV nicht umstritten. Dadurch, dass die ESTV dieses Kriterium auch im Bereich von Art. 14 Ziff. 3 MWSTV zur Anwendung bringt, schafft sie keine der Verordnung fremde Voraussetzung, sondern nimmt ein im Umfeld der auszulegenden Bestimmung vorhandenes Element auf.
3.3.5 Nachdem es sich beim Begriff der „Heilbehandlung, die von einem Arzt ausgeübt wird“ nicht um einen rein steuerrechtlichen Begriff handelt, ist es zulässig, dass die ESTV zur Auslegung dieser Norm auf andere Bestimmungen im Bereich des Gesundheitswesens zurückgreift. Die Regelung der Anforderungen an eine Praxis- bzw. Institutsbewilligung durch die kantonale Gesundheitsgesetzgebung ist Ausdruck der aktuellen wissenschaftlichen und politischen Gegebenheiten im Gesundheitswesen, weshalb sich der Vollzug des Mehrwertsteuerrechts für die Auslegung von Art. 14 Ziff. 3 MWSTV daran orientieren darf (vgl. dazu Bundesgerichtsurteil 2A.39/2001 vom 5. September 2001 E. 4a).
3.3.6 Dass dabei auf eine kantonale Bewilligung abgestellt wird, ist angesichts der Kompetenzabgrenzung zwischen Bund und Kantonen im Bereich des Gesundheitswesens nicht zu beanstanden, gehören doch Regelungen im Bereich der öffentlichen Gesundheit zu den Kompetenzen der Kantone. Zudem dürfen die Kantone ohne Verletzung der Wirtschaftsfreiheit Bestimmungen zum Schutz der öffentlichen Ordnung, der Gesundheit, Sittlichkeit und Sicherheit oder von Treu und Glauben im Geschäftsverkehr erlassen (BGE 125 I 335 E. 2a). Auch bei den Praxisbewilligungen für selbstständige Ärzte und den Betriebsbewilligungen für „Zentren für ärztliche Heilbehandlungen“ wird auf eine kantonale Bewilligung abgestellt, was bezüglich der ersteren vom Bundesgericht als zulässig beurteilt wurde (vgl dazu Bundesgerichtsurteil 2A.485/2004 vom 18. Mai 2005 E. 6.2 a.E.)
Ebenso muss wie bei natürlichen Personen als Leistungserbringer gelten, dass das blosse Dulden oder ein bewusster Verzicht des
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kantonalen Gesetzgebers auf eine entsprechende Regelung nicht genügt (Bundesgerichtsurteil 2A.331/2005 vom 9. Mai 2006 E. 3.1). Eine solche Auslegung dient dazu, den Begriff des „Instituts“, für den kein klarer Begriff besteht, einzugrenzen, was dem Grundsatz der restriktiven Auslegung von Steuerausnahmen Rechnung trägt (vgl. auch Bundesgerichtsurteile 2A.331/2005 vom 9. Mai 2006 E. 3.1. und 2A.485/2004 vom 18. Mai 2005 E. 6.2). Im Urteil 2A.331/2005 vom 9. Mai 2006 betonte das Bundesgericht, es wäre nicht verständlich, weshalb die Bewilligungsvoraussetzungen für die übrigen im Gesetz und in der Verordnung erwähnten Heilberufe gelten sollen, nicht jedoch für Naturärzte (E. 3.1). Analoges gilt hier: Es wäre nicht verständlich, weshalb das Vorliegen einer kantonalen  beispielsweise bei einem privaten Spital verlangt werden darf, nicht aber bei einem Institut für Schönheitsoperationen.
3.3.7 Demzufolge ist nicht zu beanstanden, dass die ESTV, wenn ein Institut als Leistungserbringer auftritt, das Vorliegen einer kantonalen Institutsbewilligung verlangt. Eine solche Praxis beruht auf sachlichen Kriterien (Urteil des Bundesgerichts vom 2A.39/2001 vom 5. September 2001 E. 4a a.E.). Anzumerken bleibt, dass Art. 8 Abs. 2 Bst. b aÜB-BV Anknüpfungen an subjektive Merkmale nicht verbietet, sofern der Grundsatz der rechtsgleichen Behandlung beachtet wird (BGE 124 II 193 E. 7c).
3.4 Nach dem Grundsatz der steuerlichen Neutralität müsste eine unechte Steuerbefreiung für den Verbraucher unabhängig davon bestehen, welchem Status der Lieferant entspricht (vgl. dazu PASCAL MOLLARD, mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die , Basel 2000, N. 7 zu Art. 17). Das Bundesgericht hat jedoch im Zusammenhang mit der Steuerausnahme von Art. 14 Ziff. 19 MWSTV bzw. Art. 18 Ziff. 23 MWSTG in konstanter Rechtsprechung festgehalten, dass nur für den Bewilligungsinhaber die dort geforderte Voraussetzung, nämlich die Unterstellung des fraglichen Umsatzes unter eine Sondersteuer oder sonstige Abgabe, gegeben sein könne (vgl. Urteile des Bundesgerichts 2C_42/2008 vom 14. Mai 2008 E. 3.2, 2A.369/2005 vom 24. August 2007 E. 4.1, 2A. 599/2004 vom 7. Juni 2005 E. 7, Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1488/2006 vom 20. November 2007 E. 2.2). Das heisst, gemäss der  Rechtsprechung ist in Bezug auf die erwähnte  - abweichend von den allgemeinen Grundsätzen - die Optik des Leistungserbringers relevant (kritisch zur Praxis des
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Bundesgerichts: MOLLARD, a.a.O., N. 7 zu Art. 17; RIEDO, a.a.O., S. 145; vgl. auch EuGH vom 17. Februar 2005 in Sachen Edith Linneweber, C-453/02 und Savvas Akriditis, C-462/02, vom 7. September 1999 in Sachen Jennifer Gregg und Mervyn Gregg, C-216/97, Rz. 20 sowie vom 11. Juni 1998 in Sachen Karlheinz Fischer, C-283/95). Entsprechend kann auch bezüglich Art. 14 Ziff. 3 MWSTV auf ein subjektives Element beim Leistungserbringer, das Vorliegen der Institutsbewilligung, abgestellt werden.
3.5
3.5.1 Was die Auffassung der Beschwerdeführerin anbelangt, dass die Behandlung der plastischen Chirurgie im schweizerischen  jener der EU entsprechen müsse, ist Folgendes festzuhalten: Richtig ist zwar, dass zur Auslegung des schweizerischen Mehrwertsteuerrechts auch die Maximen des europäischen  beigezogen werden können. Die 6. Richtlinie 77/388/EWG des Rates zur Harmonisierung der Rechtsvorschriften der Mitgliederstaaten über die Umsatzsteuern vom 17. Mai 1977 (bzw. heute die Richtlinie 2006/112/EG des Rates vom 28. November 2006 über das gemeinsame Mehrwertsteuersystem) hat eine exemplarische Bedeutung für die Schweiz und bildet eine nicht zu vernachlässigende Erkenntnisquelle bei der Interpretation des schweizerischen . Hingegen kann sie für die Schweiz als Nichtmitglied der EU nicht verbindlich sein (BGE 125 II 487 f. E. 7a; 124 II 193 f. E. 6a; 124 II 372 E. 7b; Urteil des Bundesgerichts 2A.135/2001 vom 7. Dezember 2001, E. 5; BVGE 2007/14 E. 2.2.4; Urteil des  A-1342/2006 vom 3. Mai 2007 E. 2.3.1).  sind auch die Urteile des Europäischen Gerichtshofs (EuGH) für die Schweiz nicht verbindlich (Urteil des Bundesgerichts 2A.135/2001 vom 7. Dezember 2001, E. 5, Entscheid der SRK vom 9. November 2005 [SRK 2003-152], E. 4d/aa; Urteil des  A-1342/2006 vom 3. Mai 2007 E. 2.3.1).
Was die Rechtsprechung zu Art. 13 Teil A Abs. 1 Bst. c der 6. Richtlinie anbelangt, kann auf die Ausführungen der ESTV im angefochtenen Entscheid verwiesen werden. Zu betonen ist, dass, selbst wenn das Bundesverwaltungsgericht diese Rechtsprechung zur Abstützung seines Entscheids beiziehen würde, die Beschwerdeführerin daraus nichts zu ihren Gunsten ableiten könnte, indem die geänderte Praxis der ESTV ja eben gerade nicht darauf abstellt, ob die Heilbehandlung
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in der medizinischen Betreuung von Personen durch das Diagnostizieren und Behandeln einer Krankheit oder einer anderen Gesundheitsstörung besteht (so der Entscheid des EuGH C-382/98 vom 14. September 2000), sondern auch reine Schönheitsoperationen von der Besteuerung ausnimmt. Die von der Beschwerdeführerin angesprochene Rechtsprechung des EuGH befasst sich nicht mit der hier zur Diskussion stehenden Frage, ob für ein Ambulatorium eine staatliche Bewilligung verlangt werden kann.
3.5.2 Weiter beruft sich die Beschwerdeführerin darauf, das Erfordernis einer zusätzlichen Institutsbewilligung widerspreche der in der Bundesverfassung festgelegten Handels- und Gewerbefreiheit. Es müsse dem Arzt frei stehen zu entscheiden, ob er seine Praxis als Einzelfirma oder in der Form einer juristischen Person führen wolle. Aus der in Art. 27 BV (Art. 31 aBV) festgelegten Wirtschaftsfreiheit kann die Beschwerdeführerin jedoch nichts zu ihren Gunsten ableiten. Wie das Bundesgericht in BGE 125 II 326 E. 10c festgehalten hat, bietet diese keinen Schutz gegen eine allgemeine Steuer, und zwar selbst dann nicht, wenn mit der Belastung durch diese allgemeine Steuer eine Erschwerung des Konkurrenzkampfs verbunden ist. Diese Rechtsprechung ist, wie das Bundesgericht im erwähnten Entscheid weiter ausführt, auch auf die Mehrwertsteuerverordnung anwendbar, und es ist kein Grund ersichtlich, der eine Ausnahme rechtfertigen würde, es sei denn, die Steuer enthalte rechtsungleiche Elemente, die sie als unzulässige Sondersteuer erscheinen liessen. Das ist vorliegend nicht der Fall. Art. 14 Ziff. 3 MWSTV und die entsprechende Praxis der ESTV schreiben gleiche Bedingungen für alle Steuerpflichtigen vor, welche die Schönheitschirurgen erfüllen können oder auch nicht. Ob C._ in den Genuss der Steuerausnahme kommt oder nicht, hängt denn auch einzig von seiner  ab und nicht von besonderen staatlichen Massnahmen. Die fragliche Regelung lässt sich im Übrigen durch sachliche Gründe rechtfertigen (vgl. E. 3.3) und verfolgt keine protektionistischen Ziele. Was eine allfällige steuerliche Mehrbelastung anbelangt, so hat diese keine prohibitive Wirkung, auch wenn sie die vom Endverbraucher zu tragenden Kosten der entsprechenden Behandlungen unter Umständen verteuert.
3.5.3 Somit ist das von der ESTV verlangte Erfordernis einer kantonalen Institutsbewilligung nicht verfassungswidrig.
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3.6 Demnach ist abzuklären, ob im Kanton Zürich für die Führung eines Ambulatoriums der vorliegenden Art eine Bewilligung erforderlich ist und, wenn ja, ob die Beschwerdeführerin über eine solche Bewilligung verfügt. Nach § 7 Abs. 1 des Gesetzes vom 4. November 1962 über das Gesundheitswesen (Gesundheitsgesetz, ZH-SR 810.1) ist eine Bewilligung der Direktion des Gesundheitswesens erforderlich, um gegen Entgelt oder  Krankheiten, Verletzungen oder sonstige gesundheitliche Störungen festzustellen und zu behandeln oder überhaupt medizinische Verrichtungen vorzunehmen. Nach § 16 Abs. 1 wird die Bewilligung zur selbständigen ärztlichen Tätigkeit Inhabern eines eidgenössischen oder eidgenössisch anerkannten ausländischen Arztdiploms erteilt, welche zusätzlich einen eidgenössischen oder eidgenössisch anerkannten ausländischen Weiterbildungstitel erworben haben. Die Fälle, in denen ohne Bewilligung praktiziert werden kann (§ 16 Abs. 2 des Gesundheitsgesetzes), betreffen nicht den vorliegenden Sachverhalt. Nach § 10 hat der Inhaber der Bewilligung die Tätigkeit grundsätzlich persönlich auszuüben. Nach § 11 muss die Praxis der Ärzte im Namen und auf Rechnung des Inhabers der Bewilligung geführt werden. Aus den letzteren beiden Vorschriften ergibt sich, dass im Kanton Zürich eine Arztpraxis, zum mindesten was die hier zur Diskussion stehenden Heilbehandlungen anbelangt, nicht in der Form einer juristischen Person geführt werden kann.
Dies bedeutet, dass die Beschwerdeführerin nicht über die erforderliche Institutsbewilligung verfügen kann und auch nicht verfügt. Der von der Beschwerdeführerin eingereichte Brief der  des Kantons Zürich vom 20. Oktober 2000 bezieht sich einzig auf die Privatpraxis von C._, d.h. auf die Einzelfirma. Die Auffassung der Beschwerdeführerin, dass für Institute, die Ärzte beschäftigen, keine Bewilligung erforderlich sei, geht somit fehl. Vielmehr muss die Praxis im Namen und auf Rechnung des Bewilligungsinhabers geführt werden.
3.7 Das Fehlen der Bewilligung hat zur Folge, dass sämtliche Behandlungen, seien sie nun von C._ persönlich oder von den Kosmetikerinnen ausgeführt worden, nicht von der Steuer ausgenommen sind, auch die medizinisch indizierten Behandlungen. Bei den letzteren mangelt es nicht an der objektiven Voraussetzung, dass es sich um eine Heilbehandlung handelt, sondern am subjektiven
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Kriterium, dass die Behandlung in einem Betrieb vorgenommen wurde, der über die entsprechende kantonale Bewilligung verfügt. Eine solche Unterscheidung ist auch unter dem Aspekt der Rechtsgleichheit gerechtfertigt, denn derjenige, der seine Arztpraxis zwar im eigenen Namen, jedoch ohne kantonale Praxisbewilligung führt, könnte sich auch nicht auf die Steuerausnahme berufen.
3.8 So oder so nicht von der Steuer ausgenommen sind , welche die Kosmetikerinnen persönlich durchführen und bei denen es sich nicht um Heilbehandlungen im Sinne der Verordnung handelt. Das Bundesgericht hat im Urteil 2A.485/2004 vom 18. Mai 2005 E. 6.2 daran festgehalten, dass die Leistungen von Kosmetikerinnen nicht von der Steuer ausgenommen sind, weil diese nicht von diplomiertem Personal der Gesundheitspflege ausgeführt werden; dies gilt auch für den Geltungsbereich der MWSTV. Zu Recht weist die ESTV darauf hin, dass eine solche Ausdehnung der Steuerausnahme zu einer Ungleichbehandlung von selbständigen Kosmetikerinnen und denjenigen führen würde, welche die genau gleichen Tätigkeiten in einem Anstellungsverhältnis bei einem Arzt ausführten.
3.9 Die Beschwerdeführerin beanstandet sinngemäss in ihren Rechtsschriften wiederholt, dass durch die rückwirkende Anwendung der neuen Praxis die Anforderungen an die von der Steuerpflichtigen zu führenden Aufzeichnungen erhöht worden seien, was dazu führe, dass die ESTV im vorliegenden Verfahren Beweisanforderungen aufstelle, über die man damals – in der zur Diskussion stehenden Steuerperiode – noch gar nicht habe informiert sein können. Diese Frage kann offen gelassen werden, ist es doch der  nicht mangels Aufzeichnungen verwehrt, sich auf die Steuerausnahme zu berufen, sondern weil sie nicht über die erforderliche kantonale Bewilligung verfügte und verfügen konnte. Und die Regelung von § 11 des Zürcher Gesundheitsgesetzes, dass die Praxis der Ärzte im Namen und auf Rechnung des Inhabers der Bewilligung geführt werden muss, bestand im ersten Halbjahr 1999 bereits.
4. Entscheid und Einspracheentscheid im vorliegenden Verfahren ergingen in einem Verfahren nach Art. 48 MWSTV, d.h. es liegt eine Ermessenseinschätzung vor. Diese vorzunehmen war die ESTV
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berechtigt und verpflichtet, hat sich doch in der vom 15. - 19. November 1999 bei der Steuerpflichtigen durchgeführten Kontrolle ergeben, dass keine Buchhaltung vorlag. Welche Gründe dazu geführt haben, dass die Steuerpflichtige die in Art. 47 MWSTV festgelegte Verpflichtung zur Buchführung nicht eingehalten hat und demzufolge die Frist zur Einreichung der Abrechnungen nicht einhalten konnte (Art. 37 MWSTV), ist irrelevant (Urteil des Bundesgerichts 2C_426/2007 vom 22. November 2007 E. 5.1; MOLLARD, a.a.O., S. 545), denn die Beschwerdeführerin ist nach dem Selbstveranlagungsprinzip alleine für die richtige und vollständige Deklaration und Ablieferung der Steuer verantwortlich (E. 2.2.1). Demzufolge kann sich die  weder darauf berufen, die Treuhänderin sei gestorben, noch der Betrieb des Ambulatoriums sei neu gewesen und deshalb noch nicht voll eingerichtet. Wesentlich ist, dass Aufzeichnungen fehlten und somit eine Schätzung vorzunehmen war.
4.1 Die ESTV hatte eine angemessene Schätzmethode anzuwenden, die den individuellen Verhältnissen im Betrieb des Steuerpflichtigen so weit als möglich Rechnung trägt (E. 2.2.4). Vorliegend hat sie, weil die Steuerpflichtige nach vereinnahmten Entgelten abrechnet, den Umsatz anhand der Gutschriften auf das Bankkonto (...) der Beschwerdeführerin bei der Credit Suisse festgelegt, indem sie davon ausging, dass dieses Konto die Einnahmen der Beschwerdeführerin aus ihrer Tätigkeit widerspiegelt. Dies ist nicht zu beanstanden. Die Beschwerdeführerin müsste nun nachweisen, dass bei dieser Schätzung erhebliche Ermessensfehler unterlaufen sind (E. 2.6.2). Dies hat sie nicht getan. Sie hat zwar behauptet, dass die Rechnungstellung jeweils im eigenen Namen von C._ erfolgte und nicht im Namen des Ambulatoriums. An sich wäre ihr , dass der Umstand, dass C._ als Rechnungsteller aufgeführt gewesen wäre und nicht die Beschwerdeführerin, dazu geführt hätte, dass solcher Umsatz nicht der Beschwerdeführerin hätte zugerechnet werden können, weil nach Rechtsprechung und Lehre zum Mehrwertsteuerrecht der Rechnung eine zentrale Bedeutung beigemessen wird. Sie ist nicht ein reiner Buchungsbeleg, sondern sie stellt ein wichtiges Indiz dafür dar, dass der Aussteller auch  ist und die mehrwertsteuerlich relevante Handlung überhaupt stattgefunden hat (statt vieler: Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-1469/2006 vom 7. Mai 2008 E. 3 und A-1599/2008 vom 10. März 2008 E. 2.2). Die Beschwerdeführerin hat jedoch, wie die ESTV im angefochtenen Entscheid darlegt, keine einzige dieser Rechnungen
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eingereicht, weil nach Versand der Rechnungen keine Kopie aufbewahrt wurde und die entsprechenden Aufzeichnungen im  gelöscht wurden, sobald die Rechnungen bezahlt waren. Damit hat sie gegen Art. 47 Abs. 2 MWSTV verstossen, der verlangt, dass die relevanten Belege sechs Jahre aufbewahrt werden. Die Beschwerdeführerin konnte somit nicht beweisen, dass die Rechnungen im Namen von C._ persönlich gestellt worden sind. Dazu kommt, dass die mit Eingabe vom 11. Dezember 2002 eingereichten Musterrechnungen als Rechnungsstellerin ausdrücklich die Beschwerdeführerin nennen. Zudem ist der Argumentation der ESTV beizupflichten, dass kein plausibler Grund geltend gemacht wird, weshalb die Patientinnen Honorar, das C._ persönlich zusteht, auf ein Konto der Beschwerdeführerin einzuzahlen hatten. Demzufolge ist es der Beschwerdeführerin nicht gelungen aufzuzeigen, dass die Zurechnung der Eingänge auf dem genannten CS-Konto an die Beschwerdeführerin falsch ist.
Die Behauptung der Beschwerdeführerin, dass zwar Rechnungen vorhanden seien, diese aber aus Gründen des Arztgeheimnisses nicht eingereicht werden können, ist nicht zu hören. Die ESTV hat zu Recht darauf hingewiesen, dass anonymisierte Rechnungen eingereicht werden können, was die Beschwerdeführerin aber auch im Verfahren vor Bundesverwaltungsgericht nicht getan hat.
Ebenso nicht zu hören ist die Beschwerdeführerin mit dem im Einspracheverfahren gestellten Antrag, die Steuerschuld mittels Halbierung der in der Erfolgsrechnung aufgeführten Einnahmen zu ermitteln. Die ESTV führt dazu zutreffend aus, dass bei der Abrechnung nach vereinnahmten Entgelten alle eingegangenen Kundenzahlungen zu deklarieren seien, unabhängig vom Zeitpunkt der Lieferung.
4.2 Weil nach dem Gesagten (E. 3.6) sämtliche Einnahmen der Steuer unterliegen, muss nicht auf die Frage eingegangen werden, wie der auf allfälligen ausgenommenen Umsatz entfallende Teil der Honorare festzustellen sei, ob – dies die Auffassung der ESTV – die Beschwerdeführerin dafür den Beweis zu erbringen oder ob - so die Meinung der Beschwerdeführerin – auch hier eine Schätzung Platz zu greifen habe.
5. Strittig ist weiter, dass die ESTV in den fraglichen Perioden (1. und
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2. Quartal 1999) keinen Vorsteuerabzug zuliess. In erster Linie ist festzuhalten, dass beim Vorsteuerabzug keine Schätzung Platz greift (E. 2.2.5). Die ESTV hat sich im angefochtenen Entscheid eingehend mit den von der Beschwerdeführerin eingereichten Belegen auseinandergesetzt:
5.1 Was die Rechnungen der A._AG anbelangt, ist der ESTV zuzustimmen, dass diese nicht in den hier zur Diskussion stehenden Steuerperioden bezahlt worden sind – und auf dieses Kriterium kommt es bei der Abrechnung nach vereinnahmten Entgelten an – und deshalb nicht zum Vorsteuerabzug berechtigen. Auch die Rechnung der Praxis C._ an die Beschwerdeführerin vom 7. Dezember 1999 betrifft nicht die vorliegende Steuerperiode, so dass nicht auf die weiteren Überlegungen der ESTV eingegangen werden muss. In beiden Fällen beruft sich die Beschwerdeführerin in ihrer Eingabe vom 30. März 2007 bezüglich des Vorsteuerabzugs vergeblich auf Art. 15a und 45a MWSTGV, steht doch kein Formmangel zur Diskussion.
5.2 Die Rechnung der X._Inc. vom 19. Mai 1999 würde zwar in die genannten Perioden fallen, doch fehlt hier, wie die ESTV zu Recht festhält, das nach der Praxis zu Art. 29 Abs. 1 Bst. c MWSTV erforderliche Einfuhrdokument der Eidgenössischen Zollverwaltung (E. 2.5.2). Nachdem die Beschwerdeführerin gar kein entsprechendes Dokument eingereicht hat, kann sie sich nicht auf Art. 45a MWSTGV berufen, bildet doch das Vorhandensein eines zollamtlichen Dokuments eine unabdingbare materielle Voraussetzung des Vorsteuerabzugs von auf der Einfuhr von Gegenständen entrichteter Steuer.
5.3 Die Beschwerdeführerin hat somit keine Belege eingereicht, aufgrund derer ein Vorsteuerabzug zulässig ist.
6. Demzufolge ist die Beschwerde vollumfänglich abzuweisen. Die Verfahrenskosten werden nach Art. 63 Abs. 1 VwVG der  auferlegt. Sie werden nach Art. 4 des Reglements vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE, SR 173.320.2) auf Fr. 3'000.00 festgelegt und mit dem geleisteten Kostenvorschuss von Fr. 3'000.00 verrechnet. Eine Parteientschädigung wird bei diesem Ausgang des Verfahrens nicht ausgerichtet.
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