Decision ID: c2a1507b-e99b-4187-a012-2adddb7b3994
Year: 2011
Language: fr
Court: VD_TC
Chamber: VD_TC_031
Canton: VD
Region: Région lémanique
Law Area: public_law

Vu les faits suivants
A. La société X._ SA (ci-après: X._ SA ou la recourante), ayant son siège à Yverdon-les-Bains, avait pour but la commercialisation de tout article dans le domaine de la chaussure, de la maroquinerie, du sport, de la confection et autres secteurs assimilés. A.X._et B.X._ en étaient à la fois les actionnaires (chacun détenant 50% du capital) et les administrateurs. La société X._ SA a été dissoute le 10 mai 2006 par l'assemblée générale. Elle est entrée en liquidation le 26 mai 2006 (date de la publication dans la FOSC).
Procédure FI.2006.0068 (périodes fiscales 1995 à 2000).
B. Le 24 juin 2002, l'Administration cantonale des impôts (ci-après: l'ACI) a adressé à la société X._ SA un avis d'ouverture d'enquête pour soustraction fiscale portant sur les déclarations d'impôt 1995, 1996, 1997, 1998, 1999 et 2000. Elle a relevé qu'il ressortait de ses investigations que le bénéfice imposable annoncé par la société était inexact pour diverses raisons, notamment l'absence de comptabilisation de parts privées, ainsi que la prise en charge de primes d'assurance-vie au bénéfice des actionnaires, non justifiées commercialement.
Au terme des opérations de contrôle, le 24 août 2004, l'ACI a adressé à la société X._ SA un avis de prochaine clôture, l'informant des reprises et des rappels d'impôts envisagés. Le 4 avril 2005, les administrateurs de la société ont été entendus par l'ACI. Le 7 juin 2005, ces derniers ont transmis à l'ACI leurs observations écrites sur les mesures envisagées.
C. Le 16 septembre 2005, l'ACI et l'Administration cantonale de l'impôt fédéral direct (ci-après: l'ACIFD) ont notifié à la société X._ SA une décision de rappel d'impôt (portant sur le bénéfice imposable), taxation définitive et prononcé d'amendes, concernant l'impôt fédéral direct des périodes fiscales 1995 à 2000, ainsi que l'impôt cantonal et communal des périodes 1997 à 2000, ceci pour un montant total de 140'647 fr. 40.
Le 17 octobre 2005, la société X._ SA a formé une réclamation contre ces décisions. Elle a contesté la quasi-totalité des reprises effectuées et les prononcés d'amendes qui en ont résulté.
Par décision du 3 juillet 2006, l'ACI et l'ACIFD ont rejeté la réclamation.
Par acte du 28 juillet 2006, la société X._ SA, par l'intermédiaire de son conseil, a recouru auprès du Tribunal administratif (devenu depuis le 1er janvier 2008 la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal) contre cette décision, en concluant à l'annulation des reprises opérées par l'ACI et par l'ACIFD. Le recours a été enregistré sous la référence FI.2006.0068.
Après l'échange d'écriture, le 16 avril 2009, le tribunal a tenu audience en présence des parties et de leurs représentants.
Le 29 mai 2009, le tribunal a admis partiellement le recours, annulé les décisions attaquées et renvoyé le dossier à l'autorité intimée pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Pour l'essentiel, l'arrêt a abandonné les reprises portant sur les charges suivantes :
- les honoraires liés aux immeubles appartenant aux actionnaires,
- la part privée sur les frais de voyage, de représentation et de restaurants,
- la part privée sur les frais de véhicules de luxe.
Procédure FI.2009.0005 (périodes fiscales 2001 à 2004)
D. Entre-temps, le 25 octobre 2005, l'ACI avait adressé à la société X._ SA un nouvel avis d'ouverture d'enquête pour soustraction fiscale, afin de compléter celui du 24 juin 2002 et d'étendre la procédure aux périodes 2001 et suivantes.
Au terme de son instruction, le 28 février 2007, l'ACI a notifié à la société un avis de prochaine clôture, portant sur les périodes 2001, 2002, 2003 et 2004 en matière d'impôts cantonal, communal et fédéral direct.
Le 4 octobre 2007, l'ACI et l'ACIFD ont notifié à la société une décision de taxation définitive et prononcé d'amendes concernant l'impôt fédéral direct sur le bénéfice des périodes fiscales 2001 à 2004, ainsi que l'impôt cantonal et communal sur le bénéfice et le capital des périodes fiscales 2001 à 2004, pour un montant total de 77'327 fr. 55.
Le 2 novembre 2007, la société X._ SA a formé une réclamation contre ces décisions.
Le 11 décembre 2008, l'ACI a admis partiellement la réclamation en tant qu'elle porte sur la période fiscale 2001. La décision réduit le bénéfice imposable de la période de 76'700 fr. à 72'000 fr. en matière d'impôt fédéral direct et de 29'300 fr. à 27'500 fr. en matière d'impôt cantonal et communal. Les compléments d'impôts ont été ainsi arrêtés pour cette période respectivement à 5'924 fr. 50 (IFD) et à 6'011 fr. 55 (ICC) et les amendes à 3'200 fr. (IFD) et à 3'300 fr. (ICC).
Par acte du 12 janvier 2009, la société X._ SA, par l'intermédiaire de son conseil, a recouru auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal, en concluant à la réforme, subsidiairement à l'annulation de la décision attaquée. Le recours a été enregistré sous la référence FI.2009.0005.
A la suite de l'arrêt rendu le 29 mai 2009 dans la cause FI.2006.0068, l'ACI a repris son instruction pour tenir compte des reprises corrigées ou annulées, relatives aux périodes 1995 à 2000. Fondée sur ces corrections, l'ACI a conclu dans sa réponse du 18 février 2010 à une admission partielle du recours, modifiant sa décision du 4 octobre 2007 comme il suit (des petites différences dues aux arrondis étant réservées):
Impôt fédéral direct (IFD)
Période fiscale Bénéfice imposable (déclaré) Compléments d'impôt Amendes par période 2001 56'800.00 (2'300.00) 4'828.00 2'400.00 2002 41'200.00 (400.00) 3'502.00 2'300.00 2003 -comptes au 28.02 44'700.00 (1'100.00) 3'799.50 4'500.00 -comptes au 31.12 37'200.00 (zéro) 3'162.00 2004 57'200.00 (zéro) 4'862.00 3'200.00
Impôt cantonal et communal (ICC)
Période fiscale Bénéfice imposable (déclaré) Compléments d'impôt Amendes par période Impôt sur le bénéfice 2001 21'700.00 (800) 4'885.70 2'400.00 2002 16'400.00 (100) 3'692.40 2'400.00 2003 -comptes au 28.02 16'200.00 (400) 3'692.40 4'500.00 -comptes au 31.12 14'600.00 (zéro) 3'217.80 2004 22'800.00 (zéro) 5'025.05 3'300.00 Impôt sur le capital 2003 -comptes au 31.12 677.40 2004 762.75
La recourante a déposé un mémoire complémentaire le 14 avril 2010, dans lequel elle a confirmé ses conclusions. L'ACI s'est déterminée sur ce dernier mémoire le 25 mai 2010.
Le 7 avril 2011, le tribunal a tenu audience en présence: pour la recourante, de B.X._ et A.X._, administrateurs et actionnaires, et Y._, liquidateur, tous assistés de Me Dan Bally, avocat à Lausanne; pour l'ACI, de Z._, juriste, et de A._, inspecteur. Il ressort du procès-verbal et compte-rendu d'audience les éléments suivants:
"[...]
A. Reprises et rappels d'impôt - recours FI.2009.0005; [...]
ad 1.1 (reprise sur les primes d'assurances-vie):
M. A.X._:
Quand nous avons racheté l'entreprise en 1978, elle était quasiment en faillite. Pour maintenir notre ligne de crédit, élément vital de notre survie puisque nous procédons à nos achats par saisons, le Crédit suisse a exigé que nous concluions ces polices d'assurance-vie et que nous les nantissions en sa faveur.
Mme Z._:
La CDAP s'est déjà prononcée sur cette question. Il s'agit des mêmes polices d'assurance-vie. La jurisprudence en la matière est claire: une prime d'assurance-vie ne peut être déduite fiscalement que pour autant que la société soit à la fois preneur et bénéficiaire. L'arrêt publié dans la RDAF (2007 II 99) cité par les recourants n'est pas applicable, car l'affaire en question concernait un indépendant et non pas une société.
M. B.X._:
Sauf erreur, nous n'avons pas conclu à l'époque les polices d'assurance-vie au nom de la société, car elle était encore une SNC. La société est devenue une SA en 1984.
ad 1.2 (reprise sur les primes d'assurance RC et d'assurance choses d'immeubles appartenant aux actionnaires):
Les recourants ne contestent plus cette reprise, ni la qualification de soustraction intentionnelle.
ad 1.5 (reprise de l'augmentation sur les frais forfaitaires):
Les recourants invoquent des "motifs objectifs" et requièrent une approbation a posteriori du règlement de 1995. Le président invite les parties à se référer au tableau de la page 3 de la réponse de l'ACI.
M. B.X._:
Nous avons édicté en 1996 un nouveau règlement pour tenir compte de l'inflation. Les forfaits du règlement de 1986 ne couvraient plus nos frais effectifs. Nous avons demandé à notre fiduciaire de l'époque de soumettre le nouveau règlement à l'ACI pour approbation. Cela n'a malheureusement pas été fait. Les motifs objectifs invoqués ont trait à l'inflation qui implique nécessairement une augmentation des coûts entre 1986 et 1996.
Mme Z._:
La société s'était engagée à soumettre toute modification du règlement à l'ACI. Cela n'a pas été fait. L'ACI ne peut approuver à titre rétroactif ce règlement. Cela constituerait une inégalité de traitement par rapport aux autres contribuables. Je précise par ailleurs que les forfaits n'ont pas pour but de couvrir les frais effectifs. A ce propos, je fais remarquer que le contrôle a révélé un montant élevé de frais de voyage et de restaurant.
M. B.X._:
Nous étions en bataille pour rester leaders sur nos emplacements. Nous voyagions beaucoup pour découvrir les dernières nouveautés et négocier les prix d'achat directement avec les fournisseurs, sans passer par des intermédiaires en Europe. Ne pouvant nous aligner sur nos concurrents qui avaient un volume d'affaires sans commune mesure avec le nôtre, nous avions également renoncé à faire de la publicité pour privilégier les contacts directs avec la clientèle. C'était là une option stratégique, qui impliquait de nombreux frais de restaurant. Cela nous coûtait toutefois moins cher que la publicité, qui représente en principe 3% du chiffre d'affaire d'une société.
ad 1.6 (reprise sur les amortissements d'un véhicule de la société; grief X._ SA et actionnaires):
Le président rappelle la position de l'ACI (décision sur réclamation, p. 10): achat d'un véhicule VW par la société (pour 23'661 fr., facture de 3 avril 1996), véhicule revendu ensuite par les héritiers de M. C.X._ à la société pour 18'000 fr., d'où la notion d'actif fictif et le refus de tout amortissement.
M. B.X._:
Il s'agit bien du même véhicule. Dans notre esprit, nous avions fait don de ce véhicule à notre père lorsqu'il a arrêté de travailler. Nous ne contestons pas la reprise; nous contestons en revanche la qualification de soustraction intentionnelle.
ad 1.7, premier tiret (reprise d'une part privée sur les frais de véhicule; grief X._ SA et actionnaires):
M. A.X._:
Nous ne contestons plus la reprise; nous contestons en revanche la qualification de soustraction intentionnelle. Je précise que nous étions sous contrôle fiscal depuis 2001. Nous aurions changé notre pratique, si nous étions de mauvaise foi.
M. B.X._:
Il est vrai que nos véhicules privés n'étaient pas équivalents aux véhicules de l'entreprise. Je précise toutefois que je parcourais 50'000 km par année pour des motifs professionnels. Je n'avais donc pas envie de faire encore beaucoup de déplacements le week-end pour mes loisirs. C'est pour cette raison que je n'avais pas besoin pour le privé d'une "grosse voiture". (En outre, en ce qui me concerne, je dispose d'un logement à St Tropez et ne m'y rendais pas en voiture).
M. A.X._:
Il en allait de même pour moi (qui dispose d'un appartement à Verbier).
ad 1.7, 2ème tiret (frais de la jeep Cherokee):
M. A.X._:
Nous ne contestons plus la reprise; nous contestons en revanche la qualification de soustraction intentionnelle. Comme je l'ai déjà dit, nous étions sous contrôle fiscal depuis 2001. Nous aurions donc modifié notre pratique, si nous étions de mauvaise foi.
ad 1.8 (perte sur débiteur X._; grief X._ SA et actionnaires):
M. B.X._:
J'aimerais préciser le contexte. Lors du bouclement de l'exercice 2002, nous avons réalisé pour la première fois depuis 25 ans une perte. Notre créancier principal, le Crédit suisse, nous a indiqué que notre "rating" était devenu mauvais en raison de cette perte et nous a menacés d'augmenter notre taux d'intérêt à 9%, ce qui aurait signifié la fin de l'entreprise. Il s'en est suivi de longues discussions. Le Crédit suisse nous a expliqué que, pour améliorer notre "rating", il fallait augmenter nos fonds propres. Nous avons réfléchi à des solutions et nous avons décidé de transférer la créance que nous détenions contre notre mère à la société. Cette mesure nous a paru logique à l'époque (elle nous a permis d'obtenir un taux relevé à 6%). Nous n'imaginions toutefois pas que notre mère allait décéder quelques mois plus tard (en septembre 2003). Le Département des "Affaires spéciales" du Crédit suisse ne nous a pas posé de questions sur ce transfert de créance, ni sur la qualité de cette créance.
Nous ignorions que notre mère n'était pas solvable. Quand nous lui proposions une aide financière, elle refusait systématiquement. A son décès, nous avons toutefois découvert qu'elle était moins "riche" qu'elle ne le laissait entendre.
Mme Z._:
Je doute que les recourants puissent ignorer la situation financière de leur mère. Ils l'aidaient en lui versant une rente de 500 fr. par mois, ainsi qu'un salaire de 1'500 fr. par mois et des indemnités d'administrateur de 2'000 fr. par mois.
M. B.X._:
Nous avons engagé notre mère pour lui trouver une activité et pour bénéficier de son expérience. Elle a remplacé notre père au conseil d'administration au décès de celui-ci.
Lorsque nous avons repris l'entreprise, mon père était quasi en faillite. C'est à ce moment-là que nous avons dû subvenir aux besoins de nos parents.
Nous n'avons pas demandé le remboursement de la créance, car nous pensions régler cela lors de la succession.
M. Y._:
C'est moi qui ai exigé l'amortissement de la créance. J'étais à l'époque l'organe de révision de la société. Au décès de Mme D.X._, je me suis renseigné sur sa situation financière. On m'a expliqué que la masse successorale ne couvrait pas la créance. J'ai alors exigé de MM. A.X._, B.X._ l'amortissement immédiat de la créance. Je les ai menacés, s'ils ne procédaient pas à cet amortissement, de ne pas approuver les comptes. En revanche, je n'ai pas donné d'instruction relative au compte d'actionnaires.
M. B.X._:
Cette créance date de l'époque où nous avons repris la société. Nous avions dû éponger quelques dettes de mon père.
Nous avons cru bon de faire don de cette créance à la société pour améliorer notre "rating" auprès de notre créancier. Nous n'imaginions pas que cette mesure diminuerait notre résultat.
Mme Z._:
Je précise qu'il ne s'agit pas d'un véritable don. En effet, au moment du transfert, la créance a été comptabilisée au débit d'un compte d'actif, mais au crédit du compte actionnaires. L'amortissement de la créance n'a pas été suivi d'une écriture inverse dans le compte actionnaires.
M. A.X._:
Si nous avions su que cette créance ne valait rien, nous ne l'aurions pas déclarée pendant plus de dix ans et payé des impôts dessus.
ad "exercices 2003" (voir mémoire complémentaire, p. 4 et 5):
M. B.X._ produit une pièce, dont une copie est remise aux représentants de l'ACI.
Après explications de l'ACI, les recourants retirent cette contestation.
ad 2.10 (location d'un bureau au domicile privé de MM. A.X._, B.X._):
M. B.X._:
Nous avions chacun de nous un bureau à notre domicile, car nous étions régulièrement appelés à communiquer par fax avec nos partenaires aux Etats-Unis et en Extrême-Orient.
B. Amendes pour soustraction fiscale infligées à la société (recours FI.2009.0005)
Les recourants confirment qu'ils consentent à ce que la présente instruction porte également sur les amendes infligées à la société et aux actionnaires.
M. A.X._:
Je répète encore une fois que nous nous étions sous contrôle fiscal. Nous n'aurions pas continué nos pratiques illégales, si nous étions de mauvaise foi.
M. Y._:
La société pourra répondre de ses obligations. Aucun créancier ne sera lésé. En revanche, les actionnaires ne seront probablement pas dédommagés.
[...]"
Le tribunal a délibéré à huis clos à l'issue de l'audience.
Les arguments respectifs des parties seront repris ci-après dans la mesure utile.

Considérant en droit
1. Déposé dans le délai de trente jours fixé par l’art. 95 de la loi vaudoise du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative (LPA-VD; RSV 173.36), le recours est intervenu en temps utile. Il respecte au surplus les conditions formelles énoncées à l’art. 79 LPA-VD.
2. Le litige porte d'une part sur les reprises effectuées par l'ACI dans le bénéfice déclaré de la recourante pour les périodes fiscales 2001 à 2004 en matière d'impôt cantonal et communal et d'impôt fédéral direct et d'autre part sur les amendes infligées pour soustraction fiscale.
3. a) En droit fiscal suisse, le bénéfice imposable des sociétés anonymes se détermine d'après le solde du compte de résultats (art. 58 al. 1 let. a LIFD; art. 94 al. 1 let. a LI). A ce solde sont ajoutés tous les prélèvements opérés avant le calcul de celui-ci, qui ne servent pas à couvrir des frais généraux justifiées par l'usage commercial (art. 58 al. 1 let. b LIFD; art. 94 al. 1 let. b LI).
Parmi les prélèvements opérés avant le calcul du solde du compte de résultats figurent les "libéralités en faveur de tiers" (l'art. 58 al. 1 let. b 5ème tiret LIFD parle d'"avantages procurés à des tiers"). D'après la doctrine et la jurisprudence, la notion de "libéralités en faveur de tiers" comprend notamment les prestations appréciables en argent faites par la société, sans contre-prestation, à ses actionnaires, aux membres de l'administration ou à d'autres organes, ou encore à toute personne la touchant de près et qu'elle n'aurait pas faites dans les mêmes circonstances à des tiers non participants. De telles prestations ne sont pas justifiées par l'usage commercial et doivent être réintégrées au bénéfice imposable de la société, car elles n'ont pas le caractère de frais généraux (ATF 119 Ib 116 consid. 2; 115 Ib 111 consid. 5a et les références citées). Selon le Tribunal fédéral, l'existence d'une prestation appréciable en argent suppose la réalisation de quatre conditions cumulatives: la société fait une prestation sans obtenir de contre-prestation correspondante; cette prestation est accordée à un actionnaire ou à une personne le touchant de près; elle n'aurait pas été accordée dans de telles conditions à un tiers; la disproportion entre la prestation et la contre-prestation est manifeste, de telle sorte que les organes de la société auraient pu se rendre compte de l'avantage qu'ils accordaient (en particulier, ATF 2C_895/2008 du 9 juin 2009; ATF 131 II 593 consid. 5; ATF 115 Ib 238; 113 Ib 25).
Les prestations appréciables en argent faites aux actionnaires doivent être reprises aussi bien dans la société que chez l'actionnaire bénéficiaire, car celui-ci est présumé avoir perçu ces montants, à titre de dividende dissimulé (arrêt FI.2006.0010 du 24 novembre 2006 consid. 4, ainsi que les références citées). Il s'agit là d'une conséquence de la distinction, sur le plan fiscal comme sur le plan civil, entre la société et ses actionnaires, qui conduit à une double imposition économique (RDAF 1996 p. 172).
b) La procédure de taxation est régie par la maxime inquisitoriale (ATF 92 I 253 consid. 2 p. 255). Cette maxime est également applicable dans le cadre de la procédure de recours, en matière fiscale (art. 142 al. 4 LIFD; art. 201 LI).
L'autorité doit vérifier la déclaration (art. 123 et 126 LIFD, 172 et 176 LI). Elle doit déterminer d'office tous les éléments pertinents en vue de la taxation et ceci, même en cas de violation de son obligation de coopérer par le contribuable. Dès lors, si des indices précis rendent vraisemblable l'existence des conditions fondant l'obligation fiscale, l'autorité peut sans arbitraire exiger du contribuable qu'il apporte la preuve du contraire (ATF 121 II 257 consid. 4c/aa p. 266; 92 I 253; Archives 64 493 consid. 3c; Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, Bâle, 3ème éd. 2007, § 22, n° 9 p. 443); dans sa jurisprudence, le Tribunal administratif a confirmé plusieurs fois ce principe (voir arrêts FI.2002.0043 du 10 mars 2003; FI.2000.0003 du 29 juin 2000; FI.1997.0049 du 15 avril 1999; FI.1992.0082 du 12 février 1993). En effet, les parties ont l'obligation de collaborer à l'établissement de la taxation (art. 126 al. 1 LIFD, 90 al. 2 aLI et 176 al. 1 LI; voir Jean-Marc Rivier, Droit fiscal suisse, L'imposition du revenu et de la fortune, 2ème éd., Lausanne 1998, p. 142; Martin Zweifel, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/1, ad art. 42 LHID, n° 2, p. 496); cette obligation s’étend du reste à la procédure de rappel d’impôt (art. 153 al. 3 LIFD et 209 al. 3 LI; voir Klaus A. Vallender, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/2b, ad art. 153 LIFD n° 4, p. 415). S’agissant du fardeau de la preuve, on retient dans la règle qu’il appartient à l'autorité de taxation d'établir les faits qui fondent la créance d'impôt ou qui l'augmentent (ATF 105 Ib 382); le contribuable, pour sa part, doit alléguer et prouver les faits qui suppriment ou réduisent cette créance (ATF 92 I 253 consid. 2 p. 256/257). Ainsi, la justification commerciale des dépenses revendiquées en déduction d’une recette doit être établie par le contribuable; ce principe est issu de l'art. 8 du code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC; RS 210), selon lequel chaque partie doit alléguer et prouver les faits dont elle entend déduire son droit, disposition applicable par analogie en matière fiscale (ATF 2A.461/2001 du 21 février 2002 in Revue fiscale 57/2002, p. 816, consid. 2.3).
Le fisc et le contribuable sont donc tenus de collaborer dans l'administration des preuves, soit en précisant les allégations qu'il appartient à la partie chargée de la preuve de détruire, soit en apportant des preuves ou indices positifs contraires; l'omission ou l'échec de ces preuves contraires peut être considéré comme un indice suffisant de la véracité des allégations de la partie adverse si celles-ci sont vraisemblables (voir, outre Rivier, ibid., Walter Ryser/Bernard Rolli, Précis de droit fiscal suisse, Berne 2001, 4e éd., p. 462). L'autorité de recours a les mêmes compétences que l'autorité de taxation (art. 142 al. 4 LIFD et 201 LI) et peut demander un complément d'instruction. Elle apprécie les preuves apportées par les parties et a un large pouvoir d'appréciation dans ce domaine (ATF 120 Ia 31 consid. 4b p. 40 et les arrêts cités).
4. a) En droit fédéral, comme en droit cantonal, la soustraction fiscale est réalisée lorsqu'une taxation n'a pas été effectuée ou est demeurée insuffisante, parce qu'un contribuable a violé de manière fautive l'obligation qui lui est imposée par la loi de collaborer à la taxation et de renseigner l'autorité fiscale de manière exacte et complète sur tous les éléments nécessaires à une taxation correcte (art. 175 LIFD, 242 LI; Arch. 52, p. 454; Arch. 54, p. 660; Arch. 56, p. 345). La tentative de soustraction est réalisée dans les mêmes conditions, mais elle suppose que la taxation insuffisante ne soit pas encore entrée en force au moment de l'intervention du fisc; elle est réprimée par les art. 176 LIFD et 243 LI.
La réalisation des éléments objectifs de la soustraction fiscale suppose, d’une part, que les montants non déclarés constituent des éléments imposables, d’autre part, que ces montants soient entrés dans la sphère de disposition du contribuable. Ainsi, selon le Tribunal fédéral, l'état de fait de la soustraction fiscale est notamment réalisé lorsqu'une société comptabilise comme frais généraux des dépenses privées de son actionnaire, alors qu'elle sait qu'une telle manière d'agir est illicite; il suffit que la société ait eu pour but d'obtenir une taxation insuffisante (ATF du 22 novembre 1992, Arch. 63, p. 208).
b) La condition subjective de la soustraction est réalisée lorsque le contribuable a agi de manière fautive, soit intentionnellement, soit par négligence. Contrairement à la soustraction consommée qui est déjà punissable lorsqu’elle est commise par négligence, la tentative de soustraction ne peut être punie que si elle est intentionnelle (RDAF 1987 p.15; ATF 100 Ib 480, consid. 2; Arch. 54, p. 662; Arch. 44, p. 55; ATF 85 I 259). La preuve du caractère intentionnel d'une soustraction incombe à l'autorité fiscale, celle-ci étant toutefois facilitée par la présomption que celui qui agit avec conscience agit aussi avec volonté (StE 1988 B 101.21 n°7, consid. 4). Le Tribunal fédéral considère que cette preuve est apportée lorsqu'il est établi de manière suffisamment certaine que le contribuable était conscient du caractère inexact ou incomplet de sa déclaration. Si cette conscience est établie, il faut alors partir de l'idée que le contribuable a aussi agi de manière intentionnelle, c'est-à-dire dans le but de tromper l'autorité fiscale et d'obtenir une taxation trop basse ou du moins, agissant par dol éventuel, qu'il a compté sérieusement avec cette possibilité (ATF 114 Ib 27; StE 1988 B 101.21 n°6). Lorsque des éléments imposables ne sont pas indiqués dans la déclaration, on peut admettre ordinairement qu'il y a intention de les soustraire à l'impôt (ATF du 7 octobre 1986, StE 1987 B. 101.2 n° 3). La jurisprudence admet également que celui qui déclare un revenu de loin inférieur à son revenu réel a conscience que les indications qu'il donne sont fausses ou incomplètes et, partant, qu'il agit intentionnellement (Arch. 56, p. 138). La négligence est définie par l’art. 12 al. 3 du Code pénal (CP). Ainsi, un contribuable commet une infraction par négligence lorsque, par une imprévoyance coupable, il agit sans se rendre compte ou sans tenir compte des conséquences de son acte. L’imprévoyance est coupable quand l’auteur de l’acte n’a pas usé des précautions commandées par les circonstances et par sa situation personnelle. Selon la jurisprudence, il faut poser des exigences sévères quant à la prévoyance requise: si un contribuable a des doutes sur ses droits et obligations, il doit faire en sorte de les lever ou, du moins, en informer l'autorité fiscale (StE 1989 B. 101.9 n° 6 et les références citées).
5. Ces considérations générales exposées, il convient d'examiner poste par poste les reprises qui sont contestées:
a) primes d'assurance-vie (reprise 1.1: 4'389 fr. et 5'626 fr. sur les années 2001 et 2002 pour chacune des deux polices concernées):
En 2001 et 2002, la société X._ SA a comptabilisé comme charges les primes des polices d'assurance-vie suivantes:
- la police 7054475 (conclue avec Vita Cie assurance Vie), dont A.X._ est le preneur, l'assuré et le bénéficiaire;
- la police 13351 (La Bernoise), dont B.X._ est le preneur, l'assuré et le bénéficiaire.
Considérant que la prise en charge de ces primes d'assurances par la société constituait une prestation en faveur des actionnaires, l'ACI a repris sur les années 2001 et 2002 un total de respectivement 4'389 fr. et 5'626 fr. pour chacune des deux polices concernées.
Selon une jurisprudence constante, une prime d'assurance-vie n'est déductible fiscalement, en principe, que pour autant que la société soit à la fois preneur et bénéficiaire de l'assurance (arrêt FI.2006.0068 du 29 mai 2009 concernant la même recourante; ég. arrêt FI.1996.0085 du 12 décembre 2002, ainsi que les références citées). Il ne suffit pas, pour que la prise en charge des primes par la société soit acceptable, que le chef d'entreprise ait conclu l'assurance dans l'optique d'assurer la survie de l'entreprise à son décès ou même qu'il l'ait nantie pour garantir des dettes de l'entreprise (arrêt FI.1993.0123 du 13 avril 1999). Il en va de même lorsqu'une assurance a été contractée dans le but d'obtenir l'adjudication de travaux de la part du co-contractant (arrêt FI.1993.0100 du 28 octobre 1994) ou d'obtenir des emprunts (arrêt FI.1993.0123 précité).
En l'espèce, comme pour les périodes précédentes (cf. arrêt FI.2006.0068 précité consid. 6a), l'ACI s'est conformée à cette jurisprudence, en n'admettant pas la déduction de primes d'assurance-vie, dont la recourante n'était ni preneur ni bénéficiaire, ceci alors même que ces assurances avaient été contractées à la demande des banques et nanties en leur faveur. La recourante invoque certes un arrêt du Tribunal fédéral du 23 février 2006 (2.A.486/2005, publié in RDAF 2007 II 99). Cette jurisprudence concerne en l'occurrence un dentiste qui avait conclu deux assurances en cas de décès temporaires et désigné ses parents comme bénéficiaires; le Tribunal fédéral a considéré que les assurances avaient été conclues dans un intérêt commercial et non pas personnel et que les prétentions qui en ont découlé faisaient par conséquent partie de la fortune commerciale de l'indépendant. Cette solution, qui traite de la situation d'un indépendant, n'est toutefois pas applicable à une personne morale. Les reprises opérées par l'autorité intimée doivent dès lors être maintenues. Quant au caractère de soustraction intentionnelle, il doit également être confirmé. La pratique de l'ACI en matière de traitement fiscal des primes d'assurance-vie et la jurisprudence de la Cour de droit administratif et public sont en effet connues et, en cas d'éventuels doutes, il appartenait aux organes de la société d'interroger le fisc, ce qu'ils n'ont pas fait. En agissant ainsi, ils ont pris le risque et compté sérieusement avec la possibilité de soumettre de fausses déclarations aux autorités fiscales. Un tel comportement relève du dol éventuel et doit être assimilé pénalement à un acte intentionnel (dans ce sens, voir arrêts FI.2006.0068 consid. 6a, FI.1993.0100 et FI.1993.0123 précités).
b) primes d'assurance RC et d'assurance choses d'immeubles appartenant à B.X._ et à A.X._ (reprise 1.2: 1'579 fr. en 2001 et en 2002):
En 2001 et en 2002, la société X._ SA a comptabilisé comme charges les primes d'assurance RC (568 fr.) et d'assurance choses (1'011 fr.) d'immeubles appartenant à B.X._ et A.X._. Considérant que la prise en charge de ces primes d'assurances par la société constituait une prestation aux actionnaires, l'ACI a repris un montant total de 3'158 fr. sur les périodes fiscales 2001 et 2002.
La recourante ne conteste plus cette reprise (voir procès-verbal et compte-rendu d'audience). Elle ne remet plus non plus en question son caractère de soustraction intentionnelle.
c) honoraires liés aux immeubles appartenant à B.X._ et à A.X._ (reprise 1.3: 2'000 fr. sur la période fiscale 2001, montant correspondant à une part privée sur une note d'honoraire de la Fiduciaire Kellenberger)
L'ACI a abandonné cette reprise (voir réponse p. 2). Il y a lieu d'en prendre acte.
d) part privée sur les frais de représentation (reprise 1.4: reprise globale de 10% sur les frais provenant de la carte de crédit [7'450 fr. sur toutes les périodes]; reprise globale de 20% sur les frais de restaurant [14'700 fr. sur toutes les périodes])
L'ACI a abandonné cette reprise (voir réponse p. 2). Il y a lieu d'en prendre acte.
e) part privée sur les frais de voyage (reprise 1.5: reprise de 50% des forfaits non admis [63'100 fr. sur toutes les périodes])
La société X._ SA a adopté le 1er décembre 1986 un "règlement concernant les frais et dépenses professionnels de la Maison", qui prévoit en particulier ce qui suit:
"4. Forfaits
Il est décidé d'allouer un montant de Fr. 100.- par jour pour les voyages en Suisse ou Fr. 150.- pour les voyages à l'étranger à titre de frais forfaitaires. Le départ du collaborateur doit intervenir avant 8 h 00 le matin et la rentrée au domicile après 19 h 30.
Le montant forfaitaire englobe les repas hors domicile, les déplacements en taxis, bus, etc."
L'ACI a approuvé ce règlement le 26 janvier 1987.
Lors du contrôle, l'ACI a constaté que la société avait adopté le 4 décembre 1995 un nouveau règlement concernant les frais et dépenses et qu'elle avait en particulier doublé les forfaits avec effet au 1er janvier 1996. Ce nouveau règlement n'a toutefois jamais été approuvé par l'ACI. La recourante s'était pourtant engagée dans une lettre du 12 décembre 1986 adressée à l'ACI "à annoncer spontanément à l'autorité fiscale toute modification du règlement". L'ACI a dès lors repris la différence entre les nouveaux et les anciens forfaits.
Lors de l'audience, les administrateurs ont expliqué qu'ils avaient édicté en 1996 un nouveau règlement pour tenir compte de l'inflation. Ils avaient alors chargé leur fiduciaire de l'époque de soumettre ce règlement à l'autorité fiscale, ce qui n'avait toutefois pas été fait. Dès lors que des "motifs objectifs" justifieraient à leur sens une augmentation des forfaits entre 1986 et 1996, ils demandaient une approbation a posteriori du règlement de 1996.
Dans la mesure où la recourante s'était engagée à soumettre à l'ACI toute modification du règlement et qu'elle ne l'a pas fait s'agissant du règlement de 1996, la reprise opérée sera confirmée. Une approbation a posteriori n'est pas envisageable, car elle constituerait une inégalité de traitement par rapport aux autres contribuables, comme l'a souligné à juste titre l'ACI.
Les administrateurs contestent le caractère de soustraction de cette reprise. Ils font valoir leur bonne foi. Les administrateurs auraient toutefois dû attendre la réponse de leur fiduciaire avant de partir de l'idée que l'ACI avait approuvé le nouveau règlement. En s'en abstenant, ils ont pris le risque et compté sérieusement avec la possibilité de soumettre de fausses déclarations aux autorités fiscales. Un tel comportement relève du dol éventuel et doit être assimilé pénalement à un acte intentionnel. La qualification de soustraction intentionnelle sera dès lors confirmée.
f) amortissements sur un véhicule de la société (reprise 1.6: 18'500 fr. sur les périodes fiscales 2002 et 2003)
Le 15 mars 1996, la société X._ SA a acquis pour l'utilisation de C.X._, alors administrateur, un véhicule VW Golf pour un montant de 23'661 francs. Après le décès de C.X._, le véhicule a été utilisé par les employés du magasin. Le 11 janvier 2000, la société a "racheté" ce même véhicule aux héritiers de C.X._ pour un montant de 18'500 francs.
L'ACI a refusé tout nouvel amortissement sur ce véhicule que la société possédait déjà et a repris un montant total de 18'500 fr. sur les périodes fiscales 2002 et 2003.
La recourante ne conteste à juste titre plus cette reprise (voir procès-verbal et compte-rendu d'audience). Les administrateurs ont en effet reconnu lors de l'audience qu'il s'agissait bien du même véhicule. La recourante remet en revanche en cause la qualification de soustraction intentionnelle. Les organes de la société ne pouvaient toutefois ignorer qu'ils n'avaient pas le droit d'amortir une seconde fois le prix d'un véhicule que la société possédait déjà. La qualification de soustraction intentionnelle sera dès lors confirmée.
g) part privée sur les frais de véhicules (reprise 1.7: 90'669 fr., 17'284 fr. et 3'580 fr. sur toutes les périodes)
aa) reprise d'une part privée sur les frais de véhicule de l'entreprise (1er tiret: 90'669 fr. sur toutes les périodes)
L'ACI a repris un montant total de 90'669 fr. sur les frais de véhicules de l'entreprise, pour tenir compte de leur utilisation à titre privé.
La recourante ne conteste à juste titre plus cette reprise (voir procès-verbal et compte-rendu d'audience). Le principe demeure en effet qu'une part privée doit être comptabilisée (voir en particulier arrêts FI.2006.0068 précité et FI.1996.0091 du 12 décembre 2002, consid. 5.1). L'ACI s'est conformée pour le surplus à la pratique en reprenant un montant correspondant selon la norme TVA à 12% du prix d'achat des véhicules. La recourante remet en revanche en cause la qualification de soustraction intentionnelle de la reprise. On relève toutefois qu'aucune part privée n'a été comptabilisée. De plus, les attestations A/02 qui figurent au dossier de la société (elle concernent les exercices 2001 à 2004 pour les deux administrateurs) ne portent aucune indication sur la question de la mise à disposition d'un véhicule d'entreprise. Ces éléments conduisent à confirmer la qualification de soustraction intentionnelle. Les administrateurs ont agi à tout le moins par dol éventuel. Le fait qu'ils n'aient pas modifié leur pratique, alors qu'ils étaient sous contrôle fiscal, n'exclut pas qu'ils aient néanmoins cherché à obtenir une taxation trop basse et n'est dès lors pas déterminant.
bb) reprise d'une part privée pour utilisation de "véhicules de luxe" (2ème tiret: 17'284 fr. sur toutes les périodes)
L'ACI a abandonné cette reprise (voir réponse p. 3). Il y a lieu d'en prendre acte.
cc) reprise de la totalité des frais de la Jeep Cherokee (3ème tiret: 3'580 fr. sur la période 2001)
L'ACI a procédé à la reprise de la totalité des frais de la Jeep Cherokee utilisée par E.X._, épouse de A.X._. L'autorité intimée a considéré qu'au vu du faible montant de son salaire (salaire annuel entre 3'000 et 5'000 fr.), l'activité de E.X._ pour la société ne justifiait manifestement pas la mise à disposition d'un véhicule.
La recourante ne conteste à juste titre plus cette reprise (voir procès-verbal et compte-rendu d'audience). Les administrateurs de la société ont en effet admis lors de la précédente procédure (cause FI.2006.0068) que la mise à disposition de E.X._ d'un véhicule d'entreprise constituait une part de salaire déguisé. La recourante remet en cause en revanche la qualification de soustraction intentionnelle de la reprise. Les organes de la société ne pouvaient toutefois ignorer que de tels frais n'étaient pas justifiés par l'usage commercial. Ils ont agi à tout le moins par dol éventuel. La qualification de soustraction intentionnelle sera dès lors confirmée. Ici encore, le fait que les administrateurs n'aient pas modifié leur pratique, alors qu'ils étaient sous contrôle fiscal, ne modifie pas cette appréciation.
h) perte sur débiteur (reprise 1.8: 318'668 fr. sur la période 2003)
Le 30 avril 2003, la société X._ SA a repris une créance de 318'668 fr. que B.X._ et A.X._ détenaient contre leur mère D.X._. En septembre de la même année, au décès de D.X._, cette créance a été amortie à titre de charge extraordinaire pour pertes sur débiteurs.
Considérant que la créance litigieuse constituait un actif fictif, l'ACI a refusé l'amortissement et a repris un montant total de 318'668 fr. sur la période fiscale 2003.
Selon la jurisprudence, il est interdit de procéder à l'amortissement d'actifs fictifs, c'est-à-dire d'actifs qui dès l'origine n'ont aucune valeur ou une valeur surfaite (ATF 2A.475/2006 du 26 mars 2007 consid. 5; ég. Peter Locher, Kommentar zum DBG, Therwil/Bâle 2001, no 17 ad art. 28 LIFD et les nombreux arrêts cités).
Lors de l'audience, les administrateurs ont précisé le contexte de l'opération: "Lors du bouclement de l'exercice 2002, nous avons réalisé pour la première fois depuis 25 ans une perte. Notre créancier principal, le Crédit suisse, nous a indiqué que notre "rating" était devenu mauvais en raison de cette perte et nous a menacés d'augmenter notre taux d'intérêt à 9%, ce qui aurait signifié la fin de l'entreprise (...). Le Crédit suisse nous a expliqué que, pour améliorer notre "rating", il fallait augmenter nos fonds propres. Nous avons réfléchi à des solutions et nous avons décidé de transférer la créance que nous détenions contre notre mère à la société. Cette mesure nous a paru logique à l'époque (elle nous a permis d'obtenir un taux relevé à 6%). Nous n'imaginions toutefois pas que notre mère allait décéder quelques mois plus tard (en septembre 2003)." Ils ont affirmé qu'ils ignoraient que leur mère n'était pas solvable. On peut toutefois en douter. L'ACI cite une lettre du 7 février 2002 dans laquelle ils expliquent qu'ils versaient 500 fr. par mois à leur mère pour compenser l'absence de rendement de l'immeuble dont elle était usufruitière. De plus, dans une lettre du 20 mai 2006 de leur mandataire d'alors, ils indiquent qu'après la reprise de la société, ils ont dû subvenir aux besoins de leurs parents. Ainsi, les administrateurs devaient à tout le moins savoir que leur mère ne disposait pas de moyens suffisants pour rembourser une dette de plus de 300'000 francs. A cela s'ajoute que la cession de la créance à la société ne constituait pas un véritable "apport". En effet, au moment du transfert, la créance a été comptabilisée au débit d'un compte d'actif et au crédit du compte actionnaires; mais en fin d'exercice, l'amortissement de la créance n'a pas été suivi de l'écriture inverse dans le compte actionnaires. Si, comme l'explique l'intimée, ce prêt était resté dans leur fortune privée, le défaut de remboursement représentait une perte en capital non déductible fiscalement; le transfert à la société et l'amortissement permettait de réduire le bénéfice imposable de la recourante, créant une perte de 313'980 fr. lors de l'exercice 2003bis. De plus, en dépit de la perte, la société restait redevable aux actionnaires de cet "apport". Ces éléments conduisent à confirmer la reprise et la qualification de soustraction intentionnelle.
i) loyers pour la location d'un bureau au domicile privé de B.X._ et A.X._ (reprise 2.10: 12'000 fr. sur la période 2001)
L'ACI a repris les loyers pris en charge par la société pour la location d'un bureau au domicile privé de B.X._ et A.X._ (500 fr. par mois et par actionnaire). L'autorité a considéré que le caractère nécessaire de cette dépense n'avait pas été établi, sans retenir toutefois la qualification de soustraction.
Lors de l'audience, B.X._ et A.X._ ont indiqué qu'ils étaient régulièrement appelés à communiquer par fax avec leurs partenaires aux Etats-Unis et en Extrême-Orient. Ces explications ne suffisent pas à démontrer la nécessité pour les administrateurs de disposer à leur domicile privé d'une pièce réservée à leurs activités professionnelles. C'est dès lors à juste titre que l'autorité intimée a considéré qu'il s'agissait d'une distribution dissimulée de bénéfice aux actionnaires.
6. En définitive, les reprises telles que figurant dans la réponse de l'ACI du 18 février 2010 sont confirmées.
7. Les reprises et leur qualification ayant été examinées, le dernier objet du litige porte sur les amendes prononcées à l'encontre de la recourante.
a) Tant en droit fédéral qu'en droit cantonal harmonisé, l’amende est fixée en règle générale au montant de l’impôt soustrait; si la faute est légère, elle peut être réduite jusqu’au tiers de ce montant; si elle est grave elle peut être au plus triplée (art. 175 al. 2 LIFD, 56 al. 1 LHID, 242 al. 2 LI). La tentative est réprimée de l’amende (art. 176 al. 1 LIFD, 243 al. 1 LI), fixée au deux tiers de la peine qui serait infligée si la soustraction avait été commise intentionnellement et consommée (art. 176 al. 2 LIFD, 56 al. 2 LHID, 243 al. 2 LI).
Conformément à l’art. 47 CP (correspondant à l'art. 63 CP dans son ancienne teneur), la peine est fixée d’après la culpabilité de l’auteur, en tenant compte de ses antécédents, de sa situation personnelle ainsi que de l'effet de la peine sur son avenir. Le montant de l’amende est ainsi déterminé d’après la situation de l’auteur, de façon à ce que la perte à subir constitue une peine correspondant à sa culpabilité (ATF 114 Ib 27 consid. 4a p. 30/31; 2P.237/2001 du 6 mars 2002, consid. 6.1, et les arrêts cités; arrêts FI.2006.0068, consid. 8, FI.1993.0126 du 17 juillet 2000, consid. 2b; FI.1993.0103 du 1er novembre 1999, consid. 8c; FI.1997.0158 du 2 juillet 1998, consid. 2b; cf. également la circulaire n°21 de l’Administration fédérale des contributions, relative au rappel d’impôt et au droit fiscal pénal selon la LIFD, reproduite in: Archives 64 p. 539 ss, ch. 2.4).
La peine "ordinaire" - qui correspond au montant de l'impôt soustrait - est généralement prononcée lorsque l’acte punissable a été commis intentionnellement, en l’absence de circonstances aggravantes ou de circonstances atténuantes (cf. Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/2b, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, Art. 1-82 / Art. 83-222, édité par Martin Zweifel et Peter Athanas, Bâle/Genève/Munich 2000, Sieber, n. 45 ad art. 175 LIFD). Par faute grave, il faut comprendre entre autres la récidive de même que l’attitude continuellement récalcitrante du contribuable vis-à-vis des autorités fiscales. Il y a également circonstance aggravante lorsque le contribuable dispose de connaissances fiscales particulières (cf. Circulaire AFC n° 21 du 7.4.1995; RDAF 1996, 32). Quant à la faute légère, elle peut exister dans les cas de circonstances atténuantes mentionnées à l’art. 48 CP (correspondant à l'ancien art. 64). L’attitude coopérative du contribuable lors de l’établissement des faits doit être appréciée sous l’angle d’une atténuation de la faute (cf. Agner/Digeronimo/Neuhaus/Steinmann, op.cit., p. 374 ch. 2.4).
b) En l'espèce, aucune des périodes en cause n'a fait l'objet d'une taxation définitive, si bien que seule la tentative de soustraction peut être sanctionnée. L'ACI a qualifié la faute commise de moyenne, tant sous l'angle de l'impôt cantonal et communal que de l'impôt fédéral direct. Elle a pris en compte dans son appréciation le montant total des éléments de bénéfice soustraits, le fait que l'activité incriminée portait sur quatre ans, la bonne collaboration des organes de la société contribuable, ainsi que l'absence d'antécédents de cette dernière en matière pénale fiscale. L'autorité fiscale a retenu un coefficient de 2/3 pour la soustraction tentée pour les périodes fiscales 2001 à 2004 tant sous l'angle de l'impôt cantonal et communal que de l'impôt fédéral direct.
Malgré les reprises abandonnées par l'ACI (voir consid. 5), les éléments de bénéfice soustraits restent relativement important (511'126 fr.). Un tel montant ne permet pas de qualifier la faute commise de légère. S'agissant du coefficient retenu par l'ACI, il correspond à celui appliqué en cas de faute moyenne (voir art. 175 al. 2 et 176 al. 2 LIFD; art. 242 al. 2 et 243 al. 2 LI). Les montants des amendes tels qu'ils figurent dans la réponse de l'ACI du 18 février 2010 seront par conséquent confirmés.
8. Les considérants qui précèdent conduisent à confirmer tant les reprises que les amendes fixées par l'ACI dans sa réponse du 18 février 2010, à la suite de la notification de l'arrêt FI.2006.0068 du 29 mai 2009. Cette issue implique une admission partielle du recours, certains des éléments de soustraction retenus par l'ACI dans sa décision sur réclamation du 11 décembre 2008 ayant été abandonnés en cours de procédure. Dans ces conditions, la recourante aura dès lors à supporter des frais réduits et peut prétendre à l'allocation de dépens également réduits, qui seront compensés en partie par les frais. Ainsi, l'émolument de justice sera fixé à 2'500 fr. (soit 1'500 fr. pour le recours en matière d'impôt cantonal et communal, 1'000 fr. pour ce qui concerne l'impôt fédéral direct) et il ne sera pas alloué de dépens.