Source: http://www.leginf.usp.br/?resolucao=resolucao-copgr-6889-de-25-de-agosto-de-2014
Timestamp: 2018-11-21 16:58:43+00:00

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RESOLUÇÃO CoPGr Nº 6889, DE 25 DE AGOSTO DE 2014 | Normas USP
(Revogada pela Resolução CoPGr 7173/2016)
Baixa o Regulamento do Programa de Pós-Graduação Bioinformática, com atividades conjuntas da Escola Superior de Agricultura “Luiz de Queiroz” (ESALQ), da Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto (FFCLRP), do Instituto de Biociências (IB), do Instituto de Ciências Biomédicas (ICB), do Instituto de Física de São Carlos (IFSC), do Instituto de Matemática e Estatística (IME) e do Instituto de Química (IQ).
A Pró-Reitora de Pós-Graduação da Universidade de São Paulo, usando de suas atribuições legais e de acordo com a aprovação ad referendum do Conselho de Pós-Graduação, em 01 de agosto de 2014, baixa a seguinte
Artigo 1º – Fica aprovado o Regulamento do Programa de Pós-Graduação Bioinformática, constante do anexo da presente Resolução.
Artigo 2º – O(A) Instituto de Matemática e Estatística é o(a) responsável pela gestão administrativa do programa.
Artigo 5º – Ficam revogadas as disposições em contrário, em especial as Resoluções CoPGr 5676, de 30 de julho de 2009 e 6302, de 29 de junho de 2012 (Processo 2009.1.5795.1.0).
BIOINFORMÁTICA DA ESALQ/FFCLRP/IB/ICB/IFSC/IME/IQ:
A proficiência em língua estrangeira será exigida apos o ingresso na pós-graduação, conforme item V deste Regulamento.
1. Formulário de inscrição obtido no nas páginas internet do curso
II.2.3 Os candidatos a ingresso nos cursos de Mestrado, Doutorado e Doutorado Direto deverão indicar a opção a que pretendem e decidir por uma de três possíveis vias:
1. Exame de Ingresso realizado semestralmente pela CPG com edital específico. A nota mínima para admissão no programa de mestrado é 6.0 (seis). O Exame consiste-se em prova com questões das áreas de Biologia Molecular e Bioquímica, Ciências da Computação, e Matemática e Estatística.
2. Um dos exames GRE do Educational Testing Service (ETS) descritos a seguir. Para a opção de concentração em métodos quantitativos e desenvolvimento de sistemas, Física (nota mínima 840) ou Matemática (nota mínima 780). Para a opção de concentração em processos biológicos: Biochemistry Cell and Molecular Biology (nota mínima 620).
3. Para a opção de concentração em métodos quantitativos e desenvolvimento de sistemas, Exame Nacional para Ingresso na Pós-Graduação em Computação POSCOMP, da Sociedade Brasileira de Computação (nota mínima 35).
II.2.4 A aprovação no processo de seleção não garante automaticamente a matrícula, devendo o candidato providenciar documento de aceite de um orientador do programa bem como toda a documentação prevista no edital em tempo hábil.
II.2.5 A validade das provas de ingresso será de 30 (trinta) meses.
1. Formulário de inscrição obtido no nas páginas internet do curso;
2. Histórico escolar de graduação e, se houver, de pós-graduação;
1. Exame de Ingresso realizado semestralmente pela CPG com edital específico. A nota mínima para admissão no programa doutorado é 6.0 (seis). O Exame consiste-se em prova com questões das áreas de Biologia Molecular e Bioquímica, Ciências da Computação, e Matemática e Estatística.
II.3.4 A aprovação no processo de seleção não garante automaticamente a matrícula, devendo o candidato providenciar documento de aceite de um orientador do programa bem como toda a documentação prevista no edital em tempo hábil.
II.3.5 A validade das provas de ingresso será de 30 (trinta) meses.
II.4.1 Os documentos para inscrição no processo seletivo são;
II.4.4 Os candidatos a doutorado direto deverão ainda submeter projeto de pesquisa, que será apreciado, em caráter eliminatório, por banca constituída pela CPG.
II.4.8 A validade das provas de ingresso será de 30 (trinta) meses.
– 96 (noventa e seis) unidades de crédito, sendo 40 (quarenta) em disciplinas e 56 (cinquenta e seis) na preparação da dissertação.
– 168 (Cento e sessenta e oito) unidades de crédito, sendo 40 (quarenta) em disciplinas e 128 (cento e vinte oito ) na preparação da tese.
– 196 (cento e noventa e seis) unidades de crédito, sendo 64 (sessenta e quatro) em disciplinas e 132 (cento e trinta e duas) na preparação da tese.
IV.4. Os alunos de mestrado, doutorado, e doutorado direto deverão cursar pelo menos 40 (quarenta) créditos em disciplinas do núcleo fundamental de sua opção. As disciplinas estão especificas no item XVII – Outras Normas deste Regulamento. O aluno poderá, com anuência de seu orientador, pleitear substituição de disciplinas do núcleo fundamental. O pedido, devidamente justificado será apreciado pela CPG.
Poderão ser concedidos, como créditos especiais, no máximo oito (8) créditos. Tais créditos estão especificados no item XVII – Outras Normas deste Regulamento.
V.1. Os estudantes deverão demonstrar proficiência em inglês, nos prazos discriminados abaixo:
A proficiência deverá ser demonstrada por um dos exames a seguir: TOEFL (Test of English as Foreign Language) – paper based test, computer based test e internet based test; CPE (Certificate of Proficiency in English) da University of Cambridge. Serão aceitos os certificados dentro da validade estabelecida pelas instituições que os emitem.
V.2. Aos alunos estrangeiros não detentores de passaporte de países de língua portuguesa, além da proficiência em língua inglesa, é exigida também a proficiência em língua portuguesa, demonstrada por meio da apresentação do Certificado de Proficiência em Língua Portuguesa para Estrangeiros, CELPE-BRAS, seguindo os mesmos prazos definidos no item V.1.
V.3. Ao aluno estrangeiro que demonstrar a proficiência em língua portuguesa no Mestrado, não será exigido o exame no Doutorado.
VI.2 Um dos docentes responsáveis deverá ser orientador pleno do programa quando se tratar de disciplina do núcleo obrigatório de uma das opções do programa.
VIII.1. A inscrição no exame de qualificação é de responsabilidade do estudante e deverá ser feita ao final do primeiro ano de curso. O exame deverá ser realizado no máximo 60 (sessenta) dias após a inscrição.
VIII.2. O estudante de pós-graduação que não se inscrever para o exame no período previsto para o seu curso será desligado do programa, conforme item V do artigo 52 do Regimento de Pós-Graduação da USP.
VIII.3. A comissão examinadora deve ser constituída por três membros, com titulação mínima de doutor. Um dos membros da comissão examinadora é o orientador e os outros dois serão designados pela CPG, de preferência em áreas de conhecimento complementares. Em caso de impossibilidade da presença do orientador a CPG designará um substituto.
VIII.4.1 O estudante de Mestrado deverá inscrever-se para a realização do exame de qualificação num período máximo de 21 (vinte e um) meses após o início da contagem do prazo no curso em formulário próprio, assinado pelo orientador.
VIII.4.3 O exame consistirá do histórico escolar do aluno e de um relatório circunstanciado do aluno contextualizando seu desempenho acadêmico e atividades de pesquisa, e de arguição da comissão examinadora.
VIII.5.1 O estudante de Doutorado deverá inscrever-se para a realização do exame de qualificação num período máximo de 27 (vinte e sete) meses após o início da contagem do prazo no curso em formulário próprio, assinado pelo orientador.
VIII.5.3 O exame consistirá do histórico escolar do aluno e de um relatório circunstanciado do aluno contextualizando seu desempenho acadêmico e atividades de pesquisa, e de arguição da comissão examinadora.
VIII.6.1 O estudante de Doutorado deverá inscrever-se para a realização do exame de qualificação num período máximo de 33 (trinta e três) meses após o início da contagem do prazo no curso em formulário próprio, assinado pelo orientador.
IX.1 A partir da aprovação no Exame de Qualificação Científica (conforme o item XIII.1 deste regulamento), e por sugestão da comissão examinadora, o(a) estudante poderá solicitar a mudança de nível com anuência do orientador, num prazo máximo de 30 (trinta) dias. A Comissão de Pós-Graduação analisará o pedido baseada no parecer da banca do EQC.
IX.2 Alunos já aprovados para mestrado em seu EQC poderão requisitar a realização de novo exame com vistas à transferência para o doutorado direto. Este pedido deve ser feito dentro do prazo para o exame de qualificação científica para o doutorado (conforme itens XIII.1.2 deste regulamento).
IX.3 Para a mudança de nível, deverão também ser verificados os prazos para a realização de exame de qualificação previsto no item VIII deste regulamento, a comprovação de proficiência em nível compatível ao doutorado, conforme item V deste regulamento, e os créditos mínimos exigidos para a o exame de qualificação científica (EQC) no novo curso. Caso esse prazo já tenha sido ultrapassado, não seja comprovada ou não haja tempo para comprovação de proficiência em língua estrangeira ou, ainda, não tenha sido cumprido o número mínimo de créditos, a mudança não será possível.
IX.4 Não será permitida a transferência de área de concentração no programa.
X.1. Cabe à CPG determinar o desligamento do aluno.
X.2. Além das regras estabelecidas no artigo 52 do Regimento de Pós-Graduação da USP, o(a) estudante poderá ser desligado do Programa de pós-graduação, em qualquer um dos cursos (Mestrado, Doutorado e Doutorado Direto), se ocorrer uma das seguintes situações:
c) em caso de ausência injustificada ou com justificativa não aprovada pela CPG em 2 (dois) workshops consecutivos do programa;
X.3. O(A) estudante que tiver seu desligamento indicado nas situações indicadas no item X.1. terá a oportunidade de se defender frente à CPG.
XI.4 Para o credenciamento pleno, o orientador deverá ter orientado pelo menos uma dissertação de mestrado, ou tese de doutorado, e ter publicado pelo menos um artigo em revista arbitrada internacional ou nacional, ou livro ou capítulo de livro, nos últimos 3 (três) anos.
– Capítulos com o desenvolvimento do trabalho
XII.4 O depósito deverá ser acompanhado de carta do orientador certificando que concorda com o depósito do trabalho. Caso não seja possível apresentar a carta, o aluno poderá submeter pedido circunstanciado que será analisado pela CPG, ouvido o orientador.
XIII.1 Todos os alunos deverão se submeter a um Exame de Qualificação Científica (EQC).
XIII.1.1. Para solicitar o EQC, o aluno de mestrado, doutorado direto e doutorado deverá ter completado os créditos mínimos exigidos em disciplinas, ter sido aprovado no Exame de Qualificação (EQ) e ter sido aprovado no exame de línguas.
XIII.1.2. O aluno de mestrado deverá efetuar a inscrição para o Exame de Qualificação Científica até o décimo oitavo mês de curso. O aluno de doutorado ou doutorado direto deverá efetuar a inscrição para o EQC até o trigésimo sexto mês de curso.
XIII.1.3. Para solicitar o EQC, o aluno deverá apresentar à CPG os seguintes documentos:
XIII.1.4. A Comissão será composta de 3 membros designados pela CPG. O orientador e coorientador (quando houver) não participam da Comissão do EQC.
XIII.1.5. O Exame é público e deve ser divulgado entre orientadores e alunos.
XIII.1.6. O prazo máximo para submeter-se ao EQC, após a data da inscrição será de 120 dias contados a partir da data da inscrição.
XIII.1.7. Os objetivos específicos do exame de qualificação científica são:
• Avaliar a qualidade interdisciplinar apropriada às características do Programa
• Avaliar o relatório de andamento da dissertação ou tese, bem como a maturidade e o conhecimento do aluno para desenvolvê-la.
• Para o exame de qualificação científica de Mestrado, avaliar, se o candidato está qualificado para passagem ao Doutorado Direto.
XIII.1.8. O exame de qualificação científica consistirá de apresentação do plano de pesquisa e relatório de andamento da pesquisa, seguida de arguição do candidato.
XIII.1.9. Caso seja reprovado no EQC, o aluno poderá repetir o exame uma única vez. O prazo máximo para realizar nova inscrição será de 180 dias, contados a partir da data do primeiro exame. Na composição da banca examinadora deverá ser indicado pelo menos um membro participante do Exame anterior. O prazo para realização do segundo exame apos a inscrição será de 120 (cento e vinte) dias.
XIV.1. A avaliação escrita deverá ser realizada por dois dos membros da comissão julgadora, e pelo orientador, obedecendo aos prazos e aos critérios de composição previstos no artigo 96 do Regimento de Pós-Graduação.
XVII.1. Áreas de Concentração
O programa tem 2 (duas) Áreas de Concentração: métodos quantitativos e desenvolvimento de sistemas e processos biológicos. A opção de concentração em métodos quantitativos e desenvolvimento de sistemas supõe formação anterior nas áreas de Matemática, Estatística, Física ou Ciência da Computação. A opção de concentração em processos biológicos supõe formação anterior nas áreas de Biologia, Bioquímica, Biologia Molecular ou Ciências da Saúde. Neste contexto, alunos de cada uma destas opções necessitam de formação complementar interdisciplinar diferenciada.
Os exames de ingresso para cada uma das opções serão diferenciados, visando avaliar se o candidato possui formação adequada para as Áreas de Concentração a que ele se propõe.
XVII.2. Comitê de acompanhamento científico
Após a realização do exame de qualificação, a CPG designará para cada aluno de pós-graduação um Comitê de Acompanhamento Científico (CAC).
XVII.2.1. O papel do CAC é garantir a qualidade e a interdisciplinaridade do projeto de pesquisa do aluno.
XVII.2.2. O CAC será preferencialmente composto por três membros, preferencialmente os membros da banca de EQ. Em caso de impossibilidade de algum dos membros caberá à CPG indicar substituto. Os membros do CAC deverão ser de áreas complementares.
XVII.2.3. Após a indicação do CAC, o aluno deverá se inscrever para uma reunião com o Comitê ao final de cada período de 12 (doze) meses, podendo este período ser reduzido, por determinação do CAC, a 6 (seis) meses.
XVII.2.4. O orientador deverá encaminhar à CPG, após a reunião periódica do CAC, relatório sucinto assinado pelos membros com parecer sobre o progresso do aluno.
XVII.3.1. Workshop anual do programa
O programa organizará anualmente um workshop. O objetivo deste evento é a integração dos alunos do programa através da troca de suas experiências de pesquisa. O evento consistirá de seções de apresentações orais e de uma seção de pôsteres. Os alunos que já foram aprovados no EQC irão fazer apresentação oral do andamento dos seus trabalhos e o restante dos alunos participará da sessão de pôsteres, com uma descrição de seus trabalhos.
A participação nos workshops anuais é obrigatória a todos os alunos. Em caso de impossibilidade de comparecimento o aluno poderá submeter justificativa circunstanciada à CPG. A falha no cumprimento desta norma poderá acarretar no desligamento do aluno conforme art. X.3 deste Regulamento.
XVII.3.2. Atividades de fomento a liderança
Todos os alunos de Doutorado e Doutorado Direto deverão completar duas atividades de liderança entre as listadas abaixo:
1. Organização do Workshop anual do programa;
2. Monitoria PAE;
3. Organização de evento nacional ou internacional, mediante aprovação da CPG;
4. Participação em órgão colegiado da USP como representante discente.
Todos os alunos de mestrado, doutorado e doutorado direto devem cursar 40 créditos do núcleo fundamental de disciplinas de sua de opção, conforme o artigo IV.4 deste Regulamento.
XVII.4.1. O núcleo fundamental para a opção de concentração em processos biológicos é composto das seguintes disciplinas:
• IBI5011 – Introdução à Computação para Bioinformática ou RBQ5780 Introdução a Programação
• IBI5012 – Geração de Aplicativos para Bioinformática ou IBI5020 Estruturas de Dados para Bioinformática
• IBI5013 – Bancos de Dados para Bioinformática
• IBI5031 – Reconhecimento de Padrões I
• IBI5037 Algoritmos em Bioinformática ou MAC5726 Biologia Computacional ou IBI5035 Biologia Molecular Computacional
• MAC5917 – Introdução à Biologia de Sistemas ou RGM5898 Introdução à Bioinformática em Biologia Sistêmica ou MAC5912 Introdução a Redes Booleanas Probabilísticas
• IBI5014 – Estatística Básica para Bioinformática ou IBI5015 Métodos Estatísticos em Bioinformática
XVII.4.1. O núcleo fundamental para a opção de concentração em métodos quantitativos e desenvolvimento de sistemas é composto das seguintes disciplinas:
• IBI5022 Fundamentos Básicos em Bioquímica e Biologia Molecular II ou BI5027 – Bioquímica Básica para Bioinformática
• IBI5021 Fundamentos Básicos em Bioquímica e Biologia Molecular I
• IBI5036 Expressão Gênica
XVII.6.1. Poderão, a juízo da CPG, ser computados até 8 (oito) créditos no total de créditos mínimos exigidos em disciplinas ao pós-graduando que desenvolver as seguintes atividades:
1. Participação em reunião/congresso científico: nacional, com apresentação de trabalho oral (até 2 créditos); Internacional, com apresentação oral (até 4 créditos) e o tema seja pertinente ao projeto de tese;
2. Artigos publicados: como primeiro autor, em periódico indexado (até 4 créditos) se o aluno for primeiro autor; se for autor em periódico indexado no ISI/Scopus (até 2 créditos); artigo não indexado tendo o aluno como primeiro autor (1 crédito), artigo completo publicado em conferência (até 4 créditos).
3. Concessão ou licenciamento de patentes: até 4 créditos.
4. Livro ou capítulo de livro de reconhecido mérito na área do conhecimento, e pertinente ao projeto de dissertação ou tese do pós-graduando: até 4 créditos.

References: Artigo 1

Artigo 2

Artigo 5
 artigo 52
 artigo 52
 artigo 96