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Herramientas gratuitas para científicos - PDF
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Roberto Gutiérrez Murillo
1 Posgrado en Ingeniería de Sistemas (PISIS) Facultad de Ingeniería Mecánica y Eléctrica (FIME) Universidad Autónoma de Nuevo León (UANL) Semana de Ciencia y Tecnología del ITSAT, 20072 Posgrado en Ingeniería de Sistemas (PISIS) Facultad de Ingeniería Mecánica y Eléctrica (FIME) Universidad Autónoma de Nuevo León (UANL) Semana de Ciencia y Tecnología del ITSAT, 20073 Sistema de archivos y carpetas Expresiones regulares Shell Resolución de problemas Instrucciones básicas en UNIX cd... ls... less... rm... cp mv mkdir... rmdir... instrucción >... instrucción <... instrucción... Cambiar carpeta Ver contenidos de una carpeta Ver contenidos de un archivo Remover un archivo Copiar un archivo Mover/renombrar un archivo Crear una carpeta nueva Remover una carpeta Enviar/redirigir la salida a un archivo Leer la entrada de un archivo Enviar la salida como entrada4 Sistema de archivos y carpetas Expresiones regulares Shell Resolución de problemas Una expresión regular es una cadena de texto que describe un conjunto de cadenas de texto. Se utilizan para describir un conjunto de cadenas de texto sin tener que listar todas las cadenas. Una expresion regular consiste de constantes y operadores que denotan conjuntos de cadenas y operadores sobre estos conjuntos.5 Sistema de archivos y carpetas Expresiones regulares Shell Resolución de problemas Una expresión regular es una cadena de texto que describe un conjunto de cadenas de texto. Se utilizan para describir un conjunto de cadenas de texto sin tener que listar todas las cadenas. Una expresion regular consiste de constantes y operadores que denotan conjuntos de cadenas y operadores sobre estos conjuntos.6 Sistema de archivos y carpetas Expresiones regulares Shell Resolución de problemas Una expresión regular es una cadena de texto que describe un conjunto de cadenas de texto. Se utilizan para describir un conjunto de cadenas de texto sin tener que listar todas las cadenas. Una expresion regular consiste de constantes y operadores que denotan conjuntos de cadenas y operadores sobre estos conjuntos.7 Sistema de archivos y carpetas Expresiones regulares Shell Resolución de problemas Operadores Alternar. Permite separar alternativas. () Agrupación. Indica el alcance y precedencia de los operadores.? Este caracter busca la ocurrencia 0 ó 1 veces de la ultima expresion. * Este caracter busca la ocurrencia 0, 1 o cualquier número de veces que ocurra la ultima expresion. + Busca la ocurrencia de al menos una vez la ultima expresion.8 Constantes UNIX en breve Sistema de archivos y carpetas Expresiones regulares Shell Resolución de problemas. Mapea cualquier caracter (uno solo). Si se coloca entre [], mapea el caracter.. [] Cualquier caracter que se encuentre entre los parentesis. ˆ El inicio de una línea. $ Mapea el final de una línea. () Define una subexpresión. [A-Z] Todas las letras mayúsculas. [0-9] Todos los números.9 grep UNIX en breve Sistema de archivos y carpetas Expresiones regulares Shell Resolución de problemas grep toma una expresión que es el patrón de la línea de comandos, lee la entrada o una lista de archivos, e imprime solamente las líneas que contengan alguna coincidencia con el patrón definido. Con la opción -v, se busca por las líneas que no coinciden con el patrón, o sea, el complemento del resultado de la instrucción sin definir -v.10 grep UNIX en breve Sistema de archivos y carpetas Expresiones regulares Shell Resolución de problemas grep toma una expresión que es el patrón de la línea de comandos, lee la entrada o una lista de archivos, e imprime solamente las líneas que contengan alguna coincidencia con el patrón definido. Con la opción -v, se busca por las líneas que no coinciden con el patrón, o sea, el complemento del resultado de la instrucción sin definir -v.11 sed UNIX en breve Sistema de archivos y carpetas Expresiones regulares Shell Resolución de problemas s/.../ g c reemplazar la primera ocurrencia de un patrón en cada línea hace sustituciones de todas las ocurrencias cambia cada línea afectada por la definida12 cat UNIX en breve Sistema de archivos y carpetas Expresiones regulares Shell Resolución de problemas cat envia el contenido del fichero a la salida por defecto (o sea, la pantalla si no defines una redirección con > por ejemplo). Enviando varios archivos se puede concatenar uno o varios ficheros: solamente hay que redirigir la salida a un archivo que no sea ninguno de los archivos de entrada.13 sort UNIX en breve Sistema de archivos y carpetas Expresiones regulares Shell Resolución de problemas La instrucción sort sirve para agrupar u ordenar un fichero o la salida de un programa. -n ordenar en ordén numérico de cadenas -r obtener el orden reverso -d orden de diccionario -f no diferenciar entre mayúsculas y menúsculas -m merger archivos que ya están ordenadas -o... enviar la salida a un archivo14 cut UNIX en breve Sistema de archivos y carpetas Expresiones regulares Shell Resolución de problemas cut es una herramienta de línea de instrucciones de UNIX que se utiliza para sacar/cortar o copiar secciones las líneas de entrada (sea una redirección con o un fichero). -b elegir solamente los bytes definidos por el rango -c elegir solamente los carácteres definidos por el rango -d definir el delimitador del campo (por ejemplo -d:) -f elegir solamente los campos/columnas definidos -s suprimir las líneas que contengan el carácter delimitador15 touch UNIX en breve Sistema de archivos y carpetas Expresiones regulares Shell Resolución de problemas touch es una herramienta para cambiar fechas y horas de acceso o modificación de archivos. Se ejecuta con touch archivo.dat para el archivo del nombre archivo.dat. Si no existe el archivo nombrado, touch va a crear un archivo nuevo vacío si no es deseable la creación en falta de existencia, con la opción -c se puede evitar la creación.16 echo UNIX en breve Sistema de archivos y carpetas Expresiones regulares Shell Resolución de problemas echo es una instrucción muy simple: repite en la salida por defecto que se da como argumento a echo: por ejemplo, echo hola va a dar la salida hola. Se puede redirigir la salida a un archivo normalmente con >: con echo hola > hola.txt se crea un archivo del nombre hola.txt con los contenidos hola.17 Shell UNIX en breve Sistema de archivos y carpetas Expresiones regulares Shell Resolución de problemas El sintaxis de algunas cosas, como por ejemplo ajustar variables ambientales como PATH, depende de cuál shell se está utilizando. El shell que se ejecuta al entrar en el sistema varia entre un servidor y otro (es decir, al hacer login). Algunas opciones son bash, tcsh, sh, ksh y jsh.18 Los archivos rc UNIX en breve Sistema de archivos y carpetas Expresiones regulares Shell Resolución de problemas Al iniciar tcsh, el sistema se adapta a la configuración guardada en el archivo.cshrc en la carpeta de inicio del usuario. Al modificarlo, para que se pongan en efecto los cambios hechos en.cshrc, hay que ejecutar source.cshrc, abrir otro terminal o hacer logout y login de nuevo. Con bash, las variables ambientales vienen del archivo.bashrc en la carpeta de inicio.19 Páginas de ayuda: man Sistema de archivos y carpetas Expresiones regulares Shell Resolución de problemas man es una instrucción ayudante en las terminales, ya que si no sabes para qué sirve cierta instrucción, man da un mini-manual de cómo utilizarla. El idioma de estas páginas depende de la configuración del sistema UNIX. Para usar man se define como parámetro el nombre del programa o instrucción que quieras utilizar y te mostrara todo lo refrente a este programa.20 Ver procesos: ps UNIX en breve Sistema de archivos y carpetas Expresiones regulares Shell Resolución de problemas La instrucción ps ayuda a verificar qué programas e instrucciones tenemos en ejecución en este momento. Al escribirlo en la línea de instrucciones te dará una lista de programas que estás utilizando actualmente con una clave de acceso y un tiempo de uso que llevas utilizando este programa. Para ver todos los procesos de un cierto usuario se pone ps -u usuario.21 Terminar procesos: kill Sistema de archivos y carpetas Expresiones regulares Shell Resolución de problemas Para eliminar un proceso no deseado (por ejemplo, un programa que ya no responde), se usa la instrucción kill. Después, si el proceso no aparece muerto y siga en la lista de ps, hacemos un ps -9 que fuerza el proceso a terminar. Solamente es posible eliminar procesos del usuario mismo para matar un proceso de otro usuario, hay que avisar a un administrador.22 ssh UNIX en breve Conexiones entre computadoras Mensajes instantáneos El ssh (Secure SHell) es un protocolo de comunicación cifrada para transferir información entre las computadoras. Es decir, un tercero no puede (fácilmente) escuchar la transimisión y obtener información como contraseñas o los otros datos enviados. La cifra que usa es la del algoritmo RSA. Es necesario tener el servidor ssh instalado y ejecutando en la compudatora a la cual se quiere conectar y un programa tipo cliente (más liviano), que se ejecuta en la computadora desde la cual se forma la conexión.23 Conexiones entre computadoras Mensajes instantáneos En sistemas basados en, un cliente de ssh suele ser incluido en la instalación básica. Para Windows, una opción gratuita de los clientes de ssh es PuTTY. Se necesita 1 determinar el nombre del servidor o su dirección IP 2 tener una cuenta de usuario en el servidor 3 conocer la contraseña de la cuenta 24 Conexiones entre computadoras Mensajes instantáneos Figura: La pantalla principal de PuTTY.25 Conexiones entre computadoras Mensajes instantáneos FTP FTP (File Transfer Protocol) es un protocolo para transferencia de archivos entre computadoras (a un servidor que cuenta con ciertos servicios habilitados). Se necesita conocer el nombre o dirección IP del servidor y tener una cuenta de usuario.26 Conexiones entre computadoras Mensajes instantáneos Instrucciones básicas de FTP open servidor close bin ascii ls cd carpeta lcd carpeta prompt put archivo get archivo mput archivos mget archivos bye abrir una conexión a servidor cerrar la conexión actual transferencia en modo binario transferencia de texto puro ver los contenidos de la carpeta actual cambiar carpeta en el servidor cambiar carpeta local confirmaciones on/off cargar un archivo descargar un archivo cargar varios archivos descargar varios archivos cerrar todas las sesiones y salir27 Conexiones entre computadoras Mensajes instantáneos Existen herramientas gráficas de FTP, algunas puramente gratuitas u otras que solamente son gratuitas para uso no-comercial. Con las herramientas gráficas, la transferencia de archivos funciona típicamente como copiar archivos de una carpeta a otra en una interfaz de usuario gráfica de cualquier PC. 28 Conexiones entre computadoras Mensajes instantáneos29 Conexiones entre computadoras Mensajes instantáneos30 scp UNIX en breve Conexiones entre computadoras Mensajes instantáneos Para copiar archivos con comunicación cifrada, se recomienda en UNIX la instrucción scp. En Windows, hay que descargar WinSCP u otra herramienta parecida. El funcionamiento de WinSCP es muy parecido a un cliente FTP gráfico además, también cuenta con FTP, y entonces sirve para dos diferentes protocolos de transmisión.31 Navegadores UNIX en breve Conexiones entre computadoras Mensajes instantáneos Para acceder a sitios/páginas Web (o sea, comunicarse con servidores del protocolo HTTP), se necesita un navegador. No todos los navegadores son iguales con respecto a velocidad, eficiencia del uso, etcétera. Una opción recomendable disponible en varios idiomas para sistemas operativos tipo Windows, UNIX o Mac OS, es el navegador Mozilla Firefox. Es muy flexible, fácil de usar, altamente compatible y por lo general muy rápido.32 lynx UNIX en breve Conexiones entre computadoras Mensajes instantáneos A veces hace falta ver una página Web aunque no haya acceso a una terminal gráfica. Para sistemas tipo UNIX, existe el navegador lynx que funciona con puro texto.33 wget descargar sin navegar Conexiones entre computadoras Mensajes instantáneos Hay veces cuando uno quiere descargar un archivo específico de un cierto URL, pero abrir un navegador solamente para eso parece muy pesado. Por ejemplo, para descargar la versión actual del documento en que se basa la plática, basta con ejecutar wget34 Reénvio automático Conexiones entre computadoras Mensajes instantáneos En sistemas tipo UNIX, se puede crear un archivo de nombre.forward para determinar a cuál dirección debería dirigir el correo llegando a la cuenta: hay que poner en el archivo una sola línea que indique la dirección a cuál quiere dirigir el reenvio. En sistemas como Gmail, existe una opción para hacer lo mismo (en la página de Settings, bajo Forwarding and POP).35 Correo no deseado (spam) Conexiones entre computadoras Mensajes instantáneos Existen diferentes tipos de filtros de correo electrónico para separar los mensajes buenos de los de basura. Varios servicios de correo gratuito, como GMail y Hotmail, tienen incorporado en su servicio ese tipo de filtración. También existen herramientas para filtrar correo en la computadora propia o en el servidor donde llega. Uno de los más populares la herramientra gratuita SpamAssassin.36 Pidgin y Gaim UNIX en breve Conexiones entre computadoras Mensajes instantáneos Pidgin/Gaim comunica por varios protocolos diferentes, incluyendo los de MSN, Yahoo, AIM y ICQ, entre otros.37 Skype UNIX en breve Conexiones entre computadoras Mensajes instantáneos Skype es un programa para realizar llamadas sin costo entre computadoras (y si pagan, a teléfonos normales también).38 Paquetes UNIX en breve Almacenaje y compresión de datos Control de versiones Para copiar varios archivos para almacenar o tomar respaldos, es a veces conveniente preparar un paquete de ellos: un sólo archivo que consiste de varios y de esa manera se puede con una herramienta extraer uno o todos los archivos guardados. Existen varias herramientas para esto, una de las más básicas es tar. Para crear un paquete, se usa la opción -c y para abrir un paquete, la opción -x. Hay que definir también el nombre del archivo de paquete.39 Compresión UNIX en breve Almacenaje y compresión de datos Control de versiones Con ese tipo de paquetes, igual como con cualquier archivo grande, es posible que sus contenidos tengan bastante redundancia, por lo cual se puede comprimir el archivo para que ocupe menos espacio en el disco duro. En UNIX lo más común es el formato.gz: la compresión se hace con gzip y la decompresión con gunzip. Desde se puede descargar una herramienta para la línea de instrucciones de Microsoft Windows que permite crear archivos compresos de diferentes formatos y abrir archivos compresos.40 cvs UNIX en breve Almacenaje y compresión de datos Control de versiones cvs es una aplicación de informatica, que nos ayuda a registrar y actualizar cada movimiento de un proyecto cualquiera desarrollado en forma colaborativa entre varias personas o por la misma persona en varias computadoras. La forma en que trabaja cvs es haciendo un repositorio de los datos del proyecto en una carpeta específica e initializarlo con cvs init para empezar a usarlo.41 Almacenaje y compresión de datos Control de versiones Si el proyecto ya cuenta con algunos datos, hay que importarlas al repositorio con cvs import. Después se sacar una copia para trabajar localmente, usamos cvs checkout. Después de terminar de modificar los datos, hay que sincronizar con el repositorio con cvs commit. Al volver a trabajar, hay que realizar una actualización de los datos por cvs update.42 Acceso a cvs desde Windows Almacenaje y compresión de datos Control de versiones Figura: Tortoise CVS integrado a Windows Explorer.43 Emacs UNIX en breve Emacs Formatos de distribución de documentos LAT E X Páginas de web Dibujos Diagramas Emacs es un editor libre de textos que cuenta con varias extensiones para diferentes tipos de tareas. Su uso más eficiente es por instrucciones cortas del teclado, aunque las interfaces gráficas también permiten operar por iconos o menus. Una copia del archivo miarchivo.dat está generada al inicio de Emacs con el nombre miarchivo.dat y a cada rato la versión actual se guarda en #miarchivo.dat#.44 Emacs Formatos de distribución de documentos LAT E X Páginas de web Dibujos Diagramas Figura: XEmacs en el estado inicial con ningún archivo abierto.45 Open Office UNIX en breve Emacs Formatos de distribución de documentos LAT E X Páginas de web Dibujos Diagramas OpenOffice.org es una suite ofimática de software libre y código abierto que incluye seis herramientas básicas. Además está disponible para muchas y diversas plataformas como Windows, Unix, y Mac (en sus diferentes versiones).46 Emacs Formatos de distribución de documentos LAT E X Páginas de web Dibujos Diagramas Procesador de textos OpenOffice.org Writer, Editor de fórmulas OpenOffice.org Math, Hoja de cálculo OpenOffice.org Calc, Editor de dibujos y gráficos OpenOffice.org Draw, Editor de presentaciones OpenOffice.org Impress y Editor de páginas web OpenOffice.org Web. Además ofrece un lenguaje de macros OpenOffice.org Basic, y una interfaz gráfica de base de datos.47 Emacs Formatos de distribución de documentos LAT E X Páginas de web Dibujos Diagramas PostScript y Adobe PDF La terminación de archivos en formato PostScript es.ps. Para convertir documentos de puro texto a PostScript, en UNIX se usa enscript. Para juntar varias páginas de un documento tipo.ps, en UNIX se usa psnup. Los documentos PDF contienen todos los datos necesarios para mostrarlos sin cambios en cualquier plataforma/computadora.48 Emacs Formatos de distribución de documentos LAT E X Páginas de web Dibujos Diagramas PostScript y Adobe PDF La terminación de archivos en formato PostScript es.ps. Para convertir documentos de puro texto a PostScript, en UNIX se usa enscript. Para juntar varias páginas de un documento tipo.ps, en UNIX se usa psnup. Los documentos PDF contienen todos los datos necesarios para mostrarlos sin cambios en cualquier plataforma/computadora.49 Emacs Formatos de distribución de documentos LAT E X Páginas de web Dibujos Diagramas PostScript y Adobe PDF La terminación de archivos en formato PostScript es.ps. Para convertir documentos de puro texto a PostScript, en UNIX se usa enscript. Para juntar varias páginas de un documento tipo.ps, en UNIX se usa psnup. Los documentos PDF contienen todos los datos necesarios para mostrarlos sin cambios en cualquier plataforma/computadora.50 Emacs Formatos de distribución de documentos LAT E X Páginas de web Dibujos Diagramas PostScript y Adobe PDF La terminación de archivos en formato PostScript es.ps. Para convertir documentos de puro texto a PostScript, en UNIX se usa enscript. Para juntar varias páginas de un documento tipo.ps, en UNIX se usa psnup. Los documentos PDF contienen todos los datos necesarios para mostrarlos sin cambios en cualquier plataforma/computadora.51 Emacs Formatos de distribución de documentos LAT E X Páginas de web Dibujos Diagramas Para abrir documentos de formato PDF, en UNIX se usan las instrucciones acroread y xpdf, entre otras. En Windows, se necesita descargar e instalar Acrobat Reader. En UNIX, hacer conversión a PDF de otros formatos se hace por instrucciones como ps2pdf. En Windows, la manera más fácil de convertir todo tipo de documentos a PDF es instalar alguna de las impresoras virtuales como el PrimoPDF o PDF Creator. 52 Emacs Formatos de distribución de documentos LAT E X Páginas de web Dibujos Diagramas Figura: Una ventana de impresión donde se ve PrimoPDF en la lista de impresoras disponibles.53 Emacs Formatos de distribución de documentos LAT E X Páginas de web Dibujos Diagramas Figura: La ventana de opciones de PrimoPDF.54 L A T E X UNIX en breve Emacs Formatos de distribución de documentos LAT E X Páginas de web Dibujos Diagramas Cada documento de L A T E X debe tener un tipo que se determina con una instrucción documentclass. Los contenidos del documento van entre las instrucciones begin{document} y end{document}.55 Emacs Formatos de distribución de documentos LAT E X Páginas de web Dibujos Diagramas Para ver el documento final, usa xdvi doc.dvi. Para generar un documento.ps, usa dvips -o doc.ps doc.dvi. Para ver el archivo doc.ps, se utiliza gv doc.ps. Para convertirlo en PDF, una ps2pdf doc.ps doc.pdf.56 Paquetes UNIX en breve Emacs Formatos de distribución de documentos LAT E X Páginas de web Dibujos Diagramas En L A T E X se pueden añadir algunos paquetes, con los cuales, disponemos de nuevas utilidades. Existe un sin número de paquetes, cada uno con sus opciones específicas. La documentación de cada paquete es distribuida junto con él.57 Escritura básica UNIX en breve Emacs Formatos de distribución de documentos LAT E X Páginas de web Dibujos Diagramas Las instrucciones de L A T E X siempre inician con una barra invertida (\). Una orden en L A T E X siempre consiste de una barra invertida seguida de un nombre formado sólo por letras, o de una barra invertida seguida por un caracter especial. Cuando L A T E X encuentra un % en el texto toma el resto de la línea como comentario, por lo que será ignorado en la compilación del documento.58 Documentos estructurados Emacs Formatos de distribución de documentos LAT E X Páginas de web Dibujos Diagramas L A T E X maneja las siguientes opciones por defecto para definir la jerarquía de las partes del documento. part chapter section subsection subsubsection paragraph subparagraph59 Emacs Formatos de distribución de documentos LAT E X Páginas de web Dibujos Diagramas Listados enumerate crea una lista numerada, itemize crea una lista con viñeta, description crea una lista para describir, y objetos; requiere que se indiquen los nombres de los objetos a describir.60 Emacs Formatos de distribución de documentos LAT E X Páginas de web Dibujos Diagramas El modo matematico es indispensable para la creación de fórmulas matemáticas. ( n i=1 ) x i y 2 + 261 Emacs Formatos de distribución de documentos LAT E X Páginas de web Dibujos Diagramas Diapositivas Algunas de las clases de documentos: 1 slides 2 seminar 3 prosper 4 beamer 5 chaksem También se puede preparar carteles con la clase a0poster.62 Emacs Formatos de distribución de documentos LAT E X Páginas de web Dibujos Diagramas Página inicial de una carpeta: index.html Al entrar con un navegador a una carpeta existente del sistema de archivos de un servidor HTTP, si existen permisiones de entrar y leer la carpeta, el servidor va a enviar al navegador un archivo de nombre index.html. El navedagor muestrà la pàgina guardada en el archivo recibido. Si no existe tal archivo, el navegador va a mostrar la lista de los contenidos de la carpeta.63 Emacs Formatos de distribución de documentos LAT E X Páginas de web Dibujos Diagramas Páginas personales en un servidor tipo UNIX Para tener una página, hay que crear una carpeta public_html en la carpeta de inicio y asignar permisiones de ejecución a la carpeta de inicio a todos los usuarios y asegurar que hayan las permisiones para leer y ejecutar la carpeta public_html.64 Emacs Formatos de distribución de documentos LAT E X Páginas de web Dibujos Diagramas HTML (HyperTextMarkup Languaje) es un lenguaje para dar estructura de documentos mostrados en navegadores de Web. La primera instrucción a utilizar es el de <html> que es como se abre y cierra la codificación de la pagina: <html> marca el inicio del documento y </html> su fin. Los contenidos de la página misma van en la segunda parte que se llama <body>.65 Emacs Formatos de distribución de documentos LAT E X Páginas de web Dibujos Diagramas Instrucciones básicas <h1>...</h1>: título del documento <h2>...</h2>: título de una sección <h3>...</h3>: título de una subsección <h4>...</h4>: título de una subsubsección <a href=... >...</a>: referencia a otra página <p>...</p>: un párrafo de texto <br>: un cambio de línea forzada66 Colores UNIX en breve Emacs Formatos de distribución de documentos LAT E X Páginas de web Dibujos Diagramas <body... text=......> sirve para darle color de todo el texto que no tiene otro color definido. <body... bgcolor=......> sirve para darle color al fondo de la pantalla. <body... background= sirve para darle una imagen al fondo de la pantalla.67 Emacs Formatos de distribución de documentos LAT E X Páginas de web Dibujos Diagramas black # (negro) maroon # (marrón) green # (verde) grey # (gris) navy # (azul fuerte) purple # (morado) red #FF0000 (rojo) yellow #FFFF00 (amarillo) blue #0000FF (azul) white #FFFFFF (blanco)68 Emacs Formatos de distribución de documentos LAT E X Páginas de web Dibujos Diagramas Símbolos especiales en HTML á á í í ú ú á Á ñ ñ < < & & > > a ª o º69 xfig UNIX en breve Emacs Formatos de distribución de documentos LAT E X Páginas de web Dibujos Diagramas70 Emacs Formatos de distribución de documentos LAT E X Páginas de web Dibujos Diagramas Xfig permite guardar figuras en el formato Fig format, el cual es su formato nativo de sólo texto. Para convertir dibujos de tipo.fig a otros tipos, en UNIX se puede utilizar la instrucción fig2dev que conoce varios formatos de imagenes. Otra opción es usar una herramienta como el Gimp de la sección siguiente. Para incluir texto y matemáticas en formato L A T E X a dibujos de tipo.fig, en UNIX se usa transfig.71 Gimp UNIX en breve Emacs Formatos de distribución de documentos LAT E X Páginas de web Dibujos Diagramas Gimp (Gnu Image Manipulation Program) es un programa de manipulación de imágenes. Gimp está diseñado para manipular, crear o editar imágenes, ya sean fotografías o dibujos, con una variedad inmensa de extensiones para poder utilizar dentro del programa. Se puede utilizar en diferentes plataformas como Windows,, UNIX, etcétera.72 Dia UNIX en breve Emacs Formatos de distribución de documentos LAT E X Páginas de web Dibujos Diagramas Figura: Un diagrama de una red tipo Cisco.73 Gnuplot UNIX en breve Emacs Formatos de distribución de documentos LAT E X Páginas de web Dibujos Diagramas set term postscript eps set xrange [1:15] set yrange [-4:4] plot cos(x) title El coseno de x with points, sin(x) title El seno de x with lines, (cos(x)+sin(x))/2 title El promedio with linespoints gnuplot mi_grafica.plot > mi_grafica.eps.74 Emacs Formatos de distribución de documentos LAT E X Páginas de web Dibujos Diagramas 4 3 El coseno de x El seno de x El promedio Figura: Un ejemplo de Gnuplot con funciones matemáticas.75 Emacs Formatos de distribución de documentos LAT E X Páginas de web Dibujos Diagramas Inferiores Pronostico Superiores Figura: Un ejemplo de Gnuplot con datos de un archivo.76 Emacs Formatos de distribución de documentos LAT E X Páginas de web Dibujos Diagramas Eje z 2(x 2 + y 2 ) e - (x2 + y 2 ) Eje x Eje y Figura: Un ejemplo de Gnuplot en tres dimensiones.77 Emacs Formatos de distribución de documentos LAT E X Páginas de web Dibujos Diagramas Gnuplot es capaz de utilizar diversos sistemas de coordenadas. La tierra en 3D MTY, NL Figura: Un ejemplo de Gnuplot con coordinadas esféricas.78 Emacs Formatos de distribución de documentos LAT E X Páginas de web Dibujos Diagramas 30 Diagrama de caja y bigote Figura: Una gráfica de tipo caja y bigote hecha con Gnuplot.79 Emacs Formatos de distribución de documentos LAT E X Páginas de web Dibujos Diagramas Histograma de una aproximación de la distribución normal estándar80 Emacs Formatos de distribución de documentos LAT E X Páginas de web Dibujos Diagramas Ejemplo de un diagrama de Pareto Porcentaje de tiempo muerto Falla de colorimetro Reactivos Tubo deformado Falla de electrodo Otros Figura: Un diagrama de Pareto hecho para conocer cuál es la mayor razón de los tiempos muertos en cierta fabrica.81 C y C++ UNIX en breve imperativa y orientada a objetos Lenguages script estadística Simulación Ejecución automatizada Ejecución trasfondo matemática Optimización Los programas escritas en C son programas imperativos. C es un lenguaje que permite el desarrollo rápido de programas pequeñas bastante eficientes que no necesitan interacción fuerte en forma gráfica con el usuario. Los programas de C++ están compuestas por clases, mientras los de C están estructurados en subrutinas.82 Cabeceras UNIX en breve imperativa y orientada a objetos Lenguages script estadística Simulación Ejecución automatizada Ejecución trasfondo matemática Optimización En ambos lenguajes, se suele separar definiciones de implementación. En C, las definiciones de pone en archivos tipo.h y en C++ en archivos tipo.hpp. El código de C se pone en archivos.c y lo de C++ en archivos tipo.cpp.83 Java UNIX en breve imperativa y orientada a objetos Lenguages script estadística Simulación Ejecución automatizada Ejecución trasfondo matemática Optimización Java es un lenguaje orientado a objectos que tiene mucho en común con C y C++. En Java, ya muchas de las operaciones básicas de C/C++ se hace con objetos. Se usa la instrucción/bin/javac es la compiladora misma y la instrucción /bin/java es para ejecutar programas ya compilados escritos en Java. El fuente estándar de documentación y versiones de Java para descargar para instalar es84 awk UNIX en breve imperativa y orientada a objetos Lenguages script estadística Simulación Ejecución automatizada Ejecución trasfondo matemática Optimización Los lenguajes script son lenguajes de programación que no necesitan compilación previa a ejecución. awk es un lenguaje tipo script de programación que es fácil de combinar con las herramientas existentes de UNIX. La área fuerte de awk es realizar modificaciones a archivos. En esta sección solamente revisamos lo más básico sobre awk, ya que es un lenguaje bastante rico.85 imperativa y orientada a objetos Lenguages script estadística Simulación Ejecución automatizada Ejecución trasfondo matemática Optimización Toda la sintaxis de awk está sensitiva a minúsculas y mayúsculas. awk se puede utilizar en cualquier sistema operativo de UNIX moderno. Los programas escritos en awk se puede ejecutar directamente de la línea de instrucciones o alternativamente desde un archivo. Ni el nombre ni la terminación de este archivo tiene importancia. awk procesa sus datos de entrada línea por línea, dividiendo cada línea en columnas.86 imperativa y orientada a objetos Lenguages script estadística Simulación Ejecución automatizada Ejecución trasfondo matemática Optimización Todo el códido en el bloque BEGIN {...} se ejecuta una vez antes de empezar a procesar la entrada. El código del bloque intermedio se ejecuta para cada línea de entrada, y al final se ejecuta una vez el código del bloque END{...}. El separador de instrucciones es ;. No es obligatorio incluir los bloques BEGIN y END y se puede incluir solamente uno de los dos según la necesidad.87 imperativa y orientada a objetos Lenguages script estadística Simulación Ejecución automatizada Ejecución trasfondo matemática Optimización Para ejecutar el programa desde el archivo, utilizamos la opción -f. Si no queremos llamar explicitamente a awk, podemos esconderlo en el archivo de instrucciones por incorporar la línea #!/bin/awk -f al comienzo del archivo y darle permisiones de ejecutar el archivo por lo menos al usuario mismo.88 sh UNIX en breve imperativa y orientada a objetos Lenguages script estadística Simulación Ejecución automatizada Ejecución trasfondo matemática Optimización Los shell script sirven para situaciones donde hay que ejecutar con frecuencia una serie de instrucciones y uno quiere ahorrar el esfuerzo de tener que escribirlos cada vez. Un script tipo Bourne shell se escribe en un archivo de texto, por ejemplo con emacs, y la primera línea siempre es #!/bin/sh (o realmente la ubicación verdadera de sh, lo que se ve con la instrucción which sh).89 imperativa y orientada a objetos Lenguages script estadística Simulación Ejecución automatizada Ejecución trasfondo matemática Optimización Tal script ejecuta cada línea escrita en la línea de instrucciones, una a la vez. Los parámetros de línea de instrucciones están guardados a variables especiales $1, $2, etcétera. La variable $0 tiene en este caso el valor./primero. Para no olvidar nosotros mismos qué es lo que hace el script, podemos añadir comentarios, o sea, líneas que contengan el símbolo #:90 Perl UNIX en breve imperativa y orientada a objetos Lenguages script estadística Simulación Ejecución automatizada Ejecución trasfondo matemática Optimización Perl es un lenguaje script, esto es el código se compila antes de ejecutarlo. Las variables escalares pueden contener enteros, reales, cadenas o referencias. El nombre de la variable va precedido por el signo de pesos ($). En Perl las variables se declaran con la palabra clave my, sin embargo no necesitan ser declaradas.91 imperativa y orientada a objetos Lenguages script estadística Simulación Ejecución automatizada Ejecución trasfondo matemática Optimización Los arreglos van precedidos por el símbolo arroba Cuando se accesa al elemento de un arreglo se utiliza el nombre dle arreglo precedido por el caracter $, ya que es un escalar. Los variables pueden contener diferente tipo de datos y pueden ser redimensionados solo indicando la posicion del nuevo elemento. Para sacar/insertar elementos se pueden usar las funciones pop y push.92 estadística imperativa y orientada a objetos Lenguages script estadística Simulación Ejecución automatizada Ejecución trasfondo matemática Optimización Para diagramas y análisis de datos, una opción más es Grace. COIN (COmputational INfrastructure for Operations Research, es un conjunto de librerias y herramientas especiales para la investigación de operaciones. Para programación en C o C++, también sirven la librerias de GNU Scientific Library.93 estadística imperativa y orientada a objetos Lenguages script estadística Simulación Ejecución automatizada Ejecución trasfondo matemática Optimización Para diagramas y análisis de datos, una opción más es Grace. COIN (COmputational INfrastructure for Operations Research, es un conjunto de librerias y herramientas especiales para la investigación de operaciones. Para programación en C o C++, también sirven la librerias de GNU Scientific Library.94 estadística imperativa y orientada a objetos Lenguages script estadística Simulación Ejecución automatizada Ejecución trasfondo matemática Optimización Para diagramas y análisis de datos, una opción más es Grace. COIN (COmputational INfrastructure for Operations Research, es un conjunto de librerias y herramientas especiales para la investigación de operaciones. Para programación en C o C++, también sirven la librerias de GNU Scientific Library.95 R for Statistical Computing imperativa y orientada a objetos Lenguages script estadística Simulación Ejecución automatizada Ejecución trasfondo matemática Optimización R es un software libre para cómputo estadístico y de gráficos. Se compila y ejecuta sobre una amplia variedad de plataformas UNIX, Windows y MacOS. R provee una amplia variedad de técnicas estadísticas y graficas (modelaje lineal y no lineal, pruebas estadísticas, análisis de series de tiempo, clasificación y clustering entre otras).96 RePast UNIX en breve imperativa y orientada a objetos Lenguages script estadística Simulación Ejecución automatizada Ejecución trasfondo matemática Optimización RePast (Recursive Porus Agent Simulation Toolkit) es una plataforma para el modelado de sistemas de agentes en dos dimensiones. RePast está basado en programación orientada a objetos y está disponible para múltiples lenguajes de programación. El paquete ya incluye, por ejemplo, algoritmos genéticos, el método MCMC (Markov Chain Monte Carlo), redes neuronales y regresión.97 imperativa y orientada a objetos Lenguages script estadística Simulación Ejecución automatizada Ejecución trasfondo matemática Optimización La manera más rápida de desarrollar una simulación con RePast es modificar un ejemplo existente. Al ejecutar la versión en Java de RePast desde repast.jar, se utiliza la instrucción java -jar repast.jar. 98 imperativa y orientada a objetos Lenguages script estadística Simulación Ejecución automatizada Ejecución trasfondo matemática Optimización Mostrar más
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