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Timestamp: 2016-10-24 12:21:59+00:00

Document:
2C_603/2012 (10.12.2012)
Arr�t du 10 d�cembre 2012
repr�sent�e par Mes Fr�d�ric Cottier et
Imp�t f�d�ral direct et imp�ts cantonal et communal 2006,
La soci�t� anonyme SI de la Fondation X.________ SA (ci-apr�s: la soci�t� ou la recourante), constitu�e en 1947 et sise � A.________, a pour but de mettre � la disposition de la Fondation Y.________ (ci-apr�s: la fondation), pour les besoins des activit�s de cette derni�re, des locaux se trouvant dans les immeubles que la soci�t� poss�de � A.________.
Dans un courrier du 30 ao�t 1990 adress� � la soci�t�, la direction de la division des personnes morales de l'Administration fiscale cantonale genevoise s'est r�f�r�e � un accord conclu avec elle le 11 janvier 1977, en consid�rant que le maintien de celui-ci au taux actuel n'�tait pas satisfaisant. En effet, "compte tenu de l'accroissement r�gulier des charges et frais d'entretien ordinaires", cette convention ne permettait plus � l'administration "d'imposer un quelconque b�n�fice" dans le chef de la soci�t�. La direction proposait d�s lors d'appliquer, "� titre exceptionnel", les principes suivants en vue de la d�termination du b�n�fice imposable de la soci�t�:
Int�r�ts hypoth�caires
Int�r�ts th�oriques admis
./. hypoth�ques
Il �tait pr�cis� que le b�n�fice imposable ne pourrait �tre inf�rieur � 20'000 fr. par an. Ces r�gles �taient applicables d�s l'ann�e fiscale 1990 s'agissant des imp�ts cantonal et communal (ci-apr�s: ICC) et � compter de la p�riode 1989/1990 concernant l'imp�t f�d�ral direct (IFD).
Dans un courrier du 10 octobre 1995 faisant suite � une demande de renouvellement du r�gime fiscal particulier accord� le 30 ao�t 1990, la direction de la division des personnes morales a indiqu� que celui-ci �tait maintenu � partir de la p�riode fiscale 1995, tant pour les ICC que pour l'IFD. Toutefois, le b�n�fice imposable ne pourrait �tre inf�rieur � celui ressortant du compte de pertes et profits de la soci�t�. L'arrangement �tait valable jusqu'au 31 d�cembre 1999 et pourrait �tre renouvel� "pour autant que les conditions de fait subsistent".
Par courrier du 8 avril 1999, le directeur de l'Administration fiscale cantonale a fait savoir � la soci�t� que l'"accord donn� le 30 ao�t 1990, valable jusqu'au 31 d�cembre 1994, est reconduit pour les ann�es fiscales 1995 � 1998". A partir de l'ann�e fiscale 1999, la soci�t� serait impos�e "sans b�n�fice d'un statut particulier, conform�ment aux dispositions l�gales". Cela signifiait que les comptes de celle-ci devraient enregistrer le loyer d�bit� au compte de pertes et profits de la fondation, que ce loyer devrait repr�senter le prix du march� et que les r�gles relatives � la sous-capitalisation seraient appliqu�es.
Dans une �criture du 1er octobre 2001 adress�e au mandataire de la soci�t�, la direction de la taxation des personnes morales de l'Administration fiscale cantonale a confirm� le traitement fiscal de celle-ci dans les termes suivants:
"Taxation annuelle � partir de la p�riode fiscale 1999 (cl�ture 30 juin 1999)
La taxation ordinaire de la S.I. de la Fondation X.________ s'effectuera sur la base d'un b�n�fice imposable fix� � 3% du 20% de la valeur comptable apr�s amortissement de l'immeuble.
Dans le cas o� cette solution ferait appara�tre dans l'avenir une diff�rence trop importante avec le b�n�fice qui r�sulterait de l'obligation pour la Fondation Y.________ de prendre � bail des locaux analogues aupr�s d'un tiers, votre cliente reprendrait contact avec les administrations fiscales comp�tentes.
Enfin, si la soci�t� immobili�re concern�e venait � comptabiliser de nouveaux amortissements sur le bien immobilier, notre administration se r�serve le droit de d�noncer le pr�sent accord.
Dans sa d�claration d'imp�t pour la p�riode 2006 (exercice commercial allant du 1er juillet 2005 au 30 juin 2006), dat�e du 30 avril 2007, la soci�t� a fait �tat d'un b�n�fice net imposable de 56'187 fr., alors que son b�n�fice net total dans le canton de Gen�ve �tait de 74'873 fr. Le montant de 56'187 fr. �quivalait � 3% des 20% de la valeur comptable des immobilisations sous d�duction des amortissements au 30 juin 2006 (12'091'681 fr. ./. amortissements de 2'727'170 fr. = valeur nette de 9'364'511 fr. dont les 3% des 20% = 56'187 fr.). Parmi les produits conduisant au r�sultat de 74'873 fr. figuraient notamment des loyers de 631'900 fr. vers�s par la fondation et, parmi les charges, des int�r�ts de 4,75% sur une dette de 8'730'101 fr. (solde au 30 juin 2005) � l'�gard de la fondation, soit 414'680 fr.
Le 17 juillet 2007, l'Administration fiscale cantonale a notifi� � la soci�t� les bordereaux pour l'IFD et les ICC de la p�riode 2006. Le b�n�fice imposable se montait � 195'300 fr. pour le premier et � 195'397 fr. pour les seconds. Ce dernier montant s'obtenait en ajoutant au b�n�fice net de 74'873 fr. une somme de 120'524 fr., qui avait �t� reprise sur les int�r�ts de 414'680 fr. L'Administration fiscale cantonale avait calcul� l'endettement maximal admissible sur la base d'une valeur d�terminante des immeubles de 12'954'454 fr. Elle avait admis un taux de 3,375% sur les deux tiers de ce montant, soit 8'614'803 fr. Sur le solde de la dette, � savoir 77'862 fr. (= moyenne corrig�e de 8'692'665 ./. 8'614'803), elle avait retenu un taux de 4,375%. Les int�r�ts totaux admissibles se montaient ainsi � 294'156 fr., de sorte qu'un montant de 120'524 fr. devait �tre repris (= 414'680 ./. 294'156).
A l'encontre de ces d�cisions, la soci�t� a form� r�clamation. Elle s'est pr�value de l'accord du 1er octobre 2001, conform�ment auquel elle avait �t� tax�e lors des p�riodes 2002 � 2004. En 2005, elle avait �t� impos�e sur la base de son r�sultat comptable, plus �lev� que le b�n�fice d�termin� selon l'accord, consid�r� par l'Administration fiscale cantonale comme un "b�n�fice minimum". Elle avait (pour ainsi dire � bien plaire) accept� ce proc�d�, m�me s'il ne ressortait pas de ladite convention qu'il s'agissait d'un b�n�fice minimum.
Dans un courrier du 29 f�vrier 2008, l'Administration fiscale cantonale a relev� ce qui suit � propos de l'accord en question:
"1. B�n�fice minimum imposable
La SI de la Fondation X.________ [...] a �t� mise au b�n�fice d'un accord d'imposition en date du 1er octobre 2001 qui fixe forfaitairement son b�n�fice imposable � concurrence de 3% du 20% de la valeur comptable de l'immeuble apr�s amortissement.
Fondamentalement, les accords d'imposition fixant forfaitairement un b�n�fice imposable s'inscrivent strictement dans une logique de fixation d'un prix de transfert qui est r�put� �tre conforme au principe de pleine concurrence ("dealing at arm's length").
D�s lors que le b�n�fice comptable r�sultant des �tats financiers statutaires [...] est sup�rieur au montant du prix de transfert d�termin� de mani�re forfaitaire, c'est le b�n�fice comptable sup�rieur qui doit �tre retenu comme base d'imposition.
Il serait en effet choquant qu'une quelconque �conomie d'imp�ts puisse r�sulter d'une situation visant � admettre que le b�n�fice imposable soit inf�rieur au b�n�fice comptable, dans la mesure o�, parall�lement, la soci�t� affili�e qui a support� le co�t effectif de la prestation a normalement pu se pr�valoir d'une charge justifi�e par l'usage commercial qui est pleinement d�ductible sur le plan fiscal.
Dans le sens de ce qui pr�c�de, c'est bien le r�sultat comptable, sup�rieur au b�n�fice fiscal r�sultant de l'application d'un prix de transfert d�termin� de mani�re forfaitaire, qui doit �tre retenu".
Par d�cisions du 23 juin 2008, concernant l'une l'IFD et l'autre les ICC, l'Administration fiscale cantonale a rejet� les r�clamations et r�form� la taxation au d�triment de la soci�t�, les int�r�ts repris �tant port�s � 163'987 fr. Elle a admis un taux de 2,875% (au lieu de 3,375%) sur les deux tiers du montant de 12'954'454 fr. et de 3,875% (au lieu de 4,375%) sur le solde de la dette. Les int�r�ts totaux admissibles se montaient ainsi � 250'693 fr., de sorte qu'un montant de 163'987 fr. devait �tre repris (= 414'680 ./. 250'693).
La soci�t� a d�f�r� ces prononc�s � la Commission cantonale de recours en mati�re d'IFD et � la Commission cantonale de recours en mati�re d'ICC du canton de Gen�ve (int�gr�es par la suite dans la Commission cantonale de recours en mati�re administrative, dont les comp�tences ont �t� reprises par le Tribunal administratif de premi�re instance du canton de Gen�ve).
Par jugement du 14 juin 2011, le Tribunal administratif de premi�re instance a joint les proc�dures et admis les recours. Les dossiers �taient renvoy�s � l'Administration fiscale cantonale pour qu'elle proc�de � une nouvelle taxation bas�e sur le b�n�fice imposable d�clar� par la soci�t� de 56'187 fr. Le Tribunal administratif de premi�re instance a consid�r� que l'endettement de la soci�t� ne posait pas probl�me - celle-ci n'�tant pas sous-capitalis�e -, mais bien le taux d'int�r�t de 4,75% sur la dette de la soci�t� � l'�gard de la fondation - comme entit� proche -, lequel n'�tait pas conforme au march�. En consid�rant comme admissible un taux de 2,875%, un montant de 163'689 fr. (soit 4,75 - 2,875% = 1,875% de 8'730'101 fr.) - au lieu de la somme de 163'987 fr. retenue dans les d�cisions sur r�clamation - devait en soi �tre repris. Toutefois, la d�termination du b�n�fice net de la soci�t�, apr�s d�duction de toutes les charges, y compris celles des int�r�ts de la dette, avait fait l'objet de l'accord du 1er octobre 2001. Cette convention avait pour but de d�terminer le b�n�fice de la soci�t� compte tenu en particulier des loyers tir�s de la location des locaux am�nag�s pour accueillir l'�cole exploit�e par la fondation. Comme il existait peu de loyers de comparaison sur le march� immobilier et que les r�gles servant � l'�valuation des surfaces commerciales ne pouvaient �tre appliqu�es, l'Administration fiscale cantonale �tait fond�e � conclure l'accord en question. En application de celui-ci, le b�n�fice imposable de la soci�t� correspondait � 3% de 20% de la valeur comptable apr�s amortissement des immeubles de cette derni�re, soit au montant de 56'187 fr. ressortant des comptes et de la d�claration d'imp�t.
A l'encontre de ce prononc�, l'Administration fiscale cantonale a interjet� un recours que la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Gen�ve a admis par arr�t du 8 juin 2012. Les juges cantonaux ont consid�r� que l'accord du 1er octobre 2001 �tait invalide, car il ne satisfaisait pas aux exigences auxquelles �tait soumise la conclusion de telles conventions. En effet, ni la d�termination de la valeur du b�timent, m�me utilis� par une �cole, ni celle du b�n�fice de la soci�t� ne posait de probl�me majeur. Selon la Cour de justice, il �tait ainsi "regrettable" que l'Administration fiscale cantonale signe de tels accords. La soci�t� ne pouvait d'ailleurs se pr�valoir de cette convention au titre du droit � la protection de la confiance l�gitime en les assurances re�ues des autorit�s, car les conditions restrictives dont la jurisprudence fait d�pendre ce droit n'�taient pas r�unies en l'occurrence. Le montant de la reprise de 163'689 fr. calcul� par le Tribunal administratif de premi�re instance n'�tant en lui-m�me pas contest� par les participants � la proc�dure, le dossier devait �tre retourn� � l'Administration fiscale cantonale pour qu'elle proc�de � une nouvelle taxation sur la base de cette somme.
Agissant par la voie du recours en mati�re de droit public, la soci�t� demande au Tribunal f�d�ral, sous suite de frais et d�pens, d'annuler l'arr�t du 8 mai 2012 et de renvoyer la cause � l'Administration fiscale cantonale pour nouvelle taxation bas�e sur le b�n�fice imposable d�clar� de 56'187 fr. Elle d�nonce une violation des principes de la l�galit� et de la protection de la bonne foi.
L'autorit� pr�c�dente s'en remet � justice quant � la recevabilit� du recours et persiste au surplus dans les consid�rants et le dispositif de son arr�t. L'Administration f�d�rale des contributions, Division principale de l'imp�t f�d�ral direct, de l'imp�t anticip�, des droits de timbre, propose de rejeter le recours. L'Administration fiscale cantonale s'en remet � justice pour ce qui est de la recevabilit� du recours et conclut � son rejet sur le fond.
La soci�t� a r�pliqu� dans une �criture dat�e du 15 octobre 2012.
La Cour de justice a rendu une seule d�cision valant pour les deux cat�gories d'imp�ts (ICC et IFD), ce qui est admissible, d�s lors que la question juridique � trancher est r�gl�e de la m�me fa�on en droit f�d�ral et dans le droit cantonal harmonis� (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262 s.). Dans ces circonstances, on ne peut reprocher � la recourante d'avoir, dans son recours au Tribunal f�d�ral, form� les m�mes griefs et pris des conclusions valant pour les deux cat�gories d'imp�ts (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.2 p. 263 s.). Par souci d'unification par rapport � d'autres cantons dans lesquels deux d�cisions sont rendues, la Cour de c�ans a toutefois ouvert deux dossiers, l'un concernant l'IFD (2C_604/2012) et l'autre les ICC (2C_603/2012). Comme l'�tat de fait est identique et que les questions juridiques se recoupent, les deux causes seront n�anmoins jointes et il sera statu� dans un seul arr�t (cf. art. 71 LTF et 24 PCF [RS 273]).
2.1 L'arr�t attaqu� concerne le b�n�fice imposable de la p�riode fiscale 2006. Comme ce domaine rel�ve du droit public et qu'aucune des exceptions pr�vues � l'art. 83 LTF n'est r�alis�e, la voie du recours en mati�re de droit public est ouverte sur la base de l'art. 82 let. a LTF. L'art. 146 de la loi f�d�rale du 14 d�cembre 1990 sur l'imp�t f�d�ral direct (LIFD; RS 642.11) confirme du reste l'existence de cette voie de droit pour l'IFD. S'agissant des ICC, l'imposition du b�n�fice �tant une mati�re harmonis�e aux art. 24 ss de la loi f�d�rale du 14 d�cembre 1990 sur l'harmonisation des imp�ts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), la voie du recours en mati�re de droit public est aussi r�serv�e par l'art. 73 al. 1 LHID (cf. ATF 134 II 186 ss).
2.2 Pour le reste, d�pos� en temps utile (cf. art. 100 al. 1 LTF), le recours est dirig� contre une d�cision consid�r�e comme finale (cf. art. 90 LTF et ATF 138 I 143 consid. 1.2 p. 148; 134 II 124 consid. 1.3 p. 127) rendue par un tribunal sup�rieur statuant en derni�re instance cantonale (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). Il a en outre �t� interjet� par la contribuable destinataire de la d�cision attaqu�e et qui a un int�r�t digne de protection � son annulation ou sa modification (cf. art. 89 al. 1 LTF). Il convient donc en principe d'entrer en mati�re.
3.1 Un accord ou un arrangement fiscal (Steuerabkommen, Steuerabmachung) est une convention entre l'autorit� fiscale comp�tente et le contribuable, qui porte sur l'existence, l'�tendue ou les modalit�s d'une obligation fiscale dans une situation concr�te et qui s'�carte des dispositions l�gales (arr�t 2C_296/2009 du 11 f�vrier 2010 consid. 3.1, in RF 65/2010 p. 453, StE 2010 A 21.14 no 18 et la jurisprudence cit�e; Blumenstein/Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 6e �d., 2002, p. 320; Martin Zweifel/Hugo Casanova, Schweizerisches Steuerverfahrensrecht Direkte Steuern, 2008, � 1 no 6; Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, 4e �d., 2012, � 25 no 33; Markus Reich, Steuerrecht, 2e �d., 2012, � 4 no 33). Il est largement admis qu'une telle convention constitue un contrat de droit administratif (Blumenstein/Locher, op. cit., p. 321; Oberson, op. cit., � 25 no 34; Reich, op. cit., � 4 no 33).
Eu �gard aux principes de la l�galit� et de l'�galit�, un accord fiscal doit �tre autoris� par la loi ou, du moins, ne pas �tre express�ment exclu par celle-ci. Les conventions sans base l�gale, voire contraires � la loi, sont nulles et ne sauraient par cons�quent avoir d'effet contraignant. La jurisprudence et la doctrine ne font exception � ce principe que si la r�gle applicable est incertaine et que l'autorit� proc�de selon celle que le l�gislateur aurait adopt�e s'il avait voulu r�glementer le cas particulier (arr�ts 2A.306/1993 du 23 juin 1994 consid. 5a, in Archives 63 p. 661, JdT 1997 II 90; 2A.227/2006 du 10 octobre 2006 consid. 3.1, in Archives 76 p. 748, RDAF 2006 II p. 419, SJ 2007 I p. 224, Pra 2007 no 30 p. 183; 2C_164/2009 du 13 ao�t 2009 consid. 8.1, in RDAF 2009 II p. 531; Danielle Yersin, in Commentaire romand, Imp�t f�d�ral direct, 2008, Remarques pr�liminaires, nos 88 s.). Lorsque l'accord est nul, il n'est pas exclu que le contribuable puisse invoquer sa bonne foi, afin d'�tre (n�anmoins) trait� conform�ment aux dispositions de la convention. Il faut pour cela que les conditions auxquelles le principe de la bonne foi (art. 9 Cst.) prot�ge le citoyen dans la confiance l�gitime qu'il a mise dans les assurances re�ues des autorit�s soient r�unies (arr�ts pr�cit�s 2C_164/2009 consid. 8.3; 2A.227/2006 consid. 3.3; arr�t 2A.53/1998 du 12 novembre 1998 consid. 8b, in RDAF 1999 II p. 97, RF 54/1999 p. 118, Pra 1999 no 108 p. 587).
Selon la jurisprudence plus ancienne, les vices - en particulier l'absence de base l�gale - affectant un contrat de droit administratif n'entra�naient pas sans autres consid�rations la nullit� de la convention. Les cons�quences du vice d�pendaient d'une pes�e d'int�r�ts, entre l'int�r�t (public) � l'application du droit positif et l'int�r�t (priv�) � la protection de la bonne foi du contribuable (ATF 103 Ia 505 consid. 4 p. 514 s.; arr�t A.454/1987 du 25 ao�t 1988 consid. 2d, in Archives 58 p. 210, RDAF 1991 p. 12, RF 44/1989 p. 432, StE 1989 A 21.14 no 9; dans le m�me sens Oberson, op. cit., � 25 no 38). Pour ce qui est des conventions accordant des avantages fiscaux, il �tait toutefois admis que l'int�r�t � l'application du droit positif l'emportait g�n�ralement (ATF 103 Ia 505 consid. 4c p. 515 [o� il ne s'agissait cependant pas d'une telle convention et o� l'int�r�t du contribuable � la protection de la bonne foi a �t� jug� pr�pond�rant]; arr�t A.454/1987, pr�cit�, consid. 2e).
En l'absence de base l�gale dans la LIFD, des accords ne peuvent en principe �tre conclus en mati�re d'IFD (arr�ts pr�cit�s 2C_296/2009 consid. 3.1; 2A.227/2006 consid. 3.1; Blumenstein/Locher, op. cit., p. 321; Yersin, op. cit., Remarques pr�liminaires, no 89). Pour ce qui est des ICC, les accords fiscaux sont de mani�re g�n�rale prohib�s par le concordat intercantonal sur l'interdiction des arrangements fiscaux du 10 d�cembre 1948 (s'agissant du canton de Gen�ve, cf. RS/GE D 3 60; ci-apr�s: le concordat), auquel tous les cantons ont adh�r�. Le concordat permet toutefois d'accorder certains all�gements fiscaux (imposition d'apr�s la d�pense des personnes physiques, all�gements en faveur d'entreprises industrielles nouvellement cr��es, ainsi que d'entreprises au capital desquelles une corporation de droit public participe ou qui sont affect�es principalement � un but public ou d'utilit� g�n�rale, cf. art. 1 al. 3 du concordat). Pr�vus par la l�gislation, de tels r�gimes sp�ciaux ne constituent pas des accords fiscaux � proprement parler (Yersin, op. cit., Remarques pr�liminaires, no 90). Depuis l'entr�e en vigueur de la LHID, le concordat a perdu une grande partie de son importance, du moment que nombre des limitations qu'il pr�voit sont �galement r�glement�es par cette loi f�d�rale (cf. not. art. 5, 6 et 23 al. 3 LHID) qui l'emporte sur les dispositions du droit intercantonal (Oberson, op. cit., � 3 no 67; Reich, op. cit., � 4 no 36).
3.2 L'accord fiscal au sens ci-dessus doit �tre distingu� de l'accord de proc�dure (Verst�ndigung, Einigung), que l'autorit� fiscale et le contribuable concluent durant la phase de la taxation, sans d�roger � la loi, en vue de fixer des �l�ments de fait d�terminants, dont l'�tablissement est difficile ou exigerait des mesures disproportionn�es. Tel est le cas notamment lorsqu'il s'agit d'�tablir la valeur d'un immeuble et que la d�termination ou l'estimation de celle-ci se heurte � d'importantes difficult�s. Conforme au droit mat�riel, un accord de ce genre ne n�cessite pas de base l�gale (ATF 119 Ib 431 consid. 4 p. 437 s.; arr�t 2C_296/2009, pr�cit�, consid. 3.1 et 3.2 et la jurisprudence cit�e; Blumenstein/Locher, op. cit., p. 320; Zweifel/Casanova, op. cit., � 1 no 7; Oberson, op. cit., � 25 no 33).
D�coulant directement de l'art. 9 Cst. et valant pour l'ensemble de l'activit� �tatique, le principe de la bonne foi prot�ge le citoyen dans la confiance l�gitime qu'il met dans les assurances re�ues des autorit�s, lorsqu'il a r�gl� sa conduite d'apr�s des d�cisions, des d�clarations ou un comportement d�termin� de l'administration. Selon la jurisprudence, un renseignement ou une d�cision erron�s de l'administration peuvent obliger celle-ci � consentir � un administr� un avantage contraire � la r�glementation en vigueur, � condition que (a) le renseignement ait �t� donn� sans r�serve, (b) que l'autorit� soit intervenue dans une situation concr�te � l'�gard de personnes d�termin�es, (c) qu'elle ait agi ou soit cens�e avoir agi dans les limites de ses comp�tences et (d) que l'administr� n'ait pas pu se rendre compte imm�diatement de l'inexactitude du renseignement obtenu. Il faut encore que celui-ci se soit fond� sur les assurances ou le comportement dont il se pr�vaut pour (e) prendre des dispositions auxquelles il ne saurait renoncer sans subir de pr�judice, (f) que la r�glementation n'ait pas chang� depuis le moment o� l'assurance a �t� donn�e et que (g) l'int�r�t � l'application du droit positif ne l'emporte pas sur la protection de la confiance (ATF 137 II 182 consid. 3.6.2 p. 193 et les r�f�rences cit�es).
Le principe de la bonne foi r�git aussi les rapports entre les autorit�s fiscales et les contribuables. Le droit fiscal est toutefois domin� par le principe de la l�galit�, de telle sorte que le principe de la bonne foi ne saurait avoir qu'une influence limit�e, surtout s'il vient � entrer en conflit avec le principe de la l�galit� (cf. art. 5 et 9 Cst.; ATF 131 II 627 consid. 6.1 p. 637; 118 Ib 312 consid. 3b p. 316; Blumenstein/Locher, op. cit., p. 28). Ainsi, le contribuable ne peut b�n�ficier d'un traitement d�rogeant � la loi que si les conditions mentionn�es ci-dessus - qui doivent �tre interpr�t�es de mani�re stricte - sont remplies de mani�re claire et sans �quivoque (arr�t 2C_382/2007 du 23 novembre 2007 consid. 3 et la jurisprudence cit�e).
5.1 Aux termes de l'art. 57 LIFD, l'imp�t sur le b�n�fice a pour objet le b�n�fice net. Selon l'art. 58 al. 1 LIFD, le b�n�fice net imposable comprend notamment le solde du compte de r�sultats (let. a), ainsi que tous les pr�l�vements op�r�s sur le r�sultat commercial avant le calcul du solde du compte de r�sultats, qui ne servent pas � couvrir des d�penses justifi�es par l'usage commercial (let. b). Au nombre de ces pr�l�vements figurent les distributions dissimul�es de b�n�fice (let. b 5e tiret).
Selon la jurisprudence, il y a distribution dissimul�e de b�n�fice, lorsqu'une personne morale fait � ses actionnaires ou � toute personne la ou les touchant de pr�s, sans contre-prestation �quivalente, une prestation appr�ciable en argent, qu'elle n'aurait pas consentie � des tiers dans les m�mes circonstances (ATF 131 II 593 consid. 5.1 p. 607). Encore faut-il que les organes de la soci�t� aient pu reconna�tre le caract�re insolite de cette prestation (ATF 119 Ib 431 consid. 2b p. 435; arr�t 2C_421/2009 du 11 janvier 2010 consid. 3.1 et la jurisprudence cit�e).
5.2 Jusqu'en 2004, les soci�t�s de services, d�finies comme des "soci�t�s de capitaux charg�es de surveiller du point de vue technique ou �conomique les affaires d'une entreprise", �taient soumises � un r�gime sp�cial. Dans une lettre-circulaire du 17 septembre 1997 (pub. in Archives 66 p. 300 s.), consid�rant que la libre formation des prix sur le march� est entrav�e lorsque ces soci�t�s fournissent leurs prestations � des entreprises auxquelles elles sont li�es, l'Administration f�d�rale des contributions avait en effet maintenu la pratique �tablie par des circulaires ant�rieures (datant de 1959 et 1960), selon laquelle les soci�t�s en question "doivent �tre impos�es au moins sur le rendement net qu'une soci�t� ind�pendante retirerait, dans des circonstances analogues, des m�mes prestations de services". Ces soci�t�s �taient d�s lors impos�es sur une marge b�n�ficiaire consid�r�e comme un b�n�fice minimal (cf. Peter Br�lisauer/Flurin Poltera, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/2a, Bundesgesetz �ber die direkte Bundessteuer [DBG], 2e �d., 2008, no 105 ad art. 58 LIFD), qui �tait calcul�e d'apr�s la m�thode dite du prix de revient major� ("cost plus") et qui �quivalait, selon la circulaire en question, � 5% du total des prix de revient ou 1/12 du total des salaires. Si la comparaison avec des tiers faisait appara�tre des taux plus �lev�s, ces derniers �taient d�terminants et devaient �tre appliqu�s.
Ce r�gime particulier devait permettre d'estimer, en l'absence de transactions comparables entre des personnes ind�pendantes (les soci�t�s en question fournissant leurs prestations principalement � des personnes proches � l'�tranger), le b�n�fice qui aurait �t� r�alis� sur un march� de pleine concurrence (Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, Handkommentar zum DBG, 2e �d., 2009, nos 60 s. ad art. 58 LIFD). Il �tait consid�r� comme une pr�cision et une mesure de simplification de la loi (Yersin, op. cit., Remarques pr�liminaires, no 109; Robert Danon, in Commentaire romand, Imp�t f�d�ral direct, op., cit., no 113 ad art. 57-58 LIFD). Il a entre-temps �t� abandonn� (sous r�serve de cas exceptionnels), une nouvelle circulaire du 19 mars 2004 (pub. in Archives 72 p. 708) pr�voyant, en se r�f�rant aux directives de l'OCDE en mati�re de prix de transfert, que la marge b�n�ficiaire imposable des soci�t�s de services doit �tre d�termin�e conform�ment au principe de pleine concurrence, sur la base de prestations comparables entre tiers.
Une autre mesure de simplification �tait la pratique 50/50, applicable aux soci�t�s de domicile et de facturation, selon laquelle, jusqu'� concurrence de 50% du b�n�fice brut de la soci�t�, la justification commerciale des charges pay�es � des personnes proches � l'�tranger �tait admise sans autres preuves (cf. circulaire no 9 de l'Administration f�d�rale des contributions du 19 d�cembre 2001, pub. in Archives 70 p. 520 ss; ATF 119 Ib 431 consid. 4 p. 437; Stephan Kuhn/ Peter Br�lisauer, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/1, Bundesgesetz �ber die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden, 2e �d., 2002, no 72 ad art. 24 LHID; Yersin, op. cit., Remarques pr�liminaires, no 109; Danon, op. cit., no 113 ad art. 57-58 LIFD).
Dans l'affaire publi�e aux ATF 119 Ib 431, l'Administration f�d�rale des contributions avait proc�d� � la taxation de l'imp�t anticip� d� par une soci�t� en appliquant la pratique 50/50. Elle avait pr�cis� que cette taxation �tait faite � bien plaire en vue d'un r�glement � l'amiable et que cette proposition ne l'engageait qu'� la condition qu'elle soit accept�e par la soci�t� contribuable. Le Tribunal f�d�ral a consid�r� qu'il s'agissait l� d'une offre de conclure un accord de proc�dure en vue d'estimer les �l�ments imposables, offre que la soci�t� avait d�clin�e en formant une opposition o� elle contestait le principe m�me de l'imposition. Dans ces conditions, la pratique 50/50 n'�tait plus applicable en l'esp�ce (consid. 4 p. 437 s.; cf. aussi arr�t 2A.12/1994 du 7 novembre 1995 consid. 5, in Archives 65 p. 397, RDAF 1997 II p. 516; Kuhn/Br�lisauer, op. cit., no 73 ad art. 24 LHID).
La Suisse a renonc� � la pratique 50/50 dans le cadre des discussions men�es entre les pays membres de l'OCDE sur la concurrence fiscale dommageable (Danon, op. cit., no 113 ad art. 57-58 LIFD). D�sormais, les r�gles ordinaires sur la justification commerciale des charges comptabilis�es sont applicables (cf. circulaire no 9 de l'Administration f�d�rale des contributions du 22 juin 2005, pub. in Archives 74 p. 205).
6.1 La recourante fait valoir, � l'instar du Tribunal administratif de premi�re instance, que, s'agissant des locaux abritant l'�cole exploit�e par la fondation, l'estimation d'un loyer justifi� par l'usage commercial est difficile sinon impossible en l'absence de donn�es de comparaison sur le march� immobilier local. En se pr�valant notamment de l'ATF 119 Ib 431, elle pr�tend que la convention du 1er octobre 2001 constitue ainsi un accord licite sur des �l�ments de fait, qui tend � simplifier l'application des dispositions l�gales sur la d�termination du b�n�fice net. En niant sa validit�, l'autorit� pr�c�dente aurait viol� le principe de la l�galit�.
Implicitement, la recourante interpr�te l'accord en ce sens que le b�n�fice imposable est dans tous les cas celui fix� forfaitairement (� 3% des 20% de la valeur comptable des immeubles), alors que l'Administration fiscale cantonale (dans sa d�termination sur le recours devant le Tribunal de c�ans, comme d�j� dans son courrier � la recourante du 29 f�vrier 2008) consid�re que le b�n�fice fix� forfaitairement repr�sente un b�n�fice imposable minimal, le r�sultat comptable effectif devant �tre impos� s'il est sup�rieur.
6.2 Le contenu de l'accord du 1er octobre 2001 pr�sente des similitudes avec la pratique qui consistait � d�terminer le b�n�fice imposable des soci�t�s de services sur la base d'un pourcentage du total des prix de revient ou des salaires: comme elle, il para�t s'expliquer par l'absence de donn�es de comparaison permettant de s'assurer de la justification commerciale des transactions avec des personnes proches; il pr�voit un mode de calcul forfaitaire du b�n�fice imposable, cens� correspondre � celui qui serait r�alis� entre des personnes ind�pendantes; ce mode de calcul doit �tre adapt� lorsque des donn�es de comparaison, devenues disponibles, indiquent que le b�n�fice forfaitaire n'�quivaut pas � celui qui serait obtenu dans des conditions de pleine concurrence (cf. la phrase "[d]ans le cas o� cette solution ferait appara�tre dans l'avenir une diff�rence trop importante avec le b�n�fice qui r�sulterait de l'obligation pour la Fondation Y.________ de prendre � bail des locaux analogues aupr�s d'un tiers, votre cliente reprendrait contact avec les administrations fiscales comp�tentes [...]" dans le courrier du 1er octobre 2001).
En l'occurrence, il ne s'agit toutefois pas d'une pratique applicable � toute une cat�gorie de contribuables - le cas �ch�ant moyennant l'accord de l'int�ress� en proc�dure de taxation (cf. ATF 119 Ib 431 et consid. 5.2 ci-dessus) -, mais d'un arrangement r�glant les obligations fiscales d'un contribuable particulier (qui n'a d'ailleurs pas �t� conclu dans le cadre d'une proc�dure de taxation). La conclusion d'un tel accord pose donc probl�me sous l'angle du principe d'�galit�. En outre, l'arrangement en question n'est conciliable avec les art. 57 et 58 al. 1 let. b LIFD que s'il est interpr�t� - comme le pr�conise l'Administration fiscale cantonale - en ce sens que le b�n�fice fix� forfaitairement (� 3% des 20% de la valeur comptable des immeubles) repr�sente un b�n�fice imposable minimal, le r�sultat comptable effectif devant �tre impos� s'il est sup�rieur. Quoi qu'il en soit de son interpr�tation, au plan de l'IFD, l'accord en question ne saurait produire d'effets d�j� pour le motif qu'il n'a pas �t� conclu par l'autorit� comp�tente en la mati�re, � savoir l'Administration f�d�rale des contributions et que rien n'indique non plus que celle-ci ait "ratifi�" la convention par la suite (cf. Yersin, op. cit., no 3 ad art. 2 LIFD, selon qui, pour toutes les op�rations et d�cisions en mati�re d'IFD qui touchent la situation juridique des contribuables, les cantons n'ont pas de r�elle marge de manoeuvre, sauf dispositions l�gales ou r�glementaires contraires).
6.3 La recourante invoque la protection de la bonne foi garantie par l'art. 9 Cst., en faisant valoir qu'en cas d'invalidit� de la convention, cette disposition lui permet d'�tre (n�anmoins) trait�e conform�ment � celle-ci.
Ind�pendamment de la question de l'interpr�tation de l'accord, les conditions pos�es � la mise en oeuvre de l'art. 9 Cst. (cf. consid. 4 ci-dessus) ne sont pas r�unies, m�me s'il est vrai que la recourante a b�n�fici� de plusieurs r�gimes sp�ciaux successifs sur une longue p�riode, ce qui �tait de nature � renforcer l'apparence de validit� de l'arrangement. En effet, la recourante, qui �tait repr�sent�e par un mandataire professionnel, ne pouvait de bonne foi consid�rer que l'Administration fiscale cantonale �tait comp�tente pour conclure un accord en mati�re d'IFD (cf. arr�t 2A.53/1998, pr�cit�, consid. 8c). Surtout, on ne voit pas quelles dispositions la recourante aurait prises au vu de l'accord en question, sur lesquelles elle ne saurait revenir sans subir de pr�judice. Celle-ci fait tout au plus valoir qu'elle a "calcul� des int�r�ts th�oriques de 4.75% conform�ment � la m�thode de calcul retenue dans son statut". Or, cet argument est inop�rant d�j� pour le motif que le taux en question n'est pas pr�vu par l'accord du 1er octobre 2001, mais par la convention du 30 ao�t 1990.
Ainsi, la recourante ne peut valablement invoquer l'art. 9 Cst. aux fins d'�tre trait�e conform�ment � l'accord.
L'autorit� pr�c�dente a confirm� la reprise de 163'689 fr. - montant ressortant de l'arr�t du Tribunal administratif de premi�re instance du 14 juin 2011 -, somme qui venait s'ajouter au b�n�fice net comptable de 74'873 fr.
Le Tribunal administratif de premi�re instance a en effet estim� que le taux d'int�r�t de 4,75% sur la dette de la recourante � l'�gard de la fondation - comme entit� proche - n'�tait pas conforme au march�. Il a retenu un taux admissible de 2,875% repr�sentant la moyenne de 3% (= taux maximal applicable � un cr�dit immobilier �gal � la premi�re hypoth�que, soit jusqu'� concurrence des 2/3 de la valeur v�nale de l'immeuble, dans la branche de la construction de logements, selon la lettre-circulaire de l'Administration f�d�rale des contributions du 26 janvier 2005, intitul�e "Taux d'int�r�t 2005 d�terminants pour le calcul des prestations appr�ciables en argent") et de 2,75% (= taux correspondant selon la lettre-circulaire du 26 janvier 2006 valant pour l'ann�e 2006), compte tenu du fait que l'exercice commercial en cause, allant du 1er juillet 2005 au 30 juin 2006, est � cheval sur les deux ann�es civiles. La diff�rence entre ce taux moyen et celui de 4,75% appliqu� par la recourante donne, en relation avec le montant de la dette de 8'730'101 fr., la somme de 163'689 fr.
On ne voit pas en quoi cette fa�on de proc�der serait contraire aux r�gles du droit f�d�ral sur les prestations appr�ciables en argent. La recourante, � qui il incombe d'�tablir que la prestation constitue une charge justifi�e par l'usage commercial - et non une distribution dissimul�e de b�n�fice - (cf. arr�t 2C_386/2012 du 16 novembre 2012 consid. 5 et la jurisprudence cit�e), n'�voque d'ailleurs pas une telle violation. Dans ces conditions, rien ne s'oppose � ce que la d�cision attaqu�e soit confirm�e pour ce qui est de l'IFD.
Les art. 11 et 12 let. a de la loi genevoise du 23 septembre 1994 sur l'imposition des personnes morales (LIPM; RS/GE D 3 15) correspondent � l'art. 24 al. 1 LHID et aux art. 57 et 58 al. 1 let. a LIFD. Selon l'art. 24 al. 1 let. a LHID, le b�n�fice net imposable comprend les charges non justifi�es par l'usage commercial, port�es au d�bit du compte de r�sultats. Au nombre de celles-ci figurent les distributions dissimul�es de b�n�fice (cf. aussi art. 12 let. h LIPM). De mani�re g�n�rale, les pratiques cantonales relatives � cette derni�re notion correspondent largement � la jurisprudence f�d�rale (Kuhn/ Br�lisauer, op. cit., no 76 ad art. 24 LHID). Tel est le cas en l'esp�ce, o� l'autorit� pr�c�dente s'est r�f�r�e � la jurisprudence du Tribunal de c�ans.
L'accord du 1er octobre 2001 n'est conciliable avec les dispositions pr�cit�es que s'il est interpr�t� en ce sens que le b�n�fice fix� forfaitairement repr�sente un minimum imposable, le solde du compte de r�sultats devant �tre impos� s'il est sup�rieur. Si l'on suit au contraire l'interpr�tation pr�conis�e par la recourante, selon laquelle le b�n�fice imposable est dans tous les cas celui fix� forfaitairement, la convention d�roge � ces dispositions et n�cessite ainsi une base l�gale. L'exigence de base l�gale vaut d'ailleurs, quelle que soit l'interpr�tation faite de la convention, au regard du principe d'�galit� (cf. consid. 6.2 ci-dessus). La conclusion d'un tel accord n'�tant pas autoris�e par la LHID, celui-ci est priv� d'effets �galement en mati�re d'ICC. Par ailleurs, la recourante ne peut, pas plus que pour l'IFD, se pr�valoir de l'art. 9 Cst. afin d'obtenir d'�tre tout de m�me trait�e conform�ment � la convention.
Quant � la d�termination par l'autorit� pr�c�dente du b�n�fice imposable de la recourante, compte tenu d'une reprise de 163'689 fr., il n'appara�t pas qu'elle serait contraire � la LHID. La recourante, � nouveau, ne fait rien valoir de tel. La d�cision entreprise peut ainsi �tre confirm�e aussi en ce qui concerne les ICC.
Vu ce qui pr�c�de, le recours doit �tre rejet� tant s'agissant de l'IFD que des ICC.
Succombant, la recourante doit supporter un �molument judiciaire (cf. art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer de d�pens (cf. art. 68 al. 3 LTF).
Le recours est rejet� en ce qui concerne l'imp�t f�d�ral direct (cause 2C_604/2012).
Le recours est rejet� en ce qui concerne les imp�ts cantonal et communal (cause 2C_603/2012).
Le pr�sent arr�t est communiqu� aux mandataires de la recourante, � l'Administration fiscale cantonale genevoise, � la Cour de justice du canton de Gen�ve, Chambre administrative 1�re section, et � l'Administration f�d�rale des contributions, Division principale de l'imp�t f�d�ral direct, de l'imp�t anticip�, des droits de timbre.
Lausanne, le 10 d�cembre 2012

References: ATF 
 ATF 
 art. 71
 art. 24
 ATF 
 art. 100
 art. 90
 ATF 
 art. 86
 art. 89
 art. 1
 art. 5
 art. 5
 ATF 
 art. 58
 art. 58
 art. 57
 ATF 
 art. 24
 art. 57
 ATF 
 art. 24
 art. 57
 ATF 
 art. 57
 art. 2
 art. 11
 art. 57
 art. 12
 art. 24
 art. 66
 art. 68