Source: https://www.vox.cz/dalsi-sluzby/danove-spory-on-line/postup-k-odstraneni-pochybnosti.html
Timestamp: 2018-04-21 03:35:58+00:00

Document:
Postup k odstranění pochybností | 1. VOX a.s. – školení, kurzy, semináře
Spory při postupu k odstranění pochybností
§ 89 (1) Má-li správce daně konkrétní pochybnosti o správnosti, průkaznosti nebo úplnosti podaného řádného daňového tvrzení nebo dodatečného daňového tvrzení a dalších písemností předložených daňovým subjektem nebo o pravdivosti údajů v nich uvedených, vyzve daňový subjekt k odstranění těchto pochybností.
§ 90 (1) O průběhu postupu k odstranění pochybností sepíše správce daně podle povahy odpovědi protokol nebo úřední záznam, ve kterém uvede vyjádření nebo důkazní prostředky, na jejichž základě považuje pochybnosti za zcela nebo zčásti odstraněné, a případné důvody přetrvávajících pochybností.
I když má tento procesní instrument nový název, jde o staré známé vytýkací řízení podle § 43 ZSDP, ovšem v novém kabátě, s novým názvem a s novým zakončením. Podle mých zkušeností jde o velký „klacek“ v rukou správce daně, možná ještě účinnější nežli je daňová kontrola. Podstatný rozdíl mezi těmito dvěma instrumenty správy daní je v tom, že v případě kontroly se zpravidla kontroluje daň již vyměřená, zatímco v případě postupu k odstranění pochybností se prověřují tvrzení daňového subjektu obsažená v daňovém přiznání, a to ve stádiu před vyměřením daně. Tato skutečnost má zásadní důsledky zejména pro plátce daně z přidané hodnoty, kde ve smyslu § 105 odst. 1 zákona o této dani platí, že vznikne-li v důsledku vyměření nadměrného odpočtu vratitelný přeplatek, vrátí se plátci bez žádosti do 30 dnů od vyměření nadměrného odpočtu. Pokud tedy plátce daně podá daňové přiznání s větším tvrzeným nadměrným odpočtem a správce daně zahájí postup k odstranění pochybností, nedochází k vyměření daně po celou dobu trvání postupu k odstranění pochybností a třicetidenní lhůta pro vrácení přeplatku do doby vyměření neběží.
Z výše citované dikce § 89 odst. 1 a 2 daňového řádu je patrné, že se zákonodárce v nové právní úpravě neodchýlil od požadavku, aby správci daně zahajovali postup k prověřování daňových přiznání pouze v případech, kdy mají pochybnosti o tvrzeních v těchto přiznáních uvedených. Daňový řád navíc ještě více zdůraznil požadavek, aby byly tyto pochybnosti konkrétní. Pro daňový subjekt je přitom podstatné, že jej správce daně může vyzvat toliko k odstranění těch konkrétních pochybností, které mu sdělí ve výzvě. Na základě požadavku konkrétnosti sdělených pochybností je zřejmé, že ohledně určitosti pochybností správce daně a oprávněnosti zahájení postupu k jejich odstranění lze vycházet z dále citované dosavadní judikatury rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu k § 43 zákona o správě daní a poplatků:
*Městský soud měl tedy na podkladě žalobních tvrzení zvážit, jestli postup k odstranění pochybností neztratil svůj smysl (neboť nemá sloužit k obsáhlému, časově i věcně náročnému dokazování) a zda nemělo být již dříve přikročeno k daňové kontrole či k jinému způsobu ukončení postupu k odstranění pochybností Názor městského soudu je však ve fundamentálním rozporu se shora nastíněnou zákonnou koncepcí postupu k odstranění pochybností, jež nedává správci daně ničím neomezenou možnost vybírat, který postup při správě daní v konkrétním případě zvolí a jak dlouho a v jaké intenzitě v něm bude pokračovat. Nejvyšší správní soud pro úplnost v obecné rovině podotýká, že námitky stěžovatelky mají své opodstatnění, neboť „[s]právce daně si musí před vydáním výzvy, např. i s využitím místního šetření, ujasnit, co považuje v daňovém řízení za sporné, nepřesné, nesprávné, neúplné nebo nepravdivé, a k odstranění těchto pochybností v celistvosti daňový subjekt vyzvat. Bylo by v rozporu se zásadou hospodárnosti (§ 7 odst. 2), zásadou zdrženlivosti a přiměřenosti (§ 5 odst. 3) a se zásadou rychlosti (§ 7 odst. 1), pokud by správce daně pochybnosti seznatelné již na počátku oznamoval daňovému subjektu po částech. Prodlužoval by tak zbytečně postup odstraňování pochybností a oddaloval vyměření (doměření) daně. Může však nastat situace, kdy pochybnosti ve výzvě sdělené v procesu jejich odstraňování ... Rozsudek Nejvyššího správního soudu čj. 2 Afs 174/2014 ze dne 28. 1. 2015, www.nssoud.cz
*Dle právního názoru vyplývajícího z tohoto rozsudku je výzva ve vytýkacím řízení odkazující pro prokázání pochybností na určité řádky daňového přiznání s tím, že jsou konkretizovány doklady, jež požaduje správce daně předložit, nezákonná. Z tohoto důvodu usnesením ze dne 4. 12. 2007, č. j. 9 Afs 110/2007 - 87, předložil dle ust.§ 17 odst. 1 s. ř. s. věc rozšířenému senátu. Ten rozhodnutím ze dne 8. 7. 2008, č. j. 9 Afs 110/2007 - 102, věc vrátil zpět k rozhodnutí devátému senátu, když vyslovil, že „ve výzvě správce daně podle § 43 daňového řádu musí být uvedeny konkrétní skutkové důvody zakládající pochybnosti o správnosti, průkaznosti nebo úplnosti podaného daňového přiznání nebo hlášení, popřípadě dodatečného daňového přiznání nebo následného hlášení a dalších písemností předložených daňovým subjektem, nebo o pravdivosti údajů v nich uvedených. Výzva odkazující pouze na příslušný řádek takového přiznání či hlášení nebo takové písemnosti tomuto požadavku zpravidla neodpovídá“, přičemž výjimkou by byla výlučně situace, kdy již přímo ze samotného obsahu daňového přiznání je patrná skutková okolnost, která zakládá pochybnost správce daně. Tak tomu může být zejména v případě početní nebo jiné podobné nesrovnalosti v daňovém přiznání, např. v matematických vztazích mezi údaji v jednotlivých řádcích daňového přiznání (typicky nesoulad v součtech určitých dílčích položek daňového přiznání) či tehdy, opomene-li daňový subjekt určitou kolonku daňového přiznání vyplnit, ač by vzhledem k okolnostem být vyplněna měla. Pro bližší důvody tohoto názoru odkazuje devátý senát pro stručnost na předmětné usnesení rozšířeného senátu. Nejvyšší správní soud proto konstatuje, že výzva správce daně ze dne 15. 2. 2001 těmto požadavkům nastoleným rozšířeným senátem nedostála. Obsahuje totiž pouhé odkazy na řádky podaného daňového přiznání a zcela obecnou povinnost k předložení záznamní povinnosti a všech dokladů relevantních pro příslušné řádky. Takováto výzva totiž nesděluje pochybnosti správce daně jasným a srozumitelným způsobem tak, aby daňový subjekt byl schopen na ni kvalifikovaně reagovat. Z tohoto důvodu je nutno vyslovit, že předmětná výzva, kterou bylo zahájeno vytýkací řízení, je nezákonná, čímž způsobuje nezákonnost celého následujícího vytýkacího řízení, neboť kde není začátek, nemůže následovat ani zákonný průběh. Rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 14. 10. 2008, čj. 9 Afs 110/2007 – 113, www.nssoud.cz.
Podle mých dosavadních zkušeností se někteří správci daně z citovaného rozsudku nepoučili, a to ani s nástupem daňového řádu, který požadavek na konkrétnost výzvy oproti zákonu o správě daní a poplatků dále precizuje. Tak např. na odůvodnění vydání výzvy, podle kterého má být důvodem zahájení postupu skutečnost, že podíl mezi uskutečněnými a přijatými zdanitelnými plněními je takový jaký je, tak já osobně v takovémto údaji nespatřuji nic konkrétního. Pochybuje správce daně o přijatých, anebo o uskutečněných zdanitelných plněních? A o kterém plnění konkrétně, ve smyslu § 89 odstavec 2 daňového řádu, správce daně vlastně pochybuje? Obdobně správci daně ve výzvě k zahájení postupu k odstranění pochybností podle mých zkušeností jako svou „konkrétní“ pochybnost uvádějí, že po přezkoumání předmětného daňového přiznání vznikly pochybnosti o průkaznosti a úplnosti údajů o přijatých zdanitelných plněních vykázaných v oddílu C přiznání, neboť opakovaně čerpáte nadměrné odpočty. Správce daně v takto formulované výzvě žádné pochybnosti nesděluje, pouze zde uvádí, že je má, aniž by je konkretizoval, přičemž z této výzvy nevyplývá ani to, že by se přiznaná daň znatelně odlišovala od výše daně přiznávané v jiných zdaňovacích obdobích.
Výše citovaným zákonným ustanovením je správci daně uložena povinnost jasným, konkrétním a určitým způsobem formulovat ve výzvě své pochybnosti, které má daňový subjekt odstranit. Četné výzvy správců daně, formulované např. výše uvedenými způsoby, zjevně nenaplňují požadavek zákona, aby celý postup k odstranění pochybností probíhal v maximální konkrétnosti. Jak judikoval rozšířený senát Nejvyššího správního soudu v rozsudku čj. 9 Afs 110/2007-102 ze dne 8. 7. 2008 www.nssoud.cz. ohledně obdobného ustanovení § 43 odst. 1 dříve platného ZSDP, které stejným způsobem upravovalo tzv. vytýkací řízení, zahajované za stejných podmínek, již ze samotného znění citovaného ustanovení § 43 odst. 1 d. ř. je zřejmé, že se nejedná o oprávnění správce daně vyzvat k prokázání určitých skutečností kohokoli, nýbrž o oprávnění oslovit toliko takový daňový subjekt, který vykazuje zákonem definovanou vlastnost. Touto vlastností je, že ve vztahu k dotyčnému daňovému subjektu má správce daně pochybnost o správnosti, o průkaznosti nebo o úplnosti podaného daňového prohlášení (resp. dalších zákonem stanovených písemností) nebo o pravdivosti údajů v tomto prohlášení uvedených. Právě existence či neexistence zákonem stanoveného typu pochybnosti správce daně je onou relevantní vlastností, která odlišuje ty daňové subjekty, které mohou být podrobeny postupu správce daně podle § 43 d. ř., a subjekty, které takovému postupu být podrobeny nesmí. Pouze ty subjekty, ve vztahu k nimž pochybnost správce daně o jejich daňově relevantních tvrzeních existuje, mohou být povinny nést případné negativní následky nesplnění povinnosti podat řádné vysvětlení a vyjádření a doložit požadované skutečnosti, která vyplývá z § 43 odst. 1 d. ř. Ve vztahu k jiným subjektům je postup správce daně podle § 43 odst. 1 d. ř. nezákonností, jež nemůže být podkladem pro následný postup proti daňovému subjektu (např. podkladem pro vyměření daně) a výjimečně může podle okolností mít i povahu nezákonného zásahu. Existence pochybnosti správce daně o zákonem předepsaných skutečnostech je tedy nutnou podmínkou pro zahájení vytýkacího řízení. V materiálním právním státě, v němž je vyloučena libovůle orgánů veřejné moci, musí být existence pochybnosti opřena o skutkové důvody, tj. o důvody objektivně existující a nespočívající toliko v úsudku a vůli příslušných pracovníků správce daně. Jen tak - tedy ověřením existence a povahy těchto skutkových důvodů - je možno zaručit přezkoumatelnost toho, zda příslušný správce daně skutečně pochybnost o tvrzeních daňového subjektu měl, anebo zda ji neměl a požadoval na daňovém subjektu vysvětlení a prokazování jím tvrzených skutečností toliko na základě zákonem nedovoleného náhodného výběru či dokonce na základě z libovůle vycházejícího či jinak mimo zákonná kritéria se pohybujícího úsudku pracovníka správce daně.
Ze skutečnosti nenaplnění podmínek konkrétnosti k zahájení vytýkacího řízení (nově postupu k odstranění pochybností) Nejvyšší správní soud dále v minulosti dovodil, že takováto nezákonná výzva způsobuje nezákonnost celého následujícího vytýkacího řízení, neboť kde není začátek, nemůže následovat ani zákonný průběh. Mám zato, že stejné důsledky mají pro další průběh postupu k odstranění pochybností i takové výzvy, který byly odůvodněny výše uvedenými způsoby, ovšem správci daně tento názor nezastávají (viz dále).
Judikatura Nejvyššího správního soudu se ovšem stále vyvíjí a o překvapení v ní není nouze. Prozatím poslední trendy, které jsem zaznamenal v činnosti správců daně jsou dva, a to:
*Návrat k judikatuře před přijetím rozhodnutí výše citovaného Rozšířeného Nejvyššího správního soudu č. j. 9 Afs 110/2007 - 102, www.nssoud.cz., který se jak uvádím výše vyslovil, že Ve výzvě správce daně podle § 43 daňového řádu musí být uvedeny konkrétní skutkové důvody zakládající pochybnosti o správnosti, průkaznosti nebo úplnosti podaného daňového přiznání nebo hlášení, popřípadě dodatečného daňového přiznání nebo následného hlášení a dalších písemností předložených daňovým subjektem, nebo o pravdivosti údajů v nich uvedených“. Dále zde Rozšířený senát nejvyššího správního soudu judikoval, že se nejedná o oprávnění správce daně vyzvat k prokázání určitých skutečností kohokoli, nýbrž o oprávnění oslovit toliko takový daňový subjekt, který vykazuje zákonem definovanou vlastnost. Touto vlastností je, že ve vztahu k dotyčnému daňovému subjektu má správce daně pochybnost o správnosti, o průkaznosti nebo o úplnosti podaného daňového prohlášení (resp. dalších zákonem stanovených písemností) nebo o pravdivosti údajů v tomto prohlášení uvedených. Právě existence či neexistence zákonem stanoveného typu pochybnosti správce daně je onou relevantní vlastností, která odlišuje ty daňové subjekty, které mohou být podrobeny postupu správce daně podle § 43 d. ř., a subjekty, které takovému postupu být podrobeny nesmí. Pouze ty subjekty, ve vztahu k nimž pochybnost správce daně o jejich daňově relevantních tvrzeních existuje, mohou být povinny nést případné negativní následky nesplnění povinnosti podat řádné vysvětlení a vyjádření a doložit požadované skutečnosti, která vyplývá z § 4 3 o dst. 1 d . ř . Ve vztahu k jiným subjektům je postup správce daně podle § 43 odst. 1 d. ř. nezákonností, jež nemůže být podkladem pro následný postup proti daňovému subjektu (např. podkladem pro vyměření daně) a výjimečně může podle okolností mít i povahu nezákonného zásahu. Existence pochybnosti správce daně o zákonem předepsaných skutečnostech je tedy nutnou podmínkou pro zahájení vytýkacího řízení. V materiálním právním státě, v němž je vyloučena libovůle orgánů veřejné moci, musí být existence pochybnosti opřena o skutkové důvody, tj. o důvody objektivně existující a nespočívající toliko v úsudku a vůli příslušných pracovníků správce daně. Jen tak - tedy ověřením existence a povahy těchto skutkových důvodů - je možno zaručit přezkoumatelnost toho, zda příslušný správce daně skutečně pochybnost o tvrzeních daňového subjektu měl, anebo zda ji neměl a požadoval na daňovém subjektu vysvětlení a prokazování jím tvrzených skutečností toliko na základě zákonem nedovoleného náhodného výběru či dokonce na základě z libovůle vycházejícího. Naproti tomu správci daně vycházejí z novějšího rozsudku (byť ne Rozšířeného senátu) Nejvyššího správního soudu, kterým je rozsudek 8 Afs 38/2011-117 ze dne 23. února 2012, www.nssoud.cz., v němž dospěl tento soud k následujícím závěrům:
*[26] Nejvyšší správní soud konfrontoval obsah výzvy s požadavky vyslovenými rozšířeným senátem. Aby mohl daňový subjekt pochybnosti správce daně rozptýlit, musí mu být zřejmé, v čem tyto pochybnosti spočívají. Ve shodě s krajským soudem je však třeba připomenout, že pro zákonný průběh vytýkacího řízení je podstatná rovněž součinnost správce daně a daňového subjektu. Pouze pokud je daňovému subjektu sdělena podstata pochybností, může na tyto pochybnosti adekvátně reagovat a pokusit se je rozptýlit. Rozšířený senát v citovaném usnesení rovněž konstatoval, že „povaha vytýkacího řízení je totiž založena na komunikaci mezi správcem daně a daňovým subjektem, jejímž předmětem jsou právě ona pochybnost a skutkové okolnosti, s nimiž je spojena. Právě proto také § 43 odst. 1 d. ř. předepisuje, že vedle toho, že správce daně musí relevantní pochybnosti mít, musí je rovněž daňovému subjektu sdělit, a to zákonem předepsaným způsobem, který umožňuje naplnit smysl a účel vytýkacího řízení - v této jeho fázi je jím především vytvoření možnosti pro daňový subjekt, aby na podezření správce daně reagoval a jeho pochybnosti rozptýlil a vzniklé nejasnosti či nesrovnalosti týkající se jeho daňové povinnosti vysvětlil resp. odstranil.“
[27] V konkrétní věci je proto třeba vždy nejen zkoumat, zda výzva správce daně byla či nebyla způsobilá informovat daňový subjekt o pochybnostech správce daně, ale i to, zda daňový subjekt byl či nebyl schopen vzhledem k jejímu obsahu adekvátně reagovat a zda tak fakticky učinil. Nepřípustně formálním shledává Nejvyšší správní soud přístup, který by vedl ve všech případech ke zrušení rozhodnutí, pokud pochybnosti správce daně nejsou popsány v maximální míře již v okamžiku zahájení vytýkacího řízení, aniž by soud zohledňoval, zda a jak daňový subjekt následně reagoval a jakým způsobem se dále vyvíjelo vytýkací řízení. Jde o opačný protipól nesprávného přístupu žalovaného, který redukuje dopad usnesení rozšířeného senátu na případy, kdy správce daně odkazoval na příslušný řádek daňového přiznání s tvrzením, že v této věci na konkrétní řádek odkazováno nebylo, a proto se usnesení rozšířeného senátu na tento případ nevztahuje. Dopad rozhodnutí rozšířeného senátu byl nepochybně širší a je třeba skrze toto rozhodnutí poměřovat všechny výzvy, jimiž je zahajováno vytýkací řízení i ve vztahu k následným úkonům ve vytýkacím řízení. Nejvyšší správní soud proto neshledal žádných odlišností a důvodů, pro které by měl postupovat odlišně než ve stěžovateli známých rozsudcích ze dne 30. 9. 2010, čj. 9 Afs 46/2010 - 227 a ze dne 30. 9. 2009, čj. 8 Afs 65/2008 - 93. Rovněž tehdy soud přihlédl k tomu, že smyslem požadavků kladených na obsah výzvy je to, aby daňovému subjektu byly sděleny pochybnosti způsobem umožňujícím mu určitou odpověď a předložení důkazních prostředků.
[28] Výzvy sice naznačovaly jisté pochybnosti správce daně o uplatněném nadměrném odpočtu za daná zdaňovací období, nebyly vzhledem na vyslovené závěry rozšířeného senátu dostatečně konkrétní. Přesto s ohledem na posuzovaný případ tato pochybení nedosáhla takové intenzity, která by představovala důvod pro vyslovení nezákonnosti výzev a zároveň na ně navazujících vytýkacích řízení. I po rozhodnutí rozšířeného senátu lze připomenout též rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 31. 1. 2007, č. j. 1 Afs 155/2005 - 70, ve kterém kasační soud konstatoval, že vadnost právního aktu (v projednávané věci obsahově nedostatečných výzev) může být zhojena v dalším průběhu řízení zejména tím, že si adresát tohoto aktu jeho obsah správně vyloží. Nejvyšší správní soud je přesvědčen, že tento rozsudek má své místo i po rozhodnutí rozšířeného senátu. Zatímco totiž rozšířený senát formuloval požadavek na určitost vydané výzvy, rozhodnutí sp zn. 1 Afs 155/2005 obsahuje stanovisko pro případy, kdy výzva, i přes nedostatky v její určitosti, vyvolá adekvátní reakci ze strany daňového subjektu.
Je pravdou, že proti výzvám k odstranění pochybností správce daně nepřipustil odvolání a stěžovatel tak měl možnost proti průběhu vytýkacího řízení brojit až v rámci odvolání ve věci samé. Nic to však nemění na tom, že na vydané výzvy adekvátním způsobem reagoval. 8 Afs 38/2011-117 ze dne 23. února 2012, www.nssoud.cz.
Ukázkové v tomto směru je stanovisko žalovaného, obsažené v rozsudku Nejvyššího správního soudu 10 Afs 22/2016 – 39 ze dne 15. února 2017, www.nssoud.cz, podle kterého Ani případná nezákonnost výzvy přitom nemůže vést k nezákonnosti celého postupu k odstranění pochybností. Žalobkyně se měla tvrzenou nejasnost výzvy pokusit odstranit další komunikací se stěžovatelem a nikoli podáním stížnosti. Dle stěžovatele pak krajský soud v její prospěch vyhodnotil skutečnost, že se žalobkyně nechovala v souladu se základními zásadami daňového řádu. Vady výzvy lze také odstranit v odvolacím řízení.
Ostatně, tak jako tomu je např. u nezákonností, kterých se správce daně dopustí při projednávání zprávy o daňové kontrole, tak i případné vady výzvy k zahájení postupu k odstranění pochybností mohou býtzhojeny v řízení odvolacím. Jak judikoval Nejvyšší správní soud v rozsudku 3 Afs 28/2016 – 37 ze dne 28. února 2017, www.nssoud.cz, i vady v řízení před správcem daně musí být odstraněny v rámci odvolacího řízení (nevyužije-li správce daně možnost autoremendury za podmínek vyplývajících z ustanovení § 113 daňového řádu, či není-li mu takový postup uložen odvolacím orgánem postupem dle § 116 odst. 3 daňového řádu). Odstraňuje-li odvolací orgán vady řízení, jimiž bylo zatíženo řízení v první instanci, disponuje logicky i stejnými procesními oprávněními, jakými disponoval správce daně. I za situace, kdy je povinnost odstranit procesní vadu uložena správci daně, děje se tak stále v rámci odvolacího řízení; i tyto úkony jsou tedy přičitatelné odvolacímu orgánu. Restriktivní interpretace § 115 odst. 1 daňového řádu, podle níž by odvolací správce daně nebyl oprávněn napravit vady způsobené správcem daně v první instanci, by tak nastolila neřešitelnou procesní situaci, která jistě nebyla zákonodárcem zamýšlena. Pokud tedy stěžovatel napravil vady původní výzvy k odstranění pochybností a vydal v režimu § 98 odst. 2 daňového řádu výzvu novou, v níž obsáhlým a srozumitelným způsobem popsal charakter svých pochybností, postupoval v souladu se zákonem.
Podle citovaného rozsudku má tedy daňový subjekt poté, co dostane výzvu k zahájení postupu odstranění pochybností, která je podle Rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu nezákonná, když neuvádí konkrétní skutkové důvody zakládající pochybnosti o správnosti, průkaznosti nebo úplnosti podaného daňového přiznání, když pouze naznačuje jisté pochybnosti správce daně o uplatněném nadměrném odpočtu na výběr. Buďto, jsa poučen o možnosti vyměření daně podle pomůcek pokud nesdělené konkrétní pochybnosti neodstraní, raději předloží požadované (zpravidla veškeré) doklady včetně evidence, čímž se nezákonnost výzvy zhojí, neboť si výzvu správně vyložil, anebo bude riskovat nepopulární vyměření podle pomůcek s tím, že soud bude zkoumat, zda byl či nebyl schopen vzhledem k jejímu obsahu adekvátně reagovat a dále zda tato pochybení nedosáhla takové intenzity, která by představovala důvod pro vyslovení nezákonnost výzvy. Protože odvolání proti předmětné výzvě není přípustné a protože stížnost bude vyřízena záporně s odkazem na citovaný rozsudek je zřejmé, že trvat na dikci zákona s využitím rozhodnutí Rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu, by bylo nepřípustně formální.
Další alternativou odstranění vad nezákonné výzvy k zahájení postupu k odstranění pochybností je patrně i protokolované ústní sdělení toho, co ve výzvě chybí. [55] Nejvyšší správní soud nepřisvědčil námitce, že neurčitost výzvy ze dne 31. 3. 2009 zahajující vytýkací řízení způsobila nezákonnost vytýkacího řízení jako celku. Mezi účastníky řízení není sporné, že výzva ze dne 31. 3. 2009 nesplňovala obsahové náležitosti, neboť neupřesňovala, jaké konkrétní pochybnosti správce daně má stěžovatel odstranit (viz usnesení rozšířeného senátu ze dne 8. 7. 2008, č. j. 9 Afs 110/2007 – 102, č. 1729/2008 Sb. NSS). Tento nedostatek shledal i městský soud. Nejvyšší správní soud se proto již zákonností samotné výzvy nezabýval, ale zaměřil svou pozornost na to, zda tento nedostatek mohl být následně zhojen a zda se tak stalo.
[56] Judikatura Nejvyššího správního soudu připustila, že vadné zahájení tehdejšího vytýkacího řízení bylo možné za určitých okolností v jeho průběhu napravit, pokud správce daně své konkrétní pochybnosti daňovému subjektu dodatečně sdělí a dá mu příležitost je rozptýlit (viz např. rozsudky nebo ze dne 31. 1. 2007, č. j. 1 Afs 155/2005 – 70, ze dne 27. 7. 2007, č. j. 8 Afs 75/2005 – 130, č. 1350/2007 Sb. NSS, ze dne 30. 9. 2010, č. j. 9 Afs 46/2010 – 227, ze dne 23. 2. 2012, č. j. 8 Afs 38/2011 – 117, nebo ze dne 13. 12. 2013, č. j. 5 Afs 57/2012 – 35). Námitka stěžovatele, že závěr městského soudu o možnosti napravit původně vadnou výzvy je v rozporu se zákonem, proto není důvodná.
[57] Sám stěžovatel připustil v kasační stížnosti, že mu finanční úřad sdělil své pochybnosti při ústním jednání dne 4. 6. 2010. Přinejmenším od tohoto okamžiku bylo tedy stěžovateli zřejmé, jaké konkrétní pochybnosti správce daně jsou předmětem vytýkacího řízení. Stěžovatel měl poté dostatečný prostor na tyto pochybnosti reagovat, podávat vyjádření a navrhovat důkazy. Zpráva o výsledku vytýkacího řízení byla se stěžovatelem projednána až dne 26. 7. 2010 a i poté měl stěžovatel možnost se ke zprávě ještě vyjádřit.
Rozsudek Nejvyššího správního soudu čj. 1 Afs 187/2016 – 47 ze dne 15. června 2017, www.nssoud.cz.
Proti postupu správce daně, který vydá takovouto nic neříkající výzvu, se jako „opravný prostředek“ svého druhu nabízí stížnost podle § 261 daňového řádu. Správci daně ovšem nejprve přišli s teorií, podle které není podání stížnosti v takovémto případě možné, protože daňový subjekt takovouto výzvou nenapadá postup správce daně, ale napadá výzvu jako takovou. Takovýto postup, kdy jde o umělé odlišování situací, kdy je napadána výzva dle § 89 daňového řádu a kdy je napadán postup k odstranění pochybností, ovšem už Nejvyšší správní soud odmítnul. Další verzí bylo odmítnutí stížnosti s tím, že proti postupu správce daně poskytuje daňový řád jiný opravný prostředek, a to odvolání proti rozhodnutí o daňové povinnosti. Ve smyslu § 261 odst. 1 tohoto zákona proto nelze stížnost uplatnit. I tuto alternativu ale Nejvyšší správní soud odmítnul.
*[16] Nastíněná právní otázka není z pohledu judikatury NSS nikterak nová. V rozsudku ze dne 7. 11. 2013, čj. 9 Aps 4/2013-25, č. 2956/2014 Sb. NSS (věc Easy Working), dospěl zdejší soud k závěru, že stížnost podle § 261 daňového řádu proti nezákonnostem souvisejícím s daňovou kontrolou je přípustná, pokud má daňový subjekt za to, že daňová kontrola nemohla být vůbec zahájena způsobem, jakým k tomu došlo, a nemůže ani nadále probíhat. Vyřízení stížnosti nepředstavuje rozhodnutí ve smyslu § 65 odst. 1 s. ř. s., neděje se v řízení, ale představuje pouhý postup. S vyřízením důvodné stížnosti se také pojí bezodkladné přijetí nezbytných opatření k nápravě, která mohou mít povahu faktického úkonu. Rozsudkem ve věci Easy Working ostatně argumentovali i oba účastníci řízení.
[17] Jakkoliv se právě uvedený právní názor vztahuje k daňové kontrole, není důvod jej analogicky nevztáhnout na postup k odstranění pochybností, jak plyne z navazující judikatury.
[18] Zdejší soud k otázce určení zákonnosti zahájení daňové kontroly, resp. postupu k odstranění pochybností, v rozsudku ze dne 13. 2. 2014, čj. 2 Aps 8/2013-46 (věc GLOBAL HOLDING), uvedl, že „[o]pravným prostředkem, jenž je uplatnitelný jak u postupu k odstranění pochybností, tak u daňové kontroly, je podle § 261 odst. 1 až 5 daňového řádu stížnost. Tato stížnost má sice subsidiární charakter – lze ji využít pouze tehdy, když daňový zákon neposkytuje jiný prostředek ochrany (§ 261 odst. 1 daňového řádu). Pokud však má daňový subjekt, stejně jako v nynější věci, za to, že postup k odstranění pochybností nebo daňová kontrola nemohly být vůbec zahájeny způsobem, jakým k tomu došlo, a nemají ani nadále probíhat, nenabízí se jiný prostředek ochrany než stížnost, s nímž by bylo pro takovou situaci počítáno. Zdejší soud se již vyjádřil, že uvedená stížnost má v ohledech, které jsou rozhodné pro její kvalifikování jako způsobilého prostředku ochrany ve smyslu § 8 5 s . ř. s., obdobný charakter jako námitky podle zákona o správě daní a poplatků […]“ (zvýraznění doplněno). Ve věci GLOBAL HOLDING soud posuzoval situaci, v níž tvrzený nezákonný zásah spočíval v nekonkrétnosti výzvy k odstranění pochybností. Stejný argument měla též stěžovatelka ve věci nyní projednávané; uváděla, že výzva neobsahovala žádné konkrétní pochybnosti.
[19] Ke stejnému závěru dospěl zdejší soud i v dalších v rozsudcích, aktuálně např. ze dne 14. 8. 2014, čj. 10 Afs 28/2014-52 (jiná věc GLOBAL HOLDING, srov. zvl. část III.A.), nebo ze dne 15. 4. 2015, čj. 1 Afs 40/2015-39 (věc ROYAL METALS GOLD), v nichž taktéž považoval stížnost za přípustný opravný prostředek proti takovým nedostatkům výzvy k odstranění pochybností, která má za důsledek nezákonnost celého postupu, nebo nezákonnost jeho zahájení.
[20] Nejvyšší správní soud neshledává důvod pro odlišení situace, kdy je stížností napadána samotná výzva dle § 89 daňového řádu, a kdy je napadán způsob zahájení postupu k odstranění pochybností. Zahájení postupu k odstranění pochybností je realizováno právě výzvou k odstranění pochybností (viz § 89 daňového řádu), proto nezákonnost zahájení tohoto postupu bude nezřídka namítána jako určitá nezákonnost obsažená ve výzvě k tomuto postupu (shodně např. věc ROYAL METALS GOLD, bod 39). Pokud krajský soud tyto situace ve svém rozsudku odlišil, nepostupoval správně.
[21] Výzvu k odstranění pochybností lze považovat za postup správce daně ve smyslu § 261 odst. 1 daňového řádu, proto z tohoto důvodu nelze konstatovat nepřípustnost stížnosti. Splněna je také další podmínka přípustnosti stížnosti, a to neexistence jiného opravného prostředku v rámci správního řízení. Za takový prostředek nelze považovat odvolání proti konečnému rozhodnutí o vyměření daně, neboť výsledkem postupu k odstranění pochybností nemusí být vždy vydání rozhodnutí. Navíc z judikatury zdejšího soudu vyplývá, že některé postupy v rámci vyměřovacího řízení, jako je právě postup k odstranění pochybností, mají charakter samotného zásahu do práv daňového subjektu, a je tedy třeba je řešit již v průběhu řízení o vyměření daně, nikoliv až v rámci opravného prostředku proti platebnímu výměru (srov. rozsudek NSS ze dne 19. 12. 2012, čj. 2 Ans 15/2012 – 22, věc GLOBAL HOLDING). Stejně tak lze dovodit, že ani ve správním (daňovém) řízení není třeba čekat, až bude po nezákonném postupu vydán platební výměr (bude-li vůbec vydán). Nezákonnost postupu je možné napadat stížností, pokud zákon nepřipouští jiný prostředek ochrany.
[22] Nejvyšší správní soud shrnuje, že stížnost dle § 261 daňového řádu je přípustným opravným prostředkem proti výzvě k odstranění pochybností, jak vyplývá i z citované judikatury tohoto soudu. Byla-li tedy v nyní posuzovaném případě uplatněna stížnost dle § 261 odst. 1 daňového řádu a následně žádost o prošetření způsobu vyřízení stížnosti dle odst. 6 uvedeného ustanovení daňového řádu, nebyl žalovaný oprávněn tuto žádost odmítnout pro nepřípustnost.
[24] Nad rámec nezbytně nutného se soud vyjadřuje též k argumentu žalovaného, podle něhož přípustnost stížnosti podle § 261 odst. 1 a logicky tedy i žádosti podle § 261 odst. 6 daňového řádu není dána i proto, že správce daně ani žalovaný není podle § 261 vybaven žádnými nástroji, jak odstranit dopady nezákonnosti samotné výzvy. Zákon prý nedává správním orgánům žádnou pravomoc (nezákonnou) výzvu rušit. Na tento argument poskytl vyčerpávající odpověď zdejší soud již ve svém rozhodnutí ve věci Easy Working (cit. v bodě [16] shora). Zdejší soud připomíná, že vyřizování stížností a žádostí podle § 261 daňového řádu se děje v rámci postupu, nikoliv v řízení. Klíčovou premisou je menší formálnost postupů, ve srovnání s větší formálností řízení. Správce daně, resp. žalovaný jako nadřízený správce daně, bude-li žádost o prošetření způsobu vyřízení stížnosti věcně důvodná, sám bezodkladně učiní opatření k nápravě (§ 261 odst. 6 ve spojení s odst. 5 daňového řádu), a to buď formou příkazu podřízenému správci daně či svým faktickým úkonem. Opatření k nápravě přijatá v návaznosti na uvedené prošetření mohou dopadat přímo do probíhající daňové kontroly či postupu k odstranění pochybností.
Rozsudek Nejvyššího správního soudu čj. 10 Afs 40/2015 – 36 ze dne 11. června 2015, www.nssoud.cz.
*	[27] Nejvyšší správní soud k tomu v rozsudku ze dne 11. 6. 2015, čj. 10 Afs 40/2015-36, uvedl, že „[v]ýzvu k odstranění pochybností lze považovat za postup správce daně ve smyslu § 261 odst. 1 daňového řádu, proto z tohoto důvodu nelze konstatovat nepřípustnost stížnosti. Splněna je také další podmínka přípustnosti stížnosti, a to neexistence jiného opravného prostředku v rámci správního řízení. Za takový prostředek nelze považovat odvolání proti konečnému rozhodnutí o vyměření daně, neboť výsledkem postupu k odstranění pochybností nemusí být vždy vydání rozhodnutí. Navíc z judikatury zdejšího soudu vyplývá, že některé postupy v rámci vyměřovacího řízení, jako je právě postup k odstranění pochybností, mají charakter samotného zásahu do práv daňového subjektu, a je tedy třeba je řešit již v průběhu řízení o vyměření daně, nikoliv až v rámci opravného prostředku proti platebnímu výměru (srov. rozsudek NSS ze dne 19. 12. 2012, čj. 2 Ans 15/2012 – 22, věc GLOBAL HOLDING). Stejně tak lze dovodit, že ani ve správním (daňovém) řízení není třeba čekat, až bude po nezákonném postupu vydán platební výměr (bude-li vůbec vydán). Nezákonnost postupu je možné napadat stížností, pokud zákon nepřipouští jiný prostředek ochrany.“ Citované závěry jsou zcela aplikovatelné i v nyní projednávané věci.
[28] Žalobkyně tedy postupovala daňovým řádem předvídaným způsobem a nečinnost v souvislosti s výzvou k odstranění pochybností jí proto vytýkat nelze. Její stížnost byla dostatečně konkrétní a reagovala srozumitelně na obsah výzvy stěžovatele. Stěžovatel naopak pochybil tím, že stížnost žalobkyně neprojednal. Neprojednáním tak porušil jednu z klíčových zásad správy daní, kterou je požadavek zákonnosti a předvídatelnosti postupu orgánů veřejné moci vůči daňovému subjektu (§ 5 odst. 1 daňového řádu).
Rozsudek Nejvyššího správního soudu čj. 10 Afs 22/2016 – 39 ze dne 15. února 2017, www.nssoud.cz
Řešením zdánlivě neřešitelné situace, pokud jde o obranu před nezákonnou výzvou k zahájení postupu k odstranění pochybností, se (ovšem ne pro ty subjekty, které mohou hodně ztratit) jeví být zásahová žaloba. Z judikatury Nejvyššího správního soudu vyplývá, že:
Některé postupy v rámci vyměřovacího řízení, jako je právě postup k odstranění pochybností, mají charakter samotného zásahu do práv daňového subjektu, a je tedy třeba je řešit již v průběhu řízení o vyměření daně, nikoliv až v rámci opravného prostředku proti platebnímu výměru. Jinými slovy, pro možnost obrany není třeba čekat, až bude po nezákonném postupu vydán platební výměr, bude-li vůbec vydán (viz např. rozsudky ze dne 11. 6. 2015, č. j. 10 Afs 40/2015 - 36, nebo ze dne 19. 12. 2012, č.j. 2 Ans 15/2012 - 22)…..
Daňový řád zavedl institut postupu k odstranění pochybností a výslovně stanovil požadavek na konkrétnost pochybností, ve snaze zdokonalit předchozí úpravu vytýkacího řízení, která postrádala požadavek dostatečné konkretizace výzev. Obsahové náležitosti výzvy vydané podle § 89 daňového řádu, zejména co do konkrétnosti pochybností, je proto třeba posoudit v souladu s usnesením rozšířeného senátu ze dne 8. 7. 2008, č. j. 9 Afs 110/2007 - 102, publikovaným pod č. 1729/2008 Sb. NSS, byť se jeho závěry původně vztahovaly k vytýkacímu řízení dle předchozí právní úpravy. Rozšířený senát zdůraznil, že existence konkrétních pochybností je nezbytnou podmínkou pro zahájení vytýkacího řízení (resp. dnes postupu k odstranění pochybností). Pokud správce daně přesně určitelné pochybnosti nemá, podmínky pro zahájení vytýkacího řízení nejsou dány. Pouze ty subjekty, ve vztahu k nimž existuje pochybnost o jejich daňových tvrzeních, mohou být povinny nést případné negativní následky nesplnění povinnosti podat řádné vysvětlení a vyjádření a doložit požadované skutečnosti.
Existence pochybností musí být opřena o skutkové důvody, tj. o důvody objektivně existující a nespočívající pouze v úsudku a vůli příslušných pracovníků správce daně. Jen tak lze přezkoumat, zda správce daně skutečně pochybnost o tvrzeních daňového subjektu měl, anebo zda požadoval vysvětlení a prokazování tvrzených skutečností pouze na základě zákonem nedovoleného náhodného výběru či dokonce na základě libovůle. Pochybnost nemusí být jistotou, že tvrzení daňového subjektu nejsou správná, průkazná, úplná či pravdivá, ale musí existovat důvodné podezření, tzn. podezření založené na dostatečně konkrétních a přesvědčivých poznatcích správce daně nebo na jeho analýzách opřených o skutkové důvody. V každém případě musí jít o poznatky či analýzy mající skutkový základ vztahující se k daňově relevantní činnosti daňového subjektu a opírající se o logickou a racionální úvahu. Poznatky mohou mít například charakter informací o obchodní činnosti dalších daňových subjektů obchodujících s prověřovaným subjektem, jsou-li v rozporu s tvrzeními prověřovaného subjektu. Analýzy mohou být založeny například na sledování výše daňové povinnosti příslušného daňového subjektu nebo toku finančních prostředků mezi ním a jinými daňovými subjekty.
Lze shrnout, že předmět vytýkacího řízení (například na rozdíl od daňové kontroly) je podle rozšířeného senátu vymezen a omezen právě pochybnostmi správce daně – jen v rámci okruhu skutečností vztahujících se k jeho pochybnostem je správce daně oprávněn vyzývat daňový subjekt k vysvětlení a daňový subjekt je povinen na tyto výzvy reagovat, resp. snášet negativní procesní důsledky nevyhovění těmto výzvám. Nepostačí proto, vyzve-li správce daně daňový subjekt pouze k vysvětlení údaje na určitém řádku či řádcích daňového přiznání. Taková výzva postrádá uvedení konkrétních skutkových důvodů, na nichž jsou pochybnosti založeny, viz rozsudek Nejvyššího správního soudu čj. 3 Afs 119/2016 – 23 ze dne 6. dubna 2017, www.nssoud.cz
Správci daně stále častěji využívají namísto postupu k odstranění pochybností daňovou kontrolu před vyměřením. Judikatura Nejvyššího správního soudu, viz rozsudek čj. 1 Aps 20/2013 – 61 ze dne 25. června 2014, www.nssoud.cz., přitom stále jasněji rozlišuje mezi případy, kdy může ten který z uvedených kontrolních postupů použit. Obdobně uvažuje i judikatura následná.
*[25] Zákonodárce v nové úpravě spatřoval prostředek k zabezpečení maximální rychlosti této fáze řízení, a to zejména ze dvou důvodů. Jednak aby správce daně mohl zahájit s daňovým subjektem bezprostřední komunikaci, jednak aby vzniklé pochybnosti o výši daňových povinností mohly být záhy potenciálně odstraněny. V již cit. důvodové zprávě k daňovému řádu se uvádí, že „[s]amotný proces odstranění pochybností proběhne jako písemný či ústní dialog mezi správcem daně a daňovým subjektem. V ideálním případě postačí písemná odpověď či ústní vysvětlení (telefonicky či u správce daně), ale je možné, že daná odpověď nebude konkrétní nebo vyvolá další pochybnosti, tudíž bude nutné v komunikaci dále pokračovat, nikoli další výzvou k odstranění pochybnosti (ta je z povahy věci vydávána pro daný případ pouze na začátku), ale běžnou komunikací v rámci dokazování (§ 92 odst. 4)“. Daňový řád sice nestanovuje lhůtu pro uzavření postupu k odstranění pochybností, správce daně však musí postupovat v souladu se zásadou rychlosti řízení a bez zbytečných průtahů. Formalizovanými pravidly pro zahájení a ukončení postupu k odstranění pochybností se zákonodárce evidentně snažil o zamezení trvání tohoto postupu v nepřiměřené délce. Jelikož byla do nového daňového řádu vložena tato nová pravidla, na věc není aplikovatelný ani pokyn Ministerstva financí č. D-144 o stanovení lhůt pro uzavření vytýkacího řízení.
[26] V posuzovaném případě se do popředí dostává otázka vztahu a rozdílů postupu k odstranění pochybností a daňové kontroly. Nejvyšší správní soud se již jejich vztahem zabýval, byť se tehdy jednalo o řešení na základě právní úpravy obsažené v zákoně č. 337/1992 Sb., o správě daní a poplatků. V této otázce je však níže uvedený právní názor zcela použitelný i nyní. Soud uvedl, že „[z]a určitých okolností by časové parametry obou kontrolních postupů (pozn. Kontrolní postupy - vytýkací řízení § 43 a daňovou kontrolu § 16) správci daně umožňovaly volbu mezi nimi a že dokonce by bylo možno uvažovat o jejich současném uplatnění. Něco takového však není přípustné. V první řadě je předtím, než se vůbec bude řešit otázka, který z postupů uplatnit, nutno postavit na jisto, že u obou z nich jsou
splněny nejen časové, ale i další (věcné) podmínky pro jejich uplatnění. […] I pokud by byly časové a věcné podmínky pro uplatnění obou kontrolních postupů současně splněny, nelze je uplatnit současně, nýbrž je nutno zvolit jen jeden z nich, a sice ten, který vzhledem k okolnostem nejlépe odpovídá principu zdrženlivosti a přiměřenosti zakotvenému v § 2 odst. 2 d. ř., podle něhož správci daně postupují v daňovém řízení v úzké součinnosti s daňovými subjekty a při vyžadování plnění jejich povinností v daňovém řízení volí jen takové prostředky, které daňové subjekty nejméně zatěžují a umožňují přitom ještě dosáhnout cíle řízení, tj. stanovení a vybrání daně tak, aby nebyly zkráceny daňové příjmy. Jelikož vytýkací řízení opravňuje správce daně toliko k tomu, aby daňový subjekt vyzval k doložení určitých skutečností, zatímco daňová kontrola umožňuje i značně intenzívní zjišťovací zásahy do právní sféry daňového subjektu, bude zpravidla na místě nejprve zahájit vytýkací řízení, zatímco rovnou přistoupit k daňové kontrole bude zpravidla na místě jen tam, kde bude mít správce daně dobré důvody k domněnce, že vytýkací řízení by k dosažení účelu daňového řízení nepostačovalo“ (viz usnesení rozšířeného senátu NSS ze dne 27. 7. 2010, čj. 5 Afs 92/2008-147, č. 2137/2010 Sb. NSS). Jakkoli tedy lze daň vyměřit v rámci obou řízení, je třeba respektovat odlišný účel, smysl a povahu obou zmíněných institutů.
[27] Lze tedy v souladu s právním názorem NSS vyjádřeným v rozsudku v související stěžovatelčině věci ze dne 10. 10. 2012, čj. 1 Ans 10/2012 – 52, č. 2729/2013 Sb. NSS shrnout, že zákonodárce v současné úpravě postupu k odstranění pochybností sleduje „důsledné stanovení na sebe těsně navazujících kroků, které je povinen správce daně činit, pokud k prověření daňové povinnosti tento nástroj sám zvolil. Na sebe navazující úkony musí být při tom činěny ve stmelené časové posloupnosti tak, aby byl smysl a cíl postupu naplněn. Tím je bezesporu rychlé odstranění pochybností, které ještě brání správci daně v tom, aby mohl přistoupit k vyměření daně (zde vydání rozhodnutí o nadměrném odpočtu na dani z přidané hodnoty). Ačkoliv zákon opět konkrétní lhůtu pro ukončení tohoto postupu nestanoví, nová právní úprava a vytvořená správní zvyklost však nutí správce daně k uzavření tohoto postupu bez jakýchkoliv průtahů“ (bod 19).
*[12] Klíčovou otázkou tohoto případu je, zda může správce daně zahájit a provádět daňovou kontrolu, aniž by před tím zahájil a provedl postup k odstranění pochybností. Jinak řečeno, zda předchozí postup podle § 89 a násl. daňového řádu je nutnou podmínkou pro zahájení a provedení daňové kontroly.
[25] Ze správního spisu je zřejmé, že bezprostředně po podání daňových přiznání za zmíněná období dospěl správce daně k jistým předběžným pochybnostem (vzhledem k obchodní komoditě a inkasnímu postavení stěžovatele na konci řetězce); prověřující pracovnice zachytila tato svá zjištění do úředního záznamu, který interním postupem předala dalšímu oddělení. V úředním záznamu poznamenala vhodnost prověření postupem k odstranění pochybností nebo kontrolou, neboť ta již u žalobce probíhala, byť pro jiná zdaňovací období. Příslušný správce daně se přiklonil z důvodu vhodnosti ke druhé alternativě a řádně, protokolem ze dne 23. 1. 2013, zahájil u žalobce daňovou kontrolu. Ostatně stěžovatel nenamítá, že by kontrola nebyla zahájena řádně, ale vytýká správci daně, že mu nebyly sděleny konkrétní pochybnosti, jako by tomu bylo u postupu podle § 89 a násl. daňového řádu. V tomto názoru se však stěžovatel mýlí.
[26] Daňová kontrola (jak bylo již zmíněno shora), je klasickým daňovým mechanizmem, pomocí něhož má správce daně právo kdykoliv (v průběhu prekluzivní lhůty) prověřit ve vymezeném rozsahu splnění daňových povinností subjektů, okolnosti rozhodné pro stanovení daně a rovněž také tvrzení daňových subjektů. Z uvedeného vyplývá, že je na správci daně, aby přistoupil k prověření i tehdy, nemá-li pochybnosti žádné; zkrátka pouze prověří správnost tvrzení daňového subjektu (např. těch informací, jež jsou uvedeny v daňových tvrzeních - § 135 a násl. daňového řádu). Může tak učinit v podstatě kdykoliv, buďto ještě před vyměřením daně (nadměrného odpočtu), jako tomu bylo v souzeném případě anebo i poté, co již dříve daň vyměřil. Je jisté, že včasné a co nejrychlejší zjištění rozdílu mezi daní tvrzenou a skutečnou a správnou přinese i rychlejší nápravu a omezí tak užití sankčních ustanovení v co nejnižší míře. Takový postup správci daně umožňuje nejen výslovná právní úprava v § 85 a násl. daňového řádu, jež je rovněž logickým i historicky daným prostředkem k prověřování správnosti tvrzené daně. Jak bylo řečeno, správce daně je k takovému postupu oprávněn i tehdy, nemá-li pochybnosti žádné. Z toho pak logicky vyplývá, že nemusí-li správce daně disponovat konkrétními pochybnostmi před zahájením daňové kontroly, není tedy v tomto ohledu co daňovému subjektu sdělovat; sdělit však musí rozsah kontrolního prověřování.
[27] Z výše popsaných obou kontrolních instrumentů tedy plyne, že se jedná o postupy odlišné, každý slouží k prověření správnosti daňových povinností a o jejich použití se dle vhodnosti rozhodne správce daně.
[28] Zvolil-li tedy v nyní souzené věci k prověření správnosti tvrzené daně (či nadměrného odpočtu) správce daně mechanismus daňové kontroly, aniž před tím aktivoval postup podle § 89 daňového řádu, nevybočil ze zákonných mantinelů. V tomto ohledu souhlasí Nejvyšší správní soud se závěry krajského soudu, s nimiž se zcela ztotožňuje.
[29] Dalším okruhem, který stěžovatel učinil předmětem polemiky, je charakter úředního záznamu, který údajně nebyl stěžovateli vůbec znám a dozvěděl se o něm až při soudním jednání. Tato kasační výtka (resp. její podstata) je víceméně již vysvětlena shora, nicméně soud pro zvýraznění uvádí, že zaznamenala-li pracovnice správce daně nějaké své pochybnosti v úředním záznamu, poté tento interní záznam předala oddělení, které má na starosti prověřování daňových povinností, nepochybila, pokud s tímto svým záznamem neseznámila stěžovatele.
[30] Jak stěžovatel správně uvádí, úřední záznam (§ 63 daňového řádu) je pouhá poznámka úředníka či jiné zachycení okolností, které by mohly např. i v budoucnosti mít nějaký informační přínos pro daňové řízení. Tento záznam podepíše úředník sám; již z prostého významu takto vyhotovené listiny je zřejmé, že taková listina nemůže být sama o sobě nositelem důkazu rozhodného pro stanovení daně. Jedná se o interní záznam, který učiní úředník, jež se s určitou informací setká. V nyní posuzované věci neměl (ani mít nemohl) záznam vyhotovený úřední osobou pro stěžovatele význam; nebyl-li s takovým interním podkladem stěžovatel seznámen, nemohlo to nikterak jeho procesní postavení ovlivnit či změnit. Jiná je ovšem situace, je-li sepisován protokol (§ 60 daňového řádu) např. o zahájení daňové kontroly, tento může a mnohdy má zásadní procesní význam; stěžovatel však žádné konkrétní výtky proti protokolu o zahájení daňové kontroly nevznesl, soud se nebude proto charakterem tohoto instrumentu dále zabývat.
Rozsudek Nejvyššího správního soudu čj. 1 Afs 107/2014 – 31 ze dne 10. září 2014 www.nssoud.cz.
Z citovaného vyplývá, že správce daně nemá ničím neomezenou možnost vybírat, který postup při správě daní v konkrétním případě zvolí a jak dlouho a v jaké intenzitě v něm bude pokračovat. Postup k odstranění pochybností správce daně využívá pouze v případech, kde je jeho použití přiléhavé, a to zejména pokud nejde o časově náročné nebo o rozsáhlé odstraňování pochybností. Daňový subjekt pak má proti správci daně právo na to, aby správce daně využíval postupu k odstranění pochybností k účelům, ke kterým tento procesní instrument slouží. Správce daně nesmí svévolně zaměňovat jednotlivé procesní instituty s procesními instituty jinými.
* [38] Lze tedy shrnout, že postup k odstranění pochybností může sloužit pouze k ověření a doložení určitých skutečností, nikoliv ke značně intenzívním zjišťovacím zásahům do právní sféry daňového subjektu. V rámci tohoto postupu má správce daně komunikovat s daňovým subjektem a postup uzavřít bez jakýchkoliv průtahů.
Rozsudek Nejvyššího správního soudu čj. 6 Afs 85/2015 – 39 ze dne 16. prosince 2015, www.nssoud.cz.
*	[44] Pokud jde o zacílení svého prověřování, má správce daně široké správní uvážení, které je limitováno v zásadě jen podmíněným zákazem opakovaných daňových kontrol v § 85 odst. 5 daňového řádu a obecnou zásadou proporcionality. Jakmile si však správce daně stanoví rozsah otázek, které hodlá prověřit, nemůže volně vybírat, jaký z postupů upravených v daňovém řádu bude aplikovat, ale musí respektovat zákonem stanovené podmínky pro uplatnění jednotlivých postupů a současně základní zásady správy daní, zejména v podobě povinnosti šetřit práva a právem chráněné zájmy osob zúčastněných na správě daní (§ 5 odst. 3 daňového řádu).
[45] Jak vysvětlila shora citovaná judikatura Nejvyššího správního soudu, postup k odstranění pochybností je postupem časově i věcně koncentrovaným, který při správném použití je s ohledem na očekávanou rychlost a bezprostřednost postupem nejhospodárnějším a současně nejšetrnějším k dotčenému daňovému subjektu. Daňový subjekt není zatížen povinností předkládání komplexní účetní dokumentace, dopředu ví, jakou skutečnost správce daně považuje za spornou, a mnohdy si vystačí s písemnou komunikací. Proto v situaci, kdy správce daně má konkrétní pochybnost o správnosti, průkaznosti nebo úplnosti daňových tvrzení a současně necítí potřebu širšího prověřování povinností daňového subjektu nad rámec této konkrétní pochybnosti, je v zásadě povinen využít institut postupu k odstranění pochybností podle § 89 daňového řádu, neboť tak dosáhne cíle správy daní v podobě správného vyměření daně nejrychleji a s nejmenším zatížením daňového subjektu. Okamžité použití daňové kontroly, jakkoliv jde o postup výslovně daňovým řádem co do podmínek využití nejméně limitovaným, s cílem izolovaného ověření pouze předem jasně vymezené pochybnosti by bylo postupem nešetrným k právům daňového subjektu, a tedy nepřípustným. V takové situaci má přednost pro tyto případy určený postup k odstranění pochybností.
Rozsudek Nejvyššího správního soudu čj. 4 Afs 182/2016 – 18 ze dne 25. ledna 2017, www.nssoud.cz
Shrnuto a podtrženo: Správce daně, pokud má konkrétní pochybnosti, měl by zahájit postup k odstranění pochybností ohledně podaného daňového přiznání a tento postup by měl být maximálně rychlý s tím, že je možný přechod do daňové kontroly ve smyslu § 90 daňového řádu. Pokud pochybnosti sice má, ale tyto nejsou dostatečně konkrétní a očekává se širší dokazování, nežli je nutné k odstranění jednotlivých dílčích pochybností, má možnost zahájit daňovou kontrolu, ale měl by přitom respektovat základní zásady správy daní, zejména pak zásadu přiměřenosti, zásadu hospodárnosti (pro daňový subjekt) a tedy i zásadu rychlosti. Pro daňové subjekty je ovšem poněkud nešťastné, že si v podstatě nemohou správnost postupu správce daně ověřit a tedy ani případně rozporovat. S tím pak souvisí i sice nesprávný, ale přesto možný postup správce daně, který si přestane vymýšlet neexistující pochybnosti pro zahájení postupu k odstranění pochybností a namísto toho, např. s argumentaci ve vyhledávací část spisu, zahájí daňovou kontrolu, např. protože předvídá rozsáhlé dokazování. Jak totiž judikoval Nejvyšší správní soud,
*V textu ani účelu daňového řádu nespatřuje přesvědčivé důvody, proč by pro zahájení preventivní daňové kontroly bylo, na rozdíl od kontroly následné, třeba konkrétních pochybností o výši daňové povinnosti. Takový výklad daňového řádu nenachází odraz ani v rozhodovací praxi správců daně, ani v judikatuře (srov. např. rozsudky NSS ze dne 29. 5. 2014, čj. 5 Ans 11/2013-31, věc Event Assistance, body 24-25, a ze dne 10. 9. 2014, čj. 1 Afs 107/2014-31, věc VAMUS PARTNER, bod 26, nebo výše cit. stanovisko Ústavního soudu). Rozsudek Nejvyššího správního soudu čj. 10 Afs 215/2014 – 40 ze dne 19. března 2015, www.nssoud.cz.
*	Zákonodárce současnou úpravou postupu k odstranění pochybností sleduje důsledné stanovení na sebe těsně navazujících kroků, které je správce daně povinen činit, pokud k prověření daňové povinnosti tento nástroj sám zvolil. Na sebe navazující úkony musí být činěny ve stmelené časové posloupnosti tak, aby byl smysl a cíl postupu naplněn. Tím je bezesporu rychlé odstranění pochybností, které ještě brání správci daně v tom, aby mohl přistoupit k vyměření daně (viz např. rozsudky ze dne 10. 10. 2012, č. j. 1 Ans 10/2012 - 52, č. 2729/2013 Sb. NSS, ze dne 25. 6. 2014, č. j. 1 Aps 20/2013 - 61, č. 3091/2014 Sb. NSS, nebo ze dne 28. 1. 2015, č. j. 2 Afs 174/2014).
Výše popsané charakteristiky podstatně odlišují postup k odstranění pochybností od daňové kontroly, která je klasickým daňovým mechanismem, s jehož pomocí má správce daně právo kdykoliv (v průběhu prekluzivní lhůty) prověřit ve vymezeném rozsahu splnění daňových povinností daňových subjektů a okolnosti rozhodné pro stanovení daně. Správce daně může zahájit daňovou kontrolu i tehdy, nemá-li žádné pochybnosti a zamýšlí pouze namátkově prověřit informace uvedené v daňových tvrzeních (viz např. rozsudek ze dne 10. 9. 2014, č. j. 1 Afs 107/2014 - 26, č. 3175/2015 Sb. NSS, srov. také stanovisko pléna Ústavního soudu ze dne 8. 11. 2011, sp. zn. Pl. ÚS-st. 33/11, č. 368/2011 Sb.). Postup k odstranění pochybností proto nesmí být volně zaměňován s daňovou kontrolou (viz rozsudek ze dne 25. 6. 2014, č. j. 1 Aps 20/2013 - 61, č. 3091/2014 Sb. NSS).
Rozsudek Nejvyššího správního soudu čj. 3 Afs 119/2016 – 23 ze dne 6. dubna 2017, www.nssoud.cz.
Zajímavé je i to, že judikatura Nejvyššího správního soudu, poté co umožnila provádění daňových kontrol před vyměřením, ve vztahu k postupu k odstranění pochybností postupně zase přitvrzuje, viz rozsudek čj. 8 Afs 76/2015 – 58 ze dne 9. května 2016, www.nssoud.cz. Jakkoliv se požadavky na vyjádření pochybností podložených konkrétními skutkovými okolnostmi již v úvodní výzvě mohou jevit jako obtížně splnitelné, legislativní vývoj směřuje spíše k jejich zpřísnění a vyšší ochraně daňových subjektů. Již v usnesení čj. 9 Afs 110/2007 – 102 rozšířený senát poukázal na novelu § 43 zákona o správě daní a poplatků provedenou zákonem č. 270/2007 Sb. s účinností od 1. 11. 2007, která doplnila do předmětného ustanovení požadavek, podle něhož správce daně musel sdělit své pochybnosti „způsobem umožňujícím daňovému subjektu určitou odpověď a předložení důkazních prostředků“. Podle rozšířeného senátu bylo účelem novely postavit na jisto, že správce daně vskutku konkrétním a určitým způsobem sdělí daňovému subjektu, jaké pochybnosti má o jeho tvrzeních. Nová právní úprava postupu k odstranění pochybností v daňovém řádu tento vývoj potvrdila výslovným zakotvením požadavku na „konkrétnost“ pochybností.
31. Judikatura Nejvyššího správního soudu navazující na citované usnesení rozšířeného senátu upřesnila na konkrétních příkladech kvalitativní požadavky na výzvu. Soud např. uznal, že výzva byla dostatečná, pokud správce daně opřel svou pochybnost o skutečnost, že daňový subjekt, jehož hlavní ekonomickou činností byla montáž sádrokartonu, neměl zaměstnance a objem provedených prací činil v rozhodném měsíci 859 842 Kč. Správci daně tak vznikla důvodná pochybnost o tom, kdo práce provedl. S ohledem na hlavní ekonomickou činnost daňového subjektu správce daně vyjádřil pochybnost také o uplatnění snížené sazby DPH, protože u stavebních prací se běžně uplatňuje základní sazba daně, zatímco snížená sazba daně vyžaduje splnění zákonem stanovených podmínek (rozsudek ze dne 29. 11. 2013, čj. 5 Afs 11/2013 – 63).
*	Poplatníci některých daní se již mohli seznámit s další nečekanou novinkou, vyplývající z dikce § 89 odst. 4 daňového řádu. Podle tohoto zákonného ustanovení platí, že správce daně má povinnost vydat výzvu k odstranění pochybností v případě, že daňovému subjektu má vzniknout daňový odpočet, do 30 dnů ode dne, kdy bylo takovéto podání učiněno, nejdříve však od posledního dne lhůty stanovené. Použitý termín „daňový odpočet“ ovšem přichází v úvahu pouze u daně z přidané hodnoty, nikoliv např. u daní z příjmů. Tato změna k horšímu (pochopitelně pouze pro daňové subjekty) oproti poslednímu znění § 43 zákona o správě daní a poplatků znamená, že správce daně může zahájit postup k odstranění pochybností, pokud jde o daňové přiznání k dani z příjmů, i po této třicetidenní lhůtě. Přestože nepochybuji o tom, že převážná většina správců daně dbá na dodržení zásady rychlosti řízení bez ohledu na existenci či neexistenci stanovené lhůty pro jeho zahájení, z mé praxe mi je znám dostatek případů, kdy správci daně počítali s tím, že pokud jde o vydání platebního výměru (a nabytí právní moci) po provedeném vytýkacím řízení, krajní lhůtou pro ně byla tříletá lhůta pro stanovení daně. Daňový řád navíc v § 148 odst. 2 písm. b) stanoví, že pokud dojde v posledních dvanácti měsících běhu této lhůty k oznámení, tj. k doručení platebního výměru, prodlužuje se tato lhůta o dalších dvanáct měsíců. Není tedy vyloučeno, že někteří správci daně zahájí postup k odstranění pochybností se značným časovým odstupem od podání daňového přiznání poplatníky těchto daní. Navíc, lhůta pro zahájení postupu k odstranění pochybností, mimo případy vzniku daňového odpočtu, není stanovena ani Pokynem Ministerstva financí č. 1 o stanovení lhůt při správě daní. To ovšem neznamená, že by se poplatník nemohl nečinnosti správce daně účinně bránit. Skutečnost, že dosud není vyměřeno, lehce zjistí nahlédnutím do spisu a poté může uplatnit postup k odstranění nečinnosti správce daně podle § 38 daňového řádu. Bez zajímavosti není ani skutečnost, že nečinnost se považuje za nesprávný úřední postup podle zákona č. 82/1998 Sb., o odpovědnosti za škodu způsobenou při výkonu veřejné moci rozhodnutím nebo nesprávným úředním postupem.
*	Spornou otázkou byl charakter uvedené třicetidenní lhůty, tedy zda se jedná o lhůtu prekluzívní, ci o lhůtu pořádkovou. Jak to vypadá, Nejvyšší správní soud má v této věci jasno, když judikoval v rozsudku čj. 4 Afs 95/2016 – 36 ze dne 30. června 2016, www.nssoud.cz, takto: V dané věci tak z hlediska započetí běhu třicetidenní lhůty pro vydání výzvy k odstranění pochybností zakotvené v § 89 odst. 4 daňového řádu byl rozhodující den 26. 3. 2014, kdy správce daně obdržel od stěžovatelky daňové přiznání v písemné formě, a nikoliv den 28. 4. 2014, v němž bylo podáno daňové přiznání elektronicky. Papírově učiněné daňové přiznání obsahovalo čitelné údaje, takže bylo způsobilé k jeho posouzení. Není proto možné souhlasit se závěrem Městského soudu v Praze, že výzva k odstranění pochybností ze dne 16. 5. 2014 byla vydána ve lhůtě stanovené v § 89 odst. 4 daňového řádu. Uvedený nedostatek však neměl žádný vliv na zákonnost zahájení a vedení postupu k odstranění pochybností. Třicetidenní lhůta pro vydání výzvy k odstranění pochybností má totiž pouze pořádkovou povahu, neboť s jejím marným uplynutím zákon nespojuje zánik oprávnění správce daně na zahájení postupu k odstranění pochybností. Nejedná se tedy o lhůtu prekluzívní, která je kupříkladu obsažena v § 148 daňového řádu, v němž se výslovně uvádí, že daň nelze stanovit po uplynutí lhůty pro stanovení daně. Stejný názor o toliko pořádkové povaze lhůty obsažené v § 89 odst. 4 daňového řádu ostatně zaujímá i odborná literatura (srov. Baxa, J.; Dráb, O.; Kaniová, L.; Lavický, P.; Schillerová, A.; Šimek, K; Žišková, M., Daňový řád, Komentář, II. díl, Praha, Wolters Kluwer ČR, a. s., 2011). Nedodržením této pořádkové lhůty tedy v dané věci nebyla založena nezákonnost postupu podle § 89 a násl. daňového řádu.
Pokud jde o vlastní průběh odstraňování pochybností, podle § 90 daňového řádu, o průběhu postupu k odstranění pochybností sepíše správce daně podle povahy odpovědi protokol nebo úřední záznam, ve kterém uvede vyjádření nebo důkazní prostředky, na jejichž základě považuje pochybnosti za zcela nebo zčásti odstraněné, a případné důvody přetrvávajících pochybností. První dojem z této zákonné úpravy je pro daňové subjekty zcela nepříznivý. Na první pohled toto ustanovení svědčí o tom, že práva daňového subjektu byla novou právní úpravou omezena. Zatímco při ukončení vytýkacího řízení podle ZSDP měl daňový subjekt právo vyjádřit se k výsledku uvedenému v protokolu, ke způsobu jeho zjištění, případně navrhnout jeho doplnění, podle daňového řádu má pouze ta práva, která souvisejí s vlastním projednáním protokolu. Daňový subjekt tedy při ukončování postupu k odstranění pochybností má podle § 60 odst. 3 písm. i) daňového řádu pouze právo na to, aby podal návrhy, nebo právo na výhrady směřující proti obsahu protokolu. Nikoliv výše uvedená práva podle předchozí právní úpravy. Pokud tedy daňový subjekt nesouhlasí se závěry správce daně, může v průběhu protokolovaného jednání pouze vyjádřit své výhrady nikoli s těmito závěry, ale pouze s formulací protokolu, což není ani zdaleka totéž. Podle § 60 odst. 3 písm. j) daňového řádu přitom platí, že správce daně je povinen pouze se vyjádřit k uplatněným návrhům nebo výhradám, nikoli rozhodnout o námitkách proti obsahu protokolu, jako tomu bylo podle ZSDP.
Je to ale opravdu tak? Podle mého názoru je tento první dojem mylný a daňový řád je třeba vykládat ve všech souvislostech. Problémem je dikce § 90 odst. 2 daňového řádu, ze které jako by vyplývalo, že lze další návrhy a námitky k výsledku postupu k odstranění pochybností vznést pouze v rámci následné daňové kontroly.
Daňový řád ale v § 147 odst. 4 daňového řádu stanoví, že dojde-li ke stanovení daně výlučně na základě výsledku postupu k odstranění pochybností, považuje se za odůvodnění protokol o projednání výsledku postupu k odstranění pochybností. Správce daně tedy musí výsledek postupu k odstranění pochybností s daňovým subjektem projednat a protokol o tomto projednání poté nahrazuje odůvodnění následně vydaného platebního či dodatečného platebního výměru. Správce daně se v něm proto musí vypořádat nejen s povinnostmi vyplývajícími z dikce § 90 odst. 1 daňového řádu, podle kterého platí, že o průběhu postupu k odstranění pochybností sepíše správce daně podle povahy odpovědi protokol nebo úřední záznam, ve kterém uvede vyjádření nebo důkazní prostředky, na jejichž základě považuje pochybnosti za zcela nebo zčásti odstraněné, a případné důvody přetrvávajících pochybností, ale musí se v tomto protokolu vypořádat i s povinnostmi vyplývajícími ze zákonných ustanovení, která upravují odůvodnění rozhodnutí.
*§ 102 odst. 3 V odůvodnění správce daně uvede důvody výroku nebo výroků rozhodnutí a informaci o tom, jak se vypořádal s návrhy a námitkami uplatněnými příjemcem rozhodnutí. Aby správce daně mohl tuto svou povinnost naplnit, musí pochopitelně nejprve příjemci rozhodnutí umožnit, aby tyto návrhy a námitky podal. Podle mého názoru tak může učinit pouze v rámci projednání výsledku postupu, nikoli při jeho pouhém sdělení.
*§ 102 odst. 4 V odůvodnění rozhodnutí, které bylo vydáno na základě dokazování, správce daně dále uvede, které skutečnosti má za prokázané, jakými úvahami se při hodnocení důkazů řídil, o které důkazy opřel svá skutková zjištění a jak věc posoudil po právní stránce. V tomto odůvodnění, které má být podle § 147 odst. 4 daňového řádu obsaženo v protokolu o projednání výsledku postupu k odstranění pochybností, tedy má být uvedeno hodnocení důkazů, provedené podle § 8 odst. 1 tohoto obecně závazného právního předpisu. To znamená, že zde správce daně musí uvést, jak posoudil každý důkaz jednotlivě a všechny důkazy v jejich vzájemné souvislosti a k jakým skutečnostem, které přitom vyšly najevo, přitom přihlédl. Tato podmínka ovšem vylučuje, aby správce daně daňovému subjektu pouze „sdělil“ výsledek postupu k odstranění pochybností.
Dosavadní zkušenosti z aplikace citovaných zákonných ustanovení nejsou jednoznačně kladné. Někteří správci daně závěry z postupu k odstranění pochybností neprojednávají a neseznamují daňové subjekty s vyhodnocením důkazních prostředků, ale pouze sdělují své závěry ohledně výsledků postupů. V platebních výměrech pak, pokud jde o jejich odůvodnění, pouze odkazují na předmětné protokoly či sdělení, takže tyto platební výměry jsou podle mého názoru nezákonné a nepřezkoumatelné. Navíc takovýmto postupem porušují správci daně zásadu spravedlivého procesu. Pokud není výsledek postupu s daňovým subjektem řádně projednán, může ten jen obtížně podat kvalifikované odvolání proti platebnímu výměru, vydanému na základě tohoto postupu. O tom ostatně svědčí i judikatura Nejvyššího správního soudu, viz např. rozsudek spis. zn. 5 Afs 79/2008-137 z 25. 3. 2009, www.nssoud.cz., podle kterého finanční orgány jsou povinny v daňovém řízení postupovat ústavně konformním způsobem, což v tomto kontextu znamená umožnit daňovému subjektu projednání jeho věci v jeho přítomnosti, umožnit mu vyjádřit se ke všem prováděným důkazům (srov. nález Ústavního soudu ze dne 11. 9. 2001, sp. zn. I. ÚS 591/2000 nebo nález ze dne 29. 10. 2002, sp. zn. II. ÚS 232/02) a to v kterékoli fázi daňového řízení, v němž je prováděno dokazování. Je nepřípustné, aby finanční orgány toto právo daňového subjektu, které je součástí ústavně zaručených zásad spravedlivého procesu (čl. 36 a 38 Listiny základních práv a svobod), jakýmkoli způsobem obcházely či oslabovaly (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 23. 11. 2004, č. j. 5 Afs 14/2004 - 60, přístupno na www.nssoud.cz).
V daňovém řízení ovšem správci daně často za své chyby neplatí, jak by občas měli (platili by z cizího). Z judikatury Nejvyššího správního soudu je patrné, že jimi způsobené vady řízení mohou správci daně napravovat (u daňových subjektů to vždy neplatí). Tady mám na mysli zejména usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu čj. 8 Afs 15/2007 – 75 ze dne 14. 4. 2009, www.nssoud.cz, podle kterého: Vady odvoláním napadeného rozhodnutí či postupu správce daně prvního stupně v řízení, které vydání rozhodnutí předcházelo, musí být odstraněny v rámci odvolacího řízení. Je vyloučeno, aby po zrušení platebního výměru správce daně prvního stupně pokračoval v daňovém řízení a o dani znovu rozhodl. Vady odvoláním napadeného rozhodnutí či postupu v řízení, které jeho vydání předcházelo, odstraní správce daně prvního stupně autoremedurou (§ 49 odst. 1 daňového řádu) nebo odvolací orgán postupem podle § 50 odst. 3 daňového řádu. Postup podle § 50 odst. 3 daňového řádu se uplatní jak v řízení o odvolání proti dani stanovené dokazováním (§ 50 odst. 6 daňového řádu), tak v řízení o odvolání proti dani stanovené podle pomůcek (§ 50 odst. 5 daňového řádu). V odvolacím řízení je přípustná i změna způsobu stanovení daně. V řízení o odvolání proti dani stanovené podle pomůcek (§ 50 odst. 5 daňového řádu) může odvolací orgán také vrátit věc správci daně prvního stupně k rozhodnutí podle § 49 odst. 1 daňového řádu. Podmínky pro takový postup jsou dány i tehdy, je-li na místě změna způsobu stanovení daně.
Obdobně judikoval Nejvyšší správní soud i pokud jde o vady postupu při ukončení postupu k odstranění pochybností.
* [22] Správce daně pochybil tím, že neseznámil stěžovatelku se skutečnostmi zjištěnými postupem k odstranění pochybností v rámci obnoveného řízení podle § 90 odst. 2 daňového řádu. Ke stejnému závěru dospěl i krajský soud a před ním žalovaný (stěžovatelka totiž tuto námitku vznesla již v odvolání proti rozhodnutí vydanému v obnoveném řízení), který uložil správci daně odstranit tuto vadu řízení. Správce daně poté předvolal stěžovatelku k ústnímu jednání a dne 10. 5. 2012 ji seznámil s podklady svého rozhodnutí a umožnil jí vyjádřit se ke zjištěnému skutkovému stavu. Stěžovatelka také doplnila do spisu některé listiny a doplnila i své odvolání.
Rozsudek Nejvyššího správního soudu čj. 10 Afs 25/2015 – 75 ze dne 26. listopadu 2015, www.nssoud.cz
Dosavadní judikatura k výkladu ustanovení § 147 odst. 4 daňového řádu sice již existuje, ale dosud nebyly projudikovány všechny alternativy, které přicházejí při jeho aplikaci v úvahu. Z dále citovaného rozsudku Nejvyššího správního soudu je zřejmé, že byla dodržena základní kostra projednání výsledku postupu, tj. seznámení daňového subjektu s ním, vyjádření subjektu k němu a reakce správce daně na toto vyjádření, ovšem k té došlo až v odůvodnění platebního výměru. Není zde řešena otázka povinnosti správce daně vyhovět daňovému subjektu, pokud si přeje v této věci projednání v jeho přítomnosti, ve smyslu čl. 38 odst. 2 Listiny základních práv a svobod, tedy ústní jednání.
*[59]Nejvyšší správní soud dále posuzoval, zda správce daně porušil § 147 odst. 4 daňového řádu, pokud odůvodnil jak napadený platební výměr, tak i úřední záznam o výsledku postupu k odstranění pochybností ze dne 10. 6. 2011.
[60] Z § 147 daňového řádu vyplývá, že rozhodnutí o stanovení daně se odůvodňují v případech, kdy se stanovená daň odchyluje od daně tvrzené daňovým subjektem, případně dojde-li ke stanovení daně z moci úřední. Podle odst. 4 tohoto ustanovení platí, že „[d]ojde-li ke stanovení daně výlučně na základě výsledku daňové kontroly, popřípadě výsledku postupu k odstranění pochybností, považuje se za odůvodnění zpráva o daňové kontrole, popřípadě protokol o projednání výsledku postupu k odstranění pochybností.“
[61] V případě, kdy je daň stanovena na základě postupu k odstranění pochybností, jako v nyní projednávané věci, tak bude dostatečné, pokud v rozhodnutí o stanovení daně správce daně odkáže na protokol či úřední záznam o projednání výsledku postupu k odstranění pochybností (§ 90 odst. 1 daňového řádu). Samotné odůvodnění je třeba posuzovat také z materiální stránky, to znamená, že musí vyhovovat požadavkům kladeným na odůvodnění ve smyslu § 102 odst. 3 a 4 daňového řádu (viz Lichnovský, O., Ondrýsek, R. a kolektiv: Daňový řád. Komentář. 1. vydání. Praha : C. H. Beck, 2010, s. 272).
[62] Podle § 102 odst. 3 daňového řádu správce daně v odůvodnění rozhodnutí o stanovení daně „uvede důvody výroku nebo výroků rozhodnutí a informaci o tom, jak se vypořádal s návrhy a námitkami uplatněnými příjemcem rozhodnutí“.
[63] Ze správního spisu Nejvyšší správní soud ověřil, že správce daně po podání dodatečného přiznání k dani z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2008, ve kterém stěžovatel vykázal vyšší daňovou ztrátu o výši předmětného závazku, zahájil postup k odstranění pochybností ve smyslu § 89 odst. 1 daňového řádu. Dne 10. 6. 2011 pak vydal úřední záznam o výsledku postupu k odstranění pochybností dle § 90 odst. 1 téhož zákona, který obsahoval odůvodnění. Dne 24. 6. 2011 pak správce daně vyhotovil oznámení podle § 90 odst. 2 daňového řádu, kterým stěžovateli zaslal úřední záznam o výsledku postupu k odstranění pochybností k seznámení. Dne 11. 7. 2011 byl správci daně doručen návrh stěžovatele na pokračování v dokazování s poměrně rozsáhlým odůvodněním. Napadený dodatečný platební výměr pak správce daně taktéž odůvodnil, přičemž do tohoto odůvodnění zahrnul vysvětlení, proč nepovažoval za důvodný návrh stěžovatele na pokračování v dokazování.
[64] Nejvyšší správní soud se ztotožňuje se závěrem finančního ředitelství i krajského soudu, že ze strany správce daně nedošlo k porušení § 147 odst. 4 daňového řádu a jeho postup nebyl zmatečný. Vzhledem k tomu, že v návaznosti na úřední záznam ze dne 10. 6. 2011 stěžovatel podal návrh na pokračování v dokazování, který obsáhlým způsobem odůvodnil, musel na tvrzení stěžovatele správce daně dále reagovat a nemohl proto pouze odkázat na odůvodnění úředního záznamu o výsledku postupu k odstranění pochybností. Takové odůvodnění by totiž nesplňovalo požadavky podle § 102 odst. 3 daňového řádu.
Rozsudek Nejvyššího správního soudu čj. 1 Afs 11/2013 – 84 ze dne 22. 8. 2013, www.nssoud.cz.
Konstrukce průběhu postupu k odstranění pochybností je zcela odlišná od konstrukce bývalého vytýkacího řízení, zahajovaného do 31. 12. 2010. Podle daňového řádu platí, že správce daně tento postup zahájí doručením předmětné výzvy, ve které má sdělit konkrétní pochybnosti ohledně údajů uváděných v daňovém přiznání, a to způsobem, který umožní daňovému subjektu, aby se k nim vyjádřil, neúplné údaje doplnil, nejasnosti vysvětlil, nepravdivé údaje opravil nebo pravdivost údajů prokázal a předložil důkazní prostředky tak, aby došlo k odstranění těchto pochybností. Poučený daňový subjekt předloží důkazní prostředky k odstranění takto konkrétně sděleným pochybnostem a správce daně provede vyhodnocení důkazů, které provedením těchto prostředků vyvodil. Poté sepíše o celém tomto postupu úřední záznam (v případě písemného vyjádření daňového subjektu) či protokol o ústním jednání (v případě tohoto jednání). Výsledkem tohoto postupu je buď odstranění pochybností a následně vydaný platební výměr, který musí najít své odůvodnění právě v onom protokolu, nebo jejich přetrvávání. Tento výsledek má správce daně s daňovým subjektem projednat. Pokud poté daňový subjekt požaduje další dokazování k prokázání skutečností, které tvrdil v daňovém přiznání, může podle okolností správce daně zahájit daňovou kontrolu. Tuto kontrolu ovšem může zahájit i z úřední povinnosti, ovšem pouze z důvodů přezkoumatelných a zásadních, neboť příliš dlouhé zadržování později případně vráceného nadměrného odpočtu ekonomicky poškozuje daňový subjekt. V žádném případě proto správce daně nesmí v této věci postupovat svévolně.
*[26] V souladu s uvedenou judikaturou byl tedy žalovaný oprávněn zahájit daňovou kontrolu za účelem prověření, zda obchodní spolupráce se společností BRALOVANE s. r. o. probíhala řádně a v souladu se zákonem, a případně, zda stěžovatelka věděla nebo musela vědět, že plnění bylo součástí podvodu spáchaného dodavatelem či jiným subjektem operujícím v dodavatelském řetězci na vstupu. Takové posouzení není možné učinit jen na základě podkladů, které má k dispozici stěžovatelka, ale jde o otázku vyžadující rozsáhlejší spolupráci s dalšími správci daně a daňovými subjekty.
[27] Žalovaný byl oprávněn zahájit daňovou kontrolu, dospěl-li k závěru, že ve věci je třeba provést důkladnější dokazování, aby mohla být řádně zjištěna a stanovena daň. K tomu je nutno dodat, že se nejedná o žádné svévolné, s věcí nijak nesouvisející dokazování, v jehož důsledku by byla protizákonně zahájena a případně prodlužována daňová kontrola, ale o dokazování za účelem posouzení předložených řádných daňových tvrzení a z nich plynoucího nároku na nadměrný odpočet DPH. 9 Afs 276/2014 – 43 ze dne 5. února 2015, www.nssoud.cz.
*Správce daně má tedy v okamžiku, kdy rozpozná, že se postup k odstranění pochybností začíná svým rozsahem vymykat zákonným mantinelům tohoto procesu, tento proces ukončit a přejít do režimu daňové kontroly. 2 Afs 174/2014 – 27 ze dne 28. ledna 2015, www.nssoud.cz.​
*Pokud by žalovaný skutečně zahájil daňovou kontrolu, přestože by všechny pochybnosti byly postaveny najisto již v průběhu postupu k odstranění pochybností, a daňová kontrola by tak sloužila jen k svévolnému provádění ve věci nadbytečných úkonů, které se samotnou daňovou povinností stěžovatelky nijak nesouvisejí, čímž by docházelo k zadržování uplatněného nadměrného odpočtu DPH, mohlo by se dle okolností jednat o nezákonný zásah.
Rozsudek Nejvyššího správního soudu čj. 9 Afs 276/2014 – 43 ze dne 5. února 2015, www.nssoud.cz.
Poněkud zvláštní, nedostatečně upravená a rozporná právní úprava postupu k odstranění pochybností nepochybně vznik sporů nejen umožňuje, ale řekl bych že jejich vzniku dokonce nahrává. Podle § 90 odst. 1 daňového řádu platí, že o průběhu postupu k odstranění pochybností sepíše správce daně podle povahy odpovědi protokol nebo úřední záznam, ve kterém uvede vyjádření nebo důkazní prostředky, na jejichž základě považuje pochybnosti za zcela nebo zčásti odstraněné, a případné důvody přetrvávajících pochybností, podle odst. 2 tohoto zákonného ustanovení pak nedošlo-li k odstranění pochybností a výše daně nebyla prokázána dostatečně věrohodně, sdělí správce daně daňovému subjektu výsledek postupu k odstranění pochybností (viz dále). Někteří správci daně mají na základě posledně citovaného ustanovení zato, že postačuje, aby daňovému subjektu sdělili, že jejich pochybnosti přetrvávají a že z tohoto důvodu končí postup a zahajují daňovou kontrolu. Podle judikatury Nejvyššího správního soudu totiž platí, že daňovou kontrolu může správce daně na rozdíl od postupu zahájit, aniž by sděloval pochybnosti. Tak jaképak dlouhé odůvodňování.
Přechod z postupu do kontroly je ovšem zvláštní případ zahájení kontroly, který je poněkud odlišný, nežli je tomu u zahajování kontrol samostatných. O tom svědčí i dikce § 90 odst. 3 daňového řádu, podle které je předmět kontroly limitován, neboť pokud správce daně shledá důvody k pokračování v dokazování, zahájí v rozsahu těchto důvodů daňovou kontrolu. Daňový subjekt by proto podle mého názoru měl znát jak důvody pro zahájení daňové kontroly (ve smyslu § 90 odst. 1, jakož i podle základních zásad správy daní, viz § 6 odst. 2 a 3 daňového řádu, které pochybnosti nebyly odstraněny a proč, a pokud daňový subjekt předložil důkazní prostředky, tak i hodnocení důkazů), tak i konkrétní rozsah této kontroly (§ 90 odst. 3 daňového řádu). Jedna holá věta v protokolu o ústním jednání, obsahující sdělení výsledku postupu, tj. že pochybnosti správce daně přetrvávají, je v tomto směru zcela nedostatečná. Otázkou proto je, zda je takováto daňová kontrola opravdu zahájena. Nejvyšší správní soud k tomuto problému zaujal stanovisko ve stylu „chytré horákyně“.
*[27] Při hodnocení okolností nynějšího případu, které nastaly od 5. 4. 2013, se lze přidržet obecných východisek nastíněných v rozsudku ze dne 31. 7. 2006, č. j. 8 Aps 2/2006 - 95, kde bylo uvedeno: „Vliv nezákonného postupu pracovníka správce daně při provádění daňové kontroly na zákonnost kontroly samotné se vzpírá zobecnění a bude záležet vždy na posouzení konkrétních okolností případu a posouzení vlivu nezákonného úkonu na výsledek kontroly. Ne každá nezákonnost při provádění daňové kontroly pak představuje nezákonný zásah.“ To v podmínkách nynější věci znamená, že pochybení, která shledal krajský soud u protokolu ze dne 15. 10. 2012 (nesdělení důvodů přetrvávajících pochybností z postupů k odstranění pochybností), sice značila, že tohoto dne daňová kontrola zahájena nebyla, ale současně není vyloučeno, aby po jejich odpadnutí byla daňová kontrola zahájena a aby proběhla.
[28] Protokolem ze dne 5. 4. 2013 byly stěžovateli sděleny důvody přetrvávajících pochybností, odpadla tak překážka, která bránila zahájení daňové kontroly navazující na postupy k odstranění pochybností. Požadavek na to, aby v daném protokolu bylo výslovně uvedeno, že tímto protokolem se zahajuje daňová kontrola, považuje Nejvyšší správní soud v okolnostech posuzovaného případu za přehnaně formální. Z obsahu spisového materiálu je zřejmé, že správce daně se rozhodl z postupů k odstranění pochybností přejít do daňové kontroly postupem ve smyslu § 90 odst. 3 daňového řádu. V tomto smyslu ostatně vyznívá i protokol ze dne 5. 4. 2013. Překážka, která dle krajského soudu bránila zahájení daňové kontroly, odpadla dne 5. 4. 2013, a správce daně k tomuto dni stěžovatele jasně informoval o přechodu z postupu k odstranění pochybností do daňové kontroly. Za takové situace zdejší soud vyhodnotil, že nebylo nezbytné, aby protokol ze dne 5. 4. 2013 obsahoval výslovnou formulaci o tom, že se tímto protokolem zahajuje daňová kontrola.
[45] Obdobný závěr lze přijmout i v nynější věci. Z hlediska § 90 daňového řádu jsou pro přechod z postupu k odstranění pochybností zásadní přetrvávající pochybnosti správce daně. Pokud v rámci tohoto postupu nedošlo k odstranění pochybností, správce daně v protokolu či v úředním záznamu uvede důvody přetrvávajících pochybností (§ 90 odst. 1 daňového řádu). Výsledek postupu k odstranění pochybností musí být sdělen daňovému subjektu (§ 90 odst. 2 daňového řádu) a pokud správce daně shledá důvody pro pokračování v dokazování, zahájí v rozsahu těchto důvodů daňovou kontrolu (§ 90 odst. 3 daňového řádu). Podmínkou toho, aby mohlo dojít k přechodu z postupu k odstranění pochybností do daňové kontroly postupem dle § 90 odst. 3 daňového řádu, je tak existence pochybností a existence důvodů k pokračování v dokazování. Význam tak může mít při přechodu z postupu k odstranění pochybností do daňové kontroly ověření, zda důvody, na nichž správce daně založil své pochybnosti, nejsou zcela zjevně nesmyslné či hned na první pohled nepodložené. V daném ohledu nelze na správce daně klást velké nároky, jelikož daňová kontrola má sloužit k prověření daňové povinnosti a bližšímu prozkoumání okolností rozhodných pro určení její výše. Takové prověření v rámci daňové kontroly nemá smysl jen tehdy, nezbyl-li po provedeném postupu k odstranění pochybností prostor pro jakoukoli pochybnost.
[46] Nejvyšší správní soud tak vychází z toho, že v řízení před krajským soudem o zásahové žalobě směřující proti trvající daňové kontrole nemělo význam hodnotit unesení či neunesení důkazního břemene. Podstatné bylo to, že při přechodu z postupu k odstranění pochybností do daňové kontroly správce daně vyjádřil své pochybnosti, o nichž nelze konstatovat, že by byly zjevně nesmyslné či hned na první pohled nepodložené (viz body [33] až [36] shora).
Rozsudek Nejvyššího správního soudu čj. 9 Afs 140/2014 – 44 ze dne 18. června 2015, www.nssoud.cz.
Nepochybně elegantní a procesně ekonomický právní názor. Kdo a proč by se zabýval takovými detaily, jako že téměř půl roku správce daně, při zjišťování, zda daňový subjekt neporušil zákon prováděl nezákonnou daňovou kontrolu, která přitom zásadním způsobem omezuje práva kontrolovaného subjektu a ukládá mu spoustu povinností, anebo co s důkazními prostředky, které byly za tohoto půl roku získány v rozporu s právním předpisem a ze kterých proto správce daně ve smyslu § 93 odst. 1 daňového řádu nemůže při rozhodování o daňové povinnosti kontrolovaného subjektu vůbec vycházet, což nepochybně platí i pro odvolací orgán a koneckonců by z nich správně neměl vycházet ani soud. Má si tyto důkazní prostředky správce daně, který podle § 5 odst. 1 daňového řádu postupuje v souladu se zákony, obstarat znovu a zákonným způsobem? Patrně nikoliv. Překážka, která bránila zahájení daňové kontroly totiž odpadla, správce daně po půl roce svého nezákonného postupu najednou postupuje zákonně, na což ovšem nemusí a vlastně ani nemůže daňový subjekt upozornit, protože o tom vůbec neví. Jenom nebuďme formalisté.
Mimoto platí, že celý tento postup, jak vyplývá z daňového řádu, by měl být veden ve smyslu zásady rychlosti řízení, zakotvené v § 7 odst. 1 daňového řádu, tedy bez zbytečných průtahů. Správce daně by např. neměl vydávat opakované výzvy, k odstranění stejných pochybností a jeho postup by měl být logický a účelný. K tomu ostatně existuje judikatura z pera Nejvyššího správního soudu. Podle něj (viz rozsudek ze dne 26. 3. 2008, č. j. 1 Ans 3/2008 – 78, www.nssoud.cz.) pro posouzení důvodnosti žaloby na nečinnost může být mimo jiné důležité, zda se žalovaný vydávanými výzvami snaží zjistit podstatné informace vztahující se k příslušné daňové povinnosti, resp. relevantní skutečnosti, na základě kterých bude možné daň správně vyměřit, anebo zda se již z jeho strany jedná o zjišťování informací pro věc nepodstatných, tedy v jistém smyslu o zneužití práva. Obdobný názor na nečinnost správního orgánu vyslovil Nejvyšší správní soud v rozsudku ze dne 26. 6. 2008, č. j. 2 Ans 3/2007 – 120, v němž mimo jiné uvedl, že pokud by proto správní orgán prováděl nesmyslné a neúčelné úkony, například s cílem protahovat záměrně řízení, jednal by v rozporu s citovaným ustanovením a toto jednání by se svou povahou a závažnými právními důsledky jak z pohledu adresátů veřejné správy, tak i z hlediska ochrany veřejného zájmu dalo charakterizovat jako nečinnost správního orgánu. Lze tedy konstatovat, že nesmyslná a neúčelná činnost je z obsahového hlediska nečinností, neboť se s nečinností ve svých důsledcích dá srovnat, jelikož vede k neodůvodněnému průtahu v řízení.
Pokyn Ministerstva financí č. D-144, který stanovoval lhůty pro ukončení vytýkacího řízení, byl zrušen bez náhrady a pro postup k odstranění pochybností již není třeba lhůty stanovovat, pokud jej ovšem správci daně povedou zákonem určeným způsobem. Podle mých zkušeností tomu tak často není, zejména v případech, kdy správce daně zahájil za účinnosti zákona o správě daní a poplatků vytýkací řízení a neukončil je do 31. 12. 2010. V takovémto případě by měl správce daně postupovat ve smyslu § 264 odst. 1 daňového řádu, podle kterého řízení nebo postupy, které byly zahájeny podle dosavadních právních předpisů, se ode dne nabytí účinnosti tohoto zákona dokončí a práva a povinnosti z nich plynoucí se posoudí podle ustanovení tohoto zákona, která upravují řízení nebo postupy, které jsou jim svou povahou a účelem nejbližší a dokončit vytýkací řízení jako postup k odstranění pochybností, Tedy vyhodnocením již provedeného dokazování, seznámením daňového subjektu s jeho výsledkem a projednáním jej, s případně následující daňovou kontrolou nebo s vydáním platebního výměru. Tím, že takto správci daně nepostupují, je o budoucí spory postaráno.
Budoucí spory ale mají ještě další zdroj. Tím je vlastní právní úprava vzniku přeplatku na dani z přidané hodnoty, který vzniká až vyměřením této daně, tedy po ukončení postupu k odstranění pochybností a skutečností, že pokud k tomuto dojde v důsledku delšího postupu se značným časovým posunem, tak veškeré negativní důsledky nese plátce daně, tedy daňový subjekt. Přitom je otázkou, zda opravdu správce daně postupoval v průběhu postupu k odstranění pochybností bez zbytečného odkladu, zda všechny jeho kroky v průběhu postupu měly logiku a nebyly nadbytečné a konečně i to, zda vůbec byl postup zahájen zákonným způsobem, tedy sdělením konkrétních pochybností. Pokud tedy správce daně vyměří např. po 14 měsících daň ve stejné výši, v jaké ji daňový subjekt přiznal, potom je otázkou, zda by neměl mít nárok na úrok od správce daně za tuto dobu. Podle našich daňových zákonů nikoliv a např. promíjet příslušenství jiné daně, když toto vzniklo v důsledku platební neschopnosti plátce zaviněné zadržením nadměrného odpočtu rovněž není možné.
Nad tímto problémem se opakovaně zamýšlel i Soudní dvůr Evropské unie a své rozhodující závěry vyjádřil v rozsudku ve věci C‑107/10, jehož předmětem je návrh na zahájení řízení o předběžné otázce podle článku 267, a to od jakého okamžiku vzniká v případě vrácení přeplatku na základě daňového přiznání k DPH plátci daně nárok na úroky od správce daně. I když se tento rozsudek dotýká daňových poměrů v Bulharsku, nepochybuji o tom, že jeho závěry lze aplikovat i v naší republice. Podle Soudního dvora platí, že podmínky, stanovené ve vnitrostátní právní úpravě dotčené ve věci samé v Bulharsku, jsou v rozporu se zásadou, podle které platí, že i když členské státy mají určitou svobodu při stanovování podmínek vrácení nadměrného odpočtu DPH, tak tyto podmínky nemohou zpochybňovat zásadu daňové neutrality tím, že plátce daně bude povinen v celém rozsahu nebo z části snášet daňovou zátěž. Uvedené podmínky musí zejména umožnit, aby mohla být plátci daně vrácena celá suma nadměrného odpočtu DPH, což znamená, že vrácení se uskuteční v přiměřené lhůtě vyplacením finanční hotovosti nebo porovnatelným způsobem a přijatý způsob vrácení nesmí v žádném případě pro plátce daně představovat žádné finanční riziko (viz rozsudky Soudního dvora, např. Sosnowska, bod 17).
Na základě výše uvedených úvah dospěl Soudní dvůr k závěru, že článek 183 Směrnice 2006/112, změněné a doplněné Směrnicí 2006/138, posuzovaný z hlediska zásady daňové neutrality, se má vykládat v tom smyslu, že brání vnitrostátní právní úpravě, která stanovuje, že se lhůta na vrácení přeplatku vzniklého vyměřením nadměrného odpočtu DPH, po uplynutí které vzniká nárok na úroky z vratitelného přeplatku (terminologie daňového řádu), prodlužuje v případě zahájení daňové kontroly (v České republice v případě zahájení vytýkacího řízení, nově v případě zahájení postupu k odstranění pochybností), přičemž toto prodloužení má za následek, že nárok na uvedené úroky vzniká až po skončení této kontroly (vytýkacího řízení či postupu k odstranění pochybností). Daňový řád navíc umožňuje, aby správce daně, po ukončení postupu k odstranění pochybností, provedl před případným vyměřením nadměrného odpočtu následně i daňovou kontrolu.
Z obdobných úvah a mimo jiné i z citované judikatury Soudního dvora vyšel při své rozhodovací činnosti i Nejvyšší správní soud, a to v rozsudku 7 Aps 3/2013 – 34 ze dne 25. září 2014, www.nssoud.cz., ve kterém judikoval:
*[34] Česká vnitrostátní právní úprava má, jak bylo výše uvedeno, při svém doslovném výkladu nepřijatelné dopady z hledisek ústavněprávních i z hledisek práva Evropské unie. Povinností soudu je, je-li to možné, vykládat právo v souladu s ústavním pořádkem a vnitrostátní právo v souladu s právem Evropské unie. Má-li Nejvyšší správní soud dostát této povinnosti, musí se v určitých ohledech odchýlit od doslovného výkladu rozhodné vnitrostátní úpravy a přiklonit se k výkladu reflektujícímu smysl a účel systému výběru DPH, jeho základní strukturální prvky a princip proporcionality ve spojení s povinností šetřit základní práva a svobody jednotlivců (zde právo vlastnit majetek a právo podnikat).
[35] Daňové přiznání k DPH se podává pro daňová přiznání za zdaňovací období kratší než 12 měsíců (§ 136 odst. 4 daňového řádu, viz také § 101 zákona o DPH), tedy do 25 dnů po uplynutí zdaňovacího období. Za běžný (typický) případ lze považovat, že se DPH vyměřená správcem daně nebude odchylovat od daně přiznané plátcem. Lze tedy předpokládat, že plátci své povinnosti vůči správci daně plní řádně a že jejich neřádné plnění lze očekávat v menšině případů. Proto lze za typický případ považovat situaci, že uplatňuje-li plátce v daňovém přiznání nadměrný odpočet, bude mu v uplatněné výši také přiznán, a to postupem podle ust. § 140 odst. 1 a 2 daňového řádu, tj. zjednodušeným vyměřením. V takovém případě platí, že za den doručení platebního výměru daňovému subjektu se považuje poslední den lhůty pro podání daňového přiznání nebo vyúčtování, a bylo-li daňové přiznání nebo vyúčtování podáno opožděně, den, kdy došlo správci daně.
[36] Z výše uvedeného vyplývá, že lhůta k podání daňového přiznání (do 25 dnů po uplynutí zdaňovacího období) bude nejen v hmotněprávní, ale i v procesní rovině centrálním bodem, od něhož je nutno odvíjet úrok z nadměrného odpočtu nevyplaceného státem. Uplynutím této lhůty, resp. pozdějším okamžikem podání daňového přiznání v případě, kdy bylo podáno opožděně, je postaveno na jisto, že plátce podal daňové přiznání, v němž nárokuje nadměrný odpočet. Za obvyklého běhu věcí tedy dojde k vyměření nadměrného odpočtu neprodleně (v horizontu několika dnů, resp. dvou až tří týdnů) po tomto okamžiku, a to zpětně k poslednímu dni lhůty pro podání daňového přiznání, popř. ke dni opožděně podaného daňového přiznání. Dnem po něm následujícím také začne běžet třicetidenní lhůta k vyplacení nadměrného odpočtu podle ust. § 105 odst. 1 zákona o DPH. Po jejím uplynutí by tedy zásadně neměl být důvod plátci odpírat nárok na úrok z vratitelného přeplatku podle ust. § 155 odst. 5 daňového řádu.
[37] Na druhé straně nelze přehlédnout společenskou a ekonomickou realitu. Uplatňování nadměrných odpočtů, na které nemá plátce ve skutečnosti nárok, ať již s podvodným záměrem nebo v důsledku omylu či nepřesností, se při reálném fungování společného systému DPH Evropské unie vyskytuje natolik často a v natolik významném rozsahu, že tomu je nutno přizpůsobit i aplikační praxi v jednotlivých členských státech EU, tedy i v České republice. Správce daně musí mít k dispozici určitý časový prostor k základnímu prověření oprávněnosti uplatněného nároku a rozřazení jednotlivých nároků na ty, u nichž pochybnost, která by vyžadovala provádět další šetření, nevzniká, a na ty, kde se taková pochybnost objevuje. Správce daně má být schopen si takový prvotní úsudek učinit relativně rychle, avšak nikoli v situaci silné časové tísně. Nelze ani přehlédnout, že procesní pravidla (doručování písemností, minimální lhůty pro vyjádření daňového subjektu k výzvě správce daně aj.) jsou nastavena tak, že za běžných okolností správci daně neumožňují komunikovat s plátcem rychleji než v horizontu několika dnů až týdnů.
[38] Vnitrostátní právo neobsahuje žádné ustanovení o lhůtě, které by mohlo být podkladem pro jeho analogické užití a zaplnění mezery spočívající v tom, že toto právo nestanoví časovou mez, jejímž překročením vzniká plátci nárok na úrok z vratitelného přeplatku podle ust. § 155 odst. 5 daňového řádu. Takové ustanovení neobsahují ani předpisy práva Evropské unie. Z citované judikatury Soudního dvora je nicméně zřejmé, že uvedená lhůta má své nepochybné horní limity. V rozhodnutí ve věci C-25/07 v bodě 27 Soudní dvůr označil za nepřijatelně dlouhou lhůtu pro vrácení nadměrného odpočtu, a to dokonce pro specifickou skupinu nově registrovaných plátců, u nichž lze za legitimní považovat vyšší apriorní podezření z nebezpečí podvodného jednání než u plátců již delší dobu registrovaných k dani, lhůtu 180 dnů. Zároveň v rozhodnutí ve věci C-107/10 v bodě 49 aproboval takovou vnitrostátní úpravu, která umožnila převod nadměrného odpočtu na až tři následující zdaňovací období tehdy, jednalo-li se o období měsíční. Z uvedeného lze tedy usuzovat, že lhůta tří měsíců, počítaná od uplynutí zdaňovacího období, za které je nárok na nadměrný odpočet uplatňován, vyhovuje požadavkům plynoucím z judikatury Soudního dvora, a přitom jde v podmínkách vnitrostátní procesní úpravy v České republice o lhůtu, která dává správci daně přiměřený prostor k základnímu prověření uplatněného nároku na nadměrný odpočet, a zároveň jde o takový časový úsek, po který lze ještě po plátci spravedlivě požadovat, aby v poměrech vcelku častých případů podvodných jednání v souvislosti s nadměrným odpočtem, jimž je třeba účinně čelit, unesl zadržování nadměrného odpočtu správcem daně bez toho, aby byl tento odpočet úročen.
[39] Výše uvedený výklad, tedy odpoutání počátku vzniku nároku na úrok z vratitelného přeplatku od okamžiku skutečného vyměření po provedení případného postupu k odstranění pochybností a jeho navázání na lhůtu k podání daňového přiznání prodlouženou o tři měsíce s ohledem na ust. § 105 odst. 1 zákona o DPH, odpovídá výkladovým zásadám popsaným výše.
[40] V případech, které správce daně podrobí důkladnějšímu zkoumání typicky pomocí postupu k odstranění pochybností, si musí být vědom „ceny“, kterou pro něho čas věnovaný prověřování bude mít v případě, že se po prověření ukáže, že plátcova tvrzení odpovídají skutečnosti. Touto „cenou“ je úrok z vratitelného přeplatku podle ust. § 155 odst. 5 daňového řádu za dobu od uplynutí tříměsíční lhůty počínající běžet dnem následujícím po posledním dni lhůty k podání daňového přiznání, resp. dnem následujícím po dni podání opožděného daňového přiznání, bylo-li podáno po lhůtě, do dne uhrazení nadměrného odpočtu správcem daně. Pokud však správce daně prověřováním zjistí, že nárok plátce na nadměrný odpočet je zcela či zčásti neoprávněný, nemá plátce za tu část uplatněného nároku, která mu nebyla přiznána, nárok na úrok z vratitelného přeplatku podle ust. § 155 odst. 5 d. ř. proto, že mu takový přeplatek nevznikl.
[41] Je nutno zdůraznit, že úrok z vratitelného přeplatku podle ust. § 155 odst. 5 daňového řádu je nárokem plynoucím ze zákonem dovoleného zadržování nadměrného odpočtu plátci za účelem prověření oprávněnosti jeho nároku. Není proto obecně vzato důvodu plátci za dobu prověřování přiznávat úrok z neoprávněného jednání správce daně podle ust. § 254 odst. 1 daňového řádu. To ale neplatí, pokud v průběhu prověřování vydal správce daně rozhodnutí, které bylo následně zrušeno, změněno nebo prohlášeno nicotným, a na základě takového rozhodnutí byl plátci odepřen nárok na nadměrný odpočet či jeho část. Takové odepření nároku není ničím jiným než aktem po obsahové stránce ekvivalentním „pozitivnímu“ uhrazení částky na základě či v souvislosti se zrušeným, změněným nebo za nicotné prohlášeným rozhodnutím, neboť účinek tohoto rozhodnutí je v ekonomické i právní rovině totožný s rozhodnutím ukládajícím povinnost zaplatit určitou částku, pouze má „negativní“ podobu. Plátci se odepírá nárok na vyplacení nadměrného odpočtu nebo jeho části, tedy se mu ukládá povinnost strpět, že mu částka, o níž měl za to, že na ni má nárok, nebude vyplacena. Zásah do majetkové sféry plátce je v obou případech zcela stejný. Jde o majetkovou újmu buď v podobě protizákonného zmenšení majetku, kterým plátce disponuje, anebo v podobě protizákonného nezvětšení takového majetku.
Jak se zdá, máme tedy jasno. Správce daně je oprávněn prověřovat údaje tvrzené plátcem daně v jím podaném přiznání a nemůže mu být pro toto prověřování pevně stanovena omezující lhůta (mimo lhůty pro stanovení daně), ovšem plátce daně není povinen snášet negativní důsledky tohoto prověřování, které se v jeho ekonomické sféře projevují oddálením vyměření daně a tím i oddálením vzniku a vrácení případného přeplatku. Tyto ekonomické následky kontrolní činnosti správce daně vznikají bez ohledu na použitý postup, tedy jak při postupu k odstranění pochybností, tak i při daňové kontrole a ekonomická náhrada, kterou je stát povinen plátci daně uhradit, se přiznává až po uplynutí třech měsíců tohoto prověřování, je ve výši jiných úroků hrazených správcem daně a je odvislá od výše vzniklého přeplatku.
Přesto mám zato, že do budoucna je o daňové spory ohledně přiznání a výše tohoto úroku postaráno. I když odhlédnu od právního názoru Soudního dvora, podle kterého by měly být úroky vypočteny ode den, kdy by měl být nadměrný odpočet DPH obvykle nahrazen podle směrnice o DPH, viz bod 24 Rozsudku soudního dvora (desátého senátu) ze dne 24. října 2013 ve věci C‑431/12, SC Rafinăria Steaua Română SA, zásadní problémy při uplatňování citovaného rozsudku Nejvyššího správního soudu vidím v jeho konfrontaci s novelizovaným zněním daňového řádu účinným od 1. 1. 2015, který nově obsahuje § 254a, Úrok z daňového odpočtu. Podle tohoto ustanovení platí:
Citovaná právní úprava se sice shoduje s názorem Nejvyššího správního soudu pokud jde o nutnost přiznání úroku plátci daně v případě delšího prověřování údajů daňového přiznání plátce daně, ale to je asi tak všechno, v čem tato shoda existuje. Namísto třech měsíců prověřování novela stanoví měsíců pět (+ 1), výše úroku je podle novely daňového řádu zanedbatelná a přiznává se pouze v případě postupu k odstranění pochybností, nikoliv v případě daňové kontroly. Otázkou je, zda budou správci daně respektovat právní názor Nejvyššího správního soudu ohledně povinnosti vykládat právo v souladu s ústavním pořádkem a vnitrostátní právo v souladu s právem Evropské unie a povinnosti odchýlit se od doslovného výkladu rozhodné vnitrostátní úpravy a přiklonit se k výkladu reflektujícímu smysl a účel systému výběru DPH. Já osobně o tom mám pochybnosti. Na rozdíl od soudu, který právo nalézá, je správce daně pouze aplikuje. Otázkou tedy patrně spíše bude, zda právní názor vyjádřený v rozsudku 7 Aps 3/2013 – 34 přijmou za svůj i jiné soudy a hlavně senáty Nejvyššího správního soudu. Důležité ovšem je, že uplatňování unijního práva má prioritu před uplatňováním vnitrostátního právního předpisu, o čemž svědčí judikatura naše i evropská.
Unijní právo, zejména článek 183 směrnice Rady 2006/112/ES ze dne 28. listopadu 2006 o společném systému daně z přidané hodnoty, musí být vykládáno v tom smyslu, že brání takové právní úpravě a praxi členského státu, jako jsou právní úprava a praxe ve věci v původním řízení, které vylučují placení úroků z prodlení souvisejících s částkou daně z přidané hodnoty, jejíhož vrácení se nebylo možné domoci v přiměřené lhůtě kvůli vnitrostátnímu ustanovení, jež bylo shledáno v rozporu s unijním právem. Vzhledem k tomu, že daná oblast není upravena právními předpisy Evropské unie, je věcí vnitrostátního práva, aby při dodržení zásad rovnocennosti a efektivity stanovilo pravidla placení takových úroků, která nesmí být méně příznivá než pravidla platná pro žaloby zakládající se na nedodržení vnitrostátního práva a mající podobný předmět a titul jako žaloby založené na porušení unijního práva, ani nesmí být nastavena způsobem, který by v praxi znemožňoval nebo nepřiměřeně ztěžoval výkon práv přiznaných unijním právním řádem, což musí předkládající soud ve věci, která mu byla předložena, ověřit. Vnitrostátní soudy jsou povinny v případě potřeby neaplikovat ustanovení vnitrostátního právního předpisu, které je v rozporu s unijním právem. Usnesení Soudního dvora (třetího senátu) Evropské unie ze dne 17. července 2014 ve věci C-654/13, Delphi Hungary Autóalkatrész Gyártó
Rozsudek Nejvyššího správního soudu čj. 1 Afs 6/2013 – 184 ze dne 9. července 2015 www.nssoud.cz.
*	[37] Stěžovateli nelze přisvědčit, že by Nejvyšší správní soud rozsudkem Kordárna fakticky vytvořil novou právní normu a nerespektoval čl. 183 Směrnice, podle kterého si členské státy samy upraví podmínky týkající se nadměrných odpočtů. Nejvyšší správní soud se s tímto argumentem podrobně vypořádal v rozsudku HAMAGA, na jehož závěry lze odkázat i v nyní posuzované věci. Nejvyšší správní soud v odkazovaném rozsudku konstatoval, že „s ohledem na uvedené a na judikaturu Soudního dvora (jak je rozebrána dále v tomto rozsudku) se soudy nedopouští nepřípustného eurokonformního výkladu ani nepřípustné normotvorby, jsou to naopak daňové orgány, které nerespektují ustálenou judikaturu Soudního dvora. Jelikož česká vnitrostátní právní úprava je v posuzované otázce nedokonalá, musí soudy vyjít z práva Evropské unie. Ve své judikatuře (rozhodnutí Garage Molenheide, Alicja Sosnowska, Enel Maritsa Iztok, Kovozber a další) Soudní dvůr dovodil, že směrnice má ve vztahu k členským státům, které nedokonale transponovaly její znění, přímý účinek. Vnitrostátní soudy mají v takovém případě totiž povinnost neaplikovat vnitrostátní právní předpis a namísto něj musí aplikovat příslušné unijní pravidlo. Čl. 183 směrnice tedy musí být přímo aplikován i v českém právním prostředí. Tento článek Soudní dvůr vyložil tak, že za opožděně vrácený řádně uplatněný nadměrný odpočet náleží daňovému subjektu úrok. Finanční orgány mají v případě pochybností o uplatněném nároku povinnost tyto pochybnosti odstranit, k tomu jim musí být dána přiměřená lhůta. Ovšem pokud tuto lhůtu překročí, musí daňovému subjektu dorovnat jeho finanční znevýhodnění, které musel snášet po dobu, kdy byl jeho nadměrný odpočet prověřován, byl-li odpočet shledán oprávněným.“
Rozsudek Nejvyššího správního soudu čj. 7 Afs 196/2016 – 33 ze dne 12. ledna 2017, www.nssoud.cz
Z judikatury konce roku 2016 je již patrné, že přes počáteční problémy právní názor Nejvyššího správního soudu, vyjádřený v kauze Kordárna na tomto soudním tělese převážil. Navíc získal ještě větší oporu v judikatuře Soudního dvora a správci daně odmítaný úrok by se měl uplatnit i v případě dlouhotrvající daňové kontroly před vyměřením.
*	[32] Patrně nejzásadnější pochybení spatřuje stěžovatel v tom, že soud uměle vytvořil lhůtu pro vyměření nadměrného odpočtu. Z kontextu kasační stížnosti je zřejmé, že stejné pochybení spatřuje už v rozsudku Kordárna. Městský soud z rozsudku sedmého senátu (Kordárna) vyšel. Ostatně přestože české soudy formálně nejsou vázány předchozí judikaturou, je nezbytné, aby v případě, kdy soud se stávajícími závěry přijatými v judikatuře nesouhlasí, dostatečně svůj opačný názor vyargumentoval. Jestliže však se závěry předchozí judikatury souhlasí, potom je správný postup, pokud soud z předchozí judikatury čerpá. Ústavní soud k tomu například uvedl, že: „Podle přesvědčení Ústavního soudu povinnosti takto obecným soudům zákonem uložené jsou nejen výrazem povinnosti soudu (soudce) rozhodnout - mimo jiné - spravedlivě, tj. ve shodě s ustálenou rozhodovací praxí (Bureš a spol.: Občanský soudní řád, Komentář), ale jsou současně integrální částí stanoveného postupu, jak tento je dán a chráněn ústavně zaručeným právem na soudní ochranu (čl. 36 odst. 1 Listiny základních práv a svobod) a jak tento postup jako jedna ze zásad spravedlivého procesu byl Ústavním soudem v jeho ustálené rozhodovací praxi vyložen; mezi tyto zásady jak svou povahou, tak svým významem - též jako atribut právní jistoty co by jednoho z předpokladů právního státu – spadá požadavek jednotnosti rozhodování orgánů veřejné moci.“ Ani nyní rozhodující senát nemá důvod se od názorů sedmého senátu odchýlit a zcela se s nimi ztotožňuje. Považuje proto za správné i závěry přijaté městským soudem a nesouhlasí s tím, že by uměle vytvořil lhůtu pro vyměření nadměrného odpočtu, ani s tím, že došlo k dotvoření práva ve prospěch žalobkyně.
[33] Kasační soud v rozsudku Kordárna dospěl k tomu, že oddálení výplaty nadměrného odpočtu může mít pro daňové subjekty velmi zásadní zásah do toku peněz v jejich hospodaření a vyvolat významné dodatečné náklady, které by nevznikly, pokud by jim byl nadměrný odpočet vyplacen krátce po podání daňového tvrzení. Na druhou stranu je nadměrný odpočet institutem DPH, který je v řadě případů terčem pokusů o daňové podvody. Proto soud vyslovil: „Z tohoto úhlu pohledu se jeví jako nejvhodnější takový výklad vnitrostátního práva, který zákonodárcem sice zřejmě zamýšlenou, nicméně ústavně nepřijatelnou „mezeru“ v procesní úpravě vyplácení nadměrného odpočtu vyplní tak, že stát nebude omezen ve svém právu i delší dobu prověřovat oprávněnost plátcem uplatněného nároku na odpočet, včetně odpočtu nadměrného, avšak zároveň bude plátce povinen takové prověřování snášet „bezplatně“ jen po určitou přiměřenou dobu. Nad rámec této doby pak musí od státu obdržet kompenzaci přiměřenou délce zadržování nadměrného odpočtu a výši oprávněného nároku na nadměrný odpočet, který byl zadržován. Účelem takové kompenzace je nahradit plátci paušalizovaným způsobem majetkovou újmu spočívající v tom, že plátce nemohl po danou dobu disponovat prostředky v hodnotě nadměrného odpočtu.“
[34] Soud proto pokračoval: „Vnitrostátní právo neobsahuje žádné ustanovení o lhůtě, které by mohlo být podkladem pro jeho analogické užití a zaplnění mezery spočívající v tom, že toto právo nestanoví časovou mez, jejímž překročením vzniká plátci nárok na úrok z vratitelného přeplatku podle ust. § 155 odst. 5 daňového řádu. Takové ustanovení neobsahují ani předpisy práva Evropské unie. Z citované judikatury Soudního dvora je nicméně zřejmé, že uvedená lhůta má své nepochybné horní limity. V rozhodnutí ve věci C-25/07 v bodě 27 Soudní dvůr označil za nepřijatelně dlouhou lhůtu pro vrácení nadměrného odpočtu, a to dokonce pro specifickou skupinu nově registrovaných plátců, u nichž lze za legitimní považovat vyšší apriorní podezření z nebezpečí podvodného jednání než u plátců již delší dobu registrovaných k dani, lhůtu 180 dnů. Zároveň v rozhodnutí ve věci C-107/10 v bodě 49 aproboval takovou vnitrostátní úpravu, která umožnila převod nadměrného odpočtu na až tři následující zdaňovací období tehdy, jednalo-li se o období měsíční. Z uvedeného lze tedy usuzovat, že lhůta tří měsíců, počítaná od uplynutí zdaňovacího období, za které je nárok na nadměrný odpočet uplatňován, vyhovuje požadavkům plynoucím z judikatury Soudního dvora, a přitom jde v podmínkách vnitrostátní procesní úpravy v České republice o lhůtu, která dává správci daně přiměřený prostor k základnímu prověření uplatněného nároku na nadměrný odpočet, a zároveň jde o takový časový úsek, po který lze ještě po plátci spravedlivě požadovat, aby v poměrech vcelku častých případů podvodných jednání v souvislosti s nadměrným odpočtem, jimž je třeba účinně čelit, unesl zadržování nadměrného odpočtu správcem daně bez toho, aby byl tento odpočet úročen.“
[35] Tyto závěry, které se stěžovatel snaží kasační argumentací zvrátit, ostatně Nejvyšší správní soud potvrdil i v dalších svých rozhodnutích. Jde zejména o rozsudek ze dne 29. 1. 2015, č. j. 8 Afs 68/2013 – 46, kterým byl zrušen jak rozsudek Krajského soudu v Ústí nad Labem - pobočky v Liberci, tak i rozhodnutí Finančního ředitelství v Ústí nad Labem, a to z důvodu, že příslušná rozhodnutí nebyla v souladu s názorem kasačního soudu vyjádřeným v rozsudku Kordárna. Stejně tak v rozsudku ze dne 9. 12. 2015, č. j. 10 Afs 151/2015 – 27, kasační soud zmínil rozsudek Kordárna, a přestože šlo o nečinnostní žalobu a soud nemohl řešit výši úroků z vratitelného přeplatku, pro další rozhodování odkázal žalovaného právě na tento rozsudek.
[36] Správnost závěrů Nejvyššího správního soudu byla zcela potvrzena rozhodnutím Soudního dvora sp. zn. C-120/15 Kovozber ze dne 21. 10. 2015 (dále jen „rozhodnutí Kovozber“). Ve věci šlo obdobně jako v posuzované věci o spor o vyplacení úroků z prodlení za zadržování nadměrného odpočtu na DPH z důvodu prověřování oprávněnosti uplatnění nadměrného odpočtu, v tomto případě prostřednictvím daňové kontroly. Slovenská společnost
Kovozber s. r. o. si podala žádost o zaplacení úroků z prodlení od uplynutí 31. dne po uplynutí
lhůty pro podání daňového přiznání k DPH za příslušné období, až do dne vrácení řádně uplatněného nadměrného odpočtu. Vzhledem k tomu, že žádosti nebylo vyhověno, obrátila se společnost na soud. Ten se z důvodu, že slovenská vnitrostátní úprava neobsahovala úpravu přiznání úroků z prodlení za opožděné vrácení nadměrného odpočtu a chyběla i úprava definující okolnosti, za nichž se vrácení nadměrného odpočtu považuje za opožděné, obrátil na Soudní dvůr s předběžnými otázkami:
1) je v souladu s čl. 183 směrnice, že vnitrostátní úprava váže přiznání úroků z prodlení opožděně vrácené DPH až na uplynutí lhůty 10 dní od ukončení daňové kontroly zaměřené na zjištění oprávněnosti nároku na vrácení nadměrného odpočtu?,
2) je-li odpověď na první otázku kladná, náleží vnitrostátnímu soudu, aby v případě absence vnitrostátní právní úpravy úroků z prodlení po uplynutí 10 dní od ukončení daňové kontroly stanovil přiměřený právní režim úroků z prodlení vlastní úvahou na základě analogie iuris?
[37] Soudní dvůr k tomu uvedl, že plátce, kterému byl vrácen nadměrný odpočet DPH v nepřiměřené lhůtě, má podle práva Evropské unie nárok na úrok z prodlení. Při výpočtu úroků se musí brát jako počáteční okamžik den, kdy by měl být nadměrný odpočet DPH v souladu se směrnicí obvykle vrácen. Současně Soudní dvůr uvedl, že členské státy jsou, s cílem zabezpečit na svém území správné vybírání splatné daně v plné výši, povinny ověřovat daňová přiznání daňových subjektů, jejich účetní závěrky a další relevantní dokumenty, jakož i vypočítat a vybrat dlužnou daň. Z toho vyplývá, že lhůta pro vrácení nadměrného odpočtu může být v zásadě prodloužená pro účely vykonání daňové kontroly bez toho, aby bylo nutné považovat tuto lhůtu za nepřiměřenou, pokud toto prodloužení nepřekračuje meze toho, co je nevyhnutelné pro řádné vykonání daňové kontroly. Soudní dvůr však zároveň zdůraznil, že pokud daňový subjekt nemůže dočasně disponovat finančními prostředky ve výši nadměrného odpočtu DPH, je postižen hospodářským znevýhodněním, které by mělo být kompenzované zaplacením úroků, čímž by bylo zaručeno dodržení zásady daňové neutrality. Ke všem těmto závěrům odkázal na svou předchozí judikaturu.
[38] Ve vztahu ke stěžovatelem namítané nepřípustné normotvorbě je podstatným zejména postup Soudního dvora, ze kterého je nepochybné, že otázku úroků souvisejících s prověřováním uplatněného odpočtu považoval za jednoznačně judikovanou. O položených předběžných otázkách totiž rozhodl formou usnesení, což je zjednodušující postup dle čl. 99 Jednacího řádu Soudního dvora. K usnesení v souladu s tímto článkem Soudní dvůr přistoupí za předpokladu, že odpověď na položenou otázku lze jasně vyvodit z předchozí judikatury nebo pokud o odpovědi na položenou předběžnou otázku nelze rozumně pochybovat. Soudní dvůr tak potvrdil, že se otázkami, které jsou předmětem sporu i v projednávané věci, zabýval již ve své předchozí judikatuře a v rozhodnutí Kovozber pouze odcitoval již známé závěry, ze kterých při svém rozhodování ve věci Kordárna vycházel i Nejvyšší správní soud.
[39] Ke kasační námitce nutno konstatovat, že s ohledem na uvedené a na judikaturu Soudního dvora (jak je rozebrána dále v tomto rozsudku) se soudy nedopouští nepřípustného eurokonformního výkladu ani nepřípustné normotvorby, jsou to naopak daňové orgány, které nerespektují ustálenou judikaturu Soudního dvora. Jelikož česká vnitrostátní právní úprava je v posuzované otázce nedokonalá, musí soudy vyjít z práva Evropské unie. Ve své judikatuře (rozhodnutí Garage Molenheide, Alicja Sosnowska, Enel Maritsa Izok, Kovozber a další) Soudní dvůr dovodil, že směrnice má ve vztahu k členským státům, které nedokonale transponovaly její znění, přímý účinek. Vnitrostátní soudy mají v takovém případě totiž povinnost neaplikovat vnitrostátní právní předpis a namísto něj musí aplikovat příslušné unijní pravidlo. Čl. 183 směrnice tedy musí být přímo aplikován i v českém právním prostředí. Tento článek Soudní dvůr vyložil tak, že za opožděně vrácený řádně uplatněný nadměrný odpočet náleží daňovému subjektu úrok. Finanční orgány mají v případě pochybností o uplatněném nároku povinnost tyto pochybnosti odstranit, k tomu jim musí být dána přiměřená lhůta. Ovšem pokud tuto lhůtu překročí, musí daňovému subjektu dorovnat jeho finanční znevýhodnění, které musel snášet po dobu, kdy byl jeho nadměrný odpočet prověřován, byl-li odpočet shledán oprávněným.
[40] Pokud jde o okamžik, od kterého musí být poskytnut úrok, jde podle shora citovaných rozhodnutí Soudního dvora o den, kdy by měl být nadměrný odpočet DPH v souladu se směrnicí obvykle vrácen. V českém právním prostředí je takovou lhůtou lhůta 3 měsíců. Už v rozsudku Kordárna kasační soud vyslovil, že: „lhůta tří měsíců, počítaná od uplynutí zdaňovacího období, za které je nárok na nadměrný odpočet uplatňován, vyhovuje požadavkům plynoucím z judikatury Soudního dvora, a přitom jde v podmínkách vnitrostátní procesní úpravy v České republice o lhůtu, která dává správci daně přiměřený prostor k základnímu prověření uplatněného nároku na nadměrný odpočet, a zároveň jde o takový časový úsek, po který lze ještě po plátci spravedlivě požadovat, aby v poměrech vcelku častých případů podvodných jednání v souvislosti s nadměrným odpočtem, jimž je třeba účinně čelit, unes l zadržování nadměrného odpočtu správcem daně bez toho, aby byl tento odpočet úročen.“ V souladu s evropskou judikaturou soudu nezbylo než k vymezení přiměřené lhůty přistoupit, jelikož jakákoli vnitrostátní úprava v rozhodném období chyběla (včetně té, kterou by bylo možno aplikovat analogicky).
[41] Za den, kdy by měl být nadměrný odpočet obvykle vrácen, považuje Nejvyšší správní soud takový den, ve kterém by v jednodušších případech došlo i k případnému odstranění pochybností správce daně v důsledku dodatečně předložených informací a důkazů daňovým subjektem. Lhůtu 3 měsíců lze proto v českém právním prostředí považovat za zcela přiměřenou. Je složena z lhůty k podání daňového tvrzení – 25 dní, lhůty k vyplacení případného nadměrného odpočtu nebo k zahájení postupu k odstranění pochybností – 30 dní, lhůty pro reakci daňového subjektu na výzvu k objasnění pochybností – 15 dní u postupu k odstranění pochybností, a další přiměřené lhůty pro prověření skutečností sdělených daňovým subjektem – zbylých přibližně 20 dní. Ve standardním případě by v této lhůtě měl správce daně být schopen přijmout daňové tvrzení, v případě pochybností zahájit příslušný prověřovací postup a rovněž ho i ukončit. Podle judikatury Soudního dvora je právě tohle okamžik, od kterého náleží daňovému subjektu úroky z již neoprávněně zadržovaného nadměrného odpočtu. Lhůta 3 měsíců vyhovuje názorové linii publikované v rozhodnutích Soudního dvora a ani v nynější věci nemá soud důvod s ní jakkoli nesouhlasit.
[42] Pokud jde o úroky související s prověřováním uplatněného odpočtu, jejichž úprava ve vnitrostátním právu v rozhodném období chyběla, členské státy jsou podle judikatury Soudního dvora povinny použít úpravu, která je té chybějící svou povahou nejbližší. Pro posuzovanou věc se rozhodná právní úprava nachází v daňovém řádu. Nejbližší úpravou je úprava v § 155 odst. 5 daňového řádu: Je-li poukazován správcem daně vratitelný přeplatek na žádost po lhůtě stanovené v odstavci 3 nebo po lhůtě stanovené zákonem pro vrácení vratitelného přeplatku, který se vrací bez žádosti, náleží daňovému subjektu úrok z vratitelného přeplatku, který odpovídá ročně výši repo sazby stanovené Českou národní bankou, zvýšené o 14 procentních bodů, platné pro první den příslušného kalendářního pololetí. Tento úrok daňovému subjektu náleží ode dne následujícího po dni, ve kterém uplynula stanovená lhůta pro vrácení vratitelného přeplatku, do dne jeho poukázání daňovému subjektu. Úrok se nepřizná, nepřesahuje-li 100 Kč. O výši úroku rozhodne správce daně bezodkladně po vrácení tohoto přeplatku. Uvedené ustanovení souvisí s § 105 odst. 1 zákona o DPH, který stanoví lhůtu pro vrácení vratitelného přeplatku na 30 dnů od vyměření nadměrného odpočtu. Jde o úrok za opožděné vrácení nadměrného odpočtu, resp. za nevrácení odpočtu v zákonem stanovené lhůtě. Jde o právní úpravu svou povahou nejbližší, a proto při povinnosti dát průchod přímému účinku práva Evropské unie je nejvhodnější k zaplnění mezery na vnitrostátní úrovni, navíc při zajištění zásady ekvivalence a efektivity. České soudy neměly jinou možnost, než v mezích vytyčených judikaturou Soudního dvora najít nejbližší právní úpravu, kterou by mohly aplikovat.
[43] Jelikož v případě, kdy byl řádně uplatněn nadměrný odpočet, došlo ke „vzniku“ vratitelného přeplatku, bylo na správci daně, aby tento přeplatek daňovému subjektu vrátil a současně k vraceným finančním prostředkům poskytl i příslušný úrok z vratitelného přeplatku (nadměrného odpočtu) dle § 155 odst. 5 daňového řádu. Sedmý senát tak aplikoval nejbližší právní úpravu dopadající na danou věc a nelze souhlasit se stěžovatelem, že si soudy doplnily novou kategorii úroku, která nemá oporu v zákoně. Stejně tak výše úrokové sazby byla stanovena dle tohoto toho zákonného ustanovení, proto soudy neměly možnost výši úrokové sazby modifikovat a je nadbytečné nyní polemizovat o její přiměřenosti. Jak je uvedeno již výše, soudy postupovaly v souladu s judikaturou Soudního dvora a vlastně s principy, na nichž je vystavěno evropské právo, a byly povinny nalézt právní úpravu, kterou by bylo možno v souladu se závěry přijatými Soudním dvorem k posuzované problematice aplikovat na případ vnitrostátní úpravou konkrétně neřešený.
[44] Pro úplnost soud doplňuje, že placení úroku souvisejícího s prověřováním nadměrného odpočtu není trestem pro správce daně. Nejedná se o sankční opatření, jak se snaží nastínit stěžovatel, ale jedná se o dorovnání finančního znevýhodnění, k němuž by v případě okamžitého vyplacení nadměrného odpočtu nedošlo. Kasační soud nezpochybňuje, že existují prostředky, kterými se daňové subjekty mohou domáhat ochrany před nezákonně zahájeným postupem k odstranění pochybností nebo nezákonně zahájenou daňovou kontrolou, ovšem o takový případ se nejedná. Pokud správce daně zcela v souladu s právními předpisy zahájí postup k odstranění pochybností a nestihne ho ukončit v přiměřené lhůtě, musí daňovému subjektu, v případě kdy se ukáže, že daňový subjekt uplatnil nadměrný odpočet oprávněně, dorovnat finanční znevýhodnění, kterému daňový subjekt čelil v průběhu nad přiměřenou dobu probíhajícího postupu k odstranění pochybností. Pohled finanční správy na placení úroků z nadměrného odpočtu jako na trest za vedení kontrolních postupů není správný.
[45] Stěžovatel nemá pravdu ani v tom, že městský soud směšuje jednotlivá dílčí daňová řízení. Vyměření nadměrného odpočtu má převážně povahu deklaratorního správního rozhodnutí (autoritativně určuje, že plátci vznikl nárok na nadměrný odpočet v určité výši). Konstitutivní charakter má vyměření jen potud, že zakládá počátek běhu lhůty, po jejímž uplynutí je nadměrný odpočet plátcem exekučně vymožitelný na státu. Soud nerozporuje, že nadměrný odpočet je vyměřen až vydáním platebního výměru (viz v kasační stížnosti odkazovaný rozsudek ve věci sp. zn. 7 Afs 10/2006), právně tedy „vzniká“ (je vymožitelný, lze s ním „počítat“) až tímto okamžikem, fakticky však existuje od okamžiku jeho uplatnění. Z judikatury Soudního dvora dovozená tříměsíční lhůta je odlišná od lhůty pro vrácení nadměrného odpočtu, tyto nelze srovnávat ani poměřovat. Správce daně je nadále povinen vrátit nadměrný odpočet ve lhůtě 30 dnů od vyměření, to vše v rámci tříměsíční lhůty, aby předešel nutnosti vyrovnat daňovému subjektu finanční ztráty prostřednictvím úroků.
[46] K námitce, že 1. senát Nejvyššího správního soudu postoupil rozšířenému senátu otázku směřující proti závěrům rozsudku Kordárna, soud konstatuje, že ve věci již bylo rozhodnuto, a to usnesením ze dne 25. 5. 2016, č. j. 1 Afs 235/2014 – 50. Rozšířený senát dovodil, že: „[s]kutkový i právní stav věci projednávané sedmým senátem byl zjevně zcela odlišný od věci, v níž rozhoduje první senát (úrok z přeplatku na dani z příjmů, resp. na dani důchodové v případě jeho pozdního vrácení, resp. v případě zaviněného přeplatku správcem daně); nadto, lhůta stanovená pro vrácení přeplatku ve věci sp. zn. 7 Aps 3/2013 započala běžet až za účinnosti daňového řádu, nikoli, jak první senát uvádí, za účinnosti zákona o správě daní (platební výměr na daň z přidané hodnoty, v němž uplatněné částky nadměrného odpočtu byly žalobkyni přiznány, resp. daň byla vyměřena, a od tohoto okamžiku započal běh lhůty pro vrácení nadměrného odpočtu, byl vydán dne 26. 4. 2011).“ Rozšířený senát proto vrátil věc k rozhodnutí prvnímu senátu. Nad rámec projednávané věci při tom uvedl, že závěry rozsudku Kordárna byly potvrzeny usnesením Soudního dvora Kovozber (k tomu argumentace viz výše), čímž nepřímo závěry rozsudku Kordárna potvrdil. S ohledem na výsledek řízení před rozšířeným senátem se soud ani v nynější věci dále názory 1. senátu nezabýval, jelikož jde o zcela odlišnou věc skutkově i právně.
[47] Důvodnost kasační stížnosti spatřoval stěžovatel dále v tom, že městský soud přejal závěry rozsudku Kordárna. Soud však v této skutečnosti důvodnost kasační stížnosti nespatřuje. Závěry městského soudu dopadají na posuzovanou věc, nejedná se o situaci, kdy by městský soud přejal závěry Nejvyššího správního soudu bez jakékoli návaznosti na souzenou věc (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 17. 1. 2008, č. j. 5 As 29/2007 - 64). Přejal pouze právní argumentaci k totožné otázce, kterou předtím kasační soud již vyřešil. V takovém postupu nelze spatřovat pochybení. Přestože by možná bylo vhodnější zvolit alespoň jiné slovní formulace, nic to nemění na tom, že v převzetí závěrů k otázce, na niž převzaté závěry dopadají, a s nimiž se městský soud ztotožnil, nelze považovat za vadu rozsudku, pro kterou by bylo třeba ho rušit…..
* [54] Jak plyne i z výše citované evropské judikatury, je nutno výše uvedené závěry vztáhnout na všechny prověřovací postupy přípustné v rámci daňového řízení, tedy včetně postupu k odstranění pochybností, ale i daňové kontroly podle českého práva.
Rozsudek Nejvyššího správního soudu čj. 9 Afs 225/2015 – 72 ze dne 6. října 2016, www.nssoud.cz.
*	[18] Přes nedostatek formální závaznosti má i v českém právním řádu rozhodovací činnost soudů význam překračující její závaznost v konkrétní rozhodované věci. Pokud by soudy předchozí judikaturu zcela ignorovaly, pak by se dostávaly do rozporu s hodnotami právní jistoty, předvídatelnosti práva a ochrany důvěry v konzistentní soudcovské rozhodování [srov. např. Kühn, Z., Bobek, M., Polčák, R. (eds.) Judikatura a právní argumentace. Teoretické a praktické aspekty práce s judikaturou, Praha, 2006, Auditorium, str. 113 an.]. Rozhodnutí vrcholných soudů, jakkoliv nemají precedenční účinky, je třeba respektovat v případech, kdy soud posuzuje skutkově i právně analogickou věc. Třebaže jde o rozhodnutí v jednotlivé konkrétní věci, zpravidla působí i jako interpretační vodítko při rozhodování ve skutkově a právně obdobných věcech. Podpoří-li proto soud své právní závěry v konkrétní věci odkazy na přiléhavou a ustálenou judikaturu Nejvyššího správního soudu, lze jeho postup označit za žádoucí.
[19] Městský soud vyšel z rozsudku Kordárna. Přestože české soudy formálně nejsou vázány předchozí judikaturou, je nezbytné, aby v případě, kdy soud se stávajícími závěry přijatými v judikatuře nesouhlasí, dostatečně svůj opačný názor vyargumentoval. Jestliže však se závěry předchozí judikatury souhlasí, potom je správný postup, pokud soud z předchozí judikatury čerpá. Ústavní soud k tomu například uvedl, že: „Podle přesvědčení Ústavního soudu povinnosti takto obecným soudům zákonem uložené jsou nejen výrazem povinnosti soudu (soudce) rozhodnout - mimo jiné - spravedlivě, tj. ve shodě s ustálenou rozhodovací praxí (Bureš a spol.: Občanský soudní řád, Komentář), ale jsou současně integrální částí stanoveného postupu, jak tento je dán a chráněn ústavně zaručeným právem na soudní ochranu (čl. 36 odst. 1 Listiny základních práv a svobod) a jak tento postup jako jedna ze zásad spravedlivého procesu byl Ústavním soudem v jeho ustálené rozhodovací praxi vyložen; mezi tyto zásady jak svou povahou, tak svým významem - též jako atribut právní jistoty co by jednoho z předpokladů právního státu – spadá požadavek jednotnosti rozhodování orgánů veřejné moci.“ (viz nález ze dne 25. 11. 1999, sp. zn. III. ÚS 470/97). Ani nyní rozhodující senát nemá důvod se od názorů obsažených v rozsudku Kordárna odchýlit. Považuje proto za správné i závěry přijaté městským soudem.
Rozsudek Nejvyššího správního soudu čj. 7 Afs 173/2016 – 26 ze dne 15. prosince 2016, www.nssoud.cz.
*	[21] Lze dodat, že správnost závěrů vyslovených sedmým senátem byla potvrzena poté např. i nedávným usnesením Soudního dvora EU ze dne 21. 10. 2015, ve věci C-120/15 Kovozber s. r. o., v němž Soudní dvůr uvedl, že plátce, kterému byl vrácen nadměrný odpočet DPH v nepřiměřené lhůtě, má podle práva EU nárok na úrok z prodlení. O tom, že Soudní dvůr považoval věc za jednoznačnou, svědčí i to, že rozhodl usnesením, což je zjednodušující postup podle článku 99 Jednacího řádu Soudního dvora (k usnesení v souladu s tímto článkem Soudní dvůr EU přistoupí v otázkách, kdy lze odpověď jasně vyvodit z předchozí judikatury nebo pokud o odpovědi na položenou předběžnou otázku nelze rozumně pochybovat).
Rozsudek Nejvyššího správního soudu čj. 1 Afs 235/2014 – 50 ze dne 25. května 2016, usnesení RS, www.nssoud.cz

References: § 89

§ 90
 § 43
 § 105
 § 89
 § 43
 soud 
 soud 
 § 43
 soud 
 § 89
 § 43
 § 43
 § 43
 § 43
 § 43
 soud 
 § 43
 § 43
 § 4
 § 43
 soud 
 soud 
 § 43
 soud 
 soud 
 soud 
 soud 
 soud 
 soud 
 soud 
 soud 
 § 113
 § 116
 § 115
 § 98
 soud 
 soud 
 soud 
 § 261
 § 89
 soud 
 § 261
 soud 
 soud 
 § 261
 § 65
 soud 
 § 261
 soud 
 § 8
 soud 
 soud 
 soud 
 § 89
 § 89
 soud 
 § 261
 soud 
 § 261
 § 261
 soud 
 § 261
 § 261
 § 261
 soud 
 soud 
 § 261
 soud 
 § 261
 § 89
 soud 
 Soud 
 § 43
 § 16
 § 2
 § 89
 § 89
 § 135
 § 85
 § 89
 soud 
 soud 
 soud 
 § 85
 § 89
 § 90
 § 43
 Soud 
 § 89
 § 43
 § 148
 § 38
 zákona č. 82
 soud 
 § 89
 § 89
 § 148
 § 89
 § 89
 § 90
 § 60
 § 60
 § 90
 § 147
 § 90
 § 147
 § 8
 § 50
 § 50
 § 49
 soud 
 § 90
 soud 
 § 147
 čl. 38
 soud 
 § 147
 § 147
 § 102
 § 102
 soud 
 § 89
 § 90
 § 90
 soud 
 § 147
 § 102
 § 90
 § 90
 § 90
 § 6
 soud 
 soud 
 soud 
 § 90
 soud 
 § 90
 § 90
 soud 
 § 93
 § 5
 § 7
 soud 
 § 264
 soud 
 § 101
 § 140
 § 105
 § 155
 § 155
 § 105
 § 155
 § 155
 § 155
 § 254
 § 254
 soud 
 soud 
 čl. 183
 soud 
 soud 
 Čl. 183
 soud 
 soud 
 soud 
 soud 
 soud 
 soud 
 soud 
 Soud 
 § 155
 soud 
 soud 
 soud 
 čl. 183
 čl. 99
 Čl. 183
 soud 
 soud 
 soud 
 § 155
 § 105
 § 155
 soud 
 soud 
 soud 
 Soud 
 soud 
 soud 
 soud 
 Soud 
 soud 
 soud 
 soud 
 soud 
 soud 
 soud 
 soud 
 soud 
 soud