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Timestamp: 2016-10-22 03:43:13+00:00

Document:
2P.17/2007 (23.08.2007)
2P.17/2007
2A.35/2007 /fzc
Arr�t du 23 ao�t 2007
Hungerb�hler, M�ller, Yersin et Karlen.
EMS X.________ SA,
recourante, repr�sent�e par Cabinet fiduciaire et fiscal J.D. Monribot S.A.,
rappels d'imp�t et prononc�s d'amende
(p�riodes 1993-1994, 1995, 1996),
recours de droit administratif 2A.35/2007 et recours
de droit public 2P.17/2007 contre l'arr�t du Tribunal administratif du canton de Vaud du 28 novembre 2006.
La soci�t� EMS X.________ SA (ci-apr�s: la Soci�t�), dont le si�ge est � A.________, a pour but l'exploitation d'un �tablissement m�dico-social (EMS). Y.________ en est l'actionnaire et l'administrateur unique avec signature individuelle. Il est aussi propri�taire de l'immeuble dans lequel se trouve l'EMS qu'il dirige. La Soci�t� est au b�n�fice d'un contrat de bail.
Le 29 avril 1991, le Service cantonal des assurances sociales et de l'hospitalisation du canton de Vaud a constat� des d�fauts d'ordre architectural, structurel et des probl�mes de s�curit� en mati�re d'incendie. Tout en prenant note de l'existence d'un projet de nouvelle construction, il invitait le directeur de la Soci�t� � r�fl�chir � l'avenir de l'�tablissement. Un devis de transformations �tabli le 4 d�cembre 1991 par le bureau d'architectes B.________ SA pour rendre l'�tablissement conforme aux exigences l�gales s'�levait � 440'000 fr. auxquels s'ajoutaient des am�nagements ext�rieurs pour un montant de 20'000 fr. Une deuxi�me partie du devis concernait la cr�ation d'un �ventuel jardin d'hiver et d'une terrasse couverte pour un montant de 250'000 fr.
Le 16 juin 1992, le Service cantonal de la sant� publique signalait � Y.________ que l'autorisation d'exploitation arrivait � �ch�ance le 31 mars 1993 et qu'en raison de la situation �loign�e de l'EMS, des investissements importants que n�cessiterait son adaptation et des contraintes budg�taires, un plan de transformation �tait exclu et l'�tablissement d�mobilis�. Il pouvait toutefois pr�senter un projet personnel dans les locaux existants n�cessitant peu de transformations (moins d'un million de francs).
Un devis dat� du 1er septembre 1992 concernant l'achat de 30 lits de g�riatrie s'�levait � 235'000 fr.
Par d�cision du 19 octobre 1998, le D�partement de la sant� et de l'action sociale du canton de Vaud a ordonn� la fermeture d�finitive de l'EMS. Par arr�t du 10 juin 1999 statuant sur le recours dirig� contre la d�cision du 19 octobre 1998, le Tribunal administratif du canton de Vaud a accord� un d�lai suppl�mentaire de deux ans. Le 23 septembre 1999, le D�partement a prolong� l'autorisation d'exploiter jusqu'au 30 juin 2001. Une demande de r�examen de cette d�cision a �t� rejet�e par arr�t du Tribunal administratif du 7 ao�t 2001, lui-m�me confirm� par arr�t 2P.241/2001 du Tribunal f�d�ral du 18 f�vrier 2002.
Par d�cision de taxation du 20 janvier 1994 pour la p�riode fiscale 1993/1994, l'Administration cantonale des imp�ts a impos� la Soci�t� sur un b�n�fice moyen de 58'100 fr. et un capital de 289'000 fr. Cette d�cision n'a pas fait l'objet d'une r�clamation.
Par d�cision de taxation du 12 mars 1996 pour la p�riode fiscale 1995 (praenumerando; ann�es de calcul 1993/1994), l'Administration cantonale des imp�ts a impos� la Soci�t� sur un b�n�fice moyen de 65'400 fr. et un capital de 420'000 fr. Cette d�cision n'a pas fait l'objet d'une r�clamation. Par d�cision de taxation du 4 novembre 1996 pour la m�me p�riode fiscale (postnumerando, ann�e de calcul 1995), l'Administration cantonale des imp�ts a impos� la Soci�t� sur un b�n�fice de 87'100 fr. et un capital de 507'000 fr. Cette d�cision n'a pas fait l'objet d'une r�clamation.
Pour la p�riode fiscale 1996, la soci�t� a d�clar� un b�n�fice imposable de 1'600 fr. et un capital de 509'000 fr.
Les 8 et 9 septembre 1998, l'Administration cantonale des imp�ts a proc�d� � un contr�le portant sur les exercices comptables des ann�es 1991 � 1996. Le 29 septembre 1998, elle a requis la production de fiches comptables, du contrat de bail de l'immeuble, de diverses factures justificatives ainsi qu'une explication nantie de justificatifs de la provision de 359'430 fr. pour transformations. Le 10 novembre 1998, la Soci�t� a produit le contrat de bail du 28 novembre 1988.
Le 9 d�cembre 1998, l'Administration cantonale des imp�ts a notifi� � la Soci�t� un avis d'ouverture de proc�dure pour soustraction fiscale concernant les p�riodes fiscales 1993/1994, 1995, 1996 et 1997. Le m�me jour, un courrier identique a �t� adress� � Y.________. Le 29 septembre 1998, l'Administration cantonale des imp�ts a requis de la Soci�t� la production de pi�ces comptables. Ayant refus� de fournir les pi�ces malgr� une sommation du 16 d�cembre 1998 lui fixant un d�lai au 11 janvier 1999, la Soci�t� a �t� condamn�e � payer deux amendes de 500 et 200 fr.; ces derni�res ont �t� confirm�es par arr�t du Tribunal administratif du canton de Vaud du 26 ao�t 1999. Un nouveau d�lai lui a �t� fix� au 22 f�vrier 2000.
Par courrier du 12 juin 2001 annon�ant la cl�ture prochaine de la proc�dure, l'Administration cantonale des imp�ts a invit� la Soci�t� � d�poser des observations sur les reprises effectu�es dans les comptes de r�sultat et qui portaient sur des distributions dissimul�es en faveur de Y.________, notamment des salaires excessifs, une pendule neuch�teloise, une cha�ne Hi-fi, les primes d'une assurance m�nage et une part priv�e sur les honoraires de la fiduciaire. Elles portaient aussi sur des provisions pour transformation d'immeuble de 359'430 fr. et pour achat de lits de 236'220 fr.
Le 20 septembre 2002, l'Administration cantonale des imp�ts a notifi� � la Soci�t� deux d�cisions �de rappel d'imp�ts, de taxation d�finitive et de prononc� d'amende pour soustraction fiscale�, l'une en mati�re d'imp�t f�d�ral direct, l'autre en mati�re d'imp�t cantonal.
S'agissant de l'imp�t f�d�ral direct, pour la p�riode fiscale 1993/1994, elle a fix� le b�n�fice imposable � 59'700 fr. (au lieu de 58'100 fr.), l'imp�t soustrait � 313 fr. 60 et l'amende � 300 fr. Pour la p�riode fiscale 1995 (prae), elle a fix� le b�n�fice imposable � 168'300 fr. (au lieu de 65'400 fr.) et, pour la p�riode fiscale 1995 (post), � 247'100 fr. (au lieu de 87'100 fr.), l'imp�t soustrait � 16'146 fr. 60, et l'amende � 16'100 fr. Le capital imposable de ces p�riodes n'a pas �t� modifi�. Pour la p�riode fiscale 1996, elle a fix� le b�n�fice imposable � 700'300 fr. (au lieu du montant d�clar� de 1'600 fr.) et le capital imposable � 1'104'000 fr (au lieu du montant d�clar� de 509'000 fr.), les imp�ts soustraits � 68'571 fr. 35 et 476 fr., et l'amende � 100 fr.
S'agissant de l'imp�t cantonal, pour la p�riode fiscale 1993/1994, elle a fix� le b�n�fice imposable � 59'700 fr. (au lieu de 58'100 fr.), l'imp�t soustrait � 1'103 fr. 70 et l'amende de droit cantonal � 700 fr. et de droit communal � 400 fr. Pour la p�riode fiscale 1995 (prae), elle a fix� le b�n�fice imposable � 168'300 fr. (au lieu de 65'400 fr.) et pour la p�riode fiscale 1995 (post), � 247'100 fr. (au lieu de 87'100 fr.), l'imp�t soustrait � 41'113 fr. 25, et l'amende de droit cantonal � 25'400 fr. et de droit communal � 15'700 fr. Le capital imposable de ces p�riodes n'a pas �t� modifi�. Pour la p�riode fiscale 1996, elle a fix� le b�n�fice imposable � 700'600 fr. (au lieu du montant d�clar� de 1'600 fr.) et le capital imposable � 1'104'000 fr (au lieu du montant d�clar� de 509'000 fr.), les imp�ts soustraits � 204'861 fr. 80 et 476 fr., comprenant une majoration de 10% des �l�ments dont la soustraction avait �t� tent�e.
Le 11 octobre 2002, la Soci�t� a interjet� deux r�clamations, l'une en mati�re d'imp�t f�d�ral direct et l'autre en mati�re d'imp�ts cantonal et communal.
Par d�cision unique du 3 janvier 2006, l'Administration cantonale des imp�ts a partiellement admis les r�clamations pour les motifs suivants: Les salaires vers�s � l'administrateur �taient certes excessifs mais les attestations de salaire figuraient dans les d�clarations d'imp�t de sorte qu'il n'�tait pas possible de prononcer d'amende pour cette raison. Les provisions pour transformation de l'immeuble et achat de lits constituaient une anticipation de d�penses futures et devaient par cons�quent �tre dissoutes. L'achat d'une pendule neuch�teloise et d'une cha�ne Hi-fi ainsi que le financement d'une assurance par la Soci�t� constituaient des prestations � l'actionnaire. Elle a r�duit les amendes pour la p�riode fiscale 1995 � 770 fr. pour l'imp�t cantonal, � 480 fr. pour l'imp�t communal et � 1'250 fr. pour l'imp�t f�d�ral direct.
La Soci�t� a interjet� recours contre la d�cision sur r�clamation. Son recours invoquait la prescription des cr�ances et des amendes fiscales et portait sur la dissolution des provisions et sur les reprises de salaires excessifs et des parts priv�es effectu�es par l'Administration cantonale des imp�ts.
Par arr�t du 28 novembre 2006, le Tribunal administratif du canton de Vaud a partiellement admis le recours de la Soci�t� contre la d�cision sur r�clamation du 3 janvier 2006 et renvoy� la cause � l'Administration cantonale des imp�ts pour nouvelle d�cision dans le sens des consid�rants. Il a jug� que la prescription avait �t� d�ment interrompue par l'avis d'ouverture d'enqu�te adress� � la Soci�t� le 9 d�cembre 1998. La Soci�t� se pr�valait tardivement de n'avoir pas re�u cet avis. Les provisions pour transformation de l'immeuble et achat de lits constituaient des r�serves pour charges futures qui ne pouvaient grever le compte de r�sultat. Elles devaient �tre reprises dans l'exercice comptable 1996. Les reprises sur les salaires excessifs du directeur n'�taient pas justifi�es pour les ann�es 1993, 1994 et 1996. Les primes d'assurance pay�es par la Soci�t� pour les ann�es 1992 � 1995 concernant une assurance en faveur de l'actionnaire, les honoraires de la fiduciaire pay�s par la Soci�t� concernant des travaux en relation avec le divorce de ce dernier devaient �galement �tre repris. L'Administration cantonale des imp�ts n'avait en revanche pas pu prouver que l'achat de la pendule neuch�teloise et celui de la cha�ne Hi-fi constituait une d�pense en faveur de l'actionnaire; la reprise ne pouvait par cons�quent �tre confirm�e.
Par la voie du recours de droit administratif 2A.35/2007 pour ce qui concerne l'imp�t f�d�ral direct, la Soci�t� demande au Tribunal f�d�ral, sous suite de frais et d�pens, d'annuler l'arr�t rendu le 28 novembre 2006 par le Tribunal administratif ainsi que les d�cisions de rappels d'imp�t et d'amendes de l'Administration cantonale des imp�ts du 3 janvier 2006. A l'appui de son recours de droit administratif, elle se plaint de la violation de l'art. 6 de la Convention europ�enne de sauvegarde des droits de l'homme et des libert�s fondamentales du 4 novembre 1950 (CEDH; RS 0.101), de son droit d'�tre entendue ainsi que du droit f�d�ral en mati�re de preuves, de prescription et de d�duction des provisions.
Par la voie du recours de droit public 2P.17/2007 pour ce qui concerne les imp�ts cantonaux et communaux, la Soci�t� demande d'annuler l'arr�t rendu le 28 novembre 2006 par le Tribunal administratif ainsi que les d�cisions de rappel d'imp�t et d'amendes de l'Administration cantonale des imp�ts du 3 janvier 2006. A l'appui de son recours de droit public, elle fait valoir les m�mes griefs que dans son recours de droit administratif auxquels s'ajoutent l'application arbitraire du droit cantonal et la violation des art. 5 al. 1 et 49 al. 2 Cst.
Le Tribunal administratif a renonc� � d�poser une r�ponse. L'Administration cantonale des imp�ts et l'Administration f�d�rale des contributions concluent au rejet des recours.
Par ordonnances du 9 f�vrier 2007, le Pr�sident de la IIe Cour de droit public du Tribunal f�d�ral a rejet� les requ�tes d'effet suspensif formul�es dans le recours de droit administratif et le recours de droit public.
1.1 L'arr�t attaqu� a �t� rendu avant l'entr�e en vigueur, le 1er janvier 2007, de la nouvelle loi sur le Tribunal f�d�ral du 17 juin 2005 (LTF; RS 173.110). Le pr�sent recours doit d�s lors �tre examin� au regard des dispositions de la loi f�d�rale d'organisation judiciaire du 16 d�cembre 1943 (OJ; art. 132 al. 1 LTF).
1.2 Dans une m�me �criture, comme l'admet la jurisprudence (ATF 129 I 337 consid. 1.1 p. 339), la recourante a d�pos� simultan�ment deux recours, l'un de droit administratif, l'autre de droit public, contre le m�me arr�t. Par �conomie de proc�dure, il convient d�s lors de prononcer la jonction des causes et de statuer sur les m�rites des deux recours dans un seul et m�me arr�t (art. 24 PCF et 40 OJ; ATF 127 V 29 consid. 1 p. 33, 156 consid. 1 p. 157).
I. Imp�t f�d�ral direct (2A.35/2007)
2.1 D�pos� en temps utile contre une d�cision rendue par une autorit� judiciaire statuant en derni�re instance cantonale et fond�e sur le droit public f�d�ral, le pr�sent recours de droit administratif (2A.35/2007) est en principe recevable en vertu des art. 97 ss OJ, ainsi que de la r�gle particuli�re des art. 112 de l'arr�t� sur l'imp�t f�d�ral direct (AIFD) et 146 de la loi f�d�rale du 14 d�cembre 1990 sur l'imp�t f�d�ral direct (ci-apr�s: LIFD ou la loi sur l'imp�t f�d�ral direct; RS 642.11).
Il est irrecevable dans la mesure o� il conclut � l'annulation des d�cisions rendues le 3 janvier 2006 par l'Administration cantonale des imp�ts, �tant donn� l'effet d�volutif du recours d�pos� aupr�s du Tribunal administratif. En particulier, le grief de la recourante selon lequel la proc�dure la concernant et celle de son actionnaire-administrateur auraient �t� confondues par l'Administration cantonale des imp�ts dans sa d�cision du 3 janvier 2006 est irrecevable.
2.2 Le Tribunal f�d�ral revoit d'office l'application du droit f�d�ral qui englobe notamment les droits constitutionnels du citoyen (ATF 130 III 707 consid. 3.1 p. 709; 130 I 312 consid. 1.2 p. 318; 129 II 183 consid. 3.4 p. 188; 128 II 56 consid. 2b p. 60; 126 V 252 consid. 1a p. 254). Comme il n'est pas li� par les motifs que les parties invoquent, il peut admettre le recours pour d'autres raisons que celles avanc�es par la recourante ou, au contraire, confirmer la d�cision attaqu�e pour d'autres motifs que ceux retenus par l'autorit� intim�e (art. 114 al. 1 in fine OJ; ATF 132 II 257 consid. 2.5 p. 262, 47 consid. 1.3 p. 50; 131 II 361 consid. 2 p. 366 et les arr�ts cit�s).
En revanche, lorsque le recours est dirig�, comme en l'occurrence, contre la d�cision d'une autorit� judiciaire, le Tribunal f�d�ral est li� par les faits constat�s dans la d�cision, sauf s'ils sont manifestement inexacts ou incomplets ou s'ils ont �t� �tablis au m�pris de r�gles essentielles de proc�dure (art. 104 lettre b et 105 al. 2 OJ; 132 II 21 consid. 2 p. 24; d�finition des faits manifestement inexacts: ATF 132 I 42 consid. 3.1 p. 44). En outre, le Tribunal f�d�ral ne peut pas revoir l'opportunit� de la d�cision entreprise, le droit f�d�ral ne pr�voyant pas un tel examen en la mati�re (art. 104 lettre c ch. 3 OJ; ATF 131 II 361 consid. 2 p. 366, 470 consid. 2 p. 475; 131 III 182 consid. 1 p. 184).
La recourante soutient que le refus du Tribunal administratif d'ordonner la production de la preuve de la notification postale du courrier d'ouverture d'enqu�te du 9 d�cembre 1998 �quivaut � une violation de son droit d'�tre entendue. Faute d'�tre prouv�e, l'interruption de la prescription par cet acte devrait �tre consid�r�e comme non avenue.
3.1 Le droit d'�tre entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend notamment le droit pour l'int�ress� de prendre connaissance du dossier (ATF 126 I 7 consid. 2b p. 10), de s'exprimer sur les �l�ments pertinents avant qu'une d�cision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donn� suite � ses offres de preuves pertinentes, de participer � l'administration des preuves essentielles ou � tout le moins de s'exprimer sur son r�sultat, lorsque cela est de nature � influer sur la d�cision � rendre (ATF 127 III 576 consid. 2c p. 578 s.; 127 V 431 consid. 3a p. 436; 124 II 132 consid. 2b p. 137 et la jurisprudence cit�e).
D'apr�s l'art. 115 LIFD, les offres de preuves du contribuable doivent �tre accept�es, � condition qu'elle soient propres � �tablir des faits pertinents pour la taxation (cf. � cet �gard: Peter Locher, System des Steuerrechts, 6e �dition, Zurich 2002, p. 401). Il est ainsi possible de renoncer � l'administration de certaines preuves offertes lorsque le fait � �tablir est sans importance pour la taxation, qu'il r�sulte d�j� de constatations ressortant du dossier ou lorsque le moyen de preuve avanc� est impropre � fournir les �claircissements n�cessaires.
3.2 Dans son arr�t, le Tribunal administratif a jug� que l'existence d'un avis d'ouverture d'enqu�te et sa notification le 9 d�cembre 1998 � la recourante avaient �t� constat�es dans la proc�dure de recours relative aux amendes d'ordre inflig�es � la Soci�t� et confirm�e par son arr�t du 26 ao�t 1999 (cf. arr�t FI 1999.41 lettre D, p. 2) sans que celle-ci n'ait alors contest� l'avoir re�u. Son objection �tait par cons�quent tardive.
La recourante pr�tend en vain que le Tribunal administratif ne pouvait pas consid�rer la notification comme prouv�e en se fondant uniquement sur les consid�rants de l'arr�t du 26 ao�t 1999. Elle perd de vue que le re�u postal relatif � un courrier recommand� n'est pas le seul moyen qui permette d'�tablir la r�ception d'un courrier par son destinataire. En l'esp�ce, le Tribunal devait s'assurer que la recourante avait re�u l'avis d'ouverture d'enqu�te du 9 d�cembre 1998. Seul ce fait devait �tre �tabli au regard des r�gles relatives � la prescription du droit de taxer et � celle du droit de proc�der � un rappel d'imp�t. La recourante n'ayant pas contest�, dans la proc�dure qui a conduit � l'arr�t du 26 ao�t 1999, la constatation qu'elle avait bien re�u l'avis du 9 d�cembre 1998, le Tribunal administratif pouvait, sans violer son droit d'�tre entendue, renoncer � ordonner la production de la preuve de la notification, puisque le fait �tait d�j� �tabli. D'ailleurs, la recourante ne pr�tend pas ne pas avoir re�u cet avis ni que la prescription serait acquise pour un autre motif.
Invoquant l'art. 6 CEDH, la recourante soutient nouvellement devant le Tribunal f�d�ral que le Tribunal administratif ne pouvait pas statuer dans la m�me composition sur le volet p�nal et le volet fiscal de la proc�dure.
4.1 Les moyens li�s au d�roulement de la proc�dure, en particulier ceux ayant trait � la composition r�guli�re du tribunal ne peuvent plus �tre soulev�s devant le Tribunal f�d�ral s'ils pouvaient l'�tre devant la derni�re instance cantonale, afin d'�viter les manoeuvres dilatoires (ATF 117 Ia 522 consid. 3a p. 525 s.). En l'esp�ce, la recourante pouvait s'attendre de bonne foi � ce que le Tribunal administratif statue sur son recours dans deux compositions diff�rentes conform�ment � sa jurisprudence (cf. ATA/VD FI.2005.0003 du 21 juin 2005 publi� sur le site internet du Tribunal administratif: www.ta.vd.ch). Elle ne pouvait par cons�quent pas soulever ce moyen avant de recevoir l'arr�t attaqu�. Son grief est par cons�quent recevable.
4.2 D'apr�s l'art. 6 par. 1 CEDH, toute personne a droit � ce que sa cause soit entendue �quitablement, publiquement et dans un d�lai raisonnable, par un tribunal ind�pendant et impartial, �tabli par la loi, qui d�cidera en particulier du bien-fond� de toute accusation en mati�re p�nale dirig�e contre elle.
Selon la jurisprudence de la Cour europ�enne des droits de l'homme, la notion de�personne� de l'art. 6 CEDH englobe non seulement les personnes physiques mais aussi les personnes morales (Frowein/Peukert, Europ�ische Menschenrechtskonvention, EMRK Kommentar, 2e �d., Kehl, Strasbourg, Arlington 1996, n� 4 ad art. 6 CEDH, p. 156 et la jurisprudence cit�es). De jurisprudence constante en revanche, l'art. 6 CEDH ne trouve pas d'application dans les proc�dures fiscales, qui n'ont pas un caract�re p�nal (ATF 132 I 140 consid. 2.1 p. 146 et les r�f�rences cit�es). Les proc�dures en rappel d'imp�t n'y sont donc pas soumises (RF 61/2006 p. 372, consid. 2.2 et les r�f�rences cit�es).
M�me si l'art. 6 CEDH ne le mentionne pas express�ment, le droit de garder le silence et de ne pas contribuer � sa propre incrimination est une norme g�n�ralement reconnue qui est au coeur de la notion de proc�s �quitable consacr�e par l'art. 6 par. 1 CEDH. En particulier, le droit de ne pas contribuer � sa propre incrimination pr�suppose que les autorit�s recherchent � fonder leur argumentation sans recourir � des �l�ments de preuve obtenus par la contrainte ou les pressions, au m�pris de la volont� de l'accus�. En mettant celui-ci � l'abri d'une coercition abusive des autorit�s, ces immunit�s concourent � �viter des erreurs judiciaires et � garantir le r�sultat voulu par l'art. 6 CEDH (voir l'arr�t J. B. c. Suisse du 3 mai 2001, Recueil 2001-III, p. 457 ss � 64 et les r�f�rences cit�es). Par cons�quent, l'art. 6 CEDH prot�ge le contribuable contre l'utilisation dans la proc�dure p�nale de renseignements obtenus dans le cadre de la proc�dure ordinaire de taxation et de rappel d'imp�t o� il a l'obligation de collaborer � l'�tablissement de ses �l�ments imposables (arr�t 2A.67/2004 du 17 f�vrier 2005, consid. 4.2).
4.3 Dans l'arr�t attaqu�, le Tribunal administratif a statu� dans la m�me composition sur les griefs de la recourante concernant la prescription des rappels d'imp�ts f�d�ral, cantonal et communal des p�riodes fiscales 1993/1994, 1995 et 1996 et sur ceux concernant la prescription de la contravention en droit cantonal pour les m�mes p�riodes et les a rejet�s. En revanche, la recourante n'ayant soulev� aucun grief de fond concernant la commission des soustractions fiscales de droit f�d�ral, cantonal et communal, le Tribunal administratif n'en a pas express�ment examin� le bien-fond�. Sur le fond enfin, le Tribunal administratif a annul� une partie des reprises effectu�es par l'Administration cantonale des imp�ts, ce qui l'a conduit � admettre partiellement le recours, annuler la d�cision sur r�clamation du 3 janvier 2006 et renvoyer la cause � l'autorit� intim�e pour qu'elle rende une nouvelle d�cision au sens des consid�rants statuant sur les amendes, qui en d�finitive, devaient �tre prononc�es.
La recourante soutient en vain que le Tribunal administratif a viol� l'art. 6 CEDH. Il est vrai qu'en pratique, eu �gard au principe "nemo tenetur", certains cantons (BE: arr�t 2A.480/2005 du 23 f�vrier 2006 in StR 61/2006 p. 372 ss; VD: ATA/VD FI.2005.0003 du 21 juin 2005) scindent les proc�dures de rappel d'imp�t et celle de soustraction fiscale, afin d'�viter d'embl�e le reproche de violation des garanties de proc�dure ancr�es � l'art. 6 CEDH. Toutefois, contrairement � ce qu'affirme la recourante, le seul fait que les proc�dures ne soient pas men�es s�par�ment ne conduit pas d�j� � la violation de l'art. 6 CEDH. En effet, pour que la violation du principe "nemo tenetur" soit constat�e, il appartenait � la recourante de d�montrer que le Tribunal administratif l'avait contrainte de contribuer � sa propre incrimination, ce qu'elle n'a pas fait. Force est d'ailleurs de constater que, dans la partie de son arr�t concernant les amendes pour soustraction fiscale, le Tribunal administratif ne s'est prononc� que sur la question de la prescription, qui n'implique qu'un examen juridique sous l'angle du d�roulement dans le temps des actes de proc�dure effectu�s par le fisc, sans se prononcer sur la quotit� des amendes p�nales inflig�es � la recourante. Le grief de violation de l'art. 6 CEDH est par cons�quent rejet�.
4.4 A cet �gard, la recourante se plaint encore de ce que le Tribunal administratif a renonc� � s�parer les proc�dures de rappels d'imp�ts et de soustraction fiscale sans en expliquer la raison. Elle se plaint de la violation de son droit d'�tre entendue et de l'irr�gularit� de la proc�dure.
Le droit d'�tre entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., implique notamment pour l'autorit� l'obligation de motiver sa d�cision. La motivation d'une d�cision est suffisante lorsque l'autorit� mentionne, au moins bri�vement, les motifs qui l'ont guid�e et sur lesquels elle a fond� sa d�cision, de mani�re � ce que l'int�ress� puisse se rendre compte de la port�e de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause (ATF 130 II 473 consid. 4.1 p. 477, 530 consid. 4.3 p. 540 et les arr�ts cit�s).
L'absence de motivation sur ce point n'a cependant pas emp�ch� la recourante de comprendre la port�e de l'arr�t attaqu� et de se plaindre de cette mani�re de proc�der, de sorte que son droit d'�tre entendue n'a pas �t� viol�.
Au surplus, la s�paration des proc�dures en cause ne repose sur aucune disposition l�gale qui l'imposerait au Tribunal administratif. Il s'agit d'une simple pratique instaur�e pour les cas o� l'on ne pourrait �viter que le contribuable ne doive s'incriminer si les aspects fiscaux et p�naux de sa situation �taient jug�s simultan�ment. Tel n'�tait pas le cas en l'esp�ce o� la recourante ne contestait pas l'existence d'une soustraction et o� le Tribunal administratif s'est born� � examiner la question de la prescription des proc�dures qui est sans relation avec d'�ventuels agissements de la recourante. Le grief est donc mal fond�.
4.5 Pour le surplus, il convient de remarquer que la recourante ne pr�tend pas, � juste titre, que les rappels d'imp�t f�d�ral direct en cause sont prescrits.
La recourante soutient que le Tribunal administratif a viol� le droit f�d�ral en confirmant la reprise de la provision pour la transformation de l'immeuble et de celle pour l'achat de lits constitu�es de 1992 � 1996 et qui auraient �t� au demeurant d�ment dissoutes en 2002. En outre de l'avis de la recourante, dans l'hypoth�se o� ces provisions n'�taient pas admissibles, elles auraient d� �tre annul�es durant les ann�es 1991/1992 lors de leur constitution et non pas durant l'exercice 1996.
5.1 La loi sur l'imp�t f�d�ral direct est entr�e en vigueur le 1er janvier 1995 et a abrog� l'arr�t� sur l'imp�t f�d�ral direct en vigueur jusqu'au 31 d�cembre 1994. Comme le litige relatif aux provisions pour transformation de l'immeuble et achat de lits concerne les p�riodes fiscales 1993/1994 � 1996, le calcul des �l�ments imposables pour ces p�riodes s'effectue selon la loi sur l'imp�t f�d�ral direct pour les p�riodes ult�rieures au 1er janvier 1995 et selon l'arr�t� f�d�ral pour la p�riode 1993/1994, dont la r�glementation sur les points en cause est d'ailleurs identique sur le fond � celle de la loi sur l'imp�t f�d�ral direct.
5.2 Selon le principe de l'autorit� du bilan commercial, le b�n�fice imposable des personnes morales repose sur le b�n�fice tel qu'il ressort du compte de r�sultat �tabli selon les r�gles du droit commercial. Les comptes �tablis conform�ment aux r�gles du droit commercial lient les autorit�s fiscales � moins que le droit fiscal ne pr�voit des r�gles correctrices particuli�res. L'autorit� du bilan commercial (art. 662a CO) tombe en revanche lorsque des normes imp�ratives du droit commercial sont viol�es ou que des normes fiscales correctrices l'exigent (art. 49 AIFD et 58 LIFD; arr�t 2A.464/2006 du 15 janvier 2007 consid. 3; 2A.458/2002 du 15 octobre 2004 in StE 2005 B 72.15.2 n� 6; ATF 119 Ib 111 consid. 2c p. 115). Ce principe vaut en particulier en mati�re de provisions au sens de l'art. 669 CO (arr�t 2A.465/2006 du 19 janvier 2007 consid. 3).
5.3 D'apr�s les art. 49 al. 1 lettre b AIFD (qui parle de �r�serves d'amortissement�) et 58 al. 1 lettre b LIFD, le b�n�fice net des personnes morales comprend notamment les provisions qui ne sont pas justifi�es par l'usage commercial. D'apr�s l'art. 63 LIFD, des provisions peuvent �tre constitu�es � la charge du compte de r�sultat notamment pour les engagements de l'exercice dont le montant est encore ind�termin� (lettre a), les risques de pertes sur des actifs circulants, notamment sur les marchandises et les d�biteurs (lettre b) et les autres risques de pertes imminentes durant l'exercice (lettre c). D'apr�s l'art. 63 al. 2 LIFD, les provisions qui ne se justifient plus sont ajout�es au b�n�fice imposable.
La d�duction de r�serves pour achats futurs n'est en principe pas admise. Le droit fiscal n'admet pas la constitution de r�serves latentes par le biais de provisions pourtant tol�r�es en droit des obligations et selon les usages du commerce. En particulier, les provisions constitu�es en vue d'une utilisation future, notamment pour faire face � des d�penses que l'entreprise devra supporter en raison de son activit� future constituent des r�serves; en tant que telles, elles font partie du revenu imposable et ne sauraient �tre d�duites de ce dernier avant que la soci�t� n'ait � supporter les charges en cause conform�ment au principe de p�riodicit� du droit fiscal (arr�t 2A.464/2006 du 15 janvier 2007 consid. 5.2.3 et les r�f�rences cit�es; cf. Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, B�le 2007, n� 243 p. 145 s.; Jean-Marc Rivier, La fiscalit� de l'entreprise (soci�t� anonyme), Lausanne 1994, p. 194 s. et les r�f�rences cit�es).
Lorsque des provisions, qui ont �t� pass�es en charge du compte de r�sultat, ne sont pas admissibles, l'autorit� fiscale est en droit de proc�der � la dissolution de la provision. La dissolution a lieu lors de la p�riode durant laquelle l'absence de justification commerciale de la r�serve est constat�e (arr�t 2A.464/2006 du 15 janvier 2007 consid. 3.3 et les r�f�rences cit�es).
5.4 En l'esp�ce, le Tribunal administratif a constat� que les provisions litigieuses avaient pour but d'acheter des lits et de transformer les b�timents abritant l'EMS, dont les qualit�s d'ordre architectural et structurel ainsi que les �quipements de protection contre le feu ne r�pondaient pas aux exigences des autorit�s administratives.
Quoi qu'en pense la recourante - qui confond la planification de travaux de transformation destin�s � permettre � la Soci�t� de poursuivre son activit�, avec les engagements de l'exercice dont le montant n'est pas encore d�termin� - la provision pour transformation de l'immeuble et achat de lits concerne des charges futures et ne peut �tre d�duite du b�n�fice imposable, notamment en l'absence de contrats liant la recourante pour les exercices en cause. Les provisions litigieuses constituaient donc des r�serves pour des d�penses en l'esp�ce hypoth�tiques, qui ne sont pas conformes au principe de p�riodicit� du droit fiscal (cf. art. 63 al. 1 lettre a LIFD). D�s lors, il est inutile de trancher la question de leur conformit� aux dispositions du droit comptable des soci�t�s anonymes et de la comptabilit� commerciale, comme le souhaite la recourante. Par cons�quent, c'est � bon droit que le Tribunal administratif a confirm� la reprise de la provision de 359'430 fr. pour transformation de l'immeuble abritant l'EMS et de la provision pour achat de lits de 236'220 fr.
5.5 La recourante pr�tend que l'annulation des provisions litigieuses devait �tre effectu�e dans les comptes des exercices 1991-1992 au moment o� elles ont �t� constitu�es.
Ce grief doit �tre �cart�. Il ressort du dossier que la provision pour l'achat de lits de 236'220 fr. a �t� constitu�e � charge du compte de r�sultat de l'exercice comptable 1992. La provision pour la transformation de l'immeuble a, semble-t-il, �t� comptabilis�e � charge du compte de r�sultat de l'exercice 1991. Dans tous les cas, les parties ne le contestent pas. Ces �critures comptables ne sont toutefois apparues que lors de la r�vision des comptes par l'Administration cantonale des imp�ts.
Une provision non justifi�e peut - et doit - �tre dissoute d�s que son absence de justification est patente, ce qui ne s'av�re pas toujours imm�diatement. En l'esp�ce, vu les discussions entre le Service cantonal des assurances sociales et de l'hospitalisation et la recourante, l'Administration cantonale des imp�ts pouvait consid�rer que la provision n'�tait plus justifi�e � partir de l'exercice 1996 et effectuer la reprise pour cette p�riode.
Contrairement � ce que pense la recourante, l'autorit� fiscale n'a pas l'obligation d'examiner en d�tail, chaque p�riode, tous les postes de la comptabilit� d'un contribuable et de se d�terminer sur ceux-ci, ind�pendamment de toute demande de sa part. Dans la proc�dure de rappel d'imp�t - sous r�serve de l'art. 151 al. 2 LIFD, dont les conditions ne sont pas remplies en l'esp�ce - l'autorit� fiscale doit en effet fixer � nouveau tous les �l�ments imposables (art. 131 al. 1 et 142 al. 4 LIFD par renvoi de l'art. 153 al. 3 LIFD), ce qu'elle a fait en examinant la justification de la provision litigieuse.
D�s lors que les provisions litigieuses n'�taient pas autoris�es et devaient �tre ajout�es au b�n�fice imposable de la p�riode fiscale 1996, leur dissolution comptable par la recourante dans l'exercice 2002 n'a pas d'influence en l'esp�ce.
II. Imp�t cantonal (2P.17/2007)
6.1 Le prononc� par lequel une juridiction cantonale annule la d�cision et renvoie une affaire pour nouvelle d�cision � une autorit� de premi�re instance est une d�cision incidente, qui n'entra�ne en principe aucun dommage irr�parable pour l'int�ress� et ne saurait en tant que tel faire l'objet d'un recours de droit public (art. 87 OJ). Toutefois, lorsque l'arr�t de renvoi ne laisse aucune latitude de jugement � l'autorit� inf�rieure, il peut alors faire directement l'objet d'un recours de droit public, car un tel arr�t constitue pour les parties une d�cision qui met fin � la proc�dure (ATF 129 I 313 consid. 3.2 p. 317; 122 I 39; 117 Ia 396 consid. 1 p. 398 s et les arr�ts cit�s). Tel est bien le cas de l'arr�t attaqu� qui tranche d�finitivement le sort des rappels d'imp�t et des amendes au plan cantonal et communal.
6.2 D�pos� en temps utile contre une d�cision finale prise en derni�re instance cantonale, qui ne peut �tre attaqu�e que par la voie du recours de droit public et qui touche la recourante dans ses int�r�ts juridiquement prot�g�s, le pr�sent recours de droit public n� 2P.17/2007 est en principe recevable au regard des art. 84 ss OJ.
Sous r�serve d'exceptions non r�alis�es en l'esp�ce, le recours de droit public ne peut tendre qu'� l'annulation de la d�cision attaqu�e (ATF 132 I 68 consid. 1.5 p. 71 et la jurisprudence cit�e). Dans la mesure o� la recourante demande l'annulation des d�cisions de rappel d'imp�t et d'amendes de l'Administration cantonale des imp�ts du 3 janvier 2006, ses conclusions sont irrecevables, de m�me que les griefs dirig�s contre celles-ci.
6.3 En vertu de l'art. 90 al. 1 lettre b OJ, l'acte de recours doit, � peine d'irrecevabilit�, contenir un expos� succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques viol�s et pr�ciser en quoi consiste la violation. Lorsqu'il est saisi d'un recours de droit public, le Tribunal f�d�ral n'a donc pas � v�rifier de lui-m�me si l'arr�t entrepris est en tous points conforme au droit et � l'�quit�. Il n'examine que les griefs d'ordre constitutionnel invoqu�s et suffisamment motiv�s dans l'acte de recours. La recourante ne saurait se contenter de soulever de vagues griefs ou de renvoyer aux actes cantonaux (ATF 130 I 258 consid. 1.3 p. 261). En outre, dans un recours pour arbitraire fond� sur l'art. 9 Cst. (cf. art. 4 aCst.), l'int�ress� ne peut se contenter de critiquer l'arr�t attaqu� comme il le ferait dans une proc�dure d'appel o� l'autorit� de recours peut revoir librement l'application du droit. Il doit pr�ciser en quoi cet arr�t serait arbitraire, ne reposerait sur aucun motif s�rieux et objectif, appara�trait insoutenable ou heurterait gravement le sens de la justice (ATF 128 I 295 consid. 7a p. 312 et la jurisprudence cit�e).
La recourante r�it�re les griefs de violation du droit d'�tre entendue et de violation de l'art. 6 CEDH qu'elle a formul�s dans son recours de droit administratif. Ces griefs doivent �tre rejet�s pour les m�mes motifs que ceux qui ont �t� expos�s ci-dessus (consid. 3 et 4), auxquels il suffit de renvoyer.
La recourante se plaint aussi de la violation de l'interdiction de l'arbitraire dans l'application du droit cantonal.
8.1 Une d�cision est arbitraire lorsqu'elle contredit clairement la situation de fait, lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscut�, ou lorsqu'elle heurte d'une mani�re choquante le sentiment de la justice et de l'�quit� (ATF 132 III 209 consid. 2.1 p. 211). A cet �gard, le Tribunal f�d�ral ne s'�carte de la solution retenue par l'autorit� cantonale de derni�re instance que si elle appara�t insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adopt�e sans motifs objectifs ou en violation d'un droit certain. De plus, il ne suffit pas que les motifs de l'arr�t attaqu� soient insoutenables, encore faut-il que ce dernier soit arbitraire dans son r�sultat. Il n'y a en outre pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution que celle de l'autorit� intim�e para�t concevable, voire pr�f�rable (ATF 132 III 209 consid. 2.1 p. 211; 132 I 13 consid. 5.1 p. 17).
8.2 En droit cantonal vaudois, d'apr�s l'art. 133 al. 1 de l'ancienne loi du 26 novembre 1956 sur les imp�ts directs cantonaux (aLI; R. 1956, 359; en vigueur jusqu'au 31 d�cembre 2000), la contravention est prescrite quatre ans apr�s la fin de la p�riode de taxation. La prescription est interrompue par tout avis de l'Administration cantonale des imp�ts ou du D�partement des finances aux int�ress�s les informant qu'une enqu�te est en cours (al. 1). Cet avis est consid�r� comme non avenu si aucune suite ne lui est donn�e dans le d�lai d'une ann�e (art. 133 al. 2 aLI).
8.3 Dans l'arr�t attaqu�, le Tribunal administratif a constat� que, le 9 d�cembre 1998, un avis d'ouverture de proc�dure pour soustraction fiscale concernant les p�riodes fiscales 1993/1994 � 1997/1998 avait �t� notifi� � la recourante et que le m�me jour, un courrier identique avait �t� adress� � Y.________. Il a �galement constat� que, le 16 d�cembre 1998, l'Administration cantonale des imp�ts avait adress� un courrier recommand� � la Soci�t�, la sommant de produire des pi�ces comptables r�clam�es par courrier du 29 septembre 1998.
Les courriers des 9 et 16 d�cembre 1998 ayant bien �t� notifi�s � la recourante (cf. consid. 7 ci-dessus), celle-ci conteste �videmment en vain qu'ils ont valablement interrompu la prescription pour le premier et valid� l'ouverture de la proc�dure en soustraction pour le deuxi�me. Dans ces conditions, en jugeant que la prescription de droit cantonal en mati�re de contravention n'�tait pas acquise, le Tribunal administratif n'a pas appliqu� le droit cantonal de mani�re arbitraire.
Pour le surplus, la recourante ne se plaint pas que le Tribunal administratif ait mal appliqu� l'art. 98a aLI qui r�gle la prescription du droit de taxer ou l'art. 109 aLI sur la r�vision.
9.1 La recourante se plaint de la violation de l'art. 49 Cst., selon lequel le droit f�d�ral prime le droit cantonal qui lui est contraire. A son avis, le Tribunal administratif aurait viol� les dispositions des art. 669 et 957 CO en mati�re de provision, ce qui conduirait � l'imposition sans droit des provisions litigieuses. Le Tribunal administratif a expos� que les provisions litigieuses ne pouvaient �tre admises qu'� la double condition de respecter les dispositions imp�ratives du droit des soci�t�s et de la comptabilit� commerciale et celles du droit fiscal cantonal. Il a jug� que ces provisions n'�taient pas justifi�es par l'usage commercial et violaient le droit fiscal cantonal. S'agissant de l'application du droit fiscal en la mati�re, il suffit de renvoyer aux explications ci-dessus (cf. consid. 5.2 et 5.3). Au demeurant, en n'indiquant pas en quoi le Tribunal administratif aurait appliqu� de mani�re arbitraire le droit cantonal sur cette question, la motivation de la recourante ne correspond pas aux exigences de l'art. 90 OJ.
9.2 La recourante se plaint enfin de la violation de l'art. 5 al. 1 Cst., selon lequel le droit est la base et la limite de l'activit� de l'Etat. Elle ne pr�cise toutefois pas quelle disposition de droit cantonal le Tribunal administratif aurait viol�. La motivation �tant insuffisante au regard des exigences tir�es de l'art. 90 OJ, son grief est par cons�quent irrecevable.
Les consid�rants qui pr�c�dent conduisent au rejet du recours de droit administratif 2A.35/2007 et du recours de droit public 2P.17/2007, dans la mesure o� ils sont recevables.
Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 156 al. 1, 153 et 153a OJ). Elle n'a pas droit � des d�pens (art. 159 al. 1 OJ).
Les recours n� 2A.35/2007 et n� 2P.17/2007 sont joints.
Le recours de droit administratif 2A.35/2007 est rejet� dans la mesure o� il est recevable.
Le recours de droit public 2P.17/2007 est rejet� dans la mesure o� il est recevable.
Le pr�sent arr�t est communiqu� en copie � la recourante, � l'Administration cantonale des imp�ts du canton de Vaud et au Tribunal administratif du canton de Vaud ainsi qu'� l'Administration f�d�rale des contributions, Division juridique imp�t f�d�ral direct.
Lausanne, le 23 ao�t 2007

References: art. 5
 art. 132
 ATF 
 art. 97
 art. 112
in fine
 ATF 
 ATF 
 ATF 
 art. 6
 ATF 
 art. 49
 art. 63
 art. 84
 art. 4
 art. 669