Source: https://sbirka.nssoud.cz/cz/dan-z-prijmu-odpocet-od-zakladu-dane-podpora-vyzkumu-a-vyvoje.p3974.html
Timestamp: 2020-06-04 11:52:59+00:00

Document:
Daň z příjmů: odpočet od základu daně; podpora výzkumu a ... | Sbírka rozhodnutí Nejvyššího správního soudu
3977/2020
Daň z příjmů: odpočet od základu daně; podpora výzkumu a vývoje
k § 24 odst. 1, § 34 odst. 4, § 34a a § 34e zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů
I. Náhrada mzdy za dovolenou patří mezi osobní náklady, a je tudíž odčitatelnou položkou na podporu výzkumu a vývoje upravenou v § 34 odst. 4 zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů.
II. Odpočet opravňuje daňový subjekt při splnění zákonných podmínek definovaných v § 34a až § 34e zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, uplatnit tyto náklady nejen jako daňově uznatelné výdaje ve smyslu § 24 odst. 1 téhož zákona, ale umožňuje je odečíst od základu daně také ve formě odpočtu, tedy dvakrát, ve druhém případě ovšem jen v části odpovídající prokázanému a odděleně evidovanému poměru běžných pracovních činností a činností prováděných při realizaci projektu výzkumu a vývoje.
(Podle rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 10. 12. 2019, čj. 1 Afs 429/2018-41)
č. 3810/2018 Sb. NSS; rozsudky Soudního dvora ze dne 20. 1. 2009, Schultz-Hoff (C-350/06 a C-520/06, Sb, rozh. 2009 I-00179), ze dne 15. 9. 2011, Williams, (C-155/10, Sb. rozh. 2011 I-08409), ze dne 22. 5. 2014, Lock (C-539/12, ECLI:EU:C:2014:351).
Akciová společnost ABADIA proti Odvolacímu finančnímu ředitelství o odpočet na podporu výzkumu a vývoje, o kasační stížnosti žalobkyně.
Žalobkyně podala dne 2. 5. 2012 řádné daňové přiznání k dani z příjmů právnických osob za zdaňovací období od 1. 11. 2010 do 31. 10. 2011, v němž uplatnila odpočet na podporu výzkumu a vývoje ve výši 2.790.568 Kč. Dne 30. 4. 2013 podala řádné daňové přiznání k dani z příjmů právnických osob za následující zdaňovací období (od 1. 11. 2011 do 30. 10. 2012), v němž uplatnila odpočet na podporu výzkumu a vývoje ve výši 2.486.223 Kč.
Správce daně (Finanční úřad pro Jihočeský kraj) zahájil dne 2. 2. 2015 daňovou kontrolu na daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období od 1. 11. 2010 do 31. 10. 2011, dne 15. 6. 2015 zahájil daňovou kontrolu na téže dani za zdaňovací období od 1. 11. 2011 do 31. 10. 2012.
Dne 10. 9. 2015 vydal správce daně výzvu k prokázání skutečností podle § 92 odst. 4 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, jejímž předmětem bylo sdělení pochybností správce daně, k nimž dospěl po přezkoumání účetních dokladů a dalších písemností předložených žalobcem, jež se týkaly výdajů vynaložených na výzkum a vývoj (dále též „VaV“) dle § 34 odst. 4 a 5 zákona o daních z příjmů. Správce daně požadoval doložit, zda specifikované výdaje byly vynaloženy při realizaci projektu výzkumu a vývoje, zda v rámci projektů výzkumu a vývoje byl přítomen ocenitelný prvek novosti a vyjasněna výzkumná nebo technická nejistota a vykázané osobní a provozní náklady byly skutečně vynaloženy v přímé souvislosti s realizací projektu výzkumu a vývoje. Současně správce daně požadoval prokázat, jakým konkrétním způsobem byly projekty výzkumu a vývoje realizovány, jak byly řešeny cíle projektu výzkumu a vývoje.
Osobní náklady dle žalobcem předloženého vyúčtování byly stanoveny podílem z celkových mezd jednotlivých účastníků projektu (zvýšené o sociální a zdravotní pojištění), a tento podíl byl stanoven jako poměr mezi odpracovanými dny celkem a dny odpracovanými na projektu VaV s přesností na dny. Ze mzdových listů vyplynulo, že jako osobní náklady byly použity veškeré osobní náklady, to znamená i podíly náhrad mezd (mzdy za dovolenou), které s realizací VaV nesouvisely. Správce daně proto požadoval doložení, zda skutečně vykázané osobní náklady byly prokazatelně vynaloženy pouze na projekty VaV, a byly tak naplněny podmínky pro odpočet od základu daně.
Správce daně měl současně pochybnosti o účasti některých účastníků projektu VaV vzhledem k jejich pracovnímu zařazení a funkcím. Jednalo se kupříkladu o V. C., V. Z., J. H. či V. Š. Vykazované celodenní práce více dnů za sebou pouze na projektech se u těchto osob jevily jako nereálné. Navíc některé činnosti uvedené v harmonogramech se nejevily správci daně jako související s řešením projektů VaV, neboť svým charakterem představovaly běžnou podnikatelskou činnost. Rovněž požadoval prokázat, že provozní náklady zahrnující výdaje na automateriál, spotřebu pohonných hmot, opravy vozidel, blíže nespecifikované výdaje na provoz vozidel, pojištění a odpisy vozidel byly skutečně vynaloženy v přímé souvislosti s realizací zmiňovaných projektů.
Na výzvu správce daně žalobkyně odpověděla písemností ze dne 19. 10. 2015. Správce daně vyhodnotil odpověď tak, že v ní nenachází žádné návrhy na provedení důkazů, proto neformálně (e-mailem) kontaktoval žalobkyni a navrhl ústní jednání. Ta však na návrh správce daně nereagovala.
Dne 1. 2. 2016 byla žalobkyně seznámena s výsledkem kontrolního zjištění. Nesouhlasila s ním. Správce daně neshledal, že by podané vyjádření mělo vliv na výsledek kontrolního zjištění, a proto dne 29. 4. 2016 se žalobkyní projednal konečnou zprávu o daňové kontrole.
Dne 3. 5. 2016 správce daně vydal dodatečný platební výměr na daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období od 1. 11. 2010 do 31. 10. 2011, kterým žalobkyni doměřil daň z příjmů právnických osob ve výši 533.140 Kč a současně uložil povinnost uhradit penále ve výši 106.628 Kč. Dále vydal dodatečný platební výměr na daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období od 1. 11. 2011 do 31. 10. 2012, kterým žalobkyni doměřil daň z příjmů právnických osob ve výši 472.370 Kč a uložil povinnost uhradit penále ve výši 94.468 Kč.
Proti oběma platebním výměrům podala žalobkyně odvolání, která žalovaný společným rozhodnutím zamítl. Rozhodnutí žalovaného napadla žalobkyně správní žalobou. V ní zejména uvedla, že správce daně a žalovaný nesprávně posoudili uplatnění náhrady mezd za dovolenou jako výdajů vynaložených na výzkum a vývoj. Dále namítala nezákonné zahájení daňové kontroly. Konečně zdůraznila, že dostála podmínkám vedení oddělené evidence, správce daně nevyhodnotil správně předložené důkazní prostředky, jeho rozhodnutí je proto nepřezkoumatelné.
Krajský soud žalobu jako nedůvodnou zamítl. Přisvědčil závěru správce daně a žalovaného, že žalobkyně nevedla dostatečně průkaznou oddělenou evidenci nákladů dle § 34b odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů (dříve § 34 odst. 4 téhož zákona). Přisvědčil také závěru žalovaného, že žalobkyně neunesla důkazní břemeno, když neprokázala, že vynaložené výdaje souvisely s výzkumem a vývojem. Poznatky správce daně dle soudu neměly kvalitu dostatečnou k vydání výzvy k dodatečnému daňovému tvrzení dle § 145 odst. 2 daňového řádu. Důvodnou neshledal soud ani námitku nepřezkoumatelnosti rozhodnutí správce daně. Posoudil ji jako zcela obecnou, neuvedl, které z předložených dokumentů správce daně nehodnotil nebo při rozhodování nezohlednil. Naopak poukázal na konkrétní části napadeného rozhodnutí, v nichž se správce daně (žalovaný) řádně s předloženými důkazními prostředky vypořádal. Soud neshledal závady ani ve vysloveném právním názoru daňových orgánů, že náhradu mzdy za dovolenou nelze započítat do odčitatelné položky ve smyslu § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů.
Proti rozsudku krajského soudu podala žalobkyně (stěžovatelka) kasační stížnost, která obsahuje tyto kasační výtky (námitky).
Zaprvé stěžovatelka poukazuje na to, že krajský soud aproboval závěr žalovaného o neuznání náhrad mezd za dovolenou jako součást mzdových nákladů vynaložených na práce související s projekty výzkumu a vývoje. Krajský soud přitom nereflektoval, že takový postup nevyplývá z žádných obecně závazných předpisů a jeho uplatňování je tak v rozporu se zásadou
. Jednání Koordinačního výboru s Komorou daňových poradců ze dne 22. 4. 2015 ohledně této právní otázky skončilo rozporem. Správce daně by proto měl postupovat v souladu s výše zmíněnou zásadou. Pokyn D-288 výslovně nestanoví, že náhrada mzdy za dovolenou není osobním výdajem, resp. není nákladem vynaloženým na výzkum a vývoj. Čerpání dovolené navíc představuje povinný náklad práce obdobně jako sociální a zdravotní pojištění.
Zadruhé stěžovatelka nesouhlasí ani se závěrem krajského soudu, že oddělenost vedené evidence není dostatečně zřejmá. Jednoznačné prokázání souvislosti mezi vynaloženým nákladem uvedeným v evidenci a projektem VaV (popř. kdo a co vytvořil a vykonal, kolik času tím strávil nebo kolik kilometrů ujel) je dle stěžovatelky až předmětem dalšího dokazování na základě dalších důkazních prostředků, nikoliv samotné evidence. Správce daně zpochybnil část nákladů toliko na základě označení pozice jednotlivých zaměstnanců. Pro posouzení těchto nákladů je však
skutečně vynaložená práce, nikoliv označení pracovní pozice. Správce daně měl v případě přetrvávajících pochybností přistoupit k výslechu jednotlivých zaměstnanců. Jejich výpovědi mohly objasnit konkrétní výstupy jejich činnosti. Pochybnosti správce daně byly nadto formulovány velice obecně.
Žalovaný ve vyjádření ke kasační stížnosti uvedl, že stěžovatelka nepřináší do řízení žádné nové argumenty; odkázal tedy na závěry rozsudku krajského soudu a svého rozhodnutí.
Stěžovatelka dne 10. 6. 2019 zaslala soudu další doplnění kasační stížnosti, ve kterém upozornila na judikaturu krajských soudů týkající se otázky uplatnění náhrady mzdy za dovolenou jako nákladu vynaloženého na výzkum a vývoj. Jednalo se o rozsudek Krajského soudu v Hradci Králové ze dne 7. 1. 2019, sp. zn. 31 Af 23/2016, a rozsudek Krajského soudu v Ostravě ze dne 6. 3. 2019, sp. zn. 25 Af 23/2018. Podle těchto rozsudků je náhrada mzdy za dovolenou povinným zákonným nákladem práce, který je spjat s životním biorytmem člověka a soudy nevidí žádný racionální důvod, proč by tyto náklady nebylo možné zahrnout do odpočtu na podporu výzkumu a vývoje obdobně jako sociální a zdravotní pojištění.
Žalovaný se k dalšímu doplnění kasační stížnosti vyjádřil v podání ze dne 25. 6. 2019. Zejména upozornil na skutečnost, že proti oběma rozsudkům byly podány kasační stížnosti. Dále uvedl, že Krajský soud v Hradci Králové, pobočka v Pardubicích, v rozsudku ze dne 22. 1. 2014, čj. 52 Af 30/2013-105, uzavřel, že dovolená je obecně určena k regeneraci pracovní síly zaměstnance (bez ohledu na skutečnost, že současný zákoník práce již nepoužívá pojem „dovolená na zotavenou“), nejedná se o benefit či odměnu za splněné úkoly. Zaměstnanci žalobce v průběhu dovolené obnovovali nejen síly, které vyčerpali při realizaci projektů výzkumu a vývoje, ale i síly, které vyčerpali při plnění jiných úkolů žalobce, souvislost dovolené s projekty VaV je proto možno hledat jen obtížně. Zaměstnanec buď pracuje, nebo odpočívá; buď se věnuje projektu VaV, nebo čerpá dovolenou. Argument, že zaměstnanec se čerpáním dovolené vlastně podílí na realizaci projektu, považuje žalovaný za
. Mohl by vést k závěru, že zaměstnanec by tak během dovolené mohl utrpět pracovní úraz, neboť jeho dovolená je v přímé souvislosti s plněním pracovních úkolů. Nemohl by přece ani prokázat, že během dovolené realizoval projekt a tyto náklady jsou odděleně evidovány.
Dle rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 12. 1. 2017, čj. 9 Afs 144/2016-51, procentuální určení pracovního úvazku jednotlivých zaměstnanců provedené před samotnou realizací projektu nedokládá, že právě tato část pracovní doby jednotlivých zaměstnanců byla projektu skutečně věnována a je třeba doložit, co konkrétně zaměstnanci skutečně činili a zda zde byla dána souvislost s realizací projektů VaV. Ve smyslu výše uvedeného by bylo shodné skutečnosti třeba doložit i v projednávaném případě, pokud by chtěl daňový subjekt uplatnit náhradu mzdy za dovolenou jako náklad související s řešením projektu VaV.
Problém nastává také s ohledem na časovou nesouvislost plynoucí ze způsobu výpočtu náhrady mzdy za dovolenou a možnost převodu dovolené do následujícího roku. Náhrada mzdy může být počítána i ze čtvrtletí, ve kterém projekt nebyl realizován. Žalovaný nepopírá zákonnost nároku na dovolenou, ani možnost si náhradu mzdy za ní uplatnit dle § 24 zákona o daních z příjmů. Zdůrazňuje však, že výdaje odčitatelné dle § 34 odst. 4 téhož zákona jsou vázány na realizaci výzkumně-vývojových prací a musí mít s nimi přímou souvislost. Ustanovení § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů je oproti § 24 téhož zákona ustanovením speciálním. Závěrem shrnuje, že za tvůrčí činnost, kterou je možné nezměnitelně vymezit a evidovat, zaměstnanci náleží mzda představující náklad zaměstnavatele vynaložený v přímé souvislosti s řešením projektu VaV, který je odčitatelnou položkou ve smyslu § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů.
[21] První vznesenou námitkou je právě otázka posouzení daňové uznatelnosti nákladů v podobě náhrady mzdy za dovolenou dle § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů (aktuálně § 34b téhož zákona).
[22] Dle § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů „[o]
d základů daně lze odečíst 100 % výdajů (nákladů), které poplatník vynaložil v daném zdaňovacím období nebo období, za které se podává daňové přiznání, při realizaci projektů výzkumu a vývoje,73a) které mají podobu experimentálních či teoretických prací, projekčních či konstrukčních prací, výpočtů, návrhů technologií, výroby funkčního vzorku či prototypu produktu nebo jeho části a na certifikaci výsledků dosažených prostřednictvím projektů výzkumu a vývoje. Pokud vynaložené výdaje (náklady) souvisejí s realizací projektů výzkumu a vývoje73a) pouze zčásti, je možné od základů daně odečíst pouze tuto jejich část. Výdaje (náklady), které lze odečíst od základu daně, musí být výdaji (náklady) vynaloženými na dosažení, zajištění a udržení zdanitelných příjmů a musí být evidovány odděleně od ostatních výdajů (nákladů) poplatníka. Tento odpočet nelze uplatnit na služby, licenční poplatky (§ 19 odst. 7) a nehmotné výsledky výzkumu a vývoje pořízené od jiných osob s výjimkou výdajů (nákladů) vynaložených za účelem certifikace výsledků výzkumu a vývoje, a dále na ty výdaje (náklady), na které již byla i jen zčásti poskytnuta podpora z veřejných zdrojů.
[23] Dle § 222 odst. 1 zákona č. 262/2006 Sb., zákoníku práce, „[z]
aměstnanci přísluší za dobu čerpání dovolené náhrada mzdy nebo platu ve výši průměrného výdělku. Zaměstnancům uvedeným v § 213 odst. 4 může být tato náhrada mzdy nebo platu poskytnuta ve výši průměrného výdělku odpovídajícího průměrné délce směny.
“ Dle odst. 2 téhož ustanovení „[z]
aměstnanci přísluší náhrada mzdy nebo platu za nevyčerpanou dovolenou pouze v případě skončení pracovního poměru.
[24] Dle § 348 odst. 1 zákoníku práce „[z]
a výkon práce se považuje doba
[25] Zákon o daních z příjmů jako podmínky uplatnění výdajů (nákladů) stanovil, že poplatník musí vynaložit výdaje při realizaci projektu VaV (nikoliv v „přímé souvislosti“ s ním), výdaje musí být daňově uznatelné dle § 24 zákona o daních z příjmů a musí být evidovány odděleně od ostatních výdajů. Zákon pamatuje i na časový aspekt vynaložení a uplatnění výdajů.
[26] Stěžovatelka tyto výdaje vynaložila ve zdaňovacím období, za které je uplatňuje, bezpochyby se jedná o daňově uznatelné výdaje a lze je evidovat odděleně. Otázkou tedy zůstává, zda výdaje (náklady) na náhradu za dovolenou je možné vynaložit při (v souvislosti) realizaci projektu výzkumu a vývoje. Dle Nejvyššího správního soudu ano, což vysvětlí níže.
[27] Správce daně bohužel ve své argumentaci ustal na výkladu jazykovém. Soud k dále uvedenému závěru došel vycházeje ze smyslu a účelu podpory výzkumu a vývoje, jakož i dalších souvislostí zákonné úpravy.
[28] První podstatnou otázkou je právo na placenou dovolenou.
[29] Právo na placenou dovolenou je jedno ze základních práv Evropské unie (srov. dále čl. 31 odst. 2 Listiny základních práv Evropské unie). V unijním právu vychází ze směrnice Evropského parlamentu a Rady 2003/88/ES ze dne 4. listopadu 2003 o některých aspektech úpravy pracovní doby, která nahradila dvě dosavadní směrnice, a to směrnici Rady č. 93/104/ES ze dne 23. listopadu 1993 o některých aspektech úpravy pracovní doby a směrnici Evropského parlamentu a Rady č. 2000/34/ES ze dne 22. června 2000, kterou se mění směrnice Rady č. 93/104/ES o některých aspektech úpravy pracovní doby.
[30] Výše uvedené potvrdil rozsudek Soudního dvora Evropské unie (dále také „SDEU“) ze dne 22. 5. 2014,
, C-539/12, ECLI:EU:C:2014:351, v němž SDEU uvedl, že nárok každého zaměstnance „
na placenou dovolenou za kalendářní rok považován za zásadu sociálního práva Evropské unie, jež má zvláštní význam a od níž se není možno odchýlit, přičemž její provedení příslušnými vnitrostátními orgány může být uskutečněno pouze v mezích výslovně uvedených v samotné směrnici 93/104, která byla kodifikována směrnicí 2003/88 (viz rozsudek KHS, C
214/10, EU:C:2011:761, bod 23 a citovaná
). Toto právo je mimoto výslovně zakotveno v čl. 31 odst. 2 Listiny základních práv Evropské unie, které čl. 6 odst. 1 SEU přiznává stejnou právní sílu jako Smlouvám.
[31] Směrnice přitom upravuje pracovní dobu tak, aby byla v zájmu bezpečnosti a zdraví zaměstnanců určitým způsobem omezena. Vychází tedy zejména z fyziologických potřeb lidského organismu. V rozsudku ze dne 20. 1. 2009,
, C-350/06 a C-520/06, Sb. rozh. 2009 I-00179, SDEU potvrdil, že účelem nároku na placenou dovolenou za kalendářní rok je umožnit pracovníkovi, aby si odpočinul a aby měl volný čas a čas na oddych.
[32] K obsahu práva na placenou dovolenou se blíže vyjádřil SDEU v rozsudku ze dne 15. 9. 2011,
, C-155/10, Sb. rozh. 2011 I-08409. Konstatoval, že cílem požadavku proplatit zaměstnanci „
dovolenou je totiž umístit pracovníka během zmíněné dovolené do situace, která je stran mzdy srovnatelná s obdobím, kdy pracuje (viz výše uvedené rozsudky Robinson-Steele a další, bod 58, jakož i Schultz-Hoff a další, bod 60). Jak upřesňuje generální advokátka v bodě 90 svého stanoviska, z výše uvedeného vyplývá, že odměna vyplácená za dovolenou za kalendářní rok musí být v zásadě vypočtena tak, aby odpovídala obvyklé odměně vyplácené pracovníkovi. Z toho rovněž vyplývá, že náhrada, jejíž výše pouze dovoluje vyloučit vážné nebezpečí, že pracovník nebude svoji dovolenou čerpat, není způsobilá vyhovět požadavkům práva Unie.
[33] Český zákonodárce v rámci normotvorby musí vždy brát na zřetel, a to nejen úzce v pracovněprávní legislativě, že dovolená je neodmyslitelnou součástí obsahu pracovního vztahu a v něm určené pracovní doby. Zásadně má být čerpána, aby došlo k zachování základních fyziologických potřeb lidské bytosti. Jde rovněž o východisko v rovině unijního práva. Hlava IV Listiny základních práv EU nazvaná Solidarita v čl. 31 pod názvem Slušné a spravedlivé podmínky v odstavci 2 normuje, že každý pracovník má právo na stanovení maximální přípustné pracovní doby, na denní a týdenní odpočinek a na každoroční placenou dovolenou.
[34] Stěžejním českým právním předpisem pro oblast výzkumu a vývoje je zákon č. 130/2002 Sb., o podpoře výzkumu a vývoje z veřejných prostředků a o změně některých souvisejících zákonů (zákon o podpoře výzkumu a vývoje). Vychází zejména z předpisů Evropské unie (je jejich faktickým přepisem). Podpora výzkumu a vývoje je na úrovni primárního práva Evropské unie podporou dovolenou ve smyslu čl. 107 a násl. Smlouvy o fungování Evropské unie (srov. např. nařízení Komise č. 651/2014, kterým se v souladu s články 107 a 108 Smlouvy prohlašují určité kategorie podpory za slučitelné s vnitřním trhem [dále jen „Obecné nařízení o blokových výjimkách“]).
[35] Do obsahu zákona jsou promítnuty směrnice, nařízení či rozhodnutí Rady Evropské unie, jakož i standardy praxe v oblasti výzkumu a vývoje sepsané Organizací pro hospodářskou spolupráci a rozvoj (OECD) v Paříži v Příručce Frascati pro rok 1993 (srov. důvodovou zprávu k návrhu zákona o podpoře výzkumu a vývoje, sněmovní tisk 936/0, Poslanecká sněmovna, 3. volební období, 1998 – 2002, str. 35). Řada pojmů vycházejících přímo z unijní úpravy, mezi jinými i „uznané náklady na výzkum a vývoj“ dle § 2 odst. 2 písm. i) [aktuálně písm. l)] zákona o podpoře výzkumu a vývoje či „osobní náklady“ dle § 2 odst. 2 písm. k) bod 1. téhož zákona by měly být vykládány eurokonformně. V oblasti práva Evropské unie lze nalézt vodítka, která ukáží na smysl a účel zákona, pomohou identifikovat zásady a základní práva utvářející hodnoty právní úpravy, bez jejichž respektování se vytrácí legitimnost dovolenosti státní podpory výzkumu a vývoje.
[36] Popis unijní právní úpravy a judikatury je podán pro zasazení do širšího kontextu chápání jednoho z klíčových institutů pracovního práva, nejde však o argument rozhodující. Charakteristika dovolené a náhrady za její čerpání plyne jasně z vnitrostátního práva. Nárok na placenou dovolenou je v českém právním řádu podmíněn konáním práce, resp. odpracováním určitého počtu (objemu) hodin (srov. § 212 a násl. zákoníku práce). Práce se přitom vykonává i při uskutečňování projektu VaV. Evidence vykonané práce na projektu je dokonce zákonnou podmínkou možnosti si vynaložené výdaje uplatnit.
[37] Je-li s ohledem na odpracované hodiny na výzkumných a vývojových pracích (na vykonanou práci) zřejmé, že dle zákoníku práce vzniká nárok na dovolenou, není racionálního důvodu tento výdaj nepovažovat za výdaj související s realizací projektu VaV. Jde o náklad stanovený zákonem za práci (realizaci činnosti, a to i vědecko výzkumné či výzkumně vývojové), nikoliv za „nepřítomnost v práci“ či „zotavování se“.
[38] Fakticky nejde o nic jiného než rozložení úhrady ceny práce v čase. Nárok na dovolenou a náhradu mzdy v době dovolené vzniká při výkonu práce (simultánně), jde o cenu práce, kterou zaměstnavatel proplácí v zákonem stanoveném časovém úseku (v době čerpání dovolené nebo při ukončení pracovního poměru). Takto nastavená výplata mzdy zaručuje zaměstnanci pravidelnost a stabilitu příjmu.
[39] Otázka dovolené a náhrady za ní „přímo“ souvisí s realizací projektu. Pokud totiž zaměstnanec namísto dovolené pracuje na projektu výzkumu a vývoje, ten dokončí, a zaměstnavatel mu tak dle § 222 odst. 2 zákoníku práce nevyčerpanou dovolenou proplatí, jsou výdaje na práci odvedenou na projektu přímo spjaté i s proplacením nevybrané dovolené (jde o část mzdy za práci). Zaměstnavatel si je bude moci uplatnit dle § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů, neboť jde o odměnu za vykonanou práci na projektu. Pokud by bylo mezi dvěma výše uvedenými situacemi činěno rozdílu (náhrada mzdy za dovolenou a proplacení nevyčerpané dovolené), docházelo by k motivování k účelovému popření základního sociálního práva Evropské unie. Zaměstnavatelé (zprostředkovaně i zaměstnanci) by totiž byli finančně motivováni k tomu, aby dovolená nebyla čerpána. Pro správce daně, potažmo státní rozpočet, jde přitom o situaci zcela neutrální, neboť buď bude uznán odpočet z náhrady mzdy za uskutečněnou dovolenou, nebo z proplacené náhrady za nevyčerpanou dovolenou.
[40] Náhrada mzdy za dovolenou představuje povinný náklad práce. Neexistuje proto, jak správně uvádí Krajský soud v Hradci Králové v rozsudku čj. 31 Af 23/2016-76, žádný racionální důvod, proč by tyto náklady měly mít odlišný režim od ostatních zákonem stanovených nákladů práce. Zdravotní a sociální pojištění souvisí taktéž se základními zákonnými požadavky na možnost vykonávat práci, tedy realizovat projekt. Jejich souvislost, resp. „přímá“ souvislost, s realizací projektu, je navíc ve srovnání s náhradou za dovolenou stejná, ne-li menší. Platby pojistného tvoří rovněž povinné náklady práce.
[41] Konečně je nutné připomenout, že cílem podpory výzkumu a vývoje bylo a je „
podpořit provádění výzkumu a vývoje vlastními pracovníky, a tím tedy zvýšit zájem podnikatelských subjektů o kvalifikované zaměstnance, což může pozitivně vést ke zvýšení poptávky po vysoce vzdělaných pracovních silách a tudíž i ke zvýšení jejich zaměstnanosti
“ (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 26. 7. 2018, čj. 1 Afs 97/2018-41, č. 3810/2018 Sb. NSS). Zaměstnávání kvalifikovaných pracovníků je přirozeně spjato i se zvýšením osobních nákladů daňového subjektu (zaměstnavatele) a poskytnutí všech zákonných výhod, které jsou podmínkou výkonu práce a jejichž nedodržování se trestá (úhrada sociálního a zdravotního pojištění, poskytnutí pracovních pomůcek, placenou dovolenou…).
[42] Stěžejní pro samotný výzkum a vývoj je jeho realizace prováděná kvalifikovanými zaměstnanci (resp. lidskými vědeckovýzkumnými sílami). Práce vykonávaná lidmi s sebou neodmyslitelně nese osobní mzdové, resp. personální náklady. Ty tradičně daňové zákony považují za výdaje (náklady) vynaložené na dosažení, zajištění a udržení zdanitelných příjmů (zde dle § 24 zákon o daních z příjmů). Není žádných pochyb o tom, že náhrada mzdy za dovolenou je právě oním nákladem vynaloženým na dosažení, zajištění a udržení zdanitelných příjmů, jinak řečeno je jeho součástí (existuje zde „přímá“ souvislost se zdanitelným příjmem). Na jeho základním charakteru nic nemění ani „připíchnutá“ omezující podmínka, že práce byla vynaložena při realizaci projektu VaV. Soud proto neshledává žádný důvod, proč by personální náklady uznatelné dle § 24 zákona o daních z příjmů neměly být uznatelné i dle § 34 téhož zákona.
[43] V neposlední řadě samotný zákoník práce, ze kterého vychází žalovaný ve svém rozhodnutí, považuje dobu dovolené za výkon práce (§ 348 odst. 1).
[44] Výklad zastávaný žalovaným neodpovídá ani smyslu zavedení podpory VaV (zvýšení konkurenceschopnosti a udržení kvalifikovaných zaměstnanců), ani smyslu úpravy tohoto institutu v zákoníku práce (ochrana práva na placenou dovolenou). Tento výklad jde i proti podmínkám stanoveným v zákonu o daních z příjmů, neboť „placená dovolená“, resp. nárok na ni, vzniká při realizaci projektu VaV uskutečněním pracovní činnosti, je daňově uznatelným nákladem a lze ji jednoduše (odděleně) doložit, vykázat a evidovat (např. „placená dovolená za VaV“).
[45] Nejvyšší správní soud se vrací k právu Evropské unie ve standardech promítnutých do textu zákona o podpoře výzkumu a vývoje. Otázka uplatnění (uznatelnosti) dovolené, resp. náhrady mzdy za ní, není a nebyla spornou. Výše zmíněná [bod 35] Příručka Frascati 2002 (Manuel de Frascati 2002) vydaná Organizací pro hospodářskou spolupráci a rozvoj (OECD), v Kapitole 6 nazvané Měření výdajů vynaložených na VaV úvodem konstatuje, že Statistická jednotka může realizovat výdaje na VaV buď uvnitř jednotky (interně) nebo mimo ni (externě) (bod 6.1). Zahrnují se běžné i investiční výdaje. Za běžné náklady jsou považovány náklady práce a ostatní běžné výdaje (podbod 359). Za interní výdaje jsou považovány veškeré výdaje na VaV vynaložené v rámci jednotky během daného období, bez ohledu na zdroj fondů (bod 6.2.1, podbod 358). Konečně V bodě 6.2.2 a podbodu 361 je mezi běžné náklady práce pracovníků výzkumu a vývoje, jak správně připomněla stěžovatelka, konkrétně uvedena i placená dovolená. Citovaný podbod za náklady práce u pracovníků VaV považuje roční mzdy a platy a veškeré přidružené náklady nebo doplňkové mzdy, jakými jsou odměny, placená dovolená, příspěvky do penzijních fondů a ostatní platby sociálního pojištění, daně ze mzdy placené zaměstnavatelem, atd. (…) Stejně tak Komise Evropské unie ve svém vyjádření k často kladeným otázkám (tzv. FAQ) k Obecnému nařízení o blokových výjimkách tzv. GBER, vůbec nezpochybňuje, že mezi osobní náklady patří placená dovolená, resp. náhrada mzdy za ni (srov. odpověď Evropské komise č. 133 k čl. 27 Obecného nařízení o blokových výjimkách, která je dostupná na oficiálních internetových stránkách Evropské komise.
[46] Obecné nařízení o blokových výjimkách je přímo aplikovatelné a nadto bylo zohledněno i v rámci novelizace zákona o podpoře VaV (srov. zákon č. 194/2016 Sb., kterým se mění zákon zákon o podpoře výzkumu a vývoje). Výklad zastávaný správci daně jde i proti hlavní myšlence umožnění podpory výzkumu a vývoje v Evropské unii a škodí tak zejména České republice, neboť snižuje poskytovanou výhodu v podobě zvýšení konkurenceschopnosti a zabránění odlivu kvalifikovaných zaměstnanců.
[47] Zmíněné dokumenty jednak byly důležitými zdroji pro legislativní zakotvení obsahu vnitrostátní regulace podpory VaV, zvolení vhodných nástrojů, jednak pro poznání smyslu a účelu této regulace při její aplikaci v praxi. Zmíněný zákon o podpoře výzkumu a vývoje již ve svém úvodním definičním § 2 odst. 2 písm. k) bod 1. mj. normuje, že pro účely poskytování podpory se rozumí způsobilými náklady takové náklady ve výzkumu, vývoji a inovacích, které mohou být příjemcem vynaloženy na činnosti ve výzkumu, vývoji a inovacích, nebo v souvislosti s nimi, a to zejména osobní náklady nebo výdaje (…).
[48] Zákonodárce zvolil jako významný nástroj k „povzbuzení“ výzkumu a vývoje daňové odpočty. Při vědomí, že náklady, které daňové subjekty uplatňují zpravidla jako náklady vynaložené na dosažení, zajištění a udržení příjmů (§ 24 odst. 1 zákona o daních z příjmů), se stanou ještě odčitatelnou položkou až do výše 100% sloužící jako nepřímá podpora výzkumné a vývojové činnosti (při splnění dalších podmínek uvedených v § 34, § 34a až § 34e citovaného zákona. Náhrada mzdy za dovolenou je způsobilá být výdajem vynaloženým v souvislosti s realizací VaV, je proto uplatnitelná v režimu § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů jako výdaj na podporu VaV. Je součástí povinného nákladu práce, který musí zaměstnavatel vynaložit, aby získal a udržel kvalifikované zaměstnance a motivoval je k výzkumné a vývojové činnosti. Tento účel je v souladu se záměrem státu podporovat takové činnosti, zvýšit zájem podnikatelských subjektů o kvalifikované zaměstnance, s cílem zvýšit poptávku po kvalifikované práci a zlepšit tak konkurenceschopnost na zejména mezinárodním trhu.
[49] Argumenty žalovaného uměle oddělující samotný výkon práce (a v jejím rámci výzkum a vývoj) od dovolené, během níž se zaměstnanec přece nepodílí na takových činnostech, vyhodnotil Nejvyšší správní soud jako ryze účelové a nepřesvědčivé. Lze je vyvrátit i pouhým jazykovým výkladem zkoumaných zákonných ustanovení, která nepožadují, aby výdaje (náklady) byly vynaloženy na realizaci projektu VaV, nýbrž při realizaci takového projektu. Je zřejmé, že zákon zde nezamýšlel striktně zúžit výdaje na ty, které byly vynaloženy přímo na řešení projektu VaV, nýbrž v (širší) souvislosti s jeho řešením. Jazykový výklad ale nebyl při řešení sporné právní otázky jediný ani rozhodující.
[50] Kasační soud na základě výše uvedených argumentů dospěl k dílčímu právnímu závěru, že náhrada mzdy za dovolenou patří mezi osobní náklady a je tudíž odčitatelnou položkou na podporu výzkumu a vývoje upraveném v § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů. Odpočet opravňuje daňový subjekt při splnění zákonných podmínek definovaných v § 34a až § 34e citovaného zákona uplatnit tyto náklady nejen jako daňově uznatelné výdaje ve smyslu § 24 odst. 1, ale umožňuje je odečíst od základu daně také ve formě odpočtu, tedy dvakrát; ve druhém případě ovšem jen v části odpovídající prokázanému a odděleně evidovanému poměru běžných pracovních činností a činností prováděných při realizaci projektu výzkumu a vývoje.
[51] Otázkou v posuzovaném případě však zůstává, zda tento nesprávný výklad zvolený správcem daně a žalovaným a aprobovaný krajským soudem, který byl nyní překonán vysloveným právním názorem Nejvyššího správního soudu, měl vliv na zákonnost řízení a rozhodnutí. Jak vyplývá z právě uvedeného, je jednou z podmínek pro uplatnění vynaložených výdajů na výzkum a vývoj i vedení těchto výdajů v oddělené evidenci a prokázání jejich vynaložení při realizaci projektu.
[52] Obdobně jako ve věci sp. zn. 9 Afs 144/2016 stěžovatelka vyhověla požadavku na vedení oddělené evidence stran osobních nákladů. K osobním nákladům doložila harmonogram prací. Správce daně stěžovatelku vyzval k odstranění pochybností, zda vykázané osobní náklady byly prokazatelně vynaloženými náklady pouze na VaV. Poukázal na řadu nejasností, které souvisely s informacemi uvedenými v projektech VaV, stejně jako například i v harmonogramech prací (některé činnosti souvisí s běžnou podnikatelskou činností, u jiných nesedí vykazovaný čas strávený při realizaci projektu VaV). Z předložených harmonogramů pak sice vyplývá, že k nějaké činnosti docházet mělo, ale jak správně uvedl správce daně ve výzvě k odstranění pochybností, není zřejmé, jakým konkrétním způsobem stěžovatelka jednotlivé roviny problémů řešila, jaký byl konkrétní výsledek v harmonogramu uvedené činnosti, jak byly jednotlivé problémy vyřešeny. Stěžovatelka tak sice určitou činnost tvrdila, ale neprokázala její faktický výkon, a ani to, že souvisela s realizací projektu VaV. Předložené dokumenty (důkazy), jak správně uzavřeli správci daně i krajský soud, k unesení důkazního břemene nepostačovaly.
[53] Neprokázala-li stěžovatelka vynaložení tvrzených výdajů, nelze ani dospět k závěru, že vadné právní posouzení daňového režimu náhrady mzdy za dovolenou může mít vliv na zákonnost rozhodnutí žalovaného, resp. správnost závěru žalobou napadeného rozsudku krajského soudu. I v případě náhrady nákladů řízení je neodmyslitelnou podmínkou uplatnění tohoto výdaje jeho souvislost s realizací projektu VaV. Tu však stěžovatelka u vynaložených osobních nákladů při realizaci projektu výzkumu a vývoje neprokázala.
[54] Tvrzení stěžovatelky, že dostála požadavku na vedení oddělené evidence a že otázka „
kdo a co vytvořil a vykonal, kolik času tím strávil nebo kolik kilometrů ujel je dle stěžovatelky až předmětem dalšího dokazování na základě dalších důkazních prostředků, nikoliv samotné evidence
“, Nejvyšší správní soud nepřitakává. Podmínkou pro uplatnění výdajů na podporu VaV je vynaložení těchto výdajů v souvislosti s realizací projektu, resp. při jeho realizaci. Neuznání výdajů uplatňovaných jako osobní výdaje na podporu VaV souviselo právě i s neprokázáním souvislosti vynaložených výdajů s činností VaV (srov. bod [43] rozhodnutí žalovaného), nikoliv s tím, že by evidence nebyla vedena odděleně. Neprůkaznost a nedostatečnost evidence předložené stěžovatelkou, o které hovoří žalovaný v bodu [42] svého rozhodnutí, tak souvisela s neunesením důkazního břemene, nikoliv formálními nedostatky evidence (srov. i bod [52] téhož rozhodnutí).
[55] Tvrdí-li stěžovatelka, že rozptýlila pochybnosti správce daně při ústním jednání dne 1. 2. 2016, není tomu tak. Z protokolu, který byl z jednání vyhotoven, vyplývá, že stěžovatelka toliko nesouhlasila s výsledky předložených kontrolních zjištění a požadovala stanovení lhůty pro vyjádření se k nim. Nepodala žádné bližší vysvětlení či nenavrhla důkazy, které by pochybnosti správce daně mohly rozptýlit. K obdobnému závěru lze dojít i ve vztahu k vyjádření ke kontrolním zjištěním (ze dne 1. 3. 2016), ve kterých stěžovatelka nenavrhla provedení konkrétních důkazů, ani se blíže nevyjádřila k činnostem údajně realizovaným na projektu výzkumu a vývoje.
[56] Stěžovatelka v poslední kasační námitce tvrdí, že „
správci daně byly známy natolik konkrétní skutečnosti, že bylo namístě vyzvat stěžovatelku k podání dodatečného daňového přiznání
“. Neuvádí však, o jaké skutečnosti se mělo jednat, pouze, že souvisely s již dříve zahájenou daňovou kontrolou (rovněž nespecifikuje kterou).
[57] Z daňové kontroly, která byla předmětem řízení před Nejvyšším správním soudem (věc sp. zn. 9 Afs 144/2016), za zdaňovací období od 1. 1. 2009 do 31. 10. 2010, vyplývá, že projekt VaV postrádal formální náležitosti [projekt neobsahoval předpokládané celkové výdaje (náklady) na řešení a vymezení způsobu kontroly a hodnocení postupu při řešení projektu a dosažených výsledků]. V nyní projednávané věci projekt tyto formální náležitosti obsahoval. K doměření daně došlo na základě dokazování, resp. neunesení důkazního břemene stěžovatelkou. Nešlo vyloučit, že na rozdíl od věci projednávané pod sp. zn. 9 Afs 144/2016, v nyní projednávané věci výsledkem kontroly budou protokoly či jiné písemnosti, které zachytí činnost realizovanou při projektu a dojde k uznání uplatněného odpočtu na podporu výzkumu a vývoje. Nelze proto dospět k závěru, že správci daně v nyní projednávané věci byly již na začátku řízení známy natolik konkrétní skutečnosti, aby bylo jeho povinností stěžovatelku vyzvat k podání dodatečného daňového přiznání (tvrzení) ve smyslu § 145 odst. 2 daňového řádu.

References: § 24
 § 34
 § 34
 § 34
 zákona č. 586
 § 34
 zákona č. 586
 § 34
 § 34
 zákona č. 586
 § 24
 § 92
 zákona č. 280
 § 34
 soud 
 § 34
 § 34
 § 145
 soud 
 Soud 
 § 34
 soud 
 soud 
 soud 
 § 24
 § 34
 § 34
 § 24
 § 34
 § 34
 § 34
 § 34
 § 222
 zákona č. 262
 § 213
 § 348
 § 24
 Soud 
 čl. 31
 čl. 31
 čl. 6
 čl. 31
 čl. 107
 § 2
 § 2
 § 212
 § 222
 § 34
 soud 
 § 24
 Soud 
 § 24
 § 34
 soud 
 čl. 27
 § 2
 § 34
 § 34
 § 34
 § 34
 soud 
 soud 
 § 34
 § 34
 § 34
 § 24
 soud 
 § 145