Source: http://watchemec.ru/article/25853/
Timestamp: 2019-04-23 21:04:57+00:00

Document:
Опубликовано в журнале «Вода: химия и экология» № 7 за 2013 год, стр. 70-74.
В составе микробных сообществ губок часто присутствуют продуценты биоактивных метаболитов. Из губки Lubomirskia baicalensis, обитающей в оз. Байкал, были выделены 14 бактериальных культур, принадлежащих филумам Firmicutes, Actinobacteria и Proteobacteria. Культуры идентифицировали с помощью молекулярных методов. Для анализа штаммов на наличие генов синтеза вторичных метаболитов: поликетидсинтаз (PKS) и нерибосомных пептидсинтаз (NRPS), применён ПЦР-скрининг с использованием вырожденных праймеров.
1. Taylor M.W. Sponge associated microorganisms: evolution, ecology, and biotechnological potential / Taylor M.W., Radax R., Steger D., Wagner M. // Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2007. V. 71. № 2. Р. 295–347.
2. Webster N.S. Marine sponges and their microbial symbionts: love and other relationships / Webster N.S., Taylor M.W. // Environ. Microbiol. 2012. V. 14. № 2. P. 335–346.
3. Kennedy J. Diversity of microbes associated with the marine sponge, Haliclona simulans, isolated from Irish waters and identification of polyketide synthase genes from the sponge metagenome / Kennedy J., Codling C.E., Jones B.V., Dobson A.D., Marchesi J.R. // Environ. Microbiol. 2008. V. 10, № 7. P. 1888–1902.
4. Sipkema D. Multiple approaches to enhance the cultivability of bacteria associated with the marine sponge Haliclona (gellius) sp. / Sipkema D., Schippers K., Maalcke W.J., Yang Y., Salim S., Blanch H.W. // Appl. Environ. Microb. 2011. V. 77. № 6. P. 2130–2140.
5. Hentschel U. Genomic insights into the marine sponge microbiome / Hentschel U., Piel J., Degnan S.M., Taylor M.W. // Nat. Rev. Microbiol. 2012. V. 10. № 9. P. 641–654.
6. Jenke-Kodama H. Evolution of metabolic diversity: insights from microbial polyketide synthases / Jenke-Kodama H., Dittmann E. // Phytochemistry. 2009. V. 70. № 15-16. P. 1858–1866.
7. Nikolouli K. Bioactive compounds synthesized by non-ribosomal peptide synthetases and type-I polyketide synthases discovered through genome-mining and metagenomics / Nikolouli K., Mossialos D. // Biotechnol. Lett. 2012. V. 34. № 8. P. 1393–1403.
8. Ehrenreich I. Distribution and diversity of natural product genes in marine and freshwater cyanobacterial cultures and genomes / Ehrenreich I., Waterbury J., Webb E. // Appl. Environ. Microb. 2005. V. 71. № 11. P. 7401–7413.
9. Schirmer A. Metagenomic analysis reveals diverse polyketide synthase gene clusters in microorganisms associated with the marine sponge Discodermia dissolute / Schirmer A., Gadkari R., Reeves C., Ibrahim F., Edward F. DeLong E., Hutchinson R. // Appl. Environ. Microb. 2005.
V. 71. № 8. P. 4840–4849.
10. Valerio E. Diversity and impact of prokaryotic toxins on aquatic environments: a review / Valerio E., Chaves S., Tenreiro R. // Toxins (Basel). 2010. V. 2. № 10. P. 2359–2410.
11. Парфенова В.В. Микробное сообщество пресноводных губок озера Байкал / Парфенова В.В., Теркина И.А., Косторнова Т.Я. Никулина И. Г., Черных В. И., Максимова Э.А. // Изв. РАН. Серия биол. 2008. № 4. С. 435–441.
12. Bano N. Phylogenetic composition of bacterioplankton assemblages from the Arctic Ocean / Bano N., Hollibaugh J.T. // Appl. Environ. Microb. 2002. V. 68. № 2. P. 505–518.
13. Altschul S.F. Basic local alignment search tool / Altschul S.F., Warren G., Miller W., Myers E.W., Lipman D.J.// Mol. Biol. 1990. V. 215. № 3. P. 403–410.
14. Калюжная О.В. Разнообразие генов 16S рРНК в метагеномном сообществе пресноводной губки Lubomirskia baicalensis / Калюжная О.В., Кривич А.А., Ицкович В.Б. // Генетика. 2012. Т.48. № 8. 851–854.
16. Isnansetyo A.. Bioactive substances produced by marine isolates of Pseudomonas / Isnansetyo A., Kamei Y. // J. ? Ind. Microbiol. Biotechnol. 2009. V. 36. № 10. P. 1239–1248.
17. Gurney R. Mupirocin: biosynthesis, special features and applications of an antibiotic from a gram_negative bacterium / Gurney R., Thomas C.M. // Appl. Microbiol. Biotechnol. 2011. V. 90. № 1. P. 11–21.
18. Kidarsa T.A. Phloroglucinol mediates crosstalk between the pyoluteorin and 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthetic pathways in Pseudomonas fluorescens Pf-5 / Kidarsa T.A., Goebel N.C., Zabriskie T.M, Loper J.E // Mol. Microbiol. 2011. V. 81. № 2. 395–414.
19. Brendel N. A cryptic PKS-NRPS gene locus in the plant commensal Pseudomonas fluorescens Pf-5 codes for the biosynthesis of an antimitotic rhizoxin complex / Brendel N., Partida-Martinez L.P., Scherlach K., Hertweck C. // Org. Biomol. Chem. 2007. V. 5. № 14. P. 2211-2213.
20. Павлова О.Н. Особенности распространения бактерий рода Pseudomonas в озере Байкал / Павлова О.Н., Дрюккер В.В., Косторнова Т.Я., Никулина И.Г. // Сиб. экол. журнал. 2003. № 3. С. 267–272.
21. Липко И.А. Идентификация генов поликетидсинтаз (PKS) в геноме штамма Pseudomonas fluorescens 28bBb-06 из пресноводной губки Baikalospongia bacillifera / Липко И.А., Калюжная О.В., Кравченко О.С., Парфенова В.В. // Молекулярная биология. 2012. Т. 46. № 4. С. 677–679.
22. Lacava Р.Т. The Endophyte Curtobacterium flaccumfaciens reduces symptoms caused by Xylella fastidiosa in Catharanthus roseus / Lacava Р.Т., Li W., Araujo W.L., Azevedo J.L., Hartung J.S. // J. Microbiol. 2007. V. 45. № 5. P. 388–393.
23. Hahn M.W. Isolation of novel ultramicrobacteria classified as actinobacteria from five freshwater habitats in Europe and Asia / Hahn M.W., Lünsdorf H.,Wu Q., Schauer M., Höfle M.G., Boenigk J., Stadler P. // Appl. Environ. Microb. 2003. V. 69. № 3. P. 1442–1451.
24. Karojet S. Microbacterium yannicii sp. nov., isolated from Arabidopsis thaliana roots / Karojet S., Kunz S., van Dongen J.T. // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2012. V. 62. № 4. P. 822–826.
25. Haroune N. Metabolism of 2-mercaptobenzothiazole by Rhodococcus rhodochrous / Haroune N., Combourieu B., Besse P., Sancelme M., Kloepfer A., Reemtsma T., De Wever H., Delort A.M.// Appl. Environ. Microb. 2004. V. 70. № 10. P. 6315–6319.
26. Zhao K. The diversity and anti-microbial activity of endophytic actinomycetes isolated from medicinal plants in Panxi plateau, China / Zhao K., Penttinen P., Guan T., Xiao J., Chen Q., Xu J., Lindström K., Zhang L., Zhang X., Strobel G.A. // Curr. Microbiol. 2011 V. 62. № 1. P. 182–190.
27. Carbajal-Rodriguez I. Aerobic Degradation of mercaptosuccinate by the Gram-negative bacterium Variovorax paradoxus strain B4 / Carbajal-Rodriguez I., Stoveken N., Satola B., Wubbeler J.H., Steinbuchel A. // J. Bacteriol., 2011. V. 193. № 2. P. 527–539.

References: V. 
 V. 
 V. 
 V. 
 V. 
 V. 
 V. 
 V. 

V. 
 V. 
 V. 
 V. 
 V. 
 V. 
 V. 
 V. 
 V. 
 V. 
 V. 
 V. 
 V. 
 V.