CELEX: 62011TJ0002
Language: es
Date: 2013-06-07
Title: Sentencia del Tribunal General (Sala Octava) de 7 de junio de 2013. # República Portuguesa contra Comisión Europea. # FEOGA - Sección de Garantía - Feaga y Feader - Gastos excluidos de la financiación - Gastos realizados en el marco de la medida POSEI (ejercicios 2005, 2006 y 2007). # Asunto T-2/11.

SENTENCIA DEL TRIBUNAL GENERAL (Sala Octava)
      de 7 de junio de 2013 (
            *1
         )
      «FEOGA — Sección “Garantía” — FEAGA y FEADER — Gastos excluidos de la financiación — Gastos realizados en el marco de la medida POSEI (ejercicios 2005, 2006 y 2007)»
      En el asunto T-2/11,
      
         República Portuguesa, representada por los Sres. L. Inez Fernandes, M. Figueiredo y J. Saraiva de Almeida, en calidad de agentes,
      parte demandante,
      contra
      
         Comisión Europea, representada por los Sres. P. Guerra e Andrade y P. Rossi, en calidad de agentes,
      parte demandada,
      que tiene por objeto un recurso de anulación de la Decisión 2010/668/UE de la Comisión, de 4 de noviembre de 2010, por la que se excluyen de la financiación de la Unión Europea determinados gastos efectuados por los Estados miembros con cargo a la Sección de Garantía del Fondo Europeo de Orientación y de Garantía Agrícola (FEOGA), al Fondo Europeo Agrícola de Garantía (FEAGA) y al Fondo Europeo Agrícola de Desarrollo Rural (FEADER) (DO L 288, p. 24), en la medida en que aplica una corrección financiera a la República Portuguesa en el marco de la medida POSEI correspondiente a los ejercicios de 2005 a 2007 por un importe total de 743251,25 euros,
      EL TRIBUNAL GENERAL (Sala Octava),
      integrado por el Sr. L. Truchot, Presidente, y la Sra. M.E. Martins Ribeiro (Ponente) y el Sr. A. Popescu, Jueces;
      Secretaria: Sra. C. Kristensen, administradora;
      habiendo considerado los escritos obrantes en autos y celebrada la vista el 12 de septiembre de 2012;
      dicta la siguiente
      
         Sentencia
      
      
         Marco jurídico
      
      
         Normativa de la Unión Europea que regula la financiación de la política agrícola común
      
      
               1
            
            
               La normativa de base en materia de financiación de la política agrícola común está constituida, en cuanto a los gastos realizados a partir del 1 de enero de 2000, por el Reglamento (CE) no 1258/1999 del Consejo, de 17 de mayo de 1999, sobre la financiación de la política agrícola común (DO L 160, p. 103), que sustituyó al Reglamento (CEE) no 729/70 del Consejo, de 21 de abril de 1970, sobre la financiación de la política agrícola común (DO L 94, p. 13; EE 03/03, p. 220), que era aplicable a los gastos realizados antes de dicha fecha.
            
         
               2
            
            
               En virtud del artículo 1, apartado 2, letra b), y del artículo 2, apartado 2, del Reglamento no 1258/1999, la sección de Garantía del Fondo Europeo de Orientación y de Garantía Agrícola (FEOGA) financia las intervenciones destinadas a la regularización de los mercados agrícolas efectuadas según las normas de la Unión en el marco de la organización común de los mercados agrícolas.
            
         
               3
            
            
               El artículo 7, apartado 4, del Reglamento no 1258/1999 dispone:
               «La Comisión decidirá los gastos que deban excluirse de la financiación comunitaria dispuesta en los artículos 2 y 3 si comprobase que los gastos no se han efectuado de conformidad con las normas comunitarias.
               Previamente a cualquier decisión de negativa de financiación, los resultados de las comprobaciones de la Comisión y las respuestas del Estado miembro en cuestión serán objeto de comunicaciones escritas, tras las cuales ambas partes intentarán ponerse de acuerdo sobre el curso que deba darse al asunto.
               Si no se llega a un acuerdo, el Estado miembro podrá solicitar la apertura de un procedimiento para conciliar sus respectivas posiciones en un plazo de cuatro meses; los resultados de dicho procedimiento serán objeto de un informe que se transmitirá a la Comisión y que ésta examinará antes de adoptar una decisión de negativa de financiación.
               La Comisión determinará los importes que deban excluirse basándose, en particular, en la importancia de la no conformidad comprobada. Para ello, la Comisión tendrá en cuenta la naturaleza y la gravedad de la infracción, así como el perjuicio financiero causado a la Comunidad.
               No podrá denegarse la financiación:
               
                        a)
                     
                     
                        de los gastos contemplados en el artículo 2 efectuados con anterioridad a los veinticuatro meses que hayan precedido a la comunicación escrita de la Comisión de los resultados de tales verificaciones al Estado miembro correspondiente;
                     
                  
                        b)
                     
                     
                        de los gastos correspondientes a una medida o acción contemplados en el artículo 3 para los cuales el pago final se haya efectuado con anterioridad a los veinticuatro meses que hayan precedido a la comunicación escrita de la Comisión de los resultados de tales verificaciones al Estado miembro correspondiente.
                     
                  No obstante, el párrafo quinto no se aplicará a las consecuencias financieras que se extraigan en los dos supuestos siguientes:
               
                        a)
                     
                     
                        en los casos de irregularidades con arreglo al apartado 2 del artículo 8,
                     
                  
                        b)
                     
                     
                        a raíz de las ayudas nacionales o de las infracciones respecto a las cuales se hayan incoado los procedimientos contemplados en los artículos 88 [CE] y 226 [CE].»
                     
                  
         
               4
            
            
               El artículo 8 del Reglamento no 1258/1999 prevé:
               «1.   Los Estados miembros adoptarán, de conformidad con las disposiciones legales, reglamentarias y administrativas nacionales, las medidas necesarias para:
               
                        a)
                     
                     
                        asegurarse de la realidad y de la regularidad de las operaciones financiadas por el [FEOGA];
                     
                  
                        b)
                     
                     
                        prevenir y tratar las irregularidades,
                     
                  
                        c)
                     
                     
                        recuperar las sumas perdidas como consecuencia de irregularidades o negligencias;
                     
                  Los Estados miembros informarán a la Comisión acerca de las medidas adoptadas con tal fin, y en particular del estado de los procedimientos administrativos y judiciales.
               2.   A falta de una recuperación total, las consecuencias financieras de las irregularidades o de las negligencias serán costeadas por la Comunidad, salvo las que resulten de irregularidades o de negligencias imputables a las administraciones u organismos de los Estados miembros.
               Las sumas recuperadas serán pagadas a los organismos pagadores autorizados y descontadas por éstos de los gastos financiados por el [FEOGA]. Los intereses correspondientes a las sumas recuperadas o pagadas con retraso se ingresarán en el [FEOGA].
               3.   El Consejo, por mayoría cualificada y a propuesta de la Comisión, establecerá las disposiciones generales de aplicación del presente artículo.»
            
         
               5
            
            
               El artículo 9 del Reglamento no 1258/1999 precisa:
               «1.   Los Estados miembros pondrán a disposición de la Comisión todas las informaciones necesarias para el buen funcionamiento del [FEOGA] y adoptarán todas las medidas que puedan facilitar la realización de los controles que la Comisión considere útiles en el marco de la gestión de la financiación comunitaria, incluyendo verificaciones sobre el terreno.
               Los Estados miembros comunicarán a la Comisión las disposiciones legales, reglamentarias y administrativas que hayan adoptado para la aplicación de los actos comunitarios que tengan relación con la política agrícola común, siempre que dichos actos tengan una incidencia financiera para el [FEOGA].
               2.   Sin perjuicio de los controles efectuados por los Estados miembros de acuerdo con las disposiciones legales, reglamentarias y administrativas nacionales, de las disposiciones del artículo 248 [CE] o de cualquier control organizado conforme a la letra c) del artículo 279 [CE], los agentes facultados por la Comisión para efectuar las comprobaciones sobre el terreno tendrán acceso a los libros y a cualquier otro documento, incluidos los datos establecidos o conservados en soporte informático, que tengan relación con los gastos financiados por el [FEOGA].
               Podrán comprobar en particular:
               
                        a)
                     
                     
                        la conformidad de las prácticas administrativas con las normas comunitarias;
                     
                  
                        b)
                     
                     
                        la existencia de los documentos justificativos necesarios y su concordancia con las operaciones financiadas por el [FEOGA];
                     
                  
                        c)
                     
                     
                        las condiciones en las que realizan y comprueban las operaciones financiadas por el [FEOGA].
                     
                  La Comisión advertirá con la suficiente antelación y antes de la verificación, al Estado miembro ante el que se vaya a realizar dicha verificación o en cuyo territorio vaya a tener lugar. En dichas comprobaciones podrán participar agentes del Estado miembro interesado.
               A instancia de la Comisión y con el acuerdo del Estado miembro, se efectuarán inspecciones o investigaciones relativas a las operaciones citadas en el presente Reglamento por las instancias competentes de dicho Estado miembro. Podrán participar en ellas agentes de la Comisión.
               Con el fin de mejorar las posibilidades de verificación, la Comisión podrá, con el acuerdo de los Estados miembros interesados, asociar a las administraciones de estos Estados miembros a determinadas inspecciones o verificaciones.
               3.   El Consejo, por mayoría cualificada y a propuesta de la Comisión, establecerá, en tanto fuere necesario, las disposiciones generales de aplicación del presente artículo.»
            
         
               6
            
            
               El Reglamento no 1258/1999 fue derogado por el Reglamento (CE) no 1290/2005 del Consejo, de 21 de junio de 2005, sobre la financiación de la política agrícola común (DO L 209, p. 1), que entró en vigor, según su artículo 49, a los siete días de su publicación en el Diario Oficial de la Unión Europea, es decir, el 18 de agosto de 2005.
            
         
               7
            
            
               No obstante, el artículo 47 del Reglamento no 1290/2005 precisó que «el Reglamento […] no 1258/1999 seguir[ía] siendo aplicable a los gastos efectuados hasta el 15 de octubre de 2006 para los gastos efectuados por los Estados miembros y hasta el 31 de diciembre de 2006 para los efectuados por la Comisión».
            
         
               8
            
            
               El Reglamento (CE) no 1663/95 de la Comisión, de 7 de julio de 1995, por el que se establecen las disposiciones de aplicación del Reglamento no 729/70 del Consejo en lo que concierne al procedimiento de liquidación de cuentas de la sección de Garantía del FEOGA (DO L 158, p. 6), en su versión modificada por el Reglamento (CE) no 2245/1999 de la Comisión, de 22 de octubre de 1999 (DO L 273, p. 5), prevé, en su artículo 8, apartado 1:
               «En caso de que, a raíz de una investigación, la Comisión considere que los gastos no se han realizado de conformidad con la normativa comunitaria, comunicará al Estado miembro de que se trate los resultados de sus comprobaciones e indicará las medidas correctoras que deban adoptarse para garantizar el cumplimiento de la normativa en el futuro.
               La comunicación hará referencia al presente Reglamento. El Estado miembro deberá dar una respuesta en un plazo de dos meses y la Comisión podrá modificar su posición en consecuencia. En casos justificados, la Comisión podrá prorrogar dicho plazo.
               Terminado el plazo fijado para la respuesta, la Comisión convocará a las partes a una reunión bilateral y éstas procurarán alcanzar un acuerdo sobre las medidas que deban tomarse, así como sobre la evaluación de la gravedad de la infracción y del perjuicio financiero causado a la Comunidad Europea. Tras la citada reunión y pasada cualquier otra fecha posterior a la reunión bilateral fijada por la Comisión, en concertación con el Estado miembro, para la comunicación de información suplementaria, o si el Estado miembro no acepta la convocatoria en un plazo fijado por la Comisión, pasado este plazo, la Comisión comunicará oficialmente sus conclusiones al Estado miembro, haciendo referencia a la Decisión 94/442/CE de la Comisión. Sin perjuicio de lo dispuesto en el párrafo cuarto del presente apartado, la referida comunicación evaluará los gastos que esté previsto excluir en virtud de la letra c) del apartado 2 del artículo 5 del Reglamento […] no 729/70.
               El Estado miembro notificará, sin demora, a la Comisión las medidas correctoras adoptadas para garantizar el cumplimiento de las normas comunitarias y la fecha efectiva de su aplicación. La Comisión adoptará, en su caso, una o varias decisiones en aplicación de la letra c) del apartado 2 del artículo 5 del Reglamento […] no 729/70 para excluir, hasta la fecha efectiva de aplicación de las medidas correctoras, los gastos respecto de los cuales se han incumplido las normas comunitarias.»
            
         
               9
            
            
               El Reglamento (CE) no 885/2006 de la Comisión, de 21 de junio de 2006, por el que se establecen las disposiciones de aplicación del Reglamento (CE) no 1290/2005 del Consejo en lo que se refiere a la autorización de los organismos pagadores y otros órganos y a la liquidación de cuentas del FEAGA y del FEADER (DO L 171, p. 90), dispone, en su artículo 11:
               «1.   Cuando, a raíz de una investigación, la Comisión considere que los gastos no se han realizado de conformidad con la normativa comunitaria, comunicará sus observaciones al Estado miembro de que se trate e indicará las medidas correctoras que deban adoptarse para garantizar el cumplimiento de la normativa en el futuro.
               La comunicación hará referencia al presente artículo. El Estado miembro deberá dar una respuesta en un plazo de dos meses desde la recepción de la comunicación y la Comisión podrá modificar su posición en consecuencia. En casos justificados, la Comisión podrá acordar prorrogar dicho plazo.
               Terminado el plazo fijado para la respuesta, la Comisión convocará una reunión bilateral y ambas partes procurarán alcanzar un acuerdo sobre las medidas que deban tomarse, así como sobre la evaluación de la gravedad de la infracción y del perjuicio financiero causado al presupuesto comunitario.
               2.   En el plazo de dos meses desde la fecha de recepción de las actas de la reunión bilateral a que se refiere el apartado 1, párrafo tercero, el Estado miembro comunicará la información solicitada durante la reunión o cualquier otra información que considere útil para el examen en curso.
               En casos justificados, y previa solicitud motivada del Estado miembro, la Comisión podrá autorizar una prórroga del plazo mencionado en el párrafo primero. La solicitud deberá presentarse a la Comisión antes de la expiración de dicho plazo.
               Terminado el plazo mencionado en el párrafo primero, la Comisión deberá comunicar oficialmente sus conclusiones al Estado miembro basándose en la información recibida en virtud del procedimiento de liquidación de conformidad. En la comunicación se evaluarán los gastos que la Comisión prevea excluir de la financiación comunitaria en virtud del artículo 31 del Reglamento […] no 1290/2005 y se hará referencia al artículo 16, apartado 1, del presente Reglamento.
               3.   El Estado miembro notificará a la Comisión las medidas correctoras adoptadas para garantizar el cumplimiento de las normas comunitarias y la fecha efectiva de su aplicación.
               La Comisión, previo examen de los informes elaborados por el órgano de conciliación de conformidad con el capítulo 3 del presente Reglamento, adoptará, en su caso, una o varias decisiones en aplicación del artículo 31 del Reglamento […] no 1290/2005 para excluir de la financiación comunitaria los gastos respecto de los cuales se hayan incumplido las normas comunitarias, hasta que el Estado miembro aplique efectivamente las medidas correctoras.
               Al evaluar los gastos que deban excluirse de la financiación comunitaria, la Comisión podrá tener en cuenta la información proporcionada por el Estado miembro una vez terminado el plazo a que se refiere el apartado 2, cuando ello sea necesario para calcular mejor el perjuicio financiero causado al presupuesto comunitario, siempre que el envío de la información fuera de plazo esté justificado por circunstancias excepcionales.
               4.   Con respecto al FEAGA, los gastos que deban excluirse de la financiación comunitaria los deducirá la Comisión de los pagos mensuales relativos a los gastos realizados en el segundo mes siguiente al de la decisión prevista en el artículo 31 del Reglamento […] no 1290/2005.
               Con respecto al FEADER, los gastos que deban excluirse de la financiación comunitaria los deducirá la Comisión del pago intermedio siguiente o del pago final.
               Sin embargo, a petición del Estado miembro y cuando la importancia de las deducciones lo justifique, la Comisión, previa consulta al Comité de los fondos agrícolas, podrá fijar una fecha diferente para las deducciones.
               5.   El presente artículo se aplicará, mutatis mutandis, a los ingresos asignados con arreglo al artículo 34 del Reglamento […] no 1290/2005.»
            
         
               10
            
            
               Del artículo 18 del Reglamento no 885/2006 resulta que el Reglamento no 1663/95 se seguirá aplicando a la liquidación de cuentas del ejercicio financiero de 2006 en virtud del artículo 7, apartado 3, del Reglamento no 1258/1999.
            
         
               11
            
            
               El Reglamento (CE) no 1453/2001 del Consejo, de 28 de junio de 2001, por el que se aprueban medidas específicas en favor de las Azores y Madeira en relación con determinados productos agrícolas y por el que se deroga el Reglamento (CEE) no 1600/92 (Poseima) (DO L 198, p. 26), establece un programa de medidas específicas en favor de dichas regiones periféricas de la Unión.
            
         
               12
            
            
               Por otro lado, el Reglamento (CE) no 43/2003 de la Comisión, de 23 de diciembre de 2002, por el que se establecen las disposiciones de aplicación de los Reglamentos (CE) nos 1452/2001, 1453/2001 y 1454/2001 del Consejo en lo relativo a las ayudas en favor de la producción local de productos vegetales en las regiones ultraperiféricas de la Unión (DO 2003, L 7, p. 25), ejecuta ayudas en favor de la producción local de productos vegetales en las regiones ultraperiféricas de la Unión.
            
         
               13
            
            
               El considerando 26 del Reglamento no 43/2003 dispone que «es preciso determinar el número mínimo de productores que deben ser sometidos a controles sobre el terreno en relación con los diversos regímenes de ayuda».
            
         
               14
            
            
               El considerando 27 del citado Reglamento establece:
               «La muestra correspondiente al porcentaje mínimo de controles sobre el terreno deberá seleccionarse en parte sobre la base de un análisis de riesgo y en parte de forma aleatoria. Será preciso especificar los principales factores que habrán de tenerse en cuenta para el análisis de riesgo.»
            
         
               15
            
            
               El considerando 28 del Reglamento no 43/2003 precisa que «la detección de irregularidades importantes debe acarrear un incremento de los niveles de control sobre el terreno durante el año en curso y el siguiente hasta que se alcance un grado de seguridad aceptable acerca de la exactitud de las solicitudes de ayuda en cuestión».
            
         
               16
            
            
               El artículo 58, apartado 1, del Reglamento no 43/2003 establece:
               «Los controles se efectuarán por medio de controles administrativos y de inspecciones sobre el terreno. Los controles administrativos serán exhaustivos e incluirán comprobaciones cruzadas, siempre que resulte apropiado, con los datos del sistema integrado de gestión y control. Sobre la base de un análisis de riesgos, las autoridades nacionales efectuarán controles sobre el terreno por muestreo de como mínimo el 10 % de las solicitudes de ayuda.
               Siempre que proceda, los Estados miembros podrán recurrir al sistema integrado de gestión y control establecido por el Reglamento (CEE) no 3508/92.»
            
         
               17
            
            
               El artículo 60 del Reglamento no 43/2003, titulado «Selección de las solicitudes para los controles sobre el terreno», precisa:
               «1.   La autoridad competente determinará qué productores deben ser sometidos a controles sobre el terreno a partir de un análisis de riesgos y de la representatividad de las solicitudes de ayuda presentadas. El análisis de riesgos tendrá en cuenta:
               
                        a)
                     
                     
                        el importe de la ayuda;
                     
                  
                        b)
                     
                     
                        el número de parcelas agrícolas, las superficies para las que se hayan presentado solicitudes de ayuda, o la cantidad producida, transportada, transformada o comercializada;
                     
                  
                        c)
                     
                     
                        los cambios respecto del año anterior;
                     
                  
                        d)
                     
                     
                        los resultados de los controles de años anteriores;
                     
                  
                        e)
                     
                     
                        otros parámetros que deberán definir los Estados miembros.
                     
                  Con el fin de proveer este elemento de representatividad, los Estados miembros seleccionarán de forma aleatoria entre un 20 % y un 25 % del número mínimo de productores que deban ser sometidos a controles sobre el terreno.
               2.   La autoridad competente mantendrá registros de los motivos que han conducido a la selección de cada productor para los controles sobre el terreno. El inspector que vaya a proceder al control será informado oportunamente de estos datos antes del inicio de dicho control.»
            
         
         Directrices de la Comisión
      
      
               18
            
            
               Las Directrices de la Comisión para la aplicación de las correcciones financieras fueron definidas en el documento VI/5330/97 de la Comisión, de 23 de diciembre de 1997, que lleva por título «Directrices para el cálculo de las repercusiones financieras al preparar la decisión de liquidación de cuentas de la Sección de Garantía del FEOGA».
            
         
               19
            
            
               El apéndice 2 del documento no VI/5330/97, relativo a las repercusiones financieras de las deficiencias de los controles efectuados por los Estados miembros detectadas con motivo de la liquidación de cuentas de la sección de garantía del FEOGA, establece, en su parte titulada «Introducción»:
               «Cuando la Comisión constate que un pago determinado corresponde a una solicitud que incumple claramente la normativa comunitaria, las consecuencias financieras están claras: a menos que los organismos de control nacionales ya hubieran detectado el pago irregular y hubieran adoptado las medidas paliativas y de recuperación pertinentes (véase el Apéndice 4), la Comisión debe denegar su financiación con cargo al presupuesto comunitario. Cuando del examen de los gastos de un gran número de expedientes se deriven consecuencias financieras, el importe rechazado se calculará en la medida de lo posible sobre la base de una extrapolación de los resultados del examen de una muestra representativa de expedientes. Es preciso aplicar a todos los Estados miembros el mismo método de extrapolación, con idénticos niveles de confianza, límites de tolerancia, estratificación de la población, tamaño de la muestra y evaluación de los errores dentro de la muestra en relación con las repercusiones financieras totales.
               Cuando un Estado miembro no cumpla la normativa comunitaria relativa a la comprobación de la subvencionabilidad de las solicitudes, esta omisión hace que los pagos correspondientes representen una infracción de las disposiciones comunitarias aplicables a la medida en cuestión, así como de la disposición general establecida en el artículo 8 del Reglamento 729/70, que exige a los Estados miembros que detecten y eviten las irregularidades. De ello no se desprende necesariamente que todas las solicitudes pagadas hayan sido irregulares, pero sí implica un aumento del riesgo de que los pagos imputados al [FEOGA] lo hayan sido. Si bien en algunos casos flagrantes la Comisión puede tener derecho a denegar todos los gastos cuando no se hayan realizado los controles requeridos por un Reglamento, en la mayor parte de los casos el importe denegado sería probablemente superior a la pérdida financiera sufrida por la Comunidad. Tal es el motivo de que esta pérdida deba evaluarse en el momento del cálculo de las correcciones financieras.
               [...]»
            
         
               20
            
            
               El apéndice 2 del documento no VI/5330/97 precisa, en su parte titulada «Evaluación basada en errores de los expedientes individuales»:
               «De acuerdo con los procedimientos ya establecidos en las directrices internas, el cálculo de la corrección financiera se efectuará con arreglo a uno de los siguientes métodos:
               
                        a)
                     
                     
                        denegación de una solicitud concreta en relación con la que no se haya efectuado el control preceptivo;
                     
                  
                        b)
                     
                     
                        denegación de la validez de un importe calculado mediante la extrapolación de los resultados de controles efectuados sobre una muestra representativa de expedientes a todos los expedientes de los que se haya extraído la muestra, limitada a la zona administrativa en la que se pueda suponer razonablemente que pueda presentarse la misma deficiencia; se brinda al Estado miembro la oportunidad de presentar pruebas que muestren que los resultados de la extrapolación no coinciden con los del examen de todos los expedientes de los que se extrajo la muestra.
                     
                  […]»
            
         
               21
            
            
               El apéndice 2 del documento no VI/5330/97 precisa, en su parte titulada «Evaluación basada en los riesgos de pérdidas financieras: correcciones a tanto alzado»:
               «A medida que se ha ido generalizando la aplicación del método de auditoría de sistemas, los servicios de la Comisión han recurrido con creciente frecuencia a la evaluación del riesgo que entraña la deficiencia de los sistemas. Cuando resulta imposible determinar el nivel real de pagos irregulares y, por consiguiente, la cuantía de las pérdidas financieras sufridas por la Comunidad, ésta ha venido aplicando, desde la liquidación de cuentas del ejercicio financiero de 1990, correcciones a tanto alzado del 2 %, el 5 % o el 10 % de los gastos declarados, según la envergadura del riesgo de pérdida. En casos excepcionales puede decidirse la aplicación de porcentajes de corrección más elevados, hasta del 100 %. La prerrogativa de la Comisión de aplicar correcciones de esta naturaleza fue confirmada por el Tribunal de Justicia al pronunciarse sobre los recursos contra las decisiones anuales de liquidación de cuentas (por ejemplo, la sentencia del asunto C-50/94).
               […]»
            
         
               22
            
            
               El apéndice 2 del documento no VI/5330/97 establece, en su parte titulada «Directrices para la aplicación de correcciones a tanto alzado»:
               «Puede concebirse la aplicación de correcciones a tanto alzado cuando la información obtenida en el control no permita al inspector evaluar las pérdidas mediante una extrapolación de las pérdidas determinadas, el recurso a medios estadísticos o la referencia a otros datos comprobables, pero le permita concluir que el Estado miembro no ha llevado a cabo una comprobación correcta de la subvencionabilidad de las solicitudes satisfechas.
               […]
               No procede aplicar correcciones a tanto alzado cuando sean los propios servicios de control del Estado miembro los que detecten las deficiencias, con arreglo a lo dispuesto en el Apéndice 4.
               […]
               Cuando uno o más controles fundamentales no se apliquen o se apliquen de forma tan deficiente o infrecuente que resulten ineficaces para determinar la subvencionabilidad de la solicitud o prevenir la irregularidad, está justificada una corrección del 10 %, ya que puede concluirse fundadamente la existencia de un alto riesgo de pérdidas para el Fondo.
               Cuando se efectúen todos los controles fundamentales, pero no en el número, frecuencia ni con el rigor requeridos en los reglamentos, está justificada una corrección del 5 %, ya que puede concluirse fundadamente que dichos controles no ofrecen el nivel suficiente de garantía de la regularidad de las solicitudes, así como la existencia de un riesgo significativo para el Fondo.
               Cuando un Estado miembro ejecute correctamente los controles fundamentales, pero no realice uno o más controles auxiliares, está justificada una corrección del 2 %, debida a la existencia de un menor riesgo de pérdidas para el Fondo y a la menor gravedad de la infracción.
               También está justificada la aplicación de una corrección del 2 % cuando un Estado miembro no haya adoptado medidas para mejorar la aplicación de los controles auxiliares, o medidas derivadas de la normativa comunitaria, y la Comisión haya notificado al Estado miembro de que se trate, concretamente al amparo del artículo 8 del Reglamento 1663/95, que es necesario adoptar dichas medidas para lograr el resultado perseguido por la normativa, para conseguir un nivel razonable de protección contra el fraude y las irregularidades, o para garantizar el control adecuado de los Fondos comunitarios.
               […]
               La corrección debe aplicarse a la parte de los gastos en peligro. Cuando la deficiencia proceda de la no adopción de un sistema de control apropiado por parte de los Estados miembros, la corrección deberá aplicarse a toda la medida afectada. Cuando haya razones que dejen suponer que la deficiencia se limita a la [no] aplicación del sistema de control adoptado por el Estado miembro en un departamento o una región, la corrección deberá limitarse a los gastos controlados por ese departamento o esa región.
               […]»
            
         
               23
            
            
               Asimismo, la Comisión indica, en el apéndice 2 del documento no VI/5330/97, en su parte titulada «Casos fronterizos»:
               «[…]
               Cuando las deficiencias se hayan derivado de dificultades de interpretación de los textos comunitarios, excepto cuando pueda esperarse racionalmente que el Estado miembro plantee esas dificultades a la Comisión, y cuando las autoridades nacionales hayan adoptado medidas eficaces para subsanar las deficiencias en cuanto éstas se pusieron de manifiesto, estas circunstancias atenuantes pueden tenerse en cuenta y puede aplicarse un porcentaje de corrección más bajo o no aplicarse corrección alguna.
               […]»
            
         
               24
            
            
               Por último, el apéndice 4 del documento no VI/5330/97, titulado «Tratamiento de las constataciones de los organismos de control de los Estados miembros en la liquidación de cuentas», precisa:
               «[…]
               Las conclusiones de las inspecciones de los organismos de control nacionales no darán lugar por sí solas a la aplicación de medidas financieras en el procedimiento de liquidación de cuentas. Se considerará que esas conclusiones muestran que los procedimientos de control nacionales se ajustan a lo dispuesto en los reglamentos y se aplican con eficacia. No obstante, el Estado miembro de que se trate debe adoptar, sobre la base de las conclusiones de los informes, las medidas oportunas que permitan, entre otras cosas, subsanar cualquier deficiencia observada en los procedimientos aplicados por un servicio nacional, examinar de nuevo todas las operaciones afectadas por las deficiencias observadas y recuperar las cantidades incorrectamente abonadas o de carácter irregular. Obviamente, los controles realizados resultan totalmente ineficaces si no se adoptan todas las medidas que se derivan de los informes y, por consiguiente, sólo en estos casos, y no en otros, el servicio de liquidación de cuentas estudiará la aplicación de medidas financieras.»
            
         
         Antecedentes del litigio y Decisión impugnada
      
      
               25
            
            
               Mediante escrito de 8 de marzo de 2005, la Comisión de las Comunidades Europeas comunicó, de conformidad con el artículo 9, apartado 2, del Reglamento no 729/70 y con el Reglamento no 1258/1999, a las autoridades portuguesas que se realizaría una inspección entre el 11 y el 15 de abril de 2005, la cual se concentraría en los años 2003 y 2004 y tendría por objeto el marco del control, incluidos los procedimientos de control establecidos y los controles efectivamente realizados. Asimismo, la Comisión solicitaba que se le remitiera información correspondiente a los citados años.
            
         
               26
            
            
               Entre el 11 y el 15 de abril de 2005, los servicios de la Comisión realizaron la citada inspección en Portugal a fin de controlar la aplicación de las medidas específicas, previstas por el Reglamento no 1453/2001, relativas a determinados productos agrícolas en favor de las Azores y Madeira (Portugal).
            
         
               27
            
            
               A raíz de la citada inspección, la Comisión informó, mediante carta certificada con acuse de recibo de 5 de diciembre de 2006 (en lo sucesivo, «primera comunicación de 5 de diciembre de 2006»), a las autoridades portuguesas del resultado de la inspección realizada y precisó que la citada carta se enviaba en aplicación del artículo 11 del Reglamento no 885/2006. A dicho escrito se adjuntaba un anexo, titulado «Observaciones y recomendaciones», que incluía las conclusiones de la inspección realizada a las autoridades centrales de Lisboa (Portugal) y a las autoridades locales, acerca del régimen de ayudas para medidas específicas relativas a determinados productos agrícolas en favor de las Azores y Madeira (Poseima).
            
         
               28
            
            
               De la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006 resulta que la Comisión consideró que las autoridades portuguesas no habían cumplido totalmente las exigencias de la normativa comunitaria y que eran necesarias medidas correctoras para garantizar en el futuro la conformidad con dichas exigencias. La Comisión solicitó que se le informase de las medidas correctoras ya adoptadas así como del calendario previsto para su aplicación. Por otro lado, la Comisión indicó que se proponía excluir de la financiación comunitaria la totalidad o una parte de los gastos financiados por la sección Garantía del FEOGA, y que dicha exclusión podría afectar a los gastos realizados durante el período que se inició veinticuatro meses antes de la fecha de la primera recepción del citado escrito. Asimismo, se precisaba que las deficiencias observadas servirían de base de cálculo de las correcciones financieras correspondientes a los gastos realizados hasta la aplicación de las medidas correctoras apropiadas.
            
         
               29
            
            
               En las observaciones y las recomendaciones que figuran en el anexo de la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006, la Comisión indicó, en particular, por lo que respecta a los «controles de superficie»:
               «La introducción del [sistema de información geográfica] junto a la falta de catastro y a la configuración extremadamente abrupta del terreno no permiten que se realicen mediciones fácilmente, en particular cuando la parcela sólo está cultivada parcialmente (caso del cultivo de las patatas), [lo que] puede limitar la eficacia de los controles. Se ha comprobado que, en las inspecciones sobre el terreno de las parcelas subvencionables, los inspectores sólo se basaban en [el sistema de información geográfica]. Su uso es una buena herramienta para las comprobaciones de las parcelas, pero debe acompañarse de mediciones físicas para que aquéllas sean seguras y fiables.
               Los controles de superficies realizados por las autoridades de Madeira se practicaron sobre una muestra que representaba al menos un 10 % de las solicitudes de ayuda, como prevé el artículo 58 del Reglamento no 43/2003. Los resultados de estos controles demuestran un número de solicitudes de ayuda total o parcialmente denegado muy elevado. En 2004, por ejemplo, de una muestra que representaba un 10,13 % de las 5.825 solicitudes de ayuda para el cultivo de patatas, un 19,66 % de las ayudas de dicha muestra se denegaron totalmente y un 16,10 % parcialmente, lo que representa un porcentaje de errores del 36 % de las superficies controladas (estos resultados son aún más llamativos en el caso del cultivo de la caña de azúcar y del mimbre). Sobre la base de estas comprobaciones, resulta evidente que el porcentaje mínimo de controles practicado por las autoridades portuguesas no era suficiente [para] salvaguardar [los intereses] del [FEOGA]. Se ha considerado que su no incremento durante 2004 constituye una deficiencia en el sistema de control.
               Por lo que respecta al sistema de control establecido para 2005, se solicita a las autoridades portuguesas que entreguen una lista de los solicitantes con indicación de los sujetos a control sobre el terreno (posteriormente se realizará una selección de boletines de control) y un resumen para indicar el número de solicitantes por producto, el número de solicitantes controlados, el número de irregularidades detectadas con un desglose entre aquellas a las que se les ha denegado parcialmente la ayuda y [aquellas a las que se les ha denegado por completo]. Una indicación de las superficies afectadas sería también útil para facilitar la evaluación de los errores en términos financieros.»
            
         
               30
            
            
               Asimismo, la Comisión indicó, en anexo a la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006, que se recomendaba a las autoridades portuguesas que realizasen más a menudo mediciones físicas en los controles de superficie, utilizando por ejemplo el GPS o el metro.
            
         
               31
            
            
               Mediante escrito de 7 de febrero de 2007, la Administración portuguesa respondió alegando que los errores detectados en los controles sobre el terreno afectaban a parcelas de dimensión muy reducida dedicados a cultivos hortícolas, lo que hacía más difícil la declaración exacta de la superficie utilizada para el cultivo objeto de la ayuda. Las autoridades portuguesas recalcaron así que la superficie media de una explotación era de 0,4 ha y que ésta se dividía en cuatro o cinco parcelas: la superficie media por parcela era, por tanto, muy reducida, 0,08 ha, y un número muy grande de parcelas tenía una superficie entre 0,01 y 0,05 ha. De ello resultaba que un error mínimo en la delimitación o en la medición de la parcela provocaba un error significativo en términos de porcentaje en relación con la superficie real. Las autoridades portuguesas subrayaron que, en virtud del Reglamento no 43/2003, el margen de error del control, que era del 3 %, era muy pequeño para el régimen de propiedad de la Región autónoma de Madeira. Por ejemplo, en el caso de una parcela de 0,01 ha, una irregularidad que provoca una sanción total (20 %) corresponde a 0,002 ha, una superficie que es imposible registrar en la aplicación informática, de modo que debía considerarse insignificante. A dicho escrito también se adjuntaba un anexo 1 en el que las autoridades portuguesas remitían a la Comisión la información solicitada por ésta en el apartado 3 del anexo de la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006 (véase el apartado 29 anterior).
            
         
               32
            
            
               En una reunión bilateral entre los servicios de la Comisión y las autoridades portuguesas que tuvo lugar en Bruselas el 5 de julio de 2007, cuya acta se elaboró el 25 de octubre de 2007 y se envió a las autoridades portuguesas el 31 de octubre de 2007, la Comisión llamó la atención sobre el elevado porcentaje de errores detectado en los controles sobre el terreno realizados por las autoridades regionales de Madeira e indicó que tal porcentaje de errores habría debido llevar a dichas autoridades a aumentar el porcentaje de los controles a fin de garantizar mejor el derecho y la concesión de la ayuda comunitaria de conformidad con las disposiciones reglamentarias. Las autoridades portuguesas recordaron, por su parte, que, dado que la superficie media de una explotación en Madeira era muy pequeña, un error en la medición de la parcela, por lo demás insignificante en términos de superficie, se traducía en un porcentaje de errores muy elevado. Pusieron de relieve que se habían cumplido los porcentajes de control sobre el terreno en relación con las solicitudes. Dichos controles representaban en términos de superficie porcentajes que oscilaban entre el 25 y más del 50 %. Por otro lado, los referidos controles se realizaron antes del pago, de modo que se redujo la ayuda y se aplicaron las sanciones. Por tanto, la proyección del porcentaje de errores para determinar el eventual riesgo para el FEOGA no está fundada. Por otro lado, a partir de 2006, los resultados de los controles (medición) se incluyeron en el sistema de información geográfica (SIG), lo que permitió tener una base de datos más fiable de las superficies reales.
            
         
               33
            
            
               La Comisión, a fin de evaluar mejor la situación, solicitó a las autoridades portuguesas, durante dicha reunión de 5 de julio de 2007, que le comunicasen por sector (cultivo) y por campaña (a partir de 2005) el número de solicitudes de ayuda y de superficies correspondientes, el porcentaje de los beneficiarios cuyas parcelas habían sido objeto de un control sobre el terreno, el porcentaje de la superficie cubierta por dichos controles, los porcentaje de errores y las sanciones parciales y totales resultaban de ellos así como el porcentaje de dichos errores en términos de pagos realizados. La Comisión añadió que se basaría en los elementos aportados por las autoridades portuguesas para determinar la extensión del riesgo financiero que suponían las anomalías observadas y el nivel de gasto que se debía excluir de la financiación comunitaria.
            
         
               34
            
            
               Mediante escrito de 20 de diciembre de 2007, la República Portuguesa envió a la Comisión la información solicitada, en particular un cuadro que resume las operaciones de control que se habían realizado durante las campañas 2005 y 2006.
            
         
               35
            
            
               Mediante escrito de 27 de octubre de 2009, la Comisión remitió a la República Portuguesa una comunicación formal. Tras la reunión bilateral, la Comisión, teniendo en cuenta la información adicional comunicada posteriormente por las autoridades portuguesas, confirmó su posición de que la concesión de ayudas para los ejercicios 2005, 2006 y 2007, en lo que atañe a las medidas específicas relativas a determinados productos agrícolas en favor de Madeira, no se había realizado de conformidad con las disposiciones comunitarias. En el anexo del escrito de 27 de octubre de 2009, la Comisión indicó que los datos dados por la Administración portuguesa correspondientes a los ejercicios 2005 y 2006 permitían, en particular, concluir que el «porcentaje de errores» que había dado lugar a la denegación total o parcial de financiación había sido, en todos los casos, superior al 40 % en términos de superficie. Pues bien, un control realizado anteriormente (investigaciones 2001/006 y 2001/09) había llegado a conclusiones similares. La Comisión consideró que, como el porcentaje de errores correspondiente a varios años era muy elevado, la Administración portuguesa habría debido aumentar el porcentaje de control sobre el terreno, a fin de proteger al FEOGA contra el riesgo de pagos indebidos. La Comisión estimó que el porcentaje de control realizado, a nivel estadístico y geográfico, era suficientemente representativo para permitir una extrapolación del resultado en relación con las solicitudes que no habían sido objeto de un control sobre el terreno. La Comisión propuso la exclusión de la suma de 743251,25 euros de gastos y, por consiguiente, una corrección financiera por lo que respecta a los ejercicios financieros 2005, 2006 y 2007. Se indicó a la Administración portuguesa la posibilidad de presentar una solicitud de conciliación al órgano de conciliación, habida cuenta de lo establecido en el artículo 16 del Reglamento no 885/2006, que prevé tal posibilidad.
            
         
               36
            
            
               La República Portuguesa no solicitó la apertura de un procedimiento de conciliación.
            
         
               37
            
            
               El 19 de julio de 2010, la Comisión elaboró el informe de síntesis, que recoge los resultados de los controles realizados, las alegaciones de la Comisión así como la respuesta de las autoridades portuguesas.
            
         
               38
            
            
               En primer lugar, este informe de síntesis, que deja constancia de que la posición de la Dirección General (DG) «Agricultura» de la Comisión permanecía sin cambios, recuerda la apreciación notificada en la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006 que se desprende del examen y del análisis de los resultados del control realizado por las autoridades de Madeira (véase el apartado 29 anterior). A continuación, en cuanto a los datos de control aportados por la República Portuguesa para los años 2005 y 2006, la Comisión indica que el artículo 58 del Reglamento no 43/2003 establece que los controles sobre el terreno deben abarcar como mínimo el 10 % de las solicitudes de ayuda y que los realizados por las autoridades portuguesas representaron, según los sectores afectados, un porcentaje del 10 al 30 % de las solicitudes de ayuda. En términos de superficie controlada, ésta representaba de un 8 a un 50 % de la superficie que se benefició de una intervención financiera comunitaria y el porcentaje de errores que había dado lugar a la denegación total o parcial de financiación había sido en todos los casos superior al 40 % en términos de superficie. La Comisión dedujo de estos datos que el porcentaje de control mínimo no bastaba para proteger al FEOGA del riesgo de pagos indebidos. Recordó, en este contexto, los considerandos 26 a 28 del Reglamento no 43/2003 y concluyó que, habida cuenta de los porcentajes muy elevados de errores cometidos durante varios años, las autoridades portuguesas habrían debido aumentar el porcentaje de control sobre el terreno para corroborar la representatividad de los resultados obtenidos. Por último, consideró que, dado que los porcentajes de control realizados tanto desde el punto de vista estadístico como geográfico (Madeira) eran suficientemente representativos, permitían una extrapolación a las solicitudes de ayuda que no habían sido objeto de un control sobre el terreno.
            
         
               39
            
            
               En estas circunstancias, la Comisión adoptó la Decisión 2010/668/UE, de 4 de noviembre de 2010, por la que se excluyen de la financiación de la Unión Europea determinados gastos efectuados por los Estados miembros con cargo a la Sección de Garantía del Fondo Europeo de Orientación y de Garantía Agrícola (FEOGA), al Fondo Europeo Agrícola de Garantía (FEAGA) y al Fondo Europeo Agrícola de Desarrollo Rural (FEADER) (DO L 288, p. 24; en lo sucesivo, «Decisión impugnada»), entre ellos los efectuados por la República Portuguesa en el marco de la medida POSEI para los ejercicios 2005 a 2007 por un importe total de 743251,25 euros en cuestión en el presente asunto.
            
         
         Procedimiento y pretensiones de las partes
      
      
               40
            
            
               Mediante demanda presentada en la Secretaría del Tribunal el 4 de enero de 2011, la República Portuguesa interpuso el presente recurso.
            
         
               41
            
            
               La Comisión presentó en la Secretaría del Tribunal un escrito de contestación el 22 de marzo de 2011. La República Portuguesa presentó en la Secretaría del Tribunal un escrito de réplica el 9 de mayo de 2011 y la Comisión presentó un escrito de dúplica el 5 de julio de 2011.
            
         
               42
            
            
               La República Portuguesa solicita al Tribunal que:
               
                        —
                     
                     
                        Anule la Decisión impugnada en la medida en que le aplica una corrección financiera relativa a la medida POSEI para los ejercicios 2005 a 2007 por un importe total de 743251,25 euros.
                     
                  
                        —
                     
                     
                        Condene en costas a la Comisión.
                     
                  
         
               43
            
            
               La Comisión solicita al Tribunal que:
               
                        —
                     
                     
                        Desestime el recurso.
                     
                  
                        —
                     
                     
                        Condene en costas a la República Portuguesa.
                     
                  
         
               44
            
            
               Visto el informe del Juez ponente, el Tribunal (Sala Octava) decidió abrir la fase oral sin previo recibimiento a prueba. En la vista celebrada el 12 de septiembre de 2012 se oyeron los informes orales de las partes y sus respuestas a las preguntas formuladas por el Tribunal.
            
         
         Fundamentos de Derecho
      
      
               45
            
            
               La República Portuguesa invoca cuatro motivos en apoyo de su recurso: el primero está basado en la infracción del artículo 7, apartado 4, del Reglamento no 1258/1999 y del artículo 11 del Reglamento no 885/2006, el segundo está basado en una interpretación errónea del considerando 28 del Reglamento no 43/2003 y en la infracción del artículo 7, apartado 4, del Reglamento no 1258/1999, el tercero está basado en la infracción del artículo 7, apartado 4, del Reglamento no 1258/1999 y el cuarto está basado en la vulneración de los principios de igualdad de trato y de proporcionalidad.
            
         
         Sobre el primer motivo, basado en la infracción del artículo 7, apartado 4, del Reglamento no 1258/1999 y del artículo 11 del Reglamento no 885/2006
      
      
               46
            
            
               Según la República Portuguesa, la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006, enviada con arreglo al artículo 11 del Reglamento no 885/2006, no cumple totalmente esta disposición, en la medida en que no indica los resultados de las comprobaciones correspondientes a los años 2005 y 2006. Asimismo, las autoridades portuguesas observan que la Comisión les había informado, mediante escrito de 8 de marzo de 2005, que la inspección iba a concentrarse en los años 2003 y 2004. Pues bien, la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006 no incluye, con respecto al año 2005, ni los resultados de los controles realizados por la Comisión durante su inspección, ni observaciones a este respecto, ni la menor reserva en relación con dicho año, lo que la Comisión reconoce además en el informe de síntesis en el que indica que había solicitado a las autoridades portuguesas que le facilitasen datos de control correspondientes a los años 2005 y 2006. En cuanto al año 2006, la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006 guarda silencio y no incluye ninguna observación ni tampoco ninguna solicitud de datos de control relativos a dicho año.
            
         
               47
            
            
               En estas circunstancias, las autoridades portuguesas indican que no pudieron ni demostrar que las afirmaciones de la Comisión por lo que respecta a los años 2005 y 2006 eran incorrectas ni subsanar las eventuales deficiencias para respetar en el futuro las normas de la Unión, de modo que, de conformidad con la jurisprudencia (sentencia del Tribunal de 17 de junio de 2009, Portugal/Comisión, T-50/07, no publicada en la Recopilación), no disfrutaron de la garantía de procedimiento que reconoce a los Estados miembros el artículo 7, apartado 4, del Reglamento no 1258/1999 y el artículo 11 del Reglamento no 885/2006. Dado que la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006 no permitía conocer perfectamente las reservas de la Comisión, no podía, por tanto, cumplir la función de advertencia que exige la jurisprudencia.
            
         
               48
            
            
               Por otro lado, las autoridades portuguesas alegan que la Comisión no afirmó que las irregularidades detectadas en los años 2005 y 2006 fueran consecutivas a las observadas durante el año 2004. Al haberse recibido la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006 únicamente en diciembre de 2006, ello implica que las autoridades portuguesas ya no tenían tiempo para adoptar ninguna medida correctora que produjera efectos en 2005 y 2006.
            
         
               49
            
            
               Además, la República Portuguesa indica que, al no haber realizado la Comisión comprobaciones correspondientes a los años 2005 y 2006, no podía saber si las reservas formuladas en 2004 todavía eran válidas para los dos años siguientes, cuyos datos sólo se le comunicaron después de la reunión de 5 de julio de 2007, de modo que no pudo ejercer su derecho de defensa en lo que concierne a estos dos años.
            
         
               50
            
            
               La Comisión recuerda que, cuando continúen existiendo irregularidades que justifiquen la aplicación de una corrección financiera después de la fecha de comunicación escrita de los resultados de las comprobaciones, puede e incluso debe tener en cuenta dicha situación al determinar el período que abarcará la corrección financiera en cuestión. Por ello, considera que se reunían las condiciones que le permiten realizar una extrapolación.
            
         
               51
            
            
               La Comisión alega que, según la jurisprudencia, dado que el control se realizó entre el 11 y el 15 de abril de 2005, no pudo examinar los datos de control de 2005, que todavía no estaban disponibles. No obstante, solicitó a las autoridades portuguesas, en la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006, que le facilitasen los datos correspondientes a 2005. La Comisión indica que los datos aportados por las citadas autoridades el 20 de diciembre de 2007 relativos a las campañas 2005 y 2006 habían confirmado las comprobaciones de la Comisión por lo que respecta a los datos de 2004, de modo que el problema era sistemático. La persistencia de porcentajes de errores muy elevados y con tendencia a agravarse constituía de hecho una razón objetiva para realizar una extrapolación. La República Portuguesa no puede invocar el derecho de defensa por lo que respecta a los datos de control de los años 2005 y 2006, ya que fue ella misma quien los facilitó a la Comisión.
            
         
               52
            
            
               Mediante este motivo, la República Portuguesa reprocha, en esencia, a la Comisión que aplicase una corrección financiera respecto a las campañas 2005 y 2006, que son anteriores a la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006, pese a que, en dicha comunicación, la Comisión no indicó los resultados de las comprobaciones correspondientes a las citadas campañas. Por ello, según las autoridades portuguesas, éstas no disfrutaron de la garantía de procedimiento que les reconoce el artículo 7, apartado 4, del Reglamento no 1258/1999 y el artículo 11 del Reglamento no 885/2006 y no pudieron ejercer su derecho de defensa por lo que respecta a los dos años antes mencionados.
            
         
               53
            
            
               En respuesta a una pregunta del Tribunal, la demandante reconoció, de lo que se dejó constancia en el acta de la vista, que dicho motivo pretendía la anulación de la Decisión impugnada únicamente en lo que atañe a la corrección financiera realizada respecto a las campañas 2005 y 2006, es decir, para los ejercicios financieros 2006 y 2007, por importes de 239045,63 y 266.137,96 euros respectivamente. En cambio, la corrección financiera relativa a la campaña 2004, de un importe de 238067,66 euros, que corresponde al ejercicio financiero 2005, no es objeto de dicho motivo.
            
         
               54
            
            
               Procede recordar que de la jurisprudencia resulta que la decisión final y definitiva sobre la liquidación de cuentas debe adoptarse al término de un procedimiento contradictorio específico durante el cual los Estados miembros afectados deben disponer de todas las garantías necesarias para exponer su punto de vista (sentencias del Tribunal de Justicia de 29 enero de 1998, Grecia/Comisión, C-61/95, Rec. p. I-207, apartado 39, y de 14 de diciembre de 2000, Alemania/Comisión, C-245/97, Rec. p. I-11261, apartado 47).
            
         
               55
            
            
               Por otro lado, también debe recordarse que, según reiterada jurisprudencia, la Comisión está obligada a respetar, en las relaciones con los Estados miembros, los requisitos que ella misma se haya impuesto mediante los Reglamentos de desarrollo. En efecto, el incumplimiento de dichos requisitos puede privar de contenido, en función de su gravedad, a la garantía de procedimiento que el artículo 7, apartado 4, del Reglamento no 1258/1999 otorga a los Estados miembros (sentencia Portugal/Comisión, citada en el apartado 47 supra, apartado 27).
            
         
               56
            
            
               Asimismo, el artículo 7, apartado 4, párrafo quinto, del Reglamento no 1258/1999, por una parte, y el artículo 8, apartado 1, párrafo primero, del Reglamento no 1663/95 y el artículo 11 del Reglamento no 885/2006, por otra, se refieren a la misma fase del procedimiento de liquidación de cuentas del FEOGA, a saber, el envío de la primera comunicación de la Comisión al Estado miembro, a raíz de los controles que ha efectuado (sentencia del Tribunal de Justicia de 24 de enero de 2002, Finlandia/Comisión, C-170/00, Rec. p. I-1007, apartado 27; véase también la sentencia Portugal/Comisión, citada en el apartado 47 supra, apartado 28, y la jurisprudencia citada).
            
         
               57
            
            
               El artículo 11 del Reglamento no 885/2006 define las diferentes etapas que se deben seguir en el procedimiento de liquidación de cuentas del FEOGA. En particular, el artículo 11, apartado 1, párrafo primero, de dicho Reglamento precisa el contenido de la primera comunicación escrita mediante la cual la Comisión pone en conocimiento de los Estados miembros el resultado de sus comprobaciones, antes de la organización de la reunión bilateral (sentencias del Tribunal de Justicia de 24 de febrero de 2005, Grecia/Comisión, C-300/02, Rec. p. I-1341, apartado 68, y del Tribunal General de 24 de marzo de 2011, Grecia/Comisión, T-184/09, no publicada en la Recopilación, apartado 40). A tenor de dicha disposición, la primera comunicación debe precisar el resultado de las comprobaciones de la Comisión al Estado miembro afectado e indicar las medidas correctoras que deban adoptarse en el futuro para garantizar el cumplimiento de las normas comunitarias en cuestión.
            
         
               58
            
            
               A este respecto, procede recordar que el juez de la Unión declaró que la comunicación escrita a que se refiere el artículo 8, apartado 1, del Reglamento no 1663/95 debe proporcionar al Estado miembro un pleno conocimiento de las reservas de la Comisión, de modo que pueda cumplir la función de advertencia que le confiere el párrafo primero de dicha disposición y el artículo 7, apartado 4, del Reglamento no 1258/1999 (sentencia Portugal/Comisión, citada en el apartado 47 supra, apartado 39; véanse también, en este sentido, las sentencias del Tribunal de Justicia de 7 de octubre de 2004, España/Comisión, C-153/01, Rec. p. I-9009, apartado 93, y de 3 de mayo de 2012, España/Comisión, C-24/11 P, apartado 27).
            
         
               59
            
            
               De ello se deduce que, en la primera comunicación citada por el artículo 8, apartado 1, del Reglamento no 1663/95, la Comisión debe indicar, con suficiente precisión, el objeto de la investigación llevada a cabo por sus servicios y las deficiencias detectadas durante dicha investigación, ya que éstas pueden invocarse posteriormente como medio de prueba de la duda seria y razonable que alberga con respecto a los controles realizados por las administraciones nacionales o a las cifras remitidas por éstas y justificar, así, las correcciones financieras aplicadas en la decisión final por la que se excluyan de financiación comunitaria por el FEOGA determinados gastos realizados por el Estado miembro interesado (sentencia Portugal/Comisión, citada en el apartado 47 supra, apartado 40).
            
         
               60
            
            
               Además, el incumplimiento de ese requisito impuesto por el artículo 8, apartado 1, del Reglamento no 1663/95 y por el artículo 11 del Reglamento no 885/2006 priva de contenido a la garantía de procedimiento que reconoce a los Estados miembros el artículo 7, apartado 4, párrafo quinto, del Reglamento no 1258/1999 al establecer un límite temporal en relación con los gastos cuya financiación puede denegar el FEOGA (véase la sentencia de 3 de mayo de 2012, España/Comisión, citada en el apartado 58 supra, apartado 29, y la jurisprudencia citada).
            
         
               61
            
            
               Por tanto, el artículo 8, apartado 1, del Reglamento no 1663/95 y el artículo 11 del Reglamento no 885/2006 deben interpretarse en relación con el artículo 7, apartado 4, párrafo quinto, del Reglamento no 1258/1999. Según estas disposiciones la Comisión no puede excluir los gastos que se hayan efectuado con una antelación superior a veinticuatro meses de la fecha en que dicha institución haya notificado por escrito al Estado miembro afectado los resultados de las comprobaciones. De ello resulta que la comunicación escrita prevista en el artículo 8, apartado 1, párrafo primero, sirve de advertencia de que los gastos efectuados durante el período de veinticuatro meses que precede a la notificación de esa comunicación pueden ser excluidos de la financiación a cargo del FEOGA y, por tanto, constituye el elemento de referencia para el cómputo del plazo de veinticuatro meses previsto de ese modo (sentencia de 3 de mayo de 2012, España/Comisión, citada en el apartado 58 supra, apartado 30).
            
         
               62
            
            
               En consecuencia, a fin de cumplir su función de advertencia, especialmente a la luz del artículo 7, apartado 4, párrafo quinto, del Reglamento no 1258/1999, lo primero que debe hacer la comunicación prevista en el artículo 8, apartado 1, del Reglamento no 1663/95 y en el artículo 11 del Reglamento no 885/2006 es identificar con la suficiente precisión todas las irregularidades reprochadas al Estado miembro afectado que, en definitiva, hayan fundamentado la corrección financiera aplicada. Sólo una comunicación de esas características puede garantizar un pleno conocimiento de las reservas de la Comisión, y puede constituir el elemento de referencia para el cómputo del plazo de veinticuatro meses previsto en el artículo 7, apartado 4, párrafo quinto, del Reglamento no 1258/1999 y en el artículo 31 del Reglamento no 1290/2005 (sentencia de 3 de mayo de 2012, España/Comisión, citada en el apartado 58 supra, apartado 31).
            
         
               63
            
            
               Por otro lado, cuando continúen existiendo irregularidades que justifiquen la aplicación de una corrección financiera después de la fecha de comunicación escrita de los resultados de las comprobaciones, la Comisión puede e incluso debe tener en cuenta dicha situación al determinar el período que abarcará la corrección financiera en cuestión (sentencia del Tribunal de Justicia de 9 de enero de 2003, Grecia/Comisión, C-157/00, Rec. p. I-153, apartado 45).
            
         
               64
            
            
               El Tribunal de Justicia consideró así, en la sentencia de 9 de enero de 2003, Grecia/Comisión, citada en el apartado 63 supra, que, si bien es cierto que ni el artículo 8, apartado 1, del Reglamento no 1663/95 ni el artículo 5, apartado 2, letra c), del Reglamento no 729/70 se oponen a que el período abarcado por una corrección financiera se extienda más allá de la fecha de la comunicación escrita de los resultados de las inspecciones de los Estados miembros, no lo es menos que dichas disposiciones no habilitaban expresamente a la Comisión para tomar como referencia un período que se extendiese más allá de la fecha de la comunicación escrita de los resultados de las inspecciones a los Estados miembros y, por tanto, tampoco constituían una base jurídica suficiente para realizar una corrección a tanto alzado. No obstante, el Tribunal de Justicia estimó que dicha base jurídica se encontraba en el artículo 5, apartado 2, letra c), del Reglamento no 729/70, así como en los artículos 2 y 3 de ese mismo Reglamento, que obligaban a la Comisión a denegar la financiación de gastos comprometidos irregularmente, dado que dichas disposiciones sólo permitían a la Comisión imputar al FEOGA los importes pagados de acuerdo con las normas comunitarias, de modo que la Comisión había podido realizar válidamente la corrección financiera respecto a un período que iba más allá de la comunicación escrita (sentencia de 9 de enero de 2003, Grecia/Comisión, citada en el apartado 63 supra, apartados 43, 44 y 46).
            
         
               65
            
            
               En primer lugar, procede examinar si el escrito de 5 de diciembre de 2006 cumple las exigencias del artículo 11 del Reglamento no 885/2006, en relación con el artículo 7, apartado 4, párrafo quinto, del Reglamento no 1258/1999, y constituye, por consiguiente, una comunicación regular con arreglo a las citadas disposiciones. A tal efecto, deberá comprobarse que, en el citado escrito, la Comisión haya identificado de manera suficiente el objeto y los resultados de la investigación, a saber, las deficiencias observadas sobre las que se basó la corrección financiera en detrimento de Madeira para las campañas 2004, 2005 y 2006 (ejercicios financieros 2005, 2006 y 2007), e indicado las medidas correctoras que debían adoptarse en el futuro.
            
         
               66
            
            
               Es preciso recordar que, mediante escrito de 8 de marzo de 2005, la Comisión informó a las autoridades portuguesas de que se llevaría a cabo una inspección sobre el régimen de ayuda para medidas específicas a determinados productos agrícolas en favor de las Azores y Madeira entre el 11 y el 15 de abril de 2005, inspección que debía concentrarse en los años 2003 y 2004 y referirse al marco del control, incluidos los procedimientos de control establecidos y los controles efectivamente realizados.
            
         
               67
            
            
               Con el fin de preparar la citada inspección, la Comisión solicitó a las autoridades portuguesas que le remitiesen previamente determinada información relativa a los dos años antes mencionados y a las medidas que eran objeto del control.
            
         
               68
            
            
               Los resultados de dicha inspección se transmitieron a la República Portuguesa mediante la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006, basada en el artículo 11 del Reglamento no 885/2006.
            
         
               69
            
            
               La Comisión se refirió, en el anexo de la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006, titulada «Observaciones y recomendaciones», en el apartado 1.1, «Controles de superficie», al elevado porcentaje de errores y a la falta de aumento del porcentaje de control durante el año 2004 a raíz de dicho porcentaje elevado de ayuda total o parcialmente denegado. En efecto, la Comisión precisó que la introducción del SIG junto a la falta de catastro, a la configuración extremadamente abrupta del terreno y al hecho de que las parcelas sólo estaban parcialmente cultivadas había limitado la eficacia de los controles. La Comisión señaló que los inspectores sólo se basaban en el SIG y que faltaban mediciones físicas sobre el terreno para que las comprobaciones de las parcelas fueran seguras y fiables. Indicó, a modo de ejemplo, que, en 2004, las autoridades de Madeira habían realizado los controles de las superficies basándose en una muestra que representaba al menos un 10 % de las solicitudes de ayuda, de conformidad con el artículo 58 del Reglamento no 43/2003, y que los resultados de dichos controles habían demostrado un porcentaje de errores del 36 % para las superficies controladas. Sobre la base de estas comprobaciones, la Comisión consideró que el porcentaje mínimo de controles realizados por la Administración portuguesa no bastaba para salvaguardar los intereses del FEOGA. En consecuencia, la Comisión reprochó a las autoridades portuguesas no haber procedido a un aumento de los controles durante el año 2004, lo que constituía una deficiencia del sistema de control.
            
         
               70
            
            
               Por lo que respecta a las medidas correctoras que debían adoptarse en el futuro para garantizar el cumplimiento de las normas comunitarias, la Comisión indicó, en la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006, que se recomendaba a las autoridades portuguesas realizar más a menudo las mediciones físicas en los controles de superficie, utilizando por ejemplo el GPS o el metro.
            
         
               71
            
            
               De ello se deduce que, en cuanto al año 2004, la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006 identifica con la suficiente precisión todas las irregularidades reprochadas a la República Portuguesa que podían fundamentar una corrección financiera.
            
         
               72
            
            
               En lo que atañe al año 2005, es preciso observar que, como señala justificadamente la República Portuguesa, la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006 no incluye ningún resultado sobre las comprobaciones que se realizaron ni tampoco ninguna reserva a este respecto. Dicha comunicación no tuvo otro objeto que informar a la República Portuguesa de los resultados de las comprobaciones realizadas durante la inspección que se desarrolló del 11 al 15 de abril de 2005 y que únicamente se refería a los años 2003 y 2004.
            
         
               73
            
            
               Es cierto que del anexo de la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006 resulta que la Comisión solicitó que, «por lo que respecta al sistema de control establecido para 2005, las autoridades portuguesas [aportasen] una lista de los solicitantes con indicación de los sujetos a control sobre el terreno (posteriormente [debía realizarse] una selección de boletines de control) y un resumen para indicar el número de solicitantes por producto, el número de solicitantes controlados, el número de irregularidades detectadas con un desglose entre aquellas a las que se les [había] denegado parcial o totalmente la ayuda». La Comisión añadió también que «una indicación de las superficies afectadas sería también útil para facilitar la evaluación de los errores en términos financieros».
            
         
               74
            
            
               No obstante, no puede sostenerse válidamente, y la Comisión tampoco lo pretende en absoluto, que dicha solicitud de transmisión de información relativa al año 2005 pueda considerarse como una identificación con la suficiente precisión de las irregularidades reprochadas a la República Portuguesa que fundamentaron la corrección financiera en el sentido, en particular, de la sentencia de 3 de mayo de 2012, España/Comisión, citada en el apartado 58 supra.
            
         
               75
            
            
               En lo que se refiere al año 2006, la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006 no incluye ninguna observación ni tampoco ninguna solicitud de información.
            
         
               76
            
            
               De lo anterior resulta que, por lo que respecta a los años 2005 y 2006 a los que se refieren las alegaciones de la República Portuguesa y para los que se realizaron correcciones en la Decisión impugnada, la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006 no identifica, en el sentido de la jurisprudencia mencionada en los apartados 54 a 60 anteriores, las irregularidades reprochadas al Estado miembro.
            
         
               77
            
            
               No obstante, la Comisión alega, en sus escritos, que, en la comunicación formal de 27 de octubre de 2009, manifestó claramente su intención de realizar una corrección financiera por extrapolación y estimó el importe de los gastos que debían excluirse. Así, la Comisión indica haber extrapolado, basándose en los datos de control de 2005 y de 2006, el período de referencia de la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006, dado que los datos de control de 2005 y de 2006, comunicados por la propia Administración portuguesa, no diferían de los de 2004 y tenían la misma magnitud. La Comisión añade que los datos de 2005 y de 2006 mostraban incluso una tendencia a agravarse, ya que el porcentaje de errores había aumentado.
            
         
               78
            
            
               No puede acogerse esta argumentación, habida cuenta de la jurisprudencia mencionada anteriormente.
            
         
               79
            
            
               En efecto, la primera comunicación debe, de conformidad con el artículo 11 del Reglamento no 885/2006, a raíz de una investigación, incluir los resultados de las comprobaciones de la Comisión relativas a los gastos que no fueron realizados de conformidad con la normativa comunitaria por el Estado miembro de que se trate e indicar las medidas correctoras que deban adoptarse para garantizar el cumplimiento en el futuro de las normas de que se trata. Por otro lado, estos resultados son la base de toda corrección y deben comunicarse al Estado miembro afectado lo antes posible a fin de que éste pueda corregir las deficiencias detectadas a la mayor brevedad y, por consiguiente, evitar nuevas correcciones en el futuro (sentencia Portugal/Comisión, citada en el apartado 47 supra, apartados 29 y 32).
            
         
               80
            
            
               Asimismo, tanto del artículo 8 del Reglamento no 1663/95, en su versión modificada, como del artículo 11 del Reglamento no 885/2006, resulta que, si el Estado miembro afectado no subsana las irregularidades detectadas por ella, ésta puede, hasta la fecha efectiva de la aplicación de las medidas correctoras impuestas por la Comisión, excluir los gastos afectados por el incumplimiento de las normas comunitarias.
            
         
               81
            
            
               No obstante, debe señalarse que, en el presente caso, los resultados que fundamentaron la corrección no se comunicaron lo antes posible, ya que la Comisión sólo informó de los resultados de la investigación el 5 de diciembre de 2006, impidiendo de ese modo a las autoridades portuguesas aplicar medidas correctoras en las campañas 2005 y 2006, que ya habían terminado.
            
         
               82
            
            
               Es cierto que según la jurisprudencia, en particular la sentencia de 9 de enero de 2003, Grecia/Comisión, citada en el apartado 63 supra (apartado 45), cuando continúen existiendo irregularidades que justifiquen la aplicación de una corrección financiera después de la fecha de comunicación escrita de los resultados de las comprobaciones, la Comisión debe tener en cuenta dicha situación al determinar el período que abarcará la corrección financiera en cuestión.
            
         
               83
            
            
               No obstante, la obligación de la Comisión de tener en cuenta una situación en la que las irregularidades que justifican la aplicación de una corrección financiera persisten ya no puede producirse cuando, como en el caso de autos, la comunicación escrita tuvo lugar en una fecha en la que al Estado miembro interesado le resultaba imposible subsanar las irregularidades detectadas, ya que sólo a partir del momento en el que se informó al citado Estado miembro de dicha situación podía subsanarlas todavía.
            
         
               84
            
            
               Cualquier otra interpretación llevaría a autorizar a la Comisión a proceder a una corrección financiera respecto a un período anterior a la fecha de la primera comunicación de las comprobaciones sin que el Estado miembro haya sido informado previamente y haya podido subsanar las citadas irregularidades.
            
         
               85
            
            
               De ello se deduce que la obligación de la Comisión de proceder a tales correcciones financieras no puede extenderse a un período que no estaba cubierto por la inspección y que era anterior a la fecha de la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006, en la medida en que el Estado miembro, al haber sido informado de las irregularidades detectadas únicamente tras el cierre de las campañas afectadas, no pudo tomar a tiempo ninguna medida correctora.
            
         
               86
            
            
               Si bien es cierto, como sostiene la Comisión, que ésta se basó en los propios datos que le comunicó la República Portuguesa y que ésta, por otro lado, no ha cuestionado, debe señalarse, no obstante, que, en la fecha de transmisión de la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006, las autoridades portuguesas ya no podían subsanar las deficiencias para cumplir en el futuro las normas de la Unión, pese a que uno de los objetivos de dicha comunicación es precisamente permitir al Estado miembro aplicar medidas correctoras para subsanar las deficiencias detectadas y que, si no se aplican tales medidas, la Comisión puede, sin tener que aportar pruebas adicionales, proceder, en el futuro, a correcciones financieras.
            
         
               87
            
            
               Por otro lado, no puede sostenerse, como hace la Comisión, que la extrapolación a la que procedió sea automática y distinta de las operaciones de control, sin vulnerar la propia función de advertencia que es inherente a la naturaleza del artículo 8, apartado 1, del Reglamento no 1663/95.
            
         
               88
            
            
               A este respecto, de la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006 resulta que la Comisión reprochó a las autoridades portuguesas que se basasen únicamente en el SIG, pese a que deberían, según la Comisión, haber procedido a mediciones físicas a fin de conseguir que las comprobaciones de las parcelas fuesen seguras y fiables. De ello se deduce que dicha primera comunicación incluye la enumeración de las medidas dirigidas a conseguir que las comprobaciones sean seguras y fiables y a evitar así porcentajes de irregularidades tan elevados como los detectados por las autoridades portuguesas y comunicados a la Comisión. La aplicación de tales medidas habría podido permitir a la República Portuguesa responder a las objeciones expresadas por la Comisión y evitar así el establecimiento de futuras correcciones financieras.
            
         
               89
            
            
               En esta perspectiva, procede recordar que el Tribunal recalcó la función de advertencia inherente a la naturaleza del artículo 8, apartado 1, del Reglamento no 1663/95 en el asunto que dio lugar a la sentencia Portugal/Comisión, citada en el apartado 47 supra. En dicho asunto, pese a que la investigación se había centrado en las campañas 2002 y 2003, el Tribunal estimó, en el apartado 64 de la citada sentencia, en cuanto a la campaña 2003, que el hecho de que la Comisión hiciese referencia, en el anexo 1 del escrito enviado al Estado miembro interesado sobre la base del artículo 8, apartado 1, del Reglamento no 1663/95, en su versión modificada, a la campaña 2003 no bastaba para demostrar que el citado escrito dejase constancia de las irregularidades referidas a dicha campaña.
            
         
               90
            
            
               Por tanto, el Tribunal consideró, en el apartado 69 de la sentencia Portugal/Comisión, citada en el apartado 47 supra, que, a falta de indicación de sus comprobaciones, el Estado miembro afectado no había podido demostrar que las conclusiones de la Comisión fueran incorrectas ni subsanar eventuales deficiencias para respetar en el futuro las normas comunitarias, de modo que no había disfrutado de la garantía de procedimiento que se reconoce a los Estados miembros. Por ello, el Tribunal estimó, en el apartado 70 de la citada sentencia, que, a falta de indicaciones de los resultados de las comprobaciones de la Comisión en relación con la campaña 2003, el escrito de ésta comunicando los resultados de las comprobaciones no podía fundamentar ninguna corrección financiera y, por consiguiente, calificarse de primera comunicación en el sentido del artículo 8, apartado 1, del Reglamento no 1663/95. En consecuencia, el Tribunal, en el apartado 71 de la sentencia Portugal/Comisión, citada en el apartado 47 supra, concluyó que se había infringido el artículo 7, apartado 4, del Reglamento no 1258/1999 y el artículo 8, apartado 1, del Reglamento no 1663/95.
            
         
               91
            
            
               De igual modo, es preciso indicar que el Tribunal de Justicia, en la sentencia de 3 de mayo de 2012, España/Comisión, citada en el apartado 58 supra, anuló la sentencia del Tribunal General de 12 de noviembre de 2010, España/Comisión (T-113/08, no publicada en la Recopilación), porque éste había estimado que un escrito de la Comisión era una comunicación formal en el sentido del Reglamento no 1663/95, pese a que en ésta no se había mencionado de manera suficiente lo que se reprochaba al Estado miembro. El Tribunal de Justicia declaró así que el Tribunal General había infringido el artículo 8, apartado 1, del Reglamento no 1663/95, así como el artículo 5, apartado 2, letra c), párrafo quinto, del Reglamento no 729/70 y el artículo 7, apartado 4, párrafo quinto, del Reglamento no 1258/1999, en la medida en que sólo la comunicación que identifica con la suficiente precisión todas las irregularidades reprochadas al Estado miembro afectado puede calificarse de comunicación en el sentido del artículo 8, apartado 1, del Reglamento no 1663/95, la cual constituye el elemento de referencia para el cómputo del plazo de veinticuatro meses previsto en el artículo 5, apartado 2, letra c), párrafo quinto, del Reglamento no 729/70 y en el artículo 7, apartado 4, párrafo quinto, del Reglamento no 1258/1999 (sentencia de 3 de mayo de 2012, España/Comisión, citada en el apartado 58 supra, apartado 34).
            
         
               92
            
            
               En el presente caso, si bien la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006 identifica con suficiente precisión las irregularidades reprochadas a la República Portuguesa sobre la base de los datos de control de 2004, en cambio, debe señalarse que esa misma comunicación no incluye ninguna observación acerca de los años 2005 y 2006, aun cuando, en primer lugar, la naturaleza de las irregularidades detectadas en esos años no es diferente de la de las irregularidades detectadas en 2004, en segundo lugar, la República Portuguesa no discute los datos relativos a los años 2005 y 2006, que por lo demás remitió ella misma a la Comisión, y, en tercer lugar, estos datos evidencian un agravamiento de la situación en relación con la del año 2004 constatada por la Comisión.
            
         
               93
            
            
               Por ello, la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006 no puede invocarse para fundamentar correcciones financieras en relación con los años anteriores 2005 y 2006 y respecto de las cuales dicha comunicación no podía, en particular, permitir al Estado miembro afectado subsanar, en el sentido de la jurisprudencia antes mencionada, las irregularidades detectadas en la inspección que tuvo lugar del 11 al 15 de abril de 2005 y que se refería a los años 2003 y 2004.
            
         
               94
            
            
               De lo anterior resulta que debe estimarse el primer motivo, de modo que procede anular la Decisión impugnada en la medida en que la Comisión procedió a una corrección financiera correspondiente a las campañas 2005 y 2006, es decir, a los ejercicios financieros 2006 y 2007, por unos importes de 239045,63 y de 266137,96 euros respectivamente.
            
         
               95
            
            
               Por ello, es necesario precisar que, debido a la anulación de la Decisión impugnada en lo que atañe a las campañas 2005 y 2006, los motivos segundo, tercero y cuarto sólo se examinaran respecto a la campaña 2004.
            
         
         Sobre el segundo motivo, basado en la interpretación errónea del considerando 28 del Reglamento no 43/2003 y en la infracción del artículo 7, apartado 4, del Reglamento no 1258/1999
      
      
               96
            
            
               Según la República Portuguesa, durante las campañas de que se trata, las autoridades nacionales aumentaron el porcentaje de control a un nivel sensiblemente superior a los niveles mínimos reglamentarios, pese a que el artículo 58 del Reglamento no 43/2003 no exige expresamente un incremento de los controles. Así, los controles se realizaron sobre muestras que alcanzaban el triple del mínimo de los controles reglamentarios. En primer lugar, los controles afectaron a muestras que representaban un porcentaje del 10 al 30 % de las solicitudes de ayuda, en segundo lugar, para un 40 % de las superficies, el porcentaje de errores dio lugar a una denegación total o parcial de financiación, en tercer lugar, los controles representaban, en términos de superficie, porcentajes que oscilaban entre el 25 y más del 50 % y, en cuarto lugar, los controles en cuestión se realizaron antes del pago, de modo que se redujo la ayuda y se aplicaron las sanciones. Las autoridades portuguesas privilegiaron la superficie subvencionable, el aumento de los controles se concentró sobre la superficie que puede optar a la ayuda, que se sometió a un porcentaje situado entre el 25 y el 50 % pasando por un 40 %. La República Portuguesa recuerda que, según la jurisprudencia, el hecho de que un procedimiento pueda mejorarse no justifica, en sí mismo, una corrección financiera. Por tanto, correspondía a la Comisión demostrar de qué modo la amplitud de las irregularidades justificaba un aumento de los controles diferente o superior al decidido por las autoridades nacionales, lo que la Comisión no ha hecho durante el procedimiento de liquidación de cuentas.
            
         
               97
            
            
               La República Portuguesa añade que el hecho de que la Comisión alegue en la fase del recurso que se basó en el artículo 58, apartado 1, del Reglamento no 43/2003 para adoptar la Decisión impugnada, pese a que no invocó en ningún momento con anterioridad dicha disposición, vulnera su derecho de defensa.
            
         
               98
            
            
               En cuanto a la recuperación de cantidades perdidas como consecuencia de irregularidades a la que se refiere la Comisión, por una parte, la República Portuguesa afirma que del expediente resulta que las autoridades portuguesas realizaron controles antes de pagar, de modo que no era necesario proceder a recuperaciones. Por otra parte, la República Portuguesa critica la posición de la Comisión según la cual, en adelante, si el porcentaje medio de irregularidades controlado era del 2 %, los Estados miembros debían recuperar el importe correspondiente al porcentaje medio de las irregularidades detectadas en la muestra, es decir, el mismo 2 %, de la totalidad de agricultores que podían percibir la ayuda. Pues bien, según la República Portuguesa, la regla que se deriva del artículo 8, apartado 1, del Reglamento no 1258/1999 es la inversa y prevé únicamente la obligación de recuperar los importes perdidos por irregularidades.
            
         
               99
            
            
               Es preciso recordar que, según reiterada jurisprudencia, el FEOGA financia únicamente las intervenciones efectuadas con arreglo a las disposiciones comunitarias en el marco de la organización común de mercados agrícolas. A este respecto, corresponde a la Comisión probar la existencia de una infracción de dichas disposiciones. Por consiguiente, la Comisión está obligada a justificar su decisión en la que declara la inexistencia o la insuficiencia de los controles aplicados por el Estado miembro interesado (véase la sentencia de 9 de enero de 2003, Grecia/Comisión, citada en el apartado 63 supra, apartado 15, y la jurisprudencia citada).
            
         
               100
            
            
               Sin embargo, la Comisión no tiene la obligación de demostrar de forma exhaustiva la insuficiencia de los controles efectuados por las administraciones nacionales o la irregularidad de los datos transmitidos por éstas, sino de aportar un elemento de prueba de la duda fundada y razonable que alberga con respecto a los citados controles o datos (véase la sentencia de 9 de enero de 2003, Grecia/Comisión, citada en el apartado 63 supra, apartado 16, y la jurisprudencia citada).
            
         
               101
            
            
               Esta atenuación de la carga de la prueba en favor de la Comisión se explica por el hecho de que el Estado miembro se encuentra en mejor situación para recoger y comprobar los datos necesarios para la liquidación de cuentas del FEOGA y, en consecuencia, le incumbe probar detallada y completamente la realidad de sus controles o de sus cifras y, en su caso, la inexactitud de las afirmaciones de la Comisión (véase la sentencia de 9 de enero de 2003, Grecia/Comisión, citada en el apartado 63 supra, apartado 17, y la jurisprudencia citada).
            
         
               102
            
            
               Por su parte, el Estado miembro interesado no puede invalidar las comprobaciones de la Comisión sin apoyar sus propias alegaciones en elementos que demuestren la existencia de un sistema fiable y operativo de control. Si el Estado miembro no puede demostrar que las afirmaciones de la Comisión son inexactas, éstas constituyen elementos que pueden hacer surgir dudas fundadas respecto del establecimiento de un sistema adecuado y eficaz de medidas de vigilancia y de control (véase la sentencia de 9 de enero de 2003, Grecia/Comisión, citada en el apartado 63 supra, apartado 18, y la jurisprudencia citada).
            
         
               103
            
            
               Asimismo, procede recordar que el artículo 58, apartado 1, del Reglamento no 43/2003 establece, en particular, por una parte, que los controles administrativos serán exhaustivos e incluirán comprobaciones cruzadas, siempre que resulte apropiado, con los datos del sistema integrado de gestión y control y, por otra parte, que sobre la base de un análisis de riesgos, las autoridades nacionales efectuarán controles sobre el terreno por muestreo de como mínimo el 10 % de las solicitudes de ayuda. El considerando 28 del citado Reglamento no 43/2003 dispone que la detección de irregularidades importantes debe acarrear un incremento de los niveles de control sobre el terreno durante el año en curso y el siguiente hasta que se alcance un grado de seguridad aceptable acerca de la exactitud de las solicitudes de ayuda en cuestión.
            
         
               104
            
            
               En primer lugar, en lo que atañe a la supuesta vulneración del derecho de defensa derivado de que la Comisión precisara por primera vez ante el Tribunal que se basó en el artículo 58 del Reglamento no 43/2003, basta señalar, inicialmente, que este Reglamento se menciona en los vistos del informe de síntesis de 19 de julio de 2010, a continuación, que el artículo 58 del citado Reglamento se menciona expresamente en el referido informe por lo que respecta al análisis de los riesgos y, por último, que los considerandos 26 a 28 del Reglamento no 43/2003 no constituyen por sí solos el fundamento del análisis de la Comisión.
            
         
               105
            
            
               En efecto, en el apartado 1.1.1 del informe de síntesis se indica, tras la conclusión de que los datos presentados por las autoridades portuguesas revelan que el porcentaje de control mínimo aplicado (10 %) no es suficiente para proteger al FEOGA contra el riesgo de pagos indebidos, que, «en estas circunstancias, es especialmente pertinente [recordar los] considerandos del Reglamento». En este contexto la Comisión recordó a continuación los considerandos 26 a 28 del Reglamento no 43/2003.
            
         
               106
            
            
               Con esta formulación, no puede sostenerse válidamente que la Comisión pretendía únicamente invocar los referidos considerandos excluyendo las propias disposiciones del citado Reglamento.
            
         
               107
            
            
               De ello se deduce que no puede estimarse contra la Comisión ningún motivo basado en la supuesta vulneración del derecho de defensa.
            
         
               108
            
            
               En segundo lugar, como señala acertadamente la Comisión, el artículo 58, apartado 1, del Reglamento no 43/2003, interpretado a la luz del considerando 28 del citado Reglamento, obliga a las autoridades nacionales a proceder a controles sobre el terreno de una muestra correspondiente a al menos el 10 % de las solicitudes de ayuda. No obstante, cuando el análisis de los riesgos que las autoridades nacionales deben efectuar muestra un porcentaje de control insuficiente para prevenir irregularidades, éstas deben proceder a ampliar dichos controles en la medida en que exista un riesgo elevado de pérdidas en perjuicio del FEOGA.
            
         
               109
            
            
               Dicha interpretación se ve confirmada, por lo demás, por el artículo 8 del Reglamento no 1258/1999, del que el Tribunal de Justicia ya ha declarado que impone a los Estados miembros la obligación de adoptar las medidas necesarias para asegurarse de la realidad y de la regularidad de las operaciones financiadas por el FEOGA, y de prevenir y perseguir las irregularidades y recuperar las cantidades perdidas como consecuencia de irregularidades o de negligencias, aun cuando el acto comunitario específico no prevea expresamente la adopción de una determinada medida de control (sentencia del Tribunal de Justicia de 6 de diciembre de 2001, Grecia/Comisión, C-373/99, Rec. p. I-9619, apartado 9; sentencia del Tribunal General de 30 de septiembre de 2009, Países Bajos/Comisión, T-55/07, no publicada en la Recopilación, apartado 62). El Tribunal de Justicia precisó que se desprende de esta disposición, a la luz de la obligación de colaborar lealmente con la Comisión, que establece el artículo 4 TUE, en lo relativo, más especialmente, a la correcta utilización de los recursos de la Unión, que los Estados miembros tienen la obligación de organizar un conjunto de controles administrativos y de controles sobre el terreno que permitan garantizar que se han observado directamente los requisitos materiales y formales para la concesión de tales primas (véase la sentencia de 9 de enero de 2003, Grecia/Comisión, citada en el apartado 63 supra, apartado 11, y la jurisprudencia citada).
            
         
               110
            
            
               Por otro lado, como señaló fundadamente la Comisión, cuando el porcentaje de errores muestra una tendencia al alza, la autoridad de control debe reaccionar necesariamente reforzando el nivel de control. Así, si, para una muestra del 10 %, el porcentaje de errores puede ir hasta el 2 %, cuando, como en el caso de autos, se comprueba, en la campaña 2004, un porcentaje de errores del 36 % para las superficies controladas, el porcentaje de control, por tanto, la muestra de control, debería haberse aumentado en consecuencia, ya que existía un mayor riesgo de pérdidas financieras para el FEOGA, lo que manifiestamente no ha sucedido en el presente caso, a pesar de que, para determinados cultivos, el porcentaje de control de las solicitudes de ayuda fuera notablemente superior al 10 % de las solicitudes de ayuda.
            
         
               111
            
            
               Es preciso señalar que, frente a tal riesgo de pérdidas elevadas para el FEOGA, claramente identificado por los resultados de los controles realizados por las autoridades portuguesas, éstas tenían la obligación de reaccionar, de modo que su inacción equivale a un falta de adopción de las medidas de control implícitamente necesarias para garantizar que se cumplan correctamente los requisitos materiales y formales de concesión de las primas en cuestión.
            
         
               112
            
            
               A este respecto, procede recordar que, según la jurisprudencia, si no se organizan controles o si los establecidos son deficientes hasta el punto de que subsistan dudas acerca del cumplimiento de los requisitos fijados para la concesión de las primas en cuestión, la Comisión puede fundadamente no reconocer determinados gastos realizados por el Estado miembro (véase la sentencia del Tribunal de 4 septiembre 2009, Austria/Comisión, T-368/05, no publicada en la Recopilación, apartado 84, y la jurisprudencia citada).
            
         
               113
            
            
               Por ello, las autoridades portuguesas incurren en un error al considerar que, por haber procedido a controles a un nivel sensiblemente superior a los niveles mínimos reglamentarios, han respetado la normativa en vigor y no han incumplido así las obligaciones que les incumben con arreglo al Reglamento no 43/2003, ya que no han adoptado las medidas de control implícitamente necesarias para garantizar que se hayan observado correctamente los requisitos materiales y formales de concesión de las primas en cuestión.
            
         
               114
            
            
               Asimismo, contrariamente a lo que afirma la República Portuguesa, procede señalar que, cuando se detectan irregularidades, por ejemplo, en el 40 % de las superficies en una muestra correspondiente al 10 % de las solicitudes de ayuda, ese mismo porcentaje de irregularidades debe, salvo circunstancias inherentes a dicha muestra controlada, que corresponde al Estado miembro interesado alegar, aparecer necesariamente en el conjunto del universo estadístico.
            
         
               115
            
            
               Por ello, no puede sostenerse válidamente, como resulta de los escritos de la República Portuguesa, que la denegación de financiación referida únicamente a la parte de la muestra controlada sea suficiente, en el sentido de la jurisprudencia mencionada en los apartados 109 y 112 anteriores, para garantizar que el FEOGA no financie operaciones irregulares.
            
         
               116
            
            
               Salvo que las autoridades nacionales aleguen un elemento que ponga de manifiesto la particularidad de la muestra cuyo resultado no pueda aparecer a escala del conjunto del universo estadístico, lo que ni siquiera ha invocado la República Portuguesa, debe señalarse que no existe ninguna razón que suscite dudas sobre la existencia de una diferencia entre la muestra controlada y el conjunto del universo estadístico.
            
         
               117
            
            
               Por último, en lo que atañe a la alegación de la República Portuguesa de que las autoridades nacionales efectuaron controles antes de pagar, de modo que no era necesario realizar recuperaciones, debe señalarse que el hecho de proceder a dicha deducción de pago únicamente por lo que respecta a la muestra cuyo control ha resultado negativo no puede considerarse conforme a la normativa, toda vez que, como se indicó en el apartado 115 anterior, la denegación de financiación referida únicamente a la parte de la muestra cuyo control resultó negativo es insuficiente en el sentido de la jurisprudencia mencionada en los apartados 109 y 112 anteriores.
            
         
               118
            
            
               De todo lo anterior resulta que debe desestimarse el segundo motivo.
            
         
         Sobre el tercer motivo, basado en la infracción del artículo 7, apartado 4, del Reglamento no 1258/1999
      
      
               119
            
            
               Según la República Portuguesa, al proceder a la extrapolación del porcentaje de las irregularidades detectadas por las autoridades portuguesas sobre las superficies controladas en Madeira a todas las solicitudes allí presentadas, la Comisión infringió el artículo 7, apartado 4, del Reglamento no 1258/1999. Así, la Comisión no tuvo en cuenta sus propias directrices que figuran en el documento no VI/5330/97. La República Portuguesa recuerda que la Comisión sólo puede aplicar correcciones financieras por extrapolación cuando ella misma ha procedido a una evaluación sobre la base de los errores que figuran en los expedientes individuales. Ahora bien, la Comisión no procedió, por lo que respecta a los años 2004, 2005 y 2006, al análisis de ningún expediente individual, ya que se basó, para proceder a la corrección a tanto alzado por extrapolación, no en el análisis de los resultados de los expedientes individuales a los que llegó durante la inspección, sino en el porcentaje de irregularidades detectadas por las autoridades portuguesas en la muestra sometida a control, porcentaje que la Comisión aplicó posteriormente a todas las solicitudes presentadas en Madeira. Tal práctica consistente en aplicar una corrección por extrapolación sin comprobar ningún expediente individual no tiene ningún fundamento jurídico en el documento no VI/5330/97. Las disposiciones del apéndice 4 del documento no VI/5330/97 no pueden servir de base a una decisión de corrección financiera, ya que el organismo pagador denegó, parcial o íntegramente, realizar pagos cuando se habían detectado irregularidades.
            
         
               120
            
            
               A este respecto, procede señalar que el documento no VI/5330/97 establece, en su apéndice 2, que «deben aplicarse correcciones financieras cuando la Comisión descubra que los gastos no se han efectuado de conformidad con la normativa comunitaria». Este documento dispone también que, «a menos que los organismos de control nacionales ya hubieran detectado el pago irregular y hubieran adoptado las medidas paliativas y de recuperación pertinentes, la Comisión debe denegar su financiación con cargo al presupuesto comunitario». En los casos en que puedan determinarse los gastos irregulares, y, por tanto, el importe de las pérdidas financieras sufridas por la Comunidad, en el documento no VI/5330/97 se prevé que se proceda, en particular, a la denegación de la validez de un importe calculado mediante la extrapolación de los resultados de controles efectuados sobre una muestra representativa de expedientes a todos los expedientes de los que se haya extraído la muestra, limitada a la zona administrativa en la que se pueda suponer razonablemente que pueda presentarse la misma deficiencia.
            
         
               121
            
            
               Asimismo se indica que, cuando resulte imposible determinar el nivel real de pagos irregulares, se aplicarán correcciones financieras a tanto alzado (véase, en este sentido, la sentencia Austria/Comisión, apartado 112 supra, apartado 183, y la jurisprudencia citada).
            
         
               122
            
            
               El documento no VI/5330/97 precisa que puede concebirse la aplicación de correcciones a tanto alzado cuando la información obtenida en el control no permita al inspector evaluar las pérdidas mediante una extrapolación de las pérdidas determinadas, el recurso a medios estadísticos o la referencia a otros datos comprobables. El citado documento añade que, no procede aplicar correcciones a tanto alzado cuando sean los propios servicios de control del Estado miembro los que detecten las deficiencias, con arreglo a lo dispuesto en el apéndice 4. Cuando el Estado miembro no proceda a la recuperación de toda cantidad pagada indebida o irregularmente, el servicio de liquidación de cuentas no puede abstenerse de prever medidas de corrección financiera.
            
         
               123
            
            
               Es necesario indicar que la Comisión se basó, para la campaña 2004, única en cuestión en el presente motivo, en sus propias comprobaciones y consideró que el porcentaje de irregularidades detectado en la muestra debía extenderse al conjunto del universo estadístico.
            
         
               124
            
            
               Procede señalar que la Comisión consideró acertadamente que, dado que la información resultante de la investigación había permitido al auditor evaluar las pérdidas a través de medios estadísticos o por referencia a datos verificables, las correcciones a tanto alzado no eran apropiadas en el sentido del documento no VI/5330/97.
            
         
               125
            
            
               No obstante, la República Portuguesa alega, en esta perspectiva, que la Comisión no podía basarse en los resultados de los controles de las autoridades nacionales para proceder a las regularizaciones en la medida en que dichas autoridades habían extraído las consecuencias de las irregularidades que ellas mismas habían detectado.
            
         
               126
            
            
               Por ello, la República Portuguesa precisa que se negó, parcial o íntegramente, a efectuar pagos en todos los casos de irregularidades que había detectado el organismo pagador. Considera que no podía decidirse ninguna corrección financiera en el caso de autos, dado que el organismo pagador había extraído todas las consecuencias de las irregularidades detectadas sancionando íntegra o parcialmente todas las solicitudes irregulares detectadas.
            
         
               127
            
            
               No cabe acoger la alegación de la República Portuguesa.
            
         
               128
            
            
               En efecto, en el supuesto de una irregularidad comprobada, no puede considerarse que denegar el pago únicamente de las solicitudes para las que se ha detectado la irregularidad haya subsanado la deficiencia detectada y garantice así que el FEOGA financie únicamente las solicitudes conformes a la normativa de la Unión (véase, en este sentido, la sentencia del Tribunal de Justicia de 9 de agosto de 1994, Alemania/Comisión, C-413/92, Rec. p. I-3781, apartados 11 a 13).
            
         
               129
            
            
               Por tanto, las autoridades portuguesas habrían debido tomar en consideración el porcentaje de errores detectado en lo que concierne a la muestra de control y aplicarlo al conjunto del universo estadístico determinado, permitiendo así evaluar la pérdida sufrida por el FEOGA.
            
         
               130
            
            
               De ello se deduce que, denegando el pago únicamente de las solicitudes cuya irregularidad ya se había detectado, las autoridades portuguesas no han extraído todas las consecuencias de las irregularidades que habían detectado.
            
         
               131
            
            
               Por otro lado, es preciso recordar que, según la jurisprudencia, si bien incumbe a la Comisión probar la existencia de una infracción de las normas de la organización común de los mercados agrícolas, es el Estado miembro el que debe demostrar, en su caso, que la Comisión incurrió en error en cuanto a las consecuencias financieras que deben deducirse de dicha infracción (sentencia del Tribunal de Justicia de 21 de marzo de 2002, España/Comisión, C-130/99, Rec. p. I-3005, apartado 90, y sentencia Austria/Comisión, citada en el apartado 112 supra, apartado 181).
            
         
               132
            
            
               En efecto, según la jurisprudencia, la gestión de la financiación del FEOGA se basa principalmente en las administraciones nacionales encargadas de velar por el estricto cumplimiento de las normas comunitarias y se fundamenta en la confianza entre las autoridades nacionales y las autoridades comunitarias. Tan sólo el Estado miembro está en condiciones de conocer y determinar con precisión los datos necesarios para la elaboración de las cuentas del FEOGA, ya que la Comisión no goza de la inmediatez necesaria para obtener de los agentes económicos la información que necesita (véase la sentencia Austria/Comisión, citada en el apartado 112 supra, apartado 182, y la jurisprudencia citada).
            
         
               133
            
            
               Por tanto, incumbe al Estado miembro probar detallada y completamente la realidad de sus controles o de sus cifras para demostrar que las dudas de la Comisión no tenían fundamento (sentencia Austria/Comisión, citada en el apartado 112 supra, apartado 201).
            
         
               134
            
            
               Pues bien, la República Portuguesa no ha presentado ningún dato que demuestre que la Comisión incurrió en un error acerca de las consecuencias financieras de las irregularidades detectadas.
            
         
               135
            
            
               De cuanto antecede se desprende que debe desestimarse el tercer motivo.
            
         
         Sobre el cuarto motivo, basado en la vulneración de los principios de igualdad de trato y de proporcionalidad
      
      
               136
            
            
               La República Portuguesa considera que, al excluir la aplicación del documento no VI/5330/97, que pretende establecer, de manera uniforme, las directrices aplicables a las correcciones financieras, la Comisión vulneró los principios de igualdad de trato y de proporcionalidad.
            
         
               137
            
            
               En lo que atañe, en primer lugar, a la vulneración del principio de igualdad de trato, la República Portuguesa precisa que, si la Comisión hubiera respetado las directrices que ella misma se había comprometido a seguir, habría optado por correcciones a tanto alzado. En el presente caso, la República Portuguesa estima que la falta de incremento de los porcentajes de control para el año en curso y para los años siguientes en presencia de un número elevado de irregularidades podía asimilarse a un control fundamental no realizado con la suficiente profundidad, de modo que debería haberse aplicado una corrección a tanto alzado del 5 %, como había hecho la Comisión en la investigación AA/2006/10. Por ello, la República Portuguesa considera que, al tratar la investigación que culminó con la Decisión impugnada de manera diferente en relación con la investigación AA/2006/10, la Comisión vulneró el principio de igualdad de trato, ya que se trataron de manera diferente dos situaciones idénticas.
            
         
               138
            
            
               A este respecto, en primer lugar, procede señalar que en principio cada caso debe ser apreciado separadamente con objeto de determinar si, al realizar operaciones financiadas por el FEOGA, el Estado miembro de que se trate ha respetado o no las exigencias que se derivan del Derecho comunitario y, en caso de incumplimiento, cuál ha sido el alcance de éste (sentencias del Tribunal de Justicia de 18 de mayo de 2000, Bélgica/Comisión, C-242/97, Rec. p. I-3421, apartado 129, y de 24 de abril de 2008, Bélgica/Comisión, C-418/06 P, Rec. p. I-3047, apartado 91).
            
         
               139
            
            
               Esto no significa que un Estado miembro no esté facultado para invocar la vulneración del principio de igualdad de trato. No obstante, sólo puede hacerlo en la medida en que los casos invocados sean cuando menos comparables, habida cuenta del conjunto de elementos que los caracterizan, entre los que figuran especialmente el período en que se han efectuado los gastos, los sectores afectados y la naturaleza de las irregularidades reprochadas (sentencias de 18 de mayo de 2000, Bélgica/Comisión, citada en el apartado 138 supra, apartado 130, y de 24 de abril de 2008, Bélgica/Comisión, citada en el apartado 138 supra, apartado 92).
            
         
               140
            
            
               En segundo lugar, debe recordarse que, según reiterada jurisprudencia, puede existir una discriminación prohibida cuando situaciones comparables son tratadas de manera distinta, a menos que ese trato esté objetivamente justificado (véase la sentencia de 24 de abril de 2008, Bélgica/Comisión, citada en el apartado 138 supra, apartado 93, y la jurisprudencia citada; sentencia del Tribunal de 12 de julio de 2011, Eslovenia/Comisión, T-197/09, apartado 89)
            
         
               141
            
            
               Debe señalarse que las deficiencias detectadas en la investigación AA/2006/10 no son comparables a las del presente asunto. Así, de la investigación AA/2006/10 resulta que la Comisión cuestionó en ésta el control sobre el terreno. Consideró que el hecho de que las mediciones en pantalla hubieran prevalecido sobre las mediciones realizadas sobre el terreno había llevado a decisiones incorrectas, en particular por lo que respecta a la deducción de elementos no admisibles, lo que había perjudicado a la calidad de los controles sobre el terreno y lo que se saldó con un incumplimiento de lo dispuesto en la normativa aplicable.
            
         
               142
            
            
               En cambio, en el presente asunto, la Comisión cuestiona, en el informe de síntesis, principalmente, el hecho de que las autoridades portuguesas se basaran en el SIG, la falta de un incremento de los porcentajes de control en presencia de un número elevado de irregularidades así como la circunstancia de que el porcentaje de irregularidades no disminuyese entre 2004 y 2007.
            
         
               143
            
            
               De ello se deduce que, al no ser comparables las dos situaciones, no puede reprocharse a la Comisión que vulnerase el principio de igualdad de trato.
            
         
               144
            
            
               Por lo que se refiere, en segundo lugar, a la vulneración del principio de proporcionalidad, la República Portuguesa sostiene que, dado que la superficie media de una explotación en Madeira es muy pequeña, un error de medición de una parcela, insignificante en términos de superficie, conlleva un porcentaje de errores especialmente elevado. Por ello, si se hubieran seguido las directrices del documento no VI/5330/97, la corrección habría sido del 5 %, mientras que, en el caso de autos, las correcciones oscilan entre el 44,32 y el 90,48 %. La Comisión optó por la extrapolación, la solución más desfavorable para la República Portuguesa, sin dar la menor justificación de la adecuación de esta elección a los objetivos que pretende alcanzar. La extrapolación del porcentaje de irregularidades de la muestra seleccionada sobre la base de un análisis de riesgos vulnera el principio de proporcionalidad, porque dicho porcentaje es necesariamente superior al porcentaje de irregularidades del conjunto de solicitudes. La República Portuguesa añade que de las comprobaciones realizadas por las autoridades nacionales no se desprende que éstas no hayan seleccionado la muestra sobre la base de un análisis de los riesgos.
            
         
               145
            
            
               Debe recordarse que el principio de proporcionalidad, consagrado en el artículo 5 TUE, exige que los actos de las instituciones de la Unión no rebasen los límites de lo que resulte apropiado y necesario para conseguir el objetivo perseguido (sentencia del Tribunal de Justicia de 17 de mayo de 1984, Denkavit Nederland, 15/83, Rec. p. 2171, apartado 25; sentencias del Tribunal General de 30 de abril de 2009, España/Comisión, T-281/06, no publicada en la Recopilación, apartado 64, y Países Bajos/Comisión, citada en el apartado 109 supra, apartado 117).
            
         
               146
            
            
               Pues bien, se ha acreditado anteriormente que se respetaron las directrices del documento no VI/5330/97, ya que éstas preconizan que, cuando la información inherente al procedimiento permita al auditor evaluar la pérdida por extrapolación, la corrección debe realizarse siguiendo este método. Dado que así sucedía con los datos de la Administración portuguesa resultantes del procedimiento, la Comisión pudo, sin infringir las citadas directrices, efectuar las correcciones financieras por extrapolación.
            
         
               147
            
            
               Además, cuando la Comisión, en lugar de rechazar la totalidad de los gastos afectados por la infracción, se haya esforzado en establecer normas que tienen por objeto establecer un trato diferenciado de los casos de irregularidades según el nivel de omisión de los controles y el grado de riesgo asumido por el FEOGA, incumbe al Estado miembro demostrar que dichos criterios son arbitrarios y no equitativos (sentencias del Tribunal de Justicia de 1 de octubre de 1998, Italia/Comisión, C-242/96, Rec. p. I-5863, apartado 75, y de 22 de abril de 1999, Países Bajos/Comisión, C-28/94, Rec. p. I-1973, apartado 56).
            
         
               148
            
            
               A este respecto, por una parte, del cuadro de datos aportados en la comunicación oficial de 27 de octubre de 2009 resulta que la Comisión diferenció el importe de las sanciones en función de los años, de los tipos de cultivo y del porcentaje de errores en los controles sobre el terreno. Asimismo, tuvo en cuenta el hecho de que ninguna indicación le permitía presumir las mismas deficiencias respecto a las Azores y, por ello, aplicó la corrección financiera exclusivamente a los gastos declarados por la Región de Madeira. Por tanto, no cabe reprocharle haber aplicado, con arreglo a las directrices recogidas en el documento VI/5330/97, una corrección desproporcionada.
            
         
               149
            
            
               Por otra parte, según reiterada jurisprudencia, el FEOGA financia únicamente las intervenciones llevadas a cabo según las disposiciones comunitarias en el marco de la organización común de los mercados agrícolas (sentencias del Tribunal de Justicia de 6 de marzo de 2001, Países Bajos/Comisión, C-278/98, Rec. p. I-1501, apartado 38, y del Tribunal General de 14 de febrero de 2008, España/Comisión, T-266/04, no publicada en la Recopilación, apartado 97). En el supuesto de que la normativa comunitaria supedite el pago de una ayuda al requisito de que se hayan observado determinadas formalidades de prueba o de control, ninguna ayuda abonada con incumplimiento de dicho requisito podrá ser financiada por el FEOGA (sentencia del Tribunal de Justicia de 8 de enero de 1992, Italia/Comisión, C-197/90, Rec. p. I-1, apartado 38, y sentencia de 14 de febrero de 2008, España/Comisión, citada en el apartado 149 supra, apartado 116).
            
         
               150
            
            
               En consecuencia, en el presente caso, procede desestimar la alegación de la República Portuguesa según la cual, dado que la superficie media de una explotación en Madeira es muy pequeña, un error de medición, insignificante en términos de superficie, conlleva un porcentaje de errores especialmente elevado, de modo que las correcciones por extrapolación también serán elevadas. En efecto, dado que dicha circunstancia no excluía el riesgo de perjuicio para el FEOGA, de ello se deduce que la Comisión estaba legitimada para excluir de la financiación comunitaria los gastos correspondientes a las medidas POSEI en Madeira.
            
         
               151
            
            
               Por otro lado, debe desestimarse también la alegación de la República Portuguesa según la cual la extrapolación del porcentaje de irregularidades de la muestra seleccionada sobre la base de un análisis de los riesgos vulnera el principio de proporcionalidad. En efecto, en el caso de autos, la República Portuguesa no ha aportado ningún elemento que mencione el método de determinación de la muestra ni los factores que se tuvieron en cuenta para el análisis de los riesgos.
            
         
               152
            
            
               De todo ello se desprende que no se ha vulnerado el principio de proporcionalidad, de modo que debe desestimarse el cuarto motivo.
            
         
               153
            
            
               De todo lo anterior resulta que debe anularse la Decisión impugnada en la medida en que la Comisión aplicó a la República Portuguesa una corrección financiera relativa a la medida POSEI para los ejercicios financieros 2006 y 2007 y que debe desestimarse el recurso en todo lo demás.
            
         
         Costas
      
      
               154
            
            
               A tenor del artículo 87, apartado 3, de su Reglamento de Procedimiento, cuando se estimen parcialmente las pretensiones de una y otra parte, el Tribunal podrá repartir las costas, o decidir que cada parte abone sus propias costas. En el caso de autos procede decidir que cada parte cargue con sus propias costas.
            
          
            
               En virtud de todo lo expuesto,
               EL TRIBUNAL GENERAL (Sala Octava)
               decide:
            
          
            
               
                        
                           1)
                        
                     
                     
                        
                           Anular la Decisión 2010/668/UE de la Comisión, de 4 de noviembre de 2010, por la que se excluyen de la financiación de la Unión Europea determinados gastos efectuados por los Estados miembros con cargo a la Sección de Garantía del Fondo Europeo de Orientación y de Garantía Agrícola (FEOGA), al Fondo Europeo Agrícola de Garantía (FEAGA) y al Fondo Europeo Agrícola de Desarrollo Rural (FEADER) (DO L 288, p. 24), en la medida en que aplica a la República Portuguesa una corrección financiera relativa a la medida POSEI para los ejercicios financieros 2006 y 2007.
                        
                     
                  
          
            
               
                        
                           2)
                        
                     
                     
                        
                           Desestimar el recurso en todo lo demás.
                        
                     
                  
          
            
               
                        
                           3)
                        
                     
                     
                        
                           Cada parte cargará con sus propias costas.
                        
                     
                  
          
               
                  
                     
                        
                           Truchot
                        
                        
                           Martins Ribeiro
                        
                        
                           Popescu
                        
                     
                     Pronunciada en audiencia pública en Luxemburgo, a 7 de junio de 2013.
                     Firmas
                  
               
            (
            *1
         )	Lengua de procedimiento: portugués.
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               Partes
               Motivación de la sentencia
               Parte dispositiva
               
            
            Partes
            En el asunto T-2/11,
            República Portuguesa, representada por los Sres. L. Inez Fernandes, M. Figueiredo y J. Saraiva de Almeida, en calidad de agentes,
            parte demandante,
            contra
            Comisión Europea, representada por los Sres. P. Guerra e Andrade y P. Rossi, en calidad de agentes,
            parte demandada,
            que tiene por objeto un recurso de anulación de la Decisión 2010/668/UE de la Comisión, de 4 de noviembre de 2010, por la que se excluyen de la financiación de la Unión Europea determinados gastos efectuados por los Estados miembros con cargo a la Sección de Garantía del Fondo Europeo de Orientación y de Garantía Agrícola (FEOGA), al Fondo Europeo Agrícola de Garantía (FEAGA) y al Fondo Europeo Agrícola de Desarrollo Rural (FEADER) (DO L 288, p. 24), en la medida en que aplica una corrección financiera a la República Portuguesa en el marco de la medida POSEI correspondiente a los ejercicios de 2005 a 2007 por un importe total de 743.251,25 euros,
            EL TRIBUNAL GENERAL (Sala Octava),
            integrado por el Sr. L. Truchot, Presidente, y la Sra. M.E. Martins Ribeiro (Ponente) y el Sr. A. Popescu, Jueces;
            Secretaria: Sra. C. Kristensen, administradora;
            habiendo considerado los escritos obrantes en autos y celebrada la vista el 12 de septiembre de 2012;
            dicta la siguiente
            Sentencia 
            
            Motivación de la sentencia
            Marco jurídico 
            Normativa de la Unión Europea que regula la financiación de la política agrícola común 
            1. La normativa de base en materia de financiación de la política agrícola común está constituida, en cuanto a los gastos realizados a partir del 1 de enero de 2000, por el Reglamento (CE) nº 1258/1999 del Consejo, de 17 de mayo de 1999, sobre la financiación de la política agrícola común (DO L 160, p. 103), que sustituyó al Reglamento (CEE) nº 729/70 del Consejo, de 21 de abril de 1970, sobre la financiación de la política agrícola común (DO L 94, p. 13; EE 03/03, p. 220), que era aplicable a los gastos realizados antes de dicha fecha.
            2. En virtud del artículo 1, apartado 2, letra b), y del artículo 2, apartado 2, del Reglamento nº 1258/1999, la sección de Garantía del Fondo Europeo de Orientación y de Garantía Agrícola (FEOGA) financia las intervenciones destinadas a la regularización de los mercados agrícolas efectuadas según las normas de la Unión en el marco de la organización común de los mercados agrícolas.
            3. El artículo 7, apartado 4, del Reglamento nº 1258/1999 dispone:
            «La Comisión decidirá los gastos que deban excluirse de la financiación comunitaria dispuesta en los artículos 2 y 3 si comprobase que los gastos no se han efectuado de conformidad con las normas comunitarias.
            Previamente a cualquier decisión de negativa de financiación, los resultados de las comprobaciones de la Comisión y las respuestas del Estado miembro en cuestión serán objeto de comunicaciones escritas, tras las cuales ambas partes intentarán ponerse de acuerdo sobre el curso que deba darse al asunto.
            Si no se llega a un acuerdo, el Estado miembro podrá solicitar la apertura de un procedimiento para conciliar sus respectivas posiciones en un plazo de cuatro meses; los resultados de dicho procedimiento serán objeto de un informe que se transmitirá a la Comisión y que ésta examinará antes de adoptar una decisión de negativa de financiación.
            La Comisión determinará los importes que deban excluirse basándose, en particular, en la importancia de la no conformidad comprobada. Para ello, la Comisión tendrá en cuenta la naturaleza y la gravedad de la infracción, así como el perjuicio financiero causado a la Comunidad.
            No podrá denegarse la financiación:
            a) de los gastos contemplados en el artículo 2 efectuados con anterioridad a los veinticuatro meses que hayan precedido a la comunicación escrita de la Comisión de los resultados de tales verificaciones al Estado miembro correspondiente;
            b) de los gastos correspondientes a una medida o acción contemplados en el artículo 3 para los cuales el pago final se haya efectuado con anterioridad a los veinticuatro meses que hayan precedido a la comunicación escrita de la Comisión de los resultados de tales verificaciones al Estado miembro correspondiente.
            No obstante, el párrafo quinto no se aplicará a las consecuencias financieras que se extraigan en los dos supuestos siguientes:
            a) en los casos de irregularidades con arreglo al apartado 2 del artículo 8,
            b) a raíz de las ayudas nacionales o de las infracciones respecto a las cuales se hayan incoado los procedimientos contemplados en los artículos 88 [CE] y 226 [CE].»
            4. El artículo 8 del Reglamento nº 1258/1999 prevé:
            «1. Los Estados miembros adoptarán, de conformidad con las disposiciones legales, reglamentarias y administrativas nacionales, las medidas necesarias para:
            a) asegurarse de la realidad y de la regularidad de las operaciones financiadas por el [FEOGA];
            b) prevenir y tratar las irregularidades,
            c) recuperar las sumas perdidas como consecuencia de irregularidades o negligencias;
            Los Estados miembros informarán a la Comisión acerca de las medidas adoptadas con tal fin, y en particular del estado de los procedimientos administrativos y judiciales.
            2. A falta de una recuperación total, las consecuencias financieras de las irregularidades o de las negligencias serán costeadas por la Comunidad, salvo las que resulten de irregularidades o de negligencias imputables a las administraciones u organismos de los Estados miembros.
            Las sumas recuperadas serán pagadas a los organismos pagadores autorizados y descontadas por éstos de los gastos financiados por el [FEOGA]. Los intereses correspondientes a las sumas recuperadas o pagadas con retraso se ingresarán en el [FEOGA].
            3. El Consejo, por mayoría cualificada y a propuesta de la Comisión, establecerá las disposiciones generales de aplicación del presente artículo.»
            5. El artículo 9 del Reglamento nº 1258/1999 precisa:
            «1. Los Estados miembros pondrán a disposición de la Comisión todas las informaciones necesarias para el buen funcionamiento del [FEOGA] y adoptarán todas las medidas que puedan facilitar la realización de los controles que la Comisión considere útiles en el marco de la gestión de la financiación comunitaria, incluyendo verificaciones sobre el terreno.
            Los Estados miembros comunicarán a la Comisión las disposiciones legales, reglamentarias y administrativas que hayan adoptado para la aplicación de los actos comunitarios que tengan relación con la política agrícola común, siempre que dichos actos tengan una incidencia financiera para el [FEOGA].
            2. Sin perjuicio de los controles efectuados por los Estados miembros de acuerdo con las disposiciones legales, reglamentarias y administrativas nacionales, de las disposiciones del artículo 248 [CE] o de cualquier control organizado conforme a la letra c) del artículo 279 [CE], los agentes facultados por la Comisión para efectuar las comprobaciones sobre el terreno tendrán acceso a los libros y a cualquier otro documento, incluidos los datos establecidos o conservados en soporte informático, que tengan relación con los gastos financiados por el [FEOGA].
            Podrán comprobar en particular:
            a) la conformidad de las prácticas administrativas con las normas comunitarias; 
            b) la existencia de los documentos justificativos necesarios y su concordancia con las operaciones financiadas por el [FEOGA];
            c) las condiciones en las que realizan y comprueban las operaciones financiadas por el [FEOGA].
            La Comisión advertirá con la suficiente antelación y antes de la verificación, al Estado miembro ante el que se vaya a realizar dicha verificación o en cuyo territorio vaya a tener lugar. En dichas comprobaciones podrán participar agentes del Estado miembro interesado.
            A instancia de la Comisión y con el acuerdo del Estado miembro, se efectuarán inspecciones o investigaciones relativas a las operaciones citadas en el presente Reglamento por las instancias competentes de dicho Estado miembro. Podrán participar en ellas agentes de la Comisión.
            Con el fin de mejorar las posibilidades de verificación, la Comisión podrá, con el acuerdo de los Estados miembros interesados, asociar a las administraciones de estos Estados miembros a determinadas inspecciones o verificaciones.
            3. El Consejo, por mayoría cualificada y a propuesta de la Comisión, establecerá, en tanto fuere necesario, las disposiciones generales de aplicación del presente artículo.»
            6. El Reglamento nº 1258/1999 fue derogado por el Reglamento (CE) nº 1290/2005 del Consejo, de 21 de junio de 2005, sobre la financiación de la política agrícola común (DO L 209, p. 1), que entró en vigor, según su artículo 49, a los siete días de su publicación en el Diario Oficial de la Unión Europea, es decir, el 18 de agosto de 2005.
            7. No obstante, el artículo 47 del Reglamento nº 1290/2005 precisó que «el Reglamento […] nº 1258/1999 seguir[ía] siendo aplicable a los gastos efectuados hasta el 15 de octubre de 2006 para los gastos efectuados por los Estados miembros y hasta el 31 de diciembre de 2006 para los efectuados por la Comisión».
            8. El Reglamento (CE) nº 1663/95 de la Comisión, de 7 de julio de 1995, por el que se establecen las disposiciones de aplicación del Reglamento nº 729/70 del Consejo en lo que concierne al procedimiento de liquidación de cuentas de la sección de Garantía del FEOGA (DO L 158, p. 6), en su versión modificada por el Reglamento (CE) nº 2245/1999 de la Comisión, de 22 de octubre de 1999 (DO L 273, p. 5), prevé, en su artículo 8, apartado 1:
            «En caso de que, a raíz de una investigación, la Comisión considere que los gastos no se han realizado de conformidad con la normativa comunitaria, comunicará al Estado miembro de que se trate los resultados de sus comprobaciones e indicará las medidas correctoras que deban adoptarse para garantizar el cumplimiento de la normativa en el futuro.
            La comunicación hará referencia al presente Reglamento. El Estado miembro deberá dar una respuesta en un plazo de dos meses y la Comisión podrá modificar su posición en consecuencia. En casos justificados, la Comisión podrá prorrogar dicho plazo.
            Terminado el plazo fijado para la respuesta, la Comisión convocará a las partes a una reunión bilateral y éstas procurarán alcanzar un acuerdo sobre las medidas que deban tomarse, así como sobre la evaluación de la gravedad de la infracción y del perjuicio financiero causado a la Comunidad Europea. Tras la citada reunión y pasada cualquier otra fecha posterior a la reunión bilateral fijada por la Comisión, en concertación con el Estado miembro, para la comunicación de información suplementaria, o si el Estado miembro no acepta la convocatoria en un plazo fijado por la Comisión, pasado este plazo, la Comisión comunicará oficialmente sus conclusiones al Estado miembro, haciendo referencia a la Decisión 94/442/CE de la Comisión. Sin perjuicio de lo dispuesto en el párrafo cuarto del presente apartado, la referida comunicación evaluará los gastos que esté previsto excluir en virtud de la letra c) del apartado 2 del artículo 5 del Reglamento […] nº 729/70.
            El Estado miembro notificará, sin demora, a la Comisión las medidas correctoras adoptadas para garantizar el cumplimiento de las normas comunitarias y la fecha efectiva de su aplicación. La Comisión adoptará, en su caso, una o varias decisiones en aplicación de la letra c) del apartado 2 del artículo 5 del Reglamento […] nº 729/70 para excluir, hasta la fecha efectiva de aplicación de las medidas correctoras, los gastos respecto de los cuales se han incumplido las normas comunitarias.»
            9. El Reglamento (CE) nº 885/2006 de la Comisión, de 21 de junio de 2006, por el que se establecen las disposiciones de aplicación del Reglamento (CE) nº 1290/2005 del Consejo en lo que se refiere a la autorización de los organismos pagadores y otros órganos y a la liquidación de cuentas del FEAGA y del FEADER (DO L 171, p. 90), dispone, en su artículo 11:
            «1. Cuando, a raíz de una investigación, la Comisión considere que los gastos no se han realizado de conformidad con la normativa comunitaria, comunicará sus observaciones al Estado miembro de que se trate e indicará las medidas correctoras que deban adoptarse para garantizar el cumplimiento de la normativa en el futuro.
            La comunicación hará referencia al presente artículo. El Estado miembro deberá dar una respuesta en un plazo de dos meses desde la recepción de la comunicación y la Comisión podrá modificar su posición en consecuencia. En casos justificados, la Comisión podrá acordar prorrogar dicho plazo.
            Terminado el plazo fijado para la respuesta, la Comisión convocará una reunión bilateral y ambas partes procurarán alcanzar un acuerdo sobre las medidas que deban tomarse, así como sobre la evaluación de la gravedad de la infracción y del perjuicio financiero causado al presupuesto comunitario.
            2. En el plazo de dos meses desde la fecha de recepción de las actas de la reunión bilateral a que se refiere el apartado 1, párrafo tercero, el Estado miembro comunicará la información solicitada durante la reunión o cualquier otra información que considere útil para el examen en curso.
            En casos justificados, y previa solicitud motivada del Estado miembro, la Comisión podrá autorizar una prórroga del plazo mencionado en el párrafo primero. La solicitud deberá presentarse a la Comisión antes de la expiración de dicho plazo.
            Terminado el plazo mencionado en el párrafo primero, la Comisión deberá comunicar oficialmente sus conclusiones al Estado miembro basándose en la información recibida en virtud del procedimiento de liquidación de conformidad. En la comunicación se evaluarán los gastos que la Comisión prevea excluir de la financiación comunitaria en virtud del artículo 31 del Reglamento […] nº 1290/2005 y se hará referencia al artículo 16, apartado 1, del presente Reglamento.
            3. El Estado miembro notificará a la Comisión las medidas correctoras adoptadas para garantizar el cumplimiento de las normas comunitarias y la fecha efectiva de su aplicación.
            La Comisión, previo examen de los informes elaborados por el órgano de conciliación de conformidad con el capítulo 3 del presente Reglamento, adoptará, en su caso, una o varias decisiones en aplicación del artículo 31 del Reglamento […] nº 1290/2005 para excluir de la financiación comunitaria los gastos respecto de los cuales se hayan incumplido las normas comunitarias, hasta que el Estado miembro aplique efectivamente las medidas correctoras.
            Al evaluar los gastos que deban excluirse de la financiación comunitaria, la Comisión podrá tener en cuenta la información proporcionada por el Estado miembro una vez terminado el plazo a que se refiere el apartado 2, cuando ello sea necesario para calcular mejor el perjuicio financiero causado al presupuesto comunitario, siempre que el envío de la información fuera de plazo esté justificado por circunstancias excepcionales.
            4. Con respecto al FEAGA, los gastos que deban excluirse de la financiación comunitaria los deducirá la Comisión de los pagos mensuales relativos a los gastos realizados en el segundo mes siguiente al de la decisión prevista en el artículo 31 del Reglamento […] nº 1290/2005.
            Con respecto al FEADER, los gastos que deban excluirse de la financiación comunitaria los deducirá la Comisión del pago intermedio siguiente o del pago final.
            Sin embargo, a petición del Estado miembro y cuando la importancia de las deducciones lo justifique, la Comisión, previa consulta al Comité de los fondos agrícolas, podrá fijar una fecha diferente para las deducciones.
            5. El presente artículo se aplicará, mutatis mutandis,  a los ingresos asignados con arreglo al artículo 34 del Reglamento […] nº 1290/2005.»
            10. Del artículo 18 del Reglamento nº 885/2006 resulta que el Reglamento nº 1663/95 se seguirá aplicando a la liquidación de cuentas del ejercicio financiero de 2006 en virtud del artículo 7, apartado 3, del Reglamento nº 1258/1999.
            11. El Reglamento (CE) nº 1453/2001 del Consejo, de 28 de junio de 2001, por el que se aprueban medidas específicas en favor de las Azores y Madeira en relación con determinados productos agrícolas y por el que se deroga el Reglamento (CEE) nº 1600/92 (Poseima) (DO L 198, p. 26), establece un programa de medidas específicas en favor de dichas regiones periféricas de la Unión.
            12. Por otro lado, el Reglamento (CE) nº 43/2003 de la Comisión, de 23 de diciembre de 2002, por el que se establecen las disposiciones de aplicación de los Reglamentos (CE) n os  1452/2001, 1453/2001 y 1454/2001 del Consejo en lo relativo a las ayudas en favor de la producción local de productos vegetales en las regiones ultraperiféricas de la Unión (DO 2003, L 7, p. 25), ejecuta ayudas en favor de la producción local de productos vegetales en las regiones ultraperiféricas de la Unión.
            13. El considerando 26 del Reglamento nº 43/2003 dispone que «es preciso determinar el número mínimo de productores que deben ser sometidos a controles sobre el terreno en relación con los diversos regímenes de ayuda».
            14. El considerando 27 del citado Reglamento establece:
            «La muestra correspondiente al porcentaje mínimo de controles sobre el terreno deberá seleccionarse en parte sobre la base de un análisis de riesgo y en parte de forma aleatoria. Será preciso especificar los principales factores que habrán de tenerse en cuenta para el análisis de riesgo.»
            15. El considerando 28 del Reglamento nº 43/2003 precisa que «la detección de irregularidades importantes debe acarrear un incremento de los niveles de control sobre el terreno durante el año en curso y el siguiente hasta que se alcance un grado de seguridad aceptable acerca de la exactitud de las solicitudes de ayuda en cuestión».
            16. El artículo 58, apartado 1, del Reglamento nº 43/2003 establece:
            «Los controles se efectuarán por medio de controles administrativos y de inspecciones sobre el terreno. Los controles administrativos serán exhaustivos e incluirán comprobaciones cruzadas, siempre que resulte apropiado, con los datos del sistema integrado de gestión y control. Sobre la base de un análisis de riesgos, las autoridades nacionales efectuarán controles sobre el terreno por muestreo de como mínimo el 10 % de las solicitudes de ayuda.
            Siempre que proceda, los Estados miembros podrán recurrir al sistema integrado de gestión y control establecido por el Reglamento (CEE) nº 3508/92.»
            17. El artículo 60 del Reglamento nº 43/2003, titulado «Selección de las solicitudes para los controles sobre el terreno», precisa:
            «1. La autoridad competente determinará qué productores deben ser sometidos a controles sobre el terreno a partir de un análisis de riesgos y de la representatividad de las solicitudes de ayuda presentadas. El análisis de riesgos tendrá en cuenta:
            a) el importe de la ayuda;
            b) el número de parcelas agrícolas, las superficies para las que se hayan presentado solicitudes de ayuda, o la cantidad producida, transportada, transformada o comercializada;
            c) los cambios respecto del año anterior;
            d) los resultados de los controles de años anteriores;
            e) otros parámetros que deberán definir los Estados miembros.
            Con el fin de proveer este elemento de representatividad, los Estados miembros seleccionarán de forma aleatoria entre un 20 % y un 25 % del número mínimo de productores que deban ser sometidos a controles sobre el terreno.
            2. La autoridad competente mantendrá registros de los motivos que han conducido a la selección de cada productor para los controles sobre el terreno. El inspector que vaya a proceder al control será informado oportunamente de estos datos antes del inicio de dicho control.»
            Directrices de la Comisión 
            18. Las Directrices de la Comisión para la aplicación de las correcciones financieras fueron definidas en el documento VI/5330/97 de la Comisión, de 23 de diciembre de 1997, que lleva por título «Directrices para el cálculo de las repercusiones financieras al preparar la decisión de liquidación de cuentas de la Sección de Garantía del FEOGA».
            19. El apéndice 2 del documento nº VI/5330/97, relativo a las repercusiones financieras de las deficiencias de los controles efectuados por los Estados miembros detectadas con motivo de la liquidación de cuentas de la sección de garantía del FEOGA, establece, en su parte titulada «Introducción»:
            «Cuando la Comisión constate que un pago determinado corresponde a una solicitud que incumple claramente la normativa comunitaria, las consecuencias financieras están claras: a menos que los organismos de control nacionales ya hubieran detectado el pago irregular y hubieran adoptado las medidas paliativas y de recuperación pertinentes (véase el Apéndice 4), la Comisión debe denegar su financiación con cargo al presupuesto comunitario. Cuando del examen de los gastos de un gran número de expedientes se deriven consecuencias financieras, el importe rechazado se calculará en la medida de lo posible sobre la base de una extrapolación de los resultados del examen de una muestra representativa de expedientes. Es preciso aplicar a todos los Estados miembros el mismo método de extrapolación, con idénticos niveles de confianza, límites de tolerancia, estratificación de la población, tamaño de la muestra y evaluación de los errores dentro de la muestra en relación con las repercusiones financieras totales.
            Cuando un Estado miembro no cumpla la normativa comunitaria relativa a la comprobación de la subvencionabilidad de las solicitudes, esta omisión hace que los pagos correspondientes representen una infracción de las disposiciones comunitarias aplicables a la medida en cuestión, así como de la disposición general establecida en el artículo 8 del Reglamento 729/70, que exige a los Estados miembros que detecten y eviten las irregularidades. De ello no se desprende necesariamente que todas las solicitudes pagadas hayan sido irregulares, pero sí implica un aumento del riesgo de que los pagos imputados al [FEOGA] lo hayan sido. Si bien en algunos casos flagrantes la Comisión puede tener derecho a denegar todos los gastos cuando no se hayan realizado los controles requeridos por un Reglamento, en la mayor parte de los casos el importe denegado sería probablemente superior a la pérdida financiera sufrida por la Comunidad. Tal es el motivo de que esta pérdida deba evaluarse en el momento del cálculo de las correcciones financieras.
            [...]»
            20. El apéndice 2 del documento nº VI/5330/97 precisa, en su parte titulada «Evaluación basada en errores de los expedientes individuales»:
            «De acuerdo con los procedimientos ya establecidos en las directrices internas, el cálculo de la corrección financiera se efectuará con arreglo a uno de los siguientes métodos:
            a) denegación de una solicitud concreta en relación con la que no se haya efectuado el control preceptivo;
            b) denegación de la validez de un importe calculado mediante la extrapolación de los resultados de controles efectuados sobre una muestra representativa de expedientes a todos los expedientes de los que se haya extraído la muestra, limitada a la zona administrativa en la que se pueda suponer razonablemente que pueda presentarse la misma deficiencia; se brinda al Estado miembro la oportunidad de presentar pruebas que muestren que los resultados de la extrapolación no coinciden con los del examen de todos los expedientes de los que se extrajo la muestra.
            […]»
            21. El apéndice 2 del documento nº VI/5330/97 precisa, en su parte titulada «Evaluación basada en los riesgos de pérdidas financieras: correcciones a tanto alzado»:
            «A medida que se ha ido generalizando la aplicación del método de auditoría de sistemas, los servicios de la Comisión han recurrido con creciente frecuencia a la evaluación del riesgo que entraña la deficiencia de los sistemas. Cuando resulta imposible determinar el nivel real de pagos irregulares y, por consiguiente, la cuantía de las pérdidas financieras sufridas por la Comunidad, ésta ha venido aplicando, desde la liquidación de cuentas del ejercicio financiero de 1990, correcciones a tanto alzado del 2 %, el 5 % o el 10 % de los gastos declarados, según la envergadura del riesgo de pérdida. En casos excepcionales puede decidirse la aplicación de porcentajes de corrección más elevados, hasta del 100 %. La prerrogativa de la Comisión de aplicar correcciones de esta naturaleza fue confirmada por el Tribunal de Justicia al pronunciarse sobre los recursos contra las decisiones anuales de liquidación de cuentas (por ejemplo, la sentencia del asunto C-50/94).
            […]»
            22. El apéndice 2 del documento nº VI/5330/97 establece, en su parte titulada «Directrices para la aplicación de correcciones a tanto alzado»:
            «Puede concebirse la aplicación de correcciones a tanto alzado cuando la información obtenida en el control no permita al inspector evaluar las pérdidas mediante una extrapolación de las pérdidas determinadas, el recurso a medios estadísticos o la referencia a otros datos comprobables, pero le permita concluir que el Estado miembro no ha llevado a cabo una comprobación correcta de la subvencionabilidad de las solicitudes satisfechas.
            […]
            No procede aplicar correcciones a tanto alzado cuando sean los propios servicios de control del Estado miembro los que detecten las deficiencias, con arreglo a lo dispuesto en el Apéndice 4.
            […]
            Cuando uno o más controles fundamentales no se apliquen o se apliquen de forma tan deficiente o infrecuente que resulten ineficaces para determinar la subvencionabilidad de la solicitud o prevenir la irregularidad, está justificada una corrección del 10 %, ya que puede concluirse fundadamente la existencia de un alto riesgo de pérdidas para el Fondo.
            Cuando se efectúen todos los controles fundamentales, pero no en el número, frecuencia ni con el rigor requeridos en los reglamentos, está justificada una corrección del 5 %, ya que puede concluirse fundadamente que dichos controles no ofrecen el nivel suficiente de garantía de la regularidad de las solicitudes, así como la existencia de un riesgo significativo para el Fondo.
            Cuando un Estado miembro ejecute correctamente los controles fundamentales, pero no realice uno o más controles auxiliares, está justificada una corrección del 2 %, debida a la existencia de un menor riesgo de pérdidas para el Fondo y a la menor gravedad de la infracción.
            También está justificada la aplicación de una corrección del 2 % cuando un Estado miembro no haya adoptado medidas para mejorar la aplicación de los controles auxiliares, o medidas derivadas de la normativa comunitaria, y la Comisión haya notificado al Estado miembro de que se trate, concretamente al amparo del artículo 8 del Reglamento 1663/95, que es necesario adoptar dichas medidas para lograr el resultado perseguido por la normativa, para conseguir un nivel razonable de protección contra el fraude y las irregularidades, o para garantizar el control adecuado de los Fondos comunitarios.
            […]
            La corrección debe aplicarse a la parte de los gastos en peligro. Cuando la deficiencia proceda de la no adopción de un sistema de control apropiado por parte de los Estados miembros, la corrección deberá aplicarse a toda la medida afectada. Cuando haya razones que dejen suponer que la deficiencia se limita a la [no] aplicación del sistema de control adoptado por el Estado miembro en un departamento o una región, la corrección deberá limitarse a los gastos controlados por ese departamento o esa región.
            […]»
            23. Asimismo, la Comisión indica, en el apéndice 2 del documento nº VI/5330/97, en su parte titulada «Casos fronterizos»:
            «[…]
            Cuando las deficiencias se hayan derivado de dificultades de interpretación de los textos comunitarios, excepto cuando pueda esperarse racionalmente que el Estado miembro plantee esas dificultades a la Comisión, y cuando las autoridades nacionales hayan adoptado medidas eficaces para subsanar las deficiencias en cuanto éstas se pusieron de manifiesto, estas circunstancias atenuantes pueden tenerse en cuenta y puede aplicarse un porcentaje de corrección más bajo o no aplicarse corrección alguna.
            […]»
            24. Por último, el apéndice 4 del documento nº VI/5330/97, titulado «Tratamiento de las constataciones de los organismos de control de los Estados miembros en la liquidación de cuentas», precisa:
            «[…]
            Las conclusiones de las inspecciones de los organismos de control nacionales no darán lugar por sí solas a la aplicación de medidas financieras en el procedimiento de liquidación de cuentas. Se considerará que esas conclusiones muestran que los procedimientos de control nacionales se ajustan a lo dispuesto en los reglamentos y se aplican con eficacia. No obstante, el Estado miembro de que se trate debe adoptar, sobre la base de las conclusiones de los informes, las medidas oportunas que permitan, entre otras cosas, subsanar cualquier deficiencia observada en los procedimientos aplicados por un servicio nacional, examinar de nuevo todas las operaciones afectadas por las deficiencias observadas y recuperar las cantidades incorrectamente abonadas o de carácter irregular. Obviamente, los controles realizados resultan totalmente ineficaces si no se adoptan todas las medidas que se derivan de los informes y, por consiguiente, sólo en estos casos, y no en otros, el servicio de liquidación de cuentas estudiará la aplicación de medidas financieras.»
            Antecedentes del litigio y Decisión impugnada 
            25. Mediante escrito de 8 de marzo de 2005, la Comisión de las Comunidades Europeas comunicó, de conformidad con el artículo 9, apartado 2, del Reglamento nº 729/70 y con el Reglamento nº 1258/1999, a las autoridades portuguesas que se realizaría una inspección entre el 11 y el 15 de abril de 2005, la cual se concentraría en los años 2003 y 2004 y tendría por objeto el marco del control, incluidos los procedimientos de control establecidos y los controles efectivamente realizados. Asimismo, la Comisión solicitaba que se le remitiera información correspondiente a los citados años.
            26. Entre el 11 y el 15 de abril de 2005, los servicios de la Comisión realizaron la citada inspección en Portugal a fin de controlar la aplicación de las medidas específicas, previstas por el Reglamento nº 1453/2001, relativas a determinados productos agrícolas en favor de las Azores y Madeira (Portugal).
            27. A raíz de la citada inspección, la Comisión informó, mediante carta certificada con acuse de recibo de 5 de diciembre de 2006 (en lo sucesivo, «primera comunicación de 5 de diciembre de 2006»), a las autoridades portuguesas del resultado de la inspección realizada y precisó que la citada carta se enviaba en aplicación del artículo 11 del Reglamento nº 885/2006. A dicho escrito se adjuntaba un anexo, titulado «Observaciones y recomendaciones», que incluía las conclusiones de la inspección realizada a las autoridades centrales de Lisboa (Portugal) y a las autoridades locales, acerca del régimen de ayudas para medidas específicas relativas a determinados productos agrícolas en favor de las Azores y Madeira (Poseima).
            28. De la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006 resulta que la Comisión consideró que las autoridades portuguesas no habían cumplido totalmente las exigencias de la normativa comunitaria y que eran necesarias medidas correctoras para garantizar en el futuro la conformidad con dichas exigencias. La Comisión solicitó que se le informase de las medidas correctoras ya adoptadas así como del calendario previsto para su aplicación. Por otro lado, la Comisión indicó que se proponía excluir de la financiación comunitaria la totalidad o una parte de los gastos financiados por la sección Garantía del FEOGA, y que dicha exclusión podría afectar a los gastos realizados durante el período que se inició veinticuatro meses antes de la fecha de la primera recepción del citado escrito. Asimismo, se precisaba que las deficiencias observadas servirían de base de cálculo de las correcciones financieras correspondientes a los gastos realizados hasta la aplicación de las medidas correctoras apropiadas.
            29. En las observaciones y las recomendaciones que figuran en el anexo de la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006, la Comisión indicó, en particular, por lo que respecta a los «controles de superficie»:
            «La introducción del [sistema de información geográfica] junto a la falta de catastro y a la configuración extremadamente abrupta del terreno no permiten que se realicen mediciones fácilmente, en particular cuando la parcela sólo está cultivada parcialmente (caso del cultivo de las patatas), [lo que] puede limitar la eficacia de los controles. Se ha comprobado que, en las inspecciones sobre el terreno de las parcelas subvencionables, los inspectores sólo se basaban en [el sistema de información geográfica]. Su uso es una buena herramienta para las comprobaciones de las parcelas, pero debe acompañarse de mediciones físicas para que aquéllas sean seguras y fiables.
            Los controles de superficies realizados por las autoridades de Madeira se practicaron sobre una muestra que representaba al menos un 10 % de las solicitudes de ayuda, como prevé el artículo 58 del Reglamento nº 43/2003. Los resultados de estos controles demuestran un número de solicitudes de ayuda total o parcialmente denegado muy elevado. En 2004, por ejemplo, de una muestra que representaba un 10,13 % de las 5.825 solicitudes de ayuda para el cultivo de patatas, un 19,66 % de las ayudas de dicha muestra se denegaron totalmente y un 16,10 % parcialmente, lo que representa un porcentaje de errores del 36 % de las superficies controladas (estos resultados son aún más llamativos en el caso del cultivo de la caña de azúcar y del mimbre). Sobre la base de estas comprobaciones, resulta evidente que el porcentaje mínimo de controles practicado por las autoridades portuguesas no era suficiente [para] salvaguardar [los intereses] del [FEOGA]. Se ha considerado que su no incremento durante 2004 constituye una deficiencia en el sistema de control.
            Por lo que respecta al sistema de control establecido para 2005, se solicita a las autoridades portuguesas que entreguen una lista de los solicitantes con indicación de los sujetos a control sobre el terreno (posteriormente se realizará una selección de boletines de control) y un resumen para indicar el número de solicitantes por producto, el número de solicitantes controlados, el número de irregularidades detectadas con un desglose entre aquellas a las que se les ha denegado parcialmente la ayuda y [aquellas a las que se les ha denegado por completo]. Una indicación de las superficies afectadas sería también útil para facilitar la evaluación de los errores en términos financieros.»
            30. Asimismo, la Comisión indicó, en anexo a la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006, que se recomendaba a las autoridades portuguesas que realizasen más a menudo mediciones físicas en los controles de superficie, utilizando por ejemplo el GPS o el metro.
            31. Mediante escrito de 7 de febrero de 2007, la Administración portuguesa respondió alegando que los errores detectados en los controles sobre el terreno afectaban a parcelas de dimensión muy reducida dedicados a cultivos hortícolas, lo que hacía más difícil la declaración exacta de la superficie utilizada para el cultivo objeto de la ayuda. Las autoridades portuguesas recalcaron así que la superficie media de una explotación era de 0,4 ha y que ésta se dividía en cuatro o cinco parcelas: la superficie media por parcela era, por tanto, muy reducida, 0,08 ha, y un número muy grande de parcelas tenía una superficie entre 0,01 y 0,05 ha. De ello resultaba que un error mínimo en la delimitación o en la medición de la parcela provocaba un error significativo en términos de porcentaje en relación con la superficie real. Las autoridades portuguesas subrayaron que, en virtud del Reglamento nº 43/2003, el margen de error del control, que era del 3 %, era muy pequeño para el régimen de propiedad de la Región autónoma de Madeira. Por ejemplo, en el caso de una parcela de 0,01 ha, una irregularidad que provoca una sanción total (20 %) corresponde a 0,002 ha, una superficie que es imposible registrar en la aplicación informática, de modo que debía considerarse insignificante. A dicho escrito también se adjuntaba un anexo 1 en el que las autoridades portuguesas remitían a la Comisión la información solicitada por ésta en el apartado 3 del anexo de la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006 (véase el apartado 29 anterior).
            32. En una reunión bilateral entre los servicios de la Comisión y las autoridades portuguesas que tuvo lugar en Bruselas el 5 de julio de 2007, cuya acta se elaboró el 25 de octubre de 2007 y se envió a las autoridades portuguesas el 31 de octubre de 2007, la Comisión llamó la atención sobre el elevado porcentaje de errores detectado en los controles sobre el terreno realizados por las autoridades regionales de Madeira e indicó que tal porcentaje de errores habría debido llevar a dichas autoridades a aumentar el porcentaje de los controles a fin de garantizar mejor el derecho y la concesión de la ayuda comunitaria de conformidad con las disposiciones reglamentarias. Las autoridades portuguesas recordaron, por su parte, que, dado que la superficie media de una explotación en Madeira era muy pequeña, un error en la medición de la parcela, por lo demás insignificante en términos de superficie, se traducía en un porcentaje de errores muy elevado. Pusieron de relieve que se habían cumplido los porcentajes de control sobre el terreno en relación con las solicitudes. Dichos controles representaban en términos de superficie porcentajes que oscilaban entre el 25 y más del 50 %. Por otro lado, los referidos controles se realizaron antes del pago, de modo que se redujo la ayuda y se aplicaron las sanciones. Por tanto, la proyección del porcentaje de errores para determinar el eventual riesgo para el FEOGA no está fundada. Por otro lado, a partir de 2006, los resultados de los controles (medición) se incluyeron en el sistema de información geográfica (SIG), lo que permitió tener una base de datos más fiable de las superficies reales.
            33. La Comisión, a fin de evaluar mejor la situación, solicitó a las autoridades portuguesas, durante dicha reunión de 5 de julio de 2007, que le comunicasen por sector (cultivo) y por campaña (a partir de 2005) el número de solicitudes de ayuda y de superficies correspondientes, el porcentaje de los beneficiarios cuyas parcelas habían sido objeto de un control sobre el terreno, el porcentaje de la superficie cubierta por dichos controles, los porcentaje de errores y las sanciones parciales y totales resultaban de ellos así como el porcentaje de dichos errores en términos de pagos realizados. La Comisión añadió que se basaría en los elementos aportados por las autoridades portuguesas para determinar la extensión del riesgo financiero que suponían las anomalías observadas y el nivel de gasto que se debía excluir de la financiación comunitaria.
            34. Mediante escrito de 20 de diciembre de 2007, la República Portuguesa envió a la Comisión la información solicitada, en particular un cuadro que resume las operaciones de control que se habían realizado durante las campañas 2005 y 2006.
            35. Mediante escrito de 27 de o ctubre de 2009, la Comisión remitió a la República Portuguesa una comunicación formal. Tras la reunión bilateral, la Comisión, teniendo en cuenta la información adicional comunicada posteriormente por las autoridades portuguesas, confirmó su posición de que la concesión de ayudas para los ejercicios 2005, 2006 y 2007, en lo que atañe a las medidas específicas relativas a determinados productos agrícolas en favor de Madeira, no se había realizado de conformidad con las disposiciones comunitarias. En el anexo del escrito de 27 de octubre de 2009, la Comisión indicó que los datos dados por la Administración portuguesa correspondientes a los ejercicios 2005 y 2006 permitían, en particular, concluir que el «porcentaje de errores» que había dado lugar a la denegación total o parcial de financiación había sido, en todos los casos, superior al 40 % en términos de superficie. Pues bien, un control realizado anteriormente (investigaciones 2001/006 y 2001/09) había llegado a conclusiones similares. La Comisión consideró que, como el porcentaje de errores correspondiente a varios años era muy elevado, la Administración portuguesa habría debido aumentar el porcentaje de control sobre el terreno, a fin de proteger al FEOGA contra el riesgo de pagos indebidos. La Comisión estimó que el porcentaje de control realizado, a nivel estadístico y geográfico, era suficientemente representativo para permitir una extrapolación del resultado en relación con las solicitudes que no habían sido objeto de un control sobre el terreno. La Comisión propuso la exclusión de la suma de 743.251,25 euros de gastos y, por consiguiente, una corrección financiera por lo que respecta a los ejercicios financieros 2005, 2006 y 2007. Se indicó a la Administración portuguesa la posibilidad de presentar una solicitud de conciliación al órgano de conciliación, habida cuenta de lo establecido en el artículo 16 del Reglamento nº 885/2006, que prevé tal posibilidad.
            36. La República Portuguesa no solicitó la apertura de un procedimiento de conciliación.
            37. El 19 de julio de 2010, la Comisión elaboró el informe de síntesis, que recoge los resultados de los controles realizados, las alegaciones de la Comisión así como la respuesta de las autoridades portuguesas.
            38. En primer lugar, este informe de síntesis, que deja constancia de que la posición de la Dirección General (DG) «Agricultura» de la Comisión permanecía sin cambios, recuerda la apreciación notificada en la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006 que se desprende del examen y del análisis de los resultados del control realizado por las autoridades de Madeira (véase el apartado 29 anterior). A continuación, en cuanto a los datos de control aportados por la República Portuguesa para los años 2005 y 2006, la Comisión indica que el artículo 58 del Reglamento nº 43/2003 establece que los controles sobre el terreno deben abarcar como mínimo el 10 % de las solicitudes de ayuda y que los realizados por las autoridades portuguesas representaron, según los sectores afectados, un porcentaje del 10 al 30 % de las solicitudes de ayuda. En términos de superficie controlada, ésta representaba de un 8 a un 50 % de la superficie que se benefició de una intervención financiera comunitaria y el porcentaje de errores que había dado lugar a la denegación total o parcial de financiación había sido en todos los casos superior al 40 % en términos de superficie. La Comisión dedujo de estos datos que el porcentaje de control mínimo no bastaba para proteger al FEOGA del riesgo de pagos indebidos. Recordó, en este contexto, los considerandos 26 a 28 del Reglamento nº 43/2003 y concluyó que, habida cuenta de los porcentajes muy elevados de errores cometidos durante varios años, las autoridades portuguesas habrían debido aumentar el porcentaje de control sobre el terreno para corroborar la representatividad de los resultados obtenidos. Por último, consideró que, dado que los porcentajes de control realizados tanto desde el punto de vista estadístico como geográfico (Madeira) eran suficientemente representativos, permitían una extrapolación a las solicitudes de ayuda que no habían sido objeto de un control sobre el terreno.
            39. En estas circunstancias, la Comisión adoptó la Decisión 2010/668/UE, de 4 de noviembre de 2010, por la que se excluyen de la financiación de la Unión Europea determinados gastos efectuados por los Estados miembros con cargo a la Sección de Garantía del Fondo Europeo de Orientación y de Garantía Agrícola (FEOGA), al Fondo Europeo Agrícola de Garantía (FEAGA) y al Fondo Europeo Agrícola de Desarrollo Rural (FEADER) (DO L 288, p. 24; en lo sucesivo, «Decisión impugnada»), entre ellos los efectuados por la República Portuguesa en el marco de la medida POSEI para los ejercicios 2005 a 2007 por un importe total de 743.251,25 euros en cuestión en el presente asunto.
            Procedimiento y pretensiones de las partes 
            40. Mediante demanda presentada en la Secretaría del Tribunal el 4 de enero de 2011, la República Portuguesa interpuso el presente recurso.
            41. La Comisión presentó en la Secretaría del Tribunal un escrito de contestación el 22 de marzo de 2011. La República Portuguesa presentó en la Secretaría del Tribunal un escrito de réplica el 9 de mayo de 2011 y la Comisión presentó un escrito de dúplica el 5 de julio de 2011.
            42. La República Portuguesa solicita al Tribunal que:
            – Anule la Decisión impugnada en la medida en que le aplica una corrección financiera relativa a la medida POSEI para los ejercicios 2005 a 2007 por un importe total de 743.251,25 euros.
            – Condene en costas a la Comisión.
            43. La Comisión solicita al Tribunal que:
            – Desestime el recurso.
            – Condene en costas a la República Portuguesa.
            44. Visto el informe del Juez ponente, el Tribunal (Sala Octava) decidió abrir la fase oral sin previo recibimiento a prueba. En la vista celebrada el 12 de septiembre de 2012 se oyeron los informes orales de las partes y sus respuestas a las preguntas formuladas por el Tribunal.
            Fundamentos de Derecho 
            45. La República Portuguesa invoca cuatro motivos en apoyo de su recurso: el primero está basado en la infracción del artículo 7, apartado 4, del Reglamento nº 1258/1999 y del artículo 11 del Reglamento nº 885/2006, el segundo está basado en una interpretación errónea del considerando 28 del Reglamento nº 43/2003 y en la infracción del artículo 7, apartado 4, del Reglamento nº 1258/1999, el tercero está basado en la infracción del artículo 7, apartado 4, del Reglamento nº 1258/1999 y el cuarto está basado en la vulneración de los principios de igualdad de trato y de proporcionalidad.
            Sobre el primer motivo, basado en la infracción del artículo 7, apartado 4, del Reglamento nº 1258/1999 y del artículo 11 del Reglamento nº 885/2006 
            46. Según la República Portuguesa, la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006, enviada con arreglo al artículo 11 del Reglamento nº 885/2006, no cumple totalmente esta disposición, en la medida en que no indica los resultados de las comprobaciones correspondientes a los años 2005 y 2006. Asimismo, las autoridades portuguesas observan que la Comisión les había informado, mediante escrito de 8 de marzo de 2005, que la inspección iba a concentrarse en los años 2003 y 2004. Pues bien, la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006 no incluye, con respecto al año 2005, ni los resultados de los controles realizados por la Comisión durante su inspección, ni observaciones a este respecto, ni la menor reserva en relación con dicho año, lo que la Comisión reconoce además en el informe de síntesis en el que indica que había solicitado a las autoridades portuguesas que le facilitasen datos de control correspondientes a los años 2005 y 2006. En cuanto al año 2006, la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006 guarda silencio y no incluye ninguna observación ni tampoco ninguna solicitud de datos de control relativos a dicho año.
            47. En estas circunstancias, las autoridades portuguesas indican que no pudieron ni demostrar que las afirmaciones de la Comisión por lo que respecta a los años 2005 y 2006 eran incorrectas ni subsanar las eventuales deficiencias para respetar en el futuro las normas de la Unión, de modo que, de conformidad con la jurisprudencia (sentencia del Tribunal de 17 de junio de 2009, Portugal/Comisión, T-50/07, no publicada en la Recopilación), no disfrutaron de la garantía de procedimiento que reconoce a los Estados miembros el artículo 7, apartado 4, del Reglamento nº 1258/1999 y el artículo 11 del Reglamento nº 885/2006. Dado que la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006 no permitía conocer perfectamente las reservas de la Comisión, no podía, por tanto, cumplir la función de advertencia que exige la jurisprudencia.
            48. Por otro lado, las autoridades portuguesas alegan que la Comisión no afirmó que las irregularidades detectadas en los años 2005 y 2006 fueran consecutivas a las observadas durante el año 2004. Al haberse recibido la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006 únicamente en diciembre de 2006, ello implica que las autoridades portuguesas ya no tenían tiempo para adoptar ninguna medida correctora que produjera efectos en 2005 y 2006.
            49. Además, la República Portuguesa indica que, al no haber realizado la Comisión comprobaciones correspondientes a los años 2005 y 2006, no podía saber si las reservas formuladas en 2004 todavía eran válidas para los dos años siguientes, cuyos datos sólo se le comunicaron después de la reunión de 5 de julio de 2007, de modo que no pudo ejercer su derecho de defensa en lo que concierne a estos dos años.
            50. La Comisión recuerda que, cuando continúen existiendo irregularidades que justifiquen la aplicación de una corrección financiera después de la fecha de comunicación escrita de los resultados de las comprobaciones, puede e incluso debe tener en cuenta dicha situación al determinar el período que abarcará la corrección financiera en cuestión. Por ello, considera que se reunían las condiciones que le permiten realizar una extrapolación.
            51. La Comisión alega que, según la jurisprudencia, dado que el control se realizó entre el 11 y el 15 de abril de 2005, no pudo examinar los datos de control de 2005, que todavía no estaban disponibles. No obstante, solicitó a las autoridades portuguesas, en la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006, que le facilitasen los datos correspondientes a 2005. La Comisión indica que los datos aportados por las citadas autoridades el 20 de diciembre de 2007 relativos a las campañas 2005 y 2006 habían confirmado las comprobaciones de la Comisión por lo que respecta a los datos de 2004, de modo que el problema era sistemático. La persistencia de porcentajes de errores muy elevados y con tendencia a agravarse constituía de hecho una razón objetiva para realizar una extrapolación. La República Portuguesa no puede invocar el derecho de defensa por lo que respecta a los datos de control de los años 2005 y 2006, ya que fue ella misma quien los facilitó a la Comisión.
            52. Mediante este motivo, la República Portuguesa reprocha, en esencia, a la Comisión que aplicase una corrección financiera respecto a las campañas 2005 y 2006, que son anteriores a la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006, pese a que, en dicha comunicación, la Comisión no indicó los resultados de las comprobaciones correspondientes a las citadas campañas. Por ello, según las autoridades portuguesas, éstas no disfrutaron de la garantía de procedimiento que les reconoce el artículo 7, apartado 4, del Reglamento nº 1258/1999 y el artículo 11 del Reglamento nº 885/2006 y no pudieron ejercer su derecho de defensa por lo que respecta a los dos años antes mencionados.
            53. En respuesta a una pregunta del Tribunal, la demandante reconoció, de lo que se dejó constancia en el acta de la vista, que dicho motivo pretendía la anulación de la Decisión impugnada únicamente en lo que atañe a la corrección financiera realizada respecto a las campañas 2005 y 2006, es decir, para los ejercicios financieros 2006 y 2007, por importes de 239.045,63 y 266.137,96 euros respectivamente. En cambio, la corrección financiera relativa a la campaña 2004, de un importe de 238.067,66 euros, que corresponde al ejercicio financiero 2005, no es objeto de dicho motivo.
            54. Procede recordar que de la jurisprudencia resulta que la decisión final y definitiva sobre la liquidación de cuentas debe adoptarse al término de un procedimiento contradictorio específico durante el cual los Estados miembros afectados deben disponer de todas las garantías necesarias para exponer su punto de vista (sentencias del Tribunal de Justicia de 29 enero de 1998, Grecia/Comisión, C-61/95, Rec. p. I-207, apartado 39, y de 14 de diciembre de 2000, Alemania/Comisión, C-245/97, Rec. p. I-11261, apartado 47).
            55. Por otro lado, también debe recordarse que, según reiterada jurisprudencia, la Comisión está obligada a respetar, en las relaciones con los Estados miembros, los requisitos que ella misma se haya impuesto mediante los Reglamentos de desarrollo. En efecto, el incumplimiento de dichos requisitos puede privar de contenido, en función de su gravedad, a la garantía de procedimiento que el artículo 7, apartado 4, del Reglamento nº 1258/1999 otorga a los Estados miembros (sentencia Portugal/Comisión, citada en el apartado 47 supra, apartado 27).
            56. Asimismo, el artículo 7, apartado 4, párrafo quinto, del Reglamento nº 1258/1999, por una parte, y el artículo 8, apartado 1, párrafo primero, del Reglamento nº 1663/95 y el artículo 11 del Reglamento nº 885/2006, por otra, se refieren a la misma fase del procedimiento de liquidación de cuentas del FEOGA, a saber, el envío de la primera comunicación de la Comisión al Estado miembro, a raíz de los controles que ha efectuado (sentencia del Tribunal de Justicia de 24 de enero de 2002, Finlandia/Comisión, C-170/00, Rec. p. I-1007, apartado 27; véase también la sentencia Portugal/Comisión, citada en el apartado 47 supra, apartado 28, y la jurisprudencia citada).
            57. El artículo 11 del Reglamento nº 885/2006 define las diferentes etapas que se deben seguir en el procedimiento de liquidación de cuentas del FEOGA. En particular, el artículo 11, apartado 1, párrafo primero, de dicho Reglamento precisa el contenido de la primera comunicación escrita mediante la cual la Comisión pone en conocimiento de los Estados miembros el resultado de sus comprobaciones, antes de la organización de la reunión bilateral (sentencias del Tribunal de Justicia de 24 de febrero de 2005, Grecia/Comisión, C-300/02, Rec. p. I-1341, apartado 68, y del Tribunal General de 24 de marzo de 2011, Grecia/Comisión, T-184/09, no publicada en la Recopilación, apartado 40). A tenor de dicha disposición, la primera comunicación debe precisar el resultado de las comprobaciones de la Comisión al Estado miembro afectado e indicar las medidas correctoras que deban adoptarse en el futuro para garantizar el cumplimiento de las normas comunitarias en cuestión.
            58. A este respecto, procede recordar que el juez de la Unión declaró que la comunicación escrita a que se refiere el artículo 8, apartado 1, del Reglamento nº 1663/95 debe proporcionar al Estado miembro un pleno conocimiento de las reservas de la Comisión, de modo que pueda cumplir la función de advertencia que le confiere el párrafo primero de dicha disposición y el artículo 7, apartado 4, del Reglamento nº 1258/1999 (sentencia Portugal/Comisión, citada en el apartado 47 supra, apartado 39; véanse también, en este sentido, las sentencias del Tribunal de Justicia de 7 de octubre de 2004, España/Comisión, C-153/01, Rec. p. I-9009, apartado 93, y de 3 de mayo de 2012, España/Comisión, C-24/11 P, apartado 27).
            59. De ello se deduce que, en la primera comunicación citada por el artículo 8, apartado 1, del Reglamento nº 1663/95, la Comisión debe indicar, con suficiente precisión, el objeto de la investigación llevada a cabo por sus servicios y las deficiencias detectadas durante dicha investigación, ya que éstas pueden invocarse posteriormente como medio de prueba de la duda seria y razonable que alberga con respecto a los controles realizados por las administraciones nacionales o a las cifras remitidas por éstas y justificar, así, las correcciones financieras aplicadas en la decisión final por la que se excluyan de financiación comunitaria por el FEOGA determinados gastos realizados por el Estado miembro interesado (sentencia Portugal/Comisión, citada en el apartado 47 supra, apartado 40).
            60. Además, el incumplimiento de ese requisito impuesto por el artículo 8, apartado 1, del Reglamento nº 1663/95 y por el artículo 11 del Reglamento nº 885/2006 priva de contenido a la garantía de procedimiento que reconoce a los Estados miembros el artículo 7, apartado 4, párrafo quinto, del Reglamento nº 1258/1999 al establecer un límite temporal en relación con los gastos cuya financiación puede denegar el FEOGA (véase la sentencia de 3 de mayo de 2012, España/Comisión, citada en el apartado 58 supra, apartado 29, y la jurisprudencia citada).
            61. Por tanto, el artículo 8, apartado 1, del Reglamento nº 1663/95 y el artículo 11 del Reglamento nº 885/2006 deben interpretarse en relación con el artículo 7, apartado 4, párrafo quinto, del Reglamento nº 1258/1999. Según estas disposiciones la Comisión no puede excluir los gastos que se hayan efectuado con una antelación superior a veinticuatro meses de la fecha en que dicha institución haya notificado por escrito al Estado miembro afectado los resultados de las comprobaciones. De ello resulta que la comunicación escrita prevista en el artículo 8, apartado 1, párrafo primero, sirve de advertencia de que los gastos efectuados durante el período de veinticuatro meses que precede a la notificación de esa comunicación pueden ser excluidos de la financiación a cargo del FEOGA y, por tanto, constituye el elemento de referencia para el cómputo del plazo de veinticuatro meses previsto de ese modo (sentencia de 3 de mayo de 2012, España/Comisión, citada en el apartado 58 supra, apartado 30).
            62. En consecuencia, a fin de cumplir su función de advertencia, especialmente a la luz del artículo 7, apartado 4, párrafo quinto, del Reglamento nº 1258/1999, lo primero que debe hacer la comunicación prevista en el artículo 8, apartado 1, del Reglamento nº 1663/95 y en el artículo 11 del Reglamento nº 885/2006 es identificar con la suficiente precisión todas las irregularidades reprochadas al Estado miembro afectado que, en definitiva, hayan fundamentado la corrección financiera aplicada. Sólo una comunicación de esas características puede garantizar un pleno conocimiento de las reservas de la Comisión, y puede constituir el elemento de referencia para el cómputo del plazo de veinticuatro meses previsto en el artículo 7, apartado 4, párrafo quinto, del Reglamento nº 1258/1999 y en el artículo 31 del Reglamento nº 1290/2005 (sentencia de 3 de mayo de 2012, España/Comisión, citada en el apartado 58 supra, apartado 31).
            63. Por otro lado, cuando continúen existiendo irregularidades que justifiquen la aplicación de una corrección financiera después de la fecha de comunicación escrita de los resultados de las comprobaciones, la Comisión puede e incluso debe tener en cuenta dicha situación al determinar el período que abarcará la corrección financiera en cuestión (sentencia del Tribunal de Justicia de 9 de enero de 2003, Grecia/Comisión, C-157/00, Rec. p. I-153, apartado 45).
            64. El Tribunal de Justicia consideró así, en la sentencia de 9 de enero de 2003, Grecia/Comisión, citada en el apartado 63 supra,  que, si bien es cierto que ni el artículo 8, apartado 1, del Reglamento nº 1663/95 ni el artículo 5, apartado 2, letra c), del Reglamento nº 729/70 se oponen a que el período abarcado por una corrección financiera se extienda más allá de la fecha de la comunicación escrita de los resultados de las inspecciones de los Estados miembros, no lo es menos que dichas disposiciones no habilitaban expresamente a la Comisión para tomar como referencia un período que se extendiese más allá de la fecha de la comunicación escrita de los resultados de las inspecciones a los Estados miembros y, por tanto, tampoco constituían una base jurídica suficiente para realizar una corrección a tanto alzado. No obstante, el Tribunal de Justicia estimó que dicha base jurídica se encontraba en el artículo 5, apartado 2, letra c), del Reglamento nº 729/70, así como en los artículos 2 y 3 de ese mismo Reglamento, que obligaban a la Comisión a denegar la financiación de gastos comprometidos irregularmente, dado que dichas disposiciones sólo permitían a la Comisión imputar al FEOGA los importes pagados de acuerdo con las normas comunitarias, de modo que la Comisión había podido realizar válidamente la corrección financiera respecto a un período que iba más allá de la comunicación escrita (sentencia de 9 de enero de 2003, Grecia/Comisión, citada en el apartado 63 supra, apartados 43, 44 y 46).
            65. En primer lugar, procede examinar si el escrito de 5 de diciembre de 2006 cumple las exigencias del artículo 11 del Reglamento nº 885/2006, en relación con el artículo 7, apartado 4, párrafo quinto, del Reglamento nº 1258/1999, y constituye, por consi guiente, una comunicación regular con arreglo a las citadas disposiciones. A tal efecto, deberá comprobarse que, en el citado escrito, la Comisión haya identificado de manera suficiente el objeto y los resultados de la investigación, a saber, las deficiencias observadas sobre las que se basó la corrección financiera en detrimento de Madeira para las campañas 2004, 2005 y 2006 (ejercicios financieros 2005, 2006 y 2007), e indicado las medidas correctoras que debían adoptarse en el futuro.
            66. Es preciso recordar que, mediante escrito de 8 de marzo de 2005, la Comisión informó a las autoridades portuguesas de que se llevaría a cabo una inspección sobre el régimen de ayuda para medidas específicas a determinados productos agrícolas en favor de las Azores y Madeira entre el 11 y el 15 de abril de 2005, inspección que debía concentrarse en los años 2003 y 2004 y referirse al marco del control, incluidos los procedimientos de control establecidos y los controles efectivamente realizados.
            67. Con el fin de preparar la citada inspección, la Comisión solicitó a las autoridades portuguesas que le remitiesen previamente determinada información relativa a los dos años antes mencionados y a las medidas que eran objeto del control.
            68. Los resultados de dicha inspección se transmitieron a la República Portuguesa mediante la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006, basada en el artículo 11 del Reglamento nº 885/2006.
            69. La Comisión se refirió, en el anexo de la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006, titulada «Observaciones y recomendaciones», en el apartado 1.1, «Controles de superficie», al elevado porcentaje de errores y a la falta de aumento del porcentaje de control durante el año 2004 a raíz de dicho porcentaje elevado de ayuda total o parcialmente denegado. En efecto, la Comisión precisó que la introducción del SIG junto a la falta de catastro, a la configuración extremadamente abrupta del terreno y al hecho de que las parcelas sólo estaban parcialmente cultivadas había limitado la eficacia de los controles. La Comisión señaló que los inspectores sólo se basaban en el SIG y que faltaban mediciones físicas sobre el terreno para que las comprobaciones de las parcelas fueran seguras y fiables. Indicó, a modo de ejemplo, que, en 2004, las autoridades de Madeira habían realizado los controles de las superficies basándose en una muestra que representaba al menos un 10 % de las solicitudes de ayuda, de conformidad con el artículo 58 del Reglamento nº 43/2003, y que los resultados de dichos controles habían demostrado un porcentaje de errores del 36 % para las superficies controladas. Sobre la base de estas comprobaciones, la Comisión consideró que el porcentaje mínimo de controles realizados por la Administración portuguesa no bastaba para salvaguardar los intereses del FEOGA. En consecuencia, la Comisión reprochó a las autoridades portuguesas no haber procedido a un aumento de los controles durante el año 2004, lo que constituía una deficiencia del sistema de control.
            70. Por lo que respecta a las medidas correctoras que debían adoptarse en el futuro para garantizar el cumplimiento de las normas comunitarias, la Comisión indicó, en la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006, que se recomendaba a las autoridades portuguesas realizar más a menudo las mediciones físicas en los controles de superficie, utilizando por ejemplo el GPS o el metro.
            71. De ello se deduce que, en cuanto al año 2004, la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006 identifica con la suficiente precisión todas las irregularidades reprochadas a la República Portuguesa que podían fundamentar una corrección financiera.
            72. En lo que atañe al año 2005, es preciso observar que, como señala justificadamente la República Portuguesa, la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006 no incluye ningún resultado sobre las comprobaciones que se realizaron ni tampoco ninguna reserva a este respecto. Dicha comunicación no tuvo otro objeto que informar a la República Portuguesa de los resultados de las comprobaciones realizadas durante la inspección que se desarrolló del 11 al 15 de abril de 2005 y que únicamente se refería a los años 2003 y 2004.
            73. Es cierto que del anexo de la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006 resulta que la Comisión solicitó que, «por lo que respecta al sistema de control establecido para 2005, las autoridades portuguesas [aportasen] una lista de los solicitantes con indicación de los sujetos a control sobre el terreno (posteriormente [debía realizarse] una selección de boletines de control) y un resumen para indicar el número de solicitantes por producto, el número de solicitantes controlados, el número de irregularidades detectadas con un desglose entre aquellas a las que se les [había] denegado parcial o totalmente la ayuda». La Comisión añadió también que «una indicación de las superficies afectadas sería también útil para facilitar la evaluación de los errores en términos financieros».
            74. No obstante, no puede sostenerse válidamente, y la Comisión tampoco lo pretende en absoluto, que dicha solicitud de transmisión de información relativa al año 2005 pueda considerarse como una identificación con la suficiente precisión de las irregularidades reprochadas a la República Portuguesa que fundamentaron la corrección financiera en el sentido, en particular, de la sentencia de 3 de mayo de 2012, España/Comisión, citada en el apartado 58 supra. 
            75. En lo que se refiere al año 2006, la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006 no incluye ninguna observación ni tampoco ninguna solicitud de información.
            76. De lo anterior resulta que, por lo que respecta a los años 2005 y 2006 a los que se refieren las alegaciones de la República Portuguesa y para los que se realizaron correcciones en la Decisión impugnada, la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006 no identifica, en el sentido de la jurisprudencia mencionada en los apartados 54 a 60 anteriores, las irregularidades reprochadas al Estado miembro.
            77. No obstante, la Comisión alega, en sus escritos, que, en la comunicación formal de 27 de octubre de 2009, manifestó claramente su intención de realizar una corrección financiera por extrapolación y estimó el importe de los gastos que debían excluirse. Así, la Comisión indica haber extrapolado, basándose en los datos de control de 2005 y de 2006, el período de referencia de la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006, dado que los datos de control de 2005 y de 2006, comunicados por la propia Administración portuguesa, no diferían de los de 2004 y tenían la misma magnitud. La Comisión añade que los datos de 2005 y de 2006 mostraban incluso una tendencia a agravarse, ya que el porcentaje de errores había aumentado.
            78. No puede acogerse esta argumentación, habida cuenta de la jurisprudencia mencionada anteriormente.
            79. En efecto, la primera comunicación debe, de conformidad con el artículo 11 del Reglamento nº 885/2006, a raíz de una investigación, incluir los resultados de las comprobaciones de la Comisión relativas a los gastos que no fueron realizados de conformidad con la normativa comunitaria por el Estado miembro de que se trate e indicar las medidas correctoras que deban adoptarse para garantizar el cumplimiento en el futuro de las normas de que se trata. Por otro lado, estos resultados son la base de toda corrección y deben comunicarse al Estado miembro afectado lo antes posible a fin de que éste pueda corregir las deficiencias detectadas a la mayor brevedad y, por consiguiente, evitar nuevas correcciones en el futuro (sentencia Portugal/Comisión, citada en el apartado 47 supra, apartados 29 y 32).
            80. Asimismo, tanto del artículo 8 del Reglamento nº 1663/95, en su versión modificada, como del artículo 11 del Reglamento nº 885/2006, resulta que, si el Estado miembro afectado no subsana las irregularidades detectadas por ella, ésta puede, hasta la fecha efectiva de la aplicación de las medidas correctoras impuestas por la Comisión, excluir los gastos afectados por el incumplimiento de las normas comunitarias.
            81. No obstante, debe señalarse que, en el presente caso, los resultados que fundamentaron la corrección no se comunicaron lo antes posible, ya que la Comisión sólo informó de los resultados de la investigación el 5 de diciembre de 2006, impidiendo de ese modo a las autoridades portuguesas aplicar medidas correctoras en las campañas 2005 y 2006, que ya habían terminado.
            82. Es cierto que según la jurisprudencia, en particular la sentencia de 9 de enero de 2003, Grecia/Comisión, citada en el apartado 63 supra  (apartado 45), cuando continúen existiendo irregularidades que justifiquen la aplicación de una corrección financiera después de la fecha de comunicación escrita de los resultados de las comprobaciones, la Comisión debe tener en cuenta dicha situación al determinar el período que abarcará la corrección financiera en cuestión.
            83. No obstante, la obligación de la Comisión de tener en cuenta una situación en la que las irregularidades que justifican la aplicación de una corrección financiera persisten ya no puede producirse cuando, como en el caso de autos, la comunicación escrita tuvo lugar en una fecha en la que al Estado miembro interesado le resultaba imposible subsanar las irregularidades detectadas, ya que sólo a partir del momento en el que se informó al citado Estado miembro de dicha situación podía subsanarlas todavía.
            84. Cualquier otra interpretación llevaría a autorizar a la Comisión a proceder a una corrección financiera respecto a un período anterior a la fecha de la primera comunicación de las comprobaciones sin que el Estado miembro haya sido informado previamente y haya podido subsanar las citadas irregularidades.
            85. De ello se deduce que la obligación de la Comisión de proceder a tales correcciones financieras no puede extenderse a un período que no estaba cubierto por la inspección y que era anterior a la fecha de la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006, en la medida en que el Estado miembro, al haber sido informado de las irregularidades detectadas únicamente tras el cierre de las campañas afectadas, no pudo tomar a tiempo ninguna medida correctora.
            86. Si bien es cierto, como sostiene la Comisión, que ésta se basó en los propios datos que le comunicó la República Portuguesa y que ésta, por otro lado, no ha cuestionado, debe señalarse, no obstante, que, en la fecha de transmisión de la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006, las autoridades portuguesas ya no podían subsanar las deficiencias para cumplir en el futuro las normas de la Unión, pese a que uno de los objetivos de dicha comunicación es precisamente permitir al Estado miembro aplicar medidas correctoras para subsanar las deficiencias detectadas y que, si no se aplican tales medidas, la Comisión puede, sin tener que aportar pruebas adicionales, proceder, en el futuro, a correcciones financieras.
            87. Por otro lado, no puede sostenerse, como hace la Comisión, que la extrapolación a la que procedió sea automática y distinta de las operaciones de control, sin vulnerar la propia función de advertencia que es inherente a la naturaleza del artículo 8, apartado 1, del Reglamento nº 1663/95.
            88. A este respecto, de la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006 resulta que la Comisión reprochó a las autoridades portuguesas que se basasen únicamente en el SIG, pese a que deberían, según la Comisión, haber procedido a mediciones físicas a fin de conseguir que las comprobaciones de las parcelas fuesen seguras y fiables. De ello se deduce que dicha primera comunicación incluye la enumeración de las medidas dirigidas a conseguir que las comprobaciones sean seguras y fiables y a evitar así porcentajes de irregularidades tan elevados como los detectados por las autoridades portuguesas y comunicados a la Comisión. La aplicación de tales medidas habría podido permitir a la República Portuguesa responder a las objeciones expresadas por la Comisión y evitar así el establecimiento de futuras correcciones financieras.
            89. En esta perspectiva, procede recordar que el Tribunal recalcó la función de advertencia inherente a la naturaleza del artículo 8, apartado 1, del Reglamento nº 1663/95 en el asunto que dio lugar a la sentencia Portugal/Comisión, citada en el apartado 47 supra. En dicho asunto, pese a que la investigación se había centrado en las campañas 2002 y 2003, el Tribunal estimó, en el apartado 64 de la citada sentencia, en cuanto a la campaña 2003, que el hecho de que la Comisión hiciese referencia, en el anexo 1 del escrito enviado al Estado miembro interesado sobre la base del artículo 8, apartado 1, del Reglamento nº 1663/95, en su versión modificada, a la campaña 2003 no bastaba para demostrar que el citado escrito dejase constancia de las irregularidades referidas a dicha campaña.
            90. Por tanto, el Tribunal consideró, en el apartado 69 de la sentencia Portugal/Comisión, citada en el apartado 47 supra,  que, a falta de indicación de sus comprobaciones, el Estado miembro afectado no había podido demostrar que las conclusiones de la Comisión fueran incorrectas ni subsanar eventuales deficiencias para respetar en el futuro las normas comunitarias, de modo que no había disfrutado de la garantía de procedimiento que se reconoce a los Estados miembros. Por ello, el Tribunal estimó, en el apartado 70 de la citada sentencia, que, a falta de indicaciones de los resultados de las comprobaciones de la Comisión en relación con la campaña 2003, el escrito de ésta comunicando los resultados de las comprobaciones no podía fundamentar ninguna corrección financiera y, por consiguiente, calificarse de primera comunicación en el sentido del artículo 8, apartado 1, del Reglamento nº 1663/95. En consecuencia, el Tribunal, en el apartado 71 de la sentencia Portugal/Comisión, citada en el apartado 47 supra,  concluyó que se había infringido el artículo 7, apartado 4, del Reglamento nº 1258/1999 y el artículo 8, apartado 1, del Reglamento nº 1663/95.
            91. De igual modo, es preciso indicar que el Tribunal de Justicia, en la sentencia de 3 de mayo de 2012, España/Comisión, citada en el apartado 58 supra,  anuló la sentencia del Tribunal General de 12 de noviembre de 2010, España/Comisión (T-113/08, no publicada en la Recopilación), porque éste había estimado que un escrito de la Comisión era una comunicación formal en el sentido del Reglamento nº 1663/95, pese a que en ésta no se había mencionado de manera suficiente lo que se reprochaba al Estado miembro. El Tribunal de Justicia declaró así que el Tribunal General había infringido el artículo 8, apartado 1, del Reglamento nº 1663/95, así como el artículo 5, apartado 2, letra c), párrafo quinto, del Reglamento nº 729/70 y el artículo 7, apartado 4, párrafo quinto, del Reglamento nº 1258/1999, en la medida en que sólo la comunicación que identifica con la suficiente precisión todas las irregularidades reprochadas al Estado miembro afectado puede calificarse de comunicación en el sentido del artículo 8, apartado 1, del Reglamento nº 1663/95, la cual constituye el elemento de referencia para el cómputo del plazo de veinticuatro meses previsto en el artículo 5, apartado 2, letra c), párrafo quinto, del Reglamento nº 729/70 y en el artículo 7, apartado 4, párrafo quinto, del Reglamento nº 1258/1999 (sentencia de 3 de mayo de 2012, España/Comisión, citada en el apartado 58 supra, apartado 34).
            92. En el presente caso, si bien la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006 identifica con suficiente precisión las irregularidades reprochadas a la República Portuguesa sobre la base de los datos de control de 2004, en cambio, debe señalarse que esa misma comunicación no incluye ninguna observación acerca de los años 2005 y 2006, aun cuando, en primer lugar, la naturaleza de las irregularidades detectadas en esos años no es diferente de la de las irregularidades detectadas en 2004, en segundo lugar, la República Portuguesa no discute los datos relativos a los años 2005 y 2006, que por lo demás remitió ella misma a la Comisión, y, en tercer lugar, estos datos evidencian un agravamiento de la situación en relación con la del año 2004 constatada por la Comisión.
            93. Por ello, la primera comunicación de 5 de diciembre de 2006 no puede invocarse para fundamentar correcciones financieras en relación con los años anteriores 2005 y 2006 y respecto de las cuales dicha comunicación no podía, en particular, permitir al Estado miembro afectado subsanar, en el sentido de la jurisprudencia antes mencionada, las irregularidades detectadas en la inspección que tuvo lugar del 11 al 15 de abril de 2005 y que se refería a los años 2003 y 2004.
            94. De lo anterior resulta que debe estimarse el primer motivo, de modo que procede anular la Decisión impugnada en la medida en que la Comisión procedió a una corrección financiera correspondiente a las campañas 2005 y 2006, es decir, a los ejercicios financieros 2006 y 2007, por unos importes de 239.045,63 y de 266.137,96 euros respectivamente.
            95. Por ello, es necesario precisar que, debido a la anulación de la Decisión impugnada en lo que atañe a las campañas 2005 y 2006, los motivos segundo, tercero y cuarto sólo se examinaran respecto a la campaña 2004.
            Sobre el segundo motivo, basado en la interpretación errónea del considerando 28 del Reglamento nº 43/2003 y en la infracción del artículo 7, apartado 4, del Reglamento nº 1258/1999 
            96. Según la República Portuguesa, durante las campañas de que se trata, las autoridades nacionales aumentaron el porcentaje de control a un nivel sensiblemente superior a los niveles mínimos reglamentarios, pese a que el artículo 58 del Reglamento nº 43/2003 no exige expresamente un incremento de los controles. Así, los controles se realizaron sobre muestras que alcanzaban el triple del mínimo de los controles reglamentarios. En primer lugar, los controles afectaron a muestras que representaban un porcentaje del 10 al 30 % de las solicitudes de ayuda, en segundo lugar, para un 40 % de las superficies, el porcentaje de errores dio lugar a una denegación total o parcial de financiación, en tercer lugar, los controles representaban, en términos de superficie, porcentajes que oscilaban entre el 25 y más del 50 % y, en cuarto lugar, los controles en cuestión se realizaron antes del pago, de modo que se redujo la ayuda y se aplicaron las sanciones. Las autoridades portuguesas privilegiaron la superficie subvencionable, el aumento de los controles se concentró sobre la superficie que puede optar a la ayuda, que se sometió a un porcentaje situado entre el 25 y el 50 % pasando por un 40 %. La República Portuguesa recuerda que, según la jurisprudencia, el hecho de que un procedimiento pueda mejorarse no justifica, en sí mismo, una corrección financiera. Por tanto, correspondía a la Comisión demostrar de qué modo la amplitud de las irregularidades justificaba un aumento de los controles diferente o superior al decidido por las autoridades nacionales, lo que la Comisión no ha hecho durante el procedimiento de liquidación de cuentas.
            97. La República Portuguesa añade que el hecho de que la Comisión alegue en la fase del recurso que se basó en el artículo 58, apartado 1, del Reglamento nº 43/2003 para adoptar la Decisión impugnada, pese a que no invocó en ningún momento con anterioridad dicha disposición, vulnera su derecho de defensa.
            98. En cuanto a la recuperación de cantidades perdidas como consecuencia de irregularidades a la que se refiere la Comisión, por una parte, la República Portuguesa afirma que del expediente resulta que las autoridades portuguesas realizaron controles antes de pagar, de modo que no era necesario proceder a recuperaciones. Por otra parte, la República Portuguesa critica la posición de la Comisión según la cual, en adelante, si el porcentaje medio de irregularidades controlado era del 2 %, los Estados miembros debían recuperar el importe correspondiente al porcentaje medio de las irregularidades detectadas en la muestra, es decir, el mismo 2 %, de la totalidad de agricultores que podían percibir la ayuda. Pues bien, según la República Portuguesa, la regla que se deriva del artículo 8, apartado 1, del Reglamento nº 1258/1999 es la inversa y prevé únicamente la obligación de recuperar los importes perdidos por irregularidades.
            99. Es preciso recordar que, según reiterada jurisprudencia, el FEOGA financia únicamente las intervenciones efectuadas con arreglo a las disposiciones comunitarias en el marco de la organización común de mercados agrícolas. A este respecto, corresponde a la Comisión probar la existencia de una infracción de dichas disposiciones. Por consiguiente, la Comisión está obligada a justificar su decisión en la que declara la inexistencia o la insuficiencia de los controles aplicados por el Estado miembro interesado (véase la sentencia de 9 de enero de 2003, Grecia/Comisión, citada en el apartado 63 supra, apartado 15, y la jurisprudencia citada).
            100. Sin embargo, la Comisión no tiene la obligación de demostrar de forma exhaustiva la insuficiencia de los controles efectuados por las administraciones nacionales o la irregularidad de los datos transmitidos por éstas, sino de aportar un elemento de prueba de la duda fundada y razonable que alberga con respecto a los citados controles o datos (véase la sentencia de 9 de enero de 2003, Grecia/Comisión, citada en el apartado 63 supra, apartado 16, y la jurisprudencia citada).
            101. Esta atenuación de la carga de la prueba en favor de la Comisión se explica por el hecho de que el Estado miembro se encuentra en mejor situación para recoger y comprobar los datos necesarios para la liquidaci ón de cuentas del FEOGA y, en consecuencia, le incumbe probar detallada y completamente la realidad de sus controles o de sus cifras y, en su caso, la inexactitud de las afirmaciones de la Comisión (véase la sentencia de 9 de enero de 2003, Grecia/Comisión, citada en el apartado 63 supra, apartado 17, y la jurisprudencia citada).
            102. Por su parte, el Estado miembro interesado no puede invalidar las comprobaciones de la Comisión sin apoyar sus propias alegaciones en elementos que demuestren la existencia de un sistema fiable y operativo de control. Si el Estado miembro no puede demostrar que las afirmaciones de la Comisión son inexactas, éstas constituyen elementos que pueden hacer surgir dudas fundadas respecto del establecimiento de un sistema adecuado y eficaz de medidas de vigilancia y de control (véase la sentencia de 9 de enero de 2003, Grecia/Comisión, citada en el apartado 63 supra, apartado 18, y la jurisprudencia citada).
            103. Asimismo, procede recordar que el artículo 58, apartado 1, del Reglamento nº 43/2003 establece, en particular, por una parte, que los controles administrativos serán exhaustivos e incluirán comprobaciones cruzadas, siempre que resulte apropiado, con los datos del sistema integrado de gestión y control y, por otra parte, que sobre la base de un análisis de riesgos, las autoridades nacionales efectuarán controles sobre el terreno por muestreo de como mínimo el 10 % de las solicitudes de ayuda. El considerando 28 del citado Reglamento nº 43/2003 dispone que la detección de irregularidades importantes debe acarrear un incremento de los niveles de control sobre el terreno durante el año en curso y el siguiente hasta que se alcance un grado de seguridad aceptable acerca de la exactitud de las solicitudes de ayuda en cuestión.
            104. En primer lugar, en lo que atañe a la supuesta vulneración del derecho de defensa derivado de que la Comisión precisara por primera vez ante el Tribunal que se basó en el artículo 58 del Reglamento nº 43/2003, basta señalar, inicialmente, que este Reglamento se menciona en los vistos del informe de síntesis de 19 de julio de 2010, a continuación, que el artículo 58 del citado Reglamento se menciona expresamente en el referido informe por lo que respecta al análisis de los riesgos y, por último, que los considerandos 26 a 28 del Reglamento nº 43/2003 no constituyen por sí solos el fundamento del análisis de la Comisión.
            105. En efecto, en el apartado 1.1.1 del informe de síntesis se indica, tras la conclusión de que los datos presentados por las autoridades portuguesas revelan que el porcentaje de control mínimo aplicado (10 %) no es suficiente para proteger al FEOGA contra el riesgo de pagos indebidos, que, «en estas circunstancias, es especialmente pertinente [recordar los] considerandos del Reglamento». En este contexto la Comisión recordó a continuación los considerandos 26 a 28 del Reglamento nº 43/2003.
            106. Con esta formulación, no puede sostenerse válidamente que la Comisión pretendía únicamente invocar los referidos considerandos excluyendo las propias disposiciones del citado Reglamento.
            107. De ello se deduce que no puede estimarse contra la Comisión ningún motivo basado en la supuesta vulneración del derecho de defensa.
            108. En segundo lugar, como señala acertadamente la Comisión, el artículo 58, apartado 1, del Reglamento nº 43/2003, interpretado a la luz del considerando 28 del citado Reglamento, obliga a las autoridades nacionales a proceder a controles sobre el terreno de una muestra correspondiente a al menos el 10 % de las solicitudes de ayuda. No obstante, cuando el análisis de los riesgos que las autoridades nacionales deben efectuar muestra un porcentaje de control insuficiente para prevenir irregularidades, éstas deben proceder a ampliar dichos controles en la medida en que exista un riesgo elevado de pérdidas en perjuicio del FEOGA.
            109. Dicha interpretación se ve confirmada, por lo demás, por el artículo 8 del Reglamento nº 1258/1999, del que el Tribunal de Justicia ya ha declarado que impone a los Estados miembros la obligación de adoptar las medidas necesarias para asegurarse de la realidad y de la regularidad de las operaciones financiadas por el FEOGA, y de prevenir y perseguir las irregularidades y recuperar las cantidades perdidas como consecuencia de irregularidades o de negligencias, aun cuando el acto comunitario específico no prevea expresamente la adopción de una determinada medida de control (sentencia del Tribunal de Justicia de 6 de diciembre de 2001, Grecia/Comisión, C-373/99, Rec. p. I-9619, apartado 9; sentencia del Tribunal General de 30 de septiembre de 2009, Países Bajos/Comisión, T-55/07, no publicada en la Recopilación, apartado 62). El Tribunal de Justicia precisó que se desprende de esta disposición, a la luz de la obligación de colaborar lealmente con la Comisión, que establece el artículo 4 TUE, en lo relativo, más especialmente, a la correcta utilización de los recursos de la Unión, que los Estados miembros tienen la obligación de organizar un conjunto de controles administrativos y de controles sobre el terreno que permitan garantizar que se han observado directamente los requisitos materiales y formales para la concesión de tales primas (véase la sentencia de 9 de enero de 2003, Grecia/Comisión, citada en el apartado 63 supra, apartado 11, y la jurisprudencia citada).
            110. Por otro lado, como señaló fundadamente la Comisión, cuando el porcentaje de errores muestra una tendencia al alza, la autoridad de control debe reaccionar necesariamente reforzando el nivel de control. Así, si, para una muestra del 10 %, el porcentaje de errores puede ir hasta el 2 %, cuando, como en el caso de autos, se comprueba, en la campaña 2004, un porcentaje de errores del 36 % para las superficies controladas, el porcentaje de control, por tanto, la muestra de control, debería haberse aumentado en consecuencia, ya que existía un mayor riesgo de pérdidas financieras para el FEOGA, lo que manifiestamente no ha sucedido en el presente caso, a pesar de que, para determinados cultivos, el porcentaje de control de las solicitudes de ayuda fuera notablemente superior al 10 % de las solicitudes de ayuda.
            111. Es preciso señalar que, frente a tal riesgo de pérdidas elevadas para el FEOGA, claramente identificado por los resultados de los controles realizados por las autoridades portuguesas, éstas tenían la obligación de reaccionar, de modo que su inacción equivale a un falta de adopción de las medidas de control implícitamente necesarias para garantizar que se cumplan correctamente los requisitos materiales y formales de concesión de las primas en cuestión.
            112. A este respecto, procede recordar que, según la jurisprudencia, si no se organizan controles o si los establecidos son deficientes hasta el punto de que subsistan dudas acerca del cumplimiento de los requisitos fijados para la concesión de las primas en cuestión, la Comisión puede fundadamente no reconocer determinados gastos realizados por el Estado miembro (véase la sentencia del Tribunal de 4 septiembre 2009, Austria/Comisión, T-368/05, no publicada en la Recopilación, apartado 84, y la jurisprudencia citada).
            113. Por ello, las autoridades portuguesas incurren en un error al considerar que, por haber procedido a controles a un nivel sensiblemente superior a los niveles mínimos reglamentarios, han respetado la normativa en vigor y no han incumplido así las obligaciones que les incumben con arreglo al Reglamento nº 43/2003, ya que no han adoptado las medidas de control implícitamente necesarias para garantizar que se hayan observado correctamente los requisitos materiales y formales de concesión de las primas en cuestión.
            114. Asimismo, contrariamente a lo que afirma la República Portuguesa, procede señalar que, cuando se detectan irregularidades, por ejemplo, en el 40 % de las superficies en una muestra correspondiente al 10 % de las solicitudes de ayuda, ese mismo porcentaje de irregularidades debe, salvo circunstancias inherentes a dicha muestra controlada, que corresponde al Estado miembro interesado alegar, aparecer necesariamente en el conjunto del universo estadístico.
            115. Por ello, no puede sostenerse válidamente, como resulta de los escritos de la República Portuguesa, que la denegación de financiación referida únicamente a la parte de la muestra controlada sea suficiente, en el sentido de la jurisprudencia mencionada en los apartados 109 y 112 anteriores, para garantizar que el FEOGA no financie operaciones irregulares.
            116. Salvo que las autoridades nacionales aleguen un elemento que ponga de manifiesto la particularidad de la muestra cuyo resultado no pueda aparecer a escala del conjunto del universo estadístico, lo que ni siquiera ha invocado la República Portuguesa, debe señalarse que no existe ninguna razón que suscite dudas sobre la existencia de una diferencia entre la muestra controlada y el conjunto del universo estadístico.
            117. Por último, en lo que atañe a la alegación de la República Portuguesa de que las autoridades nacionales efectuaron controles antes de pagar, de modo que no era necesario realizar recuperaciones, debe señalarse que el hecho de proceder a dicha deducción de pago únicamente por lo que respecta a la muestra cuyo control ha resultado negativo no puede considerarse conforme a la normativa, toda vez que, como se indicó en el apartado 115 anterior, la denegación de financiación referida únicamente a la parte de la muestra cuyo control resultó negativo es insuficiente en el sentido de la jurisprudencia mencionada en los apartados 109 y 112 anteriores.
            118. De todo lo anterior resulta que debe desestimarse el segundo motivo.
            Sobre el tercer motivo, basado en la infracción del artículo 7, apartado 4, del Reglamento nº 1258/1999 
            119. Según la República Portuguesa, al proceder a la extrapolación del porcentaje de las irregularidades detectadas por las autoridades portuguesas sobre las superficies controladas en Madeira a todas las solicitudes allí presentadas, la Comisión infringió el artículo 7, apartado 4, del Reglamento nº 1258/1999. Así, la Comisión no tuvo en cuenta sus propias directrices que figuran en el documento nº VI/5330/97. La República Portuguesa recuerda que la Comisión sólo puede aplicar correcciones financieras por extrapolación cuando ella misma ha procedido a una evaluación sobre la base de los errores que figuran en los expedientes individuales. Ahora bien, la Comisión no procedió, por lo que respecta a los años 2004, 2005 y 2006, al análisis de ningún expediente individual, ya que se basó, para proceder a la corrección a tanto alzado por extrapolación, no en el análisis de los resultados de los expedientes individuales a los que llegó durante la inspección, sino en el porcentaje de irregularidades detectadas por las autoridades portuguesas en la muestra sometida a control, porcentaje que la Comisión aplicó posteriormente a todas las solicitudes presentadas en Madeira. Tal práctica consistente en aplicar una corrección por extrapolación sin comprobar ningún expediente individual no tiene ningún fundamento jurídico en el documento nº VI/5330/97. Las disposiciones del apéndice 4 del documento nº VI/5330/97 no pueden servir de base a una decisión de corrección financiera, ya que el organismo pagador denegó, parcial o íntegramente, realizar pagos cuando se habían detectado irregularidades.
            120. A este respecto, procede señalar que el documento nº VI/5330/97 establece, en su apéndice 2, que «deben aplicarse correcciones financieras cuando la Comisión descubra que los gastos no se han efectuado de conformidad con la normativa comunitaria». Este documento dispone también que, «a menos que los organismos de control nacionales ya hubieran detectado el pago irregular y hubieran adoptado las medidas paliativas y de recuperación pertinentes, la Comisión debe denegar su financiación con cargo al presupuesto comunitario». En los casos en que puedan determinarse los gastos irregulares, y, por tanto, el importe de las pérdidas financieras sufridas por la Comunidad, en el documento nº VI/5330/97 se prevé que se proceda, en particular, a la denegación de la validez de un importe calculado mediante la extrapolación de los resultados de controles efectuados sobre una muestra representativa de expedientes a todos los expedientes de los que se haya extraído la muestra, limitada a la zona administrativa en la que se pueda suponer razonablemente que pueda presentarse la misma deficiencia.
            121. Asimismo se indica que, cuando resulte imposible determinar el nivel real de pagos irregulares, se aplicarán correcciones financieras a tanto alzado (véase, en este sentido, la sentencia Austria/Comisión, apartado 112 supra, apartado 183, y la jurisprudencia citada).
            122. El documento nº VI/5330/97 precisa que puede concebirse la aplicación de correcciones a tanto alzado cuando la información obtenida en el control no permita al inspector evaluar las pérdidas mediante una extrapolación de las pérdidas determinadas, el recurso a medios estadísticos o la referencia a otros datos comprobables. El citado documento añade que, no procede aplicar correcciones a tanto alzado cuando sean los propios servicios de control del Estado miembro los que detecten las deficiencias, con arreglo a lo dispuesto en el apéndice 4. Cuando el Estado miembro no proceda a la recuperación de toda cantidad pagada indebida o irregularmente, el servicio de liquidación de cuentas no puede abstenerse de prever medidas de corrección financiera.
            123. Es necesario indicar que la Comisión se basó, para la campaña 2004, única en cuestión en el presente motivo, en sus propias comprobaciones y consideró que el porcentaje de irregularidades detectado en la muestra debía extenderse al conjunto del universo estadístico.
            124. Procede señalar que la Comisión consideró acertadamente que, dado que la información resultante de la investigación había permitido al auditor evaluar las pérdidas a través de medios estadísticos o por referencia a datos verificables, las correcciones a tanto alzado no eran apropiadas en el sentido del documento nº VI/5330/97.
            125. No obstante, la República Portuguesa alega, en esta perspectiva, que la Comisión no podía basarse en los resultados de los controles de las autoridades nacionales para proceder a las regularizaciones en la medida en que dichas autoridades habían extraído las consecuencias de las irregularidades que ellas mismas habían detectado.
            126. Por ello, la República Portuguesa precisa que se negó, parcial o íntegramente, a efectuar pagos en todos los casos de irregularidades que había detectado el organismo pagador. Considera que no podía decidirse ninguna corrección financiera en el caso de autos, dado que el organismo pagador había extraído todas las consecuencias de las irregularidades detectadas sancionando íntegra o parcialmente todas las solicitudes irregulares detectadas.
            127. No cabe acoger la alegación de la República Portuguesa.
            128. En efecto, en el supuesto de una irregularidad comprobada, no puede considerarse que denegar el pago únicamente de las solicitudes para las que se ha detectado la irregularidad haya subsanado la deficiencia detectada y garantice así que el FEOGA financie únicamente las solicitudes conformes a la normativa de la Unión (véase, en este sentido, la sentencia del Tribunal de Justicia de 9 de agosto de 1994, Alemania/Comisión, C-413/92, Rec. p. I-3781, apartados 11 a 13).
            129. Por tanto, las autoridades portuguesas habrían debido tomar en consideración el porcentaje de errores detectado en lo que concierne a la muestra de control y aplicarlo al conjunto del universo estadístico determinado, permitiendo así evaluar la pérdida sufrida por el FEOGA.
            130. De ello se deduce que, denegando el pago únicamente de las solicitudes cuya irregularidad ya se había detectado, las autoridades portuguesas no han extraído todas las consecuencias de las irregularidades que habían detectado.
            131. Por otro lado, es preciso recordar que, según la jurisprudencia, si bien incumbe a la Comisión probar la existencia de una infracción de las normas de la organización común de los mercados agrícolas, es el Estado miembro el que debe demostrar, en su caso, que la Comisión incurrió en error en cuanto a las consecuencias financieras que deben deducirse de dicha infracción (sentencia del Tribunal de Justicia de 21 de marzo de 2002, España/Comisión, C-130/99, Rec. p. I-3005, apartado 90, y sentencia Austria/Comisión, citada en el apartado 112 supra, apartado 181).
            132. En efecto, según la jurisprudencia, la gestión de la financiación del FEOGA se basa principalmente en las administraciones nacionales encargadas de velar por el estricto cumplimiento de las normas comunitarias y se fundamenta en la confianza entre las autoridades nacionales y las autoridades comunitarias. Tan sólo el Estado miembro está en condiciones de conocer y determinar con precisión los datos necesarios para la elaboración de las cuentas del FEOGA, ya que la Comisión no goza de la inmediatez necesaria para obtener de los agentes económicos la información que necesita (véase la sentencia Austria/Comisión, citada en el apartado 112 supra, apartado 182, y la jurisprudencia citada).
            133. Por tanto, incumbe al Estado miembro probar detallada y completamente la realidad de sus controles o de sus cifras para demostrar que las dudas de la Comisión no tenían fundamento (sentencia Austria/Comisión, citada en el apartado 112 supra, apartado 201).
            134. Pues bien, la República Portuguesa no ha presentado ningún dato que demuestre que la Comisión incurrió en un error acerca de las consecuencias financieras de las irregularidades detectadas.
            135. De cuanto antecede se desprende que debe desestimarse el tercer motivo.
            Sobre el cuarto motivo, basado en la vulneración de los principios de igualdad de trato y de proporcionalidad 
            136. La República Portuguesa considera que, al excluir la aplicación del documento nº VI/5330/97, que pretende establecer, de manera uniforme, las directrices aplicables a las correcciones financieras, la Comisión vulneró los principios de igualdad de trato y de proporcionalidad.
            137. En lo que atañe, en primer lugar, a la vulneración del principio de igualdad de trato, la República Portuguesa precisa que, si la Comisión hubiera respetado las directrices que ella misma se había comprometido a seguir, habría optado por correcciones a tanto alzado. En el presente caso, la República Portuguesa estima que la falta de incremento de los porcentajes de control para el año en curso y para los años siguientes en presencia de un número elevado de irregularidades podía asimilarse a un control fundamental no realizado con la suficiente profundidad, de modo que debería haberse aplicado una corrección a tanto alzado del 5 %, como había hecho la Comisión en la investigación AA/2006/10. Por ello, la República Portuguesa considera que, al tratar la investigación que culminó con la Decisión impugnada de manera diferente en relación con la investigación AA/2006/10, la Comisión vulneró el principio de igualdad de trato, ya que se trataron de manera diferente dos situaciones idénticas.
            138. A este respecto, en primer lugar, procede señalar que en principio cada caso debe ser apreciado separadamente con objeto de determinar si, al realizar operaciones financiadas por el FEOGA, el Estado miembro de que se trate ha respetado o no las exigencias que se derivan del Derecho comunitario y, en caso de incumplimiento, cuál ha sido el alcance de éste (sentencias del Tribunal de Justicia de 18 de mayo de 2000, Bélgica/Comisión, C-242/97, Rec. p. I-3421, apartado 129, y de 24 de abril de 2008, Bélgica/Comisión, C-418/06 P, Rec. p. I-3047, apartado 91).
            139. Esto no significa que un Estado miembro no esté facultado para invocar la vulneración del principio de igualdad de trato. No obstante, sólo puede hacerlo en la medida en que los casos invocados sean cuando menos comparables, habida cuenta del conjunto de elementos que los caracterizan, entre los que figuran especialmente el período en que se han efectuado los gastos, los sectores afectados y la naturaleza de las irregularidades reprochadas (sentencias de 18 de mayo de 2000, Bélgica/Comisión, citada en el apartado 138 supra, apartado 130, y de 24 de abril de 2008, Bélgica/Comisión, citada en el apartado 138 supra, apartado 92).
            140. En segundo lugar, debe recordarse que, según reiterada jurisprudencia, puede existir una discriminación prohibida cuando situaciones comparables son tratadas de manera distinta, a menos que ese trato esté objetivamente justificado (véase la sentencia de 24 de abril de 2008, Bélgica/Comisión, citada en el apartado 138 supra, apartado 93, y la jurisprudencia citada; sentencia del Tribunal de 12 de julio de 2011, Eslovenia/Comisión, T-197/09, apartado 89)
            141. Debe señalarse que las deficiencias detectadas en la investigación AA/2006/10 no son comparables a las del presente asunto. Así, de la investigación AA/2006/10 resulta que la Comisión cuestionó en ésta el control sobre el terreno. Consideró que el hecho de que las mediciones en pantalla hubieran prevalecido sobre las mediciones realizadas sobre el terreno había llevado a decisiones incorrectas, en particular por lo que respecta a la deducción de elementos no admisibles, lo que había perjudicado a la calidad de los controles sobre el terreno y lo que se saldó con un incumplimiento de lo dispuesto en la normativa aplicable.
            142. En cambio, en el presente asunto, la Comisión cuestiona, en el informe de síntesis, principalmente, el hecho de que las autoridades portuguesas se basaran en el SIG, la falta de un incremento de los porcentajes de control en presencia de un número elevado de irregularidades así como la circunstancia de que el porcentaje de irregularidades no disminuyese entre 2004 y 2007.
            143. De ello se deduce que, al no ser comparables las dos situaciones, no puede reprocharse a la Comisión que vulnerase el principio de igualdad de trato.
            144. Por lo que se refiere, en segundo lugar, a la vulneración del principio de proporcionalidad, la República Portuguesa sostiene que, dado que la superficie media de una explotación en Madeira es muy pequeña, un error de medición de una parcela, insignificante en términos de superficie, conlleva un porcentaje de errores especialmente elevado. Por ello, si se hubieran seguido las directrices del documento nº VI/5330/97, la corrección habría sido del 5 %, mientras que, en el caso de autos, las correcciones oscilan entre el 44,32 y el 90,48 %. La Comisión optó por la extrapolación, la solución más desfavorable para la República Portuguesa, sin dar la menor justificación de la adecuación de esta elección a los objetivos que pretende alcanzar. La extrapolación del porcentaje de irregularidades de la muestra seleccionada sobre la base de un análisis de riesgos vulnera el principio de proporcionalidad, porque dicho porcentaje es necesariamente superior al porcentaje de irregularidades del conjunto de solicitudes. La República Portuguesa añade que de las comprobaciones realizadas por las autoridades nacionales no se desprende que éstas no hayan seleccionado la muestra sobre la base de un análisis de los riesgos.
            145. Debe recordarse que el principio de proporcionalidad, consagrado en el artículo 5 TUE, exige que los actos de las instituciones de la Unión no rebasen los límites de lo que resulte apropiado y necesario para conseguir el objetivo perseguido (sentencia del Tribunal de Justicia de 17 de mayo de 1984, Denkavit Nederland, 15/83, Rec. p. 2171, apartado 25; sentencias del Tribunal General de 30 de abril de 2009, España/Comisión, T-281/06, no publicada en la Recopilación, apartado 64, y Países Bajos/Comisión, citada en el apartado 109 supra, apartado 117).
            146. Pues bien, se ha acreditado anteriormente que se respetaron las directrices del documento nº VI/5330/97, ya que éstas preconizan que, cuando la información inherente al procedimiento permita al auditor evaluar la pérdida por extrapolación, la corrección debe realizarse siguiendo este método. Dado que así sucedía con los datos de la Administración portuguesa resultantes del procedimiento, la Comisión pudo, sin infringir las citadas directrices, efectuar las correcciones financieras por extrapolación.
            147. Además, cuando la Comisión, en lugar de rechazar la totalidad de los gastos afectados por la infracción, se haya esforzado en establecer normas que tienen por objeto establecer un trato diferenciado de los casos de irregularidades según el nivel de omisión de los controles y el grado de riesgo asumido por el FEOGA, incumbe al Estado miembro demostrar que dichos criterios son arbitrarios y no equitativos (sentencias del Tribunal de Justicia de 1 de octubre de 1998, Italia/Comisión, C-242/96, Rec. p. I-5863, apartado 75, y de 22 de abril de 1999, Países Bajos/Comisión, C-28/94, Rec. p. I-1973, apartado 56).
            148. A este respecto, por una parte, del cuadro de datos aportados en la comunicación oficial de 27 de octubre de 2009 resulta que la Comisión diferenció el importe de las sanciones en función de los años, de los tipos de cultivo y del porcentaje de errores en los controles sobre el terreno. Asimismo, tuvo en cuenta el hecho de que ninguna indicación le permitía presumir las mismas deficiencias respecto a las Azores y, por ello, aplicó la corrección financiera exclusivamente a los gastos declarados por la Región de Madeira. Por tanto, no cabe reprocharle haber aplicado, con arreglo a las directrices recogidas en el documento VI/5330/97, una corrección desproporcionada. 
            149. Por otra parte, según reiterada jurisprudencia, el FEOGA financia únicamente las intervenciones llevadas a cabo según las disposiciones comunitarias en el marco de la organización común de los mercados agrícolas (sentencias del Tribunal de Justicia de 6 de marzo de 2001, Países Bajos/Comisión, C-278/98, Rec. p. I-1501, apartado 38, y del Tribunal General de 14 de febrero de 2008, España/Comisión, T-266/04, no publicada en la Recopilación, apartado 97). En el supuesto de que la normativa comunitaria supedite el pago de una ayuda al requisito de que se hayan observado determinadas formalidades de prueba o de control, ninguna ayuda abonada con incumplimiento de dicho requisito podrá ser financiada por el FEOGA (sentencia del Tribunal de Justicia de 8 de enero de 1992, Italia/Comisión, C-197/90, Rec. p. I-1, apartado 38, y sentencia de 14 de febrero de 2008, España/Comisión, citada en el apartado 149 supra, apartado 116).
            150. En consecuencia, en el presente caso, procede desestimar la alegación de la República Portuguesa según la cual, dado que la superficie media de una explotación en Madeira es muy pequeña, un error de medición, insignificante en términos de superficie, conlleva un porcentaje de errores especialmente elevado, de modo que las correcciones por extrapolación también serán elevadas. En efecto, dado que dicha circunstancia no excluía el riesgo de perjuicio para el FEOGA, de ello se deduce que la Comisión estaba legitimada para excluir de la financiación comunitaria los gastos correspondientes a las medidas POSEI en Madeira.
            151. Por otro lado, debe desestimarse también la alegación de la República Portuguesa según la cual la extrapolación del porcentaje de irregularidades de la muestra seleccionada sobre la base de un análisis de los riesgos vulnera el principio de proporcionalidad. En efecto, en el caso de autos, la República Portuguesa no ha aportado ningún elemento que mencione el método de determinación de la muestra ni los factores que se tuvieron en cuenta para el análisis de los riesgos.
            152. De todo ello se desprende que no se ha vulnerado el principio de proporcionalidad, de modo que debe desestimarse el cuarto motivo.
            153. De todo lo anterior resulta que debe anularse la Decisión impugnada en la medida en que la Comisión aplicó a la República Portuguesa una corrección financiera relativa a la medida POSEI para los ejercicios financieros 2006 y 2007 y que debe desestimarse el recurso en todo lo demás.
            Costas 
            154. A tenor del artículo 87, apartado 3, de su Reglamento de Procedimiento, cuando se estimen parcialmente las pretensiones de una y otra parte, el Tribunal podrá repartir las costas, o decidir que cada parte abone sus propias costas. En el caso de autos procede decidir que cada parte cargue con sus propias costas.
            
            Parte dispositiva
            En virtud de todo lo expuesto,
            EL TRIBUNAL GENERAL (Sala Octava)
            decide:
            1) Anular la Decisión 2010/668/UE de la Comisión, de 4 de noviembre de 2010, por la que se excluyen de la financiación de la Unión Europea determinados gastos efectuados por los Estados miembros con cargo a la Sección de Garantía del Fondo Europeo de Orientación y de Garantía Agrícola (FEOGA), al Fondo Europeo Agrícola de Garantía (FEAGA) y al Fondo Europeo Agrícola de Desarrollo Rural (FEADER) (DO L 288, p. 24), en la medida en que aplica a la República Portuguesa una corrección financiera relativa a la medida POSEI para los ejercicios financieros 2006 y 2007. 
            2) Desestimar el recurso en todo lo demás. 
            3) Cada parte cargará con sus propias costas.