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MERS coronavirus: diagnóstico, epidemiología y transmisiónhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4687373/SHA: f6fcf1a99cbd073c5821d1c4ffa3f2c6daf8ae29Autores: Mackay, Ian M.; Arden, Katherine E.Fecha: 2015-12-22DOI: 10.1186/s12985-015-0439-5Licencia: cc-byAbstract: Los primeros casos conocidos de síndrome respiratorio de Oriente Medio (MERS), asociados con la infección por un nuevo coronavirus (CoV), se produjeron en 2012 en Jordania, pero se informó retrospectivamente.El primer caso que se informó públicamente fue de Jeddah, en el Reino de Arabia Saudita (KSA). Desde entonces, las secuencias de MERS-CoV se han encontrado en un murciélago y en muchos camellos dromedarios (DC). MERS-CoV es enzoótico en toda la Península Arábiga y en partes de África, causando enfermedades leves del tracto respiratorio superior en su reservorio de camellos y infecciones humanas esporádicas, pero relativamente raras. Precisamente cómo el virus transmite a los seres humanos sigue siendo desconocido, pero la exposición estrecha y prolongada parece ser un requisito. El KSA es el punto focal de MERS, con la mayoría de los casos humanos. En los seres humanos, MERS se conoce principalmente como una enfermedad del tracto respiratorio inferior (RTL) que incluye fiebre, tos, dificultades respiratorias y neumonía que puede progresar a síndrome de dificultad respiratoria aguda, fallo multiorgánico y muerte en un 20% a 40% de los infectados. Sin embargo, MERS-CoV también se ha detectado en enfermedades leves y similares a En comparación con el síndrome respiratorio agudo grave (SARS), otra enfermedad zoonótica del coronavirus a veces fatal que ha desaparecido desde entonces, el MERS progresa más rápidamente hacia la insuficiencia respiratoria y la lesión renal aguda (también tiene afinidad por el crecimiento de las células renales en condiciones de laboratorio), es más frecuente en los pacientes con enfermedad subyacente y es más a menudo fatal. La mayoría de los casos humanos de MERS se han relacionado con fallos en la prevención y el control de infecciones (IPC) en los entornos de salud, con aproximadamente el 20% de todas las detecciones de virus notificadas entre los trabajadores de la salud (HCWs) y exposiciones más altas en aquellos con ocupaciones que los ponen en estrecho contacto con camellos. Los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) han estado disponibles casi desde el comienzo de la aparición de MERS. Mientras que la virología básica de MERS-CoV ha avanzado en los últimos tres años, la comprensión de la interacción entre camello, medio ambiente y restos humanos limitados. MATERIAL SUPLEMENTO ELECTRÓNICO: La versión en línea de este artículo (doi:10.1186/s12985-015-0439-5) contiene material suplementario, que está disponible para los usuarios autorizados. Texto: Un correo electrónico del Dr. Ali Mohamed Zaki, un virólogo egipcio que trabaja en el Hospital Dr. Soliman Fakeeh en Jeddah en el Reino de Arabia Saudita (KSA) anunció la primera cultura de un nuevo coronavirus al mundo. El correo electrónico fue publicado en el sitio web de la red de enfermedades emergentes profesionales (ProMED) el 20 de septiembre de 2012 [1] (Fig. 1) y describió el primer caso reportado, un hombre de 60 años de edad de Bisha en la KSA. Esta información llevó al rápido descubrimiento de un segundo caso del virus, esta vez en un paciente enfermo en el Reino Unido, que había sido transferido de Qatar para su atención [2]. El nuevo virus fue inicialmente llamado coronavirus nuevo (nCoV) y subsecuentemente titulado el síndrome de respiración del Oriente Medio coronavirus (MERS-CoV). A partir del 2 de septiembre de 2015, ha habido 1.493 detecciones de ARN viral o anticuerpos específicos del virus en 26 países (Fichero adicional 1: Figura S1) confirmado por la Organización Mundial de la Salud (OMS), con más de un tercio de las personas positivas muriendo (al menos 527, 35 %) [3]. Desde ese primer informe, un lento proceso de descubrimiento durante los siguientes dos o tres años reveló un virus que había infectado más del 90 % de los camellos dromedarios adultos (DC; Camelus dromedario) en la KSA [4], también en los países en desarrollo de toda la Península Arábiga y partes de África que son una fuente de importaciones de DC para la KSA [5]. Hasta la fecha, el MERS-CoV no se ha detectado en los países en desarrollo sometidos a pruebas en zoológicos o rebaños de otras partes del mundo [6] [7] [9]. Ocasionalmente, el virus se transmite de los DC infectados a los seres humanos expuestos. La transmisión posterior a otros seres humanos requiere una exposición relativamente cercana y prolongada [10]. Se patentó el primer aislado viral y se planteó la preocupación de que ello limitaría el acceso tanto al virus como a los diagnósticos virales [11, 12]. Sin embargo, los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) se describieron rápidamente y el virus se puso a disposición de forma gratuita, sujeto a consideraciones rutinarias de bioseguridad [13]. La epidemiología y la investigación posteriores han identificado al receptor celular como exopeptidasa dipeptidil peptidasa 4 (DPP4; también llamada CD26); que el MERS-CoV tiene un amplio tropismo, replicando mejor en algunas líneas celulares y provocando una respuesta más proinflamatoria que el SARS-CoV; está muy extendido en los DC; tiene el potencial de infectar a otros animales y que el MERS mata a su huésped humano con más frecuencia que el SARS (20-40% frente al 9 % para el SARS [14] ) [15] [16] [17] [19]. El MERS-CoV se propaga esporádicamente entre las personas, causando enfermedades más graves entre los adultos mayores, especialmente los varones, con enfermedades preexistentes.La propagación del MERS-CoV entre los seres humanos se ha asociado a menudo con brotes en los hospitales, con alrededor del 20% de todos los casos hasta la fecha en los que han participado trabajadores de la salud (HCWs).Aunque los DC parecen sufrir el equivalente a un "frío común" de la infección por MERS-CoV, en los seres humanos el virus puede ser un patógeno más grave y oportunista asociado con la muerte de hasta el 40% de los casos notificados. Aún no se ha establecido si las infecciones que se cree que se han adquirido de una fuente animal producen un resultado más grave que los que se propagan entre los seres humanos [20]. Los estudios han establecido que el período medio de incubación para el MERS es de cinco a seis días, que van de dos a 16 días, con 13 a 14 días entre el inicio de la enfermedad en una persona y posteriormente se extiende a otra [21] [22] [23]. Entre aquellos con enfermedad progresiva, la mediana de tiempo hasta la muerte es de 11 a 13 días, que van de cinco a 27 días [23, 24]. La fiebre y los síntomas gastrointestinales pueden formar un pródromo, después de lo cual los síntomas disminuyen, sólo para ser seguidos por un síndrome sistémico y respiratorio más grave [25, 26]. La primera definición de caso de la OMS [27] definió los casos probables de MERS basados en la presencia de enfermedad febril, tos y el requisito de hospitalización con sospecha de compromiso del tracto respiratorio inferior (RTL), incluyendo también roles para el contacto con un caso probable A partir de julio de 2013, la definición revisada del caso de la OMS incluía la importancia de buscar y comprender el papel de los casos asintomáticos y, a partir de junio de 2014, la definición de la OMS indicaba más claramente que un caso confirmado incluía a cualquier persona cuya muestra fuera RT-PCR positiva para MERS-CoV, o que produjera una seroconversión, independientemente de los signos y síntomas clínicos. [28] [30] Aparte de los informes de la OMS y del Ministerio de Salud de la KSA, los casos asintomáticos o subclínicos de infección por MERS-CoV se documentaron en la literatura científica, aunque no siempre tan a menudo como ocurrió a principios de [31, 32]. La definición del caso de la KSA se hizo más estricta el 13 de mayo de 2014, basándose en la presencia de ambas características clínicas y confirmación de laboratorio [33]. Las pruebas de personas asintomáticas fueron recomendadas a partir de diciembre de 2014 [34], reforzadas por una definición de caso publicada por el Ministerio de Salud de la KSA en junio de 2015 [35]. La KSA ha sido la fuente del 79 % de los casos humanos. El MERS severo es notable por su impacto entre los hombres mayores con enfermedades comorbidas, incluyendo diabetes mellitus, cirrosis y diversas afecciones pulmonares, renales y cardíacas [36] [38]. Interesantemente en junio de 2015, un brote en Corea del Sur siguió una distribución similar [39, 40]. Entre los casos confirmados en laboratorio, los signos y síntomas de fiebre, tos y tracto respiratorio superior (URT) generalmente ocurren primero, seguidos en una semana por trastornos progresivos de TL y linfopenia [37]. Los pacientes a menudo se presentan a un hospital con neumonía o peor, y se han notificado infecciones Según se informa, el MERS ha matado aproximadamente el 35 % de todos los casos notificados, el 42 % de los casos en la KSA, pero sólo el 19 % de los casos en Corea del Sur, donde la mortalidad osciló entre el 7 % entre los grupos de edad más jóvenes y el 40 % entre los de 60 años o más [42] ; todos pueden ser valores inflados con infecciones asintomáticas o leves a veces no buscadas o no reportadas [34]. La atención de apoyo general es clave para tratar los casos graves [43]. Rara vez se informa que los niños menores de 14 años son positivos para la MERS-CoV, que comprende sólo el 1,1% (n = 16) del total de casos notificados. Entre el 1 de septiembre de 2012 y el 2 de diciembre de 2013, un estudio describió el recuento de casos pediátricos en la KSA, que se situaba en 11 (dos a 16 En Amman (Jordania), se probaron 1.005 muestras de niños hospitalizados menores de dos años con fiebre y/o signos y síntomas respiratorios, pero ninguna fue positiva para ARN MERS-CoV, a pesar de haber sido recolectadas en un momento similar al primer brote conocido de MERS-CoV en la ciudad vecina de Al-Zarqa [45]. Un segundo trimestre de mortinato ocurrió en una mujer embarazada durante una enfermedad respiratoria aguda y aunque no fue RT-rtPCR positivo, la madre desarrolló posteriormente anticuerpos contra MERS-CoV, sugestivos de infección reciente [46]. Su historia de exposición a un pariente positivo de MERS-CoV RT-rtPCR y un esposo anticuerpo reactivo, su período de incubación y su historia sintomática cumplieron los criterios de la OMS para ser un probable caso de MERS-CoV [46]. Los métodos de diagnóstico se publicaron dentro de los días del correo electrónico ProMED anunciando el primer caso MERS [47], incluyendo varios ensayos RT-rtPCR (Fig. 2 ) y cultivo de virus en células Vero y LLC-MK2 [18, 47, 48]. Un adenocarcinoma colorrectal (Caco-2 ) línea celular epitelial ha sido recomendado desde entonces para el aislamiento de infecciones MERS-CoV [49]. Anteriormente [18].. Los marcos de lectura abiertos se indican como rectángulos amarillos entre corchetes por regiones terminales no traducidas (UTR; rectángulos grises ). FS-frame-shift. Las regiones predictas que abarcan puntos de ruptura de recombinación se indican por píldoras naranjas. Creado utilizando Geneious v8.1 [211] y anotado usando Adobe Illustrator. Bajo este esquema se muestra la ubicación de los imprimadores RT-PCR (las flechas azules indican la dirección) y oligoprobes (rectángulos verdes) utilizados en los primeros ensayos de cribado RT-rtPCR y en los convencionales, seminés (tres imprimaciones) RT-PCR confirmatorios de secuenciación [47, 48]. El orden de publicación se observa por primera [27 de septiembre de 2012; rojo] y segundo [6 de diciembre de 2012; naranja] rectángulos de color; ambos de Corman y otros [47, 48] Los ensayos recomendados por la OMS se destacan debajo por puntos amarillos [53]. El imprimador reverso NSeq ha contenido consistentemente una secuencia incompatibilidad con algunas variantes de MERS-CoV. Una versión alterada de la de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio del Oriente Medio: Una Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con el permiso de Elsevier [5] revisó el amplio tropismo de MERS-CoV [5]. Sin embargo, como se describe bien, el cultivo celular es un método lento, especializado e insensible [50] mientras que las técnicas basadas en PCR son el método preferido para la detección de MERS-CoV. Los primeros marcos de lectura abiertos (ORF 1a y 1b; Fig. 2) se han convertido en un objetivo diagnóstico clave y taxonómico para la identificación de especies CoV. Con menos del 80 % de identidad entre la secuencia de aminoácidos de MERS ORF 1ab y parientes del betacoronavirus, Tylonycteris Bat HKU4 y Pipistrellus Bat HKU5, se puede concluir que es un virus novedoso y distinto. Las proteínas estructurales incluyen el pico (S), la envoltura (E), la membrana (M) y el nucleocápsido (N) [52]. Se prevé que los productos de ORF1a y ORF1b codificarán proteínas no estructurales. La mayoría de los ensayos de muestras realizados hasta la fecha han empleado ensayos RT-rtPCR validados que han demostrado ser sensibles y específicos [47, 48, 53]. El kit de RealStar® utiliza estos ensayos recomendados por la OMS [54]. Las secuencias objetivo de estos ensayos de cribado no han cambiado entre los genomas examinados hasta al menos mediados de 2015 (observación IMM). Otros ensayos RT-rtPCR han sido desarrollados y validados para su uso como herramientas de diagnóstico basadas en laboratorio [55] [56]. Además, los ensayos isotérmicos [58, 59] o recombinasa polimerasa [60] La detección del antígeno MERS-CoV no ha sido común hasta la fecha, pero la combinación de corto tiempo de retorno de la prueba al resultado, alto rendimiento e identificación de proteínas virales hace que esta opción sea atractiva. La detección de proteínas virales en lugar de ARN viral indica la probable presencia de virus infecciosos. La primera herramienta inmunocromatográfica rápida descrita podría detectar proteína nucleocápsida MERS-CoV recombinante de hisopos nasales DC con sensibilidad al 94 % y especificidad al 100 % en comparación con RT-rtPCR [61]. Un enfoque diferente utilizó una captura basada en anticuerpos monoclonales ELISA dirigida a la proteína nucleocápsida MERS-CoV con una sensibilidad de 10 3 CCID 50 y especificidad al 100 % [62]. La demostración de una seroconversión a una infección por MERS-CoV cumple con la definición actual de la OMS de un caso tan optimizado y ampliamente validado que los seroensayos empleados junto con buenas historias clínicas son útiles para identificar la infección por MERS-CoV y ayudar a apoyar estudios de transmisión. Debido a que las pruebas serológicas son, por su naturaleza, retrospectivas, es habitual detectar una huella viral, en forma de anticuerpos, en ausencia de signos o síntomas de enfermedad y a menudo en ausencia de ARN viral [63]. Las seroencuestas estratégicas y generalizadas de seres humanos que utilizan muestras recogidas después de 2012 son infrecuentes. Gran parte de la Península Arábiga y todo el Cuerno de África carecen de datos de referencia que describan la proporción de la comunidad que puede haber sido infectada por un MERS-CoV. Sin embargo, las seroencuestas han tenido un uso Debido a la identidad compartida entre DC y el MERS-CoV humano (ver epidemiología molecular: utilizando genomas para entender brotes), los ensayos serológicos para las seroencuestas de DC deben ser transferibles al cribado humano con una reconfiguración mínima. Además, no se ha encontrado ninguna variación diagnóstica relevante en la actividad de neutralización entre una gama de aislados y seras testados de MERS-CoV circulantes, por lo que los seroensayos de virus enteros o específicos basados en proteínas deben funcionar de manera equivalente en la detección de respuestas serológicas al serotipo único de MERS-CoV [49]. El desarrollo de ensayos serológicos robustos requiere paneles confiables de sueros animales o humanos bien caracterizados, incluidos los positivos para anticuerpos específicos del MERS-CoV, así como para fuentes probables de reacción cruzada [64]. La obtención de estos materiales fue problemática y enlenteció el desarrollo y comercialización de ensayos de detección de anticuerpos para ensayos humanos [64]. Se han liberado varios kits comerciales de ELISA, kits de ensayos inmunofluorescentes (IFA), proteínas recombinantes y anticuerpos monoclonales [31, [65] [66] [68]. Inicialmente, se utilizaron IFAs convencionales para seroencuestas humanas. Estos se basaron en el cultivo celular infectado por MERS-CoV como fuente de antígeno, detectando la presencia de anticuerpos humanos anti-MERS-CoV IgG, IgM o neutralizantes en muestras humanas [18, 48, 69]. No se encontró ningún signo de anticuerpos MERS-CoV entre 2.400 sueros de pacientes que visitaron el Hospital de Jeddah, desde 2010 hasta 2012, antes de la descripción de MERS-CoV [18]. Los métodos IFA tampoco detectaron ningún signo de infección previa por MERS-CoV entre una pequeña muestra de 130 donantes de sangre sanos de otro hospital de Jeddah (recogida entre enero y diciembre de 2012) [70]. De 226 trabajadores del matadero, sólo ocho (3,5%) fueron positivos por IFA, y los sueros no pudieron ser confirmados por la prueba de neutralización del virus (NT). El estudio indicó que HCoV-HKU1 era una fuente probable de antígenos de reacción cruzada en todo el virus IFA [70]. El virus completo MERS-CoV IFA también sufrió alguna reactividad cruzada con el SRAS convaleciente sera y esto no pudo resolverse mediante una prueba de NT que también fue reactiva [71]. La IFA utilizando proteínas recombinantes en lugar del virus entero IFA, ha demostrado ser una herramienta más específica [31]. Dado que se han postulado zoonosis asintomáticas [72], la ausencia de anticuerpos contra el MERS-CoV entre algunos humanos que tienen contacto regular y estrecho con camellos puede reflejar la rareza de animales infectados activamente en carnicerías, un riesgo de transmisión limitado asociado con DCs de sacrificio [70], un estado inmune cruzado de protección preexistente o algún otro factor(s) que resulta en un bajo riesgo de enfermedad y seroconversión concurrente que se desarrolla después de la exposición en este grupo. IFA usando proteínas recombinantes en su lugar. Algunos seroensayos han pasado por alto los riesgos de trabajar con virus infecciosos al crear células transfectadas que expresan porciones recombinantes de las proteínas nucleocápsidas y punzantes del MERS-CoV [48, 73], o utilizando un lentivirus recombinante que expresa la proteína de pico del MERS-CoV Un ensayo de pseudoneutralización de partículas (ppNT) ha sido ampliamente utilizado en estudios en animales y fue al menos tan sensible como la prueba tradicional de microneutralización (MNT). [10, 74, [76] [77] [78] ] Los estudios que utilizaron pequeños números de muestra y ppNT no encontraron evidencia de anticuerpos neutralizantes MERS-CoV en sueros de 158 niños con infecciones de LRT entre mayo de 2010 y mayo de 2011, 110 sera de 19 a 52 años de edad donantes de sangre masculina y 300 trabajadores autoidentificados de animales de la Región Jazan de la KSA durante 2012 [79, 80]. Del mismo modo, un estudio de cuatro pastores en contacto con una manada infectada de DC en Al-Ahsa, ocho personas que tenían contacto intermitente con la manada, 30 veterinarios y personal de apoyo que no estaban expuestos a la manada, tres trabajadores de mataderos no protegidos en Al-Ahsa y 146 controles que no estaban expuestos a DC en ningún rol profesional, no encontró ninguna evidencia serológica de infección por MERS-CoV en el pasado utilizando el ensayo ppNT [10]. Un retraso en la respuesta de anticuerpos neutralizantes a la infección por MERS-CoV se asoció con un aumento de la gravedad de la enfermedad en los casos de Corea del Sur con la mayoría de las respuestas detectables en la tercera semana de enfermedad, mientras que otros, aunque la enfermedad era grave, no respondieron durante cuatro o más semanas [81]. Las implicaciones para nuestra capacidad de detectar cualquier respuesta en casos leves o asintomáticos no fueron exploradas, pero Un brote jordano de TRT aguda en un hospital en 2012 se encontró retrospectivamente asociado a la infección por MERS-CoV, utilizando inicialmente RT-rtPCR, pero posteriormente, y en una escala mayor, a través de la positividad por ELISA y la prueba IFA o MNT. [46, 82, 83] Este brote fue anterior al primer caso de MERS en la KSA. La ELISA utilizó una proteína nucleocápsida recombinante del grupo 2 betacoronavirus bat-CoV HKU5 para identificar anticuerpos contra la proteína MERS-CoV reactiva equivalente [71]. Se validó utilizando 545 sera recolectada de personas con HCoV-OC43, HCoV-229E, SARS-CoV, HCoV-NL63, HRV, HMPV o influenza A(H1N1), pero fue supuestamente menos específica que la I También se consideró una herramienta aplicable para el cribado de grandes números de muestra [82]. Un microarray de proteína que expresa la subunidad de proteína S1 ha sido validado y ampliamente utilizado para las pruebas de DC [5, 84]. Detección de infección por MERS-CoV usando microarray de proteína ELISA o S1 [84] suele ser seguido por IFA confirmatoria y/ o una neutralización de reducción de placa (PRNT) [69, 70, 85] o MNT test. [74, 85, 86] Este proceso confirmatorio tiene como objetivo asegurar que los anticuerpos detectados sean capaces de neutralizar específicamente el virus previsto y no sean más ampliamente reactivos a otros coronavirus encontrados en DCs (coV bovina, BCoV) o humanos (HCoV-OC43, HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoV-HKU1, SARS En el estudio más grande de sueros humanos, un proceso de diagnóstico escalonado asignó tanto el SERA positivo recombinante como el SERA ELISA recombinante a la seropositividad 'etapa 1'. Un resultado seropositivo en estadio 2 requirió además un resultado PRNT adecuadamente titulado [87]. El estudio encontró que 15 SERA recolectados en 2012 a 2013 de 10.009 (0,2%) personas en 13 provincias KSA contenían anticuerpos MERS-CoV, pero proporciones significativamente mayores en se produjeron en pastores de camellos (dos de 87; 2,3 %) y trabajadores de mataderos (cinco de 140; 3,6 %) [87]. Se necesitan encuestas contemporáneas. MERS-CoV no parece ser fácilmente transmitido de DCs a los seres humanos, o tal vez es [72], pero generalmente no desencadena una respuesta inmune detectable si sólo se producen enfermedades leves o infecciones asintomáticas. Los ensayos serológicos necesitan una validación adicional en esta área, por lo que es necesario tener cuidado al trasladar algoritmos de serología diagnóstica de reciente desarrollo de un entorno de investigación a uno que informe las decisiones de salud pública, lo que se reforzó cuando un caso falso positivo en EE.UU., supuestamente infectado después de un apretón de manos y dos reuniones cara a cara, no resistió más análisis confirmatorios utilizando un ensayo NT más específico y posteriormente se retractó [88, 89]. La OMS recomienda tomar muestras de la TRL para las pruebas RT-rtPCR del MERS-CoV, especialmente cuando la recolección de muestras se retrasa una semana o más después del inicio de los síntomas. [53] Las muestras de TRL también son mejores para intentar aislar el virus infeccioso, aunque el éxito del cultivo se reduce cuando persiste la enfermedad [49]. Los tipos de muestras recomendados incluyen lavado broncoalveolar (BAL), aspirado traqueal/traqueobronquial, líquido pleural y esputo [53, 90]. Las muestras frescas arrojan mejores resultados diagnósticos que el material refrigerado [69] y si es probable que se produzcan retrasos en las pruebas de ≥72 h, las muestras (excepto sangre) deben congelarse a −70°C [90]. Si se dispone de ellas, también se pueden realizar biopsias pulmonares o tejidos de autopsia [53]. Sin embargo, la TRU es un lugar de muestreo menos invasivo y más conveniente, y se recomienda un hisopo orofaríngeo y de garganta o un aspirado/lavado nasofaríngeo cuando se va a realizar el muestreo de TRU [90]. Los sueros emparejados, recogidos de dos a tres semanas de diferencia son preferibles para las pruebas serológicas, mientras que se sugiere que una muestra única sea suficiente si se recogen dos semanas después de la aparición de la enfermedad o un único suero recogido durante los primeros 10-12 días si se realiza RT-rtPCR [53, 90]. Se ha encontrado que la orina y las heces humanas contienen ARN MERS-CoV 12 a 26 días después de la aparición de los síntomas [25, 69, 91] y se enumeran como muestras que deben considerarse [53, 90]. En dos casos que llegaron a los Países Bajos, la orina fue RT-rtPCR negativa pero las heces fueron débilmente positivas y los sueros fueron RT-rtPCR positivos durante cinco días o más [25]. El hallazgo de ARN viral MERS-CoV en el suero proporciona una vía para estudios retrospectivos basados en PCR La ARNemia también puede correlacionarse con la gravedad de la enfermedad; los signos de virus fueron eliminados del suero de un paciente recuperado, pero se mantuvo hasta la muerte de otro [92]. Los casos de sospecha clínica de MERS pueden devolver resultados negativos por RT-rtPCR. Los datos han demostrado que una o más muestras de URT negativas pueden ser contradichas mediante un muestreo adicional de URT o el uso de muestras de LRT, lo que se prefiere [2, 43, 93]. En la LRT se producen cargas virales más altas que en la URT. [22, 69, 88, 94] Esto concuerda con la observación de que la mayoría de los síntomas de la enfermedad se reportan como enfermedad sistémica y LRT [21]. Sin embargo, en ocasiones incluso los especímenes de LRT de los casos de MERS pueden ser inicialmente negativos, sólo para más tarde ser positivos por RT-PCR [95 Esto puede deberse a una mala toma de muestras cuando la tos está ausente o no es productiva o porque la carga viral es baja [95]. A pesar de esto, tanto los mayores estudios de MERS-CoV humanos [32, [96] [97] [98] y los más pequeños [22, 25, 99], utilizan muestras de la URT. Cabe destacar que un estudio reportó una asociación entre cargas más altas en la URT y peores resultados clínicos incluyendo cuidados intensivos y muerte [94]. Al escribir, no existen datos humanos para definir si el virus se replica única o preferentemente en la LRT o URT, o réplicas en otros tejidos humanos in vivo, aunque el ARN MERS-CoV se ha detectado tanto de la URT como de la LRT en un modelo de mono macaco [100].La distribución de DPP4 en las vías respiratorias superiores humanas tampoco está bien descrita. Los estudios individuales de casos humanos reportan largos periodos de eliminación viral, a veces intermitentes y no necesariamente relacionados con la presencia de síntomas de la enfermedad. [25, 69, 99, 101] En un caso, un HCW arroja ARN viral durante 42 días en ausencia de enfermedad [99]. Es un área de alta prioridad para entender mejor si estos casos son capaces de infectar a otros. Más de tres cuartas partes de los casos de MERS arrojan ARN viral en sus muestras de TL (aspirados traqueales y esputo) durante al menos 30 días, mientras que sólo el 30 % de los contactos seguían arrojando ARN en sus muestras de TRU [91, 102]. En el único estudio para examinar el efecto del tipo de muestra en el análisis molecular, se examinaron 64 aspirados nasofaríngeos (ANP; una muestra de TRU), 30 aspirados traqueales, 13 Los aspirados traqueales y el BAL devolvieron los valores de carga viral más altos seguidos por el NPA y el esputo. Como era de esperar, las cargas virales más altas generalmente coincidían con la secuenciación del genoma completo y el éxito del cultivo y, en las pruebas del NPA, estaban significativamente correlacionadas con enfermedades graves y muerte [49, 94, 103]. Este estudio demostró la importancia del muestreo de LRT para la secuenciación del genoma completo. Cuando se probó, las muestras positivas para el MERS-CoV a menudo son negativas para otros patógenos [25, 93, 104]. Sin embargo, muchos estudios no mencionan pruebas adicionales para virus respiratorios humanos endémicos [21, 23, 73, 105]. Cuando se buscan virus, se han incluido el herpesvirus humano (VHH), los rinovirus (VHR), los enterovirus (VVV), el virus sincitial respiratorio (VRS), el virus parainfluenzavirus tipos 1, 2 y 3 (VIP), los virus de la gripe (VFI), los HCoV endémicos, los adenovirus (VCD) metapneumovirus (VPM) y el virus influenza A\H1N1; en ocasiones se han encontrado codetecciones con MERS-CoV [2, 22, 37, 69, 97]. A veces se incluyen pruebas bacterianas (por ejemplo, para Legionella y Pnemocococcus), pero el impacto de la copresencia bacteriana tampoco está claro [22, [104] [105] [106]. Otras pruebas de la muestra de TRL del primer caso del MERS utilizaron IFA para detectar algunos virus (negativos para IFV, PIV, RSV y AdVs) y RT-PCR para otros (negativos para AdV, EV, MPV y HHVs) [18]. RT-PCR también detectó MERS-CoV. La OMS recomienda encarecidamente pruebas para otros patógenos respiratorios [53] pero con esta recomendación a menudo descontada, hay datos limitados para abordar la ocurrencia y el impacto de coinfecciones o diagnósticos virales alternativos entre ambos casos del MERS y sus contactos. Poco se sabe de otras causas de neumonía similar al MERS en el KSA o de la carga general de enfermedad debido a los virus respiratorios clásicos conocidos. Pruebas de peregrinos adultos que realizan el Hajj en 2012 a 2014 no ha detectado ningún MERS-CoV. En 2012, se realizaron pruebas de hisopos nasales de 154 peregrinos recogidos antes de partir hacia el KSA o partir de él [47]. En 2013, las pruebas se ampliaron significativamente con 5.235 hisopos nasofaríngeos de 3.210 peregrinos entrantes y 2.025 hisopos de peregrinos salientes probados [98]. Cabe señalar que la mayoría de los peregrinos llegaron de países libres de MERS. Se tomaron otros 114 hisopos de peregrinos con enfermedad similar a la gripe [96, 107]. En reuniones anteriores del Hajj, se descubrió que los virus de la gripe circulaban ampliamente, mientras que otros virus, a menudo rinovirus, circulaban de manera más selectiva, interpretando que indicaban su importación junto con peregrinos extranjeros [107] [108] [108] Con el tiempo, el aumento de la vacunación contra la gripe se ha acreditado como una disminución de la prevalencia de enfermedades similares a la gripe entre los peregrinos [110] A menudo no se recoge una muestra de TRL para estos estudios [98, 107, 109], por lo que los hallazgos negativos falsos son una posibilidad, aunque poco se sabe sobre el sitio inicial de infección y replicación del MERS-CoV; se puede haber supuesto que fue la TRL porque la enfermedad se notó por primera vez allí, pero la TRL puede ser el lugar de la replicación más temprana. En Jeddah entre marzo y julio de 2014 (en adelante, el brote de Jeddah-2014; Fig. 3 ), hubo un rápido aumento en los casos del MERS, acompañado de un intenso cribado; aproximadamente 5.000 muestras de dentro y alrededor de la región se probaron en un mes, produciendo alrededor de 140 detecciones del MERS-CoV (prevalencia ~3 %) [111]. Entre los 5.065 individuos muestreados y analizados en la KSA entre octubre de 2012 y septiembre de 2013, se realizaron 108 (2,1%) detecciones en una población hospital-céntrica que incluyeron casos hospitalizados (n = 2.908; 57,4 %), sus familias (n = 462; 9,1 %) y HCW asociados (n = 1.695; 33,5 %) [32]. Entre las detecciones, 19 (17,8 %) eran HCW y 10 (9,3 %) eran contactos familiares [32]. La prevalencia del 2-3 % de infecciones activas por MERS-CoV no es diferente a la prevalencia hospitalaria de otras COV humanas. [112] Sin embargo, la proporción de muertes entre los infectados por MERS-CoV es mucho mayor que la conocida por los HCoV NL63, HKU1, 229E u OC43 en otros países, e incluso superior a la de SRAS-CoV; no es un virus que pueda razonablemente ser descrito como una "tormenta en una taza de té". Es la baja tasa de transmisión que ha evitado la propagación mundial, a pesar de muchas "oportunidades". Muy temprano en el brote de MERS, algunos animales fueron altamente considerados como el reservorio o huésped(s) intermedio(s) de MERS-CoV con tres de los cinco primeros casos que tuvieron contacto con DCs [73, 113, 114]. Hoy en día, las infecciones por MERS-CoV animales deben ser reportadas a la organización mundial para la salud animal como una enfermedad emergente [115]. Un resumen de los primeros casos de MERS reportados por la OMS definió el contacto animal con humanos como directo y dentro de los 10 días previos al inicio de los síntomas [20]. Esta definición no permitió específicamente la adquisición de DCs a través de una vía basada en gotitas, que es muy probable que sea la vía de adquisición de un virus que inicialmente y predominantemente causa enfermedad respiratoria [23]. Se sabe que los camellos producen altos niveles de ARN MERS-CoV en su URT y pulmones [116]. Proporcionando apoyo para una vía de transmisión de gotitas y tal vez indicando la presencia de ARN en núcleos más pequeños y secos de gotitas, se identificó ARN MERS-CoV en una muestra de aire de alto volumen recogida de un granero que alberga un DC infectado [117]. La fuente precisa de la que los humanos adquieren MERS-CoV sigue siendo poco estudiada pero parece probable Estos factores pueden resultar importantes para los casos humanos que no describen ningún contacto DC [119] ni ningún contacto con un caso confirmado. Si la definición de contacto con animales de la OMS es suficiente para identificar la exposición a este virus respiratorio no está clara. La formulación se centra en el consumo de productos DC, pero no atribuye específicamente el riesgo a una vía de gotitas para la adquisición de MERS-CoV desde DC [120]. Algunos pacientes MERS se enumeran en los avisos de enfermedad de la OMS como próximos a los DCs o granjas, pero los individuos no han descrito entrar en contacto con los animales. No se reporta ninguna vía alternativa para adquirir infección en muchos de estos casos. Lo que constituye una definición de "contacto" durante estas entrevistas se ha definido para un estudio [72]. A pesar de esta falta de claridad, la OMS considera que la evidencia que vincula la transmisión de MERS-CoV entre DCs a humanos es irrefu La posibilidad de que los murciélagos fueran un huésped animal de MERS-CoV fue ampliamente discutida inicialmente debido a la diversidad existente de coronavirus conocidos por residir entre ellos [121] [122] [123]. Evidencia concluyente que apoya a los murciélagos como fuente de infecciones humanas por MERS-CoV todavía no se ha encontrado, pero los murciélagos parecen albergar a los representantes ancestrales [53, 125]. Sin embargo, estas no son variantes del mismo virus ni siempre dentro del mismo linaje filogenético que MERS-CoV; cada uno son un virus genéticamente distinto. La infección de murciélago a humano por MERS-CoV es un evento puramente especulativo. La única pieza de evidencia específica del MERS-CoV que apunta a los murciélagos se origina en la amplificación de un fragmento de 190 nt del gen ARN dependiente de la polimerasa del genoma del MERS-CoV, identificado en un pellet fecal de un murciélago insectívoro Emballonuridae, Taphozous perforatus encontrado en Bisha, el KSA [121]. Aunque muy corta, la secuencia del fragmento lo definió como un descubrimiento diagnóstico. Posteriormente se informó de un enlace a los DC [85] y ese enlace ha madurado en una asociación verificada [38, 126] (Fig. 4). (Véase la figura en la página anterior.) Fig. 3 Detecciones mensuales de MERS-CoV (barras azules) y de casos que murieron (barras rojas) con algunas fechas de interés marcadas para 2012 al 4 de septiembre de 2015. Se indica una aproximación de cuando la estación de parto DC [128] y cuando los DC recién nacidos son destetados. La primavera (verde) y el verano (naranja) en la Península Arábiga también están sombreados. Tenga en cuenta la escala del eje y de la izquierda para 2014 y 2015 que es mayor que para 2012/13. Fuentes de estos datos públicos incluyen la OMS, Ministerios de Salud y FluTrackers [207] [209] [209]. Versiones anteriores y posteriores de este gráfico se mantienen en un blog personal [210]. Modificado y reimpreso de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio de Oriente Medio: Una infección por coronavirus emergente rastreada por la multitud. Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con permiso de Elsevier [5] Los DCs, que constituyen el 95 % de todos los camellos, tienen una presencia central en la El contacto puede ser común y puede ocurrir de diversas maneras (Fig. 4a). Hay varios grandes festivales, razas, ventas y desfiles bien atendidos que cuentan con DCs y DCs también son mantenidos y criados cerca de áreas pobladas en el KSA [127, 128]. La leche y la carne DC son ampliamente consumidas y el DC más viejo es un animal de importancia ritual después de la peregrinación del Hajj [129]. Sin embargo, la frecuencia de infección del MERS-CoV es mucho menor que el hábito generalizado y frecuente de comer, beber y preparar productos DC. La ingestión diaria de leche DC fresca no pasteurizada es común entre los beduinos del desierto y muchos otros en el KSA. La orina DC también se consume o se utiliza para supuestos beneficios para la salud. A pesar de que la carnicería de camellos es una ocupación local, ni los carniceros ni otros grupos en riesgo son identificables entre los casos de MERS; esto puede ser simplemente un problema de información en lugar de una ausencia inexplicable de MERS. Un pequeño estudio de casos y controles publicado en 2015 identificó el contacto directo con la DC, y no la ingestión de productos, para estar asociado con la aparición de MERS [38]. La primera investigación sero-encuesta de ganado que vive en la región de Oriente Medio se llevó a cabo durante 2012-2013 [85]. Los DCs fueron muestreados a partir de una manada de canarios nacidos principalmente y de DCs omaníes (originalmente importados del Cuerno de África) [85]. b Las infecciones de camello a humano parecen ser poco frecuentes, mientras que la propagación de la infección de ser humano a ser humano se ve facilitada regularmente por una CIP deficiente en los entornos de salud donde se amplifica la transmisión, lo que explica la mayor parte de los casos. Hay casos de MERS humanos que no entran en ninguna de las categorías de origen y no está claro si estas infecciones adquiridas a través de alguna vía totalmente separada, o de casos que escaparon al diagnóstico. c Las formas hipotéticas en las que la subclínica (cuando la infección puede no alcanzar un umbral clínico previamente definido de signos y/o síntomas) o asintomáticas (sin signos obvios ni medidos, observados o recordados de enfermedad) la infección por MERS-CoV puede estar implicada en la transmisión DC sera podría neutralizar MERS-CoV mientras que todas las seras DC de Omán tenían niveles elevados de anticuerpos neutralizantes específicos de MERS- Desde este estudio, una serie de informes revisados por pares han analizado tanto a los DCs como a otros animales, y la posibilidad de que puedan albergar la infección por MERS-CoV. Se han encontrado DCs seropositivos en toda la Península Arábiga, incluyendo Omán, la KSA, Qatar, Jordania, los Emiratos Árabes Unidos (EAU), Kuwait así como Sudán, Somalia, Egipto, Túnez, Nigeria, Kenia y Etiopía en África y las Islas Canarias [85, [130] [133] [133] [134]. Otros animales probados incluyen ovejas, vacas, cerdos, caballos, burros, mulas, aves, búfalos acuáticos, cabras, camellos bactrianos, llamas y guanacos (camélidos suramericanos) pero ninguno tenía anticuerpos neutralizantes detectables contra MERS-CoV [4, 74, 78, 85, 86, 135, 136]. No se han notificado hasta la fecha estudios de virología o serología de muestras humanas procedentes de zonas de África donde hay camellos con antecedentes de MERS-CoV. Sin embargo, la ausencia de neumonía inexplicable que pueda atribuirse a la infección por MERS-CoV puede no indicar la ausencia de virus entre los seres humanos en cada país, sino simplemente reflejar la falta de costosos estudios de epidemiología realizados por países pobres en recursos. Por lo tanto, no está claro si el MERS-CoV, o una CoV relacionada con antígenos, es un patógeno no reconocido en estas regiones, quizás circulando durante más tiempo del que se ha conocido en la Península Arábiga [133]. El ARN del MERS-CoV también se ha detectado en muestras de DC, y también se ha logrado la recuperación del virus infeccioso a partir de muestras de DC [4, 77, 117, 132, [137] [139] De algunos de ellos, se han secuenciado genomas completos o mayoritarios de MERS-CoV [77, 137, 138]. Las versiones DC de MERS-CoV fueron tan similares entre sí, como las variantes detectadas de diferentes seres humanos a lo largo del tiempo y a lo largo de la distancia. Los ensayos de detección de anticuerpos anticuerpos también han detectado anticuerpos cruzados en sera. Estos se identificaron como tales mediante la detección de sera contra virus similares, por ejemplo BCoV o HCoV-OC43 (como facsímil antigénico para BCoV). Es posible que otros virus similares a MERS-CoV también residan dentro de los DCs, pero esto no menoscaba el hallazgo definitivo de secuencias genéticas de MERS-CoV tanto en DCs como en humanos [117, 142, 143]. Los estudios de detección han demostrado que los DC juveniles son más a menudo positivos para el virus o el ARN viral, mientras que los DC mayores son más propensos a ser seropositivos y ARN o virus negativos [76, 77, 144]. En los DC adultos, se ha detectado ARN MERS-CoV entre animales con anticuerpos preexistentes, lo que sugiere que es posible la reinfección [77, 144]. Las cargas virales entre DC positivos pueden ser muy altas [4, 76, 77, 139, 144] y DCs se han encontrado positivos tanto cuando están enfermos con signos respiratorios de TRU [77, 117, 142, 145] o cuando aparentemente sanos [137]. Estos hallazgos indican que los DCs hospedan infecciones naturales MERS-CoV. Además, los sera DC almacenados han revelado signos de MERS-CoV en DCs que datan de hace más de tres décadas (los más tempranos Los sera más viejos no han sido probados y, por lo tanto, cuánto tiempo los DC han sido afectados por MERS-CoV, si el virus es enzoótico entre ellos, introducidos hace décadas o siglos de murciélagos en África o la Península Arábiga, o son objeto de incursiones virales regulares pero de corta duración de un huésped aún desconocido, no pueden ser respondidos. Los investigadores buscaron determinar una dirección para la infección; estaban los DC transmitiendo virus a los seres humanos o estaban los humanos infectando DC? En un sitio de Qatar, un propietario de una granja y su empleado se enfermaron a mediados de octubre de 2013 y dieron positivo para el ARN MERS-CoV en una muestra de esputo y hisopos de garganta, respectivamente. RT-rtPCRs encontró MERS-CoV ARN en 11 de 14 hisobas nasales de DC positivas en la granja; seis (43 %) positivos Los resultados indicaron que se había producido un brote reciente en este rebaño; la primera indicación de ARN MERS-CoV encontrado en DCs con una asociación temporal a infecciones humanas; tres muestras de DC positivas fueron confirmadas por secuenciación de una porción de 358 nt del gen de la espiga; estas secuencias eran idénticas unas a otras, de nuevo con homología cercana a otras secuencias humanas y DC MERS-CoV [138]. Los DCs y contactos humanos produjeron secuencias ORF1a y ORF4b que diferían por un solo nucleótido cada una, agrupando estrechamente con la variante Hafr-Al-Batin_1_2013 [138]. Estudios de casos posteriores encontraron evidencia de una infección humana y DC concurrente y la dirección de esa infección fue inferida a partir de los DCs enfermos y a sus propietarios humanos [117, 142, 146]. Las secuencias del genoma parcial indicaron que un humano y un DC positivo de la RT-RTPCR del MERS-CoV habían sido infectados por una variante del mismo virus, albergando el mismo patrón distinto de polimorfismos de nucleótidos. [142] Todos los nueve DC en la manada del propietario, muestreados en serie, reaccionaron en un antígeno S1 recombinante ELISA, con los dos animales que habían sido positivos de la RT-rtPCR mostrando un pequeño aumento verificable del título de anticuerpos [142]. Un aumento del título teóricamente comienza 10 a 21 días después de la infección de la DC [142]. Los autores sugirieron que el aumento del título en la suera de la DC que ocurrió junto con una disminución de la carga de ARN, mientras que el paciente estaba activamente enfermo y hospitalizado, indicó que los DC fueron infectados primero seguidos por el propietario [117, 142]. Los anticuerpos BCoV también estuvieron presentes, y aumentaron en uno de los dos animales positivos RT-rtPCR, pero ninguno de ellos pudo neutralizar la infección BCoV [142]. La temporada de parto en camellos se produce en los meses de invierno (entre finales de octubre y finales de febrero; Fig. 3 ) y este puede ser un momento en el que existe un mayor riesgo para los seres humanos de derrames debido a nuevas infecciones entre las poblaciones de DC ingenuas [128]. ¿Qué papel podría desempeñar el anticuerpo de camello materna en el retraso de la infección de terneros sigue siendo desconocido [128, 142]. Los DC juveniles parecen tener una infección activa con más frecuencia que los DC adultos y, por lo tanto, el sacrificio de los DC, que debe ser de cinco años de edad o más (llamados a thane), puede no ir acompañado de un riesgo significativo de exposición a la infección. A diferencia de los resultados anteriores, los trabajadores de los mataderos que matan tanto a los DC más jóvenes como a los más viejos, pueden ser un grupo ocupacional con una incidencia significativamente mayor de seropositividad a la MERS-CoV cuando los animales tienen infecciones activas por MERS-CoV [129, 139, [147] [148] [149]. Las investigaciones virológicas ampliadas de los DC africanos pueden dar lugar a animales más seropositivos y zonas geográficas en las que los seres humanos pueden estar en riesgo. Es posible que haya zonas en las que los seres humanos ya albergan infecciones por MERS-CoV que no se han identificado debido a la ausencia de vigilancia de laboratorio. Las investigaciones virológicas de los murciélagos pueden dar lugar a hallazgos de virus ancestrales y "eslabones de pérdida viral" e identificar cualquier otra fuente animal de propagación zoonótica es importante para informar opciones para reducir la exposición humana [56, El MERS-CoV infeccioso añadido a la leche de CC, cabra o vaca y almacenado a 4 °C podría recuperarse al menos 72 h más tarde y, si se almacena a 22 °C, la recuperación fue posible hasta 48 h [150]. El título de MERS-CoV disminuyó un poco cuando se recuperó de la leche a 22 °C, pero la pasteurización completamente ablada Infectividad MERS-CoV [150]. En un estudio posterior, se identificó ARN MERS-CoV en la leche, secreción nasal y heces de DCs de Qatar [151]. Un estudio único ha examinado la capacidad de MERS-CoV para sobrevivir en el medio ambiente [150]. Las superficies plásticas o de acero fueron inoculadas con 10 6 TCID 50 de MERS-CoV a diferente temperatura y humedad relativa (RH) y se A alta temperatura ambiente (30°C) y a baja RH (30 %) MERS-CoV permaneció viable durante 24 h [150]. En comparación, un virus respiratorio bien conocido y eficientemente transmitido, el virus influenza A, no pudo recuperarse en cultivo más allá de cuatro horas bajo ninguna condición [150]. Los experimentos de Aerosol encontraron que la viabilidad del MERS-CoV sólo disminuyó un 7 % a baja RH a 20°C. En comparación, el virus influenza A disminuyó un 95 % [150]. La supervivencia del MERS-CoV es inferior a la demostrada previamente para el SARS-CoV [152]. En el contexto, las bacterias patógenas pueden permanecer viables y en el aire durante 45 minutos en un aerosol tosido y pueden propagarse 4 m. La capacidad de MERS-CoV para permanecer viable durante largos períodos de tiempo le da la capacidad de contaminar completamente las superficies de Se desconoce si el MERS-CoV puede permanecer a la deriva e infeccioso durante períodos prolongados (verdaderamente aerotransportado) y si estos hallazgos amplían nuestra comprensión de las posibilidades de que las gotitas transmitan virus respiratorios en muchos entornos, incluyendo salas de espera hospitalarias, departamentos de emergencia, salas de tratamiento, instalaciones de cuidados intensivos abiertos y salas privadas de pacientes. La naturaleza y calidad del intercambio de aire, circulación y filtración son variables importantes en la medición y reducción del riesgo, así como el uso de salas de presión negativa para contener casos conocidos. Se considera que la propagación de la gota entre humanos es el mecanismo de transmisión humana a humana y se hizo hincapié en la necesidad de precauciones de las gotas después del hospital Al-Ahsa, la KSA y los brotes de Corea del Sur [21, 23, 154, 155]. La provisión de pruebas que apoyen la mejor formulación de equipos de protección personal para ser usados por los HCW que reciben, manejan o realizan procedimientos en casos infecciosos sigue siendo una prioridad. MERS-CoV fue encontrado y caracterizado por su aparente asociación con enfermedades graves, y por lo tanto más obvias, en humanos; éramos canarios en la mina de carbón. Seroensayos y estudios prospectivos de cohortes todavía no han determinado hasta qué punto los casos más leves o asintomáticos contribuyen a las cadenas de transmisión de MERS-CoV. Sin embargo, la transmisión de MERS-CoV se define como esporádica (no sostenida), intrafamiliar, a menudo asociada a la atención médica, ineficiente y que requiere contacto cercano y prolongado [22, 31, 63, 93, 97, 102, 156] En un estudio doméstico, 14 de 280 (5 %) contactos de 26 pacientes con índice positivo de MERS-CoV eran ARN o anticuerpos positivos; la tasa de transmisión general, incluso en brotes es de alrededor del 3 % [31]. Parece que la mayoría de los casos humanos de MERS-CoV, incluso cuando los números parecen aumentar repentinamente, no transmiten fácilmente a más de otro humano hasta la fecha, la epidemia localizada de MERS-CoV no ha sido autosostenible [157] [159] [160] [161]. Es decir, el número básico de reproducción (R 0 ) -el número medio de infecciones causadas por un individuo infectado en una población totalmente susceptible ha estado cerca de uno en varios grupos y brotes. Si R 0 era mayor que 1, se esperaría un aumento sostenido en el número de casos. Algunos cálculos de R o pueden verse afectados por el rastreo incompleto de los contactos de casos, pruebas comunitarias limitadas y cómo se define un caso. El MERS ha tenido una presencia constante en la Península Arábiga desde 2012 se debe a los eventos de derrames esporádicos en curso de DCs amplificados por brotes hospitalarios mal controlados. En marcado contraste, una seroencuesta de HCW que a veces estaba en contacto cercano y prolongado con el primer caso fatal de MERS-CoV en 2012 [162], encontró que ninguno de los HCW se había seroconvertido cuatro meses más tarde, a pesar de la ausencia de protección ocular y el cumplimiento variable de los estándares requeridos de EPP [162]. Al principio de la historia del MERS, las muestras para la prueba fueron recolectadas principalmente de pacientes con enfermedad grave y no de aquellos con infecciones respiratorias agudas más leves. Los contactos de los casos confirmados de MERS fueron a menudo observados para enfermedad clínica, pero no probados. Estas omisiones pueden haber confundido nuestra comprensión de la transmisión del MERS-CoV y sesginar los datos tempranos hacia un mayor número de pacientes gravemente enfermos y hospitalizados, inflando la aparente proporción de casos mortales. A medida que cambiaban los paradigmas de las pruebas y se hacían cada vez más pruebas de los contactos, se reconocían infecciones más asintomáticas y leves [163]. Un aumento en los casos llamados asintomáticos (que amplían el denominador para los cálculos de la proporción de casos mortales, definida en [164] ) dio lugar a una disminución en la proporción de casos mortales durante el brote de Yeddah-2014. Históricamente, tales aumentos son consistentes con la modificación de las definiciones y respuestas de laboratorio y el manejo clínico de una infección por virus recién descubierta que se observó por primera vez sólo entre los enfermos graves. Tras el seguimiento, más de tres cuartas partes de esas personas positivas del ARN del MERS-CoV recordaron haber tenido uno o más síntomas en ese momento, a pesar de que se notificó como asintomática [165], planteando alguna pregunta sobre la fiabilidad de otros datos Aproximadamente el 43 % de los casos MERS (549 de 1277) en la KSA fueron mortales entre 2012 y diciembre de 2015, mientras que el 21 % (72 de 330) fallecieron entre los que se produjeron fuera de la KSA. El número total de casos masculinos siempre supera en número a las mujeres y la proporción de muertes masculinas es siempre mayor que la proporción de mujeres que mueren. Sin embargo, la proporción de muertes masculinas de varones totales con MERS es similar a la de las mujeres. En la KSA, hay una mayor proporción de varones más jóvenes entre los casos y muertes que se observaron en los brotes de Corea del Sur o Jeddah-2014 de 2015 (Fichero adicional 2: Figura S2 ). Por qué estos aspectos han diferido pueden deberse a diferencias en el tiempo de presentación y diagnóstico, la naturaleza y calidad de la atención de apoyo, la forma en que una persona se contagió (habita, exposición a una fuente humana o zoonótica, carga viral, vía de infección) o la medida en que las diferentes poblaciones se ven afectadas por enfermedades subyacentes [40]. Como grupo, los HCW representaron el 16 % de los casos de MERS en la KSA y Corea del Sur. Es evidente que la proporción semanal de HCW infectados aumenta junto con cada fuerte aumento en las detecciones generales (Fig. 5). En mayo de 2013, la OMS publicó directrices para IPC durante el cuidado de casos probables o confirmados de infección por MERS-CoV en un entorno sanitario [166]. Estos aumentos en las detecciones de MERS-CoV pueden disminuir la edad media durante cada evento debido a que los HCW son generalmente más jóvenes que los pacientes internados con MERS. Las instalaciones sanitarias han sido un objetivo regular de mejoras sugeridas para mejorar los procedimientos de prevención y control de infecciones (IPC) [115, 118]. La mayor parte del análisis de la genética MERS-CoV se ha realizado utilizando métodos de secuenciación de alto rendimiento o "profundo" para la deducción completa del genoma [167] [168] [169]. MERS-CoV fue el primer sujeto de un uso tan extendido de secuenciación profunda para estudiar un brote viral emergente con alcance global. La técnica puede producir genómica [207] [209]. Las versiones anteriores y posteriores de esta tabla se mantienen en un blog personal [210] cobertura de longitud en un solo experimento con medición altamente repetitiva de cada posición de nucle A pesar de los ensayos publicados al principio, la secuenciación subgenómica, una vez el pilar de los estudios de brotes virales, se ha publicado con menos frecuencia durante la caracterización de MERS-CoV [48]. A medida que se han caracterizado más genomas tanto de humanos como de DC, se han hecho evidentes dos clados; A y B (Fig. 6). Clade A contiene sólo genomas de MERS-CoV derivados del hombre de Jordania, mientras que Clade B comprende la mayoría de genomas humanos y de camellos deducidos hasta ahora [168]. Dos estudios durante 2015, uno mirando a variantes de Jeddah-2014 MERS-CoV y otro mirando a una variante exportada de Corea del Sur a China, ahora han identificado signos de recombinación genética entre variantes de MERS-CoV. Si bien las secuencias del genoma humano y del genoma entero de camello han conservado una identidad de >99 % entre sí, los miembros de linajes genéticamente distintos pueden intercambiar material genético y lo hacen cuando co-ocurren condiciones adecuadas y co-fecciones [170] [171] [172]. La identidad compartida implica que la principal fuente de adquisición humana es el DC, en lugar de otro animal, aunque se necesitan más pruebas de otras especies animales para confirmar esa conclusión. Durante un mes, un virus de DC secuenciado en diferentes ocasiones no cambió en absoluto indicando un grado de estabilidad genómica en su huésped, apoyando que los DC son el anfitrión natural, en lugar de intermedio, del MERS-CoV que conocemos hoy [77]. Hasta la fecha, la recombinación se ha localizado en puntos de ruptura cerca del límite entre las regiones ORF1a y ORF1b, dentro del gen de pico [170] No es inesperado que la recombinación se produzca ya que es bien conocida entre otras CoVs [124] y porque la mayoría de los genomas enteros del MERS-CoV recogidos a partir de muestras de tres años (2012-2015) y de seres humanos, camellos y diferentes países han mostrado una identidad genética cercana entre sí, con una variación sutil suficiente para apoyar investigaciones de brotes mientras se aplique la secuenciación del genoma completo [52, 77, 135, 138, 168, [173] [174] [175]. Los cambios en la secuencia del genoma pueden anunciar alteraciones en la transmisibilidad del virus, replicación, persistencia, letalidad o respuesta a medicamentos futuros. Si tenemos conocimiento previo del impacto de los cambios genéticos debido a estudios de caracterización exhaustivos, podemos establecer una estrecha relación genética entre las secuencias de nucleótidos del MERS-CoV (cargado desde GenBank utilizando los números de adhesión enumerados y Este árbol de unión vecino fue creado en MEGA v6 utilizando una alineación de las secuencias humanas y DCderivadas de MERS-CoV (Genious v8.1 [211] ). Clades se indican junto a barras verticales azules oscuras (Clade A) o pálidos (Clade B). Los iconos de camello denotan genomas de DC. Los brotes sanitarios o comunitarios se encajonan y etiquetan utilizando esquemas previamente descritos [212, 213] monitorean las regiones genómicas y entienden mejor cualquier cambio en la transmisión o patrones de enfermedad a medida que ocurren. Las mutaciones genéticas observadas durante el mayor de los brotes humanos, Jeddah-2014, no impartieron ningún cambio importante replicativo o inmunomodulador cuando se comparan con las variantes virales anteriores in vitro [156, 176]. Sin embargo, entendemos muy poco de los resultados fenotípicos que resultan del cambio genético sutil en Hasta la fecha no se ha informado de ninguna relevancia clínica ni de cambios in vivo evidentes en la replicación, eliminación o transmisión vírica, o se ha atribuido a mutaciones o a nuevos virus recombinantes [156]. Pero se necesitan vigilancia y estudios más grandes, contemporáneos e in vivo. La secuencia genomática localizada a un clado distinto se identificó a partir de un DC egipcio que probablemente fue importado de Sudán. Esto no encaja en ninguno de los clados actuales [125, 168, 177]. Un virus secuenciado a partir de un murciélago Neoromicia capensis estaba más estrechamente relacionado con el MERS-CoV que otras grandes secuencias derivadas de murciélagos habían estado hasta ese punto, pero el genoma de una variante de un MERS-CoV aún no se ha descubierto y deducido de cualquier murciélago [125]. Los análisis de genomas del MERS-CoV han demostrado que la mayoría de las diferencias nucleó 2), que codifica la proteína de pico y proteínas accesorias [168]. Al menos nueve genomas del MERS-CoV contenían sustituciones de aminoácidos en el dominio de unión a los receptores (RBD) de la proteína de pico y los codones 158 (región N-terminal), 460 (RBD), 1020 (en la repetición de heptad 1), 1202 y 1208 investigación de osos como marcadores de cambio adaptativo [140, 169]. La proteína de pico no había cambiado en el genoma recombinante del MERS-CoV identificado en China en 2015, pero se informó que había variado a un ritmo superior al de genomas completos del MERS-CoV, entre variantes surcoreanas [172, 178]. Esto destaca que las regiones subgenómicas pueden no siempre contener suficiente diversidad genética para ser útiles para diferenciar variantes virales. A pesar de esto, un ensayo que amplificaba un fragmento de nucleótido 615 del gen de dominio S2 de pico para la secuenciación de Sanger coincidió con los resultados generados por la secuenciación de algunos genomas completos y fue útil para definir grupos de secuencias adicionales [177]. La secuencia genómica también se puede utilizar para definir los límites geográficos de un cúmulo o brote y monitorear su progreso, basado en la similitud de las variantes encontradas entre humanos y animales infectados cuando ocurren juntos, o entre diferentes sitios y tiempos (Fig. 6 ) [169]. Este enfoque se utilizó al definir el brote de hospital MERS con limitaciones geográficas en Al-Ahsa, que ocurrió entre el 1 de abril y el 23 de mayo de 2013, así como los cúmulos en Buraidah y un brote comunitario en Hafr Al-Batin, el KSA. La secuenciación genómica identificó que aproximadamente 12 detecciones de MERS-CoV de un brote comunitario en Hafr Al-Batin entre junio y agosto de 2013 pudieron haber sido desencadenadas por un caso índice que se infectó a través del contacto DC [175]. La secuenciación de genomas de MERS-CoV del brote hospitalario de Al-Ahsa de 2013 indicó que múltiples variantes virales contribuyeron a los casos, pero que la mayoría fueron lo suficientemente similares entre sí como para ser consistentes con la transmisión humano-humana. La epidemiología molecular ha revelado enlaces ocultos en cadenas de transmisión que abarcan un período de hasta cinco meses [179]. Sin embargo, la mayoría de los brotes no han continuado durante más de dos a tres meses y por lo tanto las oportunidades para que el virus se adapte más a los seres humanos a través de la coinfección y el tránsito en serie sostenido han sido raras [169]. En Riad-2014, la evidencia genética apoyaba la probabilidad de múltiples introducciones externas de virus, implicando una gama de instalaciones de salud en un caso que de otro modo parecía contiguo [23, 168, 179]. Riad es un nexo para el viaje de camellos y humanos y ha tenido más casos MERS que cualquier otra región de la KSA hasta la fecha, pero también alberga una amplia gama de variantes MERS-CoV [128, 167, 179]. Sin embargo, el brote surcoreano se originó de una sola persona infectada, resultando en tres a cuatro generaciones de casos [180, 181]. Estudios de esta variante viral aparentemente recombinante no encontraron un aumento de la tasa evolutiva y ningún signo de adaptación al virus, por lo que el brote parece haber sido impulsado por circunstancias más que por circunstancias junto con mutación [181]. Para muchos casos MERS detectados fuera de la Península Arábiga, se El rastreo de contacto es esencial para contener la aparición y transmisión de un nuevo virus y hoy en día está apoyado por la epidemiología molecular. Aunque es un proceso costoso y que consume tiempo, el rastreo de contacto puede identificar posibles nuevas infecciones y, a través del monitoreo activo o pasivo, reaccionar más rápidamente si la enfermedad se desarrolla. Los resultados del rastreo de contacto hasta la fecha han encontrado que la transmisión continua entre los seres humanos es un evento poco frecuente. Por ejemplo, hubo 83 contactos, tanto sintomáticos como asintomáticos, de un caso tratado en Alemania que viajó desde los Emiratos Árabes Unidos pero no se encontraron signos de virus o anticuerpos en ninguno de ellos [73]. En un estudio de 123 contactos de un caso tratado en Francia, sólo siete coincidieron con la definición de un posible caso y fueron probados; uno que había compartido una habitación hospitalaria de 20 m2 mientras que en una cama a 1,5 m de distancia del caso índice durante un período prolongado fue positivo [26]. Ninguno de los contactos de los dos primeros casos MERS importados a los EE.UU. en 2014 contenía ninguna huella MERS-CoV [182] y ninguno de los 131 contactos de dos viajeros que regresaron a los Países Bajos desarrolló anticuerpos MERS-CoV o testó ARN positivo [25, 183]. Los análisis de datos públicos revelan muchos casos probables de adquisición nosocomial de infección en la Península Arábiga y estos datos pueden ir acompañados de algunos detalles que señalan el contacto con un caso o instalación conocido. Un ejemplo identificó el papel probable de un paciente con una infección subclínica, presente en un hospital durante su ingreso por otras razones, como el caso índice más probable que desencadena un grupo familiar [93]. El rastreo de contacto fue un factor significativo en la terminación de un brote de 2015 con múltiples hospitales surcoreanos [184]. Estos estudios demuestran la necesidad de encontrar y comprender un papel para los casos leves y asintomáticos, junto con la restricción del contacto cercano o la exposición prolongada de las personas infectadas a otras, especialmente familiares mayores y amigos con enfermedad subyacente (Fig. 4c). El brote asociado al hospital en Jeddah en 2014 fue la acumulación más grande y rápida de las detecciones de MERS-CoV hasta la fecha. El mayor número de detección de MERS-CoV de cualquier mes registrado se produjo en Yeddah en abril. El brote se asoció principalmente (> 60 % de los casos) con la propagación de seres humanos a seres humanos dentro de los entornos hospitalarios y se debió a la falta de prevención y control de las infecciones o a su desorganización [37, 185, 186]. Un aumento de las muertes siguió al rápido aumento del número de casos. En 2015 ocurrieron dos grandes brotes. Corea del Sur fue el lugar del primer brote a gran escala fuera de la Península Arábiga y produjo los primeros casos tanto en Corea del Sur como en China, entre mayo y julio de 2015. Esto fue seguido de cerca por un brote distinto en la provincia de Ar Riyad, en la KSA, que parecía estar bajo control a principios de noviembre. Después de permanecer en Bahréin durante dos semanas, un varón de 68 años (68 M) viajó a Corea del Sur vía Qatar, llegando libre de síntomas el 4 de mayo de 2015 [187]. Desarrolló fiebre, Visitó una clínica como ambulatorio entre los días 12 y 15 de mayo y fue ingresado en el Hospital A el día 15 [188]. Fue dado de alta del Hospital A el día 17 y luego fue ingresado en el servicio de urgencias del Hospital B el día 18. Durante esta segunda estancia, se tomó una muestra de esputo y dio positivo para el MERS-CoV el día 20 [187, 188], desencadenando el traslado al centro de tratamiento de aislamiento designado. Durante un período de 10 días, el caso índice fue visto en tres hospitales diferentes, demostrando una característica clave de "compra hospitalaria" que conformó el brote surcoreano. Aproximadamente 34 personas fueron infectadas durante este tiempo [187]. En total 186 casos fueron generados en este brote, todos vinculados a través de una única cadena de transmisión a 68 M; 37 casos murieron [189]. En Corea del Sur, el sistema nacional de seguro médico prevé una atención médica de costo relativamente bajo, sufragando algunos costos al hacer que los familiares sean responsables de una parte de la administración de los enfermos, lo que a veces los hace permanecer durante largos períodos en las habitaciones que a menudo tienen más de cuatro camas en ellas [24]. Otros factores que se pensaba que habían permitido este brote eran la falta de familiaridad de los médicos locales con MERS, la facilidad con la que el público puede visitar y ser tratado por hospitales terciarios, la costumbre de visitar a amigos y familiares enfermos en hospitales, la naturaleza jerárquica de la sociedad coreana, las salas de emergencia abarrotadas, las medidas deficientes del IPC, la falta de salas de aislamiento de presión negativa y la mala comunicación interhospitalaria de los historiales de enfermedades de los pacientes [24, [190] [191] [192]. Hasta la fecha se han comunicado pocos detalles clínicos sobre estos casos y los detalles sobre la transmisión y el rastreo de los contactos son mínimos. Los hospitales involucrados inicialmente no fueron identificados, la orientación y las acciones gubernamentales produjeron mensajes confusos y hubo una comunicación muy limitada en los primeros tiempos, lo que dio lugar a preocupaciones innecesarias, desconfianza y un impacto económico distinto [191, [196] [197] [198]. Al principio del brote, un viajero infectado, hijo de un caso identificado en Corea del Sur, pasó por Hong Kong en su camino a China, donde estaba ubicado, aislado y atendido en China [91, 199, 200]. No hubo contactos que enfermaran.El brote se puso bajo control a finales de julio/a principios de agosto [201] después de que se emplearan medidas mejoradas del IPC, seguimiento y cuarentena de contactos sólidos, pruebas de laboratorio ampliadas, hospitales fueron mejor asegurados, se envió personal especializado para gestionar los casos Una revisión de los datos públicos mostró que, al igual que en el caso del MERS en la KSA, la edad avanzada y la presencia de enfermedad subyacente se asociaron significativamente con un desenlace fatal en Corea del Sur. [40] Aunque R 0 es <1, los eventos de superdifusión facilitados por circunstancias creadas en entornos de salud y caracterizadas por tamaños de clúster superiores a 150, como este, no son inesperados por la infección por MERS-CoV [204]. La dinámica de un brote depende de la R 0 y de los patrones de eliminación viral de un individuo, el tipo y la frecuencia de contacto, los procedimientos hospitalarios y la estructura y densidad de la población [204]. En la región de Ar Riyad, incluida la capital de Riad, se inició un cúmulo hospitalario dentro de un solo hospital a partir de finales de junio de 2015 [205]. A mediados de septiembre se habían notificado aproximadamente 170 A pesar de la introducción continua y posiblemente estacional del virus en la población humana a través de los DC infectados y tal vez otros animales que aún no se han identificado, la gran mayoría de la transmisión del MERS-CoV se ha producido de seres humanos infectados a no infectados en contacto cercano y prolongado a través de circunstancias creadas por un control deficiente de las infecciones en los entornos de atención de la salud. Este virus oportunista ha tenido su mayor impacto en las personas con enfermedades subyacentes y esas personas vulnerables, que a veces sufren múltiples comorbilidades, se han asociado con mayor frecuencia con los hospitales, creando una tormenta perfecta de exposición, transmisión y mortalidad. No está claro si este grupo se ve afectado de manera única por el MERS-CoV o si otras infecciones respiratorias, incluidas las de los HCoV, producen un impacto igualmente grave. En Corea del Sur, un solo caso importado creó un brote de 185 casos y 36 muertes que tuvieron un impacto desproporcionado en el desempeño económico, el comportamiento de la comunidad y la confianza en el gobierno y el sistema de atención de la salud. La transmisión del hogar de seres humanos a seres humanos se produce, pero también es limitada. Los programas educativos serán herramientas esenciales para combatir la propagación del MERS-CoV tanto dentro de las comunidades urbanas y regionales como para el entorno de atención de la salud. La vigilancia sigue siendo importante para la contención, ya que el MERS-CoV es un virus con una composición genética que se ha observado durante sólo tres años y no es estable. Entre todos los seres humanos que se han notificado que están infectados, casi el 40% han muerto. La secuenciación del genoma completo se ha utilizado extensamente para estudiar el recorrido y la variación del MERS-CoV y aunque sigue siendo una herramienta para expertos, parece ser la mejor herramienta para el trabajo. El MERS y el SRAS tienen algunas similitudes clínicas pero también difieren significativamente [206]. Entre las características definitorias se incluyen el PFC más alto entre los casos del MERS (superior al 50 % en 2013 y actualmente en el 30-40%; muy por encima del 9 % del SRAS) y la asociación más alta entre el MERS mortal y los hombres mayores con comorbilidades subyacentes. Para los virus, el MERS-CoV tiene un tropismo más amplio, crece más rápidamente in vitro, induce más rápidamente cambios citopatógenos, desencadena respuestas transcripcionales distintas, hace uso de un receptor diferente, induce un estado más proinflamatorio y tiene una respuesta antiviral tardía en comparación con el SRAS Parece haber una prevalencia del 2-3 % de MERS-CoV en la KSA con una probabilidad del 5 % de transmisión secundaria dentro del hogar. Hay un mayor riesgo de infección a través de ciertas ocupaciones en ciertos momentos y una probabilidad mucho mayor de propagación a otros seres humanos durante circunstancias creadas por los humanos, lo que impulsa una transmisión más efectiva que cualquier R 0 predeciría sobre el valor facial. Sin embargo, a pesar de las múltiples concentraciones masivas que han proporcionado al virus muchos millones de oportunidades de propagación, no se han reportado brotes de MERS o MERS-CoV durante o inmediatamente después de estos eventos. No hay evidencia de que el MERS-CoV sea un virus de preocupación pandémica. Sin embargo, los entornos hospitalarios continúan describiendo casos y brotes de MERS en la Península Arábiga. Mientras facilitemos la propagación del MERS-CoV entre nuestras poblaciones más vulnerables, el mundo debe permanecer en alerta para los casos que puedan ser exportados con mayor frecuencia cuando un país de acogida con reservorios de camellos infectados está experimentando conglomerados o brotes humanos. El MERS-CoV parece ser un virus enzoótico que infecta a la URT DC con evidencia de recombinación genética reciente. Puede que una vez haya tenido su origen entre los murciélagos, pero falta evidencia y la relevancia de ello para la epidemia actual es académica. Gracias a la acción rápida, las herramientas de diagnóstico molecular sensibles y rápidas necesarias para lograr un objetivo de detección rápido y sensible han sido establecidas y ampliamente disponibles desde que el virus fue reportado en 2012. RT-PCR pruebas de muestras de LRT siguen siendo el estándar de oro para la confirmación del MERS-CoV. Las herramientas serológicas siguen surgiendo pero necesitan una validación adicional utilizando muestras de infecciones leves y asintomáticas y un estudio de cohorte densamente muestreado para seguir los contactos de nuevos casos puede abordar esta necesidad. Del mismo modo, la importante cuestión de si aquellos que eliminan el ARN MERS-CoV durante períodos prolongados son infecciosos mientras aparecen bien, sigue sin respuesta. Incluso no está claro cuántas infecciones 'asintomáticas' se han descrito y reportado correctamente, lo que a su vez plantea preguntas sobre la fiabilidad de la recolección de otros datos clínicos hasta la fecha. Si bien la virología básica del MERS-CoV ha avanzado en el transcurso de los últimos tres años, la comprensión de lo que está sucediendo en, y la interacción entre, camello, medio ambiente y humano todavía está en su infancia.

¿Cuánto tiempo se ha encontrado que la orina humana y las heces contienen ARN MERS-CoV?

MERS coronavirus: diagnóstico, epidemiología y transmisiónhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4687373/SHA: f6fcf1a99cbd073c5821d1c4ffa3f2c6daf8ae29Autores: Mackay, Ian M.; Arden, Katherine E.Fecha: 2015-12-22DOI: 10.1186/s12985-015-0439-5Licencia: cc-byAbstract: Los primeros casos conocidos de síndrome respiratorio de Oriente Medio (MERS), asociados con la infección por un nuevo coronavirus (CoV), se produjeron en 2012 en Jordania, pero se informó retrospectivamente.El primer caso que se informó públicamente fue de Jeddah, en el Reino de Arabia Saudita (KSA). Desde entonces, las secuencias de MERS-CoV se han encontrado en un murciélago y en muchos camellos dromedarios (DC). MERS-CoV es enzoótico en toda la Península Arábiga y en partes de África, causando enfermedades leves del tracto respiratorio superior en su reservorio de camellos y infecciones humanas esporádicas, pero relativamente raras. Precisamente cómo el virus transmite a los seres humanos sigue siendo desconocido, pero la exposición estrecha y prolongada parece ser un requisito. El KSA es el punto focal de MERS, con la mayoría de los casos humanos. En los seres humanos, MERS se conoce principalmente como una enfermedad del tracto respiratorio inferior (RTL) que incluye fiebre, tos, dificultades respiratorias y neumonía que puede progresar a síndrome de dificultad respiratoria aguda, fallo multiorgánico y muerte en un 20% a 40% de los infectados. Sin embargo, MERS-CoV también se ha detectado en enfermedades leves y similares a En comparación con el síndrome respiratorio agudo grave (SARS), otra enfermedad zoonótica del coronavirus a veces fatal que ha desaparecido desde entonces, el MERS progresa más rápidamente hacia la insuficiencia respiratoria y la lesión renal aguda (también tiene afinidad por el crecimiento de las células renales en condiciones de laboratorio), es más frecuente en los pacientes con enfermedad subyacente y es más a menudo fatal. La mayoría de los casos humanos de MERS se han relacionado con fallos en la prevención y el control de infecciones (IPC) en los entornos de salud, con aproximadamente el 20% de todas las detecciones de virus notificadas entre los trabajadores de la salud (HCWs) y exposiciones más altas en aquellos con ocupaciones que los ponen en estrecho contacto con camellos. Los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) han estado disponibles casi desde el comienzo de la aparición de MERS. Mientras que la virología básica de MERS-CoV ha avanzado en los últimos tres años, la comprensión de la interacción entre camello, medio ambiente y restos humanos limitados. MATERIAL SUPLEMENTO ELECTRÓNICO: La versión en línea de este artículo (doi:10.1186/s12985-015-0439-5) contiene material suplementario, que está disponible para los usuarios autorizados. Texto: Un correo electrónico del Dr. Ali Mohamed Zaki, un virólogo egipcio que trabaja en el Hospital Dr. Soliman Fakeeh en Jeddah en el Reino de Arabia Saudita (KSA) anunció la primera cultura de un nuevo coronavirus al mundo. El correo electrónico fue publicado en el sitio web de la red de enfermedades emergentes profesionales (ProMED) el 20 de septiembre de 2012 [1] (Fig. 1) y describió el primer caso reportado, un hombre de 60 años de edad de Bisha en la KSA. Esta información llevó al rápido descubrimiento de un segundo caso del virus, esta vez en un paciente enfermo en el Reino Unido, que había sido transferido de Qatar para su atención [2]. El nuevo virus fue inicialmente llamado coronavirus nuevo (nCoV) y subsecuentemente titulado el síndrome de respiración del Oriente Medio coronavirus (MERS-CoV). A partir del 2 de septiembre de 2015, ha habido 1.493 detecciones de ARN viral o anticuerpos específicos del virus en 26 países (Fichero adicional 1: Figura S1) confirmado por la Organización Mundial de la Salud (OMS), con más de un tercio de las personas positivas muriendo (al menos 527, 35 %) [3]. Desde ese primer informe, un lento proceso de descubrimiento durante los siguientes dos o tres años reveló un virus que había infectado más del 90 % de los camellos dromedarios adultos (DC; Camelus dromedario) en la KSA [4], también en los países en desarrollo de toda la Península Arábiga y partes de África que son una fuente de importaciones de DC para la KSA [5]. Hasta la fecha, el MERS-CoV no se ha detectado en los países en desarrollo sometidos a pruebas en zoológicos o rebaños de otras partes del mundo [6] [7] [9]. Ocasionalmente, el virus se transmite de los DC infectados a los seres humanos expuestos. La transmisión posterior a otros seres humanos requiere una exposición relativamente cercana y prolongada [10]. Se patentó el primer aislado viral y se planteó la preocupación de que ello limitaría el acceso tanto al virus como a los diagnósticos virales [11, 12]. Sin embargo, los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) se describieron rápidamente y el virus se puso a disposición de forma gratuita, sujeto a consideraciones rutinarias de bioseguridad [13]. La epidemiología y la investigación posteriores han identificado al receptor celular como exopeptidasa dipeptidil peptidasa 4 (DPP4; también llamada CD26); que el MERS-CoV tiene un amplio tropismo, replicando mejor en algunas líneas celulares y provocando una respuesta más proinflamatoria que el SARS-CoV; está muy extendido en los DC; tiene el potencial de infectar a otros animales y que el MERS mata a su huésped humano con más frecuencia que el SARS (20-40% frente al 9 % para el SARS [14] ) [15] [16] [17] [19]. El MERS-CoV se propaga esporádicamente entre las personas, causando enfermedades más graves entre los adultos mayores, especialmente los varones, con enfermedades preexistentes.La propagación del MERS-CoV entre los seres humanos se ha asociado a menudo con brotes en los hospitales, con alrededor del 20% de todos los casos hasta la fecha en los que han participado trabajadores de la salud (HCWs).Aunque los DC parecen sufrir el equivalente a un "frío común" de la infección por MERS-CoV, en los seres humanos el virus puede ser un patógeno más grave y oportunista asociado con la muerte de hasta el 40% de los casos notificados. Aún no se ha establecido si las infecciones que se cree que se han adquirido de una fuente animal producen un resultado más grave que los que se propagan entre los seres humanos [20]. Los estudios han establecido que el período medio de incubación para el MERS es de cinco a seis días, que van de dos a 16 días, con 13 a 14 días entre el inicio de la enfermedad en una persona y posteriormente se extiende a otra [21] [22] [23]. Entre aquellos con enfermedad progresiva, la mediana de tiempo hasta la muerte es de 11 a 13 días, que van de cinco a 27 días [23, 24]. La fiebre y los síntomas gastrointestinales pueden formar un pródromo, después de lo cual los síntomas disminuyen, sólo para ser seguidos por un síndrome sistémico y respiratorio más grave [25, 26]. La primera definición de caso de la OMS [27] definió los casos probables de MERS basados en la presencia de enfermedad febril, tos y el requisito de hospitalización con sospecha de compromiso del tracto respiratorio inferior (RTL), incluyendo también roles para el contacto con un caso probable A partir de julio de 2013, la definición revisada del caso de la OMS incluía la importancia de buscar y comprender el papel de los casos asintomáticos y, a partir de junio de 2014, la definición de la OMS indicaba más claramente que un caso confirmado incluía a cualquier persona cuya muestra fuera RT-PCR positiva para MERS-CoV, o que produjera una seroconversión, independientemente de los signos y síntomas clínicos. [28] [30] Aparte de los informes de la OMS y del Ministerio de Salud de la KSA, los casos asintomáticos o subclínicos de infección por MERS-CoV se documentaron en la literatura científica, aunque no siempre tan a menudo como ocurrió a principios de [31, 32]. La definición del caso de la KSA se hizo más estricta el 13 de mayo de 2014, basándose en la presencia de ambas características clínicas y confirmación de laboratorio [33]. Las pruebas de personas asintomáticas fueron recomendadas a partir de diciembre de 2014 [34], reforzadas por una definición de caso publicada por el Ministerio de Salud de la KSA en junio de 2015 [35]. La KSA ha sido la fuente del 79 % de los casos humanos. El MERS severo es notable por su impacto entre los hombres mayores con enfermedades comorbidas, incluyendo diabetes mellitus, cirrosis y diversas afecciones pulmonares, renales y cardíacas [36] [38]. Interesantemente en junio de 2015, un brote en Corea del Sur siguió una distribución similar [39, 40]. Entre los casos confirmados en laboratorio, los signos y síntomas de fiebre, tos y tracto respiratorio superior (URT) generalmente ocurren primero, seguidos en una semana por trastornos progresivos de TL y linfopenia [37]. Los pacientes a menudo se presentan a un hospital con neumonía o peor, y se han notificado infecciones Según se informa, el MERS ha matado aproximadamente el 35 % de todos los casos notificados, el 42 % de los casos en la KSA, pero sólo el 19 % de los casos en Corea del Sur, donde la mortalidad osciló entre el 7 % entre los grupos de edad más jóvenes y el 40 % entre los de 60 años o más [42] ; todos pueden ser valores inflados con infecciones asintomáticas o leves a veces no buscadas o no reportadas [34]. La atención de apoyo general es clave para tratar los casos graves [43]. Rara vez se informa que los niños menores de 14 años son positivos para la MERS-CoV, que comprende sólo el 1,1% (n = 16) del total de casos notificados. Entre el 1 de septiembre de 2012 y el 2 de diciembre de 2013, un estudio describió el recuento de casos pediátricos en la KSA, que se situaba en 11 (dos a 16 En Amman (Jordania), se probaron 1.005 muestras de niños hospitalizados menores de dos años con fiebre y/o signos y síntomas respiratorios, pero ninguna fue positiva para ARN MERS-CoV, a pesar de haber sido recolectadas en un momento similar al primer brote conocido de MERS-CoV en la ciudad vecina de Al-Zarqa [45]. Un segundo trimestre de mortinato ocurrió en una mujer embarazada durante una enfermedad respiratoria aguda y aunque no fue RT-rtPCR positivo, la madre desarrolló posteriormente anticuerpos contra MERS-CoV, sugestivos de infección reciente [46]. Su historia de exposición a un pariente positivo de MERS-CoV RT-rtPCR y un esposo anticuerpo reactivo, su período de incubación y su historia sintomática cumplieron los criterios de la OMS para ser un probable caso de MERS-CoV [46]. Los métodos de diagnóstico se publicaron dentro de los días del correo electrónico ProMED anunciando el primer caso MERS [47], incluyendo varios ensayos RT-rtPCR (Fig. 2 ) y cultivo de virus en células Vero y LLC-MK2 [18, 47, 48]. Un adenocarcinoma colorrectal (Caco-2 ) línea celular epitelial ha sido recomendado desde entonces para el aislamiento de infecciones MERS-CoV [49]. Anteriormente [18].. Los marcos de lectura abiertos se indican como rectángulos amarillos entre corchetes por regiones terminales no traducidas (UTR; rectángulos grises ). FS-frame-shift. Las regiones predictas que abarcan puntos de ruptura de recombinación se indican por píldoras naranjas. Creado utilizando Geneious v8.1 [211] y anotado usando Adobe Illustrator. Bajo este esquema se muestra la ubicación de los imprimadores RT-PCR (las flechas azules indican la dirección) y oligoprobes (rectángulos verdes) utilizados en los primeros ensayos de cribado RT-rtPCR y en los convencionales, seminés (tres imprimaciones) RT-PCR confirmatorios de secuenciación [47, 48]. El orden de publicación se observa por primera [27 de septiembre de 2012; rojo] y segundo [6 de diciembre de 2012; naranja] rectángulos de color; ambos de Corman y otros [47, 48] Los ensayos recomendados por la OMS se destacan debajo por puntos amarillos [53]. El imprimador reverso NSeq ha contenido consistentemente una secuencia incompatibilidad con algunas variantes de MERS-CoV. Una versión alterada de la de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio del Oriente Medio: Una Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con el permiso de Elsevier [5] revisó el amplio tropismo de MERS-CoV [5]. Sin embargo, como se describe bien, el cultivo celular es un método lento, especializado e insensible [50] mientras que las técnicas basadas en PCR son el método preferido para la detección de MERS-CoV. Los primeros marcos de lectura abiertos (ORF 1a y 1b; Fig. 2) se han convertido en un objetivo diagnóstico clave y taxonómico para la identificación de especies CoV. Con menos del 80 % de identidad entre la secuencia de aminoácidos de MERS ORF 1ab y parientes del betacoronavirus, Tylonycteris Bat HKU4 y Pipistrellus Bat HKU5, se puede concluir que es un virus novedoso y distinto. Las proteínas estructurales incluyen el pico (S), la envoltura (E), la membrana (M) y el nucleocápsido (N) [52]. Se prevé que los productos de ORF1a y ORF1b codificarán proteínas no estructurales. La mayoría de los ensayos de muestras realizados hasta la fecha han empleado ensayos RT-rtPCR validados que han demostrado ser sensibles y específicos [47, 48, 53]. El kit de RealStar® utiliza estos ensayos recomendados por la OMS [54]. Las secuencias objetivo de estos ensayos de cribado no han cambiado entre los genomas examinados hasta al menos mediados de 2015 (observación IMM). Otros ensayos RT-rtPCR han sido desarrollados y validados para su uso como herramientas de diagnóstico basadas en laboratorio [55] [56]. Además, los ensayos isotérmicos [58, 59] o recombinasa polimerasa [60] La detección del antígeno MERS-CoV no ha sido común hasta la fecha, pero la combinación de corto tiempo de retorno de la prueba al resultado, alto rendimiento e identificación de proteínas virales hace que esta opción sea atractiva. La detección de proteínas virales en lugar de ARN viral indica la probable presencia de virus infecciosos. La primera herramienta inmunocromatográfica rápida descrita podría detectar proteína nucleocápsida MERS-CoV recombinante de hisopos nasales DC con sensibilidad al 94 % y especificidad al 100 % en comparación con RT-rtPCR [61]. Un enfoque diferente utilizó una captura basada en anticuerpos monoclonales ELISA dirigida a la proteína nucleocápsida MERS-CoV con una sensibilidad de 10 3 CCID 50 y especificidad al 100 % [62]. La demostración de una seroconversión a una infección por MERS-CoV cumple con la definición actual de la OMS de un caso tan optimizado y ampliamente validado que los seroensayos empleados junto con buenas historias clínicas son útiles para identificar la infección por MERS-CoV y ayudar a apoyar estudios de transmisión. Debido a que las pruebas serológicas son, por su naturaleza, retrospectivas, es habitual detectar una huella viral, en forma de anticuerpos, en ausencia de signos o síntomas de enfermedad y a menudo en ausencia de ARN viral [63]. Las seroencuestas estratégicas y generalizadas de seres humanos que utilizan muestras recogidas después de 2012 son infrecuentes. Gran parte de la Península Arábiga y todo el Cuerno de África carecen de datos de referencia que describan la proporción de la comunidad que puede haber sido infectada por un MERS-CoV. Sin embargo, las seroencuestas han tenido un uso Debido a la identidad compartida entre DC y el MERS-CoV humano (ver epidemiología molecular: utilizando genomas para entender brotes), los ensayos serológicos para las seroencuestas de DC deben ser transferibles al cribado humano con una reconfiguración mínima. Además, no se ha encontrado ninguna variación diagnóstica relevante en la actividad de neutralización entre una gama de aislados y seras testados de MERS-CoV circulantes, por lo que los seroensayos de virus enteros o específicos basados en proteínas deben funcionar de manera equivalente en la detección de respuestas serológicas al serotipo único de MERS-CoV [49]. El desarrollo de ensayos serológicos robustos requiere paneles confiables de sueros animales o humanos bien caracterizados, incluidos los positivos para anticuerpos específicos del MERS-CoV, así como para fuentes probables de reacción cruzada [64]. La obtención de estos materiales fue problemática y enlenteció el desarrollo y comercialización de ensayos de detección de anticuerpos para ensayos humanos [64]. Se han liberado varios kits comerciales de ELISA, kits de ensayos inmunofluorescentes (IFA), proteínas recombinantes y anticuerpos monoclonales [31, [65] [66] [68]. Inicialmente, se utilizaron IFAs convencionales para seroencuestas humanas. Estos se basaron en el cultivo celular infectado por MERS-CoV como fuente de antígeno, detectando la presencia de anticuerpos humanos anti-MERS-CoV IgG, IgM o neutralizantes en muestras humanas [18, 48, 69]. No se encontró ningún signo de anticuerpos MERS-CoV entre 2.400 sueros de pacientes que visitaron el Hospital de Jeddah, desde 2010 hasta 2012, antes de la descripción de MERS-CoV [18]. Los métodos IFA tampoco detectaron ningún signo de infección previa por MERS-CoV entre una pequeña muestra de 130 donantes de sangre sanos de otro hospital de Jeddah (recogida entre enero y diciembre de 2012) [70]. De 226 trabajadores del matadero, sólo ocho (3,5%) fueron positivos por IFA, y los sueros no pudieron ser confirmados por la prueba de neutralización del virus (NT). El estudio indicó que HCoV-HKU1 era una fuente probable de antígenos de reacción cruzada en todo el virus IFA [70]. El virus completo MERS-CoV IFA también sufrió alguna reactividad cruzada con el SRAS convaleciente sera y esto no pudo resolverse mediante una prueba de NT que también fue reactiva [71]. La IFA utilizando proteínas recombinantes en lugar del virus entero IFA, ha demostrado ser una herramienta más específica [31]. Dado que se han postulado zoonosis asintomáticas [72], la ausencia de anticuerpos contra el MERS-CoV entre algunos humanos que tienen contacto regular y estrecho con camellos puede reflejar la rareza de animales infectados activamente en carnicerías, un riesgo de transmisión limitado asociado con DCs de sacrificio [70], un estado inmune cruzado de protección preexistente o algún otro factor(s) que resulta en un bajo riesgo de enfermedad y seroconversión concurrente que se desarrolla después de la exposición en este grupo. IFA usando proteínas recombinantes en su lugar. Algunos seroensayos han pasado por alto los riesgos de trabajar con virus infecciosos al crear células transfectadas que expresan porciones recombinantes de las proteínas nucleocápsidas y punzantes del MERS-CoV [48, 73], o utilizando un lentivirus recombinante que expresa la proteína de pico del MERS-CoV Un ensayo de pseudoneutralización de partículas (ppNT) ha sido ampliamente utilizado en estudios en animales y fue al menos tan sensible como la prueba tradicional de microneutralización (MNT). [10, 74, [76] [77] [78] ] Los estudios que utilizaron pequeños números de muestra y ppNT no encontraron evidencia de anticuerpos neutralizantes MERS-CoV en sueros de 158 niños con infecciones de LRT entre mayo de 2010 y mayo de 2011, 110 sera de 19 a 52 años de edad donantes de sangre masculina y 300 trabajadores autoidentificados de animales de la Región Jazan de la KSA durante 2012 [79, 80]. Del mismo modo, un estudio de cuatro pastores en contacto con una manada infectada de DC en Al-Ahsa, ocho personas que tenían contacto intermitente con la manada, 30 veterinarios y personal de apoyo que no estaban expuestos a la manada, tres trabajadores de mataderos no protegidos en Al-Ahsa y 146 controles que no estaban expuestos a DC en ningún papel profesional, no encontró ninguna evidencia serológica de infección por MERS-CoV en el pasado utilizando el ensayo ppNT [10]. Un retraso en la respuesta de anticuerpos neutralizantes a la infección por MERS-CoV se asoció con un aumento de la gravedad de la enfermedad en los casos de Corea del Sur con la mayoría de las respuestas detectables para la tercera semana de enfermedad, mientras que otros, aunque la enfermedad era grave, no respondieron durante cuatro o más semanas [81]. Las implicaciones para nuestra capacidad de detectar cualquier respuesta en casos leves o asintomáticos no fueron exploradas, pero Un brote jordano de TRT aguda en un hospital en 2012 se encontró retrospectivamente asociado a la infección por MERS-CoV, utilizando inicialmente RT-rtPCR, pero posteriormente, y en una escala mayor, a través de la positividad por ELISA y la prueba IFA o MNT. [46, 82, 83] Este brote fue anterior al primer caso de MERS en la KSA. La ELISA utilizó una proteína nucleocápsida recombinante del grupo 2 betacoronavirus bat-CoV HKU5 para identificar anticuerpos contra la proteína MERS-CoV reactiva equivalente [71]. Se validó utilizando 545 sera recolectada de personas con HCoV-OC43, HCoV-229E, SARS-CoV, HCoV-NL63, HRV, HMPV o influenza A(H1N1), pero fue supuestamente menos específica que la I También se consideró una herramienta aplicable para el cribado de grandes números de muestra [82]. Un microarray de proteína que expresa la subunidad de proteína S1 ha sido validado y ampliamente utilizado para las pruebas de DC [5, 84]. Detección de infección por MERS-CoV usando microarray de proteína ELISA o S1 [84] suele ser seguido por IFA confirmatoria y/ o una neutralización de reducción de placa (PRNT) [69, 70, 85] o MNT test. [74, 85, 86] Este proceso confirmatorio tiene como objetivo asegurar que los anticuerpos detectados sean capaces de neutralizar específicamente el virus previsto y no sean más ampliamente reactivos a otros coronavirus encontrados en DCs (coV bovina, BCoV) o humanos (HCoV-OC43, HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoV-HKU1, SARS En el estudio más grande de sueros humanos, un proceso de diagnóstico escalonado asignó tanto el SERA positivo recombinante como el SERA ELISA recombinante a la seropositividad 'etapa 1'. Un resultado seropositivo en estadio 2 requirió además un resultado PRNT adecuadamente titulado [87]. El estudio encontró que 15 SERA recolectados en 2012 a 2013 de 10.009 (0,2%) personas en 13 provincias KSA contenían anticuerpos MERS-CoV, pero proporciones significativamente mayores en se produjeron en pastores de camellos (dos de 87; 2,3 %) y trabajadores de mataderos (cinco de 140; 3,6 %) [87]. Se necesitan encuestas contemporáneas. MERS-CoV no parece ser fácilmente transmitido de DCs a los seres humanos, o tal vez es [72], pero generalmente no desencadena una respuesta inmune detectable si sólo se producen enfermedades leves o infecciones asintomáticas. Los ensayos serológicos necesitan una validación adicional en esta área, por lo que es necesario tener cuidado al trasladar algoritmos de serología diagnóstica de reciente desarrollo de un entorno de investigación a uno que informe las decisiones de salud pública, lo que se reforzó cuando un caso falso positivo en EE.UU., supuestamente infectado después de un apretón de manos y dos reuniones cara a cara, no resistió más análisis confirmatorios utilizando un ensayo NT más específico y posteriormente se retractó [88, 89]. La OMS recomienda tomar muestras de la TRL para las pruebas RT-rtPCR del MERS-CoV, especialmente cuando la recolección de muestras se retrasa una semana o más después del inicio de los síntomas. [53] Las muestras de TRL también son mejores para intentar aislar el virus infeccioso, aunque el éxito del cultivo se reduce cuando persiste la enfermedad [49]. Los tipos de muestras recomendados incluyen lavado broncoalveolar (BAL), aspirado traqueal/traqueobronquial, líquido pleural y esputo [53, 90]. Las muestras frescas arrojan mejores resultados diagnósticos que el material refrigerado [69] y si es probable que se produzcan retrasos en las pruebas de ≥72 h, las muestras (excepto sangre) deben congelarse a −70°C [90]. Si se dispone de ellas, también se pueden realizar biopsias pulmonares o tejidos de autopsia [53]. Sin embargo, la TRU es un lugar de muestreo menos invasivo y más conveniente, y se recomienda un hisopo orofaríngeo y de garganta o un aspirado/lavado nasofaríngeo cuando se va a realizar el muestreo de TRU [90]. Los sueros emparejados, recogidos de dos a tres semanas de diferencia son preferibles para las pruebas serológicas, mientras que se sugiere que una muestra única sea suficiente si se recogen dos semanas después de la aparición de la enfermedad o un único suero recogido durante los primeros 10-12 días si se realiza RT-rtPCR [53, 90]. Se ha encontrado que la orina y las heces humanas contienen ARN MERS-CoV 12 a 26 días después de la aparición de los síntomas [25, 69, 91] y se enumeran como muestras que deben considerarse [53, 90]. En dos casos que llegaron a los Países Bajos, la orina fue RT-rtPCR negativa pero las heces fueron débilmente positivas y los sueros fueron RT-rtPCR positivos durante cinco días o más [25]. El hallazgo de ARN viral MERS-CoV en el suero proporciona una vía para estudios retrospectivos basados en PCR La ARNemia también puede correlacionarse con la gravedad de la enfermedad; los signos de virus fueron eliminados del suero de un paciente recuperado, pero se mantuvo hasta la muerte de otro [92]. Los casos de sospecha clínica de MERS pueden devolver resultados negativos por RT-rtPCR. Los datos han demostrado que una o más muestras de URT negativas pueden ser contradichas mediante un muestreo adicional de URT o el uso de muestras de LRT, lo que se prefiere [2, 43, 93]. En la LRT se producen cargas virales más altas que en la URT. [22, 69, 88, 94] Esto concuerda con la observación de que la mayoría de los síntomas de la enfermedad se reportan como enfermedad sistémica y LRT [21]. Sin embargo, en ocasiones incluso los especímenes de LRT de los casos de MERS pueden ser inicialmente negativos, sólo para más tarde ser positivos por RT-PCR [95 Esto puede deberse a una mala toma de muestras cuando la tos está ausente o no es productiva o porque la carga viral es baja [95]. A pesar de esto, tanto los mayores estudios de MERS-CoV humanos [32, [96] [97] [98] y los más pequeños [22, 25, 99], utilizan muestras de la URT. Cabe destacar que un estudio reportó una asociación entre cargas más altas en la URT y peores resultados clínicos incluyendo cuidados intensivos y muerte [94]. Al escribir, no existen datos humanos para definir si el virus se replica única o preferentemente en la LRT o URT, o réplicas en otros tejidos humanos in vivo, aunque el ARN MERS-CoV se ha detectado tanto de la URT como de la LRT en un modelo de mono macaco [100].La distribución de DPP4 en las vías respiratorias superiores humanas tampoco está bien descrita. Los estudios individuales de casos humanos reportan largos periodos de eliminación viral, a veces intermitentes y no necesariamente relacionados con la presencia de síntomas de la enfermedad. [25, 69, 99, 101] En un caso, un HCW arroja ARN viral durante 42 días en ausencia de enfermedad [99]. Es un área de alta prioridad para entender mejor si estos casos son capaces de infectar a otros. Más de tres cuartas partes de los casos de MERS arrojan ARN viral en sus muestras de TL (aspirados traqueales y esputo) durante al menos 30 días, mientras que sólo el 30 % de los contactos seguían arrojando ARN en sus muestras de TRU [91, 102]. En el único estudio para examinar el efecto del tipo de muestra en el análisis molecular, se examinaron 64 aspirados nasofaríngeos (ANP; una muestra de TRU), 30 aspirados traqueales, 13 Los aspirados traqueales y el BAL devolvieron los valores de carga viral más altos seguidos por el NPA y el esputo. Como era de esperar, las cargas virales más altas generalmente coincidían con la secuenciación del genoma completo y el éxito del cultivo y, en las pruebas del NPA, estaban significativamente correlacionadas con enfermedades graves y muerte [49, 94, 103]. Este estudio demostró la importancia del muestreo de LRT para la secuenciación del genoma completo. Cuando se probó, las muestras positivas para el MERS-CoV a menudo son negativas para otros patógenos [25, 93, 104]. Sin embargo, muchos estudios no mencionan pruebas adicionales para virus respiratorios humanos endémicos [21, 23, 73, 105]. Cuando se buscan virus, se han incluido el herpesvirus humano (VHH), los rinovirus (VHR), los enterovirus (VVV), el virus sincitial respiratorio (VRS), el virus parainfluenzavirus tipos 1, 2 y 3 (VIP), los virus de la gripe (VFI), los HCoV endémicos, los adenovirus (VCD) metapneumovirus (VPM) y el virus influenza A\H1N1; en ocasiones se han encontrado codetecciones con MERS-CoV [2, 22, 37, 69, 97]. A veces se incluyen pruebas bacterianas (por ejemplo, para Legionella y Pnemocococcus), pero el impacto de la copresencia bacteriana tampoco está claro [22, [104] [105] [106]. Otras pruebas de la muestra de TRL del primer caso del MERS utilizaron IFA para detectar algunos virus (negativos para IFV, PIV, RSV y AdVs) y RT-PCR para otros (negativos para AdV, EV, MPV y HHVs) [18]. RT-PCR también detectó MERS-CoV. La OMS recomienda encarecidamente pruebas para otros patógenos respiratorios [53] pero con esta recomendación a menudo descontada, hay datos limitados para abordar la ocurrencia y el impacto de coinfecciones o diagnósticos virales alternativos entre ambos casos del MERS y sus contactos. Poco se sabe de otras causas de neumonía similar al MERS en el KSA o de la carga general de enfermedad debido a los virus respiratorios clásicos conocidos. Pruebas de peregrinos adultos que realizan el Hajj en 2012 a 2014 no ha detectado ningún MERS-CoV. En 2012, se realizaron pruebas de hisopos nasales de 154 peregrinos recogidos antes de partir hacia el KSA o partir de él [47]. En 2013, las pruebas se ampliaron significativamente con 5.235 hisopos nasofaríngeos de 3.210 peregrinos entrantes y 2.025 hisopos de peregrinos salientes probados [98]. Cabe señalar que la mayoría de los peregrinos llegaron de países libres de MERS. Se tomaron otros 114 hisopos de peregrinos con enfermedad similar a la gripe [96, 107]. En reuniones anteriores del Hajj, se descubrió que los virus de la gripe circulaban ampliamente, mientras que otros virus, a menudo rinovirus, circulaban de manera más selectiva, interpretando que indicaban su importación junto con peregrinos extranjeros [107] [108] [108] Con el tiempo, el aumento de la vacunación contra la gripe se ha acreditado como una disminución de la prevalencia de enfermedades similares a la gripe entre los peregrinos [110] A menudo no se recoge una muestra de TRL para estos estudios [98, 107, 109], por lo que los hallazgos negativos falsos son una posibilidad, aunque poco se sabe sobre el sitio inicial de infección y replicación del MERS-CoV; se puede haber supuesto que fue la TRL porque la enfermedad se notó por primera vez allí, pero la TRL puede ser el lugar de la replicación más temprana. En Jeddah entre marzo y julio de 2014 (en adelante, el brote de Jeddah-2014; Fig. 3 ), hubo un rápido aumento en los casos del MERS, acompañado de un intenso cribado; aproximadamente 5.000 muestras de dentro y alrededor de la región se probaron en un mes, produciendo alrededor de 140 detecciones del MERS-CoV (prevalencia ~3 %) [111]. Entre los 5.065 individuos muestreados y analizados en la KSA entre octubre de 2012 y septiembre de 2013, se realizaron 108 (2,1%) detecciones en una población hospital-céntrica que incluyeron casos hospitalizados (n = 2.908; 57,4 %), sus familias (n = 462; 9,1 %) y HCW asociados (n = 1.695; 33,5 %) [32]. Entre las detecciones, 19 (17,8 %) eran HCW y 10 (9,3 %) eran contactos familiares [32]. La prevalencia del 2-3 % de infecciones activas por MERS-CoV no es diferente a la prevalencia hospitalaria de otras COV humanas. [112] Sin embargo, la proporción de muertes entre los infectados por MERS-CoV es mucho mayor que la conocida por los HCoV NL63, HKU1, 229E u OC43 en otros países, e incluso superior a la de SRAS-CoV; no es un virus que pueda razonablemente ser descrito como una "tormenta en una taza de té". Es la baja tasa de transmisión que ha evitado la propagación mundial, a pesar de muchas "oportunidades". Muy temprano en el brote de MERS, algunos animales fueron altamente considerados como el reservorio o huésped(s) intermedio(s) de MERS-CoV con tres de los cinco primeros casos que tuvieron contacto con DCs [73, 113, 114]. Hoy en día, las infecciones por MERS-CoV animales deben ser reportadas a la organización mundial para la salud animal como una enfermedad emergente [115]. Un resumen de los primeros casos de MERS reportados por la OMS definió el contacto animal con humanos como directo y dentro de los 10 días previos al inicio de los síntomas [20]. Esta definición no permitió específicamente la adquisición de DCs a través de una vía basada en gotitas, que es muy probable que sea la vía de adquisición de un virus que inicialmente y predominantemente causa enfermedad respiratoria [23]. Se sabe que los camellos producen altos niveles de ARN MERS-CoV en su URT y pulmones [116]. Proporcionando apoyo para una vía de transmisión de gotitas y tal vez indicando la presencia de ARN en núcleos más pequeños y secos de gotitas, se identificó ARN MERS-CoV en una muestra de aire de alto volumen recogida de un granero que alberga un DC infectado [117]. La fuente precisa de la que los humanos adquieren MERS-CoV sigue siendo poco estudiada pero parece probable Estos factores pueden resultar importantes para los casos humanos que no describen ningún contacto DC [119] ni ningún contacto con un caso confirmado. Si la definición de contacto con animales de la OMS es suficiente para identificar la exposición a este virus respiratorio no está clara. La formulación se centra en el consumo de productos DC, pero no atribuye específicamente el riesgo a una vía de gotitas para la adquisición de MERS-CoV desde DC [120]. Algunos pacientes MERS se enumeran en los avisos de enfermedad de la OMS como próximos a los DCs o granjas, pero los individuos no han descrito entrar en contacto con los animales. No se reporta ninguna vía alternativa para adquirir infección en muchos de estos casos. Lo que constituye una definición de "contacto" durante estas entrevistas se ha definido para un estudio [72]. A pesar de esta falta de claridad, la OMS considera que la evidencia que vincula la transmisión de MERS-CoV entre DCs a humanos es irrefu La posibilidad de que los murciélagos fueran un huésped animal de MERS-CoV fue ampliamente discutida inicialmente debido a la diversidad existente de coronavirus conocidos por residir entre ellos [121] [122] [123]. Evidencia concluyente que apoya a los murciélagos como fuente de infecciones humanas por MERS-CoV todavía no se ha encontrado, pero los murciélagos parecen albergar a los representantes ancestrales [53, 125]. Sin embargo, estas no son variantes del mismo virus ni siempre dentro del mismo linaje filogenético que MERS-CoV; cada uno son un virus genéticamente distinto. La infección de murciélago a humano por MERS-CoV es un evento puramente especulativo. La única pieza de evidencia específica del MERS-CoV que apunta a los murciélagos se origina en la amplificación de un fragmento de 190 nt del gen ARN dependiente de la polimerasa del genoma del MERS-CoV, identificado en un pellet fecal de un murciélago insectívoro Emballonuridae, Taphozous perforatus encontrado en Bisha, el KSA [121]. Aunque muy corta, la secuencia del fragmento lo definió como un descubrimiento diagnóstico. Posteriormente se informó de un enlace a los DC [85] y ese enlace ha madurado en una asociación verificada [38, 126] (Fig. 4). (Véase la figura en la página anterior.) Fig. 3 Detecciones mensuales de MERS-CoV (barras azules) y de casos que murieron (barras rojas) con algunas fechas de interés marcadas para 2012 al 4 de septiembre de 2015. Se indica una aproximación de cuando la estación de parto DC [128] y cuando los DC recién nacidos son destetados. La primavera (verde) y el verano (naranja) en la Península Arábiga también están sombreados. Tenga en cuenta la escala del eje y de la izquierda para 2014 y 2015 que es mayor que para 2012/13. Fuentes de estos datos públicos incluyen la OMS, Ministerios de Salud y FluTrackers [207] [209] [209]. Versiones anteriores y posteriores de este gráfico se mantienen en un blog personal [210]. Modificado y reimpreso de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio de Oriente Medio: Una infección por coronavirus emergente rastreada por la multitud. Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con permiso de Elsevier [5] Los DCs, que constituyen el 95 % de todos los camellos, tienen una presencia central en la El contacto puede ser común y puede ocurrir de diversas maneras (Fig. 4a). Hay varios grandes festivales, razas, ventas y desfiles bien atendidos que cuentan con DCs y DCs también son mantenidos y criados cerca de áreas pobladas en el KSA [127, 128]. La leche y la carne DC son ampliamente consumidas y el DC más viejo es un animal de importancia ritual después de la peregrinación del Hajj [129]. Sin embargo, la frecuencia de infección del MERS-CoV es mucho menor que el hábito generalizado y frecuente de comer, beber y preparar productos DC. La ingestión diaria de leche DC fresca no pasteurizada es común entre los beduinos del desierto y muchos otros en el KSA. La orina DC también se consume o se utiliza para supuestos beneficios para la salud. A pesar de que la carnicería de camellos es una ocupación local, ni los carniceros ni otros grupos en riesgo son identificables entre los casos de MERS; esto puede ser simplemente un problema de información en lugar de una ausencia inexplicable de MERS. Un pequeño estudio de casos y controles publicado en 2015 identificó el contacto directo con la DC, y no la ingestión de productos, para estar asociado con la aparición de MERS [38]. La primera investigación sero-encuesta de ganado que vive en la región de Oriente Medio se llevó a cabo durante 2012-2013 [85]. Los DCs fueron muestreados a partir de una manada de canarios nacidos principalmente y de DCs omaníes (originalmente importados del Cuerno de África) [85]. b Las infecciones de camello a humano parecen ser poco frecuentes, mientras que la propagación de la infección de ser humano a ser humano se ve facilitada regularmente por una CIP deficiente en los entornos de salud donde se amplifica la transmisión, lo que explica la mayor parte de los casos. Hay casos de MERS humanos que no entran en ninguna de las categorías de origen y no está claro si estas infecciones adquiridas a través de alguna vía totalmente separada, o de casos que escaparon al diagnóstico. c Las formas hipotéticas en las que la subclínica (cuando la infección puede no alcanzar un umbral clínico previamente definido de signos y/o síntomas) o asintomáticas (sin signos obvios ni medidos, observados o recordados de enfermedad) la infección por MERS-CoV puede estar implicada en la transmisión DC sera podría neutralizar MERS-CoV mientras que todas las seras DC de Omán tenían niveles elevados de anticuerpos neutralizantes específicos de MERS- Desde este estudio, una serie de informes revisados por pares han analizado tanto a los DCs como a otros animales, y la posibilidad de que puedan albergar la infección por MERS-CoV. Se han encontrado DCs seropositivos en toda la Península Arábiga, incluyendo Omán, la KSA, Qatar, Jordania, los Emiratos Árabes Unidos (EAU), Kuwait así como Sudán, Somalia, Egipto, Túnez, Nigeria, Kenia y Etiopía en África y las Islas Canarias [85, [130] [133] [133] [134]. Otros animales probados incluyen ovejas, vacas, cerdos, caballos, burros, mulas, aves, búfalos acuáticos, cabras, camellos bactrianos, llamas y guanacos (camélidos suramericanos) pero ninguno tenía anticuerpos neutralizantes detectables contra MERS-CoV [4, 74, 78, 85, 86, 135, 136]. No se han notificado hasta la fecha estudios de virología o serología de muestras humanas procedentes de zonas de África donde hay camellos con antecedentes de MERS-CoV. Sin embargo, la ausencia de neumonía inexplicable que pueda atribuirse a la infección por MERS-CoV puede no indicar la ausencia de virus entre los seres humanos en cada país, sino simplemente reflejar la falta de costosos estudios de epidemiología realizados por países pobres en recursos. Por lo tanto, no está claro si el MERS-CoV, o una CoV relacionada con antígenos, es un patógeno no reconocido en estas regiones, quizás circulando durante más tiempo del que se ha conocido en la Península Arábiga [133]. El ARN del MERS-CoV también se ha detectado en muestras de DC, y también se ha logrado la recuperación del virus infeccioso a partir de muestras de DC [4, 77, 117, 132, [137] [139] De algunos de ellos, se han secuenciado genomas completos o mayoritarios de MERS-CoV [77, 137, 138]. Las versiones DC de MERS-CoV fueron tan similares entre sí, como las variantes detectadas de diferentes seres humanos a lo largo del tiempo y a lo largo de la distancia. Los ensayos de detección de anticuerpos anticuerpos también han detectado anticuerpos cruzados en sera. Estos se identificaron como tales mediante la detección de sera contra virus similares, por ejemplo BCoV o HCoV-OC43 (como facsímil antigénico para BCoV). Es posible que otros virus similares a MERS-CoV también residan dentro de los DCs, pero esto no menoscaba el hallazgo definitivo de secuencias genéticas de MERS-CoV tanto en DCs como en humanos [117, 142, 143]. Los estudios de detección han demostrado que los DC juveniles son más a menudo positivos para el virus o el ARN viral, mientras que los DC mayores son más propensos a ser seropositivos y ARN o virus negativos [76, 77, 144]. En los DC adultos, se ha detectado ARN MERS-CoV entre animales con anticuerpos preexistentes, lo que sugiere que es posible la reinfección [77, 144]. Las cargas virales entre DC positivos pueden ser muy altas [4, 76, 77, 139, 144] y DCs se han encontrado positivos tanto cuando están enfermos con signos respiratorios de TRU [77, 117, 142, 145] o cuando aparentemente sanos [137]. Estos hallazgos indican que los DCs hospedan infecciones naturales MERS-CoV. Además, los sera DC almacenados han revelado signos de MERS-CoV en DCs que datan de hace más de tres décadas (los más tempranos Los sera más viejos no han sido probados y, por lo tanto, cuánto tiempo los DC han sido afectados por MERS-CoV, si el virus es enzoótico entre ellos, introducidos hace décadas o siglos de murciélagos en África o la Península Arábiga, o son objeto de incursiones virales regulares pero de corta duración de un huésped aún desconocido, no pueden ser respondidos. Los investigadores buscaron determinar una dirección para la infección; estaban los DC transmitiendo virus a los seres humanos o estaban los humanos infectando DC? En un sitio de Qatar, un propietario de una granja y su empleado se enfermaron a mediados de octubre de 2013 y dieron positivo para el ARN MERS-CoV en una muestra de esputo y hisopos de garganta, respectivamente. RT-rtPCRs encontró MERS-CoV ARN en 11 de 14 hisobas nasales de DC positivas en la granja; seis (43 %) positivos Los resultados indicaron que se había producido un brote reciente en este rebaño; la primera indicación de ARN MERS-CoV encontrado en DCs con una asociación temporal a infecciones humanas; tres muestras de DC positivas fueron confirmadas por secuenciación de una porción de 358 nt del gen de la espiga; estas secuencias eran idénticas unas a otras, de nuevo con homología cercana a otras secuencias humanas y DC MERS-CoV [138]. Los DCs y contactos humanos produjeron secuencias ORF1a y ORF4b que diferían por un solo nucleótido cada una, agrupando estrechamente con la variante Hafr-Al-Batin_1_2013 [138]. Estudios de casos posteriores encontraron evidencia de una infección humana y DC concurrente y la dirección de esa infección fue inferida a partir de los DCs enfermos y a sus propietarios humanos [117, 142, 146]. Las secuencias del genoma parcial indicaron que un humano y un DC positivo de la RT-RTPCR del MERS-CoV habían sido infectados por una variante del mismo virus, albergando el mismo patrón distinto de polimorfismos de nucleótidos. [142] Todos los nueve DC en la manada del propietario, muestreados en serie, reaccionaron en un antígeno S1 recombinante ELISA, con los dos animales que habían sido positivos de la RT-rtPCR mostrando un pequeño aumento verificable del título de anticuerpos [142]. Un aumento del título teóricamente comienza 10 a 21 días después de la infección de la DC [142]. Los autores sugirieron que el aumento del título en la suera de la DC que ocurrió junto con una disminución de la carga de ARN, mientras que el paciente estaba activamente enfermo y hospitalizado, indicó que los DC fueron infectados primero seguidos por el propietario [117, 142]. Los anticuerpos BCoV también estuvieron presentes, y aumentaron en uno de los dos animales positivos RT-rtPCR, pero ninguno de ellos pudo neutralizar la infección BCoV [142]. La temporada de parto en camellos se produce en los meses de invierno (entre finales de octubre y finales de febrero; Fig. 3 ) y este puede ser un momento en el que existe un mayor riesgo para los seres humanos de derrames debido a nuevas infecciones entre las poblaciones de DC ingenuas [128]. ¿Qué papel podría desempeñar el anticuerpo de camello materna en el retraso de la infección de terneros sigue siendo desconocido [128, 142]. Los DC juveniles parecen tener una infección activa con más frecuencia que los DC adultos y, por lo tanto, el sacrificio de los DC, que debe ser de cinco años de edad o más (llamados a thane), puede no ir acompañado de un riesgo significativo de exposición a la infección. A diferencia de los resultados anteriores, los trabajadores de los mataderos que matan tanto a los DC más jóvenes como a los más viejos, pueden ser un grupo ocupacional con una incidencia significativamente mayor de seropositividad a la MERS-CoV cuando los animales tienen infecciones activas por MERS-CoV [129, 139, [147] [148] [149]. Las investigaciones virológicas ampliadas de los DC africanos pueden dar lugar a animales más seropositivos y zonas geográficas en las que los seres humanos pueden estar en riesgo. Es posible que haya zonas en las que los seres humanos ya albergan infecciones por MERS-CoV que no se han identificado debido a la ausencia de vigilancia de laboratorio. Las investigaciones virológicas de los murciélagos pueden dar lugar a hallazgos de virus ancestrales y "eslabones de pérdida viral" e identificar cualquier otra fuente animal de propagación zoonótica es importante para informar opciones para reducir la exposición humana [56, El MERS-CoV infeccioso añadido a la leche de CC, cabra o vaca y almacenado a 4 °C podría recuperarse al menos 72 h más tarde y, si se almacena a 22 °C, la recuperación fue posible hasta 48 h [150]. El título de MERS-CoV disminuyó un poco cuando se recuperó de la leche a 22 °C pero pasteurización completamente ablatada Infectividad MERS-CoV [150]. En un estudio posterior, se identificó ARN MERS-CoV en la leche, secreción nasal y heces de DCs de Qatar [151]. Un estudio único ha examinado la capacidad de MERS-CoV para sobrevivir en el medio ambiente [150]. Las superficies plásticas o de acero fueron inoculadas con 10 6 TCID 50 de MERS-CoV a diferente temperatura y humedad relativa (RH) y se intentó la A alta temperatura ambiente (30°C) y a baja RH (30 %) MERS-CoV permaneció viable durante 24 h [150]. En comparación, un virus respiratorio bien conocido y eficientemente transmitido, el virus influenza A, no pudo recuperarse en cultivo más allá de cuatro horas bajo ninguna condición [150]. Los experimentos de Aerosol encontraron que la viabilidad del MERS-CoV sólo disminuyó un 7 % a baja RH a 20°C. En comparación, el virus influenza A disminuyó un 95 % [150]. La supervivencia del MERS-CoV es inferior a la demostrada previamente para el SARS-CoV [152]. En el contexto, las bacterias patógenas pueden permanecer viables y en el aire durante 45 minutos en un aerosol tosido y pueden propagarse 4 m. La capacidad de MERS-CoV para permanecer viable durante largos períodos de tiempo le da la capacidad de contaminar completamente las superficies de Se desconoce si el MERS-CoV puede permanecer a la deriva e infeccioso durante períodos prolongados (verdaderamente aerotransportado) y si estos hallazgos amplían nuestra comprensión de las posibilidades de que las gotitas transmitan virus respiratorios en muchos entornos, incluyendo salas de espera hospitalarias, departamentos de emergencia, salas de tratamiento, instalaciones de cuidados intensivos abiertos y salas privadas de pacientes. La naturaleza y calidad del intercambio de aire, circulación y filtración son variables importantes en la medición y reducción del riesgo, así como el uso de salas de presión negativa para contener casos conocidos. Se considera que la propagación de la gota entre humanos es el mecanismo de transmisión humana a humana y se hizo hincapié en la necesidad de precauciones de las gotas después del hospital Al-Ahsa, la KSA y los brotes de Corea del Sur [21, 23, 154, 155]. La provisión de pruebas que apoyen la mejor formulación de equipos de protección personal para ser usados por los HCW que reciben, manejan o realizan procedimientos en casos infecciosos sigue siendo una prioridad. MERS-CoV fue encontrado y caracterizado por su aparente asociación con enfermedades graves, y por lo tanto más obvias, en humanos; éramos canarios en la mina de carbón. Seroensayos y estudios prospectivos de cohortes todavía no han determinado hasta qué punto los casos más leves o asintomáticos contribuyen a las cadenas de transmisión de MERS-CoV. Sin embargo, la transmisión de MERS-CoV se define como esporádica (no sostenida), intrafamiliar, a menudo asociada a la atención médica, ineficiente y que requiere contacto cercano y prolongado [22, 31, 63, 93, 97, 102, 156] En un estudio doméstico, 14 de 280 (5 %) contactos de 26 pacientes con índice positivo de MERS-CoV eran ARN o anticuerpos positivos; la tasa de transmisión general, incluso en brotes es de alrededor del 3 % [31]. Parece que la mayoría de los casos humanos de MERS-CoV, incluso cuando los números parecen aumentar repentinamente, no transmiten fácilmente a más de otro humano hasta la fecha, la epidemia localizada de MERS-CoV no ha sido autosostenible [157] [159] [160] [161]. Es decir, el número básico de reproducción (R 0 ) -el número medio de infecciones causadas por un individuo infectado en una población totalmente susceptible ha estado cerca de uno en varios grupos y brotes. Si R 0 era mayor que 1, se esperaría un aumento sostenido en el número de casos. Algunos cálculos de R o pueden verse afectados por el rastreo incompleto de los contactos de casos, pruebas comunitarias limitadas y cómo se define un caso. El MERS ha tenido una presencia constante en la Península Arábiga desde 2012 se debe a los eventos de derrames esporádicos en curso de DCs amplificados por brotes hospitalarios mal controlados. En marcado contraste, una seroencuesta de HCW que a veces estaba en contacto cercano y prolongado con el primer caso fatal de MERS-CoV en 2012 [162], encontró que ninguno de los HCW se había seroconvertido cuatro meses más tarde, a pesar de la ausencia de protección ocular y el cumplimiento variable de los estándares requeridos de EPP [162]. Al principio de la historia del MERS, las muestras para la prueba fueron recolectadas principalmente de pacientes con enfermedad grave y no de aquellos con infecciones respiratorias agudas más leves. Los contactos de los casos confirmados de MERS fueron a menudo observados para enfermedad clínica, pero no probados. Estas omisiones pueden haber confundido nuestra comprensión de la transmisión del MERS-CoV y sesginar los datos tempranos hacia un mayor número de pacientes gravemente enfermos y hospitalizados, inflando la aparente proporción de casos mortales. A medida que cambiaban los paradigmas de las pruebas y se hacían cada vez más pruebas de los contactos, se reconocían infecciones más asintomáticas y leves [163]. Un aumento en los casos llamados asintomáticos (que amplían el denominador para los cálculos de la proporción de casos mortales, definida en [164] ) dio lugar a una disminución en la proporción de casos mortales durante el brote de Yeddah-2014. Históricamente, tales aumentos son consistentes con la modificación de las definiciones y respuestas de laboratorio y el manejo clínico de una infección por virus recién descubierta que se observó por primera vez sólo entre los enfermos graves. Tras el seguimiento, más de tres cuartas partes de esas personas positivas del ARN del MERS-CoV recordaron haber tenido uno o más síntomas en ese momento, a pesar de que se notificó como asintomática [165], planteando alguna pregunta sobre la fiabilidad de otros datos Aproximadamente el 43 % de los casos MERS (549 de 1277) en la KSA fueron mortales entre 2012 y diciembre de 2015, mientras que el 21 % (72 de 330) fallecieron entre los que se produjeron fuera de la KSA. El número total de casos masculinos siempre supera en número a las mujeres y la proporción de muertes masculinas es siempre mayor que la proporción de mujeres que fallecen. Sin embargo, la proporción de muertes masculinas de varones totales con MERS es similar a la de las mujeres. En la KSA, hay una mayor proporción de varones más jóvenes entre los casos y muertes que se observaron en los brotes de Corea del Sur o Jeddah-2014 de 2015 (Fichero adicional 2: Figura S2 ). Por qué estos aspectos han diferido pueden deberse a diferencias en el tiempo de presentación y diagnóstico, la naturaleza y calidad de la atención de apoyo, la forma en que una persona se contagió (habita, exposición a una fuente humana o zoonótica, carga viral, vía de infección) o la medida en que las diferentes poblaciones se ven afectadas por enfermedades subyacentes [40]. Como grupo, los HCW representaron el 16 % de los casos de MERS en la KSA y Corea del Sur. Es evidente que la proporción semanal de HCW infectados aumenta junto con cada fuerte aumento en las detecciones generales (Fig. 5). En mayo de 2013, la OMS publicó directrices para IPC durante el cuidado de casos probables o confirmados de infección por MERS-CoV en un entorno sanitario [166]. Estos aumentos en las detecciones de MERS-CoV pueden disminuir la edad media durante cada evento debido a que los HCW son generalmente más jóvenes que los pacientes internados con MERS. Las instalaciones sanitarias han sido un objetivo regular de mejoras sugeridas para mejorar los procedimientos de prevención y control de infecciones (IPC) [115, 118]. La mayor parte del análisis de la genética MERS-CoV se ha realizado utilizando métodos de secuenciación de alto rendimiento o "profundo" para la deducción completa del genoma [167] [168] [169]. MERS-CoV fue el primer sujeto de un uso tan extendido de secuenciación profunda para estudiar un brote viral emergente con alcance global. La técnica puede producir genómica [207] [209]. Las versiones anteriores y posteriores de esta tabla se mantienen en un blog personal [210] cobertura de longitud en un solo experimento con medición altamente repetitiva de cada posición de nucle A pesar de los ensayos publicados al principio, la secuenciación subgenómica, una vez el pilar de los estudios de brotes virales, se ha publicado con menos frecuencia durante la caracterización de MERS-CoV [48]. A medida que se han caracterizado más genomas tanto de humanos como de DC, se han hecho evidentes dos clados; A y B (Fig. 6). Clade A contiene sólo genomas de MERS-CoV derivados del hombre de Jordania, mientras que Clade B comprende la mayoría de genomas humanos y de camellos deducidos hasta ahora [168]. Dos estudios durante 2015, uno mirando a variantes de Jeddah-2014 MERS-CoV y otro mirando a una variante exportada de Corea del Sur a China, ahora han identificado signos de recombinación genética entre variantes de MERS-CoV. Si bien las secuencias del genoma humano y del genoma entero de camello han conservado una identidad de >99 % entre sí, los miembros de linajes genéticamente distintos pueden intercambiar material genético y lo hacen cuando co-ocurren condiciones adecuadas y co-fecciones [170] [171] [172]. La identidad compartida implica que la principal fuente de adquisición humana es el DC, en lugar de otro animal, aunque se necesitan más pruebas de otras especies animales para confirmar esa conclusión. Durante un mes, un virus de DC secuenciado en diferentes ocasiones no cambió en absoluto indicando un grado de estabilidad genómica en su huésped, apoyando que los DC son el anfitrión natural, en lugar de intermedio, del MERS-CoV que conocemos hoy [77]. Hasta la fecha, la recombinación se ha localizado en puntos de ruptura cerca del límite entre las regiones ORF1a y ORF1b, dentro del gen de pico [170] No es inesperado que la recombinación se produzca ya que es bien conocida entre otras CoVs [124] y porque la mayoría de los genomas enteros del MERS-CoV recogidos a partir de muestras de tres años (2012-2015) y de seres humanos, camellos y diferentes países han mostrado una identidad genética cercana entre sí, con una variación sutil suficiente para apoyar investigaciones de brotes mientras se aplique la secuenciación del genoma completo [52, 77, 135, 138, 168, [173] [174] [175]. Los cambios en la secuencia del genoma pueden anunciar alteraciones en la transmisibilidad del virus, replicación, persistencia, letalidad o respuesta a medicamentos futuros. Si tenemos conocimiento previo del impacto de los cambios genéticos debido a estudios de caracterización exhaustivos, podemos establecer una estrecha relación genética entre las secuencias de nucleótidos del MERS-CoV (cargado desde GenBank utilizando los números de adhesión enumerados y Este árbol de unión vecino fue creado en MEGA v6 utilizando una alineación de las secuencias humanas y DCderivadas de MERS-CoV (Genious v8.1 [211] ). Clades se indican junto a barras verticales azules oscuras (Clade A) o pálidos (Clade B). Los iconos de camello denotan genomas de DC. Los brotes sanitarios o comunitarios se encajonan y etiquetan utilizando esquemas previamente descritos [212, 213] monitorean las regiones genómicas y entienden mejor cualquier cambio en la transmisión o patrones de enfermedad a medida que ocurren. Las mutaciones genéticas observadas durante el mayor de los brotes humanos, Jeddah-2014, no impartieron ningún cambio importante replicativo o inmunomodulador cuando se comparan con las variantes virales anteriores in vitro [156, 176]. Sin embargo, entendemos muy poco de los resultados fenotípicos que resultan del cambio genético sutil en Hasta la fecha no se ha informado de ninguna relevancia clínica ni de cambios in vivo evidentes en la replicación, eliminación o transmisión vírica, o se ha atribuido a mutaciones o a nuevos virus recombinantes [156]. Pero se necesitan vigilancia y estudios más grandes, contemporáneos e in vivo. La secuencia genomática localizada a un clado distinto se identificó a partir de un DC egipcio que probablemente fue importado de Sudán. Esto no encaja en ninguno de los clados actuales [125, 168, 177]. Un virus secuenciado a partir de un murciélago Neoromicia capensis estaba más estrechamente relacionado con el MERS-CoV que otras grandes secuencias derivadas de murciélagos habían estado hasta ese punto, pero el genoma de una variante de un MERS-CoV aún no se ha descubierto y deducido de cualquier murciélago [125]. Los análisis de genomas del MERS-CoV han demostrado que la mayoría de las diferencias nucleó 2), que codifica la proteína de pico y proteínas accesorias [168]. Al menos nueve genomas del MERS-CoV contenían sustituciones de aminoácidos en el dominio de unión a los receptores (RBD) de la proteína de pico y los codones 158 (región N-terminal), 460 (RBD), 1020 (en la repetición de heptad 1), 1202 y 1208 investigación de osos como marcadores de cambio adaptativo [140, 169]. La proteína de pico no había cambiado en el genoma recombinante del MERS-CoV identificado en China en 2015, pero se informó que había variado a un ritmo superior al de genomas completos del MERS-CoV, entre variantes surcoreanas [172, 178]. Esto destaca que las regiones subgenómicas pueden no siempre contener suficiente diversidad genética para ser útiles para diferenciar variantes virales. A pesar de esto, un ensayo que amplificaba un fragmento de nucleótido 615 del gen de dominio S2 de pico para la secuenciación de Sanger coincidió con los resultados generados por la secuenciación de algunos genomas completos y fue útil para definir grupos de secuencias adicionales [177]. La secuencia genómica también se puede utilizar para definir los límites geográficos de un cúmulo o brote y monitorear su progreso, basado en la similitud de las variantes encontradas entre humanos y animales infectados cuando ocurren juntos, o entre diferentes sitios y tiempos (Fig. 6 ) [169]. Este enfoque se utilizó al definir el brote de hospital MERS con limitaciones geográficas en Al-Ahsa, que ocurrió entre el 1 de abril y el 23 de mayo de 2013, así como los cúmulos en Buraidah y un brote comunitario en Hafr Al-Batin, el KSA. La secuenciación genómica identificó que aproximadamente 12 detecciones de MERS-CoV de un brote comunitario en Hafr Al-Batin entre junio y agosto de 2013 pudieron haber sido desencadenadas por un caso índice que se infectó a través del contacto DC [175]. La secuenciación de genomas de MERS-CoV del brote hospitalario de Al-Ahsa de 2013 indicó que múltiples variantes virales contribuyeron a los casos, pero que la mayoría fueron lo suficientemente similares entre sí como para ser consistentes con la transmisión humano-humana. La epidemiología molecular ha revelado enlaces ocultos en cadenas de transmisión que abarcan un período de hasta cinco meses [179]. Sin embargo, la mayoría de los brotes no han continuado durante más de dos a tres meses y por lo tanto las oportunidades para que el virus se adapte más a los seres humanos a través de la coinfección y el tránsito en serie sostenido han sido raras [169]. En Riad-2014, la evidencia genética apoyaba la probabilidad de múltiples introducciones externas de virus, implicando una gama de instalaciones de salud en un caso que de otro modo parecía contiguo [23, 168, 179]. Riad es un nexo para el viaje de camellos y humanos y ha tenido más casos MERS que cualquier otra región de la KSA hasta la fecha, pero también alberga una amplia gama de variantes MERS-CoV [128, 167, 179]. Sin embargo, el brote surcoreano se originó de una sola persona infectada, resultando en tres a cuatro generaciones de casos [180, 181]. Estudios de esta variante viral aparentemente recombinante no encontraron un aumento de la tasa evolutiva y ningún signo de adaptación al virus, por lo que el brote parece haber sido impulsado por circunstancias más que por circunstancias junto con mutación [181]. Para muchos casos MERS detectados fuera de la Península Arábiga, se El rastreo de contacto es esencial para contener la aparición y transmisión de un nuevo virus y hoy en día está apoyado por la epidemiología molecular. Aunque es un proceso costoso y que consume tiempo, el rastreo de contacto puede identificar posibles nuevas infecciones y, a través del monitoreo activo o pasivo, reaccionar más rápidamente si la enfermedad se desarrolla. Los resultados del rastreo de contacto hasta la fecha han encontrado que la transmisión continua entre los seres humanos es un evento poco frecuente. Por ejemplo, hubo 83 contactos, tanto sintomáticos como asintomáticos, de un caso tratado en Alemania que viajó desde los Emiratos Árabes Unidos pero no se encontraron signos de virus o anticuerpos en ninguno de ellos [73]. En un estudio de 123 contactos de un caso tratado en Francia, sólo siete coincidieron con la definición de un posible caso y fueron probados; uno que había compartido una habitación hospitalaria de 20 m2 mientras que en una cama a 1,5 m de distancia del caso índice durante un período prolongado fue positivo [26]. Ninguno de los contactos de los dos primeros casos MERS importados a los EE.UU. en 2014 contenía ninguna huella MERS-CoV [182] y ninguno de los 131 contactos de dos viajeros que regresaron a los Países Bajos desarrolló anticuerpos MERS-CoV o testó ARN positivo [25, 183]. Los análisis de datos públicos revelan muchos casos probables de adquisición nosocomial de infección en la Península Arábiga y estos datos pueden ir acompañados de algunos detalles que señalan el contacto con un caso o instalación conocido. Un ejemplo identificó el papel probable de un paciente con una infección subclínica, presente en un hospital durante su ingreso por otras razones, como el caso índice más probable que desencadena un grupo familiar [93]. El rastreo de contacto fue un factor significativo en la terminación de un brote de 2015 con múltiples hospitales surcoreanos [184]. Estos estudios demuestran la necesidad de encontrar y comprender un papel para los casos leves y asintomáticos, junto con la restricción del contacto cercano o la exposición prolongada de las personas infectadas a otras, especialmente familiares mayores y amigos con enfermedad subyacente (Fig. 4c). El brote asociado al hospital en Jeddah en 2014 fue la acumulación más grande y rápida de las detecciones de MERS-CoV hasta la fecha. El mayor número de detección de MERS-CoV de cualquier mes registrado se produjo en Yeddah en abril. El brote se asoció principalmente (> 60 % de los casos) con la propagación de seres humanos a seres humanos dentro de los entornos hospitalarios y se debió a la falta de prevención y control de las infecciones o a su desorganización [37, 185, 186]. Un aumento de las muertes siguió al rápido aumento del número de casos. En 2015 ocurrieron dos grandes brotes. Corea del Sur fue el lugar del primer brote a gran escala fuera de la Península Arábiga y produjo los primeros casos tanto en Corea del Sur como en China, entre mayo y julio de 2015. Esto fue seguido de cerca por un brote distinto en la provincia de Ar Riyad, en la KSA, que parecía estar bajo control a principios de noviembre. Después de permanecer en Bahréin durante dos semanas, un varón de 68 años (68 M) viajó a Corea del Sur vía Qatar, llegando libre de síntomas el 4 de mayo de 2015 [187]. Desarrolló fiebre, Visitó una clínica como ambulatorio entre los días 12 y 15 de mayo y fue ingresado en el Hospital A el día 15 [188]. Fue dado de alta del Hospital A el día 17 y luego fue ingresado en el servicio de urgencias del Hospital B el día 18. Durante esta segunda estancia, se tomó una muestra de esputo y dio positivo para el MERS-CoV el día 20 [187, 188], desencadenando el traslado al centro de tratamiento de aislamiento designado. Durante un período de 10 días, el caso índice fue visto en tres hospitales diferentes, demostrando una característica clave de "compra hospitalaria" que conformó el brote surcoreano. Aproximadamente 34 personas fueron infectadas durante este tiempo [187]. En total 186 casos fueron generados en este brote, todos vinculados a través de una única cadena de transmisión a 68 M; 37 casos murieron [189]. En Corea del Sur, el sistema nacional de seguro médico prevé una atención médica de costo relativamente bajo, sufragando algunos costos al hacer que los familiares sean responsables de una parte de la administración de los enfermos, lo que a veces los hace permanecer durante largos períodos en las habitaciones que a menudo tienen más de cuatro camas en ellas [24]. Otros factores que se pensaba que habían permitido este brote eran la falta de familiaridad de los médicos locales con MERS, la facilidad con la que el público puede visitar y ser tratado por hospitales terciarios, la costumbre de visitar a amigos y familiares enfermos en hospitales, la naturaleza jerárquica de la sociedad coreana, las salas de emergencia abarrotadas, las medidas deficientes del IPC, la falta de salas de aislamiento de presión negativa y la mala comunicación interhospitalaria de los historiales de enfermedades de los pacientes [24, [190] [191] [192]. Hasta la fecha se han comunicado pocos detalles clínicos sobre estos casos y los detalles sobre la transmisión y el rastreo de los contactos son mínimos. Los hospitales involucrados inicialmente no fueron identificados, la orientación y las acciones gubernamentales produjeron mensajes confusos y hubo una comunicación muy limitada en los primeros tiempos, lo que dio lugar a preocupaciones innecesarias, desconfianza y un impacto económico distinto [191, [196] [197] [198]. Al principio del brote, un viajero infectado, hijo de un caso identificado en Corea del Sur, pasó por Hong Kong en su camino a China, donde estaba ubicado, aislado y atendido en China [91, 199, 200]. No hubo contactos que enfermaran.El brote se puso bajo control a finales de julio/a principios de agosto [201] después de que se emplearan medidas mejoradas del IPC, seguimiento y cuarentena de contactos sólidos, pruebas de laboratorio ampliadas, hospitales fueron mejor asegurados, se envió personal especializado para gestionar los casos Una revisión de los datos públicos mostró que, al igual que en el caso del MERS en la KSA, la edad avanzada y la presencia de enfermedad subyacente se asociaron significativamente con un desenlace fatal en Corea del Sur. [40] Aunque R 0 es <1, los eventos de superdifusión facilitados por circunstancias creadas en entornos de salud y caracterizadas por tamaños de clúster superiores a 150, como este, no son inesperados por la infección por MERS-CoV [204]. La dinámica de un brote depende de la R 0 y de los patrones de eliminación viral de un individuo, el tipo y la frecuencia de contacto, los procedimientos hospitalarios y la estructura y densidad de la población [204]. En la región de Ar Riyad, incluida la capital de Riad, se inició un cúmulo hospitalario dentro de un solo hospital a partir de finales de junio de 2015 [205]. A mediados de septiembre se habían notificado aproximadamente 170 A pesar de la introducción continua y posiblemente estacional del virus en la población humana a través de los DC infectados y tal vez otros animales que aún no se han identificado, la gran mayoría de la transmisión del MERS-CoV se ha producido de seres humanos infectados a no infectados en contacto cercano y prolongado a través de circunstancias creadas por un control deficiente de las infecciones en los entornos de atención de la salud. Este virus oportunista ha tenido su mayor impacto en las personas con enfermedades subyacentes y esas personas vulnerables, que a veces sufren múltiples comorbilidades, se han asociado con mayor frecuencia con los hospitales, creando una tormenta perfecta de exposición, transmisión y mortalidad. No está claro si este grupo se ve afectado de manera única por el MERS-CoV o si otras infecciones respiratorias, incluidas las de los HCoV, producen un impacto igualmente grave. En Corea del Sur, un solo caso importado creó un brote de 185 casos y 36 muertes que tuvieron un impacto desproporcionado en el desempeño económico, el comportamiento de la comunidad y la confianza en el gobierno y el sistema de atención de la salud. La transmisión del hogar de seres humanos a seres humanos se produce, pero también es limitada. Los programas educativos serán herramientas esenciales para combatir la propagación del MERS-CoV tanto dentro de las comunidades urbanas y regionales como para el entorno de atención de la salud. La vigilancia sigue siendo importante para la contención, ya que el MERS-CoV es un virus con una composición genética que se ha observado durante sólo tres años y no es estable. Entre todos los seres humanos que se han notificado que están infectados, casi el 40% han muerto. La secuenciación del genoma completo se ha utilizado extensamente para estudiar el recorrido y la variación del MERS-CoV y aunque sigue siendo una herramienta para expertos, parece ser la mejor herramienta para el trabajo. El MERS y el SRAS tienen algunas similitudes clínicas pero también difieren significativamente [206]. Entre las características definitorias se incluyen el PFC más alto entre los casos del MERS (superior al 50 % en 2013 y actualmente en el 30-40%; muy por encima del 9 % del SRAS) y la asociación más alta entre el MERS mortal y los hombres mayores con comorbilidades subyacentes. Para los virus, el MERS-CoV tiene un tropismo más amplio, crece más rápidamente in vitro, induce más rápidamente cambios citopatógenos, desencadena respuestas transcripcionales distintas, hace uso de un receptor diferente, induce un estado más proinflamatorio y tiene una respuesta antiviral tardía en comparación con el SRAS Parece haber una prevalencia del 2-3 % de MERS-CoV en la KSA con una probabilidad del 5 % de transmisión secundaria dentro del hogar. Hay un mayor riesgo de infección a través de ciertas ocupaciones en ciertos momentos y una probabilidad mucho mayor de propagación a otros seres humanos durante circunstancias creadas por los humanos, lo que impulsa una transmisión más efectiva que cualquier R 0 predeciría sobre el valor facial. Sin embargo, a pesar de las múltiples concentraciones masivas que han proporcionado al virus muchos millones de oportunidades de propagación, no se han reportado brotes de MERS o MERS-CoV durante o inmediatamente después de estos eventos. No hay evidencia de que el MERS-CoV sea un virus de preocupación pandémica. Sin embargo, los entornos hospitalarios continúan describiendo casos y brotes de MERS en la Península Arábiga. Mientras facilitemos la propagación del MERS-CoV entre nuestras poblaciones más vulnerables, el mundo debe permanecer en alerta para los casos que puedan ser exportados con mayor frecuencia cuando un país de acogida con reservorios de camellos infectados está experimentando conglomerados o brotes humanos. El MERS-CoV parece ser un virus enzoótico que infecta a la URT DC con evidencia de recombinación genética reciente. Puede que una vez haya tenido su origen entre los murciélagos, pero falta evidencia y la relevancia de ello para la epidemia actual es académica. Gracias a la acción rápida, las herramientas de diagnóstico molecular sensibles y rápidas necesarias para lograr un objetivo de detección rápido y sensible han sido establecidas y ampliamente disponibles desde que el virus fue reportado en 2012. RT-PCR pruebas de muestras de LRT siguen siendo el estándar de oro para la confirmación del MERS-CoV. Las herramientas serológicas siguen surgiendo pero necesitan una validación adicional utilizando muestras de infecciones leves y asintomáticas y un estudio de cohorte densamente muestreado para seguir los contactos de nuevos casos puede abordar esta necesidad. Del mismo modo, la importante cuestión de si aquellos que eliminan el ARN MERS-CoV durante períodos prolongados son infecciosos mientras aparecen bien, sigue sin respuesta. Incluso no está claro cuántas infecciones 'asintomáticas' se han descrito y reportado correctamente, lo que a su vez plantea preguntas sobre la fiabilidad de la recolección de otros datos clínicos hasta la fecha. Si bien la virología básica del MERS-CoV ha avanzado en el transcurso de los últimos tres años, la comprensión de lo que está sucediendo en, y la interacción entre, camello, medio ambiente y humano todavía está en su infancia.

¿Qué fracción de los casos de MERS arrojan ARN viral en sus muestras de LRT (aspirados traqueales y esputo)?

MERS coronavirus: diagnóstico, epidemiología y transmisiónhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4687373/SHA: f6fcf1a99cbd073c5821d1c4ffa3f2c6daf8ae29Autores: Mackay, Ian M.; Arden, Katherine E.Fecha: 2015-12-22DOI: 10.1186/s12985-015-0439-5Licencia: cc-byAbstract: Los primeros casos conocidos de síndrome respiratorio de Oriente Medio (MERS), asociados con la infección por un nuevo coronavirus (CoV), se produjeron en 2012 en Jordania, pero se informó retrospectivamente.El primer caso que se informó públicamente fue de Jeddah, en el Reino de Arabia Saudita (KSA). Desde entonces, las secuencias de MERS-CoV se han encontrado en un murciélago y en muchos camellos dromedarios (DC). MERS-CoV es enzoótico en toda la Península Arábiga y en partes de África, causando enfermedades leves del tracto respiratorio superior en su reservorio de camellos y infecciones humanas esporádicas, pero relativamente raras. Precisamente cómo el virus transmite a los seres humanos sigue siendo desconocido, pero la exposición estrecha y prolongada parece ser un requisito. El KSA es el punto focal de MERS, con la mayoría de los casos humanos. En los seres humanos, MERS se conoce principalmente como una enfermedad del tracto respiratorio inferior (RTL) que incluye fiebre, tos, dificultades respiratorias y neumonía que puede progresar a síndrome de dificultad respiratoria aguda, fallo multiorgánico y muerte en un 20% a 40% de los infectados. Sin embargo, MERS-CoV también se ha detectado en enfermedades leves y similares a En comparación con el síndrome respiratorio agudo grave (SARS), otra enfermedad zoonótica del coronavirus a veces fatal que ha desaparecido desde entonces, el MERS progresa más rápidamente hacia la insuficiencia respiratoria y la lesión renal aguda (también tiene afinidad por el crecimiento de las células renales en condiciones de laboratorio), es más frecuente en los pacientes con enfermedad subyacente y es más a menudo fatal. La mayoría de los casos humanos de MERS se han relacionado con fallos en la prevención y el control de infecciones (IPC) en los entornos de salud, con aproximadamente el 20% de todas las detecciones de virus notificadas entre los trabajadores de la salud (HCWs) y exposiciones más altas en aquellos con ocupaciones que los ponen en estrecho contacto con camellos. Los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) han estado disponibles casi desde el comienzo de la aparición de MERS. Mientras que la virología básica de MERS-CoV ha avanzado en los últimos tres años, la comprensión de la interacción entre camello, medio ambiente y restos humanos limitados. MATERIAL SUPLEMENTO ELECTRÓNICO: La versión en línea de este artículo (doi:10.1186/s12985-015-0439-5) contiene material suplementario, que está disponible para los usuarios autorizados. Texto: Un correo electrónico del Dr. Ali Mohamed Zaki, un virólogo egipcio que trabaja en el Hospital Dr. Soliman Fakeeh en Jeddah en el Reino de Arabia Saudita (KSA) anunció la primera cultura de un nuevo coronavirus al mundo. El correo electrónico fue publicado en el sitio web de la red de enfermedades emergentes profesionales (ProMED) el 20 de septiembre de 2012 [1] (Fig. 1) y describió el primer caso reportado, un hombre de 60 años de edad de Bisha en la KSA. Esta información llevó al rápido descubrimiento de un segundo caso del virus, esta vez en un paciente enfermo en el Reino Unido, que había sido transferido de Qatar para su atención [2]. El nuevo virus fue inicialmente llamado coronavirus nuevo (nCoV) y subsecuentemente titulado el síndrome de respiración del Oriente Medio coronavirus (MERS-CoV). A partir del 2 de septiembre de 2015, ha habido 1.493 detecciones de ARN viral o anticuerpos específicos del virus en 26 países (Fichero adicional 1: Figura S1) confirmado por la Organización Mundial de la Salud (OMS), con más de un tercio de las personas positivas muriendo (al menos 527, 35 %) [3]. Desde ese primer informe, un lento proceso de descubrimiento durante los siguientes dos o tres años reveló un virus que había infectado más del 90 % de los camellos dromedarios adultos (DC; Camelus dromedario) en la KSA [4], también en los países en desarrollo de toda la Península Arábiga y partes de África que son una fuente de importaciones de DC para la KSA [5]. Hasta la fecha, el MERS-CoV no se ha detectado en los países en desarrollo sometidos a pruebas en zoológicos o rebaños de otras partes del mundo [6] [7] [9]. Ocasionalmente, el virus se transmite de los DC infectados a los seres humanos expuestos. La transmisión posterior a otros seres humanos requiere una exposición relativamente cercana y prolongada [10]. Se patentó el primer aislado viral y se planteó la preocupación de que ello limitaría el acceso tanto al virus como a los diagnósticos virales [11, 12]. Sin embargo, los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) se describieron rápidamente y el virus se puso a disposición de forma gratuita, sujeto a consideraciones rutinarias de bioseguridad [13]. La epidemiología y la investigación posteriores han identificado al receptor celular como exopeptidasa dipeptidil peptidasa 4 (DPP4; también llamada CD26); que el MERS-CoV tiene un amplio tropismo, replicando mejor en algunas líneas celulares y provocando una respuesta más proinflamatoria que el SARS-CoV; está muy extendido en los DC; tiene el potencial de infectar a otros animales y que el MERS mata a su huésped humano con más frecuencia que el SARS (20-40% frente al 9 % para el SARS [14] ) [15] [16] [17] [19]. El MERS-CoV se propaga esporádicamente entre las personas, causando enfermedades más graves entre los adultos mayores, especialmente los varones, con enfermedades preexistentes.La propagación del MERS-CoV entre los seres humanos se ha asociado a menudo con brotes en los hospitales, con alrededor del 20% de todos los casos hasta la fecha en los que han participado trabajadores de la salud (HCWs).Aunque los DC parecen sufrir el equivalente a un "frío común" de la infección por MERS-CoV, en los seres humanos el virus puede ser un patógeno más grave y oportunista asociado con la muerte de hasta el 40% de los casos notificados. Aún no se ha establecido si las infecciones que se cree que se han adquirido de una fuente animal producen un resultado más grave que los que se propagan entre los seres humanos [20]. Los estudios han establecido que el período medio de incubación para el MERS es de cinco a seis días, que van de dos a 16 días, con 13 a 14 días entre el inicio de la enfermedad en una persona y posteriormente se extiende a otra [21] [22] [23]. Entre aquellos con enfermedad progresiva, la mediana de tiempo hasta la muerte es de 11 a 13 días, que van de cinco a 27 días [23, 24]. La fiebre y los síntomas gastrointestinales pueden formar un pródromo, después de lo cual los síntomas disminuyen, sólo para ser seguidos por un síndrome sistémico y respiratorio más grave [25, 26]. La primera definición de caso de la OMS [27] definió los casos probables de MERS basados en la presencia de enfermedad febril, tos y el requisito de hospitalización con sospecha de compromiso del tracto respiratorio inferior (RTL), incluyendo también roles para el contacto con un caso probable A partir de julio de 2013, la definición revisada del caso de la OMS incluía la importancia de buscar y comprender el papel de los casos asintomáticos y, a partir de junio de 2014, la definición de la OMS indicaba más claramente que un caso confirmado incluía a cualquier persona cuya muestra fuera RT-PCR positiva para MERS-CoV, o que produjera una seroconversión, independientemente de los signos y síntomas clínicos. [28] [30] Aparte de los informes de la OMS y del Ministerio de Salud de la KSA, los casos asintomáticos o subclínicos de infección por MERS-CoV se documentaron en la literatura científica, aunque no siempre tan a menudo como ocurrió a principios de [31, 32]. La definición del caso de la KSA se hizo más estricta el 13 de mayo de 2014, basándose en la presencia de ambas características clínicas y confirmación de laboratorio [33]. Las pruebas de personas asintomáticas fueron recomendadas a partir de diciembre de 2014 [34], reforzadas por una definición de caso publicada por el Ministerio de Salud de la KSA en junio de 2015 [35]. La KSA ha sido la fuente del 79 % de los casos humanos. El MERS severo es notable por su impacto entre los hombres mayores con enfermedades comorbidas, incluyendo diabetes mellitus, cirrosis y diversas afecciones pulmonares, renales y cardíacas [36] [38]. Interesantemente en junio de 2015, un brote en Corea del Sur siguió una distribución similar [39, 40]. Entre los casos confirmados en laboratorio, los signos y síntomas de fiebre, tos y tracto respiratorio superior (URT) generalmente ocurren primero, seguidos en una semana por trastornos progresivos de TL y linfopenia [37]. Los pacientes a menudo se presentan a un hospital con neumonía o peor, y se han notificado infecciones Según se informa, el MERS ha matado aproximadamente el 35 % de todos los casos notificados, el 42 % de los casos en la KSA, pero sólo el 19 % de los casos en Corea del Sur, donde la mortalidad osciló entre el 7 % entre los grupos de edad más jóvenes y el 40 % entre los de 60 años o más [42] ; todos pueden ser valores inflados con infecciones asintomáticas o leves a veces no buscadas o no reportadas [34]. La atención de apoyo general es clave para tratar los casos graves [43]. Rara vez se informa que los niños menores de 14 años son positivos para la MERS-CoV, que comprende sólo el 1,1% (n = 16) del total de casos notificados. Entre el 1 de septiembre de 2012 y el 2 de diciembre de 2013, un estudio describió el recuento de casos pediátricos en la KSA, que se situaba en 11 (dos a 16 En Amman (Jordania), se probaron 1.005 muestras de niños hospitalizados menores de dos años con fiebre y/o signos y síntomas respiratorios, pero ninguna fue positiva para ARN MERS-CoV, a pesar de haber sido recolectadas en un momento similar al primer brote conocido de MERS-CoV en la ciudad vecina de Al-Zarqa [45]. Un segundo trimestre de mortinato ocurrió en una mujer embarazada durante una enfermedad respiratoria aguda y aunque no fue RT-rtPCR positivo, la madre desarrolló posteriormente anticuerpos contra MERS-CoV, sugestivos de infección reciente [46]. Su historia de exposición a un pariente positivo de MERS-CoV RT-rtPCR y un esposo anticuerpo reactivo, su período de incubación y su historia sintomática cumplieron los criterios de la OMS para ser un probable caso de MERS-CoV [46]. Los métodos de diagnóstico se publicaron dentro de los días del correo electrónico ProMED anunciando el primer caso MERS [47], incluyendo varios ensayos RT-rtPCR (Fig. 2 ) y cultivo de virus en células Vero y LLC-MK2 [18, 47, 48]. Un adenocarcinoma colorrectal (Caco-2 ) línea celular epitelial ha sido recomendado desde entonces para el aislamiento de infecciones MERS-CoV [49]. Anteriormente [18].. Los marcos de lectura abiertos se indican como rectángulos amarillos entre corchetes por regiones terminales no traducidas (UTR; rectángulos grises ). FS-frame-shift. Las regiones predictas que abarcan puntos de ruptura de recombinación se indican por píldoras naranjas. Creado utilizando Geneious v8.1 [211] y anotado usando Adobe Illustrator. Bajo este esquema se muestra la ubicación de los imprimadores RT-PCR (las flechas azules indican la dirección) y oligoprobes (rectángulos verdes) utilizados en los primeros ensayos de cribado RT-rtPCR y en los convencionales, seminés (tres imprimaciones) RT-PCR confirmatorios de secuenciación [47, 48]. El orden de publicación se observa por primera [27 de septiembre de 2012; rojo] y segundo [6 de diciembre de 2012; naranja] rectángulos de color; ambos de Corman y otros [47, 48] Los ensayos recomendados por la OMS se destacan debajo por puntos amarillos [53]. El imprimador reverso NSeq ha contenido consistentemente una secuencia incompatibilidad con algunas variantes de MERS-CoV. Una versión alterada de la de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio del Oriente Medio: Una Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con el permiso de Elsevier [5] revisó el amplio tropismo de MERS-CoV [5]. Sin embargo, como se describe bien, el cultivo celular es un método lento, especializado e insensible [50] mientras que las técnicas basadas en PCR son el método preferido para la detección de MERS-CoV. Los primeros marcos de lectura abiertos (ORF 1a y 1b; Fig. 2) se han convertido en un objetivo diagnóstico clave y taxonómico para la identificación de especies CoV. Con menos del 80 % de identidad entre la secuencia de aminoácidos de MERS ORF 1ab y parientes del betacoronavirus, Tylonycteris Bat HKU4 y Pipistrellus Bat HKU5, se puede concluir que es un virus novedoso y distinto. Las proteínas estructurales incluyen el pico (S), la envoltura (E), la membrana (M) y el nucleocápsido (N) [52]. Se prevé que los productos de ORF1a y ORF1b codificarán proteínas no estructurales. La mayoría de los ensayos de muestras realizados hasta la fecha han empleado ensayos RT-rtPCR validados que han demostrado ser sensibles y específicos [47, 48, 53]. El kit de RealStar® utiliza estos ensayos recomendados por la OMS [54]. Las secuencias objetivo de estos ensayos de cribado no han cambiado entre los genomas examinados hasta al menos mediados de 2015 (observación IMM). Otros ensayos RT-rtPCR han sido desarrollados y validados para su uso como herramientas de diagnóstico basadas en laboratorio [55] [56]. Además, los ensayos isotérmicos [58, 59] o recombinasa polimerasa [60] La detección del antígeno MERS-CoV no ha sido común hasta la fecha, pero la combinación de corto tiempo de retorno de la prueba al resultado, alto rendimiento e identificación de proteínas virales hace que esta opción sea atractiva. La detección de proteínas virales en lugar de ARN viral indica la probable presencia de virus infecciosos. La primera herramienta inmunocromatográfica rápida descrita podría detectar proteína nucleocápsida MERS-CoV recombinante de hisopos nasales DC con sensibilidad al 94 % y especificidad al 100 % en comparación con RT-rtPCR [61]. Un enfoque diferente utilizó una captura basada en anticuerpos monoclonales ELISA dirigida a la proteína nucleocápsida MERS-CoV con una sensibilidad de 10 3 CCID 50 y especificidad al 100 % [62]. La demostración de una seroconversión a una infección por MERS-CoV cumple con la definición actual de la OMS de un caso tan optimizado y ampliamente validado que los seroensayos empleados junto con buenas historias clínicas son útiles para identificar la infección por MERS-CoV y ayudar a apoyar estudios de transmisión. Debido a que las pruebas serológicas son, por su naturaleza, retrospectivas, es habitual detectar una huella viral, en forma de anticuerpos, en ausencia de signos o síntomas de enfermedad y a menudo en ausencia de ARN viral [63]. Las seroencuestas estratégicas y generalizadas de seres humanos que utilizan muestras recogidas después de 2012 son infrecuentes. Gran parte de la Península Arábiga y todo el Cuerno de África carecen de datos de referencia que describan la proporción de la comunidad que puede haber sido infectada por un MERS-CoV. Sin embargo, las seroencuestas han tenido un uso Debido a la identidad compartida entre DC y el MERS-CoV humano (ver epidemiología molecular: utilizando genomas para entender brotes), los ensayos serológicos para las seroencuestas de DC deben ser transferibles al cribado humano con una reconfiguración mínima. Además, no se ha encontrado ninguna variación diagnóstica relevante en la actividad de neutralización entre una gama de aislados y seras testados de MERS-CoV circulantes, por lo que los seroensayos de virus enteros o específicos basados en proteínas deben funcionar de manera equivalente en la detección de respuestas serológicas al serotipo único de MERS-CoV [49]. El desarrollo de ensayos serológicos robustos requiere paneles confiables de sueros animales o humanos bien caracterizados, incluidos los positivos para anticuerpos específicos del MERS-CoV, así como para fuentes probables de reacción cruzada [64]. La obtención de estos materiales fue problemática y enlenteció el desarrollo y comercialización de ensayos de detección de anticuerpos para ensayos humanos [64]. Se han liberado varios kits comerciales de ELISA, kits de ensayos inmunofluorescentes (IFA), proteínas recombinantes y anticuerpos monoclonales [31, [65] [66] [68]. Inicialmente, se utilizaron IFAs convencionales para seroencuestas humanas. Estos se basaron en el cultivo celular infectado por MERS-CoV como fuente de antígeno, detectando la presencia de anticuerpos humanos anti-MERS-CoV IgG, IgM o neutralizantes en muestras humanas [18, 48, 69]. No se encontró ningún signo de anticuerpos MERS-CoV entre 2.400 sueros de pacientes que visitaron el Hospital de Jeddah, desde 2010 hasta 2012, antes de la descripción de MERS-CoV [18]. Los métodos IFA tampoco detectaron ningún signo de infección previa por MERS-CoV entre una pequeña muestra de 130 donantes de sangre sanos de otro hospital de Jeddah (recogida entre enero y diciembre de 2012) [70]. De 226 trabajadores del matadero, sólo ocho (3,5%) fueron positivos por IFA, y los sueros no pudieron ser confirmados por la prueba de neutralización del virus (NT). El estudio indicó que HCoV-HKU1 era una fuente probable de antígenos de reacción cruzada en todo el virus IFA [70]. El virus completo MERS-CoV IFA también sufrió alguna reactividad cruzada con el SRAS convaleciente sera y esto no pudo resolverse mediante una prueba de NT que también fue reactiva [71]. La IFA utilizando proteínas recombinantes en lugar del virus entero IFA, ha demostrado ser una herramienta más específica [31]. Dado que se han postulado zoonosis asintomáticas [72], la ausencia de anticuerpos contra el MERS-CoV entre algunos humanos que tienen contacto regular y estrecho con camellos puede reflejar la rareza de animales infectados activamente en carnicerías, un riesgo de transmisión limitado asociado con DCs de sacrificio [70], un estado inmune cruzado de protección preexistente o algún otro factor(s) que resulta en un bajo riesgo de enfermedad y seroconversión concurrente que se desarrolla después de la exposición en este grupo. IFA usando proteínas recombinantes en su lugar. Algunos seroensayos han pasado por alto los riesgos de trabajar con virus infecciosos al crear células transfectadas que expresan porciones recombinantes de las proteínas nucleocápsidas y punzantes del MERS-CoV [48, 73], o utilizando un lentivirus recombinante que expresa la proteína de pico del MERS-CoV Un ensayo de pseudoneutralización de partículas (ppNT) ha sido ampliamente utilizado en estudios en animales y fue al menos tan sensible como la prueba tradicional de microneutralización (MNT). [10, 74, [76] [77] [78] ] Los estudios que utilizaron pequeños números de muestra y ppNT no encontraron evidencia de anticuerpos neutralizantes MERS-CoV en sueros de 158 niños con infecciones de LRT entre mayo de 2010 y mayo de 2011, 110 sera de 19 a 52 años de edad donantes de sangre masculina y 300 trabajadores autoidentificados de animales de la Región Jazan de la KSA durante 2012 [79, 80]. Del mismo modo, un estudio de cuatro pastores en contacto con una manada infectada de DC en Al-Ahsa, ocho personas que tenían contacto intermitente con la manada, 30 veterinarios y personal de apoyo que no estaban expuestos a la manada, tres trabajadores de mataderos no protegidos en Al-Ahsa y 146 controles que no estaban expuestos a DC en ningún rol profesional, no encontró ninguna evidencia serológica de infección por MERS-CoV en el pasado utilizando el ensayo ppNT [10]. Un retraso en la respuesta de anticuerpos neutralizantes a la infección por MERS-CoV se asoció con un aumento de la gravedad de la enfermedad en los casos de Corea del Sur con la mayoría de las respuestas detectables en la tercera semana de enfermedad, mientras que otros, aunque la enfermedad era grave, no respondieron durante cuatro o más semanas [81]. Las implicaciones para nuestra capacidad de detectar cualquier respuesta en casos leves o asintomáticos no fueron exploradas, pero Un brote jordano de TRT aguda en un hospital en 2012 se encontró retrospectivamente asociado a la infección por MERS-CoV, utilizando inicialmente RT-rtPCR, pero posteriormente, y en una escala mayor, a través de la positividad por ELISA y la prueba IFA o MNT. [46, 82, 83] Este brote fue anterior al primer caso de MERS en la KSA. La ELISA utilizó una proteína nucleocápsida recombinante del grupo 2 betacoronavirus bat-CoV HKU5 para identificar anticuerpos contra la proteína MERS-CoV reactiva equivalente [71]. Se validó utilizando 545 sera recolectada de personas con HCoV-OC43, HCoV-229E, SARS-CoV, HCoV-NL63, HRV, HMPV o influenza A(H1N1), pero fue supuestamente menos específica que la I También se consideró una herramienta aplicable para el cribado de grandes números de muestra [82]. Un microarray de proteína que expresa la subunidad de proteína S1 ha sido validado y ampliamente utilizado para las pruebas de DC [5, 84]. Detección de infección por MERS-CoV usando microarray de proteína ELISA o S1 [84] suele ser seguido por IFA confirmatoria y/ o una neutralización de reducción de placa (PRNT) [69, 70, 85] o MNT test. [74, 85, 86] Este proceso confirmatorio tiene como objetivo asegurar que los anticuerpos detectados sean capaces de neutralizar específicamente el virus previsto y no sean más ampliamente reactivos a otros coronavirus encontrados en DCs (coV bovina, BCoV) o humanos (HCoV-OC43, HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoV-HKU1, SARS En el estudio más grande de sueros humanos, un proceso de diagnóstico escalonado asignó tanto el SERA positivo recombinante como el SERA ELISA recombinante a la seropositividad 'etapa 1'. Un resultado seropositivo en estadio 2 requirió además un resultado PRNT adecuadamente titulado [87]. El estudio encontró que 15 SERA recolectados en 2012 a 2013 de 10.009 (0,2%) personas en 13 provincias KSA contenían anticuerpos MERS-CoV, pero proporciones significativamente mayores en se produjeron en pastores de camellos (dos de 87; 2,3 %) y trabajadores de mataderos (cinco de 140; 3,6 %) [87]. Se necesitan encuestas contemporáneas. MERS-CoV no parece ser fácilmente transmitido de DCs a los seres humanos, o tal vez es [72], pero generalmente no desencadena una respuesta inmune detectable si sólo se producen enfermedades leves o infecciones asintomáticas. Los ensayos serológicos necesitan una validación adicional en esta área, por lo que es necesario tener cuidado al trasladar algoritmos de serología diagnóstica de reciente desarrollo de un entorno de investigación a uno que informe las decisiones de salud pública, lo que se reforzó cuando un caso falso positivo en EE.UU., supuestamente infectado después de un apretón de manos y dos reuniones cara a cara, no resistió más análisis confirmatorios utilizando un ensayo NT más específico y posteriormente se retractó [88, 89]. La OMS recomienda tomar muestras de la TRL para las pruebas RT-rtPCR del MERS-CoV, especialmente cuando la recolección de muestras se retrasa una semana o más después del inicio de los síntomas. [53] Las muestras de TRL también son mejores para intentar aislar el virus infeccioso, aunque el éxito del cultivo se reduce cuando persiste la enfermedad [49]. Los tipos de muestras recomendados incluyen lavado broncoalveolar (BAL), aspirado traqueal/traqueobronquial, líquido pleural y esputo [53, 90]. Las muestras frescas arrojan mejores resultados diagnósticos que el material refrigerado [69] y si es probable que se produzcan retrasos en las pruebas de ≥72 h, las muestras (excepto sangre) deben congelarse a −70°C [90]. Si se dispone de ellas, también se pueden realizar biopsias pulmonares o tejidos de autopsia [53]. Sin embargo, la TRU es un lugar de muestreo menos invasivo y más conveniente, y se recomienda un hisopo orofaríngeo y de garganta o un aspirado/lavado nasofaríngeo cuando se va a realizar el muestreo de TRU [90]. Los sueros emparejados, recogidos de dos a tres semanas de diferencia son preferibles para las pruebas serológicas, mientras que se sugiere que una muestra única sea suficiente si se recogen dos semanas después de la aparición de la enfermedad o un único suero recogido durante los primeros 10-12 días si se realiza RT-rtPCR [53, 90]. Se ha encontrado que la orina y las heces humanas contienen ARN MERS-CoV 12 a 26 días después de la aparición de los síntomas [25, 69, 91] y se enumeran como muestras que deben considerarse [53, 90]. En dos casos que llegaron a los Países Bajos, la orina fue RT-rtPCR negativa pero las heces fueron débilmente positivas y los sueros fueron RT-rtPCR positivos durante cinco días o más [25]. El hallazgo de ARN viral MERS-CoV en el suero proporciona una vía para estudios retrospectivos basados en PCR La ARNemia también puede correlacionarse con la gravedad de la enfermedad; los signos de virus fueron eliminados del suero de un paciente recuperado, pero se mantuvo hasta la muerte de otro [92]. Los casos de sospecha clínica de MERS pueden devolver resultados negativos por RT-rtPCR. Los datos han demostrado que una o más muestras de URT negativas pueden ser contradichas mediante un muestreo adicional de URT o el uso de muestras de LRT, lo que se prefiere [2, 43, 93]. En la LRT se producen cargas virales más altas que en la URT. [22, 69, 88, 94] Esto concuerda con la observación de que la mayoría de los síntomas de la enfermedad se reportan como enfermedad sistémica y LRT [21]. Sin embargo, en ocasiones incluso los especímenes de LRT de los casos de MERS pueden ser inicialmente negativos, sólo para más tarde ser positivos por RT-PCR [95 Esto puede deberse a una mala toma de muestras cuando la tos está ausente o no es productiva o porque la carga viral es baja [95]. A pesar de esto, tanto los mayores estudios de MERS-CoV humanos [32, [96] [97] [98] y los más pequeños [22, 25, 99], utilizan muestras de la URT. Cabe destacar que un estudio reportó una asociación entre cargas más altas en la URT y peores resultados clínicos incluyendo cuidados intensivos y muerte [94]. Al escribir, no existen datos humanos para definir si el virus se replica única o preferentemente en la LRT o URT, o réplicas en otros tejidos humanos in vivo, aunque el ARN MERS-CoV se ha detectado tanto de la URT como de la LRT en un modelo de mono macaco [100].La distribución de DPP4 en las vías respiratorias superiores humanas tampoco está bien descrita. Los estudios individuales de casos humanos reportan largos periodos de eliminación viral, a veces intermitentes y no necesariamente relacionados con la presencia de síntomas de la enfermedad. [25, 69, 99, 101] En un caso, un HCW arroja ARN viral durante 42 días en ausencia de enfermedad [99]. Es un área de alta prioridad para entender mejor si estos casos son capaces de infectar a otros. Más de tres cuartas partes de los casos de MERS arrojan ARN viral en sus muestras de TL (aspirados traqueales y esputo) durante al menos 30 días, mientras que sólo el 30 % de los contactos seguían arrojando ARN en sus muestras de TRU [91, 102]. En el único estudio para examinar el efecto del tipo de muestra en el análisis molecular, se examinaron 64 aspirados nasofaríngeos (ANP; una muestra de TRU), 30 aspirados traqueales, 13 Los aspirados traqueales y el BAL devolvieron los valores de carga viral más altos seguidos por el NPA y el esputo. Como era de esperar, las cargas virales más altas generalmente coincidían con la secuenciación del genoma completo y el éxito del cultivo y, en las pruebas del NPA, estaban significativamente correlacionadas con enfermedades graves y muerte [49, 94, 103]. Este estudio demostró la importancia del muestreo de LRT para la secuenciación del genoma completo. Cuando se probó, las muestras positivas para el MERS-CoV a menudo son negativas para otros patógenos [25, 93, 104]. Sin embargo, muchos estudios no mencionan pruebas adicionales para virus respiratorios humanos endémicos [21, 23, 73, 105]. Cuando se buscan virus, se han incluido el herpesvirus humano (VHH), los rinovirus (VHR), los enterovirus (VVV), el virus sincitial respiratorio (VRS), el virus parainfluenzavirus tipos 1, 2 y 3 (VIP), los virus de la gripe (VFI), los HCoV endémicos, los adenovirus (VCD) metapneumovirus (VPM) y el virus influenza A\H1N1; en ocasiones se han encontrado codetecciones con MERS-CoV [2, 22, 37, 69, 97]. A veces se incluyen pruebas bacterianas (por ejemplo, para Legionella y Pnemocococcus), pero el impacto de la copresencia bacteriana tampoco está claro [22, [104] [105] [106]. Otras pruebas de la muestra de TRL del primer caso del MERS utilizaron IFA para detectar algunos virus (negativos para IFV, PIV, RSV y AdVs) y RT-PCR para otros (negativos para AdV, EV, MPV y HHVs) [18]. RT-PCR también detectó MERS-CoV. La OMS recomienda encarecidamente pruebas para otros patógenos respiratorios [53] pero con esta recomendación a menudo descontada, hay datos limitados para abordar la ocurrencia y el impacto de coinfecciones o diagnósticos virales alternativos entre ambos casos del MERS y sus contactos. Poco se sabe de otras causas de neumonía similar al MERS en el KSA o de la carga general de enfermedad debido a los virus respiratorios clásicos conocidos. Pruebas de peregrinos adultos que realizan el Hajj en 2012 a 2014 no ha detectado ningún MERS-CoV. En 2012, se realizaron pruebas de hisopos nasales de 154 peregrinos recogidos antes de partir hacia el KSA o partir de él [47]. En 2013, las pruebas se ampliaron significativamente con 5.235 hisopos nasofaríngeos de 3.210 peregrinos entrantes y 2.025 hisopos de peregrinos salientes probados [98]. Cabe señalar que la mayoría de los peregrinos llegaron de países libres de MERS. Se tomaron otros 114 hisopos de peregrinos con enfermedad similar a la gripe [96, 107]. En reuniones anteriores del Hajj, se descubrió que los virus de la gripe circulaban ampliamente, mientras que otros virus, a menudo rinovirus, circulaban de manera más selectiva, interpretando que indicaban su importación junto con peregrinos extranjeros [107] [108] [108] Con el tiempo, el aumento de la vacunación contra la gripe se ha acreditado como una disminución de la prevalencia de enfermedades similares a la gripe entre los peregrinos [110] A menudo no se recoge una muestra de TRL para estos estudios [98, 107, 109], por lo que los hallazgos negativos falsos son una posibilidad, aunque poco se sabe sobre el sitio inicial de infección y replicación del MERS-CoV; se puede haber supuesto que fue la TRL porque la enfermedad se notó por primera vez allí, pero la TRL puede ser el lugar de la replicación más temprana. En Jeddah entre marzo y julio de 2014 (en adelante, el brote de Jeddah-2014; Fig. 3 ), hubo un rápido aumento en los casos del MERS, acompañado de un intenso cribado; aproximadamente 5.000 muestras de dentro y alrededor de la región se probaron en un mes, produciendo alrededor de 140 detecciones del MERS-CoV (prevalencia ~3 %) [111]. Entre los 5.065 individuos muestreados y analizados en la KSA entre octubre de 2012 y septiembre de 2013, se realizaron 108 (2,1%) detecciones en una población hospital-céntrica que incluyeron casos hospitalizados (n = 2.908; 57,4 %), sus familias (n = 462; 9,1 %) y HCW asociados (n = 1.695; 33,5 %) [32]. Entre las detecciones, 19 (17,8 %) eran HCW y 10 (9,3 %) eran contactos familiares [32]. La prevalencia del 2-3 % de infecciones activas por MERS-CoV no es diferente a la prevalencia hospitalaria de otras COV humanas. [112] Sin embargo, la proporción de muertes entre los infectados por MERS-CoV es mucho mayor que la conocida por los HCoV NL63, HKU1, 229E u OC43 en otros países, e incluso superior a la de SRAS-CoV; no es un virus que pueda razonablemente ser descrito como una "tormenta en una taza de té". Es la baja tasa de transmisión que ha evitado la propagación mundial, a pesar de muchas "oportunidades". Muy temprano en el brote de MERS, algunos animales fueron altamente considerados como el reservorio o huésped(s) intermedio(s) de MERS-CoV con tres de los cinco primeros casos que tuvieron contacto con DCs [73, 113, 114]. Hoy en día, las infecciones por MERS-CoV animales deben ser reportadas a la organización mundial para la salud animal como una enfermedad emergente [115]. Un resumen de los primeros casos de MERS reportados por la OMS definió el contacto animal con humanos como directo y dentro de los 10 días previos al inicio de los síntomas [20]. Esta definición no permitió específicamente la adquisición de DCs a través de una vía basada en gotitas, que es muy probable que sea la vía de adquisición de un virus que inicialmente y predominantemente causa enfermedad respiratoria [23]. Se sabe que los camellos producen altos niveles de ARN MERS-CoV en su URT y pulmones [116]. Proporcionando apoyo para una vía de transmisión de gotitas y tal vez indicando la presencia de ARN en núcleos más pequeños y secos de gotitas, se identificó ARN MERS-CoV en una muestra de aire de alto volumen recogida de un granero que alberga un DC infectado [117]. La fuente precisa de la que los humanos adquieren MERS-CoV sigue siendo poco estudiada pero parece probable Estos factores pueden resultar importantes para los casos humanos que no describen ningún contacto DC [119] ni ningún contacto con un caso confirmado. Si la definición de contacto con animales de la OMS es suficiente para identificar la exposición a este virus respiratorio no está clara. La formulación se centra en el consumo de productos DC, pero no atribuye específicamente el riesgo a una vía de gotitas para la adquisición de MERS-CoV desde DC [120]. Algunos pacientes MERS se enumeran en los avisos de enfermedad de la OMS como próximos a los DCs o granjas, pero los individuos no han descrito entrar en contacto con los animales. No se reporta ninguna vía alternativa para adquirir infección en muchos de estos casos. Lo que constituye una definición de "contacto" durante estas entrevistas se ha definido para un estudio [72]. A pesar de esta falta de claridad, la OMS considera que la evidencia que vincula la transmisión de MERS-CoV entre DCs a humanos es irrefu La posibilidad de que los murciélagos fueran un huésped animal de MERS-CoV fue ampliamente discutida inicialmente debido a la diversidad existente de coronavirus conocidos por residir entre ellos [121] [122] [123]. Evidencia concluyente que apoya a los murciélagos como fuente de infecciones humanas por MERS-CoV todavía no se ha encontrado, pero los murciélagos parecen albergar a los representantes ancestrales [53, 125]. Sin embargo, estas no son variantes del mismo virus ni siempre dentro del mismo linaje filogenético que MERS-CoV; cada uno son un virus genéticamente distinto. La infección de murciélago a humano por MERS-CoV es un evento puramente especulativo. La única pieza de evidencia específica del MERS-CoV que apunta a los murciélagos se origina en la amplificación de un fragmento de 190 nt del gen ARN dependiente de la polimerasa del genoma del MERS-CoV, identificado en un pellet fecal de un murciélago insectívoro Emballonuridae, Taphozous perforatus encontrado en Bisha, el KSA [121]. Aunque muy corta, la secuencia del fragmento lo definió como un descubrimiento diagnóstico. Posteriormente se informó de un enlace a los DC [85] y ese enlace ha madurado en una asociación verificada [38, 126] (Fig. 4). (Véase la figura en la página anterior.) Fig. 3 Detecciones mensuales de MERS-CoV (barras azules) y de casos que murieron (barras rojas) con algunas fechas de interés marcadas para 2012 al 4 de septiembre de 2015. Se indica una aproximación de cuando la estación de parto DC [128] y cuando los DC recién nacidos son destetados. La primavera (verde) y el verano (naranja) en la Península Arábiga también están sombreados. Tenga en cuenta la escala del eje y de la izquierda para 2014 y 2015 que es mayor que para 2012/13. Fuentes de estos datos públicos incluyen la OMS, Ministerios de Salud y FluTrackers [207] [209] [209]. Versiones anteriores y posteriores de este gráfico se mantienen en un blog personal [210]. Modificado y reimpreso de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio de Oriente Medio: Una infección por coronavirus emergente rastreada por la multitud. Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con permiso de Elsevier [5] Los DCs, que constituyen el 95 % de todos los camellos, tienen una presencia central en la El contacto puede ser común y puede ocurrir de diversas maneras (Fig. 4a). Hay varios grandes festivales, razas, ventas y desfiles bien atendidos que cuentan con DCs y DCs también son mantenidos y criados cerca de áreas pobladas en el KSA [127, 128]. La leche y la carne DC son ampliamente consumidas y el DC más viejo es un animal de importancia ritual después de la peregrinación del Hajj [129]. Sin embargo, la frecuencia de infección del MERS-CoV es mucho menor que el hábito generalizado y frecuente de comer, beber y preparar productos DC. La ingestión diaria de leche DC fresca no pasteurizada es común entre los beduinos del desierto y muchos otros en el KSA. La orina DC también se consume o se utiliza para supuestos beneficios para la salud. A pesar de que la carnicería de camellos es una ocupación local, ni los carniceros ni otros grupos en riesgo son identificables entre los casos de MERS; esto puede ser simplemente un problema de información en lugar de una ausencia inexplicable de MERS. Un pequeño estudio de casos y controles publicado en 2015 identificó el contacto directo con la DC, y no la ingestión de productos, para estar asociado con la aparición de MERS [38]. La primera investigación sero-encuesta de ganado que vive en la región de Oriente Medio se llevó a cabo durante 2012-2013 [85]. Los DCs fueron muestreados a partir de una manada de canarios nacidos principalmente y de DCs omaníes (originalmente importados del Cuerno de África) [85]. b Las infecciones de camello a humano parecen ser poco frecuentes, mientras que la propagación de la infección de ser humano a ser humano se ve facilitada regularmente por una CIP deficiente en los entornos de salud donde se amplifica la transmisión, lo que explica la mayor parte de los casos. Hay casos de MERS humanos que no entran en ninguna de las categorías de origen y no está claro si estas infecciones adquiridas a través de alguna vía totalmente separada, o de casos que escaparon al diagnóstico. c Las formas hipotéticas en las que la subclínica (cuando la infección puede no alcanzar un umbral clínico previamente definido de signos y/o síntomas) o asintomáticas (sin signos obvios ni medidos, observados o recordados de enfermedad) la infección por MERS-CoV puede estar implicada en la transmisión DC sera podría neutralizar MERS-CoV mientras que todas las seras DC de Omán tenían niveles elevados de anticuerpos neutralizantes específicos de MERS- Desde este estudio, una serie de informes revisados por pares han analizado tanto a los DCs como a otros animales, y la posibilidad de que puedan albergar la infección por MERS-CoV. Se han encontrado DCs seropositivos en toda la Península Arábiga, incluyendo Omán, la KSA, Qatar, Jordania, los Emiratos Árabes Unidos (EAU), Kuwait así como Sudán, Somalia, Egipto, Túnez, Nigeria, Kenia y Etiopía en África y las Islas Canarias [85, [130] [133] [133] [134]. Otros animales probados incluyen ovejas, vacas, cerdos, caballos, burros, mulas, aves, búfalos acuáticos, cabras, camellos bactrianos, llamas y guanacos (camélidos suramericanos) pero ninguno tenía anticuerpos neutralizantes detectables contra MERS-CoV [4, 74, 78, 85, 86, 135, 136]. No se han notificado hasta la fecha estudios de virología o serología de muestras humanas procedentes de zonas de África donde hay camellos con antecedentes de MERS-CoV. Sin embargo, la ausencia de neumonía inexplicable que pueda atribuirse a la infección por MERS-CoV puede no indicar la ausencia de virus entre los seres humanos en cada país, sino simplemente reflejar la falta de costosos estudios de epidemiología realizados por países pobres en recursos. Por lo tanto, no está claro si el MERS-CoV, o una CoV relacionada con antígenos, es un patógeno no reconocido en estas regiones, quizás circulando durante más tiempo del que se ha conocido en la Península Arábiga [133]. El ARN del MERS-CoV también se ha detectado en muestras de DC, y también se ha logrado la recuperación del virus infeccioso a partir de muestras de DC [4, 77, 117, 132, [137] [139] De algunos de ellos, se han secuenciado genomas completos o mayoritarios de MERS-CoV [77, 137, 138]. Las versiones DC de MERS-CoV fueron tan similares entre sí, como las variantes detectadas de diferentes seres humanos a lo largo del tiempo y a lo largo de la distancia. Los ensayos de detección de anticuerpos anticuerpos también han detectado anticuerpos cruzados en sera. Estos se identificaron como tales mediante la detección de sera contra virus similares, por ejemplo BCoV o HCoV-OC43 (como facsímil antigénico para BCoV). Es posible que otros virus similares a MERS-CoV también residan dentro de los DCs, pero esto no menoscaba el hallazgo definitivo de secuencias genéticas de MERS-CoV tanto en DCs como en humanos [117, 142, 143]. Los estudios de detección han demostrado que los DC juveniles son más a menudo positivos para el virus o el ARN viral, mientras que los DC mayores son más propensos a ser seropositivos y ARN o virus negativos [76, 77, 144]. En los DC adultos, se ha detectado ARN MERS-CoV entre animales con anticuerpos preexistentes, lo que sugiere que es posible la reinfección [77, 144]. Las cargas virales entre DC positivos pueden ser muy altas [4, 76, 77, 139, 144] y DCs se han encontrado positivos tanto cuando están enfermos con signos respiratorios de TRU [77, 117, 142, 145] o cuando aparentemente sanos [137]. Estos hallazgos indican que los DCs hospedan infecciones naturales MERS-CoV. Además, los sera DC almacenados han revelado signos de MERS-CoV en DCs que datan de hace más de tres décadas (los más tempranos Los sera más viejos no han sido probados y, por lo tanto, cuánto tiempo los DC han sido afectados por MERS-CoV, si el virus es enzoótico entre ellos, introducidos hace décadas o siglos de murciélagos en África o la Península Arábiga, o son objeto de incursiones virales regulares pero de corta duración de un huésped aún desconocido, no pueden ser respondidos. Los investigadores buscaron determinar una dirección para la infección; estaban los DC transmitiendo virus a los seres humanos o estaban los humanos infectando DC? En un sitio de Qatar, un propietario de una granja y su empleado se enfermaron a mediados de octubre de 2013 y dieron positivo para el ARN MERS-CoV en una muestra de esputo y hisopos de garganta, respectivamente. RT-rtPCRs encontró MERS-CoV ARN en 11 de 14 hisobas nasales de DC positivas en la granja; seis (43 %) positivos Los resultados indicaron que se había producido un brote reciente en este rebaño; la primera indicación de ARN MERS-CoV encontrado en DCs con una asociación temporal a infecciones humanas; tres muestras de DC positivas fueron confirmadas por secuenciación de una porción de 358 nt del gen de la espiga; estas secuencias eran idénticas unas a otras, de nuevo con homología cercana a otras secuencias humanas y DC MERS-CoV [138]. Los DCs y contactos humanos produjeron secuencias ORF1a y ORF4b que diferían por un solo nucleótido cada una, agrupando estrechamente con la variante Hafr-Al-Batin_1_2013 [138]. Estudios de casos posteriores encontraron evidencia de una infección humana y DC concurrente y la dirección de esa infección fue inferida a partir de los DCs enfermos y a sus propietarios humanos [117, 142, 146]. Las secuencias del genoma parcial indicaron que un humano y un DC positivo de la RT-RTPCR del MERS-CoV habían sido infectados por una variante del mismo virus, albergando el mismo patrón distinto de polimorfismos de nucleótidos. [142] Todos los nueve DC en la manada del propietario, muestreados en serie, reaccionaron en un antígeno S1 recombinante ELISA, con los dos animales que habían sido positivos de la RT-rtPCR mostrando un pequeño aumento verificable del título de anticuerpos [142]. Un aumento del título teóricamente comienza 10 a 21 días después de la infección de la DC [142]. Los autores sugirieron que el aumento del título en la suera de la DC que ocurrió junto con una disminución de la carga de ARN, mientras que el paciente estaba activamente enfermo y hospitalizado, indicó que los DC fueron infectados primero seguidos por el propietario [117, 142]. Los anticuerpos BCoV también estuvieron presentes, y aumentaron en uno de los dos animales positivos RT-rtPCR, pero ninguno de ellos pudo neutralizar la infección BCoV [142]. La temporada de parto en camellos se produce en los meses de invierno (entre finales de octubre y finales de febrero; Fig. 3 ) y este puede ser un momento en el que existe un mayor riesgo para los seres humanos de derrames debido a nuevas infecciones entre las poblaciones de DC ingenuas [128]. ¿Qué papel podría desempeñar el anticuerpo de camello materna en el retraso de la infección de terneros sigue siendo desconocido [128, 142]. Los DC juveniles parecen tener una infección activa con más frecuencia que los DC adultos y, por lo tanto, el sacrificio de los DC, que debe ser de cinco años de edad o más (llamados a thane), puede no ir acompañado de un riesgo significativo de exposición a la infección. A diferencia de los resultados anteriores, los trabajadores de los mataderos que matan tanto a los DC más jóvenes como a los más viejos, pueden ser un grupo ocupacional con una incidencia significativamente mayor de seropositividad a la MERS-CoV cuando los animales tienen infecciones activas por MERS-CoV [129, 139, [147] [148] [149]. Las investigaciones virológicas ampliadas de los DC africanos pueden dar lugar a animales más seropositivos y zonas geográficas en las que los seres humanos pueden estar en riesgo. Es posible que haya zonas en las que los seres humanos ya albergan infecciones por MERS-CoV que no se han identificado debido a la ausencia de vigilancia de laboratorio. Las investigaciones virológicas de los murciélagos pueden dar lugar a hallazgos de virus ancestrales y "eslabones de pérdida viral" e identificar cualquier otra fuente animal de propagación zoonótica es importante para informar opciones para reducir la exposición humana [56, El MERS-CoV infeccioso añadido a la leche de CC, cabra o vaca y almacenado a 4 °C podría recuperarse al menos 72 h más tarde y, si se almacena a 22 °C, la recuperación fue posible hasta 48 h [150]. El título de MERS-CoV disminuyó un poco cuando se recuperó de la leche a 22 °C, pero la pasteurización completamente ablada Infectividad MERS-CoV [150]. En un estudio posterior, se identificó ARN MERS-CoV en la leche, secreción nasal y heces de DCs de Qatar [151]. Un estudio único ha examinado la capacidad de MERS-CoV para sobrevivir en el medio ambiente [150]. Las superficies plásticas o de acero fueron inoculadas con 10 6 TCID 50 de MERS-CoV a diferente temperatura y humedad relativa (RH) y se A alta temperatura ambiente (30°C) y a baja RH (30 %) MERS-CoV permaneció viable durante 24 h [150]. En comparación, un virus respiratorio bien conocido y eficientemente transmitido, el virus influenza A, no pudo recuperarse en cultivo más allá de cuatro horas bajo ninguna condición [150]. Los experimentos de Aerosol encontraron que la viabilidad del MERS-CoV sólo disminuyó un 7 % a baja RH a 20°C. En comparación, el virus influenza A disminuyó un 95 % [150]. La supervivencia del MERS-CoV es inferior a la demostrada previamente para el SARS-CoV [152]. En el contexto, las bacterias patógenas pueden permanecer viables y en el aire durante 45 minutos en un aerosol tosido y pueden propagarse 4 m. La capacidad de MERS-CoV para permanecer viable durante largos períodos de tiempo le da la capacidad de contaminar completamente las superficies de Se desconoce si el MERS-CoV puede permanecer a la deriva e infeccioso durante períodos prolongados (verdaderamente aerotransportado) y si estos hallazgos amplían nuestra comprensión de las posibilidades de que las gotitas transmitan virus respiratorios en muchos entornos, incluyendo salas de espera hospitalarias, departamentos de emergencia, salas de tratamiento, instalaciones de cuidados intensivos abiertos y salas privadas de pacientes. La naturaleza y calidad del intercambio de aire, circulación y filtración son variables importantes en la medición y reducción del riesgo, así como el uso de salas de presión negativa para contener casos conocidos. Se considera que la propagación de la gota entre humanos es el mecanismo de transmisión humana a humana y se hizo hincapié en la necesidad de precauciones de las gotas después del hospital Al-Ahsa, la KSA y los brotes de Corea del Sur [21, 23, 154, 155]. La provisión de pruebas que apoyen la mejor formulación de equipos de protección personal para ser usados por los HCW que reciben, manejan o realizan procedimientos en casos infecciosos sigue siendo una prioridad. MERS-CoV fue encontrado y caracterizado por su aparente asociación con enfermedades graves, y por lo tanto más obvias, en humanos; éramos canarios en la mina de carbón. Seroensayos y estudios prospectivos de cohortes todavía no han determinado hasta qué punto los casos más leves o asintomáticos contribuyen a las cadenas de transmisión de MERS-CoV. Sin embargo, la transmisión de MERS-CoV se define como esporádica (no sostenida), intrafamiliar, a menudo asociada a la atención médica, ineficiente y que requiere contacto cercano y prolongado [22, 31, 63, 93, 97, 102, 156] En un estudio doméstico, 14 de 280 (5 %) contactos de 26 pacientes con índice positivo de MERS-CoV eran ARN o anticuerpos positivos; la tasa de transmisión general, incluso en brotes es de alrededor del 3 % [31]. Parece que la mayoría de los casos humanos de MERS-CoV, incluso cuando los números parecen aumentar repentinamente, no transmiten fácilmente a más de otro humano hasta la fecha, la epidemia localizada de MERS-CoV no ha sido autosostenible [157] [159] [160] [161]. Es decir, el número básico de reproducción (R 0 ) -el número medio de infecciones causadas por un individuo infectado en una población totalmente susceptible ha estado cerca de uno en varios grupos y brotes. Si R 0 era mayor que 1, se esperaría un aumento sostenido en el número de casos. Algunos cálculos de R o pueden verse afectados por el rastreo incompleto de los contactos de casos, pruebas comunitarias limitadas y cómo se define un caso. El MERS ha tenido una presencia constante en la Península Arábiga desde 2012 se debe a los eventos de derrames esporádicos en curso de DCs amplificados por brotes hospitalarios mal controlados. En marcado contraste, una seroencuesta de HCW que a veces estaba en contacto cercano y prolongado con el primer caso fatal de MERS-CoV en 2012 [162], encontró que ninguno de los HCW se había seroconvertido cuatro meses más tarde, a pesar de la ausencia de protección ocular y el cumplimiento variable de los estándares requeridos de EPP [162]. Al principio de la historia del MERS, las muestras para la prueba fueron recolectadas principalmente de pacientes con enfermedad grave y no de aquellos con infecciones respiratorias agudas más leves. Los contactos de los casos confirmados de MERS fueron a menudo observados para enfermedad clínica, pero no probados. Estas omisiones pueden haber confundido nuestra comprensión de la transmisión del MERS-CoV y sesginar los datos tempranos hacia un mayor número de pacientes gravemente enfermos y hospitalizados, inflando la aparente proporción de casos mortales. A medida que cambiaban los paradigmas de las pruebas y se hacían cada vez más pruebas de los contactos, se reconocían infecciones más asintomáticas y leves [163]. Un aumento en los casos llamados asintomáticos (que amplían el denominador para los cálculos de la proporción de casos mortales, definida en [164] ) dio lugar a una disminución en la proporción de casos mortales durante el brote de Yeddah-2014. Históricamente, tales aumentos son consistentes con la modificación de las definiciones y respuestas de laboratorio y el manejo clínico de una infección por virus recién descubierta que se observó por primera vez sólo entre los enfermos graves. Tras el seguimiento, más de tres cuartas partes de esas personas positivas del ARN del MERS-CoV recordaron haber tenido uno o más síntomas en ese momento, a pesar de que se notificó como asintomática [165], planteando alguna pregunta sobre la fiabilidad de otros datos Aproximadamente el 43 % de los casos MERS (549 de 1277) en la KSA fueron mortales entre 2012 y diciembre de 2015, mientras que el 21 % (72 de 330) fallecieron entre los que se produjeron fuera de la KSA. El número total de casos masculinos siempre supera en número a las mujeres y la proporción de muertes masculinas es siempre mayor que la proporción de mujeres que fallecen. Sin embargo, la proporción de muertes masculinas de varones totales con MERS es similar a la de las mujeres. En la KSA, hay una mayor proporción de varones más jóvenes entre los casos y muertes que se observaron en los brotes de Corea del Sur o Jeddah-2014 de 2015 (Fichero adicional 2: Figura S2 ). Por qué estos aspectos han diferido pueden deberse a diferencias en el tiempo de presentación y diagnóstico, la naturaleza y calidad de la atención de apoyo, la forma en que una persona se contagió (habita, exposición a una fuente humana o zoonótica, carga viral, vía de infección) o la medida en que las diferentes poblaciones se ven afectadas por enfermedades subyacentes [40]. Como grupo, los HCW representaron el 16 % de los casos de MERS en la KSA y Corea del Sur. Es evidente que la proporción semanal de HCW infectados aumenta junto con cada fuerte aumento en las detecciones generales (Fig. 5). En mayo de 2013, la OMS publicó directrices para IPC durante el cuidado de casos probables o confirmados de infección por MERS-CoV en un entorno sanitario [166]. Estos aumentos en las detecciones de MERS-CoV pueden disminuir la edad media durante cada evento debido a que los HCW son generalmente más jóvenes que los pacientes internados con MERS. Las instalaciones sanitarias han sido un objetivo regular de mejoras sugeridas para mejorar los procedimientos de prevención y control de infecciones (IPC) [115, 118]. La mayor parte del análisis de la genética MERS-CoV se ha realizado utilizando métodos de secuenciación de alto rendimiento o "profundo" para la deducción completa del genoma [167] [168] [169]. MERS-CoV fue el primer sujeto de un uso tan extendido de secuenciación profunda para estudiar un brote viral emergente con alcance global. La técnica puede producir genómica [207] [209]. Las versiones anteriores y posteriores de esta tabla se mantienen en un blog personal [210] cobertura de longitud en un solo experimento con medición altamente repetitiva de cada posición de nucle A pesar de los ensayos publicados al principio, la secuenciación subgenómica, una vez el pilar de los estudios de brotes virales, se ha publicado con menos frecuencia durante la caracterización de MERS-CoV [48]. A medida que se han caracterizado más genomas tanto de humanos como de DC, se han hecho evidentes dos clados; A y B (Fig. 6). Clade A contiene sólo genomas de MERS-CoV derivados del hombre de Jordania, mientras que Clade B comprende la mayoría de genomas humanos y de camellos deducidos hasta ahora [168]. Dos estudios durante 2015, uno mirando a variantes de Jeddah-2014 MERS-CoV y otro mirando a una variante exportada de Corea del Sur a China, ahora han identificado signos de recombinación genética entre variantes de MERS-CoV. Si bien las secuencias del genoma humano y del genoma entero de camello han conservado una identidad de >99 % entre sí, los miembros de linajes genéticamente distintos pueden intercambiar material genético y lo hacen cuando co-ocurren condiciones adecuadas y co-fecciones [170] [171] [172]. La identidad compartida implica que la principal fuente de adquisición humana es el DC, en lugar de otro animal, aunque se necesitan más pruebas de otras especies animales para confirmar esa conclusión. Durante un mes, un virus de DC secuenciado en diferentes ocasiones no cambió en absoluto indicando un grado de estabilidad genómica en su huésped, apoyando que los DC son el anfitrión natural, en lugar de intermedio, del MERS-CoV que conocemos hoy [77]. Hasta la fecha, la recombinación se ha localizado en puntos de ruptura cerca del límite entre las regiones ORF1a y ORF1b, dentro del gen de pico [170] No es inesperado que la recombinación se produzca ya que es bien conocida entre otras CoVs [124] y porque la mayoría de los genomas enteros del MERS-CoV recogidos a partir de muestras de tres años (2012-2015) y de seres humanos, camellos y diferentes países han mostrado una identidad genética cercana entre sí, con una variación sutil suficiente para apoyar investigaciones de brotes mientras se aplique la secuenciación del genoma completo [52, 77, 135, 138, 168, [173] [174] [175]. Los cambios en la secuencia del genoma pueden anunciar alteraciones en la transmisibilidad del virus, replicación, persistencia, letalidad o respuesta a medicamentos futuros. Si tenemos conocimiento previo del impacto de los cambios genéticos debido a estudios de caracterización exhaustivos, podemos establecer una estrecha relación genética entre las secuencias de nucleótidos del MERS-CoV (cargado desde GenBank utilizando los números de adhesión enumerados y Este árbol de unión vecino fue creado en MEGA v6 utilizando una alineación de las secuencias humanas y DCderivadas de MERS-CoV (Genious v8.1 [211] ). Clades se indican junto a barras verticales azules oscuras (Clade A) o pálidos (Clade B). Los iconos de camello denotan genomas de DC. Los brotes sanitarios o comunitarios se encajonan y etiquetan utilizando esquemas previamente descritos [212, 213] monitorean las regiones genómicas y entienden mejor cualquier cambio en la transmisión o patrones de enfermedad a medida que ocurren. Las mutaciones genéticas observadas durante el mayor de los brotes humanos, Jeddah-2014, no impartieron ningún cambio importante replicativo o inmunomodulador cuando se comparan con las variantes virales anteriores in vitro [156, 176]. Sin embargo, entendemos muy poco de los resultados fenotípicos que resultan del cambio genético sutil en Hasta la fecha no se ha informado de ninguna relevancia clínica ni de cambios in vivo evidentes en la replicación, eliminación o transmisión vírica, o se ha atribuido a mutaciones o a nuevos virus recombinantes [156]. Pero se necesitan vigilancia y estudios más grandes, contemporáneos e in vivo. La secuencia genomática localizada a un clado distinto se identificó a partir de un DC egipcio que probablemente fue importado de Sudán. Esto no encaja en ninguno de los clados actuales [125, 168, 177]. Un virus secuenciado a partir de un murciélago Neoromicia capensis estaba más estrechamente relacionado con el MERS-CoV que otras grandes secuencias derivadas de murciélagos habían estado hasta ese punto, pero el genoma de una variante de un MERS-CoV aún no se ha descubierto y deducido de cualquier murciélago [125]. Los análisis de genomas del MERS-CoV han demostrado que la mayoría de las diferencias nucleó 2), que codifica la proteína de pico y proteínas accesorias [168]. Al menos nueve genomas del MERS-CoV contenían sustituciones de aminoácidos en el dominio de unión a los receptores (RBD) de la proteína de pico y los codones 158 (región N-terminal), 460 (RBD), 1020 (en la repetición de heptad 1), 1202 y 1208 investigación de osos como marcadores de cambio adaptativo [140, 169]. La proteína de pico no había cambiado en el genoma recombinante del MERS-CoV identificado en China en 2015, pero se informó que había variado a un ritmo superior al de genomas completos del MERS-CoV, entre variantes surcoreanas [172, 178]. Esto destaca que las regiones subgenómicas pueden no siempre contener suficiente diversidad genética para ser útiles para diferenciar variantes virales. A pesar de esto, un ensayo que amplificaba un fragmento de nucleótido 615 del gen de dominio S2 de pico para la secuenciación de Sanger coincidió con los resultados generados por la secuenciación de algunos genomas completos y fue útil para definir grupos de secuencias adicionales [177]. La secuencia genómica también se puede utilizar para definir los límites geográficos de un cúmulo o brote y monitorear su progreso, basado en la similitud de las variantes encontradas entre humanos y animales infectados cuando ocurren juntos, o entre diferentes sitios y tiempos (Fig. 6 ) [169]. Este enfoque se utilizó al definir el brote de hospital MERS con limitaciones geográficas en Al-Ahsa, que ocurrió entre el 1 de abril y el 23 de mayo de 2013, así como los cúmulos en Buraidah y un brote comunitario en Hafr Al-Batin, el KSA. La secuenciación genómica identificó que aproximadamente 12 detecciones de MERS-CoV de un brote comunitario en Hafr Al-Batin entre junio y agosto de 2013 pudieron haber sido desencadenadas por un caso índice que se infectó a través del contacto DC [175]. La secuenciación de genomas de MERS-CoV del brote hospitalario de Al-Ahsa de 2013 indicó que múltiples variantes virales contribuyeron a los casos, pero que la mayoría fueron lo suficientemente similares entre sí como para ser consistentes con la transmisión humano-humana. La epidemiología molecular ha revelado enlaces ocultos en cadenas de transmisión que abarcan un período de hasta cinco meses [179]. Sin embargo, la mayoría de los brotes no han continuado durante más de dos a tres meses y por lo tanto las oportunidades para que el virus se adapte más a los seres humanos a través de la coinfección y el tránsito en serie sostenido han sido raras [169]. En Riad-2014, la evidencia genética apoyaba la probabilidad de múltiples introducciones externas de virus, implicando una gama de instalaciones de salud en un caso que de otro modo parecía contiguo [23, 168, 179]. Riad es un nexo para el viaje de camellos y humanos y ha tenido más casos MERS que cualquier otra región de la KSA hasta la fecha, pero también alberga una amplia gama de variantes MERS-CoV [128, 167, 179]. Sin embargo, el brote surcoreano se originó de una sola persona infectada, resultando en tres a cuatro generaciones de casos [180, 181]. Estudios de esta variante viral aparentemente recombinante no encontraron un aumento de la tasa evolutiva y ningún signo de adaptación al virus, por lo que el brote parece haber sido impulsado por circunstancias más que por circunstancias junto con mutación [181]. Para muchos casos MERS detectados fuera de la Península Arábiga, se El rastreo de contacto es esencial para contener la aparición y transmisión de un nuevo virus y hoy en día está apoyado por la epidemiología molecular. Aunque es un proceso costoso y que consume tiempo, el rastreo de contacto puede identificar posibles nuevas infecciones y, a través del monitoreo activo o pasivo, reaccionar más rápidamente si la enfermedad se desarrolla. Los resultados del rastreo de contacto hasta la fecha han encontrado que la transmisión continua entre los seres humanos es un evento poco frecuente. Por ejemplo, hubo 83 contactos, tanto sintomáticos como asintomáticos, de un caso tratado en Alemania que viajó desde los Emiratos Árabes Unidos pero no se encontraron signos de virus o anticuerpos en ninguno de ellos [73]. En un estudio de 123 contactos de un caso tratado en Francia, sólo siete coincidieron con la definición de un posible caso y fueron probados; uno que había compartido una habitación hospitalaria de 20 m2 mientras que en una cama a 1,5 m de distancia del caso índice durante un período prolongado fue positivo [26]. Ninguno de los contactos de los dos primeros casos MERS importados a los EE.UU. en 2014 contenía ninguna huella MERS-CoV [182] y ninguno de los 131 contactos de dos viajeros que regresaron a los Países Bajos desarrolló anticuerpos MERS-CoV o testó ARN positivo [25, 183]. Los análisis de datos públicos revelan muchos casos probables de adquisición nosocomial de infección en la Península Arábiga y estos datos pueden ir acompañados de algunos detalles que señalan el contacto con un caso o instalación conocido. Un ejemplo identificó el papel probable de un paciente con una infección subclínica, presente en un hospital durante su ingreso por otras razones, como el caso índice más probable que desencadena un grupo familiar [93]. El rastreo de contacto fue un factor significativo en la terminación de un brote de 2015 con múltiples hospitales surcoreanos [184]. Estos estudios demuestran la necesidad de encontrar y comprender un papel para los casos leves y asintomáticos, junto con la restricción del contacto cercano o la exposición prolongada de las personas infectadas a otras, especialmente familiares mayores y amigos con enfermedad subyacente (Fig. 4c). El brote asociado al hospital en Jeddah en 2014 fue la acumulación más grande y rápida de las detecciones de MERS-CoV hasta la fecha. El mayor número de detección de MERS-CoV de cualquier mes registrado se produjo en Yeddah en abril. El brote se asoció principalmente (> 60 % de los casos) con la propagación de seres humanos a seres humanos dentro de los entornos hospitalarios y se debió a la falta de prevención y control de las infecciones o a su desorganización [37, 185, 186]. Un aumento de las muertes siguió al rápido aumento del número de casos. En 2015 ocurrieron dos grandes brotes. Corea del Sur fue el lugar del primer brote a gran escala fuera de la Península Arábiga y produjo los primeros casos tanto en Corea del Sur como en China, entre mayo y julio de 2015. Esto fue seguido de cerca por un brote distinto en la provincia de Ar Riyad, en la KSA, que parecía estar bajo control a principios de noviembre. Después de permanecer en Bahréin durante dos semanas, un varón de 68 años (68 M) viajó a Corea del Sur vía Qatar, llegando libre de síntomas el 4 de mayo de 2015 [187]. Desarrolló fiebre, Visitó una clínica como ambulatorio entre los días 12 y 15 de mayo y fue ingresado en el Hospital A el día 15 [188]. Fue dado de alta del Hospital A el día 17 y luego fue ingresado en el servicio de urgencias del Hospital B el día 18. Durante esta segunda estancia, se tomó una muestra de esputo y dio positivo para el MERS-CoV el día 20 [187, 188], desencadenando el traslado al centro de tratamiento de aislamiento designado. Durante un período de 10 días, el caso índice fue visto en tres hospitales diferentes, demostrando una característica clave de "compra hospitalaria" que conformó el brote surcoreano. Aproximadamente 34 personas fueron infectadas durante este tiempo [187]. En total 186 casos fueron generados en este brote, todos vinculados a través de una única cadena de transmisión a 68 M; 37 casos murieron [189]. En Corea del Sur, el sistema nacional de seguro médico prevé una atención médica de costo relativamente bajo, sufragando algunos costos al hacer que los familiares sean responsables de una parte de la administración de los enfermos, lo que a veces los hace permanecer durante largos períodos en las habitaciones que a menudo tienen más de cuatro camas en ellas [24]. Otros factores que se pensaba que habían permitido este brote eran la falta de familiaridad de los médicos locales con MERS, la facilidad con la que el público puede visitar y ser tratado por hospitales terciarios, la costumbre de visitar a amigos y familiares enfermos en hospitales, la naturaleza jerárquica de la sociedad coreana, las salas de emergencia abarrotadas, las medidas deficientes del IPC, la falta de salas de aislamiento de presión negativa y la mala comunicación interhospitalaria de los historiales de enfermedades de los pacientes [24, [190] [191] [192]. Hasta la fecha se han comunicado pocos detalles clínicos sobre estos casos y los detalles sobre la transmisión y el rastreo de los contactos son mínimos. Los hospitales involucrados inicialmente no fueron identificados, la orientación y las acciones gubernamentales produjeron mensajes confusos y hubo una comunicación muy limitada en los primeros tiempos, lo que dio lugar a preocupaciones innecesarias, desconfianza y un impacto económico distinto [191, [196] [197] [198]. Al principio del brote, un viajero infectado, hijo de un caso identificado en Corea del Sur, pasó por Hong Kong en su camino a China, donde estaba ubicado, aislado y atendido en China [91, 199, 200]. No hubo contactos que enfermaran.El brote se puso bajo control a finales de julio/a principios de agosto [201] después de que se emplearan medidas mejoradas del IPC, seguimiento y cuarentena de contactos sólidos, pruebas de laboratorio ampliadas, hospitales fueron mejor asegurados, se envió personal especializado para gestionar los casos Una revisión de los datos públicos mostró que, al igual que en el caso del MERS en la KSA, la edad avanzada y la presencia de enfermedad subyacente se asociaron significativamente con un desenlace fatal en Corea del Sur. [40] Aunque R 0 es <1, los eventos de superdifusión facilitados por circunstancias creadas en entornos de salud y caracterizadas por tamaños de clúster superiores a 150, como este, no son inesperados por la infección por MERS-CoV [204]. La dinámica de un brote depende de la R 0 y de los patrones de eliminación viral de un individuo, el tipo y la frecuencia de contacto, los procedimientos hospitalarios y la estructura y densidad de la población [204]. En la región de Ar Riyad, incluida la capital de Riad, se inició un cúmulo hospitalario dentro de un solo hospital a partir de finales de junio de 2015 [205]. A mediados de septiembre se habían notificado aproximadamente 170 A pesar de la introducción continua y posiblemente estacional del virus en la población humana a través de los DC infectados y tal vez otros animales que aún no se han identificado, la gran mayoría de la transmisión del MERS-CoV se ha producido de seres humanos infectados a no infectados en contacto cercano y prolongado a través de circunstancias creadas por un control deficiente de las infecciones en los entornos de atención de la salud. Este virus oportunista ha tenido su mayor impacto en las personas con enfermedades subyacentes y esas personas vulnerables, que a veces sufren múltiples comorbilidades, se han asociado con mayor frecuencia con los hospitales, creando una tormenta perfecta de exposición, transmisión y mortalidad. No está claro si este grupo se ve afectado de manera única por el MERS-CoV o si otras infecciones respiratorias, incluidas las de los HCoV, producen un impacto igualmente grave. En Corea del Sur, un solo caso importado creó un brote de 185 casos y 36 muertes que tuvieron un impacto desproporcionado en el desempeño económico, el comportamiento de la comunidad y la confianza en el gobierno y el sistema de atención de la salud. La transmisión del hogar de seres humanos a seres humanos se produce, pero también es limitada. Los programas educativos serán herramientas esenciales para combatir la propagación del MERS-CoV tanto dentro de las comunidades urbanas y regionales como para el entorno de atención de la salud. La vigilancia sigue siendo importante para la contención, ya que el MERS-CoV es un virus con una composición genética que se ha observado durante sólo tres años y no es estable. Entre todos los seres humanos que se han notificado que están infectados, casi el 40% han muerto. La secuenciación del genoma completo se ha utilizado extensamente para estudiar el recorrido y la variación del MERS-CoV y aunque sigue siendo una herramienta para expertos, parece ser la mejor herramienta para el trabajo. El MERS y el SRAS tienen algunas similitudes clínicas pero también difieren significativamente [206]. Entre las características definitorias se incluyen el PFC más alto entre los casos del MERS (superior al 50 % en 2013 y actualmente en el 30-40%; muy por encima del 9 % del SRAS) y la asociación más alta entre el MERS mortal y los hombres mayores con comorbilidades subyacentes. Para los virus, el MERS-CoV tiene un tropismo más amplio, crece más rápidamente in vitro, induce más rápidamente cambios citopatógenos, desencadena respuestas transcripcionales distintas, hace uso de un receptor diferente, induce un estado más proinflamatorio y tiene una respuesta antiviral tardía en comparación con el SRAS Parece haber una prevalencia del 2-3 % de MERS-CoV en la KSA con una probabilidad del 5 % de transmisión secundaria dentro del hogar. Hay un mayor riesgo de infección a través de ciertas ocupaciones en ciertos momentos y una probabilidad mucho mayor de propagación a otros seres humanos durante circunstancias creadas por los humanos, lo que impulsa una transmisión más efectiva que cualquier R 0 predeciría sobre el valor facial. Sin embargo, a pesar de las múltiples concentraciones masivas que han proporcionado al virus muchos millones de oportunidades de propagación, no se han reportado brotes de MERS o MERS-CoV durante o inmediatamente después de estos eventos. No hay evidencia de que el MERS-CoV sea un virus de preocupación pandémica. Sin embargo, los entornos hospitalarios continúan describiendo casos y brotes de MERS en la Península Arábiga. Mientras facilitemos la propagación del MERS-CoV entre nuestras poblaciones más vulnerables, el mundo debe permanecer en alerta para los casos que puedan ser exportados con mayor frecuencia cuando un país de acogida con reservorios de camellos infectados está experimentando conglomerados o brotes humanos. El MERS-CoV parece ser un virus enzoótico que infecta a la URT DC con evidencia de recombinación genética reciente. Puede que una vez haya tenido su origen entre los murciélagos, pero falta evidencia y la relevancia de ello para la epidemia actual es académica. Gracias a la acción rápida, las herramientas de diagnóstico molecular sensibles y rápidas necesarias para lograr un objetivo de detección rápido y sensible han sido establecidas y ampliamente disponibles desde que el virus fue reportado en 2012. RT-PCR pruebas de muestras de LRT siguen siendo el estándar de oro para la confirmación del MERS-CoV. Las herramientas serológicas siguen surgiendo pero necesitan una validación adicional utilizando muestras de infecciones leves y asintomáticas y un estudio de cohorte densamente muestreado para seguir los contactos de nuevos casos puede abordar esta necesidad. Del mismo modo, la importante cuestión de si aquellos que eliminan el ARN MERS-CoV durante períodos prolongados son infecciosos mientras aparecen bien, sigue sin respuesta. Incluso no está claro cuántas infecciones 'asintomáticas' se han descrito y reportado correctamente, lo que a su vez plantea preguntas sobre la fiabilidad de la recolección de otros datos clínicos hasta la fecha. Si bien la virología básica del MERS-CoV ha avanzado en el transcurso de los últimos tres años, la comprensión de lo que está sucediendo en, y la interacción entre, camello, medio ambiente y humano todavía está en su infancia.

¿Cuánto tiempo los casos de MERS arrojan ARN viral en sus muestras de LRT (aspirados traqueales y esputo)?

MERS coronavirus: diagnóstico, epidemiología y transmisiónhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4687373/SHA: f6fcf1a99cbd073c5821d1c4ffa3f2c6daf8ae29Autores: Mackay, Ian M.; Arden, Katherine E.Fecha: 2015-12-22DOI: 10.1186/s12985-015-0439-5Licencia: cc-byAbstract: Los primeros casos conocidos de síndrome respiratorio de Oriente Medio (MERS), asociados con la infección por un nuevo coronavirus (CoV), se produjeron en 2012 en Jordania, pero se informó retrospectivamente.El primer caso que se informó públicamente fue de Jeddah, en el Reino de Arabia Saudita (KSA). Desde entonces, las secuencias de MERS-CoV se han encontrado en un murciélago y en muchos camellos dromedarios (DC). MERS-CoV es enzoótico en toda la Península Arábiga y en partes de África, causando enfermedades leves del tracto respiratorio superior en su reservorio de camellos y infecciones humanas esporádicas, pero relativamente raras. Precisamente cómo el virus transmite a los seres humanos sigue siendo desconocido, pero la exposición estrecha y prolongada parece ser un requisito. El KSA es el punto focal de MERS, con la mayoría de los casos humanos. En los seres humanos, MERS se conoce principalmente como una enfermedad del tracto respiratorio inferior (RTL) que incluye fiebre, tos, dificultades respiratorias y neumonía que puede progresar a síndrome de dificultad respiratoria aguda, fallo multiorgánico y muerte en un 20% a 40% de los infectados. Sin embargo, MERS-CoV también se ha detectado en enfermedades leves y similares a En comparación con el síndrome respiratorio agudo grave (SARS), otra enfermedad zoonótica del coronavirus a veces fatal que ha desaparecido desde entonces, el MERS progresa más rápidamente hacia la insuficiencia respiratoria y la lesión renal aguda (también tiene afinidad por el crecimiento de las células renales en condiciones de laboratorio), es más frecuente en los pacientes con enfermedad subyacente y es más a menudo fatal. La mayoría de los casos humanos de MERS se han relacionado con fallos en la prevención y el control de infecciones (IPC) en los entornos de salud, con aproximadamente el 20% de todas las detecciones de virus notificadas entre los trabajadores de la salud (HCWs) y exposiciones más altas en aquellos con ocupaciones que los ponen en estrecho contacto con camellos. Los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) han estado disponibles casi desde el comienzo de la aparición de MERS. Mientras que la virología básica de MERS-CoV ha avanzado en los últimos tres años, la comprensión de la interacción entre camello, medio ambiente y restos humanos limitados. MATERIAL SUPLEMENTO ELECTRÓNICO: La versión en línea de este artículo (doi:10.1186/s12985-015-0439-5) contiene material suplementario, que está disponible para los usuarios autorizados. Texto: Un correo electrónico del Dr. Ali Mohamed Zaki, un virólogo egipcio que trabaja en el Hospital Dr. Soliman Fakeeh en Jeddah en el Reino de Arabia Saudita (KSA) anunció la primera cultura de un nuevo coronavirus al mundo. El correo electrónico fue publicado en el sitio web de la red de enfermedades emergentes profesionales (ProMED) el 20 de septiembre de 2012 [1] (Fig. 1) y describió el primer caso reportado, un hombre de 60 años de edad de Bisha en la KSA. Esta información llevó al rápido descubrimiento de un segundo caso del virus, esta vez en un paciente enfermo en el Reino Unido, que había sido transferido de Qatar para su atención [2]. El nuevo virus fue inicialmente llamado coronavirus nuevo (nCoV) y subsecuentemente titulado el síndrome de respiración del Oriente Medio coronavirus (MERS-CoV). A partir del 2 de septiembre de 2015, ha habido 1.493 detecciones de ARN viral o anticuerpos específicos del virus en 26 países (Fichero adicional 1: Figura S1) confirmado por la Organización Mundial de la Salud (OMS), con más de un tercio de las personas positivas muriendo (al menos 527, 35 %) [3]. Desde ese primer informe, un lento proceso de descubrimiento durante los siguientes dos o tres años reveló un virus que había infectado más del 90 % de los camellos dromedarios adultos (DC; Camelus dromedario) en la KSA [4], también en los países en desarrollo de toda la Península Arábiga y partes de África que son una fuente de importaciones de DC para la KSA [5]. Hasta la fecha, el MERS-CoV no se ha detectado en los países en desarrollo sometidos a pruebas en zoológicos o rebaños de otras partes del mundo [6] [7] [9]. Ocasionalmente, el virus se transmite de los DC infectados a los seres humanos expuestos. La transmisión posterior a otros seres humanos requiere una exposición relativamente cercana y prolongada [10]. Se patentó el primer aislado viral y se planteó la preocupación de que ello limitaría el acceso tanto al virus como a los diagnósticos virales [11, 12]. Sin embargo, los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) se describieron rápidamente y el virus se puso a disposición de forma gratuita, sujeto a consideraciones rutinarias de bioseguridad [13]. La epidemiología y la investigación posteriores han identificado al receptor celular como exopeptidasa dipeptidil peptidasa 4 (DPP4; también llamada CD26); que el MERS-CoV tiene un amplio tropismo, replicando mejor en algunas líneas celulares y provocando una respuesta más proinflamatoria que el SARS-CoV; está muy extendido en los DC; tiene el potencial de infectar a otros animales y que el MERS mata a su huésped humano con más frecuencia que el SARS (20-40% frente al 9 % para el SARS [14] ) [15] [16] [17] [19]. El MERS-CoV se propaga esporádicamente entre las personas, causando enfermedades más graves entre los adultos mayores, especialmente los varones, con enfermedades preexistentes.La propagación del MERS-CoV entre los seres humanos se ha asociado a menudo con brotes en los hospitales, con alrededor del 20% de todos los casos hasta la fecha en los que han participado trabajadores de la salud (HCWs).Aunque los DC parecen sufrir el equivalente a un "frío común" de la infección por MERS-CoV, en los seres humanos el virus puede ser un patógeno más grave y oportunista asociado con la muerte de hasta el 40% de los casos notificados. Aún no se ha establecido si las infecciones que se cree que se han adquirido de una fuente animal producen un resultado más grave que los que se propagan entre los seres humanos [20]. Los estudios han establecido que el período medio de incubación para el MERS es de cinco a seis días, que van de dos a 16 días, con 13 a 14 días entre el inicio de la enfermedad en una persona y posteriormente se extiende a otra [21] [22] [23]. Entre aquellos con enfermedad progresiva, la mediana de tiempo hasta la muerte es de 11 a 13 días, que van de cinco a 27 días [23, 24]. La fiebre y los síntomas gastrointestinales pueden formar un pródromo, después de lo cual los síntomas disminuyen, sólo para ser seguidos por un síndrome sistémico y respiratorio más grave [25, 26]. La primera definición de caso de la OMS [27] definió los casos probables de MERS basados en la presencia de enfermedad febril, tos y el requisito de hospitalización con sospecha de compromiso del tracto respiratorio inferior (RTL), incluyendo también roles para el contacto con un caso probable A partir de julio de 2013, la definición revisada del caso de la OMS incluía la importancia de buscar y comprender el papel de los casos asintomáticos y, a partir de junio de 2014, la definición de la OMS indicaba más claramente que un caso confirmado incluía a cualquier persona cuya muestra fuera RT-PCR positiva para MERS-CoV, o que produjera una seroconversión, independientemente de los signos y síntomas clínicos. [28] [30] Aparte de los informes de la OMS y del Ministerio de Salud de la KSA, los casos asintomáticos o subclínicos de infección por MERS-CoV se documentaron en la literatura científica, aunque no siempre tan a menudo como ocurrió a principios de [31, 32]. La definición del caso de la KSA se hizo más estricta el 13 de mayo de 2014, basándose en la presencia de ambas características clínicas y confirmación de laboratorio [33]. Las pruebas de personas asintomáticas fueron recomendadas a partir de diciembre de 2014 [34], reforzadas por una definición de caso publicada por el Ministerio de Salud de la KSA en junio de 2015 [35]. La KSA ha sido la fuente del 79 % de los casos humanos. El MERS severo es notable por su impacto entre los hombres mayores con enfermedades comorbidas, incluyendo diabetes mellitus, cirrosis y diversas afecciones pulmonares, renales y cardíacas [36] [38]. Interesantemente en junio de 2015, un brote en Corea del Sur siguió una distribución similar [39, 40]. Entre los casos confirmados en laboratorio, los signos y síntomas de fiebre, tos y tracto respiratorio superior (URT) generalmente ocurren primero, seguidos en una semana por trastornos progresivos de TL y linfopenia [37]. Los pacientes a menudo se presentan a un hospital con neumonía o peor, y se han notificado infecciones Según se informa, el MERS ha matado aproximadamente el 35 % de todos los casos notificados, el 42 % de los casos en la KSA, pero sólo el 19 % de los casos en Corea del Sur, donde la mortalidad osciló entre el 7 % entre los grupos de edad más jóvenes y el 40 % entre los de 60 años o más [42] ; todos pueden ser valores inflados con infecciones asintomáticas o leves a veces no buscadas o no reportadas [34]. La atención de apoyo general es clave para tratar los casos graves [43]. Rara vez se informa que los niños menores de 14 años son positivos para la MERS-CoV, que comprende sólo el 1,1% (n = 16) del total de casos notificados. Entre el 1 de septiembre de 2012 y el 2 de diciembre de 2013, un estudio describió el recuento de casos pediátricos en la KSA, que se situaba en 11 (dos a 16 En Amman (Jordania), se probaron 1.005 muestras de niños hospitalizados menores de dos años con fiebre y/o signos y síntomas respiratorios, pero ninguna fue positiva para ARN MERS-CoV, a pesar de haber sido recolectadas en un momento similar al primer brote conocido de MERS-CoV en la ciudad vecina de Al-Zarqa [45]. Un segundo trimestre de mortinato ocurrió en una mujer embarazada durante una enfermedad respiratoria aguda y aunque no fue RT-rtPCR positivo, la madre desarrolló posteriormente anticuerpos contra MERS-CoV, sugestivos de infección reciente [46]. Su historia de exposición a un pariente positivo de MERS-CoV RT-rtPCR y un esposo anticuerpo reactivo, su período de incubación y su historia sintomática cumplieron los criterios de la OMS para ser un probable caso de MERS-CoV [46]. Los métodos de diagnóstico se publicaron dentro de los días del correo electrónico ProMED anunciando el primer caso MERS [47], incluyendo varios ensayos RT-rtPCR (Fig. 2 ) y cultivo de virus en células Vero y LLC-MK2 [18, 47, 48]. Un adenocarcinoma colorrectal (Caco-2 ) línea celular epitelial ha sido recomendado desde entonces para el aislamiento de infecciones MERS-CoV [49]. Anteriormente [18].. Los marcos de lectura abiertos se indican como rectángulos amarillos entre corchetes por regiones terminales no traducidas (UTR; rectángulos grises ). FS-frame-shift. Las regiones predictas que abarcan puntos de ruptura de recombinación se indican por píldoras naranjas. Creado utilizando Geneious v8.1 [211] y anotado usando Adobe Illustrator. Bajo este esquema se muestra la ubicación de los imprimadores RT-PCR (las flechas azules indican la dirección) y oligoprobes (rectángulos verdes) utilizados en los primeros ensayos de cribado RT-rtPCR y en los convencionales, seminés (tres imprimaciones) RT-PCR confirmatorios de secuenciación [47, 48]. El orden de publicación se observa por primera [27 de septiembre de 2012; rojo] y segundo [6 de diciembre de 2012; naranja] rectángulos de color; ambos de Corman y otros [47, 48] Los ensayos recomendados por la OMS se destacan debajo por puntos amarillos [53]. El imprimador reverso NSeq ha contenido consistentemente una secuencia incompatibilidad con algunas variantes de MERS-CoV. Una versión alterada de la de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio del Oriente Medio: Una Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con el permiso de Elsevier [5] revisó el amplio tropismo de MERS-CoV [5]. Sin embargo, como se describe bien, el cultivo celular es un método lento, especializado e insensible [50] mientras que las técnicas basadas en PCR son el método preferido para la detección de MERS-CoV. Los primeros marcos de lectura abiertos (ORF 1a y 1b; Fig. 2) se han convertido en un objetivo diagnóstico clave y taxonómico para la identificación de especies CoV. Con menos del 80 % de identidad entre la secuencia de aminoácidos de MERS ORF 1ab y parientes del betacoronavirus, Tylonycteris Bat HKU4 y Pipistrellus Bat HKU5, se puede concluir que es un virus novedoso y distinto. Las proteínas estructurales incluyen el pico (S), la envoltura (E), la membrana (M) y el nucleocápsido (N) [52]. Se prevé que los productos de ORF1a y ORF1b codificarán proteínas no estructurales. La mayoría de los ensayos de muestras realizados hasta la fecha han empleado ensayos RT-rtPCR validados que han demostrado ser sensibles y específicos [47, 48, 53]. El kit de RealStar® utiliza estos ensayos recomendados por la OMS [54]. Las secuencias objetivo de estos ensayos de cribado no han cambiado entre los genomas examinados hasta al menos mediados de 2015 (observación IMM). Otros ensayos RT-rtPCR han sido desarrollados y validados para su uso como herramientas de diagnóstico basadas en laboratorio [55] [56]. Además, los ensayos isotérmicos [58, 59] o recombinasa polimerasa [60] La detección del antígeno MERS-CoV no ha sido común hasta la fecha, pero la combinación de corto tiempo de retorno de la prueba al resultado, alto rendimiento e identificación de proteínas virales hace que esta opción sea atractiva. La detección de proteínas virales en lugar de ARN viral indica la probable presencia de virus infecciosos. La primera herramienta inmunocromatográfica rápida descrita podría detectar proteína nucleocápsida MERS-CoV recombinante de hisopos nasales DC con sensibilidad al 94 % y especificidad al 100 % en comparación con RT-rtPCR [61]. Un enfoque diferente utilizó una captura basada en anticuerpos monoclonales ELISA dirigida a la proteína nucleocápsida MERS-CoV con una sensibilidad de 10 3 CCID 50 y especificidad al 100 % [62]. La demostración de una seroconversión a una infección por MERS-CoV cumple con la definición actual de la OMS de un caso tan optimizado y ampliamente validado que los seroensayos empleados junto con buenas historias clínicas son útiles para identificar la infección por MERS-CoV y ayudar a apoyar estudios de transmisión. Debido a que las pruebas serológicas son, por su naturaleza, retrospectivas, es habitual detectar una huella viral, en forma de anticuerpos, en ausencia de signos o síntomas de enfermedad y a menudo en ausencia de ARN viral [63]. Las seroencuestas estratégicas y generalizadas de seres humanos que utilizan muestras recogidas después de 2012 son infrecuentes. Gran parte de la Península Arábiga y todo el Cuerno de África carecen de datos de referencia que describan la proporción de la comunidad que puede haber sido infectada por un MERS-CoV. Sin embargo, las seroencuestas han tenido un uso Debido a la identidad compartida entre DC y el MERS-CoV humano (ver epidemiología molecular: utilizando genomas para entender brotes), los ensayos serológicos para las seroencuestas de DC deben ser transferibles al cribado humano con una reconfiguración mínima. Además, no se ha encontrado ninguna variación diagnóstica relevante en la actividad de neutralización entre una gama de aislados y seras testados de MERS-CoV circulantes, por lo que los seroensayos de virus enteros o específicos basados en proteínas deben funcionar de manera equivalente en la detección de respuestas serológicas al serotipo único de MERS-CoV [49]. El desarrollo de ensayos serológicos robustos requiere paneles confiables de sueros animales o humanos bien caracterizados, incluidos los positivos para anticuerpos específicos del MERS-CoV, así como para fuentes probables de reacción cruzada [64]. La obtención de estos materiales fue problemática y enlenteció el desarrollo y comercialización de ensayos de detección de anticuerpos para ensayos humanos [64]. Se han liberado varios kits comerciales de ELISA, kits de ensayos inmunofluorescentes (IFA), proteínas recombinantes y anticuerpos monoclonales [31, [65] [66] [68]. Inicialmente, se utilizaron IFAs convencionales para seroencuestas humanas. Estos se basaron en el cultivo celular infectado por MERS-CoV como fuente de antígeno, detectando la presencia de anticuerpos humanos anti-MERS-CoV IgG, IgM o neutralizantes en muestras humanas [18, 48, 69]. No se encontró ningún signo de anticuerpos MERS-CoV entre 2.400 sueros de pacientes que visitaron el Hospital de Jeddah, desde 2010 hasta 2012, antes de la descripción de MERS-CoV [18]. Los métodos IFA tampoco detectaron ningún signo de infección previa por MERS-CoV entre una pequeña muestra de 130 donantes de sangre sanos de otro hospital de Jeddah (recogida entre enero y diciembre de 2012) [70]. De 226 trabajadores del matadero, sólo ocho (3,5%) fueron positivos por IFA, y los sueros no pudieron ser confirmados por la prueba de neutralización del virus (NT). El estudio indicó que HCoV-HKU1 era una fuente probable de antígenos de reacción cruzada en todo el virus IFA [70]. El virus completo MERS-CoV IFA también sufrió alguna reactividad cruzada con el SRAS convaleciente sera y esto no pudo resolverse mediante una prueba de NT que también fue reactiva [71]. La IFA utilizando proteínas recombinantes en lugar del virus entero IFA, ha demostrado ser una herramienta más específica [31]. Dado que se han postulado zoonosis asintomáticas [72], la ausencia de anticuerpos contra el MERS-CoV entre algunos humanos que tienen contacto regular y estrecho con camellos puede reflejar la rareza de animales infectados activamente en carnicerías, un riesgo de transmisión limitado asociado con DCs de sacrificio [70], un estado inmune cruzado de protección preexistente o algún otro factor(s) que resulta en un bajo riesgo de enfermedad y seroconversión concurrente que se desarrolla después de la exposición en este grupo. IFA usando proteínas recombinantes en su lugar. Algunos seroensayos han pasado por alto los riesgos de trabajar con virus infecciosos al crear células transfectadas que expresan porciones recombinantes de las proteínas nucleocápsidas y punzantes del MERS-CoV [48, 73], o utilizando un lentivirus recombinante que expresa la proteína de pico del MERS-CoV Un ensayo de pseudoneutralización de partículas (ppNT) ha sido ampliamente utilizado en estudios en animales y fue al menos tan sensible como la prueba tradicional de microneutralización (MNT). [10, 74, [76] [77] [78] ] Los estudios que utilizaron pequeños números de muestra y ppNT no encontraron evidencia de anticuerpos neutralizantes MERS-CoV en sueros de 158 niños con infecciones de LRT entre mayo de 2010 y mayo de 2011, 110 sera de 19 a 52 años de edad donantes de sangre masculina y 300 trabajadores autoidentificados de animales de la Región Jazan de la KSA durante 2012 [79, 80]. Del mismo modo, un estudio de cuatro pastores en contacto con una manada infectada de DC en Al-Ahsa, ocho personas que tenían contacto intermitente con la manada, 30 veterinarios y personal de apoyo que no estaban expuestos a la manada, tres trabajadores de mataderos no protegidos en Al-Ahsa y 146 controles que no estaban expuestos a DC en ningún rol profesional, no encontró ninguna evidencia serológica de infección por MERS-CoV en el pasado utilizando el ensayo ppNT [10]. Un retraso en la respuesta de anticuerpos neutralizantes a la infección por MERS-CoV se asoció con un aumento de la gravedad de la enfermedad en los casos de Corea del Sur con la mayoría de las respuestas detectables en la tercera semana de enfermedad, mientras que otros, aunque la enfermedad era grave, no respondieron durante cuatro o más semanas [81]. Las implicaciones para nuestra capacidad de detectar cualquier respuesta en casos leves o asintomáticos no fueron exploradas, pero Un brote jordano de TRT aguda en un hospital en 2012 se encontró retrospectivamente asociado a la infección por MERS-CoV, utilizando inicialmente RT-rtPCR, pero posteriormente, y en una escala mayor, a través de la positividad por ELISA y la prueba IFA o MNT. [46, 82, 83] Este brote fue anterior al primer caso de MERS en la KSA. La ELISA utilizó una proteína nucleocápsida recombinante del grupo 2 betacoronavirus bat-CoV HKU5 para identificar anticuerpos contra la proteína MERS-CoV reactiva equivalente [71]. Se validó utilizando 545 sera recolectada de personas con HCoV-OC43, HCoV-229E, SARS-CoV, HCoV-NL63, HRV, HMPV o influenza A(H1N1), pero fue supuestamente menos específica que la I También se consideró una herramienta aplicable para el cribado de grandes números de muestra [82]. Un microarray de proteína que expresa la subunidad de proteína S1 ha sido validado y ampliamente utilizado para las pruebas de DC [5, 84]. Detección de infección por MERS-CoV usando microarray de proteína ELISA o S1 [84] suele ser seguido por IFA confirmatoria y/ o una neutralización de reducción de placa (PRNT) [69, 70, 85] o MNT test. [74, 85, 86] Este proceso confirmatorio tiene como objetivo asegurar que los anticuerpos detectados sean capaces de neutralizar específicamente el virus previsto y no sean más ampliamente reactivos a otros coronavirus encontrados en DCs (coV bovina, BCoV) o humanos (HCoV-OC43, HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoV-HKU1, SARS En el estudio más grande de sueros humanos, un proceso de diagnóstico escalonado asignó tanto el SERA positivo recombinante como el SERA ELISA recombinante a la seropositividad 'etapa 1'. Un resultado seropositivo en estadio 2 requirió además un resultado PRNT adecuadamente titulado [87]. El estudio encontró que 15 SERA recolectados en 2012 a 2013 de 10.009 (0,2%) personas en 13 provincias KSA contenían anticuerpos MERS-CoV, pero proporciones significativamente mayores en se produjeron en pastores de camellos (dos de 87; 2,3 %) y trabajadores de mataderos (cinco de 140; 3,6 %) [87]. Se necesitan encuestas contemporáneas. MERS-CoV no parece ser fácilmente transmitido de DCs a los seres humanos, o tal vez es [72], pero generalmente no desencadena una respuesta inmune detectable si sólo se producen enfermedades leves o infecciones asintomáticas. Los ensayos serológicos necesitan una validación adicional en esta área, por lo que es necesario tener cuidado al trasladar algoritmos de serología diagnóstica de reciente desarrollo de un entorno de investigación a uno que informe las decisiones de salud pública, lo que se reforzó cuando un caso falso positivo en EE.UU., supuestamente infectado después de un apretón de manos y dos reuniones cara a cara, no resistió más análisis confirmatorios utilizando un ensayo NT más específico y posteriormente se retractó [88, 89]. La OMS recomienda tomar muestras de la TRL para las pruebas RT-rtPCR del MERS-CoV, especialmente cuando la recolección de muestras se retrasa una semana o más después del inicio de los síntomas. [53] Las muestras de TRL también son mejores para intentar aislar el virus infeccioso, aunque el éxito del cultivo se reduce cuando persiste la enfermedad [49]. Los tipos de muestras recomendados incluyen lavado broncoalveolar (BAL), aspirado traqueal/traqueobronquial, líquido pleural y esputo [53, 90]. Las muestras frescas arrojan mejores resultados diagnósticos que el material refrigerado [69] y si es probable que se produzcan retrasos en las pruebas de ≥72 h, las muestras (excepto sangre) deben congelarse a −70°C [90]. Si se dispone de ellas, también se pueden realizar biopsias pulmonares o tejidos de autopsia [53]. Sin embargo, la TRU es un lugar de muestreo menos invasivo y más conveniente, y se recomienda un hisopo orofaríngeo y de garganta o un aspirado/lavado nasofaríngeo cuando se va a realizar el muestreo de TRU [90]. Los sueros emparejados, recogidos de dos a tres semanas de diferencia son preferibles para las pruebas serológicas, mientras que se sugiere que una muestra única sea suficiente si se recogen dos semanas después de la aparición de la enfermedad o un único suero recogido durante los primeros 10-12 días si se realiza RT-rtPCR [53, 90]. Se ha encontrado que la orina y las heces humanas contienen ARN MERS-CoV 12 a 26 días después de la aparición de los síntomas [25, 69, 91] y se enumeran como muestras que deben considerarse [53, 90]. En dos casos que llegaron a los Países Bajos, la orina fue RT-rtPCR negativa pero las heces fueron débilmente positivas y los sueros fueron RT-rtPCR positivos durante cinco días o más [25]. El hallazgo de ARN viral MERS-CoV en el suero proporciona una vía para estudios retrospectivos basados en PCR La ARNemia también puede correlacionarse con la gravedad de la enfermedad; los signos de virus fueron eliminados del suero de un paciente recuperado, pero se mantuvo hasta la muerte de otro [92]. Los casos de sospecha clínica de MERS pueden devolver resultados negativos por RT-rtPCR. Los datos han demostrado que una o más muestras de URT negativas pueden ser contradichas mediante un muestreo adicional de URT o el uso de muestras de LRT, lo que se prefiere [2, 43, 93]. En la LRT se producen cargas virales más altas que en la URT. [22, 69, 88, 94] Esto concuerda con la observación de que la mayoría de los síntomas de la enfermedad se reportan como enfermedad sistémica y LRT [21]. Sin embargo, en ocasiones incluso los especímenes de LRT de los casos de MERS pueden ser inicialmente negativos, sólo para más tarde ser positivos por RT-PCR [95 Esto puede deberse a una mala toma de muestras cuando la tos está ausente o no es productiva o porque la carga viral es baja [95]. A pesar de esto, tanto los mayores estudios de MERS-CoV humanos [32, [96] [97] [98] y los más pequeños [22, 25, 99], utilizan muestras de la URT. Cabe destacar que un estudio reportó una asociación entre cargas más altas en la URT y peores resultados clínicos incluyendo cuidados intensivos y muerte [94]. Al escribir, no existen datos humanos para definir si el virus se replica única o preferentemente en la LRT o URT, o réplicas en otros tejidos humanos in vivo, aunque el ARN MERS-CoV se ha detectado tanto de la URT como de la LRT en un modelo de mono macaco [100].La distribución de DPP4 en las vías respiratorias superiores humanas tampoco está bien descrita. Los estudios individuales de casos humanos reportan largos periodos de eliminación viral, a veces intermitentes y no necesariamente relacionados con la presencia de síntomas de la enfermedad. [25, 69, 99, 101] En un caso, un HCW arroja ARN viral durante 42 días en ausencia de enfermedad [99]. Es un área de alta prioridad para entender mejor si estos casos son capaces de infectar a otros. Más de tres cuartas partes de los casos de MERS arrojan ARN viral en sus muestras de TL (aspirados traqueales y esputo) durante al menos 30 días, mientras que sólo el 30 % de los contactos seguían arrojando ARN en sus muestras de TRU [91, 102]. En el único estudio para examinar el efecto del tipo de muestra en el análisis molecular, se examinaron 64 aspirados nasofaríngeos (ANP; una muestra de TRU), 30 aspirados traqueales, 13 Los aspirados traqueales y el BAL devolvieron los valores de carga viral más altos seguidos por el NPA y el esputo. Como era de esperar, las cargas virales más altas generalmente coincidían con la secuenciación del genoma completo y el éxito del cultivo y, en las pruebas del NPA, estaban significativamente correlacionadas con enfermedades graves y muerte [49, 94, 103]. Este estudio demostró la importancia del muestreo de LRT para la secuenciación del genoma completo. Cuando se probó, las muestras positivas para el MERS-CoV a menudo son negativas para otros patógenos [25, 93, 104]. Sin embargo, muchos estudios no mencionan pruebas adicionales para virus respiratorios humanos endémicos [21, 23, 73, 105]. Cuando se buscan virus, se han incluido el herpesvirus humano (VHH), los rinovirus (VHR), los enterovirus (VVV), el virus sincitial respiratorio (VRS), el virus parainfluenzavirus tipos 1, 2 y 3 (VIP), los virus de la gripe (VFI), los HCoV endémicos, los adenovirus (VCD) metapneumovirus (VPM) y el virus influenza A\H1N1; en ocasiones se han encontrado codetecciones con MERS-CoV [2, 22, 37, 69, 97]. A veces se incluyen pruebas bacterianas (por ejemplo, para Legionella y Pnemocococcus), pero el impacto de la copresencia bacteriana tampoco está claro [22, [104] [105] [106]. Otras pruebas de la muestra de TRL del primer caso del MERS utilizaron IFA para detectar algunos virus (negativos para IFV, PIV, RSV y AdVs) y RT-PCR para otros (negativos para AdV, EV, MPV y HHVs) [18]. RT-PCR también detectó MERS-CoV. La OMS recomienda encarecidamente pruebas para otros patógenos respiratorios [53] pero con esta recomendación a menudo descontada, hay datos limitados para abordar la ocurrencia y el impacto de coinfecciones o diagnósticos virales alternativos entre ambos casos del MERS y sus contactos. Poco se sabe de otras causas de neumonía similar al MERS en el KSA o de la carga general de enfermedad debido a los virus respiratorios clásicos conocidos. Pruebas de peregrinos adultos que realizan el Hajj en 2012 a 2014 no ha detectado ningún MERS-CoV. En 2012, se realizaron pruebas de hisopos nasales de 154 peregrinos recogidos antes de partir hacia el KSA o partir de él [47]. En 2013, las pruebas se ampliaron significativamente con 5.235 hisopos nasofaríngeos de 3.210 peregrinos entrantes y 2.025 hisopos de peregrinos salientes probados [98]. Cabe señalar que la mayoría de los peregrinos llegaron de países libres de MERS. Se tomaron otros 114 hisopos de peregrinos con enfermedad similar a la gripe [96, 107]. En reuniones anteriores del Hajj, se descubrió que los virus de la gripe circulaban ampliamente, mientras que otros virus, a menudo rinovirus, circulaban de manera más selectiva, interpretando que indicaban su importación junto con peregrinos extranjeros [107] [108] [108] Con el tiempo, el aumento de la vacunación contra la gripe se ha acreditado como una disminución de la prevalencia de enfermedades similares a la gripe entre los peregrinos [110] A menudo no se recoge una muestra de TRL para estos estudios [98, 107, 109], por lo que los hallazgos negativos falsos son una posibilidad, aunque poco se sabe sobre el sitio inicial de infección y replicación del MERS-CoV; se puede haber supuesto que fue la TRL porque la enfermedad se notó por primera vez allí, pero la TRL puede ser el lugar de la replicación más temprana. En Jeddah entre marzo y julio de 2014 (en adelante, el brote de Jeddah-2014; Fig. 3 ), hubo un rápido aumento en los casos del MERS, acompañado de un intenso cribado; aproximadamente 5.000 muestras de dentro y alrededor de la región se probaron en un mes, produciendo alrededor de 140 detecciones del MERS-CoV (prevalencia ~3 %) [111]. Entre los 5.065 individuos muestreados y analizados en la KSA entre octubre de 2012 y septiembre de 2013, se realizaron 108 (2,1%) detecciones en una población hospital-céntrica que incluyeron casos hospitalizados (n = 2.908; 57,4 %), sus familias (n = 462; 9,1 %) y HCW asociados (n = 1.695; 33,5 %) [32]. Entre las detecciones, 19 (17,8 %) eran HCW y 10 (9,3 %) eran contactos familiares [32]. La prevalencia del 2-3 % de infecciones activas por MERS-CoV no es diferente a la prevalencia hospitalaria de otras COV humanas. [112] Sin embargo, la proporción de muertes entre los infectados por MERS-CoV es mucho mayor que la conocida por los HCoV NL63, HKU1, 229E u OC43 en otros países, e incluso superior a la de SRAS-CoV; no es un virus que pueda razonablemente ser descrito como una "tormenta en una taza de té". Es la baja tasa de transmisión que ha evitado la propagación mundial, a pesar de muchas "oportunidades". Muy temprano en el brote de MERS, algunos animales fueron altamente considerados como el reservorio o huésped(s) intermedio(s) de MERS-CoV con tres de los cinco primeros casos que tuvieron contacto con DCs [73, 113, 114]. Hoy en día, las infecciones por MERS-CoV animales deben ser reportadas a la organización mundial para la salud animal como una enfermedad emergente [115]. Un resumen de los primeros casos de MERS reportados por la OMS definió el contacto animal con humanos como directo y dentro de los 10 días previos al inicio de los síntomas [20]. Esta definición no permitió específicamente la adquisición de DCs a través de una vía basada en gotitas, que es muy probable que sea la vía de adquisición de un virus que inicialmente y predominantemente causa enfermedad respiratoria [23]. Se sabe que los camellos producen altos niveles de ARN MERS-CoV en su URT y pulmones [116]. Proporcionando apoyo para una vía de transmisión de gotitas y tal vez indicando la presencia de ARN en núcleos más pequeños y secos de gotitas, se identificó ARN MERS-CoV en una muestra de aire de alto volumen recogida de un granero que alberga un DC infectado [117]. La fuente precisa de la que los humanos adquieren MERS-CoV sigue siendo poco estudiada pero parece probable Estos factores pueden resultar importantes para los casos humanos que no describen ningún contacto DC [119] ni ningún contacto con un caso confirmado. Si la definición de contacto con animales de la OMS es suficiente para identificar la exposición a este virus respiratorio no está clara. La formulación se centra en el consumo de productos DC, pero no atribuye específicamente el riesgo a una vía de gotitas para la adquisición de MERS-CoV desde DC [120]. Algunos pacientes MERS se enumeran en los avisos de enfermedad de la OMS como próximos a los DCs o granjas, pero los individuos no han descrito entrar en contacto con los animales. No se reporta ninguna vía alternativa para adquirir infección en muchos de estos casos. Lo que constituye una definición de "contacto" durante estas entrevistas se ha definido para un estudio [72]. A pesar de esta falta de claridad, la OMS considera que la evidencia que vincula la transmisión de MERS-CoV entre DCs a humanos es irrefu La posibilidad de que los murciélagos fueran un huésped animal de MERS-CoV fue ampliamente discutida inicialmente debido a la diversidad existente de coronavirus conocidos por residir entre ellos [121] [122] [123]. Evidencia concluyente que apoya a los murciélagos como fuente de infecciones humanas por MERS-CoV todavía no se ha encontrado, pero los murciélagos parecen albergar a los representantes ancestrales [53, 125]. Sin embargo, estas no son variantes del mismo virus ni siempre dentro del mismo linaje filogenético que MERS-CoV; cada uno son un virus genéticamente distinto. La infección de murciélago a humano por MERS-CoV es un evento puramente especulativo. La única pieza de evidencia específica del MERS-CoV que apunta a los murciélagos se origina en la amplificación de un fragmento de 190 nt del gen ARN dependiente de la polimerasa del genoma del MERS-CoV, identificado en un pellet fecal de un murciélago insectívoro Emballonuridae, Taphozous perforatus encontrado en Bisha, el KSA [121]. Aunque muy corta, la secuencia del fragmento lo definió como un descubrimiento diagnóstico. Posteriormente se informó de un enlace a los DC [85] y ese enlace ha madurado en una asociación verificada [38, 126] (Fig. 4). (Véase la figura en la página anterior.) Fig. 3 Detecciones mensuales de MERS-CoV (barras azules) y de casos que murieron (barras rojas) con algunas fechas de interés marcadas para 2012 al 4 de septiembre de 2015. Se indica una aproximación de cuando la estación de parto DC [128] y cuando los DC recién nacidos son destetados. La primavera (verde) y el verano (naranja) en la Península Arábiga también están sombreados. Tenga en cuenta la escala del eje y de la izquierda para 2014 y 2015 que es mayor que para 2012/13. Fuentes de estos datos públicos incluyen la OMS, Ministerios de Salud y FluTrackers [207] [209] [209]. Versiones anteriores y posteriores de este gráfico se mantienen en un blog personal [210]. Modificado y reimpreso de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio de Oriente Medio: Una infección por coronavirus emergente rastreada por la multitud. Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con permiso de Elsevier [5] Los DCs, que constituyen el 95 % de todos los camellos, tienen una presencia central en la El contacto puede ser común y puede ocurrir de diversas maneras (Fig. 4a). Hay varios grandes festivales, razas, ventas y desfiles bien atendidos que cuentan con DCs y DCs también son mantenidos y criados cerca de áreas pobladas en el KSA [127, 128]. La leche y la carne DC son ampliamente consumidas y el DC más viejo es un animal de importancia ritual después de la peregrinación del Hajj [129]. Sin embargo, la frecuencia de infección del MERS-CoV es mucho menor que el hábito generalizado y frecuente de comer, beber y preparar productos DC. La ingestión diaria de leche DC fresca no pasteurizada es común entre los beduinos del desierto y muchos otros en el KSA. La orina DC también se consume o se utiliza para supuestos beneficios para la salud. A pesar de que la carnicería de camellos es una ocupación local, ni los carniceros ni otros grupos en riesgo son identificables entre los casos de MERS; esto puede ser simplemente un problema de información en lugar de una ausencia inexplicable de MERS. Un pequeño estudio de casos y controles publicado en 2015 identificó el contacto directo con la DC, y no la ingestión de productos, para estar asociado con la aparición de MERS [38]. La primera investigación sero-encuesta de ganado que vive en la región de Oriente Medio se llevó a cabo durante 2012-2013 [85]. Los DCs fueron muestreados a partir de una manada de canarios nacidos principalmente y de DCs omaníes (originalmente importados del Cuerno de África) [85]. b Las infecciones de camello a humano parecen ser poco frecuentes, mientras que la propagación de la infección de ser humano a ser humano se ve facilitada regularmente por una CIP deficiente en los entornos de salud donde se amplifica la transmisión, lo que explica la mayor parte de los casos. Hay casos de MERS humanos que no entran en ninguna de las categorías de origen y no está claro si estas infecciones adquiridas a través de alguna vía totalmente separada, o de casos que escaparon al diagnóstico. c Las formas hipotéticas en las que la subclínica (cuando la infección puede no alcanzar un umbral clínico previamente definido de signos y/o síntomas) o asintomáticas (sin signos obvios ni medidos, observados o recordados de enfermedad) la infección por MERS-CoV puede estar implicada en la transmisión DC sera podría neutralizar MERS-CoV mientras que todas las seras DC de Omán tenían niveles elevados de anticuerpos neutralizantes específicos de MERS- Desde este estudio, una serie de informes revisados por pares han analizado tanto a los DCs como a otros animales, y la posibilidad de que puedan albergar la infección por MERS-CoV. Se han encontrado DCs seropositivos en toda la Península Arábiga, incluyendo Omán, la KSA, Qatar, Jordania, los Emiratos Árabes Unidos (EAU), Kuwait así como Sudán, Somalia, Egipto, Túnez, Nigeria, Kenia y Etiopía en África y las Islas Canarias [85, [130] [133] [133] [134]. Otros animales probados incluyen ovejas, vacas, cerdos, caballos, burros, mulas, aves, búfalos acuáticos, cabras, camellos bactrianos, llamas y guanacos (camélidos suramericanos) pero ninguno tenía anticuerpos neutralizantes detectables contra MERS-CoV [4, 74, 78, 85, 86, 135, 136]. No se han notificado hasta la fecha estudios de virología o serología de muestras humanas procedentes de zonas de África donde hay camellos con antecedentes de MERS-CoV. Sin embargo, la ausencia de neumonía inexplicable que pueda atribuirse a la infección por MERS-CoV puede no indicar la ausencia de virus entre los seres humanos en cada país, sino simplemente reflejar la falta de costosos estudios de epidemiología realizados por países pobres en recursos. Por lo tanto, no está claro si el MERS-CoV, o una CoV relacionada con antígenos, es un patógeno no reconocido en estas regiones, quizás circulando durante más tiempo del que se ha conocido en la Península Arábiga [133]. El ARN del MERS-CoV también se ha detectado en muestras de DC, y también se ha logrado la recuperación del virus infeccioso a partir de muestras de DC [4, 77, 117, 132, [137] [139] De algunos de ellos, se han secuenciado genomas completos o mayoritarios de MERS-CoV [77, 137, 138]. Las versiones DC de MERS-CoV fueron tan similares entre sí, como las variantes detectadas de diferentes seres humanos a lo largo del tiempo y a lo largo de la distancia. Los ensayos de detección de anticuerpos anticuerpos también han detectado anticuerpos cruzados en sera. Estos se identificaron como tales mediante la detección de sera contra virus similares, por ejemplo BCoV o HCoV-OC43 (como facsímil antigénico para BCoV). Es posible que otros virus similares a MERS-CoV también residan dentro de los DCs, pero esto no menoscaba el hallazgo definitivo de secuencias genéticas de MERS-CoV tanto en DCs como en humanos [117, 142, 143]. Los estudios de detección han demostrado que los DC juveniles son más a menudo positivos para el virus o el ARN viral, mientras que los DC mayores son más propensos a ser seropositivos y ARN o virus negativos [76, 77, 144]. En los DC adultos, se ha detectado ARN MERS-CoV entre animales con anticuerpos preexistentes, lo que sugiere que es posible la reinfección [77, 144]. Las cargas virales entre DC positivos pueden ser muy altas [4, 76, 77, 139, 144] y DCs se han encontrado positivos tanto cuando están enfermos con signos respiratorios de TRU [77, 117, 142, 145] o cuando aparentemente sanos [137]. Estos hallazgos indican que los DCs hospedan infecciones naturales MERS-CoV. Además, los sera DC almacenados han revelado signos de MERS-CoV en DCs que datan de hace más de tres décadas (los más tempranos Los sera más viejos no han sido probados y, por lo tanto, cuánto tiempo los DC han sido afectados por MERS-CoV, si el virus es enzoótico entre ellos, introducidos hace décadas o siglos de murciélagos en África o la Península Arábiga, o son objeto de incursiones virales regulares pero de corta duración de un huésped aún desconocido, no pueden ser respondidos. Los investigadores buscaron determinar una dirección para la infección; estaban los DC transmitiendo virus a los seres humanos o estaban los humanos infectando DC? En un sitio de Qatar, un propietario de una granja y su empleado se enfermaron a mediados de octubre de 2013 y dieron positivo para el ARN MERS-CoV en una muestra de esputo y hisopos de garganta, respectivamente. RT-rtPCRs encontró MERS-CoV ARN en 11 de 14 hisobas nasales de DC positivas en la granja; seis (43 %) positivos Los resultados indicaron que se había producido un brote reciente en este rebaño; la primera indicación de ARN MERS-CoV encontrado en DCs con una asociación temporal a infecciones humanas; tres muestras de DC positivas fueron confirmadas por secuenciación de una porción de 358 nt del gen de la espiga; estas secuencias eran idénticas unas a otras, de nuevo con homología cercana a otras secuencias humanas y DC MERS-CoV [138]. Los DCs y contactos humanos produjeron secuencias ORF1a y ORF4b que diferían por un solo nucleótido cada una, agrupando estrechamente con la variante Hafr-Al-Batin_1_2013 [138]. Estudios de casos posteriores encontraron evidencia de una infección humana y DC concurrente y la dirección de esa infección fue inferida a partir de los DCs enfermos y a sus propietarios humanos [117, 142, 146]. Las secuencias del genoma parcial indicaron que un humano y un DC positivo de la RT-RTPCR del MERS-CoV habían sido infectados por una variante del mismo virus, albergando el mismo patrón distinto de polimorfismos de nucleótidos. [142] Todos los nueve DC en la manada del propietario, muestreados en serie, reaccionaron en un antígeno S1 recombinante ELISA, con los dos animales que habían sido positivos de la RT-rtPCR mostrando un pequeño aumento verificable del título de anticuerpos [142]. Un aumento del título teóricamente comienza 10 a 21 días después de la infección de la DC [142]. Los autores sugirieron que el aumento del título en la suera de la DC que ocurrió junto con una disminución de la carga de ARN, mientras que el paciente estaba activamente enfermo y hospitalizado, indicó que los DC fueron infectados primero seguidos por el propietario [117, 142]. Los anticuerpos BCoV también estuvieron presentes, y aumentaron en uno de los dos animales positivos RT-rtPCR, pero ninguno de ellos pudo neutralizar la infección BCoV [142]. La temporada de parto en camellos se produce en los meses de invierno (entre finales de octubre y finales de febrero; Fig. 3 ) y este puede ser un momento en el que existe un mayor riesgo para los seres humanos de derrames debido a nuevas infecciones entre las poblaciones de DC ingenuas [128]. ¿Qué papel podría desempeñar el anticuerpo de camello materna en el retraso de la infección de terneros sigue siendo desconocido [128, 142]. Los DC juveniles parecen tener una infección activa con más frecuencia que los DC adultos y, por lo tanto, el sacrificio de los DC, que debe ser de cinco años de edad o más (llamados a thane), puede no ir acompañado de un riesgo significativo de exposición a la infección. A diferencia de los resultados anteriores, los trabajadores de los mataderos que matan tanto a los DC más jóvenes como a los más viejos, pueden ser un grupo ocupacional con una incidencia significativamente mayor de seropositividad a la MERS-CoV cuando los animales tienen infecciones activas por MERS-CoV [129, 139, [147] [148] [149]. Las investigaciones virológicas ampliadas de los DC africanos pueden dar lugar a animales más seropositivos y zonas geográficas en las que los seres humanos pueden estar en riesgo. Es posible que haya zonas en las que los seres humanos ya albergan infecciones por MERS-CoV que no se han identificado debido a la ausencia de vigilancia de laboratorio. Las investigaciones virológicas de los murciélagos pueden dar lugar a hallazgos de virus ancestrales y "eslabones de pérdida viral" e identificar cualquier otra fuente animal de propagación zoonótica es importante para informar opciones para reducir la exposición humana [56, El MERS-CoV infeccioso añadido a la leche de CC, cabra o vaca y almacenado a 4 °C podría recuperarse al menos 72 h más tarde y, si se almacena a 22 °C, la recuperación fue posible hasta 48 h [150]. El título de MERS-CoV disminuyó un poco cuando se recuperó de la leche a 22 °C, pero la pasteurización completamente ablada Infectividad MERS-CoV [150]. En un estudio posterior, se identificó ARN MERS-CoV en la leche, secreción nasal y heces de DCs de Qatar [151]. Un estudio único ha examinado la capacidad de MERS-CoV para sobrevivir en el medio ambiente [150]. Las superficies plásticas o de acero fueron inoculadas con 10 6 TCID 50 de MERS-CoV a diferente temperatura y humedad relativa (RH) y se A alta temperatura ambiente (30°C) y a baja RH (30 %) MERS-CoV permaneció viable durante 24 h [150]. En comparación, un virus respiratorio bien conocido y eficientemente transmitido, el virus influenza A, no pudo recuperarse en cultivo más allá de cuatro horas bajo ninguna condición [150]. Los experimentos de Aerosol encontraron que la viabilidad del MERS-CoV sólo disminuyó un 7 % a baja RH a 20°C. En comparación, el virus influenza A disminuyó un 95 % [150]. La supervivencia del MERS-CoV es inferior a la demostrada previamente para el SARS-CoV [152]. En el contexto, las bacterias patógenas pueden permanecer viables y en el aire durante 45 minutos en un aerosol tosido y pueden propagarse 4 m. La capacidad de MERS-CoV para permanecer viable durante largos períodos de tiempo le da la capacidad de contaminar completamente las superficies de Se desconoce si el MERS-CoV puede permanecer a la deriva e infeccioso durante períodos prolongados (verdaderamente aerotransportado) y si estos hallazgos amplían nuestra comprensión de las posibilidades de que las gotitas transmitan virus respiratorios en muchos entornos, incluyendo salas de espera hospitalarias, departamentos de emergencia, salas de tratamiento, instalaciones de cuidados intensivos abiertos y salas privadas de pacientes. La naturaleza y calidad del intercambio de aire, circulación y filtración son variables importantes en la medición y reducción del riesgo, así como el uso de salas de presión negativa para contener casos conocidos. Se considera que la propagación de la gota entre humanos es el mecanismo de transmisión humana a humana y se hizo hincapié en la necesidad de precauciones de las gotas después del hospital Al-Ahsa, la KSA y los brotes de Corea del Sur [21, 23, 154, 155]. La provisión de pruebas que apoyen la mejor formulación de equipos de protección personal para ser usados por los HCW que reciben, manejan o realizan procedimientos en casos infecciosos sigue siendo una prioridad. MERS-CoV fue encontrado y caracterizado por su aparente asociación con enfermedades graves, y por lo tanto más obvias, en humanos; éramos canarios en la mina de carbón. Seroensayos y estudios prospectivos de cohortes todavía no han determinado hasta qué punto los casos más leves o asintomáticos contribuyen a las cadenas de transmisión de MERS-CoV. Sin embargo, la transmisión de MERS-CoV se define como esporádica (no sostenida), intrafamiliar, a menudo asociada a la atención médica, ineficiente y que requiere contacto cercano y prolongado [22, 31, 63, 93, 97, 102, 156] En un estudio doméstico, 14 de 280 (5 %) contactos de 26 pacientes con índice positivo de MERS-CoV eran ARN o anticuerpos positivos; la tasa de transmisión general, incluso en brotes es de alrededor del 3 % [31]. Parece que la mayoría de los casos humanos de MERS-CoV, incluso cuando los números parecen aumentar repentinamente, no transmiten fácilmente a más de otro humano hasta la fecha, la epidemia localizada de MERS-CoV no ha sido autosostenible [157] [159] [160] [161]. Es decir, el número básico de reproducción (R 0 ) -el número medio de infecciones causadas por un individuo infectado en una población totalmente susceptible ha estado cerca de uno en varios grupos y brotes. Si R 0 era mayor que 1, se esperaría un aumento sostenido en el número de casos. Algunos cálculos de R o pueden verse afectados por el rastreo incompleto de los contactos de casos, pruebas comunitarias limitadas y cómo se define un caso. El MERS ha tenido una presencia constante en la Península Arábiga desde 2012 se debe a los eventos de derrames esporádicos en curso de DCs amplificados por brotes hospitalarios mal controlados. En marcado contraste, una seroencuesta de HCW que a veces estaba en contacto cercano y prolongado con el primer caso fatal de MERS-CoV en 2012 [162], encontró que ninguno de los HCW se había seroconvertido cuatro meses más tarde, a pesar de la ausencia de protección ocular y el cumplimiento variable de los estándares requeridos de EPP [162]. Al principio de la historia del MERS, las muestras para la prueba fueron recolectadas principalmente de pacientes con enfermedad grave y no de aquellos con infecciones respiratorias agudas más leves. Los contactos de los casos confirmados de MERS fueron a menudo observados para enfermedad clínica, pero no probados. Estas omisiones pueden haber confundido nuestra comprensión de la transmisión del MERS-CoV y sesginar los datos tempranos hacia un mayor número de pacientes gravemente enfermos y hospitalizados, inflando la aparente proporción de casos mortales. A medida que cambiaban los paradigmas de las pruebas y se hacían cada vez más pruebas de los contactos, se reconocían infecciones más asintomáticas y leves [163]. Un aumento en los casos llamados asintomáticos (que amplían el denominador para los cálculos de la proporción de casos mortales, definida en [164] ) dio lugar a una disminución en la proporción de casos mortales durante el brote de Yeddah-2014. Históricamente, tales aumentos son consistentes con la modificación de las definiciones y respuestas de laboratorio y el manejo clínico de una infección por virus recién descubierta que se observó por primera vez sólo entre los enfermos graves. Tras el seguimiento, más de tres cuartas partes de esas personas positivas del ARN del MERS-CoV recordaron haber tenido uno o más síntomas en ese momento, a pesar de que se notificó como asintomática [165], planteando alguna pregunta sobre la fiabilidad de otros datos Aproximadamente el 43 % de los casos MERS (549 de 1277) en la KSA fueron mortales entre 2012 y diciembre de 2015, mientras que el 21 % (72 de 330) fallecieron entre los que se produjeron fuera de la KSA. El número total de casos masculinos siempre supera en número a las mujeres y la proporción de muertes masculinas es siempre mayor que la proporción de mujeres que fallecen. Sin embargo, la proporción de muertes masculinas de varones totales con MERS es similar a la de las mujeres. En la KSA, hay una mayor proporción de varones más jóvenes entre los casos y muertes que se observaron en los brotes de Corea del Sur o Jeddah-2014 de 2015 (Fichero adicional 2: Figura S2 ). Por qué estos aspectos han diferido pueden deberse a diferencias en el tiempo de presentación y diagnóstico, la naturaleza y calidad de la atención de apoyo, la forma en que una persona se contagió (habita, exposición a una fuente humana o zoonótica, carga viral, vía de infección) o la medida en que las diferentes poblaciones se ven afectadas por enfermedades subyacentes [40]. Como grupo, los HCW representaron el 16 % de los casos de MERS en la KSA y Corea del Sur. Es evidente que la proporción semanal de HCW infectados aumenta junto con cada fuerte aumento en las detecciones generales (Fig. 5). En mayo de 2013, la OMS publicó directrices para IPC durante el cuidado de casos probables o confirmados de infección por MERS-CoV en un entorno sanitario [166]. Estos aumentos en las detecciones de MERS-CoV pueden disminuir la edad media durante cada evento debido a que los HCW son generalmente más jóvenes que los pacientes internados con MERS. Las instalaciones sanitarias han sido un objetivo regular de mejoras sugeridas para mejorar los procedimientos de prevención y control de infecciones (IPC) [115, 118]. La mayor parte del análisis de la genética MERS-CoV se ha realizado utilizando métodos de secuenciación de alto rendimiento o "profundo" para la deducción completa del genoma [167] [168] [169]. MERS-CoV fue el primer sujeto de un uso tan extendido de secuenciación profunda para estudiar un brote viral emergente con alcance global. La técnica puede producir genómica [207] [209]. Las versiones anteriores y posteriores de esta tabla se mantienen en un blog personal [210] cobertura de longitud en un solo experimento con medición altamente repetitiva de cada posición de nucle A pesar de los ensayos publicados al principio, la secuenciación subgenómica, una vez el pilar de los estudios de brotes virales, se ha publicado con menos frecuencia durante la caracterización de MERS-CoV [48]. A medida que se han caracterizado más genomas tanto de humanos como de DC, se han hecho evidentes dos clados; A y B (Fig. 6). Clade A contiene sólo genomas de MERS-CoV derivados del hombre de Jordania, mientras que Clade B comprende la mayoría de genomas humanos y de camellos deducidos hasta ahora [168]. Dos estudios durante 2015, uno mirando a variantes de Jeddah-2014 MERS-CoV y otro mirando a una variante exportada de Corea del Sur a China, ahora han identificado signos de recombinación genética entre variantes de MERS-CoV. Si bien las secuencias del genoma humano y del genoma entero de camello han conservado una identidad de >99 % entre sí, los miembros de linajes genéticamente distintos pueden intercambiar material genético y lo hacen cuando co-ocurren condiciones adecuadas y co-fecciones [170] [171] [172]. La identidad compartida implica que la principal fuente de adquisición humana es el DC, en lugar de otro animal, aunque se necesitan más pruebas de otras especies animales para confirmar esa conclusión. Durante un mes, un virus de DC secuenciado en diferentes ocasiones no cambió en absoluto indicando un grado de estabilidad genómica en su huésped, apoyando que los DC son el anfitrión natural, en lugar de intermedio, del MERS-CoV que conocemos hoy [77]. Hasta la fecha, la recombinación se ha localizado en puntos de ruptura cerca del límite entre las regiones ORF1a y ORF1b, dentro del gen de pico [170] No es inesperado que la recombinación se produzca ya que es bien conocida entre otras CoVs [124] y porque la mayoría de los genomas enteros del MERS-CoV recogidos a partir de muestras de tres años (2012-2015) y de seres humanos, camellos y diferentes países han mostrado una identidad genética cercana entre sí, con una variación sutil suficiente para apoyar investigaciones de brotes mientras se aplique la secuenciación del genoma completo [52, 77, 135, 138, 168, [173] [174] [175]. Los cambios en la secuencia del genoma pueden anunciar alteraciones en la transmisibilidad del virus, replicación, persistencia, letalidad o respuesta a medicamentos futuros. Si tenemos conocimiento previo del impacto de los cambios genéticos debido a estudios de caracterización exhaustivos, podemos establecer una estrecha relación genética entre las secuencias de nucleótidos del MERS-CoV (cargado desde GenBank utilizando los números de adhesión enumerados y Este árbol de unión vecino fue creado en MEGA v6 utilizando una alineación de las secuencias humanas y DCderivadas de MERS-CoV (Genious v8.1 [211] ). Clades se indican junto a barras verticales azules oscuras (Clade A) o pálidos (Clade B). Los iconos de camello denotan genomas de DC. Los brotes sanitarios o comunitarios se encajonan y etiquetan utilizando esquemas previamente descritos [212, 213] monitorean las regiones genómicas y entienden mejor cualquier cambio en la transmisión o patrones de enfermedad a medida que ocurren. Las mutaciones genéticas observadas durante el mayor de los brotes humanos, Jeddah-2014, no impartieron ningún cambio importante replicativo o inmunomodulador cuando se comparan con las variantes virales anteriores in vitro [156, 176]. Sin embargo, entendemos muy poco de los resultados fenotípicos que resultan del cambio genético sutil en Hasta la fecha no se ha informado de ninguna relevancia clínica ni de cambios in vivo evidentes en la replicación, eliminación o transmisión vírica, o se ha atribuido a mutaciones o a nuevos virus recombinantes [156]. Pero se necesitan vigilancia y estudios más grandes, contemporáneos e in vivo. La secuencia genomática localizada a un clado distinto se identificó a partir de un DC egipcio que probablemente fue importado de Sudán. Esto no encaja en ninguno de los clados actuales [125, 168, 177]. Un virus secuenciado a partir de un murciélago Neoromicia capensis estaba más estrechamente relacionado con el MERS-CoV que otras grandes secuencias derivadas de murciélagos habían estado hasta ese punto, pero el genoma de una variante de un MERS-CoV aún no se ha descubierto y deducido de cualquier murciélago [125]. Los análisis de genomas del MERS-CoV han demostrado que la mayoría de las diferencias nucleó 2), que codifica la proteína de pico y proteínas accesorias [168]. Al menos nueve genomas del MERS-CoV contenían sustituciones de aminoácidos en el dominio de unión a los receptores (RBD) de la proteína de pico y los codones 158 (región N-terminal), 460 (RBD), 1020 (en la repetición de heptad 1), 1202 y 1208 investigación de osos como marcadores de cambio adaptativo [140, 169]. La proteína de pico no había cambiado en el genoma recombinante del MERS-CoV identificado en China en 2015, pero se informó que había variado a un ritmo superior al de genomas completos del MERS-CoV, entre variantes surcoreanas [172, 178]. Esto destaca que las regiones subgenómicas pueden no siempre contener suficiente diversidad genética para ser útiles para diferenciar variantes virales. A pesar de esto, un ensayo que amplificaba un fragmento de nucleótido 615 del gen de dominio S2 de pico para la secuenciación de Sanger coincidió con los resultados generados por la secuenciación de algunos genomas completos y fue útil para definir grupos de secuencias adicionales [177]. La secuencia genómica también se puede utilizar para definir los límites geográficos de un cúmulo o brote y monitorear su progreso, basado en la similitud de las variantes encontradas entre humanos y animales infectados cuando ocurren juntos, o entre diferentes sitios y tiempos (Fig. 6 ) [169]. Este enfoque se utilizó al definir el brote de hospital MERS con limitaciones geográficas en Al-Ahsa, que ocurrió entre el 1 de abril y el 23 de mayo de 2013, así como los cúmulos en Buraidah y un brote comunitario en Hafr Al-Batin, el KSA. La secuenciación genómica identificó que aproximadamente 12 detecciones de MERS-CoV de un brote comunitario en Hafr Al-Batin entre junio y agosto de 2013 pudieron haber sido desencadenadas por un caso índice que se infectó a través del contacto DC [175]. La secuenciación de genomas de MERS-CoV del brote hospitalario de Al-Ahsa de 2013 indicó que múltiples variantes virales contribuyeron a los casos, pero que la mayoría fueron lo suficientemente similares entre sí como para ser consistentes con la transmisión humano-humana. La epidemiología molecular ha revelado enlaces ocultos en cadenas de transmisión que abarcan un período de hasta cinco meses [179]. Sin embargo, la mayoría de los brotes no han continuado durante más de dos a tres meses y por lo tanto las oportunidades para que el virus se adapte más a los seres humanos a través de la coinfección y el tránsito en serie sostenido han sido raras [169]. En Riad-2014, la evidencia genética apoyaba la probabilidad de múltiples introducciones externas de virus, implicando una gama de instalaciones de salud en un caso que de otro modo parecía contiguo [23, 168, 179]. Riad es un nexo para el viaje de camellos y humanos y ha tenido más casos MERS que cualquier otra región de la KSA hasta la fecha, pero también alberga una amplia gama de variantes MERS-CoV [128, 167, 179]. Sin embargo, el brote surcoreano se originó de una sola persona infectada, resultando en tres a cuatro generaciones de casos [180, 181]. Estudios de esta variante viral aparentemente recombinante no encontraron un aumento de la tasa evolutiva y ningún signo de adaptación al virus, por lo que el brote parece haber sido impulsado por circunstancias más que por circunstancias junto con mutación [181]. Para muchos casos MERS detectados fuera de la Península Arábiga, se El rastreo de contacto es esencial para contener la aparición y transmisión de un nuevo virus y hoy en día está apoyado por la epidemiología molecular. Aunque es un proceso costoso y que consume tiempo, el rastreo de contacto puede identificar posibles nuevas infecciones y, a través del monitoreo activo o pasivo, reaccionar más rápidamente si la enfermedad se desarrolla. Los resultados del rastreo de contacto hasta la fecha han encontrado que la transmisión continua entre los seres humanos es un evento poco frecuente. Por ejemplo, hubo 83 contactos, tanto sintomáticos como asintomáticos, de un caso tratado en Alemania que viajó desde los Emiratos Árabes Unidos pero no se encontraron signos de virus o anticuerpos en ninguno de ellos [73]. En un estudio de 123 contactos de un caso tratado en Francia, sólo siete coincidieron con la definición de un posible caso y fueron probados; uno que había compartido una habitación hospitalaria de 20 m2 mientras que en una cama a 1,5 m de distancia del caso índice durante un período prolongado fue positivo [26]. Ninguno de los contactos de los dos primeros casos MERS importados a los EE.UU. en 2014 contenía ninguna huella MERS-CoV [182] y ninguno de los 131 contactos de dos viajeros que regresaron a los Países Bajos desarrolló anticuerpos MERS-CoV o testó ARN positivo [25, 183]. Los análisis de datos públicos revelan muchos casos probables de adquisición nosocomial de infección en la Península Arábiga y estos datos pueden ir acompañados de algunos detalles que señalan el contacto con un caso o instalación conocido. Un ejemplo identificó el papel probable de un paciente con una infección subclínica, presente en un hospital durante su ingreso por otras razones, como el caso índice más probable que desencadena un grupo familiar [93]. El rastreo de contacto fue un factor significativo en la terminación de un brote de 2015 con múltiples hospitales surcoreanos [184]. Estos estudios demuestran la necesidad de encontrar y comprender un papel para los casos leves y asintomáticos, junto con la restricción del contacto cercano o la exposición prolongada de las personas infectadas a otras, especialmente familiares mayores y amigos con enfermedad subyacente (Fig. 4c). El brote asociado al hospital en Jeddah en 2014 fue la acumulación más grande y rápida de las detecciones de MERS-CoV hasta la fecha. El mayor número de detección de MERS-CoV de cualquier mes registrado se produjo en Yeddah en abril. El brote se asoció principalmente (> 60 % de los casos) con la propagación de seres humanos a seres humanos dentro de los entornos hospitalarios y se debió a la falta de prevención y control de las infecciones o a su desorganización [37, 185, 186]. Un aumento de las muertes siguió al rápido aumento del número de casos. En 2015 ocurrieron dos grandes brotes. Corea del Sur fue el lugar del primer brote a gran escala fuera de la Península Arábiga y produjo los primeros casos tanto en Corea del Sur como en China, entre mayo y julio de 2015. Esto fue seguido de cerca por un brote distinto en la provincia de Ar Riyad, en la KSA, que parecía estar bajo control a principios de noviembre. Después de permanecer en Bahréin durante dos semanas, un varón de 68 años (68 M) viajó a Corea del Sur vía Qatar, llegando libre de síntomas el 4 de mayo de 2015 [187]. Desarrolló fiebre, Visitó una clínica como ambulatorio entre los días 12 y 15 de mayo y fue ingresado en el Hospital A el día 15 [188]. Fue dado de alta del Hospital A el día 17 y luego fue ingresado en el servicio de urgencias del Hospital B el día 18. Durante esta segunda estancia, se tomó una muestra de esputo y dio positivo para el MERS-CoV el día 20 [187, 188], desencadenando el traslado al centro de tratamiento de aislamiento designado. Durante un período de 10 días, el caso índice fue visto en tres hospitales diferentes, demostrando una característica clave de "compra hospitalaria" que conformó el brote surcoreano. Aproximadamente 34 personas fueron infectadas durante este tiempo [187]. En total 186 casos fueron generados en este brote, todos vinculados a través de una única cadena de transmisión a 68 M; 37 casos murieron [189]. En Corea del Sur, el sistema nacional de seguro médico prevé una atención médica de costo relativamente bajo, sufragando algunos costos al hacer que los familiares sean responsables de una parte de la administración de los enfermos, lo que a veces los hace permanecer durante largos períodos en las habitaciones que a menudo tienen más de cuatro camas en ellas [24]. Otros factores que se pensaba que habían permitido este brote eran la falta de familiaridad de los médicos locales con MERS, la facilidad con la que el público puede visitar y ser tratado por hospitales terciarios, la costumbre de visitar a amigos y familiares enfermos en hospitales, la naturaleza jerárquica de la sociedad coreana, las salas de emergencia abarrotadas, las medidas deficientes del IPC, la falta de salas de aislamiento de presión negativa y la mala comunicación interhospitalaria de los historiales de enfermedades de los pacientes [24, [190] [191] [192]. Hasta la fecha se han comunicado pocos detalles clínicos sobre estos casos y los detalles sobre la transmisión y el rastreo de los contactos son mínimos. Los hospitales involucrados inicialmente no fueron identificados, la orientación y las acciones gubernamentales produjeron mensajes confusos y hubo una comunicación muy limitada en los primeros tiempos, lo que dio lugar a preocupaciones innecesarias, desconfianza y un impacto económico distinto [191, [196] [197] [198]. Al principio del brote, un viajero infectado, hijo de un caso identificado en Corea del Sur, pasó por Hong Kong en su camino a China, donde estaba ubicado, aislado y atendido en China [91, 199, 200]. No hubo contactos que enfermaran.El brote se puso bajo control a finales de julio/a principios de agosto [201] después de que se emplearan medidas mejoradas del IPC, seguimiento y cuarentena de contactos sólidos, pruebas de laboratorio ampliadas, hospitales fueron mejor asegurados, se envió personal especializado para gestionar los casos Una revisión de los datos públicos mostró que, al igual que en el caso del MERS en la KSA, la edad avanzada y la presencia de enfermedad subyacente se asociaron significativamente con un desenlace fatal en Corea del Sur. [40] Aunque R 0 es <1, los eventos de superdifusión facilitados por circunstancias creadas en entornos de salud y caracterizadas por tamaños de clúster superiores a 150, como este, no son inesperados por la infección por MERS-CoV [204]. La dinámica de un brote depende de la R 0 y de los patrones de eliminación viral de un individuo, el tipo y la frecuencia de contacto, los procedimientos hospitalarios y la estructura y densidad de la población [204]. En la región de Ar Riyad, incluida la capital de Riad, se inició un cúmulo hospitalario dentro de un solo hospital a partir de finales de junio de 2015 [205]. A mediados de septiembre se habían notificado aproximadamente 170 A pesar de la introducción continua y posiblemente estacional del virus en la población humana a través de los DC infectados y tal vez otros animales que aún no se han identificado, la gran mayoría de la transmisión del MERS-CoV se ha producido de seres humanos infectados a no infectados en contacto cercano y prolongado a través de circunstancias creadas por un control deficiente de las infecciones en los entornos de atención de la salud. Este virus oportunista ha tenido su mayor impacto en las personas con enfermedades subyacentes y esas personas vulnerables, que a veces sufren múltiples comorbilidades, se han asociado con mayor frecuencia con los hospitales, creando una tormenta perfecta de exposición, transmisión y mortalidad. No está claro si este grupo se ve afectado de manera única por el MERS-CoV o si otras infecciones respiratorias, incluidas las de los HCoV, producen un impacto igualmente grave. En Corea del Sur, un solo caso importado creó un brote de 185 casos y 36 muertes que tuvieron un impacto desproporcionado en el desempeño económico, el comportamiento de la comunidad y la confianza en el gobierno y el sistema de atención de la salud. La transmisión del hogar de seres humanos a seres humanos se produce, pero también es limitada. Los programas educativos serán herramientas esenciales para combatir la propagación del MERS-CoV tanto dentro de las comunidades urbanas y regionales como para el entorno de atención de la salud. La vigilancia sigue siendo importante para la contención, ya que el MERS-CoV es un virus con una composición genética que se ha observado durante sólo tres años y no es estable. Entre todos los seres humanos que se han notificado que están infectados, casi el 40% han muerto. La secuenciación del genoma completo se ha utilizado extensamente para estudiar el recorrido y la variación del MERS-CoV y aunque sigue siendo una herramienta para expertos, parece ser la mejor herramienta para el trabajo. El MERS y el SRAS tienen algunas similitudes clínicas pero también difieren significativamente [206]. Entre las características definitorias se incluyen el PFC más alto entre los casos del MERS (superior al 50 % en 2013 y actualmente en el 30-40%; muy por encima del 9 % del SRAS) y la asociación más alta entre el MERS mortal y los hombres mayores con comorbilidades subyacentes. Para los virus, el MERS-CoV tiene un tropismo más amplio, crece más rápidamente in vitro, induce más rápidamente cambios citopatógenos, desencadena respuestas transcripcionales distintas, hace uso de un receptor diferente, induce un estado más proinflamatorio y tiene una respuesta antiviral tardía en comparación con el SRAS Parece haber una prevalencia del 2-3 % de MERS-CoV en la KSA con una probabilidad del 5 % de transmisión secundaria dentro del hogar. Hay un mayor riesgo de infección a través de ciertas ocupaciones en ciertos momentos y una probabilidad mucho mayor de propagación a otros seres humanos durante circunstancias creadas por los humanos, lo que impulsa una transmisión más efectiva que cualquier R 0 predeciría sobre el valor facial. Sin embargo, a pesar de las múltiples concentraciones masivas que han proporcionado al virus muchos millones de oportunidades de propagación, no se han reportado brotes de MERS o MERS-CoV durante o inmediatamente después de estos eventos. No hay evidencia de que el MERS-CoV sea un virus de preocupación pandémica. Sin embargo, los entornos hospitalarios continúan describiendo casos y brotes de MERS en la Península Arábiga. Mientras facilitemos la propagación del MERS-CoV entre nuestras poblaciones más vulnerables, el mundo debe permanecer en alerta para los casos que puedan ser exportados con mayor frecuencia cuando un país de acogida con reservorios de camellos infectados está experimentando conglomerados o brotes humanos. El MERS-CoV parece ser un virus enzoótico que infecta a la URT DC con evidencia de recombinación genética reciente. Puede que una vez haya tenido su origen entre los murciélagos, pero falta evidencia y la relevancia de ello para la epidemia actual es académica. Gracias a la acción rápida, las herramientas de diagnóstico molecular sensibles y rápidas necesarias para lograr un objetivo de detección rápido y sensible han sido establecidas y ampliamente disponibles desde que el virus fue reportado en 2012. RT-PCR pruebas de muestras de LRT siguen siendo el estándar de oro para la confirmación del MERS-CoV. Las herramientas serológicas siguen surgiendo pero necesitan una validación adicional utilizando muestras de infecciones leves y asintomáticas y un estudio de cohorte densamente muestreado para seguir los contactos de nuevos casos puede abordar esta necesidad. Del mismo modo, la importante cuestión de si aquellos que eliminan el ARN MERS-CoV durante períodos prolongados son infecciosos mientras aparecen bien, sigue sin respuesta. Incluso no está claro cuántas infecciones 'asintomáticas' se han descrito y reportado correctamente, lo que a su vez plantea preguntas sobre la fiabilidad de la recolección de otros datos clínicos hasta la fecha. Si bien la virología básica del MERS-CoV ha avanzado en el transcurso de los últimos tres años, la comprensión de lo que está sucediendo en, y la interacción entre, camello, medio ambiente y humano todavía está en su infancia.

¿Qué porcentaje de contactos seguían arrojando ARN en sus muestras de URT?

MERS coronavirus: diagnóstico, epidemiología y transmisiónhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4687373/SHA: f6fcf1a99cbd073c5821d1c4ffa3f2c6daf8ae29Autores: Mackay, Ian M.; Arden, Katherine E.Fecha: 2015-12-22DOI: 10.1186/s12985-015-0439-5Licencia: cc-byAbstract: Los primeros casos conocidos de síndrome respiratorio de Oriente Medio (MERS), asociados con la infección por un nuevo coronavirus (CoV), se produjeron en 2012 en Jordania, pero se informó retrospectivamente.El primer caso que se informó públicamente fue de Jeddah, en el Reino de Arabia Saudita (KSA). Desde entonces, las secuencias de MERS-CoV se han encontrado en un murciélago y en muchos camellos dromedarios (DC). MERS-CoV es enzoótico en toda la Península Arábiga y en partes de África, causando enfermedades leves del tracto respiratorio superior en su reservorio de camellos y infecciones humanas esporádicas, pero relativamente raras. Precisamente cómo el virus transmite a los seres humanos sigue siendo desconocido, pero la exposición estrecha y prolongada parece ser un requisito. El KSA es el punto focal de MERS, con la mayoría de los casos humanos. En los seres humanos, MERS se conoce principalmente como una enfermedad del tracto respiratorio inferior (RTL) que incluye fiebre, tos, dificultades respiratorias y neumonía que puede progresar a síndrome de dificultad respiratoria aguda, fallo multiorgánico y muerte en un 20% a 40% de los infectados. Sin embargo, MERS-CoV también se ha detectado en enfermedades leves y similares a En comparación con el síndrome respiratorio agudo grave (SARS), otra enfermedad zoonótica del coronavirus a veces fatal que ha desaparecido desde entonces, el MERS progresa más rápidamente hacia la insuficiencia respiratoria y la lesión renal aguda (también tiene afinidad por el crecimiento de las células renales en condiciones de laboratorio), es más frecuente en los pacientes con enfermedad subyacente y es más a menudo fatal. La mayoría de los casos humanos de MERS se han relacionado con fallos en la prevención y el control de infecciones (IPC) en los entornos de salud, con aproximadamente el 20% de todas las detecciones de virus notificadas entre los trabajadores de la salud (HCWs) y exposiciones más altas en aquellos con ocupaciones que los ponen en estrecho contacto con camellos. Los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) han estado disponibles casi desde el comienzo de la aparición de MERS. Mientras que la virología básica de MERS-CoV ha avanzado en los últimos tres años, la comprensión de la interacción entre camello, medio ambiente y restos humanos limitados. MATERIAL SUPLEMENTO ELECTRÓNICO: La versión en línea de este artículo (doi:10.1186/s12985-015-0439-5) contiene material suplementario, que está disponible para los usuarios autorizados. Texto: Un correo electrónico del Dr. Ali Mohamed Zaki, un virólogo egipcio que trabaja en el Hospital Dr. Soliman Fakeeh en Jeddah en el Reino de Arabia Saudita (KSA) anunció la primera cultura de un nuevo coronavirus al mundo. El correo electrónico fue publicado en el sitio web de la red de enfermedades emergentes profesionales (ProMED) el 20 de septiembre de 2012 [1] (Fig. 1) y describió el primer caso reportado, un hombre de 60 años de edad de Bisha en la KSA. Esta información llevó al rápido descubrimiento de un segundo caso del virus, esta vez en un paciente enfermo en el Reino Unido, que había sido transferido de Qatar para su atención [2]. El nuevo virus fue inicialmente llamado coronavirus nuevo (nCoV) y subsecuentemente titulado el síndrome de respiración del Oriente Medio coronavirus (MERS-CoV). A partir del 2 de septiembre de 2015, ha habido 1.493 detecciones de ARN viral o anticuerpos específicos del virus en 26 países (Fichero adicional 1: Figura S1) confirmado por la Organización Mundial de la Salud (OMS), con más de un tercio de las personas positivas muriendo (al menos 527, 35 %) [3]. Desde ese primer informe, un lento proceso de descubrimiento durante los siguientes dos o tres años reveló un virus que había infectado más del 90 % de los camellos dromedarios adultos (DC; Camelus dromedario) en la KSA [4], también en los países en desarrollo de toda la Península Arábiga y partes de África que son una fuente de importaciones de DC para la KSA [5]. Hasta la fecha, el MERS-CoV no se ha detectado en los países en desarrollo sometidos a pruebas en zoológicos o rebaños de otras partes del mundo [6] [7] [9]. Ocasionalmente, el virus se transmite de los DC infectados a los seres humanos expuestos. La transmisión posterior a otros seres humanos requiere una exposición relativamente cercana y prolongada [10]. Se patentó el primer aislado viral y se planteó la preocupación de que ello limitaría el acceso tanto al virus como a los diagnósticos virales [11, 12]. Sin embargo, los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) se describieron rápidamente y el virus se puso a disposición de forma gratuita, sujeto a consideraciones rutinarias de bioseguridad [13]. La epidemiología y la investigación posteriores han identificado al receptor celular como exopeptidasa dipeptidil peptidasa 4 (DPP4; también llamada CD26); que el MERS-CoV tiene un amplio tropismo, replicando mejor en algunas líneas celulares y provocando una respuesta más proinflamatoria que el SARS-CoV; está muy extendido en los DC; tiene el potencial de infectar a otros animales y que el MERS mata a su huésped humano con más frecuencia que el SARS (20-40% frente al 9 % para el SARS [14] ) [15] [16] [17] [19]. El MERS-CoV se propaga esporádicamente entre las personas, causando enfermedades más graves entre los adultos mayores, especialmente los varones, con enfermedades preexistentes.La propagación del MERS-CoV entre los seres humanos se ha asociado a menudo con brotes en los hospitales, con alrededor del 20% de todos los casos hasta la fecha en los que han participado trabajadores de la salud (HCWs).Aunque los DC parecen sufrir el equivalente a un "frío común" de la infección por MERS-CoV, en los seres humanos el virus puede ser un patógeno más grave y oportunista asociado con la muerte de hasta el 40% de los casos notificados. Aún no se ha establecido si las infecciones que se cree que se han adquirido de una fuente animal producen un resultado más grave que los que se propagan entre los seres humanos [20]. Los estudios han establecido que el período medio de incubación para el MERS es de cinco a seis días, que van de dos a 16 días, con 13 a 14 días entre el inicio de la enfermedad en una persona y posteriormente se extiende a otra [21] [22] [23]. Entre aquellos con enfermedad progresiva, la mediana de tiempo hasta la muerte es de 11 a 13 días, que van de cinco a 27 días [23, 24]. La fiebre y los síntomas gastrointestinales pueden formar un pródromo, después de lo cual los síntomas disminuyen, sólo para ser seguidos por un síndrome sistémico y respiratorio más grave [25, 26]. La primera definición de caso de la OMS [27] definió los casos probables de MERS basados en la presencia de enfermedad febril, tos y el requisito de hospitalización con sospecha de compromiso del tracto respiratorio inferior (RTL), incluyendo también roles para el contacto con un caso probable A partir de julio de 2013, la definición revisada del caso de la OMS incluía la importancia de buscar y comprender el papel de los casos asintomáticos y, a partir de junio de 2014, la definición de la OMS indicaba más claramente que un caso confirmado incluía a cualquier persona cuya muestra fuera RT-PCR positiva para MERS-CoV, o que produjera una seroconversión, independientemente de los signos y síntomas clínicos. [28] [30] Aparte de los informes de la OMS y del Ministerio de Salud de la KSA, los casos asintomáticos o subclínicos de infección por MERS-CoV se documentaron en la literatura científica, aunque no siempre tan a menudo como ocurrió a principios de [31, 32]. La definición del caso de la KSA se hizo más estricta el 13 de mayo de 2014, basándose en la presencia de ambas características clínicas y confirmación de laboratorio [33]. Las pruebas de personas asintomáticas fueron recomendadas a partir de diciembre de 2014 [34], reforzadas por una definición de caso publicada por el Ministerio de Salud de la KSA en junio de 2015 [35]. La KSA ha sido la fuente del 79 % de los casos humanos. El MERS severo es notable por su impacto entre los hombres mayores con enfermedades comorbidas, incluyendo diabetes mellitus, cirrosis y diversas afecciones pulmonares, renales y cardíacas [36] [38]. Interesantemente en junio de 2015, un brote en Corea del Sur siguió una distribución similar [39, 40]. Entre los casos confirmados en laboratorio, los signos y síntomas de fiebre, tos y tracto respiratorio superior (URT) generalmente ocurren primero, seguidos en una semana por trastornos progresivos de TL y linfopenia [37]. Los pacientes a menudo se presentan a un hospital con neumonía o peor, y se han notificado infecciones Según se informa, el MERS ha matado aproximadamente el 35 % de todos los casos notificados, el 42 % de los casos en la KSA, pero sólo el 19 % de los casos en Corea del Sur, donde la mortalidad osciló entre el 7 % entre los grupos de edad más jóvenes y el 40 % entre los de 60 años o más [42] ; todos pueden ser valores inflados con infecciones asintomáticas o leves a veces no buscadas o no reportadas [34]. La atención de apoyo general es clave para tratar los casos graves [43]. Rara vez se informa que los niños menores de 14 años son positivos para la MERS-CoV, que comprende sólo el 1,1% (n = 16) del total de casos notificados. Entre el 1 de septiembre de 2012 y el 2 de diciembre de 2013, un estudio describió el recuento de casos pediátricos en la KSA, que se situaba en 11 (dos a 16 En Amman (Jordania), se probaron 1.005 muestras de niños hospitalizados menores de dos años con fiebre y/o signos y síntomas respiratorios, pero ninguna fue positiva para ARN MERS-CoV, a pesar de haber sido recolectadas en un momento similar al primer brote conocido de MERS-CoV en la ciudad vecina de Al-Zarqa [45]. Un segundo trimestre de mortinato ocurrió en una mujer embarazada durante una enfermedad respiratoria aguda y aunque no fue RT-rtPCR positivo, la madre desarrolló posteriormente anticuerpos contra MERS-CoV, sugestivos de infección reciente [46]. Su historia de exposición a un pariente positivo de MERS-CoV RT-rtPCR y un esposo anticuerpo reactivo, su período de incubación y su historia sintomática cumplieron los criterios de la OMS para ser un probable caso de MERS-CoV [46]. Los métodos de diagnóstico se publicaron dentro de los días del correo electrónico ProMED anunciando el primer caso MERS [47], incluyendo varios ensayos RT-rtPCR (Fig. 2 ) y cultivo de virus en células Vero y LLC-MK2 [18, 47, 48]. Un adenocarcinoma colorrectal (Caco-2 ) línea celular epitelial ha sido recomendado desde entonces para el aislamiento de infecciones MERS-CoV [49]. Anteriormente [18].. Los marcos de lectura abiertos se indican como rectángulos amarillos entre corchetes por regiones terminales no traducidas (UTR; rectángulos grises ). FS-frame-shift. Las regiones predictas que abarcan puntos de ruptura de recombinación se indican por píldoras naranjas. Creado utilizando Geneious v8.1 [211] y anotado usando Adobe Illustrator. Bajo este esquema se muestra la ubicación de los imprimadores RT-PCR (las flechas azules indican la dirección) y oligoprobes (rectángulos verdes) utilizados en los primeros ensayos de cribado RT-rtPCR y en los convencionales, seminés (tres imprimaciones) RT-PCR confirmatorios de secuenciación [47, 48]. El orden de publicación se observa por primera [27 de septiembre de 2012; rojo] y segundo [6 de diciembre de 2012; naranja] rectángulos de color; ambos de Corman y otros [47, 48] Los ensayos recomendados por la OMS se destacan debajo por puntos amarillos [53]. El imprimador reverso NSeq ha contenido consistentemente una secuencia incompatibilidad con algunas variantes de MERS-CoV. Una versión alterada de la de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio del Oriente Medio: Una Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con el permiso de Elsevier [5] revisó el amplio tropismo de MERS-CoV [5]. Sin embargo, como se describe bien, el cultivo celular es un método lento, especializado e insensible [50] mientras que las técnicas basadas en PCR son el método preferido para la detección de MERS-CoV. Los primeros marcos de lectura abiertos (ORF 1a y 1b; Fig. 2) se han convertido en un objetivo diagnóstico clave y taxonómico para la identificación de especies CoV. Con menos del 80 % de identidad entre la secuencia de aminoácidos de MERS ORF 1ab y parientes del betacoronavirus, Tylonycteris Bat HKU4 y Pipistrellus Bat HKU5, se puede concluir que es un virus novedoso y distinto. Las proteínas estructurales incluyen el pico (S), la envoltura (E), la membrana (M) y el nucleocápsido (N) [52]. Se prevé que los productos de ORF1a y ORF1b codificarán proteínas no estructurales. La mayoría de los ensayos de muestras realizados hasta la fecha han empleado ensayos RT-rtPCR validados que han demostrado ser sensibles y específicos [47, 48, 53]. El kit de RealStar® utiliza estos ensayos recomendados por la OMS [54]. Las secuencias objetivo de estos ensayos de cribado no han cambiado entre los genomas examinados hasta al menos mediados de 2015 (observación IMM). Otros ensayos RT-rtPCR han sido desarrollados y validados para su uso como herramientas de diagnóstico basadas en laboratorio [55] [56]. Además, los ensayos isotérmicos [58, 59] o recombinasa polimerasa [60] La detección del antígeno MERS-CoV no ha sido común hasta la fecha, pero la combinación de corto tiempo de retorno de la prueba al resultado, alto rendimiento e identificación de proteínas virales hace que esta opción sea atractiva. La detección de proteínas virales en lugar de ARN viral indica la probable presencia de virus infecciosos. La primera herramienta inmunocromatográfica rápida descrita podría detectar proteína nucleocápsida MERS-CoV recombinante de hisopos nasales DC con sensibilidad al 94 % y especificidad al 100 % en comparación con RT-rtPCR [61]. Un enfoque diferente utilizó una captura basada en anticuerpos monoclonales ELISA dirigida a la proteína nucleocápsida MERS-CoV con una sensibilidad de 10 3 CCID 50 y especificidad al 100 % [62]. La demostración de una seroconversión a una infección por MERS-CoV cumple con la definición actual de la OMS de un caso tan optimizado y ampliamente validado que los seroensayos empleados junto con buenas historias clínicas son útiles para identificar la infección por MERS-CoV y ayudar a apoyar estudios de transmisión. Debido a que las pruebas serológicas son, por su naturaleza, retrospectivas, es habitual detectar una huella viral, en forma de anticuerpos, en ausencia de signos o síntomas de enfermedad y a menudo en ausencia de ARN viral [63]. Las seroencuestas estratégicas y generalizadas de seres humanos que utilizan muestras recogidas después de 2012 son infrecuentes. Gran parte de la Península Arábiga y todo el Cuerno de África carecen de datos de referencia que describan la proporción de la comunidad que puede haber sido infectada por un MERS-CoV. Sin embargo, las seroencuestas han tenido un uso Debido a la identidad compartida entre DC y el MERS-CoV humano (ver epidemiología molecular: utilizando genomas para entender brotes), los ensayos serológicos para las seroencuestas de DC deben ser transferibles al cribado humano con una reconfiguración mínima. Además, no se ha encontrado ninguna variación diagnóstica relevante en la actividad de neutralización entre una gama de aislados y seras testados de MERS-CoV circulantes, por lo que los seroensayos de virus enteros o específicos basados en proteínas deben funcionar de manera equivalente en la detección de respuestas serológicas al serotipo único de MERS-CoV [49]. El desarrollo de ensayos serológicos robustos requiere paneles confiables de sueros animales o humanos bien caracterizados, incluidos los positivos para anticuerpos específicos del MERS-CoV, así como para fuentes probables de reacción cruzada [64]. La obtención de estos materiales fue problemática y enlenteció el desarrollo y comercialización de ensayos de detección de anticuerpos para ensayos humanos [64]. Se han liberado varios kits comerciales de ELISA, kits de ensayos inmunofluorescentes (IFA), proteínas recombinantes y anticuerpos monoclonales [31, [65] [66] [68]. Inicialmente, se utilizaron IFAs convencionales para seroencuestas humanas. Estos se basaron en el cultivo celular infectado por MERS-CoV como fuente de antígeno, detectando la presencia de anticuerpos humanos anti-MERS-CoV IgG, IgM o neutralizantes en muestras humanas [18, 48, 69]. No se encontró ningún signo de anticuerpos MERS-CoV entre 2.400 sueros de pacientes que visitaron el Hospital de Jeddah, desde 2010 hasta 2012, antes de la descripción de MERS-CoV [18]. Los métodos IFA tampoco detectaron ningún signo de infección previa por MERS-CoV entre una pequeña muestra de 130 donantes de sangre sanos de otro hospital de Jeddah (recogida entre enero y diciembre de 2012) [70]. De 226 trabajadores del matadero, sólo ocho (3,5%) fueron positivos por IFA, y los sueros no pudieron ser confirmados por la prueba de neutralización del virus (NT). El estudio indicó que HCoV-HKU1 era una fuente probable de antígenos de reacción cruzada en todo el virus IFA [70]. El virus completo MERS-CoV IFA también sufrió alguna reactividad cruzada con el SRAS convaleciente sera y esto no pudo resolverse mediante una prueba de NT que también fue reactiva [71]. La IFA utilizando proteínas recombinantes en lugar del virus entero IFA, ha demostrado ser una herramienta más específica [31]. Dado que se han postulado zoonosis asintomáticas [72], la ausencia de anticuerpos contra el MERS-CoV entre algunos humanos que tienen contacto regular y estrecho con camellos puede reflejar la rareza de animales infectados activamente en carnicerías, un riesgo de transmisión limitado asociado con DCs de sacrificio [70], un estado inmune cruzado de protección preexistente o algún otro factor(s) que resulta en un bajo riesgo de enfermedad y seroconversión concurrente que se desarrolla después de la exposición en este grupo. IFA usando proteínas recombinantes en su lugar. Algunos seroensayos han pasado por alto los riesgos de trabajar con virus infecciosos al crear células transfectadas que expresan porciones recombinantes de las proteínas nucleocápsidas y punzantes del MERS-CoV [48, 73], o utilizando un lentivirus recombinante que expresa la proteína de pico del MERS-CoV Un ensayo de pseudoneutralización de partículas (ppNT) ha sido ampliamente utilizado en estudios en animales y fue al menos tan sensible como la prueba tradicional de microneutralización (MNT). [10, 74, [76] [77] [78] ] Los estudios que utilizaron pequeños números de muestra y ppNT no encontraron evidencia de anticuerpos neutralizantes MERS-CoV en sueros de 158 niños con infecciones de LRT entre mayo de 2010 y mayo de 2011, 110 sera de 19 a 52 años de edad donantes de sangre masculina y 300 trabajadores autoidentificados de animales de la Región Jazan de la KSA durante 2012 [79, 80]. Del mismo modo, un estudio de cuatro pastores en contacto con una manada infectada de DC en Al-Ahsa, ocho personas que tenían contacto intermitente con la manada, 30 veterinarios y personal de apoyo que no estaban expuestos a la manada, tres trabajadores de mataderos no protegidos en Al-Ahsa y 146 controles que no estaban expuestos a DC en ningún rol profesional, no encontró ninguna evidencia serológica de infección por MERS-CoV en el pasado utilizando el ensayo ppNT [10]. Un retraso en la respuesta de anticuerpos neutralizantes a la infección por MERS-CoV se asoció con un aumento de la gravedad de la enfermedad en los casos de Corea del Sur con la mayoría de las respuestas detectables en la tercera semana de enfermedad, mientras que otros, aunque la enfermedad era grave, no respondieron durante cuatro o más semanas [81]. Las implicaciones para nuestra capacidad de detectar cualquier respuesta en casos leves o asintomáticos no fueron exploradas, pero Un brote jordano de TRT aguda en un hospital en 2012 se encontró retrospectivamente asociado a la infección por MERS-CoV, utilizando inicialmente RT-rtPCR, pero posteriormente, y en una escala mayor, a través de la positividad por ELISA y la prueba IFA o MNT. [46, 82, 83] Este brote fue anterior al primer caso de MERS en la KSA. La ELISA utilizó una proteína nucleocápsida recombinante del grupo 2 betacoronavirus bat-CoV HKU5 para identificar anticuerpos contra la proteína MERS-CoV reactiva equivalente [71]. Se validó utilizando 545 sera recolectada de personas con HCoV-OC43, HCoV-229E, SARS-CoV, HCoV-NL63, HRV, HMPV o influenza A(H1N1), pero fue supuestamente menos específica que la I También se consideró una herramienta aplicable para el cribado de grandes números de muestra [82]. Un microarray de proteína que expresa la subunidad de proteína S1 ha sido validado y ampliamente utilizado para las pruebas de DC [5, 84]. Detección de infección por MERS-CoV usando microarray de proteína ELISA o S1 [84] suele ser seguido por IFA confirmatoria y/ o una neutralización de reducción de placa (PRNT) [69, 70, 85] o MNT test. [74, 85, 86] Este proceso confirmatorio tiene como objetivo asegurar que los anticuerpos detectados sean capaces de neutralizar específicamente el virus previsto y no sean más ampliamente reactivos a otros coronavirus encontrados en DCs (coV bovina, BCoV) o humanos (HCoV-OC43, HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoV-HKU1, SARS En el estudio más grande de sueros humanos, un proceso de diagnóstico escalonado asignó tanto el SERA positivo recombinante como el SERA ELISA recombinante a la seropositividad 'etapa 1'. Un resultado seropositivo en estadio 2 requirió además un resultado PRNT adecuadamente titulado [87]. El estudio encontró que 15 SERA recolectados en 2012 a 2013 de 10.009 (0,2%) personas en 13 provincias KSA contenían anticuerpos MERS-CoV, pero proporciones significativamente mayores en se produjeron en pastores de camellos (dos de 87; 2,3 %) y trabajadores de mataderos (cinco de 140; 3,6 %) [87]. Se necesitan encuestas contemporáneas. MERS-CoV no parece ser fácilmente transmitido de DCs a los seres humanos, o tal vez es [72], pero generalmente no desencadena una respuesta inmune detectable si sólo se producen enfermedades leves o infecciones asintomáticas. Los ensayos serológicos necesitan una validación adicional en esta área, por lo que es necesario tener cuidado al trasladar algoritmos de serología diagnóstica de reciente desarrollo de un entorno de investigación a uno que informe las decisiones de salud pública, lo que se reforzó cuando un caso falso positivo en EE.UU., supuestamente infectado después de un apretón de manos y dos reuniones cara a cara, no resistió más análisis confirmatorios utilizando un ensayo NT más específico y posteriormente se retractó [88, 89]. La OMS recomienda tomar muestras de la TRL para las pruebas RT-rtPCR del MERS-CoV, especialmente cuando la recolección de muestras se retrasa una semana o más después del inicio de los síntomas. [53] Las muestras de TRL también son mejores para intentar aislar el virus infeccioso, aunque el éxito del cultivo se reduce cuando persiste la enfermedad [49]. Los tipos de muestras recomendados incluyen lavado broncoalveolar (BAL), aspirado traqueal/traqueobronquial, líquido pleural y esputo [53, 90]. Las muestras frescas arrojan mejores resultados diagnósticos que el material refrigerado [69] y si es probable que se produzcan retrasos en las pruebas de ≥72 h, las muestras (excepto sangre) deben congelarse a −70°C [90]. Si se dispone de ellas, también se pueden realizar biopsias pulmonares o tejidos de autopsia [53]. Sin embargo, la TRU es un lugar de muestreo menos invasivo y más conveniente, y se recomienda un hisopo orofaríngeo y de garganta o un aspirado/lavado nasofaríngeo cuando se va a realizar el muestreo de TRU [90]. Los sueros emparejados, recogidos de dos a tres semanas de diferencia son preferibles para las pruebas serológicas, mientras que se sugiere que una muestra única sea suficiente si se recogen dos semanas después de la aparición de la enfermedad o un único suero recogido durante los primeros 10-12 días si se realiza RT-rtPCR [53, 90]. Se ha encontrado que la orina y las heces humanas contienen ARN MERS-CoV 12 a 26 días después de la aparición de los síntomas [25, 69, 91] y se enumeran como muestras que deben considerarse [53, 90]. En dos casos que llegaron a los Países Bajos, la orina fue RT-rtPCR negativa pero las heces fueron débilmente positivas y los sueros fueron RT-rtPCR positivos durante cinco días o más [25]. El hallazgo de ARN viral MERS-CoV en el suero proporciona una vía para estudios retrospectivos basados en PCR La ARNemia también puede correlacionarse con la gravedad de la enfermedad; los signos de virus fueron eliminados del suero de un paciente recuperado, pero se mantuvo hasta la muerte de otro [92]. Los casos de sospecha clínica de MERS pueden devolver resultados negativos por RT-rtPCR. Los datos han demostrado que una o más muestras de URT negativas pueden ser contradichas mediante un muestreo adicional de URT o el uso de muestras de LRT, lo que se prefiere [2, 43, 93]. En la LRT se producen cargas virales más altas que en la URT. [22, 69, 88, 94] Esto concuerda con la observación de que la mayoría de los síntomas de la enfermedad se reportan como enfermedad sistémica y LRT [21]. Sin embargo, en ocasiones incluso los especímenes de LRT de los casos de MERS pueden ser inicialmente negativos, sólo para más tarde ser positivos por RT-PCR [95 Esto puede deberse a una mala toma de muestras cuando la tos está ausente o no es productiva o porque la carga viral es baja [95]. A pesar de esto, tanto los mayores estudios de MERS-CoV humanos [32, [96] [97] [98] y los más pequeños [22, 25, 99], utilizan muestras de la URT. Cabe destacar que un estudio reportó una asociación entre cargas más altas en la URT y peores resultados clínicos incluyendo cuidados intensivos y muerte [94]. Al escribir, no existen datos humanos para definir si el virus se replica única o preferentemente en la LRT o URT, o réplicas en otros tejidos humanos in vivo, aunque el ARN MERS-CoV se ha detectado tanto de la URT como de la LRT en un modelo de mono macaco [100].La distribución de DPP4 en las vías respiratorias superiores humanas tampoco está bien descrita. Los estudios individuales de casos humanos reportan largos periodos de eliminación viral, a veces intermitentes y no necesariamente relacionados con la presencia de síntomas de la enfermedad. [25, 69, 99, 101] En un caso, un HCW arroja ARN viral durante 42 días en ausencia de enfermedad [99]. Es un área de alta prioridad para entender mejor si estos casos son capaces de infectar a otros. Más de tres cuartas partes de los casos de MERS arrojan ARN viral en sus muestras de TL (aspirados traqueales y esputo) durante al menos 30 días, mientras que sólo el 30 % de los contactos seguían arrojando ARN en sus muestras de TRU [91, 102]. En el único estudio para examinar el efecto del tipo de muestra en el análisis molecular, se examinaron 64 aspirados nasofaríngeos (ANP; una muestra de TRU), 30 aspirados traqueales, 13 Los aspirados traqueales y el BAL devolvieron los valores de carga viral más altos seguidos por el NPA y el esputo. Como era de esperar, las cargas virales más altas generalmente coincidían con la secuenciación del genoma completo y el éxito del cultivo y, en las pruebas del NPA, estaban significativamente correlacionadas con enfermedades graves y muerte [49, 94, 103]. Este estudio demostró la importancia del muestreo de LRT para la secuenciación del genoma completo. Cuando se probó, las muestras positivas para el MERS-CoV a menudo son negativas para otros patógenos [25, 93, 104]. Sin embargo, muchos estudios no mencionan pruebas adicionales para virus respiratorios humanos endémicos [21, 23, 73, 105]. Cuando se buscan virus, se han incluido el herpesvirus humano (VHH), los rinovirus (VHR), los enterovirus (VVV), el virus sincitial respiratorio (VRS), el virus parainfluenzavirus tipos 1, 2 y 3 (VIP), los virus de la gripe (VFI), los HCoV endémicos, los adenovirus (VCD) metapneumovirus (VPM) y el virus influenza A\H1N1; en ocasiones se han encontrado codetecciones con MERS-CoV [2, 22, 37, 69, 97]. A veces se incluyen pruebas bacterianas (por ejemplo, para Legionella y Pnemocococcus), pero el impacto de la copresencia bacteriana tampoco está claro [22, [104] [105] [106]. Otras pruebas de la muestra de TRL del primer caso del MERS utilizaron IFA para detectar algunos virus (negativos para IFV, PIV, RSV y AdVs) y RT-PCR para otros (negativos para AdV, EV, MPV y HHVs) [18]. RT-PCR también detectó MERS-CoV. La OMS recomienda encarecidamente pruebas para otros patógenos respiratorios [53] pero con esta recomendación a menudo descontada, hay datos limitados para abordar la ocurrencia y el impacto de coinfecciones o diagnósticos virales alternativos entre ambos casos del MERS y sus contactos. Poco se sabe de otras causas de neumonía similar al MERS en el KSA o de la carga general de enfermedad debido a los virus respiratorios clásicos conocidos. Pruebas de peregrinos adultos que realizan el Hajj en 2012 a 2014 no ha detectado ningún MERS-CoV. En 2012, se realizaron pruebas de hisopos nasales de 154 peregrinos recogidos antes de partir hacia el KSA o partir de él [47]. En 2013, las pruebas se ampliaron significativamente con 5.235 hisopos nasofaríngeos de 3.210 peregrinos entrantes y 2.025 hisopos de peregrinos salientes probados [98]. Cabe señalar que la mayoría de los peregrinos llegaron de países libres de MERS. Se tomaron otros 114 hisopos de peregrinos con enfermedad similar a la gripe [96, 107]. En reuniones anteriores del Hajj, se descubrió que los virus de la gripe circulaban ampliamente, mientras que otros virus, a menudo rinovirus, circulaban de manera más selectiva, interpretando que indicaban su importación junto con peregrinos extranjeros [107] [108] [108] Con el tiempo, el aumento de la vacunación contra la gripe se ha acreditado como una disminución de la prevalencia de enfermedades similares a la gripe entre los peregrinos [110] A menudo no se recoge una muestra de TRL para estos estudios [98, 107, 109], por lo que los hallazgos negativos falsos son una posibilidad, aunque poco se sabe sobre el sitio inicial de infección y replicación del MERS-CoV; se puede haber supuesto que fue la TRL porque la enfermedad se notó por primera vez allí, pero la TRL puede ser el lugar de la replicación más temprana. En Jeddah entre marzo y julio de 2014 (en adelante, el brote de Jeddah-2014; Fig. 3 ), hubo un rápido aumento en los casos del MERS, acompañado de un intenso cribado; aproximadamente 5.000 muestras de dentro y alrededor de la región se probaron en un mes, produciendo alrededor de 140 detecciones del MERS-CoV (prevalencia ~3 %) [111]. Entre los 5.065 individuos muestreados y analizados en la KSA entre octubre de 2012 y septiembre de 2013, se realizaron 108 (2,1%) detecciones en una población hospital-céntrica que incluyeron casos hospitalizados (n = 2.908; 57,4 %), sus familias (n = 462; 9,1 %) y HCW asociados (n = 1.695; 33,5 %) [32]. Entre las detecciones, 19 (17,8 %) eran HCW y 10 (9,3 %) eran contactos familiares [32]. La prevalencia del 2-3 % de infecciones activas por MERS-CoV no es diferente a la prevalencia hospitalaria de otras COV humanas. [112] Sin embargo, la proporción de muertes entre los infectados por MERS-CoV es mucho mayor que la conocida por los HCoV NL63, HKU1, 229E u OC43 en otros países, e incluso superior a la de SRAS-CoV; no es un virus que pueda razonablemente ser descrito como una "tormenta en una taza de té". Es la baja tasa de transmisión que ha evitado la propagación mundial, a pesar de muchas "oportunidades". Muy temprano en el brote de MERS, algunos animales fueron altamente considerados como el reservorio o huésped(s) intermedio(s) de MERS-CoV con tres de los cinco primeros casos que tuvieron contacto con DCs [73, 113, 114]. Hoy en día, las infecciones por MERS-CoV animales deben ser reportadas a la organización mundial para la salud animal como una enfermedad emergente [115]. Un resumen de los primeros casos de MERS reportados por la OMS definió el contacto animal con humanos como directo y dentro de los 10 días previos al inicio de los síntomas [20]. Esta definición no permitió específicamente la adquisición de DCs a través de una vía basada en gotitas, que es muy probable que sea la vía de adquisición de un virus que inicialmente y predominantemente causa enfermedad respiratoria [23]. Se sabe que los camellos producen altos niveles de ARN MERS-CoV en su URT y pulmones [116]. Proporcionando apoyo para una vía de transmisión de gotitas y tal vez indicando la presencia de ARN en núcleos más pequeños y secos de gotitas, se identificó ARN MERS-CoV en una muestra de aire de alto volumen recogida de un granero que alberga un DC infectado [117]. La fuente precisa de la que los humanos adquieren MERS-CoV sigue siendo poco estudiada pero parece probable Estos factores pueden resultar importantes para los casos humanos que no describen ningún contacto DC [119] ni ningún contacto con un caso confirmado. Si la definición de contacto con animales de la OMS es suficiente para identificar la exposición a este virus respiratorio no está clara. La formulación se centra en el consumo de productos DC, pero no atribuye específicamente el riesgo a una vía de gotitas para la adquisición de MERS-CoV desde DC [120]. Algunos pacientes MERS se enumeran en los avisos de enfermedad de la OMS como próximos a los DCs o granjas, pero los individuos no han descrito entrar en contacto con los animales. No se reporta ninguna vía alternativa para adquirir infección en muchos de estos casos. Lo que constituye una definición de "contacto" durante estas entrevistas se ha definido para un estudio [72]. A pesar de esta falta de claridad, la OMS considera que la evidencia que vincula la transmisión de MERS-CoV entre DCs a humanos es irrefu La posibilidad de que los murciélagos fueran un huésped animal de MERS-CoV fue ampliamente discutida inicialmente debido a la diversidad existente de coronavirus conocidos por residir entre ellos [121] [122] [123]. Evidencia concluyente que apoya a los murciélagos como fuente de infecciones humanas por MERS-CoV todavía no se ha encontrado, pero los murciélagos parecen albergar a los representantes ancestrales [53, 125]. Sin embargo, estas no son variantes del mismo virus ni siempre dentro del mismo linaje filogenético que MERS-CoV; cada uno son un virus genéticamente distinto. La infección de murciélago a humano por MERS-CoV es un evento puramente especulativo. La única pieza de evidencia específica del MERS-CoV que apunta a los murciélagos se origina en la amplificación de un fragmento de 190 nt del gen ARN dependiente de la polimerasa del genoma del MERS-CoV, identificado en un pellet fecal de un murciélago insectívoro Emballonuridae, Taphozous perforatus encontrado en Bisha, el KSA [121]. Aunque muy corta, la secuencia del fragmento lo definió como un descubrimiento diagnóstico. Posteriormente se informó de un enlace a los DC [85] y ese enlace ha madurado en una asociación verificada [38, 126] (Fig. 4). (Véase la figura en la página anterior.) Fig. 3 Detecciones mensuales de MERS-CoV (barras azules) y de casos que murieron (barras rojas) con algunas fechas de interés marcadas para 2012 al 4 de septiembre de 2015. Se indica una aproximación de cuando la estación de parto DC [128] y cuando los DC recién nacidos son destetados. La primavera (verde) y el verano (naranja) en la Península Arábiga también están sombreados. Tenga en cuenta la escala del eje y de la izquierda para 2014 y 2015 que es mayor que para 2012/13. Fuentes de estos datos públicos incluyen la OMS, Ministerios de Salud y FluTrackers [207] [209] [209]. Versiones anteriores y posteriores de este gráfico se mantienen en un blog personal [210]. Modificado y reimpreso de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio de Oriente Medio: Una infección por coronavirus emergente rastreada por la multitud. Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con permiso de Elsevier [5] Los DCs, que constituyen el 95 % de todos los camellos, tienen una presencia central en la El contacto puede ser común y puede ocurrir de diversas maneras (Fig. 4a). Hay varios grandes festivales, razas, ventas y desfiles bien atendidos que cuentan con DCs y DCs también son mantenidos y criados cerca de áreas pobladas en el KSA [127, 128]. La leche y la carne DC son ampliamente consumidas y el DC más viejo es un animal de importancia ritual después de la peregrinación del Hajj [129]. Sin embargo, la frecuencia de infección del MERS-CoV es mucho menor que el hábito generalizado y frecuente de comer, beber y preparar productos DC. La ingestión diaria de leche DC fresca no pasteurizada es común entre los beduinos del desierto y muchos otros en el KSA. La orina DC también se consume o se utiliza para supuestos beneficios para la salud. A pesar de que la carnicería de camellos es una ocupación local, ni los carniceros ni otros grupos en riesgo son identificables entre los casos de MERS; esto puede ser simplemente un problema de información en lugar de una ausencia inexplicable de MERS. Un pequeño estudio de casos y controles publicado en 2015 identificó el contacto directo con la DC, y no la ingestión de productos, para estar asociado con la aparición de MERS [38]. La primera investigación sero-encuesta de ganado que vive en la región de Oriente Medio se llevó a cabo durante 2012-2013 [85]. Los DCs fueron muestreados a partir de una manada de canarios nacidos principalmente y de DCs omaníes (originalmente importados del Cuerno de África) [85]. b Las infecciones de camello a humano parecen ser poco frecuentes, mientras que la propagación de la infección de ser humano a ser humano se ve facilitada regularmente por una CIP deficiente en los entornos de salud donde se amplifica la transmisión, lo que explica la mayor parte de los casos. Hay casos de MERS humanos que no entran en ninguna de las categorías de origen y no está claro si estas infecciones adquiridas a través de alguna vía totalmente separada, o de casos que escaparon al diagnóstico. c Las formas hipotéticas en las que la subclínica (cuando la infección puede no alcanzar un umbral clínico previamente definido de signos y/o síntomas) o asintomáticas (sin signos obvios ni medidos, observados o recordados de enfermedad) la infección por MERS-CoV puede estar implicada en la transmisión DC sera podría neutralizar MERS-CoV mientras que todas las seras DC de Omán tenían niveles elevados de anticuerpos neutralizantes específicos de MERS- Desde este estudio, una serie de informes revisados por pares han analizado tanto a los DCs como a otros animales, y la posibilidad de que puedan albergar la infección por MERS-CoV. Se han encontrado DCs seropositivos en toda la Península Arábiga, incluyendo Omán, la KSA, Qatar, Jordania, los Emiratos Árabes Unidos (EAU), Kuwait así como Sudán, Somalia, Egipto, Túnez, Nigeria, Kenia y Etiopía en África y las Islas Canarias [85, [130] [133] [133] [134]. Otros animales probados incluyen ovejas, vacas, cerdos, caballos, burros, mulas, aves, búfalos acuáticos, cabras, camellos bactrianos, llamas y guanacos (camélidos suramericanos) pero ninguno tenía anticuerpos neutralizantes detectables contra MERS-CoV [4, 74, 78, 85, 86, 135, 136]. No se han notificado hasta la fecha estudios de virología o serología de muestras humanas procedentes de zonas de África donde hay camellos con antecedentes de MERS-CoV. Sin embargo, la ausencia de neumonía inexplicable que pueda atribuirse a la infección por MERS-CoV puede no indicar la ausencia de virus entre los seres humanos en cada país, sino simplemente reflejar la falta de costosos estudios de epidemiología realizados por países pobres en recursos. Por lo tanto, no está claro si el MERS-CoV, o una CoV relacionada con antígenos, es un patógeno no reconocido en estas regiones, quizás circulando durante más tiempo del que se ha conocido en la Península Arábiga [133]. El ARN del MERS-CoV también se ha detectado en muestras de DC, y también se ha logrado la recuperación del virus infeccioso a partir de muestras de DC [4, 77, 117, 132, [137] [139] De algunos de ellos, se han secuenciado genomas completos o mayoritarios de MERS-CoV [77, 137, 138]. Las versiones DC de MERS-CoV fueron tan similares entre sí, como las variantes detectadas de diferentes seres humanos a lo largo del tiempo y a lo largo de la distancia. Los ensayos de detección de anticuerpos anticuerpos también han detectado anticuerpos cruzados en sera. Estos se identificaron como tales mediante la detección de sera contra virus similares, por ejemplo BCoV o HCoV-OC43 (como facsímil antigénico para BCoV). Es posible que otros virus similares a MERS-CoV también residan dentro de los DCs, pero esto no menoscaba el hallazgo definitivo de secuencias genéticas de MERS-CoV tanto en DCs como en humanos [117, 142, 143]. Los estudios de detección han demostrado que los DC juveniles son más a menudo positivos para el virus o el ARN viral, mientras que los DC mayores son más propensos a ser seropositivos y ARN o virus negativos [76, 77, 144]. En los DC adultos, se ha detectado ARN MERS-CoV entre animales con anticuerpos preexistentes, lo que sugiere que es posible la reinfección [77, 144]. Las cargas virales entre DC positivos pueden ser muy altas [4, 76, 77, 139, 144] y DCs se han encontrado positivos tanto cuando están enfermos con signos respiratorios de TRU [77, 117, 142, 145] o cuando aparentemente sanos [137]. Estos hallazgos indican que los DCs hospedan infecciones naturales MERS-CoV. Además, los sera DC almacenados han revelado signos de MERS-CoV en DCs que datan de hace más de tres décadas (los más tempranos Los sera más viejos no han sido probados y, por lo tanto, cuánto tiempo los DC han sido afectados por MERS-CoV, si el virus es enzoótico entre ellos, introducidos hace décadas o siglos de murciélagos en África o la Península Arábiga, o son objeto de incursiones virales regulares pero de corta duración de un huésped aún desconocido, no pueden ser respondidos. Los investigadores buscaron determinar una dirección para la infección; estaban los DC transmitiendo virus a los seres humanos o estaban los humanos infectando DC? En un sitio de Qatar, un propietario de una granja y su empleado se enfermaron a mediados de octubre de 2013 y dieron positivo para el ARN MERS-CoV en una muestra de esputo y hisopos de garganta, respectivamente. RT-rtPCRs encontró MERS-CoV ARN en 11 de 14 hisobas nasales de DC positivas en la granja; seis (43 %) positivos Los resultados indicaron que se había producido un brote reciente en este rebaño; la primera indicación de ARN MERS-CoV encontrado en DCs con una asociación temporal a infecciones humanas; tres muestras de DC positivas fueron confirmadas por secuenciación de una porción de 358 nt del gen de la espiga; estas secuencias eran idénticas unas a otras, de nuevo con homología cercana a otras secuencias humanas y DC MERS-CoV [138]. Los DCs y contactos humanos produjeron secuencias ORF1a y ORF4b que diferían por un solo nucleótido cada una, agrupando estrechamente con la variante Hafr-Al-Batin_1_2013 [138]. Estudios de casos posteriores encontraron evidencia de una infección humana y DC concurrente y la dirección de esa infección fue inferida a partir de los DCs enfermos y a sus propietarios humanos [117, 142, 146]. Las secuencias del genoma parcial indicaron que un humano y un DC positivo de la RT-RTPCR del MERS-CoV habían sido infectados por una variante del mismo virus, albergando el mismo patrón distinto de polimorfismos de nucleótidos. [142] Todos los nueve DC en la manada del propietario, muestreados en serie, reaccionaron en un antígeno S1 recombinante ELISA, con los dos animales que habían sido positivos de la RT-rtPCR mostrando un pequeño aumento verificable del título de anticuerpos [142]. Un aumento del título teóricamente comienza 10 a 21 días después de la infección de la DC [142]. Los autores sugirieron que el aumento del título en la suera de la DC que ocurrió junto con una disminución de la carga de ARN, mientras que el paciente estaba activamente enfermo y hospitalizado, indicó que los DC fueron infectados primero seguidos por el propietario [117, 142]. Los anticuerpos BCoV también estuvieron presentes, y aumentaron en uno de los dos animales positivos RT-rtPCR, pero ninguno de ellos pudo neutralizar la infección BCoV [142]. La temporada de parto en camellos se produce en los meses de invierno (entre finales de octubre y finales de febrero; Fig. 3 ) y este puede ser un momento en el que existe un mayor riesgo para los seres humanos de derrames debido a nuevas infecciones entre las poblaciones de DC ingenuas [128]. ¿Qué papel podría desempeñar el anticuerpo de camello materna en el retraso de la infección de terneros sigue siendo desconocido [128, 142]. Los DC juveniles parecen tener una infección activa con más frecuencia que los DC adultos y, por lo tanto, el sacrificio de los DC, que debe ser de cinco años de edad o más (llamados a thane), puede no ir acompañado de un riesgo significativo de exposición a la infección. A diferencia de los resultados anteriores, los trabajadores de los mataderos que matan tanto a los DC más jóvenes como a los más viejos, pueden ser un grupo ocupacional con una incidencia significativamente mayor de seropositividad a la MERS-CoV cuando los animales tienen infecciones activas por MERS-CoV [129, 139, [147] [148] [149]. Las investigaciones virológicas ampliadas de los DC africanos pueden dar lugar a animales más seropositivos y zonas geográficas en las que los seres humanos pueden estar en riesgo. Es posible que haya zonas en las que los seres humanos ya albergan infecciones por MERS-CoV que no se han identificado debido a la ausencia de vigilancia de laboratorio. Las investigaciones virológicas de los murciélagos pueden dar lugar a hallazgos de virus ancestrales y "eslabones de pérdida viral" e identificar cualquier otra fuente animal de propagación zoonótica es importante para informar opciones para reducir la exposición humana [56, El MERS-CoV infeccioso añadido a la leche de CC, cabra o vaca y almacenado a 4 °C podría recuperarse al menos 72 h más tarde y, si se almacena a 22 °C, la recuperación fue posible hasta 48 h [150]. El título de MERS-CoV disminuyó un poco cuando se recuperó de la leche a 22 °C, pero la pasteurización completamente ablada Infectividad MERS-CoV [150]. En un estudio posterior, se identificó ARN MERS-CoV en la leche, secreción nasal y heces de DCs de Qatar [151]. Un estudio único ha examinado la capacidad de MERS-CoV para sobrevivir en el medio ambiente [150]. Las superficies plásticas o de acero fueron inoculadas con 10 6 TCID 50 de MERS-CoV a diferente temperatura y humedad relativa (RH) y se A alta temperatura ambiente (30°C) y a baja RH (30 %) MERS-CoV permaneció viable durante 24 h [150]. En comparación, un virus respiratorio bien conocido y eficientemente transmitido, el virus influenza A, no pudo recuperarse en cultivo más allá de cuatro horas bajo ninguna condición [150]. Los experimentos de Aerosol encontraron que la viabilidad del MERS-CoV sólo disminuyó un 7 % a baja RH a 20°C. En comparación, el virus influenza A disminuyó un 95 % [150]. La supervivencia del MERS-CoV es inferior a la demostrada previamente para el SARS-CoV [152]. En el contexto, las bacterias patógenas pueden permanecer viables y en el aire durante 45 minutos en un aerosol tosido y pueden propagarse 4 m. La capacidad de MERS-CoV para permanecer viable durante largos períodos de tiempo le da la capacidad de contaminar completamente las superficies de Se desconoce si el MERS-CoV puede permanecer a la deriva e infeccioso durante períodos prolongados (verdaderamente aerotransportado) y si estos hallazgos amplían nuestra comprensión de las posibilidades de que las gotitas transmitan virus respiratorios en muchos entornos, incluyendo salas de espera hospitalarias, departamentos de emergencia, salas de tratamiento, instalaciones de cuidados intensivos abiertos y salas privadas de pacientes. La naturaleza y calidad del intercambio de aire, circulación y filtración son variables importantes en la medición y reducción del riesgo, así como el uso de salas de presión negativa para contener casos conocidos. Se considera que la propagación de la gota entre humanos es el mecanismo de transmisión humana a humana y se hizo hincapié en la necesidad de precauciones de las gotas después del hospital Al-Ahsa, la KSA y los brotes de Corea del Sur [21, 23, 154, 155]. La provisión de pruebas que apoyen la mejor formulación de equipos de protección personal para ser usados por los HCW que reciben, manejan o realizan procedimientos en casos infecciosos sigue siendo una prioridad. MERS-CoV fue encontrado y caracterizado por su aparente asociación con enfermedades graves, y por lo tanto más obvias, en humanos; éramos canarios en la mina de carbón. Seroensayos y estudios prospectivos de cohortes todavía no han determinado hasta qué punto los casos más leves o asintomáticos contribuyen a las cadenas de transmisión de MERS-CoV. Sin embargo, la transmisión de MERS-CoV se define como esporádica (no sostenida), intrafamiliar, a menudo asociada a la atención médica, ineficiente y que requiere contacto cercano y prolongado [22, 31, 63, 93, 97, 102, 156] En un estudio doméstico, 14 de 280 (5 %) contactos de 26 pacientes con índice positivo de MERS-CoV eran ARN o anticuerpos positivos; la tasa de transmisión general, incluso en brotes es de alrededor del 3 % [31]. Parece que la mayoría de los casos humanos de MERS-CoV, incluso cuando los números parecen aumentar repentinamente, no transmiten fácilmente a más de otro humano hasta la fecha, la epidemia localizada de MERS-CoV no ha sido autosostenible [157] [159] [160] [161]. Es decir, el número básico de reproducción (R 0 ) -el número medio de infecciones causadas por un individuo infectado en una población totalmente susceptible ha estado cerca de uno en varios grupos y brotes. Si R 0 era mayor que 1, se esperaría un aumento sostenido en el número de casos. Algunos cálculos de R o pueden verse afectados por el rastreo incompleto de los contactos de casos, pruebas comunitarias limitadas y cómo se define un caso. El MERS ha tenido una presencia constante en la Península Arábiga desde 2012 se debe a los eventos de derrames esporádicos en curso de DCs amplificados por brotes hospitalarios mal controlados. En marcado contraste, una seroencuesta de HCW que a veces estaba en contacto cercano y prolongado con el primer caso fatal de MERS-CoV en 2012 [162], encontró que ninguno de los HCW se había seroconvertido cuatro meses más tarde, a pesar de la ausencia de protección ocular y el cumplimiento variable de los estándares requeridos de EPP [162]. Al principio de la historia del MERS, las muestras para la prueba fueron recolectadas principalmente de pacientes con enfermedad grave y no de aquellos con infecciones respiratorias agudas más leves. Los contactos de los casos confirmados de MERS fueron a menudo observados para enfermedad clínica, pero no probados. Estas omisiones pueden haber confundido nuestra comprensión de la transmisión del MERS-CoV y sesginar los datos tempranos hacia un mayor número de pacientes gravemente enfermos y hospitalizados, inflando la aparente proporción de casos mortales. A medida que cambiaban los paradigmas de las pruebas y se hacían cada vez más pruebas de los contactos, se reconocían infecciones más asintomáticas y leves [163]. Un aumento en los casos llamados asintomáticos (que amplían el denominador para los cálculos de la proporción de casos mortales, definida en [164] ) dio lugar a una disminución en la proporción de casos mortales durante el brote de Yeddah-2014. Históricamente, tales aumentos son consistentes con la modificación de las definiciones y respuestas de laboratorio y el manejo clínico de una infección por virus recién descubierta que se observó por primera vez sólo entre los enfermos graves. Tras el seguimiento, más de tres cuartas partes de esas personas positivas del ARN del MERS-CoV recordaron haber tenido uno o más síntomas en ese momento, a pesar de que se notificó como asintomática [165], planteando alguna pregunta sobre la fiabilidad de otros datos Aproximadamente el 43 % de los casos MERS (549 de 1277) en la KSA fueron mortales entre 2012 y diciembre de 2015, mientras que el 21 % (72 de 330) fallecieron entre los que se produjeron fuera de la KSA. El número total de casos masculinos siempre supera en número a las mujeres y la proporción de muertes masculinas es siempre mayor que la proporción de mujeres que mueren. Sin embargo, la proporción de muertes masculinas de varones totales con MERS es similar a la de las mujeres. En la KSA, hay una mayor proporción de varones más jóvenes entre los casos y muertes que se observaron en los brotes de Corea del Sur o Jeddah-2014 de 2015 (Fichero adicional 2: Figura S2 ). Por qué estos aspectos han diferido pueden deberse a diferencias en el tiempo de presentación y diagnóstico, la naturaleza y calidad de la atención de apoyo, la forma en que una persona se contagió (habita, exposición a una fuente humana o zoonótica, carga viral, vía de infección) o la medida en que las diferentes poblaciones se ven afectadas por enfermedades subyacentes [40]. Como grupo, los HCW representaron el 16 % de los casos de MERS en la KSA y Corea del Sur. Es evidente que la proporción semanal de HCW infectados aumenta junto con cada fuerte aumento en las detecciones generales (Fig. 5). En mayo de 2013, la OMS publicó directrices para IPC durante el cuidado de casos probables o confirmados de infección por MERS-CoV en un entorno sanitario [166]. Estos aumentos en las detecciones de MERS-CoV pueden disminuir la edad media durante cada evento debido a que los HCW son generalmente más jóvenes que los pacientes internados con MERS. Las instalaciones sanitarias han sido un objetivo regular de mejoras sugeridas para mejorar los procedimientos de prevención y control de infecciones (IPC) [115, 118]. La mayor parte del análisis de la genética MERS-CoV se ha realizado utilizando métodos de secuenciación de alto rendimiento o "profundo" para la deducción completa del genoma [167] [168] [169]. MERS-CoV fue el primer sujeto de un uso tan extendido de secuenciación profunda para estudiar un brote viral emergente con alcance global. La técnica puede producir genómica [207] [209]. Las versiones anteriores y posteriores de esta tabla se mantienen en un blog personal [210] cobertura de longitud en un solo experimento con medición altamente repetitiva de cada posición de nucle A pesar de los ensayos publicados al principio, la secuenciación subgenómica, una vez el pilar de los estudios de brotes virales, se ha publicado con menos frecuencia durante la caracterización de MERS-CoV [48]. A medida que se han caracterizado más genomas tanto de humanos como de DC, se han hecho evidentes dos clados; A y B (Fig. 6). Clade A contiene sólo genomas de MERS-CoV derivados del hombre de Jordania, mientras que Clade B comprende la mayoría de genomas humanos y de camellos deducidos hasta ahora [168]. Dos estudios durante 2015, uno mirando a variantes de Jeddah-2014 MERS-CoV y otro mirando a una variante exportada de Corea del Sur a China, ahora han identificado signos de recombinación genética entre variantes de MERS-CoV. Si bien las secuencias del genoma humano y del genoma entero de camello han conservado una identidad de >99 % entre sí, los miembros de linajes genéticamente distintos pueden intercambiar material genético y lo hacen cuando co-ocurren condiciones adecuadas y co-fecciones [170] [171] [172]. La identidad compartida implica que la principal fuente de adquisición humana es el DC, en lugar de otro animal, aunque se necesitan más pruebas de otras especies animales para confirmar esa conclusión. Durante un mes, un virus de DC secuenciado en diferentes ocasiones no cambió en absoluto indicando un grado de estabilidad genómica en su huésped, apoyando que los DC son el anfitrión natural, en lugar de intermedio, del MERS-CoV que conocemos hoy [77]. Hasta la fecha, la recombinación se ha localizado en puntos de ruptura cerca del límite entre las regiones ORF1a y ORF1b, dentro del gen de pico [170] No es inesperado que la recombinación se produzca ya que es bien conocida entre otras CoVs [124] y porque la mayoría de los genomas enteros del MERS-CoV recogidos a partir de muestras de tres años (2012-2015) y de seres humanos, camellos y diferentes países han mostrado una identidad genética cercana entre sí, con una variación sutil suficiente para apoyar investigaciones de brotes mientras se aplique la secuenciación del genoma completo [52, 77, 135, 138, 168, [173] [174] [175]. Los cambios en la secuencia del genoma pueden anunciar alteraciones en la transmisibilidad del virus, replicación, persistencia, letalidad o respuesta a medicamentos futuros. Si tenemos conocimiento previo del impacto de los cambios genéticos debido a estudios de caracterización exhaustivos, podemos establecer una estrecha relación genética entre las secuencias de nucleótidos del MERS-CoV (cargado desde GenBank utilizando los números de adhesión enumerados y Este árbol de unión vecino fue creado en MEGA v6 utilizando una alineación de las secuencias humanas y DCderivadas de MERS-CoV (Genious v8.1 [211] ). Clades se indican junto a barras verticales azules oscuras (Clade A) o pálidos (Clade B). Los iconos de camello denotan genomas de DC. Los brotes sanitarios o comunitarios se encajonan y etiquetan utilizando esquemas previamente descritos [212, 213] monitorean las regiones genómicas y entienden mejor cualquier cambio en la transmisión o patrones de enfermedad a medida que ocurren. Las mutaciones genéticas observadas durante el mayor de los brotes humanos, Jeddah-2014, no impartieron ningún cambio importante replicativo o inmunomodulador cuando se comparan con las variantes virales anteriores in vitro [156, 176]. Sin embargo, entendemos muy poco de los resultados fenotípicos que resultan del cambio genético sutil en Hasta la fecha no se ha informado de ninguna relevancia clínica ni de cambios in vivo evidentes en la replicación, eliminación o transmisión vírica, o se ha atribuido a mutaciones o a nuevos virus recombinantes [156]. Pero se necesitan vigilancia y estudios más grandes, contemporáneos e in vivo. La secuencia genomática localizada a un clado distinto se identificó a partir de un DC egipcio que probablemente fue importado de Sudán. Esto no encaja en ninguno de los clados actuales [125, 168, 177]. Un virus secuenciado a partir de un murciélago Neoromicia capensis estaba más estrechamente relacionado con el MERS-CoV que otras grandes secuencias derivadas de murciélagos habían estado hasta ese punto, pero el genoma de una variante de un MERS-CoV aún no se ha descubierto y deducido de cualquier murciélago [125]. Los análisis de genomas del MERS-CoV han demostrado que la mayoría de las diferencias nucleó 2), que codifica la proteína de pico y proteínas accesorias [168]. Al menos nueve genomas del MERS-CoV contenían sustituciones de aminoácidos en el dominio de unión a los receptores (RBD) de la proteína de pico y los codones 158 (región N-terminal), 460 (RBD), 1020 (en la repetición de heptad 1), 1202 y 1208 investigación de osos como marcadores de cambio adaptativo [140, 169]. La proteína de pico no había cambiado en el genoma recombinante del MERS-CoV identificado en China en 2015, pero se informó que había variado a un ritmo superior al de genomas completos del MERS-CoV, entre variantes surcoreanas [172, 178]. Esto destaca que las regiones subgenómicas pueden no siempre contener suficiente diversidad genética para ser útiles para diferenciar variantes virales. A pesar de esto, un ensayo que amplificaba un fragmento de nucleótido 615 del gen de dominio S2 de pico para la secuenciación de Sanger coincidió con los resultados generados por la secuenciación de algunos genomas completos y fue útil para definir grupos de secuencias adicionales [177]. La secuencia genómica también se puede utilizar para definir los límites geográficos de un cúmulo o brote y monitorear su progreso, basado en la similitud de las variantes encontradas entre humanos y animales infectados cuando ocurren juntos, o entre diferentes sitios y tiempos (Fig. 6 ) [169]. Este enfoque se utilizó al definir el brote de hospital MERS con limitaciones geográficas en Al-Ahsa, que ocurrió entre el 1 de abril y el 23 de mayo de 2013, así como los cúmulos en Buraidah y un brote comunitario en Hafr Al-Batin, el KSA. La secuenciación genómica identificó que aproximadamente 12 detecciones de MERS-CoV de un brote comunitario en Hafr Al-Batin entre junio y agosto de 2013 pudieron haber sido desencadenadas por un caso índice que se infectó a través del contacto DC [175]. La secuenciación de genomas de MERS-CoV del brote hospitalario de Al-Ahsa de 2013 indicó que múltiples variantes virales contribuyeron a los casos, pero que la mayoría fueron lo suficientemente similares entre sí como para ser consistentes con la transmisión humano-humana. La epidemiología molecular ha revelado enlaces ocultos en cadenas de transmisión que abarcan un período de hasta cinco meses [179]. Sin embargo, la mayoría de los brotes no han continuado durante más de dos a tres meses y por lo tanto las oportunidades para que el virus se adapte más a los seres humanos a través de la coinfección y el tránsito en serie sostenido han sido raras [169]. En Riad-2014, la evidencia genética apoyaba la probabilidad de múltiples introducciones externas de virus, implicando una gama de instalaciones de salud en un caso que de otro modo parecía contiguo [23, 168, 179]. Riad es un nexo para el viaje de camellos y humanos y ha tenido más casos MERS que cualquier otra región de la KSA hasta la fecha, pero también alberga una amplia gama de variantes MERS-CoV [128, 167, 179]. Sin embargo, el brote surcoreano se originó de una sola persona infectada, resultando en tres a cuatro generaciones de casos [180, 181]. Estudios de esta variante viral aparentemente recombinante no encontraron un aumento de la tasa evolutiva y ningún signo de adaptación al virus, por lo que el brote parece haber sido impulsado por circunstancias más que por circunstancias junto con mutación [181]. Para muchos casos MERS detectados fuera de la Península Arábiga, se El rastreo de contacto es esencial para contener la aparición y transmisión de un nuevo virus y hoy en día está apoyado por la epidemiología molecular. Aunque es un proceso costoso y que consume tiempo, el rastreo de contacto puede identificar posibles nuevas infecciones y, a través del monitoreo activo o pasivo, reaccionar más rápidamente si la enfermedad se desarrolla. Los resultados del rastreo de contacto hasta la fecha han encontrado que la transmisión continua entre los seres humanos es un evento poco frecuente. Por ejemplo, hubo 83 contactos, tanto sintomáticos como asintomáticos, de un caso tratado en Alemania que viajó desde los Emiratos Árabes Unidos pero no se encontraron signos de virus o anticuerpos en ninguno de ellos [73]. En un estudio de 123 contactos de un caso tratado en Francia, sólo siete coincidieron con la definición de un posible caso y fueron probados; uno que había compartido una habitación hospitalaria de 20 m2 mientras que en una cama a 1,5 m de distancia del caso índice durante un período prolongado fue positivo [26]. Ninguno de los contactos de los dos primeros casos MERS importados a los EE.UU. en 2014 contenía ninguna huella MERS-CoV [182] y ninguno de los 131 contactos de dos viajeros que regresaron a los Países Bajos desarrolló anticuerpos MERS-CoV o testó ARN positivo [25, 183]. Los análisis de datos públicos revelan muchos casos probables de adquisición nosocomial de infección en la Península Arábiga y estos datos pueden ir acompañados de algunos detalles que señalan el contacto con un caso o instalación conocido. Un ejemplo identificó el papel probable de un paciente con una infección subclínica, presente en un hospital durante su ingreso por otras razones, como el caso índice más probable que desencadena un grupo familiar [93]. El rastreo de contacto fue un factor significativo en la terminación de un brote de 2015 con múltiples hospitales surcoreanos [184]. Estos estudios demuestran la necesidad de encontrar y comprender un papel para los casos leves y asintomáticos, junto con la restricción del contacto cercano o la exposición prolongada de las personas infectadas a otras, especialmente familiares mayores y amigos con enfermedad subyacente (Fig. 4c). El brote asociado al hospital en Jeddah en 2014 fue la acumulación más grande y rápida de las detecciones de MERS-CoV hasta la fecha. El mayor número de detección de MERS-CoV de cualquier mes registrado se produjo en Yeddah en abril. El brote se asoció principalmente (> 60 % de los casos) con la propagación de seres humanos a seres humanos dentro de los entornos hospitalarios y se debió a la falta de prevención y control de las infecciones o a su desorganización [37, 185, 186]. Un aumento de las muertes siguió al rápido aumento del número de casos. En 2015 ocurrieron dos grandes brotes. Corea del Sur fue el lugar del primer brote a gran escala fuera de la Península Arábiga y produjo los primeros casos tanto en Corea del Sur como en China, entre mayo y julio de 2015. Esto fue seguido de cerca por un brote distinto en la provincia de Ar Riyad, en la KSA, que parecía estar bajo control a principios de noviembre. Después de permanecer en Bahréin durante dos semanas, un varón de 68 años (68 M) viajó a Corea del Sur vía Qatar, llegando libre de síntomas el 4 de mayo de 2015 [187]. Desarrolló fiebre, Visitó una clínica como ambulatorio entre los días 12 y 15 de mayo y fue ingresado en el Hospital A el día 15 [188]. Fue dado de alta del Hospital A el día 17 y luego fue ingresado en el servicio de urgencias del Hospital B el día 18. Durante esta segunda estancia, se tomó una muestra de esputo y dio positivo para el MERS-CoV el día 20 [187, 188], desencadenando el traslado al centro de tratamiento de aislamiento designado. Durante un período de 10 días, el caso índice fue visto en tres hospitales diferentes, demostrando una característica clave de "compra hospitalaria" que conformó el brote surcoreano. Aproximadamente 34 personas fueron infectadas durante este tiempo [187]. En total 186 casos fueron generados en este brote, todos vinculados a través de una única cadena de transmisión a 68 M; 37 casos murieron [189]. En Corea del Sur, el sistema nacional de seguro médico prevé una atención médica de costo relativamente bajo, sufragando algunos costos al hacer que los familiares sean responsables de una parte de la administración de los enfermos, lo que a veces los hace permanecer durante largos períodos en las habitaciones que a menudo tienen más de cuatro camas en ellas [24]. Otros factores que se pensaba que habían permitido este brote eran la falta de familiaridad de los médicos locales con MERS, la facilidad con la que el público puede visitar y ser tratado por hospitales terciarios, la costumbre de visitar a amigos y familiares enfermos en hospitales, la naturaleza jerárquica de la sociedad coreana, las salas de emergencia abarrotadas, las medidas deficientes del IPC, la falta de salas de aislamiento de presión negativa y la mala comunicación interhospitalaria de los historiales de enfermedades de los pacientes [24, [190] [191] [192]. Hasta la fecha se han comunicado pocos detalles clínicos sobre estos casos y los detalles sobre la transmisión y el rastreo de los contactos son mínimos. Los hospitales involucrados inicialmente no fueron identificados, la orientación y las acciones gubernamentales produjeron mensajes confusos y hubo una comunicación muy limitada en los primeros tiempos, lo que dio lugar a preocupaciones innecesarias, desconfianza y un impacto económico distinto [191, [196] [197] [198]. Al principio del brote, un viajero infectado, hijo de un caso identificado en Corea del Sur, pasó por Hong Kong en su camino a China, donde estaba ubicado, aislado y atendido en China [91, 199, 200]. No hubo contactos que enfermaran.El brote se puso bajo control a finales de julio/a principios de agosto [201] después de que se emplearan medidas mejoradas del IPC, seguimiento y cuarentena de contactos sólidos, pruebas de laboratorio ampliadas, hospitales fueron mejor asegurados, se envió personal especializado para gestionar los casos Una revisión de los datos públicos mostró que, al igual que en el caso del MERS en la KSA, la edad avanzada y la presencia de enfermedad subyacente se asociaron significativamente con un desenlace fatal en Corea del Sur. [40] Aunque R 0 es <1, los eventos de superdifusión facilitados por circunstancias creadas en entornos de salud y caracterizadas por tamaños de clúster superiores a 150, como este, no son inesperados por la infección por MERS-CoV [204]. La dinámica de un brote depende de la R 0 y de los patrones de eliminación viral de un individuo, el tipo y la frecuencia de contacto, los procedimientos hospitalarios y la estructura y densidad de la población [204]. En la región de Ar Riyad, incluida la capital de Riad, se inició un cúmulo hospitalario dentro de un solo hospital a partir de finales de junio de 2015 [205]. A mediados de septiembre se habían notificado aproximadamente 170 A pesar de la introducción continua y posiblemente estacional del virus en la población humana a través de los DC infectados y tal vez otros animales que aún no se han identificado, la gran mayoría de la transmisión del MERS-CoV se ha producido de seres humanos infectados a no infectados en contacto cercano y prolongado a través de circunstancias creadas por un control deficiente de las infecciones en los entornos de atención de la salud. Este virus oportunista ha tenido su mayor impacto en las personas con enfermedades subyacentes y esas personas vulnerables, que a veces sufren múltiples comorbilidades, se han asociado con mayor frecuencia con los hospitales, creando una tormenta perfecta de exposición, transmisión y mortalidad. No está claro si este grupo se ve afectado de manera única por el MERS-CoV o si otras infecciones respiratorias, incluidas las de los HCoV, producen un impacto igualmente grave. En Corea del Sur, un solo caso importado creó un brote de 185 casos y 36 muertes que tuvieron un impacto desproporcionado en el desempeño económico, el comportamiento de la comunidad y la confianza en el gobierno y el sistema de atención de la salud. La transmisión del hogar de seres humanos a seres humanos se produce, pero también es limitada. Los programas educativos serán herramientas esenciales para combatir la propagación del MERS-CoV tanto dentro de las comunidades urbanas y regionales como para el entorno de atención de la salud. La vigilancia sigue siendo importante para la contención, ya que el MERS-CoV es un virus con una composición genética que se ha observado durante sólo tres años y no es estable. Entre todos los seres humanos que se han notificado que están infectados, casi el 40% han muerto. La secuenciación del genoma completo se ha utilizado extensamente para estudiar el recorrido y la variación del MERS-CoV y aunque sigue siendo una herramienta para expertos, parece ser la mejor herramienta para el trabajo. El MERS y el SRAS tienen algunas similitudes clínicas pero también difieren significativamente [206]. Entre las características definitorias se incluyen el PFC más alto entre los casos del MERS (superior al 50 % en 2013 y actualmente en el 30-40%; muy por encima del 9 % del SRAS) y la asociación más alta entre el MERS mortal y los hombres mayores con comorbilidades subyacentes. Para los virus, el MERS-CoV tiene un tropismo más amplio, crece más rápidamente in vitro, induce más rápidamente cambios citopatógenos, desencadena respuestas transcripcionales distintas, hace uso de un receptor diferente, induce un estado más proinflamatorio y tiene una respuesta antiviral tardía en comparación con el SRAS Parece haber una prevalencia del 2-3 % de MERS-CoV en la KSA con una probabilidad del 5 % de transmisión secundaria dentro del hogar. Hay un mayor riesgo de infección a través de ciertas ocupaciones en ciertos momentos y una probabilidad mucho mayor de propagación a otros seres humanos durante circunstancias creadas por los humanos, lo que impulsa una transmisión más efectiva que cualquier R 0 predeciría sobre el valor facial. Sin embargo, a pesar de las múltiples concentraciones masivas que han proporcionado al virus muchos millones de oportunidades de propagación, no se han reportado brotes de MERS o MERS-CoV durante o inmediatamente después de estos eventos. No hay evidencia de que el MERS-CoV sea un virus de preocupación pandémica. Sin embargo, los entornos hospitalarios continúan describiendo casos y brotes de MERS en la Península Arábiga. Mientras facilitemos la propagación del MERS-CoV entre nuestras poblaciones más vulnerables, el mundo debe permanecer en alerta para los casos que puedan ser exportados con mayor frecuencia cuando un país de acogida con reservorios de camellos infectados está experimentando conglomerados o brotes humanos. El MERS-CoV parece ser un virus enzoótico que infecta a la URT DC con evidencia de recombinación genética reciente. Puede que una vez haya tenido su origen entre los murciélagos, pero falta evidencia y la relevancia de ello para la epidemia actual es académica. Gracias a la acción rápida, las herramientas de diagnóstico molecular sensibles y rápidas necesarias para lograr un objetivo de detección rápido y sensible han sido establecidas y ampliamente disponibles desde que el virus fue reportado en 2012. RT-PCR pruebas de muestras de LRT siguen siendo el estándar de oro para la confirmación del MERS-CoV. Las herramientas serológicas siguen surgiendo pero necesitan una validación adicional utilizando muestras de infecciones leves y asintomáticas y un estudio de cohorte densamente muestreado para seguir los contactos de nuevos casos puede abordar esta necesidad. Del mismo modo, la importante cuestión de si aquellos que eliminan el ARN MERS-CoV durante períodos prolongados son infecciosos mientras aparecen bien, sigue sin respuesta. Incluso no está claro cuántas infecciones 'asintomáticas' se han descrito y reportado correctamente, lo que a su vez plantea preguntas sobre la fiabilidad de la recolección de otros datos clínicos hasta la fecha. Si bien la virología básica del MERS-CoV ha avanzado en el transcurso de los últimos tres años, la comprensión de lo que está sucediendo en, y la interacción entre, camello, medio ambiente y humano todavía está en su infancia.

¿Qué es BAL?

MERS coronavirus: diagnóstico, epidemiología y transmisiónhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4687373/SHA: f6fcf1a99cbd073c5821d1c4ffa3f2c6daf8ae29Autores: Mackay, Ian M.; Arden, Katherine E.Fecha: 2015-12-22DOI: 10.1186/s12985-015-0439-5Licencia: cc-byAbstract: Los primeros casos conocidos de síndrome respiratorio de Oriente Medio (MERS), asociados con la infección por un nuevo coronavirus (CoV), se produjeron en 2012 en Jordania, pero se informó retrospectivamente.El primer caso que se informó públicamente fue de Jeddah, en el Reino de Arabia Saudita (KSA). Desde entonces, las secuencias de MERS-CoV se han encontrado en un murciélago y en muchos camellos dromedarios (DC). MERS-CoV es enzoótico en toda la Península Arábiga y en partes de África, causando enfermedades leves del tracto respiratorio superior en su reservorio de camellos y infecciones humanas esporádicas, pero relativamente raras. Precisamente cómo el virus transmite a los seres humanos sigue siendo desconocido, pero la exposición estrecha y prolongada parece ser un requisito. El KSA es el punto focal de MERS, con la mayoría de los casos humanos. En los seres humanos, MERS se conoce principalmente como una enfermedad del tracto respiratorio inferior (RTL) que incluye fiebre, tos, dificultades respiratorias y neumonía que puede progresar a síndrome de dificultad respiratoria aguda, fallo multiorgánico y muerte en un 20% a 40% de los infectados. Sin embargo, MERS-CoV también se ha detectado en enfermedades leves y similares a En comparación con el síndrome respiratorio agudo grave (SARS), otra enfermedad zoonótica del coronavirus a veces fatal que ha desaparecido desde entonces, el MERS progresa más rápidamente hacia la insuficiencia respiratoria y la lesión renal aguda (también tiene afinidad por el crecimiento de las células renales en condiciones de laboratorio), es más frecuente en los pacientes con enfermedad subyacente y es más a menudo fatal. La mayoría de los casos humanos de MERS se han relacionado con fallos en la prevención y el control de infecciones (IPC) en los entornos de salud, con aproximadamente el 20% de todas las detecciones de virus notificadas entre los trabajadores de la salud (HCWs) y exposiciones más altas en aquellos con ocupaciones que los ponen en estrecho contacto con camellos. Los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) han estado disponibles casi desde el comienzo de la aparición de MERS. Mientras que la virología básica de MERS-CoV ha avanzado en los últimos tres años, la comprensión de la interacción entre camello, medio ambiente y restos humanos limitados. MATERIAL SUPLEMENTO ELECTRÓNICO: La versión en línea de este artículo (doi:10.1186/s12985-015-0439-5) contiene material suplementario, que está disponible para los usuarios autorizados. Texto: Un correo electrónico del Dr. Ali Mohamed Zaki, un virólogo egipcio que trabaja en el Hospital Dr. Soliman Fakeeh en Jeddah en el Reino de Arabia Saudita (KSA) anunció la primera cultura de un nuevo coronavirus al mundo. El correo electrónico fue publicado en el sitio web de la red de enfermedades emergentes profesionales (ProMED) el 20 de septiembre de 2012 [1] (Fig. 1) y describió el primer caso reportado, un hombre de 60 años de edad de Bisha en la KSA. Esta información llevó al rápido descubrimiento de un segundo caso del virus, esta vez en un paciente enfermo en el Reino Unido, que había sido transferido de Qatar para su atención [2]. El nuevo virus fue inicialmente llamado coronavirus nuevo (nCoV) y subsecuentemente titulado el síndrome de respiración del Oriente Medio coronavirus (MERS-CoV). A partir del 2 de septiembre de 2015, ha habido 1.493 detecciones de ARN viral o anticuerpos específicos del virus en 26 países (Fichero adicional 1: Figura S1) confirmado por la Organización Mundial de la Salud (OMS), con más de un tercio de las personas positivas muriendo (al menos 527, 35 %) [3]. Desde ese primer informe, un lento proceso de descubrimiento durante los siguientes dos o tres años reveló un virus que había infectado más del 90 % de los camellos dromedarios adultos (DC; Camelus dromedario) en la KSA [4], también en los países en desarrollo de toda la Península Arábiga y partes de África que son una fuente de importaciones de DC para la KSA [5]. Hasta la fecha, el MERS-CoV no se ha detectado en los países en desarrollo sometidos a pruebas en zoológicos o rebaños de otras partes del mundo [6] [7] [9]. Ocasionalmente, el virus se transmite de los DC infectados a los seres humanos expuestos. La transmisión posterior a otros seres humanos requiere una exposición relativamente cercana y prolongada [10]. Se patentó el primer aislado viral y se planteó la preocupación de que ello limitaría el acceso tanto al virus como a los diagnósticos virales [11, 12]. Sin embargo, los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) se describieron rápidamente y el virus se puso a disposición de forma gratuita, sujeto a consideraciones rutinarias de bioseguridad [13]. La epidemiología y la investigación posteriores han identificado al receptor celular como exopeptidasa dipeptidil peptidasa 4 (DPP4; también llamada CD26); que el MERS-CoV tiene un amplio tropismo, replicando mejor en algunas líneas celulares y provocando una respuesta más proinflamatoria que el SARS-CoV; está muy extendido en los DC; tiene el potencial de infectar a otros animales y que el MERS mata a su huésped humano con más frecuencia que el SARS (20-40% frente al 9 % para el SARS [14] ) [15] [16] [17] [19]. El MERS-CoV se propaga esporádicamente entre las personas, causando enfermedades más graves entre los adultos mayores, especialmente los varones, con enfermedades preexistentes.La propagación del MERS-CoV entre los seres humanos se ha asociado a menudo con brotes en los hospitales, con alrededor del 20% de todos los casos hasta la fecha en los que han participado trabajadores de la salud (HCWs).Aunque los DC parecen sufrir el equivalente a un "frío común" de la infección por MERS-CoV, en los seres humanos el virus puede ser un patógeno más grave y oportunista asociado con la muerte de hasta el 40% de los casos notificados. Aún no se ha establecido si las infecciones que se cree que se han adquirido de una fuente animal producen un resultado más grave que los que se propagan entre los seres humanos [20]. Los estudios han establecido que el período medio de incubación para el MERS es de cinco a seis días, que van de dos a 16 días, con 13 a 14 días entre el inicio de la enfermedad en una persona y posteriormente se extiende a otra [21] [22] [23]. Entre aquellos con enfermedad progresiva, la mediana de tiempo hasta la muerte es de 11 a 13 días, que van de cinco a 27 días [23, 24]. La fiebre y los síntomas gastrointestinales pueden formar un pródromo, después de lo cual los síntomas disminuyen, sólo para ser seguidos por un síndrome sistémico y respiratorio más grave [25, 26]. La primera definición de caso de la OMS [27] definió los casos probables de MERS basados en la presencia de enfermedad febril, tos y el requisito de hospitalización con sospecha de compromiso del tracto respiratorio inferior (RTL), incluyendo también roles para el contacto con un caso probable A partir de julio de 2013, la definición revisada del caso de la OMS incluía la importancia de buscar y comprender el papel de los casos asintomáticos y, a partir de junio de 2014, la definición de la OMS indicaba más claramente que un caso confirmado incluía a cualquier persona cuya muestra fuera RT-PCR positiva para MERS-CoV, o que produjera una seroconversión, independientemente de los signos y síntomas clínicos. [28] [30] Aparte de los informes de la OMS y del Ministerio de Salud de la KSA, los casos asintomáticos o subclínicos de infección por MERS-CoV se documentaron en la literatura científica, aunque no siempre tan a menudo como ocurrió a principios de [31, 32]. La definición del caso de la KSA se hizo más estricta el 13 de mayo de 2014, basándose en la presencia de ambas características clínicas y confirmación de laboratorio [33]. Las pruebas de personas asintomáticas fueron recomendadas a partir de diciembre de 2014 [34], reforzadas por una definición de caso publicada por el Ministerio de Salud de la KSA en junio de 2015 [35]. La KSA ha sido la fuente del 79 % de los casos humanos. El MERS severo es notable por su impacto entre los hombres mayores con enfermedades comorbidas, incluyendo diabetes mellitus, cirrosis y diversas afecciones pulmonares, renales y cardíacas [36] [38]. Interesantemente en junio de 2015, un brote en Corea del Sur siguió una distribución similar [39, 40]. Entre los casos confirmados en laboratorio, los signos y síntomas de fiebre, tos y tracto respiratorio superior (URT) generalmente ocurren primero, seguidos en una semana por trastornos progresivos de TL y linfopenia [37]. Los pacientes a menudo se presentan a un hospital con neumonía o peor, y se han notificado infecciones Según se informa, el MERS ha matado aproximadamente el 35 % de todos los casos notificados, el 42 % de los casos en la KSA, pero sólo el 19 % de los casos en Corea del Sur, donde la mortalidad osciló entre el 7 % entre los grupos de edad más jóvenes y el 40 % entre los de 60 años o más [42] ; todos pueden ser valores inflados con infecciones asintomáticas o leves a veces no buscadas o no reportadas [34]. La atención de apoyo general es clave para tratar los casos graves [43]. Rara vez se informa que los niños menores de 14 años son positivos para la MERS-CoV, que comprende sólo el 1,1% (n = 16) del total de casos notificados. Entre el 1 de septiembre de 2012 y el 2 de diciembre de 2013, un estudio describió el recuento de casos pediátricos en la KSA, que se situaba en 11 (dos a 16 En Amman (Jordania), se probaron 1.005 muestras de niños hospitalizados menores de dos años con fiebre y/o signos y síntomas respiratorios, pero ninguna fue positiva para ARN MERS-CoV, a pesar de haber sido recolectadas en un momento similar al primer brote conocido de MERS-CoV en la ciudad vecina de Al-Zarqa [45]. Un segundo trimestre de mortinato ocurrió en una mujer embarazada durante una enfermedad respiratoria aguda y aunque no fue RT-rtPCR positivo, la madre desarrolló posteriormente anticuerpos contra MERS-CoV, sugestivos de infección reciente [46]. Su historia de exposición a un pariente positivo de MERS-CoV RT-rtPCR y un esposo anticuerpo reactivo, su período de incubación y su historia sintomática cumplieron los criterios de la OMS para ser un probable caso de MERS-CoV [46]. Los métodos de diagnóstico se publicaron dentro de los días del correo electrónico ProMED anunciando el primer caso MERS [47], incluyendo varios ensayos RT-rtPCR (Fig. 2 ) y cultivo de virus en células Vero y LLC-MK2 [18, 47, 48]. Un adenocarcinoma colorrectal (Caco-2 ) línea celular epitelial ha sido recomendado desde entonces para el aislamiento de infecciones MERS-CoV [49]. Anteriormente [18].. Los marcos de lectura abiertos se indican como rectángulos amarillos entre corchetes por regiones terminales no traducidas (UTR; rectángulos grises ). FS-frame-shift. Las regiones predictas que abarcan puntos de ruptura de recombinación se indican por píldoras naranjas. Creado utilizando Geneious v8.1 [211] y anotado usando Adobe Illustrator. Bajo este esquema se muestra la ubicación de los imprimadores RT-PCR (las flechas azules indican la dirección) y oligoprobes (rectángulos verdes) utilizados en los primeros ensayos de cribado RT-rtPCR y en los convencionales, seminés (tres imprimaciones) RT-PCR confirmatorios de secuenciación [47, 48]. El orden de publicación se observa por primera [27 de septiembre de 2012; rojo] y segundo [6 de diciembre de 2012; naranja] rectángulos de color; ambos de Corman y otros [47, 48] Los ensayos recomendados por la OMS se destacan debajo por puntos amarillos [53]. El imprimador reverso NSeq ha contenido consistentemente una secuencia incompatibilidad con algunas variantes de MERS-CoV. Una versión alterada de la de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio del Oriente Medio: Una Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con el permiso de Elsevier [5] revisó el amplio tropismo de MERS-CoV [5]. Sin embargo, como se describe bien, el cultivo celular es un método lento, especializado e insensible [50] mientras que las técnicas basadas en PCR son el método preferido para la detección de MERS-CoV. Los primeros marcos de lectura abiertos (ORF 1a y 1b; Fig. 2) se han convertido en un objetivo diagnóstico clave y taxonómico para la identificación de especies CoV. Con menos del 80 % de identidad entre la secuencia de aminoácidos de MERS ORF 1ab y parientes del betacoronavirus, Tylonycteris Bat HKU4 y Pipistrellus Bat HKU5, se puede concluir que es un virus novedoso y distinto. Las proteínas estructurales incluyen el pico (S), la envoltura (E), la membrana (M) y el nucleocápsido (N) [52]. Se prevé que los productos de ORF1a y ORF1b codificarán proteínas no estructurales. La mayoría de los ensayos de muestras realizados hasta la fecha han empleado ensayos RT-rtPCR validados que han demostrado ser sensibles y específicos [47, 48, 53]. El kit de RealStar® utiliza estos ensayos recomendados por la OMS [54]. Las secuencias objetivo de estos ensayos de cribado no han cambiado entre los genomas examinados hasta al menos mediados de 2015 (observación IMM). Otros ensayos RT-rtPCR han sido desarrollados y validados para su uso como herramientas de diagnóstico basadas en laboratorio [55] [56]. Además, los ensayos isotérmicos [58, 59] o recombinasa polimerasa [60] La detección del antígeno MERS-CoV no ha sido común hasta la fecha, pero la combinación de corto tiempo de retorno de la prueba al resultado, alto rendimiento e identificación de proteínas virales hace que esta opción sea atractiva. La detección de proteínas virales en lugar de ARN viral indica la probable presencia de virus infecciosos. La primera herramienta inmunocromatográfica rápida descrita podría detectar proteína nucleocápsida MERS-CoV recombinante de hisopos nasales DC con sensibilidad al 94 % y especificidad al 100 % en comparación con RT-rtPCR [61]. Un enfoque diferente utilizó una captura basada en anticuerpos monoclonales ELISA dirigida a la proteína nucleocápsida MERS-CoV con una sensibilidad de 10 3 CCID 50 y especificidad al 100 % [62]. La demostración de una seroconversión a una infección por MERS-CoV cumple con la definición actual de la OMS de un caso tan optimizado y ampliamente validado que los seroensayos empleados junto con buenas historias clínicas son útiles para identificar la infección por MERS-CoV y ayudar a apoyar estudios de transmisión. Debido a que las pruebas serológicas son, por su naturaleza, retrospectivas, es habitual detectar una huella viral, en forma de anticuerpos, en ausencia de signos o síntomas de enfermedad y a menudo en ausencia de ARN viral [63]. Las seroencuestas estratégicas y generalizadas de seres humanos que utilizan muestras recogidas después de 2012 son infrecuentes. Gran parte de la Península Arábiga y todo el Cuerno de África carecen de datos de referencia que describan la proporción de la comunidad que puede haber sido infectada por un MERS-CoV. Sin embargo, las seroencuestas han tenido un uso Debido a la identidad compartida entre DC y el MERS-CoV humano (ver epidemiología molecular: utilizando genomas para entender brotes), los ensayos serológicos para las seroencuestas de DC deben ser transferibles al cribado humano con una reconfiguración mínima. Además, no se ha encontrado ninguna variación diagnóstica relevante en la actividad de neutralización entre una gama de aislados y seras testados de MERS-CoV circulantes, por lo que los seroensayos de virus enteros o específicos basados en proteínas deben funcionar de manera equivalente en la detección de respuestas serológicas al serotipo único de MERS-CoV [49]. El desarrollo de ensayos serológicos robustos requiere paneles confiables de sueros animales o humanos bien caracterizados, incluidos los positivos para anticuerpos específicos del MERS-CoV, así como para fuentes probables de reacción cruzada [64]. La obtención de estos materiales fue problemática y enlenteció el desarrollo y comercialización de ensayos de detección de anticuerpos para ensayos humanos [64]. Se han liberado varios kits comerciales de ELISA, kits de ensayos inmunofluorescentes (IFA), proteínas recombinantes y anticuerpos monoclonales [31, [65] [66] [68]. Inicialmente, se utilizaron IFAs convencionales para seroencuestas humanas. Estos se basaron en el cultivo celular infectado por MERS-CoV como fuente de antígeno, detectando la presencia de anticuerpos humanos anti-MERS-CoV IgG, IgM o neutralizantes en muestras humanas [18, 48, 69]. No se encontró ningún signo de anticuerpos MERS-CoV entre 2.400 sueros de pacientes que visitaron el Hospital de Jeddah, desde 2010 hasta 2012, antes de la descripción de MERS-CoV [18]. Los métodos IFA tampoco detectaron ningún signo de infección previa por MERS-CoV entre una pequeña muestra de 130 donantes de sangre sanos de otro hospital de Jeddah (recogida entre enero y diciembre de 2012) [70]. De 226 trabajadores del matadero, sólo ocho (3,5%) fueron positivos por IFA, y los sueros no pudieron ser confirmados por la prueba de neutralización del virus (NT). El estudio indicó que HCoV-HKU1 era una fuente probable de antígenos de reacción cruzada en todo el virus IFA [70]. El virus completo MERS-CoV IFA también sufrió alguna reactividad cruzada con el SRAS convaleciente sera y esto no pudo resolverse mediante una prueba de NT que también fue reactiva [71]. La IFA utilizando proteínas recombinantes en lugar del virus entero IFA, ha demostrado ser una herramienta más específica [31]. Dado que se han postulado zoonosis asintomáticas [72], la ausencia de anticuerpos contra el MERS-CoV entre algunos humanos que tienen contacto regular y estrecho con camellos puede reflejar la rareza de animales infectados activamente en carnicerías, un riesgo de transmisión limitado asociado con DCs de sacrificio [70], un estado inmune cruzado de protección preexistente o algún otro factor(s) que resulta en un bajo riesgo de enfermedad y seroconversión concurrente que se desarrolla después de la exposición en este grupo. IFA usando proteínas recombinantes en su lugar. Algunos seroensayos han pasado por alto los riesgos de trabajar con virus infecciosos al crear células transfectadas que expresan porciones recombinantes de las proteínas nucleocápsidas y punzantes del MERS-CoV [48, 73], o utilizando un lentivirus recombinante que expresa la proteína de pico del MERS-CoV Un ensayo de pseudoneutralización de partículas (ppNT) ha sido ampliamente utilizado en estudios en animales y fue al menos tan sensible como la prueba tradicional de microneutralización (MNT). [10, 74, [76] [77] [78] ] Los estudios que utilizaron pequeños números de muestra y ppNT no encontraron evidencia de anticuerpos neutralizantes MERS-CoV en sueros de 158 niños con infecciones de LRT entre mayo de 2010 y mayo de 2011, 110 sera de 19 a 52 años de edad donantes de sangre masculina y 300 trabajadores autoidentificados de animales de la Región Jazan de la KSA durante 2012 [79, 80]. Del mismo modo, un estudio de cuatro pastores en contacto con una manada infectada de DC en Al-Ahsa, ocho personas que tenían contacto intermitente con la manada, 30 veterinarios y personal de apoyo que no estaban expuestos a la manada, tres trabajadores de mataderos no protegidos en Al-Ahsa y 146 controles que no estaban expuestos a DC en ningún rol profesional, no encontró ninguna evidencia serológica de infección por MERS-CoV en el pasado utilizando el ensayo ppNT [10]. Un retraso en la respuesta de anticuerpos neutralizantes a la infección por MERS-CoV se asoció con un aumento de la gravedad de la enfermedad en los casos de Corea del Sur con la mayoría de las respuestas detectables en la tercera semana de enfermedad, mientras que otros, aunque la enfermedad era grave, no respondieron durante cuatro o más semanas [81]. Las implicaciones para nuestra capacidad de detectar cualquier respuesta en casos leves o asintomáticos no fueron exploradas, pero Un brote jordano de TRT aguda en un hospital en 2012 se encontró retrospectivamente asociado a la infección por MERS-CoV, utilizando inicialmente RT-rtPCR, pero posteriormente, y en una escala mayor, a través de la positividad por ELISA y la prueba IFA o MNT. [46, 82, 83] Este brote fue anterior al primer caso de MERS en la KSA. La ELISA utilizó una proteína nucleocápsida recombinante del grupo 2 betacoronavirus bat-CoV HKU5 para identificar anticuerpos contra la proteína MERS-CoV reactiva equivalente [71]. Se validó utilizando 545 sera recolectada de personas con HCoV-OC43, HCoV-229E, SARS-CoV, HCoV-NL63, HRV, HMPV o influenza A(H1N1), pero fue supuestamente menos específica que la I También se consideró una herramienta aplicable para el cribado de grandes números de muestra [82]. Un microarray de proteína que expresa la subunidad de proteína S1 ha sido validado y ampliamente utilizado para las pruebas de DC [5, 84]. Detección de infección por MERS-CoV usando microarray de proteína ELISA o S1 [84] suele ser seguido por IFA confirmatoria y/ o una neutralización de reducción de placa (PRNT) [69, 70, 85] o MNT test. [74, 85, 86] Este proceso confirmatorio tiene como objetivo asegurar que los anticuerpos detectados sean capaces de neutralizar específicamente el virus previsto y no sean más ampliamente reactivos a otros coronavirus encontrados en DCs (coV bovina, BCoV) o humanos (HCoV-OC43, HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoV-HKU1, SARS En el estudio más grande de sueros humanos, un proceso de diagnóstico escalonado asignó tanto el SERA positivo recombinante como el SERA ELISA recombinante a la seropositividad 'etapa 1'. Un resultado seropositivo en estadio 2 requirió además un resultado PRNT adecuadamente titulado [87]. El estudio encontró que 15 SERA recolectados en 2012 a 2013 de 10.009 (0,2%) personas en 13 provincias KSA contenían anticuerpos MERS-CoV, pero proporciones significativamente mayores en se produjeron en pastores de camellos (dos de 87; 2,3 %) y trabajadores de mataderos (cinco de 140; 3,6 %) [87]. Se necesitan encuestas contemporáneas. MERS-CoV no parece ser fácilmente transmitido de DCs a los seres humanos, o tal vez es [72], pero generalmente no desencadena una respuesta inmune detectable si sólo se producen enfermedades leves o infecciones asintomáticas. Los ensayos serológicos necesitan una validación adicional en esta área, por lo que es necesario tener cuidado al trasladar algoritmos de serología diagnóstica de reciente desarrollo de un entorno de investigación a uno que informe las decisiones de salud pública, lo que se reforzó cuando un caso falso positivo en EE.UU., supuestamente infectado después de un apretón de manos y dos reuniones cara a cara, no resistió más análisis confirmatorios utilizando un ensayo NT más específico y posteriormente se retractó [88, 89]. La OMS recomienda tomar muestras de la TRL para las pruebas RT-rtPCR del MERS-CoV, especialmente cuando la recolección de muestras se retrasa una semana o más después del inicio de los síntomas. [53] Las muestras de TRL también son mejores para intentar aislar el virus infeccioso, aunque el éxito del cultivo se reduce cuando persiste la enfermedad [49]. Los tipos de muestras recomendados incluyen lavado broncoalveolar (BAL), aspirado traqueal/traqueobronquial, líquido pleural y esputo [53, 90]. Las muestras frescas arrojan mejores resultados diagnósticos que el material refrigerado [69] y si es probable que se produzcan retrasos en las pruebas de ≥72 h, las muestras (excepto sangre) deben congelarse a −70°C [90]. Si se dispone de ellas, también se pueden realizar biopsias pulmonares o tejidos de autopsia [53]. Sin embargo, la TRU es un lugar de muestreo menos invasivo y más conveniente, y se recomienda un hisopo orofaríngeo y de garganta o un aspirado/lavado nasofaríngeo cuando se va a realizar el muestreo de TRU [90]. Los sueros emparejados, recogidos de dos a tres semanas de diferencia son preferibles para las pruebas serológicas, mientras que se sugiere que una muestra única sea suficiente si se recogen dos semanas después de la aparición de la enfermedad o un único suero recogido durante los primeros 10-12 días si se realiza RT-rtPCR [53, 90]. Se ha encontrado que la orina y las heces humanas contienen ARN MERS-CoV 12 a 26 días después de la aparición de los síntomas [25, 69, 91] y se enumeran como muestras que deben considerarse [53, 90]. En dos casos que llegaron a los Países Bajos, la orina fue RT-rtPCR negativa pero las heces fueron débilmente positivas y los sueros fueron RT-rtPCR positivos durante cinco días o más [25]. El hallazgo de ARN viral MERS-CoV en el suero proporciona una vía para estudios retrospectivos basados en PCR La ARNemia también puede correlacionarse con la gravedad de la enfermedad; los signos de virus fueron eliminados del suero de un paciente recuperado, pero se mantuvo hasta la muerte de otro [92]. Los casos de sospecha clínica de MERS pueden devolver resultados negativos por RT-rtPCR. Los datos han demostrado que una o más muestras de URT negativas pueden ser contradichas mediante un muestreo adicional de URT o el uso de muestras de LRT, lo que se prefiere [2, 43, 93]. En la LRT se producen cargas virales más altas que en la URT. [22, 69, 88, 94] Esto concuerda con la observación de que la mayoría de los síntomas de la enfermedad se reportan como enfermedad sistémica y LRT [21]. Sin embargo, en ocasiones incluso los especímenes de LRT de los casos de MERS pueden ser inicialmente negativos, sólo para más tarde ser positivos por RT-PCR [95 Esto puede deberse a una mala toma de muestras cuando la tos está ausente o no es productiva o porque la carga viral es baja [95]. A pesar de esto, tanto los mayores estudios de MERS-CoV humanos [32, [96] [97] [98] y los más pequeños [22, 25, 99], utilizan muestras de la URT. Cabe destacar que un estudio reportó una asociación entre cargas más altas en la URT y peores resultados clínicos incluyendo cuidados intensivos y muerte [94]. Al escribir, no existen datos humanos para definir si el virus se replica única o preferentemente en la LRT o URT, o réplicas en otros tejidos humanos in vivo, aunque el ARN MERS-CoV se ha detectado tanto de la URT como de la LRT en un modelo de mono macaco [100].La distribución de DPP4 en las vías respiratorias superiores humanas tampoco está bien descrita. Los estudios individuales de casos humanos reportan largos periodos de eliminación viral, a veces intermitentes y no necesariamente relacionados con la presencia de síntomas de la enfermedad. [25, 69, 99, 101] En un caso, un HCW arroja ARN viral durante 42 días en ausencia de enfermedad [99]. Es un área de alta prioridad para entender mejor si estos casos son capaces de infectar a otros. Más de tres cuartas partes de los casos de MERS arrojan ARN viral en sus muestras de TL (aspirados traqueales y esputo) durante al menos 30 días, mientras que sólo el 30 % de los contactos seguían arrojando ARN en sus muestras de TRU [91, 102]. En el único estudio para examinar el efecto del tipo de muestra en el análisis molecular, se examinaron 64 aspirados nasofaríngeos (ANP; una muestra de TRU), 30 aspirados traqueales, 13 Los aspirados traqueales y el BAL devolvieron los valores de carga viral más altos seguidos por el NPA y el esputo. Como era de esperar, las cargas virales más altas generalmente coincidían con la secuenciación del genoma completo y el éxito del cultivo y, en las pruebas del NPA, estaban significativamente correlacionadas con enfermedades graves y muerte [49, 94, 103]. Este estudio demostró la importancia del muestreo de LRT para la secuenciación del genoma completo. Cuando se probó, las muestras positivas para el MERS-CoV a menudo son negativas para otros patógenos [25, 93, 104]. Sin embargo, muchos estudios no mencionan pruebas adicionales para virus respiratorios humanos endémicos [21, 23, 73, 105]. Cuando se buscan virus, se han incluido el herpesvirus humano (VHH), los rinovirus (VHR), los enterovirus (VVV), el virus sincitial respiratorio (VRS), el virus parainfluenzavirus tipos 1, 2 y 3 (VIP), los virus de la gripe (VFI), los HCoV endémicos, los adenovirus (VCD) metapneumovirus (VPM) y el virus influenza A\H1N1; en ocasiones se han encontrado codetecciones con MERS-CoV [2, 22, 37, 69, 97]. A veces se incluyen pruebas bacterianas (por ejemplo, para Legionella y Pnemocococcus), pero el impacto de la copresencia bacteriana tampoco está claro [22, [104] [105] [106]. Otras pruebas de la muestra de TRL del primer caso del MERS utilizaron IFA para detectar algunos virus (negativos para IFV, PIV, RSV y AdVs) y RT-PCR para otros (negativos para AdV, EV, MPV y HHVs) [18]. RT-PCR también detectó MERS-CoV. La OMS recomienda encarecidamente pruebas para otros patógenos respiratorios [53] pero con esta recomendación a menudo descontada, hay datos limitados para abordar la ocurrencia y el impacto de coinfecciones o diagnósticos virales alternativos entre ambos casos del MERS y sus contactos. Poco se sabe de otras causas de neumonía similar al MERS en el KSA o de la carga general de enfermedad debido a los virus respiratorios clásicos conocidos. Pruebas de peregrinos adultos que realizan el Hajj en 2012 a 2014 no ha detectado ningún MERS-CoV. En 2012, se realizaron pruebas de hisopos nasales de 154 peregrinos recogidos antes de partir hacia el KSA o partir de él [47]. En 2013, las pruebas se ampliaron significativamente con 5.235 hisopos nasofaríngeos de 3.210 peregrinos entrantes y 2.025 hisopos de peregrinos salientes probados [98]. Cabe señalar que la mayoría de los peregrinos llegaron de países libres de MERS. Se tomaron otros 114 hisopos de peregrinos con enfermedad similar a la gripe [96, 107]. En reuniones anteriores del Hajj, se descubrió que los virus de la gripe circulaban ampliamente, mientras que otros virus, a menudo rinovirus, circulaban de manera más selectiva, interpretando que indicaban su importación junto con peregrinos extranjeros [107] [108] [108] Con el tiempo, el aumento de la vacunación contra la gripe se ha acreditado como una disminución de la prevalencia de enfermedades similares a la gripe entre los peregrinos [110] A menudo no se recoge una muestra de TRL para estos estudios [98, 107, 109], por lo que los hallazgos negativos falsos son una posibilidad, aunque poco se sabe sobre el sitio inicial de infección y replicación del MERS-CoV; se puede haber supuesto que fue la TRL porque la enfermedad se notó por primera vez allí, pero la TRL puede ser el lugar de la replicación más temprana. En Jeddah entre marzo y julio de 2014 (en adelante, el brote de Jeddah-2014; Fig. 3 ), hubo un rápido aumento en los casos del MERS, acompañado de un intenso cribado; aproximadamente 5.000 muestras de dentro y alrededor de la región se probaron en un mes, produciendo alrededor de 140 detecciones del MERS-CoV (prevalencia ~3 %) [111]. Entre los 5.065 individuos muestreados y analizados en la KSA entre octubre de 2012 y septiembre de 2013, se realizaron 108 (2,1%) detecciones en una población hospital-céntrica que incluyeron casos hospitalizados (n = 2.908; 57,4 %), sus familias (n = 462; 9,1 %) y HCW asociados (n = 1.695; 33,5 %) [32]. Entre las detecciones, 19 (17,8 %) eran HCW y 10 (9,3 %) eran contactos familiares [32]. La prevalencia del 2-3 % de infecciones activas por MERS-CoV no es diferente a la prevalencia hospitalaria de otras COV humanas. [112] Sin embargo, la proporción de muertes entre los infectados por MERS-CoV es mucho mayor que la conocida por los HCoV NL63, HKU1, 229E u OC43 en otros países, e incluso superior a la de SRAS-CoV; no es un virus que pueda razonablemente ser descrito como una "tormenta en una taza de té". Es la baja tasa de transmisión que ha evitado la propagación mundial, a pesar de muchas "oportunidades". Muy temprano en el brote de MERS, algunos animales fueron altamente considerados como el reservorio o huésped(s) intermedio(s) de MERS-CoV con tres de los cinco primeros casos que tuvieron contacto con DCs [73, 113, 114]. Hoy en día, las infecciones por MERS-CoV animales deben ser reportadas a la organización mundial para la salud animal como una enfermedad emergente [115]. Un resumen de los primeros casos de MERS reportados por la OMS definió el contacto animal con humanos como directo y dentro de los 10 días previos al inicio de los síntomas [20]. Esta definición no permitió específicamente la adquisición de DCs a través de una vía basada en gotitas, que es muy probable que sea la vía de adquisición de un virus que inicialmente y predominantemente causa enfermedad respiratoria [23]. Se sabe que los camellos producen altos niveles de ARN MERS-CoV en su URT y pulmones [116]. Proporcionando apoyo para una vía de transmisión de gotitas y tal vez indicando la presencia de ARN en núcleos más pequeños y secos de gotitas, se identificó ARN MERS-CoV en una muestra de aire de alto volumen recogida de un granero que alberga un DC infectado [117]. La fuente precisa de la que los humanos adquieren MERS-CoV sigue siendo poco estudiada pero parece probable Estos factores pueden resultar importantes para los casos humanos que no describen ningún contacto DC [119] ni ningún contacto con un caso confirmado. Si la definición de contacto con animales de la OMS es suficiente para identificar la exposición a este virus respiratorio no está clara. La formulación se centra en el consumo de productos DC, pero no atribuye específicamente el riesgo a una vía de gotitas para la adquisición de MERS-CoV desde DC [120]. Algunos pacientes MERS se enumeran en los avisos de enfermedad de la OMS como próximos a los DCs o granjas, pero los individuos no han descrito entrar en contacto con los animales. No se reporta ninguna vía alternativa para adquirir infección en muchos de estos casos. Lo que constituye una definición de "contacto" durante estas entrevistas se ha definido para un estudio [72]. A pesar de esta falta de claridad, la OMS considera que la evidencia que vincula la transmisión de MERS-CoV entre DCs a humanos es irrefu La posibilidad de que los murciélagos fueran un huésped animal de MERS-CoV fue ampliamente discutida inicialmente debido a la diversidad existente de coronavirus conocidos por residir entre ellos [121] [122] [123]. Evidencia concluyente que apoya a los murciélagos como fuente de infecciones humanas por MERS-CoV todavía no se ha encontrado, pero los murciélagos parecen albergar a los representantes ancestrales [53, 125]. Sin embargo, estas no son variantes del mismo virus ni siempre dentro del mismo linaje filogenético que MERS-CoV; cada uno son un virus genéticamente distinto. La infección de murciélago a humano por MERS-CoV es un evento puramente especulativo. La única pieza de evidencia específica del MERS-CoV que apunta a los murciélagos se origina en la amplificación de un fragmento de 190 nt del gen ARN dependiente de la polimerasa del genoma del MERS-CoV, identificado en un pellet fecal de un murciélago insectívoro Emballonuridae, Taphozous perforatus encontrado en Bisha, el KSA [121]. Aunque muy corta, la secuencia del fragmento lo definió como un descubrimiento diagnóstico. Posteriormente se informó de un enlace a los DC [85] y ese enlace ha madurado en una asociación verificada [38, 126] (Fig. 4). (Véase la figura en la página anterior.) Fig. 3 Detecciones mensuales de MERS-CoV (barras azules) y de casos que murieron (barras rojas) con algunas fechas de interés marcadas para 2012 al 4 de septiembre de 2015. Se indica una aproximación de cuando la estación de parto DC [128] y cuando los DC recién nacidos son destetados. La primavera (verde) y el verano (naranja) en la Península Arábiga también están sombreados. Tenga en cuenta la escala del eje y de la izquierda para 2014 y 2015 que es mayor que para 2012/13. Fuentes de estos datos públicos incluyen la OMS, Ministerios de Salud y FluTrackers [207] [209] [209]. Versiones anteriores y posteriores de este gráfico se mantienen en un blog personal [210]. Modificado y reimpreso de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio de Oriente Medio: Una infección por coronavirus emergente rastreada por la multitud. Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con permiso de Elsevier [5] Los DCs, que constituyen el 95 % de todos los camellos, tienen una presencia central en la El contacto puede ser común y puede ocurrir de diversas maneras (Fig. 4a). Hay varios grandes festivales, razas, ventas y desfiles bien atendidos que cuentan con DCs y DCs también son mantenidos y criados cerca de áreas pobladas en el KSA [127, 128]. La leche y la carne DC son ampliamente consumidas y el DC más viejo es un animal de importancia ritual después de la peregrinación del Hajj [129]. Sin embargo, la frecuencia de infección del MERS-CoV es mucho menor que el hábito generalizado y frecuente de comer, beber y preparar productos DC. La ingestión diaria de leche DC fresca no pasteurizada es común entre los beduinos del desierto y muchos otros en el KSA. La orina DC también se consume o se utiliza para supuestos beneficios para la salud. A pesar de que la carnicería de camellos es una ocupación local, ni los carniceros ni otros grupos en riesgo son identificables entre los casos de MERS; esto puede ser simplemente un problema de información en lugar de una ausencia inexplicable de MERS. Un pequeño estudio de casos y controles publicado en 2015 identificó el contacto directo con la DC, y no la ingestión de productos, para estar asociado con la aparición de MERS [38]. La primera investigación sero-encuesta de ganado que vive en la región de Oriente Medio se llevó a cabo durante 2012-2013 [85]. Los DCs fueron muestreados a partir de una manada de canarios nacidos principalmente y de DCs omaníes (originalmente importados del Cuerno de África) [85]. b Las infecciones de camello a humano parecen ser poco frecuentes, mientras que la propagación de la infección de ser humano a ser humano se ve facilitada regularmente por una CIP deficiente en los entornos de salud donde se amplifica la transmisión, lo que explica la mayor parte de los casos. Hay casos de MERS humanos que no entran en ninguna de las categorías de origen y no está claro si estas infecciones adquiridas a través de alguna vía totalmente separada, o de casos que escaparon al diagnóstico. c Las formas hipotéticas en las que la subclínica (cuando la infección puede no alcanzar un umbral clínico previamente definido de signos y/o síntomas) o asintomáticas (sin signos obvios ni medidos, observados o recordados de enfermedad) la infección por MERS-CoV puede estar implicada en la transmisión DC sera podría neutralizar MERS-CoV mientras que todas las seras DC de Omán tenían niveles elevados de anticuerpos neutralizantes específicos de MERS- Desde este estudio, una serie de informes revisados por pares han analizado tanto a los DCs como a otros animales, y la posibilidad de que puedan albergar la infección por MERS-CoV. Se han encontrado DCs seropositivos en toda la Península Arábiga, incluyendo Omán, la KSA, Qatar, Jordania, los Emiratos Árabes Unidos (EAU), Kuwait así como Sudán, Somalia, Egipto, Túnez, Nigeria, Kenia y Etiopía en África y las Islas Canarias [85, [130] [133] [133] [134]. Otros animales probados incluyen ovejas, vacas, cerdos, caballos, burros, mulas, aves, búfalos acuáticos, cabras, camellos bactrianos, llamas y guanacos (camélidos suramericanos) pero ninguno tenía anticuerpos neutralizantes detectables contra MERS-CoV [4, 74, 78, 85, 86, 135, 136]. No se han notificado hasta la fecha estudios de virología o serología de muestras humanas procedentes de zonas de África donde hay camellos con antecedentes de MERS-CoV. Sin embargo, la ausencia de neumonía inexplicable que pueda atribuirse a la infección por MERS-CoV puede no indicar la ausencia de virus entre los seres humanos en cada país, sino simplemente reflejar la falta de costosos estudios de epidemiología realizados por países pobres en recursos. Por lo tanto, no está claro si el MERS-CoV, o una CoV relacionada con antígenos, es un patógeno no reconocido en estas regiones, quizás circulando durante más tiempo del que se ha conocido en la Península Arábiga [133]. El ARN del MERS-CoV también se ha detectado en muestras de DC, y también se ha logrado la recuperación del virus infeccioso a partir de muestras de DC [4, 77, 117, 132, [137] [139] De algunos de ellos, se han secuenciado genomas completos o mayoritarios de MERS-CoV [77, 137, 138]. Las versiones DC de MERS-CoV fueron tan similares entre sí, como las variantes detectadas de diferentes seres humanos a lo largo del tiempo y a lo largo de la distancia. Los ensayos de detección de anticuerpos anticuerpos también han detectado anticuerpos cruzados en sera. Estos se identificaron como tales mediante la detección de sera contra virus similares, por ejemplo BCoV o HCoV-OC43 (como facsímil antigénico para BCoV). Es posible que otros virus similares a MERS-CoV también residan dentro de los DCs, pero esto no menoscaba el hallazgo definitivo de secuencias genéticas de MERS-CoV tanto en DCs como en humanos [117, 142, 143]. Los estudios de detección han demostrado que los DC juveniles son más a menudo positivos para el virus o el ARN viral, mientras que los DC mayores son más propensos a ser seropositivos y ARN o virus negativos [76, 77, 144]. En los DC adultos, se ha detectado ARN MERS-CoV entre animales con anticuerpos preexistentes, lo que sugiere que es posible la reinfección [77, 144]. Las cargas virales entre DC positivos pueden ser muy altas [4, 76, 77, 139, 144] y DCs se han encontrado positivos tanto cuando están enfermos con signos respiratorios de TRU [77, 117, 142, 145] o cuando aparentemente sanos [137]. Estos hallazgos indican que los DCs hospedan infecciones naturales MERS-CoV. Además, los sera DC almacenados han revelado signos de MERS-CoV en DCs que datan de hace más de tres décadas (los más tempranos Los sera más viejos no han sido probados y, por lo tanto, cuánto tiempo los DC han sido afectados por MERS-CoV, si el virus es enzoótico entre ellos, introducidos hace décadas o siglos de murciélagos en África o la Península Arábiga, o son objeto de incursiones virales regulares pero de corta duración de un huésped aún desconocido, no pueden ser respondidos. Los investigadores buscaron determinar una dirección para la infección; estaban los DC transmitiendo virus a los seres humanos o estaban los humanos infectando DC? En un sitio de Qatar, un propietario de una granja y su empleado se enfermaron a mediados de octubre de 2013 y dieron positivo para el ARN MERS-CoV en una muestra de esputo y hisopos de garganta, respectivamente. RT-rtPCRs encontró MERS-CoV ARN en 11 de 14 hisobas nasales de DC positivas en la granja; seis (43 %) positivos Los resultados indicaron que se había producido un brote reciente en este rebaño; la primera indicación de ARN MERS-CoV encontrado en DCs con una asociación temporal a infecciones humanas; tres muestras de DC positivas fueron confirmadas por secuenciación de una porción de 358 nt del gen de la espiga; estas secuencias eran idénticas unas a otras, de nuevo con homología cercana a otras secuencias humanas y DC MERS-CoV [138]. Los DCs y contactos humanos produjeron secuencias ORF1a y ORF4b que diferían por un solo nucleótido cada una, agrupando estrechamente con la variante Hafr-Al-Batin_1_2013 [138]. Estudios de casos posteriores encontraron evidencia de una infección humana y DC concurrente y la dirección de esa infección fue inferida a partir de los DCs enfermos y a sus propietarios humanos [117, 142, 146]. Las secuencias del genoma parcial indicaron que un humano y un DC positivo de la RT-RTPCR del MERS-CoV habían sido infectados por una variante del mismo virus, albergando el mismo patrón distinto de polimorfismos de nucleótidos. [142] Todos los nueve DC en la manada del propietario, muestreados en serie, reaccionaron en un antígeno S1 recombinante ELISA, con los dos animales que habían sido positivos de la RT-rtPCR mostrando un pequeño aumento verificable del título de anticuerpos [142]. Un aumento del título teóricamente comienza 10 a 21 días después de la infección de la DC [142]. Los autores sugirieron que el aumento del título en la suera de la DC que ocurrió junto con una disminución de la carga de ARN, mientras que el paciente estaba activamente enfermo y hospitalizado, indicó que los DC fueron infectados primero seguidos por el propietario [117, 142]. Los anticuerpos BCoV también estuvieron presentes, y aumentaron en uno de los dos animales positivos RT-rtPCR, pero ninguno de ellos pudo neutralizar la infección BCoV [142]. La temporada de parto en camellos se produce en los meses de invierno (entre finales de octubre y finales de febrero; Fig. 3 ) y este puede ser un momento en el que existe un mayor riesgo para los seres humanos de derrames debido a nuevas infecciones entre las poblaciones de DC ingenuas [128]. ¿Qué papel podría desempeñar el anticuerpo de camello materna en el retraso de la infección de terneros sigue siendo desconocido [128, 142]. Los DC juveniles parecen tener una infección activa con más frecuencia que los DC adultos y, por lo tanto, el sacrificio de los DC, que debe ser de cinco años de edad o más (llamados a thane), puede no ir acompañado de un riesgo significativo de exposición a la infección. A diferencia de los resultados anteriores, los trabajadores de los mataderos que matan tanto a los DC más jóvenes como a los más viejos, pueden ser un grupo ocupacional con una incidencia significativamente mayor de seropositividad a la MERS-CoV cuando los animales tienen infecciones activas por MERS-CoV [129, 139, [147] [148] [149]. Las investigaciones virológicas ampliadas de los DC africanos pueden dar lugar a animales más seropositivos y zonas geográficas en las que los seres humanos pueden estar en riesgo. Es posible que haya zonas en las que los seres humanos ya albergan infecciones por MERS-CoV que no se han identificado debido a la ausencia de vigilancia de laboratorio. Las investigaciones virológicas de los murciélagos pueden dar lugar a hallazgos de virus ancestrales y "eslabones de pérdida viral" e identificar cualquier otra fuente animal de propagación zoonótica es importante para informar opciones para reducir la exposición humana [56, El MERS-CoV infeccioso añadido a la leche de CC, cabra o vaca y almacenado a 4 °C podría recuperarse al menos 72 h más tarde y, si se almacena a 22 °C, la recuperación fue posible hasta 48 h [150]. El título de MERS-CoV disminuyó un poco cuando se recuperó de la leche a 22 °C, pero la pasteurización completamente ablada Infectividad MERS-CoV [150]. En un estudio posterior, se identificó ARN MERS-CoV en la leche, secreción nasal y heces de DCs de Qatar [151]. Un estudio único ha examinado la capacidad de MERS-CoV para sobrevivir en el medio ambiente [150]. Las superficies plásticas o de acero fueron inoculadas con 10 6 TCID 50 de MERS-CoV a diferente temperatura y humedad relativa (RH) y se A alta temperatura ambiente (30°C) y a baja RH (30 %) MERS-CoV permaneció viable durante 24 h [150]. En comparación, un virus respiratorio bien conocido y eficientemente transmitido, el virus influenza A, no pudo recuperarse en cultivo más allá de cuatro horas bajo ninguna condición [150]. Los experimentos de Aerosol encontraron que la viabilidad del MERS-CoV sólo disminuyó un 7 % a baja RH a 20°C. En comparación, el virus influenza A disminuyó un 95 % [150]. La supervivencia del MERS-CoV es inferior a la demostrada previamente para el SARS-CoV [152]. En el contexto, las bacterias patógenas pueden permanecer viables y en el aire durante 45 minutos en un aerosol tosido y pueden propagarse 4 m. La capacidad de MERS-CoV para permanecer viable durante largos períodos de tiempo le da la capacidad de contaminar completamente las superficies de Se desconoce si el MERS-CoV puede permanecer a la deriva e infeccioso durante períodos prolongados (verdaderamente aerotransportado) y si estos hallazgos amplían nuestra comprensión de las posibilidades de que las gotitas transmitan virus respiratorios en muchos entornos, incluyendo salas de espera hospitalarias, departamentos de emergencia, salas de tratamiento, instalaciones de cuidados intensivos abiertos y salas privadas de pacientes. La naturaleza y calidad del intercambio de aire, circulación y filtración son variables importantes en la medición y reducción del riesgo, así como el uso de salas de presión negativa para contener casos conocidos. Se considera que la propagación de la gota entre humanos es el mecanismo de transmisión humana a humana y se hizo hincapié en la necesidad de precauciones de las gotas después del hospital Al-Ahsa, la KSA y los brotes de Corea del Sur [21, 23, 154, 155]. La provisión de pruebas que apoyen la mejor formulación de equipos de protección personal para ser usados por los HCW que reciben, manejan o realizan procedimientos en casos infecciosos sigue siendo una prioridad. MERS-CoV fue encontrado y caracterizado por su aparente asociación con enfermedades graves, y por lo tanto más obvias, en humanos; éramos canarios en la mina de carbón. Seroensayos y estudios prospectivos de cohortes todavía no han determinado hasta qué punto los casos más leves o asintomáticos contribuyen a las cadenas de transmisión de MERS-CoV. Sin embargo, la transmisión de MERS-CoV se define como esporádica (no sostenida), intrafamiliar, a menudo asociada a la atención médica, ineficiente y que requiere contacto cercano y prolongado [22, 31, 63, 93, 97, 102, 156] En un estudio doméstico, 14 de 280 (5 %) contactos de 26 pacientes con índice positivo de MERS-CoV eran ARN o anticuerpos positivos; la tasa de transmisión general, incluso en brotes es de alrededor del 3 % [31]. Parece que la mayoría de los casos humanos de MERS-CoV, incluso cuando los números parecen aumentar repentinamente, no transmiten fácilmente a más de otro humano hasta la fecha, la epidemia localizada de MERS-CoV no ha sido autosostenible [157] [159] [160] [161]. Es decir, el número básico de reproducción (R 0 ) -el número medio de infecciones causadas por un individuo infectado en una población totalmente susceptible ha estado cerca de uno en varios grupos y brotes. Si R 0 era mayor que 1, se esperaría un aumento sostenido en el número de casos. Algunos cálculos de R o pueden verse afectados por el rastreo incompleto de los contactos de casos, pruebas comunitarias limitadas y cómo se define un caso. El MERS ha tenido una presencia constante en la Península Arábiga desde 2012 se debe a los eventos de derrames esporádicos en curso de DCs amplificados por brotes hospitalarios mal controlados. En marcado contraste, una seroencuesta de HCW que a veces estaba en contacto cercano y prolongado con el primer caso fatal de MERS-CoV en 2012 [162], encontró que ninguno de los HCW se había seroconvertido cuatro meses más tarde, a pesar de la ausencia de protección ocular y el cumplimiento variable de los estándares requeridos de EPP [162]. Al principio de la historia del MERS, las muestras para la prueba fueron recolectadas principalmente de pacientes con enfermedad grave y no de aquellos con infecciones respiratorias agudas más leves. Los contactos de los casos confirmados de MERS fueron a menudo observados para enfermedad clínica, pero no probados. Estas omisiones pueden haber confundido nuestra comprensión de la transmisión del MERS-CoV y sesginar los datos tempranos hacia un mayor número de pacientes gravemente enfermos y hospitalizados, inflando la aparente proporción de casos mortales. A medida que cambiaban los paradigmas de las pruebas y se hacían cada vez más pruebas de los contactos, se reconocían infecciones más asintomáticas y leves [163]. Un aumento en los casos llamados asintomáticos (que amplían el denominador para los cálculos de la proporción de casos mortales, definida en [164] ) dio lugar a una disminución en la proporción de casos mortales durante el brote de Yeddah-2014. Históricamente, tales aumentos son consistentes con la modificación de las definiciones y respuestas de laboratorio y el manejo clínico de una infección por virus recién descubierta que se observó por primera vez sólo entre los enfermos graves. Tras el seguimiento, más de tres cuartas partes de esas personas positivas del ARN del MERS-CoV recordaron haber tenido uno o más síntomas en ese momento, a pesar de que se notificó como asintomática [165], planteando alguna pregunta sobre la fiabilidad de otros datos Aproximadamente el 43 % de los casos MERS (549 de 1277) en la KSA fueron mortales entre 2012 y diciembre de 2015, mientras que el 21 % (72 de 330) fallecieron entre los que se produjeron fuera de la KSA. El número total de casos masculinos siempre supera en número a las mujeres y la proporción de muertes masculinas es siempre mayor que la proporción de mujeres que mueren. Sin embargo, la proporción de muertes masculinas de varones totales con MERS es similar a la de las mujeres. En la KSA, hay una mayor proporción de varones más jóvenes entre los casos y muertes que se observaron en los brotes de Corea del Sur o Jeddah-2014 de 2015 (Fichero adicional 2: Figura S2 ). Por qué estos aspectos han diferido pueden deberse a diferencias en el tiempo de presentación y diagnóstico, la naturaleza y calidad de la atención de apoyo, la forma en que una persona se contagió (habita, exposición a una fuente humana o zoonótica, carga viral, vía de infección) o la medida en que las diferentes poblaciones se ven afectadas por enfermedades subyacentes [40]. Como grupo, los HCW representaron el 16 % de los casos de MERS en la KSA y Corea del Sur. Es evidente que la proporción semanal de HCW infectados aumenta junto con cada fuerte aumento en las detecciones generales (Fig. 5). En mayo de 2013, la OMS publicó directrices para IPC durante el cuidado de casos probables o confirmados de infección por MERS-CoV en un entorno sanitario [166]. Estos aumentos en las detecciones de MERS-CoV pueden disminuir la edad media durante cada evento debido a que los HCW son generalmente más jóvenes que los pacientes internados con MERS. Las instalaciones sanitarias han sido un objetivo regular de mejoras sugeridas para mejorar los procedimientos de prevención y control de infecciones (IPC) [115, 118]. La mayor parte del análisis de la genética MERS-CoV se ha realizado utilizando métodos de secuenciación de alto rendimiento o "profundo" para la deducción completa del genoma [167] [168] [169]. MERS-CoV fue el primer sujeto de un uso tan extendido de secuenciación profunda para estudiar un brote viral emergente con alcance global. La técnica puede producir genómica [207] [209]. Las versiones anteriores y posteriores de esta tabla se mantienen en un blog personal [210] cobertura de longitud en un solo experimento con medición altamente repetitiva de cada posición de nucle A pesar de los ensayos publicados al principio, la secuenciación subgenómica, una vez el pilar de los estudios de brotes virales, se ha publicado con menos frecuencia durante la caracterización de MERS-CoV [48]. A medida que se han caracterizado más genomas tanto de humanos como de DC, se han hecho evidentes dos clados; A y B (Fig. 6). Clade A contiene sólo genomas de MERS-CoV derivados del hombre de Jordania, mientras que Clade B comprende la mayoría de genomas humanos y de camellos deducidos hasta ahora [168]. Dos estudios durante 2015, uno mirando a variantes de Jeddah-2014 MERS-CoV y otro mirando a una variante exportada de Corea del Sur a China, ahora han identificado signos de recombinación genética entre variantes de MERS-CoV. Si bien las secuencias del genoma humano y del genoma entero de camello han conservado una identidad de >99 % entre sí, los miembros de linajes genéticamente distintos pueden intercambiar material genético y lo hacen cuando co-ocurren condiciones adecuadas y co-fecciones [170] [171] [172]. La identidad compartida implica que la principal fuente de adquisición humana es el DC, en lugar de otro animal, aunque se necesitan más pruebas de otras especies animales para confirmar esa conclusión. Durante un mes, un virus de DC secuenciado en diferentes ocasiones no cambió en absoluto indicando un grado de estabilidad genómica en su huésped, apoyando que los DC son el anfitrión natural, en lugar de intermedio, del MERS-CoV que conocemos hoy [77]. Hasta la fecha, la recombinación se ha localizado en puntos de ruptura cerca del límite entre las regiones ORF1a y ORF1b, dentro del gen de pico [170] No es inesperado que la recombinación se produzca ya que es bien conocida entre otras CoVs [124] y porque la mayoría de los genomas enteros del MERS-CoV recogidos a partir de muestras de tres años (2012-2015) y de seres humanos, camellos y diferentes países han mostrado una identidad genética cercana entre sí, con una variación sutil suficiente para apoyar investigaciones de brotes mientras se aplique la secuenciación del genoma completo [52, 77, 135, 138, 168, [173] [174] [175]. Los cambios en la secuencia del genoma pueden anunciar alteraciones en la transmisibilidad del virus, replicación, persistencia, letalidad o respuesta a medicamentos futuros. Si tenemos conocimiento previo del impacto de los cambios genéticos debido a estudios de caracterización exhaustivos, podemos establecer una estrecha relación genética entre las secuencias de nucleótidos del MERS-CoV (cargado desde GenBank utilizando los números de adhesión enumerados y Este árbol de unión vecino fue creado en MEGA v6 utilizando una alineación de las secuencias humanas y DCderivadas de MERS-CoV (Genious v8.1 [211] ). Clades se indican junto a barras verticales azules oscuras (Clade A) o pálidos (Clade B). Los iconos de camello denotan genomas de DC. Los brotes sanitarios o comunitarios se encajonan y etiquetan utilizando esquemas previamente descritos [212, 213] monitorean las regiones genómicas y entienden mejor cualquier cambio en la transmisión o patrones de enfermedad a medida que ocurren. Las mutaciones genéticas observadas durante el mayor de los brotes humanos, Jeddah-2014, no impartieron ningún cambio importante replicativo o inmunomodulador cuando se comparan con las variantes virales anteriores in vitro [156, 176]. Sin embargo, entendemos muy poco de los resultados fenotípicos que resultan del cambio genético sutil en Hasta la fecha no se ha informado de ninguna relevancia clínica ni de cambios in vivo evidentes en la replicación, eliminación o transmisión vírica, o se ha atribuido a mutaciones o a nuevos virus recombinantes [156]. Pero se necesitan vigilancia y estudios más grandes, contemporáneos e in vivo. La secuencia genomática localizada a un clado distinto se identificó a partir de un DC egipcio que probablemente fue importado de Sudán. Esto no encaja en ninguno de los clados actuales [125, 168, 177]. Un virus secuenciado a partir de un murciélago Neoromicia capensis estaba más estrechamente relacionado con el MERS-CoV que otras grandes secuencias derivadas de murciélagos habían estado hasta ese punto, pero el genoma de una variante de un MERS-CoV aún no se ha descubierto y deducido de cualquier murciélago [125]. Los análisis de genomas del MERS-CoV han demostrado que la mayoría de las diferencias nucleó 2), que codifica la proteína de pico y proteínas accesorias [168]. Al menos nueve genomas del MERS-CoV contenían sustituciones de aminoácidos en el dominio de unión a los receptores (RBD) de la proteína de pico y los codones 158 (región N-terminal), 460 (RBD), 1020 (en la repetición de heptad 1), 1202 y 1208 investigación de osos como marcadores de cambio adaptativo [140, 169]. La proteína de pico no había cambiado en el genoma recombinante del MERS-CoV identificado en China en 2015, pero se informó que había variado a un ritmo superior al de genomas completos del MERS-CoV, entre variantes surcoreanas [172, 178]. Esto destaca que las regiones subgenómicas pueden no siempre contener suficiente diversidad genética para ser útiles para diferenciar variantes virales. A pesar de esto, un ensayo que amplificaba un fragmento de nucleótido 615 del gen de dominio S2 de pico para la secuenciación de Sanger coincidió con los resultados generados por la secuenciación de algunos genomas completos y fue útil para definir grupos de secuencias adicionales [177]. La secuencia genómica también se puede utilizar para definir los límites geográficos de un cúmulo o brote y monitorear su progreso, basado en la similitud de las variantes encontradas entre humanos y animales infectados cuando ocurren juntos, o entre diferentes sitios y tiempos (Fig. 6 ) [169]. Este enfoque se utilizó al definir el brote de hospital MERS con limitaciones geográficas en Al-Ahsa, que ocurrió entre el 1 de abril y el 23 de mayo de 2013, así como los cúmulos en Buraidah y un brote comunitario en Hafr Al-Batin, el KSA. La secuenciación genómica identificó que aproximadamente 12 detecciones de MERS-CoV de un brote comunitario en Hafr Al-Batin entre junio y agosto de 2013 pudieron haber sido desencadenadas por un caso índice que se infectó a través del contacto DC [175]. La secuenciación de genomas de MERS-CoV del brote hospitalario de Al-Ahsa de 2013 indicó que múltiples variantes virales contribuyeron a los casos, pero que la mayoría fueron lo suficientemente similares entre sí como para ser consistentes con la transmisión humano-humana. La epidemiología molecular ha revelado enlaces ocultos en cadenas de transmisión que abarcan un período de hasta cinco meses [179]. Sin embargo, la mayoría de los brotes no han continuado durante más de dos a tres meses y por lo tanto las oportunidades para que el virus se adapte más a los seres humanos a través de la coinfección y el tránsito en serie sostenido han sido raras [169]. En Riad-2014, la evidencia genética apoyaba la probabilidad de múltiples introducciones externas de virus, implicando una gama de instalaciones de salud en un caso que de otro modo parecía contiguo [23, 168, 179]. Riad es un nexo para el viaje de camellos y humanos y ha tenido más casos MERS que cualquier otra región de la KSA hasta la fecha, pero también alberga una amplia gama de variantes MERS-CoV [128, 167, 179]. Sin embargo, el brote surcoreano se originó de una sola persona infectada, resultando en tres a cuatro generaciones de casos [180, 181]. Estudios de esta variante viral aparentemente recombinante no encontraron un aumento de la tasa evolutiva y ningún signo de adaptación al virus, por lo que el brote parece haber sido impulsado por circunstancias más que por circunstancias junto con mutación [181]. Para muchos casos MERS detectados fuera de la Península Arábiga, se El rastreo de contacto es esencial para contener la aparición y transmisión de un nuevo virus y hoy en día está apoyado por la epidemiología molecular. Aunque es un proceso costoso y que consume tiempo, el rastreo de contacto puede identificar posibles nuevas infecciones y, a través del monitoreo activo o pasivo, reaccionar más rápidamente si la enfermedad se desarrolla. Los resultados del rastreo de contacto hasta la fecha han encontrado que la transmisión continua entre los seres humanos es un evento poco frecuente. Por ejemplo, hubo 83 contactos, tanto sintomáticos como asintomáticos, de un caso tratado en Alemania que viajó desde los Emiratos Árabes Unidos pero no se encontraron signos de virus o anticuerpos en ninguno de ellos [73]. En un estudio de 123 contactos de un caso tratado en Francia, sólo siete coincidieron con la definición de un posible caso y fueron probados; uno que había compartido una habitación hospitalaria de 20 m2 mientras que en una cama a 1,5 m de distancia del caso índice durante un período prolongado fue positivo [26]. Ninguno de los contactos de los dos primeros casos MERS importados a los EE.UU. en 2014 contenía ninguna huella MERS-CoV [182] y ninguno de los 131 contactos de dos viajeros que regresaron a los Países Bajos desarrolló anticuerpos MERS-CoV o testó ARN positivo [25, 183]. Los análisis de datos públicos revelan muchos casos probables de adquisición nosocomial de infección en la Península Arábiga y estos datos pueden ir acompañados de algunos detalles que señalan el contacto con un caso o instalación conocido. Un ejemplo identificó el papel probable de un paciente con una infección subclínica, presente en un hospital durante su ingreso por otras razones, como el caso índice más probable que desencadena un grupo familiar [93]. El rastreo de contacto fue un factor significativo en la terminación de un brote de 2015 con múltiples hospitales surcoreanos [184]. Estos estudios demuestran la necesidad de encontrar y comprender un papel para los casos leves y asintomáticos, junto con la restricción del contacto cercano o la exposición prolongada de las personas infectadas a otras, especialmente familiares mayores y amigos con enfermedad subyacente (Fig. 4c). El brote asociado al hospital en Jeddah en 2014 fue la acumulación más grande y rápida de las detecciones de MERS-CoV hasta la fecha. El mayor número de detección de MERS-CoV de cualquier mes registrado se produjo en Yeddah en abril. El brote se asoció principalmente (> 60 % de los casos) con la propagación de seres humanos a seres humanos dentro de los entornos hospitalarios y se debió a la falta de prevención y control de las infecciones o a su desorganización [37, 185, 186]. Un aumento de las muertes siguió al rápido aumento del número de casos. En 2015 ocurrieron dos grandes brotes. Corea del Sur fue el lugar del primer brote a gran escala fuera de la Península Arábiga y produjo los primeros casos tanto en Corea del Sur como en China, entre mayo y julio de 2015. Esto fue seguido de cerca por un brote distinto en la provincia de Ar Riyad, en la KSA, que parecía estar bajo control a principios de noviembre. Después de permanecer en Bahréin durante dos semanas, un varón de 68 años (68 M) viajó a Corea del Sur vía Qatar, llegando libre de síntomas el 4 de mayo de 2015 [187]. Desarrolló fiebre, Visitó una clínica como ambulatorio entre los días 12 y 15 de mayo y fue ingresado en el Hospital A el día 15 [188]. Fue dado de alta del Hospital A el día 17 y luego fue ingresado en el servicio de urgencias del Hospital B el día 18. Durante esta segunda estancia, se tomó una muestra de esputo y dio positivo para el MERS-CoV el día 20 [187, 188], desencadenando el traslado al centro de tratamiento de aislamiento designado. Durante un período de 10 días, el caso índice fue visto en tres hospitales diferentes, demostrando una característica clave de "compra hospitalaria" que conformó el brote surcoreano. Aproximadamente 34 personas fueron infectadas durante este tiempo [187]. En total 186 casos fueron generados en este brote, todos vinculados a través de una única cadena de transmisión a 68 M; 37 casos murieron [189]. En Corea del Sur, el sistema nacional de seguro médico prevé una atención médica de costo relativamente bajo, sufragando algunos costos al hacer que los familiares sean responsables de una parte de la administración de los enfermos, lo que a veces los hace permanecer durante largos períodos en las habitaciones que a menudo tienen más de cuatro camas en ellas [24]. Otros factores que se pensaba que habían permitido este brote eran la falta de familiaridad de los médicos locales con MERS, la facilidad con la que el público puede visitar y ser tratado por hospitales terciarios, la costumbre de visitar a amigos y familiares enfermos en hospitales, la naturaleza jerárquica de la sociedad coreana, las salas de emergencia abarrotadas, las medidas deficientes del IPC, la falta de salas de aislamiento de presión negativa y la mala comunicación interhospitalaria de los historiales de enfermedades de los pacientes [24, [190] [191] [192]. Hasta la fecha se han comunicado pocos detalles clínicos sobre estos casos y los detalles sobre la transmisión y el rastreo de los contactos son mínimos. Los hospitales involucrados inicialmente no fueron identificados, la orientación y las acciones gubernamentales produjeron mensajes confusos y hubo una comunicación muy limitada en los primeros tiempos, lo que dio lugar a preocupaciones innecesarias, desconfianza y un impacto económico distinto [191, [196] [197] [198]. Al principio del brote, un viajero infectado, hijo de un caso identificado en Corea del Sur, pasó por Hong Kong en su camino a China, donde estaba ubicado, aislado y atendido en China [91, 199, 200]. No hubo contactos que enfermaran.El brote se puso bajo control a finales de julio/a principios de agosto [201] después de que se emplearan medidas mejoradas del IPC, seguimiento y cuarentena de contactos sólidos, pruebas de laboratorio ampliadas, hospitales fueron mejor asegurados, se envió personal especializado para gestionar los casos Una revisión de los datos públicos mostró que, al igual que en el caso del MERS en la KSA, la edad avanzada y la presencia de enfermedad subyacente se asociaron significativamente con un desenlace fatal en Corea del Sur. [40] Aunque R 0 es <1, los eventos de superdifusión facilitados por circunstancias creadas en entornos de salud y caracterizadas por tamaños de clúster superiores a 150, como este, no son inesperados por la infección por MERS-CoV [204]. La dinámica de un brote depende de la R 0 y de los patrones de eliminación viral de un individuo, el tipo y la frecuencia de contacto, los procedimientos hospitalarios y la estructura y densidad de la población [204]. En la región de Ar Riyad, incluida la capital de Riad, se inició un cúmulo hospitalario dentro de un solo hospital a partir de finales de junio de 2015 [205]. A mediados de septiembre se habían notificado aproximadamente 170 A pesar de la introducción continua y posiblemente estacional del virus en la población humana a través de los DC infectados y tal vez otros animales que aún no se han identificado, la gran mayoría de la transmisión del MERS-CoV se ha producido de seres humanos infectados a no infectados en contacto cercano y prolongado a través de circunstancias creadas por un control deficiente de las infecciones en los entornos de atención de la salud. Este virus oportunista ha tenido su mayor impacto en las personas con enfermedades subyacentes y esas personas vulnerables, que a veces sufren múltiples comorbilidades, se han asociado con mayor frecuencia con los hospitales, creando una tormenta perfecta de exposición, transmisión y mortalidad. No está claro si este grupo se ve afectado de manera única por el MERS-CoV o si otras infecciones respiratorias, incluidas las de los HCoV, producen un impacto igualmente grave. En Corea del Sur, un solo caso importado creó un brote de 185 casos y 36 muertes que tuvieron un impacto desproporcionado en el desempeño económico, el comportamiento de la comunidad y la confianza en el gobierno y el sistema de atención de la salud. La transmisión del hogar de seres humanos a seres humanos se produce, pero también es limitada. Los programas educativos serán herramientas esenciales para combatir la propagación del MERS-CoV tanto dentro de las comunidades urbanas y regionales como para el entorno de atención de la salud. La vigilancia sigue siendo importante para la contención, ya que el MERS-CoV es un virus con una composición genética que se ha observado durante sólo tres años y no es estable. Entre todos los seres humanos que se han notificado que están infectados, casi el 40% han muerto. La secuenciación del genoma completo se ha utilizado extensamente para estudiar el recorrido y la variación del MERS-CoV y aunque sigue siendo una herramienta para expertos, parece ser la mejor herramienta para el trabajo. El MERS y el SRAS tienen algunas similitudes clínicas pero también difieren significativamente [206]. Entre las características definitorias se incluyen el PFC más alto entre los casos del MERS (superior al 50 % en 2013 y actualmente en el 30-40%; muy por encima del 9 % del SRAS) y la asociación más alta entre el MERS mortal y los hombres mayores con comorbilidades subyacentes. Para los virus, el MERS-CoV tiene un tropismo más amplio, crece más rápidamente in vitro, induce más rápidamente cambios citopatógenos, desencadena respuestas transcripcionales distintas, hace uso de un receptor diferente, induce un estado más proinflamatorio y tiene una respuesta antiviral tardía en comparación con el SRAS Parece haber una prevalencia del 2-3 % de MERS-CoV en la KSA con una probabilidad del 5 % de transmisión secundaria dentro del hogar. Hay un mayor riesgo de infección a través de ciertas ocupaciones en ciertos momentos y una probabilidad mucho mayor de propagación a otros seres humanos durante circunstancias creadas por los humanos, lo que impulsa una transmisión más efectiva que cualquier R 0 predeciría sobre el valor facial. Sin embargo, a pesar de las múltiples concentraciones masivas que han proporcionado al virus muchos millones de oportunidades de propagación, no se han reportado brotes de MERS o MERS-CoV durante o inmediatamente después de estos eventos. No hay evidencia de que el MERS-CoV sea un virus de preocupación pandémica. Sin embargo, los entornos hospitalarios continúan describiendo casos y brotes de MERS en la Península Arábiga. Mientras facilitemos la propagación del MERS-CoV entre nuestras poblaciones más vulnerables, el mundo debe permanecer en alerta para los casos que puedan ser exportados con mayor frecuencia cuando un país de acogida con reservorios de camellos infectados está experimentando conglomerados o brotes humanos. El MERS-CoV parece ser un virus enzoótico que infecta a la URT DC con evidencia de recombinación genética reciente. Puede que una vez haya tenido su origen entre los murciélagos, pero falta evidencia y la relevancia de ello para la epidemia actual es académica. Gracias a la acción rápida, las herramientas de diagnóstico molecular sensibles y rápidas necesarias para lograr un objetivo de detección rápido y sensible han sido establecidas y ampliamente disponibles desde que el virus fue reportado en 2012. RT-PCR pruebas de muestras de LRT siguen siendo el estándar de oro para la confirmación del MERS-CoV. Las herramientas serológicas siguen surgiendo pero necesitan una validación adicional utilizando muestras de infecciones leves y asintomáticas y un estudio de cohorte densamente muestreado para seguir los contactos de nuevos casos puede abordar esta necesidad. Del mismo modo, la importante cuestión de si aquellos que eliminan el ARN MERS-CoV durante períodos prolongados son infecciosos mientras aparecen bien, sigue sin respuesta. Incluso no está claro cuántas infecciones 'asintomáticas' se han descrito y reportado correctamente, lo que a su vez plantea preguntas sobre la fiabilidad de la recolección de otros datos clínicos hasta la fecha. Si bien la virología básica del MERS-CoV ha avanzado en el transcurso de los últimos tres años, la comprensión de lo que está sucediendo en, y la interacción entre, camello, medio ambiente y humano todavía está en su infancia.

¿Cuándo es la temporada de parto de camellos?

MERS coronavirus: diagnóstico, epidemiología y transmisiónhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4687373/SHA: f6fcf1a99cbd073c5821d1c4ffa3f2c6daf8ae29Autores: Mackay, Ian M.; Arden, Katherine E.Fecha: 2015-12-22DOI: 10.1186/s12985-015-0439-5Licencia: cc-byAbstract: Los primeros casos conocidos de síndrome respiratorio de Oriente Medio (MERS), asociados con la infección por un nuevo coronavirus (CoV), se produjeron en 2012 en Jordania, pero se informó retrospectivamente.El primer caso que se informó públicamente fue de Jeddah, en el Reino de Arabia Saudita (KSA). Desde entonces, las secuencias de MERS-CoV se han encontrado en un murciélago y en muchos camellos dromedarios (DC). MERS-CoV es enzoótico en toda la Península Arábiga y en partes de África, causando enfermedades leves del tracto respiratorio superior en su reservorio de camellos y infecciones humanas esporádicas, pero relativamente raras. Precisamente cómo el virus transmite a los seres humanos sigue siendo desconocido, pero la exposición estrecha y prolongada parece ser un requisito. El KSA es el punto focal de MERS, con la mayoría de los casos humanos. En los seres humanos, MERS se conoce principalmente como una enfermedad del tracto respiratorio inferior (RTL) que incluye fiebre, tos, dificultades respiratorias y neumonía que puede progresar a síndrome de dificultad respiratoria aguda, fallo multiorgánico y muerte en un 20% a 40% de los infectados. Sin embargo, MERS-CoV también se ha detectado en enfermedades leves y similares a En comparación con el síndrome respiratorio agudo grave (SARS), otra enfermedad zoonótica del coronavirus a veces fatal que ha desaparecido desde entonces, el MERS progresa más rápidamente hacia la insuficiencia respiratoria y la lesión renal aguda (también tiene afinidad por el crecimiento de las células renales en condiciones de laboratorio), es más frecuente en los pacientes con enfermedad subyacente y es más a menudo fatal. La mayoría de los casos humanos de MERS se han relacionado con fallos en la prevención y el control de infecciones (IPC) en los entornos de salud, con aproximadamente el 20% de todas las detecciones de virus notificadas entre los trabajadores de la salud (HCWs) y exposiciones más altas en aquellos con ocupaciones que los ponen en estrecho contacto con camellos. Los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) han estado disponibles casi desde el comienzo de la aparición de MERS. Mientras que la virología básica de MERS-CoV ha avanzado en los últimos tres años, la comprensión de la interacción entre camello, medio ambiente y restos humanos limitados. MATERIAL SUPLEMENTO ELECTRÓNICO: La versión en línea de este artículo (doi:10.1186/s12985-015-0439-5) contiene material suplementario, que está disponible para los usuarios autorizados. Texto: Un correo electrónico del Dr. Ali Mohamed Zaki, un virólogo egipcio que trabaja en el Hospital Dr. Soliman Fakeeh en Jeddah en el Reino de Arabia Saudita (KSA) anunció la primera cultura de un nuevo coronavirus al mundo. El correo electrónico fue publicado en el sitio web de la red de enfermedades emergentes profesionales (ProMED) el 20 de septiembre de 2012 [1] (Fig. 1) y describió el primer caso reportado, un hombre de 60 años de edad de Bisha en la KSA. Esta información llevó al rápido descubrimiento de un segundo caso del virus, esta vez en un paciente enfermo en el Reino Unido, que había sido transferido de Qatar para su atención [2]. El nuevo virus fue inicialmente llamado coronavirus nuevo (nCoV) y subsecuentemente titulado el síndrome de respiración del Oriente Medio coronavirus (MERS-CoV). A partir del 2 de septiembre de 2015, ha habido 1.493 detecciones de ARN viral o anticuerpos específicos del virus en 26 países (Fichero adicional 1: Figura S1) confirmado por la Organización Mundial de la Salud (OMS), con más de un tercio de las personas positivas muriendo (al menos 527, 35 %) [3]. Desde ese primer informe, un lento proceso de descubrimiento durante los siguientes dos o tres años reveló un virus que había infectado más del 90 % de los camellos dromedarios adultos (DC; Camelus dromedario) en la KSA [4], también en los países en desarrollo de toda la Península Arábiga y partes de África que son una fuente de importaciones de DC para la KSA [5]. Hasta la fecha, el MERS-CoV no se ha detectado en los países en desarrollo sometidos a pruebas en zoológicos o rebaños de otras partes del mundo [6] [7] [9]. Ocasionalmente, el virus se transmite de los DC infectados a los seres humanos expuestos. La transmisión posterior a otros seres humanos requiere una exposición relativamente cercana y prolongada [10]. Se patentó el primer aislado viral y se planteó la preocupación de que ello limitaría el acceso tanto al virus como a los diagnósticos virales [11, 12]. Sin embargo, los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) se describieron rápidamente y el virus se puso a disposición de forma gratuita, sujeto a consideraciones rutinarias de bioseguridad [13]. La epidemiología y la investigación posteriores han identificado al receptor celular como exopeptidasa dipeptidil peptidasa 4 (DPP4; también llamada CD26); que el MERS-CoV tiene un amplio tropismo, replicando mejor en algunas líneas celulares y provocando una respuesta más proinflamatoria que el SARS-CoV; está muy extendido en los DC; tiene el potencial de infectar a otros animales y que el MERS mata a su huésped humano con más frecuencia que el SARS (20-40% frente al 9 % para el SARS [14] ) [15] [16] [17] [19]. El MERS-CoV se propaga esporádicamente entre las personas, causando enfermedades más graves entre los adultos mayores, especialmente los varones, con enfermedades preexistentes.La propagación del MERS-CoV entre los seres humanos se ha asociado a menudo con brotes en los hospitales, con alrededor del 20% de todos los casos hasta la fecha en los que han participado trabajadores de la salud (HCWs).Aunque los DC parecen sufrir el equivalente a un "frío común" de la infección por MERS-CoV, en los seres humanos el virus puede ser un patógeno más grave y oportunista asociado con la muerte de hasta el 40% de los casos notificados. Aún no se ha establecido si las infecciones que se cree que se han adquirido de una fuente animal producen un resultado más grave que los que se propagan entre los seres humanos [20]. Los estudios han establecido que el período medio de incubación para el MERS es de cinco a seis días, que van de dos a 16 días, con 13 a 14 días entre el inicio de la enfermedad en una persona y posteriormente se extiende a otra [21] [22] [23]. Entre aquellos con enfermedad progresiva, la mediana de tiempo hasta la muerte es de 11 a 13 días, que van de cinco a 27 días [23, 24]. La fiebre y los síntomas gastrointestinales pueden formar un pródromo, después de lo cual los síntomas disminuyen, sólo para ser seguidos por un síndrome sistémico y respiratorio más grave [25, 26]. La primera definición de caso de la OMS [27] definió los casos probables de MERS basados en la presencia de enfermedad febril, tos y el requisito de hospitalización con sospecha de compromiso del tracto respiratorio inferior (RTL), incluyendo también roles para el contacto con un caso probable A partir de julio de 2013, la definición revisada del caso de la OMS incluía la importancia de buscar y comprender el papel de los casos asintomáticos y, a partir de junio de 2014, la definición de la OMS indicaba más claramente que un caso confirmado incluía a cualquier persona cuya muestra fuera RT-PCR positiva para MERS-CoV, o que produjera una seroconversión, independientemente de los signos y síntomas clínicos. [28] [30] Aparte de los informes de la OMS y del Ministerio de Salud de la KSA, los casos asintomáticos o subclínicos de infección por MERS-CoV se documentaron en la literatura científica, aunque no siempre tan a menudo como ocurrió a principios de [31, 32]. La definición del caso de la KSA se hizo más estricta el 13 de mayo de 2014, basándose en la presencia de ambas características clínicas y confirmación de laboratorio [33]. Las pruebas de personas asintomáticas fueron recomendadas a partir de diciembre de 2014 [34], reforzadas por una definición de caso publicada por el Ministerio de Salud de la KSA en junio de 2015 [35]. La KSA ha sido la fuente del 79 % de los casos humanos. El MERS severo es notable por su impacto entre los hombres mayores con enfermedades comorbidas, incluyendo diabetes mellitus, cirrosis y diversas afecciones pulmonares, renales y cardíacas [36] [38]. Interesantemente en junio de 2015, un brote en Corea del Sur siguió una distribución similar [39, 40]. Entre los casos confirmados en laboratorio, los signos y síntomas de fiebre, tos y tracto respiratorio superior (URT) generalmente ocurren primero, seguidos en una semana por trastornos progresivos de TL y linfopenia [37]. Los pacientes a menudo se presentan a un hospital con neumonía o peor, y se han notificado infecciones Según se informa, el MERS ha matado aproximadamente el 35 % de todos los casos notificados, el 42 % de los casos en la KSA, pero sólo el 19 % de los casos en Corea del Sur, donde la mortalidad osciló entre el 7 % entre los grupos de edad más jóvenes y el 40 % entre los de 60 años o más [42] ; todos pueden ser valores inflados con infecciones asintomáticas o leves a veces no buscadas o no reportadas [34]. La atención de apoyo general es clave para tratar los casos graves [43]. Rara vez se informa que los niños menores de 14 años son positivos para la MERS-CoV, que comprende sólo el 1,1% (n = 16) del total de casos notificados. Entre el 1 de septiembre de 2012 y el 2 de diciembre de 2013, un estudio describió el recuento de casos pediátricos en la KSA, que se situaba en 11 (dos a 16 En Amman (Jordania), se probaron 1.005 muestras de niños hospitalizados menores de dos años con fiebre y/o signos y síntomas respiratorios, pero ninguna fue positiva para ARN MERS-CoV, a pesar de haber sido recolectadas en un momento similar al primer brote conocido de MERS-CoV en la ciudad vecina de Al-Zarqa [45]. Un segundo trimestre de mortinato ocurrió en una mujer embarazada durante una enfermedad respiratoria aguda y aunque no fue RT-rtPCR positivo, la madre desarrolló posteriormente anticuerpos contra MERS-CoV, sugestivos de infección reciente [46]. Su historia de exposición a un pariente positivo de MERS-CoV RT-rtPCR y un esposo anticuerpo reactivo, su período de incubación y su historia sintomática cumplieron los criterios de la OMS para ser un probable caso de MERS-CoV [46]. Los métodos de diagnóstico se publicaron dentro de los días del correo electrónico ProMED anunciando el primer caso MERS [47], incluyendo varios ensayos RT-rtPCR (Fig. 2 ) y cultivo de virus en células Vero y LLC-MK2 [18, 47, 48]. Un adenocarcinoma colorrectal (Caco-2 ) línea celular epitelial ha sido recomendado desde entonces para el aislamiento de infecciones MERS-CoV [49]. Anteriormente [18].. Los marcos de lectura abiertos se indican como rectángulos amarillos entre corchetes por regiones terminales no traducidas (UTR; rectángulos grises ). FS-frame-shift. Las regiones predictas que abarcan puntos de ruptura de recombinación se indican por píldoras naranjas. Creado utilizando Geneious v8.1 [211] y anotado usando Adobe Illustrator. Bajo este esquema se muestra la ubicación de los imprimadores RT-PCR (las flechas azules indican la dirección) y oligoprobes (rectángulos verdes) utilizados en los primeros ensayos de cribado RT-rtPCR y en los convencionales, seminés (tres imprimaciones) RT-PCR confirmatorios de secuenciación [47, 48]. El orden de publicación se observa por primera [27 de septiembre de 2012; rojo] y segundo [6 de diciembre de 2012; naranja] rectángulos de color; ambos de Corman y otros [47, 48] Los ensayos recomendados por la OMS se destacan debajo por puntos amarillos [53]. El imprimador reverso NSeq ha contenido consistentemente una secuencia incompatibilidad con algunas variantes de MERS-CoV. Una versión alterada de la de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio del Oriente Medio: Una Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con el permiso de Elsevier [5] revisó el amplio tropismo de MERS-CoV [5]. Sin embargo, como se describe bien, el cultivo celular es un método lento, especializado e insensible [50] mientras que las técnicas basadas en PCR son el método preferido para la detección de MERS-CoV. Los primeros marcos de lectura abiertos (ORF 1a y 1b; Fig. 2) se han convertido en un objetivo diagnóstico clave y taxonómico para la identificación de especies CoV. Con menos del 80 % de identidad entre la secuencia de aminoácidos de MERS ORF 1ab y parientes del betacoronavirus, Tylonycteris Bat HKU4 y Pipistrellus Bat HKU5, se puede concluir que es un virus novedoso y distinto. Las proteínas estructurales incluyen el pico (S), la envoltura (E), la membrana (M) y el nucleocápsido (N) [52]. Se prevé que los productos de ORF1a y ORF1b codificarán proteínas no estructurales. La mayoría de los ensayos de muestras realizados hasta la fecha han empleado ensayos RT-rtPCR validados que han demostrado ser sensibles y específicos [47, 48, 53]. El kit de RealStar® utiliza estos ensayos recomendados por la OMS [54]. Las secuencias objetivo de estos ensayos de cribado no han cambiado entre los genomas examinados hasta al menos mediados de 2015 (observación IMM). Otros ensayos RT-rtPCR han sido desarrollados y validados para su uso como herramientas de diagnóstico basadas en laboratorio [55] [56]. Además, los ensayos isotérmicos [58, 59] o recombinasa polimerasa [60] La detección del antígeno MERS-CoV no ha sido común hasta la fecha, pero la combinación de corto tiempo de retorno de la prueba al resultado, alto rendimiento e identificación de proteínas virales hace que esta opción sea atractiva. La detección de proteínas virales en lugar de ARN viral indica la probable presencia de virus infecciosos. La primera herramienta inmunocromatográfica rápida descrita podría detectar proteína nucleocápsida MERS-CoV recombinante de hisopos nasales DC con sensibilidad al 94 % y especificidad al 100 % en comparación con RT-rtPCR [61]. Un enfoque diferente utilizó una captura basada en anticuerpos monoclonales ELISA dirigida a la proteína nucleocápsida MERS-CoV con una sensibilidad de 10 3 CCID 50 y especificidad al 100 % [62]. La demostración de una seroconversión a una infección por MERS-CoV cumple con la definición actual de la OMS de un caso tan optimizado y ampliamente validado que los seroensayos empleados junto con buenas historias clínicas son útiles para identificar la infección por MERS-CoV y ayudar a apoyar estudios de transmisión. Debido a que las pruebas serológicas son, por su naturaleza, retrospectivas, es habitual detectar una huella viral, en forma de anticuerpos, en ausencia de signos o síntomas de enfermedad y a menudo en ausencia de ARN viral [63]. Las seroencuestas estratégicas y generalizadas de seres humanos que utilizan muestras recogidas después de 2012 son infrecuentes. Gran parte de la Península Arábiga y todo el Cuerno de África carecen de datos de referencia que describan la proporción de la comunidad que puede haber sido infectada por un MERS-CoV. Sin embargo, las seroencuestas han tenido un uso Debido a la identidad compartida entre DC y el MERS-CoV humano (ver epidemiología molecular: utilizando genomas para entender brotes), los ensayos serológicos para las seroencuestas de DC deben ser transferibles al cribado humano con una reconfiguración mínima. Además, no se ha encontrado ninguna variación diagnóstica relevante en la actividad de neutralización entre una gama de aislados y seras testados de MERS-CoV circulantes, por lo que los seroensayos de virus enteros o específicos basados en proteínas deben funcionar de manera equivalente en la detección de respuestas serológicas al serotipo único de MERS-CoV [49]. El desarrollo de ensayos serológicos robustos requiere paneles confiables de sueros animales o humanos bien caracterizados, incluidos los positivos para anticuerpos específicos del MERS-CoV, así como para fuentes probables de reacción cruzada [64]. La obtención de estos materiales fue problemática y enlenteció el desarrollo y comercialización de ensayos de detección de anticuerpos para ensayos humanos [64]. Se han liberado varios kits comerciales de ELISA, kits de ensayos inmunofluorescentes (IFA), proteínas recombinantes y anticuerpos monoclonales [31, [65] [66] [68]. Inicialmente, se utilizaron IFAs convencionales para seroencuestas humanas. Estos se basaron en el cultivo celular infectado por MERS-CoV como fuente de antígeno, detectando la presencia de anticuerpos humanos anti-MERS-CoV IgG, IgM o neutralizantes en muestras humanas [18, 48, 69]. No se encontró ningún signo de anticuerpos MERS-CoV entre 2.400 sueros de pacientes que visitaron el Hospital de Jeddah, desde 2010 hasta 2012, antes de la descripción de MERS-CoV [18]. Los métodos IFA tampoco detectaron ningún signo de infección previa por MERS-CoV entre una pequeña muestra de 130 donantes de sangre sanos de otro hospital de Jeddah (recogida entre enero y diciembre de 2012) [70]. De 226 trabajadores del matadero, sólo ocho (3,5%) fueron positivos por IFA, y los sueros no pudieron ser confirmados por la prueba de neutralización del virus (NT). El estudio indicó que HCoV-HKU1 era una fuente probable de antígenos de reacción cruzada en todo el virus IFA [70]. El virus completo MERS-CoV IFA también sufrió alguna reactividad cruzada con el SRAS convaleciente sera y esto no pudo resolverse mediante una prueba de NT que también fue reactiva [71]. La IFA utilizando proteínas recombinantes en lugar del virus entero IFA, ha demostrado ser una herramienta más específica [31]. Dado que se han postulado zoonosis asintomáticas [72], la ausencia de anticuerpos contra el MERS-CoV entre algunos humanos que tienen contacto regular y estrecho con camellos puede reflejar la rareza de animales infectados activamente en carnicerías, un riesgo de transmisión limitado asociado con DCs de sacrificio [70], un estado inmune cruzado de protección preexistente o algún otro factor(s) que resulta en un bajo riesgo de enfermedad y seroconversión concurrente que se desarrolla después de la exposición en este grupo. IFA usando proteínas recombinantes en su lugar. Algunos seroensayos han pasado por alto los riesgos de trabajar con virus infecciosos al crear células transfectadas que expresan porciones recombinantes de las proteínas nucleocápsidas y punzantes del MERS-CoV [48, 73], o utilizando un lentivirus recombinante que expresa la proteína de pico del MERS-CoV Un ensayo de pseudoneutralización de partículas (ppNT) ha sido ampliamente utilizado en estudios en animales y fue al menos tan sensible como la prueba tradicional de microneutralización (MNT). [10, 74, [76] [77] [78] ] Los estudios que utilizaron pequeños números de muestra y ppNT no encontraron evidencia de anticuerpos neutralizantes MERS-CoV en sueros de 158 niños con infecciones de LRT entre mayo de 2010 y mayo de 2011, 110 sera de 19 a 52 años de edad donantes de sangre masculina y 300 trabajadores autoidentificados de animales de la Región Jazan de la KSA durante 2012 [79, 80]. Del mismo modo, un estudio de cuatro pastores en contacto con una manada infectada de DC en Al-Ahsa, ocho personas que tenían contacto intermitente con la manada, 30 veterinarios y personal de apoyo que no estaban expuestos a la manada, tres trabajadores de mataderos no protegidos en Al-Ahsa y 146 controles que no estaban expuestos a DC en ningún papel profesional, no encontró ninguna evidencia serológica de infección por MERS-CoV en el pasado utilizando el ensayo ppNT [10]. Un retraso en la respuesta de anticuerpos neutralizantes a la infección por MERS-CoV se asoció con un aumento de la gravedad de la enfermedad en los casos de Corea del Sur con la mayoría de las respuestas detectables para la tercera semana de enfermedad, mientras que otros, aunque la enfermedad era grave, no respondieron durante cuatro o más semanas [81]. Las implicaciones para nuestra capacidad de detectar cualquier respuesta en casos leves o asintomáticos no fueron exploradas, pero Un brote jordano de TRT aguda en un hospital en 2012 se encontró retrospectivamente asociado a la infección por MERS-CoV, utilizando inicialmente RT-rtPCR, pero posteriormente, y en una escala mayor, a través de la positividad por ELISA y la prueba IFA o MNT. [46, 82, 83] Este brote fue anterior al primer caso de MERS en la KSA. La ELISA utilizó una proteína nucleocápsida recombinante del grupo 2 betacoronavirus bat-CoV HKU5 para identificar anticuerpos contra la proteína MERS-CoV reactiva equivalente [71]. Se validó utilizando 545 sera recolectada de personas con HCoV-OC43, HCoV-229E, SARS-CoV, HCoV-NL63, HRV, HMPV o influenza A(H1N1), pero fue supuestamente menos específica que la I También se consideró una herramienta aplicable para el cribado de grandes números de muestra [82]. Un microarray de proteína que expresa la subunidad de proteína S1 ha sido validado y ampliamente utilizado para las pruebas de DC [5, 84]. Detección de infección por MERS-CoV usando microarray de proteína ELISA o S1 [84] suele ser seguido por IFA confirmatoria y/ o una neutralización de reducción de placa (PRNT) [69, 70, 85] o MNT test. [74, 85, 86] Este proceso confirmatorio tiene como objetivo asegurar que los anticuerpos detectados sean capaces de neutralizar específicamente el virus previsto y no sean más ampliamente reactivos a otros coronavirus encontrados en DCs (coV bovina, BCoV) o humanos (HCoV-OC43, HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoV-HKU1, SARS En el estudio más grande de sueros humanos, un proceso de diagnóstico escalonado asignó tanto el SERA positivo recombinante como el SERA ELISA recombinante a la seropositividad 'etapa 1'. Un resultado seropositivo en estadio 2 requirió además un resultado PRNT adecuadamente titulado [87]. El estudio encontró que 15 SERA recolectados en 2012 a 2013 de 10.009 (0,2%) personas en 13 provincias KSA contenían anticuerpos MERS-CoV, pero proporciones significativamente mayores en se produjeron en pastores de camellos (dos de 87; 2,3 %) y trabajadores de mataderos (cinco de 140; 3,6 %) [87]. Se necesitan encuestas contemporáneas. MERS-CoV no parece ser fácilmente transmitido de DCs a los seres humanos, o tal vez es [72], pero generalmente no desencadena una respuesta inmune detectable si sólo se producen enfermedades leves o infecciones asintomáticas. Los ensayos serológicos necesitan una validación adicional en esta área, por lo que es necesario tener cuidado al trasladar algoritmos de serología diagnóstica de reciente desarrollo de un entorno de investigación a uno que informe las decisiones de salud pública, lo que se reforzó cuando un caso falso positivo en EE.UU., supuestamente infectado después de un apretón de manos y dos reuniones cara a cara, no resistió más análisis confirmatorios utilizando un ensayo NT más específico y posteriormente se retractó [88, 89]. La OMS recomienda tomar muestras de la TRL para las pruebas RT-rtPCR del MERS-CoV, especialmente cuando la recolección de muestras se retrasa una semana o más después del inicio de los síntomas. [53] Las muestras de TRL también son mejores para intentar aislar el virus infeccioso, aunque el éxito del cultivo se reduce cuando persiste la enfermedad [49]. Los tipos de muestras recomendados incluyen lavado broncoalveolar (BAL), aspirado traqueal/traqueobronquial, líquido pleural y esputo [53, 90]. Las muestras frescas arrojan mejores resultados diagnósticos que el material refrigerado [69] y si es probable que se produzcan retrasos en las pruebas de ≥72 h, las muestras (excepto sangre) deben congelarse a −70°C [90]. Si se dispone de ellas, también se pueden realizar biopsias pulmonares o tejidos de autopsia [53]. Sin embargo, la TRU es un lugar de muestreo menos invasivo y más conveniente, y se recomienda un hisopo orofaríngeo y de garganta o un aspirado/lavado nasofaríngeo cuando se va a realizar el muestreo de TRU [90]. Los sueros emparejados, recogidos de dos a tres semanas de diferencia son preferibles para las pruebas serológicas, mientras que se sugiere que una muestra única sea suficiente si se recogen dos semanas después de la aparición de la enfermedad o un único suero recogido durante los primeros 10-12 días si se realiza RT-rtPCR [53, 90]. Se ha encontrado que la orina y las heces humanas contienen ARN MERS-CoV 12 a 26 días después de la aparición de los síntomas [25, 69, 91] y se enumeran como muestras que deben considerarse [53, 90]. En dos casos que llegaron a los Países Bajos, la orina fue RT-rtPCR negativa pero las heces fueron débilmente positivas y los sueros fueron RT-rtPCR positivos durante cinco días o más [25]. El hallazgo de ARN viral MERS-CoV en el suero proporciona una vía para estudios retrospectivos basados en PCR La ARNemia también puede correlacionarse con la gravedad de la enfermedad; los signos de virus fueron eliminados del suero de un paciente recuperado, pero se mantuvo hasta la muerte de otro [92]. Los casos de sospecha clínica de MERS pueden devolver resultados negativos por RT-rtPCR. Los datos han demostrado que una o más muestras de URT negativas pueden ser contradichas mediante un muestreo adicional de URT o el uso de muestras de LRT, lo que se prefiere [2, 43, 93]. En la LRT se producen cargas virales más altas que en la URT. [22, 69, 88, 94] Esto concuerda con la observación de que la mayoría de los síntomas de la enfermedad se reportan como enfermedad sistémica y LRT [21]. Sin embargo, en ocasiones incluso los especímenes de LRT de los casos de MERS pueden ser inicialmente negativos, sólo para más tarde ser positivos por RT-PCR [95 Esto puede deberse a una mala toma de muestras cuando la tos está ausente o no es productiva o porque la carga viral es baja [95]. A pesar de esto, tanto los mayores estudios de MERS-CoV humanos [32, [96] [97] [98] y los más pequeños [22, 25, 99], utilizan muestras de la URT. Cabe destacar que un estudio reportó una asociación entre cargas más altas en la URT y peores resultados clínicos incluyendo cuidados intensivos y muerte [94]. Al escribir, no existen datos humanos para definir si el virus se replica única o preferentemente en la LRT o URT, o réplicas en otros tejidos humanos in vivo, aunque el ARN MERS-CoV se ha detectado tanto de la URT como de la LRT en un modelo de mono macaco [100].La distribución de DPP4 en las vías respiratorias superiores humanas tampoco está bien descrita. Los estudios individuales de casos humanos reportan largos periodos de eliminación viral, a veces intermitentes y no necesariamente relacionados con la presencia de síntomas de la enfermedad. [25, 69, 99, 101] En un caso, un HCW arroja ARN viral durante 42 días en ausencia de enfermedad [99]. Es un área de alta prioridad para entender mejor si estos casos son capaces de infectar a otros. Más de tres cuartas partes de los casos de MERS arrojan ARN viral en sus muestras de TL (aspirados traqueales y esputo) durante al menos 30 días, mientras que sólo el 30 % de los contactos seguían arrojando ARN en sus muestras de TRU [91, 102]. En el único estudio para examinar el efecto del tipo de muestra en el análisis molecular, se examinaron 64 aspirados nasofaríngeos (ANP; una muestra de TRU), 30 aspirados traqueales, 13 Los aspirados traqueales y el BAL devolvieron los valores de carga viral más altos seguidos por el NPA y el esputo. Como era de esperar, las cargas virales más altas generalmente coincidían con la secuenciación del genoma completo y el éxito del cultivo y, en las pruebas del NPA, estaban significativamente correlacionadas con enfermedades graves y muerte [49, 94, 103]. Este estudio demostró la importancia del muestreo de LRT para la secuenciación del genoma completo. Cuando se probó, las muestras positivas para el MERS-CoV a menudo son negativas para otros patógenos [25, 93, 104]. Sin embargo, muchos estudios no mencionan pruebas adicionales para virus respiratorios humanos endémicos [21, 23, 73, 105]. Cuando se buscan virus, se han incluido el herpesvirus humano (VHH), los rinovirus (VHR), los enterovirus (VVV), el virus sincitial respiratorio (VRS), el virus parainfluenzavirus tipos 1, 2 y 3 (VIP), los virus de la gripe (VFI), los HCoV endémicos, los adenovirus (VCD) metapneumovirus (VPM) y el virus influenza A\H1N1; en ocasiones se han encontrado codetecciones con MERS-CoV [2, 22, 37, 69, 97]. A veces se incluyen pruebas bacterianas (por ejemplo, para Legionella y Pnemocococcus), pero el impacto de la copresencia bacteriana tampoco está claro [22, [104] [105] [106]. Otras pruebas de la muestra de TRL del primer caso del MERS utilizaron IFA para detectar algunos virus (negativos para IFV, PIV, RSV y AdVs) y RT-PCR para otros (negativos para AdV, EV, MPV y HHVs) [18]. RT-PCR también detectó MERS-CoV. La OMS recomienda encarecidamente pruebas para otros patógenos respiratorios [53] pero con esta recomendación a menudo descontada, hay datos limitados para abordar la ocurrencia y el impacto de coinfecciones o diagnósticos virales alternativos entre ambos casos del MERS y sus contactos. Poco se sabe de otras causas de neumonía similar al MERS en el KSA o de la carga general de enfermedad debido a los virus respiratorios clásicos conocidos. Pruebas de peregrinos adultos que realizan el Hajj en 2012 a 2014 no ha detectado ningún MERS-CoV. En 2012, se realizaron pruebas de hisopos nasales de 154 peregrinos recogidos antes de partir hacia el KSA o partir de él [47]. En 2013, las pruebas se ampliaron significativamente con 5.235 hisopos nasofaríngeos de 3.210 peregrinos entrantes y 2.025 hisopos de peregrinos salientes probados [98]. Cabe señalar que la mayoría de los peregrinos llegaron de países libres de MERS. Se tomaron otros 114 hisopos de peregrinos con enfermedad similar a la gripe [96, 107]. En reuniones anteriores del Hajj, se descubrió que los virus de la gripe circulaban ampliamente, mientras que otros virus, a menudo rinovirus, circulaban de manera más selectiva, interpretando que indicaban su importación junto con peregrinos extranjeros [107] [108] [108] Con el tiempo, el aumento de la vacunación contra la gripe se ha acreditado como una disminución de la prevalencia de enfermedades similares a la gripe entre los peregrinos [110] A menudo no se recoge una muestra de TRL para estos estudios [98, 107, 109], por lo que los hallazgos negativos falsos son una posibilidad, aunque poco se sabe sobre el sitio inicial de infección y replicación del MERS-CoV; se puede haber supuesto que fue la TRL porque la enfermedad se notó por primera vez allí, pero la TRL puede ser el lugar de la replicación más temprana. En Jeddah entre marzo y julio de 2014 (en adelante, el brote de Jeddah-2014; Fig. 3 ), hubo un rápido aumento en los casos del MERS, acompañado de un intenso cribado; aproximadamente 5.000 muestras de dentro y alrededor de la región se probaron en un mes, produciendo alrededor de 140 detecciones del MERS-CoV (prevalencia ~3 %) [111]. Entre los 5.065 individuos muestreados y analizados en la KSA entre octubre de 2012 y septiembre de 2013, se realizaron 108 (2,1%) detecciones en una población hospital-céntrica que incluyeron casos hospitalizados (n = 2.908; 57,4 %), sus familias (n = 462; 9,1 %) y HCW asociados (n = 1.695; 33,5 %) [32]. Entre las detecciones, 19 (17,8 %) eran HCW y 10 (9,3 %) eran contactos familiares [32]. La prevalencia del 2-3 % de infecciones activas por MERS-CoV no es diferente a la prevalencia hospitalaria de otras COV humanas. [112] Sin embargo, la proporción de muertes entre los infectados por MERS-CoV es mucho mayor que la conocida por los HCoV NL63, HKU1, 229E u OC43 en otros países, e incluso superior a la de SRAS-CoV; no es un virus que pueda razonablemente ser descrito como una "tormenta en una taza de té". Es la baja tasa de transmisión que ha evitado la propagación mundial, a pesar de muchas "oportunidades". Muy temprano en el brote de MERS, algunos animales fueron altamente considerados como el reservorio o huésped(s) intermedio(s) de MERS-CoV con tres de los cinco primeros casos que tuvieron contacto con DCs [73, 113, 114]. Hoy en día, las infecciones por MERS-CoV animales deben ser reportadas a la organización mundial para la salud animal como una enfermedad emergente [115]. Un resumen de los primeros casos de MERS reportados por la OMS definió el contacto animal con humanos como directo y dentro de los 10 días previos al inicio de los síntomas [20]. Esta definición no permitió específicamente la adquisición de DCs a través de una vía basada en gotitas, que es muy probable que sea la vía de adquisición de un virus que inicialmente y predominantemente causa enfermedad respiratoria [23]. Se sabe que los camellos producen altos niveles de ARN MERS-CoV en su URT y pulmones [116]. Proporcionando apoyo para una vía de transmisión de gotitas y tal vez indicando la presencia de ARN en núcleos más pequeños y secos de gotitas, se identificó ARN MERS-CoV en una muestra de aire de alto volumen recogida de un granero que alberga un DC infectado [117]. La fuente precisa de la que los humanos adquieren MERS-CoV sigue siendo poco estudiada pero parece probable Estos factores pueden resultar importantes para los casos humanos que no describen ningún contacto DC [119] ni ningún contacto con un caso confirmado. Si la definición de contacto con animales de la OMS es suficiente para identificar la exposición a este virus respiratorio no está clara. La formulación se centra en el consumo de productos DC, pero no atribuye específicamente el riesgo a una vía de gotitas para la adquisición de MERS-CoV desde DC [120]. Algunos pacientes MERS se enumeran en los avisos de enfermedad de la OMS como próximos a los DCs o granjas, pero los individuos no han descrito entrar en contacto con los animales. No se reporta ninguna vía alternativa para adquirir infección en muchos de estos casos. Lo que constituye una definición de "contacto" durante estas entrevistas se ha definido para un estudio [72]. A pesar de esta falta de claridad, la OMS considera que la evidencia que vincula la transmisión de MERS-CoV entre DCs a humanos es irrefu La posibilidad de que los murciélagos fueran un huésped animal de MERS-CoV fue ampliamente discutida inicialmente debido a la diversidad existente de coronavirus conocidos por residir entre ellos [121] [122] [123]. Evidencia concluyente que apoya a los murciélagos como fuente de infecciones humanas por MERS-CoV todavía no se ha encontrado, pero los murciélagos parecen albergar a los representantes ancestrales [53, 125]. Sin embargo, estas no son variantes del mismo virus ni siempre dentro del mismo linaje filogenético que MERS-CoV; cada uno son un virus genéticamente distinto. La infección de murciélago a humano por MERS-CoV es un evento puramente especulativo. La única pieza de evidencia específica del MERS-CoV que apunta a los murciélagos se origina en la amplificación de un fragmento de 190 nt del gen ARN dependiente de la polimerasa del genoma del MERS-CoV, identificado en un pellet fecal de un murciélago insectívoro Emballonuridae, Taphozous perforatus encontrado en Bisha, el KSA [121]. Aunque muy corta, la secuencia del fragmento lo definió como un descubrimiento diagnóstico. Posteriormente se informó de un enlace a los DC [85] y ese enlace ha madurado en una asociación verificada [38, 126] (Fig. 4). (Véase la figura en la página anterior.) Fig. 3 Detecciones mensuales de MERS-CoV (barras azules) y de casos que murieron (barras rojas) con algunas fechas de interés marcadas para 2012 al 4 de septiembre de 2015. Se indica una aproximación de cuando la estación de parto DC [128] y cuando los DC recién nacidos son destetados. La primavera (verde) y el verano (naranja) en la Península Arábiga también están sombreados. Tenga en cuenta la escala del eje y de la izquierda para 2014 y 2015 que es mayor que para 2012/13. Fuentes de estos datos públicos incluyen la OMS, Ministerios de Salud y FluTrackers [207] [209] [209]. Versiones anteriores y posteriores de este gráfico se mantienen en un blog personal [210]. Modificado y reimpreso de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio de Oriente Medio: Una infección por coronavirus emergente rastreada por la multitud. Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con permiso de Elsevier [5] Los DCs, que constituyen el 95 % de todos los camellos, tienen una presencia central en la El contacto puede ser común y puede ocurrir de diversas maneras (Fig. 4a). Hay varios grandes festivales, razas, ventas y desfiles bien atendidos que cuentan con DCs y DCs también son mantenidos y criados cerca de áreas pobladas en el KSA [127, 128]. La leche y la carne DC son ampliamente consumidas y el DC más viejo es un animal de importancia ritual después de la peregrinación del Hajj [129]. Sin embargo, la frecuencia de infección del MERS-CoV es mucho menor que el hábito generalizado y frecuente de comer, beber y preparar productos DC. La ingestión diaria de leche DC fresca no pasteurizada es común entre los beduinos del desierto y muchos otros en el KSA. La orina DC también se consume o se utiliza para supuestos beneficios para la salud. A pesar de que la carnicería de camellos es una ocupación local, ni los carniceros ni otros grupos en riesgo son identificables entre los casos de MERS; esto puede ser simplemente un problema de información en lugar de una ausencia inexplicable de MERS. Un pequeño estudio de casos y controles publicado en 2015 identificó el contacto directo con la DC, y no la ingestión de productos, para estar asociado con la aparición de MERS [38]. La primera investigación sero-encuesta de ganado que vive en la región de Oriente Medio se llevó a cabo durante 2012-2013 [85]. Los DCs fueron muestreados a partir de una manada de canarios nacidos principalmente y de DCs omaníes (originalmente importados del Cuerno de África) [85]. b Las infecciones de camello a humano parecen ser poco frecuentes, mientras que la propagación de la infección de ser humano a ser humano se ve facilitada regularmente por una CIP deficiente en los entornos de salud donde se amplifica la transmisión, lo que explica la mayor parte de los casos. Hay casos de MERS humanos que no entran en ninguna de las categorías de origen y no está claro si estas infecciones adquiridas a través de alguna vía totalmente separada, o de casos que escaparon al diagnóstico. c Las formas hipotéticas en las que la subclínica (cuando la infección puede no alcanzar un umbral clínico previamente definido de signos y/o síntomas) o asintomáticas (sin signos obvios ni medidos, observados o recordados de enfermedad) la infección por MERS-CoV puede estar implicada en la transmisión DC sera podría neutralizar MERS-CoV mientras que todas las seras DC de Omán tenían niveles elevados de anticuerpos neutralizantes específicos de MERS- Desde este estudio, una serie de informes revisados por pares han analizado tanto a los DCs como a otros animales, y la posibilidad de que puedan albergar la infección por MERS-CoV. Se han encontrado DCs seropositivos en toda la Península Arábiga, incluyendo Omán, la KSA, Qatar, Jordania, los Emiratos Árabes Unidos (EAU), Kuwait así como Sudán, Somalia, Egipto, Túnez, Nigeria, Kenia y Etiopía en África y las Islas Canarias [85, [130] [133] [133] [134]. Otros animales probados incluyen ovejas, vacas, cerdos, caballos, burros, mulas, aves, búfalos acuáticos, cabras, camellos bactrianos, llamas y guanacos (camélidos suramericanos) pero ninguno tenía anticuerpos neutralizantes detectables contra MERS-CoV [4, 74, 78, 85, 86, 135, 136]. No se han notificado hasta la fecha estudios de virología o serología de muestras humanas procedentes de zonas de África donde hay camellos con antecedentes de MERS-CoV. Sin embargo, la ausencia de neumonía inexplicable que pueda atribuirse a la infección por MERS-CoV puede no indicar la ausencia de virus entre los seres humanos en cada país, sino simplemente reflejar la falta de costosos estudios de epidemiología realizados por países pobres en recursos. Por lo tanto, no está claro si el MERS-CoV, o una CoV relacionada con antígenos, es un patógeno no reconocido en estas regiones, quizás circulando durante más tiempo del que se ha conocido en la Península Arábiga [133]. El ARN del MERS-CoV también se ha detectado en muestras de DC, y también se ha logrado la recuperación del virus infeccioso a partir de muestras de DC [4, 77, 117, 132, [137] [139] De algunos de ellos, se han secuenciado genomas completos o mayoritarios de MERS-CoV [77, 137, 138]. Las versiones DC de MERS-CoV fueron tan similares entre sí, como las variantes detectadas de diferentes seres humanos a lo largo del tiempo y a lo largo de la distancia. Los ensayos de detección de anticuerpos anticuerpos también han detectado anticuerpos cruzados en sera. Estos se identificaron como tales mediante la detección de sera contra virus similares, por ejemplo BCoV o HCoV-OC43 (como facsímil antigénico para BCoV). Es posible que otros virus similares a MERS-CoV también residan dentro de los DCs, pero esto no menoscaba el hallazgo definitivo de secuencias genéticas de MERS-CoV tanto en DCs como en humanos [117, 142, 143]. Los estudios de detección han demostrado que los DC juveniles son más a menudo positivos para el virus o el ARN viral, mientras que los DC mayores son más propensos a ser seropositivos y ARN o virus negativos [76, 77, 144]. En los DC adultos, se ha detectado ARN MERS-CoV entre animales con anticuerpos preexistentes, lo que sugiere que es posible la reinfección [77, 144]. Las cargas virales entre DC positivos pueden ser muy altas [4, 76, 77, 139, 144] y DCs se han encontrado positivos tanto cuando están enfermos con signos respiratorios de TRU [77, 117, 142, 145] o cuando aparentemente sanos [137]. Estos hallazgos indican que los DCs hospedan infecciones naturales MERS-CoV. Además, los sera DC almacenados han revelado signos de MERS-CoV en DCs que datan de hace más de tres décadas (los más tempranos Los sera más viejos no han sido probados y, por lo tanto, cuánto tiempo los DC han sido afectados por MERS-CoV, si el virus es enzoótico entre ellos, introducidos hace décadas o siglos de murciélagos en África o la Península Arábiga, o son objeto de incursiones virales regulares pero de corta duración de un huésped aún desconocido, no pueden ser respondidos. Los investigadores buscaron determinar una dirección para la infección; estaban los DC transmitiendo virus a los seres humanos o estaban los humanos infectando DC? En un sitio de Qatar, un propietario de una granja y su empleado se enfermaron a mediados de octubre de 2013 y dieron positivo para el ARN MERS-CoV en una muestra de esputo y hisopos de garganta, respectivamente. RT-rtPCRs encontró MERS-CoV ARN en 11 de 14 hisobas nasales de DC positivas en la granja; seis (43 %) positivos Los resultados indicaron que se había producido un brote reciente en este rebaño; la primera indicación de ARN MERS-CoV encontrado en DCs con una asociación temporal a infecciones humanas; tres muestras de DC positivas fueron confirmadas por secuenciación de una porción de 358 nt del gen de la espiga; estas secuencias eran idénticas unas a otras, de nuevo con homología cercana a otras secuencias humanas y DC MERS-CoV [138]. Los DCs y contactos humanos produjeron secuencias ORF1a y ORF4b que diferían por un solo nucleótido cada una, agrupando estrechamente con la variante Hafr-Al-Batin_1_2013 [138]. Estudios de casos posteriores encontraron evidencia de una infección humana y DC concurrente y la dirección de esa infección fue inferida a partir de los DCs enfermos y a sus propietarios humanos [117, 142, 146]. Las secuencias del genoma parcial indicaron que un humano y un DC positivo de la RT-RTPCR del MERS-CoV habían sido infectados por una variante del mismo virus, albergando el mismo patrón distinto de polimorfismos de nucleótidos. [142] Todos los nueve DC en la manada del propietario, muestreados en serie, reaccionaron en un antígeno S1 recombinante ELISA, con los dos animales que habían sido positivos de la RT-rtPCR mostrando un pequeño aumento verificable del título de anticuerpos [142]. Un aumento del título teóricamente comienza 10 a 21 días después de la infección de la DC [142]. Los autores sugirieron que el aumento del título en la suera de la DC que ocurrió junto con una disminución de la carga de ARN, mientras que el paciente estaba activamente enfermo y hospitalizado, indicó que los DC fueron infectados primero seguidos por el propietario [117, 142]. Los anticuerpos BCoV también estuvieron presentes, y aumentaron en uno de los dos animales positivos RT-rtPCR, pero ninguno de ellos pudo neutralizar la infección BCoV [142]. La temporada de parto en camellos se produce en los meses de invierno (entre finales de octubre y finales de febrero; Fig. 3 ) y este puede ser un momento en el que existe un mayor riesgo para los seres humanos de derrames debido a nuevas infecciones entre las poblaciones de DC ingenuas [128]. ¿Qué papel podría desempeñar el anticuerpo de camello materna en el retraso de la infección de terneros sigue siendo desconocido [128, 142]. Los DC juveniles parecen tener una infección activa con más frecuencia que los DC adultos y, por lo tanto, el sacrificio de los DC, que debe ser de cinco años de edad o más (llamados a thane), puede no ir acompañado de un riesgo significativo de exposición a la infección. A diferencia de los resultados anteriores, los trabajadores de los mataderos que matan tanto a los DC más jóvenes como a los más viejos, pueden ser un grupo ocupacional con una incidencia significativamente mayor de seropositividad a la MERS-CoV cuando los animales tienen infecciones activas por MERS-CoV [129, 139, [147] [148] [149]. Las investigaciones virológicas ampliadas de los DC africanos pueden dar lugar a animales más seropositivos y zonas geográficas en las que los seres humanos pueden estar en riesgo. Es posible que haya zonas en las que los seres humanos ya albergan infecciones por MERS-CoV que no se han identificado debido a la ausencia de vigilancia de laboratorio. Las investigaciones virológicas de los murciélagos pueden dar lugar a hallazgos de virus ancestrales y "eslabones de pérdida viral" e identificar cualquier otra fuente animal de propagación zoonótica es importante para informar opciones para reducir la exposición humana [56, El MERS-CoV infeccioso añadido a la leche de CC, cabra o vaca y almacenado a 4 °C podría recuperarse al menos 72 h más tarde y, si se almacena a 22 °C, la recuperación fue posible hasta 48 h [150]. El título de MERS-CoV disminuyó un poco cuando se recuperó de la leche a 22 °C pero pasteurización completamente ablatada Infectividad MERS-CoV [150]. En un estudio posterior, se identificó ARN MERS-CoV en la leche, secreción nasal y heces de DCs de Qatar [151]. Un estudio único ha examinado la capacidad de MERS-CoV para sobrevivir en el medio ambiente [150]. Las superficies plásticas o de acero fueron inoculadas con 10 6 TCID 50 de MERS-CoV a diferente temperatura y humedad relativa (RH) y se intentó la A alta temperatura ambiente (30°C) y a baja RH (30 %) MERS-CoV permaneció viable durante 24 h [150]. En comparación, un virus respiratorio bien conocido y eficientemente transmitido, el virus influenza A, no pudo recuperarse en cultivo más allá de cuatro horas bajo ninguna condición [150]. Los experimentos de Aerosol encontraron que la viabilidad del MERS-CoV sólo disminuyó un 7 % a baja RH a 20°C. En comparación, el virus influenza A disminuyó un 95 % [150]. La supervivencia del MERS-CoV es inferior a la demostrada previamente para el SARS-CoV [152]. En el contexto, las bacterias patógenas pueden permanecer viables y en el aire durante 45 minutos en un aerosol tosido y pueden propagarse 4 m. La capacidad de MERS-CoV para permanecer viable durante largos períodos de tiempo le da la capacidad de contaminar completamente las superficies de Se desconoce si el MERS-CoV puede permanecer a la deriva e infeccioso durante períodos prolongados (verdaderamente aerotransportado) y si estos hallazgos amplían nuestra comprensión de las posibilidades de que las gotitas transmitan virus respiratorios en muchos entornos, incluyendo salas de espera hospitalarias, departamentos de emergencia, salas de tratamiento, instalaciones de cuidados intensivos abiertos y salas privadas de pacientes. La naturaleza y calidad del intercambio de aire, circulación y filtración son variables importantes en la medición y reducción del riesgo, así como el uso de salas de presión negativa para contener casos conocidos. Se considera que la propagación de la gota entre humanos es el mecanismo de transmisión humana a humana y se hizo hincapié en la necesidad de precauciones de las gotas después del hospital Al-Ahsa, la KSA y los brotes de Corea del Sur [21, 23, 154, 155]. La provisión de pruebas que apoyen la mejor formulación de equipos de protección personal para ser usados por los HCW que reciben, manejan o realizan procedimientos en casos infecciosos sigue siendo una prioridad. MERS-CoV fue encontrado y caracterizado por su aparente asociación con enfermedades graves, y por lo tanto más obvias, en humanos; éramos canarios en la mina de carbón. Seroensayos y estudios prospectivos de cohortes todavía no han determinado hasta qué punto los casos más leves o asintomáticos contribuyen a las cadenas de transmisión de MERS-CoV. Sin embargo, la transmisión de MERS-CoV se define como esporádica (no sostenida), intrafamiliar, a menudo asociada a la atención médica, ineficiente y que requiere contacto cercano y prolongado [22, 31, 63, 93, 97, 102, 156] En un estudio doméstico, 14 de 280 (5 %) contactos de 26 pacientes con índice positivo de MERS-CoV eran ARN o anticuerpos positivos; la tasa de transmisión general, incluso en brotes es de alrededor del 3 % [31]. Parece que la mayoría de los casos humanos de MERS-CoV, incluso cuando los números parecen aumentar repentinamente, no transmiten fácilmente a más de otro humano hasta la fecha, la epidemia localizada de MERS-CoV no ha sido autosostenible [157] [159] [160] [161]. Es decir, el número básico de reproducción (R 0 ) -el número medio de infecciones causadas por un individuo infectado en una población totalmente susceptible ha estado cerca de uno en varios grupos y brotes. Si R 0 era mayor que 1, se esperaría un aumento sostenido en el número de casos. Algunos cálculos de R o pueden verse afectados por el rastreo incompleto de los contactos de casos, pruebas comunitarias limitadas y cómo se define un caso. El MERS ha tenido una presencia constante en la Península Arábiga desde 2012 se debe a los eventos de derrames esporádicos en curso de DCs amplificados por brotes hospitalarios mal controlados. En marcado contraste, una seroencuesta de HCW que a veces estaba en contacto cercano y prolongado con el primer caso fatal de MERS-CoV en 2012 [162], encontró que ninguno de los HCW se había seroconvertido cuatro meses más tarde, a pesar de la ausencia de protección ocular y el cumplimiento variable de los estándares requeridos de EPP [162]. Al principio de la historia del MERS, las muestras para la prueba fueron recolectadas principalmente de pacientes con enfermedad grave y no de aquellos con infecciones respiratorias agudas más leves. Los contactos de los casos confirmados de MERS fueron a menudo observados para enfermedad clínica, pero no probados. Estas omisiones pueden haber confundido nuestra comprensión de la transmisión del MERS-CoV y sesginar los datos tempranos hacia un mayor número de pacientes gravemente enfermos y hospitalizados, inflando la aparente proporción de casos mortales. A medida que cambiaban los paradigmas de las pruebas y se hacían cada vez más pruebas de los contactos, se reconocían infecciones más asintomáticas y leves [163]. Un aumento en los casos llamados asintomáticos (que amplían el denominador para los cálculos de la proporción de casos mortales, definida en [164] ) dio lugar a una disminución en la proporción de casos mortales durante el brote de Yeddah-2014. Históricamente, tales aumentos son consistentes con la modificación de las definiciones y respuestas de laboratorio y el manejo clínico de una infección por virus recién descubierta que se observó por primera vez sólo entre los enfermos graves. Tras el seguimiento, más de tres cuartas partes de esas personas positivas del ARN del MERS-CoV recordaron haber tenido uno o más síntomas en ese momento, a pesar de que se notificó como asintomática [165], planteando alguna pregunta sobre la fiabilidad de otros datos Aproximadamente el 43 % de los casos MERS (549 de 1277) en la KSA fueron mortales entre 2012 y diciembre de 2015, mientras que el 21 % (72 de 330) fallecieron entre los que se produjeron fuera de la KSA. El número total de casos masculinos siempre supera en número a las mujeres y la proporción de muertes masculinas es siempre mayor que la proporción de mujeres que fallecen. Sin embargo, la proporción de muertes masculinas de varones totales con MERS es similar a la de las mujeres. En la KSA, hay una mayor proporción de varones más jóvenes entre los casos y muertes que se observaron en los brotes de Corea del Sur o Jeddah-2014 de 2015 (Fichero adicional 2: Figura S2 ). Por qué estos aspectos han diferido pueden deberse a diferencias en el tiempo de presentación y diagnóstico, la naturaleza y calidad de la atención de apoyo, la forma en que una persona se contagió (habita, exposición a una fuente humana o zoonótica, carga viral, vía de infección) o la medida en que las diferentes poblaciones se ven afectadas por enfermedades subyacentes [40]. Como grupo, los HCW representaron el 16 % de los casos de MERS en la KSA y Corea del Sur. Es evidente que la proporción semanal de HCW infectados aumenta junto con cada fuerte aumento en las detecciones generales (Fig. 5). En mayo de 2013, la OMS publicó directrices para IPC durante el cuidado de casos probables o confirmados de infección por MERS-CoV en un entorno sanitario [166]. Estos aumentos en las detecciones de MERS-CoV pueden disminuir la edad media durante cada evento debido a que los HCW son generalmente más jóvenes que los pacientes internados con MERS. Las instalaciones sanitarias han sido un objetivo regular de mejoras sugeridas para mejorar los procedimientos de prevención y control de infecciones (IPC) [115, 118]. La mayor parte del análisis de la genética MERS-CoV se ha realizado utilizando métodos de secuenciación de alto rendimiento o "profundo" para la deducción completa del genoma [167] [168] [169]. MERS-CoV fue el primer sujeto de un uso tan extendido de secuenciación profunda para estudiar un brote viral emergente con alcance global. La técnica puede producir genómica [207] [209]. Las versiones anteriores y posteriores de esta tabla se mantienen en un blog personal [210] cobertura de longitud en un solo experimento con medición altamente repetitiva de cada posición de nucle A pesar de los ensayos publicados al principio, la secuenciación subgenómica, una vez el pilar de los estudios de brotes virales, se ha publicado con menos frecuencia durante la caracterización de MERS-CoV [48]. A medida que se han caracterizado más genomas tanto de humanos como de DC, se han hecho evidentes dos clados; A y B (Fig. 6). Clade A contiene sólo genomas de MERS-CoV derivados del hombre de Jordania, mientras que Clade B comprende la mayoría de genomas humanos y de camellos deducidos hasta ahora [168]. Dos estudios durante 2015, uno mirando a variantes de Jeddah-2014 MERS-CoV y otro mirando a una variante exportada de Corea del Sur a China, ahora han identificado signos de recombinación genética entre variantes de MERS-CoV. Si bien las secuencias del genoma humano y del genoma entero de camello han conservado una identidad de >99 % entre sí, los miembros de linajes genéticamente distintos pueden intercambiar material genético y lo hacen cuando co-ocurren condiciones adecuadas y co-fecciones [170] [171] [172]. La identidad compartida implica que la principal fuente de adquisición humana es el DC, en lugar de otro animal, aunque se necesitan más pruebas de otras especies animales para confirmar esa conclusión. Durante un mes, un virus de DC secuenciado en diferentes ocasiones no cambió en absoluto indicando un grado de estabilidad genómica en su huésped, apoyando que los DC son el anfitrión natural, en lugar de intermedio, del MERS-CoV que conocemos hoy [77]. Hasta la fecha, la recombinación se ha localizado en puntos de ruptura cerca del límite entre las regiones ORF1a y ORF1b, dentro del gen de pico [170] No es inesperado que la recombinación se produzca ya que es bien conocida entre otras CoVs [124] y porque la mayoría de los genomas enteros del MERS-CoV recogidos a partir de muestras de tres años (2012-2015) y de seres humanos, camellos y diferentes países han mostrado una identidad genética cercana entre sí, con una variación sutil suficiente para apoyar investigaciones de brotes mientras se aplique la secuenciación del genoma completo [52, 77, 135, 138, 168, [173] [174] [175]. Los cambios en la secuencia del genoma pueden anunciar alteraciones en la transmisibilidad del virus, replicación, persistencia, letalidad o respuesta a medicamentos futuros. Si tenemos conocimiento previo del impacto de los cambios genéticos debido a estudios de caracterización exhaustivos, podemos establecer una estrecha relación genética entre las secuencias de nucleótidos del MERS-CoV (cargado desde GenBank utilizando los números de adhesión enumerados y Este árbol de unión vecino fue creado en MEGA v6 utilizando una alineación de las secuencias humanas y DCderivadas de MERS-CoV (Genious v8.1 [211] ). Clades se indican junto a barras verticales azules oscuras (Clade A) o pálidos (Clade B). Los iconos de camello denotan genomas de DC. Los brotes sanitarios o comunitarios se encajonan y etiquetan utilizando esquemas previamente descritos [212, 213] monitorean las regiones genómicas y entienden mejor cualquier cambio en la transmisión o patrones de enfermedad a medida que ocurren. Las mutaciones genéticas observadas durante el mayor de los brotes humanos, Jeddah-2014, no impartieron ningún cambio importante replicativo o inmunomodulador cuando se comparan con las variantes virales anteriores in vitro [156, 176]. Sin embargo, entendemos muy poco de los resultados fenotípicos que resultan del cambio genético sutil en Hasta la fecha no se ha informado de ninguna relevancia clínica ni de cambios in vivo evidentes en la replicación, eliminación o transmisión vírica, o se ha atribuido a mutaciones o a nuevos virus recombinantes [156]. Pero se necesitan vigilancia y estudios más grandes, contemporáneos e in vivo. La secuencia genomática localizada a un clado distinto se identificó a partir de un DC egipcio que probablemente fue importado de Sudán. Esto no encaja en ninguno de los clados actuales [125, 168, 177]. Un virus secuenciado a partir de un murciélago Neoromicia capensis estaba más estrechamente relacionado con el MERS-CoV que otras grandes secuencias derivadas de murciélagos habían estado hasta ese punto, pero el genoma de una variante de un MERS-CoV aún no se ha descubierto y deducido de cualquier murciélago [125]. Los análisis de genomas del MERS-CoV han demostrado que la mayoría de las diferencias nucleó 2), que codifica la proteína de pico y proteínas accesorias [168]. Al menos nueve genomas del MERS-CoV contenían sustituciones de aminoácidos en el dominio de unión a los receptores (RBD) de la proteína de pico y los codones 158 (región N-terminal), 460 (RBD), 1020 (en la repetición de heptad 1), 1202 y 1208 investigación de osos como marcadores de cambio adaptativo [140, 169]. La proteína de pico no había cambiado en el genoma recombinante del MERS-CoV identificado en China en 2015, pero se informó que había variado a un ritmo superior al de genomas completos del MERS-CoV, entre variantes surcoreanas [172, 178]. Esto destaca que las regiones subgenómicas pueden no siempre contener suficiente diversidad genética para ser útiles para diferenciar variantes virales. A pesar de esto, un ensayo que amplificaba un fragmento de nucleótido 615 del gen de dominio S2 de pico para la secuenciación de Sanger coincidió con los resultados generados por la secuenciación de algunos genomas completos y fue útil para definir grupos de secuencias adicionales [177]. La secuencia genómica también se puede utilizar para definir los límites geográficos de un cúmulo o brote y monitorear su progreso, basado en la similitud de las variantes encontradas entre humanos y animales infectados cuando ocurren juntos, o entre diferentes sitios y tiempos (Fig. 6 ) [169]. Este enfoque se utilizó al definir el brote de hospital MERS con limitaciones geográficas en Al-Ahsa, que ocurrió entre el 1 de abril y el 23 de mayo de 2013, así como los cúmulos en Buraidah y un brote comunitario en Hafr Al-Batin, el KSA. La secuenciación genómica identificó que aproximadamente 12 detecciones de MERS-CoV de un brote comunitario en Hafr Al-Batin entre junio y agosto de 2013 pudieron haber sido desencadenadas por un caso índice que se infectó a través del contacto DC [175]. La secuenciación de genomas de MERS-CoV del brote hospitalario de Al-Ahsa de 2013 indicó que múltiples variantes virales contribuyeron a los casos, pero que la mayoría fueron lo suficientemente similares entre sí como para ser consistentes con la transmisión humano-humana. La epidemiología molecular ha revelado enlaces ocultos en cadenas de transmisión que abarcan un período de hasta cinco meses [179]. Sin embargo, la mayoría de los brotes no han continuado durante más de dos a tres meses y por lo tanto las oportunidades para que el virus se adapte más a los seres humanos a través de la coinfección y el tránsito en serie sostenido han sido raras [169]. En Riad-2014, la evidencia genética apoyaba la probabilidad de múltiples introducciones externas de virus, implicando una gama de instalaciones de salud en un caso que de otro modo parecía contiguo [23, 168, 179]. Riad es un nexo para el viaje de camellos y humanos y ha tenido más casos MERS que cualquier otra región de la KSA hasta la fecha, pero también alberga una amplia gama de variantes MERS-CoV [128, 167, 179]. Sin embargo, el brote surcoreano se originó de una sola persona infectada, resultando en tres a cuatro generaciones de casos [180, 181]. Estudios de esta variante viral aparentemente recombinante no encontraron un aumento de la tasa evolutiva y ningún signo de adaptación al virus, por lo que el brote parece haber sido impulsado por circunstancias más que por circunstancias junto con mutación [181]. Para muchos casos MERS detectados fuera de la Península Arábiga, se El rastreo de contacto es esencial para contener la aparición y transmisión de un nuevo virus y hoy en día está apoyado por la epidemiología molecular. Aunque es un proceso costoso y que consume tiempo, el rastreo de contacto puede identificar posibles nuevas infecciones y, a través del monitoreo activo o pasivo, reaccionar más rápidamente si la enfermedad se desarrolla. Los resultados del rastreo de contacto hasta la fecha han encontrado que la transmisión continua entre los seres humanos es un evento poco frecuente. Por ejemplo, hubo 83 contactos, tanto sintomáticos como asintomáticos, de un caso tratado en Alemania que viajó desde los Emiratos Árabes Unidos pero no se encontraron signos de virus o anticuerpos en ninguno de ellos [73]. En un estudio de 123 contactos de un caso tratado en Francia, sólo siete coincidieron con la definición de un posible caso y fueron probados; uno que había compartido una habitación hospitalaria de 20 m2 mientras que en una cama a 1,5 m de distancia del caso índice durante un período prolongado fue positivo [26]. Ninguno de los contactos de los dos primeros casos MERS importados a los EE.UU. en 2014 contenía ninguna huella MERS-CoV [182] y ninguno de los 131 contactos de dos viajeros que regresaron a los Países Bajos desarrolló anticuerpos MERS-CoV o testó ARN positivo [25, 183]. Los análisis de datos públicos revelan muchos casos probables de adquisición nosocomial de infección en la Península Arábiga y estos datos pueden ir acompañados de algunos detalles que señalan el contacto con un caso o instalación conocido. Un ejemplo identificó el papel probable de un paciente con una infección subclínica, presente en un hospital durante su ingreso por otras razones, como el caso índice más probable que desencadena un grupo familiar [93]. El rastreo de contacto fue un factor significativo en la terminación de un brote de 2015 con múltiples hospitales surcoreanos [184]. Estos estudios demuestran la necesidad de encontrar y comprender un papel para los casos leves y asintomáticos, junto con la restricción del contacto cercano o la exposición prolongada de las personas infectadas a otras, especialmente familiares mayores y amigos con enfermedad subyacente (Fig. 4c). El brote asociado al hospital en Jeddah en 2014 fue la acumulación más grande y rápida de las detecciones de MERS-CoV hasta la fecha. El mayor número de detección de MERS-CoV de cualquier mes registrado se produjo en Yeddah en abril. El brote se asoció principalmente (> 60 % de los casos) con la propagación de seres humanos a seres humanos dentro de los entornos hospitalarios y se debió a la falta de prevención y control de las infecciones o a su desorganización [37, 185, 186]. Un aumento de las muertes siguió al rápido aumento del número de casos. En 2015 ocurrieron dos grandes brotes. Corea del Sur fue el lugar del primer brote a gran escala fuera de la Península Arábiga y produjo los primeros casos tanto en Corea del Sur como en China, entre mayo y julio de 2015. Esto fue seguido de cerca por un brote distinto en la provincia de Ar Riyad, en la KSA, que parecía estar bajo control a principios de noviembre. Después de permanecer en Bahréin durante dos semanas, un varón de 68 años (68 M) viajó a Corea del Sur vía Qatar, llegando libre de síntomas el 4 de mayo de 2015 [187]. Desarrolló fiebre, Visitó una clínica como ambulatorio entre los días 12 y 15 de mayo y fue ingresado en el Hospital A el día 15 [188]. Fue dado de alta del Hospital A el día 17 y luego fue ingresado en el servicio de urgencias del Hospital B el día 18. Durante esta segunda estancia, se tomó una muestra de esputo y dio positivo para el MERS-CoV el día 20 [187, 188], desencadenando el traslado al centro de tratamiento de aislamiento designado. Durante un período de 10 días, el caso índice fue visto en tres hospitales diferentes, demostrando una característica clave de "compra hospitalaria" que conformó el brote surcoreano. Aproximadamente 34 personas fueron infectadas durante este tiempo [187]. En total 186 casos fueron generados en este brote, todos vinculados a través de una única cadena de transmisión a 68 M; 37 casos murieron [189]. En Corea del Sur, el sistema nacional de seguro médico prevé una atención médica de costo relativamente bajo, sufragando algunos costos al hacer que los familiares sean responsables de una parte de la administración de los enfermos, lo que a veces los hace permanecer durante largos períodos en las habitaciones que a menudo tienen más de cuatro camas en ellas [24]. Otros factores que se pensaba que habían permitido este brote eran la falta de familiaridad de los médicos locales con MERS, la facilidad con la que el público puede visitar y ser tratado por hospitales terciarios, la costumbre de visitar a amigos y familiares enfermos en hospitales, la naturaleza jerárquica de la sociedad coreana, las salas de emergencia abarrotadas, las medidas deficientes del IPC, la falta de salas de aislamiento de presión negativa y la mala comunicación interhospitalaria de los historiales de enfermedades de los pacientes [24, [190] [191] [192]. Hasta la fecha se han comunicado pocos detalles clínicos sobre estos casos y los detalles sobre la transmisión y el rastreo de los contactos son mínimos. Los hospitales involucrados inicialmente no fueron identificados, la orientación y las acciones gubernamentales produjeron mensajes confusos y hubo una comunicación muy limitada en los primeros tiempos, lo que dio lugar a preocupaciones innecesarias, desconfianza y un impacto económico distinto [191, [196] [197] [198]. Al principio del brote, un viajero infectado, hijo de un caso identificado en Corea del Sur, pasó por Hong Kong en su camino a China, donde estaba ubicado, aislado y atendido en China [91, 199, 200]. No hubo contactos que enfermaran.El brote se puso bajo control a finales de julio/a principios de agosto [201] después de que se emplearan medidas mejoradas del IPC, seguimiento y cuarentena de contactos sólidos, pruebas de laboratorio ampliadas, hospitales fueron mejor asegurados, se envió personal especializado para gestionar los casos Una revisión de los datos públicos mostró que, al igual que en el caso del MERS en la KSA, la edad avanzada y la presencia de enfermedad subyacente se asociaron significativamente con un desenlace fatal en Corea del Sur. [40] Aunque R 0 es <1, los eventos de superdifusión facilitados por circunstancias creadas en entornos de salud y caracterizadas por tamaños de clúster superiores a 150, como este, no son inesperados por la infección por MERS-CoV [204]. La dinámica de un brote depende de la R 0 y de los patrones de eliminación viral de un individuo, el tipo y la frecuencia de contacto, los procedimientos hospitalarios y la estructura y densidad de la población [204]. En la región de Ar Riyad, incluida la capital de Riad, se inició un cúmulo hospitalario dentro de un solo hospital a partir de finales de junio de 2015 [205]. A mediados de septiembre se habían notificado aproximadamente 170 A pesar de la introducción continua y posiblemente estacional del virus en la población humana a través de los DC infectados y tal vez otros animales que aún no se han identificado, la gran mayoría de la transmisión del MERS-CoV se ha producido de seres humanos infectados a no infectados en contacto cercano y prolongado a través de circunstancias creadas por un control deficiente de las infecciones en los entornos de atención de la salud. Este virus oportunista ha tenido su mayor impacto en las personas con enfermedades subyacentes y esas personas vulnerables, que a veces sufren múltiples comorbilidades, se han asociado con mayor frecuencia con los hospitales, creando una tormenta perfecta de exposición, transmisión y mortalidad. No está claro si este grupo se ve afectado de manera única por el MERS-CoV o si otras infecciones respiratorias, incluidas las de los HCoV, producen un impacto igualmente grave. En Corea del Sur, un solo caso importado creó un brote de 185 casos y 36 muertes que tuvieron un impacto desproporcionado en el desempeño económico, el comportamiento de la comunidad y la confianza en el gobierno y el sistema de atención de la salud. La transmisión del hogar de seres humanos a seres humanos se produce, pero también es limitada. Los programas educativos serán herramientas esenciales para combatir la propagación del MERS-CoV tanto dentro de las comunidades urbanas y regionales como para el entorno de atención de la salud. La vigilancia sigue siendo importante para la contención, ya que el MERS-CoV es un virus con una composición genética que se ha observado durante sólo tres años y no es estable. Entre todos los seres humanos que se han notificado que están infectados, casi el 40% han muerto. La secuenciación del genoma completo se ha utilizado extensamente para estudiar el recorrido y la variación del MERS-CoV y aunque sigue siendo una herramienta para expertos, parece ser la mejor herramienta para el trabajo. El MERS y el SRAS tienen algunas similitudes clínicas pero también difieren significativamente [206]. Entre las características definitorias se incluyen el PFC más alto entre los casos del MERS (superior al 50 % en 2013 y actualmente en el 30-40%; muy por encima del 9 % del SRAS) y la asociación más alta entre el MERS mortal y los hombres mayores con comorbilidades subyacentes. Para los virus, el MERS-CoV tiene un tropismo más amplio, crece más rápidamente in vitro, induce más rápidamente cambios citopatógenos, desencadena respuestas transcripcionales distintas, hace uso de un receptor diferente, induce un estado más proinflamatorio y tiene una respuesta antiviral tardía en comparación con el SRAS Parece haber una prevalencia del 2-3 % de MERS-CoV en la KSA con una probabilidad del 5 % de transmisión secundaria dentro del hogar. Hay un mayor riesgo de infección a través de ciertas ocupaciones en ciertos momentos y una probabilidad mucho mayor de propagación a otros seres humanos durante circunstancias creadas por los humanos, lo que impulsa una transmisión más efectiva que cualquier R 0 predeciría sobre el valor facial. Sin embargo, a pesar de las múltiples concentraciones masivas que han proporcionado al virus muchos millones de oportunidades de propagación, no se han reportado brotes de MERS o MERS-CoV durante o inmediatamente después de estos eventos. No hay evidencia de que el MERS-CoV sea un virus de preocupación pandémica. Sin embargo, los entornos hospitalarios continúan describiendo casos y brotes de MERS en la Península Arábiga. Mientras facilitemos la propagación del MERS-CoV entre nuestras poblaciones más vulnerables, el mundo debe permanecer en alerta para los casos que puedan ser exportados con mayor frecuencia cuando un país de acogida con reservorios de camellos infectados está experimentando conglomerados o brotes humanos. El MERS-CoV parece ser un virus enzoótico que infecta a la URT DC con evidencia de recombinación genética reciente. Puede que una vez haya tenido su origen entre los murciélagos, pero falta evidencia y la relevancia de ello para la epidemia actual es académica. Gracias a la acción rápida, las herramientas de diagnóstico molecular sensibles y rápidas necesarias para lograr un objetivo de detección rápido y sensible han sido establecidas y ampliamente disponibles desde que el virus fue reportado en 2012. RT-PCR pruebas de muestras de LRT siguen siendo el estándar de oro para la confirmación del MERS-CoV. Las herramientas serológicas siguen surgiendo pero necesitan una validación adicional utilizando muestras de infecciones leves y asintomáticas y un estudio de cohorte densamente muestreado para seguir los contactos de nuevos casos puede abordar esta necesidad. Del mismo modo, la importante cuestión de si aquellos que eliminan el ARN MERS-CoV durante períodos prolongados son infecciosos mientras aparecen bien, sigue sin respuesta. Incluso no está claro cuántas infecciones 'asintomáticas' se han descrito y reportado correctamente, lo que a su vez plantea preguntas sobre la fiabilidad de la recolección de otros datos clínicos hasta la fecha. Si bien la virología básica del MERS-CoV ha avanzado en el transcurso de los últimos tres años, la comprensión de lo que está sucediendo en, y la interacción entre, camello, medio ambiente y humano todavía está en su infancia.

¿Cuánto tiempo después de que Infectious MERS-CoV añadido a la leche de DC, cabra o vaca y almacenado a 4°C podría ser recuperado?

MERS coronavirus: diagnóstico, epidemiología y transmisiónhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4687373/SHA: f6fcf1a99cbd073c5821d1c4ffa3f2c6daf8ae29Autores: Mackay, Ian M.; Arden, Katherine E.Fecha: 2015-12-22DOI: 10.1186/s12985-015-0439-5Licencia: cc-byAbstract: Los primeros casos conocidos de síndrome respiratorio de Oriente Medio (MERS), asociados con la infección por un nuevo coronavirus (CoV), se produjeron en 2012 en Jordania, pero se informó retrospectivamente.El primer caso que se informó públicamente fue de Jeddah, en el Reino de Arabia Saudita (KSA). Desde entonces, las secuencias de MERS-CoV se han encontrado en un murciélago y en muchos camellos dromedarios (DC). MERS-CoV es enzoótico en toda la Península Arábiga y en partes de África, causando enfermedades leves del tracto respiratorio superior en su reservorio de camellos y infecciones humanas esporádicas, pero relativamente raras. Precisamente cómo el virus transmite a los seres humanos sigue siendo desconocido, pero la exposición estrecha y prolongada parece ser un requisito. El KSA es el punto focal de MERS, con la mayoría de los casos humanos. En los seres humanos, MERS se conoce principalmente como una enfermedad del tracto respiratorio inferior (RTL) que incluye fiebre, tos, dificultades respiratorias y neumonía que puede progresar a síndrome de dificultad respiratoria aguda, fallo multiorgánico y muerte en un 20% a 40% de los infectados. Sin embargo, MERS-CoV también se ha detectado en enfermedades leves y similares a En comparación con el síndrome respiratorio agudo grave (SARS), otra enfermedad zoonótica del coronavirus a veces fatal que ha desaparecido desde entonces, el MERS progresa más rápidamente hacia la insuficiencia respiratoria y la lesión renal aguda (también tiene afinidad por el crecimiento de las células renales en condiciones de laboratorio), es más frecuente en los pacientes con enfermedad subyacente y es más a menudo fatal. La mayoría de los casos humanos de MERS se han relacionado con fallos en la prevención y el control de infecciones (IPC) en los entornos de salud, con aproximadamente el 20% de todas las detecciones de virus notificadas entre los trabajadores de la salud (HCWs) y exposiciones más altas en aquellos con ocupaciones que los ponen en estrecho contacto con camellos. Los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) han estado disponibles casi desde el comienzo de la aparición de MERS. Mientras que la virología básica de MERS-CoV ha avanzado en los últimos tres años, la comprensión de la interacción entre camello, medio ambiente y restos humanos limitados. MATERIAL SUPLEMENTO ELECTRÓNICO: La versión en línea de este artículo (doi:10.1186/s12985-015-0439-5) contiene material suplementario, que está disponible para los usuarios autorizados. Texto: Un correo electrónico del Dr. Ali Mohamed Zaki, un virólogo egipcio que trabaja en el Hospital Dr. Soliman Fakeeh en Jeddah en el Reino de Arabia Saudita (KSA) anunció la primera cultura de un nuevo coronavirus al mundo. El correo electrónico fue publicado en el sitio web de la red de enfermedades emergentes profesionales (ProMED) el 20 de septiembre de 2012 [1] (Fig. 1) y describió el primer caso reportado, un hombre de 60 años de edad de Bisha en la KSA. Esta información llevó al rápido descubrimiento de un segundo caso del virus, esta vez en un paciente enfermo en el Reino Unido, que había sido transferido de Qatar para su atención [2]. El nuevo virus fue inicialmente llamado coronavirus nuevo (nCoV) y subsecuentemente titulado el síndrome de respiración del Oriente Medio coronavirus (MERS-CoV). A partir del 2 de septiembre de 2015, ha habido 1.493 detecciones de ARN viral o anticuerpos específicos del virus en 26 países (Fichero adicional 1: Figura S1) confirmado por la Organización Mundial de la Salud (OMS), con más de un tercio de las personas positivas muriendo (al menos 527, 35 %) [3]. Desde ese primer informe, un lento proceso de descubrimiento durante los siguientes dos o tres años reveló un virus que había infectado más del 90 % de los camellos dromedarios adultos (DC; Camelus dromedario) en la KSA [4], también en los países en desarrollo de toda la Península Arábiga y partes de África que son una fuente de importaciones de DC para la KSA [5]. Hasta la fecha, el MERS-CoV no se ha detectado en los países en desarrollo sometidos a pruebas en zoológicos o rebaños de otras partes del mundo [6] [7] [9]. Ocasionalmente, el virus se transmite de los DC infectados a los seres humanos expuestos. La transmisión posterior a otros seres humanos requiere una exposición relativamente cercana y prolongada [10]. Se patentó el primer aislado viral y se planteó la preocupación de que ello limitaría el acceso tanto al virus como a los diagnósticos virales [11, 12]. Sin embargo, los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) se describieron rápidamente y el virus se puso a disposición de forma gratuita, sujeto a consideraciones rutinarias de bioseguridad [13]. La epidemiología y la investigación posteriores han identificado al receptor celular como exopeptidasa dipeptidil peptidasa 4 (DPP4; también llamada CD26); que el MERS-CoV tiene un amplio tropismo, replicando mejor en algunas líneas celulares y provocando una respuesta más proinflamatoria que el SARS-CoV; está muy extendido en los DC; tiene el potencial de infectar a otros animales y que el MERS mata a su huésped humano con más frecuencia que el SARS (20-40% frente al 9 % para el SARS [14] ) [15] [16] [17] [19]. El MERS-CoV se propaga esporádicamente entre las personas, causando enfermedades más graves entre los adultos mayores, especialmente los varones, con enfermedades preexistentes.La propagación del MERS-CoV entre los seres humanos se ha asociado a menudo con brotes en los hospitales, con alrededor del 20% de todos los casos hasta la fecha en los que han participado trabajadores de la salud (HCWs).Aunque los DC parecen sufrir el equivalente a un "frío común" de la infección por MERS-CoV, en los seres humanos el virus puede ser un patógeno más grave y oportunista asociado con la muerte de hasta el 40% de los casos notificados. Aún no se ha establecido si las infecciones que se cree que se han adquirido de una fuente animal producen un resultado más grave que los que se propagan entre los seres humanos [20]. Los estudios han establecido que el período medio de incubación para el MERS es de cinco a seis días, que van de dos a 16 días, con 13 a 14 días entre el inicio de la enfermedad en una persona y posteriormente se extiende a otra [21] [22] [23]. Entre aquellos con enfermedad progresiva, la mediana de tiempo hasta la muerte es de 11 a 13 días, que van de cinco a 27 días [23, 24]. La fiebre y los síntomas gastrointestinales pueden formar un pródromo, después de lo cual los síntomas disminuyen, sólo para ser seguidos por un síndrome sistémico y respiratorio más grave [25, 26]. La primera definición de caso de la OMS [27] definió los casos probables de MERS basados en la presencia de enfermedad febril, tos y el requisito de hospitalización con sospecha de compromiso del tracto respiratorio inferior (RTL), incluyendo también roles para el contacto con un caso probable A partir de julio de 2013, la definición revisada del caso de la OMS incluía la importancia de buscar y comprender el papel de los casos asintomáticos y, a partir de junio de 2014, la definición de la OMS indicaba más claramente que un caso confirmado incluía a cualquier persona cuya muestra fuera RT-PCR positiva para MERS-CoV, o que produjera una seroconversión, independientemente de los signos y síntomas clínicos. [28] [30] Aparte de los informes de la OMS y del Ministerio de Salud de la KSA, los casos asintomáticos o subclínicos de infección por MERS-CoV se documentaron en la literatura científica, aunque no siempre tan a menudo como ocurrió a principios de [31, 32]. La definición del caso de la KSA se hizo más estricta el 13 de mayo de 2014, basándose en la presencia de ambas características clínicas y confirmación de laboratorio [33]. Las pruebas de personas asintomáticas fueron recomendadas a partir de diciembre de 2014 [34], reforzadas por una definición de caso publicada por el Ministerio de Salud de la KSA en junio de 2015 [35]. La KSA ha sido la fuente del 79 % de los casos humanos. El MERS severo es notable por su impacto entre los hombres mayores con enfermedades comorbidas, incluyendo diabetes mellitus, cirrosis y diversas afecciones pulmonares, renales y cardíacas [36] [38]. Interesantemente en junio de 2015, un brote en Corea del Sur siguió una distribución similar [39, 40]. Entre los casos confirmados en laboratorio, los signos y síntomas de fiebre, tos y tracto respiratorio superior (URT) generalmente ocurren primero, seguidos en una semana por trastornos progresivos de TL y linfopenia [37]. Los pacientes a menudo se presentan a un hospital con neumonía o peor, y se han notificado infecciones Según se informa, el MERS ha matado aproximadamente el 35 % de todos los casos notificados, el 42 % de los casos en la KSA, pero sólo el 19 % de los casos en Corea del Sur, donde la mortalidad osciló entre el 7 % entre los grupos de edad más jóvenes y el 40 % entre los de 60 años o más [42] ; todos pueden ser valores inflados con infecciones asintomáticas o leves a veces no buscadas o no reportadas [34]. La atención de apoyo general es clave para tratar los casos graves [43]. Rara vez se informa que los niños menores de 14 años son positivos para la MERS-CoV, que comprende sólo el 1,1% (n = 16) del total de casos notificados. Entre el 1 de septiembre de 2012 y el 2 de diciembre de 2013, un estudio describió el recuento de casos pediátricos en la KSA, que se situaba en 11 (dos a 16 En Amman (Jordania), se probaron 1.005 muestras de niños hospitalizados menores de dos años con fiebre y/o signos y síntomas respiratorios, pero ninguna fue positiva para ARN MERS-CoV, a pesar de haber sido recolectadas en un momento similar al primer brote conocido de MERS-CoV en la ciudad vecina de Al-Zarqa [45]. Un segundo trimestre de mortinato ocurrió en una mujer embarazada durante una enfermedad respiratoria aguda y aunque no fue RT-rtPCR positivo, la madre desarrolló posteriormente anticuerpos contra MERS-CoV, sugestivos de infección reciente [46]. Su historia de exposición a un pariente positivo de MERS-CoV RT-rtPCR y un esposo anticuerpo reactivo, su período de incubación y su historia sintomática cumplieron los criterios de la OMS para ser un probable caso de MERS-CoV [46]. Los métodos de diagnóstico se publicaron dentro de los días del correo electrónico ProMED anunciando el primer caso MERS [47], incluyendo varios ensayos RT-rtPCR (Fig. 2 ) y cultivo de virus en células Vero y LLC-MK2 [18, 47, 48]. Un adenocarcinoma colorrectal (Caco-2 ) línea celular epitelial ha sido recomendado desde entonces para el aislamiento de infecciones MERS-CoV [49]. Anteriormente [18].. Los marcos de lectura abiertos se indican como rectángulos amarillos entre corchetes por regiones terminales no traducidas (UTR; rectángulos grises ). FS-frame-shift. Las regiones predictas que abarcan puntos de ruptura de recombinación se indican por píldoras naranjas. Creado utilizando Geneious v8.1 [211] y anotado usando Adobe Illustrator. Bajo este esquema se muestra la ubicación de los imprimadores RT-PCR (las flechas azules indican la dirección) y oligoprobes (rectángulos verdes) utilizados en los primeros ensayos de cribado RT-rtPCR y en los convencionales, seminés (tres imprimaciones) RT-PCR confirmatorios de secuenciación [47, 48]. El orden de publicación se observa por primera [27 de septiembre de 2012; rojo] y segundo [6 de diciembre de 2012; naranja] rectángulos de color; ambos de Corman y otros [47, 48] Los ensayos recomendados por la OMS se destacan debajo por puntos amarillos [53]. El imprimador reverso NSeq ha contenido consistentemente una secuencia incompatibilidad con algunas variantes de MERS-CoV. Una versión alterada de la de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio del Oriente Medio: Una Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con el permiso de Elsevier [5] revisó el amplio tropismo de MERS-CoV [5]. Sin embargo, como se describe bien, el cultivo celular es un método lento, especializado e insensible [50] mientras que las técnicas basadas en PCR son el método preferido para la detección de MERS-CoV. Los primeros marcos de lectura abiertos (ORF 1a y 1b; Fig. 2) se han convertido en un objetivo diagnóstico clave y taxonómico para la identificación de especies CoV. Con menos del 80 % de identidad entre la secuencia de aminoácidos de MERS ORF 1ab y parientes del betacoronavirus, Tylonycteris Bat HKU4 y Pipistrellus Bat HKU5, se puede concluir que es un virus novedoso y distinto. Las proteínas estructurales incluyen el pico (S), la envoltura (E), la membrana (M) y el nucleocápsido (N) [52]. Se prevé que los productos de ORF1a y ORF1b codificarán proteínas no estructurales. La mayoría de los ensayos de muestras realizados hasta la fecha han empleado ensayos RT-rtPCR validados que han demostrado ser sensibles y específicos [47, 48, 53]. El kit de RealStar® utiliza estos ensayos recomendados por la OMS [54]. Las secuencias objetivo de estos ensayos de cribado no han cambiado entre los genomas examinados hasta al menos mediados de 2015 (observación IMM). Otros ensayos RT-rtPCR han sido desarrollados y validados para su uso como herramientas de diagnóstico basadas en laboratorio [55] [56]. Además, los ensayos isotérmicos [58, 59] o recombinasa polimerasa [60] La detección del antígeno MERS-CoV no ha sido común hasta la fecha, pero la combinación de corto tiempo de retorno de la prueba al resultado, alto rendimiento e identificación de proteínas virales hace que esta opción sea atractiva. La detección de proteínas virales en lugar de ARN viral indica la probable presencia de virus infecciosos. La primera herramienta inmunocromatográfica rápida descrita podría detectar proteína nucleocápsida MERS-CoV recombinante de hisopos nasales DC con sensibilidad al 94 % y especificidad al 100 % en comparación con RT-rtPCR [61]. Un enfoque diferente utilizó una captura basada en anticuerpos monoclonales ELISA dirigida a la proteína nucleocápsida MERS-CoV con una sensibilidad de 10 3 CCID 50 y especificidad al 100 % [62]. La demostración de una seroconversión a una infección por MERS-CoV cumple con la definición actual de la OMS de un caso tan optimizado y ampliamente validado que los seroensayos empleados junto con buenas historias clínicas son útiles para identificar la infección por MERS-CoV y ayudar a apoyar estudios de transmisión. Debido a que las pruebas serológicas son, por su naturaleza, retrospectivas, es habitual detectar una huella viral, en forma de anticuerpos, en ausencia de signos o síntomas de enfermedad y a menudo en ausencia de ARN viral [63]. Las seroencuestas estratégicas y generalizadas de seres humanos que utilizan muestras recogidas después de 2012 son infrecuentes. Gran parte de la Península Arábiga y todo el Cuerno de África carecen de datos de referencia que describan la proporción de la comunidad que puede haber sido infectada por un MERS-CoV. Sin embargo, las seroencuestas han tenido un uso Debido a la identidad compartida entre DC y el MERS-CoV humano (ver epidemiología molecular: utilizando genomas para entender brotes), los ensayos serológicos para las seroencuestas de DC deben ser transferibles al cribado humano con una reconfiguración mínima. Además, no se ha encontrado ninguna variación diagnóstica relevante en la actividad de neutralización entre una gama de aislados y seras testados de MERS-CoV circulantes, por lo que los seroensayos de virus enteros o específicos basados en proteínas deben funcionar de manera equivalente en la detección de respuestas serológicas al serotipo único de MERS-CoV [49]. El desarrollo de ensayos serológicos robustos requiere paneles confiables de sueros animales o humanos bien caracterizados, incluidos los positivos para anticuerpos específicos del MERS-CoV, así como para fuentes probables de reacción cruzada [64]. La obtención de estos materiales fue problemática y enlenteció el desarrollo y comercialización de ensayos de detección de anticuerpos para ensayos humanos [64]. Se han liberado varios kits comerciales de ELISA, kits de ensayos inmunofluorescentes (IFA), proteínas recombinantes y anticuerpos monoclonales [31, [65] [66] [68]. Inicialmente, se utilizaron IFAs convencionales para seroencuestas humanas. Estos se basaron en el cultivo celular infectado por MERS-CoV como fuente de antígeno, detectando la presencia de anticuerpos humanos anti-MERS-CoV IgG, IgM o neutralizantes en muestras humanas [18, 48, 69]. No se encontró ningún signo de anticuerpos MERS-CoV entre 2.400 sueros de pacientes que visitaron el Hospital de Jeddah, desde 2010 hasta 2012, antes de la descripción de MERS-CoV [18]. Los métodos IFA tampoco detectaron ningún signo de infección previa por MERS-CoV entre una pequeña muestra de 130 donantes de sangre sanos de otro hospital de Jeddah (recogida entre enero y diciembre de 2012) [70]. De 226 trabajadores del matadero, sólo ocho (3,5%) fueron positivos por IFA, y los sueros no pudieron ser confirmados por la prueba de neutralización del virus (NT). El estudio indicó que HCoV-HKU1 era una fuente probable de antígenos de reacción cruzada en todo el virus IFA [70]. El virus completo MERS-CoV IFA también sufrió alguna reactividad cruzada con el SRAS convaleciente sera y esto no pudo resolverse mediante una prueba de NT que también fue reactiva [71]. La IFA utilizando proteínas recombinantes en lugar del virus entero IFA, ha demostrado ser una herramienta más específica [31]. Dado que se han postulado zoonosis asintomáticas [72], la ausencia de anticuerpos contra el MERS-CoV entre algunos humanos que tienen contacto regular y estrecho con camellos puede reflejar la rareza de animales infectados activamente en carnicerías, un riesgo de transmisión limitado asociado con DCs de sacrificio [70], un estado inmune cruzado de protección preexistente o algún otro factor(s) que resulta en un bajo riesgo de enfermedad y seroconversión concurrente que se desarrolla después de la exposición en este grupo. IFA usando proteínas recombinantes en su lugar. Algunos seroensayos han pasado por alto los riesgos de trabajar con virus infecciosos al crear células transfectadas que expresan porciones recombinantes de las proteínas nucleocápsidas y punzantes del MERS-CoV [48, 73], o utilizando un lentivirus recombinante que expresa la proteína de pico del MERS-CoV Un ensayo de pseudoneutralización de partículas (ppNT) ha sido ampliamente utilizado en estudios en animales y fue al menos tan sensible como la prueba tradicional de microneutralización (MNT). [10, 74, [76] [77] [78] ] Los estudios que utilizaron pequeños números de muestra y ppNT no encontraron evidencia de anticuerpos neutralizantes MERS-CoV en sueros de 158 niños con infecciones de LRT entre mayo de 2010 y mayo de 2011, 110 sera de 19 a 52 años de edad donantes de sangre masculina y 300 trabajadores autoidentificados de animales de la Región Jazan de la KSA durante 2012 [79, 80]. Del mismo modo, un estudio de cuatro pastores en contacto con una manada infectada de DC en Al-Ahsa, ocho personas que tenían contacto intermitente con la manada, 30 veterinarios y personal de apoyo que no estaban expuestos a la manada, tres trabajadores de mataderos no protegidos en Al-Ahsa y 146 controles que no estaban expuestos a DC en ningún rol profesional, no encontró ninguna evidencia serológica de infección por MERS-CoV en el pasado utilizando el ensayo ppNT [10]. Un retraso en la respuesta de anticuerpos neutralizantes a la infección por MERS-CoV se asoció con un aumento de la gravedad de la enfermedad en los casos de Corea del Sur con la mayoría de las respuestas detectables en la tercera semana de enfermedad, mientras que otros, aunque la enfermedad era grave, no respondieron durante cuatro o más semanas [81]. Las implicaciones para nuestra capacidad de detectar cualquier respuesta en casos leves o asintomáticos no fueron exploradas, pero Un brote jordano de TRT aguda en un hospital en 2012 se encontró retrospectivamente asociado a la infección por MERS-CoV, utilizando inicialmente RT-rtPCR, pero posteriormente, y en una escala mayor, a través de la positividad por ELISA y la prueba IFA o MNT. [46, 82, 83] Este brote fue anterior al primer caso de MERS en la KSA. La ELISA utilizó una proteína nucleocápsida recombinante del grupo 2 betacoronavirus bat-CoV HKU5 para identificar anticuerpos contra la proteína MERS-CoV reactiva equivalente [71]. Se validó utilizando 545 sera recolectada de personas con HCoV-OC43, HCoV-229E, SARS-CoV, HCoV-NL63, HRV, HMPV o influenza A(H1N1), pero fue supuestamente menos específica que la I También se consideró una herramienta aplicable para el cribado de grandes números de muestra [82]. Un microarray de proteína que expresa la subunidad de proteína S1 ha sido validado y ampliamente utilizado para las pruebas de DC [5, 84]. Detección de infección por MERS-CoV usando microarray de proteína ELISA o S1 [84] suele ser seguido por IFA confirmatoria y/ o una neutralización de reducción de placa (PRNT) [69, 70, 85] o MNT test. [74, 85, 86] Este proceso confirmatorio tiene como objetivo asegurar que los anticuerpos detectados sean capaces de neutralizar específicamente el virus previsto y no sean más ampliamente reactivos a otros coronavirus encontrados en DCs (coV bovina, BCoV) o humanos (HCoV-OC43, HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoV-HKU1, SARS En el estudio más grande de sueros humanos, un proceso de diagnóstico escalonado asignó tanto el SERA positivo recombinante como el SERA ELISA recombinante a la seropositividad 'etapa 1'. Un resultado seropositivo en estadio 2 requirió además un resultado PRNT adecuadamente titulado [87]. El estudio encontró que 15 SERA recolectados en 2012 a 2013 de 10.009 (0,2%) personas en 13 provincias KSA contenían anticuerpos MERS-CoV, pero proporciones significativamente mayores en se produjeron en pastores de camellos (dos de 87; 2,3 %) y trabajadores de mataderos (cinco de 140; 3,6 %) [87]. Se necesitan encuestas contemporáneas. MERS-CoV no parece ser fácilmente transmitido de DCs a los seres humanos, o tal vez es [72], pero generalmente no desencadena una respuesta inmune detectable si sólo se producen enfermedades leves o infecciones asintomáticas. Los ensayos serológicos necesitan una validación adicional en esta área, por lo que es necesario tener cuidado al trasladar algoritmos de serología diagnóstica de reciente desarrollo de un entorno de investigación a uno que informe las decisiones de salud pública, lo que se reforzó cuando un caso falso positivo en EE.UU., supuestamente infectado después de un apretón de manos y dos reuniones cara a cara, no resistió más análisis confirmatorios utilizando un ensayo NT más específico y posteriormente se retractó [88, 89]. La OMS recomienda tomar muestras de la TRL para las pruebas RT-rtPCR del MERS-CoV, especialmente cuando la recolección de muestras se retrasa una semana o más después del inicio de los síntomas. [53] Las muestras de TRL también son mejores para intentar aislar el virus infeccioso, aunque el éxito del cultivo se reduce cuando persiste la enfermedad [49]. Los tipos de muestras recomendados incluyen lavado broncoalveolar (BAL), aspirado traqueal/traqueobronquial, líquido pleural y esputo [53, 90]. Las muestras frescas arrojan mejores resultados diagnósticos que el material refrigerado [69] y si es probable que se produzcan retrasos en las pruebas de ≥72 h, las muestras (excepto sangre) deben congelarse a −70°C [90]. Si se dispone de ellas, también se pueden realizar biopsias pulmonares o tejidos de autopsia [53]. Sin embargo, la TRU es un lugar de muestreo menos invasivo y más conveniente, y se recomienda un hisopo orofaríngeo y de garganta o un aspirado/lavado nasofaríngeo cuando se va a realizar el muestreo de TRU [90]. Los sueros emparejados, recogidos de dos a tres semanas de diferencia son preferibles para las pruebas serológicas, mientras que se sugiere que una muestra única sea suficiente si se recogen dos semanas después de la aparición de la enfermedad o un único suero recogido durante los primeros 10-12 días si se realiza RT-rtPCR [53, 90]. Se ha encontrado que la orina y las heces humanas contienen ARN MERS-CoV 12 a 26 días después de la aparición de los síntomas [25, 69, 91] y se enumeran como muestras que deben considerarse [53, 90]. En dos casos que llegaron a los Países Bajos, la orina fue RT-rtPCR negativa pero las heces fueron débilmente positivas y los sueros fueron RT-rtPCR positivos durante cinco días o más [25]. El hallazgo de ARN viral MERS-CoV en el suero proporciona una vía para estudios retrospectivos basados en PCR La ARNemia también puede correlacionarse con la gravedad de la enfermedad; los signos de virus fueron eliminados del suero de un paciente recuperado, pero se mantuvo hasta la muerte de otro [92]. Los casos de sospecha clínica de MERS pueden devolver resultados negativos por RT-rtPCR. Los datos han demostrado que una o más muestras de URT negativas pueden ser contradichas mediante un muestreo adicional de URT o el uso de muestras de LRT, lo que se prefiere [2, 43, 93]. En la LRT se producen cargas virales más altas que en la URT. [22, 69, 88, 94] Esto concuerda con la observación de que la mayoría de los síntomas de la enfermedad se reportan como enfermedad sistémica y LRT [21]. Sin embargo, en ocasiones incluso los especímenes de LRT de los casos de MERS pueden ser inicialmente negativos, sólo para más tarde ser positivos por RT-PCR [95 Esto puede deberse a una mala toma de muestras cuando la tos está ausente o no es productiva o porque la carga viral es baja [95]. A pesar de esto, tanto los mayores estudios de MERS-CoV humanos [32, [96] [97] [98] y los más pequeños [22, 25, 99], utilizan muestras de la URT. Cabe destacar que un estudio reportó una asociación entre cargas más altas en la URT y peores resultados clínicos incluyendo cuidados intensivos y muerte [94]. Al escribir, no existen datos humanos para definir si el virus se replica única o preferentemente en la LRT o URT, o réplicas en otros tejidos humanos in vivo, aunque el ARN MERS-CoV se ha detectado tanto de la URT como de la LRT en un modelo de mono macaco [100].La distribución de DPP4 en las vías respiratorias superiores humanas tampoco está bien descrita. Los estudios individuales de casos humanos reportan largos periodos de eliminación viral, a veces intermitentes y no necesariamente relacionados con la presencia de síntomas de la enfermedad. [25, 69, 99, 101] En un caso, un HCW arroja ARN viral durante 42 días en ausencia de enfermedad [99]. Es un área de alta prioridad para entender mejor si estos casos son capaces de infectar a otros. Más de tres cuartas partes de los casos de MERS arrojan ARN viral en sus muestras de TL (aspirados traqueales y esputo) durante al menos 30 días, mientras que sólo el 30 % de los contactos seguían arrojando ARN en sus muestras de TRU [91, 102]. En el único estudio para examinar el efecto del tipo de muestra en el análisis molecular, se examinaron 64 aspirados nasofaríngeos (ANP; una muestra de TRU), 30 aspirados traqueales, 13 Los aspirados traqueales y el BAL devolvieron los valores de carga viral más altos seguidos por el NPA y el esputo. Como era de esperar, las cargas virales más altas generalmente coincidían con la secuenciación del genoma completo y el éxito del cultivo y, en las pruebas del NPA, estaban significativamente correlacionadas con enfermedades graves y muerte [49, 94, 103]. Este estudio demostró la importancia del muestreo de LRT para la secuenciación del genoma completo. Cuando se probó, las muestras positivas para el MERS-CoV a menudo son negativas para otros patógenos [25, 93, 104]. Sin embargo, muchos estudios no mencionan pruebas adicionales para virus respiratorios humanos endémicos [21, 23, 73, 105]. Cuando se buscan virus, se han incluido el herpesvirus humano (VHH), los rinovirus (VHR), los enterovirus (VVV), el virus sincitial respiratorio (VRS), el virus parainfluenzavirus tipos 1, 2 y 3 (VIP), los virus de la gripe (VFI), los HCoV endémicos, los adenovirus (VCD) metapneumovirus (VPM) y el virus influenza A\H1N1; en ocasiones se han encontrado codetecciones con MERS-CoV [2, 22, 37, 69, 97]. A veces se incluyen pruebas bacterianas (por ejemplo, para Legionella y Pnemocococcus), pero el impacto de la copresencia bacteriana tampoco está claro [22, [104] [105] [106]. Otras pruebas de la muestra de TRL del primer caso del MERS utilizaron IFA para detectar algunos virus (negativos para IFV, PIV, RSV y AdVs) y RT-PCR para otros (negativos para AdV, EV, MPV y HHVs) [18]. RT-PCR también detectó MERS-CoV. La OMS recomienda encarecidamente pruebas para otros patógenos respiratorios [53] pero con esta recomendación a menudo descontada, hay datos limitados para abordar la ocurrencia y el impacto de coinfecciones o diagnósticos virales alternativos entre ambos casos del MERS y sus contactos. Poco se sabe de otras causas de neumonía similar al MERS en el KSA o de la carga general de enfermedad debido a los virus respiratorios clásicos conocidos. Pruebas de peregrinos adultos que realizan el Hajj en 2012 a 2014 no ha detectado ningún MERS-CoV. En 2012, se realizaron pruebas de hisopos nasales de 154 peregrinos recogidos antes de partir hacia el KSA o partir de él [47]. En 2013, las pruebas se ampliaron significativamente con 5.235 hisopos nasofaríngeos de 3.210 peregrinos entrantes y 2.025 hisopos de peregrinos salientes probados [98]. Cabe señalar que la mayoría de los peregrinos llegaron de países libres de MERS. Se tomaron otros 114 hisopos de peregrinos con enfermedad similar a la gripe [96, 107]. En reuniones anteriores del Hajj, se descubrió que los virus de la gripe circulaban ampliamente, mientras que otros virus, a menudo rinovirus, circulaban de manera más selectiva, interpretando que indicaban su importación junto con peregrinos extranjeros [107] [108] [108] Con el tiempo, el aumento de la vacunación contra la gripe se ha acreditado como una disminución de la prevalencia de enfermedades similares a la gripe entre los peregrinos [110] A menudo no se recoge una muestra de TRL para estos estudios [98, 107, 109], por lo que los hallazgos negativos falsos son una posibilidad, aunque poco se sabe sobre el sitio inicial de infección y replicación del MERS-CoV; se puede haber supuesto que fue la TRL porque la enfermedad se notó por primera vez allí, pero la TRL puede ser el lugar de la replicación más temprana. En Jeddah entre marzo y julio de 2014 (en adelante, el brote de Jeddah-2014; Fig. 3 ), hubo un rápido aumento en los casos del MERS, acompañado de un intenso cribado; aproximadamente 5.000 muestras de dentro y alrededor de la región se probaron en un mes, produciendo alrededor de 140 detecciones del MERS-CoV (prevalencia ~3 %) [111]. Entre los 5.065 individuos muestreados y analizados en la KSA entre octubre de 2012 y septiembre de 2013, se realizaron 108 (2,1%) detecciones en una población hospital-céntrica que incluyeron casos hospitalizados (n = 2.908; 57,4 %), sus familias (n = 462; 9,1 %) y HCW asociados (n = 1.695; 33,5 %) [32]. Entre las detecciones, 19 (17,8 %) eran HCW y 10 (9,3 %) eran contactos familiares [32]. La prevalencia del 2-3 % de infecciones activas por MERS-CoV no es diferente a la prevalencia hospitalaria de otras COV humanas. [112] Sin embargo, la proporción de muertes entre los infectados por MERS-CoV es mucho mayor que la conocida por los HCoV NL63, HKU1, 229E u OC43 en otros países, e incluso superior a la de SRAS-CoV; no es un virus que pueda razonablemente ser descrito como una "tormenta en una taza de té". Es la baja tasa de transmisión que ha evitado la propagación mundial, a pesar de muchas "oportunidades". Muy temprano en el brote de MERS, algunos animales fueron altamente considerados como el reservorio o huésped(s) intermedio(s) de MERS-CoV con tres de los cinco primeros casos que tuvieron contacto con DCs [73, 113, 114]. Hoy en día, las infecciones por MERS-CoV animales deben ser reportadas a la organización mundial para la salud animal como una enfermedad emergente [115]. Un resumen de los primeros casos de MERS reportados por la OMS definió el contacto animal con humanos como directo y dentro de los 10 días previos al inicio de los síntomas [20]. Esta definición no permitió específicamente la adquisición de DCs a través de una vía basada en gotitas, que es muy probable que sea la vía de adquisición de un virus que inicialmente y predominantemente causa enfermedad respiratoria [23]. Se sabe que los camellos producen altos niveles de ARN MERS-CoV en su URT y pulmones [116]. Proporcionando apoyo para una vía de transmisión de gotitas y tal vez indicando la presencia de ARN en núcleos más pequeños y secos de gotitas, se identificó ARN MERS-CoV en una muestra de aire de alto volumen recogida de un granero que alberga un DC infectado [117]. La fuente precisa de la que los humanos adquieren MERS-CoV sigue siendo poco estudiada pero parece probable Estos factores pueden resultar importantes para los casos humanos que no describen ningún contacto DC [119] ni ningún contacto con un caso confirmado. Si la definición de contacto con animales de la OMS es suficiente para identificar la exposición a este virus respiratorio no está clara. La formulación se centra en el consumo de productos DC, pero no atribuye específicamente el riesgo a una vía de gotitas para la adquisición de MERS-CoV desde DC [120]. Algunos pacientes MERS se enumeran en los avisos de enfermedad de la OMS como próximos a los DCs o granjas, pero los individuos no han descrito entrar en contacto con los animales. No se reporta ninguna vía alternativa para adquirir infección en muchos de estos casos. Lo que constituye una definición de "contacto" durante estas entrevistas se ha definido para un estudio [72]. A pesar de esta falta de claridad, la OMS considera que la evidencia que vincula la transmisión de MERS-CoV entre DCs a humanos es irrefu La posibilidad de que los murciélagos fueran un huésped animal de MERS-CoV fue ampliamente discutida inicialmente debido a la diversidad existente de coronavirus conocidos por residir entre ellos [121] [122] [123]. Evidencia concluyente que apoya a los murciélagos como fuente de infecciones humanas por MERS-CoV todavía no se ha encontrado, pero los murciélagos parecen albergar a los representantes ancestrales [53, 125]. Sin embargo, estas no son variantes del mismo virus ni siempre dentro del mismo linaje filogenético que MERS-CoV; cada uno son un virus genéticamente distinto. La infección de murciélago a humano por MERS-CoV es un evento puramente especulativo. La única pieza de evidencia específica del MERS-CoV que apunta a los murciélagos se origina en la amplificación de un fragmento de 190 nt del gen ARN dependiente de la polimerasa del genoma del MERS-CoV, identificado en un pellet fecal de un murciélago insectívoro Emballonuridae, Taphozous perforatus encontrado en Bisha, el KSA [121]. Aunque muy corta, la secuencia del fragmento lo definió como un descubrimiento diagnóstico. Posteriormente se informó de un enlace a los DC [85] y ese enlace ha madurado en una asociación verificada [38, 126] (Fig. 4). (Véase la figura en la página anterior.) Fig. 3 Detecciones mensuales de MERS-CoV (barras azules) y de casos que murieron (barras rojas) con algunas fechas de interés marcadas para 2012 al 4 de septiembre de 2015. Se indica una aproximación de cuando la estación de parto DC [128] y cuando los DC recién nacidos son destetados. La primavera (verde) y el verano (naranja) en la Península Arábiga también están sombreados. Tenga en cuenta la escala del eje y de la izquierda para 2014 y 2015 que es mayor que para 2012/13. Fuentes de estos datos públicos incluyen la OMS, Ministerios de Salud y FluTrackers [207] [209] [209]. Versiones anteriores y posteriores de este gráfico se mantienen en un blog personal [210]. Modificado y reimpreso de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio de Oriente Medio: Una infección por coronavirus emergente rastreada por la multitud. Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con permiso de Elsevier [5] Los DCs, que constituyen el 95 % de todos los camellos, tienen una presencia central en la El contacto puede ser común y puede ocurrir de diversas maneras (Fig. 4a). Hay varios grandes festivales, razas, ventas y desfiles bien atendidos que cuentan con DCs y DCs también son mantenidos y criados cerca de áreas pobladas en el KSA [127, 128]. La leche y la carne DC son ampliamente consumidas y el DC más viejo es un animal de importancia ritual después de la peregrinación del Hajj [129]. Sin embargo, la frecuencia de infección del MERS-CoV es mucho menor que el hábito generalizado y frecuente de comer, beber y preparar productos DC. La ingestión diaria de leche DC fresca no pasteurizada es común entre los beduinos del desierto y muchos otros en el KSA. La orina DC también se consume o se utiliza para supuestos beneficios para la salud. A pesar de que la carnicería de camellos es una ocupación local, ni los carniceros ni otros grupos en riesgo son identificables entre los casos de MERS; esto puede ser simplemente un problema de información en lugar de una ausencia inexplicable de MERS. Un pequeño estudio de casos y controles publicado en 2015 identificó el contacto directo con la DC, y no la ingestión de productos, para estar asociado con la aparición de MERS [38]. La primera investigación sero-encuesta de ganado que vive en la región de Oriente Medio se llevó a cabo durante 2012-2013 [85]. Los DCs fueron muestreados a partir de una manada de canarios nacidos principalmente y de DCs omaníes (originalmente importados del Cuerno de África) [85]. b Las infecciones de camello a humano parecen ser poco frecuentes, mientras que la propagación de la infección de ser humano a ser humano se ve facilitada regularmente por una CIP deficiente en los entornos de salud donde se amplifica la transmisión, lo que explica la mayor parte de los casos. Hay casos de MERS humanos que no entran en ninguna de las categorías de origen y no está claro si estas infecciones adquiridas a través de alguna vía totalmente separada, o de casos que escaparon al diagnóstico. c Las formas hipotéticas en las que la subclínica (cuando la infección puede no alcanzar un umbral clínico previamente definido de signos y/o síntomas) o asintomáticas (sin signos obvios ni medidos, observados o recordados de enfermedad) la infección por MERS-CoV puede estar implicada en la transmisión DC sera podría neutralizar MERS-CoV mientras que todas las seras DC de Omán tenían niveles elevados de anticuerpos neutralizantes específicos de MERS- Desde este estudio, una serie de informes revisados por pares han analizado tanto a los DCs como a otros animales, y la posibilidad de que puedan albergar la infección por MERS-CoV. Se han encontrado DCs seropositivos en toda la Península Arábiga, incluyendo Omán, la KSA, Qatar, Jordania, los Emiratos Árabes Unidos (EAU), Kuwait así como Sudán, Somalia, Egipto, Túnez, Nigeria, Kenia y Etiopía en África y las Islas Canarias [85, [130] [133] [133] [134]. Otros animales probados incluyen ovejas, vacas, cerdos, caballos, burros, mulas, aves, búfalos acuáticos, cabras, camellos bactrianos, llamas y guanacos (camélidos suramericanos) pero ninguno tenía anticuerpos neutralizantes detectables contra MERS-CoV [4, 74, 78, 85, 86, 135, 136]. No se han notificado hasta la fecha estudios de virología o serología de muestras humanas procedentes de zonas de África donde hay camellos con antecedentes de MERS-CoV. Sin embargo, la ausencia de neumonía inexplicable que pueda atribuirse a la infección por MERS-CoV puede no indicar la ausencia de virus entre los seres humanos en cada país, sino simplemente reflejar la falta de costosos estudios de epidemiología realizados por países pobres en recursos. Por lo tanto, no está claro si el MERS-CoV, o una CoV relacionada con antígenos, es un patógeno no reconocido en estas regiones, quizás circulando durante más tiempo del que se ha conocido en la Península Arábiga [133]. El ARN del MERS-CoV también se ha detectado en muestras de DC, y también se ha logrado la recuperación del virus infeccioso a partir de muestras de DC [4, 77, 117, 132, [137] [139] De algunos de ellos, se han secuenciado genomas completos o mayoritarios de MERS-CoV [77, 137, 138]. Las versiones DC de MERS-CoV fueron tan similares entre sí, como las variantes detectadas de diferentes seres humanos a lo largo del tiempo y a lo largo de la distancia. Los ensayos de detección de anticuerpos anticuerpos también han detectado anticuerpos cruzados en sera. Estos se identificaron como tales mediante la detección de sera contra virus similares, por ejemplo BCoV o HCoV-OC43 (como facsímil antigénico para BCoV). Es posible que otros virus similares a MERS-CoV también residan dentro de los DCs, pero esto no menoscaba el hallazgo definitivo de secuencias genéticas de MERS-CoV tanto en DCs como en humanos [117, 142, 143]. Los estudios de detección han demostrado que los DC juveniles son más a menudo positivos para el virus o el ARN viral, mientras que los DC mayores son más propensos a ser seropositivos y ARN o virus negativos [76, 77, 144]. En los DC adultos, se ha detectado ARN MERS-CoV entre animales con anticuerpos preexistentes, lo que sugiere que es posible la reinfección [77, 144]. Las cargas virales entre DC positivos pueden ser muy altas [4, 76, 77, 139, 144] y DCs se han encontrado positivos tanto cuando están enfermos con signos respiratorios de TRU [77, 117, 142, 145] o cuando aparentemente sanos [137]. Estos hallazgos indican que los DCs hospedan infecciones naturales MERS-CoV. Además, los sera DC almacenados han revelado signos de MERS-CoV en DCs que datan de hace más de tres décadas (los más tempranos Los sera más viejos no han sido probados y, por lo tanto, cuánto tiempo los DC han sido afectados por MERS-CoV, si el virus es enzoótico entre ellos, introducidos hace décadas o siglos de murciélagos en África o la Península Arábiga, o son objeto de incursiones virales regulares pero de corta duración de un huésped aún desconocido, no pueden ser respondidos. Los investigadores buscaron determinar una dirección para la infección; estaban los DC transmitiendo virus a los seres humanos o estaban los humanos infectando DC? En un sitio de Qatar, un propietario de una granja y su empleado se enfermaron a mediados de octubre de 2013 y dieron positivo para el ARN MERS-CoV en una muestra de esputo y hisopos de garganta, respectivamente. RT-rtPCRs encontró MERS-CoV ARN en 11 de 14 hisobas nasales de DC positivas en la granja; seis (43 %) positivos Los resultados indicaron que se había producido un brote reciente en este rebaño; la primera indicación de ARN MERS-CoV encontrado en DCs con una asociación temporal a infecciones humanas; tres muestras de DC positivas fueron confirmadas por secuenciación de una porción de 358 nt del gen de la espiga; estas secuencias eran idénticas unas a otras, de nuevo con homología cercana a otras secuencias humanas y DC MERS-CoV [138]. Los DCs y contactos humanos produjeron secuencias ORF1a y ORF4b que diferían por un solo nucleótido cada una, agrupando estrechamente con la variante Hafr-Al-Batin_1_2013 [138]. Estudios de casos posteriores encontraron evidencia de una infección humana y DC concurrente y la dirección de esa infección fue inferida a partir de los DCs enfermos y a sus propietarios humanos [117, 142, 146]. Las secuencias del genoma parcial indicaron que un humano y un DC positivo de la RT-RTPCR del MERS-CoV habían sido infectados por una variante del mismo virus, albergando el mismo patrón distinto de polimorfismos de nucleótidos. [142] Todos los nueve DC en la manada del propietario, muestreados en serie, reaccionaron en un antígeno S1 recombinante ELISA, con los dos animales que habían sido positivos de la RT-rtPCR mostrando un pequeño aumento verificable del título de anticuerpos [142]. Un aumento del título teóricamente comienza 10 a 21 días después de la infección de la DC [142]. Los autores sugirieron que el aumento del título en la suera de la DC que ocurrió junto con una disminución de la carga de ARN, mientras que el paciente estaba activamente enfermo y hospitalizado, indicó que los DC fueron infectados primero seguidos por el propietario [117, 142]. Los anticuerpos BCoV también estuvieron presentes, y aumentaron en uno de los dos animales positivos RT-rtPCR, pero ninguno de ellos pudo neutralizar la infección BCoV [142]. La temporada de parto en camellos se produce en los meses de invierno (entre finales de octubre y finales de febrero; Fig. 3 ) y este puede ser un momento en el que existe un mayor riesgo para los seres humanos de derrames debido a nuevas infecciones entre las poblaciones de DC ingenuas [128]. ¿Qué papel podría desempeñar el anticuerpo de camello materna en el retraso de la infección de terneros sigue siendo desconocido [128, 142]. Los DC juveniles parecen tener una infección activa con más frecuencia que los DC adultos y, por lo tanto, el sacrificio de los DC, que debe ser de cinco años de edad o más (llamados a thane), puede no ir acompañado de un riesgo significativo de exposición a la infección. A diferencia de los resultados anteriores, los trabajadores de los mataderos que matan tanto a los DC más jóvenes como a los más viejos, pueden ser un grupo ocupacional con una incidencia significativamente mayor de seropositividad a la MERS-CoV cuando los animales tienen infecciones activas por MERS-CoV [129, 139, [147] [148] [149]. Las investigaciones virológicas ampliadas de los DC africanos pueden dar lugar a animales más seropositivos y zonas geográficas en las que los seres humanos pueden estar en riesgo. Es posible que haya zonas en las que los seres humanos ya albergan infecciones por MERS-CoV que no se han identificado debido a la ausencia de vigilancia de laboratorio. Las investigaciones virológicas de los murciélagos pueden dar lugar a hallazgos de virus ancestrales y "eslabones de pérdida viral" e identificar cualquier otra fuente animal de propagación zoonótica es importante para informar opciones para reducir la exposición humana [56, El MERS-CoV infeccioso añadido a la leche de CC, cabra o vaca y almacenado a 4 °C podría recuperarse al menos 72 h más tarde y, si se almacena a 22 °C, la recuperación fue posible hasta 48 h [150]. El título de MERS-CoV disminuyó un poco cuando se recuperó de la leche a 22 °C, pero la pasteurización completamente ablada Infectividad MERS-CoV [150]. En un estudio posterior, se identificó ARN MERS-CoV en la leche, secreción nasal y heces de DCs de Qatar [151]. Un estudio único ha examinado la capacidad de MERS-CoV para sobrevivir en el medio ambiente [150]. Las superficies plásticas o de acero fueron inoculadas con 10 6 TCID 50 de MERS-CoV a diferente temperatura y humedad relativa (RH) y se A alta temperatura ambiente (30°C) y a baja RH (30 %) MERS-CoV permaneció viable durante 24 h [150]. En comparación, un virus respiratorio bien conocido y eficientemente transmitido, el virus influenza A, no pudo recuperarse en cultivo más allá de cuatro horas bajo ninguna condición [150]. Los experimentos de Aerosol encontraron que la viabilidad del MERS-CoV sólo disminuyó un 7 % a baja RH a 20°C. En comparación, el virus influenza A disminuyó un 95 % [150]. La supervivencia del MERS-CoV es inferior a la demostrada previamente para el SARS-CoV [152]. En el contexto, las bacterias patógenas pueden permanecer viables y en el aire durante 45 minutos en un aerosol tosido y pueden propagarse 4 m. La capacidad de MERS-CoV para permanecer viable durante largos períodos de tiempo le da la capacidad de contaminar completamente las superficies de Se desconoce si el MERS-CoV puede permanecer a la deriva e infeccioso durante períodos prolongados (verdaderamente aerotransportado) y si estos hallazgos amplían nuestra comprensión de las posibilidades de que las gotitas transmitan virus respiratorios en muchos entornos, incluyendo salas de espera hospitalarias, departamentos de emergencia, salas de tratamiento, instalaciones de cuidados intensivos abiertos y salas privadas de pacientes. La naturaleza y calidad del intercambio de aire, circulación y filtración son variables importantes en la medición y reducción del riesgo, así como el uso de salas de presión negativa para contener casos conocidos. Se considera que la propagación de la gota entre humanos es el mecanismo de transmisión humana a humana y se hizo hincapié en la necesidad de precauciones de las gotas después del hospital Al-Ahsa, la KSA y los brotes de Corea del Sur [21, 23, 154, 155]. La provisión de pruebas que apoyen la mejor formulación de equipos de protección personal para ser usados por los HCW que reciben, manejan o realizan procedimientos en casos infecciosos sigue siendo una prioridad. MERS-CoV fue encontrado y caracterizado por su aparente asociación con enfermedades graves, y por lo tanto más obvias, en humanos; éramos canarios en la mina de carbón. Seroensayos y estudios prospectivos de cohortes todavía no han determinado hasta qué punto los casos más leves o asintomáticos contribuyen a las cadenas de transmisión de MERS-CoV. Sin embargo, la transmisión de MERS-CoV se define como esporádica (no sostenida), intrafamiliar, a menudo asociada a la atención médica, ineficiente y que requiere contacto cercano y prolongado [22, 31, 63, 93, 97, 102, 156] En un estudio doméstico, 14 de 280 (5 %) contactos de 26 pacientes con índice positivo de MERS-CoV eran ARN o anticuerpos positivos; la tasa de transmisión general, incluso en brotes es de alrededor del 3 % [31]. Parece que la mayoría de los casos humanos de MERS-CoV, incluso cuando los números parecen aumentar repentinamente, no transmiten fácilmente a más de otro humano hasta la fecha, la epidemia localizada de MERS-CoV no ha sido autosostenible [157] [159] [160] [161]. Es decir, el número básico de reproducción (R 0 ) -el número medio de infecciones causadas por un individuo infectado en una población totalmente susceptible ha estado cerca de uno en varios grupos y brotes. Si R 0 era mayor que 1, se esperaría un aumento sostenido en el número de casos. Algunos cálculos de R o pueden verse afectados por el rastreo incompleto de los contactos de casos, pruebas comunitarias limitadas y cómo se define un caso. El MERS ha tenido una presencia constante en la Península Arábiga desde 2012 se debe a los eventos de derrames esporádicos en curso de DCs amplificados por brotes hospitalarios mal controlados. En marcado contraste, una seroencuesta de HCW que a veces estaba en contacto cercano y prolongado con el primer caso fatal de MERS-CoV en 2012 [162], encontró que ninguno de los HCW se había seroconvertido cuatro meses más tarde, a pesar de la ausencia de protección ocular y el cumplimiento variable de los estándares requeridos de EPP [162]. Al principio de la historia del MERS, las muestras para la prueba fueron recolectadas principalmente de pacientes con enfermedad grave y no de aquellos con infecciones respiratorias agudas más leves. Los contactos de los casos confirmados de MERS fueron a menudo observados para enfermedad clínica, pero no probados. Estas omisiones pueden haber confundido nuestra comprensión de la transmisión del MERS-CoV y sesginar los datos tempranos hacia un mayor número de pacientes gravemente enfermos y hospitalizados, inflando la aparente proporción de casos mortales. A medida que cambiaban los paradigmas de las pruebas y se hacían cada vez más pruebas de los contactos, se reconocían infecciones más asintomáticas y leves [163]. Un aumento en los casos llamados asintomáticos (que amplían el denominador para los cálculos de la proporción de casos mortales, definida en [164] ) dio lugar a una disminución en la proporción de casos mortales durante el brote de Yeddah-2014. Históricamente, tales aumentos son consistentes con la modificación de las definiciones y respuestas de laboratorio y el manejo clínico de una infección por virus recién descubierta que se observó por primera vez sólo entre los enfermos graves. Tras el seguimiento, más de tres cuartas partes de esas personas positivas del ARN del MERS-CoV recordaron haber tenido uno o más síntomas en ese momento, a pesar de que se notificó como asintomática [165], planteando alguna pregunta sobre la fiabilidad de otros datos Aproximadamente el 43 % de los casos MERS (549 de 1277) en la KSA fueron mortales entre 2012 y diciembre de 2015, mientras que el 21 % (72 de 330) fallecieron entre los que se produjeron fuera de la KSA. El número total de casos masculinos siempre supera en número a las mujeres y la proporción de muertes masculinas es siempre mayor que la proporción de mujeres que fallecen. Sin embargo, la proporción de muertes masculinas de varones totales con MERS es similar a la de las mujeres. En la KSA, hay una mayor proporción de varones más jóvenes entre los casos y muertes que se observaron en los brotes de Corea del Sur o Jeddah-2014 de 2015 (Fichero adicional 2: Figura S2 ). Por qué estos aspectos han diferido pueden deberse a diferencias en el tiempo de presentación y diagnóstico, la naturaleza y calidad de la atención de apoyo, la forma en que una persona se contagió (habita, exposición a una fuente humana o zoonótica, carga viral, vía de infección) o la medida en que las diferentes poblaciones se ven afectadas por enfermedades subyacentes [40]. Como grupo, los HCW representaron el 16 % de los casos de MERS en la KSA y Corea del Sur. Es evidente que la proporción semanal de HCW infectados aumenta junto con cada fuerte aumento en las detecciones generales (Fig. 5). En mayo de 2013, la OMS publicó directrices para IPC durante el cuidado de casos probables o confirmados de infección por MERS-CoV en un entorno sanitario [166]. Estos aumentos en las detecciones de MERS-CoV pueden disminuir la edad media durante cada evento debido a que los HCW son generalmente más jóvenes que los pacientes internados con MERS. Las instalaciones sanitarias han sido un objetivo regular de mejoras sugeridas para mejorar los procedimientos de prevención y control de infecciones (IPC) [115, 118]. La mayor parte del análisis de la genética MERS-CoV se ha realizado utilizando métodos de secuenciación de alto rendimiento o "profundo" para la deducción completa del genoma [167] [168] [169]. MERS-CoV fue el primer sujeto de un uso tan extendido de secuenciación profunda para estudiar un brote viral emergente con alcance global. La técnica puede producir genómica [207] [209]. Las versiones anteriores y posteriores de esta tabla se mantienen en un blog personal [210] cobertura de longitud en un solo experimento con medición altamente repetitiva de cada posición de nucle A pesar de los ensayos publicados al principio, la secuenciación subgenómica, una vez el pilar de los estudios de brotes virales, se ha publicado con menos frecuencia durante la caracterización de MERS-CoV [48]. A medida que se han caracterizado más genomas tanto de humanos como de DC, se han hecho evidentes dos clados; A y B (Fig. 6). Clade A contiene sólo genomas de MERS-CoV derivados del hombre de Jordania, mientras que Clade B comprende la mayoría de genomas humanos y de camellos deducidos hasta ahora [168]. Dos estudios durante 2015, uno mirando a variantes de Jeddah-2014 MERS-CoV y otro mirando a una variante exportada de Corea del Sur a China, ahora han identificado signos de recombinación genética entre variantes de MERS-CoV. Si bien las secuencias del genoma humano y del genoma entero de camello han conservado una identidad de >99 % entre sí, los miembros de linajes genéticamente distintos pueden intercambiar material genético y lo hacen cuando co-ocurren condiciones adecuadas y co-fecciones [170] [171] [172]. La identidad compartida implica que la principal fuente de adquisición humana es el DC, en lugar de otro animal, aunque se necesitan más pruebas de otras especies animales para confirmar esa conclusión. Durante un mes, un virus de DC secuenciado en diferentes ocasiones no cambió en absoluto indicando un grado de estabilidad genómica en su huésped, apoyando que los DC son el anfitrión natural, en lugar de intermedio, del MERS-CoV que conocemos hoy [77]. Hasta la fecha, la recombinación se ha localizado en puntos de ruptura cerca del límite entre las regiones ORF1a y ORF1b, dentro del gen de pico [170] No es inesperado que la recombinación se produzca ya que es bien conocida entre otras CoVs [124] y porque la mayoría de los genomas enteros del MERS-CoV recogidos a partir de muestras de tres años (2012-2015) y de seres humanos, camellos y diferentes países han mostrado una identidad genética cercana entre sí, con una variación sutil suficiente para apoyar investigaciones de brotes mientras se aplique la secuenciación del genoma completo [52, 77, 135, 138, 168, [173] [174] [175]. Los cambios en la secuencia del genoma pueden anunciar alteraciones en la transmisibilidad del virus, replicación, persistencia, letalidad o respuesta a medicamentos futuros. Si tenemos conocimiento previo del impacto de los cambios genéticos debido a estudios de caracterización exhaustivos, podemos establecer una estrecha relación genética entre las secuencias de nucleótidos del MERS-CoV (cargado desde GenBank utilizando los números de adhesión enumerados y Este árbol de unión vecino fue creado en MEGA v6 utilizando una alineación de las secuencias humanas y DCderivadas de MERS-CoV (Genious v8.1 [211] ). Clades se indican junto a barras verticales azules oscuras (Clade A) o pálidos (Clade B). Los iconos de camello denotan genomas de DC. Los brotes sanitarios o comunitarios se encajonan y etiquetan utilizando esquemas previamente descritos [212, 213] monitorean las regiones genómicas y entienden mejor cualquier cambio en la transmisión o patrones de enfermedad a medida que ocurren. Las mutaciones genéticas observadas durante el mayor de los brotes humanos, Jeddah-2014, no impartieron ningún cambio importante replicativo o inmunomodulador cuando se comparan con las variantes virales anteriores in vitro [156, 176]. Sin embargo, entendemos muy poco de los resultados fenotípicos que resultan del cambio genético sutil en Hasta la fecha no se ha informado de ninguna relevancia clínica ni de cambios in vivo evidentes en la replicación, eliminación o transmisión vírica, o se ha atribuido a mutaciones o a nuevos virus recombinantes [156]. Pero se necesitan vigilancia y estudios más grandes, contemporáneos e in vivo. La secuencia genomática localizada a un clado distinto se identificó a partir de un DC egipcio que probablemente fue importado de Sudán. Esto no encaja en ninguno de los clados actuales [125, 168, 177]. Un virus secuenciado a partir de un murciélago Neoromicia capensis estaba más estrechamente relacionado con el MERS-CoV que otras grandes secuencias derivadas de murciélagos habían estado hasta ese punto, pero el genoma de una variante de un MERS-CoV aún no se ha descubierto y deducido de cualquier murciélago [125]. Los análisis de genomas del MERS-CoV han demostrado que la mayoría de las diferencias nucleó 2), que codifica la proteína de pico y proteínas accesorias [168]. Al menos nueve genomas del MERS-CoV contenían sustituciones de aminoácidos en el dominio de unión a los receptores (RBD) de la proteína de pico y los codones 158 (región N-terminal), 460 (RBD), 1020 (en la repetición de heptad 1), 1202 y 1208 investigación de osos como marcadores de cambio adaptativo [140, 169]. La proteína de pico no había cambiado en el genoma recombinante del MERS-CoV identificado en China en 2015, pero se informó que había variado a un ritmo superior al de genomas completos del MERS-CoV, entre variantes surcoreanas [172, 178]. Esto destaca que las regiones subgenómicas pueden no siempre contener suficiente diversidad genética para ser útiles para diferenciar variantes virales. A pesar de esto, un ensayo que amplificaba un fragmento de nucleótido 615 del gen de dominio S2 de pico para la secuenciación de Sanger coincidió con los resultados generados por la secuenciación de algunos genomas completos y fue útil para definir grupos de secuencias adicionales [177]. La secuencia genómica también se puede utilizar para definir los límites geográficos de un cúmulo o brote y monitorear su progreso, basado en la similitud de las variantes encontradas entre humanos y animales infectados cuando ocurren juntos, o entre diferentes sitios y tiempos (Fig. 6 ) [169]. Este enfoque se utilizó al definir el brote de hospital MERS con limitaciones geográficas en Al-Ahsa, que ocurrió entre el 1 de abril y el 23 de mayo de 2013, así como los cúmulos en Buraidah y un brote comunitario en Hafr Al-Batin, el KSA. La secuenciación genómica identificó que aproximadamente 12 detecciones de MERS-CoV de un brote comunitario en Hafr Al-Batin entre junio y agosto de 2013 pudieron haber sido desencadenadas por un caso índice que se infectó a través del contacto DC [175]. La secuenciación de genomas de MERS-CoV del brote hospitalario de Al-Ahsa de 2013 indicó que múltiples variantes virales contribuyeron a los casos, pero que la mayoría fueron lo suficientemente similares entre sí como para ser consistentes con la transmisión humano-humana. La epidemiología molecular ha revelado enlaces ocultos en cadenas de transmisión que abarcan un período de hasta cinco meses [179]. Sin embargo, la mayoría de los brotes no han continuado durante más de dos a tres meses y por lo tanto las oportunidades para que el virus se adapte más a los seres humanos a través de la coinfección y el tránsito en serie sostenido han sido raras [169]. En Riad-2014, la evidencia genética apoyaba la probabilidad de múltiples introducciones externas de virus, implicando una gama de instalaciones de salud en un caso que de otro modo parecía contiguo [23, 168, 179]. Riad es un nexo para el viaje de camellos y humanos y ha tenido más casos MERS que cualquier otra región de la KSA hasta la fecha, pero también alberga una amplia gama de variantes MERS-CoV [128, 167, 179]. Sin embargo, el brote surcoreano se originó de una sola persona infectada, resultando en tres a cuatro generaciones de casos [180, 181]. Estudios de esta variante viral aparentemente recombinante no encontraron un aumento de la tasa evolutiva y ningún signo de adaptación al virus, por lo que el brote parece haber sido impulsado por circunstancias más que por circunstancias junto con mutación [181]. Para muchos casos MERS detectados fuera de la Península Arábiga, se El rastreo de contacto es esencial para contener la aparición y transmisión de un nuevo virus y hoy en día está apoyado por la epidemiología molecular. Aunque es un proceso costoso y que consume tiempo, el rastreo de contacto puede identificar posibles nuevas infecciones y, a través del monitoreo activo o pasivo, reaccionar más rápidamente si la enfermedad se desarrolla. Los resultados del rastreo de contacto hasta la fecha han encontrado que la transmisión continua entre los seres humanos es un evento poco frecuente. Por ejemplo, hubo 83 contactos, tanto sintomáticos como asintomáticos, de un caso tratado en Alemania que viajó desde los Emiratos Árabes Unidos pero no se encontraron signos de virus o anticuerpos en ninguno de ellos [73]. En un estudio de 123 contactos de un caso tratado en Francia, sólo siete coincidieron con la definición de un posible caso y fueron probados; uno que había compartido una habitación hospitalaria de 20 m2 mientras que en una cama a 1,5 m de distancia del caso índice durante un período prolongado fue positivo [26]. Ninguno de los contactos de los dos primeros casos MERS importados a los EE.UU. en 2014 contenía ninguna huella MERS-CoV [182] y ninguno de los 131 contactos de dos viajeros que regresaron a los Países Bajos desarrolló anticuerpos MERS-CoV o testó ARN positivo [25, 183]. Los análisis de datos públicos revelan muchos casos probables de adquisición nosocomial de infección en la Península Arábiga y estos datos pueden ir acompañados de algunos detalles que señalan el contacto con un caso o instalación conocido. Un ejemplo identificó el papel probable de un paciente con una infección subclínica, presente en un hospital durante su ingreso por otras razones, como el caso índice más probable que desencadena un grupo familiar [93]. El rastreo de contacto fue un factor significativo en la terminación de un brote de 2015 con múltiples hospitales surcoreanos [184]. Estos estudios demuestran la necesidad de encontrar y comprender un papel para los casos leves y asintomáticos, junto con la restricción del contacto cercano o la exposición prolongada de las personas infectadas a otras, especialmente familiares mayores y amigos con enfermedad subyacente (Fig. 4c). El brote asociado al hospital en Jeddah en 2014 fue la acumulación más grande y rápida de las detecciones de MERS-CoV hasta la fecha. El mayor número de detección de MERS-CoV de cualquier mes registrado se produjo en Yeddah en abril. El brote se asoció principalmente (> 60 % de los casos) con la propagación de seres humanos a seres humanos dentro de los entornos hospitalarios y se debió a la falta de prevención y control de las infecciones o a su desorganización [37, 185, 186]. Un aumento de las muertes siguió al rápido aumento del número de casos. En 2015 ocurrieron dos grandes brotes. Corea del Sur fue el lugar del primer brote a gran escala fuera de la Península Arábiga y produjo los primeros casos tanto en Corea del Sur como en China, entre mayo y julio de 2015. Esto fue seguido de cerca por un brote distinto en la provincia de Ar Riyad, en la KSA, que parecía estar bajo control a principios de noviembre. Después de permanecer en Bahréin durante dos semanas, un varón de 68 años (68 M) viajó a Corea del Sur vía Qatar, llegando libre de síntomas el 4 de mayo de 2015 [187]. Desarrolló fiebre, Visitó una clínica como ambulatorio entre los días 12 y 15 de mayo y fue ingresado en el Hospital A el día 15 [188]. Fue dado de alta del Hospital A el día 17 y luego fue ingresado en el servicio de urgencias del Hospital B el día 18. Durante esta segunda estancia, se tomó una muestra de esputo y dio positivo para el MERS-CoV el día 20 [187, 188], desencadenando el traslado al centro de tratamiento de aislamiento designado. Durante un período de 10 días, el caso índice fue visto en tres hospitales diferentes, demostrando una característica clave de "compra hospitalaria" que conformó el brote surcoreano. Aproximadamente 34 personas fueron infectadas durante este tiempo [187]. En total 186 casos fueron generados en este brote, todos vinculados a través de una única cadena de transmisión a 68 M; 37 casos murieron [189]. En Corea del Sur, el sistema nacional de seguro médico prevé una atención médica de costo relativamente bajo, sufragando algunos costos al hacer que los familiares sean responsables de una parte de la administración de los enfermos, lo que a veces los hace permanecer durante largos períodos en las habitaciones que a menudo tienen más de cuatro camas en ellas [24]. Otros factores que se pensaba que habían permitido este brote eran la falta de familiaridad de los médicos locales con MERS, la facilidad con la que el público puede visitar y ser tratado por hospitales terciarios, la costumbre de visitar a amigos y familiares enfermos en hospitales, la naturaleza jerárquica de la sociedad coreana, las salas de emergencia abarrotadas, las medidas deficientes del IPC, la falta de salas de aislamiento de presión negativa y la mala comunicación interhospitalaria de los historiales de enfermedades de los pacientes [24, [190] [191] [192]. Hasta la fecha se han comunicado pocos detalles clínicos sobre estos casos y los detalles sobre la transmisión y el rastreo de los contactos son mínimos. Los hospitales involucrados inicialmente no fueron identificados, la orientación y las acciones gubernamentales produjeron mensajes confusos y hubo una comunicación muy limitada en los primeros tiempos, lo que dio lugar a preocupaciones innecesarias, desconfianza y un impacto económico distinto [191, [196] [197] [198]. Al principio del brote, un viajero infectado, hijo de un caso identificado en Corea del Sur, pasó por Hong Kong en su camino a China, donde estaba ubicado, aislado y atendido en China [91, 199, 200]. No hubo contactos que enfermaran.El brote se puso bajo control a finales de julio/a principios de agosto [201] después de que se emplearan medidas mejoradas del IPC, seguimiento y cuarentena de contactos sólidos, pruebas de laboratorio ampliadas, hospitales fueron mejor asegurados, se envió personal especializado para gestionar los casos Una revisión de los datos públicos mostró que, al igual que en el caso del MERS en la KSA, la edad avanzada y la presencia de enfermedad subyacente se asociaron significativamente con un desenlace fatal en Corea del Sur. [40] Aunque R 0 es <1, los eventos de superdifusión facilitados por circunstancias creadas en entornos de salud y caracterizadas por tamaños de clúster superiores a 150, como este, no son inesperados por la infección por MERS-CoV [204]. La dinámica de un brote depende de la R 0 y de los patrones de eliminación viral de un individuo, el tipo y la frecuencia de contacto, los procedimientos hospitalarios y la estructura y densidad de la población [204]. En la región de Ar Riyad, incluida la capital de Riad, se inició un cúmulo hospitalario dentro de un solo hospital a partir de finales de junio de 2015 [205]. A mediados de septiembre se habían notificado aproximadamente 170 A pesar de la introducción continua y posiblemente estacional del virus en la población humana a través de los DC infectados y tal vez otros animales que aún no se han identificado, la gran mayoría de la transmisión del MERS-CoV se ha producido de seres humanos infectados a no infectados en contacto cercano y prolongado a través de circunstancias creadas por un control deficiente de las infecciones en los entornos de atención de la salud. Este virus oportunista ha tenido su mayor impacto en las personas con enfermedades subyacentes y esas personas vulnerables, que a veces sufren múltiples comorbilidades, se han asociado con mayor frecuencia con los hospitales, creando una tormenta perfecta de exposición, transmisión y mortalidad. No está claro si este grupo se ve afectado de manera única por el MERS-CoV o si otras infecciones respiratorias, incluidas las de los HCoV, producen un impacto igualmente grave. En Corea del Sur, un solo caso importado creó un brote de 185 casos y 36 muertes que tuvieron un impacto desproporcionado en el desempeño económico, el comportamiento de la comunidad y la confianza en el gobierno y el sistema de atención de la salud. La transmisión del hogar de seres humanos a seres humanos se produce, pero también es limitada. Los programas educativos serán herramientas esenciales para combatir la propagación del MERS-CoV tanto dentro de las comunidades urbanas y regionales como para el entorno de atención de la salud. La vigilancia sigue siendo importante para la contención, ya que el MERS-CoV es un virus con una composición genética que se ha observado durante sólo tres años y no es estable. Entre todos los seres humanos que se han notificado que están infectados, casi el 40% han muerto. La secuenciación del genoma completo se ha utilizado extensamente para estudiar el recorrido y la variación del MERS-CoV y aunque sigue siendo una herramienta para expertos, parece ser la mejor herramienta para el trabajo. El MERS y el SRAS tienen algunas similitudes clínicas pero también difieren significativamente [206]. Entre las características definitorias se incluyen el PFC más alto entre los casos del MERS (superior al 50 % en 2013 y actualmente en el 30-40%; muy por encima del 9 % del SRAS) y la asociación más alta entre el MERS mortal y los hombres mayores con comorbilidades subyacentes. Para los virus, el MERS-CoV tiene un tropismo más amplio, crece más rápidamente in vitro, induce más rápidamente cambios citopatógenos, desencadena respuestas transcripcionales distintas, hace uso de un receptor diferente, induce un estado más proinflamatorio y tiene una respuesta antiviral tardía en comparación con el SRAS Parece haber una prevalencia del 2-3 % de MERS-CoV en la KSA con una probabilidad del 5 % de transmisión secundaria dentro del hogar. Hay un mayor riesgo de infección a través de ciertas ocupaciones en ciertos momentos y una probabilidad mucho mayor de propagación a otros seres humanos durante circunstancias creadas por los humanos, lo que impulsa una transmisión más efectiva que cualquier R 0 predeciría sobre el valor facial. Sin embargo, a pesar de las múltiples concentraciones masivas que han proporcionado al virus muchos millones de oportunidades de propagación, no se han reportado brotes de MERS o MERS-CoV durante o inmediatamente después de estos eventos. No hay evidencia de que el MERS-CoV sea un virus de preocupación pandémica. Sin embargo, los entornos hospitalarios continúan describiendo casos y brotes de MERS en la Península Arábiga. Mientras facilitemos la propagación del MERS-CoV entre nuestras poblaciones más vulnerables, el mundo debe permanecer en alerta para los casos que puedan ser exportados con mayor frecuencia cuando un país de acogida con reservorios de camellos infectados está experimentando conglomerados o brotes humanos. El MERS-CoV parece ser un virus enzoótico que infecta a la URT DC con evidencia de recombinación genética reciente. Puede que una vez haya tenido su origen entre los murciélagos, pero falta evidencia y la relevancia de ello para la epidemia actual es académica. Gracias a la acción rápida, las herramientas de diagnóstico molecular sensibles y rápidas necesarias para lograr un objetivo de detección rápido y sensible han sido establecidas y ampliamente disponibles desde que el virus fue reportado en 2012. RT-PCR pruebas de muestras de LRT siguen siendo el estándar de oro para la confirmación del MERS-CoV. Las herramientas serológicas siguen surgiendo pero necesitan una validación adicional utilizando muestras de infecciones leves y asintomáticas y un estudio de cohorte densamente muestreado para seguir los contactos de nuevos casos puede abordar esta necesidad. Del mismo modo, la importante cuestión de si aquellos que eliminan el ARN MERS-CoV durante períodos prolongados son infecciosos mientras aparecen bien, sigue sin respuesta. Incluso no está claro cuántas infecciones 'asintomáticas' se han descrito y reportado correctamente, lo que a su vez plantea preguntas sobre la fiabilidad de la recolección de otros datos clínicos hasta la fecha. Si bien la virología básica del MERS-CoV ha avanzado en el transcurso de los últimos tres años, la comprensión de lo que está sucediendo en, y la interacción entre, camello, medio ambiente y humano todavía está en su infancia.

¿Cuánto tiempo después de que Infectious MERS-CoV añadido a la leche de DC, cabra o vaca y almacenado a 22°C podría ser recuperado?

MERS coronavirus: diagnóstico, epidemiología y transmisiónhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4687373/SHA: f6fcf1a99cbd073c5821d1c4ffa3f2c6daf8ae29Autores: Mackay, Ian M.; Arden, Katherine E.Fecha: 2015-12-22DOI: 10.1186/s12985-015-0439-5Licencia: cc-byAbstract: Los primeros casos conocidos de síndrome respiratorio de Oriente Medio (MERS), asociados con la infección por un nuevo coronavirus (CoV), se produjeron en 2012 en Jordania, pero se informó retrospectivamente.El primer caso que se informó públicamente fue de Jeddah, en el Reino de Arabia Saudita (KSA). Desde entonces, las secuencias de MERS-CoV se han encontrado en un murciélago y en muchos camellos dromedarios (DC). MERS-CoV es enzoótico en toda la Península Arábiga y en partes de África, causando enfermedades leves del tracto respiratorio superior en su reservorio de camellos y infecciones humanas esporádicas, pero relativamente raras. Precisamente cómo el virus transmite a los seres humanos sigue siendo desconocido, pero la exposición estrecha y prolongada parece ser un requisito. El KSA es el punto focal de MERS, con la mayoría de los casos humanos. En los seres humanos, MERS se conoce principalmente como una enfermedad del tracto respiratorio inferior (RTL) que incluye fiebre, tos, dificultades respiratorias y neumonía que puede progresar a síndrome de dificultad respiratoria aguda, fallo multiorgánico y muerte en un 20% a 40% de los infectados. Sin embargo, MERS-CoV también se ha detectado en enfermedades leves y similares a En comparación con el síndrome respiratorio agudo grave (SARS), otra enfermedad zoonótica del coronavirus a veces fatal que ha desaparecido desde entonces, el MERS progresa más rápidamente hacia la insuficiencia respiratoria y la lesión renal aguda (también tiene afinidad por el crecimiento de las células renales en condiciones de laboratorio), es más frecuente en los pacientes con enfermedad subyacente y es más a menudo fatal. La mayoría de los casos humanos de MERS se han relacionado con fallos en la prevención y el control de infecciones (IPC) en los entornos de salud, con aproximadamente el 20% de todas las detecciones de virus notificadas entre los trabajadores de la salud (HCWs) y exposiciones más altas en aquellos con ocupaciones que los ponen en estrecho contacto con camellos. Los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) han estado disponibles casi desde el comienzo de la aparición de MERS. Mientras que la virología básica de MERS-CoV ha avanzado en los últimos tres años, la comprensión de la interacción entre camello, medio ambiente y restos humanos limitados. MATERIAL SUPLEMENTO ELECTRÓNICO: La versión en línea de este artículo (doi:10.1186/s12985-015-0439-5) contiene material suplementario, que está disponible para los usuarios autorizados. Texto: Un correo electrónico del Dr. Ali Mohamed Zaki, un virólogo egipcio que trabaja en el Hospital Dr. Soliman Fakeeh en Jeddah en el Reino de Arabia Saudita (KSA) anunció la primera cultura de un nuevo coronavirus al mundo. El correo electrónico fue publicado en el sitio web de la red de enfermedades emergentes profesionales (ProMED) el 20 de septiembre de 2012 [1] (Fig. 1) y describió el primer caso reportado, un hombre de 60 años de edad de Bisha en la KSA. Esta información llevó al rápido descubrimiento de un segundo caso del virus, esta vez en un paciente enfermo en el Reino Unido, que había sido transferido de Qatar para su atención [2]. El nuevo virus fue inicialmente llamado coronavirus nuevo (nCoV) y subsecuentemente titulado el síndrome de respiración del Oriente Medio coronavirus (MERS-CoV). A partir del 2 de septiembre de 2015, ha habido 1.493 detecciones de ARN viral o anticuerpos específicos del virus en 26 países (Fichero adicional 1: Figura S1) confirmado por la Organización Mundial de la Salud (OMS), con más de un tercio de las personas positivas muriendo (al menos 527, 35 %) [3]. Desde ese primer informe, un lento proceso de descubrimiento durante los siguientes dos o tres años reveló un virus que había infectado más del 90 % de los camellos dromedarios adultos (DC; Camelus dromedario) en la KSA [4], también en los países en desarrollo de toda la Península Arábiga y partes de África que son una fuente de importaciones de DC para la KSA [5]. Hasta la fecha, el MERS-CoV no se ha detectado en los países en desarrollo sometidos a pruebas en zoológicos o rebaños de otras partes del mundo [6] [7] [9]. Ocasionalmente, el virus se transmite de los DC infectados a los seres humanos expuestos. La transmisión posterior a otros seres humanos requiere una exposición relativamente cercana y prolongada [10]. Se patentó el primer aislado viral y se planteó la preocupación de que ello limitaría el acceso tanto al virus como a los diagnósticos virales [11, 12]. Sin embargo, los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) se describieron rápidamente y el virus se puso a disposición de forma gratuita, sujeto a consideraciones rutinarias de bioseguridad [13]. La epidemiología y la investigación posteriores han identificado al receptor celular como exopeptidasa dipeptidil peptidasa 4 (DPP4; también llamada CD26); que el MERS-CoV tiene un amplio tropismo, replicando mejor en algunas líneas celulares y provocando una respuesta más proinflamatoria que el SARS-CoV; está muy extendido en los DC; tiene el potencial de infectar a otros animales y que el MERS mata a su huésped humano con más frecuencia que el SARS (20-40% frente al 9 % para el SARS [14] ) [15] [16] [17] [19]. El MERS-CoV se propaga esporádicamente entre las personas, causando enfermedades más graves entre los adultos mayores, especialmente los varones, con enfermedades preexistentes.La propagación del MERS-CoV entre los seres humanos se ha asociado a menudo con brotes en los hospitales, con alrededor del 20% de todos los casos hasta la fecha en los que han participado trabajadores de la salud (HCWs).Aunque los DC parecen sufrir el equivalente a un "frío común" de la infección por MERS-CoV, en los seres humanos el virus puede ser un patógeno más grave y oportunista asociado con la muerte de hasta el 40% de los casos notificados. Aún no se ha establecido si las infecciones que se cree que se han adquirido de una fuente animal producen un resultado más grave que los que se propagan entre los seres humanos [20]. Los estudios han establecido que el período medio de incubación para el MERS es de cinco a seis días, que van de dos a 16 días, con 13 a 14 días entre el inicio de la enfermedad en una persona y posteriormente se extiende a otra [21] [22] [23]. Entre aquellos con enfermedad progresiva, la mediana de tiempo hasta la muerte es de 11 a 13 días, que van de cinco a 27 días [23, 24]. La fiebre y los síntomas gastrointestinales pueden formar un pródromo, después de lo cual los síntomas disminuyen, sólo para ser seguidos por un síndrome sistémico y respiratorio más grave [25, 26]. La primera definición de caso de la OMS [27] definió los casos probables de MERS basados en la presencia de enfermedad febril, tos y el requisito de hospitalización con sospecha de compromiso del tracto respiratorio inferior (RTL), incluyendo también roles para el contacto con un caso probable A partir de julio de 2013, la definición revisada del caso de la OMS incluía la importancia de buscar y comprender el papel de los casos asintomáticos y, a partir de junio de 2014, la definición de la OMS indicaba más claramente que un caso confirmado incluía a cualquier persona cuya muestra fuera RT-PCR positiva para MERS-CoV, o que produjera una seroconversión, independientemente de los signos y síntomas clínicos. [28] [30] Aparte de los informes de la OMS y del Ministerio de Salud de la KSA, los casos asintomáticos o subclínicos de infección por MERS-CoV se documentaron en la literatura científica, aunque no siempre tan a menudo como ocurrió a principios de [31, 32]. La definición del caso de la KSA se hizo más estricta el 13 de mayo de 2014, basándose en la presencia de ambas características clínicas y confirmación de laboratorio [33]. Las pruebas de personas asintomáticas fueron recomendadas a partir de diciembre de 2014 [34], reforzadas por una definición de caso publicada por el Ministerio de Salud de la KSA en junio de 2015 [35]. La KSA ha sido la fuente del 79 % de los casos humanos. El MERS severo es notable por su impacto entre los hombres mayores con enfermedades comorbidas, incluyendo diabetes mellitus, cirrosis y diversas afecciones pulmonares, renales y cardíacas [36] [38]. Interesantemente en junio de 2015, un brote en Corea del Sur siguió una distribución similar [39, 40]. Entre los casos confirmados en laboratorio, los signos y síntomas de fiebre, tos y tracto respiratorio superior (URT) generalmente ocurren primero, seguidos en una semana por trastornos progresivos de TL y linfopenia [37]. Los pacientes a menudo se presentan a un hospital con neumonía o peor, y se han notificado infecciones Según se informa, el MERS ha matado aproximadamente el 35 % de todos los casos notificados, el 42 % de los casos en la KSA, pero sólo el 19 % de los casos en Corea del Sur, donde la mortalidad osciló entre el 7 % entre los grupos de edad más jóvenes y el 40 % entre los de 60 años o más [42] ; todos pueden ser valores inflados con infecciones asintomáticas o leves a veces no buscadas o no reportadas [34]. La atención de apoyo general es clave para tratar los casos graves [43]. Rara vez se informa que los niños menores de 14 años son positivos para la MERS-CoV, que comprende sólo el 1,1% (n = 16) del total de casos notificados. Entre el 1 de septiembre de 2012 y el 2 de diciembre de 2013, un estudio describió el recuento de casos pediátricos en la KSA, que se situaba en 11 (dos a 16 En Amman (Jordania), se probaron 1.005 muestras de niños hospitalizados menores de dos años con fiebre y/o signos y síntomas respiratorios, pero ninguna fue positiva para ARN MERS-CoV, a pesar de haber sido recolectadas en un momento similar al primer brote conocido de MERS-CoV en la ciudad vecina de Al-Zarqa [45]. Un segundo trimestre de mortinato ocurrió en una mujer embarazada durante una enfermedad respiratoria aguda y aunque no fue RT-rtPCR positivo, la madre desarrolló posteriormente anticuerpos contra MERS-CoV, sugestivos de infección reciente [46]. Su historia de exposición a un pariente positivo de MERS-CoV RT-rtPCR y un esposo anticuerpo reactivo, su período de incubación y su historia sintomática cumplieron los criterios de la OMS para ser un probable caso de MERS-CoV [46]. Los métodos de diagnóstico se publicaron dentro de los días del correo electrónico ProMED anunciando el primer caso MERS [47], incluyendo varios ensayos RT-rtPCR (Fig. 2 ) y cultivo de virus en células Vero y LLC-MK2 [18, 47, 48]. Un adenocarcinoma colorrectal (Caco-2 ) línea celular epitelial ha sido recomendado desde entonces para el aislamiento de infecciones MERS-CoV [49]. Anteriormente [18].. Los marcos de lectura abiertos se indican como rectángulos amarillos entre corchetes por regiones terminales no traducidas (UTR; rectángulos grises ). FS-frame-shift. Las regiones predictas que abarcan puntos de ruptura de recombinación se indican por píldoras naranjas. Creado utilizando Geneious v8.1 [211] y anotado usando Adobe Illustrator. Bajo este esquema se muestra la ubicación de los imprimadores RT-PCR (las flechas azules indican la dirección) y oligoprobes (rectángulos verdes) utilizados en los primeros ensayos de cribado RT-rtPCR y en los convencionales, seminés (tres imprimaciones) RT-PCR confirmatorios de secuenciación [47, 48]. El orden de publicación se observa por primera [27 de septiembre de 2012; rojo] y segundo [6 de diciembre de 2012; naranja] rectángulos de color; ambos de Corman y otros [47, 48] Los ensayos recomendados por la OMS se destacan debajo por puntos amarillos [53]. El imprimador reverso NSeq ha contenido consistentemente una secuencia incompatibilidad con algunas variantes de MERS-CoV. Una versión alterada de la de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio del Oriente Medio: Una Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con el permiso de Elsevier [5] revisó el amplio tropismo de MERS-CoV [5]. Sin embargo, como se describe bien, el cultivo celular es un método lento, especializado e insensible [50] mientras que las técnicas basadas en PCR son el método preferido para la detección de MERS-CoV. Los primeros marcos de lectura abiertos (ORF 1a y 1b; Fig. 2) se han convertido en un objetivo diagnóstico clave y taxonómico para la identificación de especies CoV. Con menos del 80 % de identidad entre la secuencia de aminoácidos de MERS ORF 1ab y parientes del betacoronavirus, Tylonycteris Bat HKU4 y Pipistrellus Bat HKU5, se puede concluir que es un virus novedoso y distinto. Las proteínas estructurales incluyen el pico (S), la envoltura (E), la membrana (M) y el nucleocápsido (N) [52]. Se prevé que los productos de ORF1a y ORF1b codificarán proteínas no estructurales. La mayoría de los ensayos de muestras realizados hasta la fecha han empleado ensayos RT-rtPCR validados que han demostrado ser sensibles y específicos [47, 48, 53]. El kit de RealStar® utiliza estos ensayos recomendados por la OMS [54]. Las secuencias objetivo de estos ensayos de cribado no han cambiado entre los genomas examinados hasta al menos mediados de 2015 (observación IMM). Otros ensayos RT-rtPCR han sido desarrollados y validados para su uso como herramientas de diagnóstico basadas en laboratorio [55] [56]. Además, los ensayos isotérmicos [58, 59] o recombinasa polimerasa [60] La detección del antígeno MERS-CoV no ha sido común hasta la fecha, pero la combinación de corto tiempo de retorno de la prueba al resultado, alto rendimiento e identificación de proteínas virales hace que esta opción sea atractiva. La detección de proteínas virales en lugar de ARN viral indica la probable presencia de virus infecciosos. La primera herramienta inmunocromatográfica rápida descrita podría detectar proteína nucleocápsida MERS-CoV recombinante de hisopos nasales DC con sensibilidad al 94 % y especificidad al 100 % en comparación con RT-rtPCR [61]. Un enfoque diferente utilizó una captura basada en anticuerpos monoclonales ELISA dirigida a la proteína nucleocápsida MERS-CoV con una sensibilidad de 10 3 CCID 50 y especificidad al 100 % [62]. La demostración de una seroconversión a una infección por MERS-CoV cumple con la definición actual de la OMS de un caso tan optimizado y ampliamente validado que los seroensayos empleados junto con buenas historias clínicas son útiles para identificar la infección por MERS-CoV y ayudar a apoyar estudios de transmisión. Debido a que las pruebas serológicas son, por su naturaleza, retrospectivas, es habitual detectar una huella viral, en forma de anticuerpos, en ausencia de signos o síntomas de enfermedad y a menudo en ausencia de ARN viral [63]. Las seroencuestas estratégicas y generalizadas de seres humanos que utilizan muestras recogidas después de 2012 son infrecuentes. Gran parte de la Península Arábiga y todo el Cuerno de África carecen de datos de referencia que describan la proporción de la comunidad que puede haber sido infectada por un MERS-CoV. Sin embargo, las seroencuestas han tenido un uso Debido a la identidad compartida entre DC y el MERS-CoV humano (ver epidemiología molecular: utilizando genomas para entender brotes), los ensayos serológicos para las seroencuestas de DC deben ser transferibles al cribado humano con una reconfiguración mínima. Además, no se ha encontrado ninguna variación diagnóstica relevante en la actividad de neutralización entre una gama de aislados y seras testados de MERS-CoV circulantes, por lo que los seroensayos de virus enteros o específicos basados en proteínas deben funcionar de manera equivalente en la detección de respuestas serológicas al serotipo único de MERS-CoV [49]. El desarrollo de ensayos serológicos robustos requiere paneles confiables de sueros animales o humanos bien caracterizados, incluidos los positivos para anticuerpos específicos del MERS-CoV, así como para fuentes probables de reacción cruzada [64]. La obtención de estos materiales fue problemática y enlenteció el desarrollo y comercialización de ensayos de detección de anticuerpos para ensayos humanos [64]. Se han liberado varios kits comerciales de ELISA, kits de ensayos inmunofluorescentes (IFA), proteínas recombinantes y anticuerpos monoclonales [31, [65] [66] [68]. Inicialmente, se utilizaron IFAs convencionales para seroencuestas humanas. Estos se basaron en el cultivo celular infectado por MERS-CoV como fuente de antígeno, detectando la presencia de anticuerpos humanos anti-MERS-CoV IgG, IgM o neutralizantes en muestras humanas [18, 48, 69]. No se encontró ningún signo de anticuerpos MERS-CoV entre 2.400 sueros de pacientes que visitaron el Hospital de Jeddah, desde 2010 hasta 2012, antes de la descripción de MERS-CoV [18]. Los métodos IFA tampoco detectaron ningún signo de infección previa por MERS-CoV entre una pequeña muestra de 130 donantes de sangre sanos de otro hospital de Jeddah (recogida entre enero y diciembre de 2012) [70]. De 226 trabajadores del matadero, sólo ocho (3,5%) fueron positivos por IFA, y los sueros no pudieron ser confirmados por la prueba de neutralización del virus (NT). El estudio indicó que HCoV-HKU1 era una fuente probable de antígenos de reacción cruzada en todo el virus IFA [70]. El virus completo MERS-CoV IFA también sufrió alguna reactividad cruzada con el SRAS convaleciente sera y esto no pudo resolverse mediante una prueba de NT que también fue reactiva [71]. La IFA utilizando proteínas recombinantes en lugar del virus entero IFA, ha demostrado ser una herramienta más específica [31]. Dado que se han postulado zoonosis asintomáticas [72], la ausencia de anticuerpos contra el MERS-CoV entre algunos humanos que tienen contacto regular y estrecho con camellos puede reflejar la rareza de animales infectados activamente en carnicerías, un riesgo de transmisión limitado asociado con DCs de sacrificio [70], un estado inmune cruzado de protección preexistente o algún otro factor(s) que resulta en un bajo riesgo de enfermedad y seroconversión concurrente que se desarrolla después de la exposición en este grupo. IFA usando proteínas recombinantes en su lugar. Algunos seroensayos han pasado por alto los riesgos de trabajar con virus infecciosos al crear células transfectadas que expresan porciones recombinantes de las proteínas nucleocápsidas y punzantes del MERS-CoV [48, 73], o utilizando un lentivirus recombinante que expresa la proteína de pico del MERS-CoV Un ensayo de pseudoneutralización de partículas (ppNT) ha sido ampliamente utilizado en estudios en animales y fue al menos tan sensible como la prueba tradicional de microneutralización (MNT). [10, 74, [76] [77] [78] ] Los estudios que utilizaron pequeños números de muestra y ppNT no encontraron evidencia de anticuerpos neutralizantes MERS-CoV en sueros de 158 niños con infecciones de LRT entre mayo de 2010 y mayo de 2011, 110 sera de 19 a 52 años de edad donantes de sangre masculina y 300 trabajadores autoidentificados de animales de la Región Jazan de la KSA durante 2012 [79, 80]. Del mismo modo, un estudio de cuatro pastores en contacto con una manada infectada de DC en Al-Ahsa, ocho personas que tenían contacto intermitente con la manada, 30 veterinarios y personal de apoyo que no estaban expuestos a la manada, tres trabajadores de mataderos no protegidos en Al-Ahsa y 146 controles que no estaban expuestos a DC en ningún rol profesional, no encontró ninguna evidencia serológica de infección por MERS-CoV en el pasado utilizando el ensayo ppNT [10]. Un retraso en la respuesta de anticuerpos neutralizantes a la infección por MERS-CoV se asoció con un aumento de la gravedad de la enfermedad en los casos de Corea del Sur con la mayoría de las respuestas detectables en la tercera semana de enfermedad, mientras que otros, aunque la enfermedad era grave, no respondieron durante cuatro o más semanas [81]. Las implicaciones para nuestra capacidad de detectar cualquier respuesta en casos leves o asintomáticos no fueron exploradas, pero Un brote jordano de TRT aguda en un hospital en 2012 se encontró retrospectivamente asociado a la infección por MERS-CoV, utilizando inicialmente RT-rtPCR, pero posteriormente, y en una escala mayor, a través de la positividad por ELISA y la prueba IFA o MNT. [46, 82, 83] Este brote fue anterior al primer caso de MERS en la KSA. La ELISA utilizó una proteína nucleocápsida recombinante del grupo 2 betacoronavirus bat-CoV HKU5 para identificar anticuerpos contra la proteína MERS-CoV reactiva equivalente [71]. Se validó utilizando 545 sera recolectada de personas con HCoV-OC43, HCoV-229E, SARS-CoV, HCoV-NL63, HRV, HMPV o influenza A(H1N1), pero fue supuestamente menos específica que la I También se consideró una herramienta aplicable para el cribado de grandes números de muestra [82]. Un microarray de proteína que expresa la subunidad de proteína S1 ha sido validado y ampliamente utilizado para las pruebas de DC [5, 84]. Detección de infección por MERS-CoV usando microarray de proteína ELISA o S1 [84] suele ser seguido por IFA confirmatoria y/ o una neutralización de reducción de placa (PRNT) [69, 70, 85] o MNT test. [74, 85, 86] Este proceso confirmatorio tiene como objetivo asegurar que los anticuerpos detectados sean capaces de neutralizar específicamente el virus previsto y no sean más ampliamente reactivos a otros coronavirus encontrados en DCs (coV bovina, BCoV) o humanos (HCoV-OC43, HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoV-HKU1, SARS En el estudio más grande de sueros humanos, un proceso de diagnóstico escalonado asignó tanto el SERA positivo recombinante como el SERA ELISA recombinante a la seropositividad 'etapa 1'. Un resultado seropositivo en estadio 2 requirió además un resultado PRNT adecuadamente titulado [87]. El estudio encontró que 15 SERA recolectados en 2012 a 2013 de 10.009 (0,2%) personas en 13 provincias KSA contenían anticuerpos MERS-CoV, pero proporciones significativamente mayores en se produjeron en pastores de camellos (dos de 87; 2,3 %) y trabajadores de mataderos (cinco de 140; 3,6 %) [87]. Se necesitan encuestas contemporáneas. MERS-CoV no parece ser fácilmente transmitido de DCs a los seres humanos, o tal vez es [72], pero generalmente no desencadena una respuesta inmune detectable si sólo se producen enfermedades leves o infecciones asintomáticas. Los ensayos serológicos necesitan una validación adicional en esta área, por lo que es necesario tener cuidado al trasladar algoritmos de serología diagnóstica de reciente desarrollo de un entorno de investigación a uno que informe las decisiones de salud pública, lo que se reforzó cuando un caso falso positivo en EE.UU., supuestamente infectado después de un apretón de manos y dos reuniones cara a cara, no resistió más análisis confirmatorios utilizando un ensayo NT más específico y posteriormente se retractó [88, 89]. La OMS recomienda tomar muestras de la TRL para las pruebas RT-rtPCR del MERS-CoV, especialmente cuando la recolección de muestras se retrasa una semana o más después del inicio de los síntomas. [53] Las muestras de TRL también son mejores para intentar aislar el virus infeccioso, aunque el éxito del cultivo se reduce cuando persiste la enfermedad [49]. Los tipos de muestras recomendados incluyen lavado broncoalveolar (BAL), aspirado traqueal/traqueobronquial, líquido pleural y esputo [53, 90]. Las muestras frescas arrojan mejores resultados diagnósticos que el material refrigerado [69] y si es probable que se produzcan retrasos en las pruebas de ≥72 h, las muestras (excepto sangre) deben congelarse a −70°C [90]. Si se dispone de ellas, también se pueden realizar biopsias pulmonares o tejidos de autopsia [53]. Sin embargo, la TRU es un lugar de muestreo menos invasivo y más conveniente, y se recomienda un hisopo orofaríngeo y de garganta o un aspirado/lavado nasofaríngeo cuando se va a realizar el muestreo de TRU [90]. Los sueros emparejados, recogidos de dos a tres semanas de diferencia son preferibles para las pruebas serológicas, mientras que se sugiere que una muestra única sea suficiente si se recogen dos semanas después de la aparición de la enfermedad o un único suero recogido durante los primeros 10-12 días si se realiza RT-rtPCR [53, 90]. Se ha encontrado que la orina y las heces humanas contienen ARN MERS-CoV 12 a 26 días después de la aparición de los síntomas [25, 69, 91] y se enumeran como muestras que deben considerarse [53, 90]. En dos casos que llegaron a los Países Bajos, la orina fue RT-rtPCR negativa pero las heces fueron débilmente positivas y los sueros fueron RT-rtPCR positivos durante cinco días o más [25]. El hallazgo de ARN viral MERS-CoV en el suero proporciona una vía para estudios retrospectivos basados en PCR La ARNemia también puede correlacionarse con la gravedad de la enfermedad; los signos de virus fueron eliminados del suero de un paciente recuperado, pero se mantuvo hasta la muerte de otro [92]. Los casos de sospecha clínica de MERS pueden devolver resultados negativos por RT-rtPCR. Los datos han demostrado que una o más muestras de URT negativas pueden ser contradichas mediante un muestreo adicional de URT o el uso de muestras de LRT, lo que se prefiere [2, 43, 93]. En la LRT se producen cargas virales más altas que en la URT. [22, 69, 88, 94] Esto concuerda con la observación de que la mayoría de los síntomas de la enfermedad se reportan como enfermedad sistémica y LRT [21]. Sin embargo, en ocasiones incluso los especímenes de LRT de los casos de MERS pueden ser inicialmente negativos, sólo para más tarde ser positivos por RT-PCR [95 Esto puede deberse a una mala toma de muestras cuando la tos está ausente o no es productiva o porque la carga viral es baja [95]. A pesar de esto, tanto los mayores estudios de MERS-CoV humanos [32, [96] [97] [98] y los más pequeños [22, 25, 99], utilizan muestras de la URT. Cabe destacar que un estudio reportó una asociación entre cargas más altas en la URT y peores resultados clínicos incluyendo cuidados intensivos y muerte [94]. Al escribir, no existen datos humanos para definir si el virus se replica única o preferentemente en la LRT o URT, o réplicas en otros tejidos humanos in vivo, aunque el ARN MERS-CoV se ha detectado tanto de la URT como de la LRT en un modelo de mono macaco [100].La distribución de DPP4 en las vías respiratorias superiores humanas tampoco está bien descrita. Los estudios individuales de casos humanos reportan largos periodos de eliminación viral, a veces intermitentes y no necesariamente relacionados con la presencia de síntomas de la enfermedad. [25, 69, 99, 101] En un caso, un HCW arroja ARN viral durante 42 días en ausencia de enfermedad [99]. Es un área de alta prioridad para entender mejor si estos casos son capaces de infectar a otros. Más de tres cuartas partes de los casos de MERS arrojan ARN viral en sus muestras de TL (aspirados traqueales y esputo) durante al menos 30 días, mientras que sólo el 30 % de los contactos seguían arrojando ARN en sus muestras de TRU [91, 102]. En el único estudio para examinar el efecto del tipo de muestra en el análisis molecular, se examinaron 64 aspirados nasofaríngeos (ANP; una muestra de TRU), 30 aspirados traqueales, 13 Los aspirados traqueales y el BAL devolvieron los valores de carga viral más altos seguidos por el NPA y el esputo. Como era de esperar, las cargas virales más altas generalmente coincidían con la secuenciación del genoma completo y el éxito del cultivo y, en las pruebas del NPA, estaban significativamente correlacionadas con enfermedades graves y muerte [49, 94, 103]. Este estudio demostró la importancia del muestreo de LRT para la secuenciación del genoma completo. Cuando se probó, las muestras positivas para el MERS-CoV a menudo son negativas para otros patógenos [25, 93, 104]. Sin embargo, muchos estudios no mencionan pruebas adicionales para virus respiratorios humanos endémicos [21, 23, 73, 105]. Cuando se buscan virus, se han incluido el herpesvirus humano (VHH), los rinovirus (VHR), los enterovirus (VVV), el virus sincitial respiratorio (VRS), el virus parainfluenzavirus tipos 1, 2 y 3 (VIP), los virus de la gripe (VFI), los HCoV endémicos, los adenovirus (VCD) metapneumovirus (VPM) y el virus influenza A\H1N1; en ocasiones se han encontrado codetecciones con MERS-CoV [2, 22, 37, 69, 97]. A veces se incluyen pruebas bacterianas (por ejemplo, para Legionella y Pnemocococcus), pero el impacto de la copresencia bacteriana tampoco está claro [22, [104] [105] [106]. Otras pruebas de la muestra de TRL del primer caso del MERS utilizaron IFA para detectar algunos virus (negativos para IFV, PIV, RSV y AdVs) y RT-PCR para otros (negativos para AdV, EV, MPV y HHVs) [18]. RT-PCR también detectó MERS-CoV. La OMS recomienda encarecidamente pruebas para otros patógenos respiratorios [53] pero con esta recomendación a menudo descontada, hay datos limitados para abordar la ocurrencia y el impacto de coinfecciones o diagnósticos virales alternativos entre ambos casos del MERS y sus contactos. Poco se sabe de otras causas de neumonía similar al MERS en el KSA o de la carga general de enfermedad debido a los virus respiratorios clásicos conocidos. Pruebas de peregrinos adultos que realizan el Hajj en 2012 a 2014 no ha detectado ningún MERS-CoV. En 2012, se realizaron pruebas de hisopos nasales de 154 peregrinos recogidos antes de partir hacia el KSA o partir de él [47]. En 2013, las pruebas se ampliaron significativamente con 5.235 hisopos nasofaríngeos de 3.210 peregrinos entrantes y 2.025 hisopos de peregrinos salientes probados [98]. Cabe señalar que la mayoría de los peregrinos llegaron de países libres de MERS. Se tomaron otros 114 hisopos de peregrinos con enfermedad similar a la gripe [96, 107]. En reuniones anteriores del Hajj, se descubrió que los virus de la gripe circulaban ampliamente, mientras que otros virus, a menudo rinovirus, circulaban de manera más selectiva, interpretando que indicaban su importación junto con peregrinos extranjeros [107] [108] [108] Con el tiempo, el aumento de la vacunación contra la gripe se ha acreditado como una disminución de la prevalencia de enfermedades similares a la gripe entre los peregrinos [110] A menudo no se recoge una muestra de TRL para estos estudios [98, 107, 109], por lo que los hallazgos negativos falsos son una posibilidad, aunque poco se sabe sobre el sitio inicial de infección y replicación del MERS-CoV; se puede haber supuesto que fue la TRL porque la enfermedad se notó por primera vez allí, pero la TRL puede ser el lugar de la replicación más temprana. En Jeddah entre marzo y julio de 2014 (en adelante, el brote de Jeddah-2014; Fig. 3 ), hubo un rápido aumento en los casos del MERS, acompañado de un intenso cribado; aproximadamente 5.000 muestras de dentro y alrededor de la región se probaron en un mes, produciendo alrededor de 140 detecciones del MERS-CoV (prevalencia ~3 %) [111]. Entre los 5.065 individuos muestreados y analizados en la KSA entre octubre de 2012 y septiembre de 2013, se realizaron 108 (2,1%) detecciones en una población hospital-céntrica que incluyeron casos hospitalizados (n = 2.908; 57,4 %), sus familias (n = 462; 9,1 %) y HCW asociados (n = 1.695; 33,5 %) [32]. Entre las detecciones, 19 (17,8 %) eran HCW y 10 (9,3 %) eran contactos familiares [32]. La prevalencia del 2-3 % de infecciones activas por MERS-CoV no es diferente a la prevalencia hospitalaria de otras COV humanas. [112] Sin embargo, la proporción de muertes entre los infectados por MERS-CoV es mucho mayor que la conocida por los HCoV NL63, HKU1, 229E u OC43 en otros países, e incluso superior a la de SRAS-CoV; no es un virus que pueda razonablemente ser descrito como una "tormenta en una taza de té". Es la baja tasa de transmisión que ha evitado la propagación mundial, a pesar de muchas "oportunidades". Muy temprano en el brote de MERS, algunos animales fueron altamente considerados como el reservorio o huésped(s) intermedio(s) de MERS-CoV con tres de los cinco primeros casos que tuvieron contacto con DCs [73, 113, 114]. Hoy en día, las infecciones por MERS-CoV animales deben ser reportadas a la organización mundial para la salud animal como una enfermedad emergente [115]. Un resumen de los primeros casos de MERS reportados por la OMS definió el contacto animal con humanos como directo y dentro de los 10 días previos al inicio de los síntomas [20]. Esta definición no permitió específicamente la adquisición de DCs a través de una vía basada en gotitas, que es muy probable que sea la vía de adquisición de un virus que inicialmente y predominantemente causa enfermedad respiratoria [23]. Se sabe que los camellos producen altos niveles de ARN MERS-CoV en su URT y pulmones [116]. Proporcionando apoyo para una vía de transmisión de gotitas y tal vez indicando la presencia de ARN en núcleos más pequeños y secos de gotitas, se identificó ARN MERS-CoV en una muestra de aire de alto volumen recogida de un granero que alberga un DC infectado [117]. La fuente precisa de la que los humanos adquieren MERS-CoV sigue siendo poco estudiada pero parece probable Estos factores pueden resultar importantes para los casos humanos que no describen ningún contacto DC [119] ni ningún contacto con un caso confirmado. Si la definición de contacto con animales de la OMS es suficiente para identificar la exposición a este virus respiratorio no está clara. La formulación se centra en el consumo de productos DC, pero no atribuye específicamente el riesgo a una vía de gotitas para la adquisición de MERS-CoV desde DC [120]. Algunos pacientes MERS se enumeran en los avisos de enfermedad de la OMS como próximos a los DCs o granjas, pero los individuos no han descrito entrar en contacto con los animales. No se reporta ninguna vía alternativa para adquirir infección en muchos de estos casos. Lo que constituye una definición de "contacto" durante estas entrevistas se ha definido para un estudio [72]. A pesar de esta falta de claridad, la OMS considera que la evidencia que vincula la transmisión de MERS-CoV entre DCs a humanos es irrefu La posibilidad de que los murciélagos fueran un huésped animal de MERS-CoV fue ampliamente discutida inicialmente debido a la diversidad existente de coronavirus conocidos por residir entre ellos [121] [122] [123]. Evidencia concluyente que apoya a los murciélagos como fuente de infecciones humanas por MERS-CoV todavía no se ha encontrado, pero los murciélagos parecen albergar a los representantes ancestrales [53, 125]. Sin embargo, estas no son variantes del mismo virus ni siempre dentro del mismo linaje filogenético que MERS-CoV; cada uno son un virus genéticamente distinto. La infección de murciélago a humano por MERS-CoV es un evento puramente especulativo. La única pieza de evidencia específica del MERS-CoV que apunta a los murciélagos se origina en la amplificación de un fragmento de 190 nt del gen ARN dependiente de la polimerasa del genoma del MERS-CoV, identificado en un pellet fecal de un murciélago insectívoro Emballonuridae, Taphozous perforatus encontrado en Bisha, el KSA [121]. Aunque muy corta, la secuencia del fragmento lo definió como un descubrimiento diagnóstico. Posteriormente se informó de un enlace a los DC [85] y ese enlace ha madurado en una asociación verificada [38, 126] (Fig. 4). (Véase la figura en la página anterior.) Fig. 3 Detecciones mensuales de MERS-CoV (barras azules) y de casos que murieron (barras rojas) con algunas fechas de interés marcadas para 2012 al 4 de septiembre de 2015. Se indica una aproximación de cuando la estación de parto DC [128] y cuando los DC recién nacidos son destetados. La primavera (verde) y el verano (naranja) en la Península Arábiga también están sombreados. Tenga en cuenta la escala del eje y de la izquierda para 2014 y 2015 que es mayor que para 2012/13. Fuentes de estos datos públicos incluyen la OMS, Ministerios de Salud y FluTrackers [207] [209] [209]. Versiones anteriores y posteriores de este gráfico se mantienen en un blog personal [210]. Modificado y reimpreso de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio de Oriente Medio: Una infección por coronavirus emergente rastreada por la multitud. Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con permiso de Elsevier [5] Los DCs, que constituyen el 95 % de todos los camellos, tienen una presencia central en la El contacto puede ser común y puede ocurrir de diversas maneras (Fig. 4a). Hay varios grandes festivales, razas, ventas y desfiles bien atendidos que cuentan con DCs y DCs también son mantenidos y criados cerca de áreas pobladas en el KSA [127, 128]. La leche y la carne DC son ampliamente consumidas y el DC más viejo es un animal de importancia ritual después de la peregrinación del Hajj [129]. Sin embargo, la frecuencia de infección del MERS-CoV es mucho menor que el hábito generalizado y frecuente de comer, beber y preparar productos DC. La ingestión diaria de leche DC fresca no pasteurizada es común entre los beduinos del desierto y muchos otros en el KSA. La orina DC también se consume o se utiliza para supuestos beneficios para la salud. A pesar de que la carnicería de camellos es una ocupación local, ni los carniceros ni otros grupos en riesgo son identificables entre los casos de MERS; esto puede ser simplemente un problema de información en lugar de una ausencia inexplicable de MERS. Un pequeño estudio de casos y controles publicado en 2015 identificó el contacto directo con la DC, y no la ingestión de productos, para estar asociado con la aparición de MERS [38]. La primera investigación sero-encuesta de ganado que vive en la región de Oriente Medio se llevó a cabo durante 2012-2013 [85]. Los DCs fueron muestreados a partir de una manada de canarios nacidos principalmente y de DCs omaníes (originalmente importados del Cuerno de África) [85]. b Las infecciones de camello a humano parecen ser poco frecuentes, mientras que la propagación de la infección de ser humano a ser humano se ve facilitada regularmente por una CIP deficiente en los entornos de salud donde se amplifica la transmisión, lo que explica la mayor parte de los casos. Hay casos de MERS humanos que no entran en ninguna de las categorías de origen y no está claro si estas infecciones adquiridas a través de alguna vía totalmente separada, o de casos que escaparon al diagnóstico. c Las formas hipotéticas en las que la subclínica (cuando la infección puede no alcanzar un umbral clínico previamente definido de signos y/o síntomas) o asintomáticas (sin signos obvios ni medidos, observados o recordados de enfermedad) la infección por MERS-CoV puede estar implicada en la transmisión DC sera podría neutralizar MERS-CoV mientras que todas las seras DC de Omán tenían niveles elevados de anticuerpos neutralizantes específicos de MERS- Desde este estudio, una serie de informes revisados por pares han analizado tanto a los DCs como a otros animales, y la posibilidad de que puedan albergar la infección por MERS-CoV. Se han encontrado DCs seropositivos en toda la Península Arábiga, incluyendo Omán, la KSA, Qatar, Jordania, los Emiratos Árabes Unidos (EAU), Kuwait así como Sudán, Somalia, Egipto, Túnez, Nigeria, Kenia y Etiopía en África y las Islas Canarias [85, [130] [133] [133] [134]. Otros animales probados incluyen ovejas, vacas, cerdos, caballos, burros, mulas, aves, búfalos acuáticos, cabras, camellos bactrianos, llamas y guanacos (camélidos suramericanos) pero ninguno tenía anticuerpos neutralizantes detectables contra MERS-CoV [4, 74, 78, 85, 86, 135, 136]. No se han notificado hasta la fecha estudios de virología o serología de muestras humanas procedentes de zonas de África donde hay camellos con antecedentes de MERS-CoV. Sin embargo, la ausencia de neumonía inexplicable que pueda atribuirse a la infección por MERS-CoV puede no indicar la ausencia de virus entre los seres humanos en cada país, sino simplemente reflejar la falta de costosos estudios de epidemiología realizados por países pobres en recursos. Por lo tanto, no está claro si el MERS-CoV, o una CoV relacionada con antígenos, es un patógeno no reconocido en estas regiones, quizás circulando durante más tiempo del que se ha conocido en la Península Arábiga [133]. El ARN del MERS-CoV también se ha detectado en muestras de DC, y también se ha logrado la recuperación del virus infeccioso a partir de muestras de DC [4, 77, 117, 132, [137] [139] De algunos de ellos, se han secuenciado genomas completos o mayoritarios de MERS-CoV [77, 137, 138]. Las versiones DC de MERS-CoV fueron tan similares entre sí, como las variantes detectadas de diferentes seres humanos a lo largo del tiempo y a lo largo de la distancia. Los ensayos de detección de anticuerpos anticuerpos también han detectado anticuerpos cruzados en sera. Estos se identificaron como tales mediante la detección de sera contra virus similares, por ejemplo BCoV o HCoV-OC43 (como facsímil antigénico para BCoV). Es posible que otros virus similares a MERS-CoV también residan dentro de los DCs, pero esto no menoscaba el hallazgo definitivo de secuencias genéticas de MERS-CoV tanto en DCs como en humanos [117, 142, 143]. Los estudios de detección han demostrado que los DC juveniles son más a menudo positivos para el virus o el ARN viral, mientras que los DC mayores son más propensos a ser seropositivos y ARN o virus negativos [76, 77, 144]. En los DC adultos, se ha detectado ARN MERS-CoV entre animales con anticuerpos preexistentes, lo que sugiere que es posible la reinfección [77, 144]. Las cargas virales entre DC positivos pueden ser muy altas [4, 76, 77, 139, 144] y DCs se han encontrado positivos tanto cuando están enfermos con signos respiratorios de TRU [77, 117, 142, 145] o cuando aparentemente sanos [137]. Estos hallazgos indican que los DCs hospedan infecciones naturales MERS-CoV. Además, los sera DC almacenados han revelado signos de MERS-CoV en DCs que datan de hace más de tres décadas (los más tempranos Los sera más viejos no han sido probados y, por lo tanto, cuánto tiempo los DC han sido afectados por MERS-CoV, si el virus es enzoótico entre ellos, introducidos hace décadas o siglos de murciélagos en África o la Península Arábiga, o son objeto de incursiones virales regulares pero de corta duración de un huésped aún desconocido, no pueden ser respondidos. Los investigadores buscaron determinar una dirección para la infección; estaban los DC transmitiendo virus a los seres humanos o estaban los humanos infectando DC? En un sitio de Qatar, un propietario de una granja y su empleado se enfermaron a mediados de octubre de 2013 y dieron positivo para el ARN MERS-CoV en una muestra de esputo y hisopos de garganta, respectivamente. RT-rtPCRs encontró MERS-CoV ARN en 11 de 14 hisobas nasales de DC positivas en la granja; seis (43 %) positivos Los resultados indicaron que se había producido un brote reciente en este rebaño; la primera indicación de ARN MERS-CoV encontrado en DCs con una asociación temporal a infecciones humanas; tres muestras de DC positivas fueron confirmadas por secuenciación de una porción de 358 nt del gen de la espiga; estas secuencias eran idénticas unas a otras, de nuevo con homología cercana a otras secuencias humanas y DC MERS-CoV [138]. Los DCs y contactos humanos produjeron secuencias ORF1a y ORF4b que diferían por un solo nucleótido cada una, agrupando estrechamente con la variante Hafr-Al-Batin_1_2013 [138]. Estudios de casos posteriores encontraron evidencia de una infección humana y DC concurrente y la dirección de esa infección fue inferida a partir de los DCs enfermos y a sus propietarios humanos [117, 142, 146]. Las secuencias del genoma parcial indicaron que un humano y un DC positivo de la RT-RTPCR del MERS-CoV habían sido infectados por una variante del mismo virus, albergando el mismo patrón distinto de polimorfismos de nucleótidos. [142] Todos los nueve DC en la manada del propietario, muestreados en serie, reaccionaron en un antígeno S1 recombinante ELISA, con los dos animales que habían sido positivos de la RT-rtPCR mostrando un pequeño aumento verificable del título de anticuerpos [142]. Un aumento del título teóricamente comienza 10 a 21 días después de la infección de la DC [142]. Los autores sugirieron que el aumento del título en la suera de la DC que ocurrió junto con una disminución de la carga de ARN, mientras que el paciente estaba activamente enfermo y hospitalizado, indicó que los DC fueron infectados primero seguidos por el propietario [117, 142]. Los anticuerpos BCoV también estuvieron presentes, y aumentaron en uno de los dos animales positivos RT-rtPCR, pero ninguno de ellos pudo neutralizar la infección BCoV [142]. La temporada de parto en camellos se produce en los meses de invierno (entre finales de octubre y finales de febrero; Fig. 3 ) y este puede ser un momento en el que existe un mayor riesgo para los seres humanos de derrames debido a nuevas infecciones entre las poblaciones de DC ingenuas [128]. ¿Qué papel podría desempeñar el anticuerpo de camello materna en el retraso de la infección de terneros sigue siendo desconocido [128, 142]. Los DC juveniles parecen tener una infección activa con más frecuencia que los DC adultos y, por lo tanto, el sacrificio de los DC, que debe ser de cinco años de edad o más (llamados a thane), puede no ir acompañado de un riesgo significativo de exposición a la infección. A diferencia de los resultados anteriores, los trabajadores de los mataderos que matan tanto a los DC más jóvenes como a los más viejos, pueden ser un grupo ocupacional con una incidencia significativamente mayor de seropositividad a la MERS-CoV cuando los animales tienen infecciones activas por MERS-CoV [129, 139, [147] [148] [149]. Las investigaciones virológicas ampliadas de los DC africanos pueden dar lugar a animales más seropositivos y zonas geográficas en las que los seres humanos pueden estar en riesgo. Es posible que haya zonas en las que los seres humanos ya albergan infecciones por MERS-CoV que no se han identificado debido a la ausencia de vigilancia de laboratorio. Las investigaciones virológicas de los murciélagos pueden dar lugar a hallazgos de virus ancestrales y "eslabones de pérdida viral" e identificar cualquier otra fuente animal de propagación zoonótica es importante para informar opciones para reducir la exposición humana [56, El MERS-CoV infeccioso añadido a la leche de CC, cabra o vaca y almacenado a 4 °C podría recuperarse al menos 72 h más tarde y, si se almacena a 22 °C, la recuperación fue posible hasta 48 h [150]. El título de MERS-CoV disminuyó un poco cuando se recuperó de la leche a 22 °C, pero la pasteurización completamente ablada Infectividad MERS-CoV [150]. En un estudio posterior, se identificó ARN MERS-CoV en la leche, secreción nasal y heces de DCs de Qatar [151]. Un estudio único ha examinado la capacidad de MERS-CoV para sobrevivir en el medio ambiente [150]. Las superficies plásticas o de acero fueron inoculadas con 10 6 TCID 50 de MERS-CoV a diferente temperatura y humedad relativa (RH) y se A alta temperatura ambiente (30°C) y a baja RH (30 %) MERS-CoV permaneció viable durante 24 h [150]. En comparación, un virus respiratorio bien conocido y eficientemente transmitido, el virus influenza A, no pudo recuperarse en cultivo más allá de cuatro horas bajo ninguna condición [150]. Los experimentos de Aerosol encontraron que la viabilidad del MERS-CoV sólo disminuyó un 7 % a baja RH a 20°C. En comparación, el virus influenza A disminuyó un 95 % [150]. La supervivencia del MERS-CoV es inferior a la demostrada previamente para el SARS-CoV [152]. En el contexto, las bacterias patógenas pueden permanecer viables y en el aire durante 45 minutos en un aerosol tosido y pueden propagarse 4 m. La capacidad de MERS-CoV para permanecer viable durante largos períodos de tiempo le da la capacidad de contaminar completamente las superficies de Se desconoce si el MERS-CoV puede permanecer a la deriva e infeccioso durante períodos prolongados (verdaderamente aerotransportado) y si estos hallazgos amplían nuestra comprensión de las posibilidades de que las gotitas transmitan virus respiratorios en muchos entornos, incluyendo salas de espera hospitalarias, departamentos de emergencia, salas de tratamiento, instalaciones de cuidados intensivos abiertos y salas privadas de pacientes. La naturaleza y calidad del intercambio de aire, circulación y filtración son variables importantes en la medición y reducción del riesgo, así como el uso de salas de presión negativa para contener casos conocidos. Se considera que la propagación de la gota entre humanos es el mecanismo de transmisión humana a humana y se hizo hincapié en la necesidad de precauciones de las gotas después del hospital Al-Ahsa, la KSA y los brotes de Corea del Sur [21, 23, 154, 155]. La provisión de pruebas que apoyen la mejor formulación de equipos de protección personal para ser usados por los HCW que reciben, manejan o realizan procedimientos en casos infecciosos sigue siendo una prioridad. MERS-CoV fue encontrado y caracterizado por su aparente asociación con enfermedades graves, y por lo tanto más obvias, en humanos; éramos canarios en la mina de carbón. Seroensayos y estudios prospectivos de cohortes todavía no han determinado hasta qué punto los casos más leves o asintomáticos contribuyen a las cadenas de transmisión de MERS-CoV. Sin embargo, la transmisión de MERS-CoV se define como esporádica (no sostenida), intrafamiliar, a menudo asociada a la atención médica, ineficiente y que requiere contacto cercano y prolongado [22, 31, 63, 93, 97, 102, 156] En un estudio doméstico, 14 de 280 (5 %) contactos de 26 pacientes con índice positivo de MERS-CoV eran ARN o anticuerpos positivos; la tasa de transmisión general, incluso en brotes es de alrededor del 3 % [31]. Parece que la mayoría de los casos humanos de MERS-CoV, incluso cuando los números parecen aumentar repentinamente, no transmiten fácilmente a más de otro humano hasta la fecha, la epidemia localizada de MERS-CoV no ha sido autosostenible [157] [159] [160] [161]. Es decir, el número básico de reproducción (R 0 ) -el número medio de infecciones causadas por un individuo infectado en una población totalmente susceptible ha estado cerca de uno en varios grupos y brotes. Si R 0 era mayor que 1, se esperaría un aumento sostenido en el número de casos. Algunos cálculos de R o pueden verse afectados por el rastreo incompleto de los contactos de casos, pruebas comunitarias limitadas y cómo se define un caso. El MERS ha tenido una presencia constante en la Península Arábiga desde 2012 se debe a los eventos de derrames esporádicos en curso de DCs amplificados por brotes hospitalarios mal controlados. En marcado contraste, una seroencuesta de HCW que a veces estaba en contacto cercano y prolongado con el primer caso fatal de MERS-CoV en 2012 [162], encontró que ninguno de los HCW se había seroconvertido cuatro meses más tarde, a pesar de la ausencia de protección ocular y el cumplimiento variable de los estándares requeridos de EPP [162]. Al principio de la historia del MERS, las muestras para la prueba fueron recolectadas principalmente de pacientes con enfermedad grave y no de aquellos con infecciones respiratorias agudas más leves. Los contactos de los casos confirmados de MERS fueron a menudo observados para enfermedad clínica, pero no probados. Estas omisiones pueden haber confundido nuestra comprensión de la transmisión del MERS-CoV y sesginar los datos tempranos hacia un mayor número de pacientes gravemente enfermos y hospitalizados, inflando la aparente proporción de casos mortales. A medida que cambiaban los paradigmas de las pruebas y se hacían cada vez más pruebas de los contactos, se reconocían infecciones más asintomáticas y leves [163]. Un aumento en los casos llamados asintomáticos (que amplían el denominador para los cálculos de la proporción de casos mortales, definida en [164] ) dio lugar a una disminución en la proporción de casos mortales durante el brote de Yeddah-2014. Históricamente, tales aumentos son consistentes con la modificación de las definiciones y respuestas de laboratorio y el manejo clínico de una infección por virus recién descubierta que se observó por primera vez sólo entre los enfermos graves. Tras el seguimiento, más de tres cuartas partes de esas personas positivas del ARN del MERS-CoV recordaron haber tenido uno o más síntomas en ese momento, a pesar de que se notificó como asintomática [165], planteando alguna pregunta sobre la fiabilidad de otros datos Aproximadamente el 43 % de los casos MERS (549 de 1277) en la KSA fueron mortales entre 2012 y diciembre de 2015, mientras que el 21 % (72 de 330) fallecieron entre los que se produjeron fuera de la KSA. El número total de casos masculinos siempre supera en número a las mujeres y la proporción de muertes masculinas es siempre mayor que la proporción de mujeres que fallecen. Sin embargo, la proporción de muertes masculinas de varones totales con MERS es similar a la de las mujeres. En la KSA, hay una mayor proporción de varones más jóvenes entre los casos y muertes que se observaron en los brotes de Corea del Sur o Jeddah-2014 de 2015 (Fichero adicional 2: Figura S2 ). Por qué estos aspectos han diferido pueden deberse a diferencias en el tiempo de presentación y diagnóstico, la naturaleza y calidad de la atención de apoyo, la forma en que una persona se contagió (habita, exposición a una fuente humana o zoonótica, carga viral, vía de infección) o la medida en que las diferentes poblaciones se ven afectadas por enfermedades subyacentes [40]. Como grupo, los HCW representaron el 16 % de los casos de MERS en la KSA y Corea del Sur. Es evidente que la proporción semanal de HCW infectados aumenta junto con cada fuerte aumento en las detecciones generales (Fig. 5). En mayo de 2013, la OMS publicó directrices para IPC durante el cuidado de casos probables o confirmados de infección por MERS-CoV en un entorno sanitario [166]. Estos aumentos en las detecciones de MERS-CoV pueden disminuir la edad media durante cada evento debido a que los HCW son generalmente más jóvenes que los pacientes internados con MERS. Las instalaciones sanitarias han sido un objetivo regular de mejoras sugeridas para mejorar los procedimientos de prevención y control de infecciones (IPC) [115, 118]. La mayor parte del análisis de la genética MERS-CoV se ha realizado utilizando métodos de secuenciación de alto rendimiento o "profundo" para la deducción completa del genoma [167] [168] [169]. MERS-CoV fue el primer sujeto de un uso tan extendido de secuenciación profunda para estudiar un brote viral emergente con alcance global. La técnica puede producir genómica [207] [209]. Las versiones anteriores y posteriores de esta tabla se mantienen en un blog personal [210] cobertura de longitud en un solo experimento con medición altamente repetitiva de cada posición de nucle A pesar de los ensayos publicados al principio, la secuenciación subgenómica, una vez el pilar de los estudios de brotes virales, se ha publicado con menos frecuencia durante la caracterización de MERS-CoV [48]. A medida que se han caracterizado más genomas tanto de humanos como de DC, se han hecho evidentes dos clados; A y B (Fig. 6). Clade A contiene sólo genomas de MERS-CoV derivados del hombre de Jordania, mientras que Clade B comprende la mayoría de genomas humanos y de camellos deducidos hasta ahora [168]. Dos estudios durante 2015, uno mirando a variantes de Jeddah-2014 MERS-CoV y otro mirando a una variante exportada de Corea del Sur a China, ahora han identificado signos de recombinación genética entre variantes de MERS-CoV. Si bien las secuencias del genoma humano y del genoma entero de camello han conservado una identidad de >99 % entre sí, los miembros de linajes genéticamente distintos pueden intercambiar material genético y lo hacen cuando co-ocurren condiciones adecuadas y co-fecciones [170] [171] [172]. La identidad compartida implica que la principal fuente de adquisición humana es el DC, en lugar de otro animal, aunque se necesitan más pruebas de otras especies animales para confirmar esa conclusión. Durante un mes, un virus de DC secuenciado en diferentes ocasiones no cambió en absoluto indicando un grado de estabilidad genómica en su huésped, apoyando que los DC son el anfitrión natural, en lugar de intermedio, del MERS-CoV que conocemos hoy [77]. Hasta la fecha, la recombinación se ha localizado en puntos de ruptura cerca del límite entre las regiones ORF1a y ORF1b, dentro del gen de pico [170] No es inesperado que la recombinación se produzca ya que es bien conocida entre otras CoVs [124] y porque la mayoría de los genomas enteros del MERS-CoV recogidos a partir de muestras de tres años (2012-2015) y de seres humanos, camellos y diferentes países han mostrado una identidad genética cercana entre sí, con una variación sutil suficiente para apoyar investigaciones de brotes mientras se aplique la secuenciación del genoma completo [52, 77, 135, 138, 168, [173] [174] [175]. Los cambios en la secuencia del genoma pueden anunciar alteraciones en la transmisibilidad del virus, replicación, persistencia, letalidad o respuesta a medicamentos futuros. Si tenemos conocimiento previo del impacto de los cambios genéticos debido a estudios de caracterización exhaustivos, podemos establecer una estrecha relación genética entre las secuencias de nucleótidos del MERS-CoV (cargado desde GenBank utilizando los números de adhesión enumerados y Este árbol de unión vecino fue creado en MEGA v6 utilizando una alineación de las secuencias humanas y DCderivadas de MERS-CoV (Genious v8.1 [211] ). Clades se indican junto a barras verticales azules oscuras (Clade A) o pálidos (Clade B). Los iconos de camello denotan genomas de DC. Los brotes sanitarios o comunitarios se encajonan y etiquetan utilizando esquemas previamente descritos [212, 213] monitorean las regiones genómicas y entienden mejor cualquier cambio en la transmisión o patrones de enfermedad a medida que ocurren. Las mutaciones genéticas observadas durante el mayor de los brotes humanos, Jeddah-2014, no impartieron ningún cambio importante replicativo o inmunomodulador cuando se comparan con las variantes virales anteriores in vitro [156, 176]. Sin embargo, entendemos muy poco de los resultados fenotípicos que resultan del cambio genético sutil en Hasta la fecha no se ha informado de ninguna relevancia clínica ni de cambios in vivo evidentes en la replicación, eliminación o transmisión vírica, o se ha atribuido a mutaciones o a nuevos virus recombinantes [156]. Pero se necesitan vigilancia y estudios más grandes, contemporáneos e in vivo. La secuencia genomática localizada a un clado distinto se identificó a partir de un DC egipcio que probablemente fue importado de Sudán. Esto no encaja en ninguno de los clados actuales [125, 168, 177]. Un virus secuenciado a partir de un murciélago Neoromicia capensis estaba más estrechamente relacionado con el MERS-CoV que otras grandes secuencias derivadas de murciélagos habían estado hasta ese punto, pero el genoma de una variante de un MERS-CoV aún no se ha descubierto y deducido de cualquier murciélago [125]. Los análisis de genomas del MERS-CoV han demostrado que la mayoría de las diferencias nucleó 2), que codifica la proteína de pico y proteínas accesorias [168]. Al menos nueve genomas del MERS-CoV contenían sustituciones de aminoácidos en el dominio de unión a los receptores (RBD) de la proteína de pico y los codones 158 (región N-terminal), 460 (RBD), 1020 (en la repetición de heptad 1), 1202 y 1208 investigación de osos como marcadores de cambio adaptativo [140, 169]. La proteína de pico no había cambiado en el genoma recombinante del MERS-CoV identificado en China en 2015, pero se informó que había variado a un ritmo superior al de genomas completos del MERS-CoV, entre variantes surcoreanas [172, 178]. Esto destaca que las regiones subgenómicas pueden no siempre contener suficiente diversidad genética para ser útiles para diferenciar variantes virales. A pesar de esto, un ensayo que amplificaba un fragmento de nucleótido 615 del gen de dominio S2 de pico para la secuenciación de Sanger coincidió con los resultados generados por la secuenciación de algunos genomas completos y fue útil para definir grupos de secuencias adicionales [177]. La secuencia genómica también se puede utilizar para definir los límites geográficos de un cúmulo o brote y monitorear su progreso, basado en la similitud de las variantes encontradas entre humanos y animales infectados cuando ocurren juntos, o entre diferentes sitios y tiempos (Fig. 6 ) [169]. Este enfoque se utilizó al definir el brote de hospital MERS con limitaciones geográficas en Al-Ahsa, que ocurrió entre el 1 de abril y el 23 de mayo de 2013, así como los cúmulos en Buraidah y un brote comunitario en Hafr Al-Batin, el KSA. La secuenciación genómica identificó que aproximadamente 12 detecciones de MERS-CoV de un brote comunitario en Hafr Al-Batin entre junio y agosto de 2013 pudieron haber sido desencadenadas por un caso índice que se infectó a través del contacto DC [175]. La secuenciación de genomas de MERS-CoV del brote hospitalario de Al-Ahsa de 2013 indicó que múltiples variantes virales contribuyeron a los casos, pero que la mayoría fueron lo suficientemente similares entre sí como para ser consistentes con la transmisión humano-humana. La epidemiología molecular ha revelado enlaces ocultos en cadenas de transmisión que abarcan un período de hasta cinco meses [179]. Sin embargo, la mayoría de los brotes no han continuado durante más de dos a tres meses y por lo tanto las oportunidades para que el virus se adapte más a los seres humanos a través de la coinfección y el tránsito en serie sostenido han sido raras [169]. En Riad-2014, la evidencia genética apoyaba la probabilidad de múltiples introducciones externas de virus, implicando una gama de instalaciones de salud en un caso que de otro modo parecía contiguo [23, 168, 179]. Riad es un nexo para el viaje de camellos y humanos y ha tenido más casos MERS que cualquier otra región de la KSA hasta la fecha, pero también alberga una amplia gama de variantes MERS-CoV [128, 167, 179]. Sin embargo, el brote surcoreano se originó de una sola persona infectada, resultando en tres a cuatro generaciones de casos [180, 181]. Estudios de esta variante viral aparentemente recombinante no encontraron un aumento de la tasa evolutiva y ningún signo de adaptación al virus, por lo que el brote parece haber sido impulsado por circunstancias más que por circunstancias junto con mutación [181]. Para muchos casos MERS detectados fuera de la Península Arábiga, se El rastreo de contacto es esencial para contener la aparición y transmisión de un nuevo virus y hoy en día está apoyado por la epidemiología molecular. Aunque es un proceso costoso y que consume tiempo, el rastreo de contacto puede identificar posibles nuevas infecciones y, a través del monitoreo activo o pasivo, reaccionar más rápidamente si la enfermedad se desarrolla. Los resultados del rastreo de contacto hasta la fecha han encontrado que la transmisión continua entre los seres humanos es un evento poco frecuente. Por ejemplo, hubo 83 contactos, tanto sintomáticos como asintomáticos, de un caso tratado en Alemania que viajó desde los Emiratos Árabes Unidos pero no se encontraron signos de virus o anticuerpos en ninguno de ellos [73]. En un estudio de 123 contactos de un caso tratado en Francia, sólo siete coincidieron con la definición de un posible caso y fueron probados; uno que había compartido una habitación hospitalaria de 20 m2 mientras que en una cama a 1,5 m de distancia del caso índice durante un período prolongado fue positivo [26]. Ninguno de los contactos de los dos primeros casos MERS importados a los EE.UU. en 2014 contenía ninguna huella MERS-CoV [182] y ninguno de los 131 contactos de dos viajeros que regresaron a los Países Bajos desarrolló anticuerpos MERS-CoV o testó ARN positivo [25, 183]. Los análisis de datos públicos revelan muchos casos probables de adquisición nosocomial de infección en la Península Arábiga y estos datos pueden ir acompañados de algunos detalles que señalan el contacto con un caso o instalación conocido. Un ejemplo identificó el papel probable de un paciente con una infección subclínica, presente en un hospital durante su ingreso por otras razones, como el caso índice más probable que desencadena un grupo familiar [93]. El rastreo de contacto fue un factor significativo en la terminación de un brote de 2015 con múltiples hospitales surcoreanos [184]. Estos estudios demuestran la necesidad de encontrar y comprender un papel para los casos leves y asintomáticos, junto con la restricción del contacto cercano o la exposición prolongada de las personas infectadas a otras, especialmente familiares mayores y amigos con enfermedad subyacente (Fig. 4c). El brote asociado al hospital en Jeddah en 2014 fue la acumulación más grande y rápida de las detecciones de MERS-CoV hasta la fecha. El mayor número de detección de MERS-CoV de cualquier mes registrado se produjo en Yeddah en abril. El brote se asoció principalmente (> 60 % de los casos) con la propagación de seres humanos a seres humanos dentro de los entornos hospitalarios y se debió a la falta de prevención y control de las infecciones o a su desorganización [37, 185, 186]. Un aumento de las muertes siguió al rápido aumento del número de casos. En 2015 ocurrieron dos grandes brotes. Corea del Sur fue el lugar del primer brote a gran escala fuera de la Península Arábiga y produjo los primeros casos tanto en Corea del Sur como en China, entre mayo y julio de 2015. Esto fue seguido de cerca por un brote distinto en la provincia de Ar Riyad, en la KSA, que parecía estar bajo control a principios de noviembre. Después de permanecer en Bahréin durante dos semanas, un varón de 68 años (68 M) viajó a Corea del Sur vía Qatar, llegando libre de síntomas el 4 de mayo de 2015 [187]. Desarrolló fiebre, Visitó una clínica como ambulatorio entre los días 12 y 15 de mayo y fue ingresado en el Hospital A el día 15 [188]. Fue dado de alta del Hospital A el día 17 y luego fue ingresado en el servicio de urgencias del Hospital B el día 18. Durante esta segunda estancia, se tomó una muestra de esputo y dio positivo para el MERS-CoV el día 20 [187, 188], desencadenando el traslado al centro de tratamiento de aislamiento designado. Durante un período de 10 días, el caso índice fue visto en tres hospitales diferentes, demostrando una característica clave de "compra hospitalaria" que conformó el brote surcoreano. Aproximadamente 34 personas fueron infectadas durante este tiempo [187]. En total 186 casos fueron generados en este brote, todos vinculados a través de una única cadena de transmisión a 68 M; 37 casos murieron [189]. En Corea del Sur, el sistema nacional de seguro médico prevé una atención médica de costo relativamente bajo, sufragando algunos costos al hacer que los familiares sean responsables de una parte de la administración de los enfermos, lo que a veces los hace permanecer durante largos períodos en las habitaciones que a menudo tienen más de cuatro camas en ellas [24]. Otros factores que se pensaba que habían permitido este brote eran la falta de familiaridad de los médicos locales con MERS, la facilidad con la que el público puede visitar y ser tratado por hospitales terciarios, la costumbre de visitar a amigos y familiares enfermos en hospitales, la naturaleza jerárquica de la sociedad coreana, las salas de emergencia abarrotadas, las medidas deficientes del IPC, la falta de salas de aislamiento de presión negativa y la mala comunicación interhospitalaria de los historiales de enfermedades de los pacientes [24, [190] [191] [192]. Hasta la fecha se han comunicado pocos detalles clínicos sobre estos casos y los detalles sobre la transmisión y el rastreo de los contactos son mínimos. Los hospitales involucrados inicialmente no fueron identificados, la orientación y las acciones gubernamentales produjeron mensajes confusos y hubo una comunicación muy limitada en los primeros tiempos, lo que dio lugar a preocupaciones innecesarias, desconfianza y un impacto económico distinto [191, [196] [197] [198]. Al principio del brote, un viajero infectado, hijo de un caso identificado en Corea del Sur, pasó por Hong Kong en su camino a China, donde estaba ubicado, aislado y atendido en China [91, 199, 200]. No hubo contactos que enfermaran.El brote se puso bajo control a finales de julio/a principios de agosto [201] después de que se emplearan medidas mejoradas del IPC, seguimiento y cuarentena de contactos sólidos, pruebas de laboratorio ampliadas, hospitales fueron mejor asegurados, se envió personal especializado para gestionar los casos Una revisión de los datos públicos mostró que, al igual que en el caso del MERS en la KSA, la edad avanzada y la presencia de enfermedad subyacente se asociaron significativamente con un desenlace fatal en Corea del Sur. [40] Aunque R 0 es <1, los eventos de superdifusión facilitados por circunstancias creadas en entornos de salud y caracterizadas por tamaños de clúster superiores a 150, como este, no son inesperados por la infección por MERS-CoV [204]. La dinámica de un brote depende de la R 0 y de los patrones de eliminación viral de un individuo, el tipo y la frecuencia de contacto, los procedimientos hospitalarios y la estructura y densidad de la población [204]. En la región de Ar Riyad, incluida la capital de Riad, se inició un cúmulo hospitalario dentro de un solo hospital a partir de finales de junio de 2015 [205]. A mediados de septiembre se habían notificado aproximadamente 170 A pesar de la introducción continua y posiblemente estacional del virus en la población humana a través de los DC infectados y tal vez otros animales que aún no se han identificado, la gran mayoría de la transmisión del MERS-CoV se ha producido de seres humanos infectados a no infectados en contacto cercano y prolongado a través de circunstancias creadas por un control deficiente de las infecciones en los entornos de atención de la salud. Este virus oportunista ha tenido su mayor impacto en las personas con enfermedades subyacentes y esas personas vulnerables, que a veces sufren múltiples comorbilidades, se han asociado con mayor frecuencia con los hospitales, creando una tormenta perfecta de exposición, transmisión y mortalidad. No está claro si este grupo se ve afectado de manera única por el MERS-CoV o si otras infecciones respiratorias, incluidas las de los HCoV, producen un impacto igualmente grave. En Corea del Sur, un solo caso importado creó un brote de 185 casos y 36 muertes que tuvieron un impacto desproporcionado en el desempeño económico, el comportamiento de la comunidad y la confianza en el gobierno y el sistema de atención de la salud. La transmisión del hogar de seres humanos a seres humanos se produce, pero también es limitada. Los programas educativos serán herramientas esenciales para combatir la propagación del MERS-CoV tanto dentro de las comunidades urbanas y regionales como para el entorno de atención de la salud. La vigilancia sigue siendo importante para la contención, ya que el MERS-CoV es un virus con una composición genética que se ha observado durante sólo tres años y no es estable. Entre todos los seres humanos que se han notificado que están infectados, casi el 40% han muerto. La secuenciación del genoma completo se ha utilizado extensamente para estudiar el recorrido y la variación del MERS-CoV y aunque sigue siendo una herramienta para expertos, parece ser la mejor herramienta para el trabajo. El MERS y el SRAS tienen algunas similitudes clínicas pero también difieren significativamente [206]. Entre las características definitorias se incluyen el PFC más alto entre los casos del MERS (superior al 50 % en 2013 y actualmente en el 30-40%; muy por encima del 9 % del SRAS) y la asociación más alta entre el MERS mortal y los hombres mayores con comorbilidades subyacentes. Para los virus, el MERS-CoV tiene un tropismo más amplio, crece más rápidamente in vitro, induce más rápidamente cambios citopatógenos, desencadena respuestas transcripcionales distintas, hace uso de un receptor diferente, induce un estado más proinflamatorio y tiene una respuesta antiviral tardía en comparación con el SRAS Parece haber una prevalencia del 2-3 % de MERS-CoV en la KSA con una probabilidad del 5 % de transmisión secundaria dentro del hogar. Hay un mayor riesgo de infección a través de ciertas ocupaciones en ciertos momentos y una probabilidad mucho mayor de propagación a otros seres humanos durante circunstancias creadas por los humanos, lo que impulsa una transmisión más efectiva que cualquier R 0 predeciría sobre el valor facial. Sin embargo, a pesar de las múltiples concentraciones masivas que han proporcionado al virus muchos millones de oportunidades de propagación, no se han reportado brotes de MERS o MERS-CoV durante o inmediatamente después de estos eventos. No hay evidencia de que el MERS-CoV sea un virus de preocupación pandémica. Sin embargo, los entornos hospitalarios continúan describiendo casos y brotes de MERS en la Península Arábiga. Mientras facilitemos la propagación del MERS-CoV entre nuestras poblaciones más vulnerables, el mundo debe permanecer en alerta para los casos que puedan ser exportados con mayor frecuencia cuando un país de acogida con reservorios de camellos infectados está experimentando conglomerados o brotes humanos. El MERS-CoV parece ser un virus enzoótico que infecta a la URT DC con evidencia de recombinación genética reciente. Puede que una vez haya tenido su origen entre los murciélagos, pero falta evidencia y la relevancia de ello para la epidemia actual es académica. Gracias a la acción rápida, las herramientas de diagnóstico molecular sensibles y rápidas necesarias para lograr un objetivo de detección rápido y sensible han sido establecidas y ampliamente disponibles desde que el virus fue reportado en 2012. RT-PCR pruebas de muestras de LRT siguen siendo el estándar de oro para la confirmación del MERS-CoV. Las herramientas serológicas siguen surgiendo pero necesitan una validación adicional utilizando muestras de infecciones leves y asintomáticas y un estudio de cohorte densamente muestreado para seguir los contactos de nuevos casos puede abordar esta necesidad. Del mismo modo, la importante cuestión de si aquellos que eliminan el ARN MERS-CoV durante períodos prolongados son infecciosos mientras aparecen bien, sigue sin respuesta. Incluso no está claro cuántas infecciones 'asintomáticas' se han descrito y reportado correctamente, lo que a su vez plantea preguntas sobre la fiabilidad de la recolección de otros datos clínicos hasta la fecha. Si bien la virología básica del MERS-CoV ha avanzado en el transcurso de los últimos tres años, la comprensión de lo que está sucediendo en, y la interacción entre, camello, medio ambiente y humano todavía está en su infancia.

¿Qué infección MERS-COV ablatada completamente?

MERS coronavirus: diagnóstico, epidemiología y transmisiónhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4687373/SHA: f6fcf1a99cbd073c5821d1c4ffa3f2c6daf8ae29Autores: Mackay, Ian M.; Arden, Katherine E.Fecha: 2015-12-22DOI: 10.1186/s12985-015-0439-5Licencia: cc-byAbstract: Los primeros casos conocidos de síndrome respiratorio de Oriente Medio (MERS), asociados con la infección por un nuevo coronavirus (CoV), se produjeron en 2012 en Jordania, pero se informó retrospectivamente.El primer caso que se informó públicamente fue de Jeddah, en el Reino de Arabia Saudita (KSA). Desde entonces, las secuencias de MERS-CoV se han encontrado en un murciélago y en muchos camellos dromedarios (DC). MERS-CoV es enzoótico en toda la Península Arábiga y en partes de África, causando enfermedades leves del tracto respiratorio superior en su reservorio de camellos y infecciones humanas esporádicas, pero relativamente raras. Precisamente cómo el virus transmite a los seres humanos sigue siendo desconocido, pero la exposición estrecha y prolongada parece ser un requisito. El KSA es el punto focal de MERS, con la mayoría de los casos humanos. En los seres humanos, MERS se conoce principalmente como una enfermedad del tracto respiratorio inferior (RTL) que incluye fiebre, tos, dificultades respiratorias y neumonía que puede progresar a síndrome de dificultad respiratoria aguda, fallo multiorgánico y muerte en un 20% a 40% de los infectados. Sin embargo, MERS-CoV también se ha detectado en enfermedades leves y similares a En comparación con el síndrome respiratorio agudo grave (SARS), otra enfermedad zoonótica del coronavirus a veces fatal que ha desaparecido desde entonces, el MERS progresa más rápidamente hacia la insuficiencia respiratoria y la lesión renal aguda (también tiene afinidad por el crecimiento de las células renales en condiciones de laboratorio), es más frecuente en los pacientes con enfermedad subyacente y es más a menudo fatal. La mayoría de los casos humanos de MERS se han relacionado con fallos en la prevención y el control de infecciones (IPC) en los entornos de salud, con aproximadamente el 20% de todas las detecciones de virus notificadas entre los trabajadores de la salud (HCWs) y exposiciones más altas en aquellos con ocupaciones que los ponen en estrecho contacto con camellos. Los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) han estado disponibles casi desde el comienzo de la aparición de MERS. Mientras que la virología básica de MERS-CoV ha avanzado en los últimos tres años, la comprensión de la interacción entre camello, medio ambiente y restos humanos limitados. MATERIAL SUPLEMENTO ELECTRÓNICO: La versión en línea de este artículo (doi:10.1186/s12985-015-0439-5) contiene material suplementario, que está disponible para los usuarios autorizados. Texto: Un correo electrónico del Dr. Ali Mohamed Zaki, un virólogo egipcio que trabaja en el Hospital Dr. Soliman Fakeeh en Jeddah en el Reino de Arabia Saudita (KSA) anunció la primera cultura de un nuevo coronavirus al mundo. El correo electrónico fue publicado en el sitio web de la red de enfermedades emergentes profesionales (ProMED) el 20 de septiembre de 2012 [1] (Fig. 1) y describió el primer caso reportado, un hombre de 60 años de edad de Bisha en la KSA. Esta información llevó al rápido descubrimiento de un segundo caso del virus, esta vez en un paciente enfermo en el Reino Unido, que había sido transferido de Qatar para su atención [2]. El nuevo virus fue inicialmente llamado coronavirus nuevo (nCoV) y subsecuentemente titulado el síndrome de respiración del Oriente Medio coronavirus (MERS-CoV). A partir del 2 de septiembre de 2015, ha habido 1.493 detecciones de ARN viral o anticuerpos específicos del virus en 26 países (Fichero adicional 1: Figura S1) confirmado por la Organización Mundial de la Salud (OMS), con más de un tercio de las personas positivas muriendo (al menos 527, 35 %) [3]. Desde ese primer informe, un lento proceso de descubrimiento durante los siguientes dos o tres años reveló un virus que había infectado más del 90 % de los camellos dromedarios adultos (DC; Camelus dromedario) en la KSA [4], también en los países en desarrollo de toda la Península Arábiga y partes de África que son una fuente de importaciones de DC para la KSA [5]. Hasta la fecha, el MERS-CoV no se ha detectado en los países en desarrollo sometidos a pruebas en zoológicos o rebaños de otras partes del mundo [6] [7] [9]. Ocasionalmente, el virus se transmite de los DC infectados a los seres humanos expuestos. La transmisión posterior a otros seres humanos requiere una exposición relativamente cercana y prolongada [10]. Se patentó el primer aislado viral y se planteó la preocupación de que ello limitaría el acceso tanto al virus como a los diagnósticos virales [11, 12]. Sin embargo, los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) se describieron rápidamente y el virus se puso a disposición de forma gratuita, sujeto a consideraciones rutinarias de bioseguridad [13]. La epidemiología y la investigación posteriores han identificado al receptor celular como exopeptidasa dipeptidil peptidasa 4 (DPP4; también llamada CD26); que el MERS-CoV tiene un amplio tropismo, replicando mejor en algunas líneas celulares y provocando una respuesta más proinflamatoria que el SARS-CoV; está muy extendido en los DC; tiene el potencial de infectar a otros animales y que el MERS mata a su huésped humano con más frecuencia que el SARS (20-40% frente al 9 % para el SARS [14] ) [15] [16] [17] [19]. El MERS-CoV se propaga esporádicamente entre las personas, causando enfermedades más graves entre los adultos mayores, especialmente los varones, con enfermedades preexistentes.La propagación del MERS-CoV entre los seres humanos se ha asociado a menudo con brotes en los hospitales, con alrededor del 20% de todos los casos hasta la fecha en los que han participado trabajadores de la salud (HCWs).Aunque los DC parecen sufrir el equivalente a un "frío común" de la infección por MERS-CoV, en los seres humanos el virus puede ser un patógeno más grave y oportunista asociado con la muerte de hasta el 40% de los casos notificados. Aún no se ha establecido si las infecciones que se cree que se han adquirido de una fuente animal producen un resultado más grave que los que se propagan entre los seres humanos [20]. Los estudios han establecido que el período medio de incubación para el MERS es de cinco a seis días, que van de dos a 16 días, con 13 a 14 días entre el inicio de la enfermedad en una persona y posteriormente se extiende a otra [21] [22] [23]. Entre aquellos con enfermedad progresiva, la mediana de tiempo hasta la muerte es de 11 a 13 días, que van de cinco a 27 días [23, 24]. La fiebre y los síntomas gastrointestinales pueden formar un pródromo, después de lo cual los síntomas disminuyen, sólo para ser seguidos por un síndrome sistémico y respiratorio más grave [25, 26]. La primera definición de caso de la OMS [27] definió los casos probables de MERS basados en la presencia de enfermedad febril, tos y el requisito de hospitalización con sospecha de compromiso del tracto respiratorio inferior (RTL), incluyendo también roles para el contacto con un caso probable A partir de julio de 2013, la definición revisada del caso de la OMS incluía la importancia de buscar y comprender el papel de los casos asintomáticos y, a partir de junio de 2014, la definición de la OMS indicaba más claramente que un caso confirmado incluía a cualquier persona cuya muestra fuera RT-PCR positiva para MERS-CoV, o que produjera una seroconversión, independientemente de los signos y síntomas clínicos. [28] [30] Aparte de los informes de la OMS y del Ministerio de Salud de la KSA, los casos asintomáticos o subclínicos de infección por MERS-CoV se documentaron en la literatura científica, aunque no siempre tan a menudo como ocurrió a principios de [31, 32]. La definición del caso de la KSA se hizo más estricta el 13 de mayo de 2014, basándose en la presencia de ambas características clínicas y confirmación de laboratorio [33]. Las pruebas de personas asintomáticas fueron recomendadas a partir de diciembre de 2014 [34], reforzadas por una definición de caso publicada por el Ministerio de Salud de la KSA en junio de 2015 [35]. La KSA ha sido la fuente del 79 % de los casos humanos. El MERS severo es notable por su impacto entre los hombres mayores con enfermedades comorbidas, incluyendo diabetes mellitus, cirrosis y diversas afecciones pulmonares, renales y cardíacas [36] [38]. Interesantemente en junio de 2015, un brote en Corea del Sur siguió una distribución similar [39, 40]. Entre los casos confirmados en laboratorio, los signos y síntomas de fiebre, tos y tracto respiratorio superior (URT) generalmente ocurren primero, seguidos en una semana por trastornos progresivos de TL y linfopenia [37]. Los pacientes a menudo se presentan a un hospital con neumonía o peor, y se han notificado infecciones Según se informa, el MERS ha matado aproximadamente el 35 % de todos los casos notificados, el 42 % de los casos en la KSA, pero sólo el 19 % de los casos en Corea del Sur, donde la mortalidad osciló entre el 7 % entre los grupos de edad más jóvenes y el 40 % entre los de 60 años o más [42] ; todos pueden ser valores inflados con infecciones asintomáticas o leves a veces no buscadas o no reportadas [34]. La atención de apoyo general es clave para tratar los casos graves [43]. Rara vez se informa que los niños menores de 14 años son positivos para la MERS-CoV, que comprende sólo el 1,1% (n = 16) del total de casos notificados. Entre el 1 de septiembre de 2012 y el 2 de diciembre de 2013, un estudio describió el recuento de casos pediátricos en la KSA, que se situaba en 11 (dos a 16 En Amman (Jordania), se probaron 1.005 muestras de niños hospitalizados menores de dos años con fiebre y/o signos y síntomas respiratorios, pero ninguna fue positiva para ARN MERS-CoV, a pesar de haber sido recolectadas en un momento similar al primer brote conocido de MERS-CoV en la ciudad vecina de Al-Zarqa [45]. Un segundo trimestre de mortinato ocurrió en una mujer embarazada durante una enfermedad respiratoria aguda y aunque no fue RT-rtPCR positivo, la madre desarrolló posteriormente anticuerpos contra MERS-CoV, sugestivos de infección reciente [46]. Su historia de exposición a un pariente positivo de MERS-CoV RT-rtPCR y un esposo anticuerpo reactivo, su período de incubación y su historia sintomática cumplieron los criterios de la OMS para ser un probable caso de MERS-CoV [46]. Los métodos de diagnóstico se publicaron dentro de los días del correo electrónico ProMED anunciando el primer caso MERS [47], incluyendo varios ensayos RT-rtPCR (Fig. 2 ) y cultivo de virus en células Vero y LLC-MK2 [18, 47, 48]. Un adenocarcinoma colorrectal (Caco-2 ) línea celular epitelial ha sido recomendado desde entonces para el aislamiento de infecciones MERS-CoV [49]. Anteriormente [18].. Los marcos de lectura abiertos se indican como rectángulos amarillos entre corchetes por regiones terminales no traducidas (UTR; rectángulos grises ). FS-frame-shift. Las regiones predictas que abarcan puntos de ruptura de recombinación se indican por píldoras naranjas. Creado utilizando Geneious v8.1 [211] y anotado usando Adobe Illustrator. Bajo este esquema se muestra la ubicación de los imprimadores RT-PCR (las flechas azules indican la dirección) y oligoprobes (rectángulos verdes) utilizados en los primeros ensayos de cribado RT-rtPCR y en los convencionales, seminés (tres imprimaciones) RT-PCR confirmatorios de secuenciación [47, 48]. El orden de publicación se observa por primera [27 de septiembre de 2012; rojo] y segundo [6 de diciembre de 2012; naranja] rectángulos de color; ambos de Corman y otros [47, 48] Los ensayos recomendados por la OMS se destacan debajo por puntos amarillos [53]. El imprimador reverso NSeq ha contenido consistentemente una secuencia incompatibilidad con algunas variantes de MERS-CoV. Una versión alterada de la de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio del Oriente Medio: Una Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con el permiso de Elsevier [5] revisó el amplio tropismo de MERS-CoV [5]. Sin embargo, como se describe bien, el cultivo celular es un método lento, especializado e insensible [50] mientras que las técnicas basadas en PCR son el método preferido para la detección de MERS-CoV. Los primeros marcos de lectura abiertos (ORF 1a y 1b; Fig. 2) se han convertido en un objetivo diagnóstico clave y taxonómico para la identificación de especies CoV. Con menos del 80 % de identidad entre la secuencia de aminoácidos de MERS ORF 1ab y parientes del betacoronavirus, Tylonycteris Bat HKU4 y Pipistrellus Bat HKU5, se puede concluir que es un virus novedoso y distinto. Las proteínas estructurales incluyen el pico (S), la envoltura (E), la membrana (M) y el nucleocápsido (N) [52]. Se prevé que los productos de ORF1a y ORF1b codificarán proteínas no estructurales. La mayoría de los ensayos de muestras realizados hasta la fecha han empleado ensayos RT-rtPCR validados que han demostrado ser sensibles y específicos [47, 48, 53]. El kit de RealStar® utiliza estos ensayos recomendados por la OMS [54]. Las secuencias objetivo de estos ensayos de cribado no han cambiado entre los genomas examinados hasta al menos mediados de 2015 (observación IMM). Otros ensayos RT-rtPCR han sido desarrollados y validados para su uso como herramientas de diagnóstico basadas en laboratorio [55] [56]. Además, los ensayos isotérmicos [58, 59] o recombinasa polimerasa [60] La detección del antígeno MERS-CoV no ha sido común hasta la fecha, pero la combinación de corto tiempo de retorno de la prueba al resultado, alto rendimiento e identificación de proteínas virales hace que esta opción sea atractiva. La detección de proteínas virales en lugar de ARN viral indica la probable presencia de virus infecciosos. La primera herramienta inmunocromatográfica rápida descrita podría detectar proteína nucleocápsida MERS-CoV recombinante de hisopos nasales DC con sensibilidad al 94 % y especificidad al 100 % en comparación con RT-rtPCR [61]. Un enfoque diferente utilizó una captura basada en anticuerpos monoclonales ELISA dirigida a la proteína nucleocápsida MERS-CoV con una sensibilidad de 10 3 CCID 50 y especificidad al 100 % [62]. La demostración de una seroconversión a una infección por MERS-CoV cumple con la definición actual de la OMS de un caso tan optimizado y ampliamente validado que los seroensayos empleados junto con buenas historias clínicas son útiles para identificar la infección por MERS-CoV y ayudar a apoyar estudios de transmisión. Debido a que las pruebas serológicas son, por su naturaleza, retrospectivas, es habitual detectar una huella viral, en forma de anticuerpos, en ausencia de signos o síntomas de enfermedad y a menudo en ausencia de ARN viral [63]. Las seroencuestas estratégicas y generalizadas de seres humanos que utilizan muestras recogidas después de 2012 son infrecuentes. Gran parte de la Península Arábiga y todo el Cuerno de África carecen de datos de referencia que describan la proporción de la comunidad que puede haber sido infectada por un MERS-CoV. Sin embargo, las seroencuestas han tenido un uso Debido a la identidad compartida entre DC y el MERS-CoV humano (ver epidemiología molecular: utilizando genomas para entender brotes), los ensayos serológicos para las seroencuestas de DC deben ser transferibles al cribado humano con una reconfiguración mínima. Además, no se ha encontrado ninguna variación diagnóstica relevante en la actividad de neutralización entre una gama de aislados y seras testados de MERS-CoV circulantes, por lo que los seroensayos de virus enteros o específicos basados en proteínas deben funcionar de manera equivalente en la detección de respuestas serológicas al serotipo único de MERS-CoV [49]. El desarrollo de ensayos serológicos robustos requiere paneles confiables de sueros animales o humanos bien caracterizados, incluidos los positivos para anticuerpos específicos del MERS-CoV, así como para fuentes probables de reacción cruzada [64]. La obtención de estos materiales fue problemática y enlenteció el desarrollo y comercialización de ensayos de detección de anticuerpos para ensayos humanos [64]. Se han liberado varios kits comerciales de ELISA, kits de ensayos inmunofluorescentes (IFA), proteínas recombinantes y anticuerpos monoclonales [31, [65] [66] [68]. Inicialmente, se utilizaron IFAs convencionales para seroencuestas humanas. Estos se basaron en el cultivo celular infectado por MERS-CoV como fuente de antígeno, detectando la presencia de anticuerpos humanos anti-MERS-CoV IgG, IgM o neutralizantes en muestras humanas [18, 48, 69]. No se encontró ningún signo de anticuerpos MERS-CoV entre 2.400 sueros de pacientes que visitaron el Hospital de Jeddah, desde 2010 hasta 2012, antes de la descripción de MERS-CoV [18]. Los métodos IFA tampoco detectaron ningún signo de infección previa por MERS-CoV entre una pequeña muestra de 130 donantes de sangre sanos de otro hospital de Jeddah (recogida entre enero y diciembre de 2012) [70]. De 226 trabajadores del matadero, sólo ocho (3,5%) fueron positivos por IFA, y los sueros no pudieron ser confirmados por la prueba de neutralización del virus (NT). El estudio indicó que HCoV-HKU1 era una fuente probable de antígenos de reacción cruzada en todo el virus IFA [70]. El virus completo MERS-CoV IFA también sufrió alguna reactividad cruzada con el SRAS convaleciente sera y esto no pudo resolverse mediante una prueba de NT que también fue reactiva [71]. La IFA utilizando proteínas recombinantes en lugar del virus entero IFA, ha demostrado ser una herramienta más específica [31]. Dado que se han postulado zoonosis asintomáticas [72], la ausencia de anticuerpos contra el MERS-CoV entre algunos humanos que tienen contacto regular y estrecho con camellos puede reflejar la rareza de animales infectados activamente en carnicerías, un riesgo de transmisión limitado asociado con DCs de sacrificio [70], un estado inmune cruzado de protección preexistente o algún otro factor(s) que resulta en un bajo riesgo de enfermedad y seroconversión concurrente que se desarrolla después de la exposición en este grupo. IFA usando proteínas recombinantes en su lugar. Algunos seroensayos han pasado por alto los riesgos de trabajar con virus infecciosos al crear células transfectadas que expresan porciones recombinantes de las proteínas nucleocápsidas y punzantes del MERS-CoV [48, 73], o utilizando un lentivirus recombinante que expresa la proteína de pico del MERS-CoV Un ensayo de pseudoneutralización de partículas (ppNT) ha sido ampliamente utilizado en estudios en animales y fue al menos tan sensible como la prueba tradicional de microneutralización (MNT). [10, 74, [76] [77] [78] ] Los estudios que utilizaron pequeños números de muestra y ppNT no encontraron evidencia de anticuerpos neutralizantes MERS-CoV en sueros de 158 niños con infecciones de LRT entre mayo de 2010 y mayo de 2011, 110 sera de 19 a 52 años de edad donantes de sangre masculina y 300 trabajadores autoidentificados de animales de la Región Jazan de la KSA durante 2012 [79, 80]. Del mismo modo, un estudio de cuatro pastores en contacto con una manada infectada de DC en Al-Ahsa, ocho personas que tenían contacto intermitente con la manada, 30 veterinarios y personal de apoyo que no estaban expuestos a la manada, tres trabajadores de mataderos no protegidos en Al-Ahsa y 146 controles que no estaban expuestos a DC en ningún rol profesional, no encontró ninguna evidencia serológica de infección por MERS-CoV en el pasado utilizando el ensayo ppNT [10]. Un retraso en la respuesta de anticuerpos neutralizantes a la infección por MERS-CoV se asoció con un aumento de la gravedad de la enfermedad en los casos de Corea del Sur con la mayoría de las respuestas detectables en la tercera semana de enfermedad, mientras que otros, aunque la enfermedad era grave, no respondieron durante cuatro o más semanas [81]. Las implicaciones para nuestra capacidad de detectar cualquier respuesta en casos leves o asintomáticos no fueron exploradas, pero Un brote jordano de TRT aguda en un hospital en 2012 se encontró retrospectivamente asociado a la infección por MERS-CoV, utilizando inicialmente RT-rtPCR, pero posteriormente, y en una escala mayor, a través de la positividad por ELISA y la prueba IFA o MNT. [46, 82, 83] Este brote fue anterior al primer caso de MERS en la KSA. La ELISA utilizó una proteína nucleocápsida recombinante del grupo 2 betacoronavirus bat-CoV HKU5 para identificar anticuerpos contra la proteína MERS-CoV reactiva equivalente [71]. Se validó utilizando 545 sera recolectada de personas con HCoV-OC43, HCoV-229E, SARS-CoV, HCoV-NL63, HRV, HMPV o influenza A(H1N1), pero fue supuestamente menos específica que la I También se consideró una herramienta aplicable para el cribado de grandes números de muestra [82]. Un microarray de proteína que expresa la subunidad de proteína S1 ha sido validado y ampliamente utilizado para las pruebas de DC [5, 84]. Detección de infección por MERS-CoV usando microarray de proteína ELISA o S1 [84] suele ser seguido por IFA confirmatoria y/ o una neutralización de reducción de placa (PRNT) [69, 70, 85] o MNT test. [74, 85, 86] Este proceso confirmatorio tiene como objetivo asegurar que los anticuerpos detectados sean capaces de neutralizar específicamente el virus previsto y no sean más ampliamente reactivos a otros coronavirus encontrados en DCs (coV bovina, BCoV) o humanos (HCoV-OC43, HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoV-HKU1, SARS En el estudio más grande de sueros humanos, un proceso de diagnóstico escalonado asignó tanto el SERA positivo recombinante como el SERA ELISA recombinante a la seropositividad 'etapa 1'. Un resultado seropositivo en estadio 2 requirió además un resultado PRNT adecuadamente titulado [87]. El estudio encontró que 15 SERA recolectados en 2012 a 2013 de 10.009 (0,2%) personas en 13 provincias KSA contenían anticuerpos MERS-CoV, pero proporciones significativamente mayores en se produjeron en pastores de camellos (dos de 87; 2,3 %) y trabajadores de mataderos (cinco de 140; 3,6 %) [87]. Se necesitan encuestas contemporáneas. MERS-CoV no parece ser fácilmente transmitido de DCs a los seres humanos, o tal vez es [72], pero generalmente no desencadena una respuesta inmune detectable si sólo se producen enfermedades leves o infecciones asintomáticas. Los ensayos serológicos necesitan una validación adicional en esta área, por lo que es necesario tener cuidado al trasladar algoritmos de serología diagnóstica de reciente desarrollo de un entorno de investigación a uno que informe las decisiones de salud pública, lo que se reforzó cuando un caso falso positivo en EE.UU., supuestamente infectado después de un apretón de manos y dos reuniones cara a cara, no resistió más análisis confirmatorios utilizando un ensayo NT más específico y posteriormente se retractó [88, 89]. La OMS recomienda tomar muestras de la TRL para las pruebas RT-rtPCR del MERS-CoV, especialmente cuando la recolección de muestras se retrasa una semana o más después del inicio de los síntomas. [53] Las muestras de TRL también son mejores para intentar aislar el virus infeccioso, aunque el éxito del cultivo se reduce cuando persiste la enfermedad [49]. Los tipos de muestras recomendados incluyen lavado broncoalveolar (BAL), aspirado traqueal/traqueobronquial, líquido pleural y esputo [53, 90]. Las muestras frescas arrojan mejores resultados diagnósticos que el material refrigerado [69] y si es probable que se produzcan retrasos en las pruebas de ≥72 h, las muestras (excepto sangre) deben congelarse a −70°C [90]. Si se dispone de ellas, también se pueden realizar biopsias pulmonares o tejidos de autopsia [53]. Sin embargo, la TRU es un lugar de muestreo menos invasivo y más conveniente, y se recomienda un hisopo orofaríngeo y de garganta o un aspirado/lavado nasofaríngeo cuando se va a realizar el muestreo de TRU [90]. Los sueros emparejados, recogidos de dos a tres semanas de diferencia son preferibles para las pruebas serológicas, mientras que se sugiere que una muestra única sea suficiente si se recogen dos semanas después de la aparición de la enfermedad o un único suero recogido durante los primeros 10-12 días si se realiza RT-rtPCR [53, 90]. Se ha encontrado que la orina y las heces humanas contienen ARN MERS-CoV 12 a 26 días después de la aparición de los síntomas [25, 69, 91] y se enumeran como muestras que deben considerarse [53, 90]. En dos casos que llegaron a los Países Bajos, la orina fue RT-rtPCR negativa pero las heces fueron débilmente positivas y los sueros fueron RT-rtPCR positivos durante cinco días o más [25]. El hallazgo de ARN viral MERS-CoV en el suero proporciona una vía para estudios retrospectivos basados en PCR La ARNemia también puede correlacionarse con la gravedad de la enfermedad; los signos de virus fueron eliminados del suero de un paciente recuperado, pero se mantuvo hasta la muerte de otro [92]. Los casos de sospecha clínica de MERS pueden devolver resultados negativos por RT-rtPCR. Los datos han demostrado que una o más muestras de URT negativas pueden ser contradichas mediante un muestreo adicional de URT o el uso de muestras de LRT, lo que se prefiere [2, 43, 93]. En la LRT se producen cargas virales más altas que en la URT. [22, 69, 88, 94] Esto concuerda con la observación de que la mayoría de los síntomas de la enfermedad se reportan como enfermedad sistémica y LRT [21]. Sin embargo, en ocasiones incluso los especímenes de LRT de los casos de MERS pueden ser inicialmente negativos, sólo para más tarde ser positivos por RT-PCR [95 Esto puede deberse a una mala toma de muestras cuando la tos está ausente o no es productiva o porque la carga viral es baja [95]. A pesar de esto, tanto los mayores estudios de MERS-CoV humanos [32, [96] [97] [98] y los más pequeños [22, 25, 99], utilizan muestras de la URT. Cabe destacar que un estudio reportó una asociación entre cargas más altas en la URT y peores resultados clínicos incluyendo cuidados intensivos y muerte [94]. Al escribir, no existen datos humanos para definir si el virus se replica única o preferentemente en la LRT o URT, o réplicas en otros tejidos humanos in vivo, aunque el ARN MERS-CoV se ha detectado tanto de la URT como de la LRT en un modelo de mono macaco [100].La distribución de DPP4 en las vías respiratorias superiores humanas tampoco está bien descrita. Los estudios individuales de casos humanos reportan largos periodos de eliminación viral, a veces intermitentes y no necesariamente relacionados con la presencia de síntomas de la enfermedad. [25, 69, 99, 101] En un caso, un HCW arroja ARN viral durante 42 días en ausencia de enfermedad [99]. Es un área de alta prioridad para entender mejor si estos casos son capaces de infectar a otros. Más de tres cuartas partes de los casos de MERS arrojan ARN viral en sus muestras de TL (aspirados traqueales y esputo) durante al menos 30 días, mientras que sólo el 30 % de los contactos seguían arrojando ARN en sus muestras de TRU [91, 102]. En el único estudio para examinar el efecto del tipo de muestra en el análisis molecular, se examinaron 64 aspirados nasofaríngeos (ANP; una muestra de TRU), 30 aspirados traqueales, 13 Los aspirados traqueales y el BAL devolvieron los valores de carga viral más altos seguidos por el NPA y el esputo. Como era de esperar, las cargas virales más altas generalmente coincidían con la secuenciación del genoma completo y el éxito del cultivo y, en las pruebas del NPA, estaban significativamente correlacionadas con enfermedades graves y muerte [49, 94, 103]. Este estudio demostró la importancia del muestreo de LRT para la secuenciación del genoma completo. Cuando se probó, las muestras positivas para el MERS-CoV a menudo son negativas para otros patógenos [25, 93, 104]. Sin embargo, muchos estudios no mencionan pruebas adicionales para virus respiratorios humanos endémicos [21, 23, 73, 105]. Cuando se buscan virus, se han incluido el herpesvirus humano (VHH), los rinovirus (VHR), los enterovirus (VVV), el virus sincitial respiratorio (VRS), el virus parainfluenzavirus tipos 1, 2 y 3 (VIP), los virus de la gripe (VFI), los HCoV endémicos, los adenovirus (VCD) metapneumovirus (VPM) y el virus influenza A\H1N1; en ocasiones se han encontrado codetecciones con MERS-CoV [2, 22, 37, 69, 97]. A veces se incluyen pruebas bacterianas (por ejemplo, para Legionella y Pnemocococcus), pero el impacto de la copresencia bacteriana tampoco está claro [22, [104] [105] [106]. Otras pruebas de la muestra de TRL del primer caso del MERS utilizaron IFA para detectar algunos virus (negativos para IFV, PIV, RSV y AdVs) y RT-PCR para otros (negativos para AdV, EV, MPV y HHVs) [18]. RT-PCR también detectó MERS-CoV. La OMS recomienda encarecidamente pruebas para otros patógenos respiratorios [53] pero con esta recomendación a menudo descontada, hay datos limitados para abordar la ocurrencia y el impacto de coinfecciones o diagnósticos virales alternativos entre ambos casos del MERS y sus contactos. Poco se sabe de otras causas de neumonía similar al MERS en el KSA o de la carga general de enfermedad debido a los virus respiratorios clásicos conocidos. Pruebas de peregrinos adultos que realizan el Hajj en 2012 a 2014 no ha detectado ningún MERS-CoV. En 2012, se realizaron pruebas de hisopos nasales de 154 peregrinos recogidos antes de partir hacia el KSA o partir de él [47]. En 2013, las pruebas se ampliaron significativamente con 5.235 hisopos nasofaríngeos de 3.210 peregrinos entrantes y 2.025 hisopos de peregrinos salientes probados [98]. Cabe señalar que la mayoría de los peregrinos llegaron de países libres de MERS. Se tomaron otros 114 hisopos de peregrinos con enfermedad similar a la gripe [96, 107]. En reuniones anteriores del Hajj, se descubrió que los virus de la gripe circulaban ampliamente, mientras que otros virus, a menudo rinovirus, circulaban de manera más selectiva, interpretando que indicaban su importación junto con peregrinos extranjeros [107] [108] [108] Con el tiempo, el aumento de la vacunación contra la gripe se ha acreditado como una disminución de la prevalencia de enfermedades similares a la gripe entre los peregrinos [110] A menudo no se recoge una muestra de TRL para estos estudios [98, 107, 109], por lo que los hallazgos negativos falsos son una posibilidad, aunque poco se sabe sobre el sitio inicial de infección y replicación del MERS-CoV; se puede haber supuesto que fue la TRL porque la enfermedad se notó por primera vez allí, pero la TRL puede ser el lugar de la replicación más temprana. En Jeddah entre marzo y julio de 2014 (en adelante, el brote de Jeddah-2014; Fig. 3 ), hubo un rápido aumento en los casos del MERS, acompañado de un intenso cribado; aproximadamente 5.000 muestras de dentro y alrededor de la región se probaron en un mes, produciendo alrededor de 140 detecciones del MERS-CoV (prevalencia ~3 %) [111]. Entre los 5.065 individuos muestreados y analizados en la KSA entre octubre de 2012 y septiembre de 2013, se realizaron 108 (2,1%) detecciones en una población hospital-céntrica que incluyeron casos hospitalizados (n = 2.908; 57,4 %), sus familias (n = 462; 9,1 %) y HCW asociados (n = 1.695; 33,5 %) [32]. Entre las detecciones, 19 (17,8 %) eran HCW y 10 (9,3 %) eran contactos familiares [32]. La prevalencia del 2-3 % de infecciones activas por MERS-CoV no es diferente a la prevalencia hospitalaria de otras COV humanas. [112] Sin embargo, la proporción de muertes entre los infectados por MERS-CoV es mucho mayor que la conocida por los HCoV NL63, HKU1, 229E u OC43 en otros países, e incluso superior a la de SRAS-CoV; no es un virus que pueda razonablemente ser descrito como una "tormenta en una taza de té". Es la baja tasa de transmisión que ha evitado la propagación mundial, a pesar de muchas "oportunidades". Muy temprano en el brote de MERS, algunos animales fueron altamente considerados como el reservorio o huésped(s) intermedio(s) de MERS-CoV con tres de los cinco primeros casos que tuvieron contacto con DCs [73, 113, 114]. Hoy en día, las infecciones por MERS-CoV animales deben ser reportadas a la organización mundial para la salud animal como una enfermedad emergente [115]. Un resumen de los primeros casos de MERS reportados por la OMS definió el contacto animal con humanos como directo y dentro de los 10 días previos al inicio de los síntomas [20]. Esta definición no permitió específicamente la adquisición de DCs a través de una vía basada en gotitas, que es muy probable que sea la vía de adquisición de un virus que inicialmente y predominantemente causa enfermedad respiratoria [23]. Se sabe que los camellos producen altos niveles de ARN MERS-CoV en su URT y pulmones [116]. Proporcionando apoyo para una vía de transmisión de gotitas y tal vez indicando la presencia de ARN en núcleos más pequeños y secos de gotitas, se identificó ARN MERS-CoV en una muestra de aire de alto volumen recogida de un granero que alberga un DC infectado [117]. La fuente precisa de la que los humanos adquieren MERS-CoV sigue siendo poco estudiada pero parece probable Estos factores pueden resultar importantes para los casos humanos que no describen ningún contacto DC [119] ni ningún contacto con un caso confirmado. Si la definición de contacto con animales de la OMS es suficiente para identificar la exposición a este virus respiratorio no está clara. La formulación se centra en el consumo de productos DC, pero no atribuye específicamente el riesgo a una vía de gotitas para la adquisición de MERS-CoV desde DC [120]. Algunos pacientes MERS se enumeran en los avisos de enfermedad de la OMS como próximos a los DCs o granjas, pero los individuos no han descrito entrar en contacto con los animales. No se reporta ninguna vía alternativa para adquirir infección en muchos de estos casos. Lo que constituye una definición de "contacto" durante estas entrevistas se ha definido para un estudio [72]. A pesar de esta falta de claridad, la OMS considera que la evidencia que vincula la transmisión de MERS-CoV entre DCs a humanos es irrefu La posibilidad de que los murciélagos fueran un huésped animal de MERS-CoV fue ampliamente discutida inicialmente debido a la diversidad existente de coronavirus conocidos por residir entre ellos [121] [122] [123]. Evidencia concluyente que apoya a los murciélagos como fuente de infecciones humanas por MERS-CoV todavía no se ha encontrado, pero los murciélagos parecen albergar a los representantes ancestrales [53, 125]. Sin embargo, estas no son variantes del mismo virus ni siempre dentro del mismo linaje filogenético que MERS-CoV; cada uno son un virus genéticamente distinto. La infección de murciélago a humano por MERS-CoV es un evento puramente especulativo. La única pieza de evidencia específica del MERS-CoV que apunta a los murciélagos se origina en la amplificación de un fragmento de 190 nt del gen ARN dependiente de la polimerasa del genoma del MERS-CoV, identificado en un pellet fecal de un murciélago insectívoro Emballonuridae, Taphozous perforatus encontrado en Bisha, el KSA [121]. Aunque muy corta, la secuencia del fragmento lo definió como un descubrimiento diagnóstico. Posteriormente se informó de un enlace a los DC [85] y ese enlace ha madurado en una asociación verificada [38, 126] (Fig. 4). (Véase la figura en la página anterior.) Fig. 3 Detecciones mensuales de MERS-CoV (barras azules) y de casos que murieron (barras rojas) con algunas fechas de interés marcadas para 2012 al 4 de septiembre de 2015. Se indica una aproximación de cuando la estación de parto DC [128] y cuando los DC recién nacidos son destetados. La primavera (verde) y el verano (naranja) en la Península Arábiga también están sombreados. Tenga en cuenta la escala del eje y de la izquierda para 2014 y 2015 que es mayor que para 2012/13. Fuentes de estos datos públicos incluyen la OMS, Ministerios de Salud y FluTrackers [207] [209] [209]. Versiones anteriores y posteriores de este gráfico se mantienen en un blog personal [210]. Modificado y reimpreso de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio de Oriente Medio: Una infección por coronavirus emergente rastreada por la multitud. Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con permiso de Elsevier [5] Los DCs, que constituyen el 95 % de todos los camellos, tienen una presencia central en la El contacto puede ser común y puede ocurrir de diversas maneras (Fig. 4a). Hay varios grandes festivales, razas, ventas y desfiles bien atendidos que cuentan con DCs y DCs también son mantenidos y criados cerca de áreas pobladas en el KSA [127, 128]. La leche y la carne DC son ampliamente consumidas y el DC más viejo es un animal de importancia ritual después de la peregrinación del Hajj [129]. Sin embargo, la frecuencia de infección del MERS-CoV es mucho menor que el hábito generalizado y frecuente de comer, beber y preparar productos DC. La ingestión diaria de leche DC fresca no pasteurizada es común entre los beduinos del desierto y muchos otros en el KSA. La orina DC también se consume o se utiliza para supuestos beneficios para la salud. A pesar de que la carnicería de camellos es una ocupación local, ni los carniceros ni otros grupos en riesgo son identificables entre los casos de MERS; esto puede ser simplemente un problema de información en lugar de una ausencia inexplicable de MERS. Un pequeño estudio de casos y controles publicado en 2015 identificó el contacto directo con la DC, y no la ingestión de productos, para estar asociado con la aparición de MERS [38]. La primera investigación sero-encuesta de ganado que vive en la región de Oriente Medio se llevó a cabo durante 2012-2013 [85]. Los DCs fueron muestreados a partir de una manada de canarios nacidos principalmente y de DCs omaníes (originalmente importados del Cuerno de África) [85]. b Las infecciones de camello a humano parecen ser poco frecuentes, mientras que la propagación de la infección de ser humano a ser humano se ve facilitada regularmente por una CIP deficiente en los entornos de salud donde se amplifica la transmisión, lo que explica la mayor parte de los casos. Hay casos de MERS humanos que no entran en ninguna de las categorías de origen y no está claro si estas infecciones adquiridas a través de alguna vía totalmente separada, o de casos que escaparon al diagnóstico. c Las formas hipotéticas en las que la subclínica (cuando la infección puede no alcanzar un umbral clínico previamente definido de signos y/o síntomas) o asintomáticas (sin signos obvios ni medidos, observados o recordados de enfermedad) la infección por MERS-CoV puede estar implicada en la transmisión DC sera podría neutralizar MERS-CoV mientras que todas las seras DC de Omán tenían niveles elevados de anticuerpos neutralizantes específicos de MERS- Desde este estudio, una serie de informes revisados por pares han analizado tanto a los DCs como a otros animales, y la posibilidad de que puedan albergar la infección por MERS-CoV. Se han encontrado DCs seropositivos en toda la Península Arábiga, incluyendo Omán, la KSA, Qatar, Jordania, los Emiratos Árabes Unidos (EAU), Kuwait así como Sudán, Somalia, Egipto, Túnez, Nigeria, Kenia y Etiopía en África y las Islas Canarias [85, [130] [133] [133] [134]. Otros animales probados incluyen ovejas, vacas, cerdos, caballos, burros, mulas, aves, búfalos acuáticos, cabras, camellos bactrianos, llamas y guanacos (camélidos suramericanos) pero ninguno tenía anticuerpos neutralizantes detectables contra MERS-CoV [4, 74, 78, 85, 86, 135, 136]. No se han notificado hasta la fecha estudios de virología o serología de muestras humanas procedentes de zonas de África donde hay camellos con antecedentes de MERS-CoV. Sin embargo, la ausencia de neumonía inexplicable que pueda atribuirse a la infección por MERS-CoV puede no indicar la ausencia de virus entre los seres humanos en cada país, sino simplemente reflejar la falta de costosos estudios de epidemiología realizados por países pobres en recursos. Por lo tanto, no está claro si el MERS-CoV, o una CoV relacionada con antígenos, es un patógeno no reconocido en estas regiones, quizás circulando durante más tiempo del que se ha conocido en la Península Arábiga [133]. El ARN del MERS-CoV también se ha detectado en muestras de DC, y también se ha logrado la recuperación del virus infeccioso a partir de muestras de DC [4, 77, 117, 132, [137] [139] De algunos de ellos, se han secuenciado genomas completos o mayoritarios de MERS-CoV [77, 137, 138]. Las versiones DC de MERS-CoV fueron tan similares entre sí, como las variantes detectadas de diferentes seres humanos a lo largo del tiempo y a lo largo de la distancia. Los ensayos de detección de anticuerpos anticuerpos también han detectado anticuerpos cruzados en sera. Estos se identificaron como tales mediante la detección de sera contra virus similares, por ejemplo BCoV o HCoV-OC43 (como facsímil antigénico para BCoV). Es posible que otros virus similares a MERS-CoV también residan dentro de los DCs, pero esto no menoscaba el hallazgo definitivo de secuencias genéticas de MERS-CoV tanto en DCs como en humanos [117, 142, 143]. Los estudios de detección han demostrado que los DC juveniles son más a menudo positivos para el virus o el ARN viral, mientras que los DC mayores son más propensos a ser seropositivos y ARN o virus negativos [76, 77, 144]. En los DC adultos, se ha detectado ARN MERS-CoV entre animales con anticuerpos preexistentes, lo que sugiere que es posible la reinfección [77, 144]. Las cargas virales entre DC positivos pueden ser muy altas [4, 76, 77, 139, 144] y DCs se han encontrado positivos tanto cuando están enfermos con signos respiratorios de TRU [77, 117, 142, 145] o cuando aparentemente sanos [137]. Estos hallazgos indican que los DCs hospedan infecciones naturales MERS-CoV. Además, los sera DC almacenados han revelado signos de MERS-CoV en DCs que datan de hace más de tres décadas (los más tempranos Los sera más viejos no han sido probados y, por lo tanto, cuánto tiempo los DC han sido afectados por MERS-CoV, si el virus es enzoótico entre ellos, introducidos hace décadas o siglos de murciélagos en África o la Península Arábiga, o son objeto de incursiones virales regulares pero de corta duración de un huésped aún desconocido, no pueden ser respondidos. Los investigadores buscaron determinar una dirección para la infección; estaban los DC transmitiendo virus a los seres humanos o estaban los humanos infectando DC? En un sitio de Qatar, un propietario de una granja y su empleado se enfermaron a mediados de octubre de 2013 y dieron positivo para el ARN MERS-CoV en una muestra de esputo y hisopos de garganta, respectivamente. RT-rtPCRs encontró MERS-CoV ARN en 11 de 14 hisobas nasales de DC positivas en la granja; seis (43 %) positivos Los resultados indicaron que se había producido un brote reciente en este rebaño; la primera indicación de ARN MERS-CoV encontrado en DCs con una asociación temporal a infecciones humanas; tres muestras de DC positivas fueron confirmadas por secuenciación de una porción de 358 nt del gen de la espiga; estas secuencias eran idénticas unas a otras, de nuevo con homología cercana a otras secuencias humanas y DC MERS-CoV [138]. Los DCs y contactos humanos produjeron secuencias ORF1a y ORF4b que diferían por un solo nucleótido cada una, agrupando estrechamente con la variante Hafr-Al-Batin_1_2013 [138]. Estudios de casos posteriores encontraron evidencia de una infección humana y DC concurrente y la dirección de esa infección fue inferida a partir de los DCs enfermos y a sus propietarios humanos [117, 142, 146]. Las secuencias del genoma parcial indicaron que un humano y un DC positivo de la RT-RTPCR del MERS-CoV habían sido infectados por una variante del mismo virus, albergando el mismo patrón distinto de polimorfismos de nucleótidos. [142] Todos los nueve DC en la manada del propietario, muestreados en serie, reaccionaron en un antígeno S1 recombinante ELISA, con los dos animales que habían sido positivos de la RT-rtPCR mostrando un pequeño aumento verificable del título de anticuerpos [142]. Un aumento del título teóricamente comienza 10 a 21 días después de la infección de la DC [142]. Los autores sugirieron que el aumento del título en la suera de la DC que ocurrió junto con una disminución de la carga de ARN, mientras que el paciente estaba activamente enfermo y hospitalizado, indicó que los DC fueron infectados primero seguidos por el propietario [117, 142]. Los anticuerpos BCoV también estuvieron presentes, y aumentaron en uno de los dos animales positivos RT-rtPCR, pero ninguno de ellos pudo neutralizar la infección BCoV [142]. La temporada de parto en camellos se produce en los meses de invierno (entre finales de octubre y finales de febrero; Fig. 3 ) y este puede ser un momento en el que existe un mayor riesgo para los seres humanos de derrames debido a nuevas infecciones entre las poblaciones de DC ingenuas [128]. ¿Qué papel podría desempeñar el anticuerpo de camello materna en el retraso de la infección de terneros sigue siendo desconocido [128, 142]. Los DC juveniles parecen tener una infección activa con más frecuencia que los DC adultos y, por lo tanto, el sacrificio de los DC, que debe ser de cinco años de edad o más (llamados a thane), puede no ir acompañado de un riesgo significativo de exposición a la infección. A diferencia de los resultados anteriores, los trabajadores de los mataderos que matan tanto a los DC más jóvenes como a los más viejos, pueden ser un grupo ocupacional con una incidencia significativamente mayor de seropositividad a la MERS-CoV cuando los animales tienen infecciones activas por MERS-CoV [129, 139, [147] [148] [149]. Las investigaciones virológicas ampliadas de los DC africanos pueden dar lugar a animales más seropositivos y zonas geográficas en las que los seres humanos pueden estar en riesgo. Es posible que haya zonas en las que los seres humanos ya albergan infecciones por MERS-CoV que no se han identificado debido a la ausencia de vigilancia de laboratorio. Las investigaciones virológicas de los murciélagos pueden dar lugar a hallazgos de virus ancestrales y "eslabones de pérdida viral" e identificar cualquier otra fuente animal de propagación zoonótica es importante para informar opciones para reducir la exposición humana [56, El MERS-CoV infeccioso añadido a la leche de CC, cabra o vaca y almacenado a 4 °C podría recuperarse al menos 72 h más tarde y, si se almacena a 22 °C, la recuperación fue posible hasta 48 h [150]. El título de MERS-CoV disminuyó un poco cuando se recuperó de la leche a 22 °C, pero la pasteurización completamente ablada Infectividad MERS-CoV [150]. En un estudio posterior, se identificó ARN MERS-CoV en la leche, secreción nasal y heces de DCs de Qatar [151]. Un estudio único ha examinado la capacidad de MERS-CoV para sobrevivir en el medio ambiente [150]. Las superficies plásticas o de acero fueron inoculadas con 10 6 TCID 50 de MERS-CoV a diferente temperatura y humedad relativa (RH) y se A alta temperatura ambiente (30°C) y a baja RH (30 %) MERS-CoV permaneció viable durante 24 h [150]. En comparación, un virus respiratorio bien conocido y eficientemente transmitido, el virus influenza A, no pudo recuperarse en cultivo más allá de cuatro horas bajo ninguna condición [150]. Los experimentos de Aerosol encontraron que la viabilidad del MERS-CoV sólo disminuyó un 7 % a baja RH a 20°C. En comparación, el virus influenza A disminuyó un 95 % [150]. La supervivencia del MERS-CoV es inferior a la demostrada previamente para el SARS-CoV [152]. En el contexto, las bacterias patógenas pueden permanecer viables y en el aire durante 45 minutos en un aerosol tosido y pueden propagarse 4 m. La capacidad de MERS-CoV para permanecer viable durante largos períodos de tiempo le da la capacidad de contaminar completamente las superficies de Se desconoce si el MERS-CoV puede permanecer a la deriva e infeccioso durante períodos prolongados (verdaderamente aerotransportado) y si estos hallazgos amplían nuestra comprensión de las posibilidades de que las gotitas transmitan virus respiratorios en muchos entornos, incluyendo salas de espera hospitalarias, departamentos de emergencia, salas de tratamiento, instalaciones de cuidados intensivos abiertos y salas privadas de pacientes. La naturaleza y calidad del intercambio de aire, circulación y filtración son variables importantes en la medición y reducción del riesgo, así como el uso de salas de presión negativa para contener casos conocidos. Se considera que la propagación de la gota entre humanos es el mecanismo de transmisión humana a humana y se hizo hincapié en la necesidad de precauciones de las gotas después del hospital Al-Ahsa, la KSA y los brotes de Corea del Sur [21, 23, 154, 155]. La provisión de pruebas que apoyen la mejor formulación de equipos de protección personal para ser usados por los HCW que reciben, manejan o realizan procedimientos en casos infecciosos sigue siendo una prioridad. MERS-CoV fue encontrado y caracterizado por su aparente asociación con enfermedades graves, y por lo tanto más obvias, en humanos; éramos canarios en la mina de carbón. Seroensayos y estudios prospectivos de cohortes todavía no han determinado hasta qué punto los casos más leves o asintomáticos contribuyen a las cadenas de transmisión de MERS-CoV. Sin embargo, la transmisión de MERS-CoV se define como esporádica (no sostenida), intrafamiliar, a menudo asociada a la atención médica, ineficiente y que requiere contacto cercano y prolongado [22, 31, 63, 93, 97, 102, 156] En un estudio doméstico, 14 de 280 (5 %) contactos de 26 pacientes con índice positivo de MERS-CoV eran ARN o anticuerpos positivos; la tasa de transmisión general, incluso en brotes es de alrededor del 3 % [31]. Parece que la mayoría de los casos humanos de MERS-CoV, incluso cuando los números parecen aumentar repentinamente, no transmiten fácilmente a más de otro humano hasta la fecha, la epidemia localizada de MERS-CoV no ha sido autosostenible [157] [159] [160] [161]. Es decir, el número básico de reproducción (R 0 ) -el número medio de infecciones causadas por un individuo infectado en una población totalmente susceptible ha estado cerca de uno en varios grupos y brotes. Si R 0 era mayor que 1, se esperaría un aumento sostenido en el número de casos. Algunos cálculos de R o pueden verse afectados por el rastreo incompleto de los contactos de casos, pruebas comunitarias limitadas y cómo se define un caso. El MERS ha tenido una presencia constante en la Península Arábiga desde 2012 se debe a los eventos de derrames esporádicos en curso de DCs amplificados por brotes hospitalarios mal controlados. En marcado contraste, una seroencuesta de HCW que a veces estaba en contacto cercano y prolongado con el primer caso fatal de MERS-CoV en 2012 [162], encontró que ninguno de los HCW se había seroconvertido cuatro meses más tarde, a pesar de la ausencia de protección ocular y el cumplimiento variable de los estándares requeridos de EPP [162]. Al principio de la historia del MERS, las muestras para la prueba fueron recolectadas principalmente de pacientes con enfermedad grave y no de aquellos con infecciones respiratorias agudas más leves. Los contactos de los casos confirmados de MERS fueron a menudo observados para enfermedad clínica, pero no probados. Estas omisiones pueden haber confundido nuestra comprensión de la transmisión del MERS-CoV y sesginar los datos tempranos hacia un mayor número de pacientes gravemente enfermos y hospitalizados, inflando la aparente proporción de casos mortales. A medida que cambiaban los paradigmas de las pruebas y se hacían cada vez más pruebas de los contactos, se reconocían infecciones más asintomáticas y leves [163]. Un aumento en los casos llamados asintomáticos (que amplían el denominador para los cálculos de la proporción de casos mortales, definida en [164] ) dio lugar a una disminución en la proporción de casos mortales durante el brote de Yeddah-2014. Históricamente, tales aumentos son consistentes con la modificación de las definiciones y respuestas de laboratorio y el manejo clínico de una infección por virus recién descubierta que se observó por primera vez sólo entre los enfermos graves. Tras el seguimiento, más de tres cuartas partes de esas personas positivas del ARN del MERS-CoV recordaron haber tenido uno o más síntomas en ese momento, a pesar de que se notificó como asintomática [165], planteando alguna pregunta sobre la fiabilidad de otros datos Aproximadamente el 43 % de los casos MERS (549 de 1277) en la KSA fueron mortales entre 2012 y diciembre de 2015, mientras que el 21 % (72 de 330) fallecieron entre los que se produjeron fuera de la KSA. El número total de casos masculinos siempre supera en número a las mujeres y la proporción de muertes masculinas es siempre mayor que la proporción de mujeres que mueren. Sin embargo, la proporción de muertes masculinas de varones totales con MERS es similar a la de las mujeres. En la KSA, hay una mayor proporción de varones más jóvenes entre los casos y muertes que se observaron en los brotes de Corea del Sur o Jeddah-2014 de 2015 (Fichero adicional 2: Figura S2 ). Por qué estos aspectos han diferido pueden deberse a diferencias en el tiempo de presentación y diagnóstico, la naturaleza y calidad de la atención de apoyo, la forma en que una persona se contagió (habita, exposición a una fuente humana o zoonótica, carga viral, vía de infección) o la medida en que las diferentes poblaciones se ven afectadas por enfermedades subyacentes [40]. Como grupo, los HCW representaron el 16 % de los casos de MERS en la KSA y Corea del Sur. Es evidente que la proporción semanal de HCW infectados aumenta junto con cada fuerte aumento en las detecciones generales (Fig. 5). En mayo de 2013, la OMS publicó directrices para IPC durante el cuidado de casos probables o confirmados de infección por MERS-CoV en un entorno sanitario [166]. Estos aumentos en las detecciones de MERS-CoV pueden disminuir la edad media durante cada evento debido a que los HCW son generalmente más jóvenes que los pacientes internados con MERS. Las instalaciones sanitarias han sido un objetivo regular de mejoras sugeridas para mejorar los procedimientos de prevención y control de infecciones (IPC) [115, 118]. La mayor parte del análisis de la genética MERS-CoV se ha realizado utilizando métodos de secuenciación de alto rendimiento o "profundo" para la deducción completa del genoma [167] [168] [169]. MERS-CoV fue el primer sujeto de un uso tan extendido de secuenciación profunda para estudiar un brote viral emergente con alcance global. La técnica puede producir genómica [207] [209]. Las versiones anteriores y posteriores de esta tabla se mantienen en un blog personal [210] cobertura de longitud en un solo experimento con medición altamente repetitiva de cada posición de nucle A pesar de los ensayos publicados al principio, la secuenciación subgenómica, una vez el pilar de los estudios de brotes virales, se ha publicado con menos frecuencia durante la caracterización de MERS-CoV [48]. A medida que se han caracterizado más genomas tanto de humanos como de DC, se han hecho evidentes dos clados; A y B (Fig. 6). Clade A contiene sólo genomas de MERS-CoV derivados del hombre de Jordania, mientras que Clade B comprende la mayoría de genomas humanos y de camellos deducidos hasta ahora [168]. Dos estudios durante 2015, uno mirando a variantes de Jeddah-2014 MERS-CoV y otro mirando a una variante exportada de Corea del Sur a China, ahora han identificado signos de recombinación genética entre variantes de MERS-CoV. Si bien las secuencias del genoma humano y del genoma entero de camello han conservado una identidad de >99 % entre sí, los miembros de linajes genéticamente distintos pueden intercambiar material genético y lo hacen cuando co-ocurren condiciones adecuadas y co-fecciones [170] [171] [172]. La identidad compartida implica que la principal fuente de adquisición humana es el DC, en lugar de otro animal, aunque se necesitan más pruebas de otras especies animales para confirmar esa conclusión. Durante un mes, un virus de DC secuenciado en diferentes ocasiones no cambió en absoluto indicando un grado de estabilidad genómica en su huésped, apoyando que los DC son el anfitrión natural, en lugar de intermedio, del MERS-CoV que conocemos hoy [77]. Hasta la fecha, la recombinación se ha localizado en puntos de ruptura cerca del límite entre las regiones ORF1a y ORF1b, dentro del gen de pico [170] No es inesperado que la recombinación se produzca ya que es bien conocida entre otras CoVs [124] y porque la mayoría de los genomas enteros del MERS-CoV recogidos a partir de muestras de tres años (2012-2015) y de seres humanos, camellos y diferentes países han mostrado una identidad genética cercana entre sí, con una variación sutil suficiente para apoyar investigaciones de brotes mientras se aplique la secuenciación del genoma completo [52, 77, 135, 138, 168, [173] [174] [175]. Los cambios en la secuencia del genoma pueden anunciar alteraciones en la transmisibilidad del virus, replicación, persistencia, letalidad o respuesta a medicamentos futuros. Si tenemos conocimiento previo del impacto de los cambios genéticos debido a estudios de caracterización exhaustivos, podemos establecer una estrecha relación genética entre las secuencias de nucleótidos del MERS-CoV (cargado desde GenBank utilizando los números de adhesión enumerados y Este árbol de unión vecino fue creado en MEGA v6 utilizando una alineación de las secuencias humanas y DCderivadas de MERS-CoV (Genious v8.1 [211] ). Clades se indican junto a barras verticales azules oscuras (Clade A) o pálidos (Clade B). Los iconos de camello denotan genomas de DC. Los brotes sanitarios o comunitarios se encajonan y etiquetan utilizando esquemas previamente descritos [212, 213] monitorean las regiones genómicas y entienden mejor cualquier cambio en la transmisión o patrones de enfermedad a medida que ocurren. Las mutaciones genéticas observadas durante el mayor de los brotes humanos, Jeddah-2014, no impartieron ningún cambio importante replicativo o inmunomodulador cuando se comparan con las variantes virales anteriores in vitro [156, 176]. Sin embargo, entendemos muy poco de los resultados fenotípicos que resultan del cambio genético sutil en Hasta la fecha no se ha informado de ninguna relevancia clínica ni de cambios in vivo evidentes en la replicación, eliminación o transmisión vírica, o se ha atribuido a mutaciones o a nuevos virus recombinantes [156]. Pero se necesitan vigilancia y estudios más grandes, contemporáneos e in vivo. La secuencia genomática localizada a un clado distinto se identificó a partir de un DC egipcio que probablemente fue importado de Sudán. Esto no encaja en ninguno de los clados actuales [125, 168, 177]. Un virus secuenciado a partir de un murciélago Neoromicia capensis estaba más estrechamente relacionado con el MERS-CoV que otras grandes secuencias derivadas de murciélagos habían estado hasta ese punto, pero el genoma de una variante de un MERS-CoV aún no se ha descubierto y deducido de cualquier murciélago [125]. Los análisis de genomas del MERS-CoV han demostrado que la mayoría de las diferencias nucleó 2), que codifica la proteína de pico y proteínas accesorias [168]. Al menos nueve genomas del MERS-CoV contenían sustituciones de aminoácidos en el dominio de unión a los receptores (RBD) de la proteína de pico y los codones 158 (región N-terminal), 460 (RBD), 1020 (en la repetición de heptad 1), 1202 y 1208 investigación de osos como marcadores de cambio adaptativo [140, 169]. La proteína de pico no había cambiado en el genoma recombinante del MERS-CoV identificado en China en 2015, pero se informó que había variado a un ritmo superior al de genomas completos del MERS-CoV, entre variantes surcoreanas [172, 178]. Esto destaca que las regiones subgenómicas pueden no siempre contener suficiente diversidad genética para ser útiles para diferenciar variantes virales. A pesar de esto, un ensayo que amplificaba un fragmento de nucleótido 615 del gen de dominio S2 de pico para la secuenciación de Sanger coincidió con los resultados generados por la secuenciación de algunos genomas completos y fue útil para definir grupos de secuencias adicionales [177]. La secuencia genómica también se puede utilizar para definir los límites geográficos de un cúmulo o brote y monitorear su progreso, basado en la similitud de las variantes encontradas entre humanos y animales infectados cuando ocurren juntos, o entre diferentes sitios y tiempos (Fig. 6 ) [169]. Este enfoque se utilizó al definir el brote de hospital MERS con limitaciones geográficas en Al-Ahsa, que ocurrió entre el 1 de abril y el 23 de mayo de 2013, así como los cúmulos en Buraidah y un brote comunitario en Hafr Al-Batin, el KSA. La secuenciación genómica identificó que aproximadamente 12 detecciones de MERS-CoV de un brote comunitario en Hafr Al-Batin entre junio y agosto de 2013 pudieron haber sido desencadenadas por un caso índice que se infectó a través del contacto DC [175]. La secuenciación de genomas de MERS-CoV del brote hospitalario de Al-Ahsa de 2013 indicó que múltiples variantes virales contribuyeron a los casos, pero que la mayoría fueron lo suficientemente similares entre sí como para ser consistentes con la transmisión humano-humana. La epidemiología molecular ha revelado enlaces ocultos en cadenas de transmisión que abarcan un período de hasta cinco meses [179]. Sin embargo, la mayoría de los brotes no han continuado durante más de dos a tres meses y por lo tanto las oportunidades para que el virus se adapte más a los seres humanos a través de la coinfección y el tránsito en serie sostenido han sido raras [169]. En Riad-2014, la evidencia genética apoyaba la probabilidad de múltiples introducciones externas de virus, implicando una gama de instalaciones de salud en un caso que de otro modo parecía contiguo [23, 168, 179]. Riad es un nexo para el viaje de camellos y humanos y ha tenido más casos MERS que cualquier otra región de la KSA hasta la fecha, pero también alberga una amplia gama de variantes MERS-CoV [128, 167, 179]. Sin embargo, el brote surcoreano se originó de una sola persona infectada, resultando en tres a cuatro generaciones de casos [180, 181]. Estudios de esta variante viral aparentemente recombinante no encontraron un aumento de la tasa evolutiva y ningún signo de adaptación al virus, por lo que el brote parece haber sido impulsado por circunstancias más que por circunstancias junto con mutación [181]. Para muchos casos MERS detectados fuera de la Península Arábiga, se El rastreo de contacto es esencial para contener la aparición y transmisión de un nuevo virus y hoy en día está apoyado por la epidemiología molecular. Aunque es un proceso costoso y que consume tiempo, el rastreo de contacto puede identificar posibles nuevas infecciones y, a través del monitoreo activo o pasivo, reaccionar más rápidamente si la enfermedad se desarrolla. Los resultados del rastreo de contacto hasta la fecha han encontrado que la transmisión continua entre los seres humanos es un evento poco frecuente. Por ejemplo, hubo 83 contactos, tanto sintomáticos como asintomáticos, de un caso tratado en Alemania que viajó desde los Emiratos Árabes Unidos pero no se encontraron signos de virus o anticuerpos en ninguno de ellos [73]. En un estudio de 123 contactos de un caso tratado en Francia, sólo siete coincidieron con la definición de un posible caso y fueron probados; uno que había compartido una habitación hospitalaria de 20 m2 mientras que en una cama a 1,5 m de distancia del caso índice durante un período prolongado fue positivo [26]. Ninguno de los contactos de los dos primeros casos MERS importados a los EE.UU. en 2014 contenía ninguna huella MERS-CoV [182] y ninguno de los 131 contactos de dos viajeros que regresaron a los Países Bajos desarrolló anticuerpos MERS-CoV o testó ARN positivo [25, 183]. Los análisis de datos públicos revelan muchos casos probables de adquisición nosocomial de infección en la Península Arábiga y estos datos pueden ir acompañados de algunos detalles que señalan el contacto con un caso o instalación conocido. Un ejemplo identificó el papel probable de un paciente con una infección subclínica, presente en un hospital durante su ingreso por otras razones, como el caso índice más probable que desencadena un grupo familiar [93]. El rastreo de contacto fue un factor significativo en la terminación de un brote de 2015 con múltiples hospitales surcoreanos [184]. Estos estudios demuestran la necesidad de encontrar y comprender un papel para los casos leves y asintomáticos, junto con la restricción del contacto cercano o la exposición prolongada de las personas infectadas a otras, especialmente familiares mayores y amigos con enfermedad subyacente (Fig. 4c). El brote asociado al hospital en Jeddah en 2014 fue la acumulación más grande y rápida de las detecciones de MERS-CoV hasta la fecha. El mayor número de detección de MERS-CoV de cualquier mes registrado se produjo en Yeddah en abril. El brote se asoció principalmente (> 60 % de los casos) con la propagación de seres humanos a seres humanos dentro de los entornos hospitalarios y se debió a la falta de prevención y control de las infecciones o a su desorganización [37, 185, 186]. Un aumento de las muertes siguió al rápido aumento del número de casos. En 2015 ocurrieron dos grandes brotes. Corea del Sur fue el lugar del primer brote a gran escala fuera de la Península Arábiga y produjo los primeros casos tanto en Corea del Sur como en China, entre mayo y julio de 2015. Esto fue seguido de cerca por un brote distinto en la provincia de Ar Riyad, en la KSA, que parecía estar bajo control a principios de noviembre. Después de permanecer en Bahréin durante dos semanas, un varón de 68 años (68 M) viajó a Corea del Sur vía Qatar, llegando libre de síntomas el 4 de mayo de 2015 [187]. Desarrolló fiebre, Visitó una clínica como ambulatorio entre los días 12 y 15 de mayo y fue ingresado en el Hospital A el día 15 [188]. Fue dado de alta del Hospital A el día 17 y luego fue ingresado en el servicio de urgencias del Hospital B el día 18. Durante esta segunda estancia, se tomó una muestra de esputo y dio positivo para el MERS-CoV el día 20 [187, 188], desencadenando el traslado al centro de tratamiento de aislamiento designado. Durante un período de 10 días, el caso índice fue visto en tres hospitales diferentes, demostrando una característica clave de "compra hospitalaria" que conformó el brote surcoreano. Aproximadamente 34 personas fueron infectadas durante este tiempo [187]. En total 186 casos fueron generados en este brote, todos vinculados a través de una única cadena de transmisión a 68 M; 37 casos murieron [189]. En Corea del Sur, el sistema nacional de seguro médico prevé una atención médica de costo relativamente bajo, sufragando algunos costos al hacer que los familiares sean responsables de una parte de la administración de los enfermos, lo que a veces los hace permanecer durante largos períodos en las habitaciones que a menudo tienen más de cuatro camas en ellas [24]. Otros factores que se pensaba que habían permitido este brote eran la falta de familiaridad de los médicos locales con MERS, la facilidad con la que el público puede visitar y ser tratado por hospitales terciarios, la costumbre de visitar a amigos y familiares enfermos en hospitales, la naturaleza jerárquica de la sociedad coreana, las salas de emergencia abarrotadas, las medidas deficientes del IPC, la falta de salas de aislamiento de presión negativa y la mala comunicación interhospitalaria de los historiales de enfermedades de los pacientes [24, [190] [191] [192]. Hasta la fecha se han comunicado pocos detalles clínicos sobre estos casos y los detalles sobre la transmisión y el rastreo de los contactos son mínimos. Los hospitales involucrados inicialmente no fueron identificados, la orientación y las acciones gubernamentales produjeron mensajes confusos y hubo una comunicación muy limitada en los primeros tiempos, lo que dio lugar a preocupaciones innecesarias, desconfianza y un impacto económico distinto [191, [196] [197] [198]. Al principio del brote, un viajero infectado, hijo de un caso identificado en Corea del Sur, pasó por Hong Kong en su camino a China, donde estaba ubicado, aislado y atendido en China [91, 199, 200]. No hubo contactos que enfermaran.El brote se puso bajo control a finales de julio/a principios de agosto [201] después de que se emplearan medidas mejoradas del IPC, seguimiento y cuarentena de contactos sólidos, pruebas de laboratorio ampliadas, hospitales fueron mejor asegurados, se envió personal especializado para gestionar los casos Una revisión de los datos públicos mostró que, al igual que en el caso del MERS en la KSA, la edad avanzada y la presencia de enfermedad subyacente se asociaron significativamente con un desenlace fatal en Corea del Sur. [40] Aunque R 0 es <1, los eventos de superdifusión facilitados por circunstancias creadas en entornos de salud y caracterizadas por tamaños de clúster superiores a 150, como este, no son inesperados por la infección por MERS-CoV [204]. La dinámica de un brote depende de la R 0 y de los patrones de eliminación viral de un individuo, el tipo y la frecuencia de contacto, los procedimientos hospitalarios y la estructura y densidad de la población [204]. En la región de Ar Riyad, incluida la capital de Riad, se inició un cúmulo hospitalario dentro de un solo hospital a partir de finales de junio de 2015 [205]. A mediados de septiembre se habían notificado aproximadamente 170 A pesar de la introducción continua y posiblemente estacional del virus en la población humana a través de los DC infectados y tal vez otros animales que aún no se han identificado, la gran mayoría de la transmisión del MERS-CoV se ha producido de seres humanos infectados a no infectados en contacto cercano y prolongado a través de circunstancias creadas por un control deficiente de las infecciones en los entornos de atención de la salud. Este virus oportunista ha tenido su mayor impacto en las personas con enfermedades subyacentes y esas personas vulnerables, que a veces sufren múltiples comorbilidades, se han asociado con mayor frecuencia con los hospitales, creando una tormenta perfecta de exposición, transmisión y mortalidad. No está claro si este grupo se ve afectado de manera única por el MERS-CoV o si otras infecciones respiratorias, incluidas las de los HCoV, producen un impacto igualmente grave. En Corea del Sur, un solo caso importado creó un brote de 185 casos y 36 muertes que tuvieron un impacto desproporcionado en el desempeño económico, el comportamiento de la comunidad y la confianza en el gobierno y el sistema de atención de la salud. La transmisión del hogar de seres humanos a seres humanos se produce, pero también es limitada. Los programas educativos serán herramientas esenciales para combatir la propagación del MERS-CoV tanto dentro de las comunidades urbanas y regionales como para el entorno de atención de la salud. La vigilancia sigue siendo importante para la contención, ya que el MERS-CoV es un virus con una composición genética que se ha observado durante sólo tres años y no es estable. Entre todos los seres humanos que se han notificado que están infectados, casi el 40% han muerto. La secuenciación del genoma completo se ha utilizado extensamente para estudiar el recorrido y la variación del MERS-CoV y aunque sigue siendo una herramienta para expertos, parece ser la mejor herramienta para el trabajo. El MERS y el SRAS tienen algunas similitudes clínicas pero también difieren significativamente [206]. Entre las características definitorias se incluyen el PFC más alto entre los casos del MERS (superior al 50 % en 2013 y actualmente en el 30-40%; muy por encima del 9 % del SRAS) y la asociación más alta entre el MERS mortal y los hombres mayores con comorbilidades subyacentes. Para los virus, el MERS-CoV tiene un tropismo más amplio, crece más rápidamente in vitro, induce más rápidamente cambios citopatógenos, desencadena respuestas transcripcionales distintas, hace uso de un receptor diferente, induce un estado más proinflamatorio y tiene una respuesta antiviral tardía en comparación con el SRAS Parece haber una prevalencia del 2-3 % de MERS-CoV en la KSA con una probabilidad del 5 % de transmisión secundaria dentro del hogar. Hay un mayor riesgo de infección a través de ciertas ocupaciones en ciertos momentos y una probabilidad mucho mayor de propagación a otros seres humanos durante circunstancias creadas por los humanos, lo que impulsa una transmisión más efectiva que cualquier R 0 predeciría sobre el valor facial. Sin embargo, a pesar de las múltiples concentraciones masivas que han proporcionado al virus muchos millones de oportunidades de propagación, no se han reportado brotes de MERS o MERS-CoV durante o inmediatamente después de estos eventos. No hay evidencia de que el MERS-CoV sea un virus de preocupación pandémica. Sin embargo, los entornos hospitalarios continúan describiendo casos y brotes de MERS en la Península Arábiga. Mientras facilitemos la propagación del MERS-CoV entre nuestras poblaciones más vulnerables, el mundo debe permanecer en alerta para los casos que puedan ser exportados con mayor frecuencia cuando un país de acogida con reservorios de camellos infectados está experimentando conglomerados o brotes humanos. El MERS-CoV parece ser un virus enzoótico que infecta a la URT DC con evidencia de recombinación genética reciente. Puede que una vez haya tenido su origen entre los murciélagos, pero falta evidencia y la relevancia de ello para la epidemia actual es académica. Gracias a la acción rápida, las herramientas de diagnóstico molecular sensibles y rápidas necesarias para lograr un objetivo de detección rápido y sensible han sido establecidas y ampliamente disponibles desde que el virus fue reportado en 2012. RT-PCR pruebas de muestras de LRT siguen siendo el estándar de oro para la confirmación del MERS-CoV. Las herramientas serológicas siguen surgiendo pero necesitan una validación adicional utilizando muestras de infecciones leves y asintomáticas y un estudio de cohorte densamente muestreado para seguir los contactos de nuevos casos puede abordar esta necesidad. Del mismo modo, la importante cuestión de si aquellos que eliminan el ARN MERS-CoV durante períodos prolongados son infecciosos mientras aparecen bien, sigue sin respuesta. Incluso no está claro cuántas infecciones 'asintomáticas' se han descrito y reportado correctamente, lo que a su vez plantea preguntas sobre la fiabilidad de la recolección de otros datos clínicos hasta la fecha. Si bien la virología básica del MERS-CoV ha avanzado en el transcurso de los últimos tres años, la comprensión de lo que está sucediendo en, y la interacción entre, camello, medio ambiente y humano todavía está en su infancia.

¿Cuánto tiempo pueden las bacterias patógenas permanecer viables y en el aire en un aerosol tosido?

MERS coronavirus: diagnóstico, epidemiología y transmisiónhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4687373/SHA: f6fcf1a99cbd073c5821d1c4ffa3f2c6daf8ae29Autores: Mackay, Ian M.; Arden, Katherine E.Fecha: 2015-12-22DOI: 10.1186/s12985-015-0439-5Licencia: cc-byAbstract: Los primeros casos conocidos de síndrome respiratorio de Oriente Medio (MERS), asociados con la infección por un nuevo coronavirus (CoV), se produjeron en 2012 en Jordania, pero se informó retrospectivamente.El primer caso que se informó públicamente fue de Jeddah, en el Reino de Arabia Saudita (KSA). Desde entonces, las secuencias de MERS-CoV se han encontrado en un murciélago y en muchos camellos dromedarios (DC). MERS-CoV es enzoótico en toda la Península Arábiga y en partes de África, causando enfermedades leves del tracto respiratorio superior en su reservorio de camellos y infecciones humanas esporádicas, pero relativamente raras. Precisamente cómo el virus transmite a los seres humanos sigue siendo desconocido, pero la exposición estrecha y prolongada parece ser un requisito. El KSA es el punto focal de MERS, con la mayoría de los casos humanos. En los seres humanos, MERS se conoce principalmente como una enfermedad del tracto respiratorio inferior (RTL) que incluye fiebre, tos, dificultades respiratorias y neumonía que puede progresar a síndrome de dificultad respiratoria aguda, fallo multiorgánico y muerte en un 20% a 40% de los infectados. Sin embargo, MERS-CoV también se ha detectado en enfermedades leves y similares a En comparación con el síndrome respiratorio agudo grave (SARS), otra enfermedad zoonótica del coronavirus a veces fatal que ha desaparecido desde entonces, el MERS progresa más rápidamente hacia la insuficiencia respiratoria y la lesión renal aguda (también tiene afinidad por el crecimiento de las células renales en condiciones de laboratorio), es más frecuente en los pacientes con enfermedad subyacente y es más a menudo fatal. La mayoría de los casos humanos de MERS se han relacionado con fallos en la prevención y el control de infecciones (IPC) en los entornos de salud, con aproximadamente el 20% de todas las detecciones de virus notificadas entre los trabajadores de la salud (HCWs) y exposiciones más altas en aquellos con ocupaciones que los ponen en estrecho contacto con camellos. Los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) han estado disponibles casi desde el comienzo de la aparición de MERS. Mientras que la virología básica de MERS-CoV ha avanzado en los últimos tres años, la comprensión de la interacción entre camello, medio ambiente y restos humanos limitados. MATERIAL SUPLEMENTO ELECTRÓNICO: La versión en línea de este artículo (doi:10.1186/s12985-015-0439-5) contiene material suplementario, que está disponible para los usuarios autorizados. Texto: Un correo electrónico del Dr. Ali Mohamed Zaki, un virólogo egipcio que trabaja en el Hospital Dr. Soliman Fakeeh en Jeddah en el Reino de Arabia Saudita (KSA) anunció la primera cultura de un nuevo coronavirus al mundo. El correo electrónico fue publicado en el sitio web de la red de enfermedades emergentes profesionales (ProMED) el 20 de septiembre de 2012 [1] (Fig. 1) y describió el primer caso reportado, un hombre de 60 años de edad de Bisha en la KSA. Esta información llevó al rápido descubrimiento de un segundo caso del virus, esta vez en un paciente enfermo en el Reino Unido, que había sido transferido de Qatar para su atención [2]. El nuevo virus fue inicialmente llamado coronavirus nuevo (nCoV) y subsecuentemente titulado el síndrome de respiración del Oriente Medio coronavirus (MERS-CoV). A partir del 2 de septiembre de 2015, ha habido 1.493 detecciones de ARN viral o anticuerpos específicos del virus en 26 países (Fichero adicional 1: Figura S1) confirmado por la Organización Mundial de la Salud (OMS), con más de un tercio de las personas positivas muriendo (al menos 527, 35 %) [3]. Desde ese primer informe, un lento proceso de descubrimiento durante los siguientes dos o tres años reveló un virus que había infectado más del 90 % de los camellos dromedarios adultos (DC; Camelus dromedario) en la KSA [4], también en los países en desarrollo de toda la Península Arábiga y partes de África que son una fuente de importaciones de DC para la KSA [5]. Hasta la fecha, el MERS-CoV no se ha detectado en los países en desarrollo sometidos a pruebas en zoológicos o rebaños de otras partes del mundo [6] [7] [9]. Ocasionalmente, el virus se transmite de los DC infectados a los seres humanos expuestos. La transmisión posterior a otros seres humanos requiere una exposición relativamente cercana y prolongada [10]. Se patentó el primer aislado viral y se planteó la preocupación de que ello limitaría el acceso tanto al virus como a los diagnósticos virales [11, 12]. Sin embargo, los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) se describieron rápidamente y el virus se puso a disposición de forma gratuita, sujeto a consideraciones rutinarias de bioseguridad [13]. La epidemiología y la investigación posteriores han identificado al receptor celular como exopeptidasa dipeptidil peptidasa 4 (DPP4; también llamada CD26); que el MERS-CoV tiene un amplio tropismo, replicando mejor en algunas líneas celulares y provocando una respuesta más proinflamatoria que el SARS-CoV; está muy extendido en los DC; tiene el potencial de infectar a otros animales y que el MERS mata a su huésped humano con más frecuencia que el SARS (20-40% frente al 9 % para el SARS [14] ) [15] [16] [17] [19]. El MERS-CoV se propaga esporádicamente entre las personas, causando enfermedades más graves entre los adultos mayores, especialmente los varones, con enfermedades preexistentes.La propagación del MERS-CoV entre los seres humanos se ha asociado a menudo con brotes en los hospitales, con alrededor del 20% de todos los casos hasta la fecha en los que han participado trabajadores de la salud (HCWs).Aunque los DC parecen sufrir el equivalente a un "frío común" de la infección por MERS-CoV, en los seres humanos el virus puede ser un patógeno más grave y oportunista asociado con la muerte de hasta el 40% de los casos notificados. Aún no se ha establecido si las infecciones que se cree que se han adquirido de una fuente animal producen un resultado más grave que los que se propagan entre los seres humanos [20]. Los estudios han establecido que el período medio de incubación para el MERS es de cinco a seis días, que van de dos a 16 días, con 13 a 14 días entre el inicio de la enfermedad en una persona y posteriormente se extiende a otra [21] [22] [23]. Entre aquellos con enfermedad progresiva, la mediana de tiempo hasta la muerte es de 11 a 13 días, que van de cinco a 27 días [23, 24]. La fiebre y los síntomas gastrointestinales pueden formar un pródromo, después de lo cual los síntomas disminuyen, sólo para ser seguidos por un síndrome sistémico y respiratorio más grave [25, 26]. La primera definición de caso de la OMS [27] definió los casos probables de MERS basados en la presencia de enfermedad febril, tos y el requisito de hospitalización con sospecha de compromiso del tracto respiratorio inferior (RTL), incluyendo también roles para el contacto con un caso probable A partir de julio de 2013, la definición revisada del caso de la OMS incluía la importancia de buscar y comprender el papel de los casos asintomáticos y, a partir de junio de 2014, la definición de la OMS indicaba más claramente que un caso confirmado incluía a cualquier persona cuya muestra fuera RT-PCR positiva para MERS-CoV, o que produjera una seroconversión, independientemente de los signos y síntomas clínicos. [28] [30] Aparte de los informes de la OMS y del Ministerio de Salud de la KSA, los casos asintomáticos o subclínicos de infección por MERS-CoV se documentaron en la literatura científica, aunque no siempre tan a menudo como ocurrió a principios de [31, 32]. La definición del caso de la KSA se hizo más estricta el 13 de mayo de 2014, basándose en la presencia de ambas características clínicas y confirmación de laboratorio [33]. Las pruebas de personas asintomáticas fueron recomendadas a partir de diciembre de 2014 [34], reforzadas por una definición de caso publicada por el Ministerio de Salud de la KSA en junio de 2015 [35]. La KSA ha sido la fuente del 79 % de los casos humanos. El MERS severo es notable por su impacto entre los hombres mayores con enfermedades comorbidas, incluyendo diabetes mellitus, cirrosis y diversas afecciones pulmonares, renales y cardíacas [36] [38]. Interesantemente en junio de 2015, un brote en Corea del Sur siguió una distribución similar [39, 40]. Entre los casos confirmados en laboratorio, los signos y síntomas de fiebre, tos y tracto respiratorio superior (URT) generalmente ocurren primero, seguidos en una semana por trastornos progresivos de TL y linfopenia [37]. Los pacientes a menudo se presentan a un hospital con neumonía o peor, y se han notificado infecciones Según se informa, el MERS ha matado aproximadamente el 35 % de todos los casos notificados, el 42 % de los casos en la KSA, pero sólo el 19 % de los casos en Corea del Sur, donde la mortalidad osciló entre el 7 % entre los grupos de edad más jóvenes y el 40 % entre los de 60 años o más [42] ; todos pueden ser valores inflados con infecciones asintomáticas o leves a veces no buscadas o no reportadas [34]. La atención de apoyo general es clave para tratar los casos graves [43]. Rara vez se informa que los niños menores de 14 años son positivos para la MERS-CoV, que comprende sólo el 1,1% (n = 16) del total de casos notificados. Entre el 1 de septiembre de 2012 y el 2 de diciembre de 2013, un estudio describió el recuento de casos pediátricos en la KSA, que se situaba en 11 (dos a 16 En Amman (Jordania), se probaron 1.005 muestras de niños hospitalizados menores de dos años con fiebre y/o signos y síntomas respiratorios, pero ninguna fue positiva para ARN MERS-CoV, a pesar de haber sido recolectadas en un momento similar al primer brote conocido de MERS-CoV en la ciudad vecina de Al-Zarqa [45]. Un segundo trimestre de mortinato ocurrió en una mujer embarazada durante una enfermedad respiratoria aguda y aunque no fue RT-rtPCR positivo, la madre desarrolló posteriormente anticuerpos contra MERS-CoV, sugestivos de infección reciente [46]. Su historia de exposición a un pariente positivo de MERS-CoV RT-rtPCR y un esposo anticuerpo reactivo, su período de incubación y su historia sintomática cumplieron los criterios de la OMS para ser un probable caso de MERS-CoV [46]. Los métodos de diagnóstico se publicaron dentro de los días del correo electrónico ProMED anunciando el primer caso MERS [47], incluyendo varios ensayos RT-rtPCR (Fig. 2 ) y cultivo de virus en células Vero y LLC-MK2 [18, 47, 48]. Un adenocarcinoma colorrectal (Caco-2 ) línea celular epitelial ha sido recomendado desde entonces para el aislamiento de infecciones MERS-CoV [49]. Anteriormente [18].. Los marcos de lectura abiertos se indican como rectángulos amarillos entre corchetes por regiones terminales no traducidas (UTR; rectángulos grises ). FS-frame-shift. Las regiones predictas que abarcan puntos de ruptura de recombinación se indican por píldoras naranjas. Creado utilizando Geneious v8.1 [211] y anotado usando Adobe Illustrator. Bajo este esquema se muestra la ubicación de los imprimadores RT-PCR (las flechas azules indican la dirección) y oligoprobes (rectángulos verdes) utilizados en los primeros ensayos de cribado RT-rtPCR y en los convencionales, seminés (tres imprimaciones) RT-PCR confirmatorios de secuenciación [47, 48]. El orden de publicación se observa por primera [27 de septiembre de 2012; rojo] y segundo [6 de diciembre de 2012; naranja] rectángulos de color; ambos de Corman y otros [47, 48] Los ensayos recomendados por la OMS se destacan debajo por puntos amarillos [53]. El imprimador reverso NSeq ha contenido consistentemente una secuencia incompatibilidad con algunas variantes de MERS-CoV. Una versión alterada de la de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio del Oriente Medio: Una Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con el permiso de Elsevier [5] revisó el amplio tropismo de MERS-CoV [5]. Sin embargo, como se describe bien, el cultivo celular es un método lento, especializado e insensible [50] mientras que las técnicas basadas en PCR son el método preferido para la detección de MERS-CoV. Los primeros marcos de lectura abiertos (ORF 1a y 1b; Fig. 2) se han convertido en un objetivo diagnóstico clave y taxonómico para la identificación de especies CoV. Con menos del 80 % de identidad entre la secuencia de aminoácidos de MERS ORF 1ab y parientes del betacoronavirus, Tylonycteris Bat HKU4 y Pipistrellus Bat HKU5, se puede concluir que es un virus novedoso y distinto. Las proteínas estructurales incluyen el pico (S), la envoltura (E), la membrana (M) y el nucleocápsido (N) [52]. Se prevé que los productos de ORF1a y ORF1b codificarán proteínas no estructurales. La mayoría de los ensayos de muestras realizados hasta la fecha han empleado ensayos RT-rtPCR validados que han demostrado ser sensibles y específicos [47, 48, 53]. El kit de RealStar® utiliza estos ensayos recomendados por la OMS [54]. Las secuencias objetivo de estos ensayos de cribado no han cambiado entre los genomas examinados hasta al menos mediados de 2015 (observación IMM). Otros ensayos RT-rtPCR han sido desarrollados y validados para su uso como herramientas de diagnóstico basadas en laboratorio [55] [56]. Además, los ensayos isotérmicos [58, 59] o recombinasa polimerasa [60] La detección del antígeno MERS-CoV no ha sido común hasta la fecha, pero la combinación de corto tiempo de retorno de la prueba al resultado, alto rendimiento e identificación de proteínas virales hace que esta opción sea atractiva. La detección de proteínas virales en lugar de ARN viral indica la probable presencia de virus infecciosos. La primera herramienta inmunocromatográfica rápida descrita podría detectar proteína nucleocápsida MERS-CoV recombinante de hisopos nasales DC con sensibilidad al 94 % y especificidad al 100 % en comparación con RT-rtPCR [61]. Un enfoque diferente utilizó una captura basada en anticuerpos monoclonales ELISA dirigida a la proteína nucleocápsida MERS-CoV con una sensibilidad de 10 3 CCID 50 y especificidad al 100 % [62]. La demostración de una seroconversión a una infección por MERS-CoV cumple con la definición actual de la OMS de un caso tan optimizado y ampliamente validado que los seroensayos empleados junto con buenas historias clínicas son útiles para identificar la infección por MERS-CoV y ayudar a apoyar estudios de transmisión. Debido a que las pruebas serológicas son, por su naturaleza, retrospectivas, es habitual detectar una huella viral, en forma de anticuerpos, en ausencia de signos o síntomas de enfermedad y a menudo en ausencia de ARN viral [63]. Las seroencuestas estratégicas y generalizadas de seres humanos que utilizan muestras recogidas después de 2012 son infrecuentes. Gran parte de la Península Arábiga y todo el Cuerno de África carecen de datos de referencia que describan la proporción de la comunidad que puede haber sido infectada por un MERS-CoV. Sin embargo, las seroencuestas han tenido un uso Debido a la identidad compartida entre DC y el MERS-CoV humano (ver epidemiología molecular: utilizando genomas para entender brotes), los ensayos serológicos para las seroencuestas de DC deben ser transferibles al cribado humano con una reconfiguración mínima. Además, no se ha encontrado ninguna variación diagnóstica relevante en la actividad de neutralización entre una gama de aislados y seras testados de MERS-CoV circulantes, por lo que los seroensayos de virus enteros o específicos basados en proteínas deben funcionar de manera equivalente en la detección de respuestas serológicas al serotipo único de MERS-CoV [49]. El desarrollo de ensayos serológicos robustos requiere paneles confiables de sueros animales o humanos bien caracterizados, incluidos los positivos para anticuerpos específicos del MERS-CoV, así como para fuentes probables de reacción cruzada [64]. La obtención de estos materiales fue problemática y enlenteció el desarrollo y comercialización de ensayos de detección de anticuerpos para ensayos humanos [64]. Se han liberado varios kits comerciales de ELISA, kits de ensayos inmunofluorescentes (IFA), proteínas recombinantes y anticuerpos monoclonales [31, [65] [66] [68]. Inicialmente, se utilizaron IFAs convencionales para seroencuestas humanas. Estos se basaron en el cultivo celular infectado por MERS-CoV como fuente de antígeno, detectando la presencia de anticuerpos humanos anti-MERS-CoV IgG, IgM o neutralizantes en muestras humanas [18, 48, 69]. No se encontró ningún signo de anticuerpos MERS-CoV entre 2.400 sueros de pacientes que visitaron el Hospital de Jeddah, desde 2010 hasta 2012, antes de la descripción de MERS-CoV [18]. Los métodos IFA tampoco detectaron ningún signo de infección previa por MERS-CoV entre una pequeña muestra de 130 donantes de sangre sanos de otro hospital de Jeddah (recogida entre enero y diciembre de 2012) [70]. De 226 trabajadores del matadero, sólo ocho (3,5%) fueron positivos por IFA, y los sueros no pudieron ser confirmados por la prueba de neutralización del virus (NT). El estudio indicó que HCoV-HKU1 era una fuente probable de antígenos de reacción cruzada en todo el virus IFA [70]. El virus completo MERS-CoV IFA también sufrió alguna reactividad cruzada con el SRAS convaleciente sera y esto no pudo resolverse mediante una prueba de NT que también fue reactiva [71]. La IFA utilizando proteínas recombinantes en lugar del virus entero IFA, ha demostrado ser una herramienta más específica [31]. Dado que se han postulado zoonosis asintomáticas [72], la ausencia de anticuerpos contra el MERS-CoV entre algunos humanos que tienen contacto regular y estrecho con camellos puede reflejar la rareza de animales infectados activamente en carnicerías, un riesgo de transmisión limitado asociado con DCs de sacrificio [70], un estado inmune cruzado de protección preexistente o algún otro factor(s) que resulta en un bajo riesgo de enfermedad y seroconversión concurrente que se desarrolla después de la exposición en este grupo. IFA usando proteínas recombinantes en su lugar. Algunos seroensayos han pasado por alto los riesgos de trabajar con virus infecciosos al crear células transfectadas que expresan porciones recombinantes de las proteínas nucleocápsidas y punzantes del MERS-CoV [48, 73], o utilizando un lentivirus recombinante que expresa la proteína de pico del MERS-CoV Un ensayo de pseudoneutralización de partículas (ppNT) ha sido ampliamente utilizado en estudios en animales y fue al menos tan sensible como la prueba tradicional de microneutralización (MNT). [10, 74, [76] [77] [78] ] Los estudios que utilizaron pequeños números de muestra y ppNT no encontraron evidencia de anticuerpos neutralizantes MERS-CoV en sueros de 158 niños con infecciones de LRT entre mayo de 2010 y mayo de 2011, 110 sera de 19 a 52 años de edad donantes de sangre masculina y 300 trabajadores autoidentificados de animales de la Región Jazan de la KSA durante 2012 [79, 80]. Del mismo modo, un estudio de cuatro pastores en contacto con una manada infectada de DC en Al-Ahsa, ocho personas que tenían contacto intermitente con la manada, 30 veterinarios y personal de apoyo que no estaban expuestos a la manada, tres trabajadores de mataderos no protegidos en Al-Ahsa y 146 controles que no estaban expuestos a DC en ningún rol profesional, no encontró ninguna evidencia serológica de infección por MERS-CoV en el pasado utilizando el ensayo ppNT [10]. Un retraso en la respuesta de anticuerpos neutralizantes a la infección por MERS-CoV se asoció con un aumento de la gravedad de la enfermedad en los casos de Corea del Sur con la mayoría de las respuestas detectables en la tercera semana de enfermedad, mientras que otros, aunque la enfermedad era grave, no respondieron durante cuatro o más semanas [81]. Las implicaciones para nuestra capacidad de detectar cualquier respuesta en casos leves o asintomáticos no fueron exploradas, pero Un brote jordano de TRT aguda en un hospital en 2012 se encontró retrospectivamente asociado a la infección por MERS-CoV, utilizando inicialmente RT-rtPCR, pero posteriormente, y en una escala mayor, a través de la positividad por ELISA y la prueba IFA o MNT. [46, 82, 83] Este brote fue anterior al primer caso de MERS en la KSA. La ELISA utilizó una proteína nucleocápsida recombinante del grupo 2 betacoronavirus bat-CoV HKU5 para identificar anticuerpos contra la proteína MERS-CoV reactiva equivalente [71]. Se validó utilizando 545 sera recolectada de personas con HCoV-OC43, HCoV-229E, SARS-CoV, HCoV-NL63, HRV, HMPV o influenza A(H1N1), pero fue supuestamente menos específica que la I También se consideró una herramienta aplicable para el cribado de grandes números de muestra [82]. Un microarray de proteína que expresa la subunidad de proteína S1 ha sido validado y ampliamente utilizado para las pruebas de DC [5, 84]. Detección de infección por MERS-CoV usando microarray de proteína ELISA o S1 [84] suele ser seguido por IFA confirmatoria y/ o una neutralización de reducción de placa (PRNT) [69, 70, 85] o MNT test. [74, 85, 86] Este proceso confirmatorio tiene como objetivo asegurar que los anticuerpos detectados sean capaces de neutralizar específicamente el virus previsto y no sean más ampliamente reactivos a otros coronavirus encontrados en DCs (coV bovina, BCoV) o humanos (HCoV-OC43, HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoV-HKU1, SARS En el estudio más grande de sueros humanos, un proceso de diagnóstico escalonado asignó tanto el SERA positivo recombinante como el SERA ELISA recombinante a la seropositividad 'etapa 1'. Un resultado seropositivo en estadio 2 requirió además un resultado PRNT adecuadamente titulado [87]. El estudio encontró que 15 SERA recolectados en 2012 a 2013 de 10.009 (0,2%) personas en 13 provincias KSA contenían anticuerpos MERS-CoV, pero proporciones significativamente mayores en se produjeron en pastores de camellos (dos de 87; 2,3 %) y trabajadores de mataderos (cinco de 140; 3,6 %) [87]. Se necesitan encuestas contemporáneas. MERS-CoV no parece ser fácilmente transmitido de DCs a los seres humanos, o tal vez es [72], pero generalmente no desencadena una respuesta inmune detectable si sólo se producen enfermedades leves o infecciones asintomáticas. Los ensayos serológicos necesitan una validación adicional en esta área, por lo que es necesario tener cuidado al trasladar algoritmos de serología diagnóstica de reciente desarrollo de un entorno de investigación a uno que informe las decisiones de salud pública, lo que se reforzó cuando un caso falso positivo en EE.UU., supuestamente infectado después de un apretón de manos y dos reuniones cara a cara, no resistió más análisis confirmatorios utilizando un ensayo NT más específico y posteriormente se retractó [88, 89]. La OMS recomienda tomar muestras de la TRL para las pruebas RT-rtPCR del MERS-CoV, especialmente cuando la recolección de muestras se retrasa una semana o más después del inicio de los síntomas. [53] Las muestras de TRL también son mejores para intentar aislar el virus infeccioso, aunque el éxito del cultivo se reduce cuando persiste la enfermedad [49]. Los tipos de muestras recomendados incluyen lavado broncoalveolar (BAL), aspirado traqueal/traqueobronquial, líquido pleural y esputo [53, 90]. Las muestras frescas arrojan mejores resultados diagnósticos que el material refrigerado [69] y si es probable que se produzcan retrasos en las pruebas de ≥72 h, las muestras (excepto sangre) deben congelarse a −70°C [90]. Si se dispone de ellas, también se pueden realizar biopsias pulmonares o tejidos de autopsia [53]. Sin embargo, la TRU es un lugar de muestreo menos invasivo y más conveniente, y se recomienda un hisopo orofaríngeo y de garganta o un aspirado/lavado nasofaríngeo cuando se va a realizar el muestreo de TRU [90]. Los sueros emparejados, recogidos de dos a tres semanas de diferencia son preferibles para las pruebas serológicas, mientras que se sugiere que una muestra única sea suficiente si se recogen dos semanas después de la aparición de la enfermedad o un único suero recogido durante los primeros 10-12 días si se realiza RT-rtPCR [53, 90]. Se ha encontrado que la orina y las heces humanas contienen ARN MERS-CoV 12 a 26 días después de la aparición de los síntomas [25, 69, 91] y se enumeran como muestras que deben considerarse [53, 90]. En dos casos que llegaron a los Países Bajos, la orina fue RT-rtPCR negativa pero las heces fueron débilmente positivas y los sueros fueron RT-rtPCR positivos durante cinco días o más [25]. El hallazgo de ARN viral MERS-CoV en el suero proporciona una vía para estudios retrospectivos basados en PCR La ARNemia también puede correlacionarse con la gravedad de la enfermedad; los signos de virus fueron eliminados del suero de un paciente recuperado, pero se mantuvo hasta la muerte de otro [92]. Los casos de sospecha clínica de MERS pueden devolver resultados negativos por RT-rtPCR. Los datos han demostrado que una o más muestras de URT negativas pueden ser contradichas mediante un muestreo adicional de URT o el uso de muestras de LRT, lo que se prefiere [2, 43, 93]. En la LRT se producen cargas virales más altas que en la URT. [22, 69, 88, 94] Esto concuerda con la observación de que la mayoría de los síntomas de la enfermedad se reportan como enfermedad sistémica y LRT [21]. Sin embargo, en ocasiones incluso los especímenes de LRT de los casos de MERS pueden ser inicialmente negativos, sólo para más tarde ser positivos por RT-PCR [95 Esto puede deberse a una mala toma de muestras cuando la tos está ausente o no es productiva o porque la carga viral es baja [95]. A pesar de esto, tanto los mayores estudios de MERS-CoV humanos [32, [96] [97] [98] y los más pequeños [22, 25, 99], utilizan muestras de la URT. Cabe destacar que un estudio reportó una asociación entre cargas más altas en la URT y peores resultados clínicos incluyendo cuidados intensivos y muerte [94]. Al escribir, no existen datos humanos para definir si el virus se replica única o preferentemente en la LRT o URT, o réplicas en otros tejidos humanos in vivo, aunque el ARN MERS-CoV se ha detectado tanto de la URT como de la LRT en un modelo de mono macaco [100].La distribución de DPP4 en las vías respiratorias superiores humanas tampoco está bien descrita. Los estudios individuales de casos humanos reportan largos periodos de eliminación viral, a veces intermitentes y no necesariamente relacionados con la presencia de síntomas de la enfermedad. [25, 69, 99, 101] En un caso, un HCW arroja ARN viral durante 42 días en ausencia de enfermedad [99]. Es un área de alta prioridad para entender mejor si estos casos son capaces de infectar a otros. Más de tres cuartas partes de los casos de MERS arrojan ARN viral en sus muestras de TL (aspirados traqueales y esputo) durante al menos 30 días, mientras que sólo el 30 % de los contactos seguían arrojando ARN en sus muestras de TRU [91, 102]. En el único estudio para examinar el efecto del tipo de muestra en el análisis molecular, se examinaron 64 aspirados nasofaríngeos (ANP; una muestra de TRU), 30 aspirados traqueales, 13 Los aspirados traqueales y el BAL devolvieron los valores de carga viral más altos seguidos por el NPA y el esputo. Como era de esperar, las cargas virales más altas generalmente coincidían con la secuenciación del genoma completo y el éxito del cultivo y, en las pruebas del NPA, estaban significativamente correlacionadas con enfermedades graves y muerte [49, 94, 103]. Este estudio demostró la importancia del muestreo de LRT para la secuenciación del genoma completo. Cuando se probó, las muestras positivas para el MERS-CoV a menudo son negativas para otros patógenos [25, 93, 104]. Sin embargo, muchos estudios no mencionan pruebas adicionales para virus respiratorios humanos endémicos [21, 23, 73, 105]. Cuando se buscan virus, se han incluido el herpesvirus humano (VHH), los rinovirus (VHR), los enterovirus (VVV), el virus sincitial respiratorio (VRS), el virus parainfluenzavirus tipos 1, 2 y 3 (VIP), los virus de la gripe (VFI), los HCoV endémicos, los adenovirus (VCD) metapneumovirus (VPM) y el virus influenza A\H1N1; en ocasiones se han encontrado codetecciones con MERS-CoV [2, 22, 37, 69, 97]. A veces se incluyen pruebas bacterianas (por ejemplo, para Legionella y Pnemocococcus), pero el impacto de la copresencia bacteriana tampoco está claro [22, [104] [105] [106]. Otras pruebas de la muestra de TRL del primer caso del MERS utilizaron IFA para detectar algunos virus (negativos para IFV, PIV, RSV y AdVs) y RT-PCR para otros (negativos para AdV, EV, MPV y HHVs) [18]. RT-PCR también detectó MERS-CoV. La OMS recomienda encarecidamente pruebas para otros patógenos respiratorios [53] pero con esta recomendación a menudo descontada, hay datos limitados para abordar la ocurrencia y el impacto de coinfecciones o diagnósticos virales alternativos entre ambos casos del MERS y sus contactos. Poco se sabe de otras causas de neumonía similar al MERS en el KSA o de la carga general de enfermedad debido a los virus respiratorios clásicos conocidos. Pruebas de peregrinos adultos que realizan el Hajj en 2012 a 2014 no ha detectado ningún MERS-CoV. En 2012, se realizaron pruebas de hisopos nasales de 154 peregrinos recogidos antes de partir hacia el KSA o partir de él [47]. En 2013, las pruebas se ampliaron significativamente con 5.235 hisopos nasofaríngeos de 3.210 peregrinos entrantes y 2.025 hisopos de peregrinos salientes probados [98]. Cabe señalar que la mayoría de los peregrinos llegaron de países libres de MERS. Se tomaron otros 114 hisopos de peregrinos con enfermedad similar a la gripe [96, 107]. En reuniones anteriores del Hajj, se descubrió que los virus de la gripe circulaban ampliamente, mientras que otros virus, a menudo rinovirus, circulaban de manera más selectiva, interpretando que indicaban su importación junto con peregrinos extranjeros [107] [108] [108] Con el tiempo, el aumento de la vacunación contra la gripe se ha acreditado como una disminución de la prevalencia de enfermedades similares a la gripe entre los peregrinos [110] A menudo no se recoge una muestra de TRL para estos estudios [98, 107, 109], por lo que los hallazgos negativos falsos son una posibilidad, aunque poco se sabe sobre el sitio inicial de infección y replicación del MERS-CoV; se puede haber supuesto que fue la TRL porque la enfermedad se notó por primera vez allí, pero la TRL puede ser el lugar de la replicación más temprana. En Jeddah entre marzo y julio de 2014 (en adelante, el brote de Jeddah-2014; Fig. 3 ), hubo un rápido aumento en los casos del MERS, acompañado de un intenso cribado; aproximadamente 5.000 muestras de dentro y alrededor de la región se probaron en un mes, produciendo alrededor de 140 detecciones del MERS-CoV (prevalencia ~3 %) [111]. Entre los 5.065 individuos muestreados y analizados en la KSA entre octubre de 2012 y septiembre de 2013, se realizaron 108 (2,1%) detecciones en una población hospital-céntrica que incluyeron casos hospitalizados (n = 2.908; 57,4 %), sus familias (n = 462; 9,1 %) y HCW asociados (n = 1.695; 33,5 %) [32]. Entre las detecciones, 19 (17,8 %) eran HCW y 10 (9,3 %) eran contactos familiares [32]. La prevalencia del 2-3 % de infecciones activas por MERS-CoV no es diferente a la prevalencia hospitalaria de otras COV humanas. [112] Sin embargo, la proporción de muertes entre los infectados por MERS-CoV es mucho mayor que la conocida por los HCoV NL63, HKU1, 229E u OC43 en otros países, e incluso superior a la de SRAS-CoV; no es un virus que pueda razonablemente ser descrito como una "tormenta en una taza de té". Es la baja tasa de transmisión que ha evitado la propagación mundial, a pesar de muchas "oportunidades". Muy temprano en el brote de MERS, algunos animales fueron altamente considerados como el reservorio o huésped(s) intermedio(s) de MERS-CoV con tres de los cinco primeros casos que tuvieron contacto con DCs [73, 113, 114]. Hoy en día, las infecciones por MERS-CoV animales deben ser reportadas a la organización mundial para la salud animal como una enfermedad emergente [115]. Un resumen de los primeros casos de MERS reportados por la OMS definió el contacto animal con humanos como directo y dentro de los 10 días previos al inicio de los síntomas [20]. Esta definición no permitió específicamente la adquisición de DCs a través de una vía basada en gotitas, que es muy probable que sea la vía de adquisición de un virus que inicialmente y predominantemente causa enfermedad respiratoria [23]. Se sabe que los camellos producen altos niveles de ARN MERS-CoV en su URT y pulmones [116]. Proporcionando apoyo para una vía de transmisión de gotitas y tal vez indicando la presencia de ARN en núcleos más pequeños y secos de gotitas, se identificó ARN MERS-CoV en una muestra de aire de alto volumen recogida de un granero que alberga un DC infectado [117]. La fuente precisa de la que los humanos adquieren MERS-CoV sigue siendo poco estudiada pero parece probable Estos factores pueden resultar importantes para los casos humanos que no describen ningún contacto DC [119] ni ningún contacto con un caso confirmado. Si la definición de contacto con animales de la OMS es suficiente para identificar la exposición a este virus respiratorio no está clara. La formulación se centra en el consumo de productos DC, pero no atribuye específicamente el riesgo a una vía de gotitas para la adquisición de MERS-CoV desde DC [120]. Algunos pacientes MERS se enumeran en los avisos de enfermedad de la OMS como próximos a los DCs o granjas, pero los individuos no han descrito entrar en contacto con los animales. No se reporta ninguna vía alternativa para adquirir infección en muchos de estos casos. Lo que constituye una definición de "contacto" durante estas entrevistas se ha definido para un estudio [72]. A pesar de esta falta de claridad, la OMS considera que la evidencia que vincula la transmisión de MERS-CoV entre DCs a humanos es irrefu La posibilidad de que los murciélagos fueran un huésped animal de MERS-CoV fue ampliamente discutida inicialmente debido a la diversidad existente de coronavirus conocidos por residir entre ellos [121] [122] [123]. Evidencia concluyente que apoya a los murciélagos como fuente de infecciones humanas por MERS-CoV todavía no se ha encontrado, pero los murciélagos parecen albergar a los representantes ancestrales [53, 125]. Sin embargo, estas no son variantes del mismo virus ni siempre dentro del mismo linaje filogenético que MERS-CoV; cada uno son un virus genéticamente distinto. La infección de murciélago a humano por MERS-CoV es un evento puramente especulativo. La única pieza de evidencia específica del MERS-CoV que apunta a los murciélagos se origina en la amplificación de un fragmento de 190 nt del gen ARN dependiente de la polimerasa del genoma del MERS-CoV, identificado en un pellet fecal de un murciélago insectívoro Emballonuridae, Taphozous perforatus encontrado en Bisha, el KSA [121]. Aunque muy corta, la secuencia del fragmento lo definió como un descubrimiento diagnóstico. Posteriormente se informó de un enlace a los DC [85] y ese enlace ha madurado en una asociación verificada [38, 126] (Fig. 4). (Véase la figura en la página anterior.) Fig. 3 Detecciones mensuales de MERS-CoV (barras azules) y de casos que murieron (barras rojas) con algunas fechas de interés marcadas para 2012 al 4 de septiembre de 2015. Se indica una aproximación de cuando la estación de parto DC [128] y cuando los DC recién nacidos son destetados. La primavera (verde) y el verano (naranja) en la Península Arábiga también están sombreados. Tenga en cuenta la escala del eje y de la izquierda para 2014 y 2015 que es mayor que para 2012/13. Fuentes de estos datos públicos incluyen la OMS, Ministerios de Salud y FluTrackers [207] [209] [209]. Versiones anteriores y posteriores de este gráfico se mantienen en un blog personal [210]. Modificado y reimpreso de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio de Oriente Medio: Una infección por coronavirus emergente rastreada por la multitud. Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con permiso de Elsevier [5] Los DCs, que constituyen el 95 % de todos los camellos, tienen una presencia central en la El contacto puede ser común y puede ocurrir de diversas maneras (Fig. 4a). Hay varios grandes festivales, razas, ventas y desfiles bien atendidos que cuentan con DCs y DCs también son mantenidos y criados cerca de áreas pobladas en el KSA [127, 128]. La leche y la carne DC son ampliamente consumidas y el DC más viejo es un animal de importancia ritual después de la peregrinación del Hajj [129]. Sin embargo, la frecuencia de infección del MERS-CoV es mucho menor que el hábito generalizado y frecuente de comer, beber y preparar productos DC. La ingestión diaria de leche DC fresca no pasteurizada es común entre los beduinos del desierto y muchos otros en el KSA. La orina DC también se consume o se utiliza para supuestos beneficios para la salud. A pesar de que la carnicería de camellos es una ocupación local, ni los carniceros ni otros grupos en riesgo son identificables entre los casos de MERS; esto puede ser simplemente un problema de información en lugar de una ausencia inexplicable de MERS. Un pequeño estudio de casos y controles publicado en 2015 identificó el contacto directo con la DC, y no la ingestión de productos, para estar asociado con la aparición de MERS [38]. La primera investigación sero-encuesta de ganado que vive en la región de Oriente Medio se llevó a cabo durante 2012-2013 [85]. Los DCs fueron muestreados a partir de una manada de canarios nacidos principalmente y de DCs omaníes (originalmente importados del Cuerno de África) [85]. b Las infecciones de camello a humano parecen ser poco frecuentes, mientras que la propagación de la infección de ser humano a ser humano se ve facilitada regularmente por una CIP deficiente en los entornos de salud donde se amplifica la transmisión, lo que explica la mayor parte de los casos. Hay casos de MERS humanos que no entran en ninguna de las categorías de origen y no está claro si estas infecciones adquiridas a través de alguna vía totalmente separada, o de casos que escaparon al diagnóstico. c Las formas hipotéticas en las que la subclínica (cuando la infección puede no alcanzar un umbral clínico previamente definido de signos y/o síntomas) o asintomáticas (sin signos obvios ni medidos, observados o recordados de enfermedad) la infección por MERS-CoV puede estar implicada en la transmisión DC sera podría neutralizar MERS-CoV mientras que todas las seras DC de Omán tenían niveles elevados de anticuerpos neutralizantes específicos de MERS- Desde este estudio, una serie de informes revisados por pares han analizado tanto a los DCs como a otros animales, y la posibilidad de que puedan albergar la infección por MERS-CoV. Se han encontrado DCs seropositivos en toda la Península Arábiga, incluyendo Omán, la KSA, Qatar, Jordania, los Emiratos Árabes Unidos (EAU), Kuwait así como Sudán, Somalia, Egipto, Túnez, Nigeria, Kenia y Etiopía en África y las Islas Canarias [85, [130] [133] [133] [134]. Otros animales probados incluyen ovejas, vacas, cerdos, caballos, burros, mulas, aves, búfalos acuáticos, cabras, camellos bactrianos, llamas y guanacos (camélidos suramericanos) pero ninguno tenía anticuerpos neutralizantes detectables contra MERS-CoV [4, 74, 78, 85, 86, 135, 136]. No se han notificado hasta la fecha estudios de virología o serología de muestras humanas procedentes de zonas de África donde hay camellos con antecedentes de MERS-CoV. Sin embargo, la ausencia de neumonía inexplicable que pueda atribuirse a la infección por MERS-CoV puede no indicar la ausencia de virus entre los seres humanos en cada país, sino simplemente reflejar la falta de costosos estudios de epidemiología realizados por países pobres en recursos. Por lo tanto, no está claro si el MERS-CoV, o una CoV relacionada con antígenos, es un patógeno no reconocido en estas regiones, quizás circulando durante más tiempo del que se ha conocido en la Península Arábiga [133]. El ARN del MERS-CoV también se ha detectado en muestras de DC, y también se ha logrado la recuperación del virus infeccioso a partir de muestras de DC [4, 77, 117, 132, [137] [139] De algunos de ellos, se han secuenciado genomas completos o mayoritarios de MERS-CoV [77, 137, 138]. Las versiones DC de MERS-CoV fueron tan similares entre sí, como las variantes detectadas de diferentes seres humanos a lo largo del tiempo y a lo largo de la distancia. Los ensayos de detección de anticuerpos anticuerpos también han detectado anticuerpos cruzados en sera. Estos se identificaron como tales mediante la detección de sera contra virus similares, por ejemplo BCoV o HCoV-OC43 (como facsímil antigénico para BCoV). Es posible que otros virus similares a MERS-CoV también residan dentro de los DCs, pero esto no menoscaba el hallazgo definitivo de secuencias genéticas de MERS-CoV tanto en DCs como en humanos [117, 142, 143]. Los estudios de detección han demostrado que los DC juveniles son más a menudo positivos para el virus o el ARN viral, mientras que los DC mayores son más propensos a ser seropositivos y ARN o virus negativos [76, 77, 144]. En los DC adultos, se ha detectado ARN MERS-CoV entre animales con anticuerpos preexistentes, lo que sugiere que es posible la reinfección [77, 144]. Las cargas virales entre DC positivos pueden ser muy altas [4, 76, 77, 139, 144] y DCs se han encontrado positivos tanto cuando están enfermos con signos respiratorios de TRU [77, 117, 142, 145] o cuando aparentemente sanos [137]. Estos hallazgos indican que los DCs hospedan infecciones naturales MERS-CoV. Además, los sera DC almacenados han revelado signos de MERS-CoV en DCs que datan de hace más de tres décadas (los más tempranos Los sera más viejos no han sido probados y, por lo tanto, cuánto tiempo los DC han sido afectados por MERS-CoV, si el virus es enzoótico entre ellos, introducidos hace décadas o siglos de murciélagos en África o la Península Arábiga, o son objeto de incursiones virales regulares pero de corta duración de un huésped aún desconocido, no pueden ser respondidos. Los investigadores buscaron determinar una dirección para la infección; estaban los DC transmitiendo virus a los seres humanos o estaban los humanos infectando DC? En un sitio de Qatar, un propietario de una granja y su empleado se enfermaron a mediados de octubre de 2013 y dieron positivo para el ARN MERS-CoV en una muestra de esputo y hisopos de garganta, respectivamente. RT-rtPCRs encontró MERS-CoV ARN en 11 de 14 hisobas nasales de DC positivas en la granja; seis (43 %) positivos Los resultados indicaron que se había producido un brote reciente en este rebaño; la primera indicación de ARN MERS-CoV encontrado en DCs con una asociación temporal a infecciones humanas; tres muestras de DC positivas fueron confirmadas por secuenciación de una porción de 358 nt del gen de la espiga; estas secuencias eran idénticas unas a otras, de nuevo con homología cercana a otras secuencias humanas y DC MERS-CoV [138]. Los DCs y contactos humanos produjeron secuencias ORF1a y ORF4b que diferían por un solo nucleótido cada una, agrupando estrechamente con la variante Hafr-Al-Batin_1_2013 [138]. Estudios de casos posteriores encontraron evidencia de una infección humana y DC concurrente y la dirección de esa infección fue inferida a partir de los DCs enfermos y a sus propietarios humanos [117, 142, 146]. Las secuencias del genoma parcial indicaron que un humano y un DC positivo de la RT-RTPCR del MERS-CoV habían sido infectados por una variante del mismo virus, albergando el mismo patrón distinto de polimorfismos de nucleótidos. [142] Todos los nueve DC en la manada del propietario, muestreados en serie, reaccionaron en un antígeno S1 recombinante ELISA, con los dos animales que habían sido positivos de la RT-rtPCR mostrando un pequeño aumento verificable del título de anticuerpos [142]. Un aumento del título teóricamente comienza 10 a 21 días después de la infección de la DC [142]. Los autores sugirieron que el aumento del título en la suera de la DC que ocurrió junto con una disminución de la carga de ARN, mientras que el paciente estaba activamente enfermo y hospitalizado, indicó que los DC fueron infectados primero seguidos por el propietario [117, 142]. Los anticuerpos BCoV también estuvieron presentes, y aumentaron en uno de los dos animales positivos RT-rtPCR, pero ninguno de ellos pudo neutralizar la infección BCoV [142]. La temporada de parto en camellos se produce en los meses de invierno (entre finales de octubre y finales de febrero; Fig. 3 ) y este puede ser un momento en el que existe un mayor riesgo para los seres humanos de derrames debido a nuevas infecciones entre las poblaciones de DC ingenuas [128]. ¿Qué papel podría desempeñar el anticuerpo de camello materna en el retraso de la infección de terneros sigue siendo desconocido [128, 142]. Los DC juveniles parecen tener una infección activa con más frecuencia que los DC adultos y, por lo tanto, el sacrificio de los DC, que debe ser de cinco años de edad o más (llamados a thane), puede no ir acompañado de un riesgo significativo de exposición a la infección. A diferencia de los resultados anteriores, los trabajadores de los mataderos que matan tanto a los DC más jóvenes como a los más viejos, pueden ser un grupo ocupacional con una incidencia significativamente mayor de seropositividad a la MERS-CoV cuando los animales tienen infecciones activas por MERS-CoV [129, 139, [147] [148] [149]. Las investigaciones virológicas ampliadas de los DC africanos pueden dar lugar a animales más seropositivos y zonas geográficas en las que los seres humanos pueden estar en riesgo. Es posible que haya zonas en las que los seres humanos ya albergan infecciones por MERS-CoV que no se han identificado debido a la ausencia de vigilancia de laboratorio. Las investigaciones virológicas de los murciélagos pueden dar lugar a hallazgos de virus ancestrales y "eslabones de pérdida viral" e identificar cualquier otra fuente animal de propagación zoonótica es importante para informar opciones para reducir la exposición humana [56, El MERS-CoV infeccioso añadido a la leche de CC, cabra o vaca y almacenado a 4 °C podría recuperarse al menos 72 h más tarde y, si se almacena a 22 °C, la recuperación fue posible hasta 48 h [150]. El título de MERS-CoV disminuyó un poco cuando se recuperó de la leche a 22 °C, pero la pasteurización completamente ablada Infectividad MERS-CoV [150]. En un estudio posterior, se identificó ARN MERS-CoV en la leche, secreción nasal y heces de DCs de Qatar [151]. Un estudio único ha examinado la capacidad de MERS-CoV para sobrevivir en el medio ambiente [150]. Las superficies plásticas o de acero fueron inoculadas con 10 6 TCID 50 de MERS-CoV a diferente temperatura y humedad relativa (RH) y se A alta temperatura ambiente (30°C) y a baja RH (30 %) MERS-CoV permaneció viable durante 24 h [150]. En comparación, un virus respiratorio bien conocido y eficientemente transmitido, el virus influenza A, no pudo recuperarse en cultivo más allá de cuatro horas bajo ninguna condición [150]. Los experimentos de Aerosol encontraron que la viabilidad del MERS-CoV sólo disminuyó un 7 % a baja RH a 20°C. En comparación, el virus influenza A disminuyó un 95 % [150]. La supervivencia del MERS-CoV es inferior a la demostrada previamente para el SARS-CoV [152]. En el contexto, las bacterias patógenas pueden permanecer viables y en el aire durante 45 minutos en un aerosol tosido y pueden propagarse 4 m. La capacidad de MERS-CoV para permanecer viable durante largos períodos de tiempo le da la capacidad de contaminar completamente las superficies de Se desconoce si el MERS-CoV puede permanecer a la deriva e infeccioso durante períodos prolongados (verdaderamente aerotransportado) y si estos hallazgos amplían nuestra comprensión de las posibilidades de que las gotitas transmitan virus respiratorios en muchos entornos, incluyendo salas de espera hospitalarias, departamentos de emergencia, salas de tratamiento, instalaciones de cuidados intensivos abiertos y salas privadas de pacientes. La naturaleza y calidad del intercambio de aire, circulación y filtración son variables importantes en la medición y reducción del riesgo, así como el uso de salas de presión negativa para contener casos conocidos. Se considera que la propagación de la gota entre humanos es el mecanismo de transmisión humana a humana y se hizo hincapié en la necesidad de precauciones de las gotas después del hospital Al-Ahsa, la KSA y los brotes de Corea del Sur [21, 23, 154, 155]. La provisión de pruebas que apoyen la mejor formulación de equipos de protección personal para ser usados por los HCW que reciben, manejan o realizan procedimientos en casos infecciosos sigue siendo una prioridad. MERS-CoV fue encontrado y caracterizado por su aparente asociación con enfermedades graves, y por lo tanto más obvias, en humanos; éramos canarios en la mina de carbón. Seroensayos y estudios prospectivos de cohortes todavía no han determinado hasta qué punto los casos más leves o asintomáticos contribuyen a las cadenas de transmisión de MERS-CoV. Sin embargo, la transmisión de MERS-CoV se define como esporádica (no sostenida), intrafamiliar, a menudo asociada a la atención médica, ineficiente y que requiere contacto cercano y prolongado [22, 31, 63, 93, 97, 102, 156] En un estudio doméstico, 14 de 280 (5 %) contactos de 26 pacientes con índice positivo de MERS-CoV eran ARN o anticuerpos positivos; la tasa de transmisión general, incluso en brotes es de alrededor del 3 % [31]. Parece que la mayoría de los casos humanos de MERS-CoV, incluso cuando los números parecen aumentar repentinamente, no transmiten fácilmente a más de otro humano hasta la fecha, la epidemia localizada de MERS-CoV no ha sido autosostenible [157] [159] [160] [161]. Es decir, el número básico de reproducción (R 0 ) -el número medio de infecciones causadas por un individuo infectado en una población totalmente susceptible ha estado cerca de uno en varios grupos y brotes. Si R 0 era mayor que 1, se esperaría un aumento sostenido en el número de casos. Algunos cálculos de R o pueden verse afectados por el rastreo incompleto de los contactos de casos, pruebas comunitarias limitadas y cómo se define un caso. El MERS ha tenido una presencia constante en la Península Arábiga desde 2012 se debe a los eventos de derrames esporádicos en curso de DCs amplificados por brotes hospitalarios mal controlados. En marcado contraste, una seroencuesta de HCW que a veces estaba en contacto cercano y prolongado con el primer caso fatal de MERS-CoV en 2012 [162], encontró que ninguno de los HCW se había seroconvertido cuatro meses más tarde, a pesar de la ausencia de protección ocular y el cumplimiento variable de los estándares requeridos de EPP [162]. Al principio de la historia del MERS, las muestras para la prueba fueron recolectadas principalmente de pacientes con enfermedad grave y no de aquellos con infecciones respiratorias agudas más leves. Los contactos de los casos confirmados de MERS fueron a menudo observados para enfermedad clínica, pero no probados. Estas omisiones pueden haber confundido nuestra comprensión de la transmisión del MERS-CoV y sesginar los datos tempranos hacia un mayor número de pacientes gravemente enfermos y hospitalizados, inflando la aparente proporción de casos mortales. A medida que cambiaban los paradigmas de las pruebas y se hacían cada vez más pruebas de los contactos, se reconocían infecciones más asintomáticas y leves [163]. Un aumento en los casos llamados asintomáticos (que amplían el denominador para los cálculos de la proporción de casos mortales, definida en [164] ) dio lugar a una disminución en la proporción de casos mortales durante el brote de Yeddah-2014. Históricamente, tales aumentos son consistentes con la modificación de las definiciones y respuestas de laboratorio y el manejo clínico de una infección por virus recién descubierta que se observó por primera vez sólo entre los enfermos graves. Tras el seguimiento, más de tres cuartas partes de esas personas positivas del ARN del MERS-CoV recordaron haber tenido uno o más síntomas en ese momento, a pesar de que se notificó como asintomática [165], planteando alguna pregunta sobre la fiabilidad de otros datos Aproximadamente el 43 % de los casos MERS (549 de 1277) en la KSA fueron mortales entre 2012 y diciembre de 2015, mientras que el 21 % (72 de 330) fallecieron entre los que se produjeron fuera de la KSA. El número total de casos masculinos siempre supera en número a las mujeres y la proporción de muertes masculinas es siempre mayor que la proporción de mujeres que mueren. Sin embargo, la proporción de muertes masculinas de varones totales con MERS es similar a la de las mujeres. En la KSA, hay una mayor proporción de varones más jóvenes entre los casos y muertes que se observaron en los brotes de Corea del Sur o Jeddah-2014 de 2015 (Fichero adicional 2: Figura S2 ). Por qué estos aspectos han diferido pueden deberse a diferencias en el tiempo de presentación y diagnóstico, la naturaleza y calidad de la atención de apoyo, la forma en que una persona se contagió (habita, exposición a una fuente humana o zoonótica, carga viral, vía de infección) o la medida en que las diferentes poblaciones se ven afectadas por enfermedades subyacentes [40]. Como grupo, los HCW representaron el 16 % de los casos de MERS en la KSA y Corea del Sur. Es evidente que la proporción semanal de HCW infectados aumenta junto con cada fuerte aumento en las detecciones generales (Fig. 5). En mayo de 2013, la OMS publicó directrices para IPC durante el cuidado de casos probables o confirmados de infección por MERS-CoV en un entorno sanitario [166]. Estos aumentos en las detecciones de MERS-CoV pueden disminuir la edad media durante cada evento debido a que los HCW son generalmente más jóvenes que los pacientes internados con MERS. Las instalaciones sanitarias han sido un objetivo regular de mejoras sugeridas para mejorar los procedimientos de prevención y control de infecciones (IPC) [115, 118]. La mayor parte del análisis de la genética MERS-CoV se ha realizado utilizando métodos de secuenciación de alto rendimiento o "profundo" para la deducción completa del genoma [167] [168] [169]. MERS-CoV fue el primer sujeto de un uso tan extendido de secuenciación profunda para estudiar un brote viral emergente con alcance global. La técnica puede producir genómica [207] [209]. Las versiones anteriores y posteriores de esta tabla se mantienen en un blog personal [210] cobertura de longitud en un solo experimento con medición altamente repetitiva de cada posición de nucle A pesar de los ensayos publicados al principio, la secuenciación subgenómica, una vez el pilar de los estudios de brotes virales, se ha publicado con menos frecuencia durante la caracterización de MERS-CoV [48]. A medida que se han caracterizado más genomas tanto de humanos como de DC, se han hecho evidentes dos clados; A y B (Fig. 6). Clade A contiene sólo genomas de MERS-CoV derivados del hombre de Jordania, mientras que Clade B comprende la mayoría de genomas humanos y de camellos deducidos hasta ahora [168]. Dos estudios durante 2015, uno mirando a variantes de Jeddah-2014 MERS-CoV y otro mirando a una variante exportada de Corea del Sur a China, ahora han identificado signos de recombinación genética entre variantes de MERS-CoV. Si bien las secuencias del genoma humano y del genoma entero de camello han conservado una identidad de >99 % entre sí, los miembros de linajes genéticamente distintos pueden intercambiar material genético y lo hacen cuando co-ocurren condiciones adecuadas y co-fecciones [170] [171] [172]. La identidad compartida implica que la principal fuente de adquisición humana es el DC, en lugar de otro animal, aunque se necesitan más pruebas de otras especies animales para confirmar esa conclusión. Durante un mes, un virus de DC secuenciado en diferentes ocasiones no cambió en absoluto indicando un grado de estabilidad genómica en su huésped, apoyando que los DC son el anfitrión natural, en lugar de intermedio, del MERS-CoV que conocemos hoy [77]. Hasta la fecha, la recombinación se ha localizado en puntos de ruptura cerca del límite entre las regiones ORF1a y ORF1b, dentro del gen de pico [170] No es inesperado que la recombinación se produzca ya que es bien conocida entre otras CoVs [124] y porque la mayoría de los genomas enteros del MERS-CoV recogidos a partir de muestras de tres años (2012-2015) y de seres humanos, camellos y diferentes países han mostrado una identidad genética cercana entre sí, con una variación sutil suficiente para apoyar investigaciones de brotes mientras se aplique la secuenciación del genoma completo [52, 77, 135, 138, 168, [173] [174] [175]. Los cambios en la secuencia del genoma pueden anunciar alteraciones en la transmisibilidad del virus, replicación, persistencia, letalidad o respuesta a medicamentos futuros. Si tenemos conocimiento previo del impacto de los cambios genéticos debido a estudios de caracterización exhaustivos, podemos establecer una estrecha relación genética entre las secuencias de nucleótidos del MERS-CoV (cargado desde GenBank utilizando los números de adhesión enumerados y Este árbol de unión vecino fue creado en MEGA v6 utilizando una alineación de las secuencias humanas y DCderivadas de MERS-CoV (Genious v8.1 [211] ). Clades se indican junto a barras verticales azules oscuras (Clade A) o pálidos (Clade B). Los iconos de camello denotan genomas de DC. Los brotes sanitarios o comunitarios se encajonan y etiquetan utilizando esquemas previamente descritos [212, 213] monitorean las regiones genómicas y entienden mejor cualquier cambio en la transmisión o patrones de enfermedad a medida que ocurren. Las mutaciones genéticas observadas durante el mayor de los brotes humanos, Jeddah-2014, no impartieron ningún cambio importante replicativo o inmunomodulador cuando se comparan con las variantes virales anteriores in vitro [156, 176]. Sin embargo, entendemos muy poco de los resultados fenotípicos que resultan del cambio genético sutil en Hasta la fecha no se ha informado de ninguna relevancia clínica ni de cambios in vivo evidentes en la replicación, eliminación o transmisión vírica, o se ha atribuido a mutaciones o a nuevos virus recombinantes [156]. Pero se necesitan vigilancia y estudios más grandes, contemporáneos e in vivo. La secuencia genomática localizada a un clado distinto se identificó a partir de un DC egipcio que probablemente fue importado de Sudán. Esto no encaja en ninguno de los clados actuales [125, 168, 177]. Un virus secuenciado a partir de un murciélago Neoromicia capensis estaba más estrechamente relacionado con el MERS-CoV que otras grandes secuencias derivadas de murciélagos habían estado hasta ese punto, pero el genoma de una variante de un MERS-CoV aún no se ha descubierto y deducido de cualquier murciélago [125]. Los análisis de genomas del MERS-CoV han demostrado que la mayoría de las diferencias nucleó 2), que codifica la proteína de pico y proteínas accesorias [168]. Al menos nueve genomas del MERS-CoV contenían sustituciones de aminoácidos en el dominio de unión a los receptores (RBD) de la proteína de pico y los codones 158 (región N-terminal), 460 (RBD), 1020 (en la repetición de heptad 1), 1202 y 1208 investigación de osos como marcadores de cambio adaptativo [140, 169]. La proteína de pico no había cambiado en el genoma recombinante del MERS-CoV identificado en China en 2015, pero se informó que había variado a un ritmo superior al de genomas completos del MERS-CoV, entre variantes surcoreanas [172, 178]. Esto destaca que las regiones subgenómicas pueden no siempre contener suficiente diversidad genética para ser útiles para diferenciar variantes virales. A pesar de esto, un ensayo que amplificaba un fragmento de nucleótido 615 del gen de dominio S2 de pico para la secuenciación de Sanger coincidió con los resultados generados por la secuenciación de algunos genomas completos y fue útil para definir grupos de secuencias adicionales [177]. La secuencia genómica también se puede utilizar para definir los límites geográficos de un cúmulo o brote y monitorear su progreso, basado en la similitud de las variantes encontradas entre humanos y animales infectados cuando ocurren juntos, o entre diferentes sitios y tiempos (Fig. 6 ) [169]. Este enfoque se utilizó al definir el brote de hospital MERS con limitaciones geográficas en Al-Ahsa, que ocurrió entre el 1 de abril y el 23 de mayo de 2013, así como los cúmulos en Buraidah y un brote comunitario en Hafr Al-Batin, el KSA. La secuenciación genómica identificó que aproximadamente 12 detecciones de MERS-CoV de un brote comunitario en Hafr Al-Batin entre junio y agosto de 2013 pudieron haber sido desencadenadas por un caso índice que se infectó a través del contacto DC [175]. La secuenciación de genomas de MERS-CoV del brote hospitalario de Al-Ahsa de 2013 indicó que múltiples variantes virales contribuyeron a los casos, pero que la mayoría fueron lo suficientemente similares entre sí como para ser consistentes con la transmisión humano-humana. La epidemiología molecular ha revelado enlaces ocultos en cadenas de transmisión que abarcan un período de hasta cinco meses [179]. Sin embargo, la mayoría de los brotes no han continuado durante más de dos a tres meses y por lo tanto las oportunidades para que el virus se adapte más a los seres humanos a través de la coinfección y el tránsito en serie sostenido han sido raras [169]. En Riad-2014, la evidencia genética apoyaba la probabilidad de múltiples introducciones externas de virus, implicando una gama de instalaciones de salud en un caso que de otro modo parecía contiguo [23, 168, 179]. Riad es un nexo para el viaje de camellos y humanos y ha tenido más casos MERS que cualquier otra región de la KSA hasta la fecha, pero también alberga una amplia gama de variantes MERS-CoV [128, 167, 179]. Sin embargo, el brote surcoreano se originó de una sola persona infectada, resultando en tres a cuatro generaciones de casos [180, 181]. Estudios de esta variante viral aparentemente recombinante no encontraron un aumento de la tasa evolutiva y ningún signo de adaptación al virus, por lo que el brote parece haber sido impulsado por circunstancias más que por circunstancias junto con mutación [181]. Para muchos casos MERS detectados fuera de la Península Arábiga, se El rastreo de contacto es esencial para contener la aparición y transmisión de un nuevo virus y hoy en día está apoyado por la epidemiología molecular. Aunque es un proceso costoso y que consume tiempo, el rastreo de contacto puede identificar posibles nuevas infecciones y, a través del monitoreo activo o pasivo, reaccionar más rápidamente si la enfermedad se desarrolla. Los resultados del rastreo de contacto hasta la fecha han encontrado que la transmisión continua entre los seres humanos es un evento poco frecuente. Por ejemplo, hubo 83 contactos, tanto sintomáticos como asintomáticos, de un caso tratado en Alemania que viajó desde los Emiratos Árabes Unidos pero no se encontraron signos de virus o anticuerpos en ninguno de ellos [73]. En un estudio de 123 contactos de un caso tratado en Francia, sólo siete coincidieron con la definición de un posible caso y fueron probados; uno que había compartido una habitación hospitalaria de 20 m2 mientras que en una cama a 1,5 m de distancia del caso índice durante un período prolongado fue positivo [26]. Ninguno de los contactos de los dos primeros casos MERS importados a los EE.UU. en 2014 contenía ninguna huella MERS-CoV [182] y ninguno de los 131 contactos de dos viajeros que regresaron a los Países Bajos desarrolló anticuerpos MERS-CoV o testó ARN positivo [25, 183]. Los análisis de datos públicos revelan muchos casos probables de adquisición nosocomial de infección en la Península Arábiga y estos datos pueden ir acompañados de algunos detalles que señalan el contacto con un caso o instalación conocido. Un ejemplo identificó el papel probable de un paciente con una infección subclínica, presente en un hospital durante su ingreso por otras razones, como el caso índice más probable que desencadena un grupo familiar [93]. El rastreo de contacto fue un factor significativo en la terminación de un brote de 2015 con múltiples hospitales surcoreanos [184]. Estos estudios demuestran la necesidad de encontrar y comprender un papel para los casos leves y asintomáticos, junto con la restricción del contacto cercano o la exposición prolongada de las personas infectadas a otras, especialmente familiares mayores y amigos con enfermedad subyacente (Fig. 4c). El brote asociado al hospital en Jeddah en 2014 fue la acumulación más grande y rápida de las detecciones de MERS-CoV hasta la fecha. El mayor número de detección de MERS-CoV de cualquier mes registrado se produjo en Yeddah en abril. El brote se asoció principalmente (> 60 % de los casos) con la propagación de seres humanos a seres humanos dentro de los entornos hospitalarios y se debió a la falta de prevención y control de las infecciones o a su desorganización [37, 185, 186]. Un aumento de las muertes siguió al rápido aumento del número de casos. En 2015 ocurrieron dos grandes brotes. Corea del Sur fue el lugar del primer brote a gran escala fuera de la Península Arábiga y produjo los primeros casos tanto en Corea del Sur como en China, entre mayo y julio de 2015. Esto fue seguido de cerca por un brote distinto en la provincia de Ar Riyad, en la KSA, que parecía estar bajo control a principios de noviembre. Después de permanecer en Bahréin durante dos semanas, un varón de 68 años (68 M) viajó a Corea del Sur vía Qatar, llegando libre de síntomas el 4 de mayo de 2015 [187]. Desarrolló fiebre, Visitó una clínica como ambulatorio entre los días 12 y 15 de mayo y fue ingresado en el Hospital A el día 15 [188]. Fue dado de alta del Hospital A el día 17 y luego fue ingresado en el servicio de urgencias del Hospital B el día 18. Durante esta segunda estancia, se tomó una muestra de esputo y dio positivo para el MERS-CoV el día 20 [187, 188], desencadenando el traslado al centro de tratamiento de aislamiento designado. Durante un período de 10 días, el caso índice fue visto en tres hospitales diferentes, demostrando una característica clave de "compra hospitalaria" que conformó el brote surcoreano. Aproximadamente 34 personas fueron infectadas durante este tiempo [187]. En total 186 casos fueron generados en este brote, todos vinculados a través de una única cadena de transmisión a 68 M; 37 casos murieron [189]. En Corea del Sur, el sistema nacional de seguro médico prevé una atención médica de costo relativamente bajo, sufragando algunos costos al hacer que los familiares sean responsables de una parte de la administración de los enfermos, lo que a veces los hace permanecer durante largos períodos en las habitaciones que a menudo tienen más de cuatro camas en ellas [24]. Otros factores que se pensaba que habían permitido este brote eran la falta de familiaridad de los médicos locales con MERS, la facilidad con la que el público puede visitar y ser tratado por hospitales terciarios, la costumbre de visitar a amigos y familiares enfermos en hospitales, la naturaleza jerárquica de la sociedad coreana, las salas de emergencia abarrotadas, las medidas deficientes del IPC, la falta de salas de aislamiento de presión negativa y la mala comunicación interhospitalaria de los historiales de enfermedades de los pacientes [24, [190] [191] [192]. Hasta la fecha se han comunicado pocos detalles clínicos sobre estos casos y los detalles sobre la transmisión y el rastreo de los contactos son mínimos. Los hospitales involucrados inicialmente no fueron identificados, la orientación y las acciones gubernamentales produjeron mensajes confusos y hubo una comunicación muy limitada en los primeros tiempos, lo que dio lugar a preocupaciones innecesarias, desconfianza y un impacto económico distinto [191, [196] [197] [198]. Al principio del brote, un viajero infectado, hijo de un caso identificado en Corea del Sur, pasó por Hong Kong en su camino a China, donde estaba ubicado, aislado y atendido en China [91, 199, 200]. No hubo contactos que enfermaran.El brote se puso bajo control a finales de julio/a principios de agosto [201] después de que se emplearan medidas mejoradas del IPC, seguimiento y cuarentena de contactos sólidos, pruebas de laboratorio ampliadas, hospitales fueron mejor asegurados, se envió personal especializado para gestionar los casos Una revisión de los datos públicos mostró que, al igual que en el caso del MERS en la KSA, la edad avanzada y la presencia de enfermedad subyacente se asociaron significativamente con un desenlace fatal en Corea del Sur. [40] Aunque R 0 es <1, los eventos de superdifusión facilitados por circunstancias creadas en entornos de salud y caracterizadas por tamaños de clúster superiores a 150, como este, no son inesperados por la infección por MERS-CoV [204]. La dinámica de un brote depende de la R 0 y de los patrones de eliminación viral de un individuo, el tipo y la frecuencia de contacto, los procedimientos hospitalarios y la estructura y densidad de la población [204]. En la región de Ar Riyad, incluida la capital de Riad, se inició un cúmulo hospitalario dentro de un solo hospital a partir de finales de junio de 2015 [205]. A mediados de septiembre se habían notificado aproximadamente 170 A pesar de la introducción continua y posiblemente estacional del virus en la población humana a través de los DC infectados y tal vez otros animales que aún no se han identificado, la gran mayoría de la transmisión del MERS-CoV se ha producido de seres humanos infectados a no infectados en contacto cercano y prolongado a través de circunstancias creadas por un control deficiente de las infecciones en los entornos de atención de la salud. Este virus oportunista ha tenido su mayor impacto en las personas con enfermedades subyacentes y esas personas vulnerables, que a veces sufren múltiples comorbilidades, se han asociado con mayor frecuencia con los hospitales, creando una tormenta perfecta de exposición, transmisión y mortalidad. No está claro si este grupo se ve afectado de manera única por el MERS-CoV o si otras infecciones respiratorias, incluidas las de los HCoV, producen un impacto igualmente grave. En Corea del Sur, un solo caso importado creó un brote de 185 casos y 36 muertes que tuvieron un impacto desproporcionado en el desempeño económico, el comportamiento de la comunidad y la confianza en el gobierno y el sistema de atención de la salud. La transmisión del hogar de seres humanos a seres humanos se produce, pero también es limitada. Los programas educativos serán herramientas esenciales para combatir la propagación del MERS-CoV tanto dentro de las comunidades urbanas y regionales como para el entorno de atención de la salud. La vigilancia sigue siendo importante para la contención, ya que el MERS-CoV es un virus con una composición genética que se ha observado durante sólo tres años y no es estable. Entre todos los seres humanos que se han notificado que están infectados, casi el 40% han muerto. La secuenciación del genoma completo se ha utilizado extensamente para estudiar el recorrido y la variación del MERS-CoV y aunque sigue siendo una herramienta para expertos, parece ser la mejor herramienta para el trabajo. El MERS y el SRAS tienen algunas similitudes clínicas pero también difieren significativamente [206]. Entre las características definitorias se incluyen el PFC más alto entre los casos del MERS (superior al 50 % en 2013 y actualmente en el 30-40%; muy por encima del 9 % del SRAS) y la asociación más alta entre el MERS mortal y los hombres mayores con comorbilidades subyacentes. Para los virus, el MERS-CoV tiene un tropismo más amplio, crece más rápidamente in vitro, induce más rápidamente cambios citopatógenos, desencadena respuestas transcripcionales distintas, hace uso de un receptor diferente, induce un estado más proinflamatorio y tiene una respuesta antiviral tardía en comparación con el SRAS Parece haber una prevalencia del 2-3 % de MERS-CoV en la KSA con una probabilidad del 5 % de transmisión secundaria dentro del hogar. Hay un mayor riesgo de infección a través de ciertas ocupaciones en ciertos momentos y una probabilidad mucho mayor de propagación a otros seres humanos durante circunstancias creadas por los humanos, lo que impulsa una transmisión más efectiva que cualquier R 0 predeciría sobre el valor facial. Sin embargo, a pesar de las múltiples concentraciones masivas que han proporcionado al virus muchos millones de oportunidades de propagación, no se han reportado brotes de MERS o MERS-CoV durante o inmediatamente después de estos eventos. No hay evidencia de que el MERS-CoV sea un virus de preocupación pandémica. Sin embargo, los entornos hospitalarios continúan describiendo casos y brotes de MERS en la Península Arábiga. Mientras facilitemos la propagación del MERS-CoV entre nuestras poblaciones más vulnerables, el mundo debe permanecer en alerta para los casos que puedan ser exportados con mayor frecuencia cuando un país de acogida con reservorios de camellos infectados está experimentando conglomerados o brotes humanos. El MERS-CoV parece ser un virus enzoótico que infecta a la URT DC con evidencia de recombinación genética reciente. Puede que una vez haya tenido su origen entre los murciélagos, pero falta evidencia y la relevancia de ello para la epidemia actual es académica. Gracias a la acción rápida, las herramientas de diagnóstico molecular sensibles y rápidas necesarias para lograr un objetivo de detección rápido y sensible han sido establecidas y ampliamente disponibles desde que el virus fue reportado en 2012. RT-PCR pruebas de muestras de LRT siguen siendo el estándar de oro para la confirmación del MERS-CoV. Las herramientas serológicas siguen surgiendo pero necesitan una validación adicional utilizando muestras de infecciones leves y asintomáticas y un estudio de cohorte densamente muestreado para seguir los contactos de nuevos casos puede abordar esta necesidad. Del mismo modo, la importante cuestión de si aquellos que eliminan el ARN MERS-CoV durante períodos prolongados son infecciosos mientras aparecen bien, sigue sin respuesta. Incluso no está claro cuántas infecciones 'asintomáticas' se han descrito y reportado correctamente, lo que a su vez plantea preguntas sobre la fiabilidad de la recolección de otros datos clínicos hasta la fecha. Si bien la virología básica del MERS-CoV ha avanzado en el transcurso de los últimos tres años, la comprensión de lo que está sucediendo en, y la interacción entre, camello, medio ambiente y humano todavía está en su infancia.

¿Hasta dónde pueden propagarse las bacterias patógenas en un aerosol tosido?

MERS coronavirus: diagnóstico, epidemiología y transmisiónhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4687373/SHA: f6fcf1a99cbd073c5821d1c4ffa3f2c6daf8ae29Autores: Mackay, Ian M.; Arden, Katherine E.Fecha: 2015-12-22DOI: 10.1186/s12985-015-0439-5Licencia: cc-byAbstract: Los primeros casos conocidos de síndrome respiratorio de Oriente Medio (MERS), asociados con la infección por un nuevo coronavirus (CoV), se produjeron en 2012 en Jordania, pero se informó retrospectivamente.El primer caso que se informó públicamente fue de Jeddah, en el Reino de Arabia Saudita (KSA). Desde entonces, las secuencias de MERS-CoV se han encontrado en un murciélago y en muchos camellos dromedarios (DC). MERS-CoV es enzoótico en toda la Península Arábiga y en partes de África, causando enfermedades leves del tracto respiratorio superior en su reservorio de camellos y infecciones humanas esporádicas, pero relativamente raras. Precisamente cómo el virus transmite a los seres humanos sigue siendo desconocido, pero la exposición estrecha y prolongada parece ser un requisito. El KSA es el punto focal de MERS, con la mayoría de los casos humanos. En los seres humanos, MERS se conoce principalmente como una enfermedad del tracto respiratorio inferior (RTL) que incluye fiebre, tos, dificultades respiratorias y neumonía que puede progresar a síndrome de dificultad respiratoria aguda, fallo multiorgánico y muerte en un 20% a 40% de los infectados. Sin embargo, MERS-CoV también se ha detectado en enfermedades leves y similares a En comparación con el síndrome respiratorio agudo grave (SARS), otra enfermedad zoonótica del coronavirus a veces fatal que ha desaparecido desde entonces, el MERS progresa más rápidamente hacia la insuficiencia respiratoria y la lesión renal aguda (también tiene afinidad por el crecimiento de las células renales en condiciones de laboratorio), es más frecuente en los pacientes con enfermedad subyacente y es más a menudo fatal. La mayoría de los casos humanos de MERS se han relacionado con fallos en la prevención y el control de infecciones (IPC) en los entornos de salud, con aproximadamente el 20% de todas las detecciones de virus notificadas entre los trabajadores de la salud (HCWs) y exposiciones más altas en aquellos con ocupaciones que los ponen en estrecho contacto con camellos. Los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) han estado disponibles casi desde el comienzo de la aparición de MERS. Mientras que la virología básica de MERS-CoV ha avanzado en los últimos tres años, la comprensión de la interacción entre camello, medio ambiente y restos humanos limitados. MATERIAL SUPLEMENTO ELECTRÓNICO: La versión en línea de este artículo (doi:10.1186/s12985-015-0439-5) contiene material suplementario, que está disponible para los usuarios autorizados. Texto: Un correo electrónico del Dr. Ali Mohamed Zaki, un virólogo egipcio que trabaja en el Hospital Dr. Soliman Fakeeh en Jeddah en el Reino de Arabia Saudita (KSA) anunció la primera cultura de un nuevo coronavirus al mundo. El correo electrónico fue publicado en el sitio web de la red de enfermedades emergentes profesionales (ProMED) el 20 de septiembre de 2012 [1] (Fig. 1) y describió el primer caso reportado, un hombre de 60 años de edad de Bisha en la KSA. Esta información llevó al rápido descubrimiento de un segundo caso del virus, esta vez en un paciente enfermo en el Reino Unido, que había sido transferido de Qatar para su atención [2]. El nuevo virus fue inicialmente llamado coronavirus nuevo (nCoV) y subsecuentemente titulado el síndrome de respiración del Oriente Medio coronavirus (MERS-CoV). A partir del 2 de septiembre de 2015, ha habido 1.493 detecciones de ARN viral o anticuerpos específicos del virus en 26 países (Fichero adicional 1: Figura S1) confirmado por la Organización Mundial de la Salud (OMS), con más de un tercio de las personas positivas muriendo (al menos 527, 35 %) [3]. Desde ese primer informe, un lento proceso de descubrimiento durante los siguientes dos o tres años reveló un virus que había infectado más del 90 % de los camellos dromedarios adultos (DC; Camelus dromedario) en la KSA [4], también en los países en desarrollo de toda la Península Arábiga y partes de África que son una fuente de importaciones de DC para la KSA [5]. Hasta la fecha, el MERS-CoV no se ha detectado en los países en desarrollo sometidos a pruebas en zoológicos o rebaños de otras partes del mundo [6] [7] [9]. Ocasionalmente, el virus se transmite de los DC infectados a los seres humanos expuestos. La transmisión posterior a otros seres humanos requiere una exposición relativamente cercana y prolongada [10]. Se patentó el primer aislado viral y se planteó la preocupación de que ello limitaría el acceso tanto al virus como a los diagnósticos virales [11, 12]. Sin embargo, los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) se describieron rápidamente y el virus se puso a disposición de forma gratuita, sujeto a consideraciones rutinarias de bioseguridad [13]. La epidemiología y la investigación posteriores han identificado al receptor celular como exopeptidasa dipeptidil peptidasa 4 (DPP4; también llamada CD26); que el MERS-CoV tiene un amplio tropismo, replicando mejor en algunas líneas celulares y provocando una respuesta más proinflamatoria que el SARS-CoV; está muy extendido en los DC; tiene el potencial de infectar a otros animales y que el MERS mata a su huésped humano con más frecuencia que el SARS (20-40% frente al 9 % para el SARS [14] ) [15] [16] [17] [19]. El MERS-CoV se propaga esporádicamente entre las personas, causando enfermedades más graves entre los adultos mayores, especialmente los varones, con enfermedades preexistentes.La propagación del MERS-CoV entre los seres humanos se ha asociado a menudo con brotes en los hospitales, con alrededor del 20% de todos los casos hasta la fecha en los que han participado trabajadores de la salud (HCWs).Aunque los DC parecen sufrir el equivalente a un "frío común" de la infección por MERS-CoV, en los seres humanos el virus puede ser un patógeno más grave y oportunista asociado con la muerte de hasta el 40% de los casos notificados. Aún no se ha establecido si las infecciones que se cree que se han adquirido de una fuente animal producen un resultado más grave que los que se propagan entre los seres humanos [20]. Los estudios han establecido que el período medio de incubación para el MERS es de cinco a seis días, que van de dos a 16 días, con 13 a 14 días entre el inicio de la enfermedad en una persona y posteriormente se extiende a otra [21] [22] [23]. Entre aquellos con enfermedad progresiva, la mediana de tiempo hasta la muerte es de 11 a 13 días, que van de cinco a 27 días [23, 24]. La fiebre y los síntomas gastrointestinales pueden formar un pródromo, después de lo cual los síntomas disminuyen, sólo para ser seguidos por un síndrome sistémico y respiratorio más grave [25, 26]. La primera definición de caso de la OMS [27] definió los casos probables de MERS basados en la presencia de enfermedad febril, tos y el requisito de hospitalización con sospecha de compromiso del tracto respiratorio inferior (RTL), incluyendo también roles para el contacto con un caso probable A partir de julio de 2013, la definición revisada del caso de la OMS incluía la importancia de buscar y comprender el papel de los casos asintomáticos y, a partir de junio de 2014, la definición de la OMS indicaba más claramente que un caso confirmado incluía a cualquier persona cuya muestra fuera RT-PCR positiva para MERS-CoV, o que produjera una seroconversión, independientemente de los signos y síntomas clínicos. [28] [30] Aparte de los informes de la OMS y del Ministerio de Salud de la KSA, los casos asintomáticos o subclínicos de infección por MERS-CoV se documentaron en la literatura científica, aunque no siempre tan a menudo como ocurrió a principios de [31, 32]. La definición del caso de la KSA se hizo más estricta el 13 de mayo de 2014, basándose en la presencia de ambas características clínicas y confirmación de laboratorio [33]. Las pruebas de personas asintomáticas fueron recomendadas a partir de diciembre de 2014 [34], reforzadas por una definición de caso publicada por el Ministerio de Salud de la KSA en junio de 2015 [35]. La KSA ha sido la fuente del 79 % de los casos humanos. El MERS severo es notable por su impacto entre los hombres mayores con enfermedades comorbidas, incluyendo diabetes mellitus, cirrosis y diversas afecciones pulmonares, renales y cardíacas [36] [38]. Interesantemente en junio de 2015, un brote en Corea del Sur siguió una distribución similar [39, 40]. Entre los casos confirmados en laboratorio, los signos y síntomas de fiebre, tos y tracto respiratorio superior (URT) generalmente ocurren primero, seguidos en una semana por trastornos progresivos de TL y linfopenia [37]. Los pacientes a menudo se presentan a un hospital con neumonía o peor, y se han notificado infecciones Según se informa, el MERS ha matado aproximadamente el 35 % de todos los casos notificados, el 42 % de los casos en la KSA, pero sólo el 19 % de los casos en Corea del Sur, donde la mortalidad osciló entre el 7 % entre los grupos de edad más jóvenes y el 40 % entre los de 60 años o más [42] ; todos pueden ser valores inflados con infecciones asintomáticas o leves a veces no buscadas o no reportadas [34]. La atención de apoyo general es clave para tratar los casos graves [43]. Rara vez se informa que los niños menores de 14 años son positivos para la MERS-CoV, que comprende sólo el 1,1% (n = 16) del total de casos notificados. Entre el 1 de septiembre de 2012 y el 2 de diciembre de 2013, un estudio describió el recuento de casos pediátricos en la KSA, que se situaba en 11 (dos a 16 En Amman (Jordania), se probaron 1.005 muestras de niños hospitalizados menores de dos años con fiebre y/o signos y síntomas respiratorios, pero ninguna fue positiva para ARN MERS-CoV, a pesar de haber sido recolectadas en un momento similar al primer brote conocido de MERS-CoV en la ciudad vecina de Al-Zarqa [45]. Un segundo trimestre de mortinato ocurrió en una mujer embarazada durante una enfermedad respiratoria aguda y aunque no fue RT-rtPCR positivo, la madre desarrolló posteriormente anticuerpos contra MERS-CoV, sugestivos de infección reciente [46]. Su historia de exposición a un pariente positivo de MERS-CoV RT-rtPCR y un esposo anticuerpo reactivo, su período de incubación y su historia sintomática cumplieron los criterios de la OMS para ser un probable caso de MERS-CoV [46]. Los métodos de diagnóstico se publicaron dentro de los días del correo electrónico ProMED anunciando el primer caso MERS [47], incluyendo varios ensayos RT-rtPCR (Fig. 2 ) y cultivo de virus en células Vero y LLC-MK2 [18, 47, 48]. Un adenocarcinoma colorrectal (Caco-2 ) línea celular epitelial ha sido recomendado desde entonces para el aislamiento de infecciones MERS-CoV [49]. Anteriormente [18].. Los marcos de lectura abiertos se indican como rectángulos amarillos entre corchetes por regiones terminales no traducidas (UTR; rectángulos grises ). FS-frame-shift. Las regiones predictas que abarcan puntos de ruptura de recombinación se indican por píldoras naranjas. Creado utilizando Geneious v8.1 [211] y anotado usando Adobe Illustrator. Bajo este esquema se muestra la ubicación de los imprimadores RT-PCR (las flechas azules indican la dirección) y oligoprobes (rectángulos verdes) utilizados en los primeros ensayos de cribado RT-rtPCR y en los convencionales, seminés (tres imprimaciones) RT-PCR confirmatorios de secuenciación [47, 48]. El orden de publicación se observa por primera [27 de septiembre de 2012; rojo] y segundo [6 de diciembre de 2012; naranja] rectángulos de color; ambos de Corman y otros [47, 48] Los ensayos recomendados por la OMS se destacan debajo por puntos amarillos [53]. El imprimador reverso NSeq ha contenido consistentemente una secuencia incompatibilidad con algunas variantes de MERS-CoV. Una versión alterada de la de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio del Oriente Medio: Una Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con el permiso de Elsevier [5] revisó el amplio tropismo de MERS-CoV [5]. Sin embargo, como se describe bien, el cultivo celular es un método lento, especializado e insensible [50] mientras que las técnicas basadas en PCR son el método preferido para la detección de MERS-CoV. Los primeros marcos de lectura abiertos (ORF 1a y 1b; Fig. 2) se han convertido en un objetivo diagnóstico clave y taxonómico para la identificación de especies CoV. Con menos del 80 % de identidad entre la secuencia de aminoácidos de MERS ORF 1ab y parientes del betacoronavirus, Tylonycteris Bat HKU4 y Pipistrellus Bat HKU5, se puede concluir que es un virus novedoso y distinto. Las proteínas estructurales incluyen el pico (S), la envoltura (E), la membrana (M) y el nucleocápsido (N) [52]. Se prevé que los productos de ORF1a y ORF1b codificarán proteínas no estructurales. La mayoría de los ensayos de muestras realizados hasta la fecha han empleado ensayos RT-rtPCR validados que han demostrado ser sensibles y específicos [47, 48, 53]. El kit de RealStar® utiliza estos ensayos recomendados por la OMS [54]. Las secuencias objetivo de estos ensayos de cribado no han cambiado entre los genomas examinados hasta al menos mediados de 2015 (observación IMM). Otros ensayos RT-rtPCR han sido desarrollados y validados para su uso como herramientas de diagnóstico basadas en laboratorio [55] [56]. Además, los ensayos isotérmicos [58, 59] o recombinasa polimerasa [60] La detección del antígeno MERS-CoV no ha sido común hasta la fecha, pero la combinación de corto tiempo de retorno de la prueba al resultado, alto rendimiento e identificación de proteínas virales hace que esta opción sea atractiva. La detección de proteínas virales en lugar de ARN viral indica la probable presencia de virus infecciosos. La primera herramienta inmunocromatográfica rápida descrita podría detectar proteína nucleocápsida MERS-CoV recombinante de hisopos nasales DC con sensibilidad al 94 % y especificidad al 100 % en comparación con RT-rtPCR [61]. Un enfoque diferente utilizó una captura basada en anticuerpos monoclonales ELISA dirigida a la proteína nucleocápsida MERS-CoV con una sensibilidad de 10 3 CCID 50 y especificidad al 100 % [62]. La demostración de una seroconversión a una infección por MERS-CoV cumple con la definición actual de la OMS de un caso tan optimizado y ampliamente validado que los seroensayos empleados junto con buenas historias clínicas son útiles para identificar la infección por MERS-CoV y ayudar a apoyar estudios de transmisión. Debido a que las pruebas serológicas son, por su naturaleza, retrospectivas, es habitual detectar una huella viral, en forma de anticuerpos, en ausencia de signos o síntomas de enfermedad y a menudo en ausencia de ARN viral [63]. Las seroencuestas estratégicas y generalizadas de seres humanos que utilizan muestras recogidas después de 2012 son infrecuentes. Gran parte de la Península Arábiga y todo el Cuerno de África carecen de datos de referencia que describan la proporción de la comunidad que puede haber sido infectada por un MERS-CoV. Sin embargo, las seroencuestas han tenido un uso Debido a la identidad compartida entre DC y el MERS-CoV humano (ver epidemiología molecular: utilizando genomas para entender brotes), los ensayos serológicos para las seroencuestas de DC deben ser transferibles al cribado humano con una reconfiguración mínima. Además, no se ha encontrado ninguna variación diagnóstica relevante en la actividad de neutralización entre una gama de aislados y seras testados de MERS-CoV circulantes, por lo que los seroensayos de virus enteros o específicos basados en proteínas deben funcionar de manera equivalente en la detección de respuestas serológicas al serotipo único de MERS-CoV [49]. El desarrollo de ensayos serológicos robustos requiere paneles confiables de sueros animales o humanos bien caracterizados, incluidos los positivos para anticuerpos específicos del MERS-CoV, así como para fuentes probables de reacción cruzada [64]. La obtención de estos materiales fue problemática y enlenteció el desarrollo y comercialización de ensayos de detección de anticuerpos para ensayos humanos [64]. Se han liberado varios kits comerciales de ELISA, kits de ensayos inmunofluorescentes (IFA), proteínas recombinantes y anticuerpos monoclonales [31, [65] [66] [68]. Inicialmente, se utilizaron IFAs convencionales para seroencuestas humanas. Estos se basaron en el cultivo celular infectado por MERS-CoV como fuente de antígeno, detectando la presencia de anticuerpos humanos anti-MERS-CoV IgG, IgM o neutralizantes en muestras humanas [18, 48, 69]. No se encontró ningún signo de anticuerpos MERS-CoV entre 2.400 sueros de pacientes que visitaron el Hospital de Jeddah, desde 2010 hasta 2012, antes de la descripción de MERS-CoV [18]. Los métodos IFA tampoco detectaron ningún signo de infección previa por MERS-CoV entre una pequeña muestra de 130 donantes de sangre sanos de otro hospital de Jeddah (recogida entre enero y diciembre de 2012) [70]. De 226 trabajadores del matadero, sólo ocho (3,5%) fueron positivos por IFA, y los sueros no pudieron ser confirmados por la prueba de neutralización del virus (NT). El estudio indicó que HCoV-HKU1 era una fuente probable de antígenos de reacción cruzada en todo el virus IFA [70]. El virus completo MERS-CoV IFA también sufrió alguna reactividad cruzada con el suero del paciente convaleciente del SARS y esto no pudo resolverse mediante una prueba del NT que también fue reactiva [71]. La IFA utilizando proteínas recombinantes en lugar de la IFA del virus entero, ha demostrado ser una herramienta más específica [31]. Dado que se han postulado zoonosis asintomáticas [72], la ausencia de anticuerpos contra el MERS-CoV entre algunos humanos que tienen contacto regular y estrecho con camellos puede reflejar la rareza de animales infectados activamente en carnicerías, un riesgo de transmisión limitado asociado con DCs de sacrificio [70], un estado inmune cruzado de protección preexistente o algún otro factor(s) que resulta en un bajo riesgo de enfermedad y seroconversión concurrente que se desarrolla después de la exposición en este grupo. IFA usando proteínas recombinantes en su lugar. Algunos seroensayos han pasado por alto los riesgos de trabajar con virus infecciosos al crear células transfectadas que expresan porciones recombinantes de las proteínas nucleocápsidas y punzantes del MERS-CoV [48, 73], o utilizando un lentivirus recombinante que expresa la proteína de pico del MERS-CoV Un ensayo de pseudoneutralización de partículas (ppNT) ha sido ampliamente utilizado en estudios en animales y fue al menos tan sensible como la prueba tradicional de microneutralización (MNT). [10, 74, [76] [77] [78] ] Los estudios que utilizaron pequeños números de muestra y ppNT no encontraron evidencia de anticuerpos neutralizantes MERS-CoV en sueros de 158 niños con infecciones de LRT entre mayo de 2010 y mayo de 2011, 110 sera de 19 a 52 años de edad donantes de sangre masculina y 300 trabajadores autoidentificados de animales de la Región Jazan de la KSA durante 2012 [79, 80]. Del mismo modo, un estudio de cuatro pastores en contacto con una manada infectada de DC en Al-Ahsa, ocho personas que tenían contacto intermitente con la manada, 30 veterinarios y personal de apoyo que no estaban expuestos a la manada, tres trabajadores de mataderos no protegidos en Al-Ahsa y 146 controles que no estaban expuestos a DC en ningún papel profesional, no encontró ninguna evidencia serológica de infección por MERS-CoV en el pasado utilizando el ensayo ppNT [10]. Un retraso en la respuesta de anticuerpos neutralizantes a la infección por MERS-CoV se asoció con un aumento de la gravedad de la enfermedad en los casos de Corea del Sur con la mayoría de las respuestas detectables para la tercera semana de enfermedad, mientras que otros, aunque la enfermedad era grave, no respondieron durante cuatro o más semanas [81]. Las implicaciones para nuestra capacidad de detectar cualquier respuesta en casos leves o asintomáticos no fueron exploradas, pero Un brote jordano de TRT aguda en un hospital en 2012 se encontró retrospectivamente asociado a la infección por MERS-CoV, utilizando inicialmente RT-rtPCR, pero posteriormente, y en una escala mayor, a través de la positividad por ELISA y la prueba IFA o MNT. [46, 82, 83] Este brote fue anterior al primer caso de MERS en la KSA. La ELISA utilizó una proteína nucleocápsida recombinante del grupo 2 betacoronavirus bat-CoV HKU5 para identificar anticuerpos contra la proteína MERS-CoV reactiva equivalente [71]. Se validó utilizando 545 sera recolectada de personas con HCoV-OC43, HCoV-229E, SARS-CoV, HCoV-NL63, HRV, HMPV o influenza A(H1N1), pero fue supuestamente menos específica que la I También se consideró una herramienta aplicable para el cribado de grandes números de muestra [82]. Un microarray de proteína que expresa la subunidad de proteína S1 ha sido validado y ampliamente utilizado para las pruebas de DC [5, 84]. Detección de infección por MERS-CoV usando microarray de proteína ELISA o S1 [84] suele ser seguido por IFA confirmatoria y/ o una neutralización de reducción de placa (PRNT) [69, 70, 85] o MNT test. [74, 85, 86] Este proceso confirmatorio tiene como objetivo asegurar que los anticuerpos detectados sean capaces de neutralizar específicamente el virus previsto y no sean más ampliamente reactivos a otros coronavirus encontrados en DCs (coV bovina, BCoV) o humanos (HCoV-OC43, HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoV-HKU1, SARS En el estudio más grande de sueros humanos, un proceso de diagnóstico escalonado asignó tanto el SERA positivo recombinante como el SERA ELISA recombinante a la seropositividad 'etapa 1'. Un resultado seropositivo en estadio 2 requirió además un resultado PRNT adecuadamente titulado [87]. El estudio encontró que 15 SERA recolectados en 2012 a 2013 de 10.009 (0,2%) personas en 13 provincias KSA contenían anticuerpos MERS-CoV, pero proporciones significativamente mayores en se produjeron en pastores de camellos (dos de 87; 2,3 %) y trabajadores de mataderos (cinco de 140; 3,6 %) [87]. Se necesitan encuestas contemporáneas. MERS-CoV no parece ser fácilmente transmitido de DCs a los seres humanos, o tal vez es [72], pero generalmente no desencadena una respuesta inmune detectable si sólo se producen enfermedades leves o infecciones asintomáticas. Los ensayos serológicos necesitan una validación adicional en esta área, por lo que es necesario tener cuidado al trasladar algoritmos de serología diagnóstica de reciente desarrollo de un entorno de investigación a uno que informe las decisiones de salud pública, lo que se reforzó cuando un caso falso positivo en EE.UU., supuestamente infectado después de un apretón de manos y dos reuniones cara a cara, no resistió más análisis confirmatorios utilizando un ensayo NT más específico y posteriormente se retractó [88, 89]. La OMS recomienda tomar muestras de la TRL para las pruebas RT-rtPCR del MERS-CoV, especialmente cuando la recolección de muestras se retrasa una semana o más después del inicio de los síntomas. [53] Las muestras de TRL también son mejores para intentar aislar el virus infeccioso, aunque el éxito del cultivo se reduce cuando persiste la enfermedad [49]. Los tipos de muestras recomendados incluyen lavado broncoalveolar (BAL), aspirado traqueal/traqueobronquial, líquido pleural y esputo [53, 90]. Las muestras frescas arrojan mejores resultados diagnósticos que el material refrigerado [69] y si es probable que se produzcan retrasos en las pruebas de ≥72 h, las muestras (excepto sangre) deben congelarse a −70°C [90]. Si se dispone de ellas, también se pueden realizar biopsias pulmonares o tejidos de autopsia [53]. Sin embargo, la TRU es un lugar de muestreo menos invasivo y más conveniente, y se recomienda un hisopo orofaríngeo y de garganta o un aspirado/lavado nasofaríngeo cuando se va a realizar el muestreo de TRU [90]. Los sueros emparejados, recogidos de dos a tres semanas de diferencia son preferibles para las pruebas serológicas, mientras que se sugiere que una muestra única sea suficiente si se recogen dos semanas después de la aparición de la enfermedad o un único suero recogido durante los primeros 10-12 días si se realiza RT-rtPCR [53, 90]. Se ha encontrado que la orina y las heces humanas contienen ARN MERS-CoV 12 a 26 días después de la aparición de los síntomas [25, 69, 91] y se enumeran como muestras que deben considerarse [53, 90]. En dos casos que llegaron a los Países Bajos, la orina fue RT-rtPCR negativa pero las heces fueron débilmente positivas y los sueros fueron RT-rtPCR positivos durante cinco días o más [25]. El hallazgo de ARN viral MERS-CoV en el suero proporciona una vía para estudios retrospectivos basados en PCR La ARNemia también puede correlacionarse con la gravedad de la enfermedad; los signos de virus fueron eliminados del suero de un paciente recuperado, pero se mantuvo hasta la muerte de otro [92]. Los casos de sospecha clínica de MERS pueden devolver resultados negativos por RT-rtPCR. Los datos han demostrado que una o más muestras de URT negativas pueden ser contradichas mediante un muestreo adicional de URT o el uso de muestras de LRT, lo que se prefiere [2, 43, 93]. En la LRT se producen cargas virales más altas que en la URT. [22, 69, 88, 94] Esto concuerda con la observación de que la mayoría de los síntomas de la enfermedad se reportan como enfermedad sistémica y LRT [21]. Sin embargo, en ocasiones incluso los especímenes de LRT de los casos de MERS pueden ser inicialmente negativos, sólo para más tarde ser positivos por RT-PCR [95 Esto puede deberse a una mala toma de muestras cuando la tos está ausente o no es productiva o porque la carga viral es baja [95]. A pesar de esto, tanto los mayores estudios de MERS-CoV humanos [32, [96] [97] [98] y los más pequeños [22, 25, 99], utilizan muestras de la URT. Cabe destacar que un estudio reportó una asociación entre cargas más altas en la URT y peores resultados clínicos incluyendo cuidados intensivos y muerte [94]. Al escribir, no existen datos humanos para definir si el virus se replica única o preferentemente en la LRT o URT, o réplicas en otros tejidos humanos in vivo, aunque el ARN MERS-CoV se ha detectado tanto de la URT como de la LRT en un modelo de mono macaco [100].La distribución de DPP4 en las vías respiratorias superiores humanas tampoco está bien descrita. Los estudios individuales de casos humanos reportan largos periodos de eliminación viral, a veces intermitentes y no necesariamente relacionados con la presencia de síntomas de la enfermedad. [25, 69, 99, 101] En un caso, un HCW arroja ARN viral durante 42 días en ausencia de enfermedad [99]. Es un área de alta prioridad para entender mejor si estos casos son capaces de infectar a otros. Más de tres cuartas partes de los casos de MERS arrojan ARN viral en sus muestras de TL (aspirados traqueales y esputo) durante al menos 30 días, mientras que sólo el 30 % de los contactos seguían arrojando ARN en sus muestras de TRU [91, 102]. En el único estudio para examinar el efecto del tipo de muestra en el análisis molecular, se examinaron 64 aspirados nasofaríngeos (ANP; una muestra de TRU), 30 aspirados traqueales, 13 Los aspirados traqueales y el BAL devolvieron los valores de carga viral más altos seguidos por el NPA y el esputo. Como era de esperar, las cargas virales más altas generalmente coincidían con la secuenciación del genoma completo y el éxito del cultivo y, en las pruebas del NPA, estaban significativamente correlacionadas con enfermedades graves y muerte [49, 94, 103]. Este estudio demostró la importancia del muestreo de LRT para la secuenciación del genoma completo. Cuando se probó, las muestras positivas para el MERS-CoV a menudo son negativas para otros patógenos [25, 93, 104]. Sin embargo, muchos estudios no mencionan pruebas adicionales para virus respiratorios humanos endémicos [21, 23, 73, 105]. Cuando se buscan virus, se han incluido el herpesvirus humano (VHH), los rinovirus (VHR), los enterovirus (VVV), el virus sincitial respiratorio (VRS), el virus parainfluenzavirus tipos 1, 2 y 3 (VIP), los virus de la gripe (VFI), los HCoV endémicos, los adenovirus (VCD) metapneumovirus (VPM) y el virus influenza A\H1N1; en ocasiones se han encontrado codetecciones con MERS-CoV [2, 22, 37, 69, 97]. A veces se incluyen pruebas bacterianas (por ejemplo, para Legionella y Pnemocococcus), pero el impacto de la copresencia bacteriana tampoco está claro [22, [104] [105] [106]. Otras pruebas de la muestra de TRL del primer caso del MERS utilizaron IFA para detectar algunos virus (negativos para IFV, PIV, RSV y AdVs) y RT-PCR para otros (negativos para AdV, EV, MPV y HHVs) [18]. RT-PCR también detectó MERS-CoV. La OMS recomienda encarecidamente pruebas para otros patógenos respiratorios [53] pero con esta recomendación a menudo descontada, hay datos limitados para abordar la ocurrencia y el impacto de coinfecciones o diagnósticos virales alternativos entre ambos casos del MERS y sus contactos. Poco se sabe de otras causas de neumonía similar al MERS en el KSA o de la carga general de enfermedad debido a los virus respiratorios clásicos conocidos. Pruebas de peregrinos adultos que realizan el Hajj en 2012 a 2014 no ha detectado ningún MERS-CoV. En 2012, se realizaron pruebas de hisopos nasales de 154 peregrinos recogidos antes de partir hacia el KSA o partir de él [47]. En 2013, las pruebas se ampliaron significativamente con 5.235 hisopos nasofaríngeos de 3.210 peregrinos entrantes y 2.025 hisopos de peregrinos salientes probados [98]. Cabe señalar que la mayoría de los peregrinos llegaron de países libres de MERS. Se tomaron otros 114 hisopos de peregrinos con enfermedad similar a la gripe [96, 107]. En reuniones anteriores del Hajj, se descubrió que los virus de la gripe circulaban ampliamente, mientras que otros virus, a menudo rinovirus, circulaban de manera más selectiva, interpretando que indicaban su importación junto con peregrinos extranjeros [107] [108] [108] Con el tiempo, el aumento de la vacunación contra la gripe se ha acreditado como una disminución de la prevalencia de enfermedades similares a la gripe entre los peregrinos [110] A menudo no se recoge una muestra de TRL para estos estudios [98, 107, 109], por lo que los hallazgos negativos falsos son una posibilidad, aunque poco se sabe sobre el sitio inicial de infección y replicación del MERS-CoV; se puede haber supuesto que fue la TRL porque la enfermedad se notó por primera vez allí, pero la TRL puede ser el lugar de la replicación más temprana. En Jeddah entre marzo y julio de 2014 (en adelante, el brote de Jeddah-2014; Fig. 3 ), hubo un rápido aumento en los casos del MERS, acompañado de un intenso cribado; aproximadamente 5.000 muestras de dentro y alrededor de la región se probaron en un mes, produciendo alrededor de 140 detecciones del MERS-CoV (prevalencia ~3 %) [111]. Entre los 5.065 individuos muestreados y analizados en la KSA entre octubre de 2012 y septiembre de 2013, se realizaron 108 (2,1%) detecciones en una población hospital-céntrica que incluyeron casos hospitalizados (n = 2.908; 57,4 %), sus familias (n = 462; 9,1 %) y HCW asociados (n = 1.695; 33,5 %) [32]. Entre las detecciones, 19 (17,8 %) eran HCW y 10 (9,3 %) eran contactos familiares [32]. La prevalencia del 2-3 % de infecciones activas por MERS-CoV no es diferente a la prevalencia hospitalaria de otras COV humanas. [112] Sin embargo, la proporción de muertes entre los infectados por MERS-CoV es mucho mayor que la conocida por los HCoV NL63, HKU1, 229E u OC43 en otros países, e incluso superior a la de SRAS-CoV; no es un virus que pueda razonablemente ser descrito como una "tormenta en una taza de té". Es la baja tasa de transmisión que ha evitado la propagación mundial, a pesar de muchas "oportunidades". Muy temprano en el brote de MERS, algunos animales fueron altamente considerados como el reservorio o huésped(s) intermedio(s) de MERS-CoV con tres de los cinco primeros casos que tuvieron contacto con DCs [73, 113, 114]. Hoy en día, las infecciones por MERS-CoV animales deben ser reportadas a la organización mundial para la salud animal como una enfermedad emergente [115]. Un resumen de los primeros casos de MERS reportados por la OMS definió el contacto animal con humanos como directo y dentro de los 10 días previos al inicio de los síntomas [20]. Esta definición no permitió específicamente la adquisición de DCs a través de una vía basada en gotitas, que es muy probable que sea la vía de adquisición de un virus que inicialmente y predominantemente causa enfermedad respiratoria [23]. Se sabe que los camellos producen altos niveles de ARN MERS-CoV en su URT y pulmones [116]. Proporcionando apoyo para una vía de transmisión de gotitas y tal vez indicando la presencia de ARN en núcleos más pequeños y secos de gotitas, se identificó ARN MERS-CoV en una muestra de aire de alto volumen recogida de un granero que alberga un DC infectado [117]. La fuente precisa de la que los humanos adquieren MERS-CoV sigue siendo poco estudiada pero parece probable Estos factores pueden resultar importantes para los casos humanos que no describen ningún contacto DC [119] ni ningún contacto con un caso confirmado. Si la definición de contacto con animales de la OMS es suficiente para identificar la exposición a este virus respiratorio no está clara. La formulación se centra en el consumo de productos DC, pero no atribuye específicamente el riesgo a una vía de gotitas para la adquisición de MERS-CoV desde DC [120]. Algunos pacientes MERS se enumeran en los avisos de enfermedad de la OMS como próximos a los DCs o granjas, pero los individuos no han descrito entrar en contacto con los animales. No se reporta ninguna vía alternativa para adquirir infección en muchos de estos casos. Lo que constituye una definición de "contacto" durante estas entrevistas se ha definido para un estudio [72]. A pesar de esta falta de claridad, la OMS considera que la evidencia que vincula la transmisión de MERS-CoV entre DCs a humanos es irrefu La posibilidad de que los murciélagos fueran un huésped animal de MERS-CoV fue ampliamente discutida inicialmente debido a la diversidad existente de coronavirus conocidos por residir entre ellos [121] [122] [123]. Evidencia concluyente que apoya a los murciélagos como fuente de infecciones humanas por MERS-CoV todavía no se ha encontrado, pero los murciélagos parecen albergar a los representantes ancestrales [53, 125]. Sin embargo, estas no son variantes del mismo virus ni siempre dentro del mismo linaje filogenético que MERS-CoV; cada uno son un virus genéticamente distinto. La infección de murciélago a humano por MERS-CoV es un evento puramente especulativo. La única pieza de evidencia específica del MERS-CoV que apunta a los murciélagos se origina en la amplificación de un fragmento de 190 nt del gen ARN dependiente de la polimerasa del genoma del MERS-CoV, identificado en un pellet fecal de un murciélago insectívoro Emballonuridae, Taphozous perforatus encontrado en Bisha, el KSA [121]. Aunque muy corta, la secuencia del fragmento lo definió como un descubrimiento diagnóstico. Posteriormente se informó de un enlace a los DC [85] y ese enlace ha madurado en una asociación verificada [38, 126] (Fig. 4). (Véase la figura en la página anterior.) Fig. 3 Detecciones mensuales de MERS-CoV (barras azules) y de casos que murieron (barras rojas) con algunas fechas de interés marcadas para 2012 al 4 de septiembre de 2015. Se indica una aproximación de cuando la estación de parto DC [128] y cuando los DC recién nacidos son destetados. La primavera (verde) y el verano (naranja) en la Península Arábiga también están sombreados. Tenga en cuenta la escala del eje y de la izquierda para 2014 y 2015 que es mayor que para 2012/13. Fuentes de estos datos públicos incluyen la OMS, Ministerios de Salud y FluTrackers [207] [209] [209]. Versiones anteriores y posteriores de este gráfico se mantienen en un blog personal [210]. Modificado y reimpreso de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio de Oriente Medio: Una infección por coronavirus emergente rastreada por la multitud. Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con permiso de Elsevier [5] Los DCs, que constituyen el 95 % de todos los camellos, tienen una presencia central en la El contacto puede ser común y puede ocurrir de diversas maneras (Fig. 4a). Hay varios grandes festivales, razas, ventas y desfiles bien atendidos que cuentan con DCs y DCs también son mantenidos y criados cerca de áreas pobladas en el KSA [127, 128]. La leche y la carne DC son ampliamente consumidas y el DC más viejo es un animal de importancia ritual después de la peregrinación del Hajj [129]. Sin embargo, la frecuencia de infección del MERS-CoV es mucho menor que el hábito generalizado y frecuente de comer, beber y preparar productos DC. La ingestión diaria de leche DC fresca no pasteurizada es común entre los beduinos del desierto y muchos otros en el KSA. La orina DC también se consume o se utiliza para supuestos beneficios para la salud. A pesar de que la carnicería de camellos es una ocupación local, ni los carniceros ni otros grupos en riesgo son identificables entre los casos de MERS; esto puede ser simplemente un problema de información en lugar de una ausencia inexplicable de MERS. Un pequeño estudio de casos y controles publicado en 2015 identificó el contacto directo con la DC, y no la ingestión de productos, para estar asociado con la aparición de MERS [38]. La primera investigación sero-encuesta de ganado que vive en la región de Oriente Medio se llevó a cabo durante 2012-2013 [85]. Los DCs fueron muestreados a partir de una manada de canarios nacidos principalmente y de DCs omaníes (originalmente importados del Cuerno de África) [85]. b Las infecciones de camello a humano parecen ser poco frecuentes, mientras que la propagación de la infección de ser humano a ser humano se ve facilitada regularmente por una CIP deficiente en los entornos de salud donde se amplifica la transmisión, lo que explica la mayor parte de los casos. Hay casos de MERS humanos que no entran en ninguna de las categorías de origen y no está claro si estas infecciones adquiridas a través de alguna vía totalmente separada, o de casos que escaparon al diagnóstico. c Las formas hipotéticas en las que la subclínica (cuando la infección puede no alcanzar un umbral clínico previamente definido de signos y/o síntomas) o asintomáticas (sin signos obvios ni medidos, observados o recordados de enfermedad) la infección por MERS-CoV puede estar implicada en la transmisión DC sera podría neutralizar MERS-CoV mientras que todas las seras DC de Omán tenían niveles elevados de anticuerpos neutralizantes específicos de MERS- Desde este estudio, una serie de informes revisados por pares han analizado tanto a los DCs como a otros animales, y la posibilidad de que puedan albergar la infección por MERS-CoV. Se han encontrado DCs seropositivos en toda la Península Arábiga, incluyendo Omán, la KSA, Qatar, Jordania, los Emiratos Árabes Unidos (EAU), Kuwait así como Sudán, Somalia, Egipto, Túnez, Nigeria, Kenia y Etiopía en África y las Islas Canarias [85, [130] [133] [133] [134]. Otros animales probados incluyen ovejas, vacas, cerdos, caballos, burros, mulas, aves, búfalos acuáticos, cabras, camellos bactrianos, llamas y guanacos (camélidos suramericanos) pero ninguno tenía anticuerpos neutralizantes detectables contra MERS-CoV [4, 74, 78, 85, 86, 135, 136]. No se han notificado hasta la fecha estudios de virología o serología de muestras humanas procedentes de zonas de África donde hay camellos con antecedentes de MERS-CoV. Sin embargo, la ausencia de neumonía inexplicable que pueda atribuirse a la infección por MERS-CoV puede no indicar la ausencia de virus entre los seres humanos en cada país, sino simplemente reflejar la falta de costosos estudios de epidemiología realizados por países pobres en recursos. Por lo tanto, no está claro si el MERS-CoV, o una CoV relacionada con antígenos, es un patógeno no reconocido en estas regiones, quizás circulando durante más tiempo del que se ha conocido en la Península Arábiga [133]. El ARN del MERS-CoV también se ha detectado en muestras de DC, y también se ha logrado la recuperación del virus infeccioso a partir de muestras de DC [4, 77, 117, 132, [137] [139] De algunos de ellos, se han secuenciado genomas completos o mayoritarios de MERS-CoV [77, 137, 138]. Las versiones DC de MERS-CoV fueron tan similares entre sí, como las variantes detectadas de diferentes seres humanos a lo largo del tiempo y a lo largo de la distancia. Los ensayos de detección de anticuerpos anticuerpos también han detectado anticuerpos cruzados en sera. Estos se identificaron como tales mediante la detección de sera contra virus similares, por ejemplo BCoV o HCoV-OC43 (como facsímil antigénico para BCoV). Es posible que otros virus similares a MERS-CoV también residan dentro de los DCs, pero esto no menoscaba el hallazgo definitivo de secuencias genéticas de MERS-CoV tanto en DCs como en humanos [117, 142, 143]. Los estudios de detección han demostrado que los DC juveniles son más a menudo positivos para el virus o el ARN viral, mientras que los DC mayores son más propensos a ser seropositivos y ARN o virus negativos [76, 77, 144]. En los DC adultos, se ha detectado ARN MERS-CoV entre animales con anticuerpos preexistentes, lo que sugiere que es posible la reinfección [77, 144]. Las cargas virales entre DC positivos pueden ser muy altas [4, 76, 77, 139, 144] y DCs se han encontrado positivos tanto cuando están enfermos con signos respiratorios de TRU [77, 117, 142, 145] o cuando aparentemente sanos [137]. Estos hallazgos indican que los DCs hospedan infecciones naturales MERS-CoV. Además, los sera DC almacenados han revelado signos de MERS-CoV en DCs que datan de hace más de tres décadas (los más tempranos Los sera más viejos no han sido probados y, por lo tanto, cuánto tiempo los DC han sido afectados por MERS-CoV, si el virus es enzoótico entre ellos, introducidos hace décadas o siglos de murciélagos en África o la Península Arábiga, o son objeto de incursiones virales regulares pero de corta duración de un huésped aún desconocido, no pueden ser respondidos. Los investigadores buscaron determinar una dirección para la infección; estaban los DC transmitiendo virus a los seres humanos o estaban los humanos infectando DC? En un sitio de Qatar, un propietario de una granja y su empleado se enfermaron a mediados de octubre de 2013 y dieron positivo para el ARN MERS-CoV en una muestra de esputo y hisopos de garganta, respectivamente. RT-rtPCRs encontró MERS-CoV ARN en 11 de 14 hisobas nasales de DC positivas en la granja; seis (43 %) positivos Los resultados indicaron que se había producido un brote reciente en este rebaño; la primera indicación de ARN MERS-CoV encontrado en DCs con una asociación temporal a infecciones humanas; tres muestras de DC positivas fueron confirmadas por secuenciación de una porción de 358 nt del gen de la espiga; estas secuencias eran idénticas unas a otras, de nuevo con homología cercana a otras secuencias humanas y DC MERS-CoV [138]. Los DCs y contactos humanos produjeron secuencias ORF1a y ORF4b que diferían por un solo nucleótido cada una, agrupando estrechamente con la variante Hafr-Al-Batin_1_2013 [138]. Estudios de casos posteriores encontraron evidencia de una infección humana y DC concurrente y la dirección de esa infección fue inferida a partir de los DCs enfermos y a sus propietarios humanos [117, 142, 146]. Las secuencias del genoma parcial indicaron que un humano y un DC positivo de la RT-RTPCR del MERS-CoV habían sido infectados por una variante del mismo virus, albergando el mismo patrón distinto de polimorfismos de nucleótidos. [142] Todos los nueve DC en la manada del propietario, muestreados en serie, reaccionaron en un antígeno S1 recombinante ELISA, con los dos animales que habían sido positivos de la RT-rtPCR mostrando un pequeño aumento verificable del título de anticuerpos [142]. Un aumento del título teóricamente comienza 10 a 21 días después de la infección de la DC [142]. Los autores sugirieron que el aumento del título en la suera de la DC que ocurrió junto con una disminución de la carga de ARN, mientras que el paciente estaba activamente enfermo y hospitalizado, indicó que los DC fueron infectados primero seguidos por el propietario [117, 142]. Los anticuerpos BCoV también estuvieron presentes, y aumentaron en uno de los dos animales positivos RT-rtPCR, pero ninguno de ellos pudo neutralizar la infección BCoV [142]. La temporada de parto en camellos se produce en los meses de invierno (entre finales de octubre y finales de febrero; Fig. 3 ) y este puede ser un momento en el que existe un mayor riesgo para los seres humanos de derrames debido a nuevas infecciones entre las poblaciones de DC ingenuas [128]. ¿Qué papel podría desempeñar el anticuerpo de camello materna en el retraso de la infección de terneros sigue siendo desconocido [128, 142]. Los DC juveniles parecen tener una infección activa con más frecuencia que los DC adultos y, por lo tanto, el sacrificio de los DC, que debe ser de cinco años de edad o más (llamados a thane), puede no ir acompañado de un riesgo significativo de exposición a la infección. A diferencia de los resultados anteriores, los trabajadores de los mataderos que matan tanto a los DC más jóvenes como a los más viejos, pueden ser un grupo ocupacional con una incidencia significativamente mayor de seropositividad a la MERS-CoV cuando los animales tienen infecciones activas por MERS-CoV [129, 139, [147] [148] [149]. Las investigaciones virológicas ampliadas de los DC africanos pueden dar lugar a animales más seropositivos y zonas geográficas en las que los seres humanos pueden estar en riesgo. Es posible que haya zonas en las que los seres humanos ya albergan infecciones por MERS-CoV que no se han identificado debido a la ausencia de vigilancia de laboratorio. Las investigaciones virológicas de los murciélagos pueden dar lugar a hallazgos de virus ancestrales y "eslabones de pérdida viral" e identificar cualquier otra fuente animal de propagación zoonótica es importante para informar opciones para reducir la exposición humana [56, El MERS-CoV infeccioso añadido a la leche de CC, cabra o vaca y almacenado a 4 °C podría recuperarse al menos 72 h más tarde y, si se almacena a 22 °C, la recuperación fue posible hasta 48 h [150]. El título de MERS-CoV disminuyó un poco cuando se recuperó de la leche a 22 °C, pero la pasteurización completamente ablada Infectividad MERS-CoV [150]. En un estudio posterior, se identificó ARN MERS-CoV en la leche, secreción nasal y heces de DCs de Qatar [151]. Un estudio único ha examinado la capacidad de MERS-CoV para sobrevivir en el medio ambiente [150]. Las superficies plásticas o de acero fueron inoculadas con 10 6 TCID 50 de MERS-CoV a diferente temperatura y humedad relativa (RH) y se A alta temperatura ambiente (30°C) y a baja RH (30 %) MERS-CoV permaneció viable durante 24 h [150]. En comparación, un virus respiratorio bien conocido y eficientemente transmitido, el virus influenza A, no pudo recuperarse en cultivo más allá de cuatro horas bajo ninguna condición [150]. Los experimentos de Aerosol encontraron que la viabilidad del MERS-CoV sólo disminuyó un 7 % a baja RH a 20°C. En comparación, el virus influenza A disminuyó un 95 % [150]. La supervivencia del MERS-CoV es inferior a la demostrada previamente para el SARS-CoV [152]. En el contexto, las bacterias patógenas pueden permanecer viables y en el aire durante 45 minutos en un aerosol tosido y pueden propagarse 4 m. La capacidad de MERS-CoV para permanecer viable durante largos períodos de tiempo le da la capacidad de contaminar completamente las superficies de Se desconoce si el MERS-CoV puede permanecer a la deriva e infeccioso durante períodos prolongados (verdaderamente aerotransportado) y si estos hallazgos amplían nuestra comprensión de las posibilidades de que las gotitas transmitan virus respiratorios en muchos entornos, incluyendo salas de espera hospitalarias, departamentos de emergencia, salas de tratamiento, instalaciones de cuidados intensivos abiertos y salas privadas de pacientes. La naturaleza y calidad del intercambio de aire, circulación y filtración son variables importantes en la medición y reducción del riesgo, así como el uso de salas de presión negativa para contener casos conocidos. Se considera que la propagación de la gota entre humanos es el mecanismo de transmisión humana a humana y se hizo hincapié en la necesidad de precauciones de las gotas después del hospital Al-Ahsa, la KSA y los brotes de Corea del Sur [21, 23, 154, 155]. La provisión de pruebas que apoyen la mejor formulación de equipos de protección personal para ser usados por los HCW que reciben, manejan o realizan procedimientos en casos infecciosos sigue siendo una prioridad. MERS-CoV fue encontrado y caracterizado por su aparente asociación con enfermedades graves, y por lo tanto más obvias, en humanos; éramos canarios en la mina de carbón. Seroensayos y estudios prospectivos de cohortes todavía no han determinado hasta qué punto los casos más leves o asintomáticos contribuyen a las cadenas de transmisión de MERS-CoV. Sin embargo, la transmisión de MERS-CoV se define como esporádica (no sostenida), intrafamiliar, a menudo asociada a la atención médica, ineficiente y que requiere contacto cercano y prolongado [22, 31, 63, 93, 97, 102, 156] En un estudio doméstico, 14 de 280 (5 %) contactos de 26 pacientes con índice positivo de MERS-CoV eran ARN o anticuerpos positivos; la tasa de transmisión general, incluso en brotes es de alrededor del 3 % [31]. Parece que la mayoría de los casos humanos de MERS-CoV, incluso cuando los números parecen aumentar repentinamente, no transmiten fácilmente a más de otro humano hasta la fecha, la epidemia localizada de MERS-CoV no ha sido autosostenible [157] [159] [160] [161]. Es decir, el número básico de reproducción (R 0 ) -el número medio de infecciones causadas por un individuo infectado en una población totalmente susceptible ha estado cerca de uno en varios grupos y brotes. Si R 0 era mayor que 1, se esperaría un aumento sostenido en el número de casos. Algunos cálculos de R o pueden verse afectados por el rastreo incompleto de los contactos de casos, pruebas comunitarias limitadas y cómo se define un caso. El MERS ha tenido una presencia constante en la Península Arábiga desde 2012 se debe a los eventos de derrames esporádicos en curso de DCs amplificados por brotes hospitalarios mal controlados. En marcado contraste, una seroencuesta de HCW que a veces estaba en contacto cercano y prolongado con el primer caso fatal de MERS-CoV en 2012 [162], encontró que ninguno de los HCW se había seroconvertido cuatro meses más tarde, a pesar de la ausencia de protección ocular y el cumplimiento variable de los estándares requeridos de EPP [162]. Al principio de la historia del MERS, las muestras para la prueba fueron recolectadas principalmente de pacientes con enfermedad grave y no de aquellos con infecciones respiratorias agudas más leves. Los contactos de los casos confirmados de MERS fueron a menudo observados para enfermedad clínica, pero no probados. Estas omisiones pueden haber confundido nuestra comprensión de la transmisión del MERS-CoV y sesginar los datos tempranos hacia un mayor número de pacientes gravemente enfermos y hospitalizados, inflando la aparente proporción de casos mortales. A medida que cambiaban los paradigmas de las pruebas y se hacían cada vez más pruebas de los contactos, se reconocían infecciones más asintomáticas y leves [163]. Un aumento en los casos llamados asintomáticos (que amplían el denominador para los cálculos de la proporción de casos mortales, definida en [164] ) dio lugar a una disminución en la proporción de casos mortales durante el brote de Yeddah-2014. Históricamente, tales aumentos son consistentes con la modificación de las definiciones y respuestas de laboratorio y el manejo clínico de una infección por virus recién descubierta que se observó por primera vez sólo entre los enfermos graves. Tras el seguimiento, más de tres cuartas partes de esas personas positivas del ARN del MERS-CoV recordaron haber tenido uno o más síntomas en ese momento, a pesar de que se notificó como asintomática [165], planteando alguna pregunta sobre la fiabilidad de otros datos Aproximadamente el 43 % de los casos MERS (549 de 1277) en la KSA fueron mortales entre 2012 y diciembre de 2015, mientras que el 21 % (72 de 330) fallecieron entre los que se produjeron fuera de la KSA. El número total de casos masculinos siempre supera en número a las mujeres y la proporción de muertes masculinas es siempre mayor que la proporción de mujeres que mueren. Sin embargo, la proporción de muertes masculinas de varones totales con MERS es similar a la de las mujeres. En la KSA, hay una mayor proporción de varones más jóvenes entre los casos y muertes que se observaron en los brotes de Corea del Sur o Jeddah-2014 de 2015 (Fichero adicional 2: Figura S2 ). Por qué estos aspectos han diferido pueden deberse a diferencias en el tiempo de presentación y diagnóstico, la naturaleza y calidad de la atención de apoyo, la forma en que una persona se contagió (habita, exposición a una fuente humana o zoonótica, carga viral, vía de infección) o la medida en que las diferentes poblaciones se ven afectadas por enfermedades subyacentes [40]. Como grupo, los HCW representaron el 16 % de los casos de MERS en la KSA y Corea del Sur. Es evidente que la proporción semanal de HCW infectados aumenta junto con cada fuerte aumento en las detecciones generales (Fig. 5). En mayo de 2013, la OMS publicó directrices para IPC durante el cuidado de casos probables o confirmados de infección por MERS-CoV en un entorno sanitario [166]. Estos aumentos en las detecciones de MERS-CoV pueden disminuir la edad media durante cada evento debido a que los HCW son generalmente más jóvenes que los pacientes internados con MERS. Las instalaciones sanitarias han sido un objetivo regular de mejoras sugeridas para mejorar los procedimientos de prevención y control de infecciones (IPC) [115, 118]. La mayor parte del análisis de la genética MERS-CoV se ha realizado utilizando métodos de secuenciación de alto rendimiento o "profundo" para la deducción completa del genoma [167] [168] [169]. MERS-CoV fue el primer sujeto de un uso tan extendido de secuenciación profunda para estudiar un brote viral emergente con alcance global. La técnica puede producir genómica [207] [209]. Las versiones anteriores y posteriores de esta tabla se mantienen en un blog personal [210] cobertura de longitud en un solo experimento con medición altamente repetitiva de cada posición de nucle A pesar de los ensayos publicados al principio, la secuenciación subgenómica, una vez el pilar de los estudios de brotes virales, se ha publicado con menos frecuencia durante la caracterización de MERS-CoV [48]. A medida que se han caracterizado más genomas tanto de humanos como de DC, se han hecho evidentes dos clados; A y B (Fig. 6). Clade A contiene sólo genomas de MERS-CoV derivados del hombre de Jordania, mientras que Clade B comprende la mayoría de genomas humanos y de camellos deducidos hasta ahora [168]. Dos estudios durante 2015, uno mirando a variantes de Jeddah-2014 MERS-CoV y otro mirando a una variante exportada de Corea del Sur a China, ahora han identificado signos de recombinación genética entre variantes de MERS-CoV. Si bien las secuencias del genoma humano y del genoma entero de camello han conservado una identidad de >99 % entre sí, los miembros de linajes genéticamente distintos pueden intercambiar material genético y lo hacen cuando co-ocurren condiciones adecuadas y co-fecciones [170] [171] [172]. La identidad compartida implica que la principal fuente de adquisición humana es el DC, en lugar de otro animal, aunque se necesitan más pruebas de otras especies animales para confirmar esa conclusión. Durante un mes, un virus de DC secuenciado en diferentes ocasiones no cambió en absoluto indicando un grado de estabilidad genómica en su huésped, apoyando que los DC son el anfitrión natural, en lugar de intermedio, del MERS-CoV que conocemos hoy [77]. Hasta la fecha, la recombinación se ha localizado en puntos de ruptura cerca del límite entre las regiones ORF1a y ORF1b, dentro del gen de pico [170] No es inesperado que la recombinación se produzca ya que es bien conocida entre otras CoVs [124] y porque la mayoría de los genomas enteros del MERS-CoV recogidos a partir de muestras de tres años (2012-2015) y de seres humanos, camellos y diferentes países han mostrado una identidad genética cercana entre sí, con una variación sutil suficiente para apoyar investigaciones de brotes mientras se aplique la secuenciación del genoma completo [52, 77, 135, 138, 168, [173] [174] [175]. Los cambios en la secuencia del genoma pueden anunciar alteraciones en la transmisibilidad del virus, replicación, persistencia, letalidad o respuesta a medicamentos futuros. Si tenemos conocimiento previo del impacto de los cambios genéticos debido a estudios de caracterización exhaustivos, podemos establecer una estrecha relación genética entre las secuencias de nucleótidos del MERS-CoV (cargado desde GenBank utilizando los números de adhesión enumerados y Este árbol de unión vecino fue creado en MEGA v6 utilizando una alineación de las secuencias humanas y DCderivadas de MERS-CoV (Genious v8.1 [211] ). Clades se indican junto a barras verticales azules oscuras (Clade A) o pálidos (Clade B). Los iconos de camello denotan genomas de DC. Los brotes sanitarios o comunitarios se encajonan y etiquetan utilizando esquemas previamente descritos [212, 213] monitorean las regiones genómicas y entienden mejor cualquier cambio en la transmisión o patrones de enfermedad a medida que ocurren. Las mutaciones genéticas observadas durante el mayor de los brotes humanos, Jeddah-2014, no impartieron ningún cambio importante replicativo o inmunomodulador cuando se comparan con las variantes virales anteriores in vitro [156, 176]. Sin embargo, entendemos muy poco de los resultados fenotípicos que resultan del cambio genético sutil en Hasta la fecha no se ha informado de ninguna relevancia clínica ni de cambios in vivo evidentes en la replicación, eliminación o transmisión vírica, o se ha atribuido a mutaciones o a nuevos virus recombinantes [156]. Pero se necesitan vigilancia y estudios más grandes, contemporáneos e in vivo. La secuencia genomática localizada a un clado distinto se identificó a partir de un DC egipcio que probablemente fue importado de Sudán. Esto no encaja en ninguno de los clados actuales [125, 168, 177]. Un virus secuenciado a partir de un murciélago Neoromicia capensis estaba más estrechamente relacionado con el MERS-CoV que otras grandes secuencias derivadas de murciélagos habían estado hasta ese punto, pero el genoma de una variante de un MERS-CoV aún no se ha descubierto y deducido de cualquier murciélago [125]. Los análisis de genomas del MERS-CoV han demostrado que la mayoría de las diferencias nucleó 2), que codifica la proteína de pico y proteínas accesorias [168]. Al menos nueve genomas del MERS-CoV contenían sustituciones de aminoácidos en el dominio de unión a los receptores (RBD) de la proteína de pico y los codones 158 (región N-terminal), 460 (RBD), 1020 (en la repetición de heptad 1), 1202 y 1208 investigación de osos como marcadores de cambio adaptativo [140, 169]. La proteína de pico no había cambiado en el genoma recombinante del MERS-CoV identificado en China en 2015, pero se informó que había variado a un ritmo superior al de genomas completos del MERS-CoV, entre variantes surcoreanas [172, 178]. Esto destaca que las regiones subgenómicas pueden no siempre contener suficiente diversidad genética para ser útiles para diferenciar variantes virales. A pesar de esto, un ensayo que amplificaba un fragmento de nucleótido 615 del gen de dominio S2 de pico para la secuenciación de Sanger coincidió con los resultados generados por la secuenciación de algunos genomas completos y fue útil para definir grupos de secuencias adicionales [177]. La secuencia genómica también se puede utilizar para definir los límites geográficos de un cúmulo o brote y monitorear su progreso, basado en la similitud de las variantes encontradas entre humanos y animales infectados cuando ocurren juntos, o entre diferentes sitios y tiempos (Fig. 6 ) [169]. Este enfoque se utilizó al definir el brote de hospital MERS con limitaciones geográficas en Al-Ahsa, que ocurrió entre el 1 de abril y el 23 de mayo de 2013, así como los cúmulos en Buraidah y un brote comunitario en Hafr Al-Batin, el KSA. La secuenciación genómica identificó que aproximadamente 12 detecciones de MERS-CoV de un brote comunitario en Hafr Al-Batin entre junio y agosto de 2013 pudieron haber sido desencadenadas por un caso índice que se infectó a través del contacto DC [175]. La secuenciación de genomas de MERS-CoV del brote hospitalario de Al-Ahsa de 2013 indicó que múltiples variantes virales contribuyeron a los casos, pero que la mayoría fueron lo suficientemente similares entre sí como para ser consistentes con la transmisión humano-humana. La epidemiología molecular ha revelado enlaces ocultos en cadenas de transmisión que abarcan un período de hasta cinco meses [179]. Sin embargo, la mayoría de los brotes no han continuado durante más de dos a tres meses y por lo tanto las oportunidades para que el virus se adapte más a los seres humanos a través de la coinfección y el tránsito en serie sostenido han sido raras [169]. En Riad-2014, la evidencia genética apoyaba la probabilidad de múltiples introducciones externas de virus, implicando una gama de instalaciones de salud en un caso que de otro modo parecía contiguo [23, 168, 179]. Riad es un nexo para el viaje de camellos y humanos y ha tenido más casos MERS que cualquier otra región de la KSA hasta la fecha, pero también alberga una amplia gama de variantes MERS-CoV [128, 167, 179]. Sin embargo, el brote surcoreano se originó de una sola persona infectada, resultando en tres a cuatro generaciones de casos [180, 181]. Estudios de esta variante viral aparentemente recombinante no encontraron un aumento de la tasa evolutiva y ningún signo de adaptación al virus, por lo que el brote parece haber sido impulsado por circunstancias más que por circunstancias junto con mutación [181]. Para muchos casos MERS detectados fuera de la Península Arábiga, se El rastreo de contacto es esencial para contener la aparición y transmisión de un nuevo virus y hoy en día está apoyado por la epidemiología molecular. Aunque es un proceso costoso y que consume tiempo, el rastreo de contacto puede identificar posibles nuevas infecciones y, a través del monitoreo activo o pasivo, reaccionar más rápidamente si la enfermedad se desarrolla. Los resultados del rastreo de contacto hasta la fecha han encontrado que la transmisión continua entre los seres humanos es un evento poco frecuente. Por ejemplo, hubo 83 contactos, tanto sintomáticos como asintomáticos, de un caso tratado en Alemania que viajó desde los Emiratos Árabes Unidos pero no se encontraron signos de virus o anticuerpos en ninguno de ellos [73]. En un estudio de 123 contactos de un caso tratado en Francia, sólo siete coincidieron con la definición de un posible caso y fueron probados; uno que había compartido una habitación hospitalaria de 20 m2 mientras que en una cama a 1,5 m de distancia del caso índice durante un período prolongado fue positivo [26]. Ninguno de los contactos de los dos primeros casos MERS importados a los EE.UU. en 2014 contenía ninguna huella MERS-CoV [182] y ninguno de los 131 contactos de dos viajeros que regresaron a los Países Bajos desarrolló anticuerpos MERS-CoV o testó ARN positivo [25, 183]. Los análisis de datos públicos revelan muchos casos probables de adquisición nosocomial de infección en la Península Arábiga y estos datos pueden ir acompañados de algunos detalles que señalan el contacto con un caso o instalación conocido. Un ejemplo identificó el papel probable de un paciente con una infección subclínica, presente en un hospital durante su ingreso por otras razones, como el caso índice más probable que desencadena un grupo familiar [93]. El rastreo de contacto fue un factor significativo en la terminación de un brote de 2015 con múltiples hospitales surcoreanos [184]. Estos estudios demuestran la necesidad de encontrar y comprender un papel para los casos leves y asintomáticos, junto con la restricción del contacto cercano o la exposición prolongada de las personas infectadas a otras, especialmente familiares mayores y amigos con enfermedad subyacente (Fig. 4c). El brote asociado al hospital en Jeddah en 2014 fue la acumulación más grande y rápida de las detecciones de MERS-CoV hasta la fecha. El mayor número de detección de MERS-CoV de cualquier mes registrado se produjo en Yeddah en abril. El brote se asoció principalmente (> 60 % de los casos) con la propagación de seres humanos a seres humanos en entornos hospitalarios y se debió a la falta de prevención y control de las infecciones [37, 185, 186]. Un aumento de las muertes siguió al rápido aumento del número de casos. En 2015 ocurrieron dos grandes brotes. Corea del Sur fue el lugar del primer brote a gran escala fuera de la Península Arábiga y produjo los primeros casos tanto en Corea del Sur como en China, entre mayo y julio de 2015. Esto fue seguido de cerca por un brote distinto en la provincia de Ar Riyad en el KSA que parecía estar bajo control a principios de noviembre. Después de permanecer en Bahréin durante dos semanas, un varón de 68 años (68 M) viajó a Corea del Sur vía Qatar, llegando libre de síntomas el 4 de mayo de 2015 [187]. Desarrolló fiebre, mialgia y tos casi una semana más tarde Visitó una clínica como ambulatorio entre los días 12 y 15 de mayo y fue ingresado en el Hospital A el día 15 [188]. Fue dado de alta del Hospital A el día 17 y luego fue ingresado en el servicio de urgencias del Hospital B el día 18. Durante esta segunda estancia, se tomó una muestra de esputo y dio positivo para el MERS-CoV el día 20 [187, 188], desencadenando el traslado al centro de tratamiento de aislamiento designado. Durante un período de 10 días, el caso índice fue visto en tres hospitales diferentes, demostrando una característica clave de "compra hospitalaria" que conformó el brote surcoreano. Aproximadamente 34 personas fueron infectadas durante este tiempo [187]. En total 186 casos fueron generados en este brote, todos vinculados a través de una única cadena de transmisión a 68 M; 37 casos murieron [189]. En Corea del Sur, el sistema nacional de seguro médico prevé una atención médica de costo relativamente bajo, sufragando algunos costos al hacer que los familiares sean responsables de una parte de la administración de los enfermos, lo que a veces los hace permanecer durante largos períodos en las habitaciones que a menudo tienen más de cuatro camas en ellas [24]. Otros factores que se pensaba que habían permitido este brote eran la falta de familiaridad de los médicos locales con MERS, la facilidad con la que el público puede visitar y ser tratado por hospitales terciarios, la costumbre de visitar a amigos y familiares enfermos en hospitales, la naturaleza jerárquica de la sociedad coreana, las salas de emergencia abarrotadas, las medidas deficientes del IPC, la falta de salas de aislamiento de presión negativa y la mala comunicación interhospitalaria de los historiales de enfermedades de los pacientes [24, [190] [191] [192]. Hasta la fecha se han comunicado pocos detalles clínicos sobre estos casos y los detalles sobre la transmisión y el rastreo de los contactos son mínimos. Los hospitales involucrados inicialmente no fueron identificados, la orientación y las acciones gubernamentales produjeron mensajes confusos y hubo una comunicación muy limitada en los primeros tiempos, lo que dio lugar a preocupaciones innecesarias, desconfianza y un impacto económico distinto [191, [196] [197] [198]. Al principio del brote, un viajero infectado, hijo de un caso identificado en Corea del Sur, pasó por Hong Kong en su camino a China, donde estaba ubicado, aislado y atendido en China [91, 199, 200]. No hubo contactos que enfermaran.El brote se puso bajo control a finales de julio/a principios de agosto [201] después de que se emplearan medidas mejoradas del IPC, seguimiento y cuarentena de contactos sólidos, pruebas de laboratorio ampliadas, hospitales fueron mejor asegurados, se envió personal especializado para gestionar los casos Una revisión de los datos públicos mostró que, al igual que en el caso del MERS en la KSA, la edad avanzada y la presencia de enfermedad subyacente se asociaron significativamente con un desenlace fatal en Corea del Sur. [40] Aunque R 0 es <1, los eventos de superdifusión facilitados por circunstancias creadas en entornos de salud y caracterizadas por tamaños de clúster superiores a 150, como este, no son inesperados por la infección por MERS-CoV [204]. La dinámica de un brote depende de la R 0 y de los patrones de eliminación viral de un individuo, el tipo y la frecuencia de contacto, los procedimientos hospitalarios y la estructura y densidad de la población [204]. En la región de Ar Riyad, incluida la capital de Riad, se inició un cúmulo hospitalario dentro de un solo hospital a partir de finales de junio de 2015 [205]. A mediados de septiembre se habían notificado aproximadamente 170 A pesar de la introducción continua y posiblemente estacional del virus en la población humana a través de los DC infectados y tal vez otros animales que aún no se han identificado, la gran mayoría de la transmisión del MERS-CoV se ha producido de seres humanos infectados a no infectados en contacto cercano y prolongado a través de circunstancias creadas por un control deficiente de las infecciones en los entornos de atención de la salud. Este virus oportunista ha tenido su mayor impacto en las personas con enfermedades subyacentes y esas personas vulnerables, que a veces sufren múltiples comorbilidades, se han asociado con mayor frecuencia con los hospitales, creando una tormenta perfecta de exposición, transmisión y mortalidad. No está claro si este grupo se ve afectado de manera única por el MERS-CoV o si otras infecciones respiratorias, incluidas las de los HCoV, producen un impacto igualmente grave. En Corea del Sur, un solo caso importado creó un brote de 185 casos y 36 muertes que tuvieron un impacto desproporcionado en el desempeño económico, el comportamiento de la comunidad y la confianza en el gobierno y el sistema de atención de la salud. La transmisión del hogar de seres humanos a seres humanos se produce, pero también es limitada. Los programas educativos serán herramientas esenciales para combatir la propagación del MERS-CoV tanto dentro de las comunidades urbanas y regionales como para el entorno de atención de la salud. La vigilancia sigue siendo importante para la contención, ya que el MERS-CoV es un virus con una composición genética que se ha observado durante sólo tres años y no es estable. Entre todos los seres humanos que se han notificado que están infectados, casi el 40% han muerto. La secuenciación del genoma completo se ha utilizado extensamente para estudiar el recorrido y la variación del MERS-CoV y aunque sigue siendo una herramienta para expertos, parece ser la mejor herramienta para el trabajo. El MERS y el SRAS tienen algunas similitudes clínicas pero también difieren significativamente [206]. Entre las características definitorias se incluyen el PFC más alto entre los casos del MERS (superior al 50 % en 2013 y actualmente en el 30-40%; muy por encima del 9 % del SRAS) y la asociación más alta entre el MERS mortal y los hombres mayores con comorbilidades subyacentes. Para los virus, el MERS-CoV tiene un tropismo más amplio, crece más rápidamente in vitro, induce más rápidamente cambios citopatógenos, desencadena respuestas transcripcionales distintas, hace uso de un receptor diferente, induce un estado más proinflamatorio y tiene una respuesta antiviral tardía en comparación con el SRAS Parece haber una prevalencia del 2-3 % de MERS-CoV en la KSA con una probabilidad del 5 % de transmisión secundaria dentro del hogar. Hay un mayor riesgo de infección a través de ciertas ocupaciones en ciertos momentos y una probabilidad mucho mayor de propagación a otros seres humanos durante circunstancias creadas por los humanos, lo que impulsa una transmisión más efectiva que cualquier R 0 predeciría sobre el valor facial. Sin embargo, a pesar de las múltiples concentraciones masivas que han proporcionado al virus muchos millones de oportunidades de propagación, no se han reportado brotes de MERS o MERS-CoV durante o inmediatamente después de estos eventos. No hay evidencia de que el MERS-CoV sea un virus de preocupación pandémica. Sin embargo, los entornos hospitalarios continúan describiendo casos y brotes de MERS en la Península Arábiga. Mientras facilitemos la propagación del MERS-CoV entre nuestras poblaciones más vulnerables, el mundo debe permanecer en alerta para los casos que puedan ser exportados con mayor frecuencia cuando un país de acogida con reservorios de camellos infectados está experimentando conglomerados o brotes humanos. El MERS-CoV parece ser un virus enzoótico que infecta a la URT DC con evidencia de recombinación genética reciente. Puede que una vez haya tenido su origen entre los murciélagos, pero falta evidencia y la relevancia de ello para la epidemia actual es académica. Gracias a la acción rápida, las herramientas de diagnóstico molecular sensibles y rápidas necesarias para lograr un objetivo de detección rápido y sensible han sido establecidas y ampliamente disponibles desde que el virus fue reportado en 2012. RT-PCR pruebas de muestras de LRT siguen siendo el estándar de oro para la confirmación del MERS-CoV. Las herramientas serológicas siguen surgiendo pero necesitan una validación adicional utilizando muestras de infecciones leves y asintomáticas y un estudio de cohorte densamente muestreado para seguir los contactos de nuevos casos puede abordar esta necesidad. Del mismo modo, la importante cuestión de si aquellos que eliminan el ARN MERS-CoV durante períodos prolongados son infecciosos mientras aparecen bien, sigue sin respuesta. Incluso no está claro cuántas infecciones 'asintomáticas' se han descrito y reportado correctamente, lo que a su vez plantea preguntas sobre la fiabilidad de la recolección de otros datos clínicos hasta la fecha. Si bien la virología básica del MERS-CoV ha avanzado en el transcurso de los últimos tres años, la comprensión de lo que está sucediendo en, y la interacción entre, camello, medio ambiente y humano todavía está en su infancia.

¿Cómo se define la transmisión de MERS-CoV?

MERS coronavirus: diagnóstico, epidemiología y transmisiónhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4687373/SHA: f6fcf1a99cbd073c5821d1c4ffa3f2c6daf8ae29Autores: Mackay, Ian M.; Arden, Katherine E.Fecha: 2015-12-22DOI: 10.1186/s12985-015-0439-5Licencia: cc-byAbstract: Los primeros casos conocidos de síndrome respiratorio de Oriente Medio (MERS), asociados con la infección por un nuevo coronavirus (CoV), se produjeron en 2012 en Jordania, pero se informó retrospectivamente.El primer caso que se informó públicamente fue de Jeddah, en el Reino de Arabia Saudita (KSA). Desde entonces, las secuencias de MERS-CoV se han encontrado en un murciélago y en muchos camellos dromedarios (DC). MERS-CoV es enzoótico en toda la Península Arábiga y en partes de África, causando enfermedades leves del tracto respiratorio superior en su reservorio de camellos y infecciones humanas esporádicas, pero relativamente raras. Precisamente cómo el virus transmite a los seres humanos sigue siendo desconocido, pero la exposición estrecha y prolongada parece ser un requisito. El KSA es el punto focal de MERS, con la mayoría de los casos humanos. En los seres humanos, MERS se conoce principalmente como una enfermedad del tracto respiratorio inferior (RTL) que incluye fiebre, tos, dificultades respiratorias y neumonía que puede progresar a síndrome de dificultad respiratoria aguda, fallo multiorgánico y muerte en un 20% a 40% de los infectados. Sin embargo, MERS-CoV también se ha detectado en enfermedades leves y similares a En comparación con el síndrome respiratorio agudo grave (SARS), otra enfermedad zoonótica del coronavirus a veces fatal que ha desaparecido desde entonces, el MERS progresa más rápidamente hacia la insuficiencia respiratoria y la lesión renal aguda (también tiene afinidad por el crecimiento de las células renales en condiciones de laboratorio), es más frecuente en los pacientes con enfermedad subyacente y es más a menudo fatal. La mayoría de los casos humanos de MERS se han relacionado con fallos en la prevención y el control de infecciones (IPC) en los entornos de salud, con aproximadamente el 20% de todas las detecciones de virus notificadas entre los trabajadores de la salud (HCWs) y exposiciones más altas en aquellos con ocupaciones que los ponen en estrecho contacto con camellos. Los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) han estado disponibles casi desde el comienzo de la aparición de MERS. Mientras que la virología básica de MERS-CoV ha avanzado en los últimos tres años, la comprensión de la interacción entre camello, medio ambiente y restos humanos limitados. MATERIAL SUPLEMENTO ELECTRÓNICO: La versión en línea de este artículo (doi:10.1186/s12985-015-0439-5) contiene material suplementario, que está disponible para los usuarios autorizados. Texto: Un correo electrónico del Dr. Ali Mohamed Zaki, un virólogo egipcio que trabaja en el Hospital Dr. Soliman Fakeeh en Jeddah en el Reino de Arabia Saudita (KSA) anunció la primera cultura de un nuevo coronavirus al mundo. El correo electrónico fue publicado en el sitio web de la red de enfermedades emergentes profesionales (ProMED) el 20 de septiembre de 2012 [1] (Fig. 1) y describió el primer caso reportado, un hombre de 60 años de edad de Bisha en la KSA. Esta información llevó al rápido descubrimiento de un segundo caso del virus, esta vez en un paciente enfermo en el Reino Unido, que había sido transferido de Qatar para su atención [2]. El nuevo virus fue inicialmente llamado coronavirus nuevo (nCoV) y subsecuentemente titulado el síndrome de respiración del Oriente Medio coronavirus (MERS-CoV). A partir del 2 de septiembre de 2015, ha habido 1.493 detecciones de ARN viral o anticuerpos específicos del virus en 26 países (Fichero adicional 1: Figura S1) confirmado por la Organización Mundial de la Salud (OMS), con más de un tercio de las personas positivas muriendo (al menos 527, 35 %) [3]. Desde ese primer informe, un lento proceso de descubrimiento durante los siguientes dos o tres años reveló un virus que había infectado más del 90 % de los camellos dromedarios adultos (DC; Camelus dromedario) en la KSA [4], también en los países en desarrollo de toda la Península Arábiga y partes de África que son una fuente de importaciones de DC para la KSA [5]. Hasta la fecha, el MERS-CoV no se ha detectado en los países en desarrollo sometidos a pruebas en zoológicos o rebaños de otras partes del mundo [6] [7] [9]. Ocasionalmente, el virus se transmite de los DC infectados a los seres humanos expuestos. La transmisión posterior a otros seres humanos requiere una exposición relativamente cercana y prolongada [10]. Se patentó el primer aislado viral y se planteó la preocupación de que ello limitaría el acceso tanto al virus como a los diagnósticos virales [11, 12]. Sin embargo, los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) se describieron rápidamente y el virus se puso a disposición de forma gratuita, sujeto a consideraciones rutinarias de bioseguridad [13]. La epidemiología y la investigación posteriores han identificado al receptor celular como exopeptidasa dipeptidil peptidasa 4 (DPP4; también llamada CD26); que el MERS-CoV tiene un amplio tropismo, replicando mejor en algunas líneas celulares y provocando una respuesta más proinflamatoria que el SARS-CoV; está muy extendido en los DC; tiene el potencial de infectar a otros animales y que el MERS mata a su huésped humano con más frecuencia que el SARS (20-40% frente al 9 % para el SARS [14] ) [15] [16] [17] [19]. El MERS-CoV se propaga esporádicamente entre las personas, causando enfermedades más graves entre los adultos mayores, especialmente los varones, con enfermedades preexistentes.La propagación del MERS-CoV entre los seres humanos se ha asociado a menudo con brotes en los hospitales, con alrededor del 20% de todos los casos hasta la fecha en los que han participado trabajadores de la salud (HCWs).Aunque los DC parecen sufrir el equivalente a un "frío común" de la infección por MERS-CoV, en los seres humanos el virus puede ser un patógeno más grave y oportunista asociado con la muerte de hasta el 40% de los casos notificados. Aún no se ha establecido si las infecciones que se cree que se han adquirido de una fuente animal producen un resultado más grave que los que se propagan entre los seres humanos [20]. Los estudios han establecido que el período medio de incubación para el MERS es de cinco a seis días, que van de dos a 16 días, con 13 a 14 días entre el inicio de la enfermedad en una persona y posteriormente se extiende a otra [21] [22] [23]. Entre aquellos con enfermedad progresiva, la mediana de tiempo hasta la muerte es de 11 a 13 días, que van de cinco a 27 días [23, 24]. La fiebre y los síntomas gastrointestinales pueden formar un pródromo, después de lo cual los síntomas disminuyen, sólo para ser seguidos por un síndrome sistémico y respiratorio más grave [25, 26]. La primera definición de caso de la OMS [27] definió los casos probables de MERS basados en la presencia de enfermedad febril, tos y el requisito de hospitalización con sospecha de compromiso del tracto respiratorio inferior (RTL), incluyendo también roles para el contacto con un caso probable A partir de julio de 2013, la definición revisada del caso de la OMS incluía la importancia de buscar y comprender el papel de los casos asintomáticos y, a partir de junio de 2014, la definición de la OMS indicaba más claramente que un caso confirmado incluía a cualquier persona cuya muestra fuera RT-PCR positiva para MERS-CoV, o que produjera una seroconversión, independientemente de los signos y síntomas clínicos. [28] [30] Aparte de los informes de la OMS y del Ministerio de Salud de la KSA, los casos asintomáticos o subclínicos de infección por MERS-CoV se documentaron en la literatura científica, aunque no siempre tan a menudo como ocurrió a principios de [31, 32]. La definición del caso de la KSA se hizo más estricta el 13 de mayo de 2014, basándose en la presencia de ambas características clínicas y confirmación de laboratorio [33]. Las pruebas de personas asintomáticas fueron recomendadas a partir de diciembre de 2014 [34], reforzadas por una definición de caso publicada por el Ministerio de Salud de la KSA en junio de 2015 [35]. La KSA ha sido la fuente del 79 % de los casos humanos. El MERS severo es notable por su impacto entre los hombres mayores con enfermedades comorbidas, incluyendo diabetes mellitus, cirrosis y diversas afecciones pulmonares, renales y cardíacas [36] [38]. Interesantemente en junio de 2015, un brote en Corea del Sur siguió una distribución similar [39, 40]. Entre los casos confirmados en laboratorio, los signos y síntomas de fiebre, tos y tracto respiratorio superior (URT) generalmente ocurren primero, seguidos en una semana por trastornos progresivos de TL y linfopenia [37]. Los pacientes a menudo se presentan a un hospital con neumonía o peor, y se han notificado infecciones Según se informa, el MERS ha matado aproximadamente el 35 % de todos los casos notificados, el 42 % de los casos en la KSA, pero sólo el 19 % de los casos en Corea del Sur, donde la mortalidad osciló entre el 7 % entre los grupos de edad más jóvenes y el 40 % entre los de 60 años o más [42] ; todos pueden ser valores inflados con infecciones asintomáticas o leves a veces no buscadas o no reportadas [34]. La atención de apoyo general es clave para tratar los casos graves [43]. Rara vez se informa que los niños menores de 14 años son positivos para la MERS-CoV, que comprende sólo el 1,1% (n = 16) del total de casos notificados. Entre el 1 de septiembre de 2012 y el 2 de diciembre de 2013, un estudio describió el recuento de casos pediátricos en la KSA, que se situaba en 11 (dos a 16 En Amman (Jordania), se probaron 1.005 muestras de niños hospitalizados menores de dos años con fiebre y/o signos y síntomas respiratorios, pero ninguna fue positiva para ARN MERS-CoV, a pesar de haber sido recolectadas en un momento similar al primer brote conocido de MERS-CoV en la ciudad vecina de Al-Zarqa [45]. Un segundo trimestre de mortinato ocurrió en una mujer embarazada durante una enfermedad respiratoria aguda y aunque no fue RT-rtPCR positivo, la madre desarrolló posteriormente anticuerpos contra MERS-CoV, sugestivos de infección reciente [46]. Su historia de exposición a un pariente positivo de MERS-CoV RT-rtPCR y un esposo anticuerpo reactivo, su período de incubación y su historia sintomática cumplieron los criterios de la OMS para ser un probable caso de MERS-CoV [46]. Los métodos de diagnóstico se publicaron dentro de los días del correo electrónico ProMED anunciando el primer caso MERS [47], incluyendo varios ensayos RT-rtPCR (Fig. 2 ) y cultivo de virus en células Vero y LLC-MK2 [18, 47, 48]. Un adenocarcinoma colorrectal (Caco-2 ) línea celular epitelial ha sido recomendado desde entonces para el aislamiento de infecciones MERS-CoV [49]. Anteriormente [18].. Los marcos de lectura abiertos se indican como rectángulos amarillos entre corchetes por regiones terminales no traducidas (UTR; rectángulos grises ). FS-frame-shift. Las regiones predictas que abarcan puntos de ruptura de recombinación se indican por píldoras naranjas. Creado utilizando Geneious v8.1 [211] y anotado usando Adobe Illustrator. Bajo este esquema se muestra la ubicación de los imprimadores RT-PCR (las flechas azules indican la dirección) y oligoprobes (rectángulos verdes) utilizados en los primeros ensayos de cribado RT-rtPCR y en los convencionales, seminés (tres imprimaciones) RT-PCR confirmatorios de secuenciación [47, 48]. El orden de publicación se observa por primera [27 de septiembre de 2012; rojo] y segundo [6 de diciembre de 2012; naranja] rectángulos de color; ambos de Corman y otros [47, 48] Los ensayos recomendados por la OMS se destacan debajo por puntos amarillos [53]. El imprimador reverso NSeq ha contenido consistentemente una secuencia incompatibilidad con algunas variantes de MERS-CoV. Una versión alterada de la de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio del Oriente Medio: Una Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con el permiso de Elsevier [5] revisó el amplio tropismo de MERS-CoV [5]. Sin embargo, como se describe bien, el cultivo celular es un método lento, especializado e insensible [50] mientras que las técnicas basadas en PCR son el método preferido para la detección de MERS-CoV. Los primeros marcos de lectura abiertos (ORF 1a y 1b; Fig. 2) se han convertido en un objetivo diagnóstico clave y taxonómico para la identificación de especies CoV. Con menos del 80 % de identidad entre la secuencia de aminoácidos de MERS ORF 1ab y parientes del betacoronavirus, Tylonycteris Bat HKU4 y Pipistrellus Bat HKU5, se puede concluir que es un virus novedoso y distinto. Las proteínas estructurales incluyen el pico (S), la envoltura (E), la membrana (M) y el nucleocápsido (N) [52]. Se prevé que los productos de ORF1a y ORF1b codificarán proteínas no estructurales. La mayoría de los ensayos de muestras realizados hasta la fecha han empleado ensayos RT-rtPCR validados que han demostrado ser sensibles y específicos [47, 48, 53]. El kit de RealStar® utiliza estos ensayos recomendados por la OMS [54]. Las secuencias objetivo de estos ensayos de cribado no han cambiado entre los genomas examinados hasta al menos mediados de 2015 (observación IMM). Otros ensayos RT-rtPCR han sido desarrollados y validados para su uso como herramientas de diagnóstico basadas en laboratorio [55] [56]. Además, los ensayos isotérmicos [58, 59] o recombinasa polimerasa [60] La detección del antígeno MERS-CoV no ha sido común hasta la fecha, pero la combinación de corto tiempo de retorno de la prueba al resultado, alto rendimiento e identificación de proteínas virales hace que esta opción sea atractiva. La detección de proteínas virales en lugar de ARN viral indica la probable presencia de virus infecciosos. La primera herramienta inmunocromatográfica rápida descrita podría detectar proteína nucleocápsida MERS-CoV recombinante de hisopos nasales DC con sensibilidad al 94 % y especificidad al 100 % en comparación con RT-rtPCR [61]. Un enfoque diferente utilizó una captura basada en anticuerpos monoclonales ELISA dirigida a la proteína nucleocápsida MERS-CoV con una sensibilidad de 10 3 CCID 50 y especificidad al 100 % [62]. La demostración de una seroconversión a una infección por MERS-CoV cumple con la definición actual de la OMS de un caso tan optimizado y ampliamente validado que los seroensayos empleados junto con buenas historias clínicas son útiles para identificar la infección por MERS-CoV y ayudar a apoyar estudios de transmisión. Debido a que las pruebas serológicas son, por su naturaleza, retrospectivas, es habitual detectar una huella viral, en forma de anticuerpos, en ausencia de signos o síntomas de enfermedad y a menudo en ausencia de ARN viral [63]. Las seroencuestas estratégicas y generalizadas de seres humanos que utilizan muestras recogidas después de 2012 son infrecuentes. Gran parte de la Península Arábiga y todo el Cuerno de África carecen de datos de referencia que describan la proporción de la comunidad que puede haber sido infectada por un MERS-CoV. Sin embargo, las seroencuestas han tenido un uso Debido a la identidad compartida entre DC y el MERS-CoV humano (ver epidemiología molecular: utilizando genomas para entender brotes), los ensayos serológicos para las seroencuestas de DC deben ser transferibles al cribado humano con una reconfiguración mínima. Además, no se ha encontrado ninguna variación diagnóstica relevante en la actividad de neutralización entre una gama de aislados y seras testados de MERS-CoV circulantes, por lo que los seroensayos de virus enteros o específicos basados en proteínas deben funcionar de manera equivalente en la detección de respuestas serológicas al serotipo único de MERS-CoV [49]. El desarrollo de ensayos serológicos robustos requiere paneles confiables de sueros animales o humanos bien caracterizados, incluidos los positivos para anticuerpos específicos del MERS-CoV, así como para fuentes probables de reacción cruzada [64]. La obtención de estos materiales fue problemática y enlenteció el desarrollo y comercialización de ensayos de detección de anticuerpos para ensayos humanos [64]. Se han liberado varios kits comerciales de ELISA, kits de ensayos inmunofluorescentes (IFA), proteínas recombinantes y anticuerpos monoclonales [31, [65] [66] [68]. Inicialmente, se utilizaron IFAs convencionales para seroencuestas humanas. Estos se basaron en el cultivo celular infectado por MERS-CoV como fuente de antígeno, detectando la presencia de anticuerpos humanos anti-MERS-CoV IgG, IgM o neutralizantes en muestras humanas [18, 48, 69]. No se encontró ningún signo de anticuerpos MERS-CoV entre 2.400 sueros de pacientes que visitaron el Hospital de Jeddah, desde 2010 hasta 2012, antes de la descripción de MERS-CoV [18]. Los métodos IFA tampoco detectaron ningún signo de infección previa por MERS-CoV entre una pequeña muestra de 130 donantes de sangre sanos de otro hospital de Jeddah (recogida entre enero y diciembre de 2012) [70]. De 226 trabajadores del matadero, sólo ocho (3,5%) fueron positivos por IFA, y los sueros no pudieron ser confirmados por la prueba de neutralización del virus (NT). El estudio indicó que HCoV-HKU1 era una fuente probable de antígenos de reacción cruzada en todo el virus IFA [70]. El virus completo MERS-CoV IFA también sufrió alguna reactividad cruzada con el SRAS convaleciente sera y esto no pudo resolverse mediante una prueba de NT que también fue reactiva [71]. La IFA utilizando proteínas recombinantes en lugar del virus entero IFA, ha demostrado ser una herramienta más específica [31]. Dado que se han postulado zoonosis asintomáticas [72], la ausencia de anticuerpos contra el MERS-CoV entre algunos humanos que tienen contacto regular y estrecho con camellos puede reflejar la rareza de animales infectados activamente en carnicerías, un riesgo de transmisión limitado asociado con DCs de sacrificio [70], un estado inmune cruzado de protección preexistente o algún otro factor(s) que resulta en un bajo riesgo de enfermedad y seroconversión concurrente que se desarrolla después de la exposición en este grupo. IFA usando proteínas recombinantes en su lugar. Algunos seroensayos han pasado por alto los riesgos de trabajar con virus infecciosos al crear células transfectadas que expresan porciones recombinantes de las proteínas nucleocápsidas y punzantes del MERS-CoV [48, 73], o utilizando un lentivirus recombinante que expresa la proteína de pico del MERS-CoV Un ensayo de pseudoneutralización de partículas (ppNT) ha sido ampliamente utilizado en estudios en animales y fue al menos tan sensible como la prueba tradicional de microneutralización (MNT). [10, 74, [76] [77] [78] ] Los estudios que utilizaron pequeños números de muestra y ppNT no encontraron evidencia de anticuerpos neutralizantes MERS-CoV en sueros de 158 niños con infecciones de LRT entre mayo de 2010 y mayo de 2011, 110 sera de 19 a 52 años de edad donantes de sangre masculina y 300 trabajadores autoidentificados de animales de la Región Jazan de la KSA durante 2012 [79, 80]. Del mismo modo, un estudio de cuatro pastores en contacto con una manada infectada de DC en Al-Ahsa, ocho personas que tenían contacto intermitente con la manada, 30 veterinarios y personal de apoyo que no estaban expuestos a la manada, tres trabajadores de mataderos no protegidos en Al-Ahsa y 146 controles que no estaban expuestos a DC en ningún papel profesional, no encontró ninguna evidencia serológica de infección por MERS-CoV en el pasado utilizando el ensayo ppNT [10]. Un retraso en la respuesta de anticuerpos neutralizantes a la infección por MERS-CoV se asoció con un aumento de la gravedad de la enfermedad en los casos de Corea del Sur con la mayoría de las respuestas detectables para la tercera semana de enfermedad, mientras que otros, aunque la enfermedad era grave, no respondieron durante cuatro o más semanas [81]. Las implicaciones para nuestra capacidad de detectar cualquier respuesta en casos leves o asintomáticos no fueron exploradas, pero Un brote jordano de TRT aguda en un hospital en 2012 se encontró retrospectivamente asociado a la infección por MERS-CoV, utilizando inicialmente RT-rtPCR, pero posteriormente, y en una escala mayor, a través de la positividad por ELISA y la prueba IFA o MNT. [46, 82, 83] Este brote fue anterior al primer caso de MERS en la KSA. La ELISA utilizó una proteína nucleocápsida recombinante del grupo 2 betacoronavirus bat-CoV HKU5 para identificar anticuerpos contra la proteína MERS-CoV reactiva equivalente [71]. Se validó utilizando 545 sera recolectada de personas con HCoV-OC43, HCoV-229E, SARS-CoV, HCoV-NL63, HRV, HMPV o influenza A(H1N1), pero fue supuestamente menos específica que la I También se consideró una herramienta aplicable para el cribado de grandes números de muestra [82]. Un microarray de proteína que expresa la subunidad de proteína S1 ha sido validado y ampliamente utilizado para las pruebas de DC [5, 84]. Detección de infección por MERS-CoV usando microarray de proteína ELISA o S1 [84] suele ser seguido por IFA confirmatoria y/ o una neutralización de reducción de placa (PRNT) [69, 70, 85] o MNT test. [74, 85, 86] Este proceso confirmatorio tiene como objetivo asegurar que los anticuerpos detectados sean capaces de neutralizar específicamente el virus previsto y no sean más ampliamente reactivos a otros coronavirus encontrados en DCs (coV bovina, BCoV) o humanos (HCoV-OC43, HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoV-HKU1, SARS En el estudio más grande de sueros humanos, un proceso de diagnóstico escalonado asignó tanto el SERA positivo recombinante como el SERA ELISA recombinante a la seropositividad 'etapa 1'. Un resultado seropositivo en estadio 2 requirió además un resultado PRNT adecuadamente titulado [87]. El estudio encontró que 15 SERA recolectados en 2012 a 2013 de 10.009 (0,2%) personas en 13 provincias KSA contenían anticuerpos MERS-CoV, pero proporciones significativamente mayores en se produjeron en pastores de camellos (dos de 87; 2,3 %) y trabajadores de mataderos (cinco de 140; 3,6 %) [87]. Se necesitan encuestas contemporáneas. MERS-CoV no parece ser fácilmente transmitido de DCs a los seres humanos, o tal vez es [72], pero generalmente no desencadena una respuesta inmune detectable si sólo se producen enfermedades leves o infecciones asintomáticas. Los ensayos serológicos necesitan una validación adicional en esta área, por lo que es necesario tener cuidado al trasladar algoritmos de serología diagnóstica de reciente desarrollo de un entorno de investigación a uno que informe las decisiones de salud pública, lo que se reforzó cuando un caso falso positivo en EE.UU., supuestamente infectado después de un apretón de manos y dos reuniones cara a cara, no resistió más análisis confirmatorios utilizando un ensayo NT más específico y posteriormente se retractó [88, 89]. La OMS recomienda tomar muestras de la TRL para las pruebas RT-rtPCR del MERS-CoV, especialmente cuando la recolección de muestras se retrasa una semana o más después del inicio de los síntomas. [53] Las muestras de TRL también son mejores para intentar aislar el virus infeccioso, aunque el éxito del cultivo se reduce cuando persiste la enfermedad [49]. Los tipos de muestras recomendados incluyen lavado broncoalveolar (BAL), aspirado traqueal/traqueobronquial, líquido pleural y esputo [53, 90]. Las muestras frescas arrojan mejores resultados diagnósticos que el material refrigerado [69] y si es probable que se produzcan retrasos en las pruebas de ≥72 h, las muestras (excepto sangre) deben congelarse a −70°C [90]. Si se dispone de ellas, también se pueden realizar biopsias pulmonares o tejidos de autopsia [53]. Sin embargo, la TRU es un lugar de muestreo menos invasivo y más conveniente, y se recomienda un hisopo orofaríngeo y de garganta o un aspirado/lavado nasofaríngeo cuando se va a realizar el muestreo de TRU [90]. Los sueros emparejados, recogidos de dos a tres semanas de diferencia son preferibles para las pruebas serológicas, mientras que se sugiere que una muestra única sea suficiente si se recogen dos semanas después de la aparición de la enfermedad o un único suero recogido durante los primeros 10-12 días si se realiza RT-rtPCR [53, 90]. Se ha encontrado que la orina y las heces humanas contienen ARN MERS-CoV 12 a 26 días después de la aparición de los síntomas [25, 69, 91] y se enumeran como muestras que deben considerarse [53, 90]. En dos casos que llegaron a los Países Bajos, la orina fue RT-rtPCR negativa pero las heces fueron débilmente positivas y los sueros fueron RT-rtPCR positivos durante cinco días o más [25]. El hallazgo de ARN viral MERS-CoV en el suero proporciona una vía para estudios retrospectivos basados en PCR La ARNemia también puede correlacionarse con la gravedad de la enfermedad; los signos de virus fueron eliminados del suero de un paciente recuperado, pero se mantuvo hasta la muerte de otro [92]. Los casos de sospecha clínica de MERS pueden devolver resultados negativos por RT-rtPCR. Los datos han demostrado que una o más muestras de URT negativas pueden ser contradichas mediante un muestreo adicional de URT o el uso de muestras de LRT, lo que se prefiere [2, 43, 93]. En la LRT se producen cargas virales más altas que en la URT. [22, 69, 88, 94] Esto concuerda con la observación de que la mayoría de los síntomas de la enfermedad se reportan como enfermedad sistémica y LRT [21]. Sin embargo, en ocasiones incluso los especímenes de LRT de los casos de MERS pueden ser inicialmente negativos, sólo para más tarde ser positivos por RT-PCR [95 Esto puede deberse a una mala toma de muestras cuando la tos está ausente o no es productiva o porque la carga viral es baja [95]. A pesar de esto, tanto los mayores estudios de MERS-CoV humanos [32, [96] [97] [98] y los más pequeños [22, 25, 99], utilizan muestras de la URT. Cabe destacar que un estudio reportó una asociación entre cargas más altas en la URT y peores resultados clínicos incluyendo cuidados intensivos y muerte [94]. Al escribir, no existen datos humanos para definir si el virus se replica única o preferentemente en la LRT o URT, o réplicas en otros tejidos humanos in vivo, aunque el ARN MERS-CoV se ha detectado tanto de la URT como de la LRT en un modelo de mono macaco [100].La distribución de DPP4 en las vías respiratorias superiores humanas tampoco está bien descrita. Los estudios individuales de casos humanos reportan largos periodos de eliminación viral, a veces intermitentes y no necesariamente relacionados con la presencia de síntomas de la enfermedad. [25, 69, 99, 101] En un caso, un HCW arroja ARN viral durante 42 días en ausencia de enfermedad [99]. Es un área de alta prioridad para entender mejor si estos casos son capaces de infectar a otros. Más de tres cuartas partes de los casos de MERS arrojan ARN viral en sus muestras de TL (aspirados traqueales y esputo) durante al menos 30 días, mientras que sólo el 30 % de los contactos seguían arrojando ARN en sus muestras de TRU [91, 102]. En el único estudio para examinar el efecto del tipo de muestra en el análisis molecular, se examinaron 64 aspirados nasofaríngeos (ANP; una muestra de TRU), 30 aspirados traqueales, 13 Los aspirados traqueales y el BAL devolvieron los valores de carga viral más altos seguidos por el NPA y el esputo. Como era de esperar, las cargas virales más altas generalmente coincidían con la secuenciación del genoma completo y el éxito del cultivo y, en las pruebas del NPA, estaban significativamente correlacionadas con enfermedades graves y muerte [49, 94, 103]. Este estudio demostró la importancia del muestreo de LRT para la secuenciación del genoma completo. Cuando se probó, las muestras positivas para el MERS-CoV a menudo son negativas para otros patógenos [25, 93, 104]. Sin embargo, muchos estudios no mencionan pruebas adicionales para virus respiratorios humanos endémicos [21, 23, 73, 105]. Cuando se buscan virus, se han incluido el herpesvirus humano (VHH), los rinovirus (VHR), los enterovirus (VVV), el virus sincitial respiratorio (VRS), el virus parainfluenzavirus tipos 1, 2 y 3 (VIP), los virus de la gripe (VFI), los HCoV endémicos, los adenovirus (VCD) metapneumovirus (VPM) y el virus influenza A\H1N1; en ocasiones se han encontrado codetecciones con MERS-CoV [2, 22, 37, 69, 97]. A veces se incluyen pruebas bacterianas (por ejemplo, para Legionella y Pnemocococcus), pero el impacto de la copresencia bacteriana tampoco está claro [22, [104] [105] [106]. Otras pruebas de la muestra de TRL del primer caso del MERS utilizaron IFA para detectar algunos virus (negativos para IFV, PIV, RSV y AdVs) y RT-PCR para otros (negativos para AdV, EV, MPV y HHVs) [18]. RT-PCR también detectó MERS-CoV. La OMS recomienda encarecidamente pruebas para otros patógenos respiratorios [53] pero con esta recomendación a menudo descontada, hay datos limitados para abordar la ocurrencia y el impacto de coinfecciones o diagnósticos virales alternativos entre ambos casos del MERS y sus contactos. Poco se sabe de otras causas de neumonía similar al MERS en el KSA o de la carga general de enfermedad debido a los virus respiratorios clásicos conocidos. Pruebas de peregrinos adultos que realizan el Hajj en 2012 a 2014 no ha detectado ningún MERS-CoV. En 2012, se realizaron pruebas de hisopos nasales de 154 peregrinos recogidos antes de partir hacia el KSA o partir de él [47]. En 2013, las pruebas se ampliaron significativamente con 5.235 hisopos nasofaríngeos de 3.210 peregrinos entrantes y 2.025 hisopos de peregrinos salientes probados [98]. Cabe señalar que la mayoría de los peregrinos llegaron de países libres de MERS. Se tomaron otros 114 hisopos de peregrinos con enfermedad similar a la gripe [96, 107]. En reuniones anteriores del Hajj, se descubrió que los virus de la gripe circulaban ampliamente, mientras que otros virus, a menudo rinovirus, circulaban de manera más selectiva, interpretando que indicaban su importación junto con peregrinos extranjeros [107] [108] [108] Con el tiempo, el aumento de la vacunación contra la gripe se ha acreditado como una disminución de la prevalencia de enfermedades similares a la gripe entre los peregrinos [110] A menudo no se recoge una muestra de TRL para estos estudios [98, 107, 109], por lo que los hallazgos negativos falsos son una posibilidad, aunque poco se sabe sobre el sitio inicial de infección y replicación del MERS-CoV; se puede haber supuesto que fue la TRL porque la enfermedad se notó por primera vez allí, pero la TRL puede ser el lugar de la replicación más temprana. En Jeddah entre marzo y julio de 2014 (en adelante, el brote de Jeddah-2014; Fig. 3 ), hubo un rápido aumento en los casos del MERS, acompañado de un intenso cribado; aproximadamente 5.000 muestras de dentro y alrededor de la región se probaron en un mes, produciendo alrededor de 140 detecciones del MERS-CoV (prevalencia ~3 %) [111]. Entre los 5.065 individuos muestreados y analizados en la KSA entre octubre de 2012 y septiembre de 2013, se realizaron 108 (2,1%) detecciones en una población hospital-céntrica que incluyeron casos hospitalizados (n = 2.908; 57,4 %), sus familias (n = 462; 9,1 %) y HCW asociados (n = 1.695; 33,5 %) [32]. Entre las detecciones, 19 (17,8 %) eran HCW y 10 (9,3 %) eran contactos familiares [32]. La prevalencia del 2-3 % de infecciones activas por MERS-CoV no es diferente a la prevalencia hospitalaria de otras COV humanas. [112] Sin embargo, la proporción de muertes entre los infectados por MERS-CoV es mucho mayor que la conocida por los HCoV NL63, HKU1, 229E u OC43 en otros países, e incluso superior a la de SRAS-CoV; no es un virus que pueda razonablemente ser descrito como una "tormenta en una taza de té". Es la baja tasa de transmisión que ha evitado la propagación mundial, a pesar de muchas "oportunidades". Muy temprano en el brote de MERS, algunos animales fueron altamente considerados como el reservorio o huésped(s) intermedio(s) de MERS-CoV con tres de los cinco primeros casos que tuvieron contacto con DCs [73, 113, 114]. Hoy en día, las infecciones por MERS-CoV animales deben ser reportadas a la organización mundial para la salud animal como una enfermedad emergente [115]. Un resumen de los primeros casos de MERS reportados por la OMS definió el contacto animal con humanos como directo y dentro de los 10 días previos al inicio de los síntomas [20]. Esta definición no permitió específicamente la adquisición de DCs a través de una vía basada en gotitas, que es muy probable que sea la vía de adquisición de un virus que inicialmente y predominantemente causa enfermedad respiratoria [23]. Se sabe que los camellos producen altos niveles de ARN MERS-CoV en su URT y pulmones [116]. Proporcionando apoyo para una vía de transmisión de gotitas y tal vez indicando la presencia de ARN en núcleos más pequeños y secos de gotitas, se identificó ARN MERS-CoV en una muestra de aire de alto volumen recogida de un granero que alberga un DC infectado [117]. La fuente precisa de la que los humanos adquieren MERS-CoV sigue siendo poco estudiada pero parece probable Estos factores pueden resultar importantes para los casos humanos que no describen ningún contacto DC [119] ni ningún contacto con un caso confirmado. Si la definición de contacto con animales de la OMS es suficiente para identificar la exposición a este virus respiratorio no está clara. La formulación se centra en el consumo de productos DC, pero no atribuye específicamente el riesgo a una vía de gotitas para la adquisición de MERS-CoV desde DC [120]. Algunos pacientes MERS se enumeran en los avisos de enfermedad de la OMS como próximos a los DCs o granjas, pero los individuos no han descrito entrar en contacto con los animales. No se reporta ninguna vía alternativa para adquirir infección en muchos de estos casos. Lo que constituye una definición de "contacto" durante estas entrevistas se ha definido para un estudio [72]. A pesar de esta falta de claridad, la OMS considera que la evidencia que vincula la transmisión de MERS-CoV entre DCs a humanos es irrefu La posibilidad de que los murciélagos fueran un huésped animal de MERS-CoV fue ampliamente discutida inicialmente debido a la diversidad existente de coronavirus conocidos por residir entre ellos [121] [122] [123]. Evidencia concluyente que apoya a los murciélagos como fuente de infecciones humanas por MERS-CoV todavía no se ha encontrado, pero los murciélagos parecen albergar a los representantes ancestrales [53, 125]. Sin embargo, estas no son variantes del mismo virus ni siempre dentro del mismo linaje filogenético que MERS-CoV; cada uno son un virus genéticamente distinto. La infección de murciélago a humano por MERS-CoV es un evento puramente especulativo. La única pieza de evidencia específica del MERS-CoV que apunta a los murciélagos se origina en la amplificación de un fragmento de 190 nt del gen ARN dependiente de la polimerasa del genoma del MERS-CoV, identificado en un pellet fecal de un murciélago insectívoro Emballonuridae, Taphozous perforatus encontrado en Bisha, el KSA [121]. Aunque muy corta, la secuencia del fragmento lo definió como un descubrimiento diagnóstico. Posteriormente se informó de un enlace a los DC [85] y ese enlace ha madurado en una asociación verificada [38, 126] (Fig. 4). (Véase la figura en la página anterior.) Fig. 3 Detecciones mensuales de MERS-CoV (barras azules) y de casos que murieron (barras rojas) con algunas fechas de interés marcadas para 2012 al 4 de septiembre de 2015. Se indica una aproximación de cuando la estación de parto DC [128] y cuando los DC recién nacidos son destetados. La primavera (verde) y el verano (naranja) en la Península Arábiga también están sombreados. Tenga en cuenta la escala del eje y de la izquierda para 2014 y 2015 que es mayor que para 2012/13. Fuentes de estos datos públicos incluyen la OMS, Ministerios de Salud y FluTrackers [207] [209] [209]. Versiones anteriores y posteriores de este gráfico se mantienen en un blog personal [210]. Modificado y reimpreso de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio de Oriente Medio: Una infección por coronavirus emergente rastreada por la multitud. Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con permiso de Elsevier [5] Los DCs, que constituyen el 95 % de todos los camellos, tienen una presencia central en la El contacto puede ser común y puede ocurrir de diversas maneras (Fig. 4a). Hay varios grandes festivales, razas, ventas y desfiles bien atendidos que cuentan con DCs y DCs también son mantenidos y criados cerca de áreas pobladas en el KSA [127, 128]. La leche y la carne DC son ampliamente consumidas y el DC más viejo es un animal de importancia ritual después de la peregrinación del Hajj [129]. Sin embargo, la frecuencia de infección del MERS-CoV es mucho menor que el hábito generalizado y frecuente de comer, beber y preparar productos DC. La ingestión diaria de leche DC fresca no pasteurizada es común entre los beduinos del desierto y muchos otros en el KSA. La orina DC también se consume o se utiliza para supuestos beneficios para la salud. A pesar de que la carnicería de camellos es una ocupación local, ni los carniceros ni otros grupos en riesgo son identificables entre los casos de MERS; esto puede ser simplemente un problema de información en lugar de una ausencia inexplicable de MERS. Un pequeño estudio de casos y controles publicado en 2015 identificó el contacto directo con la DC, y no la ingestión de productos, para estar asociado con la aparición de MERS [38]. La primera investigación sero-encuesta de ganado que vive en la región de Oriente Medio se llevó a cabo durante 2012-2013 [85]. Los DCs fueron muestreados a partir de una manada de canarios nacidos principalmente y de DCs omaníes (originalmente importados del Cuerno de África) [85]. b Las infecciones de camello a humano parecen ser poco frecuentes, mientras que la propagación de la infección de ser humano a ser humano se ve facilitada regularmente por una CIP deficiente en los entornos de salud donde se amplifica la transmisión, lo que explica la mayor parte de los casos. Hay casos de MERS humanos que no entran en ninguna de las categorías de origen y no está claro si estas infecciones adquiridas a través de alguna vía totalmente separada, o de casos que escaparon al diagnóstico. c Las formas hipotéticas en las que la subclínica (cuando la infección puede no alcanzar un umbral clínico previamente definido de signos y/o síntomas) o asintomáticas (sin signos obvios ni medidos, observados o recordados de enfermedad) la infección por MERS-CoV puede estar implicada en la transmisión DC sera podría neutralizar MERS-CoV mientras que todas las seras DC de Omán tenían niveles elevados de anticuerpos neutralizantes específicos de MERS- Desde este estudio, una serie de informes revisados por pares han analizado tanto a los DCs como a otros animales, y la posibilidad de que puedan albergar la infección por MERS-CoV. Se han encontrado DCs seropositivos en toda la Península Arábiga, incluyendo Omán, la KSA, Qatar, Jordania, los Emiratos Árabes Unidos (EAU), Kuwait así como Sudán, Somalia, Egipto, Túnez, Nigeria, Kenia y Etiopía en África y las Islas Canarias [85, [130] [133] [133] [134]. Otros animales probados incluyen ovejas, vacas, cerdos, caballos, burros, mulas, aves, búfalos acuáticos, cabras, camellos bactrianos, llamas y guanacos (camélidos suramericanos) pero ninguno tenía anticuerpos neutralizantes detectables contra MERS-CoV [4, 74, 78, 85, 86, 135, 136]. No se han notificado hasta la fecha estudios de virología o serología de muestras humanas procedentes de zonas de África donde hay camellos con antecedentes de MERS-CoV. Sin embargo, la ausencia de neumonía inexplicable que pueda atribuirse a la infección por MERS-CoV puede no indicar la ausencia de virus entre los seres humanos en cada país, sino simplemente reflejar la falta de costosos estudios de epidemiología realizados por países pobres en recursos. Por lo tanto, no está claro si el MERS-CoV, o una CoV relacionada con antígenos, es un patógeno no reconocido en estas regiones, quizás circulando durante más tiempo del que se ha conocido en la Península Arábiga [133]. El ARN del MERS-CoV también se ha detectado en muestras de DC, y también se ha logrado la recuperación del virus infeccioso a partir de muestras de DC [4, 77, 117, 132, [137] [139] De algunos de ellos, se han secuenciado genomas completos o mayoritarios de MERS-CoV [77, 137, 138]. Las versiones DC de MERS-CoV fueron tan similares entre sí, como las variantes detectadas de diferentes seres humanos a lo largo del tiempo y a lo largo de la distancia. Los ensayos de detección de anticuerpos anticuerpos también han detectado anticuerpos cruzados en sera. Estos se identificaron como tales mediante la detección de sera contra virus similares, por ejemplo BCoV o HCoV-OC43 (como facsímil antigénico para BCoV). Es posible que otros virus similares a MERS-CoV también residan dentro de los DCs, pero esto no menoscaba el hallazgo definitivo de secuencias genéticas de MERS-CoV tanto en DCs como en humanos [117, 142, 143]. Los estudios de detección han demostrado que los DC juveniles son más a menudo positivos para el virus o el ARN viral, mientras que los DC mayores son más propensos a ser seropositivos y ARN o virus negativos [76, 77, 144]. En los DC adultos, se ha detectado ARN MERS-CoV entre animales con anticuerpos preexistentes, lo que sugiere que es posible la reinfección [77, 144]. Las cargas virales entre DC positivos pueden ser muy altas [4, 76, 77, 139, 144] y DCs se han encontrado positivos tanto cuando están enfermos con signos respiratorios de TRU [77, 117, 142, 145] o cuando aparentemente sanos [137]. Estos hallazgos indican que los DCs hospedan infecciones naturales MERS-CoV. Además, los sera DC almacenados han revelado signos de MERS-CoV en DCs que datan de hace más de tres décadas (los más tempranos Los sera más viejos no han sido probados y, por lo tanto, cuánto tiempo los DC han sido afectados por MERS-CoV, si el virus es enzoótico entre ellos, introducidos hace décadas o siglos de murciélagos en África o la Península Arábiga, o son objeto de incursiones virales regulares pero de corta duración de un huésped aún desconocido, no pueden ser respondidos. Los investigadores buscaron determinar una dirección para la infección; estaban los DC transmitiendo virus a los seres humanos o estaban los humanos infectando DC? En un sitio de Qatar, un propietario de una granja y su empleado se enfermaron a mediados de octubre de 2013 y dieron positivo para el ARN MERS-CoV en una muestra de esputo y hisopos de garganta, respectivamente. RT-rtPCRs encontró MERS-CoV ARN en 11 de 14 hisobas nasales de DC positivas en la granja; seis (43 %) positivos Los resultados indicaron que se había producido un brote reciente en este rebaño; la primera indicación de ARN MERS-CoV encontrado en DCs con una asociación temporal a infecciones humanas; tres muestras de DC positivas fueron confirmadas por secuenciación de una porción de 358 nt del gen de la espiga; estas secuencias eran idénticas unas a otras, de nuevo con homología cercana a otras secuencias humanas y DC MERS-CoV [138]. Los DCs y contactos humanos produjeron secuencias ORF1a y ORF4b que diferían por un solo nucleótido cada una, agrupando estrechamente con la variante Hafr-Al-Batin_1_2013 [138]. Estudios de casos posteriores encontraron evidencia de una infección humana y DC concurrente y la dirección de esa infección fue inferida a partir de los DCs enfermos y a sus propietarios humanos [117, 142, 146]. Las secuencias del genoma parcial indicaron que un humano y un DC positivo de la RT-RTPCR del MERS-CoV habían sido infectados por una variante del mismo virus, albergando el mismo patrón distinto de polimorfismos de nucleótidos. [142] Todos los nueve DC en la manada del propietario, muestreados en serie, reaccionaron en un antígeno S1 recombinante ELISA, con los dos animales que habían sido positivos de la RT-rtPCR mostrando un pequeño aumento verificable del título de anticuerpos [142]. Un aumento del título teóricamente comienza 10 a 21 días después de la infección de la DC [142]. Los autores sugirieron que el aumento del título en la suera de la DC que ocurrió junto con una disminución de la carga de ARN, mientras que el paciente estaba activamente enfermo y hospitalizado, indicó que los DC fueron infectados primero seguidos por el propietario [117, 142]. Los anticuerpos BCoV también estuvieron presentes, y aumentaron en uno de los dos animales positivos RT-rtPCR, pero ninguno de ellos pudo neutralizar la infección BCoV [142]. La temporada de parto en camellos se produce en los meses de invierno (entre finales de octubre y finales de febrero; Fig. 3 ) y este puede ser un momento en el que existe un mayor riesgo para los seres humanos de derrames debido a nuevas infecciones entre las poblaciones de DC ingenuas [128]. ¿Qué papel podría desempeñar el anticuerpo de camello materna en el retraso de la infección de terneros sigue siendo desconocido [128, 142]. Los DC juveniles parecen tener una infección activa con más frecuencia que los DC adultos y, por lo tanto, el sacrificio de los DC, que debe ser de cinco años de edad o más (llamados a thane), puede no ir acompañado de un riesgo significativo de exposición a la infección. A diferencia de los resultados anteriores, los trabajadores de los mataderos que matan tanto a los DC más jóvenes como a los más viejos, pueden ser un grupo ocupacional con una incidencia significativamente mayor de seropositividad a la MERS-CoV cuando los animales tienen infecciones activas por MERS-CoV [129, 139, [147] [148] [149]. Las investigaciones virológicas ampliadas de los DC africanos pueden dar lugar a animales más seropositivos y zonas geográficas en las que los seres humanos pueden estar en riesgo. Es posible que haya zonas en las que los seres humanos ya albergan infecciones por MERS-CoV que no se han identificado debido a la ausencia de vigilancia de laboratorio. Las investigaciones virológicas de los murciélagos pueden dar lugar a hallazgos de virus ancestrales y "eslabones de pérdida viral" e identificar cualquier otra fuente animal de propagación zoonótica es importante para informar opciones para reducir la exposición humana [56, El MERS-CoV infeccioso añadido a la leche de CC, cabra o vaca y almacenado a 4 °C podría recuperarse al menos 72 h más tarde y, si se almacena a 22 °C, la recuperación fue posible hasta 48 h [150]. El título de MERS-CoV disminuyó un poco cuando se recuperó de la leche a 22 °C pero pasteurización completamente ablatada Infectividad MERS-CoV [150]. En un estudio posterior, se identificó ARN MERS-CoV en la leche, secreción nasal y heces de DCs de Qatar [151]. Un estudio único ha examinado la capacidad de MERS-CoV para sobrevivir en el medio ambiente [150]. Las superficies plásticas o de acero fueron inoculadas con 10 6 TCID 50 de MERS-CoV a diferente temperatura y humedad relativa (RH) y se intentó la A alta temperatura ambiente (30°C) y a baja RH (30 %) MERS-CoV permaneció viable durante 24 h [150]. En comparación, un virus respiratorio bien conocido y eficientemente transmitido, el virus influenza A, no pudo recuperarse en cultivo más allá de cuatro horas bajo ninguna condición [150]. Los experimentos de Aerosol encontraron que la viabilidad del MERS-CoV sólo disminuyó un 7 % a baja RH a 20°C. En comparación, el virus influenza A disminuyó un 95 % [150]. La supervivencia del MERS-CoV es inferior a la demostrada previamente para el SARS-CoV [152]. En el contexto, las bacterias patógenas pueden permanecer viables y en el aire durante 45 minutos en un aerosol tosido y pueden propagarse 4 m. La capacidad de MERS-CoV para permanecer viable durante largos períodos de tiempo le da la capacidad de contaminar completamente las superficies de Se desconoce si el MERS-CoV puede permanecer a la deriva e infeccioso durante períodos prolongados (verdaderamente aerotransportado) y si estos hallazgos amplían nuestra comprensión de las posibilidades de que las gotitas transmitan virus respiratorios en muchos entornos, incluyendo salas de espera hospitalarias, departamentos de emergencia, salas de tratamiento, instalaciones de cuidados intensivos abiertos y salas privadas de pacientes. La naturaleza y calidad del intercambio de aire, circulación y filtración son variables importantes en la medición y reducción del riesgo, así como el uso de salas de presión negativa para contener casos conocidos. Se considera que la propagación de la gota entre humanos es el mecanismo de transmisión humana a humana y se hizo hincapié en la necesidad de precauciones de las gotas después del hospital Al-Ahsa, la KSA y los brotes de Corea del Sur [21, 23, 154, 155]. La provisión de pruebas que apoyen la mejor formulación de equipos de protección personal para ser usados por los HCW que reciben, manejan o realizan procedimientos en casos infecciosos sigue siendo una prioridad. MERS-CoV fue encontrado y caracterizado por su aparente asociación con enfermedades graves, y por lo tanto más obvias, en humanos; éramos canarios en la mina de carbón. Seroensayos y estudios prospectivos de cohortes todavía no han determinado hasta qué punto los casos más leves o asintomáticos contribuyen a las cadenas de transmisión de MERS-CoV. Sin embargo, la transmisión de MERS-CoV se define como esporádica (no sostenida), intrafamiliar, a menudo asociada a la atención médica, ineficiente y que requiere contacto cercano y prolongado [22, 31, 63, 93, 97, 102, 156] En un estudio doméstico, 14 de 280 (5 %) contactos de 26 pacientes con índice positivo de MERS-CoV eran ARN o anticuerpos positivos; la tasa de transmisión general, incluso en brotes es de alrededor del 3 % [31]. Parece que la mayoría de los casos humanos de MERS-CoV, incluso cuando los números parecen aumentar repentinamente, no transmiten fácilmente a más de otro humano hasta la fecha, la epidemia localizada de MERS-CoV no ha sido autosostenible [157] [159] [160] [161]. Es decir, el número básico de reproducción (R 0 ) -el número medio de infecciones causadas por un individuo infectado en una población totalmente susceptible ha estado cerca de uno en varios grupos y brotes. Si R 0 era mayor que 1, se esperaría un aumento sostenido en el número de casos. Algunos cálculos de R o pueden verse afectados por el rastreo incompleto de los contactos de casos, pruebas comunitarias limitadas y cómo se define un caso. El MERS ha tenido una presencia constante en la Península Arábiga desde 2012 se debe a los eventos de derrames esporádicos en curso de DCs amplificados por brotes hospitalarios mal controlados. En marcado contraste, una seroencuesta de HCW que a veces estaba en contacto cercano y prolongado con el primer caso fatal de MERS-CoV en 2012 [162], encontró que ninguno de los HCW se había seroconvertido cuatro meses más tarde, a pesar de la ausencia de protección ocular y el cumplimiento variable de los estándares requeridos de EPP [162]. Al principio de la historia del MERS, las muestras para la prueba fueron recolectadas principalmente de pacientes con enfermedad grave y no de aquellos con infecciones respiratorias agudas más leves. Los contactos de los casos confirmados de MERS fueron a menudo observados para enfermedad clínica, pero no probados. Estas omisiones pueden haber confundido nuestra comprensión de la transmisión del MERS-CoV y sesginar los datos tempranos hacia un mayor número de pacientes gravemente enfermos y hospitalizados, inflando la aparente proporción de casos mortales. A medida que cambiaban los paradigmas de las pruebas y se hacían cada vez más pruebas de los contactos, se reconocían infecciones más asintomáticas y leves [163]. Un aumento en los casos llamados asintomáticos (que amplían el denominador para los cálculos de la proporción de casos mortales, definida en [164] ) dio lugar a una disminución en la proporción de casos mortales durante el brote de Yeddah-2014. Históricamente, tales aumentos son consistentes con la modificación de las definiciones y respuestas de laboratorio y el manejo clínico de una infección por virus recién descubierta que se observó por primera vez sólo entre los enfermos graves. Tras el seguimiento, más de tres cuartas partes de esas personas positivas del ARN del MERS-CoV recordaron haber tenido uno o más síntomas en ese momento, a pesar de que se notificó como asintomática [165], planteando alguna pregunta sobre la fiabilidad de otros datos Aproximadamente el 43 % de los casos MERS (549 de 1277) en la KSA fueron mortales entre 2012 y diciembre de 2015, mientras que el 21 % (72 de 330) fallecieron entre los que se produjeron fuera de la KSA. El número total de casos masculinos siempre supera en número a las mujeres y la proporción de muertes masculinas es siempre mayor que la proporción de mujeres que fallecen. Sin embargo, la proporción de muertes masculinas de varones totales con MERS es similar a la de las mujeres. En la KSA, hay una mayor proporción de varones más jóvenes entre los casos y muertes que se observaron en los brotes de Corea del Sur o Jeddah-2014 de 2015 (Fichero adicional 2: Figura S2 ). Por qué estos aspectos han diferido pueden deberse a diferencias en el tiempo de presentación y diagnóstico, la naturaleza y calidad de la atención de apoyo, la forma en que una persona se contagió (habita, exposición a una fuente humana o zoonótica, carga viral, vía de infección) o la medida en que las diferentes poblaciones se ven afectadas por enfermedades subyacentes [40]. Como grupo, los HCW representaron el 16 % de los casos de MERS en la KSA y Corea del Sur. Es evidente que la proporción semanal de HCW infectados aumenta junto con cada fuerte aumento en las detecciones generales (Fig. 5). En mayo de 2013, la OMS publicó directrices para IPC durante el cuidado de casos probables o confirmados de infección por MERS-CoV en un entorno sanitario [166]. Estos aumentos en las detecciones de MERS-CoV pueden disminuir la edad media durante cada evento debido a que los HCW son generalmente más jóvenes que los pacientes internados con MERS. Las instalaciones sanitarias han sido un objetivo regular de mejoras sugeridas para mejorar los procedimientos de prevención y control de infecciones (IPC) [115, 118]. La mayor parte del análisis de la genética MERS-CoV se ha realizado utilizando métodos de secuenciación de alto rendimiento o "profundo" para la deducción completa del genoma [167] [168] [169]. MERS-CoV fue el primer sujeto de un uso tan extendido de secuenciación profunda para estudiar un brote viral emergente con alcance global. La técnica puede producir genómica [207] [209]. Las versiones anteriores y posteriores de esta tabla se mantienen en un blog personal [210] cobertura de longitud en un solo experimento con medición altamente repetitiva de cada posición de nucle A pesar de los ensayos publicados al principio, la secuenciación subgenómica, una vez el pilar de los estudios de brotes virales, se ha publicado con menos frecuencia durante la caracterización de MERS-CoV [48]. A medida que se han caracterizado más genomas tanto de humanos como de DC, se han hecho evidentes dos clados; A y B (Fig. 6). Clade A contiene sólo genomas de MERS-CoV derivados del hombre de Jordania, mientras que Clade B comprende la mayoría de genomas humanos y de camellos deducidos hasta ahora [168]. Dos estudios durante 2015, uno mirando a variantes de Jeddah-2014 MERS-CoV y otro mirando a una variante exportada de Corea del Sur a China, ahora han identificado signos de recombinación genética entre variantes de MERS-CoV. Si bien las secuencias del genoma humano y del genoma entero de camello han conservado una identidad de >99 % entre sí, los miembros de linajes genéticamente distintos pueden intercambiar material genético y lo hacen cuando co-ocurren condiciones adecuadas y co-fecciones [170] [171] [172]. La identidad compartida implica que la principal fuente de adquisición humana es el DC, en lugar de otro animal, aunque se necesitan más pruebas de otras especies animales para confirmar esa conclusión. Durante un mes, un virus de DC secuenciado en diferentes ocasiones no cambió en absoluto indicando un grado de estabilidad genómica en su huésped, apoyando que los DC son el anfitrión natural, en lugar de intermedio, del MERS-CoV que conocemos hoy [77]. Hasta la fecha, la recombinación se ha localizado en puntos de ruptura cerca del límite entre las regiones ORF1a y ORF1b, dentro del gen de pico [170] No es inesperado que la recombinación se produzca ya que es bien conocida entre otras CoVs [124] y porque la mayoría de los genomas enteros del MERS-CoV recogidos a partir de muestras de tres años (2012-2015) y de seres humanos, camellos y diferentes países han mostrado una identidad genética cercana entre sí, con una variación sutil suficiente para apoyar investigaciones de brotes mientras se aplique la secuenciación del genoma completo [52, 77, 135, 138, 168, [173] [174] [175]. Los cambios en la secuencia del genoma pueden anunciar alteraciones en la transmisibilidad del virus, replicación, persistencia, letalidad o respuesta a medicamentos futuros. Si tenemos conocimiento previo del impacto de los cambios genéticos debido a estudios de caracterización exhaustivos, podemos establecer una estrecha relación genética entre las secuencias de nucleótidos del MERS-CoV (cargado desde GenBank utilizando los números de adhesión enumerados y Este árbol de unión vecino fue creado en MEGA v6 utilizando una alineación de las secuencias humanas y DCderivadas de MERS-CoV (Genious v8.1 [211] ). Clades se indican junto a barras verticales azules oscuras (Clade A) o pálidos (Clade B). Los iconos de camello denotan genomas de DC. Los brotes sanitarios o comunitarios se encajonan y etiquetan utilizando esquemas previamente descritos [212, 213] monitorean las regiones genómicas y entienden mejor cualquier cambio en la transmisión o patrones de enfermedad a medida que ocurren. Las mutaciones genéticas observadas durante el mayor de los brotes humanos, Jeddah-2014, no impartieron ningún cambio importante replicativo o inmunomodulador cuando se comparan con las variantes virales anteriores in vitro [156, 176]. Sin embargo, entendemos muy poco de los resultados fenotípicos que resultan del cambio genético sutil en Hasta la fecha no se ha informado de ninguna relevancia clínica ni de cambios in vivo evidentes en la replicación, eliminación o transmisión vírica, o se ha atribuido a mutaciones o a nuevos virus recombinantes [156]. Pero se necesitan vigilancia y estudios más grandes, contemporáneos e in vivo. La secuencia genomática localizada a un clado distinto se identificó a partir de un DC egipcio que probablemente fue importado de Sudán. Esto no encaja en ninguno de los clados actuales [125, 168, 177]. Un virus secuenciado a partir de un murciélago Neoromicia capensis estaba más estrechamente relacionado con el MERS-CoV que otras grandes secuencias derivadas de murciélagos habían estado hasta ese punto, pero el genoma de una variante de un MERS-CoV aún no se ha descubierto y deducido de cualquier murciélago [125]. Los análisis de genomas del MERS-CoV han demostrado que la mayoría de las diferencias nucleó 2), que codifica la proteína de pico y proteínas accesorias [168]. Al menos nueve genomas del MERS-CoV contenían sustituciones de aminoácidos en el dominio de unión a los receptores (RBD) de la proteína de pico y los codones 158 (región N-terminal), 460 (RBD), 1020 (en la repetición de heptad 1), 1202 y 1208 investigación de osos como marcadores de cambio adaptativo [140, 169]. La proteína de pico no había cambiado en el genoma recombinante del MERS-CoV identificado en China en 2015, pero se informó que había variado a un ritmo superior al de genomas completos del MERS-CoV, entre variantes surcoreanas [172, 178]. Esto destaca que las regiones subgenómicas pueden no siempre contener suficiente diversidad genética para ser útiles para diferenciar variantes virales. A pesar de esto, un ensayo que amplificaba un fragmento de nucleótido 615 del gen de dominio S2 de pico para la secuenciación de Sanger coincidió con los resultados generados por la secuenciación de algunos genomas completos y fue útil para definir grupos de secuencias adicionales [177]. La secuencia genómica también se puede utilizar para definir los límites geográficos de un cúmulo o brote y monitorear su progreso, basado en la similitud de las variantes encontradas entre humanos y animales infectados cuando ocurren juntos, o entre diferentes sitios y tiempos (Fig. 6 ) [169]. Este enfoque se utilizó al definir el brote de hospital MERS con limitaciones geográficas en Al-Ahsa, que ocurrió entre el 1 de abril y el 23 de mayo de 2013, así como los cúmulos en Buraidah y un brote comunitario en Hafr Al-Batin, el KSA. La secuenciación genómica identificó que aproximadamente 12 detecciones de MERS-CoV de un brote comunitario en Hafr Al-Batin entre junio y agosto de 2013 pudieron haber sido desencadenadas por un caso índice que se infectó a través del contacto DC [175]. La secuenciación de genomas de MERS-CoV del brote hospitalario de Al-Ahsa de 2013 indicó que múltiples variantes virales contribuyeron a los casos, pero que la mayoría fueron lo suficientemente similares entre sí como para ser consistentes con la transmisión humano-humana. La epidemiología molecular ha revelado enlaces ocultos en cadenas de transmisión que abarcan un período de hasta cinco meses [179]. Sin embargo, la mayoría de los brotes no han continuado durante más de dos a tres meses y por lo tanto las oportunidades para que el virus se adapte más a los seres humanos a través de la coinfección y el tránsito en serie sostenido han sido raras [169]. En Riad-2014, la evidencia genética apoyaba la probabilidad de múltiples introducciones externas de virus, implicando una gama de instalaciones de salud en un caso que de otro modo parecía contiguo [23, 168, 179]. Riad es un nexo para el viaje de camellos y humanos y ha tenido más casos MERS que cualquier otra región de la KSA hasta la fecha, pero también alberga una amplia gama de variantes MERS-CoV [128, 167, 179]. Sin embargo, el brote surcoreano se originó de una sola persona infectada, resultando en tres a cuatro generaciones de casos [180, 181]. Estudios de esta variante viral aparentemente recombinante no encontraron un aumento de la tasa evolutiva y ningún signo de adaptación al virus, por lo que el brote parece haber sido impulsado por circunstancias más que por circunstancias junto con mutación [181]. Para muchos casos MERS detectados fuera de la Península Arábiga, se El rastreo de contacto es esencial para contener la aparición y transmisión de un nuevo virus y hoy en día está apoyado por la epidemiología molecular. Aunque es un proceso costoso y que consume tiempo, el rastreo de contacto puede identificar posibles nuevas infecciones y, a través del monitoreo activo o pasivo, reaccionar más rápidamente si la enfermedad se desarrolla. Los resultados del rastreo de contacto hasta la fecha han encontrado que la transmisión continua entre los seres humanos es un evento poco frecuente. Por ejemplo, hubo 83 contactos, tanto sintomáticos como asintomáticos, de un caso tratado en Alemania que viajó desde los Emiratos Árabes Unidos pero no se encontraron signos de virus o anticuerpos en ninguno de ellos [73]. En un estudio de 123 contactos de un caso tratado en Francia, sólo siete coincidieron con la definición de un posible caso y fueron probados; uno que había compartido una habitación hospitalaria de 20 m2 mientras que en una cama a 1,5 m de distancia del caso índice durante un período prolongado fue positivo [26]. Ninguno de los contactos de los dos primeros casos MERS importados a los EE.UU. en 2014 contenía ninguna huella MERS-CoV [182] y ninguno de los 131 contactos de dos viajeros que regresaron a los Países Bajos desarrolló anticuerpos MERS-CoV o testó ARN positivo [25, 183]. Los análisis de datos públicos revelan muchos casos probables de adquisición nosocomial de infección en la Península Arábiga y estos datos pueden ir acompañados de algunos detalles que señalan el contacto con un caso o instalación conocido. Un ejemplo identificó el papel probable de un paciente con una infección subclínica, presente en un hospital durante su ingreso por otras razones, como el caso índice más probable que desencadena un grupo familiar [93]. El rastreo de contacto fue un factor significativo en la terminación de un brote de 2015 con múltiples hospitales surcoreanos [184]. Estos estudios demuestran la necesidad de encontrar y comprender un papel para los casos leves y asintomáticos, junto con la restricción del contacto cercano o la exposición prolongada de las personas infectadas a otras, especialmente familiares mayores y amigos con enfermedad subyacente (Fig. 4c). El brote asociado al hospital en Jeddah en 2014 fue la acumulación más grande y rápida de las detecciones de MERS-CoV hasta la fecha. El mayor número de detección de MERS-CoV de cualquier mes registrado se produjo en Yeddah en abril. El brote se asoció principalmente (> 60 % de los casos) con la propagación de seres humanos a seres humanos dentro de los entornos hospitalarios y se debió a la falta de prevención y control de las infecciones o a su desorganización [37, 185, 186]. Un aumento de las muertes siguió al rápido aumento del número de casos. En 2015 ocurrieron dos grandes brotes. Corea del Sur fue el lugar del primer brote a gran escala fuera de la Península Arábiga y produjo los primeros casos tanto en Corea del Sur como en China, entre mayo y julio de 2015. Esto fue seguido de cerca por un brote distinto en la provincia de Ar Riyad, en la KSA, que parecía estar bajo control a principios de noviembre. Después de permanecer en Bahréin durante dos semanas, un varón de 68 años (68 M) viajó a Corea del Sur vía Qatar, llegando libre de síntomas el 4 de mayo de 2015 [187]. Desarrolló fiebre, Visitó una clínica como ambulatorio entre los días 12 y 15 de mayo y fue ingresado en el Hospital A el día 15 [188]. Fue dado de alta del Hospital A el día 17 y luego fue ingresado en el servicio de urgencias del Hospital B el día 18. Durante esta segunda estancia, se tomó una muestra de esputo y dio positivo para el MERS-CoV el día 20 [187, 188], desencadenando el traslado al centro de tratamiento de aislamiento designado. Durante un período de 10 días, el caso índice fue visto en tres hospitales diferentes, demostrando una característica clave de "compra hospitalaria" que conformó el brote surcoreano. Aproximadamente 34 personas fueron infectadas durante este tiempo [187]. En total 186 casos fueron generados en este brote, todos vinculados a través de una única cadena de transmisión a 68 M; 37 casos murieron [189]. En Corea del Sur, el sistema nacional de seguro médico prevé una atención médica de costo relativamente bajo, sufragando algunos costos al hacer que los familiares sean responsables de una parte de la administración de los enfermos, lo que a veces los hace permanecer durante largos períodos en las habitaciones que a menudo tienen más de cuatro camas en ellas [24]. Otros factores que se pensaba que habían permitido este brote eran la falta de familiaridad de los médicos locales con MERS, la facilidad con la que el público puede visitar y ser tratado por hospitales terciarios, la costumbre de visitar a amigos y familiares enfermos en hospitales, la naturaleza jerárquica de la sociedad coreana, las salas de emergencia abarrotadas, las medidas deficientes del IPC, la falta de salas de aislamiento de presión negativa y la mala comunicación interhospitalaria de los historiales de enfermedades de los pacientes [24, [190] [191] [192]. Hasta la fecha se han comunicado pocos detalles clínicos sobre estos casos y los detalles sobre la transmisión y el rastreo de los contactos son mínimos. Los hospitales involucrados inicialmente no fueron identificados, la orientación y las acciones gubernamentales produjeron mensajes confusos y hubo una comunicación muy limitada en los primeros tiempos, lo que dio lugar a preocupaciones innecesarias, desconfianza y un impacto económico distinto [191, [196] [197] [198]. Al principio del brote, un viajero infectado, hijo de un caso identificado en Corea del Sur, pasó por Hong Kong en su camino a China, donde estaba ubicado, aislado y atendido en China [91, 199, 200]. No hubo contactos que enfermaran.El brote se puso bajo control a finales de julio/a principios de agosto [201] después de que se emplearan medidas mejoradas del IPC, seguimiento y cuarentena de contactos sólidos, pruebas de laboratorio ampliadas, hospitales fueron mejor asegurados, se envió personal especializado para gestionar los casos Una revisión de los datos públicos mostró que, al igual que en el caso del MERS en la KSA, la edad avanzada y la presencia de enfermedad subyacente se asociaron significativamente con un desenlace fatal en Corea del Sur. [40] Aunque R 0 es <1, los eventos de superdifusión facilitados por circunstancias creadas en entornos de salud y caracterizadas por tamaños de clúster superiores a 150, como este, no son inesperados por la infección por MERS-CoV [204]. La dinámica de un brote depende de la R 0 y de los patrones de eliminación viral de un individuo, el tipo y la frecuencia de contacto, los procedimientos hospitalarios y la estructura y densidad de la población [204]. En la región de Ar Riyad, incluida la capital de Riad, se inició un cúmulo hospitalario dentro de un solo hospital a partir de finales de junio de 2015 [205]. A mediados de septiembre se habían notificado aproximadamente 170 A pesar de la introducción continua y posiblemente estacional del virus en la población humana a través de los DC infectados y tal vez otros animales que aún no se han identificado, la gran mayoría de la transmisión del MERS-CoV se ha producido de seres humanos infectados a no infectados en contacto cercano y prolongado a través de circunstancias creadas por un control deficiente de las infecciones en los entornos de atención de la salud. Este virus oportunista ha tenido su mayor impacto en las personas con enfermedades subyacentes y esas personas vulnerables, que a veces sufren múltiples comorbilidades, se han asociado con mayor frecuencia con los hospitales, creando una tormenta perfecta de exposición, transmisión y mortalidad. No está claro si este grupo se ve afectado de manera única por el MERS-CoV o si otras infecciones respiratorias, incluidas las de los HCoV, producen un impacto igualmente grave. En Corea del Sur, un solo caso importado creó un brote de 185 casos y 36 muertes que tuvieron un impacto desproporcionado en el desempeño económico, el comportamiento de la comunidad y la confianza en el gobierno y el sistema de atención de la salud. La transmisión del hogar de seres humanos a seres humanos se produce, pero también es limitada. Los programas educativos serán herramientas esenciales para combatir la propagación del MERS-CoV tanto dentro de las comunidades urbanas y regionales como para el entorno de atención de la salud. La vigilancia sigue siendo importante para la contención, ya que el MERS-CoV es un virus con una composición genética que se ha observado durante sólo tres años y no es estable. Entre todos los seres humanos que se han notificado que están infectados, casi el 40% han muerto. La secuenciación del genoma completo se ha utilizado extensamente para estudiar el recorrido y la variación del MERS-CoV y aunque sigue siendo una herramienta para expertos, parece ser la mejor herramienta para el trabajo. El MERS y el SRAS tienen algunas similitudes clínicas pero también difieren significativamente [206]. Entre las características definitorias se incluyen el PFC más alto entre los casos del MERS (superior al 50 % en 2013 y actualmente en el 30-40%; muy por encima del 9 % del SRAS) y la asociación más alta entre el MERS mortal y los hombres mayores con comorbilidades subyacentes. Para los virus, el MERS-CoV tiene un tropismo más amplio, crece más rápidamente in vitro, induce más rápidamente cambios citopatógenos, desencadena respuestas transcripcionales distintas, hace uso de un receptor diferente, induce un estado más proinflamatorio y tiene una respuesta antiviral tardía en comparación con el SRAS Parece haber una prevalencia del 2-3 % de MERS-CoV en la KSA con una probabilidad del 5 % de transmisión secundaria dentro del hogar. Hay un mayor riesgo de infección a través de ciertas ocupaciones en ciertos momentos y una probabilidad mucho mayor de propagación a otros seres humanos durante circunstancias creadas por los humanos, lo que impulsa una transmisión más efectiva que cualquier R 0 predeciría sobre el valor facial. Sin embargo, a pesar de las múltiples concentraciones masivas que han proporcionado al virus muchos millones de oportunidades de propagación, no se han reportado brotes de MERS o MERS-CoV durante o inmediatamente después de estos eventos. No hay evidencia de que el MERS-CoV sea un virus de preocupación pandémica. Sin embargo, los entornos hospitalarios continúan describiendo casos y brotes de MERS en la Península Arábiga. Mientras facilitemos la propagación del MERS-CoV entre nuestras poblaciones más vulnerables, el mundo debe permanecer en alerta para los casos que puedan ser exportados con mayor frecuencia cuando un país de acogida con reservorios de camellos infectados está experimentando conglomerados o brotes humanos. El MERS-CoV parece ser un virus enzoótico que infecta a la URT DC con evidencia de recombinación genética reciente. Puede que una vez haya tenido su origen entre los murciélagos, pero falta evidencia y la relevancia de ello para la epidemia actual es académica. Gracias a la acción rápida, las herramientas de diagnóstico molecular sensibles y rápidas necesarias para lograr un objetivo de detección rápido y sensible han sido establecidas y ampliamente disponibles desde que el virus fue reportado en 2012. RT-PCR pruebas de muestras de LRT siguen siendo el estándar de oro para la confirmación del MERS-CoV. Las herramientas serológicas siguen surgiendo pero necesitan una validación adicional utilizando muestras de infecciones leves y asintomáticas y un estudio de cohorte densamente muestreado para seguir los contactos de nuevos casos puede abordar esta necesidad. Del mismo modo, la importante cuestión de si aquellos que eliminan el ARN MERS-CoV durante períodos prolongados son infecciosos mientras aparecen bien, sigue sin respuesta. Incluso no está claro cuántas infecciones 'asintomáticas' se han descrito y reportado correctamente, lo que a su vez plantea preguntas sobre la fiabilidad de la recolección de otros datos clínicos hasta la fecha. Si bien la virología básica del MERS-CoV ha avanzado en el transcurso de los últimos tres años, la comprensión de lo que está sucediendo en, y la interacción entre, camello, medio ambiente y humano todavía está en su infancia.

¿Cómo se define la transmisión de MERS-CoV?

MERS coronavirus: diagnóstico, epidemiología y transmisiónhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4687373/SHA: f6fcf1a99cbd073c5821d1c4ffa3f2c6daf8ae29Autores: Mackay, Ian M.; Arden, Katherine E.Fecha: 2015-12-22DOI: 10.1186/s12985-015-0439-5Licencia: cc-byAbstract: Los primeros casos conocidos de síndrome respiratorio de Oriente Medio (MERS), asociados con la infección por un nuevo coronavirus (CoV), se produjeron en 2012 en Jordania, pero se informó retrospectivamente.El primer caso que se informó públicamente fue de Jeddah, en el Reino de Arabia Saudita (KSA). Desde entonces, las secuencias de MERS-CoV se han encontrado en un murciélago y en muchos camellos dromedarios (DC). MERS-CoV es enzoótico en toda la Península Arábiga y en partes de África, causando enfermedades leves del tracto respiratorio superior en su reservorio de camellos y infecciones humanas esporádicas, pero relativamente raras. Precisamente cómo el virus transmite a los seres humanos sigue siendo desconocido, pero la exposición estrecha y prolongada parece ser un requisito. El KSA es el punto focal de MERS, con la mayoría de los casos humanos. En los seres humanos, MERS se conoce principalmente como una enfermedad del tracto respiratorio inferior (RTL) que incluye fiebre, tos, dificultades respiratorias y neumonía que puede progresar a síndrome de dificultad respiratoria aguda, fallo multiorgánico y muerte en un 20% a 40% de los infectados. Sin embargo, MERS-CoV también se ha detectado en enfermedades leves y similares a En comparación con el síndrome respiratorio agudo grave (SARS), otra enfermedad zoonótica del coronavirus a veces fatal que ha desaparecido desde entonces, el MERS progresa más rápidamente hacia la insuficiencia respiratoria y la lesión renal aguda (también tiene afinidad por el crecimiento de las células renales en condiciones de laboratorio), es más frecuente en los pacientes con enfermedad subyacente y es más a menudo fatal. La mayoría de los casos humanos de MERS se han relacionado con fallos en la prevención y el control de infecciones (IPC) en los entornos de salud, con aproximadamente el 20% de todas las detecciones de virus notificadas entre los trabajadores de la salud (HCWs) y exposiciones más altas en aquellos con ocupaciones que los ponen en estrecho contacto con camellos. Los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) han estado disponibles casi desde el comienzo de la aparición de MERS. Mientras que la virología básica de MERS-CoV ha avanzado en los últimos tres años, la comprensión de la interacción entre camello, medio ambiente y restos humanos limitados. MATERIAL SUPLEMENTO ELECTRÓNICO: La versión en línea de este artículo (doi:10.1186/s12985-015-0439-5) contiene material suplementario, que está disponible para los usuarios autorizados. Texto: Un correo electrónico del Dr. Ali Mohamed Zaki, un virólogo egipcio que trabaja en el Hospital Dr. Soliman Fakeeh en Jeddah en el Reino de Arabia Saudita (KSA) anunció la primera cultura de un nuevo coronavirus al mundo. El correo electrónico fue publicado en el sitio web de la red de enfermedades emergentes profesionales (ProMED) el 20 de septiembre de 2012 [1] (Fig. 1) y describió el primer caso reportado, un hombre de 60 años de edad de Bisha en la KSA. Esta información llevó al rápido descubrimiento de un segundo caso del virus, esta vez en un paciente enfermo en el Reino Unido, que había sido transferido de Qatar para su atención [2]. El nuevo virus fue inicialmente llamado coronavirus nuevo (nCoV) y subsecuentemente titulado el síndrome de respiración del Oriente Medio coronavirus (MERS-CoV). A partir del 2 de septiembre de 2015, ha habido 1.493 detecciones de ARN viral o anticuerpos específicos del virus en 26 países (Fichero adicional 1: Figura S1) confirmado por la Organización Mundial de la Salud (OMS), con más de un tercio de las personas positivas muriendo (al menos 527, 35 %) [3]. Desde ese primer informe, un lento proceso de descubrimiento durante los siguientes dos o tres años reveló un virus que había infectado más del 90 % de los camellos dromedarios adultos (DC; Camelus dromedario) en la KSA [4], también en los países en desarrollo de toda la Península Arábiga y partes de África que son una fuente de importaciones de DC para la KSA [5]. Hasta la fecha, el MERS-CoV no se ha detectado en los países en desarrollo sometidos a pruebas en zoológicos o rebaños de otras partes del mundo [6] [7] [9]. Ocasionalmente, el virus se transmite de los DC infectados a los seres humanos expuestos. La transmisión posterior a otros seres humanos requiere una exposición relativamente cercana y prolongada [10]. Se patentó el primer aislado viral y se planteó la preocupación de que ello limitaría el acceso tanto al virus como a los diagnósticos virales [11, 12]. Sin embargo, los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) se describieron rápidamente y el virus se puso a disposición de forma gratuita, sujeto a consideraciones rutinarias de bioseguridad [13]. La epidemiología y la investigación posteriores han identificado al receptor celular como exopeptidasa dipeptidil peptidasa 4 (DPP4; también llamada CD26); que el MERS-CoV tiene un amplio tropismo, replicando mejor en algunas líneas celulares y provocando una respuesta más proinflamatoria que el SARS-CoV; está muy extendido en los DC; tiene el potencial de infectar a otros animales y que el MERS mata a su huésped humano con más frecuencia que el SARS (20-40% frente al 9 % para el SARS [14] ) [15] [16] [17] [19]. El MERS-CoV se propaga esporádicamente entre las personas, causando enfermedades más graves entre los adultos mayores, especialmente los varones, con enfermedades preexistentes.La propagación del MERS-CoV entre los seres humanos se ha asociado a menudo con brotes en los hospitales, con alrededor del 20% de todos los casos hasta la fecha en los que han participado trabajadores de la salud (HCWs).Aunque los DC parecen sufrir el equivalente a un "frío común" de la infección por MERS-CoV, en los seres humanos el virus puede ser un patógeno más grave y oportunista asociado con la muerte de hasta el 40% de los casos notificados. Aún no se ha establecido si las infecciones que se cree que se han adquirido de una fuente animal producen un resultado más grave que los que se propagan entre los seres humanos [20]. Los estudios han establecido que el período medio de incubación para el MERS es de cinco a seis días, que van de dos a 16 días, con 13 a 14 días entre el inicio de la enfermedad en una persona y posteriormente se extiende a otra [21] [22] [23]. Entre aquellos con enfermedad progresiva, la mediana de tiempo hasta la muerte es de 11 a 13 días, que van de cinco a 27 días [23, 24]. La fiebre y los síntomas gastrointestinales pueden formar un pródromo, después de lo cual los síntomas disminuyen, sólo para ser seguidos por un síndrome sistémico y respiratorio más grave [25, 26]. La primera definición de caso de la OMS [27] definió los casos probables de MERS basados en la presencia de enfermedad febril, tos y el requisito de hospitalización con sospecha de compromiso del tracto respiratorio inferior (RTL), incluyendo también roles para el contacto con un caso probable A partir de julio de 2013, la definición revisada del caso de la OMS incluía la importancia de buscar y comprender el papel de los casos asintomáticos y, a partir de junio de 2014, la definición de la OMS indicaba más claramente que un caso confirmado incluía a cualquier persona cuya muestra fuera RT-PCR positiva para MERS-CoV, o que produjera una seroconversión, independientemente de los signos y síntomas clínicos. [28] [30] Aparte de los informes de la OMS y del Ministerio de Salud de la KSA, los casos asintomáticos o subclínicos de infección por MERS-CoV se documentaron en la literatura científica, aunque no siempre tan a menudo como ocurrió a principios de [31, 32]. La definición del caso de la KSA se hizo más estricta el 13 de mayo de 2014, basándose en la presencia de ambas características clínicas y confirmación de laboratorio [33]. Las pruebas de personas asintomáticas fueron recomendadas a partir de diciembre de 2014 [34], reforzadas por una definición de caso publicada por el Ministerio de Salud de la KSA en junio de 2015 [35]. La KSA ha sido la fuente del 79 % de los casos humanos. El MERS severo es notable por su impacto entre los hombres mayores con enfermedades comorbidas, incluyendo diabetes mellitus, cirrosis y diversas afecciones pulmonares, renales y cardíacas [36] [38]. Interesantemente en junio de 2015, un brote en Corea del Sur siguió una distribución similar [39, 40]. Entre los casos confirmados en laboratorio, los signos y síntomas de fiebre, tos y tracto respiratorio superior (URT) generalmente ocurren primero, seguidos en una semana por trastornos progresivos de TL y linfopenia [37]. Los pacientes a menudo se presentan a un hospital con neumonía o peor, y se han notificado infecciones Según se informa, el MERS ha matado aproximadamente el 35 % de todos los casos notificados, el 42 % de los casos en la KSA, pero sólo el 19 % de los casos en Corea del Sur, donde la mortalidad osciló entre el 7 % entre los grupos de edad más jóvenes y el 40 % entre los de 60 años o más [42] ; todos pueden ser valores inflados con infecciones asintomáticas o leves a veces no buscadas o no reportadas [34]. La atención de apoyo general es clave para tratar los casos graves [43]. Rara vez se informa que los niños menores de 14 años son positivos para la MERS-CoV, que comprende sólo el 1,1% (n = 16) del total de casos notificados. Entre el 1 de septiembre de 2012 y el 2 de diciembre de 2013, un estudio describió el recuento de casos pediátricos en la KSA, que se situaba en 11 (dos a 16 En Amman (Jordania), se probaron 1.005 muestras de niños hospitalizados menores de dos años con fiebre y/o signos y síntomas respiratorios, pero ninguna fue positiva para ARN MERS-CoV, a pesar de haber sido recolectadas en un momento similar al primer brote conocido de MERS-CoV en la ciudad vecina de Al-Zarqa [45]. Un segundo trimestre de mortinato ocurrió en una mujer embarazada durante una enfermedad respiratoria aguda y aunque no fue RT-rtPCR positivo, la madre desarrolló posteriormente anticuerpos contra MERS-CoV, sugestivos de infección reciente [46]. Su historia de exposición a un pariente positivo de MERS-CoV RT-rtPCR y un esposo anticuerpo reactivo, su período de incubación y su historia sintomática cumplieron los criterios de la OMS para ser un probable caso de MERS-CoV [46]. Los métodos de diagnóstico se publicaron dentro de los días del correo electrónico ProMED anunciando el primer caso MERS [47], incluyendo varios ensayos RT-rtPCR (Fig. 2 ) y cultivo de virus en células Vero y LLC-MK2 [18, 47, 48]. Un adenocarcinoma colorrectal (Caco-2 ) línea celular epitelial ha sido recomendado desde entonces para el aislamiento de infecciones MERS-CoV [49]. Anteriormente [18].. Los marcos de lectura abiertos se indican como rectángulos amarillos entre corchetes por regiones terminales no traducidas (UTR; rectángulos grises ). FS-frame-shift. Las regiones predictas que abarcan puntos de ruptura de recombinación se indican por píldoras naranjas. Creado utilizando Geneious v8.1 [211] y anotado usando Adobe Illustrator. Bajo este esquema se muestra la ubicación de los imprimadores RT-PCR (las flechas azules indican la dirección) y oligoprobes (rectángulos verdes) utilizados en los primeros ensayos de cribado RT-rtPCR y en los convencionales, seminés (tres imprimaciones) RT-PCR confirmatorios de secuenciación [47, 48]. El orden de publicación se observa por primera [27 de septiembre de 2012; rojo] y segundo [6 de diciembre de 2012; naranja] rectángulos de color; ambos de Corman y otros [47, 48] Los ensayos recomendados por la OMS se destacan debajo por puntos amarillos [53]. El imprimador reverso NSeq ha contenido consistentemente una secuencia incompatibilidad con algunas variantes de MERS-CoV. Una versión alterada de la de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio del Oriente Medio: Una Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con el permiso de Elsevier [5] revisó el amplio tropismo de MERS-CoV [5]. Sin embargo, como se describe bien, el cultivo celular es un método lento, especializado e insensible [50] mientras que las técnicas basadas en PCR son el método preferido para la detección de MERS-CoV. Los primeros marcos de lectura abiertos (ORF 1a y 1b; Fig. 2) se han convertido en un objetivo diagnóstico clave y taxonómico para la identificación de especies CoV. Con menos del 80 % de identidad entre la secuencia de aminoácidos de MERS ORF 1ab y parientes del betacoronavirus, Tylonycteris Bat HKU4 y Pipistrellus Bat HKU5, se puede concluir que es un virus novedoso y distinto. Las proteínas estructurales incluyen el pico (S), la envoltura (E), la membrana (M) y el nucleocápsido (N) [52]. Se prevé que los productos de ORF1a y ORF1b codificarán proteínas no estructurales. La mayoría de los ensayos de muestras realizados hasta la fecha han empleado ensayos RT-rtPCR validados que han demostrado ser sensibles y específicos [47, 48, 53]. El kit de RealStar® utiliza estos ensayos recomendados por la OMS [54]. Las secuencias objetivo de estos ensayos de cribado no han cambiado entre los genomas examinados hasta al menos mediados de 2015 (observación IMM). Otros ensayos RT-rtPCR han sido desarrollados y validados para su uso como herramientas de diagnóstico basadas en laboratorio [55] [56]. Además, los ensayos isotérmicos [58, 59] o recombinasa polimerasa [60] La detección del antígeno MERS-CoV no ha sido común hasta la fecha, pero la combinación de corto tiempo de retorno de la prueba al resultado, alto rendimiento e identificación de proteínas virales hace que esta opción sea atractiva. La detección de proteínas virales en lugar de ARN viral indica la probable presencia de virus infecciosos. La primera herramienta inmunocromatográfica rápida descrita podría detectar proteína nucleocápsida MERS-CoV recombinante de hisopos nasales DC con sensibilidad al 94 % y especificidad al 100 % en comparación con RT-rtPCR [61]. Un enfoque diferente utilizó una captura basada en anticuerpos monoclonales ELISA dirigida a la proteína nucleocápsida MERS-CoV con una sensibilidad de 10 3 CCID 50 y especificidad al 100 % [62]. La demostración de una seroconversión a una infección por MERS-CoV cumple con la definición actual de la OMS de un caso tan optimizado y ampliamente validado que los seroensayos empleados junto con buenas historias clínicas son útiles para identificar la infección por MERS-CoV y ayudar a apoyar estudios de transmisión. Debido a que las pruebas serológicas son, por su naturaleza, retrospectivas, es habitual detectar una huella viral, en forma de anticuerpos, en ausencia de signos o síntomas de enfermedad y a menudo en ausencia de ARN viral [63]. Las seroencuestas estratégicas y generalizadas de seres humanos que utilizan muestras recogidas después de 2012 son infrecuentes. Gran parte de la Península Arábiga y todo el Cuerno de África carecen de datos de referencia que describan la proporción de la comunidad que puede haber sido infectada por un MERS-CoV. Sin embargo, las seroencuestas han tenido un uso Debido a la identidad compartida entre DC y el MERS-CoV humano (ver epidemiología molecular: utilizando genomas para entender brotes), los ensayos serológicos para las seroencuestas de DC deben ser transferibles al cribado humano con una reconfiguración mínima. Además, no se ha encontrado ninguna variación diagnóstica relevante en la actividad de neutralización entre una gama de aislados y seras testados de MERS-CoV circulantes, por lo que los seroensayos de virus enteros o específicos basados en proteínas deben funcionar de manera equivalente en la detección de respuestas serológicas al serotipo único de MERS-CoV [49]. El desarrollo de ensayos serológicos robustos requiere paneles confiables de sueros animales o humanos bien caracterizados, incluidos los positivos para anticuerpos específicos del MERS-CoV, así como para fuentes probables de reacción cruzada [64]. La obtención de estos materiales fue problemática y enlenteció el desarrollo y comercialización de ensayos de detección de anticuerpos para ensayos humanos [64]. Se han liberado varios kits comerciales de ELISA, kits de ensayos inmunofluorescentes (IFA), proteínas recombinantes y anticuerpos monoclonales [31, [65] [66] [68]. Inicialmente, se utilizaron IFAs convencionales para seroencuestas humanas. Estos se basaron en el cultivo celular infectado por MERS-CoV como fuente de antígeno, detectando la presencia de anticuerpos humanos anti-MERS-CoV IgG, IgM o neutralizantes en muestras humanas [18, 48, 69]. No se encontró ningún signo de anticuerpos MERS-CoV entre 2.400 sueros de pacientes que visitaron el Hospital de Jeddah, desde 2010 hasta 2012, antes de la descripción de MERS-CoV [18]. Los métodos IFA tampoco detectaron ningún signo de infección previa por MERS-CoV entre una pequeña muestra de 130 donantes de sangre sanos de otro hospital de Jeddah (recogida entre enero y diciembre de 2012) [70]. De 226 trabajadores del matadero, sólo ocho (3,5%) fueron positivos por IFA, y los sueros no pudieron ser confirmados por la prueba de neutralización del virus (NT). El estudio indicó que HCoV-HKU1 era una fuente probable de antígenos de reacción cruzada en todo el virus IFA [70]. El virus completo MERS-CoV IFA también sufrió alguna reactividad cruzada con el suero del paciente convaleciente del SARS y esto no pudo resolverse mediante una prueba del NT que también fue reactiva [71]. La IFA utilizando proteínas recombinantes en lugar de la IFA del virus entero, ha demostrado ser una herramienta más específica [31]. Dado que se han postulado zoonosis asintomáticas [72], la ausencia de anticuerpos contra el MERS-CoV entre algunos humanos que tienen contacto regular y estrecho con camellos puede reflejar la rareza de animales infectados activamente en carnicerías, un riesgo de transmisión limitado asociado con DCs de sacrificio [70], un estado inmune cruzado de protección preexistente o algún otro factor(s) que resulta en un bajo riesgo de enfermedad y seroconversión concurrente que se desarrolla después de la exposición en este grupo. IFA usando proteínas recombinantes en su lugar. Algunos seroensayos han pasado por alto los riesgos de trabajar con virus infecciosos al crear células transfectadas que expresan porciones recombinantes de las proteínas nucleocápsidas y punzantes del MERS-CoV [48, 73], o utilizando un lentivirus recombinante que expresa la proteína de pico del MERS-CoV Un ensayo de pseudoneutralización de partículas (ppNT) ha sido ampliamente utilizado en estudios en animales y fue al menos tan sensible como la prueba tradicional de microneutralización (MNT). [10, 74, [76] [77] [78] ] Los estudios que utilizaron pequeños números de muestra y ppNT no encontraron evidencia de anticuerpos neutralizantes MERS-CoV en sueros de 158 niños con infecciones de LRT entre mayo de 2010 y mayo de 2011, 110 sera de 19 a 52 años de edad donantes de sangre masculina y 300 trabajadores autoidentificados de animales de la Región Jazan de la KSA durante 2012 [79, 80]. Del mismo modo, un estudio de cuatro pastores en contacto con una manada infectada de DC en Al-Ahsa, ocho personas que tenían contacto intermitente con la manada, 30 veterinarios y personal de apoyo que no estaban expuestos a la manada, tres trabajadores de mataderos no protegidos en Al-Ahsa y 146 controles que no estaban expuestos a DC en ningún papel profesional, no encontró ninguna evidencia serológica de infección por MERS-CoV en el pasado utilizando el ensayo ppNT [10]. Un retraso en la respuesta de anticuerpos neutralizantes a la infección por MERS-CoV se asoció con un aumento de la gravedad de la enfermedad en los casos de Corea del Sur con la mayoría de las respuestas detectables para la tercera semana de enfermedad, mientras que otros, aunque la enfermedad era grave, no respondieron durante cuatro o más semanas [81]. Las implicaciones para nuestra capacidad de detectar cualquier respuesta en casos leves o asintomáticos no fueron exploradas, pero Un brote jordano de TRT aguda en un hospital en 2012 se encontró retrospectivamente asociado a la infección por MERS-CoV, utilizando inicialmente RT-rtPCR, pero posteriormente, y en una escala mayor, a través de la positividad por ELISA y la prueba IFA o MNT. [46, 82, 83] Este brote fue anterior al primer caso de MERS en la KSA. La ELISA utilizó una proteína nucleocápsida recombinante del grupo 2 betacoronavirus bat-CoV HKU5 para identificar anticuerpos contra la proteína MERS-CoV reactiva equivalente [71]. Se validó utilizando 545 sera recolectada de personas con HCoV-OC43, HCoV-229E, SARS-CoV, HCoV-NL63, HRV, HMPV o influenza A(H1N1), pero fue supuestamente menos específica que la I También se consideró una herramienta aplicable para el cribado de grandes números de muestra [82]. Un microarray de proteína que expresa la subunidad de proteína S1 ha sido validado y ampliamente utilizado para las pruebas de DC [5, 84]. Detección de infección por MERS-CoV usando microarray de proteína ELISA o S1 [84] suele ser seguido por IFA confirmatoria y/ o una neutralización de reducción de placa (PRNT) [69, 70, 85] o MNT test. [74, 85, 86] Este proceso confirmatorio tiene como objetivo asegurar que los anticuerpos detectados sean capaces de neutralizar específicamente el virus previsto y no sean más ampliamente reactivos a otros coronavirus encontrados en DCs (coV bovina, BCoV) o humanos (HCoV-OC43, HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoV-HKU1, SARS En el estudio más grande de sueros humanos, un proceso de diagnóstico escalonado asignó tanto el SERA positivo recombinante como el SERA ELISA recombinante a la seropositividad 'etapa 1'. Un resultado seropositivo en estadio 2 requirió además un resultado PRNT adecuadamente titulado [87]. El estudio encontró que 15 SERA recolectados en 2012 a 2013 de 10.009 (0,2%) personas en 13 provincias KSA contenían anticuerpos MERS-CoV, pero proporciones significativamente mayores en se produjeron en pastores de camellos (dos de 87; 2,3 %) y trabajadores de mataderos (cinco de 140; 3,6 %) [87]. Se necesitan encuestas contemporáneas. MERS-CoV no parece ser fácilmente transmitido de DCs a los seres humanos, o tal vez es [72], pero generalmente no desencadena una respuesta inmune detectable si sólo se producen enfermedades leves o infecciones asintomáticas. Los ensayos serológicos necesitan una validación adicional en esta área, por lo que es necesario tener cuidado al trasladar algoritmos de serología diagnóstica de reciente desarrollo de un entorno de investigación a uno que informe las decisiones de salud pública, lo que se reforzó cuando un caso falso positivo en EE.UU., supuestamente infectado después de un apretón de manos y dos reuniones cara a cara, no resistió más análisis confirmatorios utilizando un ensayo NT más específico y posteriormente se retractó [88, 89]. La OMS recomienda tomar muestras de la TRL para las pruebas RT-rtPCR del MERS-CoV, especialmente cuando la recolección de muestras se retrasa una semana o más después del inicio de los síntomas. [53] Las muestras de TRL también son mejores para intentar aislar el virus infeccioso, aunque el éxito del cultivo se reduce cuando persiste la enfermedad [49]. Los tipos de muestras recomendados incluyen lavado broncoalveolar (BAL), aspirado traqueal/traqueobronquial, líquido pleural y esputo [53, 90]. Las muestras frescas arrojan mejores resultados diagnósticos que el material refrigerado [69] y si es probable que se produzcan retrasos en las pruebas de ≥72 h, las muestras (excepto sangre) deben congelarse a −70°C [90]. Si se dispone de ellas, también se pueden realizar biopsias pulmonares o tejidos de autopsia [53]. Sin embargo, la TRU es un lugar de muestreo menos invasivo y más conveniente, y se recomienda un hisopo orofaríngeo y de garganta o un aspirado/lavado nasofaríngeo cuando se va a realizar el muestreo de TRU [90]. Los sueros emparejados, recogidos de dos a tres semanas de diferencia son preferibles para las pruebas serológicas, mientras que se sugiere que una muestra única sea suficiente si se recogen dos semanas después de la aparición de la enfermedad o un único suero recogido durante los primeros 10-12 días si se realiza RT-rtPCR [53, 90]. Se ha encontrado que la orina y las heces humanas contienen ARN MERS-CoV 12 a 26 días después de la aparición de los síntomas [25, 69, 91] y se enumeran como muestras que deben considerarse [53, 90]. En dos casos que llegaron a los Países Bajos, la orina fue RT-rtPCR negativa pero las heces fueron débilmente positivas y los sueros fueron RT-rtPCR positivos durante cinco días o más [25]. El hallazgo de ARN viral MERS-CoV en el suero proporciona una vía para estudios retrospectivos basados en PCR La ARNemia también puede correlacionarse con la gravedad de la enfermedad; los signos de virus fueron eliminados del suero de un paciente recuperado, pero se mantuvo hasta la muerte de otro [92]. Los casos de sospecha clínica de MERS pueden devolver resultados negativos por RT-rtPCR. Los datos han demostrado que una o más muestras de URT negativas pueden ser contradichas mediante un muestreo adicional de URT o el uso de muestras de LRT, lo que se prefiere [2, 43, 93]. En la LRT se producen cargas virales más altas que en la URT. [22, 69, 88, 94] Esto concuerda con la observación de que la mayoría de los síntomas de la enfermedad se reportan como enfermedad sistémica y LRT [21]. Sin embargo, en ocasiones incluso los especímenes de LRT de los casos de MERS pueden ser inicialmente negativos, sólo para más tarde ser positivos por RT-PCR [95 Esto puede deberse a una mala toma de muestras cuando la tos está ausente o no es productiva o porque la carga viral es baja [95]. A pesar de esto, tanto los mayores estudios de MERS-CoV humanos [32, [96] [97] [98] y los más pequeños [22, 25, 99], utilizan muestras de la URT. Cabe destacar que un estudio reportó una asociación entre cargas más altas en la URT y peores resultados clínicos incluyendo cuidados intensivos y muerte [94]. Al escribir, no existen datos humanos para definir si el virus se replica única o preferentemente en la LRT o URT, o réplicas en otros tejidos humanos in vivo, aunque el ARN MERS-CoV se ha detectado tanto de la URT como de la LRT en un modelo de mono macaco [100].La distribución de DPP4 en las vías respiratorias superiores humanas tampoco está bien descrita. Los estudios individuales de casos humanos reportan largos periodos de eliminación viral, a veces intermitentes y no necesariamente relacionados con la presencia de síntomas de la enfermedad. [25, 69, 99, 101] En un caso, un HCW arroja ARN viral durante 42 días en ausencia de enfermedad [99]. Es un área de alta prioridad para entender mejor si estos casos son capaces de infectar a otros. Más de tres cuartas partes de los casos de MERS arrojan ARN viral en sus muestras de TL (aspirados traqueales y esputo) durante al menos 30 días, mientras que sólo el 30 % de los contactos seguían arrojando ARN en sus muestras de TRU [91, 102]. En el único estudio para examinar el efecto del tipo de muestra en el análisis molecular, se examinaron 64 aspirados nasofaríngeos (ANP; una muestra de TRU), 30 aspirados traqueales, 13 Los aspirados traqueales y el BAL devolvieron los valores de carga viral más altos seguidos por el NPA y el esputo. Como era de esperar, las cargas virales más altas generalmente coincidían con la secuenciación del genoma completo y el éxito del cultivo y, en las pruebas del NPA, estaban significativamente correlacionadas con enfermedades graves y muerte [49, 94, 103]. Este estudio demostró la importancia del muestreo de LRT para la secuenciación del genoma completo. Cuando se probó, las muestras positivas para el MERS-CoV a menudo son negativas para otros patógenos [25, 93, 104]. Sin embargo, muchos estudios no mencionan pruebas adicionales para virus respiratorios humanos endémicos [21, 23, 73, 105]. Cuando se buscan virus, se han incluido el herpesvirus humano (VHH), los rinovirus (VHR), los enterovirus (VVV), el virus sincitial respiratorio (VRS), el virus parainfluenzavirus tipos 1, 2 y 3 (VIP), los virus de la gripe (VFI), los HCoV endémicos, los adenovirus (VCD) metapneumovirus (VPM) y el virus influenza A\H1N1; en ocasiones se han encontrado codetecciones con MERS-CoV [2, 22, 37, 69, 97]. A veces se incluyen pruebas bacterianas (por ejemplo, para Legionella y Pnemocococcus), pero el impacto de la copresencia bacteriana tampoco está claro [22, [104] [105] [106]. Otras pruebas de la muestra de TRL del primer caso del MERS utilizaron IFA para detectar algunos virus (negativos para IFV, PIV, RSV y AdVs) y RT-PCR para otros (negativos para AdV, EV, MPV y HHVs) [18]. RT-PCR también detectó MERS-CoV. La OMS recomienda encarecidamente pruebas para otros patógenos respiratorios [53] pero con esta recomendación a menudo descontada, hay datos limitados para abordar la ocurrencia y el impacto de coinfecciones o diagnósticos virales alternativos entre ambos casos del MERS y sus contactos. Poco se sabe de otras causas de neumonía similar al MERS en el KSA o de la carga general de enfermedad debido a los virus respiratorios clásicos conocidos. Pruebas de peregrinos adultos que realizan el Hajj en 2012 a 2014 no ha detectado ningún MERS-CoV. En 2012, se realizaron pruebas de hisopos nasales de 154 peregrinos recogidos antes de partir hacia el KSA o partir de él [47]. En 2013, las pruebas se ampliaron significativamente con 5.235 hisopos nasofaríngeos de 3.210 peregrinos entrantes y 2.025 hisopos de peregrinos salientes probados [98]. Cabe señalar que la mayoría de los peregrinos llegaron de países libres de MERS. Se tomaron otros 114 hisopos de peregrinos con enfermedad similar a la gripe [96, 107]. En reuniones anteriores del Hajj, se descubrió que los virus de la gripe circulaban ampliamente, mientras que otros virus, a menudo rinovirus, circulaban de manera más selectiva, interpretando que indicaban su importación junto con peregrinos extranjeros [107] [108] [108] Con el tiempo, el aumento de la vacunación contra la gripe se ha acreditado como una disminución de la prevalencia de enfermedades similares a la gripe entre los peregrinos [110] A menudo no se recoge una muestra de TRL para estos estudios [98, 107, 109], por lo que los hallazgos negativos falsos son una posibilidad, aunque poco se sabe sobre el sitio inicial de infección y replicación del MERS-CoV; se puede haber supuesto que fue la TRL porque la enfermedad se notó por primera vez allí, pero la TRL puede ser el lugar de la replicación más temprana. En Jeddah entre marzo y julio de 2014 (en adelante, el brote de Jeddah-2014; Fig. 3 ), hubo un rápido aumento en los casos del MERS, acompañado de un intenso cribado; aproximadamente 5.000 muestras de dentro y alrededor de la región se probaron en un mes, produciendo alrededor de 140 detecciones del MERS-CoV (prevalencia ~3 %) [111]. Entre los 5.065 individuos muestreados y analizados en la KSA entre octubre de 2012 y septiembre de 2013, se realizaron 108 (2,1%) detecciones en una población hospital-céntrica que incluyeron casos hospitalizados (n = 2.908; 57,4 %), sus familias (n = 462; 9,1 %) y HCW asociados (n = 1.695; 33,5 %) [32]. Entre las detecciones, 19 (17,8 %) eran HCW y 10 (9,3 %) eran contactos familiares [32]. La prevalencia del 2-3 % de infecciones activas por MERS-CoV no es diferente a la prevalencia hospitalaria de otras COV humanas. [112] Sin embargo, la proporción de muertes entre los infectados por MERS-CoV es mucho mayor que la conocida por los HCoV NL63, HKU1, 229E u OC43 en otros países, e incluso superior a la de SRAS-CoV; no es un virus que pueda razonablemente ser descrito como una "tormenta en una taza de té". Es la baja tasa de transmisión que ha evitado la propagación mundial, a pesar de muchas "oportunidades". Muy temprano en el brote de MERS, algunos animales fueron altamente considerados como el reservorio o huésped(s) intermedio(s) de MERS-CoV con tres de los cinco primeros casos que tuvieron contacto con DCs [73, 113, 114]. Hoy en día, las infecciones por MERS-CoV animales deben ser reportadas a la organización mundial para la salud animal como una enfermedad emergente [115]. Un resumen de los primeros casos de MERS reportados por la OMS definió el contacto animal con humanos como directo y dentro de los 10 días previos al inicio de los síntomas [20]. Esta definición no permitió específicamente la adquisición de DCs a través de una vía basada en gotitas, que es muy probable que sea la vía de adquisición de un virus que inicialmente y predominantemente causa enfermedad respiratoria [23]. Se sabe que los camellos producen altos niveles de ARN MERS-CoV en su URT y pulmones [116]. Proporcionando apoyo para una vía de transmisión de gotitas y tal vez indicando la presencia de ARN en núcleos más pequeños y secos de gotitas, se identificó ARN MERS-CoV en una muestra de aire de alto volumen recogida de un granero que alberga un DC infectado [117]. La fuente precisa de la que los humanos adquieren MERS-CoV sigue siendo poco estudiada pero parece probable Estos factores pueden resultar importantes para los casos humanos que no describen ningún contacto DC [119] ni ningún contacto con un caso confirmado. Si la definición de contacto con animales de la OMS es suficiente para identificar la exposición a este virus respiratorio no está clara. La formulación se centra en el consumo de productos DC, pero no atribuye específicamente el riesgo a una vía de gotitas para la adquisición de MERS-CoV desde DC [120]. Algunos pacientes MERS se enumeran en los avisos de enfermedad de la OMS como próximos a los DCs o granjas, pero los individuos no han descrito entrar en contacto con los animales. No se reporta ninguna vía alternativa para adquirir infección en muchos de estos casos. Lo que constituye una definición de "contacto" durante estas entrevistas se ha definido para un estudio [72]. A pesar de esta falta de claridad, la OMS considera que la evidencia que vincula la transmisión de MERS-CoV entre DCs a humanos es irrefu La posibilidad de que los murciélagos fueran un huésped animal de MERS-CoV fue ampliamente discutida inicialmente debido a la diversidad existente de coronavirus conocidos por residir entre ellos [121] [122] [123]. Evidencia concluyente que apoya a los murciélagos como fuente de infecciones humanas por MERS-CoV todavía no se ha encontrado, pero los murciélagos parecen albergar a los representantes ancestrales [53, 125]. Sin embargo, estas no son variantes del mismo virus ni siempre dentro del mismo linaje filogenético que MERS-CoV; cada uno son un virus genéticamente distinto. La infección de murciélago a humano por MERS-CoV es un evento puramente especulativo. La única pieza de evidencia específica del MERS-CoV que apunta a los murciélagos se origina en la amplificación de un fragmento de 190 nt del gen ARN dependiente de la polimerasa del genoma del MERS-CoV, identificado en un pellet fecal de un murciélago insectívoro Emballonuridae, Taphozous perforatus encontrado en Bisha, el KSA [121]. Aunque muy corta, la secuencia del fragmento lo definió como un descubrimiento diagnóstico. Posteriormente se informó de un enlace a los DC [85] y ese enlace ha madurado en una asociación verificada [38, 126] (Fig. 4). (Véase la figura en la página anterior.) Fig. 3 Detecciones mensuales de MERS-CoV (barras azules) y de casos que murieron (barras rojas) con algunas fechas de interés marcadas para 2012 al 4 de septiembre de 2015. Se indica una aproximación de cuando la estación de parto DC [128] y cuando los DC recién nacidos son destetados. La primavera (verde) y el verano (naranja) en la Península Arábiga también están sombreados. Tenga en cuenta la escala del eje y de la izquierda para 2014 y 2015 que es mayor que para 2012/13. Fuentes de estos datos públicos incluyen la OMS, Ministerios de Salud y FluTrackers [207] [209] [209]. Versiones anteriores y posteriores de este gráfico se mantienen en un blog personal [210]. Modificado y reimpreso de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio de Oriente Medio: Una infección por coronavirus emergente rastreada por la multitud. Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con permiso de Elsevier [5] Los DCs, que constituyen el 95 % de todos los camellos, tienen una presencia central en la El contacto puede ser común y puede ocurrir de diversas maneras (Fig. 4a). Hay varios grandes festivales, razas, ventas y desfiles bien atendidos que cuentan con DCs y DCs también son mantenidos y criados cerca de áreas pobladas en el KSA [127, 128]. La leche y la carne DC son ampliamente consumidas y el DC más viejo es un animal de importancia ritual después de la peregrinación del Hajj [129]. Sin embargo, la frecuencia de infección del MERS-CoV es mucho menor que el hábito generalizado y frecuente de comer, beber y preparar productos DC. La ingestión diaria de leche DC fresca no pasteurizada es común entre los beduinos del desierto y muchos otros en el KSA. La orina DC también se consume o se utiliza para supuestos beneficios para la salud. A pesar de que la carnicería de camellos es una ocupación local, ni los carniceros ni otros grupos en riesgo son identificables entre los casos de MERS; esto puede ser simplemente un problema de información en lugar de una ausencia inexplicable de MERS. Un pequeño estudio de casos y controles publicado en 2015 identificó el contacto directo con la DC, y no la ingestión de productos, para estar asociado con la aparición de MERS [38]. La primera investigación sero-encuesta de ganado que vive en la región de Oriente Medio se llevó a cabo durante 2012-2013 [85]. Los DCs fueron muestreados a partir de una manada de canarios nacidos principalmente y de DCs omaníes (originalmente importados del Cuerno de África) [85]. b Las infecciones de camello a humano parecen ser poco frecuentes, mientras que la propagación de la infección de ser humano a ser humano se ve facilitada regularmente por una CIP deficiente en los entornos de salud donde se amplifica la transmisión, lo que explica la mayor parte de los casos. Hay casos de MERS humanos que no entran en ninguna de las categorías de origen y no está claro si estas infecciones adquiridas a través de alguna vía totalmente separada, o de casos que escaparon al diagnóstico. c Las formas hipotéticas en las que la subclínica (cuando la infección puede no alcanzar un umbral clínico previamente definido de signos y/o síntomas) o asintomáticas (sin signos obvios ni medidos, observados o recordados de enfermedad) la infección por MERS-CoV puede estar implicada en la transmisión DC sera podría neutralizar MERS-CoV mientras que todas las seras DC de Omán tenían niveles elevados de anticuerpos neutralizantes específicos de MERS- Desde este estudio, una serie de informes revisados por pares han analizado tanto a los DCs como a otros animales, y la posibilidad de que puedan albergar la infección por MERS-CoV. Se han encontrado DCs seropositivos en toda la Península Arábiga, incluyendo Omán, la KSA, Qatar, Jordania, los Emiratos Árabes Unidos (EAU), Kuwait así como Sudán, Somalia, Egipto, Túnez, Nigeria, Kenia y Etiopía en África y las Islas Canarias [85, [130] [133] [133] [134]. Otros animales probados incluyen ovejas, vacas, cerdos, caballos, burros, mulas, aves, búfalos acuáticos, cabras, camellos bactrianos, llamas y guanacos (camélidos suramericanos) pero ninguno tenía anticuerpos neutralizantes detectables contra MERS-CoV [4, 74, 78, 85, 86, 135, 136]. No se han notificado hasta la fecha estudios de virología o serología de muestras humanas procedentes de zonas de África donde hay camellos con antecedentes de MERS-CoV. Sin embargo, la ausencia de neumonía inexplicable que pueda atribuirse a la infección por MERS-CoV puede no indicar la ausencia de virus entre los seres humanos en cada país, sino simplemente reflejar la falta de costosos estudios de epidemiología realizados por países pobres en recursos. Por lo tanto, no está claro si el MERS-CoV, o una CoV relacionada con antígenos, es un patógeno no reconocido en estas regiones, quizás circulando durante más tiempo del que se ha conocido en la Península Arábiga [133]. El ARN del MERS-CoV también se ha detectado en muestras de DC, y también se ha logrado la recuperación del virus infeccioso a partir de muestras de DC [4, 77, 117, 132, [137] [139] De algunos de ellos, se han secuenciado genomas completos o mayoritarios de MERS-CoV [77, 137, 138]. Las versiones DC de MERS-CoV fueron tan similares entre sí, como las variantes detectadas de diferentes seres humanos a lo largo del tiempo y a lo largo de la distancia. Los ensayos de detección de anticuerpos anticuerpos también han detectado anticuerpos cruzados en sera. Estos se identificaron como tales mediante la detección de sera contra virus similares, por ejemplo BCoV o HCoV-OC43 (como facsímil antigénico para BCoV). Es posible que otros virus similares a MERS-CoV también residan dentro de los DCs, pero esto no menoscaba el hallazgo definitivo de secuencias genéticas de MERS-CoV tanto en DCs como en humanos [117, 142, 143]. Los estudios de detección han demostrado que los DC juveniles son más a menudo positivos para el virus o el ARN viral, mientras que los DC mayores son más propensos a ser seropositivos y ARN o virus negativos [76, 77, 144]. En los DC adultos, se ha detectado ARN MERS-CoV entre animales con anticuerpos preexistentes, lo que sugiere que es posible la reinfección [77, 144]. Las cargas virales entre DC positivos pueden ser muy altas [4, 76, 77, 139, 144] y DCs se han encontrado positivos tanto cuando están enfermos con signos respiratorios de TRU [77, 117, 142, 145] o cuando aparentemente sanos [137]. Estos hallazgos indican que los DCs hospedan infecciones naturales MERS-CoV. Además, los sera DC almacenados han revelado signos de MERS-CoV en DCs que datan de hace más de tres décadas (los más tempranos Los sera más viejos no han sido probados y, por lo tanto, cuánto tiempo los DC han sido afectados por MERS-CoV, si el virus es enzoótico entre ellos, introducidos hace décadas o siglos de murciélagos en África o la Península Arábiga, o son objeto de incursiones virales regulares pero de corta duración de un huésped aún desconocido, no pueden ser respondidos. Los investigadores buscaron determinar una dirección para la infección; estaban los DC transmitiendo virus a los seres humanos o estaban los humanos infectando DC? En un sitio de Qatar, un propietario de una granja y su empleado se enfermaron a mediados de octubre de 2013 y dieron positivo para el ARN MERS-CoV en una muestra de esputo y hisopos de garganta, respectivamente. RT-rtPCRs encontró MERS-CoV ARN en 11 de 14 hisobas nasales de DC positivas en la granja; seis (43 %) positivos Los resultados indicaron que se había producido un brote reciente en este rebaño; la primera indicación de ARN MERS-CoV encontrado en DCs con una asociación temporal a infecciones humanas; tres muestras de DC positivas fueron confirmadas por secuenciación de una porción de 358 nt del gen de la espiga; estas secuencias eran idénticas unas a otras, de nuevo con homología cercana a otras secuencias humanas y DC MERS-CoV [138]. Los DCs y contactos humanos produjeron secuencias ORF1a y ORF4b que diferían por un solo nucleótido cada una, agrupando estrechamente con la variante Hafr-Al-Batin_1_2013 [138]. Estudios de casos posteriores encontraron evidencia de una infección humana y DC concurrente y la dirección de esa infección fue inferida a partir de los DCs enfermos y a sus propietarios humanos [117, 142, 146]. Las secuencias del genoma parcial indicaron que un humano y un DC positivo de la RT-RTPCR del MERS-CoV habían sido infectados por una variante del mismo virus, albergando el mismo patrón distinto de polimorfismos de nucleótidos. [142] Todos los nueve DC en la manada del propietario, muestreados en serie, reaccionaron en un antígeno S1 recombinante ELISA, con los dos animales que habían sido positivos de la RT-rtPCR mostrando un pequeño aumento verificable del título de anticuerpos [142]. Un aumento del título teóricamente comienza 10 a 21 días después de la infección de la DC [142]. Los autores sugirieron que el aumento del título en la suera de la DC que ocurrió junto con una disminución de la carga de ARN, mientras que el paciente estaba activamente enfermo y hospitalizado, indicó que los DC fueron infectados primero seguidos por el propietario [117, 142]. Los anticuerpos BCoV también estuvieron presentes, y aumentaron en uno de los dos animales positivos RT-rtPCR, pero ninguno de ellos pudo neutralizar la infección BCoV [142]. La temporada de parto en camellos se produce en los meses de invierno (entre finales de octubre y finales de febrero; Fig. 3 ) y este puede ser un momento en el que existe un mayor riesgo para los seres humanos de derrames debido a nuevas infecciones entre las poblaciones de DC ingenuas [128]. ¿Qué papel podría desempeñar el anticuerpo de camello materna en el retraso de la infección de terneros sigue siendo desconocido [128, 142]. Los DC juveniles parecen tener una infección activa con más frecuencia que los DC adultos y, por lo tanto, el sacrificio de los DC, que debe ser de cinco años de edad o más (llamados a thane), puede no ir acompañado de un riesgo significativo de exposición a la infección. A diferencia de los resultados anteriores, los trabajadores de los mataderos que matan tanto a los DC más jóvenes como a los más viejos, pueden ser un grupo ocupacional con una incidencia significativamente mayor de seropositividad a la MERS-CoV cuando los animales tienen infecciones activas por MERS-CoV [129, 139, [147] [148] [149]. Las investigaciones virológicas ampliadas de los DC africanos pueden dar lugar a animales más seropositivos y zonas geográficas en las que los seres humanos pueden estar en riesgo. Es posible que haya zonas en las que los seres humanos ya albergan infecciones por MERS-CoV que no se han identificado debido a la ausencia de vigilancia de laboratorio. Las investigaciones virológicas de los murciélagos pueden dar lugar a hallazgos de virus ancestrales y "eslabones de pérdida viral" e identificar cualquier otra fuente animal de propagación zoonótica es importante para informar opciones para reducir la exposición humana [56, El MERS-CoV infeccioso añadido a la leche de CC, cabra o vaca y almacenado a 4 °C podría recuperarse al menos 72 h más tarde y, si se almacena a 22 °C, la recuperación fue posible hasta 48 h [150]. El título de MERS-CoV disminuyó un poco cuando se recuperó de la leche a 22 °C, pero la pasteurización completamente ablada Infectividad MERS-CoV [150]. En un estudio posterior, se identificó ARN MERS-CoV en la leche, secreción nasal y heces de DCs de Qatar [151]. Un estudio único ha examinado la capacidad de MERS-CoV para sobrevivir en el medio ambiente [150]. Las superficies plásticas o de acero fueron inoculadas con 10 6 TCID 50 de MERS-CoV a diferente temperatura y humedad relativa (RH) y se A alta temperatura ambiente (30°C) y a baja RH (30 %) MERS-CoV permaneció viable durante 24 h [150]. En comparación, un virus respiratorio bien conocido y eficientemente transmitido, el virus influenza A, no pudo recuperarse en cultivo más allá de cuatro horas bajo ninguna condición [150]. Los experimentos de Aerosol encontraron que la viabilidad del MERS-CoV sólo disminuyó un 7 % a baja RH a 20°C. En comparación, el virus influenza A disminuyó un 95 % [150]. La supervivencia del MERS-CoV es inferior a la demostrada previamente para el SARS-CoV [152]. En el contexto, las bacterias patógenas pueden permanecer viables y en el aire durante 45 minutos en un aerosol tosido y pueden propagarse 4 m. La capacidad de MERS-CoV para permanecer viable durante largos períodos de tiempo le da la capacidad de contaminar completamente las superficies de Se desconoce si el MERS-CoV puede permanecer a la deriva e infeccioso durante períodos prolongados (verdaderamente aerotransportado) y si estos hallazgos amplían nuestra comprensión de las posibilidades de que las gotitas transmitan virus respiratorios en muchos entornos, incluyendo salas de espera hospitalarias, departamentos de emergencia, salas de tratamiento, instalaciones de cuidados intensivos abiertos y salas privadas de pacientes. La naturaleza y calidad del intercambio de aire, circulación y filtración son variables importantes en la medición y reducción del riesgo, así como el uso de salas de presión negativa para contener casos conocidos. Se considera que la propagación de la gota entre humanos es el mecanismo de transmisión humana a humana y se hizo hincapié en la necesidad de precauciones de las gotas después del hospital Al-Ahsa, la KSA y los brotes de Corea del Sur [21, 23, 154, 155]. La provisión de pruebas que apoyen la mejor formulación de equipos de protección personal para ser usados por los HCW que reciben, manejan o realizan procedimientos en casos infecciosos sigue siendo una prioridad. MERS-CoV fue encontrado y caracterizado por su aparente asociación con enfermedades graves, y por lo tanto más obvias, en humanos; éramos canarios en la mina de carbón. Seroensayos y estudios prospectivos de cohortes todavía no han determinado hasta qué punto los casos más leves o asintomáticos contribuyen a las cadenas de transmisión de MERS-CoV. Sin embargo, la transmisión de MERS-CoV se define como esporádica (no sostenida), intrafamiliar, a menudo asociada a la atención médica, ineficiente y que requiere contacto cercano y prolongado [22, 31, 63, 93, 97, 102, 156] En un estudio doméstico, 14 de 280 (5 %) contactos de 26 pacientes con índice positivo de MERS-CoV eran ARN o anticuerpos positivos; la tasa de transmisión general, incluso en brotes es de alrededor del 3 % [31]. Parece que la mayoría de los casos humanos de MERS-CoV, incluso cuando los números parecen aumentar repentinamente, no transmiten fácilmente a más de otro humano hasta la fecha, la epidemia localizada de MERS-CoV no ha sido autosostenible [157] [159] [160] [161]. Es decir, el número básico de reproducción (R 0 ) -el número medio de infecciones causadas por un individuo infectado en una población totalmente susceptible ha estado cerca de uno en varios grupos y brotes. Si R 0 era mayor que 1, se esperaría un aumento sostenido en el número de casos. Algunos cálculos de R o pueden verse afectados por el rastreo incompleto de los contactos de casos, pruebas comunitarias limitadas y cómo se define un caso. El MERS ha tenido una presencia constante en la Península Arábiga desde 2012 se debe a los eventos de derrames esporádicos en curso de DCs amplificados por brotes hospitalarios mal controlados. En marcado contraste, una seroencuesta de HCW que a veces estaba en contacto cercano y prolongado con el primer caso fatal de MERS-CoV en 2012 [162], encontró que ninguno de los HCW se había seroconvertido cuatro meses más tarde, a pesar de la ausencia de protección ocular y el cumplimiento variable de los estándares requeridos de EPP [162]. Al principio de la historia del MERS, las muestras para la prueba fueron recolectadas principalmente de pacientes con enfermedad grave y no de aquellos con infecciones respiratorias agudas más leves. Los contactos de los casos confirmados de MERS fueron a menudo observados para enfermedad clínica, pero no probados. Estas omisiones pueden haber confundido nuestra comprensión de la transmisión del MERS-CoV y sesginar los datos tempranos hacia un mayor número de pacientes gravemente enfermos y hospitalizados, inflando la aparente proporción de casos mortales. A medida que cambiaban los paradigmas de las pruebas y se hacían cada vez más pruebas de los contactos, se reconocían infecciones más asintomáticas y leves [163]. Un aumento en los casos llamados asintomáticos (que amplían el denominador para los cálculos de la proporción de casos mortales, definida en [164] ) dio lugar a una disminución en la proporción de casos mortales durante el brote de Yeddah-2014. Históricamente, tales aumentos son consistentes con la modificación de las definiciones y respuestas de laboratorio y el manejo clínico de una infección por virus recién descubierta que se observó por primera vez sólo entre los enfermos graves. Tras el seguimiento, más de tres cuartas partes de esas personas positivas del ARN del MERS-CoV recordaron haber tenido uno o más síntomas en ese momento, a pesar de que se notificó como asintomática [165], planteando alguna pregunta sobre la fiabilidad de otros datos Aproximadamente el 43 % de los casos MERS (549 de 1277) en la KSA fueron mortales entre 2012 y diciembre de 2015, mientras que el 21 % (72 de 330) fallecieron entre los que se produjeron fuera de la KSA. El número total de casos masculinos siempre supera en número a las mujeres y la proporción de muertes masculinas es siempre mayor que la proporción de mujeres que mueren. Sin embargo, la proporción de muertes masculinas de varones totales con MERS es similar a la de las mujeres. En la KSA, hay una mayor proporción de varones más jóvenes entre los casos y muertes que se observaron en los brotes de Corea del Sur o Jeddah-2014 de 2015 (Fichero adicional 2: Figura S2 ). Por qué estos aspectos han diferido pueden deberse a diferencias en el tiempo de presentación y diagnóstico, la naturaleza y calidad de la atención de apoyo, la forma en que una persona se contagió (habita, exposición a una fuente humana o zoonótica, carga viral, vía de infección) o la medida en que las diferentes poblaciones se ven afectadas por enfermedades subyacentes [40]. Como grupo, los HCW representaron el 16 % de los casos de MERS en la KSA y Corea del Sur. Es evidente que la proporción semanal de HCW infectados aumenta junto con cada fuerte aumento en las detecciones generales (Fig. 5). En mayo de 2013, la OMS publicó directrices para IPC durante el cuidado de casos probables o confirmados de infección por MERS-CoV en un entorno sanitario [166]. Estos aumentos en las detecciones de MERS-CoV pueden disminuir la edad media durante cada evento debido a que los HCW son generalmente más jóvenes que los pacientes internados con MERS. Las instalaciones sanitarias han sido un objetivo regular de mejoras sugeridas para mejorar los procedimientos de prevención y control de infecciones (IPC) [115, 118]. La mayor parte del análisis de la genética MERS-CoV se ha realizado utilizando métodos de secuenciación de alto rendimiento o "profundo" para la deducción completa del genoma [167] [168] [169]. MERS-CoV fue el primer sujeto de un uso tan extendido de secuenciación profunda para estudiar un brote viral emergente con alcance global. La técnica puede producir genómica [207] [209]. Las versiones anteriores y posteriores de esta tabla se mantienen en un blog personal [210] cobertura de longitud en un solo experimento con medición altamente repetitiva de cada posición de nucle A pesar de los ensayos publicados al principio, la secuenciación subgenómica, una vez el pilar de los estudios de brotes virales, se ha publicado con menos frecuencia durante la caracterización de MERS-CoV [48]. A medida que se han caracterizado más genomas tanto de humanos como de DC, se han hecho evidentes dos clados; A y B (Fig. 6). Clade A contiene sólo genomas de MERS-CoV derivados del hombre de Jordania, mientras que Clade B comprende la mayoría de genomas humanos y de camellos deducidos hasta ahora [168]. Dos estudios durante 2015, uno mirando a variantes de Jeddah-2014 MERS-CoV y otro mirando a una variante exportada de Corea del Sur a China, ahora han identificado signos de recombinación genética entre variantes de MERS-CoV. Si bien las secuencias del genoma humano y del genoma entero de camello han conservado una identidad de >99 % entre sí, los miembros de linajes genéticamente distintos pueden intercambiar material genético y lo hacen cuando co-ocurren condiciones adecuadas y co-fecciones [170] [171] [172]. La identidad compartida implica que la principal fuente de adquisición humana es el DC, en lugar de otro animal, aunque se necesitan más pruebas de otras especies animales para confirmar esa conclusión. Durante un mes, un virus de DC secuenciado en diferentes ocasiones no cambió en absoluto indicando un grado de estabilidad genómica en su huésped, apoyando que los DC son el anfitrión natural, en lugar de intermedio, del MERS-CoV que conocemos hoy [77]. Hasta la fecha, la recombinación se ha localizado en puntos de ruptura cerca del límite entre las regiones ORF1a y ORF1b, dentro del gen de pico [170] No es inesperado que la recombinación se produzca ya que es bien conocida entre otras CoVs [124] y porque la mayoría de los genomas enteros del MERS-CoV recogidos a partir de muestras de tres años (2012-2015) y de seres humanos, camellos y diferentes países han mostrado una identidad genética cercana entre sí, con una variación sutil suficiente para apoyar investigaciones de brotes mientras se aplique la secuenciación del genoma completo [52, 77, 135, 138, 168, [173] [174] [175]. Los cambios en la secuencia del genoma pueden anunciar alteraciones en la transmisibilidad del virus, replicación, persistencia, letalidad o respuesta a medicamentos futuros. Si tenemos conocimiento previo del impacto de los cambios genéticos debido a estudios de caracterización exhaustivos, podemos establecer una estrecha relación genética entre las secuencias de nucleótidos del MERS-CoV (cargado desde GenBank utilizando los números de adhesión enumerados y Este árbol de unión vecino fue creado en MEGA v6 utilizando una alineación de las secuencias humanas y DCderivadas de MERS-CoV (Genious v8.1 [211] ). Clades se indican junto a barras verticales azules oscuras (Clade A) o pálidos (Clade B). Los iconos de camello denotan genomas de DC. Los brotes sanitarios o comunitarios se encajonan y etiquetan utilizando esquemas previamente descritos [212, 213] monitorean las regiones genómicas y entienden mejor cualquier cambio en la transmisión o patrones de enfermedad a medida que ocurren. Las mutaciones genéticas observadas durante el mayor de los brotes humanos, Jeddah-2014, no impartieron ningún cambio importante replicativo o inmunomodulador cuando se comparan con las variantes virales anteriores in vitro [156, 176]. Sin embargo, entendemos muy poco de los resultados fenotípicos que resultan del cambio genético sutil en Hasta la fecha no se ha informado de ninguna relevancia clínica ni de cambios in vivo evidentes en la replicación, eliminación o transmisión vírica, o se ha atribuido a mutaciones o a nuevos virus recombinantes [156]. Pero se necesitan vigilancia y estudios más grandes, contemporáneos e in vivo. La secuencia genomática localizada a un clado distinto se identificó a partir de un DC egipcio que probablemente fue importado de Sudán. Esto no encaja en ninguno de los clados actuales [125, 168, 177]. Un virus secuenciado a partir de un murciélago Neoromicia capensis estaba más estrechamente relacionado con el MERS-CoV que otras grandes secuencias derivadas de murciélagos habían estado hasta ese punto, pero el genoma de una variante de un MERS-CoV aún no se ha descubierto y deducido de cualquier murciélago [125]. Los análisis de genomas del MERS-CoV han demostrado que la mayoría de las diferencias nucleó 2), que codifica la proteína de pico y proteínas accesorias [168]. Al menos nueve genomas del MERS-CoV contenían sustituciones de aminoácidos en el dominio de unión a los receptores (RBD) de la proteína de pico y los codones 158 (región N-terminal), 460 (RBD), 1020 (en la repetición de heptad 1), 1202 y 1208 investigación de osos como marcadores de cambio adaptativo [140, 169]. La proteína de pico no había cambiado en el genoma recombinante del MERS-CoV identificado en China en 2015, pero se informó que había variado a un ritmo superior al de genomas completos del MERS-CoV, entre variantes surcoreanas [172, 178]. Esto destaca que las regiones subgenómicas pueden no siempre contener suficiente diversidad genética para ser útiles para diferenciar variantes virales. A pesar de esto, un ensayo que amplificaba un fragmento de nucleótido 615 del gen de dominio S2 de pico para la secuenciación de Sanger coincidió con los resultados generados por la secuenciación de algunos genomas completos y fue útil para definir grupos de secuencias adicionales [177]. La secuencia genómica también se puede utilizar para definir los límites geográficos de un cúmulo o brote y monitorear su progreso, basado en la similitud de las variantes encontradas entre humanos y animales infectados cuando ocurren juntos, o entre diferentes sitios y tiempos (Fig. 6 ) [169]. Este enfoque se utilizó al definir el brote de hospital MERS con limitaciones geográficas en Al-Ahsa, que ocurrió entre el 1 de abril y el 23 de mayo de 2013, así como los cúmulos en Buraidah y un brote comunitario en Hafr Al-Batin, el KSA. La secuenciación genómica identificó que aproximadamente 12 detecciones de MERS-CoV de un brote comunitario en Hafr Al-Batin entre junio y agosto de 2013 pudieron haber sido desencadenadas por un caso índice que se infectó a través del contacto DC [175]. La secuenciación de genomas de MERS-CoV del brote hospitalario de Al-Ahsa de 2013 indicó que múltiples variantes virales contribuyeron a los casos, pero que la mayoría fueron lo suficientemente similares entre sí como para ser consistentes con la transmisión humano-humana. La epidemiología molecular ha revelado enlaces ocultos en cadenas de transmisión que abarcan un período de hasta cinco meses [179]. Sin embargo, la mayoría de los brotes no han continuado durante más de dos a tres meses y por lo tanto las oportunidades para que el virus se adapte más a los seres humanos a través de la coinfección y el tránsito en serie sostenido han sido raras [169]. En Riad-2014, la evidencia genética apoyaba la probabilidad de múltiples introducciones externas de virus, implicando una gama de instalaciones de salud en un caso que de otro modo parecía contiguo [23, 168, 179]. Riad es un nexo para el viaje de camellos y humanos y ha tenido más casos MERS que cualquier otra región de la KSA hasta la fecha, pero también alberga una amplia gama de variantes MERS-CoV [128, 167, 179]. Sin embargo, el brote surcoreano se originó de una sola persona infectada, resultando en tres a cuatro generaciones de casos [180, 181]. Estudios de esta variante viral aparentemente recombinante no encontraron un aumento de la tasa evolutiva y ningún signo de adaptación al virus, por lo que el brote parece haber sido impulsado por circunstancias más que por circunstancias junto con mutación [181]. Para muchos casos MERS detectados fuera de la Península Arábiga, se El rastreo de contacto es esencial para contener la aparición y transmisión de un nuevo virus y hoy en día está apoyado por la epidemiología molecular. Aunque es un proceso costoso y que consume tiempo, el rastreo de contacto puede identificar posibles nuevas infecciones y, a través del monitoreo activo o pasivo, reaccionar más rápidamente si la enfermedad se desarrolla. Los resultados del rastreo de contacto hasta la fecha han encontrado que la transmisión continua entre los seres humanos es un evento poco frecuente. Por ejemplo, hubo 83 contactos, tanto sintomáticos como asintomáticos, de un caso tratado en Alemania que viajó desde los Emiratos Árabes Unidos pero no se encontraron signos de virus o anticuerpos en ninguno de ellos [73]. En un estudio de 123 contactos de un caso tratado en Francia, sólo siete coincidieron con la definición de un posible caso y fueron probados; uno que había compartido una habitación hospitalaria de 20 m2 mientras que en una cama a 1,5 m de distancia del caso índice durante un período prolongado fue positivo [26]. Ninguno de los contactos de los dos primeros casos MERS importados a los EE.UU. en 2014 contenía ninguna huella MERS-CoV [182] y ninguno de los 131 contactos de dos viajeros que regresaron a los Países Bajos desarrolló anticuerpos MERS-CoV o testó ARN positivo [25, 183]. Los análisis de datos públicos revelan muchos casos probables de adquisición nosocomial de infección en la Península Arábiga y estos datos pueden ir acompañados de algunos detalles que señalan el contacto con un caso o instalación conocido. Un ejemplo identificó el papel probable de un paciente con una infección subclínica, presente en un hospital durante su ingreso por otras razones, como el caso índice más probable que desencadena un grupo familiar [93]. El rastreo de contacto fue un factor significativo en la terminación de un brote de 2015 con múltiples hospitales surcoreanos [184]. Estos estudios demuestran la necesidad de encontrar y comprender un papel para los casos leves y asintomáticos, junto con la restricción del contacto cercano o la exposición prolongada de las personas infectadas a otras, especialmente familiares mayores y amigos con enfermedad subyacente (Fig. 4c). El brote asociado al hospital en Jeddah en 2014 fue la acumulación más grande y rápida de las detecciones de MERS-CoV hasta la fecha. El mayor número de detección de MERS-CoV de cualquier mes registrado se produjo en Yeddah en abril. El brote se asoció principalmente (> 60 % de los casos) con la propagación de seres humanos a seres humanos en entornos hospitalarios y se debió a la falta de prevención y control de las infecciones [37, 185, 186]. Un aumento de las muertes siguió al rápido aumento del número de casos. En 2015 ocurrieron dos grandes brotes. Corea del Sur fue el lugar del primer brote a gran escala fuera de la Península Arábiga y produjo los primeros casos tanto en Corea del Sur como en China, entre mayo y julio de 2015. Esto fue seguido de cerca por un brote distinto en la provincia de Ar Riyad en el KSA que parecía estar bajo control a principios de noviembre. Después de permanecer en Bahréin durante dos semanas, un varón de 68 años (68 M) viajó a Corea del Sur vía Qatar, llegando libre de síntomas el 4 de mayo de 2015 [187]. Desarrolló fiebre, mialgia y tos casi una semana más tarde Visitó una clínica como ambulatorio entre los días 12 y 15 de mayo y fue ingresado en el Hospital A el día 15 [188]. Fue dado de alta del Hospital A el día 17 y luego fue ingresado en el servicio de urgencias del Hospital B el día 18. Durante esta segunda estancia, se tomó una muestra de esputo y dio positivo para el MERS-CoV el día 20 [187, 188], desencadenando el traslado al centro de tratamiento de aislamiento designado. Durante un período de 10 días, el caso índice fue visto en tres hospitales diferentes, demostrando una característica clave de "compra hospitalaria" que conformó el brote surcoreano. Aproximadamente 34 personas fueron infectadas durante este tiempo [187]. En total 186 casos fueron generados en este brote, todos vinculados a través de una única cadena de transmisión a 68 M; 37 casos murieron [189]. En Corea del Sur, el sistema nacional de seguro médico prevé una atención médica de costo relativamente bajo, sufragando algunos costos al hacer que los familiares sean responsables de una parte de la administración de los enfermos, lo que a veces los hace permanecer durante largos períodos en las habitaciones que a menudo tienen más de cuatro camas en ellas [24]. Otros factores que se pensaba que habían permitido este brote eran la falta de familiaridad de los médicos locales con MERS, la facilidad con la que el público puede visitar y ser tratado por hospitales terciarios, la costumbre de visitar a amigos y familiares enfermos en hospitales, la naturaleza jerárquica de la sociedad coreana, las salas de emergencia abarrotadas, las medidas deficientes del IPC, la falta de salas de aislamiento de presión negativa y la mala comunicación interhospitalaria de los historiales de enfermedades de los pacientes [24, [190] [191] [192]. Hasta la fecha se han comunicado pocos detalles clínicos sobre estos casos y los detalles sobre la transmisión y el rastreo de los contactos son mínimos. Los hospitales involucrados inicialmente no fueron identificados, la orientación y las acciones gubernamentales produjeron mensajes confusos y hubo una comunicación muy limitada en los primeros tiempos, lo que dio lugar a preocupaciones innecesarias, desconfianza y un impacto económico distinto [191, [196] [197] [198]. Al principio del brote, un viajero infectado, hijo de un caso identificado en Corea del Sur, pasó por Hong Kong en su camino a China, donde estaba ubicado, aislado y atendido en China [91, 199, 200]. No hubo contactos que enfermaran.El brote se puso bajo control a finales de julio/a principios de agosto [201] después de que se emplearan medidas mejoradas del IPC, seguimiento y cuarentena de contactos sólidos, pruebas de laboratorio ampliadas, hospitales fueron mejor asegurados, se envió personal especializado para gestionar los casos Una revisión de los datos públicos mostró que, al igual que en el caso del MERS en la KSA, la edad avanzada y la presencia de enfermedad subyacente se asociaron significativamente con un desenlace fatal en Corea del Sur. [40] Aunque R 0 es <1, los eventos de superdifusión facilitados por circunstancias creadas en entornos de salud y caracterizadas por tamaños de clúster superiores a 150, como este, no son inesperados por la infección por MERS-CoV [204]. La dinámica de un brote depende de la R 0 y de los patrones de eliminación viral de un individuo, el tipo y la frecuencia de contacto, los procedimientos hospitalarios y la estructura y densidad de la población [204]. En la región de Ar Riyad, incluida la capital de Riad, se inició un cúmulo hospitalario dentro de un solo hospital a partir de finales de junio de 2015 [205]. A mediados de septiembre se habían notificado aproximadamente 170 A pesar de la introducción continua y posiblemente estacional del virus en la población humana a través de los DC infectados y tal vez otros animales que aún no se han identificado, la gran mayoría de la transmisión del MERS-CoV se ha producido de seres humanos infectados a no infectados en contacto cercano y prolongado a través de circunstancias creadas por un control deficiente de las infecciones en los entornos de atención de la salud. Este virus oportunista ha tenido su mayor impacto en las personas con enfermedades subyacentes y esas personas vulnerables, que a veces sufren múltiples comorbilidades, se han asociado con mayor frecuencia con los hospitales, creando una tormenta perfecta de exposición, transmisión y mortalidad. No está claro si este grupo se ve afectado de manera única por el MERS-CoV o si otras infecciones respiratorias, incluidas las de los HCoV, producen un impacto igualmente grave. En Corea del Sur, un solo caso importado creó un brote de 185 casos y 36 muertes que tuvieron un impacto desproporcionado en el desempeño económico, el comportamiento de la comunidad y la confianza en el gobierno y el sistema de atención de la salud. La transmisión del hogar de seres humanos a seres humanos se produce, pero también es limitada. Los programas educativos serán herramientas esenciales para combatir la propagación del MERS-CoV tanto dentro de las comunidades urbanas y regionales como para el entorno de atención de la salud. La vigilancia sigue siendo importante para la contención, ya que el MERS-CoV es un virus con una composición genética que se ha observado durante sólo tres años y no es estable. Entre todos los seres humanos que se han notificado que están infectados, casi el 40% han muerto. La secuenciación del genoma completo se ha utilizado extensamente para estudiar el recorrido y la variación del MERS-CoV y aunque sigue siendo una herramienta para expertos, parece ser la mejor herramienta para el trabajo. El MERS y el SRAS tienen algunas similitudes clínicas pero también difieren significativamente [206]. Entre las características definitorias se incluyen el PFC más alto entre los casos del MERS (superior al 50 % en 2013 y actualmente en el 30-40%; muy por encima del 9 % del SRAS) y la asociación más alta entre el MERS mortal y los hombres mayores con comorbilidades subyacentes. Para los virus, el MERS-CoV tiene un tropismo más amplio, crece más rápidamente in vitro, induce más rápidamente cambios citopatógenos, desencadena respuestas transcripcionales distintas, hace uso de un receptor diferente, induce un estado más proinflamatorio y tiene una respuesta antiviral tardía en comparación con el SRAS Parece haber una prevalencia del 2-3 % de MERS-CoV en la KSA con una probabilidad del 5 % de transmisión secundaria dentro del hogar. Hay un mayor riesgo de infección a través de ciertas ocupaciones en ciertos momentos y una probabilidad mucho mayor de propagación a otros seres humanos durante circunstancias creadas por los humanos, lo que impulsa una transmisión más efectiva que cualquier R 0 predeciría sobre el valor facial. Sin embargo, a pesar de las múltiples concentraciones masivas que han proporcionado al virus muchos millones de oportunidades de propagación, no se han reportado brotes de MERS o MERS-CoV durante o inmediatamente después de estos eventos. No hay evidencia de que el MERS-CoV sea un virus de preocupación pandémica. Sin embargo, los entornos hospitalarios continúan describiendo casos y brotes de MERS en la Península Arábiga. Mientras facilitemos la propagación del MERS-CoV entre nuestras poblaciones más vulnerables, el mundo debe permanecer en alerta para los casos que puedan ser exportados con mayor frecuencia cuando un país de acogida con reservorios de camellos infectados está experimentando conglomerados o brotes humanos. El MERS-CoV parece ser un virus enzoótico que infecta a la URT DC con evidencia de recombinación genética reciente. Puede que una vez haya tenido su origen entre los murciélagos, pero falta evidencia y la relevancia de ello para la epidemia actual es académica. Gracias a la acción rápida, las herramientas de diagnóstico molecular sensibles y rápidas necesarias para lograr un objetivo de detección rápido y sensible han sido establecidas y ampliamente disponibles desde que el virus fue reportado en 2012. RT-PCR pruebas de muestras de LRT siguen siendo el estándar de oro para la confirmación del MERS-CoV. Las herramientas serológicas siguen surgiendo pero necesitan una validación adicional utilizando muestras de infecciones leves y asintomáticas y un estudio de cohorte densamente muestreado para seguir los contactos de nuevos casos puede abordar esta necesidad. Del mismo modo, la importante cuestión de si aquellos que eliminan el ARN MERS-CoV durante períodos prolongados son infecciosos mientras aparecen bien, sigue sin respuesta. Incluso no está claro cuántas infecciones 'asintomáticas' se han descrito y reportado correctamente, lo que a su vez plantea preguntas sobre la fiabilidad de la recolección de otros datos clínicos hasta la fecha. Si bien la virología básica del MERS-CoV ha avanzado en el transcurso de los últimos tres años, la comprensión de lo que está sucediendo en, y la interacción entre, camello, medio ambiente y humano todavía está en su infancia.

¿Cuál es el número de reproducción básico (R 0 ) para MERS-COV?

MERS coronavirus: diagnóstico, epidemiología y transmisiónhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4687373/SHA: f6fcf1a99cbd073c5821d1c4ffa3f2c6daf8ae29Autores: Mackay, Ian M.; Arden, Katherine E.Fecha: 2015-12-22DOI: 10.1186/s12985-015-0439-5Licencia: cc-byAbstract: Los primeros casos conocidos de síndrome respiratorio de Oriente Medio (MERS), asociados con la infección por un nuevo coronavirus (CoV), se produjeron en 2012 en Jordania, pero se informó retrospectivamente.El primer caso que se informó públicamente fue de Jeddah, en el Reino de Arabia Saudita (KSA). Desde entonces, las secuencias de MERS-CoV se han encontrado en un murciélago y en muchos camellos dromedarios (DC). MERS-CoV es enzoótico en toda la Península Arábiga y en partes de África, causando enfermedades leves del tracto respiratorio superior en su reservorio de camellos y infecciones humanas esporádicas, pero relativamente raras. Precisamente cómo el virus transmite a los seres humanos sigue siendo desconocido, pero la exposición estrecha y prolongada parece ser un requisito. El KSA es el punto focal de MERS, con la mayoría de los casos humanos. En los seres humanos, MERS se conoce principalmente como una enfermedad del tracto respiratorio inferior (RTL) que incluye fiebre, tos, dificultades respiratorias y neumonía que puede progresar a síndrome de dificultad respiratoria aguda, fallo multiorgánico y muerte en un 20% a 40% de los infectados. Sin embargo, MERS-CoV también se ha detectado en enfermedades leves y similares a En comparación con el síndrome respiratorio agudo grave (SARS), otra enfermedad zoonótica del coronavirus a veces fatal que ha desaparecido desde entonces, el MERS progresa más rápidamente hacia la insuficiencia respiratoria y la lesión renal aguda (también tiene afinidad por el crecimiento de las células renales en condiciones de laboratorio), es más frecuente en los pacientes con enfermedad subyacente y es más a menudo fatal. La mayoría de los casos humanos de MERS se han relacionado con fallos en la prevención y el control de infecciones (IPC) en los entornos de salud, con aproximadamente el 20% de todas las detecciones de virus notificadas entre los trabajadores de la salud (HCWs) y exposiciones más altas en aquellos con ocupaciones que los ponen en estrecho contacto con camellos. Los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) han estado disponibles casi desde el comienzo de la aparición de MERS. Mientras que la virología básica de MERS-CoV ha avanzado en los últimos tres años, la comprensión de la interacción entre camello, medio ambiente y restos humanos limitados. MATERIAL SUPLEMENTO ELECTRÓNICO: La versión en línea de este artículo (doi:10.1186/s12985-015-0439-5) contiene material suplementario, que está disponible para los usuarios autorizados. Texto: Un correo electrónico del Dr. Ali Mohamed Zaki, un virólogo egipcio que trabaja en el Hospital Dr. Soliman Fakeeh en Jeddah en el Reino de Arabia Saudita (KSA) anunció la primera cultura de un nuevo coronavirus al mundo. El correo electrónico fue publicado en el sitio web de la red de enfermedades emergentes profesionales (ProMED) el 20 de septiembre de 2012 [1] (Fig. 1) y describió el primer caso reportado, un hombre de 60 años de edad de Bisha en la KSA. Esta información llevó al rápido descubrimiento de un segundo caso del virus, esta vez en un paciente enfermo en el Reino Unido, que había sido transferido de Qatar para su atención [2]. El nuevo virus fue inicialmente llamado coronavirus nuevo (nCoV) y subsecuentemente titulado el síndrome de respiración del Oriente Medio coronavirus (MERS-CoV). A partir del 2 de septiembre de 2015, ha habido 1.493 detecciones de ARN viral o anticuerpos específicos del virus en 26 países (Fichero adicional 1: Figura S1) confirmado por la Organización Mundial de la Salud (OMS), con más de un tercio de las personas positivas muriendo (al menos 527, 35 %) [3]. Desde ese primer informe, un lento proceso de descubrimiento durante los siguientes dos o tres años reveló un virus que había infectado más del 90 % de los camellos dromedarios adultos (DC; Camelus dromedario) en la KSA [4], también en los países en desarrollo de toda la Península Arábiga y partes de África que son una fuente de importaciones de DC para la KSA [5]. Hasta la fecha, el MERS-CoV no se ha detectado en los países en desarrollo sometidos a pruebas en zoológicos o rebaños de otras partes del mundo [6] [7] [9]. Ocasionalmente, el virus se transmite de los DC infectados a los seres humanos expuestos. La transmisión posterior a otros seres humanos requiere una exposición relativamente cercana y prolongada [10]. Se patentó el primer aislado viral y se planteó la preocupación de que ello limitaría el acceso tanto al virus como a los diagnósticos virales [11, 12]. Sin embargo, los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) se describieron rápidamente y el virus se puso a disposición de forma gratuita, sujeto a consideraciones rutinarias de bioseguridad [13]. La epidemiología y la investigación posteriores han identificado al receptor celular como exopeptidasa dipeptidil peptidasa 4 (DPP4; también llamada CD26); que el MERS-CoV tiene un amplio tropismo, replicando mejor en algunas líneas celulares y provocando una respuesta más proinflamatoria que el SARS-CoV; está muy extendido en los DC; tiene el potencial de infectar a otros animales y que el MERS mata a su huésped humano con más frecuencia que el SARS (20-40% frente al 9 % para el SARS [14] ) [15] [16] [17] [19]. El MERS-CoV se propaga esporádicamente entre las personas, causando enfermedades más graves entre los adultos mayores, especialmente los varones, con enfermedades preexistentes.La propagación del MERS-CoV entre los seres humanos se ha asociado a menudo con brotes en los hospitales, con alrededor del 20% de todos los casos hasta la fecha en los que han participado trabajadores de la salud (HCWs).Aunque los DC parecen sufrir el equivalente a un "frío común" de la infección por MERS-CoV, en los seres humanos el virus puede ser un patógeno más grave y oportunista asociado con la muerte de hasta el 40% de los casos notificados. Aún no se ha establecido si las infecciones que se cree que se han adquirido de una fuente animal producen un resultado más grave que los que se propagan entre los seres humanos [20]. Los estudios han establecido que el período medio de incubación para el MERS es de cinco a seis días, que van de dos a 16 días, con 13 a 14 días entre el inicio de la enfermedad en una persona y posteriormente se extiende a otra [21] [22] [23]. Entre aquellos con enfermedad progresiva, la mediana de tiempo hasta la muerte es de 11 a 13 días, que van de cinco a 27 días [23, 24]. La fiebre y los síntomas gastrointestinales pueden formar un pródromo, después de lo cual los síntomas disminuyen, sólo para ser seguidos por un síndrome sistémico y respiratorio más grave [25, 26]. La primera definición de caso de la OMS [27] definió los casos probables de MERS basados en la presencia de enfermedad febril, tos y el requisito de hospitalización con sospecha de compromiso del tracto respiratorio inferior (RTL), incluyendo también roles para el contacto con un caso probable A partir de julio de 2013, la definición revisada del caso de la OMS incluía la importancia de buscar y comprender el papel de los casos asintomáticos y, a partir de junio de 2014, la definición de la OMS indicaba más claramente que un caso confirmado incluía a cualquier persona cuya muestra fuera RT-PCR positiva para MERS-CoV, o que produjera una seroconversión, independientemente de los signos y síntomas clínicos. [28] [30] Aparte de los informes de la OMS y del Ministerio de Salud de la KSA, los casos asintomáticos o subclínicos de infección por MERS-CoV se documentaron en la literatura científica, aunque no siempre tan a menudo como ocurrió a principios de [31, 32]. La definición del caso de la KSA se hizo más estricta el 13 de mayo de 2014, basándose en la presencia de ambas características clínicas y confirmación de laboratorio [33]. Las pruebas de personas asintomáticas fueron recomendadas a partir de diciembre de 2014 [34], reforzadas por una definición de caso publicada por el Ministerio de Salud de la KSA en junio de 2015 [35]. La KSA ha sido la fuente del 79 % de los casos humanos. El MERS severo es notable por su impacto entre los hombres mayores con enfermedades comorbidas, incluyendo diabetes mellitus, cirrosis y diversas afecciones pulmonares, renales y cardíacas [36] [38]. Interesantemente en junio de 2015, un brote en Corea del Sur siguió una distribución similar [39, 40]. Entre los casos confirmados en laboratorio, los signos y síntomas de fiebre, tos y tracto respiratorio superior (URT) generalmente ocurren primero, seguidos en una semana por trastornos progresivos de TL y linfopenia [37]. Los pacientes a menudo se presentan a un hospital con neumonía o peor, y se han notificado infecciones Según se informa, el MERS ha matado aproximadamente el 35 % de todos los casos notificados, el 42 % de los casos en la KSA, pero sólo el 19 % de los casos en Corea del Sur, donde la mortalidad osciló entre el 7 % entre los grupos de edad más jóvenes y el 40 % entre los de 60 años o más [42] ; todos pueden ser valores inflados con infecciones asintomáticas o leves a veces no buscadas o no reportadas [34]. La atención de apoyo general es clave para tratar los casos graves [43]. Rara vez se informa que los niños menores de 14 años son positivos para la MERS-CoV, que comprende sólo el 1,1% (n = 16) del total de casos notificados. Entre el 1 de septiembre de 2012 y el 2 de diciembre de 2013, un estudio describió el recuento de casos pediátricos en la KSA, que se situaba en 11 (dos a 16 En Amman (Jordania), se probaron 1.005 muestras de niños hospitalizados menores de dos años con fiebre y/o signos y síntomas respiratorios, pero ninguna fue positiva para ARN MERS-CoV, a pesar de haber sido recolectadas en un momento similar al primer brote conocido de MERS-CoV en la ciudad vecina de Al-Zarqa [45]. Un segundo trimestre de mortinato ocurrió en una mujer embarazada durante una enfermedad respiratoria aguda y aunque no fue RT-rtPCR positivo, la madre desarrolló posteriormente anticuerpos contra MERS-CoV, sugestivos de infección reciente [46]. Su historia de exposición a un pariente positivo de MERS-CoV RT-rtPCR y un esposo anticuerpo reactivo, su período de incubación y su historia sintomática cumplieron los criterios de la OMS para ser un probable caso de MERS-CoV [46]. Los métodos de diagnóstico se publicaron dentro de los días del correo electrónico ProMED anunciando el primer caso MERS [47], incluyendo varios ensayos RT-rtPCR (Fig. 2 ) y cultivo de virus en células Vero y LLC-MK2 [18, 47, 48]. Un adenocarcinoma colorrectal (Caco-2 ) línea celular epitelial ha sido recomendado desde entonces para el aislamiento de infecciones MERS-CoV [49]. Anteriormente [18].. Los marcos de lectura abiertos se indican como rectángulos amarillos entre corchetes por regiones terminales no traducidas (UTR; rectángulos grises ). FS-frame-shift. Las regiones predictas que abarcan puntos de ruptura de recombinación se indican por píldoras naranjas. Creado utilizando Geneious v8.1 [211] y anotado usando Adobe Illustrator. Bajo este esquema se muestra la ubicación de los imprimadores RT-PCR (las flechas azules indican la dirección) y oligoprobes (rectángulos verdes) utilizados en los primeros ensayos de cribado RT-rtPCR y en los convencionales, seminés (tres imprimaciones) RT-PCR confirmatorios de secuenciación [47, 48]. El orden de publicación se observa por primera [27 de septiembre de 2012; rojo] y segundo [6 de diciembre de 2012; naranja] rectángulos de color; ambos de Corman y otros [47, 48] Los ensayos recomendados por la OMS se destacan debajo por puntos amarillos [53]. El imprimador reverso NSeq ha contenido consistentemente una secuencia incompatibilidad con algunas variantes de MERS-CoV. Una versión alterada de la de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio del Oriente Medio: Una Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con el permiso de Elsevier [5] revisó el amplio tropismo de MERS-CoV [5]. Sin embargo, como se describe bien, el cultivo celular es un método lento, especializado e insensible [50] mientras que las técnicas basadas en PCR son el método preferido para la detección de MERS-CoV. Los primeros marcos de lectura abiertos (ORF 1a y 1b; Fig. 2) se han convertido en un objetivo diagnóstico clave y taxonómico para la identificación de especies CoV. Con menos del 80 % de identidad entre la secuencia de aminoácidos de MERS ORF 1ab y parientes del betacoronavirus, Tylonycteris Bat HKU4 y Pipistrellus Bat HKU5, se puede concluir que es un virus novedoso y distinto. Las proteínas estructurales incluyen el pico (S), la envoltura (E), la membrana (M) y el nucleocápsido (N) [52]. Se prevé que los productos de ORF1a y ORF1b codificarán proteínas no estructurales. La mayoría de los ensayos de muestras realizados hasta la fecha han empleado ensayos RT-rtPCR validados que han demostrado ser sensibles y específicos [47, 48, 53]. El kit de RealStar® utiliza estos ensayos recomendados por la OMS [54]. Las secuencias objetivo de estos ensayos de cribado no han cambiado entre los genomas examinados hasta al menos mediados de 2015 (observación IMM). Otros ensayos RT-rtPCR han sido desarrollados y validados para su uso como herramientas de diagnóstico basadas en laboratorio [55] [56]. Además, los ensayos isotérmicos [58, 59] o recombinasa polimerasa [60] La detección del antígeno MERS-CoV no ha sido común hasta la fecha, pero la combinación de corto tiempo de retorno de la prueba al resultado, alto rendimiento e identificación de proteínas virales hace que esta opción sea atractiva. La detección de proteínas virales en lugar de ARN viral indica la probable presencia de virus infecciosos. La primera herramienta inmunocromatográfica rápida descrita podría detectar proteína nucleocápsida MERS-CoV recombinante de hisopos nasales DC con sensibilidad al 94 % y especificidad al 100 % en comparación con RT-rtPCR [61]. Un enfoque diferente utilizó una captura basada en anticuerpos monoclonales ELISA dirigida a la proteína nucleocápsida MERS-CoV con una sensibilidad de 10 3 CCID 50 y especificidad al 100 % [62]. La demostración de una seroconversión a una infección por MERS-CoV cumple con la definición actual de la OMS de un caso tan optimizado y ampliamente validado que los seroensayos empleados junto con buenas historias clínicas son útiles para identificar la infección por MERS-CoV y ayudar a apoyar estudios de transmisión. Debido a que las pruebas serológicas son, por su naturaleza, retrospectivas, es habitual detectar una huella viral, en forma de anticuerpos, en ausencia de signos o síntomas de enfermedad y a menudo en ausencia de ARN viral [63]. Las seroencuestas estratégicas y generalizadas de seres humanos que utilizan muestras recogidas después de 2012 son infrecuentes. Gran parte de la Península Arábiga y todo el Cuerno de África carecen de datos de referencia que describan la proporción de la comunidad que puede haber sido infectada por un MERS-CoV. Sin embargo, las seroencuestas han tenido un uso Debido a la identidad compartida entre DC y el MERS-CoV humano (ver epidemiología molecular: utilizando genomas para entender brotes), los ensayos serológicos para las seroencuestas de DC deben ser transferibles al cribado humano con una reconfiguración mínima. Además, no se ha encontrado ninguna variación diagnóstica relevante en la actividad de neutralización entre una gama de aislados y seras testados de MERS-CoV circulantes, por lo que los seroensayos de virus enteros o específicos basados en proteínas deben funcionar de manera equivalente en la detección de respuestas serológicas al serotipo único de MERS-CoV [49]. El desarrollo de ensayos serológicos robustos requiere paneles confiables de sueros animales o humanos bien caracterizados, incluidos los positivos para anticuerpos específicos del MERS-CoV, así como para fuentes probables de reacción cruzada [64]. La obtención de estos materiales fue problemática y enlenteció el desarrollo y comercialización de ensayos de detección de anticuerpos para ensayos humanos [64]. Se han liberado varios kits comerciales de ELISA, kits de ensayos inmunofluorescentes (IFA), proteínas recombinantes y anticuerpos monoclonales [31, [65] [66] [68]. Inicialmente, se utilizaron IFAs convencionales para seroencuestas humanas. Estos se basaron en el cultivo celular infectado por MERS-CoV como fuente de antígeno, detectando la presencia de anticuerpos humanos anti-MERS-CoV IgG, IgM o neutralizantes en muestras humanas [18, 48, 69]. No se encontró ningún signo de anticuerpos MERS-CoV entre 2.400 sueros de pacientes que visitaron el Hospital de Jeddah, desde 2010 hasta 2012, antes de la descripción de MERS-CoV [18]. Los métodos IFA tampoco detectaron ningún signo de infección previa por MERS-CoV entre una pequeña muestra de 130 donantes de sangre sanos de otro hospital de Jeddah (recogida entre enero y diciembre de 2012) [70]. De 226 trabajadores del matadero, sólo ocho (3,5%) fueron positivos por IFA, y los sueros no pudieron ser confirmados por la prueba de neutralización del virus (NT). El estudio indicó que HCoV-HKU1 era una fuente probable de antígenos de reacción cruzada en todo el virus IFA [70]. El virus completo MERS-CoV IFA también sufrió alguna reactividad cruzada con el SRAS convaleciente sera y esto no pudo resolverse mediante una prueba de NT que también fue reactiva [71]. La IFA utilizando proteínas recombinantes en lugar del virus entero IFA, ha demostrado ser una herramienta más específica [31]. Dado que se han postulado zoonosis asintomáticas [72], la ausencia de anticuerpos contra el MERS-CoV entre algunos humanos que tienen contacto regular y estrecho con camellos puede reflejar la rareza de animales infectados activamente en carnicerías, un riesgo de transmisión limitado asociado con DCs de sacrificio [70], un estado inmune cruzado de protección preexistente o algún otro factor(s) que resulta en un bajo riesgo de enfermedad y seroconversión concurrente que se desarrolla después de la exposición en este grupo. IFA usando proteínas recombinantes en su lugar. Algunos seroensayos han pasado por alto los riesgos de trabajar con virus infecciosos al crear células transfectadas que expresan porciones recombinantes de las proteínas nucleocápsidas y punzantes del MERS-CoV [48, 73], o utilizando un lentivirus recombinante que expresa la proteína de pico del MERS-CoV Un ensayo de pseudoneutralización de partículas (ppNT) ha sido ampliamente utilizado en estudios en animales y fue al menos tan sensible como la prueba tradicional de microneutralización (MNT). [10, 74, [76] [77] [78] ] Los estudios que utilizaron pequeños números de muestra y ppNT no encontraron evidencia de anticuerpos neutralizantes MERS-CoV en sueros de 158 niños con infecciones de LRT entre mayo de 2010 y mayo de 2011, 110 sera de 19 a 52 años de edad donantes de sangre masculina y 300 trabajadores autoidentificados de animales de la Región Jazan de la KSA durante 2012 [79, 80]. Del mismo modo, un estudio de cuatro pastores en contacto con una manada infectada de DC en Al-Ahsa, ocho personas que tenían contacto intermitente con la manada, 30 veterinarios y personal de apoyo que no estaban expuestos a la manada, tres trabajadores de mataderos no protegidos en Al-Ahsa y 146 controles que no estaban expuestos a DC en ningún rol profesional, no encontró ninguna evidencia serológica de infección por MERS-CoV en el pasado utilizando el ensayo ppNT [10]. Un retraso en la respuesta de anticuerpos neutralizantes a la infección por MERS-CoV se asoció con un aumento de la gravedad de la enfermedad en los casos de Corea del Sur con la mayoría de las respuestas detectables en la tercera semana de enfermedad, mientras que otros, aunque la enfermedad era grave, no respondieron durante cuatro o más semanas [81]. Las implicaciones para nuestra capacidad de detectar cualquier respuesta en casos leves o asintomáticos no fueron exploradas, pero Un brote jordano de TRT aguda en un hospital en 2012 se encontró retrospectivamente asociado a la infección por MERS-CoV, utilizando inicialmente RT-rtPCR, pero posteriormente, y en una escala mayor, a través de la positividad por ELISA y la prueba IFA o MNT. [46, 82, 83] Este brote fue anterior al primer caso de MERS en la KSA. La ELISA utilizó una proteína nucleocápsida recombinante del grupo 2 betacoronavirus bat-CoV HKU5 para identificar anticuerpos contra la proteína MERS-CoV reactiva equivalente [71]. Se validó utilizando 545 sera recolectada de personas con HCoV-OC43, HCoV-229E, SARS-CoV, HCoV-NL63, HRV, HMPV o influenza A(H1N1), pero fue supuestamente menos específica que la I También se consideró una herramienta aplicable para el cribado de grandes números de muestra [82]. Un microarray de proteína que expresa la subunidad de proteína S1 ha sido validado y ampliamente utilizado para las pruebas de DC [5, 84]. Detección de infección por MERS-CoV usando microarray de proteína ELISA o S1 [84] suele ser seguido por IFA confirmatoria y/ o una neutralización de reducción de placa (PRNT) [69, 70, 85] o MNT test. [74, 85, 86] Este proceso confirmatorio tiene como objetivo asegurar que los anticuerpos detectados sean capaces de neutralizar específicamente el virus previsto y no sean más ampliamente reactivos a otros coronavirus encontrados en DCs (coV bovina, BCoV) o humanos (HCoV-OC43, HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoV-HKU1, SARS En el estudio más grande de sueros humanos, un proceso de diagnóstico escalonado asignó tanto el SERA positivo recombinante como el SERA ELISA recombinante a la seropositividad 'etapa 1'. Un resultado seropositivo en estadio 2 requirió además un resultado PRNT adecuadamente titulado [87]. El estudio encontró que 15 SERA recolectados en 2012 a 2013 de 10.009 (0,2%) personas en 13 provincias KSA contenían anticuerpos MERS-CoV, pero proporciones significativamente mayores en se produjeron en pastores de camellos (dos de 87; 2,3 %) y trabajadores de mataderos (cinco de 140; 3,6 %) [87]. Se necesitan encuestas contemporáneas. MERS-CoV no parece ser fácilmente transmitido de DCs a los seres humanos, o tal vez es [72], pero generalmente no desencadena una respuesta inmune detectable si sólo se producen enfermedades leves o infecciones asintomáticas. Los ensayos serológicos necesitan una validación adicional en esta área, por lo que es necesario tener cuidado al trasladar algoritmos de serología diagnóstica de reciente desarrollo de un entorno de investigación a uno que informe las decisiones de salud pública, lo que se reforzó cuando un caso falso positivo en EE.UU., supuestamente infectado después de un apretón de manos y dos reuniones cara a cara, no resistió más análisis confirmatorios utilizando un ensayo NT más específico y posteriormente se retractó [88, 89]. La OMS recomienda tomar muestras de la TRL para las pruebas RT-rtPCR del MERS-CoV, especialmente cuando la recolección de muestras se retrasa una semana o más después del inicio de los síntomas. [53] Las muestras de TRL también son mejores para intentar aislar el virus infeccioso, aunque el éxito del cultivo se reduce cuando persiste la enfermedad [49]. Los tipos de muestras recomendados incluyen lavado broncoalveolar (BAL), aspirado traqueal/traqueobronquial, líquido pleural y esputo [53, 90]. Las muestras frescas arrojan mejores resultados diagnósticos que el material refrigerado [69] y si es probable que se produzcan retrasos en las pruebas de ≥72 h, las muestras (excepto sangre) deben congelarse a −70°C [90]. Si se dispone de ellas, también se pueden realizar biopsias pulmonares o tejidos de autopsia [53]. Sin embargo, la TRU es un lugar de muestreo menos invasivo y más conveniente, y se recomienda un hisopo orofaríngeo y de garganta o un aspirado/lavado nasofaríngeo cuando se va a realizar el muestreo de TRU [90]. Los sueros emparejados, recogidos de dos a tres semanas de diferencia son preferibles para las pruebas serológicas, mientras que se sugiere que una muestra única sea suficiente si se recogen dos semanas después de la aparición de la enfermedad o un único suero recogido durante los primeros 10-12 días si se realiza RT-rtPCR [53, 90]. Se ha encontrado que la orina y las heces humanas contienen ARN MERS-CoV 12 a 26 días después de la aparición de los síntomas [25, 69, 91] y se enumeran como muestras que deben considerarse [53, 90]. En dos casos que llegaron a los Países Bajos, la orina fue RT-rtPCR negativa pero las heces fueron débilmente positivas y los sueros fueron RT-rtPCR positivos durante cinco días o más [25]. El hallazgo de ARN viral MERS-CoV en el suero proporciona una vía para estudios retrospectivos basados en PCR La ARNemia también puede correlacionarse con la gravedad de la enfermedad; los signos de virus fueron eliminados del suero de un paciente recuperado, pero se mantuvo hasta la muerte de otro [92]. Los casos de sospecha clínica de MERS pueden devolver resultados negativos por RT-rtPCR. Los datos han demostrado que una o más muestras de URT negativas pueden ser contradichas mediante un muestreo adicional de URT o el uso de muestras de LRT, lo que se prefiere [2, 43, 93]. En la LRT se producen cargas virales más altas que en la URT. [22, 69, 88, 94] Esto concuerda con la observación de que la mayoría de los síntomas de la enfermedad se reportan como enfermedad sistémica y LRT [21]. Sin embargo, en ocasiones incluso los especímenes de LRT de los casos de MERS pueden ser inicialmente negativos, sólo para más tarde ser positivos por RT-PCR [95 Esto puede deberse a una mala toma de muestras cuando la tos está ausente o no es productiva o porque la carga viral es baja [95]. A pesar de esto, tanto los mayores estudios de MERS-CoV humanos [32, [96] [97] [98] y los más pequeños [22, 25, 99], utilizan muestras de la URT. Cabe destacar que un estudio reportó una asociación entre cargas más altas en la URT y peores resultados clínicos incluyendo cuidados intensivos y muerte [94]. Al escribir, no existen datos humanos para definir si el virus se replica única o preferentemente en la LRT o URT, o réplicas en otros tejidos humanos in vivo, aunque el ARN MERS-CoV se ha detectado tanto de la URT como de la LRT en un modelo de mono macaco [100].La distribución de DPP4 en las vías respiratorias superiores humanas tampoco está bien descrita. Los estudios individuales de casos humanos reportan largos periodos de eliminación viral, a veces intermitentes y no necesariamente relacionados con la presencia de síntomas de la enfermedad. [25, 69, 99, 101] En un caso, un HCW arroja ARN viral durante 42 días en ausencia de enfermedad [99]. Es un área de alta prioridad para entender mejor si estos casos son capaces de infectar a otros. Más de tres cuartas partes de los casos de MERS arrojan ARN viral en sus muestras de TL (aspirados traqueales y esputo) durante al menos 30 días, mientras que sólo el 30 % de los contactos seguían arrojando ARN en sus muestras de TRU [91, 102]. En el único estudio para examinar el efecto del tipo de muestra en el análisis molecular, se examinaron 64 aspirados nasofaríngeos (ANP; una muestra de TRU), 30 aspirados traqueales, 13 Los aspirados traqueales y el BAL devolvieron los valores de carga viral más altos seguidos por el NPA y el esputo. Como era de esperar, las cargas virales más altas generalmente coincidían con la secuenciación del genoma completo y el éxito del cultivo y, en las pruebas del NPA, estaban significativamente correlacionadas con enfermedades graves y muerte [49, 94, 103]. Este estudio demostró la importancia del muestreo de LRT para la secuenciación del genoma completo. Cuando se probó, las muestras positivas para el MERS-CoV a menudo son negativas para otros patógenos [25, 93, 104]. Sin embargo, muchos estudios no mencionan pruebas adicionales para virus respiratorios humanos endémicos [21, 23, 73, 105]. Cuando se buscan virus, se han incluido el herpesvirus humano (VHH), los rinovirus (VHR), los enterovirus (VVV), el virus sincitial respiratorio (VRS), el virus parainfluenzavirus tipos 1, 2 y 3 (VIP), los virus de la gripe (VFI), los HCoV endémicos, los adenovirus (VCD) metapneumovirus (VPM) y el virus influenza A\H1N1; en ocasiones se han encontrado codetecciones con MERS-CoV [2, 22, 37, 69, 97]. A veces se incluyen pruebas bacterianas (por ejemplo, para Legionella y Pnemocococcus), pero el impacto de la copresencia bacteriana tampoco está claro [22, [104] [105] [106]. Otras pruebas de la muestra de TRL del primer caso del MERS utilizaron IFA para detectar algunos virus (negativos para IFV, PIV, RSV y AdVs) y RT-PCR para otros (negativos para AdV, EV, MPV y HHVs) [18]. RT-PCR también detectó MERS-CoV. La OMS recomienda encarecidamente pruebas para otros patógenos respiratorios [53] pero con esta recomendación a menudo descontada, hay datos limitados para abordar la ocurrencia y el impacto de coinfecciones o diagnósticos virales alternativos entre ambos casos del MERS y sus contactos. Poco se sabe de otras causas de neumonía similar al MERS en el KSA o de la carga general de enfermedad debido a los virus respiratorios clásicos conocidos. Pruebas de peregrinos adultos que realizan el Hajj en 2012 a 2014 no ha detectado ningún MERS-CoV. En 2012, se realizaron pruebas de hisopos nasales de 154 peregrinos recogidos antes de partir hacia el KSA o partir de él [47]. En 2013, las pruebas se ampliaron significativamente con 5.235 hisopos nasofaríngeos de 3.210 peregrinos entrantes y 2.025 hisopos de peregrinos salientes probados [98]. Cabe señalar que la mayoría de los peregrinos llegaron de países libres de MERS. Se tomaron otros 114 hisopos de peregrinos con enfermedad similar a la gripe [96, 107]. En reuniones anteriores del Hajj, se descubrió que los virus de la gripe circulaban ampliamente, mientras que otros virus, a menudo rinovirus, circulaban de manera más selectiva, interpretando que indicaban su importación junto con peregrinos extranjeros [107] [108] [108] Con el tiempo, el aumento de la vacunación contra la gripe se ha acreditado como una disminución de la prevalencia de enfermedades similares a la gripe entre los peregrinos [110] A menudo no se recoge una muestra de TRL para estos estudios [98, 107, 109], por lo que los hallazgos negativos falsos son una posibilidad, aunque poco se sabe sobre el sitio inicial de infección y replicación del MERS-CoV; se puede haber supuesto que fue la TRL porque la enfermedad se notó por primera vez allí, pero la TRL puede ser el lugar de la replicación más temprana. En Jeddah entre marzo y julio de 2014 (en adelante, el brote de Jeddah-2014; Fig. 3 ), hubo un rápido aumento en los casos del MERS, acompañado de un intenso cribado; aproximadamente 5.000 muestras de dentro y alrededor de la región se probaron en un mes, produciendo alrededor de 140 detecciones del MERS-CoV (prevalencia ~3 %) [111]. Entre los 5.065 individuos muestreados y analizados en la KSA entre octubre de 2012 y septiembre de 2013, se realizaron 108 (2,1%) detecciones en una población hospital-céntrica que incluyeron casos hospitalizados (n = 2.908; 57,4 %), sus familias (n = 462; 9,1 %) y HCW asociados (n = 1.695; 33,5 %) [32]. Entre las detecciones, 19 (17,8 %) eran HCW y 10 (9,3 %) eran contactos familiares [32]. La prevalencia del 2-3 % de infecciones activas por MERS-CoV no es diferente a la prevalencia hospitalaria de otras COV humanas. [112] Sin embargo, la proporción de muertes entre los infectados por MERS-CoV es mucho mayor que la conocida por los HCoV NL63, HKU1, 229E u OC43 en otros países, e incluso superior a la de SRAS-CoV; no es un virus que pueda razonablemente ser descrito como una "tormenta en una taza de té". Es la baja tasa de transmisión que ha evitado la propagación mundial, a pesar de muchas "oportunidades". Muy temprano en el brote de MERS, algunos animales fueron altamente considerados como el reservorio o huésped(s) intermedio(s) de MERS-CoV con tres de los cinco primeros casos que tuvieron contacto con DCs [73, 113, 114]. Hoy en día, las infecciones por MERS-CoV animales deben ser reportadas a la organización mundial para la salud animal como una enfermedad emergente [115]. Un resumen de los primeros casos de MERS reportados por la OMS definió el contacto animal con humanos como directo y dentro de los 10 días previos al inicio de los síntomas [20]. Esta definición no permitió específicamente la adquisición de DCs a través de una vía basada en gotitas, que es muy probable que sea la vía de adquisición de un virus que inicialmente y predominantemente causa enfermedad respiratoria [23]. Se sabe que los camellos producen altos niveles de ARN MERS-CoV en su URT y pulmones [116]. Proporcionando apoyo para una vía de transmisión de gotitas y tal vez indicando la presencia de ARN en núcleos más pequeños y secos de gotitas, se identificó ARN MERS-CoV en una muestra de aire de alto volumen recogida de un granero que alberga un DC infectado [117]. La fuente precisa de la que los humanos adquieren MERS-CoV sigue siendo poco estudiada pero parece probable Estos factores pueden resultar importantes para los casos humanos que no describen ningún contacto DC [119] ni ningún contacto con un caso confirmado. Si la definición de contacto con animales de la OMS es suficiente para identificar la exposición a este virus respiratorio no está clara. La formulación se centra en el consumo de productos DC, pero no atribuye específicamente el riesgo a una vía de gotitas para la adquisición de MERS-CoV desde DC [120]. Algunos pacientes MERS se enumeran en los avisos de enfermedad de la OMS como próximos a los DCs o granjas, pero los individuos no han descrito entrar en contacto con los animales. No se reporta ninguna vía alternativa para adquirir infección en muchos de estos casos. Lo que constituye una definición de "contacto" durante estas entrevistas se ha definido para un estudio [72]. A pesar de esta falta de claridad, la OMS considera que la evidencia que vincula la transmisión de MERS-CoV entre DCs a humanos es irrefu La posibilidad de que los murciélagos fueran un huésped animal de MERS-CoV fue ampliamente discutida inicialmente debido a la diversidad existente de coronavirus conocidos por residir entre ellos [121] [122] [123]. Evidencia concluyente que apoya a los murciélagos como fuente de infecciones humanas por MERS-CoV todavía no se ha encontrado, pero los murciélagos parecen albergar a los representantes ancestrales [53, 125]. Sin embargo, estas no son variantes del mismo virus ni siempre dentro del mismo linaje filogenético que MERS-CoV; cada uno son un virus genéticamente distinto. La infección de murciélago a humano por MERS-CoV es un evento puramente especulativo. La única pieza de evidencia específica del MERS-CoV que apunta a los murciélagos se origina en la amplificación de un fragmento de 190 nt del gen ARN dependiente de la polimerasa del genoma del MERS-CoV, identificado en un pellet fecal de un murciélago insectívoro Emballonuridae, Taphozous perforatus encontrado en Bisha, el KSA [121]. Aunque muy corta, la secuencia del fragmento lo definió como un descubrimiento diagnóstico. Posteriormente se informó de un enlace a los DC [85] y ese enlace ha madurado en una asociación verificada [38, 126] (Fig. 4). (Véase la figura en la página anterior.) Fig. 3 Detecciones mensuales de MERS-CoV (barras azules) y de casos que murieron (barras rojas) con algunas fechas de interés marcadas para 2012 al 4 de septiembre de 2015. Se indica una aproximación de cuando la estación de parto DC [128] y cuando los DC recién nacidos son destetados. La primavera (verde) y el verano (naranja) en la Península Arábiga también están sombreados. Tenga en cuenta la escala del eje y de la izquierda para 2014 y 2015 que es mayor que para 2012/13. Fuentes de estos datos públicos incluyen la OMS, Ministerios de Salud y FluTrackers [207] [209] [209]. Versiones anteriores y posteriores de este gráfico se mantienen en un blog personal [210]. Modificado y reimpreso de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio de Oriente Medio: Una infección por coronavirus emergente rastreada por la multitud. Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con permiso de Elsevier [5] Los DCs, que constituyen el 95 % de todos los camellos, tienen una presencia central en la El contacto puede ser común y puede ocurrir de diversas maneras (Fig. 4a). Hay varios grandes festivales, razas, ventas y desfiles bien atendidos que cuentan con DCs y DCs también son mantenidos y criados cerca de áreas pobladas en el KSA [127, 128]. La leche y la carne DC son ampliamente consumidas y el DC más viejo es un animal de importancia ritual después de la peregrinación del Hajj [129]. Sin embargo, la frecuencia de infección del MERS-CoV es mucho menor que el hábito generalizado y frecuente de comer, beber y preparar productos DC. La ingestión diaria de leche DC fresca no pasteurizada es común entre los beduinos del desierto y muchos otros en el KSA. La orina DC también se consume o se utiliza para supuestos beneficios para la salud. A pesar de que la carnicería de camellos es una ocupación local, ni los carniceros ni otros grupos en riesgo son identificables entre los casos de MERS; esto puede ser simplemente un problema de información en lugar de una ausencia inexplicable de MERS. Un pequeño estudio de casos y controles publicado en 2015 identificó el contacto directo con la DC, y no la ingestión de productos, para estar asociado con la aparición de MERS [38]. La primera investigación sero-encuesta de ganado que vive en la región de Oriente Medio se llevó a cabo durante 2012-2013 [85]. Los DCs fueron muestreados a partir de una manada de canarios nacidos principalmente y de DCs omaníes (originalmente importados del Cuerno de África) [85]. b Las infecciones de camello a humano parecen ser poco frecuentes, mientras que la propagación de la infección de ser humano a ser humano se ve facilitada regularmente por una CIP deficiente en los entornos de salud donde se amplifica la transmisión, lo que explica la mayor parte de los casos. Hay casos de MERS humanos que no entran en ninguna de las categorías de origen y no está claro si estas infecciones adquiridas a través de alguna vía totalmente separada, o de casos que escaparon al diagnóstico. c Las formas hipotéticas en las que la subclínica (cuando la infección puede no alcanzar un umbral clínico previamente definido de signos y/o síntomas) o asintomáticas (sin signos obvios ni medidos, observados o recordados de enfermedad) la infección por MERS-CoV puede estar implicada en la transmisión DC sera podría neutralizar MERS-CoV mientras que todas las seras DC de Omán tenían niveles elevados de anticuerpos neutralizantes específicos de MERS- Desde este estudio, una serie de informes revisados por pares han analizado tanto a los DCs como a otros animales, y la posibilidad de que puedan albergar la infección por MERS-CoV. Se han encontrado DCs seropositivos en toda la Península Arábiga, incluyendo Omán, la KSA, Qatar, Jordania, los Emiratos Árabes Unidos (EAU), Kuwait así como Sudán, Somalia, Egipto, Túnez, Nigeria, Kenia y Etiopía en África y las Islas Canarias [85, [130] [133] [133] [134]. Otros animales probados incluyen ovejas, vacas, cerdos, caballos, burros, mulas, aves, búfalos acuáticos, cabras, camellos bactrianos, llamas y guanacos (camélidos suramericanos) pero ninguno tenía anticuerpos neutralizantes detectables contra MERS-CoV [4, 74, 78, 85, 86, 135, 136]. No se han notificado hasta la fecha estudios de virología o serología de muestras humanas procedentes de zonas de África donde hay camellos con antecedentes de MERS-CoV. Sin embargo, la ausencia de neumonía inexplicable que pueda atribuirse a la infección por MERS-CoV puede no indicar la ausencia de virus entre los seres humanos en cada país, sino simplemente reflejar la falta de costosos estudios de epidemiología realizados por países pobres en recursos. Por lo tanto, no está claro si el MERS-CoV, o una CoV relacionada con antígenos, es un patógeno no reconocido en estas regiones, quizás circulando durante más tiempo del que se ha conocido en la Península Arábiga [133]. El ARN del MERS-CoV también se ha detectado en muestras de DC, y también se ha logrado la recuperación del virus infeccioso a partir de muestras de DC [4, 77, 117, 132, [137] [139] De algunos de ellos, se han secuenciado genomas completos o mayoritarios de MERS-CoV [77, 137, 138]. Las versiones DC de MERS-CoV fueron tan similares entre sí, como las variantes detectadas de diferentes seres humanos a lo largo del tiempo y a lo largo de la distancia. Los ensayos de detección de anticuerpos anticuerpos también han detectado anticuerpos cruzados en sera. Estos se identificaron como tales mediante la detección de sera contra virus similares, por ejemplo BCoV o HCoV-OC43 (como facsímil antigénico para BCoV). Es posible que otros virus similares a MERS-CoV también residan dentro de los DCs, pero esto no menoscaba el hallazgo definitivo de secuencias genéticas de MERS-CoV tanto en DCs como en humanos [117, 142, 143]. Los estudios de detección han demostrado que los DC juveniles son más a menudo positivos para el virus o el ARN viral, mientras que los DC mayores son más propensos a ser seropositivos y ARN o virus negativos [76, 77, 144]. En los DC adultos, se ha detectado ARN MERS-CoV entre animales con anticuerpos preexistentes, lo que sugiere que es posible la reinfección [77, 144]. Las cargas virales entre DC positivos pueden ser muy altas [4, 76, 77, 139, 144] y DCs se han encontrado positivos tanto cuando están enfermos con signos respiratorios de TRU [77, 117, 142, 145] o cuando aparentemente sanos [137]. Estos hallazgos indican que los DCs hospedan infecciones naturales MERS-CoV. Además, los sera DC almacenados han revelado signos de MERS-CoV en DCs que datan de hace más de tres décadas (los más tempranos Los sera más viejos no han sido probados y, por lo tanto, cuánto tiempo los DC han sido afectados por MERS-CoV, si el virus es enzoótico entre ellos, introducidos hace décadas o siglos de murciélagos en África o la Península Arábiga, o son objeto de incursiones virales regulares pero de corta duración de un huésped aún desconocido, no pueden ser respondidos. Los investigadores buscaron determinar una dirección para la infección; estaban los DC transmitiendo virus a los seres humanos o estaban los humanos infectando DC? En un sitio de Qatar, un propietario de una granja y su empleado se enfermaron a mediados de octubre de 2013 y dieron positivo para el ARN MERS-CoV en una muestra de esputo y hisopos de garganta, respectivamente. RT-rtPCRs encontró MERS-CoV ARN en 11 de 14 hisobas nasales de DC positivas en la granja; seis (43 %) positivos Los resultados indicaron que se había producido un brote reciente en este rebaño; la primera indicación de ARN MERS-CoV encontrado en DCs con una asociación temporal a infecciones humanas; tres muestras de DC positivas fueron confirmadas por secuenciación de una porción de 358 nt del gen de la espiga; estas secuencias eran idénticas unas a otras, de nuevo con homología cercana a otras secuencias humanas y DC MERS-CoV [138]. Los DCs y contactos humanos produjeron secuencias ORF1a y ORF4b que diferían por un solo nucleótido cada una, agrupando estrechamente con la variante Hafr-Al-Batin_1_2013 [138]. Estudios de casos posteriores encontraron evidencia de una infección humana y DC concurrente y la dirección de esa infección fue inferida a partir de los DCs enfermos y a sus propietarios humanos [117, 142, 146]. Las secuencias del genoma parcial indicaron que un humano y un DC positivo de la RT-RTPCR del MERS-CoV habían sido infectados por una variante del mismo virus, albergando el mismo patrón distinto de polimorfismos de nucleótidos. [142] Todos los nueve DC en la manada del propietario, muestreados en serie, reaccionaron en un antígeno S1 recombinante ELISA, con los dos animales que habían sido positivos de la RT-rtPCR mostrando un pequeño aumento verificable del título de anticuerpos [142]. Un aumento del título teóricamente comienza 10 a 21 días después de la infección de la DC [142]. Los autores sugirieron que el aumento del título en la suera de la DC que ocurrió junto con una disminución de la carga de ARN, mientras que el paciente estaba activamente enfermo y hospitalizado, indicó que los DC fueron infectados primero seguidos por el propietario [117, 142]. Los anticuerpos BCoV también estuvieron presentes, y aumentaron en uno de los dos animales positivos RT-rtPCR, pero ninguno de ellos pudo neutralizar la infección BCoV [142]. La temporada de parto en camellos se produce en los meses de invierno (entre finales de octubre y finales de febrero; Fig. 3 ) y este puede ser un momento en el que existe un mayor riesgo para los seres humanos de derrames debido a nuevas infecciones entre las poblaciones de DC ingenuas [128]. ¿Qué papel podría desempeñar el anticuerpo de camello materna en el retraso de la infección de terneros sigue siendo desconocido [128, 142]. Los DC juveniles parecen tener una infección activa con más frecuencia que los DC adultos y, por lo tanto, el sacrificio de los DC, que debe ser de cinco años de edad o más (llamados a thane), puede no ir acompañado de un riesgo significativo de exposición a la infección. A diferencia de los resultados anteriores, los trabajadores de los mataderos que matan tanto a los DC más jóvenes como a los más viejos, pueden ser un grupo ocupacional con una incidencia significativamente mayor de seropositividad a la MERS-CoV cuando los animales tienen infecciones activas por MERS-CoV [129, 139, [147] [148] [149]. Las investigaciones virológicas ampliadas de los DC africanos pueden dar lugar a animales más seropositivos y zonas geográficas en las que los seres humanos pueden estar en riesgo. Es posible que haya zonas en las que los seres humanos ya albergan infecciones por MERS-CoV que no se han identificado debido a la ausencia de vigilancia de laboratorio. Las investigaciones virológicas de los murciélagos pueden dar lugar a hallazgos de virus ancestrales y "eslabones de pérdida viral" e identificar cualquier otra fuente animal de propagación zoonótica es importante para informar opciones para reducir la exposición humana [56, El MERS-CoV infeccioso añadido a la leche de CC, cabra o vaca y almacenado a 4 °C podría recuperarse al menos 72 h más tarde y, si se almacena a 22 °C, la recuperación fue posible hasta 48 h [150]. El título de MERS-CoV disminuyó un poco cuando se recuperó de la leche a 22 °C, pero la pasteurización completamente ablada Infectividad MERS-CoV [150]. En un estudio posterior, se identificó ARN MERS-CoV en la leche, secreción nasal y heces de DCs de Qatar [151]. Un estudio único ha examinado la capacidad de MERS-CoV para sobrevivir en el medio ambiente [150]. Las superficies plásticas o de acero fueron inoculadas con 10 6 TCID 50 de MERS-CoV a diferente temperatura y humedad relativa (RH) y se A alta temperatura ambiente (30°C) y a baja RH (30 %) MERS-CoV permaneció viable durante 24 h [150]. En comparación, un virus respiratorio bien conocido y eficientemente transmitido, el virus influenza A, no pudo recuperarse en cultivo más allá de cuatro horas bajo ninguna condición [150]. Los experimentos de Aerosol encontraron que la viabilidad del MERS-CoV sólo disminuyó un 7 % a baja RH a 20°C. En comparación, el virus influenza A disminuyó un 95 % [150]. La supervivencia del MERS-CoV es inferior a la demostrada previamente para el SARS-CoV [152]. En el contexto, las bacterias patógenas pueden permanecer viables y en el aire durante 45 minutos en un aerosol tosido y pueden propagarse 4 m. La capacidad de MERS-CoV para permanecer viable durante largos períodos de tiempo le da la capacidad de contaminar completamente las superficies de Se desconoce si el MERS-CoV puede permanecer a la deriva e infeccioso durante períodos prolongados (verdaderamente aerotransportado) y si estos hallazgos amplían nuestra comprensión de las posibilidades de que las gotitas transmitan virus respiratorios en muchos entornos, incluyendo salas de espera hospitalarias, departamentos de emergencia, salas de tratamiento, instalaciones de cuidados intensivos abiertos y salas privadas de pacientes. La naturaleza y calidad del intercambio de aire, circulación y filtración son variables importantes en la medición y reducción del riesgo, así como el uso de salas de presión negativa para contener casos conocidos. Se considera que la propagación de la gota entre humanos es el mecanismo de transmisión humana a humana y se hizo hincapié en la necesidad de precauciones de las gotas después del hospital Al-Ahsa, la KSA y los brotes de Corea del Sur [21, 23, 154, 155]. La provisión de pruebas que apoyen la mejor formulación de equipos de protección personal para ser usados por los HCW que reciben, manejan o realizan procedimientos en casos infecciosos sigue siendo una prioridad. MERS-CoV fue encontrado y caracterizado por su aparente asociación con enfermedades graves, y por lo tanto más obvias, en humanos; éramos canarios en la mina de carbón. Seroensayos y estudios prospectivos de cohortes todavía no han determinado hasta qué punto los casos más leves o asintomáticos contribuyen a las cadenas de transmisión de MERS-CoV. Sin embargo, la transmisión de MERS-CoV se define como esporádica (no sostenida), intrafamiliar, a menudo asociada a la atención médica, ineficiente y que requiere contacto cercano y prolongado [22, 31, 63, 93, 97, 102, 156] En un estudio doméstico, 14 de 280 (5 %) contactos de 26 pacientes con índice positivo de MERS-CoV eran ARN o anticuerpos positivos; la tasa de transmisión general, incluso en brotes es de alrededor del 3 % [31]. Parece que la mayoría de los casos humanos de MERS-CoV, incluso cuando los números parecen aumentar repentinamente, no transmiten fácilmente a más de otro humano hasta la fecha, la epidemia localizada de MERS-CoV no ha sido autosostenible [157] [159] [160] [161]. Es decir, el número básico de reproducción (R 0 ) -el número medio de infecciones causadas por un individuo infectado en una población totalmente susceptible ha estado cerca de uno en varios grupos y brotes. Si R 0 era mayor que 1, se esperaría un aumento sostenido en el número de casos. Algunos cálculos de R o pueden verse afectados por el rastreo incompleto de los contactos de casos, pruebas comunitarias limitadas y cómo se define un caso. El MERS ha tenido una presencia constante en la Península Arábiga desde 2012 se debe a los eventos de derrames esporádicos en curso de DCs amplificados por brotes hospitalarios mal controlados. En marcado contraste, una seroencuesta de HCW que a veces estaba en contacto cercano y prolongado con el primer caso fatal de MERS-CoV en 2012 [162], encontró que ninguno de los HCW se había seroconvertido cuatro meses más tarde, a pesar de la ausencia de protección ocular y el cumplimiento variable de los estándares requeridos de EPP [162]. Al principio de la historia del MERS, las muestras para la prueba fueron recolectadas principalmente de pacientes con enfermedad grave y no de aquellos con infecciones respiratorias agudas más leves. Los contactos de los casos confirmados de MERS fueron a menudo observados para enfermedad clínica, pero no probados. Estas omisiones pueden haber confundido nuestra comprensión de la transmisión del MERS-CoV y sesginar los datos tempranos hacia un mayor número de pacientes gravemente enfermos y hospitalizados, inflando la aparente proporción de casos mortales. A medida que cambiaban los paradigmas de las pruebas y se hacían cada vez más pruebas de los contactos, se reconocían infecciones más asintomáticas y leves [163]. Un aumento en los casos llamados asintomáticos (que amplían el denominador para los cálculos de la proporción de casos mortales, definida en [164] ) dio lugar a una disminución en la proporción de casos mortales durante el brote de Yeddah-2014. Históricamente, tales aumentos son consistentes con la modificación de las definiciones y respuestas de laboratorio y el manejo clínico de una infección por virus recién descubierta que se observó por primera vez sólo entre los enfermos graves. Tras el seguimiento, más de tres cuartas partes de esas personas positivas del ARN del MERS-CoV recordaron haber tenido uno o más síntomas en ese momento, a pesar de que se notificó como asintomática [165], planteando alguna pregunta sobre la fiabilidad de otros datos Aproximadamente el 43 % de los casos MERS (549 de 1277) en la KSA fueron mortales entre 2012 y diciembre de 2015, mientras que el 21 % (72 de 330) fallecieron entre los que se produjeron fuera de la KSA. El número total de casos masculinos siempre supera en número a las mujeres y la proporción de muertes masculinas es siempre mayor que la proporción de mujeres que mueren. Sin embargo, la proporción de muertes masculinas de varones totales con MERS es similar a la de las mujeres. En la KSA, hay una mayor proporción de varones más jóvenes entre los casos y muertes que se observaron en los brotes de Corea del Sur o Jeddah-2014 de 2015 (Fichero adicional 2: Figura S2 ). Por qué estos aspectos han diferido pueden deberse a diferencias en el tiempo de presentación y diagnóstico, la naturaleza y calidad de la atención de apoyo, la forma en que una persona se contagió (habita, exposición a una fuente humana o zoonótica, carga viral, vía de infección) o la medida en que las diferentes poblaciones se ven afectadas por enfermedades subyacentes [40]. Como grupo, los HCW representaron el 16 % de los casos de MERS en la KSA y Corea del Sur. Es evidente que la proporción semanal de HCW infectados aumenta junto con cada fuerte aumento en las detecciones generales (Fig. 5). En mayo de 2013, la OMS publicó directrices para IPC durante el cuidado de casos probables o confirmados de infección por MERS-CoV en un entorno sanitario [166]. Estos aumentos en las detecciones de MERS-CoV pueden disminuir la edad media durante cada evento debido a que los HCW son generalmente más jóvenes que los pacientes internados con MERS. Las instalaciones sanitarias han sido un objetivo regular de mejoras sugeridas para mejorar los procedimientos de prevención y control de infecciones (IPC) [115, 118]. La mayor parte del análisis de la genética MERS-CoV se ha realizado utilizando métodos de secuenciación de alto rendimiento o "profundo" para la deducción completa del genoma [167] [168] [169]. MERS-CoV fue el primer sujeto de un uso tan extendido de secuenciación profunda para estudiar un brote viral emergente con alcance global. La técnica puede producir genómica [207] [209]. Las versiones anteriores y posteriores de esta tabla se mantienen en un blog personal [210] cobertura de longitud en un solo experimento con medición altamente repetitiva de cada posición de nucle A pesar de los ensayos publicados al principio, la secuenciación subgenómica, una vez el pilar de los estudios de brotes virales, se ha publicado con menos frecuencia durante la caracterización de MERS-CoV [48]. A medida que se han caracterizado más genomas tanto de humanos como de DC, se han hecho evidentes dos clados; A y B (Fig. 6). Clade A contiene sólo genomas de MERS-CoV derivados del hombre de Jordania, mientras que Clade B comprende la mayoría de genomas humanos y de camellos deducidos hasta ahora [168]. Dos estudios durante 2015, uno mirando a variantes de Jeddah-2014 MERS-CoV y otro mirando a una variante exportada de Corea del Sur a China, ahora han identificado signos de recombinación genética entre variantes de MERS-CoV. Si bien las secuencias del genoma humano y del genoma entero de camello han conservado una identidad de >99 % entre sí, los miembros de linajes genéticamente distintos pueden intercambiar material genético y lo hacen cuando co-ocurren condiciones adecuadas y co-fecciones [170] [171] [172]. La identidad compartida implica que la principal fuente de adquisición humana es el DC, en lugar de otro animal, aunque se necesitan más pruebas de otras especies animales para confirmar esa conclusión. Durante un mes, un virus de DC secuenciado en diferentes ocasiones no cambió en absoluto indicando un grado de estabilidad genómica en su huésped, apoyando que los DC son el anfitrión natural, en lugar de intermedio, del MERS-CoV que conocemos hoy [77]. Hasta la fecha, la recombinación se ha localizado en puntos de ruptura cerca del límite entre las regiones ORF1a y ORF1b, dentro del gen de pico [170] No es inesperado que la recombinación se produzca ya que es bien conocida entre otras CoVs [124] y porque la mayoría de los genomas enteros del MERS-CoV recogidos a partir de muestras de tres años (2012-2015) y de seres humanos, camellos y diferentes países han mostrado una identidad genética cercana entre sí, con una variación sutil suficiente para apoyar investigaciones de brotes mientras se aplique la secuenciación del genoma completo [52, 77, 135, 138, 168, [173] [174] [175]. Los cambios en la secuencia del genoma pueden anunciar alteraciones en la transmisibilidad del virus, replicación, persistencia, letalidad o respuesta a medicamentos futuros. Si tenemos conocimiento previo del impacto de los cambios genéticos debido a estudios de caracterización exhaustivos, podemos establecer una estrecha relación genética entre las secuencias de nucleótidos del MERS-CoV (cargado desde GenBank utilizando los números de adhesión enumerados y Este árbol de unión vecino fue creado en MEGA v6 utilizando una alineación de las secuencias humanas y DCderivadas de MERS-CoV (Genious v8.1 [211] ). Clades se indican junto a barras verticales azules oscuras (Clade A) o pálidos (Clade B). Los iconos de camello denotan genomas de DC. Los brotes sanitarios o comunitarios se encajonan y etiquetan utilizando esquemas previamente descritos [212, 213] monitorean las regiones genómicas y entienden mejor cualquier cambio en la transmisión o patrones de enfermedad a medida que ocurren. Las mutaciones genéticas observadas durante el mayor de los brotes humanos, Jeddah-2014, no impartieron ningún cambio importante replicativo o inmunomodulador cuando se comparan con las variantes virales anteriores in vitro [156, 176]. Sin embargo, entendemos muy poco de los resultados fenotípicos que resultan del cambio genético sutil en Hasta la fecha no se ha informado de ninguna relevancia clínica ni de cambios in vivo evidentes en la replicación, eliminación o transmisión vírica, o se ha atribuido a mutaciones o a nuevos virus recombinantes [156]. Pero se necesitan vigilancia y estudios más grandes, contemporáneos e in vivo. La secuencia genomática localizada a un clado distinto se identificó a partir de un DC egipcio que probablemente fue importado de Sudán. Esto no encaja en ninguno de los clados actuales [125, 168, 177]. Un virus secuenciado a partir de un murciélago Neoromicia capensis estaba más estrechamente relacionado con el MERS-CoV que otras grandes secuencias derivadas de murciélagos habían estado hasta ese punto, pero el genoma de una variante de un MERS-CoV aún no se ha descubierto y deducido de cualquier murciélago [125]. Los análisis de genomas del MERS-CoV han demostrado que la mayoría de las diferencias nucleó 2), que codifica la proteína de pico y proteínas accesorias [168]. Al menos nueve genomas del MERS-CoV contenían sustituciones de aminoácidos en el dominio de unión a los receptores (RBD) de la proteína de pico y los codones 158 (región N-terminal), 460 (RBD), 1020 (en la repetición de heptad 1), 1202 y 1208 investigación de osos como marcadores de cambio adaptativo [140, 169]. La proteína de pico no había cambiado en el genoma recombinante del MERS-CoV identificado en China en 2015, pero se informó que había variado a un ritmo superior al de genomas completos del MERS-CoV, entre variantes surcoreanas [172, 178]. Esto destaca que las regiones subgenómicas pueden no siempre contener suficiente diversidad genética para ser útiles para diferenciar variantes virales. A pesar de esto, un ensayo que amplificaba un fragmento de nucleótido 615 del gen de dominio S2 de pico para la secuenciación de Sanger coincidió con los resultados generados por la secuenciación de algunos genomas completos y fue útil para definir grupos de secuencias adicionales [177]. La secuencia genómica también se puede utilizar para definir los límites geográficos de un cúmulo o brote y monitorear su progreso, basado en la similitud de las variantes encontradas entre humanos y animales infectados cuando ocurren juntos, o entre diferentes sitios y tiempos (Fig. 6 ) [169]. Este enfoque se utilizó al definir el brote de hospital MERS con limitaciones geográficas en Al-Ahsa, que ocurrió entre el 1 de abril y el 23 de mayo de 2013, así como los cúmulos en Buraidah y un brote comunitario en Hafr Al-Batin, el KSA. La secuenciación genómica identificó que aproximadamente 12 detecciones de MERS-CoV de un brote comunitario en Hafr Al-Batin entre junio y agosto de 2013 pudieron haber sido desencadenadas por un caso índice que se infectó a través del contacto DC [175]. La secuenciación de genomas de MERS-CoV del brote hospitalario de Al-Ahsa de 2013 indicó que múltiples variantes virales contribuyeron a los casos, pero que la mayoría fueron lo suficientemente similares entre sí como para ser consistentes con la transmisión humano-humana. La epidemiología molecular ha revelado enlaces ocultos en cadenas de transmisión que abarcan un período de hasta cinco meses [179]. Sin embargo, la mayoría de los brotes no han continuado durante más de dos a tres meses y por lo tanto las oportunidades para que el virus se adapte más a los seres humanos a través de la coinfección y el tránsito en serie sostenido han sido raras [169]. En Riad-2014, la evidencia genética apoyaba la probabilidad de múltiples introducciones externas de virus, implicando una gama de instalaciones de salud en un caso que de otro modo parecía contiguo [23, 168, 179]. Riad es un nexo para el viaje de camellos y humanos y ha tenido más casos MERS que cualquier otra región de la KSA hasta la fecha, pero también alberga una amplia gama de variantes MERS-CoV [128, 167, 179]. Sin embargo, el brote surcoreano se originó de una sola persona infectada, resultando en tres a cuatro generaciones de casos [180, 181]. Estudios de esta variante viral aparentemente recombinante no encontraron un aumento de la tasa evolutiva y ningún signo de adaptación al virus, por lo que el brote parece haber sido impulsado por circunstancias más que por circunstancias junto con mutación [181]. Para muchos casos MERS detectados fuera de la Península Arábiga, se El rastreo de contacto es esencial para contener la aparición y transmisión de un nuevo virus y hoy en día está apoyado por la epidemiología molecular. Aunque es un proceso costoso y que consume tiempo, el rastreo de contacto puede identificar posibles nuevas infecciones y, a través del monitoreo activo o pasivo, reaccionar más rápidamente si la enfermedad se desarrolla. Los resultados del rastreo de contacto hasta la fecha han encontrado que la transmisión continua entre los seres humanos es un evento poco frecuente. Por ejemplo, hubo 83 contactos, tanto sintomáticos como asintomáticos, de un caso tratado en Alemania que viajó desde los Emiratos Árabes Unidos pero no se encontraron signos de virus o anticuerpos en ninguno de ellos [73]. En un estudio de 123 contactos de un caso tratado en Francia, sólo siete coincidieron con la definición de un posible caso y fueron probados; uno que había compartido una habitación hospitalaria de 20 m2 mientras que en una cama a 1,5 m de distancia del caso índice durante un período prolongado fue positivo [26]. Ninguno de los contactos de los dos primeros casos MERS importados a los EE.UU. en 2014 contenía ninguna huella MERS-CoV [182] y ninguno de los 131 contactos de dos viajeros que regresaron a los Países Bajos desarrolló anticuerpos MERS-CoV o testó ARN positivo [25, 183]. Los análisis de datos públicos revelan muchos casos probables de adquisición nosocomial de infección en la Península Arábiga y estos datos pueden ir acompañados de algunos detalles que señalan el contacto con un caso o instalación conocido. Un ejemplo identificó el papel probable de un paciente con una infección subclínica, presente en un hospital durante su ingreso por otras razones, como el caso índice más probable que desencadena un grupo familiar [93]. El rastreo de contacto fue un factor significativo en la terminación de un brote de 2015 con múltiples hospitales surcoreanos [184]. Estos estudios demuestran la necesidad de encontrar y comprender un papel para los casos leves y asintomáticos, junto con la restricción del contacto cercano o la exposición prolongada de las personas infectadas a otras, especialmente familiares mayores y amigos con enfermedad subyacente (Fig. 4c). El brote asociado al hospital en Jeddah en 2014 fue la acumulación más grande y rápida de las detecciones de MERS-CoV hasta la fecha. El mayor número de detección de MERS-CoV de cualquier mes registrado se produjo en Yeddah en abril. El brote se asoció principalmente (> 60 % de los casos) con la propagación de seres humanos a seres humanos dentro de los entornos hospitalarios y se debió a la falta de prevención y control de las infecciones o a su desorganización [37, 185, 186]. Un aumento de las muertes siguió al rápido aumento del número de casos. En 2015 ocurrieron dos grandes brotes. Corea del Sur fue el lugar del primer brote a gran escala fuera de la Península Arábiga y produjo los primeros casos tanto en Corea del Sur como en China, entre mayo y julio de 2015. Esto fue seguido de cerca por un brote distinto en la provincia de Ar Riyad, en la KSA, que parecía estar bajo control a principios de noviembre. Después de permanecer en Bahréin durante dos semanas, un varón de 68 años (68 M) viajó a Corea del Sur vía Qatar, llegando libre de síntomas el 4 de mayo de 2015 [187]. Desarrolló fiebre, Visitó una clínica como ambulatorio entre los días 12 y 15 de mayo y fue ingresado en el Hospital A el día 15 [188]. Fue dado de alta del Hospital A el día 17 y luego fue ingresado en el servicio de urgencias del Hospital B el día 18. Durante esta segunda estancia, se tomó una muestra de esputo y dio positivo para el MERS-CoV el día 20 [187, 188], desencadenando el traslado al centro de tratamiento de aislamiento designado. Durante un período de 10 días, el caso índice fue visto en tres hospitales diferentes, demostrando una característica clave de "compra hospitalaria" que conformó el brote surcoreano. Aproximadamente 34 personas fueron infectadas durante este tiempo [187]. En total 186 casos fueron generados en este brote, todos vinculados a través de una única cadena de transmisión a 68 M; 37 casos murieron [189]. En Corea del Sur, el sistema nacional de seguro médico prevé una atención médica de costo relativamente bajo, sufragando algunos costos al hacer que los familiares sean responsables de una parte de la administración de los enfermos, lo que a veces los hace permanecer durante largos períodos en las habitaciones que a menudo tienen más de cuatro camas en ellas [24]. Otros factores que se pensaba que habían permitido este brote eran la falta de familiaridad de los médicos locales con MERS, la facilidad con la que el público puede visitar y ser tratado por hospitales terciarios, la costumbre de visitar a amigos y familiares enfermos en hospitales, la naturaleza jerárquica de la sociedad coreana, las salas de emergencia abarrotadas, las medidas deficientes del IPC, la falta de salas de aislamiento de presión negativa y la mala comunicación interhospitalaria de los historiales de enfermedades de los pacientes [24, [190] [191] [192]. Hasta la fecha se han comunicado pocos detalles clínicos sobre estos casos y los detalles sobre la transmisión y el rastreo de los contactos son mínimos. Los hospitales involucrados inicialmente no fueron identificados, la orientación y las acciones gubernamentales produjeron mensajes confusos y hubo una comunicación muy limitada en los primeros tiempos, lo que dio lugar a preocupaciones innecesarias, desconfianza y un impacto económico distinto [191, [196] [197] [198]. Al principio del brote, un viajero infectado, hijo de un caso identificado en Corea del Sur, pasó por Hong Kong en su camino a China, donde estaba ubicado, aislado y atendido en China [91, 199, 200]. No hubo contactos que enfermaran.El brote se puso bajo control a finales de julio/a principios de agosto [201] después de que se emplearan medidas mejoradas del IPC, seguimiento y cuarentena de contactos sólidos, pruebas de laboratorio ampliadas, hospitales fueron mejor asegurados, se envió personal especializado para gestionar los casos Una revisión de los datos públicos mostró que, al igual que en el caso del MERS en la KSA, la edad avanzada y la presencia de enfermedad subyacente se asociaron significativamente con un desenlace fatal en Corea del Sur. [40] Aunque R 0 es <1, los eventos de superdifusión facilitados por circunstancias creadas en entornos de salud y caracterizadas por tamaños de clúster superiores a 150, como este, no son inesperados por la infección por MERS-CoV [204]. La dinámica de un brote depende de la R 0 y de los patrones de eliminación viral de un individuo, el tipo y la frecuencia de contacto, los procedimientos hospitalarios y la estructura y densidad de la población [204]. En la región de Ar Riyad, incluida la capital de Riad, se inició un cúmulo hospitalario dentro de un solo hospital a partir de finales de junio de 2015 [205]. A mediados de septiembre se habían notificado aproximadamente 170 A pesar de la introducción continua y posiblemente estacional del virus en la población humana a través de los DC infectados y tal vez otros animales que aún no se han identificado, la gran mayoría de la transmisión del MERS-CoV se ha producido de seres humanos infectados a no infectados en contacto cercano y prolongado a través de circunstancias creadas por un control deficiente de las infecciones en los entornos de atención de la salud. Este virus oportunista ha tenido su mayor impacto en las personas con enfermedades subyacentes y esas personas vulnerables, que a veces sufren múltiples comorbilidades, se han asociado con mayor frecuencia con los hospitales, creando una tormenta perfecta de exposición, transmisión y mortalidad. No está claro si este grupo se ve afectado de manera única por el MERS-CoV o si otras infecciones respiratorias, incluidas las de los HCoV, producen un impacto igualmente grave. En Corea del Sur, un solo caso importado creó un brote de 185 casos y 36 muertes que tuvieron un impacto desproporcionado en el desempeño económico, el comportamiento de la comunidad y la confianza en el gobierno y el sistema de atención de la salud. La transmisión del hogar de seres humanos a seres humanos se produce, pero también es limitada. Los programas educativos serán herramientas esenciales para combatir la propagación del MERS-CoV tanto dentro de las comunidades urbanas y regionales como para el entorno de atención de la salud. La vigilancia sigue siendo importante para la contención, ya que el MERS-CoV es un virus con una composición genética que se ha observado durante sólo tres años y no es estable. Entre todos los seres humanos que se han notificado que están infectados, casi el 40% han muerto. La secuenciación del genoma completo se ha utilizado extensamente para estudiar el recorrido y la variación del MERS-CoV y aunque sigue siendo una herramienta para expertos, parece ser la mejor herramienta para el trabajo. El MERS y el SRAS tienen algunas similitudes clínicas pero también difieren significativamente [206]. Entre las características definitorias se incluyen el PFC más alto entre los casos del MERS (superior al 50 % en 2013 y actualmente en el 30-40%; muy por encima del 9 % del SRAS) y la asociación más alta entre el MERS mortal y los hombres mayores con comorbilidades subyacentes. Para los virus, el MERS-CoV tiene un tropismo más amplio, crece más rápidamente in vitro, induce más rápidamente cambios citopatógenos, desencadena respuestas transcripcionales distintas, hace uso de un receptor diferente, induce un estado más proinflamatorio y tiene una respuesta antiviral tardía en comparación con el SRAS Parece haber una prevalencia del 2-3 % de MERS-CoV en la KSA con una probabilidad del 5 % de transmisión secundaria dentro del hogar. Hay un mayor riesgo de infección a través de ciertas ocupaciones en ciertos momentos y una probabilidad mucho mayor de propagación a otros seres humanos durante circunstancias creadas por los humanos, lo que impulsa una transmisión más efectiva que cualquier R 0 predeciría sobre el valor facial. Sin embargo, a pesar de las múltiples concentraciones masivas que han proporcionado al virus muchos millones de oportunidades de propagación, no se han reportado brotes de MERS o MERS-CoV durante o inmediatamente después de estos eventos. No hay evidencia de que el MERS-CoV sea un virus de preocupación pandémica. Sin embargo, los entornos hospitalarios continúan describiendo casos y brotes de MERS en la Península Arábiga. Mientras facilitemos la propagación del MERS-CoV entre nuestras poblaciones más vulnerables, el mundo debe permanecer en alerta para los casos que puedan ser exportados con mayor frecuencia cuando un país de acogida con reservorios de camellos infectados está experimentando conglomerados o brotes humanos. El MERS-CoV parece ser un virus enzoótico que infecta a la URT DC con evidencia de recombinación genética reciente. Puede que una vez haya tenido su origen entre los murciélagos, pero falta evidencia y la relevancia de ello para la epidemia actual es académica. Gracias a la acción rápida, las herramientas de diagnóstico molecular sensibles y rápidas necesarias para lograr un objetivo de detección rápido y sensible han sido establecidas y ampliamente disponibles desde que el virus fue reportado en 2012. RT-PCR pruebas de muestras de LRT siguen siendo el estándar de oro para la confirmación del MERS-CoV. Las herramientas serológicas siguen surgiendo pero necesitan una validación adicional utilizando muestras de infecciones leves y asintomáticas y un estudio de cohorte densamente muestreado para seguir los contactos de nuevos casos puede abordar esta necesidad. Del mismo modo, la importante cuestión de si aquellos que eliminan el ARN MERS-CoV durante períodos prolongados son infecciosos mientras aparecen bien, sigue sin respuesta. Incluso no está claro cuántas infecciones 'asintomáticas' se han descrito y reportado correctamente, lo que a su vez plantea preguntas sobre la fiabilidad de la recolección de otros datos clínicos hasta la fecha. Si bien la virología básica del MERS-CoV ha avanzado en el transcurso de los últimos tres años, la comprensión de lo que está sucediendo en, y la interacción entre, camello, medio ambiente y humano todavía está en su infancia.

Aproximadamente, ¿qué porcentaje de casos de MERS fueron mortales en la KSA?

MERS coronavirus: diagnóstico, epidemiología y transmisiónhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4687373/SHA: f6fcf1a99cbd073c5821d1c4ffa3f2c6daf8ae29Autores: Mackay, Ian M.; Arden, Katherine E.Fecha: 2015-12-22DOI: 10.1186/s12985-015-0439-5Licencia: cc-byAbstract: Los primeros casos conocidos de síndrome respiratorio de Oriente Medio (MERS), asociados con la infección por un nuevo coronavirus (CoV), se produjeron en 2012 en Jordania, pero se informó retrospectivamente.El primer caso que se informó públicamente fue de Jeddah, en el Reino de Arabia Saudita (KSA). Desde entonces, las secuencias de MERS-CoV se han encontrado en un murciélago y en muchos camellos dromedarios (DC). MERS-CoV es enzoótico en toda la Península Arábiga y en partes de África, causando enfermedades leves del tracto respiratorio superior en su reservorio de camellos y infecciones humanas esporádicas, pero relativamente raras. Precisamente cómo el virus transmite a los seres humanos sigue siendo desconocido, pero la exposición estrecha y prolongada parece ser un requisito. El KSA es el punto focal de MERS, con la mayoría de los casos humanos. En los seres humanos, MERS se conoce principalmente como una enfermedad del tracto respiratorio inferior (RTL) que incluye fiebre, tos, dificultades respiratorias y neumonía que puede progresar a síndrome de dificultad respiratoria aguda, fallo multiorgánico y muerte en un 20% a 40% de los infectados. Sin embargo, MERS-CoV también se ha detectado en enfermedades leves y similares a En comparación con el síndrome respiratorio agudo grave (SARS), otra enfermedad zoonótica del coronavirus a veces fatal que ha desaparecido desde entonces, el MERS progresa más rápidamente hacia la insuficiencia respiratoria y la lesión renal aguda (también tiene afinidad por el crecimiento de las células renales en condiciones de laboratorio), es más frecuente en los pacientes con enfermedad subyacente y es más a menudo fatal. La mayoría de los casos humanos de MERS se han relacionado con fallos en la prevención y el control de infecciones (IPC) en los entornos de salud, con aproximadamente el 20% de todas las detecciones de virus notificadas entre los trabajadores de la salud (HCWs) y exposiciones más altas en aquellos con ocupaciones que los ponen en estrecho contacto con camellos. Los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) han estado disponibles casi desde el comienzo de la aparición de MERS. Mientras que la virología básica de MERS-CoV ha avanzado en los últimos tres años, la comprensión de la interacción entre camello, medio ambiente y restos humanos limitados. MATERIAL SUPLEMENTO ELECTRÓNICO: La versión en línea de este artículo (doi:10.1186/s12985-015-0439-5) contiene material suplementario, que está disponible para los usuarios autorizados. Texto: Un correo electrónico del Dr. Ali Mohamed Zaki, un virólogo egipcio que trabaja en el Hospital Dr. Soliman Fakeeh en Jeddah en el Reino de Arabia Saudita (KSA) anunció la primera cultura de un nuevo coronavirus al mundo. El correo electrónico fue publicado en el sitio web de la red de enfermedades emergentes profesionales (ProMED) el 20 de septiembre de 2012 [1] (Fig. 1) y describió el primer caso reportado, un hombre de 60 años de edad de Bisha en la KSA. Esta información llevó al rápido descubrimiento de un segundo caso del virus, esta vez en un paciente enfermo en el Reino Unido, que había sido transferido de Qatar para su atención [2]. El nuevo virus fue inicialmente llamado coronavirus nuevo (nCoV) y subsecuentemente titulado el síndrome de respiración del Oriente Medio coronavirus (MERS-CoV). A partir del 2 de septiembre de 2015, ha habido 1.493 detecciones de ARN viral o anticuerpos específicos del virus en 26 países (Fichero adicional 1: Figura S1) confirmado por la Organización Mundial de la Salud (OMS), con más de un tercio de las personas positivas muriendo (al menos 527, 35 %) [3]. Desde ese primer informe, un lento proceso de descubrimiento durante los siguientes dos o tres años reveló un virus que había infectado más del 90 % de los camellos dromedarios adultos (DC; Camelus dromedario) en la KSA [4], también en los países en desarrollo de toda la Península Arábiga y partes de África que son una fuente de importaciones de DC para la KSA [5]. Hasta la fecha, el MERS-CoV no se ha detectado en los países en desarrollo sometidos a pruebas en zoológicos o rebaños de otras partes del mundo [6] [7] [9]. Ocasionalmente, el virus se transmite de los DC infectados a los seres humanos expuestos. La transmisión posterior a otros seres humanos requiere una exposición relativamente cercana y prolongada [10]. Se patentó el primer aislado viral y se planteó la preocupación de que ello limitaría el acceso tanto al virus como a los diagnósticos virales [11, 12]. Sin embargo, los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) se describieron rápidamente y el virus se puso a disposición de forma gratuita, sujeto a consideraciones rutinarias de bioseguridad [13]. La epidemiología y la investigación posteriores han identificado al receptor celular como exopeptidasa dipeptidil peptidasa 4 (DPP4; también llamada CD26); que el MERS-CoV tiene un amplio tropismo, replicando mejor en algunas líneas celulares y provocando una respuesta más proinflamatoria que el SARS-CoV; está muy extendido en los DC; tiene el potencial de infectar a otros animales y que el MERS mata a su huésped humano con más frecuencia que el SARS (20-40% frente al 9 % para el SARS [14] ) [15] [16] [17] [19]. El MERS-CoV se propaga esporádicamente entre las personas, causando enfermedades más graves entre los adultos mayores, especialmente los varones, con enfermedades preexistentes.La propagación del MERS-CoV entre los seres humanos se ha asociado a menudo con brotes en los hospitales, con alrededor del 20% de todos los casos hasta la fecha en los que han participado trabajadores de la salud (HCWs).Aunque los DC parecen sufrir el equivalente a un "frío común" de la infección por MERS-CoV, en los seres humanos el virus puede ser un patógeno más grave y oportunista asociado con la muerte de hasta el 40% de los casos notificados. Aún no se ha establecido si las infecciones que se cree que se han adquirido de una fuente animal producen un resultado más grave que los que se propagan entre los seres humanos [20]. Los estudios han establecido que el período medio de incubación para el MERS es de cinco a seis días, que van de dos a 16 días, con 13 a 14 días entre el inicio de la enfermedad en una persona y posteriormente se extiende a otra [21] [22] [23]. Entre aquellos con enfermedad progresiva, la mediana de tiempo hasta la muerte es de 11 a 13 días, que van de cinco a 27 días [23, 24]. La fiebre y los síntomas gastrointestinales pueden formar un pródromo, después de lo cual los síntomas disminuyen, sólo para ser seguidos por un síndrome sistémico y respiratorio más grave [25, 26]. La primera definición de caso de la OMS [27] definió los casos probables de MERS basados en la presencia de enfermedad febril, tos y el requisito de hospitalización con sospecha de compromiso del tracto respiratorio inferior (RTL), incluyendo también roles para el contacto con un caso probable A partir de julio de 2013, la definición revisada del caso de la OMS incluía la importancia de buscar y comprender el papel de los casos asintomáticos y, a partir de junio de 2014, la definición de la OMS indicaba más claramente que un caso confirmado incluía a cualquier persona cuya muestra fuera RT-PCR positiva para MERS-CoV, o que produjera una seroconversión, independientemente de los signos y síntomas clínicos. [28] [30] Aparte de los informes de la OMS y del Ministerio de Salud de la KSA, los casos asintomáticos o subclínicos de infección por MERS-CoV se documentaron en la literatura científica, aunque no siempre tan a menudo como ocurrió a principios de [31, 32]. La definición del caso de la KSA se hizo más estricta el 13 de mayo de 2014, basándose en la presencia de ambas características clínicas y confirmación de laboratorio [33]. Las pruebas de personas asintomáticas fueron recomendadas a partir de diciembre de 2014 [34], reforzadas por una definición de caso publicada por el Ministerio de Salud de la KSA en junio de 2015 [35]. La KSA ha sido la fuente del 79 % de los casos humanos. El MERS severo es notable por su impacto entre los hombres mayores con enfermedades comorbidas, incluyendo diabetes mellitus, cirrosis y diversas afecciones pulmonares, renales y cardíacas [36] [38]. Interesantemente en junio de 2015, un brote en Corea del Sur siguió una distribución similar [39, 40]. Entre los casos confirmados en laboratorio, los signos y síntomas de fiebre, tos y tracto respiratorio superior (URT) generalmente ocurren primero, seguidos en una semana por trastornos progresivos de TL y linfopenia [37]. Los pacientes a menudo se presentan a un hospital con neumonía o peor, y se han notificado infecciones Según se informa, el MERS ha matado aproximadamente el 35 % de todos los casos notificados, el 42 % de los casos en la KSA, pero sólo el 19 % de los casos en Corea del Sur, donde la mortalidad osciló entre el 7 % entre los grupos de edad más jóvenes y el 40 % entre los de 60 años o más [42] ; todos pueden ser valores inflados con infecciones asintomáticas o leves a veces no buscadas o no reportadas [34]. La atención de apoyo general es clave para tratar los casos graves [43]. Rara vez se informa que los niños menores de 14 años son positivos para la MERS-CoV, que comprende sólo el 1,1% (n = 16) del total de casos notificados. Entre el 1 de septiembre de 2012 y el 2 de diciembre de 2013, un estudio describió el recuento de casos pediátricos en la KSA, que se situaba en 11 (dos a 16 En Amman (Jordania), se probaron 1.005 muestras de niños hospitalizados menores de dos años con fiebre y/o signos y síntomas respiratorios, pero ninguna fue positiva para ARN MERS-CoV, a pesar de haber sido recolectadas en un momento similar al primer brote conocido de MERS-CoV en la ciudad vecina de Al-Zarqa [45]. Un segundo trimestre de mortinato ocurrió en una mujer embarazada durante una enfermedad respiratoria aguda y aunque no fue RT-rtPCR positivo, la madre desarrolló posteriormente anticuerpos contra MERS-CoV, sugestivos de infección reciente [46]. Su historia de exposición a un pariente positivo de MERS-CoV RT-rtPCR y un esposo anticuerpo reactivo, su período de incubación y su historia sintomática cumplieron los criterios de la OMS para ser un probable caso de MERS-CoV [46]. Los métodos de diagnóstico se publicaron dentro de los días del correo electrónico ProMED anunciando el primer caso MERS [47], incluyendo varios ensayos RT-rtPCR (Fig. 2 ) y cultivo de virus en células Vero y LLC-MK2 [18, 47, 48]. Un adenocarcinoma colorrectal (Caco-2 ) línea celular epitelial ha sido recomendado desde entonces para el aislamiento de infecciones MERS-CoV [49]. Anteriormente [18].. Los marcos de lectura abiertos se indican como rectángulos amarillos entre corchetes por regiones terminales no traducidas (UTR; rectángulos grises ). FS-frame-shift. Las regiones predictas que abarcan puntos de ruptura de recombinación se indican por píldoras naranjas. Creado utilizando Geneious v8.1 [211] y anotado usando Adobe Illustrator. Bajo este esquema se muestra la ubicación de los imprimadores RT-PCR (las flechas azules indican la dirección) y oligoprobes (rectángulos verdes) utilizados en los primeros ensayos de cribado RT-rtPCR y en los convencionales, seminés (tres imprimaciones) RT-PCR confirmatorios de secuenciación [47, 48]. El orden de publicación se observa por primera [27 de septiembre de 2012; rojo] y segundo [6 de diciembre de 2012; naranja] rectángulos de color; ambos de Corman y otros [47, 48] Los ensayos recomendados por la OMS se destacan debajo por puntos amarillos [53]. El imprimador reverso NSeq ha contenido consistentemente una secuencia incompatibilidad con algunas variantes de MERS-CoV. Una versión alterada de la de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio del Oriente Medio: Una Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con el permiso de Elsevier [5] revisó el amplio tropismo de MERS-CoV [5]. Sin embargo, como se describe bien, el cultivo celular es un método lento, especializado e insensible [50] mientras que las técnicas basadas en PCR son el método preferido para la detección de MERS-CoV. Los primeros marcos de lectura abiertos (ORF 1a y 1b; Fig. 2) se han convertido en un objetivo diagnóstico clave y taxonómico para la identificación de especies CoV. Con menos del 80 % de identidad entre la secuencia de aminoácidos de MERS ORF 1ab y parientes del betacoronavirus, Tylonycteris Bat HKU4 y Pipistrellus Bat HKU5, se puede concluir que es un virus novedoso y distinto. Las proteínas estructurales incluyen el pico (S), la envoltura (E), la membrana (M) y el nucleocápsido (N) [52]. Se prevé que los productos de ORF1a y ORF1b codificarán proteínas no estructurales. La mayoría de los ensayos de muestras realizados hasta la fecha han empleado ensayos RT-rtPCR validados que han demostrado ser sensibles y específicos [47, 48, 53]. El kit de RealStar® utiliza estos ensayos recomendados por la OMS [54]. Las secuencias objetivo de estos ensayos de cribado no han cambiado entre los genomas examinados hasta al menos mediados de 2015 (observación IMM). Otros ensayos RT-rtPCR han sido desarrollados y validados para su uso como herramientas de diagnóstico basadas en laboratorio [55] [56]. Además, los ensayos isotérmicos [58, 59] o recombinasa polimerasa [60] La detección del antígeno MERS-CoV no ha sido común hasta la fecha, pero la combinación de corto tiempo de retorno de la prueba al resultado, alto rendimiento e identificación de proteínas virales hace que esta opción sea atractiva. La detección de proteínas virales en lugar de ARN viral indica la probable presencia de virus infecciosos. La primera herramienta inmunocromatográfica rápida descrita podría detectar proteína nucleocápsida MERS-CoV recombinante de hisopos nasales DC con sensibilidad al 94 % y especificidad al 100 % en comparación con RT-rtPCR [61]. Un enfoque diferente utilizó una captura basada en anticuerpos monoclonales ELISA dirigida a la proteína nucleocápsida MERS-CoV con una sensibilidad de 10 3 CCID 50 y especificidad al 100 % [62]. La demostración de una seroconversión a una infección por MERS-CoV cumple con la definición actual de la OMS de un caso tan optimizado y ampliamente validado que los seroensayos empleados junto con buenas historias clínicas son útiles para identificar la infección por MERS-CoV y ayudar a apoyar estudios de transmisión. Debido a que las pruebas serológicas son, por su naturaleza, retrospectivas, es habitual detectar una huella viral, en forma de anticuerpos, en ausencia de signos o síntomas de enfermedad y a menudo en ausencia de ARN viral [63]. Las seroencuestas estratégicas y generalizadas de seres humanos que utilizan muestras recogidas después de 2012 son infrecuentes. Gran parte de la Península Arábiga y todo el Cuerno de África carecen de datos de referencia que describan la proporción de la comunidad que puede haber sido infectada por un MERS-CoV. Sin embargo, las seroencuestas han tenido un uso Debido a la identidad compartida entre DC y el MERS-CoV humano (ver epidemiología molecular: utilizando genomas para entender brotes), los ensayos serológicos para las seroencuestas de DC deben ser transferibles al cribado humano con una reconfiguración mínima. Además, no se ha encontrado ninguna variación diagnóstica relevante en la actividad de neutralización entre una gama de aislados y seras testados de MERS-CoV circulantes, por lo que los seroensayos de virus enteros o específicos basados en proteínas deben funcionar de manera equivalente en la detección de respuestas serológicas al serotipo único de MERS-CoV [49]. El desarrollo de ensayos serológicos robustos requiere paneles confiables de sueros animales o humanos bien caracterizados, incluidos los positivos para anticuerpos específicos del MERS-CoV, así como para fuentes probables de reacción cruzada [64]. La obtención de estos materiales fue problemática y enlenteció el desarrollo y comercialización de ensayos de detección de anticuerpos para ensayos humanos [64]. Se han liberado varios kits comerciales de ELISA, kits de ensayos inmunofluorescentes (IFA), proteínas recombinantes y anticuerpos monoclonales [31, [65] [66] [68]. Inicialmente, se utilizaron IFAs convencionales para seroencuestas humanas. Estos se basaron en el cultivo celular infectado por MERS-CoV como fuente de antígeno, detectando la presencia de anticuerpos humanos anti-MERS-CoV IgG, IgM o neutralizantes en muestras humanas [18, 48, 69]. No se encontró ningún signo de anticuerpos MERS-CoV entre 2.400 sueros de pacientes que visitaron el Hospital de Jeddah, desde 2010 hasta 2012, antes de la descripción de MERS-CoV [18]. Los métodos IFA tampoco detectaron ningún signo de infección previa por MERS-CoV entre una pequeña muestra de 130 donantes de sangre sanos de otro hospital de Jeddah (recogida entre enero y diciembre de 2012) [70]. De 226 trabajadores del matadero, sólo ocho (3,5%) fueron positivos por IFA, y los sueros no pudieron ser confirmados por la prueba de neutralización del virus (NT). El estudio indicó que HCoV-HKU1 era una fuente probable de antígenos de reacción cruzada en todo el virus IFA [70]. El virus completo MERS-CoV IFA también sufrió alguna reactividad cruzada con el SRAS convaleciente sera y esto no pudo resolverse mediante una prueba de NT que también fue reactiva [71]. La IFA utilizando proteínas recombinantes en lugar del virus entero IFA, ha demostrado ser una herramienta más específica [31]. Dado que se han postulado zoonosis asintomáticas [72], la ausencia de anticuerpos contra el MERS-CoV entre algunos humanos que tienen contacto regular y estrecho con camellos puede reflejar la rareza de animales infectados activamente en carnicerías, un riesgo de transmisión limitado asociado con DCs de sacrificio [70], un estado inmune cruzado de protección preexistente o algún otro factor(s) que resulta en un bajo riesgo de enfermedad y seroconversión concurrente que se desarrolla después de la exposición en este grupo. IFA usando proteínas recombinantes en su lugar. Algunos seroensayos han pasado por alto los riesgos de trabajar con virus infecciosos al crear células transfectadas que expresan porciones recombinantes de las proteínas nucleocápsidas y punzantes del MERS-CoV [48, 73], o utilizando un lentivirus recombinante que expresa la proteína de pico del MERS-CoV Un ensayo de pseudoneutralización de partículas (ppNT) ha sido ampliamente utilizado en estudios en animales y fue al menos tan sensible como la prueba tradicional de microneutralización (MNT). [10, 74, [76] [77] [78] ] Los estudios que utilizaron pequeños números de muestra y ppNT no encontraron evidencia de anticuerpos neutralizantes MERS-CoV en sueros de 158 niños con infecciones de LRT entre mayo de 2010 y mayo de 2011, 110 sera de 19 a 52 años de edad donantes de sangre masculina y 300 trabajadores autoidentificados de animales de la Región Jazan de la KSA durante 2012 [79, 80]. Del mismo modo, un estudio de cuatro pastores en contacto con una manada infectada de DC en Al-Ahsa, ocho personas que tenían contacto intermitente con la manada, 30 veterinarios y personal de apoyo que no estaban expuestos a la manada, tres trabajadores de mataderos no protegidos en Al-Ahsa y 146 controles que no estaban expuestos a DC en ningún rol profesional, no encontró ninguna evidencia serológica de infección por MERS-CoV en el pasado utilizando el ensayo ppNT [10]. Un retraso en la respuesta de anticuerpos neutralizantes a la infección por MERS-CoV se asoció con un aumento de la gravedad de la enfermedad en los casos de Corea del Sur con la mayoría de las respuestas detectables en la tercera semana de enfermedad, mientras que otros, aunque la enfermedad era grave, no respondieron durante cuatro o más semanas [81]. Las implicaciones para nuestra capacidad de detectar cualquier respuesta en casos leves o asintomáticos no fueron exploradas, pero Un brote jordano de TRT aguda en un hospital en 2012 se encontró retrospectivamente asociado a la infección por MERS-CoV, utilizando inicialmente RT-rtPCR, pero posteriormente, y en una escala mayor, a través de la positividad por ELISA y la prueba IFA o MNT. [46, 82, 83] Este brote fue anterior al primer caso de MERS en la KSA. La ELISA utilizó una proteína nucleocápsida recombinante del grupo 2 betacoronavirus bat-CoV HKU5 para identificar anticuerpos contra la proteína MERS-CoV reactiva equivalente [71]. Se validó utilizando 545 sera recolectada de personas con HCoV-OC43, HCoV-229E, SARS-CoV, HCoV-NL63, HRV, HMPV o influenza A(H1N1), pero fue supuestamente menos específica que la I También se consideró una herramienta aplicable para el cribado de grandes números de muestra [82]. Un microarray de proteína que expresa la subunidad de proteína S1 ha sido validado y ampliamente utilizado para las pruebas de DC [5, 84]. Detección de infección por MERS-CoV usando microarray de proteína ELISA o S1 [84] suele ser seguido por IFA confirmatoria y/ o una neutralización de reducción de placa (PRNT) [69, 70, 85] o MNT test. [74, 85, 86] Este proceso confirmatorio tiene como objetivo asegurar que los anticuerpos detectados sean capaces de neutralizar específicamente el virus previsto y no sean más ampliamente reactivos a otros coronavirus encontrados en DCs (coV bovina, BCoV) o humanos (HCoV-OC43, HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoV-HKU1, SARS En el estudio más grande de sueros humanos, un proceso de diagnóstico escalonado asignó tanto el SERA positivo recombinante como el SERA ELISA recombinante a la seropositividad 'etapa 1'. Un resultado seropositivo en estadio 2 requirió además un resultado PRNT adecuadamente titulado [87]. El estudio encontró que 15 SERA recolectados en 2012 a 2013 de 10.009 (0,2%) personas en 13 provincias KSA contenían anticuerpos MERS-CoV, pero proporciones significativamente mayores en se produjeron en pastores de camellos (dos de 87; 2,3 %) y trabajadores de mataderos (cinco de 140; 3,6 %) [87]. Se necesitan encuestas contemporáneas. MERS-CoV no parece ser fácilmente transmitido de DCs a los seres humanos, o tal vez es [72], pero generalmente no desencadena una respuesta inmune detectable si sólo se producen enfermedades leves o infecciones asintomáticas. Los ensayos serológicos necesitan una validación adicional en esta área, por lo que es necesario tener cuidado al trasladar algoritmos de serología diagnóstica de reciente desarrollo de un entorno de investigación a uno que informe las decisiones de salud pública, lo que se reforzó cuando un caso falso positivo en EE.UU., supuestamente infectado después de un apretón de manos y dos reuniones cara a cara, no resistió más análisis confirmatorios utilizando un ensayo NT más específico y posteriormente se retractó [88, 89]. La OMS recomienda tomar muestras de la TRL para las pruebas RT-rtPCR del MERS-CoV, especialmente cuando la recolección de muestras se retrasa una semana o más después del inicio de los síntomas. [53] Las muestras de TRL también son mejores para intentar aislar el virus infeccioso, aunque el éxito del cultivo se reduce cuando persiste la enfermedad [49]. Los tipos de muestras recomendados incluyen lavado broncoalveolar (BAL), aspirado traqueal/traqueobronquial, líquido pleural y esputo [53, 90]. Las muestras frescas arrojan mejores resultados diagnósticos que el material refrigerado [69] y si es probable que se produzcan retrasos en las pruebas de ≥72 h, las muestras (excepto sangre) deben congelarse a −70°C [90]. Si se dispone de ellas, también se pueden realizar biopsias pulmonares o tejidos de autopsia [53]. Sin embargo, la TRU es un lugar de muestreo menos invasivo y más conveniente, y se recomienda un hisopo orofaríngeo y de garganta o un aspirado/lavado nasofaríngeo cuando se va a realizar el muestreo de TRU [90]. Los sueros emparejados, recogidos de dos a tres semanas de diferencia son preferibles para las pruebas serológicas, mientras que se sugiere que una muestra única sea suficiente si se recogen dos semanas después de la aparición de la enfermedad o un único suero recogido durante los primeros 10-12 días si se realiza RT-rtPCR [53, 90]. Se ha encontrado que la orina y las heces humanas contienen ARN MERS-CoV 12 a 26 días después de la aparición de los síntomas [25, 69, 91] y se enumeran como muestras que deben considerarse [53, 90]. En dos casos que llegaron a los Países Bajos, la orina fue RT-rtPCR negativa pero las heces fueron débilmente positivas y los sueros fueron RT-rtPCR positivos durante cinco días o más [25]. El hallazgo de ARN viral MERS-CoV en el suero proporciona una vía para estudios retrospectivos basados en PCR La ARNemia también puede correlacionarse con la gravedad de la enfermedad; los signos de virus fueron eliminados del suero de un paciente recuperado, pero se mantuvo hasta la muerte de otro [92]. Los casos de sospecha clínica de MERS pueden devolver resultados negativos por RT-rtPCR. Los datos han demostrado que una o más muestras de URT negativas pueden ser contradichas mediante un muestreo adicional de URT o el uso de muestras de LRT, lo que se prefiere [2, 43, 93]. En la LRT se producen cargas virales más altas que en la URT. [22, 69, 88, 94] Esto concuerda con la observación de que la mayoría de los síntomas de la enfermedad se reportan como enfermedad sistémica y LRT [21]. Sin embargo, en ocasiones incluso los especímenes de LRT de los casos de MERS pueden ser inicialmente negativos, sólo para más tarde ser positivos por RT-PCR [95 Esto puede deberse a una mala toma de muestras cuando la tos está ausente o no es productiva o porque la carga viral es baja [95]. A pesar de esto, tanto los mayores estudios de MERS-CoV humanos [32, [96] [97] [98] y los más pequeños [22, 25, 99], utilizan muestras de la URT. Cabe destacar que un estudio reportó una asociación entre cargas más altas en la URT y peores resultados clínicos incluyendo cuidados intensivos y muerte [94]. Al escribir, no existen datos humanos para definir si el virus se replica única o preferentemente en la LRT o URT, o réplicas en otros tejidos humanos in vivo, aunque el ARN MERS-CoV se ha detectado tanto de la URT como de la LRT en un modelo de mono macaco [100].La distribución de DPP4 en las vías respiratorias superiores humanas tampoco está bien descrita. Los estudios individuales de casos humanos reportan largos periodos de eliminación viral, a veces intermitentes y no necesariamente relacionados con la presencia de síntomas de la enfermedad. [25, 69, 99, 101] En un caso, un HCW arroja ARN viral durante 42 días en ausencia de enfermedad [99]. Es un área de alta prioridad para entender mejor si estos casos son capaces de infectar a otros. Más de tres cuartas partes de los casos de MERS arrojan ARN viral en sus muestras de TL (aspirados traqueales y esputo) durante al menos 30 días, mientras que sólo el 30 % de los contactos seguían arrojando ARN en sus muestras de TRU [91, 102]. En el único estudio para examinar el efecto del tipo de muestra en el análisis molecular, se examinaron 64 aspirados nasofaríngeos (ANP; una muestra de TRU), 30 aspirados traqueales, 13 Los aspirados traqueales y el BAL devolvieron los valores de carga viral más altos seguidos por el NPA y el esputo. Como era de esperar, las cargas virales más altas generalmente coincidían con la secuenciación del genoma completo y el éxito del cultivo y, en las pruebas del NPA, estaban significativamente correlacionadas con enfermedades graves y muerte [49, 94, 103]. Este estudio demostró la importancia del muestreo de LRT para la secuenciación del genoma completo. Cuando se probó, las muestras positivas para el MERS-CoV a menudo son negativas para otros patógenos [25, 93, 104]. Sin embargo, muchos estudios no mencionan pruebas adicionales para virus respiratorios humanos endémicos [21, 23, 73, 105]. Cuando se buscan virus, se han incluido el herpesvirus humano (VHH), los rinovirus (VHR), los enterovirus (VVV), el virus sincitial respiratorio (VRS), el virus parainfluenzavirus tipos 1, 2 y 3 (VIP), los virus de la gripe (VFI), los HCoV endémicos, los adenovirus (VCD) metapneumovirus (VPM) y el virus influenza A\H1N1; en ocasiones se han encontrado codetecciones con MERS-CoV [2, 22, 37, 69, 97]. A veces se incluyen pruebas bacterianas (por ejemplo, para Legionella y Pnemocococcus), pero el impacto de la copresencia bacteriana tampoco está claro [22, [104] [105] [106]. Otras pruebas de la muestra de TRL del primer caso del MERS utilizaron IFA para detectar algunos virus (negativos para IFV, PIV, RSV y AdVs) y RT-PCR para otros (negativos para AdV, EV, MPV y HHVs) [18]. RT-PCR también detectó MERS-CoV. La OMS recomienda encarecidamente pruebas para otros patógenos respiratorios [53] pero con esta recomendación a menudo descontada, hay datos limitados para abordar la ocurrencia y el impacto de coinfecciones o diagnósticos virales alternativos entre ambos casos del MERS y sus contactos. Poco se sabe de otras causas de neumonía similar al MERS en el KSA o de la carga general de enfermedad debido a los virus respiratorios clásicos conocidos. Pruebas de peregrinos adultos que realizan el Hajj en 2012 a 2014 no ha detectado ningún MERS-CoV. En 2012, se realizaron pruebas de hisopos nasales de 154 peregrinos recogidos antes de partir hacia el KSA o partir de él [47]. En 2013, las pruebas se ampliaron significativamente con 5.235 hisopos nasofaríngeos de 3.210 peregrinos entrantes y 2.025 hisopos de peregrinos salientes probados [98]. Cabe señalar que la mayoría de los peregrinos llegaron de países libres de MERS. Se tomaron otros 114 hisopos de peregrinos con enfermedad similar a la gripe [96, 107]. En reuniones anteriores del Hajj, se descubrió que los virus de la gripe circulaban ampliamente, mientras que otros virus, a menudo rinovirus, circulaban de manera más selectiva, interpretando que indicaban su importación junto con peregrinos extranjeros [107] [108] [108] Con el tiempo, el aumento de la vacunación contra la gripe se ha acreditado como una disminución de la prevalencia de enfermedades similares a la gripe entre los peregrinos [110] A menudo no se recoge una muestra de TRL para estos estudios [98, 107, 109], por lo que los hallazgos negativos falsos son una posibilidad, aunque poco se sabe sobre el sitio inicial de infección y replicación del MERS-CoV; se puede haber supuesto que fue la TRL porque la enfermedad se notó por primera vez allí, pero la TRL puede ser el lugar de la replicación más temprana. En Jeddah entre marzo y julio de 2014 (en adelante, el brote de Jeddah-2014; Fig. 3 ), hubo un rápido aumento en los casos del MERS, acompañado de un intenso cribado; aproximadamente 5.000 muestras de dentro y alrededor de la región se probaron en un mes, produciendo alrededor de 140 detecciones del MERS-CoV (prevalencia ~3 %) [111]. Entre los 5.065 individuos muestreados y analizados en la KSA entre octubre de 2012 y septiembre de 2013, se realizaron 108 (2,1%) detecciones en una población hospital-céntrica que incluyeron casos hospitalizados (n = 2.908; 57,4 %), sus familias (n = 462; 9,1 %) y HCW asociados (n = 1.695; 33,5 %) [32]. Entre las detecciones, 19 (17,8 %) eran HCW y 10 (9,3 %) eran contactos familiares [32]. La prevalencia del 2-3 % de infecciones activas por MERS-CoV no es diferente a la prevalencia hospitalaria de otras COV humanas. [112] Sin embargo, la proporción de muertes entre los infectados por MERS-CoV es mucho mayor que la conocida por los HCoV NL63, HKU1, 229E u OC43 en otros países, e incluso superior a la de SRAS-CoV; no es un virus que pueda razonablemente ser descrito como una "tormenta en una taza de té". Es la baja tasa de transmisión que ha evitado la propagación mundial, a pesar de muchas "oportunidades". Muy temprano en el brote de MERS, algunos animales fueron altamente considerados como el reservorio o huésped(s) intermedio(s) de MERS-CoV con tres de los cinco primeros casos que tuvieron contacto con DCs [73, 113, 114]. Hoy en día, las infecciones por MERS-CoV animales deben ser reportadas a la organización mundial para la salud animal como una enfermedad emergente [115]. Un resumen de los primeros casos de MERS reportados por la OMS definió el contacto animal con humanos como directo y dentro de los 10 días previos al inicio de los síntomas [20]. Esta definición no permitió específicamente la adquisición de DCs a través de una vía basada en gotitas, que es muy probable que sea la vía de adquisición de un virus que inicialmente y predominantemente causa enfermedad respiratoria [23]. Se sabe que los camellos producen altos niveles de ARN MERS-CoV en su URT y pulmones [116]. Proporcionando apoyo para una vía de transmisión de gotitas y tal vez indicando la presencia de ARN en núcleos más pequeños y secos de gotitas, se identificó ARN MERS-CoV en una muestra de aire de alto volumen recogida de un granero que alberga un DC infectado [117]. La fuente precisa de la que los humanos adquieren MERS-CoV sigue siendo poco estudiada pero parece probable Estos factores pueden resultar importantes para los casos humanos que no describen ningún contacto DC [119] ni ningún contacto con un caso confirmado. Si la definición de contacto con animales de la OMS es suficiente para identificar la exposición a este virus respiratorio no está clara. La formulación se centra en el consumo de productos DC, pero no atribuye específicamente el riesgo a una vía de gotitas para la adquisición de MERS-CoV desde DC [120]. Algunos pacientes MERS se enumeran en los avisos de enfermedad de la OMS como próximos a los DCs o granjas, pero los individuos no han descrito entrar en contacto con los animales. No se reporta ninguna vía alternativa para adquirir infección en muchos de estos casos. Lo que constituye una definición de "contacto" durante estas entrevistas se ha definido para un estudio [72]. A pesar de esta falta de claridad, la OMS considera que la evidencia que vincula la transmisión de MERS-CoV entre DCs a humanos es irrefu La posibilidad de que los murciélagos fueran un huésped animal de MERS-CoV fue ampliamente discutida inicialmente debido a la diversidad existente de coronavirus conocidos por residir entre ellos [121] [122] [123]. Evidencia concluyente que apoya a los murciélagos como fuente de infecciones humanas por MERS-CoV todavía no se ha encontrado, pero los murciélagos parecen albergar a los representantes ancestrales [53, 125]. Sin embargo, estas no son variantes del mismo virus ni siempre dentro del mismo linaje filogenético que MERS-CoV; cada uno son un virus genéticamente distinto. La infección de murciélago a humano por MERS-CoV es un evento puramente especulativo. La única pieza de evidencia específica del MERS-CoV que apunta a los murciélagos se origina en la amplificación de un fragmento de 190 nt del gen ARN dependiente de la polimerasa del genoma del MERS-CoV, identificado en un pellet fecal de un murciélago insectívoro Emballonuridae, Taphozous perforatus encontrado en Bisha, el KSA [121]. Aunque muy corta, la secuencia del fragmento lo definió como un descubrimiento diagnóstico. Posteriormente se informó de un enlace a los DC [85] y ese enlace ha madurado en una asociación verificada [38, 126] (Fig. 4). (Véase la figura en la página anterior.) Fig. 3 Detecciones mensuales de MERS-CoV (barras azules) y de casos que murieron (barras rojas) con algunas fechas de interés marcadas para 2012 al 4 de septiembre de 2015. Se indica una aproximación de cuando la estación de parto DC [128] y cuando los DC recién nacidos son destetados. La primavera (verde) y el verano (naranja) en la Península Arábiga también están sombreados. Tenga en cuenta la escala del eje y de la izquierda para 2014 y 2015 que es mayor que para 2012/13. Fuentes de estos datos públicos incluyen la OMS, Ministerios de Salud y FluTrackers [207] [209] [209]. Versiones anteriores y posteriores de este gráfico se mantienen en un blog personal [210]. Modificado y reimpreso de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio de Oriente Medio: Una infección por coronavirus emergente rastreada por la multitud. Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con permiso de Elsevier [5] Los DCs, que constituyen el 95 % de todos los camellos, tienen una presencia central en la El contacto puede ser común y puede ocurrir de diversas maneras (Fig. 4a). Hay varios grandes festivales, razas, ventas y desfiles bien atendidos que cuentan con DCs y DCs también son mantenidos y criados cerca de áreas pobladas en el KSA [127, 128]. La leche y la carne DC son ampliamente consumidas y el DC más viejo es un animal de importancia ritual después de la peregrinación del Hajj [129]. Sin embargo, la frecuencia de infección del MERS-CoV es mucho menor que el hábito generalizado y frecuente de comer, beber y preparar productos DC. La ingestión diaria de leche DC fresca no pasteurizada es común entre los beduinos del desierto y muchos otros en el KSA. La orina DC también se consume o se utiliza para supuestos beneficios para la salud. A pesar de que la carnicería de camellos es una ocupación local, ni los carniceros ni otros grupos en riesgo son identificables entre los casos de MERS; esto puede ser simplemente un problema de información en lugar de una ausencia inexplicable de MERS. Un pequeño estudio de casos y controles publicado en 2015 identificó el contacto directo con la DC, y no la ingestión de productos, para estar asociado con la aparición de MERS [38]. La primera investigación sero-encuesta de ganado que vive en la región de Oriente Medio se llevó a cabo durante 2012-2013 [85]. Los DCs fueron muestreados a partir de una manada de canarios nacidos principalmente y de DCs omaníes (originalmente importados del Cuerno de África) [85]. b Las infecciones de camello a humano parecen ser poco frecuentes, mientras que la propagación de la infección de ser humano a ser humano se ve facilitada regularmente por una CIP deficiente en los entornos de salud donde se amplifica la transmisión, lo que explica la mayor parte de los casos. Hay casos de MERS humanos que no entran en ninguna de las categorías de origen y no está claro si estas infecciones adquiridas a través de alguna vía totalmente separada, o de casos que escaparon al diagnóstico. c Las formas hipotéticas en las que la subclínica (cuando la infección puede no alcanzar un umbral clínico previamente definido de signos y/o síntomas) o asintomáticas (sin signos obvios ni medidos, observados o recordados de enfermedad) la infección por MERS-CoV puede estar implicada en la transmisión DC sera podría neutralizar MERS-CoV mientras que todas las seras DC de Omán tenían niveles elevados de anticuerpos neutralizantes específicos de MERS- Desde este estudio, una serie de informes revisados por pares han analizado tanto a los DCs como a otros animales, y la posibilidad de que puedan albergar la infección por MERS-CoV. Se han encontrado DCs seropositivos en toda la Península Arábiga, incluyendo Omán, la KSA, Qatar, Jordania, los Emiratos Árabes Unidos (EAU), Kuwait así como Sudán, Somalia, Egipto, Túnez, Nigeria, Kenia y Etiopía en África y las Islas Canarias [85, [130] [133] [133] [134]. Otros animales probados incluyen ovejas, vacas, cerdos, caballos, burros, mulas, aves, búfalos acuáticos, cabras, camellos bactrianos, llamas y guanacos (camélidos suramericanos) pero ninguno tenía anticuerpos neutralizantes detectables contra MERS-CoV [4, 74, 78, 85, 86, 135, 136]. No se han notificado hasta la fecha estudios de virología o serología de muestras humanas procedentes de zonas de África donde hay camellos con antecedentes de MERS-CoV. Sin embargo, la ausencia de neumonía inexplicable que pueda atribuirse a la infección por MERS-CoV puede no indicar la ausencia de virus entre los seres humanos en cada país, sino simplemente reflejar la falta de costosos estudios de epidemiología realizados por países pobres en recursos. Por lo tanto, no está claro si el MERS-CoV, o una CoV relacionada con antígenos, es un patógeno no reconocido en estas regiones, quizás circulando durante más tiempo del que se ha conocido en la Península Arábiga [133]. El ARN del MERS-CoV también se ha detectado en muestras de DC, y también se ha logrado la recuperación del virus infeccioso a partir de muestras de DC [4, 77, 117, 132, [137] [139] De algunos de ellos, se han secuenciado genomas completos o mayoritarios de MERS-CoV [77, 137, 138]. Las versiones DC de MERS-CoV fueron tan similares entre sí, como las variantes detectadas de diferentes seres humanos a lo largo del tiempo y a lo largo de la distancia. Los ensayos de detección de anticuerpos anticuerpos también han detectado anticuerpos cruzados en sera. Estos se identificaron como tales mediante la detección de sera contra virus similares, por ejemplo BCoV o HCoV-OC43 (como facsímil antigénico para BCoV). Es posible que otros virus similares a MERS-CoV también residan dentro de los DCs, pero esto no menoscaba el hallazgo definitivo de secuencias genéticas de MERS-CoV tanto en DCs como en humanos [117, 142, 143]. Los estudios de detección han demostrado que los DC juveniles son más a menudo positivos para el virus o el ARN viral, mientras que los DC mayores son más propensos a ser seropositivos y ARN o virus negativos [76, 77, 144]. En los DC adultos, se ha detectado ARN MERS-CoV entre animales con anticuerpos preexistentes, lo que sugiere que es posible la reinfección [77, 144]. Las cargas virales entre DC positivos pueden ser muy altas [4, 76, 77, 139, 144] y DCs se han encontrado positivos tanto cuando están enfermos con signos respiratorios de TRU [77, 117, 142, 145] o cuando aparentemente sanos [137]. Estos hallazgos indican que los DCs hospedan infecciones naturales MERS-CoV. Además, los sera DC almacenados han revelado signos de MERS-CoV en DCs que datan de hace más de tres décadas (los más tempranos Los sera más viejos no han sido probados y, por lo tanto, cuánto tiempo los DC han sido afectados por MERS-CoV, si el virus es enzoótico entre ellos, introducidos hace décadas o siglos de murciélagos en África o la Península Arábiga, o son objeto de incursiones virales regulares pero de corta duración de un huésped aún desconocido, no pueden ser respondidos. Los investigadores buscaron determinar una dirección para la infección; estaban los DC transmitiendo virus a los seres humanos o estaban los humanos infectando DC? En un sitio de Qatar, un propietario de una granja y su empleado se enfermaron a mediados de octubre de 2013 y dieron positivo para el ARN MERS-CoV en una muestra de esputo y hisopos de garganta, respectivamente. RT-rtPCRs encontró MERS-CoV ARN en 11 de 14 hisobas nasales de DC positivas en la granja; seis (43 %) positivos Los resultados indicaron que se había producido un brote reciente en este rebaño; la primera indicación de ARN MERS-CoV encontrado en DCs con una asociación temporal a infecciones humanas; tres muestras de DC positivas fueron confirmadas por secuenciación de una porción de 358 nt del gen de la espiga; estas secuencias eran idénticas unas a otras, de nuevo con homología cercana a otras secuencias humanas y DC MERS-CoV [138]. Los DCs y contactos humanos produjeron secuencias ORF1a y ORF4b que diferían por un solo nucleótido cada una, agrupando estrechamente con la variante Hafr-Al-Batin_1_2013 [138]. Estudios de casos posteriores encontraron evidencia de una infección humana y DC concurrente y la dirección de esa infección fue inferida a partir de los DCs enfermos y a sus propietarios humanos [117, 142, 146]. Las secuencias del genoma parcial indicaron que un humano y un DC positivo de la RT-RTPCR del MERS-CoV habían sido infectados por una variante del mismo virus, albergando el mismo patrón distinto de polimorfismos de nucleótidos. [142] Todos los nueve DC en la manada del propietario, muestreados en serie, reaccionaron en un antígeno S1 recombinante ELISA, con los dos animales que habían sido positivos de la RT-rtPCR mostrando un pequeño aumento verificable del título de anticuerpos [142]. Un aumento del título teóricamente comienza 10 a 21 días después de la infección de la DC [142]. Los autores sugirieron que el aumento del título en la suera de la DC que ocurrió junto con una disminución de la carga de ARN, mientras que el paciente estaba activamente enfermo y hospitalizado, indicó que los DC fueron infectados primero seguidos por el propietario [117, 142]. Los anticuerpos BCoV también estuvieron presentes, y aumentaron en uno de los dos animales positivos RT-rtPCR, pero ninguno de ellos pudo neutralizar la infección BCoV [142]. La temporada de parto en camellos se produce en los meses de invierno (entre finales de octubre y finales de febrero; Fig. 3 ) y este puede ser un momento en el que existe un mayor riesgo para los seres humanos de derrames debido a nuevas infecciones entre las poblaciones de DC ingenuas [128]. ¿Qué papel podría desempeñar el anticuerpo de camello materna en el retraso de la infección de terneros sigue siendo desconocido [128, 142]. Los DC juveniles parecen tener una infección activa con más frecuencia que los DC adultos y, por lo tanto, el sacrificio de los DC, que debe ser de cinco años de edad o más (llamados a thane), puede no ir acompañado de un riesgo significativo de exposición a la infección. A diferencia de los resultados anteriores, los trabajadores de los mataderos que matan tanto a los DC más jóvenes como a los más viejos, pueden ser un grupo ocupacional con una incidencia significativamente mayor de seropositividad a la MERS-CoV cuando los animales tienen infecciones activas por MERS-CoV [129, 139, [147] [148] [149]. Las investigaciones virológicas ampliadas de los DC africanos pueden dar lugar a animales más seropositivos y zonas geográficas en las que los seres humanos pueden estar en riesgo. Es posible que haya zonas en las que los seres humanos ya albergan infecciones por MERS-CoV que no se han identificado debido a la ausencia de vigilancia de laboratorio. Las investigaciones virológicas de los murciélagos pueden dar lugar a hallazgos de virus ancestrales y "eslabones de pérdida viral" e identificar cualquier otra fuente animal de propagación zoonótica es importante para informar opciones para reducir la exposición humana [56, El MERS-CoV infeccioso añadido a la leche de CC, cabra o vaca y almacenado a 4 °C podría recuperarse al menos 72 h más tarde y, si se almacena a 22 °C, la recuperación fue posible hasta 48 h [150]. El título de MERS-CoV disminuyó un poco cuando se recuperó de la leche a 22 °C, pero la pasteurización completamente ablada Infectividad MERS-CoV [150]. En un estudio posterior, se identificó ARN MERS-CoV en la leche, secreción nasal y heces de DCs de Qatar [151]. Un estudio único ha examinado la capacidad de MERS-CoV para sobrevivir en el medio ambiente [150]. Las superficies plásticas o de acero fueron inoculadas con 10 6 TCID 50 de MERS-CoV a diferente temperatura y humedad relativa (RH) y se A alta temperatura ambiente (30°C) y a baja RH (30 %) MERS-CoV permaneció viable durante 24 h [150]. En comparación, un virus respiratorio bien conocido y eficientemente transmitido, el virus influenza A, no pudo recuperarse en cultivo más allá de cuatro horas bajo ninguna condición [150]. Los experimentos de Aerosol encontraron que la viabilidad del MERS-CoV sólo disminuyó un 7 % a baja RH a 20°C. En comparación, el virus influenza A disminuyó un 95 % [150]. La supervivencia del MERS-CoV es inferior a la demostrada previamente para el SARS-CoV [152]. En el contexto, las bacterias patógenas pueden permanecer viables y en el aire durante 45 minutos en un aerosol tosido y pueden propagarse 4 m. La capacidad de MERS-CoV para permanecer viable durante largos períodos de tiempo le da la capacidad de contaminar completamente las superficies de Se desconoce si el MERS-CoV puede permanecer a la deriva e infeccioso durante períodos prolongados (verdaderamente aerotransportado) y si estos hallazgos amplían nuestra comprensión de las posibilidades de que las gotitas transmitan virus respiratorios en muchos entornos, incluyendo salas de espera hospitalarias, departamentos de emergencia, salas de tratamiento, instalaciones de cuidados intensivos abiertos y salas privadas de pacientes. La naturaleza y calidad del intercambio de aire, circulación y filtración son variables importantes en la medición y reducción del riesgo, así como el uso de salas de presión negativa para contener casos conocidos. Se considera que la propagación de la gota entre humanos es el mecanismo de transmisión humana a humana y se hizo hincapié en la necesidad de precauciones de las gotas después del hospital Al-Ahsa, la KSA y los brotes de Corea del Sur [21, 23, 154, 155]. La provisión de pruebas que apoyen la mejor formulación de equipos de protección personal para ser usados por los HCW que reciben, manejan o realizan procedimientos en casos infecciosos sigue siendo una prioridad. MERS-CoV fue encontrado y caracterizado por su aparente asociación con enfermedades graves, y por lo tanto más obvias, en humanos; éramos canarios en la mina de carbón. Seroensayos y estudios prospectivos de cohortes todavía no han determinado hasta qué punto los casos más leves o asintomáticos contribuyen a las cadenas de transmisión de MERS-CoV. Sin embargo, la transmisión de MERS-CoV se define como esporádica (no sostenida), intrafamiliar, a menudo asociada a la atención médica, ineficiente y que requiere contacto cercano y prolongado [22, 31, 63, 93, 97, 102, 156] En un estudio doméstico, 14 de 280 (5 %) contactos de 26 pacientes con índice positivo de MERS-CoV eran ARN o anticuerpos positivos; la tasa de transmisión general, incluso en brotes es de alrededor del 3 % [31]. Parece que la mayoría de los casos humanos de MERS-CoV, incluso cuando los números parecen aumentar repentinamente, no transmiten fácilmente a más de otro humano hasta la fecha, la epidemia localizada de MERS-CoV no ha sido autosostenible [157] [159] [160] [161]. Es decir, el número básico de reproducción (R 0 ) -el número medio de infecciones causadas por un individuo infectado en una población totalmente susceptible ha estado cerca de uno en varios grupos y brotes. Si R 0 era mayor que 1, se esperaría un aumento sostenido en el número de casos. Algunos cálculos de R o pueden verse afectados por el rastreo incompleto de los contactos de casos, pruebas comunitarias limitadas y cómo se define un caso. El MERS ha tenido una presencia constante en la Península Arábiga desde 2012 se debe a los eventos de derrames esporádicos en curso de DCs amplificados por brotes hospitalarios mal controlados. En marcado contraste, una seroencuesta de HCW que a veces estaba en contacto cercano y prolongado con el primer caso fatal de MERS-CoV en 2012 [162], encontró que ninguno de los HCW se había seroconvertido cuatro meses más tarde, a pesar de la ausencia de protección ocular y el cumplimiento variable de los estándares requeridos de EPP [162]. Al principio de la historia del MERS, las muestras para la prueba fueron recolectadas principalmente de pacientes con enfermedad grave y no de aquellos con infecciones respiratorias agudas más leves. Los contactos de los casos confirmados de MERS fueron a menudo observados para enfermedad clínica, pero no probados. Estas omisiones pueden haber confundido nuestra comprensión de la transmisión del MERS-CoV y sesginar los datos tempranos hacia un mayor número de pacientes gravemente enfermos y hospitalizados, inflando la aparente proporción de casos mortales. A medida que cambiaban los paradigmas de las pruebas y se hacían cada vez más pruebas de los contactos, se reconocían infecciones más asintomáticas y leves [163]. Un aumento en los casos llamados asintomáticos (que amplían el denominador para los cálculos de la proporción de casos mortales, definida en [164] ) dio lugar a una disminución en la proporción de casos mortales durante el brote de Yeddah-2014. Históricamente, tales aumentos son consistentes con la modificación de las definiciones y respuestas de laboratorio y el manejo clínico de una infección por virus recién descubierta que se observó por primera vez sólo entre los enfermos graves. Tras el seguimiento, más de tres cuartas partes de esas personas positivas del ARN del MERS-CoV recordaron haber tenido uno o más síntomas en ese momento, a pesar de que se notificó como asintomática [165], planteando alguna pregunta sobre la fiabilidad de otros datos Aproximadamente el 43 % de los casos MERS (549 de 1277) en la KSA fueron mortales entre 2012 y diciembre de 2015, mientras que el 21 % (72 de 330) fallecieron entre los que se produjeron fuera de la KSA. El número total de casos masculinos siempre supera en número a las mujeres y la proporción de muertes masculinas es siempre mayor que la proporción de mujeres que mueren. Sin embargo, la proporción de muertes masculinas de varones totales con MERS es similar a la de las mujeres. En la KSA, hay una mayor proporción de varones más jóvenes entre los casos y muertes que se observaron en los brotes de Corea del Sur o Jeddah-2014 de 2015 (Fichero adicional 2: Figura S2 ). Por qué estos aspectos han diferido pueden deberse a diferencias en el tiempo de presentación y diagnóstico, la naturaleza y calidad de la atención de apoyo, la forma en que una persona se contagió (habita, exposición a una fuente humana o zoonótica, carga viral, vía de infección) o la medida en que las diferentes poblaciones se ven afectadas por enfermedades subyacentes [40]. Como grupo, los HCW representaron el 16 % de los casos de MERS en la KSA y Corea del Sur. Es evidente que la proporción semanal de HCW infectados aumenta junto con cada fuerte aumento en las detecciones generales (Fig. 5). En mayo de 2013, la OMS publicó directrices para IPC durante el cuidado de casos probables o confirmados de infección por MERS-CoV en un entorno sanitario [166]. Estos aumentos en las detecciones de MERS-CoV pueden disminuir la edad media durante cada evento debido a que los HCW son generalmente más jóvenes que los pacientes internados con MERS. Las instalaciones sanitarias han sido un objetivo regular de mejoras sugeridas para mejorar los procedimientos de prevención y control de infecciones (IPC) [115, 118]. La mayor parte del análisis de la genética MERS-CoV se ha realizado utilizando métodos de secuenciación de alto rendimiento o "profundo" para la deducción completa del genoma [167] [168] [169]. MERS-CoV fue el primer sujeto de un uso tan extendido de secuenciación profunda para estudiar un brote viral emergente con alcance global. La técnica puede producir genómica [207] [209]. Las versiones anteriores y posteriores de esta tabla se mantienen en un blog personal [210] cobertura de longitud en un solo experimento con medición altamente repetitiva de cada posición de nucle A pesar de los ensayos publicados al principio, la secuenciación subgenómica, una vez el pilar de los estudios de brotes virales, se ha publicado con menos frecuencia durante la caracterización de MERS-CoV [48]. A medida que se han caracterizado más genomas tanto de humanos como de DC, se han hecho evidentes dos clados; A y B (Fig. 6). Clade A contiene sólo genomas de MERS-CoV derivados del hombre de Jordania, mientras que Clade B comprende la mayoría de genomas humanos y de camellos deducidos hasta ahora [168]. Dos estudios durante 2015, uno mirando a variantes de Jeddah-2014 MERS-CoV y otro mirando a una variante exportada de Corea del Sur a China, ahora han identificado signos de recombinación genética entre variantes de MERS-CoV. Si bien las secuencias del genoma humano y del genoma entero de camello han conservado una identidad de >99 % entre sí, los miembros de linajes genéticamente distintos pueden intercambiar material genético y lo hacen cuando co-ocurren condiciones adecuadas y co-fecciones [170] [171] [172]. La identidad compartida implica que la principal fuente de adquisición humana es el DC, en lugar de otro animal, aunque se necesitan más pruebas de otras especies animales para confirmar esa conclusión. Durante un mes, un virus de DC secuenciado en diferentes ocasiones no cambió en absoluto indicando un grado de estabilidad genómica en su huésped, apoyando que los DC son el anfitrión natural, en lugar de intermedio, del MERS-CoV que conocemos hoy [77]. Hasta la fecha, la recombinación se ha localizado en puntos de ruptura cerca del límite entre las regiones ORF1a y ORF1b, dentro del gen de pico [170] No es inesperado que la recombinación se produzca ya que es bien conocida entre otras CoVs [124] y porque la mayoría de los genomas enteros del MERS-CoV recogidos a partir de muestras de tres años (2012-2015) y de seres humanos, camellos y diferentes países han mostrado una identidad genética cercana entre sí, con una variación sutil suficiente para apoyar investigaciones de brotes mientras se aplique la secuenciación del genoma completo [52, 77, 135, 138, 168, [173] [174] [175]. Los cambios en la secuencia del genoma pueden anunciar alteraciones en la transmisibilidad del virus, replicación, persistencia, letalidad o respuesta a medicamentos futuros. Si tenemos conocimiento previo del impacto de los cambios genéticos debido a estudios de caracterización exhaustivos, podemos establecer una estrecha relación genética entre las secuencias de nucleótidos del MERS-CoV (cargado desde GenBank utilizando los números de adhesión enumerados y Este árbol de unión vecino fue creado en MEGA v6 utilizando una alineación de las secuencias humanas y DCderivadas de MERS-CoV (Genious v8.1 [211] ). Clades se indican junto a barras verticales azules oscuras (Clade A) o pálidos (Clade B). Los iconos de camello denotan genomas de DC. Los brotes sanitarios o comunitarios se encajonan y etiquetan utilizando esquemas previamente descritos [212, 213] monitorean las regiones genómicas y entienden mejor cualquier cambio en la transmisión o patrones de enfermedad a medida que ocurren. Las mutaciones genéticas observadas durante el mayor de los brotes humanos, Jeddah-2014, no impartieron ningún cambio importante replicativo o inmunomodulador cuando se comparan con las variantes virales anteriores in vitro [156, 176]. Sin embargo, entendemos muy poco de los resultados fenotípicos que resultan del cambio genético sutil en Hasta la fecha no se ha informado de ninguna relevancia clínica ni de cambios in vivo evidentes en la replicación, eliminación o transmisión vírica, o se ha atribuido a mutaciones o a nuevos virus recombinantes [156]. Pero se necesitan vigilancia y estudios más grandes, contemporáneos e in vivo. La secuencia genomática localizada a un clado distinto se identificó a partir de un DC egipcio que probablemente fue importado de Sudán. Esto no encaja en ninguno de los clados actuales [125, 168, 177]. Un virus secuenciado a partir de un murciélago Neoromicia capensis estaba más estrechamente relacionado con el MERS-CoV que otras grandes secuencias derivadas de murciélagos habían estado hasta ese punto, pero el genoma de una variante de un MERS-CoV aún no se ha descubierto y deducido de cualquier murciélago [125]. Los análisis de genomas del MERS-CoV han demostrado que la mayoría de las diferencias nucleó 2), que codifica la proteína de pico y proteínas accesorias [168]. Al menos nueve genomas del MERS-CoV contenían sustituciones de aminoácidos en el dominio de unión a los receptores (RBD) de la proteína de pico y los codones 158 (región N-terminal), 460 (RBD), 1020 (en la repetición de heptad 1), 1202 y 1208 investigación de osos como marcadores de cambio adaptativo [140, 169]. La proteína de pico no había cambiado en el genoma recombinante del MERS-CoV identificado en China en 2015, pero se informó que había variado a un ritmo superior al de genomas completos del MERS-CoV, entre variantes surcoreanas [172, 178]. Esto destaca que las regiones subgenómicas pueden no siempre contener suficiente diversidad genética para ser útiles para diferenciar variantes virales. A pesar de esto, un ensayo que amplificaba un fragmento de nucleótido 615 del gen de dominio S2 de pico para la secuenciación de Sanger coincidió con los resultados generados por la secuenciación de algunos genomas completos y fue útil para definir grupos de secuencias adicionales [177]. La secuencia genómica también se puede utilizar para definir los límites geográficos de un cúmulo o brote y monitorear su progreso, basado en la similitud de las variantes encontradas entre humanos y animales infectados cuando ocurren juntos, o entre diferentes sitios y tiempos (Fig. 6 ) [169]. Este enfoque se utilizó al definir el brote de hospital MERS con limitaciones geográficas en Al-Ahsa, que ocurrió entre el 1 de abril y el 23 de mayo de 2013, así como los cúmulos en Buraidah y un brote comunitario en Hafr Al-Batin, el KSA. La secuenciación genómica identificó que aproximadamente 12 detecciones de MERS-CoV de un brote comunitario en Hafr Al-Batin entre junio y agosto de 2013 pudieron haber sido desencadenadas por un caso índice que se infectó a través del contacto DC [175]. La secuenciación de genomas de MERS-CoV del brote hospitalario de Al-Ahsa de 2013 indicó que múltiples variantes virales contribuyeron a los casos, pero que la mayoría fueron lo suficientemente similares entre sí como para ser consistentes con la transmisión humano-humana. La epidemiología molecular ha revelado enlaces ocultos en cadenas de transmisión que abarcan un período de hasta cinco meses [179]. Sin embargo, la mayoría de los brotes no han continuado durante más de dos a tres meses y por lo tanto las oportunidades para que el virus se adapte más a los seres humanos a través de la coinfección y el tránsito en serie sostenido han sido raras [169]. En Riad-2014, la evidencia genética apoyaba la probabilidad de múltiples introducciones externas de virus, implicando una gama de instalaciones de salud en un caso que de otro modo parecía contiguo [23, 168, 179]. Riad es un nexo para el viaje de camellos y humanos y ha tenido más casos MERS que cualquier otra región de la KSA hasta la fecha, pero también alberga una amplia gama de variantes MERS-CoV [128, 167, 179]. Sin embargo, el brote surcoreano se originó de una sola persona infectada, resultando en tres a cuatro generaciones de casos [180, 181]. Estudios de esta variante viral aparentemente recombinante no encontraron un aumento de la tasa evolutiva y ningún signo de adaptación al virus, por lo que el brote parece haber sido impulsado por circunstancias más que por circunstancias junto con mutación [181]. Para muchos casos MERS detectados fuera de la Península Arábiga, se El rastreo de contacto es esencial para contener la aparición y transmisión de un nuevo virus y hoy en día está apoyado por la epidemiología molecular. Aunque es un proceso costoso y que consume tiempo, el rastreo de contacto puede identificar posibles nuevas infecciones y, a través del monitoreo activo o pasivo, reaccionar más rápidamente si la enfermedad se desarrolla. Los resultados del rastreo de contacto hasta la fecha han encontrado que la transmisión continua entre los seres humanos es un evento poco frecuente. Por ejemplo, hubo 83 contactos, tanto sintomáticos como asintomáticos, de un caso tratado en Alemania que viajó desde los Emiratos Árabes Unidos pero no se encontraron signos de virus o anticuerpos en ninguno de ellos [73]. En un estudio de 123 contactos de un caso tratado en Francia, sólo siete coincidieron con la definición de un posible caso y fueron probados; uno que había compartido una habitación hospitalaria de 20 m2 mientras que en una cama a 1,5 m de distancia del caso índice durante un período prolongado fue positivo [26]. Ninguno de los contactos de los dos primeros casos MERS importados a los EE.UU. en 2014 contenía ninguna huella MERS-CoV [182] y ninguno de los 131 contactos de dos viajeros que regresaron a los Países Bajos desarrolló anticuerpos MERS-CoV o testó ARN positivo [25, 183]. Los análisis de datos públicos revelan muchos casos probables de adquisición nosocomial de infección en la Península Arábiga y estos datos pueden ir acompañados de algunos detalles que señalan el contacto con un caso o instalación conocido. Un ejemplo identificó el papel probable de un paciente con una infección subclínica, presente en un hospital durante su ingreso por otras razones, como el caso índice más probable que desencadena un grupo familiar [93]. El rastreo de contacto fue un factor significativo en la terminación de un brote de 2015 con múltiples hospitales surcoreanos [184]. Estos estudios demuestran la necesidad de encontrar y comprender un papel para los casos leves y asintomáticos, junto con la restricción del contacto cercano o la exposición prolongada de las personas infectadas a otras, especialmente familiares mayores y amigos con enfermedad subyacente (Fig. 4c). El brote asociado al hospital en Jeddah en 2014 fue la acumulación más grande y rápida de las detecciones de MERS-CoV hasta la fecha. El mayor número de detección de MERS-CoV de cualquier mes registrado se produjo en Yeddah en abril. El brote se asoció principalmente (> 60 % de los casos) con la propagación de seres humanos a seres humanos dentro de los entornos hospitalarios y se debió a la falta de prevención y control de las infecciones o a su desorganización [37, 185, 186]. Un aumento de las muertes siguió al rápido aumento del número de casos. En 2015 ocurrieron dos grandes brotes. Corea del Sur fue el lugar del primer brote a gran escala fuera de la Península Arábiga y produjo los primeros casos tanto en Corea del Sur como en China, entre mayo y julio de 2015. Esto fue seguido de cerca por un brote distinto en la provincia de Ar Riyad, en la KSA, que parecía estar bajo control a principios de noviembre. Después de permanecer en Bahréin durante dos semanas, un varón de 68 años (68 M) viajó a Corea del Sur vía Qatar, llegando libre de síntomas el 4 de mayo de 2015 [187]. Desarrolló fiebre, Visitó una clínica como ambulatorio entre los días 12 y 15 de mayo y fue ingresado en el Hospital A el día 15 [188]. Fue dado de alta del Hospital A el día 17 y luego fue ingresado en el servicio de urgencias del Hospital B el día 18. Durante esta segunda estancia, se tomó una muestra de esputo y dio positivo para el MERS-CoV el día 20 [187, 188], desencadenando el traslado al centro de tratamiento de aislamiento designado. Durante un período de 10 días, el caso índice fue visto en tres hospitales diferentes, demostrando una característica clave de "compra hospitalaria" que conformó el brote surcoreano. Aproximadamente 34 personas fueron infectadas durante este tiempo [187]. En total 186 casos fueron generados en este brote, todos vinculados a través de una única cadena de transmisión a 68 M; 37 casos murieron [189]. En Corea del Sur, el sistema nacional de seguro médico prevé una atención médica de costo relativamente bajo, sufragando algunos costos al hacer que los familiares sean responsables de una parte de la administración de los enfermos, lo que a veces los hace permanecer durante largos períodos en las habitaciones que a menudo tienen más de cuatro camas en ellas [24]. Otros factores que se pensaba que habían permitido este brote eran la falta de familiaridad de los médicos locales con MERS, la facilidad con la que el público puede visitar y ser tratado por hospitales terciarios, la costumbre de visitar a amigos y familiares enfermos en hospitales, la naturaleza jerárquica de la sociedad coreana, las salas de emergencia abarrotadas, las medidas deficientes del IPC, la falta de salas de aislamiento de presión negativa y la mala comunicación interhospitalaria de los historiales de enfermedades de los pacientes [24, [190] [191] [192]. Hasta la fecha se han comunicado pocos detalles clínicos sobre estos casos y los detalles sobre la transmisión y el rastreo de los contactos son mínimos. Los hospitales involucrados inicialmente no fueron identificados, la orientación y las acciones gubernamentales produjeron mensajes confusos y hubo una comunicación muy limitada en los primeros tiempos, lo que dio lugar a preocupaciones innecesarias, desconfianza y un impacto económico distinto [191, [196] [197] [198]. Al principio del brote, un viajero infectado, hijo de un caso identificado en Corea del Sur, pasó por Hong Kong en su camino a China, donde estaba ubicado, aislado y atendido en China [91, 199, 200]. No hubo contactos que enfermaran.El brote se puso bajo control a finales de julio/a principios de agosto [201] después de que se emplearan medidas mejoradas del IPC, seguimiento y cuarentena de contactos sólidos, pruebas de laboratorio ampliadas, hospitales fueron mejor asegurados, se envió personal especializado para gestionar los casos Una revisión de los datos públicos mostró que, al igual que en el caso del MERS en la KSA, la edad avanzada y la presencia de enfermedad subyacente se asociaron significativamente con un desenlace fatal en Corea del Sur. [40] Aunque R 0 es <1, los eventos de superdifusión facilitados por circunstancias creadas en entornos de salud y caracterizadas por tamaños de clúster superiores a 150, como este, no son inesperados por la infección por MERS-CoV [204]. La dinámica de un brote depende de la R 0 y de los patrones de eliminación viral de un individuo, el tipo y la frecuencia de contacto, los procedimientos hospitalarios y la estructura y densidad de la población [204]. En la región de Ar Riyad, incluida la capital de Riad, se inició un cúmulo hospitalario dentro de un solo hospital a partir de finales de junio de 2015 [205]. A mediados de septiembre se habían notificado aproximadamente 170 A pesar de la introducción continua y posiblemente estacional del virus en la población humana a través de los DC infectados y tal vez otros animales que aún no se han identificado, la gran mayoría de la transmisión del MERS-CoV se ha producido de seres humanos infectados a no infectados en contacto cercano y prolongado a través de circunstancias creadas por un control deficiente de las infecciones en los entornos de atención de la salud. Este virus oportunista ha tenido su mayor impacto en las personas con enfermedades subyacentes y esas personas vulnerables, que a veces sufren múltiples comorbilidades, se han asociado con mayor frecuencia con los hospitales, creando una tormenta perfecta de exposición, transmisión y mortalidad. No está claro si este grupo se ve afectado de manera única por el MERS-CoV o si otras infecciones respiratorias, incluidas las de los HCoV, producen un impacto igualmente grave. En Corea del Sur, un solo caso importado creó un brote de 185 casos y 36 muertes que tuvieron un impacto desproporcionado en el desempeño económico, el comportamiento de la comunidad y la confianza en el gobierno y el sistema de atención de la salud. La transmisión del hogar de seres humanos a seres humanos se produce, pero también es limitada. Los programas educativos serán herramientas esenciales para combatir la propagación del MERS-CoV tanto dentro de las comunidades urbanas y regionales como para el entorno de atención de la salud. La vigilancia sigue siendo importante para la contención, ya que el MERS-CoV es un virus con una composición genética que se ha observado durante sólo tres años y no es estable. Entre todos los seres humanos que se han notificado que están infectados, casi el 40% han muerto. La secuenciación del genoma completo se ha utilizado extensamente para estudiar el recorrido y la variación del MERS-CoV y aunque sigue siendo una herramienta para expertos, parece ser la mejor herramienta para el trabajo. El MERS y el SRAS tienen algunas similitudes clínicas pero también difieren significativamente [206]. Entre las características definitorias se incluyen el PFC más alto entre los casos del MERS (superior al 50 % en 2013 y actualmente en el 30-40%; muy por encima del 9 % del SRAS) y la asociación más alta entre el MERS mortal y los hombres mayores con comorbilidades subyacentes. Para los virus, el MERS-CoV tiene un tropismo más amplio, crece más rápidamente in vitro, induce más rápidamente cambios citopatógenos, desencadena respuestas transcripcionales distintas, hace uso de un receptor diferente, induce un estado más proinflamatorio y tiene una respuesta antiviral tardía en comparación con el SRAS Parece haber una prevalencia del 2-3 % de MERS-CoV en la KSA con una probabilidad del 5 % de transmisión secundaria dentro del hogar. Hay un mayor riesgo de infección a través de ciertas ocupaciones en ciertos momentos y una probabilidad mucho mayor de propagación a otros seres humanos durante circunstancias creadas por los humanos, lo que impulsa una transmisión más efectiva que cualquier R 0 predeciría sobre el valor facial. Sin embargo, a pesar de las múltiples concentraciones masivas que han proporcionado al virus muchos millones de oportunidades de propagación, no se han reportado brotes de MERS o MERS-CoV durante o inmediatamente después de estos eventos. No hay evidencia de que el MERS-CoV sea un virus de preocupación pandémica. Sin embargo, los entornos hospitalarios continúan describiendo casos y brotes de MERS en la Península Arábiga. Mientras facilitemos la propagación del MERS-CoV entre nuestras poblaciones más vulnerables, el mundo debe permanecer en alerta para los casos que puedan ser exportados con mayor frecuencia cuando un país de acogida con reservorios de camellos infectados está experimentando conglomerados o brotes humanos. El MERS-CoV parece ser un virus enzoótico que infecta a la URT DC con evidencia de recombinación genética reciente. Puede que una vez haya tenido su origen entre los murciélagos, pero falta evidencia y la relevancia de ello para la epidemia actual es académica. Gracias a la acción rápida, las herramientas de diagnóstico molecular sensibles y rápidas necesarias para lograr un objetivo de detección rápido y sensible han sido establecidas y ampliamente disponibles desde que el virus fue reportado en 2012. RT-PCR pruebas de muestras de LRT siguen siendo el estándar de oro para la confirmación del MERS-CoV. Las herramientas serológicas siguen surgiendo pero necesitan una validación adicional utilizando muestras de infecciones leves y asintomáticas y un estudio de cohorte densamente muestreado para seguir los contactos de nuevos casos puede abordar esta necesidad. Del mismo modo, la importante cuestión de si aquellos que eliminan el ARN MERS-CoV durante períodos prolongados son infecciosos mientras aparecen bien, sigue sin respuesta. Incluso no está claro cuántas infecciones 'asintomáticas' se han descrito y reportado correctamente, lo que a su vez plantea preguntas sobre la fiabilidad de la recolección de otros datos clínicos hasta la fecha. Si bien la virología básica del MERS-CoV ha avanzado en el transcurso de los últimos tres años, la comprensión de lo que está sucediendo en, y la interacción entre, camello, medio ambiente y humano todavía está en su infancia.

Aproximadamente, ¿qué porcentaje de los casos de MERS murieron fuera de la KSA?

MERS coronavirus: diagnóstico, epidemiología y transmisiónhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4687373/SHA: f6fcf1a99cbd073c5821d1c4ffa3f2c6daf8ae29Autores: Mackay, Ian M.; Arden, Katherine E.Fecha: 2015-12-22DOI: 10.1186/s12985-015-0439-5Licencia: cc-byAbstract: Los primeros casos conocidos de síndrome respiratorio de Oriente Medio (MERS), asociados con la infección por un nuevo coronavirus (CoV), se produjeron en 2012 en Jordania, pero se informó retrospectivamente.El primer caso que se informó públicamente fue de Jeddah, en el Reino de Arabia Saudita (KSA). Desde entonces, las secuencias de MERS-CoV se han encontrado en un murciélago y en muchos camellos dromedarios (DC). MERS-CoV es enzoótico en toda la Península Arábiga y en partes de África, causando enfermedades leves del tracto respiratorio superior en su reservorio de camellos y infecciones humanas esporádicas, pero relativamente raras. Precisamente cómo el virus transmite a los seres humanos sigue siendo desconocido, pero la exposición estrecha y prolongada parece ser un requisito. El KSA es el punto focal de MERS, con la mayoría de los casos humanos. En los seres humanos, MERS se conoce principalmente como una enfermedad del tracto respiratorio inferior (RTL) que incluye fiebre, tos, dificultades respiratorias y neumonía que puede progresar a síndrome de dificultad respiratoria aguda, fallo multiorgánico y muerte en un 20% a 40% de los infectados. Sin embargo, MERS-CoV también se ha detectado en enfermedades leves y similares a En comparación con el síndrome respiratorio agudo grave (SARS), otra enfermedad zoonótica del coronavirus a veces fatal que ha desaparecido desde entonces, el MERS progresa más rápidamente hacia la insuficiencia respiratoria y la lesión renal aguda (también tiene afinidad por el crecimiento de las células renales en condiciones de laboratorio), es más frecuente en los pacientes con enfermedad subyacente y es más a menudo fatal. La mayoría de los casos humanos de MERS se han relacionado con fallos en la prevención y el control de infecciones (IPC) en los entornos de salud, con aproximadamente el 20% de todas las detecciones de virus notificadas entre los trabajadores de la salud (HCWs) y exposiciones más altas en aquellos con ocupaciones que los ponen en estrecho contacto con camellos. Los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) han estado disponibles casi desde el comienzo de la aparición de MERS. Mientras que la virología básica de MERS-CoV ha avanzado en los últimos tres años, la comprensión de la interacción entre camello, medio ambiente y restos humanos limitados. MATERIAL SUPLEMENTO ELECTRÓNICO: La versión en línea de este artículo (doi:10.1186/s12985-015-0439-5) contiene material suplementario, que está disponible para los usuarios autorizados. Texto: Un correo electrónico del Dr. Ali Mohamed Zaki, un virólogo egipcio que trabaja en el Hospital Dr. Soliman Fakeeh en Jeddah en el Reino de Arabia Saudita (KSA) anunció la primera cultura de un nuevo coronavirus al mundo. El correo electrónico fue publicado en el sitio web de la red de enfermedades emergentes profesionales (ProMED) el 20 de septiembre de 2012 [1] (Fig. 1) y describió el primer caso reportado, un hombre de 60 años de edad de Bisha en la KSA. Esta información llevó al rápido descubrimiento de un segundo caso del virus, esta vez en un paciente enfermo en el Reino Unido, que había sido transferido de Qatar para su atención [2]. El nuevo virus fue inicialmente llamado coronavirus nuevo (nCoV) y subsecuentemente titulado el síndrome de respiración del Oriente Medio coronavirus (MERS-CoV). A partir del 2 de septiembre de 2015, ha habido 1.493 detecciones de ARN viral o anticuerpos específicos del virus en 26 países (Fichero adicional 1: Figura S1) confirmado por la Organización Mundial de la Salud (OMS), con más de un tercio de las personas positivas muriendo (al menos 527, 35 %) [3]. Desde ese primer informe, un lento proceso de descubrimiento durante los siguientes dos o tres años reveló un virus que había infectado más del 90 % de los camellos dromedarios adultos (DC; Camelus dromedario) en la KSA [4], también en los países en desarrollo de toda la Península Arábiga y partes de África que son una fuente de importaciones de DC para la KSA [5]. Hasta la fecha, el MERS-CoV no se ha detectado en los países en desarrollo sometidos a pruebas en zoológicos o rebaños de otras partes del mundo [6] [7] [9]. Ocasionalmente, el virus se transmite de los DC infectados a los seres humanos expuestos. La transmisión posterior a otros seres humanos requiere una exposición relativamente cercana y prolongada [10]. Se patentó el primer aislado viral y se planteó la preocupación de que ello limitaría el acceso tanto al virus como a los diagnósticos virales [11, 12]. Sin embargo, los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) se describieron rápidamente y el virus se puso a disposición de forma gratuita, sujeto a consideraciones rutinarias de bioseguridad [13]. La epidemiología y la investigación posteriores han identificado al receptor celular como exopeptidasa dipeptidil peptidasa 4 (DPP4; también llamada CD26); que el MERS-CoV tiene un amplio tropismo, replicando mejor en algunas líneas celulares y provocando una respuesta más proinflamatoria que el SARS-CoV; está muy extendido en los DC; tiene el potencial de infectar a otros animales y que el MERS mata a su huésped humano con más frecuencia que el SARS (20-40% frente al 9 % para el SARS [14] ) [15] [16] [17] [19]. El MERS-CoV se propaga esporádicamente entre las personas, causando enfermedades más graves entre los adultos mayores, especialmente los varones, con enfermedades preexistentes.La propagación del MERS-CoV entre los seres humanos se ha asociado a menudo con brotes en los hospitales, con alrededor del 20% de todos los casos hasta la fecha en los que han participado trabajadores de la salud (HCWs).Aunque los DC parecen sufrir el equivalente a un "frío común" de la infección por MERS-CoV, en los seres humanos el virus puede ser un patógeno más grave y oportunista asociado con la muerte de hasta el 40% de los casos notificados. Aún no se ha establecido si las infecciones que se cree que se han adquirido de una fuente animal producen un resultado más grave que los que se propagan entre los seres humanos [20]. Los estudios han establecido que el período medio de incubación para el MERS es de cinco a seis días, que van de dos a 16 días, con 13 a 14 días entre el inicio de la enfermedad en una persona y posteriormente se extiende a otra [21] [22] [23]. Entre aquellos con enfermedad progresiva, la mediana de tiempo hasta la muerte es de 11 a 13 días, que van de cinco a 27 días [23, 24]. La fiebre y los síntomas gastrointestinales pueden formar un pródromo, después de lo cual los síntomas disminuyen, sólo para ser seguidos por un síndrome sistémico y respiratorio más grave [25, 26]. La primera definición de caso de la OMS [27] definió los casos probables de MERS basados en la presencia de enfermedad febril, tos y el requisito de hospitalización con sospecha de compromiso del tracto respiratorio inferior (RTL), incluyendo también roles para el contacto con un caso probable A partir de julio de 2013, la definición revisada del caso de la OMS incluía la importancia de buscar y comprender el papel de los casos asintomáticos y, a partir de junio de 2014, la definición de la OMS indicaba más claramente que un caso confirmado incluía a cualquier persona cuya muestra fuera RT-PCR positiva para MERS-CoV, o que produjera una seroconversión, independientemente de los signos y síntomas clínicos. [28] [30] Aparte de los informes de la OMS y del Ministerio de Salud de la KSA, los casos asintomáticos o subclínicos de infección por MERS-CoV se documentaron en la literatura científica, aunque no siempre tan a menudo como ocurrió a principios de [31, 32]. La definición del caso de la KSA se hizo más estricta el 13 de mayo de 2014, basándose en la presencia de ambas características clínicas y confirmación de laboratorio [33]. Las pruebas de personas asintomáticas fueron recomendadas a partir de diciembre de 2014 [34], reforzadas por una definición de caso publicada por el Ministerio de Salud de la KSA en junio de 2015 [35]. La KSA ha sido la fuente del 79 % de los casos humanos. El MERS severo es notable por su impacto entre los hombres mayores con enfermedades comorbidas, incluyendo diabetes mellitus, cirrosis y diversas afecciones pulmonares, renales y cardíacas [36] [38]. Interesantemente en junio de 2015, un brote en Corea del Sur siguió una distribución similar [39, 40]. Entre los casos confirmados en laboratorio, los signos y síntomas de fiebre, tos y tracto respiratorio superior (URT) generalmente ocurren primero, seguidos en una semana por trastornos progresivos de TL y linfopenia [37]. Los pacientes a menudo se presentan a un hospital con neumonía o peor, y se han notificado infecciones Según se informa, el MERS ha matado aproximadamente el 35 % de todos los casos notificados, el 42 % de los casos en la KSA, pero sólo el 19 % de los casos en Corea del Sur, donde la mortalidad osciló entre el 7 % entre los grupos de edad más jóvenes y el 40 % entre los de 60 años o más [42] ; todos pueden ser valores inflados con infecciones asintomáticas o leves a veces no buscadas o no reportadas [34]. La atención de apoyo general es clave para tratar los casos graves [43]. Rara vez se informa que los niños menores de 14 años son positivos para la MERS-CoV, que comprende sólo el 1,1% (n = 16) del total de casos notificados. Entre el 1 de septiembre de 2012 y el 2 de diciembre de 2013, un estudio describió el recuento de casos pediátricos en la KSA, que se situaba en 11 (dos a 16 En Amman (Jordania), se probaron 1.005 muestras de niños hospitalizados menores de dos años con fiebre y/o signos y síntomas respiratorios, pero ninguna fue positiva para ARN MERS-CoV, a pesar de haber sido recolectadas en un momento similar al primer brote conocido de MERS-CoV en la ciudad vecina de Al-Zarqa [45]. Un segundo trimestre de mortinato ocurrió en una mujer embarazada durante una enfermedad respiratoria aguda y aunque no fue RT-rtPCR positivo, la madre desarrolló posteriormente anticuerpos contra MERS-CoV, sugestivos de infección reciente [46]. Su historia de exposición a un pariente positivo de MERS-CoV RT-rtPCR y un esposo anticuerpo reactivo, su período de incubación y su historia sintomática cumplieron los criterios de la OMS para ser un probable caso de MERS-CoV [46]. Los métodos de diagnóstico se publicaron dentro de los días del correo electrónico ProMED anunciando el primer caso MERS [47], incluyendo varios ensayos RT-rtPCR (Fig. 2 ) y cultivo de virus en células Vero y LLC-MK2 [18, 47, 48]. Un adenocarcinoma colorrectal (Caco-2 ) línea celular epitelial ha sido recomendado desde entonces para el aislamiento de infecciones MERS-CoV [49]. Anteriormente [18].. Los marcos de lectura abiertos se indican como rectángulos amarillos entre corchetes por regiones terminales no traducidas (UTR; rectángulos grises ). FS-frame-shift. Las regiones predictas que abarcan puntos de ruptura de recombinación se indican por píldoras naranjas. Creado utilizando Geneious v8.1 [211] y anotado usando Adobe Illustrator. Bajo este esquema se muestra la ubicación de los imprimadores RT-PCR (las flechas azules indican la dirección) y oligoprobes (rectángulos verdes) utilizados en los primeros ensayos de cribado RT-rtPCR y en los convencionales, seminés (tres imprimaciones) RT-PCR confirmatorios de secuenciación [47, 48]. El orden de publicación se observa por primera [27 de septiembre de 2012; rojo] y segundo [6 de diciembre de 2012; naranja] rectángulos de color; ambos de Corman y otros [47, 48] Los ensayos recomendados por la OMS se destacan debajo por puntos amarillos [53]. El imprimador reverso NSeq ha contenido consistentemente una secuencia incompatibilidad con algunas variantes de MERS-CoV. Una versión alterada de la de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio del Oriente Medio: Una Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con el permiso de Elsevier [5] revisó el amplio tropismo de MERS-CoV [5]. Sin embargo, como se describe bien, el cultivo celular es un método lento, especializado e insensible [50] mientras que las técnicas basadas en PCR son el método preferido para la detección de MERS-CoV. Los primeros marcos de lectura abiertos (ORF 1a y 1b; Fig. 2) se han convertido en un objetivo diagnóstico clave y taxonómico para la identificación de especies CoV. Con menos del 80 % de identidad entre la secuencia de aminoácidos de MERS ORF 1ab y parientes del betacoronavirus, Tylonycteris Bat HKU4 y Pipistrellus Bat HKU5, se puede concluir que es un virus novedoso y distinto. Las proteínas estructurales incluyen el pico (S), la envoltura (E), la membrana (M) y el nucleocápsido (N) [52]. Se prevé que los productos de ORF1a y ORF1b codificarán proteínas no estructurales. La mayoría de los ensayos de muestras realizados hasta la fecha han empleado ensayos RT-rtPCR validados que han demostrado ser sensibles y específicos [47, 48, 53]. El kit de RealStar® utiliza estos ensayos recomendados por la OMS [54]. Las secuencias objetivo de estos ensayos de cribado no han cambiado entre los genomas examinados hasta al menos mediados de 2015 (observación IMM). Otros ensayos RT-rtPCR han sido desarrollados y validados para su uso como herramientas de diagnóstico basadas en laboratorio [55] [56]. Además, los ensayos isotérmicos [58, 59] o recombinasa polimerasa [60] La detección del antígeno MERS-CoV no ha sido común hasta la fecha, pero la combinación de corto tiempo de retorno de la prueba al resultado, alto rendimiento e identificación de proteínas virales hace que esta opción sea atractiva. La detección de proteínas virales en lugar de ARN viral indica la probable presencia de virus infecciosos. La primera herramienta inmunocromatográfica rápida descrita podría detectar proteína nucleocápsida MERS-CoV recombinante de hisopos nasales DC con sensibilidad al 94 % y especificidad al 100 % en comparación con RT-rtPCR [61]. Un enfoque diferente utilizó una captura basada en anticuerpos monoclonales ELISA dirigida a la proteína nucleocápsida MERS-CoV con una sensibilidad de 10 3 CCID 50 y especificidad al 100 % [62]. La demostración de una seroconversión a una infección por MERS-CoV cumple con la definición actual de la OMS de un caso tan optimizado y ampliamente validado que los seroensayos empleados junto con buenas historias clínicas son útiles para identificar la infección por MERS-CoV y ayudar a apoyar estudios de transmisión. Debido a que las pruebas serológicas son, por su naturaleza, retrospectivas, es habitual detectar una huella viral, en forma de anticuerpos, en ausencia de signos o síntomas de enfermedad y a menudo en ausencia de ARN viral [63]. Las seroencuestas estratégicas y generalizadas de seres humanos que utilizan muestras recogidas después de 2012 son infrecuentes. Gran parte de la Península Arábiga y todo el Cuerno de África carecen de datos de referencia que describan la proporción de la comunidad que puede haber sido infectada por un MERS-CoV. Sin embargo, las seroencuestas han tenido un uso Debido a la identidad compartida entre DC y el MERS-CoV humano (ver epidemiología molecular: utilizando genomas para entender brotes), los ensayos serológicos para las seroencuestas de DC deben ser transferibles al cribado humano con una reconfiguración mínima. Además, no se ha encontrado ninguna variación diagnóstica relevante en la actividad de neutralización entre una gama de aislados y seras testados de MERS-CoV circulantes, por lo que los seroensayos de virus enteros o específicos basados en proteínas deben funcionar de manera equivalente en la detección de respuestas serológicas al serotipo único de MERS-CoV [49]. El desarrollo de ensayos serológicos robustos requiere paneles confiables de sueros animales o humanos bien caracterizados, incluidos los positivos para anticuerpos específicos del MERS-CoV, así como para fuentes probables de reacción cruzada [64]. La obtención de estos materiales fue problemática y enlenteció el desarrollo y comercialización de ensayos de detección de anticuerpos para ensayos humanos [64]. Se han liberado varios kits comerciales de ELISA, kits de ensayos inmunofluorescentes (IFA), proteínas recombinantes y anticuerpos monoclonales [31, [65] [66] [68]. Inicialmente, se utilizaron IFAs convencionales para seroencuestas humanas. Estos se basaron en el cultivo celular infectado por MERS-CoV como fuente de antígeno, detectando la presencia de anticuerpos humanos anti-MERS-CoV IgG, IgM o neutralizantes en muestras humanas [18, 48, 69]. No se encontró ningún signo de anticuerpos MERS-CoV entre 2.400 sueros de pacientes que visitaron el Hospital de Jeddah, desde 2010 hasta 2012, antes de la descripción de MERS-CoV [18]. Los métodos IFA tampoco detectaron ningún signo de infección previa por MERS-CoV entre una pequeña muestra de 130 donantes de sangre sanos de otro hospital de Jeddah (recogida entre enero y diciembre de 2012) [70]. De 226 trabajadores del matadero, sólo ocho (3,5%) fueron positivos por IFA, y los sueros no pudieron ser confirmados por la prueba de neutralización del virus (NT). El estudio indicó que HCoV-HKU1 era una fuente probable de antígenos de reacción cruzada en todo el virus IFA [70]. El virus completo MERS-CoV IFA también sufrió alguna reactividad cruzada con el SRAS convaleciente sera y esto no pudo resolverse mediante una prueba de NT que también fue reactiva [71]. La IFA utilizando proteínas recombinantes en lugar del virus entero IFA, ha demostrado ser una herramienta más específica [31]. Dado que se han postulado zoonosis asintomáticas [72], la ausencia de anticuerpos contra el MERS-CoV entre algunos humanos que tienen contacto regular y estrecho con camellos puede reflejar la rareza de animales infectados activamente en carnicerías, un riesgo de transmisión limitado asociado con DCs de sacrificio [70], un estado inmune cruzado de protección preexistente o algún otro factor(s) que resulta en un bajo riesgo de enfermedad y seroconversión concurrente que se desarrolla después de la exposición en este grupo. IFA usando proteínas recombinantes en su lugar. Algunos seroensayos han pasado por alto los riesgos de trabajar con virus infecciosos al crear células transfectadas que expresan porciones recombinantes de las proteínas nucleocápsidas y punzantes del MERS-CoV [48, 73], o utilizando un lentivirus recombinante que expresa la proteína de pico del MERS-CoV Un ensayo de pseudoneutralización de partículas (ppNT) ha sido ampliamente utilizado en estudios en animales y fue al menos tan sensible como la prueba tradicional de microneutralización (MNT). [10, 74, [76] [77] [78] ] Los estudios que utilizaron pequeños números de muestra y ppNT no encontraron evidencia de anticuerpos neutralizantes MERS-CoV en sueros de 158 niños con infecciones de LRT entre mayo de 2010 y mayo de 2011, 110 sera de 19 a 52 años de edad donantes de sangre masculina y 300 trabajadores autoidentificados de animales de la Región Jazan de la KSA durante 2012 [79, 80]. Del mismo modo, un estudio de cuatro pastores en contacto con una manada infectada de DC en Al-Ahsa, ocho personas que tenían contacto intermitente con la manada, 30 veterinarios y personal de apoyo que no estaban expuestos a la manada, tres trabajadores de mataderos no protegidos en Al-Ahsa y 146 controles que no estaban expuestos a DC en ningún rol profesional, no encontró ninguna evidencia serológica de infección por MERS-CoV en el pasado utilizando el ensayo ppNT [10]. Un retraso en la respuesta de anticuerpos neutralizantes a la infección por MERS-CoV se asoció con un aumento de la gravedad de la enfermedad en los casos de Corea del Sur con la mayoría de las respuestas detectables en la tercera semana de enfermedad, mientras que otros, aunque la enfermedad era grave, no respondieron durante cuatro o más semanas [81]. Las implicaciones para nuestra capacidad de detectar cualquier respuesta en casos leves o asintomáticos no fueron exploradas, pero Un brote jordano de TRT aguda en un hospital en 2012 se encontró retrospectivamente asociado a la infección por MERS-CoV, utilizando inicialmente RT-rtPCR, pero posteriormente, y en una escala mayor, a través de la positividad por ELISA y la prueba IFA o MNT. [46, 82, 83] Este brote fue anterior al primer caso de MERS en la KSA. La ELISA utilizó una proteína nucleocápsida recombinante del grupo 2 betacoronavirus bat-CoV HKU5 para identificar anticuerpos contra la proteína MERS-CoV reactiva equivalente [71]. Se validó utilizando 545 sera recolectada de personas con HCoV-OC43, HCoV-229E, SARS-CoV, HCoV-NL63, HRV, HMPV o influenza A(H1N1), pero fue supuestamente menos específica que la I También se consideró una herramienta aplicable para el cribado de grandes números de muestra [82]. Un microarray de proteína que expresa la subunidad de proteína S1 ha sido validado y ampliamente utilizado para las pruebas de DC [5, 84]. Detección de infección por MERS-CoV usando microarray de proteína ELISA o S1 [84] suele ser seguido por IFA confirmatoria y/ o una neutralización de reducción de placa (PRNT) [69, 70, 85] o MNT test. [74, 85, 86] Este proceso confirmatorio tiene como objetivo asegurar que los anticuerpos detectados sean capaces de neutralizar específicamente el virus previsto y no sean más ampliamente reactivos a otros coronavirus encontrados en DCs (coV bovina, BCoV) o humanos (HCoV-OC43, HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoV-HKU1, SARS En el estudio más grande de sueros humanos, un proceso de diagnóstico escalonado asignó tanto el SERA positivo recombinante como el SERA ELISA recombinante a la seropositividad 'etapa 1'. Un resultado seropositivo en estadio 2 requirió además un resultado PRNT adecuadamente titulado [87]. El estudio encontró que 15 SERA recolectados en 2012 a 2013 de 10.009 (0,2%) personas en 13 provincias KSA contenían anticuerpos MERS-CoV, pero proporciones significativamente mayores en se produjeron en pastores de camellos (dos de 87; 2,3 %) y trabajadores de mataderos (cinco de 140; 3,6 %) [87]. Se necesitan encuestas contemporáneas. MERS-CoV no parece ser fácilmente transmitido de DCs a los seres humanos, o tal vez es [72], pero generalmente no desencadena una respuesta inmune detectable si sólo se producen enfermedades leves o infecciones asintomáticas. Los ensayos serológicos necesitan una validación adicional en esta área, por lo que es necesario tener cuidado al trasladar algoritmos de serología diagnóstica de reciente desarrollo de un entorno de investigación a uno que informe las decisiones de salud pública, lo que se reforzó cuando un caso falso positivo en EE.UU., supuestamente infectado después de un apretón de manos y dos reuniones cara a cara, no resistió más análisis confirmatorios utilizando un ensayo NT más específico y posteriormente se retractó [88, 89]. La OMS recomienda tomar muestras de la TRL para las pruebas RT-rtPCR del MERS-CoV, especialmente cuando la recolección de muestras se retrasa una semana o más después del inicio de los síntomas. [53] Las muestras de TRL también son mejores para intentar aislar el virus infeccioso, aunque el éxito del cultivo se reduce cuando persiste la enfermedad [49]. Los tipos de muestras recomendados incluyen lavado broncoalveolar (BAL), aspirado traqueal/traqueobronquial, líquido pleural y esputo [53, 90]. Las muestras frescas arrojan mejores resultados diagnósticos que el material refrigerado [69] y si es probable que se produzcan retrasos en las pruebas de ≥72 h, las muestras (excepto sangre) deben congelarse a −70°C [90]. Si se dispone de ellas, también se pueden realizar biopsias pulmonares o tejidos de autopsia [53]. Sin embargo, la TRU es un lugar de muestreo menos invasivo y más conveniente, y se recomienda un hisopo orofaríngeo y de garganta o un aspirado/lavado nasofaríngeo cuando se va a realizar el muestreo de TRU [90]. Los sueros emparejados, recogidos de dos a tres semanas de diferencia son preferibles para las pruebas serológicas, mientras que se sugiere que una muestra única sea suficiente si se recogen dos semanas después de la aparición de la enfermedad o un único suero recogido durante los primeros 10-12 días si se realiza RT-rtPCR [53, 90]. Se ha encontrado que la orina y las heces humanas contienen ARN MERS-CoV 12 a 26 días después de la aparición de los síntomas [25, 69, 91] y se enumeran como muestras que deben considerarse [53, 90]. En dos casos que llegaron a los Países Bajos, la orina fue RT-rtPCR negativa pero las heces fueron débilmente positivas y los sueros fueron RT-rtPCR positivos durante cinco días o más [25]. El hallazgo de ARN viral MERS-CoV en el suero proporciona una vía para estudios retrospectivos basados en PCR La ARNemia también puede correlacionarse con la gravedad de la enfermedad; los signos de virus fueron eliminados del suero de un paciente recuperado, pero se mantuvo hasta la muerte de otro [92]. Los casos de sospecha clínica de MERS pueden devolver resultados negativos por RT-rtPCR. Los datos han demostrado que una o más muestras de URT negativas pueden ser contradichas mediante un muestreo adicional de URT o el uso de muestras de LRT, lo que se prefiere [2, 43, 93]. En la LRT se producen cargas virales más altas que en la URT. [22, 69, 88, 94] Esto concuerda con la observación de que la mayoría de los síntomas de la enfermedad se reportan como enfermedad sistémica y LRT [21]. Sin embargo, en ocasiones incluso los especímenes de LRT de los casos de MERS pueden ser inicialmente negativos, sólo para más tarde ser positivos por RT-PCR [95 Esto puede deberse a una mala toma de muestras cuando la tos está ausente o no es productiva o porque la carga viral es baja [95]. A pesar de esto, tanto los mayores estudios de MERS-CoV humanos [32, [96] [97] [98] y los más pequeños [22, 25, 99], utilizan muestras de la URT. Cabe destacar que un estudio reportó una asociación entre cargas más altas en la URT y peores resultados clínicos incluyendo cuidados intensivos y muerte [94]. Al escribir, no existen datos humanos para definir si el virus se replica única o preferentemente en la LRT o URT, o réplicas en otros tejidos humanos in vivo, aunque el ARN MERS-CoV se ha detectado tanto de la URT como de la LRT en un modelo de mono macaco [100].La distribución de DPP4 en las vías respiratorias superiores humanas tampoco está bien descrita. Los estudios individuales de casos humanos reportan largos periodos de eliminación viral, a veces intermitentes y no necesariamente relacionados con la presencia de síntomas de la enfermedad. [25, 69, 99, 101] En un caso, un HCW arroja ARN viral durante 42 días en ausencia de enfermedad [99]. Es un área de alta prioridad para entender mejor si estos casos son capaces de infectar a otros. Más de tres cuartas partes de los casos de MERS arrojan ARN viral en sus muestras de TL (aspirados traqueales y esputo) durante al menos 30 días, mientras que sólo el 30 % de los contactos seguían arrojando ARN en sus muestras de TRU [91, 102]. En el único estudio para examinar el efecto del tipo de muestra en el análisis molecular, se examinaron 64 aspirados nasofaríngeos (ANP; una muestra de TRU), 30 aspirados traqueales, 13 Los aspirados traqueales y el BAL devolvieron los valores de carga viral más altos seguidos por el NPA y el esputo. Como era de esperar, las cargas virales más altas generalmente coincidían con la secuenciación del genoma completo y el éxito del cultivo y, en las pruebas del NPA, estaban significativamente correlacionadas con enfermedades graves y muerte [49, 94, 103]. Este estudio demostró la importancia del muestreo de LRT para la secuenciación del genoma completo. Cuando se probó, las muestras positivas para el MERS-CoV a menudo son negativas para otros patógenos [25, 93, 104]. Sin embargo, muchos estudios no mencionan pruebas adicionales para virus respiratorios humanos endémicos [21, 23, 73, 105]. Cuando se buscan virus, se han incluido el herpesvirus humano (VHH), los rinovirus (VHR), los enterovirus (VVV), el virus sincitial respiratorio (VRS), el virus parainfluenzavirus tipos 1, 2 y 3 (VIP), los virus de la gripe (VFI), los HCoV endémicos, los adenovirus (VCD) metapneumovirus (VPM) y el virus influenza A\H1N1; en ocasiones se han encontrado codetecciones con MERS-CoV [2, 22, 37, 69, 97]. A veces se incluyen pruebas bacterianas (por ejemplo, para Legionella y Pnemocococcus), pero el impacto de la copresencia bacteriana tampoco está claro [22, [104] [105] [106]. Otras pruebas de la muestra de TRL del primer caso del MERS utilizaron IFA para detectar algunos virus (negativos para IFV, PIV, RSV y AdVs) y RT-PCR para otros (negativos para AdV, EV, MPV y HHVs) [18]. RT-PCR también detectó MERS-CoV. La OMS recomienda encarecidamente pruebas para otros patógenos respiratorios [53] pero con esta recomendación a menudo descontada, hay datos limitados para abordar la ocurrencia y el impacto de coinfecciones o diagnósticos virales alternativos entre ambos casos del MERS y sus contactos. Poco se sabe de otras causas de neumonía similar al MERS en el KSA o de la carga general de enfermedad debido a los virus respiratorios clásicos conocidos. Pruebas de peregrinos adultos que realizan el Hajj en 2012 a 2014 no ha detectado ningún MERS-CoV. En 2012, se realizaron pruebas de hisopos nasales de 154 peregrinos recogidos antes de partir hacia el KSA o partir de él [47]. En 2013, las pruebas se ampliaron significativamente con 5.235 hisopos nasofaríngeos de 3.210 peregrinos entrantes y 2.025 hisopos de peregrinos salientes probados [98]. Cabe señalar que la mayoría de los peregrinos llegaron de países libres de MERS. Se tomaron otros 114 hisopos de peregrinos con enfermedad similar a la gripe [96, 107]. En reuniones anteriores del Hajj, se descubrió que los virus de la gripe circulaban ampliamente, mientras que otros virus, a menudo rinovirus, circulaban de manera más selectiva, interpretando que indicaban su importación junto con peregrinos extranjeros [107] [108] [108] Con el tiempo, el aumento de la vacunación contra la gripe se ha acreditado como una disminución de la prevalencia de enfermedades similares a la gripe entre los peregrinos [110] A menudo no se recoge una muestra de TRL para estos estudios [98, 107, 109], por lo que los hallazgos negativos falsos son una posibilidad, aunque poco se sabe sobre el sitio inicial de infección y replicación del MERS-CoV; se puede haber supuesto que fue la TRL porque la enfermedad se notó por primera vez allí, pero la TRL puede ser el lugar de la replicación más temprana. En Jeddah entre marzo y julio de 2014 (en adelante, el brote de Jeddah-2014; Fig. 3 ), hubo un rápido aumento en los casos del MERS, acompañado de un intenso cribado; aproximadamente 5.000 muestras de dentro y alrededor de la región se probaron en un mes, produciendo alrededor de 140 detecciones del MERS-CoV (prevalencia ~3 %) [111]. Entre los 5.065 individuos muestreados y analizados en la KSA entre octubre de 2012 y septiembre de 2013, se realizaron 108 (2,1%) detecciones en una población hospital-céntrica que incluyeron casos hospitalizados (n = 2.908; 57,4 %), sus familias (n = 462; 9,1 %) y HCW asociados (n = 1.695; 33,5 %) [32]. Entre las detecciones, 19 (17,8 %) eran HCW y 10 (9,3 %) eran contactos familiares [32]. La prevalencia del 2-3 % de infecciones activas por MERS-CoV no es diferente a la prevalencia hospitalaria de otras COV humanas. [112] Sin embargo, la proporción de muertes entre los infectados por MERS-CoV es mucho mayor que la conocida por los HCoV NL63, HKU1, 229E u OC43 en otros países, e incluso superior a la de SRAS-CoV; no es un virus que pueda razonablemente ser descrito como una "tormenta en una taza de té". Es la baja tasa de transmisión que ha evitado la propagación mundial, a pesar de muchas "oportunidades". Muy temprano en el brote de MERS, algunos animales fueron altamente considerados como el reservorio o huésped(s) intermedio(s) de MERS-CoV con tres de los cinco primeros casos que tuvieron contacto con DCs [73, 113, 114]. Hoy en día, las infecciones por MERS-CoV animales deben ser reportadas a la organización mundial para la salud animal como una enfermedad emergente [115]. Un resumen de los primeros casos de MERS reportados por la OMS definió el contacto animal con humanos como directo y dentro de los 10 días previos al inicio de los síntomas [20]. Esta definición no permitió específicamente la adquisición de DCs a través de una vía basada en gotitas, que es muy probable que sea la vía de adquisición de un virus que inicialmente y predominantemente causa enfermedad respiratoria [23]. Se sabe que los camellos producen altos niveles de ARN MERS-CoV en su URT y pulmones [116]. Proporcionando apoyo para una vía de transmisión de gotitas y tal vez indicando la presencia de ARN en núcleos más pequeños y secos de gotitas, se identificó ARN MERS-CoV en una muestra de aire de alto volumen recogida de un granero que alberga un DC infectado [117]. La fuente precisa de la que los humanos adquieren MERS-CoV sigue siendo poco estudiada pero parece probable Estos factores pueden resultar importantes para los casos humanos que no describen ningún contacto DC [119] ni ningún contacto con un caso confirmado. Si la definición de contacto con animales de la OMS es suficiente para identificar la exposición a este virus respiratorio no está clara. La formulación se centra en el consumo de productos DC, pero no atribuye específicamente el riesgo a una vía de gotitas para la adquisición de MERS-CoV desde DC [120]. Algunos pacientes MERS se enumeran en los avisos de enfermedad de la OMS como próximos a los DCs o granjas, pero los individuos no han descrito entrar en contacto con los animales. No se reporta ninguna vía alternativa para adquirir infección en muchos de estos casos. Lo que constituye una definición de "contacto" durante estas entrevistas se ha definido para un estudio [72]. A pesar de esta falta de claridad, la OMS considera que la evidencia que vincula la transmisión de MERS-CoV entre DCs a humanos es irrefu La posibilidad de que los murciélagos fueran un huésped animal de MERS-CoV fue ampliamente discutida inicialmente debido a la diversidad existente de coronavirus conocidos por residir entre ellos [121] [122] [123]. Evidencia concluyente que apoya a los murciélagos como fuente de infecciones humanas por MERS-CoV todavía no se ha encontrado, pero los murciélagos parecen albergar a los representantes ancestrales [53, 125]. Sin embargo, estas no son variantes del mismo virus ni siempre dentro del mismo linaje filogenético que MERS-CoV; cada uno son un virus genéticamente distinto. La infección de murciélago a humano por MERS-CoV es un evento puramente especulativo. La única pieza de evidencia específica del MERS-CoV que apunta a los murciélagos se origina en la amplificación de un fragmento de 190 nt del gen ARN dependiente de la polimerasa del genoma del MERS-CoV, identificado en un pellet fecal de un murciélago insectívoro Emballonuridae, Taphozous perforatus encontrado en Bisha, el KSA [121]. Aunque muy corta, la secuencia del fragmento lo definió como un descubrimiento diagnóstico. Posteriormente se informó de un enlace a los DC [85] y ese enlace ha madurado en una asociación verificada [38, 126] (Fig. 4). (Véase la figura en la página anterior.) Fig. 3 Detecciones mensuales de MERS-CoV (barras azules) y de casos que murieron (barras rojas) con algunas fechas de interés marcadas para 2012 al 4 de septiembre de 2015. Se indica una aproximación de cuando la estación de parto DC [128] y cuando los DC recién nacidos son destetados. La primavera (verde) y el verano (naranja) en la Península Arábiga también están sombreados. Tenga en cuenta la escala del eje y de la izquierda para 2014 y 2015 que es mayor que para 2012/13. Fuentes de estos datos públicos incluyen la OMS, Ministerios de Salud y FluTrackers [207] [209] [209]. Versiones anteriores y posteriores de este gráfico se mantienen en un blog personal [210]. Modificado y reimpreso de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio de Oriente Medio: Una infección por coronavirus emergente rastreada por la multitud. Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con permiso de Elsevier [5] Los DCs, que constituyen el 95 % de todos los camellos, tienen una presencia central en la El contacto puede ser común y puede ocurrir de diversas maneras (Fig. 4a). Hay varios grandes festivales, razas, ventas y desfiles bien atendidos que cuentan con DCs y DCs también son mantenidos y criados cerca de áreas pobladas en el KSA [127, 128]. La leche y la carne DC son ampliamente consumidas y el DC más viejo es un animal de importancia ritual después de la peregrinación del Hajj [129]. Sin embargo, la frecuencia de infección del MERS-CoV es mucho menor que el hábito generalizado y frecuente de comer, beber y preparar productos DC. La ingestión diaria de leche DC fresca no pasteurizada es común entre los beduinos del desierto y muchos otros en el KSA. La orina DC también se consume o se utiliza para supuestos beneficios para la salud. A pesar de que la carnicería de camellos es una ocupación local, ni los carniceros ni otros grupos en riesgo son identificables entre los casos de MERS; esto puede ser simplemente un problema de información en lugar de una ausencia inexplicable de MERS. Un pequeño estudio de casos y controles publicado en 2015 identificó el contacto directo con la DC, y no la ingestión de productos, para estar asociado con la aparición de MERS [38]. La primera investigación sero-encuesta de ganado que vive en la región de Oriente Medio se llevó a cabo durante 2012-2013 [85]. Los DCs fueron muestreados a partir de una manada de canarios nacidos principalmente y de DCs omaníes (originalmente importados del Cuerno de África) [85]. b Las infecciones de camello a humano parecen ser poco frecuentes, mientras que la propagación de la infección de ser humano a ser humano se ve facilitada regularmente por una CIP deficiente en los entornos de salud donde se amplifica la transmisión, lo que explica la mayor parte de los casos. Hay casos de MERS humanos que no entran en ninguna de las categorías de origen y no está claro si estas infecciones adquiridas a través de alguna vía totalmente separada, o de casos que escaparon al diagnóstico. c Las formas hipotéticas en las que la subclínica (cuando la infección puede no alcanzar un umbral clínico previamente definido de signos y/o síntomas) o asintomáticas (sin signos obvios ni medidos, observados o recordados de enfermedad) la infección por MERS-CoV puede estar implicada en la transmisión DC sera podría neutralizar MERS-CoV mientras que todas las seras DC de Omán tenían niveles elevados de anticuerpos neutralizantes específicos de MERS- Desde este estudio, una serie de informes revisados por pares han analizado tanto a los DCs como a otros animales, y la posibilidad de que puedan albergar la infección por MERS-CoV. Se han encontrado DCs seropositivos en toda la Península Arábiga, incluyendo Omán, la KSA, Qatar, Jordania, los Emiratos Árabes Unidos (EAU), Kuwait así como Sudán, Somalia, Egipto, Túnez, Nigeria, Kenia y Etiopía en África y las Islas Canarias [85, [130] [133] [133] [134]. Otros animales probados incluyen ovejas, vacas, cerdos, caballos, burros, mulas, aves, búfalos acuáticos, cabras, camellos bactrianos, llamas y guanacos (camélidos suramericanos) pero ninguno tenía anticuerpos neutralizantes detectables contra MERS-CoV [4, 74, 78, 85, 86, 135, 136]. No se han notificado hasta la fecha estudios de virología o serología de muestras humanas procedentes de zonas de África donde hay camellos con antecedentes de MERS-CoV. Sin embargo, la ausencia de neumonía inexplicable que pueda atribuirse a la infección por MERS-CoV puede no indicar la ausencia de virus entre los seres humanos en cada país, sino simplemente reflejar la falta de costosos estudios de epidemiología realizados por países pobres en recursos. Por lo tanto, no está claro si el MERS-CoV, o una CoV relacionada con antígenos, es un patógeno no reconocido en estas regiones, quizás circulando durante más tiempo del que se ha conocido en la Península Arábiga [133]. El ARN del MERS-CoV también se ha detectado en muestras de DC, y también se ha logrado la recuperación del virus infeccioso a partir de muestras de DC [4, 77, 117, 132, [137] [139] De algunos de ellos, se han secuenciado genomas completos o mayoritarios de MERS-CoV [77, 137, 138]. Las versiones DC de MERS-CoV fueron tan similares entre sí, como las variantes detectadas de diferentes seres humanos a lo largo del tiempo y a lo largo de la distancia. Los ensayos de detección de anticuerpos anticuerpos también han detectado anticuerpos cruzados en sera. Estos se identificaron como tales mediante la detección de sera contra virus similares, por ejemplo BCoV o HCoV-OC43 (como facsímil antigénico para BCoV). Es posible que otros virus similares a MERS-CoV también residan dentro de los DCs, pero esto no menoscaba el hallazgo definitivo de secuencias genéticas de MERS-CoV tanto en DCs como en humanos [117, 142, 143]. Los estudios de detección han demostrado que los DC juveniles son más a menudo positivos para el virus o el ARN viral, mientras que los DC mayores son más propensos a ser seropositivos y ARN o virus negativos [76, 77, 144]. En los DC adultos, se ha detectado ARN MERS-CoV entre animales con anticuerpos preexistentes, lo que sugiere que es posible la reinfección [77, 144]. Las cargas virales entre DC positivos pueden ser muy altas [4, 76, 77, 139, 144] y DCs se han encontrado positivos tanto cuando están enfermos con signos respiratorios de TRU [77, 117, 142, 145] o cuando aparentemente sanos [137]. Estos hallazgos indican que los DCs hospedan infecciones naturales MERS-CoV. Además, los sera DC almacenados han revelado signos de MERS-CoV en DCs que datan de hace más de tres décadas (los más tempranos Los sera más viejos no han sido probados y, por lo tanto, cuánto tiempo los DC han sido afectados por MERS-CoV, si el virus es enzoótico entre ellos, introducidos hace décadas o siglos de murciélagos en África o la Península Arábiga, o son objeto de incursiones virales regulares pero de corta duración de un huésped aún desconocido, no pueden ser respondidos. Los investigadores buscaron determinar una dirección para la infección; estaban los DC transmitiendo virus a los seres humanos o estaban los humanos infectando DC? En un sitio de Qatar, un propietario de una granja y su empleado se enfermaron a mediados de octubre de 2013 y dieron positivo para el ARN MERS-CoV en una muestra de esputo y hisopos de garganta, respectivamente. RT-rtPCRs encontró MERS-CoV ARN en 11 de 14 hisobas nasales de DC positivas en la granja; seis (43 %) positivos Los resultados indicaron que se había producido un brote reciente en este rebaño; la primera indicación de ARN MERS-CoV encontrado en DCs con una asociación temporal a infecciones humanas; tres muestras de DC positivas fueron confirmadas por secuenciación de una porción de 358 nt del gen de la espiga; estas secuencias eran idénticas unas a otras, de nuevo con homología cercana a otras secuencias humanas y DC MERS-CoV [138]. Los DCs y contactos humanos produjeron secuencias ORF1a y ORF4b que diferían por un solo nucleótido cada una, agrupando estrechamente con la variante Hafr-Al-Batin_1_2013 [138]. Estudios de casos posteriores encontraron evidencia de una infección humana y DC concurrente y la dirección de esa infección fue inferida a partir de los DCs enfermos y a sus propietarios humanos [117, 142, 146]. Las secuencias del genoma parcial indicaron que un humano y un DC positivo de la RT-RTPCR del MERS-CoV habían sido infectados por una variante del mismo virus, albergando el mismo patrón distinto de polimorfismos de nucleótidos. [142] Todos los nueve DC en la manada del propietario, muestreados en serie, reaccionaron en un antígeno S1 recombinante ELISA, con los dos animales que habían sido positivos de la RT-rtPCR mostrando un pequeño aumento verificable del título de anticuerpos [142]. Un aumento del título teóricamente comienza 10 a 21 días después de la infección de la DC [142]. Los autores sugirieron que el aumento del título en la suera de la DC que ocurrió junto con una disminución de la carga de ARN, mientras que el paciente estaba activamente enfermo y hospitalizado, indicó que los DC fueron infectados primero seguidos por el propietario [117, 142]. Los anticuerpos BCoV también estuvieron presentes, y aumentaron en uno de los dos animales positivos RT-rtPCR, pero ninguno de ellos pudo neutralizar la infección BCoV [142]. La temporada de parto en camellos se produce en los meses de invierno (entre finales de octubre y finales de febrero; Fig. 3 ) y este puede ser un momento en el que existe un mayor riesgo para los seres humanos de derrames debido a nuevas infecciones entre las poblaciones de DC ingenuas [128]. ¿Qué papel podría desempeñar el anticuerpo de camello materna en el retraso de la infección de terneros sigue siendo desconocido [128, 142]. Los DC juveniles parecen tener una infección activa con más frecuencia que los DC adultos y, por lo tanto, el sacrificio de los DC, que debe ser de cinco años de edad o más (llamados a thane), puede no ir acompañado de un riesgo significativo de exposición a la infección. A diferencia de los resultados anteriores, los trabajadores de los mataderos que matan tanto a los DC más jóvenes como a los más viejos, pueden ser un grupo ocupacional con una incidencia significativamente mayor de seropositividad a la MERS-CoV cuando los animales tienen infecciones activas por MERS-CoV [129, 139, [147] [148] [149]. Las investigaciones virológicas ampliadas de los DC africanos pueden dar lugar a animales más seropositivos y zonas geográficas en las que los seres humanos pueden estar en riesgo. Es posible que haya zonas en las que los seres humanos ya albergan infecciones por MERS-CoV que no se han identificado debido a la ausencia de vigilancia de laboratorio. Las investigaciones virológicas de los murciélagos pueden dar lugar a hallazgos de virus ancestrales y "eslabones de pérdida viral" e identificar cualquier otra fuente animal de propagación zoonótica es importante para informar opciones para reducir la exposición humana [56, El MERS-CoV infeccioso añadido a la leche de CC, cabra o vaca y almacenado a 4 °C podría recuperarse al menos 72 h más tarde y, si se almacena a 22 °C, la recuperación fue posible hasta 48 h [150]. El título de MERS-CoV disminuyó un poco cuando se recuperó de la leche a 22 °C, pero la pasteurización completamente ablada Infectividad MERS-CoV [150]. En un estudio posterior, se identificó ARN MERS-CoV en la leche, secreción nasal y heces de DCs de Qatar [151]. Un estudio único ha examinado la capacidad de MERS-CoV para sobrevivir en el medio ambiente [150]. Las superficies plásticas o de acero fueron inoculadas con 10 6 TCID 50 de MERS-CoV a diferente temperatura y humedad relativa (RH) y se A alta temperatura ambiente (30°C) y a baja RH (30 %) MERS-CoV permaneció viable durante 24 h [150]. En comparación, un virus respiratorio bien conocido y eficientemente transmitido, el virus influenza A, no pudo recuperarse en cultivo más allá de cuatro horas bajo ninguna condición [150]. Los experimentos de Aerosol encontraron que la viabilidad del MERS-CoV sólo disminuyó un 7 % a baja RH a 20°C. En comparación, el virus influenza A disminuyó un 95 % [150]. La supervivencia del MERS-CoV es inferior a la demostrada previamente para el SARS-CoV [152]. En el contexto, las bacterias patógenas pueden permanecer viables y en el aire durante 45 minutos en un aerosol tosido y pueden propagarse 4 m. La capacidad de MERS-CoV para permanecer viable durante largos períodos de tiempo le da la capacidad de contaminar completamente las superficies de Se desconoce si el MERS-CoV puede permanecer a la deriva e infeccioso durante períodos prolongados (verdaderamente aerotransportado) y si estos hallazgos amplían nuestra comprensión de las posibilidades de que las gotitas transmitan virus respiratorios en muchos entornos, incluyendo salas de espera hospitalarias, departamentos de emergencia, salas de tratamiento, instalaciones de cuidados intensivos abiertos y salas privadas de pacientes. La naturaleza y calidad del intercambio de aire, circulación y filtración son variables importantes en la medición y reducción del riesgo, así como el uso de salas de presión negativa para contener casos conocidos. Se considera que la propagación de la gota entre humanos es el mecanismo de transmisión humana a humana y se hizo hincapié en la necesidad de precauciones de las gotas después del hospital Al-Ahsa, la KSA y los brotes de Corea del Sur [21, 23, 154, 155]. La provisión de pruebas que apoyen la mejor formulación de equipos de protección personal para ser usados por los HCW que reciben, manejan o realizan procedimientos en casos infecciosos sigue siendo una prioridad. MERS-CoV fue encontrado y caracterizado por su aparente asociación con enfermedades graves, y por lo tanto más obvias, en humanos; éramos canarios en la mina de carbón. Seroensayos y estudios prospectivos de cohortes todavía no han determinado hasta qué punto los casos más leves o asintomáticos contribuyen a las cadenas de transmisión de MERS-CoV. Sin embargo, la transmisión de MERS-CoV se define como esporádica (no sostenida), intrafamiliar, a menudo asociada a la atención médica, ineficiente y que requiere contacto cercano y prolongado [22, 31, 63, 93, 97, 102, 156] En un estudio doméstico, 14 de 280 (5 %) contactos de 26 pacientes con índice positivo de MERS-CoV eran ARN o anticuerpos positivos; la tasa de transmisión general, incluso en brotes es de alrededor del 3 % [31]. Parece que la mayoría de los casos humanos de MERS-CoV, incluso cuando los números parecen aumentar repentinamente, no transmiten fácilmente a más de otro humano hasta la fecha, la epidemia localizada de MERS-CoV no ha sido autosostenible [157] [159] [160] [161]. Es decir, el número básico de reproducción (R 0 ) -el número medio de infecciones causadas por un individuo infectado en una población totalmente susceptible ha estado cerca de uno en varios grupos y brotes. Si R 0 era mayor que 1, se esperaría un aumento sostenido en el número de casos. Algunos cálculos de R o pueden verse afectados por el rastreo incompleto de los contactos de casos, pruebas comunitarias limitadas y cómo se define un caso. El MERS ha tenido una presencia constante en la Península Arábiga desde 2012 se debe a los eventos de derrames esporádicos en curso de DCs amplificados por brotes hospitalarios mal controlados. En marcado contraste, una seroencuesta de HCW que a veces estaba en contacto cercano y prolongado con el primer caso fatal de MERS-CoV en 2012 [162], encontró que ninguno de los HCW se había seroconvertido cuatro meses más tarde, a pesar de la ausencia de protección ocular y el cumplimiento variable de los estándares requeridos de EPP [162]. Al principio de la historia del MERS, las muestras para la prueba fueron recolectadas principalmente de pacientes con enfermedad grave y no de aquellos con infecciones respiratorias agudas más leves. Los contactos de los casos confirmados de MERS fueron a menudo observados para enfermedad clínica, pero no probados. Estas omisiones pueden haber confundido nuestra comprensión de la transmisión del MERS-CoV y sesginar los datos tempranos hacia un mayor número de pacientes gravemente enfermos y hospitalizados, inflando la aparente proporción de casos mortales. A medida que cambiaban los paradigmas de las pruebas y se hacían cada vez más pruebas de los contactos, se reconocían infecciones más asintomáticas y leves [163]. Un aumento en los casos llamados asintomáticos (que amplían el denominador para los cálculos de la proporción de casos mortales, definida en [164] ) dio lugar a una disminución en la proporción de casos mortales durante el brote de Yeddah-2014. Históricamente, tales aumentos son consistentes con la modificación de las definiciones y respuestas de laboratorio y el manejo clínico de una infección por virus recién descubierta que se observó por primera vez sólo entre los enfermos graves. Tras el seguimiento, más de tres cuartas partes de esas personas positivas del ARN del MERS-CoV recordaron haber tenido uno o más síntomas en ese momento, a pesar de que se notificó como asintomática [165], planteando alguna pregunta sobre la fiabilidad de otros datos Aproximadamente el 43 % de los casos MERS (549 de 1277) en la KSA fueron mortales entre 2012 y diciembre de 2015, mientras que el 21 % (72 de 330) fallecieron entre los que se produjeron fuera de la KSA. El número total de casos masculinos siempre supera en número a las mujeres y la proporción de muertes masculinas es siempre mayor que la proporción de mujeres que mueren. Sin embargo, la proporción de muertes masculinas de varones totales con MERS es similar a la de las mujeres. En la KSA, hay una mayor proporción de varones más jóvenes entre los casos y muertes que se observaron en los brotes de Corea del Sur o Jeddah-2014 de 2015 (Fichero adicional 2: Figura S2 ). Por qué estos aspectos han diferido pueden deberse a diferencias en el tiempo de presentación y diagnóstico, la naturaleza y calidad de la atención de apoyo, la forma en que una persona se contagió (habita, exposición a una fuente humana o zoonótica, carga viral, vía de infección) o la medida en que las diferentes poblaciones se ven afectadas por enfermedades subyacentes [40]. Como grupo, los HCW representaron el 16 % de los casos de MERS en la KSA y Corea del Sur. Es evidente que la proporción semanal de HCW infectados aumenta junto con cada fuerte aumento en las detecciones generales (Fig. 5). En mayo de 2013, la OMS publicó directrices para IPC durante el cuidado de casos probables o confirmados de infección por MERS-CoV en un entorno sanitario [166]. Estos aumentos en las detecciones de MERS-CoV pueden disminuir la edad media durante cada evento debido a que los HCW son generalmente más jóvenes que los pacientes internados con MERS. Las instalaciones sanitarias han sido un objetivo regular de mejoras sugeridas para mejorar los procedimientos de prevención y control de infecciones (IPC) [115, 118]. La mayor parte del análisis de la genética MERS-CoV se ha realizado utilizando métodos de secuenciación de alto rendimiento o "profundo" para la deducción completa del genoma [167] [168] [169]. MERS-CoV fue el primer sujeto de un uso tan extendido de secuenciación profunda para estudiar un brote viral emergente con alcance global. La técnica puede producir genómica [207] [209]. Las versiones anteriores y posteriores de esta tabla se mantienen en un blog personal [210] cobertura de longitud en un solo experimento con medición altamente repetitiva de cada posición de nucle A pesar de los ensayos publicados al principio, la secuenciación subgenómica, una vez el pilar de los estudios de brotes virales, se ha publicado con menos frecuencia durante la caracterización de MERS-CoV [48]. A medida que se han caracterizado más genomas tanto de humanos como de DC, se han hecho evidentes dos clados; A y B (Fig. 6). Clade A contiene sólo genomas de MERS-CoV derivados del hombre de Jordania, mientras que Clade B comprende la mayoría de genomas humanos y de camellos deducidos hasta ahora [168]. Dos estudios durante 2015, uno mirando a variantes de Jeddah-2014 MERS-CoV y otro mirando a una variante exportada de Corea del Sur a China, ahora han identificado signos de recombinación genética entre variantes de MERS-CoV. Si bien las secuencias del genoma humano y del genoma entero de camello han conservado una identidad de >99 % entre sí, los miembros de linajes genéticamente distintos pueden intercambiar material genético y lo hacen cuando co-ocurren condiciones adecuadas y co-fecciones [170] [171] [172]. La identidad compartida implica que la principal fuente de adquisición humana es el DC, en lugar de otro animal, aunque se necesitan más pruebas de otras especies animales para confirmar esa conclusión. Durante un mes, un virus de DC secuenciado en diferentes ocasiones no cambió en absoluto indicando un grado de estabilidad genómica en su huésped, apoyando que los DC son el anfitrión natural, en lugar de intermedio, del MERS-CoV que conocemos hoy [77]. Hasta la fecha, la recombinación se ha localizado en puntos de ruptura cerca del límite entre las regiones ORF1a y ORF1b, dentro del gen de pico [170] No es inesperado que la recombinación se produzca ya que es bien conocida entre otras CoVs [124] y porque la mayoría de los genomas enteros del MERS-CoV recogidos a partir de muestras de tres años (2012-2015) y de seres humanos, camellos y diferentes países han mostrado una identidad genética cercana entre sí, con una variación sutil suficiente para apoyar investigaciones de brotes mientras se aplique la secuenciación del genoma completo [52, 77, 135, 138, 168, [173] [174] [175]. Los cambios en la secuencia del genoma pueden anunciar alteraciones en la transmisibilidad del virus, replicación, persistencia, letalidad o respuesta a medicamentos futuros. Si tenemos conocimiento previo del impacto de los cambios genéticos debido a estudios de caracterización exhaustivos, podemos establecer una estrecha relación genética entre las secuencias de nucleótidos del MERS-CoV (cargado desde GenBank utilizando los números de adhesión enumerados y Este árbol de unión vecino fue creado en MEGA v6 utilizando una alineación de las secuencias humanas y DCderivadas de MERS-CoV (Genious v8.1 [211] ). Clades se indican junto a barras verticales azules oscuras (Clade A) o pálidos (Clade B). Los iconos de camello denotan genomas de DC. Los brotes sanitarios o comunitarios se encajonan y etiquetan utilizando esquemas previamente descritos [212, 213] monitorean las regiones genómicas y entienden mejor cualquier cambio en la transmisión o patrones de enfermedad a medida que ocurren. Las mutaciones genéticas observadas durante el mayor de los brotes humanos, Jeddah-2014, no impartieron ningún cambio importante replicativo o inmunomodulador cuando se comparan con las variantes virales anteriores in vitro [156, 176]. Sin embargo, entendemos muy poco de los resultados fenotípicos que resultan del cambio genético sutil en Hasta la fecha no se ha informado de ninguna relevancia clínica ni de cambios in vivo evidentes en la replicación, eliminación o transmisión vírica, o se ha atribuido a mutaciones o a nuevos virus recombinantes [156]. Pero se necesitan vigilancia y estudios más grandes, contemporáneos e in vivo. La secuencia genomática localizada a un clado distinto se identificó a partir de un DC egipcio que probablemente fue importado de Sudán. Esto no encaja en ninguno de los clados actuales [125, 168, 177]. Un virus secuenciado a partir de un murciélago Neoromicia capensis estaba más estrechamente relacionado con el MERS-CoV que otras grandes secuencias derivadas de murciélagos habían estado hasta ese punto, pero el genoma de una variante de un MERS-CoV aún no se ha descubierto y deducido de cualquier murciélago [125]. Los análisis de genomas del MERS-CoV han demostrado que la mayoría de las diferencias nucleó 2), que codifica la proteína de pico y proteínas accesorias [168]. Al menos nueve genomas del MERS-CoV contenían sustituciones de aminoácidos en el dominio de unión a los receptores (RBD) de la proteína de pico y los codones 158 (región N-terminal), 460 (RBD), 1020 (en la repetición de heptad 1), 1202 y 1208 investigación de osos como marcadores de cambio adaptativo [140, 169]. La proteína de pico no había cambiado en el genoma recombinante del MERS-CoV identificado en China en 2015, pero se informó que había variado a un ritmo superior al de genomas completos del MERS-CoV, entre variantes surcoreanas [172, 178]. Esto destaca que las regiones subgenómicas pueden no siempre contener suficiente diversidad genética para ser útiles para diferenciar variantes virales. A pesar de esto, un ensayo que amplificaba un fragmento de nucleótido 615 del gen de dominio S2 de pico para la secuenciación de Sanger coincidió con los resultados generados por la secuenciación de algunos genomas completos y fue útil para definir grupos de secuencias adicionales [177]. La secuencia genómica también se puede utilizar para definir los límites geográficos de un cúmulo o brote y monitorear su progreso, basado en la similitud de las variantes encontradas entre humanos y animales infectados cuando ocurren juntos, o entre diferentes sitios y tiempos (Fig. 6 ) [169]. Este enfoque se utilizó al definir el brote de hospital MERS con limitaciones geográficas en Al-Ahsa, que ocurrió entre el 1 de abril y el 23 de mayo de 2013, así como los cúmulos en Buraidah y un brote comunitario en Hafr Al-Batin, el KSA. La secuenciación genómica identificó que aproximadamente 12 detecciones de MERS-CoV de un brote comunitario en Hafr Al-Batin entre junio y agosto de 2013 pudieron haber sido desencadenadas por un caso índice que se infectó a través del contacto DC [175]. La secuenciación de genomas de MERS-CoV del brote hospitalario de Al-Ahsa de 2013 indicó que múltiples variantes virales contribuyeron a los casos, pero que la mayoría fueron lo suficientemente similares entre sí como para ser consistentes con la transmisión humano-humana. La epidemiología molecular ha revelado enlaces ocultos en cadenas de transmisión que abarcan un período de hasta cinco meses [179]. Sin embargo, la mayoría de los brotes no han continuado durante más de dos a tres meses y por lo tanto las oportunidades para que el virus se adapte más a los seres humanos a través de la coinfección y el tránsito en serie sostenido han sido raras [169]. En Riad-2014, la evidencia genética apoyaba la probabilidad de múltiples introducciones externas de virus, implicando una gama de instalaciones de salud en un caso que de otro modo parecía contiguo [23, 168, 179]. Riad es un nexo para el viaje de camellos y humanos y ha tenido más casos MERS que cualquier otra región de la KSA hasta la fecha, pero también alberga una amplia gama de variantes MERS-CoV [128, 167, 179]. Sin embargo, el brote surcoreano se originó de una sola persona infectada, resultando en tres a cuatro generaciones de casos [180, 181]. Estudios de esta variante viral aparentemente recombinante no encontraron un aumento de la tasa evolutiva y ningún signo de adaptación al virus, por lo que el brote parece haber sido impulsado por circunstancias más que por circunstancias junto con mutación [181]. Para muchos casos MERS detectados fuera de la Península Arábiga, se El rastreo de contacto es esencial para contener la aparición y transmisión de un nuevo virus y hoy en día está apoyado por la epidemiología molecular. Aunque es un proceso costoso y que consume tiempo, el rastreo de contacto puede identificar posibles nuevas infecciones y, a través del monitoreo activo o pasivo, reaccionar más rápidamente si la enfermedad se desarrolla. Los resultados del rastreo de contacto hasta la fecha han encontrado que la transmisión continua entre los seres humanos es un evento poco frecuente. Por ejemplo, hubo 83 contactos, tanto sintomáticos como asintomáticos, de un caso tratado en Alemania que viajó desde los Emiratos Árabes Unidos pero no se encontraron signos de virus o anticuerpos en ninguno de ellos [73]. En un estudio de 123 contactos de un caso tratado en Francia, sólo siete coincidieron con la definición de un posible caso y fueron probados; uno que había compartido una habitación hospitalaria de 20 m2 mientras que en una cama a 1,5 m de distancia del caso índice durante un período prolongado fue positivo [26]. Ninguno de los contactos de los dos primeros casos MERS importados a los EE.UU. en 2014 contenía ninguna huella MERS-CoV [182] y ninguno de los 131 contactos de dos viajeros que regresaron a los Países Bajos desarrolló anticuerpos MERS-CoV o testó ARN positivo [25, 183]. Los análisis de datos públicos revelan muchos casos probables de adquisición nosocomial de infección en la Península Arábiga y estos datos pueden ir acompañados de algunos detalles que señalan el contacto con un caso o instalación conocido. Un ejemplo identificó el papel probable de un paciente con una infección subclínica, presente en un hospital durante su ingreso por otras razones, como el caso índice más probable que desencadena un grupo familiar [93]. El rastreo de contacto fue un factor significativo en la terminación de un brote de 2015 con múltiples hospitales surcoreanos [184]. Estos estudios demuestran la necesidad de encontrar y comprender un papel para los casos leves y asintomáticos, junto con la restricción del contacto cercano o la exposición prolongada de las personas infectadas a otras, especialmente familiares mayores y amigos con enfermedad subyacente (Fig. 4c). El brote asociado al hospital en Jeddah en 2014 fue la acumulación más grande y rápida de las detecciones de MERS-CoV hasta la fecha. El mayor número de detección de MERS-CoV de cualquier mes registrado se produjo en Yeddah en abril. El brote se asoció principalmente (> 60 % de los casos) con la propagación de seres humanos a seres humanos dentro de los entornos hospitalarios y se debió a la falta de prevención y control de las infecciones o a su desorganización [37, 185, 186]. Un aumento de las muertes siguió al rápido aumento del número de casos. En 2015 ocurrieron dos grandes brotes. Corea del Sur fue el lugar del primer brote a gran escala fuera de la Península Arábiga y produjo los primeros casos tanto en Corea del Sur como en China, entre mayo y julio de 2015. Esto fue seguido de cerca por un brote distinto en la provincia de Ar Riyad, en la KSA, que parecía estar bajo control a principios de noviembre. Después de permanecer en Bahréin durante dos semanas, un varón de 68 años (68 M) viajó a Corea del Sur vía Qatar, llegando libre de síntomas el 4 de mayo de 2015 [187]. Desarrolló fiebre, Visitó una clínica como ambulatorio entre los días 12 y 15 de mayo y fue ingresado en el Hospital A el día 15 [188]. Fue dado de alta del Hospital A el día 17 y luego fue ingresado en el servicio de urgencias del Hospital B el día 18. Durante esta segunda estancia, se tomó una muestra de esputo y dio positivo para el MERS-CoV el día 20 [187, 188], desencadenando el traslado al centro de tratamiento de aislamiento designado. Durante un período de 10 días, el caso índice fue visto en tres hospitales diferentes, demostrando una característica clave de "compra hospitalaria" que conformó el brote surcoreano. Aproximadamente 34 personas fueron infectadas durante este tiempo [187]. En total 186 casos fueron generados en este brote, todos vinculados a través de una única cadena de transmisión a 68 M; 37 casos murieron [189]. En Corea del Sur, el sistema nacional de seguro médico prevé una atención médica de costo relativamente bajo, sufragando algunos costos al hacer que los familiares sean responsables de una parte de la administración de los enfermos, lo que a veces los hace permanecer durante largos períodos en las habitaciones que a menudo tienen más de cuatro camas en ellas [24]. Otros factores que se pensaba que habían permitido este brote eran la falta de familiaridad de los médicos locales con MERS, la facilidad con la que el público puede visitar y ser tratado por hospitales terciarios, la costumbre de visitar a amigos y familiares enfermos en hospitales, la naturaleza jerárquica de la sociedad coreana, las salas de emergencia abarrotadas, las medidas deficientes del IPC, la falta de salas de aislamiento de presión negativa y la mala comunicación interhospitalaria de los historiales de enfermedades de los pacientes [24, [190] [191] [192]. Hasta la fecha se han comunicado pocos detalles clínicos sobre estos casos y los detalles sobre la transmisión y el rastreo de los contactos son mínimos. Los hospitales involucrados inicialmente no fueron identificados, la orientación y las acciones gubernamentales produjeron mensajes confusos y hubo una comunicación muy limitada en los primeros tiempos, lo que dio lugar a preocupaciones innecesarias, desconfianza y un impacto económico distinto [191, [196] [197] [198]. Al principio del brote, un viajero infectado, hijo de un caso identificado en Corea del Sur, pasó por Hong Kong en su camino a China, donde estaba ubicado, aislado y atendido en China [91, 199, 200]. No hubo contactos que enfermaran.El brote se puso bajo control a finales de julio/a principios de agosto [201] después de que se emplearan medidas mejoradas del IPC, seguimiento y cuarentena de contactos sólidos, pruebas de laboratorio ampliadas, hospitales fueron mejor asegurados, se envió personal especializado para gestionar los casos Una revisión de los datos públicos mostró que, al igual que en el caso del MERS en la KSA, la edad avanzada y la presencia de enfermedad subyacente se asociaron significativamente con un desenlace fatal en Corea del Sur. [40] Aunque R 0 es <1, los eventos de superdifusión facilitados por circunstancias creadas en entornos de salud y caracterizadas por tamaños de clúster superiores a 150, como este, no son inesperados por la infección por MERS-CoV [204]. La dinámica de un brote depende de la R 0 y de los patrones de eliminación viral de un individuo, el tipo y la frecuencia de contacto, los procedimientos hospitalarios y la estructura y densidad de la población [204]. En la región de Ar Riyad, incluida la capital de Riad, se inició un cúmulo hospitalario dentro de un solo hospital a partir de finales de junio de 2015 [205]. A mediados de septiembre se habían notificado aproximadamente 170 A pesar de la introducción continua y posiblemente estacional del virus en la población humana a través de los DC infectados y tal vez otros animales que aún no se han identificado, la gran mayoría de la transmisión del MERS-CoV se ha producido de seres humanos infectados a no infectados en contacto cercano y prolongado a través de circunstancias creadas por un control deficiente de las infecciones en los entornos de atención de la salud. Este virus oportunista ha tenido su mayor impacto en las personas con enfermedades subyacentes y esas personas vulnerables, que a veces sufren múltiples comorbilidades, se han asociado con mayor frecuencia con los hospitales, creando una tormenta perfecta de exposición, transmisión y mortalidad. No está claro si este grupo se ve afectado de manera única por el MERS-CoV o si otras infecciones respiratorias, incluidas las de los HCoV, producen un impacto igualmente grave. En Corea del Sur, un solo caso importado creó un brote de 185 casos y 36 muertes que tuvieron un impacto desproporcionado en el desempeño económico, el comportamiento de la comunidad y la confianza en el gobierno y el sistema de atención de la salud. La transmisión del hogar de seres humanos a seres humanos se produce, pero también es limitada. Los programas educativos serán herramientas esenciales para combatir la propagación del MERS-CoV tanto dentro de las comunidades urbanas y regionales como para el entorno de atención de la salud. La vigilancia sigue siendo importante para la contención, ya que el MERS-CoV es un virus con una composición genética que se ha observado durante sólo tres años y no es estable. Entre todos los seres humanos que se han notificado que están infectados, casi el 40% han muerto. La secuenciación del genoma completo se ha utilizado extensamente para estudiar el recorrido y la variación del MERS-CoV y aunque sigue siendo una herramienta para expertos, parece ser la mejor herramienta para el trabajo. El MERS y el SRAS tienen algunas similitudes clínicas pero también difieren significativamente [206]. Entre las características definitorias se incluyen el PFC más alto entre los casos del MERS (superior al 50 % en 2013 y actualmente en el 30-40%; muy por encima del 9 % del SRAS) y la asociación más alta entre el MERS mortal y los hombres mayores con comorbilidades subyacentes. Para los virus, el MERS-CoV tiene un tropismo más amplio, crece más rápidamente in vitro, induce más rápidamente cambios citopatógenos, desencadena respuestas transcripcionales distintas, hace uso de un receptor diferente, induce un estado más proinflamatorio y tiene una respuesta antiviral tardía en comparación con el SRAS Parece haber una prevalencia del 2-3 % de MERS-CoV en la KSA con una probabilidad del 5 % de transmisión secundaria dentro del hogar. Hay un mayor riesgo de infección a través de ciertas ocupaciones en ciertos momentos y una probabilidad mucho mayor de propagación a otros seres humanos durante circunstancias creadas por los humanos, lo que impulsa una transmisión más efectiva que cualquier R 0 predeciría sobre el valor facial. Sin embargo, a pesar de las múltiples concentraciones masivas que han proporcionado al virus muchos millones de oportunidades de propagación, no se han reportado brotes de MERS o MERS-CoV durante o inmediatamente después de estos eventos. No hay evidencia de que el MERS-CoV sea un virus de preocupación pandémica. Sin embargo, los entornos hospitalarios continúan describiendo casos y brotes de MERS en la Península Arábiga. Mientras facilitemos la propagación del MERS-CoV entre nuestras poblaciones más vulnerables, el mundo debe permanecer en alerta para los casos que puedan ser exportados con mayor frecuencia cuando un país de acogida con reservorios de camellos infectados está experimentando conglomerados o brotes humanos. El MERS-CoV parece ser un virus enzoótico que infecta a la URT DC con evidencia de recombinación genética reciente. Puede que una vez haya tenido su origen entre los murciélagos, pero falta evidencia y la relevancia de ello para la epidemia actual es académica. Gracias a la acción rápida, las herramientas de diagnóstico molecular sensibles y rápidas necesarias para lograr un objetivo de detección rápido y sensible han sido establecidas y ampliamente disponibles desde que el virus fue reportado en 2012. RT-PCR pruebas de muestras de LRT siguen siendo el estándar de oro para la confirmación del MERS-CoV. Las herramientas serológicas siguen surgiendo pero necesitan una validación adicional utilizando muestras de infecciones leves y asintomáticas y un estudio de cohorte densamente muestreado para seguir los contactos de nuevos casos puede abordar esta necesidad. Del mismo modo, la importante cuestión de si aquellos que eliminan el ARN MERS-CoV durante períodos prolongados son infecciosos mientras aparecen bien, sigue sin respuesta. Incluso no está claro cuántas infecciones 'asintomáticas' se han descrito y reportado correctamente, lo que a su vez plantea preguntas sobre la fiabilidad de la recolección de otros datos clínicos hasta la fecha. Si bien la virología básica del MERS-CoV ha avanzado en el transcurso de los últimos tres años, la comprensión de lo que está sucediendo en, y la interacción entre, camello, medio ambiente y humano todavía está en su infancia.

¿Qué porcentaje de HCW comprendían los casos MERS en la KSA y Corea del Sur?

MERS coronavirus: diagnóstico, epidemiología y transmisiónhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4687373/SHA: f6fcf1a99cbd073c5821d1c4ffa3f2c6daf8ae29Autores: Mackay, Ian M.; Arden, Katherine E.Fecha: 2015-12-22DOI: 10.1186/s12985-015-0439-5Licencia: cc-byAbstract: Los primeros casos conocidos de síndrome respiratorio de Oriente Medio (MERS), asociados con la infección por un nuevo coronavirus (CoV), se produjeron en 2012 en Jordania, pero se informó retrospectivamente.El primer caso que se informó públicamente fue de Jeddah, en el Reino de Arabia Saudita (KSA). Desde entonces, las secuencias de MERS-CoV se han encontrado en un murciélago y en muchos camellos dromedarios (DC). MERS-CoV es enzoótico en toda la Península Arábiga y en partes de África, causando enfermedades leves del tracto respiratorio superior en su reservorio de camellos y infecciones humanas esporádicas, pero relativamente raras. Precisamente cómo el virus transmite a los seres humanos sigue siendo desconocido, pero la exposición estrecha y prolongada parece ser un requisito. El KSA es el punto focal de MERS, con la mayoría de los casos humanos. En los seres humanos, MERS se conoce principalmente como una enfermedad del tracto respiratorio inferior (RTL) que incluye fiebre, tos, dificultades respiratorias y neumonía que puede progresar a síndrome de dificultad respiratoria aguda, fallo multiorgánico y muerte en un 20% a 40% de los infectados. Sin embargo, MERS-CoV también se ha detectado en enfermedades leves y similares a En comparación con el síndrome respiratorio agudo grave (SARS), otra enfermedad zoonótica del coronavirus a veces fatal que ha desaparecido desde entonces, el MERS progresa más rápidamente hacia la insuficiencia respiratoria y la lesión renal aguda (también tiene afinidad por el crecimiento de las células renales en condiciones de laboratorio), es más frecuente en los pacientes con enfermedad subyacente y es más a menudo fatal. La mayoría de los casos humanos de MERS se han relacionado con fallos en la prevención y el control de infecciones (IPC) en los entornos de salud, con aproximadamente el 20% de todas las detecciones de virus notificadas entre los trabajadores de la salud (HCWs) y exposiciones más altas en aquellos con ocupaciones que los ponen en estrecho contacto con camellos. Los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) han estado disponibles casi desde el comienzo de la aparición de MERS. Mientras que la virología básica de MERS-CoV ha avanzado en los últimos tres años, la comprensión de la interacción entre camello, medio ambiente y restos humanos limitados. MATERIAL SUPLEMENTO ELECTRÓNICO: La versión en línea de este artículo (doi:10.1186/s12985-015-0439-5) contiene material suplementario, que está disponible para los usuarios autorizados. Texto: Un correo electrónico del Dr. Ali Mohamed Zaki, un virólogo egipcio que trabaja en el Hospital Dr. Soliman Fakeeh en Jeddah en el Reino de Arabia Saudita (KSA) anunció la primera cultura de un nuevo coronavirus al mundo. El correo electrónico fue publicado en el sitio web de la red de enfermedades emergentes profesionales (ProMED) el 20 de septiembre de 2012 [1] (Fig. 1) y describió el primer caso reportado, un hombre de 60 años de edad de Bisha en la KSA. Esta información llevó al rápido descubrimiento de un segundo caso del virus, esta vez en un paciente enfermo en el Reino Unido, que había sido transferido de Qatar para su atención [2]. El nuevo virus fue inicialmente llamado coronavirus nuevo (nCoV) y subsecuentemente titulado el síndrome de respiración del Oriente Medio coronavirus (MERS-CoV). A partir del 2 de septiembre de 2015, ha habido 1.493 detecciones de ARN viral o anticuerpos específicos del virus en 26 países (Fichero adicional 1: Figura S1) confirmado por la Organización Mundial de la Salud (OMS), con más de un tercio de las personas positivas muriendo (al menos 527, 35 %) [3]. Desde ese primer informe, un lento proceso de descubrimiento durante los siguientes dos o tres años reveló un virus que había infectado más del 90 % de los camellos dromedarios adultos (DC; Camelus dromedario) en la KSA [4], también en los países en desarrollo de toda la Península Arábiga y partes de África que son una fuente de importaciones de DC para la KSA [5]. Hasta la fecha, el MERS-CoV no se ha detectado en los países en desarrollo sometidos a pruebas en zoológicos o rebaños de otras partes del mundo [6] [7] [9]. Ocasionalmente, el virus se transmite de los DC infectados a los seres humanos expuestos. La transmisión posterior a otros seres humanos requiere una exposición relativamente cercana y prolongada [10]. Se patentó el primer aislado viral y se planteó la preocupación de que ello limitaría el acceso tanto al virus como a los diagnósticos virales [11, 12]. Sin embargo, los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) se describieron rápidamente y el virus se puso a disposición de forma gratuita, sujeto a consideraciones rutinarias de bioseguridad [13]. La epidemiología y la investigación posteriores han identificado al receptor celular como exopeptidasa dipeptidil peptidasa 4 (DPP4; también llamada CD26); que el MERS-CoV tiene un amplio tropismo, replicando mejor en algunas líneas celulares y provocando una respuesta más proinflamatoria que el SARS-CoV; está muy extendido en los DC; tiene el potencial de infectar a otros animales y que el MERS mata a su huésped humano con más frecuencia que el SARS (20-40% frente al 9 % para el SARS [14] ) [15] [16] [17] [19]. El MERS-CoV se propaga esporádicamente entre las personas, causando enfermedades más graves entre los adultos mayores, especialmente los varones, con enfermedades preexistentes.La propagación del MERS-CoV entre los seres humanos se ha asociado a menudo con brotes en los hospitales, con alrededor del 20% de todos los casos hasta la fecha en los que han participado trabajadores de la salud (HCWs).Aunque los DC parecen sufrir el equivalente a un "frío común" de la infección por MERS-CoV, en los seres humanos el virus puede ser un patógeno más grave y oportunista asociado con la muerte de hasta el 40% de los casos notificados. Aún no se ha establecido si las infecciones que se cree que se han adquirido de una fuente animal producen un resultado más grave que los que se propagan entre los seres humanos [20]. Los estudios han establecido que el período medio de incubación para el MERS es de cinco a seis días, que van de dos a 16 días, con 13 a 14 días entre el inicio de la enfermedad en una persona y posteriormente se extiende a otra [21] [22] [23]. Entre aquellos con enfermedad progresiva, la mediana de tiempo hasta la muerte es de 11 a 13 días, que van de cinco a 27 días [23, 24]. La fiebre y los síntomas gastrointestinales pueden formar un pródromo, después de lo cual los síntomas disminuyen, sólo para ser seguidos por un síndrome sistémico y respiratorio más grave [25, 26]. La primera definición de caso de la OMS [27] definió los casos probables de MERS basados en la presencia de enfermedad febril, tos y el requisito de hospitalización con sospecha de compromiso del tracto respiratorio inferior (RTL), incluyendo también roles para el contacto con un caso probable A partir de julio de 2013, la definición revisada del caso de la OMS incluía la importancia de buscar y comprender el papel de los casos asintomáticos y, a partir de junio de 2014, la definición de la OMS indicaba más claramente que un caso confirmado incluía a cualquier persona cuya muestra fuera RT-PCR positiva para MERS-CoV, o que produjera una seroconversión, independientemente de los signos y síntomas clínicos. [28] [30] Aparte de los informes de la OMS y del Ministerio de Salud de la KSA, los casos asintomáticos o subclínicos de infección por MERS-CoV se documentaron en la literatura científica, aunque no siempre tan a menudo como ocurrió a principios de [31, 32]. La definición del caso de la KSA se hizo más estricta el 13 de mayo de 2014, basándose en la presencia de ambas características clínicas y confirmación de laboratorio [33]. Las pruebas de personas asintomáticas fueron recomendadas a partir de diciembre de 2014 [34], reforzadas por una definición de caso publicada por el Ministerio de Salud de la KSA en junio de 2015 [35]. La KSA ha sido la fuente del 79 % de los casos humanos. El MERS severo es notable por su impacto entre los hombres mayores con enfermedades comorbidas, incluyendo diabetes mellitus, cirrosis y diversas afecciones pulmonares, renales y cardíacas [36] [38]. Interesantemente en junio de 2015, un brote en Corea del Sur siguió una distribución similar [39, 40]. Entre los casos confirmados en laboratorio, los signos y síntomas de fiebre, tos y tracto respiratorio superior (URT) generalmente ocurren primero, seguidos en una semana por trastornos progresivos de TL y linfopenia [37]. Los pacientes a menudo se presentan a un hospital con neumonía o peor, y se han notificado infecciones Según se informa, el MERS ha matado aproximadamente el 35 % de todos los casos notificados, el 42 % de los casos en la KSA, pero sólo el 19 % de los casos en Corea del Sur, donde la mortalidad osciló entre el 7 % entre los grupos de edad más jóvenes y el 40 % entre los de 60 años o más [42] ; todos pueden ser valores inflados con infecciones asintomáticas o leves a veces no buscadas o no reportadas [34]. La atención de apoyo general es clave para tratar los casos graves [43]. Rara vez se informa que los niños menores de 14 años son positivos para la MERS-CoV, que comprende sólo el 1,1% (n = 16) del total de casos notificados. Entre el 1 de septiembre de 2012 y el 2 de diciembre de 2013, un estudio describió el recuento de casos pediátricos en la KSA, que se situaba en 11 (dos a 16 En Amman (Jordania), se probaron 1.005 muestras de niños hospitalizados menores de dos años con fiebre y/o signos y síntomas respiratorios, pero ninguna fue positiva para ARN MERS-CoV, a pesar de haber sido recolectadas en un momento similar al primer brote conocido de MERS-CoV en la ciudad vecina de Al-Zarqa [45]. Un segundo trimestre de mortinato ocurrió en una mujer embarazada durante una enfermedad respiratoria aguda y aunque no fue RT-rtPCR positivo, la madre desarrolló posteriormente anticuerpos contra MERS-CoV, sugestivos de infección reciente [46]. Su historia de exposición a un pariente positivo de MERS-CoV RT-rtPCR y un esposo anticuerpo reactivo, su período de incubación y su historia sintomática cumplieron los criterios de la OMS para ser un probable caso de MERS-CoV [46]. Los métodos de diagnóstico se publicaron dentro de los días del correo electrónico ProMED anunciando el primer caso MERS [47], incluyendo varios ensayos RT-rtPCR (Fig. 2 ) y cultivo de virus en células Vero y LLC-MK2 [18, 47, 48]. Un adenocarcinoma colorrectal (Caco-2 ) línea celular epitelial ha sido recomendado desde entonces para el aislamiento de infecciones MERS-CoV [49]. Anteriormente [18].. Los marcos de lectura abiertos se indican como rectángulos amarillos entre corchetes por regiones terminales no traducidas (UTR; rectángulos grises ). FS-frame-shift. Las regiones predictas que abarcan puntos de ruptura de recombinación se indican por píldoras naranjas. Creado utilizando Geneious v8.1 [211] y anotado usando Adobe Illustrator. Bajo este esquema se muestra la ubicación de los imprimadores RT-PCR (las flechas azules indican la dirección) y oligoprobes (rectángulos verdes) utilizados en los primeros ensayos de cribado RT-rtPCR y en los convencionales, seminés (tres imprimaciones) RT-PCR confirmatorios de secuenciación [47, 48]. El orden de publicación se observa por primera [27 de septiembre de 2012; rojo] y segundo [6 de diciembre de 2012; naranja] rectángulos de color; ambos de Corman y otros [47, 48] Los ensayos recomendados por la OMS se destacan debajo por puntos amarillos [53]. El imprimador reverso NSeq ha contenido consistentemente una secuencia incompatibilidad con algunas variantes de MERS-CoV. Una versión alterada de la de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio del Oriente Medio: Una Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con el permiso de Elsevier [5] revisó el amplio tropismo de MERS-CoV [5]. Sin embargo, como se describe bien, el cultivo celular es un método lento, especializado e insensible [50] mientras que las técnicas basadas en PCR son el método preferido para la detección de MERS-CoV. Los primeros marcos de lectura abiertos (ORF 1a y 1b; Fig. 2) se han convertido en un objetivo diagnóstico clave y taxonómico para la identificación de especies CoV. Con menos del 80 % de identidad entre la secuencia de aminoácidos de MERS ORF 1ab y parientes del betacoronavirus, Tylonycteris Bat HKU4 y Pipistrellus Bat HKU5, se puede concluir que es un virus novedoso y distinto. Las proteínas estructurales incluyen el pico (S), la envoltura (E), la membrana (M) y el nucleocápsido (N) [52]. Se prevé que los productos de ORF1a y ORF1b codificarán proteínas no estructurales. La mayoría de los ensayos de muestras realizados hasta la fecha han empleado ensayos RT-rtPCR validados que han demostrado ser sensibles y específicos [47, 48, 53]. El kit de RealStar® utiliza estos ensayos recomendados por la OMS [54]. Las secuencias objetivo de estos ensayos de cribado no han cambiado entre los genomas examinados hasta al menos mediados de 2015 (observación IMM). Otros ensayos RT-rtPCR han sido desarrollados y validados para su uso como herramientas de diagnóstico basadas en laboratorio [55] [56]. Además, los ensayos isotérmicos [58, 59] o recombinasa polimerasa [60] La detección del antígeno MERS-CoV no ha sido común hasta la fecha, pero la combinación de corto tiempo de retorno de la prueba al resultado, alto rendimiento e identificación de proteínas virales hace que esta opción sea atractiva. La detección de proteínas virales en lugar de ARN viral indica la probable presencia de virus infecciosos. La primera herramienta inmunocromatográfica rápida descrita podría detectar proteína nucleocápsida MERS-CoV recombinante de hisopos nasales DC con sensibilidad al 94 % y especificidad al 100 % en comparación con RT-rtPCR [61]. Un enfoque diferente utilizó una captura basada en anticuerpos monoclonales ELISA dirigida a la proteína nucleocápsida MERS-CoV con una sensibilidad de 10 3 CCID 50 y especificidad al 100 % [62]. La demostración de una seroconversión a una infección por MERS-CoV cumple con la definición actual de la OMS de un caso tan optimizado y ampliamente validado que los seroensayos empleados junto con buenas historias clínicas son útiles para identificar la infección por MERS-CoV y ayudar a apoyar estudios de transmisión. Debido a que las pruebas serológicas son, por su naturaleza, retrospectivas, es habitual detectar una huella viral, en forma de anticuerpos, en ausencia de signos o síntomas de enfermedad y a menudo en ausencia de ARN viral [63]. Las seroencuestas estratégicas y generalizadas de seres humanos que utilizan muestras recogidas después de 2012 son infrecuentes. Gran parte de la Península Arábiga y todo el Cuerno de África carecen de datos de referencia que describan la proporción de la comunidad que puede haber sido infectada por un MERS-CoV. Sin embargo, las seroencuestas han tenido un uso Debido a la identidad compartida entre DC y el MERS-CoV humano (ver epidemiología molecular: utilizando genomas para entender brotes), los ensayos serológicos para las seroencuestas de DC deben ser transferibles al cribado humano con una reconfiguración mínima. Además, no se ha encontrado ninguna variación diagnóstica relevante en la actividad de neutralización entre una gama de aislados y seras testados de MERS-CoV circulantes, por lo que los seroensayos de virus enteros o específicos basados en proteínas deben funcionar de manera equivalente en la detección de respuestas serológicas al serotipo único de MERS-CoV [49]. El desarrollo de ensayos serológicos robustos requiere paneles confiables de sueros animales o humanos bien caracterizados, incluidos los positivos para anticuerpos específicos del MERS-CoV, así como para fuentes probables de reacción cruzada [64]. La obtención de estos materiales fue problemática y enlenteció el desarrollo y comercialización de ensayos de detección de anticuerpos para ensayos humanos [64]. Se han liberado varios kits comerciales de ELISA, kits de ensayos inmunofluorescentes (IFA), proteínas recombinantes y anticuerpos monoclonales [31, [65] [66] [68]. Inicialmente, se utilizaron IFAs convencionales para seroencuestas humanas. Estos se basaron en el cultivo celular infectado por MERS-CoV como fuente de antígeno, detectando la presencia de anticuerpos humanos anti-MERS-CoV IgG, IgM o neutralizantes en muestras humanas [18, 48, 69]. No se encontró ningún signo de anticuerpos MERS-CoV entre 2.400 sueros de pacientes que visitaron el Hospital de Jeddah, desde 2010 hasta 2012, antes de la descripción de MERS-CoV [18]. Los métodos IFA tampoco detectaron ningún signo de infección previa por MERS-CoV entre una pequeña muestra de 130 donantes de sangre sanos de otro hospital de Jeddah (recogida entre enero y diciembre de 2012) [70]. De 226 trabajadores del matadero, sólo ocho (3,5%) fueron positivos por IFA, y los sueros no pudieron ser confirmados por la prueba de neutralización del virus (NT). El estudio indicó que HCoV-HKU1 era una fuente probable de antígenos de reacción cruzada en todo el virus IFA [70]. El virus completo MERS-CoV IFA también sufrió alguna reactividad cruzada con el SRAS convaleciente sera y esto no pudo resolverse mediante una prueba de NT que también fue reactiva [71]. La IFA utilizando proteínas recombinantes en lugar del virus entero IFA, ha demostrado ser una herramienta más específica [31]. Dado que se han postulado zoonosis asintomáticas [72], la ausencia de anticuerpos contra el MERS-CoV entre algunos humanos que tienen contacto regular y estrecho con camellos puede reflejar la rareza de animales infectados activamente en carnicerías, un riesgo de transmisión limitado asociado con DCs de sacrificio [70], un estado inmune cruzado de protección preexistente o algún otro factor(s) que resulta en un bajo riesgo de enfermedad y seroconversión concurrente que se desarrolla después de la exposición en este grupo. IFA usando proteínas recombinantes en su lugar. Algunos seroensayos han pasado por alto los riesgos de trabajar con virus infecciosos al crear células transfectadas que expresan porciones recombinantes de las proteínas nucleocápsidas y punzantes del MERS-CoV [48, 73], o utilizando un lentivirus recombinante que expresa la proteína de pico del MERS-CoV Un ensayo de pseudoneutralización de partículas (ppNT) ha sido ampliamente utilizado en estudios en animales y fue al menos tan sensible como la prueba tradicional de microneutralización (MNT). [10, 74, [76] [77] [78] ] Los estudios que utilizaron pequeños números de muestra y ppNT no encontraron evidencia de anticuerpos neutralizantes MERS-CoV en sueros de 158 niños con infecciones de LRT entre mayo de 2010 y mayo de 2011, 110 sera de 19 a 52 años de edad donantes de sangre masculina y 300 trabajadores autoidentificados de animales de la Región Jazan de la KSA durante 2012 [79, 80]. Del mismo modo, un estudio de cuatro pastores en contacto con una manada infectada de DC en Al-Ahsa, ocho personas que tenían contacto intermitente con la manada, 30 veterinarios y personal de apoyo que no estaban expuestos a la manada, tres trabajadores de mataderos no protegidos en Al-Ahsa y 146 controles que no estaban expuestos a DC en ningún rol profesional, no encontró ninguna evidencia serológica de infección por MERS-CoV en el pasado utilizando el ensayo ppNT [10]. Un retraso en la respuesta de anticuerpos neutralizantes a la infección por MERS-CoV se asoció con un aumento de la gravedad de la enfermedad en los casos de Corea del Sur con la mayoría de las respuestas detectables en la tercera semana de enfermedad, mientras que otros, aunque la enfermedad era grave, no respondieron durante cuatro o más semanas [81]. Las implicaciones para nuestra capacidad de detectar cualquier respuesta en casos leves o asintomáticos no fueron exploradas, pero Un brote jordano de TRT aguda en un hospital en 2012 se encontró retrospectivamente asociado a la infección por MERS-CoV, utilizando inicialmente RT-rtPCR, pero posteriormente, y en una escala mayor, a través de la positividad por ELISA y la prueba IFA o MNT. [46, 82, 83] Este brote fue anterior al primer caso de MERS en la KSA. La ELISA utilizó una proteína nucleocápsida recombinante del grupo 2 betacoronavirus bat-CoV HKU5 para identificar anticuerpos contra la proteína MERS-CoV reactiva equivalente [71]. Se validó utilizando 545 sera recolectada de personas con HCoV-OC43, HCoV-229E, SARS-CoV, HCoV-NL63, HRV, HMPV o influenza A(H1N1), pero fue supuestamente menos específica que la I También se consideró una herramienta aplicable para el cribado de grandes números de muestra [82]. Un microarray de proteína que expresa la subunidad de proteína S1 ha sido validado y ampliamente utilizado para las pruebas de DC [5, 84]. Detección de infección por MERS-CoV usando microarray de proteína ELISA o S1 [84] suele ser seguido por IFA confirmatoria y/ o una neutralización de reducción de placa (PRNT) [69, 70, 85] o MNT test. [74, 85, 86] Este proceso confirmatorio tiene como objetivo asegurar que los anticuerpos detectados sean capaces de neutralizar específicamente el virus previsto y no sean más ampliamente reactivos a otros coronavirus encontrados en DCs (coV bovina, BCoV) o humanos (HCoV-OC43, HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoV-HKU1, SARS En el estudio más grande de sueros humanos, un proceso de diagnóstico escalonado asignó tanto el SERA positivo recombinante como el SERA ELISA recombinante a la seropositividad 'etapa 1'. Un resultado seropositivo en estadio 2 requirió además un resultado PRNT adecuadamente titulado [87]. El estudio encontró que 15 SERA recolectados en 2012 a 2013 de 10.009 (0,2%) personas en 13 provincias KSA contenían anticuerpos MERS-CoV, pero proporciones significativamente mayores en se produjeron en pastores de camellos (dos de 87; 2,3 %) y trabajadores de mataderos (cinco de 140; 3,6 %) [87]. Se necesitan encuestas contemporáneas. MERS-CoV no parece ser fácilmente transmitido de DCs a los seres humanos, o tal vez es [72], pero generalmente no desencadena una respuesta inmune detectable si sólo se producen enfermedades leves o infecciones asintomáticas. Los ensayos serológicos necesitan una validación adicional en esta área, por lo que es necesario tener cuidado al trasladar algoritmos de serología diagnóstica de reciente desarrollo de un entorno de investigación a uno que informe las decisiones de salud pública, lo que se reforzó cuando un caso falso positivo en EE.UU., supuestamente infectado después de un apretón de manos y dos reuniones cara a cara, no resistió más análisis confirmatorios utilizando un ensayo NT más específico y posteriormente se retractó [88, 89]. La OMS recomienda tomar muestras de la TRL para las pruebas RT-rtPCR del MERS-CoV, especialmente cuando la recolección de muestras se retrasa una semana o más después del inicio de los síntomas. [53] Las muestras de TRL también son mejores para intentar aislar el virus infeccioso, aunque el éxito del cultivo se reduce cuando persiste la enfermedad [49]. Los tipos de muestras recomendados incluyen lavado broncoalveolar (BAL), aspirado traqueal/traqueobronquial, líquido pleural y esputo [53, 90]. Las muestras frescas arrojan mejores resultados diagnósticos que el material refrigerado [69] y si es probable que se produzcan retrasos en las pruebas de ≥72 h, las muestras (excepto sangre) deben congelarse a −70°C [90]. Si se dispone de ellas, también se pueden realizar biopsias pulmonares o tejidos de autopsia [53]. Sin embargo, la TRU es un lugar de muestreo menos invasivo y más conveniente, y se recomienda un hisopo orofaríngeo y de garganta o un aspirado/lavado nasofaríngeo cuando se va a realizar el muestreo de TRU [90]. Los sueros emparejados, recogidos de dos a tres semanas de diferencia son preferibles para las pruebas serológicas, mientras que se sugiere que una muestra única sea suficiente si se recogen dos semanas después de la aparición de la enfermedad o un único suero recogido durante los primeros 10-12 días si se realiza RT-rtPCR [53, 90]. Se ha encontrado que la orina y las heces humanas contienen ARN MERS-CoV 12 a 26 días después de la aparición de los síntomas [25, 69, 91] y se enumeran como muestras que deben considerarse [53, 90]. En dos casos que llegaron a los Países Bajos, la orina fue RT-rtPCR negativa pero las heces fueron débilmente positivas y los sueros fueron RT-rtPCR positivos durante cinco días o más [25]. El hallazgo de ARN viral MERS-CoV en el suero proporciona una vía para estudios retrospectivos basados en PCR La ARNemia también puede correlacionarse con la gravedad de la enfermedad; los signos de virus fueron eliminados del suero de un paciente recuperado, pero se mantuvo hasta la muerte de otro [92]. Los casos de sospecha clínica de MERS pueden devolver resultados negativos por RT-rtPCR. Los datos han demostrado que una o más muestras de URT negativas pueden ser contradichas mediante un muestreo adicional de URT o el uso de muestras de LRT, lo que se prefiere [2, 43, 93]. En la LRT se producen cargas virales más altas que en la URT. [22, 69, 88, 94] Esto concuerda con la observación de que la mayoría de los síntomas de la enfermedad se reportan como enfermedad sistémica y LRT [21]. Sin embargo, en ocasiones incluso los especímenes de LRT de los casos de MERS pueden ser inicialmente negativos, sólo para más tarde ser positivos por RT-PCR [95 Esto puede deberse a una mala toma de muestras cuando la tos está ausente o no es productiva o porque la carga viral es baja [95]. A pesar de esto, tanto los mayores estudios de MERS-CoV humanos [32, [96] [97] [98] y los más pequeños [22, 25, 99], utilizan muestras de la URT. Cabe destacar que un estudio reportó una asociación entre cargas más altas en la URT y peores resultados clínicos incluyendo cuidados intensivos y muerte [94]. Al escribir, no existen datos humanos para definir si el virus se replica única o preferentemente en la LRT o URT, o réplicas en otros tejidos humanos in vivo, aunque el ARN MERS-CoV se ha detectado tanto de la URT como de la LRT en un modelo de mono macaco [100].La distribución de DPP4 en las vías respiratorias superiores humanas tampoco está bien descrita. Los estudios individuales de casos humanos reportan largos periodos de eliminación viral, a veces intermitentes y no necesariamente relacionados con la presencia de síntomas de la enfermedad. [25, 69, 99, 101] En un caso, un HCW arroja ARN viral durante 42 días en ausencia de enfermedad [99]. Es un área de alta prioridad para entender mejor si estos casos son capaces de infectar a otros. Más de tres cuartas partes de los casos de MERS arrojan ARN viral en sus muestras de TL (aspirados traqueales y esputo) durante al menos 30 días, mientras que sólo el 30 % de los contactos seguían arrojando ARN en sus muestras de TRU [91, 102]. En el único estudio para examinar el efecto del tipo de muestra en el análisis molecular, se examinaron 64 aspirados nasofaríngeos (ANP; una muestra de TRU), 30 aspirados traqueales, 13 Los aspirados traqueales y el BAL devolvieron los valores de carga viral más altos seguidos por el NPA y el esputo. Como era de esperar, las cargas virales más altas generalmente coincidían con la secuenciación del genoma completo y el éxito del cultivo y, en las pruebas del NPA, estaban significativamente correlacionadas con enfermedades graves y muerte [49, 94, 103]. Este estudio demostró la importancia del muestreo de LRT para la secuenciación del genoma completo. Cuando se probó, las muestras positivas para el MERS-CoV a menudo son negativas para otros patógenos [25, 93, 104]. Sin embargo, muchos estudios no mencionan pruebas adicionales para virus respiratorios humanos endémicos [21, 23, 73, 105]. Cuando se buscan virus, se han incluido el herpesvirus humano (VHH), los rinovirus (VHR), los enterovirus (VVV), el virus sincitial respiratorio (VRS), el virus parainfluenzavirus tipos 1, 2 y 3 (VIP), los virus de la gripe (VFI), los HCoV endémicos, los adenovirus (VCD) metapneumovirus (VPM) y el virus influenza A\H1N1; en ocasiones se han encontrado codetecciones con MERS-CoV [2, 22, 37, 69, 97]. A veces se incluyen pruebas bacterianas (por ejemplo, para Legionella y Pnemocococcus), pero el impacto de la copresencia bacteriana tampoco está claro [22, [104] [105] [106]. Otras pruebas de la muestra de TRL del primer caso del MERS utilizaron IFA para detectar algunos virus (negativos para IFV, PIV, RSV y AdVs) y RT-PCR para otros (negativos para AdV, EV, MPV y HHVs) [18]. RT-PCR también detectó MERS-CoV. La OMS recomienda encarecidamente pruebas para otros patógenos respiratorios [53] pero con esta recomendación a menudo descontada, hay datos limitados para abordar la ocurrencia y el impacto de coinfecciones o diagnósticos virales alternativos entre ambos casos del MERS y sus contactos. Poco se sabe de otras causas de neumonía similar al MERS en el KSA o de la carga general de enfermedad debido a los virus respiratorios clásicos conocidos. Pruebas de peregrinos adultos que realizan el Hajj en 2012 a 2014 no ha detectado ningún MERS-CoV. En 2012, se realizaron pruebas de hisopos nasales de 154 peregrinos recogidos antes de partir hacia el KSA o partir de él [47]. En 2013, las pruebas se ampliaron significativamente con 5.235 hisopos nasofaríngeos de 3.210 peregrinos entrantes y 2.025 hisopos de peregrinos salientes probados [98]. Cabe señalar que la mayoría de los peregrinos llegaron de países libres de MERS. Se tomaron otros 114 hisopos de peregrinos con enfermedad similar a la gripe [96, 107]. En reuniones anteriores del Hajj, se descubrió que los virus de la gripe circulaban ampliamente, mientras que otros virus, a menudo rinovirus, circulaban de manera más selectiva, interpretando que indicaban su importación junto con peregrinos extranjeros [107] [108] [108] Con el tiempo, el aumento de la vacunación contra la gripe se ha acreditado como una disminución de la prevalencia de enfermedades similares a la gripe entre los peregrinos [110] A menudo no se recoge una muestra de TRL para estos estudios [98, 107, 109], por lo que los hallazgos negativos falsos son una posibilidad, aunque poco se sabe sobre el sitio inicial de infección y replicación del MERS-CoV; se puede haber supuesto que fue la TRL porque la enfermedad se notó por primera vez allí, pero la TRL puede ser el lugar de la replicación más temprana. En Jeddah entre marzo y julio de 2014 (en adelante, el brote de Jeddah-2014; Fig. 3 ), hubo un rápido aumento en los casos del MERS, acompañado de un intenso cribado; aproximadamente 5.000 muestras de dentro y alrededor de la región se probaron en un mes, produciendo alrededor de 140 detecciones del MERS-CoV (prevalencia ~3 %) [111]. Entre los 5.065 individuos muestreados y analizados en la KSA entre octubre de 2012 y septiembre de 2013, se realizaron 108 (2,1%) detecciones en una población hospital-céntrica que incluyeron casos hospitalizados (n = 2.908; 57,4 %), sus familias (n = 462; 9,1 %) y HCW asociados (n = 1.695; 33,5 %) [32]. Entre las detecciones, 19 (17,8 %) eran HCW y 10 (9,3 %) eran contactos familiares [32]. La prevalencia del 2-3 % de infecciones activas por MERS-CoV no es diferente a la prevalencia hospitalaria de otras COV humanas. [112] Sin embargo, la proporción de muertes entre los infectados por MERS-CoV es mucho mayor que la conocida por los HCoV NL63, HKU1, 229E u OC43 en otros países, e incluso superior a la de SRAS-CoV; no es un virus que pueda razonablemente ser descrito como una "tormenta en una taza de té". Es la baja tasa de transmisión que ha evitado la propagación mundial, a pesar de muchas "oportunidades". Muy temprano en el brote de MERS, algunos animales fueron altamente considerados como el reservorio o huésped(s) intermedio(s) de MERS-CoV con tres de los cinco primeros casos que tuvieron contacto con DCs [73, 113, 114]. Hoy en día, las infecciones por MERS-CoV animales deben ser reportadas a la organización mundial para la salud animal como una enfermedad emergente [115]. Un resumen de los primeros casos de MERS reportados por la OMS definió el contacto animal con humanos como directo y dentro de los 10 días previos al inicio de los síntomas [20]. Esta definición no permitió específicamente la adquisición de DCs a través de una vía basada en gotitas, que es muy probable que sea la vía de adquisición de un virus que inicialmente y predominantemente causa enfermedad respiratoria [23]. Se sabe que los camellos producen altos niveles de ARN MERS-CoV en su URT y pulmones [116]. Proporcionando apoyo para una vía de transmisión de gotitas y tal vez indicando la presencia de ARN en núcleos más pequeños y secos de gotitas, se identificó ARN MERS-CoV en una muestra de aire de alto volumen recogida de un granero que alberga un DC infectado [117]. La fuente precisa de la que los humanos adquieren MERS-CoV sigue siendo poco estudiada pero parece probable Estos factores pueden resultar importantes para los casos humanos que no describen ningún contacto DC [119] ni ningún contacto con un caso confirmado. Si la definición de contacto con animales de la OMS es suficiente para identificar la exposición a este virus respiratorio no está clara. La formulación se centra en el consumo de productos DC, pero no atribuye específicamente el riesgo a una vía de gotitas para la adquisición de MERS-CoV desde DC [120]. Algunos pacientes MERS se enumeran en los avisos de enfermedad de la OMS como próximos a los DCs o granjas, pero los individuos no han descrito entrar en contacto con los animales. No se reporta ninguna vía alternativa para adquirir infección en muchos de estos casos. Lo que constituye una definición de "contacto" durante estas entrevistas se ha definido para un estudio [72]. A pesar de esta falta de claridad, la OMS considera que la evidencia que vincula la transmisión de MERS-CoV entre DCs a humanos es irrefu La posibilidad de que los murciélagos fueran un huésped animal de MERS-CoV fue ampliamente discutida inicialmente debido a la diversidad existente de coronavirus conocidos por residir entre ellos [121] [122] [123]. Evidencia concluyente que apoya a los murciélagos como fuente de infecciones humanas por MERS-CoV todavía no se ha encontrado, pero los murciélagos parecen albergar a los representantes ancestrales [53, 125]. Sin embargo, estas no son variantes del mismo virus ni siempre dentro del mismo linaje filogenético que MERS-CoV; cada uno son un virus genéticamente distinto. La infección de murciélago a humano por MERS-CoV es un evento puramente especulativo. La única pieza de evidencia específica del MERS-CoV que apunta a los murciélagos se origina en la amplificación de un fragmento de 190 nt del gen ARN dependiente de la polimerasa del genoma del MERS-CoV, identificado en un pellet fecal de un murciélago insectívoro Emballonuridae, Taphozous perforatus encontrado en Bisha, el KSA [121]. Aunque muy corta, la secuencia del fragmento lo definió como un descubrimiento diagnóstico. Posteriormente se informó de un enlace a los DC [85] y ese enlace ha madurado en una asociación verificada [38, 126] (Fig. 4). (Véase la figura en la página anterior.) Fig. 3 Detecciones mensuales de MERS-CoV (barras azules) y de casos que murieron (barras rojas) con algunas fechas de interés marcadas para 2012 al 4 de septiembre de 2015. Se indica una aproximación de cuando la estación de parto DC [128] y cuando los DC recién nacidos son destetados. La primavera (verde) y el verano (naranja) en la Península Arábiga también están sombreados. Tenga en cuenta la escala del eje y de la izquierda para 2014 y 2015 que es mayor que para 2012/13. Fuentes de estos datos públicos incluyen la OMS, Ministerios de Salud y FluTrackers [207] [209] [209]. Versiones anteriores y posteriores de este gráfico se mantienen en un blog personal [210]. Modificado y reimpreso de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio de Oriente Medio: Una infección por coronavirus emergente rastreada por la multitud. Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con permiso de Elsevier [5] Los DCs, que constituyen el 95 % de todos los camellos, tienen una presencia central en la El contacto puede ser común y puede ocurrir de diversas maneras (Fig. 4a). Hay varios grandes festivales, razas, ventas y desfiles bien atendidos que cuentan con DCs y DCs también son mantenidos y criados cerca de áreas pobladas en el KSA [127, 128]. La leche y la carne DC son ampliamente consumidas y el DC más viejo es un animal de importancia ritual después de la peregrinación del Hajj [129]. Sin embargo, la frecuencia de infección del MERS-CoV es mucho menor que el hábito generalizado y frecuente de comer, beber y preparar productos DC. La ingestión diaria de leche DC fresca no pasteurizada es común entre los beduinos del desierto y muchos otros en el KSA. La orina DC también se consume o se utiliza para supuestos beneficios para la salud. A pesar de que la carnicería de camellos es una ocupación local, ni los carniceros ni otros grupos en riesgo son identificables entre los casos de MERS; esto puede ser simplemente un problema de información en lugar de una ausencia inexplicable de MERS. Un pequeño estudio de casos y controles publicado en 2015 identificó el contacto directo con la DC, y no la ingestión de productos, para estar asociado con la aparición de MERS [38]. La primera investigación sero-encuesta de ganado que vive en la región de Oriente Medio se llevó a cabo durante 2012-2013 [85]. Los DCs fueron muestreados a partir de una manada de canarios nacidos principalmente y de DCs omaníes (originalmente importados del Cuerno de África) [85]. b Las infecciones de camello a humano parecen ser poco frecuentes, mientras que la propagación de la infección de ser humano a ser humano se ve facilitada regularmente por una CIP deficiente en los entornos de salud donde se amplifica la transmisión, lo que explica la mayor parte de los casos. Hay casos de MERS humanos que no entran en ninguna de las categorías de origen y no está claro si estas infecciones adquiridas a través de alguna vía totalmente separada, o de casos que escaparon al diagnóstico. c Las formas hipotéticas en las que la subclínica (cuando la infección puede no alcanzar un umbral clínico previamente definido de signos y/o síntomas) o asintomáticas (sin signos obvios ni medidos, observados o recordados de enfermedad) la infección por MERS-CoV puede estar implicada en la transmisión DC sera podría neutralizar MERS-CoV mientras que todas las seras DC de Omán tenían niveles elevados de anticuerpos neutralizantes específicos de MERS- Desde este estudio, una serie de informes revisados por pares han analizado tanto a los DCs como a otros animales, y la posibilidad de que puedan albergar la infección por MERS-CoV. Se han encontrado DCs seropositivos en toda la Península Arábiga, incluyendo Omán, la KSA, Qatar, Jordania, los Emiratos Árabes Unidos (EAU), Kuwait así como Sudán, Somalia, Egipto, Túnez, Nigeria, Kenia y Etiopía en África y las Islas Canarias [85, [130] [133] [133] [134]. Otros animales probados incluyen ovejas, vacas, cerdos, caballos, burros, mulas, aves, búfalos acuáticos, cabras, camellos bactrianos, llamas y guanacos (camélidos suramericanos) pero ninguno tenía anticuerpos neutralizantes detectables contra MERS-CoV [4, 74, 78, 85, 86, 135, 136]. No se han notificado hasta la fecha estudios de virología o serología de muestras humanas procedentes de zonas de África donde hay camellos con antecedentes de MERS-CoV. Sin embargo, la ausencia de neumonía inexplicable que pueda atribuirse a la infección por MERS-CoV puede no indicar la ausencia de virus entre los seres humanos en cada país, sino simplemente reflejar la falta de costosos estudios de epidemiología realizados por países pobres en recursos. Por lo tanto, no está claro si el MERS-CoV, o una CoV relacionada con antígenos, es un patógeno no reconocido en estas regiones, quizás circulando durante más tiempo del que se ha conocido en la Península Arábiga [133]. El ARN del MERS-CoV también se ha detectado en muestras de DC, y también se ha logrado la recuperación del virus infeccioso a partir de muestras de DC [4, 77, 117, 132, [137] [139] De algunos de ellos, se han secuenciado genomas completos o mayoritarios de MERS-CoV [77, 137, 138]. Las versiones DC de MERS-CoV fueron tan similares entre sí, como las variantes detectadas de diferentes seres humanos a lo largo del tiempo y a lo largo de la distancia. Los ensayos de detección de anticuerpos anticuerpos también han detectado anticuerpos cruzados en sera. Estos se identificaron como tales mediante la detección de sera contra virus similares, por ejemplo BCoV o HCoV-OC43 (como facsímil antigénico para BCoV). Es posible que otros virus similares a MERS-CoV también residan dentro de los DCs, pero esto no menoscaba el hallazgo definitivo de secuencias genéticas de MERS-CoV tanto en DCs como en humanos [117, 142, 143]. Los estudios de detección han demostrado que los DC juveniles son más a menudo positivos para el virus o el ARN viral, mientras que los DC mayores son más propensos a ser seropositivos y ARN o virus negativos [76, 77, 144]. En los DC adultos, se ha detectado ARN MERS-CoV entre animales con anticuerpos preexistentes, lo que sugiere que es posible la reinfección [77, 144]. Las cargas virales entre DC positivos pueden ser muy altas [4, 76, 77, 139, 144] y DCs se han encontrado positivos tanto cuando están enfermos con signos respiratorios de TRU [77, 117, 142, 145] o cuando aparentemente sanos [137]. Estos hallazgos indican que los DCs hospedan infecciones naturales MERS-CoV. Además, los sera DC almacenados han revelado signos de MERS-CoV en DCs que datan de hace más de tres décadas (los más tempranos Los sera más viejos no han sido probados y, por lo tanto, cuánto tiempo los DC han sido afectados por MERS-CoV, si el virus es enzoótico entre ellos, introducidos hace décadas o siglos de murciélagos en África o la Península Arábiga, o son objeto de incursiones virales regulares pero de corta duración de un huésped aún desconocido, no pueden ser respondidos. Los investigadores buscaron determinar una dirección para la infección; estaban los DC transmitiendo virus a los seres humanos o estaban los humanos infectando DC? En un sitio de Qatar, un propietario de una granja y su empleado se enfermaron a mediados de octubre de 2013 y dieron positivo para el ARN MERS-CoV en una muestra de esputo y hisopos de garganta, respectivamente. RT-rtPCRs encontró MERS-CoV ARN en 11 de 14 hisobas nasales de DC positivas en la granja; seis (43 %) positivos Los resultados indicaron que se había producido un brote reciente en este rebaño; la primera indicación de ARN MERS-CoV encontrado en DCs con una asociación temporal a infecciones humanas; tres muestras de DC positivas fueron confirmadas por secuenciación de una porción de 358 nt del gen de la espiga; estas secuencias eran idénticas unas a otras, de nuevo con homología cercana a otras secuencias humanas y DC MERS-CoV [138]. Los DCs y contactos humanos produjeron secuencias ORF1a y ORF4b que diferían por un solo nucleótido cada una, agrupando estrechamente con la variante Hafr-Al-Batin_1_2013 [138]. Estudios de casos posteriores encontraron evidencia de una infección humana y DC concurrente y la dirección de esa infección fue inferida a partir de los DCs enfermos y a sus propietarios humanos [117, 142, 146]. Las secuencias del genoma parcial indicaron que un humano y un DC positivo de la RT-RTPCR del MERS-CoV habían sido infectados por una variante del mismo virus, albergando el mismo patrón distinto de polimorfismos de nucleótidos. [142] Todos los nueve DC en la manada del propietario, muestreados en serie, reaccionaron en un antígeno S1 recombinante ELISA, con los dos animales que habían sido positivos de la RT-rtPCR mostrando un pequeño aumento verificable del título de anticuerpos [142]. Un aumento del título teóricamente comienza 10 a 21 días después de la infección de la DC [142]. Los autores sugirieron que el aumento del título en la suera de la DC que ocurrió junto con una disminución de la carga de ARN, mientras que el paciente estaba activamente enfermo y hospitalizado, indicó que los DC fueron infectados primero seguidos por el propietario [117, 142]. Los anticuerpos BCoV también estuvieron presentes, y aumentaron en uno de los dos animales positivos RT-rtPCR, pero ninguno de ellos pudo neutralizar la infección BCoV [142]. La temporada de parto en camellos se produce en los meses de invierno (entre finales de octubre y finales de febrero; Fig. 3 ) y este puede ser un momento en el que existe un mayor riesgo para los seres humanos de derrames debido a nuevas infecciones entre las poblaciones de DC ingenuas [128]. ¿Qué papel podría desempeñar el anticuerpo de camello materna en el retraso de la infección de terneros sigue siendo desconocido [128, 142]. Los DC juveniles parecen tener una infección activa con más frecuencia que los DC adultos y, por lo tanto, el sacrificio de los DC, que debe ser de cinco años de edad o más (llamados a thane), puede no ir acompañado de un riesgo significativo de exposición a la infección. A diferencia de los resultados anteriores, los trabajadores de los mataderos que matan tanto a los DC más jóvenes como a los más viejos, pueden ser un grupo ocupacional con una incidencia significativamente mayor de seropositividad a la MERS-CoV cuando los animales tienen infecciones activas por MERS-CoV [129, 139, [147] [148] [149]. Las investigaciones virológicas ampliadas de los DC africanos pueden dar lugar a animales más seropositivos y zonas geográficas en las que los seres humanos pueden estar en riesgo. Es posible que haya zonas en las que los seres humanos ya albergan infecciones por MERS-CoV que no se han identificado debido a la ausencia de vigilancia de laboratorio. Las investigaciones virológicas de los murciélagos pueden dar lugar a hallazgos de virus ancestrales y "eslabones de pérdida viral" e identificar cualquier otra fuente animal de propagación zoonótica es importante para informar opciones para reducir la exposición humana [56, El MERS-CoV infeccioso añadido a la leche de CC, cabra o vaca y almacenado a 4 °C podría recuperarse al menos 72 h más tarde y, si se almacena a 22 °C, la recuperación fue posible hasta 48 h [150]. El título de MERS-CoV disminuyó un poco cuando se recuperó de la leche a 22 °C, pero la pasteurización completamente ablada Infectividad MERS-CoV [150]. En un estudio posterior, se identificó ARN MERS-CoV en la leche, secreción nasal y heces de DCs de Qatar [151]. Un estudio único ha examinado la capacidad de MERS-CoV para sobrevivir en el medio ambiente [150]. Las superficies plásticas o de acero fueron inoculadas con 10 6 TCID 50 de MERS-CoV a diferente temperatura y humedad relativa (RH) y se A alta temperatura ambiente (30°C) y a baja RH (30 %) MERS-CoV permaneció viable durante 24 h [150]. En comparación, un virus respiratorio bien conocido y eficientemente transmitido, el virus influenza A, no pudo recuperarse en cultivo más allá de cuatro horas bajo ninguna condición [150]. Los experimentos de Aerosol encontraron que la viabilidad del MERS-CoV sólo disminuyó un 7 % a baja RH a 20°C. En comparación, el virus influenza A disminuyó un 95 % [150]. La supervivencia del MERS-CoV es inferior a la demostrada previamente para el SARS-CoV [152]. En el contexto, las bacterias patógenas pueden permanecer viables y en el aire durante 45 minutos en un aerosol tosido y pueden propagarse 4 m. La capacidad de MERS-CoV para permanecer viable durante largos períodos de tiempo le da la capacidad de contaminar completamente las superficies de Se desconoce si el MERS-CoV puede permanecer a la deriva e infeccioso durante períodos prolongados (verdaderamente aerotransportado) y si estos hallazgos amplían nuestra comprensión de las posibilidades de que las gotitas transmitan virus respiratorios en muchos entornos, incluyendo salas de espera hospitalarias, departamentos de emergencia, salas de tratamiento, instalaciones de cuidados intensivos abiertos y salas privadas de pacientes. La naturaleza y calidad del intercambio de aire, circulación y filtración son variables importantes en la medición y reducción del riesgo, así como el uso de salas de presión negativa para contener casos conocidos. Se considera que la propagación de la gota entre humanos es el mecanismo de transmisión humana a humana y se hizo hincapié en la necesidad de precauciones de las gotas después del hospital Al-Ahsa, la KSA y los brotes de Corea del Sur [21, 23, 154, 155]. La provisión de pruebas que apoyen la mejor formulación de equipos de protección personal para ser usados por los HCW que reciben, manejan o realizan procedimientos en casos infecciosos sigue siendo una prioridad. MERS-CoV fue encontrado y caracterizado por su aparente asociación con enfermedades graves, y por lo tanto más obvias, en humanos; éramos canarios en la mina de carbón. Seroensayos y estudios prospectivos de cohortes todavía no han determinado hasta qué punto los casos más leves o asintomáticos contribuyen a las cadenas de transmisión de MERS-CoV. Sin embargo, la transmisión de MERS-CoV se define como esporádica (no sostenida), intrafamiliar, a menudo asociada a la atención médica, ineficiente y que requiere contacto cercano y prolongado [22, 31, 63, 93, 97, 102, 156] En un estudio doméstico, 14 de 280 (5 %) contactos de 26 pacientes con índice positivo de MERS-CoV eran ARN o anticuerpos positivos; la tasa de transmisión general, incluso en brotes es de alrededor del 3 % [31]. Parece que la mayoría de los casos humanos de MERS-CoV, incluso cuando los números parecen aumentar repentinamente, no transmiten fácilmente a más de otro humano hasta la fecha, la epidemia localizada de MERS-CoV no ha sido autosostenible [157] [159] [160] [161]. Es decir, el número básico de reproducción (R 0 ) -el número medio de infecciones causadas por un individuo infectado en una población totalmente susceptible ha estado cerca de uno en varios grupos y brotes. Si R 0 era mayor que 1, se esperaría un aumento sostenido en el número de casos. Algunos cálculos de R o pueden verse afectados por el rastreo incompleto de los contactos de casos, pruebas comunitarias limitadas y cómo se define un caso. El MERS ha tenido una presencia constante en la Península Arábiga desde 2012 se debe a los eventos de derrames esporádicos en curso de DCs amplificados por brotes hospitalarios mal controlados. En marcado contraste, una seroencuesta de HCW que a veces estaba en contacto cercano y prolongado con el primer caso fatal de MERS-CoV en 2012 [162], encontró que ninguno de los HCW se había seroconvertido cuatro meses más tarde, a pesar de la ausencia de protección ocular y el cumplimiento variable de los estándares requeridos de EPP [162]. Al principio de la historia del MERS, las muestras para la prueba fueron recolectadas principalmente de pacientes con enfermedad grave y no de aquellos con infecciones respiratorias agudas más leves. Los contactos de los casos confirmados de MERS fueron a menudo observados para enfermedad clínica, pero no probados. Estas omisiones pueden haber confundido nuestra comprensión de la transmisión del MERS-CoV y sesginar los datos tempranos hacia un mayor número de pacientes gravemente enfermos y hospitalizados, inflando la aparente proporción de casos mortales. A medida que cambiaban los paradigmas de las pruebas y se hacían cada vez más pruebas de los contactos, se reconocían infecciones más asintomáticas y leves [163]. Un aumento en los casos llamados asintomáticos (que amplían el denominador para los cálculos de la proporción de casos mortales, definida en [164] ) dio lugar a una disminución en la proporción de casos mortales durante el brote de Yeddah-2014. Históricamente, tales aumentos son consistentes con la modificación de las definiciones y respuestas de laboratorio y el manejo clínico de una infección por virus recién descubierta que se observó por primera vez sólo entre los enfermos graves. Tras el seguimiento, más de tres cuartas partes de esas personas positivas del ARN del MERS-CoV recordaron haber tenido uno o más síntomas en ese momento, a pesar de que se notificó como asintomática [165], planteando alguna pregunta sobre la fiabilidad de otros datos Aproximadamente el 43 % de los casos MERS (549 de 1277) en la KSA fueron mortales entre 2012 y diciembre de 2015, mientras que el 21 % (72 de 330) fallecieron entre los que se produjeron fuera de la KSA. El número total de casos masculinos siempre supera en número a las mujeres y la proporción de muertes masculinas es siempre mayor que la proporción de mujeres que mueren. Sin embargo, la proporción de muertes masculinas de varones totales con MERS es similar a la de las mujeres. En la KSA, hay una mayor proporción de varones más jóvenes entre los casos y muertes que se observaron en los brotes de Corea del Sur o Jeddah-2014 de 2015 (Fichero adicional 2: Figura S2 ). Por qué estos aspectos han diferido pueden deberse a diferencias en el tiempo de presentación y diagnóstico, la naturaleza y calidad de la atención de apoyo, la forma en que una persona se contagió (habita, exposición a una fuente humana o zoonótica, carga viral, vía de infección) o la medida en que las diferentes poblaciones se ven afectadas por enfermedades subyacentes [40]. Como grupo, los HCW representaron el 16 % de los casos de MERS en la KSA y Corea del Sur. Es evidente que la proporción semanal de HCW infectados aumenta junto con cada fuerte aumento en las detecciones generales (Fig. 5). En mayo de 2013, la OMS publicó directrices para IPC durante el cuidado de casos probables o confirmados de infección por MERS-CoV en un entorno sanitario [166]. Estos aumentos en las detecciones de MERS-CoV pueden disminuir la edad media durante cada evento debido a que los HCW son generalmente más jóvenes que los pacientes internados con MERS. Las instalaciones sanitarias han sido un objetivo regular de mejoras sugeridas para mejorar los procedimientos de prevención y control de infecciones (IPC) [115, 118]. La mayor parte del análisis de la genética MERS-CoV se ha realizado utilizando métodos de secuenciación de alto rendimiento o "profundo" para la deducción completa del genoma [167] [168] [169]. MERS-CoV fue el primer sujeto de un uso tan extendido de secuenciación profunda para estudiar un brote viral emergente con alcance global. La técnica puede producir genómica [207] [209]. Las versiones anteriores y posteriores de esta tabla se mantienen en un blog personal [210] cobertura de longitud en un solo experimento con medición altamente repetitiva de cada posición de nucle A pesar de los ensayos publicados al principio, la secuenciación subgenómica, una vez el pilar de los estudios de brotes virales, se ha publicado con menos frecuencia durante la caracterización de MERS-CoV [48]. A medida que se han caracterizado más genomas tanto de humanos como de DC, se han hecho evidentes dos clados; A y B (Fig. 6). Clade A contiene sólo genomas de MERS-CoV derivados del hombre de Jordania, mientras que Clade B comprende la mayoría de genomas humanos y de camellos deducidos hasta ahora [168]. Dos estudios durante 2015, uno mirando a variantes de Jeddah-2014 MERS-CoV y otro mirando a una variante exportada de Corea del Sur a China, ahora han identificado signos de recombinación genética entre variantes de MERS-CoV. Si bien las secuencias del genoma humano y del genoma entero de camello han conservado una identidad de >99 % entre sí, los miembros de linajes genéticamente distintos pueden intercambiar material genético y lo hacen cuando co-ocurren condiciones adecuadas y co-fecciones [170] [171] [172]. La identidad compartida implica que la principal fuente de adquisición humana es el DC, en lugar de otro animal, aunque se necesitan más pruebas de otras especies animales para confirmar esa conclusión. Durante un mes, un virus de DC secuenciado en diferentes ocasiones no cambió en absoluto indicando un grado de estabilidad genómica en su huésped, apoyando que los DC son el anfitrión natural, en lugar de intermedio, del MERS-CoV que conocemos hoy [77]. Hasta la fecha, la recombinación se ha localizado en puntos de ruptura cerca del límite entre las regiones ORF1a y ORF1b, dentro del gen de pico [170] No es inesperado que la recombinación se produzca ya que es bien conocida entre otras CoVs [124] y porque la mayoría de los genomas enteros del MERS-CoV recogidos a partir de muestras de tres años (2012-2015) y de seres humanos, camellos y diferentes países han mostrado una identidad genética cercana entre sí, con una variación sutil suficiente para apoyar investigaciones de brotes mientras se aplique la secuenciación del genoma completo [52, 77, 135, 138, 168, [173] [174] [175]. Los cambios en la secuencia del genoma pueden anunciar alteraciones en la transmisibilidad del virus, replicación, persistencia, letalidad o respuesta a medicamentos futuros. Si tenemos conocimiento previo del impacto de los cambios genéticos debido a estudios de caracterización exhaustivos, podemos establecer una estrecha relación genética entre las secuencias de nucleótidos del MERS-CoV (cargado desde GenBank utilizando los números de adhesión enumerados y Este árbol de unión vecino fue creado en MEGA v6 utilizando una alineación de las secuencias humanas y DCderivadas de MERS-CoV (Genious v8.1 [211] ). Clades se indican junto a barras verticales azules oscuras (Clade A) o pálidos (Clade B). Los iconos de camello denotan genomas de DC. Los brotes sanitarios o comunitarios se encajonan y etiquetan utilizando esquemas previamente descritos [212, 213] monitorean las regiones genómicas y entienden mejor cualquier cambio en la transmisión o patrones de enfermedad a medida que ocurren. Las mutaciones genéticas observadas durante el mayor de los brotes humanos, Jeddah-2014, no impartieron ningún cambio importante replicativo o inmunomodulador cuando se comparan con las variantes virales anteriores in vitro [156, 176]. Sin embargo, entendemos muy poco de los resultados fenotípicos que resultan del cambio genético sutil en Hasta la fecha no se ha informado de ninguna relevancia clínica ni de cambios in vivo evidentes en la replicación, eliminación o transmisión vírica, o se ha atribuido a mutaciones o a nuevos virus recombinantes [156]. Pero se necesitan vigilancia y estudios más grandes, contemporáneos e in vivo. La secuencia genomática localizada a un clado distinto se identificó a partir de un DC egipcio que probablemente fue importado de Sudán. Esto no encaja en ninguno de los clados actuales [125, 168, 177]. Un virus secuenciado a partir de un murciélago Neoromicia capensis estaba más estrechamente relacionado con el MERS-CoV que otras grandes secuencias derivadas de murciélagos habían estado hasta ese punto, pero el genoma de una variante de un MERS-CoV aún no se ha descubierto y deducido de cualquier murciélago [125]. Los análisis de genomas del MERS-CoV han demostrado que la mayoría de las diferencias nucleó 2), que codifica la proteína de pico y proteínas accesorias [168]. Al menos nueve genomas del MERS-CoV contenían sustituciones de aminoácidos en el dominio de unión a los receptores (RBD) de la proteína de pico y los codones 158 (región N-terminal), 460 (RBD), 1020 (en la repetición de heptad 1), 1202 y 1208 investigación de osos como marcadores de cambio adaptativo [140, 169]. La proteína de pico no había cambiado en el genoma recombinante del MERS-CoV identificado en China en 2015, pero se informó que había variado a un ritmo superior al de genomas completos del MERS-CoV, entre variantes surcoreanas [172, 178]. Esto destaca que las regiones subgenómicas pueden no siempre contener suficiente diversidad genética para ser útiles para diferenciar variantes virales. A pesar de esto, un ensayo que amplificaba un fragmento de nucleótido 615 del gen de dominio S2 de pico para la secuenciación de Sanger coincidió con los resultados generados por la secuenciación de algunos genomas completos y fue útil para definir grupos de secuencias adicionales [177]. La secuencia genómica también se puede utilizar para definir los límites geográficos de un cúmulo o brote y monitorear su progreso, basado en la similitud de las variantes encontradas entre humanos y animales infectados cuando ocurren juntos, o entre diferentes sitios y tiempos (Fig. 6 ) [169]. Este enfoque se utilizó al definir el brote de hospital MERS con limitaciones geográficas en Al-Ahsa, que ocurrió entre el 1 de abril y el 23 de mayo de 2013, así como los cúmulos en Buraidah y un brote comunitario en Hafr Al-Batin, el KSA. La secuenciación genómica identificó que aproximadamente 12 detecciones de MERS-CoV de un brote comunitario en Hafr Al-Batin entre junio y agosto de 2013 pudieron haber sido desencadenadas por un caso índice que se infectó a través del contacto DC [175]. La secuenciación de genomas de MERS-CoV del brote hospitalario de Al-Ahsa de 2013 indicó que múltiples variantes virales contribuyeron a los casos, pero que la mayoría fueron lo suficientemente similares entre sí como para ser consistentes con la transmisión humano-humana. La epidemiología molecular ha revelado enlaces ocultos en cadenas de transmisión que abarcan un período de hasta cinco meses [179]. Sin embargo, la mayoría de los brotes no han continuado durante más de dos a tres meses y por lo tanto las oportunidades para que el virus se adapte más a los seres humanos a través de la coinfección y el tránsito en serie sostenido han sido raras [169]. En Riad-2014, la evidencia genética apoyaba la probabilidad de múltiples introducciones externas de virus, implicando una gama de instalaciones de salud en un caso que de otro modo parecía contiguo [23, 168, 179]. Riad es un nexo para el viaje de camellos y humanos y ha tenido más casos MERS que cualquier otra región de la KSA hasta la fecha, pero también alberga una amplia gama de variantes MERS-CoV [128, 167, 179]. Sin embargo, el brote surcoreano se originó de una sola persona infectada, resultando en tres a cuatro generaciones de casos [180, 181]. Estudios de esta variante viral aparentemente recombinante no encontraron un aumento de la tasa evolutiva y ningún signo de adaptación al virus, por lo que el brote parece haber sido impulsado por circunstancias más que por circunstancias junto con mutación [181]. Para muchos casos MERS detectados fuera de la Península Arábiga, se El rastreo de contacto es esencial para contener la aparición y transmisión de un nuevo virus y hoy en día está apoyado por la epidemiología molecular. Aunque es un proceso costoso y que consume tiempo, el rastreo de contacto puede identificar posibles nuevas infecciones y, a través del monitoreo activo o pasivo, reaccionar más rápidamente si la enfermedad se desarrolla. Los resultados del rastreo de contacto hasta la fecha han encontrado que la transmisión continua entre los seres humanos es un evento poco frecuente. Por ejemplo, hubo 83 contactos, tanto sintomáticos como asintomáticos, de un caso tratado en Alemania que viajó desde los Emiratos Árabes Unidos pero no se encontraron signos de virus o anticuerpos en ninguno de ellos [73]. En un estudio de 123 contactos de un caso tratado en Francia, sólo siete coincidieron con la definición de un posible caso y fueron probados; uno que había compartido una habitación hospitalaria de 20 m2 mientras que en una cama a 1,5 m de distancia del caso índice durante un período prolongado fue positivo [26]. Ninguno de los contactos de los dos primeros casos MERS importados a los EE.UU. en 2014 contenía ninguna huella MERS-CoV [182] y ninguno de los 131 contactos de dos viajeros que regresaron a los Países Bajos desarrolló anticuerpos MERS-CoV o testó ARN positivo [25, 183]. Los análisis de datos públicos revelan muchos casos probables de adquisición nosocomial de infección en la Península Arábiga y estos datos pueden ir acompañados de algunos detalles que señalan el contacto con un caso o instalación conocido. Un ejemplo identificó el papel probable de un paciente con una infección subclínica, presente en un hospital durante su ingreso por otras razones, como el caso índice más probable que desencadena un grupo familiar [93]. El rastreo de contacto fue un factor significativo en la terminación de un brote de 2015 con múltiples hospitales surcoreanos [184]. Estos estudios demuestran la necesidad de encontrar y comprender un papel para los casos leves y asintomáticos, junto con la restricción del contacto cercano o la exposición prolongada de las personas infectadas a otras, especialmente familiares mayores y amigos con enfermedad subyacente (Fig. 4c). El brote asociado al hospital en Jeddah en 2014 fue la acumulación más grande y rápida de las detecciones de MERS-CoV hasta la fecha. El mayor número de detección de MERS-CoV de cualquier mes registrado se produjo en Yeddah en abril. El brote se asoció principalmente (> 60 % de los casos) con la propagación de seres humanos a seres humanos dentro de los entornos hospitalarios y se debió a la falta de prevención y control de las infecciones o a su desorganización [37, 185, 186]. Un aumento de las muertes siguió al rápido aumento del número de casos. En 2015 ocurrieron dos grandes brotes. Corea del Sur fue el lugar del primer brote a gran escala fuera de la Península Arábiga y produjo los primeros casos tanto en Corea del Sur como en China, entre mayo y julio de 2015. Esto fue seguido de cerca por un brote distinto en la provincia de Ar Riyad, en la KSA, que parecía estar bajo control a principios de noviembre. Después de permanecer en Bahréin durante dos semanas, un varón de 68 años (68 M) viajó a Corea del Sur vía Qatar, llegando libre de síntomas el 4 de mayo de 2015 [187]. Desarrolló fiebre, Visitó una clínica como ambulatorio entre los días 12 y 15 de mayo y fue ingresado en el Hospital A el día 15 [188]. Fue dado de alta del Hospital A el día 17 y luego fue ingresado en el servicio de urgencias del Hospital B el día 18. Durante esta segunda estancia, se tomó una muestra de esputo y dio positivo para el MERS-CoV el día 20 [187, 188], desencadenando el traslado al centro de tratamiento de aislamiento designado. Durante un período de 10 días, el caso índice fue visto en tres hospitales diferentes, demostrando una característica clave de "compra hospitalaria" que conformó el brote surcoreano. Aproximadamente 34 personas fueron infectadas durante este tiempo [187]. En total 186 casos fueron generados en este brote, todos vinculados a través de una única cadena de transmisión a 68 M; 37 casos murieron [189]. En Corea del Sur, el sistema nacional de seguro médico prevé una atención médica de costo relativamente bajo, sufragando algunos costos al hacer que los familiares sean responsables de una parte de la administración de los enfermos, lo que a veces los hace permanecer durante largos períodos en las habitaciones que a menudo tienen más de cuatro camas en ellas [24]. Otros factores que se pensaba que habían permitido este brote eran la falta de familiaridad de los médicos locales con MERS, la facilidad con la que el público puede visitar y ser tratado por hospitales terciarios, la costumbre de visitar a amigos y familiares enfermos en hospitales, la naturaleza jerárquica de la sociedad coreana, las salas de emergencia abarrotadas, las medidas deficientes del IPC, la falta de salas de aislamiento de presión negativa y la mala comunicación interhospitalaria de los historiales de enfermedades de los pacientes [24, [190] [191] [192]. Hasta la fecha se han comunicado pocos detalles clínicos sobre estos casos y los detalles sobre la transmisión y el rastreo de los contactos son mínimos. Los hospitales involucrados inicialmente no fueron identificados, la orientación y las acciones gubernamentales produjeron mensajes confusos y hubo una comunicación muy limitada en los primeros tiempos, lo que dio lugar a preocupaciones innecesarias, desconfianza y un impacto económico distinto [191, [196] [197] [198]. Al principio del brote, un viajero infectado, hijo de un caso identificado en Corea del Sur, pasó por Hong Kong en su camino a China, donde estaba ubicado, aislado y atendido en China [91, 199, 200]. No hubo contactos que enfermaran.El brote se puso bajo control a finales de julio/a principios de agosto [201] después de que se emplearan medidas mejoradas del IPC, seguimiento y cuarentena de contactos sólidos, pruebas de laboratorio ampliadas, hospitales fueron mejor asegurados, se envió personal especializado para gestionar los casos Una revisión de los datos públicos mostró que, al igual que en el caso del MERS en la KSA, la edad avanzada y la presencia de enfermedad subyacente se asociaron significativamente con un desenlace fatal en Corea del Sur. [40] Aunque R 0 es <1, los eventos de superdifusión facilitados por circunstancias creadas en entornos de salud y caracterizadas por tamaños de clúster superiores a 150, como este, no son inesperados por la infección por MERS-CoV [204]. La dinámica de un brote depende de la R 0 y de los patrones de eliminación viral de un individuo, el tipo y la frecuencia de contacto, los procedimientos hospitalarios y la estructura y densidad de la población [204]. En la región de Ar Riyad, incluida la capital de Riad, se inició un cúmulo hospitalario dentro de un solo hospital a partir de finales de junio de 2015 [205]. A mediados de septiembre se habían notificado aproximadamente 170 A pesar de la introducción continua y posiblemente estacional del virus en la población humana a través de los DC infectados y tal vez otros animales que aún no se han identificado, la gran mayoría de la transmisión del MERS-CoV se ha producido de seres humanos infectados a no infectados en contacto cercano y prolongado a través de circunstancias creadas por un control deficiente de las infecciones en los entornos de atención de la salud. Este virus oportunista ha tenido su mayor impacto en las personas con enfermedades subyacentes y esas personas vulnerables, que a veces sufren múltiples comorbilidades, se han asociado con mayor frecuencia con los hospitales, creando una tormenta perfecta de exposición, transmisión y mortalidad. No está claro si este grupo se ve afectado de manera única por el MERS-CoV o si otras infecciones respiratorias, incluidas las de los HCoV, producen un impacto igualmente grave. En Corea del Sur, un solo caso importado creó un brote de 185 casos y 36 muertes que tuvieron un impacto desproporcionado en el desempeño económico, el comportamiento de la comunidad y la confianza en el gobierno y el sistema de atención de la salud. La transmisión del hogar de seres humanos a seres humanos se produce, pero también es limitada. Los programas educativos serán herramientas esenciales para combatir la propagación del MERS-CoV tanto dentro de las comunidades urbanas y regionales como para el entorno de atención de la salud. La vigilancia sigue siendo importante para la contención, ya que el MERS-CoV es un virus con una composición genética que se ha observado durante sólo tres años y no es estable. Entre todos los seres humanos que se han notificado que están infectados, casi el 40% han muerto. La secuenciación del genoma completo se ha utilizado extensamente para estudiar el recorrido y la variación del MERS-CoV y aunque sigue siendo una herramienta para expertos, parece ser la mejor herramienta para el trabajo. El MERS y el SRAS tienen algunas similitudes clínicas pero también difieren significativamente [206]. Entre las características definitorias se incluyen el PFC más alto entre los casos del MERS (superior al 50 % en 2013 y actualmente en el 30-40%; muy por encima del 9 % del SRAS) y la asociación más alta entre el MERS mortal y los hombres mayores con comorbilidades subyacentes. Para los virus, el MERS-CoV tiene un tropismo más amplio, crece más rápidamente in vitro, induce más rápidamente cambios citopatógenos, desencadena respuestas transcripcionales distintas, hace uso de un receptor diferente, induce un estado más proinflamatorio y tiene una respuesta antiviral tardía en comparación con el SRAS Parece haber una prevalencia del 2-3 % de MERS-CoV en la KSA con una probabilidad del 5 % de transmisión secundaria dentro del hogar. Hay un mayor riesgo de infección a través de ciertas ocupaciones en ciertos momentos y una probabilidad mucho mayor de propagación a otros seres humanos durante circunstancias creadas por los humanos, lo que impulsa una transmisión más efectiva que cualquier R 0 predeciría sobre el valor facial. Sin embargo, a pesar de las múltiples concentraciones masivas que han proporcionado al virus muchos millones de oportunidades de propagación, no se han reportado brotes de MERS o MERS-CoV durante o inmediatamente después de estos eventos. No hay evidencia de que el MERS-CoV sea un virus de preocupación pandémica. Sin embargo, los entornos hospitalarios continúan describiendo casos y brotes de MERS en la Península Arábiga. Mientras facilitemos la propagación del MERS-CoV entre nuestras poblaciones más vulnerables, el mundo debe permanecer en alerta para los casos que puedan ser exportados con mayor frecuencia cuando un país de acogida con reservorios de camellos infectados está experimentando conglomerados o brotes humanos. El MERS-CoV parece ser un virus enzoótico que infecta a la URT DC con evidencia de recombinación genética reciente. Puede que una vez haya tenido su origen entre los murciélagos, pero falta evidencia y la relevancia de ello para la epidemia actual es académica. Gracias a la acción rápida, las herramientas de diagnóstico molecular sensibles y rápidas necesarias para lograr un objetivo de detección rápido y sensible han sido establecidas y ampliamente disponibles desde que el virus fue reportado en 2012. RT-PCR pruebas de muestras de LRT siguen siendo el estándar de oro para la confirmación del MERS-CoV. Las herramientas serológicas siguen surgiendo pero necesitan una validación adicional utilizando muestras de infecciones leves y asintomáticas y un estudio de cohorte densamente muestreado para seguir los contactos de nuevos casos puede abordar esta necesidad. Del mismo modo, la importante cuestión de si aquellos que eliminan el ARN MERS-CoV durante períodos prolongados son infecciosos mientras aparecen bien, sigue sin respuesta. Incluso no está claro cuántas infecciones 'asintomáticas' se han descrito y reportado correctamente, lo que a su vez plantea preguntas sobre la fiabilidad de la recolección de otros datos clínicos hasta la fecha. Si bien la virología básica del MERS-CoV ha avanzado en el transcurso de los últimos tres años, la comprensión de lo que está sucediendo en, y la interacción entre, camello, medio ambiente y humano todavía está en su infancia.

¿Cómo se ha realizado la mayor parte del análisis de la genética MERS-CoV?

MERS coronavirus: diagnóstico, epidemiología y transmisiónhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4687373/SHA: f6fcf1a99cbd073c5821d1c4ffa3f2c6daf8ae29Autores: Mackay, Ian M.; Arden, Katherine E.Fecha: 2015-12-22DOI: 10.1186/s12985-015-0439-5Licencia: cc-byAbstract: Los primeros casos conocidos de síndrome respiratorio de Oriente Medio (MERS), asociados con la infección por un nuevo coronavirus (CoV), se produjeron en 2012 en Jordania, pero se informó retrospectivamente.El primer caso que se informó públicamente fue de Jeddah, en el Reino de Arabia Saudita (KSA). Desde entonces, las secuencias de MERS-CoV se han encontrado en un murciélago y en muchos camellos dromedarios (DC). MERS-CoV es enzoótico en toda la Península Arábiga y en partes de África, causando enfermedades leves del tracto respiratorio superior en su reservorio de camellos y infecciones humanas esporádicas, pero relativamente raras. Precisamente cómo el virus transmite a los seres humanos sigue siendo desconocido, pero la exposición estrecha y prolongada parece ser un requisito. El KSA es el punto focal de MERS, con la mayoría de los casos humanos. En los seres humanos, MERS se conoce principalmente como una enfermedad del tracto respiratorio inferior (RTL) que incluye fiebre, tos, dificultades respiratorias y neumonía que puede progresar a síndrome de dificultad respiratoria aguda, fallo multiorgánico y muerte en un 20% a 40% de los infectados. Sin embargo, MERS-CoV también se ha detectado en enfermedades leves y similares a En comparación con el síndrome respiratorio agudo grave (SARS), otra enfermedad zoonótica del coronavirus a veces fatal que ha desaparecido desde entonces, el MERS progresa más rápidamente hacia la insuficiencia respiratoria y la lesión renal aguda (también tiene afinidad por el crecimiento de las células renales en condiciones de laboratorio), es más frecuente en los pacientes con enfermedad subyacente y es más a menudo fatal. La mayoría de los casos humanos de MERS se han relacionado con fallos en la prevención y el control de infecciones (IPC) en los entornos de salud, con aproximadamente el 20% de todas las detecciones de virus notificadas entre los trabajadores de la salud (HCWs) y exposiciones más altas en aquellos con ocupaciones que los ponen en estrecho contacto con camellos. Los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) han estado disponibles casi desde el comienzo de la aparición de MERS. Mientras que la virología básica de MERS-CoV ha avanzado en los últimos tres años, la comprensión de la interacción entre camello, medio ambiente y restos humanos limitados. MATERIAL SUPLEMENTO ELECTRÓNICO: La versión en línea de este artículo (doi:10.1186/s12985-015-0439-5) contiene material suplementario, que está disponible para los usuarios autorizados. Texto: Un correo electrónico del Dr. Ali Mohamed Zaki, un virólogo egipcio que trabaja en el Hospital Dr. Soliman Fakeeh en Jeddah en el Reino de Arabia Saudita (KSA) anunció la primera cultura de un nuevo coronavirus al mundo. El correo electrónico fue publicado en el sitio web de la red de enfermedades emergentes profesionales (ProMED) el 20 de septiembre de 2012 [1] (Fig. 1) y describió el primer caso reportado, un hombre de 60 años de edad de Bisha en la KSA. Esta información llevó al rápido descubrimiento de un segundo caso del virus, esta vez en un paciente enfermo en el Reino Unido, que había sido transferido de Qatar para su atención [2]. El nuevo virus fue inicialmente llamado coronavirus nuevo (nCoV) y subsecuentemente titulado el síndrome de respiración del Oriente Medio coronavirus (MERS-CoV). A partir del 2 de septiembre de 2015, ha habido 1.493 detecciones de ARN viral o anticuerpos específicos del virus en 26 países (Fichero adicional 1: Figura S1) confirmado por la Organización Mundial de la Salud (OMS), con más de un tercio de las personas positivas muriendo (al menos 527, 35 %) [3]. Desde ese primer informe, un lento proceso de descubrimiento durante los siguientes dos o tres años reveló un virus que había infectado más del 90 % de los camellos dromedarios adultos (DC; Camelus dromedario) en la KSA [4], también en los países en desarrollo de toda la Península Arábiga y partes de África que son una fuente de importaciones de DC para la KSA [5]. Hasta la fecha, el MERS-CoV no se ha detectado en los países en desarrollo sometidos a pruebas en zoológicos o rebaños de otras partes del mundo [6] [7] [9]. Ocasionalmente, el virus se transmite de los DC infectados a los seres humanos expuestos. La transmisión posterior a otros seres humanos requiere una exposición relativamente cercana y prolongada [10]. Se patentó el primer aislado viral y se planteó la preocupación de que ello limitaría el acceso tanto al virus como a los diagnósticos virales [11, 12]. Sin embargo, los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) se describieron rápidamente y el virus se puso a disposición de forma gratuita, sujeto a consideraciones rutinarias de bioseguridad [13]. La epidemiología y la investigación posteriores han identificado al receptor celular como exopeptidasa dipeptidil peptidasa 4 (DPP4; también llamada CD26); que el MERS-CoV tiene un amplio tropismo, replicando mejor en algunas líneas celulares y provocando una respuesta más proinflamatoria que el SARS-CoV; está muy extendido en los DC; tiene el potencial de infectar a otros animales y que el MERS mata a su huésped humano con más frecuencia que el SARS (20-40% frente al 9 % para el SARS [14] ) [15] [16] [17] [19]. El MERS-CoV se propaga esporádicamente entre las personas, causando enfermedades más graves entre los adultos mayores, especialmente los varones, con enfermedades preexistentes.La propagación del MERS-CoV entre los seres humanos se ha asociado a menudo con brotes en los hospitales, con alrededor del 20% de todos los casos hasta la fecha en los que han participado trabajadores de la salud (HCWs).Aunque los DC parecen sufrir el equivalente a un "frío común" de la infección por MERS-CoV, en los seres humanos el virus puede ser un patógeno más grave y oportunista asociado con la muerte de hasta el 40% de los casos notificados. Aún no se ha establecido si las infecciones que se cree que se han adquirido de una fuente animal producen un resultado más grave que los que se propagan entre los seres humanos [20]. Los estudios han establecido que el período medio de incubación para el MERS es de cinco a seis días, que van de dos a 16 días, con 13 a 14 días entre el inicio de la enfermedad en una persona y posteriormente se extiende a otra [21] [22] [23]. Entre aquellos con enfermedad progresiva, la mediana de tiempo hasta la muerte es de 11 a 13 días, que van de cinco a 27 días [23, 24]. La fiebre y los síntomas gastrointestinales pueden formar un pródromo, después de lo cual los síntomas disminuyen, sólo para ser seguidos por un síndrome sistémico y respiratorio más grave [25, 26]. La primera definición de caso de la OMS [27] definió los casos probables de MERS basados en la presencia de enfermedad febril, tos y el requisito de hospitalización con sospecha de compromiso del tracto respiratorio inferior (RTL), incluyendo también roles para el contacto con un caso probable A partir de julio de 2013, la definición revisada del caso de la OMS incluía la importancia de buscar y comprender el papel de los casos asintomáticos y, a partir de junio de 2014, la definición de la OMS indicaba más claramente que un caso confirmado incluía a cualquier persona cuya muestra fuera RT-PCR positiva para MERS-CoV, o que produjera una seroconversión, independientemente de los signos y síntomas clínicos. [28] [30] Aparte de los informes de la OMS y del Ministerio de Salud de la KSA, los casos asintomáticos o subclínicos de infección por MERS-CoV se documentaron en la literatura científica, aunque no siempre tan a menudo como ocurrió a principios de [31, 32]. La definición del caso de la KSA se hizo más estricta el 13 de mayo de 2014, basándose en la presencia de ambas características clínicas y confirmación de laboratorio [33]. Las pruebas de personas asintomáticas fueron recomendadas a partir de diciembre de 2014 [34], reforzadas por una definición de caso publicada por el Ministerio de Salud de la KSA en junio de 2015 [35]. La KSA ha sido la fuente del 79 % de los casos humanos. El MERS severo es notable por su impacto entre los hombres mayores con enfermedades comorbidas, incluyendo diabetes mellitus, cirrosis y diversas afecciones pulmonares, renales y cardíacas [36] [38]. Interesantemente en junio de 2015, un brote en Corea del Sur siguió una distribución similar [39, 40]. Entre los casos confirmados en laboratorio, los signos y síntomas de fiebre, tos y tracto respiratorio superior (URT) generalmente ocurren primero, seguidos en una semana por trastornos progresivos de TL y linfopenia [37]. Los pacientes a menudo se presentan a un hospital con neumonía o peor, y se han notificado infecciones Según se informa, el MERS ha matado aproximadamente el 35 % de todos los casos notificados, el 42 % de los casos en la KSA, pero sólo el 19 % de los casos en Corea del Sur, donde la mortalidad osciló entre el 7 % entre los grupos de edad más jóvenes y el 40 % entre los de 60 años o más [42] ; todos pueden ser valores inflados con infecciones asintomáticas o leves a veces no buscadas o no reportadas [34]. La atención de apoyo general es clave para tratar los casos graves [43]. Rara vez se informa que los niños menores de 14 años son positivos para la MERS-CoV, que comprende sólo el 1,1% (n = 16) del total de casos notificados. Entre el 1 de septiembre de 2012 y el 2 de diciembre de 2013, un estudio describió el recuento de casos pediátricos en la KSA, que se situaba en 11 (dos a 16 En Amman (Jordania), se probaron 1.005 muestras de niños hospitalizados menores de dos años con fiebre y/o signos y síntomas respiratorios, pero ninguna fue positiva para ARN MERS-CoV, a pesar de haber sido recolectadas en un momento similar al primer brote conocido de MERS-CoV en la ciudad vecina de Al-Zarqa [45]. Un segundo trimestre de mortinato ocurrió en una mujer embarazada durante una enfermedad respiratoria aguda y aunque no fue RT-rtPCR positivo, la madre desarrolló posteriormente anticuerpos contra MERS-CoV, sugestivos de infección reciente [46]. Su historia de exposición a un pariente positivo de MERS-CoV RT-rtPCR y un esposo anticuerpo reactivo, su período de incubación y su historia sintomática cumplieron los criterios de la OMS para ser un probable caso de MERS-CoV [46]. Los métodos de diagnóstico se publicaron dentro de los días del correo electrónico ProMED anunciando el primer caso MERS [47], incluyendo varios ensayos RT-rtPCR (Fig. 2 ) y cultivo de virus en células Vero y LLC-MK2 [18, 47, 48]. Un adenocarcinoma colorrectal (Caco-2 ) línea celular epitelial ha sido recomendado desde entonces para el aislamiento de infecciones MERS-CoV [49]. Anteriormente [18].. Los marcos de lectura abiertos se indican como rectángulos amarillos entre corchetes por regiones terminales no traducidas (UTR; rectángulos grises ). FS-frame-shift. Las regiones predictas que abarcan puntos de ruptura de recombinación se indican por píldoras naranjas. Creado utilizando Geneious v8.1 [211] y anotado usando Adobe Illustrator. Bajo este esquema se muestra la ubicación de los imprimadores RT-PCR (las flechas azules indican la dirección) y oligoprobes (rectángulos verdes) utilizados en los primeros ensayos de cribado RT-rtPCR y en los convencionales, seminés (tres imprimaciones) RT-PCR confirmatorios de secuenciación [47, 48]. El orden de publicación se observa por primera [27 de septiembre de 2012; rojo] y segundo [6 de diciembre de 2012; naranja] rectángulos de color; ambos de Corman y otros [47, 48] Los ensayos recomendados por la OMS se destacan debajo por puntos amarillos [53]. El imprimador reverso NSeq ha contenido consistentemente una secuencia incompatibilidad con algunas variantes de MERS-CoV. Una versión alterada de la de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio del Oriente Medio: Una Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con el permiso de Elsevier [5] revisó el amplio tropismo de MERS-CoV [5]. Sin embargo, como se describe bien, el cultivo celular es un método lento, especializado e insensible [50] mientras que las técnicas basadas en PCR son el método preferido para la detección de MERS-CoV. Los primeros marcos de lectura abiertos (ORF 1a y 1b; Fig. 2) se han convertido en un objetivo diagnóstico clave y taxonómico para la identificación de especies CoV. Con menos del 80 % de identidad entre la secuencia de aminoácidos de MERS ORF 1ab y parientes del betacoronavirus, Tylonycteris Bat HKU4 y Pipistrellus Bat HKU5, se puede concluir que es un virus novedoso y distinto. Las proteínas estructurales incluyen el pico (S), la envoltura (E), la membrana (M) y el nucleocápsido (N) [52]. Se prevé que los productos de ORF1a y ORF1b codificarán proteínas no estructurales. La mayoría de los ensayos de muestras realizados hasta la fecha han empleado ensayos RT-rtPCR validados que han demostrado ser sensibles y específicos [47, 48, 53]. El kit de RealStar® utiliza estos ensayos recomendados por la OMS [54]. Las secuencias objetivo de estos ensayos de cribado no han cambiado entre los genomas examinados hasta al menos mediados de 2015 (observación IMM). Otros ensayos RT-rtPCR han sido desarrollados y validados para su uso como herramientas de diagnóstico basadas en laboratorio [55] [56]. Además, los ensayos isotérmicos [58, 59] o recombinasa polimerasa [60] La detección del antígeno MERS-CoV no ha sido común hasta la fecha, pero la combinación de corto tiempo de retorno de la prueba al resultado, alto rendimiento e identificación de proteínas virales hace que esta opción sea atractiva. La detección de proteínas virales en lugar de ARN viral indica la probable presencia de virus infecciosos. La primera herramienta inmunocromatográfica rápida descrita podría detectar proteína nucleocápsida MERS-CoV recombinante de hisopos nasales DC con sensibilidad al 94 % y especificidad al 100 % en comparación con RT-rtPCR [61]. Un enfoque diferente utilizó una captura basada en anticuerpos monoclonales ELISA dirigida a la proteína nucleocápsida MERS-CoV con una sensibilidad de 10 3 CCID 50 y especificidad al 100 % [62]. La demostración de una seroconversión a una infección por MERS-CoV cumple con la definición actual de la OMS de un caso tan optimizado y ampliamente validado que los seroensayos empleados junto con buenas historias clínicas son útiles para identificar la infección por MERS-CoV y ayudar a apoyar estudios de transmisión. Debido a que las pruebas serológicas son, por su naturaleza, retrospectivas, es habitual detectar una huella viral, en forma de anticuerpos, en ausencia de signos o síntomas de enfermedad y a menudo en ausencia de ARN viral [63]. Las seroencuestas estratégicas y generalizadas de seres humanos que utilizan muestras recogidas después de 2012 son infrecuentes. Gran parte de la Península Arábiga y todo el Cuerno de África carecen de datos de referencia que describan la proporción de la comunidad que puede haber sido infectada por un MERS-CoV. Sin embargo, las seroencuestas han tenido un uso Debido a la identidad compartida entre DC y el MERS-CoV humano (ver epidemiología molecular: utilizando genomas para entender brotes), los ensayos serológicos para las seroencuestas de DC deben ser transferibles al cribado humano con una reconfiguración mínima. Además, no se ha encontrado ninguna variación diagnóstica relevante en la actividad de neutralización entre una gama de aislados y seras testados de MERS-CoV circulantes, por lo que los seroensayos de virus enteros o específicos basados en proteínas deben funcionar de manera equivalente en la detección de respuestas serológicas al serotipo único de MERS-CoV [49]. El desarrollo de ensayos serológicos robustos requiere paneles confiables de sueros animales o humanos bien caracterizados, incluidos los positivos para anticuerpos específicos del MERS-CoV, así como para fuentes probables de reacción cruzada [64]. La obtención de estos materiales fue problemática y enlenteció el desarrollo y comercialización de ensayos de detección de anticuerpos para ensayos humanos [64]. Se han liberado varios kits comerciales de ELISA, kits de ensayos inmunofluorescentes (IFA), proteínas recombinantes y anticuerpos monoclonales [31, [65] [66] [68]. Inicialmente, se utilizaron IFAs convencionales para seroencuestas humanas. Estos se basaron en el cultivo celular infectado por MERS-CoV como fuente de antígeno, detectando la presencia de anticuerpos humanos anti-MERS-CoV IgG, IgM o neutralizantes en muestras humanas [18, 48, 69]. No se encontró ningún signo de anticuerpos MERS-CoV entre 2.400 sueros de pacientes que visitaron el Hospital de Jeddah, desde 2010 hasta 2012, antes de la descripción de MERS-CoV [18]. Los métodos IFA tampoco detectaron ningún signo de infección previa por MERS-CoV entre una pequeña muestra de 130 donantes de sangre sanos de otro hospital de Jeddah (recogida entre enero y diciembre de 2012) [70]. De 226 trabajadores del matadero, sólo ocho (3,5%) fueron positivos por IFA, y los sueros no pudieron ser confirmados por la prueba de neutralización del virus (NT). El estudio indicó que HCoV-HKU1 era una fuente probable de antígenos de reacción cruzada en todo el virus IFA [70]. El virus completo MERS-CoV IFA también sufrió alguna reactividad cruzada con el SRAS convaleciente sera y esto no pudo resolverse mediante una prueba de NT que también fue reactiva [71]. La IFA utilizando proteínas recombinantes en lugar del virus entero IFA, ha demostrado ser una herramienta más específica [31]. Dado que se han postulado zoonosis asintomáticas [72], la ausencia de anticuerpos contra el MERS-CoV entre algunos humanos que tienen contacto regular y estrecho con camellos puede reflejar la rareza de animales infectados activamente en carnicerías, un riesgo de transmisión limitado asociado con DCs de sacrificio [70], un estado inmune cruzado de protección preexistente o algún otro factor(s) que resulta en un bajo riesgo de enfermedad y seroconversión concurrente que se desarrolla después de la exposición en este grupo. IFA usando proteínas recombinantes en su lugar. Algunos seroensayos han pasado por alto los riesgos de trabajar con virus infecciosos al crear células transfectadas que expresan porciones recombinantes de las proteínas nucleocápsidas y punzantes del MERS-CoV [48, 73], o utilizando un lentivirus recombinante que expresa la proteína de pico del MERS-CoV Un ensayo de pseudoneutralización de partículas (ppNT) ha sido ampliamente utilizado en estudios en animales y fue al menos tan sensible como la prueba tradicional de microneutralización (MNT). [10, 74, [76] [77] [78] ] Los estudios que utilizaron pequeños números de muestra y ppNT no encontraron evidencia de anticuerpos neutralizantes MERS-CoV en sueros de 158 niños con infecciones de LRT entre mayo de 2010 y mayo de 2011, 110 sera de 19 a 52 años de edad donantes de sangre masculina y 300 trabajadores autoidentificados de animales de la Región Jazan de la KSA durante 2012 [79, 80]. Del mismo modo, un estudio de cuatro pastores en contacto con una manada infectada de DC en Al-Ahsa, ocho personas que tenían contacto intermitente con la manada, 30 veterinarios y personal de apoyo que no estaban expuestos a la manada, tres trabajadores de mataderos no protegidos en Al-Ahsa y 146 controles que no estaban expuestos a DC en ningún rol profesional, no encontró ninguna evidencia serológica de infección por MERS-CoV en el pasado utilizando el ensayo ppNT [10]. Un retraso en la respuesta de anticuerpos neutralizantes a la infección por MERS-CoV se asoció con un aumento de la gravedad de la enfermedad en los casos de Corea del Sur con la mayoría de las respuestas detectables en la tercera semana de enfermedad, mientras que otros, aunque la enfermedad era grave, no respondieron durante cuatro o más semanas [81]. Las implicaciones para nuestra capacidad de detectar cualquier respuesta en casos leves o asintomáticos no fueron exploradas, pero Un brote jordano de TRT aguda en un hospital en 2012 se encontró retrospectivamente asociado a la infección por MERS-CoV, utilizando inicialmente RT-rtPCR, pero posteriormente, y en una escala mayor, a través de la positividad por ELISA y la prueba IFA o MNT. [46, 82, 83] Este brote fue anterior al primer caso de MERS en la KSA. La ELISA utilizó una proteína nucleocápsida recombinante del grupo 2 betacoronavirus bat-CoV HKU5 para identificar anticuerpos contra la proteína MERS-CoV reactiva equivalente [71]. Se validó utilizando 545 sera recolectada de personas con HCoV-OC43, HCoV-229E, SARS-CoV, HCoV-NL63, HRV, HMPV o influenza A(H1N1), pero fue supuestamente menos específica que la I También se consideró una herramienta aplicable para el cribado de grandes números de muestra [82]. Un microarray de proteína que expresa la subunidad de proteína S1 ha sido validado y ampliamente utilizado para las pruebas de DC [5, 84]. Detección de infección por MERS-CoV usando microarray de proteína ELISA o S1 [84] suele ser seguido por IFA confirmatoria y/ o una neutralización de reducción de placa (PRNT) [69, 70, 85] o MNT test. [74, 85, 86] Este proceso confirmatorio tiene como objetivo asegurar que los anticuerpos detectados sean capaces de neutralizar específicamente el virus previsto y no sean más ampliamente reactivos a otros coronavirus encontrados en DCs (coV bovina, BCoV) o humanos (HCoV-OC43, HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoV-HKU1, SARS En el estudio más grande de sueros humanos, un proceso de diagnóstico escalonado asignó tanto el SERA positivo recombinante como el SERA ELISA recombinante a la seropositividad 'etapa 1'. Un resultado seropositivo en estadio 2 requirió además un resultado PRNT adecuadamente titulado [87]. El estudio encontró que 15 SERA recolectados en 2012 a 2013 de 10.009 (0,2%) personas en 13 provincias KSA contenían anticuerpos MERS-CoV, pero proporciones significativamente mayores en se produjeron en pastores de camellos (dos de 87; 2,3 %) y trabajadores de mataderos (cinco de 140; 3,6 %) [87]. Se necesitan encuestas contemporáneas. MERS-CoV no parece ser fácilmente transmitido de DCs a los seres humanos, o tal vez es [72], pero generalmente no desencadena una respuesta inmune detectable si sólo se producen enfermedades leves o infecciones asintomáticas. Los ensayos serológicos necesitan una validación adicional en esta área, por lo que es necesario tener cuidado al trasladar algoritmos de serología diagnóstica de reciente desarrollo de un entorno de investigación a uno que informe las decisiones de salud pública, lo que se reforzó cuando un caso falso positivo en EE.UU., supuestamente infectado después de un apretón de manos y dos reuniones cara a cara, no resistió más análisis confirmatorios utilizando un ensayo NT más específico y posteriormente se retractó [88, 89]. La OMS recomienda tomar muestras de la TRL para las pruebas RT-rtPCR del MERS-CoV, especialmente cuando la recolección de muestras se retrasa una semana o más después del inicio de los síntomas. [53] Las muestras de TRL también son mejores para intentar aislar el virus infeccioso, aunque el éxito del cultivo se reduce cuando persiste la enfermedad [49]. Los tipos de muestras recomendados incluyen lavado broncoalveolar (BAL), aspirado traqueal/traqueobronquial, líquido pleural y esputo [53, 90]. Las muestras frescas arrojan mejores resultados diagnósticos que el material refrigerado [69] y si es probable que se produzcan retrasos en las pruebas de ≥72 h, las muestras (excepto sangre) deben congelarse a −70°C [90]. Si se dispone de ellas, también se pueden realizar biopsias pulmonares o tejidos de autopsia [53]. Sin embargo, la TRU es un lugar de muestreo menos invasivo y más conveniente, y se recomienda un hisopo orofaríngeo y de garganta o un aspirado/lavado nasofaríngeo cuando se va a realizar el muestreo de TRU [90]. Los sueros emparejados, recogidos de dos a tres semanas de diferencia son preferibles para las pruebas serológicas, mientras que se sugiere que una muestra única sea suficiente si se recogen dos semanas después de la aparición de la enfermedad o un único suero recogido durante los primeros 10-12 días si se realiza RT-rtPCR [53, 90]. Se ha encontrado que la orina y las heces humanas contienen ARN MERS-CoV 12 a 26 días después de la aparición de los síntomas [25, 69, 91] y se enumeran como muestras que deben considerarse [53, 90]. En dos casos que llegaron a los Países Bajos, la orina fue RT-rtPCR negativa pero las heces fueron débilmente positivas y los sueros fueron RT-rtPCR positivos durante cinco días o más [25]. El hallazgo de ARN viral MERS-CoV en el suero proporciona una vía para estudios retrospectivos basados en PCR La ARNemia también puede correlacionarse con la gravedad de la enfermedad; los signos de virus fueron eliminados del suero de un paciente recuperado, pero se mantuvo hasta la muerte de otro [92]. Los casos de sospecha clínica de MERS pueden devolver resultados negativos por RT-rtPCR. Los datos han demostrado que una o más muestras de URT negativas pueden ser contradichas mediante un muestreo adicional de URT o el uso de muestras de LRT, lo que se prefiere [2, 43, 93]. En la LRT se producen cargas virales más altas que en la URT. [22, 69, 88, 94] Esto concuerda con la observación de que la mayoría de los síntomas de la enfermedad se reportan como enfermedad sistémica y LRT [21]. Sin embargo, en ocasiones incluso los especímenes de LRT de los casos de MERS pueden ser inicialmente negativos, sólo para más tarde ser positivos por RT-PCR [95 Esto puede deberse a una mala toma de muestras cuando la tos está ausente o no es productiva o porque la carga viral es baja [95]. A pesar de esto, tanto los mayores estudios de MERS-CoV humanos [32, [96] [97] [98] y los más pequeños [22, 25, 99], utilizan muestras de la URT. Cabe destacar que un estudio reportó una asociación entre cargas más altas en la URT y peores resultados clínicos incluyendo cuidados intensivos y muerte [94]. Al escribir, no existen datos humanos para definir si el virus se replica única o preferentemente en la LRT o URT, o réplicas en otros tejidos humanos in vivo, aunque el ARN MERS-CoV se ha detectado tanto de la URT como de la LRT en un modelo de mono macaco [100].La distribución de DPP4 en las vías respiratorias superiores humanas tampoco está bien descrita. Los estudios individuales de casos humanos reportan largos periodos de eliminación viral, a veces intermitentes y no necesariamente relacionados con la presencia de síntomas de la enfermedad. [25, 69, 99, 101] En un caso, un HCW arroja ARN viral durante 42 días en ausencia de enfermedad [99]. Es un área de alta prioridad para entender mejor si estos casos son capaces de infectar a otros. Más de tres cuartas partes de los casos de MERS arrojan ARN viral en sus muestras de TL (aspirados traqueales y esputo) durante al menos 30 días, mientras que sólo el 30 % de los contactos seguían arrojando ARN en sus muestras de TRU [91, 102]. En el único estudio para examinar el efecto del tipo de muestra en el análisis molecular, se examinaron 64 aspirados nasofaríngeos (ANP; una muestra de TRU), 30 aspirados traqueales, 13 Los aspirados traqueales y el BAL devolvieron los valores de carga viral más altos seguidos por el NPA y el esputo. Como era de esperar, las cargas virales más altas generalmente coincidían con la secuenciación del genoma completo y el éxito del cultivo y, en las pruebas del NPA, estaban significativamente correlacionadas con enfermedades graves y muerte [49, 94, 103]. Este estudio demostró la importancia del muestreo de LRT para la secuenciación del genoma completo. Cuando se probó, las muestras positivas para el MERS-CoV a menudo son negativas para otros patógenos [25, 93, 104]. Sin embargo, muchos estudios no mencionan pruebas adicionales para virus respiratorios humanos endémicos [21, 23, 73, 105]. Cuando se buscan virus, se han incluido el herpesvirus humano (VHH), los rinovirus (VHR), los enterovirus (VVV), el virus sincitial respiratorio (VRS), el virus parainfluenzavirus tipos 1, 2 y 3 (VIP), los virus de la gripe (VFI), los HCoV endémicos, los adenovirus (VCD) metapneumovirus (VPM) y el virus influenza A\H1N1; en ocasiones se han encontrado codetecciones con MERS-CoV [2, 22, 37, 69, 97]. A veces se incluyen pruebas bacterianas (por ejemplo, para Legionella y Pnemocococcus), pero el impacto de la copresencia bacteriana tampoco está claro [22, [104] [105] [106]. Otras pruebas de la muestra de TRL del primer caso del MERS utilizaron IFA para detectar algunos virus (negativos para IFV, PIV, RSV y AdVs) y RT-PCR para otros (negativos para AdV, EV, MPV y HHVs) [18]. RT-PCR también detectó MERS-CoV. La OMS recomienda encarecidamente pruebas para otros patógenos respiratorios [53] pero con esta recomendación a menudo descontada, hay datos limitados para abordar la ocurrencia y el impacto de coinfecciones o diagnósticos virales alternativos entre ambos casos del MERS y sus contactos. Poco se sabe de otras causas de neumonía similar al MERS en el KSA o de la carga general de enfermedad debido a los virus respiratorios clásicos conocidos. Pruebas de peregrinos adultos que realizan el Hajj en 2012 a 2014 no ha detectado ningún MERS-CoV. En 2012, se realizaron pruebas de hisopos nasales de 154 peregrinos recogidos antes de partir hacia el KSA o partir de él [47]. En 2013, las pruebas se ampliaron significativamente con 5.235 hisopos nasofaríngeos de 3.210 peregrinos entrantes y 2.025 hisopos de peregrinos salientes probados [98]. Cabe señalar que la mayoría de los peregrinos llegaron de países libres de MERS. Se tomaron otros 114 hisopos de peregrinos con enfermedad similar a la gripe [96, 107]. En reuniones anteriores del Hajj, se descubrió que los virus de la gripe circulaban ampliamente, mientras que otros virus, a menudo rinovirus, circulaban de manera más selectiva, interpretando que indicaban su importación junto con peregrinos extranjeros [107] [108] [108] Con el tiempo, el aumento de la vacunación contra la gripe se ha acreditado como una disminución de la prevalencia de enfermedades similares a la gripe entre los peregrinos [110] A menudo no se recoge una muestra de TRL para estos estudios [98, 107, 109], por lo que los hallazgos negativos falsos son una posibilidad, aunque poco se sabe sobre el sitio inicial de infección y replicación del MERS-CoV; se puede haber supuesto que fue la TRL porque la enfermedad se notó por primera vez allí, pero la TRL puede ser el lugar de la replicación más temprana. En Jeddah entre marzo y julio de 2014 (en adelante, el brote de Jeddah-2014; Fig. 3 ), hubo un rápido aumento en los casos del MERS, acompañado de un intenso cribado; aproximadamente 5.000 muestras de dentro y alrededor de la región se probaron en un mes, produciendo alrededor de 140 detecciones del MERS-CoV (prevalencia ~3 %) [111]. Entre los 5.065 individuos muestreados y analizados en la KSA entre octubre de 2012 y septiembre de 2013, se realizaron 108 (2,1%) detecciones en una población hospital-céntrica que incluyeron casos hospitalizados (n = 2.908; 57,4 %), sus familias (n = 462; 9,1 %) y HCW asociados (n = 1.695; 33,5 %) [32]. Entre las detecciones, 19 (17,8 %) eran HCW y 10 (9,3 %) eran contactos familiares [32]. La prevalencia del 2-3 % de infecciones activas por MERS-CoV no es diferente a la prevalencia hospitalaria de otras COV humanas. [112] Sin embargo, la proporción de muertes entre los infectados por MERS-CoV es mucho mayor que la conocida por los HCoV NL63, HKU1, 229E u OC43 en otros países, e incluso superior a la de SRAS-CoV; no es un virus que pueda razonablemente ser descrito como una "tormenta en una taza de té". Es la baja tasa de transmisión que ha evitado la propagación mundial, a pesar de muchas "oportunidades". Muy temprano en el brote de MERS, algunos animales fueron altamente considerados como el reservorio o huésped(s) intermedio(s) de MERS-CoV con tres de los cinco primeros casos que tuvieron contacto con DCs [73, 113, 114]. Hoy en día, las infecciones por MERS-CoV animales deben ser reportadas a la organización mundial para la salud animal como una enfermedad emergente [115]. Un resumen de los primeros casos de MERS reportados por la OMS definió el contacto animal con humanos como directo y dentro de los 10 días previos al inicio de los síntomas [20]. Esta definición no permitió específicamente la adquisición de DCs a través de una vía basada en gotitas, que es muy probable que sea la vía de adquisición de un virus que inicialmente y predominantemente causa enfermedad respiratoria [23]. Se sabe que los camellos producen altos niveles de ARN MERS-CoV en su URT y pulmones [116]. Proporcionando apoyo para una vía de transmisión de gotitas y tal vez indicando la presencia de ARN en núcleos más pequeños y secos de gotitas, se identificó ARN MERS-CoV en una muestra de aire de alto volumen recogida de un granero que alberga un DC infectado [117]. La fuente precisa de la que los humanos adquieren MERS-CoV sigue siendo poco estudiada pero parece probable Estos factores pueden resultar importantes para los casos humanos que no describen ningún contacto DC [119] ni ningún contacto con un caso confirmado. Si la definición de contacto con animales de la OMS es suficiente para identificar la exposición a este virus respiratorio no está clara. La formulación se centra en el consumo de productos DC, pero no atribuye específicamente el riesgo a una vía de gotitas para la adquisición de MERS-CoV desde DC [120]. Algunos pacientes MERS se enumeran en los avisos de enfermedad de la OMS como próximos a los DCs o granjas, pero los individuos no han descrito entrar en contacto con los animales. No se reporta ninguna vía alternativa para adquirir infección en muchos de estos casos. Lo que constituye una definición de "contacto" durante estas entrevistas se ha definido para un estudio [72]. A pesar de esta falta de claridad, la OMS considera que la evidencia que vincula la transmisión de MERS-CoV entre DCs a humanos es irrefu La posibilidad de que los murciélagos fueran un huésped animal de MERS-CoV fue ampliamente discutida inicialmente debido a la diversidad existente de coronavirus conocidos por residir entre ellos [121] [122] [123]. Evidencia concluyente que apoya a los murciélagos como fuente de infecciones humanas por MERS-CoV todavía no se ha encontrado, pero los murciélagos parecen albergar a los representantes ancestrales [53, 125]. Sin embargo, estas no son variantes del mismo virus ni siempre dentro del mismo linaje filogenético que MERS-CoV; cada uno son un virus genéticamente distinto. La infección de murciélago a humano por MERS-CoV es un evento puramente especulativo. La única pieza de evidencia específica del MERS-CoV que apunta a los murciélagos se origina en la amplificación de un fragmento de 190 nt del gen ARN dependiente de la polimerasa del genoma del MERS-CoV, identificado en un pellet fecal de un murciélago insectívoro Emballonuridae, Taphozous perforatus encontrado en Bisha, el KSA [121]. Aunque muy corta, la secuencia del fragmento lo definió como un descubrimiento diagnóstico. Posteriormente se informó de un enlace a los DC [85] y ese enlace ha madurado en una asociación verificada [38, 126] (Fig. 4). (Véase la figura en la página anterior.) Fig. 3 Detecciones mensuales de MERS-CoV (barras azules) y de casos que murieron (barras rojas) con algunas fechas de interés marcadas para 2012 al 4 de septiembre de 2015. Se indica una aproximación de cuando la estación de parto DC [128] y cuando los DC recién nacidos son destetados. La primavera (verde) y el verano (naranja) en la Península Arábiga también están sombreados. Tenga en cuenta la escala del eje y de la izquierda para 2014 y 2015 que es mayor que para 2012/13. Fuentes de estos datos públicos incluyen la OMS, Ministerios de Salud y FluTrackers [207] [209] [209]. Versiones anteriores y posteriores de este gráfico se mantienen en un blog personal [210]. Modificado y reimpreso de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio de Oriente Medio: Una infección por coronavirus emergente rastreada por la multitud. Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con permiso de Elsevier [5] Los DCs, que constituyen el 95 % de todos los camellos, tienen una presencia central en la El contacto puede ser común y puede ocurrir de diversas maneras (Fig. 4a). Hay varios grandes festivales, razas, ventas y desfiles bien atendidos que cuentan con DCs y DCs también son mantenidos y criados cerca de áreas pobladas en el KSA [127, 128]. La leche y la carne DC son ampliamente consumidas y el DC más viejo es un animal de importancia ritual después de la peregrinación del Hajj [129]. Sin embargo, la frecuencia de infección del MERS-CoV es mucho menor que el hábito generalizado y frecuente de comer, beber y preparar productos DC. La ingestión diaria de leche DC fresca no pasteurizada es común entre los beduinos del desierto y muchos otros en el KSA. La orina DC también se consume o se utiliza para supuestos beneficios para la salud. A pesar de que la carnicería de camellos es una ocupación local, ni los carniceros ni otros grupos en riesgo son identificables entre los casos de MERS; esto puede ser simplemente un problema de información en lugar de una ausencia inexplicable de MERS. Un pequeño estudio de casos y controles publicado en 2015 identificó el contacto directo con la DC, y no la ingestión de productos, para estar asociado con la aparición de MERS [38]. La primera investigación sero-encuesta de ganado que vive en la región de Oriente Medio se llevó a cabo durante 2012-2013 [85]. Los DCs fueron muestreados a partir de una manada de canarios nacidos principalmente y de DCs omaníes (originalmente importados del Cuerno de África) [85]. b Las infecciones de camello a humano parecen ser poco frecuentes, mientras que la propagación de la infección de ser humano a ser humano se ve facilitada regularmente por una CIP deficiente en los entornos de salud donde se amplifica la transmisión, lo que explica la mayor parte de los casos. Hay casos de MERS humanos que no entran en ninguna de las categorías de origen y no está claro si estas infecciones adquiridas a través de alguna vía totalmente separada, o de casos que escaparon al diagnóstico. c Las formas hipotéticas en las que la subclínica (cuando la infección puede no alcanzar un umbral clínico previamente definido de signos y/o síntomas) o asintomáticas (sin signos obvios ni medidos, observados o recordados de enfermedad) la infección por MERS-CoV puede estar implicada en la transmisión DC sera podría neutralizar MERS-CoV mientras que todas las seras DC de Omán tenían niveles elevados de anticuerpos neutralizantes específicos de MERS- Desde este estudio, una serie de informes revisados por pares han analizado tanto a los DCs como a otros animales, y la posibilidad de que puedan albergar la infección por MERS-CoV. Se han encontrado DCs seropositivos en toda la Península Arábiga, incluyendo Omán, la KSA, Qatar, Jordania, los Emiratos Árabes Unidos (EAU), Kuwait así como Sudán, Somalia, Egipto, Túnez, Nigeria, Kenia y Etiopía en África y las Islas Canarias [85, [130] [133] [133] [134]. Otros animales probados incluyen ovejas, vacas, cerdos, caballos, burros, mulas, aves, búfalos acuáticos, cabras, camellos bactrianos, llamas y guanacos (camélidos suramericanos) pero ninguno tenía anticuerpos neutralizantes detectables contra MERS-CoV [4, 74, 78, 85, 86, 135, 136]. No se han notificado hasta la fecha estudios de virología o serología de muestras humanas procedentes de zonas de África donde hay camellos con antecedentes de MERS-CoV. Sin embargo, la ausencia de neumonía inexplicable que pueda atribuirse a la infección por MERS-CoV puede no indicar la ausencia de virus entre los seres humanos en cada país, sino simplemente reflejar la falta de costosos estudios de epidemiología realizados por países pobres en recursos. Por lo tanto, no está claro si el MERS-CoV, o una CoV relacionada con antígenos, es un patógeno no reconocido en estas regiones, quizás circulando durante más tiempo del que se ha conocido en la Península Arábiga [133]. El ARN del MERS-CoV también se ha detectado en muestras de DC, y también se ha logrado la recuperación del virus infeccioso a partir de muestras de DC [4, 77, 117, 132, [137] [139] De algunos de ellos, se han secuenciado genomas completos o mayoritarios de MERS-CoV [77, 137, 138]. Las versiones DC de MERS-CoV fueron tan similares entre sí, como las variantes detectadas de diferentes seres humanos a lo largo del tiempo y a lo largo de la distancia. Los ensayos de detección de anticuerpos anticuerpos también han detectado anticuerpos cruzados en sera. Estos se identificaron como tales mediante la detección de sera contra virus similares, por ejemplo BCoV o HCoV-OC43 (como facsímil antigénico para BCoV). Es posible que otros virus similares a MERS-CoV también residan dentro de los DCs, pero esto no menoscaba el hallazgo definitivo de secuencias genéticas de MERS-CoV tanto en DCs como en humanos [117, 142, 143]. Los estudios de detección han demostrado que los DC juveniles son más a menudo positivos para el virus o el ARN viral, mientras que los DC mayores son más propensos a ser seropositivos y ARN o virus negativos [76, 77, 144]. En los DC adultos, se ha detectado ARN MERS-CoV entre animales con anticuerpos preexistentes, lo que sugiere que es posible la reinfección [77, 144]. Las cargas virales entre DC positivos pueden ser muy altas [4, 76, 77, 139, 144] y DCs se han encontrado positivos tanto cuando están enfermos con signos respiratorios de TRU [77, 117, 142, 145] o cuando aparentemente sanos [137]. Estos hallazgos indican que los DCs hospedan infecciones naturales MERS-CoV. Además, los sera DC almacenados han revelado signos de MERS-CoV en DCs que datan de hace más de tres décadas (los más tempranos Los sera más viejos no han sido probados y, por lo tanto, cuánto tiempo los DC han sido afectados por MERS-CoV, si el virus es enzoótico entre ellos, introducidos hace décadas o siglos de murciélagos en África o la Península Arábiga, o son objeto de incursiones virales regulares pero de corta duración de un huésped aún desconocido, no pueden ser respondidos. Los investigadores buscaron determinar una dirección para la infección; estaban los DC transmitiendo virus a los seres humanos o estaban los humanos infectando DC? En un sitio de Qatar, un propietario de una granja y su empleado se enfermaron a mediados de octubre de 2013 y dieron positivo para el ARN MERS-CoV en una muestra de esputo y hisopos de garganta, respectivamente. RT-rtPCRs encontró MERS-CoV ARN en 11 de 14 hisobas nasales de DC positivas en la granja; seis (43 %) positivos Los resultados indicaron que se había producido un brote reciente en este rebaño; la primera indicación de ARN MERS-CoV encontrado en DCs con una asociación temporal a infecciones humanas; tres muestras de DC positivas fueron confirmadas por secuenciación de una porción de 358 nt del gen de la espiga; estas secuencias eran idénticas unas a otras, de nuevo con homología cercana a otras secuencias humanas y DC MERS-CoV [138]. Los DCs y contactos humanos produjeron secuencias ORF1a y ORF4b que diferían por un solo nucleótido cada una, agrupando estrechamente con la variante Hafr-Al-Batin_1_2013 [138]. Estudios de casos posteriores encontraron evidencia de una infección humana y DC concurrente y la dirección de esa infección fue inferida a partir de los DCs enfermos y a sus propietarios humanos [117, 142, 146]. Las secuencias del genoma parcial indicaron que un humano y un DC positivo de la RT-RTPCR del MERS-CoV habían sido infectados por una variante del mismo virus, albergando el mismo patrón distinto de polimorfismos de nucleótidos. [142] Todos los nueve DC en la manada del propietario, muestreados en serie, reaccionaron en un antígeno S1 recombinante ELISA, con los dos animales que habían sido positivos de la RT-rtPCR mostrando un pequeño aumento verificable del título de anticuerpos [142]. Un aumento del título teóricamente comienza 10 a 21 días después de la infección de la DC [142]. Los autores sugirieron que el aumento del título en la suera de la DC que ocurrió junto con una disminución de la carga de ARN, mientras que el paciente estaba activamente enfermo y hospitalizado, indicó que los DC fueron infectados primero seguidos por el propietario [117, 142]. Los anticuerpos BCoV también estuvieron presentes, y aumentaron en uno de los dos animales positivos RT-rtPCR, pero ninguno de ellos pudo neutralizar la infección BCoV [142]. La temporada de parto en camellos se produce en los meses de invierno (entre finales de octubre y finales de febrero; Fig. 3 ) y este puede ser un momento en el que existe un mayor riesgo para los seres humanos de derrames debido a nuevas infecciones entre las poblaciones de DC ingenuas [128]. ¿Qué papel podría desempeñar el anticuerpo de camello materna en el retraso de la infección de terneros sigue siendo desconocido [128, 142]. Los DC juveniles parecen tener una infección activa con más frecuencia que los DC adultos y, por lo tanto, el sacrificio de los DC, que debe ser de cinco años de edad o más (llamados a thane), puede no ir acompañado de un riesgo significativo de exposición a la infección. A diferencia de los resultados anteriores, los trabajadores de los mataderos que matan tanto a los DC más jóvenes como a los más viejos, pueden ser un grupo ocupacional con una incidencia significativamente mayor de seropositividad a la MERS-CoV cuando los animales tienen infecciones activas por MERS-CoV [129, 139, [147] [148] [149]. Las investigaciones virológicas ampliadas de los DC africanos pueden dar lugar a animales más seropositivos y zonas geográficas en las que los seres humanos pueden estar en riesgo. Es posible que haya zonas en las que los seres humanos ya albergan infecciones por MERS-CoV que no se han identificado debido a la ausencia de vigilancia de laboratorio. Las investigaciones virológicas de los murciélagos pueden dar lugar a hallazgos de virus ancestrales y "eslabones de pérdida viral" e identificar cualquier otra fuente animal de propagación zoonótica es importante para informar opciones para reducir la exposición humana [56, El MERS-CoV infeccioso añadido a la leche de CC, cabra o vaca y almacenado a 4 °C podría recuperarse al menos 72 h más tarde y, si se almacena a 22 °C, la recuperación fue posible hasta 48 h [150]. El título de MERS-CoV disminuyó un poco cuando se recuperó de la leche a 22 °C, pero la pasteurización completamente ablada Infectividad MERS-CoV [150]. En un estudio posterior, se identificó ARN MERS-CoV en la leche, secreción nasal y heces de DCs de Qatar [151]. Un estudio único ha examinado la capacidad de MERS-CoV para sobrevivir en el medio ambiente [150]. Las superficies plásticas o de acero fueron inoculadas con 10 6 TCID 50 de MERS-CoV a diferente temperatura y humedad relativa (RH) y se A alta temperatura ambiente (30°C) y a baja RH (30 %) MERS-CoV permaneció viable durante 24 h [150]. En comparación, un virus respiratorio bien conocido y eficientemente transmitido, el virus influenza A, no pudo recuperarse en cultivo más allá de cuatro horas bajo ninguna condición [150]. Los experimentos de Aerosol encontraron que la viabilidad del MERS-CoV sólo disminuyó un 7 % a baja RH a 20°C. En comparación, el virus influenza A disminuyó un 95 % [150]. La supervivencia del MERS-CoV es inferior a la demostrada previamente para el SARS-CoV [152]. En el contexto, las bacterias patógenas pueden permanecer viables y en el aire durante 45 minutos en un aerosol tosido y pueden propagarse 4 m. La capacidad de MERS-CoV para permanecer viable durante largos períodos de tiempo le da la capacidad de contaminar completamente las superficies de Se desconoce si el MERS-CoV puede permanecer a la deriva e infeccioso durante períodos prolongados (verdaderamente aerotransportado) y si estos hallazgos amplían nuestra comprensión de las posibilidades de que las gotitas transmitan virus respiratorios en muchos entornos, incluyendo salas de espera hospitalarias, departamentos de emergencia, salas de tratamiento, instalaciones de cuidados intensivos abiertos y salas privadas de pacientes. La naturaleza y calidad del intercambio de aire, circulación y filtración son variables importantes en la medición y reducción del riesgo, así como el uso de salas de presión negativa para contener casos conocidos. Se considera que la propagación de la gota entre humanos es el mecanismo de transmisión humana a humana y se hizo hincapié en la necesidad de precauciones de las gotas después del hospital Al-Ahsa, la KSA y los brotes de Corea del Sur [21, 23, 154, 155]. La provisión de pruebas que apoyen la mejor formulación de equipos de protección personal para ser usados por los HCW que reciben, manejan o realizan procedimientos en casos infecciosos sigue siendo una prioridad. MERS-CoV fue encontrado y caracterizado por su aparente asociación con enfermedades graves, y por lo tanto más obvias, en humanos; éramos canarios en la mina de carbón. Seroensayos y estudios prospectivos de cohortes todavía no han determinado hasta qué punto los casos más leves o asintomáticos contribuyen a las cadenas de transmisión de MERS-CoV. Sin embargo, la transmisión de MERS-CoV se define como esporádica (no sostenida), intrafamiliar, a menudo asociada a la atención médica, ineficiente y que requiere contacto cercano y prolongado [22, 31, 63, 93, 97, 102, 156] En un estudio doméstico, 14 de 280 (5 %) contactos de 26 pacientes con índice positivo de MERS-CoV eran ARN o anticuerpos positivos; la tasa de transmisión general, incluso en brotes es de alrededor del 3 % [31]. Parece que la mayoría de los casos humanos de MERS-CoV, incluso cuando los números parecen aumentar repentinamente, no transmiten fácilmente a más de otro humano hasta la fecha, la epidemia localizada de MERS-CoV no ha sido autosostenible [157] [159] [160] [161]. Es decir, el número básico de reproducción (R 0 ) -el número medio de infecciones causadas por un individuo infectado en una población totalmente susceptible ha estado cerca de uno en varios grupos y brotes. Si R 0 era mayor que 1, se esperaría un aumento sostenido en el número de casos. Algunos cálculos de R o pueden verse afectados por el rastreo incompleto de los contactos de casos, pruebas comunitarias limitadas y cómo se define un caso. El MERS ha tenido una presencia constante en la Península Arábiga desde 2012 se debe a los eventos de derrames esporádicos en curso de DCs amplificados por brotes hospitalarios mal controlados. En marcado contraste, una seroencuesta de HCW que a veces estaba en contacto cercano y prolongado con el primer caso fatal de MERS-CoV en 2012 [162], encontró que ninguno de los HCW se había seroconvertido cuatro meses más tarde, a pesar de la ausencia de protección ocular y el cumplimiento variable de los estándares requeridos de EPP [162]. Al principio de la historia del MERS, las muestras para la prueba fueron recolectadas principalmente de pacientes con enfermedad grave y no de aquellos con infecciones respiratorias agudas más leves. Los contactos de los casos confirmados de MERS fueron a menudo observados para enfermedad clínica, pero no probados. Estas omisiones pueden haber confundido nuestra comprensión de la transmisión del MERS-CoV y sesginar los datos tempranos hacia un mayor número de pacientes gravemente enfermos y hospitalizados, inflando la aparente proporción de casos mortales. A medida que cambiaban los paradigmas de las pruebas y se hacían cada vez más pruebas de los contactos, se reconocían infecciones más asintomáticas y leves [163]. Un aumento en los casos llamados asintomáticos (que amplían el denominador para los cálculos de la proporción de casos mortales, definida en [164] ) dio lugar a una disminución en la proporción de casos mortales durante el brote de Yeddah-2014. Históricamente, tales aumentos son consistentes con la modificación de las definiciones y respuestas de laboratorio y el manejo clínico de una infección por virus recién descubierta que se observó por primera vez sólo entre los enfermos graves. Tras el seguimiento, más de tres cuartas partes de esas personas positivas del ARN del MERS-CoV recordaron haber tenido uno o más síntomas en ese momento, a pesar de que se notificó como asintomática [165], planteando alguna pregunta sobre la fiabilidad de otros datos Aproximadamente el 43 % de los casos MERS (549 de 1277) en la KSA fueron mortales entre 2012 y diciembre de 2015, mientras que el 21 % (72 de 330) fallecieron entre los que se produjeron fuera de la KSA. El número total de casos masculinos siempre supera en número a las mujeres y la proporción de muertes masculinas es siempre mayor que la proporción de mujeres que fallecen. Sin embargo, la proporción de muertes masculinas de varones totales con MERS es similar a la de las mujeres. En la KSA, hay una mayor proporción de varones más jóvenes entre los casos y muertes que se observaron en los brotes de Corea del Sur o Jeddah-2014 de 2015 (Fichero adicional 2: Figura S2 ). Por qué estos aspectos han diferido pueden deberse a diferencias en el tiempo de presentación y diagnóstico, la naturaleza y calidad de la atención de apoyo, la forma en que una persona se contagió (habita, exposición a una fuente humana o zoonótica, carga viral, vía de infección) o la medida en que las diferentes poblaciones se ven afectadas por enfermedades subyacentes [40]. Como grupo, los HCW representaron el 16 % de los casos de MERS en la KSA y Corea del Sur. Es evidente que la proporción semanal de HCW infectados aumenta junto con cada fuerte aumento en las detecciones generales (Fig. 5). En mayo de 2013, la OMS publicó directrices para IPC durante el cuidado de casos probables o confirmados de infección por MERS-CoV en un entorno sanitario [166]. Estos aumentos en las detecciones de MERS-CoV pueden disminuir la edad media durante cada evento debido a que los HCW son generalmente más jóvenes que los pacientes internados con MERS. Las instalaciones sanitarias han sido un objetivo regular de mejoras sugeridas para mejorar los procedimientos de prevención y control de infecciones (IPC) [115, 118]. La mayor parte del análisis de la genética MERS-CoV se ha realizado utilizando métodos de secuenciación de alto rendimiento o "profundo" para la deducción completa del genoma [167] [168] [169]. MERS-CoV fue el primer sujeto de un uso tan extendido de secuenciación profunda para estudiar un brote viral emergente con alcance global. La técnica puede producir genómica [207] [209]. Las versiones anteriores y posteriores de esta tabla se mantienen en un blog personal [210] cobertura de longitud en un solo experimento con medición altamente repetitiva de cada posición de nucle A pesar de los ensayos publicados al principio, la secuenciación subgenómica, una vez el pilar de los estudios de brotes virales, se ha publicado con menos frecuencia durante la caracterización de MERS-CoV [48]. A medida que se han caracterizado más genomas tanto de humanos como de DC, se han hecho evidentes dos clados; A y B (Fig. 6). Clade A contiene sólo genomas de MERS-CoV derivados del hombre de Jordania, mientras que Clade B comprende la mayoría de genomas humanos y de camellos deducidos hasta ahora [168]. Dos estudios durante 2015, uno mirando a variantes de Jeddah-2014 MERS-CoV y otro mirando a una variante exportada de Corea del Sur a China, ahora han identificado signos de recombinación genética entre variantes de MERS-CoV. Si bien las secuencias del genoma humano y del genoma entero de camello han conservado una identidad de >99 % entre sí, los miembros de linajes genéticamente distintos pueden intercambiar material genético y lo hacen cuando co-ocurren condiciones adecuadas y co-fecciones [170] [171] [172]. La identidad compartida implica que la principal fuente de adquisición humana es el DC, en lugar de otro animal, aunque se necesitan más pruebas de otras especies animales para confirmar esa conclusión. Durante un mes, un virus de DC secuenciado en diferentes ocasiones no cambió en absoluto indicando un grado de estabilidad genómica en su huésped, apoyando que los DC son el anfitrión natural, en lugar de intermedio, del MERS-CoV que conocemos hoy [77]. Hasta la fecha, la recombinación se ha localizado en puntos de ruptura cerca del límite entre las regiones ORF1a y ORF1b, dentro del gen de pico [170] No es inesperado que la recombinación se produzca ya que es bien conocida entre otras CoVs [124] y porque la mayoría de los genomas enteros del MERS-CoV recogidos a partir de muestras de tres años (2012-2015) y de seres humanos, camellos y diferentes países han mostrado una identidad genética cercana entre sí, con una variación sutil suficiente para apoyar investigaciones de brotes mientras se aplique la secuenciación del genoma completo [52, 77, 135, 138, 168, [173] [174] [175]. Los cambios en la secuencia del genoma pueden anunciar alteraciones en la transmisibilidad del virus, replicación, persistencia, letalidad o respuesta a medicamentos futuros. Si tenemos conocimiento previo del impacto de los cambios genéticos debido a estudios de caracterización exhaustivos, podemos establecer una estrecha relación genética entre las secuencias de nucleótidos del MERS-CoV (cargado desde GenBank utilizando los números de adhesión enumerados y Este árbol de unión vecino fue creado en MEGA v6 utilizando una alineación de las secuencias humanas y DCderivadas de MERS-CoV (Genious v8.1 [211] ). Clades se indican junto a barras verticales azules oscuras (Clade A) o pálidos (Clade B). Los iconos de camello denotan genomas de DC. Los brotes sanitarios o comunitarios se encajonan y etiquetan utilizando esquemas previamente descritos [212, 213] monitorean las regiones genómicas y entienden mejor cualquier cambio en la transmisión o patrones de enfermedad a medida que ocurren. Las mutaciones genéticas observadas durante el mayor de los brotes humanos, Jeddah-2014, no impartieron ningún cambio importante replicativo o inmunomodulador cuando se comparan con las variantes virales anteriores in vitro [156, 176]. Sin embargo, entendemos muy poco de los resultados fenotípicos que resultan del cambio genético sutil en Hasta la fecha no se ha informado de ninguna relevancia clínica ni de cambios in vivo evidentes en la replicación, eliminación o transmisión vírica, o se ha atribuido a mutaciones o a nuevos virus recombinantes [156]. Pero se necesitan vigilancia y estudios más grandes, contemporáneos e in vivo. La secuencia genomática localizada a un clado distinto se identificó a partir de un DC egipcio que probablemente fue importado de Sudán. Esto no encaja en ninguno de los clados actuales [125, 168, 177]. Un virus secuenciado a partir de un murciélago Neoromicia capensis estaba más estrechamente relacionado con el MERS-CoV que otras grandes secuencias derivadas de murciélagos habían estado hasta ese punto, pero el genoma de una variante de un MERS-CoV aún no se ha descubierto y deducido de cualquier murciélago [125]. Los análisis de genomas del MERS-CoV han demostrado que la mayoría de las diferencias nucleó 2), que codifica la proteína de pico y proteínas accesorias [168]. Al menos nueve genomas del MERS-CoV contenían sustituciones de aminoácidos en el dominio de unión a los receptores (RBD) de la proteína de pico y los codones 158 (región N-terminal), 460 (RBD), 1020 (en la repetición de heptad 1), 1202 y 1208 investigación de osos como marcadores de cambio adaptativo [140, 169]. La proteína de pico no había cambiado en el genoma recombinante del MERS-CoV identificado en China en 2015, pero se informó que había variado a un ritmo superior al de genomas completos del MERS-CoV, entre variantes surcoreanas [172, 178]. Esto destaca que las regiones subgenómicas pueden no siempre contener suficiente diversidad genética para ser útiles para diferenciar variantes virales. A pesar de esto, un ensayo que amplificaba un fragmento de nucleótido 615 del gen de dominio S2 de pico para la secuenciación de Sanger coincidió con los resultados generados por la secuenciación de algunos genomas completos y fue útil para definir grupos de secuencias adicionales [177]. La secuencia genómica también se puede utilizar para definir los límites geográficos de un cúmulo o brote y monitorear su progreso, basado en la similitud de las variantes encontradas entre humanos y animales infectados cuando ocurren juntos, o entre diferentes sitios y tiempos (Fig. 6 ) [169]. Este enfoque se utilizó al definir el brote de hospital MERS con limitaciones geográficas en Al-Ahsa, que ocurrió entre el 1 de abril y el 23 de mayo de 2013, así como los cúmulos en Buraidah y un brote comunitario en Hafr Al-Batin, el KSA. La secuenciación genómica identificó que aproximadamente 12 detecciones de MERS-CoV de un brote comunitario en Hafr Al-Batin entre junio y agosto de 2013 pudieron haber sido desencadenadas por un caso índice que se infectó a través del contacto DC [175]. La secuenciación de genomas de MERS-CoV del brote hospitalario de Al-Ahsa de 2013 indicó que múltiples variantes virales contribuyeron a los casos, pero que la mayoría fueron lo suficientemente similares entre sí como para ser consistentes con la transmisión humano-humana. La epidemiología molecular ha revelado enlaces ocultos en cadenas de transmisión que abarcan un período de hasta cinco meses [179]. Sin embargo, la mayoría de los brotes no han continuado durante más de dos a tres meses y por lo tanto las oportunidades para que el virus se adapte más a los seres humanos a través de la coinfección y el tránsito en serie sostenido han sido raras [169]. En Riad-2014, la evidencia genética apoyaba la probabilidad de múltiples introducciones externas de virus, implicando una gama de instalaciones de salud en un caso que de otro modo parecía contiguo [23, 168, 179]. Riad es un nexo para el viaje de camellos y humanos y ha tenido más casos MERS que cualquier otra región de la KSA hasta la fecha, pero también alberga una amplia gama de variantes MERS-CoV [128, 167, 179]. Sin embargo, el brote surcoreano se originó de una sola persona infectada, resultando en tres a cuatro generaciones de casos [180, 181]. Estudios de esta variante viral aparentemente recombinante no encontraron un aumento de la tasa evolutiva y ningún signo de adaptación al virus, por lo que el brote parece haber sido impulsado por circunstancias más que por circunstancias junto con mutación [181]. Para muchos casos MERS detectados fuera de la Península Arábiga, se El rastreo de contacto es esencial para contener la aparición y transmisión de un nuevo virus y hoy en día está apoyado por la epidemiología molecular. Aunque es un proceso costoso y que consume tiempo, el rastreo de contacto puede identificar posibles nuevas infecciones y, a través del monitoreo activo o pasivo, reaccionar más rápidamente si la enfermedad se desarrolla. Los resultados del rastreo de contacto hasta la fecha han encontrado que la transmisión continua entre los seres humanos es un evento poco frecuente. Por ejemplo, hubo 83 contactos, tanto sintomáticos como asintomáticos, de un caso tratado en Alemania que viajó desde los Emiratos Árabes Unidos pero no se encontraron signos de virus o anticuerpos en ninguno de ellos [73]. En un estudio de 123 contactos de un caso tratado en Francia, sólo siete coincidieron con la definición de un posible caso y fueron probados; uno que había compartido una habitación hospitalaria de 20 m2 mientras que en una cama a 1,5 m de distancia del caso índice durante un período prolongado fue positivo [26]. Ninguno de los contactos de los dos primeros casos MERS importados a los EE.UU. en 2014 contenía ninguna huella MERS-CoV [182] y ninguno de los 131 contactos de dos viajeros que regresaron a los Países Bajos desarrolló anticuerpos MERS-CoV o testó ARN positivo [25, 183]. Los análisis de datos públicos revelan muchos casos probables de adquisición nosocomial de infección en la Península Arábiga y estos datos pueden ir acompañados de algunos detalles que señalan el contacto con un caso o instalación conocido. Un ejemplo identificó el papel probable de un paciente con una infección subclínica, presente en un hospital durante su ingreso por otras razones, como el caso índice más probable que desencadena un grupo familiar [93]. El rastreo de contacto fue un factor significativo en la terminación de un brote de 2015 con múltiples hospitales surcoreanos [184]. Estos estudios demuestran la necesidad de encontrar y comprender un papel para los casos leves y asintomáticos, junto con la restricción del contacto cercano o la exposición prolongada de las personas infectadas a otras, especialmente familiares mayores y amigos con enfermedad subyacente (Fig. 4c). El brote asociado al hospital en Jeddah en 2014 fue la acumulación más grande y rápida de las detecciones de MERS-CoV hasta la fecha. El mayor número de detección de MERS-CoV de cualquier mes registrado se produjo en Yeddah en abril. El brote se asoció principalmente (> 60 % de los casos) con la propagación de seres humanos a seres humanos dentro de los entornos hospitalarios y se debió a la falta de prevención y control de las infecciones o a su desorganización [37, 185, 186]. Un aumento de las muertes siguió al rápido aumento del número de casos. En 2015 ocurrieron dos grandes brotes. Corea del Sur fue el lugar del primer brote a gran escala fuera de la Península Arábiga y produjo los primeros casos tanto en Corea del Sur como en China, entre mayo y julio de 2015. Esto fue seguido de cerca por un brote distinto en la provincia de Ar Riyad, en la KSA, que parecía estar bajo control a principios de noviembre. Después de permanecer en Bahréin durante dos semanas, un varón de 68 años (68 M) viajó a Corea del Sur vía Qatar, llegando libre de síntomas el 4 de mayo de 2015 [187]. Desarrolló fiebre, Visitó una clínica como ambulatorio entre los días 12 y 15 de mayo y fue ingresado en el Hospital A el día 15 [188]. Fue dado de alta del Hospital A el día 17 y luego fue ingresado en el servicio de urgencias del Hospital B el día 18. Durante esta segunda estancia, se tomó una muestra de esputo y dio positivo para el MERS-CoV el día 20 [187, 188], desencadenando el traslado al centro de tratamiento de aislamiento designado. Durante un período de 10 días, el caso índice fue visto en tres hospitales diferentes, demostrando una característica clave de "compra hospitalaria" que conformó el brote surcoreano. Aproximadamente 34 personas fueron infectadas durante este tiempo [187]. En total 186 casos fueron generados en este brote, todos vinculados a través de una única cadena de transmisión a 68 M; 37 casos murieron [189]. En Corea del Sur, el sistema nacional de seguro médico prevé una atención médica de costo relativamente bajo, sufragando algunos costos al hacer que los familiares sean responsables de una parte de la administración de los enfermos, lo que a veces los hace permanecer durante largos períodos en las habitaciones que a menudo tienen más de cuatro camas en ellas [24]. Otros factores que se pensaba que habían permitido este brote eran la falta de familiaridad de los médicos locales con MERS, la facilidad con la que el público puede visitar y ser tratado por hospitales terciarios, la costumbre de visitar a amigos y familiares enfermos en hospitales, la naturaleza jerárquica de la sociedad coreana, las salas de emergencia abarrotadas, las medidas deficientes del IPC, la falta de salas de aislamiento de presión negativa y la mala comunicación interhospitalaria de los historiales de enfermedades de los pacientes [24, [190] [191] [192]. Hasta la fecha se han comunicado pocos detalles clínicos sobre estos casos y los detalles sobre la transmisión y el rastreo de los contactos son mínimos. Los hospitales involucrados inicialmente no fueron identificados, la orientación y las acciones gubernamentales produjeron mensajes confusos y hubo una comunicación muy limitada en los primeros tiempos, lo que dio lugar a preocupaciones innecesarias, desconfianza y un impacto económico distinto [191, [196] [197] [198]. Al principio del brote, un viajero infectado, hijo de un caso identificado en Corea del Sur, pasó por Hong Kong en su camino a China, donde estaba ubicado, aislado y atendido en China [91, 199, 200]. No hubo contactos que enfermaran.El brote se puso bajo control a finales de julio/a principios de agosto [201] después de que se emplearan medidas mejoradas del IPC, seguimiento y cuarentena de contactos sólidos, pruebas de laboratorio ampliadas, hospitales fueron mejor asegurados, se envió personal especializado para gestionar los casos Una revisión de los datos públicos mostró que, al igual que en el caso del MERS en la KSA, la edad avanzada y la presencia de enfermedad subyacente se asociaron significativamente con un desenlace fatal en Corea del Sur. [40] Aunque R 0 es <1, los eventos de superdifusión facilitados por circunstancias creadas en entornos de salud y caracterizadas por tamaños de clúster superiores a 150, como este, no son inesperados por la infección por MERS-CoV [204]. La dinámica de un brote depende de la R 0 y de los patrones de eliminación viral de un individuo, el tipo y la frecuencia de contacto, los procedimientos hospitalarios y la estructura y densidad de la población [204]. En la región de Ar Riyad, incluida la capital de Riad, se inició un cúmulo hospitalario dentro de un solo hospital a partir de finales de junio de 2015 [205]. A mediados de septiembre se habían notificado aproximadamente 170 A pesar de la introducción continua y posiblemente estacional del virus en la población humana a través de los DC infectados y tal vez otros animales que aún no se han identificado, la gran mayoría de la transmisión del MERS-CoV se ha producido de seres humanos infectados a no infectados en contacto cercano y prolongado a través de circunstancias creadas por un control deficiente de las infecciones en los entornos de atención de la salud. Este virus oportunista ha tenido su mayor impacto en las personas con enfermedades subyacentes y esas personas vulnerables, que a veces sufren múltiples comorbilidades, se han asociado con mayor frecuencia con los hospitales, creando una tormenta perfecta de exposición, transmisión y mortalidad. No está claro si este grupo se ve afectado de manera única por el MERS-CoV o si otras infecciones respiratorias, incluidas las de los HCoV, producen un impacto igualmente grave. En Corea del Sur, un solo caso importado creó un brote de 185 casos y 36 muertes que tuvieron un impacto desproporcionado en el desempeño económico, el comportamiento de la comunidad y la confianza en el gobierno y el sistema de atención de la salud. La transmisión del hogar de seres humanos a seres humanos se produce, pero también es limitada. Los programas educativos serán herramientas esenciales para combatir la propagación del MERS-CoV tanto dentro de las comunidades urbanas y regionales como para el entorno de atención de la salud. La vigilancia sigue siendo importante para la contención, ya que el MERS-CoV es un virus con una composición genética que se ha observado durante sólo tres años y no es estable. Entre todos los seres humanos que se han notificado que están infectados, casi el 40% han muerto. La secuenciación del genoma completo se ha utilizado extensamente para estudiar el recorrido y la variación del MERS-CoV y aunque sigue siendo una herramienta para expertos, parece ser la mejor herramienta para el trabajo. El MERS y el SRAS tienen algunas similitudes clínicas pero también difieren significativamente [206]. Entre las características definitorias se incluyen el PFC más alto entre los casos del MERS (superior al 50 % en 2013 y actualmente en el 30-40%; muy por encima del 9 % del SRAS) y la asociación más alta entre el MERS mortal y los hombres mayores con comorbilidades subyacentes. Para los virus, el MERS-CoV tiene un tropismo más amplio, crece más rápidamente in vitro, induce más rápidamente cambios citopatógenos, desencadena respuestas transcripcionales distintas, hace uso de un receptor diferente, induce un estado más proinflamatorio y tiene una respuesta antiviral tardía en comparación con el SRAS Parece haber una prevalencia del 2-3 % de MERS-CoV en la KSA con una probabilidad del 5 % de transmisión secundaria dentro del hogar. Hay un mayor riesgo de infección a través de ciertas ocupaciones en ciertos momentos y una probabilidad mucho mayor de propagación a otros seres humanos durante circunstancias creadas por los humanos, lo que impulsa una transmisión más efectiva que cualquier R 0 predeciría sobre el valor facial. Sin embargo, a pesar de las múltiples concentraciones masivas que han proporcionado al virus muchos millones de oportunidades de propagación, no se han reportado brotes de MERS o MERS-CoV durante o inmediatamente después de estos eventos. No hay evidencia de que el MERS-CoV sea un virus de preocupación pandémica. Sin embargo, los entornos hospitalarios continúan describiendo casos y brotes de MERS en la Península Arábiga. Mientras facilitemos la propagación del MERS-CoV entre nuestras poblaciones más vulnerables, el mundo debe permanecer en alerta para los casos que puedan ser exportados con mayor frecuencia cuando un país de acogida con reservorios de camellos infectados está experimentando conglomerados o brotes humanos. El MERS-CoV parece ser un virus enzoótico que infecta a la URT DC con evidencia de recombinación genética reciente. Puede que una vez haya tenido su origen entre los murciélagos, pero falta evidencia y la relevancia de ello para la epidemia actual es académica. Gracias a la acción rápida, las herramientas de diagnóstico molecular sensibles y rápidas necesarias para lograr un objetivo de detección rápido y sensible han sido establecidas y ampliamente disponibles desde que el virus fue reportado en 2012. RT-PCR pruebas de muestras de LRT siguen siendo el estándar de oro para la confirmación del MERS-CoV. Las herramientas serológicas siguen surgiendo pero necesitan una validación adicional utilizando muestras de infecciones leves y asintomáticas y un estudio de cohorte densamente muestreado para seguir los contactos de nuevos casos puede abordar esta necesidad. Del mismo modo, la importante cuestión de si aquellos que eliminan el ARN MERS-CoV durante períodos prolongados son infecciosos mientras aparecen bien, sigue sin respuesta. Incluso no está claro cuántas infecciones 'asintomáticas' se han descrito y reportado correctamente, lo que a su vez plantea preguntas sobre la fiabilidad de la recolección de otros datos clínicos hasta la fecha. Si bien la virología básica del MERS-CoV ha avanzado en el transcurso de los últimos tres años, la comprensión de lo que está sucediendo en, y la interacción entre, camello, medio ambiente y humano todavía está en su infancia.

¿Cuántos clados se han hecho evidentes en el genoma de MERS-COV de humanos y DCs?

MERS coronavirus: diagnóstico, epidemiología y transmisiónhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4687373/SHA: f6fcf1a99cbd073c5821d1c4ffa3f2c6daf8ae29Autores: Mackay, Ian M.; Arden, Katherine E.Fecha: 2015-12-22DOI: 10.1186/s12985-015-0439-5Licencia: cc-byAbstract: Los primeros casos conocidos de síndrome respiratorio de Oriente Medio (MERS), asociados con la infección por un nuevo coronavirus (CoV), se produjeron en 2012 en Jordania, pero se informó retrospectivamente.El primer caso que se informó públicamente fue de Jeddah, en el Reino de Arabia Saudita (KSA). Desde entonces, las secuencias de MERS-CoV se han encontrado en un murciélago y en muchos camellos dromedarios (DC). MERS-CoV es enzoótico en toda la Península Arábiga y en partes de África, causando enfermedades leves del tracto respiratorio superior en su reservorio de camellos y infecciones humanas esporádicas, pero relativamente raras. Precisamente cómo el virus transmite a los seres humanos sigue siendo desconocido, pero la exposición estrecha y prolongada parece ser un requisito. El KSA es el punto focal de MERS, con la mayoría de los casos humanos. En los seres humanos, MERS se conoce principalmente como una enfermedad del tracto respiratorio inferior (RTL) que incluye fiebre, tos, dificultades respiratorias y neumonía que puede progresar a síndrome de dificultad respiratoria aguda, fallo multiorgánico y muerte en un 20% a 40% de los infectados. Sin embargo, MERS-CoV también se ha detectado en enfermedades leves y similares a En comparación con el síndrome respiratorio agudo grave (SARS), otra enfermedad zoonótica del coronavirus a veces fatal que ha desaparecido desde entonces, el MERS progresa más rápidamente hacia la insuficiencia respiratoria y la lesión renal aguda (también tiene afinidad por el crecimiento de las células renales en condiciones de laboratorio), es más frecuente en los pacientes con enfermedad subyacente y es más a menudo fatal. La mayoría de los casos humanos de MERS se han relacionado con fallos en la prevención y el control de infecciones (IPC) en los entornos de salud, con aproximadamente el 20% de todas las detecciones de virus notificadas entre los trabajadores de la salud (HCWs) y exposiciones más altas en aquellos con ocupaciones que los ponen en estrecho contacto con camellos. Los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) han estado disponibles casi desde el comienzo de la aparición de MERS. Mientras que la virología básica de MERS-CoV ha avanzado en los últimos tres años, la comprensión de la interacción entre camello, medio ambiente y restos humanos limitados. MATERIAL SUPLEMENTO ELECTRÓNICO: La versión en línea de este artículo (doi:10.1186/s12985-015-0439-5) contiene material suplementario, que está disponible para los usuarios autorizados. Texto: Un correo electrónico del Dr. Ali Mohamed Zaki, un virólogo egipcio que trabaja en el Hospital Dr. Soliman Fakeeh en Jeddah en el Reino de Arabia Saudita (KSA) anunció la primera cultura de un nuevo coronavirus al mundo. El correo electrónico fue publicado en el sitio web de la red de enfermedades emergentes profesionales (ProMED) el 20 de septiembre de 2012 [1] (Fig. 1) y describió el primer caso reportado, un hombre de 60 años de edad de Bisha en la KSA. Esta información llevó al rápido descubrimiento de un segundo caso del virus, esta vez en un paciente enfermo en el Reino Unido, que había sido transferido de Qatar para su atención [2]. El nuevo virus fue inicialmente llamado coronavirus nuevo (nCoV) y subsecuentemente titulado el síndrome de respiración del Oriente Medio coronavirus (MERS-CoV). A partir del 2 de septiembre de 2015, ha habido 1.493 detecciones de ARN viral o anticuerpos específicos del virus en 26 países (Fichero adicional 1: Figura S1) confirmado por la Organización Mundial de la Salud (OMS), con más de un tercio de las personas positivas muriendo (al menos 527, 35 %) [3]. Desde ese primer informe, un lento proceso de descubrimiento durante los siguientes dos o tres años reveló un virus que había infectado más del 90 % de los camellos dromedarios adultos (DC; Camelus dromedario) en la KSA [4], también en los países en desarrollo de toda la Península Arábiga y partes de África que son una fuente de importaciones de DC para la KSA [5]. Hasta la fecha, el MERS-CoV no se ha detectado en los países en desarrollo sometidos a pruebas en zoológicos o rebaños de otras partes del mundo [6] [7] [9]. Ocasionalmente, el virus se transmite de los DC infectados a los seres humanos expuestos. La transmisión posterior a otros seres humanos requiere una exposición relativamente cercana y prolongada [10]. Se patentó el primer aislado viral y se planteó la preocupación de que ello limitaría el acceso tanto al virus como a los diagnósticos virales [11, 12]. Sin embargo, los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) se describieron rápidamente y el virus se puso a disposición de forma gratuita, sujeto a consideraciones rutinarias de bioseguridad [13]. La epidemiología y la investigación posteriores han identificado al receptor celular como exopeptidasa dipeptidil peptidasa 4 (DPP4; también llamada CD26); que el MERS-CoV tiene un amplio tropismo, replicando mejor en algunas líneas celulares y provocando una respuesta más proinflamatoria que el SARS-CoV; está muy extendido en los DC; tiene el potencial de infectar a otros animales y que el MERS mata a su huésped humano con más frecuencia que el SARS (20-40% frente al 9 % para el SARS [14] ) [15] [16] [17] [19]. El MERS-CoV se propaga esporádicamente entre las personas, causando enfermedades más graves entre los adultos mayores, especialmente los varones, con enfermedades preexistentes.La propagación del MERS-CoV entre los seres humanos se ha asociado a menudo con brotes en los hospitales, con alrededor del 20% de todos los casos hasta la fecha en los que han participado trabajadores de la salud (HCWs).Aunque los DC parecen sufrir el equivalente a un "frío común" de la infección por MERS-CoV, en los seres humanos el virus puede ser un patógeno más grave y oportunista asociado con la muerte de hasta el 40% de los casos notificados. Aún no se ha establecido si las infecciones que se cree que se han adquirido de una fuente animal producen un resultado más grave que los que se propagan entre los seres humanos [20]. Los estudios han establecido que el período medio de incubación para el MERS es de cinco a seis días, que van de dos a 16 días, con 13 a 14 días entre el inicio de la enfermedad en una persona y posteriormente se extiende a otra [21] [22] [23]. Entre aquellos con enfermedad progresiva, la mediana de tiempo hasta la muerte es de 11 a 13 días, que van de cinco a 27 días [23, 24]. La fiebre y los síntomas gastrointestinales pueden formar un pródromo, después de lo cual los síntomas disminuyen, sólo para ser seguidos por un síndrome sistémico y respiratorio más grave [25, 26]. La primera definición de caso de la OMS [27] definió los casos probables de MERS basados en la presencia de enfermedad febril, tos y el requisito de hospitalización con sospecha de compromiso del tracto respiratorio inferior (RTL), incluyendo también roles para el contacto con un caso probable A partir de julio de 2013, la definición revisada del caso de la OMS incluía la importancia de buscar y comprender el papel de los casos asintomáticos y, a partir de junio de 2014, la definición de la OMS indicaba más claramente que un caso confirmado incluía a cualquier persona cuya muestra fuera RT-PCR positiva para MERS-CoV, o que produjera una seroconversión, independientemente de los signos y síntomas clínicos. [28] [30] Aparte de los informes de la OMS y del Ministerio de Salud de la KSA, los casos asintomáticos o subclínicos de infección por MERS-CoV se documentaron en la literatura científica, aunque no siempre tan a menudo como ocurrió a principios de [31, 32]. La definición del caso de la KSA se hizo más estricta el 13 de mayo de 2014, basándose en la presencia de ambas características clínicas y confirmación de laboratorio [33]. Las pruebas de personas asintomáticas fueron recomendadas a partir de diciembre de 2014 [34], reforzadas por una definición de caso publicada por el Ministerio de Salud de la KSA en junio de 2015 [35]. La KSA ha sido la fuente del 79 % de los casos humanos. El MERS severo es notable por su impacto entre los hombres mayores con enfermedades comorbidas, incluyendo diabetes mellitus, cirrosis y diversas afecciones pulmonares, renales y cardíacas [36] [38]. Interesantemente en junio de 2015, un brote en Corea del Sur siguió una distribución similar [39, 40]. Entre los casos confirmados en laboratorio, los signos y síntomas de fiebre, tos y tracto respiratorio superior (URT) generalmente ocurren primero, seguidos en una semana por trastornos progresivos de TL y linfopenia [37]. Los pacientes a menudo se presentan a un hospital con neumonía o peor, y se han notificado infecciones Según se informa, el MERS ha matado aproximadamente el 35 % de todos los casos notificados, el 42 % de los casos en la KSA, pero sólo el 19 % de los casos en Corea del Sur, donde la mortalidad osciló entre el 7 % entre los grupos de edad más jóvenes y el 40 % entre los de 60 años o más [42] ; todos pueden ser valores inflados con infecciones asintomáticas o leves a veces no buscadas o no reportadas [34]. La atención de apoyo general es clave para tratar los casos graves [43]. Rara vez se informa que los niños menores de 14 años son positivos para la MERS-CoV, que comprende sólo el 1,1% (n = 16) del total de casos notificados. Entre el 1 de septiembre de 2012 y el 2 de diciembre de 2013, un estudio describió el recuento de casos pediátricos en la KSA, que se situaba en 11 (dos a 16 En Amman (Jordania), se probaron 1.005 muestras de niños hospitalizados menores de dos años con fiebre y/o signos y síntomas respiratorios, pero ninguna fue positiva para ARN MERS-CoV, a pesar de haber sido recolectadas en un momento similar al primer brote conocido de MERS-CoV en la ciudad vecina de Al-Zarqa [45]. Un segundo trimestre de mortinato ocurrió en una mujer embarazada durante una enfermedad respiratoria aguda y aunque no fue RT-rtPCR positivo, la madre desarrolló posteriormente anticuerpos contra MERS-CoV, sugestivos de infección reciente [46]. Su historia de exposición a un pariente positivo de MERS-CoV RT-rtPCR y un esposo anticuerpo reactivo, su período de incubación y su historia sintomática cumplieron los criterios de la OMS para ser un probable caso de MERS-CoV [46]. Los métodos de diagnóstico se publicaron dentro de los días del correo electrónico ProMED anunciando el primer caso MERS [47], incluyendo varios ensayos RT-rtPCR (Fig. 2 ) y cultivo de virus en células Vero y LLC-MK2 [18, 47, 48]. Un adenocarcinoma colorrectal (Caco-2 ) línea celular epitelial ha sido recomendado desde entonces para el aislamiento de infecciones MERS-CoV [49]. Anteriormente [18].. Los marcos de lectura abiertos se indican como rectángulos amarillos entre corchetes por regiones terminales no traducidas (UTR; rectángulos grises ). FS-frame-shift. Las regiones predictas que abarcan puntos de ruptura de recombinación se indican por píldoras naranjas. Creado utilizando Geneious v8.1 [211] y anotado usando Adobe Illustrator. Bajo este esquema se muestra la ubicación de los imprimadores RT-PCR (las flechas azules indican la dirección) y oligoprobes (rectángulos verdes) utilizados en los primeros ensayos de cribado RT-rtPCR y en los convencionales, seminés (tres imprimaciones) RT-PCR confirmatorios de secuenciación [47, 48]. El orden de publicación se observa por primera [27 de septiembre de 2012; rojo] y segundo [6 de diciembre de 2012; naranja] rectángulos de color; ambos de Corman y otros [47, 48] Los ensayos recomendados por la OMS se destacan debajo por puntos amarillos [53]. El imprimador reverso NSeq ha contenido consistentemente una secuencia incompatibilidad con algunas variantes de MERS-CoV. Una versión alterada de la de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio del Oriente Medio: Una Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con el permiso de Elsevier [5] revisó el amplio tropismo de MERS-CoV [5]. Sin embargo, como se describe bien, el cultivo celular es un método lento, especializado e insensible [50] mientras que las técnicas basadas en PCR son el método preferido para la detección de MERS-CoV. Los primeros marcos de lectura abiertos (ORF 1a y 1b; Fig. 2) se han convertido en un objetivo diagnóstico clave y taxonómico para la identificación de especies CoV. Con menos del 80 % de identidad entre la secuencia de aminoácidos de MERS ORF 1ab y parientes del betacoronavirus, Tylonycteris Bat HKU4 y Pipistrellus Bat HKU5, se puede concluir que es un virus novedoso y distinto. Las proteínas estructurales incluyen el pico (S), la envoltura (E), la membrana (M) y el nucleocápsido (N) [52]. Se prevé que los productos de ORF1a y ORF1b codificarán proteínas no estructurales. La mayoría de los ensayos de muestras realizados hasta la fecha han empleado ensayos RT-rtPCR validados que han demostrado ser sensibles y específicos [47, 48, 53]. El kit de RealStar® utiliza estos ensayos recomendados por la OMS [54]. Las secuencias objetivo de estos ensayos de cribado no han cambiado entre los genomas examinados hasta al menos mediados de 2015 (observación IMM). Otros ensayos RT-rtPCR han sido desarrollados y validados para su uso como herramientas de diagnóstico basadas en laboratorio [55] [56]. Además, los ensayos isotérmicos [58, 59] o recombinasa polimerasa [60] La detección del antígeno MERS-CoV no ha sido común hasta la fecha, pero la combinación de corto tiempo de retorno de la prueba al resultado, alto rendimiento e identificación de proteínas virales hace que esta opción sea atractiva. La detección de proteínas virales en lugar de ARN viral indica la probable presencia de virus infecciosos. La primera herramienta inmunocromatográfica rápida descrita podría detectar proteína nucleocápsida MERS-CoV recombinante de hisopos nasales DC con sensibilidad al 94 % y especificidad al 100 % en comparación con RT-rtPCR [61]. Un enfoque diferente utilizó una captura basada en anticuerpos monoclonales ELISA dirigida a la proteína nucleocápsida MERS-CoV con una sensibilidad de 10 3 CCID 50 y especificidad al 100 % [62]. La demostración de una seroconversión a una infección por MERS-CoV cumple con la definición actual de la OMS de un caso tan optimizado y ampliamente validado que los seroensayos empleados junto con buenas historias clínicas son útiles para identificar la infección por MERS-CoV y ayudar a apoyar estudios de transmisión. Debido a que las pruebas serológicas son, por su naturaleza, retrospectivas, es habitual detectar una huella viral, en forma de anticuerpos, en ausencia de signos o síntomas de enfermedad y a menudo en ausencia de ARN viral [63]. Las seroencuestas estratégicas y generalizadas de seres humanos que utilizan muestras recogidas después de 2012 son infrecuentes. Gran parte de la Península Arábiga y todo el Cuerno de África carecen de datos de referencia que describan la proporción de la comunidad que puede haber sido infectada por un MERS-CoV. Sin embargo, las seroencuestas han tenido un uso Debido a la identidad compartida entre DC y el MERS-CoV humano (ver epidemiología molecular: utilizando genomas para entender brotes), los ensayos serológicos para las seroencuestas de DC deben ser transferibles al cribado humano con una reconfiguración mínima. Además, no se ha encontrado ninguna variación diagnóstica relevante en la actividad de neutralización entre una gama de aislados y seras testados de MERS-CoV circulantes, por lo que los seroensayos de virus enteros o específicos basados en proteínas deben funcionar de manera equivalente en la detección de respuestas serológicas al serotipo único de MERS-CoV [49]. El desarrollo de ensayos serológicos robustos requiere paneles confiables de sueros animales o humanos bien caracterizados, incluidos los positivos para anticuerpos específicos del MERS-CoV, así como para fuentes probables de reacción cruzada [64]. La obtención de estos materiales fue problemática y enlenteció el desarrollo y comercialización de ensayos de detección de anticuerpos para ensayos humanos [64]. Se han liberado varios kits comerciales de ELISA, kits de ensayos inmunofluorescentes (IFA), proteínas recombinantes y anticuerpos monoclonales [31, [65] [66] [68]. Inicialmente, se utilizaron IFAs convencionales para seroencuestas humanas. Estos se basaron en el cultivo celular infectado por MERS-CoV como fuente de antígeno, detectando la presencia de anticuerpos humanos anti-MERS-CoV IgG, IgM o neutralizantes en muestras humanas [18, 48, 69]. No se encontró ningún signo de anticuerpos MERS-CoV entre 2.400 sueros de pacientes que visitaron el Hospital de Jeddah, desde 2010 hasta 2012, antes de la descripción de MERS-CoV [18]. Los métodos IFA tampoco detectaron ningún signo de infección previa por MERS-CoV entre una pequeña muestra de 130 donantes de sangre sanos de otro hospital de Jeddah (recogida entre enero y diciembre de 2012) [70]. De 226 trabajadores del matadero, sólo ocho (3,5%) fueron positivos por IFA, y los sueros no pudieron ser confirmados por la prueba de neutralización del virus (NT). El estudio indicó que HCoV-HKU1 era una fuente probable de antígenos de reacción cruzada en todo el virus IFA [70]. El virus completo MERS-CoV IFA también sufrió alguna reactividad cruzada con el SRAS convaleciente sera y esto no pudo resolverse mediante una prueba de NT que también fue reactiva [71]. La IFA utilizando proteínas recombinantes en lugar del virus entero IFA, ha demostrado ser una herramienta más específica [31]. Dado que se han postulado zoonosis asintomáticas [72], la ausencia de anticuerpos contra el MERS-CoV entre algunos humanos que tienen contacto regular y estrecho con camellos puede reflejar la rareza de animales infectados activamente en carnicerías, un riesgo de transmisión limitado asociado con DCs de sacrificio [70], un estado inmune cruzado de protección preexistente o algún otro factor(s) que resulta en un bajo riesgo de enfermedad y seroconversión concurrente que se desarrolla después de la exposición en este grupo. IFA usando proteínas recombinantes en su lugar. Algunos seroensayos han pasado por alto los riesgos de trabajar con virus infecciosos al crear células transfectadas que expresan porciones recombinantes de las proteínas nucleocápsidas y punzantes del MERS-CoV [48, 73], o utilizando un lentivirus recombinante que expresa la proteína de pico del MERS-CoV Un ensayo de pseudoneutralización de partículas (ppNT) ha sido ampliamente utilizado en estudios en animales y fue al menos tan sensible como la prueba tradicional de microneutralización (MNT). [10, 74, [76] [77] [78] ] Los estudios que utilizaron pequeños números de muestra y ppNT no encontraron evidencia de anticuerpos neutralizantes MERS-CoV en sueros de 158 niños con infecciones de LRT entre mayo de 2010 y mayo de 2011, 110 sera de 19 a 52 años de edad donantes de sangre masculina y 300 trabajadores autoidentificados de animales de la Región Jazan de la KSA durante 2012 [79, 80]. Del mismo modo, un estudio de cuatro pastores en contacto con una manada infectada de DC en Al-Ahsa, ocho personas que tenían contacto intermitente con la manada, 30 veterinarios y personal de apoyo que no estaban expuestos a la manada, tres trabajadores de mataderos no protegidos en Al-Ahsa y 146 controles que no estaban expuestos a DC en ningún rol profesional, no encontró ninguna evidencia serológica de infección por MERS-CoV en el pasado utilizando el ensayo ppNT [10]. Un retraso en la respuesta de anticuerpos neutralizantes a la infección por MERS-CoV se asoció con un aumento de la gravedad de la enfermedad en los casos de Corea del Sur con la mayoría de las respuestas detectables en la tercera semana de enfermedad, mientras que otros, aunque la enfermedad era grave, no respondieron durante cuatro o más semanas [81]. Las implicaciones para nuestra capacidad de detectar cualquier respuesta en casos leves o asintomáticos no fueron exploradas, pero Un brote jordano de TRT aguda en un hospital en 2012 se encontró retrospectivamente asociado a la infección por MERS-CoV, utilizando inicialmente RT-rtPCR, pero posteriormente, y en una escala mayor, a través de la positividad por ELISA y la prueba IFA o MNT. [46, 82, 83] Este brote fue anterior al primer caso de MERS en la KSA. La ELISA utilizó una proteína nucleocápsida recombinante del grupo 2 betacoronavirus bat-CoV HKU5 para identificar anticuerpos contra la proteína MERS-CoV reactiva equivalente [71]. Se validó utilizando 545 sera recolectada de personas con HCoV-OC43, HCoV-229E, SARS-CoV, HCoV-NL63, HRV, HMPV o influenza A(H1N1), pero fue supuestamente menos específica que la I También se consideró una herramienta aplicable para el cribado de grandes números de muestra [82]. Un microarray de proteína que expresa la subunidad de proteína S1 ha sido validado y ampliamente utilizado para las pruebas de DC [5, 84]. Detección de infección por MERS-CoV usando microarray de proteína ELISA o S1 [84] suele ser seguido por IFA confirmatoria y/ o una neutralización de reducción de placa (PRNT) [69, 70, 85] o MNT test. [74, 85, 86] Este proceso confirmatorio tiene como objetivo asegurar que los anticuerpos detectados sean capaces de neutralizar específicamente el virus previsto y no sean más ampliamente reactivos a otros coronavirus encontrados en DCs (coV bovina, BCoV) o humanos (HCoV-OC43, HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoV-HKU1, SARS En el estudio más grande de sueros humanos, un proceso de diagnóstico escalonado asignó tanto el SERA positivo recombinante como el SERA ELISA recombinante a la seropositividad 'etapa 1'. Un resultado seropositivo en estadio 2 requirió además un resultado PRNT adecuadamente titulado [87]. El estudio encontró que 15 SERA recolectados en 2012 a 2013 de 10.009 (0,2%) personas en 13 provincias KSA contenían anticuerpos MERS-CoV, pero proporciones significativamente mayores en se produjeron en pastores de camellos (dos de 87; 2,3 %) y trabajadores de mataderos (cinco de 140; 3,6 %) [87]. Se necesitan encuestas contemporáneas. MERS-CoV no parece ser fácilmente transmitido de DCs a los seres humanos, o tal vez es [72], pero generalmente no desencadena una respuesta inmune detectable si sólo se producen enfermedades leves o infecciones asintomáticas. Los ensayos serológicos necesitan una validación adicional en esta área, por lo que es necesario tener cuidado al trasladar algoritmos de serología diagnóstica de reciente desarrollo de un entorno de investigación a uno que informe las decisiones de salud pública, lo que se reforzó cuando un caso falso positivo en EE.UU., supuestamente infectado después de un apretón de manos y dos reuniones cara a cara, no resistió más análisis confirmatorios utilizando un ensayo NT más específico y posteriormente se retractó [88, 89]. La OMS recomienda tomar muestras de la TRL para las pruebas RT-rtPCR del MERS-CoV, especialmente cuando la recolección de muestras se retrasa una semana o más después del inicio de los síntomas. [53] Las muestras de TRL también son mejores para intentar aislar el virus infeccioso, aunque el éxito del cultivo se reduce cuando persiste la enfermedad [49]. Los tipos de muestras recomendados incluyen lavado broncoalveolar (BAL), aspirado traqueal/traqueobronquial, líquido pleural y esputo [53, 90]. Las muestras frescas arrojan mejores resultados diagnósticos que el material refrigerado [69] y si es probable que se produzcan retrasos en las pruebas de ≥72 h, las muestras (excepto sangre) deben congelarse a −70°C [90]. Si se dispone de ellas, también se pueden realizar biopsias pulmonares o tejidos de autopsia [53]. Sin embargo, la TRU es un lugar de muestreo menos invasivo y más conveniente, y se recomienda un hisopo orofaríngeo y de garganta o un aspirado/lavado nasofaríngeo cuando se va a realizar el muestreo de TRU [90]. Los sueros emparejados, recogidos de dos a tres semanas de diferencia son preferibles para las pruebas serológicas, mientras que se sugiere que una muestra única sea suficiente si se recogen dos semanas después de la aparición de la enfermedad o un único suero recogido durante los primeros 10-12 días si se realiza RT-rtPCR [53, 90]. Se ha encontrado que la orina y las heces humanas contienen ARN MERS-CoV 12 a 26 días después de la aparición de los síntomas [25, 69, 91] y se enumeran como muestras que deben considerarse [53, 90]. En dos casos que llegaron a los Países Bajos, la orina fue RT-rtPCR negativa pero las heces fueron débilmente positivas y los sueros fueron RT-rtPCR positivos durante cinco días o más [25]. El hallazgo de ARN viral MERS-CoV en el suero proporciona una vía para estudios retrospectivos basados en PCR La ARNemia también puede correlacionarse con la gravedad de la enfermedad; los signos de virus fueron eliminados del suero de un paciente recuperado, pero se mantuvo hasta la muerte de otro [92]. Los casos de sospecha clínica de MERS pueden devolver resultados negativos por RT-rtPCR. Los datos han demostrado que una o más muestras de URT negativas pueden ser contradichas mediante un muestreo adicional de URT o el uso de muestras de LRT, lo que se prefiere [2, 43, 93]. En la LRT se producen cargas virales más altas que en la URT. [22, 69, 88, 94] Esto concuerda con la observación de que la mayoría de los síntomas de la enfermedad se reportan como enfermedad sistémica y LRT [21]. Sin embargo, en ocasiones incluso los especímenes de LRT de los casos de MERS pueden ser inicialmente negativos, sólo para más tarde ser positivos por RT-PCR [95 Esto puede deberse a una mala toma de muestras cuando la tos está ausente o no es productiva o porque la carga viral es baja [95]. A pesar de esto, tanto los mayores estudios de MERS-CoV humanos [32, [96] [97] [98] y los más pequeños [22, 25, 99], utilizan muestras de la URT. Cabe destacar que un estudio reportó una asociación entre cargas más altas en la URT y peores resultados clínicos incluyendo cuidados intensivos y muerte [94]. Al escribir, no existen datos humanos para definir si el virus se replica única o preferentemente en la LRT o URT, o réplicas en otros tejidos humanos in vivo, aunque el ARN MERS-CoV se ha detectado tanto de la URT como de la LRT en un modelo de mono macaco [100].La distribución de DPP4 en las vías respiratorias superiores humanas tampoco está bien descrita. Los estudios individuales de casos humanos reportan largos periodos de eliminación viral, a veces intermitentes y no necesariamente relacionados con la presencia de síntomas de la enfermedad. [25, 69, 99, 101] En un caso, un HCW arroja ARN viral durante 42 días en ausencia de enfermedad [99]. Es un área de alta prioridad para entender mejor si estos casos son capaces de infectar a otros. Más de tres cuartas partes de los casos de MERS arrojan ARN viral en sus muestras de TL (aspirados traqueales y esputo) durante al menos 30 días, mientras que sólo el 30 % de los contactos seguían arrojando ARN en sus muestras de TRU [91, 102]. En el único estudio para examinar el efecto del tipo de muestra en el análisis molecular, se examinaron 64 aspirados nasofaríngeos (ANP; una muestra de TRU), 30 aspirados traqueales, 13 Los aspirados traqueales y el BAL devolvieron los valores de carga viral más altos seguidos por el NPA y el esputo. Como era de esperar, las cargas virales más altas generalmente coincidían con la secuenciación del genoma completo y el éxito del cultivo y, en las pruebas del NPA, estaban significativamente correlacionadas con enfermedades graves y muerte [49, 94, 103]. Este estudio demostró la importancia del muestreo de LRT para la secuenciación del genoma completo. Cuando se probó, las muestras positivas para el MERS-CoV a menudo son negativas para otros patógenos [25, 93, 104]. Sin embargo, muchos estudios no mencionan pruebas adicionales para virus respiratorios humanos endémicos [21, 23, 73, 105]. Cuando se buscan virus, se han incluido el herpesvirus humano (VHH), los rinovirus (VHR), los enterovirus (VVV), el virus sincitial respiratorio (VRS), el virus parainfluenzavirus tipos 1, 2 y 3 (VIP), los virus de la gripe (VFI), los HCoV endémicos, los adenovirus (VCD) metapneumovirus (VPM) y el virus influenza A\H1N1; en ocasiones se han encontrado codetecciones con MERS-CoV [2, 22, 37, 69, 97]. A veces se incluyen pruebas bacterianas (por ejemplo, para Legionella y Pnemocococcus), pero el impacto de la copresencia bacteriana tampoco está claro [22, [104] [105] [106]. Otras pruebas de la muestra de TRL del primer caso del MERS utilizaron IFA para detectar algunos virus (negativos para IFV, PIV, RSV y AdVs) y RT-PCR para otros (negativos para AdV, EV, MPV y HHVs) [18]. RT-PCR también detectó MERS-CoV. La OMS recomienda encarecidamente pruebas para otros patógenos respiratorios [53] pero con esta recomendación a menudo descontada, hay datos limitados para abordar la ocurrencia y el impacto de coinfecciones o diagnósticos virales alternativos entre ambos casos del MERS y sus contactos. Poco se sabe de otras causas de neumonía similar al MERS en el KSA o de la carga general de enfermedad debido a los virus respiratorios clásicos conocidos. Pruebas de peregrinos adultos que realizan el Hajj en 2012 a 2014 no ha detectado ningún MERS-CoV. En 2012, se realizaron pruebas de hisopos nasales de 154 peregrinos recogidos antes de partir hacia el KSA o partir de él [47]. En 2013, las pruebas se ampliaron significativamente con 5.235 hisopos nasofaríngeos de 3.210 peregrinos entrantes y 2.025 hisopos de peregrinos salientes probados [98]. Cabe señalar que la mayoría de los peregrinos llegaron de países libres de MERS. Se tomaron otros 114 hisopos de peregrinos con enfermedad similar a la gripe [96, 107]. En reuniones anteriores del Hajj, se descubrió que los virus de la gripe circulaban ampliamente, mientras que otros virus, a menudo rinovirus, circulaban de manera más selectiva, interpretando que indicaban su importación junto con peregrinos extranjeros [107] [108] [108] Con el tiempo, el aumento de la vacunación contra la gripe se ha acreditado como una disminución de la prevalencia de enfermedades similares a la gripe entre los peregrinos [110] A menudo no se recoge una muestra de TRL para estos estudios [98, 107, 109], por lo que los hallazgos negativos falsos son una posibilidad, aunque poco se sabe sobre el sitio inicial de infección y replicación del MERS-CoV; se puede haber supuesto que fue la TRL porque la enfermedad se notó por primera vez allí, pero la TRL puede ser el lugar de la replicación más temprana. En Jeddah entre marzo y julio de 2014 (en adelante, el brote de Jeddah-2014; Fig. 3 ), hubo un rápido aumento en los casos del MERS, acompañado de un intenso cribado; aproximadamente 5.000 muestras de dentro y alrededor de la región se probaron en un mes, produciendo alrededor de 140 detecciones del MERS-CoV (prevalencia ~3 %) [111]. Entre los 5.065 individuos muestreados y analizados en la KSA entre octubre de 2012 y septiembre de 2013, se realizaron 108 (2,1%) detecciones en una población hospital-céntrica que incluyeron casos hospitalizados (n = 2.908; 57,4 %), sus familias (n = 462; 9,1 %) y HCW asociados (n = 1.695; 33,5 %) [32]. Entre las detecciones, 19 (17,8 %) eran HCW y 10 (9,3 %) eran contactos familiares [32]. La prevalencia del 2-3 % de infecciones activas por MERS-CoV no es diferente a la prevalencia hospitalaria de otras COV humanas. [112] Sin embargo, la proporción de muertes entre los infectados por MERS-CoV es mucho mayor que la conocida por los HCoV NL63, HKU1, 229E u OC43 en otros países, e incluso superior a la de SRAS-CoV; no es un virus que pueda razonablemente ser descrito como una "tormenta en una taza de té". Es la baja tasa de transmisión que ha evitado la propagación mundial, a pesar de muchas "oportunidades". Muy temprano en el brote de MERS, algunos animales fueron altamente considerados como el reservorio o huésped(s) intermedio(s) de MERS-CoV con tres de los cinco primeros casos que tuvieron contacto con DCs [73, 113, 114]. Hoy en día, las infecciones por MERS-CoV animales deben ser reportadas a la organización mundial para la salud animal como una enfermedad emergente [115]. Un resumen de los primeros casos de MERS reportados por la OMS definió el contacto animal con humanos como directo y dentro de los 10 días previos al inicio de los síntomas [20]. Esta definición no permitió específicamente la adquisición de DCs a través de una vía basada en gotitas, que es muy probable que sea la vía de adquisición de un virus que inicialmente y predominantemente causa enfermedad respiratoria [23]. Se sabe que los camellos producen altos niveles de ARN MERS-CoV en su URT y pulmones [116]. Proporcionando apoyo para una vía de transmisión de gotitas y tal vez indicando la presencia de ARN en núcleos más pequeños y secos de gotitas, se identificó ARN MERS-CoV en una muestra de aire de alto volumen recogida de un granero que alberga un DC infectado [117]. La fuente precisa de la que los humanos adquieren MERS-CoV sigue siendo poco estudiada pero parece probable Estos factores pueden resultar importantes para los casos humanos que no describen ningún contacto DC [119] ni ningún contacto con un caso confirmado. Si la definición de contacto con animales de la OMS es suficiente para identificar la exposición a este virus respiratorio no está clara. La formulación se centra en el consumo de productos DC, pero no atribuye específicamente el riesgo a una vía de gotitas para la adquisición de MERS-CoV desde DC [120]. Algunos pacientes MERS se enumeran en los avisos de enfermedad de la OMS como próximos a los DCs o granjas, pero los individuos no han descrito entrar en contacto con los animales. No se reporta ninguna vía alternativa para adquirir infección en muchos de estos casos. Lo que constituye una definición de "contacto" durante estas entrevistas se ha definido para un estudio [72]. A pesar de esta falta de claridad, la OMS considera que la evidencia que vincula la transmisión de MERS-CoV entre DCs a humanos es irrefu La posibilidad de que los murciélagos fueran un huésped animal de MERS-CoV fue ampliamente discutida inicialmente debido a la diversidad existente de coronavirus conocidos por residir entre ellos [121] [122] [123]. Evidencia concluyente que apoya a los murciélagos como fuente de infecciones humanas por MERS-CoV todavía no se ha encontrado, pero los murciélagos parecen albergar a los representantes ancestrales [53, 125]. Sin embargo, estas no son variantes del mismo virus ni siempre dentro del mismo linaje filogenético que MERS-CoV; cada uno son un virus genéticamente distinto. La infección de murciélago a humano por MERS-CoV es un evento puramente especulativo. La única pieza de evidencia específica del MERS-CoV que apunta a los murciélagos se origina en la amplificación de un fragmento de 190 nt del gen ARN dependiente de la polimerasa del genoma del MERS-CoV, identificado en un pellet fecal de un murciélago insectívoro Emballonuridae, Taphozous perforatus encontrado en Bisha, el KSA [121]. Aunque muy corta, la secuencia del fragmento lo definió como un descubrimiento diagnóstico. Posteriormente se informó de un enlace a los DC [85] y ese enlace ha madurado en una asociación verificada [38, 126] (Fig. 4). (Véase la figura en la página anterior.) Fig. 3 Detecciones mensuales de MERS-CoV (barras azules) y de casos que murieron (barras rojas) con algunas fechas de interés marcadas para 2012 al 4 de septiembre de 2015. Se indica una aproximación de cuando la estación de parto DC [128] y cuando los DC recién nacidos son destetados. La primavera (verde) y el verano (naranja) en la Península Arábiga también están sombreados. Tenga en cuenta la escala del eje y de la izquierda para 2014 y 2015 que es mayor que para 2012/13. Fuentes de estos datos públicos incluyen la OMS, Ministerios de Salud y FluTrackers [207] [209] [209]. Versiones anteriores y posteriores de este gráfico se mantienen en un blog personal [210]. Modificado y reimpreso de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio de Oriente Medio: Una infección por coronavirus emergente rastreada por la multitud. Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con permiso de Elsevier [5] Los DCs, que constituyen el 95 % de todos los camellos, tienen una presencia central en la El contacto puede ser común y puede ocurrir de diversas maneras (Fig. 4a). Hay varios grandes festivales, razas, ventas y desfiles bien atendidos que cuentan con DCs y DCs también son mantenidos y criados cerca de áreas pobladas en el KSA [127, 128]. La leche y la carne DC son ampliamente consumidas y el DC más viejo es un animal de importancia ritual después de la peregrinación del Hajj [129]. Sin embargo, la frecuencia de infección del MERS-CoV es mucho menor que el hábito generalizado y frecuente de comer, beber y preparar productos DC. La ingestión diaria de leche DC fresca no pasteurizada es común entre los beduinos del desierto y muchos otros en el KSA. La orina DC también se consume o se utiliza para supuestos beneficios para la salud. A pesar de que la carnicería de camellos es una ocupación local, ni los carniceros ni otros grupos en riesgo son identificables entre los casos de MERS; esto puede ser simplemente un problema de información en lugar de una ausencia inexplicable de MERS. Un pequeño estudio de casos y controles publicado en 2015 identificó el contacto directo con la DC, y no la ingestión de productos, para estar asociado con la aparición de MERS [38]. La primera investigación sero-encuesta de ganado que vive en la región de Oriente Medio se llevó a cabo durante 2012-2013 [85]. Los DCs fueron muestreados a partir de una manada de canarios nacidos principalmente y de DCs omaníes (originalmente importados del Cuerno de África) [85]. b Las infecciones de camello a humano parecen ser poco frecuentes, mientras que la propagación de la infección de ser humano a ser humano se ve facilitada regularmente por una CIP deficiente en los entornos de salud donde se amplifica la transmisión, lo que explica la mayor parte de los casos. Hay casos de MERS humanos que no entran en ninguna de las categorías de origen y no está claro si estas infecciones adquiridas a través de alguna vía totalmente separada, o de casos que escaparon al diagnóstico. c Las formas hipotéticas en las que la subclínica (cuando la infección puede no alcanzar un umbral clínico previamente definido de signos y/o síntomas) o asintomáticas (sin signos obvios ni medidos, observados o recordados de enfermedad) la infección por MERS-CoV puede estar implicada en la transmisión DC sera podría neutralizar MERS-CoV mientras que todas las seras DC de Omán tenían niveles elevados de anticuerpos neutralizantes específicos de MERS- Desde este estudio, una serie de informes revisados por pares han analizado tanto a los DCs como a otros animales, y la posibilidad de que puedan albergar la infección por MERS-CoV. Se han encontrado DCs seropositivos en toda la Península Arábiga, incluyendo Omán, la KSA, Qatar, Jordania, los Emiratos Árabes Unidos (EAU), Kuwait así como Sudán, Somalia, Egipto, Túnez, Nigeria, Kenia y Etiopía en África y las Islas Canarias [85, [130] [133] [133] [134]. Otros animales probados incluyen ovejas, vacas, cerdos, caballos, burros, mulas, aves, búfalos acuáticos, cabras, camellos bactrianos, llamas y guanacos (camélidos suramericanos) pero ninguno tenía anticuerpos neutralizantes detectables contra MERS-CoV [4, 74, 78, 85, 86, 135, 136]. No se han notificado hasta la fecha estudios de virología o serología de muestras humanas procedentes de zonas de África donde hay camellos con antecedentes de MERS-CoV. Sin embargo, la ausencia de neumonía inexplicable que pueda atribuirse a la infección por MERS-CoV puede no indicar la ausencia de virus entre los seres humanos en cada país, sino simplemente reflejar la falta de costosos estudios de epidemiología realizados por países pobres en recursos. Por lo tanto, no está claro si el MERS-CoV, o una CoV relacionada con antígenos, es un patógeno no reconocido en estas regiones, quizás circulando durante más tiempo del que se ha conocido en la Península Arábiga [133]. El ARN del MERS-CoV también se ha detectado en muestras de DC, y también se ha logrado la recuperación del virus infeccioso a partir de muestras de DC [4, 77, 117, 132, [137] [139] De algunos de ellos, se han secuenciado genomas completos o mayoritarios de MERS-CoV [77, 137, 138]. Las versiones DC de MERS-CoV fueron tan similares entre sí, como las variantes detectadas de diferentes seres humanos a lo largo del tiempo y a lo largo de la distancia. Los ensayos de detección de anticuerpos anticuerpos también han detectado anticuerpos cruzados en sera. Estos se identificaron como tales mediante la detección de sera contra virus similares, por ejemplo BCoV o HCoV-OC43 (como facsímil antigénico para BCoV). Es posible que otros virus similares a MERS-CoV también residan dentro de los DCs, pero esto no menoscaba el hallazgo definitivo de secuencias genéticas de MERS-CoV tanto en DCs como en humanos [117, 142, 143]. Los estudios de detección han demostrado que los DC juveniles son más a menudo positivos para el virus o el ARN viral, mientras que los DC mayores son más propensos a ser seropositivos y ARN o virus negativos [76, 77, 144]. En los DC adultos, se ha detectado ARN MERS-CoV entre animales con anticuerpos preexistentes, lo que sugiere que es posible la reinfección [77, 144]. Las cargas virales entre DC positivos pueden ser muy altas [4, 76, 77, 139, 144] y DCs se han encontrado positivos tanto cuando están enfermos con signos respiratorios de TRU [77, 117, 142, 145] o cuando aparentemente sanos [137]. Estos hallazgos indican que los DCs hospedan infecciones naturales MERS-CoV. Además, los sera DC almacenados han revelado signos de MERS-CoV en DCs que datan de hace más de tres décadas (los más tempranos Los sera más viejos no han sido probados y, por lo tanto, cuánto tiempo los DC han sido afectados por MERS-CoV, si el virus es enzoótico entre ellos, introducidos hace décadas o siglos de murciélagos en África o la Península Arábiga, o son objeto de incursiones virales regulares pero de corta duración de un huésped aún desconocido, no pueden ser respondidos. Los investigadores buscaron determinar una dirección para la infección; estaban los DC transmitiendo virus a los seres humanos o estaban los humanos infectando DC? En un sitio de Qatar, un propietario de una granja y su empleado se enfermaron a mediados de octubre de 2013 y dieron positivo para el ARN MERS-CoV en una muestra de esputo y hisopos de garganta, respectivamente. RT-rtPCRs encontró MERS-CoV ARN en 11 de 14 hisobas nasales de DC positivas en la granja; seis (43 %) positivos Los resultados indicaron que se había producido un brote reciente en este rebaño; la primera indicación de ARN MERS-CoV encontrado en DCs con una asociación temporal a infecciones humanas; tres muestras de DC positivas fueron confirmadas por secuenciación de una porción de 358 nt del gen de la espiga; estas secuencias eran idénticas unas a otras, de nuevo con homología cercana a otras secuencias humanas y DC MERS-CoV [138]. Los DCs y contactos humanos produjeron secuencias ORF1a y ORF4b que diferían por un solo nucleótido cada una, agrupando estrechamente con la variante Hafr-Al-Batin_1_2013 [138]. Estudios de casos posteriores encontraron evidencia de una infección humana y DC concurrente y la dirección de esa infección fue inferida a partir de los DCs enfermos y a sus propietarios humanos [117, 142, 146]. Las secuencias del genoma parcial indicaron que un humano y un DC positivo de la RT-RTPCR del MERS-CoV habían sido infectados por una variante del mismo virus, albergando el mismo patrón distinto de polimorfismos de nucleótidos. [142] Todos los nueve DC en la manada del propietario, muestreados en serie, reaccionaron en un antígeno S1 recombinante ELISA, con los dos animales que habían sido positivos de la RT-rtPCR mostrando un pequeño aumento verificable del título de anticuerpos [142]. Un aumento del título teóricamente comienza 10 a 21 días después de la infección de la DC [142]. Los autores sugirieron que el aumento del título en la suera de la DC que ocurrió junto con una disminución de la carga de ARN, mientras que el paciente estaba activamente enfermo y hospitalizado, indicó que los DC fueron infectados primero seguidos por el propietario [117, 142]. Los anticuerpos BCoV también estuvieron presentes, y aumentaron en uno de los dos animales positivos RT-rtPCR, pero ninguno de ellos pudo neutralizar la infección BCoV [142]. La temporada de parto en camellos se produce en los meses de invierno (entre finales de octubre y finales de febrero; Fig. 3 ) y este puede ser un momento en el que existe un mayor riesgo para los seres humanos de derrames debido a nuevas infecciones entre las poblaciones de DC ingenuas [128]. ¿Qué papel podría desempeñar el anticuerpo de camello materna en el retraso de la infección de terneros sigue siendo desconocido [128, 142]. Los DC juveniles parecen tener una infección activa con más frecuencia que los DC adultos y, por lo tanto, el sacrificio de los DC, que debe ser de cinco años de edad o más (llamados a thane), puede no ir acompañado de un riesgo significativo de exposición a la infección. A diferencia de los resultados anteriores, los trabajadores de los mataderos que matan tanto a los DC más jóvenes como a los más viejos, pueden ser un grupo ocupacional con una incidencia significativamente mayor de seropositividad a la MERS-CoV cuando los animales tienen infecciones activas por MERS-CoV [129, 139, [147] [148] [149]. Las investigaciones virológicas ampliadas de los DC africanos pueden dar lugar a animales más seropositivos y zonas geográficas en las que los seres humanos pueden estar en riesgo. Es posible que haya zonas en las que los seres humanos ya albergan infecciones por MERS-CoV que no se han identificado debido a la ausencia de vigilancia de laboratorio. Las investigaciones virológicas de los murciélagos pueden dar lugar a hallazgos de virus ancestrales y "eslabones de pérdida viral" e identificar cualquier otra fuente animal de propagación zoonótica es importante para informar opciones para reducir la exposición humana [56, El MERS-CoV infeccioso añadido a la leche de CC, cabra o vaca y almacenado a 4 °C podría recuperarse al menos 72 h más tarde y, si se almacena a 22 °C, la recuperación fue posible hasta 48 h [150]. El título de MERS-CoV disminuyó un poco cuando se recuperó de la leche a 22 °C, pero la pasteurización completamente ablada Infectividad MERS-CoV [150]. En un estudio posterior, se identificó ARN MERS-CoV en la leche, secreción nasal y heces de DCs de Qatar [151]. Un estudio único ha examinado la capacidad de MERS-CoV para sobrevivir en el medio ambiente [150]. Las superficies plásticas o de acero fueron inoculadas con 10 6 TCID 50 de MERS-CoV a diferente temperatura y humedad relativa (RH) y se A alta temperatura ambiente (30°C) y a baja RH (30 %) MERS-CoV permaneció viable durante 24 h [150]. En comparación, un virus respiratorio bien conocido y eficientemente transmitido, el virus influenza A, no pudo recuperarse en cultivo más allá de cuatro horas bajo ninguna condición [150]. Los experimentos de Aerosol encontraron que la viabilidad del MERS-CoV sólo disminuyó un 7 % a baja RH a 20°C. En comparación, el virus influenza A disminuyó un 95 % [150]. La supervivencia del MERS-CoV es inferior a la demostrada previamente para el SARS-CoV [152]. En el contexto, las bacterias patógenas pueden permanecer viables y en el aire durante 45 minutos en un aerosol tosido y pueden propagarse 4 m. La capacidad de MERS-CoV para permanecer viable durante largos períodos de tiempo le da la capacidad de contaminar completamente las superficies de Se desconoce si el MERS-CoV puede permanecer a la deriva e infeccioso durante períodos prolongados (verdaderamente aerotransportado) y si estos hallazgos amplían nuestra comprensión de las posibilidades de que las gotitas transmitan virus respiratorios en muchos entornos, incluyendo salas de espera hospitalarias, departamentos de emergencia, salas de tratamiento, instalaciones de cuidados intensivos abiertos y salas privadas de pacientes. La naturaleza y calidad del intercambio de aire, circulación y filtración son variables importantes en la medición y reducción del riesgo, así como el uso de salas de presión negativa para contener casos conocidos. Se considera que la propagación de la gota entre humanos es el mecanismo de transmisión humana a humana y se hizo hincapié en la necesidad de precauciones de las gotas después del hospital Al-Ahsa, la KSA y los brotes de Corea del Sur [21, 23, 154, 155]. La provisión de pruebas que apoyen la mejor formulación de equipos de protección personal para ser usados por los HCW que reciben, manejan o realizan procedimientos en casos infecciosos sigue siendo una prioridad. MERS-CoV fue encontrado y caracterizado por su aparente asociación con enfermedades graves, y por lo tanto más obvias, en humanos; éramos canarios en la mina de carbón. Seroensayos y estudios prospectivos de cohortes todavía no han determinado hasta qué punto los casos más leves o asintomáticos contribuyen a las cadenas de transmisión de MERS-CoV. Sin embargo, la transmisión de MERS-CoV se define como esporádica (no sostenida), intrafamiliar, a menudo asociada a la atención médica, ineficiente y que requiere contacto cercano y prolongado [22, 31, 63, 93, 97, 102, 156] En un estudio doméstico, 14 de 280 (5 %) contactos de 26 pacientes con índice positivo de MERS-CoV eran ARN o anticuerpos positivos; la tasa de transmisión general, incluso en brotes es de alrededor del 3 % [31]. Parece que la mayoría de los casos humanos de MERS-CoV, incluso cuando los números parecen aumentar repentinamente, no transmiten fácilmente a más de otro humano hasta la fecha, la epidemia localizada de MERS-CoV no ha sido autosostenible [157] [159] [160] [161]. Es decir, el número básico de reproducción (R 0 ) -el número medio de infecciones causadas por un individuo infectado en una población totalmente susceptible ha estado cerca de uno en varios grupos y brotes. Si R 0 era mayor que 1, se esperaría un aumento sostenido en el número de casos. Algunos cálculos de R o pueden verse afectados por el rastreo incompleto de los contactos de casos, pruebas comunitarias limitadas y cómo se define un caso. El MERS ha tenido una presencia constante en la Península Arábiga desde 2012 se debe a los eventos de derrames esporádicos en curso de DCs amplificados por brotes hospitalarios mal controlados. En marcado contraste, una seroencuesta de HCW que a veces estaba en contacto cercano y prolongado con el primer caso fatal de MERS-CoV en 2012 [162], encontró que ninguno de los HCW se había seroconvertido cuatro meses más tarde, a pesar de la ausencia de protección ocular y el cumplimiento variable de los estándares requeridos de EPP [162]. Al principio de la historia del MERS, las muestras para la prueba fueron recolectadas principalmente de pacientes con enfermedad grave y no de aquellos con infecciones respiratorias agudas más leves. Los contactos de los casos confirmados de MERS fueron a menudo observados para enfermedad clínica, pero no probados. Estas omisiones pueden haber confundido nuestra comprensión de la transmisión del MERS-CoV y sesginar los datos tempranos hacia un mayor número de pacientes gravemente enfermos y hospitalizados, inflando la aparente proporción de casos mortales. A medida que cambiaban los paradigmas de las pruebas y se hacían cada vez más pruebas de los contactos, se reconocían infecciones más asintomáticas y leves [163]. Un aumento en los casos llamados asintomáticos (que amplían el denominador para los cálculos de la proporción de casos mortales, definida en [164] ) dio lugar a una disminución en la proporción de casos mortales durante el brote de Yeddah-2014. Históricamente, tales aumentos son consistentes con la modificación de las definiciones y respuestas de laboratorio y el manejo clínico de una infección por virus recién descubierta que se observó por primera vez sólo entre los enfermos graves. Tras el seguimiento, más de tres cuartas partes de esas personas positivas del ARN del MERS-CoV recordaron haber tenido uno o más síntomas en ese momento, a pesar de que se notificó como asintomática [165], planteando alguna pregunta sobre la fiabilidad de otros datos Aproximadamente el 43 % de los casos MERS (549 de 1277) en la KSA fueron mortales entre 2012 y diciembre de 2015, mientras que el 21 % (72 de 330) fallecieron entre los que se produjeron fuera de la KSA. El número total de casos masculinos siempre supera en número a las mujeres y la proporción de muertes masculinas es siempre mayor que la proporción de mujeres que fallecen. Sin embargo, la proporción de muertes masculinas de varones totales con MERS es similar a la de las mujeres. En la KSA, hay una mayor proporción de varones más jóvenes entre los casos y muertes que se observaron en los brotes de Corea del Sur o Jeddah-2014 de 2015 (Fichero adicional 2: Figura S2 ). Por qué estos aspectos han diferido pueden deberse a diferencias en el tiempo de presentación y diagnóstico, la naturaleza y calidad de la atención de apoyo, la forma en que una persona se contagió (habita, exposición a una fuente humana o zoonótica, carga viral, vía de infección) o la medida en que las diferentes poblaciones se ven afectadas por enfermedades subyacentes [40]. Como grupo, los HCW representaron el 16 % de los casos de MERS en la KSA y Corea del Sur. Es evidente que la proporción semanal de HCW infectados aumenta junto con cada fuerte aumento en las detecciones generales (Fig. 5). En mayo de 2013, la OMS publicó directrices para IPC durante el cuidado de casos probables o confirmados de infección por MERS-CoV en un entorno sanitario [166]. Estos aumentos en las detecciones de MERS-CoV pueden disminuir la edad media durante cada evento debido a que los HCW son generalmente más jóvenes que los pacientes internados con MERS. Las instalaciones sanitarias han sido un objetivo regular de mejoras sugeridas para mejorar los procedimientos de prevención y control de infecciones (IPC) [115, 118]. La mayor parte del análisis de la genética MERS-CoV se ha realizado utilizando métodos de secuenciación de alto rendimiento o "profundo" para la deducción completa del genoma [167] [168] [169]. MERS-CoV fue el primer sujeto de un uso tan extendido de secuenciación profunda para estudiar un brote viral emergente con alcance global. La técnica puede producir genómica [207] [209]. Las versiones anteriores y posteriores de esta tabla se mantienen en un blog personal [210] cobertura de longitud en un solo experimento con medición altamente repetitiva de cada posición de nucle A pesar de los ensayos publicados al principio, la secuenciación subgenómica, una vez el pilar de los estudios de brotes virales, se ha publicado con menos frecuencia durante la caracterización de MERS-CoV [48]. A medida que se han caracterizado más genomas tanto de humanos como de DC, se han hecho evidentes dos clados; A y B (Fig. 6). Clade A contiene sólo genomas de MERS-CoV derivados del hombre de Jordania, mientras que Clade B comprende la mayoría de genomas humanos y de camellos deducidos hasta ahora [168]. Dos estudios durante 2015, uno mirando a variantes de Jeddah-2014 MERS-CoV y otro mirando a una variante exportada de Corea del Sur a China, ahora han identificado signos de recombinación genética entre variantes de MERS-CoV. Si bien las secuencias del genoma humano y del genoma entero de camello han conservado una identidad de >99 % entre sí, los miembros de linajes genéticamente distintos pueden intercambiar material genético y lo hacen cuando co-ocurren condiciones adecuadas y co-fecciones [170] [171] [172]. La identidad compartida implica que la principal fuente de adquisición humana es el DC, en lugar de otro animal, aunque se necesitan más pruebas de otras especies animales para confirmar esa conclusión. Durante un mes, un virus de DC secuenciado en diferentes ocasiones no cambió en absoluto indicando un grado de estabilidad genómica en su huésped, apoyando que los DC son el anfitrión natural, en lugar de intermedio, del MERS-CoV que conocemos hoy [77]. Hasta la fecha, la recombinación se ha localizado en puntos de ruptura cerca del límite entre las regiones ORF1a y ORF1b, dentro del gen de pico [170] No es inesperado que la recombinación se produzca ya que es bien conocida entre otras CoVs [124] y porque la mayoría de los genomas enteros del MERS-CoV recogidos a partir de muestras de tres años (2012-2015) y de seres humanos, camellos y diferentes países han mostrado una identidad genética cercana entre sí, con una variación sutil suficiente para apoyar investigaciones de brotes mientras se aplique la secuenciación del genoma completo [52, 77, 135, 138, 168, [173] [174] [175]. Los cambios en la secuencia del genoma pueden anunciar alteraciones en la transmisibilidad del virus, replicación, persistencia, letalidad o respuesta a medicamentos futuros. Si tenemos conocimiento previo del impacto de los cambios genéticos debido a estudios de caracterización exhaustivos, podemos establecer una estrecha relación genética entre las secuencias de nucleótidos del MERS-CoV (cargado desde GenBank utilizando los números de adhesión enumerados y Este árbol de unión vecino fue creado en MEGA v6 utilizando una alineación de las secuencias humanas y DCderivadas de MERS-CoV (Genious v8.1 [211] ). Clades se indican junto a barras verticales azules oscuras (Clade A) o pálidos (Clade B). Los iconos de camello denotan genomas de DC. Los brotes sanitarios o comunitarios se encajonan y etiquetan utilizando esquemas previamente descritos [212, 213] monitorean las regiones genómicas y entienden mejor cualquier cambio en la transmisión o patrones de enfermedad a medida que ocurren. Las mutaciones genéticas observadas durante el mayor de los brotes humanos, Jeddah-2014, no impartieron ningún cambio importante replicativo o inmunomodulador cuando se comparan con las variantes virales anteriores in vitro [156, 176]. Sin embargo, entendemos muy poco de los resultados fenotípicos que resultan del cambio genético sutil en Hasta la fecha no se ha informado de ninguna relevancia clínica ni de cambios in vivo evidentes en la replicación, eliminación o transmisión vírica, o se ha atribuido a mutaciones o a nuevos virus recombinantes [156]. Pero se necesitan vigilancia y estudios más grandes, contemporáneos e in vivo. La secuencia genomática localizada a un clado distinto se identificó a partir de un DC egipcio que probablemente fue importado de Sudán. Esto no encaja en ninguno de los clados actuales [125, 168, 177]. Un virus secuenciado a partir de un murciélago Neoromicia capensis estaba más estrechamente relacionado con el MERS-CoV que otras grandes secuencias derivadas de murciélagos habían estado hasta ese punto, pero el genoma de una variante de un MERS-CoV aún no se ha descubierto y deducido de cualquier murciélago [125]. Los análisis de genomas del MERS-CoV han demostrado que la mayoría de las diferencias nucleó 2), que codifica la proteína de pico y proteínas accesorias [168]. Al menos nueve genomas del MERS-CoV contenían sustituciones de aminoácidos en el dominio de unión a los receptores (RBD) de la proteína de pico y los codones 158 (región N-terminal), 460 (RBD), 1020 (en la repetición de heptad 1), 1202 y 1208 investigación de osos como marcadores de cambio adaptativo [140, 169]. La proteína de pico no había cambiado en el genoma recombinante del MERS-CoV identificado en China en 2015, pero se informó que había variado a un ritmo superior al de genomas completos del MERS-CoV, entre variantes surcoreanas [172, 178]. Esto destaca que las regiones subgenómicas pueden no siempre contener suficiente diversidad genética para ser útiles para diferenciar variantes virales. A pesar de esto, un ensayo que amplificaba un fragmento de nucleótido 615 del gen de dominio S2 de pico para la secuenciación de Sanger coincidió con los resultados generados por la secuenciación de algunos genomas completos y fue útil para definir grupos de secuencias adicionales [177]. La secuencia genómica también se puede utilizar para definir los límites geográficos de un cúmulo o brote y monitorear su progreso, basado en la similitud de las variantes encontradas entre humanos y animales infectados cuando ocurren juntos, o entre diferentes sitios y tiempos (Fig. 6 ) [169]. Este enfoque se utilizó al definir el brote de hospital MERS con limitaciones geográficas en Al-Ahsa, que ocurrió entre el 1 de abril y el 23 de mayo de 2013, así como los cúmulos en Buraidah y un brote comunitario en Hafr Al-Batin, el KSA. La secuenciación genómica identificó que aproximadamente 12 detecciones de MERS-CoV de un brote comunitario en Hafr Al-Batin entre junio y agosto de 2013 pudieron haber sido desencadenadas por un caso índice que se infectó a través del contacto DC [175]. La secuenciación de genomas de MERS-CoV del brote hospitalario de Al-Ahsa de 2013 indicó que múltiples variantes virales contribuyeron a los casos, pero que la mayoría fueron lo suficientemente similares entre sí como para ser consistentes con la transmisión humano-humana. La epidemiología molecular ha revelado enlaces ocultos en cadenas de transmisión que abarcan un período de hasta cinco meses [179]. Sin embargo, la mayoría de los brotes no han continuado durante más de dos a tres meses y por lo tanto las oportunidades para que el virus se adapte más a los seres humanos a través de la coinfección y el tránsito en serie sostenido han sido raras [169]. En Riad-2014, la evidencia genética apoyaba la probabilidad de múltiples introducciones externas de virus, implicando una gama de instalaciones de salud en un caso que de otro modo parecía contiguo [23, 168, 179]. Riad es un nexo para el viaje de camellos y humanos y ha tenido más casos MERS que cualquier otra región de la KSA hasta la fecha, pero también alberga una amplia gama de variantes MERS-CoV [128, 167, 179]. Sin embargo, el brote surcoreano se originó de una sola persona infectada, resultando en tres a cuatro generaciones de casos [180, 181]. Estudios de esta variante viral aparentemente recombinante no encontraron un aumento de la tasa evolutiva y ningún signo de adaptación al virus, por lo que el brote parece haber sido impulsado por circunstancias más que por circunstancias junto con mutación [181]. Para muchos casos MERS detectados fuera de la Península Arábiga, se El rastreo de contacto es esencial para contener la aparición y transmisión de un nuevo virus y hoy en día está apoyado por la epidemiología molecular. Aunque es un proceso costoso y que consume tiempo, el rastreo de contacto puede identificar posibles nuevas infecciones y, a través del monitoreo activo o pasivo, reaccionar más rápidamente si la enfermedad se desarrolla. Los resultados del rastreo de contacto hasta la fecha han encontrado que la transmisión continua entre los seres humanos es un evento poco frecuente. Por ejemplo, hubo 83 contactos, tanto sintomáticos como asintomáticos, de un caso tratado en Alemania que viajó desde los Emiratos Árabes Unidos pero no se encontraron signos de virus o anticuerpos en ninguno de ellos [73]. En un estudio de 123 contactos de un caso tratado en Francia, sólo siete coincidieron con la definición de un posible caso y fueron probados; uno que había compartido una habitación hospitalaria de 20 m2 mientras que en una cama a 1,5 m de distancia del caso índice durante un período prolongado fue positivo [26]. Ninguno de los contactos de los dos primeros casos MERS importados a los EE.UU. en 2014 contenía ninguna huella MERS-CoV [182] y ninguno de los 131 contactos de dos viajeros que regresaron a los Países Bajos desarrolló anticuerpos MERS-CoV o testó ARN positivo [25, 183]. Los análisis de datos públicos revelan muchos casos probables de adquisición nosocomial de infección en la Península Arábiga y estos datos pueden ir acompañados de algunos detalles que señalan el contacto con un caso o instalación conocido. Un ejemplo identificó el papel probable de un paciente con una infección subclínica, presente en un hospital durante su ingreso por otras razones, como el caso índice más probable que desencadena un grupo familiar [93]. El rastreo de contacto fue un factor significativo en la terminación de un brote de 2015 con múltiples hospitales surcoreanos [184]. Estos estudios demuestran la necesidad de encontrar y comprender un papel para los casos leves y asintomáticos, junto con la restricción del contacto cercano o la exposición prolongada de las personas infectadas a otras, especialmente familiares mayores y amigos con enfermedad subyacente (Fig. 4c). El brote asociado al hospital en Jeddah en 2014 fue la acumulación más grande y rápida de las detecciones de MERS-CoV hasta la fecha. El mayor número de detección de MERS-CoV de cualquier mes registrado se produjo en Yeddah en abril. El brote se asoció principalmente (> 60 % de los casos) con la propagación de seres humanos a seres humanos dentro de los entornos hospitalarios y se debió a la falta de prevención y control de las infecciones o a su desorganización [37, 185, 186]. Un aumento de las muertes siguió al rápido aumento del número de casos. En 2015 ocurrieron dos grandes brotes. Corea del Sur fue el lugar del primer brote a gran escala fuera de la Península Arábiga y produjo los primeros casos tanto en Corea del Sur como en China, entre mayo y julio de 2015. Esto fue seguido de cerca por un brote distinto en la provincia de Ar Riyad, en la KSA, que parecía estar bajo control a principios de noviembre. Después de permanecer en Bahréin durante dos semanas, un varón de 68 años (68 M) viajó a Corea del Sur vía Qatar, llegando libre de síntomas el 4 de mayo de 2015 [187]. Desarrolló fiebre, Visitó una clínica como ambulatorio entre los días 12 y 15 de mayo y fue ingresado en el Hospital A el día 15 [188]. Fue dado de alta del Hospital A el día 17 y luego fue ingresado en el servicio de urgencias del Hospital B el día 18. Durante esta segunda estancia, se tomó una muestra de esputo y dio positivo para el MERS-CoV el día 20 [187, 188], desencadenando el traslado al centro de tratamiento de aislamiento designado. Durante un período de 10 días, el caso índice fue visto en tres hospitales diferentes, demostrando una característica clave de "compra hospitalaria" que conformó el brote surcoreano. Aproximadamente 34 personas fueron infectadas durante este tiempo [187]. En total 186 casos fueron generados en este brote, todos vinculados a través de una única cadena de transmisión a 68 M; 37 casos murieron [189]. En Corea del Sur, el sistema nacional de seguro médico prevé una atención médica de costo relativamente bajo, sufragando algunos costos al hacer que los familiares sean responsables de una parte de la administración de los enfermos, lo que a veces los hace permanecer durante largos períodos en las habitaciones que a menudo tienen más de cuatro camas en ellas [24]. Otros factores que se pensaba que habían permitido este brote eran la falta de familiaridad de los médicos locales con MERS, la facilidad con la que el público puede visitar y ser tratado por hospitales terciarios, la costumbre de visitar a amigos y familiares enfermos en hospitales, la naturaleza jerárquica de la sociedad coreana, las salas de emergencia abarrotadas, las medidas deficientes del IPC, la falta de salas de aislamiento de presión negativa y la mala comunicación interhospitalaria de los historiales de enfermedades de los pacientes [24, [190] [191] [192]. Hasta la fecha se han comunicado pocos detalles clínicos sobre estos casos y los detalles sobre la transmisión y el rastreo de los contactos son mínimos. Los hospitales involucrados inicialmente no fueron identificados, la orientación y las acciones gubernamentales produjeron mensajes confusos y hubo una comunicación muy limitada en los primeros tiempos, lo que dio lugar a preocupaciones innecesarias, desconfianza y un impacto económico distinto [191, [196] [197] [198]. Al principio del brote, un viajero infectado, hijo de un caso identificado en Corea del Sur, pasó por Hong Kong en su camino a China, donde estaba ubicado, aislado y atendido en China [91, 199, 200]. No hubo contactos que enfermaran.El brote se puso bajo control a finales de julio/a principios de agosto [201] después de que se emplearan medidas mejoradas del IPC, seguimiento y cuarentena de contactos sólidos, pruebas de laboratorio ampliadas, hospitales fueron mejor asegurados, se envió personal especializado para gestionar los casos Una revisión de los datos públicos mostró que, al igual que en el caso del MERS en la KSA, la edad avanzada y la presencia de enfermedad subyacente se asociaron significativamente con un desenlace fatal en Corea del Sur. [40] Aunque R 0 es <1, los eventos de superdifusión facilitados por circunstancias creadas en entornos de salud y caracterizadas por tamaños de clúster superiores a 150, como este, no son inesperados por la infección por MERS-CoV [204]. La dinámica de un brote depende de la R 0 y de los patrones de eliminación viral de un individuo, el tipo y la frecuencia de contacto, los procedimientos hospitalarios y la estructura y densidad de la población [204]. En la región de Ar Riyad, incluida la capital de Riad, se inició un cúmulo hospitalario dentro de un solo hospital a partir de finales de junio de 2015 [205]. A mediados de septiembre se habían notificado aproximadamente 170 A pesar de la introducción continua y posiblemente estacional del virus en la población humana a través de los DC infectados y tal vez otros animales que aún no se han identificado, la gran mayoría de la transmisión del MERS-CoV se ha producido de seres humanos infectados a no infectados en contacto cercano y prolongado a través de circunstancias creadas por un control deficiente de las infecciones en los entornos de atención de la salud. Este virus oportunista ha tenido su mayor impacto en las personas con enfermedades subyacentes y esas personas vulnerables, que a veces sufren múltiples comorbilidades, se han asociado con mayor frecuencia con los hospitales, creando una tormenta perfecta de exposición, transmisión y mortalidad. No está claro si este grupo se ve afectado de manera única por el MERS-CoV o si otras infecciones respiratorias, incluidas las de los HCoV, producen un impacto igualmente grave. En Corea del Sur, un solo caso importado creó un brote de 185 casos y 36 muertes que tuvieron un impacto desproporcionado en el desempeño económico, el comportamiento de la comunidad y la confianza en el gobierno y el sistema de atención de la salud. La transmisión del hogar de seres humanos a seres humanos se produce, pero también es limitada. Los programas educativos serán herramientas esenciales para combatir la propagación del MERS-CoV tanto dentro de las comunidades urbanas y regionales como para el entorno de atención de la salud. La vigilancia sigue siendo importante para la contención, ya que el MERS-CoV es un virus con una composición genética que se ha observado durante sólo tres años y no es estable. Entre todos los seres humanos que se han notificado que están infectados, casi el 40% han muerto. La secuenciación del genoma completo se ha utilizado extensamente para estudiar el recorrido y la variación del MERS-CoV y aunque sigue siendo una herramienta para expertos, parece ser la mejor herramienta para el trabajo. El MERS y el SRAS tienen algunas similitudes clínicas pero también difieren significativamente [206]. Entre las características definitorias se incluyen el PFC más alto entre los casos del MERS (superior al 50 % en 2013 y actualmente en el 30-40%; muy por encima del 9 % del SRAS) y la asociación más alta entre el MERS mortal y los hombres mayores con comorbilidades subyacentes. Para los virus, el MERS-CoV tiene un tropismo más amplio, crece más rápidamente in vitro, induce más rápidamente cambios citopatógenos, desencadena respuestas transcripcionales distintas, hace uso de un receptor diferente, induce un estado más proinflamatorio y tiene una respuesta antiviral tardía en comparación con el SRAS Parece haber una prevalencia del 2-3 % de MERS-CoV en la KSA con una probabilidad del 5 % de transmisión secundaria dentro del hogar. Hay un mayor riesgo de infección a través de ciertas ocupaciones en ciertos momentos y una probabilidad mucho mayor de propagación a otros seres humanos durante circunstancias creadas por los humanos, lo que impulsa una transmisión más efectiva que cualquier R 0 predeciría sobre el valor facial. Sin embargo, a pesar de las múltiples concentraciones masivas que han proporcionado al virus muchos millones de oportunidades de propagación, no se han reportado brotes de MERS o MERS-CoV durante o inmediatamente después de estos eventos. No hay evidencia de que el MERS-CoV sea un virus de preocupación pandémica. Sin embargo, los entornos hospitalarios continúan describiendo casos y brotes de MERS en la Península Arábiga. Mientras facilitemos la propagación del MERS-CoV entre nuestras poblaciones más vulnerables, el mundo debe permanecer en alerta para los casos que puedan ser exportados con mayor frecuencia cuando un país de acogida con reservorios de camellos infectados está experimentando conglomerados o brotes humanos. El MERS-CoV parece ser un virus enzoótico que infecta a la URT DC con evidencia de recombinación genética reciente. Puede que una vez haya tenido su origen entre los murciélagos, pero falta evidencia y la relevancia de ello para la epidemia actual es académica. Gracias a la acción rápida, las herramientas de diagnóstico molecular sensibles y rápidas necesarias para lograr un objetivo de detección rápido y sensible han sido establecidas y ampliamente disponibles desde que el virus fue reportado en 2012. RT-PCR pruebas de muestras de LRT siguen siendo el estándar de oro para la confirmación del MERS-CoV. Las herramientas serológicas siguen surgiendo pero necesitan una validación adicional utilizando muestras de infecciones leves y asintomáticas y un estudio de cohorte densamente muestreado para seguir los contactos de nuevos casos puede abordar esta necesidad. Del mismo modo, la importante cuestión de si aquellos que eliminan el ARN MERS-CoV durante períodos prolongados son infecciosos mientras aparecen bien, sigue sin respuesta. Incluso no está claro cuántas infecciones 'asintomáticas' se han descrito y reportado correctamente, lo que a su vez plantea preguntas sobre la fiabilidad de la recolección de otros datos clínicos hasta la fecha. Si bien la virología básica del MERS-CoV ha avanzado en el transcurso de los últimos tres años, la comprensión de lo que está sucediendo en, y la interacción entre, camello, medio ambiente y humano todavía está en su infancia.

¿Qué ciudad ha tenido más casos de MERS que cualquier otra región de la KSA?

MERS coronavirus: diagnóstico, epidemiología y transmisiónhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4687373/SHA: f6fcf1a99cbd073c5821d1c4ffa3f2c6daf8ae29Autores: Mackay, Ian M.; Arden, Katherine E.Fecha: 2015-12-22DOI: 10.1186/s12985-015-0439-5Licencia: cc-byAbstract: Los primeros casos conocidos de síndrome respiratorio de Oriente Medio (MERS), asociados con la infección por un nuevo coronavirus (CoV), se produjeron en 2012 en Jordania, pero se informó retrospectivamente.El primer caso que se informó públicamente fue de Jeddah, en el Reino de Arabia Saudita (KSA). Desde entonces, las secuencias de MERS-CoV se han encontrado en un murciélago y en muchos camellos dromedarios (DC). MERS-CoV es enzoótico en toda la Península Arábiga y en partes de África, causando enfermedades leves del tracto respiratorio superior en su reservorio de camellos y infecciones humanas esporádicas, pero relativamente raras. Precisamente cómo el virus transmite a los seres humanos sigue siendo desconocido, pero la exposición estrecha y prolongada parece ser un requisito. El KSA es el punto focal de MERS, con la mayoría de los casos humanos. En los seres humanos, MERS se conoce principalmente como una enfermedad del tracto respiratorio inferior (RTL) que incluye fiebre, tos, dificultades respiratorias y neumonía que puede progresar a síndrome de dificultad respiratoria aguda, fallo multiorgánico y muerte en un 20% a 40% de los infectados. Sin embargo, MERS-CoV también se ha detectado en enfermedades leves y similares a En comparación con el síndrome respiratorio agudo grave (SARS), otra enfermedad zoonótica del coronavirus a veces fatal que ha desaparecido desde entonces, el MERS progresa más rápidamente hacia la insuficiencia respiratoria y la lesión renal aguda (también tiene afinidad por el crecimiento de las células renales en condiciones de laboratorio), es más frecuente en los pacientes con enfermedad subyacente y es más a menudo fatal. La mayoría de los casos humanos de MERS se han relacionado con fallos en la prevención y el control de infecciones (IPC) en los entornos de salud, con aproximadamente el 20% de todas las detecciones de virus notificadas entre los trabajadores de la salud (HCWs) y exposiciones más altas en aquellos con ocupaciones que los ponen en estrecho contacto con camellos. Los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) han estado disponibles casi desde el comienzo de la aparición de MERS. Mientras que la virología básica de MERS-CoV ha avanzado en los últimos tres años, la comprensión de la interacción entre camello, medio ambiente y restos humanos limitados. MATERIAL SUPLEMENTO ELECTRÓNICO: La versión en línea de este artículo (doi:10.1186/s12985-015-0439-5) contiene material suplementario, que está disponible para los usuarios autorizados. Texto: Un correo electrónico del Dr. Ali Mohamed Zaki, un virólogo egipcio que trabaja en el Hospital Dr. Soliman Fakeeh en Jeddah en el Reino de Arabia Saudita (KSA) anunció la primera cultura de un nuevo coronavirus al mundo. El correo electrónico fue publicado en el sitio web de la red de enfermedades emergentes profesionales (ProMED) el 20 de septiembre de 2012 [1] (Fig. 1) y describió el primer caso reportado, un hombre de 60 años de edad de Bisha en la KSA. Esta información llevó al rápido descubrimiento de un segundo caso del virus, esta vez en un paciente enfermo en el Reino Unido, que había sido transferido de Qatar para su atención [2]. El nuevo virus fue inicialmente llamado coronavirus nuevo (nCoV) y subsecuentemente titulado el síndrome de respiración del Oriente Medio coronavirus (MERS-CoV). A partir del 2 de septiembre de 2015, ha habido 1.493 detecciones de ARN viral o anticuerpos específicos del virus en 26 países (Fichero adicional 1: Figura S1) confirmado por la Organización Mundial de la Salud (OMS), con más de un tercio de las personas positivas muriendo (al menos 527, 35 %) [3]. Desde ese primer informe, un lento proceso de descubrimiento durante los siguientes dos o tres años reveló un virus que había infectado más del 90 % de los camellos dromedarios adultos (DC; Camelus dromedario) en la KSA [4], también en los países en desarrollo de toda la Península Arábiga y partes de África que son una fuente de importaciones de DC para la KSA [5]. Hasta la fecha, el MERS-CoV no se ha detectado en los países en desarrollo sometidos a pruebas en zoológicos o rebaños de otras partes del mundo [6] [7] [9]. Ocasionalmente, el virus se transmite de los DC infectados a los seres humanos expuestos. La transmisión posterior a otros seres humanos requiere una exposición relativamente cercana y prolongada [10]. Se patentó el primer aislado viral y se planteó la preocupación de que ello limitaría el acceso tanto al virus como a los diagnósticos virales [11, 12]. Sin embargo, los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) se describieron rápidamente y el virus se puso a disposición de forma gratuita, sujeto a consideraciones rutinarias de bioseguridad [13]. La epidemiología y la investigación posteriores han identificado al receptor celular como exopeptidasa dipeptidil peptidasa 4 (DPP4; también llamada CD26); que el MERS-CoV tiene un amplio tropismo, replicando mejor en algunas líneas celulares y provocando una respuesta más proinflamatoria que el SARS-CoV; está muy extendido en los DC; tiene el potencial de infectar a otros animales y que el MERS mata a su huésped humano con más frecuencia que el SARS (20-40% frente al 9 % para el SARS [14] ) [15] [16] [17] [19]. El MERS-CoV se propaga esporádicamente entre las personas, causando enfermedades más graves entre los adultos mayores, especialmente los varones, con enfermedades preexistentes.La propagación del MERS-CoV entre los seres humanos se ha asociado a menudo con brotes en los hospitales, con alrededor del 20% de todos los casos hasta la fecha en los que han participado trabajadores de la salud (HCWs).Aunque los DC parecen sufrir el equivalente a un "frío común" de la infección por MERS-CoV, en los seres humanos el virus puede ser un patógeno más grave y oportunista asociado con la muerte de hasta el 40% de los casos notificados. Aún no se ha establecido si las infecciones que se cree que se han adquirido de una fuente animal producen un resultado más grave que los que se propagan entre los seres humanos [20]. Los estudios han establecido que el período medio de incubación para el MERS es de cinco a seis días, que van de dos a 16 días, con 13 a 14 días entre el inicio de la enfermedad en una persona y posteriormente se extiende a otra [21] [22] [23]. Entre aquellos con enfermedad progresiva, la mediana de tiempo hasta la muerte es de 11 a 13 días, que van de cinco a 27 días [23, 24]. La fiebre y los síntomas gastrointestinales pueden formar un pródromo, después de lo cual los síntomas disminuyen, sólo para ser seguidos por un síndrome sistémico y respiratorio más grave [25, 26]. La primera definición de caso de la OMS [27] definió los casos probables de MERS basados en la presencia de enfermedad febril, tos y el requisito de hospitalización con sospecha de compromiso del tracto respiratorio inferior (RTL), incluyendo también roles para el contacto con un caso probable A partir de julio de 2013, la definición revisada del caso de la OMS incluía la importancia de buscar y comprender el papel de los casos asintomáticos y, a partir de junio de 2014, la definición de la OMS indicaba más claramente que un caso confirmado incluía a cualquier persona cuya muestra fuera RT-PCR positiva para MERS-CoV, o que produjera una seroconversión, independientemente de los signos y síntomas clínicos. [28] [30] Aparte de los informes de la OMS y del Ministerio de Salud de la KSA, los casos asintomáticos o subclínicos de infección por MERS-CoV se documentaron en la literatura científica, aunque no siempre tan a menudo como ocurrió a principios de [31, 32]. La definición del caso de la KSA se hizo más estricta el 13 de mayo de 2014, basándose en la presencia de ambas características clínicas y confirmación de laboratorio [33]. Las pruebas de personas asintomáticas fueron recomendadas a partir de diciembre de 2014 [34], reforzadas por una definición de caso publicada por el Ministerio de Salud de la KSA en junio de 2015 [35]. La KSA ha sido la fuente del 79 % de los casos humanos. El MERS severo es notable por su impacto entre los hombres mayores con enfermedades comorbidas, incluyendo diabetes mellitus, cirrosis y diversas afecciones pulmonares, renales y cardíacas [36] [38]. Interesantemente en junio de 2015, un brote en Corea del Sur siguió una distribución similar [39, 40]. Entre los casos confirmados en laboratorio, los signos y síntomas de fiebre, tos y tracto respiratorio superior (URT) generalmente ocurren primero, seguidos en una semana por trastornos progresivos de TL y linfopenia [37]. Los pacientes a menudo se presentan a un hospital con neumonía o peor, y se han notificado infecciones Según se informa, el MERS ha matado aproximadamente el 35 % de todos los casos notificados, el 42 % de los casos en la KSA, pero sólo el 19 % de los casos en Corea del Sur, donde la mortalidad osciló entre el 7 % entre los grupos de edad más jóvenes y el 40 % entre los de 60 años o más [42] ; todos pueden ser valores inflados con infecciones asintomáticas o leves a veces no buscadas o no reportadas [34]. La atención de apoyo general es clave para tratar los casos graves [43]. Rara vez se informa que los niños menores de 14 años son positivos para la MERS-CoV, que comprende sólo el 1,1% (n = 16) del total de casos notificados. Entre el 1 de septiembre de 2012 y el 2 de diciembre de 2013, un estudio describió el recuento de casos pediátricos en la KSA, que se situaba en 11 (dos a 16 En Amman (Jordania), se probaron 1.005 muestras de niños hospitalizados menores de dos años con fiebre y/o signos y síntomas respiratorios, pero ninguna fue positiva para ARN MERS-CoV, a pesar de haber sido recolectadas en un momento similar al primer brote conocido de MERS-CoV en la ciudad vecina de Al-Zarqa [45]. Un segundo trimestre de mortinato ocurrió en una mujer embarazada durante una enfermedad respiratoria aguda y aunque no fue RT-rtPCR positivo, la madre desarrolló posteriormente anticuerpos contra MERS-CoV, sugestivos de infección reciente [46]. Su historia de exposición a un pariente positivo de MERS-CoV RT-rtPCR y un esposo anticuerpo reactivo, su período de incubación y su historia sintomática cumplieron los criterios de la OMS para ser un probable caso de MERS-CoV [46]. Los métodos de diagnóstico se publicaron dentro de los días del correo electrónico ProMED anunciando el primer caso MERS [47], incluyendo varios ensayos RT-rtPCR (Fig. 2 ) y cultivo de virus en células Vero y LLC-MK2 [18, 47, 48]. Un adenocarcinoma colorrectal (Caco-2 ) línea celular epitelial ha sido recomendado desde entonces para el aislamiento de infecciones MERS-CoV [49]. Anteriormente [18].. Los marcos de lectura abiertos se indican como rectángulos amarillos entre corchetes por regiones terminales no traducidas (UTR; rectángulos grises ). FS-frame-shift. Las regiones predictas que abarcan puntos de ruptura de recombinación se indican por píldoras naranjas. Creado utilizando Geneious v8.1 [211] y anotado usando Adobe Illustrator. Bajo este esquema se muestra la ubicación de los imprimadores RT-PCR (las flechas azules indican la dirección) y oligoprobes (rectángulos verdes) utilizados en los primeros ensayos de cribado RT-rtPCR y en los convencionales, seminés (tres imprimaciones) RT-PCR confirmatorios de secuenciación [47, 48]. El orden de publicación se observa por primera [27 de septiembre de 2012; rojo] y segundo [6 de diciembre de 2012; naranja] rectángulos de color; ambos de Corman y otros [47, 48] Los ensayos recomendados por la OMS se destacan debajo por puntos amarillos [53]. El imprimador reverso NSeq ha contenido consistentemente una secuencia incompatibilidad con algunas variantes de MERS-CoV. Una versión alterada de la de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio del Oriente Medio: Una Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con el permiso de Elsevier [5] revisó el amplio tropismo de MERS-CoV [5]. Sin embargo, como se describe bien, el cultivo celular es un método lento, especializado e insensible [50] mientras que las técnicas basadas en PCR son el método preferido para la detección de MERS-CoV. Los primeros marcos de lectura abiertos (ORF 1a y 1b; Fig. 2) se han convertido en un objetivo diagnóstico clave y taxonómico para la identificación de especies CoV. Con menos del 80 % de identidad entre la secuencia de aminoácidos de MERS ORF 1ab y parientes del betacoronavirus, Tylonycteris Bat HKU4 y Pipistrellus Bat HKU5, se puede concluir que es un virus novedoso y distinto. Las proteínas estructurales incluyen el pico (S), la envoltura (E), la membrana (M) y el nucleocápsido (N) [52]. Se prevé que los productos de ORF1a y ORF1b codificarán proteínas no estructurales. La mayoría de los ensayos de muestras realizados hasta la fecha han empleado ensayos RT-rtPCR validados que han demostrado ser sensibles y específicos [47, 48, 53]. El kit de RealStar® utiliza estos ensayos recomendados por la OMS [54]. Las secuencias objetivo de estos ensayos de cribado no han cambiado entre los genomas examinados hasta al menos mediados de 2015 (observación IMM). Otros ensayos RT-rtPCR han sido desarrollados y validados para su uso como herramientas de diagnóstico basadas en laboratorio [55] [56]. Además, los ensayos isotérmicos [58, 59] o recombinasa polimerasa [60] La detección del antígeno MERS-CoV no ha sido común hasta la fecha, pero la combinación de corto tiempo de retorno de la prueba al resultado, alto rendimiento e identificación de proteínas virales hace que esta opción sea atractiva. La detección de proteínas virales en lugar de ARN viral indica la probable presencia de virus infecciosos. La primera herramienta inmunocromatográfica rápida descrita podría detectar proteína nucleocápsida MERS-CoV recombinante de hisopos nasales DC con sensibilidad al 94 % y especificidad al 100 % en comparación con RT-rtPCR [61]. Un enfoque diferente utilizó una captura basada en anticuerpos monoclonales ELISA dirigida a la proteína nucleocápsida MERS-CoV con una sensibilidad de 10 3 CCID 50 y especificidad al 100 % [62]. La demostración de una seroconversión a una infección por MERS-CoV cumple con la definición actual de la OMS de un caso tan optimizado y ampliamente validado que los seroensayos empleados junto con buenas historias clínicas son útiles para identificar la infección por MERS-CoV y ayudar a apoyar estudios de transmisión. Debido a que las pruebas serológicas son, por su naturaleza, retrospectivas, es habitual detectar una huella viral, en forma de anticuerpos, en ausencia de signos o síntomas de enfermedad y a menudo en ausencia de ARN viral [63]. Las seroencuestas estratégicas y generalizadas de seres humanos que utilizan muestras recogidas después de 2012 son infrecuentes. Gran parte de la Península Arábiga y todo el Cuerno de África carecen de datos de referencia que describan la proporción de la comunidad que puede haber sido infectada por un MERS-CoV. Sin embargo, las seroencuestas han tenido un uso Debido a la identidad compartida entre DC y el MERS-CoV humano (ver epidemiología molecular: utilizando genomas para entender brotes), los ensayos serológicos para las seroencuestas de DC deben ser transferibles al cribado humano con una reconfiguración mínima. Además, no se ha encontrado ninguna variación diagnóstica relevante en la actividad de neutralización entre una gama de aislados y seras testados de MERS-CoV circulantes, por lo que los seroensayos de virus enteros o específicos basados en proteínas deben funcionar de manera equivalente en la detección de respuestas serológicas al serotipo único de MERS-CoV [49]. El desarrollo de ensayos serológicos robustos requiere paneles confiables de sueros animales o humanos bien caracterizados, incluidos los positivos para anticuerpos específicos del MERS-CoV, así como para fuentes probables de reacción cruzada [64]. La obtención de estos materiales fue problemática y enlenteció el desarrollo y comercialización de ensayos de detección de anticuerpos para ensayos humanos [64]. Se han liberado varios kits comerciales de ELISA, kits de ensayos inmunofluorescentes (IFA), proteínas recombinantes y anticuerpos monoclonales [31, [65] [66] [68]. Inicialmente, se utilizaron IFAs convencionales para seroencuestas humanas. Estos se basaron en el cultivo celular infectado por MERS-CoV como fuente de antígeno, detectando la presencia de anticuerpos humanos anti-MERS-CoV IgG, IgM o neutralizantes en muestras humanas [18, 48, 69]. No se encontró ningún signo de anticuerpos MERS-CoV entre 2.400 sueros de pacientes que visitaron el Hospital de Jeddah, desde 2010 hasta 2012, antes de la descripción de MERS-CoV [18]. Los métodos IFA tampoco detectaron ningún signo de infección previa por MERS-CoV entre una pequeña muestra de 130 donantes de sangre sanos de otro hospital de Jeddah (recogida entre enero y diciembre de 2012) [70]. De 226 trabajadores del matadero, sólo ocho (3,5%) fueron positivos por IFA, y los sueros no pudieron ser confirmados por la prueba de neutralización del virus (NT). El estudio indicó que HCoV-HKU1 era una fuente probable de antígenos de reacción cruzada en todo el virus IFA [70]. El virus completo MERS-CoV IFA también sufrió alguna reactividad cruzada con el SRAS convaleciente sera y esto no pudo resolverse mediante una prueba de NT que también fue reactiva [71]. La IFA utilizando proteínas recombinantes en lugar del virus entero IFA, ha demostrado ser una herramienta más específica [31]. Dado que se han postulado zoonosis asintomáticas [72], la ausencia de anticuerpos contra el MERS-CoV entre algunos humanos que tienen contacto regular y estrecho con camellos puede reflejar la rareza de animales infectados activamente en carnicerías, un riesgo de transmisión limitado asociado con DCs de sacrificio [70], un estado inmune cruzado de protección preexistente o algún otro factor(s) que resulta en un bajo riesgo de enfermedad y seroconversión concurrente que se desarrolla después de la exposición en este grupo. IFA usando proteínas recombinantes en su lugar. Algunos seroensayos han pasado por alto los riesgos de trabajar con virus infecciosos al crear células transfectadas que expresan porciones recombinantes de las proteínas nucleocápsidas y punzantes del MERS-CoV [48, 73], o utilizando un lentivirus recombinante que expresa la proteína de pico del MERS-CoV Un ensayo de pseudoneutralización de partículas (ppNT) ha sido ampliamente utilizado en estudios en animales y fue al menos tan sensible como la prueba tradicional de microneutralización (MNT). [10, 74, [76] [77] [78] ] Los estudios que utilizaron pequeños números de muestra y ppNT no encontraron evidencia de anticuerpos neutralizantes MERS-CoV en sueros de 158 niños con infecciones de LRT entre mayo de 2010 y mayo de 2011, 110 sera de 19 a 52 años de edad donantes de sangre masculina y 300 trabajadores autoidentificados de animales de la Región Jazan de la KSA durante 2012 [79, 80]. Del mismo modo, un estudio de cuatro pastores en contacto con una manada infectada de DC en Al-Ahsa, ocho personas que tenían contacto intermitente con la manada, 30 veterinarios y personal de apoyo que no estaban expuestos a la manada, tres trabajadores de mataderos no protegidos en Al-Ahsa y 146 controles que no estaban expuestos a DC en ningún rol profesional, no encontró ninguna evidencia serológica de infección por MERS-CoV en el pasado utilizando el ensayo ppNT [10]. Un retraso en la respuesta de anticuerpos neutralizantes a la infección por MERS-CoV se asoció con un aumento de la gravedad de la enfermedad en los casos de Corea del Sur con la mayoría de las respuestas detectables en la tercera semana de enfermedad, mientras que otros, aunque la enfermedad era grave, no respondieron durante cuatro o más semanas [81]. Las implicaciones para nuestra capacidad de detectar cualquier respuesta en casos leves o asintomáticos no fueron exploradas, pero Un brote jordano de TRT aguda en un hospital en 2012 se encontró retrospectivamente asociado a la infección por MERS-CoV, utilizando inicialmente RT-rtPCR, pero posteriormente, y en una escala mayor, a través de la positividad por ELISA y la prueba IFA o MNT. [46, 82, 83] Este brote fue anterior al primer caso de MERS en la KSA. La ELISA utilizó una proteína nucleocápsida recombinante del grupo 2 betacoronavirus bat-CoV HKU5 para identificar anticuerpos contra la proteína MERS-CoV reactiva equivalente [71]. Se validó utilizando 545 sera recolectada de personas con HCoV-OC43, HCoV-229E, SARS-CoV, HCoV-NL63, HRV, HMPV o influenza A(H1N1), pero fue supuestamente menos específica que la I También se consideró una herramienta aplicable para el cribado de grandes números de muestra [82]. Un microarray de proteína que expresa la subunidad de proteína S1 ha sido validado y ampliamente utilizado para las pruebas de DC [5, 84]. Detección de infección por MERS-CoV usando microarray de proteína ELISA o S1 [84] suele ser seguido por IFA confirmatoria y/ o una neutralización de reducción de placa (PRNT) [69, 70, 85] o MNT test. [74, 85, 86] Este proceso confirmatorio tiene como objetivo asegurar que los anticuerpos detectados sean capaces de neutralizar específicamente el virus previsto y no sean más ampliamente reactivos a otros coronavirus encontrados en DCs (coV bovina, BCoV) o humanos (HCoV-OC43, HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoV-HKU1, SARS En el estudio más grande de sueros humanos, un proceso de diagnóstico escalonado asignó tanto el SERA positivo recombinante como el SERA ELISA recombinante a la seropositividad 'etapa 1'. Un resultado seropositivo en estadio 2 requirió además un resultado PRNT adecuadamente titulado [87]. El estudio encontró que 15 SERA recolectados en 2012 a 2013 de 10.009 (0,2%) personas en 13 provincias KSA contenían anticuerpos MERS-CoV, pero proporciones significativamente mayores en se produjeron en pastores de camellos (dos de 87; 2,3 %) y trabajadores de mataderos (cinco de 140; 3,6 %) [87]. Se necesitan encuestas contemporáneas. MERS-CoV no parece ser fácilmente transmitido de DCs a los seres humanos, o tal vez es [72], pero generalmente no desencadena una respuesta inmune detectable si sólo se producen enfermedades leves o infecciones asintomáticas. Los ensayos serológicos necesitan una validación adicional en esta área, por lo que es necesario tener cuidado al trasladar algoritmos de serología diagnóstica de reciente desarrollo de un entorno de investigación a uno que informe las decisiones de salud pública, lo que se reforzó cuando un caso falso positivo en EE.UU., supuestamente infectado después de un apretón de manos y dos reuniones cara a cara, no resistió más análisis confirmatorios utilizando un ensayo NT más específico y posteriormente se retractó [88, 89]. La OMS recomienda tomar muestras de la TRL para las pruebas RT-rtPCR del MERS-CoV, especialmente cuando la recolección de muestras se retrasa una semana o más después del inicio de los síntomas. [53] Las muestras de TRL también son mejores para intentar aislar el virus infeccioso, aunque el éxito del cultivo se reduce cuando persiste la enfermedad [49]. Los tipos de muestras recomendados incluyen lavado broncoalveolar (BAL), aspirado traqueal/traqueobronquial, líquido pleural y esputo [53, 90]. Las muestras frescas arrojan mejores resultados diagnósticos que el material refrigerado [69] y si es probable que se produzcan retrasos en las pruebas de ≥72 h, las muestras (excepto sangre) deben congelarse a −70°C [90]. Si se dispone de ellas, también se pueden realizar biopsias pulmonares o tejidos de autopsia [53]. Sin embargo, la TRU es un lugar de muestreo menos invasivo y más conveniente, y se recomienda un hisopo orofaríngeo y de garganta o un aspirado/lavado nasofaríngeo cuando se va a realizar el muestreo de TRU [90]. Los sueros emparejados, recogidos de dos a tres semanas de diferencia son preferibles para las pruebas serológicas, mientras que se sugiere que una muestra única sea suficiente si se recogen dos semanas después de la aparición de la enfermedad o un único suero recogido durante los primeros 10-12 días si se realiza RT-rtPCR [53, 90]. Se ha encontrado que la orina y las heces humanas contienen ARN MERS-CoV 12 a 26 días después de la aparición de los síntomas [25, 69, 91] y se enumeran como muestras que deben considerarse [53, 90]. En dos casos que llegaron a los Países Bajos, la orina fue RT-rtPCR negativa pero las heces fueron débilmente positivas y los sueros fueron RT-rtPCR positivos durante cinco días o más [25]. El hallazgo de ARN viral MERS-CoV en el suero proporciona una vía para estudios retrospectivos basados en PCR La ARNemia también puede correlacionarse con la gravedad de la enfermedad; los signos de virus fueron eliminados del suero de un paciente recuperado, pero se mantuvo hasta la muerte de otro [92]. Los casos de sospecha clínica de MERS pueden devolver resultados negativos por RT-rtPCR. Los datos han demostrado que una o más muestras de URT negativas pueden ser contradichas mediante un muestreo adicional de URT o el uso de muestras de LRT, lo que se prefiere [2, 43, 93]. En la LRT se producen cargas virales más altas que en la URT. [22, 69, 88, 94] Esto concuerda con la observación de que la mayoría de los síntomas de la enfermedad se reportan como enfermedad sistémica y LRT [21]. Sin embargo, en ocasiones incluso los especímenes de LRT de los casos de MERS pueden ser inicialmente negativos, sólo para más tarde ser positivos por RT-PCR [95 Esto puede deberse a una mala toma de muestras cuando la tos está ausente o no es productiva o porque la carga viral es baja [95]. A pesar de esto, tanto los mayores estudios de MERS-CoV humanos [32, [96] [97] [98] y los más pequeños [22, 25, 99], utilizan muestras de la URT. Cabe destacar que un estudio reportó una asociación entre cargas más altas en la URT y peores resultados clínicos incluyendo cuidados intensivos y muerte [94]. Al escribir, no existen datos humanos para definir si el virus se replica única o preferentemente en la LRT o URT, o réplicas en otros tejidos humanos in vivo, aunque el ARN MERS-CoV se ha detectado tanto de la URT como de la LRT en un modelo de mono macaco [100].La distribución de DPP4 en las vías respiratorias superiores humanas tampoco está bien descrita. Los estudios individuales de casos humanos reportan largos periodos de eliminación viral, a veces intermitentes y no necesariamente relacionados con la presencia de síntomas de la enfermedad. [25, 69, 99, 101] En un caso, un HCW arroja ARN viral durante 42 días en ausencia de enfermedad [99]. Es un área de alta prioridad para entender mejor si estos casos son capaces de infectar a otros. Más de tres cuartas partes de los casos de MERS arrojan ARN viral en sus muestras de TL (aspirados traqueales y esputo) durante al menos 30 días, mientras que sólo el 30 % de los contactos seguían arrojando ARN en sus muestras de TRU [91, 102]. En el único estudio para examinar el efecto del tipo de muestra en el análisis molecular, se examinaron 64 aspirados nasofaríngeos (ANP; una muestra de TRU), 30 aspirados traqueales, 13 Los aspirados traqueales y el BAL devolvieron los valores de carga viral más altos seguidos por el NPA y el esputo. Como era de esperar, las cargas virales más altas generalmente coincidían con la secuenciación del genoma completo y el éxito del cultivo y, en las pruebas del NPA, estaban significativamente correlacionadas con enfermedades graves y muerte [49, 94, 103]. Este estudio demostró la importancia del muestreo de LRT para la secuenciación del genoma completo. Cuando se probó, las muestras positivas para el MERS-CoV a menudo son negativas para otros patógenos [25, 93, 104]. Sin embargo, muchos estudios no mencionan pruebas adicionales para virus respiratorios humanos endémicos [21, 23, 73, 105]. Cuando se buscan virus, se han incluido el herpesvirus humano (VHH), los rinovirus (VHR), los enterovirus (VVV), el virus sincitial respiratorio (VRS), el virus parainfluenzavirus tipos 1, 2 y 3 (VIP), los virus de la gripe (VFI), los HCoV endémicos, los adenovirus (VCD) metapneumovirus (VPM) y el virus influenza A\H1N1; en ocasiones se han encontrado codetecciones con MERS-CoV [2, 22, 37, 69, 97]. A veces se incluyen pruebas bacterianas (por ejemplo, para Legionella y Pnemocococcus), pero el impacto de la copresencia bacteriana tampoco está claro [22, [104] [105] [106]. Otras pruebas de la muestra de TRL del primer caso del MERS utilizaron IFA para detectar algunos virus (negativos para IFV, PIV, RSV y AdVs) y RT-PCR para otros (negativos para AdV, EV, MPV y HHVs) [18]. RT-PCR también detectó MERS-CoV. La OMS recomienda encarecidamente pruebas para otros patógenos respiratorios [53] pero con esta recomendación a menudo descontada, hay datos limitados para abordar la ocurrencia y el impacto de coinfecciones o diagnósticos virales alternativos entre ambos casos del MERS y sus contactos. Poco se sabe de otras causas de neumonía similar al MERS en el KSA o de la carga general de enfermedad debido a los virus respiratorios clásicos conocidos. Pruebas de peregrinos adultos que realizan el Hajj en 2012 a 2014 no ha detectado ningún MERS-CoV. En 2012, se realizaron pruebas de hisopos nasales de 154 peregrinos recogidos antes de partir hacia el KSA o partir de él [47]. En 2013, las pruebas se ampliaron significativamente con 5.235 hisopos nasofaríngeos de 3.210 peregrinos entrantes y 2.025 hisopos de peregrinos salientes probados [98]. Cabe señalar que la mayoría de los peregrinos llegaron de países libres de MERS. Se tomaron otros 114 hisopos de peregrinos con enfermedad similar a la gripe [96, 107]. En reuniones anteriores del Hajj, se descubrió que los virus de la gripe circulaban ampliamente, mientras que otros virus, a menudo rinovirus, circulaban de manera más selectiva, interpretando que indicaban su importación junto con peregrinos extranjeros [107] [108] [108] Con el tiempo, el aumento de la vacunación contra la gripe se ha acreditado como una disminución de la prevalencia de enfermedades similares a la gripe entre los peregrinos [110] A menudo no se recoge una muestra de TRL para estos estudios [98, 107, 109], por lo que los hallazgos negativos falsos son una posibilidad, aunque poco se sabe sobre el sitio inicial de infección y replicación del MERS-CoV; se puede haber supuesto que fue la TRL porque la enfermedad se notó por primera vez allí, pero la TRL puede ser el lugar de la replicación más temprana. En Jeddah entre marzo y julio de 2014 (en adelante, el brote de Jeddah-2014; Fig. 3 ), hubo un rápido aumento en los casos del MERS, acompañado de un intenso cribado; aproximadamente 5.000 muestras de dentro y alrededor de la región se probaron en un mes, produciendo alrededor de 140 detecciones del MERS-CoV (prevalencia ~3 %) [111]. Entre los 5.065 individuos muestreados y analizados en la KSA entre octubre de 2012 y septiembre de 2013, se realizaron 108 (2,1%) detecciones en una población hospital-céntrica que incluyeron casos hospitalizados (n = 2.908; 57,4 %), sus familias (n = 462; 9,1 %) y HCW asociados (n = 1.695; 33,5 %) [32]. Entre las detecciones, 19 (17,8 %) eran HCW y 10 (9,3 %) eran contactos familiares [32]. La prevalencia del 2-3 % de infecciones activas por MERS-CoV no es diferente a la prevalencia hospitalaria de otras COV humanas. [112] Sin embargo, la proporción de muertes entre los infectados por MERS-CoV es mucho mayor que la conocida por los HCoV NL63, HKU1, 229E u OC43 en otros países, e incluso superior a la de SRAS-CoV; no es un virus que pueda razonablemente ser descrito como una "tormenta en una taza de té". Es la baja tasa de transmisión que ha evitado la propagación mundial, a pesar de muchas "oportunidades". Muy temprano en el brote de MERS, algunos animales fueron altamente considerados como el reservorio o huésped(s) intermedio(s) de MERS-CoV con tres de los cinco primeros casos que tuvieron contacto con DCs [73, 113, 114]. Hoy en día, las infecciones por MERS-CoV animales deben ser reportadas a la organización mundial para la salud animal como una enfermedad emergente [115]. Un resumen de los primeros casos de MERS reportados por la OMS definió el contacto animal con humanos como directo y dentro de los 10 días previos al inicio de los síntomas [20]. Esta definición no permitió específicamente la adquisición de DCs a través de una vía basada en gotitas, que es muy probable que sea la vía de adquisición de un virus que inicialmente y predominantemente causa enfermedad respiratoria [23]. Se sabe que los camellos producen altos niveles de ARN MERS-CoV en su URT y pulmones [116]. Proporcionando apoyo para una vía de transmisión de gotitas y tal vez indicando la presencia de ARN en núcleos más pequeños y secos de gotitas, se identificó ARN MERS-CoV en una muestra de aire de alto volumen recogida de un granero que alberga un DC infectado [117]. La fuente precisa de la que los humanos adquieren MERS-CoV sigue siendo poco estudiada pero parece probable Estos factores pueden resultar importantes para los casos humanos que no describen ningún contacto DC [119] ni ningún contacto con un caso confirmado. Si la definición de contacto con animales de la OMS es suficiente para identificar la exposición a este virus respiratorio no está clara. La formulación se centra en el consumo de productos DC, pero no atribuye específicamente el riesgo a una vía de gotitas para la adquisición de MERS-CoV desde DC [120]. Algunos pacientes MERS se enumeran en los avisos de enfermedad de la OMS como próximos a los DCs o granjas, pero los individuos no han descrito entrar en contacto con los animales. No se reporta ninguna vía alternativa para adquirir infección en muchos de estos casos. Lo que constituye una definición de "contacto" durante estas entrevistas se ha definido para un estudio [72]. A pesar de esta falta de claridad, la OMS considera que la evidencia que vincula la transmisión de MERS-CoV entre DCs a humanos es irrefu La posibilidad de que los murciélagos fueran un huésped animal de MERS-CoV fue ampliamente discutida inicialmente debido a la diversidad existente de coronavirus conocidos por residir entre ellos [121] [122] [123]. Evidencia concluyente que apoya a los murciélagos como fuente de infecciones humanas por MERS-CoV todavía no se ha encontrado, pero los murciélagos parecen albergar a los representantes ancestrales [53, 125]. Sin embargo, estas no son variantes del mismo virus ni siempre dentro del mismo linaje filogenético que MERS-CoV; cada uno son un virus genéticamente distinto. La infección de murciélago a humano por MERS-CoV es un evento puramente especulativo. La única pieza de evidencia específica del MERS-CoV que apunta a los murciélagos se origina en la amplificación de un fragmento de 190 nt del gen ARN dependiente de la polimerasa del genoma del MERS-CoV, identificado en un pellet fecal de un murciélago insectívoro Emballonuridae, Taphozous perforatus encontrado en Bisha, el KSA [121]. Aunque muy corta, la secuencia del fragmento lo definió como un descubrimiento diagnóstico. Posteriormente se informó de un enlace a los DC [85] y ese enlace ha madurado en una asociación verificada [38, 126] (Fig. 4). (Véase la figura en la página anterior.) Fig. 3 Detecciones mensuales de MERS-CoV (barras azules) y de casos que murieron (barras rojas) con algunas fechas de interés marcadas para 2012 al 4 de septiembre de 2015. Se indica una aproximación de cuando la estación de parto DC [128] y cuando los DC recién nacidos son destetados. La primavera (verde) y el verano (naranja) en la Península Arábiga también están sombreados. Tenga en cuenta la escala del eje y de la izquierda para 2014 y 2015 que es mayor que para 2012/13. Fuentes de estos datos públicos incluyen la OMS, Ministerios de Salud y FluTrackers [207] [209] [209]. Versiones anteriores y posteriores de este gráfico se mantienen en un blog personal [210]. Modificado y reimpreso de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio de Oriente Medio: Una infección por coronavirus emergente rastreada por la multitud. Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con permiso de Elsevier [5] Los DCs, que constituyen el 95 % de todos los camellos, tienen una presencia central en la El contacto puede ser común y puede ocurrir de diversas maneras (Fig. 4a). Hay varios grandes festivales, razas, ventas y desfiles bien atendidos que cuentan con DCs y DCs también son mantenidos y criados cerca de áreas pobladas en el KSA [127, 128]. La leche y la carne DC son ampliamente consumidas y el DC más viejo es un animal de importancia ritual después de la peregrinación del Hajj [129]. Sin embargo, la frecuencia de infección del MERS-CoV es mucho menor que el hábito generalizado y frecuente de comer, beber y preparar productos DC. La ingestión diaria de leche DC fresca no pasteurizada es común entre los beduinos del desierto y muchos otros en el KSA. La orina DC también se consume o se utiliza para supuestos beneficios para la salud. A pesar de que la carnicería de camellos es una ocupación local, ni los carniceros ni otros grupos en riesgo son identificables entre los casos de MERS; esto puede ser simplemente un problema de información en lugar de una ausencia inexplicable de MERS. Un pequeño estudio de casos y controles publicado en 2015 identificó el contacto directo con la DC, y no la ingestión de productos, para estar asociado con la aparición de MERS [38]. La primera investigación sero-encuesta de ganado que vive en la región de Oriente Medio se llevó a cabo durante 2012-2013 [85]. Los DCs fueron muestreados a partir de una manada de canarios nacidos principalmente y de DCs omaníes (originalmente importados del Cuerno de África) [85]. b Las infecciones de camello a humano parecen ser poco frecuentes, mientras que la propagación de la infección de ser humano a ser humano se ve facilitada regularmente por una CIP deficiente en los entornos de salud donde se amplifica la transmisión, lo que explica la mayor parte de los casos. Hay casos de MERS humanos que no entran en ninguna de las categorías de origen y no está claro si estas infecciones adquiridas a través de alguna vía totalmente separada, o de casos que escaparon al diagnóstico. c Las formas hipotéticas en las que la subclínica (cuando la infección puede no alcanzar un umbral clínico previamente definido de signos y/o síntomas) o asintomáticas (sin signos obvios ni medidos, observados o recordados de enfermedad) la infección por MERS-CoV puede estar implicada en la transmisión DC sera podría neutralizar MERS-CoV mientras que todas las seras DC de Omán tenían niveles elevados de anticuerpos neutralizantes específicos de MERS- Desde este estudio, una serie de informes revisados por pares han analizado tanto a los DCs como a otros animales, y la posibilidad de que puedan albergar la infección por MERS-CoV. Se han encontrado DCs seropositivos en toda la Península Arábiga, incluyendo Omán, la KSA, Qatar, Jordania, los Emiratos Árabes Unidos (EAU), Kuwait así como Sudán, Somalia, Egipto, Túnez, Nigeria, Kenia y Etiopía en África y las Islas Canarias [85, [130] [133] [133] [134]. Otros animales probados incluyen ovejas, vacas, cerdos, caballos, burros, mulas, aves, búfalos acuáticos, cabras, camellos bactrianos, llamas y guanacos (camélidos suramericanos) pero ninguno tenía anticuerpos neutralizantes detectables contra MERS-CoV [4, 74, 78, 85, 86, 135, 136]. No se han notificado hasta la fecha estudios de virología o serología de muestras humanas procedentes de zonas de África donde hay camellos con antecedentes de MERS-CoV. Sin embargo, la ausencia de neumonía inexplicable que pueda atribuirse a la infección por MERS-CoV puede no indicar la ausencia de virus entre los seres humanos en cada país, sino simplemente reflejar la falta de costosos estudios de epidemiología realizados por países pobres en recursos. Por lo tanto, no está claro si el MERS-CoV, o una CoV relacionada con antígenos, es un patógeno no reconocido en estas regiones, quizás circulando durante más tiempo del que se ha conocido en la Península Arábiga [133]. El ARN del MERS-CoV también se ha detectado en muestras de DC, y también se ha logrado la recuperación del virus infeccioso a partir de muestras de DC [4, 77, 117, 132, [137] [139] De algunos de ellos, se han secuenciado genomas completos o mayoritarios de MERS-CoV [77, 137, 138]. Las versiones DC de MERS-CoV fueron tan similares entre sí, como las variantes detectadas de diferentes seres humanos a lo largo del tiempo y a lo largo de la distancia. Los ensayos de detección de anticuerpos anticuerpos también han detectado anticuerpos cruzados en sera. Estos se identificaron como tales mediante la detección de sera contra virus similares, por ejemplo BCoV o HCoV-OC43 (como facsímil antigénico para BCoV). Es posible que otros virus similares a MERS-CoV también residan dentro de los DCs, pero esto no menoscaba el hallazgo definitivo de secuencias genéticas de MERS-CoV tanto en DCs como en humanos [117, 142, 143]. Los estudios de detección han demostrado que los DC juveniles son más a menudo positivos para el virus o el ARN viral, mientras que los DC mayores son más propensos a ser seropositivos y ARN o virus negativos [76, 77, 144]. En los DC adultos, se ha detectado ARN MERS-CoV entre animales con anticuerpos preexistentes, lo que sugiere que es posible la reinfección [77, 144]. Las cargas virales entre DC positivos pueden ser muy altas [4, 76, 77, 139, 144] y DCs se han encontrado positivos tanto cuando están enfermos con signos respiratorios de TRU [77, 117, 142, 145] o cuando aparentemente sanos [137]. Estos hallazgos indican que los DCs hospedan infecciones naturales MERS-CoV. Además, los sera DC almacenados han revelado signos de MERS-CoV en DCs que datan de hace más de tres décadas (los más tempranos Los sera más viejos no han sido probados y, por lo tanto, cuánto tiempo los DC han sido afectados por MERS-CoV, si el virus es enzoótico entre ellos, introducidos hace décadas o siglos de murciélagos en África o la Península Arábiga, o son objeto de incursiones virales regulares pero de corta duración de un huésped aún desconocido, no pueden ser respondidos. Los investigadores buscaron determinar una dirección para la infección; estaban los DC transmitiendo virus a los seres humanos o estaban los humanos infectando DC? En un sitio de Qatar, un propietario de una granja y su empleado se enfermaron a mediados de octubre de 2013 y dieron positivo para el ARN MERS-CoV en una muestra de esputo y hisopos de garganta, respectivamente. RT-rtPCRs encontró MERS-CoV ARN en 11 de 14 hisobas nasales de DC positivas en la granja; seis (43 %) positivos Los resultados indicaron que se había producido un brote reciente en este rebaño; la primera indicación de ARN MERS-CoV encontrado en DCs con una asociación temporal a infecciones humanas; tres muestras de DC positivas fueron confirmadas por secuenciación de una porción de 358 nt del gen de la espiga; estas secuencias eran idénticas unas a otras, de nuevo con homología cercana a otras secuencias humanas y DC MERS-CoV [138]. Los DCs y contactos humanos produjeron secuencias ORF1a y ORF4b que diferían por un solo nucleótido cada una, agrupando estrechamente con la variante Hafr-Al-Batin_1_2013 [138]. Estudios de casos posteriores encontraron evidencia de una infección humana y DC concurrente y la dirección de esa infección fue inferida a partir de los DCs enfermos y a sus propietarios humanos [117, 142, 146]. Las secuencias del genoma parcial indicaron que un humano y un DC positivo de la RT-RTPCR del MERS-CoV habían sido infectados por una variante del mismo virus, albergando el mismo patrón distinto de polimorfismos de nucleótidos. [142] Todos los nueve DC en la manada del propietario, muestreados en serie, reaccionaron en un antígeno S1 recombinante ELISA, con los dos animales que habían sido positivos de la RT-rtPCR mostrando un pequeño aumento verificable del título de anticuerpos [142]. Un aumento del título teóricamente comienza 10 a 21 días después de la infección de la DC [142]. Los autores sugirieron que el aumento del título en la suera de la DC que ocurrió junto con una disminución de la carga de ARN, mientras que el paciente estaba activamente enfermo y hospitalizado, indicó que los DC fueron infectados primero seguidos por el propietario [117, 142]. Los anticuerpos BCoV también estuvieron presentes, y aumentaron en uno de los dos animales positivos RT-rtPCR, pero ninguno de ellos pudo neutralizar la infección BCoV [142]. La temporada de parto en camellos se produce en los meses de invierno (entre finales de octubre y finales de febrero; Fig. 3 ) y este puede ser un momento en el que existe un mayor riesgo para los seres humanos de derrames debido a nuevas infecciones entre las poblaciones de DC ingenuas [128]. ¿Qué papel podría desempeñar el anticuerpo de camello materna en el retraso de la infección de terneros sigue siendo desconocido [128, 142]. Los DC juveniles parecen tener una infección activa con más frecuencia que los DC adultos y, por lo tanto, el sacrificio de los DC, que debe ser de cinco años de edad o más (llamados a thane), puede no ir acompañado de un riesgo significativo de exposición a la infección. A diferencia de los resultados anteriores, los trabajadores de los mataderos que matan tanto a los DC más jóvenes como a los más viejos, pueden ser un grupo ocupacional con una incidencia significativamente mayor de seropositividad a la MERS-CoV cuando los animales tienen infecciones activas por MERS-CoV [129, 139, [147] [148] [149]. Las investigaciones virológicas ampliadas de los DC africanos pueden dar lugar a animales más seropositivos y zonas geográficas en las que los seres humanos pueden estar en riesgo. Es posible que haya zonas en las que los seres humanos ya albergan infecciones por MERS-CoV que no se han identificado debido a la ausencia de vigilancia de laboratorio. Las investigaciones virológicas de los murciélagos pueden dar lugar a hallazgos de virus ancestrales y "eslabones de pérdida viral" e identificar cualquier otra fuente animal de propagación zoonótica es importante para informar opciones para reducir la exposición humana [56, El MERS-CoV infeccioso añadido a la leche de CC, cabra o vaca y almacenado a 4 °C podría recuperarse al menos 72 h más tarde y, si se almacena a 22 °C, la recuperación fue posible hasta 48 h [150]. El título de MERS-CoV disminuyó un poco cuando se recuperó de la leche a 22 °C, pero la pasteurización completamente ablada Infectividad MERS-CoV [150]. En un estudio posterior, se identificó ARN MERS-CoV en la leche, secreción nasal y heces de DCs de Qatar [151]. Un estudio único ha examinado la capacidad de MERS-CoV para sobrevivir en el medio ambiente [150]. Las superficies plásticas o de acero fueron inoculadas con 10 6 TCID 50 de MERS-CoV a diferente temperatura y humedad relativa (RH) y se A alta temperatura ambiente (30°C) y a baja RH (30 %) MERS-CoV permaneció viable durante 24 h [150]. En comparación, un virus respiratorio bien conocido y eficientemente transmitido, el virus influenza A, no pudo recuperarse en cultivo más allá de cuatro horas bajo ninguna condición [150]. Los experimentos de Aerosol encontraron que la viabilidad del MERS-CoV sólo disminuyó un 7 % a baja RH a 20°C. En comparación, el virus influenza A disminuyó un 95 % [150]. La supervivencia del MERS-CoV es inferior a la demostrada previamente para el SARS-CoV [152]. En el contexto, las bacterias patógenas pueden permanecer viables y en el aire durante 45 minutos en un aerosol tosido y pueden propagarse 4 m. La capacidad de MERS-CoV para permanecer viable durante largos períodos de tiempo le da la capacidad de contaminar completamente las superficies de Se desconoce si el MERS-CoV puede permanecer a la deriva e infeccioso durante períodos prolongados (verdaderamente aerotransportado) y si estos hallazgos amplían nuestra comprensión de las posibilidades de que las gotitas transmitan virus respiratorios en muchos entornos, incluyendo salas de espera hospitalarias, departamentos de emergencia, salas de tratamiento, instalaciones de cuidados intensivos abiertos y salas privadas de pacientes. La naturaleza y calidad del intercambio de aire, circulación y filtración son variables importantes en la medición y reducción del riesgo, así como el uso de salas de presión negativa para contener casos conocidos. Se considera que la propagación de la gota entre humanos es el mecanismo de transmisión humana a humana y se hizo hincapié en la necesidad de precauciones de las gotas después del hospital Al-Ahsa, la KSA y los brotes de Corea del Sur [21, 23, 154, 155]. La provisión de pruebas que apoyen la mejor formulación de equipos de protección personal para ser usados por los HCW que reciben, manejan o realizan procedimientos en casos infecciosos sigue siendo una prioridad. MERS-CoV fue encontrado y caracterizado por su aparente asociación con enfermedades graves, y por lo tanto más obvias, en humanos; éramos canarios en la mina de carbón. Seroensayos y estudios prospectivos de cohortes todavía no han determinado hasta qué punto los casos más leves o asintomáticos contribuyen a las cadenas de transmisión de MERS-CoV. Sin embargo, la transmisión de MERS-CoV se define como esporádica (no sostenida), intrafamiliar, a menudo asociada a la atención médica, ineficiente y que requiere contacto cercano y prolongado [22, 31, 63, 93, 97, 102, 156] En un estudio doméstico, 14 de 280 (5 %) contactos de 26 pacientes con índice positivo de MERS-CoV eran ARN o anticuerpos positivos; la tasa de transmisión general, incluso en brotes es de alrededor del 3 % [31]. Parece que la mayoría de los casos humanos de MERS-CoV, incluso cuando los números parecen aumentar repentinamente, no transmiten fácilmente a más de otro humano hasta la fecha, la epidemia localizada de MERS-CoV no ha sido autosostenible [157] [159] [160] [161]. Es decir, el número básico de reproducción (R 0 ) -el número medio de infecciones causadas por un individuo infectado en una población totalmente susceptible ha estado cerca de uno en varios grupos y brotes. Si R 0 era mayor que 1, se esperaría un aumento sostenido en el número de casos. Algunos cálculos de R o pueden verse afectados por el rastreo incompleto de los contactos de casos, pruebas comunitarias limitadas y cómo se define un caso. El MERS ha tenido una presencia constante en la Península Arábiga desde 2012 se debe a los eventos de derrames esporádicos en curso de DCs amplificados por brotes hospitalarios mal controlados. En marcado contraste, una seroencuesta de HCW que a veces estaba en contacto cercano y prolongado con el primer caso fatal de MERS-CoV en 2012 [162], encontró que ninguno de los HCW se había seroconvertido cuatro meses más tarde, a pesar de la ausencia de protección ocular y el cumplimiento variable de los estándares requeridos de EPP [162]. Al principio de la historia del MERS, las muestras para la prueba fueron recolectadas principalmente de pacientes con enfermedad grave y no de aquellos con infecciones respiratorias agudas más leves. Los contactos de los casos confirmados de MERS fueron a menudo observados para enfermedad clínica, pero no probados. Estas omisiones pueden haber confundido nuestra comprensión de la transmisión del MERS-CoV y sesginar los datos tempranos hacia un mayor número de pacientes gravemente enfermos y hospitalizados, inflando la aparente proporción de casos mortales. A medida que cambiaban los paradigmas de las pruebas y se hacían cada vez más pruebas de los contactos, se reconocían infecciones más asintomáticas y leves [163]. Un aumento en los casos llamados asintomáticos (que amplían el denominador para los cálculos de la proporción de casos mortales, definida en [164] ) dio lugar a una disminución en la proporción de casos mortales durante el brote de Yeddah-2014. Históricamente, tales aumentos son consistentes con la modificación de las definiciones y respuestas de laboratorio y el manejo clínico de una infección por virus recién descubierta que se observó por primera vez sólo entre los enfermos graves. Tras el seguimiento, más de tres cuartas partes de esas personas positivas del ARN del MERS-CoV recordaron haber tenido uno o más síntomas en ese momento, a pesar de que se notificó como asintomática [165], planteando alguna pregunta sobre la fiabilidad de otros datos Aproximadamente el 43 % de los casos MERS (549 de 1277) en la KSA fueron mortales entre 2012 y diciembre de 2015, mientras que el 21 % (72 de 330) fallecieron entre los que se produjeron fuera de la KSA. El número total de casos masculinos siempre supera en número a las mujeres y la proporción de muertes masculinas es siempre mayor que la proporción de mujeres que mueren. Sin embargo, la proporción de muertes masculinas de varones totales con MERS es similar a la de las mujeres. En la KSA, hay una mayor proporción de varones más jóvenes entre los casos y muertes que se observaron en los brotes de Corea del Sur o Jeddah-2014 de 2015 (Fichero adicional 2: Figura S2 ). Por qué estos aspectos han diferido pueden deberse a diferencias en el tiempo de presentación y diagnóstico, la naturaleza y calidad de la atención de apoyo, la forma en que una persona se contagió (habita, exposición a una fuente humana o zoonótica, carga viral, vía de infección) o la medida en que las diferentes poblaciones se ven afectadas por enfermedades subyacentes [40]. Como grupo, los HCW representaron el 16 % de los casos de MERS en la KSA y Corea del Sur. Es evidente que la proporción semanal de HCW infectados aumenta junto con cada fuerte aumento en las detecciones generales (Fig. 5). En mayo de 2013, la OMS publicó directrices para IPC durante el cuidado de casos probables o confirmados de infección por MERS-CoV en un entorno sanitario [166]. Estos aumentos en las detecciones de MERS-CoV pueden disminuir la edad media durante cada evento debido a que los HCW son generalmente más jóvenes que los pacientes internados con MERS. Las instalaciones sanitarias han sido un objetivo regular de mejoras sugeridas para mejorar los procedimientos de prevención y control de infecciones (IPC) [115, 118]. La mayor parte del análisis de la genética MERS-CoV se ha realizado utilizando métodos de secuenciación de alto rendimiento o "profundo" para la deducción completa del genoma [167] [168] [169]. MERS-CoV fue el primer sujeto de un uso tan extendido de secuenciación profunda para estudiar un brote viral emergente con alcance global. La técnica puede producir genómica [207] [209]. Las versiones anteriores y posteriores de esta tabla se mantienen en un blog personal [210] cobertura de longitud en un solo experimento con medición altamente repetitiva de cada posición de nucle A pesar de los ensayos publicados al principio, la secuenciación subgenómica, una vez el pilar de los estudios de brotes virales, se ha publicado con menos frecuencia durante la caracterización de MERS-CoV [48]. A medida que se han caracterizado más genomas tanto de humanos como de DC, se han hecho evidentes dos clados; A y B (Fig. 6). Clade A contiene sólo genomas de MERS-CoV derivados del hombre de Jordania, mientras que Clade B comprende la mayoría de genomas humanos y de camellos deducidos hasta ahora [168]. Dos estudios durante 2015, uno mirando a variantes de Jeddah-2014 MERS-CoV y otro mirando a una variante exportada de Corea del Sur a China, ahora han identificado signos de recombinación genética entre variantes de MERS-CoV. Si bien las secuencias del genoma humano y del genoma entero de camello han conservado una identidad de >99 % entre sí, los miembros de linajes genéticamente distintos pueden intercambiar material genético y lo hacen cuando co-ocurren condiciones adecuadas y co-fecciones [170] [171] [172]. La identidad compartida implica que la principal fuente de adquisición humana es el DC, en lugar de otro animal, aunque se necesitan más pruebas de otras especies animales para confirmar esa conclusión. Durante un mes, un virus de DC secuenciado en diferentes ocasiones no cambió en absoluto indicando un grado de estabilidad genómica en su huésped, apoyando que los DC son el anfitrión natural, en lugar de intermedio, del MERS-CoV que conocemos hoy [77]. Hasta la fecha, la recombinación se ha localizado en puntos de ruptura cerca del límite entre las regiones ORF1a y ORF1b, dentro del gen de pico [170] No es inesperado que la recombinación se produzca ya que es bien conocida entre otras CoVs [124] y porque la mayoría de los genomas enteros del MERS-CoV recogidos a partir de muestras de tres años (2012-2015) y de seres humanos, camellos y diferentes países han mostrado una identidad genética cercana entre sí, con una variación sutil suficiente para apoyar investigaciones de brotes mientras se aplique la secuenciación del genoma completo [52, 77, 135, 138, 168, [173] [174] [175]. Los cambios en la secuencia del genoma pueden anunciar alteraciones en la transmisibilidad del virus, replicación, persistencia, letalidad o respuesta a medicamentos futuros. Si tenemos conocimiento previo del impacto de los cambios genéticos debido a estudios de caracterización exhaustivos, podemos establecer una estrecha relación genética entre las secuencias de nucleótidos del MERS-CoV (cargado desde GenBank utilizando los números de adhesión enumerados y Este árbol de unión vecino fue creado en MEGA v6 utilizando una alineación de las secuencias humanas y DCderivadas de MERS-CoV (Genious v8.1 [211] ). Clades se indican junto a barras verticales azules oscuras (Clade A) o pálidos (Clade B). Los iconos de camello denotan genomas de DC. Los brotes sanitarios o comunitarios se encajonan y etiquetan utilizando esquemas previamente descritos [212, 213] monitorean las regiones genómicas y entienden mejor cualquier cambio en la transmisión o patrones de enfermedad a medida que ocurren. Las mutaciones genéticas observadas durante el mayor de los brotes humanos, Jeddah-2014, no impartieron ningún cambio importante replicativo o inmunomodulador cuando se comparan con las variantes virales anteriores in vitro [156, 176]. Sin embargo, entendemos muy poco de los resultados fenotípicos que resultan del cambio genético sutil en Hasta la fecha no se ha informado de ninguna relevancia clínica ni de cambios in vivo evidentes en la replicación, eliminación o transmisión vírica, o se ha atribuido a mutaciones o a nuevos virus recombinantes [156]. Pero se necesitan vigilancia y estudios más grandes, contemporáneos e in vivo. La secuencia genomática localizada a un clado distinto se identificó a partir de un DC egipcio que probablemente fue importado de Sudán. Esto no encaja en ninguno de los clados actuales [125, 168, 177]. Un virus secuenciado a partir de un murciélago Neoromicia capensis estaba más estrechamente relacionado con el MERS-CoV que otras grandes secuencias derivadas de murciélagos habían estado hasta ese punto, pero el genoma de una variante de un MERS-CoV aún no se ha descubierto y deducido de cualquier murciélago [125]. Los análisis de genomas del MERS-CoV han demostrado que la mayoría de las diferencias nucleó 2), que codifica la proteína de pico y proteínas accesorias [168]. Al menos nueve genomas del MERS-CoV contenían sustituciones de aminoácidos en el dominio de unión a los receptores (RBD) de la proteína de pico y los codones 158 (región N-terminal), 460 (RBD), 1020 (en la repetición de heptad 1), 1202 y 1208 investigación de osos como marcadores de cambio adaptativo [140, 169]. La proteína de pico no había cambiado en el genoma recombinante del MERS-CoV identificado en China en 2015, pero se informó que había variado a un ritmo superior al de genomas completos del MERS-CoV, entre variantes surcoreanas [172, 178]. Esto destaca que las regiones subgenómicas pueden no siempre contener suficiente diversidad genética para ser útiles para diferenciar variantes virales. A pesar de esto, un ensayo que amplificaba un fragmento de nucleótido 615 del gen de dominio S2 de pico para la secuenciación de Sanger coincidió con los resultados generados por la secuenciación de algunos genomas completos y fue útil para definir grupos de secuencias adicionales [177]. La secuencia genómica también se puede utilizar para definir los límites geográficos de un cúmulo o brote y monitorear su progreso, basado en la similitud de las variantes encontradas entre humanos y animales infectados cuando ocurren juntos, o entre diferentes sitios y tiempos (Fig. 6 ) [169]. Este enfoque se utilizó al definir el brote de hospital MERS con limitaciones geográficas en Al-Ahsa, que ocurrió entre el 1 de abril y el 23 de mayo de 2013, así como los cúmulos en Buraidah y un brote comunitario en Hafr Al-Batin, el KSA. La secuenciación genómica identificó que aproximadamente 12 detecciones de MERS-CoV de un brote comunitario en Hafr Al-Batin entre junio y agosto de 2013 pudieron haber sido desencadenadas por un caso índice que se infectó a través del contacto DC [175]. La secuenciación de genomas de MERS-CoV del brote hospitalario de Al-Ahsa de 2013 indicó que múltiples variantes virales contribuyeron a los casos, pero que la mayoría fueron lo suficientemente similares entre sí como para ser consistentes con la transmisión humano-humana. La epidemiología molecular ha revelado enlaces ocultos en cadenas de transmisión que abarcan un período de hasta cinco meses [179]. Sin embargo, la mayoría de los brotes no han continuado durante más de dos a tres meses y por lo tanto las oportunidades para que el virus se adapte más a los seres humanos a través de la coinfección y el tránsito en serie sostenido han sido raras [169]. En Riad-2014, la evidencia genética apoyaba la probabilidad de múltiples introducciones externas de virus, implicando una gama de instalaciones de salud en un caso que de otro modo parecía contiguo [23, 168, 179]. Riad es un nexo para el viaje de camellos y humanos y ha tenido más casos MERS que cualquier otra región de la KSA hasta la fecha, pero también alberga una amplia gama de variantes MERS-CoV [128, 167, 179]. Sin embargo, el brote surcoreano se originó de una sola persona infectada, resultando en tres a cuatro generaciones de casos [180, 181]. Estudios de esta variante viral aparentemente recombinante no encontraron un aumento de la tasa evolutiva y ningún signo de adaptación al virus, por lo que el brote parece haber sido impulsado por circunstancias más que por circunstancias junto con mutación [181]. Para muchos casos MERS detectados fuera de la Península Arábiga, se El rastreo de contacto es esencial para contener la aparición y transmisión de un nuevo virus y hoy en día está apoyado por la epidemiología molecular. Aunque es un proceso costoso y que consume tiempo, el rastreo de contacto puede identificar posibles nuevas infecciones y, a través del monitoreo activo o pasivo, reaccionar más rápidamente si la enfermedad se desarrolla. Los resultados del rastreo de contacto hasta la fecha han encontrado que la transmisión continua entre los seres humanos es un evento poco frecuente. Por ejemplo, hubo 83 contactos, tanto sintomáticos como asintomáticos, de un caso tratado en Alemania que viajó desde los Emiratos Árabes Unidos pero no se encontraron signos de virus o anticuerpos en ninguno de ellos [73]. En un estudio de 123 contactos de un caso tratado en Francia, sólo siete coincidieron con la definición de un posible caso y fueron probados; uno que había compartido una habitación hospitalaria de 20 m2 mientras que en una cama a 1,5 m de distancia del caso índice durante un período prolongado fue positivo [26]. Ninguno de los contactos de los dos primeros casos MERS importados a los EE.UU. en 2014 contenía ninguna huella MERS-CoV [182] y ninguno de los 131 contactos de dos viajeros que regresaron a los Países Bajos desarrolló anticuerpos MERS-CoV o testó ARN positivo [25, 183]. Los análisis de datos públicos revelan muchos casos probables de adquisición nosocomial de infección en la Península Arábiga y estos datos pueden ir acompañados de algunos detalles que señalan el contacto con un caso o instalación conocido. Un ejemplo identificó el papel probable de un paciente con una infección subclínica, presente en un hospital durante su ingreso por otras razones, como el caso índice más probable que desencadena un grupo familiar [93]. El rastreo de contacto fue un factor significativo en la terminación de un brote de 2015 con múltiples hospitales surcoreanos [184]. Estos estudios demuestran la necesidad de encontrar y comprender un papel para los casos leves y asintomáticos, junto con la restricción del contacto cercano o la exposición prolongada de las personas infectadas a otras, especialmente familiares mayores y amigos con enfermedad subyacente (Fig. 4c). El brote asociado al hospital en Jeddah en 2014 fue la acumulación más grande y rápida de las detecciones de MERS-CoV hasta la fecha. El mayor número de detección de MERS-CoV de cualquier mes registrado se produjo en Yeddah en abril. El brote se asoció principalmente (> 60 % de los casos) con la propagación de seres humanos a seres humanos dentro de los entornos hospitalarios y se debió a la falta de prevención y control de las infecciones o a su desorganización [37, 185, 186]. Un aumento de las muertes siguió al rápido aumento del número de casos. En 2015 ocurrieron dos grandes brotes. Corea del Sur fue el lugar del primer brote a gran escala fuera de la Península Arábiga y produjo los primeros casos tanto en Corea del Sur como en China, entre mayo y julio de 2015. Esto fue seguido de cerca por un brote distinto en la provincia de Ar Riyad, en la KSA, que parecía estar bajo control a principios de noviembre. Después de permanecer en Bahréin durante dos semanas, un varón de 68 años (68 M) viajó a Corea del Sur vía Qatar, llegando libre de síntomas el 4 de mayo de 2015 [187]. Desarrolló fiebre, Visitó una clínica como ambulatorio entre los días 12 y 15 de mayo y fue ingresado en el Hospital A el día 15 [188]. Fue dado de alta del Hospital A el día 17 y luego fue ingresado en el servicio de urgencias del Hospital B el día 18. Durante esta segunda estancia, se tomó una muestra de esputo y dio positivo para el MERS-CoV el día 20 [187, 188], desencadenando el traslado al centro de tratamiento de aislamiento designado. Durante un período de 10 días, el caso índice fue visto en tres hospitales diferentes, demostrando una característica clave de "compra hospitalaria" que conformó el brote surcoreano. Aproximadamente 34 personas fueron infectadas durante este tiempo [187]. En total 186 casos fueron generados en este brote, todos vinculados a través de una única cadena de transmisión a 68 M; 37 casos murieron [189]. En Corea del Sur, el sistema nacional de seguro médico prevé una atención médica de costo relativamente bajo, sufragando algunos costos al hacer que los familiares sean responsables de una parte de la administración de los enfermos, lo que a veces los hace permanecer durante largos períodos en las habitaciones que a menudo tienen más de cuatro camas en ellas [24]. Otros factores que se pensaba que habían permitido este brote eran la falta de familiaridad de los médicos locales con MERS, la facilidad con la que el público puede visitar y ser tratado por hospitales terciarios, la costumbre de visitar a amigos y familiares enfermos en hospitales, la naturaleza jerárquica de la sociedad coreana, las salas de emergencia abarrotadas, las medidas deficientes del IPC, la falta de salas de aislamiento de presión negativa y la mala comunicación interhospitalaria de los historiales de enfermedades de los pacientes [24, [190] [191] [192]. Hasta la fecha se han comunicado pocos detalles clínicos sobre estos casos y los detalles sobre la transmisión y el rastreo de los contactos son mínimos. Los hospitales involucrados inicialmente no fueron identificados, la orientación y las acciones gubernamentales produjeron mensajes confusos y hubo una comunicación muy limitada en los primeros tiempos, lo que dio lugar a preocupaciones innecesarias, desconfianza y un impacto económico distinto [191, [196] [197] [198]. Al principio del brote, un viajero infectado, hijo de un caso identificado en Corea del Sur, pasó por Hong Kong en su camino a China, donde estaba ubicado, aislado y atendido en China [91, 199, 200]. No hubo contactos que enfermaran.El brote se puso bajo control a finales de julio/a principios de agosto [201] después de que se emplearan medidas mejoradas del IPC, seguimiento y cuarentena de contactos sólidos, pruebas de laboratorio ampliadas, hospitales fueron mejor asegurados, se envió personal especializado para gestionar los casos Una revisión de los datos públicos mostró que, al igual que en el caso del MERS en la KSA, la edad avanzada y la presencia de enfermedad subyacente se asociaron significativamente con un desenlace fatal en Corea del Sur. [40] Aunque R 0 es <1, los eventos de superdifusión facilitados por circunstancias creadas en entornos de salud y caracterizadas por tamaños de clúster superiores a 150, como este, no son inesperados por la infección por MERS-CoV [204]. La dinámica de un brote depende de la R 0 y de los patrones de eliminación viral de un individuo, el tipo y la frecuencia de contacto, los procedimientos hospitalarios y la estructura y densidad de la población [204]. En la región de Ar Riyad, incluida la capital de Riad, se inició un cúmulo hospitalario dentro de un solo hospital a partir de finales de junio de 2015 [205]. A mediados de septiembre se habían notificado aproximadamente 170 A pesar de la introducción continua y posiblemente estacional del virus en la población humana a través de los DC infectados y tal vez otros animales que aún no se han identificado, la gran mayoría de la transmisión del MERS-CoV se ha producido de seres humanos infectados a no infectados en contacto cercano y prolongado a través de circunstancias creadas por un control deficiente de las infecciones en los entornos de atención de la salud. Este virus oportunista ha tenido su mayor impacto en las personas con enfermedades subyacentes y esas personas vulnerables, que a veces sufren múltiples comorbilidades, se han asociado con mayor frecuencia con los hospitales, creando una tormenta perfecta de exposición, transmisión y mortalidad. No está claro si este grupo se ve afectado de manera única por el MERS-CoV o si otras infecciones respiratorias, incluidas las de los HCoV, producen un impacto igualmente grave. En Corea del Sur, un solo caso importado creó un brote de 185 casos y 36 muertes que tuvieron un impacto desproporcionado en el desempeño económico, el comportamiento de la comunidad y la confianza en el gobierno y el sistema de atención de la salud. La transmisión del hogar de seres humanos a seres humanos se produce, pero también es limitada. Los programas educativos serán herramientas esenciales para combatir la propagación del MERS-CoV tanto dentro de las comunidades urbanas y regionales como para el entorno de atención de la salud. La vigilancia sigue siendo importante para la contención, ya que el MERS-CoV es un virus con una composición genética que se ha observado durante sólo tres años y no es estable. Entre todos los seres humanos que se han notificado que están infectados, casi el 40% han muerto. La secuenciación del genoma completo se ha utilizado extensamente para estudiar el recorrido y la variación del MERS-CoV y aunque sigue siendo una herramienta para expertos, parece ser la mejor herramienta para el trabajo. El MERS y el SRAS tienen algunas similitudes clínicas pero también difieren significativamente [206]. Entre las características definitorias se incluyen el PFC más alto entre los casos del MERS (superior al 50 % en 2013 y actualmente en el 30-40%; muy por encima del 9 % del SRAS) y la asociación más alta entre el MERS mortal y los hombres mayores con comorbilidades subyacentes. Para los virus, el MERS-CoV tiene un tropismo más amplio, crece más rápidamente in vitro, induce más rápidamente cambios citopatógenos, desencadena respuestas transcripcionales distintas, hace uso de un receptor diferente, induce un estado más proinflamatorio y tiene una respuesta antiviral tardía en comparación con el SRAS Parece haber una prevalencia del 2-3 % de MERS-CoV en la KSA con una probabilidad del 5 % de transmisión secundaria dentro del hogar. Hay un mayor riesgo de infección a través de ciertas ocupaciones en ciertos momentos y una probabilidad mucho mayor de propagación a otros seres humanos durante circunstancias creadas por los humanos, lo que impulsa una transmisión más efectiva que cualquier R 0 predeciría sobre el valor facial. Sin embargo, a pesar de las múltiples concentraciones masivas que han proporcionado al virus muchos millones de oportunidades de propagación, no se han reportado brotes de MERS o MERS-CoV durante o inmediatamente después de estos eventos. No hay evidencia de que el MERS-CoV sea un virus de preocupación pandémica. Sin embargo, los entornos hospitalarios continúan describiendo casos y brotes de MERS en la Península Arábiga. Mientras facilitemos la propagación del MERS-CoV entre nuestras poblaciones más vulnerables, el mundo debe permanecer en alerta para los casos que puedan ser exportados con mayor frecuencia cuando un país de acogida con reservorios de camellos infectados está experimentando conglomerados o brotes humanos. El MERS-CoV parece ser un virus enzoótico que infecta a la URT DC con evidencia de recombinación genética reciente. Puede que una vez haya tenido su origen entre los murciélagos, pero falta evidencia y la relevancia de ello para la epidemia actual es académica. Gracias a la acción rápida, las herramientas de diagnóstico molecular sensibles y rápidas necesarias para lograr un objetivo de detección rápido y sensible han sido establecidas y ampliamente disponibles desde que el virus fue reportado en 2012. RT-PCR pruebas de muestras de LRT siguen siendo el estándar de oro para la confirmación del MERS-CoV. Las herramientas serológicas siguen surgiendo pero necesitan una validación adicional utilizando muestras de infecciones leves y asintomáticas y un estudio de cohorte densamente muestreado para seguir los contactos de nuevos casos puede abordar esta necesidad. Del mismo modo, la importante cuestión de si aquellos que eliminan el ARN MERS-CoV durante períodos prolongados son infecciosos mientras aparecen bien, sigue sin respuesta. Incluso no está claro cuántas infecciones 'asintomáticas' se han descrito y reportado correctamente, lo que a su vez plantea preguntas sobre la fiabilidad de la recolección de otros datos clínicos hasta la fecha. Si bien la virología básica del MERS-CoV ha avanzado en el transcurso de los últimos tres años, la comprensión de lo que está sucediendo en, y la interacción entre, camello, medio ambiente y humano todavía está en su infancia.

¿Qué ciudad alberga una amplia gama de variantes MERS-CoV

MERS coronavirus: diagnóstico, epidemiología y transmisiónhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4687373/SHA: f6fcf1a99cbd073c5821d1c4ffa3f2c6daf8ae29Autores: Mackay, Ian M.; Arden, Katherine E.Fecha: 2015-12-22DOI: 10.1186/s12985-015-0439-5Licencia: cc-byAbstract: Los primeros casos conocidos de síndrome respiratorio de Oriente Medio (MERS), asociados con la infección por un nuevo coronavirus (CoV), se produjeron en 2012 en Jordania, pero se informó retrospectivamente.El primer caso que se informó públicamente fue de Jeddah, en el Reino de Arabia Saudita (KSA). Desde entonces, las secuencias de MERS-CoV se han encontrado en un murciélago y en muchos camellos dromedarios (DC). MERS-CoV es enzoótico en toda la Península Arábiga y en partes de África, causando enfermedades leves del tracto respiratorio superior en su reservorio de camellos y infecciones humanas esporádicas, pero relativamente raras. Precisamente cómo el virus transmite a los seres humanos sigue siendo desconocido, pero la exposición estrecha y prolongada parece ser un requisito. El KSA es el punto focal de MERS, con la mayoría de los casos humanos. En los seres humanos, MERS se conoce principalmente como una enfermedad del tracto respiratorio inferior (RTL) que incluye fiebre, tos, dificultades respiratorias y neumonía que puede progresar a síndrome de dificultad respiratoria aguda, fallo multiorgánico y muerte en un 20% a 40% de los infectados. Sin embargo, MERS-CoV también se ha detectado en enfermedades leves y similares a En comparación con el síndrome respiratorio agudo grave (SARS), otra enfermedad zoonótica del coronavirus a veces fatal que ha desaparecido desde entonces, el MERS progresa más rápidamente hacia la insuficiencia respiratoria y la lesión renal aguda (también tiene afinidad por el crecimiento de las células renales en condiciones de laboratorio), es más frecuente en los pacientes con enfermedad subyacente y es más a menudo fatal. La mayoría de los casos humanos de MERS se han relacionado con fallos en la prevención y el control de infecciones (IPC) en los entornos de salud, con aproximadamente el 20% de todas las detecciones de virus notificadas entre los trabajadores de la salud (HCWs) y exposiciones más altas en aquellos con ocupaciones que los ponen en estrecho contacto con camellos. Los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) han estado disponibles casi desde el comienzo de la aparición de MERS. Mientras que la virología básica de MERS-CoV ha avanzado en los últimos tres años, la comprensión de la interacción entre camello, medio ambiente y restos humanos limitados. MATERIAL SUPLEMENTO ELECTRÓNICO: La versión en línea de este artículo (doi:10.1186/s12985-015-0439-5) contiene material suplementario, que está disponible para los usuarios autorizados. Texto: Un correo electrónico del Dr. Ali Mohamed Zaki, un virólogo egipcio que trabaja en el Hospital Dr. Soliman Fakeeh en Jeddah en el Reino de Arabia Saudita (KSA) anunció la primera cultura de un nuevo coronavirus al mundo. El correo electrónico fue publicado en el sitio web de la red de enfermedades emergentes profesionales (ProMED) el 20 de septiembre de 2012 [1] (Fig. 1) y describió el primer caso reportado, un hombre de 60 años de edad de Bisha en la KSA. Esta información llevó al rápido descubrimiento de un segundo caso del virus, esta vez en un paciente enfermo en el Reino Unido, que había sido transferido de Qatar para su atención [2]. El nuevo virus fue inicialmente llamado coronavirus nuevo (nCoV) y subsecuentemente titulado el síndrome de respiración del Oriente Medio coronavirus (MERS-CoV). A partir del 2 de septiembre de 2015, ha habido 1.493 detecciones de ARN viral o anticuerpos específicos del virus en 26 países (Fichero adicional 1: Figura S1) confirmado por la Organización Mundial de la Salud (OMS), con más de un tercio de las personas positivas muriendo (al menos 527, 35 %) [3]. Desde ese primer informe, un lento proceso de descubrimiento durante los siguientes dos o tres años reveló un virus que había infectado más del 90 % de los camellos dromedarios adultos (DC; Camelus dromedario) en la KSA [4], también en los países en desarrollo de toda la Península Arábiga y partes de África que son una fuente de importaciones de DC para la KSA [5]. Hasta la fecha, el MERS-CoV no se ha detectado en los países en desarrollo sometidos a pruebas en zoológicos o rebaños de otras partes del mundo [6] [7] [9]. Ocasionalmente, el virus se transmite de los DC infectados a los seres humanos expuestos. La transmisión posterior a otros seres humanos requiere una exposición relativamente cercana y prolongada [10]. Se patentó el primer aislado viral y se planteó la preocupación de que ello limitaría el acceso tanto al virus como a los diagnósticos virales [11, 12]. Sin embargo, los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) se describieron rápidamente y el virus se puso a disposición de forma gratuita, sujeto a consideraciones rutinarias de bioseguridad [13]. La epidemiología y la investigación posteriores han identificado al receptor celular como exopeptidasa dipeptidil peptidasa 4 (DPP4; también llamada CD26); que el MERS-CoV tiene un amplio tropismo, replicando mejor en algunas líneas celulares y provocando una respuesta más proinflamatoria que el SARS-CoV; está muy extendido en los DC; tiene el potencial de infectar a otros animales y que el MERS mata a su huésped humano con más frecuencia que el SARS (20-40% frente al 9 % para el SARS [14] ) [15] [16] [17] [19]. El MERS-CoV se propaga esporádicamente entre las personas, causando enfermedades más graves entre los adultos mayores, especialmente los varones, con enfermedades preexistentes.La propagación del MERS-CoV entre los seres humanos se ha asociado a menudo con brotes en los hospitales, con alrededor del 20% de todos los casos hasta la fecha en los que han participado trabajadores de la salud (HCWs).Aunque los DC parecen sufrir el equivalente a un "frío común" de la infección por MERS-CoV, en los seres humanos el virus puede ser un patógeno más grave y oportunista asociado con la muerte de hasta el 40% de los casos notificados. Aún no se ha establecido si las infecciones que se cree que se han adquirido de una fuente animal producen un resultado más grave que los que se propagan entre los seres humanos [20]. Los estudios han establecido que el período medio de incubación para el MERS es de cinco a seis días, que van de dos a 16 días, con 13 a 14 días entre el inicio de la enfermedad en una persona y posteriormente se extiende a otra [21] [22] [23]. Entre aquellos con enfermedad progresiva, la mediana de tiempo hasta la muerte es de 11 a 13 días, que van de cinco a 27 días [23, 24]. La fiebre y los síntomas gastrointestinales pueden formar un pródromo, después de lo cual los síntomas disminuyen, sólo para ser seguidos por un síndrome sistémico y respiratorio más grave [25, 26]. La primera definición de caso de la OMS [27] definió los casos probables de MERS basados en la presencia de enfermedad febril, tos y el requisito de hospitalización con sospecha de compromiso del tracto respiratorio inferior (RTL), incluyendo también roles para el contacto con un caso probable A partir de julio de 2013, la definición revisada del caso de la OMS incluía la importancia de buscar y comprender el papel de los casos asintomáticos y, a partir de junio de 2014, la definición de la OMS indicaba más claramente que un caso confirmado incluía a cualquier persona cuya muestra fuera RT-PCR positiva para MERS-CoV, o que produjera una seroconversión, independientemente de los signos y síntomas clínicos. [28] [30] Aparte de los informes de la OMS y del Ministerio de Salud de la KSA, los casos asintomáticos o subclínicos de infección por MERS-CoV se documentaron en la literatura científica, aunque no siempre tan a menudo como ocurrió a principios de [31, 32]. La definición del caso de la KSA se hizo más estricta el 13 de mayo de 2014, basándose en la presencia de ambas características clínicas y confirmación de laboratorio [33]. Las pruebas de personas asintomáticas fueron recomendadas a partir de diciembre de 2014 [34], reforzadas por una definición de caso publicada por el Ministerio de Salud de la KSA en junio de 2015 [35]. La KSA ha sido la fuente del 79 % de los casos humanos. El MERS severo es notable por su impacto entre los hombres mayores con enfermedades comorbidas, incluyendo diabetes mellitus, cirrosis y diversas afecciones pulmonares, renales y cardíacas [36] [38]. Interesantemente en junio de 2015, un brote en Corea del Sur siguió una distribución similar [39, 40]. Entre los casos confirmados en laboratorio, los signos y síntomas de fiebre, tos y tracto respiratorio superior (URT) generalmente ocurren primero, seguidos en una semana por trastornos progresivos de TL y linfopenia [37]. Los pacientes a menudo se presentan a un hospital con neumonía o peor, y se han notificado infecciones Según se informa, el MERS ha matado aproximadamente el 35 % de todos los casos notificados, el 42 % de los casos en la KSA, pero sólo el 19 % de los casos en Corea del Sur, donde la mortalidad osciló entre el 7 % entre los grupos de edad más jóvenes y el 40 % entre los de 60 años o más [42] ; todos pueden ser valores inflados con infecciones asintomáticas o leves a veces no buscadas o no reportadas [34]. La atención de apoyo general es clave para tratar los casos graves [43]. Rara vez se informa que los niños menores de 14 años son positivos para la MERS-CoV, que comprende sólo el 1,1% (n = 16) del total de casos notificados. Entre el 1 de septiembre de 2012 y el 2 de diciembre de 2013, un estudio describió el recuento de casos pediátricos en la KSA, que se situaba en 11 (dos a 16 En Amman (Jordania), se probaron 1.005 muestras de niños hospitalizados menores de dos años con fiebre y/o signos y síntomas respiratorios, pero ninguna fue positiva para ARN MERS-CoV, a pesar de haber sido recolectadas en un momento similar al primer brote conocido de MERS-CoV en la ciudad vecina de Al-Zarqa [45]. Un segundo trimestre de mortinato ocurrió en una mujer embarazada durante una enfermedad respiratoria aguda y aunque no fue RT-rtPCR positivo, la madre desarrolló posteriormente anticuerpos contra MERS-CoV, sugestivos de infección reciente [46]. Su historia de exposición a un pariente positivo de MERS-CoV RT-rtPCR y un esposo anticuerpo reactivo, su período de incubación y su historia sintomática cumplieron los criterios de la OMS para ser un probable caso de MERS-CoV [46]. Los métodos de diagnóstico se publicaron dentro de los días del correo electrónico ProMED anunciando el primer caso MERS [47], incluyendo varios ensayos RT-rtPCR (Fig. 2 ) y cultivo de virus en células Vero y LLC-MK2 [18, 47, 48]. Un adenocarcinoma colorrectal (Caco-2 ) línea celular epitelial ha sido recomendado desde entonces para el aislamiento de infecciones MERS-CoV [49]. Anteriormente [18].. Los marcos de lectura abiertos se indican como rectángulos amarillos entre corchetes por regiones terminales no traducidas (UTR; rectángulos grises ). FS-frame-shift. Las regiones predictas que abarcan puntos de ruptura de recombinación se indican por píldoras naranjas. Creado utilizando Geneious v8.1 [211] y anotado usando Adobe Illustrator. Bajo este esquema se muestra la ubicación de los imprimadores RT-PCR (las flechas azules indican la dirección) y oligoprobes (rectángulos verdes) utilizados en los primeros ensayos de cribado RT-rtPCR y en los convencionales, seminés (tres imprimaciones) RT-PCR confirmatorios de secuenciación [47, 48]. El orden de publicación se observa por primera [27 de septiembre de 2012; rojo] y segundo [6 de diciembre de 2012; naranja] rectángulos de color; ambos de Corman y otros [47, 48] Los ensayos recomendados por la OMS se destacan debajo por puntos amarillos [53]. El imprimador reverso NSeq ha contenido consistentemente una secuencia incompatibilidad con algunas variantes de MERS-CoV. Una versión alterada de la de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio del Oriente Medio: Una Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con el permiso de Elsevier [5] revisó el amplio tropismo de MERS-CoV [5]. Sin embargo, como se describe bien, el cultivo celular es un método lento, especializado e insensible [50] mientras que las técnicas basadas en PCR son el método preferido para la detección de MERS-CoV. Los primeros marcos de lectura abiertos (ORF 1a y 1b; Fig. 2) se han convertido en un objetivo diagnóstico clave y taxonómico para la identificación de especies CoV. Con menos del 80 % de identidad entre la secuencia de aminoácidos de MERS ORF 1ab y parientes del betacoronavirus, Tylonycteris Bat HKU4 y Pipistrellus Bat HKU5, se puede concluir que es un virus novedoso y distinto. Las proteínas estructurales incluyen el pico (S), la envoltura (E), la membrana (M) y el nucleocápsido (N) [52]. Se prevé que los productos de ORF1a y ORF1b codificarán proteínas no estructurales. La mayoría de los ensayos de muestras realizados hasta la fecha han empleado ensayos RT-rtPCR validados que han demostrado ser sensibles y específicos [47, 48, 53]. El kit de RealStar® utiliza estos ensayos recomendados por la OMS [54]. Las secuencias objetivo de estos ensayos de cribado no han cambiado entre los genomas examinados hasta al menos mediados de 2015 (observación IMM). Otros ensayos RT-rtPCR han sido desarrollados y validados para su uso como herramientas de diagnóstico basadas en laboratorio [55] [56]. Además, los ensayos isotérmicos [58, 59] o recombinasa polimerasa [60] La detección del antígeno MERS-CoV no ha sido común hasta la fecha, pero la combinación de corto tiempo de retorno de la prueba al resultado, alto rendimiento e identificación de proteínas virales hace que esta opción sea atractiva. La detección de proteínas virales en lugar de ARN viral indica la probable presencia de virus infecciosos. La primera herramienta inmunocromatográfica rápida descrita podría detectar proteína nucleocápsida MERS-CoV recombinante de hisopos nasales DC con sensibilidad al 94 % y especificidad al 100 % en comparación con RT-rtPCR [61]. Un enfoque diferente utilizó una captura basada en anticuerpos monoclonales ELISA dirigida a la proteína nucleocápsida MERS-CoV con una sensibilidad de 10 3 CCID 50 y especificidad al 100 % [62]. La demostración de una seroconversión a una infección por MERS-CoV cumple con la definición actual de la OMS de un caso tan optimizado y ampliamente validado que los seroensayos empleados junto con buenas historias clínicas son útiles para identificar la infección por MERS-CoV y ayudar a apoyar estudios de transmisión. Debido a que las pruebas serológicas son, por su naturaleza, retrospectivas, es habitual detectar una huella viral, en forma de anticuerpos, en ausencia de signos o síntomas de enfermedad y a menudo en ausencia de ARN viral [63]. Las seroencuestas estratégicas y generalizadas de seres humanos que utilizan muestras recogidas después de 2012 son infrecuentes. Gran parte de la Península Arábiga y todo el Cuerno de África carecen de datos de referencia que describan la proporción de la comunidad que puede haber sido infectada por un MERS-CoV. Sin embargo, las seroencuestas han tenido un uso Debido a la identidad compartida entre DC y el MERS-CoV humano (ver epidemiología molecular: utilizando genomas para entender brotes), los ensayos serológicos para las seroencuestas de DC deben ser transferibles al cribado humano con una reconfiguración mínima. Además, no se ha encontrado ninguna variación diagnóstica relevante en la actividad de neutralización entre una gama de aislados y seras testados de MERS-CoV circulantes, por lo que los seroensayos de virus enteros o específicos basados en proteínas deben funcionar de manera equivalente en la detección de respuestas serológicas al serotipo único de MERS-CoV [49]. El desarrollo de ensayos serológicos robustos requiere paneles confiables de sueros animales o humanos bien caracterizados, incluidos los positivos para anticuerpos específicos del MERS-CoV, así como para fuentes probables de reacción cruzada [64]. La obtención de estos materiales fue problemática y enlenteció el desarrollo y comercialización de ensayos de detección de anticuerpos para ensayos humanos [64]. Se han liberado varios kits comerciales de ELISA, kits de ensayos inmunofluorescentes (IFA), proteínas recombinantes y anticuerpos monoclonales [31, [65] [66] [68]. Inicialmente, se utilizaron IFAs convencionales para seroencuestas humanas. Estos se basaron en el cultivo celular infectado por MERS-CoV como fuente de antígeno, detectando la presencia de anticuerpos humanos anti-MERS-CoV IgG, IgM o neutralizantes en muestras humanas [18, 48, 69]. No se encontró ningún signo de anticuerpos MERS-CoV entre 2.400 sueros de pacientes que visitaron el Hospital de Jeddah, desde 2010 hasta 2012, antes de la descripción de MERS-CoV [18]. Los métodos IFA tampoco detectaron ningún signo de infección previa por MERS-CoV entre una pequeña muestra de 130 donantes de sangre sanos de otro hospital de Jeddah (recogida entre enero y diciembre de 2012) [70]. De 226 trabajadores del matadero, sólo ocho (3,5%) fueron positivos por IFA, y los sueros no pudieron ser confirmados por la prueba de neutralización del virus (NT). El estudio indicó que HCoV-HKU1 era una fuente probable de antígenos de reacción cruzada en todo el virus IFA [70]. El virus completo MERS-CoV IFA también sufrió alguna reactividad cruzada con el SRAS convaleciente sera y esto no pudo resolverse mediante una prueba de NT que también fue reactiva [71]. La IFA utilizando proteínas recombinantes en lugar del virus entero IFA, ha demostrado ser una herramienta más específica [31]. Dado que se han postulado zoonosis asintomáticas [72], la ausencia de anticuerpos contra el MERS-CoV entre algunos humanos que tienen contacto regular y estrecho con camellos puede reflejar la rareza de animales infectados activamente en carnicerías, un riesgo de transmisión limitado asociado con DCs de sacrificio [70], un estado inmune cruzado de protección preexistente o algún otro factor(s) que resulta en un bajo riesgo de enfermedad y seroconversión concurrente que se desarrolla después de la exposición en este grupo. IFA usando proteínas recombinantes en su lugar. Algunos seroensayos han pasado por alto los riesgos de trabajar con virus infecciosos al crear células transfectadas que expresan porciones recombinantes de las proteínas nucleocápsidas y punzantes del MERS-CoV [48, 73], o utilizando un lentivirus recombinante que expresa la proteína de pico del MERS-CoV Un ensayo de pseudoneutralización de partículas (ppNT) ha sido ampliamente utilizado en estudios en animales y fue al menos tan sensible como la prueba tradicional de microneutralización (MNT). [10, 74, [76] [77] [78] ] Los estudios que utilizaron pequeños números de muestra y ppNT no encontraron evidencia de anticuerpos neutralizantes MERS-CoV en sueros de 158 niños con infecciones de LRT entre mayo de 2010 y mayo de 2011, 110 sera de 19 a 52 años de edad donantes de sangre masculina y 300 trabajadores autoidentificados de animales de la Región Jazan de la KSA durante 2012 [79, 80]. Del mismo modo, un estudio de cuatro pastores en contacto con una manada infectada de DC en Al-Ahsa, ocho personas que tenían contacto intermitente con la manada, 30 veterinarios y personal de apoyo que no estaban expuestos a la manada, tres trabajadores de mataderos no protegidos en Al-Ahsa y 146 controles que no estaban expuestos a DC en ningún rol profesional, no encontró ninguna evidencia serológica de infección por MERS-CoV en el pasado utilizando el ensayo ppNT [10]. Un retraso en la respuesta de anticuerpos neutralizantes a la infección por MERS-CoV se asoció con un aumento de la gravedad de la enfermedad en los casos de Corea del Sur con la mayoría de las respuestas detectables en la tercera semana de enfermedad, mientras que otros, aunque la enfermedad era grave, no respondieron durante cuatro o más semanas [81]. Las implicaciones para nuestra capacidad de detectar cualquier respuesta en casos leves o asintomáticos no fueron exploradas, pero Un brote jordano de TRT aguda en un hospital en 2012 se encontró retrospectivamente asociado a la infección por MERS-CoV, utilizando inicialmente RT-rtPCR, pero posteriormente, y en una escala mayor, a través de la positividad por ELISA y la prueba IFA o MNT. [46, 82, 83] Este brote fue anterior al primer caso de MERS en la KSA. La ELISA utilizó una proteína nucleocápsida recombinante del grupo 2 betacoronavirus bat-CoV HKU5 para identificar anticuerpos contra la proteína MERS-CoV reactiva equivalente [71]. Se validó utilizando 545 sera recolectada de personas con HCoV-OC43, HCoV-229E, SARS-CoV, HCoV-NL63, HRV, HMPV o influenza A(H1N1), pero fue supuestamente menos específica que la I También se consideró una herramienta aplicable para el cribado de grandes números de muestra [82]. Un microarray de proteína que expresa la subunidad de proteína S1 ha sido validado y ampliamente utilizado para las pruebas de DC [5, 84]. Detección de infección por MERS-CoV usando microarray de proteína ELISA o S1 [84] suele ser seguido por IFA confirmatoria y/ o una neutralización de reducción de placa (PRNT) [69, 70, 85] o MNT test. [74, 85, 86] Este proceso confirmatorio tiene como objetivo asegurar que los anticuerpos detectados sean capaces de neutralizar específicamente el virus previsto y no sean más ampliamente reactivos a otros coronavirus encontrados en DCs (coV bovina, BCoV) o humanos (HCoV-OC43, HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoV-HKU1, SARS En el estudio más grande de sueros humanos, un proceso de diagnóstico escalonado asignó tanto el SERA positivo recombinante como el SERA ELISA recombinante a la seropositividad 'etapa 1'. Un resultado seropositivo en estadio 2 requirió además un resultado PRNT adecuadamente titulado [87]. El estudio encontró que 15 SERA recolectados en 2012 a 2013 de 10.009 (0,2%) personas en 13 provincias KSA contenían anticuerpos MERS-CoV, pero proporciones significativamente mayores en se produjeron en pastores de camellos (dos de 87; 2,3 %) y trabajadores de mataderos (cinco de 140; 3,6 %) [87]. Se necesitan encuestas contemporáneas. MERS-CoV no parece ser fácilmente transmitido de DCs a los seres humanos, o tal vez es [72], pero generalmente no desencadena una respuesta inmune detectable si sólo se producen enfermedades leves o infecciones asintomáticas. Los ensayos serológicos necesitan una validación adicional en esta área, por lo que es necesario tener cuidado al trasladar algoritmos de serología diagnóstica de reciente desarrollo de un entorno de investigación a uno que informe las decisiones de salud pública, lo que se reforzó cuando un caso falso positivo en EE.UU., supuestamente infectado después de un apretón de manos y dos reuniones cara a cara, no resistió más análisis confirmatorios utilizando un ensayo NT más específico y posteriormente se retractó [88, 89]. La OMS recomienda tomar muestras de la TRL para las pruebas RT-rtPCR del MERS-CoV, especialmente cuando la recolección de muestras se retrasa una semana o más después del inicio de los síntomas. [53] Las muestras de TRL también son mejores para intentar aislar el virus infeccioso, aunque el éxito del cultivo se reduce cuando persiste la enfermedad [49]. Los tipos de muestras recomendados incluyen lavado broncoalveolar (BAL), aspirado traqueal/traqueobronquial, líquido pleural y esputo [53, 90]. Las muestras frescas arrojan mejores resultados diagnósticos que el material refrigerado [69] y si es probable que se produzcan retrasos en las pruebas de ≥72 h, las muestras (excepto sangre) deben congelarse a −70°C [90]. Si se dispone de ellas, también se pueden realizar biopsias pulmonares o tejidos de autopsia [53]. Sin embargo, la TRU es un lugar de muestreo menos invasivo y más conveniente, y se recomienda un hisopo orofaríngeo y de garganta o un aspirado/lavado nasofaríngeo cuando se va a realizar el muestreo de TRU [90]. Los sueros emparejados, recogidos de dos a tres semanas de diferencia son preferibles para las pruebas serológicas, mientras que se sugiere que una muestra única sea suficiente si se recogen dos semanas después de la aparición de la enfermedad o un único suero recogido durante los primeros 10-12 días si se realiza RT-rtPCR [53, 90]. Se ha encontrado que la orina y las heces humanas contienen ARN MERS-CoV 12 a 26 días después de la aparición de los síntomas [25, 69, 91] y se enumeran como muestras que deben considerarse [53, 90]. En dos casos que llegaron a los Países Bajos, la orina fue RT-rtPCR negativa pero las heces fueron débilmente positivas y los sueros fueron RT-rtPCR positivos durante cinco días o más [25]. El hallazgo de ARN viral MERS-CoV en el suero proporciona una vía para estudios retrospectivos basados en PCR La ARNemia también puede correlacionarse con la gravedad de la enfermedad; los signos de virus fueron eliminados del suero de un paciente recuperado, pero se mantuvo hasta la muerte de otro [92]. Los casos de sospecha clínica de MERS pueden devolver resultados negativos por RT-rtPCR. Los datos han demostrado que una o más muestras de URT negativas pueden ser contradichas mediante un muestreo adicional de URT o el uso de muestras de LRT, lo que se prefiere [2, 43, 93]. En la LRT se producen cargas virales más altas que en la URT. [22, 69, 88, 94] Esto concuerda con la observación de que la mayoría de los síntomas de la enfermedad se reportan como enfermedad sistémica y LRT [21]. Sin embargo, en ocasiones incluso los especímenes de LRT de los casos de MERS pueden ser inicialmente negativos, sólo para más tarde ser positivos por RT-PCR [95 Esto puede deberse a una mala toma de muestras cuando la tos está ausente o no es productiva o porque la carga viral es baja [95]. A pesar de esto, tanto los mayores estudios de MERS-CoV humanos [32, [96] [97] [98] y los más pequeños [22, 25, 99], utilizan muestras de la URT. Cabe destacar que un estudio reportó una asociación entre cargas más altas en la URT y peores resultados clínicos incluyendo cuidados intensivos y muerte [94]. Al escribir, no existen datos humanos para definir si el virus se replica única o preferentemente en la LRT o URT, o réplicas en otros tejidos humanos in vivo, aunque el ARN MERS-CoV se ha detectado tanto de la URT como de la LRT en un modelo de mono macaco [100].La distribución de DPP4 en las vías respiratorias superiores humanas tampoco está bien descrita. Los estudios individuales de casos humanos reportan largos periodos de eliminación viral, a veces intermitentes y no necesariamente relacionados con la presencia de síntomas de la enfermedad. [25, 69, 99, 101] En un caso, un HCW arroja ARN viral durante 42 días en ausencia de enfermedad [99]. Es un área de alta prioridad para entender mejor si estos casos son capaces de infectar a otros. Más de tres cuartas partes de los casos de MERS arrojan ARN viral en sus muestras de TL (aspirados traqueales y esputo) durante al menos 30 días, mientras que sólo el 30 % de los contactos seguían arrojando ARN en sus muestras de TRU [91, 102]. En el único estudio para examinar el efecto del tipo de muestra en el análisis molecular, se examinaron 64 aspirados nasofaríngeos (ANP; una muestra de TRU), 30 aspirados traqueales, 13 Los aspirados traqueales y el BAL devolvieron los valores de carga viral más altos seguidos por el NPA y el esputo. Como era de esperar, las cargas virales más altas generalmente coincidían con la secuenciación del genoma completo y el éxito del cultivo y, en las pruebas del NPA, estaban significativamente correlacionadas con enfermedades graves y muerte [49, 94, 103]. Este estudio demostró la importancia del muestreo de LRT para la secuenciación del genoma completo. Cuando se probó, las muestras positivas para el MERS-CoV a menudo son negativas para otros patógenos [25, 93, 104]. Sin embargo, muchos estudios no mencionan pruebas adicionales para virus respiratorios humanos endémicos [21, 23, 73, 105]. Cuando se buscan virus, se han incluido el herpesvirus humano (VHH), los rinovirus (VHR), los enterovirus (VVV), el virus sincitial respiratorio (VRS), el virus parainfluenzavirus tipos 1, 2 y 3 (VIP), los virus de la gripe (VFI), los HCoV endémicos, los adenovirus (VCD) metapneumovirus (VPM) y el virus influenza A\H1N1; en ocasiones se han encontrado codetecciones con MERS-CoV [2, 22, 37, 69, 97]. A veces se incluyen pruebas bacterianas (por ejemplo, para Legionella y Pnemocococcus), pero el impacto de la copresencia bacteriana tampoco está claro [22, [104] [105] [106]. Otras pruebas de la muestra de TRL del primer caso del MERS utilizaron IFA para detectar algunos virus (negativos para IFV, PIV, RSV y AdVs) y RT-PCR para otros (negativos para AdV, EV, MPV y HHVs) [18]. RT-PCR también detectó MERS-CoV. La OMS recomienda encarecidamente pruebas para otros patógenos respiratorios [53] pero con esta recomendación a menudo descontada, hay datos limitados para abordar la ocurrencia y el impacto de coinfecciones o diagnósticos virales alternativos entre ambos casos del MERS y sus contactos. Poco se sabe de otras causas de neumonía similar al MERS en el KSA o de la carga general de enfermedad debido a los virus respiratorios clásicos conocidos. Pruebas de peregrinos adultos que realizan el Hajj en 2012 a 2014 no ha detectado ningún MERS-CoV. En 2012, se realizaron pruebas de hisopos nasales de 154 peregrinos recogidos antes de partir hacia el KSA o partir de él [47]. En 2013, las pruebas se ampliaron significativamente con 5.235 hisopos nasofaríngeos de 3.210 peregrinos entrantes y 2.025 hisopos de peregrinos salientes probados [98]. Cabe señalar que la mayoría de los peregrinos llegaron de países libres de MERS. Se tomaron otros 114 hisopos de peregrinos con enfermedad similar a la gripe [96, 107]. En reuniones anteriores del Hajj, se descubrió que los virus de la gripe circulaban ampliamente, mientras que otros virus, a menudo rinovirus, circulaban de manera más selectiva, interpretando que indicaban su importación junto con peregrinos extranjeros [107] [108] [108] Con el tiempo, el aumento de la vacunación contra la gripe se ha acreditado como una disminución de la prevalencia de enfermedades similares a la gripe entre los peregrinos [110] A menudo no se recoge una muestra de TRL para estos estudios [98, 107, 109], por lo que los hallazgos negativos falsos son una posibilidad, aunque poco se sabe sobre el sitio inicial de infección y replicación del MERS-CoV; se puede haber supuesto que fue la TRL porque la enfermedad se notó por primera vez allí, pero la TRL puede ser el lugar de la replicación más temprana. En Jeddah entre marzo y julio de 2014 (en adelante, el brote de Jeddah-2014; Fig. 3 ), hubo un rápido aumento en los casos del MERS, acompañado de un intenso cribado; aproximadamente 5.000 muestras de dentro y alrededor de la región se probaron en un mes, produciendo alrededor de 140 detecciones del MERS-CoV (prevalencia ~3 %) [111]. Entre los 5.065 individuos muestreados y analizados en la KSA entre octubre de 2012 y septiembre de 2013, se realizaron 108 (2,1%) detecciones en una población hospital-céntrica que incluyeron casos hospitalizados (n = 2.908; 57,4 %), sus familias (n = 462; 9,1 %) y HCW asociados (n = 1.695; 33,5 %) [32]. Entre las detecciones, 19 (17,8 %) eran HCW y 10 (9,3 %) eran contactos familiares [32]. La prevalencia del 2-3 % de infecciones activas por MERS-CoV no es diferente a la prevalencia hospitalaria de otras COV humanas. [112] Sin embargo, la proporción de muertes entre los infectados por MERS-CoV es mucho mayor que la conocida por los HCoV NL63, HKU1, 229E u OC43 en otros países, e incluso superior a la de SRAS-CoV; no es un virus que pueda razonablemente ser descrito como una "tormenta en una taza de té". Es la baja tasa de transmisión que ha evitado la propagación mundial, a pesar de muchas "oportunidades". Muy temprano en el brote de MERS, algunos animales fueron altamente considerados como el reservorio o huésped(s) intermedio(s) de MERS-CoV con tres de los cinco primeros casos que tuvieron contacto con DCs [73, 113, 114]. Hoy en día, las infecciones por MERS-CoV animales deben ser reportadas a la organización mundial para la salud animal como una enfermedad emergente [115]. Un resumen de los primeros casos de MERS reportados por la OMS definió el contacto animal con humanos como directo y dentro de los 10 días previos al inicio de los síntomas [20]. Esta definición no permitió específicamente la adquisición de DCs a través de una vía basada en gotitas, que es muy probable que sea la vía de adquisición de un virus que inicialmente y predominantemente causa enfermedad respiratoria [23]. Se sabe que los camellos producen altos niveles de ARN MERS-CoV en su URT y pulmones [116]. Proporcionando apoyo para una vía de transmisión de gotitas y tal vez indicando la presencia de ARN en núcleos más pequeños y secos de gotitas, se identificó ARN MERS-CoV en una muestra de aire de alto volumen recogida de un granero que alberga un DC infectado [117]. La fuente precisa de la que los humanos adquieren MERS-CoV sigue siendo poco estudiada pero parece probable Estos factores pueden resultar importantes para los casos humanos que no describen ningún contacto DC [119] ni ningún contacto con un caso confirmado. Si la definición de contacto con animales de la OMS es suficiente para identificar la exposición a este virus respiratorio no está clara. La formulación se centra en el consumo de productos DC, pero no atribuye específicamente el riesgo a una vía de gotitas para la adquisición de MERS-CoV desde DC [120]. Algunos pacientes MERS se enumeran en los avisos de enfermedad de la OMS como próximos a los DCs o granjas, pero los individuos no han descrito entrar en contacto con los animales. No se reporta ninguna vía alternativa para adquirir infección en muchos de estos casos. Lo que constituye una definición de "contacto" durante estas entrevistas se ha definido para un estudio [72]. A pesar de esta falta de claridad, la OMS considera que la evidencia que vincula la transmisión de MERS-CoV entre DCs a humanos es irrefu La posibilidad de que los murciélagos fueran un huésped animal de MERS-CoV fue ampliamente discutida inicialmente debido a la diversidad existente de coronavirus conocidos por residir entre ellos [121] [122] [123]. Evidencia concluyente que apoya a los murciélagos como fuente de infecciones humanas por MERS-CoV todavía no se ha encontrado, pero los murciélagos parecen albergar a los representantes ancestrales [53, 125]. Sin embargo, estas no son variantes del mismo virus ni siempre dentro del mismo linaje filogenético que MERS-CoV; cada uno son un virus genéticamente distinto. La infección de murciélago a humano por MERS-CoV es un evento puramente especulativo. La única pieza de evidencia específica del MERS-CoV que apunta a los murciélagos se origina en la amplificación de un fragmento de 190 nt del gen ARN dependiente de la polimerasa del genoma del MERS-CoV, identificado en un pellet fecal de un murciélago insectívoro Emballonuridae, Taphozous perforatus encontrado en Bisha, el KSA [121]. Aunque muy corta, la secuencia del fragmento lo definió como un descubrimiento diagnóstico. Posteriormente se informó de un enlace a los DC [85] y ese enlace ha madurado en una asociación verificada [38, 126] (Fig. 4). (Véase la figura en la página anterior.) Fig. 3 Detecciones mensuales de MERS-CoV (barras azules) y de casos que murieron (barras rojas) con algunas fechas de interés marcadas para 2012 al 4 de septiembre de 2015. Se indica una aproximación de cuando la estación de parto DC [128] y cuando los DC recién nacidos son destetados. La primavera (verde) y el verano (naranja) en la Península Arábiga también están sombreados. Tenga en cuenta la escala del eje y de la izquierda para 2014 y 2015 que es mayor que para 2012/13. Fuentes de estos datos públicos incluyen la OMS, Ministerios de Salud y FluTrackers [207] [209] [209]. Versiones anteriores y posteriores de este gráfico se mantienen en un blog personal [210]. Modificado y reimpreso de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio de Oriente Medio: Una infección por coronavirus emergente rastreada por la multitud. Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con permiso de Elsevier [5] Los DCs, que constituyen el 95 % de todos los camellos, tienen una presencia central en la El contacto puede ser común y puede ocurrir de diversas maneras (Fig. 4a). Hay varios grandes festivales, razas, ventas y desfiles bien atendidos que cuentan con DCs y DCs también son mantenidos y criados cerca de áreas pobladas en el KSA [127, 128]. La leche y la carne DC son ampliamente consumidas y el DC más viejo es un animal de importancia ritual después de la peregrinación del Hajj [129]. Sin embargo, la frecuencia de infección del MERS-CoV es mucho menor que el hábito generalizado y frecuente de comer, beber y preparar productos DC. La ingestión diaria de leche DC fresca no pasteurizada es común entre los beduinos del desierto y muchos otros en el KSA. La orina DC también se consume o se utiliza para supuestos beneficios para la salud. A pesar de que la carnicería de camellos es una ocupación local, ni los carniceros ni otros grupos en riesgo son identificables entre los casos de MERS; esto puede ser simplemente un problema de información en lugar de una ausencia inexplicable de MERS. Un pequeño estudio de casos y controles publicado en 2015 identificó el contacto directo con la DC, y no la ingestión de productos, para estar asociado con la aparición de MERS [38]. La primera investigación sero-encuesta de ganado que vive en la región de Oriente Medio se llevó a cabo durante 2012-2013 [85]. Los DCs fueron muestreados a partir de una manada de canarios nacidos principalmente y de DCs omaníes (originalmente importados del Cuerno de África) [85]. b Las infecciones de camello a humano parecen ser poco frecuentes, mientras que la propagación de la infección de ser humano a ser humano se ve facilitada regularmente por una CIP deficiente en los entornos de salud donde se amplifica la transmisión, lo que explica la mayor parte de los casos. Hay casos de MERS humanos que no entran en ninguna de las categorías de origen y no está claro si estas infecciones adquiridas a través de alguna vía totalmente separada, o de casos que escaparon al diagnóstico. c Las formas hipotéticas en las que la subclínica (cuando la infección puede no alcanzar un umbral clínico previamente definido de signos y/o síntomas) o asintomáticas (sin signos obvios ni medidos, observados o recordados de enfermedad) la infección por MERS-CoV puede estar implicada en la transmisión DC sera podría neutralizar MERS-CoV mientras que todas las seras DC de Omán tenían niveles elevados de anticuerpos neutralizantes específicos de MERS- Desde este estudio, una serie de informes revisados por pares han analizado tanto a los DCs como a otros animales, y la posibilidad de que puedan albergar la infección por MERS-CoV. Se han encontrado DCs seropositivos en toda la Península Arábiga, incluyendo Omán, la KSA, Qatar, Jordania, los Emiratos Árabes Unidos (EAU), Kuwait así como Sudán, Somalia, Egipto, Túnez, Nigeria, Kenia y Etiopía en África y las Islas Canarias [85, [130] [133] [133] [134]. Otros animales probados incluyen ovejas, vacas, cerdos, caballos, burros, mulas, aves, búfalos acuáticos, cabras, camellos bactrianos, llamas y guanacos (camélidos suramericanos) pero ninguno tenía anticuerpos neutralizantes detectables contra MERS-CoV [4, 74, 78, 85, 86, 135, 136]. No se han notificado hasta la fecha estudios de virología o serología de muestras humanas procedentes de zonas de África donde hay camellos con antecedentes de MERS-CoV. Sin embargo, la ausencia de neumonía inexplicable que pueda atribuirse a la infección por MERS-CoV puede no indicar la ausencia de virus entre los seres humanos en cada país, sino simplemente reflejar la falta de costosos estudios de epidemiología realizados por países pobres en recursos. Por lo tanto, no está claro si el MERS-CoV, o una CoV relacionada con antígenos, es un patógeno no reconocido en estas regiones, quizás circulando durante más tiempo del que se ha conocido en la Península Arábiga [133]. El ARN del MERS-CoV también se ha detectado en muestras de DC, y también se ha logrado la recuperación del virus infeccioso a partir de muestras de DC [4, 77, 117, 132, [137] [139] De algunos de ellos, se han secuenciado genomas completos o mayoritarios de MERS-CoV [77, 137, 138]. Las versiones DC de MERS-CoV fueron tan similares entre sí, como las variantes detectadas de diferentes seres humanos a lo largo del tiempo y a lo largo de la distancia. Los ensayos de detección de anticuerpos anticuerpos también han detectado anticuerpos cruzados en sera. Estos se identificaron como tales mediante la detección de sera contra virus similares, por ejemplo BCoV o HCoV-OC43 (como facsímil antigénico para BCoV). Es posible que otros virus similares a MERS-CoV también residan dentro de los DCs, pero esto no menoscaba el hallazgo definitivo de secuencias genéticas de MERS-CoV tanto en DCs como en humanos [117, 142, 143]. Los estudios de detección han demostrado que los DC juveniles son más a menudo positivos para el virus o el ARN viral, mientras que los DC mayores son más propensos a ser seropositivos y ARN o virus negativos [76, 77, 144]. En los DC adultos, se ha detectado ARN MERS-CoV entre animales con anticuerpos preexistentes, lo que sugiere que es posible la reinfección [77, 144]. Las cargas virales entre DC positivos pueden ser muy altas [4, 76, 77, 139, 144] y DCs se han encontrado positivos tanto cuando están enfermos con signos respiratorios de TRU [77, 117, 142, 145] o cuando aparentemente sanos [137]. Estos hallazgos indican que los DCs hospedan infecciones naturales MERS-CoV. Además, los sera DC almacenados han revelado signos de MERS-CoV en DCs que datan de hace más de tres décadas (los más tempranos Los sera más viejos no han sido probados y, por lo tanto, cuánto tiempo los DC han sido afectados por MERS-CoV, si el virus es enzoótico entre ellos, introducidos hace décadas o siglos de murciélagos en África o la Península Arábiga, o son objeto de incursiones virales regulares pero de corta duración de un huésped aún desconocido, no pueden ser respondidos. Los investigadores buscaron determinar una dirección para la infección; estaban los DC transmitiendo virus a los seres humanos o estaban los humanos infectando DC? En un sitio de Qatar, un propietario de una granja y su empleado se enfermaron a mediados de octubre de 2013 y dieron positivo para el ARN MERS-CoV en una muestra de esputo y hisopos de garganta, respectivamente. RT-rtPCRs encontró MERS-CoV ARN en 11 de 14 hisobas nasales de DC positivas en la granja; seis (43 %) positivos Los resultados indicaron que se había producido un brote reciente en este rebaño; la primera indicación de ARN MERS-CoV encontrado en DCs con una asociación temporal a infecciones humanas; tres muestras de DC positivas fueron confirmadas por secuenciación de una porción de 358 nt del gen de la espiga; estas secuencias eran idénticas unas a otras, de nuevo con homología cercana a otras secuencias humanas y DC MERS-CoV [138]. Los DCs y contactos humanos produjeron secuencias ORF1a y ORF4b que diferían por un solo nucleótido cada una, agrupando estrechamente con la variante Hafr-Al-Batin_1_2013 [138]. Estudios de casos posteriores encontraron evidencia de una infección humana y DC concurrente y la dirección de esa infección fue inferida a partir de los DCs enfermos y a sus propietarios humanos [117, 142, 146]. Las secuencias del genoma parcial indicaron que un humano y un DC positivo de la RT-RTPCR del MERS-CoV habían sido infectados por una variante del mismo virus, albergando el mismo patrón distinto de polimorfismos de nucleótidos. [142] Todos los nueve DC en la manada del propietario, muestreados en serie, reaccionaron en un antígeno S1 recombinante ELISA, con los dos animales que habían sido positivos de la RT-rtPCR mostrando un pequeño aumento verificable del título de anticuerpos [142]. Un aumento del título teóricamente comienza 10 a 21 días después de la infección de la DC [142]. Los autores sugirieron que el aumento del título en la suera de la DC que ocurrió junto con una disminución de la carga de ARN, mientras que el paciente estaba activamente enfermo y hospitalizado, indicó que los DC fueron infectados primero seguidos por el propietario [117, 142]. Los anticuerpos BCoV también estuvieron presentes, y aumentaron en uno de los dos animales positivos RT-rtPCR, pero ninguno de ellos pudo neutralizar la infección BCoV [142]. La temporada de parto en camellos se produce en los meses de invierno (entre finales de octubre y finales de febrero; Fig. 3 ) y este puede ser un momento en el que existe un mayor riesgo para los seres humanos de derrames debido a nuevas infecciones entre las poblaciones de DC ingenuas [128]. ¿Qué papel podría desempeñar el anticuerpo de camello materna en el retraso de la infección de terneros sigue siendo desconocido [128, 142]. Los DC juveniles parecen tener una infección activa con más frecuencia que los DC adultos y, por lo tanto, el sacrificio de los DC, que debe ser de cinco años de edad o más (llamados a thane), puede no ir acompañado de un riesgo significativo de exposición a la infección. A diferencia de los resultados anteriores, los trabajadores de los mataderos que matan tanto a los DC más jóvenes como a los más viejos, pueden ser un grupo ocupacional con una incidencia significativamente mayor de seropositividad a la MERS-CoV cuando los animales tienen infecciones activas por MERS-CoV [129, 139, [147] [148] [149]. Las investigaciones virológicas ampliadas de los DC africanos pueden dar lugar a animales más seropositivos y zonas geográficas en las que los seres humanos pueden estar en riesgo. Es posible que haya zonas en las que los seres humanos ya albergan infecciones por MERS-CoV que no se han identificado debido a la ausencia de vigilancia de laboratorio. Las investigaciones virológicas de los murciélagos pueden dar lugar a hallazgos de virus ancestrales y "eslabones de pérdida viral" e identificar cualquier otra fuente animal de propagación zoonótica es importante para informar opciones para reducir la exposición humana [56, El MERS-CoV infeccioso añadido a la leche de CC, cabra o vaca y almacenado a 4 °C podría recuperarse al menos 72 h más tarde y, si se almacena a 22 °C, la recuperación fue posible hasta 48 h [150]. El título de MERS-CoV disminuyó un poco cuando se recuperó de la leche a 22 °C, pero la pasteurización completamente ablada Infectividad MERS-CoV [150]. En un estudio posterior, se identificó ARN MERS-CoV en la leche, secreción nasal y heces de DCs de Qatar [151]. Un estudio único ha examinado la capacidad de MERS-CoV para sobrevivir en el medio ambiente [150]. Las superficies plásticas o de acero fueron inoculadas con 10 6 TCID 50 de MERS-CoV a diferente temperatura y humedad relativa (RH) y se A alta temperatura ambiente (30°C) y a baja RH (30 %) MERS-CoV permaneció viable durante 24 h [150]. En comparación, un virus respiratorio bien conocido y eficientemente transmitido, el virus influenza A, no pudo recuperarse en cultivo más allá de cuatro horas bajo ninguna condición [150]. Los experimentos de Aerosol encontraron que la viabilidad del MERS-CoV sólo disminuyó un 7 % a baja RH a 20°C. En comparación, el virus influenza A disminuyó un 95 % [150]. La supervivencia del MERS-CoV es inferior a la demostrada previamente para el SARS-CoV [152]. En el contexto, las bacterias patógenas pueden permanecer viables y en el aire durante 45 minutos en un aerosol tosido y pueden propagarse 4 m. La capacidad de MERS-CoV para permanecer viable durante largos períodos de tiempo le da la capacidad de contaminar completamente las superficies de Se desconoce si el MERS-CoV puede permanecer a la deriva e infeccioso durante períodos prolongados (verdaderamente aerotransportado) y si estos hallazgos amplían nuestra comprensión de las posibilidades de que las gotitas transmitan virus respiratorios en muchos entornos, incluyendo salas de espera hospitalarias, departamentos de emergencia, salas de tratamiento, instalaciones de cuidados intensivos abiertos y salas privadas de pacientes. La naturaleza y calidad del intercambio de aire, circulación y filtración son variables importantes en la medición y reducción del riesgo, así como el uso de salas de presión negativa para contener casos conocidos. Se considera que la propagación de la gota entre humanos es el mecanismo de transmisión humana a humana y se hizo hincapié en la necesidad de precauciones de las gotas después del hospital Al-Ahsa, la KSA y los brotes de Corea del Sur [21, 23, 154, 155]. La provisión de pruebas que apoyen la mejor formulación de equipos de protección personal para ser usados por los HCW que reciben, manejan o realizan procedimientos en casos infecciosos sigue siendo una prioridad. MERS-CoV fue encontrado y caracterizado por su aparente asociación con enfermedades graves, y por lo tanto más obvias, en humanos; éramos canarios en la mina de carbón. Seroensayos y estudios prospectivos de cohortes todavía no han determinado hasta qué punto los casos más leves o asintomáticos contribuyen a las cadenas de transmisión de MERS-CoV. Sin embargo, la transmisión de MERS-CoV se define como esporádica (no sostenida), intrafamiliar, a menudo asociada a la atención médica, ineficiente y que requiere contacto cercano y prolongado [22, 31, 63, 93, 97, 102, 156] En un estudio doméstico, 14 de 280 (5 %) contactos de 26 pacientes con índice positivo de MERS-CoV eran ARN o anticuerpos positivos; la tasa de transmisión general, incluso en brotes es de alrededor del 3 % [31]. Parece que la mayoría de los casos humanos de MERS-CoV, incluso cuando los números parecen aumentar repentinamente, no transmiten fácilmente a más de otro humano hasta la fecha, la epidemia localizada de MERS-CoV no ha sido autosostenible [157] [159] [160] [161]. Es decir, el número básico de reproducción (R 0 ) -el número medio de infecciones causadas por un individuo infectado en una población totalmente susceptible ha estado cerca de uno en varios grupos y brotes. Si R 0 era mayor que 1, se esperaría un aumento sostenido en el número de casos. Algunos cálculos de R o pueden verse afectados por el rastreo incompleto de los contactos de casos, pruebas comunitarias limitadas y cómo se define un caso. El MERS ha tenido una presencia constante en la Península Arábiga desde 2012 se debe a los eventos de derrames esporádicos en curso de DCs amplificados por brotes hospitalarios mal controlados. En marcado contraste, una seroencuesta de HCW que a veces estaba en contacto cercano y prolongado con el primer caso fatal de MERS-CoV en 2012 [162], encontró que ninguno de los HCW se había seroconvertido cuatro meses más tarde, a pesar de la ausencia de protección ocular y el cumplimiento variable de los estándares requeridos de EPP [162]. Al principio de la historia del MERS, las muestras para la prueba fueron recolectadas principalmente de pacientes con enfermedad grave y no de aquellos con infecciones respiratorias agudas más leves. Los contactos de los casos confirmados de MERS fueron a menudo observados para enfermedad clínica, pero no probados. Estas omisiones pueden haber confundido nuestra comprensión de la transmisión del MERS-CoV y sesginar los datos tempranos hacia un mayor número de pacientes gravemente enfermos y hospitalizados, inflando la aparente proporción de casos mortales. A medida que cambiaban los paradigmas de las pruebas y se hacían cada vez más pruebas de los contactos, se reconocían infecciones más asintomáticas y leves [163]. Un aumento en los casos llamados asintomáticos (que amplían el denominador para los cálculos de la proporción de casos mortales, definida en [164] ) dio lugar a una disminución en la proporción de casos mortales durante el brote de Yeddah-2014. Históricamente, tales aumentos son consistentes con la modificación de las definiciones y respuestas de laboratorio y el manejo clínico de una infección por virus recién descubierta que se observó por primera vez sólo entre los enfermos graves. Tras el seguimiento, más de tres cuartas partes de esas personas positivas del ARN del MERS-CoV recordaron haber tenido uno o más síntomas en ese momento, a pesar de que se notificó como asintomática [165], planteando alguna pregunta sobre la fiabilidad de otros datos Aproximadamente el 43 % de los casos MERS (549 de 1277) en la KSA fueron mortales entre 2012 y diciembre de 2015, mientras que el 21 % (72 de 330) fallecieron entre los que se produjeron fuera de la KSA. El número total de casos masculinos siempre supera en número a las mujeres y la proporción de muertes masculinas es siempre mayor que la proporción de mujeres que mueren. Sin embargo, la proporción de muertes masculinas de varones totales con MERS es similar a la de las mujeres. En la KSA, hay una mayor proporción de varones más jóvenes entre los casos y muertes que se observaron en los brotes de Corea del Sur o Jeddah-2014 de 2015 (Fichero adicional 2: Figura S2 ). Por qué estos aspectos han diferido pueden deberse a diferencias en el tiempo de presentación y diagnóstico, la naturaleza y calidad de la atención de apoyo, la forma en que una persona se contagió (habita, exposición a una fuente humana o zoonótica, carga viral, vía de infección) o la medida en que las diferentes poblaciones se ven afectadas por enfermedades subyacentes [40]. Como grupo, los HCW representaron el 16 % de los casos de MERS en la KSA y Corea del Sur. Es evidente que la proporción semanal de HCW infectados aumenta junto con cada fuerte aumento en las detecciones generales (Fig. 5). En mayo de 2013, la OMS publicó directrices para IPC durante el cuidado de casos probables o confirmados de infección por MERS-CoV en un entorno sanitario [166]. Estos aumentos en las detecciones de MERS-CoV pueden disminuir la edad media durante cada evento debido a que los HCW son generalmente más jóvenes que los pacientes internados con MERS. Las instalaciones sanitarias han sido un objetivo regular de mejoras sugeridas para mejorar los procedimientos de prevención y control de infecciones (IPC) [115, 118]. La mayor parte del análisis de la genética MERS-CoV se ha realizado utilizando métodos de secuenciación de alto rendimiento o "profundo" para la deducción completa del genoma [167] [168] [169]. MERS-CoV fue el primer sujeto de un uso tan extendido de secuenciación profunda para estudiar un brote viral emergente con alcance global. La técnica puede producir genómica [207] [209]. Las versiones anteriores y posteriores de esta tabla se mantienen en un blog personal [210] cobertura de longitud en un solo experimento con medición altamente repetitiva de cada posición de nucle A pesar de los ensayos publicados al principio, la secuenciación subgenómica, una vez el pilar de los estudios de brotes virales, se ha publicado con menos frecuencia durante la caracterización de MERS-CoV [48]. A medida que se han caracterizado más genomas tanto de humanos como de DC, se han hecho evidentes dos clados; A y B (Fig. 6). Clade A contiene sólo genomas de MERS-CoV derivados del hombre de Jordania, mientras que Clade B comprende la mayoría de genomas humanos y de camellos deducidos hasta ahora [168]. Dos estudios durante 2015, uno mirando a variantes de Jeddah-2014 MERS-CoV y otro mirando a una variante exportada de Corea del Sur a China, ahora han identificado signos de recombinación genética entre variantes de MERS-CoV. Si bien las secuencias del genoma humano y del genoma entero de camello han conservado una identidad de >99 % entre sí, los miembros de linajes genéticamente distintos pueden intercambiar material genético y lo hacen cuando co-ocurren condiciones adecuadas y co-fecciones [170] [171] [172]. La identidad compartida implica que la principal fuente de adquisición humana es el DC, en lugar de otro animal, aunque se necesitan más pruebas de otras especies animales para confirmar esa conclusión. Durante un mes, un virus de DC secuenciado en diferentes ocasiones no cambió en absoluto indicando un grado de estabilidad genómica en su huésped, apoyando que los DC son el anfitrión natural, en lugar de intermedio, del MERS-CoV que conocemos hoy [77]. Hasta la fecha, la recombinación se ha localizado en puntos de ruptura cerca del límite entre las regiones ORF1a y ORF1b, dentro del gen de pico [170] No es inesperado que la recombinación se produzca ya que es bien conocida entre otras CoVs [124] y porque la mayoría de los genomas enteros del MERS-CoV recogidos a partir de muestras de tres años (2012-2015) y de seres humanos, camellos y diferentes países han mostrado una identidad genética cercana entre sí, con una variación sutil suficiente para apoyar investigaciones de brotes mientras se aplique la secuenciación del genoma completo [52, 77, 135, 138, 168, [173] [174] [175]. Los cambios en la secuencia del genoma pueden anunciar alteraciones en la transmisibilidad del virus, replicación, persistencia, letalidad o respuesta a medicamentos futuros. Si tenemos conocimiento previo del impacto de los cambios genéticos debido a estudios de caracterización exhaustivos, podemos establecer una estrecha relación genética entre las secuencias de nucleótidos del MERS-CoV (cargado desde GenBank utilizando los números de adhesión enumerados y Este árbol de unión vecino fue creado en MEGA v6 utilizando una alineación de las secuencias humanas y DCderivadas de MERS-CoV (Genious v8.1 [211] ). Clades se indican junto a barras verticales azules oscuras (Clade A) o pálidos (Clade B). Los iconos de camello denotan genomas de DC. Los brotes sanitarios o comunitarios se encajonan y etiquetan utilizando esquemas previamente descritos [212, 213] monitorean las regiones genómicas y entienden mejor cualquier cambio en la transmisión o patrones de enfermedad a medida que ocurren. Las mutaciones genéticas observadas durante el mayor de los brotes humanos, Jeddah-2014, no impartieron ningún cambio importante replicativo o inmunomodulador cuando se comparan con las variantes virales anteriores in vitro [156, 176]. Sin embargo, entendemos muy poco de los resultados fenotípicos que resultan del cambio genético sutil en Hasta la fecha no se ha informado de ninguna relevancia clínica ni de cambios in vivo evidentes en la replicación, eliminación o transmisión vírica, o se ha atribuido a mutaciones o a nuevos virus recombinantes [156]. Pero se necesitan vigilancia y estudios más grandes, contemporáneos e in vivo. La secuencia genomática localizada a un clado distinto se identificó a partir de un DC egipcio que probablemente fue importado de Sudán. Esto no encaja en ninguno de los clados actuales [125, 168, 177]. Un virus secuenciado a partir de un murciélago Neoromicia capensis estaba más estrechamente relacionado con el MERS-CoV que otras grandes secuencias derivadas de murciélagos habían estado hasta ese punto, pero el genoma de una variante de un MERS-CoV aún no se ha descubierto y deducido de cualquier murciélago [125]. Los análisis de genomas del MERS-CoV han demostrado que la mayoría de las diferencias nucleó 2), que codifica la proteína de pico y proteínas accesorias [168]. Al menos nueve genomas del MERS-CoV contenían sustituciones de aminoácidos en el dominio de unión a los receptores (RBD) de la proteína de pico y los codones 158 (región N-terminal), 460 (RBD), 1020 (en la repetición de heptad 1), 1202 y 1208 investigación de osos como marcadores de cambio adaptativo [140, 169]. La proteína de pico no había cambiado en el genoma recombinante del MERS-CoV identificado en China en 2015, pero se informó que había variado a un ritmo superior al de genomas completos del MERS-CoV, entre variantes surcoreanas [172, 178]. Esto destaca que las regiones subgenómicas pueden no siempre contener suficiente diversidad genética para ser útiles para diferenciar variantes virales. A pesar de esto, un ensayo que amplificaba un fragmento de nucleótido 615 del gen de dominio S2 de pico para la secuenciación de Sanger coincidió con los resultados generados por la secuenciación de algunos genomas completos y fue útil para definir grupos de secuencias adicionales [177]. La secuencia genómica también se puede utilizar para definir los límites geográficos de un cúmulo o brote y monitorear su progreso, basado en la similitud de las variantes encontradas entre humanos y animales infectados cuando ocurren juntos, o entre diferentes sitios y tiempos (Fig. 6 ) [169]. Este enfoque se utilizó al definir el brote de hospital MERS con limitaciones geográficas en Al-Ahsa, que ocurrió entre el 1 de abril y el 23 de mayo de 2013, así como los cúmulos en Buraidah y un brote comunitario en Hafr Al-Batin, el KSA. La secuenciación genómica identificó que aproximadamente 12 detecciones de MERS-CoV de un brote comunitario en Hafr Al-Batin entre junio y agosto de 2013 pudieron haber sido desencadenadas por un caso índice que se infectó a través del contacto DC [175]. La secuenciación de genomas de MERS-CoV del brote hospitalario de Al-Ahsa de 2013 indicó que múltiples variantes virales contribuyeron a los casos, pero que la mayoría fueron lo suficientemente similares entre sí como para ser consistentes con la transmisión humano-humana. La epidemiología molecular ha revelado enlaces ocultos en cadenas de transmisión que abarcan un período de hasta cinco meses [179]. Sin embargo, la mayoría de los brotes no han continuado durante más de dos a tres meses y por lo tanto las oportunidades para que el virus se adapte más a los seres humanos a través de la coinfección y el tránsito en serie sostenido han sido raras [169]. En Riad-2014, la evidencia genética apoyaba la probabilidad de múltiples introducciones externas de virus, implicando una gama de instalaciones de salud en un caso que de otro modo parecía contiguo [23, 168, 179]. Riad es un nexo para el viaje de camellos y humanos y ha tenido más casos MERS que cualquier otra región de la KSA hasta la fecha, pero también alberga una amplia gama de variantes MERS-CoV [128, 167, 179]. Sin embargo, el brote surcoreano se originó de una sola persona infectada, resultando en tres a cuatro generaciones de casos [180, 181]. Estudios de esta variante viral aparentemente recombinante no encontraron un aumento de la tasa evolutiva y ningún signo de adaptación al virus, por lo que el brote parece haber sido impulsado por circunstancias más que por circunstancias junto con mutación [181]. Para muchos casos MERS detectados fuera de la Península Arábiga, se El rastreo de contacto es esencial para contener la aparición y transmisión de un nuevo virus y hoy en día está apoyado por la epidemiología molecular. Aunque es un proceso costoso y que consume tiempo, el rastreo de contacto puede identificar posibles nuevas infecciones y, a través del monitoreo activo o pasivo, reaccionar más rápidamente si la enfermedad se desarrolla. Los resultados del rastreo de contacto hasta la fecha han encontrado que la transmisión continua entre los seres humanos es un evento poco frecuente. Por ejemplo, hubo 83 contactos, tanto sintomáticos como asintomáticos, de un caso tratado en Alemania que viajó desde los Emiratos Árabes Unidos pero no se encontraron signos de virus o anticuerpos en ninguno de ellos [73]. En un estudio de 123 contactos de un caso tratado en Francia, sólo siete coincidieron con la definición de un posible caso y fueron probados; uno que había compartido una habitación hospitalaria de 20 m2 mientras que en una cama a 1,5 m de distancia del caso índice durante un período prolongado fue positivo [26]. Ninguno de los contactos de los dos primeros casos MERS importados a los EE.UU. en 2014 contenía ninguna huella MERS-CoV [182] y ninguno de los 131 contactos de dos viajeros que regresaron a los Países Bajos desarrolló anticuerpos MERS-CoV o testó ARN positivo [25, 183]. Los análisis de datos públicos revelan muchos casos probables de adquisición nosocomial de infección en la Península Arábiga y estos datos pueden ir acompañados de algunos detalles que señalan el contacto con un caso o instalación conocido. Un ejemplo identificó el papel probable de un paciente con una infección subclínica, presente en un hospital durante su ingreso por otras razones, como el caso índice más probable que desencadena un grupo familiar [93]. El rastreo de contacto fue un factor significativo en la terminación de un brote de 2015 con múltiples hospitales surcoreanos [184]. Estos estudios demuestran la necesidad de encontrar y comprender un papel para los casos leves y asintomáticos, junto con la restricción del contacto cercano o la exposición prolongada de las personas infectadas a otras, especialmente familiares mayores y amigos con enfermedad subyacente (Fig. 4c). El brote asociado al hospital en Jeddah en 2014 fue la acumulación más grande y rápida de las detecciones de MERS-CoV hasta la fecha. El mayor número de detección de MERS-CoV de cualquier mes registrado se produjo en Yeddah en abril. El brote se asoció principalmente (> 60 % de los casos) con la propagación de seres humanos a seres humanos dentro de los entornos hospitalarios y se debió a la falta de prevención y control de las infecciones o a su desorganización [37, 185, 186]. Un aumento de las muertes siguió al rápido aumento del número de casos. En 2015 ocurrieron dos grandes brotes. Corea del Sur fue el lugar del primer brote a gran escala fuera de la Península Arábiga y produjo los primeros casos tanto en Corea del Sur como en China, entre mayo y julio de 2015. Esto fue seguido de cerca por un brote distinto en la provincia de Ar Riyad, en la KSA, que parecía estar bajo control a principios de noviembre. Después de permanecer en Bahréin durante dos semanas, un varón de 68 años (68 M) viajó a Corea del Sur vía Qatar, llegando libre de síntomas el 4 de mayo de 2015 [187]. Desarrolló fiebre, Visitó una clínica como ambulatorio entre los días 12 y 15 de mayo y fue ingresado en el Hospital A el día 15 [188]. Fue dado de alta del Hospital A el día 17 y luego fue ingresado en el servicio de urgencias del Hospital B el día 18. Durante esta segunda estancia, se tomó una muestra de esputo y dio positivo para el MERS-CoV el día 20 [187, 188], desencadenando el traslado al centro de tratamiento de aislamiento designado. Durante un período de 10 días, el caso índice fue visto en tres hospitales diferentes, demostrando una característica clave de "compra hospitalaria" que conformó el brote surcoreano. Aproximadamente 34 personas fueron infectadas durante este tiempo [187]. En total 186 casos fueron generados en este brote, todos vinculados a través de una única cadena de transmisión a 68 M; 37 casos murieron [189]. En Corea del Sur, el sistema nacional de seguro médico prevé una atención médica de costo relativamente bajo, sufragando algunos costos al hacer que los familiares sean responsables de una parte de la administración de los enfermos, lo que a veces los hace permanecer durante largos períodos en las habitaciones que a menudo tienen más de cuatro camas en ellas [24]. Otros factores que se pensaba que habían permitido este brote eran la falta de familiaridad de los médicos locales con MERS, la facilidad con la que el público puede visitar y ser tratado por hospitales terciarios, la costumbre de visitar a amigos y familiares enfermos en hospitales, la naturaleza jerárquica de la sociedad coreana, las salas de emergencia abarrotadas, las medidas deficientes del IPC, la falta de salas de aislamiento de presión negativa y la mala comunicación interhospitalaria de los historiales de enfermedades de los pacientes [24, [190] [191] [192]. Hasta la fecha se han comunicado pocos detalles clínicos sobre estos casos y los detalles sobre la transmisión y el rastreo de los contactos son mínimos. Los hospitales involucrados inicialmente no fueron identificados, la orientación y las acciones gubernamentales produjeron mensajes confusos y hubo una comunicación muy limitada en los primeros tiempos, lo que dio lugar a preocupaciones innecesarias, desconfianza y un impacto económico distinto [191, [196] [197] [198]. Al principio del brote, un viajero infectado, hijo de un caso identificado en Corea del Sur, pasó por Hong Kong en su camino a China, donde estaba ubicado, aislado y atendido en China [91, 199, 200]. No hubo contactos que enfermaran.El brote se puso bajo control a finales de julio/a principios de agosto [201] después de que se emplearan medidas mejoradas del IPC, seguimiento y cuarentena de contactos sólidos, pruebas de laboratorio ampliadas, hospitales fueron mejor asegurados, se envió personal especializado para gestionar los casos Una revisión de los datos públicos mostró que, al igual que en el caso del MERS en la KSA, la edad avanzada y la presencia de enfermedad subyacente se asociaron significativamente con un desenlace fatal en Corea del Sur. [40] Aunque R 0 es <1, los eventos de superdifusión facilitados por circunstancias creadas en entornos de salud y caracterizadas por tamaños de clúster superiores a 150, como este, no son inesperados por la infección por MERS-CoV [204]. La dinámica de un brote depende de la R 0 y de los patrones de eliminación viral de un individuo, el tipo y la frecuencia de contacto, los procedimientos hospitalarios y la estructura y densidad de la población [204]. En la región de Ar Riyad, incluida la capital de Riad, se inició un cúmulo hospitalario dentro de un solo hospital a partir de finales de junio de 2015 [205]. A mediados de septiembre se habían notificado aproximadamente 170 A pesar de la introducción continua y posiblemente estacional del virus en la población humana a través de los DC infectados y tal vez otros animales que aún no se han identificado, la gran mayoría de la transmisión del MERS-CoV se ha producido de seres humanos infectados a no infectados en contacto cercano y prolongado a través de circunstancias creadas por un control deficiente de las infecciones en los entornos de atención de la salud. Este virus oportunista ha tenido su mayor impacto en las personas con enfermedades subyacentes y esas personas vulnerables, que a veces sufren múltiples comorbilidades, se han asociado con mayor frecuencia con los hospitales, creando una tormenta perfecta de exposición, transmisión y mortalidad. No está claro si este grupo se ve afectado de manera única por el MERS-CoV o si otras infecciones respiratorias, incluidas las de los HCoV, producen un impacto igualmente grave. En Corea del Sur, un solo caso importado creó un brote de 185 casos y 36 muertes que tuvieron un impacto desproporcionado en el desempeño económico, el comportamiento de la comunidad y la confianza en el gobierno y el sistema de atención de la salud. La transmisión del hogar de seres humanos a seres humanos se produce, pero también es limitada. Los programas educativos serán herramientas esenciales para combatir la propagación del MERS-CoV tanto dentro de las comunidades urbanas y regionales como para el entorno de atención de la salud. La vigilancia sigue siendo importante para la contención, ya que el MERS-CoV es un virus con una composición genética que se ha observado durante sólo tres años y no es estable. Entre todos los seres humanos que se han notificado que están infectados, casi el 40% han muerto. La secuenciación del genoma completo se ha utilizado extensamente para estudiar el recorrido y la variación del MERS-CoV y aunque sigue siendo una herramienta para expertos, parece ser la mejor herramienta para el trabajo. El MERS y el SRAS tienen algunas similitudes clínicas pero también difieren significativamente [206]. Entre las características definitorias se incluyen el PFC más alto entre los casos del MERS (superior al 50 % en 2013 y actualmente en el 30-40%; muy por encima del 9 % del SRAS) y la asociación más alta entre el MERS mortal y los hombres mayores con comorbilidades subyacentes. Para los virus, el MERS-CoV tiene un tropismo más amplio, crece más rápidamente in vitro, induce más rápidamente cambios citopatógenos, desencadena respuestas transcripcionales distintas, hace uso de un receptor diferente, induce un estado más proinflamatorio y tiene una respuesta antiviral tardía en comparación con el SRAS Parece haber una prevalencia del 2-3 % de MERS-CoV en la KSA con una probabilidad del 5 % de transmisión secundaria dentro del hogar. Hay un mayor riesgo de infección a través de ciertas ocupaciones en ciertos momentos y una probabilidad mucho mayor de propagación a otros seres humanos durante circunstancias creadas por los humanos, lo que impulsa una transmisión más efectiva que cualquier R 0 predeciría sobre el valor facial. Sin embargo, a pesar de las múltiples concentraciones masivas que han proporcionado al virus muchos millones de oportunidades de propagación, no se han reportado brotes de MERS o MERS-CoV durante o inmediatamente después de estos eventos. No hay evidencia de que el MERS-CoV sea un virus de preocupación pandémica. Sin embargo, los entornos hospitalarios continúan describiendo casos y brotes de MERS en la Península Arábiga. Mientras facilitemos la propagación del MERS-CoV entre nuestras poblaciones más vulnerables, el mundo debe permanecer en alerta para los casos que puedan ser exportados con mayor frecuencia cuando un país de acogida con reservorios de camellos infectados está experimentando conglomerados o brotes humanos. El MERS-CoV parece ser un virus enzoótico que infecta a la URT DC con evidencia de recombinación genética reciente. Puede que una vez haya tenido su origen entre los murciélagos, pero falta evidencia y la relevancia de ello para la epidemia actual es académica. Gracias a la acción rápida, las herramientas de diagnóstico molecular sensibles y rápidas necesarias para lograr un objetivo de detección rápido y sensible han sido establecidas y ampliamente disponibles desde que el virus fue reportado en 2012. RT-PCR pruebas de muestras de LRT siguen siendo el estándar de oro para la confirmación del MERS-CoV. Las herramientas serológicas siguen surgiendo pero necesitan una validación adicional utilizando muestras de infecciones leves y asintomáticas y un estudio de cohorte densamente muestreado para seguir los contactos de nuevos casos puede abordar esta necesidad. Del mismo modo, la importante cuestión de si aquellos que eliminan el ARN MERS-CoV durante períodos prolongados son infecciosos mientras aparecen bien, sigue sin respuesta. Incluso no está claro cuántas infecciones 'asintomáticas' se han descrito y reportado correctamente, lo que a su vez plantea preguntas sobre la fiabilidad de la recolección de otros datos clínicos hasta la fecha. Si bien la virología básica del MERS-CoV ha avanzado en el transcurso de los últimos tres años, la comprensión de lo que está sucediendo en, y la interacción entre, camello, medio ambiente y humano todavía está en su infancia.

¿Cómo ha ocurrido la gran mayoría de la transmisión MERS-CoV?

The Battle Against Coronavirus Disease 2019 (COVID-19): Emergency Management and Infections Control in a Radiology Departmenthttps://www.jacr.org/article/S1546-1440(20)30285-4/pdfJournal Pre-proofZixing Huang, Shuang Zhao, Zhenlin Li, Weixia Chen, Lihong Zhao, Lipeng Deng, BinSongPII: S1546-1440(20)30285-4DOI: https://doi.org/10.1016/j.jacr.2020200.03.011Referencia: JACR 5139Aparecer en: Journal of the American College of RadiologyFecha de recepción: 24 de febrero de 2020Revisado Fecha: 13 de marzo de 2020Fecha de recepción: 15 de marzo de 2020Por favor Se trata de un archivo PDF de un artículo que ha sido objeto de mejoras tras la aceptación, como la adición de una página de portada y metadatos, y el formato para la legibilidad, pero todavía no es la versión definitiva del registro. Esta versión se someterá a una copia adicional, mecanografia y revisión antes de que se publique en su forma final, pero estamos proporcionando esta versión para dar visibilidad temprana del artículo. Tenga en cuenta que, durante el proceso de producción, se pueden descubrir errores que podrían afectar al contenido, y todas las descargos legales que se aplican a la revista pertenecen. © 2020 Publicado por Elsevier Inc. en nombre de American College of RadiologyThe Battle Against Coronavirus Disease 2019 (COVID-19): Emergency Managementand Infection Control in a Radiology DepartmentZixing Huang*, Shuang Zhao*, Zhenlin Li, Weixia Chen, Lihong Zhao, Lipeng Deng,Bin SongDepartamento de Radiología, West China Hospital, Universidad de Sichuan, Chengdu, China*Zixing Huang y Shuang Zhao contribuyeron igualmente a este trabajo como coautor. Autor correspondiente: Bin Song, MDDirección: Department of Radiology, West China Hospital, Sichuan University. No. 37, GUOXUE Alley, Chengdu, 610041, ChinaTel. (+86)28 85423680, Fax: (+86)28 85582944Correo electrónico: songlab_radiology@163.com. Contribuciones de los autoresZXH: concibió el estudio y redactó el manuscrito. ZS: concibió el estudio y redactó el manuscrito. ZLL: El miembro del equipo de gestión de emergencias y control de infecciones (EMICT) y participó en la formulación de las medidas. WXC: El miembro del EMICT y participó en la formulación de las medidas. LHZ: El miembro del EMICT y participó en la formulación de las medidas. LPD: El miembro del EMICT y participó en la formulación de las medidas. BS: Líder del EMICT, concibió el estudio y revisó el manuscrito. Todos los autores leyeron y aprobaron el manuscrito final. Los autores declararon que no había conflicto de intereses. Los autores declaran que tuvieron pleno acceso a todos los datos de este estudio y los autores asumen la plena responsabilidad por la integridad de los datos y la exactitud del análisis de datos1La batalla contra la neumonía coronavirus novel (COVID-19): Manejo de Emergencias y Control de Infecciones en un Departamento de RadiologíaAbstractoObjetivo: Describir la estrategia y el procedimiento de manejo de emergencias y control de infecciones de nuestro departamento de radiología durante el brote de COVID-19. Métodos: Constituimos equipos de manejo de emergencias y control de detección.El equipo formuló diversas medidas: reconfiguración del departamento de radiología, protección personal y formación del personal, procedimientos de examen para pacientes sospechosos o confirmados con COVID-19, así como pacientes sin antecedentes de exposición o síntomas. Resultados: Del 21 de enero de 2020 al 9 de marzo de 2020, 3.083 personas sospechosas o confirmadas con COVID-19 fueron sometidas a exámenes de TC-fiebre. Incluyendo exámenes iniciales y reexámenes, el número total de exámenes de TC-fiebre fue de 3.340. Como resultado de nuestras precauciones, ninguno del personal del departamento de radiología fue infectado con COVID-19. Conclusión: La planificación estratégica y las protecciones adecuadas pueden ayudar a proteger a los pacientes y al personal contra una enfermedad altamente infecciosa, manteniendo la función a una capacidad de alto volumen. Palabras clave: Coronavirus, COVID-19, nueva neumonía por coronavirus, control de infecciones2IntroducciónEl mundo entero se ha centrado de cerca en un brote de enfermedad respiratoria causada por coronavirus anovel que fue reportado por primera vez en Wuhan, China, el 31 de diciembre de 2019, y que continúa propagándose El 11 de febrero de 2020, la Organización Mundial de la Salud (OMS) nombró a la enfermedad “enfermedad por coronavirus 2019” (COVID-19). A partir de las 24:00 del 11 de marzo de 2020, la Comisión Nacional de Salud (NHC) había recibido informes de 80.793 casos confirmados y 3.169 muertes en China continental. Sigue habiendo 14.831 casos confirmados (incluyendo 4.257 en estado grave) y 253 casos sospechosos aún hospitalizados. Hasta la fecha, se ha identificado a 677.243 personas que han tenido un estrecho contacto con pacientes infectados, de los cuales 13.701 están bajo observación médica [1]. Fuera de China, se han producido 44.067 casos confirmados por laboratorio y 1.440 muertes en 117 países/territorios/áreassegún la OMS [2]. Al igual que la gripe, se cree que COVID-19 se propaga principalmente de persona a persona entre personas que están en estrecho contacto entre sí a través de gotitas respiratorias producidas cuando una persona infectada tose o estornuda. A la luz de la naturaleza infecciosa de esta enfermedad, los trabajadores sanitarios tienen un alto riesgo de infección de COVID-19. En China, los trabajadores sanitarios representan 1.716 casos confirmados de COVID-19, incluyendo seis muertes [3]. La tomografía computarizada (TC) puede desempeñar un papel tanto en el diagnóstico como en la categorización de COVID-19 sobre la base de definiciones de casos emitidas por la OMS y las directrices de tratamiento de la NHC [4]. Los pacientes sospechosos con el virus pueden someterse a una TC torácica. Cabe señalar que debido a la superposición de los hallazgos de imágenes con otras enfermedades respiratorias, la TC no es útil como herramienta de detección, pero puede ayudar a identificar el grado de implicación pulmonar y el curso de enfermedad. Nuestro hospital es un centro médico regional nacional con 4.300 camas y un centro de referencia terciario en la provincia de Sichuan. La respuesta inicial comenzó el 21 de enero de 2020, después de que la transmisión del COVID-19 se confirmó como humana a humana el 20 de enero de 2020. El primer caso sospechoso de COVID-19 en la provincia de Sichuan fue reportado el 21 de enero de 2020. El gobierno provincial de Sichuan lanzó inmediatamente la respuesta de primer nivel a las principales emergencias de salud pública. El mismo día, nuestro hospital fue designado para atender a pacientes de la provincia de Sichuan con COVID-19. Este artículo describe el procedimiento de manejo de emergencias de nuestro departamento de radiología para situaciones relacionadas con enfermedades infecciosas graves, tales como COVID-19, y la experiencia deinfección-protección del personal del departamento.MétodosEl hospital proporcionó equipo de protección personal (ropa de protección médica, gorra quirúrgica, máscara N95, guantes, escudos faciales y gafas) a todo su personal sanitario, erigió tres tiendas de campaña médicas (tiendas de fiebre) para la detección de casos de fiebre en el estacionamiento del departamento de emergencia, planeó una ruta de examen y área de examen para pacientes sospechosos de dañar el virus, y colocó a pacientes confirmados en una sala de aislamiento. “Fiebre” fue el término coloquial utilizado para designar sospechosos de COVID-19 basado en síntomas como fiebre o con antecedentes epidemiológicos de una posible exposición, así como aquellos con confirmado COVID-19 referido para tratamiento. Además, durante los brotes, las urgencias y los pacientes ambulatorios4sin fiebre se les pidió información como antecedentes epidemiológicos y se les envió a tiendas de campaña para la fiebre siempre que cumplieran los criterios de sospecha.El departamento de radiología cuenta con 65 radiólogos de diagnóstico y 161 miembros del personal(tecnólogos capacitados, enfermeras, ingenieros y personal de apoyo).El equipo del departamento de radiología incluye 12 escáneres de resonancia magnética (RM), 14 escáneres de TC, 15 sistemas de angiografía digital por sustracción (DSA), 32 conjuntos de sistemas de radiografía digital (DR) (incluidos nueve conjuntos móviles de DR de cabecera), y 130 estaciones de diagnóstico por imágenes para sistemas de arquitectura y comunicación (PACS).La mayor parte del equipo se distribuye entre cuatro edificios del campus principal del hospital. 1 TC y 1 RM se ubican en el tercer edificio del hospital. 1 CT y 1 MR se ubican en el sexto edificio del hospital. 2 CT, 2 RM y 7 DSA se ubican en el edificio técnico. El resto del equipo se ubica en el séptimo edificio del hospital del campus. El primer edificio del hospital, ubicado junto al departamento de urgencias, fue reconfigurado para atender casos de COVID-19. El departamento de urgencias instaló carpas de fiebre en el estacionamiento del departamento de emergencia para separar a los pacientes de emergencia normales de los pacientes con síntomas o antecedentes de exposición sospechosos de COVID-19. Se establecieron medios separados de acceso entre las carpas de fiebre y entre el área de examen de fiebre del departamento de radiología para evitar la contaminación cruzada. Las medidas de control de emergencias y de infección, como se describe a continuación y se implementan en el departamento de radiología durante el brote, han sido Estas medidas están de acuerdo con las leyes y reglamentos pertinentes, con el fin de proteger a los pacientes, así como al personal.Equipo de Gestión de Emergencias y Control de Infecciones de Radiología (EMICT)El director del departamento de radiología presidió el EMICT. Sus miembros incluyen el subdirector, tecnólogo jefe, enfermero jefe, supervisor de equipo y supervisor de control de infecciones del departamento de radiología.Las responsabilidades del equipo incluyeron (1) coordinación entre el manejo del hospital y la planificación de los departamentos de control de infecciones y radiología; (2) recogida de la información más actualizada relacionada con la protección para educar y capacitar al personal en el departamento; (3) reasignación del personal según la situación actual; (4) establecimiento de procedimientos de TC para pacientes con COVID-19; y (5) establecimiento de un plan de gestión de emergencias para el departamento de radiología para asegurar que el departamento funcione normalmente. Pacientes sospechososLos pacientes sospechosos fueron identificados según el Programa de Diagnóstico y Tratamiento de la Neumonía Novela Coronavirus de la NHC [5], principalmente a partir de la historia epidemiológica.Reconfiguración del departamento de radiologíaEl departamento de radiología se dividió en cuatro áreas [6]: áreas contaminadas, semicontaminadas, buffer y limpias (Figura 1).El área contaminada está conectada a la clínica de fiebre e incluye la vía de acceso a la fiebre, la sala de examen de TC y la sala de examen de DR para 6 casos confirmados y sospechosos.Un escáner de TC y un sistema de DR más cercano al departamento de emergencia son designados la sala de control de fiebre-TC y fiebre-DR para examinar a los pacientes con COVID-19 sospechoso y confirmado.Hay un acceso específico entre la zona contaminada y las tiendas de detección de fiebre.La zona semicontaminada incluye la sala de control de fiebre- La zona de amortiguación incluye áreas de acceso para el personal médico y un vestidor para tecnólogos.La zona limpia incluye la oficina administrativa y la sala de diagnóstico.La zona contaminada se aisló de otras áreas utilizando barricadas físicas.Se instalaron nuevos signos direccionales para guiar a los pacientes y al personal.Protección personal y formación del personalPara la atención a pacientes con COVID-19 confirmados y sospechosos, todo el personal del hospital debe llevar equipo de protección personal completo [7]: ropa de protección médica, capuchón quirúrgico, máscara N95, guantes, escudos faciales y gafas.El desgaste y la eliminación del equipo deben realizarse de acuerdo con los procedimientos y bajo la supervisión de la enfermera de control de infecciones. Debido a que los miembros del personal que trabajan en la zona contaminada están sometidos a mucha presión situacional, tomar tiempo periódicamente podría reducir sus niveles de estrés físico y mental. Además, la salud del personal de la zona contaminada debe ser objeto de un estrecho seguimiento de los síntomas del COVID-19. El personal embarazada debe ser asignado a la zona limpia. 7El EMICT formula y actualiza continuamente directrices y educa a todo el personal del Hospital de Sichuan de la Universidad de Sichuan de China Occidental. La formación del EMICT para el personal consiste principalmente en documentos relativos al control de infecciones y los resultados de la tomografía computarizada del COVID-19 y mantiene un grupo de EMICTWeChat para el Hospital de Sichuan de China Occidental. WeChat es la aplicación de medios sociales más utilizada en China. El EMICT publica la última información nacional y hospitalaria sobre el COVID-19, documentos de orientación y otros avisos diarios del departamento de hospital y radiología del grupo WeChat. El personal también puede informar al EMICT en el grupo de WeChat en cualquier momento. El EMICT recuerda periódicamente al personal que debe tomar medidas personales para reducir la infección, tales como usar máscaras en todos los casos en el departamento de radiología y máscaras N95 si trabaja en la zona contaminada; no tocar la máscara y los ojos; practicar higiene de las manos; alejarse de los compañeros cuando comen, beben y hablan; y no usar teléfonos celulares personales mientras están de servicio. Además, el radiólogo torácico jefe ofreció conferencias sobre todos los radiólogos y técnicos sobre los hallazgos típicos de la infección por COVID-19 utilizando materiales desarrollados en Wuhan, el epicentro del brote en China. Procedimientos de examen de TCHay dos conjuntos de procedimientos para el examen de TC: el procedimiento de TC-fiebre y el procedimiento rutinario de CT para los no sospechosos de COVID-19. Antes de que el tecnólogo de la fiebre-TC opere el equipo, debe usar equipo de protección personal de acuerdo con la norma de protección de tres niveles [8]. Antes de que comience el examen por TAC de pacientes con sospecha y confirmación de COVID-19, la sala de tratamiento o aislamiento de la fiebre notifica de antemano al radiólogo. El tecnólogo de la fiebre-TC revisa el equipo y se prepara para desinfectar el equipo de imagen inmediatamente después del examen. El paciente entra en la zona de espera de la fiebre-TC a través de la zona de acceso a la fiebre. Si el paciente puede entrar y salir de la mesa de examen por sí mismo, se le permite hacerlo. Si el paciente no puede entrar o salir de la mesa de examen de forma independiente, la persona que acompaña al paciente asiste al paciente, en lugar del tecnólogo. El tecnólogo revisa la información del paciente y, utilizando un sistema de intercomunicador en la sala de examen, le pide que retire cualquier adorno metálico en el cuello y el pecho. Además, mediante intercomunicador, el tecnólogo entrena al paciente para retener su respiración durante el examen. El tecnólogo utiliza un protocolo de tomografía computarizada torácica de baja dosis para escanear al paciente. Después de escanear, las imágenes originales se reconstruyen como capas de 1 mm de espesor. El tecnólogo navega por las imágenes para asegurarse de que su calidad cumple los requisitos diagnósticos y luego guía al paciente para salir a través del área de acceso a la fiebre. Las hojas desechables para el examen del paciente se cambian después de cada paciente. El equipo se desinfecta según el procedimiento siguiente. Para protegerse, los tecnólogos asignados a la fiebre-TC usan máscara N95 y otra protección personal establecida por el EMICT. El procedimiento de TC para pacientes regulares (figura.3)9Algunos pacientes con COVID-19 no presentan síntomas y pueden acudir a la clínica general por otras razones.En estas circunstancias, se aplica el siguiente procedimiento de TC:Cuando el paciente hace una cita para el examen, el personal le pregunta al paciente acerca de su historia epidemiológica, síntomas y signos.Si se cumplen los criterios sospechosos, el paciente será enviado a la tienda de detección de la fiebre para su posterior detección.Cuando un paciente presenta a la entrada del departamento de radiología, se mide su temperatura.Si la temperatura es superior a 37,2 °C, el paciente es enviado a la tienda de detección de la fiebre para una investigación adicional.Los pacientes sin antecedentes de exposición, síntomas sospechosos o fiebre son examinados en uno de los escáneres de TC no contaminados.Los tecnólogos asignados a estos escáneres usan máscaras quirúrgicas.Todos los pacientes y la persona que los acompaña deben usar máscara Después del examen de TC, el tecnólogo examina las imágenes rápidamente. Si la aparición de la TC es típica de la infección pulmonar, el tecnólogo informa inmediatamente al radiólogo torácico de servicio y pide al paciente que espere en la sala de examen de TC. Si el radiólogo torácico no sospecha la infección COVID-19, el paciente puede salir de la sala de examen de TC. Si el radiólogo torácico sospecha la infección COVID-19, el tecnólogo informa inmediatamente al EMICT y envía al paciente a la tienda de la fiebre. El suelo y el equipo en la sala de examen de TC se desinfectan de acuerdo con las normas, y la desinfección del aire se lleva a cabo durante 30 minutos antes de examinar a otros pacientes. Estos escáneres TC se consideran no contaminados (sin fiebre-TC) después de estos procedimientos de esterilización. En nuestro hospital, sólo utilizamos unidades móviles de DR para proporcionar exámenes de cabecera a pacientes críticos. El tecnólogo que opera el equipo móvil de protección personal DRwears de acuerdo con la norma de protección de tres niveles y esteriliza el DR móvil de acuerdo con los requisitos de manejo de la sala, como se describe a continuación. Procedimientos de desinfección de equipos y ambienteProcedimiento de desinfección de la superficie de la rutina [9]1) Desinfección de objetos: La superficie del objeto se limpia con 1000mg/L desinfectante que contiene cloro, se limpia dos veces con 75% de etanol para la resistencia a la corrosión, una vez/4 horas. 2) Desinfección del equipo: El equipo en la zona contaminada se limpia con 2000mg/L desinfectante que contiene cloro. 3) Desinfección del aire: Apagar todos los acondicionadores de aire centrales para evitar la contaminación del aire entre ellos.Área contaminada: abrir la puerta para la ventilación, cada vez más de 30 minutos, una vez / 4 horas; El esterilizador de aire se esteriliza continuamente o el rayo ultravioleta se utiliza continuamente en estado no tripulado durante 60 minutos, cuatro veces al día, se recuerda cerrar la puerta interior de protección cuando se desinfecta el aire.Otro aire ambiente se rocía con 1000 mg/L de desinfectante que contiene cloro y se ventila dos veces al día4) Desinfección del suelo: El suelo se limpia con 1000 mg/L de desinfectante que contiene cloro, una vez / 4 horas. 5) Cuando está contaminado, desinfecta en cualquier momento. En caso de contaminación visible, los materiales absorbentes desechables deben utilizarse primero para eliminar completamente los contaminantes, y luego un paño empapado con 2000mg/L de desinfectante que contenga cloro debe utilizarse durante 30 minutos antes de limpiarse. 11 Procedimientos de desinfección por Fiebre-CT después del examenAdemás de lo anterior, desinfectar el lecho de examen y el suelo con desinfectante clorado que contenga 2000mg/L [10]. Procedimientos de desinfección por TC no contaminado después de un presunto examen de caso COVID-19Además del procedimiento de desinfección rutinario anterior, se realiza la desinfección por aire durante 30 minutos antes de examinar a otros pacientes.ResultadosDesde el 21 de enero de 2020, cuando se realizó la detección de antecedentes epidemiológicos o síntomas auspiciosos para COVID-19, hasta el 9 de marzo de 2020, nuestro hospital examinó un total de 7.203 individuos y Entre los exámenes iniciales y los exámenes de nuevo, el número total de exámenes de detección de la fiebre era de 3.340. El examen de detección de la fiebre escaneó a un paciente aproximadamente cada 21,5 minutos. Como resultado de nuestras precauciones, ninguno del personal del departamento de radiología desarrolló síntomas sospechosos para el COVID-19. El tecnólogo de la fiebre-TC, con la mayor probabilidad de exposición, sigue siendo PCR negativo. DiscusiónHan pasado 17 años desde la epidemia del síndrome respiratorio agudo grave (SARS), la última propagación nacional de enfermedades infecciosas graves, estalló. Actualmente, los chinos están volviendo a painicking. La velocidad y el alcance de la propagación del COVID-19 en 2 meses son 12 sin precedentes, más allá de los del SARS, y esto se ha visto ayudado por su naturaleza contagiosa y rápida propagación a través de gotas y contacto. El modo de transmisión de la gota significa que una persona puede ser infectada fácilmente por medio de contacto casual o incluso fomitas en superficies ambientales contaminadas.Otra teoría aún no ha sido probada: propagación de aerosoles.La respuesta de los departamentos de radiología a cualquier brote de enfermedad infecciosa se determina principalmente por el riesgo estimado de infección cruzada para el personal y otros pacientes.Las precauciones apropiadas tomadas sólo por el personal en contacto directo con los pacientes pueden ser adecuadas cuando el riesgo es bajo.Las medidas más fuertes deben ser implementadas para limitar la propagación de la enfermedad cuando el riesgo es alto.Con enfermedades infecciosas graves como la COVID-19, el nivel más alto de medidas de control de la infección debe ser implementado; estas incluyen proporcionar equipo de protección estándar adecuado, capacitar al personal, e instituir planes de emergencia adecuados.Una vez identificada una enfermedad contagiosa infecciosa, la EMICT debe considerar cuatro áreas principales de respuesta: recopilación de datos, colaboración, evaluación de La recopilación de datos incluye la difusión de definiciones actualizadas de casos e información sobre pruebas confirmatorias a todo el personal con contacto directo con el paciente para permitir tomar las precauciones de barrera adecuadas.Todos los radiólogos deben conocer todas las características de imagen típicas y atípicas de la enfermedad para ayudar a reconocer la enfermedad en imágenes y permitir la notificación precisa de estos hallazgos. Hemos almacenado imágenes de todos los casos probables de COVID-19 en el PACS para que cualquier radiólogo pudiera revisarlas fácilmente, y también se pueden comparar imágenes de estudios de imágenes anteriores. La colaboración con los departamentos de radiología de otros hospitales es muy importante porque los pacientes pueden presentar inicialmente a diferentes centros, dependiendo de la ubicación geográfica y la distancia de viaje13. Estos pacientes pueden ser pocos en número en un solo hospital, pero si se dispone de datos de pacientes en varios hospitales, se puede lograr una comprensión global más precisa de ambas características de imagen y epidemiología. La difusión de esta información a todos los centros de salud también conducirá a un pronto reconocimiento de la enfermedad, y se pueden crear medidas de aislamiento adecuadas. Internet y las aplicaciones de las redes sociales, especialmente WeChat, se han utilizado para la distribución de información médica, y debido a que el intercambio de información sobre los brotes de enfermedades infecciosas es casi instantáneo, es una herramienta indispensable para los radiólogos. De hecho, dentro de un mes del brote, el hospital que recibió a los pacientes más infectados de la fuente del brote hizo una presentación en PowerPoint de las manifestaciones de TC de COVID-19, que se compartió a través de WeChat y se difundió por todo el país en muy poco tiempo. Pero cuando se combina con otra información epidemiológica, clínica, de laboratorio y de ácido nucleico del virus, los resultados típicos de la tomografía computarizada torácica son útiles para hacer el diagnóstico.En nuestra opinión, el papel principal de la tomografía computarizada torácica es comprender la evolución amplia y dinámica de las lesiones pulmonares inducidas por el COVID-19.Las razones por las que se adoptó el protocolo de la tomografía computarizada torácica de dosis bajas son las siguientes: la tomografía computarizada torácica de dosis bajas se ha utilizado ampliamente en la detección del cáncer de pulmón temprano.Se sabe que muchos cánceres de pulmón tempranos son opacidades de vidrio en tierra (GGO), por lo que creemos que el cribado de dosis bajas también es aplicable para el COVID-19.Además, teniendo en cuenta el rápido desarrollo del COVID-19, muchos exámenes CT14 Aunque los procesos que establecimos minimizaron la exposición del personal hospitalario, personal auxiliar y otros pacientes, siguen siendo limitados como sigue. La provincia de Sichuan no es el centro de la epidemia. El número de pacientes con COVID-19 a los que hemos tratado no ha sido alto, y la mayoría de los casos son de otras provincias de China. Sin embargo, creemos que nuestra experiencia en el manejo, la reconfiguración de nuestro departamento de radiología, y los cambios de flujo de trabajo implementados en la situación actual de COVID-19 son útiles para otros departamentos de radiología que deben prepararse para tratar con pacientes con COVID-19. Si bien ningún agente de radiología desarrolló síntomas sospechosos o confirmados como tener COVID-19, puede haber personal asintomático. REFERENCIAS1. Comisión Nacional de Salud de la República Popular China.(2020) Marzo 12: Información diaria sobre nuevos casos de coronavirus en China. Consultado enhttp://en.nhc.gov.cn/2020-03/12/c_77618.htm. Consultado el 11 de marzo de 2020. 2. Organización Mundial de la Salud. (2020). Enfermedad por Coronavirus 2019 (COVID-19) Informe de situación-52. Consultado el 11 de marzo de 2020. 3. Comisión Nacional de Salud de la República Popular China. (2020). Últimos avances en el control inepidémico el 15 de febrero. Consultado el 15 de febrero en http://en.nhc.gov.cn/2020-02/16/c_76622. Consultado el 11 de marzo de 2020. 154. Comisión de Salud de la República Popular China. (2020). La notificación de la operación de ensayo basada en la versión 6 en el diagnóstico y tratamiento de la enfermedad por coronavirus. Consultado enhttp://www.nhc.gov.cn/xcs/zhengcwj/202002/8334a8326dd94d329df351d7da8aefc2.shtml. Consultado el 11 de marzo de 20205. Comisión de Salud de la República Popular China. (2020). Notificación de la operación de ensayo basada en la versión 6 en el diagnóstico y tratamiento de la enfermedad por coronavirus. Consultado enhttp://www.nhc.gov.cn/xcs/zhengcwj/202002/8334a8326dd94d329df351d7da8aefc2.shtml. Consultado el 11 de marzo de 2020. 6. Comisión de Salud de la República Popular China.(2009). La guía para las operaciones con patógenos aislados en el hospital. Consultado enhttp://www.nhc.gov.cn/wjw/s9496/200904/40116.shtml. Accedido el 11 de marzo de 2020. 7. Comisión de Salud de la República Popular China.(2017). La guía para la prevención y el control de las infecciones hospitalarias adquiridas de patógenos aerotransportados. Consultado enhttp://www.nhc.gov.cn/wjw/s9496/201701/7e0e8fc67258443aabba8f841f2f585d2.shtml. Consultado el 11 de marzo de 2020. 8. Comisión de Salud de la República Popular China.(2017). La guía para la prevención y el control de las infecciones hospitalarias adquiridas de patógenos aerotransportados. Consultado enhttp://www.nhc.gov.cn/wjw/s9496/201701/7e0e8fc67258443aabba8f841f2f585d2.shtml. Accedido el 11 de marzo de 2020. 9. Comisión de Salud de la República Popular de China.(2012). La Comisión de Salud de la República Popular de China.(2012). La Comisión de Normalización de las técnicas de esterilización en el hospital. Consultado el 11 de marzo de 2012. Katona P. Bioterrorista Preparativos: Plano Genérico para Departamentos de Salud, Hospitales y Médicos. Enfermedades Infecciosas en la Práctica Clínica. 2002;11(3):115-122. Accedido el 11 de marzo de 2020. 16Leyendas de la FiguraFigura 1. El diagrama del diseño de nuestro departamento de radiología se dividió en cuatro áreas: contaminadas (sombreadas en negro), semicontaminadas (sombreadas en gris oscuro), tampón (sombreadas en gris claro) y áreas limpias (sombreadas en blanco). El área contaminada fue separada de otras áreas por barreras. Figura 2. Diagrama muestra el protocolo de TC para pacientes sospechosos y confirmados con COVID-19. Figura 3. Diagrama muestra el protocolo de TC para pacientes regulares. Abreviaturas:COVID-19: enfermedad por coronavirus 2019CT: tomografía computarizadaDR: radiografía digitalEMICT: equipo de gestión de emergencias y control de infeccionesNHC: Comisión Nacional de SaludPACS: sistema de archivo de imágenes y comunicaciónSARS: síndrome respiratorio agudo severoSentencia ResumenCon enfermedades infecciosas graves como el COVID-19, se deben implementar las medidas de control de infecciones más altas, se necesita colaboración con los departamentos de radiología de otros hospitales, y se emplean los medios sociales.Puntos de llegada1.Para responder a una emergencia de infección comunitaria, un equipo especial de gestión de emergencias necesita ser establecido a nivel departamental para implementar procedimientos de contención y control de infecciones que continúen permitiendo el examen de imágenes y el diagnóstico por imágenes de aquellos con sospecha de infección, y para prevenir la propagación intradepartamental de infección (EMICT). Las medidas de control de infecciones, como la reconfiguración de las áreas departamentales, la protección personal y la formación antiinfecciosa de todo el personal, los procedimientos estandarizados, incluida la minimización del contacto para la tomografía computarizada torácica y la DR, y la desinfección oportuna de las salas de examen de CT y DR, deben implementarse adecuadamente. 3. Si hay más de un escáner en un hospital, sólo se debe asignar uno de ellos a los casos sospechosos.

¿Cuál era el número de casos en China continental al 11 de marzo?

The Battle Against Coronavirus Disease 2019 (COVID-19): Emergency Management and Infections Control in a Radiology Departmenthttps://www.jacr.org/article/S1546-1440(20)30285-4/pdfJournal Pre-proofZixing Huang, Shuang Zhao, Zhenlin Li, Weixia Chen, Lihong Zhao, Lipeng Deng, BinSongPII: S1546-1440(20)30285-4DOI: https://doi.org/10.1016/j.jacr.2020200.03.011Referencia: JACR 5139Aparecer en: Journal of the American College of RadiologyFecha de recepción: 24 de febrero de 2020Revisado Fecha: 13 de marzo de 2020Fecha de recepción: 15 de marzo de 2020Por favor Se trata de un archivo PDF de un artículo que ha sido objeto de mejoras tras la aceptación, como la adición de una página de portada y metadatos, y el formato para la legibilidad, pero todavía no es la versión definitiva del registro. Esta versión se someterá a una copia adicional, mecanografia y revisión antes de que se publique en su forma final, pero estamos proporcionando esta versión para dar visibilidad temprana del artículo. Tenga en cuenta que, durante el proceso de producción, se pueden descubrir errores que podrían afectar al contenido, y todas las descargos legales que se aplican a la revista pertenecen. © 2020 Publicado por Elsevier Inc. en nombre de American College of RadiologyThe Battle Against Coronavirus Disease 2019 (COVID-19): Emergency Managementand Infection Control in a Radiology DepartmentZixing Huang*, Shuang Zhao*, Zhenlin Li, Weixia Chen, Lihong Zhao, Lipeng Deng,Bin SongDepartamento de Radiología, West China Hospital, Universidad de Sichuan, Chengdu, China*Zixing Huang y Shuang Zhao contribuyeron igualmente a este trabajo como coautor. Autor correspondiente: Bin Song, MDDirección: Department of Radiology, West China Hospital, Sichuan University. No. 37, GUOXUE Alley, Chengdu, 610041, ChinaTel. (+86)28 85423680, Fax: (+86)28 85582944Correo electrónico: songlab_radiology@163.com. Contribuciones de los autoresZXH: concibió el estudio y redactó el manuscrito. ZS: concibió el estudio y redactó el manuscrito. ZLL: El miembro del equipo de gestión de emergencias y control de infecciones (EMICT) y participó en la formulación de las medidas. WXC: El miembro del EMICT y participó en la formulación de las medidas. LHZ: El miembro del EMICT y participó en la formulación de las medidas. LPD: El miembro del EMICT y participó en la formulación de las medidas. BS: Líder del EMICT, concibió el estudio y revisó el manuscrito. Todos los autores leyeron y aprobaron el manuscrito final. Los autores declararon que no había conflicto de intereses. Los autores declaran que tuvieron pleno acceso a todos los datos de este estudio y los autores asumen la plena responsabilidad por la integridad de los datos y la exactitud del análisis de datos1La batalla contra la neumonía coronavirus novel (COVID-19): Manejo de Emergencias y Control de Infecciones en un Departamento de RadiologíaAbstractoObjetivo: Describir la estrategia y el procedimiento de manejo de emergencias y control de infecciones de nuestro departamento de radiología durante el brote de COVID-19. Métodos: Constituimos equipos de manejo de emergencias y control de detección.El equipo formuló diversas medidas: reconfiguración del departamento de radiología, protección personal y formación del personal, procedimientos de examen para pacientes sospechosos o confirmados con COVID-19, así como pacientes sin antecedentes de exposición o síntomas. Resultados: Del 21 de enero de 2020 al 9 de marzo de 2020, 3.083 personas sospechosas o confirmadas con COVID-19 fueron sometidas a exámenes de TC-fiebre. Incluyendo exámenes iniciales y reexámenes, el número total de exámenes de TC-fiebre fue de 3.340. Como resultado de nuestras precauciones, ninguno del personal del departamento de radiología fue infectado con COVID-19. Conclusión: La planificación estratégica y las protecciones adecuadas pueden ayudar a proteger a los pacientes y al personal contra una enfermedad altamente infecciosa, manteniendo la función a una capacidad de alto volumen. Palabras clave: Coronavirus, COVID-19, nueva neumonía por coronavirus, control de infecciones2IntroducciónEl mundo entero se ha centrado de cerca en un brote de enfermedad respiratoria causada por coronavirus anovel que fue reportado por primera vez en Wuhan, China, el 31 de diciembre de 2019, y que continúa propagándose El 11 de febrero de 2020, la Organización Mundial de la Salud (OMS) nombró a la enfermedad “enfermedad por coronavirus 2019” (COVID-19). A partir de las 24:00 del 11 de marzo de 2020, la Comisión Nacional de Salud (NHC) había recibido informes de 80.793 casos confirmados y 3.169 muertes en China continental. Sigue habiendo 14.831 casos confirmados (incluyendo 4.257 en estado grave) y 253 casos sospechosos aún hospitalizados. Hasta la fecha, se ha identificado a 677.243 personas que han tenido un estrecho contacto con pacientes infectados, de los cuales 13.701 están bajo observación médica [1]. Fuera de China, se han producido 44.067 casos confirmados por laboratorio y 1.440 muertes en 117 países/territorios/áreassegún la OMS [2]. Al igual que la gripe, se cree que COVID-19 se propaga principalmente de persona a persona entre personas que están en estrecho contacto entre sí a través de gotitas respiratorias producidas cuando una persona infectada tose o estornuda. A la luz de la naturaleza infecciosa de esta enfermedad, los trabajadores sanitarios tienen un alto riesgo de infección de COVID-19. En China, los trabajadores sanitarios representan 1.716 casos confirmados de COVID-19, incluyendo seis muertes [3]. La tomografía computarizada (TC) puede desempeñar un papel tanto en el diagnóstico como en la categorización de COVID-19 sobre la base de definiciones de casos emitidas por la OMS y las directrices de tratamiento de la NHC [4]. Los pacientes sospechosos con el virus pueden someterse a una TC torácica. Cabe señalar que debido a la superposición de los hallazgos de imágenes con otras enfermedades respiratorias, la TC no es útil como herramienta de detección, pero puede ayudar a identificar el grado de implicación pulmonar y el curso de enfermedad. Nuestro hospital es un centro médico regional nacional con 4.300 camas y un centro de referencia terciario en la provincia de Sichuan. La respuesta inicial comenzó el 21 de enero de 2020, después de que la transmisión del COVID-19 se confirmó como humana a humana el 20 de enero de 2020. El primer caso sospechoso de COVID-19 en la provincia de Sichuan fue reportado el 21 de enero de 2020. El gobierno provincial de Sichuan lanzó inmediatamente la respuesta de primer nivel a las principales emergencias de salud pública. El mismo día, nuestro hospital fue designado para atender a pacientes de la provincia de Sichuan con COVID-19. Este artículo describe el procedimiento de manejo de emergencias de nuestro departamento de radiología para situaciones relacionadas con enfermedades infecciosas graves, tales como COVID-19, y la experiencia deinfección-protección del personal del departamento.MétodosEl hospital proporcionó equipo de protección personal (ropa de protección médica, gorra quirúrgica, máscara N95, guantes, escudos faciales y gafas) a todo su personal sanitario, erigió tres tiendas de campaña médicas (tiendas de fiebre) para la detección de casos de fiebre en el estacionamiento del departamento de emergencia, planeó una ruta de examen y área de examen para pacientes sospechosos de dañar el virus, y colocó a pacientes confirmados en una sala de aislamiento. “Fiebre” fue el término coloquial utilizado para designar sospechosos de COVID-19 basado en síntomas como fiebre o con antecedentes epidemiológicos de una posible exposición, así como aquellos con confirmado COVID-19 referido para tratamiento. Además, durante los brotes, las urgencias y los pacientes ambulatorios4sin fiebre se les pidió información como antecedentes epidemiológicos y se les envió a tiendas de campaña para la fiebre siempre que cumplieran los criterios de sospecha.El departamento de radiología cuenta con 65 radiólogos de diagnóstico y 161 miembros del personal(tecnólogos capacitados, enfermeras, ingenieros y personal de apoyo).El equipo del departamento de radiología incluye 12 escáneres de resonancia magnética (RM), 14 escáneres de TC, 15 sistemas de angiografía digital por sustracción (DSA), 32 conjuntos de sistemas de radiografía digital (DR) (incluidos nueve conjuntos móviles de DR de cabecera), y 130 estaciones de diagnóstico por imágenes para sistemas de arquitectura y comunicación (PACS).La mayor parte del equipo se distribuye entre cuatro edificios del campus principal del hospital. 1 TC y 1 RM se ubican en el tercer edificio del hospital. 1 CT y 1 MR se ubican en el sexto edificio del hospital. 2 CT, 2 RM y 7 DSA se ubican en el edificio técnico. El resto del equipo se ubica en el séptimo edificio del hospital del campus. El primer edificio del hospital, ubicado junto al departamento de urgencias, fue reconfigurado para atender casos de COVID-19. El departamento de urgencias instaló carpas de fiebre en el estacionamiento del departamento de emergencia para separar a los pacientes de emergencia normales de los pacientes con síntomas o antecedentes de exposición sospechosos de COVID-19. Se establecieron medios separados de acceso entre las carpas de fiebre y entre el área de examen de fiebre del departamento de radiología para evitar la contaminación cruzada. Las medidas de control de emergencias y de infección, como se describe a continuación y se implementan en el departamento de radiología durante el brote, han sido Estas medidas están de acuerdo con las leyes y reglamentos pertinentes, con el fin de proteger a los pacientes, así como al personal.Equipo de Gestión de Emergencias y Control de Infecciones de Radiología (EMICT)El director del departamento de radiología presidió el EMICT. Sus miembros incluyen el subdirector, tecnólogo jefe, enfermero jefe, supervisor de equipo y supervisor de control de infecciones del departamento de radiología.Las responsabilidades del equipo incluyeron (1) coordinación entre el manejo del hospital y la planificación de los departamentos de control de infecciones y radiología; (2) recogida de la información más actualizada relacionada con la protección para educar y capacitar al personal en el departamento; (3) reasignación del personal según la situación actual; (4) establecimiento de procedimientos de TC para pacientes con COVID-19; y (5) establecimiento de un plan de gestión de emergencias para el departamento de radiología para asegurar que el departamento funcione normalmente. Pacientes sospechososLos pacientes sospechosos fueron identificados según el Programa de Diagnóstico y Tratamiento de la Neumonía Novela Coronavirus de la NHC [5], principalmente a partir de la historia epidemiológica.Reconfiguración del departamento de radiologíaEl departamento de radiología se dividió en cuatro áreas [6]: áreas contaminadas, semicontaminadas, buffer y limpias (Figura 1).El área contaminada está conectada a la clínica de fiebre e incluye la vía de acceso a la fiebre, la sala de examen de TC y la sala de examen de DR para 6 casos confirmados y sospechosos.Un escáner de TC y un sistema de DR más cercano al departamento de emergencia son designados la sala de control de fiebre-TC y fiebre-DR para examinar a los pacientes con COVID-19 sospechoso y confirmado.Hay un acceso específico entre la zona contaminada y las tiendas de detección de fiebre.La zona semicontaminada incluye la sala de control de fiebre- La zona de amortiguación incluye áreas de acceso para el personal médico y un vestidor para tecnólogos.La zona limpia incluye la oficina administrativa y la sala de diagnóstico.La zona contaminada se aisló de otras áreas utilizando barricadas físicas.Se instalaron nuevos signos direccionales para guiar a los pacientes y al personal.Protección personal y formación del personalPara la atención a pacientes con COVID-19 confirmados y sospechosos, todo el personal del hospital debe llevar equipo de protección personal completo [7]: ropa de protección médica, capuchón quirúrgico, máscara N95, guantes, escudos faciales y gafas.El desgaste y la eliminación del equipo deben realizarse de acuerdo con los procedimientos y bajo la supervisión de la enfermera de control de infecciones. Debido a que los miembros del personal que trabajan en la zona contaminada están sometidos a mucha presión situacional, tomar tiempo periódicamente podría reducir sus niveles de estrés físico y mental. Además, la salud del personal de la zona contaminada debe ser objeto de un estrecho seguimiento de los síntomas del COVID-19. El personal embarazada debe ser asignado a la zona limpia. 7El EMICT formula y actualiza continuamente directrices y educa a todo el personal del Hospital de Sichuan de la Universidad de Sichuan de China Occidental. La formación del EMICT para el personal consiste principalmente en documentos relativos al control de infecciones y los resultados de la tomografía computarizada del COVID-19 y mantiene un grupo de EMICTWeChat para el Hospital de Sichuan de China Occidental. WeChat es la aplicación de medios sociales más utilizada en China. El EMICT publica la última información nacional y hospitalaria sobre el COVID-19, documentos de orientación y otros avisos diarios del departamento de hospital y radiología del grupo WeChat. El personal también puede informar al EMICT en el grupo de WeChat en cualquier momento. El EMICT recuerda periódicamente al personal que debe tomar medidas personales para reducir la infección, tales como usar máscaras en todos los casos en el departamento de radiología y máscaras N95 si trabaja en la zona contaminada; no tocar la máscara y los ojos; practicar higiene de las manos; alejarse de los compañeros cuando comen, beben y hablan; y no usar teléfonos celulares personales mientras están de servicio. Además, el radiólogo torácico jefe ofreció conferencias sobre todos los radiólogos y técnicos sobre los hallazgos típicos de la infección por COVID-19 utilizando materiales desarrollados en Wuhan, el epicentro del brote en China. Procedimientos de examen de TCHay dos conjuntos de procedimientos para el examen de TC: el procedimiento de la fiebre-TC y el procedimiento rutinario de CT para los no sospechosos de COVID-19. Antes de que el tecnólogo de la fiebre-TC opere el equipo, debe usar equipo de protección personal de acuerdo con la norma de protección de tres niveles [8]. Antes de que comience el examen por TAC de pacientes con sospecha y confirmación de COVID-19, la sala de tratamiento o aislamiento de la fiebre notifica de antemano al radiólogo. El tecnólogo de la fiebre-TC revisa el equipo y se prepara para desinfectar el equipo de imagen inmediatamente después del examen. El paciente entra en la zona de espera de la fiebre-TC a través de la zona de acceso a la fiebre. Si el paciente puede entrar y salir de la mesa de examen por sí mismo, se le permite hacerlo. Si el paciente no puede entrar o salir de la mesa de examen de forma independiente, la persona que acompaña al paciente asiste al paciente, en lugar del tecnólogo. El tecnólogo revisa la información del paciente y, utilizando un sistema de intercomunicador en la sala de examen, le pide que retire cualquier adorno metálico en el cuello y el pecho. Además, mediante intercomunicador, el tecnólogo entrena al paciente para retener su respiración durante el examen. El tecnólogo utiliza un protocolo de tomografía computarizada torácica de baja dosis para escanear al paciente. Después de escanear, las imágenes originales se reconstruyen como capas de 1 mm de espesor. El tecnólogo navega por las imágenes para asegurarse de que su calidad cumple los requisitos diagnósticos y luego guía al paciente a pasar por el área de acceso a la fiebre. Las hojas desechables para el examen del paciente se cambian después de cada paciente. El equipo se desinfecta según el procedimiento siguiente. Para protegerse, los tecnólogos asignados a la fiebre-TC usan máscara N95 y otra protección personal establecida por el EMICT. El procedimiento de TC para pacientes regulares (figura.3)9Algunos pacientes con COVID-19 no presentan síntomas y pueden acudir a la clínica general por otras razones.En estas circunstancias, se aplica el siguiente procedimiento de TC:Cuando el paciente hace una cita para el examen, el personal le pregunta al paciente acerca de su historia epidemiológica, síntomas y signos.Si se cumplen los criterios sospechosos, el paciente será enviado a la tienda de detección de la fiebre para su posterior detección.Cuando un paciente presenta a la entrada del departamento de radiología, se mide su temperatura.Si la temperatura es superior a 37,2 °C, el paciente es enviado a la tienda de detección de la fiebre para una investigación adicional.Los pacientes sin antecedentes de exposición, síntomas sospechosos o fiebre son examinados en uno de los escáneres de TC no contaminados.Los tecnólogos asignados a estos escáneres usan máscaras quirúrgicas.Todos los pacientes y la persona que los acompaña deben usar máscara Después del examen de TC, el tecnólogo examina las imágenes rápidamente. Si la aparición de la TC es típica de la infección pulmonar, el tecnólogo informa inmediatamente al radiólogo torácico de servicio y pide al paciente que espere en la sala de examen de TC. Si el radiólogo torácico no sospecha la infección COVID-19, el paciente puede salir de la sala de examen de TC. Si el radiólogo torácico sospecha la infección COVID-19, el tecnólogo informa inmediatamente al EMICT y envía al paciente a la tienda de la fiebre. El suelo y el equipo en la sala de examen de TC se desinfectan de acuerdo con las normas, y la desinfección del aire se lleva a cabo durante 30 minutos antes de examinar a otros pacientes. Estos escáneres TC se consideran no contaminados (sin fiebre-TC) después de estos procedimientos de esterilización. En nuestro hospital, sólo utilizamos unidades móviles de DR para proporcionar exámenes de cabecera a pacientes críticos. El tecnólogo que opera el equipo móvil de protección personal DRwears de acuerdo con la norma de protección de tres niveles y esteriliza el DR móvil de acuerdo con los requisitos de manejo de la sala, como se describe a continuación. Procedimientos de desinfección de equipos y ambienteProcedimiento de desinfección de la superficie de la rutina [9]1) Desinfección de objetos: La superficie del objeto se limpia con 1000mg/L desinfectante que contiene cloro, se limpia dos veces con 75% de etanol para la resistencia a la corrosión, una vez/4 horas. 2) Desinfección del equipo: El equipo en la zona contaminada se limpia con 2000mg/L desinfectante que contiene cloro. 3) Desinfección del aire: Apagar todos los acondicionadores de aire centrales para evitar la contaminación del aire entre ellos.Área contaminada: abrir la puerta para la ventilación, cada vez más de 30 minutos, una vez / 4 horas; El esterilizador de aire se esteriliza continuamente o el rayo ultravioleta se utiliza continuamente en estado no tripulado durante 60 minutos, cuatro veces al día, se recuerda cerrar la puerta interior de protección cuando se desinfecta el aire.Otro aire ambiente se rocía con 1000 mg/L de desinfectante que contiene cloro y se ventila dos veces al día4) Desinfección del suelo: El suelo se limpia con 1000 mg/L de desinfectante que contiene cloro, una vez / 4 horas. 5) Cuando está contaminado, desinfecta en cualquier momento. En caso de contaminación visible, los materiales absorbentes desechables deben utilizarse primero para eliminar completamente los contaminantes, y luego un paño empapado con 2000mg/L de desinfectante que contenga cloro debe utilizarse durante 30 minutos antes de limpiarse. 11 Procedimientos de desinfección por Fiebre-CT después del examenAdemás de lo anterior, desinfectar el lecho de examen y el suelo con desinfectante clorado que contenga 2000mg/L [10]. Procedimientos de desinfección por TC no contaminado después de un presunto examen de caso COVID-19Además del procedimiento de desinfección rutinario anterior, se realiza la desinfección por aire durante 30 minutos antes de examinar a otros pacientes.ResultadosDesde el 21 de enero de 2020, cuando se realizó la detección de antecedentes epidemiológicos o síntomas auspiciosos para COVID-19, hasta el 9 de marzo de 2020, nuestro hospital examinó un total de 7.203 individuos y Entre los exámenes iniciales y los exámenes de nuevo, el número total de exámenes de detección de la fiebre era de 3.340. El examen de detección de la fiebre escaneó a un paciente aproximadamente cada 21,5 minutos. Como resultado de nuestras precauciones, ninguno del personal del departamento de radiología desarrolló síntomas sospechosos para el COVID-19. El tecnólogo de la fiebre-TC, con la mayor probabilidad de exposición, sigue siendo PCR negativo. DiscusiónHan pasado 17 años desde la epidemia del síndrome respiratorio agudo grave (SARS), la última propagación nacional de enfermedades infecciosas graves, estalló. Actualmente, los chinos están volviendo a painicking. La velocidad y el alcance de la propagación del COVID-19 en 2 meses son 12 sin precedentes, más allá de los del SARS, y esto se ha visto ayudado por su naturaleza contagiosa y rápida propagación a través de gotas y contacto. El modo de transmisión de la gota significa que una persona puede ser infectada fácilmente por medio de contacto casual o incluso fomitas en superficies ambientales contaminadas.Otra teoría aún no ha sido probada: propagación de aerosoles.La respuesta de los departamentos de radiología a cualquier brote de enfermedad infecciosa se determina principalmente por el riesgo estimado de infección cruzada para el personal y otros pacientes.Las precauciones apropiadas tomadas sólo por el personal en contacto directo con los pacientes pueden ser adecuadas cuando el riesgo es bajo.Las medidas más fuertes deben ser implementadas para limitar la propagación de la enfermedad cuando el riesgo es alto.Con enfermedades infecciosas graves como la COVID-19, el nivel más alto de medidas de control de la infección debe ser implementado; estas incluyen proporcionar equipo de protección estándar adecuado, capacitar al personal, e instituir planes de emergencia adecuados.Una vez identificada una enfermedad contagiosa infecciosa, la EMICT debe considerar cuatro áreas principales de respuesta: recopilación de datos, colaboración, evaluación de La recopilación de datos incluye la difusión de definiciones actualizadas de casos e información sobre pruebas confirmatorias a todo el personal con contacto directo con el paciente para permitir tomar las precauciones de barrera apropiadas.Todos los radiólogos deben conocer todas las características de imagen típicas y atípicas de la enfermedad para ayudar a reconocer la enfermedad en imágenes y permitir la notificación precisa de estos hallazgos. Hemos almacenado imágenes de todos los casos probables de COVID-19 en el PACS para que cualquier radiólogo pudiera revisarlas fácilmente, y también se pueden comparar imágenes de estudios de imágenes anteriores. La colaboración con los departamentos de radiología de otros hospitales es muy importante porque los pacientes pueden presentar inicialmente a diferentes centros, dependiendo de la ubicación geográfica y la distancia de viaje13. Estos pacientes pueden ser pocos en número en un solo hospital, pero si se dispone de datos de pacientes en varios hospitales, se puede lograr una comprensión global más precisa de ambas características de imagen y epidemiología. La difusión de esta información a todos los centros de salud también conducirá a un pronto reconocimiento de la enfermedad, y se pueden crear medidas de aislamiento adecuadas. Internet y las aplicaciones de las redes sociales, especialmente WeChat, se han utilizado para la distribución de información médica, y debido a que el intercambio de información sobre los brotes de enfermedades infecciosas es casi instantáneo, es una herramienta indispensable para los radiólogos. De hecho, dentro de un mes del brote, el hospital que recibió a los pacientes más infectados de la fuente del brote hizo una presentación en PowerPoint de las manifestaciones de TC de COVID-19, que se compartió a través de WeChat y se difundió por todo el país en muy poco tiempo. Pero cuando se combina con otra información epidemiológica, clínica, de laboratorio y de ácido nucleico del virus, los resultados típicos de la tomografía computarizada torácica son útiles para hacer el diagnóstico.En nuestra opinión, el papel principal de la tomografía computarizada torácica es comprender la evolución amplia y dinámica de las lesiones pulmonares inducidas por el COVID-19.Las razones por las que se adoptó el protocolo de la tomografía computarizada torácica de dosis bajas son las siguientes: la tomografía computarizada torácica de dosis bajas se ha utilizado ampliamente en la detección del cáncer de pulmón temprano.Se sabe que muchos cánceres de pulmón tempranos son opacidades de vidrio en tierra (GGO), por lo que creemos que el cribado de dosis bajas también es aplicable para el COVID-19.Además, teniendo en cuenta el rápido desarrollo del COVID-19, muchos exámenes CT14 Aunque los procesos que establecimos minimizaron la exposición del personal hospitalario, personal auxiliar y otros pacientes, siguen siendo limitados como sigue. La provincia de Sichuan no es el centro de la epidemia. El número de pacientes con COVID-19 a los que hemos tratado no ha sido alto, y la mayoría de los casos son de otras provincias de China. Sin embargo, creemos que nuestra experiencia en el manejo, la reconfiguración de nuestro departamento de radiología, y los cambios de flujo de trabajo implementados en la situación actual de COVID-19 son útiles para otros departamentos de radiología que deben prepararse para tratar con pacientes con COVID-19. Si bien ningún agente de radiología desarrolló síntomas sospechosos o confirmados como tener COVID-19, puede haber personal asintomático. REFERENCIAS1. Comisión Nacional de Salud de la República Popular China.(2020) Marzo 12: Información diaria sobre nuevos casos de coronavirus en China. Consultado enhttp://en.nhc.gov.cn/2020-03/12/c_77618.htm. Consultado el 11 de marzo de 2020. 2. Organización Mundial de la Salud. (2020). Enfermedad por Coronavirus 2019 (COVID-19) Informe de situación-52. Consultado el 11 de marzo de 2020. 3. Comisión Nacional de Salud de la República Popular China. (2020). Últimos avances en el control inepidémico el 15 de febrero. Consultado el 15 de febrero en http://en.nhc.gov.cn/2020-02/16/c_76622. Consultado el 11 de marzo de 2020. 154. Comisión de Salud de la República Popular China. (2020). La notificación de la operación de ensayo basada en la versión 6 en el diagnóstico y tratamiento de la enfermedad por coronavirus. Consultado enhttp://www.nhc.gov.cn/xcs/zhengcwj/202002/8334a8326dd94d329df351d7da8aefc2.shtml. Consultado el 11 de marzo de 20205. Comisión de Salud de la República Popular China. (2020). Notificación de la operación de ensayo basada en la versión 6 en el diagnóstico y tratamiento de la enfermedad por coronavirus. Consultado enhttp://www.nhc.gov.cn/xcs/zhengcwj/202002/8334a8326dd94d329df351d7da8aefc2.shtml. Consultado el 11 de marzo de 2020. 6. Comisión de Salud de la República Popular China.(2009). La guía para las operaciones con patógenos aislados en el hospital. Consultado enhttp://www.nhc.gov.cn/wjw/s9496/200904/40116.shtml. Accedido el 11 de marzo de 2020. 7. Comisión de Salud de la República Popular China.(2017). La guía para la prevención y el control de las infecciones hospitalarias adquiridas de patógenos aerotransportados. Consultado enhttp://www.nhc.gov.cn/wjw/s9496/201701/7e0e8fc67258443aabba8f841f2f585d2.shtml. Consultado el 11 de marzo de 2020. 8. Comisión de Salud de la República Popular China.(2017). La guía para la prevención y el control de las infecciones hospitalarias adquiridas de patógenos aerotransportados. Consultado enhttp://www.nhc.gov.cn/wjw/s9496/201701/7e0e8fc67258443aabba8f841f2f585d2.shtml. Accedido el 11 de marzo de 2020. 9. Comisión de Salud de la República Popular de China.(2012). La Comisión de Salud de la República Popular de China.(2012). La Comisión de Estandarización de técnicas de esterilización en el hospital. Consultado el 11 de marzo de 2012. Katona P. Bioterrorista Preparativos: Plano Genérico para Departamentos de Salud, Hospitales y Médicos. Enfermedades Infecciosas en la Práctica Clínica. 2002;11(3):115-122. Accedido el 11 de marzo de 2020. 16Leyendas de la FiguraFigura 1. El diagrama del diseño de nuestro departamento de radiología se dividió en cuatro áreas: contaminadas (sombreadas en negro), semicontaminadas (sombreadas en gris oscuro), tampón (sombreadas en gris claro) y áreas limpias (sombreadas en blanco). El área contaminada fue separada de otras áreas por barreras. Figura 2. Diagrama muestra el protocolo de TC para pacientes sospechosos y confirmados con COVID-19. Figura 3. Diagrama muestra el protocolo de TC para pacientes regulares. Abreviaturas:COVID-19: enfermedad por coronavirus 2019CT: tomografía computarizadaDR: radiografía digitalEMICT: equipo de gestión de emergencias y control de infeccionesNHC: Comisión Nacional de SaludPACS: sistema de archivo de imágenes y comunicaciónSARS: síndrome respiratorio agudo severoSentencia ResumenCon enfermedades infecciosas graves como el COVID-19, se deben implementar las medidas de control de infecciones más altas, se necesita colaboración con los departamentos de radiología de otros hospitales, y se emplean los medios sociales.Puntos de llegada1.Para responder a una emergencia de infección comunitaria, un equipo especial de gestión de emergencias necesita ser establecido a nivel departamental para implementar procedimientos de contención y control de infecciones que continúen permitiendo el examen de imágenes y el diagnóstico por imágenes de aquellos con sospecha de infección, y para prevenir la propagación intradepartamental de infección (EMICT). Las medidas de control de infecciones, como la reconfiguración de las áreas departamentales, la protección personal y la formación antiinfecciosa de todo el personal, los procedimientos estandarizados, incluida la minimización del contacto para la tomografía computarizada torácica y la DR, y la desinfección oportuna de las salas de examen de CT y DR, deben implementarse adecuadamente. 3. Si hay más de un escáner en un hospital, sólo se debe asignar uno de ellos a los casos sospechosos.

¿Cuántas muertes de COVID ocurrieron en China continental el 11 de marzo?

Visión general de la 3a Conferencia del Grupo Isirov-Antiviral – avances en la gestión clínicahttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4280814/SHA: f7bb1f005066cb4930f83cde4cdc1ff3fe411defAutores: Hurt, Aeron C; Hui, David S; Hay, Alan; Hayden, Frederick GDate: 2014-11-15DOI: 10.11111/irv.12293Licencia: cc-byAbstract: Esta revisión destaca los principales puntos surgidos de las presentaciones y discusiones en la 3a Conferencia del Grupo Isirov-Antiviral - avances en la gestión clínica. Los datos actuales sobre los tratamientos aprobados y novedosos para los virus respiratorios no-influenza como el MERS-CoV, el virus sincitial respiratorio (RSV) y los rinovirus y los desafíos del tratamiento de pacientes inmunocomprometidos con infecciones respiratorias. Texto: Las infecciones recurrentes por gripe y otros virus respiratorios contribuyen enormemente a la carga de enfermedades humanas y (emergentes) infecciones zoonóticas esporádicas, como la gripe H7N9 y H5N1 y el síndrome respiratorio de Oriente Medio (MERS) coronavirus, plantean una amenaza constante de una nueva epidemia mundial. A pesar de los amplios conocimientos de los virus y su interacción con el huésped, hay poco en nuestro arsenal de vacunas y terapias para combatir esta embestida perpetua. La tercera conferencia del Grupo Isirov Antiviral sobre Influenza y Otras Infecciones Respiratorias: Avances en el Manejo Clínico, celebrada en Tokio (Japón) del 4 al 6 de junio de 2014, atrajo a 188 médicos clínicos, especialistas en salud pública y científicos médicos de 34 países para presentar sus investigaciones recientes y discutir diversos aspectos del impacto de los virus respiratorios en diferentes grupos de pacientes y en diferentes regiones del mundo. El programa 1 se centró en los últimos avances en la mitigación y el manejo clínico de la gripe y otras enfermedades del virus respiratorio, y el uso exitoso de antivirales (y vacunas) contra la gripe estacional y pandémica, particularmente en Japón, así como en el desarrollo/evaluación de nuevos agentes antivirales. Esta visión general destaca algunos de los principales puntos que surgieron de las presentaciones (tanto orales como de carteles) y la discusión asociada. Entre ellos figuran los subtipos múltiples del virus de la gripe aviar A, en particular el H5N1 y el H7N9, y el H3N2v de origen porcino. Muchas autoridades de todo el mundo han desarrollado instrumentos de evaluación de riesgos (por ejemplo, los CDC europeos, los CDC estadounidenses, la USAID y la OMS) para ayudar a predecir la probabilidad de que aparezca un virus en particular y su impacto asociado, así como para dar prioridad al desarrollo de virus de la vacuna humana candidata. 2 Estos instrumentos permiten una reevaluación continua a medida que se dispone de nuevos datos y proporcionan un proceso objetivo y transparente con el que se pueden adoptar decisiones de asignación de recursos y planificación de pandemias. En febrero de 2013, China detectó los primeros casos humanos de infección por H7N9 en pacientes gravemente enfermos con neumonía. 3 Hasta el 22 de mayo de 2014, se han confirmado 446 casos de H7N9 en China que resultaron en 163 muertes. 4 Los casos se han producido principalmente durante dos olas (semanas [8] [9] [10] [11] [11] [14] [15] [16] [17] 2013 y semana 40, 2013semana 20, 2014], 4 de las cuales el 85% tenían exposición previa a los mercados de aves de corral o aves de corral vivas contaminadas. La mediana de tiempo desde el inicio de la enfermedad fue de 5 días, mientras que la mediana de tiempo desde el inicio de la enfermedad hasta el ingreso hospitalario, el desarrollo de ARDS, la terapia antiviral y la muerte fue de 5, 6Á8, 7 y 14 días, respectivamente. 5 El cierre de los mercados de aves de corral vivas ha reducido notablemente el riesgo de infección por H7N9. En nueve zonas de las dos provincias más afectadas de China, el análisis 6 Un estudio serológico retrospectivo de muestras de sangre tomadas en enero-mayo y octubre-noviembre en 2012 de 1544 sujetos que trabajaban en mercados de aves de corral vivas, granjas, mataderos o aves de corral de patio trasero no reveló evidencia de infección por H7N9, 7 lo que indica una susceptibilidad generalizada de la población y la falta de circulación previa de virus relacionados con antígenos. Se han notificado múltiples grupos familiares, pero no se ha mantenido la transmisión de seres humanos a seres humanos, con estudios que demuestran una muy baja detección de virus o anticuerpos específicos en contacto estrecho (0-34% y 0-2 % en la primera y segunda onda, respectivamente) y trabajadores sanitarios de casos positivos. 8 Tanto en la primera como en la segunda onda, la mayoría de los pacientes hospitalizados con infección por H7N9 eran hombres mayores (mediana, 62 y 58 años, respectivamente, con una relación global hombre/mujer de 2Á2:1) y la Las condiciones médicas preexistentes ocurrieron en > 60% de estos casos. Las características clínicas prominentes en el ingreso fueron las de un síndrome de gripe grave con fiebre, tos, fatiga y disnea, mientras que los hallazgos de laboratorio más llamativos fueron la linfopenia y trombocitopenia marcadas. Se han observado niveles elevados de citocinas en los pacientes y estas respuestas excesivas de citocinas pueden contribuir a la gravedad clínica de la infección por H7N9. 9 Partiendo de eventos de reasignación que involucran al menos tres virus de la gripe aviar, los virus H7N9 con múltiples genotipos continúan surgiendo con mayor frecuencia en 2014. Muchos virus aislados de los seres humanos contienen la sustitución de aminoácidos E627K en el componente PB2 de la polimerasa, asociado con la adaptación de los mamíferos, y las sustituciones G186V y Q226L en la hemaglutinina (HA) que están asociadas con la unión de dos receptores a2,3 y a2,6 receptores de ácido siálico vinculados. 10 Todos los virus H7N9 desde el brote hasta la fecha son antígenos similares a la cepa vacuna (original) candidata. El tratamiento de pacientes infectados por H7N9 con inhibidores de la neuraminidasa (INA), incluyendo peramivir intravenoso (IV) o zanamivir, parece haber sido beneficioso incluso cuando el tratamiento se inició tardíamente, aunque la aparición de resistencia a oseltamivir se ha asociado con resultados clínicos deficientes. 12 Todos los virus H7N9 son resistentes a la amantadina debido a la sustitución S31N en la proteína canal de iones M2, mientras que los virus que contienen la sustitución R292K en neuraminidasa (NA), que confiere resistencia tanto a oseltamivir como a peramivir (> 1000 veces mayor en IC 50 ) y reduce la susceptibilidad a zanamivir y laninamivir (50 y 25 veces más en IC 50, respectivamente), se han notificado en seis casos. Dos de estos pacientes con infección severa por H7N9 que requieren oxigenación de membrana extracorpórea (ECMO) también recibieron tratamiento sistémico con corticosteroides que llevó al fracaso del tratamiento y a un pobre resultado clínico. 12 La replicación y transmisión de virus H7N9 que contienen la mutación R292K NA han demostrado ser comparables a los de virus de tipo salvaje H7N9 en cobayas, 13 y hurones después de la exposición tanto de contacto como de no contacto. Sin embargo, el virus de tipo salvaje superó a la cepa resistente a R292K en algunos hurones durante el curso de la infección. 14 Curiosamente, la variante R292K parecía ser el virus dominante en lóbulos de pulmón de hurón, mientras que en los turbinatos nasales, el virus de tipo salvaje fue predominante. Por lo tanto, parece que la mutación R292K causa menos pérdida de aptitud 13Un nuevo genotipo reafirmante de H5N1 que contiene los genes HA y NA del clado 1.1.2 y los genes internos del clado 2.3.2.1 surgió durante 2013 y se asoció con el mayor número de casos (n = 26) y muertes (n = 14) en Camboya. 15 En todo el mundo desde 2003 se han confirmado 650 casos de H5N1 y 386 muertes en humanos, 16 de las cuales la mayoría de las infecciones en los últimos 2 años se han producido en niños. La transmisión de seres humanos a humanos sigue siendo extremadamente rara a partir de datos virológicos y serológicos procedentes del análisis de estrechos contactos de casos confirmados en Camboya, Tailandia y Vietnam. 17 Un estudio de los patrones de transmisión de hogares en Indonesia ha demostrado que la tasa global de ataques domésticos fue de 18Á3% y la tasa de ataques secundarios fue de 5Á5%, independiente del tamaño de los hogares. 18 La terapia con Oseltamivir parece reducir la mortalidad cuando se administra en los 8 días de inicio de la enfermedad H5N1, aunque el tratamiento más temprano es más eficaz, lo que pone de manifiesto la necesidad de un diagnóstico precoz del paciente. 19 El inicio temprano de oseltamivir fue particularmente eficaz para reducir la mortalidad en pacientes con H5N1 sin insuficiencia respiratoria (proporción de frecuencias, 0Á17; P = 0Á04), mientras que aquellos que necesitaban apoyo ventilatorio en el momento del inicio de oseltamivir tenían más probabilidades de morir. 20 Un estudio de los factores de riesgo de mortalidad relacionados con H5N1 identificó la edad, el país, el gasto sanitario del gobierno per cápita y el retraso desde el inicio de los síntomas hasta la hospitalización como parámetros clave, destacando la importancia del diagnóstico precoz, el tratamiento y la atención de apoyo. 21 Los corticosteroides sistémicos de alta dosis (SC 22 Recientemente se detectó en China un caso humano de H5N6 aviar; el virus fue un reafirmante que contenía siete genes de H5N1 y el gen NA de un virus H6N6 que circulaba en patos. 23 China también ha informado de la detección de tres infecciones humanas, dos mortales, con virus H10N8 aviar que contienen los genes internos de H9N2, al igual que H7N9. 24 Al igual que el virus H7N9, el virus H10N8 tiene baja patogenicidad en aves de corral y, por lo tanto, es difícil de detectar en aves. La carga en poblaciones objetivo Las mujeres embarazadas y los lactantes tienen un mayor riesgo de complicaciones tras la infección por gripe. A nivel mundial, un número significativo de mujeres embarazadas murieron durante la pandemia de 2009-2010, pero no se produjo mortalidad materna en el Japón. 25 Por medio de campañas educativas dirigidas a mujeres embarazadas y profesionales de la salud, el 67% de las mujeres embarazadas fueron vacunadas contra la H1N1pdm09, lo que dio lugar a una tasa de infección entre las mujeres embarazadas en Japón del 35% en comparación con la tasa global de infección en la población del 12%. 26 De las mujeres embarazadas infectadas con H1N1pdm09 en Japón, el 95% fueron tratadas con antivirales y, lo que es más importante, el 88% de ellas fueron tratadas en los 2 días siguientes al inicio de los síntomas. 25 En Mongolia, un estudio prospectivo de cohorte durante 2013-2014 encontró que se detectó una enfermedad similar a la gripe (ILI) en 17Á9% de las mujeres embarazadas, de las cuales la mayoría dieron positivo para la gripe A, con una infección sustancialmente inferior por el virus B de la gripe y sincitial respiratorio (RSV). 27 Durante el mismo período 27 Se constató que la carga de gripe en los niños de una comunidad rural india era considerable, ya que el 11-6% de los casos de ILI eran causados por virus de la gripe A o B. 28 Estos resultados ponen de relieve la importancia de la inmunización materna. 29 Patrones de transmisión El análisis de secuencias de virus de la gripe aislados de los estudiantes de un campus universitario de Singapur proporcionó información sobre la cadena de transmisión, mostrando que el 62% de los 32 virus eran muy similares, demostrando que la mayoría de la transmisión se producía en el campus universitario y no en infecciones externas. 30 La eficacia de las máscaras quirúrgicas, la higiene de las manos y la educación en materia de salud investigadas en los hogares de Hong Kong y Bangkok no detectó diferencias significativas en la tasa de ataques en cohortes utilizando una de esas intervenciones. 31 Un análisis más detallado de los datos permitió conocer la importancia relativa de los aerosoles, las grandes gotas y la transmisión de contacto 31 Uso y eficacia Los inhibidores de la neuraminidasa se utilizan comúnmente para el tratamiento de la gripe en Japón, generalmente después de un resultado positivo de una prueba de punto de atención (POC). Durante la pandemia de 2009-2010, se enviaron más de 20 millones de kits de pruebas de POC a hospitales y clínicas de Japón para permitir un diagnóstico rápido, y el 89% de los casos tratados se administraron IAN en las 48 horas siguientes a la aparición de los síntomas. 32 En Japón, durante 2013, oseltamivir y laninamivir representaron el 40% de las IAN utilizadas, mientras que el uso de zanamivir (15%) y peramivir (5%) fue considerablemente menor. La eficacia de la IAN se ha evaluado en numerosos estudios observacionales en Japón. La eficacia de oseltamivir se reduce significativamente en pacientes con retraso en el tratamiento, y la duración de la fiebre y el derrame viral es más 33, 34 La reducción de la eficacia frente a los virus influenza B también se observó en los ensayos de zanamivir 33, 35 y laninamivir 35. Para determinar si las IAN redujeron la mortalidad durante la pandemia de 2009-2010, se compilaron datos sobre 29 234 pacientes hospitalizados con infección confirmada por A(H1N1)pdm09. 36 En comparación con ningún tratamiento, el tratamiento con IAN se asoció con una reducción significativa de la mortalidad, con un tratamiento precoz que también mostró una reducción del riesgo de mortalidad en comparación con el tratamiento tardío. Aunque no hubo ningún efecto clínico significativo al comparar el tratamiento tardío con ningún tratamiento en pacientes hospitalizados, hubo un beneficio significativo en el tratamiento de pacientes que llegaron tarde a unidades de cuidados intensivos. 36 En un estudio de profilaxis domiciliaria, el laninamivir inhalado administrado durante 2 ó 3 días redujo la tasa de enfermedad en los hogares a 3Á9% 37 Un modelo de hurón de profilaxis oseltamivir ha demostrado que, si bien la morbilidad se redujo significativamente, los regímenes de profilaxis no previnieron la infección ni redujeron significativamente la carga viral. 38 Resistencia Aunque los cuatro IAN son análogos de ácido siálico, tienen diferencias sutiles en la estructura química y las propiedades de unión. Por lo tanto, los patrones de resistencia varían entre los IAN. La sustitución de IAN detectados con mayor frecuencia que causa resistencia a IAN en virus de gripe que contienen N1 es H275Y, lo que confiere resistencia a oseltamivir y peramivir, pero no a zanamivir y laninamivir. Esta mutación de resistencia se fijó en los virus H1N1 estacionales que circulan en 2008-2009. 39 A finales de 2013 se detectó un grupo de virus H1N1pdm09 que contenían la sustitución H275Y en 38 (39%) de 97 virus H1N1pdm09 de pacientes comunitarios que no recibían IAN en Sapporo, Japón, 40 que recuerdan un grupo similar de virus resistentes a oseltamivir H1N1pdm09 en pacientes comunitarios de Australia en 2011. 41, 42 Es importante destacar que ambos conjuntos de virus contenían mutaciones de NA permisivas (V241I y N369K) que se han demostrado en estudios de hurones para compensar el efecto desestabilizador y negativo de la mutación de H275Y NA. 43 En pacientes con gripe hospitalizada tratados con zanamivir intravenoso, la secuenciación de próxima generación se ha utilizado para identificar poblaciones de virus resistentes menores. Un total de cinco sustituciones de NA fueron identificadas en diferentes virus, incluyendo E119K y E119D; sin embargo, todos excepto E119D estuvieron presentes en proporciones tan bajas que no pudieron ser detectadas por métodos de secuenciación de "población" de Sanger. 44 Los efectos de varias mutaciones en residuos catalíticos y de marco de influenza B NA fueron investigados usando genética inversa y un rango de ensayos funcionales. Cuatro sustituciones (D198E, I222T, H274Y y N294S) confirieron una susceptibilidad reducida a oseltamivir, mientras que tres sustituciones (E119A, D198Y y R371K) causaron una inhibición altamente reducida por oseltamivir, zanamivir y peramivir. 45 Dos de estas variantes (H274Y, E119A) tenían aptitud para replicación in vitro Hasta la fecha, estas sustituciones sólo se han detectado en raras ocasiones en los virus de la gripe circulante. Una formulación intravenosa de zanamivir mostró eficacia virológica y clínica sin preocupaciones de seguridad en pacientes hospitalizados con gripe en Japón. 46 Una gama de nuevos derivados de adamantano tienen una buena actividad antiviral in vitro y en modelos animales contra los virus H1N1pdm09 y H3N2 que contienen la sustitución del canal de iones S31N M2 que confiere resistencia a la amantadina. 47 Favipiravir es una molécula nueva de pirazinamida que inhibe la replicación de varios virus de ARN, incluidos los tipos de gripe A, B y C (incluyendo cepas resistentes a oseltamivir), y recientemente ha sido autorizada en Japón para el control de virus de la gripe nuevos o reemergentes. Su metabolito trifosfato es un inhibidor de la ARN polimerasa que interrumpe la replicación del genoma del virus; se ha demostrado la sinergia con oseltamivir en modelos preclínicos. 48 Un estudio de fase II en los EE.UU. ha demostrado que un régimen dos veces al día disminuyó el título y el tiempo hasta el cese del desprendimiento del virus, y tuvo un beneficio significativo en la reducción de los síntomas clínicos (NCT01068912; www.clinicaltrials.gov). Actualmente se están llevando a cabo estudios de fase III posteriores (NCT02008344 y NCT02026349). Un anticuerpo monoclonal neutralizante (MHAA4549A) que se une al tallo de HA de los virus influenza A en los subtipos del grupo 1 y del grupo 2 HA ha sido eficaz cuando se administra hasta 72 horas después de la infección en ratones y 49 Los ensayos en fase I y IIa en humanos mostraron que el anticuerpo era bien tolerado, tenía una semivida media de 21Á9 días y era eficaz como terapia a dosis altas en voluntarios infectados experimentalmente (NCT01877785). Los próximos ensayos en fase IIb controlados con placebo se dirigirán a pacientes con gripe hospitalizada que requieran oxígeno y compararán la combinación del anticuerpo monoclonal con oseltamivir con oseltamivir en monoterapia (NCT0180966). Otros anticuerpos ampliamente neutralizantes contra múltiples clados de H5N1 han sido generados por enmascaramiento de glucanos de residuos antigénicos clave de HA con respuestas directas a anticuerpos a la región madre más conservada de la HA. 50 FluPep, un nuevo péptido que impide la entrada del virus en las células, ha demostrado en estudios con ratones que es eficaz para reducir los títulos de virus en pulmones, citocinas inflamatoria 51 La fludasa (DAS-181) es un agente terapéutico dirigido al huésped que elimina el ácido siálico de los receptores celulares en las vías respiratorias, previniendo así la unión al virus de la gripe. Se administra tópicamente, es eficaz en modelos animales de infección letal por H5N1 y H7N9, incluyendo una variante resistente al NAI R292K H7N9. 52 En una fase 2 del TCA, el DAS181 inhalado redujo la replicación viral faríngea en la gripe no complicada pero no redujo las cargas del virus nasal ni mejoró los resultados clínicos. 53 Otro enfoque dirigido al receptor es el desarrollo de proteínas de unión al ácido siálico multivalente; 54 una administración única 7 días antes de la infección resultó en la protección del 80-100% de ratones frente al desafío letal por H7N9. 55 Aparte de bloquear el ácido siálico, el compuesto parece estimular la expresión de mediadores proinflamatorios, "preparando" el sistema inmunitario para la infección de gripe posterior. Sin embargo, cuando se administró 24 horas después de la infección, la protección fue de sólo 20-40%. 55 Aunque la resistencia a los fármacos se considera menos probable que ocurra con terapias dirigidas por el huésped, los mutantes de escape se han desarrollado rápidamente después de la exposición a un medicamento inhibidor de la ATPase vacuolar dirigido por el huésped. 56 Además, tras el paso en serie de diferentes virus en presencia de bafilomicina A1, se seleccionaron dos mutaciones de HA (A19T y S210N), lo que resultó en una menor susceptibilidad a los medicamentos y un aumento de la virulencia en ratones. 56 Los estudios de eficacia de la vacuna contra la gripe múltiple (IVE) han utilizado el método de diseño negativo En Japón, en 2013/14, la EVI para la gripe A en niños de 1 a 5 años de edad promedió un 72% (IC 95% 64 a 79), bajó al 48% (IC 95% 31 a 61) en niños de 6 a 12 años y no fue evidente contra la gripe B en ningún grupo de edad (À1%, IC 95% 19 a 14). Se sabe que la eficacia de la vacuna contra la gripe es menor en adultos mayores de 65 años, un grupo que representa > 60% de las hospitalizaciones estacionales relacionadas con la gripe y > 90% de las muertes relacionadas con la gripe. En un esfuerzo por mejorar la EVI en los ancianos, los ECA recientes han investigado el uso de adyuvantes, inyección intradérmica y dosis superiores de antígeno. Si bien el uso de la vacuna contra la gripe adyuvada con AS03 fue moderadamente superior a la vacuna no adyuvada en las personas de edad avanzada, 59 el uso de una vacuna de dosis altas que contiene cuatro veces el nivel estándar de HA (60 lg por virus) dio lugar a una mejora de la eficacia en comparación con la vacuna de dosis estándar. 60 Para los fabricantes de vacunas, la generación de reasociantes de alto crecimiento de ciertos virus circulantes puede ser difícil. Un estudio reciente utilizó mutagenesis aleatoria de PR8 y la selección de clones de alto crecimiento en células MDCK y Vero para obtener una versión de alto crecimiento de PR8. 61 El reasociamiento del virus PR8 de alto crecimiento con la HA/NA de virus de gripe H5N1, H7N9 o estacional mostró que los rendimientos superaban significativamente los reasociantes equivalentes que contenían los genes internos del virus PR8 61 En julio de 2014, el número de casos confirmados de MERS-CoV ha superado los 830, con al menos 288 muertes asociadas. 62 La mayoría de los casos han afectado a pacientes con comorbilidades (76%) y son predominantemente varones (63%) con una edad media de 47 años. 63, 64 Menos del 25% de los pacientes han notificado contacto con animales, incluidos camellos dromedarios, que han demostrado ser un reservorio animal probable basado en la seropositividad y la detección de MERS-CoV. 65 Más del 25% de las infecciones se han producido en trabajadores sanitarios, y el gran número de infecciones nosocomiales es probable que se deba a un control inadecuado de las infecciones en los hospitales, además de una vigilancia reforzada que ha detectado un número sustancial de infecciones leves o asintomáticas. 63 Fuera del hospital, es probable que la carga de la enfermedad sea mayor de lo que se ha notificado. 66 El análisis serológico de varios pacientes del Reino Unido encontró un rápido aumento de anticuerpos desde el día 10, y que los títulos se mantuvieron durante al menos 300 días después de la infección. Los anticuerpos anti-S (glucoproteína spike) son responsables de la neutralización del virus. Importantemente para los análisis serológicos, los pacientes que experimentan sólo enfermedad leve pueden montar sólo una modesta respuesta serológica. 67 Muestras secuenciales de tres casos involucrados en una cadena de transmisión fueron ampliamente analizadas utilizando secuenciación de próxima generación. 68 Se detectaron varias variantes minoritarias, algunas de las cuales fueron transitorias mientras que otras fueron transmitidas, y hubo evidencia de variación en la frecuencia de algunas variantes en diferentes compartimentos del cuerpo. Se han investigado varias opciones terapéuticas para el tratamiento del MERS-CoV, pero no existe actualmente terapia de valor probado. El uso del SC se asoció con resultados adversos en el SARS 69 y no se recomienda para el M Muchos agentes han mostrado efectos inhibidores frente al MERS-CoV en cultivos celulares, incluyendo interferón +/À ribavirina, ciclosporina A, ácido micofenolico, cloroquina y lopinavir. 70 Interferones, lopinavir, micofenolato, posiblemente alisporivir y combinaciones son opciones razonables para las pruebas en ensayos clínicos controlados. El metaanálisis exploratorio post hoc de estudios relacionados con el SARS y la gripe grave ha mostrado una reducción significativa de la mortalidad tras el tratamiento plasmático convaleciente en comparación con placebo o sin tratamiento (odds ratio 0Á25; 95% CI 0Á14-0Á45). 71 Así, el uso temprano de anticuerpos neutralizantes específicos del virus en forma de plasma convaleciente y anticuerpos neutralizantes monoclonales o policlonales para el tratamiento del MERS-CoV tiene la mayor probabilidad de beneficio clínico. Entre las modalidades con riesgos que pueden superar los beneficios se encuentran SC, ribavirina en monoterapia y IVIG. 72Virus sincitial respiratorio (RSV) El virus sincitial respiratorio afecta desproporcionadamente a los niños en países de bajos ingresos. 73 Casi todos los niños habrán sido infectados con VRS en su segundo cumpleaños, y es la causa número uno de hospitalización de los lactantes en los Estados Unidos, causando 10 veces más muertes infantiles que la gripe. 74 Además, el VRS infecta al 3-10% de los adultos al año y representa el 5-15% de la neumonía adquirida en la comunidad (CAP) y el 9-10% de las hospitalizaciones, 75 una carga de enfermedad que se aproxima a la causada por la gripe. En un estudio realizado en Hong Kong, de 607 adultos hospitalizados con VRS, el 40% tenía neumonía y el 70% necesitaba oxígeno suplementario; las tasas de mortalidad y la duración de la hospitalización fueron similares a las observada Aunque los corticosteroides se utilizaron para tratar al 38% de los pacientes, el tratamiento no tuvo ningún beneficio en el resultado clínico y, en cambio, aumentó las infecciones bacterianas secundarias y causó una mayor duración de la enfermedad. La replicación de 75 VRS aparece prolongada en pacientes con comorbilidades y complicaciones de la TRT. La profilaxis de palivizumab en lactantes prematuros de < 6 meses de edad ha demostrado que reduce la hospitalización debido a la VRS en un 55%. 76 La prevención de la VRS durante la infancia se ha asociado con la reducción de los sibilancias más tarde en la vida. 77 Ensayos de otros anticuerpos monoclonales han demostrado típicamente que no alcanzan superioridad en comparación con el palivizumab y, por lo tanto, logran licensura. Además, el tratamiento con anticuerpos monoclonales neutralizantes no parece reducir la carga del virus ni la gravedad de la enfermedad en lactantes Los rinovirus humanos (VDH) suelen causar infecciones respiratorias agudas leves, pero en ocasiones también pueden causar infecciones respiratorias más graves, incluyendo exacerbaciones del asma y de la EPOC. De 115 niños japoneses con asma, se detectó un virus respiratorio en el 86%, de los cuales la VHR (n = 36) o VRS (n = 47) eran más comunes. 79 células epiteliales bronquiales ex vivo de personas con asma son más susceptibles a la infección por VHR, debido a la inducción deficiente de IFN-b e IFN-lambda. En un estudio de 147 asmáticos en terapia con corticosteroides inhalados, con antecedentes de exacerbaciones asociadas al virus, los pacientes fueron aleatorizados al tratamiento de 14 días con IFN-b inhalado o placebo en las 24 horas siguientes al desarrollo de síntomas de resfriado. En un análisis exploratorio de un subconjunto de asma más difícil de tratar (n = 27 IFN-b; n = 31 placebo), el empeoramiento de los síntomas aumentó significativamente en el grupo placebo, pero fue evitado por IFN-b (P = 0Á004). 80 Se encontró que un antiviral específico del picornavirus, vapendavir, redujo la puntuación sintomática, el menor uso de un hinchador broncodilatador y redujo la carga viral en pacientes asmáticos con una URTI debido a la VFC. 81 Pruebas diagnósticas de punto de cuidado que pueden producir un resultado en 15 minutos han estado disponibles en muchos países durante la última década, pero aunque con una buena especificidad, la sensibilidad ha sido típicamente pobre, desde el 10% hasta el 80% en comparación con PCR o cultivo. Su uso en los departamentos de emergencia de los hospitales puede resultar en un menor uso innecesario de antibióticos y una mayor probabilidad de alta. Se están desarrollando nuevas pruebas de POC basadas en inmunofluorescencia con una mejor sensibilidad. Además, la prueba de POC Quidel Sofia puede ser conectada a través de Internet de tal manera que los resultados pueden ser reportados en tiempo real a bases de datos centrales. Otras pruebas de POC están utilizando tecnología de inmunocromatografía de amplificación de plata fotográfica para aumentar la sensibilidad. 82 PCR sigue siendo el estándar oro para diagnósticos de virus con una capacidad de ser rápidos, sensibles, específicos e identificar una amplia gama de patógenos a través de diferentes ensayos. La capacidad de multiplexar múltiples objetivos patógenos permite reducir los costos en un entorno diagnóstico. Nuevas tecnologías de sistema cerrado que implican sólo un mínimo de tiempo práctico (unos pocos minutos) y que realizan tanto extracción automática de ácido nucleico y PCR para múltiples patógeno 83 Las tecnologías de secuenciación de próxima generación y los análisis basados en PCR con sensibilidad creciente ofrecen un alcance considerable en el diagnóstico, aunque nuestra comprensión actual del impacto clínico de los patógenos a niveles bajos o la presencia de variantes como poblaciones de virus menores es limitada. Proporcionar análisis sensibles de bajo costo para diagnosticar infecciones por virus respiratorios en países de ingresos bajos/medios es difícil, pero tiene el potencial de mejorar el tratamiento y evitar el uso de antibióticos innecesarios en estas regiones. Medicamentos reutilizados para infecciones virales respiratorias Nitazoxanida (NTX) es un agente antiparasitario aprobado para infecciones por Giardia y Cryptosporidium que también inhibe la replicación in vitro de la gripe y otros virus respiratorios. 84 El tratamiento con NTX 600 mg dos veces al día durante 5 días se asoció con una reducción en la duración de los síntomas en participantes con gripe aguda no complicada. 85 En un análisis subconjunto de 238 pacientes sin infección por virus confirmada, el tratamiento con NTX 600 mg también llevó a un menor tiempo de alivio de los síntomas en comparación con placebo (88Á4 frente a 105Á7 horas, P = 0Á02). 86 Corticosteroides sistémicos para infecciones por virus respiratorios Una revisión de los estudios observacionales prospectivos ha demostrado que la SC aumentó los riesgos de mortalidad y morbilidad (por ejemplo, infecciones secundarias, neumonía adquirida en el hospital) en infecciones graves debidas a la gripe A(H1N1)pdm09, especialmente con terapia antiviral retardada. 87 Durante las infecciones por SARS, se observó un mayor riesgo de necrosis avascular y eliminación prolongada del virus en pacientes que habían recibido terapia SC de dosis altas. 88 Por lo tanto, es importante evitar el uso de la SC de dosis altas en infecciones virales respiratorias graves fuera del contexto de los ensayos clínicos. La SC de dosis bajas está indicada para el manejo del shock séptico refractario, 89 y un corto curso de SC está indicado para exacerbaciones agudas de enfermedades obstructivas de las vías respiratorias (asma, EPOC) 90 La evidencia actual no apoya un efecto clínicamente relevante de los glucocorticoides sistémicos o inhalados en el ingreso o la duración de la hospitalización de la bronquiolitis viral aguda en lactantes y niños pequeños. 91 Virus respiratorio sincitial, virus de la gripe, virus de la parainfluenza (PIV) y adenovirus (AdVs) causan la enfermedad más grave en los huéspedes inmunocomprometidos, pero otros virus respiratorios se aprecian cada vez más como causa de la enfermedad del tracto respiratorio superior e inferior. El potencial de estos virus para causar infecciones del tracto respiratorio inferior (LRTI) después del trasplante varía. Las infecciones por metapneumovirus humano tienen resultados similares a la infección por VRS en receptores de trasplante de células madre hematopoyéticas, incluyendo neumonía potencialmente grave y mortal. Las infecciones por VFC y por coronavirus son muy frecuentes en los receptores de trasplantes, pero la enfermedad del tracto respiratorio inferior grave es poco frecuente. En un estudio prospectivo de 112 receptores de trasplante de pulmón, las tasas de infección por virus en las visitas de detección, rutinarias y de emergencia fueron del 14%, 15% y 34%, respectivamente. Los picornavirus se identificaron con mayor frecuencia en muestras nasofaríngeas (85/140; 61%) y BAL (20/34; 59%). El transporte asintomático del virus, principalmente de picornavirus, se encontró en el 10% de las visitas de detección. Las infecciones se asociaron con pérdida transitoria de la función pulmonar y altos niveles de inhibidor de calcineurina. La tasa de 92 Entre los factores de riesgo de IRGL grave entre los receptores de trasplantes se incluyen los pacientes post-trasplante de inicio temprano (< 3 m), bolos esteroideos, niños pequeños (< 1 año), EICH crónica, linfopenia/linfodepleción y HSTC alogénico. 92 pacientes inmunocomprometidos con gripe presentan más complicaciones, mayor desprendimiento de virus y más resistencia antiviral, y a menudo muestran síntomas y signos clínicos más leves en la evaluación clínica inicial. 93 virus de la gripe A (H1N1)pdm09 tienen el potencial de aparición rápida de resistencia a oseltamivir y causan morbilidad grave, especialmente en pacientes inmunocomprometidos con linfopenia y terapia antiviral retarda. 94 La viremia de la gripe puede servir como marcador de un resultado global pobre con un mayor riesgo de progresión a IRGL, hipoxemia, insuficiencia Se detectó ARN de gripe en sangre (viremia) en nueve de los 79 receptores de HSCT (11A4%) con gripe. Entre los pacientes con ITRL, la viremia se asoció con un aumento de los riesgos de muerte global y asociada a la gripe (hazard ratio 3Á5, 1Á1-12).95 En 143 receptores de HSCT con infección estacional de gripe, el tratamiento con dosis altas de corticosteroides se asoció con una tendencia a la eliminación prolongada del virus [(OR), 3Á3; IC 95% 1Á0-11; P = 0Á05], mientras que la terapia antiviral iniciada para tratar la infección del tracto respiratorio superior (URTI) se asoció con menos casos de ITRL (OR, 0Á04; IC 95%, 0-0Á2; P < 0Á01) y menos episodios de hipoxemia (OR, 0 96 En vista de los riesgos de replicación prolongada y de aparición de resistencia al fármaco, 97 de duración más larga y una dosis más alta de IAN pueden ser beneficiosos. Se demostró consistentemente que la terapia temprana ha mejorado los resultados. [98] [99] [100] [101] Otras opciones de tratamiento en estudio son el uso de terapia de combinación triple con amantadina, oseltamivir y ribavirina, 102 o peramivir intravenoso 103 o zanamivir. 104 El tratamiento de la gripe en los receptores de trasplante pulmonar se asocia con un riesgo reducido de desarrollar síndrome de bronquiolitis obliterana. 105 Parainfluenza DAS181 es inhibitoria para la IVP y los virus de la gripe, incluidos los resistentes a la amantadina y a las NAIs 106 y puede ser eficaz en el tratamiento de pacientes inmunocomprometidos con enfermedad pulmonar grave de la IVP. 107 En un estudio realizado en cuatro niños gravemente inmunocomprometidos con tratamiento de la enfermedad PIV con DAS181 durante 5-10 días, por inhalación de polvo seco o nebulización, se observó un aumento transitorio de las pruebas séricas de fosfatasa alcalina, función hepática y coagulación, pero se redujo la carga del virus de lavado nasal en todos los pacientes en el plazo de 1 semana con mejoría de las características clínicas. 108 En un ECA de receptores de trasplante pulmonar con infección por VRS, la incidencia de síndrome de bronquiolitis obliterana nuevo o progresivo en el día 90 se redujo significativamente en 16 pacientes que recibieron un ARN interferente pequeño frente al Ngene RSV (ALN-RSV01) en comparación con placebo (n = 8) (6Á3% frente a 50%, P = 0Á027). 109 En un estudio multicéntrico de seguimiento más amplio en fase IIb, el tratamiento con ALN-RSV01 mostró un riesgo mayor de ocho veces menor en el desarrollo del síndrome de bronquiolitis obliterante al día 180. 110El adenovirus es una infección grave, a menudo mortal, en pacientes inmunocomprometidos, especialmente en receptores de HST. El control del AdV está principalmente mediado por células T, y por lo tanto, los pacientes que han recibido regímenes supresores de células T tienen un mayor riesgo de infección por AdV. La incidencia anual de infecciones por AdV en receptores de HST oscila entre el 5% y el 50%, y está aumentando, probablemente debido al aumento del uso de aloinjertos de células T y sangre del cordón como fuente. La tasa de mortalidad es de hasta el 80%. 111 Brincidofovir (BCV; anteriormente CMX-001) es un conjugador de lípidos biodisponible por vía oral de cidofovir (CDV) que proporciona concentraciones intracelulares altas de difosfato de CDV con una larga semivida intracelular (hasta 4-6Á5 días). El BCV es 65 veces más potente frente a AdV que el CDV in vitro con un bajo riesgo de nefrotoxicidad mieloidar, pero los efectos secundarios gastrointestinales son más frecuentes. 112 En un estudio retrospectivo de 13 pacientes inmunocomprometidos a los que se administró BCV para la enfermedad de AdV después de fallar o intolerancia a i.v. cidofovire nueve pacientes (69Á2%) demostraron una respuesta virológica (VR), que se definió como una caída del 99% desde el valor basal o ADN indetectable de AdV en suero para la semana 8. Los pacientes con VR tuvieron una supervivencia más larga que aquellos sin RV (mediana de 196 días frente a 54Á5 días; P = 0Á04). 113

¿Cuántas muertes se asociaron con el MERS-CoV en julio de 2014?

Detectable 2019-nCoV viral ARN en sangre es un fuerte indicador de la gravedad clínica adicionalhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7054964/SHA: 77b0c98d1a2ca46b219ad090074814c387c80d8fAutores: Chen, Weilie; Lan, Yun; Yuan, Xiaozhen; Deng, Xilong; Li, Yueping; Cai, Xiaoli; Li, Liya; He, Ruiying; Tan, Yizhou; Deng, Xizi; Gao, Ming; Tang, Guofang; Zhao, Lingzhai; Wang, Jinlin; Fan, Qinghong; Wen, Chunyan; Tong, Yuwei; Tang, Yangbo; Hu Se analizó retrospectivamente la presencia del virus en el hisopo faríngeo, la sangre y el hisopo anal detectados por PCR en tiempo real en el laboratorio clínico. Inesperadamente, el ARN 2109-nCoV se detectó fácilmente en la sangre (6 de 57 pacientes) y los hisopos anal (11 de 28 pacientes). Importantemente, todos los 6 pacientes con ARN viral detectable en la cohorte sanguínea progresaron a la fase de síntomas severos, lo que indica una fuerte correlación del ARN viral sérico con la gravedad de la enfermedad (valor p = 0,0001). Mientras tanto, 8 de los 11 pacientes con virus de hisopo annal positivos se encontraban en fase clínica severa. Sin embargo, la concentración de ARN viral en el hisopo anal (valor Ct = 24 + 39) fue mayor que en la sangre (valor Ct = 34 + 39) del paciente En conjunto, nuestros resultados confirmaron la presencia de ARN del virus en sitios extrapulmonares. Texto: El nuevo coronavirus 2019 (2019-nCoV), originalmente estallado desde Wuhan China, ha transmitido en un período extremadamente corto a 25 países e infectado a más de 31 000 individuos a partir del 06 de febrero de 2020, causando una alarma internacional. La investigación científica básica ha logrado significativamente en la investigación de la originación viral [1, 2], la transmisión y la evolución [3], y las acciones de control de la salud pública sin precedentes en China se han activado y efectivamente evitado la propagación dramática de otra manera. El virus 2019-nCoV parece más infeccioso en su capacidad de transmisión pública en comparación con el conocido virus SARS 2003 a pesar de la falta de pruebas científicas convincentes. El mecanismo de transmisión viral sigue siendo digno de exploración. Varios estudios han descrito de forma aproximada las características clínicas globales de los pacientes con VC-n 2019 [4, 5]. Sin embargo, las características clínicas más específicas y clasificadas de los pacientes infectados aún requieren una investigación más profunda, particularmente para aquellos con síntomas graves, que se estima aproximadamente en aproximadamente 15-20 por ciento de los casos totalmente confirmados basados en los datos locales de nuestro hospital. Clínicamente, para esos pacientes graves, los principales síntomas de la neumonía por VC-n-n 2019 son fiebre, disminución del recuento de glóbulos blancos y linfocitos, aumento de la proteína de reacción C y citocinas anormalmente expresadas [6]. Una pregunta que queda por resolver es si el virus del VC-n 2019 puede replicarse en sitios extrapulmonares, lo que podría explicar la manifestación clínica deteriorada. En este estudio, investigamos si los pacientes con síntomas clínicos graves presentaron perfiles especiales de replicación del virus o/y distribución en comparación con aquellos Los pacientes, que fueron confirmados como infectados por el virus nCoV 2019, fueron reclutados o trasladados en primer lugar al Hospital Popular Octavo de Guangzhou para fines de tratamiento. Este estudio siguió las directrices del Comité de Ética del Hospital Popular Octavo de Guangzhou. Todas las muestras de sangre, hisopo faríngeo y hisopo anal fueron recogidas con fines diagnósticos en el laboratorio y nuestro estudio no añadió ninguna carga adicional a los pacientes. El ARN viral se extrajo con el kit de aislamiento de ácido nucleico (Da'an Gene Corporation, Cat: DA0630) en una estación de trabajo automática Smart 32 (Da'an Gene Corporation) siguiendo las directrices. En resumen, en el mismo tubo de reacción se agregaron dos conjuntos de primores y sondas PCR, que diana of1ab (reportero FAM) y N (reportor VIC) por separado; se incluyeron controles positivos y negativos para cada lote de detección; se consideró que las muestras eran virales positivas cuando uno o ambos conjuntos daban una o varias señales confiables; todos los pacientes tenían enfermedades basadas en neumonía pero con manifestación clínica diversificada; para simplificar el análisis de los datos, los pacientes sólo se clasificaron como grupos de síntomas clínicos leves o graves basados en la directriz recién publicada por el gobierno chino; los pacientes que estaban con al menos uno de los síntomas siguientes deben ser diagnosticados como casos graves, 1) dificultad respiratoria con tasa respiratoria > = 30/min; 2) saturación de oxígeno < = 93% en el estado de reposo, y 3) tensión arterial de oxígeno (PaO2) sobre fracción de oxígeno En la cohorte de detección de sangre (Figura 1 (A)) se incluyó a los pacientes que tenían menos de una muestra sérica con el método PCR; en los 57 se detectaron 6 casos positivos en sangre, todos ellos (100%) fueron graves en síntomas que requerían atención especial, y en los 51 casos restantes no se detectaron virus en sangre, sólo 12 de ellos (23,5%) fueron graves; la proporción de síntomas graves entre estos dos grupos fue significativamente diferente (valor p = 0,0001); en la cohorte de hisopo anal (Figura 1 (B)), 11 de 28 casos fueron detectados como positivos en hisopo anal, 8 de ellos (72,7%) fueron con síntomas graves, lo que fue significativamente superior a los 4 (23,5%) de los 17 casos restantes sin virus detectable en anal fueron graves; afortunadamente, se registraron dos casos con virus detectable tanto en sangre como en cohor El paciente 1 (Figura 2 (A)) fue ingresado en la UTI después de la evaluación de la inscripción y fue altamente sospechoso de infección con 2019-nCoV debido a su reciente viaje desde Wuhan y de neumonía confirmada por diagnóstico radiográfico con fiebre de 5 días y tos seca continua de 1 día. Luego fue confirmado de estar infectado por el virus 2019-nCoV en el día 6 de la enfermedad por CDC. Se detectaron altas concentraciones de ARN viral en los hisopos faríngeos en los días 5 (Ct = 17 + 25), 7, 8 (Ct = 25 + 26) y 11 (Ct = 15 + 25). En la sangre, no se detectó ARN viral en el día 5, pero la muestra en el día 6 dio una señal positiva débil (Ct = Neg+ 39), y luego la señal se volvió a retirar en el día 8. El día 9, se detectó nuevamente en la sangre un nivel bajo de ARN viral (Ct = 36 + 41). El día 12, la sangre volvió a perder la señal. Se detectó una alta concentración de ARN viral (Ct = 23 + 27) en la muestra anal el día 13, el día en que no se detectó el virus COV 2019-n en la muestra faríngea. Desafortunadamente, fue trasladado a otro hospital después de una consulta de expertos de emergencia. El paciente 2 (Figura 2 (B)), que tenía un historial claro de infección y comenzó la fiebre hace 5 días y tos seca hace 2 días, fue admitido con sospecha clínica de infección por COV 2019-n, considerando el diagnóstico radiográfico que indicaba neumonía clara en los lóbulos pulmonares bilaterales. El virus fue detectado en la sangre en los días 7 (Ct = 34 + 36) y 8 (Ct = Su infección también fue informada por el CDC en el día 8. Debido a que su enfermedad avanzó muy rápido, fue trasladado a la sala de la UTI para necesidades especiales de atención médica en el día 9, en el cual se detectaron títulos altos de virus (Ct = 25 + 36) en la muestra faríngea. Importantemente, se detectó ARN del virus en todas las muestras faríngeas (Ct = 23 + 24), sangre (Ct = 34 + 39) y anal (Ct = 24 + 29) en el día 10. Fue trasladado a otro hospital después de una consulta de expertos de emergencia. Finalmente, describimos aquí a los cuatro pacientes con ARN viral sérico detectable. El paciente 3 (Figura 3(A) ) fue trasladado a la UTI directamente el día 11 de la enfermedad debido a su condición grave, el virus 2019-nCoV fue detectado de laboratorio tanto en faringe (Ct = 30 + 30) como en muestras de sangre (Ct = 37 + 39) el día 12, y su infección fue confirmada por los CDC el día 13; las muestras de faringe fueron PCR positivas en los días 14 y 17 y negativas en el día 22. El paciente 4 (Figura 3(B) ) fue trasladado a la sala de la UTI el día 6 con una confirmación de los CDC; su enfermedad avanzó bastante rápido y se hizo grave el día 7 y fue trasladado a la UTI después de que se detectó que su muestra de sangre era viral positiva (Ct = 32 + 37). El día 9 fue trasladado. La paciente 5 (Figura 3(C) ) fue ingresada en el día 4 de la enfermedad y su muestra de sangre fue seropositiva (Ct = 38 + Neg) en el día 6 de la misma. Su enfermedad progresó rápidamente a una etapa severa en los siguientes 3 días. El paciente 6 (Figura 3 (D)) con un historial claro de infección vírica fue confirmado como infectado en el día 7 de la infección. El ARN viral fue detectado en su muestra de sangre en el día 9, un día antes de su traslado a la UCI. A medida que su condición empeoraba, fue trasladado el día 13. En este estudio retrospectivo, analizamos los datos de PCR de detección de virus en diferentes tejidos en nuestro laboratorio. En primer lugar, nuestra observación indicó que la presencia de ARN viral fuera del tracto respiratorio podría anunciar la gravedad de la enfermedad y alarmar la necesidad de atención especial. En la cohorte de análisis de sangre, todos los 6 pacientes infectados se encontraban en (o posteriormente progresaron a) estadio de enfermedad grave cuando el ARN viral sérico se hizo detectable, lo que mostró una diferencia significativa en comparación con el grupo sanguíneo negativo (p = 0,0001). Paciente 2 (Figura 2(B) ), 5 (Figura 3(C)) y 6 (Figura 3(D) ) todos tenían ARN viral detectable en el suero antes de que progresaran a la fase clínica grave. Lamentablemente, no se obtuvieron los primeros puntos de tiempo del paciente 1 (Figura 2(A)) y 3 (Figura 3(A) ) que fueron ingresados directamente en la UCI al ser trasladados a nuestro hospital debido a una condición grave, del paciente 4 (Figura 3(B) ) que recibió muestra sérica un día después del diagnóstico de enfermedad En la cohorte de hisopo anal, se encontró que la presencia de ARN viral en el tracto digestivo anal también estaba correlacionada positivamente con la gravedad de la enfermedad (p = 0,0102). Los 3 pacientes detectados con ARN viral anal pero en estadio leve deben ser monitoreados si avanzarán a la etapa severa. Hemos resumido la información de aproximadamente el 70 por ciento de los pacientes en la ciudad de Guangzhou, y el estudio representó casi toda la imagen de esta región. Sin embargo, el virus salió de esta emergencia, lo que no permite esperar a que más pacientes confirmen los hallazgos. En segundo lugar, una alta concentración de ARN viral en hisopos anal sugirió que el tracto digestivo podría ser un sitio extrapulmonar para la replicación del virus. Para el paciente 1, se detectó una alta concentración de ARN viral (Ct = 23 + 27 en el día 13) en el hisopo anal pero Para el paciente 2, se detectaron concentraciones más altas de ARN viral en hisopo anal (Ct = 24 + 39) y hisopo faríngeo (Ct = 23 + 24) que en la sangre (Ct = 34 + 39) el mismo día. La enzima angiotensina convertidora 2 (ACE2) sigue siendo uno de los receptores para la unión y entrada 2019-nCoV [2]. El análisis estructural intensivo de la proteína S de 2019-nCoV con el SARS-Coronavirus sugirió que varios residuos críticos en la proteína de pico viral podrían conferir una interacción favorable con la ACE2 humana [7]. Cabe señalar que la ACE2 también está abundantemente presente en los seres humanos en la epitelia del intestino delgado además del tracto respiratorio y está ubicuamente presente en las células endoteliales [8], lo que podría proporcionar posibles vías de transmisión Proponemos que la replicación rampante del coronavirus en el alveolo pulmonar resulta en la descomposición del vaso alveolar y la posterior fuga de virus en el flujo sanguíneo, a través del cual el virus se disemina a través de todo el cuerpo. Entonces el virus logra establecer la reinfección en el tracto digestivo mediante el uso del receptor ACE2 altamente expresado, que exacerbó la enfermedad viceversa. Se encontró que el coronavirus originado por murciélago se replica en el tracto digestivo porcino recientemente, sugiriendo también la posibilidad de replicación potencial en el tracto digestivo humano [9]. Sin embargo, la confirmación de la transmisión del virus a través del tracto digestivo justifica un mayor aislamiento del virus del hisopo anal en el laboratorio de alto nivel de seguridad. Desafortunadamente, en nuestro estudio, no recogimos muestras de heces de pacientes y no perseguimos el ARN viral en las heces. Pero creemos que la existencia de ARN viral en las muestras de heces de estos pacientes porque se detectó una gran cantidad de ARN viral en hisopos anales y que el ARN viral también se había detectado en un caso reportado desde los Estados Unidos [10]. Además, no recogimos líquido de lavado broncoalveolar y esputo para la detección de virus porque la tos seca característica de los pacientes infectados con 2019-nCoV impide producir suficiente cantidad de esputo y que la recolección de líquido de lavado broncoalveolar requiere una operación sofisticada que aumenta la posibilidad de exposición al virus de los proveedores de cuidados a altas concentraciones de aerosoles que contienen virus. En resumen, encontramos que la presencia de ARN viral en la sangre y el hisopo anal está correlacionada positivamente con la etapa de enfermedad severa y que la monitorización temprana del ARN viral en la sangre y el tracto digestivo encima del tracto respiratorio podría beneficiar la predicción de la enfermedad.

¿Cuál podría ser la implicación del virus 2019-nCOV en los hisopos anales?

«Tiny Islândia» se prepara para el ébola en un mundo globalizadohttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6507955/SHA: efd94d1135c5ee11c2af624b344881e079a5ce7aAutores: Gunnlaugsson, Geir; Hauksdóttir, Íris Eva; Bygbjerg, Ib Christian; Pinkowski Tersbøl, BrittFecha: 2019-05-07DOI: 10.1080/16549716.2019.1597451Licencia: cc-byAbstract: Antecedentes: La epidemia de ébola en el África occidental causó miedo mundial y provocó actividades de preparación a nivel mundial en países que comparten fronteras con los afectados, y en países geográficamente distantes como Islandia Objetivo: describir y analizar las actividades de preparación para el ébola en el sistema de salud islandés, y explorar las perspectivas y experiencias de los directivos y los trabajadores sanitarios de primera línea. Métodos: Un estudio de caso cualitativo, basado en entrevistas semiestructuradas con 21 miembros del equipo nacional de tratamiento del ébola, la sala de emergencias del hospital universitario de Landspitali y los administradores del equipo de respuesta. Resultados: Factores contextuales como la cultura y la demografía influyeron en la preparación, y contribuyeron al estado positivo de la mente de los participantes, así como al ingenio en el uso de los recursos disponibles para la preparación. Si bien los participantes creían que estaban dispuestos a asumir la tarea del ébola, también tenían dudas sobre las posibilidades de que el ébola llegara a Islandia. Sin embargo, factores como el miedo al ébola y el estigma percibido asociado con el cuidado de un paciente con ébola potencialmente infectado, influyeron en el El hecho de ser una nación “pequeña” fue visto como un activo y una debilidad en el proceso de preparación. El intercambio de información honesta y la capacitación basada en escenarios contribuyeron a aumentar la confianza entre los participantes en los planes de respuesta. Conclusiones: La comunicación y la capacitación eran importantes para la preparación del personal de salud en Islandia, con el fin de recibir, admitir y tratar a un paciente sospechoso de tener ébola, mientras que prevalecían dudas sobre la capacidad del personal para hacerlo adecuadamente. Para una preparación óptima, los escenarios probables para futuras amenazas a la salud en materia de seguridad mundial deben promulgarse repetidamente, y las zonas plagadas por la pobreza y los frágiles sistemas de salud requieren apoyo mundial. Texto: Salud mundial; prevención y control; políticas públicas; evaluación cualitativa; respuestas de emergencia; enfermedades transmisibles; emergentes; miedo Antecedentes El 8 de agosto de 2014, la Organización Mundial de la Salud declaró la epidemia de ébola en África Occidental como una emergencia Con la epidemia aparentemente fuera de control, y un número proporcionalmente elevado de médicos, enfermeras y parteras que sucumbían al ébola [5], hubo un creciente temor a la transmisión más allá de la región. En violación de las recomendaciones y directrices de la OMS [6], los vuelos fueron cancelados y se redujo el movimiento transfronterizo [7]. La epidemia causó preocupación pública fuera de África Occidental [8], ya que el miedo y el racismo encontraron terreno fértil [9] [10] [11], y en un esfuerzo por detener la propagación internacional de la enfermedad, se aconsejó a todos los estados que estuvieran preparados para detectar, investigar y gestionar los casos de ébola [1]. La preparación como parte de la reducción del riesgo de desastres se define como "los conocimientos y capacidades desarrollados por los gobiernos, las organizaciones de respuesta y recuperación, las comunidades y los individuos para anticipar, responder y recuperarse eficazmente de los impactos de desastres probables, inminentes o actuales" [12] Sin embargo, la preparación también está envuelta e influenciada por la dimensión sociocultural a nivel individual, organizacional y nacional, y las medidas para gestionar brotes no siempre son aceptadas o acomodadas por las comunidades a las que se aplican [13]. Un análisis de los planes de preparación de ocho países europeos desde 2009 para contrarrestar una futura pandemia de gripe A (H1N1) reveló que la forma en que se enmarcaron los planes variaba considerablemente, y "nos dijo algo sobre cómo los diferentes países quieren que el público entienda las pandemias y la preparación" [14]. Se alentó más investigación sobre las estructuras culturales y sociales de los respectivos países. En Islandia, la información sobre la epidemia de ébola en África occidental provino de varias fuentes. La Dirección de Salud (DH) informó por primera vez sobre la epidemia el 8 de abril de 2014 [15]. En los medios de comunicación islandeses, el rápido progreso de la epidemia En los medios de comunicación y en las discusiones en línea se plantearon dudas sobre la capacidad del sistema de salud islandés para atender a un paciente con ébola [16] [17] [18], a pesar de su clasificación como uno de los mejores del mundo [16]. El 11 de agosto de 2014, tres días después de que la OMS declarara el PHEIC a causa del ébola, DH alentó a los ciudadanos islandeses a evitar visitas a la zona, de ser posible, e informó que el plan nacional de preparación para epidemias se estaba activando para el ébola [19]. Fue elaborado por un equipo que involucró al Epidemiólogo Jefe en el DH, el Hospital Universitario Landspitali (LSH), el Departamento de Protección Civil y Gestión de Emergencias (DCPEM), y las siete Organizaciones Regionales de Atención Primaria de Salud en el país en ese momento. Los principales socios externos fueron el Centro Europeo para la Prevención y el Control de las Enfermedades (ECDC) y la OMS, además de los colaboradores nórdicos en la preparación para las epidemias [20]. Al mismo tiempo, se consideró muy poco probable que la enfermedad por el virus del Ébola (EVE) se propagara en el país [21]. Entre los escenarios reconocidos figuraba la posible aparición de una persona infectada que necesitaba tratamiento, que podía ser un ciudadano islandés que había visitado o trabajado en uno de los países afectados de África occidental, o una persona con signos de EVE en un vuelo transatlántico en la zona de navegación controlada por las autoridades islandesas [22] [23] [25]. El 3 de noviembre de 2014, se puso a prueba el plan cuando una aerolínea extranjera hizo un aterrizaje no programado en el aeropuerto internacional de Keflavík debido al temor de EVD en un pasajero procedente de Sudáfrica. Aparcado en un área cerrada, un médico en equipo de protección personal (EPI) entró en el avión, pero rápidamente descartó el ébola [26]. Independientemente del buen o mal desempeño general, los sistemas de salud se prueban en tiempos de crisis, como epidemias. Aquí, el objetivo es describir y analizar el proceso de establecer planes de preparación para el ébola en Islandia, con un enfoque específico en las perspectivas y experiencias de los gerentes y trabajadores de salud de primera línea involucrados en el proceso. Este estudio es parte de un estudio más amplio sobre el impacto que la amenaza global de la epidemia de ébola tuvo en Islandia [16, 27]. Se aplicó la metodología de estudio de casos cualitativos, percibiendo la planificación de la preparación y el proceso de capacitación como el caso con límites claros de la iniciación, el proceso, y el resumen de la planificación y la capacitación de la preparación. El estudio se llevó a cabo en abril-mayo de 2016 y los participantes entrevistados fueron administradores y profesionales de la salud de primera línea centrales en el caso, con el fin de explorar sus perspectivas y experiencias en relación con la preparación para el ébola [28, 29]. El personal en puestos directivos fue contactado por uno de los autores (GG) para obtener permiso para entrevistarlos en función de su papel en el plan de preparación. Para identificar a los posibles entrevistados en el Equipo de Tratamiento del Ébola (ETT), el director del equipo enumeró contactos de correo electrónico relevantes. Los que respondieron positivamente fueron invitados posteriormente a una entrevista, realizada en islandés por uno de los autores (IEH), un fisioterapeuta. En caso de que los entrevistados sugirieran a otros posibles participantes, fueron invitados por correo electrónico a participar. Se aplicó una metodología similar para identificar a los participantes de la Sala de Emergencias (ER Se elaboraron tres guías de entrevistas separadas para gerentes, TET y ER respectivamente (ver material suplementario), que incluyeron preguntas abiertas sobre el papel de su institución en la preparación, la experiencia del proceso de capacitación, los desafíos encontrados o esperados, y los dilemas que pudieran haber experimentado en relación con el plan de preparación.El reclutamiento de los participantes se concluyó cuando se alcanzó la saturación.Cada entrevista fue grabada y tomó alrededor de 20 a 60 minutos; luego fueron transcritas y analizadas mediante análisis temáticos.El material de datos fue leído repetidamente, clasificado y categorizado, sobre la base de las prioridades de los participantes en la representación de sus opiniones. A partir de este ejercicio, se identificaron tres temas amplios que correspondían inductivamente a las perspectivas críticas introducidas por los participantes.El permiso para realizar el estudio fue otorgado por el Comité Nacional de Bioética de Islandia (VSN- y Landspitali University Hospital (LSH 13-16, 4 de La información sobre los resultados fue guiada por las directrices COREC [30] ; sin embargo, para asegurar el anonimato de los encuestados dentro de la pequeña comunidad de personal que participó en las actividades de preparación, la información de los participantes no está asociada a las citas. El Plan de Preparación para el Ébola de Islandia incluyó el establecimiento de un TET dentro de LSH [31], y las actividades preparatorias involucraron a más de doscientos empleados en todos sus departamentos. El TET consistió en alrededor de 50 profesionales de la salud que se habían ofrecido voluntariamente a participar, incluyendo 11 médicos y 28 enfermeras, algunos técnicos de laboratorio, radiólogos y enfermeras auxiliares. Una nueva unidad provisoria fue diseñada para ser instalada en la planta baja para minimizar el riesgo de propagación de infección a otras unidades dentro del hospital, con dos habitaciones específicamente identificadas para el cuidado de un paciente con EVD [31]. Los relatos de los gerentes de este período elaboraron la complejidad de la planificación de la preparación en términos de las instituciones involucradas, actores, procedimientos y requisitos del plan. Un gerente concluyó:No se obtiene ningún descuento. Nunca se puede ir por el camino más corto. Siempre hubo algo que le sorprendió. Pensamos que esto era mucho como un monstruo de tres cabezas, así que cuando se cortó una de sus cabezas, otras tres surgieron, cada solución fue seguida por más problemas. Los profesionales de la salud que se ofrecieron a unirse a ETT lo hicieron por diferentes razones. La preparación para el ébola era "un trabajo que tenía que hacerse", y "alguien tenía que hacerlo". Algunos se referían a obligaciones éticas o profesionales: Esto es sólo una parte de ser enfermera, de encontrar situaciones que pueden ser peligrosas para usted o para alguien más, pero usted ha tomado esta decisión y usted se ocupa de ella. Algunos relacionaron su decisión con su 'gen de acción' o 'adicción a tomar riesgos', mientras que otros dijeron que ya habían criado a sus hijos y tenían años de experiencia, incluyendo trabajo con otras epidemias, como el VIH. Sin embargo, se cuestionó la práctica del voluntariado en la preparación. Un participante dijo:Nos enteramos de que no podíamos confiar en voluntarios... cuando trabajas en un departamento de enfermedades infecciosas no puedes elegir con qué infecciones quieres trabajar. El personal de Urgencias indicó que para ellos trabajar en Urgencias era suficiente con un riesgo que tomar, ninguna razón para exponerte aún más al unirse al ETT, y apreció que otros se habían ofrecido voluntarios. Todos los participantes señalaron que la cooperación Las líneas de comunicación cortas dentro del sistema de salud fueron percibidas como una fuerza y una debilidad; una fuerza, en la medida en que las personas se conocían, pero una debilidad debido a la desigual carga de trabajo. El personal del TET y en Urgencias sentían que habían estado bien informados, y que la apertura y honestidad habían caracterizado la planificación y disminuido su miedo inicial. Aquellos en puestos directivos habían escuchado y tomado en consideración sus opiniones. Uno dijo: Eran honestos, nadie ocultaba nada, todo estaba sobre la mesa, nadie trataba de hacer las cosas más atractivas y decir que todo estaría bien, simplemente nos contaban las cosas tal como estaban. Tanto la dirección como los participantes del TET y ER expresaron su ambigüedad en términos de confianza, duda y miedo. Los participantes transmitieron confianza en el sistema de salud y su propio papel como profesionales de la salud, mientras que al mismo tiempo admitieron enfrentar desafíos formidables durante la elaboración del plan Las instalaciones para el aislamiento y tratamiento de pacientes con ébola eran menos que perfectas:Evaluamos cómo podíamos utilizar el departamento... y cambiarlo en pocas horas en algún tipo de unidad de aislamiento que pudiéramos utilizar.Algunos compararon esta instalación de aislamiento a corto plazo con un "camping", ya que las instalaciones eran demasiado provisionales y no comparables a las que se encontraban en otros lugares.También había dudas sobre cuántos pacientes con ébola LSH podrían atender: "Tal vez uno o dos pacientes, apenas más".Los encuestados creían que la formación y educación de los miembros del ETT y la ER habían sido satisfactorias.Sentieran que había sido proporcional al riesgo, mientras que algunos estaban preocupados por la falta de personal.Sin embargo, había contradicciones en la división del trabajo entre los profesionales, ejemplificadas por diferentes ideas sobre cómo proceder si un paciente sospechoso de haber recibido una EVD en ambulancia a la LSH para el tratamiento. Casi todos los participantes declararon que estaban listos para hacer su parte en la respuesta al ébola, o "tan listos como [nosotros] podríamos estar".Hubo diversas opiniones sobre lo que significaba estar listos: ¿tratar un caso confirmado de ébola, un caso sospechoso o más pacientes con EVE? Cuando se les preguntó si el ébola era una amenaza real para el país, los participantes se refirieron a lo fácil que era viajar por el mundo: "Sí, por qué no, el mundo se está reduciendo".Aunque muchos pensaban que el ébola era un peligro real, algunos participantes expresaron su dificultad para tomar en serio su entrenamiento, dudando de que el ébola llegaría a Islandia.Un encuestado dijo:La gente estaba dedicada al principio, pero cuando las noticias aparecieron que el ébola se estaba retirando, que disminuía, y nunca me sentí como que esto terminara formalmente.Los participantes describieron su alivio de que nada realmente Un participante dijo que "hubiera sido necesario un poco más de seriedad en las prácticas del PPE". Se tomó como una manifestación del temor de que algunos miembros del personal del departamento de enfermedades transmisibles de la LSH se negaran a participar en el ETT. Al describir sus temores, los miembros de ETT frecuentemente lo relacionaban con sus condiciones de trabajo. Muchos de ellos temían que no obtuvieran el mejor PPE, otros que no harían el donning/doffing correctamente y, por último, estaban preocupados por el rendimiento laboral mientras estaban en el PPE. Un participante dijo:Lo que más nos molestaba era lo incómodo que era el PPE y creo que eso ponía nervioso a la gente: "¿Cómo me las arreglaría trabajando en esto durante horas?" Otro describió el proceso del donning/doffing como un "baile de salón complicado". Además, los participantes tenían miedo de "territorios desconocidos", es decir, no conocían la sala del hospital, se suponía que debían trabajar en ella, y algunos miembros del equipo no tenían experiencia reciente de trabajo clínico. Un participante dijo: No pensé que estas personas [no clínicas] pertenecieran al equipo, porque este es un entorno muy clínico además de tener que estar en este traje [PPE] con el riesgo de infectarse por error. Aquellos con antecedentes no clínicos eran, sin embargo, conscientes de sus limitaciones: Me di cuenta de que no sería yo el que estaría en el frente, no estaría manejando a los pacientes directamente. La importancia atribuida al trabajo en equipo era evidente en relación con el miedo. Los participantes describieron el miedo de trabajar con personas con las que no habían trabajado antes:El eslabón más débil en la preparación era que aunque conocía sus rostros, nunca había trabajado con ellos. Otro tema fue que algunos miembros del equipo no se presentaron en sesiones de entrenamiento o en conferencias: Esto es trabajo en equipo, uno hace esto y el otro hace esto, [nosotros] nos ayudamos unos a otros. Entonces no quieres estar trabajando con alguien que no se presentó. Había muchos médicos que acaban de entrar, abandonar y luego volver a entrar. Me pregunté: ¿Están estas personas... listas para aceptar esto? Los participantes en el ETT mencionaron las precauciones que tomaron o tenían la intención de tomar para hacer frente a sus sentimientos de miedo, en caso de que el Ébola surgiera en Islandia. Una precaución importante estaba planeando evitar el contacto con la familia mientras trabajaba con pacientes con ébola. Un participante dijo: 'Pensaste... sobre tus hijos en la escuela... padres en el barrio...' si sabían (s) que estaba trabajando con un paciente con ébola. Para ellos, era importante que tuvieran acceso a un alojamiento especial en caso de trabajo clínico de EVD 'así que no estaría exponiendo a nadie o creando histeria'. Los miembros de ETT mencionaron el seguro adicional ofrecido como requisito previo para participar en el equipo. 'El seguro normal para el personal de LHS no cubriría todo si nos enfermaramos o incluso perdiéramos nuestras vidas.' Entre el personal de ER, el asunto del seguro parecía ser menos de un problema en comparación con el ETT. Un encuestado dijo: 'Usted está acostumbrado a estar en riesgo por muchas amenazas de enfermedad'. Además, la cuestión de salarios más altos y comisión de riesgo surgió en las entrevistas, pero en general no importaba tanto a los participantes como el seguro, o la garantía de alojamiento en caso de necesidad. Características asociadas con Islandia y los islandeses fueron mencionadas repetidamente por los participantes. El concepto 'Tiny Islandia' fue mencionado a menudo y surgió con con "Tiny Iceland" se refirió al tamaño del país y la población y a su capacidad percibida para seguir "haciendo el trabajo".A pesar de los compromisos que había que hacer.Comparar cómo Islandia manejaba sus responsabilidades de manera diferente a otros países de mayor tamaño a menudo se crió, tanto con orgullo de Islandia como una nación fuerte e independiente, como con inseguridades acerca de su capacidad en comparación con otros países.Se señaló que, puesto que el proceso de preparación estaba en manos de unas pocas personas, todos conocían su papel.Como dijo un administrador: Este pequeño sistema hospitalario, por complicado que parezca cada día, te da la oportunidad de simplemente coger el teléfono y llamar a quien está a cargo. Ser una pequeña población presenta desafíos en cuanto a recursos, infraestructura y formación médica especializada para cumplir con los estándares de los actores internacionales. Las nociones de los islandeses como resistentes a pesar de las deficiencias eran comunes; refiriéndose a la experiencia de la planificación de la preparación y la formación, un personal de salud dijo:Era muy la manera islandesa, lo manejaremos, lo resolveremos, y había tanto ingenio.Esta noción de un enfoque islandés particular para hacer frente, a pesar de las deficiencias, también se detectó de manera más general, como en la declaración:¿Habría funcionado? Sí, habría funcionado. ¿Habría sido óptimo? No podemos decir, habría sido óptimo; podemos decir, habría sido suficiente. En contraste con esto, había preocupaciones sobre si los trabajadores de ayuda islandeses que caían enfermos en los países afectados por el Ébola deberían ser trasladados a Islandia o a hospitales de otros países nórdicos con mejores unidades de aislamiento. Algunos de los participantes confiaban en que los pacientes con EVD no serían trasladados a Islandia. Un participante declaró: No sabemos lo que habría pasado si hubieran transferido a un islandés al país. No tenemos suficientes unidades de aislamiento que no se supone que deban enviar pacientes a un hospital que sea menos del 100%. Pensé que había seguridad en eso. Durante la devastadora epidemia de ébola en África Occidental que se extendió a los países vecinos subsaharianos, América del Norte y Europa [32], los planes de preparación se elaboraron ampliamente y se evaluaron posteriormente. Las evaluaciones se han realizado, por ejemplo, en 11 países africanos cercanos a la epidemia [33], en la región de la UE [34, 35] y en los Estados Unidos [36]. Aquí presentamos datos de un estudio de caso cualitativo sobre el proceso, y experiencias con el establecimiento de un plan de preparación para el ébola en Islandia en 2014. Entrevistas con personal que participaron, ya sea como administradores o trabajadores sanitarios de primera línea, nos alertan de la manera en que las características geográficas, demográficas, culturales Los resultados muestran que el proceso de establecimiento y entrenamiento para la preparación fue impregnado por ambigüedades de orgullo y pragmatismo, confianza, dudas y miedo. 'Conseguir el trabajo hecho' (tema 1) se refiere a la multitud de tareas y consideraciones que rodean y se alimentan en el propio plan de preparación y son necesarias para una planificación y ejecución exitosas. Usando las metáforas de 'núcleo duro' y 'periferia blanda', Langley y Denis [37] enfatizan la importancia de preocupaciones y procesos relativamente 'periféricos' para la planificación y ejecución de nuevas intervenciones. El núcleo duro representa la intervención u objetivo real, por ejemplo la implementación de un plan de preparación. La periferia blanda se refiere a todas las redes, negociaciones y acuerdos contextualmente importantes necesarios para entregar el núcleo duro. Si la periferia blanda es descuidada, causará múltiples desafíos en el proceso de implementación, y el beneficio de la base dura, la Sin embargo, la debida atención a la periferia blanda puede promover considerablemente la entrega de una innovación y asegurar el apoyo de las partes interesadas importantes.En nuestros datos, un gerente habla del proceso de preparación como tratar con un monstruo de tres cabezas donde cada solución fue seguida por nuevos problemas.Los datos indican que el proceso de tratar con "el monstruo de tres cabezas" se prestó la debida atención como un medio para desarrollar exitosamente el plan de preparación de Islandia.Se mencionaron las consultas exhaustivas y la participación de muchas instituciones asociadas.Todavía subsistía la ambigüedad con algunos empleados en términos de división de responsabilidades y tareas, por ejemplo, cuando transportaban a un paciente potencialmente infectado con ébola del aeropuerto al hospital, y otras actividades de este tipo.Durante epidemias, rumores, chismes e información poco fiable sobre las noticias y los medios sociales se difundieron rápidamente, resultando en las llamadas "infodémicas" [38]. La epidemia de ébola en África occidental fue ampliamente cubierta por los medios de comunicación [39], y el temor al ébola llegó a todos los rincones del mundo, ejemplificado por las prohibiciones de viajar de los países afectados y las barreras comerciales [40], en contraste con la epidemia actual en la República Democrática del Congo [41, 42]. En nuestro segundo tema, estaban representadas la confianza, la duda y el temor de los trabajadores de la salud. Aunque todas las intenciones eran buenas, seguía habiendo preocupación por la idoneidad y la seguridad del pabellón de aislamiento, el EPI y otros instrumentos, así como la adecuada participación de colegas que podrían trabajar junto a ellos, en caso de que un paciente con ébola llegara a Islandia. Se mencionó la extrañeza de poner en marcha, eliminar y trabajar en un EPI y la fiabilidad de los EPI disponibles. En los esfuerzos de preparación en otros países, la escasez de recursos en relación con la Por otra parte, el TET se estableció sobre la base de la contratación voluntaria y no de las funciones asignadas al personal dentro del sistema de salud, procedimiento que se consideró menos que óptimo. Los miembros del TET señalaron que nunca habían trabajado juntos como equipo en circunstancias que exigían una estricta adhesión a los procedimientos de control infeccioso, lo que erosionaba la confianza, agravada por la actitud laissez-faire de algunos de sus miembros durante los ejercicios de preparación, posiblemente debido a otras tareas concurrentes en un hospital ocupado y a la insuficiencia de recursos que obstaculizaban la plena participación [44]. Además, era una limitación que los ejercicios de simulación no fueran una opción, considerada un elemento importante en la preparación para epidemias [35]. Esto podría haber resultado en una protección del personal menos que óptima para aquellos que hubieran estado en contacto directo con un paciente infectado, como se informó durante la epidemia del SARS en Canadá [45, 46]. La labor antropológica sobre la preparación para emergencias enfatiza la conexión entre profesionales de la salud, dispositivos tecnológicos y conocimientos como requisito previo para una preparación exitosa. Wolf y Hall presentan los esfuerzos de preparación como una forma de gobierno que involucra a los cuerpos humanos (aquellos de los profesionales de la salud), arquitecturas clínicas (por ejemplo, pabellones de aislamiento) y artefactos técnicos (glovas, trajes de protección, desinfectantes, etc.) [47]. Durante la capacitación y la implementación de la preparación, "los cuerpos de enfermería se transforman en instrumentos de preparación" y se convierten en parte de arreglos infraestructurales.Los profesionales de la salud son, aquí, instrumentos vulnerables y poderosos en la gestión de la contaminación.Los autores sostienen que la planificación, la capacitación y la En el caso de la preparación para el ébola en Islandia, los profesionales de la salud señalan a nuestra atención los dilemas de la conexión, y su evaluación del hecho de que estas deficiencias podrían obstaculizar la movilización de la "preparación dentro del cuerpo humano", es decir, la experiencia encarnada, la rutina y el conocimiento tácito que Wolf y Hall declaran son clave para una implementación exitosa. La promulgación repetida de recibir y tratar a un paciente con ébola dentro de equipos experimentados y confiables probablemente mejoraría esa encarnación, siempre que exista una confianza justificada en la tecnología involucrada. Además, la repetición también fortalecería la "periferia blanda" de la preparación, y se manifestarían más claramente las divisiones de responsabilidades. Las nociones del carácter intrínseco de Islandia, y de ser islandés, sirven para subrayar ciertos puntos y explicar experiencias positivas y negativas con el plan de preparación. Islandia está muy lejos de los continentes, pero todavía está conectada a través de las necesidades globales de política, riesgo de contaminación y dependencia en términos de colaboración, en emergencias que surgen de otras partes. En nuestro estudio, los participantes destacaron la importancia de creer en sí mismo y en la "manera iléndica de hacer las cosas", resumida en la parafrase "etta reddast" (las cosas siempre tienen una forma de funcionar al final). El plan de preparación tuvo que ser completado, y adaptado a la situación global particular de Islandia. En el siglo XXI, el mundo ha enfrentado nuevas amenazas epidémicas, como el SARS, y han resurgido viejos flagelos como la peste [38]. Una de las principales conclusiones sobre las medidas de preparación para el ébola en la UE fue que las medidas adoptadas se basaban en la preparación y la experiencia anteriores de otras epidemias, como el SARS y el H1N1 [35]. Además, las principales partes interesadas de cada país consideraron que sus medidas habían sido adecuadas para hacer frente a un solo caso de ébola, como en el caso de Islandia. En 2006 se elaboró un plan de preparación para la gripe pandémica en Islandia, activado en respuesta a la epidemia de H1N1 en 2009 y revisado en 2016 [49]. Durante la elaboración de estos planes, se había definido claramente la comunicación entre los diferentes niveles del sistema de atención de la salud y los organismos de apoyo, como el DCPEM, y se demostró que era útil en la preparación para el ébola. Además, como se consideró importante en las actividades de preparación para la gripe pandémica en otros lugares [44] Se dio una sensación de estar involucrado, y se mitigó el temor que se encuentra con tanta frecuencia durante las epidemias [38]. Islandia estaba muy lejos del epicentro de la epidemia de Ébola en África Occidental. Sin embargo, este estudio de caso muestra que los profesionales de la salud sintieron la tensión de posiblemente tener que tratar a uno o más pacientes con EVE. Su situación contrasta fuertemente con la situación en los tres países más afectados de África Occidental que carecían de personal, material, espacio y sistemas para abordar eficazmente el desafío de EVE. Aunque los profesionales de la salud islandeses confiaron en el sistema nacional de salud, y en su propia capacidad, duda y temor influyeron en las reflexiones sobre la planificación de la preparación tanto de los administradores como del personal sanitario. Estas referencias negocian el papel y el carácter de la nación de Islandia, y su papel en un mundo globalizado, como una nación pequeña y aislada, por un lado, y una nación central y capaz, por otro. La ambigüedad experimentada necesita atención en un sistema de salud y entre el personal de salud que debe actuar resueltamente y sin fallas, si se les coloca a cargo de contener la contaminación. Este estudio señala la necesidad de repetir repetidamente, de la manera más realista posible, los escenarios probables de recibir y tratar a uno o más pacientes infectados con ébola (u otras amenazas contagiosas para la salud mundial) como una cuestión rutinaria. Esto ayudaría a identificar las preocupaciones ignoradas de la "periferia blanda", y promovería la preparación encarnada entre los equipos de personal de salud en primera línea. Geir Gunnlaugsson conceptualizó el estudio, y tomó parte en todos los pasos necesarios hacia su finalización, tales como el análisis e interpretación de Íris Eva Hauksdóttir recopiló y analizó los datos como parte de un trabajo de tesis magistral realizado bajo la supervisión de los tres coautores, revisó el manuscrito y aprobó la versión final. Ib Bygbjerg participó en la interpretación de los datos, revisión del manuscrito y aprobó la versión final. Britt Pinkowski Tersbøl participó en el diseño de herramientas de entrevista y en el análisis temático de los datos de entrevista, interpretación, revisión del manuscrito, y aprobó la versión final. El Dr. Gunnlaugsson informa que fue el Oficial Médico Jefe (CMO) para Islandia, Dirección de Salud, en el período 2010-2014. Otros autores no reportan ningún conflicto de intereses. El estudio fue reportado a la Autoridad de Protección de Datos y aprobado por el Comité Nacional de Bioética en Islandia (número VSI- ). Posteriormente, el estudio fue aprobado por el Comité Ético del Hospital Universitario el 4 de febrero de 2016 (número LSH [13] [14] [15] [16]. Los participantes firmaron un formulario de consentimiento informado antes de participar en el estudio. No se aplica. El manuscrito se basa en el trabajo de Íris Eva Hauksdóttir hacia un MSc en Salud Global, Sección de Salud Global, Departamento de Salud Pública, Universidad de Copenhague, Dinamarca.

¿Cuándo declaró la Organización Mundial de la Salud la epidemia de Ébola en África Occidental como una emergencia de salud pública de preocupación internacional?

Un modelo matemático para simular la transmisibilidad en fase de un nuevo coronavirushttps://doi.org/10.1186/s40249-020-00640-3SHA: 018269476cd191365d6b8bed046078aea07c8c01Autores: Yin, Tian-Mu Chen; Jia, Rui; Qiu-Peng, Wang; Ze-Yu, Zhao; Jing-An, Cui; LingDate: 2020DOI: 10.1186/s40249-020-00640-3Licenciado: cc-byAbstract: Antecedentes Como informó la Organización Mundial de la Salud, un nuevo coronavirus (2019-nCoV) fue identificado como el virus causal de la neumonía Wuhan de la etiología desconocida por las autoridades chinas el 7 de enero de 2020. El virus fue nombrado como síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2) por el Comité Internacional de Taxonomía de Virus el 11 de febrero de 2020. Este estudio tuvo como objetivo desarrollar un modelo matemático para calcular la transmisibilidad del virus. Métodos En este estudio, desarrollamos un modelo de red de transmisión Bats-Hosts-Reservoir-People para simular la transmisión potencial de la fuente de infección (probablemente sean murciélagos) a la infección humana. Puesto que la red Bats-Hosts-Reservoir era difícil de explorar claramente y las preocupaciones públicas se centraban en la transmisión desde el Mercado Mayorista de Alimentos Marinos de Huanan (reservoir) a las personas, simplificamos el modelo como modelo de red de transmisión Reservoir-People (RP). Resultados El valor de R 0 se estimó en 2,30 de reservorio a persona y 3,58 de persona a persona, lo que significa que el número esperado de infecciones secundarias que resultan de la introducción de un único individuo infectado en una población susceptible fue de 3,58. Conclusiones Nuestro modelo mostró que la transmisibilidad del SARS-CoV-2 fue mayor que el síndrome respiratorio de Oriente Medio en los países de Oriente Medio, similar al síndrome respiratorio agudo grave, pero menor que el MERS en la República de Corea. Texto: El 31 de diciembre de 2019, la Oficina de China de la Organización Mundial de la Salud (OMS) fue informada de casos de neumonía de etiología desconocida (causa desconocida) detectada en la ciudad de Wuhan, provincia de Hubei, China, y la OMS informó de que el Comité Internacional de Taxonomía de Virus, el 11 de febrero de 2020, identificó como virus causal por las autoridades chinas (2019-nCoV), el cual fue denominado como síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2), y que la transmisión del virus podría estar relacionada con la exposición a un mercado de mariscos (mercado mayorista de alimentos marinos de Huanan) [3, 4]. Recientemente se han comunicado las características genéticas y algunos hallazgos clínicos de la infección [4] [5] [6]. Por lo tanto, es urgente desarrollar un modelo matemático para estimar la transmisibilidad y la dinámica de la transmisión del virus. Hubo varias investigaciones centradas en la modelización matemática [3, 8]. Estas investigaciones se centraron en calcular el número de reproducción básica (R 0 ) utilizando los intervalos seriales y la tasa de crecimiento intrínseco [3, 9, 10], o utilizando ecuaciones diferenciales ordinarias y métodos de Markov Chain Monte Carlo [8]. Sin embargo, el origen del murciélago y la ruta de transmisión del mercado de mariscos a la gente no fueron considerados en los modelos publicados. En este estudio, desarrollamos un modelo de red de transmisión Bats-Hosts-Reservoir-People (BHRP) para simular la posible transmisión de la fuente de infección (probablemente murciélagos) a la infección humana. Dado que la red Bats-Hosts-Reservoir era difícil de explorar con claridad y que la preocupación pública se centraba en la transmisión del Mercado Mayorista de Mariscos de Huanan (reservorio) a las personas, simplificamos el modelo como modelo de red de transmisión Reservoir-People (RP), y R 0 se calculó sobre la base del modelo RP para evaluar la transmisibilidad del SARS-CoV-2. Los casos reportados de SARS-CoV-2, que han sido nombrados como COVID-19, fueron recolectados para el estudio de modelización de una literatura publicada [3]. Como reporta Li et al. [3], la fecha de inicio del primer caso fue el 7 de diciembre de 2020, y el mercado de mariscos se cerró el 1 de enero de 2020 [11]. La curva epidémica del 7 de diciembre de 2019 al 1 de enero de 2020 fue recogida El método Runge-Kutta de cuarto orden, con tolerancia establecida en 0.001, se utilizó para realizar ajuste de curva. Mientras la curva de ajuste está en curso, Berkeley Madonna muestra la desviación cuadrada media de raíz entre los datos y la mejor ejecución hasta ahora. El coeficiente de determinación (R 2) se utilizó para evaluar la bondad de ajuste. SPSS 13.0 (IBM Corp., Armonk, NY, EE.UU.) se utilizó para calcular el R 2. El modelo de la red de transmisión de Bats-Hosts-Reservoir-People (BHRP)El modelo de la red de transmisión BHRP se publicó en bioRxiv el 19 de enero de 2020 [12]. Asumimos que el virus se transmitió entre los murciélagos, y luego se transmitió a huéspedes desconocidos (probablemente algunos animales salvajes). Los anfitriones fueron cazados y enviados al mercado de mariscos que se definió como el reservorio Las personas expuestas al mercado tuvieron los riesgos de la infección (Fig. 1). El modelo de la red de transmisión BHRP se basó en los siguientes supuestos o hechos: a) Los murciélagos se dividieron en cuatro compartimentos: murciélagos susceptibles (S B ), murciélagos expuestos (E B ), murciélagos infectados (I B ), y murciélagos eliminados (R B ). La tasa de natalidad y la tasa de mortalidad de murciélagos se definieron como n B y m B. En este modelo, se estableció B = n B × N B como el número de los murciélagos recién nacidos donde N B se refiere al número total de murciélagos. El período de incubación de la infección por murciélagos se definió como 1 / B y el período infeccioso de infección por murciélagos se definió como 1/γ B. El S B se infectará a través de un contacto suficiente con I B, y la tasa de transmisión se definió como β B. b) Los anfitriones también se dividieron en cuatro compartimentos: hospederos susceptibles (S H ), hospederos expuestos (E H ), hospederos infectados (I H ) y hospederos eliminados (R H ). La tasa de natalidad y la tasa de mortalidad de los hospederos se definieron como n H y m H. En este modelo, se establece H = n H × N H donde N H se refiere al número total de hospederos. El período de incubación de la infección del huésped se definió como 1/ c) El SARS-CoV-2 en el depósito (el mercado de mariscos) fue denotado como W. Supusimos que la tasa de compras al por menor de los anfitriones en el mercado era a, y que la prevalencia de SARS-CoV-2 en las compras era I H /N H, por lo tanto, la tasa del SARS-CoV-2 en W importado forma los anfitriones era aWI H /N H donde N H era el número total de anfitriones. También asumimos que las personas infectadas sintomáticas y las personas infectadas asintomáticas podían exportar el virus a W con la tasa de μ P y μ' P, aunque esta suposición podría ocurrir con una baja probabilidad. El virus en W dejará posteriormente el compartimento W a una tasa de d) Las personas fueron divididas en cinco compartimentos: personas sensibles (S P ), personas expuestas (E P ), personas infectadas sintomáticas (I P ), personas infectadas asintomáticas (A P ) y personas retiradas (R P ) incluyendo personas recuperadas y fallecidas. La tasa de natalidad y la tasa de mortalidad de las personas se definieron como n P y m P. En este modelo, se estableció P = n P × N P donde N P se refiere al número total de personas. El período de incubación y el período latente de infección humana se definió como 1/ También supusimos que la transmisibilidad de A P era veces mayor que la de I P, donde 0 ≤ ≤ ≤ 1. Los parámetros del modelo BHRP fueron mostrados en la Tabla 1. Supusimos que el SARS-CoV-2 podría ser importado al mercado de mariscos en poco tiempo. Por lo tanto, agregamos las siguientes suposiciones adicionales:a) La red de transmisión de Bats-Host fue ignorada. b) Basado en nuestros estudios previos sobre simulación de importación [13, 14], fijamos el valor inicial de W como función de impulso siguiente:En la función, n, t 0 y t i se refiere al volumen importado del SARS-CoV-2 al mercado, hora de inicio de la simulación, y el intervalo de la importación. Por lo tanto, el modelo BHRP se simplificó como modelo RP y se muestra de la siguiente manera:Durante el período de brote, la tasa de natalidad natural y la tasa de mortalidad en la población estaban en un nivel relativamente bajo. Sin embargo, la gente comúnmente viajaba desde y hacia la ciudad de Wuhan principalmente debido a las vacaciones de Año Nuevo chino. Por lo tanto, n P y m P se refieren a la tasa de personas que viajan a la ciudad de Wuhan y viajan desde la ciudad de Wuhan, respectivamente. En el modelo, las personas y los virus tienen diferentes dimensiones. Basado en nuestra investigación previa [15], por lo tanto, utilizamos los siguientes conjuntos para realizar la normalización:En la normalización, el parámetro c se refiere al coeficiente de pérdida relativa de A P en comparación con I P. El modelo RP normalizado se cambia de la siguiente manera:La transmisibilidad del SARS-CoV-2 basado en Comúnmente, R 0 se definió como el número esperado de infecciones secundarias que resultan de la introducción de un único individuo infectado en una población susceptible [13, 16, 17]. Si R 0 > 1, se producirá el brote. Si R 0 < 1, el brote llegará a su fin. En este estudio, R 0 se dedujo del modelo RP mediante el enfoque matricial de próxima generación [18]. El múltiplo de la transmisibilidad de A P a la de I P. Los parámetros se estimaron en base a los siguientes hechos y supuestos:a) El período medio de incubación fue de 5,2 días (intervalo de confianza del 95% [IC]: 4,1-7,0) [3]. Se estableció el mismo valor (5,2 días) del período de incubación y el período latente en este estudio. Por lo tanto, se observa un retraso medio de 5 días desde el inicio de los síntomas hasta la detección/hospitalización de un caso (los casos detectados en Tailandia y Japón fueron hospitalizados de 3 a 7 días después del inicio, respectivamente) [19] [20] [21]. La duración desde el inicio de la enfermedad hasta la primera visita médica para los 45 pacientes con inicio de la enfermedad antes del 1 de enero se estimó en un promedio de 5,8 días (IC 95%: 4,3-7,5) [3]. En nuestro modelo, fijamos el período infeccioso de los casos en 5,8 días. Por lo tanto, γ P = 0,1724. c) Al no existir datos sobre la proporción de infección asintomática del virus, simulamos el valor basal de la proporción de 0,5 (P = 0,5). d) Al no existir evidencia alguna sobre la transmisibilidad de la infección asintomática, asumimos que la transmisibilidad de la infección asintomática era 0,5 veces mayor que la de la infección sintomática ( = 0,5), valor similar al de la gripe [22]. Supusimos que la tasa relativa de pérdida de A P en comparación con I P era 0,5. Así, c = 0,5. e) Desde el 14 de enero de 2020, la ciudad de Wuhan ha reforzado la detección de la temperatura corporal de los pasajeros que salen de Wuhan en aeropuertos, estaciones de tren, estaciones de autobuses de larga distancia y terminales de pasajeros. A partir del 17 de enero, un total de casi 0,3 millones de personas habían sido sometidas a pruebas de temperatura corporal [23]. Supusimos que había 0.1 millones de personas que se mudaban a Wuhan City por día desde el 10 de enero de 2020, y creemos que este número aumentaría (principalmente debido a las vacaciones de invierno y las vacaciones de Año Nuevo chino) hasta el 24 de enero de 2020. Esto significa que los 2.87 millones se mudarían de Wuhan City en unos 14 días. Por lo tanto, fijamos el volumen móvil de 0,2 millones por día en nuestro modelo. Puesto que la población de Wuhan era de unos 11 millones a finales de 2018 [25], la tasa de personas que viajaban desde Wuhan City sería 0.018 (0.2/11) por día. Sin embargo, supusimos que la movilidad normal de la población antes del 1 de enero era 0.1 veces mayor que después del 10 de enero. Por lo tanto, fijamos la tasa de personas que se mudaban y salían de Wuhan City como 0.0018 por día (n g) Al inicio de la simulación, asumimos que la prevalencia del virus en el mercado era de 1/100000. h) Dado que el SARS-CoV-2 es un virus de ARN, asumimos que podría morir en el medio ambiente en poco tiempo, pero podría permanecer más tiempo (10 días) en los huéspedes desconocidos en el mercado. En este estudio, asumimos que el período de incubación (1/-P ) fue el mismo que el período latente (1/-P ) de la infección humana, por lo tanto-P =-P. Basado en las ecuaciones del modelo RP, podemos obtener el punto de equilibrio libre de enfermedad como: En la matriz:Por el enfoque de matriz de próxima generación, podemos obtener la matriz de siguiente generación y R 0 para el modelo RP: El R 0 del modelo RP normalizado se muestra de la siguiente manera:Nuestros resultados de modelización mostraron que el modelo RP normalizado se ajustaba bien a los datos de casos de SARS-CoV-2 reportados (R 2 = 0,512, P < 0,001) (Fig. 2). El valor de R 0 se estimó en 2,30 de reservorio a persona, y de persona a persona y 3,58 de persona a persona, lo que significa que el número esperado de infecciones secundarias que resultan de la introducción de un único individuo infectado en una población susceptible fue de 3,58. En este estudio, se desarrolló el modelo de transmisión RP, que considerando las rutas de reservorio a persona y de persona a persona de SARS-CoV-2, respectivamente. Utilizamos los modelos para ajustar los datos reportados en la ciudad de Wuhan, China de la literatura publicada [3]. Los resultados de simulación mostraron que el R 0 de SARS-CoV-2 fue de 3,58 de persona a persona. Hubo una investigación que mostró que el R 0 de SARS-CoV-2 fue de 2,68 (IC 95%: 2,47-2,86) [8]. Otra investigación mostró que el R 0 de SARS-CoV-2 fue de 2,2 (IC 95%: 1,4-3 Los métodos que Li et al. emplearon se basaron en la tasa de crecimiento epidémico de la curva epidémica y el intervalo serial [3]. Nuestro estudio anterior mostró que se podían utilizar varios métodos para calcular el R 0 basados en la tasa de crecimiento epidémico de la curva epidémica y el intervalo serial, y diferentes métodos podrían resultar en diferentes valores de R 0 [26]. Nuestros resultados también mostraron que el R 0 de SARS-CoV-2 fue de 2,30 de reservorio a persona, lo que significa que la ruta de transmisión fue principalmente de persona a persona y no de reservorio a persona en la etapa temprana de la transmisión en la ciudad de Wuhan. Sin embargo, este resultado se basó en los datos limitados de una literatura publicada, y podría no mostrar la situación real en la etapa inicial de la transmisión. Otra investigación encontró que el R 0 del SARS era de aproximadamente 2,1 en Hong Kong, China, 2,7 en Singapur, y 3,8 en Beijing, China [29]. Por lo tanto, creemos que el valor promedio comúnmente aceptable del R 0 del SARS podría ser de 2,9 [30]. La transmisibilidad del síndrome respiratorio del Oriente Medio (MERS) es muy inferior al SARS. El valor notificado del R 0 del MERS fue de 0,8-1,3 [31], con la transmisibilidad interhumana de la enfermedad fue de aproximadamente 0,6 o 0,9 en los países del Oriente Medio [32]. Sin embargo, el MERS tuvo una alta transmisibilidad en el brote en la República de Corea con el R 0 de 2,5-7,2 [33, 34]. Por lo tanto, la transmisibilidad del SARS-CoV-2 podría ser mayor que el MERS en los países del Oriente Medio, Para contener la transmisión del virus, es importante disminuir R 0. De acuerdo con la ecuación de R 0 deducida del modelo RP simplificado, R 0 está relacionada con muchos parámetros. Los parámetros principalmente que podrían ser cambiados fueron b P, b W, y γ. Intervenciones como usar máscaras y aumentar la distancia social podrían disminuir la b P, la intervención que cierra el mercado de mariscos podría disminuir la b W, y acortar la duración de los síntomas de inicio a ser diagnosticados podría disminuir 1/γ. Todas estas intervenciones podrían disminuir el número de reproducción efectiva y finalmente ser útil para controlar la transmisión. Puesto que hay demasiados parámetros en nuestro modelo, existen varias limitaciones en este estudio. En primer lugar, no utilizamos los datos detallados del SARS-CoV-2 para realizar la estimación en lugar de utilizar los datos de las publicaciones [3]. Simulamos la historia natural de la infección que la proporción de infección asintomática fue del 50%, y la transmisibilidad de infección asintomática fue de la mitad de la de infección sintomática, que fueron diferentes a las de MERS y SRAS. Se sabe que la proporción de infección asintomática de MERS y SRAS fue inferior al 10%. En segundo lugar, los parámetros de movilidad de la población no fueron de un conjunto de datos exactos. En tercer lugar, dado que no había datos de la prevalencia inicial del virus en el mercado de mariscos, asumimos el valor inicial de 1/100 000. Este supuesto podría conducir a que la simulación fuera sub-o sobre-estimada. Además, ya que no consideramos la tasa de cambio de la actividad del individuo (como usar máscaras, aumentar la distancia social, y no viajar a la ciudad de Wuhan), la estimación de la importación del virus podría no ser correcta. Por lo tanto, la exactitud y validez de la estimación sería mejor si los modelos se ajustaran a los datos de primera mano sobre la movilidad de la población y los datos sobre la historia natural, las características epidemiológicas y el mecanismo de transmisión del virus. Al calcular los datos publicados, nuestro modelo demostró que la transmisibilidad del SARS-CoV-2 podría ser superior a la del MERS en los países de Oriente Medio, similar al SARS, pero inferior a la del MERS en la República de Corea. Dado que el objetivo de este estudio era proporcionar un modelo matemático para calcular la transmisibilidad del SARS-CoV-2, la R 0 se estimó sobre la base de datos limitados publicados en una literatura.

¿Cuál fue el período medio de incubación?

Un modelo matemático para simular la transmisibilidad en fase de un nuevo coronavirushttps://doi.org/10.1186/s40249-020-00640-3SHA: 018269476cd191365d6b8bed046078aea07c8c01Autores: Yin, Tian-Mu Chen; Jia, Rui; Qiu-Peng, Wang; Ze-Yu, Zhao; Jing-An, Cui; LingDate: 2020DOI: 10.1186/s40249-020-00640-3Licenciado: cc-byAbstract: Antecedentes Como informó la Organización Mundial de la Salud, un nuevo coronavirus (2019-nCoV) fue identificado como el virus causal de la neumonía Wuhan de la etiología desconocida por las autoridades chinas el 7 de enero de 2020. El virus fue nombrado como síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2) por el Comité Internacional de Taxonomía de Virus el 11 de febrero de 2020. Este estudio tuvo como objetivo desarrollar un modelo matemático para calcular la transmisibilidad del virus. Métodos En este estudio, desarrollamos un modelo de red de transmisión Bats-Hosts-Reservoir-People para simular la transmisión potencial de la fuente de infección (probablemente sean murciélagos) a la infección humana. Puesto que la red Bats-Hosts-Reservoir era difícil de explorar claramente y las preocupaciones públicas se centraban en la transmisión desde el Mercado Mayorista de Alimentos Marinos de Huanan (reservoir) a las personas, simplificamos el modelo como modelo de red de transmisión Reservoir-People (RP). Resultados El valor de R 0 se estimó en 2,30 de reservorio a persona y 3,58 de persona a persona, lo que significa que el número esperado de infecciones secundarias que resultan de la introducción de un único individuo infectado en una población susceptible fue de 3,58. Conclusiones Nuestro modelo mostró que la transmisibilidad del SARS-CoV-2 fue mayor que el síndrome respiratorio de Oriente Medio en los países de Oriente Medio, similar al síndrome respiratorio agudo grave, pero menor que el MERS en la República de Corea. Texto: El 31 de diciembre de 2019, la Oficina de China de la Organización Mundial de la Salud (OMS) fue informada de casos de neumonía de etiología desconocida (causa desconocida) detectada en la ciudad de Wuhan, provincia de Hubei, China, y la OMS informó de que el Comité Internacional de Taxonomía de Virus, el 11 de febrero de 2020, identificó como virus causal por las autoridades chinas (2019-nCoV), el cual fue denominado como síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2), y que la transmisión del virus podría estar relacionada con la exposición a un mercado de mariscos (mercado mayorista de alimentos marinos de Huanan) [3, 4]. Recientemente se han comunicado las características genéticas y algunos hallazgos clínicos de la infección [4] [5] [6]. Por lo tanto, es urgente desarrollar un modelo matemático para estimar la transmisibilidad y la dinámica de la transmisión del virus. Hubo varias investigaciones centradas en la modelización matemática [3, 8]. Estas investigaciones se centraron en calcular el número de reproducción básica (R 0 ) utilizando los intervalos seriales y la tasa de crecimiento intrínseco [3, 9, 10], o utilizando ecuaciones diferenciales ordinarias y métodos de Markov Chain Monte Carlo [8]. Sin embargo, el origen del murciélago y la ruta de transmisión del mercado de mariscos a la gente no fueron considerados en los modelos publicados. En este estudio, desarrollamos un modelo de red de transmisión Bats-Hosts-Reservoir-People (BHRP) para simular la posible transmisión de la fuente de infección (probablemente murciélagos) a la infección humana. Dado que la red Bats-Hosts-Reservoir era difícil de explorar con claridad y que la preocupación pública se centraba en la transmisión del Mercado Mayorista de Mariscos de Huanan (reservorio) a las personas, simplificamos el modelo como modelo de red de transmisión Reservoir-People (RP), y R 0 se calculó sobre la base del modelo RP para evaluar la transmisibilidad del SARS-CoV-2. Los casos reportados de SARS-CoV-2, que han sido nombrados como COVID-19, fueron recolectados para el estudio de modelización de una literatura publicada [3]. Como reporta Li et al. [3], la fecha de inicio del primer caso fue el 7 de diciembre de 2020, y el mercado de mariscos se cerró el 1 de enero de 2020 [11]. La curva epidémica del 7 de diciembre de 2019 al 1 de enero de 2020 fue recogida El método Runge-Kutta de cuarto orden, con tolerancia establecida en 0.001, se utilizó para realizar ajuste de curva. Mientras la curva de ajuste está en curso, Berkeley Madonna muestra la desviación cuadrada media de raíz entre los datos y la mejor ejecución hasta ahora. El coeficiente de determinación (R 2) se utilizó para evaluar la bondad de ajuste. SPSS 13.0 (IBM Corp., Armonk, NY, EE.UU.) se utilizó para calcular el R 2. El modelo de la red de transmisión de Bats-Hosts-Reservoir-People (BHRP)El modelo de la red de transmisión BHRP se publicó en bioRxiv el 19 de enero de 2020 [12]. Asumimos que el virus se transmitió entre los murciélagos, y luego se transmitió a huéspedes desconocidos (probablemente algunos animales salvajes). Los anfitriones fueron cazados y enviados al mercado de mariscos que se definió como el reservorio Las personas expuestas al mercado tuvieron los riesgos de la infección (Fig. 1). El modelo de la red de transmisión BHRP se basó en los siguientes supuestos o hechos: a) Los murciélagos se dividieron en cuatro compartimentos: murciélagos susceptibles (S B ), murciélagos expuestos (E B ), murciélagos infectados (I B ), y murciélagos eliminados (R B ). La tasa de natalidad y la tasa de mortalidad de murciélagos se definieron como n B y m B. En este modelo, se estableció B = n B × N B como el número de los murciélagos recién nacidos donde N B se refiere al número total de murciélagos. El período de incubación de la infección por murciélagos se definió como 1 / B y el período infeccioso de infección por murciélagos se definió como 1/γ B. El S B se infectará a través de un contacto suficiente con I B, y la tasa de transmisión se definió como β B. b) Los anfitriones también se dividieron en cuatro compartimentos: hospederos susceptibles (S H ), hospederos expuestos (E H ), hospederos infectados (I H ) y hospederos eliminados (R H ). La tasa de natalidad y la tasa de mortalidad de los hospederos se definieron como n H y m H. En este modelo, se establece H = n H × N H donde N H se refiere al número total de hospederos. El período de incubación de la infección del huésped se definió como 1/ c) El SARS-CoV-2 en el depósito (el mercado de mariscos) fue denotado como W. Supusimos que la tasa de compras al por menor de los anfitriones en el mercado era a, y que la prevalencia de SARS-CoV-2 en las compras era I H /N H, por lo tanto, la tasa del SARS-CoV-2 en W importado forma los anfitriones era aWI H /N H donde N H era el número total de anfitriones. También asumimos que las personas infectadas sintomáticas y las personas infectadas asintomáticas podían exportar el virus a W con la tasa de μ P y μ' P, aunque esta suposición podría ocurrir con una baja probabilidad. El virus en W dejará posteriormente el compartimento W a una tasa de d) Las personas fueron divididas en cinco compartimentos: personas sensibles (S P ), personas expuestas (E P ), personas infectadas sintomáticas (I P ), personas infectadas asintomáticas (A P ) y personas retiradas (R P ) incluyendo personas recuperadas y fallecidas. La tasa de natalidad y la tasa de mortalidad de las personas se definieron como n P y m P. En este modelo, se estableció P = n P × N P donde N P se refiere al número total de personas. El período de incubación y el período latente de infección humana se definió como 1/ También supusimos que la transmisibilidad de A P era veces mayor que la de I P, donde 0 ≤ ≤ ≤ 1. Los parámetros del modelo BHRP fueron mostrados en la Tabla 1. Supusimos que el SARS-CoV-2 podría ser importado al mercado de mariscos en poco tiempo. Por lo tanto, agregamos las siguientes suposiciones adicionales:a) La red de transmisión de Bats-Host fue ignorada. b) Basado en nuestros estudios previos sobre simulación de importación [13, 14], fijamos el valor inicial de W como función de impulso siguiente:En la función, n, t 0 y t i se refiere al volumen importado del SARS-CoV-2 al mercado, hora de inicio de la simulación, y el intervalo de la importación. Por lo tanto, el modelo BHRP se simplificó como modelo RP y se muestra de la siguiente manera:Durante el período de brote, la tasa de natalidad natural y la tasa de mortalidad en la población estaban en un nivel relativamente bajo. Sin embargo, la gente comúnmente viajaba desde y hacia la ciudad de Wuhan principalmente debido a las vacaciones de Año Nuevo chino. Por lo tanto, n P y m P se refieren a la tasa de personas que viajan a la ciudad de Wuhan y viajan desde la ciudad de Wuhan, respectivamente. En el modelo, las personas y los virus tienen diferentes dimensiones. Basado en nuestra investigación previa [15], por lo tanto, utilizamos los siguientes conjuntos para realizar la normalización:En la normalización, el parámetro c se refiere al coeficiente de pérdida relativa de A P en comparación con I P. El modelo RP normalizado se cambia de la siguiente manera:La transmisibilidad del SARS-CoV-2 basado en Comúnmente, R 0 se definió como el número esperado de infecciones secundarias que resultan de la introducción de un único individuo infectado en una población susceptible [13, 16, 17]. Si R 0 > 1, se producirá el brote. Si R 0 < 1, el brote llegará a su fin. En este estudio, R 0 se dedujo del modelo RP mediante el enfoque matricial de próxima generación [18]. El múltiplo de la transmisibilidad de A P a la de I P. Los parámetros se estimaron en base a los siguientes hechos y supuestos:a) El período medio de incubación fue de 5,2 días (intervalo de confianza del 95% [IC]: 4,1-7,0) [3]. Se estableció el mismo valor (5,2 días) del período de incubación y el período latente en este estudio. Por lo tanto, se observa un retraso medio de 5 días desde el inicio de los síntomas hasta la detección/hospitalización de un caso (los casos detectados en Tailandia y Japón fueron hospitalizados de 3 a 7 días después del inicio, respectivamente) [19] [20] [21]. La duración desde el inicio de la enfermedad hasta la primera visita médica para los 45 pacientes con inicio de la enfermedad antes del 1 de enero se estimó en un promedio de 5,8 días (IC 95%: 4,3-7,5) [3]. En nuestro modelo, fijamos el período infeccioso de los casos en 5,8 días. Por lo tanto, γ P = 0,1724. c) Al no existir datos sobre la proporción de infección asintomática del virus, simulamos el valor basal de la proporción de 0,5 (P = 0,5). d) Al no existir evidencia alguna sobre la transmisibilidad de la infección asintomática, asumimos que la transmisibilidad de la infección asintomática era 0,5 veces mayor que la de la infección sintomática ( = 0,5), valor similar al de la gripe [22]. Supusimos que la tasa relativa de pérdida de A P en comparación con I P era 0,5. Así, c = 0,5. e) Desde el 14 de enero de 2020, la ciudad de Wuhan ha reforzado la detección de la temperatura corporal de los pasajeros que salen de Wuhan en aeropuertos, estaciones de tren, estaciones de autobuses de larga distancia y terminales de pasajeros. A partir del 17 de enero, un total de casi 0,3 millones de personas habían sido sometidas a pruebas de temperatura corporal [23]. Supusimos que había 0.1 millones de personas que se mudaban a Wuhan City por día desde el 10 de enero de 2020, y creemos que este número aumentaría (principalmente debido a las vacaciones de invierno y las vacaciones de Año Nuevo chino) hasta el 24 de enero de 2020. Esto significa que los 2.87 millones se mudarían de Wuhan City en unos 14 días. Por lo tanto, fijamos el volumen móvil de 0,2 millones por día en nuestro modelo. Puesto que la población de Wuhan era de unos 11 millones a finales de 2018 [25], la tasa de personas que viajaban desde Wuhan City sería 0.018 (0.2/11) por día. Sin embargo, supusimos que la movilidad normal de la población antes del 1 de enero era 0.1 veces mayor que después del 10 de enero. Por lo tanto, fijamos la tasa de personas que se mudaban y salían de Wuhan City como 0.0018 por día (n g) Al inicio de la simulación, asumimos que la prevalencia del virus en el mercado era de 1/100000. h) Dado que el SARS-CoV-2 es un virus de ARN, asumimos que podría morir en el medio ambiente en poco tiempo, pero podría permanecer más tiempo (10 días) en los huéspedes desconocidos en el mercado. En este estudio, asumimos que el período de incubación (1/-P ) fue el mismo que el período latente (1/-P ) de la infección humana, por lo tanto-P =-P. Basado en las ecuaciones del modelo RP, podemos obtener el punto de equilibrio libre de enfermedad como: En la matriz:Por el enfoque de matriz de próxima generación, podemos obtener la matriz de siguiente generación y R 0 para el modelo RP: El R 0 del modelo RP normalizado se muestra de la siguiente manera:Nuestros resultados de modelización mostraron que el modelo RP normalizado se ajustaba bien a los datos de casos de SARS-CoV-2 reportados (R 2 = 0,512, P < 0,001) (Fig. 2). El valor de R 0 se estimó en 2,30 de reservorio a persona, y de persona a persona y 3,58 de persona a persona, lo que significa que el número esperado de infecciones secundarias que resultan de la introducción de un único individuo infectado en una población susceptible fue de 3,58. En este estudio, se desarrolló el modelo de transmisión RP, que considerando las rutas de reservorio a persona y de persona a persona de SARS-CoV-2, respectivamente. Utilizamos los modelos para ajustar los datos reportados en la ciudad de Wuhan, China de la literatura publicada [3]. Los resultados de simulación mostraron que el R 0 de SARS-CoV-2 fue de 3,58 de persona a persona. Hubo una investigación que mostró que el R 0 de SARS-CoV-2 fue de 2,68 (IC 95%: 2,47-2,86) [8]. Otra investigación mostró que el R 0 de SARS-CoV-2 fue de 2,2 (IC 95%: 1,4-3 Los métodos que Li et al. emplearon se basaron en la tasa de crecimiento epidémico de la curva epidémica y el intervalo serial [3]. Nuestro estudio anterior mostró que se podían utilizar varios métodos para calcular el R 0 basados en la tasa de crecimiento epidémico de la curva epidémica y el intervalo serial, y diferentes métodos podrían resultar en diferentes valores de R 0 [26]. Nuestros resultados también mostraron que el R 0 de SARS-CoV-2 fue de 2,30 de reservorio a persona, lo que significa que la ruta de transmisión fue principalmente de persona a persona y no de reservorio a persona en la etapa temprana de la transmisión en la ciudad de Wuhan. Sin embargo, este resultado se basó en los datos limitados de una literatura publicada, y podría no mostrar la situación real en la etapa inicial de la transmisión. Otra investigación encontró que el R 0 del SARS era de aproximadamente 2,1 en Hong Kong, China, 2,7 en Singapur, y 3,8 en Beijing, China [29]. Por lo tanto, creemos que el valor promedio comúnmente aceptable del R 0 del SARS podría ser de 2,9 [30]. La transmisibilidad del síndrome respiratorio del Oriente Medio (MERS) es muy inferior al SARS. El valor notificado del R 0 del MERS fue de 0,8-1,3 [31], con la transmisibilidad interhumana de la enfermedad fue de aproximadamente 0,6 o 0,9 en los países del Oriente Medio [32]. Sin embargo, el MERS tuvo una alta transmisibilidad en el brote en la República de Corea con el R 0 de 2,5-7,2 [33, 34]. Por lo tanto, la transmisibilidad del SARS-CoV-2 podría ser mayor que el MERS en los países del Oriente Medio, Para contener la transmisión del virus, es importante disminuir R 0. De acuerdo con la ecuación de R 0 deducida del modelo RP simplificado, R 0 está relacionada con muchos parámetros. Los parámetros principalmente que podrían ser cambiados fueron b P, b W, y γ. Intervenciones como usar máscaras y aumentar la distancia social podrían disminuir la b P, la intervención que cierra el mercado de mariscos podría disminuir la b W, y acortar la duración de los síntomas de inicio a ser diagnosticados podría disminuir 1/γ. Todas estas intervenciones podrían disminuir el número de reproducción efectiva y finalmente ser útil para controlar la transmisión. Puesto que hay demasiados parámetros en nuestro modelo, existen varias limitaciones en este estudio. En primer lugar, no utilizamos los datos detallados del SARS-CoV-2 para realizar la estimación en lugar de utilizar los datos de las publicaciones [3]. Simulamos la historia natural de la infección que la proporción de infección asintomática fue del 50%, y la transmisibilidad de infección asintomática fue de la mitad de la de infección sintomática, que fueron diferentes a las de MERS y SRAS. Se sabe que la proporción de infección asintomática de MERS y SRAS fue inferior al 10%. En segundo lugar, los parámetros de movilidad de la población no fueron de un conjunto de datos exactos. En tercer lugar, dado que no había datos de la prevalencia inicial del virus en el mercado de mariscos, asumimos el valor inicial de 1/100 000. Este supuesto podría conducir a que la simulación fuera sub-o sobre-estimada. Además, ya que no consideramos la tasa de cambio de la actividad del individuo (como usar máscaras, aumentar la distancia social, y no viajar a la ciudad de Wuhan), la estimación de la importación del virus podría no ser correcta. Por lo tanto, la exactitud y validez de la estimación sería mejor si los modelos se ajustaran a los datos de primera mano sobre la movilidad de la población y los datos sobre la historia natural, las características epidemiológicas y el mecanismo de transmisión del virus. Al calcular los datos publicados, nuestro modelo demostró que la transmisibilidad del SARS-CoV-2 podría ser superior a la del MERS en los países de Oriente Medio, similar al SARS, pero inferior a la del MERS en la República de Corea. Dado que el objetivo de este estudio era proporcionar un modelo matemático para calcular la transmisibilidad del SARS-CoV-2, la R 0 se estimó sobre la base de datos limitados publicados en una literatura.

¿Cuál fue el retraso medio desde el inicio de los síntomas hasta la detección/hospitalización de un caso?

Un modelo matemático para simular la transmisibilidad en fase de un nuevo coronavirushttps://doi.org/10.1186/s40249-020-00640-3SHA: 018269476cd191365d6b8bed046078aea07c8c01Autores: Yin, Tian-Mu Chen; Jia, Rui; Qiu-Peng, Wang; Ze-Yu, Zhao; Jing-An, Cui; LingDate: 2020DOI: 10.1186/s40249-020-00640-3Licenciado: cc-byAbstract: Antecedentes Como informó la Organización Mundial de la Salud, un nuevo coronavirus (2019-nCoV) fue identificado como el virus causal de la neumonía Wuhan de la etiología desconocida por las autoridades chinas el 7 de enero de 2020. El virus fue nombrado como síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2) por el Comité Internacional de Taxonomía de Virus el 11 de febrero de 2020. Este estudio tuvo como objetivo desarrollar un modelo matemático para calcular la transmisibilidad del virus. Métodos En este estudio, desarrollamos un modelo de red de transmisión Bats-Hosts-Reservoir-People para simular la transmisión potencial de la fuente de infección (probablemente sean murciélagos) a la infección humana. Puesto que la red Bats-Hosts-Reservoir era difícil de explorar claramente y las preocupaciones públicas se centraban en la transmisión desde el Mercado Mayorista de Alimentos Marinos de Huanan (reservoir) a las personas, simplificamos el modelo como modelo de red de transmisión Reservoir-People (RP). Resultados El valor de R 0 se estimó en 2,30 de reservorio a persona y 3,58 de persona a persona, lo que significa que el número esperado de infecciones secundarias que resultan de la introducción de un único individuo infectado en una población susceptible fue de 3,58. Conclusiones Nuestro modelo mostró que la transmisibilidad del SARS-CoV-2 fue mayor que el síndrome respiratorio de Oriente Medio en los países de Oriente Medio, similar al síndrome respiratorio agudo grave, pero menor que el MERS en la República de Corea. Texto: El 31 de diciembre de 2019, la Oficina de China de la Organización Mundial de la Salud (OMS) fue informada de casos de neumonía de etiología desconocida (causa desconocida) detectada en la ciudad de Wuhan, provincia de Hubei, China, y la OMS informó de que el Comité Internacional de Taxonomía de Virus, el 11 de febrero de 2020, identificó como virus causal por las autoridades chinas (2019-nCoV), el cual fue denominado como síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2), y que la transmisión del virus podría estar relacionada con la exposición a un mercado de mariscos (mercado mayorista de alimentos marinos de Huanan) [3, 4]. Recientemente se han comunicado las características genéticas y algunos hallazgos clínicos de la infección [4] [5] [6]. Por lo tanto, es urgente desarrollar un modelo matemático para estimar la transmisibilidad y la dinámica de la transmisión del virus. Hubo varias investigaciones centradas en la modelización matemática [3, 8]. Estas investigaciones se centraron en calcular el número de reproducción básica (R 0 ) utilizando los intervalos seriales y la tasa de crecimiento intrínseco [3, 9, 10], o utilizando ecuaciones diferenciales ordinarias y métodos de Markov Chain Monte Carlo [8]. Sin embargo, el origen del murciélago y la ruta de transmisión del mercado de mariscos a la gente no fueron considerados en los modelos publicados. En este estudio, desarrollamos un modelo de red de transmisión Bats-Hosts-Reservoir-People (BHRP) para simular la posible transmisión de la fuente de infección (probablemente murciélagos) a la infección humana. Dado que la red Bats-Hosts-Reservoir era difícil de explorar con claridad y que la preocupación pública se centraba en la transmisión del Mercado Mayorista de Mariscos de Huanan (reservorio) a las personas, simplificamos el modelo como modelo de red de transmisión Reservoir-People (RP), y R 0 se calculó sobre la base del modelo RP para evaluar la transmisibilidad del SARS-CoV-2. Los casos reportados de SARS-CoV-2, que han sido nombrados como COVID-19, fueron recolectados para el estudio de modelización de una literatura publicada [3]. Como reporta Li et al. [3], la fecha de inicio del primer caso fue el 7 de diciembre de 2020, y el mercado de mariscos se cerró el 1 de enero de 2020 [11]. La curva epidémica del 7 de diciembre de 2019 al 1 de enero de 2020 fue recogida El método Runge-Kutta de cuarto orden, con tolerancia establecida en 0.001, se utilizó para realizar ajuste de curva. Mientras la curva de ajuste está en curso, Berkeley Madonna muestra la desviación cuadrada media de raíz entre los datos y la mejor ejecución hasta ahora. El coeficiente de determinación (R 2) se utilizó para evaluar la bondad de ajuste. SPSS 13.0 (IBM Corp., Armonk, NY, EE.UU.) se utilizó para calcular el R 2. El modelo de la red de transmisión de Bats-Hosts-Reservoir-People (BHRP)El modelo de la red de transmisión BHRP se publicó en bioRxiv el 19 de enero de 2020 [12]. Asumimos que el virus se transmitió entre los murciélagos, y luego se transmitió a huéspedes desconocidos (probablemente algunos animales salvajes). Los anfitriones fueron cazados y enviados al mercado de mariscos que se definió como el reservorio Las personas expuestas al mercado tuvieron los riesgos de la infección (Fig. 1). El modelo de la red de transmisión BHRP se basó en los siguientes supuestos o hechos: a) Los murciélagos se dividieron en cuatro compartimentos: murciélagos susceptibles (S B ), murciélagos expuestos (E B ), murciélagos infectados (I B ), y murciélagos eliminados (R B ). La tasa de natalidad y la tasa de mortalidad de murciélagos se definieron como n B y m B. En este modelo, se estableció B = n B × N B como el número de los murciélagos recién nacidos donde N B se refiere al número total de murciélagos. El período de incubación de la infección por murciélagos se definió como 1 / B y el período infeccioso de infección por murciélagos se definió como 1/γ B. El S B se infectará a través de un contacto suficiente con I B, y la tasa de transmisión se definió como β B. b) Los anfitriones también se dividieron en cuatro compartimentos: hospederos susceptibles (S H ), hospederos expuestos (E H ), hospederos infectados (I H ) y hospederos eliminados (R H ). La tasa de natalidad y la tasa de mortalidad de los hospederos se definieron como n H y m H. En este modelo, se establece H = n H × N H donde N H se refiere al número total de hospederos. El período de incubación de la infección del huésped se definió como 1/ c) El SARS-CoV-2 en el depósito (el mercado de mariscos) fue denotado como W. Supusimos que la tasa de compras al por menor de los anfitriones en el mercado era a, y que la prevalencia de SARS-CoV-2 en las compras era I H /N H, por lo tanto, la tasa del SARS-CoV-2 en W importado forma los anfitriones era aWI H /N H donde N H era el número total de anfitriones. También asumimos que las personas infectadas sintomáticas y las personas infectadas asintomáticas podían exportar el virus a W con la tasa de μ P y μ' P, aunque esta suposición podría ocurrir con una baja probabilidad. El virus en W dejará posteriormente el compartimento W a una tasa de d) Las personas fueron divididas en cinco compartimentos: personas sensibles (S P ), personas expuestas (E P ), personas infectadas sintomáticas (I P ), personas infectadas asintomáticas (A P ) y personas retiradas (R P ) incluyendo personas recuperadas y fallecidas. La tasa de natalidad y la tasa de mortalidad de las personas se definieron como n P y m P. En este modelo, se estableció P = n P × N P donde N P se refiere al número total de personas. El período de incubación y el período latente de infección humana se definió como 1/ También supusimos que la transmisibilidad de A P era veces mayor que la de I P, donde 0 ≤ ≤ ≤ 1. Los parámetros del modelo BHRP fueron mostrados en la Tabla 1. Supusimos que el SARS-CoV-2 podría ser importado al mercado de mariscos en poco tiempo. Por lo tanto, agregamos las siguientes suposiciones adicionales:a) La red de transmisión de Bats-Host fue ignorada. b) Basado en nuestros estudios previos sobre simulación de importación [13, 14], fijamos el valor inicial de W como función de impulso siguiente:En la función, n, t 0 y t i se refiere al volumen importado del SARS-CoV-2 al mercado, hora de inicio de la simulación, y el intervalo de la importación. Por lo tanto, el modelo BHRP se simplificó como modelo RP y se muestra de la siguiente manera:Durante el período de brote, la tasa de natalidad natural y la tasa de mortalidad en la población estaban en un nivel relativamente bajo. Sin embargo, la gente comúnmente viajaba desde y hacia la ciudad de Wuhan principalmente debido a las vacaciones de Año Nuevo chino. Por lo tanto, n P y m P se refieren a la tasa de personas que viajan a la ciudad de Wuhan y viajan desde la ciudad de Wuhan, respectivamente. En el modelo, las personas y los virus tienen diferentes dimensiones. Basado en nuestra investigación previa [15], por lo tanto, utilizamos los siguientes conjuntos para realizar la normalización:En la normalización, el parámetro c se refiere al coeficiente de pérdida relativa de A P en comparación con I P. El modelo RP normalizado se cambia de la siguiente manera:La transmisibilidad del SARS-CoV-2 basado en Comúnmente, R 0 se definió como el número esperado de infecciones secundarias que resultan de la introducción de un único individuo infectado en una población susceptible [13, 16, 17]. Si R 0 > 1, se producirá el brote. Si R 0 < 1, el brote llegará a su fin. En este estudio, R 0 se dedujo del modelo RP mediante el enfoque matricial de próxima generación [18]. El múltiplo de la transmisibilidad de A P a la de I P. Los parámetros se estimaron en base a los siguientes hechos y supuestos:a) El período medio de incubación fue de 5,2 días (intervalo de confianza del 95% [IC]: 4,1-7,0) [3]. Se estableció el mismo valor (5,2 días) del período de incubación y el período latente en este estudio. Por lo tanto, se observa un retraso medio de 5 días desde el inicio de los síntomas hasta la detección/hospitalización de un caso (los casos detectados en Tailandia y Japón fueron hospitalizados de 3 a 7 días después del inicio, respectivamente) [19] [20] [21]. La duración desde el inicio de la enfermedad hasta la primera visita médica para los 45 pacientes con inicio de la enfermedad antes del 1 de enero se estimó en un promedio de 5,8 días (IC 95%: 4,3-7,5) [3]. En nuestro modelo, fijamos el período infeccioso de los casos en 5,8 días. Por lo tanto, γ P = 0,1724. c) Al no existir datos sobre la proporción de infección asintomática del virus, simulamos el valor basal de la proporción de 0,5 (P = 0,5). d) Al no existir evidencia alguna sobre la transmisibilidad de la infección asintomática, asumimos que la transmisibilidad de la infección asintomática era 0,5 veces mayor que la de la infección sintomática ( = 0,5), valor similar al de la gripe [22]. Supusimos que la tasa relativa de pérdida de A P en comparación con I P era 0,5. Así, c = 0,5. e) Desde el 14 de enero de 2020, la ciudad de Wuhan ha reforzado la detección de la temperatura corporal de los pasajeros que salen de Wuhan en aeropuertos, estaciones de tren, estaciones de autobuses de larga distancia y terminales de pasajeros. A partir del 17 de enero, un total de casi 0,3 millones de personas habían sido sometidas a pruebas de temperatura corporal [23]. Supusimos que había 0.1 millones de personas que se mudaban a Wuhan City por día desde el 10 de enero de 2020, y creemos que este número aumentaría (principalmente debido a las vacaciones de invierno y las vacaciones de Año Nuevo chino) hasta el 24 de enero de 2020. Esto significa que los 2.87 millones se mudarían de Wuhan City en unos 14 días. Por lo tanto, fijamos el volumen móvil de 0,2 millones por día en nuestro modelo. Puesto que la población de Wuhan era de unos 11 millones a finales de 2018 [25], la tasa de personas que viajaban desde Wuhan City sería 0.018 (0.2/11) por día. Sin embargo, supusimos que la movilidad normal de la población antes del 1 de enero era 0.1 veces mayor que después del 10 de enero. Por lo tanto, fijamos la tasa de personas que se mudaban y salían de Wuhan City como 0.0018 por día (n g) Al inicio de la simulación, asumimos que la prevalencia del virus en el mercado era de 1/100000. h) Dado que el SARS-CoV-2 es un virus de ARN, asumimos que podría morir en el medio ambiente en poco tiempo, pero podría permanecer más tiempo (10 días) en los huéspedes desconocidos en el mercado. En este estudio, asumimos que el período de incubación (1/-P ) fue el mismo que el período latente (1/-P ) de la infección humana, por lo tanto-P =-P. Basado en las ecuaciones del modelo RP, podemos obtener el punto de equilibrio libre de enfermedad como: En la matriz:Por el enfoque de matriz de próxima generación, podemos obtener la matriz de siguiente generación y R 0 para el modelo RP: El R 0 del modelo RP normalizado se muestra de la siguiente manera:Nuestros resultados de modelización mostraron que el modelo RP normalizado se ajustaba bien a los datos de casos de SARS-CoV-2 reportados (R 2 = 0,512, P < 0,001) (Fig. 2). El valor de R 0 se estimó en 2,30 de reservorio a persona, y de persona a persona y 3,58 de persona a persona, lo que significa que el número esperado de infecciones secundarias que resultan de la introducción de un único individuo infectado en una población susceptible fue de 3,58. En este estudio, se desarrolló el modelo de transmisión RP, que considerando las rutas de reservorio a persona y de persona a persona de SARS-CoV-2, respectivamente. Utilizamos los modelos para ajustar los datos reportados en la ciudad de Wuhan, China de la literatura publicada [3]. Los resultados de simulación mostraron que el R 0 de SARS-CoV-2 fue de 3,58 de persona a persona. Hubo una investigación que mostró que el R 0 de SARS-CoV-2 fue de 2,68 (IC 95%: 2,47-2,86) [8]. Otra investigación mostró que el R 0 de SARS-CoV-2 fue de 2,2 (IC 95%: 1,4-3 Los métodos que Li et al. emplearon se basaron en la tasa de crecimiento epidémico de la curva epidémica y el intervalo serial [3]. Nuestro estudio anterior mostró que se podían utilizar varios métodos para calcular el R 0 basados en la tasa de crecimiento epidémico de la curva epidémica y el intervalo serial, y diferentes métodos podrían resultar en diferentes valores de R 0 [26]. Nuestros resultados también mostraron que el R 0 de SARS-CoV-2 fue de 2,30 de reservorio a persona, lo que significa que la ruta de transmisión fue principalmente de persona a persona y no de reservorio a persona en la etapa temprana de la transmisión en la ciudad de Wuhan. Sin embargo, este resultado se basó en los datos limitados de una literatura publicada, y podría no mostrar la situación real en la etapa inicial de la transmisión. Otra investigación encontró que el R 0 del SARS era de aproximadamente 2,1 en Hong Kong, China, 2,7 en Singapur, y 3,8 en Beijing, China [29]. Por lo tanto, creemos que el valor promedio comúnmente aceptable del R 0 del SARS podría ser de 2,9 [30]. La transmisibilidad del síndrome respiratorio del Oriente Medio (MERS) es muy inferior al SARS. El valor notificado del R 0 del MERS fue de 0,8-1,3 [31], con la transmisibilidad interhumana de la enfermedad fue de aproximadamente 0,6 o 0,9 en los países del Oriente Medio [32]. Sin embargo, el MERS tuvo una alta transmisibilidad en el brote en la República de Corea con el R 0 de 2,5-7,2 [33, 34]. Por lo tanto, la transmisibilidad del SARS-CoV-2 podría ser mayor que el MERS en los países del Oriente Medio, Para contener la transmisión del virus, es importante disminuir R 0. De acuerdo con la ecuación de R 0 deducida del modelo RP simplificado, R 0 está relacionada con muchos parámetros. Los parámetros principalmente que podrían ser cambiados fueron b P, b W, y γ. Intervenciones como usar máscaras y aumentar la distancia social podrían disminuir la b P, la intervención que cierra el mercado de mariscos podría disminuir la b W, y acortar la duración de los síntomas de inicio a ser diagnosticados podría disminuir 1/γ. Todas estas intervenciones podrían disminuir el número de reproducción efectiva y finalmente ser útil para controlar la transmisión. Puesto que hay demasiados parámetros en nuestro modelo, existen varias limitaciones en este estudio. En primer lugar, no utilizamos los datos detallados del SARS-CoV-2 para realizar la estimación en lugar de utilizar los datos de las publicaciones [3]. Simulamos la historia natural de la infección que la proporción de infección asintomática fue del 50%, y la transmisibilidad de infección asintomática fue de la mitad de la de infección sintomática, que fueron diferentes a las de MERS y SRAS. Se sabe que la proporción de infección asintomática de MERS y SRAS fue inferior al 10%. En segundo lugar, los parámetros de movilidad de la población no fueron de un conjunto de datos exactos. En tercer lugar, dado que no había datos de la prevalencia inicial del virus en el mercado de mariscos, asumimos el valor inicial de 1/100 000. Este supuesto podría conducir a que la simulación fuera sub-o sobre-estimada. Además, ya que no consideramos la tasa de cambio de la actividad del individuo (como usar máscaras, aumentar la distancia social, y no viajar a la ciudad de Wuhan), la estimación de la importación del virus podría no ser correcta. Por lo tanto, la exactitud y validez de la estimación sería mejor si los modelos se ajustaran a los datos de primera mano sobre la movilidad de la población y los datos sobre la historia natural, las características epidemiológicas y el mecanismo de transmisión del virus. Al calcular los datos publicados, nuestro modelo demostró que la transmisibilidad del SARS-CoV-2 podría ser superior a la del MERS en los países de Oriente Medio, similar al SARS, pero inferior a la del MERS en la República de Corea. Dado que el objetivo de este estudio era proporcionar un modelo matemático para calcular la transmisibilidad del SARS-CoV-2, la R 0 se estimó sobre la base de datos limitados publicados en una literatura.

¿Cuánto tiempo después de su aparición, los casos detectados en Tailandia y Japón fueron hospitalizados?

Un modelo matemático para simular la transmisibilidad en fase de un nuevo coronavirushttps://doi.org/10.1186/s40249-020-00640-3SHA: 018269476cd191365d6b8bed046078aea07c8c01Autores: Yin, Tian-Mu Chen; Jia, Rui; Qiu-Peng, Wang; Ze-Yu, Zhao; Jing-An, Cui; LingDate: 2020DOI: 10.1186/s40249-020-00640-3Licenciado: cc-byAbstract: Antecedentes Como informó la Organización Mundial de la Salud, un nuevo coronavirus (2019-nCoV) fue identificado como el virus causal de la neumonía Wuhan de la etiología desconocida por las autoridades chinas el 7 de enero de 2020. El virus fue nombrado como síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2) por el Comité Internacional de Taxonomía de Virus el 11 de febrero de 2020. Este estudio tuvo como objetivo desarrollar un modelo matemático para calcular la transmisibilidad del virus. Métodos En este estudio, desarrollamos un modelo de red de transmisión Bats-Hosts-Reservoir-People para simular la transmisión potencial de la fuente de infección (probablemente sean murciélagos) a la infección humana. Puesto que la red Bats-Hosts-Reservoir era difícil de explorar claramente y las preocupaciones públicas se centraban en la transmisión desde el Mercado Mayorista de Alimentos Marinos de Huanan (reservoir) a las personas, simplificamos el modelo como modelo de red de transmisión Reservoir-People (RP). Resultados El valor de R 0 se estimó en 2,30 de reservorio a persona y 3,58 de persona a persona, lo que significa que el número esperado de infecciones secundarias que resultan de la introducción de un único individuo infectado en una población susceptible fue de 3,58. Conclusiones Nuestro modelo mostró que la transmisibilidad del SARS-CoV-2 fue mayor que el síndrome respiratorio de Oriente Medio en los países de Oriente Medio, similar al síndrome respiratorio agudo grave, pero menor que el MERS en la República de Corea. Texto: El 31 de diciembre de 2019, la Oficina de China de la Organización Mundial de la Salud (OMS) fue informada de casos de neumonía de etiología desconocida (causa desconocida) detectada en la ciudad de Wuhan, provincia de Hubei, China, y la OMS informó de que el Comité Internacional de Taxonomía de Virus, el 11 de febrero de 2020, identificó como virus causal por las autoridades chinas (2019-nCoV), el cual fue denominado como síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2), y que la transmisión del virus podría estar relacionada con la exposición a un mercado de mariscos (mercado mayorista de alimentos marinos de Huanan) [3, 4]. Recientemente se han comunicado las características genéticas y algunos hallazgos clínicos de la infección [4] [5] [6]. Por lo tanto, es urgente desarrollar un modelo matemático para estimar la transmisibilidad y la dinámica de la transmisión del virus. Hubo varias investigaciones centradas en la modelización matemática [3, 8]. Estas investigaciones se centraron en calcular el número de reproducción básica (R 0 ) utilizando los intervalos seriales y la tasa de crecimiento intrínseco [3, 9, 10], o utilizando ecuaciones diferenciales ordinarias y métodos de Markov Chain Monte Carlo [8]. Sin embargo, el origen del murciélago y la ruta de transmisión del mercado de mariscos a la gente no fueron considerados en los modelos publicados. En este estudio, desarrollamos un modelo de red de transmisión Bats-Hosts-Reservoir-People (BHRP) para simular la posible transmisión de la fuente de infección (probablemente murciélagos) a la infección humana. Dado que la red Bats-Hosts-Reservoir era difícil de explorar con claridad y que la preocupación pública se centraba en la transmisión del Mercado Mayorista de Mariscos de Huanan (reservorio) a las personas, simplificamos el modelo como modelo de red de transmisión Reservoir-People (RP), y R 0 se calculó sobre la base del modelo RP para evaluar la transmisibilidad del SARS-CoV-2. Los casos reportados de SARS-CoV-2, que han sido nombrados como COVID-19, fueron recolectados para el estudio de modelización de una literatura publicada [3]. Como reporta Li et al. [3], la fecha de inicio del primer caso fue el 7 de diciembre de 2020, y el mercado de mariscos se cerró el 1 de enero de 2020 [11]. La curva epidémica del 7 de diciembre de 2019 al 1 de enero de 2020 fue recogida El método Runge-Kutta de cuarto orden, con tolerancia establecida en 0.001, se utilizó para realizar ajuste de curva. Mientras la curva de ajuste está en curso, Berkeley Madonna muestra la desviación cuadrada media de raíz entre los datos y la mejor ejecución hasta ahora. El coeficiente de determinación (R 2) se utilizó para evaluar la bondad de ajuste. SPSS 13.0 (IBM Corp., Armonk, NY, EE.UU.) se utilizó para calcular el R 2. El modelo de la red de transmisión de Bats-Hosts-Reservoir-People (BHRP)El modelo de la red de transmisión BHRP se publicó en bioRxiv el 19 de enero de 2020 [12]. Asumimos que el virus se transmitió entre los murciélagos, y luego se transmitió a huéspedes desconocidos (probablemente algunos animales salvajes). Los anfitriones fueron cazados y enviados al mercado de mariscos que se definió como el reservorio Las personas expuestas al mercado tuvieron los riesgos de la infección (Fig. 1). El modelo de la red de transmisión BHRP se basó en los siguientes supuestos o hechos: a) Los murciélagos se dividieron en cuatro compartimentos: murciélagos susceptibles (S B ), murciélagos expuestos (E B ), murciélagos infectados (I B ), y murciélagos eliminados (R B ). La tasa de natalidad y la tasa de mortalidad de murciélagos se definieron como n B y m B. En este modelo, se estableció B = n B × N B como el número de los murciélagos recién nacidos donde N B se refiere al número total de murciélagos. El período de incubación de la infección por murciélagos se definió como 1 / B y el período infeccioso de infección por murciélagos se definió como 1/γ B. El S B se infectará a través de un contacto suficiente con I B, y la tasa de transmisión se definió como β B. b) Los anfitriones también se dividieron en cuatro compartimentos: hospederos susceptibles (S H ), hospederos expuestos (E H ), hospederos infectados (I H ) y hospederos eliminados (R H ). La tasa de natalidad y la tasa de mortalidad de los hospederos se definieron como n H y m H. En este modelo, se establece H = n H × N H donde N H se refiere al número total de hospederos. El período de incubación de la infección del huésped se definió como 1/ c) El SARS-CoV-2 en el depósito (el mercado de mariscos) fue denotado como W. Supusimos que la tasa de compras al por menor de los anfitriones en el mercado era a, y que la prevalencia de SARS-CoV-2 en las compras era I H /N H, por lo tanto, la tasa del SARS-CoV-2 en W importado forma los anfitriones era aWI H /N H donde N H era el número total de anfitriones. También asumimos que las personas infectadas sintomáticas y las personas infectadas asintomáticas podían exportar el virus a W con la tasa de μ P y μ' P, aunque esta suposición podría ocurrir con una baja probabilidad. El virus en W dejará posteriormente el compartimento W a una tasa de d) Las personas fueron divididas en cinco compartimentos: personas sensibles (S P ), personas expuestas (E P ), personas infectadas sintomáticas (I P ), personas infectadas asintomáticas (A P ) y personas retiradas (R P ) incluyendo personas recuperadas y fallecidas. La tasa de natalidad y la tasa de mortalidad de las personas se definieron como n P y m P. En este modelo, se estableció P = n P × N P donde N P se refiere al número total de personas. El período de incubación y el período latente de infección humana se definió como 1/ También supusimos que la transmisibilidad de A P era veces mayor que la de I P, donde 0 ≤ ≤ ≤ 1. Los parámetros del modelo BHRP fueron mostrados en la Tabla 1. Supusimos que el SARS-CoV-2 podría ser importado al mercado de mariscos en poco tiempo. Por lo tanto, agregamos las siguientes suposiciones adicionales:a) La red de transmisión de Bats-Host fue ignorada. b) Basado en nuestros estudios previos sobre simulación de importación [13, 14], fijamos el valor inicial de W como función de impulso siguiente:En la función, n, t 0 y t i se refiere al volumen importado del SARS-CoV-2 al mercado, hora de inicio de la simulación, y el intervalo de la importación. Por lo tanto, el modelo BHRP se simplificó como modelo RP y se muestra de la siguiente manera:Durante el período de brote, la tasa de natalidad natural y la tasa de mortalidad en la población estaban en un nivel relativamente bajo. Sin embargo, la gente comúnmente viajaba desde y hacia la ciudad de Wuhan principalmente debido a las vacaciones de Año Nuevo chino. Por lo tanto, n P y m P se refieren a la tasa de personas que viajan a la ciudad de Wuhan y viajan desde la ciudad de Wuhan, respectivamente. En el modelo, las personas y los virus tienen diferentes dimensiones. Basado en nuestra investigación previa [15], por lo tanto, utilizamos los siguientes conjuntos para realizar la normalización:En la normalización, el parámetro c se refiere al coeficiente de pérdida relativa de A P en comparación con I P. El modelo RP normalizado se cambia de la siguiente manera:La transmisibilidad del SARS-CoV-2 basado en Comúnmente, R 0 se definió como el número esperado de infecciones secundarias que resultan de la introducción de un único individuo infectado en una población susceptible [13, 16, 17]. Si R 0 > 1, se producirá el brote. Si R 0 < 1, el brote llegará a su fin. En este estudio, R 0 se dedujo del modelo RP mediante el enfoque matricial de próxima generación [18]. El múltiplo de la transmisibilidad de A P a la de I P. Los parámetros se estimaron en base a los siguientes hechos y supuestos:a) El período medio de incubación fue de 5,2 días (intervalo de confianza del 95% [IC]: 4,1-7,0) [3]. Se estableció el mismo valor (5,2 días) del período de incubación y el período latente en este estudio. Por lo tanto, se observa un retraso medio de 5 días desde el inicio de los síntomas hasta la detección/hospitalización de un caso (los casos detectados en Tailandia y Japón fueron hospitalizados de 3 a 7 días después del inicio, respectivamente) [19] [20] [21]. La duración desde el inicio de la enfermedad hasta la primera visita médica para los 45 pacientes con inicio de la enfermedad antes del 1 de enero se estimó en un promedio de 5,8 días (IC 95%: 4,3-7,5) [3]. En nuestro modelo, fijamos el período infeccioso de los casos en 5,8 días. Por lo tanto, γ P = 0,1724. c) Al no existir datos sobre la proporción de infección asintomática del virus, simulamos el valor basal de la proporción de 0,5 (P = 0,5). d) Al no existir evidencia alguna sobre la transmisibilidad de la infección asintomática, asumimos que la transmisibilidad de la infección asintomática era 0,5 veces mayor que la de la infección sintomática ( = 0,5), valor similar al de la gripe [22]. Supusimos que la tasa relativa de pérdida de A P en comparación con I P era 0,5. Así, c = 0,5. e) Desde el 14 de enero de 2020, la ciudad de Wuhan ha reforzado la detección de la temperatura corporal de los pasajeros que salen de Wuhan en aeropuertos, estaciones de tren, estaciones de autobuses de larga distancia y terminales de pasajeros. A partir del 17 de enero, un total de casi 0,3 millones de personas habían sido sometidas a pruebas de temperatura corporal [23]. Supusimos que había 0.1 millones de personas que se mudaban a Wuhan City por día desde el 10 de enero de 2020, y creemos que este número aumentaría (principalmente debido a las vacaciones de invierno y las vacaciones de Año Nuevo chino) hasta el 24 de enero de 2020. Esto significa que los 2.87 millones se mudarían de Wuhan City en unos 14 días. Por lo tanto, fijamos el volumen móvil de 0,2 millones por día en nuestro modelo. Puesto que la población de Wuhan era de unos 11 millones a finales de 2018 [25], la tasa de personas que viajaban desde Wuhan City sería 0.018 (0.2/11) por día. Sin embargo, supusimos que la movilidad normal de la población antes del 1 de enero era 0.1 veces mayor que después del 10 de enero. Por lo tanto, fijamos la tasa de personas que se mudaban y salían de Wuhan City como 0.0018 por día (n g) Al inicio de la simulación, asumimos que la prevalencia del virus en el mercado era de 1/100000. h) Dado que el SARS-CoV-2 es un virus de ARN, asumimos que podría morir en el medio ambiente en poco tiempo, pero podría permanecer más tiempo (10 días) en los huéspedes desconocidos en el mercado. En este estudio, asumimos que el período de incubación (1/-P ) fue el mismo que el período latente (1/-P ) de la infección humana, por lo tanto-P =-P. Basado en las ecuaciones del modelo RP, podemos obtener el punto de equilibrio libre de enfermedad como: En la matriz:Por el enfoque de matriz de próxima generación, podemos obtener la matriz de siguiente generación y R 0 para el modelo RP: El R 0 del modelo RP normalizado se muestra de la siguiente manera:Nuestros resultados de modelización mostraron que el modelo RP normalizado se ajustaba bien a los datos de casos de SARS-CoV-2 reportados (R 2 = 0,512, P < 0,001) (Fig. 2). El valor de R 0 se estimó en 2,30 de reservorio a persona, y de persona a persona y 3,58 de persona a persona, lo que significa que el número esperado de infecciones secundarias que resultan de la introducción de un único individuo infectado en una población susceptible fue de 3,58. En este estudio, se desarrolló el modelo de transmisión RP, que considerando las rutas de reservorio a persona y de persona a persona de SARS-CoV-2, respectivamente. Utilizamos los modelos para ajustar los datos reportados en la ciudad de Wuhan, China de la literatura publicada [3]. Los resultados de simulación mostraron que el R 0 de SARS-CoV-2 fue de 3,58 de persona a persona. Hubo una investigación que mostró que el R 0 de SARS-CoV-2 fue de 2,68 (IC 95%: 2,47-2,86) [8]. Otra investigación mostró que el R 0 de SARS-CoV-2 fue de 2,2 (IC 95%: 1,4-3 Los métodos que Li et al. emplearon se basaron en la tasa de crecimiento epidémico de la curva epidémica y el intervalo serial [3]. Nuestro estudio anterior mostró que se podían utilizar varios métodos para calcular el R 0 basados en la tasa de crecimiento epidémico de la curva epidémica y el intervalo serial, y diferentes métodos podrían resultar en diferentes valores de R 0 [26]. Nuestros resultados también mostraron que el R 0 de SARS-CoV-2 fue de 2,30 de reservorio a persona, lo que significa que la ruta de transmisión fue principalmente de persona a persona y no de reservorio a persona en la etapa temprana de la transmisión en la ciudad de Wuhan. Sin embargo, este resultado se basó en los datos limitados de una literatura publicada, y podría no mostrar la situación real en la etapa inicial de la transmisión. Otra investigación encontró que el R 0 del SARS era de aproximadamente 2,1 en Hong Kong, China, 2,7 en Singapur, y 3,8 en Beijing, China [29]. Por lo tanto, creemos que el valor promedio comúnmente aceptable del R 0 del SARS podría ser de 2,9 [30]. La transmisibilidad del síndrome respiratorio del Oriente Medio (MERS) es muy inferior al SARS. El valor notificado del R 0 del MERS fue de 0,8-1,3 [31], con la transmisibilidad interhumana de la enfermedad fue de aproximadamente 0,6 o 0,9 en los países del Oriente Medio [32]. Sin embargo, el MERS tuvo una alta transmisibilidad en el brote en la República de Corea con el R 0 de 2,5-7,2 [33, 34]. Por lo tanto, la transmisibilidad del SARS-CoV-2 podría ser mayor que el MERS en los países del Oriente Medio, Para contener la transmisión del virus, es importante disminuir R 0. De acuerdo con la ecuación de R 0 deducida del modelo RP simplificado, R 0 está relacionada con muchos parámetros. Los parámetros principalmente que podrían ser cambiados fueron b P, b W, y γ. Intervenciones como usar máscaras y aumentar la distancia social podrían disminuir la b P, la intervención que cierra el mercado de mariscos podría disminuir la b W, y acortar la duración de los síntomas de inicio a ser diagnosticados podría disminuir 1/γ. Todas estas intervenciones podrían disminuir el número de reproducción efectiva y finalmente ser útil para controlar la transmisión. Puesto que hay demasiados parámetros en nuestro modelo, existen varias limitaciones en este estudio. En primer lugar, no utilizamos los datos detallados del SARS-CoV-2 para realizar la estimación en lugar de utilizar los datos de las publicaciones [3]. Simulamos la historia natural de la infección que la proporción de infección asintomática fue del 50%, y la transmisibilidad de infección asintomática fue de la mitad de la de infección sintomática, que fueron diferentes a las de MERS y SRAS. Se sabe que la proporción de infección asintomática de MERS y SRAS fue inferior al 10%. En segundo lugar, los parámetros de movilidad de la población no fueron de un conjunto de datos exactos. En tercer lugar, dado que no había datos de la prevalencia inicial del virus en el mercado de mariscos, asumimos el valor inicial de 1/100 000. Este supuesto podría conducir a que la simulación fuera sub-o sobre-estimada. Además, ya que no consideramos la tasa de cambio de la actividad del individuo (como usar máscaras, aumentar la distancia social, y no viajar a la ciudad de Wuhan), la estimación de la importación del virus podría no ser correcta. Por lo tanto, la exactitud y validez de la estimación sería mejor si los modelos se ajustaran a los datos de primera mano sobre la movilidad de la población y los datos sobre la historia natural, las características epidemiológicas y el mecanismo de transmisión del virus. Al calcular los datos publicados, nuestro modelo demostró que la transmisibilidad del SARS-CoV-2 podría ser superior a la del MERS en los países de Oriente Medio, similar al SARS, pero inferior a la del MERS en la República de Corea. Dado que el objetivo de este estudio era proporcionar un modelo matemático para calcular la transmisibilidad del SARS-CoV-2, la R 0 se estimó sobre la base de datos limitados publicados en una literatura.

A partir del 17 de enero, ¿cuántas personas fueron analizadas para determinar la temperatura corporal?

Un modelo matemático para simular la transmisibilidad en fase de un nuevo coronavirushttps://doi.org/10.1186/s40249-020-00640-3SHA: 018269476cd191365d6b8bed046078aea07c8c01Autores: Yin, Tian-Mu Chen; Jia, Rui; Qiu-Peng, Wang; Ze-Yu, Zhao; Jing-An, Cui; LingDate: 2020DOI: 10.1186/s40249-020-00640-3Licenciado: cc-byAbstract: Antecedentes Como informó la Organización Mundial de la Salud, un nuevo coronavirus (2019-nCoV) fue identificado como el virus causal de la neumonía Wuhan de la etiología desconocida por las autoridades chinas el 7 de enero de 2020. El virus fue nombrado como síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2) por el Comité Internacional de Taxonomía de Virus el 11 de febrero de 2020. Este estudio tuvo como objetivo desarrollar un modelo matemático para calcular la transmisibilidad del virus. Métodos En este estudio, desarrollamos un modelo de red de transmisión Bats-Hosts-Reservoir-People para simular la transmisión potencial de la fuente de infección (probablemente sean murciélagos) a la infección humana. Puesto que la red Bats-Hosts-Reservoir era difícil de explorar claramente y las preocupaciones públicas se centraban en la transmisión desde el Mercado Mayorista de Alimentos Marinos de Huanan (reservoir) a las personas, simplificamos el modelo como modelo de red de transmisión Reservoir-People (RP). Resultados El valor de R 0 se estimó en 2,30 de reservorio a persona y 3,58 de persona a persona, lo que significa que el número esperado de infecciones secundarias que resultan de la introducción de un único individuo infectado en una población susceptible fue de 3,58. Conclusiones Nuestro modelo mostró que la transmisibilidad del SARS-CoV-2 fue mayor que el síndrome respiratorio de Oriente Medio en los países de Oriente Medio, similar al síndrome respiratorio agudo grave, pero menor que el MERS en la República de Corea. Texto: El 31 de diciembre de 2019, la Oficina de China de la Organización Mundial de la Salud (OMS) fue informada de casos de neumonía de etiología desconocida (causa desconocida) detectada en la ciudad de Wuhan, provincia de Hubei, China, y la OMS informó de que el Comité Internacional de Taxonomía de Virus, el 11 de febrero de 2020, identificó como virus causal por las autoridades chinas (2019-nCoV), el cual fue denominado como síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2), y que la transmisión del virus podría estar relacionada con la exposición a un mercado de mariscos (mercado mayorista de alimentos marinos de Huanan) [3, 4]. Recientemente se han comunicado las características genéticas y algunos hallazgos clínicos de la infección [4] [5] [6]. Por lo tanto, es urgente desarrollar un modelo matemático para estimar la transmisibilidad y la dinámica de la transmisión del virus. Hubo varias investigaciones centradas en la modelización matemática [3, 8]. Estas investigaciones se centraron en calcular el número de reproducción básica (R 0 ) utilizando los intervalos seriales y la tasa de crecimiento intrínseco [3, 9, 10], o utilizando ecuaciones diferenciales ordinarias y métodos de Markov Chain Monte Carlo [8]. Sin embargo, el origen del murciélago y la ruta de transmisión del mercado de mariscos a la gente no fueron considerados en los modelos publicados. En este estudio, desarrollamos un modelo de red de transmisión Bats-Hosts-Reservoir-People (BHRP) para simular la posible transmisión de la fuente de infección (probablemente murciélagos) a la infección humana. Dado que la red Bats-Hosts-Reservoir era difícil de explorar con claridad y que la preocupación pública se centraba en la transmisión del Mercado Mayorista de Mariscos de Huanan (reservorio) a las personas, simplificamos el modelo como modelo de red de transmisión Reservoir-People (RP), y R 0 se calculó sobre la base del modelo RP para evaluar la transmisibilidad del SARS-CoV-2. Los casos reportados de SARS-CoV-2, que han sido nombrados como COVID-19, fueron recolectados para el estudio de modelización de una literatura publicada [3]. Como reporta Li et al. [3], la fecha de inicio del primer caso fue el 7 de diciembre de 2020, y el mercado de mariscos se cerró el 1 de enero de 2020 [11]. La curva epidémica del 7 de diciembre de 2019 al 1 de enero de 2020 fue recogida El método Runge-Kutta de cuarto orden, con tolerancia establecida en 0.001, se utilizó para realizar ajuste de curva. Mientras la curva de ajuste está en curso, Berkeley Madonna muestra la desviación cuadrada media de raíz entre los datos y la mejor ejecución hasta ahora. El coeficiente de determinación (R 2) se utilizó para evaluar la bondad de ajuste. SPSS 13.0 (IBM Corp., Armonk, NY, EE.UU.) se utilizó para calcular el R 2. El modelo de la red de transmisión de Bats-Hosts-Reservoir-People (BHRP)El modelo de la red de transmisión BHRP se publicó en bioRxiv el 19 de enero de 2020 [12]. Asumimos que el virus se transmitió entre los murciélagos, y luego se transmitió a huéspedes desconocidos (probablemente algunos animales salvajes). Los anfitriones fueron cazados y enviados al mercado de mariscos que se definió como el reservorio Las personas expuestas al mercado tuvieron los riesgos de la infección (Fig. 1). El modelo de la red de transmisión BHRP se basó en los siguientes supuestos o hechos: a) Los murciélagos se dividieron en cuatro compartimentos: murciélagos susceptibles (S B ), murciélagos expuestos (E B ), murciélagos infectados (I B ), y murciélagos eliminados (R B ). La tasa de natalidad y la tasa de mortalidad de murciélagos se definieron como n B y m B. En este modelo, se estableció B = n B × N B como el número de los murciélagos recién nacidos donde N B se refiere al número total de murciélagos. El período de incubación de la infección por murciélagos se definió como 1 / B y el período infeccioso de infección por murciélagos se definió como 1/γ B. El S B se infectará a través de un contacto suficiente con I B, y la tasa de transmisión se definió como β B. b) Los anfitriones también se dividieron en cuatro compartimentos: hospederos susceptibles (S H ), hospederos expuestos (E H ), hospederos infectados (I H ) y hospederos eliminados (R H ). La tasa de natalidad y la tasa de mortalidad de los hospederos se definieron como n H y m H. En este modelo, se establece H = n H × N H donde N H se refiere al número total de hospederos. El período de incubación de la infección del huésped se definió como 1/ c) El SARS-CoV-2 en el depósito (el mercado de mariscos) fue denotado como W. Supusimos que la tasa de compras al por menor de los anfitriones en el mercado era a, y que la prevalencia de SARS-CoV-2 en las compras era I H /N H, por lo tanto, la tasa del SARS-CoV-2 en W importado forma los anfitriones era aWI H /N H donde N H era el número total de anfitriones. También asumimos que las personas infectadas sintomáticas y las personas infectadas asintomáticas podían exportar el virus a W con la tasa de μ P y μ' P, aunque esta suposición podría ocurrir con una baja probabilidad. El virus en W dejará posteriormente el compartimento W a una tasa de d) Las personas fueron divididas en cinco compartimentos: personas sensibles (S P ), personas expuestas (E P ), personas infectadas sintomáticas (I P ), personas infectadas asintomáticas (A P ) y personas retiradas (R P ) incluyendo personas recuperadas y fallecidas. La tasa de natalidad y la tasa de mortalidad de las personas se definieron como n P y m P. En este modelo, se estableció P = n P × N P donde N P se refiere al número total de personas. El período de incubación y el período latente de infección humana se definió como 1/ También supusimos que la transmisibilidad de A P era veces mayor que la de I P, donde 0 ≤ ≤ ≤ 1. Los parámetros del modelo BHRP fueron mostrados en la Tabla 1. Supusimos que el SARS-CoV-2 podría ser importado al mercado de mariscos en poco tiempo. Por lo tanto, agregamos las siguientes suposiciones adicionales:a) La red de transmisión de Bats-Host fue ignorada. b) Basado en nuestros estudios previos sobre simulación de importación [13, 14], fijamos el valor inicial de W como función de impulso siguiente:En la función, n, t 0 y t i se refiere al volumen importado del SARS-CoV-2 al mercado, hora de inicio de la simulación, y el intervalo de la importación. Por lo tanto, el modelo BHRP se simplificó como modelo RP y se muestra de la siguiente manera:Durante el período de brote, la tasa de natalidad natural y la tasa de mortalidad en la población estaban en un nivel relativamente bajo. Sin embargo, la gente comúnmente viajaba desde y hacia la ciudad de Wuhan principalmente debido a las vacaciones de Año Nuevo chino. Por lo tanto, n P y m P se refieren a la tasa de personas que viajan a la ciudad de Wuhan y viajan desde la ciudad de Wuhan, respectivamente. En el modelo, las personas y los virus tienen diferentes dimensiones. Basado en nuestra investigación previa [15], por lo tanto, utilizamos los siguientes conjuntos para realizar la normalización:En la normalización, el parámetro c se refiere al coeficiente de pérdida relativa de A P en comparación con I P. El modelo RP normalizado se cambia de la siguiente manera:La transmisibilidad del SARS-CoV-2 basado en Comúnmente, R 0 se definió como el número esperado de infecciones secundarias que resultan de la introducción de un único individuo infectado en una población susceptible [13, 16, 17]. Si R 0 > 1, se producirá el brote. Si R 0 < 1, el brote llegará a su fin. En este estudio, R 0 se dedujo del modelo RP mediante el enfoque matricial de próxima generación [18]. El múltiplo de la transmisibilidad de A P a la de I P. Los parámetros se estimaron en base a los siguientes hechos y supuestos:a) El período medio de incubación fue de 5,2 días (intervalo de confianza del 95% [IC]: 4,1-7,0) [3]. Se estableció el mismo valor (5,2 días) del período de incubación y el período latente en este estudio. Por lo tanto, se observa un retraso medio de 5 días desde el inicio de los síntomas hasta la detección/hospitalización de un caso (los casos detectados en Tailandia y Japón fueron hospitalizados de 3 a 7 días después del inicio, respectivamente) [19] [20] [21]. La duración desde el inicio de la enfermedad hasta la primera visita médica para los 45 pacientes con inicio de la enfermedad antes del 1 de enero se estimó en un promedio de 5,8 días (IC 95%: 4,3-7,5) [3]. En nuestro modelo, fijamos el período infeccioso de los casos en 5,8 días. Por lo tanto, γ P = 0,1724. c) Al no existir datos sobre la proporción de infección asintomática del virus, simulamos el valor basal de la proporción de 0,5 (P = 0,5). d) Al no existir evidencia alguna sobre la transmisibilidad de la infección asintomática, asumimos que la transmisibilidad de la infección asintomática era 0,5 veces mayor que la de la infección sintomática ( = 0,5), valor similar al de la gripe [22]. Supusimos que la tasa relativa de pérdida de A P en comparación con I P era 0,5. Así, c = 0,5. e) Desde el 14 de enero de 2020, la ciudad de Wuhan ha reforzado la detección de la temperatura corporal de los pasajeros que salen de Wuhan en aeropuertos, estaciones de tren, estaciones de autobuses de larga distancia y terminales de pasajeros. A partir del 17 de enero, un total de casi 0,3 millones de personas habían sido sometidas a pruebas de temperatura corporal [23]. Supusimos que había 0.1 millones de personas que se mudaban a Wuhan City por día desde el 10 de enero de 2020, y creemos que este número aumentaría (principalmente debido a las vacaciones de invierno y las vacaciones de Año Nuevo chino) hasta el 24 de enero de 2020. Esto significa que los 2.87 millones se mudarían de Wuhan City en unos 14 días. Por lo tanto, fijamos el volumen móvil de 0,2 millones por día en nuestro modelo. Puesto que la población de Wuhan era de unos 11 millones a finales de 2018 [25], la tasa de personas que viajaban desde Wuhan City sería 0.018 (0.2/11) por día. Sin embargo, supusimos que la movilidad normal de la población antes del 1 de enero era 0.1 veces mayor que después del 10 de enero. Por lo tanto, fijamos la tasa de personas que se mudaban y salían de Wuhan City como 0.0018 por día (n g) Al inicio de la simulación, asumimos que la prevalencia del virus en el mercado era de 1/100000. h) Dado que el SARS-CoV-2 es un virus de ARN, asumimos que podría morir en el medio ambiente en poco tiempo, pero podría permanecer más tiempo (10 días) en los huéspedes desconocidos en el mercado. En este estudio, asumimos que el período de incubación (1/-P ) fue el mismo que el período latente (1/-P ) de la infección humana, por lo tanto-P =-P. Basado en las ecuaciones del modelo RP, podemos obtener el punto de equilibrio libre de enfermedad como: En la matriz:Por el enfoque de matriz de próxima generación, podemos obtener la matriz de siguiente generación y R 0 para el modelo RP: El R 0 del modelo RP normalizado se muestra de la siguiente manera:Nuestros resultados de modelización mostraron que el modelo RP normalizado se ajustaba bien a los datos de casos de SARS-CoV-2 reportados (R 2 = 0,512, P < 0,001) (Fig. 2). El valor de R 0 se estimó en 2,30 de reservorio a persona, y de persona a persona y 3,58 de persona a persona, lo que significa que el número esperado de infecciones secundarias que resultan de la introducción de un único individuo infectado en una población susceptible fue de 3,58. En este estudio, se desarrolló el modelo de transmisión RP, que considerando las rutas de reservorio a persona y de persona a persona de SARS-CoV-2, respectivamente. Utilizamos los modelos para ajustar los datos reportados en la ciudad de Wuhan, China de la literatura publicada [3]. Los resultados de simulación mostraron que el R 0 de SARS-CoV-2 fue de 3,58 de persona a persona. Hubo una investigación que mostró que el R 0 de SARS-CoV-2 fue de 2,68 (IC 95%: 2,47-2,86) [8]. Otra investigación mostró que el R 0 de SARS-CoV-2 fue de 2,2 (IC 95%: 1,4-3 Los métodos que Li et al. emplearon se basaron en la tasa de crecimiento epidémico de la curva epidémica y el intervalo serial [3]. Nuestro estudio anterior mostró que se podían utilizar varios métodos para calcular el R 0 basados en la tasa de crecimiento epidémico de la curva epidémica y el intervalo serial, y diferentes métodos podrían resultar en diferentes valores de R 0 [26]. Nuestros resultados también mostraron que el R 0 de SARS-CoV-2 fue de 2,30 de reservorio a persona, lo que significa que la ruta de transmisión fue principalmente de persona a persona y no de reservorio a persona en la etapa temprana de la transmisión en la ciudad de Wuhan. Sin embargo, este resultado se basó en los datos limitados de una literatura publicada, y podría no mostrar la situación real en la etapa inicial de la transmisión. Otra investigación encontró que el R 0 del SARS era de aproximadamente 2,1 en Hong Kong, China, 2,7 en Singapur, y 3,8 en Beijing, China [29]. Por lo tanto, creemos que el valor promedio comúnmente aceptable del R 0 del SARS podría ser de 2,9 [30]. La transmisibilidad del síndrome respiratorio del Oriente Medio (MERS) es muy inferior al SARS. El valor notificado del R 0 del MERS fue de 0,8-1,3 [31], con la transmisibilidad interhumana de la enfermedad fue de aproximadamente 0,6 o 0,9 en los países del Oriente Medio [32]. Sin embargo, el MERS tuvo una alta transmisibilidad en el brote en la República de Corea con el R 0 de 2,5-7,2 [33, 34]. Por lo tanto, la transmisibilidad del SARS-CoV-2 podría ser mayor que el MERS en los países del Oriente Medio, Para contener la transmisión del virus, es importante disminuir R 0. De acuerdo con la ecuación de R 0 deducida del modelo RP simplificado, R 0 está relacionada con muchos parámetros. Los parámetros principalmente que podrían ser cambiados fueron b P, b W, y γ. Intervenciones como usar máscaras y aumentar la distancia social podrían disminuir la b P, la intervención que cierra el mercado de mariscos podría disminuir la b W, y acortar la duración de los síntomas de inicio a ser diagnosticados podría disminuir 1/γ. Todas estas intervenciones podrían disminuir el número de reproducción efectiva y finalmente ser útil para controlar la transmisión. Puesto que hay demasiados parámetros en nuestro modelo, existen varias limitaciones en este estudio. En primer lugar, no utilizamos los datos detallados del SARS-CoV-2 para realizar la estimación en lugar de utilizar los datos de las publicaciones [3]. Simulamos la historia natural de la infección que la proporción de infección asintomática fue del 50%, y la transmisibilidad de infección asintomática fue de la mitad de la de infección sintomática, que fueron diferentes a las de MERS y SRAS. Se sabe que la proporción de infección asintomática de MERS y SRAS fue inferior al 10%. En segundo lugar, los parámetros de movilidad de la población no fueron de un conjunto de datos exactos. En tercer lugar, dado que no había datos de la prevalencia inicial del virus en el mercado de mariscos, asumimos el valor inicial de 1/100 000. Este supuesto podría conducir a que la simulación fuera sub-o sobre-estimada. Además, ya que no consideramos la tasa de cambio de la actividad del individuo (como usar máscaras, aumentar la distancia social, y no viajar a la ciudad de Wuhan), la estimación de la importación del virus podría no ser correcta. Por lo tanto, la exactitud y validez de la estimación sería mejor si los modelos se ajustaran a los datos de primera mano sobre la movilidad de la población y los datos sobre la historia natural, las características epidemiológicas y el mecanismo de transmisión del virus. Al calcular los datos publicados, nuestro modelo demostró que la transmisibilidad del SARS-CoV-2 podría ser superior a la del MERS en los países de Oriente Medio, similar al SARS, pero inferior a la del MERS en la República de Corea. Dado que el objetivo de este estudio era proporcionar un modelo matemático para calcular la transmisibilidad del SARS-CoV-2, la R 0 se estimó sobre la base de datos limitados publicados en una literatura.

¿Cuál es el valor reportado de R0 para MERS?

Un modelo matemático para simular la transmisibilidad en fase de un nuevo coronavirushttps://doi.org/10.1186/s40249-020-00640-3SHA: 018269476cd191365d6b8bed046078aea07c8c01Autores: Yin, Tian-Mu Chen; Jia, Rui; Qiu-Peng, Wang; Ze-Yu, Zhao; Jing-An, Cui; LingDate: 2020DOI: 10.1186/s40249-020-00640-3Licenciado: cc-byAbstract: Antecedentes Como informó la Organización Mundial de la Salud, un nuevo coronavirus (2019-nCoV) fue identificado como el virus causal de la neumonía Wuhan de la etiología desconocida por las autoridades chinas el 7 de enero de 2020. El virus fue nombrado como síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2) por el Comité Internacional de Taxonomía de Virus el 11 de febrero de 2020. Este estudio tuvo como objetivo desarrollar un modelo matemático para calcular la transmisibilidad del virus. Métodos En este estudio, desarrollamos un modelo de red de transmisión Bats-Hosts-Reservoir-People para simular la transmisión potencial de la fuente de infección (probablemente sean murciélagos) a la infección humana. Puesto que la red Bats-Hosts-Reservoir era difícil de explorar claramente y las preocupaciones públicas se centraban en la transmisión desde el Mercado Mayorista de Alimentos Marinos de Huanan (reservoir) a las personas, simplificamos el modelo como modelo de red de transmisión Reservoir-People (RP). Resultados El valor de R 0 se estimó en 2,30 de reservorio a persona y 3,58 de persona a persona, lo que significa que el número esperado de infecciones secundarias que resultan de la introducción de un único individuo infectado en una población susceptible fue de 3,58. Conclusiones Nuestro modelo mostró que la transmisibilidad del SARS-CoV-2 fue mayor que el síndrome respiratorio de Oriente Medio en los países de Oriente Medio, similar al síndrome respiratorio agudo grave, pero menor que el MERS en la República de Corea. Texto: El 31 de diciembre de 2019, la Oficina de China de la Organización Mundial de la Salud (OMS) fue informada de casos de neumonía de etiología desconocida (causa desconocida) detectada en la ciudad de Wuhan, provincia de Hubei, China, y la OMS informó de que el Comité Internacional de Taxonomía de Virus, el 11 de febrero de 2020, identificó como virus causal por las autoridades chinas (2019-nCoV), el cual fue denominado como síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2), y que la transmisión del virus podría estar relacionada con la exposición a un mercado de mariscos (mercado mayorista de alimentos marinos de Huanan) [3, 4]. Recientemente se han comunicado las características genéticas y algunos hallazgos clínicos de la infección [4] [5] [6]. Por lo tanto, es urgente desarrollar un modelo matemático para estimar la transmisibilidad y la dinámica de la transmisión del virus. Hubo varias investigaciones centradas en la modelización matemática [3, 8]. Estas investigaciones se centraron en calcular el número de reproducción básica (R 0 ) utilizando los intervalos seriales y la tasa de crecimiento intrínseco [3, 9, 10], o utilizando ecuaciones diferenciales ordinarias y métodos de Markov Chain Monte Carlo [8]. Sin embargo, el origen del murciélago y la ruta de transmisión del mercado de mariscos a la gente no fueron considerados en los modelos publicados. En este estudio, desarrollamos un modelo de red de transmisión Bats-Hosts-Reservoir-People (BHRP) para simular la posible transmisión de la fuente de infección (probablemente murciélagos) a la infección humana. Dado que la red Bats-Hosts-Reservoir era difícil de explorar con claridad y que la preocupación pública se centraba en la transmisión del Mercado Mayorista de Mariscos de Huanan (reservorio) a las personas, simplificamos el modelo como modelo de red de transmisión Reservoir-People (RP), y R 0 se calculó sobre la base del modelo RP para evaluar la transmisibilidad del SARS-CoV-2. Los casos reportados de SARS-CoV-2, que han sido nombrados como COVID-19, fueron recolectados para el estudio de modelización de una literatura publicada [3]. Como reporta Li et al. [3], la fecha de inicio del primer caso fue el 7 de diciembre de 2020, y el mercado de mariscos se cerró el 1 de enero de 2020 [11]. La curva epidémica del 7 de diciembre de 2019 al 1 de enero de 2020 fue recogida El método Runge-Kutta de cuarto orden, con tolerancia establecida en 0.001, se utilizó para realizar ajuste de curva. Mientras la curva de ajuste está en curso, Berkeley Madonna muestra la desviación cuadrada media de raíz entre los datos y la mejor ejecución hasta ahora. El coeficiente de determinación (R 2) se utilizó para evaluar la bondad de ajuste. SPSS 13.0 (IBM Corp., Armonk, NY, EE.UU.) se utilizó para calcular el R 2. El modelo de la red de transmisión de Bats-Hosts-Reservoir-People (BHRP)El modelo de la red de transmisión BHRP se publicó en bioRxiv el 19 de enero de 2020 [12]. Asumimos que el virus se transmitió entre los murciélagos, y luego se transmitió a huéspedes desconocidos (probablemente algunos animales salvajes). Los anfitriones fueron cazados y enviados al mercado de mariscos que se definió como el reservorio Las personas expuestas al mercado tuvieron los riesgos de la infección (Fig. 1). El modelo de la red de transmisión BHRP se basó en los siguientes supuestos o hechos: a) Los murciélagos se dividieron en cuatro compartimentos: murciélagos susceptibles (S B ), murciélagos expuestos (E B ), murciélagos infectados (I B ), y murciélagos eliminados (R B ). La tasa de natalidad y la tasa de mortalidad de murciélagos se definieron como n B y m B. En este modelo, se estableció B = n B × N B como el número de los murciélagos recién nacidos donde N B se refiere al número total de murciélagos. El período de incubación de la infección por murciélagos se definió como 1 / B y el período infeccioso de infección por murciélagos se definió como 1/γ B. El S B se infectará a través de un contacto suficiente con I B, y la tasa de transmisión se definió como β B. b) Los anfitriones también se dividieron en cuatro compartimentos: hospederos susceptibles (S H ), hospederos expuestos (E H ), hospederos infectados (I H ) y hospederos eliminados (R H ). La tasa de natalidad y la tasa de mortalidad de los hospederos se definieron como n H y m H. En este modelo, se establece H = n H × N H donde N H se refiere al número total de hospederos. El período de incubación de la infección del huésped se definió como 1/ c) El SARS-CoV-2 en el depósito (el mercado de mariscos) fue denotado como W. Supusimos que la tasa de compras al por menor de los anfitriones en el mercado era a, y que la prevalencia de SARS-CoV-2 en las compras era I H /N H, por lo tanto, la tasa del SARS-CoV-2 en W importado forma los anfitriones era aWI H /N H donde N H era el número total de anfitriones. También asumimos que las personas infectadas sintomáticas y las personas infectadas asintomáticas podían exportar el virus a W con la tasa de μ P y μ' P, aunque esta suposición podría ocurrir con una baja probabilidad. El virus en W dejará posteriormente el compartimento W a una tasa de d) Las personas fueron divididas en cinco compartimentos: personas sensibles (S P ), personas expuestas (E P ), personas infectadas sintomáticas (I P ), personas infectadas asintomáticas (A P ) y personas retiradas (R P ) incluyendo personas recuperadas y fallecidas. La tasa de natalidad y la tasa de mortalidad de las personas se definieron como n P y m P. En este modelo, se estableció P = n P × N P donde N P se refiere al número total de personas. El período de incubación y el período latente de infección humana se definió como 1/ También supusimos que la transmisibilidad de A P era veces mayor que la de I P, donde 0 ≤ ≤ ≤ 1. Los parámetros del modelo BHRP fueron mostrados en la Tabla 1. Supusimos que el SARS-CoV-2 podría ser importado al mercado de mariscos en poco tiempo. Por lo tanto, agregamos las siguientes suposiciones adicionales:a) La red de transmisión de Bats-Host fue ignorada. b) Basado en nuestros estudios previos sobre simulación de importación [13, 14], fijamos el valor inicial de W como función de impulso siguiente:En la función, n, t 0 y t i se refiere al volumen importado del SARS-CoV-2 al mercado, hora de inicio de la simulación, y el intervalo de la importación. Por lo tanto, el modelo BHRP se simplificó como modelo RP y se muestra de la siguiente manera:Durante el período de brote, la tasa de natalidad natural y la tasa de mortalidad en la población estaban en un nivel relativamente bajo. Sin embargo, la gente comúnmente viajaba desde y hacia la ciudad de Wuhan principalmente debido a las vacaciones de Año Nuevo chino. Por lo tanto, n P y m P se refieren a la tasa de personas que viajan a la ciudad de Wuhan y viajan desde la ciudad de Wuhan, respectivamente. En el modelo, las personas y los virus tienen diferentes dimensiones. Basado en nuestra investigación previa [15], por lo tanto, utilizamos los siguientes conjuntos para realizar la normalización:En la normalización, el parámetro c se refiere al coeficiente de pérdida relativa de A P en comparación con I P. El modelo RP normalizado se cambia de la siguiente manera:La transmisibilidad del SARS-CoV-2 basado en Comúnmente, R 0 se definió como el número esperado de infecciones secundarias que resultan de la introducción de un único individuo infectado en una población susceptible [13, 16, 17]. Si R 0 > 1, se producirá el brote. Si R 0 < 1, el brote llegará a su fin. En este estudio, R 0 se dedujo del modelo RP mediante el enfoque matricial de próxima generación [18]. El múltiplo de la transmisibilidad de A P a la de I P. Los parámetros se estimaron en base a los siguientes hechos y supuestos:a) El período medio de incubación fue de 5,2 días (intervalo de confianza del 95% [IC]: 4,1-7,0) [3]. Se estableció el mismo valor (5,2 días) del período de incubación y el período latente en este estudio. Por lo tanto, se observa un retraso medio de 5 días desde el inicio de los síntomas hasta la detección/hospitalización de un caso (los casos detectados en Tailandia y Japón fueron hospitalizados de 3 a 7 días después del inicio, respectivamente) [19] [20] [21]. La duración desde el inicio de la enfermedad hasta la primera visita médica para los 45 pacientes con inicio de la enfermedad antes del 1 de enero se estimó en un promedio de 5,8 días (IC 95%: 4,3-7,5) [3]. En nuestro modelo, fijamos el período infeccioso de los casos en 5,8 días. Por lo tanto, γ P = 0,1724. c) Al no existir datos sobre la proporción de infección asintomática del virus, simulamos el valor basal de la proporción de 0,5 (P = 0,5). d) Al no existir evidencia alguna sobre la transmisibilidad de la infección asintomática, asumimos que la transmisibilidad de la infección asintomática era 0,5 veces mayor que la de la infección sintomática ( = 0,5), valor similar al de la gripe [22]. Supusimos que la tasa relativa de pérdida de A P en comparación con I P era 0,5. Así, c = 0,5. e) Desde el 14 de enero de 2020, la ciudad de Wuhan ha reforzado la detección de la temperatura corporal de los pasajeros que salen de Wuhan en aeropuertos, estaciones de tren, estaciones de autobuses de larga distancia y terminales de pasajeros. A partir del 17 de enero, un total de casi 0,3 millones de personas habían sido sometidas a pruebas de temperatura corporal [23]. Supusimos que había 0.1 millones de personas que se mudaban a Wuhan City por día desde el 10 de enero de 2020, y creemos que este número aumentaría (principalmente debido a las vacaciones de invierno y las vacaciones de Año Nuevo chino) hasta el 24 de enero de 2020. Esto significa que los 2.87 millones se mudarían de Wuhan City en unos 14 días. Por lo tanto, fijamos el volumen móvil de 0,2 millones por día en nuestro modelo. Puesto que la población de Wuhan era de unos 11 millones a finales de 2018 [25], la tasa de personas que viajaban desde Wuhan City sería 0.018 (0.2/11) por día. Sin embargo, supusimos que la movilidad normal de la población antes del 1 de enero era 0.1 veces mayor que después del 10 de enero. Por lo tanto, fijamos la tasa de personas que se mudaban y salían de Wuhan City como 0.0018 por día (n g) Al inicio de la simulación, asumimos que la prevalencia del virus en el mercado era de 1/100000. h) Dado que el SARS-CoV-2 es un virus de ARN, asumimos que podría morir en el medio ambiente en poco tiempo, pero podría permanecer más tiempo (10 días) en los huéspedes desconocidos en el mercado. En este estudio, asumimos que el período de incubación (1/-P ) fue el mismo que el período latente (1/-P ) de la infección humana, por lo tanto-P =-P. Basado en las ecuaciones del modelo RP, podemos obtener el punto de equilibrio libre de enfermedad como: En la matriz:Por el enfoque de matriz de próxima generación, podemos obtener la matriz de siguiente generación y R 0 para el modelo RP: El R 0 del modelo RP normalizado se muestra de la siguiente manera:Nuestros resultados de modelización mostraron que el modelo RP normalizado se ajustaba bien a los datos de casos de SARS-CoV-2 reportados (R 2 = 0,512, P < 0,001) (Fig. 2). El valor de R 0 se estimó en 2,30 de reservorio a persona, y de persona a persona y 3,58 de persona a persona, lo que significa que el número esperado de infecciones secundarias que resultan de la introducción de un único individuo infectado en una población susceptible fue de 3,58. En este estudio, se desarrolló el modelo de transmisión RP, que considerando las rutas de reservorio a persona y de persona a persona de SARS-CoV-2, respectivamente. Utilizamos los modelos para ajustar los datos reportados en la ciudad de Wuhan, China de la literatura publicada [3]. Los resultados de simulación mostraron que el R 0 de SARS-CoV-2 fue de 3,58 de persona a persona. Hubo una investigación que mostró que el R 0 de SARS-CoV-2 fue de 2,68 (IC 95%: 2,47-2,86) [8]. Otra investigación mostró que el R 0 de SARS-CoV-2 fue de 2,2 (IC 95%: 1,4-3 Los métodos que Li et al. emplearon se basaron en la tasa de crecimiento epidémico de la curva epidémica y el intervalo serial [3]. Nuestro estudio anterior mostró que se podían utilizar varios métodos para calcular el R 0 basados en la tasa de crecimiento epidémico de la curva epidémica y el intervalo serial, y diferentes métodos podrían resultar en diferentes valores de R 0 [26]. Nuestros resultados también mostraron que el R 0 de SARS-CoV-2 fue de 2,30 de reservorio a persona, lo que significa que la ruta de transmisión fue principalmente de persona a persona y no de reservorio a persona en la etapa temprana de la transmisión en la ciudad de Wuhan. Sin embargo, este resultado se basó en los datos limitados de una literatura publicada, y podría no mostrar la situación real en la etapa inicial de la transmisión. Otra investigación encontró que el R 0 del SARS era de aproximadamente 2,1 en Hong Kong, China, 2,7 en Singapur, y 3,8 en Beijing, China [29]. Por lo tanto, creemos que el valor promedio comúnmente aceptable del R 0 del SARS podría ser de 2,9 [30]. La transmisibilidad del síndrome respiratorio del Oriente Medio (MERS) es muy inferior al SARS. El valor notificado del R 0 del MERS fue de 0,8-1,3 [31], con la transmisibilidad interhumana de la enfermedad fue de aproximadamente 0,6 o 0,9 en los países del Oriente Medio [32]. Sin embargo, el MERS tuvo una alta transmisibilidad en el brote en la República de Corea con el R 0 de 2,5-7,2 [33, 34]. Por lo tanto, la transmisibilidad del SARS-CoV-2 podría ser mayor que el MERS en los países del Oriente Medio, Para contener la transmisión del virus, es importante disminuir R 0. De acuerdo con la ecuación de R 0 deducida del modelo RP simplificado, R 0 está relacionada con muchos parámetros. Los parámetros principalmente que podrían ser cambiados fueron b P, b W, y γ. Intervenciones como usar máscaras y aumentar la distancia social podrían disminuir la b P, la intervención que cierra el mercado de mariscos podría disminuir la b W, y acortar la duración de los síntomas de inicio a ser diagnosticados podría disminuir 1/γ. Todas estas intervenciones podrían disminuir el número de reproducción efectiva y finalmente ser útil para controlar la transmisión. Puesto que hay demasiados parámetros en nuestro modelo, existen varias limitaciones en este estudio. En primer lugar, no utilizamos los datos detallados del SARS-CoV-2 para realizar la estimación en lugar de utilizar los datos de las publicaciones [3]. Simulamos la historia natural de la infección que la proporción de infección asintomática fue del 50%, y la transmisibilidad de infección asintomática fue de la mitad de la de infección sintomática, que fueron diferentes a las de MERS y SRAS. Se sabe que la proporción de infección asintomática de MERS y SRAS fue inferior al 10%. En segundo lugar, los parámetros de movilidad de la población no fueron de un conjunto de datos exactos. En tercer lugar, dado que no había datos de la prevalencia inicial del virus en el mercado de mariscos, asumimos el valor inicial de 1/100 000. Este supuesto podría conducir a que la simulación fuera sub-o sobre-estimada. Además, ya que no consideramos la tasa de cambio de la actividad del individuo (como usar máscaras, aumentar la distancia social, y no viajar a la ciudad de Wuhan), la estimación de la importación del virus podría no ser correcta. Por lo tanto, la exactitud y validez de la estimación sería mejor si los modelos se ajustaran a los datos de primera mano sobre la movilidad de la población y los datos sobre la historia natural, las características epidemiológicas y el mecanismo de transmisión del virus. Al calcular los datos publicados, nuestro modelo demostró que la transmisibilidad del SARS-CoV-2 podría ser superior a la del MERS en los países de Oriente Medio, similar al SARS, pero inferior a la del MERS en la República de Corea. Dado que el objetivo de este estudio era proporcionar un modelo matemático para calcular la transmisibilidad del SARS-CoV-2, la R 0 se estimó sobre la base de datos limitados publicados en una literatura.

¿Qué es importante para contener la transmisión?

Un modelo matemático para simular la transmisibilidad en fase de un nuevo coronavirushttps://doi.org/10.1186/s40249-020-00640-3SHA: 018269476cd191365d6b8bed046078aea07c8c01Autores: Yin, Tian-Mu Chen; Jia, Rui; Qiu-Peng, Wang; Ze-Yu, Zhao; Jing-An, Cui; LingDate: 2020DOI: 10.1186/s40249-020-00640-3Licenciado: cc-byAbstract: Antecedentes Como informó la Organización Mundial de la Salud, un nuevo coronavirus (2019-nCoV) fue identificado como el virus causal de la neumonía Wuhan de la etiología desconocida por las autoridades chinas el 7 de enero de 2020. El virus fue nombrado como síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2) por el Comité Internacional de Taxonomía de Virus el 11 de febrero de 2020. Este estudio tuvo como objetivo desarrollar un modelo matemático para calcular la transmisibilidad del virus. Métodos En este estudio, desarrollamos un modelo de red de transmisión Bats-Hosts-Reservoir-People para simular la transmisión potencial de la fuente de infección (probablemente sean murciélagos) a la infección humana. Puesto que la red Bats-Hosts-Reservoir era difícil de explorar claramente y las preocupaciones públicas se centraban en la transmisión desde el Mercado Mayorista de Alimentos Marinos de Huanan (reservoir) a las personas, simplificamos el modelo como modelo de red de transmisión Reservoir-People (RP). Resultados El valor de R 0 se estimó en 2,30 de reservorio a persona y 3,58 de persona a persona, lo que significa que el número esperado de infecciones secundarias que resultan de la introducción de un único individuo infectado en una población susceptible fue de 3,58. Conclusiones Nuestro modelo mostró que la transmisibilidad del SARS-CoV-2 fue mayor que el síndrome respiratorio de Oriente Medio en los países de Oriente Medio, similar al síndrome respiratorio agudo grave, pero menor que el MERS en la República de Corea. Texto: El 31 de diciembre de 2019, la Oficina de China de la Organización Mundial de la Salud (OMS) fue informada de casos de neumonía de etiología desconocida (causa desconocida) detectada en la ciudad de Wuhan, provincia de Hubei, China, y la OMS informó de que el Comité Internacional de Taxonomía de Virus, el 11 de febrero de 2020, identificó como virus causal por las autoridades chinas (2019-nCoV), el cual fue denominado como síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2), y que la transmisión del virus podría estar relacionada con la exposición a un mercado de mariscos (mercado mayorista de alimentos marinos de Huanan) [3, 4]. Recientemente se han comunicado las características genéticas y algunos hallazgos clínicos de la infección [4] [5] [6]. Por lo tanto, es urgente desarrollar un modelo matemático para estimar la transmisibilidad y la dinámica de la transmisión del virus. Hubo varias investigaciones centradas en la modelización matemática [3, 8]. Estas investigaciones se centraron en calcular el número de reproducción básica (R 0 ) utilizando los intervalos seriales y la tasa de crecimiento intrínseco [3, 9, 10], o utilizando ecuaciones diferenciales ordinarias y métodos de Markov Chain Monte Carlo [8]. Sin embargo, el origen del murciélago y la ruta de transmisión del mercado de mariscos a la gente no fueron considerados en los modelos publicados. En este estudio, desarrollamos un modelo de red de transmisión Bats-Hosts-Reservoir-People (BHRP) para simular la posible transmisión de la fuente de infección (probablemente murciélagos) a la infección humana. Dado que la red Bats-Hosts-Reservoir era difícil de explorar con claridad y que la preocupación pública se centraba en la transmisión del Mercado Mayorista de Mariscos de Huanan (reservorio) a las personas, simplificamos el modelo como modelo de red de transmisión Reservoir-People (RP), y R 0 se calculó sobre la base del modelo RP para evaluar la transmisibilidad del SARS-CoV-2. Los casos reportados de SARS-CoV-2, que han sido nombrados como COVID-19, fueron recolectados para el estudio de modelización de una literatura publicada [3]. Como reporta Li et al. [3], la fecha de inicio del primer caso fue el 7 de diciembre de 2020, y el mercado de mariscos se cerró el 1 de enero de 2020 [11]. La curva epidémica del 7 de diciembre de 2019 al 1 de enero de 2020 fue recogida El método Runge-Kutta de cuarto orden, con tolerancia establecida en 0.001, se utilizó para realizar ajuste de curva. Mientras la curva de ajuste está en curso, Berkeley Madonna muestra la desviación cuadrada media de raíz entre los datos y la mejor ejecución hasta ahora. El coeficiente de determinación (R 2) se utilizó para evaluar la bondad de ajuste. SPSS 13.0 (IBM Corp., Armonk, NY, EE.UU.) se utilizó para calcular el R 2. El modelo de la red de transmisión de Bats-Hosts-Reservoir-People (BHRP)El modelo de la red de transmisión BHRP se publicó en bioRxiv el 19 de enero de 2020 [12]. Asumimos que el virus se transmitió entre los murciélagos, y luego se transmitió a huéspedes desconocidos (probablemente algunos animales salvajes). Los anfitriones fueron cazados y enviados al mercado de mariscos que se definió como el reservorio Las personas expuestas al mercado tuvieron los riesgos de la infección (Fig. 1). El modelo de la red de transmisión BHRP se basó en los siguientes supuestos o hechos: a) Los murciélagos se dividieron en cuatro compartimentos: murciélagos susceptibles (S B ), murciélagos expuestos (E B ), murciélagos infectados (I B ), y murciélagos eliminados (R B ). La tasa de natalidad y la tasa de mortalidad de murciélagos se definieron como n B y m B. En este modelo, se estableció B = n B × N B como el número de los murciélagos recién nacidos donde N B se refiere al número total de murciélagos. El período de incubación de la infección por murciélagos se definió como 1 / B y el período infeccioso de infección por murciélagos se definió como 1/γ B. El S B se infectará a través de un contacto suficiente con I B, y la tasa de transmisión se definió como β B. b) Los anfitriones también se dividieron en cuatro compartimentos: hospederos susceptibles (S H ), hospederos expuestos (E H ), hospederos infectados (I H ) y hospederos eliminados (R H ). La tasa de natalidad y la tasa de mortalidad de los hospederos se definieron como n H y m H. En este modelo, se establece H = n H × N H donde N H se refiere al número total de hospederos. El período de incubación de la infección del huésped se definió como 1/ c) El SARS-CoV-2 en el depósito (el mercado de mariscos) fue denotado como W. Supusimos que la tasa de compras al por menor de los anfitriones en el mercado era a, y que la prevalencia de SARS-CoV-2 en las compras era I H /N H, por lo tanto, la tasa del SARS-CoV-2 en W importado forma los anfitriones era aWI H /N H donde N H era el número total de anfitriones. También asumimos que las personas infectadas sintomáticas y las personas infectadas asintomáticas podían exportar el virus a W con la tasa de μ P y μ' P, aunque esta suposición podría ocurrir con una baja probabilidad. El virus en W dejará posteriormente el compartimento W a una tasa de d) Las personas fueron divididas en cinco compartimentos: personas sensibles (S P ), personas expuestas (E P ), personas infectadas sintomáticas (I P ), personas infectadas asintomáticas (A P ) y personas retiradas (R P ) incluyendo personas recuperadas y fallecidas. La tasa de natalidad y la tasa de mortalidad de las personas se definieron como n P y m P. En este modelo, se estableció P = n P × N P donde N P se refiere al número total de personas. El período de incubación y el período latente de infección humana se definió como 1/ También supusimos que la transmisibilidad de A P era veces mayor que la de I P, donde 0 ≤ ≤ ≤ 1. Los parámetros del modelo BHRP fueron mostrados en la Tabla 1. Supusimos que el SARS-CoV-2 podría ser importado al mercado de mariscos en poco tiempo. Por lo tanto, agregamos las siguientes suposiciones adicionales:a) La red de transmisión de Bats-Host fue ignorada. b) Basado en nuestros estudios previos sobre simulación de importación [13, 14], fijamos el valor inicial de W como función de impulso siguiente:En la función, n, t 0 y t i se refiere al volumen importado del SARS-CoV-2 al mercado, hora de inicio de la simulación, y el intervalo de la importación. Por lo tanto, el modelo BHRP se simplificó como modelo RP y se muestra de la siguiente manera:Durante el período de brote, la tasa de natalidad natural y la tasa de mortalidad en la población estaban en un nivel relativamente bajo. Sin embargo, la gente comúnmente viajaba desde y hacia la ciudad de Wuhan principalmente debido a las vacaciones de Año Nuevo chino. Por lo tanto, n P y m P se refieren a la tasa de personas que viajan a la ciudad de Wuhan y viajan desde la ciudad de Wuhan, respectivamente. En el modelo, las personas y los virus tienen diferentes dimensiones. Basado en nuestra investigación previa [15], por lo tanto, utilizamos los siguientes conjuntos para realizar la normalización:En la normalización, el parámetro c se refiere al coeficiente de pérdida relativa de A P en comparación con I P. El modelo RP normalizado se cambia de la siguiente manera:La transmisibilidad del SARS-CoV-2 basado en Comúnmente, R 0 se definió como el número esperado de infecciones secundarias que resultan de la introducción de un único individuo infectado en una población susceptible [13, 16, 17]. Si R 0 > 1, se producirá el brote. Si R 0 < 1, el brote llegará a su fin. En este estudio, R 0 se dedujo del modelo RP mediante el enfoque matricial de próxima generación [18]. El múltiplo de la transmisibilidad de A P a la de I P. Los parámetros se estimaron en base a los siguientes hechos y supuestos:a) El período medio de incubación fue de 5,2 días (intervalo de confianza del 95% [IC]: 4,1-7,0) [3]. Se estableció el mismo valor (5,2 días) del período de incubación y el período latente en este estudio. Por lo tanto, se observa un retraso medio de 5 días desde el inicio de los síntomas hasta la detección/hospitalización de un caso (los casos detectados en Tailandia y Japón fueron hospitalizados de 3 a 7 días después del inicio, respectivamente) [19] [20] [21]. La duración desde el inicio de la enfermedad hasta la primera visita médica para los 45 pacientes con inicio de la enfermedad antes del 1 de enero se estimó en un promedio de 5,8 días (IC 95%: 4,3-7,5) [3]. En nuestro modelo, fijamos el período infeccioso de los casos en 5,8 días. Por lo tanto, γ P = 0,1724. c) Al no existir datos sobre la proporción de infección asintomática del virus, simulamos el valor basal de la proporción de 0,5 (P = 0,5). d) Al no existir evidencia alguna sobre la transmisibilidad de la infección asintomática, asumimos que la transmisibilidad de la infección asintomática era 0,5 veces mayor que la de la infección sintomática ( = 0,5), valor similar al de la gripe [22]. Supusimos que la tasa relativa de pérdida de A P en comparación con I P era 0,5. Así, c = 0,5. e) Desde el 14 de enero de 2020, la ciudad de Wuhan ha reforzado la detección de la temperatura corporal de los pasajeros que salen de Wuhan en aeropuertos, estaciones de tren, estaciones de autobuses de larga distancia y terminales de pasajeros. A partir del 17 de enero, un total de casi 0,3 millones de personas habían sido sometidas a pruebas de temperatura corporal [23]. Supusimos que había 0.1 millones de personas que se mudaban a Wuhan City por día desde el 10 de enero de 2020, y creemos que este número aumentaría (principalmente debido a las vacaciones de invierno y las vacaciones de Año Nuevo chino) hasta el 24 de enero de 2020. Esto significa que los 2.87 millones se mudarían de Wuhan City en unos 14 días. Por lo tanto, fijamos el volumen móvil de 0,2 millones por día en nuestro modelo. Puesto que la población de Wuhan era de unos 11 millones a finales de 2018 [25], la tasa de personas que viajaban desde Wuhan City sería 0.018 (0.2/11) por día. Sin embargo, supusimos que la movilidad normal de la población antes del 1 de enero era 0.1 veces mayor que después del 10 de enero. Por lo tanto, fijamos la tasa de personas que se mudaban y salían de Wuhan City como 0.0018 por día (n g) Al inicio de la simulación, asumimos que la prevalencia del virus en el mercado era de 1/100000. h) Dado que el SARS-CoV-2 es un virus de ARN, asumimos que podría morir en el medio ambiente en poco tiempo, pero podría permanecer más tiempo (10 días) en los huéspedes desconocidos en el mercado. En este estudio, asumimos que el período de incubación (1/-P ) fue el mismo que el período latente (1/-P ) de la infección humana, por lo tanto-P =-P. Basado en las ecuaciones del modelo RP, podemos obtener el punto de equilibrio libre de enfermedad como: En la matriz:Por el enfoque de matriz de próxima generación, podemos obtener la matriz de siguiente generación y R 0 para el modelo RP: El R 0 del modelo RP normalizado se muestra de la siguiente manera:Nuestros resultados de modelización mostraron que el modelo RP normalizado se ajustaba bien a los datos de casos de SARS-CoV-2 reportados (R 2 = 0,512, P < 0,001) (Fig. 2). El valor de R 0 se estimó en 2,30 de reservorio a persona, y de persona a persona y 3,58 de persona a persona, lo que significa que el número esperado de infecciones secundarias que resultan de la introducción de un único individuo infectado en una población susceptible fue de 3,58. En este estudio, se desarrolló el modelo de transmisión RP, que considerando las rutas de reservorio a persona y de persona a persona de SARS-CoV-2, respectivamente. Utilizamos los modelos para ajustar los datos reportados en la ciudad de Wuhan, China de la literatura publicada [3]. Los resultados de simulación mostraron que el R 0 de SARS-CoV-2 fue de 3,58 de persona a persona. Hubo una investigación que mostró que el R 0 de SARS-CoV-2 fue de 2,68 (IC 95%: 2,47-2,86) [8]. Otra investigación mostró que el R 0 de SARS-CoV-2 fue de 2,2 (IC 95%: 1,4-3 Los métodos que Li et al. emplearon se basaron en la tasa de crecimiento epidémico de la curva epidémica y el intervalo serial [3]. Nuestro estudio anterior mostró que se podían utilizar varios métodos para calcular el R 0 basados en la tasa de crecimiento epidémico de la curva epidémica y el intervalo serial, y diferentes métodos podrían resultar en diferentes valores de R 0 [26]. Nuestros resultados también mostraron que el R 0 de SARS-CoV-2 fue de 2,30 de reservorio a persona, lo que significa que la ruta de transmisión fue principalmente de persona a persona y no de reservorio a persona en la etapa temprana de la transmisión en la ciudad de Wuhan. Sin embargo, este resultado se basó en los datos limitados de una literatura publicada, y podría no mostrar la situación real en la etapa inicial de la transmisión. Otra investigación encontró que el R 0 del SARS era de aproximadamente 2,1 en Hong Kong, China, 2,7 en Singapur, y 3,8 en Beijing, China [29]. Por lo tanto, creemos que el valor promedio comúnmente aceptable del R 0 del SARS podría ser de 2,9 [30]. La transmisibilidad del síndrome respiratorio del Oriente Medio (MERS) es muy inferior al SARS. El valor notificado del R 0 del MERS fue de 0,8-1,3 [31], con la transmisibilidad interhumana de la enfermedad fue de aproximadamente 0,6 o 0,9 en los países del Oriente Medio [32]. Sin embargo, el MERS tuvo una alta transmisibilidad en el brote en la República de Corea con el R 0 de 2,5-7,2 [33, 34]. Por lo tanto, la transmisibilidad del SARS-CoV-2 podría ser mayor que el MERS en los países del Oriente Medio, Para contener la transmisión del virus, es importante disminuir R 0. De acuerdo con la ecuación de R 0 deducida del modelo RP simplificado, R 0 está relacionada con muchos parámetros. Los parámetros principalmente que podrían ser cambiados fueron b P, b W, y γ. Intervenciones como usar máscaras y aumentar la distancia social podrían disminuir la b P, la intervención que cierra el mercado de mariscos podría disminuir la b W, y acortar la duración de los síntomas de inicio a ser diagnosticados podría disminuir 1/γ. Todas estas intervenciones podrían disminuir el número de reproducción efectiva y finalmente ser útil para controlar la transmisión. Puesto que hay demasiados parámetros en nuestro modelo, existen varias limitaciones en este estudio. En primer lugar, no utilizamos los datos detallados del SARS-CoV-2 para realizar la estimación en lugar de utilizar los datos de las publicaciones [3]. Simulamos la historia natural de la infección que la proporción de infección asintomática fue del 50%, y la transmisibilidad de infección asintomática fue de la mitad de la de infección sintomática, que fueron diferentes a las de MERS y SRAS. Se sabe que la proporción de infección asintomática de MERS y SRAS fue inferior al 10%. En segundo lugar, los parámetros de movilidad de la población no fueron de un conjunto de datos exactos. En tercer lugar, dado que no había datos de la prevalencia inicial del virus en el mercado de mariscos, asumimos el valor inicial de 1/100 000. Este supuesto podría conducir a que la simulación fuera sub-o sobre-estimada. Además, ya que no consideramos la tasa de cambio de la actividad del individuo (como usar máscaras, aumentar la distancia social, y no viajar a la ciudad de Wuhan), la estimación de la importación del virus podría no ser correcta. Por lo tanto, la exactitud y validez de la estimación sería mejor si los modelos se ajustaran a los datos de primera mano sobre la movilidad de la población y los datos sobre la historia natural, las características epidemiológicas y el mecanismo de transmisión del virus. Al calcular los datos publicados, nuestro modelo demostró que la transmisibilidad del SARS-CoV-2 podría ser superior a la del MERS en los países de Oriente Medio, similar al SARS, pero inferior a la del MERS en la República de Corea. Dado que el objetivo de este estudio era proporcionar un modelo matemático para calcular la transmisibilidad del SARS-CoV-2, la R 0 se estimó sobre la base de datos limitados publicados en una literatura.

¿Qué mostró este modelo?

Un modelo matemático para simular la transmisibilidad en fase de un nuevo coronavirushttps://doi.org/10.1186/s40249-020-00640-3SHA: 018269476cd191365d6b8bed046078aea07c8c01Autores: Yin, Tian-Mu Chen; Jia, Rui; Qiu-Peng, Wang; Ze-Yu, Zhao; Jing-An, Cui; LingDate: 2020DOI: 10.1186/s40249-020-00640-3Licenciado: cc-byAbstract: Antecedentes Como informó la Organización Mundial de la Salud, un nuevo coronavirus (2019-nCoV) fue identificado como el virus causal de la neumonía Wuhan de la etiología desconocida por las autoridades chinas el 7 de enero de 2020. El virus fue nombrado como síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2) por el Comité Internacional de Taxonomía de Virus el 11 de febrero de 2020. Este estudio tuvo como objetivo desarrollar un modelo matemático para calcular la transmisibilidad del virus. Métodos En este estudio, desarrollamos un modelo de red de transmisión Bats-Hosts-Reservoir-People para simular la transmisión potencial de la fuente de infección (probablemente sean murciélagos) a la infección humana. Puesto que la red Bats-Hosts-Reservoir era difícil de explorar claramente y las preocupaciones públicas se centraban en la transmisión desde el Mercado Mayorista de Alimentos Marinos de Huanan (reservoir) a las personas, simplificamos el modelo como modelo de red de transmisión Reservoir-People (RP). Resultados El valor de R 0 se estimó en 2,30 de reservorio a persona y 3,58 de persona a persona, lo que significa que el número esperado de infecciones secundarias que resultan de la introducción de un único individuo infectado en una población susceptible fue de 3,58. Conclusiones Nuestro modelo mostró que la transmisibilidad del SARS-CoV-2 fue mayor que el síndrome respiratorio de Oriente Medio en los países de Oriente Medio, similar al síndrome respiratorio agudo grave, pero menor que el MERS en la República de Corea. Texto: El 31 de diciembre de 2019, la Oficina de China de la Organización Mundial de la Salud (OMS) fue informada de casos de neumonía de etiología desconocida (causa desconocida) detectada en la ciudad de Wuhan, provincia de Hubei, China, y la OMS informó de que el Comité Internacional de Taxonomía de Virus, el 11 de febrero de 2020, identificó como virus causal por las autoridades chinas (2019-nCoV), el cual fue denominado como síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2), y que la transmisión del virus podría estar relacionada con la exposición a un mercado de mariscos (mercado mayorista de alimentos marinos de Huanan) [3, 4]. Recientemente se han comunicado las características genéticas y algunos hallazgos clínicos de la infección [4] [5] [6]. Por lo tanto, es urgente desarrollar un modelo matemático para estimar la transmisibilidad y la dinámica de la transmisión del virus. Hubo varias investigaciones centradas en la modelización matemática [3, 8]. Estas investigaciones se centraron en calcular el número de reproducción básica (R 0 ) utilizando los intervalos seriales y la tasa de crecimiento intrínseco [3, 9, 10], o utilizando ecuaciones diferenciales ordinarias y métodos de Markov Chain Monte Carlo [8]. Sin embargo, el origen del murciélago y la ruta de transmisión del mercado de mariscos a la gente no fueron considerados en los modelos publicados. En este estudio, desarrollamos un modelo de red de transmisión Bats-Hosts-Reservoir-People (BHRP) para simular la posible transmisión de la fuente de infección (probablemente murciélagos) a la infección humana. Dado que la red Bats-Hosts-Reservoir era difícil de explorar con claridad y que la preocupación pública se centraba en la transmisión del Mercado Mayorista de Mariscos de Huanan (reservorio) a las personas, simplificamos el modelo como modelo de red de transmisión Reservoir-People (RP), y R 0 se calculó sobre la base del modelo RP para evaluar la transmisibilidad del SARS-CoV-2. Los casos reportados de SARS-CoV-2, que han sido nombrados como COVID-19, fueron recolectados para el estudio de modelización de una literatura publicada [3]. Como reporta Li et al. [3], la fecha de inicio del primer caso fue el 7 de diciembre de 2020, y el mercado de mariscos se cerró el 1 de enero de 2020 [11]. La curva epidémica del 7 de diciembre de 2019 al 1 de enero de 2020 fue recogida El método Runge-Kutta de cuarto orden, con tolerancia establecida en 0.001, se utilizó para realizar ajuste de curva. Mientras la curva de ajuste está en curso, Berkeley Madonna muestra la desviación cuadrada media de raíz entre los datos y la mejor ejecución hasta ahora. El coeficiente de determinación (R 2) se utilizó para evaluar la bondad de ajuste. SPSS 13.0 (IBM Corp., Armonk, NY, EE.UU.) se utilizó para calcular el R 2. El modelo de la red de transmisión de Bats-Hosts-Reservoir-People (BHRP)El modelo de la red de transmisión BHRP se publicó en bioRxiv el 19 de enero de 2020 [12]. Asumimos que el virus se transmitió entre los murciélagos, y luego se transmitió a huéspedes desconocidos (probablemente algunos animales salvajes). Los anfitriones fueron cazados y enviados al mercado de mariscos que se definió como el reservorio Las personas expuestas al mercado tuvieron los riesgos de la infección (Fig. 1). El modelo de la red de transmisión BHRP se basó en los siguientes supuestos o hechos: a) Los murciélagos se dividieron en cuatro compartimentos: murciélagos susceptibles (S B ), murciélagos expuestos (E B ), murciélagos infectados (I B ), y murciélagos eliminados (R B ). La tasa de natalidad y la tasa de mortalidad de murciélagos se definieron como n B y m B. En este modelo, se estableció B = n B × N B como el número de los murciélagos recién nacidos donde N B se refiere al número total de murciélagos. El período de incubación de la infección por murciélagos se definió como 1 / B y el período infeccioso de infección por murciélagos se definió como 1/γ B. El S B se infectará a través de un contacto suficiente con I B, y la tasa de transmisión se definió como β B. b) Los anfitriones también se dividieron en cuatro compartimentos: hospederos susceptibles (S H ), hospederos expuestos (E H ), hospederos infectados (I H ) y hospederos eliminados (R H ). La tasa de natalidad y la tasa de mortalidad de los hospederos se definieron como n H y m H. En este modelo, se establece H = n H × N H donde N H se refiere al número total de hospederos. El período de incubación de la infección del huésped se definió como 1/ c) El SARS-CoV-2 en el depósito (el mercado de mariscos) fue denotado como W. Supusimos que la tasa de compras al por menor de los anfitriones en el mercado era a, y que la prevalencia de SARS-CoV-2 en las compras era I H /N H, por lo tanto, la tasa del SARS-CoV-2 en W importado forma los anfitriones era aWI H /N H donde N H era el número total de anfitriones. También asumimos que las personas infectadas sintomáticas y las personas infectadas asintomáticas podían exportar el virus a W con la tasa de μ P y μ' P, aunque esta suposición podría ocurrir con una baja probabilidad. El virus en W dejará posteriormente el compartimento W a una tasa de d) Las personas fueron divididas en cinco compartimentos: personas sensibles (S P ), personas expuestas (E P ), personas infectadas sintomáticas (I P ), personas infectadas asintomáticas (A P ) y personas retiradas (R P ) incluyendo personas recuperadas y fallecidas. La tasa de natalidad y la tasa de mortalidad de las personas se definieron como n P y m P. En este modelo, se estableció P = n P × N P donde N P se refiere al número total de personas. El período de incubación y el período latente de infección humana se definió como 1/ También supusimos que la transmisibilidad de A P era veces mayor que la de I P, donde 0 ≤ ≤ ≤ 1. Los parámetros del modelo BHRP fueron mostrados en la Tabla 1. Supusimos que el SARS-CoV-2 podría ser importado al mercado de mariscos en poco tiempo. Por lo tanto, agregamos las siguientes suposiciones adicionales:a) La red de transmisión de Bats-Host fue ignorada. b) Basado en nuestros estudios previos sobre simulación de importación [13, 14], fijamos el valor inicial de W como función de impulso siguiente:En la función, n, t 0 y t i se refiere al volumen importado del SARS-CoV-2 al mercado, hora de inicio de la simulación, y el intervalo de la importación. Por lo tanto, el modelo BHRP se simplificó como modelo RP y se muestra de la siguiente manera:Durante el período de brote, la tasa de natalidad natural y la tasa de mortalidad en la población estaban en un nivel relativamente bajo. Sin embargo, la gente comúnmente viajaba desde y hacia la ciudad de Wuhan principalmente debido a las vacaciones de Año Nuevo chino. Por lo tanto, n P y m P se refieren a la tasa de personas que viajan a la ciudad de Wuhan y viajan desde la ciudad de Wuhan, respectivamente. En el modelo, las personas y los virus tienen diferentes dimensiones. Basado en nuestra investigación previa [15], por lo tanto, utilizamos los siguientes conjuntos para realizar la normalización:En la normalización, el parámetro c se refiere al coeficiente de pérdida relativa de A P en comparación con I P. El modelo RP normalizado se cambia de la siguiente manera:La transmisibilidad del SARS-CoV-2 basado en Comúnmente, R 0 se definió como el número esperado de infecciones secundarias que resultan de la introducción de un único individuo infectado en una población susceptible [13, 16, 17]. Si R 0 > 1, se producirá el brote. Si R 0 < 1, el brote llegará a su fin. En este estudio, R 0 se dedujo del modelo RP mediante el enfoque matricial de próxima generación [18]. El múltiplo de la transmisibilidad de A P a la de I P. Los parámetros se estimaron en base a los siguientes hechos y supuestos:a) El período medio de incubación fue de 5,2 días (intervalo de confianza del 95% [IC]: 4,1-7,0) [3]. Se estableció el mismo valor (5,2 días) del período de incubación y el período latente en este estudio. Por lo tanto, se observa un retraso medio de 5 días desde el inicio de los síntomas hasta la detección/hospitalización de un caso (los casos detectados en Tailandia y Japón fueron hospitalizados de 3 a 7 días después del inicio, respectivamente) [19] [20] [21]. La duración desde el inicio de la enfermedad hasta la primera visita médica para los 45 pacientes con inicio de la enfermedad antes del 1 de enero se estimó en un promedio de 5,8 días (IC 95%: 4,3-7,5) [3]. En nuestro modelo, fijamos el período infeccioso de los casos en 5,8 días. Por lo tanto, γ P = 0,1724. c) Al no existir datos sobre la proporción de infección asintomática del virus, simulamos el valor basal de la proporción de 0,5 (P = 0,5). d) Al no existir evidencia alguna sobre la transmisibilidad de la infección asintomática, asumimos que la transmisibilidad de la infección asintomática era 0,5 veces mayor que la de la infección sintomática ( = 0,5), valor similar al de la gripe [22]. Supusimos que la tasa relativa de pérdida de A P en comparación con I P era 0,5. Así, c = 0,5. e) Desde el 14 de enero de 2020, la ciudad de Wuhan ha reforzado la detección de la temperatura corporal de los pasajeros que salen de Wuhan en aeropuertos, estaciones de tren, estaciones de autobuses de larga distancia y terminales de pasajeros. A partir del 17 de enero, un total de casi 0,3 millones de personas habían sido sometidas a pruebas de temperatura corporal [23]. Supusimos que había 0.1 millones de personas que se mudaban a Wuhan City por día desde el 10 de enero de 2020, y creemos que este número aumentaría (principalmente debido a las vacaciones de invierno y las vacaciones de Año Nuevo chino) hasta el 24 de enero de 2020. Esto significa que los 2.87 millones se mudarían de Wuhan City en unos 14 días. Por lo tanto, fijamos el volumen móvil de 0,2 millones por día en nuestro modelo. Puesto que la población de Wuhan era de unos 11 millones a finales de 2018 [25], la tasa de personas que viajaban desde Wuhan City sería 0.018 (0.2/11) por día. Sin embargo, supusimos que la movilidad normal de la población antes del 1 de enero era 0.1 veces mayor que después del 10 de enero. Por lo tanto, fijamos la tasa de personas que se mudaban y salían de Wuhan City como 0.0018 por día (n g) Al inicio de la simulación, asumimos que la prevalencia del virus en el mercado era de 1/100000. h) Dado que el SARS-CoV-2 es un virus de ARN, asumimos que podría morir en el medio ambiente en poco tiempo, pero podría permanecer más tiempo (10 días) en los huéspedes desconocidos en el mercado. En este estudio, asumimos que el período de incubación (1/-P ) fue el mismo que el período latente (1/-P ) de la infección humana, por lo tanto-P =-P. Basado en las ecuaciones del modelo RP, podemos obtener el punto de equilibrio libre de enfermedad como: En la matriz:Por el enfoque de matriz de próxima generación, podemos obtener la matriz de siguiente generación y R 0 para el modelo RP: El R 0 del modelo RP normalizado se muestra de la siguiente manera:Nuestros resultados de modelización mostraron que el modelo RP normalizado se ajustaba bien a los datos de casos de SARS-CoV-2 reportados (R 2 = 0,512, P < 0,001) (Fig. 2). El valor de R 0 se estimó en 2,30 de reservorio a persona, y de persona a persona y 3,58 de persona a persona, lo que significa que el número esperado de infecciones secundarias que resultan de la introducción de un único individuo infectado en una población susceptible fue de 3,58. En este estudio, se desarrolló el modelo de transmisión RP, que considerando las rutas de reservorio a persona y de persona a persona de SARS-CoV-2, respectivamente. Utilizamos los modelos para ajustar los datos reportados en la ciudad de Wuhan, China de la literatura publicada [3]. Los resultados de simulación mostraron que el R 0 de SARS-CoV-2 fue de 3,58 de persona a persona. Hubo una investigación que mostró que el R 0 de SARS-CoV-2 fue de 2,68 (IC 95%: 2,47-2,86) [8]. Otra investigación mostró que el R 0 de SARS-CoV-2 fue de 2,2 (IC 95%: 1,4-3 Los métodos que Li et al. emplearon se basaron en la tasa de crecimiento epidémico de la curva epidémica y el intervalo serial [3]. Nuestro estudio anterior mostró que se podían utilizar varios métodos para calcular el R 0 basados en la tasa de crecimiento epidémico de la curva epidémica y el intervalo serial, y diferentes métodos podrían resultar en diferentes valores de R 0 [26]. Nuestros resultados también mostraron que el R 0 de SARS-CoV-2 fue de 2,30 de reservorio a persona, lo que significa que la ruta de transmisión fue principalmente de persona a persona y no de reservorio a persona en la etapa temprana de la transmisión en la ciudad de Wuhan. Sin embargo, este resultado se basó en los datos limitados de una literatura publicada, y podría no mostrar la situación real en la etapa inicial de la transmisión. Otra investigación encontró que el R 0 del SARS era de aproximadamente 2,1 en Hong Kong, China, 2,7 en Singapur, y 3,8 en Beijing, China [29]. Por lo tanto, creemos que el valor promedio comúnmente aceptable del R 0 del SARS podría ser de 2,9 [30]. La transmisibilidad del síndrome respiratorio del Oriente Medio (MERS) es muy inferior al SARS. El valor notificado del R 0 del MERS fue de 0,8-1,3 [31], con la transmisibilidad interhumana de la enfermedad fue de aproximadamente 0,6 o 0,9 en los países del Oriente Medio [32]. Sin embargo, el MERS tuvo una alta transmisibilidad en el brote en la República de Corea con el R 0 de 2,5-7,2 [33, 34]. Por lo tanto, la transmisibilidad del SARS-CoV-2 podría ser mayor que el MERS en los países del Oriente Medio, Para contener la transmisión del virus, es importante disminuir R 0. De acuerdo con la ecuación de R 0 deducida del modelo RP simplificado, R 0 está relacionada con muchos parámetros. Los parámetros principalmente que podrían ser cambiados fueron b P, b W, y γ. Intervenciones como usar máscaras y aumentar la distancia social podrían disminuir la b P, la intervención que cierra el mercado de mariscos podría disminuir la b W, y acortar la duración de los síntomas de inicio a ser diagnosticados podría disminuir 1/γ. Todas estas intervenciones podrían disminuir el número de reproducción efectiva y finalmente ser útil para controlar la transmisión. Puesto que hay demasiados parámetros en nuestro modelo, existen varias limitaciones en este estudio. En primer lugar, no utilizamos los datos detallados del SARS-CoV-2 para realizar la estimación en lugar de utilizar los datos de las publicaciones [3]. Simulamos la historia natural de la infección que la proporción de infección asintomática fue del 50%, y la transmisibilidad de infección asintomática fue de la mitad de la de infección sintomática, que fueron diferentes a las de MERS y SRAS. Se sabe que la proporción de infección asintomática de MERS y SRAS fue inferior al 10%. En segundo lugar, los parámetros de movilidad de la población no fueron de un conjunto de datos exactos. En tercer lugar, dado que no había datos de la prevalencia inicial del virus en el mercado de mariscos, asumimos el valor inicial de 1/100 000. Este supuesto podría conducir a que la simulación fuera sub-o sobre-estimada. Además, ya que no consideramos la tasa de cambio de la actividad del individuo (como usar máscaras, aumentar la distancia social, y no viajar a la ciudad de Wuhan), la estimación de la importación del virus podría no ser correcta. Por lo tanto, la exactitud y validez de la estimación sería mejor si los modelos se ajustaran a los datos de primera mano sobre la movilidad de la población y los datos sobre la historia natural, las características epidemiológicas y el mecanismo de transmisión del virus. Al calcular los datos publicados, nuestro modelo demostró que la transmisibilidad del SARS-CoV-2 podría ser superior a la del MERS en los países de Oriente Medio, similar al SARS, pero inferior a la del MERS en la República de Corea. Dado que el objetivo de este estudio era proporcionar un modelo matemático para calcular la transmisibilidad del SARS-CoV-2, la R 0 se estimó sobre la base de datos limitados publicados en una literatura.

¿Cuál fue el objetivo del estudio?

Retrocalculando la Incidencia de Infección con COVID-19 en la Princesa Diamantehttps://doi.org/10.3390/jcm9030657SHA: 0938d2fb07611897abf38cea727ddbeea77b73d9Autores: Nishiura, HiroshiFecha: 2020DOI: 10.3390/jcm9030657Licencia: cc-byResumen: Para comprender el riesgo de infección dependiente del tiempo en un crucero, la Princesa Diamante, estipulé la incidencia de infección con coronavirus nuevos (COVID-19). Se trazó la curva epidémica de un total de 199 casos confirmados, clasificando a individuos en pasajeros con y sin contacto cercano y miembros de la tripulación. Se utilizó un método de backcalculación para estimar la incidencia de infección. El tiempo máximo de infección se observó para el período comprendido entre el 2 y el 4 de febrero de 2020, y la incidencia disminuyó abruptamente después. El número estimado de nuevas infecciones entre pasajeros sin contacto cercano fue muy pequeño a partir del 5 de febrero, en las que se impuso una política de restricción de movimientos. Sin la intervención del 5 de febrero, se predijo que la incidencia acumulada con y sin contacto cercano habría sido tan grande como 1373 (IC 95%: 570, 2176) y 766 (IC 95%: 587, 946), respectivamente, mientras que estos casos se mantuvieron en 102 y 47, respectivamente. Sobre la base de un análisis de los datos de inicio de la enfermedad a bordo, el riesgo de infección entre pasajeros sin contacto cercano se consideró muy limitado. La restricción del movimiento redujo en gran medida el número de infecciones a partir del 5 de febrero. Texto: Se ha producido un brote de nueva enfermedad por coronavirus (COVID-19) en un crucero, El caso principal sigue siendo desconocido, pero el caso índice, definido como el primer caso identificado, es un pasajero que comenzó a toser desde el 19 de enero de 2020 a bordo, desembarcando el barco en Hong Kong el 25 de enero. Como el caso fue diagnosticado el 1 de febrero, se pidió al buque que permaneciera en el océano cerca de Yokohama a partir del 3 de febrero. Posteriormente, el movimiento de todos los pasajeros se restringió a bordo a partir del 5 de febrero, por una cuestión de 14 días de cuarentena. De un total de 3711 personas (conformadas por 2666 pasajeros y 1045 tripulantes), 199 casos sintomáticos se han diagnosticado a bordo a partir del 24 de febrero, y también se han notificado infecciones asintomáticas adicionales y casos sintomáticos después del desembarco. Uno de los problemas críticos en la epidemiología de enfermedades infecciosas es que el momento del Utilizando un modelo estadístico sofisticado con probabilidad de doble intervalo y truncación derecha con un crecimiento exponencial de casos, el período medio de incubación se ha estimado en unos 5,0 días [3]. Para comprender el riesgo de infección dependiente del tiempo a lo largo del brote y estimar la efectividad de la medida de cuarentena del 5 al 19 de febrero de 2020, mi objetivo fue estimar la incidencia de infección con COVID-19 y también predecir el número probable de infecciones prevenidas por la medida de cuarentena. Analicé la curva epidémica, ct, en el día t, ilustrada por el número de casos confirmados por la fecha de inicio de la enfermedad. El diagnóstico confirmatorio se realizó utilizando la reacción en cadena de la polimerasa transcriptasa inversa (RT-PCR). La fecha de inicio de la enfermedad se definió como la primera fecha de inicio de la enfermedad. Además de la fecha de inicio, los casos se clasificaron por El contacto cercano fue definido como tener al menos un compañero de cabina que fue confirmado por RT-PCR. Estimamos el número de casos por el tiempo de infección, lo. Utilizando la función de masa de probabilidad del período de incubación de longitud s, fs, se sabe que la incidencia de infección se satisface donde E(.) representa el valor esperado. En cuanto a fs, se sabe que la media y desviación estándar son 5,0 y 3,0 días, respectivamente, mejor ajustados por distribución lognormal [3]. Empleando una función escalonada, la incidencia de infección fue estimada estadísticamente a través de un método de máxima probabilidad. La estimación fue implementada independientemente por el historial de contacto y tipo de membresía. En cuanto al pronóstico en tiempo real, se utilizó el llamado modelo Richards, análogo al modelo logístico generalizado [4, 5] :donde está la incidencia acumulativa en el día t, Z es la incidencia acumulativa al final del brote, s es el parámetro que rige la flexibilidad de la curva logística, a es la tasa temprana de crecimiento de los casos y ti es el punto de inflexión de la curva de incidencia acumulativa. Suponiendo que la incidencia acumulativa es gaussiana distribuida, se estimaron cuatro parámetros desconocidos. El modelo Richards se ajustó a dos conjuntos de datos diferentes, es decir, i) el conjunto de datos de todo el curso de la epidemia y ii) el conjunto de datos a 4 de febrero de 2020. Este último conjunto de datos corresponde al período temporal sin ningún impacto de restricción de movimiento que estuvo en vigor a partir del 5 de febrero. La figura 1 muestra la curva epidémica por historia de contacto y tipo de membresía. La curva epidémica en un segundo medio período estuvo dominada por tripulantes cuyo movimiento no fue estrictamente controlado debido a la necesidad de continuar el servicio en el barco. El segundo grupo dominante fue los pasajeros con historial de contacto cercano. La última fecha de inicio de la enfermedad a bordo de un pasajero sin contacto cercano fue el 14 de febrero. Estimando la incidencia de infección, la incidencia máxima fue identificada para el período del 2 al 4 de febrero entre los pasajeros con y sin contacto cercano (Figura 2 ). La incidencia de infección disminuyó abruptamente después del 5 de febrero, la fecha de restricción de movimiento. Entre los pasajeros sin contacto cercano, la incidencia se estimó en cero, excepto para el 8 al 10 de febrero de 2020, durante el cual se estimaron 0.98 personas (intervalos de confianza del 95% (IC): 0, 7.74) por día. El pico epidémico entre tripulantes fue visto para el período del 8 al En presencia de intervención, la incidencia acumulativa entre pasajeros con y sin contacto cercano y tripulantes fue de 102, 47 y 48 casos, respectivamente, a partir del 24 de febrero de 2020, bien realizadas por el modelo Richards. Sin intervención a partir del 5 de febrero, se predijo que la incidencia acumulativa con y sin contacto cercano habría sido de 1373 (IC 95%: 570, 2176) y 766 (IC 95%: 587, 946), respectivamente. Un gran brote de COVID-19 ocurrió en un crucero. Estimando la incidencia, se demostró que el tiempo máximo de infección fue del 2 al 4 de febrero, y la incidencia disminuyó abruptamente después. El número estimado de nuevas infecciones entre pasajeros sin contacto cercano fue muy pequeño a partir del 5 de febrero, sobre el cual se impuso la política de restricción de movimientos, y a lo su vez hubo, en promedio, un caso de infección por día del 8 al 10 de febrero. Aparte de la exposición continua entre los miembros de la tripulación, la incidencia estimada en este estudio indica que la política de restricción de movimientos a partir del 5 de febrero de 2020 tuvo un gran éxito en reducir en gran medida el número de transmisiones secundarias a bordo. Sobre la base de un análisis de los datos de inicio de la enfermedad a bordo (y antes del desembarque de un gran número de pasajeros), se consideró muy limitado el riesgo de infección entre los pasajeros sin contacto cercano entre los pasajeros desembarcados, se han empezado a notificar casos sintomáticos sobre el terreno dentro y fuera de Japón. En particular, los casos derivados de pasajeros sin contacto directo indican una posible vía de infección a través de mecanismos que no estaban cubiertos por el análisis mencionado anteriormente que se basaba en casos sintomáticos.

¿Cuántos casos COVID-19 fueron confirmados en el crucero Diamond Princess?

Retrocalculando la Incidencia de Infección con COVID-19 en la Princesa Diamantehttps://doi.org/10.3390/jcm9030657SHA: 0938d2fb07611897abf38cea727ddbeea77b73d9Autores: Nishiura, HiroshiFecha: 2020DOI: 10.3390/jcm9030657Licencia: cc-byResumen: Para comprender el riesgo de infección dependiente del tiempo en un crucero, la Princesa Diamante, estipulé la incidencia de infección con coronavirus nuevos (COVID-19). Se trazó la curva epidémica de un total de 199 casos confirmados, clasificando a individuos en pasajeros con y sin contacto cercano y miembros de la tripulación. Se utilizó un método de backcalculación para estimar la incidencia de infección. El tiempo máximo de infección se observó para el período comprendido entre el 2 y el 4 de febrero de 2020, y la incidencia disminuyó abruptamente después. El número estimado de nuevas infecciones entre pasajeros sin contacto cercano fue muy pequeño a partir del 5 de febrero, en las que se impuso una política de restricción de movimientos. Sin la intervención del 5 de febrero, se predijo que la incidencia acumulada con y sin contacto cercano habría sido tan grande como 1373 (IC 95%: 570, 2176) y 766 (IC 95%: 587, 946), respectivamente, mientras que estos casos se mantuvieron en 102 y 47, respectivamente. Sobre la base de un análisis de los datos de inicio de la enfermedad a bordo, el riesgo de infección entre pasajeros sin contacto cercano se consideró muy limitado. La restricción del movimiento redujo en gran medida el número de infecciones a partir del 5 de febrero. Texto: Se ha producido un brote de nueva enfermedad por coronavirus (COVID-19) en un crucero, El caso principal sigue siendo desconocido, pero el caso índice, definido como el primer caso identificado, es un pasajero que comenzó a toser desde el 19 de enero de 2020 a bordo, desembarcando el barco en Hong Kong el 25 de enero. Como el caso fue diagnosticado el 1 de febrero, se pidió al buque que permaneciera en el océano cerca de Yokohama a partir del 3 de febrero. Posteriormente, el movimiento de todos los pasajeros se restringió a bordo a partir del 5 de febrero, por una cuestión de 14 días de cuarentena. De un total de 3711 personas (conformadas por 2666 pasajeros y 1045 tripulantes), 199 casos sintomáticos se han diagnosticado a bordo a partir del 24 de febrero, y también se han notificado infecciones asintomáticas adicionales y casos sintomáticos después del desembarco. Uno de los problemas críticos en la epidemiología de enfermedades infecciosas es que el momento del Utilizando un modelo estadístico sofisticado con probabilidad de doble intervalo y truncación derecha con un crecimiento exponencial de casos, el período medio de incubación se ha estimado en unos 5,0 días [3]. Para comprender el riesgo de infección dependiente del tiempo a lo largo del brote y estimar la efectividad de la medida de cuarentena del 5 al 19 de febrero de 2020, mi objetivo fue estimar la incidencia de infección con COVID-19 y también predecir el número probable de infecciones prevenidas por la medida de cuarentena. Analicé la curva epidémica, ct, en el día t, ilustrada por el número de casos confirmados por la fecha de inicio de la enfermedad. El diagnóstico confirmatorio se realizó utilizando la reacción en cadena de la polimerasa transcriptasa inversa (RT-PCR). La fecha de inicio de la enfermedad se definió como la primera fecha de inicio de la enfermedad. Además de la fecha de inicio, los casos se clasificaron por El contacto cercano fue definido como tener al menos un compañero de cabina que fue confirmado por RT-PCR. Estimamos el número de casos por el tiempo de infección, lo. Utilizando la función de masa de probabilidad del período de incubación de longitud s, fs, se sabe que la incidencia de infección se satisface donde E(.) representa el valor esperado. En cuanto a fs, se sabe que la media y desviación estándar son 5,0 y 3,0 días, respectivamente, mejor ajustados por distribución lognormal [3]. Empleando una función escalonada, la incidencia de infección fue estimada estadísticamente a través de un método de máxima probabilidad. La estimación fue implementada independientemente por el historial de contacto y tipo de membresía. En cuanto al pronóstico en tiempo real, se utilizó el llamado modelo Richards, análogo al modelo logístico generalizado [4, 5] :donde está la incidencia acumulativa en el día t, Z es la incidencia acumulativa al final del brote, s es el parámetro que rige la flexibilidad de la curva logística, a es la tasa temprana de crecimiento de los casos y ti es el punto de inflexión de la curva de incidencia acumulativa. Suponiendo que la incidencia acumulativa es gaussiana distribuida, se estimaron cuatro parámetros desconocidos. El modelo Richards se ajustó a dos conjuntos de datos diferentes, es decir, i) el conjunto de datos de todo el curso de la epidemia y ii) el conjunto de datos a 4 de febrero de 2020. Este último conjunto de datos corresponde al período temporal sin ningún impacto de restricción de movimiento que estuvo en vigor a partir del 5 de febrero. La figura 1 muestra la curva epidémica por historia de contacto y tipo de membresía. La curva epidémica en un segundo medio período estuvo dominada por tripulantes cuyo movimiento no fue estrictamente controlado debido a la necesidad de continuar el servicio en el barco. El segundo grupo dominante fue los pasajeros con historial de contacto cercano. La última fecha de inicio de la enfermedad a bordo de un pasajero sin contacto cercano fue el 14 de febrero. Estimando la incidencia de infección, la incidencia máxima fue identificada para el período del 2 al 4 de febrero entre los pasajeros con y sin contacto cercano (Figura 2 ). La incidencia de infección disminuyó abruptamente después del 5 de febrero, la fecha de restricción de movimiento. Entre los pasajeros sin contacto cercano, la incidencia se estimó en cero, excepto para el 8 al 10 de febrero de 2020, durante el cual se estimaron 0.98 personas (intervalos de confianza del 95% (IC): 0, 7.74) por día. El pico epidémico entre tripulantes fue visto para el período del 8 al En presencia de intervención, la incidencia acumulativa entre pasajeros con y sin contacto cercano y tripulantes fue de 102, 47 y 48 casos, respectivamente, a partir del 24 de febrero de 2020, bien realizadas por el modelo Richards. Sin intervención a partir del 5 de febrero, se predijo que la incidencia acumulativa con y sin contacto cercano habría sido de 1373 (IC 95%: 570, 2176) y 766 (IC 95%: 587, 946), respectivamente. Un gran brote de COVID-19 ocurrió en un crucero. Estimando la incidencia, se demostró que el tiempo máximo de infección fue del 2 al 4 de febrero, y la incidencia disminuyó abruptamente después. El número estimado de nuevas infecciones entre pasajeros sin contacto cercano fue muy pequeño a partir del 5 de febrero, sobre el cual se impuso la política de restricción de movimientos, y a lo su vez hubo, en promedio, un caso de infección por día del 8 al 10 de febrero. Aparte de la exposición continua entre los miembros de la tripulación, la incidencia estimada en este estudio indica que la política de restricción de movimientos a partir del 5 de febrero de 2020 tuvo un gran éxito en reducir en gran medida el número de transmisiones secundarias a bordo. Sobre la base de un análisis de los datos de inicio de la enfermedad a bordo (y antes del desembarque de un gran número de pasajeros), se consideró muy limitado el riesgo de infección entre los pasajeros sin contacto cercano entre los pasajeros desembarcados, se han empezado a notificar casos sintomáticos sobre el terreno dentro y fuera de Japón. En particular, los casos derivados de pasajeros sin contacto directo indican una posible vía de infección a través de mecanismos que no estaban cubiertos por el análisis mencionado anteriormente que se basaba en casos sintomáticos.

¿Cuál es el período de incubación promedio estimado para la infección COVID-19 en el crucero Diamond Princess?

Retrocalculando la Incidencia de Infección con COVID-19 en la Princesa Diamantehttps://doi.org/10.3390/jcm9030657SHA: 0938d2fb07611897abf38cea727ddbeea77b73d9Autores: Nishiura, HiroshiFecha: 2020DOI: 10.3390/jcm9030657Licencia: cc-byResumen: Para comprender el riesgo de infección dependiente del tiempo en un crucero, la Princesa Diamante, estipulé la incidencia de infección con coronavirus nuevos (COVID-19). Se trazó la curva epidémica de un total de 199 casos confirmados, clasificando a individuos en pasajeros con y sin contacto cercano y miembros de la tripulación. Se utilizó un método de backcalculación para estimar la incidencia de infección. El tiempo máximo de infección se observó para el período comprendido entre el 2 y el 4 de febrero de 2020, y la incidencia disminuyó abruptamente después. El número estimado de nuevas infecciones entre pasajeros sin contacto cercano fue muy pequeño a partir del 5 de febrero, en las que se impuso una política de restricción de movimientos. Sin la intervención del 5 de febrero, se predijo que la incidencia acumulada con y sin contacto cercano habría sido tan grande como 1373 (IC 95%: 570, 2176) y 766 (IC 95%: 587, 946), respectivamente, mientras que estos casos se mantuvieron en 102 y 47, respectivamente. Sobre la base de un análisis de los datos de inicio de la enfermedad a bordo, el riesgo de infección entre pasajeros sin contacto cercano se consideró muy limitado. La restricción del movimiento redujo en gran medida el número de infecciones a partir del 5 de febrero. Texto: Se ha producido un brote de nueva enfermedad por coronavirus (COVID-19) en un crucero, El caso principal sigue siendo desconocido, pero el caso índice, definido como el primer caso identificado, es un pasajero que comenzó a toser desde el 19 de enero de 2020 a bordo, desembarcando el barco en Hong Kong el 25 de enero. Como el caso fue diagnosticado el 1 de febrero, se pidió al buque que permaneciera en el océano cerca de Yokohama a partir del 3 de febrero. Posteriormente, el movimiento de todos los pasajeros se restringió a bordo a partir del 5 de febrero, por una cuestión de 14 días de cuarentena. De un total de 3711 personas (conformadas por 2666 pasajeros y 1045 tripulantes), 199 casos sintomáticos se han diagnosticado a bordo a partir del 24 de febrero, y también se han notificado infecciones asintomáticas adicionales y casos sintomáticos después del desembarco. Uno de los problemas críticos en la epidemiología de enfermedades infecciosas es que el momento del Utilizando un modelo estadístico sofisticado con probabilidad de doble intervalo y truncación derecha con un crecimiento exponencial de casos, el período medio de incubación se ha estimado en unos 5,0 días [3]. Para comprender el riesgo de infección dependiente del tiempo a lo largo del brote y estimar la efectividad de la medida de cuarentena del 5 al 19 de febrero de 2020, mi objetivo fue estimar la incidencia de infección con COVID-19 y también predecir el número probable de infecciones prevenidas por la medida de cuarentena. Analicé la curva epidémica, ct, en el día t, ilustrada por el número de casos confirmados por la fecha de inicio de la enfermedad. El diagnóstico confirmatorio se realizó utilizando la reacción en cadena de la polimerasa transcriptasa inversa (RT-PCR). La fecha de inicio de la enfermedad se definió como la primera fecha de inicio de la enfermedad. Además de la fecha de inicio, los casos se clasificaron por El contacto cercano fue definido como tener al menos un compañero de cabina que fue confirmado por RT-PCR. Estimamos el número de casos por el tiempo de infección, lo. Utilizando la función de masa de probabilidad del período de incubación de longitud s, fs, se sabe que la incidencia de infección se satisface donde E(.) representa el valor esperado. En cuanto a fs, se sabe que la media y desviación estándar son 5,0 y 3,0 días, respectivamente, mejor ajustados por distribución lognormal [3]. Empleando una función escalonada, la incidencia de infección fue estimada estadísticamente a través de un método de máxima probabilidad. La estimación fue implementada independientemente por el historial de contacto y tipo de membresía. En cuanto al pronóstico en tiempo real, se utilizó el llamado modelo Richards, análogo al modelo logístico generalizado [4, 5] :donde está la incidencia acumulativa en el día t, Z es la incidencia acumulativa al final del brote, s es el parámetro que rige la flexibilidad de la curva logística, a es la tasa temprana de crecimiento de los casos y ti es el punto de inflexión de la curva de incidencia acumulativa. Suponiendo que la incidencia acumulativa es gaussiana distribuida, se estimaron cuatro parámetros desconocidos. El modelo Richards se ajustó a dos conjuntos de datos diferentes, es decir, i) el conjunto de datos de todo el curso de la epidemia y ii) el conjunto de datos a 4 de febrero de 2020. Este último conjunto de datos corresponde al período temporal sin ningún impacto de restricción de movimiento que estuvo en vigor a partir del 5 de febrero. La figura 1 muestra la curva epidémica por historia de contacto y tipo de membresía. La curva epidémica en un segundo medio período estuvo dominada por tripulantes cuyo movimiento no fue estrictamente controlado debido a la necesidad de continuar el servicio en el barco. El segundo grupo dominante fue los pasajeros con historial de contacto cercano. La última fecha de inicio de la enfermedad a bordo de un pasajero sin contacto cercano fue el 14 de febrero. Estimando la incidencia de infección, la incidencia máxima fue identificada para el período del 2 al 4 de febrero entre los pasajeros con y sin contacto cercano (Figura 2 ). La incidencia de infección disminuyó abruptamente después del 5 de febrero, la fecha de restricción de movimiento. Entre los pasajeros sin contacto cercano, la incidencia se estimó en cero, excepto para el 8 al 10 de febrero de 2020, durante el cual se estimaron 0.98 personas (intervalos de confianza del 95% (IC): 0, 7.74) por día. El pico epidémico entre tripulantes fue visto para el período del 8 al En presencia de intervención, la incidencia acumulativa entre pasajeros con y sin contacto cercano y tripulantes fue de 102, 47 y 48 casos, respectivamente, a partir del 24 de febrero de 2020, bien realizadas por el modelo Richards. Sin intervención a partir del 5 de febrero, se predijo que la incidencia acumulativa con y sin contacto cercano habría sido de 1373 (IC 95%: 570, 2176) y 766 (IC 95%: 587, 946), respectivamente. Un gran brote de COVID-19 ocurrió en un crucero. Estimando la incidencia, se demostró que el tiempo máximo de infección fue del 2 al 4 de febrero, y la incidencia disminuyó abruptamente después. El número estimado de nuevas infecciones entre pasajeros sin contacto cercano fue muy pequeño a partir del 5 de febrero, sobre el cual se impuso la política de restricción de movimientos, y a lo su vez hubo, en promedio, un caso de infección por día del 8 al 10 de febrero. Aparte de la exposición continua entre los miembros de la tripulación, la incidencia estimada en este estudio indica que la política de restricción de movimientos a partir del 5 de febrero de 2020 tuvo un gran éxito en reducir en gran medida el número de transmisiones secundarias a bordo. Sobre la base de un análisis de los datos de inicio de la enfermedad a bordo (y antes del desembarque de un gran número de pasajeros), se consideró muy limitado el riesgo de infección entre los pasajeros sin contacto cercano entre los pasajeros desembarcados, se han empezado a notificar casos sintomáticos sobre el terreno dentro y fuera de Japón. En particular, los casos derivados de pasajeros sin contacto directo indican una posible vía de infección a través de mecanismos que no estaban cubiertos por el análisis mencionado anteriormente que se basaba en casos sintomáticos.

¿Cuál sería el número de casos confirmados en el crucero Diamond Princess, sin una restricción de movimiento a partir del 5 de febrero de 2020?

El alcance de la transmisión del coronavirus de novela en Wuhan, China, 2020https://doi.org/10.3390/jcm9020330SHA: 919c524f19f79213e6f81aa38502c70287d273dcAutores: Nishiura, Hiroshi; Jung, Sung-mok; Linton, Natalie M.; Kinoshita, Ryo; Yang, Yichi; Hayashi, Katsuma; Kobayashi, Tetsuro; Yuan, Baoyin; Akhmetzhanov, Andrei R.Fecha: 2020DOI: 10.3390/jcm9020330Licencia: cc-byAbstract: Un grupo de casos de neumonía vinculados a un nuevo coronavirus (2019-nCoV) fue reportado por China a finales de diciembre de 2019. A partir del 24 de enero de 2020, con trece eventos de exportación, estimamos la incidencia acumulada en China en 5502 casos (intervalo de confianza del 95%: 3027, 9057). El número más plausible de infecciones es del orden de miles, en lugar de cientos, y hay una fuerte indicación de que se han producido exposiciones no rastreadas distintas de las del mercado de mariscos de Wuhan, epidemiológicamente vinculado. Texto: Desde el anuncio de un grupo de casos de neumonía de etiología desconocida en Wuhan, provincia de Hubei, China, el 31 de diciembre de 2019, se han producido muchas respuestas rápidas de investigación virológica, clínica y epidemiológica [1, 2]. Se sugiere que el agente causal de la neumonía sea un nuevo coronavirus (2019-nCoV) del mismo linaje (pero genéticamente distinto) del coronavirus que causa el síndrome respiratorio agudo grave (SARS) [1]. Los casos en el grupo inicial informaron de una exposición común a un mercado de mariscos en Wuhan donde se servían animales silvestres en un restaurante, lo que indica que una ruta zoonótica de origen puntual (animal a humano) era probablemente el principal modo de transmisión de esos casos [2]. Aunque los primeros informes de Wuhan [3] indicaron que i) sólo había decenas de casos en el grupo y ii) no se observaba directamente ninguna transmisión humana, la comunidad científica estaba alerta a la posibilidad de que el nuevo coronavirus se propagara a otros lugares geográficos, incluidos otros países, a través de la transmisión humana directa. A principios de enero, el brote comenzó a aumentar rápidamente con cientos de casos confirmados junto con la presencia de algunos grupos domésticos [4] [5] [6] [7]. A partir del 24 de enero de 2020, la incidencia acumulada en China es de 830 casos, de los cuales 549 casos fueron diagnosticados en Hubei, 26 en Beijing, 20 en Shanghai y 53 en Guangdong. Además, veintiséis muertes se han relacionado con el brote [6, 8], y trece casos fueron exportados a Japón, Singapur, Corea del Sur, Taiwán, Tailandia, Vietnam y los Estados Unidos a partir del 22 de enero de 2020. Teniendo en cuenta que se ha llevado a cabo una mayor vigilancia en estos países importadores, la determinación de casos ha sido quizás mejor en los datos de casos exportados. Utilizando un método de retrocalculación espacial y analizando los casos exportados, estimamos la incidencia acumulada de casos 2019-nCoV en China en tiempo real En la Tabla 1 se muestra la incidencia de casos exportados por fecha de hospitalización y reporte.Debido a la dificultad inicial de diagnóstico en ausencia de imprimación establecida para las pruebas de reacción en cadena de la polimerasa, el tiempo transcurrido entre la hospitalización y la notificación fue más largo en los primeros casos en comparación con los casos más recientes.De los siete lugares que reportaron importación, el volumen total de pasajeros entrantes de China fue de m = 63,1 millones al año en 2017 [9], de los cuales 100q = 2,1% eran de Wuhan [10], un hogar de n = 19,0 millones de personas como población receptora del aeropuerto de Wuhan.Otros dos lugares con casos confirmados, es decir, Macao y Hong Kong, fueron excluidos del análisis, ya que es conmutable por transporción de tierras y el primer caso en Hong Kong no fue de hecho vía aérea. Como ya sabemos de otras partes [11] [12] [13], dado el recuento acumulativo observado de casos exportados c, tenemos una ecuación de balance del riesgo acumulativo de infección: donde T es la suma de períodos de incubación e infecciosos, y aquí se supone que son 3,2 y 9,3 días [14], respectivamente, suponiendo que estos períodos son similares a los de otros coronavirus, y por lo tanto, T = 12,5 días. La incidencia estimada en China se da entonces bypn. Con una suposición ad hoc de que los datos se generan después del proceso de muestreo binomio entre los viajeros de Wuhan, la incidencia acumulada se estima entonces utilizando un método de máxima probabilidad. La tabla 1 muestra también la incidencia estimada en China. El primer evento de exportación en Tailandia sugiere 423 casos con el límite superior de confianza de 1863 casos. La incidencia acumulada estimada ha aumentado a medida que se han reportado casos adicionales. A partir del 24 de enero de 2020, con informes de trece eventos de exportación, la incidencia acumulada en China se estima en 5502 casos (intervalo de confianza del 95%: 3027, 9057). Nuestra última estimación es comparable a un informe preliminar publicado por un grupo de investigación en el Imperial College London (ICL) en su propia página web el 22 de enero de 2020 [26] que estimó la incidencia basada en tres eventos de importación en 4000 casos (IC del 95%: 1000, 9700). Las posibles razones de la ligera diferencia incluyen: i) el número de viajeros en el estudio anterior se derivó de los datos de pasajeros aéreos [27] y ii) la longitud supuesta de T fue diferente. También se han publicado otras dos estimaciones: un estudio preliminar realizado por un grupo de la Universidad del Nordeste estimó 1250 casos (IC del 95%: 350, 3000) al 17 de enero de 2020 [28] y un grupo de la Universidad de Hong El primer estudio de los Estados Unidos supone que la población de la zona de captación es de 10 millones (utilizamos 11,1 millones). El número de infecciones de COV de 2019 reportadas sigue creciendo a medida que mejoran los métodos de vigilancia y detección.Nuestra estimación y otras [26, 28, 29] coinciden en que el número real de casos es probable en el orden de miles, en lugar de cientos, y hay una fuerte indicación de que se han producido exposiciones no rastreadas distintas de la del mercado de mariscos originalmente vinculado en Wuhan. Se espera que estas exposiciones incluyan la transmisión de seres humanos a humanos, pero los niveles de transmisibilidad aún no se han cuantificado. Todavía es plausible que un número sustancial de infecciones humanas hayan surgido de exposiciones de animales a humanos, como fue el caso durante el primer brote de gripe altamente patógena (H7N9) en China, 2013, y que la transmisibilidad de seres humanos no se haya cuantifica A pesar de que inicialmente se restringió la información sobre el brote se compartió públicamente, el Gobierno chino ha comenzado a proporcionar información actualizada y respetuosa sobre la situación a diario, lo que fomenta la divulgación en tiempo real de información mediante informes de situación actualizados periódicamente, incluida información epidemiológica con fechas de exposición, inicio de la enfermedad y hospitalización entre los casos. Para que los investigadores puedan contribuir a controlar los esfuerzos mediante la mejora de la conciencia de la situación mediante una evaluación explícita del riesgo, es fundamental que se publiquen datos epidemiológicos detallados en un dominio público en tiempo real. Estos conjuntos de datos deben incluir no sólo una lista de casos de identificación sino también actualizaciones sobre el estado de infección de los contactos rastreados. La información sobre el período de exposición y el inicio de la enfermedad puede ayudar a estimar parámetros importantes de la historia natural, como el período de incubación.

¿Cuándo se notificaron por primera vez los casos de neumonía?

El alcance de la transmisión del coronavirus de novela en Wuhan, China, 2020https://doi.org/10.3390/jcm9020330SHA: 919c524f19f79213e6f81aa38502c70287d273dcAutores: Nishiura, Hiroshi; Jung, Sung-mok; Linton, Natalie M.; Kinoshita, Ryo; Yang, Yichi; Hayashi, Katsuma; Kobayashi, Tetsuro; Yuan, Baoyin; Akhmetzhanov, Andrei R.Fecha: 2020DOI: 10.3390/jcm9020330Licencia: cc-byAbstract: Un grupo de casos de neumonía vinculados a un nuevo coronavirus (2019-nCoV) fue reportado por China a finales de diciembre de 2019. A partir del 24 de enero de 2020, con trece eventos de exportación, estimamos la incidencia acumulada en China en 5502 casos (intervalo de confianza del 95%: 3027, 9057). El número más plausible de infecciones es del orden de miles, en lugar de cientos, y hay una fuerte indicación de que se han producido exposiciones no rastreadas distintas de las del mercado de mariscos de Wuhan, epidemiológicamente vinculado. Texto: Desde el anuncio de un grupo de casos de neumonía de etiología desconocida en Wuhan, provincia de Hubei, China, el 31 de diciembre de 2019, se han producido muchas respuestas rápidas de investigación virológica, clínica y epidemiológica [1, 2]. Se sugiere que el agente causal de la neumonía sea un nuevo coronavirus (2019-nCoV) del mismo linaje (pero genéticamente distinto) del coronavirus que causa el síndrome respiratorio agudo grave (SARS) [1]. Los casos en el grupo inicial informaron de una exposición común a un mercado de mariscos en Wuhan donde se servían animales silvestres en un restaurante, lo que indica que una ruta zoonótica de origen puntual (animal a humano) era probablemente el principal modo de transmisión de esos casos [2]. Aunque los primeros informes de Wuhan [3] indicaron que i) sólo había decenas de casos en el grupo y ii) no se observaba directamente ninguna transmisión humana, la comunidad científica estaba alerta a la posibilidad de que el nuevo coronavirus se propagara a otros lugares geográficos, incluidos otros países, a través de la transmisión humana directa. A principios de enero, el brote comenzó a aumentar rápidamente con cientos de casos confirmados junto con la presencia de algunos grupos domésticos [4] [5] [6] [7]. A partir del 24 de enero de 2020, la incidencia acumulada en China es de 830 casos, de los cuales 549 casos fueron diagnosticados en Hubei, 26 en Beijing, 20 en Shanghai y 53 en Guangdong. Además, veintiséis muertes se han relacionado con el brote [6, 8], y trece casos fueron exportados a Japón, Singapur, Corea del Sur, Taiwán, Tailandia, Vietnam y los Estados Unidos a partir del 22 de enero de 2020. Teniendo en cuenta que se ha llevado a cabo una mayor vigilancia en estos países importadores, la determinación de casos ha sido quizás mejor en los datos de casos exportados. Utilizando un método de retrocalculación espacial y analizando los casos exportados, estimamos la incidencia acumulada de casos 2019-nCoV en China en tiempo real En la Tabla 1 se muestra la incidencia de casos exportados por fecha de hospitalización y reporte.Debido a la dificultad inicial de diagnóstico en ausencia de imprimación establecida para las pruebas de reacción en cadena de la polimerasa, el tiempo transcurrido entre la hospitalización y la notificación fue más largo en los primeros casos en comparación con los casos más recientes.De los siete lugares que reportaron importación, el volumen total de pasajeros entrantes de China fue de m = 63,1 millones al año en 2017 [9], de los cuales 100q = 2,1% eran de Wuhan [10], un hogar de n = 19,0 millones de personas como población receptora del aeropuerto de Wuhan.Otros dos lugares con casos confirmados, es decir, Macao y Hong Kong, fueron excluidos del análisis, ya que es conmutable por transporción de tierras y el primer caso en Hong Kong no fue de hecho vía aérea. Como ya sabemos de otras partes [11] [12] [13], dado el recuento acumulativo observado de casos exportados c, tenemos una ecuación de balance del riesgo acumulativo de infección: donde T es la suma de períodos de incubación e infecciosos, y aquí se supone que son 3,2 y 9,3 días [14], respectivamente, suponiendo que estos períodos son similares a los de otros coronavirus, y por lo tanto, T = 12,5 días. La incidencia estimada en China se da entonces bypn. Con una suposición ad hoc de que los datos se generan después del proceso de muestreo binomio entre los viajeros de Wuhan, la incidencia acumulada se estima entonces utilizando un método de máxima probabilidad. La tabla 1 muestra también la incidencia estimada en China. El primer evento de exportación en Tailandia sugiere 423 casos con el límite superior de confianza de 1863 casos. La incidencia acumulada estimada ha aumentado a medida que se han reportado casos adicionales. A partir del 24 de enero de 2020, con informes de trece eventos de exportación, la incidencia acumulada en China se estima en 5502 casos (intervalo de confianza del 95%: 3027, 9057). Nuestra última estimación es comparable a un informe preliminar publicado por un grupo de investigación en el Imperial College London (ICL) en su propia página web el 22 de enero de 2020 [26] que estimó la incidencia basada en tres eventos de importación en 4000 casos (IC del 95%: 1000, 9700). Las posibles razones de la ligera diferencia incluyen: i) el número de viajeros en el estudio anterior se derivó de los datos de pasajeros aéreos [27] y ii) la longitud supuesta de T fue diferente. También se han publicado otras dos estimaciones: un estudio preliminar realizado por un grupo de la Universidad del Nordeste estimó 1250 casos (IC del 95%: 350, 3000) al 17 de enero de 2020 [28] y un grupo de la Universidad de Hong El primer estudio de los Estados Unidos supone que la población de la zona de captación es de 10 millones (utilizamos 11,1 millones). El número de infecciones de COV de 2019 reportadas sigue creciendo a medida que mejoran los métodos de vigilancia y detección.Nuestra estimación y otras [26, 28, 29] coinciden en que el número real de casos es probable en el orden de miles, en lugar de cientos, y hay una fuerte indicación de que se han producido exposiciones no rastreadas distintas de la del mercado de mariscos originalmente vinculado en Wuhan. Se espera que estas exposiciones incluyan la transmisión de seres humanos a humanos, pero los niveles de transmisibilidad aún no se han cuantificado. Todavía es plausible que un número sustancial de infecciones humanas hayan surgido de exposiciones de animales a humanos, como fue el caso durante el primer brote de gripe altamente patógena (H7N9) en China, 2013, y que la transmisibilidad de seres humanos no se haya cuantifica A pesar de que inicialmente se restringió la información sobre el brote se compartió públicamente, el Gobierno chino ha comenzado a proporcionar información actualizada y respetuosa sobre la situación a diario, lo que fomenta la divulgación en tiempo real de información mediante informes de situación actualizados periódicamente, incluida información epidemiológica con fechas de exposición, inicio de la enfermedad y hospitalización entre los casos. Para que los investigadores puedan contribuir a controlar los esfuerzos mediante la mejora de la conciencia de la situación mediante una evaluación explícita del riesgo, es fundamental que se publiquen datos epidemiológicos detallados en un dominio público en tiempo real. Estos conjuntos de datos deben incluir no sólo una lista de casos de identificación sino también actualizaciones sobre el estado de infección de los contactos rastreados. La información sobre el período de exposición y el inicio de la enfermedad puede ayudar a estimar parámetros importantes de la historia natural, como el período de incubación.

¿Cuál es el número de pasajeros procedentes de China?

El alcance de la transmisión del coronavirus de novela en Wuhan, China, 2020https://doi.org/10.3390/jcm9020330SHA: 919c524f19f79213e6f81aa38502c70287d273dcAutores: Nishiura, Hiroshi; Jung, Sung-mok; Linton, Natalie M.; Kinoshita, Ryo; Yang, Yichi; Hayashi, Katsuma; Kobayashi, Tetsuro; Yuan, Baoyin; Akhmetzhanov, Andrei R.Fecha: 2020DOI: 10.3390/jcm9020330Licencia: cc-byAbstract: Un grupo de casos de neumonía vinculados a un nuevo coronavirus (2019-nCoV) fue reportado por China a finales de diciembre de 2019. A partir del 24 de enero de 2020, con trece eventos de exportación, estimamos la incidencia acumulada en China en 5502 casos (intervalo de confianza del 95%: 3027, 9057). El número más plausible de infecciones es del orden de miles, en lugar de cientos, y hay una fuerte indicación de que se han producido exposiciones no rastreadas distintas de las del mercado de mariscos de Wuhan, epidemiológicamente vinculado. Texto: Desde el anuncio de un grupo de casos de neumonía de etiología desconocida en Wuhan, provincia de Hubei, China, el 31 de diciembre de 2019, se han producido muchas respuestas rápidas de investigación virológica, clínica y epidemiológica [1, 2]. Se sugiere que el agente causal de la neumonía sea un nuevo coronavirus (2019-nCoV) del mismo linaje (pero genéticamente distinto) del coronavirus que causa el síndrome respiratorio agudo grave (SARS) [1]. Los casos en el grupo inicial informaron de una exposición común a un mercado de mariscos en Wuhan donde se servían animales silvestres en un restaurante, lo que indica que una ruta zoonótica de origen puntual (animal a humano) era probablemente el principal modo de transmisión de esos casos [2]. Aunque los primeros informes de Wuhan [3] indicaron que i) sólo había decenas de casos en el grupo y ii) no se observaba directamente ninguna transmisión humana, la comunidad científica estaba alerta a la posibilidad de que el nuevo coronavirus se propagara a otros lugares geográficos, incluidos otros países, a través de la transmisión humana directa. A principios de enero, el brote comenzó a aumentar rápidamente con cientos de casos confirmados junto con la presencia de algunos grupos domésticos [4] [5] [6] [7]. A partir del 24 de enero de 2020, la incidencia acumulada en China es de 830 casos, de los cuales 549 casos fueron diagnosticados en Hubei, 26 en Beijing, 20 en Shanghai y 53 en Guangdong. Además, veintiséis muertes se han relacionado con el brote [6, 8], y trece casos fueron exportados a Japón, Singapur, Corea del Sur, Taiwán, Tailandia, Vietnam y los Estados Unidos a partir del 22 de enero de 2020. Teniendo en cuenta que se ha llevado a cabo una mayor vigilancia en estos países importadores, la determinación de casos ha sido quizás mejor en los datos de casos exportados. Utilizando un método de retrocalculación espacial y analizando los casos exportados, estimamos la incidencia acumulada de casos 2019-nCoV en China en tiempo real En la Tabla 1 se muestra la incidencia de casos exportados por fecha de hospitalización y reporte.Debido a la dificultad inicial de diagnóstico en ausencia de imprimación establecida para las pruebas de reacción en cadena de la polimerasa, el tiempo transcurrido entre la hospitalización y la notificación fue más largo en los primeros casos en comparación con los casos más recientes.De los siete lugares que reportaron importación, el volumen total de pasajeros entrantes de China fue de m = 63,1 millones al año en 2017 [9], de los cuales 100q = 2,1% eran de Wuhan [10], un hogar de n = 19,0 millones de personas como población receptora del aeropuerto de Wuhan.Otros dos lugares con casos confirmados, es decir, Macao y Hong Kong, fueron excluidos del análisis, ya que es conmutable por transporción de tierras y el primer caso en Hong Kong no fue de hecho vía aérea. Como ya sabemos de otras partes [11] [12] [13], dado el recuento acumulativo observado de casos exportados c, tenemos una ecuación de balance del riesgo acumulativo de infección: donde T es la suma de períodos de incubación e infecciosos, y aquí se supone que son 3,2 y 9,3 días [14], respectivamente, suponiendo que estos períodos son similares a los de otros coronavirus, y por lo tanto, T = 12,5 días. La incidencia estimada en China se da entonces bypn. Con una suposición ad hoc de que los datos se generan después del proceso de muestreo binomio entre los viajeros de Wuhan, la incidencia acumulada se estima entonces utilizando un método de máxima probabilidad. La tabla 1 muestra también la incidencia estimada en China. El primer evento de exportación en Tailandia sugiere 423 casos con el límite superior de confianza de 1863 casos. La incidencia acumulada estimada ha aumentado a medida que se han reportado casos adicionales. A partir del 24 de enero de 2020, con informes de trece eventos de exportación, la incidencia acumulada en China se estima en 5502 casos (intervalo de confianza del 95%: 3027, 9057). Nuestra última estimación es comparable a un informe preliminar publicado por un grupo de investigación en el Imperial College London (ICL) en su propia página web el 22 de enero de 2020 [26] que estimó la incidencia basada en tres eventos de importación en 4000 casos (IC del 95%: 1000, 9700). Las posibles razones de la ligera diferencia incluyen: i) el número de viajeros en el estudio anterior se derivó de los datos de pasajeros aéreos [27] y ii) la longitud supuesta de T fue diferente. También se han publicado otras dos estimaciones: un estudio preliminar realizado por un grupo de la Universidad del Nordeste estimó 1250 casos (IC del 95%: 350, 3000) al 17 de enero de 2020 [28] y un grupo de la Universidad de Hong El primer estudio de los Estados Unidos supone que la población de la zona de captación es de 10 millones (utilizamos 11,1 millones). El número de infecciones de COV de 2019 reportadas sigue creciendo a medida que mejoran los métodos de vigilancia y detección.Nuestra estimación y otras [26, 28, 29] coinciden en que el número real de casos es probable en el orden de miles, en lugar de cientos, y hay una fuerte indicación de que se han producido exposiciones no rastreadas distintas de la del mercado de mariscos originalmente vinculado en Wuhan. Se espera que estas exposiciones incluyan la transmisión de seres humanos a humanos, pero los niveles de transmisibilidad aún no se han cuantificado. Todavía es plausible que un número sustancial de infecciones humanas hayan surgido de exposiciones de animales a humanos, como fue el caso durante el primer brote de gripe altamente patógena (H7N9) en China, 2013, y que la transmisibilidad de seres humanos no se haya cuantifica A pesar de que inicialmente se restringió la información sobre el brote se compartió públicamente, el Gobierno chino ha comenzado a proporcionar información actualizada y respetuosa sobre la situación a diario, lo que fomenta la divulgación en tiempo real de información mediante informes de situación actualizados periódicamente, incluida información epidemiológica con fechas de exposición, inicio de la enfermedad y hospitalización entre los casos. Para que los investigadores puedan contribuir a controlar los esfuerzos mediante la mejora de la conciencia de la situación mediante una evaluación explícita del riesgo, es fundamental que se publiquen datos epidemiológicos detallados en un dominio público en tiempo real. Estos conjuntos de datos deben incluir no sólo una lista de casos de identificación sino también actualizaciones sobre el estado de infección de los contactos rastreados. La información sobre el período de exposición y el inicio de la enfermedad puede ayudar a estimar parámetros importantes de la historia natural, como el período de incubación.

¿Qué porcentaje de los pasajeros procedentes de China eran de Wuhan?

El modelo de desafío viral humano: acelerar la evaluación de los antivirales respiratorios, vacunas y diagnósticos novedososhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6013893/SHA: f13c88733ea45be9923a282dfd42f8c277c187cAutores: Lambkin-Williams, Rob; Noulin, Nicolas; Mann, Alex; Catchpole, Andrew; Gilbert, Anthony S.Fecha: 2018-06-22DOI: 10.1186/s12931-018-0784-1Licencia: cc-byAbstract: El modelo Human Viral Challenge (HVC) ha ayudado, durante muchas décadas, en la comprensión de los virus respiratorios y su papel en la patogénesis de enfermedades. En un entorno controlado con un pequeño número de voluntarios retirados de la exposición comunitaria a otras infecciones, este modelo experimental permite realizar pruebas de trabajo conceptual sobre nuevas terapias, incluyendo vacunas, inmunomoduladores y antivirales, así como nuevos diagnósticos.Crucialmente, a diferencia de los estudios convencionales de fase 1, los estudios de desafío incluyen variables de eficacia evaluables que luego orientan las decisiones sobre cómo optimizar los estudios de campo posteriores, como recomienda la FDA y, por lo tanto, los estudios de licencia que siguen.Esta estrategia optimiza el beneficio de los estudios e identifica posibles amenazas tempranas, minimizando el riesgo para los voluntarios posteriores, pero también maximizando el beneficio de los escasos recursos disponibles para el grupo de investigación que invierte en la investigación. Inspirado en los principios de las 3R (Reemplazo, Reducción y Refinamiento) que se aplican comúnmente en la fase preclínica, los estudios de CVV permiten el refina La amplitud de los datos generados a partir de estudios de desafío permite la exploración de una amplia gama de variables y puntos finales que luego pueden ser llevados a través de estudios pivotales de fase 3. Describimos la carga de la enfermedad para las infecciones virales respiratorias agudas para las cuales las estrategias de desarrollo convencionales actuales no han producido terapias que satisfagan las necesidades clínicas. Los autores describen la utilidad del modelo HVC para aumentar la comprensión científica y progresar en terapias prometedoras a través del desarrollo. También se discute la contribución del modelo a la dilucidación de la interacción virus-anfitrión, tanto en lo que respecta a la patogenicidad viral como a la respuesta inmunológica del cuerpo, junto con su utilidad para ayudar en el desarrollo de diagnósticos novedosos. También se exploran las futuras aplicaciones del modelo. Texto: Las infecciones respiratorias agudas (ARI) se manifiestan como infecciones del tracto respiratorio superior (URI) o inferior (IRL) y pueden moverse entre los dos compartimentos; las IRA representan las enfermedades infecciosas más comunes y son predominantemente de etiología viral. La carga global de la IRA es considerable, con una morbilidad y mortalidad significativas en niños, ancianos e inmunocomprometidos [1]. Sólo en el Reino Unido durante el período 2014-2015, las enfermedades respiratorias causaron unas 15.800 muertes invernales excesivas [2]. En los Estados Unidos, la gripe y el virus sincitial respiratorio (RSV) causan una mortalidad sustancial, especialmente entre las personas de 65 años y más [3]. Sin embargo, aunque las muertes en el mundo industrializado son ampliamente reportadas, los países en desarrollo sienten la carga particularmente; de un estimado de 1,9 millones de muertes infantiles por IRA en 2000, el 70% de esas muertes ocurrieron en África y Asia sudoriental La Cumbre del Milenio celebrada en las Naciones Unidas en 2000 dio lugar al establecimiento de los Objetivos de Desarrollo del Milenio. Un estudio informó de los progresos realizados en el logro de esos objetivos en 40 países en desarrollo; concluyó que la prevalencia de la IRA era del 13%, el gasto en salud y el producto interno bruto per cápita están directamente asociados con la prevalencia de la enfermedad [5]. La heterogeneidad viral asociada a las IRA está bien establecida [6]. En el pasado, el rinovirus humano (VDH) se ha identificado como el virus más frecuentemente asociado a las enfermedades respiratorias con un promedio del 30-50% de infecciones anuales, y hasta el 80% de las infecciones respiratorias superiores durante los brotes de otoño [7]. Más recientemente, una evaluación de la enfermedad en 6.266 niños menores de 10 años en Australia, Asia Sudoriental y América Latina hizo hincapié tanto en la heterogeneidad viral como en el impacto de la IRA. De los 2.421 niños que experimentaron 3.717 episodios individuales de enfermedad similar a la gripe (III), la prevalencia fue mayor (41,5%), la gripe siguió a esta situación (15,8%), el adenovirus (ADV) (9,8%), la IVP y el VSR (ambos 9,7%), la VOC (5,6%), el metapneumovirus humano (VPH) (5,5%) y el bocavirus humano (VHBo) (2,0%). El porcentaje de niños que perdieron la escuela o el cuidado de los niños se situó entre el 21,4% para el VHBo y el 52,1% para la gripe [8]. Hemos comparado los datos de los dos informes uno de 2003 [7] y el otro de 2017 [8] y hemos encontrado que los informes, a pesar de estar separados por 14 años, fueron similares, con la única excepción de HBoV, descubiertos en 2005 (Tabla 1), que discutimos más adelante. Feng et al. [9] describieron en detalle la distribución de los IRA causantes de hospitalización por grupo de edad: observaron que el VRS se observó predominantemente en los jóvenes y ancianos, y la gripe, aunque significativa en los jóvenes fue notablemente más predominante en los ancianos. Interesantemente observaron que la codetección de virus tendía a ocurrir con mayor frecuencia en los grupos de edad más jóvenes, especialmente en los menores de cinco años. Infecciones por rinovirus (el resfriado común) de la VHR, a menudo considerado trivial puede contribuir significativamente a faltar días de trabajo y escuela, aunque las infecciones son típicamente autolimitables [7]. Las infecciones por VFC a lo largo del año y en muchos casos, se manifiestan con síntomas como congestión nasal, rinorrea, estornudos, dolor de garganta y tos. Se sabe que la VFC es la causa principal de la IAR y un factor contribuyente grave en exacerbaciones de la enfermedad atópica, por ejemplo, asma, así como otras afecciones como la enfermedad pulmonar obstructiva crónica (EPOC) [10] [11] [12] [13]. Las infecciones por VFC están asociadas con implicaciones económicas significativas, además de ser un importante contribuyente a la sinusitis, otitis media, bronquitis y neumonía primaria [14] [15] [16]. La VFC es una causa considerable de morbilidad en grupos específicos de riesgo como los lactantes, los ancianos, inmunocomprometidos y, como ya se ha mencionado, enfermedades respiratorias crónicas como el asma, la EPOC y la fibrosis quística. En la actualidad, la VFC se considera la causa número uno de exacerbaciones del asma [15] [16] [17] [18] [19]. El asma es una enfermedad compleja, caracterizada por la inflamación crónica de las vías respiratorias, y un historial de síntomas respiratorios como sibilancia, dificultad para respirar, opresión torácica y tos. Con el tiempo estos síntomas pueden variar en su intensidad [20]. Cada año más de 300 millones de personas en todo el mundo se ven afectadas por el asma: aproximadamente 250.000 personas mueren como resultado. Muchas muertes se deben a cuidados médicos subóptimos a largo plazo y retrasos en la obtención de ayuda durante exacerbaciones graves de la enfermedad [21]. El modelo de desafío humano se ha utilizado para investigar la patogenicidad viral [22] [23] [24] [25] [26] y publicaciones recientes sobre el modelo de desafío asmático se han centrado en cómo el huésped asmático responde a la infección por VFC. Se está trabajando en la susceptibilidad al empeoramiento del asma inducido por virus [27, 28] la disregulación inmune innata [29] y la inducción de respuestas innatas y tipo 2 en las secreciones epiteliales nasales y bronquiales [30]. La patogénesis de la infección rinoviral, junto con otros IRA, en exacerbaciones de la enfermedad de las vías respiratorias, se ha investigado ampliamente. A pesar de trabajos previos de investigación sobre múltiples antivirales de pequeñas moléculas, como pleconaril que han sido probados utilizando tanto el modelo experimental de desafío como estudios de campo [35] [36], actualmente no hay tratamiento autorizado para infecciones por VFC Otros compuestos han sido probados contra la VFC, como Vapendavir (BTA798), que impidió la liberación de ARN viral en la célula diana y demostró una reducción de la carga viral máxima en el modelo HVC [38]. Un estudio posterior en asmáticos se completó y aunque no se publicó el compuesto tuvo un efecto limitado [39]. Pirodavir una molécula de unión capsid intranasal alcanzó ensayos clínicos de fase 3 para la prevención y tratamiento de la VFC en la década de 1990. Aunque el compuesto disminuyó la replicación viral y eliminación, no mostró una reducción significativa en la duración o gravedad de los síntomas [40, 41]. Un inhibidor de la proteasa, rupintrivir que previene la escisión de proteínas virales necesarias para la replicación fue probado en un ensayo de desafío de VFC. Rupintrivir fue bien tolerado y redujo la carga viral y los síntomas respiratorios [36]. Sin embargo, en estudios de infección natural, no afectó significativamente la carga viral ni la gravedad de los síntomas [42]. Tratamientos como los productos que contienen zinc ahora están ampliamente desacreditados como lo demuestra la retirada de un informe Cochrane y editorial JAMA [43] [44] [44]. El tratamiento actual de las infecciones por VFC consiste principalmente en medicamentos de venta libre (OTC) para controlar los síntomas. También no hay una vacuna autorizada, y si bien ha habido algún progreso en el desarrollo de vacunas multivalentes [46], el desarrollo en esta área se ve obstaculizado por el número total de serotipos que necesitan ser cubiertos (en A pesar de que la VFC está asociada con hasta el 50% de las exacerbaciones del asma en adultos y hasta el 80% de las exacerbaciones de la niñez, no existen terapias asmáticas específicas de la VFC [34]. A medida que mejor comprendemos la interacción entre el virus y el huésped, nuevas terapias como los anticuerpos monoclonales (anti-IgE [omalizumab] y anti-IL-5 [mepolizumab]) junto con pequeñas moléculas dirigidas cuidadosamente a vías de señalización inmunológica específicas, el tratamiento profiláctico específico de la VFC puede volverse práctico [47] [48] [48] [49] [50]. Para evitar exacerbaciones, el diseño de nuevos tratamientos podría mejorar la eficacia tanto actuando directamente para inhibir la replicación viral como aliviando los síntomas del asma y la EPOC [51]. El virus de la gripe es un patógeno humano bien conocido y puede causar morbilidad y mortalidad En 2009, el primer virus pandémico del siglo XXI hospitalizó entre 195.000 y 403.000 en Estados Unidos, lo que resultó en 8.870 y 18.300 muertes a mediados de 2010 [52]. Un análisis global agrupado de la Organización Mundial de la Salud (OMS) de 70.000 pacientes con pandemia de H1N1 hospitalizados confirmados en laboratorio de 19 países reveló que de los 9.700 pacientes ingresados en unidades de cuidados intensivos murieron 2.500, y que la obesidad mórbida podría ser un factor de riesgo para la hospitalización y/o la muerte [52]. La obesidad se confirmó como un factor asociado con una mayor probabilidad de ingreso al hospital en pacientes infectados con gripe [53]. La pandemia de 2009 se consideró leve. Sin embargo, se observó la curva clásica de distribución de la edad en forma de W de infección para un virus pandémico, es decir, una alta mortalidad en los más jóvenes y los mayores, La pandemia, al igual que los brotes anteriores, se produjo en oleadas sucesivas, pero a pesar de las políticas nacionales que favorecen el uso de medicamentos antivirales, pocos pacientes los recibieron antes de su ingreso en el hospital, y muchos recibieron antibióticos [54]. La falta de eficacia real o percibida de los antivirales actualmente disponibles en el mundo real conduce al uso excesivo de antibióticos y a los problemas posteriores que pueden surgir [55] [56]. La morbilidad y mortalidad estacional anual de la gripe resulta en hospitalización y muerte principalmente entre los grupos de alto riesgo. Se estima que cada año las epidemias de gripe estacional producen entre 3 y 5 millones de casos de enfermedad grave y entre 290.000 y 650.000 muertes en todo el mundo [58]. En los primeros países del mundo / industrializados, la mayoría de las muertes asociadas con la gripe ocurren entre las personas de 65 años o más [59]. En muchos países, las clínicas El virus en sí mismo ha sido bien caracterizado, y las dos proteínas superficiales, la hemaglutinina (HA) y la neuraminidasa (NA) son importantes tanto en el desarrollo de la vacuna como en el antiviral [61]. Los efectos de las epidemias estacionales de gripe en los países en desarrollo no son plenamente conocidos, pero la investigación estima que el 99% de las muertes en niños menores de 5 años de edad con infecciones de las vías respiratorias inferiores relacionadas con la gripe se encuentran en los países en desarrollo [59, 62]. Actualmente existen vacunas y antivirales para la prevención y el tratamiento de la gripe, pero ambas tienen limitaciones de eficacia debido a la rápida evolución del virus a medida que muta anualmente y a la repentina aparición inesperada de cepas pandémicas de gripe. En particular, el fracaso de la vacuna a lo largo de la temporada invernal de 2014-2015, donde la eficacia global ajustada fue del 23% [intervalo de confianza del 95% 14, 31] [63] es memorable. En un año de desajuste, la tasa de mortalidad aumenta en las poblaciones de mayor riesgo [64, 65]. El problema de asegurar que la vacuna estacional se ajuste correctamente a la próxima cepa circulante pone de relieve la necesidad de un rápido desarrollo de vacunas interestacionales/universales y también la necesidad de una forma de probar su eficiencia de forma rápida y precisa antes de que se inicie la larga y costosa producción en masa que lleva muchos meses [66, 67]. Existen fármacos antivirales de los que actualmente se utiliza más comúnmente el inhibidor de la NA oseltamivir. Esto es activo contra todos los subtipos conocidos de gripe de la NA, y por lo tanto se asumiría contra todas las cepa Pueden tener un efecto decreciente con la aparición de cepas de gripe resistentes en las que la proteína NA cambia evitando la unión eficiente a oseltamivir y por lo tanto su capacidad para inhibir la actividad esencial de la NA viral. Por ejemplo, una mutación genética conocida como 'H275Y'a sustitución de la histidina por tirosina en la posición NA 275 -confiere una ventaja evolutiva para el virus incluyendo la gripe H1N1 2009 [68]. Durante la temporada de gripe 2013-2014, 59 (1,2%) de 1.811 aislados de virus de influenza A(H1N1) pdm09 en 20 de 50 estados de EE.UU. tuvieron la sustitución de resistencia a oseltamivir H275Y. No hubo aislados resistentes a zanamivir [69]. Aunque los estudios en animales han demostrado una transmisión limitada de virus mutantes [70, 71], se cree que el aumento de la resistencia a oseltamivir puede deberse a la transmisión comunitaria [72, 73] en lugar de la mutación H275Y que se fija en el genoma viral. La revisión sistemática y el metaanálisis sistemáticos sistemáticos de los datos publicados a partir de 2000 llegaron a la conclusión de que la mayoría de las muertes infantiles asociadas al VRS se producen especialmente en lactantes prematuros y en lactantes de hasta 1 año de edad [62, 74]. Una vacuna materna eficaz contra el VRS o anticuerpo monoclonal podría tener un efecto sustancial en la carga de la enfermedad en este grupo de edad [75]. El anticuerpo monoclonal específico del VRS palivizumab está aprobado para la prevención de la IRR grave causada por el VRS en lactantes susceptibles. El beneficio económico en un entorno sanitario del Un estudio de cohorte de un solo centro en 22 lactantes no mostró diferencias en los resultados del tratamiento para pacientes que recibían palivizumab en comparación con pacientes que sólo recibían tratamiento "estándar de atención" [77]. A pesar de la falta de evidencia para el beneficio clínico, los datos post-licensure apoyan el uso de palivizumab para reducir las hospitalizaciones asociadas al VRS en lactantes prematuros menores de 33 semanas y en niños con enfermedades pulmonares y cardíacas crónicas [78]. Es importante destacar que el virus mutante resistente al palivizumab rara vez se ha aislado en especímenes clínicos [79]. El tratamiento con RSV ribavirina se limita debido a la dificultad con el suministro de aerosoles, el costo y el daño potencial para los trabajadores sanitarios, a pesar de que el tratamiento no declarado de los pacientes inmunocomprometidos ha tenido un éxito razonable. A pesar del llamado al desarrollo acelerado de estrategias de prevención y tratamiento para una vacuna RSV efectiva para niños [81], la investigación se ha estancado durante décadas desde la muerte en la década de 1960 de dos sujetos en un estudio clínico. Estos sujetos fueron infectados con una infección RSV adquirida por la comunidad después de recibir la vacuna candidata a RSV formalin inactivada y alumcipitada por los Institutos Nacionales de Salud de los Estados Unidos (NIH). A diferencia de la gripe para la que las vacunas hasta la fecha han demostrado ser moderadamente eficaces pero que necesitan mejora, las vacunas RSV requieren una investigación sustancialmente mayor. Actualmente no hay una vacuna autorizada para RSV; la vacuna candidata más avanzada recientemente no ha demostrado eficacia en un estudio de campo [82]. Se requieren tratamientos eficaces con urgencia. El RSV es, incluso entre los profesionales de la salud, considerado una enfermedad infantil y otros confundadores han oscurecido la comprensión de las El VRS es mal entendido como una enfermedad en ancianos [83], y si bien la morbilidad y mortalidad en niños son de importancia, se ha demostrado claramente que el VRS tiene una carga de salud comparable a la gripe en ancianos [84]. Como ejemplo, se realizó un estudio reciente en pacientes adultos (≥18 años) ingresados en un servicio de urgencias con sospecha de IRA durante 2013-2015 (N = 3743), se utilizó PCR multiplex para diagnosticar la causa de la infección respiratoria. Se identificaron 87 pacientes con VRS. Se utilizó un grupo comparador con gripe (n = 312). Basado en una variable de mortalidad de 20 días por todas las causas, los pacientes adultos tenían menos probabilidades de ser diagnosticados con VRS que con gripe (2.3 vs 8,3%, respectivamente), también eran mayores, a menudo diagnosticados con neumonía, EPOC, hipoxemia y coinfección bacteriana. La infección por VRS en las personas de edad avanzada se asoció significativamente con un mayor riesgo de muerte que la gripe estacional, ajustada por posibles confusiones y comorbilidades. [85] La importancia clínica de las coinfecciones virales/bacterianas ha sido un tema controvertido desde hace mucho tiempo. Si bien la neumonía bacteriana grave tras la infección por gripe ha sido bien descrita, las asociaciones son menos claras entre las infecciones causadas por virus comunes en niños pequeños; las infecciones secundarias debidas a otros virus son menos comprendidas y han sido revisadas por otros [86]. Aunque la evaluación de la contribución global de las bacterias a la gravedad de la enfermedad se complica por la presencia de muchos factores de confusión en los estudios clínicos, la comprensión del papel de las coinfecciones virales/bacterianas en la definición del resultado de la IRA pediátrica puede revelar estrategias nuevas de tratamiento y prevención, mejorando los resultados de los pacientes [33, [86 En una publicación reciente (2017) se consideró el papel de la colonización bacteriana con Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae y Moraxella catarralis durante la infección respiratoria superior vírica sintomática y asintomática en la nasofaringe de niños de 4 a 7 años de edad durante la URI y cuando bien. Utilizando una PCR multiplex, se detectó el virus en cerca del 80% de las infecciones del tracto respiratorio superior (URI) en los niños y también se puede detectar en la nasofaringe del 30% de los niños asintomáticos. Los "niveles" de las tres bacterias fueron más altos durante las visitas agudas de URI en comparación con las visitas de vigilancia asintomáticas de los niños. Sin embargo, cabe señalar que incluso durante las visitas de seguimiento asintomáticas, si el virus estaba presente, todas las bacterias se detectar [8] reportan la incidencia de HBoV después de su identificación en 2005 de las muestras de vías respiratorias de niños, como un patógeno respiratorio importante en los niños. Sin embargo, el papel de este virus por sí solo como patógeno de significación fue inicialmente poco claro, la coinfección con otros virus o bacterias fue común y confuso. Moesker et al. [97] estudiaron si el HBoV solo podía causar infecciones respiratorias agudas en los niños. Utilizando la secuenciación de la próxima generación (NGS), pudieron excluir las coinfecciones entre los ingresados en la unidad de cuidados intensivos y estudiaron las cargas virales del HBoV. De los 990 niños que dieron positivo para un virus respiratorio por RT-PCR, HBoV y RSV fueron detectados en 178 y 366 de los niños respectivamente. Cuarenta y nueve pacientes positivos del HBoV y 72 pacientes positivos del RSV fueron ingresados en la Siete casos infectados por HBoV con IAR grave no tuvieron ninguna otra coinfección (7/49, 14%). Es importante destacar que estos niños no tenían otro virus detectable determinado por el SGN altamente sensible. Además, tenían cargas de HBoV mucho más altas que otros pacientes positivos para el VHBo, es decir, aquellos con una coinfección. Aunque pequeño, este estudio proporciona un fuerte apoyo que HBoV puede causar IAR grave en niños sin coinfecciones virales y bacterianas. Historia del modelo de desafío viral humano Desde que Sir Edward Jenner realizó el primer estudio documentado de HVC con viruela el 14 de mayo de 1796 la utilidad de tales estudios ha sido evidente [98]. Más de un siglo más tarde, Sir Christopher Andrews regresó de los EE.UU. en 1931 había observado el uso de chimpancés en el estudio de la gripe. El financiamiento para un trabajo similar en el Reino Unido fue insuficiente, y por lo tanto Sir Christopher inscribió estudiantes del Hospital de St Bartholomew en Londres. Explicó que lo mejor sería un estudiante de "Bart" como "eran más baratos que los chimpancés". Más de 100 estudiantes se matricularon inmediatamente, pero continuaron sus estudios y no fueron aislados de la misma manera que los chimpancés habían estado en los EE.UU. [99]. Desafortunadamente los investigadores creían que los síntomas observados pueden no haber sido debido al virus del desafío, pero otras infecciones respiratorias adquiridas en la comunidad, confundiendo así los estudios. Un año más tarde el Consejo de Investigación Médica del Reino Unido (MRC) terminó el trabajo. Después de la conclusión de la Segunda Guerra Mundial, la retirada de las tropas estadounidenses del Reino Unido dejó la unidad de campo de la Cruz Roja Americana 'Harvard Hospital' en la llanura Salis El hospital se convirtió en la Unidad de Frío Común (CCU) dirigida por el Dr. David Tyrell, desde 1946, los voluntarios fueron inoculados infundiendo pequeñas cantidades del virus en sus narices [100]. La CCU albergó voluntarios sanos en relativo aislamiento de otras personas, reduciendo así el riesgo de contacto con fuentes de infección adquiridas por la comunidad o de que pasaran el virus a miembros del público. La unidad fue finalmente cerrada en 1989; durante cuatro décadas de investigación, atrajo a 20.000 voluntarios. Su investigación contribuyó a una mejor comprensión de los virus respiratorios, el ciclo vital viral, las posibles vacunas [101] así como el primer compuesto antiinfluenza autorizado amantadina [102]. El uso de voluntarios sanos en el modelo HVC proporcionó, y aún ofrece, una oportunidad única para describir el ciclo vital viral. Los investigadores conocen con certeza el tiempo de infección, la eliminación de virus nasales se puede medir, los síntomas se registran prospectivamente, y los participantes se seleccionan con baja inmunidad preexistente al virus del desafío para asegurar una tasa de infección estadísticamente significativa con un pequeño número de voluntarios. Así, tales estudios pueden maximizar los datos de seguridad y eficacia obtenidos, minimizando el riesgo de estudio de voluntarios y financiación limitada de la investigación. Aunque el IgG sérico, para el virus de la gripe, se midió tradicionalmente a través del ensayo de HAI, ya que los criterios de entrada para los voluntarios en los estudios, los ensayos de microneutralización se utilizan para RSV y HRV. Otro trabajo sugiere que la detección de anticuerpos a la proteína superficial de la gripe NA debe considerarse [103] o respuestas de células T a proteínas internas [104]. Estos estudios contribuyeron al desarrollo significativo de los nuevos inhibidores de la NA durante la década de 1990, incluyendo el fármaco inhalado zanamivir y el fármaco disponible por vía oral oseltamivir [105] [107] [108] [108] [109] [119] [112] [113] [113]. Sin embargo, también continuaron los estudios en el Reino Unido, específicamente en la Universidad de Southampton, que realizó un trabajo importante en voluntarios atópicos, demostrando que tenían resfriados más graves cuando se les retaba experimentalmente con rinovirus, que con controles no atópicos [115]. El virus experimental de la gripe A/Texas H1N1 que se utilizó con éxito durante la década de 1990 estuvo implicado en el desarrollo de miocarditis en un sujeto infectado experimentalmente, aunque nunca se demostró una relación causal [116]. La mayoría, si no todos, los virus de desafío se fabrican de acuerdo con el estándar Good Manufacturing Practice (GMP). Aunque la inoculación nasal controlada difiere de la infección natural en la que la exposición a cantidades variables del virus puede ocurrir en varios sitios de la mucosa - el modelo desarrollado de HVC utilizado en estudios de desafío imita la enfermedad natural en la medida de lo posible [25, 117, 118]. Hemos descrito la producción de un nuevo stock de GMP de virus utilizando un aislamiento de HRV-16 de una voluntaria sana infectada experimentalmente de 18 años, proporcionado por colegas de la Universidad de Hospital Infantil de Virginia, EE.UU.. Es importante destacar que la muestra clínica se proporcionó con el historial médico apropiado y el consentimiento del donante. Fabricamos este nuevo stock de HRV-16 por el paso mínimo en una línea celular WI-38, para reducir el riesgo de mutaciones durante el proceso Good Manufacturing Después de haber sometido primero el stock a rigurosas pruebas de agentes adventicios y determinar la idoneidad del virus para el uso humano, hemos realizado un estudio clínico inicial de "seguridad y patogenicidad" en voluntarios adultos en una instalación de cuarentena clínica especializada en Londres [118]. Nuestro grupo inició estudios de CVH en el Reino Unido en 2001, y desde entonces hemos realizado múltiples estudios con más de 2.500 voluntarios inoculados con gripe, virus respiratorio sincitial (RSV) o rinovirus humano (HRV), y hemos proporcionado numerosas pruebas de concepto [119] [112] [121]. El modelo de desafío viral humano: acortar la vía de desarrollo de fármacos para la infección por IRAs Influenza, VRS y VHR tienen una sintomatología similar, pero esto difiere en gravedad y predominio de síntomas superiores, inferiores o sistémicos como ha sido descrito por el Centro para el Control de Enfermedades [122]. Sin embargo, no es fácil diagnosticar entre las diferentes etiologías de las IRA, y se necesitan mejores diagnósticos [123]. Los síntomas son comunes a cada infección y se manifiestan en un gradiente. Generalmente, pero lejos de siempre, la infección por gripe es más probable que resulte en que un paciente se sienta tan mal como para tomar a su cama y tener una fiebre, que el VRS, una VFC, una VOC u otra infección común por virus del frío, durante la cual la vida diaria suele ser menos afectada. Existen diversos modelos animales para investigar virus respiratorios como la gripe [124] [125] [126], el VSR [127] [128] [130] [133] [133] [135] [135] [135] [137] [137] [137], la VHR [22, [138] [139] [139] [140]. Ningún animal ofrece una plataforma para todos los virus respiratorios que infectan a los seres humanos, y existen diferentes modelos animales para el mismo virus, que pueden dar resultados diferentes, a menudo contradictorios. Además, los principios de las 3R (Reemplazo, Reducción y Refinamiento) se desarrollaron hace más de 50 años para proporcionar orientación y garantizar la investigación animal humana. Con el tiempo se han convertido en legislación/regulación nacional e internacional. Las políticas de las organizaciones que financian o llevan a cabo la investigación animal incluyen estos principios como parte de la condición de la financiación [141]. La sintomatología compartida de virus respiratorios requiere una única plataforma de investigación estándar que se puede utilizar para evaluar la patogénesis de enfermedades respiratorias y la eficacia de los candidatos terapéuticos. El uso de una instalación de aislamiento de 24 dormitorios en suite dedicada, construida específicamente, en la que los voluntarios cuidadosamente analizados pueden ser inoculados con seguridad con virus de desafío y monitoreados intensivamente puede ayudar a reducir el uso de animales al tiempo que proporciona una única plataforma de investigación consistente con terminales evaluables estandarizados para la investigación de virus respiratorios. Además, hemos utilizado una tarjeta de diario estandarizada en nuestros estudios, que permite comparar los síntomas que cada virus causa y la eficacia de la terapia que se está probando. Hemos incluido una copia de la tarjeta de diario en el archivo adicional 1.Es difícil evaluar la eficacia de una terapia antiviral específica "en el campo" debido a la presencia de coinfecciones comunitarias circulantes de diferente etiología microbiana.El modelo HVC permite la oportunidad de estudiar un virus en aislamiento.Los estudios de HVC y estudios de campo son estratos de investigación complementarios necesarios para el desarrollo de terapias 1 ) se administra a voluntarios sanos una terapia de investigación ya sea antes (ensayos de profilaxis) o después (ensayos de tratamiento) de inoculación con la cepa de desafío específica del virus. Los virus utilizados en el modelo HVC no se atenúan y producen síntomas consistentes con ARA clínicamente observada [25, 117, 118]. Cada virus se propaga bajo condiciones de GMP, con un número mínimo de pasajes de los aislados a las poblaciones de desafío [118, 142]. Las pocas mutaciones que ocurren dentro del virus se seleccionan rápidamente debido a un cuello de botella genético, con la consecuencia de que el virus en el huésped humano se considera de tipo salvaje [143]. La similitud entre el virus recuperado del huésped inoculado y la cepa de referencia del virus del iniciador proporciona la garantía de que el proceso de enfermedad del modelo está estrechamente alineado con la cepa de virus de referencia y no Un modelo como el HVC permite la evaluación rápida de nuevas terapias. El modelo abrevia las fases de desarrollo clínico preclínico y temprano al proporcionar una mejor comprensión de la interacción inicial del huésped y patógeno y tiene el potencial de hacer las vacunas y medicamentos necesarios más rápidamente disponibles que los enfoques tradicionales de desarrollo de otro modo podría. La reducción de la vía de desarrollo tradicional a través del uso temprano de un estudio Test of Concept (PoC) que incorpora el modelo HVC (Fig. 2) proporciona variables evaluables esenciales. A diferencia de los estudios convencionales de fase 1, que rara vez incluyen una evaluación de la eficacia, casi todos los estudios de HVC incluyen variables de eficacia evaluables como la reducción de la carga viral del AUC (principalmente recuperada de muestras del tracto respiratorio superior como lavado nasal o torunda nasofaríngea), síntomas auto-reportados voluntarios, puntuación de síntomas pico, puntuación total de síntomas, entre otros. Los datos de seguridad y farmacodinámica (PC) y farmacodinámica (PD) resultantes en condiciones controladas, orientan las decisiones sobre si avanzar o no a los estudios de campo, proporcionando un conjunto de datos más valioso inmediatamente después, o incluso como parte del estudio de seguridad de la fase 1 convencional. El modelo HVC también abre una ruta de desarrollo diferente junto con la fase 1 tradicional, permitiendo el progreso rápido a los estudios de fase 2b impulsados estadísticamente que generarán los datos de eficacia necesarios para apoyar la concesión de licencias, al tiempo que proporcionan datos de seguridad adecuados. La guía de la FDA sobre el desarrollo de terapias contra la gripe [144] establece que los ensayos de desafío no pueden sustituir a los ensayos de eficacia (fase 2). Las directrices indican que los ensayos de desafío pueden proporcionar información útil sobre la respuesta a la exposición y la seguridad, así como una oportunidad de demostrar la actividad antiviral farmacológica en seres humanos en condiciones controladas fuera de la Específicamente, los datos de los ensayos de desafío pueden contribuir a la selección de dosis para los ensayos de fase 2b y fase 3, y proporcionar la oportunidad de explorar los efectos de diferentes momentos de inicio del fármaco en relación con la exposición al virus..." Los refinamientos de los ensayos de desafío están cerrando la brecha entre el modelo de infección experimental y el entorno natural de la infección. La duración del estudio de HVC de varias semanas es menor que un estudio de fase 2 basado en el campo que espera un brote natural del virus y cuya duración puede ser de varios meses/años. Estos estudios ahorran Fig. 1 El Modelo de Desafío Viral Humano. El estudio típicamente consiste en insumos, como los voluntarios, sus criterios de selección, aislamiento en cuarentena y exposición a un virus GMP. Hay dos opciones de tratamiento: una vacunación/profilaxis con un tratamiento antiviral o b con un antiviral. X es el número de días antes de la vacunación por exposición al virus puede ocurrir. Y es el número de días después de la exposición al virus que un voluntario puede ser seguido para el tiempo de desarrollo cuando la transición entre las fases está totalmente optimizada. Importantemente, a diferencia de los estudios tradicionales de fase 1b/fase 2, los estudios de HVC no dependen de un brote natural de infección, que puede ocurrir al azar, y para el cual el tiempo exacto de infección puede no ser evidente. Proporcionan variables evaluables, datos comparativos de PD y PK, junto con datos biomarcadores adicionales sobre el rendimiento del producto en humanos. Sin embargo, debe afirmarse que la mayoría de estos estudios matriculan a adultos jóvenes sanos que de otra manera implican que el resultado de la infección en el grupo placebo puede ser visto como leve a moderado, en cierta medida. La seguridad de los voluntarios debe seguir siendo la prioridad de los investigadores. El modelo de HRV/HVC puede ser una herramienta potente, no sólo para estudiar la infección y enfermedad por HRV, sino también para investigar los mecanismos de exacerbación en pacientes con enfermedad respiratoria crónica y realizar estudios de eficacia para nuevas terapias. Se ha demostrado que los estudios de desafío humano con HRV producen infección en más del 90% de los sujetos serológicamente susceptibles y dan lugar a un síndrome clínico comparable al reportado con resfriados naturales [145, 146]. Los síntomas suelen aparecer dentro de las 24 horas y máximo a las 48-72 horas después de la inoculación. El derrame de virus sigue un patrón similar al de sus síntomas. En los últimos tiempos, se han notificado varios cientos de inoculaciones de sujetos adultos y han establecido esto como un método seguro y eficaz para estudiar la enfermedad relacionada con HRV en sujetos sanos y asmáticos [145]. Estos estudios han proporcionado una base de conocimientos para seguir desarrollando el modelo experimental de VFC y proporcionar una herramienta controlada y útil para desarrollar nuevas terapias para las áreas de la enfermedad asociadas a la infección por VFC. Se necesitan urgentemente nuevos tratamientos para el asma y la EPOC, y los pequeños modelos animales de asma son poco predictivos de eficacia. La mayoría de los fármacos que son eficaces en estos modelos animales no se encuentran eficaces en etapas posteriores de desarrollo en humanos. Se necesitan modelos que sigan más de cerca las características clínicas del asma humana y la EPOC [32, [147] [148] [149] [150] [151] ]. Ya hemos descrito fármacos antivirales contra la gripe actuales que pueden acortar la enfermedad y reducir la gravedad de los síntomas si se toman lo suficientemente temprano después de la infección, y su uso profiláctico puede disminuir el riesgo de infección; su utilidad ha sido debatida sin embargo [152]. Las dos clases principales de fármacos antiinfluenza actualmente eficaces son los inhibidores de la NA, como el zanamivir (RelenzaTM), el oseltamivir (TamifluTM), el peramivir (RapivabTM) [153] y los inhibidores de la M2, aunque la resistencia al fármaco hace inutilizable esta clase [154]. Recientemente se ha utilizado ampliamente el modelo HVC para evaluar nuevas clases de compuestos antivirales contra la gripe, incluidos los anticuerpos monoclonales experimentales dirigidos a los epitopes dentro de la parte altamente conservada y expuesta de la superficie viral de la M2 Fig. 2 El papel del modelo HVC en la vía de desarrollo clínico. Prueba de corta duración de los estudios conceptuales, que incorporan el modelo HVC, típicamente incluyen un pequeño número de sujetos. La seguridad resultante y, en particular, los datos de eficacia pueden orientar con mayor precisión las decisiones sobre si exponer a un mayor número de sujetos a prometedores candidatos terapéuticos en estudios de campo que los datos de seguridad convencionales de la fase 1 por sí solos de otra manera podrían ser proteínas [155, 156] el tallo conservado de la HA [157] y fármacos antivirales de pequeña molécula que se dirigen a la polimerasa viral, por ejemplo favipiravir [158]. El modelo HVC permite la evaluación rápida de nuevos compuestos terapéuticos que pueden ser difíciles de evaluar en el campo, debido a la naturaleza de los grupos de "riesgo", por ejemplo pediatría. Específicamente, y dada la experiencia histórica descrita con vacunas RSV, es importante que el beneficio pueda demostrarse primero en una población sana. En el pasado, a diferencia de la gripe y la VHR, el modelo HVC no se ha utilizado habitualmente con Durante algún tiempo hemos querido reiniciar los estudios de HVC/RSV en la Universidad de Londres, los dos desafíos significativos que habían paralizado el desarrollo antiviral para RSV presentaron una necesidad de investigación considerable. En asociación con el laboratorio DeVincenzo de la Universidad de Tenessee y la compañía de biotecnología Alnylam, nos pusimos a diseñar posiblemente el primer estudio HVC/RSV. Alnylam fue pionero en el uso de interferencia de ARN (RNAi) que es un mecanismo natural que regula la expresión de proteínas y está mediado por pequeños ARNs interferentes (siRNA). Trabajando con ambos grupos, fabricamos un virus tipo A de RSV a GMP estándar y lo titulamos en 35 voluntarios humanos que dividimos en cinco grupos, cada uno de los cuales fue inoculado intranasalmente con aumento del título (3.0-5.4 unidades formadoras de placa de registro/ En general, en este nuevo modelo, el 77% de los voluntarios despojaron constantemente del virus. La tasa de infección, las cargas virales, la gravedad de la enfermedad y la seguridad eran similares entre las cohortes y no guardaban relación con la cantidad de VRS recibida. Los síntomas comenzaron poco después de la detección viral inicial, alcanzaron un máximo de gravedad cuando la carga viral alcanzó su punto máximo y disminuyeron lentamente a medida que declinaban las cargas virales. Concluimos que, independientemente del título administrado una vez establecidas las infecciones, la enfermedad motivó la carga viral. No se observaron eventos adversos relacionados con el virus [25]. Utilizando este nuevo modelo se llevó a cabo un estudio clínico de VCH y se demostró por primera vez que un ARNi tenía una actividad antiviral significativa frente a la infección por VRS humana, lo que estableció la primera prueba de concepto para un RNAi terapéutico en adultos humanos [ Un editorial en el American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine, describió la utilidad del modelo HVC/RSV diciendo: "Este modelo permite el estudio relativamente rápido y eficiente de nuevas terapias en humanos y ayuda a tomar decisiones críticas sobre si avanzar un producto en costosos ensayos humanos en poblaciones con mayor riesgo de enfermedad; niños, ancianos o pacientes inmunocomprometidos, lo que constituye un avance importante y bienvenido en el campo de la VRS." [81] Es notable que dos compuestos que tienen modos de acción distintos han sido evaluados recientemente utilizando el modelo HVC. ELAS analógico nucleósido de primera clase-008176, cuya eficacia fue demostrada por primera vez en el modelo HVC, está actualmente en evaluación en bebés hospitalizados [160, 161]. El ensayo HVC fue de diseño aleatorio, doble ciego, y estudiado adultos sanos inoculados con RSV Memphis 37B [ Un total de 62 participantes recibieron ALS-008176 o placebo durante cinco días después de la confirmación de la infección por VRS por PCR (ensayado dos veces al día después de la inoculación). La variable principal fue el área bajo la curva (AUC) para la post infección por carga viral. Se demostró un aclaramiento más rápido del VRS y una mayor reducción de la carga viral, con mejoras concomitantes en la gravedad de la enfermedad clínica, en los grupos tratados con ELS-008176 en comparación con el grupo placebo [160]. El muestreo intensivo permitió identificar rápidamente cualquier posible mutación asociada con resistencia. No se observaron mutaciones resistentes [160]. También se evaluó un inhibidor de la entrada del VRS, GS-5806, una segunda molécula, primera en su clase. Entre los 54 sujetos que recibieron tratamiento activo, menor carga viral, menor peso total de mucosidad y menor puntuación de síntomas del AUC fueron muy significativos Con base en estos datos del estudio de desafío, esta terapéutica también está progresando en estudios de campo potencialmente pivotales [162]. Un elemento esencial del diseño en ambos estudios fue el momento de la primera administración de la inoculación terapéutica del virus post-experimental; el momento fue dependiente de la detección del virus en muestras de lavado nasales después de la inoculación del virus de desafío mediante un ensayo rápido de PCR [163], en lugar de en un momento arbitrario. Posteriormente, el tratamiento se administró cada 12 horas. El tiempo cuidadoso de la dosis, en un punto clínicamente relevante de detección, contribuyó a los resultados positivos de ambos estudios. También se cree que al utilizar este modelo de "dosificación acelerada", mejor imitaba lo que ocurriría en un entorno clínico ya que se sabe que los síntomas aparecen poco después de la aparición del virus. El modelo HVC no se limita a compuestos antivirales nuevos, sino que también es importante para A diferencia de los estudios de campo, los estudios de HVC son herramientas útiles para evaluar las correlaciones de protección, vitales para el desarrollo de la vacuna [103, 104, 164]. Específicamente, se ha destacado la importancia de las respuestas humorales y celulares junto con la inmunidad preexistente de células T para otros virus respiratorios [104]. Una publicación reciente describe el uso del modelo de HVC para demostrar la eficacia de una nueva vacuna trivalente inactivada por proteosoma intranasal (P-TIV). En dos estudios separados, sujetos seleccionados que fueron naïve al virus A/Panamá/2007/1999 (H3N2) fueron dosificados por medio de aerosol nasal con uno de los tres regímenes de P-TIV o placebo. Juntos, los estudios evaluaron una o dos dosis, 15 μg o 30 μg, una sola vez o dos veces con 14 días de diferencia (1 x 30 μg, 2 x 30 μg, 2 x 15 μg) y los sujetos fueron desafiados con el virus A/Panamá/2007/1999 (H3N2). Las respuestas inmunitarias a los antígenos de la vacuna se midieron mediante el ensayo de inhibición de la hemaglutinación (HAI) y los anticuerpos del secretario de lavado nasal IgA (sIgA). La eficacia de la vacuna osciló entre el 58% y el 82%, comparable a las vacunas tradicionales. Los estudios también demuestran que la protección contra enfermedades asociadas con la evidencia de infección por gripe se correlacionaron significativamente con los títulos de HAI (p = 0,0003) y IgA mucosal (p ≤ 0,0001) Los niveles de HAI y sIgA estaban inversamente relacionados con las tasas de enfermedad. Estos estudios demostraron la eficacia de esta nueva vacuna intranasal y respondieron a algunas preguntas importantes sobre las verdaderas correlaciones de la protección contra la infección por gripe que ayudarán a impulsar el diseño futuro de la vacuna. Además de alcanzar sus objetivos principales, revelaron información valiosa sobre las correlaciones de la protección y ayudará, esperamos, al diseño futuro de la vacuna [164]. Una vacuna contra la gripe interestacional o universal es desesperadamente necesaria; salvará muchas vidas, ya sea en aquellos años inesperados cuando la composición recomendada no coincide, o cuando se produce una pandemia, como lo hizo en 2009. La importancia de la pandemia de 1918 [165, 166] lo deja muy claro; hasta 100 millones de personas murieron. Una vacuna universal es una vacuna que se puede preparar para lo inesperado, un virus que ocurre debido a la reasignación de genes virales de diferentes especies El modelo HVC es posiblemente la única manera de probar inicialmente tal vacuna universal. Un candidato universal podría generar una respuesta inmunitaria contra la proteína del canal iónico del virus altamente conservada M2, [167] [168] [169] [170], aunque no se ha demostrado que ninguna vacuna sea efectiva en este sentido; solo los anticuerpos monoclonales tienen, el modelo HVC mostró su eficacia [156]. Alternativamente, una vacuna puede dirigirse al tallo conservado de la proteína HA [104, 171], o provocar una respuesta de células T a las proteínas internas [172] [173] [174] [175]. Todas son posibilidades que han sido y pueden ser exploradas de manera más eficiente utilizando el modelo HVC. Aunque los estudios de HVC proporcionan PoC, los investigadores, como hemos demostrado, han utilizado estándares de diseño regulatorio típicos de estudios de eficacia en fases posteriores. Con el desarrollo de la tecnología molecular, ahora es posible refinar el análisis estadístico estratificando a los sujetos sobre la base de su perfil inmunológico. Por ejemplo, ahora es posible evaluar si un sujeto está llevando otros patógenos respiratorios conocidos (bacterias, virus, etc.) y si existe un posible impacto en el conjunto de resultados del voluntario. Los sujetos a menudo dan su consentimiento para un análisis adicional de sus muestras, lo que permite construir un valioso biobanco de muestras para más pruebas. Avanzando, estas muestras permitirán el uso del modelo HVC para entender más a fondo lo que sucede cuando un virus infecta a una persona. Vale la pena señalar que el modelo HVC no se limita al trabajo de PoC sobre agentes terapéuticos potenciales; también se está utilizando ampliamente para fines de investigación, sobre lo cual se pueden construir tratamientos mejorados para virus respiratorios. En los últimos años se ha utilizado para demostrar "firmas de conmutación de genes" que podrían formar parte de un diagnóstico que revelaría a los individuos infectados antes de que se conviertan en sintomáticos, en las primeras etapas de la infección; esto podría ser de vital importancia en el caso de una pandemia [176, 177]. Además, el modelo HVC se ha utilizado para permitir una comparación de la dinámica relativa de la enfermedad de diferentes virus respiratorios [24] y para proporcionar una mejor comprensión de la interacción del virus y el huésped humano [26, 178, 179]. El modelo HVC ha aumentado nuestra comprensión del ciclo de vida viral y la patogénesis de la enfermedad en un entorno estrechamente controlado utilizando un pequeño número de voluntarios. Cada voluntario está aislado unos de otros, y la comunidad en general, asegurando que la enfermedad en cuestión sea la única de interés. La aplicabilidad del virus utilizado para desafiar a los voluntarios en el modelo HVC a un El modelo HVC proporciona cierto conocimiento del carácter del virus; el momento exacto de la infección; la mensurabilidad del desprendimiento del virus nasal; el registro prospectivo de los síntomas y la preselección de los participantes para el reto viral que son sero-adecuados. Esto asegura que se alcance una tasa de infección estadísticamente significativa con el número mínimo de voluntarios, optimizando así la relación riesgo-beneficio que apoya la determinación de la eficacia terapéutica. El diseño del estudio de la CVH es el momento en que se administra la primera dosis del producto en investigación para determinar la eficacia óptima, no sólo en el propio estudio de desafío, sino en estudios clínicos en etapas posteriores y en el uso clínico final. El modelo HVC es una herramienta importante en el desarrollo de fármacos, en particular con respecto a las infecciones respiratorias agudas. Ayuda en la comprensión de la relación entre un virus y su huésped humano y ofrece el potencial para el desarrollo de diagnósticos en etapas tempranas. Contribuye a identificar nuevas áreas para la intervención terapéutica. Posiblemente, y posiblemente, más importante, puede asegurar que los escasos recursos médicos se dirijan hacia el desarrollo clínico en etapas posteriores de una manera basada en la evidencia, y se priorizan oportunidades terapéuticas prometedoras. Un proceso de diseño cuidadoso y específico del estudio es un paso crucial hacia el resultado exitoso de un ensayo de desafío, ya que casi todos los parámetros pueden ser controlados o al menos conocidos (ya sea antes o después del hoc). Además, los resultados de estos ensayos pueden ser utilizados para tomar decisiones comerciales y pueden conducir a publicaciones importantes, ampliando la comprensión colectiva de la comunidad científica. Muestras de tales experimentos son de inmenso valor para los investigadores para la comprensión de los mecanismos de interacción del huésped y el desarrollo y validación de la terapéutica. La utilización de datos históricos recopilados consistentemente de estudios de HVC informa sobre el diseño preciso y la potencia de estudios posteriores. Los estudios de HVC han tenido éxito en proporcionar pruebas de concepto para vacunas de ADN, vacunas de células T, vacunas intranasales, anticuerpos monoclonales y pequeñas moléculas contra una gama de importantes virus respiratorios. También es alentador ver que el modelo de HVC se está expandiendo ahora a más poblaciones de pacientes, como ancianos, asmáticos y aquellos con otras enfermedades como la enfermedad pulmonar obstructiva crónica. Un archivo en expansión de datos de estudios anteriores es un activo inestimable para ayudar en la selección de voluntarios, decidir los puntos finales apropiados y refinar futuros diseños de estudios de campo. Esto permite una investigación más segura, estadísticamente sana y más rápida. redactó la versión inicial de este manuscrito con el autor RLW. hVIVO fue responsable de la gestión general de este trabajo y verificó la exactitud de los datos hVivo quisiera agradecer a los voluntarios sin cuyo altruismo los estudios de desafío viral humano realizados en hVivo durante muchos años no hubieran sido posibles. El trabajo, incluyendo los servicios de escritura médica profesional para la preparación de este manuscrito, fue totalmente financiado por hVivo Services Limited, el empleador de todos los autores. Autor RLW concibió la estrategia para este artículo. Autor RLW y la escritora médica profesional Samina Hamilton redactaron el artículo (ver 'Agradecimientos'). Autores RLW y AG revisaron críticamente el artículo completo para un contenido intelectual importante. Autores RLW y AG tenían plena autoridad sobre la elección de la revista y aprobaron el artículo final. Autor RLW es un garante del artículo y asume la responsabilidad general de esta publicación. Todos los demás autores contribuyeron a la redacción y revisión de este manuscrito. Todos los autores declaran que son empleados de hVivo y, como tales, han proporcionado o prestan servicios de investigación clínica profesional ética a clientes académicos, biotecnológicos o farmacéuticos. Una patente (solicitudes de patente 14/366602 (US) 12813946.6 (EP) está en marcha en relación con la utilización específica del modelo HVC. Esto no altera la adhesión de los autores a la Sociedad Internacional de Profesionales de Publicaciones Médicas (ISMPP) 'Buena Práctica Publicacional para Comunicar la Investigación Médica Patrocinada por la Compañía: GPP3'.

¿Cuál es la etiología primaria de la infección respiratoria aguda?

El modelo de desafío viral humano: acelerar la evaluación de los antivirales respiratorios, vacunas y diagnósticos novedososhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6013893/SHA: f13c88733ea45be9923a282dfd42f8c277c187cAutores: Lambkin-Williams, Rob; Noulin, Nicolas; Mann, Alex; Catchpole, Andrew; Gilbert, Anthony S.Fecha: 2018-06-22DOI: 10.1186/s12931-018-0784-1Licencia: cc-byAbstract: El modelo Human Viral Challenge (HVC) ha ayudado, durante muchas décadas, en la comprensión de los virus respiratorios y su papel en la patogénesis de enfermedades. En un entorno controlado con un pequeño número de voluntarios retirados de la exposición comunitaria a otras infecciones, este modelo experimental permite realizar pruebas de trabajo conceptual sobre nuevas terapias, incluyendo vacunas, inmunomoduladores y antivirales, así como nuevos diagnósticos.Crucialmente, a diferencia de los estudios convencionales de fase 1, los estudios de desafío incluyen variables de eficacia evaluables que luego orientan las decisiones sobre cómo optimizar los estudios de campo posteriores, como recomienda la FDA y, por lo tanto, los estudios de licencia que siguen.Esta estrategia optimiza el beneficio de los estudios e identifica posibles amenazas tempranas, minimizando el riesgo para los voluntarios posteriores, pero también maximizando el beneficio de los escasos recursos disponibles para el grupo de investigación que invierte en la investigación. Inspirado en los principios de las 3R (Reemplazo, Reducción y Refinamiento) que se aplican comúnmente en la fase preclínica, los estudios de CVV permiten el refina La amplitud de los datos generados a partir de estudios de desafío permite la exploración de una amplia gama de variables y puntos finales que luego pueden ser llevados a través de estudios pivotales de fase 3. Describimos la carga de la enfermedad para las infecciones virales respiratorias agudas para las cuales las estrategias de desarrollo convencionales actuales no han producido terapias que satisfagan las necesidades clínicas. Los autores describen la utilidad del modelo HVC para aumentar la comprensión científica y progresar en terapias prometedoras a través del desarrollo. También se discute la contribución del modelo a la dilucidación de la interacción virus-anfitrión, tanto en lo que respecta a la patogenicidad viral como a la respuesta inmunológica del cuerpo, junto con su utilidad para ayudar en el desarrollo de diagnósticos novedosos. También se exploran las futuras aplicaciones del modelo. Texto: Las infecciones respiratorias agudas (ARI) se manifiestan como infecciones del tracto respiratorio superior (URI) o inferior (IRL) y pueden moverse entre los dos compartimentos; las IRA representan las enfermedades infecciosas más comunes y son predominantemente de etiología viral. La carga global de la IRA es considerable, con una morbilidad y mortalidad significativas en niños, ancianos e inmunocomprometidos [1]. Sólo en el Reino Unido durante el período 2014-2015, las enfermedades respiratorias causaron unas 15.800 muertes invernales excesivas [2]. En los Estados Unidos, la gripe y el virus sincitial respiratorio (RSV) causan una mortalidad sustancial, especialmente entre las personas de 65 años y más [3]. Sin embargo, aunque las muertes en el mundo industrializado son ampliamente reportadas, los países en desarrollo sienten la carga particularmente; de un estimado de 1,9 millones de muertes infantiles por IRA en 2000, el 70% de esas muertes ocurrieron en África y Asia sudoriental La Cumbre del Milenio celebrada en las Naciones Unidas en 2000 dio lugar al establecimiento de los Objetivos de Desarrollo del Milenio. Un estudio informó de los progresos realizados en el logro de esos objetivos en 40 países en desarrollo; concluyó que la prevalencia de la IRA era del 13%, el gasto en salud y el producto interno bruto per cápita están directamente asociados con la prevalencia de la enfermedad [5]. La heterogeneidad viral asociada a las IRA está bien establecida [6]. En el pasado, el rinovirus humano (VDH) se ha identificado como el virus más frecuentemente asociado a las enfermedades respiratorias con un promedio del 30-50% de infecciones anuales, y hasta el 80% de las infecciones respiratorias superiores durante los brotes de otoño [7]. Más recientemente, una evaluación de la enfermedad en 6.266 niños menores de 10 años en Australia, Asia Sudoriental y América Latina hizo hincapié tanto en la heterogeneidad viral como en el impacto de la IRA. De los 2.421 niños que experimentaron 3.717 episodios individuales de enfermedad similar a la gripe (III), la prevalencia fue mayor (41,5%), la gripe siguió a esta situación (15,8%), el adenovirus (ADV) (9,8%), la IVP y el VSR (ambos 9,7%), la VOC (5,6%), el metapneumovirus humano (VPH) (5,5%) y el bocavirus humano (VHBo) (2,0%). El porcentaje de niños que perdieron la escuela o el cuidado de los niños se situó entre el 21,4% para el VHBo y el 52,1% para la gripe [8]. Hemos comparado los datos de los dos informes uno de 2003 [7] y el otro de 2017 [8] y hemos encontrado que los informes, a pesar de estar separados por 14 años, fueron similares, con la única excepción de HBoV, descubiertos en 2005 (Tabla 1), que discutimos más adelante. Feng et al. [9] describieron en detalle la distribución de los IRA causantes de hospitalización por grupo de edad: observaron que el VRS se observó predominantemente en los jóvenes y ancianos, y la gripe, aunque significativa en los jóvenes fue notablemente más predominante en los ancianos. Interesantemente observaron que la codetección de virus tendía a ocurrir con mayor frecuencia en los grupos de edad más jóvenes, especialmente en los menores de cinco años. Infecciones por rinovirus (el resfriado común) de la VHR, a menudo considerado trivial puede contribuir significativamente a faltar días de trabajo y escuela, aunque las infecciones son típicamente autolimitables [7]. Las infecciones por VFC a lo largo del año y en muchos casos, se manifiestan con síntomas como congestión nasal, rinorrea, estornudos, dolor de garganta y tos. Se sabe que la VFC es la causa principal de la IAR y un factor contribuyente grave en exacerbaciones de la enfermedad atópica, por ejemplo, asma, así como otras afecciones como la enfermedad pulmonar obstructiva crónica (EPOC) [10] [11] [12] [13]. Las infecciones por VFC están asociadas con implicaciones económicas significativas, además de ser un importante contribuyente a la sinusitis, otitis media, bronquitis y neumonía primaria [14] [15] [16]. La VFC es una causa considerable de morbilidad en grupos específicos de riesgo como los lactantes, los ancianos, inmunocomprometidos y, como ya se ha mencionado, enfermedades respiratorias crónicas como el asma, la EPOC y la fibrosis quística. En la actualidad, la VFC se considera la causa número uno de exacerbaciones del asma [15] [16] [17] [18] [19]. El asma es una enfermedad compleja, caracterizada por la inflamación crónica de las vías respiratorias, y un historial de síntomas respiratorios como sibilancia, dificultad para respirar, opresión torácica y tos. Con el tiempo estos síntomas pueden variar en su intensidad [20]. Cada año más de 300 millones de personas en todo el mundo se ven afectadas por el asma: aproximadamente 250.000 personas mueren como resultado. Muchas muertes se deben a cuidados médicos subóptimos a largo plazo y retrasos en la obtención de ayuda durante exacerbaciones graves de la enfermedad [21]. El modelo de desafío humano se ha utilizado para investigar la patogenicidad viral [22] [23] [24] [25] [26] y publicaciones recientes sobre el modelo de desafío asmático se han centrado en cómo el huésped asmático responde a la infección por VFC. Se está trabajando en la susceptibilidad al empeoramiento del asma inducido por virus [27, 28] la disregulación inmune innata [29] y la inducción de respuestas innatas y tipo 2 en las secreciones epiteliales nasales y bronquiales [30]. La patogénesis de la infección rinoviral, junto con otros IRA, en exacerbaciones de la enfermedad de las vías respiratorias, se ha investigado ampliamente. A pesar de trabajos previos de investigación sobre múltiples antivirales de pequeñas moléculas, como pleconaril que han sido probados utilizando tanto el modelo experimental de desafío como estudios de campo [35] [36], actualmente no hay tratamiento autorizado para infecciones por VFC Otros compuestos han sido probados contra la VFC, como Vapendavir (BTA798), que impidió la liberación de ARN viral en la célula diana y demostró una reducción de la carga viral máxima en el modelo HVC [38]. Un estudio posterior en asmáticos se completó y aunque no se publicó el compuesto tuvo un efecto limitado [39]. Pirodavir una molécula de unión capsid intranasal alcanzó ensayos clínicos de fase 3 para la prevención y tratamiento de la VFC en la década de 1990. Aunque el compuesto disminuyó la replicación viral y eliminación, no mostró una reducción significativa en la duración o gravedad de los síntomas [40, 41]. Un inhibidor de la proteasa, rupintrivir que previene la escisión de proteínas virales necesarias para la replicación fue probado en un ensayo de desafío de VFC. Rupintrivir fue bien tolerado y redujo la carga viral y los síntomas respiratorios [36]. Sin embargo, en estudios de infección natural, no afectó significativamente la carga viral ni la gravedad de los síntomas [42]. Tratamientos como los productos que contienen zinc ahora están ampliamente desacreditados como lo demuestra la retirada de un informe Cochrane y editorial JAMA [43] [44] [44]. El tratamiento actual de las infecciones por VFC consiste principalmente en medicamentos de venta libre (OTC) para controlar los síntomas. También no hay una vacuna autorizada, y si bien ha habido algún progreso en el desarrollo de vacunas multivalentes [46], el desarrollo en esta área se ve obstaculizado por el número total de serotipos que necesitan ser cubiertos (en A pesar de que la VFC está asociada con hasta el 50% de las exacerbaciones del asma en adultos y hasta el 80% de las exacerbaciones de la niñez, no existen terapias asmáticas específicas de la VFC [34]. A medida que mejor comprendemos la interacción entre el virus y el huésped, nuevas terapias como los anticuerpos monoclonales (anti-IgE [omalizumab] y anti-IL-5 [mepolizumab]) junto con pequeñas moléculas dirigidas cuidadosamente a vías de señalización inmunológica específicas, el tratamiento profiláctico específico de la VFC puede volverse práctico [47] [48] [48] [49] [50]. Para evitar exacerbaciones, el diseño de nuevos tratamientos podría mejorar la eficacia tanto actuando directamente para inhibir la replicación viral como aliviando los síntomas del asma y la EPOC [51]. El virus de la gripe es un patógeno humano bien conocido y puede causar morbilidad y mortalidad En 2009, el primer virus pandémico del siglo XXI hospitalizó entre 195.000 y 403.000 en Estados Unidos, lo que resultó en 8.870 y 18.300 muertes a mediados de 2010 [52]. Un análisis global agrupado de la Organización Mundial de la Salud (OMS) de 70.000 pacientes con pandemia de H1N1 hospitalizados confirmados en laboratorio de 19 países reveló que de los 9.700 pacientes ingresados en unidades de cuidados intensivos murieron 2.500, y que la obesidad mórbida podría ser un factor de riesgo para la hospitalización y/o la muerte [52]. La obesidad se confirmó como un factor asociado con una mayor probabilidad de ingreso al hospital en pacientes infectados con gripe [53]. La pandemia de 2009 se consideró leve. Sin embargo, se observó la curva clásica de distribución de la edad en forma de W de infección para un virus pandémico, es decir, una alta mortalidad en los más jóvenes y los mayores, La pandemia, al igual que los brotes anteriores, se produjo en oleadas sucesivas, pero a pesar de las políticas nacionales que favorecen el uso de medicamentos antivirales, pocos pacientes los recibieron antes de su ingreso en el hospital, y muchos recibieron antibióticos [54]. La falta de eficacia real o percibida de los antivirales actualmente disponibles en el mundo real conduce al uso excesivo de antibióticos y a los problemas posteriores que pueden surgir [55] [56]. La morbilidad y mortalidad estacional anual de la gripe resulta en hospitalización y muerte principalmente entre los grupos de alto riesgo. Se estima que cada año las epidemias de gripe estacional producen entre 3 y 5 millones de casos de enfermedad grave y entre 290.000 y 650.000 muertes en todo el mundo [58]. En los primeros países del mundo / industrializados, la mayoría de las muertes asociadas con la gripe ocurren entre las personas de 65 años o más [59]. En muchos países, las clínicas El virus en sí mismo ha sido bien caracterizado, y las dos proteínas superficiales, la hemaglutinina (HA) y la neuraminidasa (NA) son importantes tanto en el desarrollo de la vacuna como en el antiviral [61]. Los efectos de las epidemias estacionales de gripe en los países en desarrollo no son plenamente conocidos, pero la investigación estima que el 99% de las muertes en niños menores de 5 años de edad con infecciones de las vías respiratorias inferiores relacionadas con la gripe se encuentran en los países en desarrollo [59, 62]. Actualmente existen vacunas y antivirales para la prevención y el tratamiento de la gripe, pero ambas tienen limitaciones de eficacia debido a la rápida evolución del virus a medida que muta anualmente y a la repentina aparición inesperada de cepas pandémicas de gripe. En particular, el fracaso de la vacuna a lo largo de la temporada invernal de 2014-2015, donde la eficacia global ajustada fue del 23% [intervalo de confianza del 95% 14, 31] [63] es memorable. En un año de desajuste, la tasa de mortalidad aumenta en las poblaciones de mayor riesgo [64, 65]. El problema de asegurar que la vacuna estacional se ajuste correctamente a la próxima cepa circulante pone de relieve la necesidad de un rápido desarrollo de vacunas interestacionales/universales y también la necesidad de una forma de probar su eficiencia de forma rápida y precisa antes de que se inicie la larga y costosa producción en masa que lleva muchos meses [66, 67]. Existen fármacos antivirales de los que actualmente se utiliza más comúnmente el inhibidor de la NA oseltamivir. Esto es activo contra todos los subtipos conocidos de gripe de la NA, y por lo tanto se asumiría contra todas las cepa Pueden tener un efecto decreciente con la aparición de cepas de gripe resistentes en las que la proteína NA cambia evitando la unión eficiente a oseltamivir y por lo tanto su capacidad para inhibir la actividad esencial de la NA viral. Por ejemplo, una mutación genética conocida como 'H275Y'a sustitución de la histidina por tirosina en la posición NA 275 -confiere una ventaja evolutiva para el virus incluyendo la gripe H1N1 2009 [68]. Durante la temporada de gripe 2013-2014, 59 (1,2%) de 1.811 aislados de virus de influenza A(H1N1) pdm09 en 20 de 50 estados de EE.UU. tuvieron la sustitución de resistencia a oseltamivir H275Y. No hubo aislados resistentes a zanamivir [69]. Aunque los estudios en animales han demostrado una transmisión limitada de virus mutantes [70, 71], se cree que el aumento de la resistencia a oseltamivir puede deberse a la transmisión comunitaria [72, 73] en lugar de la mutación H275Y que se fija en el genoma viral. La revisión sistemática y el metaanálisis sistemáticos sistemáticos de los datos publicados a partir de 2000 llegaron a la conclusión de que la mayoría de las muertes infantiles asociadas al VRS se producen especialmente en lactantes prematuros y en lactantes de hasta 1 año de edad [62, 74]. Una vacuna materna eficaz contra el VRS o anticuerpo monoclonal podría tener un efecto sustancial en la carga de la enfermedad en este grupo de edad [75]. El anticuerpo monoclonal específico del VRS palivizumab está aprobado para la prevención de la IRR grave causada por el VRS en lactantes susceptibles. El beneficio económico en un entorno sanitario del Un estudio de cohorte de un solo centro en 22 lactantes no mostró diferencias en los resultados del tratamiento para pacientes que recibían palivizumab en comparación con pacientes que sólo recibían tratamiento "estándar de atención" [77]. A pesar de la falta de evidencia para el beneficio clínico, los datos post-licensure apoyan el uso de palivizumab para reducir las hospitalizaciones asociadas al VRS en lactantes prematuros menores de 33 semanas y en niños con enfermedades pulmonares y cardíacas crónicas [78]. Es importante destacar que el virus mutante resistente al palivizumab rara vez se ha aislado en especímenes clínicos [79]. El tratamiento con RSV ribavirina se limita debido a la dificultad con el suministro de aerosoles, el costo y el daño potencial para los trabajadores sanitarios, a pesar de que el tratamiento no declarado de los pacientes inmunocomprometidos ha tenido un éxito razonable. A pesar del llamado al desarrollo acelerado de estrategias de prevención y tratamiento para una vacuna RSV efectiva para niños [81], la investigación se ha estancado durante décadas desde la muerte en la década de 1960 de dos sujetos en un estudio clínico. Estos sujetos fueron infectados con una infección RSV adquirida por la comunidad después de recibir la vacuna candidata a RSV formalin inactivada y alumcipitada por los Institutos Nacionales de Salud de los Estados Unidos (NIH). A diferencia de la gripe para la que las vacunas hasta la fecha han demostrado ser moderadamente eficaces pero que necesitan mejora, las vacunas RSV requieren una investigación sustancialmente mayor. Actualmente no hay una vacuna autorizada para RSV; la vacuna candidata más avanzada recientemente no ha demostrado eficacia en un estudio de campo [82]. Se requieren tratamientos eficaces con urgencia. El RSV es, incluso entre los profesionales de la salud, considerado una enfermedad infantil y otros confundadores han oscurecido la comprensión de las El VRS es mal entendido como una enfermedad en ancianos [83], y si bien la morbilidad y mortalidad en niños son de importancia, se ha demostrado claramente que el VRS tiene una carga de salud comparable a la gripe en ancianos [84]. Como ejemplo, se realizó un estudio reciente en pacientes adultos (≥18 años) ingresados en un servicio de urgencias con sospecha de IRA durante 2013-2015 (N = 3743), se utilizó PCR multiplex para diagnosticar la causa de la infección respiratoria. Se identificaron 87 pacientes con VRS. Se utilizó un grupo comparador con gripe (n = 312). Basado en una variable de mortalidad de 20 días por todas las causas, los pacientes adultos tenían menos probabilidades de ser diagnosticados con VRS que con gripe (2.3 vs 8,3%, respectivamente), también eran mayores, a menudo diagnosticados con neumonía, EPOC, hipoxemia y coinfección bacteriana. La infección por VRS en las personas de edad avanzada se asoció significativamente con un mayor riesgo de muerte que la gripe estacional, ajustada por posibles confusiones y comorbilidades. [85] La importancia clínica de las coinfecciones virales/bacterianas ha sido un tema controvertido desde hace mucho tiempo. Si bien la neumonía bacteriana grave tras la infección por gripe ha sido bien descrita, las asociaciones son menos claras entre las infecciones causadas por virus comunes en niños pequeños; las infecciones secundarias debidas a otros virus son menos comprendidas y han sido revisadas por otros [86]. Aunque la evaluación de la contribución global de las bacterias a la gravedad de la enfermedad se complica por la presencia de muchos factores de confusión en los estudios clínicos, la comprensión del papel de las coinfecciones virales/bacterianas en la definición del resultado de la IRA pediátrica puede revelar estrategias nuevas de tratamiento y prevención, mejorando los resultados de los pacientes [33, [86 En una publicación reciente (2017) se consideró el papel de la colonización bacteriana con Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae y Moraxella catarralis durante la infección respiratoria superior vírica sintomática y asintomática en la nasofaringe de niños de 4 a 7 años de edad durante la URI y cuando bien. Utilizando una PCR multiplex, se detectó el virus en cerca del 80% de las infecciones del tracto respiratorio superior (URI) en los niños y también se puede detectar en la nasofaringe del 30% de los niños asintomáticos. Los "niveles" de las tres bacterias fueron más altos durante las visitas agudas de URI en comparación con las visitas de vigilancia asintomáticas de los niños. Sin embargo, cabe señalar que incluso durante las visitas de seguimiento asintomáticas, si el virus estaba presente, todas las bacterias se detectar [8] reportan la incidencia de HBoV después de su identificación en 2005 de las muestras de vías respiratorias de niños, como un patógeno respiratorio importante en los niños. Sin embargo, el papel de este virus por sí solo como patógeno de significación fue inicialmente poco claro, la coinfección con otros virus o bacterias fue común y confuso. Moesker et al. [97] estudiaron si el HBoV solo podía causar infecciones respiratorias agudas en los niños. Utilizando la secuenciación de la próxima generación (NGS), pudieron excluir las coinfecciones entre los ingresados en la unidad de cuidados intensivos y estudiaron las cargas virales del HBoV. De los 990 niños que dieron positivo para un virus respiratorio por RT-PCR, HBoV y RSV fueron detectados en 178 y 366 de los niños respectivamente. Cuarenta y nueve pacientes positivos del HBoV y 72 pacientes positivos del RSV fueron ingresados en la Siete casos infectados por HBoV con IAR grave no tuvieron ninguna otra coinfección (7/49, 14%). Es importante destacar que estos niños no tenían otro virus detectable determinado por el SGN altamente sensible. Además, tenían cargas de HBoV mucho más altas que otros pacientes positivos para el VHBo, es decir, aquellos con una coinfección. Aunque pequeño, este estudio proporciona un fuerte apoyo que HBoV puede causar IAR grave en niños sin coinfecciones virales y bacterianas. Historia del modelo de desafío viral humano Desde que Sir Edward Jenner realizó el primer estudio documentado de HVC con viruela el 14 de mayo de 1796 la utilidad de tales estudios ha sido evidente [98]. Más de un siglo más tarde, Sir Christopher Andrews regresó de los EE.UU. en 1931 había observado el uso de chimpancés en el estudio de la gripe. El financiamiento para un trabajo similar en el Reino Unido fue insuficiente, y por lo tanto Sir Christopher inscribió estudiantes del Hospital de St Bartholomew en Londres. Explicó que lo mejor sería un estudiante de "Bart" como "eran más baratos que los chimpancés". Más de 100 estudiantes se matricularon inmediatamente, pero continuaron sus estudios y no fueron aislados de la misma manera que los chimpancés habían estado en los EE.UU. [99]. Desafortunadamente los investigadores creían que los síntomas observados pueden no haber sido debido al virus del desafío, pero otras infecciones respiratorias adquiridas en la comunidad, confundiendo así los estudios. Un año más tarde el Consejo de Investigación Médica del Reino Unido (MRC) terminó el trabajo. Después de la conclusión de la Segunda Guerra Mundial, la retirada de las tropas estadounidenses del Reino Unido dejó la unidad de campo de la Cruz Roja Americana 'Harvard Hospital' en la llanura Salis El hospital se convirtió en la Unidad de Frío Común (CCU) dirigida por el Dr. David Tyrell, desde 1946, los voluntarios fueron inoculados infundiendo pequeñas cantidades del virus en sus narices [100]. La CCU albergó voluntarios sanos en relativo aislamiento de otras personas, reduciendo así el riesgo de contacto con fuentes de infección adquiridas por la comunidad o de que pasaran el virus a miembros del público. La unidad fue finalmente cerrada en 1989; durante cuatro décadas de investigación, atrajo a 20.000 voluntarios. Su investigación contribuyó a una mejor comprensión de los virus respiratorios, el ciclo vital viral, las posibles vacunas [101] así como el primer compuesto antiinfluenza autorizado amantadina [102]. El uso de voluntarios sanos en el modelo HVC proporcionó, y aún ofrece, una oportunidad única para describir el ciclo vital viral. Los investigadores conocen con certeza el tiempo de infección, la eliminación de virus nasales se puede medir, los síntomas se registran prospectivamente, y los participantes se seleccionan con baja inmunidad preexistente al virus del desafío para asegurar una tasa de infección estadísticamente significativa con un pequeño número de voluntarios. Así, tales estudios pueden maximizar los datos de seguridad y eficacia obtenidos, minimizando el riesgo de estudio de voluntarios y financiación limitada de la investigación. Aunque el IgG sérico, para el virus de la gripe, se midió tradicionalmente a través del ensayo de HAI, ya que los criterios de entrada para los voluntarios en los estudios, los ensayos de microneutralización se utilizan para RSV y HRV. Otro trabajo sugiere que la detección de anticuerpos a la proteína superficial de la gripe NA debe considerarse [103] o respuestas de células T a proteínas internas [104]. Estos estudios contribuyeron al desarrollo significativo de los nuevos inhibidores de la NA durante la década de 1990, incluyendo el fármaco inhalado zanamivir y el fármaco disponible por vía oral oseltamivir [105] [107] [108] [108] [109] [119] [112] [113] [113]. Sin embargo, también continuaron los estudios en el Reino Unido, específicamente en la Universidad de Southampton, que realizó un trabajo importante en voluntarios atópicos, demostrando que tenían resfriados más graves cuando se les retaba experimentalmente con rinovirus, que con controles no atópicos [115]. El virus experimental de la gripe A/Texas H1N1 que se utilizó con éxito durante la década de 1990 estuvo implicado en el desarrollo de miocarditis en un sujeto infectado experimentalmente, aunque nunca se demostró una relación causal [116]. La mayoría, si no todos, los virus de desafío se fabrican de acuerdo con el estándar Good Manufacturing Practice (GMP). Aunque la inoculación nasal controlada difiere de la infección natural en la que la exposición a cantidades variables del virus puede ocurrir en varios sitios de la mucosa - el modelo desarrollado de HVC utilizado en estudios de desafío imita la enfermedad natural en la medida de lo posible [25, 117, 118]. Hemos descrito la producción de un nuevo stock de GMP de virus utilizando un aislamiento de HRV-16 de una voluntaria sana infectada experimentalmente de 18 años, proporcionado por colegas de la Universidad de Hospital Infantil de Virginia, EE.UU.. Es importante destacar que la muestra clínica se proporcionó con el historial médico apropiado y el consentimiento del donante. Fabricamos este nuevo stock de HRV-16 por el paso mínimo en una línea celular WI-38, para reducir el riesgo de mutaciones durante el proceso Good Manufacturing Después de haber sometido primero el stock a rigurosas pruebas de agentes adventicios y determinar la idoneidad del virus para el uso humano, hemos realizado un estudio clínico inicial de "seguridad y patogenicidad" en voluntarios adultos en una instalación de cuarentena clínica especializada en Londres [118]. Nuestro grupo inició estudios de CVH en el Reino Unido en 2001, y desde entonces hemos realizado múltiples estudios con más de 2.500 voluntarios inoculados con gripe, virus respiratorio sincitial (RSV) o rinovirus humano (HRV), y hemos proporcionado numerosas pruebas de concepto [119] [112] [121]. El modelo de desafío viral humano: acortar la vía de desarrollo de fármacos para la infección por IRAs Influenza, VRS y VHR tienen una sintomatología similar, pero esto difiere en gravedad y predominio de síntomas superiores, inferiores o sistémicos como ha sido descrito por el Centro para el Control de Enfermedades [122]. Sin embargo, no es fácil diagnosticar entre las diferentes etiologías de las IRA, y se necesitan mejores diagnósticos [123]. Los síntomas son comunes a cada infección y se manifiestan en un gradiente. Generalmente, pero lejos de siempre, la infección por gripe es más probable que resulte en que un paciente se sienta tan mal como para tomar a su cama y tener una fiebre, que el VRS, una VFC, una VOC u otra infección común por virus del frío, durante la cual la vida diaria suele ser menos afectada. Existen diversos modelos animales para investigar virus respiratorios como la gripe [124] [125] [126], el VSR [127] [128] [130] [133] [133] [135] [135] [135] [137] [137] [137], la VHR [22, [138] [139] [139] [140]. Ningún animal ofrece una plataforma para todos los virus respiratorios que infectan a los seres humanos, y existen diferentes modelos animales para el mismo virus, que pueden dar resultados diferentes, a menudo contradictorios. Además, los principios de las 3R (Reemplazo, Reducción y Refinamiento) se desarrollaron hace más de 50 años para proporcionar orientación y garantizar la investigación animal humana. Con el tiempo se han convertido en legislación/regulación nacional e internacional. Las políticas de las organizaciones que financian o llevan a cabo la investigación animal incluyen estos principios como parte de la condición de la financiación [141]. La sintomatología compartida de virus respiratorios requiere una única plataforma de investigación estándar que se puede utilizar para evaluar la patogénesis de enfermedades respiratorias y la eficacia de los candidatos terapéuticos. El uso de una instalación de aislamiento de 24 dormitorios en suite dedicada, construida específicamente, en la que los voluntarios cuidadosamente analizados pueden ser inoculados con seguridad con virus de desafío y monitoreados intensivamente puede ayudar a reducir el uso de animales al tiempo que proporciona una única plataforma de investigación consistente con terminales evaluables estandarizados para la investigación de virus respiratorios. Además, hemos utilizado una tarjeta de diario estandarizada en nuestros estudios, que permite comparar los síntomas que cada virus causa y la eficacia de la terapia que se está probando. Hemos incluido una copia de la tarjeta de diario en el archivo adicional 1.Es difícil evaluar la eficacia de una terapia antiviral específica "en el campo" debido a la presencia de coinfecciones comunitarias circulantes de diferente etiología microbiana.El modelo HVC permite la oportunidad de estudiar un virus en aislamiento.Los estudios de HVC y estudios de campo son estratos de investigación complementarios necesarios para el desarrollo de terapias 1 ) se administra a voluntarios sanos una terapia de investigación ya sea antes (ensayos de profilaxis) o después (ensayos de tratamiento) de inoculación con la cepa de desafío específica del virus. Los virus utilizados en el modelo HVC no se atenúan y producen síntomas consistentes con ARA clínicamente observada [25, 117, 118]. Cada virus se propaga bajo condiciones de GMP, con un número mínimo de pasajes de los aislados a las poblaciones de desafío [118, 142]. Las pocas mutaciones que ocurren dentro del virus se seleccionan rápidamente debido a un cuello de botella genético, con la consecuencia de que el virus en el huésped humano se considera de tipo salvaje [143]. La similitud entre el virus recuperado del huésped inoculado y la cepa de referencia del virus del iniciador proporciona la garantía de que el proceso de enfermedad del modelo está estrechamente alineado con la cepa de virus de referencia y no Un modelo como el HVC permite la evaluación rápida de nuevas terapias. El modelo abrevia las fases de desarrollo clínico preclínico y temprano al proporcionar una mejor comprensión de la interacción inicial del huésped y patógeno y tiene el potencial de hacer las vacunas y medicamentos necesarios más rápidamente disponibles que los enfoques tradicionales de desarrollo de otro modo podría. La reducción de la vía de desarrollo tradicional a través del uso temprano de un estudio Test of Concept (PoC) que incorpora el modelo HVC (Fig. 2) proporciona variables evaluables esenciales. A diferencia de los estudios convencionales de fase 1, que rara vez incluyen una evaluación de la eficacia, casi todos los estudios de HVC incluyen variables de eficacia evaluables como la reducción de la carga viral del AUC (principalmente recuperada de muestras del tracto respiratorio superior como lavado nasal o torunda nasofaríngea), síntomas auto-reportados voluntarios, puntuación de síntomas pico, puntuación total de síntomas, entre otros. Los datos de seguridad y farmacodinámica (PC) y farmacodinámica (PD) resultantes en condiciones controladas, orientan las decisiones sobre si avanzar o no a los estudios de campo, proporcionando un conjunto de datos más valioso inmediatamente después, o incluso como parte del estudio de seguridad de la fase 1 convencional. El modelo HVC también abre una ruta de desarrollo diferente junto con la fase 1 tradicional, permitiendo el progreso rápido a los estudios de fase 2b impulsados estadísticamente que generarán los datos de eficacia necesarios para apoyar la concesión de licencias, al tiempo que proporcionan datos de seguridad adecuados. La guía de la FDA sobre el desarrollo de terapias contra la gripe [144] establece que los ensayos de desafío no pueden sustituir a los ensayos de eficacia (fase 2). Las directrices indican que los ensayos de desafío pueden proporcionar información útil sobre la respuesta a la exposición y la seguridad, así como una oportunidad de demostrar la actividad antiviral farmacológica en seres humanos en condiciones controladas fuera de la Específicamente, los datos de los ensayos de desafío pueden contribuir a la selección de dosis para los ensayos de fase 2b y fase 3, y proporcionar la oportunidad de explorar los efectos de diferentes momentos de inicio del fármaco en relación con la exposición al virus..." Los refinamientos de los ensayos de desafío están cerrando la brecha entre el modelo de infección experimental y el entorno natural de la infección. La duración del estudio de HVC de varias semanas es menor que un estudio de fase 2 basado en el campo que espera un brote natural del virus y cuya duración puede ser de varios meses/años. Estos estudios ahorran Fig. 1 El Modelo de Desafío Viral Humano. El estudio típicamente consiste en insumos, como los voluntarios, sus criterios de selección, aislamiento en cuarentena y exposición a un virus GMP. Hay dos opciones de tratamiento: una vacunación/profilaxis con un tratamiento antiviral o b con un antiviral. X es el número de días antes de la vacunación por exposición al virus puede ocurrir. Y es el número de días después de la exposición al virus que un voluntario puede ser seguido para el tiempo de desarrollo cuando la transición entre las fases está totalmente optimizada. Importantemente, a diferencia de los estudios tradicionales de fase 1b/fase 2, los estudios de HVC no dependen de un brote natural de infección, que puede ocurrir al azar, y para el cual el tiempo exacto de infección puede no ser evidente. Proporcionan variables evaluables, datos comparativos de PD y PK, junto con datos biomarcadores adicionales sobre el rendimiento del producto en humanos. Sin embargo, debe afirmarse que la mayoría de estos estudios matriculan a adultos jóvenes sanos que de otra manera implican que el resultado de la infección en el grupo placebo puede ser visto como leve a moderado, en cierta medida. La seguridad de los voluntarios debe seguir siendo la prioridad de los investigadores. El modelo de HRV/HVC puede ser una herramienta potente, no sólo para estudiar la infección y enfermedad por HRV, sino también para investigar los mecanismos de exacerbación en pacientes con enfermedad respiratoria crónica y realizar estudios de eficacia para nuevas terapias. Se ha demostrado que los estudios de desafío humano con HRV producen infección en más del 90% de los sujetos serológicamente susceptibles y dan lugar a un síndrome clínico comparable al reportado con resfriados naturales [145, 146]. Los síntomas suelen aparecer dentro de las 24 horas y máximo a las 48-72 horas después de la inoculación. El derrame de virus sigue un patrón similar al de sus síntomas. En los últimos tiempos, se han notificado varios cientos de inoculaciones de sujetos adultos y han establecido esto como un método seguro y eficaz para estudiar la enfermedad relacionada con HRV en sujetos sanos y asmáticos [145]. Estos estudios han proporcionado una base de conocimientos para seguir desarrollando el modelo experimental de VFC y proporcionar una herramienta controlada y útil para desarrollar nuevas terapias para las áreas de la enfermedad asociadas a la infección por VFC. Se necesitan urgentemente nuevos tratamientos para el asma y la EPOC, y los pequeños modelos animales de asma son poco predictivos de eficacia. La mayoría de los fármacos que son eficaces en estos modelos animales no se encuentran eficaces en etapas posteriores de desarrollo en humanos. Se necesitan modelos que sigan más de cerca las características clínicas del asma humana y la EPOC [32, [147] [148] [149] [150] [151] ]. Ya hemos descrito fármacos antivirales contra la gripe actuales que pueden acortar la enfermedad y reducir la gravedad de los síntomas si se toman lo suficientemente temprano después de la infección, y su uso profiláctico puede disminuir el riesgo de infección; su utilidad ha sido debatida sin embargo [152]. Las dos clases principales de fármacos antiinfluenza actualmente eficaces son los inhibidores de la NA, como el zanamivir (RelenzaTM), el oseltamivir (TamifluTM), el peramivir (RapivabTM) [153] y los inhibidores de la M2, aunque la resistencia al fármaco hace inutilizable esta clase [154]. Recientemente se ha utilizado ampliamente el modelo HVC para evaluar nuevas clases de compuestos antivirales contra la gripe, incluidos los anticuerpos monoclonales experimentales dirigidos a los epitopes dentro de la parte altamente conservada y expuesta de la superficie viral de la M2 Fig. 2 El papel del modelo HVC en la vía de desarrollo clínico. Prueba de corta duración de los estudios conceptuales, que incorporan el modelo HVC, típicamente incluyen un pequeño número de sujetos. La seguridad resultante y, en particular, los datos de eficacia pueden orientar con mayor precisión las decisiones sobre si exponer a un mayor número de sujetos a prometedores candidatos terapéuticos en estudios de campo que los datos de seguridad convencionales de la fase 1 por sí solos de otra manera podrían ser proteínas [155, 156] el tallo conservado de la HA [157] y fármacos antivirales de pequeña molécula que se dirigen a la polimerasa viral, por ejemplo favipiravir [158]. El modelo HVC permite la evaluación rápida de nuevos compuestos terapéuticos que pueden ser difíciles de evaluar en el campo, debido a la naturaleza de los grupos de "riesgo", por ejemplo pediatría. Específicamente, y dada la experiencia histórica descrita con vacunas RSV, es importante que el beneficio pueda demostrarse primero en una población sana. En el pasado, a diferencia de la gripe y la VHR, el modelo HVC no se ha utilizado habitualmente con Durante algún tiempo hemos querido reiniciar los estudios de HVC/RSV en la Universidad de Londres, los dos desafíos significativos que habían paralizado el desarrollo antiviral para RSV presentaron una necesidad de investigación considerable. En asociación con el laboratorio DeVincenzo de la Universidad de Tenessee y la compañía de biotecnología Alnylam, nos pusimos a diseñar posiblemente el primer estudio HVC/RSV. Alnylam fue pionero en el uso de interferencia de ARN (RNAi) que es un mecanismo natural que regula la expresión de proteínas y está mediado por pequeños ARNs interferentes (siRNA). Trabajando con ambos grupos, fabricamos un virus tipo A de RSV a GMP estándar y lo titulamos en 35 voluntarios humanos que dividimos en cinco grupos, cada uno de los cuales fue inoculado intranasalmente con aumento del título (3.0-5.4 unidades formadoras de placa de registro/ En general, en este nuevo modelo, el 77% de los voluntarios despojaron constantemente del virus. La tasa de infección, las cargas virales, la gravedad de la enfermedad y la seguridad eran similares entre las cohortes y no guardaban relación con la cantidad de VRS recibida. Los síntomas comenzaron poco después de la detección viral inicial, alcanzaron un máximo de gravedad cuando la carga viral alcanzó su punto máximo y disminuyeron lentamente a medida que declinaban las cargas virales. Concluimos que, independientemente del título administrado una vez establecidas las infecciones, la enfermedad motivó la carga viral. No se observaron eventos adversos relacionados con el virus [25]. Utilizando este nuevo modelo se llevó a cabo un estudio clínico de VCH y se demostró por primera vez que un ARNi tenía una actividad antiviral significativa frente a la infección por VRS humana, lo que estableció la primera prueba de concepto para un RNAi terapéutico en adultos humanos [ Un editorial en el American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine, describió la utilidad del modelo HVC/RSV diciendo: "Este modelo permite el estudio relativamente rápido y eficiente de nuevas terapias en humanos y ayuda a tomar decisiones críticas sobre si avanzar un producto en costosos ensayos humanos en poblaciones con mayor riesgo de enfermedad; niños, ancianos o pacientes inmunocomprometidos, lo que constituye un avance importante y bienvenido en el campo de la VRS." [81] Es notable que dos compuestos que tienen modos de acción distintos han sido evaluados recientemente utilizando el modelo HVC. ELAS analógico nucleósido de primera clase-008176, cuya eficacia fue demostrada por primera vez en el modelo HVC, está actualmente en evaluación en bebés hospitalizados [160, 161]. El ensayo HVC fue de diseño aleatorio, doble ciego, y estudiado adultos sanos inoculados con RSV Memphis 37B [ Un total de 62 participantes recibieron ALS-008176 o placebo durante cinco días después de la confirmación de la infección por VRS por PCR (ensayado dos veces al día después de la inoculación). La variable principal fue el área bajo la curva (AUC) para la post infección por carga viral. Se demostró un aclaramiento más rápido del VRS y una mayor reducción de la carga viral, con mejoras concomitantes en la gravedad de la enfermedad clínica, en los grupos tratados con ELS-008176 en comparación con el grupo placebo [160]. El muestreo intensivo permitió identificar rápidamente cualquier posible mutación asociada con resistencia. No se observaron mutaciones resistentes [160]. También se evaluó un inhibidor de la entrada del VRS, GS-5806, una segunda molécula, primera en su clase. Entre los 54 sujetos que recibieron tratamiento activo, menor carga viral, menor peso total de mucosidad y menor puntuación de síntomas del AUC fueron muy significativos Con base en estos datos del estudio de desafío, esta terapéutica también está progresando en estudios de campo potencialmente pivotales [162]. Un elemento esencial del diseño en ambos estudios fue el momento de la primera administración de la inoculación terapéutica del virus post-experimental; el momento fue dependiente de la detección del virus en muestras de lavado nasales después de la inoculación del virus de desafío mediante un ensayo rápido de PCR [163], en lugar de en un momento arbitrario. Posteriormente, el tratamiento se administró cada 12 horas. El tiempo cuidadoso de la dosis, en un punto clínicamente relevante de detección, contribuyó a los resultados positivos de ambos estudios. También se cree que al utilizar este modelo de "dosificación acelerada", mejor imitaba lo que ocurriría en un entorno clínico ya que se sabe que los síntomas aparecen poco después de la aparición del virus. El modelo HVC no se limita a compuestos antivirales nuevos, sino que también es importante para A diferencia de los estudios de campo, los estudios de HVC son herramientas útiles para evaluar las correlaciones de protección, vitales para el desarrollo de la vacuna [103, 104, 164]. Específicamente, se ha destacado la importancia de las respuestas humorales y celulares junto con la inmunidad preexistente de células T para otros virus respiratorios [104]. Una publicación reciente describe el uso del modelo de HVC para demostrar la eficacia de una nueva vacuna trivalente inactivada por proteosoma intranasal (P-TIV). En dos estudios separados, sujetos seleccionados que fueron naïve al virus A/Panamá/2007/1999 (H3N2) fueron dosificados por medio de aerosol nasal con uno de los tres regímenes de P-TIV o placebo. Juntos, los estudios evaluaron una o dos dosis, 15 μg o 30 μg, una sola vez o dos veces con 14 días de diferencia (1 x 30 μg, 2 x 30 μg, 2 x 15 μg) y los sujetos fueron desafiados con el virus A/Panamá/2007/1999 (H3N2). Las respuestas inmunitarias a los antígenos de la vacuna se midieron mediante el ensayo de inhibición de la hemaglutinación (HAI) y los anticuerpos del secretario de lavado nasal IgA (sIgA). La eficacia de la vacuna osciló entre el 58% y el 82%, comparable a las vacunas tradicionales. Los estudios también demuestran que la protección contra enfermedades asociadas con la evidencia de infección por gripe se correlacionaron significativamente con los títulos de HAI (p = 0,0003) y IgA mucosal (p ≤ 0,0001) Los niveles de HAI y sIgA estaban inversamente relacionados con las tasas de enfermedad. Estos estudios demostraron la eficacia de esta nueva vacuna intranasal y respondieron a algunas preguntas importantes sobre las verdaderas correlaciones de la protección contra la infección por gripe que ayudarán a impulsar el diseño futuro de la vacuna. Además de alcanzar sus objetivos principales, revelaron información valiosa sobre las correlaciones de la protección y ayudará, esperamos, al diseño futuro de la vacuna [164]. Una vacuna contra la gripe interestacional o universal es desesperadamente necesaria; salvará muchas vidas, ya sea en aquellos años inesperados cuando la composición recomendada no coincide, o cuando se produce una pandemia, como lo hizo en 2009. La importancia de la pandemia de 1918 [165, 166] lo deja muy claro; hasta 100 millones de personas murieron. Una vacuna universal es una vacuna que se puede preparar para lo inesperado, un virus que ocurre debido a la reasignación de genes virales de diferentes especies El modelo HVC es posiblemente la única manera de probar inicialmente tal vacuna universal. Un candidato universal podría generar una respuesta inmunitaria contra la proteína del canal iónico del virus altamente conservada M2, [167] [168] [169] [170], aunque no se ha demostrado que ninguna vacuna sea efectiva en este sentido; solo los anticuerpos monoclonales tienen, el modelo HVC mostró su eficacia [156]. Alternativamente, una vacuna puede dirigirse al tallo conservado de la proteína HA [104, 171], o provocar una respuesta de células T a las proteínas internas [172] [173] [174] [175]. Todas son posibilidades que han sido y pueden ser exploradas de manera más eficiente utilizando el modelo HVC. Aunque los estudios de HVC proporcionan PoC, los investigadores, como hemos demostrado, han utilizado estándares de diseño regulatorio típicos de estudios de eficacia en fases posteriores. Con el desarrollo de la tecnología molecular, ahora es posible refinar el análisis estadístico estratificando a los sujetos sobre la base de su perfil inmunológico. Por ejemplo, ahora es posible evaluar si un sujeto está llevando otros patógenos respiratorios conocidos (bacterias, virus, etc.) y si existe un posible impacto en el conjunto de resultados del voluntario. Los sujetos a menudo dan su consentimiento para un análisis adicional de sus muestras, lo que permite construir un valioso biobanco de muestras para más pruebas. Avanzando, estas muestras permitirán el uso del modelo HVC para entender más a fondo lo que sucede cuando un virus infecta a una persona. Vale la pena señalar que el modelo HVC no se limita al trabajo de PoC sobre agentes terapéuticos potenciales; también se está utilizando ampliamente para fines de investigación, sobre lo cual se pueden construir tratamientos mejorados para virus respiratorios. En los últimos años se ha utilizado para demostrar "firmas de conmutación de genes" que podrían formar parte de un diagnóstico que revelaría a los individuos infectados antes de que se conviertan en sintomáticos, en las primeras etapas de la infección; esto podría ser de vital importancia en el caso de una pandemia [176, 177]. Además, el modelo HVC se ha utilizado para permitir una comparación de la dinámica relativa de la enfermedad de diferentes virus respiratorios [24] y para proporcionar una mejor comprensión de la interacción del virus y el huésped humano [26, 178, 179]. El modelo HVC ha aumentado nuestra comprensión del ciclo de vida viral y la patogénesis de la enfermedad en un entorno estrechamente controlado utilizando un pequeño número de voluntarios. Cada voluntario está aislado unos de otros, y la comunidad en general, asegurando que la enfermedad en cuestión sea la única de interés. La aplicabilidad del virus utilizado para desafiar a los voluntarios en el modelo HVC a un El modelo HVC proporciona cierto conocimiento del carácter del virus; el momento exacto de la infección; la mensurabilidad del desprendimiento del virus nasal; el registro prospectivo de los síntomas y la preselección de los participantes para el reto viral que son sero-adecuados. Esto asegura que se alcance una tasa de infección estadísticamente significativa con el número mínimo de voluntarios, optimizando así la relación riesgo-beneficio que apoya la determinación de la eficacia terapéutica. El diseño del estudio de la CVH es el momento en que se administra la primera dosis del producto en investigación para determinar la eficacia óptima, no sólo en el propio estudio de desafío, sino en estudios clínicos en etapas posteriores y en el uso clínico final. El modelo HVC es una herramienta importante en el desarrollo de fármacos, en particular con respecto a las infecciones respiratorias agudas. Ayuda en la comprensión de la relación entre un virus y su huésped humano y ofrece el potencial para el desarrollo de diagnósticos en etapas tempranas. Contribuye a identificar nuevas áreas para la intervención terapéutica. Posiblemente, y posiblemente, más importante, puede asegurar que los escasos recursos médicos se dirijan hacia el desarrollo clínico en etapas posteriores de una manera basada en la evidencia, y se priorizan oportunidades terapéuticas prometedoras. Un proceso de diseño cuidadoso y específico del estudio es un paso crucial hacia el resultado exitoso de un ensayo de desafío, ya que casi todos los parámetros pueden ser controlados o al menos conocidos (ya sea antes o después del hoc). Además, los resultados de estos ensayos pueden ser utilizados para tomar decisiones comerciales y pueden conducir a publicaciones importantes, ampliando la comprensión colectiva de la comunidad científica. Muestras de tales experimentos son de inmenso valor para los investigadores para la comprensión de los mecanismos de interacción del huésped y el desarrollo y validación de la terapéutica. La utilización de datos históricos recopilados consistentemente de estudios de HVC informa sobre el diseño preciso y la potencia de estudios posteriores. Los estudios de HVC han tenido éxito en proporcionar pruebas de concepto para vacunas de ADN, vacunas de células T, vacunas intranasales, anticuerpos monoclonales y pequeñas moléculas contra una gama de importantes virus respiratorios. También es alentador ver que el modelo de HVC se está expandiendo ahora a más poblaciones de pacientes, como ancianos, asmáticos y aquellos con otras enfermedades como la enfermedad pulmonar obstructiva crónica. Un archivo en expansión de datos de estudios anteriores es un activo inestimable para ayudar en la selección de voluntarios, decidir los puntos finales apropiados y refinar futuros diseños de estudios de campo. Esto permite una investigación más segura, estadísticamente sana y más rápida. redactó la versión inicial de este manuscrito con el autor RLW. hVIVO fue responsable de la gestión general de este trabajo y verificó la exactitud de los datos hVivo quisiera agradecer a los voluntarios sin cuyo altruismo los estudios de desafío viral humano realizados en hVivo durante muchos años no hubieran sido posibles. El trabajo, incluyendo los servicios de escritura médica profesional para la preparación de este manuscrito, fue totalmente financiado por hVivo Services Limited, el empleador de todos los autores. Autor RLW concibió la estrategia para este artículo. Autor RLW y la escritora médica profesional Samina Hamilton redactaron el artículo (ver 'Agradecimientos'). Autores RLW y AG revisaron críticamente el artículo completo para un contenido intelectual importante. Autores RLW y AG tenían plena autoridad sobre la elección de la revista y aprobaron el artículo final. Autor RLW es un garante del artículo y asume la responsabilidad general de esta publicación. Todos los demás autores contribuyeron a la redacción y revisión de este manuscrito. Todos los autores declaran que son empleados de hVivo y, como tales, han proporcionado o prestan servicios de investigación clínica profesional ética a clientes académicos, biotecnológicos o farmacéuticos. Una patente (solicitudes de patente 14/366602 (US) 12813946.6 (EP) está en marcha en relación con la utilización específica del modelo HVC. Esto no altera la adhesión de los autores a la Sociedad Internacional de Profesionales de Publicaciones Médicas (ISMPP) 'Buena Práctica Publicacional para Comunicar la Investigación Médica Patrocinada por la Compañía: GPP3'.

¿Qué es RSV?

El modelo de desafío viral humano: acelerar la evaluación de los antivirales respiratorios, vacunas y diagnósticos novedososhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6013893/SHA: f13c88733ea45be9923a282dfd42f8c277c187cAutores: Lambkin-Williams, Rob; Noulin, Nicolas; Mann, Alex; Catchpole, Andrew; Gilbert, Anthony S.Fecha: 2018-06-22DOI: 10.1186/s12931-018-0784-1Licencia: cc-byAbstract: El modelo Human Viral Challenge (HVC) ha ayudado, durante muchas décadas, en la comprensión de los virus respiratorios y su papel en la patogénesis de enfermedades. En un entorno controlado con un pequeño número de voluntarios retirados de la exposición comunitaria a otras infecciones, este modelo experimental permite realizar pruebas de trabajo conceptual sobre nuevas terapias, incluyendo vacunas, inmunomoduladores y antivirales, así como nuevos diagnósticos.Crucialmente, a diferencia de los estudios convencionales de fase 1, los estudios de desafío incluyen variables de eficacia evaluables que luego orientan las decisiones sobre cómo optimizar los estudios de campo posteriores, como recomienda la FDA y, por lo tanto, los estudios de licencia que siguen.Esta estrategia optimiza el beneficio de los estudios e identifica posibles amenazas tempranas, minimizando el riesgo para los voluntarios posteriores, pero también maximizando el beneficio de los escasos recursos disponibles para el grupo de investigación que invierte en la investigación. Inspirado en los principios de las 3R (Reemplazo, Reducción y Refinamiento) que se aplican comúnmente en la fase preclínica, los estudios de CVV permiten el refina La amplitud de los datos generados a partir de estudios de desafío permite la exploración de una amplia gama de variables y puntos finales que luego pueden ser llevados a través de estudios pivotales de fase 3. Describimos la carga de la enfermedad para las infecciones virales respiratorias agudas para las cuales las estrategias de desarrollo convencionales actuales no han producido terapias que satisfagan las necesidades clínicas. Los autores describen la utilidad del modelo HVC para aumentar la comprensión científica y progresar en terapias prometedoras a través del desarrollo. También se discute la contribución del modelo a la dilucidación de la interacción virus-anfitrión, tanto en lo que respecta a la patogenicidad viral como a la respuesta inmunológica del cuerpo, junto con su utilidad para ayudar en el desarrollo de diagnósticos novedosos. También se exploran las futuras aplicaciones del modelo. Texto: Las infecciones respiratorias agudas (ARI) se manifiestan como infecciones del tracto respiratorio superior (URI) o inferior (IRL) y pueden moverse entre los dos compartimentos; las IRA representan las enfermedades infecciosas más comunes y son predominantemente de etiología viral. La carga global de la IRA es considerable, con una morbilidad y mortalidad significativas en niños, ancianos e inmunocomprometidos [1]. Sólo en el Reino Unido durante el período 2014-2015, las enfermedades respiratorias causaron unas 15.800 muertes invernales excesivas [2]. En los Estados Unidos, la gripe y el virus sincitial respiratorio (RSV) causan una mortalidad sustancial, especialmente entre las personas de 65 años y más [3]. Sin embargo, aunque las muertes en el mundo industrializado son ampliamente reportadas, los países en desarrollo sienten la carga particularmente; de un estimado de 1,9 millones de muertes infantiles por IRA en 2000, el 70% de esas muertes ocurrieron en África y Asia sudoriental La Cumbre del Milenio celebrada en las Naciones Unidas en 2000 dio lugar al establecimiento de los Objetivos de Desarrollo del Milenio. Un estudio informó de los progresos realizados en el logro de esos objetivos en 40 países en desarrollo; concluyó que la prevalencia de la IRA era del 13%, el gasto en salud y el producto interno bruto per cápita están directamente asociados con la prevalencia de la enfermedad [5]. La heterogeneidad viral asociada a las IRA está bien establecida [6]. En el pasado, el rinovirus humano (VDH) se ha identificado como el virus más frecuentemente asociado a las enfermedades respiratorias con un promedio del 30-50% de infecciones anuales, y hasta el 80% de las infecciones respiratorias superiores durante los brotes de otoño [7]. Más recientemente, una evaluación de la enfermedad en 6.266 niños menores de 10 años en Australia, Asia Sudoriental y América Latina hizo hincapié tanto en la heterogeneidad viral como en el impacto de la IRA. De los 2.421 niños que experimentaron 3.717 episodios individuales de enfermedad similar a la gripe (III), la prevalencia fue mayor (41,5%), la gripe siguió a esta situación (15,8%), el adenovirus (ADV) (9,8%), la IVP y el VSR (ambos 9,7%), la VOC (5,6%), el metapneumovirus humano (VPH) (5,5%) y el bocavirus humano (VHBo) (2,0%). El porcentaje de niños que perdieron la escuela o el cuidado de los niños se situó entre el 21,4% para el VHBo y el 52,1% para la gripe [8]. Hemos comparado los datos de los dos informes uno de 2003 [7] y el otro de 2017 [8] y hemos encontrado que los informes, a pesar de estar separados por 14 años, fueron similares, con la única excepción de HBoV, descubiertos en 2005 (Tabla 1), que discutimos más adelante. Feng et al. [9] describieron en detalle la distribución de los IRA causantes de hospitalización por grupo de edad: observaron que el VRS se observó predominantemente en los jóvenes y ancianos, y la gripe, aunque significativa en los jóvenes fue notablemente más predominante en los ancianos. Interesantemente observaron que la codetección de virus tendía a ocurrir con mayor frecuencia en los grupos de edad más jóvenes, especialmente en los menores de cinco años. Infecciones por rinovirus (el resfriado común) de la VHR, a menudo considerado trivial puede contribuir significativamente a faltar días de trabajo y escuela, aunque las infecciones son típicamente autolimitables [7]. Las infecciones por VFC a lo largo del año y en muchos casos, se manifiestan con síntomas como congestión nasal, rinorrea, estornudos, dolor de garganta y tos. Se sabe que la VFC es la causa principal de la IAR y un factor contribuyente grave en exacerbaciones de la enfermedad atópica, por ejemplo, asma, así como otras afecciones como la enfermedad pulmonar obstructiva crónica (EPOC) [10] [11] [12] [13]. Las infecciones por VFC están asociadas con implicaciones económicas significativas, además de ser un importante contribuyente a la sinusitis, otitis media, bronquitis y neumonía primaria [14] [15] [16]. La VFC es una causa considerable de morbilidad en grupos específicos de riesgo como los lactantes, los ancianos, inmunocomprometidos y, como ya se ha mencionado, enfermedades respiratorias crónicas como el asma, la EPOC y la fibrosis quística. En la actualidad, la VFC se considera la causa número uno de exacerbaciones del asma [15] [16] [17] [18] [19]. El asma es una enfermedad compleja, caracterizada por la inflamación crónica de las vías respiratorias, y un historial de síntomas respiratorios como sibilancia, dificultad para respirar, opresión torácica y tos. Con el tiempo estos síntomas pueden variar en su intensidad [20]. Cada año más de 300 millones de personas en todo el mundo se ven afectadas por el asma: aproximadamente 250.000 personas mueren como resultado. Muchas muertes se deben a cuidados médicos subóptimos a largo plazo y retrasos en la obtención de ayuda durante exacerbaciones graves de la enfermedad [21]. El modelo de desafío humano se ha utilizado para investigar la patogenicidad viral [22] [23] [24] [25] [26] y publicaciones recientes sobre el modelo de desafío asmático se han centrado en cómo el huésped asmático responde a la infección por VFC. Se está trabajando en la susceptibilidad al empeoramiento del asma inducido por virus [27, 28] la disregulación inmune innata [29] y la inducción de respuestas innatas y tipo 2 en las secreciones epiteliales nasales y bronquiales [30]. La patogénesis de la infección rinoviral, junto con otros IRA, en exacerbaciones de la enfermedad de las vías respiratorias, se ha investigado ampliamente. A pesar de trabajos previos de investigación sobre múltiples antivirales de pequeñas moléculas, como pleconaril que han sido probados utilizando tanto el modelo experimental de desafío como estudios de campo [35] [36], actualmente no hay tratamiento autorizado para infecciones por VFC Otros compuestos han sido probados contra la VFC, como Vapendavir (BTA798), que impidió la liberación de ARN viral en la célula diana y demostró una reducción de la carga viral máxima en el modelo HVC [38]. Un estudio posterior en asmáticos se completó y aunque no se publicó el compuesto tuvo un efecto limitado [39]. Pirodavir una molécula de unión capsid intranasal alcanzó ensayos clínicos de fase 3 para la prevención y tratamiento de la VFC en la década de 1990. Aunque el compuesto disminuyó la replicación viral y eliminación, no mostró una reducción significativa en la duración o gravedad de los síntomas [40, 41]. Un inhibidor de la proteasa, rupintrivir que previene la escisión de proteínas virales necesarias para la replicación fue probado en un ensayo de desafío de VFC. Rupintrivir fue bien tolerado y redujo la carga viral y los síntomas respiratorios [36]. Sin embargo, en estudios de infección natural, no afectó significativamente la carga viral ni la gravedad de los síntomas [42]. Tratamientos como los productos que contienen zinc ahora están ampliamente desacreditados como lo demuestra la retirada de un informe Cochrane y editorial JAMA [43] [44] [44]. El tratamiento actual de las infecciones por VFC consiste principalmente en medicamentos de venta libre (OTC) para controlar los síntomas. También no hay una vacuna autorizada, y si bien ha habido algún progreso en el desarrollo de vacunas multivalentes [46], el desarrollo en esta área se ve obstaculizado por el número total de serotipos que necesitan ser cubiertos (en A pesar de que la VFC está asociada con hasta el 50% de las exacerbaciones del asma en adultos y hasta el 80% de las exacerbaciones de la niñez, no existen terapias asmáticas específicas de la VFC [34]. A medida que mejor comprendemos la interacción entre el virus y el huésped, nuevas terapias como los anticuerpos monoclonales (anti-IgE [omalizumab] y anti-IL-5 [mepolizumab]) junto con pequeñas moléculas dirigidas cuidadosamente a vías de señalización inmunológica específicas, el tratamiento profiláctico específico de la VFC puede volverse práctico [47] [48] [48] [49] [50]. Para evitar exacerbaciones, el diseño de nuevos tratamientos podría mejorar la eficacia tanto actuando directamente para inhibir la replicación viral como aliviando los síntomas del asma y la EPOC [51]. El virus de la gripe es un patógeno humano bien conocido y puede causar morbilidad y mortalidad En 2009, el primer virus pandémico del siglo XXI hospitalizó entre 195.000 y 403.000 en Estados Unidos, lo que resultó en 8.870 y 18.300 muertes a mediados de 2010 [52]. Un análisis global agrupado de la Organización Mundial de la Salud (OMS) de 70.000 pacientes con pandemia de H1N1 hospitalizados confirmados en laboratorio de 19 países reveló que de los 9.700 pacientes ingresados en unidades de cuidados intensivos murieron 2.500, y que la obesidad mórbida podría ser un factor de riesgo para la hospitalización y/o la muerte [52]. La obesidad se confirmó como un factor asociado con una mayor probabilidad de ingreso al hospital en pacientes infectados con gripe [53]. La pandemia de 2009 se consideró leve. Sin embargo, se observó la curva clásica de distribución de la edad en forma de W de infección para un virus pandémico, es decir, una alta mortalidad en los más jóvenes y los mayores, La pandemia, al igual que los brotes anteriores, se produjo en oleadas sucesivas, pero a pesar de las políticas nacionales que favorecen el uso de medicamentos antivirales, pocos pacientes los recibieron antes de su ingreso en el hospital, y muchos recibieron antibióticos [54]. La falta de eficacia real o percibida de los antivirales actualmente disponibles en el mundo real conduce al uso excesivo de antibióticos y a los problemas posteriores que pueden surgir [55] [56]. La morbilidad y mortalidad estacional anual de la gripe resulta en hospitalización y muerte principalmente entre los grupos de alto riesgo. Se estima que cada año las epidemias de gripe estacional producen entre 3 y 5 millones de casos de enfermedad grave y entre 290.000 y 650.000 muertes en todo el mundo [58]. En los primeros países del mundo / industrializados, la mayoría de las muertes asociadas con la gripe ocurren entre las personas de 65 años o más [59]. En muchos países, las clínicas El virus en sí mismo ha sido bien caracterizado, y las dos proteínas superficiales, la hemaglutinina (HA) y la neuraminidasa (NA) son importantes tanto en el desarrollo de la vacuna como en el antiviral [61]. Los efectos de las epidemias estacionales de gripe en los países en desarrollo no son plenamente conocidos, pero la investigación estima que el 99% de las muertes en niños menores de 5 años de edad con infecciones de las vías respiratorias inferiores relacionadas con la gripe se encuentran en los países en desarrollo [59, 62]. Actualmente existen vacunas y antivirales para la prevención y el tratamiento de la gripe, pero ambas tienen limitaciones de eficacia debido a la rápida evolución del virus a medida que muta anualmente y a la repentina aparición inesperada de cepas pandémicas de gripe. En particular, el fracaso de la vacuna a lo largo de la temporada invernal de 2014-2015, donde la eficacia global ajustada fue del 23% [intervalo de confianza del 95% 14, 31] [63] es memorable. En un año de desajuste, la tasa de mortalidad aumenta en las poblaciones de mayor riesgo [64, 65]. El problema de asegurar que la vacuna estacional se ajuste correctamente a la próxima cepa circulante pone de relieve la necesidad de un rápido desarrollo de vacunas interestacionales/universales y también la necesidad de una forma de probar su eficiencia de forma rápida y precisa antes de que se inicie la larga y costosa producción en masa que lleva muchos meses [66, 67]. Existen fármacos antivirales de los que actualmente se utiliza más comúnmente el inhibidor de la NA oseltamivir. Esto es activo contra todos los subtipos conocidos de gripe de la NA, y por lo tanto se asumiría contra todas las cepa Pueden tener un efecto decreciente con la aparición de cepas de gripe resistentes en las que la proteína NA cambia evitando la unión eficiente a oseltamivir y por lo tanto su capacidad para inhibir la actividad esencial de la NA viral. Por ejemplo, una mutación genética conocida como 'H275Y'a sustitución de la histidina por tirosina en la posición NA 275 -confiere una ventaja evolutiva para el virus incluyendo la gripe H1N1 2009 [68]. Durante la temporada de gripe 2013-2014, 59 (1,2%) de 1.811 aislados de virus de influenza A(H1N1) pdm09 en 20 de 50 estados de EE.UU. tuvieron la sustitución de resistencia a oseltamivir H275Y. No hubo aislados resistentes a zanamivir [69]. Aunque los estudios en animales han demostrado una transmisión limitada de virus mutantes [70, 71], se cree que el aumento de la resistencia a oseltamivir puede deberse a la transmisión comunitaria [72, 73] en lugar de la mutación H275Y que se fija en el genoma viral. La revisión sistemática y el metaanálisis sistemáticos sistemáticos de los datos publicados a partir de 2000 llegaron a la conclusión de que la mayoría de las muertes infantiles asociadas al VRS se producen especialmente en lactantes prematuros y en lactantes de hasta 1 año de edad [62, 74]. Una vacuna materna eficaz contra el VRS o anticuerpo monoclonal podría tener un efecto sustancial en la carga de la enfermedad en este grupo de edad [75]. El anticuerpo monoclonal específico del VRS palivizumab está aprobado para la prevención de la IRR grave causada por el VRS en lactantes susceptibles. El beneficio económico en un entorno sanitario del Un estudio de cohorte de un solo centro en 22 lactantes no mostró diferencias en los resultados del tratamiento para pacientes que recibían palivizumab en comparación con pacientes que sólo recibían tratamiento "estándar de atención" [77]. A pesar de la falta de evidencia para el beneficio clínico, los datos post-licensure apoyan el uso de palivizumab para reducir las hospitalizaciones asociadas al VRS en lactantes prematuros menores de 33 semanas y en niños con enfermedades pulmonares y cardíacas crónicas [78]. Es importante destacar que el virus mutante resistente al palivizumab rara vez se ha aislado en especímenes clínicos [79]. El tratamiento con RSV ribavirina se limita debido a la dificultad con el suministro de aerosoles, el costo y el daño potencial para los trabajadores sanitarios, a pesar de que el tratamiento no declarado de los pacientes inmunocomprometidos ha tenido un éxito razonable. A pesar del llamado al desarrollo acelerado de estrategias de prevención y tratamiento para una vacuna RSV efectiva para niños [81], la investigación se ha estancado durante décadas desde la muerte en la década de 1960 de dos sujetos en un estudio clínico. Estos sujetos fueron infectados con una infección RSV adquirida por la comunidad después de recibir la vacuna candidata a RSV formalin inactivada y alumcipitada por los Institutos Nacionales de Salud de los Estados Unidos (NIH). A diferencia de la gripe para la que las vacunas hasta la fecha han demostrado ser moderadamente eficaces pero que necesitan mejora, las vacunas RSV requieren una investigación sustancialmente mayor. Actualmente no hay una vacuna autorizada para RSV; la vacuna candidata más avanzada recientemente no ha demostrado eficacia en un estudio de campo [82]. Se requieren tratamientos eficaces con urgencia. El RSV es, incluso entre los profesionales de la salud, considerado una enfermedad infantil y otros confundadores han oscurecido la comprensión de las El VRS es mal entendido como una enfermedad en ancianos [83], y si bien la morbilidad y mortalidad en niños son de importancia, se ha demostrado claramente que el VRS tiene una carga de salud comparable a la gripe en ancianos [84]. Como ejemplo, se realizó un estudio reciente en pacientes adultos (≥18 años) ingresados en un servicio de urgencias con sospecha de IRA durante 2013-2015 (N = 3743), se utilizó PCR multiplex para diagnosticar la causa de la infección respiratoria. Se identificaron 87 pacientes con VRS. Se utilizó un grupo comparador con gripe (n = 312). Basado en una variable de mortalidad de 20 días por todas las causas, los pacientes adultos tenían menos probabilidades de ser diagnosticados con VRS que con gripe (2.3 vs 8,3%, respectivamente), también eran mayores, a menudo diagnosticados con neumonía, EPOC, hipoxemia y coinfección bacteriana. La infección por VRS en las personas de edad avanzada se asoció significativamente con un mayor riesgo de muerte que la gripe estacional, ajustada por posibles confusiones y comorbilidades. [85] La importancia clínica de las coinfecciones virales/bacterianas ha sido un tema controvertido desde hace mucho tiempo. Si bien la neumonía bacteriana grave tras la infección por gripe ha sido bien descrita, las asociaciones son menos claras entre las infecciones causadas por virus comunes en niños pequeños; las infecciones secundarias debidas a otros virus son menos comprendidas y han sido revisadas por otros [86]. Aunque la evaluación de la contribución global de las bacterias a la gravedad de la enfermedad se complica por la presencia de muchos factores de confusión en los estudios clínicos, la comprensión del papel de las coinfecciones virales/bacterianas en la definición del resultado de la IRA pediátrica puede revelar estrategias nuevas de tratamiento y prevención, mejorando los resultados de los pacientes [33, [86 En una publicación reciente (2017) se consideró el papel de la colonización bacteriana con Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae y Moraxella catarralis durante la infección respiratoria superior vírica sintomática y asintomática en la nasofaringe de niños de 4 a 7 años de edad durante la URI y cuando bien. Utilizando una PCR multiplex, se detectó el virus en cerca del 80% de las infecciones del tracto respiratorio superior (URI) en los niños y también se puede detectar en la nasofaringe del 30% de los niños asintomáticos. Los "niveles" de las tres bacterias fueron más altos durante las visitas agudas de URI en comparación con las visitas de vigilancia asintomáticas de los niños. Sin embargo, cabe señalar que incluso durante las visitas de seguimiento asintomáticas, si el virus estaba presente, todas las bacterias se detectar [8] reportan la incidencia de HBoV después de su identificación en 2005 de las muestras de vías respiratorias de niños, como un patógeno respiratorio importante en los niños. Sin embargo, el papel de este virus por sí solo como patógeno de significación fue inicialmente poco claro, la coinfección con otros virus o bacterias fue común y confuso. Moesker et al. [97] estudiaron si el HBoV solo podía causar infecciones respiratorias agudas en los niños. Utilizando la secuenciación de la próxima generación (NGS), pudieron excluir las coinfecciones entre los ingresados en la unidad de cuidados intensivos y estudiaron las cargas virales del HBoV. De los 990 niños que dieron positivo para un virus respiratorio por RT-PCR, HBoV y RSV fueron detectados en 178 y 366 de los niños respectivamente. Cuarenta y nueve pacientes positivos del HBoV y 72 pacientes positivos del RSV fueron ingresados en la Siete casos infectados por HBoV con IAR grave no tuvieron ninguna otra coinfección (7/49, 14%). Es importante destacar que estos niños no tenían otro virus detectable determinado por el SGN altamente sensible. Además, tenían cargas de HBoV mucho más altas que otros pacientes positivos para el VHBo, es decir, aquellos con una coinfección. Aunque pequeño, este estudio proporciona un fuerte apoyo que HBoV puede causar IAR grave en niños sin coinfecciones virales y bacterianas. Historia del modelo de desafío viral humano Desde que Sir Edward Jenner realizó el primer estudio documentado de HVC con viruela el 14 de mayo de 1796 la utilidad de tales estudios ha sido evidente [98]. Más de un siglo más tarde, Sir Christopher Andrews regresó de los EE.UU. en 1931 había observado el uso de chimpancés en el estudio de la gripe. El financiamiento para un trabajo similar en el Reino Unido fue insuficiente, y por lo tanto Sir Christopher inscribió estudiantes del Hospital de St Bartholomew en Londres. Explicó que lo mejor sería un estudiante de "Bart" como "eran más baratos que los chimpancés". Más de 100 estudiantes se matricularon inmediatamente, pero continuaron sus estudios y no fueron aislados de la misma manera que los chimpancés habían estado en los EE.UU. [99]. Desafortunadamente los investigadores creían que los síntomas observados pueden no haber sido debido al virus del desafío, pero otras infecciones respiratorias adquiridas en la comunidad, confundiendo así los estudios. Un año más tarde el Consejo de Investigación Médica del Reino Unido (MRC) terminó el trabajo. Después de la conclusión de la Segunda Guerra Mundial, la retirada de las tropas estadounidenses del Reino Unido dejó la unidad de campo de la Cruz Roja Americana 'Harvard Hospital' en la llanura Salis El hospital se convirtió en la Unidad de Frío Común (CCU) dirigida por el Dr. David Tyrell, desde 1946, los voluntarios fueron inoculados infundiendo pequeñas cantidades del virus en sus narices [100]. La CCU albergó voluntarios sanos en relativo aislamiento de otras personas, reduciendo así el riesgo de contacto con fuentes de infección adquiridas por la comunidad o de que pasaran el virus a miembros del público. La unidad fue finalmente cerrada en 1989; durante cuatro décadas de investigación, atrajo a 20.000 voluntarios. Su investigación contribuyó a una mejor comprensión de los virus respiratorios, el ciclo vital viral, las posibles vacunas [101] así como el primer compuesto antiinfluenza autorizado amantadina [102]. El uso de voluntarios sanos en el modelo HVC proporcionó, y aún ofrece, una oportunidad única para describir el ciclo vital viral. Los investigadores conocen con certeza el tiempo de infección, la eliminación de virus nasales se puede medir, los síntomas se registran prospectivamente, y los participantes se seleccionan con baja inmunidad preexistente al virus del desafío para asegurar una tasa de infección estadísticamente significativa con un pequeño número de voluntarios. Así, tales estudios pueden maximizar los datos de seguridad y eficacia obtenidos, minimizando el riesgo de estudio de voluntarios y financiación limitada de la investigación. Aunque el IgG sérico, para el virus de la gripe, se midió tradicionalmente a través del ensayo de HAI, ya que los criterios de entrada para los voluntarios en los estudios, los ensayos de microneutralización se utilizan para RSV y HRV. Otro trabajo sugiere que la detección de anticuerpos a la proteína superficial de la gripe NA debe considerarse [103] o respuestas de células T a proteínas internas [104]. Estos estudios contribuyeron al desarrollo significativo de los nuevos inhibidores de la NA durante la década de 1990, incluyendo el fármaco inhalado zanamivir y el fármaco disponible por vía oral oseltamivir [105] [107] [108] [108] [109] [119] [112] [113] [113]. Sin embargo, también continuaron los estudios en el Reino Unido, específicamente en la Universidad de Southampton, que realizó un trabajo importante en voluntarios atópicos, demostrando que tenían resfriados más graves cuando se les retaba experimentalmente con rinovirus, que con controles no atópicos [115]. El virus experimental de la gripe A/Texas H1N1 que se utilizó con éxito durante la década de 1990 estuvo implicado en el desarrollo de miocarditis en un sujeto infectado experimentalmente, aunque nunca se demostró una relación causal [116]. La mayoría, si no todos, los virus de desafío se fabrican de acuerdo con el estándar Good Manufacturing Practice (GMP). Aunque la inoculación nasal controlada difiere de la infección natural en la que la exposición a cantidades variables del virus puede ocurrir en varios sitios de la mucosa - el modelo desarrollado de HVC utilizado en estudios de desafío imita la enfermedad natural en la medida de lo posible [25, 117, 118]. Hemos descrito la producción de un nuevo stock de GMP de virus utilizando un aislamiento de HRV-16 de una voluntaria sana infectada experimentalmente de 18 años, proporcionado por colegas de la Universidad de Hospital Infantil de Virginia, EE.UU.. Es importante destacar que la muestra clínica se proporcionó con el historial médico apropiado y el consentimiento del donante. Fabricamos este nuevo stock de HRV-16 por el paso mínimo en una línea celular WI-38, para reducir el riesgo de mutaciones durante el proceso Good Manufacturing Después de haber sometido primero el stock a rigurosas pruebas de agentes adventicios y determinar la idoneidad del virus para el uso humano, hemos realizado un estudio clínico inicial de "seguridad y patogenicidad" en voluntarios adultos en una instalación de cuarentena clínica especializada en Londres [118]. Nuestro grupo inició estudios de CVH en el Reino Unido en 2001, y desde entonces hemos realizado múltiples estudios con más de 2.500 voluntarios inoculados con gripe, virus respiratorio sincitial (RSV) o rinovirus humano (HRV), y hemos proporcionado numerosas pruebas de concepto [119] [112] [121]. El modelo de desafío viral humano: acortar la vía de desarrollo de fármacos para la infección por IRAs Influenza, VRS y VHR tienen una sintomatología similar, pero esto difiere en gravedad y predominio de síntomas superiores, inferiores o sistémicos como ha sido descrito por el Centro para el Control de Enfermedades [122]. Sin embargo, no es fácil diagnosticar entre las diferentes etiologías de las IRA, y se necesitan mejores diagnósticos [123]. Los síntomas son comunes a cada infección y se manifiestan en un gradiente. Generalmente, pero lejos de siempre, la infección por gripe es más probable que resulte en que un paciente se sienta tan mal como para tomar a su cama y tener una fiebre, que el VRS, una VFC, una VOC u otra infección común por virus del frío, durante la cual la vida diaria suele ser menos afectada. Existen diversos modelos animales para investigar virus respiratorios como la gripe [124] [125] [126], el VSR [127] [128] [130] [133] [133] [135] [135] [135] [137] [137] [137], la VHR [22, [138] [139] [139] [140]. Ningún animal ofrece una plataforma para todos los virus respiratorios que infectan a los seres humanos, y existen diferentes modelos animales para el mismo virus, que pueden dar resultados diferentes, a menudo contradictorios. Además, los principios de las 3R (Reemplazo, Reducción y Refinamiento) se desarrollaron hace más de 50 años para proporcionar orientación y garantizar la investigación animal humana. Con el tiempo se han convertido en legislación/regulación nacional e internacional. Las políticas de las organizaciones que financian o llevan a cabo la investigación animal incluyen estos principios como parte de la condición de la financiación [141]. La sintomatología compartida de virus respiratorios requiere una única plataforma de investigación estándar que se puede utilizar para evaluar la patogénesis de enfermedades respiratorias y la eficacia de los candidatos terapéuticos. El uso de una instalación de aislamiento de 24 dormitorios en suite dedicada, construida específicamente, en la que los voluntarios cuidadosamente analizados pueden ser inoculados con seguridad con virus de desafío y monitoreados intensivamente puede ayudar a reducir el uso de animales al tiempo que proporciona una única plataforma de investigación consistente con terminales evaluables estandarizados para la investigación de virus respiratorios. Además, hemos utilizado una tarjeta de diario estandarizada en nuestros estudios, que permite comparar los síntomas que cada virus causa y la eficacia de la terapia que se está probando. Hemos incluido una copia de la tarjeta de diario en el archivo adicional 1.Es difícil evaluar la eficacia de una terapia antiviral específica "en el campo" debido a la presencia de coinfecciones comunitarias circulantes de diferente etiología microbiana.El modelo HVC permite la oportunidad de estudiar un virus en aislamiento.Los estudios de HVC y estudios de campo son estratos de investigación complementarios necesarios para el desarrollo de terapias 1 ) se administra a voluntarios sanos una terapia de investigación ya sea antes (ensayos de profilaxis) o después (ensayos de tratamiento) de inoculación con la cepa de desafío específica del virus. Los virus utilizados en el modelo HVC no se atenúan y producen síntomas consistentes con ARA clínicamente observada [25, 117, 118]. Cada virus se propaga bajo condiciones de GMP, con un número mínimo de pasajes de los aislados a las poblaciones de desafío [118, 142]. Las pocas mutaciones que ocurren dentro del virus se seleccionan rápidamente debido a un cuello de botella genético, con la consecuencia de que el virus en el huésped humano se considera de tipo salvaje [143]. La similitud entre el virus recuperado del huésped inoculado y la cepa de referencia del virus del iniciador proporciona la garantía de que el proceso de enfermedad del modelo está estrechamente alineado con la cepa de virus de referencia y no Un modelo como el HVC permite la evaluación rápida de nuevas terapias. El modelo abrevia las fases de desarrollo clínico preclínico y temprano al proporcionar una mejor comprensión de la interacción inicial del huésped y patógeno y tiene el potencial de hacer las vacunas y medicamentos necesarios más rápidamente disponibles que los enfoques tradicionales de desarrollo de otro modo podría. La reducción de la vía de desarrollo tradicional a través del uso temprano de un estudio Test of Concept (PoC) que incorpora el modelo HVC (Fig. 2) proporciona variables evaluables esenciales. A diferencia de los estudios convencionales de fase 1, que rara vez incluyen una evaluación de la eficacia, casi todos los estudios de HVC incluyen variables de eficacia evaluables como la reducción de la carga viral del AUC (principalmente recuperada de muestras del tracto respiratorio superior como lavado nasal o torunda nasofaríngea), síntomas auto-reportados voluntarios, puntuación de síntomas pico, puntuación total de síntomas, entre otros. Los datos de seguridad y farmacodinámica (PC) y farmacodinámica (PD) resultantes en condiciones controladas, orientan las decisiones sobre si avanzar o no a los estudios de campo, proporcionando un conjunto de datos más valioso inmediatamente después, o incluso como parte del estudio de seguridad de la fase 1 convencional. El modelo HVC también abre una ruta de desarrollo diferente junto con la fase 1 tradicional, permitiendo el progreso rápido a los estudios de fase 2b impulsados estadísticamente que generarán los datos de eficacia necesarios para apoyar la concesión de licencias, al tiempo que proporcionan datos de seguridad adecuados. La guía de la FDA sobre el desarrollo de terapias contra la gripe [144] establece que los ensayos de desafío no pueden sustituir a los ensayos de eficacia (fase 2). Las directrices indican que los ensayos de desafío pueden proporcionar información útil sobre la respuesta a la exposición y la seguridad, así como una oportunidad de demostrar la actividad antiviral farmacológica en seres humanos en condiciones controladas fuera de la Específicamente, los datos de los ensayos de desafío pueden contribuir a la selección de dosis para los ensayos de fase 2b y fase 3, y proporcionar la oportunidad de explorar los efectos de diferentes momentos de inicio del fármaco en relación con la exposición al virus..." Los refinamientos de los ensayos de desafío están cerrando la brecha entre el modelo de infección experimental y el entorno natural de la infección. La duración del estudio de HVC de varias semanas es menor que un estudio de fase 2 basado en el campo que espera un brote natural del virus y cuya duración puede ser de varios meses/años. Estos estudios ahorran Fig. 1 El Modelo de Desafío Viral Humano. El estudio típicamente consiste en insumos, como los voluntarios, sus criterios de selección, aislamiento en cuarentena y exposición a un virus GMP. Hay dos opciones de tratamiento: una vacunación/profilaxis con un tratamiento antiviral o b con un antiviral. X es el número de días antes de la vacunación por exposición al virus puede ocurrir. Y es el número de días después de la exposición al virus que un voluntario puede ser seguido para el tiempo de desarrollo cuando la transición entre las fases está totalmente optimizada. Importantemente, a diferencia de los estudios tradicionales de fase 1b/fase 2, los estudios de HVC no dependen de un brote natural de infección, que puede ocurrir al azar, y para el cual el tiempo exacto de infección puede no ser evidente. Proporcionan variables evaluables, datos comparativos de PD y PK, junto con datos biomarcadores adicionales sobre el rendimiento del producto en humanos. Sin embargo, debe afirmarse que la mayoría de estos estudios matriculan a adultos jóvenes sanos que de otra manera implican que el resultado de la infección en el grupo placebo puede ser visto como leve a moderado, en cierta medida. La seguridad de los voluntarios debe seguir siendo la prioridad de los investigadores. El modelo de HRV/HVC puede ser una herramienta potente, no sólo para estudiar la infección y enfermedad por HRV, sino también para investigar los mecanismos de exacerbación en pacientes con enfermedad respiratoria crónica y realizar estudios de eficacia para nuevas terapias. Se ha demostrado que los estudios de desafío humano con HRV producen infección en más del 90% de los sujetos serológicamente susceptibles y dan lugar a un síndrome clínico comparable al reportado con resfriados naturales [145, 146]. Los síntomas suelen aparecer dentro de las 24 horas y máximo a las 48-72 horas después de la inoculación. El derrame de virus sigue un patrón similar al de sus síntomas. En los últimos tiempos, se han notificado varios cientos de inoculaciones de sujetos adultos y han establecido esto como un método seguro y eficaz para estudiar la enfermedad relacionada con HRV en sujetos sanos y asmáticos [145]. Estos estudios han proporcionado una base de conocimientos para seguir desarrollando el modelo experimental de VFC y proporcionar una herramienta controlada y útil para desarrollar nuevas terapias para las áreas de la enfermedad asociadas a la infección por VFC. Se necesitan urgentemente nuevos tratamientos para el asma y la EPOC, y los pequeños modelos animales de asma son poco predictivos de eficacia. La mayoría de los fármacos que son eficaces en estos modelos animales no se encuentran eficaces en etapas posteriores de desarrollo en humanos. Se necesitan modelos que sigan más de cerca las características clínicas del asma humana y la EPOC [32, [147] [148] [149] [150] [151] ]. Ya hemos descrito fármacos antivirales contra la gripe actuales que pueden acortar la enfermedad y reducir la gravedad de los síntomas si se toman lo suficientemente temprano después de la infección, y su uso profiláctico puede disminuir el riesgo de infección; su utilidad ha sido debatida sin embargo [152]. Las dos clases principales de fármacos antiinfluenza actualmente eficaces son los inhibidores de la NA, como el zanamivir (RelenzaTM), el oseltamivir (TamifluTM), el peramivir (RapivabTM) [153] y los inhibidores de la M2, aunque la resistencia al fármaco hace inutilizable esta clase [154]. Recientemente se ha utilizado ampliamente el modelo HVC para evaluar nuevas clases de compuestos antivirales contra la gripe, incluidos los anticuerpos monoclonales experimentales dirigidos a los epitopes dentro de la parte altamente conservada y expuesta de la superficie viral de la M2 Fig. 2 El papel del modelo HVC en la vía de desarrollo clínico. Prueba de corta duración de los estudios conceptuales, que incorporan el modelo HVC, típicamente incluyen un pequeño número de sujetos. La seguridad resultante y, en particular, los datos de eficacia pueden orientar con mayor precisión las decisiones sobre si exponer a un mayor número de sujetos a prometedores candidatos terapéuticos en estudios de campo que los datos de seguridad convencionales de la fase 1 por sí solos de otra manera podrían ser proteínas [155, 156] el tallo conservado de la HA [157] y fármacos antivirales de pequeña molécula que se dirigen a la polimerasa viral, por ejemplo favipiravir [158]. El modelo HVC permite la evaluación rápida de nuevos compuestos terapéuticos que pueden ser difíciles de evaluar en el campo, debido a la naturaleza de los grupos de "riesgo", por ejemplo pediatría. Específicamente, y dada la experiencia histórica descrita con vacunas RSV, es importante que el beneficio pueda demostrarse primero en una población sana. En el pasado, a diferencia de la gripe y la VHR, el modelo HVC no se ha utilizado habitualmente con Durante algún tiempo hemos querido reiniciar los estudios de HVC/RSV en la Universidad de Londres, los dos desafíos significativos que habían paralizado el desarrollo antiviral para RSV presentaron una necesidad de investigación considerable. En asociación con el laboratorio DeVincenzo de la Universidad de Tenessee y la compañía de biotecnología Alnylam, nos pusimos a diseñar posiblemente el primer estudio HVC/RSV. Alnylam fue pionero en el uso de interferencia de ARN (RNAi) que es un mecanismo natural que regula la expresión de proteínas y está mediado por pequeños ARNs interferentes (siRNA). Trabajando con ambos grupos, fabricamos un virus tipo A de RSV a GMP estándar y lo titulamos en 35 voluntarios humanos que dividimos en cinco grupos, cada uno de los cuales fue inoculado intranasalmente con aumento del título (3.0-5.4 unidades formadoras de placa de registro/ En general, en este nuevo modelo, el 77% de los voluntarios despojaron constantemente del virus. La tasa de infección, las cargas virales, la gravedad de la enfermedad y la seguridad eran similares entre las cohortes y no guardaban relación con la cantidad de VRS recibida. Los síntomas comenzaron poco después de la detección viral inicial, alcanzaron un máximo de gravedad cuando la carga viral alcanzó su punto máximo y disminuyeron lentamente a medida que declinaban las cargas virales. Concluimos que, independientemente del título administrado una vez establecidas las infecciones, la enfermedad motivó la carga viral. No se observaron eventos adversos relacionados con el virus [25]. Utilizando este nuevo modelo se llevó a cabo un estudio clínico de VCH y se demostró por primera vez que un ARNi tenía una actividad antiviral significativa frente a la infección por VRS humana, lo que estableció la primera prueba de concepto para un RNAi terapéutico en adultos humanos [ Un editorial en el American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine, describió la utilidad del modelo HVC/RSV diciendo: "Este modelo permite el estudio relativamente rápido y eficiente de nuevas terapias en humanos y ayuda a tomar decisiones críticas sobre si avanzar un producto en costosos ensayos humanos en poblaciones con mayor riesgo de enfermedad; niños, ancianos o pacientes inmunocomprometidos, lo que constituye un avance importante y bienvenido en el campo de la VRS." [81] Es notable que dos compuestos que tienen modos de acción distintos han sido evaluados recientemente utilizando el modelo HVC. ELAS analógico nucleósido de primera clase-008176, cuya eficacia fue demostrada por primera vez en el modelo HVC, está actualmente en evaluación en bebés hospitalizados [160, 161]. El ensayo HVC fue de diseño aleatorio, doble ciego, y estudiado adultos sanos inoculados con RSV Memphis 37B [ Un total de 62 participantes recibieron ALS-008176 o placebo durante cinco días después de la confirmación de la infección por VRS por PCR (ensayado dos veces al día después de la inoculación). La variable principal fue el área bajo la curva (AUC) para la post infección por carga viral. Se demostró un aclaramiento más rápido del VRS y una mayor reducción de la carga viral, con mejoras concomitantes en la gravedad de la enfermedad clínica, en los grupos tratados con ELS-008176 en comparación con el grupo placebo [160]. El muestreo intensivo permitió identificar rápidamente cualquier posible mutación asociada con resistencia. No se observaron mutaciones resistentes [160]. También se evaluó un inhibidor de la entrada del VRS, GS-5806, una segunda molécula, primera en su clase. Entre los 54 sujetos que recibieron tratamiento activo, menor carga viral, menor peso total de mucosidad y menor puntuación de síntomas del AUC fueron muy significativos Con base en estos datos del estudio de desafío, esta terapéutica también está progresando en estudios de campo potencialmente pivotales [162]. Un elemento esencial del diseño en ambos estudios fue el momento de la primera administración de la inoculación terapéutica del virus post-experimental; el momento fue dependiente de la detección del virus en muestras de lavado nasales después de la inoculación del virus de desafío mediante un ensayo rápido de PCR [163], en lugar de en un momento arbitrario. Posteriormente, el tratamiento se administró cada 12 horas. El tiempo cuidadoso de la dosis, en un punto clínicamente relevante de detección, contribuyó a los resultados positivos de ambos estudios. También se cree que al utilizar este modelo de "dosificación acelerada", mejor imitaba lo que ocurriría en un entorno clínico ya que se sabe que los síntomas aparecen poco después de la aparición del virus. El modelo HVC no se limita a compuestos antivirales nuevos, sino que también es importante para A diferencia de los estudios de campo, los estudios de HVC son herramientas útiles para evaluar las correlaciones de protección, vitales para el desarrollo de la vacuna [103, 104, 164]. Específicamente, se ha destacado la importancia de las respuestas humorales y celulares junto con la inmunidad preexistente de células T para otros virus respiratorios [104]. Una publicación reciente describe el uso del modelo de HVC para demostrar la eficacia de una nueva vacuna trivalente inactivada por proteosoma intranasal (P-TIV). En dos estudios separados, sujetos seleccionados que fueron naïve al virus A/Panamá/2007/1999 (H3N2) fueron dosificados por medio de aerosol nasal con uno de los tres regímenes de P-TIV o placebo. Juntos, los estudios evaluaron una o dos dosis, 15 μg o 30 μg, una sola vez o dos veces con 14 días de diferencia (1 x 30 μg, 2 x 30 μg, 2 x 15 μg) y los sujetos fueron desafiados con el virus A/Panamá/2007/1999 (H3N2). Las respuestas inmunitarias a los antígenos de la vacuna se midieron mediante el ensayo de inhibición de la hemaglutinación (HAI) y los anticuerpos del secretario de lavado nasal IgA (sIgA). La eficacia de la vacuna osciló entre el 58% y el 82%, comparable a las vacunas tradicionales. Los estudios también demuestran que la protección contra enfermedades asociadas con la evidencia de infección por gripe se correlacionaron significativamente con los títulos de HAI (p = 0,0003) y IgA mucosal (p ≤ 0,0001) Los niveles de HAI y sIgA estaban inversamente relacionados con las tasas de enfermedad. Estos estudios demostraron la eficacia de esta nueva vacuna intranasal y respondieron a algunas preguntas importantes sobre las verdaderas correlaciones de la protección contra la infección por gripe que ayudarán a impulsar el diseño futuro de la vacuna. Además de alcanzar sus objetivos principales, revelaron información valiosa sobre las correlaciones de la protección y ayudará, esperamos, al diseño futuro de la vacuna [164]. Una vacuna contra la gripe interestacional o universal es desesperadamente necesaria; salvará muchas vidas, ya sea en aquellos años inesperados cuando la composición recomendada no coincide, o cuando se produce una pandemia, como lo hizo en 2009. La importancia de la pandemia de 1918 [165, 166] lo deja muy claro; hasta 100 millones de personas murieron. Una vacuna universal es una vacuna que se puede preparar para lo inesperado, un virus que ocurre debido a la reasignación de genes virales de diferentes especies El modelo HVC es posiblemente la única manera de probar inicialmente tal vacuna universal. Un candidato universal podría generar una respuesta inmunitaria contra la proteína del canal iónico del virus altamente conservada M2, [167] [168] [169] [170], aunque no se ha demostrado que ninguna vacuna sea efectiva en este sentido; solo los anticuerpos monoclonales tienen, el modelo HVC mostró su eficacia [156]. Alternativamente, una vacuna puede dirigirse al tallo conservado de la proteína HA [104, 171], o provocar una respuesta de células T a las proteínas internas [172] [173] [174] [175]. Todas son posibilidades que han sido y pueden ser exploradas de manera más eficiente utilizando el modelo HVC. Aunque los estudios de HVC proporcionan PoC, los investigadores, como hemos demostrado, han utilizado estándares de diseño regulatorio típicos de estudios de eficacia en fases posteriores. Con el desarrollo de la tecnología molecular, ahora es posible refinar el análisis estadístico estratificando a los sujetos sobre la base de su perfil inmunológico. Por ejemplo, ahora es posible evaluar si un sujeto está llevando otros patógenos respiratorios conocidos (bacterias, virus, etc.) y si existe un posible impacto en el conjunto de resultados del voluntario. Los sujetos a menudo dan su consentimiento para un análisis adicional de sus muestras, lo que permite construir un valioso biobanco de muestras para más pruebas. Avanzando, estas muestras permitirán el uso del modelo HVC para entender más a fondo lo que sucede cuando un virus infecta a una persona. Vale la pena señalar que el modelo HVC no se limita al trabajo de PoC sobre agentes terapéuticos potenciales; también se está utilizando ampliamente para fines de investigación, sobre lo cual se pueden construir tratamientos mejorados para virus respiratorios. En los últimos años se ha utilizado para demostrar "firmas de conmutación de genes" que podrían formar parte de un diagnóstico que revelaría a los individuos infectados antes de que se conviertan en sintomáticos, en las primeras etapas de la infección; esto podría ser de vital importancia en el caso de una pandemia [176, 177]. Además, el modelo HVC se ha utilizado para permitir una comparación de la dinámica relativa de la enfermedad de diferentes virus respiratorios [24] y para proporcionar una mejor comprensión de la interacción del virus y el huésped humano [26, 178, 179]. El modelo HVC ha aumentado nuestra comprensión del ciclo de vida viral y la patogénesis de la enfermedad en un entorno estrechamente controlado utilizando un pequeño número de voluntarios. Cada voluntario está aislado unos de otros, y la comunidad en general, asegurando que la enfermedad en cuestión sea la única de interés. La aplicabilidad del virus utilizado para desafiar a los voluntarios en el modelo HVC a un El modelo HVC proporciona cierto conocimiento del carácter del virus; el momento exacto de la infección; la mensurabilidad del desprendimiento del virus nasal; el registro prospectivo de los síntomas y la preselección de los participantes para el reto viral que son sero-adecuados. Esto asegura que se alcance una tasa de infección estadísticamente significativa con el número mínimo de voluntarios, optimizando así la relación riesgo-beneficio que apoya la determinación de la eficacia terapéutica. El diseño del estudio de la CVH es el momento en que se administra la primera dosis del producto en investigación para determinar la eficacia óptima, no sólo en el propio estudio de desafío, sino en estudios clínicos en etapas posteriores y en el uso clínico final. El modelo HVC es una herramienta importante en el desarrollo de fármacos, en particular con respecto a las infecciones respiratorias agudas. Ayuda en la comprensión de la relación entre un virus y su huésped humano y ofrece el potencial para el desarrollo de diagnósticos en etapas tempranas. Contribuye a identificar nuevas áreas para la intervención terapéutica. Posiblemente, y posiblemente, más importante, puede asegurar que los escasos recursos médicos se dirijan hacia el desarrollo clínico en etapas posteriores de una manera basada en la evidencia, y se priorizan oportunidades terapéuticas prometedoras. Un proceso de diseño cuidadoso y específico del estudio es un paso crucial hacia el resultado exitoso de un ensayo de desafío, ya que casi todos los parámetros pueden ser controlados o al menos conocidos (ya sea antes o después del hoc). Además, los resultados de estos ensayos pueden ser utilizados para tomar decisiones comerciales y pueden conducir a publicaciones importantes, ampliando la comprensión colectiva de la comunidad científica. Muestras de tales experimentos son de inmenso valor para los investigadores para la comprensión de los mecanismos de interacción del huésped y el desarrollo y validación de la terapéutica. La utilización de datos históricos recopilados consistentemente de estudios de HVC informa sobre el diseño preciso y la potencia de estudios posteriores. Los estudios de HVC han tenido éxito en proporcionar pruebas de concepto para vacunas de ADN, vacunas de células T, vacunas intranasales, anticuerpos monoclonales y pequeñas moléculas contra una gama de importantes virus respiratorios. También es alentador ver que el modelo de HVC se está expandiendo ahora a más poblaciones de pacientes, como ancianos, asmáticos y aquellos con otras enfermedades como la enfermedad pulmonar obstructiva crónica. Un archivo en expansión de datos de estudios anteriores es un activo inestimable para ayudar en la selección de voluntarios, decidir los puntos finales apropiados y refinar futuros diseños de estudios de campo. Esto permite una investigación más segura, estadísticamente sana y más rápida. redactó la versión inicial de este manuscrito con el autor RLW. hVIVO fue responsable de la gestión general de este trabajo y verificó la exactitud de los datos hVivo quisiera agradecer a los voluntarios sin cuyo altruismo los estudios de desafío viral humano realizados en hVivo durante muchos años no hubieran sido posibles. El trabajo, incluyendo los servicios de escritura médica profesional para la preparación de este manuscrito, fue totalmente financiado por hVivo Services Limited, el empleador de todos los autores. Autor RLW concibió la estrategia para este artículo. Autor RLW y la escritora médica profesional Samina Hamilton redactaron el artículo (ver 'Agradecimientos'). Autores RLW y AG revisaron críticamente el artículo completo para un contenido intelectual importante. Autores RLW y AG tenían plena autoridad sobre la elección de la revista y aprobaron el artículo final. Autor RLW es un garante del artículo y asume la responsabilidad general de esta publicación. Todos los demás autores contribuyeron a la redacción y revisión de este manuscrito. Todos los autores declaran que son empleados de hVivo y, como tales, han proporcionado o prestan servicios de investigación clínica profesional ética a clientes académicos, biotecnológicos o farmacéuticos. Una patente (solicitudes de patente 14/366602 (US) 12813946.6 (EP) está en marcha en relación con la utilización específica del modelo HVC. Esto no altera la adhesión de los autores a la Sociedad Internacional de Profesionales de Publicaciones Médicas (ISMPP) 'Buena Práctica Publicacional para Comunicar la Investigación Médica Patrocinada por la Compañía: GPP3'.

¿Qué virus se asocia más comúnmente con infecciones respiratorias agudas?

El modelo de desafío viral humano: acelerar la evaluación de los antivirales respiratorios, vacunas y diagnósticos novedososhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6013893/SHA: f13c88733ea45be9923a282dfd42f8c277c187cAutores: Lambkin-Williams, Rob; Noulin, Nicolas; Mann, Alex; Catchpole, Andrew; Gilbert, Anthony S.Fecha: 2018-06-22DOI: 10.1186/s12931-018-0784-1Licencia: cc-byAbstract: El modelo Human Viral Challenge (HVC) ha ayudado, durante muchas décadas, en la comprensión de los virus respiratorios y su papel en la patogénesis de enfermedades. En un entorno controlado con un pequeño número de voluntarios retirados de la exposición comunitaria a otras infecciones, este modelo experimental permite realizar pruebas de trabajo conceptual sobre nuevas terapias, incluyendo vacunas, inmunomoduladores y antivirales, así como nuevos diagnósticos.Crucialmente, a diferencia de los estudios convencionales de fase 1, los estudios de desafío incluyen variables de eficacia evaluables que luego orientan las decisiones sobre cómo optimizar los estudios de campo posteriores, como recomienda la FDA y, por lo tanto, los estudios de licencia que siguen.Esta estrategia optimiza el beneficio de los estudios e identifica posibles amenazas tempranas, minimizando el riesgo para los voluntarios posteriores, pero también maximizando el beneficio de los escasos recursos disponibles para el grupo de investigación que invierte en la investigación. Inspirado en los principios de las 3R (Reemplazo, Reducción y Refinamiento) que se aplican comúnmente en la fase preclínica, los estudios de CVV permiten el refina La amplitud de los datos generados a partir de estudios de desafío permite la exploración de una amplia gama de variables y puntos finales que luego pueden ser llevados a través de estudios pivotales de fase 3. Describimos la carga de la enfermedad para las infecciones virales respiratorias agudas para las cuales las estrategias de desarrollo convencionales actuales no han producido terapias que satisfagan las necesidades clínicas. Los autores describen la utilidad del modelo HVC para aumentar la comprensión científica y progresar en terapias prometedoras a través del desarrollo. También se discute la contribución del modelo a la dilucidación de la interacción virus-anfitrión, tanto en lo que respecta a la patogenicidad viral como a la respuesta inmunológica del cuerpo, junto con su utilidad para ayudar en el desarrollo de diagnósticos novedosos. También se exploran las futuras aplicaciones del modelo. Texto: Las infecciones respiratorias agudas (ARI) se manifiestan como infecciones del tracto respiratorio superior (URI) o inferior (IRL) y pueden moverse entre los dos compartimentos; las IRA representan las enfermedades infecciosas más comunes y son predominantemente de etiología viral. La carga global de la IRA es considerable, con una morbilidad y mortalidad significativas en niños, ancianos e inmunocomprometidos [1]. Sólo en el Reino Unido durante el período 2014-2015, las enfermedades respiratorias causaron unas 15.800 muertes invernales excesivas [2]. En los Estados Unidos, la gripe y el virus sincitial respiratorio (RSV) causan una mortalidad sustancial, especialmente entre las personas de 65 años y más [3]. Sin embargo, aunque las muertes en el mundo industrializado son ampliamente reportadas, los países en desarrollo sienten la carga particularmente; de un estimado de 1,9 millones de muertes infantiles por IRA en 2000, el 70% de esas muertes ocurrieron en África y Asia sudoriental La Cumbre del Milenio celebrada en las Naciones Unidas en 2000 dio lugar al establecimiento de los Objetivos de Desarrollo del Milenio. Un estudio informó de los progresos realizados en el logro de esos objetivos en 40 países en desarrollo; concluyó que la prevalencia de la IRA era del 13%, el gasto en salud y el producto interno bruto per cápita están directamente asociados con la prevalencia de la enfermedad [5]. La heterogeneidad viral asociada a las IRA está bien establecida [6]. En el pasado, el rinovirus humano (VDH) se ha identificado como el virus más frecuentemente asociado a las enfermedades respiratorias con un promedio del 30-50% de infecciones anuales, y hasta el 80% de las infecciones respiratorias superiores durante los brotes de otoño [7]. Más recientemente, una evaluación de la enfermedad en 6.266 niños menores de 10 años en Australia, Asia Sudoriental y América Latina hizo hincapié tanto en la heterogeneidad viral como en el impacto de la IRA. De los 2.421 niños que experimentaron 3.717 episodios individuales de enfermedad similar a la gripe (III), la prevalencia fue mayor (41,5%), la gripe siguió a esta situación (15,8%), el adenovirus (ADV) (9,8%), la IVP y el VSR (ambos 9,7%), la VOC (5,6%), el metapneumovirus humano (VPH) (5,5%) y el bocavirus humano (VHBo) (2,0%). El porcentaje de niños que perdieron la escuela o el cuidado de los niños se situó entre el 21,4% para el VHBo y el 52,1% para la gripe [8]. Hemos comparado los datos de los dos informes uno de 2003 [7] y el otro de 2017 [8] y hemos encontrado que los informes, a pesar de estar separados por 14 años, fueron similares, con la única excepción de HBoV, descubiertos en 2005 (Tabla 1), que discutimos más adelante. Feng et al. [9] describieron en detalle la distribución de los IRA causantes de hospitalización por grupo de edad: observaron que el VRS se observó predominantemente en los jóvenes y ancianos, y la gripe, aunque significativa en los jóvenes fue notablemente más predominante en los ancianos. Interesantemente observaron que la codetección de virus tendía a ocurrir con mayor frecuencia en los grupos de edad más jóvenes, especialmente en los menores de cinco años. Infecciones por rinovirus (el resfriado común) de la VHR, a menudo considerado trivial puede contribuir significativamente a faltar días de trabajo y escuela, aunque las infecciones son típicamente autolimitables [7]. Las infecciones por VFC a lo largo del año y en muchos casos, se manifiestan con síntomas como congestión nasal, rinorrea, estornudos, dolor de garganta y tos. Se sabe que la VFC es la causa principal de la IAR y un factor contribuyente grave en exacerbaciones de la enfermedad atópica, por ejemplo, asma, así como otras afecciones como la enfermedad pulmonar obstructiva crónica (EPOC) [10] [11] [12] [13]. Las infecciones por VFC están asociadas con implicaciones económicas significativas, además de ser un importante contribuyente a la sinusitis, otitis media, bronquitis y neumonía primaria [14] [15] [16]. La VFC es una causa considerable de morbilidad en grupos específicos de riesgo como los lactantes, los ancianos, inmunocomprometidos y, como ya se ha mencionado, enfermedades respiratorias crónicas como el asma, la EPOC y la fibrosis quística. En la actualidad, la VFC se considera la causa número uno de exacerbaciones del asma [15] [16] [17] [18] [19]. El asma es una enfermedad compleja, caracterizada por la inflamación crónica de las vías respiratorias, y un historial de síntomas respiratorios como sibilancia, dificultad para respirar, opresión torácica y tos. Con el tiempo estos síntomas pueden variar en su intensidad [20]. Cada año más de 300 millones de personas en todo el mundo se ven afectadas por el asma: aproximadamente 250.000 personas mueren como resultado. Muchas muertes se deben a cuidados médicos subóptimos a largo plazo y retrasos en la obtención de ayuda durante exacerbaciones graves de la enfermedad [21]. El modelo de desafío humano se ha utilizado para investigar la patogenicidad viral [22] [23] [24] [25] [26] y publicaciones recientes sobre el modelo de desafío asmático se han centrado en cómo el huésped asmático responde a la infección por VFC. Se está trabajando en la susceptibilidad al empeoramiento del asma inducido por virus [27, 28] la disregulación inmune innata [29] y la inducción de respuestas innatas y tipo 2 en las secreciones epiteliales nasales y bronquiales [30]. La patogénesis de la infección rinoviral, junto con otros IRA, en exacerbaciones de la enfermedad de las vías respiratorias, se ha investigado ampliamente. A pesar de trabajos previos de investigación sobre múltiples antivirales de pequeñas moléculas, como pleconaril que han sido probados utilizando tanto el modelo experimental de desafío como estudios de campo [35] [36], actualmente no hay tratamiento autorizado para infecciones por VFC Otros compuestos han sido probados contra la VFC, como Vapendavir (BTA798), que impidió la liberación de ARN viral en la célula diana y demostró una reducción de la carga viral máxima en el modelo HVC [38]. Un estudio posterior en asmáticos se completó y aunque no se publicó el compuesto tuvo un efecto limitado [39]. Pirodavir una molécula de unión capsid intranasal alcanzó ensayos clínicos de fase 3 para la prevención y tratamiento de la VFC en la década de 1990. Aunque el compuesto disminuyó la replicación viral y eliminación, no mostró una reducción significativa en la duración o gravedad de los síntomas [40, 41]. Un inhibidor de la proteasa, rupintrivir que previene la escisión de proteínas virales necesarias para la replicación fue probado en un ensayo de desafío de VFC. Rupintrivir fue bien tolerado y redujo la carga viral y los síntomas respiratorios [36]. Sin embargo, en estudios de infección natural, no afectó significativamente la carga viral ni la gravedad de los síntomas [42]. Tratamientos como los productos que contienen zinc ahora están ampliamente desacreditados como lo demuestra la retirada de un informe Cochrane y editorial JAMA [43] [44] [44]. El tratamiento actual de las infecciones por VFC consiste principalmente en medicamentos de venta libre (OTC) para controlar los síntomas. También no hay una vacuna autorizada, y si bien ha habido algún progreso en el desarrollo de vacunas multivalentes [46], el desarrollo en esta área se ve obstaculizado por el número total de serotipos que necesitan ser cubiertos (en A pesar de que la VFC está asociada con hasta el 50% de las exacerbaciones del asma en adultos y hasta el 80% de las exacerbaciones de la niñez, no existen terapias asmáticas específicas de la VFC [34]. A medida que mejor comprendemos la interacción entre el virus y el huésped, nuevas terapias como los anticuerpos monoclonales (anti-IgE [omalizumab] y anti-IL-5 [mepolizumab]) junto con pequeñas moléculas dirigidas cuidadosamente a vías de señalización inmunológica específicas, el tratamiento profiláctico específico de la VFC puede volverse práctico [47] [48] [48] [49] [50]. Para evitar exacerbaciones, el diseño de nuevos tratamientos podría mejorar la eficacia tanto actuando directamente para inhibir la replicación viral como aliviando los síntomas del asma y la EPOC [51]. El virus de la gripe es un patógeno humano bien conocido y puede causar morbilidad y mortalidad En 2009, el primer virus pandémico del siglo XXI hospitalizó entre 195.000 y 403.000 en Estados Unidos, lo que resultó en 8.870 y 18.300 muertes a mediados de 2010 [52]. Un análisis global agrupado de la Organización Mundial de la Salud (OMS) de 70.000 pacientes con pandemia de H1N1 hospitalizados confirmados en laboratorio de 19 países reveló que de los 9.700 pacientes ingresados en unidades de cuidados intensivos murieron 2.500, y que la obesidad mórbida podría ser un factor de riesgo para la hospitalización y/o la muerte [52]. La obesidad se confirmó como un factor asociado con una mayor probabilidad de ingreso al hospital en pacientes infectados con gripe [53]. La pandemia de 2009 se consideró leve. Sin embargo, se observó la curva clásica de distribución de la edad en forma de W de infección para un virus pandémico, es decir, una alta mortalidad en los más jóvenes y los mayores, La pandemia, al igual que los brotes anteriores, se produjo en oleadas sucesivas, pero a pesar de las políticas nacionales que favorecen el uso de medicamentos antivirales, pocos pacientes los recibieron antes de su ingreso en el hospital, y muchos recibieron antibióticos [54]. La falta de eficacia real o percibida de los antivirales actualmente disponibles en el mundo real conduce al uso excesivo de antibióticos y a los problemas posteriores que pueden surgir [55] [56]. La morbilidad y mortalidad estacional anual de la gripe resulta en hospitalización y muerte principalmente entre los grupos de alto riesgo. Se estima que cada año las epidemias de gripe estacional producen entre 3 y 5 millones de casos de enfermedad grave y entre 290.000 y 650.000 muertes en todo el mundo [58]. En los primeros países del mundo / industrializados, la mayoría de las muertes asociadas con la gripe ocurren entre las personas de 65 años o más [59]. En muchos países, las clínicas El virus en sí mismo ha sido bien caracterizado, y las dos proteínas superficiales, la hemaglutinina (HA) y la neuraminidasa (NA) son importantes tanto en el desarrollo de la vacuna como en el antiviral [61]. Los efectos de las epidemias estacionales de gripe en los países en desarrollo no son plenamente conocidos, pero la investigación estima que el 99% de las muertes en niños menores de 5 años de edad con infecciones de las vías respiratorias inferiores relacionadas con la gripe se encuentran en los países en desarrollo [59, 62]. Actualmente existen vacunas y antivirales para la prevención y el tratamiento de la gripe, pero ambas tienen limitaciones de eficacia debido a la rápida evolución del virus a medida que muta anualmente y a la repentina aparición inesperada de cepas pandémicas de gripe. En particular, el fracaso de la vacuna a lo largo de la temporada invernal de 2014-2015, donde la eficacia global ajustada fue del 23% [intervalo de confianza del 95% 14, 31] [63] es memorable. En un año de desajuste, la tasa de mortalidad aumenta en las poblaciones de mayor riesgo [64, 65]. El problema de asegurar que la vacuna estacional se ajuste correctamente a la próxima cepa circulante pone de relieve la necesidad de un rápido desarrollo de vacunas interestacionales/universales y también la necesidad de una forma de probar su eficiencia de forma rápida y precisa antes de que se inicie la larga y costosa producción en masa que lleva muchos meses [66, 67]. Existen fármacos antivirales de los que actualmente se utiliza más comúnmente el inhibidor de la NA oseltamivir. Esto es activo contra todos los subtipos conocidos de gripe de la NA, y por lo tanto se asumiría contra todas las cepa Pueden tener un efecto decreciente con la aparición de cepas de gripe resistentes en las que la proteína NA cambia evitando la unión eficiente a oseltamivir y por lo tanto su capacidad para inhibir la actividad esencial de la NA viral. Por ejemplo, una mutación genética conocida como 'H275Y'a sustitución de la histidina por tirosina en la posición NA 275 -confiere una ventaja evolutiva para el virus incluyendo la gripe H1N1 2009 [68]. Durante la temporada de gripe 2013-2014, 59 (1,2%) de 1.811 aislados de virus de influenza A(H1N1) pdm09 en 20 de 50 estados de EE.UU. tuvieron la sustitución de resistencia a oseltamivir H275Y. No hubo aislados resistentes a zanamivir [69]. Aunque los estudios en animales han demostrado una transmisión limitada de virus mutantes [70, 71], se cree que el aumento de la resistencia a oseltamivir puede deberse a la transmisión comunitaria [72, 73] en lugar de la mutación H275Y que se fija en el genoma viral. La revisión sistemática y el metaanálisis sistemáticos sistemáticos de los datos publicados a partir de 2000 llegaron a la conclusión de que la mayoría de las muertes infantiles asociadas al VRS se producen especialmente en lactantes prematuros y en lactantes de hasta 1 año de edad [62, 74]. Una vacuna materna eficaz contra el VRS o anticuerpo monoclonal podría tener un efecto sustancial en la carga de la enfermedad en este grupo de edad [75]. El anticuerpo monoclonal específico del VRS palivizumab está aprobado para la prevención de la IRR grave causada por el VRS en lactantes susceptibles. El beneficio económico en un entorno sanitario del Un estudio de cohorte de un solo centro en 22 lactantes no mostró diferencias en los resultados del tratamiento para pacientes que recibían palivizumab en comparación con pacientes que sólo recibían tratamiento "estándar de atención" [77]. A pesar de la falta de evidencia para el beneficio clínico, los datos post-licensure apoyan el uso de palivizumab para reducir las hospitalizaciones asociadas al VRS en lactantes prematuros menores de 33 semanas y en niños con enfermedades pulmonares y cardíacas crónicas [78]. Es importante destacar que el virus mutante resistente al palivizumab rara vez se ha aislado en especímenes clínicos [79]. El tratamiento con RSV ribavirina se limita debido a la dificultad con el suministro de aerosoles, el costo y el daño potencial para los trabajadores sanitarios, a pesar de que el tratamiento no declarado de los pacientes inmunocomprometidos ha tenido un éxito razonable. A pesar del llamado al desarrollo acelerado de estrategias de prevención y tratamiento para una vacuna RSV efectiva para niños [81], la investigación se ha estancado durante décadas desde la muerte en la década de 1960 de dos sujetos en un estudio clínico. Estos sujetos fueron infectados con una infección RSV adquirida por la comunidad después de recibir la vacuna candidata a RSV formalin inactivada y alumcipitada por los Institutos Nacionales de Salud de los Estados Unidos (NIH). A diferencia de la gripe para la que las vacunas hasta la fecha han demostrado ser moderadamente eficaces pero que necesitan mejora, las vacunas RSV requieren una investigación sustancialmente mayor. Actualmente no hay una vacuna autorizada para RSV; la vacuna candidata más avanzada recientemente no ha demostrado eficacia en un estudio de campo [82]. Se requieren tratamientos eficaces con urgencia. El RSV es, incluso entre los profesionales de la salud, considerado una enfermedad infantil y otros confundadores han oscurecido la comprensión de las El VRS es mal entendido como una enfermedad en ancianos [83], y si bien la morbilidad y mortalidad en niños son de importancia, se ha demostrado claramente que el VRS tiene una carga de salud comparable a la gripe en ancianos [84]. Como ejemplo, se realizó un estudio reciente en pacientes adultos (≥18 años) ingresados en un servicio de urgencias con sospecha de IRA durante 2013-2015 (N = 3743), se utilizó PCR multiplex para diagnosticar la causa de la infección respiratoria. Se identificaron 87 pacientes con VRS. Se utilizó un grupo comparador con gripe (n = 312). Basado en una variable de mortalidad de 20 días por todas las causas, los pacientes adultos tenían menos probabilidades de ser diagnosticados con VRS que con gripe (2.3 vs 8,3%, respectivamente), también eran mayores, a menudo diagnosticados con neumonía, EPOC, hipoxemia y coinfección bacteriana. La infección por VRS en las personas de edad avanzada se asoció significativamente con un mayor riesgo de muerte que la gripe estacional, ajustada por posibles confusiones y comorbilidades. [85] La importancia clínica de las coinfecciones virales/bacterianas ha sido un tema controvertido desde hace mucho tiempo. Si bien la neumonía bacteriana grave tras la infección por gripe ha sido bien descrita, las asociaciones son menos claras entre las infecciones causadas por virus comunes en niños pequeños; las infecciones secundarias debidas a otros virus son menos comprendidas y han sido revisadas por otros [86]. Aunque la evaluación de la contribución global de las bacterias a la gravedad de la enfermedad se complica por la presencia de muchos factores de confusión en los estudios clínicos, la comprensión del papel de las coinfecciones virales/bacterianas en la definición del resultado de la IRA pediátrica puede revelar estrategias nuevas de tratamiento y prevención, mejorando los resultados de los pacientes [33, [86 En una publicación reciente (2017) se consideró el papel de la colonización bacteriana con Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae y Moraxella catarralis durante la infección respiratoria superior vírica sintomática y asintomática en la nasofaringe de niños de 4 a 7 años de edad durante la URI y cuando bien. Utilizando una PCR multiplex, se detectó el virus en cerca del 80% de las infecciones del tracto respiratorio superior (URI) en los niños y también se puede detectar en la nasofaringe del 30% de los niños asintomáticos. Los "niveles" de las tres bacterias fueron más altos durante las visitas agudas de URI en comparación con las visitas de vigilancia asintomáticas de los niños. Sin embargo, cabe señalar que incluso durante las visitas de seguimiento asintomáticas, si el virus estaba presente, todas las bacterias se detectar [8] reportan la incidencia de HBoV después de su identificación en 2005 de las muestras de vías respiratorias de niños, como un patógeno respiratorio importante en los niños. Sin embargo, el papel de este virus por sí solo como patógeno de significación fue inicialmente poco claro, la coinfección con otros virus o bacterias fue común y confuso. Moesker et al. [97] estudiaron si el HBoV solo podía causar infecciones respiratorias agudas en los niños. Utilizando la secuenciación de la próxima generación (NGS), pudieron excluir las coinfecciones entre los ingresados en la unidad de cuidados intensivos y estudiaron las cargas virales del HBoV. De los 990 niños que dieron positivo para un virus respiratorio por RT-PCR, HBoV y RSV fueron detectados en 178 y 366 de los niños respectivamente. Cuarenta y nueve pacientes positivos del HBoV y 72 pacientes positivos del RSV fueron ingresados en la Siete casos infectados por HBoV con IAR grave no tuvieron ninguna otra coinfección (7/49, 14%). Es importante destacar que estos niños no tenían otro virus detectable determinado por el SGN altamente sensible. Además, tenían cargas de HBoV mucho más altas que otros pacientes positivos para el VHBo, es decir, aquellos con una coinfección. Aunque pequeño, este estudio proporciona un fuerte apoyo que HBoV puede causar IAR grave en niños sin coinfecciones virales y bacterianas. Historia del modelo de desafío viral humano Desde que Sir Edward Jenner realizó el primer estudio documentado de HVC con viruela el 14 de mayo de 1796 la utilidad de tales estudios ha sido evidente [98]. Más de un siglo más tarde, Sir Christopher Andrews regresó de los EE.UU. en 1931 había observado el uso de chimpancés en el estudio de la gripe. El financiamiento para un trabajo similar en el Reino Unido fue insuficiente, y por lo tanto Sir Christopher inscribió estudiantes del Hospital de St Bartholomew en Londres. Explicó que lo mejor sería un estudiante de "Bart" como "eran más baratos que los chimpancés". Más de 100 estudiantes se matricularon inmediatamente, pero continuaron sus estudios y no fueron aislados de la misma manera que los chimpancés habían estado en los EE.UU. [99]. Desafortunadamente los investigadores creían que los síntomas observados pueden no haber sido debido al virus del desafío, pero otras infecciones respiratorias adquiridas en la comunidad, confundiendo así los estudios. Un año más tarde el Consejo de Investigación Médica del Reino Unido (MRC) terminó el trabajo. Después de la conclusión de la Segunda Guerra Mundial, la retirada de las tropas estadounidenses del Reino Unido dejó la unidad de campo de la Cruz Roja Americana 'Harvard Hospital' en la llanura Salis El hospital se convirtió en la Unidad de Frío Común (CCU) dirigida por el Dr. David Tyrell, desde 1946, los voluntarios fueron inoculados infundiendo pequeñas cantidades del virus en sus narices [100]. La CCU albergó voluntarios sanos en relativo aislamiento de otras personas, reduciendo así el riesgo de contacto con fuentes de infección adquiridas por la comunidad o de que pasaran el virus a miembros del público. La unidad fue finalmente cerrada en 1989; durante cuatro décadas de investigación, atrajo a 20.000 voluntarios. Su investigación contribuyó a una mejor comprensión de los virus respiratorios, el ciclo vital viral, las posibles vacunas [101] así como el primer compuesto antiinfluenza autorizado amantadina [102]. El uso de voluntarios sanos en el modelo HVC proporcionó, y aún ofrece, una oportunidad única para describir el ciclo vital viral. Los investigadores conocen con certeza el tiempo de infección, la eliminación de virus nasales se puede medir, los síntomas se registran prospectivamente, y los participantes se seleccionan con baja inmunidad preexistente al virus del desafío para asegurar una tasa de infección estadísticamente significativa con un pequeño número de voluntarios. Así, tales estudios pueden maximizar los datos de seguridad y eficacia obtenidos, minimizando el riesgo de estudio de voluntarios y financiación limitada de la investigación. Aunque el IgG sérico, para el virus de la gripe, se midió tradicionalmente a través del ensayo de HAI, ya que los criterios de entrada para los voluntarios en los estudios, los ensayos de microneutralización se utilizan para RSV y HRV. Otro trabajo sugiere que la detección de anticuerpos a la proteína superficial de la gripe NA debe considerarse [103] o respuestas de células T a proteínas internas [104]. Estos estudios contribuyeron al desarrollo significativo de los nuevos inhibidores de la NA durante la década de 1990, incluyendo el fármaco inhalado zanamivir y el fármaco disponible por vía oral oseltamivir [105] [107] [108] [108] [109] [119] [112] [113] [113]. Sin embargo, también continuaron los estudios en el Reino Unido, específicamente en la Universidad de Southampton, que realizó un trabajo importante en voluntarios atópicos, demostrando que tenían resfriados más graves cuando se les retaba experimentalmente con rinovirus, que con controles no atópicos [115]. El virus experimental de la gripe A/Texas H1N1 que se utilizó con éxito durante la década de 1990 estuvo implicado en el desarrollo de miocarditis en un sujeto infectado experimentalmente, aunque nunca se demostró una relación causal [116]. La mayoría, si no todos, los virus de desafío se fabrican de acuerdo con el estándar Good Manufacturing Practice (GMP). Aunque la inoculación nasal controlada difiere de la infección natural en la que la exposición a cantidades variables del virus puede ocurrir en varios sitios de la mucosa - el modelo desarrollado de HVC utilizado en estudios de desafío imita la enfermedad natural en la medida de lo posible [25, 117, 118]. Hemos descrito la producción de un nuevo stock de GMP de virus utilizando un aislamiento de HRV-16 de una voluntaria sana infectada experimentalmente de 18 años, proporcionado por colegas de la Universidad de Hospital Infantil de Virginia, EE.UU.. Es importante destacar que la muestra clínica se proporcionó con el historial médico apropiado y el consentimiento del donante. Fabricamos este nuevo stock de HRV-16 por el paso mínimo en una línea celular WI-38, para reducir el riesgo de mutaciones durante el proceso Good Manufacturing Después de haber sometido primero el stock a rigurosas pruebas de agentes adventicios y determinar la idoneidad del virus para el uso humano, hemos realizado un estudio clínico inicial de "seguridad y patogenicidad" en voluntarios adultos en una instalación de cuarentena clínica especializada en Londres [118]. Nuestro grupo inició estudios de CVH en el Reino Unido en 2001, y desde entonces hemos realizado múltiples estudios con más de 2.500 voluntarios inoculados con gripe, virus respiratorio sincitial (RSV) o rinovirus humano (HRV), y hemos proporcionado numerosas pruebas de concepto [119] [112] [121]. El modelo de desafío viral humano: acortar la vía de desarrollo de fármacos para la infección por IRAs Influenza, VRS y VHR tienen una sintomatología similar, pero esto difiere en gravedad y predominio de síntomas superiores, inferiores o sistémicos como ha sido descrito por el Centro para el Control de Enfermedades [122]. Sin embargo, no es fácil diagnosticar entre las diferentes etiologías de las IRA, y se necesitan mejores diagnósticos [123]. Los síntomas son comunes a cada infección y se manifiestan en un gradiente. Generalmente, pero lejos de siempre, la infección por gripe es más probable que resulte en que un paciente se sienta tan mal como para tomar a su cama y tener una fiebre, que el VRS, una VFC, una VOC u otra infección común por virus del frío, durante la cual la vida diaria suele ser menos afectada. Existen diversos modelos animales para investigar virus respiratorios como la gripe [124] [125] [126], el VSR [127] [128] [130] [133] [133] [135] [135] [135] [137] [137] [137], la VHR [22, [138] [139] [139] [140]. Ningún animal ofrece una plataforma para todos los virus respiratorios que infectan a los seres humanos, y existen diferentes modelos animales para el mismo virus, que pueden dar resultados diferentes, a menudo contradictorios. Además, los principios de las 3R (Reemplazo, Reducción y Refinamiento) se desarrollaron hace más de 50 años para proporcionar orientación y garantizar la investigación animal humana. Con el tiempo se han convertido en legislación/regulación nacional e internacional. Las políticas de las organizaciones que financian o llevan a cabo la investigación animal incluyen estos principios como parte de la condición de la financiación [141]. La sintomatología compartida de virus respiratorios requiere una única plataforma de investigación estándar que se puede utilizar para evaluar la patogénesis de enfermedades respiratorias y la eficacia de los candidatos terapéuticos. El uso de una instalación de aislamiento de 24 dormitorios en suite dedicada, construida específicamente, en la que los voluntarios cuidadosamente analizados pueden ser inoculados con seguridad con virus de desafío y monitoreados intensivamente puede ayudar a reducir el uso de animales al tiempo que proporciona una única plataforma de investigación consistente con terminales evaluables estandarizados para la investigación de virus respiratorios. Además, hemos utilizado una tarjeta de diario estandarizada en nuestros estudios, que permite comparar los síntomas que cada virus causa y la eficacia de la terapia que se está probando. Hemos incluido una copia de la tarjeta de diario en el archivo adicional 1.Es difícil evaluar la eficacia de una terapia antiviral específica "en el campo" debido a la presencia de coinfecciones comunitarias circulantes de diferente etiología microbiana.El modelo HVC permite la oportunidad de estudiar un virus en aislamiento.Los estudios de HVC y estudios de campo son estratos de investigación complementarios necesarios para el desarrollo de terapias 1 ) se administra a voluntarios sanos una terapia de investigación ya sea antes (ensayos de profilaxis) o después (ensayos de tratamiento) de inoculación con la cepa de desafío específica del virus. Los virus utilizados en el modelo HVC no se atenúan y producen síntomas consistentes con ARA clínicamente observada [25, 117, 118]. Cada virus se propaga bajo condiciones de GMP, con un número mínimo de pasajes de los aislados a las poblaciones de desafío [118, 142]. Las pocas mutaciones que ocurren dentro del virus se seleccionan rápidamente debido a un cuello de botella genético, con la consecuencia de que el virus en el huésped humano se considera de tipo salvaje [143]. La similitud entre el virus recuperado del huésped inoculado y la cepa de referencia del virus del iniciador proporciona la garantía de que el proceso de enfermedad del modelo está estrechamente alineado con la cepa de virus de referencia y no Un modelo como el HVC permite la evaluación rápida de nuevas terapias. El modelo abrevia las fases de desarrollo clínico preclínico y temprano al proporcionar una mejor comprensión de la interacción inicial del huésped y patógeno y tiene el potencial de hacer las vacunas y medicamentos necesarios más rápidamente disponibles que los enfoques tradicionales de desarrollo de otro modo podría. La reducción de la vía de desarrollo tradicional a través del uso temprano de un estudio Test of Concept (PoC) que incorpora el modelo HVC (Fig. 2) proporciona variables evaluables esenciales. A diferencia de los estudios convencionales de fase 1, que rara vez incluyen una evaluación de la eficacia, casi todos los estudios de HVC incluyen variables de eficacia evaluables como la reducción de la carga viral del AUC (principalmente recuperada de muestras del tracto respiratorio superior como lavado nasal o torunda nasofaríngea), síntomas auto-reportados voluntarios, puntuación de síntomas pico, puntuación total de síntomas, entre otros. Los datos de seguridad y farmacodinámica (PC) y farmacodinámica (PD) resultantes en condiciones controladas, orientan las decisiones sobre si avanzar o no a los estudios de campo, proporcionando un conjunto de datos más valioso inmediatamente después, o incluso como parte del estudio de seguridad de la fase 1 convencional. El modelo HVC también abre una ruta de desarrollo diferente junto con la fase 1 tradicional, permitiendo el progreso rápido a los estudios de fase 2b impulsados estadísticamente que generarán los datos de eficacia necesarios para apoyar la concesión de licencias, al tiempo que proporcionan datos de seguridad adecuados. La guía de la FDA sobre el desarrollo de terapias contra la gripe [144] establece que los ensayos de desafío no pueden sustituir a los ensayos de eficacia (fase 2). Las directrices indican que los ensayos de desafío pueden proporcionar información útil sobre la respuesta a la exposición y la seguridad, así como una oportunidad de demostrar la actividad antiviral farmacológica en seres humanos en condiciones controladas fuera de la Específicamente, los datos de los ensayos de desafío pueden contribuir a la selección de dosis para los ensayos de fase 2b y fase 3, y proporcionar la oportunidad de explorar los efectos de diferentes momentos de inicio del fármaco en relación con la exposición al virus..." Los refinamientos de los ensayos de desafío están cerrando la brecha entre el modelo de infección experimental y el entorno natural de la infección. La duración del estudio de HVC de varias semanas es menor que un estudio de fase 2 basado en el campo que espera un brote natural del virus y cuya duración puede ser de varios meses/años. Estos estudios ahorran Fig. 1 El Modelo de Desafío Viral Humano. El estudio típicamente consiste en insumos, como los voluntarios, sus criterios de selección, aislamiento en cuarentena y exposición a un virus GMP. Hay dos opciones de tratamiento: una vacunación/profilaxis con un tratamiento antiviral o b con un antiviral. X es el número de días antes de la vacunación por exposición al virus puede ocurrir. Y es el número de días después de la exposición al virus que un voluntario puede ser seguido para el tiempo de desarrollo cuando la transición entre las fases está totalmente optimizada. Importantemente, a diferencia de los estudios tradicionales de fase 1b/fase 2, los estudios de HVC no dependen de un brote natural de infección, que puede ocurrir al azar, y para el cual el tiempo exacto de infección puede no ser evidente. Proporcionan variables evaluables, datos comparativos de PD y PK, junto con datos biomarcadores adicionales sobre el rendimiento del producto en humanos. Sin embargo, debe afirmarse que la mayoría de estos estudios matriculan a adultos jóvenes sanos que de otra manera implican que el resultado de la infección en el grupo placebo puede ser visto como leve a moderado, en cierta medida. La seguridad de los voluntarios debe seguir siendo la prioridad de los investigadores. El modelo de HRV/HVC puede ser una herramienta potente, no sólo para estudiar la infección y enfermedad por HRV, sino también para investigar los mecanismos de exacerbación en pacientes con enfermedad respiratoria crónica y realizar estudios de eficacia para nuevas terapias. Se ha demostrado que los estudios de desafío humano con HRV producen infección en más del 90% de los sujetos serológicamente susceptibles y dan lugar a un síndrome clínico comparable al reportado con resfriados naturales [145, 146]. Los síntomas suelen aparecer dentro de las 24 horas y máximo a las 48-72 horas después de la inoculación. El derrame de virus sigue un patrón similar al de sus síntomas. En los últimos tiempos, se han notificado varios cientos de inoculaciones de sujetos adultos y han establecido esto como un método seguro y eficaz para estudiar la enfermedad relacionada con HRV en sujetos sanos y asmáticos [145]. Estos estudios han proporcionado una base de conocimientos para seguir desarrollando el modelo experimental de VFC y proporcionar una herramienta controlada y útil para desarrollar nuevas terapias para las áreas de la enfermedad asociadas a la infección por VFC. Se necesitan urgentemente nuevos tratamientos para el asma y la EPOC, y los pequeños modelos animales de asma son poco predictivos de eficacia. La mayoría de los fármacos que son eficaces en estos modelos animales no se encuentran eficaces en etapas posteriores de desarrollo en humanos. Se necesitan modelos que sigan más de cerca las características clínicas del asma humana y la EPOC [32, [147] [148] [149] [150] [151] ]. Ya hemos descrito fármacos antivirales contra la gripe actuales que pueden acortar la enfermedad y reducir la gravedad de los síntomas si se toman lo suficientemente temprano después de la infección, y su uso profiláctico puede disminuir el riesgo de infección; su utilidad ha sido debatida sin embargo [152]. Las dos clases principales de fármacos antiinfluenza actualmente eficaces son los inhibidores de la NA, como el zanamivir (RelenzaTM), el oseltamivir (TamifluTM), el peramivir (RapivabTM) [153] y los inhibidores de la M2, aunque la resistencia al fármaco hace inutilizable esta clase [154]. Recientemente se ha utilizado ampliamente el modelo HVC para evaluar nuevas clases de compuestos antivirales contra la gripe, incluidos los anticuerpos monoclonales experimentales dirigidos a los epitopes dentro de la parte altamente conservada y expuesta de la superficie viral de la M2 Fig. 2 El papel del modelo HVC en la vía de desarrollo clínico. Prueba de corta duración de los estudios conceptuales, que incorporan el modelo HVC, típicamente incluyen un pequeño número de sujetos. La seguridad resultante y, en particular, los datos de eficacia pueden orientar con mayor precisión las decisiones sobre si exponer a un mayor número de sujetos a prometedores candidatos terapéuticos en estudios de campo que los datos de seguridad convencionales de la fase 1 por sí solos de otra manera podrían ser proteínas [155, 156] el tallo conservado de la HA [157] y fármacos antivirales de pequeña molécula que se dirigen a la polimerasa viral, por ejemplo favipiravir [158]. El modelo HVC permite la evaluación rápida de nuevos compuestos terapéuticos que pueden ser difíciles de evaluar en el campo, debido a la naturaleza de los grupos de "riesgo", por ejemplo pediatría. Específicamente, y dada la experiencia histórica descrita con vacunas RSV, es importante que el beneficio pueda demostrarse primero en una población sana. En el pasado, a diferencia de la gripe y la VHR, el modelo HVC no se ha utilizado habitualmente con Durante algún tiempo hemos querido reiniciar los estudios de HVC/RSV en la Universidad de Londres, los dos desafíos significativos que habían paralizado el desarrollo antiviral para RSV presentaron una necesidad de investigación considerable. En asociación con el laboratorio DeVincenzo de la Universidad de Tenessee y la compañía de biotecnología Alnylam, nos pusimos a diseñar posiblemente el primer estudio HVC/RSV. Alnylam fue pionero en el uso de interferencia de ARN (RNAi) que es un mecanismo natural que regula la expresión de proteínas y está mediado por pequeños ARNs interferentes (siRNA). Trabajando con ambos grupos, fabricamos un virus tipo A de RSV a GMP estándar y lo titulamos en 35 voluntarios humanos que dividimos en cinco grupos, cada uno de los cuales fue inoculado intranasalmente con aumento del título (3.0-5.4 unidades formadoras de placa de registro/ En general, en este nuevo modelo, el 77% de los voluntarios despojaron constantemente del virus. La tasa de infección, las cargas virales, la gravedad de la enfermedad y la seguridad eran similares entre las cohortes y no guardaban relación con la cantidad de VRS recibida. Los síntomas comenzaron poco después de la detección viral inicial, alcanzaron un máximo de gravedad cuando la carga viral alcanzó su punto máximo y disminuyeron lentamente a medida que declinaban las cargas virales. Concluimos que, independientemente del título administrado una vez establecidas las infecciones, la enfermedad motivó la carga viral. No se observaron eventos adversos relacionados con el virus [25]. Utilizando este nuevo modelo se llevó a cabo un estudio clínico de VCH y se demostró por primera vez que un ARNi tenía una actividad antiviral significativa frente a la infección por VRS humana, lo que estableció la primera prueba de concepto para un RNAi terapéutico en adultos humanos [ Un editorial en el American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine, describió la utilidad del modelo HVC/RSV diciendo: "Este modelo permite el estudio relativamente rápido y eficiente de nuevas terapias en humanos y ayuda a tomar decisiones críticas sobre si avanzar un producto en costosos ensayos humanos en poblaciones con mayor riesgo de enfermedad; niños, ancianos o pacientes inmunocomprometidos, lo que constituye un avance importante y bienvenido en el campo de la VRS." [81] Es notable que dos compuestos que tienen modos de acción distintos han sido evaluados recientemente utilizando el modelo HVC. ELAS analógico nucleósido de primera clase-008176, cuya eficacia fue demostrada por primera vez en el modelo HVC, está actualmente en evaluación en bebés hospitalizados [160, 161]. El ensayo HVC fue de diseño aleatorio, doble ciego, y estudiado adultos sanos inoculados con RSV Memphis 37B [ Un total de 62 participantes recibieron ALS-008176 o placebo durante cinco días después de la confirmación de la infección por VRS por PCR (ensayado dos veces al día después de la inoculación). La variable principal fue el área bajo la curva (AUC) para la post infección por carga viral. Se demostró un aclaramiento más rápido del VRS y una mayor reducción de la carga viral, con mejoras concomitantes en la gravedad de la enfermedad clínica, en los grupos tratados con ELS-008176 en comparación con el grupo placebo [160]. El muestreo intensivo permitió identificar rápidamente cualquier posible mutación asociada con resistencia. No se observaron mutaciones resistentes [160]. También se evaluó un inhibidor de la entrada del VRS, GS-5806, una segunda molécula, primera en su clase. Entre los 54 sujetos que recibieron tratamiento activo, menor carga viral, menor peso total de mucosidad y menor puntuación de síntomas del AUC fueron muy significativos Con base en estos datos del estudio de desafío, esta terapéutica también está progresando en estudios de campo potencialmente pivotales [162]. Un elemento esencial del diseño en ambos estudios fue el momento de la primera administración de la inoculación terapéutica del virus post-experimental; el momento fue dependiente de la detección del virus en muestras de lavado nasales después de la inoculación del virus de desafío mediante un ensayo rápido de PCR [163], en lugar de en un momento arbitrario. Posteriormente, el tratamiento se administró cada 12 horas. El tiempo cuidadoso de la dosis, en un punto clínicamente relevante de detección, contribuyó a los resultados positivos de ambos estudios. También se cree que al utilizar este modelo de "dosificación acelerada", mejor imitaba lo que ocurriría en un entorno clínico ya que se sabe que los síntomas aparecen poco después de la aparición del virus. El modelo HVC no se limita a compuestos antivirales nuevos, sino que también es importante para A diferencia de los estudios de campo, los estudios de HVC son herramientas útiles para evaluar las correlaciones de protección, vitales para el desarrollo de la vacuna [103, 104, 164]. Específicamente, se ha destacado la importancia de las respuestas humorales y celulares junto con la inmunidad preexistente de células T para otros virus respiratorios [104]. Una publicación reciente describe el uso del modelo de HVC para demostrar la eficacia de una nueva vacuna trivalente inactivada por proteosoma intranasal (P-TIV). En dos estudios separados, sujetos seleccionados que fueron naïve al virus A/Panamá/2007/1999 (H3N2) fueron dosificados por medio de aerosol nasal con uno de los tres regímenes de P-TIV o placebo. Juntos, los estudios evaluaron una o dos dosis, 15 μg o 30 μg, una sola vez o dos veces con 14 días de diferencia (1 x 30 μg, 2 x 30 μg, 2 x 15 μg) y los sujetos fueron desafiados con el virus A/Panamá/2007/1999 (H3N2). Las respuestas inmunitarias a los antígenos de la vacuna se midieron mediante el ensayo de inhibición de la hemaglutinación (HAI) y los anticuerpos del secretario de lavado nasal IgA (sIgA). La eficacia de la vacuna osciló entre el 58% y el 82%, comparable a las vacunas tradicionales. Los estudios también demuestran que la protección contra enfermedades asociadas con la evidencia de infección por gripe se correlacionaron significativamente con los títulos de HAI (p = 0,0003) y IgA mucosal (p ≤ 0,0001) Los niveles de HAI y sIgA estaban inversamente relacionados con las tasas de enfermedad. Estos estudios demostraron la eficacia de esta nueva vacuna intranasal y respondieron a algunas preguntas importantes sobre las verdaderas correlaciones de la protección contra la infección por gripe que ayudarán a impulsar el diseño futuro de la vacuna. Además de alcanzar sus objetivos principales, revelaron información valiosa sobre las correlaciones de la protección y ayudará, esperamos, al diseño futuro de la vacuna [164]. Una vacuna contra la gripe interestacional o universal es desesperadamente necesaria; salvará muchas vidas, ya sea en aquellos años inesperados cuando la composición recomendada no coincide, o cuando se produce una pandemia, como lo hizo en 2009. La importancia de la pandemia de 1918 [165, 166] lo deja muy claro; hasta 100 millones de personas murieron. Una vacuna universal es una vacuna que se puede preparar para lo inesperado, un virus que ocurre debido a la reasignación de genes virales de diferentes especies El modelo HVC es posiblemente la única manera de probar inicialmente tal vacuna universal. Un candidato universal podría generar una respuesta inmunitaria contra la proteína del canal iónico del virus altamente conservada M2, [167] [168] [169] [170], aunque no se ha demostrado que ninguna vacuna sea efectiva en este sentido; solo los anticuerpos monoclonales tienen, el modelo HVC mostró su eficacia [156]. Alternativamente, una vacuna puede dirigirse al tallo conservado de la proteína HA [104, 171], o provocar una respuesta de células T a las proteínas internas [172] [173] [174] [175]. Todas son posibilidades que han sido y pueden ser exploradas de manera más eficiente utilizando el modelo HVC. Aunque los estudios de HVC proporcionan PoC, los investigadores, como hemos demostrado, han utilizado estándares de diseño regulatorio típicos de estudios de eficacia en fases posteriores. Con el desarrollo de la tecnología molecular, ahora es posible refinar el análisis estadístico estratificando a los sujetos sobre la base de su perfil inmunológico. Por ejemplo, ahora es posible evaluar si un sujeto está llevando otros patógenos respiratorios conocidos (bacterias, virus, etc.) y si existe un posible impacto en el conjunto de resultados del voluntario. Los sujetos a menudo dan su consentimiento para un análisis adicional de sus muestras, lo que permite construir un valioso biobanco de muestras para más pruebas. Avanzando, estas muestras permitirán el uso del modelo HVC para entender más a fondo lo que sucede cuando un virus infecta a una persona. Vale la pena señalar que el modelo HVC no se limita al trabajo de PoC sobre agentes terapéuticos potenciales; también se está utilizando ampliamente para fines de investigación, sobre lo cual se pueden construir tratamientos mejorados para virus respiratorios. En los últimos años se ha utilizado para demostrar "firmas de conmutación de genes" que podrían formar parte de un diagnóstico que revelaría a los individuos infectados antes de que se conviertan en sintomáticos, en las primeras etapas de la infección; esto podría ser de vital importancia en el caso de una pandemia [176, 177]. Además, el modelo HVC se ha utilizado para permitir una comparación de la dinámica relativa de la enfermedad de diferentes virus respiratorios [24] y para proporcionar una mejor comprensión de la interacción del virus y el huésped humano [26, 178, 179]. El modelo HVC ha aumentado nuestra comprensión del ciclo de vida viral y la patogénesis de la enfermedad en un entorno estrechamente controlado utilizando un pequeño número de voluntarios. Cada voluntario está aislado unos de otros, y la comunidad en general, asegurando que la enfermedad en cuestión sea la única de interés. La aplicabilidad del virus utilizado para desafiar a los voluntarios en el modelo HVC a un El modelo HVC proporciona cierto conocimiento del carácter del virus; el momento exacto de la infección; la mensurabilidad del desprendimiento del virus nasal; el registro prospectivo de los síntomas y la preselección de los participantes para el reto viral que son sero-adecuados. Esto asegura que se alcance una tasa de infección estadísticamente significativa con el número mínimo de voluntarios, optimizando así la relación riesgo-beneficio que apoya la determinación de la eficacia terapéutica. El diseño del estudio de la CVH es el momento en que se administra la primera dosis del producto en investigación para determinar la eficacia óptima, no sólo en el propio estudio de desafío, sino en estudios clínicos en etapas posteriores y en el uso clínico final. El modelo HVC es una herramienta importante en el desarrollo de fármacos, en particular con respecto a las infecciones respiratorias agudas. Ayuda en la comprensión de la relación entre un virus y su huésped humano y ofrece el potencial para el desarrollo de diagnósticos en etapas tempranas. Contribuye a identificar nuevas áreas para la intervención terapéutica. Posiblemente, y posiblemente, más importante, puede asegurar que los escasos recursos médicos se dirijan hacia el desarrollo clínico en etapas posteriores de una manera basada en la evidencia, y se priorizan oportunidades terapéuticas prometedoras. Un proceso de diseño cuidadoso y específico del estudio es un paso crucial hacia el resultado exitoso de un ensayo de desafío, ya que casi todos los parámetros pueden ser controlados o al menos conocidos (ya sea antes o después del hoc). Además, los resultados de estos ensayos pueden ser utilizados para tomar decisiones comerciales y pueden conducir a publicaciones importantes, ampliando la comprensión colectiva de la comunidad científica. Muestras de tales experimentos son de inmenso valor para los investigadores para la comprensión de los mecanismos de interacción del huésped y el desarrollo y validación de la terapéutica. La utilización de datos históricos recopilados consistentemente de estudios de HVC informa sobre el diseño preciso y la potencia de estudios posteriores. Los estudios de HVC han tenido éxito en proporcionar pruebas de concepto para vacunas de ADN, vacunas de células T, vacunas intranasales, anticuerpos monoclonales y pequeñas moléculas contra una gama de importantes virus respiratorios. También es alentador ver que el modelo de HVC se está expandiendo ahora a más poblaciones de pacientes, como ancianos, asmáticos y aquellos con otras enfermedades como la enfermedad pulmonar obstructiva crónica. Un archivo en expansión de datos de estudios anteriores es un activo inestimable para ayudar en la selección de voluntarios, decidir los puntos finales apropiados y refinar futuros diseños de estudios de campo. Esto permite una investigación más segura, estadísticamente sana y más rápida. redactó la versión inicial de este manuscrito con el autor RLW. hVIVO fue responsable de la gestión general de este trabajo y verificó la exactitud de los datos hVivo quisiera agradecer a los voluntarios sin cuyo altruismo los estudios de desafío viral humano realizados en hVivo durante muchos años no hubieran sido posibles. El trabajo, incluyendo los servicios de escritura médica profesional para la preparación de este manuscrito, fue totalmente financiado por hVivo Services Limited, el empleador de todos los autores. Autor RLW concibió la estrategia para este artículo. Autor RLW y la escritora médica profesional Samina Hamilton redactaron el artículo (ver 'Agradecimientos'). Autores RLW y AG revisaron críticamente el artículo completo para un contenido intelectual importante. Autores RLW y AG tenían plena autoridad sobre la elección de la revista y aprobaron el artículo final. Autor RLW es un garante del artículo y asume la responsabilidad general de esta publicación. Todos los demás autores contribuyeron a la redacción y revisión de este manuscrito. Todos los autores declaran que son empleados de hVivo y, como tales, han proporcionado o prestan servicios de investigación clínica profesional ética a clientes académicos, biotecnológicos o farmacéuticos. Una patente (solicitudes de patente 14/366602 (US) 12813946.6 (EP) está en marcha en relación con la utilización específica del modelo HVC. Esto no altera la adhesión de los autores a la Sociedad Internacional de Profesionales de Publicaciones Médicas (ISMPP) 'Buena Práctica Publicacional para Comunicar la Investigación Médica Patrocinada por la Compañía: GPP3'.

¿Qué factor de riesgo se asoció con la hospitalización y la muerte durante la pandemia de influencia H1N1 de 2009?

El modelo de desafío viral humano: acelerar la evaluación de los antivirales respiratorios, vacunas y diagnósticos novedososhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6013893/SHA: f13c88733ea45be9923a282dfd42f8c277c187cAutores: Lambkin-Williams, Rob; Noulin, Nicolas; Mann, Alex; Catchpole, Andrew; Gilbert, Anthony S.Fecha: 2018-06-22DOI: 10.1186/s12931-018-0784-1Licencia: cc-byAbstract: El modelo Human Viral Challenge (HVC) ha ayudado, durante muchas décadas, en la comprensión de los virus respiratorios y su papel en la patogénesis de enfermedades. En un entorno controlado con un pequeño número de voluntarios retirados de la exposición comunitaria a otras infecciones, este modelo experimental permite realizar pruebas de trabajo conceptual sobre nuevas terapias, incluyendo vacunas, inmunomoduladores y antivirales, así como nuevos diagnósticos.Crucialmente, a diferencia de los estudios convencionales de fase 1, los estudios de desafío incluyen variables de eficacia evaluables que luego orientan las decisiones sobre cómo optimizar los estudios de campo posteriores, como recomienda la FDA y, por lo tanto, los estudios de licencia que siguen.Esta estrategia optimiza el beneficio de los estudios e identifica posibles amenazas tempranas, minimizando el riesgo para los voluntarios posteriores, pero también maximizando el beneficio de los escasos recursos disponibles para el grupo de investigación que invierte en la investigación. Inspirado en los principios de las 3R (Reemplazo, Reducción y Refinamiento) que se aplican comúnmente en la fase preclínica, los estudios de CVV permiten el refina La amplitud de los datos generados a partir de estudios de desafío permite la exploración de una amplia gama de variables y puntos finales que luego pueden ser llevados a través de estudios pivotales de fase 3. Describimos la carga de la enfermedad para las infecciones virales respiratorias agudas para las cuales las estrategias de desarrollo convencionales actuales no han producido terapias que satisfagan las necesidades clínicas. Los autores describen la utilidad del modelo HVC para aumentar la comprensión científica y progresar en terapias prometedoras a través del desarrollo. También se discute la contribución del modelo a la dilucidación de la interacción virus-anfitrión, tanto en lo que respecta a la patogenicidad viral como a la respuesta inmunológica del cuerpo, junto con su utilidad para ayudar en el desarrollo de diagnósticos novedosos. También se exploran las futuras aplicaciones del modelo. Texto: Las infecciones respiratorias agudas (ARI) se manifiestan como infecciones del tracto respiratorio superior (URI) o inferior (IRL) y pueden moverse entre los dos compartimentos; las IRA representan las enfermedades infecciosas más comunes y son predominantemente de etiología viral. La carga global de la IRA es considerable, con una morbilidad y mortalidad significativas en niños, ancianos e inmunocomprometidos [1]. Sólo en el Reino Unido durante el período 2014-2015, las enfermedades respiratorias causaron unas 15.800 muertes invernales excesivas [2]. En los Estados Unidos, la gripe y el virus sincitial respiratorio (RSV) causan una mortalidad sustancial, especialmente entre las personas de 65 años y más [3]. Sin embargo, aunque las muertes en el mundo industrializado son ampliamente reportadas, los países en desarrollo sienten la carga particularmente; de un estimado de 1,9 millones de muertes infantiles por IRA en 2000, el 70% de esas muertes ocurrieron en África y Asia sudoriental La Cumbre del Milenio celebrada en las Naciones Unidas en 2000 dio lugar al establecimiento de los Objetivos de Desarrollo del Milenio. Un estudio informó de los progresos realizados en el logro de esos objetivos en 40 países en desarrollo; concluyó que la prevalencia de la IRA era del 13%, el gasto en salud y el producto interno bruto per cápita están directamente asociados con la prevalencia de la enfermedad [5]. La heterogeneidad viral asociada a las IRA está bien establecida [6]. En el pasado, el rinovirus humano (VDH) se ha identificado como el virus más frecuentemente asociado a las enfermedades respiratorias con un promedio del 30-50% de infecciones anuales, y hasta el 80% de las infecciones respiratorias superiores durante los brotes de otoño [7]. Más recientemente, una evaluación de la enfermedad en 6.266 niños menores de 10 años en Australia, Asia Sudoriental y América Latina hizo hincapié tanto en la heterogeneidad viral como en el impacto de la IRA. De los 2.421 niños que experimentaron 3.717 episodios individuales de enfermedad similar a la gripe (III), la prevalencia fue mayor (41,5%), la gripe siguió a esta situación (15,8%), el adenovirus (ADV) (9,8%), la IVP y el VSR (ambos 9,7%), la VOC (5,6%), el metapneumovirus humano (VPH) (5,5%) y el bocavirus humano (VHBo) (2,0%). El porcentaje de niños que perdieron la escuela o el cuidado de los niños se situó entre el 21,4% para el VHBo y el 52,1% para la gripe [8]. Hemos comparado los datos de los dos informes uno de 2003 [7] y el otro de 2017 [8] y hemos encontrado que los informes, a pesar de estar separados por 14 años, fueron similares, con la única excepción de HBoV, descubiertos en 2005 (Tabla 1), que discutimos más adelante. Feng et al. [9] describieron en detalle la distribución de los IRA causantes de hospitalización por grupo de edad: observaron que el VRS se observó predominantemente en los jóvenes y ancianos, y la gripe, aunque significativa en los jóvenes fue notablemente más predominante en los ancianos. Interesantemente observaron que la codetección de virus tendía a ocurrir con mayor frecuencia en los grupos de edad más jóvenes, especialmente en los menores de cinco años. Infecciones por rinovirus (el resfriado común) de la VHR, a menudo considerado trivial puede contribuir significativamente a faltar días de trabajo y escuela, aunque las infecciones son típicamente autolimitables [7]. Las infecciones por VFC a lo largo del año y en muchos casos, se manifiestan con síntomas como congestión nasal, rinorrea, estornudos, dolor de garganta y tos. Se sabe que la VFC es la causa principal de la IAR y un factor contribuyente grave en exacerbaciones de la enfermedad atópica, por ejemplo, asma, así como otras afecciones como la enfermedad pulmonar obstructiva crónica (EPOC) [10] [11] [12] [13]. Las infecciones por VFC están asociadas con implicaciones económicas significativas, además de ser un importante contribuyente a la sinusitis, otitis media, bronquitis y neumonía primaria [14] [15] [16]. La VFC es una causa considerable de morbilidad en grupos específicos de riesgo como los lactantes, los ancianos, inmunocomprometidos y, como ya se ha mencionado, enfermedades respiratorias crónicas como el asma, la EPOC y la fibrosis quística. En la actualidad, la VFC se considera la causa número uno de exacerbaciones del asma [15] [16] [17] [18] [19]. El asma es una enfermedad compleja, caracterizada por la inflamación crónica de las vías respiratorias, y un historial de síntomas respiratorios como sibilancia, dificultad para respirar, opresión torácica y tos. Con el tiempo estos síntomas pueden variar en su intensidad [20]. Cada año más de 300 millones de personas en todo el mundo se ven afectadas por el asma: aproximadamente 250.000 personas mueren como resultado. Muchas muertes se deben a cuidados médicos subóptimos a largo plazo y retrasos en la obtención de ayuda durante exacerbaciones graves de la enfermedad [21]. El modelo de desafío humano se ha utilizado para investigar la patogenicidad viral [22] [23] [24] [25] [26] y publicaciones recientes sobre el modelo de desafío asmático se han centrado en cómo el huésped asmático responde a la infección por VFC. Se está trabajando en la susceptibilidad al empeoramiento del asma inducido por virus [27, 28] la disregulación inmune innata [29] y la inducción de respuestas innatas y tipo 2 en las secreciones epiteliales nasales y bronquiales [30]. La patogénesis de la infección rinoviral, junto con otros IRA, en exacerbaciones de la enfermedad de las vías respiratorias, se ha investigado ampliamente. A pesar de trabajos previos de investigación sobre múltiples antivirales de pequeñas moléculas, como pleconaril que han sido probados utilizando tanto el modelo experimental de desafío como estudios de campo [35] [36], actualmente no hay tratamiento autorizado para infecciones por VFC Otros compuestos han sido probados contra la VFC, como Vapendavir (BTA798), que impidió la liberación de ARN viral en la célula diana y demostró una reducción de la carga viral máxima en el modelo HVC [38]. Un estudio posterior en asmáticos se completó y aunque no se publicó el compuesto tuvo un efecto limitado [39]. Pirodavir una molécula de unión capsid intranasal alcanzó ensayos clínicos de fase 3 para la prevención y tratamiento de la VFC en la década de 1990. Aunque el compuesto disminuyó la replicación viral y eliminación, no mostró una reducción significativa en la duración o gravedad de los síntomas [40, 41]. Un inhibidor de la proteasa, rupintrivir que previene la escisión de proteínas virales necesarias para la replicación fue probado en un ensayo de desafío de VFC. Rupintrivir fue bien tolerado y redujo la carga viral y los síntomas respiratorios [36]. Sin embargo, en estudios de infección natural, no afectó significativamente la carga viral ni la gravedad de los síntomas [42]. Tratamientos como los productos que contienen zinc ahora están ampliamente desacreditados como lo demuestra la retirada de un informe Cochrane y editorial JAMA [43] [44] [44]. El tratamiento actual de las infecciones por VFC consiste principalmente en medicamentos de venta libre (OTC) para controlar los síntomas. También no hay una vacuna autorizada, y si bien ha habido algún progreso en el desarrollo de vacunas multivalentes [46], el desarrollo en esta área se ve obstaculizado por el número total de serotipos que necesitan ser cubiertos (en A pesar de que la VFC está asociada con hasta el 50% de las exacerbaciones del asma en adultos y hasta el 80% de las exacerbaciones de la niñez, no existen terapias asmáticas específicas de la VFC [34]. A medida que mejor comprendemos la interacción entre el virus y el huésped, nuevas terapias como los anticuerpos monoclonales (anti-IgE [omalizumab] y anti-IL-5 [mepolizumab]) junto con pequeñas moléculas dirigidas cuidadosamente a vías de señalización inmunológica específicas, el tratamiento profiláctico específico de la VFC puede volverse práctico [47] [48] [48] [49] [50]. Para evitar exacerbaciones, el diseño de nuevos tratamientos podría mejorar la eficacia tanto actuando directamente para inhibir la replicación viral como aliviando los síntomas del asma y la EPOC [51]. El virus de la gripe es un patógeno humano bien conocido y puede causar morbilidad y mortalidad En 2009, el primer virus pandémico del siglo XXI hospitalizó entre 195.000 y 403.000 en Estados Unidos, lo que resultó en 8.870 y 18.300 muertes a mediados de 2010 [52]. Un análisis global agrupado de la Organización Mundial de la Salud (OMS) de 70.000 pacientes con pandemia de H1N1 hospitalizados confirmados en laboratorio de 19 países reveló que de los 9.700 pacientes ingresados en unidades de cuidados intensivos murieron 2.500, y que la obesidad mórbida podría ser un factor de riesgo para la hospitalización y/o la muerte [52]. La obesidad se confirmó como un factor asociado con una mayor probabilidad de ingreso al hospital en pacientes infectados con gripe [53]. La pandemia de 2009 se consideró leve. Sin embargo, se observó la curva clásica de distribución de la edad en forma de W de infección para un virus pandémico, es decir, una alta mortalidad en los más jóvenes y los mayores, La pandemia, al igual que los brotes anteriores, se produjo en oleadas sucesivas, pero a pesar de las políticas nacionales que favorecen el uso de medicamentos antivirales, pocos pacientes los recibieron antes de su ingreso en el hospital, y muchos recibieron antibióticos [54]. La falta de eficacia real o percibida de los antivirales actualmente disponibles en el mundo real conduce al uso excesivo de antibióticos y a los problemas posteriores que pueden surgir [55] [56]. La morbilidad y mortalidad estacional anual de la gripe resulta en hospitalización y muerte principalmente entre los grupos de alto riesgo. Se estima que cada año las epidemias de gripe estacional producen entre 3 y 5 millones de casos de enfermedad grave y entre 290.000 y 650.000 muertes en todo el mundo [58]. En los primeros países del mundo / industrializados, la mayoría de las muertes asociadas con la gripe ocurren entre las personas de 65 años o más [59]. En muchos países, las clínicas El virus en sí mismo ha sido bien caracterizado, y las dos proteínas superficiales, la hemaglutinina (HA) y la neuraminidasa (NA) son importantes tanto en el desarrollo de la vacuna como en el antiviral [61]. Los efectos de las epidemias estacionales de gripe en los países en desarrollo no son plenamente conocidos, pero la investigación estima que el 99% de las muertes en niños menores de 5 años de edad con infecciones de las vías respiratorias inferiores relacionadas con la gripe se encuentran en los países en desarrollo [59, 62]. Actualmente existen vacunas y antivirales para la prevención y el tratamiento de la gripe, pero ambas tienen limitaciones de eficacia debido a la rápida evolución del virus a medida que muta anualmente y a la repentina aparición inesperada de cepas pandémicas de gripe. En particular, el fracaso de la vacuna a lo largo de la temporada invernal de 2014-2015, donde la eficacia global ajustada fue del 23% [intervalo de confianza del 95% 14, 31] [63] es memorable. En un año de desajuste, la tasa de mortalidad aumenta en las poblaciones de mayor riesgo [64, 65]. El problema de asegurar que la vacuna estacional se ajuste correctamente a la próxima cepa circulante pone de relieve la necesidad de un rápido desarrollo de vacunas interestacionales/universales y también la necesidad de una forma de probar su eficiencia de forma rápida y precisa antes de que se inicie la larga y costosa producción en masa que lleva muchos meses [66, 67]. Existen fármacos antivirales de los que actualmente se utiliza más comúnmente el inhibidor de la NA oseltamivir. Esto es activo contra todos los subtipos conocidos de gripe de la NA, y por lo tanto se asumiría contra todas las cepa Pueden tener un efecto decreciente con la aparición de cepas de gripe resistentes en las que la proteína NA cambia evitando la unión eficiente a oseltamivir y por lo tanto su capacidad para inhibir la actividad esencial de la NA viral. Por ejemplo, una mutación genética conocida como 'H275Y'a sustitución de la histidina por tirosina en la posición NA 275 -confiere una ventaja evolutiva para el virus incluyendo la gripe H1N1 2009 [68]. Durante la temporada de gripe 2013-2014, 59 (1,2%) de 1.811 aislados de virus de influenza A(H1N1) pdm09 en 20 de 50 estados de EE.UU. tuvieron la sustitución de resistencia a oseltamivir H275Y. No hubo aislados resistentes a zanamivir [69]. Aunque los estudios en animales han demostrado una transmisión limitada de virus mutantes [70, 71], se cree que el aumento de la resistencia a oseltamivir puede deberse a la transmisión comunitaria [72, 73] en lugar de la mutación H275Y que se fija en el genoma viral. La revisión sistemática y el metaanálisis sistemáticos sistemáticos de los datos publicados a partir de 2000 llegaron a la conclusión de que la mayoría de las muertes infantiles asociadas al VRS se producen especialmente en lactantes prematuros y en lactantes de hasta 1 año de edad [62, 74]. Una vacuna materna eficaz contra el VRS o anticuerpo monoclonal podría tener un efecto sustancial en la carga de la enfermedad en este grupo de edad [75]. El anticuerpo monoclonal específico del VRS palivizumab está aprobado para la prevención de la IRR grave causada por el VRS en lactantes susceptibles. El beneficio económico en un entorno sanitario del Un estudio de cohorte de un solo centro en 22 lactantes no mostró diferencias en los resultados del tratamiento para pacientes que recibían palivizumab en comparación con pacientes que sólo recibían tratamiento "estándar de atención" [77]. A pesar de la falta de evidencia para el beneficio clínico, los datos post-licensure apoyan el uso de palivizumab para reducir las hospitalizaciones asociadas al VRS en lactantes prematuros menores de 33 semanas y en niños con enfermedades pulmonares y cardíacas crónicas [78]. Es importante destacar que el virus mutante resistente al palivizumab rara vez se ha aislado en especímenes clínicos [79]. El tratamiento con RSV ribavirina se limita debido a la dificultad con el suministro de aerosoles, el costo y el daño potencial para los trabajadores sanitarios, a pesar de que el tratamiento no declarado de los pacientes inmunocomprometidos ha tenido un éxito razonable. A pesar del llamado al desarrollo acelerado de estrategias de prevención y tratamiento para una vacuna RSV efectiva para niños [81], la investigación se ha estancado durante décadas desde la muerte en la década de 1960 de dos sujetos en un estudio clínico. Estos sujetos fueron infectados con una infección RSV adquirida por la comunidad después de recibir la vacuna candidata a RSV formalin inactivada y alumcipitada por los Institutos Nacionales de Salud de los Estados Unidos (NIH). A diferencia de la gripe para la que las vacunas hasta la fecha han demostrado ser moderadamente eficaces pero que necesitan mejora, las vacunas RSV requieren una investigación sustancialmente mayor. Actualmente no hay una vacuna autorizada para RSV; la vacuna candidata más avanzada recientemente no ha demostrado eficacia en un estudio de campo [82]. Se requieren tratamientos eficaces con urgencia. El RSV es, incluso entre los profesionales de la salud, considerado una enfermedad infantil y otros confundadores han oscurecido la comprensión de las El VRS es mal entendido como una enfermedad en ancianos [83], y si bien la morbilidad y mortalidad en niños son de importancia, se ha demostrado claramente que el VRS tiene una carga de salud comparable a la gripe en ancianos [84]. Como ejemplo, se realizó un estudio reciente en pacientes adultos (≥18 años) ingresados en un servicio de urgencias con sospecha de IRA durante 2013-2015 (N = 3743), se utilizó PCR multiplex para diagnosticar la causa de la infección respiratoria. Se identificaron 87 pacientes con VRS. Se utilizó un grupo comparador con gripe (n = 312). Basado en una variable de mortalidad de 20 días por todas las causas, los pacientes adultos tenían menos probabilidades de ser diagnosticados con VRS que con gripe (2.3 vs 8,3%, respectivamente), también eran mayores, a menudo diagnosticados con neumonía, EPOC, hipoxemia y coinfección bacteriana. La infección por VRS en las personas de edad avanzada se asoció significativamente con un mayor riesgo de muerte que la gripe estacional, ajustada por posibles confusiones y comorbilidades. [85] La importancia clínica de las coinfecciones virales/bacterianas ha sido un tema controvertido desde hace mucho tiempo. Si bien la neumonía bacteriana grave tras la infección por gripe ha sido bien descrita, las asociaciones son menos claras entre las infecciones causadas por virus comunes en niños pequeños; las infecciones secundarias debidas a otros virus son menos comprendidas y han sido revisadas por otros [86]. Aunque la evaluación de la contribución global de las bacterias a la gravedad de la enfermedad se complica por la presencia de muchos factores de confusión en los estudios clínicos, la comprensión del papel de las coinfecciones virales/bacterianas en la definición del resultado de la IRA pediátrica puede revelar estrategias nuevas de tratamiento y prevención, mejorando los resultados de los pacientes [33, [86 En una publicación reciente (2017) se consideró el papel de la colonización bacteriana con Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae y Moraxella catarralis durante la infección respiratoria superior vírica sintomática y asintomática en la nasofaringe de niños de 4 a 7 años de edad durante la URI y cuando bien. Utilizando una PCR multiplex, se detectó el virus en cerca del 80% de las infecciones del tracto respiratorio superior (URI) en los niños y también se puede detectar en la nasofaringe del 30% de los niños asintomáticos. Los "niveles" de las tres bacterias fueron más altos durante las visitas agudas de URI en comparación con las visitas de vigilancia asintomáticas de los niños. Sin embargo, cabe señalar que incluso durante las visitas de seguimiento asintomáticas, si el virus estaba presente, todas las bacterias se detectar [8] reportan la incidencia de HBoV después de su identificación en 2005 de las muestras de vías respiratorias de niños, como un patógeno respiratorio importante en los niños. Sin embargo, el papel de este virus por sí solo como patógeno de significación fue inicialmente poco claro, la coinfección con otros virus o bacterias fue común y confuso. Moesker et al. [97] estudiaron si el HBoV solo podía causar infecciones respiratorias agudas en los niños. Utilizando la secuenciación de la próxima generación (NGS), pudieron excluir las coinfecciones entre los ingresados en la unidad de cuidados intensivos y estudiaron las cargas virales del HBoV. De los 990 niños que dieron positivo para un virus respiratorio por RT-PCR, HBoV y RSV fueron detectados en 178 y 366 de los niños respectivamente. Cuarenta y nueve pacientes positivos del HBoV y 72 pacientes positivos del RSV fueron ingresados en la Siete casos infectados por HBoV con IAR grave no tuvieron ninguna otra coinfección (7/49, 14%). Es importante destacar que estos niños no tenían otro virus detectable determinado por el SGN altamente sensible. Además, tenían cargas de HBoV mucho más altas que otros pacientes positivos para el VHBo, es decir, aquellos con una coinfección. Aunque pequeño, este estudio proporciona un fuerte apoyo que HBoV puede causar IAR grave en niños sin coinfecciones virales y bacterianas. Historia del modelo de desafío viral humano Desde que Sir Edward Jenner realizó el primer estudio documentado de HVC con viruela el 14 de mayo de 1796 la utilidad de tales estudios ha sido evidente [98]. Más de un siglo más tarde, Sir Christopher Andrews regresó de los EE.UU. en 1931 había observado el uso de chimpancés en el estudio de la gripe. El financiamiento para un trabajo similar en el Reino Unido fue insuficiente, y por lo tanto Sir Christopher inscribió estudiantes del Hospital de St Bartholomew en Londres. Explicó que lo mejor sería un estudiante de "Bart" como "eran más baratos que los chimpancés". Más de 100 estudiantes se matricularon inmediatamente, pero continuaron sus estudios y no fueron aislados de la misma manera que los chimpancés habían estado en los EE.UU. [99]. Desafortunadamente los investigadores creían que los síntomas observados pueden no haber sido debido al virus del desafío, pero otras infecciones respiratorias adquiridas en la comunidad, confundiendo así los estudios. Un año más tarde el Consejo de Investigación Médica del Reino Unido (MRC) terminó el trabajo. Después de la conclusión de la Segunda Guerra Mundial, la retirada de las tropas estadounidenses del Reino Unido dejó la unidad de campo de la Cruz Roja Americana 'Harvard Hospital' en la llanura Salis El hospital se convirtió en la Unidad de Frío Común (CCU) dirigida por el Dr. David Tyrell, desde 1946, los voluntarios fueron inoculados infundiendo pequeñas cantidades del virus en sus narices [100]. La CCU albergó voluntarios sanos en relativo aislamiento de otras personas, reduciendo así el riesgo de contacto con fuentes de infección adquiridas por la comunidad o de que pasaran el virus a miembros del público. La unidad fue finalmente cerrada en 1989; durante cuatro décadas de investigación, atrajo a 20.000 voluntarios. Su investigación contribuyó a una mejor comprensión de los virus respiratorios, el ciclo vital viral, las posibles vacunas [101] así como el primer compuesto antiinfluenza autorizado amantadina [102]. El uso de voluntarios sanos en el modelo HVC proporcionó, y aún ofrece, una oportunidad única para describir el ciclo vital viral. Los investigadores conocen con certeza el tiempo de infección, la eliminación de virus nasales se puede medir, los síntomas se registran prospectivamente, y los participantes se seleccionan con baja inmunidad preexistente al virus del desafío para asegurar una tasa de infección estadísticamente significativa con un pequeño número de voluntarios. Así, tales estudios pueden maximizar los datos de seguridad y eficacia obtenidos, minimizando el riesgo de estudio de voluntarios y financiación limitada de la investigación. Aunque el IgG sérico, para el virus de la gripe, se midió tradicionalmente a través del ensayo de HAI, ya que los criterios de entrada para los voluntarios en los estudios, los ensayos de microneutralización se utilizan para RSV y HRV. Otro trabajo sugiere que la detección de anticuerpos a la proteína superficial de la gripe NA debe considerarse [103] o respuestas de células T a proteínas internas [104]. Estos estudios contribuyeron al desarrollo significativo de los nuevos inhibidores de la NA durante la década de 1990, incluyendo el fármaco inhalado zanamivir y el fármaco disponible por vía oral oseltamivir [105] [107] [108] [108] [109] [119] [112] [113] [113]. Sin embargo, también continuaron los estudios en el Reino Unido, específicamente en la Universidad de Southampton, que realizó un trabajo importante en voluntarios atópicos, demostrando que tenían resfriados más graves cuando se les retaba experimentalmente con rinovirus, que con controles no atópicos [115]. El virus experimental de la gripe A/Texas H1N1 que se utilizó con éxito durante la década de 1990 estuvo implicado en el desarrollo de miocarditis en un sujeto infectado experimentalmente, aunque nunca se demostró una relación causal [116]. La mayoría, si no todos, los virus de desafío se fabrican de acuerdo con el estándar Good Manufacturing Practice (GMP). Aunque la inoculación nasal controlada difiere de la infección natural en la que la exposición a cantidades variables del virus puede ocurrir en varios sitios de la mucosa - el modelo desarrollado de HVC utilizado en estudios de desafío imita la enfermedad natural en la medida de lo posible [25, 117, 118]. Hemos descrito la producción de un nuevo stock de GMP de virus utilizando un aislamiento de HRV-16 de una voluntaria sana infectada experimentalmente de 18 años, proporcionado por colegas de la Universidad de Hospital Infantil de Virginia, EE.UU.. Es importante destacar que la muestra clínica se proporcionó con el historial médico apropiado y el consentimiento del donante. Fabricamos este nuevo stock de HRV-16 por el paso mínimo en una línea celular WI-38, para reducir el riesgo de mutaciones durante el proceso Good Manufacturing Después de haber sometido primero el stock a rigurosas pruebas de agentes adventicios y determinar la idoneidad del virus para el uso humano, hemos realizado un estudio clínico inicial de "seguridad y patogenicidad" en voluntarios adultos en una instalación de cuarentena clínica especializada en Londres [118]. Nuestro grupo inició estudios de CVH en el Reino Unido en 2001, y desde entonces hemos realizado múltiples estudios con más de 2.500 voluntarios inoculados con gripe, virus respiratorio sincitial (RSV) o rinovirus humano (HRV), y hemos proporcionado numerosas pruebas de concepto [119] [112] [121]. El modelo de desafío viral humano: acortar la vía de desarrollo de fármacos para la infección por IRAs Influenza, VRS y VHR tienen una sintomatología similar, pero esto difiere en gravedad y predominio de síntomas superiores, inferiores o sistémicos como ha sido descrito por el Centro para el Control de Enfermedades [122]. Sin embargo, no es fácil diagnosticar entre las diferentes etiologías de las IRA, y se necesitan mejores diagnósticos [123]. Los síntomas son comunes a cada infección y se manifiestan en un gradiente. Generalmente, pero lejos de siempre, la infección por gripe es más probable que resulte en que un paciente se sienta tan mal como para tomar a su cama y tener una fiebre, que el VRS, una VFC, una VOC u otra infección común por virus del frío, durante la cual la vida diaria suele ser menos afectada. Existen diversos modelos animales para investigar virus respiratorios como la gripe [124] [125] [126], el VSR [127] [128] [130] [133] [133] [135] [135] [135] [137] [137] [137], la VHR [22, [138] [139] [139] [140]. Ningún animal ofrece una plataforma para todos los virus respiratorios que infectan a los seres humanos, y existen diferentes modelos animales para el mismo virus, que pueden dar resultados diferentes, a menudo contradictorios. Además, los principios de las 3R (Reemplazo, Reducción y Refinamiento) se desarrollaron hace más de 50 años para proporcionar orientación y garantizar la investigación animal humana. Con el tiempo se han convertido en legislación/regulación nacional e internacional. Las políticas de las organizaciones que financian o llevan a cabo la investigación animal incluyen estos principios como parte de la condición de la financiación [141]. La sintomatología compartida de virus respiratorios requiere una única plataforma de investigación estándar que se puede utilizar para evaluar la patogénesis de enfermedades respiratorias y la eficacia de los candidatos terapéuticos. El uso de una instalación de aislamiento de 24 dormitorios en suite dedicada, construida específicamente, en la que los voluntarios cuidadosamente analizados pueden ser inoculados con seguridad con virus de desafío y monitoreados intensivamente puede ayudar a reducir el uso de animales al tiempo que proporciona una única plataforma de investigación consistente con terminales evaluables estandarizados para la investigación de virus respiratorios. Además, hemos utilizado una tarjeta de diario estandarizada en nuestros estudios, que permite comparar los síntomas que cada virus causa y la eficacia de la terapia que se está probando. Hemos incluido una copia de la tarjeta de diario en el archivo adicional 1.Es difícil evaluar la eficacia de una terapia antiviral específica "en el campo" debido a la presencia de coinfecciones comunitarias circulantes de diferente etiología microbiana.El modelo HVC permite la oportunidad de estudiar un virus en aislamiento.Los estudios de HVC y estudios de campo son estratos de investigación complementarios necesarios para el desarrollo de terapias 1 ) se administra a voluntarios sanos una terapia de investigación ya sea antes (ensayos de profilaxis) o después (ensayos de tratamiento) de inoculación con la cepa de desafío específica del virus. Los virus utilizados en el modelo HVC no se atenúan y producen síntomas consistentes con ARA clínicamente observada [25, 117, 118]. Cada virus se propaga bajo condiciones de GMP, con un número mínimo de pasajes de los aislados a las poblaciones de desafío [118, 142]. Las pocas mutaciones que ocurren dentro del virus se seleccionan rápidamente debido a un cuello de botella genético, con la consecuencia de que el virus en el huésped humano se considera de tipo salvaje [143]. La similitud entre el virus recuperado del huésped inoculado y la cepa de referencia del virus del iniciador proporciona la garantía de que el proceso de enfermedad del modelo está estrechamente alineado con la cepa de virus de referencia y no Un modelo como el HVC permite la evaluación rápida de nuevas terapias. El modelo abrevia las fases de desarrollo clínico preclínico y temprano al proporcionar una mejor comprensión de la interacción inicial del huésped y patógeno y tiene el potencial de hacer las vacunas y medicamentos necesarios más rápidamente disponibles que los enfoques tradicionales de desarrollo de otro modo podría. La reducción de la vía de desarrollo tradicional a través del uso temprano de un estudio Test of Concept (PoC) que incorpora el modelo HVC (Fig. 2) proporciona variables evaluables esenciales. A diferencia de los estudios convencionales de fase 1, que rara vez incluyen una evaluación de la eficacia, casi todos los estudios de HVC incluyen variables de eficacia evaluables como la reducción de la carga viral del AUC (principalmente recuperada de muestras del tracto respiratorio superior como lavado nasal o torunda nasofaríngea), síntomas auto-reportados voluntarios, puntuación de síntomas pico, puntuación total de síntomas, entre otros. Los datos de seguridad y farmacodinámica (PC) y farmacodinámica (PD) resultantes en condiciones controladas, orientan las decisiones sobre si avanzar o no a los estudios de campo, proporcionando un conjunto de datos más valioso inmediatamente después, o incluso como parte del estudio de seguridad de la fase 1 convencional. El modelo HVC también abre una ruta de desarrollo diferente junto con la fase 1 tradicional, permitiendo el progreso rápido a los estudios de fase 2b impulsados estadísticamente que generarán los datos de eficacia necesarios para apoyar la concesión de licencias, al tiempo que proporcionan datos de seguridad adecuados. La guía de la FDA sobre el desarrollo de terapias contra la gripe [144] establece que los ensayos de desafío no pueden sustituir a los ensayos de eficacia (fase 2). Las directrices indican que los ensayos de desafío pueden proporcionar información útil sobre la respuesta a la exposición y la seguridad, así como una oportunidad de demostrar la actividad antiviral farmacológica en seres humanos en condiciones controladas fuera de la Específicamente, los datos de los ensayos de desafío pueden contribuir a la selección de dosis para los ensayos de fase 2b y fase 3, y proporcionar la oportunidad de explorar los efectos de diferentes momentos de inicio del fármaco en relación con la exposición al virus..." Los refinamientos de los ensayos de desafío están cerrando la brecha entre el modelo de infección experimental y el entorno natural de la infección. La duración del estudio de HVC de varias semanas es menor que un estudio de fase 2 basado en el campo que espera un brote natural del virus y cuya duración puede ser de varios meses/años. Estos estudios ahorran Fig. 1 El Modelo de Desafío Viral Humano. El estudio típicamente consiste en insumos, como los voluntarios, sus criterios de selección, aislamiento en cuarentena y exposición a un virus GMP. Hay dos opciones de tratamiento: una vacunación/profilaxis con un tratamiento antiviral o b con un antiviral. X es el número de días antes de la vacunación por exposición al virus puede ocurrir. Y es el número de días después de la exposición al virus que un voluntario puede ser seguido para el tiempo de desarrollo cuando la transición entre las fases está totalmente optimizada. Importantemente, a diferencia de los estudios tradicionales de fase 1b/fase 2, los estudios de HVC no dependen de un brote natural de infección, que puede ocurrir al azar, y para el cual el tiempo exacto de infección puede no ser evidente. Proporcionan variables evaluables, datos comparativos de PD y PK, junto con datos biomarcadores adicionales sobre el rendimiento del producto en humanos. Sin embargo, debe afirmarse que la mayoría de estos estudios matriculan a adultos jóvenes sanos que de otra manera implican que el resultado de la infección en el grupo placebo puede ser visto como leve a moderado, en cierta medida. La seguridad de los voluntarios debe seguir siendo la prioridad de los investigadores. El modelo de HRV/HVC puede ser una herramienta potente, no sólo para estudiar la infección y enfermedad por HRV, sino también para investigar los mecanismos de exacerbación en pacientes con enfermedad respiratoria crónica y realizar estudios de eficacia para nuevas terapias. Se ha demostrado que los estudios de desafío humano con HRV producen infección en más del 90% de los sujetos serológicamente susceptibles y dan lugar a un síndrome clínico comparable al reportado con resfriados naturales [145, 146]. Los síntomas suelen aparecer dentro de las 24 horas y máximo a las 48-72 horas después de la inoculación. El derrame de virus sigue un patrón similar al de sus síntomas. En los últimos tiempos, se han notificado varios cientos de inoculaciones de sujetos adultos y han establecido esto como un método seguro y eficaz para estudiar la enfermedad relacionada con HRV en sujetos sanos y asmáticos [145]. Estos estudios han proporcionado una base de conocimientos para seguir desarrollando el modelo experimental de VFC y proporcionar una herramienta controlada y útil para desarrollar nuevas terapias para las áreas de la enfermedad asociadas a la infección por VFC. Se necesitan urgentemente nuevos tratamientos para el asma y la EPOC, y los pequeños modelos animales de asma son poco predictivos de eficacia. La mayoría de los fármacos que son eficaces en estos modelos animales no se encuentran eficaces en etapas posteriores de desarrollo en humanos. Se necesitan modelos que sigan más de cerca las características clínicas del asma humana y la EPOC [32, [147] [148] [149] [150] [151] ]. Ya hemos descrito fármacos antivirales contra la gripe actuales que pueden acortar la enfermedad y reducir la gravedad de los síntomas si se toman lo suficientemente temprano después de la infección, y su uso profiláctico puede disminuir el riesgo de infección; su utilidad ha sido debatida sin embargo [152]. Las dos clases principales de fármacos antiinfluenza actualmente eficaces son los inhibidores de la NA, como el zanamivir (RelenzaTM), el oseltamivir (TamifluTM), el peramivir (RapivabTM) [153] y los inhibidores de la M2, aunque la resistencia al fármaco hace inutilizable esta clase [154]. Recientemente se ha utilizado ampliamente el modelo HVC para evaluar nuevas clases de compuestos antivirales contra la gripe, incluidos los anticuerpos monoclonales experimentales dirigidos a los epitopes dentro de la parte altamente conservada y expuesta de la superficie viral de la M2 Fig. 2 El papel del modelo HVC en la vía de desarrollo clínico. Prueba de corta duración de los estudios conceptuales, que incorporan el modelo HVC, típicamente incluyen un pequeño número de sujetos. La seguridad resultante y, en particular, los datos de eficacia pueden orientar con mayor precisión las decisiones sobre si exponer a un mayor número de sujetos a prometedores candidatos terapéuticos en estudios de campo que los datos de seguridad convencionales de la fase 1 por sí solos de otra manera podrían ser proteínas [155, 156] el tallo conservado de la HA [157] y fármacos antivirales de pequeña molécula que se dirigen a la polimerasa viral, por ejemplo favipiravir [158]. El modelo HVC permite la evaluación rápida de nuevos compuestos terapéuticos que pueden ser difíciles de evaluar en el campo, debido a la naturaleza de los grupos de "riesgo", por ejemplo pediatría. Específicamente, y dada la experiencia histórica descrita con vacunas RSV, es importante que el beneficio pueda demostrarse primero en una población sana. En el pasado, a diferencia de la gripe y la VHR, el modelo HVC no se ha utilizado habitualmente con Durante algún tiempo hemos querido reiniciar los estudios de HVC/RSV en la Universidad de Londres, los dos desafíos significativos que habían paralizado el desarrollo antiviral para RSV presentaron una necesidad de investigación considerable. En asociación con el laboratorio DeVincenzo de la Universidad de Tenessee y la compañía de biotecnología Alnylam, nos pusimos a diseñar posiblemente el primer estudio HVC/RSV. Alnylam fue pionero en el uso de interferencia de ARN (RNAi) que es un mecanismo natural que regula la expresión de proteínas y está mediado por pequeños ARNs interferentes (siRNA). Trabajando con ambos grupos, fabricamos un virus tipo A de RSV a GMP estándar y lo titulamos en 35 voluntarios humanos que dividimos en cinco grupos, cada uno de los cuales fue inoculado intranasalmente con aumento del título (3.0-5.4 unidades formadoras de placa de registro/ En general, en este nuevo modelo, el 77% de los voluntarios despojaron constantemente del virus. La tasa de infección, las cargas virales, la gravedad de la enfermedad y la seguridad eran similares entre las cohortes y no guardaban relación con la cantidad de VRS recibida. Los síntomas comenzaron poco después de la detección viral inicial, alcanzaron un máximo de gravedad cuando la carga viral alcanzó su punto máximo y disminuyeron lentamente a medida que declinaban las cargas virales. Concluimos que, independientemente del título administrado una vez establecidas las infecciones, la enfermedad motivó la carga viral. No se observaron eventos adversos relacionados con el virus [25]. Utilizando este nuevo modelo se llevó a cabo un estudio clínico de VCH y se demostró por primera vez que un ARNi tenía una actividad antiviral significativa frente a la infección por VRS humana, lo que estableció la primera prueba de concepto para un RNAi terapéutico en adultos humanos [ Un editorial en el American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine, describió la utilidad del modelo HVC/RSV diciendo: "Este modelo permite el estudio relativamente rápido y eficiente de nuevas terapias en humanos y ayuda a tomar decisiones críticas sobre si avanzar un producto en costosos ensayos humanos en poblaciones con mayor riesgo de enfermedad; niños, ancianos o pacientes inmunocomprometidos, lo que constituye un avance importante y bienvenido en el campo de la VRS." [81] Es notable que dos compuestos que tienen modos de acción distintos han sido evaluados recientemente utilizando el modelo HVC. ELAS analógico nucleósido de primera clase-008176, cuya eficacia fue demostrada por primera vez en el modelo HVC, está actualmente en evaluación en bebés hospitalizados [160, 161]. El ensayo HVC fue de diseño aleatorio, doble ciego, y estudiado adultos sanos inoculados con RSV Memphis 37B [ Un total de 62 participantes recibieron ALS-008176 o placebo durante cinco días después de la confirmación de la infección por VRS por PCR (ensayado dos veces al día después de la inoculación). La variable principal fue el área bajo la curva (AUC) para la post infección por carga viral. Se demostró un aclaramiento más rápido del VRS y una mayor reducción de la carga viral, con mejoras concomitantes en la gravedad de la enfermedad clínica, en los grupos tratados con ELS-008176 en comparación con el grupo placebo [160]. El muestreo intensivo permitió identificar rápidamente cualquier posible mutación asociada con resistencia. No se observaron mutaciones resistentes [160]. También se evaluó un inhibidor de la entrada del VRS, GS-5806, una segunda molécula, primera en su clase. Entre los 54 sujetos que recibieron tratamiento activo, menor carga viral, menor peso total de mucosidad y menor puntuación de síntomas del AUC fueron muy significativos Con base en estos datos del estudio de desafío, esta terapéutica también está progresando en estudios de campo potencialmente pivotales [162]. Un elemento esencial del diseño en ambos estudios fue el momento de la primera administración de la inoculación terapéutica del virus post-experimental; el momento fue dependiente de la detección del virus en muestras de lavado nasales después de la inoculación del virus de desafío mediante un ensayo rápido de PCR [163], en lugar de en un momento arbitrario. Posteriormente, el tratamiento se administró cada 12 horas. El tiempo cuidadoso de la dosis, en un punto clínicamente relevante de detección, contribuyó a los resultados positivos de ambos estudios. También se cree que al utilizar este modelo de "dosificación acelerada", mejor imitaba lo que ocurriría en un entorno clínico ya que se sabe que los síntomas aparecen poco después de la aparición del virus. El modelo HVC no se limita a compuestos antivirales nuevos, sino que también es importante para A diferencia de los estudios de campo, los estudios de HVC son herramientas útiles para evaluar las correlaciones de protección, vitales para el desarrollo de la vacuna [103, 104, 164]. Específicamente, se ha destacado la importancia de las respuestas humorales y celulares junto con la inmunidad preexistente de células T para otros virus respiratorios [104]. Una publicación reciente describe el uso del modelo de HVC para demostrar la eficacia de una nueva vacuna trivalente inactivada por proteosoma intranasal (P-TIV). En dos estudios separados, sujetos seleccionados que fueron naïve al virus A/Panamá/2007/1999 (H3N2) fueron dosificados por medio de aerosol nasal con uno de los tres regímenes de P-TIV o placebo. Juntos, los estudios evaluaron una o dos dosis, 15 μg o 30 μg, una sola vez o dos veces con 14 días de diferencia (1 x 30 μg, 2 x 30 μg, 2 x 15 μg) y los sujetos fueron desafiados con el virus A/Panamá/2007/1999 (H3N2). Las respuestas inmunitarias a los antígenos de la vacuna se midieron mediante el ensayo de inhibición de la hemaglutinación (HAI) y los anticuerpos del secretario de lavado nasal IgA (sIgA). La eficacia de la vacuna osciló entre el 58% y el 82%, comparable a las vacunas tradicionales. Los estudios también demuestran que la protección contra enfermedades asociadas con la evidencia de infección por gripe se correlacionaron significativamente con los títulos de HAI (p = 0,0003) y IgA mucosal (p ≤ 0,0001) Los niveles de HAI y sIgA estaban inversamente relacionados con las tasas de enfermedad. Estos estudios demostraron la eficacia de esta nueva vacuna intranasal y respondieron a algunas preguntas importantes sobre las verdaderas correlaciones de la protección contra la infección por gripe que ayudarán a impulsar el diseño futuro de la vacuna. Además de alcanzar sus objetivos principales, revelaron información valiosa sobre las correlaciones de la protección y ayudará, esperamos, al diseño futuro de la vacuna [164]. Una vacuna contra la gripe interestacional o universal es desesperadamente necesaria; salvará muchas vidas, ya sea en aquellos años inesperados cuando la composición recomendada no coincide, o cuando se produce una pandemia, como lo hizo en 2009. La importancia de la pandemia de 1918 [165, 166] lo deja muy claro; hasta 100 millones de personas murieron. Una vacuna universal es una vacuna que se puede preparar para lo inesperado, un virus que ocurre debido a la reasignación de genes virales de diferentes especies El modelo HVC es posiblemente la única manera de probar inicialmente tal vacuna universal. Un candidato universal podría generar una respuesta inmunitaria contra la proteína del canal iónico del virus altamente conservada M2, [167] [168] [169] [170], aunque no se ha demostrado que ninguna vacuna sea efectiva en este sentido; solo los anticuerpos monoclonales tienen, el modelo HVC mostró su eficacia [156]. Alternativamente, una vacuna puede dirigirse al tallo conservado de la proteína HA [104, 171], o provocar una respuesta de células T a las proteínas internas [172] [173] [174] [175]. Todas son posibilidades que han sido y pueden ser exploradas de manera más eficiente utilizando el modelo HVC. Aunque los estudios de HVC proporcionan PoC, los investigadores, como hemos demostrado, han utilizado estándares de diseño regulatorio típicos de estudios de eficacia en fases posteriores. Con el desarrollo de la tecnología molecular, ahora es posible refinar el análisis estadístico estratificando a los sujetos sobre la base de su perfil inmunológico. Por ejemplo, ahora es posible evaluar si un sujeto está llevando otros patógenos respiratorios conocidos (bacterias, virus, etc.) y si existe un posible impacto en el conjunto de resultados del voluntario. Los sujetos a menudo dan su consentimiento para un análisis adicional de sus muestras, lo que permite construir un valioso biobanco de muestras para más pruebas. Avanzando, estas muestras permitirán el uso del modelo HVC para entender más a fondo lo que sucede cuando un virus infecta a una persona. Vale la pena señalar que el modelo HVC no se limita al trabajo de PoC sobre agentes terapéuticos potenciales; también se está utilizando ampliamente para fines de investigación, sobre lo cual se pueden construir tratamientos mejorados para virus respiratorios. En los últimos años se ha utilizado para demostrar "firmas de conmutación de genes" que podrían formar parte de un diagnóstico que revelaría a los individuos infectados antes de que se conviertan en sintomáticos, en las primeras etapas de la infección; esto podría ser de vital importancia en el caso de una pandemia [176, 177]. Además, el modelo HVC se ha utilizado para permitir una comparación de la dinámica relativa de la enfermedad de diferentes virus respiratorios [24] y para proporcionar una mejor comprensión de la interacción del virus y el huésped humano [26, 178, 179]. El modelo HVC ha aumentado nuestra comprensión del ciclo de vida viral y la patogénesis de la enfermedad en un entorno estrechamente controlado utilizando un pequeño número de voluntarios. Cada voluntario está aislado unos de otros, y la comunidad en general, asegurando que la enfermedad en cuestión sea la única de interés. La aplicabilidad del virus utilizado para desafiar a los voluntarios en el modelo HVC a un El modelo HVC proporciona cierto conocimiento del carácter del virus; el momento exacto de la infección; la mensurabilidad del desprendimiento del virus nasal; el registro prospectivo de los síntomas y la preselección de los participantes para el reto viral que son sero-adecuados. Esto asegura que se alcance una tasa de infección estadísticamente significativa con el número mínimo de voluntarios, optimizando así la relación riesgo-beneficio que apoya la determinación de la eficacia terapéutica. El diseño del estudio de la CVH es el momento en que se administra la primera dosis del producto en investigación para determinar la eficacia óptima, no sólo en el propio estudio de desafío, sino en estudios clínicos en etapas posteriores y en el uso clínico final. El modelo HVC es una herramienta importante en el desarrollo de fármacos, en particular con respecto a las infecciones respiratorias agudas. Ayuda en la comprensión de la relación entre un virus y su huésped humano y ofrece el potencial para el desarrollo de diagnósticos en etapas tempranas. Contribuye a identificar nuevas áreas para la intervención terapéutica. Posiblemente, y posiblemente, más importante, puede asegurar que los escasos recursos médicos se dirijan hacia el desarrollo clínico en etapas posteriores de una manera basada en la evidencia, y se priorizan oportunidades terapéuticas prometedoras. Un proceso de diseño cuidadoso y específico del estudio es un paso crucial hacia el resultado exitoso de un ensayo de desafío, ya que casi todos los parámetros pueden ser controlados o al menos conocidos (ya sea antes o después del hoc). Además, los resultados de estos ensayos pueden ser utilizados para tomar decisiones comerciales y pueden conducir a publicaciones importantes, ampliando la comprensión colectiva de la comunidad científica. Muestras de tales experimentos son de inmenso valor para los investigadores para la comprensión de los mecanismos de interacción del huésped y el desarrollo y validación de la terapéutica. La utilización de datos históricos recopilados consistentemente de estudios de HVC informa sobre el diseño preciso y la potencia de estudios posteriores. Los estudios de HVC han tenido éxito en proporcionar pruebas de concepto para vacunas de ADN, vacunas de células T, vacunas intranasales, anticuerpos monoclonales y pequeñas moléculas contra una gama de importantes virus respiratorios. También es alentador ver que el modelo de HVC se está expandiendo ahora a más poblaciones de pacientes, como ancianos, asmáticos y aquellos con otras enfermedades como la enfermedad pulmonar obstructiva crónica. Un archivo en expansión de datos de estudios anteriores es un activo inestimable para ayudar en la selección de voluntarios, decidir los puntos finales apropiados y refinar futuros diseños de estudios de campo. Esto permite una investigación más segura, estadísticamente sana y más rápida. redactó la versión inicial de este manuscrito con el autor RLW. hVIVO fue responsable de la gestión general de este trabajo y verificó la exactitud de los datos hVivo quisiera agradecer a los voluntarios sin cuyo altruismo los estudios de desafío viral humano realizados en hVivo durante muchos años no hubieran sido posibles. El trabajo, incluyendo los servicios de escritura médica profesional para la preparación de este manuscrito, fue totalmente financiado por hVivo Services Limited, el empleador de todos los autores. Autor RLW concibió la estrategia para este artículo. Autor RLW y la escritora médica profesional Samina Hamilton redactaron el artículo (ver 'Agradecimientos'). Autores RLW y AG revisaron críticamente el artículo completo para un contenido intelectual importante. Autores RLW y AG tenían plena autoridad sobre la elección de la revista y aprobaron el artículo final. Autor RLW es un garante del artículo y asume la responsabilidad general de esta publicación. Todos los demás autores contribuyeron a la redacción y revisión de este manuscrito. Todos los autores declaran que son empleados de hVivo y, como tales, han proporcionado o prestan servicios de investigación clínica profesional ética a clientes académicos, biotecnológicos o farmacéuticos. Una patente (solicitudes de patente 14/366602 (US) 12813946.6 (EP) está en marcha en relación con la utilización específica del modelo HVC. Esto no altera la adhesión de los autores a la Sociedad Internacional de Profesionales de Publicaciones Médicas (ISMPP) 'Buena Práctica Publicacional para Comunicar la Investigación Médica Patrocinada por la Compañía: GPP3'.

¿Cuántas proteínas superficiales hay en el virus de la gripe H1N1?

El modelo de desafío viral humano: acelerar la evaluación de los antivirales respiratorios, vacunas y diagnósticos novedososhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6013893/SHA: f13c88733ea45be9923a282dfd42f8c277c187cAutores: Lambkin-Williams, Rob; Noulin, Nicolas; Mann, Alex; Catchpole, Andrew; Gilbert, Anthony S.Fecha: 2018-06-22DOI: 10.1186/s12931-018-0784-1Licencia: cc-byAbstract: El modelo Human Viral Challenge (HVC) ha ayudado, durante muchas décadas, en la comprensión de los virus respiratorios y su papel en la patogénesis de enfermedades. En un entorno controlado con un pequeño número de voluntarios retirados de la exposición comunitaria a otras infecciones, este modelo experimental permite realizar pruebas de trabajo conceptual sobre nuevas terapias, incluyendo vacunas, inmunomoduladores y antivirales, así como nuevos diagnósticos.Crucialmente, a diferencia de los estudios convencionales de fase 1, los estudios de desafío incluyen variables de eficacia evaluables que luego orientan las decisiones sobre cómo optimizar los estudios de campo posteriores, como recomienda la FDA y, por lo tanto, los estudios de licencia que siguen.Esta estrategia optimiza el beneficio de los estudios e identifica posibles amenazas tempranas, minimizando el riesgo para los voluntarios posteriores, pero también maximizando el beneficio de los escasos recursos disponibles para el grupo de investigación que invierte en la investigación. Inspirado en los principios de las 3R (Reemplazo, Reducción y Refinamiento) que se aplican comúnmente en la fase preclínica, los estudios de CVV permiten el refina La amplitud de los datos generados a partir de estudios de desafío permite la exploración de una amplia gama de variables y puntos finales que luego pueden ser llevados a través de estudios pivotales de fase 3. Describimos la carga de la enfermedad para las infecciones virales respiratorias agudas para las cuales las estrategias de desarrollo convencionales actuales no han producido terapias que satisfagan las necesidades clínicas. Los autores describen la utilidad del modelo HVC para aumentar la comprensión científica y progresar en terapias prometedoras a través del desarrollo. También se discute la contribución del modelo a la dilucidación de la interacción virus-anfitrión, tanto en lo que respecta a la patogenicidad viral como a la respuesta inmunológica del cuerpo, junto con su utilidad para ayudar en el desarrollo de diagnósticos novedosos. También se exploran las futuras aplicaciones del modelo. Texto: Las infecciones respiratorias agudas (ARI) se manifiestan como infecciones del tracto respiratorio superior (URI) o inferior (IRL) y pueden moverse entre los dos compartimentos; las IRA representan las enfermedades infecciosas más comunes y son predominantemente de etiología viral. La carga global de la IRA es considerable, con una morbilidad y mortalidad significativas en niños, ancianos e inmunocomprometidos [1]. Sólo en el Reino Unido durante el período 2014-2015, las enfermedades respiratorias causaron unas 15.800 muertes invernales excesivas [2]. En los Estados Unidos, la gripe y el virus sincitial respiratorio (RSV) causan una mortalidad sustancial, especialmente entre las personas de 65 años y más [3]. Sin embargo, aunque las muertes en el mundo industrializado son ampliamente reportadas, los países en desarrollo sienten la carga particularmente; de un estimado de 1,9 millones de muertes infantiles por IRA en 2000, el 70% de esas muertes ocurrieron en África y Asia sudoriental La Cumbre del Milenio celebrada en las Naciones Unidas en 2000 dio lugar al establecimiento de los Objetivos de Desarrollo del Milenio. Un estudio informó de los progresos realizados en el logro de esos objetivos en 40 países en desarrollo; concluyó que la prevalencia de la IRA era del 13%, el gasto en salud y el producto interno bruto per cápita están directamente asociados con la prevalencia de la enfermedad [5]. La heterogeneidad viral asociada a las IRA está bien establecida [6]. En el pasado, el rinovirus humano (VDH) se ha identificado como el virus más frecuentemente asociado a las enfermedades respiratorias con un promedio del 30-50% de infecciones anuales, y hasta el 80% de las infecciones respiratorias superiores durante los brotes de otoño [7]. Más recientemente, una evaluación de la enfermedad en 6.266 niños menores de 10 años en Australia, Asia Sudoriental y América Latina hizo hincapié tanto en la heterogeneidad viral como en el impacto de la IRA. De los 2.421 niños que experimentaron 3.717 episodios individuales de enfermedad similar a la gripe (III), la prevalencia fue mayor (41,5%), la gripe siguió a esta situación (15,8%), el adenovirus (ADV) (9,8%), la IVP y el VSR (ambos 9,7%), la VOC (5,6%), el metapneumovirus humano (VPH) (5,5%) y el bocavirus humano (VHBo) (2,0%). El porcentaje de niños que perdieron la escuela o el cuidado de los niños se situó entre el 21,4% para el VHBo y el 52,1% para la gripe [8]. Hemos comparado los datos de los dos informes uno de 2003 [7] y el otro de 2017 [8] y hemos encontrado que los informes, a pesar de estar separados por 14 años, fueron similares, con la única excepción de HBoV, descubiertos en 2005 (Tabla 1), que discutimos más adelante. Feng et al. [9] describieron en detalle la distribución de los IRA causantes de hospitalización por grupo de edad: observaron que el VRS se observó predominantemente en los jóvenes y ancianos, y la gripe, aunque significativa en los jóvenes fue notablemente más predominante en los ancianos. Interesantemente observaron que la codetección de virus tendía a ocurrir con mayor frecuencia en los grupos de edad más jóvenes, especialmente en los menores de cinco años. Infecciones por rinovirus (el resfriado común) de la VHR, a menudo considerado trivial puede contribuir significativamente a faltar días de trabajo y escuela, aunque las infecciones son típicamente autolimitables [7]. Las infecciones por VFC a lo largo del año y en muchos casos, se manifiestan con síntomas como congestión nasal, rinorrea, estornudos, dolor de garganta y tos. Se sabe que la VFC es la causa principal de la IAR y un factor contribuyente grave en exacerbaciones de la enfermedad atópica, por ejemplo, asma, así como otras afecciones como la enfermedad pulmonar obstructiva crónica (EPOC) [10] [11] [12] [13]. Las infecciones por VFC están asociadas con implicaciones económicas significativas, además de ser un importante contribuyente a la sinusitis, otitis media, bronquitis y neumonía primaria [14] [15] [16]. La VFC es una causa considerable de morbilidad en grupos específicos de riesgo como los lactantes, los ancianos, inmunocomprometidos y, como ya se ha mencionado, enfermedades respiratorias crónicas como el asma, la EPOC y la fibrosis quística. En la actualidad, la VFC se considera la causa número uno de exacerbaciones del asma [15] [16] [17] [18] [19]. El asma es una enfermedad compleja, caracterizada por la inflamación crónica de las vías respiratorias, y un historial de síntomas respiratorios como sibilancia, dificultad para respirar, opresión torácica y tos. Con el tiempo estos síntomas pueden variar en su intensidad [20]. Cada año más de 300 millones de personas en todo el mundo se ven afectadas por el asma: aproximadamente 250.000 personas mueren como resultado. Muchas muertes se deben a cuidados médicos subóptimos a largo plazo y retrasos en la obtención de ayuda durante exacerbaciones graves de la enfermedad [21]. El modelo de desafío humano se ha utilizado para investigar la patogenicidad viral [22] [23] [24] [25] [26] y publicaciones recientes sobre el modelo de desafío asmático se han centrado en cómo el huésped asmático responde a la infección por VFC. Se está trabajando en la susceptibilidad al empeoramiento del asma inducido por virus [27, 28] la disregulación inmune innata [29] y la inducción de respuestas innatas y tipo 2 en las secreciones epiteliales nasales y bronquiales [30]. La patogénesis de la infección rinoviral, junto con otros IRA, en exacerbaciones de la enfermedad de las vías respiratorias, se ha investigado ampliamente. A pesar de trabajos previos de investigación sobre múltiples antivirales de pequeñas moléculas, como pleconaril que han sido probados utilizando tanto el modelo experimental de desafío como estudios de campo [35] [36], actualmente no hay tratamiento autorizado para infecciones por VFC Otros compuestos han sido probados contra la VFC, como Vapendavir (BTA798), que impidió la liberación de ARN viral en la célula diana y demostró una reducción de la carga viral máxima en el modelo HVC [38]. Un estudio posterior en asmáticos se completó y aunque no se publicó el compuesto tuvo un efecto limitado [39]. Pirodavir una molécula de unión capsid intranasal alcanzó ensayos clínicos de fase 3 para la prevención y tratamiento de la VFC en la década de 1990. Aunque el compuesto disminuyó la replicación viral y eliminación, no mostró una reducción significativa en la duración o gravedad de los síntomas [40, 41]. Un inhibidor de la proteasa, rupintrivir que previene la escisión de proteínas virales necesarias para la replicación fue probado en un ensayo de desafío de VFC. Rupintrivir fue bien tolerado y redujo la carga viral y los síntomas respiratorios [36]. Sin embargo, en estudios de infección natural, no afectó significativamente la carga viral ni la gravedad de los síntomas [42]. Tratamientos como los productos que contienen zinc ahora están ampliamente desacreditados como lo demuestra la retirada de un informe Cochrane y editorial JAMA [43] [44] [44]. El tratamiento actual de las infecciones por VFC consiste principalmente en medicamentos de venta libre (OTC) para controlar los síntomas. También no hay una vacuna autorizada, y si bien ha habido algún progreso en el desarrollo de vacunas multivalentes [46], el desarrollo en esta área se ve obstaculizado por el número total de serotipos que necesitan ser cubiertos (en A pesar de que la VFC está asociada con hasta el 50% de las exacerbaciones del asma en adultos y hasta el 80% de las exacerbaciones de la niñez, no existen terapias asmáticas específicas de la VFC [34]. A medida que mejor comprendemos la interacción entre el virus y el huésped, nuevas terapias como los anticuerpos monoclonales (anti-IgE [omalizumab] y anti-IL-5 [mepolizumab]) junto con pequeñas moléculas dirigidas cuidadosamente a vías de señalización inmunológica específicas, el tratamiento profiláctico específico de la VFC puede volverse práctico [47] [48] [48] [49] [50]. Para evitar exacerbaciones, el diseño de nuevos tratamientos podría mejorar la eficacia tanto actuando directamente para inhibir la replicación viral como aliviando los síntomas del asma y la EPOC [51]. El virus de la gripe es un patógeno humano bien conocido y puede causar morbilidad y mortalidad En 2009, el primer virus pandémico del siglo XXI hospitalizó entre 195.000 y 403.000 en Estados Unidos, lo que resultó en 8.870 y 18.300 muertes a mediados de 2010 [52]. Un análisis global agrupado de la Organización Mundial de la Salud (OMS) de 70.000 pacientes con pandemia de H1N1 hospitalizados confirmados en laboratorio de 19 países reveló que de los 9.700 pacientes ingresados en unidades de cuidados intensivos murieron 2.500, y que la obesidad mórbida podría ser un factor de riesgo para la hospitalización y/o la muerte [52]. La obesidad se confirmó como un factor asociado con una mayor probabilidad de ingreso al hospital en pacientes infectados con gripe [53]. La pandemia de 2009 se consideró leve. Sin embargo, se observó la curva clásica de distribución de la edad en forma de W de infección para un virus pandémico, es decir, una alta mortalidad en los más jóvenes y los mayores, La pandemia, al igual que los brotes anteriores, se produjo en oleadas sucesivas, pero a pesar de las políticas nacionales que favorecen el uso de medicamentos antivirales, pocos pacientes los recibieron antes de su ingreso en el hospital, y muchos recibieron antibióticos [54]. La falta de eficacia real o percibida de los antivirales actualmente disponibles en el mundo real conduce al uso excesivo de antibióticos y a los problemas posteriores que pueden surgir [55] [56]. La morbilidad y mortalidad estacional anual de la gripe resulta en hospitalización y muerte principalmente entre los grupos de alto riesgo. Se estima que cada año las epidemias de gripe estacional producen entre 3 y 5 millones de casos de enfermedad grave y entre 290.000 y 650.000 muertes en todo el mundo [58]. En los primeros países del mundo / industrializados, la mayoría de las muertes asociadas con la gripe ocurren entre las personas de 65 años o más [59]. En muchos países, las clínicas El virus en sí mismo ha sido bien caracterizado, y las dos proteínas superficiales, la hemaglutinina (HA) y la neuraminidasa (NA) son importantes tanto en el desarrollo de la vacuna como en el antiviral [61]. Los efectos de las epidemias estacionales de gripe en los países en desarrollo no son plenamente conocidos, pero la investigación estima que el 99% de las muertes en niños menores de 5 años de edad con infecciones de las vías respiratorias inferiores relacionadas con la gripe se encuentran en los países en desarrollo [59, 62]. Actualmente existen vacunas y antivirales para la prevención y el tratamiento de la gripe, pero ambas tienen limitaciones de eficacia debido a la rápida evolución del virus a medida que muta anualmente y a la repentina aparición inesperada de cepas pandémicas de gripe. En particular, el fracaso de la vacuna a lo largo de la temporada invernal de 2014-2015, donde la eficacia global ajustada fue del 23% [intervalo de confianza del 95% 14, 31] [63] es memorable. En un año de desajuste, la tasa de mortalidad aumenta en las poblaciones de mayor riesgo [64, 65]. El problema de asegurar que la vacuna estacional se ajuste correctamente a la próxima cepa circulante pone de relieve la necesidad de un rápido desarrollo de vacunas interestacionales/universales y también la necesidad de una forma de probar su eficiencia de forma rápida y precisa antes de que se inicie la larga y costosa producción en masa que lleva muchos meses [66, 67]. Existen fármacos antivirales de los que actualmente se utiliza más comúnmente el inhibidor de la NA oseltamivir. Esto es activo contra todos los subtipos conocidos de gripe de la NA, y por lo tanto se asumiría contra todas las cepa Pueden tener un efecto decreciente con la aparición de cepas de gripe resistentes en las que la proteína NA cambia evitando la unión eficiente a oseltamivir y por lo tanto su capacidad para inhibir la actividad esencial de la NA viral. Por ejemplo, una mutación genética conocida como 'H275Y'a sustitución de la histidina por tirosina en la posición NA 275 -confiere una ventaja evolutiva para el virus incluyendo la gripe H1N1 2009 [68]. Durante la temporada de gripe 2013-2014, 59 (1,2%) de 1.811 aislados de virus de influenza A(H1N1) pdm09 en 20 de 50 estados de EE.UU. tuvieron la sustitución de resistencia a oseltamivir H275Y. No hubo aislados resistentes a zanamivir [69]. Aunque los estudios en animales han demostrado una transmisión limitada de virus mutantes [70, 71], se cree que el aumento de la resistencia a oseltamivir puede deberse a la transmisión comunitaria [72, 73] en lugar de la mutación H275Y que se fija en el genoma viral. La revisión sistemática y el metaanálisis sistemáticos sistemáticos de los datos publicados a partir de 2000 llegaron a la conclusión de que la mayoría de las muertes infantiles asociadas al VRS se producen especialmente en lactantes prematuros y en lactantes de hasta 1 año de edad [62, 74]. Una vacuna materna eficaz contra el VRS o anticuerpo monoclonal podría tener un efecto sustancial en la carga de la enfermedad en este grupo de edad [75]. El anticuerpo monoclonal específico del VRS palivizumab está aprobado para la prevención de la IRR grave causada por el VRS en lactantes susceptibles. El beneficio económico en un entorno sanitario del Un estudio de cohorte de un solo centro en 22 lactantes no mostró diferencias en los resultados del tratamiento para pacientes que recibían palivizumab en comparación con pacientes que sólo recibían tratamiento "estándar de atención" [77]. A pesar de la falta de evidencia para el beneficio clínico, los datos post-licensure apoyan el uso de palivizumab para reducir las hospitalizaciones asociadas al VRS en lactantes prematuros menores de 33 semanas y en niños con enfermedades pulmonares y cardíacas crónicas [78]. Es importante destacar que el virus mutante resistente al palivizumab rara vez se ha aislado en especímenes clínicos [79]. El tratamiento con RSV ribavirina se limita debido a la dificultad con el suministro de aerosoles, el costo y el daño potencial para los trabajadores sanitarios, a pesar de que el tratamiento no declarado de los pacientes inmunocomprometidos ha tenido un éxito razonable. A pesar del llamado al desarrollo acelerado de estrategias de prevención y tratamiento para una vacuna RSV efectiva para niños [81], la investigación se ha estancado durante décadas desde la muerte en la década de 1960 de dos sujetos en un estudio clínico. Estos sujetos fueron infectados con una infección RSV adquirida por la comunidad después de recibir la vacuna candidata a RSV formalin inactivada y alumcipitada por los Institutos Nacionales de Salud de los Estados Unidos (NIH). A diferencia de la gripe para la que las vacunas hasta la fecha han demostrado ser moderadamente eficaces pero que necesitan mejora, las vacunas RSV requieren una investigación sustancialmente mayor. Actualmente no hay una vacuna autorizada para RSV; la vacuna candidata más avanzada recientemente no ha demostrado eficacia en un estudio de campo [82]. Se requieren tratamientos eficaces con urgencia. El RSV es, incluso entre los profesionales de la salud, considerado una enfermedad infantil y otros confundadores han oscurecido la comprensión de las El VRS es mal entendido como una enfermedad en ancianos [83], y si bien la morbilidad y mortalidad en niños son de importancia, se ha demostrado claramente que el VRS tiene una carga de salud comparable a la gripe en ancianos [84]. Como ejemplo, se realizó un estudio reciente en pacientes adultos (≥18 años) ingresados en un servicio de urgencias con sospecha de IRA durante 2013-2015 (N = 3743), se utilizó PCR multiplex para diagnosticar la causa de la infección respiratoria. Se identificaron 87 pacientes con VRS. Se utilizó un grupo comparador con gripe (n = 312). Basado en una variable de mortalidad de 20 días por todas las causas, los pacientes adultos tenían menos probabilidades de ser diagnosticados con VRS que con gripe (2.3 vs 8,3%, respectivamente), también eran mayores, a menudo diagnosticados con neumonía, EPOC, hipoxemia y coinfección bacteriana. La infección por VRS en las personas de edad avanzada se asoció significativamente con un mayor riesgo de muerte que la gripe estacional, ajustada por posibles confusiones y comorbilidades. [85] La importancia clínica de las coinfecciones virales/bacterianas ha sido un tema controvertido desde hace mucho tiempo. Si bien la neumonía bacteriana grave tras la infección por gripe ha sido bien descrita, las asociaciones son menos claras entre las infecciones causadas por virus comunes en niños pequeños; las infecciones secundarias debidas a otros virus son menos comprendidas y han sido revisadas por otros [86]. Aunque la evaluación de la contribución global de las bacterias a la gravedad de la enfermedad se complica por la presencia de muchos factores de confusión en los estudios clínicos, la comprensión del papel de las coinfecciones virales/bacterianas en la definición del resultado de la IRA pediátrica puede revelar estrategias nuevas de tratamiento y prevención, mejorando los resultados de los pacientes [33, [86 En una publicación reciente (2017) se consideró el papel de la colonización bacteriana con Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae y Moraxella catarralis durante la infección respiratoria superior vírica sintomática y asintomática en la nasofaringe de niños de 4 a 7 años de edad durante la URI y cuando bien. Utilizando una PCR multiplex, se detectó el virus en cerca del 80% de las infecciones del tracto respiratorio superior (URI) en los niños y también se puede detectar en la nasofaringe del 30% de los niños asintomáticos. Los "niveles" de las tres bacterias fueron más altos durante las visitas agudas de URI en comparación con las visitas de vigilancia asintomáticas de los niños. Sin embargo, cabe señalar que incluso durante las visitas de seguimiento asintomáticas, si el virus estaba presente, todas las bacterias se detectar [8] reportan la incidencia de HBoV después de su identificación en 2005 de las muestras de vías respiratorias de niños, como un patógeno respiratorio importante en los niños. Sin embargo, el papel de este virus por sí solo como patógeno de significación fue inicialmente poco claro, la coinfección con otros virus o bacterias fue común y confuso. Moesker et al. [97] estudiaron si el HBoV solo podía causar infecciones respiratorias agudas en los niños. Utilizando la secuenciación de la próxima generación (NGS), pudieron excluir las coinfecciones entre los ingresados en la unidad de cuidados intensivos y estudiaron las cargas virales del HBoV. De los 990 niños que dieron positivo para un virus respiratorio por RT-PCR, HBoV y RSV fueron detectados en 178 y 366 de los niños respectivamente. Cuarenta y nueve pacientes positivos del HBoV y 72 pacientes positivos del RSV fueron ingresados en la Siete casos infectados por HBoV con IAR grave no tuvieron ninguna otra coinfección (7/49, 14%). Es importante destacar que estos niños no tenían otro virus detectable determinado por el SGN altamente sensible. Además, tenían cargas de HBoV mucho más altas que otros pacientes positivos para el VHBo, es decir, aquellos con una coinfección. Aunque pequeño, este estudio proporciona un fuerte apoyo que HBoV puede causar IAR grave en niños sin coinfecciones virales y bacterianas. Historia del modelo de desafío viral humano Desde que Sir Edward Jenner realizó el primer estudio documentado de HVC con viruela el 14 de mayo de 1796 la utilidad de tales estudios ha sido evidente [98]. Más de un siglo más tarde, Sir Christopher Andrews regresó de los EE.UU. en 1931 había observado el uso de chimpancés en el estudio de la gripe. El financiamiento para un trabajo similar en el Reino Unido fue insuficiente, y por lo tanto Sir Christopher inscribió estudiantes del Hospital de St Bartholomew en Londres. Explicó que lo mejor sería un estudiante de "Bart" como "eran más baratos que los chimpancés". Más de 100 estudiantes se matricularon inmediatamente, pero continuaron sus estudios y no fueron aislados de la misma manera que los chimpancés habían estado en los EE.UU. [99]. Desafortunadamente los investigadores creían que los síntomas observados pueden no haber sido debido al virus del desafío, pero otras infecciones respiratorias adquiridas en la comunidad, confundiendo así los estudios. Un año más tarde el Consejo de Investigación Médica del Reino Unido (MRC) terminó el trabajo. Después de la conclusión de la Segunda Guerra Mundial, la retirada de las tropas estadounidenses del Reino Unido dejó la unidad de campo de la Cruz Roja Americana 'Harvard Hospital' en la llanura Salis El hospital se convirtió en la Unidad de Frío Común (CCU) dirigida por el Dr. David Tyrell, desde 1946, los voluntarios fueron inoculados infundiendo pequeñas cantidades del virus en sus narices [100]. La CCU albergó voluntarios sanos en relativo aislamiento de otras personas, reduciendo así el riesgo de contacto con fuentes de infección adquiridas por la comunidad o de que pasaran el virus a miembros del público. La unidad fue finalmente cerrada en 1989; durante cuatro décadas de investigación, atrajo a 20.000 voluntarios. Su investigación contribuyó a una mejor comprensión de los virus respiratorios, el ciclo vital viral, las posibles vacunas [101] así como el primer compuesto antiinfluenza autorizado amantadina [102]. El uso de voluntarios sanos en el modelo HVC proporcionó, y aún ofrece, una oportunidad única para describir el ciclo vital viral. Los investigadores conocen con certeza el tiempo de infección, la eliminación de virus nasales se puede medir, los síntomas se registran prospectivamente, y los participantes se seleccionan con baja inmunidad preexistente al virus del desafío para asegurar una tasa de infección estadísticamente significativa con un pequeño número de voluntarios. Así, tales estudios pueden maximizar los datos de seguridad y eficacia obtenidos, minimizando el riesgo de estudio de voluntarios y financiación limitada de la investigación. Aunque el IgG sérico, para el virus de la gripe, se midió tradicionalmente a través del ensayo de HAI, ya que los criterios de entrada para los voluntarios en los estudios, los ensayos de microneutralización se utilizan para RSV y HRV. Otro trabajo sugiere que la detección de anticuerpos a la proteína superficial de la gripe NA debe considerarse [103] o respuestas de células T a proteínas internas [104]. Estos estudios contribuyeron al desarrollo significativo de los nuevos inhibidores de la NA durante la década de 1990, incluyendo el fármaco inhalado zanamivir y el fármaco disponible por vía oral oseltamivir [105] [107] [108] [108] [109] [119] [112] [113] [113]. Sin embargo, también continuaron los estudios en el Reino Unido, específicamente en la Universidad de Southampton, que realizó un trabajo importante en voluntarios atópicos, demostrando que tenían resfriados más graves cuando se les retaba experimentalmente con rinovirus, que con controles no atópicos [115]. El virus experimental de la gripe A/Texas H1N1 que se utilizó con éxito durante la década de 1990 estuvo implicado en el desarrollo de miocarditis en un sujeto infectado experimentalmente, aunque nunca se demostró una relación causal [116]. La mayoría, si no todos, los virus de desafío se fabrican de acuerdo con el estándar Good Manufacturing Practice (GMP). Aunque la inoculación nasal controlada difiere de la infección natural en la que la exposición a cantidades variables del virus puede ocurrir en varios sitios de la mucosa - el modelo desarrollado de HVC utilizado en estudios de desafío imita la enfermedad natural en la medida de lo posible [25, 117, 118]. Hemos descrito la producción de un nuevo stock de GMP de virus utilizando un aislamiento de HRV-16 de una voluntaria sana infectada experimentalmente de 18 años, proporcionado por colegas de la Universidad de Hospital Infantil de Virginia, EE.UU.. Es importante destacar que la muestra clínica se proporcionó con el historial médico apropiado y el consentimiento del donante. Fabricamos este nuevo stock de HRV-16 por el paso mínimo en una línea celular WI-38, para reducir el riesgo de mutaciones durante el proceso Good Manufacturing Después de haber sometido primero el stock a rigurosas pruebas de agentes adventicios y determinar la idoneidad del virus para el uso humano, hemos realizado un estudio clínico inicial de "seguridad y patogenicidad" en voluntarios adultos en una instalación de cuarentena clínica especializada en Londres [118]. Nuestro grupo inició estudios de CVH en el Reino Unido en 2001, y desde entonces hemos realizado múltiples estudios con más de 2.500 voluntarios inoculados con gripe, virus respiratorio sincitial (RSV) o rinovirus humano (HRV), y hemos proporcionado numerosas pruebas de concepto [119] [112] [121]. El modelo de desafío viral humano: acortar la vía de desarrollo de fármacos para la infección por IRAs Influenza, VRS y VHR tienen una sintomatología similar, pero esto difiere en gravedad y predominio de síntomas superiores, inferiores o sistémicos como ha sido descrito por el Centro para el Control de Enfermedades [122]. Sin embargo, no es fácil diagnosticar entre las diferentes etiologías de las IRA, y se necesitan mejores diagnósticos [123]. Los síntomas son comunes a cada infección y se manifiestan en un gradiente. Generalmente, pero lejos de siempre, la infección por gripe es más probable que resulte en que un paciente se sienta tan mal como para tomar a su cama y tener una fiebre, que el VRS, una VFC, una VOC u otra infección común por virus del frío, durante la cual la vida diaria suele ser menos afectada. Existen diversos modelos animales para investigar virus respiratorios como la gripe [124] [125] [126], el VSR [127] [128] [130] [133] [133] [135] [135] [135] [137] [137] [137], la VHR [22, [138] [139] [139] [140]. Ningún animal ofrece una plataforma para todos los virus respiratorios que infectan a los seres humanos, y existen diferentes modelos animales para el mismo virus, que pueden dar resultados diferentes, a menudo contradictorios. Además, los principios de las 3R (Reemplazo, Reducción y Refinamiento) se desarrollaron hace más de 50 años para proporcionar orientación y garantizar la investigación animal humana. Con el tiempo se han convertido en legislación/regulación nacional e internacional. Las políticas de las organizaciones que financian o llevan a cabo la investigación animal incluyen estos principios como parte de la condición de la financiación [141]. La sintomatología compartida de virus respiratorios requiere una única plataforma de investigación estándar que se puede utilizar para evaluar la patogénesis de enfermedades respiratorias y la eficacia de los candidatos terapéuticos. El uso de una instalación de aislamiento de 24 dormitorios en suite dedicada, construida específicamente, en la que los voluntarios cuidadosamente analizados pueden ser inoculados con seguridad con virus de desafío y monitoreados intensivamente puede ayudar a reducir el uso de animales al tiempo que proporciona una única plataforma de investigación consistente con terminales evaluables estandarizados para la investigación de virus respiratorios. Además, hemos utilizado una tarjeta de diario estandarizada en nuestros estudios, que permite comparar los síntomas que cada virus causa y la eficacia de la terapia que se está probando. Hemos incluido una copia de la tarjeta de diario en el archivo adicional 1.Es difícil evaluar la eficacia de una terapia antiviral específica "en el campo" debido a la presencia de coinfecciones comunitarias circulantes de diferente etiología microbiana.El modelo HVC permite la oportunidad de estudiar un virus en aislamiento.Los estudios de HVC y estudios de campo son estratos de investigación complementarios necesarios para el desarrollo de terapias 1 ) se administra a voluntarios sanos una terapia de investigación ya sea antes (ensayos de profilaxis) o después (ensayos de tratamiento) de inoculación con la cepa de desafío específica del virus. Los virus utilizados en el modelo HVC no se atenúan y producen síntomas consistentes con ARA clínicamente observada [25, 117, 118]. Cada virus se propaga bajo condiciones de GMP, con un número mínimo de pasajes de los aislados a las poblaciones de desafío [118, 142]. Las pocas mutaciones que ocurren dentro del virus se seleccionan rápidamente debido a un cuello de botella genético, con la consecuencia de que el virus en el huésped humano se considera de tipo salvaje [143]. La similitud entre el virus recuperado del huésped inoculado y la cepa de referencia del virus del iniciador proporciona la garantía de que el proceso de enfermedad del modelo está estrechamente alineado con la cepa de virus de referencia y no Un modelo como el HVC permite la evaluación rápida de nuevas terapias. El modelo abrevia las fases de desarrollo clínico preclínico y temprano al proporcionar una mejor comprensión de la interacción inicial del huésped y patógeno y tiene el potencial de hacer las vacunas y medicamentos necesarios más rápidamente disponibles que los enfoques tradicionales de desarrollo de otro modo podría. La reducción de la vía de desarrollo tradicional a través del uso temprano de un estudio Test of Concept (PoC) que incorpora el modelo HVC (Fig. 2) proporciona variables evaluables esenciales. A diferencia de los estudios convencionales de fase 1, que rara vez incluyen una evaluación de la eficacia, casi todos los estudios de HVC incluyen variables de eficacia evaluables como la reducción de la carga viral del AUC (principalmente recuperada de muestras del tracto respiratorio superior como lavado nasal o torunda nasofaríngea), síntomas auto-reportados voluntarios, puntuación de síntomas pico, puntuación total de síntomas, entre otros. Los datos de seguridad y farmacodinámica (PC) y farmacodinámica (PD) resultantes en condiciones controladas, orientan las decisiones sobre si avanzar o no a los estudios de campo, proporcionando un conjunto de datos más valioso inmediatamente después, o incluso como parte del estudio de seguridad de la fase 1 convencional. El modelo HVC también abre una ruta de desarrollo diferente junto con la fase 1 tradicional, permitiendo el progreso rápido a los estudios de fase 2b impulsados estadísticamente que generarán los datos de eficacia necesarios para apoyar la concesión de licencias, al tiempo que proporcionan datos de seguridad adecuados. La guía de la FDA sobre el desarrollo de terapias contra la gripe [144] establece que los ensayos de desafío no pueden sustituir a los ensayos de eficacia (fase 2). Las directrices indican que los ensayos de desafío pueden proporcionar información útil sobre la respuesta a la exposición y la seguridad, así como una oportunidad de demostrar la actividad antiviral farmacológica en seres humanos en condiciones controladas fuera de la Específicamente, los datos de los ensayos de desafío pueden contribuir a la selección de dosis para los ensayos de fase 2b y fase 3, y proporcionar la oportunidad de explorar los efectos de diferentes momentos de inicio del fármaco en relación con la exposición al virus..." Los refinamientos de los ensayos de desafío están cerrando la brecha entre el modelo de infección experimental y el entorno natural de la infección. La duración del estudio de HVC de varias semanas es menor que un estudio de fase 2 basado en el campo que espera un brote natural del virus y cuya duración puede ser de varios meses/años. Estos estudios ahorran Fig. 1 El Modelo de Desafío Viral Humano. El estudio típicamente consiste en insumos, como los voluntarios, sus criterios de selección, aislamiento en cuarentena y exposición a un virus GMP. Hay dos opciones de tratamiento: una vacunación/profilaxis con un tratamiento antiviral o b con un antiviral. X es el número de días antes de la vacunación por exposición al virus puede ocurrir. Y es el número de días después de la exposición al virus que un voluntario puede ser seguido para el tiempo de desarrollo cuando la transición entre las fases está totalmente optimizada. Importantemente, a diferencia de los estudios tradicionales de fase 1b/fase 2, los estudios de HVC no dependen de un brote natural de infección, que puede ocurrir al azar, y para el cual el tiempo exacto de infección puede no ser evidente. Proporcionan variables evaluables, datos comparativos de PD y PK, junto con datos biomarcadores adicionales sobre el rendimiento del producto en humanos. Sin embargo, debe afirmarse que la mayoría de estos estudios matriculan a adultos jóvenes sanos que de otra manera implican que el resultado de la infección en el grupo placebo puede ser visto como leve a moderado, en cierta medida. La seguridad de los voluntarios debe seguir siendo la prioridad de los investigadores. El modelo de HRV/HVC puede ser una herramienta potente, no sólo para estudiar la infección y enfermedad por HRV, sino también para investigar los mecanismos de exacerbación en pacientes con enfermedad respiratoria crónica y realizar estudios de eficacia para nuevas terapias. Se ha demostrado que los estudios de desafío humano con HRV producen infección en más del 90% de los sujetos serológicamente susceptibles y dan lugar a un síndrome clínico comparable al reportado con resfriados naturales [145, 146]. Los síntomas suelen aparecer dentro de las 24 horas y máximo a las 48-72 horas después de la inoculación. El derrame de virus sigue un patrón similar al de sus síntomas. En los últimos tiempos, se han notificado varios cientos de inoculaciones de sujetos adultos y han establecido esto como un método seguro y eficaz para estudiar la enfermedad relacionada con HRV en sujetos sanos y asmáticos [145]. Estos estudios han proporcionado una base de conocimientos para seguir desarrollando el modelo experimental de VFC y proporcionar una herramienta controlada y útil para desarrollar nuevas terapias para las áreas de la enfermedad asociadas a la infección por VFC. Se necesitan urgentemente nuevos tratamientos para el asma y la EPOC, y los pequeños modelos animales de asma son poco predictivos de eficacia. La mayoría de los fármacos que son eficaces en estos modelos animales no se encuentran eficaces en etapas posteriores de desarrollo en humanos. Se necesitan modelos que sigan más de cerca las características clínicas del asma humana y la EPOC [32, [147] [148] [149] [150] [151] ]. Ya hemos descrito fármacos antivirales contra la gripe actuales que pueden acortar la enfermedad y reducir la gravedad de los síntomas si se toman lo suficientemente temprano después de la infección, y su uso profiláctico puede disminuir el riesgo de infección; su utilidad ha sido debatida sin embargo [152]. Las dos clases principales de fármacos antiinfluenza actualmente eficaces son los inhibidores de la NA, como el zanamivir (RelenzaTM), el oseltamivir (TamifluTM), el peramivir (RapivabTM) [153] y los inhibidores de la M2, aunque la resistencia al fármaco hace inutilizable esta clase [154]. Recientemente se ha utilizado ampliamente el modelo HVC para evaluar nuevas clases de compuestos antivirales contra la gripe, incluidos los anticuerpos monoclonales experimentales dirigidos a los epitopes dentro de la parte altamente conservada y expuesta de la superficie viral de la M2 Fig. 2 El papel del modelo HVC en la vía de desarrollo clínico. Prueba de corta duración de los estudios conceptuales, que incorporan el modelo HVC, típicamente incluyen un pequeño número de sujetos. La seguridad resultante y, en particular, los datos de eficacia pueden orientar con mayor precisión las decisiones sobre si exponer a un mayor número de sujetos a prometedores candidatos terapéuticos en estudios de campo que los datos de seguridad convencionales de la fase 1 por sí solos de otra manera podrían ser proteínas [155, 156] el tallo conservado de la HA [157] y fármacos antivirales de pequeña molécula que se dirigen a la polimerasa viral, por ejemplo favipiravir [158]. El modelo HVC permite la evaluación rápida de nuevos compuestos terapéuticos que pueden ser difíciles de evaluar en el campo, debido a la naturaleza de los grupos de "riesgo", por ejemplo pediatría. Específicamente, y dada la experiencia histórica descrita con vacunas RSV, es importante que el beneficio pueda demostrarse primero en una población sana. En el pasado, a diferencia de la gripe y la VHR, el modelo HVC no se ha utilizado habitualmente con Durante algún tiempo hemos querido reiniciar los estudios de HVC/RSV en la Universidad de Londres, los dos desafíos significativos que habían paralizado el desarrollo antiviral para RSV presentaron una necesidad de investigación considerable. En asociación con el laboratorio DeVincenzo de la Universidad de Tenessee y la compañía de biotecnología Alnylam, nos pusimos a diseñar posiblemente el primer estudio HVC/RSV. Alnylam fue pionero en el uso de interferencia de ARN (RNAi) que es un mecanismo natural que regula la expresión de proteínas y está mediado por pequeños ARNs interferentes (siRNA). Trabajando con ambos grupos, fabricamos un virus tipo A de RSV a GMP estándar y lo titulamos en 35 voluntarios humanos que dividimos en cinco grupos, cada uno de los cuales fue inoculado intranasalmente con aumento del título (3.0-5.4 unidades formadoras de placa de registro/ En general, en este nuevo modelo, el 77% de los voluntarios despojaron constantemente del virus. La tasa de infección, las cargas virales, la gravedad de la enfermedad y la seguridad eran similares entre las cohortes y no guardaban relación con la cantidad de VRS recibida. Los síntomas comenzaron poco después de la detección viral inicial, alcanzaron un máximo de gravedad cuando la carga viral alcanzó su punto máximo y disminuyeron lentamente a medida que declinaban las cargas virales. Concluimos que, independientemente del título administrado una vez establecidas las infecciones, la enfermedad motivó la carga viral. No se observaron eventos adversos relacionados con el virus [25]. Utilizando este nuevo modelo se llevó a cabo un estudio clínico de VCH y se demostró por primera vez que un ARNi tenía una actividad antiviral significativa frente a la infección por VRS humana, lo que estableció la primera prueba de concepto para un RNAi terapéutico en adultos humanos [ Un editorial en el American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine, describió la utilidad del modelo HVC/RSV diciendo: "Este modelo permite el estudio relativamente rápido y eficiente de nuevas terapias en humanos y ayuda a tomar decisiones críticas sobre si avanzar un producto en costosos ensayos humanos en poblaciones con mayor riesgo de enfermedad; niños, ancianos o pacientes inmunocomprometidos, lo que constituye un avance importante y bienvenido en el campo de la VRS." [81] Es notable que dos compuestos que tienen modos de acción distintos han sido evaluados recientemente utilizando el modelo HVC. ELAS analógico nucleósido de primera clase-008176, cuya eficacia fue demostrada por primera vez en el modelo HVC, está actualmente en evaluación en bebés hospitalizados [160, 161]. El ensayo HVC fue de diseño aleatorio, doble ciego, y estudiado adultos sanos inoculados con RSV Memphis 37B [ Un total de 62 participantes recibieron ALS-008176 o placebo durante cinco días después de la confirmación de la infección por VRS por PCR (ensayado dos veces al día después de la inoculación). La variable principal fue el área bajo la curva (AUC) para la post infección por carga viral. Se demostró un aclaramiento más rápido del VRS y una mayor reducción de la carga viral, con mejoras concomitantes en la gravedad de la enfermedad clínica, en los grupos tratados con ELS-008176 en comparación con el grupo placebo [160]. El muestreo intensivo permitió identificar rápidamente cualquier posible mutación asociada con resistencia. No se observaron mutaciones resistentes [160]. También se evaluó un inhibidor de la entrada del VRS, GS-5806, una segunda molécula, primera en su clase. Entre los 54 sujetos que recibieron tratamiento activo, menor carga viral, menor peso total de mucosidad y menor puntuación de síntomas del AUC fueron muy significativos Con base en estos datos del estudio de desafío, esta terapéutica también está progresando en estudios de campo potencialmente pivotales [162]. Un elemento esencial del diseño en ambos estudios fue el momento de la primera administración de la inoculación terapéutica del virus post-experimental; el momento fue dependiente de la detección del virus en muestras de lavado nasales después de la inoculación del virus de desafío mediante un ensayo rápido de PCR [163], en lugar de en un momento arbitrario. Posteriormente, el tratamiento se administró cada 12 horas. El tiempo cuidadoso de la dosis, en un punto clínicamente relevante de detección, contribuyó a los resultados positivos de ambos estudios. También se cree que al utilizar este modelo de "dosificación acelerada", mejor imitaba lo que ocurriría en un entorno clínico ya que se sabe que los síntomas aparecen poco después de la aparición del virus. El modelo HVC no se limita a compuestos antivirales nuevos, sino que también es importante para A diferencia de los estudios de campo, los estudios de HVC son herramientas útiles para evaluar las correlaciones de protección, vitales para el desarrollo de la vacuna [103, 104, 164]. Específicamente, se ha destacado la importancia de las respuestas humorales y celulares junto con la inmunidad preexistente de células T para otros virus respiratorios [104]. Una publicación reciente describe el uso del modelo de HVC para demostrar la eficacia de una nueva vacuna trivalente inactivada por proteosoma intranasal (P-TIV). En dos estudios separados, sujetos seleccionados que fueron naïve al virus A/Panamá/2007/1999 (H3N2) fueron dosificados por medio de aerosol nasal con uno de los tres regímenes de P-TIV o placebo. Juntos, los estudios evaluaron una o dos dosis, 15 μg o 30 μg, una sola vez o dos veces con 14 días de diferencia (1 x 30 μg, 2 x 30 μg, 2 x 15 μg) y los sujetos fueron desafiados con el virus A/Panamá/2007/1999 (H3N2). Las respuestas inmunitarias a los antígenos de la vacuna se midieron mediante el ensayo de inhibición de la hemaglutinación (HAI) y los anticuerpos del secretario de lavado nasal IgA (sIgA). La eficacia de la vacuna osciló entre el 58% y el 82%, comparable a las vacunas tradicionales. Los estudios también demuestran que la protección contra enfermedades asociadas con la evidencia de infección por gripe se correlacionaron significativamente con los títulos de HAI (p = 0,0003) y IgA mucosal (p ≤ 0,0001) Los niveles de HAI y sIgA estaban inversamente relacionados con las tasas de enfermedad. Estos estudios demostraron la eficacia de esta nueva vacuna intranasal y respondieron a algunas preguntas importantes sobre las verdaderas correlaciones de la protección contra la infección por gripe que ayudarán a impulsar el diseño futuro de la vacuna. Además de alcanzar sus objetivos principales, revelaron información valiosa sobre las correlaciones de la protección y ayudará, esperamos, al diseño futuro de la vacuna [164]. Una vacuna contra la gripe interestacional o universal es desesperadamente necesaria; salvará muchas vidas, ya sea en aquellos años inesperados cuando la composición recomendada no coincide, o cuando se produce una pandemia, como lo hizo en 2009. La importancia de la pandemia de 1918 [165, 166] lo deja muy claro; hasta 100 millones de personas murieron. Una vacuna universal es una vacuna que se puede preparar para lo inesperado, un virus que ocurre debido a la reasignación de genes virales de diferentes especies El modelo HVC es posiblemente la única manera de probar inicialmente tal vacuna universal. Un candidato universal podría generar una respuesta inmunitaria contra la proteína del canal iónico del virus altamente conservada M2, [167] [168] [169] [170], aunque no se ha demostrado que ninguna vacuna sea efectiva en este sentido; solo los anticuerpos monoclonales tienen, el modelo HVC mostró su eficacia [156]. Alternativamente, una vacuna puede dirigirse al tallo conservado de la proteína HA [104, 171], o provocar una respuesta de células T a las proteínas internas [172] [173] [174] [175]. Todas son posibilidades que han sido y pueden ser exploradas de manera más eficiente utilizando el modelo HVC. Aunque los estudios de HVC proporcionan PoC, los investigadores, como hemos demostrado, han utilizado estándares de diseño regulatorio típicos de estudios de eficacia en fases posteriores. Con el desarrollo de la tecnología molecular, ahora es posible refinar el análisis estadístico estratificando a los sujetos sobre la base de su perfil inmunológico. Por ejemplo, ahora es posible evaluar si un sujeto está llevando otros patógenos respiratorios conocidos (bacterias, virus, etc.) y si existe un posible impacto en el conjunto de resultados del voluntario. Los sujetos a menudo dan su consentimiento para un análisis adicional de sus muestras, lo que permite construir un valioso biobanco de muestras para más pruebas. Avanzando, estas muestras permitirán el uso del modelo HVC para entender más a fondo lo que sucede cuando un virus infecta a una persona. Vale la pena señalar que el modelo HVC no se limita al trabajo de PoC sobre agentes terapéuticos potenciales; también se está utilizando ampliamente para fines de investigación, sobre lo cual se pueden construir tratamientos mejorados para virus respiratorios. En los últimos años se ha utilizado para demostrar "firmas de conmutación de genes" que podrían formar parte de un diagnóstico que revelaría a los individuos infectados antes de que se conviertan en sintomáticos, en las primeras etapas de la infección; esto podría ser de vital importancia en el caso de una pandemia [176, 177]. Además, el modelo HVC se ha utilizado para permitir una comparación de la dinámica relativa de la enfermedad de diferentes virus respiratorios [24] y para proporcionar una mejor comprensión de la interacción del virus y el huésped humano [26, 178, 179]. El modelo HVC ha aumentado nuestra comprensión del ciclo de vida viral y la patogénesis de la enfermedad en un entorno estrechamente controlado utilizando un pequeño número de voluntarios. Cada voluntario está aislado unos de otros, y la comunidad en general, asegurando que la enfermedad en cuestión sea la única de interés. La aplicabilidad del virus utilizado para desafiar a los voluntarios en el modelo HVC a un El modelo HVC proporciona cierto conocimiento del carácter del virus; el momento exacto de la infección; la mensurabilidad del desprendimiento del virus nasal; el registro prospectivo de los síntomas y la preselección de los participantes para el reto viral que son sero-adecuados. Esto asegura que se alcance una tasa de infección estadísticamente significativa con el número mínimo de voluntarios, optimizando así la relación riesgo-beneficio que apoya la determinación de la eficacia terapéutica. El diseño del estudio de la CVH es el momento en que se administra la primera dosis del producto en investigación para determinar la eficacia óptima, no sólo en el propio estudio de desafío, sino en estudios clínicos en etapas posteriores y en el uso clínico final. El modelo HVC es una herramienta importante en el desarrollo de fármacos, en particular con respecto a las infecciones respiratorias agudas. Ayuda en la comprensión de la relación entre un virus y su huésped humano y ofrece el potencial para el desarrollo de diagnósticos en etapas tempranas. Contribuye a identificar nuevas áreas para la intervención terapéutica. Posiblemente, y posiblemente, más importante, puede asegurar que los escasos recursos médicos se dirijan hacia el desarrollo clínico en etapas posteriores de una manera basada en la evidencia, y se priorizan oportunidades terapéuticas prometedoras. Un proceso de diseño cuidadoso y específico del estudio es un paso crucial hacia el resultado exitoso de un ensayo de desafío, ya que casi todos los parámetros pueden ser controlados o al menos conocidos (ya sea antes o después del hoc). Además, los resultados de estos ensayos pueden ser utilizados para tomar decisiones comerciales y pueden conducir a publicaciones importantes, ampliando la comprensión colectiva de la comunidad científica. Muestras de tales experimentos son de inmenso valor para los investigadores para la comprensión de los mecanismos de interacción del huésped y el desarrollo y validación de la terapéutica. La utilización de datos históricos recopilados consistentemente de estudios de HVC informa sobre el diseño preciso y la potencia de estudios posteriores. Los estudios de HVC han tenido éxito en proporcionar pruebas de concepto para vacunas de ADN, vacunas de células T, vacunas intranasales, anticuerpos monoclonales y pequeñas moléculas contra una gama de importantes virus respiratorios. También es alentador ver que el modelo de HVC se está expandiendo ahora a más poblaciones de pacientes, como ancianos, asmáticos y aquellos con otras enfermedades como la enfermedad pulmonar obstructiva crónica. Un archivo en expansión de datos de estudios anteriores es un activo inestimable para ayudar en la selección de voluntarios, decidir los puntos finales apropiados y refinar futuros diseños de estudios de campo. Esto permite una investigación más segura, estadísticamente sana y más rápida. redactó la versión inicial de este manuscrito con el autor RLW. hVIVO fue responsable de la gestión general de este trabajo y verificó la exactitud de los datos hVivo quisiera agradecer a los voluntarios sin cuyo altruismo los estudios de desafío viral humano realizados en hVivo durante muchos años no hubieran sido posibles. El trabajo, incluyendo los servicios de escritura médica profesional para la preparación de este manuscrito, fue totalmente financiado por hVivo Services Limited, el empleador de todos los autores. Autor RLW concibió la estrategia para este artículo. Autor RLW y la escritora médica profesional Samina Hamilton redactaron el artículo (ver 'Agradecimientos'). Autores RLW y AG revisaron críticamente el artículo completo para un contenido intelectual importante. Autores RLW y AG tenían plena autoridad sobre la elección de la revista y aprobaron el artículo final. Autor RLW es un garante del artículo y asume la responsabilidad general de esta publicación. Todos los demás autores contribuyeron a la redacción y revisión de este manuscrito. Todos los autores declaran que son empleados de hVivo y, como tales, han proporcionado o prestan servicios de investigación clínica profesional ética a clientes académicos, biotecnológicos o farmacéuticos. Una patente (solicitudes de patente 14/366602 (US) 12813946.6 (EP) está en marcha en relación con la utilización específica del modelo HVC. Esto no altera la adhesión de los autores a la Sociedad Internacional de Profesionales de Publicaciones Médicas (ISMPP) 'Buena Práctica Publicacional para Comunicar la Investigación Médica Patrocinada por la Compañía: GPP3'.

¿Cuáles son las 2 proteínas superficiales del virus de la gripe H1N1?

El modelo de desafío viral humano: acelerar la evaluación de los antivirales respiratorios, vacunas y diagnósticos novedososhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6013893/SHA: f13c88733ea45be9923a282dfd42f8c277c187cAutores: Lambkin-Williams, Rob; Noulin, Nicolas; Mann, Alex; Catchpole, Andrew; Gilbert, Anthony S.Fecha: 2018-06-22DOI: 10.1186/s12931-018-0784-1Licencia: cc-byAbstract: El modelo Human Viral Challenge (HVC) ha ayudado, durante muchas décadas, en la comprensión de los virus respiratorios y su papel en la patogénesis de enfermedades. En un entorno controlado con un pequeño número de voluntarios retirados de la exposición comunitaria a otras infecciones, este modelo experimental permite realizar pruebas de trabajo conceptual sobre nuevas terapias, incluyendo vacunas, inmunomoduladores y antivirales, así como nuevos diagnósticos.Crucialmente, a diferencia de los estudios convencionales de fase 1, los estudios de desafío incluyen variables de eficacia evaluables que luego orientan las decisiones sobre cómo optimizar los estudios de campo posteriores, como recomienda la FDA y, por lo tanto, los estudios de licencia que siguen.Esta estrategia optimiza el beneficio de los estudios e identifica posibles amenazas tempranas, minimizando el riesgo para los voluntarios posteriores, pero también maximizando el beneficio de los escasos recursos disponibles para el grupo de investigación que invierte en la investigación. Inspirado en los principios de las 3R (Reemplazo, Reducción y Refinamiento) que se aplican comúnmente en la fase preclínica, los estudios de CVV permiten el refina La amplitud de los datos generados a partir de estudios de desafío permite la exploración de una amplia gama de variables y puntos finales que luego pueden ser llevados a través de estudios pivotales de fase 3. Describimos la carga de la enfermedad para las infecciones virales respiratorias agudas para las cuales las estrategias de desarrollo convencionales actuales no han producido terapias que satisfagan las necesidades clínicas. Los autores describen la utilidad del modelo HVC para aumentar la comprensión científica y progresar en terapias prometedoras a través del desarrollo. También se discute la contribución del modelo a la dilucidación de la interacción virus-anfitrión, tanto en lo que respecta a la patogenicidad viral como a la respuesta inmunológica del cuerpo, junto con su utilidad para ayudar en el desarrollo de diagnósticos novedosos. También se exploran las futuras aplicaciones del modelo. Texto: Las infecciones respiratorias agudas (ARI) se manifiestan como infecciones del tracto respiratorio superior (URI) o inferior (IRL) y pueden moverse entre los dos compartimentos; las IRA representan las enfermedades infecciosas más comunes y son predominantemente de etiología viral. La carga global de la IRA es considerable, con una morbilidad y mortalidad significativas en niños, ancianos e inmunocomprometidos [1]. Sólo en el Reino Unido durante el período 2014-2015, las enfermedades respiratorias causaron unas 15.800 muertes invernales excesivas [2]. En los Estados Unidos, la gripe y el virus sincitial respiratorio (RSV) causan una mortalidad sustancial, especialmente entre las personas de 65 años y más [3]. Sin embargo, aunque las muertes en el mundo industrializado son ampliamente reportadas, los países en desarrollo sienten la carga particularmente; de un estimado de 1,9 millones de muertes infantiles por IRA en 2000, el 70% de esas muertes ocurrieron en África y Asia sudoriental La Cumbre del Milenio celebrada en las Naciones Unidas en 2000 dio lugar al establecimiento de los Objetivos de Desarrollo del Milenio. Un estudio informó de los progresos realizados en el logro de esos objetivos en 40 países en desarrollo; concluyó que la prevalencia de la IRA era del 13%, el gasto en salud y el producto interno bruto per cápita están directamente asociados con la prevalencia de la enfermedad [5]. La heterogeneidad viral asociada a las IRA está bien establecida [6]. En el pasado, el rinovirus humano (VDH) se ha identificado como el virus más frecuentemente asociado a las enfermedades respiratorias con un promedio del 30-50% de infecciones anuales, y hasta el 80% de las infecciones respiratorias superiores durante los brotes de otoño [7]. Más recientemente, una evaluación de la enfermedad en 6.266 niños menores de 10 años en Australia, Asia Sudoriental y América Latina hizo hincapié tanto en la heterogeneidad viral como en el impacto de la IRA. De los 2.421 niños que experimentaron 3.717 episodios individuales de enfermedad similar a la gripe (III), la prevalencia fue mayor (41,5%), la gripe siguió a esta situación (15,8%), el adenovirus (ADV) (9,8%), la IVP y el VSR (ambos 9,7%), la VOC (5,6%), el metapneumovirus humano (VPH) (5,5%) y el bocavirus humano (VHBo) (2,0%). El porcentaje de niños que perdieron la escuela o el cuidado de los niños se situó entre el 21,4% para el VHBo y el 52,1% para la gripe [8]. Hemos comparado los datos de los dos informes uno de 2003 [7] y el otro de 2017 [8] y hemos encontrado que los informes, a pesar de estar separados por 14 años, fueron similares, con la única excepción de HBoV, descubiertos en 2005 (Tabla 1), que discutimos más adelante. Feng et al. [9] describieron en detalle la distribución de los IRA causantes de hospitalización por grupo de edad: observaron que el VRS se observó predominantemente en los jóvenes y ancianos, y la gripe, aunque significativa en los jóvenes fue notablemente más predominante en los ancianos. Interesantemente observaron que la codetección de virus tendía a ocurrir con mayor frecuencia en los grupos de edad más jóvenes, especialmente en los menores de cinco años. Infecciones por rinovirus (el resfriado común) de la VHR, a menudo considerado trivial puede contribuir significativamente a faltar días de trabajo y escuela, aunque las infecciones son típicamente autolimitables [7]. Las infecciones por VFC a lo largo del año y en muchos casos, se manifiestan con síntomas como congestión nasal, rinorrea, estornudos, dolor de garganta y tos. Se sabe que la VFC es la causa principal de la IAR y un factor contribuyente grave en exacerbaciones de la enfermedad atópica, por ejemplo, asma, así como otras afecciones como la enfermedad pulmonar obstructiva crónica (EPOC) [10] [11] [12] [13]. Las infecciones por VFC están asociadas con implicaciones económicas significativas, además de ser un importante contribuyente a la sinusitis, otitis media, bronquitis y neumonía primaria [14] [15] [16]. La VFC es una causa considerable de morbilidad en grupos específicos de riesgo como los lactantes, los ancianos, inmunocomprometidos y, como ya se ha mencionado, enfermedades respiratorias crónicas como el asma, la EPOC y la fibrosis quística. En la actualidad, la VFC se considera la causa número uno de exacerbaciones del asma [15] [16] [17] [18] [19]. El asma es una enfermedad compleja, caracterizada por la inflamación crónica de las vías respiratorias, y un historial de síntomas respiratorios como sibilancia, dificultad para respirar, opresión torácica y tos. Con el tiempo estos síntomas pueden variar en su intensidad [20]. Cada año más de 300 millones de personas en todo el mundo se ven afectadas por el asma: aproximadamente 250.000 personas mueren como resultado. Muchas muertes se deben a cuidados médicos subóptimos a largo plazo y retrasos en la obtención de ayuda durante exacerbaciones graves de la enfermedad [21]. El modelo de desafío humano se ha utilizado para investigar la patogenicidad viral [22] [23] [24] [25] [26] y publicaciones recientes sobre el modelo de desafío asmático se han centrado en cómo el huésped asmático responde a la infección por VFC. Se está trabajando en la susceptibilidad al empeoramiento del asma inducido por virus [27, 28] la disregulación inmune innata [29] y la inducción de respuestas innatas y tipo 2 en las secreciones epiteliales nasales y bronquiales [30]. La patogénesis de la infección rinoviral, junto con otros IRA, en exacerbaciones de la enfermedad de las vías respiratorias, se ha investigado ampliamente. A pesar de trabajos previos de investigación sobre múltiples antivirales de pequeñas moléculas, como pleconaril que han sido probados utilizando tanto el modelo experimental de desafío como estudios de campo [35] [36], actualmente no hay tratamiento autorizado para infecciones por VFC Otros compuestos han sido probados contra la VFC, como Vapendavir (BTA798), que impidió la liberación de ARN viral en la célula diana y demostró una reducción de la carga viral máxima en el modelo HVC [38]. Un estudio posterior en asmáticos se completó y aunque no se publicó el compuesto tuvo un efecto limitado [39]. Pirodavir una molécula de unión capsid intranasal alcanzó ensayos clínicos de fase 3 para la prevención y tratamiento de la VFC en la década de 1990. Aunque el compuesto disminuyó la replicación viral y eliminación, no mostró una reducción significativa en la duración o gravedad de los síntomas [40, 41]. Un inhibidor de la proteasa, rupintrivir que previene la escisión de proteínas virales necesarias para la replicación fue probado en un ensayo de desafío de VFC. Rupintrivir fue bien tolerado y redujo la carga viral y los síntomas respiratorios [36]. Sin embargo, en estudios de infección natural, no afectó significativamente la carga viral ni la gravedad de los síntomas [42]. Tratamientos como los productos que contienen zinc ahora están ampliamente desacreditados como lo demuestra la retirada de un informe Cochrane y editorial JAMA [43] [44] [44]. El tratamiento actual de las infecciones por VFC consiste principalmente en medicamentos de venta libre (OTC) para controlar los síntomas. También no hay una vacuna autorizada, y si bien ha habido algún progreso en el desarrollo de vacunas multivalentes [46], el desarrollo en esta área se ve obstaculizado por el número total de serotipos que necesitan ser cubiertos (en A pesar de que la VFC está asociada con hasta el 50% de las exacerbaciones del asma en adultos y hasta el 80% de las exacerbaciones de la niñez, no existen terapias asmáticas específicas de la VFC [34]. A medida que mejor comprendemos la interacción entre el virus y el huésped, nuevas terapias como los anticuerpos monoclonales (anti-IgE [omalizumab] y anti-IL-5 [mepolizumab]) junto con pequeñas moléculas dirigidas cuidadosamente a vías de señalización inmunológica específicas, el tratamiento profiláctico específico de la VFC puede volverse práctico [47] [48] [48] [49] [50]. Para evitar exacerbaciones, el diseño de nuevos tratamientos podría mejorar la eficacia tanto actuando directamente para inhibir la replicación viral como aliviando los síntomas del asma y la EPOC [51]. El virus de la gripe es un patógeno humano bien conocido y puede causar morbilidad y mortalidad En 2009, el primer virus pandémico del siglo XXI hospitalizó entre 195.000 y 403.000 en Estados Unidos, lo que resultó en 8.870 y 18.300 muertes a mediados de 2010 [52]. Un análisis global agrupado de la Organización Mundial de la Salud (OMS) de 70.000 pacientes con pandemia de H1N1 hospitalizados confirmados en laboratorio de 19 países reveló que de los 9.700 pacientes ingresados en unidades de cuidados intensivos murieron 2.500, y que la obesidad mórbida podría ser un factor de riesgo para la hospitalización y/o la muerte [52]. La obesidad se confirmó como un factor asociado con una mayor probabilidad de ingreso al hospital en pacientes infectados con gripe [53]. La pandemia de 2009 se consideró leve. Sin embargo, se observó la curva clásica de distribución de la edad en forma de W de infección para un virus pandémico, es decir, una alta mortalidad en los más jóvenes y los mayores, La pandemia, al igual que los brotes anteriores, se produjo en oleadas sucesivas, pero a pesar de las políticas nacionales que favorecen el uso de medicamentos antivirales, pocos pacientes los recibieron antes de su ingreso en el hospital, y muchos recibieron antibióticos [54]. La falta de eficacia real o percibida de los antivirales actualmente disponibles en el mundo real conduce al uso excesivo de antibióticos y a los problemas posteriores que pueden surgir [55] [56]. La morbilidad y mortalidad estacional anual de la gripe resulta en hospitalización y muerte principalmente entre los grupos de alto riesgo. Se estima que cada año las epidemias de gripe estacional producen entre 3 y 5 millones de casos de enfermedad grave y entre 290.000 y 650.000 muertes en todo el mundo [58]. En los primeros países del mundo / industrializados, la mayoría de las muertes asociadas con la gripe ocurren entre las personas de 65 años o más [59]. En muchos países, las clínicas El virus en sí mismo ha sido bien caracterizado, y las dos proteínas superficiales, la hemaglutinina (HA) y la neuraminidasa (NA) son importantes tanto en el desarrollo de la vacuna como en el antiviral [61]. Los efectos de las epidemias estacionales de gripe en los países en desarrollo no son plenamente conocidos, pero la investigación estima que el 99% de las muertes en niños menores de 5 años de edad con infecciones de las vías respiratorias inferiores relacionadas con la gripe se encuentran en los países en desarrollo [59, 62]. Actualmente existen vacunas y antivirales para la prevención y el tratamiento de la gripe, pero ambas tienen limitaciones de eficacia debido a la rápida evolución del virus a medida que muta anualmente y a la repentina aparición inesperada de cepas pandémicas de gripe. En particular, el fracaso de la vacuna a lo largo de la temporada invernal de 2014-2015, donde la eficacia global ajustada fue del 23% [intervalo de confianza del 95% 14, 31] [63] es memorable. En un año de desajuste, la tasa de mortalidad aumenta en las poblaciones de mayor riesgo [64, 65]. El problema de asegurar que la vacuna estacional se ajuste correctamente a la próxima cepa circulante pone de relieve la necesidad de un rápido desarrollo de vacunas interestacionales/universales y también la necesidad de una forma de probar su eficiencia de forma rápida y precisa antes de que se inicie la larga y costosa producción en masa que lleva muchos meses [66, 67]. Existen fármacos antivirales de los que actualmente se utiliza más comúnmente el inhibidor de la NA oseltamivir. Esto es activo contra todos los subtipos conocidos de gripe de la NA, y por lo tanto se asumiría contra todas las cepa Pueden tener un efecto decreciente con la aparición de cepas de gripe resistentes en las que la proteína NA cambia evitando la unión eficiente a oseltamivir y por lo tanto su capacidad para inhibir la actividad esencial de la NA viral. Por ejemplo, una mutación genética conocida como 'H275Y'a sustitución de la histidina por tirosina en la posición NA 275 -confiere una ventaja evolutiva para el virus incluyendo la gripe H1N1 2009 [68]. Durante la temporada de gripe 2013-2014, 59 (1,2%) de 1.811 aislados de virus de influenza A(H1N1) pdm09 en 20 de 50 estados de EE.UU. tuvieron la sustitución de resistencia a oseltamivir H275Y. No hubo aislados resistentes a zanamivir [69]. Aunque los estudios en animales han demostrado una transmisión limitada de virus mutantes [70, 71], se cree que el aumento de la resistencia a oseltamivir puede deberse a la transmisión comunitaria [72, 73] en lugar de la mutación H275Y que se fija en el genoma viral. La revisión sistemática y el metaanálisis sistemáticos sistemáticos de los datos publicados a partir de 2000 llegaron a la conclusión de que la mayoría de las muertes infantiles asociadas al VRS se producen especialmente en lactantes prematuros y en lactantes de hasta 1 año de edad [62, 74]. Una vacuna materna eficaz contra el VRS o anticuerpo monoclonal podría tener un efecto sustancial en la carga de la enfermedad en este grupo de edad [75]. El anticuerpo monoclonal específico del VRS palivizumab está aprobado para la prevención de la IRR grave causada por el VRS en lactantes susceptibles. El beneficio económico en un entorno sanitario del Un estudio de cohorte de un solo centro en 22 lactantes no mostró diferencias en los resultados del tratamiento para pacientes que recibían palivizumab en comparación con pacientes que sólo recibían tratamiento "estándar de atención" [77]. A pesar de la falta de evidencia para el beneficio clínico, los datos post-licensure apoyan el uso de palivizumab para reducir las hospitalizaciones asociadas al VRS en lactantes prematuros menores de 33 semanas y en niños con enfermedades pulmonares y cardíacas crónicas [78]. Es importante destacar que el virus mutante resistente al palivizumab rara vez se ha aislado en especímenes clínicos [79]. El tratamiento con RSV ribavirina se limita debido a la dificultad con el suministro de aerosoles, el costo y el daño potencial para los trabajadores sanitarios, a pesar de que el tratamiento no declarado de los pacientes inmunocomprometidos ha tenido un éxito razonable. A pesar del llamado al desarrollo acelerado de estrategias de prevención y tratamiento para una vacuna RSV efectiva para niños [81], la investigación se ha estancado durante décadas desde la muerte en la década de 1960 de dos sujetos en un estudio clínico. Estos sujetos fueron infectados con una infección RSV adquirida por la comunidad después de recibir la vacuna candidata a RSV formalin inactivada y alumcipitada por los Institutos Nacionales de Salud de los Estados Unidos (NIH). A diferencia de la gripe para la que las vacunas hasta la fecha han demostrado ser moderadamente eficaces pero que necesitan mejora, las vacunas RSV requieren una investigación sustancialmente mayor. Actualmente no hay una vacuna autorizada para RSV; la vacuna candidata más avanzada recientemente no ha demostrado eficacia en un estudio de campo [82]. Se requieren tratamientos eficaces con urgencia. El RSV es, incluso entre los profesionales de la salud, considerado una enfermedad infantil y otros confundadores han oscurecido la comprensión de las El VRS es mal entendido como una enfermedad en ancianos [83], y si bien la morbilidad y mortalidad en niños son de importancia, se ha demostrado claramente que el VRS tiene una carga de salud comparable a la gripe en ancianos [84]. Como ejemplo, se realizó un estudio reciente en pacientes adultos (≥18 años) ingresados en un servicio de urgencias con sospecha de IRA durante 2013-2015 (N = 3743), se utilizó PCR multiplex para diagnosticar la causa de la infección respiratoria. Se identificaron 87 pacientes con VRS. Se utilizó un grupo comparador con gripe (n = 312). Basado en una variable de mortalidad de 20 días por todas las causas, los pacientes adultos tenían menos probabilidades de ser diagnosticados con VRS que con gripe (2.3 vs 8,3%, respectivamente), también eran mayores, a menudo diagnosticados con neumonía, EPOC, hipoxemia y coinfección bacteriana. La infección por VRS en las personas de edad avanzada se asoció significativamente con un mayor riesgo de muerte que la gripe estacional, ajustada por posibles confusiones y comorbilidades. [85] La importancia clínica de las coinfecciones virales/bacterianas ha sido un tema controvertido desde hace mucho tiempo. Si bien la neumonía bacteriana grave tras la infección por gripe ha sido bien descrita, las asociaciones son menos claras entre las infecciones causadas por virus comunes en niños pequeños; las infecciones secundarias debidas a otros virus son menos comprendidas y han sido revisadas por otros [86]. Aunque la evaluación de la contribución global de las bacterias a la gravedad de la enfermedad se complica por la presencia de muchos factores de confusión en los estudios clínicos, la comprensión del papel de las coinfecciones virales/bacterianas en la definición del resultado de la IRA pediátrica puede revelar estrategias nuevas de tratamiento y prevención, mejorando los resultados de los pacientes [33, [86 En una publicación reciente (2017) se consideró el papel de la colonización bacteriana con Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae y Moraxella catarralis durante la infección respiratoria superior vírica sintomática y asintomática en la nasofaringe de niños de 4 a 7 años de edad durante la URI y cuando bien. Utilizando una PCR multiplex, se detectó el virus en cerca del 80% de las infecciones del tracto respiratorio superior (URI) en los niños y también se puede detectar en la nasofaringe del 30% de los niños asintomáticos. Los "niveles" de las tres bacterias fueron más altos durante las visitas agudas de URI en comparación con las visitas de vigilancia asintomáticas de los niños. Sin embargo, cabe señalar que incluso durante las visitas de seguimiento asintomáticas, si el virus estaba presente, todas las bacterias se detectar [8] reportan la incidencia de HBoV después de su identificación en 2005 de las muestras de vías respiratorias de niños, como un patógeno respiratorio importante en los niños. Sin embargo, el papel de este virus por sí solo como patógeno de significación fue inicialmente poco claro, la coinfección con otros virus o bacterias fue común y confuso. Moesker et al. [97] estudiaron si el HBoV solo podía causar infecciones respiratorias agudas en los niños. Utilizando la secuenciación de la próxima generación (NGS), pudieron excluir las coinfecciones entre los ingresados en la unidad de cuidados intensivos y estudiaron las cargas virales del HBoV. De los 990 niños que dieron positivo para un virus respiratorio por RT-PCR, HBoV y RSV fueron detectados en 178 y 366 de los niños respectivamente. Cuarenta y nueve pacientes positivos del HBoV y 72 pacientes positivos del RSV fueron ingresados en la Siete casos infectados por HBoV con IAR grave no tuvieron ninguna otra coinfección (7/49, 14%). Es importante destacar que estos niños no tenían otro virus detectable determinado por el SGN altamente sensible. Además, tenían cargas de HBoV mucho más altas que otros pacientes positivos para el VHBo, es decir, aquellos con una coinfección. Aunque pequeño, este estudio proporciona un fuerte apoyo que HBoV puede causar IAR grave en niños sin coinfecciones virales y bacterianas. Historia del modelo de desafío viral humano Desde que Sir Edward Jenner realizó el primer estudio documentado de HVC con viruela el 14 de mayo de 1796 la utilidad de tales estudios ha sido evidente [98]. Más de un siglo más tarde, Sir Christopher Andrews regresó de los EE.UU. en 1931 había observado el uso de chimpancés en el estudio de la gripe. El financiamiento para un trabajo similar en el Reino Unido fue insuficiente, y por lo tanto Sir Christopher inscribió estudiantes del Hospital de St Bartholomew en Londres. Explicó que lo mejor sería un estudiante de "Bart" como "eran más baratos que los chimpancés". Más de 100 estudiantes se matricularon inmediatamente, pero continuaron sus estudios y no fueron aislados de la misma manera que los chimpancés habían estado en los EE.UU. [99]. Desafortunadamente los investigadores creían que los síntomas observados pueden no haber sido debido al virus del desafío, pero otras infecciones respiratorias adquiridas en la comunidad, confundiendo así los estudios. Un año más tarde el Consejo de Investigación Médica del Reino Unido (MRC) terminó el trabajo. Después de la conclusión de la Segunda Guerra Mundial, la retirada de las tropas estadounidenses del Reino Unido dejó la unidad de campo de la Cruz Roja Americana 'Harvard Hospital' en la llanura Salis El hospital se convirtió en la Unidad de Frío Común (CCU) dirigida por el Dr. David Tyrell, desde 1946, los voluntarios fueron inoculados infundiendo pequeñas cantidades del virus en sus narices [100]. La CCU albergó voluntarios sanos en relativo aislamiento de otras personas, reduciendo así el riesgo de contacto con fuentes de infección adquiridas por la comunidad o de que pasaran el virus a miembros del público. La unidad fue finalmente cerrada en 1989; durante cuatro décadas de investigación, atrajo a 20.000 voluntarios. Su investigación contribuyó a una mejor comprensión de los virus respiratorios, el ciclo vital viral, las posibles vacunas [101] así como el primer compuesto antiinfluenza autorizado amantadina [102]. El uso de voluntarios sanos en el modelo HVC proporcionó, y aún ofrece, una oportunidad única para describir el ciclo vital viral. Los investigadores conocen con certeza el tiempo de infección, la eliminación de virus nasales se puede medir, los síntomas se registran prospectivamente, y los participantes se seleccionan con baja inmunidad preexistente al virus del desafío para asegurar una tasa de infección estadísticamente significativa con un pequeño número de voluntarios. Así, tales estudios pueden maximizar los datos de seguridad y eficacia obtenidos, minimizando el riesgo de estudio de voluntarios y financiación limitada de la investigación. Aunque el IgG sérico, para el virus de la gripe, se midió tradicionalmente a través del ensayo de HAI, ya que los criterios de entrada para los voluntarios en los estudios, los ensayos de microneutralización se utilizan para RSV y HRV. Otro trabajo sugiere que la detección de anticuerpos a la proteína superficial de la gripe NA debe considerarse [103] o respuestas de células T a proteínas internas [104]. Estos estudios contribuyeron al desarrollo significativo de los nuevos inhibidores de la NA durante la década de 1990, incluyendo el fármaco inhalado zanamivir y el fármaco disponible por vía oral oseltamivir [105] [107] [108] [108] [109] [119] [112] [113] [113]. Sin embargo, también continuaron los estudios en el Reino Unido, específicamente en la Universidad de Southampton, que realizó un trabajo importante en voluntarios atópicos, demostrando que tenían resfriados más graves cuando se les retaba experimentalmente con rinovirus, que con controles no atópicos [115]. El virus experimental de la gripe A/Texas H1N1 que se utilizó con éxito durante la década de 1990 estuvo implicado en el desarrollo de miocarditis en un sujeto infectado experimentalmente, aunque nunca se demostró una relación causal [116]. La mayoría, si no todos, los virus de desafío se fabrican de acuerdo con el estándar Good Manufacturing Practice (GMP). Aunque la inoculación nasal controlada difiere de la infección natural en la que la exposición a cantidades variables del virus puede ocurrir en varios sitios de la mucosa - el modelo desarrollado de HVC utilizado en estudios de desafío imita la enfermedad natural en la medida de lo posible [25, 117, 118]. Hemos descrito la producción de un nuevo stock de GMP de virus utilizando un aislamiento de HRV-16 de una voluntaria sana infectada experimentalmente de 18 años, proporcionado por colegas de la Universidad de Hospital Infantil de Virginia, EE.UU.. Es importante destacar que la muestra clínica se proporcionó con el historial médico apropiado y el consentimiento del donante. Fabricamos este nuevo stock de HRV-16 por el paso mínimo en una línea celular WI-38, para reducir el riesgo de mutaciones durante el proceso Good Manufacturing Después de haber sometido primero el stock a rigurosas pruebas de agentes adventicios y determinar la idoneidad del virus para el uso humano, hemos realizado un estudio clínico inicial de "seguridad y patogenicidad" en voluntarios adultos en una instalación de cuarentena clínica especializada en Londres [118]. Nuestro grupo inició estudios de CVH en el Reino Unido en 2001, y desde entonces hemos realizado múltiples estudios con más de 2.500 voluntarios inoculados con gripe, virus respiratorio sincitial (RSV) o rinovirus humano (HRV), y hemos proporcionado numerosas pruebas de concepto [119] [112] [121]. El modelo de desafío viral humano: acortar la vía de desarrollo de fármacos para la infección por IRAs Influenza, VRS y VHR tienen una sintomatología similar, pero esto difiere en gravedad y predominio de síntomas superiores, inferiores o sistémicos como ha sido descrito por el Centro para el Control de Enfermedades [122]. Sin embargo, no es fácil diagnosticar entre las diferentes etiologías de las IRA, y se necesitan mejores diagnósticos [123]. Los síntomas son comunes a cada infección y se manifiestan en un gradiente. Generalmente, pero lejos de siempre, la infección por gripe es más probable que resulte en que un paciente se sienta tan mal como para tomar a su cama y tener una fiebre, que el VRS, una VFC, una VOC u otra infección común por virus del frío, durante la cual la vida diaria suele ser menos afectada. Existen diversos modelos animales para investigar virus respiratorios como la gripe [124] [125] [126], el VSR [127] [128] [130] [133] [133] [135] [135] [135] [137] [137] [137], la VHR [22, [138] [139] [139] [140]. Ningún animal ofrece una plataforma para todos los virus respiratorios que infectan a los seres humanos, y existen diferentes modelos animales para el mismo virus, que pueden dar resultados diferentes, a menudo contradictorios. Además, los principios de las 3R (Reemplazo, Reducción y Refinamiento) se desarrollaron hace más de 50 años para proporcionar orientación y garantizar la investigación animal humana. Con el tiempo se han convertido en legislación/regulación nacional e internacional. Las políticas de las organizaciones que financian o llevan a cabo la investigación animal incluyen estos principios como parte de la condición de la financiación [141]. La sintomatología compartida de virus respiratorios requiere una única plataforma de investigación estándar que se puede utilizar para evaluar la patogénesis de enfermedades respiratorias y la eficacia de los candidatos terapéuticos. El uso de una instalación de aislamiento de 24 dormitorios en suite dedicada, construida específicamente, en la que los voluntarios cuidadosamente analizados pueden ser inoculados con seguridad con virus de desafío y monitoreados intensivamente puede ayudar a reducir el uso de animales al tiempo que proporciona una única plataforma de investigación consistente con terminales evaluables estandarizados para la investigación de virus respiratorios. Además, hemos utilizado una tarjeta de diario estandarizada en nuestros estudios, que permite comparar los síntomas que cada virus causa y la eficacia de la terapia que se está probando. Hemos incluido una copia de la tarjeta de diario en el archivo adicional 1.Es difícil evaluar la eficacia de una terapia antiviral específica "en el campo" debido a la presencia de coinfecciones comunitarias circulantes de diferente etiología microbiana.El modelo HVC permite la oportunidad de estudiar un virus en aislamiento.Los estudios de HVC y estudios de campo son estratos de investigación complementarios necesarios para el desarrollo de terapias 1 ) se administra a voluntarios sanos una terapia de investigación ya sea antes (ensayos de profilaxis) o después (ensayos de tratamiento) de inoculación con la cepa de desafío específica del virus. Los virus utilizados en el modelo HVC no se atenúan y producen síntomas consistentes con ARA clínicamente observada [25, 117, 118]. Cada virus se propaga bajo condiciones de GMP, con un número mínimo de pasajes de los aislados a las poblaciones de desafío [118, 142]. Las pocas mutaciones que ocurren dentro del virus se seleccionan rápidamente debido a un cuello de botella genético, con la consecuencia de que el virus en el huésped humano se considera de tipo salvaje [143]. La similitud entre el virus recuperado del huésped inoculado y la cepa de referencia del virus del iniciador proporciona la garantía de que el proceso de enfermedad del modelo está estrechamente alineado con la cepa de virus de referencia y no Un modelo como el HVC permite la evaluación rápida de nuevas terapias. El modelo abrevia las fases de desarrollo clínico preclínico y temprano al proporcionar una mejor comprensión de la interacción inicial del huésped y patógeno y tiene el potencial de hacer las vacunas y medicamentos necesarios más rápidamente disponibles que los enfoques tradicionales de desarrollo de otro modo podría. La reducción de la vía de desarrollo tradicional a través del uso temprano de un estudio Test of Concept (PoC) que incorpora el modelo HVC (Fig. 2) proporciona variables evaluables esenciales. A diferencia de los estudios convencionales de fase 1, que rara vez incluyen una evaluación de la eficacia, casi todos los estudios de HVC incluyen variables de eficacia evaluables como la reducción de la carga viral del AUC (principalmente recuperada de muestras del tracto respiratorio superior como lavado nasal o torunda nasofaríngea), síntomas auto-reportados voluntarios, puntuación de síntomas pico, puntuación total de síntomas, entre otros. Los datos de seguridad y farmacodinámica (PC) y farmacodinámica (PD) resultantes en condiciones controladas, orientan las decisiones sobre si avanzar o no a los estudios de campo, proporcionando un conjunto de datos más valioso inmediatamente después, o incluso como parte del estudio de seguridad de la fase 1 convencional. El modelo HVC también abre una ruta de desarrollo diferente junto con la fase 1 tradicional, permitiendo el progreso rápido a los estudios de fase 2b impulsados estadísticamente que generarán los datos de eficacia necesarios para apoyar la concesión de licencias, al tiempo que proporcionan datos de seguridad adecuados. La guía de la FDA sobre el desarrollo de terapias contra la gripe [144] establece que los ensayos de desafío no pueden sustituir a los ensayos de eficacia (fase 2). Las directrices indican que los ensayos de desafío pueden proporcionar información útil sobre la respuesta a la exposición y la seguridad, así como una oportunidad de demostrar la actividad antiviral farmacológica en seres humanos en condiciones controladas fuera de la Específicamente, los datos de los ensayos de desafío pueden contribuir a la selección de dosis para los ensayos de fase 2b y fase 3, y proporcionar la oportunidad de explorar los efectos de diferentes momentos de inicio del fármaco en relación con la exposición al virus..." Los refinamientos de los ensayos de desafío están cerrando la brecha entre el modelo de infección experimental y el entorno natural de la infección. La duración del estudio de HVC de varias semanas es menor que un estudio de fase 2 basado en el campo que espera un brote natural del virus y cuya duración puede ser de varios meses/años. Estos estudios ahorran Fig. 1 El Modelo de Desafío Viral Humano. El estudio típicamente consiste en insumos, como los voluntarios, sus criterios de selección, aislamiento en cuarentena y exposición a un virus GMP. Hay dos opciones de tratamiento: una vacunación/profilaxis con un tratamiento antiviral o b con un antiviral. X es el número de días antes de la vacunación por exposición al virus puede ocurrir. Y es el número de días después de la exposición al virus que un voluntario puede ser seguido para el tiempo de desarrollo cuando la transición entre las fases está totalmente optimizada. Importantemente, a diferencia de los estudios tradicionales de fase 1b/fase 2, los estudios de HVC no dependen de un brote natural de infección, que puede ocurrir al azar, y para el cual el tiempo exacto de infección puede no ser evidente. Proporcionan variables evaluables, datos comparativos de PD y PK, junto con datos biomarcadores adicionales sobre el rendimiento del producto en humanos. Sin embargo, debe afirmarse que la mayoría de estos estudios matriculan a adultos jóvenes sanos que de otra manera implican que el resultado de la infección en el grupo placebo puede ser visto como leve a moderado, en cierta medida. La seguridad de los voluntarios debe seguir siendo la prioridad de los investigadores. El modelo de HRV/HVC puede ser una herramienta potente, no sólo para estudiar la infección y enfermedad por HRV, sino también para investigar los mecanismos de exacerbación en pacientes con enfermedad respiratoria crónica y realizar estudios de eficacia para nuevas terapias. Se ha demostrado que los estudios de desafío humano con HRV producen infección en más del 90% de los sujetos serológicamente susceptibles y dan lugar a un síndrome clínico comparable al reportado con resfriados naturales [145, 146]. Los síntomas suelen aparecer dentro de las 24 horas y máximo a las 48-72 horas después de la inoculación. El derrame de virus sigue un patrón similar al de sus síntomas. En los últimos tiempos, se han notificado varios cientos de inoculaciones de sujetos adultos y han establecido esto como un método seguro y eficaz para estudiar la enfermedad relacionada con HRV en sujetos sanos y asmáticos [145]. Estos estudios han proporcionado una base de conocimientos para seguir desarrollando el modelo experimental de VFC y proporcionar una herramienta controlada y útil para desarrollar nuevas terapias para las áreas de la enfermedad asociadas a la infección por VFC. Se necesitan urgentemente nuevos tratamientos para el asma y la EPOC, y los pequeños modelos animales de asma son poco predictivos de eficacia. La mayoría de los fármacos que son eficaces en estos modelos animales no se encuentran eficaces en etapas posteriores de desarrollo en humanos. Se necesitan modelos que sigan más de cerca las características clínicas del asma humana y la EPOC [32, [147] [148] [149] [150] [151] ]. Ya hemos descrito fármacos antivirales contra la gripe actuales que pueden acortar la enfermedad y reducir la gravedad de los síntomas si se toman lo suficientemente temprano después de la infección, y su uso profiláctico puede disminuir el riesgo de infección; su utilidad ha sido debatida sin embargo [152]. Las dos clases principales de fármacos antiinfluenza actualmente eficaces son los inhibidores de la NA, como el zanamivir (RelenzaTM), el oseltamivir (TamifluTM), el peramivir (RapivabTM) [153] y los inhibidores de la M2, aunque la resistencia al fármaco hace inutilizable esta clase [154]. Recientemente se ha utilizado ampliamente el modelo HVC para evaluar nuevas clases de compuestos antivirales contra la gripe, incluidos los anticuerpos monoclonales experimentales dirigidos a los epitopes dentro de la parte altamente conservada y expuesta de la superficie viral de la M2 Fig. 2 El papel del modelo HVC en la vía de desarrollo clínico. Prueba de corta duración de los estudios conceptuales, que incorporan el modelo HVC, típicamente incluyen un pequeño número de sujetos. La seguridad resultante y, en particular, los datos de eficacia pueden orientar con mayor precisión las decisiones sobre si exponer a un mayor número de sujetos a prometedores candidatos terapéuticos en estudios de campo que los datos de seguridad convencionales de la fase 1 por sí solos de otra manera podrían ser proteínas [155, 156] el tallo conservado de la HA [157] y fármacos antivirales de pequeña molécula que se dirigen a la polimerasa viral, por ejemplo favipiravir [158]. El modelo HVC permite la evaluación rápida de nuevos compuestos terapéuticos que pueden ser difíciles de evaluar en el campo, debido a la naturaleza de los grupos de "riesgo", por ejemplo pediatría. Específicamente, y dada la experiencia histórica descrita con vacunas RSV, es importante que el beneficio pueda demostrarse primero en una población sana. En el pasado, a diferencia de la gripe y la VHR, el modelo HVC no se ha utilizado habitualmente con Durante algún tiempo hemos querido reiniciar los estudios de HVC/RSV en la Universidad de Londres, los dos desafíos significativos que habían paralizado el desarrollo antiviral para RSV presentaron una necesidad de investigación considerable. En asociación con el laboratorio DeVincenzo de la Universidad de Tenessee y la compañía de biotecnología Alnylam, nos pusimos a diseñar posiblemente el primer estudio HVC/RSV. Alnylam fue pionero en el uso de interferencia de ARN (RNAi) que es un mecanismo natural que regula la expresión de proteínas y está mediado por pequeños ARNs interferentes (siRNA). Trabajando con ambos grupos, fabricamos un virus tipo A de RSV a GMP estándar y lo titulamos en 35 voluntarios humanos que dividimos en cinco grupos, cada uno de los cuales fue inoculado intranasalmente con aumento del título (3.0-5.4 unidades formadoras de placa de registro/ En general, en este nuevo modelo, el 77% de los voluntarios despojaron constantemente del virus. La tasa de infección, las cargas virales, la gravedad de la enfermedad y la seguridad eran similares entre las cohortes y no guardaban relación con la cantidad de VRS recibida. Los síntomas comenzaron poco después de la detección viral inicial, alcanzaron un máximo de gravedad cuando la carga viral alcanzó su punto máximo y disminuyeron lentamente a medida que declinaban las cargas virales. Concluimos que, independientemente del título administrado una vez establecidas las infecciones, la enfermedad motivó la carga viral. No se observaron eventos adversos relacionados con el virus [25]. Utilizando este nuevo modelo se llevó a cabo un estudio clínico de VCH y se demostró por primera vez que un ARNi tenía una actividad antiviral significativa frente a la infección por VRS humana, lo que estableció la primera prueba de concepto para un RNAi terapéutico en adultos humanos [ Un editorial en el American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine, describió la utilidad del modelo HVC/RSV diciendo: "Este modelo permite el estudio relativamente rápido y eficiente de nuevas terapias en humanos y ayuda a tomar decisiones críticas sobre si avanzar un producto en costosos ensayos humanos en poblaciones con mayor riesgo de enfermedad; niños, ancianos o pacientes inmunocomprometidos, lo que constituye un avance importante y bienvenido en el campo de la VRS." [81] Es notable que dos compuestos que tienen modos de acción distintos han sido evaluados recientemente utilizando el modelo HVC. ELAS analógico nucleósido de primera clase-008176, cuya eficacia fue demostrada por primera vez en el modelo HVC, está actualmente en evaluación en bebés hospitalizados [160, 161]. El ensayo HVC fue de diseño aleatorio, doble ciego, y estudiado adultos sanos inoculados con RSV Memphis 37B [ Un total de 62 participantes recibieron ALS-008176 o placebo durante cinco días después de la confirmación de la infección por VRS por PCR (ensayado dos veces al día después de la inoculación). La variable principal fue el área bajo la curva (AUC) para la post infección por carga viral. Se demostró un aclaramiento más rápido del VRS y una mayor reducción de la carga viral, con mejoras concomitantes en la gravedad de la enfermedad clínica, en los grupos tratados con ELS-008176 en comparación con el grupo placebo [160]. El muestreo intensivo permitió identificar rápidamente cualquier posible mutación asociada con resistencia. No se observaron mutaciones resistentes [160]. También se evaluó un inhibidor de la entrada del VRS, GS-5806, una segunda molécula, primera en su clase. Entre los 54 sujetos que recibieron tratamiento activo, menor carga viral, menor peso total de mucosidad y menor puntuación de síntomas del AUC fueron muy significativos Con base en estos datos del estudio de desafío, esta terapéutica también está progresando en estudios de campo potencialmente pivotales [162]. Un elemento esencial del diseño en ambos estudios fue el momento de la primera administración de la inoculación terapéutica del virus post-experimental; el momento fue dependiente de la detección del virus en muestras de lavado nasales después de la inoculación del virus de desafío mediante un ensayo rápido de PCR [163], en lugar de en un momento arbitrario. Posteriormente, el tratamiento se administró cada 12 horas. El tiempo cuidadoso de la dosis, en un punto clínicamente relevante de detección, contribuyó a los resultados positivos de ambos estudios. También se cree que al utilizar este modelo de "dosificación acelerada", mejor imitaba lo que ocurriría en un entorno clínico ya que se sabe que los síntomas aparecen poco después de la aparición del virus. El modelo HVC no se limita a compuestos antivirales nuevos, sino que también es importante para A diferencia de los estudios de campo, los estudios de HVC son herramientas útiles para evaluar las correlaciones de protección, vitales para el desarrollo de la vacuna [103, 104, 164]. Específicamente, se ha destacado la importancia de las respuestas humorales y celulares junto con la inmunidad preexistente de células T para otros virus respiratorios [104]. Una publicación reciente describe el uso del modelo de HVC para demostrar la eficacia de una nueva vacuna trivalente inactivada por proteosoma intranasal (P-TIV). En dos estudios separados, sujetos seleccionados que fueron naïve al virus A/Panamá/2007/1999 (H3N2) fueron dosificados por medio de aerosol nasal con uno de los tres regímenes de P-TIV o placebo. Juntos, los estudios evaluaron una o dos dosis, 15 μg o 30 μg, una sola vez o dos veces con 14 días de diferencia (1 x 30 μg, 2 x 30 μg, 2 x 15 μg) y los sujetos fueron desafiados con el virus A/Panamá/2007/1999 (H3N2). Las respuestas inmunitarias a los antígenos de la vacuna se midieron mediante el ensayo de inhibición de la hemaglutinación (HAI) y los anticuerpos del secretario de lavado nasal IgA (sIgA). La eficacia de la vacuna osciló entre el 58% y el 82%, comparable a las vacunas tradicionales. Los estudios también demuestran que la protección contra enfermedades asociadas con la evidencia de infección por gripe se correlacionaron significativamente con los títulos de HAI (p = 0,0003) y IgA mucosal (p ≤ 0,0001) Los niveles de HAI y sIgA estaban inversamente relacionados con las tasas de enfermedad. Estos estudios demostraron la eficacia de esta nueva vacuna intranasal y respondieron a algunas preguntas importantes sobre las verdaderas correlaciones de la protección contra la infección por gripe que ayudarán a impulsar el diseño futuro de la vacuna. Además de alcanzar sus objetivos principales, revelaron información valiosa sobre las correlaciones de la protección y ayudará, esperamos, al diseño futuro de la vacuna [164]. Una vacuna contra la gripe interestacional o universal es desesperadamente necesaria; salvará muchas vidas, ya sea en aquellos años inesperados cuando la composición recomendada no coincide, o cuando se produce una pandemia, como lo hizo en 2009. La importancia de la pandemia de 1918 [165, 166] lo deja muy claro; hasta 100 millones de personas murieron. Una vacuna universal es una vacuna que se puede preparar para lo inesperado, un virus que ocurre debido a la reasignación de genes virales de diferentes especies El modelo HVC es posiblemente la única manera de probar inicialmente tal vacuna universal. Un candidato universal podría generar una respuesta inmunitaria contra la proteína del canal iónico del virus altamente conservada M2, [167] [168] [169] [170], aunque no se ha demostrado que ninguna vacuna sea efectiva en este sentido; solo los anticuerpos monoclonales tienen, el modelo HVC mostró su eficacia [156]. Alternativamente, una vacuna puede dirigirse al tallo conservado de la proteína HA [104, 171], o provocar una respuesta de células T a las proteínas internas [172] [173] [174] [175]. Todas son posibilidades que han sido y pueden ser exploradas de manera más eficiente utilizando el modelo HVC. Aunque los estudios de HVC proporcionan PoC, los investigadores, como hemos demostrado, han utilizado estándares de diseño regulatorio típicos de estudios de eficacia en fases posteriores. Con el desarrollo de la tecnología molecular, ahora es posible refinar el análisis estadístico estratificando a los sujetos sobre la base de su perfil inmunológico. Por ejemplo, ahora es posible evaluar si un sujeto está llevando otros patógenos respiratorios conocidos (bacterias, virus, etc.) y si existe un posible impacto en el conjunto de resultados del voluntario. Los sujetos a menudo dan su consentimiento para un análisis adicional de sus muestras, lo que permite construir un valioso biobanco de muestras para más pruebas. Avanzando, estas muestras permitirán el uso del modelo HVC para entender más a fondo lo que sucede cuando un virus infecta a una persona. Vale la pena señalar que el modelo HVC no se limita al trabajo de PoC sobre agentes terapéuticos potenciales; también se está utilizando ampliamente para fines de investigación, sobre lo cual se pueden construir tratamientos mejorados para virus respiratorios. En los últimos años se ha utilizado para demostrar "firmas de conmutación de genes" que podrían formar parte de un diagnóstico que revelaría a los individuos infectados antes de que se conviertan en sintomáticos, en las primeras etapas de la infección; esto podría ser de vital importancia en el caso de una pandemia [176, 177]. Además, el modelo HVC se ha utilizado para permitir una comparación de la dinámica relativa de la enfermedad de diferentes virus respiratorios [24] y para proporcionar una mejor comprensión de la interacción del virus y el huésped humano [26, 178, 179]. El modelo HVC ha aumentado nuestra comprensión del ciclo de vida viral y la patogénesis de la enfermedad en un entorno estrechamente controlado utilizando un pequeño número de voluntarios. Cada voluntario está aislado unos de otros, y la comunidad en general, asegurando que la enfermedad en cuestión sea la única de interés. La aplicabilidad del virus utilizado para desafiar a los voluntarios en el modelo HVC a un El modelo HVC proporciona cierto conocimiento del carácter del virus; el momento exacto de la infección; la mensurabilidad del desprendimiento del virus nasal; el registro prospectivo de los síntomas y la preselección de los participantes para el reto viral que son sero-adecuados. Esto asegura que se alcance una tasa de infección estadísticamente significativa con el número mínimo de voluntarios, optimizando así la relación riesgo-beneficio que apoya la determinación de la eficacia terapéutica. El diseño del estudio de la CVH es el momento en que se administra la primera dosis del producto en investigación para determinar la eficacia óptima, no sólo en el propio estudio de desafío, sino en estudios clínicos en etapas posteriores y en el uso clínico final. El modelo HVC es una herramienta importante en el desarrollo de fármacos, en particular con respecto a las infecciones respiratorias agudas. Ayuda en la comprensión de la relación entre un virus y su huésped humano y ofrece el potencial para el desarrollo de diagnósticos en etapas tempranas. Contribuye a identificar nuevas áreas para la intervención terapéutica. Posiblemente, y posiblemente, más importante, puede asegurar que los escasos recursos médicos se dirijan hacia el desarrollo clínico en etapas posteriores de una manera basada en la evidencia, y se priorizan oportunidades terapéuticas prometedoras. Un proceso de diseño cuidadoso y específico del estudio es un paso crucial hacia el resultado exitoso de un ensayo de desafío, ya que casi todos los parámetros pueden ser controlados o al menos conocidos (ya sea antes o después del hoc). Además, los resultados de estos ensayos pueden ser utilizados para tomar decisiones comerciales y pueden conducir a publicaciones importantes, ampliando la comprensión colectiva de la comunidad científica. Muestras de tales experimentos son de inmenso valor para los investigadores para la comprensión de los mecanismos de interacción del huésped y el desarrollo y validación de la terapéutica. La utilización de datos históricos recopilados consistentemente de estudios de HVC informa sobre el diseño preciso y la potencia de estudios posteriores. Los estudios de HVC han tenido éxito en proporcionar pruebas de concepto para vacunas de ADN, vacunas de células T, vacunas intranasales, anticuerpos monoclonales y pequeñas moléculas contra una gama de importantes virus respiratorios. También es alentador ver que el modelo de HVC se está expandiendo ahora a más poblaciones de pacientes, como ancianos, asmáticos y aquellos con otras enfermedades como la enfermedad pulmonar obstructiva crónica. Un archivo en expansión de datos de estudios anteriores es un activo inestimable para ayudar en la selección de voluntarios, decidir los puntos finales apropiados y refinar futuros diseños de estudios de campo. Esto permite una investigación más segura, estadísticamente sana y más rápida. redactó la versión inicial de este manuscrito con el autor RLW. hVIVO fue responsable de la gestión general de este trabajo y verificó la exactitud de los datos hVivo quisiera agradecer a los voluntarios sin cuyo altruismo los estudios de desafío viral humano realizados en hVivo durante muchos años no hubieran sido posibles. El trabajo, incluyendo los servicios de escritura médica profesional para la preparación de este manuscrito, fue totalmente financiado por hVivo Services Limited, el empleador de todos los autores. Autor RLW concibió la estrategia para este artículo. Autor RLW y la escritora médica profesional Samina Hamilton redactaron el artículo (ver 'Agradecimientos'). Autores RLW y AG revisaron críticamente el artículo completo para un contenido intelectual importante. Autores RLW y AG tenían plena autoridad sobre la elección de la revista y aprobaron el artículo final. Autor RLW es un garante del artículo y asume la responsabilidad general de esta publicación. Todos los demás autores contribuyeron a la redacción y revisión de este manuscrito. Todos los autores declaran que son empleados de hVivo y, como tales, han proporcionado o prestan servicios de investigación clínica profesional ética a clientes académicos, biotecnológicos o farmacéuticos. Una patente (solicitudes de patente 14/366602 (US) 12813946.6 (EP) está en marcha en relación con la utilización específica del modelo HVC. Esto no altera la adhesión de los autores a la Sociedad Internacional de Profesionales de Publicaciones Médicas (ISMPP) 'Buena Práctica Publicacional para Comunicar la Investigación Médica Patrocinada por la Compañía: GPP3'.

¿Qué fármacos se dirigen a la glucoproteína NA del virus de la gripe H1N1?

El modelo de desafío viral humano: acelerar la evaluación de los antivirales respiratorios, vacunas y diagnósticos novedososhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6013893/SHA: f13c88733ea45be9923a282dfd42f8c277c187cAutores: Lambkin-Williams, Rob; Noulin, Nicolas; Mann, Alex; Catchpole, Andrew; Gilbert, Anthony S.Fecha: 2018-06-22DOI: 10.1186/s12931-018-0784-1Licencia: cc-byAbstract: El modelo Human Viral Challenge (HVC) ha ayudado, durante muchas décadas, en la comprensión de los virus respiratorios y su papel en la patogénesis de enfermedades. En un entorno controlado con un pequeño número de voluntarios retirados de la exposición comunitaria a otras infecciones, este modelo experimental permite realizar pruebas de trabajo conceptual sobre nuevas terapias, incluyendo vacunas, inmunomoduladores y antivirales, así como nuevos diagnósticos.Crucialmente, a diferencia de los estudios convencionales de fase 1, los estudios de desafío incluyen variables de eficacia evaluables que luego orientan las decisiones sobre cómo optimizar los estudios de campo posteriores, como recomienda la FDA y, por lo tanto, los estudios de licencia que siguen.Esta estrategia optimiza el beneficio de los estudios e identifica posibles amenazas tempranas, minimizando el riesgo para los voluntarios posteriores, pero también maximizando el beneficio de los escasos recursos disponibles para el grupo de investigación que invierte en la investigación. Inspirado en los principios de las 3R (Reemplazo, Reducción y Refinamiento) que se aplican comúnmente en la fase preclínica, los estudios de CVV permiten el refina La amplitud de los datos generados a partir de estudios de desafío permite la exploración de una amplia gama de variables y puntos finales que luego pueden ser llevados a través de estudios pivotales de fase 3. Describimos la carga de la enfermedad para las infecciones virales respiratorias agudas para las cuales las estrategias de desarrollo convencionales actuales no han producido terapias que satisfagan las necesidades clínicas. Los autores describen la utilidad del modelo HVC para aumentar la comprensión científica y progresar en terapias prometedoras a través del desarrollo. También se discute la contribución del modelo a la dilucidación de la interacción virus-anfitrión, tanto en lo que respecta a la patogenicidad viral como a la respuesta inmunológica del cuerpo, junto con su utilidad para ayudar en el desarrollo de diagnósticos novedosos. También se exploran las futuras aplicaciones del modelo. Texto: Las infecciones respiratorias agudas (ARI) se manifiestan como infecciones del tracto respiratorio superior (URI) o inferior (IRL) y pueden moverse entre los dos compartimentos; las IRA representan las enfermedades infecciosas más comunes y son predominantemente de etiología viral. La carga global de la IRA es considerable, con una morbilidad y mortalidad significativas en niños, ancianos e inmunocomprometidos [1]. Sólo en el Reino Unido durante el período 2014-2015, las enfermedades respiratorias causaron unas 15.800 muertes invernales excesivas [2]. En los Estados Unidos, la gripe y el virus sincitial respiratorio (RSV) causan una mortalidad sustancial, especialmente entre las personas de 65 años y más [3]. Sin embargo, aunque las muertes en el mundo industrializado son ampliamente reportadas, los países en desarrollo sienten la carga particularmente; de un estimado de 1,9 millones de muertes infantiles por IRA en 2000, el 70% de esas muertes ocurrieron en África y Asia sudoriental La Cumbre del Milenio celebrada en las Naciones Unidas en 2000 dio lugar al establecimiento de los Objetivos de Desarrollo del Milenio. Un estudio informó de los progresos realizados en el logro de esos objetivos en 40 países en desarrollo; concluyó que la prevalencia de la IRA era del 13%, el gasto en salud y el producto interno bruto per cápita están directamente asociados con la prevalencia de la enfermedad [5]. La heterogeneidad viral asociada a las IRA está bien establecida [6]. En el pasado, el rinovirus humano (VDH) se ha identificado como el virus más frecuentemente asociado a las enfermedades respiratorias con un promedio del 30-50% de infecciones anuales, y hasta el 80% de las infecciones respiratorias superiores durante los brotes de otoño [7]. Más recientemente, una evaluación de la enfermedad en 6.266 niños menores de 10 años en Australia, Asia Sudoriental y América Latina hizo hincapié tanto en la heterogeneidad viral como en el impacto de la IRA. De los 2.421 niños que experimentaron 3.717 episodios individuales de enfermedad similar a la gripe (III), la prevalencia fue mayor (41,5%), la gripe siguió a esta situación (15,8%), el adenovirus (ADV) (9,8%), la IVP y el VSR (ambos 9,7%), la VOC (5,6%), el metapneumovirus humano (VPH) (5,5%) y el bocavirus humano (VHBo) (2,0%). El porcentaje de niños que perdieron la escuela o el cuidado de los niños se situó entre el 21,4% para el VHBo y el 52,1% para la gripe [8]. Hemos comparado los datos de los dos informes uno de 2003 [7] y el otro de 2017 [8] y hemos encontrado que los informes, a pesar de estar separados por 14 años, fueron similares, con la única excepción de HBoV, descubiertos en 2005 (Tabla 1), que discutimos más adelante. Feng et al. [9] describieron en detalle la distribución de los IRA causantes de hospitalización por grupo de edad: observaron que el VRS se observó predominantemente en los jóvenes y ancianos, y la gripe, aunque significativa en los jóvenes fue notablemente más predominante en los ancianos. Interesantemente observaron que la codetección de virus tendía a ocurrir con mayor frecuencia en los grupos de edad más jóvenes, especialmente en los menores de cinco años. Infecciones por rinovirus (el resfriado común) de la VHR, a menudo considerado trivial puede contribuir significativamente a faltar días de trabajo y escuela, aunque las infecciones son típicamente autolimitables [7]. Las infecciones por VFC a lo largo del año y en muchos casos, se manifiestan con síntomas como congestión nasal, rinorrea, estornudos, dolor de garganta y tos. Se sabe que la VFC es la causa principal de la IAR y un factor contribuyente grave en exacerbaciones de la enfermedad atópica, por ejemplo, asma, así como otras afecciones como la enfermedad pulmonar obstructiva crónica (EPOC) [10] [11] [12] [13]. Las infecciones por VFC están asociadas con implicaciones económicas significativas, además de ser un importante contribuyente a la sinusitis, otitis media, bronquitis y neumonía primaria [14] [15] [16]. La VFC es una causa considerable de morbilidad en grupos específicos de riesgo como los lactantes, los ancianos, inmunocomprometidos y, como ya se ha mencionado, enfermedades respiratorias crónicas como el asma, la EPOC y la fibrosis quística. En la actualidad, la VFC se considera la causa número uno de exacerbaciones del asma [15] [16] [17] [18] [19]. El asma es una enfermedad compleja, caracterizada por la inflamación crónica de las vías respiratorias, y un historial de síntomas respiratorios como sibilancia, dificultad para respirar, opresión torácica y tos. Con el tiempo estos síntomas pueden variar en su intensidad [20]. Cada año más de 300 millones de personas en todo el mundo se ven afectadas por el asma: aproximadamente 250.000 personas mueren como resultado. Muchas muertes se deben a cuidados médicos subóptimos a largo plazo y retrasos en la obtención de ayuda durante exacerbaciones graves de la enfermedad [21]. El modelo de desafío humano se ha utilizado para investigar la patogenicidad viral [22] [23] [24] [25] [26] y publicaciones recientes sobre el modelo de desafío asmático se han centrado en cómo el huésped asmático responde a la infección por VFC. Se está trabajando en la susceptibilidad al empeoramiento del asma inducido por virus [27, 28] la disregulación inmune innata [29] y la inducción de respuestas innatas y tipo 2 en las secreciones epiteliales nasales y bronquiales [30]. La patogénesis de la infección rinoviral, junto con otros IRA, en exacerbaciones de la enfermedad de las vías respiratorias, se ha investigado ampliamente. A pesar de trabajos previos de investigación sobre múltiples antivirales de pequeñas moléculas, como pleconaril que han sido probados utilizando tanto el modelo experimental de desafío como estudios de campo [35] [36], actualmente no hay tratamiento autorizado para infecciones por VFC Otros compuestos han sido probados contra la VFC, como Vapendavir (BTA798), que impidió la liberación de ARN viral en la célula diana y demostró una reducción de la carga viral máxima en el modelo HVC [38]. Un estudio posterior en asmáticos se completó y aunque no se publicó el compuesto tuvo un efecto limitado [39]. Pirodavir una molécula de unión capsid intranasal alcanzó ensayos clínicos de fase 3 para la prevención y tratamiento de la VFC en la década de 1990. Aunque el compuesto disminuyó la replicación viral y eliminación, no mostró una reducción significativa en la duración o gravedad de los síntomas [40, 41]. Un inhibidor de la proteasa, rupintrivir que previene la escisión de proteínas virales necesarias para la replicación fue probado en un ensayo de desafío de VFC. Rupintrivir fue bien tolerado y redujo la carga viral y los síntomas respiratorios [36]. Sin embargo, en estudios de infección natural, no afectó significativamente la carga viral ni la gravedad de los síntomas [42]. Tratamientos como los productos que contienen zinc ahora están ampliamente desacreditados como lo demuestra la retirada de un informe Cochrane y editorial JAMA [43] [44] [44]. El tratamiento actual de las infecciones por VFC consiste principalmente en medicamentos de venta libre (OTC) para controlar los síntomas. También no hay una vacuna autorizada, y si bien ha habido algún progreso en el desarrollo de vacunas multivalentes [46], el desarrollo en esta área se ve obstaculizado por el número total de serotipos que necesitan ser cubiertos (en A pesar de que la VFC está asociada con hasta el 50% de las exacerbaciones del asma en adultos y hasta el 80% de las exacerbaciones de la niñez, no existen terapias asmáticas específicas de la VFC [34]. A medida que mejor comprendemos la interacción entre el virus y el huésped, nuevas terapias como los anticuerpos monoclonales (anti-IgE [omalizumab] y anti-IL-5 [mepolizumab]) junto con pequeñas moléculas dirigidas cuidadosamente a vías de señalización inmunológica específicas, el tratamiento profiláctico específico de la VFC puede volverse práctico [47] [48] [48] [49] [50]. Para evitar exacerbaciones, el diseño de nuevos tratamientos podría mejorar la eficacia tanto actuando directamente para inhibir la replicación viral como aliviando los síntomas del asma y la EPOC [51]. El virus de la gripe es un patógeno humano bien conocido y puede causar morbilidad y mortalidad En 2009, el primer virus pandémico del siglo XXI hospitalizó entre 195.000 y 403.000 en Estados Unidos, lo que resultó en 8.870 y 18.300 muertes a mediados de 2010 [52]. Un análisis global agrupado de la Organización Mundial de la Salud (OMS) de 70.000 pacientes con pandemia de H1N1 hospitalizados confirmados en laboratorio de 19 países reveló que de los 9.700 pacientes ingresados en unidades de cuidados intensivos murieron 2.500, y que la obesidad mórbida podría ser un factor de riesgo para la hospitalización y/o la muerte [52]. La obesidad se confirmó como un factor asociado con una mayor probabilidad de ingreso al hospital en pacientes infectados con gripe [53]. La pandemia de 2009 se consideró leve. Sin embargo, se observó la curva clásica de distribución de la edad en forma de W de infección para un virus pandémico, es decir, una alta mortalidad en los más jóvenes y los mayores, La pandemia, al igual que los brotes anteriores, se produjo en oleadas sucesivas, pero a pesar de las políticas nacionales que favorecen el uso de medicamentos antivirales, pocos pacientes los recibieron antes de su ingreso en el hospital, y muchos recibieron antibióticos [54]. La falta de eficacia real o percibida de los antivirales actualmente disponibles en el mundo real conduce al uso excesivo de antibióticos y a los problemas posteriores que pueden surgir [55] [56]. La morbilidad y mortalidad estacional anual de la gripe resulta en hospitalización y muerte principalmente entre los grupos de alto riesgo. Se estima que cada año las epidemias de gripe estacional producen entre 3 y 5 millones de casos de enfermedad grave y entre 290.000 y 650.000 muertes en todo el mundo [58]. En los primeros países del mundo / industrializados, la mayoría de las muertes asociadas con la gripe ocurren entre las personas de 65 años o más [59]. En muchos países, las clínicas El virus en sí mismo ha sido bien caracterizado, y las dos proteínas superficiales, la hemaglutinina (HA) y la neuraminidasa (NA) son importantes tanto en el desarrollo de la vacuna como en el antiviral [61]. Los efectos de las epidemias estacionales de gripe en los países en desarrollo no son plenamente conocidos, pero la investigación estima que el 99% de las muertes en niños menores de 5 años de edad con infecciones de las vías respiratorias inferiores relacionadas con la gripe se encuentran en los países en desarrollo [59, 62]. Actualmente existen vacunas y antivirales para la prevención y el tratamiento de la gripe, pero ambas tienen limitaciones de eficacia debido a la rápida evolución del virus a medida que muta anualmente y a la repentina aparición inesperada de cepas pandémicas de gripe. En particular, el fracaso de la vacuna a lo largo de la temporada invernal de 2014-2015, donde la eficacia global ajustada fue del 23% [intervalo de confianza del 95% 14, 31] [63] es memorable. En un año de desajuste, la tasa de mortalidad aumenta en las poblaciones de mayor riesgo [64, 65]. El problema de asegurar que la vacuna estacional se ajuste correctamente a la próxima cepa circulante pone de relieve la necesidad de un rápido desarrollo de vacunas interestacionales/universales y también la necesidad de una forma de probar su eficiencia de forma rápida y precisa antes de que se inicie la larga y costosa producción en masa que lleva muchos meses [66, 67]. Existen fármacos antivirales de los que actualmente se utiliza más comúnmente el inhibidor de la NA oseltamivir. Esto es activo contra todos los subtipos conocidos de gripe de la NA, y por lo tanto se asumiría contra todas las cepa Pueden tener un efecto decreciente con la aparición de cepas de gripe resistentes en las que la proteína NA cambia evitando la unión eficiente a oseltamivir y por lo tanto su capacidad para inhibir la actividad esencial de la NA viral. Por ejemplo, una mutación genética conocida como 'H275Y'a sustitución de la histidina por tirosina en la posición NA 275 -confiere una ventaja evolutiva para el virus incluyendo la gripe H1N1 2009 [68]. Durante la temporada de gripe 2013-2014, 59 (1,2%) de 1.811 aislados de virus de influenza A(H1N1) pdm09 en 20 de 50 estados de EE.UU. tuvieron la sustitución de resistencia a oseltamivir H275Y. No hubo aislados resistentes a zanamivir [69]. Aunque los estudios en animales han demostrado una transmisión limitada de virus mutantes [70, 71], se cree que el aumento de la resistencia a oseltamivir puede deberse a la transmisión comunitaria [72, 73] en lugar de la mutación H275Y que se fija en el genoma viral. La revisión sistemática y el metaanálisis sistemáticos sistemáticos de los datos publicados a partir de 2000 llegaron a la conclusión de que la mayoría de las muertes infantiles asociadas al VRS se producen especialmente en lactantes prematuros y en lactantes de hasta 1 año de edad [62, 74]. Una vacuna materna eficaz contra el VRS o anticuerpo monoclonal podría tener un efecto sustancial en la carga de la enfermedad en este grupo de edad [75]. El anticuerpo monoclonal específico del VRS palivizumab está aprobado para la prevención de la IRR grave causada por el VRS en lactantes susceptibles. El beneficio económico en un entorno sanitario del Un estudio de cohorte de un solo centro en 22 lactantes no mostró diferencias en los resultados del tratamiento para pacientes que recibían palivizumab en comparación con pacientes que sólo recibían tratamiento "estándar de atención" [77]. A pesar de la falta de evidencia para el beneficio clínico, los datos post-licensure apoyan el uso de palivizumab para reducir las hospitalizaciones asociadas al VRS en lactantes prematuros menores de 33 semanas y en niños con enfermedades pulmonares y cardíacas crónicas [78]. Es importante destacar que el virus mutante resistente al palivizumab rara vez se ha aislado en especímenes clínicos [79]. El tratamiento con RSV ribavirina se limita debido a la dificultad con el suministro de aerosoles, el costo y el daño potencial para los trabajadores sanitarios, a pesar de que el tratamiento no declarado de los pacientes inmunocomprometidos ha tenido un éxito razonable. A pesar del llamado al desarrollo acelerado de estrategias de prevención y tratamiento para una vacuna RSV efectiva para niños [81], la investigación se ha estancado durante décadas desde la muerte en la década de 1960 de dos sujetos en un estudio clínico. Estos sujetos fueron infectados con una infección RSV adquirida por la comunidad después de recibir la vacuna candidata a RSV formalin inactivada y alumcipitada por los Institutos Nacionales de Salud de los Estados Unidos (NIH). A diferencia de la gripe para la que las vacunas hasta la fecha han demostrado ser moderadamente eficaces pero que necesitan mejora, las vacunas RSV requieren una investigación sustancialmente mayor. Actualmente no hay una vacuna autorizada para RSV; la vacuna candidata más avanzada recientemente no ha demostrado eficacia en un estudio de campo [82]. Se requieren tratamientos eficaces con urgencia. El RSV es, incluso entre los profesionales de la salud, considerado una enfermedad infantil y otros confundadores han oscurecido la comprensión de las El VRS es mal entendido como una enfermedad en ancianos [83], y si bien la morbilidad y mortalidad en niños son de importancia, se ha demostrado claramente que el VRS tiene una carga de salud comparable a la gripe en ancianos [84]. Como ejemplo, se realizó un estudio reciente en pacientes adultos (≥18 años) ingresados en un servicio de urgencias con sospecha de IRA durante 2013-2015 (N = 3743), se utilizó PCR multiplex para diagnosticar la causa de la infección respiratoria. Se identificaron 87 pacientes con VRS. Se utilizó un grupo comparador con gripe (n = 312). Basado en una variable de mortalidad de 20 días por todas las causas, los pacientes adultos tenían menos probabilidades de ser diagnosticados con VRS que con gripe (2.3 vs 8,3%, respectivamente), también eran mayores, a menudo diagnosticados con neumonía, EPOC, hipoxemia y coinfección bacteriana. La infección por VRS en las personas de edad avanzada se asoció significativamente con un mayor riesgo de muerte que la gripe estacional, ajustada por posibles confusiones y comorbilidades. [85] La importancia clínica de las coinfecciones virales/bacterianas ha sido un tema controvertido desde hace mucho tiempo. Si bien la neumonía bacteriana grave tras la infección por gripe ha sido bien descrita, las asociaciones son menos claras entre las infecciones causadas por virus comunes en niños pequeños; las infecciones secundarias debidas a otros virus son menos comprendidas y han sido revisadas por otros [86]. Aunque la evaluación de la contribución global de las bacterias a la gravedad de la enfermedad se complica por la presencia de muchos factores de confusión en los estudios clínicos, la comprensión del papel de las coinfecciones virales/bacterianas en la definición del resultado de la IRA pediátrica puede revelar estrategias nuevas de tratamiento y prevención, mejorando los resultados de los pacientes [33, [86 En una publicación reciente (2017) se consideró el papel de la colonización bacteriana con Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae y Moraxella catarralis durante la infección respiratoria superior vírica sintomática y asintomática en la nasofaringe de niños de 4 a 7 años de edad durante la URI y cuando bien. Utilizando una PCR multiplex, se detectó el virus en cerca del 80% de las infecciones del tracto respiratorio superior (URI) en los niños y también se puede detectar en la nasofaringe del 30% de los niños asintomáticos. Los "niveles" de las tres bacterias fueron más altos durante las visitas agudas de URI en comparación con las visitas de vigilancia asintomáticas de los niños. Sin embargo, cabe señalar que incluso durante las visitas de seguimiento asintomáticas, si el virus estaba presente, todas las bacterias se detectar [8] reportan la incidencia de HBoV después de su identificación en 2005 de las muestras de vías respiratorias de niños, como un patógeno respiratorio importante en los niños. Sin embargo, el papel de este virus por sí solo como patógeno de significación fue inicialmente poco claro, la coinfección con otros virus o bacterias fue común y confuso. Moesker et al. [97] estudiaron si el HBoV solo podía causar infecciones respiratorias agudas en los niños. Utilizando la secuenciación de la próxima generación (NGS), pudieron excluir las coinfecciones entre los ingresados en la unidad de cuidados intensivos y estudiaron las cargas virales del HBoV. De los 990 niños que dieron positivo para un virus respiratorio por RT-PCR, HBoV y RSV fueron detectados en 178 y 366 de los niños respectivamente. Cuarenta y nueve pacientes positivos del HBoV y 72 pacientes positivos del RSV fueron ingresados en la Siete casos infectados por HBoV con IAR grave no tuvieron ninguna otra coinfección (7/49, 14%). Es importante destacar que estos niños no tenían otro virus detectable determinado por el SGN altamente sensible. Además, tenían cargas de HBoV mucho más altas que otros pacientes positivos para el VHBo, es decir, aquellos con una coinfección. Aunque pequeño, este estudio proporciona un fuerte apoyo que HBoV puede causar IAR grave en niños sin coinfecciones virales y bacterianas. Historia del modelo de desafío viral humano Desde que Sir Edward Jenner realizó el primer estudio documentado de HVC con viruela el 14 de mayo de 1796 la utilidad de tales estudios ha sido evidente [98]. Más de un siglo más tarde, Sir Christopher Andrews regresó de los EE.UU. en 1931 había observado el uso de chimpancés en el estudio de la gripe. El financiamiento para un trabajo similar en el Reino Unido fue insuficiente, y por lo tanto Sir Christopher inscribió estudiantes del Hospital de St Bartholomew en Londres. Explicó que lo mejor sería un estudiante de "Bart" como "eran más baratos que los chimpancés". Más de 100 estudiantes se matricularon inmediatamente, pero continuaron sus estudios y no fueron aislados de la misma manera que los chimpancés habían estado en los EE.UU. [99]. Desafortunadamente los investigadores creían que los síntomas observados pueden no haber sido debido al virus del desafío, pero otras infecciones respiratorias adquiridas en la comunidad, confundiendo así los estudios. Un año más tarde el Consejo de Investigación Médica del Reino Unido (MRC) terminó el trabajo. Después de la conclusión de la Segunda Guerra Mundial, la retirada de las tropas estadounidenses del Reino Unido dejó la unidad de campo de la Cruz Roja Americana 'Harvard Hospital' en la llanura Salis El hospital se convirtió en la Unidad de Frío Común (CCU) dirigida por el Dr. David Tyrell, desde 1946, los voluntarios fueron inoculados infundiendo pequeñas cantidades del virus en sus narices [100]. La CCU albergó voluntarios sanos en relativo aislamiento de otras personas, reduciendo así el riesgo de contacto con fuentes de infección adquiridas por la comunidad o de que pasaran el virus a miembros del público. La unidad fue finalmente cerrada en 1989; durante cuatro décadas de investigación, atrajo a 20.000 voluntarios. Su investigación contribuyó a una mejor comprensión de los virus respiratorios, el ciclo vital viral, las posibles vacunas [101] así como el primer compuesto antiinfluenza autorizado amantadina [102]. El uso de voluntarios sanos en el modelo HVC proporcionó, y aún ofrece, una oportunidad única para describir el ciclo vital viral. Los investigadores conocen con certeza el tiempo de infección, la eliminación de virus nasales se puede medir, los síntomas se registran prospectivamente, y los participantes se seleccionan con baja inmunidad preexistente al virus del desafío para asegurar una tasa de infección estadísticamente significativa con un pequeño número de voluntarios. Así, tales estudios pueden maximizar los datos de seguridad y eficacia obtenidos, minimizando el riesgo de estudio de voluntarios y financiación limitada de la investigación. Aunque el IgG sérico, para el virus de la gripe, se midió tradicionalmente a través del ensayo de HAI, ya que los criterios de entrada para los voluntarios en los estudios, los ensayos de microneutralización se utilizan para RSV y HRV. Otro trabajo sugiere que la detección de anticuerpos a la proteína superficial de la gripe NA debe considerarse [103] o respuestas de células T a proteínas internas [104]. Estos estudios contribuyeron al desarrollo significativo de los nuevos inhibidores de la NA durante la década de 1990, incluyendo el fármaco inhalado zanamivir y el fármaco disponible por vía oral oseltamivir [105] [107] [108] [108] [109] [119] [112] [113] [113]. Sin embargo, también continuaron los estudios en el Reino Unido, específicamente en la Universidad de Southampton, que realizó un trabajo importante en voluntarios atópicos, demostrando que tenían resfriados más graves cuando se les retaba experimentalmente con rinovirus, que con controles no atópicos [115]. El virus experimental de la gripe A/Texas H1N1 que se utilizó con éxito durante la década de 1990 estuvo implicado en el desarrollo de miocarditis en un sujeto infectado experimentalmente, aunque nunca se demostró una relación causal [116]. La mayoría, si no todos, los virus de desafío se fabrican de acuerdo con el estándar Good Manufacturing Practice (GMP). Aunque la inoculación nasal controlada difiere de la infección natural en la que la exposición a cantidades variables del virus puede ocurrir en varios sitios de la mucosa - el modelo desarrollado de HVC utilizado en estudios de desafío imita la enfermedad natural en la medida de lo posible [25, 117, 118]. Hemos descrito la producción de un nuevo stock de GMP de virus utilizando un aislamiento de HRV-16 de una voluntaria sana infectada experimentalmente de 18 años, proporcionado por colegas de la Universidad de Hospital Infantil de Virginia, EE.UU.. Es importante destacar que la muestra clínica se proporcionó con el historial médico apropiado y el consentimiento del donante. Fabricamos este nuevo stock de HRV-16 por el paso mínimo en una línea celular WI-38, para reducir el riesgo de mutaciones durante el proceso Good Manufacturing Después de haber sometido primero el stock a rigurosas pruebas de agentes adventicios y determinar la idoneidad del virus para el uso humano, hemos realizado un estudio clínico inicial de "seguridad y patogenicidad" en voluntarios adultos en una instalación de cuarentena clínica especializada en Londres [118]. Nuestro grupo inició estudios de CVH en el Reino Unido en 2001, y desde entonces hemos realizado múltiples estudios con más de 2.500 voluntarios inoculados con gripe, virus respiratorio sincitial (RSV) o rinovirus humano (HRV), y hemos proporcionado numerosas pruebas de concepto [119] [112] [121]. El modelo de desafío viral humano: acortar la vía de desarrollo de fármacos para la infección por IRAs Influenza, VRS y VHR tienen una sintomatología similar, pero esto difiere en gravedad y predominio de síntomas superiores, inferiores o sistémicos como ha sido descrito por el Centro para el Control de Enfermedades [122]. Sin embargo, no es fácil diagnosticar entre las diferentes etiologías de las IRA, y se necesitan mejores diagnósticos [123]. Los síntomas son comunes a cada infección y se manifiestan en un gradiente. Generalmente, pero lejos de siempre, la infección por gripe es más probable que resulte en que un paciente se sienta tan mal como para tomar a su cama y tener una fiebre, que el VRS, una VFC, una VOC u otra infección común por virus del frío, durante la cual la vida diaria suele ser menos afectada. Existen diversos modelos animales para investigar virus respiratorios como la gripe [124] [125] [126], el VSR [127] [128] [130] [133] [133] [135] [135] [135] [137] [137] [137], la VHR [22, [138] [139] [139] [140]. Ningún animal ofrece una plataforma para todos los virus respiratorios que infectan a los seres humanos, y existen diferentes modelos animales para el mismo virus, que pueden dar resultados diferentes, a menudo contradictorios. Además, los principios de las 3R (Reemplazo, Reducción y Refinamiento) se desarrollaron hace más de 50 años para proporcionar orientación y garantizar la investigación animal humana. Con el tiempo se han convertido en legislación/regulación nacional e internacional. Las políticas de las organizaciones que financian o llevan a cabo la investigación animal incluyen estos principios como parte de la condición de la financiación [141]. La sintomatología compartida de virus respiratorios requiere una única plataforma de investigación estándar que se puede utilizar para evaluar la patogénesis de enfermedades respiratorias y la eficacia de los candidatos terapéuticos. El uso de una instalación de aislamiento de 24 dormitorios en suite dedicada, construida específicamente, en la que los voluntarios cuidadosamente analizados pueden ser inoculados con seguridad con virus de desafío y monitoreados intensivamente puede ayudar a reducir el uso de animales al tiempo que proporciona una única plataforma de investigación consistente con terminales evaluables estandarizados para la investigación de virus respiratorios. Además, hemos utilizado una tarjeta de diario estandarizada en nuestros estudios, que permite comparar los síntomas que cada virus causa y la eficacia de la terapia que se está probando. Hemos incluido una copia de la tarjeta de diario en el archivo adicional 1.Es difícil evaluar la eficacia de una terapia antiviral específica "en el campo" debido a la presencia de coinfecciones comunitarias circulantes de diferente etiología microbiana.El modelo HVC permite la oportunidad de estudiar un virus en aislamiento.Los estudios de HVC y estudios de campo son estratos de investigación complementarios necesarios para el desarrollo de terapias 1 ) se administra a voluntarios sanos una terapia de investigación ya sea antes (ensayos de profilaxis) o después (ensayos de tratamiento) de inoculación con la cepa de desafío específica del virus. Los virus utilizados en el modelo HVC no se atenúan y producen síntomas consistentes con ARA clínicamente observada [25, 117, 118]. Cada virus se propaga bajo condiciones de GMP, con un número mínimo de pasajes de los aislados a las poblaciones de desafío [118, 142]. Las pocas mutaciones que ocurren dentro del virus se seleccionan rápidamente debido a un cuello de botella genético, con la consecuencia de que el virus en el huésped humano se considera de tipo salvaje [143]. La similitud entre el virus recuperado del huésped inoculado y la cepa de referencia del virus del iniciador proporciona la garantía de que el proceso de enfermedad del modelo está estrechamente alineado con la cepa de virus de referencia y no Un modelo como el HVC permite la evaluación rápida de nuevas terapias. El modelo abrevia las fases de desarrollo clínico preclínico y temprano al proporcionar una mejor comprensión de la interacción inicial del huésped y patógeno y tiene el potencial de hacer las vacunas y medicamentos necesarios más rápidamente disponibles que los enfoques tradicionales de desarrollo de otro modo podría. La reducción de la vía de desarrollo tradicional a través del uso temprano de un estudio Test of Concept (PoC) que incorpora el modelo HVC (Fig. 2) proporciona variables evaluables esenciales. A diferencia de los estudios convencionales de fase 1, que rara vez incluyen una evaluación de la eficacia, casi todos los estudios de HVC incluyen variables de eficacia evaluables como la reducción de la carga viral del AUC (principalmente recuperada de muestras del tracto respiratorio superior como lavado nasal o torunda nasofaríngea), síntomas auto-reportados voluntarios, puntuación de síntomas pico, puntuación total de síntomas, entre otros. Los datos de seguridad y farmacodinámica (PC) y farmacodinámica (PD) resultantes en condiciones controladas, orientan las decisiones sobre si avanzar o no a los estudios de campo, proporcionando un conjunto de datos más valioso inmediatamente después, o incluso como parte del estudio de seguridad de la fase 1 convencional. El modelo HVC también abre una ruta de desarrollo diferente junto con la fase 1 tradicional, permitiendo el progreso rápido a los estudios de fase 2b impulsados estadísticamente que generarán los datos de eficacia necesarios para apoyar la concesión de licencias, al tiempo que proporcionan datos de seguridad adecuados. La guía de la FDA sobre el desarrollo de terapias contra la gripe [144] establece que los ensayos de desafío no pueden sustituir a los ensayos de eficacia (fase 2). Las directrices indican que los ensayos de desafío pueden proporcionar información útil sobre la respuesta a la exposición y la seguridad, así como una oportunidad de demostrar la actividad antiviral farmacológica en seres humanos en condiciones controladas fuera de la Específicamente, los datos de los ensayos de desafío pueden contribuir a la selección de dosis para los ensayos de fase 2b y fase 3, y proporcionar la oportunidad de explorar los efectos de diferentes momentos de inicio del fármaco en relación con la exposición al virus..." Los refinamientos de los ensayos de desafío están cerrando la brecha entre el modelo de infección experimental y el entorno natural de la infección. La duración del estudio de HVC de varias semanas es menor que un estudio de fase 2 basado en el campo que espera un brote natural del virus y cuya duración puede ser de varios meses/años. Estos estudios ahorran Fig. 1 El Modelo de Desafío Viral Humano. El estudio típicamente consiste en insumos, como los voluntarios, sus criterios de selección, aislamiento en cuarentena y exposición a un virus GMP. Hay dos opciones de tratamiento: una vacunación/profilaxis con un tratamiento antiviral o b con un antiviral. X es el número de días antes de la vacunación por exposición al virus puede ocurrir. Y es el número de días después de la exposición al virus que un voluntario puede ser seguido para el tiempo de desarrollo cuando la transición entre las fases está totalmente optimizada. Importantemente, a diferencia de los estudios tradicionales de fase 1b/fase 2, los estudios de HVC no dependen de un brote natural de infección, que puede ocurrir al azar, y para el cual el tiempo exacto de infección puede no ser evidente. Proporcionan variables evaluables, datos comparativos de PD y PK, junto con datos biomarcadores adicionales sobre el rendimiento del producto en humanos. Sin embargo, debe afirmarse que la mayoría de estos estudios matriculan a adultos jóvenes sanos que de otra manera implican que el resultado de la infección en el grupo placebo puede ser visto como leve a moderado, en cierta medida. La seguridad de los voluntarios debe seguir siendo la prioridad de los investigadores. El modelo de HRV/HVC puede ser una herramienta potente, no sólo para estudiar la infección y enfermedad por HRV, sino también para investigar los mecanismos de exacerbación en pacientes con enfermedad respiratoria crónica y realizar estudios de eficacia para nuevas terapias. Se ha demostrado que los estudios de desafío humano con HRV producen infección en más del 90% de los sujetos serológicamente susceptibles y dan lugar a un síndrome clínico comparable al reportado con resfriados naturales [145, 146]. Los síntomas suelen aparecer dentro de las 24 horas y máximo a las 48-72 horas después de la inoculación. El derrame de virus sigue un patrón similar al de sus síntomas. En los últimos tiempos, se han notificado varios cientos de inoculaciones de sujetos adultos y han establecido esto como un método seguro y eficaz para estudiar la enfermedad relacionada con HRV en sujetos sanos y asmáticos [145]. Estos estudios han proporcionado una base de conocimientos para seguir desarrollando el modelo experimental de VFC y proporcionar una herramienta controlada y útil para desarrollar nuevas terapias para las áreas de la enfermedad asociadas a la infección por VFC. Se necesitan urgentemente nuevos tratamientos para el asma y la EPOC, y los pequeños modelos animales de asma son poco predictivos de eficacia. La mayoría de los fármacos que son eficaces en estos modelos animales no se encuentran eficaces en etapas posteriores de desarrollo en humanos. Se necesitan modelos que sigan más de cerca las características clínicas del asma humana y la EPOC [32, [147] [148] [149] [150] [151] ]. Ya hemos descrito fármacos antivirales contra la gripe actuales que pueden acortar la enfermedad y reducir la gravedad de los síntomas si se toman lo suficientemente temprano después de la infección, y su uso profiláctico puede disminuir el riesgo de infección; su utilidad ha sido debatida sin embargo [152]. Las dos clases principales de fármacos antiinfluenza actualmente eficaces son los inhibidores de la NA, como el zanamivir (RelenzaTM), el oseltamivir (TamifluTM), el peramivir (RapivabTM) [153] y los inhibidores de la M2, aunque la resistencia al fármaco hace inutilizable esta clase [154]. Recientemente se ha utilizado ampliamente el modelo HVC para evaluar nuevas clases de compuestos antivirales contra la gripe, incluidos los anticuerpos monoclonales experimentales dirigidos a los epitopes dentro de la parte altamente conservada y expuesta de la superficie viral de la M2 Fig. 2 El papel del modelo HVC en la vía de desarrollo clínico. Prueba de corta duración de los estudios conceptuales, que incorporan el modelo HVC, típicamente incluyen un pequeño número de sujetos. La seguridad resultante y, en particular, los datos de eficacia pueden orientar con mayor precisión las decisiones sobre si exponer a un mayor número de sujetos a prometedores candidatos terapéuticos en estudios de campo que los datos de seguridad convencionales de la fase 1 por sí solos de otra manera podrían ser proteínas [155, 156] el tallo conservado de la HA [157] y fármacos antivirales de pequeña molécula que se dirigen a la polimerasa viral, por ejemplo favipiravir [158]. El modelo HVC permite la evaluación rápida de nuevos compuestos terapéuticos que pueden ser difíciles de evaluar en el campo, debido a la naturaleza de los grupos de "riesgo", por ejemplo pediatría. Específicamente, y dada la experiencia histórica descrita con vacunas RSV, es importante que el beneficio pueda demostrarse primero en una población sana. En el pasado, a diferencia de la gripe y la VHR, el modelo HVC no se ha utilizado habitualmente con Durante algún tiempo hemos querido reiniciar los estudios de HVC/RSV en la Universidad de Londres, los dos desafíos significativos que habían paralizado el desarrollo antiviral para RSV presentaron una necesidad de investigación considerable. En asociación con el laboratorio DeVincenzo de la Universidad de Tenessee y la compañía de biotecnología Alnylam, nos pusimos a diseñar posiblemente el primer estudio HVC/RSV. Alnylam fue pionero en el uso de interferencia de ARN (RNAi) que es un mecanismo natural que regula la expresión de proteínas y está mediado por pequeños ARNs interferentes (siRNA). Trabajando con ambos grupos, fabricamos un virus tipo A de RSV a GMP estándar y lo titulamos en 35 voluntarios humanos que dividimos en cinco grupos, cada uno de los cuales fue inoculado intranasalmente con aumento del título (3.0-5.4 unidades formadoras de placa de registro/ En general, en este nuevo modelo, el 77% de los voluntarios despojaron constantemente del virus. La tasa de infección, las cargas virales, la gravedad de la enfermedad y la seguridad eran similares entre las cohortes y no guardaban relación con la cantidad de VRS recibida. Los síntomas comenzaron poco después de la detección viral inicial, alcanzaron un máximo de gravedad cuando la carga viral alcanzó su punto máximo y disminuyeron lentamente a medida que declinaban las cargas virales. Concluimos que, independientemente del título administrado una vez establecidas las infecciones, la enfermedad motivó la carga viral. No se observaron eventos adversos relacionados con el virus [25]. Utilizando este nuevo modelo se llevó a cabo un estudio clínico de VCH y se demostró por primera vez que un ARNi tenía una actividad antiviral significativa frente a la infección por VRS humana, lo que estableció la primera prueba de concepto para un RNAi terapéutico en adultos humanos [ Un editorial en el American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine, describió la utilidad del modelo HVC/RSV diciendo: "Este modelo permite el estudio relativamente rápido y eficiente de nuevas terapias en humanos y ayuda a tomar decisiones críticas sobre si avanzar un producto en costosos ensayos humanos en poblaciones con mayor riesgo de enfermedad; niños, ancianos o pacientes inmunocomprometidos, lo que constituye un avance importante y bienvenido en el campo de la VRS." [81] Es notable que dos compuestos que tienen modos de acción distintos han sido evaluados recientemente utilizando el modelo HVC. ELAS analógico nucleósido de primera clase-008176, cuya eficacia fue demostrada por primera vez en el modelo HVC, está actualmente en evaluación en bebés hospitalizados [160, 161]. El ensayo HVC fue de diseño aleatorio, doble ciego, y estudiado adultos sanos inoculados con RSV Memphis 37B [ Un total de 62 participantes recibieron ALS-008176 o placebo durante cinco días después de la confirmación de la infección por VRS por PCR (ensayado dos veces al día después de la inoculación). La variable principal fue el área bajo la curva (AUC) para la post infección por carga viral. Se demostró un aclaramiento más rápido del VRS y una mayor reducción de la carga viral, con mejoras concomitantes en la gravedad de la enfermedad clínica, en los grupos tratados con ELS-008176 en comparación con el grupo placebo [160]. El muestreo intensivo permitió identificar rápidamente cualquier posible mutación asociada con resistencia. No se observaron mutaciones resistentes [160]. También se evaluó un inhibidor de la entrada del VRS, GS-5806, una segunda molécula, primera en su clase. Entre los 54 sujetos que recibieron tratamiento activo, menor carga viral, menor peso total de mucosidad y menor puntuación de síntomas del AUC fueron muy significativos Con base en estos datos del estudio de desafío, esta terapéutica también está progresando en estudios de campo potencialmente pivotales [162]. Un elemento esencial del diseño en ambos estudios fue el momento de la primera administración de la inoculación terapéutica del virus post-experimental; el momento fue dependiente de la detección del virus en muestras de lavado nasales después de la inoculación del virus de desafío mediante un ensayo rápido de PCR [163], en lugar de en un momento arbitrario. Posteriormente, el tratamiento se administró cada 12 horas. El tiempo cuidadoso de la dosis, en un punto clínicamente relevante de detección, contribuyó a los resultados positivos de ambos estudios. También se cree que al utilizar este modelo de "dosificación acelerada", mejor imitaba lo que ocurriría en un entorno clínico ya que se sabe que los síntomas aparecen poco después de la aparición del virus. El modelo HVC no se limita a compuestos antivirales nuevos, sino que también es importante para A diferencia de los estudios de campo, los estudios de HVC son herramientas útiles para evaluar las correlaciones de protección, vitales para el desarrollo de la vacuna [103, 104, 164]. Específicamente, se ha destacado la importancia de las respuestas humorales y celulares junto con la inmunidad preexistente de células T para otros virus respiratorios [104]. Una publicación reciente describe el uso del modelo de HVC para demostrar la eficacia de una nueva vacuna trivalente inactivada por proteosoma intranasal (P-TIV). En dos estudios separados, sujetos seleccionados que fueron naïve al virus A/Panamá/2007/1999 (H3N2) fueron dosificados por medio de aerosol nasal con uno de los tres regímenes de P-TIV o placebo. Juntos, los estudios evaluaron una o dos dosis, 15 μg o 30 μg, una sola vez o dos veces con 14 días de diferencia (1 x 30 μg, 2 x 30 μg, 2 x 15 μg) y los sujetos fueron desafiados con el virus A/Panamá/2007/1999 (H3N2). Las respuestas inmunitarias a los antígenos de la vacuna se midieron mediante el ensayo de inhibición de la hemaglutinación (HAI) y los anticuerpos del secretario de lavado nasal IgA (sIgA). La eficacia de la vacuna osciló entre el 58% y el 82%, comparable a las vacunas tradicionales. Los estudios también demuestran que la protección contra enfermedades asociadas con la evidencia de infección por gripe se correlacionaron significativamente con los títulos de HAI (p = 0,0003) y IgA mucosal (p ≤ 0,0001) Los niveles de HAI y sIgA estaban inversamente relacionados con las tasas de enfermedad. Estos estudios demostraron la eficacia de esta nueva vacuna intranasal y respondieron a algunas preguntas importantes sobre las verdaderas correlaciones de la protección contra la infección por gripe que ayudarán a impulsar el diseño futuro de la vacuna. Además de alcanzar sus objetivos principales, revelaron información valiosa sobre las correlaciones de la protección y ayudará, esperamos, al diseño futuro de la vacuna [164]. Una vacuna contra la gripe interestacional o universal es desesperadamente necesaria; salvará muchas vidas, ya sea en aquellos años inesperados cuando la composición recomendada no coincide, o cuando se produce una pandemia, como lo hizo en 2009. La importancia de la pandemia de 1918 [165, 166] lo deja muy claro; hasta 100 millones de personas murieron. Una vacuna universal es una vacuna que se puede preparar para lo inesperado, un virus que ocurre debido a la reasignación de genes virales de diferentes especies El modelo HVC es posiblemente la única manera de probar inicialmente tal vacuna universal. Un candidato universal podría generar una respuesta inmunitaria contra la proteína del canal iónico del virus altamente conservada M2, [167] [168] [169] [170], aunque no se ha demostrado que ninguna vacuna sea efectiva en este sentido; solo los anticuerpos monoclonales tienen, el modelo HVC mostró su eficacia [156]. Alternativamente, una vacuna puede dirigirse al tallo conservado de la proteína HA [104, 171], o provocar una respuesta de células T a las proteínas internas [172] [173] [174] [175]. Todas son posibilidades que han sido y pueden ser exploradas de manera más eficiente utilizando el modelo HVC. Aunque los estudios de HVC proporcionan PoC, los investigadores, como hemos demostrado, han utilizado estándares de diseño regulatorio típicos de estudios de eficacia en fases posteriores. Con el desarrollo de la tecnología molecular, ahora es posible refinar el análisis estadístico estratificando a los sujetos sobre la base de su perfil inmunológico. Por ejemplo, ahora es posible evaluar si un sujeto está llevando otros patógenos respiratorios conocidos (bacterias, virus, etc.) y si existe un posible impacto en el conjunto de resultados del voluntario. Los sujetos a menudo dan su consentimiento para un análisis adicional de sus muestras, lo que permite construir un valioso biobanco de muestras para más pruebas. Avanzando, estas muestras permitirán el uso del modelo HVC para entender más a fondo lo que sucede cuando un virus infecta a una persona. Vale la pena señalar que el modelo HVC no se limita al trabajo de PoC sobre agentes terapéuticos potenciales; también se está utilizando ampliamente para fines de investigación, sobre lo cual se pueden construir tratamientos mejorados para virus respiratorios. En los últimos años se ha utilizado para demostrar "firmas de conmutación de genes" que podrían formar parte de un diagnóstico que revelaría a los individuos infectados antes de que se conviertan en sintomáticos, en las primeras etapas de la infección; esto podría ser de vital importancia en el caso de una pandemia [176, 177]. Además, el modelo HVC se ha utilizado para permitir una comparación de la dinámica relativa de la enfermedad de diferentes virus respiratorios [24] y para proporcionar una mejor comprensión de la interacción del virus y el huésped humano [26, 178, 179]. El modelo HVC ha aumentado nuestra comprensión del ciclo de vida viral y la patogénesis de la enfermedad en un entorno estrechamente controlado utilizando un pequeño número de voluntarios. Cada voluntario está aislado unos de otros, y la comunidad en general, asegurando que la enfermedad en cuestión sea la única de interés. La aplicabilidad del virus utilizado para desafiar a los voluntarios en el modelo HVC a un El modelo HVC proporciona cierto conocimiento del carácter del virus; el momento exacto de la infección; la mensurabilidad del desprendimiento del virus nasal; el registro prospectivo de los síntomas y la preselección de los participantes para el reto viral que son sero-adecuados. Esto asegura que se alcance una tasa de infección estadísticamente significativa con el número mínimo de voluntarios, optimizando así la relación riesgo-beneficio que apoya la determinación de la eficacia terapéutica. El diseño del estudio de la CVH es el momento en que se administra la primera dosis del producto en investigación para determinar la eficacia óptima, no sólo en el propio estudio de desafío, sino en estudios clínicos en etapas posteriores y en el uso clínico final. El modelo HVC es una herramienta importante en el desarrollo de fármacos, en particular con respecto a las infecciones respiratorias agudas. Ayuda en la comprensión de la relación entre un virus y su huésped humano y ofrece el potencial para el desarrollo de diagnósticos en etapas tempranas. Contribuye a identificar nuevas áreas para la intervención terapéutica. Posiblemente, y posiblemente, más importante, puede asegurar que los escasos recursos médicos se dirijan hacia el desarrollo clínico en etapas posteriores de una manera basada en la evidencia, y se priorizan oportunidades terapéuticas prometedoras. Un proceso de diseño cuidadoso y específico del estudio es un paso crucial hacia el resultado exitoso de un ensayo de desafío, ya que casi todos los parámetros pueden ser controlados o al menos conocidos (ya sea antes o después del hoc). Además, los resultados de estos ensayos pueden ser utilizados para tomar decisiones comerciales y pueden conducir a publicaciones importantes, ampliando la comprensión colectiva de la comunidad científica. Muestras de tales experimentos son de inmenso valor para los investigadores para la comprensión de los mecanismos de interacción del huésped y el desarrollo y validación de la terapéutica. La utilización de datos históricos recopilados consistentemente de estudios de HVC informa sobre el diseño preciso y la potencia de estudios posteriores. Los estudios de HVC han tenido éxito en proporcionar pruebas de concepto para vacunas de ADN, vacunas de células T, vacunas intranasales, anticuerpos monoclonales y pequeñas moléculas contra una gama de importantes virus respiratorios. También es alentador ver que el modelo de HVC se está expandiendo ahora a más poblaciones de pacientes, como ancianos, asmáticos y aquellos con otras enfermedades como la enfermedad pulmonar obstructiva crónica. Un archivo en expansión de datos de estudios anteriores es un activo inestimable para ayudar en la selección de voluntarios, decidir los puntos finales apropiados y refinar futuros diseños de estudios de campo. Esto permite una investigación más segura, estadísticamente sana y más rápida. redactó la versión inicial de este manuscrito con el autor RLW. hVIVO fue responsable de la gestión general de este trabajo y verificó la exactitud de los datos hVivo quisiera agradecer a los voluntarios sin cuyo altruismo los estudios de desafío viral humano realizados en hVivo durante muchos años no hubieran sido posibles. El trabajo, incluyendo los servicios de escritura médica profesional para la preparación de este manuscrito, fue totalmente financiado por hVivo Services Limited, el empleador de todos los autores. Autor RLW concibió la estrategia para este artículo. Autor RLW y la escritora médica profesional Samina Hamilton redactaron el artículo (ver 'Agradecimientos'). Autores RLW y AG revisaron críticamente el artículo completo para un contenido intelectual importante. Autores RLW y AG tenían plena autoridad sobre la elección de la revista y aprobaron el artículo final. Autor RLW es un garante del artículo y asume la responsabilidad general de esta publicación. Todos los demás autores contribuyeron a la redacción y revisión de este manuscrito. Todos los autores declaran que son empleados de hVivo y, como tales, han proporcionado o prestan servicios de investigación clínica profesional ética a clientes académicos, biotecnológicos o farmacéuticos. Una patente (solicitudes de patente 14/366602 (US) 12813946.6 (EP) está en marcha en relación con la utilización específica del modelo HVC. Esto no altera la adhesión de los autores a la Sociedad Internacional de Profesionales de Publicaciones Médicas (ISMPP) 'Buena Práctica Publicacional para Comunicar la Investigación Médica Patrocinada por la Compañía: GPP3'.

¿Qué mutación genética disminuye la susceptibilidad de una persona al virus de la gripe H1N1?

Las prioridades de la investigación epidemiológica para el control de la salud pública del brote de coronavirus de la novela mundial en curso (2019-nCoV)https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7029449/SHA: 90de2d957e1960b948b8c38c9877f9eca983f9ebAutores: Cowling, Benjamin J; Leung, Gabriel MDate: 2020-02-13DOI: 10.2807/1560-7917.es.2020.25.6.2000110Licencia: cc-byAbstract: Las infecciones con 2019-nCoV pueden propagarse de persona a persona, y en la fase más temprana del brote se estimó que el número reproductivo básico era de aproximadamente 2,2, suponiendo un intervalo serial medio de 7,5 días [2]. El intervalo serial no se estimó con precisión, y un intervalo serial medio potencialmente más corto habría correspondido a un número reproductivo básico ligeramente menor. Las medidas de control y los cambios en el comportamiento de la población más tarde en enero deberían haber reducido el número reproductivo efectivo. Sin embargo, es demasiado pronto para estimar si el número reproductivo efectivo se ha reducido a menos del umbral crítico de 1 porque los casos que actualmente se detectan y se informan se habrían infectado en su mayoría a mediados y finales de enero. Los retrasos medios entre la infección y el inicio de la enfermedad se han estimado en unos 5-6 días, con un límite superior de alrededor de 11-14 días [25], y los retrasos desde el inicio de la enfermedad hasta la confirmación de laboratorio se han añadido otros 10 días en promedio [2]. Texto: Hace ya 6 semanas que las autoridades sanitarias chinas anunciaron el descubrimiento de un nuevo coronavirus (2019-nCoV) [1] que causa Las primeras infecciones humanas habían ocurrido a principios de diciembre de 2019, y un gran mercado húmedo en el centro de Wuhan estaba vinculado a la mayoría, pero no a todos, de los casos iniciales [2]. Si bien las pruebas de las investigaciones iniciales sobre el brote parecían sugerir que 2019-nCoV no podía propagarse fácilmente entre los seres humanos [3], ahora está muy claro que las infecciones se han propagado de persona a persona [2]. Recientemente estimamos que más de 75.000 infecciones pueden haber ocurrido en Wuhan al 25 de enero de 2020 [4], y el número creciente de infecciones sigue detectándose en otras ciudades de China continental y en todo el mundo. Ya se han identificado varias características importantes de la infección por 2019-nCoV, pero para calibrar las respuestas de salud pública necesitamos mejorar la información sobre la dinámica de transmisión, la gravedad de la enfermedad, la inmunidad y el impacto de las medidas de control y mitigación que se han aplicado hasta la Las infecciones con 2019-nCoV pueden propagarse de persona a persona, y en la primera fase del brote se estimó que el número reproductivo básico era de alrededor de 2,2, asumiendo un intervalo serial medio de 7,5 días [2]. El intervalo serial no se estimó con precisión, y un intervalo serial medio potencialmente más corto habría correspondido a un número reproductivo básico ligeramente inferior. Las medidas de control y los cambios en el comportamiento de la población a finales de enero deberían haber reducido el número reproductivo efectivo. Sin embargo, es demasiado pronto para estimar si el número reproductivo efectivo se ha reducido por debajo del umbral crítico de 1 porque los casos que se están detectando y reportando se habrían infectado en su mayoría a mediados y finales de enero. Los retrasos medios entre la infección y el inicio de la enfermedad se han estimado en alrededor de 5-6 días, con un límite superior de unos 11-14 días [2, 5], y los retrasos Las cadenas de transmisión se han reportado ahora en varios lugares fuera de China continental. Dentro de los próximos días o semanas se hará evidente si la transmisión local sostenida ha estado ocurriendo en otras ciudades fuera de la provincia de Hubei en China, o en otros países. Si la transmisión sostenida ocurre en otros lugares, sería valioso determinar si hay variación en la transmisibilidad por lugar, por ejemplo debido a diferentes comportamientos o medidas de control, o debido a diferentes condiciones ambientales. Para abordar esto último, los estudios de supervivencia del virus se pueden hacer en el laboratorio para confirmar si hay rangos preferidos de temperatura o humedad para la transmisión 2019-nCoV. En un análisis de los primeros 425 casos confirmados de infección, el 73% de los casos con inicio de enfermedad entre el 12 y el 22 de enero no reportó exposición a un mercado húmedo o a otra persona con síntomas de una enfermedad respiratoria [2]. La falta de exposición reportada a otra persona enferma podría atribuirse a la falta de conocimiento o sesgo revocatorio, pero el ministro de salud de China advirtió públicamente que la transmisión presintomática podría estar ocurriendo [6]. Determinar la medida en que la transmisión asintomática o presintomática podría estar ocurriendo es una prioridad urgente, ya que tiene implicaciones directas para la salud pública y el control de la infección hospitalaria. Los datos sobre la dinámica del derrame viral podrían ayudar a evaluar la duración de la infecundidad.Para el coronavirus relacionado con el síndrome respiratorio agudo grave (SARS-CoV), la infectividad alcanzó su punto máximo alrededor de 10 días después del inicio de la enfermedad [7], consistente con el pico de carga viral alrededor de ese momento [8]. Esto permitió el control de la epidemia del SARS mediante la detección rápida de casos y el aislamiento estricto. Hasta la fecha, los patrones de transmisión de 2019-nCoV aparecen más similares a la gripe, con contagios que ocurren alrededor del momento de aparición de los síntomas, en lugar del SARS. La transmisión de virus respiratorios generalmente ocurre a través de grandes gotas respiratorias, pero algunos virus respiratorios pueden propagarse a través de aerosoles de partículas finas [10], y la transmisión indirecta a través de fomitas también puede jugar un papel. Los coronavirus también pueden infectar el tracto gastrointestinal humano [11, 12], y la transmisión fecal-oral también podría jugar un papel en este caso. El evento de superdifusión de SARS-CoV en Amoy Gardens donde más de 300 casos fueron infectados se atribuyó a faecal-oral, entonces aireado, se extendió a través de diferenciales de presión entre tuberías contaminadas de efluentes, desagües del suelo del baño y inodoros de El primer evento de superdifusión grande identificable durante el brote actual de 2019-nCoV ha tenido lugar aparentemente en el crucero Diamond Princess en cuarentena frente a la costa de Yokohama, Japón, con al menos 130 pasajeros positivos para 2019-nCoV al 10 de febrero de 2020 [14]. Identificar qué modos son importantes para la transmisión de 2019-nCoV informaría la importancia de medidas de protección personal como máscaras faciales (y específicamente qué tipos) e higiene de las manos. Las primeras infecciones humanas fueron identificadas a través de un sistema de vigilancia de neumonía de etiología desconocida, y todas las infecciones más tempranas por lo tanto tenían estudios de modelización que incorporaban capacidad de atención médica y procesan neumonía. Está bien establecido que algunas infecciones pueden ser graves, especialmente en adultos mayores con condiciones médicas subyacentes [15, 16], pero basado en la presentación clínica generalmente leve de casos de 2019-nCoV detectados Determinar el espectro de manifestaciones clínicas de las infecciones por nCoV 2019 es quizás la prioridad de investigación más urgente, ya que determina la fuerza de la respuesta de salud pública requerida. Si la gravedad de la infección es similar a la gripe española 1918/19, y por lo tanto en el extremo superior de las escalas de gravedad en los planes pandémicos de la gripe, las mismas respuestas estarían justificadas para 2019-nCoV que para las pandemias de gripe más graves. Sin embargo, si la gravedad de la infección es similar a la gripe estacional, especialmente durante las estaciones más leves, las medidas de mitigación podrían ajustarse en consecuencia. Más allá de una evaluación sólida de la gravedad general, también es importante determinar los grupos de alto riesgo. Las infecciones serían probablemente más graves en adultos mayores, individuos obesos o aquellos con condiciones médicas subyacentes, pero todavía no se han notificado casos de gravedad de infecciones en mujeres embarazadas, y muy pocos se han reportado en niños [2] Los menores de 18 años son un grupo crítico para estudiar con el fin de burlarse de los papeles relativos de la susceptibilidad frente a la gravedad como posibles causas subyacentes para los casos registrados de infección muy raros en este grupo de edad. ¿Están los niños protegidos de la infección o no se enferman después de la infección? Si son naturalmente inmunes, lo que es improbable, debemos entender por qué; de lo contrario, incluso si no muestran síntomas, es importante saber si eliminan el virus. Obviamente, la pregunta sobre el desprendimiento del virus de los infectados pero asintomáticos conduce a la cuestión crucial de la infectividad. Las respuestas a estas preguntas son especialmente pertinentes como base para las decisiones sobre el cierre escolar como una intervención de distanciamiento social, que puede ser enormemente perjudicial no sólo para los estudiantes, sino también debido a su efecto de contacto para el cuidado infantil y los deberes parentales. Muy pocos niños han sido confirmados casos 2019-n Otra pregunta sobre la susceptibilidad es si la infección de 2019-nCoV confiere inmunidad neutralizante, generalmente pero no siempre, indicada por la presencia de anticuerpos neutralizantes en sueros convalecientes. Algunos expertos ya cuestionaron si la infección de 2019-nCoV puede comportarse de manera similar a la de MERS-CoV en casos que presentan síntomas leves sin provocar anticuerpos neutralizantes [17]. Una pregunta separada se refiere a la posibilidad de una mejora dependiente de anticuerpos de la infección o de la enfermedad [18, 19]. Si cualquiera de estos fuera relevante, la dinámica de transmisión podría volverse más compleja. Se puede considerar que una amplia gama de medidas de control contienen o mitigan una infección emergente como la de 2019-nCoV. A nivel internacional, en la última semana se ha observado un número cada vez mayor de países que emiten avisos de viaje o prohibiciones de entrada directas a personas de la provincia de Hubei o de China en su conjunto, así como recortes sustanciales en los vuelos hacia y desde las zonas afectadas por razones comerciales. La evaluación de estas restricciones de movilidad puede confirmar su posible eficacia para retrasar las epidemias locales [20], y también puede informar cuándo y cómo levantar esas restricciones. Si la transmisión local comienza en un lugar determinado y cuándo comienza en él, las autoridades sanitarias pueden aplicar diversas medidas de mitigación de la comunidad para reducir la transmisión y, por consiguiente, reducir la tasa de crecimiento de una epidemia, reducir la altura del pico epidémico y la demanda máxima de servicios de atención de la salud, así como reducir el número total de personas infectadas [21]. Ahora debe ser una prioridad urgente cuantificar los efectos de estas medidas y, en concreto, si pueden reducir el número de reproducción efectivo por debajo de 1, porque esto guiará las estrategias de respuesta en otros lugares. Durante la pandemia de gripe de 1918/19, las ciudades de los Estados Unidos, que aplicaron las medidas comunitarias más agresivas y sostenidas, fueron las que tuvieron más éxito en mitigar el impacto de esa pandemia [22]. Al igual que las intervenciones internacionales en materia de viajes, se deben evaluar las medidas de distanciamiento social local para determinar su impacto y cuándo podrían interrumpirse de forma segura, aunque de manera coordinada y deliberada en toda China de manera que se minimice la recrudecimiento de la curva epidémica. Las máscaras faciales son componentes esenciales del equipo de protección personal en los entornos de salud, y deben ser recomendadas para las personas enfermas en la comunidad o para aquellos que cuidan a las personas enfermas. Sin embargo, ahora hay escasez de suministro de máscaras en China y en otros lugares, y se están celebrando debates sobre su valor protector para las personas no infectadas en la comunidad en general. La Tabla resume las lagunas de investigación para guiar la respuesta de salud pública identificada. En conclusión, hay una serie de prioridades de investigación urgentes para informar la respuesta de salud pública a la propagación global de las infecciones de 2019-nCoV. Establecer estimaciones sólidas de la gravedad clínica de las infecciones es probablemente el más urgente, porque aplanar el aumento de los ingresos hospitalarios sería esencial si existe el peligro de que los hospitales se agoten con los pacientes que requieren atención hospitalaria, no sólo para los infectados con 2019-nCoV, sino también para la atención aguda urgente de Al abordar las lagunas de investigación identificadas aquí, es necesario una fuerte colaboración de un cuerpo competente de científicos epidemiológicos y trabajadores de la salud pública que tengan la flexibilidad necesaria para hacer frente a la capacidad de emergencia requerida, así como el apoyo de laboratorios que puedan satisfacer la demanda cada vez mayor de pruebas diagnósticas para 2019-nCoV y secuelas relacionadas. La encuesta de preparación realizada por Reusken et al. en esta edición de Eurosurveillance demuestra la rápida respuesta y las capacidades de los laboratorios de toda Europa en caso de que el brote originario de Wuhan llegue a este continente [23]. A medio plazo, miramos hacia la identificación de agentes farmacéuticos eficaces para prevenir y tratar lo que podría convertirse en una infección endémica a nivel mundial. Especialmente si los niños están siendo infectados y están desarrollando inmunidad en lo sucesivo, 2019-nCoV podría convertirse optimistamente en el quinto coronavirus humano que causa el resfriado común. Ninguno declarado.

¿A qué podría atribuirse la falta de informe de exposición?

Las prioridades de la investigación epidemiológica para el control de la salud pública del brote de coronavirus de la novela mundial en curso (2019-nCoV)https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7029449/SHA: 90de2d957e1960b948b8c38c9877f9eca983f9ebAutores: Cowling, Benjamin J; Leung, Gabriel MDate: 2020-02-13DOI: 10.2807/1560-7917.es.2020.25.6.2000110Licencia: cc-byAbstract: Las infecciones con 2019-nCoV pueden propagarse de persona a persona, y en la fase más temprana del brote se estimó que el número reproductivo básico era de aproximadamente 2,2, suponiendo un intervalo serial medio de 7,5 días [2]. El intervalo serial no se estimó con precisión, y un intervalo serial medio potencialmente más corto habría correspondido a un número reproductivo básico ligeramente menor. Las medidas de control y los cambios en el comportamiento de la población más tarde en enero deberían haber reducido el número reproductivo efectivo. Sin embargo, es demasiado pronto para estimar si el número reproductivo efectivo se ha reducido a menos del umbral crítico de 1 porque los casos que actualmente se detectan y se informan se habrían infectado en su mayoría a mediados y finales de enero. Los retrasos medios entre la infección y el inicio de la enfermedad se han estimado en unos 5-6 días, con un límite superior de alrededor de 11-14 días [25], y los retrasos desde el inicio de la enfermedad hasta la confirmación de laboratorio se han añadido otros 10 días en promedio [2]. Texto: Hace ya 6 semanas que las autoridades sanitarias chinas anunciaron el descubrimiento de un nuevo coronavirus (2019-nCoV) [1] que causa Las primeras infecciones humanas habían ocurrido a principios de diciembre de 2019, y un gran mercado húmedo en el centro de Wuhan estaba vinculado a la mayoría, pero no a todos, de los casos iniciales [2]. Si bien las pruebas de las investigaciones iniciales sobre el brote parecían sugerir que 2019-nCoV no podía propagarse fácilmente entre los seres humanos [3], ahora está muy claro que las infecciones se han propagado de persona a persona [2]. Recientemente estimamos que más de 75.000 infecciones pueden haber ocurrido en Wuhan al 25 de enero de 2020 [4], y el número creciente de infecciones sigue detectándose en otras ciudades de China continental y en todo el mundo. Ya se han identificado varias características importantes de la infección por 2019-nCoV, pero para calibrar las respuestas de salud pública necesitamos mejorar la información sobre la dinámica de transmisión, la gravedad de la enfermedad, la inmunidad y el impacto de las medidas de control y mitigación que se han aplicado hasta la Las infecciones con 2019-nCoV pueden propagarse de persona a persona, y en la primera fase del brote se estimó que el número reproductivo básico era de alrededor de 2,2, asumiendo un intervalo serial medio de 7,5 días [2]. El intervalo serial no se estimó con precisión, y un intervalo serial medio potencialmente más corto habría correspondido a un número reproductivo básico ligeramente inferior. Las medidas de control y los cambios en el comportamiento de la población a finales de enero deberían haber reducido el número reproductivo efectivo. Sin embargo, es demasiado pronto para estimar si el número reproductivo efectivo se ha reducido por debajo del umbral crítico de 1 porque los casos que se están detectando y reportando se habrían infectado en su mayoría a mediados y finales de enero. Los retrasos medios entre la infección y el inicio de la enfermedad se han estimado en alrededor de 5-6 días, con un límite superior de unos 11-14 días [2, 5], y los retrasos Las cadenas de transmisión se han reportado ahora en varios lugares fuera de China continental. Dentro de los próximos días o semanas se hará evidente si la transmisión local sostenida ha estado ocurriendo en otras ciudades fuera de la provincia de Hubei en China, o en otros países. Si la transmisión sostenida ocurre en otros lugares, sería valioso determinar si hay variación en la transmisibilidad por lugar, por ejemplo debido a diferentes comportamientos o medidas de control, o debido a diferentes condiciones ambientales. Para abordar esto último, los estudios de supervivencia del virus se pueden hacer en el laboratorio para confirmar si hay rangos preferidos de temperatura o humedad para la transmisión 2019-nCoV. En un análisis de los primeros 425 casos confirmados de infección, el 73% de los casos con inicio de enfermedad entre el 12 y el 22 de enero no reportó exposición a un mercado húmedo o a otra persona con síntomas de una enfermedad respiratoria [2]. La falta de exposición reportada a otra persona enferma podría atribuirse a la falta de conocimiento o sesgo revocatorio, pero el ministro de salud de China advirtió públicamente que la transmisión presintomática podría estar ocurriendo [6]. Determinar la medida en que la transmisión asintomática o presintomática podría estar ocurriendo es una prioridad urgente, ya que tiene implicaciones directas para la salud pública y el control de la infección hospitalaria. Los datos sobre la dinámica del derrame viral podrían ayudar a evaluar la duración de la infecundidad.Para el coronavirus relacionado con el síndrome respiratorio agudo grave (SARS-CoV), la infectividad alcanzó su punto máximo alrededor de 10 días después del inicio de la enfermedad [7], consistente con el pico de carga viral alrededor de ese momento [8]. Esto permitió el control de la epidemia del SARS mediante la detección rápida de casos y el aislamiento estricto. Hasta la fecha, los patrones de transmisión de 2019-nCoV aparecen más similares a la gripe, con contagios que ocurren alrededor del momento de aparición de los síntomas, en lugar del SARS. La transmisión de virus respiratorios generalmente ocurre a través de grandes gotas respiratorias, pero algunos virus respiratorios pueden propagarse a través de aerosoles de partículas finas [10], y la transmisión indirecta a través de fomitas también puede jugar un papel. Los coronavirus también pueden infectar el tracto gastrointestinal humano [11, 12], y la transmisión fecal-oral también podría jugar un papel en este caso. El evento de superdifusión de SARS-CoV en Amoy Gardens donde más de 300 casos fueron infectados se atribuyó a faecal-oral, entonces aireado, se extendió a través de diferenciales de presión entre tuberías contaminadas de efluentes, desagües del suelo del baño y inodoros de El primer evento de superdifusión grande identificable durante el brote actual de 2019-nCoV ha tenido lugar aparentemente en el crucero Diamond Princess en cuarentena frente a la costa de Yokohama, Japón, con al menos 130 pasajeros positivos para 2019-nCoV al 10 de febrero de 2020 [14]. Identificar qué modos son importantes para la transmisión de 2019-nCoV informaría la importancia de medidas de protección personal como máscaras faciales (y específicamente qué tipos) e higiene de las manos. Las primeras infecciones humanas fueron identificadas a través de un sistema de vigilancia de neumonía de etiología desconocida, y todas las infecciones más tempranas por lo tanto tenían estudios de modelización que incorporaban capacidad de atención médica y procesan neumonía. Está bien establecido que algunas infecciones pueden ser graves, especialmente en adultos mayores con condiciones médicas subyacentes [15, 16], pero basado en la presentación clínica generalmente leve de casos de 2019-nCoV detectados Determinar el espectro de manifestaciones clínicas de las infecciones por nCoV 2019 es quizás la prioridad de investigación más urgente, ya que determina la fuerza de la respuesta de salud pública requerida. Si la gravedad de la infección es similar a la gripe española 1918/19, y por lo tanto en el extremo superior de las escalas de gravedad en los planes pandémicos de la gripe, las mismas respuestas estarían justificadas para 2019-nCoV que para las pandemias de gripe más graves. Sin embargo, si la gravedad de la infección es similar a la gripe estacional, especialmente durante las estaciones más leves, las medidas de mitigación podrían ajustarse en consecuencia. Más allá de una evaluación sólida de la gravedad general, también es importante determinar los grupos de alto riesgo. Las infecciones serían probablemente más graves en adultos mayores, individuos obesos o aquellos con condiciones médicas subyacentes, pero todavía no se han notificado casos de gravedad de infecciones en mujeres embarazadas, y muy pocos se han reportado en niños [2] Los menores de 18 años son un grupo crítico para estudiar con el fin de burlarse de los papeles relativos de la susceptibilidad frente a la gravedad como posibles causas subyacentes para los casos registrados de infección muy raros en este grupo de edad. ¿Están los niños protegidos de la infección o no caen enfermos después de la infección? Si son naturalmente inmunes, lo que es poco probable, debemos entender por qué; de lo contrario, incluso si no muestran síntomas, es importante saber si eliminan el virus. Obviamente, la cuestión de la eliminación del virus de los infectados pero asintomáticos conduce a la cuestión crucial de la infectividad. Las respuestas a estas preguntas son especialmente pertinentes como base para las decisiones sobre el cierre escolar como una intervención de distanciamiento social, que puede ser enormemente perjudicial no sólo para los estudiantes, sino también debido a su efecto de contacto para el cuidado infantil y los deberes parentales. Muy pocos niños han sido confirmados casos 2019-nCoV hasta ahora Otra pregunta sobre la susceptibilidad es si la infección de 2019-nCoV confiere inmunidad neutralizante, generalmente pero no siempre, indicada por la presencia de anticuerpos neutralizantes en sueros convalecientes. Algunos expertos ya cuestionaron si la infección de 2019-nCoV puede comportarse de manera similar a la de MERS-CoV en casos que presentan síntomas leves sin provocar anticuerpos neutralizantes [17]. Una pregunta separada se refiere a la posibilidad de una mejora dependiente de anticuerpos de la infección o de la enfermedad [18, 19]. Si cualquiera de estos fuera relevante, la dinámica de transmisión podría volverse más compleja. Se puede considerar que una amplia gama de medidas de control contienen o mitigan una infección emergente como la de 2019-nCoV. A nivel internacional, en la última semana se ha observado un número cada vez mayor de países que emiten avisos de viaje o prohibiciones de entrada directas a personas de la provincia de Hubei o de China en su conjunto, así como recortes sustanciales en los vuelos hacia y desde las zonas afectadas por razones comerciales. La evaluación de estas restricciones de movilidad puede confirmar su posible eficacia para retrasar las epidemias locales [20], y también puede informar cuándo y cómo levantar estas restricciones. Si la transmisión local comienza en un lugar determinado y cuándo comienza en él, las autoridades sanitarias pueden aplicar diversas medidas de mitigación de la comunidad para reducir la transmisión y reducir así la tasa de crecimiento de una epidemia, reducir la altura del pico epidémico y la demanda máxima de servicios de atención de la salud, así como reducir el número total de personas infectadas [21]. Ahora debe ser una prioridad urgente cuantificar los efectos de estas medidas y, en concreto, si pueden reducir el número de reproducción efectivo por debajo de 1, porque esto guiará las estrategias de respuesta en otros lugares. Durante la pandemia de gripe de 1918/19, las ciudades de los Estados Unidos, que aplicaron las medidas comunitarias más agresivas y sostenidas, fueron las que tuvieron más éxito en mitigar el impacto de esa pandemia [22]. Al igual que las intervenciones internacionales en materia de viajes, se deben evaluar las medidas de distanciamiento social local para determinar su impacto y cuándo podrían interrumpirse de forma segura, aunque de manera coordinada y deliberada en toda China de manera que se minimice la recrudecimiento de la curva epidémica. Las máscaras faciales son componentes esenciales del equipo de protección personal en los entornos de salud, y deben ser recomendadas para las personas enfermas en la comunidad o para aquellos que cuidan a las personas enfermas. Sin embargo, ahora hay escasez de suministro de máscaras en China y en otros lugares, y se están celebrando debates sobre su valor protector para las personas no infectadas en la comunidad en general. La Tabla resume las lagunas de investigación para guiar la respuesta de salud pública identificada. En conclusión, hay una serie de prioridades de investigación urgentes para informar la respuesta de salud pública a la propagación global de las infecciones de 2019-nCoV. Establecer estimaciones sólidas de la gravedad clínica de las infecciones es probablemente el más urgente, porque aplanar el aumento de los ingresos hospitalarios sería esencial si existe el peligro de que los hospitales se agoten con pacientes que requieren atención hospitalaria, no sólo para los infectados con 2019-nCoV sino también para la atención aguda urgente de pacientes con Al abordar las lagunas de investigación identificadas aquí, es necesario una fuerte colaboración de un cuerpo competente de científicos epidemiológicos y trabajadores de la salud pública que tengan la flexibilidad necesaria para hacer frente a la capacidad de emergencia requerida, así como el apoyo de laboratorios que puedan satisfacer la demanda cada vez mayor de pruebas diagnósticas para 2019-nCoV y secuelas relacionadas. La encuesta de preparación realizada por Reusken et al. en esta edición de Eurosurveillance demuestra la rápida respuesta y las capacidades de los laboratorios de toda Europa en caso de que el brote originario de Wuhan llegue a este continente [23]. A medio plazo, miramos hacia la identificación de agentes farmacéuticos eficaces para prevenir y tratar lo que podría convertirse en una infección endémica a nivel mundial. Especialmente si los niños están siendo infectados y están desarrollando inmunidad en lo sucesivo, 2019-nCoV podría convertirse optimistamente en el quinto coronavirus humano que causa el resfriado común. Ninguno declarado.

¿Por qué la determinación de la transmisión asintomática o presintomática es una prioridad urgente?

Las prioridades de la investigación epidemiológica para el control de la salud pública del brote de coronavirus de la novela mundial en curso (2019-nCoV)https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7029449/SHA: 90de2d957e1960b948b8c38c9877f9eca983f9ebAutores: Cowling, Benjamin J; Leung, Gabriel MDate: 2020-02-13DOI: 10.2807/1560-7917.es.2020.25.6.2000110Licencia: cc-byAbstract: Las infecciones con 2019-nCoV pueden propagarse de persona a persona, y en la fase más temprana del brote se estimó que el número reproductivo básico era de aproximadamente 2,2, suponiendo un intervalo serial medio de 7,5 días [2]. El intervalo serial no se estimó con precisión, y un intervalo serial medio potencialmente más corto habría correspondido a un número reproductivo básico ligeramente menor. Las medidas de control y los cambios en el comportamiento de la población más tarde en enero deberían haber reducido el número reproductivo efectivo. Sin embargo, es demasiado pronto para estimar si el número reproductivo efectivo se ha reducido a menos del umbral crítico de 1 porque los casos que actualmente se detectan y se informan se habrían infectado en su mayoría a mediados y finales de enero. Los retrasos medios entre la infección y el inicio de la enfermedad se han estimado en unos 5-6 días, con un límite superior de alrededor de 11-14 días [25], y los retrasos desde el inicio de la enfermedad hasta la confirmación de laboratorio se han añadido otros 10 días en promedio [2]. Texto: Hace ya 6 semanas que las autoridades sanitarias chinas anunciaron el descubrimiento de un nuevo coronavirus (2019-nCoV) [1] que causa Las primeras infecciones humanas habían ocurrido a principios de diciembre de 2019, y un gran mercado húmedo en el centro de Wuhan estaba vinculado a la mayoría, pero no a todos, de los casos iniciales [2]. Si bien las pruebas de las investigaciones iniciales sobre el brote parecían sugerir que 2019-nCoV no podía propagarse fácilmente entre los seres humanos [3], ahora está muy claro que las infecciones se han propagado de persona a persona [2]. Recientemente estimamos que más de 75.000 infecciones pueden haber ocurrido en Wuhan al 25 de enero de 2020 [4], y el número creciente de infecciones sigue detectándose en otras ciudades de China continental y en todo el mundo. Ya se han identificado varias características importantes de la infección por 2019-nCoV, pero para calibrar las respuestas de salud pública necesitamos mejorar la información sobre la dinámica de transmisión, la gravedad de la enfermedad, la inmunidad y el impacto de las medidas de control y mitigación que se han aplicado hasta la Las infecciones con 2019-nCoV pueden propagarse de persona a persona, y en la primera fase del brote se estimó que el número reproductivo básico era de alrededor de 2,2, asumiendo un intervalo serial medio de 7,5 días [2]. El intervalo serial no se estimó con precisión, y un intervalo serial medio potencialmente más corto habría correspondido a un número reproductivo básico ligeramente inferior. Las medidas de control y los cambios en el comportamiento de la población a finales de enero deberían haber reducido el número reproductivo efectivo. Sin embargo, es demasiado pronto para estimar si el número reproductivo efectivo se ha reducido por debajo del umbral crítico de 1 porque los casos que se están detectando y reportando se habrían infectado en su mayoría a mediados y finales de enero. Los retrasos medios entre la infección y el inicio de la enfermedad se han estimado en alrededor de 5-6 días, con un límite superior de unos 11-14 días [2, 5], y los retrasos Las cadenas de transmisión se han reportado ahora en varios lugares fuera de China continental. Dentro de los próximos días o semanas se hará evidente si la transmisión local sostenida ha estado ocurriendo en otras ciudades fuera de la provincia de Hubei en China, o en otros países. Si la transmisión sostenida ocurre en otros lugares, sería valioso determinar si hay variación en la transmisibilidad por lugar, por ejemplo debido a diferentes comportamientos o medidas de control, o debido a diferentes condiciones ambientales. Para abordar esto último, los estudios de supervivencia del virus se pueden hacer en el laboratorio para confirmar si hay rangos preferidos de temperatura o humedad para la transmisión 2019-nCoV. En un análisis de los primeros 425 casos confirmados de infección, el 73% de los casos con inicio de enfermedad entre el 12 y el 22 de enero no reportó exposición a un mercado húmedo o a otra persona con síntomas de una enfermedad respiratoria [2]. La falta de exposición reportada a otra persona enferma podría atribuirse a la falta de conocimiento o sesgo revocatorio, pero el ministro de salud de China advirtió públicamente que la transmisión presintomática podría estar ocurriendo [6]. Determinar la medida en que la transmisión asintomática o presintomática podría estar ocurriendo es una prioridad urgente, ya que tiene implicaciones directas para la salud pública y el control de la infección hospitalaria. Los datos sobre la dinámica del derrame viral podrían ayudar a evaluar la duración de la infecundidad.Para el coronavirus relacionado con el síndrome respiratorio agudo grave (SARS-CoV), la infectividad alcanzó su punto máximo alrededor de 10 días después del inicio de la enfermedad [7], consistente con el pico de carga viral alrededor de ese momento [8]. Esto permitió el control de la epidemia del SARS mediante la detección rápida de casos y el aislamiento estricto. Hasta la fecha, los patrones de transmisión de 2019-nCoV aparecen más similares a la gripe, con contagios que ocurren alrededor del momento de aparición de los síntomas, en lugar del SARS. La transmisión de virus respiratorios generalmente ocurre a través de grandes gotas respiratorias, pero algunos virus respiratorios pueden propagarse a través de aerosoles de partículas finas [10], y la transmisión indirecta a través de fomitas también puede jugar un papel. Los coronavirus también pueden infectar el tracto gastrointestinal humano [11, 12], y la transmisión fecal-oral también podría jugar un papel en este caso. El evento de superdifusión de SARS-CoV en Amoy Gardens donde más de 300 casos fueron infectados se atribuyó a faecal-oral, entonces aireado, se extendió a través de diferenciales de presión entre tuberías contaminadas de efluentes, desagües del suelo del baño y inodoros de El primer evento de superdifusión grande identificable durante el brote actual de 2019-nCoV ha tenido lugar aparentemente en el crucero Diamond Princess en cuarentena frente a la costa de Yokohama, Japón, con al menos 130 pasajeros positivos para 2019-nCoV al 10 de febrero de 2020 [14]. Identificar qué modos son importantes para la transmisión de 2019-nCoV informaría la importancia de medidas de protección personal como máscaras faciales (y específicamente qué tipos) e higiene de las manos. Las primeras infecciones humanas fueron identificadas a través de un sistema de vigilancia de neumonía de etiología desconocida, y todas las infecciones más tempranas por lo tanto tenían estudios de modelización que incorporaban capacidad de atención médica y procesan neumonía. Está bien establecido que algunas infecciones pueden ser graves, especialmente en adultos mayores con condiciones médicas subyacentes [15, 16], pero basado en la presentación clínica generalmente leve de casos de 2019-nCoV detectados Determinar el espectro de manifestaciones clínicas de las infecciones por nCoV 2019 es quizás la prioridad de investigación más urgente, ya que determina la fuerza de la respuesta de salud pública requerida. Si la gravedad de la infección es similar a la gripe española 1918/19, y por lo tanto en el extremo superior de las escalas de gravedad en los planes pandémicos de la gripe, las mismas respuestas estarían justificadas para 2019-nCoV que para las pandemias de gripe más graves. Sin embargo, si la gravedad de la infección es similar a la gripe estacional, especialmente durante las estaciones más leves, las medidas de mitigación podrían ajustarse en consecuencia. Más allá de una evaluación sólida de la gravedad general, también es importante determinar los grupos de alto riesgo. Las infecciones serían probablemente más graves en adultos mayores, individuos obesos o aquellos con condiciones médicas subyacentes, pero todavía no se han notificado casos de gravedad de infecciones en mujeres embarazadas, y muy pocos se han reportado en niños [2] Los menores de 18 años son un grupo crítico para estudiar con el fin de burlarse de los papeles relativos de la susceptibilidad frente a la gravedad como posibles causas subyacentes para los casos registrados de infección muy raros en este grupo de edad. ¿Están los niños protegidos de la infección o no caen enfermos después de la infección? Si son naturalmente inmunes, lo que es poco probable, debemos entender por qué; de lo contrario, incluso si no muestran síntomas, es importante saber si eliminan el virus. Obviamente, la cuestión de la eliminación del virus de los infectados pero asintomáticos conduce a la cuestión crucial de la infectividad. Las respuestas a estas preguntas son especialmente pertinentes como base para las decisiones sobre el cierre escolar como una intervención de distanciamiento social, que puede ser enormemente perjudicial no sólo para los estudiantes, sino también debido a su efecto de contacto para el cuidado infantil y los deberes parentales. Muy pocos niños han sido confirmados casos 2019-nCoV hasta ahora Otra pregunta sobre la susceptibilidad es si la infección de 2019-nCoV confiere inmunidad neutralizante, generalmente pero no siempre, indicada por la presencia de anticuerpos neutralizantes en sueros convalecientes. Algunos expertos ya cuestionaron si la infección de 2019-nCoV puede comportarse de manera similar a la de MERS-CoV en casos que presentan síntomas leves sin provocar anticuerpos neutralizantes [17]. Una pregunta separada se refiere a la posibilidad de una mejora dependiente de anticuerpos de la infección o de la enfermedad [18, 19]. Si cualquiera de estos fuera relevante, la dinámica de transmisión podría volverse más compleja. Se puede considerar que una amplia gama de medidas de control contienen o mitigan una infección emergente como la de 2019-nCoV. A nivel internacional, en la última semana se ha observado un número cada vez mayor de países que emiten avisos de viaje o prohibiciones de entrada directas a personas de la provincia de Hubei o de China en su conjunto, así como recortes sustanciales en los vuelos hacia y desde las zonas afectadas por razones comerciales. La evaluación de estas restricciones de movilidad puede confirmar su posible eficacia para retrasar las epidemias locales [20], y también puede informar cuándo y cómo levantar estas restricciones. Si la transmisión local comienza en un lugar determinado y cuándo comienza en él, las autoridades sanitarias pueden aplicar diversas medidas de mitigación de la comunidad para reducir la transmisión y reducir así la tasa de crecimiento de una epidemia, reducir la altura del pico epidémico y la demanda máxima de servicios de atención de la salud, así como reducir el número total de personas infectadas [21]. Ahora debe ser una prioridad urgente cuantificar los efectos de estas medidas y, en concreto, si pueden reducir el número de reproducción efectivo por debajo de 1, porque esto guiará las estrategias de respuesta en otros lugares. Durante la pandemia de gripe de 1918/19, las ciudades de los Estados Unidos, que aplicaron las medidas comunitarias más agresivas y sostenidas, fueron las que tuvieron más éxito en mitigar el impacto de esa pandemia [22]. Al igual que las intervenciones internacionales en materia de viajes, se deben evaluar las medidas de distanciamiento social local para determinar su impacto y cuándo podrían interrumpirse de forma segura, aunque de manera coordinada y deliberada en toda China de manera que se minimice la recrudecimiento de la curva epidémica. Las máscaras faciales son componentes esenciales del equipo de protección personal en los entornos de salud, y deben ser recomendadas para las personas enfermas en la comunidad o para aquellos que cuidan a las personas enfermas. Sin embargo, ahora hay escasez de suministro de máscaras en China y en otros lugares, y se están celebrando debates sobre su valor protector para las personas no infectadas en la comunidad en general. La Tabla resume las lagunas de investigación para guiar la respuesta de salud pública identificada. En conclusión, hay una serie de prioridades de investigación urgentes para informar la respuesta de salud pública a la propagación global de las infecciones de 2019-nCoV. Establecer estimaciones sólidas de la gravedad clínica de las infecciones es probablemente el más urgente, porque aplanar el aumento de los ingresos hospitalarios sería esencial si existe el peligro de que los hospitales se agoten con pacientes que requieren atención hospitalaria, no sólo para los infectados con 2019-nCoV sino también para la atención aguda urgente de pacientes con Al abordar las lagunas de investigación identificadas aquí, es necesario una fuerte colaboración de un cuerpo competente de científicos epidemiológicos y trabajadores de la salud pública que tengan la flexibilidad necesaria para hacer frente a la capacidad de emergencia requerida, así como el apoyo de laboratorios que puedan satisfacer la demanda cada vez mayor de pruebas diagnósticas para 2019-nCoV y secuelas relacionadas. La encuesta de preparación realizada por Reusken et al. en esta edición de Eurosurveillance demuestra la rápida respuesta y las capacidades de los laboratorios de toda Europa en caso de que el brote originario de Wuhan llegue a este continente [23]. A medio plazo, miramos hacia la identificación de agentes farmacéuticos eficaces para prevenir y tratar lo que podría convertirse en una infección endémica a nivel mundial. Especialmente si los niños están siendo infectados y están desarrollando inmunidad en lo sucesivo, 2019-nCoV podría convertirse optimistamente en el quinto coronavirus humano que causa el resfriado común. Ninguno declarado.

¿Cómo puede propagarse el 2019-nCov?

Las prioridades de la investigación epidemiológica para el control de la salud pública del brote de coronavirus de la novela mundial en curso (2019-nCoV)https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7029449/SHA: 90de2d957e1960b948b8c38c9877f9eca983f9ebAutores: Cowling, Benjamin J; Leung, Gabriel MDate: 2020-02-13DOI: 10.2807/1560-7917.es.2020.25.6.2000110Licencia: cc-byAbstract: Las infecciones con 2019-nCoV pueden propagarse de persona a persona, y en la fase más temprana del brote se estimó que el número reproductivo básico era de aproximadamente 2,2, suponiendo un intervalo serial medio de 7,5 días [2]. El intervalo serial no se estimó con precisión, y un intervalo serial medio potencialmente más corto habría correspondido a un número reproductivo básico ligeramente menor. Las medidas de control y los cambios en el comportamiento de la población más tarde en enero deberían haber reducido el número reproductivo efectivo. Sin embargo, es demasiado pronto para estimar si el número reproductivo efectivo se ha reducido a menos del umbral crítico de 1 porque los casos que actualmente se detectan y se informan se habrían infectado en su mayoría a mediados y finales de enero. Los retrasos medios entre la infección y el inicio de la enfermedad se han estimado en unos 5-6 días, con un límite superior de alrededor de 11-14 días [25], y los retrasos desde el inicio de la enfermedad hasta la confirmación de laboratorio se han añadido otros 10 días en promedio [2]. Texto: Hace ya 6 semanas que las autoridades sanitarias chinas anunciaron el descubrimiento de un nuevo coronavirus (2019-nCoV) [1] que causa Las primeras infecciones humanas habían ocurrido a principios de diciembre de 2019, y un gran mercado húmedo en el centro de Wuhan estaba vinculado a la mayoría, pero no a todos, de los casos iniciales [2]. Si bien las pruebas de las investigaciones iniciales sobre el brote parecían sugerir que 2019-nCoV no podía propagarse fácilmente entre los seres humanos [3], ahora está muy claro que las infecciones se han propagado de persona a persona [2]. Recientemente estimamos que más de 75.000 infecciones pueden haber ocurrido en Wuhan al 25 de enero de 2020 [4], y el número creciente de infecciones sigue detectándose en otras ciudades de China continental y en todo el mundo. Ya se han identificado varias características importantes de la infección por 2019-nCoV, pero para calibrar las respuestas de salud pública necesitamos mejorar la información sobre la dinámica de transmisión, la gravedad de la enfermedad, la inmunidad y el impacto de las medidas de control y mitigación que se han aplicado hasta la Las infecciones con 2019-nCoV pueden propagarse de persona a persona, y en la primera fase del brote se estimó que el número reproductivo básico era de alrededor de 2,2, asumiendo un intervalo serial medio de 7,5 días [2]. El intervalo serial no se estimó con precisión, y un intervalo serial medio potencialmente más corto habría correspondido a un número reproductivo básico ligeramente inferior. Las medidas de control y los cambios en el comportamiento de la población a finales de enero deberían haber reducido el número reproductivo efectivo. Sin embargo, es demasiado pronto para estimar si el número reproductivo efectivo se ha reducido por debajo del umbral crítico de 1 porque los casos que se están detectando y reportando se habrían infectado en su mayoría a mediados y finales de enero. Los retrasos medios entre la infección y el inicio de la enfermedad se han estimado en alrededor de 5-6 días, con un límite superior de unos 11-14 días [2, 5], y los retrasos Las cadenas de transmisión se han reportado ahora en varios lugares fuera de China continental. Dentro de los próximos días o semanas se hará evidente si la transmisión local sostenida ha estado ocurriendo en otras ciudades fuera de la provincia de Hubei en China, o en otros países. Si la transmisión sostenida ocurre en otros lugares, sería valioso determinar si hay variación en la transmisibilidad por lugar, por ejemplo debido a diferentes comportamientos o medidas de control, o debido a diferentes condiciones ambientales. Para abordar esto último, los estudios de supervivencia del virus se pueden hacer en el laboratorio para confirmar si hay rangos preferidos de temperatura o humedad para la transmisión 2019-nCoV. En un análisis de los primeros 425 casos confirmados de infección, el 73% de los casos con inicio de enfermedad entre el 12 y el 22 de enero no reportó exposición a un mercado húmedo o a otra persona con síntomas de una enfermedad respiratoria [2]. La falta de exposición reportada a otra persona enferma podría atribuirse a la falta de conocimiento o sesgo revocatorio, pero el ministro de salud de China advirtió públicamente que la transmisión presintomática podría estar ocurriendo [6]. Determinar la medida en que la transmisión asintomática o presintomática podría estar ocurriendo es una prioridad urgente, ya que tiene implicaciones directas para la salud pública y el control de la infección hospitalaria. Los datos sobre la dinámica del derrame viral podrían ayudar a evaluar la duración de la infecundidad.Para el coronavirus relacionado con el síndrome respiratorio agudo grave (SARS-CoV), la infectividad alcanzó su punto máximo alrededor de 10 días después del inicio de la enfermedad [7], consistente con el pico de carga viral alrededor de ese momento [8]. Esto permitió el control de la epidemia del SARS mediante la detección rápida de casos y el aislamiento estricto. Hasta la fecha, los patrones de transmisión de 2019-nCoV aparecen más similares a la gripe, con contagios que ocurren alrededor del momento de aparición de los síntomas, en lugar del SARS. La transmisión de virus respiratorios generalmente ocurre a través de grandes gotas respiratorias, pero algunos virus respiratorios pueden propagarse a través de aerosoles de partículas finas [10], y la transmisión indirecta a través de fomitas también puede jugar un papel. Los coronavirus también pueden infectar el tracto gastrointestinal humano [11, 12], y la transmisión fecal-oral también podría jugar un papel en este caso. El evento de superdifusión de SARS-CoV en Amoy Gardens donde más de 300 casos fueron infectados se atribuyó a faecal-oral, entonces aireado, se extendió a través de diferenciales de presión entre tuberías contaminadas de efluentes, desagües del suelo del baño y inodoros de El primer evento de superdifusión grande identificable durante el brote actual de 2019-nCoV ha tenido lugar aparentemente en el crucero Diamond Princess en cuarentena frente a la costa de Yokohama, Japón, con al menos 130 pasajeros positivos para 2019-nCoV al 10 de febrero de 2020 [14]. Identificar qué modos son importantes para la transmisión de 2019-nCoV informaría la importancia de medidas de protección personal como máscaras faciales (y específicamente qué tipos) e higiene de las manos. Las primeras infecciones humanas fueron identificadas a través de un sistema de vigilancia de neumonía de etiología desconocida, y todas las infecciones más tempranas por lo tanto tenían estudios de modelización que incorporaban capacidad de atención médica y procesan neumonía. Está bien establecido que algunas infecciones pueden ser graves, especialmente en adultos mayores con condiciones médicas subyacentes [15, 16], pero basado en la presentación clínica generalmente leve de casos de 2019-nCoV detectados Determinar el espectro de manifestaciones clínicas de las infecciones por nCoV 2019 es quizás la prioridad de investigación más urgente, ya que determina la fuerza de la respuesta de salud pública requerida. Si la gravedad de la infección es similar a la gripe española 1918/19, y por lo tanto en el extremo superior de las escalas de gravedad en los planes pandémicos de la gripe, las mismas respuestas estarían justificadas para 2019-nCoV que para las pandemias de gripe más graves. Sin embargo, si la gravedad de la infección es similar a la gripe estacional, especialmente durante las estaciones más leves, las medidas de mitigación podrían ajustarse en consecuencia. Más allá de una evaluación sólida de la gravedad general, también es importante determinar los grupos de alto riesgo. Las infecciones serían probablemente más graves en adultos mayores, individuos obesos o aquellos con condiciones médicas subyacentes, pero todavía no se han notificado casos de gravedad de infecciones en mujeres embarazadas, y muy pocos se han reportado en niños [2] Los menores de 18 años son un grupo crítico para estudiar con el fin de burlarse de los papeles relativos de la susceptibilidad frente a la gravedad como posibles causas subyacentes para los casos registrados de infección muy raros en este grupo de edad. ¿Están los niños protegidos de la infección o no caen enfermos después de la infección? Si son naturalmente inmunes, lo que es poco probable, debemos entender por qué; de lo contrario, incluso si no muestran síntomas, es importante saber si eliminan el virus. Obviamente, la cuestión de la eliminación del virus de los infectados pero asintomáticos conduce a la cuestión crucial de la infectividad. Las respuestas a estas preguntas son especialmente pertinentes como base para las decisiones sobre el cierre escolar como una intervención de distanciamiento social, que puede ser enormemente perjudicial no sólo para los estudiantes, sino también debido a su efecto de contacto para el cuidado infantil y los deberes parentales. Muy pocos niños han sido confirmados casos 2019-nCoV hasta ahora Otra pregunta sobre la susceptibilidad es si la infección de 2019-nCoV confiere inmunidad neutralizante, generalmente pero no siempre, indicada por la presencia de anticuerpos neutralizantes en sueros convalecientes. Algunos expertos ya cuestionaron si la infección de 2019-nCoV puede comportarse de manera similar a la de MERS-CoV en casos que presentan síntomas leves sin provocar anticuerpos neutralizantes [17]. Una pregunta separada se refiere a la posibilidad de una mejora dependiente de anticuerpos de la infección o de la enfermedad [18, 19]. Si cualquiera de estos fuera relevante, la dinámica de transmisión podría volverse más compleja. Se puede considerar que una amplia gama de medidas de control contienen o mitigan una infección emergente como la de 2019-nCoV. A nivel internacional, en la última semana se ha observado un número cada vez mayor de países que emiten avisos de viaje o prohibiciones de entrada directas a personas de la provincia de Hubei o de China en su conjunto, así como recortes sustanciales en los vuelos hacia y desde las zonas afectadas por razones comerciales. La evaluación de estas restricciones de movilidad puede confirmar su posible eficacia para retrasar las epidemias locales [20], y también puede informar cuándo y cómo levantar estas restricciones. Si la transmisión local comienza en un lugar determinado y cuándo comienza en él, las autoridades sanitarias pueden aplicar diversas medidas de mitigación de la comunidad para reducir la transmisión y reducir así la tasa de crecimiento de una epidemia, reducir la altura del pico epidémico y la demanda máxima de servicios de atención de la salud, así como reducir el número total de personas infectadas [21]. Ahora debe ser una prioridad urgente cuantificar los efectos de estas medidas y, en concreto, si pueden reducir el número de reproducción efectivo por debajo de 1, porque esto guiará las estrategias de respuesta en otros lugares. Durante la pandemia de gripe de 1918/19, las ciudades de los Estados Unidos, que aplicaron las medidas comunitarias más agresivas y sostenidas, fueron las que tuvieron más éxito en mitigar el impacto de esa pandemia [22]. Al igual que las intervenciones internacionales en materia de viajes, se deben evaluar las medidas de distanciamiento social local para determinar su impacto y cuándo podrían interrumpirse de forma segura, aunque de manera coordinada y deliberada en toda China de manera que se minimice la recrudecimiento de la curva epidémica. Las máscaras faciales son componentes esenciales del equipo de protección personal en los entornos de salud, y deben ser recomendadas para las personas enfermas en la comunidad o para aquellos que cuidan a las personas enfermas. Sin embargo, ahora hay escasez de suministro de máscaras en China y en otros lugares, y se están celebrando debates sobre su valor protector para las personas no infectadas en la comunidad en general. La Tabla resume las lagunas de investigación para guiar la respuesta de salud pública identificada. En conclusión, hay una serie de prioridades de investigación urgentes para informar la respuesta de salud pública a la propagación global de las infecciones de 2019-nCoV. Establecer estimaciones sólidas de la gravedad clínica de las infecciones es probablemente el más urgente, porque aplanar el aumento de los ingresos hospitalarios sería esencial si existe el peligro de que los hospitales se agoten con pacientes que requieren atención hospitalaria, no sólo para los infectados con 2019-nCoV sino también para la atención aguda urgente de pacientes con Al abordar las lagunas de investigación identificadas aquí, es necesario una fuerte colaboración de un cuerpo competente de científicos epidemiológicos y trabajadores de la salud pública que tengan la flexibilidad necesaria para hacer frente a la capacidad de emergencia requerida, así como el apoyo de laboratorios que puedan satisfacer la demanda cada vez mayor de pruebas diagnósticas para 2019-nCoV y secuelas relacionadas. La encuesta de preparación realizada por Reusken et al. en esta edición de Eurosurveillance demuestra la rápida respuesta y las capacidades de los laboratorios de toda Europa en caso de que el brote originario de Wuhan llegue a este continente [23]. A medio plazo, miramos hacia la identificación de agentes farmacéuticos eficaces para prevenir y tratar lo que podría convertirse en una infección endémica a nivel mundial. Especialmente si los niños están siendo infectados y están desarrollando inmunidad en lo sucesivo, 2019-nCoV podría convertirse optimistamente en el quinto coronavirus humano que causa el resfriado común. Ninguno declarado.

¿Qué se supone para el intervalo serial medio?

Las prioridades de la investigación epidemiológica para el control de la salud pública del brote de coronavirus de la novela mundial en curso (2019-nCoV)https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7029449/SHA: 90de2d957e1960b948b8c38c9877f9eca983f9ebAutores: Cowling, Benjamin J; Leung, Gabriel MDate: 2020-02-13DOI: 10.2807/1560-7917.es.2020.25.6.2000110Licencia: cc-byAbstract: Las infecciones con 2019-nCoV pueden propagarse de persona a persona, y en la fase más temprana del brote se estimó que el número reproductivo básico era de aproximadamente 2,2, suponiendo un intervalo serial medio de 7,5 días [2]. El intervalo serial no se estimó con precisión, y un intervalo serial medio potencialmente más corto habría correspondido a un número reproductivo básico ligeramente menor. Las medidas de control y los cambios en el comportamiento de la población más tarde en enero deberían haber reducido el número reproductivo efectivo. Sin embargo, es demasiado pronto para estimar si el número reproductivo efectivo se ha reducido a menos del umbral crítico de 1 porque los casos que actualmente se detectan y se informan se habrían infectado en su mayoría a mediados y finales de enero. Los retrasos medios entre la infección y el inicio de la enfermedad se han estimado en unos 5-6 días, con un límite superior de alrededor de 11-14 días [25], y los retrasos desde el inicio de la enfermedad hasta la confirmación de laboratorio se han añadido otros 10 días en promedio [2]. Texto: Hace ya 6 semanas que las autoridades sanitarias chinas anunciaron el descubrimiento de un nuevo coronavirus (2019-nCoV) [1] que causa Las primeras infecciones humanas habían ocurrido a principios de diciembre de 2019, y un gran mercado húmedo en el centro de Wuhan estaba vinculado a la mayoría, pero no a todos, de los casos iniciales [2]. Si bien las pruebas de las investigaciones iniciales sobre el brote parecían sugerir que 2019-nCoV no podía propagarse fácilmente entre los seres humanos [3], ahora está muy claro que las infecciones se han propagado de persona a persona [2]. Recientemente estimamos que más de 75.000 infecciones pueden haber ocurrido en Wuhan al 25 de enero de 2020 [4], y el número creciente de infecciones sigue detectándose en otras ciudades de China continental y en todo el mundo. Ya se han identificado varias características importantes de la infección por 2019-nCoV, pero para calibrar las respuestas de salud pública necesitamos mejorar la información sobre la dinámica de transmisión, la gravedad de la enfermedad, la inmunidad y el impacto de las medidas de control y mitigación que se han aplicado hasta la Las infecciones con 2019-nCoV pueden propagarse de persona a persona, y en la primera fase del brote se estimó que el número reproductivo básico era de alrededor de 2,2, asumiendo un intervalo serial medio de 7,5 días [2]. El intervalo serial no se estimó con precisión, y un intervalo serial medio potencialmente más corto habría correspondido a un número reproductivo básico ligeramente inferior. Las medidas de control y los cambios en el comportamiento de la población a finales de enero deberían haber reducido el número reproductivo efectivo. Sin embargo, es demasiado pronto para estimar si el número reproductivo efectivo se ha reducido por debajo del umbral crítico de 1 porque los casos que se están detectando y reportando se habrían infectado en su mayoría a mediados y finales de enero. Los retrasos medios entre la infección y el inicio de la enfermedad se han estimado en alrededor de 5-6 días, con un límite superior de unos 11-14 días [2, 5], y los retrasos Las cadenas de transmisión se han reportado ahora en varios lugares fuera de China continental. Dentro de los próximos días o semanas se hará evidente si la transmisión local sostenida ha estado ocurriendo en otras ciudades fuera de la provincia de Hubei en China, o en otros países. Si la transmisión sostenida ocurre en otros lugares, sería valioso determinar si hay variación en la transmisibilidad por lugar, por ejemplo debido a diferentes comportamientos o medidas de control, o debido a diferentes condiciones ambientales. Para abordar esto último, los estudios de supervivencia del virus se pueden hacer en el laboratorio para confirmar si hay rangos preferidos de temperatura o humedad para la transmisión 2019-nCoV. En un análisis de los primeros 425 casos confirmados de infección, el 73% de los casos con inicio de enfermedad entre el 12 y el 22 de enero no reportó exposición a un mercado húmedo o a otra persona con síntomas de una enfermedad respiratoria [2]. La falta de exposición reportada a otra persona enferma podría atribuirse a la falta de conocimiento o sesgo revocatorio, pero el ministro de salud de China advirtió públicamente que la transmisión presintomática podría estar ocurriendo [6]. Determinar la medida en que la transmisión asintomática o presintomática podría estar ocurriendo es una prioridad urgente, ya que tiene implicaciones directas para la salud pública y el control de la infección hospitalaria. Los datos sobre la dinámica del derrame viral podrían ayudar a evaluar la duración de la infecundidad.Para el coronavirus relacionado con el síndrome respiratorio agudo grave (SARS-CoV), la infectividad alcanzó su punto máximo alrededor de 10 días después del inicio de la enfermedad [7], consistente con el pico de carga viral alrededor de ese momento [8]. Esto permitió el control de la epidemia del SARS mediante la detección rápida de casos y el aislamiento estricto. Hasta la fecha, los patrones de transmisión de 2019-nCoV aparecen más similares a la gripe, con contagios que ocurren alrededor del momento de aparición de los síntomas, en lugar del SARS. La transmisión de virus respiratorios generalmente ocurre a través de grandes gotas respiratorias, pero algunos virus respiratorios pueden propagarse a través de aerosoles de partículas finas [10], y la transmisión indirecta a través de fomitas también puede jugar un papel. Los coronavirus también pueden infectar el tracto gastrointestinal humano [11, 12], y la transmisión fecal-oral también podría jugar un papel en este caso. El evento de superdifusión de SARS-CoV en Amoy Gardens donde más de 300 casos fueron infectados se atribuyó a faecal-oral, entonces aireado, se extendió a través de diferenciales de presión entre tuberías contaminadas de efluentes, desagües del suelo del baño y inodoros de El primer evento de superdifusión grande identificable durante el brote actual de 2019-nCoV ha tenido lugar aparentemente en el crucero Diamond Princess en cuarentena frente a la costa de Yokohama, Japón, con al menos 130 pasajeros positivos para 2019-nCoV al 10 de febrero de 2020 [14]. Identificar qué modos son importantes para la transmisión de 2019-nCoV informaría la importancia de medidas de protección personal como máscaras faciales (y específicamente qué tipos) e higiene de las manos. Las primeras infecciones humanas fueron identificadas a través de un sistema de vigilancia de neumonía de etiología desconocida, y todas las infecciones más tempranas por lo tanto tenían estudios de modelización que incorporaban capacidad de atención médica y procesan neumonía. Está bien establecido que algunas infecciones pueden ser graves, especialmente en adultos mayores con condiciones médicas subyacentes [15, 16], pero basado en la presentación clínica generalmente leve de casos de 2019-nCoV detectados Determinar el espectro de manifestaciones clínicas de las infecciones por nCoV 2019 es quizás la prioridad de investigación más urgente, ya que determina la fuerza de la respuesta de salud pública requerida. Si la gravedad de la infección es similar a la gripe española 1918/19, y por lo tanto en el extremo superior de las escalas de gravedad en los planes pandémicos de la gripe, las mismas respuestas estarían justificadas para 2019-nCoV que para las pandemias de gripe más graves. Sin embargo, si la gravedad de la infección es similar a la gripe estacional, especialmente durante las estaciones más leves, las medidas de mitigación podrían ajustarse en consecuencia. Más allá de una evaluación sólida de la gravedad general, también es importante determinar los grupos de alto riesgo. Las infecciones serían probablemente más graves en adultos mayores, individuos obesos o aquellos con condiciones médicas subyacentes, pero todavía no se han notificado casos de gravedad de infecciones en mujeres embarazadas, y muy pocos se han reportado en niños [2] Los menores de 18 años son un grupo crítico para estudiar con el fin de burlarse de los papeles relativos de la susceptibilidad frente a la gravedad como posibles causas subyacentes para los casos registrados de infección muy raros en este grupo de edad. ¿Están los niños protegidos de la infección o no caen enfermos después de la infección? Si son naturalmente inmunes, lo que es poco probable, debemos entender por qué; de lo contrario, incluso si no muestran síntomas, es importante saber si eliminan el virus. Obviamente, la cuestión de la eliminación del virus de los infectados pero asintomáticos conduce a la cuestión crucial de la infectividad. Las respuestas a estas preguntas son especialmente pertinentes como base para las decisiones sobre el cierre escolar como una intervención de distanciamiento social, que puede ser enormemente perjudicial no sólo para los estudiantes, sino también debido a su efecto de contacto para el cuidado infantil y los deberes parentales. Muy pocos niños han sido confirmados casos 2019-nCoV hasta ahora Otra pregunta sobre la susceptibilidad es si la infección de 2019-nCoV confiere inmunidad neutralizante, generalmente pero no siempre, indicada por la presencia de anticuerpos neutralizantes en sueros convalecientes. Algunos expertos ya cuestionaron si la infección de 2019-nCoV puede comportarse de manera similar a la de MERS-CoV en casos que presentan síntomas leves sin provocar anticuerpos neutralizantes [17]. Una pregunta separada se refiere a la posibilidad de una mejora dependiente de anticuerpos de la infección o de la enfermedad [18, 19]. Si cualquiera de estos fuera relevante, la dinámica de transmisión podría volverse más compleja. Se puede considerar que una amplia gama de medidas de control contienen o mitigan una infección emergente como la de 2019-nCoV. A nivel internacional, en la última semana se ha observado un número cada vez mayor de países que emiten avisos de viaje o prohibiciones de entrada directas a personas de la provincia de Hubei o de China en su conjunto, así como recortes sustanciales en los vuelos hacia y desde las zonas afectadas por razones comerciales. La evaluación de estas restricciones de movilidad puede confirmar su posible eficacia para retrasar las epidemias locales [20], y también puede informar cuándo y cómo levantar estas restricciones. Si la transmisión local comienza en un lugar determinado y cuándo comienza en él, las autoridades sanitarias pueden aplicar diversas medidas de mitigación de la comunidad para reducir la transmisión y reducir así la tasa de crecimiento de una epidemia, reducir la altura del pico epidémico y la demanda máxima de servicios de atención de la salud, así como reducir el número total de personas infectadas [21]. Ahora debe ser una prioridad urgente cuantificar los efectos de estas medidas y, en concreto, si pueden reducir el número de reproducción efectivo por debajo de 1, porque esto guiará las estrategias de respuesta en otros lugares. Durante la pandemia de gripe de 1918/19, las ciudades de los Estados Unidos, que aplicaron las medidas comunitarias más agresivas y sostenidas, fueron las que tuvieron más éxito en mitigar el impacto de esa pandemia [22]. Al igual que las intervenciones internacionales en materia de viajes, se deben evaluar las medidas de distanciamiento social local para determinar su impacto y cuándo podrían interrumpirse de forma segura, aunque de manera coordinada y deliberada en toda China de manera que se minimice la recrudecimiento de la curva epidémica. Las máscaras faciales son componentes esenciales del equipo de protección personal en los entornos de salud, y deben ser recomendadas para las personas enfermas en la comunidad o para aquellos que cuidan a las personas enfermas. Sin embargo, ahora hay escasez de suministro de máscaras en China y en otros lugares, y se están celebrando debates sobre su valor protector para las personas no infectadas en la comunidad en general. La Tabla resume las lagunas de investigación para guiar la respuesta de salud pública identificada. En conclusión, hay una serie de prioridades de investigación urgentes para informar la respuesta de salud pública a la propagación global de las infecciones de 2019-nCoV. Establecer estimaciones sólidas de la gravedad clínica de las infecciones es probablemente el más urgente, porque aplanar el aumento de los ingresos hospitalarios sería esencial si existe el peligro de que los hospitales se agoten con pacientes que requieren atención hospitalaria, no sólo para los infectados con 2019-nCoV sino también para la atención aguda urgente de pacientes con Al abordar las lagunas de investigación identificadas aquí, es necesario una fuerte colaboración de un cuerpo competente de científicos epidemiológicos y trabajadores de la salud pública que tengan la flexibilidad necesaria para hacer frente a la capacidad de emergencia requerida, así como el apoyo de laboratorios que puedan satisfacer la demanda cada vez mayor de pruebas diagnósticas para 2019-nCoV y secuelas relacionadas. La encuesta de preparación realizada por Reusken et al. en esta edición de Eurosurveillance demuestra la rápida respuesta y las capacidades de los laboratorios de toda Europa en caso de que el brote originario de Wuhan llegue a este continente [23]. A medio plazo, miramos hacia la identificación de agentes farmacéuticos eficaces para prevenir y tratar lo que podría convertirse en una infección endémica a nivel mundial. Especialmente si los niños están siendo infectados y están desarrollando inmunidad en lo sucesivo, 2019-nCoV podría convertirse optimistamente en el quinto coronavirus humano que causa el resfriado común. Ninguno declarado.

¿Cuál es la estimación del número de infecciones en Wuhan el 25 de enero de 2020?

Las prioridades de la investigación epidemiológica para el control de la salud pública del brote de coronavirus de la novela mundial en curso (2019-nCoV)https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7029449/SHA: 90de2d957e1960b948b8c38c9877f9eca983f9ebAutores: Cowling, Benjamin J; Leung, Gabriel MDate: 2020-02-13DOI: 10.2807/1560-7917.es.2020.25.6.2000110Licencia: cc-byAbstract: Las infecciones con 2019-nCoV pueden propagarse de persona a persona, y en la fase más temprana del brote se estimó que el número reproductivo básico era de aproximadamente 2,2, suponiendo un intervalo serial medio de 7,5 días [2]. El intervalo serial no se estimó con precisión, y un intervalo serial medio potencialmente más corto habría correspondido a un número reproductivo básico ligeramente menor. Las medidas de control y los cambios en el comportamiento de la población más tarde en enero deberían haber reducido el número reproductivo efectivo. Sin embargo, es demasiado pronto para estimar si el número reproductivo efectivo se ha reducido a menos del umbral crítico de 1 porque los casos que actualmente se detectan y se informan se habrían infectado en su mayoría a mediados y finales de enero. Los retrasos medios entre la infección y el inicio de la enfermedad se han estimado en unos 5-6 días, con un límite superior de alrededor de 11-14 días [25], y los retrasos desde el inicio de la enfermedad hasta la confirmación de laboratorio se han añadido otros 10 días en promedio [2]. Texto: Hace ya 6 semanas que las autoridades sanitarias chinas anunciaron el descubrimiento de un nuevo coronavirus (2019-nCoV) [1] que causa Las primeras infecciones humanas habían ocurrido a principios de diciembre de 2019, y un gran mercado húmedo en el centro de Wuhan estaba vinculado a la mayoría, pero no a todos, de los casos iniciales [2]. Si bien las pruebas de las investigaciones iniciales sobre el brote parecían sugerir que 2019-nCoV no podía propagarse fácilmente entre los seres humanos [3], ahora está muy claro que las infecciones se han propagado de persona a persona [2]. Recientemente estimamos que más de 75.000 infecciones pueden haber ocurrido en Wuhan al 25 de enero de 2020 [4], y el número creciente de infecciones sigue detectándose en otras ciudades de China continental y en todo el mundo. Ya se han identificado varias características importantes de la infección por 2019-nCoV, pero para calibrar las respuestas de salud pública necesitamos mejorar la información sobre la dinámica de transmisión, la gravedad de la enfermedad, la inmunidad y el impacto de las medidas de control y mitigación que se han aplicado hasta la Las infecciones con 2019-nCoV pueden propagarse de persona a persona, y en la primera fase del brote se estimó que el número reproductivo básico era de alrededor de 2,2, asumiendo un intervalo serial medio de 7,5 días [2]. El intervalo serial no se estimó con precisión, y un intervalo serial medio potencialmente más corto habría correspondido a un número reproductivo básico ligeramente inferior. Las medidas de control y los cambios en el comportamiento de la población a finales de enero deberían haber reducido el número reproductivo efectivo. Sin embargo, es demasiado pronto para estimar si el número reproductivo efectivo se ha reducido por debajo del umbral crítico de 1 porque los casos que se están detectando y reportando se habrían infectado en su mayoría a mediados y finales de enero. Los retrasos medios entre la infección y el inicio de la enfermedad se han estimado en alrededor de 5-6 días, con un límite superior de unos 11-14 días [2, 5], y los retrasos Las cadenas de transmisión se han reportado ahora en varios lugares fuera de China continental. Dentro de los próximos días o semanas se hará evidente si la transmisión local sostenida ha estado ocurriendo en otras ciudades fuera de la provincia de Hubei en China, o en otros países. Si la transmisión sostenida ocurre en otros lugares, sería valioso determinar si hay variación en la transmisibilidad por lugar, por ejemplo debido a diferentes comportamientos o medidas de control, o debido a diferentes condiciones ambientales. Para abordar esto último, los estudios de supervivencia del virus se pueden hacer en el laboratorio para confirmar si hay rangos preferidos de temperatura o humedad para la transmisión 2019-nCoV. En un análisis de los primeros 425 casos confirmados de infección, el 73% de los casos con inicio de enfermedad entre el 12 y el 22 de enero no reportó exposición a un mercado húmedo o a otra persona con síntomas de una enfermedad respiratoria [2]. La falta de exposición reportada a otra persona enferma podría atribuirse a la falta de conocimiento o sesgo revocatorio, pero el ministro de salud de China advirtió públicamente que la transmisión presintomática podría estar ocurriendo [6]. Determinar la medida en que la transmisión asintomática o presintomática podría estar ocurriendo es una prioridad urgente, ya que tiene implicaciones directas para la salud pública y el control de la infección hospitalaria. Los datos sobre la dinámica del derrame viral podrían ayudar a evaluar la duración de la infecundidad.Para el coronavirus relacionado con el síndrome respiratorio agudo grave (SARS-CoV), la infectividad alcanzó su punto máximo alrededor de 10 días después del inicio de la enfermedad [7], consistente con el pico de carga viral alrededor de ese momento [8]. Esto permitió el control de la epidemia del SARS mediante la detección rápida de casos y el aislamiento estricto. Hasta la fecha, los patrones de transmisión de 2019-nCoV aparecen más similares a la gripe, con contagios que ocurren alrededor del momento de aparición de los síntomas, en lugar del SARS. La transmisión de virus respiratorios generalmente ocurre a través de grandes gotas respiratorias, pero algunos virus respiratorios pueden propagarse a través de aerosoles de partículas finas [10], y la transmisión indirecta a través de fomitas también puede jugar un papel. Los coronavirus también pueden infectar el tracto gastrointestinal humano [11, 12], y la transmisión fecal-oral también podría jugar un papel en este caso. El evento de superdifusión de SARS-CoV en Amoy Gardens donde más de 300 casos fueron infectados se atribuyó a faecal-oral, entonces aireado, se extendió a través de diferenciales de presión entre tuberías contaminadas de efluentes, desagües del suelo del baño y inodoros de El primer evento de superdifusión grande identificable durante el brote actual de 2019-nCoV ha tenido lugar aparentemente en el crucero Diamond Princess en cuarentena frente a la costa de Yokohama, Japón, con al menos 130 pasajeros positivos para 2019-nCoV al 10 de febrero de 2020 [14]. Identificar qué modos son importantes para la transmisión de 2019-nCoV informaría la importancia de medidas de protección personal como máscaras faciales (y específicamente qué tipos) e higiene de las manos. Las primeras infecciones humanas fueron identificadas a través de un sistema de vigilancia de neumonía de etiología desconocida, y todas las infecciones más tempranas por lo tanto tenían estudios de modelización que incorporaban capacidad de atención médica y procesan neumonía. Está bien establecido que algunas infecciones pueden ser graves, especialmente en adultos mayores con condiciones médicas subyacentes [15, 16], pero basado en la presentación clínica generalmente leve de casos de 2019-nCoV detectados Determinar el espectro de manifestaciones clínicas de las infecciones por nCoV 2019 es quizás la prioridad de investigación más urgente, ya que determina la fuerza de la respuesta de salud pública requerida. Si la gravedad de la infección es similar a la gripe española 1918/19, y por lo tanto en el extremo superior de las escalas de gravedad en los planes pandémicos de la gripe, las mismas respuestas estarían justificadas para 2019-nCoV que para las pandemias de gripe más graves. Sin embargo, si la gravedad de la infección es similar a la gripe estacional, especialmente durante las estaciones más leves, las medidas de mitigación podrían ajustarse en consecuencia. Más allá de una evaluación sólida de la gravedad general, también es importante determinar los grupos de alto riesgo. Las infecciones serían probablemente más graves en adultos mayores, individuos obesos o aquellos con condiciones médicas subyacentes, pero todavía no se han notificado casos de gravedad de infecciones en mujeres embarazadas, y muy pocos se han reportado en niños [2] Los menores de 18 años son un grupo crítico para estudiar con el fin de burlarse de los papeles relativos de la susceptibilidad frente a la gravedad como posibles causas subyacentes para los casos registrados de infección muy raros en este grupo de edad. ¿Están los niños protegidos de la infección o no caen enfermos después de la infección? Si son naturalmente inmunes, lo que es poco probable, debemos entender por qué; de lo contrario, incluso si no muestran síntomas, es importante saber si eliminan el virus. Obviamente, la cuestión de la eliminación del virus de los infectados pero asintomáticos conduce a la cuestión crucial de la infectividad. Las respuestas a estas preguntas son especialmente pertinentes como base para las decisiones sobre el cierre escolar como una intervención de distanciamiento social, que puede ser enormemente perjudicial no sólo para los estudiantes, sino también debido a su efecto de contacto para el cuidado infantil y los deberes parentales. Muy pocos niños han sido confirmados casos 2019-nCoV hasta ahora Otra pregunta sobre la susceptibilidad es si la infección de 2019-nCoV confiere inmunidad neutralizante, generalmente pero no siempre, indicada por la presencia de anticuerpos neutralizantes en sueros convalecientes. Algunos expertos ya cuestionaron si la infección de 2019-nCoV puede comportarse de manera similar a la de MERS-CoV en casos que presentan síntomas leves sin provocar anticuerpos neutralizantes [17]. Una pregunta separada se refiere a la posibilidad de una mejora dependiente de anticuerpos de la infección o de la enfermedad [18, 19]. Si cualquiera de estos fuera relevante, la dinámica de transmisión podría volverse más compleja. Se puede considerar que una amplia gama de medidas de control contienen o mitigan una infección emergente como la de 2019-nCoV. A nivel internacional, en la última semana se ha observado un número cada vez mayor de países que emiten avisos de viaje o prohibiciones de entrada directas a personas de la provincia de Hubei o de China en su conjunto, así como recortes sustanciales en los vuelos hacia y desde las zonas afectadas por razones comerciales. La evaluación de estas restricciones de movilidad puede confirmar su posible eficacia para retrasar las epidemias locales [20], y también puede informar cuándo y cómo levantar estas restricciones. Si la transmisión local comienza en un lugar determinado y cuándo comienza en él, las autoridades sanitarias pueden aplicar diversas medidas de mitigación de la comunidad para reducir la transmisión y reducir así la tasa de crecimiento de una epidemia, reducir la altura del pico epidémico y la demanda máxima de servicios de atención de la salud, así como reducir el número total de personas infectadas [21]. Ahora debe ser una prioridad urgente cuantificar los efectos de estas medidas y, en concreto, si pueden reducir el número de reproducción efectivo por debajo de 1, porque esto guiará las estrategias de respuesta en otros lugares. Durante la pandemia de gripe de 1918/19, las ciudades de los Estados Unidos, que aplicaron las medidas comunitarias más agresivas y sostenidas, fueron las que tuvieron más éxito en mitigar el impacto de esa pandemia [22]. Al igual que las intervenciones internacionales en materia de viajes, se deben evaluar las medidas de distanciamiento social local para determinar su impacto y cuándo podrían interrumpirse de forma segura, aunque de manera coordinada y deliberada en toda China de manera que se minimice la recrudecimiento de la curva epidémica. Las máscaras faciales son componentes esenciales del equipo de protección personal en los entornos de salud, y deben ser recomendadas para las personas enfermas en la comunidad o para aquellos que cuidan a las personas enfermas. Sin embargo, ahora hay escasez de suministro de máscaras en China y en otros lugares, y se están celebrando debates sobre su valor protector para las personas no infectadas en la comunidad en general. La Tabla resume las lagunas de investigación para guiar la respuesta de salud pública identificada. En conclusión, hay una serie de prioridades de investigación urgentes para informar la respuesta de salud pública a la propagación global de las infecciones de 2019-nCoV. Establecer estimaciones sólidas de la gravedad clínica de las infecciones es probablemente el más urgente, porque aplanar el aumento de los ingresos hospitalarios sería esencial si existe el peligro de que los hospitales se agoten con pacientes que requieren atención hospitalaria, no sólo para los infectados con 2019-nCoV sino también para la atención aguda urgente de pacientes con Al abordar las lagunas de investigación identificadas aquí, es necesario una fuerte colaboración de un cuerpo competente de científicos epidemiológicos y trabajadores de la salud pública que tengan la flexibilidad necesaria para hacer frente a la capacidad de emergencia requerida, así como el apoyo de laboratorios que puedan satisfacer la demanda cada vez mayor de pruebas diagnósticas para 2019-nCoV y secuelas relacionadas. La encuesta de preparación realizada por Reusken et al. en esta edición de Eurosurveillance demuestra la rápida respuesta y las capacidades de los laboratorios de toda Europa en caso de que el brote originario de Wuhan llegue a este continente [23]. A medio plazo, miramos hacia la identificación de agentes farmacéuticos eficaces para prevenir y tratar lo que podría convertirse en una infección endémica a nivel mundial. Especialmente si los niños están siendo infectados y están desarrollando inmunidad en lo sucesivo, 2019-nCoV podría convertirse optimistamente en el quinto coronavirus humano que causa el resfriado común. Ninguno declarado.

¿Cómo se propagan algunos virus respiratorios?

Las prioridades de la investigación epidemiológica para el control de la salud pública del brote de coronavirus de la novela mundial en curso (2019-nCoV)https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7029449/SHA: 90de2d957e1960b948b8c38c9877f9eca983f9ebAutores: Cowling, Benjamin J; Leung, Gabriel MDate: 2020-02-13DOI: 10.2807/1560-7917.es.2020.25.6.2000110Licencia: cc-byAbstract: Las infecciones con 2019-nCoV pueden propagarse de persona a persona, y en la fase más temprana del brote se estimó que el número reproductivo básico era de aproximadamente 2,2, suponiendo un intervalo serial medio de 7,5 días [2]. El intervalo serial no se estimó con precisión, y un intervalo serial medio potencialmente más corto habría correspondido a un número reproductivo básico ligeramente menor. Las medidas de control y los cambios en el comportamiento de la población más tarde en enero deberían haber reducido el número reproductivo efectivo. Sin embargo, es demasiado pronto para estimar si el número reproductivo efectivo se ha reducido a menos del umbral crítico de 1 porque los casos que actualmente se detectan y se informan se habrían infectado en su mayoría a mediados y finales de enero. Los retrasos medios entre la infección y el inicio de la enfermedad se han estimado en unos 5-6 días, con un límite superior de alrededor de 11-14 días [25], y los retrasos desde el inicio de la enfermedad hasta la confirmación de laboratorio se han añadido otros 10 días en promedio [2]. Texto: Hace ya 6 semanas que las autoridades sanitarias chinas anunciaron el descubrimiento de un nuevo coronavirus (2019-nCoV) [1] que causa Las primeras infecciones humanas habían ocurrido a principios de diciembre de 2019, y un gran mercado húmedo en el centro de Wuhan estaba vinculado a la mayoría, pero no a todos, de los casos iniciales [2]. Si bien las pruebas de las investigaciones iniciales sobre el brote parecían sugerir que 2019-nCoV no podía propagarse fácilmente entre los seres humanos [3], ahora está muy claro que las infecciones se han propagado de persona a persona [2]. Recientemente estimamos que más de 75.000 infecciones pueden haber ocurrido en Wuhan al 25 de enero de 2020 [4], y el número creciente de infecciones sigue detectándose en otras ciudades de China continental y en todo el mundo. Ya se han identificado varias características importantes de la infección por 2019-nCoV, pero para calibrar las respuestas de salud pública necesitamos mejorar la información sobre la dinámica de transmisión, la gravedad de la enfermedad, la inmunidad y el impacto de las medidas de control y mitigación que se han aplicado hasta la Las infecciones con 2019-nCoV pueden propagarse de persona a persona, y en la primera fase del brote se estimó que el número reproductivo básico era de alrededor de 2,2, asumiendo un intervalo serial medio de 7,5 días [2]. El intervalo serial no se estimó con precisión, y un intervalo serial medio potencialmente más corto habría correspondido a un número reproductivo básico ligeramente inferior. Las medidas de control y los cambios en el comportamiento de la población a finales de enero deberían haber reducido el número reproductivo efectivo. Sin embargo, es demasiado pronto para estimar si el número reproductivo efectivo se ha reducido por debajo del umbral crítico de 1 porque los casos que se están detectando y reportando se habrían infectado en su mayoría a mediados y finales de enero. Los retrasos medios entre la infección y el inicio de la enfermedad se han estimado en alrededor de 5-6 días, con un límite superior de unos 11-14 días [2, 5], y los retrasos Las cadenas de transmisión se han reportado ahora en varios lugares fuera de China continental. Dentro de los próximos días o semanas se hará evidente si la transmisión local sostenida ha estado ocurriendo en otras ciudades fuera de la provincia de Hubei en China, o en otros países. Si la transmisión sostenida ocurre en otros lugares, sería valioso determinar si hay variación en la transmisibilidad por lugar, por ejemplo debido a diferentes comportamientos o medidas de control, o debido a diferentes condiciones ambientales. Para abordar esto último, los estudios de supervivencia del virus se pueden hacer en el laboratorio para confirmar si hay rangos preferidos de temperatura o humedad para la transmisión 2019-nCoV. En un análisis de los primeros 425 casos confirmados de infección, el 73% de los casos con inicio de enfermedad entre el 12 y el 22 de enero no reportó exposición a un mercado húmedo o a otra persona con síntomas de una enfermedad respiratoria [2]. La falta de exposición reportada a otra persona enferma podría atribuirse a la falta de conocimiento o sesgo revocatorio, pero el ministro de salud de China advirtió públicamente que la transmisión presintomática podría estar ocurriendo [6]. Determinar la medida en que la transmisión asintomática o presintomática podría estar ocurriendo es una prioridad urgente, ya que tiene implicaciones directas para la salud pública y el control de la infección hospitalaria. Los datos sobre la dinámica del derrame viral podrían ayudar a evaluar la duración de la infecundidad.Para el coronavirus relacionado con el síndrome respiratorio agudo grave (SARS-CoV), la infectividad alcanzó su punto máximo alrededor de 10 días después del inicio de la enfermedad [7], consistente con el pico de carga viral alrededor de ese momento [8]. Esto permitió el control de la epidemia del SARS mediante la detección rápida de casos y el aislamiento estricto. Hasta la fecha, los patrones de transmisión de 2019-nCoV aparecen más similares a la gripe, con contagios que ocurren alrededor del momento de aparición de los síntomas, en lugar del SARS. La transmisión de virus respiratorios generalmente ocurre a través de grandes gotas respiratorias, pero algunos virus respiratorios pueden propagarse a través de aerosoles de partículas finas [10], y la transmisión indirecta a través de fomitas también puede jugar un papel. Los coronavirus también pueden infectar el tracto gastrointestinal humano [11, 12], y la transmisión fecal-oral también podría jugar un papel en este caso. El evento de superdifusión de SARS-CoV en Amoy Gardens donde más de 300 casos fueron infectados se atribuyó a faecal-oral, entonces aireado, se extendió a través de diferenciales de presión entre tuberías contaminadas de efluentes, desagües del suelo del baño y inodoros de El primer evento de superdifusión grande identificable durante el brote actual de 2019-nCoV ha tenido lugar aparentemente en el crucero Diamond Princess en cuarentena frente a la costa de Yokohama, Japón, con al menos 130 pasajeros positivos para 2019-nCoV al 10 de febrero de 2020 [14]. Identificar qué modos son importantes para la transmisión de 2019-nCoV informaría la importancia de medidas de protección personal como máscaras faciales (y específicamente qué tipos) e higiene de las manos. Las primeras infecciones humanas fueron identificadas a través de un sistema de vigilancia de neumonía de etiología desconocida, y todas las infecciones más tempranas por lo tanto tenían estudios de modelización que incorporaban capacidad de atención médica y procesan neumonía. Está bien establecido que algunas infecciones pueden ser graves, especialmente en adultos mayores con condiciones médicas subyacentes [15, 16], pero basado en la presentación clínica generalmente leve de casos de 2019-nCoV detectados Determinar el espectro de manifestaciones clínicas de las infecciones por nCoV 2019 es quizás la prioridad de investigación más urgente, ya que determina la fuerza de la respuesta de salud pública requerida. Si la gravedad de la infección es similar a la gripe española 1918/19, y por lo tanto en el extremo superior de las escalas de gravedad en los planes pandémicos de la gripe, las mismas respuestas estarían justificadas para 2019-nCoV que para las pandemias de gripe más graves. Sin embargo, si la gravedad de la infección es similar a la gripe estacional, especialmente durante las estaciones más leves, las medidas de mitigación podrían ajustarse en consecuencia. Más allá de una evaluación sólida de la gravedad general, también es importante determinar los grupos de alto riesgo. Las infecciones serían probablemente más graves en adultos mayores, individuos obesos o aquellos con condiciones médicas subyacentes, pero todavía no se han notificado casos de gravedad de infecciones en mujeres embarazadas, y muy pocos se han reportado en niños [2] Los menores de 18 años son un grupo crítico para estudiar con el fin de burlarse de los papeles relativos de la susceptibilidad frente a la gravedad como posibles causas subyacentes para los casos registrados de infección muy raros en este grupo de edad. ¿Están los niños protegidos de la infección o no caen enfermos después de la infección? Si son naturalmente inmunes, lo que es poco probable, debemos entender por qué; de lo contrario, incluso si no muestran síntomas, es importante saber si eliminan el virus. Obviamente, la cuestión de la eliminación del virus de los infectados pero asintomáticos conduce a la cuestión crucial de la infectividad. Las respuestas a estas preguntas son especialmente pertinentes como base para las decisiones sobre el cierre escolar como una intervención de distanciamiento social, que puede ser enormemente perjudicial no sólo para los estudiantes, sino también debido a su efecto de contacto para el cuidado infantil y los deberes parentales. Muy pocos niños han sido confirmados casos 2019-nCoV hasta ahora Otra pregunta sobre la susceptibilidad es si la infección de 2019-nCoV confiere inmunidad neutralizante, generalmente pero no siempre, indicada por la presencia de anticuerpos neutralizantes en sueros convalecientes. Algunos expertos ya cuestionaron si la infección de 2019-nCoV puede comportarse de manera similar a la de MERS-CoV en casos que presentan síntomas leves sin provocar anticuerpos neutralizantes [17]. Una pregunta separada se refiere a la posibilidad de una mejora dependiente de anticuerpos de la infección o de la enfermedad [18, 19]. Si cualquiera de estos fuera relevante, la dinámica de transmisión podría volverse más compleja. Se puede considerar que una amplia gama de medidas de control contienen o mitigan una infección emergente como la de 2019-nCoV. A nivel internacional, en la última semana se ha observado un número cada vez mayor de países que emiten avisos de viaje o prohibiciones de entrada directas a personas de la provincia de Hubei o de China en su conjunto, así como recortes sustanciales en los vuelos hacia y desde las zonas afectadas por razones comerciales. La evaluación de estas restricciones de movilidad puede confirmar su posible eficacia para retrasar las epidemias locales [20], y también puede informar cuándo y cómo levantar estas restricciones. Si la transmisión local comienza en un lugar determinado y cuándo comienza en él, las autoridades sanitarias pueden aplicar diversas medidas de mitigación de la comunidad para reducir la transmisión y reducir así la tasa de crecimiento de una epidemia, reducir la altura del pico epidémico y la demanda máxima de servicios de atención de la salud, así como reducir el número total de personas infectadas [21]. Ahora debe ser una prioridad urgente cuantificar los efectos de estas medidas y, en concreto, si pueden reducir el número de reproducción efectivo por debajo de 1, porque esto guiará las estrategias de respuesta en otros lugares. Durante la pandemia de gripe de 1918/19, las ciudades de los Estados Unidos, que aplicaron las medidas comunitarias más agresivas y sostenidas, fueron las que tuvieron más éxito en mitigar el impacto de esa pandemia [22]. Al igual que las intervenciones internacionales en materia de viajes, se deben evaluar las medidas de distanciamiento social local para determinar su impacto y cuándo podrían interrumpirse de forma segura, aunque de manera coordinada y deliberada en toda China de manera que se minimice la recrudecimiento de la curva epidémica. Las máscaras faciales son componentes esenciales del equipo de protección personal en los entornos de salud, y deben ser recomendadas para las personas enfermas en la comunidad o para aquellos que cuidan a las personas enfermas. Sin embargo, ahora hay escasez de suministro de máscaras en China y en otros lugares, y se están celebrando debates sobre su valor protector para las personas no infectadas en la comunidad en general. La Tabla resume las lagunas de investigación para guiar la respuesta de salud pública identificada. En conclusión, hay una serie de prioridades de investigación urgentes para informar la respuesta de salud pública a la propagación global de las infecciones de 2019-nCoV. Establecer estimaciones sólidas de la gravedad clínica de las infecciones es probablemente el más urgente, porque aplanar el aumento de los ingresos hospitalarios sería esencial si existe el peligro de que los hospitales se agoten con pacientes que requieren atención hospitalaria, no sólo para los infectados con 2019-nCoV sino también para la atención aguda urgente de pacientes con Al abordar las lagunas de investigación identificadas aquí, es necesario una fuerte colaboración de un cuerpo competente de científicos epidemiológicos y trabajadores de la salud pública que tengan la flexibilidad necesaria para hacer frente a la capacidad de emergencia requerida, así como el apoyo de laboratorios que puedan satisfacer la demanda cada vez mayor de pruebas diagnósticas para 2019-nCoV y secuelas relacionadas. La encuesta de preparación realizada por Reusken et al. en esta edición de Eurosurveillance demuestra la rápida respuesta y las capacidades de los laboratorios de toda Europa en caso de que el brote originario de Wuhan llegue a este continente [23]. A medio plazo, miramos hacia la identificación de agentes farmacéuticos eficaces para prevenir y tratar lo que podría convertirse en una infección endémica a nivel mundial. Especialmente si los niños están siendo infectados y están desarrollando inmunidad en lo sucesivo, 2019-nCoV podría convertirse optimistamente en el quinto coronavirus humano que causa el resfriado común. Ninguno declarado.

¿Qué puede desempeñar también un papel?

Las prioridades de la investigación epidemiológica para el control de la salud pública del brote de coronavirus de la novela mundial en curso (2019-nCoV)https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7029449/SHA: 90de2d957e1960b948b8c38c9877f9eca983f9ebAutores: Cowling, Benjamin J; Leung, Gabriel MDate: 2020-02-13DOI: 10.2807/1560-7917.es.2020.25.6.2000110Licencia: cc-byAbstract: Las infecciones con 2019-nCoV pueden propagarse de persona a persona, y en la fase más temprana del brote se estimó que el número reproductivo básico era de aproximadamente 2,2, suponiendo un intervalo serial medio de 7,5 días [2]. El intervalo serial no se estimó con precisión, y un intervalo serial medio potencialmente más corto habría correspondido a un número reproductivo básico ligeramente menor. Las medidas de control y los cambios en el comportamiento de la población más tarde en enero deberían haber reducido el número reproductivo efectivo. Sin embargo, es demasiado pronto para estimar si el número reproductivo efectivo se ha reducido a menos del umbral crítico de 1 porque los casos que actualmente se detectan y se informan se habrían infectado en su mayoría a mediados y finales de enero. Los retrasos medios entre la infección y el inicio de la enfermedad se han estimado en unos 5-6 días, con un límite superior de alrededor de 11-14 días [25], y los retrasos desde el inicio de la enfermedad hasta la confirmación de laboratorio se han añadido otros 10 días en promedio [2]. Texto: Hace ya 6 semanas que las autoridades sanitarias chinas anunciaron el descubrimiento de un nuevo coronavirus (2019-nCoV) [1] que causa Las primeras infecciones humanas habían ocurrido a principios de diciembre de 2019, y un gran mercado húmedo en el centro de Wuhan estaba vinculado a la mayoría, pero no a todos, de los casos iniciales [2]. Si bien las pruebas de las investigaciones iniciales sobre el brote parecían sugerir que 2019-nCoV no podía propagarse fácilmente entre los seres humanos [3], ahora está muy claro que las infecciones se han propagado de persona a persona [2]. Recientemente estimamos que más de 75.000 infecciones pueden haber ocurrido en Wuhan al 25 de enero de 2020 [4], y el número creciente de infecciones sigue detectándose en otras ciudades de China continental y en todo el mundo. Ya se han identificado varias características importantes de la infección por 2019-nCoV, pero para calibrar las respuestas de salud pública necesitamos mejorar la información sobre la dinámica de transmisión, la gravedad de la enfermedad, la inmunidad y el impacto de las medidas de control y mitigación que se han aplicado hasta la Las infecciones con 2019-nCoV pueden propagarse de persona a persona, y en la primera fase del brote se estimó que el número reproductivo básico era de alrededor de 2,2, asumiendo un intervalo serial medio de 7,5 días [2]. El intervalo serial no se estimó con precisión, y un intervalo serial medio potencialmente más corto habría correspondido a un número reproductivo básico ligeramente inferior. Las medidas de control y los cambios en el comportamiento de la población a finales de enero deberían haber reducido el número reproductivo efectivo. Sin embargo, es demasiado pronto para estimar si el número reproductivo efectivo se ha reducido por debajo del umbral crítico de 1 porque los casos que se están detectando y reportando se habrían infectado en su mayoría a mediados y finales de enero. Los retrasos medios entre la infección y el inicio de la enfermedad se han estimado en alrededor de 5-6 días, con un límite superior de unos 11-14 días [2, 5], y los retrasos Las cadenas de transmisión se han reportado ahora en varios lugares fuera de China continental. Dentro de los próximos días o semanas se hará evidente si la transmisión local sostenida ha estado ocurriendo en otras ciudades fuera de la provincia de Hubei en China, o en otros países. Si la transmisión sostenida ocurre en otros lugares, sería valioso determinar si hay variación en la transmisibilidad por lugar, por ejemplo debido a diferentes comportamientos o medidas de control, o debido a diferentes condiciones ambientales. Para abordar esto último, los estudios de supervivencia del virus se pueden hacer en el laboratorio para confirmar si hay rangos preferidos de temperatura o humedad para la transmisión 2019-nCoV. En un análisis de los primeros 425 casos confirmados de infección, el 73% de los casos con inicio de enfermedad entre el 12 y el 22 de enero no reportó exposición a un mercado húmedo o a otra persona con síntomas de una enfermedad respiratoria [2]. La falta de exposición reportada a otra persona enferma podría atribuirse a la falta de conocimiento o sesgo revocatorio, pero el ministro de salud de China advirtió públicamente que la transmisión presintomática podría estar ocurriendo [6]. Determinar la medida en que la transmisión asintomática o presintomática podría estar ocurriendo es una prioridad urgente, ya que tiene implicaciones directas para la salud pública y el control de la infección hospitalaria. Los datos sobre la dinámica del derrame viral podrían ayudar a evaluar la duración de la infecundidad.Para el coronavirus relacionado con el síndrome respiratorio agudo grave (SARS-CoV), la infectividad alcanzó su punto máximo alrededor de 10 días después del inicio de la enfermedad [7], consistente con el pico de carga viral alrededor de ese momento [8]. Esto permitió el control de la epidemia del SARS mediante la detección rápida de casos y el aislamiento estricto. Hasta la fecha, los patrones de transmisión de 2019-nCoV aparecen más similares a la gripe, con contagios que ocurren alrededor del momento de aparición de los síntomas, en lugar del SARS. La transmisión de virus respiratorios generalmente ocurre a través de grandes gotas respiratorias, pero algunos virus respiratorios pueden propagarse a través de aerosoles de partículas finas [10], y la transmisión indirecta a través de fomitas también puede jugar un papel. Los coronavirus también pueden infectar el tracto gastrointestinal humano [11, 12], y la transmisión fecal-oral también podría jugar un papel en este caso. El evento de superdifusión de SARS-CoV en Amoy Gardens donde más de 300 casos fueron infectados se atribuyó a faecal-oral, entonces aireado, se extendió a través de diferenciales de presión entre tuberías contaminadas de efluentes, desagües del suelo del baño y inodoros de El primer evento de superdifusión grande identificable durante el brote actual de 2019-nCoV ha tenido lugar aparentemente en el crucero Diamond Princess en cuarentena frente a la costa de Yokohama, Japón, con al menos 130 pasajeros positivos para 2019-nCoV al 10 de febrero de 2020 [14]. Identificar qué modos son importantes para la transmisión de 2019-nCoV informaría la importancia de medidas de protección personal como máscaras faciales (y específicamente qué tipos) e higiene de las manos. Las primeras infecciones humanas fueron identificadas a través de un sistema de vigilancia de neumonía de etiología desconocida, y todas las infecciones más tempranas por lo tanto tenían estudios de modelización que incorporaban capacidad de atención médica y procesan neumonía. Está bien establecido que algunas infecciones pueden ser graves, especialmente en adultos mayores con condiciones médicas subyacentes [15, 16], pero basado en la presentación clínica generalmente leve de casos de 2019-nCoV detectados Determinar el espectro de manifestaciones clínicas de las infecciones por nCoV 2019 es quizás la prioridad de investigación más urgente, ya que determina la fuerza de la respuesta de salud pública requerida. Si la gravedad de la infección es similar a la gripe española 1918/19, y por lo tanto en el extremo superior de las escalas de gravedad en los planes pandémicos de la gripe, las mismas respuestas estarían justificadas para 2019-nCoV que para las pandemias de gripe más graves. Sin embargo, si la gravedad de la infección es similar a la gripe estacional, especialmente durante las estaciones más leves, las medidas de mitigación podrían ajustarse en consecuencia. Más allá de una evaluación sólida de la gravedad general, también es importante determinar los grupos de alto riesgo. Las infecciones serían probablemente más graves en adultos mayores, individuos obesos o aquellos con condiciones médicas subyacentes, pero todavía no se han notificado casos de gravedad de infecciones en mujeres embarazadas, y muy pocos se han reportado en niños [2] Los menores de 18 años son un grupo crítico para estudiar con el fin de burlarse de los papeles relativos de la susceptibilidad frente a la gravedad como posibles causas subyacentes para los casos registrados de infección muy raros en este grupo de edad. ¿Están los niños protegidos de la infección o no caen enfermos después de la infección? Si son naturalmente inmunes, lo que es poco probable, debemos entender por qué; de lo contrario, incluso si no muestran síntomas, es importante saber si eliminan el virus. Obviamente, la cuestión de la eliminación del virus de los infectados pero asintomáticos conduce a la cuestión crucial de la infectividad. Las respuestas a estas preguntas son especialmente pertinentes como base para las decisiones sobre el cierre escolar como una intervención de distanciamiento social, que puede ser enormemente perjudicial no sólo para los estudiantes, sino también debido a su efecto de contacto para el cuidado infantil y los deberes parentales. Muy pocos niños han sido confirmados casos 2019-nCoV hasta ahora Otra pregunta sobre la susceptibilidad es si la infección de 2019-nCoV confiere inmunidad neutralizante, generalmente pero no siempre, indicada por la presencia de anticuerpos neutralizantes en sueros convalecientes. Algunos expertos ya cuestionaron si la infección de 2019-nCoV puede comportarse de manera similar a la de MERS-CoV en casos que presentan síntomas leves sin provocar anticuerpos neutralizantes [17]. Una pregunta separada se refiere a la posibilidad de una mejora dependiente de anticuerpos de la infección o de la enfermedad [18, 19]. Si cualquiera de estos fuera relevante, la dinámica de transmisión podría volverse más compleja. Se puede considerar que una amplia gama de medidas de control contienen o mitigan una infección emergente como la de 2019-nCoV. A nivel internacional, en la última semana se ha observado un número cada vez mayor de países que emiten avisos de viaje o prohibiciones de entrada directas a personas de la provincia de Hubei o de China en su conjunto, así como recortes sustanciales en los vuelos hacia y desde las zonas afectadas por razones comerciales. La evaluación de estas restricciones de movilidad puede confirmar su posible eficacia para retrasar las epidemias locales [20], y también puede informar cuándo y cómo levantar estas restricciones. Si la transmisión local comienza en un lugar determinado y cuándo comienza en él, las autoridades sanitarias pueden aplicar diversas medidas de mitigación de la comunidad para reducir la transmisión y reducir así la tasa de crecimiento de una epidemia, reducir la altura del pico epidémico y la demanda máxima de servicios de atención de la salud, así como reducir el número total de personas infectadas [21]. Ahora debe ser una prioridad urgente cuantificar los efectos de estas medidas y, en concreto, si pueden reducir el número de reproducción efectivo por debajo de 1, porque esto guiará las estrategias de respuesta en otros lugares. Durante la pandemia de gripe de 1918/19, las ciudades de los Estados Unidos, que aplicaron las medidas comunitarias más agresivas y sostenidas, fueron las que tuvieron más éxito en mitigar el impacto de esa pandemia [22]. Al igual que las intervenciones internacionales en materia de viajes, se deben evaluar las medidas de distanciamiento social local para determinar su impacto y cuándo podrían interrumpirse de forma segura, aunque de manera coordinada y deliberada en toda China de manera que se minimice la recrudecimiento de la curva epidémica. Las máscaras faciales son componentes esenciales del equipo de protección personal en los entornos de salud, y deben ser recomendadas para las personas enfermas en la comunidad o para aquellos que cuidan a las personas enfermas. Sin embargo, ahora hay escasez de suministro de máscaras en China y en otros lugares, y se están celebrando debates sobre su valor protector para las personas no infectadas en la comunidad en general. La Tabla resume las lagunas de investigación para guiar la respuesta de salud pública identificada. En conclusión, hay una serie de prioridades de investigación urgentes para informar la respuesta de salud pública a la propagación global de las infecciones de 2019-nCoV. Establecer estimaciones sólidas de la gravedad clínica de las infecciones es probablemente el más urgente, porque aplanar el aumento de los ingresos hospitalarios sería esencial si existe el peligro de que los hospitales se agoten con pacientes que requieren atención hospitalaria, no sólo para los infectados con 2019-nCoV sino también para la atención aguda urgente de pacientes con Al abordar las lagunas de investigación identificadas aquí, es necesario una fuerte colaboración de un cuerpo competente de científicos epidemiológicos y trabajadores de la salud pública que tengan la flexibilidad necesaria para hacer frente a la capacidad de emergencia requerida, así como el apoyo de laboratorios que puedan satisfacer la demanda cada vez mayor de pruebas diagnósticas para 2019-nCoV y secuelas relacionadas. La encuesta de preparación realizada por Reusken et al. en esta edición de Eurosurveillance demuestra la rápida respuesta y las capacidades de los laboratorios de toda Europa en caso de que el brote originario de Wuhan llegue a este continente [23]. A medio plazo, miramos hacia la identificación de agentes farmacéuticos eficaces para prevenir y tratar lo que podría convertirse en una infección endémica a nivel mundial. Especialmente si los niños están siendo infectados y están desarrollando inmunidad en lo sucesivo, 2019-nCoV podría convertirse optimistamente en el quinto coronavirus humano que causa el resfriado común. Ninguno declarado.

¿Qué, más allá de la evaluación de la gravedad, es importante?

Infecciones respiratorias virales en la exacerbación de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías aéreas: nuevos mecanismos e ideas de la vía aérea superior Epiteliohttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7052386/SHA: 45a566c71056ba4faab425b4f7e9edee6320e4a4Autores: Tan, Kai Sen; Lim, Rachel Liyu; Liu, Jing; Ong, Hsiao Hui; Tan, Vivian Jiayi; Lim, Hui Fang; Chung, Kian Fan; Adcock, Ian M.; Chow, Vincent T.; Wang, De YunFecha: 2020-02-25DOI: 10.3389/fcell.2020.00099Licencia: cc-byAbstract: La infección por virus Estas exacerbaciones se asocian a una alta morbilidad e incluso mortalidad en todo el mundo, entendiendo que la infección viral aumenta la inflamación de las vías respiratorias, lo que agrava los síntomas de la enfermedad.Los recientes avances en la interfaz aire-líquido in vitro cultivos 3D, cultivos organoideos y el uso de nuevos modelos de desafío humanos y animales han evocado nuevos entendimientos en cuanto a los mecanismos de exacerbaciones virales.En esta revisión, nos centraremos en los hallazgos recientes que elucidan cómo las infecciones virales respiratorias alteran la barrera epitelial en las vías aéreas, el entorno microbiano de las vías aéreas superiores, modificaciones epigenéticas incluyendo modulación del miRNA y otros cambios en las respuestas inmunes a través de las vías aéreas superiores e inferiores. Primero, revisamos la prevalencia de diferentes infecciones respiratorias virales en causar exacerbaciones en enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Además, destacamos la importancia del viroma dentro del entorno del microbioma de la vía aérea y su impacto en la infección bacteriana posterior, lo que consolida la comprensión de la exacerbación inducida por virus en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias e indica vías que pueden estar dirigidas a un manejo más eficaz de las enfermedades inflamatorias crónicas. Texto: La prevalencia de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias está aumentando en todo el mundo, especialmente en los países desarrollados (GBD 2015 Chronic Respiratory Disease Colaborators, 2017 Guan et al., 2018). Esta enfermedad se caracteriza por inflamación de las vías respiratorias que provoca complicaciones como tos, sibilancia y falta de aliento. La enfermedad puede manifestarse tanto en las vías respiratorias superiores (como rinosinusitis crónica, CRS) como en las vías respiratorias inferiores (como asma y enfermedad pulmonar obstructiva crónica, EPOC) que afectan en gran medida El tratamiento y el manejo varían mucho en eficacia debido a la complejidad y heterogeneidad de la enfermedad. Esto se complica aún más por el efecto de las exacerbaciones episódicas de la enfermedad, definidas como el empeoramiento de los síntomas de la enfermedad, incluyendo sibilancia, tos, falta de aliento y opresión torácica (Xepapadaki y Papadopoulos, 2010). Estas exacerbaciones se deben al efecto de inflamación aguda aumentada de las vías respiratorias que afecta y empeora los síntomas de la enfermedad existente (Hashimoto et al., 2008; Viniol y Vogelmeier, 2018). Estas exacerbaciones agudas son la principal causa de morbilidad y a veces mortalidad en los pacientes, así como resultando en grandes cargas económicas en todo el mundo. Sin embargo, debido a las interacciones complejas entre el huésped y los agentes de exacerbación, los mecanismos de exacerbación pueden variar considerablemente en diferentes individuos bajo Las exacerbaciones agudas suelen deberse a la presencia de factores ambientales como alérgenos, contaminantes, humo, aire frío o seco y microbios patógenos en las vías respiratorias (Gautier y Charpin, 2017; Viniol y Vogelmeier, 2018). Estos agentes provocan una respuesta inmune que conduce a la infiltración de células inmunitarias activadas que liberan además mediadores inflamatorios que causan síntomas agudos como aumento de la producción de mucosidad, tos, sibilancias y falta de aliento. Entre estos agentes, la infección viral es uno de los principales motores de exacerbaciones del asma que representan hasta el 80-90% y el 45-80% de exacerbaciones en niños y adultos, respectivamente (Grissell et al., 2005; Xepapadaki y Papadopoulos, 2010; Jartti y Gern, 2017; Adeli et al., 2019). La participación viral en la exacerbación de la EPOC también es igualmente alta, habiendo sido detectada en el 30-80% de las exacerbaciones agudas de la EPOC (Kherad et al., 2010; Jafarinejad et al., 2017; Stolz et al., 2019). Aunque la prevalencia de exacerbaciones virales en la ERC todavía no está clara, es probable que su prevalencia sea alta debido a la naturaleza inflamatoria similar de estas enfermedades (Rowan et al., 2015; Tan et al., 2017). Una de las razones de la afectación de virus respiratorios en exacerbaciones es su facilidad de transmisión e infección (Kutter et al., 2018). Además, la alta diversidad de virus respiratorios también puede contribuir a exacerbaciones de diferente naturaleza y gravedad (Busse et al., 2010; Costa et al., 2014; Jartti y Gern, 2017) Por lo tanto, es importante identificar los mecanismos exactos que sustentan las exacerbaciones virales en sujetos susceptibles para manejar adecuadamente las exacerbaciones a través de tratamientos complementarios que puedan aliviar los síntomas de exacerbación o prevenir exacerbaciones graves.Si bien la vía aérea inferior es el sitio de inflamación disregulada en la mayoría de las enfermedades inflamatorias crónicas de la vía aérea, la vía aérea superior sigue siendo el primer punto de contacto con fuentes de exacerbación, por lo que su interacción con los agentes de exacerbación puede contribuir directamente a las respuestas posteriores en la vía aérea inferior, en línea con la hipótesis de "United Airway".Para dilucidar la interacción de la vía aérea huésped con virus que conducen a exacerbaciones, enfocamos nuestra revisión en los hallazgos recientes de interacción viral con la vía aérea superior. A pesar de ser una causa importante de exacerbación, los informes que vinculan virus respiratorios a exacerbaciones agudas sólo comienzan a surgir a finales de la década de 1950 (Pattemore et al., 1992) ; con infecciones bacterianas previamente consideradas como el culpable probable de exacerbación aguda (Stevens, 1953; Message y Johnston, 2002). Sin embargo, con el advenimiento de la tecnología PCR, se recuperaron más virus durante exacerbaciones agudas eventos e informes que implicaron su papel emergieron a finales de la década de 1980 (Mensaje y Johnston, 2002). Rhinovirus (RV) y virus respiratorio sincitial (RSV) son los virus predominantes vinculados al desarrollo y exacerbación de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Jarti y Gern, 2017). Otros virus como el virus de la parainfluenza (PIV), el virus de la gripe (IFV) y el adenovirus (AdV) también han sido implicados en exacerbaciones agudas, pero en un grado mucho menor (Johnston et al., 2005; Oliver et al., 2014; Ko et al., 2019). Más recientemente, se han notificado otros virus como el bocavirus (BoV), el metapneumovirus humano (HMPV), ciertas cepas del coronavirus (CoV), una cepa específica del enterovirus (EV-D68), el citomegalovirus humano (hCMV) y el virus del herpes simplex (HSV) que contribuyen a exacerbaciones agudas. La característica común de estos virus es que pueden infectar tanto la vía aérea superior como la inferior, aumentando aún más las condiciones inflamatorias en la vía aérea enferma (Mallia y Johnston, 2006; Los virus respiratorios infectan y replican principalmente dentro de las células epiteliales de la vía aérea. Durante el proceso de replicación, las células liberan factores antivirales y citocinas que alteran la inflamación de la vía aérea local y el nicho de la vía aérea (Busse et al., 2010). En una vía aérea sana, la inflamación normalmente conduce a respuestas inflamatorias tipo 1 consistentes en la activación de un estado antiviral y la infiltración de células efectoras antivirales, lo que eventualmente resulta en la resolución de la respuesta inflamatoria y el aclaramiento de la infección viral (Vareille et al., 2011; Brace et al., 2012). Sin embargo, en una vía aérea crónicamente inflamada, las respuestas contra el virus pueden estar deterioradas o aberrantes, causando inflamación sostenida e infiltración errónea, lo que resulta en la exacerbación de sus síntomas (Mallia y Johnston, 2006; Dougherty y Fahy, 2009; Busse et al., 2010; Britto et al., 2017; Linden et al., 2019). Esto suele agravarse por el aumento de la susceptibilidad de los pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias hacia infecciones respiratorias virales, aumentando así la frecuencia de exacerbación en su conjunto (Dougherty y Fahy, 2009; Busse et al., 2010; Linden et al., 2019). Además, debido a los diferentes ciclos de replicación y respuesta contra la miríada de virus respiratorios, cada virus respiratorio también puede contribuir a exacerbaciones a través de diferentes mecanismos que pueden alterar su Por lo tanto, esta revisión se centrará en compilar y cotejar los actuales mecanismos conocidos de exacerbación viral inducida por enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, así como en vincular la patogénesis de diferentes infecciones virales para dilucidar otras formas potenciales de exacerbación de la enfermedad. La revisión servirá para proporcionar una mayor comprensión de la exacerbación inducida por virus para identificar posibles vías y mecanismos patogénicos que pueden ser dirigidos como cuidados complementarios para el manejo y prevención de la exacerbación. Este enfoque puede ser clínicamente significativo debido a la actual escasez de fármacos antivirales para el manejo de exacerbaciones inducidas por virus, lo que mejorará la calidad de vida de los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias. Una vez establecida la relación entre la infección viral y las exacerbaciones agudas de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias, se han reportado muchos informes sobre los mecanismos subyacentes a la exacerbación inducida por la infección viral respiratoria. Al infectar En general, las células epiteliales de las vías respiratorias infectadas liberan interferones, citoquinas y quimioquinas tipo IL-6, IL-8, IL-12, RANTES, proteína inflamatoria de los macrófagos 1α (MIP-1α) y proteína quimiotáctica de los monocitos 1 (MCP-1) (Wark y Gibson, 2006; Matsukura y otros, 2013) y, a su vez, permiten la infiltración de células innatas inmunes y de células profesionales que presentan antígenos (APCs) que a su vez liberan mediadores específicos para facilitar la focalización y el aclaramiento virales, incluyendo interferón tipo II (IFNγ), IL-2, IL-4, IL-5, IL-9 e IL-12 (Wark y Gibson, 2006; Singh et al., 2010; Brazale Estos factores aumentan la inflamación local y la infiltración de granulocitos, células T y células B (Wark y Gibson, 2006; Brazale et al., 2012). El aumento de la inflamación, a su vez, empeora los síntomas de las enfermedades de las vías respiratorias. Además, en pacientes con asma y pacientes con SCR con pólipo nasal (CRSwNP), las infecciones virales como RV y VRS promueven una respuesta inmune de tipo 2-sesesada (Becker, 2006; Jackson et al., 2014; Jurak et al., 2018). Esto amplifica la inflamación basal tipo 2 resultando en una mayor liberación de IL-4, IL-5, IL-13, RANTES y eotaxina y un aumento adicional de la eosinofilia, un motor patológico clave del asma y CRSwNP (Wark y Gibson, 2006; Singh et al., 2010; Chung et al., 2015; Dunican y Fahy, 2015). El aumento de la eosinofilia, a su vez, empeora los síntomas clásicos de la enfermedad y puede conducir a condiciones potencialmente mortales debido a dificultades respiratorias. Por otro lado, los pacientes con EPOC y los pacientes con SCR sin pólipo nasal (CRSsNP) son más neutrófilos debido a la expresión de quimioattractantes neutrófilos como CXCL9, CXCL10 y CXCL11 (Cukic et al., 2012; Brightling and Greening, 2019). La patología de estas enfermedades de las vías respiratorias se caracteriza por la remodelación de las vías aéreas debido a la presencia de factores de remodelación como las metaloproteinasas de matriz (MMPs) liberadas de neutrófilos infiltrantes (Linden et al., 2019). Las infecciones virales en tales condiciones causarán entonces un aumento de la activación neutrófica; el empeoramiento de los síntomas y la remodelación de las vías respiratorias exacerbando la EPOC, CRSsNP e incluso CRSwNP en ciertos casos (Wang et al., 2009; Tacon et al., 2010; Linden et al., 2019). También se ha identificado recientemente una vía epitelial-céntrica alarmin alrededor de IL-25, IL-33 y linfopoyetina estromal timica (TSLP), y su interacción con las células linfoides innatas del grupo 2 (ILC2) (Nagarkar et al., 2012; Hong et al., 2018; Allinne et al., 2019). IL-25, IL-33 y TSLP son citoquinas inflamatorias de tipo 2 expresadas por las células epiteliales tras la lesión de la barrera epitelial (Gabryelska et al., 2019; Roan et al., 2019). Las ILC2 son un grupo de células linfoides que carecen de receptores de células B y T, pero desempeñan un papel crucial en la secretación de citocinas de tipo 2 para perpetuar la inflamación de tipo 2 cuando se activan (Scanlon y McKenzie, 2012; Li y Hendriks, 2013). En caso de infección viral, la muerte celular y la lesión de la barrera epitelial también inducirán la expresión de IL-25, IL-33 y TSLP, con mayor expresión en una vía aérea inflamada (Alakhverdi et al., 2007; Goldsmith et al., 2012; Byers et al., 2013; Shaw et al., 2013; Beale et al., 2014; Jackson et al., 2014; Uller y Persson, 2018; Ravanetti et al., 2019). Estas 3 citoquinas luego trabajan en concierto para activar ILC2s para segregar más citoquinas tipo 2 IL-4, IL-5 e IL-13 que agravan aún más la inflamación tipo 2 en la vía aérea causando exacerbación aguda (Camelo et al., 2017). En el caso de la EPOC, el aumento de la activación de la ILC2, que retiene la capacidad de diferenciar a la ILC1, también puede aumentar aún más la respuesta neutrófica y agravar aún más la exacerbación (Silver et al., 2016). Curiosamente, estos factores no se liberan en gran medida y no activan una respuesta de la ILC2 durante la infección viral en individuos sanos (Yan et al., 2016; Tan et al., 2018a) ; a pesar de aumentar una exacerbación de tipo 2 en las vías respiratorias crónicamente inflamadas (Jurak et al., 2018). Estos mecanismos clásicos de exacerbaciones agudas inducidas virales se resumen en la Figura 1. A medida que la integración de la virología, microbiología e inmunología de la infección viral se vuelve más interconectada, factores adicionales y FIGURA 1 Tras la infección por virus en la vía aérea, el estado antiviral se activará para eliminar el patógeno invasor de la vía aérea. La respuesta inmunitaria y los factores de lesión liberados del epitelio infectado normalmente inducirían una inmunidad rápida de tipo 1 que facilita el aclaramiento viral. Sin embargo, en la vía aérea inflamada, las citoquinas y quimioquinas liberadas en su lugar aumentaron la inflamación presente en la vía aérea crónicamente inflamada, fortaleciendo la infiltración neutrófila en la vía aérea COPD, e infiltración eosinofílica en la vía aérea asmática. El efecto también se ve agravado por la participación de células Th1 e ILC1 en la vía aérea COPD; y células Th2 e ILC2 en la vía aérea asmática. (2006) ha subrayado el efecto sinérgico de la infección viral con otros agentes sensibilizantes para causar exacerbaciones agudas más graves en las vías respiratorias, especialmente cuando no todos los eventos de exacerbación ocurrieron durante la infección viral, pero también pueden ocurrir mucho después del aclaramiento viral (Kim et al., 2008; Stolz et al., 2019), en particular el inicio tardío de una infección bacteriana (Singanayagam et al., 2018 (Singanayagam et al., 2019a). Además, los virus no necesitan infectar directamente la vía aérea inferior para causar una exacerbación aguda, ya que el epitelio nasal sigue siendo el lugar principal de la mayoría de las infecciones. Además, no todas las infecciones virales de la vía aérea darán lugar a exacerbaciones agudas, sugiriendo una interacción más compleja entre el virus y el epitelio de la vía aérea superior que sinergizan con el entorno de la vía aérea local en línea con la hipótesis de la "vía aérea unida" (Kurai et al., 2013). Por otro lado, las infecciones virales o sus componentes persisten en pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de la vía aérea (Kling et al., 2005; Wood et al., 2011; Ravi et al., 2019). Por lo tanto, su presencia puede alterar aún más el entorno local y contribuir a exacerbaciones actuales y futuras. Los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias han disminuido o reducido la capacidad de aclaramiento viral (Hammond et al., 2015; McKendry et al., 2016; Akbarshahi et al., 2018; Gill et al., 2018; Wang et al., 2018; Singanayagam et al., 2019b). Su deterioro se debe a una respuesta inflamatoria de tipo 2 que priva a la vía aérea de importantes células CD8 receptivas de tipo 1 que son responsables del aclaramiento completo de las células infectadas por el virus (Becker, 2006; McKendry et al., 2016). Esto es especialmente evidente en virus débiles que inducen la inflamación tipo 1 como RV y RSV (Kling et al., 2005; Wood et al., 2011; Ravi et al., 2019). Además, también hay evidencia de reducción de la producción de interferón tipo I (IFNβ) y III (IFN/23370/) debido a la inflamación de tipo 2-secado, que contribuye al aclaramiento imperfecto del virus, lo que resulta en la persistencia de componentes virales, o el virus vivo en el epitelio de las vías respiratorias (Contoli et al., 2006; Hwang et al., 2019; Wark, 2019). Debido a los componentes virales que permanecen en las vías respiratorias, genes antivirales como los interferones de tipo I, factores de activación de la inflamación y citoquinas permanecieron activados dando lugar a inflamación prolongada de las vías respiratorias (Wood et al., 2011; Essaidi-Laziosi et al., 2018). Estos factores aumentan la infiltración de granulocitos prolongando así los síntomas de exacerbación. Esta inflamación persistente también puede encontrarse dentro de virus del ADN como AdV, hCMV y HSV, cuyas infecciones generalmente persisten más tiempo (Imperial y Jiang, 2015), contribuyendo aún más a la activación crónica de la inflamación cuando infectan la vía aérea (Yang et al., 2008; Morimoto et al., 2009; Imperiale y Jiang, 2015; Lan et al., 2016; Tan et al., 2016; Kowalski et al., 2017). Con esa nota, el virus del papiloma humano (VPH), un virus del ADN muy asociado con cánceres de cabeza y cuello y papilomatosis respiratoria, también está relacionado con la inflamación crónica que precede a las neoplasias malignas (de Visser et al., 2005; Gillison et al., 2012; Bonomi et al., 2014; Fernandes et al., 2015). Por lo tanto, el papel de la infección por VPH en causar inflamación crónica en las vías respiratorias y su asociación a exacerbaciones de las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas, que apenas se explora, debe ser investigado en el futuro. Además, la persistencia viral que conduce a la expresión continua de genes antivirales también puede conducir al desarrollo de resistencia a los esteroides, que se observa con la infección por RV, VRS y PIV (Chi et al., 2011; Ford et al., 2013; Papi et al., 2013). El uso de esteroides para suprimir la inflamación también puede causar que el virus persista más tiempo en las vías respiratorias debido a la falta de aclaramiento antiviral (Kim et al., 2008; Hammond et al., 2015; Hewitt et al., 2016; McKendry et al., 2016; Singanayagam et al., 2019b). El desarrollo concomitante de resistencia a los esteroides, junto con la repetición o prolongación de la infección viral, añadió una carga considerable al manejo de la exacerbación aguda, que debería ser el foco futuro de la investigación para resolver las complicaciones duales derivadas de la infección viral. En el otro extremo del espectro, los virus que inducen una fuerte inflamación tipo 1 y la muerte celular como IFV (Yan et al., 2016; Guibas et al., 2018) y ciertos CoV (incluyendo el virus COVID-19 recientemente surgido) (Tao et al., 2013; Yue et al., 2018; Zhu et al., 2020), pueden no causar inflamación prolongada debido a la fuerte inducción del aclaramiento antiviral. Sin embargo, estas infecciones causan daño masivo y muerte celular a la barrera epitelial, tanto que las áreas del epitelio pueden estar completamente ausentes después de la infección (Yan et al., 2016; Tan et Factores como el RANTES y el CXCL10, que reclutan células inmunitarias para inducir apoptosis, son fuertemente inducidos por el epitelio infectado por IFV (Ampomah et al., 2018; Tan et al., 2019). Además, factores necroptóticos como el RIP3 agravan aún más las muertes celulares en el epitelio infectado por IFV. La muerte celular masiva inducida puede provocar un empeoramiento de la exacerbación aguda debido a la liberación de su contenido celular en las vías respiratorias, evocando una respuesta inflamatoria en las vías respiratorias (Guibas et al., 2018). Además, la destrucción de la barrera epitelial puede causar un mayor contacto con otros patógenos y alérgenos en las vías respiratorias que pueden prolongar las exacerbaciones o provocar nuevas exacerbaciones. La destrucción epitelial también puede promover una mayor remodelación epitelial durante su regeneración, ya que la infección viral induce la expresión de genes remodeladores como MMPs y factores de crecimiento. Infecciones que causan destrucción masiva del epitelio, como IFV, generalmente resultan en exacerbaciones agudas graves con síntomas no clásicos de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Afortunadamente, hay vacunas anuales disponibles para prevenir infecciones por IFV (Vasileiou et al., 2017; Zheng et al., 2018) ; y se recomienda que los pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias reciban su vacunación anual contra la gripe como el mejor medio para prevenir la exacerbación inducida por IFV grave. Otro mecanismo que las infecciones virales pueden utilizar para provocar exacerbaciones agudas es la inducción de factores de vasodilación o apertura de la unión estrecha que pueden aumentar la tasa de infiltración. Infección con una multitud de virus respiratorios Esto también aumenta las posibilidades de que los alérgenos entren en contacto con las células inmunitarias de las vías respiratorias. Por ejemplo, se encontró que la infección por IFV induce oncostatina M (OSM) lo que causa una apertura estrecha de la unión (Pothoven et al., 2015; Tian et al., 2018). De manera similar, las infecciones por RV y VRS suelen causar una apertura estrecha de la unión que también puede aumentar la tasa de infiltración de eosinófilos y, por lo tanto, empeorar los síntomas clásicos de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Sajjan et al., 2008; Kast et al., 2017; Kim et al., 2018). Además, la expresión de factores vasodilatadores y factores homeostáticos fluidos como angiopoietin-like 4 (ANGPTL4) y bactericida/permeabilidad en aumento que contienen pliegues familiares A1 (BPIFA1) también están asociados con infecciones virales y desarrollo de neumonía, que pueden empeorar la inflamación en la vía aérea baja Akram et al., 2018). Estos factores pueden servir como objetivos para prevenir exacerbaciones inducidas por virus durante el manejo de la exacerbación aguda de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias. Otro área de interés reciente es la relación entre asma y exacerbaciones de la EPOC y su asociación con el microbioma de las vías respiratorias. El desarrollo de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias suele estar relacionado con especies bacterianas específicas en el microbioma que pueden prosperar en el entorno de las vías respiratorias inflamadas (Diver et al., 2019) En el caso de una infección viral como la infección por RV, el efecto inducido por el virus puede desestabilizar el equilibrio del microbioma presente (Molyneaux et al., 2013; Kloepfer et al., 2014; Kloepfer et al., 2017; Jubinville et al., 2018; van Rijn et al., 2019). Además, la infección viral puede alterar colonias de biofilm en la vía aérea superior (por ejemplo, Streptococcus pneumoniae) microbioma para liberarse en la vía aérea inferior y empeorar la inflamación (Marks et al., 2013; Chao et al., 2014). Además, una infección viral también puede alterar el perfil de nutrientes en la vía aérea a través de la liberación de nutrientes previamente inaccesibles que alterarán el crecimiento bacteriano (Siegel et al., 2014; Mallia et al., 2018 Además, la desestabilización se ve agravada por una respuesta inmune bacteriana alterada, ya sea por influencias virales directas, o por el uso de corticosteroides para suprimir los síntomas de exacerbación (Singanayagam et al., 2018 (Singanayagam et al., 2019a Wang et al., 2018; Finney et al., 2019). Todos estos cambios pueden llevar gradualmente a un efecto de mayor alcance cuando la flora normal es reemplazada por patógenos oportunistas, alterando los perfiles inflamatorios (Teo et al., 2018). Estos cambios a su vez pueden resultar en exacerbaciones agudas más graves y frecuentes debido a la interacción entre el virus y las bacterias patógenas en exacerbar las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas (Wark et al., 2013; Singanayagam et al., 2018). Para contrarrestar estos efectos, las terapias basadas en microbiomas están en su infancia, pero han demostrado eficacia en los tratamientos del síndrome del intestino irritable restaurando el microbioma intestinal (Bakken et al., 2011). Más investigaciones pueden ser hechas de manera similar para que el microbioma de las vías respiratorias pueda restaurar el microbioma después de la interrupción por una infección viral. Las infecciones virales pueden causar la interrupción de la función mucociliar, un componente importante de la barrera epitelial. Proteínas ciliares FIGURA 2 Cambios en el epitelio de las vías respiratorias superiores que contribuyen a la exacerbación viral en enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. El epitelio de las vías respiratorias superiores es el sitio principal de contacto/infección de la mayoría de los virus respiratorios. Por lo tanto, su infección por virus respiratorios puede tener consecuencias de gran alcance en el aumento y La destrucción de la barrera epitelial, la función mucociliar y la muerte celular de las células epitelial sirven para aumentar el contacto entre los desencadenantes ambientales con la vía aérea inferior y las células inmunes residentes. La apertura de la unión estrecha aumentando la fuga aumenta aún más la inflamación y exacerbaciones. Además, las infecciones virales se acompañan generalmente con estrés oxidativo que aumentará aún más la inflamación local en la vía aérea. La disregulación de la inflamación puede ser agravada por la modulación de los miRNAs y la modificación epigenética como la metilación del ADN y las modificaciones histonas que promueven la disregulación en la inflamación. Finalmente, el cambio en el ambiente de las vías respiratorias locales y la inflamación promueve el crecimiento de bacterias patogénicas que pueden reemplazar al microbioma de la vía aérea. Además, el ambiente inflamatorio también puede dispersar los comans de la vía aérea superior en la vía aérea inferior Rasgo específico viral que contribuye al mecanismo de exacerbación (con evidencia en la literatura) Estrés oxidativo Producción de ROS (RV, RSV, IFV, HSV)Como RV, RSV e IFV fueron los virus más frecuentemente estudiados en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, la mayoría de los virus enumerados son predominantemente estos virus. Sin embargo, los mecanismos aquí descritos también pueden ser aplicables a otros virus, pero no pueden ser listados ya que no estuvieron implicados en el contexto de exacerbación de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (ver texto para abreviaciones). que ayudan en la función adecuada de los cilios móviles en las vías respiratorias se expresan aberrantemente en células epiteliales de las vías respiratorias ciliadas que son el principal objetivo para la infección por RV (Griggs et al., 2017). Tal forma de cilia discinesia secundaria parece estar presente con inflamaciones crónicas en la vía aérea, pero los mecanismos exactos todavía son desconocidos (Peng et al.,, 2019 Qiu et al., 2018). Sin embargo, se encontró que en la infección viral como IFV, puede haber un cambio en el metabolismo de las células, así como una alteración en la expresión del gen ciliar, principalmente en la forma de regulación descendente de los genes como la cadena pesada dynein axonemal 5 (DNAH5) y diferenciación multiciliada y síntesis de ADN asociada a la proteína del ciclo celular (MCIDAS) (Tan et al., 2018b. El recientemente surgido Wuhan CoV también se encontró para reducir la paliza ciliar en el modelo epitelial de la vía aérea infectado (Zhu et al., 2020). Además, se demostró que las infecciones virales como el VRS destruyen directamente los cilios de las células ciliadas y casi todos los virus respiratorios infectan las células ciliadas (Jumat et al., 2015; Yan et al., 2016; Tan et al., 2018a). Además, la sobreproducción de mucosidad también puede alterar el equilibrio de la función mucociliar después de la infección viral, dando lugar a síntomas de exacerbación aguda (Zhu et al., 2009). Por lo tanto, la interrupción del movimiento ciliar durante la infección viral puede causar más material extraño y alérgeno para entrar en la vía aérea, agravando los síntomas de exacerbación aguda y haciendo más difícil de manejar. Los microRNAs (miRNAs) son ARNs cortos no codificantes involucrados en la modulación post-transcripción de los procesos biológicos, e implicados en una serie de enfermedades (Tan et al., 2014). Los miRNAs se encuentran inducidos por infecciones virales y pueden jugar un papel en la modulación de las respuestas antivirales y la inflamación (Gutierrez et al., 2016; Deng et al., 2017; Feng et al., 2018). En el caso de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, se encontró que los cambios circulantes de miRNAs están relacionados con la exacerbación de las enfermedades (Wardzynska et al., 2020). Por lo tanto, es probable que tales cambios de miRNAs se originan desde el epitelio infectado y las células inmunes que responden, que pueden servir para disregular aún más la inflamación de las vías Tanto las infecciones por IFV como las por VRS han demostrado aumentar miR-21 y aumentar la inflamación en los modelos experimentales de asma murina, lo que se invierte con un tratamiento combinado de antimiR-21 y corticosteroides (Kim et al., 2017). La infección por IFV también se muestra aumentando miR-125a y b, y miR-132 en el epitelio de EPOC que inhibe A20 y MAVS; y p300 e IRF3, respectivamente, lo que resulta en una mayor susceptibilidad a las infecciones virales (Hsu et al., 2016 (Hsu et al., 2017). Por el contrario, se demostró que miR-22 se suprimió en el epitelio asmático en la infección por IFV, lo que da lugar a una respuesta epitelial aberranta, contribuyendo a exacerbaciones (Moheimani et al., 2018). Aparte de estas evidencias directas de cambios en el miRNA en contribuir a exacerbaciones, un aumento del número de miRNAs y otros ARNs no codificantes responsables de la modulación inmune se encuentran alterados después de infecciones virales (Globinska et al., 2014; Feng et al., 2018; Hasegawa et al., 2018). Por lo tanto, los ARNs no codificantes también se presentan como objetivos para modular los cambios virales inducidos en las vías respiratorias como un medio para controlar la exacerbación de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Aparte de la modulación de miRNA, otras modificaciones epigenéticas como la metilación del ADN también pueden desempeñar un papel en la exacerbación de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Al mismo tiempo, también se demostró que las infecciones virales como RV y VRS alteran la metilación del ADN y las modificaciones histonas en el epitelio de las vías respiratorias que pueden alterar las respuestas inflamatorias, provocando enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias y exacerbaciones (McErlean et al., 2014; Pech et al., 2018; Caixia et al., 2019). Además, Spalluto et al. (2017) también mostraron que factores antivirales como IFNγ epigenéticamente modifican la resistencia viral de las células epiteliales. Por lo tanto, esto puede indicar que infecciones como RV y VRS que débilmente inducen respuestas antivirales pueden resultar en un estado inflamatorio alterado que contribuye a una mayor persistencia viral y exacerbación de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Spalluto et al., 2017). Finalmente, la infección viral puede resultar en una mayor producción de especies reactivas de oxígeno (ROS), estrés oxidativo y disfunción mitocondrial en el epitelio de las vías respiratorias (Kim et al., 2018; Mishra et al., 2018; Wang et al., 2018). El epitelio de las vías respiratorias de los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias suelen estar bajo un estado de estrés oxidativo constante que sostiene la inflamación de las vías respiratorias (Barnes, 2017; van der Vliet et al., 2018). Las infecciones virales del epitelio respiratorio por virus como IFV, RV, RSV y HSV pueden desencadenar la producción adicional de ROS como mecanismo antiviral Aizawa et al., 2018; Wang et al., 2018). Además, la infiltración de células en respuesta a la infección, como los neutrófilos, también desencadenará una ruptura respiratoria como medio para aumentar la ROS en la región infectada. El aumento de la ROS y el estrés oxidativo en el ambiente local pueden servir como un desencadenante para promover la inflamación, agravando así la inflamación en las vías respiratorias (Tiwari et al., 2002). En la Figura 2 y la Tabla 1 se muestra un resumen de los posibles mecanismos de exacerbación y los virus asociados. Mientras que los mecanismos subyacentes al desarrollo y exacerbación aguda de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias son ampliamente estudiados para controlar y controlar la enfermedad, una infección viral hace más que sólo causar una exacerbación aguda en estos pacientes. Una exacerbación aguda inducida por virus no sólo induce y empeora los síntomas de la enfermedad, sino que también puede alterar el manejo de la enfermedad o conferir resistencia a tratamientos que funcionaban antes. Por lo tanto, la apreciación de los mecanismos de exacerbaciones agudas inducidas por virus es de importancia clínica para diseñar estrategias para corregir los cambios virales que pueden empeorar los síntomas de la enfermedad inflamatoria de las vías respiratorias crónicas. Otros estudios en exacerbaciones naturales y en modelos de desafíos virales utilizando secuenciación de ARN (ARN-seq) o ARN-seq de una sola célula en un rango de tiempos pueden proporcionar información importante sobre patogénesis viral y cambios inducidos dentro de las vías respiratorias de pacientes con enfermedad inflamatoria de las vías respiratorias crónicas para identificar nuevos objetivos y vías para mejorar el manejo de la enfermedad. El análisis posterior de funciones puede utilizar modelos de células epiteliales como la interfaz aire-líquido, modelo epitelial de vía aérea in vitro que ha sido adaptado para estudiar la infección viral y los cambios inducidos en la vía aérea (Yan et al., 2016; Boda et al., 2018; También se han desarrollado modelos de enfermedades de origen animal para identificar mecanismos sistémicos de exacerbación aguda (Shin, 2016; Gubernatorova et al., 2019; Tanner and Single, 2019). Además, el modelo de ratón humanizado que posee células inmunitarias humanas también puede servir para desentrañar el perfil inmune de una infección viral en estado sano y enfermo (Ito et al., 2019; Li y Di Santo, 2019). Para virus más leves, las infecciones humanas in vivo controladas se pueden realizar para el mejor modo de verificación de la asociación del virus con el mecanismo propuesto de exacerbaciones agudas inducidas virales. Con el advenimiento de modelos enfermos adecuados, la verificación de los mecanismos proporcionará la continuación necesaria para mejorar el tratamiento de las exacerbaciones agudas inducidas virales. En vista de la escasez de medidas preventivas antivirales disponibles sólo para unos pocos virus y vacunas que sólo están disponibles para las infecciones por IFV, se deben explorar más medidas alternativas para mejorar el manejo de la enfermedad. Medidas alternativas dirigidas a nuevos mecanismos de exacerbación aguda inducidos por virus, especialmente en la vía aérea superior, pueden servir como tratamientos complementarios de las estrategias de manejo actualmente disponibles para aumentar su eficacia. Nuevos modelos incluyendo cultivos primarios de células epiteliales bronquiales o nasales humanas, organoides o cortes pulmonares de precisión de pacientes con enfermedad de las vías aéreas en lugar de sujetos sanos pueden ser utilizados para definir mecanismos de exacerbación. Estos mecanismos pueden ser validados en pequeños ensayos clínicos en pacientes con asma o EPOC. Tener múltiples medios de tratamiento también puede reducir los problemas que surgen del desarrollo de resistencia hacia un tratamiento específico.

¿Por qué el tratamiento y el tratamiento varían en eficacia?

Infecciones respiratorias virales en la exacerbación de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías aéreas: nuevos mecanismos e ideas de la vía aérea superior Epiteliohttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7052386/SHA: 45a566c71056ba4faab425b4f7e9edee6320e4a4Autores: Tan, Kai Sen; Lim, Rachel Liyu; Liu, Jing; Ong, Hsiao Hui; Tan, Vivian Jiayi; Lim, Hui Fang; Chung, Kian Fan; Adcock, Ian M.; Chow, Vincent T.; Wang, De YunFecha: 2020-02-25DOI: 10.3389/fcell.2020.00099Licencia: cc-byAbstract: La infección por virus Estas exacerbaciones se asocian a una alta morbilidad e incluso mortalidad en todo el mundo, entendiendo que la infección viral aumenta la inflamación de las vías respiratorias, lo que agrava los síntomas de la enfermedad.Los recientes avances en la interfaz aire-líquido in vitro cultivos 3D, cultivos organoideos y el uso de nuevos modelos de desafío humanos y animales han evocado nuevos entendimientos en cuanto a los mecanismos de exacerbaciones virales.En esta revisión, nos centraremos en los hallazgos recientes que elucidan cómo las infecciones virales respiratorias alteran la barrera epitelial en las vías aéreas, el entorno microbiano de las vías aéreas superiores, modificaciones epigenéticas incluyendo modulación del miRNA y otros cambios en las respuestas inmunes a través de las vías aéreas superiores e inferiores. Primero, revisamos la prevalencia de diferentes infecciones respiratorias virales en causar exacerbaciones en enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Además, destacamos la importancia del viroma dentro del entorno del microbioma de la vía aérea y su impacto en la infección bacteriana posterior, lo que consolida la comprensión de la exacerbación inducida por virus en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias e indica vías que pueden estar dirigidas a un manejo más eficaz de las enfermedades inflamatorias crónicas. Texto: La prevalencia de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias está aumentando en todo el mundo, especialmente en los países desarrollados (GBD 2015 Chronic Respiratory Disease Colaborators, 2017 Guan et al., 2018). Esta enfermedad se caracteriza por inflamación de las vías respiratorias que provoca complicaciones como tos, sibilancia y falta de aliento. La enfermedad puede manifestarse tanto en las vías respiratorias superiores (como rinosinusitis crónica, CRS) como en las vías respiratorias inferiores (como asma y enfermedad pulmonar obstructiva crónica, EPOC) que afectan en gran medida El tratamiento y el manejo varían mucho en eficacia debido a la complejidad y heterogeneidad de la enfermedad. Esto se complica aún más por el efecto de las exacerbaciones episódicas de la enfermedad, definidas como el empeoramiento de los síntomas de la enfermedad, incluyendo sibilancia, tos, falta de aliento y opresión torácica (Xepapadaki y Papadopoulos, 2010). Estas exacerbaciones se deben al efecto de inflamación aguda aumentada de las vías respiratorias que afecta y empeora los síntomas de la enfermedad existente (Hashimoto et al., 2008; Viniol y Vogelmeier, 2018). Estas exacerbaciones agudas son la principal causa de morbilidad y a veces mortalidad en los pacientes, así como resultando en grandes cargas económicas en todo el mundo. Sin embargo, debido a las interacciones complejas entre el huésped y los agentes de exacerbación, los mecanismos de exacerbación pueden variar considerablemente en diferentes individuos bajo Las exacerbaciones agudas suelen deberse a la presencia de factores ambientales como alérgenos, contaminantes, humo, aire frío o seco y microbios patógenos en las vías respiratorias (Gautier y Charpin, 2017; Viniol y Vogelmeier, 2018). Estos agentes provocan una respuesta inmune que conduce a la infiltración de células inmunitarias activadas que liberan además mediadores inflamatorios que causan síntomas agudos como aumento de la producción de mucosidad, tos, sibilancias y falta de aliento. Entre estos agentes, la infección viral es uno de los principales motores de exacerbaciones del asma que representan hasta el 80-90% y el 45-80% de exacerbaciones en niños y adultos, respectivamente (Grissell et al., 2005; Xepapadaki y Papadopoulos, 2010; Jartti y Gern, 2017; Adeli et al., 2019). La participación viral en la exacerbación de la EPOC también es igualmente alta, habiendo sido detectada en el 30-80% de las exacerbaciones agudas de la EPOC (Kherad et al., 2010; Jafarinejad et al., 2017; Stolz et al., 2019). Aunque la prevalencia de exacerbaciones virales en la ERC todavía no está clara, es probable que su prevalencia sea alta debido a la naturaleza inflamatoria similar de estas enfermedades (Rowan et al., 2015; Tan et al., 2017). Una de las razones de la afectación de virus respiratorios en exacerbaciones es su facilidad de transmisión e infección (Kutter et al., 2018). Además, la alta diversidad de virus respiratorios también puede contribuir a exacerbaciones de diferente naturaleza y gravedad (Busse et al., 2010; Costa et al., 2014; Jartti y Gern, 2017) Por lo tanto, es importante identificar los mecanismos exactos que sustentan las exacerbaciones virales en sujetos susceptibles para manejar adecuadamente las exacerbaciones a través de tratamientos complementarios que puedan aliviar los síntomas de exacerbación o prevenir exacerbaciones graves.Si bien la vía aérea inferior es el sitio de inflamación disregulada en la mayoría de las enfermedades inflamatorias crónicas de la vía aérea, la vía aérea superior sigue siendo el primer punto de contacto con fuentes de exacerbación, por lo que su interacción con los agentes de exacerbación puede contribuir directamente a las respuestas posteriores en la vía aérea inferior, en línea con la hipótesis de "United Airway".Para dilucidar la interacción de la vía aérea huésped con virus que conducen a exacerbaciones, enfocamos nuestra revisión en los hallazgos recientes de interacción viral con la vía aérea superior. A pesar de ser una causa importante de exacerbación, los informes que vinculan virus respiratorios a exacerbaciones agudas sólo comienzan a surgir a finales de la década de 1950 (Pattemore et al., 1992) ; con infecciones bacterianas previamente consideradas como el culpable probable de exacerbación aguda (Stevens, 1953; Message y Johnston, 2002). Sin embargo, con el advenimiento de la tecnología PCR, se recuperaron más virus durante exacerbaciones agudas eventos e informes que implicaron su papel emergieron a finales de la década de 1980 (Mensaje y Johnston, 2002). Rhinovirus (RV) y virus respiratorio sincitial (RSV) son los virus predominantes vinculados al desarrollo y exacerbación de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Jarti y Gern, 2017). Otros virus como el virus de la parainfluenza (PIV), el virus de la gripe (IFV) y el adenovirus (AdV) también han sido implicados en exacerbaciones agudas, pero en un grado mucho menor (Johnston et al., 2005; Oliver et al., 2014; Ko et al., 2019). Más recientemente, se han notificado otros virus como el bocavirus (BoV), el metapneumovirus humano (HMPV), ciertas cepas del coronavirus (CoV), una cepa específica del enterovirus (EV-D68), el citomegalovirus humano (hCMV) y el virus del herpes simplex (HSV) que contribuyen a exacerbaciones agudas. La característica común de estos virus es que pueden infectar tanto la vía aérea superior como la inferior, aumentando aún más las condiciones inflamatorias en la vía aérea enferma (Mallia y Johnston, 2006; Los virus respiratorios infectan y replican principalmente dentro de las células epiteliales de la vía aérea. Durante el proceso de replicación, las células liberan factores antivirales y citocinas que alteran la inflamación de la vía aérea local y el nicho de la vía aérea (Busse et al., 2010). En una vía aérea sana, la inflamación normalmente conduce a respuestas inflamatorias tipo 1 consistentes en la activación de un estado antiviral y la infiltración de células efectoras antivirales, lo que eventualmente resulta en la resolución de la respuesta inflamatoria y el aclaramiento de la infección viral (Vareille et al., 2011; Brace et al., 2012). Sin embargo, en una vía aérea crónicamente inflamada, las respuestas contra el virus pueden estar deterioradas o aberrantes, causando inflamación sostenida e infiltración errónea, lo que resulta en la exacerbación de sus síntomas (Mallia y Johnston, 2006; Dougherty y Fahy, 2009; Busse et al., 2010; Britto et al., 2017; Linden et al., 2019). Esto suele agravarse por el aumento de la susceptibilidad de los pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias hacia infecciones respiratorias virales, aumentando así la frecuencia de exacerbación en su conjunto (Dougherty y Fahy, 2009; Busse et al., 2010; Linden et al., 2019). Además, debido a los diferentes ciclos de replicación y respuesta contra la miríada de virus respiratorios, cada virus respiratorio también puede contribuir a exacerbaciones a través de diferentes mecanismos que pueden alterar su Por lo tanto, esta revisión se centrará en compilar y cotejar los actuales mecanismos conocidos de exacerbación viral inducida por enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, así como en vincular la patogénesis de diferentes infecciones virales para dilucidar otras formas potenciales de exacerbación de la enfermedad. La revisión servirá para proporcionar una mayor comprensión de la exacerbación inducida por virus para identificar posibles vías y mecanismos patogénicos que pueden ser dirigidos como cuidados complementarios para el manejo y prevención de la exacerbación. Este enfoque puede ser clínicamente significativo debido a la actual escasez de fármacos antivirales para el manejo de exacerbaciones inducidas por virus, lo que mejorará la calidad de vida de los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias. Una vez establecida la relación entre la infección viral y las exacerbaciones agudas de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias, se han reportado muchos informes sobre los mecanismos subyacentes a la exacerbación inducida por la infección viral respiratoria. Al infectar En general, las células epiteliales de las vías respiratorias infectadas liberan interferones, citoquinas y quimioquinas tipo IL-6, IL-8, IL-12, RANTES, proteína inflamatoria de los macrófagos 1α (MIP-1α) y proteína quimiotáctica de los monocitos 1 (MCP-1) (Wark y Gibson, 2006; Matsukura y otros, 2013) y, a su vez, permiten la infiltración de células innatas inmunes y de células profesionales que presentan antígenos (APCs) que a su vez liberan mediadores específicos para facilitar la focalización y el aclaramiento virales, incluyendo interferón tipo II (IFNγ), IL-2, IL-4, IL-5, IL-9 e IL-12 (Wark y Gibson, 2006; Singh et al., 2010; Brazale Estos factores aumentan la inflamación local y la infiltración de granulocitos, células T y células B (Wark y Gibson, 2006; Brazale et al., 2012). El aumento de la inflamación, a su vez, empeora los síntomas de las enfermedades de las vías respiratorias. Además, en pacientes con asma y pacientes con SCR con pólipo nasal (CRSwNP), las infecciones virales como RV y VRS promueven una respuesta inmune de tipo 2-sesesada (Becker, 2006; Jackson et al., 2014; Jurak et al., 2018). Esto amplifica la inflamación basal tipo 2 resultando en una mayor liberación de IL-4, IL-5, IL-13, RANTES y eotaxina y un aumento adicional de la eosinofilia, un motor patológico clave del asma y CRSwNP (Wark y Gibson, 2006; Singh et al., 2010; Chung et al., 2015; Dunican y Fahy, 2015). El aumento de la eosinofilia, a su vez, empeora los síntomas clásicos de la enfermedad y puede conducir a condiciones potencialmente mortales debido a dificultades respiratorias. Por otro lado, los pacientes con EPOC y los pacientes con SCR sin pólipo nasal (CRSsNP) son más neutrófilos debido a la expresión de quimioattractantes neutrófilos como CXCL9, CXCL10 y CXCL11 (Cukic et al., 2012; Brightling and Greening, 2019). La patología de estas enfermedades de las vías respiratorias se caracteriza por la remodelación de las vías aéreas debido a la presencia de factores de remodelación como las metaloproteinasas de matriz (MMPs) liberadas de neutrófilos infiltrantes (Linden et al., 2019). Las infecciones virales en tales condiciones causarán entonces un aumento de la activación neutrófica; el empeoramiento de los síntomas y la remodelación de las vías respiratorias exacerbando la EPOC, CRSsNP e incluso CRSwNP en ciertos casos (Wang et al., 2009; Tacon et al., 2010; Linden et al., 2019). También se ha identificado recientemente una vía epitelial-céntrica alarmin alrededor de IL-25, IL-33 y linfopoyetina estromal timica (TSLP), y su interacción con las células linfoides innatas del grupo 2 (ILC2) (Nagarkar et al., 2012; Hong et al., 2018; Allinne et al., 2019). IL-25, IL-33 y TSLP son citoquinas inflamatorias de tipo 2 expresadas por las células epiteliales tras la lesión de la barrera epitelial (Gabryelska et al., 2019; Roan et al., 2019). Las ILC2 son un grupo de células linfoides que carecen de receptores de células B y T, pero desempeñan un papel crucial en la secretación de citocinas de tipo 2 para perpetuar la inflamación de tipo 2 cuando se activan (Scanlon y McKenzie, 2012; Li y Hendriks, 2013). En caso de infección viral, la muerte celular y la lesión de la barrera epitelial también inducirán la expresión de IL-25, IL-33 y TSLP, con mayor expresión en una vía aérea inflamada (Alakhverdi et al., 2007; Goldsmith et al., 2012; Byers et al., 2013; Shaw et al., 2013; Beale et al., 2014; Jackson et al., 2014; Uller y Persson, 2018; Ravanetti et al., 2019). Estas 3 citoquinas luego trabajan en concierto para activar ILC2s para segregar más citoquinas tipo 2 IL-4, IL-5 e IL-13 que agravan aún más la inflamación tipo 2 en la vía aérea causando exacerbación aguda (Camelo et al., 2017). En el caso de la EPOC, el aumento de la activación de la ILC2, que retiene la capacidad de diferenciar a la ILC1, también puede aumentar aún más la respuesta neutrófica y agravar aún más la exacerbación (Silver et al., 2016). Curiosamente, estos factores no se liberan en gran medida y no activan una respuesta de la ILC2 durante la infección viral en individuos sanos (Yan et al., 2016; Tan et al., 2018a) ; a pesar de aumentar una exacerbación de tipo 2 en las vías respiratorias crónicamente inflamadas (Jurak et al., 2018). Estos mecanismos clásicos de exacerbaciones agudas inducidas virales se resumen en la Figura 1. A medida que la integración de la virología, microbiología e inmunología de la infección viral se vuelve más interconectada, factores adicionales y FIGURA 1 Tras la infección por virus en la vía aérea, el estado antiviral se activará para eliminar el patógeno invasor de la vía aérea. La respuesta inmunitaria y los factores de lesión liberados del epitelio infectado normalmente inducirían una inmunidad rápida de tipo 1 que facilita el aclaramiento viral. Sin embargo, en la vía aérea inflamada, las citoquinas y quimioquinas liberadas en su lugar aumentaron la inflamación presente en la vía aérea crónicamente inflamada, fortaleciendo la infiltración neutrófila en la vía aérea COPD, e infiltración eosinofílica en la vía aérea asmática. El efecto también se ve agravado por la participación de células Th1 e ILC1 en la vía aérea COPD; y células Th2 e ILC2 en la vía aérea asmática. (2006) ha subrayado el efecto sinérgico de la infección viral con otros agentes sensibilizantes para causar exacerbaciones agudas más graves en las vías respiratorias, especialmente cuando no todos los eventos de exacerbación ocurrieron durante la infección viral, pero también pueden ocurrir mucho después del aclaramiento viral (Kim et al., 2008; Stolz et al., 2019), en particular el inicio tardío de una infección bacteriana (Singanayagam et al., 2018 (Singanayagam et al., 2019a). Además, los virus no necesitan infectar directamente la vía aérea inferior para causar una exacerbación aguda, ya que el epitelio nasal sigue siendo el lugar principal de la mayoría de las infecciones. Además, no todas las infecciones virales de la vía aérea darán lugar a exacerbaciones agudas, sugiriendo una interacción más compleja entre el virus y el epitelio de la vía aérea superior que sinergizan con el entorno de la vía aérea local en línea con la hipótesis de la "vía aérea unida" (Kurai et al., 2013). Por otro lado, las infecciones virales o sus componentes persisten en pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de la vía aérea (Kling et al., 2005; Wood et al., 2011; Ravi et al., 2019). Por lo tanto, su presencia puede alterar aún más el entorno local y contribuir a exacerbaciones actuales y futuras. Los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias han disminuido o reducido la capacidad de aclaramiento viral (Hammond et al., 2015; McKendry et al., 2016; Akbarshahi et al., 2018; Gill et al., 2018; Wang et al., 2018; Singanayagam et al., 2019b). Su deterioro se debe a una respuesta inflamatoria de tipo 2 que priva a la vía aérea de importantes células CD8 receptivas de tipo 1 que son responsables del aclaramiento completo de las células infectadas por el virus (Becker, 2006; McKendry et al., 2016). Esto es especialmente evidente en virus débiles que inducen la inflamación tipo 1 como RV y RSV (Kling et al., 2005; Wood et al., 2011; Ravi et al., 2019). Además, también hay evidencia de reducción de la producción de interferón tipo I (IFNβ) y III (IFN/23370/) debido a la inflamación de tipo 2-secado, que contribuye al aclaramiento imperfecto del virus, lo que resulta en la persistencia de componentes virales, o el virus vivo en el epitelio de las vías respiratorias (Contoli et al., 2006; Hwang et al., 2019; Wark, 2019). Debido a los componentes virales que permanecen en las vías respiratorias, genes antivirales como los interferones de tipo I, factores de activación de la inflamación y citoquinas permanecieron activados dando lugar a inflamación prolongada de las vías respiratorias (Wood et al., 2011; Essaidi-Laziosi et al., 2018). Estos factores aumentan la infiltración de granulocitos prolongando así los síntomas de exacerbación. Esta inflamación persistente también puede encontrarse dentro de virus del ADN como AdV, hCMV y HSV, cuyas infecciones generalmente persisten más tiempo (Imperial y Jiang, 2015), contribuyendo aún más a la activación crónica de la inflamación cuando infectan la vía aérea (Yang et al., 2008; Morimoto et al., 2009; Imperiale y Jiang, 2015; Lan et al., 2016; Tan et al., 2016; Kowalski et al., 2017). Con esa nota, el virus del papiloma humano (VPH), un virus del ADN muy asociado con cánceres de cabeza y cuello y papilomatosis respiratoria, también está relacionado con la inflamación crónica que precede a las neoplasias malignas (de Visser et al., 2005; Gillison et al., 2012; Bonomi et al., 2014; Fernandes et al., 2015). Por lo tanto, el papel de la infección por VPH en causar inflamación crónica en las vías respiratorias y su asociación a exacerbaciones de las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas, que apenas se explora, debe ser investigado en el futuro. Además, la persistencia viral que conduce a la expresión continua de genes antivirales también puede conducir al desarrollo de resistencia a los esteroides, que se observa con la infección por RV, VRS y PIV (Chi et al., 2011; Ford et al., 2013; Papi et al., 2013). El uso de esteroides para suprimir la inflamación también puede causar que el virus persista más tiempo en las vías respiratorias debido a la falta de aclaramiento antiviral (Kim et al., 2008; Hammond et al., 2015; Hewitt et al., 2016; McKendry et al., 2016; Singanayagam et al., 2019b). El desarrollo concomitante de resistencia a los esteroides, junto con la repetición o prolongación de la infección viral, añadió una carga considerable al manejo de la exacerbación aguda, que debería ser el foco futuro de la investigación para resolver las complicaciones duales derivadas de la infección viral. En el otro extremo del espectro, los virus que inducen una fuerte inflamación tipo 1 y la muerte celular como IFV (Yan et al., 2016; Guibas et al., 2018) y ciertos CoV (incluyendo el virus COVID-19 recientemente surgido) (Tao et al., 2013; Yue et al., 2018; Zhu et al., 2020), pueden no causar inflamación prolongada debido a la fuerte inducción del aclaramiento antiviral. Sin embargo, estas infecciones causan daño masivo y muerte celular a la barrera epitelial, tanto que las áreas del epitelio pueden estar completamente ausentes después de la infección (Yan et al., 2016; Tan et Factores como el RANTES y el CXCL10, que reclutan células inmunitarias para inducir apoptosis, son fuertemente inducidos por el epitelio infectado por IFV (Ampomah et al., 2018; Tan et al., 2019). Además, factores necroptóticos como el RIP3 agravan aún más las muertes celulares en el epitelio infectado por IFV. La muerte celular masiva inducida puede provocar un empeoramiento de la exacerbación aguda debido a la liberación de su contenido celular en las vías respiratorias, evocando una respuesta inflamatoria en las vías respiratorias (Guibas et al., 2018). Además, la destrucción de la barrera epitelial puede causar un mayor contacto con otros patógenos y alérgenos en las vías respiratorias que pueden prolongar las exacerbaciones o provocar nuevas exacerbaciones. La destrucción epitelial también puede promover una mayor remodelación epitelial durante su regeneración, ya que la infección viral induce la expresión de genes remodeladores como MMPs y factores de crecimiento. Infecciones que causan destrucción masiva del epitelio, como IFV, generalmente resultan en exacerbaciones agudas graves con síntomas no clásicos de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Afortunadamente, hay vacunas anuales disponibles para prevenir infecciones por IFV (Vasileiou et al., 2017; Zheng et al., 2018) ; y se recomienda que los pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias reciban su vacunación anual contra la gripe como el mejor medio para prevenir la exacerbación inducida por IFV grave. Otro mecanismo que las infecciones virales pueden utilizar para provocar exacerbaciones agudas es la inducción de factores de vasodilación o apertura de la unión estrecha que pueden aumentar la tasa de infiltración. Infección con una multitud de virus respiratorios Esto también aumenta las posibilidades de que los alérgenos entren en contacto con las células inmunitarias de las vías respiratorias. Por ejemplo, se encontró que la infección por IFV induce oncostatina M (OSM) lo que causa una apertura estrecha de la unión (Pothoven et al., 2015; Tian et al., 2018). De manera similar, las infecciones por RV y VRS suelen causar una apertura estrecha de la unión que también puede aumentar la tasa de infiltración de eosinófilos y, por lo tanto, empeorar los síntomas clásicos de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Sajjan et al., 2008; Kast et al., 2017; Kim et al., 2018). Además, la expresión de factores vasodilatadores y factores homeostáticos fluidos como angiopoietin-like 4 (ANGPTL4) y bactericida/permeabilidad en aumento que contienen pliegues familiares A1 (BPIFA1) también están asociados con infecciones virales y desarrollo de neumonía, que pueden empeorar la inflamación en la vía aérea baja Akram et al., 2018). Estos factores pueden servir como objetivos para prevenir exacerbaciones inducidas por virus durante el manejo de la exacerbación aguda de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias. Otro área de interés reciente es la relación entre asma y exacerbaciones de la EPOC y su asociación con el microbioma de las vías respiratorias. El desarrollo de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias suele estar relacionado con especies bacterianas específicas en el microbioma que pueden prosperar en el entorno de las vías respiratorias inflamadas (Diver et al., 2019) En el caso de una infección viral como la infección por RV, el efecto inducido por el virus puede desestabilizar el equilibrio del microbioma presente (Molyneaux et al., 2013; Kloepfer et al., 2014; Kloepfer et al., 2017; Jubinville et al., 2018; van Rijn et al., 2019). Además, la infección viral puede alterar colonias de biofilm en la vía aérea superior (por ejemplo, Streptococcus pneumoniae) microbioma para liberarse en la vía aérea inferior y empeorar la inflamación (Marks et al., 2013; Chao et al., 2014). Además, una infección viral también puede alterar el perfil de nutrientes en la vía aérea a través de la liberación de nutrientes previamente inaccesibles que alterarán el crecimiento bacteriano (Siegel et al., 2014; Mallia et al., 2018 Además, la desestabilización se ve agravada por una respuesta inmune bacteriana alterada, ya sea por influencias virales directas, o por el uso de corticosteroides para suprimir los síntomas de exacerbación (Singanayagam et al., 2018 (Singanayagam et al., 2019a Wang et al., 2018; Finney et al., 2019). Todos estos cambios pueden llevar gradualmente a un efecto de mayor alcance cuando la flora normal es reemplazada por patógenos oportunistas, alterando los perfiles inflamatorios (Teo et al., 2018). Estos cambios a su vez pueden resultar en exacerbaciones agudas más graves y frecuentes debido a la interacción entre el virus y las bacterias patógenas en exacerbar las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas (Wark et al., 2013; Singanayagam et al., 2018). Para contrarrestar estos efectos, las terapias basadas en microbiomas están en su infancia, pero han demostrado eficacia en los tratamientos del síndrome del intestino irritable restaurando el microbioma intestinal (Bakken et al., 2011). Más investigaciones pueden ser hechas de manera similar para que el microbioma de las vías respiratorias pueda restaurar el microbioma después de la interrupción por una infección viral. Las infecciones virales pueden causar la interrupción de la función mucociliar, un componente importante de la barrera epitelial. Proteínas ciliares FIGURA 2 Cambios en el epitelio de las vías respiratorias superiores que contribuyen a la exacerbación viral en enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. El epitelio de las vías respiratorias superiores es el sitio principal de contacto/infección de la mayoría de los virus respiratorios. Por lo tanto, su infección por virus respiratorios puede tener consecuencias de gran alcance en el aumento y La destrucción de la barrera epitelial, la función mucociliar y la muerte celular de las células epitelial sirven para aumentar el contacto entre los desencadenantes ambientales con la vía aérea inferior y las células inmunes residentes. La apertura de la unión estrecha aumentando la fuga aumenta aún más la inflamación y exacerbaciones. Además, las infecciones virales se acompañan generalmente con estrés oxidativo que aumentará aún más la inflamación local en la vía aérea. La disregulación de la inflamación puede ser agravada por la modulación de los miRNAs y la modificación epigenética como la metilación del ADN y las modificaciones histonas que promueven la disregulación en la inflamación. Finalmente, el cambio en el ambiente de las vías respiratorias locales y la inflamación promueve el crecimiento de bacterias patogénicas que pueden reemplazar al microbioma de la vía aérea. Además, el ambiente inflamatorio también puede dispersar los comans de la vía aérea superior en la vía aérea inferior Rasgo específico viral que contribuye al mecanismo de exacerbación (con evidencia en la literatura) Estrés oxidativo Producción de ROS (RV, RSV, IFV, HSV)Como RV, RSV e IFV fueron los virus más frecuentemente estudiados en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, la mayoría de los virus enumerados son predominantemente estos virus. Sin embargo, los mecanismos aquí descritos también pueden ser aplicables a otros virus, pero no pueden ser listados ya que no estuvieron implicados en el contexto de exacerbación de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (ver texto para abreviaciones). que ayudan en la función adecuada de los cilios móviles en las vías respiratorias se expresan aberrantemente en células epiteliales de las vías respiratorias ciliadas que son el principal objetivo para la infección por RV (Griggs et al., 2017). Tal forma de cilia discinesia secundaria parece estar presente con inflamaciones crónicas en la vía aérea, pero los mecanismos exactos todavía son desconocidos (Peng et al.,, 2019 Qiu et al., 2018). Sin embargo, se encontró que en la infección viral como IFV, puede haber un cambio en el metabolismo de las células, así como una alteración en la expresión del gen ciliar, principalmente en la forma de regulación descendente de los genes como la cadena pesada dynein axonemal 5 (DNAH5) y diferenciación multiciliada y síntesis de ADN asociada a la proteína del ciclo celular (MCIDAS) (Tan et al., 2018b. El recientemente surgido Wuhan CoV también se encontró para reducir la paliza ciliar en el modelo epitelial de la vía aérea infectado (Zhu et al., 2020). Además, se demostró que las infecciones virales como el VRS destruyen directamente los cilios de las células ciliadas y casi todos los virus respiratorios infectan las células ciliadas (Jumat et al., 2015; Yan et al., 2016; Tan et al., 2018a). Además, la sobreproducción de mucosidad también puede alterar el equilibrio de la función mucociliar después de la infección viral, dando lugar a síntomas de exacerbación aguda (Zhu et al., 2009). Por lo tanto, la interrupción del movimiento ciliar durante la infección viral puede causar más material extraño y alérgeno para entrar en la vía aérea, agravando los síntomas de exacerbación aguda y haciendo más difícil de manejar. Los microRNAs (miRNAs) son ARNs cortos no codificantes involucrados en la modulación post-transcripción de los procesos biológicos, e implicados en una serie de enfermedades (Tan et al., 2014). Los miRNAs se encuentran inducidos por infecciones virales y pueden jugar un papel en la modulación de las respuestas antivirales y la inflamación (Gutierrez et al., 2016; Deng et al., 2017; Feng et al., 2018). En el caso de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, se encontró que los cambios circulantes de miRNAs están relacionados con la exacerbación de las enfermedades (Wardzynska et al., 2020). Por lo tanto, es probable que tales cambios de miRNAs se originan desde el epitelio infectado y las células inmunes que responden, que pueden servir para disregular aún más la inflamación de las vías Tanto las infecciones por IFV como las por VRS han demostrado aumentar miR-21 y aumentar la inflamación en los modelos experimentales de asma murina, lo que se invierte con un tratamiento combinado de antimiR-21 y corticosteroides (Kim et al., 2017). La infección por IFV también se muestra aumentando miR-125a y b, y miR-132 en el epitelio de EPOC que inhibe A20 y MAVS; y p300 e IRF3, respectivamente, lo que resulta en una mayor susceptibilidad a las infecciones virales (Hsu et al., 2016 (Hsu et al., 2017). Por el contrario, se demostró que miR-22 se suprimió en el epitelio asmático en la infección por IFV, lo que da lugar a una respuesta epitelial aberranta, contribuyendo a exacerbaciones (Moheimani et al., 2018). Aparte de estas evidencias directas de cambios en el miRNA en contribuir a exacerbaciones, un aumento del número de miRNAs y otros ARNs no codificantes responsables de la modulación inmune se encuentran alterados después de infecciones virales (Globinska et al., 2014; Feng et al., 2018; Hasegawa et al., 2018). Por lo tanto, los ARNs no codificantes también se presentan como objetivos para modular los cambios virales inducidos en las vías respiratorias como un medio para controlar la exacerbación de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Aparte de la modulación de miRNA, otras modificaciones epigenéticas como la metilación del ADN también pueden desempeñar un papel en la exacerbación de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Al mismo tiempo, también se demostró que las infecciones virales como RV y VRS alteran la metilación del ADN y las modificaciones histonas en el epitelio de las vías respiratorias que pueden alterar las respuestas inflamatorias, provocando enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias y exacerbaciones (McErlean et al., 2014; Pech et al., 2018; Caixia et al., 2019). Además, Spalluto et al. (2017) también mostraron que factores antivirales como IFNγ epigenéticamente modifican la resistencia viral de las células epiteliales. Por lo tanto, esto puede indicar que infecciones como RV y VRS que débilmente inducen respuestas antivirales pueden resultar en un estado inflamatorio alterado que contribuye a una mayor persistencia viral y exacerbación de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Spalluto et al., 2017). Finalmente, la infección viral puede resultar en una mayor producción de especies reactivas de oxígeno (ROS), estrés oxidativo y disfunción mitocondrial en el epitelio de las vías respiratorias (Kim et al., 2018; Mishra et al., 2018; Wang et al., 2018). El epitelio de las vías respiratorias de los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias suelen estar bajo un estado de estrés oxidativo constante que sostiene la inflamación de las vías respiratorias (Barnes, 2017; van der Vliet et al., 2018). Las infecciones virales del epitelio respiratorio por virus como IFV, RV, RSV y HSV pueden desencadenar la producción adicional de ROS como mecanismo antiviral Aizawa et al., 2018; Wang et al., 2018). Además, la infiltración de células en respuesta a la infección, como los neutrófilos, también desencadenará una ruptura respiratoria como medio para aumentar la ROS en la región infectada. El aumento de la ROS y el estrés oxidativo en el ambiente local pueden servir como un desencadenante para promover la inflamación, agravando así la inflamación en las vías respiratorias (Tiwari et al., 2002). En la Figura 2 y la Tabla 1 se muestra un resumen de los posibles mecanismos de exacerbación y los virus asociados. Mientras que los mecanismos subyacentes al desarrollo y exacerbación aguda de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias son ampliamente estudiados para controlar y controlar la enfermedad, una infección viral hace más que sólo causar una exacerbación aguda en estos pacientes. Una exacerbación aguda inducida por virus no sólo induce y empeora los síntomas de la enfermedad, sino que también puede alterar el manejo de la enfermedad o conferir resistencia a tratamientos que funcionaban antes. Por lo tanto, la apreciación de los mecanismos de exacerbaciones agudas inducidas por virus es de importancia clínica para diseñar estrategias para corregir los cambios virales que pueden empeorar los síntomas de la enfermedad inflamatoria de las vías respiratorias crónicas. Otros estudios en exacerbaciones naturales y en modelos de desafíos virales utilizando secuenciación de ARN (ARN-seq) o ARN-seq de una sola célula en un rango de tiempos pueden proporcionar información importante sobre patogénesis viral y cambios inducidos dentro de las vías respiratorias de pacientes con enfermedad inflamatoria de las vías respiratorias crónicas para identificar nuevos objetivos y vías para mejorar el manejo de la enfermedad. El análisis posterior de funciones puede utilizar modelos de células epiteliales como la interfaz aire-líquido, modelo epitelial de vía aérea in vitro que ha sido adaptado para estudiar la infección viral y los cambios inducidos en la vía aérea (Yan et al., 2016; Boda et al., 2018; También se han desarrollado modelos de enfermedades de origen animal para identificar mecanismos sistémicos de exacerbación aguda (Shin, 2016; Gubernatorova et al., 2019; Tanner and Single, 2019). Además, el modelo de ratón humanizado que posee células inmunitarias humanas también puede servir para desentrañar el perfil inmune de una infección viral en estado sano y enfermo (Ito et al., 2019; Li y Di Santo, 2019). Para virus más leves, las infecciones humanas in vivo controladas se pueden realizar para el mejor modo de verificación de la asociación del virus con el mecanismo propuesto de exacerbaciones agudas inducidas virales. Con el advenimiento de modelos enfermos adecuados, la verificación de los mecanismos proporcionará la continuación necesaria para mejorar el tratamiento de las exacerbaciones agudas inducidas virales. En vista de la escasez de medidas preventivas antivirales disponibles sólo para unos pocos virus y vacunas que sólo están disponibles para las infecciones por IFV, se deben explorar más medidas alternativas para mejorar el manejo de la enfermedad. Medidas alternativas dirigidas a nuevos mecanismos de exacerbación aguda inducidos por virus, especialmente en la vía aérea superior, pueden servir como tratamientos complementarios de las estrategias de manejo actualmente disponibles para aumentar su eficacia. Nuevos modelos incluyendo cultivos primarios de células epiteliales bronquiales o nasales humanas, organoides o cortes pulmonares de precisión de pacientes con enfermedad de las vías aéreas en lugar de sujetos sanos pueden ser utilizados para definir mecanismos de exacerbación. Estos mecanismos pueden ser validados en pequeños ensayos clínicos en pacientes con asma o EPOC. Tener múltiples medios de tratamiento también puede reducir los problemas que surgen del desarrollo de resistencia hacia un tratamiento específico.

¿Cuál es la razón de la participación de virus respiratorios en la exacerbación?

Infecciones respiratorias virales en la exacerbación de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías aéreas: nuevos mecanismos e ideas de la vía aérea superior Epiteliohttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7052386/SHA: 45a566c71056ba4faab425b4f7e9edee6320e4a4Autores: Tan, Kai Sen; Lim, Rachel Liyu; Liu, Jing; Ong, Hsiao Hui; Tan, Vivian Jiayi; Lim, Hui Fang; Chung, Kian Fan; Adcock, Ian M.; Chow, Vincent T.; Wang, De YunFecha: 2020-02-25DOI: 10.3389/fcell.2020.00099Licencia: cc-byAbstract: La infección por virus Estas exacerbaciones se asocian a una alta morbilidad e incluso mortalidad en todo el mundo, entendiendo que la infección viral aumenta la inflamación de las vías respiratorias, lo que agrava los síntomas de la enfermedad.Los recientes avances en la interfaz aire-líquido in vitro cultivos 3D, cultivos organoideos y el uso de nuevos modelos de desafío humanos y animales han evocado nuevos entendimientos en cuanto a los mecanismos de exacerbaciones virales.En esta revisión, nos centraremos en los hallazgos recientes que elucidan cómo las infecciones virales respiratorias alteran la barrera epitelial en las vías aéreas, el entorno microbiano de las vías aéreas superiores, modificaciones epigenéticas incluyendo modulación del miRNA y otros cambios en las respuestas inmunes a través de las vías aéreas superiores e inferiores. Primero, revisamos la prevalencia de diferentes infecciones respiratorias virales en causar exacerbaciones en enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Además, destacamos la importancia del viroma dentro del entorno del microbioma de la vía aérea y su impacto en la infección bacteriana posterior, lo que consolida la comprensión de la exacerbación inducida por virus en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias e indica vías que pueden estar dirigidas a un manejo más eficaz de las enfermedades inflamatorias crónicas. Texto: La prevalencia de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias está aumentando en todo el mundo, especialmente en los países desarrollados (GBD 2015 Chronic Respiratory Disease Colaborators, 2017 Guan et al., 2018). Esta enfermedad se caracteriza por inflamación de las vías respiratorias que provoca complicaciones como tos, sibilancia y falta de aliento. La enfermedad puede manifestarse tanto en las vías respiratorias superiores (como rinosinusitis crónica, CRS) como en las vías respiratorias inferiores (como asma y enfermedad pulmonar obstructiva crónica, EPOC) que afectan en gran medida El tratamiento y el manejo varían mucho en eficacia debido a la complejidad y heterogeneidad de la enfermedad. Esto se complica aún más por el efecto de las exacerbaciones episódicas de la enfermedad, definidas como el empeoramiento de los síntomas de la enfermedad, incluyendo sibilancia, tos, falta de aliento y opresión torácica (Xepapadaki y Papadopoulos, 2010). Estas exacerbaciones se deben al efecto de inflamación aguda aumentada de las vías respiratorias que afecta y empeora los síntomas de la enfermedad existente (Hashimoto et al., 2008; Viniol y Vogelmeier, 2018). Estas exacerbaciones agudas son la principal causa de morbilidad y a veces mortalidad en los pacientes, así como resultando en grandes cargas económicas en todo el mundo. Sin embargo, debido a las interacciones complejas entre el huésped y los agentes de exacerbación, los mecanismos de exacerbación pueden variar considerablemente en diferentes individuos bajo Las exacerbaciones agudas suelen deberse a la presencia de factores ambientales como alérgenos, contaminantes, humo, aire frío o seco y microbios patógenos en las vías respiratorias (Gautier y Charpin, 2017; Viniol y Vogelmeier, 2018). Estos agentes provocan una respuesta inmune que conduce a la infiltración de células inmunitarias activadas que liberan además mediadores inflamatorios que causan síntomas agudos como aumento de la producción de mucosidad, tos, sibilancias y falta de aliento. Entre estos agentes, la infección viral es uno de los principales motores de exacerbaciones del asma que representan hasta el 80-90% y el 45-80% de exacerbaciones en niños y adultos, respectivamente (Grissell et al., 2005; Xepapadaki y Papadopoulos, 2010; Jartti y Gern, 2017; Adeli et al., 2019). La participación viral en la exacerbación de la EPOC también es igualmente alta, habiendo sido detectada en el 30-80% de las exacerbaciones agudas de la EPOC (Kherad et al., 2010; Jafarinejad et al., 2017; Stolz et al., 2019). Aunque la prevalencia de exacerbaciones virales en la ERC todavía no está clara, es probable que su prevalencia sea alta debido a la naturaleza inflamatoria similar de estas enfermedades (Rowan et al., 2015; Tan et al., 2017). Una de las razones de la afectación de virus respiratorios en exacerbaciones es su facilidad de transmisión e infección (Kutter et al., 2018). Además, la alta diversidad de virus respiratorios también puede contribuir a exacerbaciones de diferente naturaleza y gravedad (Busse et al., 2010; Costa et al., 2014; Jartti y Gern, 2017) Por lo tanto, es importante identificar los mecanismos exactos que sustentan las exacerbaciones virales en sujetos susceptibles para manejar adecuadamente las exacerbaciones a través de tratamientos complementarios que puedan aliviar los síntomas de exacerbación o prevenir exacerbaciones graves.Si bien la vía aérea inferior es el sitio de inflamación disregulada en la mayoría de las enfermedades inflamatorias crónicas de la vía aérea, la vía aérea superior sigue siendo el primer punto de contacto con fuentes de exacerbación, por lo que su interacción con los agentes de exacerbación puede contribuir directamente a las respuestas posteriores en la vía aérea inferior, en línea con la hipótesis de "United Airway".Para dilucidar la interacción de la vía aérea huésped con virus que conducen a exacerbaciones, enfocamos nuestra revisión en los hallazgos recientes de interacción viral con la vía aérea superior. A pesar de ser una causa importante de exacerbación, los informes que vinculan virus respiratorios a exacerbaciones agudas sólo comienzan a surgir a finales de la década de 1950 (Pattemore et al., 1992) ; con infecciones bacterianas previamente consideradas como el culpable probable de exacerbación aguda (Stevens, 1953; Message y Johnston, 2002). Sin embargo, con el advenimiento de la tecnología PCR, se recuperaron más virus durante exacerbaciones agudas eventos e informes que implicaron su papel emergieron a finales de la década de 1980 (Mensaje y Johnston, 2002). Rhinovirus (RV) y virus respiratorio sincitial (RSV) son los virus predominantes vinculados al desarrollo y exacerbación de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Jarti y Gern, 2017). Otros virus como el virus de la parainfluenza (PIV), el virus de la gripe (IFV) y el adenovirus (AdV) también han sido implicados en exacerbaciones agudas, pero en un grado mucho menor (Johnston et al., 2005; Oliver et al., 2014; Ko et al., 2019). Más recientemente, se han notificado otros virus como el bocavirus (BoV), el metapneumovirus humano (HMPV), ciertas cepas del coronavirus (CoV), una cepa específica del enterovirus (EV-D68), el citomegalovirus humano (hCMV) y el virus del herpes simplex (HSV) que contribuyen a exacerbaciones agudas. La característica común de estos virus es que pueden infectar tanto la vía aérea superior como la inferior, aumentando aún más las condiciones inflamatorias en la vía aérea enferma (Mallia y Johnston, 2006; Los virus respiratorios infectan y replican principalmente dentro de las células epiteliales de la vía aérea. Durante el proceso de replicación, las células liberan factores antivirales y citocinas que alteran la inflamación de la vía aérea local y el nicho de la vía aérea (Busse et al., 2010). En una vía aérea sana, la inflamación normalmente conduce a respuestas inflamatorias tipo 1 consistentes en la activación de un estado antiviral y la infiltración de células efectoras antivirales, lo que eventualmente resulta en la resolución de la respuesta inflamatoria y el aclaramiento de la infección viral (Vareille et al., 2011; Brace et al., 2012). Sin embargo, en una vía aérea crónicamente inflamada, las respuestas contra el virus pueden estar deterioradas o aberrantes, causando inflamación sostenida e infiltración errónea, lo que resulta en la exacerbación de sus síntomas (Mallia y Johnston, 2006; Dougherty y Fahy, 2009; Busse et al., 2010; Britto et al., 2017; Linden et al., 2019). Esto suele agravarse por el aumento de la susceptibilidad de los pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias hacia infecciones respiratorias virales, aumentando así la frecuencia de exacerbación en su conjunto (Dougherty y Fahy, 2009; Busse et al., 2010; Linden et al., 2019). Además, debido a los diferentes ciclos de replicación y respuesta contra la miríada de virus respiratorios, cada virus respiratorio también puede contribuir a exacerbaciones a través de diferentes mecanismos que pueden alterar su Por lo tanto, esta revisión se centrará en compilar y cotejar los actuales mecanismos conocidos de exacerbación viral inducida por enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, así como en vincular la patogénesis de diferentes infecciones virales para dilucidar otras formas potenciales de exacerbación de la enfermedad. La revisión servirá para proporcionar una mayor comprensión de la exacerbación inducida por virus para identificar posibles vías y mecanismos patogénicos que pueden ser dirigidos como cuidados complementarios para el manejo y prevención de la exacerbación. Este enfoque puede ser clínicamente significativo debido a la actual escasez de fármacos antivirales para el manejo de exacerbaciones inducidas por virus, lo que mejorará la calidad de vida de los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias. Una vez establecida la relación entre la infección viral y las exacerbaciones agudas de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias, se han reportado muchos informes sobre los mecanismos subyacentes a la exacerbación inducida por la infección viral respiratoria. Al infectar En general, las células epiteliales de las vías respiratorias infectadas liberan interferones, citoquinas y quimioquinas tipo IL-6, IL-8, IL-12, RANTES, proteína inflamatoria de los macrófagos 1α (MIP-1α) y proteína quimiotáctica de los monocitos 1 (MCP-1) (Wark y Gibson, 2006; Matsukura y otros, 2013) y, a su vez, permiten la infiltración de células innatas inmunes y de células profesionales que presentan antígenos (APCs) que a su vez liberan mediadores específicos para facilitar la focalización y el aclaramiento virales, incluyendo interferón tipo II (IFNγ), IL-2, IL-4, IL-5, IL-9 e IL-12 (Wark y Gibson, 2006; Singh et al., 2010; Brazale Estos factores aumentan la inflamación local y la infiltración de granulocitos, células T y células B (Wark y Gibson, 2006; Brazale et al., 2012). El aumento de la inflamación, a su vez, empeora los síntomas de las enfermedades de las vías respiratorias. Además, en pacientes con asma y pacientes con SCR con pólipo nasal (CRSwNP), las infecciones virales como RV y VRS promueven una respuesta inmune de tipo 2-sesesada (Becker, 2006; Jackson et al., 2014; Jurak et al., 2018). Esto amplifica la inflamación basal tipo 2 resultando en una mayor liberación de IL-4, IL-5, IL-13, RANTES y eotaxina y un aumento adicional de la eosinofilia, un motor patológico clave del asma y CRSwNP (Wark y Gibson, 2006; Singh et al., 2010; Chung et al., 2015; Dunican y Fahy, 2015). El aumento de la eosinofilia, a su vez, empeora los síntomas clásicos de la enfermedad y puede conducir a condiciones potencialmente mortales debido a dificultades respiratorias. Por otro lado, los pacientes con EPOC y los pacientes con SCR sin pólipo nasal (CRSsNP) son más neutrófilos debido a la expresión de quimioattractantes neutrófilos como CXCL9, CXCL10 y CXCL11 (Cukic et al., 2012; Brightling and Greening, 2019). La patología de estas enfermedades de las vías respiratorias se caracteriza por la remodelación de las vías aéreas debido a la presencia de factores de remodelación como las metaloproteinasas de matriz (MMPs) liberadas de neutrófilos infiltrantes (Linden et al., 2019). Las infecciones virales en tales condiciones causarán entonces un aumento de la activación neutrófica; el empeoramiento de los síntomas y la remodelación de las vías respiratorias exacerbando la EPOC, CRSsNP e incluso CRSwNP en ciertos casos (Wang et al., 2009; Tacon et al., 2010; Linden et al., 2019). También se ha identificado recientemente una vía epitelial-céntrica alarmin alrededor de IL-25, IL-33 y linfopoyetina estromal timica (TSLP), y su interacción con las células linfoides innatas del grupo 2 (ILC2) (Nagarkar et al., 2012; Hong et al., 2018; Allinne et al., 2019). IL-25, IL-33 y TSLP son citoquinas inflamatorias de tipo 2 expresadas por las células epiteliales tras la lesión de la barrera epitelial (Gabryelska et al., 2019; Roan et al., 2019). Las ILC2 son un grupo de células linfoides que carecen de receptores de células B y T, pero desempeñan un papel crucial en la secretación de citocinas de tipo 2 para perpetuar la inflamación de tipo 2 cuando se activan (Scanlon y McKenzie, 2012; Li y Hendriks, 2013). En caso de infección viral, la muerte celular y la lesión de la barrera epitelial también inducirán la expresión de IL-25, IL-33 y TSLP, con mayor expresión en una vía aérea inflamada (Alakhverdi et al., 2007; Goldsmith et al., 2012; Byers et al., 2013; Shaw et al., 2013; Beale et al., 2014; Jackson et al., 2014; Uller y Persson, 2018; Ravanetti et al., 2019). Estas 3 citoquinas luego trabajan en concierto para activar ILC2s para segregar más citoquinas tipo 2 IL-4, IL-5 e IL-13 que agravan aún más la inflamación tipo 2 en la vía aérea causando exacerbación aguda (Camelo et al., 2017). En el caso de la EPOC, el aumento de la activación de la ILC2, que retiene la capacidad de diferenciar a la ILC1, también puede aumentar aún más la respuesta neutrófica y agravar aún más la exacerbación (Silver et al., 2016). Curiosamente, estos factores no se liberan en gran medida y no activan una respuesta de la ILC2 durante la infección viral en individuos sanos (Yan et al., 2016; Tan et al., 2018a) ; a pesar de aumentar una exacerbación de tipo 2 en las vías respiratorias crónicamente inflamadas (Jurak et al., 2018). Estos mecanismos clásicos de exacerbaciones agudas inducidas virales se resumen en la Figura 1. A medida que la integración de la virología, microbiología e inmunología de la infección viral se vuelve más interconectada, factores adicionales y FIGURA 1 Tras la infección por virus en la vía aérea, el estado antiviral se activará para eliminar el patógeno invasor de la vía aérea. La respuesta inmunitaria y los factores de lesión liberados del epitelio infectado normalmente inducirían una inmunidad rápida de tipo 1 que facilita el aclaramiento viral. Sin embargo, en la vía aérea inflamada, las citoquinas y quimioquinas liberadas en su lugar aumentaron la inflamación presente en la vía aérea crónicamente inflamada, fortaleciendo la infiltración neutrófila en la vía aérea COPD, e infiltración eosinofílica en la vía aérea asmática. El efecto también se ve agravado por la participación de células Th1 e ILC1 en la vía aérea COPD; y células Th2 e ILC2 en la vía aérea asmática. (2006) ha subrayado el efecto sinérgico de la infección viral con otros agentes sensibilizantes para causar exacerbaciones agudas más graves en las vías respiratorias, especialmente cuando no todos los eventos de exacerbación ocurrieron durante la infección viral, pero también pueden ocurrir mucho después del aclaramiento viral (Kim et al., 2008; Stolz et al., 2019), en particular el inicio tardío de una infección bacteriana (Singanayagam et al., 2018 (Singanayagam et al., 2019a). Además, los virus no necesitan infectar directamente la vía aérea inferior para causar una exacerbación aguda, ya que el epitelio nasal sigue siendo el lugar principal de la mayoría de las infecciones. Además, no todas las infecciones virales de la vía aérea darán lugar a exacerbaciones agudas, sugiriendo una interacción más compleja entre el virus y el epitelio de la vía aérea superior que sinergizan con el entorno de la vía aérea local en línea con la hipótesis de la "vía aérea unida" (Kurai et al., 2013). Por otro lado, las infecciones virales o sus componentes persisten en pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de la vía aérea (Kling et al., 2005; Wood et al., 2011; Ravi et al., 2019). Por lo tanto, su presencia puede alterar aún más el entorno local y contribuir a exacerbaciones actuales y futuras. Los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias han disminuido o reducido la capacidad de aclaramiento viral (Hammond et al., 2015; McKendry et al., 2016; Akbarshahi et al., 2018; Gill et al., 2018; Wang et al., 2018; Singanayagam et al., 2019b). Su deterioro se debe a una respuesta inflamatoria de tipo 2 que priva a la vía aérea de importantes células CD8 receptivas de tipo 1 que son responsables del aclaramiento completo de las células infectadas por el virus (Becker, 2006; McKendry et al., 2016). Esto es especialmente evidente en virus débiles que inducen la inflamación tipo 1 como RV y RSV (Kling et al., 2005; Wood et al., 2011; Ravi et al., 2019). Además, también hay evidencia de reducción de la producción de interferón tipo I (IFNβ) y III (IFN/23370/) debido a la inflamación de tipo 2-secado, que contribuye al aclaramiento imperfecto del virus, lo que resulta en la persistencia de componentes virales, o el virus vivo en el epitelio de las vías respiratorias (Contoli et al., 2006; Hwang et al., 2019; Wark, 2019). Debido a los componentes virales que permanecen en las vías respiratorias, genes antivirales como los interferones de tipo I, factores de activación de la inflamación y citoquinas permanecieron activados dando lugar a inflamación prolongada de las vías respiratorias (Wood et al., 2011; Essaidi-Laziosi et al., 2018). Estos factores aumentan la infiltración de granulocitos prolongando así los síntomas de exacerbación. Esta inflamación persistente también puede encontrarse dentro de virus del ADN como AdV, hCMV y HSV, cuyas infecciones generalmente persisten más tiempo (Imperial y Jiang, 2015), contribuyendo aún más a la activación crónica de la inflamación cuando infectan la vía aérea (Yang et al., 2008; Morimoto et al., 2009; Imperiale y Jiang, 2015; Lan et al., 2016; Tan et al., 2016; Kowalski et al., 2017). Con esa nota, el virus del papiloma humano (VPH), un virus del ADN muy asociado con cánceres de cabeza y cuello y papilomatosis respiratoria, también está relacionado con la inflamación crónica que precede a las neoplasias malignas (de Visser et al., 2005; Gillison et al., 2012; Bonomi et al., 2014; Fernandes et al., 2015). Por lo tanto, el papel de la infección por VPH en causar inflamación crónica en las vías respiratorias y su asociación a exacerbaciones de las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas, que apenas se explora, debe ser investigado en el futuro. Además, la persistencia viral que conduce a la expresión continua de genes antivirales también puede conducir al desarrollo de resistencia a los esteroides, que se observa con la infección por RV, VRS y PIV (Chi et al., 2011; Ford et al., 2013; Papi et al., 2013). El uso de esteroides para suprimir la inflamación también puede causar que el virus persista más tiempo en las vías respiratorias debido a la falta de aclaramiento antiviral (Kim et al., 2008; Hammond et al., 2015; Hewitt et al., 2016; McKendry et al., 2016; Singanayagam et al., 2019b). El desarrollo concomitante de resistencia a los esteroides, junto con la repetición o prolongación de la infección viral, añadió una carga considerable al manejo de la exacerbación aguda, que debería ser el foco futuro de la investigación para resolver las complicaciones duales derivadas de la infección viral. En el otro extremo del espectro, los virus que inducen una fuerte inflamación tipo 1 y la muerte celular como IFV (Yan et al., 2016; Guibas et al., 2018) y ciertos CoV (incluyendo el virus COVID-19 recientemente surgido) (Tao et al., 2013; Yue et al., 2018; Zhu et al., 2020), pueden no causar inflamación prolongada debido a la fuerte inducción del aclaramiento antiviral. Sin embargo, estas infecciones causan daño masivo y muerte celular a la barrera epitelial, tanto que las áreas del epitelio pueden estar completamente ausentes después de la infección (Yan et al., 2016; Tan et Factores como el RANTES y el CXCL10, que reclutan células inmunitarias para inducir apoptosis, son fuertemente inducidos por el epitelio infectado por IFV (Ampomah et al., 2018; Tan et al., 2019). Además, factores necroptóticos como el RIP3 agravan aún más las muertes celulares en el epitelio infectado por IFV. La muerte celular masiva inducida puede provocar un empeoramiento de la exacerbación aguda debido a la liberación de su contenido celular en las vías respiratorias, evocando una respuesta inflamatoria en las vías respiratorias (Guibas et al., 2018). Además, la destrucción de la barrera epitelial puede causar un mayor contacto con otros patógenos y alérgenos en las vías respiratorias que pueden prolongar las exacerbaciones o provocar nuevas exacerbaciones. La destrucción epitelial también puede promover una mayor remodelación epitelial durante su regeneración, ya que la infección viral induce la expresión de genes remodeladores como MMPs y factores de crecimiento. Infecciones que causan destrucción masiva del epitelio, como IFV, generalmente resultan en exacerbaciones agudas graves con síntomas no clásicos de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Afortunadamente, hay vacunas anuales disponibles para prevenir infecciones por IFV (Vasileiou et al., 2017; Zheng et al., 2018) ; y se recomienda que los pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias reciban su vacunación anual contra la gripe como el mejor medio para prevenir la exacerbación inducida por IFV grave. Otro mecanismo que las infecciones virales pueden utilizar para provocar exacerbaciones agudas es la inducción de factores de vasodilación o apertura de la unión estrecha que pueden aumentar la tasa de infiltración. Infección con una multitud de virus respiratorios Esto también aumenta las posibilidades de que los alérgenos entren en contacto con las células inmunitarias de las vías respiratorias. Por ejemplo, se encontró que la infección por IFV induce oncostatina M (OSM) lo que causa una apertura estrecha de la unión (Pothoven et al., 2015; Tian et al., 2018). De manera similar, las infecciones por RV y VRS suelen causar una apertura estrecha de la unión que también puede aumentar la tasa de infiltración de eosinófilos y, por lo tanto, empeorar los síntomas clásicos de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Sajjan et al., 2008; Kast et al., 2017; Kim et al., 2018). Además, la expresión de factores vasodilatadores y factores homeostáticos fluidos como angiopoietin-like 4 (ANGPTL4) y bactericida/permeabilidad en aumento que contienen pliegues familiares A1 (BPIFA1) también están asociados con infecciones virales y desarrollo de neumonía, que pueden empeorar la inflamación en la vía aérea baja Akram et al., 2018). Estos factores pueden servir como objetivos para prevenir exacerbaciones inducidas por virus durante el manejo de la exacerbación aguda de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias. Otro área de interés reciente es la relación entre asma y exacerbaciones de la EPOC y su asociación con el microbioma de las vías respiratorias. El desarrollo de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias suele estar relacionado con especies bacterianas específicas en el microbioma que pueden prosperar en el entorno de las vías respiratorias inflamadas (Diver et al., 2019) En el caso de una infección viral como la infección por RV, el efecto inducido por el virus puede desestabilizar el equilibrio del microbioma presente (Molyneaux et al., 2013; Kloepfer et al., 2014; Kloepfer et al., 2017; Jubinville et al., 2018; van Rijn et al., 2019). Además, la infección viral puede alterar colonias de biofilm en la vía aérea superior (por ejemplo, Streptococcus pneumoniae) microbioma para liberarse en la vía aérea inferior y empeorar la inflamación (Marks et al., 2013; Chao et al., 2014). Además, una infección viral también puede alterar el perfil de nutrientes en la vía aérea a través de la liberación de nutrientes previamente inaccesibles que alterarán el crecimiento bacteriano (Siegel et al., 2014; Mallia et al., 2018 Además, la desestabilización se ve agravada por una respuesta inmune bacteriana alterada, ya sea por influencias virales directas, o por el uso de corticosteroides para suprimir los síntomas de exacerbación (Singanayagam et al., 2018 (Singanayagam et al., 2019a Wang et al., 2018; Finney et al., 2019). Todos estos cambios pueden llevar gradualmente a un efecto de mayor alcance cuando la flora normal es reemplazada por patógenos oportunistas, alterando los perfiles inflamatorios (Teo et al., 2018). Estos cambios a su vez pueden resultar en exacerbaciones agudas más graves y frecuentes debido a la interacción entre el virus y las bacterias patógenas en exacerbar las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas (Wark et al., 2013; Singanayagam et al., 2018). Para contrarrestar estos efectos, las terapias basadas en microbiomas están en su infancia, pero han demostrado eficacia en los tratamientos del síndrome del intestino irritable restaurando el microbioma intestinal (Bakken et al., 2011). Más investigaciones pueden ser hechas de manera similar para que el microbioma de las vías respiratorias pueda restaurar el microbioma después de la interrupción por una infección viral. Las infecciones virales pueden causar la interrupción de la función mucociliar, un componente importante de la barrera epitelial. Proteínas ciliares FIGURA 2 Cambios en el epitelio de las vías respiratorias superiores que contribuyen a la exacerbación viral en enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. El epitelio de las vías respiratorias superiores es el sitio principal de contacto/infección de la mayoría de los virus respiratorios. Por lo tanto, su infección por virus respiratorios puede tener consecuencias de gran alcance en el aumento y La destrucción de la barrera epitelial, la función mucociliar y la muerte celular de las células epitelial sirven para aumentar el contacto entre los desencadenantes ambientales con la vía aérea inferior y las células inmunes residentes. La apertura de la unión estrecha aumentando la fuga aumenta aún más la inflamación y exacerbaciones. Además, las infecciones virales se acompañan generalmente con estrés oxidativo que aumentará aún más la inflamación local en la vía aérea. La disregulación de la inflamación puede ser agravada por la modulación de los miRNAs y la modificación epigenética como la metilación del ADN y las modificaciones histonas que promueven la disregulación en la inflamación. Finalmente, el cambio en el ambiente de las vías respiratorias locales y la inflamación promueve el crecimiento de bacterias patogénicas que pueden reemplazar al microbioma de la vía aérea. Además, el ambiente inflamatorio también puede dispersar los comans de la vía aérea superior en la vía aérea inferior Rasgo específico viral que contribuye al mecanismo de exacerbación (con evidencia en la literatura) Estrés oxidativo Producción de ROS (RV, RSV, IFV, HSV)Como RV, RSV e IFV fueron los virus más frecuentemente estudiados en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, la mayoría de los virus enumerados son predominantemente estos virus. Sin embargo, los mecanismos aquí descritos también pueden ser aplicables a otros virus, pero no pueden ser listados ya que no estuvieron implicados en el contexto de exacerbación de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (ver texto para abreviaciones). que ayudan en la función adecuada de los cilios móviles en las vías respiratorias se expresan aberrantemente en células epiteliales de las vías respiratorias ciliadas que son el principal objetivo para la infección por RV (Griggs et al., 2017). Tal forma de cilia discinesia secundaria parece estar presente con inflamaciones crónicas en la vía aérea, pero los mecanismos exactos todavía son desconocidos (Peng et al.,, 2019 Qiu et al., 2018). Sin embargo, se encontró que en la infección viral como IFV, puede haber un cambio en el metabolismo de las células, así como una alteración en la expresión del gen ciliar, principalmente en la forma de regulación descendente de los genes como la cadena pesada dynein axonemal 5 (DNAH5) y diferenciación multiciliada y síntesis de ADN asociada a la proteína del ciclo celular (MCIDAS) (Tan et al., 2018b. El recientemente surgido Wuhan CoV también se encontró para reducir la paliza ciliar en el modelo epitelial de la vía aérea infectado (Zhu et al., 2020). Además, se demostró que las infecciones virales como el VRS destruyen directamente los cilios de las células ciliadas y casi todos los virus respiratorios infectan las células ciliadas (Jumat et al., 2015; Yan et al., 2016; Tan et al., 2018a). Además, la sobreproducción de mucosidad también puede alterar el equilibrio de la función mucociliar después de la infección viral, dando lugar a síntomas de exacerbación aguda (Zhu et al., 2009). Por lo tanto, la interrupción del movimiento ciliar durante la infección viral puede causar más material extraño y alérgeno para entrar en la vía aérea, agravando los síntomas de exacerbación aguda y haciendo más difícil de manejar. Los microRNAs (miRNAs) son ARNs cortos no codificantes involucrados en la modulación post-transcripción de los procesos biológicos, e implicados en una serie de enfermedades (Tan et al., 2014). Los miRNAs se encuentran inducidos por infecciones virales y pueden jugar un papel en la modulación de las respuestas antivirales y la inflamación (Gutierrez et al., 2016; Deng et al., 2017; Feng et al., 2018). En el caso de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, se encontró que los cambios circulantes de miRNAs están relacionados con la exacerbación de las enfermedades (Wardzynska et al., 2020). Por lo tanto, es probable que tales cambios de miRNAs se originan desde el epitelio infectado y las células inmunes que responden, que pueden servir para disregular aún más la inflamación de las vías Tanto las infecciones por IFV como las por VRS han demostrado aumentar miR-21 y aumentar la inflamación en los modelos experimentales de asma murina, lo que se invierte con un tratamiento combinado de antimiR-21 y corticosteroides (Kim et al., 2017). La infección por IFV también se muestra aumentando miR-125a y b, y miR-132 en el epitelio de EPOC que inhibe A20 y MAVS; y p300 e IRF3, respectivamente, lo que resulta en una mayor susceptibilidad a las infecciones virales (Hsu et al., 2016 (Hsu et al., 2017). Por el contrario, se demostró que miR-22 se suprimió en el epitelio asmático en la infección por IFV, lo que da lugar a una respuesta epitelial aberranta, contribuyendo a exacerbaciones (Moheimani et al., 2018). Aparte de estas evidencias directas de cambios en el miRNA en contribuir a exacerbaciones, un aumento del número de miRNAs y otros ARNs no codificantes responsables de la modulación inmune se encuentran alterados después de infecciones virales (Globinska et al., 2014; Feng et al., 2018; Hasegawa et al., 2018). Por lo tanto, los ARNs no codificantes también se presentan como objetivos para modular los cambios virales inducidos en las vías respiratorias como un medio para controlar la exacerbación de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Aparte de la modulación de miRNA, otras modificaciones epigenéticas como la metilación del ADN también pueden desempeñar un papel en la exacerbación de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Al mismo tiempo, también se demostró que las infecciones virales como RV y VRS alteran la metilación del ADN y las modificaciones histonas en el epitelio de las vías respiratorias que pueden alterar las respuestas inflamatorias, provocando enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias y exacerbaciones (McErlean et al., 2014; Pech et al., 2018; Caixia et al., 2019). Además, Spalluto et al. (2017) también mostraron que factores antivirales como IFNγ epigenéticamente modifican la resistencia viral de las células epiteliales. Por lo tanto, esto puede indicar que infecciones como RV y VRS que débilmente inducen respuestas antivirales pueden resultar en un estado inflamatorio alterado que contribuye a una mayor persistencia viral y exacerbación de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Spalluto et al., 2017). Finalmente, la infección viral puede resultar en una mayor producción de especies reactivas de oxígeno (ROS), estrés oxidativo y disfunción mitocondrial en el epitelio de las vías respiratorias (Kim et al., 2018; Mishra et al., 2018; Wang et al., 2018). El epitelio de las vías respiratorias de los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias suelen estar bajo un estado de estrés oxidativo constante que sostiene la inflamación de las vías respiratorias (Barnes, 2017; van der Vliet et al., 2018). Las infecciones virales del epitelio respiratorio por virus como IFV, RV, RSV y HSV pueden desencadenar la producción adicional de ROS como mecanismo antiviral Aizawa et al., 2018; Wang et al., 2018). Además, la infiltración de células en respuesta a la infección, como los neutrófilos, también desencadenará una ruptura respiratoria como medio para aumentar la ROS en la región infectada. El aumento de la ROS y el estrés oxidativo en el ambiente local pueden servir como un desencadenante para promover la inflamación, agravando así la inflamación en las vías respiratorias (Tiwari et al., 2002). En la Figura 2 y la Tabla 1 se muestra un resumen de los posibles mecanismos de exacerbación y los virus asociados. Mientras que los mecanismos subyacentes al desarrollo y exacerbación aguda de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias son ampliamente estudiados para controlar y controlar la enfermedad, una infección viral hace más que sólo causar una exacerbación aguda en estos pacientes. Una exacerbación aguda inducida por virus no sólo induce y empeora los síntomas de la enfermedad, sino que también puede alterar el manejo de la enfermedad o conferir resistencia a tratamientos que funcionaban antes. Por lo tanto, la apreciación de los mecanismos de exacerbaciones agudas inducidas por virus es de importancia clínica para diseñar estrategias para corregir los cambios virales que pueden empeorar los síntomas de la enfermedad inflamatoria de las vías respiratorias crónicas. Otros estudios en exacerbaciones naturales y en modelos de desafíos virales utilizando secuenciación de ARN (ARN-seq) o ARN-seq de una sola célula en un rango de tiempos pueden proporcionar información importante sobre patogénesis viral y cambios inducidos dentro de las vías respiratorias de pacientes con enfermedad inflamatoria de las vías respiratorias crónicas para identificar nuevos objetivos y vías para mejorar el manejo de la enfermedad. El análisis posterior de funciones puede utilizar modelos de células epiteliales como la interfaz aire-líquido, modelo epitelial de vía aérea in vitro que ha sido adaptado para estudiar la infección viral y los cambios inducidos en la vía aérea (Yan et al., 2016; Boda et al., 2018; También se han desarrollado modelos de enfermedades de origen animal para identificar mecanismos sistémicos de exacerbación aguda (Shin, 2016; Gubernatorova et al., 2019; Tanner and Single, 2019). Además, el modelo de ratón humanizado que posee células inmunitarias humanas también puede servir para desentrañar el perfil inmune de una infección viral en estado sano y enfermo (Ito et al., 2019; Li y Di Santo, 2019). Para virus más leves, las infecciones humanas in vivo controladas se pueden realizar para el mejor modo de verificación de la asociación del virus con el mecanismo propuesto de exacerbaciones agudas inducidas virales. Con el advenimiento de modelos enfermos adecuados, la verificación de los mecanismos proporcionará la continuación necesaria para mejorar el tratamiento de las exacerbaciones agudas inducidas virales. En vista de la escasez de medidas preventivas antivirales disponibles sólo para unos pocos virus y vacunas que sólo están disponibles para las infecciones por IFV, se deben explorar más medidas alternativas para mejorar el manejo de la enfermedad. Medidas alternativas dirigidas a nuevos mecanismos de exacerbación aguda inducidos por virus, especialmente en la vía aérea superior, pueden servir como tratamientos complementarios de las estrategias de manejo actualmente disponibles para aumentar su eficacia. Nuevos modelos incluyendo cultivos primarios de células epiteliales bronquiales o nasales humanas, organoides o cortes pulmonares de precisión de pacientes con enfermedad de las vías aéreas en lugar de sujetos sanos pueden ser utilizados para definir mecanismos de exacerbación. Estos mecanismos pueden ser validados en pequeños ensayos clínicos en pacientes con asma o EPOC. Tener múltiples medios de tratamiento también puede reducir los problemas que surgen del desarrollo de resistencia hacia un tratamiento específico.

¿Dónde está el primer punto de contacto con fuentes de exacerbación

Infecciones respiratorias virales en la exacerbación de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías aéreas: nuevos mecanismos e ideas de la vía aérea superior Epiteliohttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7052386/SHA: 45a566c71056ba4faab425b4f7e9edee6320e4a4Autores: Tan, Kai Sen; Lim, Rachel Liyu; Liu, Jing; Ong, Hsiao Hui; Tan, Vivian Jiayi; Lim, Hui Fang; Chung, Kian Fan; Adcock, Ian M.; Chow, Vincent T.; Wang, De YunFecha: 2020-02-25DOI: 10.3389/fcell.2020.00099Licencia: cc-byAbstract: La infección por virus Estas exacerbaciones se asocian a una alta morbilidad e incluso mortalidad en todo el mundo, entendiendo que la infección viral aumenta la inflamación de las vías respiratorias, lo que agrava los síntomas de la enfermedad.Los recientes avances en la interfaz aire-líquido in vitro cultivos 3D, cultivos organoideos y el uso de nuevos modelos de desafío humanos y animales han evocado nuevos entendimientos en cuanto a los mecanismos de exacerbaciones virales.En esta revisión, nos centraremos en los hallazgos recientes que elucidan cómo las infecciones virales respiratorias alteran la barrera epitelial en las vías aéreas, el entorno microbiano de las vías aéreas superiores, modificaciones epigenéticas incluyendo modulación del miRNA y otros cambios en las respuestas inmunes a través de las vías aéreas superiores e inferiores. Primero, revisamos la prevalencia de diferentes infecciones respiratorias virales en causar exacerbaciones en enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Además, destacamos la importancia del viroma dentro del entorno del microbioma de la vía aérea y su impacto en la infección bacteriana posterior, lo que consolida la comprensión de la exacerbación inducida por virus en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias e indica vías que pueden estar dirigidas a un manejo más eficaz de las enfermedades inflamatorias crónicas. Texto: La prevalencia de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias está aumentando en todo el mundo, especialmente en los países desarrollados (GBD 2015 Chronic Respiratory Disease Colaborators, 2017 Guan et al., 2018). Esta enfermedad se caracteriza por inflamación de las vías respiratorias que provoca complicaciones como tos, sibilancia y falta de aliento. La enfermedad puede manifestarse tanto en las vías respiratorias superiores (como rinosinusitis crónica, CRS) como en las vías respiratorias inferiores (como asma y enfermedad pulmonar obstructiva crónica, EPOC) que afectan en gran medida El tratamiento y el manejo varían mucho en eficacia debido a la complejidad y heterogeneidad de la enfermedad. Esto se complica aún más por el efecto de las exacerbaciones episódicas de la enfermedad, definidas como el empeoramiento de los síntomas de la enfermedad, incluyendo sibilancia, tos, falta de aliento y opresión torácica (Xepapadaki y Papadopoulos, 2010). Estas exacerbaciones se deben al efecto de inflamación aguda aumentada de las vías respiratorias que afecta y empeora los síntomas de la enfermedad existente (Hashimoto et al., 2008; Viniol y Vogelmeier, 2018). Estas exacerbaciones agudas son la principal causa de morbilidad y a veces mortalidad en los pacientes, así como resultando en grandes cargas económicas en todo el mundo. Sin embargo, debido a las interacciones complejas entre el huésped y los agentes de exacerbación, los mecanismos de exacerbación pueden variar considerablemente en diferentes individuos bajo Las exacerbaciones agudas suelen deberse a la presencia de factores ambientales como alérgenos, contaminantes, humo, aire frío o seco y microbios patógenos en las vías respiratorias (Gautier y Charpin, 2017; Viniol y Vogelmeier, 2018). Estos agentes provocan una respuesta inmune que conduce a la infiltración de células inmunitarias activadas que liberan además mediadores inflamatorios que causan síntomas agudos como aumento de la producción de mucosidad, tos, sibilancias y falta de aliento. Entre estos agentes, la infección viral es uno de los principales motores de exacerbaciones del asma que representan hasta el 80-90% y el 45-80% de exacerbaciones en niños y adultos, respectivamente (Grissell et al., 2005; Xepapadaki y Papadopoulos, 2010; Jartti y Gern, 2017; Adeli et al., 2019). La participación viral en la exacerbación de la EPOC también es igualmente alta, habiendo sido detectada en el 30-80% de las exacerbaciones agudas de la EPOC (Kherad et al., 2010; Jafarinejad et al., 2017; Stolz et al., 2019). Aunque la prevalencia de exacerbaciones virales en la ERC todavía no está clara, es probable que su prevalencia sea alta debido a la naturaleza inflamatoria similar de estas enfermedades (Rowan et al., 2015; Tan et al., 2017). Una de las razones de la afectación de virus respiratorios en exacerbaciones es su facilidad de transmisión e infección (Kutter et al., 2018). Además, la alta diversidad de virus respiratorios también puede contribuir a exacerbaciones de diferente naturaleza y gravedad (Busse et al., 2010; Costa et al., 2014; Jartti y Gern, 2017) Por lo tanto, es importante identificar los mecanismos exactos que sustentan las exacerbaciones virales en sujetos susceptibles para manejar adecuadamente las exacerbaciones a través de tratamientos complementarios que puedan aliviar los síntomas de exacerbación o prevenir exacerbaciones graves.Si bien la vía aérea inferior es el sitio de inflamación disregulada en la mayoría de las enfermedades inflamatorias crónicas de la vía aérea, la vía aérea superior sigue siendo el primer punto de contacto con fuentes de exacerbación, por lo que su interacción con los agentes de exacerbación puede contribuir directamente a las respuestas posteriores en la vía aérea inferior, en línea con la hipótesis de "United Airway".Para dilucidar la interacción de la vía aérea huésped con virus que conducen a exacerbaciones, enfocamos nuestra revisión en los hallazgos recientes de interacción viral con la vía aérea superior. A pesar de ser una causa importante de exacerbación, los informes que vinculan virus respiratorios a exacerbaciones agudas sólo comienzan a surgir a finales de la década de 1950 (Pattemore et al., 1992) ; con infecciones bacterianas previamente consideradas como el culpable probable de exacerbación aguda (Stevens, 1953; Message y Johnston, 2002). Sin embargo, con el advenimiento de la tecnología PCR, se recuperaron más virus durante exacerbaciones agudas eventos e informes que implicaron su papel emergieron a finales de la década de 1980 (Mensaje y Johnston, 2002). Rhinovirus (RV) y virus respiratorio sincitial (RSV) son los virus predominantes vinculados al desarrollo y exacerbación de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Jarti y Gern, 2017). Otros virus como el virus de la parainfluenza (PIV), el virus de la gripe (IFV) y el adenovirus (AdV) también han sido implicados en exacerbaciones agudas, pero en un grado mucho menor (Johnston et al., 2005; Oliver et al., 2014; Ko et al., 2019). Más recientemente, se han notificado otros virus como el bocavirus (BoV), el metapneumovirus humano (HMPV), ciertas cepas del coronavirus (CoV), una cepa específica del enterovirus (EV-D68), el citomegalovirus humano (hCMV) y el virus del herpes simplex (HSV) que contribuyen a exacerbaciones agudas. La característica común de estos virus es que pueden infectar tanto la vía aérea superior como la inferior, aumentando aún más las condiciones inflamatorias en la vía aérea enferma (Mallia y Johnston, 2006; Los virus respiratorios infectan y replican principalmente dentro de las células epiteliales de la vía aérea. Durante el proceso de replicación, las células liberan factores antivirales y citocinas que alteran la inflamación de la vía aérea local y el nicho de la vía aérea (Busse et al., 2010). En una vía aérea sana, la inflamación normalmente conduce a respuestas inflamatorias tipo 1 consistentes en la activación de un estado antiviral y la infiltración de células efectoras antivirales, lo que eventualmente resulta en la resolución de la respuesta inflamatoria y el aclaramiento de la infección viral (Vareille et al., 2011; Brace et al., 2012). Sin embargo, en una vía aérea crónicamente inflamada, las respuestas contra el virus pueden estar deterioradas o aberrantes, causando inflamación sostenida e infiltración errónea, lo que resulta en la exacerbación de sus síntomas (Mallia y Johnston, 2006; Dougherty y Fahy, 2009; Busse et al., 2010; Britto et al., 2017; Linden et al., 2019). Esto suele agravarse por el aumento de la susceptibilidad de los pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias hacia infecciones respiratorias virales, aumentando así la frecuencia de exacerbación en su conjunto (Dougherty y Fahy, 2009; Busse et al., 2010; Linden et al., 2019). Además, debido a los diferentes ciclos de replicación y respuesta contra la miríada de virus respiratorios, cada virus respiratorio también puede contribuir a exacerbaciones a través de diferentes mecanismos que pueden alterar su Por lo tanto, esta revisión se centrará en compilar y cotejar los actuales mecanismos conocidos de exacerbación viral inducida por enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, así como en vincular la patogénesis de diferentes infecciones virales para dilucidar otras formas potenciales de exacerbación de la enfermedad. La revisión servirá para proporcionar una mayor comprensión de la exacerbación inducida por virus para identificar posibles vías y mecanismos patogénicos que pueden ser dirigidos como cuidados complementarios para el manejo y prevención de la exacerbación. Este enfoque puede ser clínicamente significativo debido a la actual escasez de fármacos antivirales para el manejo de exacerbaciones inducidas por virus, lo que mejorará la calidad de vida de los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias. Una vez establecida la relación entre la infección viral y las exacerbaciones agudas de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias, se han reportado muchos informes sobre los mecanismos subyacentes a la exacerbación inducida por la infección viral respiratoria. Al infectar En general, las células epiteliales de las vías respiratorias infectadas liberan interferones, citoquinas y quimioquinas tipo IL-6, IL-8, IL-12, RANTES, proteína inflamatoria de los macrófagos 1α (MIP-1α) y proteína quimiotáctica de los monocitos 1 (MCP-1) (Wark y Gibson, 2006; Matsukura y otros, 2013) y, a su vez, permiten la infiltración de células innatas inmunes y de células profesionales que presentan antígenos (APCs) que a su vez liberan mediadores específicos para facilitar la focalización y el aclaramiento virales, incluyendo interferón tipo II (IFNγ), IL-2, IL-4, IL-5, IL-9 e IL-12 (Wark y Gibson, 2006; Singh et al., 2010; Brazale Estos factores aumentan la inflamación local y la infiltración de granulocitos, células T y células B (Wark y Gibson, 2006; Brazale et al., 2012). El aumento de la inflamación, a su vez, empeora los síntomas de las enfermedades de las vías respiratorias. Además, en pacientes con asma y pacientes con SCR con pólipo nasal (CRSwNP), las infecciones virales como RV y VRS promueven una respuesta inmune de tipo 2-sesesada (Becker, 2006; Jackson et al., 2014; Jurak et al., 2018). Esto amplifica la inflamación basal tipo 2 resultando en una mayor liberación de IL-4, IL-5, IL-13, RANTES y eotaxina y un aumento adicional de la eosinofilia, un motor patológico clave del asma y CRSwNP (Wark y Gibson, 2006; Singh et al., 2010; Chung et al., 2015; Dunican y Fahy, 2015). El aumento de la eosinofilia, a su vez, empeora los síntomas clásicos de la enfermedad y puede conducir a condiciones potencialmente mortales debido a dificultades respiratorias. Por otro lado, los pacientes con EPOC y los pacientes con SCR sin pólipo nasal (CRSsNP) son más neutrófilos debido a la expresión de quimioattractantes neutrófilos como CXCL9, CXCL10 y CXCL11 (Cukic et al., 2012; Brightling and Greening, 2019). La patología de estas enfermedades de las vías respiratorias se caracteriza por la remodelación de las vías aéreas debido a la presencia de factores de remodelación como las metaloproteinasas de matriz (MMPs) liberadas de neutrófilos infiltrantes (Linden et al., 2019). Las infecciones virales en tales condiciones causarán entonces un aumento de la activación neutrófica; el empeoramiento de los síntomas y la remodelación de las vías respiratorias exacerbando la EPOC, CRSsNP e incluso CRSwNP en ciertos casos (Wang et al., 2009; Tacon et al., 2010; Linden et al., 2019). También se ha identificado recientemente una vía epitelial-céntrica alarmin alrededor de IL-25, IL-33 y linfopoyetina estromal timica (TSLP), y su interacción con las células linfoides innatas del grupo 2 (ILC2) (Nagarkar et al., 2012; Hong et al., 2018; Allinne et al., 2019). IL-25, IL-33 y TSLP son citoquinas inflamatorias de tipo 2 expresadas por las células epiteliales tras la lesión de la barrera epitelial (Gabryelska et al., 2019; Roan et al., 2019). Las ILC2 son un grupo de células linfoides que carecen de receptores de células B y T, pero desempeñan un papel crucial en la secretación de citocinas de tipo 2 para perpetuar la inflamación de tipo 2 cuando se activan (Scanlon y McKenzie, 2012; Li y Hendriks, 2013). En caso de infección viral, la muerte celular y la lesión de la barrera epitelial también inducirán la expresión de IL-25, IL-33 y TSLP, con mayor expresión en una vía aérea inflamada (Alakhverdi et al., 2007; Goldsmith et al., 2012; Byers et al., 2013; Shaw et al., 2013; Beale et al., 2014; Jackson et al., 2014; Uller y Persson, 2018; Ravanetti et al., 2019). Estas 3 citoquinas luego trabajan en concierto para activar ILC2s para segregar más citoquinas tipo 2 IL-4, IL-5 e IL-13 que agravan aún más la inflamación tipo 2 en la vía aérea causando exacerbación aguda (Camelo et al., 2017). En el caso de la EPOC, el aumento de la activación de la ILC2, que retiene la capacidad de diferenciar a la ILC1, también puede aumentar aún más la respuesta neutrófica y agravar aún más la exacerbación (Silver et al., 2016). Curiosamente, estos factores no se liberan en gran medida y no activan una respuesta de la ILC2 durante la infección viral en individuos sanos (Yan et al., 2016; Tan et al., 2018a) ; a pesar de aumentar una exacerbación de tipo 2 en las vías respiratorias crónicamente inflamadas (Jurak et al., 2018). Estos mecanismos clásicos de exacerbaciones agudas inducidas virales se resumen en la Figura 1. A medida que la integración de la virología, microbiología e inmunología de la infección viral se vuelve más interconectada, factores adicionales y FIGURA 1 Tras la infección por virus en la vía aérea, el estado antiviral se activará para eliminar el patógeno invasor de la vía aérea. La respuesta inmunitaria y los factores de lesión liberados del epitelio infectado normalmente inducirían una inmunidad rápida de tipo 1 que facilita el aclaramiento viral. Sin embargo, en la vía aérea inflamada, las citoquinas y quimioquinas liberadas en su lugar aumentaron la inflamación presente en la vía aérea crónicamente inflamada, fortaleciendo la infiltración neutrófila en la vía aérea COPD, e infiltración eosinofílica en la vía aérea asmática. El efecto también se ve agravado por la participación de células Th1 e ILC1 en la vía aérea COPD; y células Th2 e ILC2 en la vía aérea asmática. (2006) ha subrayado el efecto sinérgico de la infección viral con otros agentes sensibilizantes para causar exacerbaciones agudas más graves en las vías respiratorias, especialmente cuando no todos los eventos de exacerbación ocurrieron durante la infección viral, pero también pueden ocurrir mucho después del aclaramiento viral (Kim et al., 2008; Stolz et al., 2019), en particular el inicio tardío de una infección bacteriana (Singanayagam et al., 2018 (Singanayagam et al., 2019a). Además, los virus no necesitan infectar directamente la vía aérea inferior para causar una exacerbación aguda, ya que el epitelio nasal sigue siendo el lugar principal de la mayoría de las infecciones. Además, no todas las infecciones virales de la vía aérea darán lugar a exacerbaciones agudas, sugiriendo una interacción más compleja entre el virus y el epitelio de la vía aérea superior que sinergizan con el entorno de la vía aérea local en línea con la hipótesis de la "vía aérea unida" (Kurai et al., 2013). Por otro lado, las infecciones virales o sus componentes persisten en pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de la vía aérea (Kling et al., 2005; Wood et al., 2011; Ravi et al., 2019). Por lo tanto, su presencia puede alterar aún más el entorno local y contribuir a exacerbaciones actuales y futuras. Los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias han disminuido o reducido la capacidad de aclaramiento viral (Hammond et al., 2015; McKendry et al., 2016; Akbarshahi et al., 2018; Gill et al., 2018; Wang et al., 2018; Singanayagam et al., 2019b). Su deterioro se debe a una respuesta inflamatoria de tipo 2 que priva a la vía aérea de importantes células CD8 receptivas de tipo 1 que son responsables del aclaramiento completo de las células infectadas por el virus (Becker, 2006; McKendry et al., 2016). Esto es especialmente evidente en virus débiles que inducen la inflamación tipo 1 como RV y RSV (Kling et al., 2005; Wood et al., 2011; Ravi et al., 2019). Además, también hay evidencia de reducción de la producción de interferón tipo I (IFNβ) y III (IFN/23370/) debido a la inflamación de tipo 2-secado, que contribuye al aclaramiento imperfecto del virus, lo que resulta en la persistencia de componentes virales, o el virus vivo en el epitelio de las vías respiratorias (Contoli et al., 2006; Hwang et al., 2019; Wark, 2019). Debido a los componentes virales que permanecen en las vías respiratorias, genes antivirales como los interferones de tipo I, factores de activación de la inflamación y citoquinas permanecieron activados dando lugar a inflamación prolongada de las vías respiratorias (Wood et al., 2011; Essaidi-Laziosi et al., 2018). Estos factores aumentan la infiltración de granulocitos prolongando así los síntomas de exacerbación. Esta inflamación persistente también puede encontrarse dentro de virus del ADN como AdV, hCMV y HSV, cuyas infecciones generalmente persisten más tiempo (Imperial y Jiang, 2015), contribuyendo aún más a la activación crónica de la inflamación cuando infectan la vía aérea (Yang et al., 2008; Morimoto et al., 2009; Imperiale y Jiang, 2015; Lan et al., 2016; Tan et al., 2016; Kowalski et al., 2017). Con esa nota, el virus del papiloma humano (VPH), un virus del ADN muy asociado con cánceres de cabeza y cuello y papilomatosis respiratoria, también está relacionado con la inflamación crónica que precede a las neoplasias malignas (de Visser et al., 2005; Gillison et al., 2012; Bonomi et al., 2014; Fernandes et al., 2015). Por lo tanto, el papel de la infección por VPH en causar inflamación crónica en las vías respiratorias y su asociación a exacerbaciones de las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas, que apenas se explora, debe ser investigado en el futuro. Además, la persistencia viral que conduce a la expresión continua de genes antivirales también puede conducir al desarrollo de resistencia a los esteroides, que se observa con la infección por RV, VRS y PIV (Chi et al., 2011; Ford et al., 2013; Papi et al., 2013). El uso de esteroides para suprimir la inflamación también puede causar que el virus persista más tiempo en las vías respiratorias debido a la falta de aclaramiento antiviral (Kim et al., 2008; Hammond et al., 2015; Hewitt et al., 2016; McKendry et al., 2016; Singanayagam et al., 2019b). El desarrollo concomitante de resistencia a los esteroides, junto con la repetición o prolongación de la infección viral, añadió una carga considerable al manejo de la exacerbación aguda, que debería ser el foco futuro de la investigación para resolver las complicaciones duales derivadas de la infección viral. En el otro extremo del espectro, los virus que inducen una fuerte inflamación tipo 1 y la muerte celular como IFV (Yan et al., 2016; Guibas et al., 2018) y ciertos CoV (incluyendo el virus COVID-19 recientemente surgido) (Tao et al., 2013; Yue et al., 2018; Zhu et al., 2020), pueden no causar inflamación prolongada debido a la fuerte inducción del aclaramiento antiviral. Sin embargo, estas infecciones causan daño masivo y muerte celular a la barrera epitelial, tanto que las áreas del epitelio pueden estar completamente ausentes después de la infección (Yan et al., 2016; Tan et Factores como el RANTES y el CXCL10, que reclutan células inmunitarias para inducir apoptosis, son fuertemente inducidos por el epitelio infectado por IFV (Ampomah et al., 2018; Tan et al., 2019). Además, factores necroptóticos como el RIP3 agravan aún más las muertes celulares en el epitelio infectado por IFV. La muerte celular masiva inducida puede provocar un empeoramiento de la exacerbación aguda debido a la liberación de su contenido celular en las vías respiratorias, evocando una respuesta inflamatoria en las vías respiratorias (Guibas et al., 2018). Además, la destrucción de la barrera epitelial puede causar un mayor contacto con otros patógenos y alérgenos en las vías respiratorias que pueden prolongar las exacerbaciones o provocar nuevas exacerbaciones. La destrucción epitelial también puede promover una mayor remodelación epitelial durante su regeneración, ya que la infección viral induce la expresión de genes remodeladores como MMPs y factores de crecimiento. Infecciones que causan destrucción masiva del epitelio, como IFV, generalmente resultan en exacerbaciones agudas graves con síntomas no clásicos de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Afortunadamente, hay vacunas anuales disponibles para prevenir infecciones por IFV (Vasileiou et al., 2017; Zheng et al., 2018) ; y se recomienda que los pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias reciban su vacunación anual contra la gripe como el mejor medio para prevenir la exacerbación inducida por IFV grave. Otro mecanismo que las infecciones virales pueden utilizar para provocar exacerbaciones agudas es la inducción de factores de vasodilación o apertura de la unión estrecha que pueden aumentar la tasa de infiltración. Infección con una multitud de virus respiratorios Esto también aumenta las posibilidades de que los alérgenos entren en contacto con las células inmunitarias de las vías respiratorias. Por ejemplo, se encontró que la infección por IFV induce oncostatina M (OSM) lo que causa una apertura estrecha de la unión (Pothoven et al., 2015; Tian et al., 2018). De manera similar, las infecciones por RV y VRS suelen causar una apertura estrecha de la unión que también puede aumentar la tasa de infiltración de eosinófilos y, por lo tanto, empeorar los síntomas clásicos de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Sajjan et al., 2008; Kast et al., 2017; Kim et al., 2018). Además, la expresión de factores vasodilatadores y factores homeostáticos fluidos como angiopoietin-like 4 (ANGPTL4) y bactericida/permeabilidad en aumento que contienen pliegues familiares A1 (BPIFA1) también están asociados con infecciones virales y desarrollo de neumonía, que pueden empeorar la inflamación en la vía aérea baja Akram et al., 2018). Estos factores pueden servir como objetivos para prevenir exacerbaciones inducidas por virus durante el manejo de la exacerbación aguda de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias. Otro área de interés reciente es la relación entre asma y exacerbaciones de la EPOC y su asociación con el microbioma de las vías respiratorias. El desarrollo de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias suele estar relacionado con especies bacterianas específicas en el microbioma que pueden prosperar en el entorno de las vías respiratorias inflamadas (Diver et al., 2019) En el caso de una infección viral como la infección por RV, el efecto inducido por el virus puede desestabilizar el equilibrio del microbioma presente (Molyneaux et al., 2013; Kloepfer et al., 2014; Kloepfer et al., 2017; Jubinville et al., 2018; van Rijn et al., 2019). Además, la infección viral puede alterar colonias de biofilm en la vía aérea superior (por ejemplo, Streptococcus pneumoniae) microbioma para liberarse en la vía aérea inferior y empeorar la inflamación (Marks et al., 2013; Chao et al., 2014). Además, una infección viral también puede alterar el perfil de nutrientes en la vía aérea a través de la liberación de nutrientes previamente inaccesibles que alterarán el crecimiento bacteriano (Siegel et al., 2014; Mallia et al., 2018 Además, la desestabilización se ve agravada por una respuesta inmune bacteriana alterada, ya sea por influencias virales directas, o por el uso de corticosteroides para suprimir los síntomas de exacerbación (Singanayagam et al., 2018 (Singanayagam et al., 2019a Wang et al., 2018; Finney et al., 2019). Todos estos cambios pueden llevar gradualmente a un efecto de mayor alcance cuando la flora normal es reemplazada por patógenos oportunistas, alterando los perfiles inflamatorios (Teo et al., 2018). Estos cambios a su vez pueden resultar en exacerbaciones agudas más graves y frecuentes debido a la interacción entre el virus y las bacterias patógenas en exacerbar las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas (Wark et al., 2013; Singanayagam et al., 2018). Para contrarrestar estos efectos, las terapias basadas en microbiomas están en su infancia, pero han demostrado eficacia en los tratamientos del síndrome del intestino irritable restaurando el microbioma intestinal (Bakken et al., 2011). Más investigaciones pueden ser hechas de manera similar para que el microbioma de las vías respiratorias pueda restaurar el microbioma después de la interrupción por una infección viral. Las infecciones virales pueden causar la interrupción de la función mucociliar, un componente importante de la barrera epitelial. Proteínas ciliares FIGURA 2 Cambios en el epitelio de las vías respiratorias superiores que contribuyen a la exacerbación viral en enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. El epitelio de las vías respiratorias superiores es el sitio principal de contacto/infección de la mayoría de los virus respiratorios. Por lo tanto, su infección por virus respiratorios puede tener consecuencias de gran alcance en el aumento y La destrucción de la barrera epitelial, la función mucociliar y la muerte celular de las células epitelial sirven para aumentar el contacto entre los desencadenantes ambientales con la vía aérea inferior y las células inmunes residentes. La apertura de la unión estrecha aumentando la fuga aumenta aún más la inflamación y exacerbaciones. Además, las infecciones virales se acompañan generalmente con estrés oxidativo que aumentará aún más la inflamación local en las vías respiratorias. La disregulación de la inflamación puede ser agravada por la modulación de los miRNAs y la modificación epigenética como la metilación del ADN y las modificaciones histonas que promueven la disregulación en la inflamación. Finalmente, el cambio en el ambiente de las vías respiratorias locales y la inflamación promueve el crecimiento de bacterias patógenas que pueden reemplazar al microbioma de las vías respiratorias. Además, el ambiente inflamatorio también puede dispersar los comans de las vías aéreas superiores en la vía aérea Rasgo específico viral que contribuye al mecanismo de exacerbación (con evidencia en la literatura) Estrés oxidativo Producción de ROS (RV, RSV, IFV, HSV)Como RV, RSV e IFV fueron los virus más frecuentemente estudiados en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, la mayoría de los virus enumerados son predominantemente estos virus. Sin embargo, los mecanismos aquí descritos también pueden ser aplicables a otros virus, pero no pueden ser listados ya que no estuvieron implicados en el contexto de exacerbación de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (ver texto para abreviaciones). que ayudan en la función adecuada de los cilios móviles en las vías respiratorias se expresan aberrantemente en células epiteliales de las vías respiratorias ciliadas que son el principal objetivo para la infección por RV (Griggs et al., 2017). Tal forma de cilia discinesia secundaria parece estar presente con inflamaciones crónicas en la vía aérea, pero los mecanismos exactos todavía son desconocidos (Peng et al.,, 2019 Qiu et al., 2018). Sin embargo, se encontró que en la infección viral como IFV, puede haber un cambio en el metabolismo de las células, así como una alteración en la expresión del gen ciliar, principalmente en la forma de regulación descendente de los genes como la cadena pesada dynein axonemal 5 (DNAH5) y diferenciación multiciliada y síntesis de ADN asociada a la proteína del ciclo celular (MCIDAS) (Tan et al., 2018b. El recientemente surgido Wuhan CoV también se encontró para reducir la paliza ciliar en el modelo epitelial de la vía aérea infectado (Zhu et al., 2020). Además, se demostró que las infecciones virales como el VRS destruyen directamente los cilios de las células ciliadas y casi todos los virus respiratorios infectan las células ciliadas (Jumat et al., 2015; Yan et al., 2016; Tan et al., 2018a). Además, la sobreproducción de mucosidad también puede alterar el equilibrio de la función mucociliar después de la infección viral, dando lugar a síntomas de exacerbación aguda (Zhu et al., 2009). Por lo tanto, la interrupción del movimiento ciliar durante la infección viral puede causar más material extraño y alérgeno para entrar en la vía aérea, agravando los síntomas de exacerbación aguda y haciendo más difícil de manejar. Los microRNAs (miRNAs) son ARNs cortos no codificantes involucrados en la modulación post-transcripción de los procesos biológicos, e implicados en una serie de enfermedades (Tan et al., 2014). Los miRNAs se encuentran inducidos por infecciones virales y pueden jugar un papel en la modulación de las respuestas antivirales y la inflamación (Gutierrez et al., 2016; Deng et al., 2017; Feng et al., 2018). En el caso de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, se encontró que los cambios circulantes de miRNAs están relacionados con la exacerbación de las enfermedades (Wardzynska et al., 2020). Por lo tanto, es probable que tales cambios de miRNAs se originan desde el epitelio infectado y las células inmunes que responden, que pueden servir para disregular aún más la inflamación de las vías Tanto las infecciones por IFV como las por VRS han demostrado aumentar miR-21 y aumentar la inflamación en los modelos experimentales de asma murina, lo que se invierte con un tratamiento combinado de antimiR-21 y corticosteroides (Kim et al., 2017). La infección por IFV también se muestra aumentando miR-125a y b, y miR-132 en el epitelio de EPOC que inhibe A20 y MAVS; y p300 e IRF3, respectivamente, lo que resulta en una mayor susceptibilidad a las infecciones virales (Hsu et al., 2016 (Hsu et al., 2017). Por el contrario, se demostró que miR-22 se suprimió en el epitelio asmático en la infección por IFV, lo que da lugar a una respuesta epitelial aberranta, contribuyendo a exacerbaciones (Moheimani et al., 2018). Aparte de estas evidencias directas de cambios en el miRNA en contribuir a exacerbaciones, un aumento del número de miRNAs y otros ARNs no codificantes responsables de la modulación inmune se encuentran alterados después de infecciones virales (Globinska et al., 2014; Feng et al., 2018; Hasegawa et al., 2018). Por lo tanto, los ARNs no codificantes también se presentan como objetivos para modular los cambios virales inducidos en las vías respiratorias como un medio para controlar la exacerbación de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Aparte de la modulación de miRNA, otras modificaciones epigenéticas como la metilación del ADN también pueden desempeñar un papel en la exacerbación de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Al mismo tiempo, también se demostró que las infecciones virales como RV y VRS alteran la metilación del ADN y las modificaciones histonas en el epitelio de las vías respiratorias que pueden alterar las respuestas inflamatorias, provocando enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias y exacerbaciones (McErlean et al., 2014; Pech et al., 2018; Caixia et al., 2019). Además, Spalluto et al. (2017) también mostraron que factores antivirales como IFNγ epigenéticamente modifican la resistencia viral de las células epiteliales. Por lo tanto, esto puede indicar que infecciones como RV y VRS que débilmente inducen respuestas antivirales pueden resultar en un estado inflamatorio alterado que contribuye a una mayor persistencia viral y exacerbación de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Spalluto et al., 2017). Finalmente, la infección viral puede resultar en una mayor producción de especies reactivas de oxígeno (ROS), estrés oxidativo y disfunción mitocondrial en el epitelio de las vías respiratorias (Kim et al., 2018; Mishra et al., 2018; Wang et al., 2018). El epitelio de las vías respiratorias de los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias suelen estar bajo un estado de estrés oxidativo constante que sostiene la inflamación de las vías respiratorias (Barnes, 2017; van der Vliet et al., 2018). Las infecciones virales del epitelio respiratorio por virus como IFV, RV, RSV y HSV pueden desencadenar la producción adicional de ROS como mecanismo antiviral Aizawa et al., 2018; Wang et al., 2018). Además, la infiltración de células en respuesta a la infección, como los neutrófilos, también desencadenará una ruptura respiratoria como medio para aumentar la ROS en la región infectada. El aumento de la ROS y el estrés oxidativo en el ambiente local pueden servir como un desencadenante para promover la inflamación, agravando así la inflamación en las vías respiratorias (Tiwari et al., 2002). En la Figura 2 y la Tabla 1 se muestra un resumen de los posibles mecanismos de exacerbación y los virus asociados. Mientras que los mecanismos subyacentes al desarrollo y exacerbación aguda de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias son ampliamente estudiados para controlar y controlar la enfermedad, una infección viral hace más que sólo causar una exacerbación aguda en estos pacientes. Una exacerbación aguda inducida por virus no sólo induce y empeora los síntomas de la enfermedad, sino que también puede alterar el manejo de la enfermedad o conferir resistencia a tratamientos que funcionaban antes. Por lo tanto, la apreciación de los mecanismos de exacerbaciones agudas inducidas por virus es de importancia clínica para diseñar estrategias para corregir los cambios virales que pueden empeorar los síntomas de la enfermedad inflamatoria de las vías respiratorias crónicas. Otros estudios en exacerbaciones naturales y en modelos de desafíos virales utilizando secuenciación de ARN (ARN-seq) o ARN-seq de una sola célula en un rango de tiempos pueden proporcionar información importante sobre patogénesis viral y cambios inducidos dentro de las vías respiratorias de pacientes con enfermedad inflamatoria de las vías respiratorias crónicas para identificar nuevos objetivos y vías para mejorar el manejo de la enfermedad. El análisis posterior de funciones puede utilizar modelos de células epiteliales como la interfaz aire-líquido, modelo epitelial de vía aérea in vitro que ha sido adaptado para estudiar la infección viral y los cambios inducidos en la vía aérea (Yan et al., 2016; Boda et al., 2018; También se han desarrollado modelos de enfermedades de origen animal para identificar mecanismos sistémicos de exacerbación aguda (Shin, 2016; Gubernatorova et al., 2019; Tanner and Single, 2019). Además, el modelo de ratón humanizado que posee células inmunitarias humanas también puede servir para desentrañar el perfil inmune de una infección viral en estado sano y enfermo (Ito et al., 2019; Li y Di Santo, 2019). Para virus más leves, las infecciones humanas in vivo controladas se pueden realizar para el mejor modo de verificación de la asociación del virus con el mecanismo propuesto de exacerbaciones agudas inducidas virales. Con el advenimiento de modelos enfermos adecuados, la verificación de los mecanismos proporcionará la continuación necesaria para mejorar el tratamiento de las exacerbaciones agudas inducidas virales. En vista de la escasez de medidas preventivas antivirales disponibles sólo para unos pocos virus y vacunas que sólo están disponibles para las infecciones por IFV, se deben explorar más medidas alternativas para mejorar el manejo de la enfermedad. Medidas alternativas dirigidas a nuevos mecanismos de exacerbación aguda inducidos por virus, especialmente en la vía aérea superior, pueden servir como tratamientos complementarios de las estrategias de manejo actualmente disponibles para aumentar su eficacia. Nuevos modelos incluyendo cultivos primarios de células epiteliales bronquiales o nasales humanas, organoides o cortes pulmonares de precisión de pacientes con enfermedad de las vías aéreas en lugar de sujetos sanos pueden ser utilizados para definir mecanismos de exacerbación. Estos mecanismos pueden ser validados en pequeños ensayos clínicos en pacientes con asma o EPOC. Tener múltiples medios de tratamiento también puede reducir los problemas que surgen del desarrollo de resistencia hacia un tratamiento específico.

¿Cuál es el enfoque de esta revisión?

Infecciones respiratorias virales en la exacerbación de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías aéreas: nuevos mecanismos e ideas de la vía aérea superior Epiteliohttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7052386/SHA: 45a566c71056ba4faab425b4f7e9edee6320e4a4Autores: Tan, Kai Sen; Lim, Rachel Liyu; Liu, Jing; Ong, Hsiao Hui; Tan, Vivian Jiayi; Lim, Hui Fang; Chung, Kian Fan; Adcock, Ian M.; Chow, Vincent T.; Wang, De YunFecha: 2020-02-25DOI: 10.3389/fcell.2020.00099Licencia: cc-byAbstract: La infección por virus Estas exacerbaciones se asocian a una alta morbilidad e incluso mortalidad en todo el mundo, entendiendo que la infección viral aumenta la inflamación de las vías respiratorias, lo que agrava los síntomas de la enfermedad.Los recientes avances en la interfaz aire-líquido in vitro cultivos 3D, cultivos organoideos y el uso de nuevos modelos de desafío humanos y animales han evocado nuevos entendimientos en cuanto a los mecanismos de exacerbaciones virales.En esta revisión, nos centraremos en los hallazgos recientes que elucidan cómo las infecciones virales respiratorias alteran la barrera epitelial en las vías aéreas, el entorno microbiano de las vías aéreas superiores, modificaciones epigenéticas incluyendo modulación del miRNA y otros cambios en las respuestas inmunes a través de las vías aéreas superiores e inferiores. Primero, revisamos la prevalencia de diferentes infecciones respiratorias virales en causar exacerbaciones en enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Además, destacamos la importancia del viroma dentro del entorno del microbioma de la vía aérea y su impacto en la infección bacteriana posterior, lo que consolida la comprensión de la exacerbación inducida por virus en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias e indica vías que pueden estar dirigidas a un manejo más eficaz de las enfermedades inflamatorias crónicas. Texto: La prevalencia de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias está aumentando en todo el mundo, especialmente en los países desarrollados (GBD 2015 Chronic Respiratory Disease Colaborators, 2017 Guan et al., 2018). Esta enfermedad se caracteriza por inflamación de las vías respiratorias que provoca complicaciones como tos, sibilancia y falta de aliento. La enfermedad puede manifestarse tanto en las vías respiratorias superiores (como rinosinusitis crónica, CRS) como en las vías respiratorias inferiores (como asma y enfermedad pulmonar obstructiva crónica, EPOC) que afectan en gran medida El tratamiento y el manejo varían mucho en eficacia debido a la complejidad y heterogeneidad de la enfermedad. Esto se complica aún más por el efecto de las exacerbaciones episódicas de la enfermedad, definidas como el empeoramiento de los síntomas de la enfermedad, incluyendo sibilancia, tos, falta de aliento y opresión torácica (Xepapadaki y Papadopoulos, 2010). Estas exacerbaciones se deben al efecto de inflamación aguda aumentada de las vías respiratorias que afecta y empeora los síntomas de la enfermedad existente (Hashimoto et al., 2008; Viniol y Vogelmeier, 2018). Estas exacerbaciones agudas son la principal causa de morbilidad y a veces mortalidad en los pacientes, así como resultando en grandes cargas económicas en todo el mundo. Sin embargo, debido a las interacciones complejas entre el huésped y los agentes de exacerbación, los mecanismos de exacerbación pueden variar considerablemente en diferentes individuos bajo Las exacerbaciones agudas suelen deberse a la presencia de factores ambientales como alérgenos, contaminantes, humo, aire frío o seco y microbios patógenos en las vías respiratorias (Gautier y Charpin, 2017; Viniol y Vogelmeier, 2018). Estos agentes provocan una respuesta inmune que conduce a la infiltración de células inmunitarias activadas que liberan además mediadores inflamatorios que causan síntomas agudos como aumento de la producción de mucosidad, tos, sibilancias y falta de aliento. Entre estos agentes, la infección viral es uno de los principales motores de exacerbaciones del asma que representan hasta el 80-90% y el 45-80% de exacerbaciones en niños y adultos, respectivamente (Grissell et al., 2005; Xepapadaki y Papadopoulos, 2010; Jartti y Gern, 2017; Adeli et al., 2019). La participación viral en la exacerbación de la EPOC también es igualmente alta, habiendo sido detectada en el 30-80% de las exacerbaciones agudas de la EPOC (Kherad et al., 2010; Jafarinejad et al., 2017; Stolz et al., 2019). Aunque la prevalencia de exacerbaciones virales en la ERC todavía no está clara, es probable que su prevalencia sea alta debido a la naturaleza inflamatoria similar de estas enfermedades (Rowan et al., 2015; Tan et al., 2017). Una de las razones de la afectación de virus respiratorios en exacerbaciones es su facilidad de transmisión e infección (Kutter et al., 2018). Además, la alta diversidad de virus respiratorios también puede contribuir a exacerbaciones de diferente naturaleza y gravedad (Busse et al., 2010; Costa et al., 2014; Jartti y Gern, 2017) Por lo tanto, es importante identificar los mecanismos exactos que sustentan las exacerbaciones virales en sujetos susceptibles para manejar adecuadamente las exacerbaciones a través de tratamientos complementarios que puedan aliviar los síntomas de exacerbación o prevenir exacerbaciones graves.Si bien la vía aérea inferior es el sitio de inflamación disregulada en la mayoría de las enfermedades inflamatorias crónicas de la vía aérea, la vía aérea superior sigue siendo el primer punto de contacto con fuentes de exacerbación, por lo que su interacción con los agentes de exacerbación puede contribuir directamente a las respuestas posteriores en la vía aérea inferior, en línea con la hipótesis de "United Airway".Para dilucidar la interacción de la vía aérea huésped con virus que conducen a exacerbaciones, enfocamos nuestra revisión en los hallazgos recientes de interacción viral con la vía aérea superior. A pesar de ser una causa importante de exacerbación, los informes que vinculan virus respiratorios a exacerbaciones agudas sólo comienzan a surgir a finales de la década de 1950 (Pattemore et al., 1992) ; con infecciones bacterianas previamente consideradas como el culpable probable de exacerbación aguda (Stevens, 1953; Message y Johnston, 2002). Sin embargo, con el advenimiento de la tecnología PCR, se recuperaron más virus durante exacerbaciones agudas eventos e informes que implicaron su papel emergieron a finales de la década de 1980 (Mensaje y Johnston, 2002). Rhinovirus (RV) y virus respiratorio sincitial (RSV) son los virus predominantes vinculados al desarrollo y exacerbación de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Jarti y Gern, 2017). Otros virus como el virus de la parainfluenza (PIV), el virus de la gripe (IFV) y el adenovirus (AdV) también han sido implicados en exacerbaciones agudas, pero en un grado mucho menor (Johnston et al., 2005; Oliver et al., 2014; Ko et al., 2019). Más recientemente, se han notificado otros virus como el bocavirus (BoV), el metapneumovirus humano (HMPV), ciertas cepas del coronavirus (CoV), una cepa específica del enterovirus (EV-D68), el citomegalovirus humano (hCMV) y el virus del herpes simplex (HSV) que contribuyen a exacerbaciones agudas. La característica común de estos virus es que pueden infectar tanto la vía aérea superior como la inferior, aumentando aún más las condiciones inflamatorias en la vía aérea enferma (Mallia y Johnston, 2006; Los virus respiratorios infectan y replican principalmente dentro de las células epiteliales de la vía aérea. Durante el proceso de replicación, las células liberan factores antivirales y citocinas que alteran la inflamación de la vía aérea local y el nicho de la vía aérea (Busse et al., 2010). En una vía aérea sana, la inflamación normalmente conduce a respuestas inflamatorias tipo 1 consistentes en la activación de un estado antiviral y la infiltración de células efectoras antivirales, lo que eventualmente resulta en la resolución de la respuesta inflamatoria y el aclaramiento de la infección viral (Vareille et al., 2011; Brace et al., 2012). Sin embargo, en una vía aérea crónicamente inflamada, las respuestas contra el virus pueden estar deterioradas o aberrantes, causando inflamación sostenida e infiltración errónea, lo que resulta en la exacerbación de sus síntomas (Mallia y Johnston, 2006; Dougherty y Fahy, 2009; Busse et al., 2010; Britto et al., 2017; Linden et al., 2019). Esto suele agravarse por el aumento de la susceptibilidad de los pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias hacia infecciones respiratorias virales, aumentando así la frecuencia de exacerbación en su conjunto (Dougherty y Fahy, 2009; Busse et al., 2010; Linden et al., 2019). Además, debido a los diferentes ciclos de replicación y respuesta contra la miríada de virus respiratorios, cada virus respiratorio también puede contribuir a exacerbaciones a través de diferentes mecanismos que pueden alterar su Por lo tanto, esta revisión se centrará en compilar y cotejar los actuales mecanismos conocidos de exacerbación viral inducida por enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, así como en vincular la patogénesis de diferentes infecciones virales para dilucidar otras formas potenciales de exacerbación de la enfermedad. La revisión servirá para proporcionar una mayor comprensión de la exacerbación inducida por virus para identificar posibles vías y mecanismos patogénicos que pueden ser dirigidos como cuidados complementarios para el manejo y prevención de la exacerbación. Este enfoque puede ser clínicamente significativo debido a la actual escasez de fármacos antivirales para el manejo de exacerbaciones inducidas por virus, lo que mejorará la calidad de vida de los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias. Una vez establecida la relación entre la infección viral y las exacerbaciones agudas de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias, se han reportado muchos informes sobre los mecanismos subyacentes a la exacerbación inducida por la infección viral respiratoria. Al infectar En general, las células epiteliales de las vías respiratorias infectadas liberan interferones, citoquinas y quimioquinas tipo IL-6, IL-8, IL-12, RANTES, proteína inflamatoria de los macrófagos 1α (MIP-1α) y proteína quimiotáctica de los monocitos 1 (MCP-1) (Wark y Gibson, 2006; Matsukura y otros, 2013) y, a su vez, permiten la infiltración de células innatas inmunes y de células profesionales que presentan antígenos (APCs) que a su vez liberan mediadores específicos para facilitar la focalización y el aclaramiento virales, incluyendo interferón tipo II (IFNγ), IL-2, IL-4, IL-5, IL-9 e IL-12 (Wark y Gibson, 2006; Singh et al., 2010; Brazale Estos factores aumentan la inflamación local y la infiltración de granulocitos, células T y células B (Wark y Gibson, 2006; Brazale et al., 2012). El aumento de la inflamación, a su vez, empeora los síntomas de las enfermedades de las vías respiratorias. Además, en pacientes con asma y pacientes con SCR con pólipo nasal (CRSwNP), las infecciones virales como RV y VRS promueven una respuesta inmune de tipo 2-sesesada (Becker, 2006; Jackson et al., 2014; Jurak et al., 2018). Esto amplifica la inflamación basal tipo 2 resultando en una mayor liberación de IL-4, IL-5, IL-13, RANTES y eotaxina y un aumento adicional de la eosinofilia, un motor patológico clave del asma y CRSwNP (Wark y Gibson, 2006; Singh et al., 2010; Chung et al., 2015; Dunican y Fahy, 2015). El aumento de la eosinofilia, a su vez, empeora los síntomas clásicos de la enfermedad y puede conducir a condiciones potencialmente mortales debido a dificultades respiratorias. Por otro lado, los pacientes con EPOC y los pacientes con SCR sin pólipo nasal (CRSsNP) son más neutrófilos debido a la expresión de quimioattractantes neutrófilos como CXCL9, CXCL10 y CXCL11 (Cukic et al., 2012; Brightling and Greening, 2019). La patología de estas enfermedades de las vías respiratorias se caracteriza por la remodelación de las vías aéreas debido a la presencia de factores de remodelación como las metaloproteinasas de matriz (MMPs) liberadas de neutrófilos infiltrantes (Linden et al., 2019). Las infecciones virales en tales condiciones causarán entonces un aumento de la activación neutrófica; el empeoramiento de los síntomas y la remodelación de las vías respiratorias exacerbando la EPOC, CRSsNP e incluso CRSwNP en ciertos casos (Wang et al., 2009; Tacon et al., 2010; Linden et al., 2019). También se ha identificado recientemente una vía epitelial-céntrica alarmin alrededor de IL-25, IL-33 y linfopoyetina estromal timica (TSLP), y su interacción con las células linfoides innatas del grupo 2 (ILC2) (Nagarkar et al., 2012; Hong et al., 2018; Allinne et al., 2019). IL-25, IL-33 y TSLP son citoquinas inflamatorias de tipo 2 expresadas por las células epiteliales tras la lesión de la barrera epitelial (Gabryelska et al., 2019; Roan et al., 2019). Las ILC2 son un grupo de células linfoides que carecen de receptores de células B y T, pero desempeñan un papel crucial en la secretación de citocinas de tipo 2 para perpetuar la inflamación de tipo 2 cuando se activan (Scanlon y McKenzie, 2012; Li y Hendriks, 2013). En caso de infección viral, la muerte celular y la lesión de la barrera epitelial también inducirán la expresión de IL-25, IL-33 y TSLP, con mayor expresión en una vía aérea inflamada (Alakhverdi et al., 2007; Goldsmith et al., 2012; Byers et al., 2013; Shaw et al., 2013; Beale et al., 2014; Jackson et al., 2014; Uller y Persson, 2018; Ravanetti et al., 2019). Estas 3 citoquinas luego trabajan en concierto para activar ILC2s para segregar más citoquinas tipo 2 IL-4, IL-5 e IL-13 que agravan aún más la inflamación tipo 2 en la vía aérea causando exacerbación aguda (Camelo et al., 2017). En el caso de la EPOC, el aumento de la activación de la ILC2, que retiene la capacidad de diferenciar a la ILC1, también puede aumentar aún más la respuesta neutrófica y agravar aún más la exacerbación (Silver et al., 2016). Curiosamente, estos factores no se liberan en gran medida y no activan una respuesta de la ILC2 durante la infección viral en individuos sanos (Yan et al., 2016; Tan et al., 2018a) ; a pesar de aumentar una exacerbación de tipo 2 en las vías respiratorias crónicamente inflamadas (Jurak et al., 2018). Estos mecanismos clásicos de exacerbaciones agudas inducidas virales se resumen en la Figura 1. A medida que la integración de la virología, microbiología e inmunología de la infección viral se vuelve más interconectada, factores adicionales y FIGURA 1 Tras la infección por virus en la vía aérea, el estado antiviral se activará para eliminar el patógeno invasor de la vía aérea. La respuesta inmunitaria y los factores de lesión liberados del epitelio infectado normalmente inducirían una inmunidad rápida de tipo 1 que facilita el aclaramiento viral. Sin embargo, en la vía aérea inflamada, las citoquinas y quimioquinas liberadas en su lugar aumentaron la inflamación presente en la vía aérea crónicamente inflamada, fortaleciendo la infiltración neutrófila en la vía aérea COPD, e infiltración eosinofílica en la vía aérea asmática. El efecto también se ve agravado por la participación de células Th1 e ILC1 en la vía aérea COPD; y células Th2 e ILC2 en la vía aérea asmática. (2006) ha subrayado el efecto sinérgico de la infección viral con otros agentes sensibilizantes para causar exacerbaciones agudas más graves en las vías respiratorias, especialmente cuando no todos los eventos de exacerbación ocurrieron durante la infección viral, pero también pueden ocurrir mucho después del aclaramiento viral (Kim et al., 2008; Stolz et al., 2019), en particular el inicio tardío de una infección bacteriana (Singanayagam et al., 2018 (Singanayagam et al., 2019a). Además, los virus no necesitan infectar directamente la vía aérea inferior para causar una exacerbación aguda, ya que el epitelio nasal sigue siendo el lugar principal de la mayoría de las infecciones. Además, no todas las infecciones virales de la vía aérea darán lugar a exacerbaciones agudas, sugiriendo una interacción más compleja entre el virus y el epitelio de la vía aérea superior que sinergizan con el entorno de la vía aérea local en línea con la hipótesis de la "vía aérea unida" (Kurai et al., 2013). Por otro lado, las infecciones virales o sus componentes persisten en pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de la vía aérea (Kling et al., 2005; Wood et al., 2011; Ravi et al., 2019). Por lo tanto, su presencia puede alterar aún más el entorno local y contribuir a exacerbaciones actuales y futuras. Los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias han disminuido o reducido la capacidad de aclaramiento viral (Hammond et al., 2015; McKendry et al., 2016; Akbarshahi et al., 2018; Gill et al., 2018; Wang et al., 2018; Singanayagam et al., 2019b). Su deterioro se debe a una respuesta inflamatoria de tipo 2 que priva a la vía aérea de importantes células CD8 receptivas de tipo 1 que son responsables del aclaramiento completo de las células infectadas por el virus (Becker, 2006; McKendry et al., 2016). Esto es especialmente evidente en virus débiles que inducen la inflamación tipo 1 como RV y RSV (Kling et al., 2005; Wood et al., 2011; Ravi et al., 2019). Además, también hay evidencia de reducción de la producción de interferón tipo I (IFNβ) y III (IFN/23370/) debido a la inflamación de tipo 2-secado, que contribuye al aclaramiento imperfecto del virus, lo que resulta en la persistencia de componentes virales, o el virus vivo en el epitelio de las vías respiratorias (Contoli et al., 2006; Hwang et al., 2019; Wark, 2019). Debido a los componentes virales que permanecen en las vías respiratorias, genes antivirales como los interferones de tipo I, factores de activación de la inflamación y citoquinas permanecieron activados dando lugar a inflamación prolongada de las vías respiratorias (Wood et al., 2011; Essaidi-Laziosi et al., 2018). Estos factores aumentan la infiltración de granulocitos prolongando así los síntomas de exacerbación. Esta inflamación persistente también puede encontrarse dentro de virus del ADN como AdV, hCMV y HSV, cuyas infecciones generalmente persisten más tiempo (Imperial y Jiang, 2015), contribuyendo aún más a la activación crónica de la inflamación cuando infectan la vía aérea (Yang et al., 2008; Morimoto et al., 2009; Imperiale y Jiang, 2015; Lan et al., 2016; Tan et al., 2016; Kowalski et al., 2017). Con esa nota, el virus del papiloma humano (VPH), un virus del ADN muy asociado con cánceres de cabeza y cuello y papilomatosis respiratoria, también está relacionado con la inflamación crónica que precede a las neoplasias malignas (de Visser et al., 2005; Gillison et al., 2012; Bonomi et al., 2014; Fernandes et al., 2015). Por lo tanto, el papel de la infección por VPH en causar inflamación crónica en las vías respiratorias y su asociación a exacerbaciones de las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas, que apenas se explora, debe ser investigado en el futuro. Además, la persistencia viral que conduce a la expresión continua de genes antivirales también puede conducir al desarrollo de resistencia a los esteroides, que se observa con la infección por RV, VRS y PIV (Chi et al., 2011; Ford et al., 2013; Papi et al., 2013). El uso de esteroides para suprimir la inflamación también puede causar que el virus persista más tiempo en las vías respiratorias debido a la falta de aclaramiento antiviral (Kim et al., 2008; Hammond et al., 2015; Hewitt et al., 2016; McKendry et al., 2016; Singanayagam et al., 2019b). El desarrollo concomitante de resistencia a los esteroides, junto con la repetición o prolongación de la infección viral, añadió una carga considerable al manejo de la exacerbación aguda, que debería ser el foco futuro de la investigación para resolver las complicaciones duales derivadas de la infección viral. En el otro extremo del espectro, los virus que inducen una fuerte inflamación tipo 1 y la muerte celular como IFV (Yan et al., 2016; Guibas et al., 2018) y ciertos CoV (incluyendo el virus COVID-19 recientemente surgido) (Tao et al., 2013; Yue et al., 2018; Zhu et al., 2020), pueden no causar inflamación prolongada debido a la fuerte inducción del aclaramiento antiviral. Sin embargo, estas infecciones causan daño masivo y muerte celular a la barrera epitelial, tanto que las áreas del epitelio pueden estar completamente ausentes después de la infección (Yan et al., 2016; Tan et Factores como el RANTES y el CXCL10, que reclutan células inmunitarias para inducir apoptosis, son fuertemente inducidos por el epitelio infectado por IFV (Ampomah et al., 2018; Tan et al., 2019). Además, factores necroptóticos como el RIP3 agravan aún más las muertes celulares en el epitelio infectado por IFV. La muerte celular masiva inducida puede provocar un empeoramiento de la exacerbación aguda debido a la liberación de su contenido celular en las vías respiratorias, evocando una respuesta inflamatoria en las vías respiratorias (Guibas et al., 2018). Además, la destrucción de la barrera epitelial puede causar un mayor contacto con otros patógenos y alérgenos en las vías respiratorias que pueden prolongar las exacerbaciones o provocar nuevas exacerbaciones. La destrucción epitelial también puede promover una mayor remodelación epitelial durante su regeneración, ya que la infección viral induce la expresión de genes remodeladores como MMPs y factores de crecimiento. Infecciones que causan destrucción masiva del epitelio, como IFV, generalmente resultan en exacerbaciones agudas graves con síntomas no clásicos de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Afortunadamente, hay vacunas anuales disponibles para prevenir infecciones por IFV (Vasileiou et al., 2017; Zheng et al., 2018) ; y se recomienda que los pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias reciban su vacunación anual contra la gripe como el mejor medio para prevenir la exacerbación inducida por IFV grave. Otro mecanismo que las infecciones virales pueden utilizar para provocar exacerbaciones agudas es la inducción de factores de vasodilación o apertura de la unión estrecha que pueden aumentar la tasa de infiltración. Infección con una multitud de virus respiratorios Esto también aumenta las posibilidades de que los alérgenos entren en contacto con las células inmunitarias de las vías respiratorias. Por ejemplo, se encontró que la infección por IFV induce oncostatina M (OSM) lo que causa una apertura estrecha de la unión (Pothoven et al., 2015; Tian et al., 2018). De manera similar, las infecciones por RV y VRS suelen causar una apertura estrecha de la unión que también puede aumentar la tasa de infiltración de eosinófilos y, por lo tanto, empeorar los síntomas clásicos de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Sajjan et al., 2008; Kast et al., 2017; Kim et al., 2018). Además, la expresión de factores vasodilatadores y factores homeostáticos fluidos como angiopoietin-like 4 (ANGPTL4) y bactericida/permeabilidad en aumento que contienen pliegues familiares A1 (BPIFA1) también están asociados con infecciones virales y desarrollo de neumonía, que pueden empeorar la inflamación en la vía aérea baja Akram et al., 2018). Estos factores pueden servir como objetivos para prevenir exacerbaciones inducidas por virus durante el manejo de la exacerbación aguda de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias. Otro área de interés reciente es la relación entre asma y exacerbaciones de la EPOC y su asociación con el microbioma de las vías respiratorias. El desarrollo de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias suele estar relacionado con especies bacterianas específicas en el microbioma que pueden prosperar en el entorno de las vías respiratorias inflamadas (Diver et al., 2019) En el caso de una infección viral como la infección por RV, el efecto inducido por el virus puede desestabilizar el equilibrio del microbioma presente (Molyneaux et al., 2013; Kloepfer et al., 2014; Kloepfer et al., 2017; Jubinville et al., 2018; van Rijn et al., 2019). Además, la infección viral puede alterar colonias de biofilm en la vía aérea superior (por ejemplo, Streptococcus pneumoniae) microbioma para liberarse en la vía aérea inferior y empeorar la inflamación (Marks et al., 2013; Chao et al., 2014). Además, una infección viral también puede alterar el perfil de nutrientes en la vía aérea a través de la liberación de nutrientes previamente inaccesibles que alterarán el crecimiento bacteriano (Siegel et al., 2014; Mallia et al., 2018 Además, la desestabilización se ve agravada por una respuesta inmune bacteriana alterada, ya sea por influencias virales directas, o por el uso de corticosteroides para suprimir los síntomas de exacerbación (Singanayagam et al., 2018 (Singanayagam et al., 2019a Wang et al., 2018; Finney et al., 2019). Todos estos cambios pueden llevar gradualmente a un efecto de mayor alcance cuando la flora normal es reemplazada por patógenos oportunistas, alterando los perfiles inflamatorios (Teo et al., 2018). Estos cambios a su vez pueden resultar en exacerbaciones agudas más graves y frecuentes debido a la interacción entre el virus y las bacterias patógenas en exacerbar las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas (Wark et al., 2013; Singanayagam et al., 2018). Para contrarrestar estos efectos, las terapias basadas en microbiomas están en su infancia, pero han demostrado eficacia en los tratamientos del síndrome del intestino irritable restaurando el microbioma intestinal (Bakken et al., 2011). Más investigaciones pueden ser hechas de manera similar para que el microbioma de las vías respiratorias pueda restaurar el microbioma después de la interrupción por una infección viral. Las infecciones virales pueden causar la interrupción de la función mucociliar, un componente importante de la barrera epitelial. Proteínas ciliares FIGURA 2 Cambios en el epitelio de las vías respiratorias superiores que contribuyen a la exacerbación viral en enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. El epitelio de las vías respiratorias superiores es el sitio principal de contacto/infección de la mayoría de los virus respiratorios. Por lo tanto, su infección por virus respiratorios puede tener consecuencias de gran alcance en el aumento y La destrucción de la barrera epitelial, la función mucociliar y la muerte celular de las células epitelial sirven para aumentar el contacto entre los desencadenantes ambientales con la vía aérea inferior y las células inmunes residentes. La apertura de la unión estrecha aumentando la fuga aumenta aún más la inflamación y exacerbaciones. Además, las infecciones virales se acompañan generalmente con estrés oxidativo que aumentará aún más la inflamación local en las vías respiratorias. La disregulación de la inflamación puede ser agravada por la modulación de los miRNAs y la modificación epigenética como la metilación del ADN y las modificaciones histonas que promueven la disregulación en la inflamación. Finalmente, el cambio en el ambiente de las vías respiratorias locales y la inflamación promueve el crecimiento de bacterias patógenas que pueden reemplazar al microbioma de las vías respiratorias. Además, el ambiente inflamatorio también puede dispersar los comans de las vías aéreas superiores en la vía aérea Rasgo específico viral que contribuye al mecanismo de exacerbación (con evidencia en la literatura) Estrés oxidativo Producción de ROS (RV, RSV, IFV, HSV)Como RV, RSV e IFV fueron los virus más frecuentemente estudiados en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, la mayoría de los virus enumerados son predominantemente estos virus. Sin embargo, los mecanismos aquí descritos también pueden ser aplicables a otros virus, pero no pueden ser listados ya que no estuvieron implicados en el contexto de exacerbación de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (ver texto para abreviaciones). que ayudan en la función adecuada de los cilios móviles en las vías respiratorias se expresan aberrantemente en células epiteliales de las vías respiratorias ciliadas que son el principal objetivo para la infección por RV (Griggs et al., 2017). Tal forma de cilia discinesia secundaria parece estar presente con inflamaciones crónicas en la vía aérea, pero los mecanismos exactos todavía son desconocidos (Peng et al.,, 2019 Qiu et al., 2018). Sin embargo, se encontró que en la infección viral como IFV, puede haber un cambio en el metabolismo de las células, así como una alteración en la expresión del gen ciliar, principalmente en la forma de regulación descendente de los genes como la cadena pesada dynein axonemal 5 (DNAH5) y diferenciación multiciliada y síntesis de ADN asociada a la proteína del ciclo celular (MCIDAS) (Tan et al., 2018b. El recientemente surgido Wuhan CoV también se encontró para reducir la paliza ciliar en el modelo epitelial de la vía aérea infectado (Zhu et al., 2020). Además, se demostró que las infecciones virales como el VRS destruyen directamente los cilios de las células ciliadas y casi todos los virus respiratorios infectan las células ciliadas (Jumat et al., 2015; Yan et al., 2016; Tan et al., 2018a). Además, la sobreproducción de mucosidad también puede alterar el equilibrio de la función mucociliar después de la infección viral, dando lugar a síntomas de exacerbación aguda (Zhu et al., 2009). Por lo tanto, la interrupción del movimiento ciliar durante la infección viral puede causar más material extraño y alérgeno para entrar en la vía aérea, agravando los síntomas de exacerbación aguda y haciendo más difícil de manejar. Los microRNAs (miRNAs) son ARNs cortos no codificantes involucrados en la modulación post-transcripción de los procesos biológicos, e implicados en una serie de enfermedades (Tan et al., 2014). Los miRNAs se encuentran inducidos por infecciones virales y pueden jugar un papel en la modulación de las respuestas antivirales y la inflamación (Gutierrez et al., 2016; Deng et al., 2017; Feng et al., 2018). En el caso de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, se encontró que los cambios circulantes de miRNAs están relacionados con la exacerbación de las enfermedades (Wardzynska et al., 2020). Por lo tanto, es probable que tales cambios de miRNAs se originan desde el epitelio infectado y las células inmunes que responden, que pueden servir para disregular aún más la inflamación de las vías Tanto las infecciones por IFV como las por VRS han demostrado aumentar miR-21 y aumentar la inflamación en los modelos experimentales de asma murina, lo que se invierte con un tratamiento combinado de antimiR-21 y corticosteroides (Kim et al., 2017). La infección por IFV también se muestra aumentando miR-125a y b, y miR-132 en el epitelio de EPOC que inhibe A20 y MAVS; y p300 e IRF3, respectivamente, lo que resulta en una mayor susceptibilidad a las infecciones virales (Hsu et al., 2016 (Hsu et al., 2017). Por el contrario, se demostró que miR-22 se suprimió en el epitelio asmático en la infección por IFV, lo que da lugar a una respuesta epitelial aberranta, contribuyendo a exacerbaciones (Moheimani et al., 2018). Aparte de estas evidencias directas de cambios en el miRNA en contribuir a exacerbaciones, un aumento del número de miRNAs y otros ARNs no codificantes responsables de la modulación inmune se encuentran alterados después de infecciones virales (Globinska et al., 2014; Feng et al., 2018; Hasegawa et al., 2018). Por lo tanto, los ARNs no codificantes también se presentan como objetivos para modular los cambios virales inducidos en las vías respiratorias como un medio para controlar la exacerbación de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Aparte de la modulación de miRNA, otras modificaciones epigenéticas como la metilación del ADN también pueden desempeñar un papel en la exacerbación de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Al mismo tiempo, también se demostró que las infecciones virales como RV y VRS alteran la metilación del ADN y las modificaciones histonas en el epitelio de las vías respiratorias que pueden alterar las respuestas inflamatorias, provocando enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias y exacerbaciones (McErlean et al., 2014; Pech et al., 2018; Caixia et al., 2019). Además, Spalluto et al. (2017) también mostraron que factores antivirales como IFNγ epigenéticamente modifican la resistencia viral de las células epiteliales. Por lo tanto, esto puede indicar que infecciones como RV y VRS que débilmente inducen respuestas antivirales pueden resultar en un estado inflamatorio alterado que contribuye a una mayor persistencia viral y exacerbación de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Spalluto et al., 2017). Finalmente, la infección viral puede resultar en una mayor producción de especies reactivas de oxígeno (ROS), estrés oxidativo y disfunción mitocondrial en el epitelio de las vías respiratorias (Kim et al., 2018; Mishra et al., 2018; Wang et al., 2018). El epitelio de las vías respiratorias de los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias suelen estar bajo un estado de estrés oxidativo constante que sostiene la inflamación de las vías respiratorias (Barnes, 2017; van der Vliet et al., 2018). Las infecciones virales del epitelio respiratorio por virus como IFV, RV, RSV y HSV pueden desencadenar la producción adicional de ROS como mecanismo antiviral Aizawa et al., 2018; Wang et al., 2018). Además, la infiltración de células en respuesta a la infección, como los neutrófilos, también desencadenará una ruptura respiratoria como medio para aumentar la ROS en la región infectada. El aumento de la ROS y el estrés oxidativo en el ambiente local pueden servir como un desencadenante para promover la inflamación, agravando así la inflamación en las vías respiratorias (Tiwari et al., 2002). En la Figura 2 y la Tabla 1 se muestra un resumen de los posibles mecanismos de exacerbación y los virus asociados. Mientras que los mecanismos subyacentes al desarrollo y exacerbación aguda de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias son ampliamente estudiados para controlar y controlar la enfermedad, una infección viral hace más que sólo causar una exacerbación aguda en estos pacientes. Una exacerbación aguda inducida por virus no sólo induce y empeora los síntomas de la enfermedad, sino que también puede alterar el manejo de la enfermedad o conferir resistencia a tratamientos que funcionaban antes. Por lo tanto, la apreciación de los mecanismos de exacerbaciones agudas inducidas por virus es de importancia clínica para diseñar estrategias para corregir los cambios virales que pueden empeorar los síntomas de la enfermedad inflamatoria de las vías respiratorias crónicas. Otros estudios en exacerbaciones naturales y en modelos de desafíos virales utilizando secuenciación de ARN (ARN-seq) o ARN-seq de una sola célula en un rango de tiempos pueden proporcionar información importante sobre patogénesis viral y cambios inducidos dentro de las vías respiratorias de pacientes con enfermedad inflamatoria de las vías respiratorias crónicas para identificar nuevos objetivos y vías para mejorar el manejo de la enfermedad. El análisis posterior de funciones puede utilizar modelos de células epiteliales como la interfaz aire-líquido, modelo epitelial de vía aérea in vitro que ha sido adaptado para estudiar la infección viral y los cambios inducidos en la vía aérea (Yan et al., 2016; Boda et al., 2018; También se han desarrollado modelos de enfermedades de origen animal para identificar mecanismos sistémicos de exacerbación aguda (Shin, 2016; Gubernatorova et al., 2019; Tanner and Single, 2019). Además, el modelo de ratón humanizado que posee células inmunitarias humanas también puede servir para desentrañar el perfil inmune de una infección viral en estado sano y enfermo (Ito et al., 2019; Li y Di Santo, 2019). Para virus más leves, las infecciones humanas in vivo controladas se pueden realizar para el mejor modo de verificación de la asociación del virus con el mecanismo propuesto de exacerbaciones agudas inducidas virales. Con el advenimiento de modelos enfermos adecuados, la verificación de los mecanismos proporcionará la continuación necesaria para mejorar el tratamiento de las exacerbaciones agudas inducidas virales. En vista de la escasez de medidas preventivas antivirales disponibles sólo para unos pocos virus y vacunas que sólo están disponibles para las infecciones por IFV, se deben explorar más medidas alternativas para mejorar el manejo de la enfermedad. Medidas alternativas dirigidas a nuevos mecanismos de exacerbación aguda inducidos por virus, especialmente en la vía aérea superior, pueden servir como tratamientos complementarios de las estrategias de manejo actualmente disponibles para aumentar su eficacia. Nuevos modelos incluyendo cultivos primarios de células epiteliales bronquiales o nasales humanas, organoides o cortes pulmonares de precisión de pacientes con enfermedad de las vías aéreas en lugar de sujetos sanos pueden ser utilizados para definir mecanismos de exacerbación. Estos mecanismos pueden ser validados en pequeños ensayos clínicos en pacientes con asma o EPOC. Tener múltiples medios de tratamiento también puede reducir los problemas que surgen del desarrollo de resistencia hacia un tratamiento específico.

¿Dónde infectan y replican principalmente los virus respiratorios?

Infecciones respiratorias virales en la exacerbación de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías aéreas: nuevos mecanismos e ideas de la vía aérea superior Epiteliohttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7052386/SHA: 45a566c71056ba4faab425b4f7e9edee6320e4a4Autores: Tan, Kai Sen; Lim, Rachel Liyu; Liu, Jing; Ong, Hsiao Hui; Tan, Vivian Jiayi; Lim, Hui Fang; Chung, Kian Fan; Adcock, Ian M.; Chow, Vincent T.; Wang, De YunFecha: 2020-02-25DOI: 10.3389/fcell.2020.00099Licencia: cc-byAbstract: La infección por virus Estas exacerbaciones se asocian a una alta morbilidad e incluso mortalidad en todo el mundo, entendiendo que la infección viral aumenta la inflamación de las vías respiratorias, lo que agrava los síntomas de la enfermedad.Los recientes avances en la interfaz aire-líquido in vitro cultivos 3D, cultivos organoideos y el uso de nuevos modelos de desafío humanos y animales han evocado nuevos entendimientos en cuanto a los mecanismos de exacerbaciones virales.En esta revisión, nos centraremos en los hallazgos recientes que elucidan cómo las infecciones virales respiratorias alteran la barrera epitelial en las vías aéreas, el entorno microbiano de las vías aéreas superiores, modificaciones epigenéticas incluyendo modulación del miRNA y otros cambios en las respuestas inmunes a través de las vías aéreas superiores e inferiores. Primero, revisamos la prevalencia de diferentes infecciones respiratorias virales en causar exacerbaciones en enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Además, destacamos la importancia del viroma dentro del entorno del microbioma de la vía aérea y su impacto en la infección bacteriana posterior, lo que consolida la comprensión de la exacerbación inducida por virus en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias e indica vías que pueden estar dirigidas a un manejo más eficaz de las enfermedades inflamatorias crónicas. Texto: La prevalencia de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias está aumentando en todo el mundo, especialmente en los países desarrollados (GBD 2015 Chronic Respiratory Disease Colaborators, 2017 Guan et al., 2018). Esta enfermedad se caracteriza por inflamación de las vías respiratorias que provoca complicaciones como tos, sibilancia y falta de aliento. La enfermedad puede manifestarse tanto en las vías respiratorias superiores (como rinosinusitis crónica, CRS) como en las vías respiratorias inferiores (como asma y enfermedad pulmonar obstructiva crónica, EPOC) que afectan en gran medida El tratamiento y el manejo varían mucho en eficacia debido a la complejidad y heterogeneidad de la enfermedad. Esto se complica aún más por el efecto de las exacerbaciones episódicas de la enfermedad, definidas como el empeoramiento de los síntomas de la enfermedad, incluyendo sibilancia, tos, falta de aliento y opresión torácica (Xepapadaki y Papadopoulos, 2010). Estas exacerbaciones se deben al efecto de inflamación aguda aumentada de las vías respiratorias que afecta y empeora los síntomas de la enfermedad existente (Hashimoto et al., 2008; Viniol y Vogelmeier, 2018). Estas exacerbaciones agudas son la principal causa de morbilidad y a veces mortalidad en los pacientes, así como resultando en grandes cargas económicas en todo el mundo. Sin embargo, debido a las interacciones complejas entre el huésped y los agentes de exacerbación, los mecanismos de exacerbación pueden variar considerablemente en diferentes individuos bajo Las exacerbaciones agudas suelen deberse a la presencia de factores ambientales como alérgenos, contaminantes, humo, aire frío o seco y microbios patógenos en las vías respiratorias (Gautier y Charpin, 2017; Viniol y Vogelmeier, 2018). Estos agentes provocan una respuesta inmune que conduce a la infiltración de células inmunitarias activadas que liberan además mediadores inflamatorios que causan síntomas agudos como aumento de la producción de mucosidad, tos, sibilancias y falta de aliento. Entre estos agentes, la infección viral es uno de los principales motores de exacerbaciones del asma que representan hasta el 80-90% y el 45-80% de exacerbaciones en niños y adultos, respectivamente (Grissell et al., 2005; Xepapadaki y Papadopoulos, 2010; Jartti y Gern, 2017; Adeli et al., 2019). La participación viral en la exacerbación de la EPOC también es igualmente alta, habiendo sido detectada en el 30-80% de las exacerbaciones agudas de la EPOC (Kherad et al., 2010; Jafarinejad et al., 2017; Stolz et al., 2019). Aunque la prevalencia de exacerbaciones virales en la ERC todavía no está clara, es probable que su prevalencia sea alta debido a la naturaleza inflamatoria similar de estas enfermedades (Rowan et al., 2015; Tan et al., 2017). Una de las razones de la afectación de virus respiratorios en exacerbaciones es su facilidad de transmisión e infección (Kutter et al., 2018). Además, la alta diversidad de virus respiratorios también puede contribuir a exacerbaciones de diferente naturaleza y gravedad (Busse et al., 2010; Costa et al., 2014; Jartti y Gern, 2017) Por lo tanto, es importante identificar los mecanismos exactos que sustentan las exacerbaciones virales en sujetos susceptibles para manejar adecuadamente las exacerbaciones a través de tratamientos complementarios que puedan aliviar los síntomas de exacerbación o prevenir exacerbaciones graves.Si bien la vía aérea inferior es el sitio de inflamación disregulada en la mayoría de las enfermedades inflamatorias crónicas de la vía aérea, la vía aérea superior sigue siendo el primer punto de contacto con fuentes de exacerbación, por lo que su interacción con los agentes de exacerbación puede contribuir directamente a las respuestas posteriores en la vía aérea inferior, en línea con la hipótesis de "United Airway".Para dilucidar la interacción de la vía aérea huésped con virus que conducen a exacerbaciones, enfocamos nuestra revisión en los hallazgos recientes de interacción viral con la vía aérea superior. A pesar de ser una causa importante de exacerbación, los informes que vinculan virus respiratorios a exacerbaciones agudas sólo comienzan a surgir a finales de la década de 1950 (Pattemore et al., 1992) ; con infecciones bacterianas previamente consideradas como el culpable probable de exacerbación aguda (Stevens, 1953; Message y Johnston, 2002). Sin embargo, con el advenimiento de la tecnología PCR, se recuperaron más virus durante exacerbaciones agudas eventos e informes que implicaron su papel emergieron a finales de la década de 1980 (Mensaje y Johnston, 2002). Rhinovirus (RV) y virus respiratorio sincitial (RSV) son los virus predominantes vinculados al desarrollo y exacerbación de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Jarti y Gern, 2017). Otros virus como el virus de la parainfluenza (PIV), el virus de la gripe (IFV) y el adenovirus (AdV) también han sido implicados en exacerbaciones agudas, pero en un grado mucho menor (Johnston et al., 2005; Oliver et al., 2014; Ko et al., 2019). Más recientemente, se han notificado otros virus como el bocavirus (BoV), el metapneumovirus humano (HMPV), ciertas cepas del coronavirus (CoV), una cepa específica del enterovirus (EV-D68), el citomegalovirus humano (hCMV) y el virus del herpes simplex (HSV) que contribuyen a exacerbaciones agudas. La característica común de estos virus es que pueden infectar tanto la vía aérea superior como la inferior, aumentando aún más las condiciones inflamatorias en la vía aérea enferma (Mallia y Johnston, 2006; Los virus respiratorios infectan y replican principalmente dentro de las células epiteliales de la vía aérea. Durante el proceso de replicación, las células liberan factores antivirales y citocinas que alteran la inflamación de la vía aérea local y el nicho de la vía aérea (Busse et al., 2010). En una vía aérea sana, la inflamación normalmente conduce a respuestas inflamatorias tipo 1 consistentes en la activación de un estado antiviral y la infiltración de células efectoras antivirales, lo que eventualmente resulta en la resolución de la respuesta inflamatoria y el aclaramiento de la infección viral (Vareille et al., 2011; Brace et al., 2012). Sin embargo, en una vía aérea crónicamente inflamada, las respuestas contra el virus pueden estar deterioradas o aberrantes, causando inflamación sostenida e infiltración errónea, lo que resulta en la exacerbación de sus síntomas (Mallia y Johnston, 2006; Dougherty y Fahy, 2009; Busse et al., 2010; Britto et al., 2017; Linden et al., 2019). Esto suele agravarse por el aumento de la susceptibilidad de los pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias hacia infecciones respiratorias virales, aumentando así la frecuencia de exacerbación en su conjunto (Dougherty y Fahy, 2009; Busse et al., 2010; Linden et al., 2019). Además, debido a los diferentes ciclos de replicación y respuesta contra la miríada de virus respiratorios, cada virus respiratorio también puede contribuir a exacerbaciones a través de diferentes mecanismos que pueden alterar su Por lo tanto, esta revisión se centrará en compilar y cotejar los actuales mecanismos conocidos de exacerbación viral inducida por enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, así como en vincular la patogénesis de diferentes infecciones virales para dilucidar otras formas potenciales de exacerbación de la enfermedad. La revisión servirá para proporcionar una mayor comprensión de la exacerbación inducida por virus para identificar posibles vías y mecanismos patogénicos que pueden ser dirigidos como cuidados complementarios para el manejo y prevención de la exacerbación. Este enfoque puede ser clínicamente significativo debido a la actual escasez de fármacos antivirales para el manejo de exacerbaciones inducidas por virus, lo que mejorará la calidad de vida de los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias. Una vez establecida la relación entre la infección viral y las exacerbaciones agudas de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias, se han reportado muchos informes sobre los mecanismos subyacentes a la exacerbación inducida por la infección viral respiratoria. Al infectar En general, las células epiteliales de las vías respiratorias infectadas liberan interferones, citoquinas y quimioquinas tipo IL-6, IL-8, IL-12, RANTES, proteína inflamatoria de los macrófagos 1α (MIP-1α) y proteína quimiotáctica de los monocitos 1 (MCP-1) (Wark y Gibson, 2006; Matsukura y otros, 2013) y, a su vez, permiten la infiltración de células innatas inmunes y de células profesionales que presentan antígenos (APCs) que a su vez liberan mediadores específicos para facilitar la focalización y el aclaramiento virales, incluyendo interferón tipo II (IFNγ), IL-2, IL-4, IL-5, IL-9 e IL-12 (Wark y Gibson, 2006; Singh et al., 2010; Brazale Estos factores aumentan la inflamación local y la infiltración de granulocitos, células T y células B (Wark y Gibson, 2006; Brazale et al., 2012). El aumento de la inflamación, a su vez, empeora los síntomas de las enfermedades de las vías respiratorias. Además, en pacientes con asma y pacientes con SCR con pólipo nasal (CRSwNP), las infecciones virales como RV y VRS promueven una respuesta inmune de tipo 2-sesesada (Becker, 2006; Jackson et al., 2014; Jurak et al., 2018). Esto amplifica la inflamación basal tipo 2 resultando en una mayor liberación de IL-4, IL-5, IL-13, RANTES y eotaxina y un aumento adicional de la eosinofilia, un motor patológico clave del asma y CRSwNP (Wark y Gibson, 2006; Singh et al., 2010; Chung et al., 2015; Dunican y Fahy, 2015). El aumento de la eosinofilia, a su vez, empeora los síntomas clásicos de la enfermedad y puede conducir a condiciones potencialmente mortales debido a dificultades respiratorias. Por otro lado, los pacientes con EPOC y los pacientes con SCR sin pólipo nasal (CRSsNP) son más neutrófilos debido a la expresión de quimioattractantes neutrófilos como CXCL9, CXCL10 y CXCL11 (Cukic et al., 2012; Brightling and Greening, 2019). La patología de estas enfermedades de las vías respiratorias se caracteriza por la remodelación de las vías aéreas debido a la presencia de factores de remodelación como las metaloproteinasas de matriz (MMPs) liberadas de neutrófilos infiltrantes (Linden et al., 2019). Las infecciones virales en tales condiciones causarán entonces un aumento de la activación neutrófica; el empeoramiento de los síntomas y la remodelación de las vías respiratorias exacerbando la EPOC, CRSsNP e incluso CRSwNP en ciertos casos (Wang et al., 2009; Tacon et al., 2010; Linden et al., 2019). También se ha identificado recientemente una vía epitelial-céntrica alarmin alrededor de IL-25, IL-33 y linfopoyetina estromal timica (TSLP), y su interacción con las células linfoides innatas del grupo 2 (ILC2) (Nagarkar et al., 2012; Hong et al., 2018; Allinne et al., 2019). IL-25, IL-33 y TSLP son citoquinas inflamatorias de tipo 2 expresadas por las células epiteliales tras la lesión de la barrera epitelial (Gabryelska et al., 2019; Roan et al., 2019). Las ILC2 son un grupo de células linfoides que carecen de receptores de células B y T, pero desempeñan un papel crucial en la secretación de citocinas de tipo 2 para perpetuar la inflamación de tipo 2 cuando se activan (Scanlon y McKenzie, 2012; Li y Hendriks, 2013). En caso de infección viral, la muerte celular y la lesión de la barrera epitelial también inducirán la expresión de IL-25, IL-33 y TSLP, con mayor expresión en una vía aérea inflamada (Alakhverdi et al., 2007; Goldsmith et al., 2012; Byers et al., 2013; Shaw et al., 2013; Beale et al., 2014; Jackson et al., 2014; Uller y Persson, 2018; Ravanetti et al., 2019). Estas 3 citoquinas luego trabajan en concierto para activar ILC2s para segregar más citoquinas tipo 2 IL-4, IL-5 e IL-13 que agravan aún más la inflamación tipo 2 en la vía aérea causando exacerbación aguda (Camelo et al., 2017). En el caso de la EPOC, el aumento de la activación de la ILC2, que retiene la capacidad de diferenciar a la ILC1, también puede aumentar aún más la respuesta neutrófica y agravar aún más la exacerbación (Silver et al., 2016). Curiosamente, estos factores no se liberan en gran medida y no activan una respuesta de la ILC2 durante la infección viral en individuos sanos (Yan et al., 2016; Tan et al., 2018a) ; a pesar de aumentar una exacerbación de tipo 2 en las vías respiratorias crónicamente inflamadas (Jurak et al., 2018). Estos mecanismos clásicos de exacerbaciones agudas inducidas virales se resumen en la Figura 1. A medida que la integración de la virología, microbiología e inmunología de la infección viral se vuelve más interconectada, factores adicionales y FIGURA 1 Tras la infección por virus en la vía aérea, el estado antiviral se activará para eliminar el patógeno invasor de la vía aérea. La respuesta inmunitaria y los factores de lesión liberados del epitelio infectado normalmente inducirían una inmunidad rápida de tipo 1 que facilita el aclaramiento viral. Sin embargo, en la vía aérea inflamada, las citoquinas y quimioquinas liberadas en su lugar aumentaron la inflamación presente en la vía aérea crónicamente inflamada, fortaleciendo la infiltración neutrófila en la vía aérea COPD, e infiltración eosinofílica en la vía aérea asmática. El efecto también se ve agravado por la participación de células Th1 e ILC1 en la vía aérea COPD; y células Th2 e ILC2 en la vía aérea asmática. (2006) ha subrayado el efecto sinérgico de la infección viral con otros agentes sensibilizantes para causar exacerbaciones agudas más graves en las vías respiratorias, especialmente cuando no todos los eventos de exacerbación ocurrieron durante la infección viral, pero también pueden ocurrir mucho después del aclaramiento viral (Kim et al., 2008; Stolz et al., 2019), en particular el inicio tardío de una infección bacteriana (Singanayagam et al., 2018 (Singanayagam et al., 2019a). Además, los virus no necesitan infectar directamente la vía aérea inferior para causar una exacerbación aguda, ya que el epitelio nasal sigue siendo el lugar principal de la mayoría de las infecciones. Además, no todas las infecciones virales de la vía aérea darán lugar a exacerbaciones agudas, sugiriendo una interacción más compleja entre el virus y el epitelio de la vía aérea superior que sinergizan con el entorno de la vía aérea local en línea con la hipótesis de la "vía aérea unida" (Kurai et al., 2013). Por otro lado, las infecciones virales o sus componentes persisten en pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de la vía aérea (Kling et al., 2005; Wood et al., 2011; Ravi et al., 2019). Por lo tanto, su presencia puede alterar aún más el entorno local y contribuir a exacerbaciones actuales y futuras. Los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias han disminuido o reducido la capacidad de aclaramiento viral (Hammond et al., 2015; McKendry et al., 2016; Akbarshahi et al., 2018; Gill et al., 2018; Wang et al., 2018; Singanayagam et al., 2019b). Su deterioro se debe a una respuesta inflamatoria de tipo 2 que priva a la vía aérea de importantes células CD8 receptivas de tipo 1 que son responsables del aclaramiento completo de las células infectadas por el virus (Becker, 2006; McKendry et al., 2016). Esto es especialmente evidente en virus débiles que inducen la inflamación tipo 1 como RV y RSV (Kling et al., 2005; Wood et al., 2011; Ravi et al., 2019). Además, también hay evidencia de reducción de la producción de interferón tipo I (IFNβ) y III (IFN/23370/) debido a la inflamación de tipo 2-secado, que contribuye al aclaramiento imperfecto del virus, lo que resulta en la persistencia de componentes virales, o el virus vivo en el epitelio de las vías respiratorias (Contoli et al., 2006; Hwang et al., 2019; Wark, 2019). Debido a los componentes virales que permanecen en las vías respiratorias, genes antivirales como los interferones de tipo I, factores de activación de la inflamación y citoquinas permanecieron activados dando lugar a inflamación prolongada de las vías respiratorias (Wood et al., 2011; Essaidi-Laziosi et al., 2018). Estos factores aumentan la infiltración de granulocitos prolongando así los síntomas de exacerbación. Esta inflamación persistente también puede encontrarse dentro de virus del ADN como AdV, hCMV y HSV, cuyas infecciones generalmente persisten más tiempo (Imperial y Jiang, 2015), contribuyendo aún más a la activación crónica de la inflamación cuando infectan la vía aérea (Yang et al., 2008; Morimoto et al., 2009; Imperiale y Jiang, 2015; Lan et al., 2016; Tan et al., 2016; Kowalski et al., 2017). Con esa nota, el virus del papiloma humano (VPH), un virus del ADN muy asociado con cánceres de cabeza y cuello y papilomatosis respiratoria, también está relacionado con la inflamación crónica que precede a las neoplasias malignas (de Visser et al., 2005; Gillison et al., 2012; Bonomi et al., 2014; Fernandes et al., 2015). Por lo tanto, el papel de la infección por VPH en causar inflamación crónica en las vías respiratorias y su asociación a exacerbaciones de las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas, que apenas se explora, debe ser investigado en el futuro. Además, la persistencia viral que conduce a la expresión continua de genes antivirales también puede conducir al desarrollo de resistencia a los esteroides, que se observa con la infección por RV, VRS y PIV (Chi et al., 2011; Ford et al., 2013; Papi et al., 2013). El uso de esteroides para suprimir la inflamación también puede causar que el virus persista más tiempo en las vías respiratorias debido a la falta de aclaramiento antiviral (Kim et al., 2008; Hammond et al., 2015; Hewitt et al., 2016; McKendry et al., 2016; Singanayagam et al., 2019b). El desarrollo concomitante de resistencia a los esteroides, junto con la repetición o prolongación de la infección viral, añadió una carga considerable al manejo de la exacerbación aguda, que debería ser el foco futuro de la investigación para resolver las complicaciones duales derivadas de la infección viral. En el otro extremo del espectro, los virus que inducen una fuerte inflamación tipo 1 y la muerte celular como IFV (Yan et al., 2016; Guibas et al., 2018) y ciertos CoV (incluyendo el virus COVID-19 recientemente surgido) (Tao et al., 2013; Yue et al., 2018; Zhu et al., 2020), pueden no causar inflamación prolongada debido a la fuerte inducción del aclaramiento antiviral. Sin embargo, estas infecciones causan daño masivo y muerte celular a la barrera epitelial, tanto que las áreas del epitelio pueden estar completamente ausentes después de la infección (Yan et al., 2016; Tan et Factores como el RANTES y el CXCL10, que reclutan células inmunitarias para inducir apoptosis, son fuertemente inducidos por el epitelio infectado por IFV (Ampomah et al., 2018; Tan et al., 2019). Además, factores necroptóticos como el RIP3 agravan aún más las muertes celulares en el epitelio infectado por IFV. La muerte celular masiva inducida puede provocar un empeoramiento de la exacerbación aguda debido a la liberación de su contenido celular en las vías respiratorias, evocando una respuesta inflamatoria en las vías respiratorias (Guibas et al., 2018). Además, la destrucción de la barrera epitelial puede causar un mayor contacto con otros patógenos y alérgenos en las vías respiratorias que pueden prolongar las exacerbaciones o provocar nuevas exacerbaciones. La destrucción epitelial también puede promover una mayor remodelación epitelial durante su regeneración, ya que la infección viral induce la expresión de genes remodeladores como MMPs y factores de crecimiento. Infecciones que causan destrucción masiva del epitelio, como IFV, generalmente resultan en exacerbaciones agudas graves con síntomas no clásicos de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Afortunadamente, hay vacunas anuales disponibles para prevenir infecciones por IFV (Vasileiou et al., 2017; Zheng et al., 2018) ; y se recomienda que los pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias reciban su vacunación anual contra la gripe como el mejor medio para prevenir la exacerbación inducida por IFV grave. Otro mecanismo que las infecciones virales pueden utilizar para provocar exacerbaciones agudas es la inducción de factores de vasodilación o apertura de la unión estrecha que pueden aumentar la tasa de infiltración. Infección con una multitud de virus respiratorios Esto también aumenta las posibilidades de que los alérgenos entren en contacto con las células inmunitarias de las vías respiratorias. Por ejemplo, se encontró que la infección por IFV induce oncostatina M (OSM) lo que causa una apertura estrecha de la unión (Pothoven et al., 2015; Tian et al., 2018). De manera similar, las infecciones por RV y VRS suelen causar una apertura estrecha de la unión que también puede aumentar la tasa de infiltración de eosinófilos y, por lo tanto, empeorar los síntomas clásicos de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Sajjan et al., 2008; Kast et al., 2017; Kim et al., 2018). Además, la expresión de factores vasodilatadores y factores homeostáticos fluidos como angiopoietin-like 4 (ANGPTL4) y bactericida/permeabilidad en aumento que contienen pliegues familiares A1 (BPIFA1) también están asociados con infecciones virales y desarrollo de neumonía, que pueden empeorar la inflamación en la vía aérea baja Akram et al., 2018). Estos factores pueden servir como objetivos para prevenir exacerbaciones inducidas por virus durante el manejo de la exacerbación aguda de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias. Otro área de interés reciente es la relación entre asma y exacerbaciones de la EPOC y su asociación con el microbioma de las vías respiratorias. El desarrollo de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias suele estar relacionado con especies bacterianas específicas en el microbioma que pueden prosperar en el entorno de las vías respiratorias inflamadas (Diver et al., 2019) En el caso de una infección viral como la infección por RV, el efecto inducido por el virus puede desestabilizar el equilibrio del microbioma presente (Molyneaux et al., 2013; Kloepfer et al., 2014; Kloepfer et al., 2017; Jubinville et al., 2018; van Rijn et al., 2019). Además, la infección viral puede alterar colonias de biofilm en la vía aérea superior (por ejemplo, Streptococcus pneumoniae) microbioma para liberarse en la vía aérea inferior y empeorar la inflamación (Marks et al., 2013; Chao et al., 2014). Además, una infección viral también puede alterar el perfil de nutrientes en la vía aérea a través de la liberación de nutrientes previamente inaccesibles que alterarán el crecimiento bacteriano (Siegel et al., 2014; Mallia et al., 2018 Además, la desestabilización se ve agravada por una respuesta inmune bacteriana alterada, ya sea por influencias virales directas, o por el uso de corticosteroides para suprimir los síntomas de exacerbación (Singanayagam et al., 2018 (Singanayagam et al., 2019a Wang et al., 2018; Finney et al., 2019). Todos estos cambios pueden llevar gradualmente a un efecto de mayor alcance cuando la flora normal es reemplazada por patógenos oportunistas, alterando los perfiles inflamatorios (Teo et al., 2018). Estos cambios a su vez pueden resultar en exacerbaciones agudas más graves y frecuentes debido a la interacción entre el virus y las bacterias patógenas en exacerbar las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas (Wark et al., 2013; Singanayagam et al., 2018). Para contrarrestar estos efectos, las terapias basadas en microbiomas están en su infancia, pero han demostrado eficacia en los tratamientos del síndrome del intestino irritable restaurando el microbioma intestinal (Bakken et al., 2011). Más investigaciones pueden ser hechas de manera similar para que el microbioma de las vías respiratorias pueda restaurar el microbioma después de la interrupción por una infección viral. Las infecciones virales pueden causar la interrupción de la función mucociliar, un componente importante de la barrera epitelial. Proteínas ciliares FIGURA 2 Cambios en el epitelio de las vías respiratorias superiores que contribuyen a la exacerbación viral en enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. El epitelio de las vías respiratorias superiores es el sitio principal de contacto/infección de la mayoría de los virus respiratorios. Por lo tanto, su infección por virus respiratorios puede tener consecuencias de gran alcance en el aumento y La destrucción de la barrera epitelial, la función mucociliar y la muerte celular de las células epitelial sirven para aumentar el contacto entre los desencadenantes ambientales con la vía aérea inferior y las células inmunes residentes. La apertura de la unión estrecha aumentando la fuga aumenta aún más la inflamación y exacerbaciones. Además, las infecciones virales se acompañan generalmente con estrés oxidativo que aumentará aún más la inflamación local en las vías respiratorias. La disregulación de la inflamación puede ser agravada por la modulación de los miRNAs y la modificación epigenética como la metilación del ADN y las modificaciones histonas que promueven la disregulación en la inflamación. Finalmente, el cambio en el ambiente de las vías respiratorias locales y la inflamación promueve el crecimiento de bacterias patógenas que pueden reemplazar al microbioma de las vías respiratorias. Además, el ambiente inflamatorio también puede dispersar los comans de las vías aéreas superiores en la vía aérea Rasgo específico viral que contribuye al mecanismo de exacerbación (con evidencia en la literatura) Estrés oxidativo Producción de ROS (RV, RSV, IFV, HSV)Como RV, RSV e IFV fueron los virus más frecuentemente estudiados en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, la mayoría de los virus enumerados son predominantemente estos virus. Sin embargo, los mecanismos aquí descritos también pueden ser aplicables a otros virus, pero no pueden ser listados ya que no estuvieron implicados en el contexto de exacerbación de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (ver texto para abreviaciones). que ayudan en la función adecuada de los cilios móviles en las vías respiratorias se expresan aberrantemente en células epiteliales de las vías respiratorias ciliadas que son el principal objetivo para la infección por RV (Griggs et al., 2017). Tal forma de cilia discinesia secundaria parece estar presente con inflamaciones crónicas en la vía aérea, pero los mecanismos exactos todavía son desconocidos (Peng et al.,, 2019 Qiu et al., 2018). Sin embargo, se encontró que en la infección viral como IFV, puede haber un cambio en el metabolismo de las células, así como una alteración en la expresión del gen ciliar, principalmente en la forma de regulación descendente de los genes como la cadena pesada dynein axonemal 5 (DNAH5) y diferenciación multiciliada y síntesis de ADN asociada a la proteína del ciclo celular (MCIDAS) (Tan et al., 2018b. El recientemente surgido Wuhan CoV también se encontró para reducir la paliza ciliar en el modelo epitelial de la vía aérea infectado (Zhu et al., 2020). Además, se demostró que las infecciones virales como el VRS destruyen directamente los cilios de las células ciliadas y casi todos los virus respiratorios infectan las células ciliadas (Jumat et al., 2015; Yan et al., 2016; Tan et al., 2018a). Además, la sobreproducción de mucosidad también puede alterar el equilibrio de la función mucociliar después de la infección viral, dando lugar a síntomas de exacerbación aguda (Zhu et al., 2009). Por lo tanto, la interrupción del movimiento ciliar durante la infección viral puede causar más material extraño y alérgeno para entrar en la vía aérea, agravando los síntomas de exacerbación aguda y haciendo más difícil de manejar. Los microRNAs (miRNAs) son ARNs cortos no codificantes involucrados en la modulación post-transcripción de los procesos biológicos, e implicados en una serie de enfermedades (Tan et al., 2014). Los miRNAs se encuentran inducidos por infecciones virales y pueden jugar un papel en la modulación de las respuestas antivirales y la inflamación (Gutierrez et al., 2016; Deng et al., 2017; Feng et al., 2018). En el caso de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, se encontró que los cambios circulantes de miRNAs están relacionados con la exacerbación de las enfermedades (Wardzynska et al., 2020). Por lo tanto, es probable que tales cambios de miRNAs se originan desde el epitelio infectado y las células inmunes que responden, que pueden servir para disregular aún más la inflamación de las vías Tanto las infecciones por IFV como las por VRS han demostrado aumentar miR-21 y aumentar la inflamación en los modelos experimentales de asma murina, lo que se invierte con un tratamiento combinado de antimiR-21 y corticosteroides (Kim et al., 2017). La infección por IFV también se muestra aumentando miR-125a y b, y miR-132 en el epitelio de EPOC que inhibe A20 y MAVS; y p300 e IRF3, respectivamente, lo que resulta en una mayor susceptibilidad a las infecciones virales (Hsu et al., 2016 (Hsu et al., 2017). Por el contrario, se demostró que miR-22 se suprimió en el epitelio asmático en la infección por IFV, lo que da lugar a una respuesta epitelial aberranta, contribuyendo a exacerbaciones (Moheimani et al., 2018). Aparte de estas evidencias directas de cambios en el miRNA en contribuir a exacerbaciones, un aumento del número de miRNAs y otros ARNs no codificantes responsables de la modulación inmune se encuentran alterados después de infecciones virales (Globinska et al., 2014; Feng et al., 2018; Hasegawa et al., 2018). Por lo tanto, los ARNs no codificantes también se presentan como objetivos para modular los cambios virales inducidos en las vías respiratorias como un medio para controlar la exacerbación de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Aparte de la modulación de miRNA, otras modificaciones epigenéticas como la metilación del ADN también pueden desempeñar un papel en la exacerbación de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Al mismo tiempo, también se demostró que las infecciones virales como RV y VRS alteran la metilación del ADN y las modificaciones histonas en el epitelio de las vías respiratorias que pueden alterar las respuestas inflamatorias, provocando enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias y exacerbaciones (McErlean et al., 2014; Pech et al., 2018; Caixia et al., 2019). Además, Spalluto et al. (2017) también mostraron que factores antivirales como IFNγ epigenéticamente modifican la resistencia viral de las células epiteliales. Por lo tanto, esto puede indicar que infecciones como RV y VRS que débilmente inducen respuestas antivirales pueden resultar en un estado inflamatorio alterado que contribuye a una mayor persistencia viral y exacerbación de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Spalluto et al., 2017). Finalmente, la infección viral puede resultar en una mayor producción de especies reactivas de oxígeno (ROS), estrés oxidativo y disfunción mitocondrial en el epitelio de las vías respiratorias (Kim et al., 2018; Mishra et al., 2018; Wang et al., 2018). El epitelio de las vías respiratorias de los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias suelen estar bajo un estado de estrés oxidativo constante que sostiene la inflamación de las vías respiratorias (Barnes, 2017; van der Vliet et al., 2018). Las infecciones virales del epitelio respiratorio por virus como IFV, RV, RSV y HSV pueden desencadenar la producción adicional de ROS como mecanismo antiviral Aizawa et al., 2018; Wang et al., 2018). Además, la infiltración de células en respuesta a la infección, como los neutrófilos, también desencadenará una ruptura respiratoria como medio para aumentar la ROS en la región infectada. El aumento de la ROS y el estrés oxidativo en el ambiente local pueden servir como un desencadenante para promover la inflamación, agravando así la inflamación en las vías respiratorias (Tiwari et al., 2002). En la Figura 2 y la Tabla 1 se muestra un resumen de los posibles mecanismos de exacerbación y los virus asociados. Mientras que los mecanismos subyacentes al desarrollo y exacerbación aguda de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias son ampliamente estudiados para controlar y controlar la enfermedad, una infección viral hace más que sólo causar una exacerbación aguda en estos pacientes. Una exacerbación aguda inducida por virus no sólo induce y empeora los síntomas de la enfermedad, sino que también puede alterar el manejo de la enfermedad o conferir resistencia a tratamientos que funcionaban antes. Por lo tanto, la apreciación de los mecanismos de exacerbaciones agudas inducidas por virus es de importancia clínica para diseñar estrategias para corregir los cambios virales que pueden empeorar los síntomas de la enfermedad inflamatoria de las vías respiratorias crónicas. Otros estudios en exacerbaciones naturales y en modelos de desafíos virales utilizando secuenciación de ARN (ARN-seq) o ARN-seq de una sola célula en un rango de tiempos pueden proporcionar información importante sobre patogénesis viral y cambios inducidos dentro de las vías respiratorias de pacientes con enfermedad inflamatoria de las vías respiratorias crónicas para identificar nuevos objetivos y vías para mejorar el manejo de la enfermedad. El análisis posterior de funciones puede utilizar modelos de células epiteliales como la interfaz aire-líquido, modelo epitelial de vía aérea in vitro que ha sido adaptado para estudiar la infección viral y los cambios inducidos en la vía aérea (Yan et al., 2016; Boda et al., 2018; También se han desarrollado modelos de enfermedades de origen animal para identificar mecanismos sistémicos de exacerbación aguda (Shin, 2016; Gubernatorova et al., 2019; Tanner and Single, 2019). Además, el modelo de ratón humanizado que posee células inmunitarias humanas también puede servir para desentrañar el perfil inmune de una infección viral en estado sano y enfermo (Ito et al., 2019; Li y Di Santo, 2019). Para virus más leves, las infecciones humanas in vivo controladas se pueden realizar para el mejor modo de verificación de la asociación del virus con el mecanismo propuesto de exacerbaciones agudas inducidas virales. Con el advenimiento de modelos enfermos adecuados, la verificación de los mecanismos proporcionará la continuación necesaria para mejorar el tratamiento de las exacerbaciones agudas inducidas virales. En vista de la escasez de medidas preventivas antivirales disponibles sólo para unos pocos virus y vacunas que sólo están disponibles para las infecciones por IFV, se deben explorar más medidas alternativas para mejorar el manejo de la enfermedad. Medidas alternativas dirigidas a nuevos mecanismos de exacerbación aguda inducidos por virus, especialmente en la vía aérea superior, pueden servir como tratamientos complementarios de las estrategias de manejo actualmente disponibles para aumentar su eficacia. Nuevos modelos incluyendo cultivos primarios de células epiteliales bronquiales o nasales humanas, organoides o cortes pulmonares de precisión de pacientes con enfermedad de las vías aéreas en lugar de sujetos sanos pueden ser utilizados para definir mecanismos de exacerbación. Estos mecanismos pueden ser validados en pequeños ensayos clínicos en pacientes con asma o EPOC. Tener múltiples medios de tratamiento también puede reducir los problemas que surgen del desarrollo de resistencia hacia un tratamiento específico.

¿A qué conduce la inflamación en las vías respiratorias sanas?

Infecciones respiratorias virales en la exacerbación de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías aéreas: nuevos mecanismos e ideas de la vía aérea superior Epiteliohttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7052386/SHA: 45a566c71056ba4faab425b4f7e9edee6320e4a4Autores: Tan, Kai Sen; Lim, Rachel Liyu; Liu, Jing; Ong, Hsiao Hui; Tan, Vivian Jiayi; Lim, Hui Fang; Chung, Kian Fan; Adcock, Ian M.; Chow, Vincent T.; Wang, De YunFecha: 2020-02-25DOI: 10.3389/fcell.2020.00099Licencia: cc-byAbstract: La infección por virus Estas exacerbaciones se asocian a una alta morbilidad e incluso mortalidad en todo el mundo, entendiendo que la infección viral aumenta la inflamación de las vías respiratorias, lo que agrava los síntomas de la enfermedad.Los recientes avances en la interfaz aire-líquido in vitro cultivos 3D, cultivos organoideos y el uso de nuevos modelos de desafío humanos y animales han evocado nuevos entendimientos en cuanto a los mecanismos de exacerbaciones virales.En esta revisión, nos centraremos en los hallazgos recientes que elucidan cómo las infecciones virales respiratorias alteran la barrera epitelial en las vías aéreas, el entorno microbiano de las vías aéreas superiores, modificaciones epigenéticas incluyendo modulación del miRNA y otros cambios en las respuestas inmunes a través de las vías aéreas superiores e inferiores. Primero, revisamos la prevalencia de diferentes infecciones respiratorias virales en causar exacerbaciones en enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Además, destacamos la importancia del viroma dentro del entorno del microbioma de la vía aérea y su impacto en la infección bacteriana posterior, lo que consolida la comprensión de la exacerbación inducida por virus en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias e indica vías que pueden estar dirigidas a un manejo más eficaz de las enfermedades inflamatorias crónicas. Texto: La prevalencia de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias está aumentando en todo el mundo, especialmente en los países desarrollados (GBD 2015 Chronic Respiratory Disease Colaborators, 2017 Guan et al., 2018). Esta enfermedad se caracteriza por inflamación de las vías respiratorias que provoca complicaciones como tos, sibilancia y falta de aliento. La enfermedad puede manifestarse tanto en las vías respiratorias superiores (como rinosinusitis crónica, CRS) como en las vías respiratorias inferiores (como asma y enfermedad pulmonar obstructiva crónica, EPOC) que afectan en gran medida El tratamiento y el manejo varían mucho en eficacia debido a la complejidad y heterogeneidad de la enfermedad. Esto se complica aún más por el efecto de las exacerbaciones episódicas de la enfermedad, definidas como el empeoramiento de los síntomas de la enfermedad, incluyendo sibilancia, tos, falta de aliento y opresión torácica (Xepapadaki y Papadopoulos, 2010). Estas exacerbaciones se deben al efecto de inflamación aguda aumentada de las vías respiratorias que afecta y empeora los síntomas de la enfermedad existente (Hashimoto et al., 2008; Viniol y Vogelmeier, 2018). Estas exacerbaciones agudas son la principal causa de morbilidad y a veces mortalidad en los pacientes, así como resultando en grandes cargas económicas en todo el mundo. Sin embargo, debido a las interacciones complejas entre el huésped y los agentes de exacerbación, los mecanismos de exacerbación pueden variar considerablemente en diferentes individuos bajo Las exacerbaciones agudas suelen deberse a la presencia de factores ambientales como alérgenos, contaminantes, humo, aire frío o seco y microbios patógenos en las vías respiratorias (Gautier y Charpin, 2017; Viniol y Vogelmeier, 2018). Estos agentes provocan una respuesta inmune que conduce a la infiltración de células inmunitarias activadas que liberan además mediadores inflamatorios que causan síntomas agudos como aumento de la producción de mucosidad, tos, sibilancias y falta de aliento. Entre estos agentes, la infección viral es uno de los principales motores de exacerbaciones del asma que representan hasta el 80-90% y el 45-80% de exacerbaciones en niños y adultos, respectivamente (Grissell et al., 2005; Xepapadaki y Papadopoulos, 2010; Jartti y Gern, 2017; Adeli et al., 2019). La participación viral en la exacerbación de la EPOC también es igualmente alta, habiendo sido detectada en el 30-80% de las exacerbaciones agudas de la EPOC (Kherad et al., 2010; Jafarinejad et al., 2017; Stolz et al., 2019). Aunque la prevalencia de exacerbaciones virales en la ERC todavía no está clara, es probable que su prevalencia sea alta debido a la naturaleza inflamatoria similar de estas enfermedades (Rowan et al., 2015; Tan et al., 2017). Una de las razones de la afectación de virus respiratorios en exacerbaciones es su facilidad de transmisión e infección (Kutter et al., 2018). Además, la alta diversidad de virus respiratorios también puede contribuir a exacerbaciones de diferente naturaleza y gravedad (Busse et al., 2010; Costa et al., 2014; Jartti y Gern, 2017) Por lo tanto, es importante identificar los mecanismos exactos que sustentan las exacerbaciones virales en sujetos susceptibles para manejar adecuadamente las exacerbaciones a través de tratamientos complementarios que puedan aliviar los síntomas de exacerbación o prevenir exacerbaciones graves.Si bien la vía aérea inferior es el sitio de inflamación disregulada en la mayoría de las enfermedades inflamatorias crónicas de la vía aérea, la vía aérea superior sigue siendo el primer punto de contacto con fuentes de exacerbación, por lo que su interacción con los agentes de exacerbación puede contribuir directamente a las respuestas posteriores en la vía aérea inferior, en línea con la hipótesis de "United Airway".Para dilucidar la interacción de la vía aérea huésped con virus que conducen a exacerbaciones, enfocamos nuestra revisión en los hallazgos recientes de interacción viral con la vía aérea superior. A pesar de ser una causa importante de exacerbación, los informes que vinculan virus respiratorios a exacerbaciones agudas sólo comienzan a surgir a finales de la década de 1950 (Pattemore et al., 1992) ; con infecciones bacterianas previamente consideradas como el culpable probable de exacerbación aguda (Stevens, 1953; Message y Johnston, 2002). Sin embargo, con el advenimiento de la tecnología PCR, se recuperaron más virus durante exacerbaciones agudas eventos e informes que implicaron su papel emergieron a finales de la década de 1980 (Mensaje y Johnston, 2002). Rhinovirus (RV) y virus respiratorio sincitial (RSV) son los virus predominantes vinculados al desarrollo y exacerbación de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Jarti y Gern, 2017). Otros virus como el virus de la parainfluenza (PIV), el virus de la gripe (IFV) y el adenovirus (AdV) también han sido implicados en exacerbaciones agudas, pero en un grado mucho menor (Johnston et al., 2005; Oliver et al., 2014; Ko et al., 2019). Más recientemente, se han notificado otros virus como el bocavirus (BoV), el metapneumovirus humano (HMPV), ciertas cepas del coronavirus (CoV), una cepa específica del enterovirus (EV-D68), el citomegalovirus humano (hCMV) y el virus del herpes simplex (HSV) que contribuyen a exacerbaciones agudas. La característica común de estos virus es que pueden infectar tanto la vía aérea superior como la inferior, aumentando aún más las condiciones inflamatorias en la vía aérea enferma (Mallia y Johnston, 2006; Los virus respiratorios infectan y replican principalmente dentro de las células epiteliales de la vía aérea. Durante el proceso de replicación, las células liberan factores antivirales y citocinas que alteran la inflamación de la vía aérea local y el nicho de la vía aérea (Busse et al., 2010). En una vía aérea sana, la inflamación normalmente conduce a respuestas inflamatorias tipo 1 consistentes en la activación de un estado antiviral y la infiltración de células efectoras antivirales, lo que eventualmente resulta en la resolución de la respuesta inflamatoria y el aclaramiento de la infección viral (Vareille et al., 2011; Brace et al., 2012). Sin embargo, en una vía aérea crónicamente inflamada, las respuestas contra el virus pueden estar deterioradas o aberrantes, causando inflamación sostenida e infiltración errónea, lo que resulta en la exacerbación de sus síntomas (Mallia y Johnston, 2006; Dougherty y Fahy, 2009; Busse et al., 2010; Britto et al., 2017; Linden et al., 2019). Esto suele agravarse por el aumento de la susceptibilidad de los pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias hacia infecciones respiratorias virales, aumentando así la frecuencia de exacerbación en su conjunto (Dougherty y Fahy, 2009; Busse et al., 2010; Linden et al., 2019). Además, debido a los diferentes ciclos de replicación y respuesta contra la miríada de virus respiratorios, cada virus respiratorio también puede contribuir a exacerbaciones a través de diferentes mecanismos que pueden alterar su Por lo tanto, esta revisión se centrará en compilar y cotejar los actuales mecanismos conocidos de exacerbación viral inducida por enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, así como en vincular la patogénesis de diferentes infecciones virales para dilucidar otras formas potenciales de exacerbación de la enfermedad. La revisión servirá para proporcionar una mayor comprensión de la exacerbación inducida por virus para identificar posibles vías y mecanismos patogénicos que pueden ser dirigidos como cuidados complementarios para el manejo y prevención de la exacerbación. Este enfoque puede ser clínicamente significativo debido a la actual escasez de fármacos antivirales para el manejo de exacerbaciones inducidas por virus, lo que mejorará la calidad de vida de los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias. Una vez establecida la relación entre la infección viral y las exacerbaciones agudas de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias, se han reportado muchos informes sobre los mecanismos subyacentes a la exacerbación inducida por la infección viral respiratoria. Al infectar En general, las células epiteliales de las vías respiratorias infectadas liberan interferones, citoquinas y quimioquinas tipo IL-6, IL-8, IL-12, RANTES, proteína inflamatoria de los macrófagos 1α (MIP-1α) y proteína quimiotáctica de los monocitos 1 (MCP-1) (Wark y Gibson, 2006; Matsukura y otros, 2013) y, a su vez, permiten la infiltración de células innatas inmunes y de células profesionales que presentan antígenos (APCs) que a su vez liberan mediadores específicos para facilitar la focalización y el aclaramiento virales, incluyendo interferón tipo II (IFNγ), IL-2, IL-4, IL-5, IL-9 e IL-12 (Wark y Gibson, 2006; Singh et al., 2010; Brazale Estos factores aumentan la inflamación local y la infiltración de granulocitos, células T y células B (Wark y Gibson, 2006; Brazale et al., 2012). El aumento de la inflamación, a su vez, empeora los síntomas de las enfermedades de las vías respiratorias. Además, en pacientes con asma y pacientes con SCR con pólipo nasal (CRSwNP), las infecciones virales como RV y VRS promueven una respuesta inmune de tipo 2-sesesada (Becker, 2006; Jackson et al., 2014; Jurak et al., 2018). Esto amplifica la inflamación basal tipo 2 resultando en una mayor liberación de IL-4, IL-5, IL-13, RANTES y eotaxina y un aumento adicional de la eosinofilia, un motor patológico clave del asma y CRSwNP (Wark y Gibson, 2006; Singh et al., 2010; Chung et al., 2015; Dunican y Fahy, 2015). El aumento de la eosinofilia, a su vez, empeora los síntomas clásicos de la enfermedad y puede conducir a condiciones potencialmente mortales debido a dificultades respiratorias. Por otro lado, los pacientes con EPOC y los pacientes con SCR sin pólipo nasal (CRSsNP) son más neutrófilos debido a la expresión de quimioattractantes neutrófilos como CXCL9, CXCL10 y CXCL11 (Cukic et al., 2012; Brightling and Greening, 2019). La patología de estas enfermedades de las vías respiratorias se caracteriza por la remodelación de las vías aéreas debido a la presencia de factores de remodelación como las metaloproteinasas de matriz (MMPs) liberadas de neutrófilos infiltrantes (Linden et al., 2019). Las infecciones virales en tales condiciones causarán entonces un aumento de la activación neutrófica; el empeoramiento de los síntomas y la remodelación de las vías respiratorias exacerbando la EPOC, CRSsNP e incluso CRSwNP en ciertos casos (Wang et al., 2009; Tacon et al., 2010; Linden et al., 2019). También se ha identificado recientemente una vía epitelial-céntrica alarmin alrededor de IL-25, IL-33 y linfopoyetina estromal timica (TSLP), y su interacción con las células linfoides innatas del grupo 2 (ILC2) (Nagarkar et al., 2012; Hong et al., 2018; Allinne et al., 2019). IL-25, IL-33 y TSLP son citoquinas inflamatorias de tipo 2 expresadas por las células epiteliales tras la lesión de la barrera epitelial (Gabryelska et al., 2019; Roan et al., 2019). Las ILC2 son un grupo de células linfoides que carecen de receptores de células B y T, pero desempeñan un papel crucial en la secretación de citocinas de tipo 2 para perpetuar la inflamación de tipo 2 cuando se activan (Scanlon y McKenzie, 2012; Li y Hendriks, 2013). En caso de infección viral, la muerte celular y la lesión de la barrera epitelial también inducirán la expresión de IL-25, IL-33 y TSLP, con mayor expresión en una vía aérea inflamada (Alakhverdi et al., 2007; Goldsmith et al., 2012; Byers et al., 2013; Shaw et al., 2013; Beale et al., 2014; Jackson et al., 2014; Uller y Persson, 2018; Ravanetti et al., 2019). Estas 3 citoquinas luego trabajan en concierto para activar ILC2s para segregar más citoquinas tipo 2 IL-4, IL-5 e IL-13 que agravan aún más la inflamación tipo 2 en la vía aérea causando exacerbación aguda (Camelo et al., 2017). En el caso de la EPOC, el aumento de la activación de la ILC2, que retiene la capacidad de diferenciar a la ILC1, también puede aumentar aún más la respuesta neutrófica y agravar aún más la exacerbación (Silver et al., 2016). Curiosamente, estos factores no se liberan en gran medida y no activan una respuesta de la ILC2 durante la infección viral en individuos sanos (Yan et al., 2016; Tan et al., 2018a) ; a pesar de aumentar una exacerbación de tipo 2 en las vías respiratorias crónicamente inflamadas (Jurak et al., 2018). Estos mecanismos clásicos de exacerbaciones agudas inducidas virales se resumen en la Figura 1. A medida que la integración de la virología, microbiología e inmunología de la infección viral se vuelve más interconectada, factores adicionales y FIGURA 1 Tras la infección por virus en la vía aérea, el estado antiviral se activará para eliminar el patógeno invasor de la vía aérea. La respuesta inmunitaria y los factores de lesión liberados del epitelio infectado normalmente inducirían una inmunidad rápida de tipo 1 que facilita el aclaramiento viral. Sin embargo, en la vía aérea inflamada, las citoquinas y quimioquinas liberadas en su lugar aumentaron la inflamación presente en la vía aérea crónicamente inflamada, fortaleciendo la infiltración neutrófila en la vía aérea COPD, e infiltración eosinofílica en la vía aérea asmática. El efecto también se ve agravado por la participación de células Th1 e ILC1 en la vía aérea COPD; y células Th2 e ILC2 en la vía aérea asmática. (2006) ha subrayado el efecto sinérgico de la infección viral con otros agentes sensibilizantes para causar exacerbaciones agudas más graves en las vías respiratorias, especialmente cuando no todos los eventos de exacerbación ocurrieron durante la infección viral, pero también pueden ocurrir mucho después del aclaramiento viral (Kim et al., 2008; Stolz et al., 2019), en particular el inicio tardío de una infección bacteriana (Singanayagam et al., 2018 (Singanayagam et al., 2019a). Además, los virus no necesitan infectar directamente la vía aérea inferior para causar una exacerbación aguda, ya que el epitelio nasal sigue siendo el lugar principal de la mayoría de las infecciones. Además, no todas las infecciones virales de la vía aérea darán lugar a exacerbaciones agudas, sugiriendo una interacción más compleja entre el virus y el epitelio de la vía aérea superior que sinergizan con el entorno de la vía aérea local en línea con la hipótesis de la "vía aérea unida" (Kurai et al., 2013). Por otro lado, las infecciones virales o sus componentes persisten en pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de la vía aérea (Kling et al., 2005; Wood et al., 2011; Ravi et al., 2019). Por lo tanto, su presencia puede alterar aún más el entorno local y contribuir a exacerbaciones actuales y futuras. Los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias han disminuido o reducido la capacidad de aclaramiento viral (Hammond et al., 2015; McKendry et al., 2016; Akbarshahi et al., 2018; Gill et al., 2018; Wang et al., 2018; Singanayagam et al., 2019b). Su deterioro se debe a una respuesta inflamatoria de tipo 2 que priva a la vía aérea de importantes células CD8 receptivas de tipo 1 que son responsables del aclaramiento completo de las células infectadas por el virus (Becker, 2006; McKendry et al., 2016). Esto es especialmente evidente en virus débiles que inducen la inflamación tipo 1 como RV y RSV (Kling et al., 2005; Wood et al., 2011; Ravi et al., 2019). Además, también hay evidencia de reducción de la producción de interferón tipo I (IFNβ) y III (IFN/23370/) debido a la inflamación de tipo 2-secado, que contribuye al aclaramiento imperfecto del virus, lo que resulta en la persistencia de componentes virales, o el virus vivo en el epitelio de las vías respiratorias (Contoli et al., 2006; Hwang et al., 2019; Wark, 2019). Debido a los componentes virales que permanecen en las vías respiratorias, genes antivirales como los interferones de tipo I, factores de activación de la inflamación y citoquinas permanecieron activados dando lugar a inflamación prolongada de las vías respiratorias (Wood et al., 2011; Essaidi-Laziosi et al., 2018). Estos factores aumentan la infiltración de granulocitos prolongando así los síntomas de exacerbación. Esta inflamación persistente también puede encontrarse dentro de virus del ADN como AdV, hCMV y HSV, cuyas infecciones generalmente persisten más tiempo (Imperial y Jiang, 2015), contribuyendo aún más a la activación crónica de la inflamación cuando infectan la vía aérea (Yang et al., 2008; Morimoto et al., 2009; Imperiale y Jiang, 2015; Lan et al., 2016; Tan et al., 2016; Kowalski et al., 2017). Con esa nota, el virus del papiloma humano (VPH), un virus del ADN muy asociado con cánceres de cabeza y cuello y papilomatosis respiratoria, también está relacionado con la inflamación crónica que precede a las neoplasias malignas (de Visser et al., 2005; Gillison et al., 2012; Bonomi et al., 2014; Fernandes et al., 2015). Por lo tanto, el papel de la infección por VPH en causar inflamación crónica en las vías respiratorias y su asociación a exacerbaciones de las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas, que apenas se explora, debe ser investigado en el futuro. Además, la persistencia viral que conduce a la expresión continua de genes antivirales también puede conducir al desarrollo de resistencia a los esteroides, que se observa con la infección por RV, VRS y PIV (Chi et al., 2011; Ford et al., 2013; Papi et al., 2013). El uso de esteroides para suprimir la inflamación también puede causar que el virus persista más tiempo en las vías respiratorias debido a la falta de aclaramiento antiviral (Kim et al., 2008; Hammond et al., 2015; Hewitt et al., 2016; McKendry et al., 2016; Singanayagam et al., 2019b). El desarrollo concomitante de resistencia a los esteroides, junto con la repetición o prolongación de la infección viral, añadió una carga considerable al manejo de la exacerbación aguda, que debería ser el foco futuro de la investigación para resolver las complicaciones duales derivadas de la infección viral. En el otro extremo del espectro, los virus que inducen una fuerte inflamación tipo 1 y la muerte celular como IFV (Yan et al., 2016; Guibas et al., 2018) y ciertos CoV (incluyendo el virus COVID-19 recientemente surgido) (Tao et al., 2013; Yue et al., 2018; Zhu et al., 2020), pueden no causar inflamación prolongada debido a la fuerte inducción del aclaramiento antiviral. Sin embargo, estas infecciones causan daño masivo y muerte celular a la barrera epitelial, tanto que las áreas del epitelio pueden estar completamente ausentes después de la infección (Yan et al., 2016; Tan et Factores como el RANTES y el CXCL10, que reclutan células inmunitarias para inducir apoptosis, son fuertemente inducidos por el epitelio infectado por IFV (Ampomah et al., 2018; Tan et al., 2019). Además, factores necroptóticos como el RIP3 agravan aún más las muertes celulares en el epitelio infectado por IFV. La muerte celular masiva inducida puede provocar un empeoramiento de la exacerbación aguda debido a la liberación de su contenido celular en las vías respiratorias, evocando una respuesta inflamatoria en las vías respiratorias (Guibas et al., 2018). Además, la destrucción de la barrera epitelial puede causar un mayor contacto con otros patógenos y alérgenos en las vías respiratorias que pueden prolongar las exacerbaciones o provocar nuevas exacerbaciones. La destrucción epitelial también puede promover una mayor remodelación epitelial durante su regeneración, ya que la infección viral induce la expresión de genes remodeladores como MMPs y factores de crecimiento. Infecciones que causan destrucción masiva del epitelio, como IFV, generalmente resultan en exacerbaciones agudas graves con síntomas no clásicos de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Afortunadamente, hay vacunas anuales disponibles para prevenir infecciones por IFV (Vasileiou et al., 2017; Zheng et al., 2018) ; y se recomienda que los pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias reciban su vacunación anual contra la gripe como el mejor medio para prevenir la exacerbación inducida por IFV grave. Otro mecanismo que las infecciones virales pueden utilizar para provocar exacerbaciones agudas es la inducción de factores de vasodilación o apertura de la unión estrecha que pueden aumentar la tasa de infiltración. Infección con una multitud de virus respiratorios Esto también aumenta las posibilidades de que los alérgenos entren en contacto con las células inmunitarias de las vías respiratorias. Por ejemplo, se encontró que la infección por IFV induce oncostatina M (OSM) lo que causa una apertura estrecha de la unión (Pothoven et al., 2015; Tian et al., 2018). De manera similar, las infecciones por RV y VRS suelen causar una apertura estrecha de la unión que también puede aumentar la tasa de infiltración de eosinófilos y, por lo tanto, empeorar los síntomas clásicos de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Sajjan et al., 2008; Kast et al., 2017; Kim et al., 2018). Además, la expresión de factores vasodilatadores y factores homeostáticos fluidos como angiopoietin-like 4 (ANGPTL4) y bactericida/permeabilidad en aumento que contienen pliegues familiares A1 (BPIFA1) también están asociados con infecciones virales y desarrollo de neumonía, que pueden empeorar la inflamación en la vía aérea baja Akram et al., 2018). Estos factores pueden servir como objetivos para prevenir exacerbaciones inducidas por virus durante el manejo de la exacerbación aguda de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias. Otro área de interés reciente es la relación entre asma y exacerbaciones de la EPOC y su asociación con el microbioma de las vías respiratorias. El desarrollo de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias suele estar relacionado con especies bacterianas específicas en el microbioma que pueden prosperar en el entorno de las vías respiratorias inflamadas (Diver et al., 2019) En el caso de una infección viral como la infección por RV, el efecto inducido por el virus puede desestabilizar el equilibrio del microbioma presente (Molyneaux et al., 2013; Kloepfer et al., 2014; Kloepfer et al., 2017; Jubinville et al., 2018; van Rijn et al., 2019). Además, la infección viral puede alterar colonias de biofilm en la vía aérea superior (por ejemplo, Streptococcus pneumoniae) microbioma para liberarse en la vía aérea inferior y empeorar la inflamación (Marks et al., 2013; Chao et al., 2014). Además, una infección viral también puede alterar el perfil de nutrientes en la vía aérea a través de la liberación de nutrientes previamente inaccesibles que alterarán el crecimiento bacteriano (Siegel et al., 2014; Mallia et al., 2018 Además, la desestabilización se ve agravada por una respuesta inmune bacteriana alterada, ya sea por influencias virales directas, o por el uso de corticosteroides para suprimir los síntomas de exacerbación (Singanayagam et al., 2018 (Singanayagam et al., 2019a Wang et al., 2018; Finney et al., 2019). Todos estos cambios pueden llevar gradualmente a un efecto de mayor alcance cuando la flora normal es reemplazada por patógenos oportunistas, alterando los perfiles inflamatorios (Teo et al., 2018). Estos cambios a su vez pueden resultar en exacerbaciones agudas más graves y frecuentes debido a la interacción entre el virus y las bacterias patógenas en exacerbar las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas (Wark et al., 2013; Singanayagam et al., 2018). Para contrarrestar estos efectos, las terapias basadas en microbiomas están en su infancia, pero han demostrado eficacia en los tratamientos del síndrome del intestino irritable restaurando el microbioma intestinal (Bakken et al., 2011). Más investigaciones pueden ser hechas de manera similar para que el microbioma de las vías respiratorias pueda restaurar el microbioma después de la interrupción por una infección viral. Las infecciones virales pueden causar la interrupción de la función mucociliar, un componente importante de la barrera epitelial. Proteínas ciliares FIGURA 2 Cambios en el epitelio de las vías respiratorias superiores que contribuyen a la exacerbación viral en enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. El epitelio de las vías respiratorias superiores es el sitio principal de contacto/infección de la mayoría de los virus respiratorios. Por lo tanto, su infección por virus respiratorios puede tener consecuencias de gran alcance en el aumento y La destrucción de la barrera epitelial, la función mucociliar y la muerte celular de las células epitelial sirven para aumentar el contacto entre los desencadenantes ambientales con la vía aérea inferior y las células inmunes residentes. La apertura de la unión estrecha aumentando la fuga aumenta aún más la inflamación y exacerbaciones. Además, las infecciones virales se acompañan generalmente con estrés oxidativo que aumentará aún más la inflamación local en las vías respiratorias. La disregulación de la inflamación puede ser agravada por la modulación de los miRNAs y la modificación epigenética como la metilación del ADN y las modificaciones histonas que promueven la disregulación en la inflamación. Finalmente, el cambio en el ambiente de las vías respiratorias locales y la inflamación promueve el crecimiento de bacterias patógenas que pueden reemplazar al microbioma de las vías respiratorias. Además, el ambiente inflamatorio también puede dispersar los comans de las vías aéreas superiores en la vía aérea Rasgo específico viral que contribuye al mecanismo de exacerbación (con evidencia en la literatura) Estrés oxidativo Producción de ROS (RV, RSV, IFV, HSV)Como RV, RSV e IFV fueron los virus más frecuentemente estudiados en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, la mayoría de los virus enumerados son predominantemente estos virus. Sin embargo, los mecanismos aquí descritos también pueden ser aplicables a otros virus, pero no pueden ser listados ya que no estuvieron implicados en el contexto de exacerbación de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (ver texto para abreviaciones). que ayudan en la función adecuada de los cilios móviles en las vías respiratorias se expresan aberrantemente en células epiteliales de las vías respiratorias ciliadas que son el principal objetivo para la infección por RV (Griggs et al., 2017). Tal forma de cilia discinesia secundaria parece estar presente con inflamaciones crónicas en la vía aérea, pero los mecanismos exactos todavía son desconocidos (Peng et al.,, 2019 Qiu et al., 2018). Sin embargo, se encontró que en la infección viral como IFV, puede haber un cambio en el metabolismo de las células, así como una alteración en la expresión del gen ciliar, principalmente en la forma de regulación descendente de los genes como la cadena pesada dynein axonemal 5 (DNAH5) y diferenciación multiciliada y síntesis de ADN asociada a la proteína del ciclo celular (MCIDAS) (Tan et al., 2018b. El recientemente surgido Wuhan CoV también se encontró para reducir la paliza ciliar en el modelo epitelial de la vía aérea infectado (Zhu et al., 2020). Además, se demostró que las infecciones virales como el VRS destruyen directamente los cilios de las células ciliadas y casi todos los virus respiratorios infectan las células ciliadas (Jumat et al., 2015; Yan et al., 2016; Tan et al., 2018a). Además, la sobreproducción de mucosidad también puede alterar el equilibrio de la función mucociliar después de la infección viral, dando lugar a síntomas de exacerbación aguda (Zhu et al., 2009). Por lo tanto, la interrupción del movimiento ciliar durante la infección viral puede causar más material extraño y alérgeno para entrar en la vía aérea, agravando los síntomas de exacerbación aguda y haciendo más difícil de manejar. Los microRNAs (miRNAs) son ARNs cortos no codificantes involucrados en la modulación post-transcripción de los procesos biológicos, e implicados en una serie de enfermedades (Tan et al., 2014). Los miRNAs se encuentran inducidos por infecciones virales y pueden jugar un papel en la modulación de las respuestas antivirales y la inflamación (Gutierrez et al., 2016; Deng et al., 2017; Feng et al., 2018). En el caso de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, se encontró que los cambios circulantes de miRNAs están relacionados con la exacerbación de las enfermedades (Wardzynska et al., 2020). Por lo tanto, es probable que tales cambios de miRNAs se originan desde el epitelio infectado y las células inmunes que responden, que pueden servir para disregular aún más la inflamación de las vías Tanto las infecciones por IFV como las por VRS han demostrado aumentar miR-21 y aumentar la inflamación en los modelos experimentales de asma murina, lo que se invierte con un tratamiento combinado de antimiR-21 y corticosteroides (Kim et al., 2017). La infección por IFV también se muestra aumentando miR-125a y b, y miR-132 en el epitelio de EPOC que inhibe A20 y MAVS; y p300 e IRF3, respectivamente, lo que resulta en una mayor susceptibilidad a las infecciones virales (Hsu et al., 2016 (Hsu et al., 2017). Por el contrario, se demostró que miR-22 se suprimió en el epitelio asmático en la infección por IFV, lo que da lugar a una respuesta epitelial aberranta, contribuyendo a exacerbaciones (Moheimani et al., 2018). Aparte de estas evidencias directas de cambios en el miRNA en contribuir a exacerbaciones, un aumento del número de miRNAs y otros ARNs no codificantes responsables de la modulación inmune se encuentran alterados después de infecciones virales (Globinska et al., 2014; Feng et al., 2018; Hasegawa et al., 2018). Por lo tanto, los ARNs no codificantes también se presentan como objetivos para modular los cambios virales inducidos en las vías respiratorias como un medio para controlar la exacerbación de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Aparte de la modulación de miRNA, otras modificaciones epigenéticas como la metilación del ADN también pueden desempeñar un papel en la exacerbación de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Al mismo tiempo, también se demostró que las infecciones virales como RV y VRS alteran la metilación del ADN y las modificaciones histonas en el epitelio de las vías respiratorias que pueden alterar las respuestas inflamatorias, provocando enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias y exacerbaciones (McErlean et al., 2014; Pech et al., 2018; Caixia et al., 2019). Además, Spalluto et al. (2017) también mostraron que factores antivirales como IFNγ epigenéticamente modifican la resistencia viral de las células epiteliales. Por lo tanto, esto puede indicar que infecciones como RV y VRS que débilmente inducen respuestas antivirales pueden resultar en un estado inflamatorio alterado que contribuye a una mayor persistencia viral y exacerbación de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Spalluto et al., 2017). Finalmente, la infección viral puede resultar en una mayor producción de especies reactivas de oxígeno (ROS), estrés oxidativo y disfunción mitocondrial en el epitelio de las vías respiratorias (Kim et al., 2018; Mishra et al., 2018; Wang et al., 2018). El epitelio de las vías respiratorias de los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias suelen estar bajo un estado de estrés oxidativo constante que sostiene la inflamación de las vías respiratorias (Barnes, 2017; van der Vliet et al., 2018). Las infecciones virales del epitelio respiratorio por virus como IFV, RV, RSV y HSV pueden desencadenar la producción adicional de ROS como mecanismo antiviral Aizawa et al., 2018; Wang et al., 2018). Además, la infiltración de células en respuesta a la infección, como los neutrófilos, también desencadenará una ruptura respiratoria como medio para aumentar la ROS en la región infectada. El aumento de la ROS y el estrés oxidativo en el ambiente local pueden servir como un desencadenante para promover la inflamación, agravando así la inflamación en las vías respiratorias (Tiwari et al., 2002). En la Figura 2 y la Tabla 1 se muestra un resumen de los posibles mecanismos de exacerbación y los virus asociados. Mientras que los mecanismos subyacentes al desarrollo y exacerbación aguda de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias son ampliamente estudiados para controlar y controlar la enfermedad, una infección viral hace más que sólo causar una exacerbación aguda en estos pacientes. Una exacerbación aguda inducida por virus no sólo induce y empeora los síntomas de la enfermedad, sino que también puede alterar el manejo de la enfermedad o conferir resistencia a tratamientos que funcionaban antes. Por lo tanto, la apreciación de los mecanismos de exacerbaciones agudas inducidas por virus es de importancia clínica para diseñar estrategias para corregir los cambios virales que pueden empeorar los síntomas de la enfermedad inflamatoria de las vías respiratorias crónicas. Otros estudios en exacerbaciones naturales y en modelos de desafíos virales utilizando secuenciación de ARN (ARN-seq) o ARN-seq de una sola célula en un rango de tiempos pueden proporcionar información importante sobre patogénesis viral y cambios inducidos dentro de las vías respiratorias de pacientes con enfermedad inflamatoria de las vías respiratorias crónicas para identificar nuevos objetivos y vías para mejorar el manejo de la enfermedad. El análisis posterior de funciones puede utilizar modelos de células epiteliales como la interfaz aire-líquido, modelo epitelial de vía aérea in vitro que ha sido adaptado para estudiar la infección viral y los cambios inducidos en la vía aérea (Yan et al., 2016; Boda et al., 2018; También se han desarrollado modelos de enfermedades de origen animal para identificar mecanismos sistémicos de exacerbación aguda (Shin, 2016; Gubernatorova et al., 2019; Tanner and Single, 2019). Además, el modelo de ratón humanizado que posee células inmunitarias humanas también puede servir para desentrañar el perfil inmune de una infección viral en estado sano y enfermo (Ito et al., 2019; Li y Di Santo, 2019). Para virus más leves, las infecciones humanas in vivo controladas se pueden realizar para el mejor modo de verificación de la asociación del virus con el mecanismo propuesto de exacerbaciones agudas inducidas virales. Con el advenimiento de modelos enfermos adecuados, la verificación de los mecanismos proporcionará la continuación necesaria para mejorar el tratamiento de las exacerbaciones agudas inducidas virales. En vista de la escasez de medidas preventivas antivirales disponibles sólo para unos pocos virus y vacunas que sólo están disponibles para las infecciones por IFV, se deben explorar más medidas alternativas para mejorar el manejo de la enfermedad. Medidas alternativas dirigidas a nuevos mecanismos de exacerbación aguda inducidos por virus, especialmente en la vía aérea superior, pueden servir como tratamientos complementarios de las estrategias de manejo actualmente disponibles para aumentar su eficacia. Nuevos modelos incluyendo cultivos primarios de células epiteliales bronquiales o nasales humanas, organoides o cortes pulmonares de precisión de pacientes con enfermedad de las vías aéreas en lugar de sujetos sanos pueden ser utilizados para definir mecanismos de exacerbación. Estos mecanismos pueden ser validados en pequeños ensayos clínicos en pacientes con asma o EPOC. Tener múltiples medios de tratamiento también puede reducir los problemas que surgen del desarrollo de resistencia hacia un tratamiento específico.

¿Cuál es el efecto de estos factores?

Infecciones respiratorias virales en la exacerbación de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías aéreas: nuevos mecanismos e ideas de la vía aérea superior Epiteliohttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7052386/SHA: 45a566c71056ba4faab425b4f7e9edee6320e4a4Autores: Tan, Kai Sen; Lim, Rachel Liyu; Liu, Jing; Ong, Hsiao Hui; Tan, Vivian Jiayi; Lim, Hui Fang; Chung, Kian Fan; Adcock, Ian M.; Chow, Vincent T.; Wang, De YunFecha: 2020-02-25DOI: 10.3389/fcell.2020.00099Licencia: cc-byAbstract: La infección por virus Estas exacerbaciones se asocian a una alta morbilidad e incluso mortalidad en todo el mundo, entendiendo que la infección viral aumenta la inflamación de las vías respiratorias, lo que agrava los síntomas de la enfermedad.Los recientes avances en la interfaz aire-líquido in vitro cultivos 3D, cultivos organoideos y el uso de nuevos modelos de desafío humanos y animales han evocado nuevos entendimientos en cuanto a los mecanismos de exacerbaciones virales.En esta revisión, nos centraremos en los hallazgos recientes que elucidan cómo las infecciones virales respiratorias alteran la barrera epitelial en las vías aéreas, el entorno microbiano de las vías aéreas superiores, modificaciones epigenéticas incluyendo modulación del miRNA y otros cambios en las respuestas inmunes a través de las vías aéreas superiores e inferiores. Primero, revisamos la prevalencia de diferentes infecciones respiratorias virales en causar exacerbaciones en enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Además, destacamos la importancia del viroma dentro del entorno del microbioma de la vía aérea y su impacto en la infección bacteriana posterior, lo que consolida la comprensión de la exacerbación inducida por virus en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias e indica vías que pueden estar dirigidas a un manejo más eficaz de las enfermedades inflamatorias crónicas. Texto: La prevalencia de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias está aumentando en todo el mundo, especialmente en los países desarrollados (GBD 2015 Chronic Respiratory Disease Colaborators, 2017 Guan et al., 2018). Esta enfermedad se caracteriza por inflamación de las vías respiratorias que provoca complicaciones como tos, sibilancia y falta de aliento. La enfermedad puede manifestarse tanto en las vías respiratorias superiores (como rinosinusitis crónica, CRS) como en las vías respiratorias inferiores (como asma y enfermedad pulmonar obstructiva crónica, EPOC) que afectan en gran medida El tratamiento y el manejo varían mucho en eficacia debido a la complejidad y heterogeneidad de la enfermedad. Esto se complica aún más por el efecto de las exacerbaciones episódicas de la enfermedad, definidas como el empeoramiento de los síntomas de la enfermedad, incluyendo sibilancia, tos, falta de aliento y opresión torácica (Xepapadaki y Papadopoulos, 2010). Estas exacerbaciones se deben al efecto de inflamación aguda aumentada de las vías respiratorias que afecta y empeora los síntomas de la enfermedad existente (Hashimoto et al., 2008; Viniol y Vogelmeier, 2018). Estas exacerbaciones agudas son la principal causa de morbilidad y a veces mortalidad en los pacientes, así como resultando en grandes cargas económicas en todo el mundo. Sin embargo, debido a las interacciones complejas entre el huésped y los agentes de exacerbación, los mecanismos de exacerbación pueden variar considerablemente en diferentes individuos bajo Las exacerbaciones agudas suelen deberse a la presencia de factores ambientales como alérgenos, contaminantes, humo, aire frío o seco y microbios patógenos en las vías respiratorias (Gautier y Charpin, 2017; Viniol y Vogelmeier, 2018). Estos agentes provocan una respuesta inmune que conduce a la infiltración de células inmunitarias activadas que liberan además mediadores inflamatorios que causan síntomas agudos como aumento de la producción de mucosidad, tos, sibilancias y falta de aliento. Entre estos agentes, la infección viral es uno de los principales motores de exacerbaciones del asma que representan hasta el 80-90% y el 45-80% de exacerbaciones en niños y adultos, respectivamente (Grissell et al., 2005; Xepapadaki y Papadopoulos, 2010; Jartti y Gern, 2017; Adeli et al., 2019). La participación viral en la exacerbación de la EPOC también es igualmente alta, habiendo sido detectada en el 30-80% de las exacerbaciones agudas de la EPOC (Kherad et al., 2010; Jafarinejad et al., 2017; Stolz et al., 2019). Aunque la prevalencia de exacerbaciones virales en la ERC todavía no está clara, es probable que su prevalencia sea alta debido a la naturaleza inflamatoria similar de estas enfermedades (Rowan et al., 2015; Tan et al., 2017). Una de las razones de la afectación de virus respiratorios en exacerbaciones es su facilidad de transmisión e infección (Kutter et al., 2018). Además, la alta diversidad de virus respiratorios también puede contribuir a exacerbaciones de diferente naturaleza y gravedad (Busse et al., 2010; Costa et al., 2014; Jartti y Gern, 2017) Por lo tanto, es importante identificar los mecanismos exactos que sustentan las exacerbaciones virales en sujetos susceptibles para manejar adecuadamente las exacerbaciones a través de tratamientos complementarios que puedan aliviar los síntomas de exacerbación o prevenir exacerbaciones graves.Si bien la vía aérea inferior es el sitio de inflamación disregulada en la mayoría de las enfermedades inflamatorias crónicas de la vía aérea, la vía aérea superior sigue siendo el primer punto de contacto con fuentes de exacerbación, por lo que su interacción con los agentes de exacerbación puede contribuir directamente a las respuestas posteriores en la vía aérea inferior, en línea con la hipótesis de "United Airway".Para dilucidar la interacción de la vía aérea huésped con virus que conducen a exacerbaciones, enfocamos nuestra revisión en los hallazgos recientes de interacción viral con la vía aérea superior. A pesar de ser una causa importante de exacerbación, los informes que vinculan virus respiratorios a exacerbaciones agudas sólo comienzan a surgir a finales de la década de 1950 (Pattemore et al., 1992) ; con infecciones bacterianas previamente consideradas como el culpable probable de exacerbación aguda (Stevens, 1953; Message y Johnston, 2002). Sin embargo, con el advenimiento de la tecnología PCR, se recuperaron más virus durante exacerbaciones agudas eventos e informes que implicaron su papel emergieron a finales de la década de 1980 (Mensaje y Johnston, 2002). Rhinovirus (RV) y virus respiratorio sincitial (RSV) son los virus predominantes vinculados al desarrollo y exacerbación de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Jarti y Gern, 2017). Otros virus como el virus de la parainfluenza (PIV), el virus de la gripe (IFV) y el adenovirus (AdV) también han sido implicados en exacerbaciones agudas, pero en un grado mucho menor (Johnston et al., 2005; Oliver et al., 2014; Ko et al., 2019). Más recientemente, se han notificado otros virus como el bocavirus (BoV), el metapneumovirus humano (HMPV), ciertas cepas del coronavirus (CoV), una cepa específica del enterovirus (EV-D68), el citomegalovirus humano (hCMV) y el virus del herpes simplex (HSV) que contribuyen a exacerbaciones agudas. La característica común de estos virus es que pueden infectar tanto la vía aérea superior como la inferior, aumentando aún más las condiciones inflamatorias en la vía aérea enferma (Mallia y Johnston, 2006; Los virus respiratorios infectan y replican principalmente dentro de las células epiteliales de la vía aérea. Durante el proceso de replicación, las células liberan factores antivirales y citocinas que alteran la inflamación de la vía aérea local y el nicho de la vía aérea (Busse et al., 2010). En una vía aérea sana, la inflamación normalmente conduce a respuestas inflamatorias tipo 1 consistentes en la activación de un estado antiviral y la infiltración de células efectoras antivirales, lo que eventualmente resulta en la resolución de la respuesta inflamatoria y el aclaramiento de la infección viral (Vareille et al., 2011; Brace et al., 2012). Sin embargo, en una vía aérea crónicamente inflamada, las respuestas contra el virus pueden estar deterioradas o aberrantes, causando inflamación sostenida e infiltración errónea, lo que resulta en la exacerbación de sus síntomas (Mallia y Johnston, 2006; Dougherty y Fahy, 2009; Busse et al., 2010; Britto et al., 2017; Linden et al., 2019). Esto suele agravarse por el aumento de la susceptibilidad de los pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias hacia infecciones respiratorias virales, aumentando así la frecuencia de exacerbación en su conjunto (Dougherty y Fahy, 2009; Busse et al., 2010; Linden et al., 2019). Además, debido a los diferentes ciclos de replicación y respuesta contra la miríada de virus respiratorios, cada virus respiratorio también puede contribuir a exacerbaciones a través de diferentes mecanismos que pueden alterar su Por lo tanto, esta revisión se centrará en compilar y cotejar los actuales mecanismos conocidos de exacerbación viral inducida por enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, así como en vincular la patogénesis de diferentes infecciones virales para dilucidar otras formas potenciales de exacerbación de la enfermedad. La revisión servirá para proporcionar una mayor comprensión de la exacerbación inducida por virus para identificar posibles vías y mecanismos patogénicos que pueden ser dirigidos como cuidados complementarios para el manejo y prevención de la exacerbación. Este enfoque puede ser clínicamente significativo debido a la actual escasez de fármacos antivirales para el manejo de exacerbaciones inducidas por virus, lo que mejorará la calidad de vida de los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias. Una vez establecida la relación entre la infección viral y las exacerbaciones agudas de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias, se han reportado muchos informes sobre los mecanismos subyacentes a la exacerbación inducida por la infección viral respiratoria. Al infectar En general, las células epiteliales de las vías respiratorias infectadas liberan interferones, citoquinas y quimioquinas tipo IL-6, IL-8, IL-12, RANTES, proteína inflamatoria de los macrófagos 1α (MIP-1α) y proteína quimiotáctica de los monocitos 1 (MCP-1) (Wark y Gibson, 2006; Matsukura y otros, 2013) y, a su vez, permiten la infiltración de células innatas inmunes y de células profesionales que presentan antígenos (APCs) que a su vez liberan mediadores específicos para facilitar la focalización y el aclaramiento virales, incluyendo interferón tipo II (IFNγ), IL-2, IL-4, IL-5, IL-9 e IL-12 (Wark y Gibson, 2006; Singh et al., 2010; Brazale Estos factores aumentan la inflamación local y la infiltración de granulocitos, células T y células B (Wark y Gibson, 2006; Brazale et al., 2012). El aumento de la inflamación, a su vez, empeora los síntomas de las enfermedades de las vías respiratorias. Además, en pacientes con asma y pacientes con SCR con pólipo nasal (CRSwNP), las infecciones virales como RV y VRS promueven una respuesta inmune de tipo 2-sesesada (Becker, 2006; Jackson et al., 2014; Jurak et al., 2018). Esto amplifica la inflamación basal tipo 2 resultando en una mayor liberación de IL-4, IL-5, IL-13, RANTES y eotaxina y un aumento adicional de la eosinofilia, un motor patológico clave del asma y CRSwNP (Wark y Gibson, 2006; Singh et al., 2010; Chung et al., 2015; Dunican y Fahy, 2015). El aumento de la eosinofilia, a su vez, empeora los síntomas clásicos de la enfermedad y puede conducir a condiciones potencialmente mortales debido a dificultades respiratorias. Por otro lado, los pacientes con EPOC y los pacientes con SCR sin pólipo nasal (CRSsNP) son más neutrófilos debido a la expresión de quimioattractantes neutrófilos como CXCL9, CXCL10 y CXCL11 (Cukic et al., 2012; Brightling and Greening, 2019). La patología de estas enfermedades de las vías respiratorias se caracteriza por la remodelación de las vías aéreas debido a la presencia de factores de remodelación como las metaloproteinasas de matriz (MMPs) liberadas de neutrófilos infiltrantes (Linden et al., 2019). Las infecciones virales en tales condiciones causarán entonces un aumento de la activación neutrófica; el empeoramiento de los síntomas y la remodelación de las vías respiratorias exacerbando la EPOC, CRSsNP e incluso CRSwNP en ciertos casos (Wang et al., 2009; Tacon et al., 2010; Linden et al., 2019). También se ha identificado recientemente una vía epitelial-céntrica alarmin alrededor de IL-25, IL-33 y linfopoyetina estromal timica (TSLP), y su interacción con las células linfoides innatas del grupo 2 (ILC2) (Nagarkar et al., 2012; Hong et al., 2018; Allinne et al., 2019). IL-25, IL-33 y TSLP son citoquinas inflamatorias de tipo 2 expresadas por las células epiteliales tras la lesión de la barrera epitelial (Gabryelska et al., 2019; Roan et al., 2019). Las ILC2 son un grupo de células linfoides que carecen de receptores de células B y T, pero desempeñan un papel crucial en la secretación de citocinas de tipo 2 para perpetuar la inflamación de tipo 2 cuando se activan (Scanlon y McKenzie, 2012; Li y Hendriks, 2013). En caso de infección viral, la muerte celular y la lesión de la barrera epitelial también inducirán la expresión de IL-25, IL-33 y TSLP, con mayor expresión en una vía aérea inflamada (Alakhverdi et al., 2007; Goldsmith et al., 2012; Byers et al., 2013; Shaw et al., 2013; Beale et al., 2014; Jackson et al., 2014; Uller y Persson, 2018; Ravanetti et al., 2019). Estas 3 citoquinas luego trabajan en concierto para activar ILC2s para segregar más citoquinas tipo 2 IL-4, IL-5 e IL-13 que agravan aún más la inflamación tipo 2 en la vía aérea causando exacerbación aguda (Camelo et al., 2017). En el caso de la EPOC, el aumento de la activación de la ILC2, que retiene la capacidad de diferenciar a la ILC1, también puede aumentar aún más la respuesta neutrófica y agravar aún más la exacerbación (Silver et al., 2016). Curiosamente, estos factores no se liberan en gran medida y no activan una respuesta de la ILC2 durante la infección viral en individuos sanos (Yan et al., 2016; Tan et al., 2018a) ; a pesar de aumentar una exacerbación de tipo 2 en las vías respiratorias crónicamente inflamadas (Jurak et al., 2018). Estos mecanismos clásicos de exacerbaciones agudas inducidas virales se resumen en la Figura 1. A medida que la integración de la virología, microbiología e inmunología de la infección viral se vuelve más interconectada, factores adicionales y FIGURA 1 Tras la infección por virus en la vía aérea, el estado antiviral se activará para eliminar el patógeno invasor de la vía aérea. La respuesta inmunitaria y los factores de lesión liberados del epitelio infectado normalmente inducirían una inmunidad rápida de tipo 1 que facilita el aclaramiento viral. Sin embargo, en la vía aérea inflamada, las citoquinas y quimioquinas liberadas en su lugar aumentaron la inflamación presente en la vía aérea crónicamente inflamada, fortaleciendo la infiltración neutrófila en la vía aérea COPD, e infiltración eosinofílica en la vía aérea asmática. El efecto también se ve agravado por la participación de células Th1 e ILC1 en la vía aérea COPD; y células Th2 e ILC2 en la vía aérea asmática. (2006) ha subrayado el efecto sinérgico de la infección viral con otros agentes sensibilizantes para causar exacerbaciones agudas más graves en las vías respiratorias, especialmente cuando no todos los eventos de exacerbación ocurrieron durante la infección viral, pero también pueden ocurrir mucho después del aclaramiento viral (Kim et al., 2008; Stolz et al., 2019), en particular el inicio tardío de una infección bacteriana (Singanayagam et al., 2018 (Singanayagam et al., 2019a). Además, los virus no necesitan infectar directamente la vía aérea inferior para causar una exacerbación aguda, ya que el epitelio nasal sigue siendo el lugar principal de la mayoría de las infecciones. Además, no todas las infecciones virales de la vía aérea darán lugar a exacerbaciones agudas, sugiriendo una interacción más compleja entre el virus y el epitelio de la vía aérea superior que sinergizan con el entorno de la vía aérea local en línea con la hipótesis de la "vía aérea unida" (Kurai et al., 2013). Por otro lado, las infecciones virales o sus componentes persisten en pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de la vía aérea (Kling et al., 2005; Wood et al., 2011; Ravi et al., 2019). Por lo tanto, su presencia puede alterar aún más el entorno local y contribuir a exacerbaciones actuales y futuras. Los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias han disminuido o reducido la capacidad de aclaramiento viral (Hammond et al., 2015; McKendry et al., 2016; Akbarshahi et al., 2018; Gill et al., 2018; Wang et al., 2018; Singanayagam et al., 2019b). Su deterioro se debe a una respuesta inflamatoria de tipo 2 que priva a la vía aérea de importantes células CD8 receptivas de tipo 1 que son responsables del aclaramiento completo de las células infectadas por el virus (Becker, 2006; McKendry et al., 2016). Esto es especialmente evidente en virus débiles que inducen la inflamación tipo 1 como RV y RSV (Kling et al., 2005; Wood et al., 2011; Ravi et al., 2019). Además, también hay evidencia de reducción de la producción de interferón tipo I (IFNβ) y III (IFN/23370/) debido a la inflamación de tipo 2-secado, que contribuye al aclaramiento imperfecto del virus, lo que resulta en la persistencia de componentes virales, o el virus vivo en el epitelio de las vías respiratorias (Contoli et al., 2006; Hwang et al., 2019; Wark, 2019). Debido a los componentes virales que permanecen en las vías respiratorias, genes antivirales como los interferones de tipo I, factores de activación de la inflamación y citoquinas permanecieron activados dando lugar a inflamación prolongada de las vías respiratorias (Wood et al., 2011; Essaidi-Laziosi et al., 2018). Estos factores aumentan la infiltración de granulocitos prolongando así los síntomas de exacerbación. Esta inflamación persistente también puede encontrarse dentro de virus del ADN como AdV, hCMV y HSV, cuyas infecciones generalmente persisten más tiempo (Imperial y Jiang, 2015), contribuyendo aún más a la activación crónica de la inflamación cuando infectan la vía aérea (Yang et al., 2008; Morimoto et al., 2009; Imperiale y Jiang, 2015; Lan et al., 2016; Tan et al., 2016; Kowalski et al., 2017). Con esa nota, el virus del papiloma humano (VPH), un virus del ADN muy asociado con cánceres de cabeza y cuello y papilomatosis respiratoria, también está relacionado con la inflamación crónica que precede a las neoplasias malignas (de Visser et al., 2005; Gillison et al., 2012; Bonomi et al., 2014; Fernandes et al., 2015). Por lo tanto, el papel de la infección por VPH en causar inflamación crónica en las vías respiratorias y su asociación a exacerbaciones de las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas, que apenas se explora, debe ser investigado en el futuro. Además, la persistencia viral que conduce a la expresión continua de genes antivirales también puede conducir al desarrollo de resistencia a los esteroides, que se observa con la infección por RV, VRS y PIV (Chi et al., 2011; Ford et al., 2013; Papi et al., 2013). El uso de esteroides para suprimir la inflamación también puede causar que el virus persista más tiempo en las vías respiratorias debido a la falta de aclaramiento antiviral (Kim et al., 2008; Hammond et al., 2015; Hewitt et al., 2016; McKendry et al., 2016; Singanayagam et al., 2019b). El desarrollo concomitante de resistencia a los esteroides, junto con la repetición o prolongación de la infección viral, añadió una carga considerable al manejo de la exacerbación aguda, que debería ser el foco futuro de la investigación para resolver las complicaciones duales derivadas de la infección viral. En el otro extremo del espectro, los virus que inducen una fuerte inflamación tipo 1 y la muerte celular como IFV (Yan et al., 2016; Guibas et al., 2018) y ciertos CoV (incluyendo el virus COVID-19 recientemente surgido) (Tao et al., 2013; Yue et al., 2018; Zhu et al., 2020), pueden no causar inflamación prolongada debido a la fuerte inducción del aclaramiento antiviral. Sin embargo, estas infecciones causan daño masivo y muerte celular a la barrera epitelial, tanto que las áreas del epitelio pueden estar completamente ausentes después de la infección (Yan et al., 2016; Tan et Factores como el RANTES y el CXCL10, que reclutan células inmunitarias para inducir apoptosis, son fuertemente inducidos por el epitelio infectado por IFV (Ampomah et al., 2018; Tan et al., 2019). Además, factores necroptóticos como el RIP3 agravan aún más las muertes celulares en el epitelio infectado por IFV. La muerte celular masiva inducida puede provocar un empeoramiento de la exacerbación aguda debido a la liberación de su contenido celular en las vías respiratorias, evocando una respuesta inflamatoria en las vías respiratorias (Guibas et al., 2018). Además, la destrucción de la barrera epitelial puede causar un mayor contacto con otros patógenos y alérgenos en las vías respiratorias que pueden prolongar las exacerbaciones o provocar nuevas exacerbaciones. La destrucción epitelial también puede promover una mayor remodelación epitelial durante su regeneración, ya que la infección viral induce la expresión de genes remodeladores como MMPs y factores de crecimiento. Infecciones que causan destrucción masiva del epitelio, como IFV, generalmente resultan en exacerbaciones agudas graves con síntomas no clásicos de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Afortunadamente, hay vacunas anuales disponibles para prevenir infecciones por IFV (Vasileiou et al., 2017; Zheng et al., 2018) ; y se recomienda que los pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias reciban su vacunación anual contra la gripe como el mejor medio para prevenir la exacerbación inducida por IFV grave. Otro mecanismo que las infecciones virales pueden utilizar para provocar exacerbaciones agudas es la inducción de factores de vasodilación o apertura de la unión estrecha que pueden aumentar la tasa de infiltración. Infección con una multitud de virus respiratorios Esto también aumenta las posibilidades de que los alérgenos entren en contacto con las células inmunitarias de las vías respiratorias. Por ejemplo, se encontró que la infección por IFV induce oncostatina M (OSM) lo que causa una apertura estrecha de la unión (Pothoven et al., 2015; Tian et al., 2018). De manera similar, las infecciones por RV y VRS suelen causar una apertura estrecha de la unión que también puede aumentar la tasa de infiltración de eosinófilos y, por lo tanto, empeorar los síntomas clásicos de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Sajjan et al., 2008; Kast et al., 2017; Kim et al., 2018). Además, la expresión de factores vasodilatadores y factores homeostáticos fluidos como angiopoietin-like 4 (ANGPTL4) y bactericida/permeabilidad en aumento que contienen pliegues familiares A1 (BPIFA1) también están asociados con infecciones virales y desarrollo de neumonía, que pueden empeorar la inflamación en la vía aérea baja Akram et al., 2018). Estos factores pueden servir como objetivos para prevenir exacerbaciones inducidas por virus durante el manejo de la exacerbación aguda de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias. Otro área de interés reciente es la relación entre asma y exacerbaciones de la EPOC y su asociación con el microbioma de las vías respiratorias. El desarrollo de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias suele estar relacionado con especies bacterianas específicas en el microbioma que pueden prosperar en el entorno de las vías respiratorias inflamadas (Diver et al., 2019) En el caso de una infección viral como la infección por RV, el efecto inducido por el virus puede desestabilizar el equilibrio del microbioma presente (Molyneaux et al., 2013; Kloepfer et al., 2014; Kloepfer et al., 2017; Jubinville et al., 2018; van Rijn et al., 2019). Además, la infección viral puede alterar colonias de biofilm en la vía aérea superior (por ejemplo, Streptococcus pneumoniae) microbioma para liberarse en la vía aérea inferior y empeorar la inflamación (Marks et al., 2013; Chao et al., 2014). Además, una infección viral también puede alterar el perfil de nutrientes en la vía aérea a través de la liberación de nutrientes previamente inaccesibles que alterarán el crecimiento bacteriano (Siegel et al., 2014; Mallia et al., 2018 Además, la desestabilización se ve agravada por una respuesta inmune bacteriana alterada, ya sea por influencias virales directas, o por el uso de corticosteroides para suprimir los síntomas de exacerbación (Singanayagam et al., 2018 (Singanayagam et al., 2019a Wang et al., 2018; Finney et al., 2019). Todos estos cambios pueden llevar gradualmente a un efecto de mayor alcance cuando la flora normal es reemplazada por patógenos oportunistas, alterando los perfiles inflamatorios (Teo et al., 2018). Estos cambios a su vez pueden resultar en exacerbaciones agudas más graves y frecuentes debido a la interacción entre el virus y las bacterias patógenas en exacerbar las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas (Wark et al., 2013; Singanayagam et al., 2018). Para contrarrestar estos efectos, las terapias basadas en microbiomas están en su infancia, pero han demostrado eficacia en los tratamientos del síndrome del intestino irritable restaurando el microbioma intestinal (Bakken et al., 2011). Más investigaciones pueden ser hechas de manera similar para que el microbioma de las vías respiratorias pueda restaurar el microbioma después de la interrupción por una infección viral. Las infecciones virales pueden causar la interrupción de la función mucociliar, un componente importante de la barrera epitelial. Proteínas ciliares FIGURA 2 Cambios en el epitelio de las vías respiratorias superiores que contribuyen a la exacerbación viral en enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. El epitelio de las vías respiratorias superiores es el sitio principal de contacto/infección de la mayoría de los virus respiratorios. Por lo tanto, su infección por virus respiratorios puede tener consecuencias de gran alcance en el aumento y La destrucción de la barrera epitelial, la función mucociliar y la muerte celular de las células epitelial sirven para aumentar el contacto entre los desencadenantes ambientales con la vía aérea inferior y las células inmunes residentes. La apertura de la unión estrecha aumentando la fuga aumenta aún más la inflamación y exacerbaciones. Además, las infecciones virales se acompañan generalmente con estrés oxidativo que aumentará aún más la inflamación local en las vías respiratorias. La disregulación de la inflamación puede ser agravada por la modulación de los miRNAs y la modificación epigenética como la metilación del ADN y las modificaciones histonas que promueven la disregulación en la inflamación. Finalmente, el cambio en el ambiente de las vías respiratorias locales y la inflamación promueve el crecimiento de bacterias patógenas que pueden reemplazar al microbioma de las vías respiratorias. Además, el ambiente inflamatorio también puede dispersar los comans de las vías aéreas superiores en la vía aérea Rasgo específico viral que contribuye al mecanismo de exacerbación (con evidencia en la literatura) Estrés oxidativo Producción de ROS (RV, RSV, IFV, HSV)Como RV, RSV e IFV fueron los virus más frecuentemente estudiados en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, la mayoría de los virus enumerados son predominantemente estos virus. Sin embargo, los mecanismos aquí descritos también pueden ser aplicables a otros virus, pero no pueden ser listados ya que no estuvieron implicados en el contexto de exacerbación de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (ver texto para abreviaciones). que ayudan en la función adecuada de los cilios móviles en las vías respiratorias se expresan aberrantemente en células epiteliales de las vías respiratorias ciliadas que son el principal objetivo para la infección por RV (Griggs et al., 2017). Tal forma de cilia discinesia secundaria parece estar presente con inflamaciones crónicas en la vía aérea, pero los mecanismos exactos todavía son desconocidos (Peng et al.,, 2019 Qiu et al., 2018). Sin embargo, se encontró que en la infección viral como IFV, puede haber un cambio en el metabolismo de las células, así como una alteración en la expresión del gen ciliar, principalmente en la forma de regulación descendente de los genes como la cadena pesada dynein axonemal 5 (DNAH5) y diferenciación multiciliada y síntesis de ADN asociada a la proteína del ciclo celular (MCIDAS) (Tan et al., 2018b. El recientemente surgido Wuhan CoV también se encontró para reducir la paliza ciliar en el modelo epitelial de la vía aérea infectado (Zhu et al., 2020). Además, se demostró que las infecciones virales como el VRS destruyen directamente los cilios de las células ciliadas y casi todos los virus respiratorios infectan las células ciliadas (Jumat et al., 2015; Yan et al., 2016; Tan et al., 2018a). Además, la sobreproducción de mucosidad también puede alterar el equilibrio de la función mucociliar después de la infección viral, dando lugar a síntomas de exacerbación aguda (Zhu et al., 2009). Por lo tanto, la interrupción del movimiento ciliar durante la infección viral puede causar más material extraño y alérgeno para entrar en la vía aérea, agravando los síntomas de exacerbación aguda y haciendo más difícil de manejar. Los microRNAs (miRNAs) son ARNs cortos no codificantes involucrados en la modulación post-transcripción de los procesos biológicos, e implicados en una serie de enfermedades (Tan et al., 2014). Los miRNAs se encuentran inducidos por infecciones virales y pueden jugar un papel en la modulación de las respuestas antivirales y la inflamación (Gutierrez et al., 2016; Deng et al., 2017; Feng et al., 2018). En el caso de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, se encontró que los cambios circulantes de miRNAs están relacionados con la exacerbación de las enfermedades (Wardzynska et al., 2020). Por lo tanto, es probable que tales cambios de miRNAs se originan desde el epitelio infectado y las células inmunes que responden, que pueden servir para disregular aún más la inflamación de las vías Tanto las infecciones por IFV como las por VRS han demostrado aumentar miR-21 y aumentar la inflamación en los modelos experimentales de asma murina, lo que se invierte con un tratamiento combinado de antimiR-21 y corticosteroides (Kim et al., 2017). La infección por IFV también se muestra aumentando miR-125a y b, y miR-132 en el epitelio de EPOC que inhibe A20 y MAVS; y p300 e IRF3, respectivamente, lo que resulta en una mayor susceptibilidad a las infecciones virales (Hsu et al., 2016 (Hsu et al., 2017). Por el contrario, se demostró que miR-22 se suprimió en el epitelio asmático en la infección por IFV, lo que da lugar a una respuesta epitelial aberranta, contribuyendo a exacerbaciones (Moheimani et al., 2018). Aparte de estas evidencias directas de cambios en el miRNA en contribuir a exacerbaciones, un aumento del número de miRNAs y otros ARNs no codificantes responsables de la modulación inmune se encuentran alterados después de infecciones virales (Globinska et al., 2014; Feng et al., 2018; Hasegawa et al., 2018). Por lo tanto, los ARNs no codificantes también se presentan como objetivos para modular los cambios virales inducidos en las vías respiratorias como un medio para controlar la exacerbación de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Aparte de la modulación de miRNA, otras modificaciones epigenéticas como la metilación del ADN también pueden desempeñar un papel en la exacerbación de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Al mismo tiempo, también se demostró que las infecciones virales como RV y VRS alteran la metilación del ADN y las modificaciones histonas en el epitelio de las vías respiratorias que pueden alterar las respuestas inflamatorias, provocando enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias y exacerbaciones (McErlean et al., 2014; Pech et al., 2018; Caixia et al., 2019). Además, Spalluto et al. (2017) también mostraron que factores antivirales como IFNγ epigenéticamente modifican la resistencia viral de las células epiteliales. Por lo tanto, esto puede indicar que infecciones como RV y VRS que débilmente inducen respuestas antivirales pueden resultar en un estado inflamatorio alterado que contribuye a una mayor persistencia viral y exacerbación de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Spalluto et al., 2017). Finalmente, la infección viral puede resultar en una mayor producción de especies reactivas de oxígeno (ROS), estrés oxidativo y disfunción mitocondrial en el epitelio de las vías respiratorias (Kim et al., 2018; Mishra et al., 2018; Wang et al., 2018). El epitelio de las vías respiratorias de los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias suelen estar bajo un estado de estrés oxidativo constante que sostiene la inflamación de las vías respiratorias (Barnes, 2017; van der Vliet et al., 2018). Las infecciones virales del epitelio respiratorio por virus como IFV, RV, RSV y HSV pueden desencadenar la producción adicional de ROS como mecanismo antiviral Aizawa et al., 2018; Wang et al., 2018). Además, la infiltración de células en respuesta a la infección, como los neutrófilos, también desencadenará una ruptura respiratoria como medio para aumentar la ROS en la región infectada. El aumento de la ROS y el estrés oxidativo en el ambiente local pueden servir como un desencadenante para promover la inflamación, agravando así la inflamación en las vías respiratorias (Tiwari et al., 2002). En la Figura 2 y la Tabla 1 se muestra un resumen de los posibles mecanismos de exacerbación y los virus asociados. Mientras que los mecanismos subyacentes al desarrollo y exacerbación aguda de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias son ampliamente estudiados para controlar y controlar la enfermedad, una infección viral hace más que sólo causar una exacerbación aguda en estos pacientes. Una exacerbación aguda inducida por virus no sólo induce y empeora los síntomas de la enfermedad, sino que también puede alterar el manejo de la enfermedad o conferir resistencia a tratamientos que funcionaban antes. Por lo tanto, la apreciación de los mecanismos de exacerbaciones agudas inducidas por virus es de importancia clínica para diseñar estrategias para corregir los cambios virales que pueden empeorar los síntomas de la enfermedad inflamatoria de las vías respiratorias crónicas. Otros estudios en exacerbaciones naturales y en modelos de desafíos virales utilizando secuenciación de ARN (ARN-seq) o ARN-seq de una sola célula en un rango de tiempos pueden proporcionar información importante sobre patogénesis viral y cambios inducidos dentro de las vías respiratorias de pacientes con enfermedad inflamatoria de las vías respiratorias crónicas para identificar nuevos objetivos y vías para mejorar el manejo de la enfermedad. El análisis posterior de funciones puede utilizar modelos de células epiteliales como la interfaz aire-líquido, modelo epitelial de vía aérea in vitro que ha sido adaptado para estudiar la infección viral y los cambios inducidos en la vía aérea (Yan et al., 2016; Boda et al., 2018; También se han desarrollado modelos de enfermedades de origen animal para identificar mecanismos sistémicos de exacerbación aguda (Shin, 2016; Gubernatorova et al., 2019; Tanner and Single, 2019). Además, el modelo de ratón humanizado que posee células inmunitarias humanas también puede servir para desentrañar el perfil inmune de una infección viral en estado sano y enfermo (Ito et al., 2019; Li y Di Santo, 2019). Para virus más leves, las infecciones humanas in vivo controladas se pueden realizar para el mejor modo de verificación de la asociación del virus con el mecanismo propuesto de exacerbaciones agudas inducidas virales. Con el advenimiento de modelos enfermos adecuados, la verificación de los mecanismos proporcionará la continuación necesaria para mejorar el tratamiento de las exacerbaciones agudas inducidas virales. En vista de la escasez de medidas preventivas antivirales disponibles sólo para unos pocos virus y vacunas que sólo están disponibles para las infecciones por IFV, se deben explorar más medidas alternativas para mejorar el manejo de la enfermedad. Medidas alternativas dirigidas a nuevos mecanismos de exacerbación aguda inducidos por virus, especialmente en la vía aérea superior, pueden servir como tratamientos complementarios de las estrategias de manejo actualmente disponibles para aumentar su eficacia. Nuevos modelos incluyendo cultivos primarios de células epiteliales bronquiales o nasales humanas, organoides o cortes pulmonares de precisión de pacientes con enfermedad de las vías aéreas en lugar de sujetos sanos pueden ser utilizados para definir mecanismos de exacerbación. Estos mecanismos pueden ser validados en pequeños ensayos clínicos en pacientes con asma o EPOC. Tener múltiples medios de tratamiento también puede reducir los problemas que surgen del desarrollo de resistencia hacia un tratamiento específico.

¿Cuáles son las citocinas inflamatorias tipo 2 expresadas por las células epiteliales tras la lesión de la barrera epitelial?

Infecciones respiratorias virales en la exacerbación de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías aéreas: nuevos mecanismos e ideas de la vía aérea superior Epiteliohttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7052386/SHA: 45a566c71056ba4faab425b4f7e9edee6320e4a4Autores: Tan, Kai Sen; Lim, Rachel Liyu; Liu, Jing; Ong, Hsiao Hui; Tan, Vivian Jiayi; Lim, Hui Fang; Chung, Kian Fan; Adcock, Ian M.; Chow, Vincent T.; Wang, De YunFecha: 2020-02-25DOI: 10.3389/fcell.2020.00099Licencia: cc-byAbstract: La infección por virus Estas exacerbaciones se asocian a una alta morbilidad e incluso mortalidad en todo el mundo, entendiendo que la infección viral aumenta la inflamación de las vías respiratorias, lo que agrava los síntomas de la enfermedad.Los recientes avances en la interfaz aire-líquido in vitro cultivos 3D, cultivos organoideos y el uso de nuevos modelos de desafío humanos y animales han evocado nuevos entendimientos en cuanto a los mecanismos de exacerbaciones virales.En esta revisión, nos centraremos en los hallazgos recientes que elucidan cómo las infecciones virales respiratorias alteran la barrera epitelial en las vías aéreas, el entorno microbiano de las vías aéreas superiores, modificaciones epigenéticas incluyendo modulación del miRNA y otros cambios en las respuestas inmunes a través de las vías aéreas superiores e inferiores. Primero, revisamos la prevalencia de diferentes infecciones respiratorias virales en causar exacerbaciones en enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Además, destacamos la importancia del viroma dentro del entorno del microbioma de la vía aérea y su impacto en la infección bacteriana posterior, lo que consolida la comprensión de la exacerbación inducida por virus en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias e indica vías que pueden estar dirigidas a un manejo más eficaz de las enfermedades inflamatorias crónicas. Texto: La prevalencia de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias está aumentando en todo el mundo, especialmente en los países desarrollados (GBD 2015 Chronic Respiratory Disease Colaborators, 2017 Guan et al., 2018). Esta enfermedad se caracteriza por inflamación de las vías respiratorias que provoca complicaciones como tos, sibilancia y falta de aliento. La enfermedad puede manifestarse tanto en las vías respiratorias superiores (como rinosinusitis crónica, CRS) como en las vías respiratorias inferiores (como asma y enfermedad pulmonar obstructiva crónica, EPOC) que afectan en gran medida El tratamiento y el manejo varían mucho en eficacia debido a la complejidad y heterogeneidad de la enfermedad. Esto se complica aún más por el efecto de las exacerbaciones episódicas de la enfermedad, definidas como el empeoramiento de los síntomas de la enfermedad, incluyendo sibilancia, tos, falta de aliento y opresión torácica (Xepapadaki y Papadopoulos, 2010). Estas exacerbaciones se deben al efecto de inflamación aguda aumentada de las vías respiratorias que afecta y empeora los síntomas de la enfermedad existente (Hashimoto et al., 2008; Viniol y Vogelmeier, 2018). Estas exacerbaciones agudas son la principal causa de morbilidad y a veces mortalidad en los pacientes, así como resultando en grandes cargas económicas en todo el mundo. Sin embargo, debido a las interacciones complejas entre el huésped y los agentes de exacerbación, los mecanismos de exacerbación pueden variar considerablemente en diferentes individuos bajo Las exacerbaciones agudas suelen deberse a la presencia de factores ambientales como alérgenos, contaminantes, humo, aire frío o seco y microbios patógenos en las vías respiratorias (Gautier y Charpin, 2017; Viniol y Vogelmeier, 2018). Estos agentes provocan una respuesta inmune que conduce a la infiltración de células inmunitarias activadas que liberan además mediadores inflamatorios que causan síntomas agudos como aumento de la producción de mucosidad, tos, sibilancias y falta de aliento. Entre estos agentes, la infección viral es uno de los principales motores de exacerbaciones del asma que representan hasta el 80-90% y el 45-80% de exacerbaciones en niños y adultos, respectivamente (Grissell et al., 2005; Xepapadaki y Papadopoulos, 2010; Jartti y Gern, 2017; Adeli et al., 2019). La participación viral en la exacerbación de la EPOC también es igualmente alta, habiendo sido detectada en el 30-80% de las exacerbaciones agudas de la EPOC (Kherad et al., 2010; Jafarinejad et al., 2017; Stolz et al., 2019). Aunque la prevalencia de exacerbaciones virales en la ERC todavía no está clara, es probable que su prevalencia sea alta debido a la naturaleza inflamatoria similar de estas enfermedades (Rowan et al., 2015; Tan et al., 2017). Una de las razones de la afectación de virus respiratorios en exacerbaciones es su facilidad de transmisión e infección (Kutter et al., 2018). Además, la alta diversidad de virus respiratorios también puede contribuir a exacerbaciones de diferente naturaleza y gravedad (Busse et al., 2010; Costa et al., 2014; Jartti y Gern, 2017) Por lo tanto, es importante identificar los mecanismos exactos que sustentan las exacerbaciones virales en sujetos susceptibles para manejar adecuadamente las exacerbaciones a través de tratamientos complementarios que puedan aliviar los síntomas de exacerbación o prevenir exacerbaciones graves.Si bien la vía aérea inferior es el sitio de inflamación disregulada en la mayoría de las enfermedades inflamatorias crónicas de la vía aérea, la vía aérea superior sigue siendo el primer punto de contacto con fuentes de exacerbación, por lo que su interacción con los agentes de exacerbación puede contribuir directamente a las respuestas posteriores en la vía aérea inferior, en línea con la hipótesis de "United Airway".Para dilucidar la interacción de la vía aérea huésped con virus que conducen a exacerbaciones, enfocamos nuestra revisión en los hallazgos recientes de interacción viral con la vía aérea superior. A pesar de ser una causa importante de exacerbación, los informes que vinculan virus respiratorios a exacerbaciones agudas sólo comienzan a surgir a finales de la década de 1950 (Pattemore et al., 1992) ; con infecciones bacterianas previamente consideradas como el culpable probable de exacerbación aguda (Stevens, 1953; Message y Johnston, 2002). Sin embargo, con el advenimiento de la tecnología PCR, se recuperaron más virus durante exacerbaciones agudas eventos e informes que implicaron su papel emergieron a finales de la década de 1980 (Mensaje y Johnston, 2002). Rhinovirus (RV) y virus respiratorio sincitial (RSV) son los virus predominantes vinculados al desarrollo y exacerbación de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Jarti y Gern, 2017). Otros virus como el virus de la parainfluenza (PIV), el virus de la gripe (IFV) y el adenovirus (AdV) también han sido implicados en exacerbaciones agudas, pero en un grado mucho menor (Johnston et al., 2005; Oliver et al., 2014; Ko et al., 2019). Más recientemente, se han notificado otros virus como el bocavirus (BoV), el metapneumovirus humano (HMPV), ciertas cepas del coronavirus (CoV), una cepa específica del enterovirus (EV-D68), el citomegalovirus humano (hCMV) y el virus del herpes simplex (HSV) que contribuyen a exacerbaciones agudas. La característica común de estos virus es que pueden infectar tanto la vía aérea superior como la inferior, aumentando aún más las condiciones inflamatorias en la vía aérea enferma (Mallia y Johnston, 2006; Los virus respiratorios infectan y replican principalmente dentro de las células epiteliales de la vía aérea. Durante el proceso de replicación, las células liberan factores antivirales y citocinas que alteran la inflamación de la vía aérea local y el nicho de la vía aérea (Busse et al., 2010). En una vía aérea sana, la inflamación normalmente conduce a respuestas inflamatorias tipo 1 consistentes en la activación de un estado antiviral y la infiltración de células efectoras antivirales, lo que eventualmente resulta en la resolución de la respuesta inflamatoria y el aclaramiento de la infección viral (Vareille et al., 2011; Brace et al., 2012). Sin embargo, en una vía aérea crónicamente inflamada, las respuestas contra el virus pueden estar deterioradas o aberrantes, causando inflamación sostenida e infiltración errónea, lo que resulta en la exacerbación de sus síntomas (Mallia y Johnston, 2006; Dougherty y Fahy, 2009; Busse et al., 2010; Britto et al., 2017; Linden et al., 2019). Esto suele agravarse por el aumento de la susceptibilidad de los pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias hacia infecciones respiratorias virales, aumentando así la frecuencia de exacerbación en su conjunto (Dougherty y Fahy, 2009; Busse et al., 2010; Linden et al., 2019). Además, debido a los diferentes ciclos de replicación y respuesta contra la miríada de virus respiratorios, cada virus respiratorio también puede contribuir a exacerbaciones a través de diferentes mecanismos que pueden alterar su Por lo tanto, esta revisión se centrará en compilar y cotejar los actuales mecanismos conocidos de exacerbación viral inducida por enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, así como en vincular la patogénesis de diferentes infecciones virales para dilucidar otras formas potenciales de exacerbación de la enfermedad. La revisión servirá para proporcionar una mayor comprensión de la exacerbación inducida por virus para identificar posibles vías y mecanismos patogénicos que pueden ser dirigidos como cuidados complementarios para el manejo y prevención de la exacerbación. Este enfoque puede ser clínicamente significativo debido a la actual escasez de fármacos antivirales para el manejo de exacerbaciones inducidas por virus, lo que mejorará la calidad de vida de los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias. Una vez establecida la relación entre la infección viral y las exacerbaciones agudas de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias, se han reportado muchos informes sobre los mecanismos subyacentes a la exacerbación inducida por la infección viral respiratoria. Al infectar En general, las células epiteliales de las vías respiratorias infectadas liberan interferones, citoquinas y quimioquinas tipo IL-6, IL-8, IL-12, RANTES, proteína inflamatoria de los macrófagos 1α (MIP-1α) y proteína quimiotáctica de los monocitos 1 (MCP-1) (Wark y Gibson, 2006; Matsukura y otros, 2013) y, a su vez, permiten la infiltración de células innatas inmunes y de células profesionales que presentan antígenos (APCs) que a su vez liberan mediadores específicos para facilitar la focalización y el aclaramiento virales, incluyendo interferón tipo II (IFNγ), IL-2, IL-4, IL-5, IL-9 e IL-12 (Wark y Gibson, 2006; Singh et al., 2010; Brazale Estos factores aumentan la inflamación local y la infiltración de granulocitos, células T y células B (Wark y Gibson, 2006; Brazale et al., 2012). El aumento de la inflamación, a su vez, empeora los síntomas de las enfermedades de las vías respiratorias. Además, en pacientes con asma y pacientes con SCR con pólipo nasal (CRSwNP), las infecciones virales como RV y VRS promueven una respuesta inmune de tipo 2-sesesada (Becker, 2006; Jackson et al., 2014; Jurak et al., 2018). Esto amplifica la inflamación basal tipo 2 resultando en una mayor liberación de IL-4, IL-5, IL-13, RANTES y eotaxina y un aumento adicional de la eosinofilia, un motor patológico clave del asma y CRSwNP (Wark y Gibson, 2006; Singh et al., 2010; Chung et al., 2015; Dunican y Fahy, 2015). El aumento de la eosinofilia, a su vez, empeora los síntomas clásicos de la enfermedad y puede conducir a condiciones potencialmente mortales debido a dificultades respiratorias. Por otro lado, los pacientes con EPOC y los pacientes con SCR sin pólipo nasal (CRSsNP) son más neutrófilos debido a la expresión de quimioattractantes neutrófilos como CXCL9, CXCL10 y CXCL11 (Cukic et al., 2012; Brightling and Greening, 2019). La patología de estas enfermedades de las vías respiratorias se caracteriza por la remodelación de las vías aéreas debido a la presencia de factores de remodelación como las metaloproteinasas de matriz (MMPs) liberadas de neutrófilos infiltrantes (Linden et al., 2019). Las infecciones virales en tales condiciones causarán entonces un aumento de la activación neutrófica; el empeoramiento de los síntomas y la remodelación de las vías respiratorias exacerbando la EPOC, CRSsNP e incluso CRSwNP en ciertos casos (Wang et al., 2009; Tacon et al., 2010; Linden et al., 2019). También se ha identificado recientemente una vía epitelial-céntrica alarmin alrededor de IL-25, IL-33 y linfopoyetina estromal timica (TSLP), y su interacción con las células linfoides innatas del grupo 2 (ILC2) (Nagarkar et al., 2012; Hong et al., 2018; Allinne et al., 2019). IL-25, IL-33 y TSLP son citoquinas inflamatorias de tipo 2 expresadas por las células epiteliales tras la lesión de la barrera epitelial (Gabryelska et al., 2019; Roan et al., 2019). Las ILC2 son un grupo de células linfoides que carecen de receptores de células B y T, pero desempeñan un papel crucial en la secretación de citocinas de tipo 2 para perpetuar la inflamación de tipo 2 cuando se activan (Scanlon y McKenzie, 2012; Li y Hendriks, 2013). En caso de infección viral, la muerte celular y la lesión de la barrera epitelial también inducirán la expresión de IL-25, IL-33 y TSLP, con mayor expresión en una vía aérea inflamada (Alakhverdi et al., 2007; Goldsmith et al., 2012; Byers et al., 2013; Shaw et al., 2013; Beale et al., 2014; Jackson et al., 2014; Uller y Persson, 2018; Ravanetti et al., 2019). Estas 3 citoquinas luego trabajan en concierto para activar ILC2s para segregar más citoquinas tipo 2 IL-4, IL-5 e IL-13 que agravan aún más la inflamación tipo 2 en la vía aérea causando exacerbación aguda (Camelo et al., 2017). En el caso de la EPOC, el aumento de la activación de la ILC2, que retiene la capacidad de diferenciar a la ILC1, también puede aumentar aún más la respuesta neutrófica y agravar aún más la exacerbación (Silver et al., 2016). Curiosamente, estos factores no se liberan en gran medida y no activan una respuesta de la ILC2 durante la infección viral en individuos sanos (Yan et al., 2016; Tan et al., 2018a) ; a pesar de aumentar una exacerbación de tipo 2 en las vías respiratorias crónicamente inflamadas (Jurak et al., 2018). Estos mecanismos clásicos de exacerbaciones agudas inducidas virales se resumen en la Figura 1. A medida que la integración de la virología, microbiología e inmunología de la infección viral se vuelve más interconectada, factores adicionales y FIGURA 1 Tras la infección por virus en la vía aérea, el estado antiviral se activará para eliminar el patógeno invasor de la vía aérea. La respuesta inmunitaria y los factores de lesión liberados del epitelio infectado normalmente inducirían una inmunidad rápida de tipo 1 que facilita el aclaramiento viral. Sin embargo, en la vía aérea inflamada, las citoquinas y quimioquinas liberadas en su lugar aumentaron la inflamación presente en la vía aérea crónicamente inflamada, fortaleciendo la infiltración neutrófila en la vía aérea COPD, e infiltración eosinofílica en la vía aérea asmática. El efecto también se ve agravado por la participación de células Th1 e ILC1 en la vía aérea COPD; y células Th2 e ILC2 en la vía aérea asmática. (2006) ha subrayado el efecto sinérgico de la infección viral con otros agentes sensibilizantes para causar exacerbaciones agudas más graves en las vías respiratorias, especialmente cuando no todos los eventos de exacerbación ocurrieron durante la infección viral, pero también pueden ocurrir mucho después del aclaramiento viral (Kim et al., 2008; Stolz et al., 2019), en particular el inicio tardío de una infección bacteriana (Singanayagam et al., 2018 (Singanayagam et al., 2019a). Además, los virus no necesitan infectar directamente la vía aérea inferior para causar una exacerbación aguda, ya que el epitelio nasal sigue siendo el lugar principal de la mayoría de las infecciones. Además, no todas las infecciones virales de la vía aérea darán lugar a exacerbaciones agudas, sugiriendo una interacción más compleja entre el virus y el epitelio de la vía aérea superior que sinergizan con el entorno de la vía aérea local en línea con la hipótesis de la "vía aérea unida" (Kurai et al., 2013). Por otro lado, las infecciones virales o sus componentes persisten en pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de la vía aérea (Kling et al., 2005; Wood et al., 2011; Ravi et al., 2019). Por lo tanto, su presencia puede alterar aún más el entorno local y contribuir a exacerbaciones actuales y futuras. Los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias han disminuido o reducido la capacidad de aclaramiento viral (Hammond et al., 2015; McKendry et al., 2016; Akbarshahi et al., 2018; Gill et al., 2018; Wang et al., 2018; Singanayagam et al., 2019b). Su deterioro se debe a una respuesta inflamatoria de tipo 2 que priva a la vía aérea de importantes células CD8 receptivas de tipo 1 que son responsables del aclaramiento completo de las células infectadas por el virus (Becker, 2006; McKendry et al., 2016). Esto es especialmente evidente en virus débiles que inducen la inflamación tipo 1 como RV y RSV (Kling et al., 2005; Wood et al., 2011; Ravi et al., 2019). Además, también hay evidencia de reducción de la producción de interferón tipo I (IFNβ) y III (IFN/23370/) debido a la inflamación de tipo 2-secado, que contribuye al aclaramiento imperfecto del virus, lo que resulta en la persistencia de componentes virales, o el virus vivo en el epitelio de las vías respiratorias (Contoli et al., 2006; Hwang et al., 2019; Wark, 2019). Debido a los componentes virales que permanecen en las vías respiratorias, genes antivirales como los interferones de tipo I, factores de activación de la inflamación y citoquinas permanecieron activados dando lugar a inflamación prolongada de las vías respiratorias (Wood et al., 2011; Essaidi-Laziosi et al., 2018). Estos factores aumentan la infiltración de granulocitos prolongando así los síntomas de exacerbación. Esta inflamación persistente también puede encontrarse dentro de virus del ADN como AdV, hCMV y HSV, cuyas infecciones generalmente persisten más tiempo (Imperial y Jiang, 2015), contribuyendo aún más a la activación crónica de la inflamación cuando infectan la vía aérea (Yang et al., 2008; Morimoto et al., 2009; Imperiale y Jiang, 2015; Lan et al., 2016; Tan et al., 2016; Kowalski et al., 2017). Con esa nota, el virus del papiloma humano (VPH), un virus del ADN muy asociado con cánceres de cabeza y cuello y papilomatosis respiratoria, también está relacionado con la inflamación crónica que precede a las neoplasias malignas (de Visser et al., 2005; Gillison et al., 2012; Bonomi et al., 2014; Fernandes et al., 2015). Por lo tanto, el papel de la infección por VPH en causar inflamación crónica en las vías respiratorias y su asociación a exacerbaciones de las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas, que apenas se explora, debe ser investigado en el futuro. Además, la persistencia viral que conduce a la expresión continua de genes antivirales también puede conducir al desarrollo de resistencia a los esteroides, que se observa con la infección por RV, VRS y PIV (Chi et al., 2011; Ford et al., 2013; Papi et al., 2013). El uso de esteroides para suprimir la inflamación también puede causar que el virus persista más tiempo en las vías respiratorias debido a la falta de aclaramiento antiviral (Kim et al., 2008; Hammond et al., 2015; Hewitt et al., 2016; McKendry et al., 2016; Singanayagam et al., 2019b). El desarrollo concomitante de resistencia a los esteroides, junto con la repetición o prolongación de la infección viral, añadió una carga considerable al manejo de la exacerbación aguda, que debería ser el foco futuro de la investigación para resolver las complicaciones duales derivadas de la infección viral. En el otro extremo del espectro, los virus que inducen una fuerte inflamación tipo 1 y la muerte celular como IFV (Yan et al., 2016; Guibas et al., 2018) y ciertos CoV (incluyendo el virus COVID-19 recientemente surgido) (Tao et al., 2013; Yue et al., 2018; Zhu et al., 2020), pueden no causar inflamación prolongada debido a la fuerte inducción del aclaramiento antiviral. Sin embargo, estas infecciones causan daño masivo y muerte celular a la barrera epitelial, tanto que las áreas del epitelio pueden estar completamente ausentes después de la infección (Yan et al., 2016; Tan et Factores como el RANTES y el CXCL10, que reclutan células inmunitarias para inducir apoptosis, son fuertemente inducidos por el epitelio infectado por IFV (Ampomah et al., 2018; Tan et al., 2019). Además, factores necroptóticos como el RIP3 agravan aún más las muertes celulares en el epitelio infectado por IFV. La muerte celular masiva inducida puede provocar un empeoramiento de la exacerbación aguda debido a la liberación de su contenido celular en las vías respiratorias, evocando una respuesta inflamatoria en las vías respiratorias (Guibas et al., 2018). Además, la destrucción de la barrera epitelial puede causar un mayor contacto con otros patógenos y alérgenos en las vías respiratorias que pueden prolongar las exacerbaciones o provocar nuevas exacerbaciones. La destrucción epitelial también puede promover una mayor remodelación epitelial durante su regeneración, ya que la infección viral induce la expresión de genes remodeladores como MMPs y factores de crecimiento. Infecciones que causan destrucción masiva del epitelio, como IFV, generalmente resultan en exacerbaciones agudas graves con síntomas no clásicos de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Afortunadamente, hay vacunas anuales disponibles para prevenir infecciones por IFV (Vasileiou et al., 2017; Zheng et al., 2018) ; y se recomienda que los pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias reciban su vacunación anual contra la gripe como el mejor medio para prevenir la exacerbación inducida por IFV grave. Otro mecanismo que las infecciones virales pueden utilizar para provocar exacerbaciones agudas es la inducción de factores de vasodilación o apertura de la unión estrecha que pueden aumentar la tasa de infiltración. Infección con una multitud de virus respiratorios Esto también aumenta las posibilidades de que los alérgenos entren en contacto con las células inmunitarias de las vías respiratorias. Por ejemplo, se encontró que la infección por IFV induce oncostatina M (OSM) lo que causa una apertura estrecha de la unión (Pothoven et al., 2015; Tian et al., 2018). De manera similar, las infecciones por RV y VRS suelen causar una apertura estrecha de la unión que también puede aumentar la tasa de infiltración de eosinófilos y, por lo tanto, empeorar los síntomas clásicos de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Sajjan et al., 2008; Kast et al., 2017; Kim et al., 2018). Además, la expresión de factores vasodilatadores y factores homeostáticos fluidos como angiopoietin-like 4 (ANGPTL4) y bactericida/permeabilidad en aumento que contienen pliegues familiares A1 (BPIFA1) también están asociados con infecciones virales y desarrollo de neumonía, que pueden empeorar la inflamación en la vía aérea baja Akram et al., 2018). Estos factores pueden servir como objetivos para prevenir exacerbaciones inducidas por virus durante el manejo de la exacerbación aguda de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias. Otro área de interés reciente es la relación entre asma y exacerbaciones de la EPOC y su asociación con el microbioma de las vías respiratorias. El desarrollo de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias suele estar relacionado con especies bacterianas específicas en el microbioma que pueden prosperar en el entorno de las vías respiratorias inflamadas (Diver et al., 2019) En el caso de una infección viral como la infección por RV, el efecto inducido por el virus puede desestabilizar el equilibrio del microbioma presente (Molyneaux et al., 2013; Kloepfer et al., 2014; Kloepfer et al., 2017; Jubinville et al., 2018; van Rijn et al., 2019). Además, la infección viral puede alterar colonias de biofilm en la vía aérea superior (por ejemplo, Streptococcus pneumoniae) microbioma para liberarse en la vía aérea inferior y empeorar la inflamación (Marks et al., 2013; Chao et al., 2014). Además, una infección viral también puede alterar el perfil de nutrientes en la vía aérea a través de la liberación de nutrientes previamente inaccesibles que alterarán el crecimiento bacteriano (Siegel et al., 2014; Mallia et al., 2018 Además, la desestabilización se ve agravada por una respuesta inmune bacteriana alterada, ya sea por influencias virales directas, o por el uso de corticosteroides para suprimir los síntomas de exacerbación (Singanayagam et al., 2018 (Singanayagam et al., 2019a Wang et al., 2018; Finney et al., 2019). Todos estos cambios pueden llevar gradualmente a un efecto de mayor alcance cuando la flora normal es reemplazada por patógenos oportunistas, alterando los perfiles inflamatorios (Teo et al., 2018). Estos cambios a su vez pueden resultar en exacerbaciones agudas más graves y frecuentes debido a la interacción entre el virus y las bacterias patógenas en exacerbar las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas (Wark et al., 2013; Singanayagam et al., 2018). Para contrarrestar estos efectos, las terapias basadas en microbiomas están en su infancia, pero han demostrado eficacia en los tratamientos del síndrome del intestino irritable restaurando el microbioma intestinal (Bakken et al., 2011). Más investigaciones pueden ser hechas de manera similar para que el microbioma de las vías respiratorias pueda restaurar el microbioma después de la interrupción por una infección viral. Las infecciones virales pueden causar la interrupción de la función mucociliar, un componente importante de la barrera epitelial. Proteínas ciliares FIGURA 2 Cambios en el epitelio de las vías respiratorias superiores que contribuyen a la exacerbación viral en enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. El epitelio de las vías respiratorias superiores es el sitio principal de contacto/infección de la mayoría de los virus respiratorios. Por lo tanto, su infección por virus respiratorios puede tener consecuencias de gran alcance en el aumento y La destrucción de la barrera epitelial, la función mucociliar y la muerte celular de las células epitelial sirven para aumentar el contacto entre los desencadenantes ambientales con la vía aérea inferior y las células inmunes residentes. La apertura de la unión estrecha aumentando la fuga aumenta aún más la inflamación y exacerbaciones. Además, las infecciones virales se acompañan generalmente con estrés oxidativo que aumentará aún más la inflamación local en las vías respiratorias. La disregulación de la inflamación puede ser agravada por la modulación de los miRNAs y la modificación epigenética como la metilación del ADN y las modificaciones histonas que promueven la disregulación en la inflamación. Finalmente, el cambio en el ambiente de las vías respiratorias locales y la inflamación promueve el crecimiento de bacterias patógenas que pueden reemplazar al microbioma de las vías respiratorias. Además, el ambiente inflamatorio también puede dispersar los comans de las vías aéreas superiores en la vía aérea Rasgo específico viral que contribuye al mecanismo de exacerbación (con evidencia en la literatura) Estrés oxidativo Producción de ROS (RV, RSV, IFV, HSV)Como RV, RSV e IFV fueron los virus más frecuentemente estudiados en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, la mayoría de los virus enumerados son predominantemente estos virus. Sin embargo, los mecanismos aquí descritos también pueden ser aplicables a otros virus, pero no pueden ser listados ya que no estuvieron implicados en el contexto de exacerbación de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (ver texto para abreviaciones). que ayudan en la función adecuada de los cilios móviles en las vías respiratorias se expresan aberrantemente en células epiteliales de las vías respiratorias ciliadas que son el principal objetivo para la infección por RV (Griggs et al., 2017). Tal forma de cilia discinesia secundaria parece estar presente con inflamaciones crónicas en la vía aérea, pero los mecanismos exactos todavía son desconocidos (Peng et al.,, 2019 Qiu et al., 2018). Sin embargo, se encontró que en la infección viral como IFV, puede haber un cambio en el metabolismo de las células, así como una alteración en la expresión del gen ciliar, principalmente en la forma de regulación descendente de los genes como la cadena pesada dynein axonemal 5 (DNAH5) y diferenciación multiciliada y síntesis de ADN asociada a la proteína del ciclo celular (MCIDAS) (Tan et al., 2018b. El recientemente surgido Wuhan CoV también se encontró para reducir la paliza ciliar en el modelo epitelial de la vía aérea infectado (Zhu et al., 2020). Además, se demostró que las infecciones virales como el VRS destruyen directamente los cilios de las células ciliadas y casi todos los virus respiratorios infectan las células ciliadas (Jumat et al., 2015; Yan et al., 2016; Tan et al., 2018a). Además, la sobreproducción de mucosidad también puede alterar el equilibrio de la función mucociliar después de la infección viral, dando lugar a síntomas de exacerbación aguda (Zhu et al., 2009). Por lo tanto, la interrupción del movimiento ciliar durante la infección viral puede causar más material extraño y alérgeno para entrar en la vía aérea, agravando los síntomas de exacerbación aguda y haciendo más difícil de manejar. Los microRNAs (miRNAs) son ARNs cortos no codificantes involucrados en la modulación post-transcripción de los procesos biológicos, e implicados en una serie de enfermedades (Tan et al., 2014). Los miRNAs se encuentran inducidos por infecciones virales y pueden jugar un papel en la modulación de las respuestas antivirales y la inflamación (Gutierrez et al., 2016; Deng et al., 2017; Feng et al., 2018). En el caso de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, se encontró que los cambios circulantes de miRNAs están relacionados con la exacerbación de las enfermedades (Wardzynska et al., 2020). Por lo tanto, es probable que tales cambios de miRNAs se originan desde el epitelio infectado y las células inmunes que responden, que pueden servir para disregular aún más la inflamación de las vías Tanto las infecciones por IFV como las por VRS han demostrado aumentar miR-21 y aumentar la inflamación en los modelos experimentales de asma murina, lo que se invierte con un tratamiento combinado de antimiR-21 y corticosteroides (Kim et al., 2017). La infección por IFV también se muestra aumentando miR-125a y b, y miR-132 en el epitelio de EPOC que inhibe A20 y MAVS; y p300 e IRF3, respectivamente, lo que resulta en una mayor susceptibilidad a las infecciones virales (Hsu et al., 2016 (Hsu et al., 2017). Por el contrario, se demostró que miR-22 se suprimió en el epitelio asmático en la infección por IFV, lo que da lugar a una respuesta epitelial aberranta, contribuyendo a exacerbaciones (Moheimani et al., 2018). Aparte de estas evidencias directas de cambios en el miRNA en contribuir a exacerbaciones, un aumento del número de miRNAs y otros ARNs no codificantes responsables de la modulación inmune se encuentran alterados después de infecciones virales (Globinska et al., 2014; Feng et al., 2018; Hasegawa et al., 2018). Por lo tanto, los ARNs no codificantes también se presentan como objetivos para modular los cambios virales inducidos en las vías respiratorias como un medio para controlar la exacerbación de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Aparte de la modulación de miRNA, otras modificaciones epigenéticas como la metilación del ADN también pueden desempeñar un papel en la exacerbación de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Al mismo tiempo, también se demostró que las infecciones virales como RV y VRS alteran la metilación del ADN y las modificaciones histonas en el epitelio de las vías respiratorias que pueden alterar las respuestas inflamatorias, provocando enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias y exacerbaciones (McErlean et al., 2014; Pech et al., 2018; Caixia et al., 2019). Además, Spalluto et al. (2017) también mostraron que factores antivirales como IFNγ epigenéticamente modifican la resistencia viral de las células epiteliales. Por lo tanto, esto puede indicar que infecciones como RV y VRS que débilmente inducen respuestas antivirales pueden resultar en un estado inflamatorio alterado que contribuye a una mayor persistencia viral y exacerbación de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Spalluto et al., 2017). Finalmente, la infección viral puede resultar en una mayor producción de especies reactivas de oxígeno (ROS), estrés oxidativo y disfunción mitocondrial en el epitelio de las vías respiratorias (Kim et al., 2018; Mishra et al., 2018; Wang et al., 2018). El epitelio de las vías respiratorias de los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias suelen estar bajo un estado de estrés oxidativo constante que sostiene la inflamación de las vías respiratorias (Barnes, 2017; van der Vliet et al., 2018). Las infecciones virales del epitelio respiratorio por virus como IFV, RV, RSV y HSV pueden desencadenar la producción adicional de ROS como mecanismo antiviral Aizawa et al., 2018; Wang et al., 2018). Además, la infiltración de células en respuesta a la infección, como los neutrófilos, también desencadenará una ruptura respiratoria como medio para aumentar la ROS en la región infectada. El aumento de la ROS y el estrés oxidativo en el ambiente local pueden servir como un desencadenante para promover la inflamación, agravando así la inflamación en las vías respiratorias (Tiwari et al., 2002). En la Figura 2 y la Tabla 1 se muestra un resumen de los posibles mecanismos de exacerbación y los virus asociados. Mientras que los mecanismos subyacentes al desarrollo y exacerbación aguda de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias son ampliamente estudiados para controlar y controlar la enfermedad, una infección viral hace más que sólo causar una exacerbación aguda en estos pacientes. Una exacerbación aguda inducida por virus no sólo induce y empeora los síntomas de la enfermedad, sino que también puede alterar el manejo de la enfermedad o conferir resistencia a tratamientos que funcionaban antes. Por lo tanto, la apreciación de los mecanismos de exacerbaciones agudas inducidas por virus es de importancia clínica para diseñar estrategias para corregir los cambios virales que pueden empeorar los síntomas de la enfermedad inflamatoria de las vías respiratorias crónicas. Otros estudios en exacerbaciones naturales y en modelos de desafíos virales utilizando secuenciación de ARN (ARN-seq) o ARN-seq de una sola célula en un rango de tiempos pueden proporcionar información importante sobre patogénesis viral y cambios inducidos dentro de las vías respiratorias de pacientes con enfermedad inflamatoria de las vías respiratorias crónicas para identificar nuevos objetivos y vías para mejorar el manejo de la enfermedad. El análisis posterior de funciones puede utilizar modelos de células epiteliales como la interfaz aire-líquido, modelo epitelial de vía aérea in vitro que ha sido adaptado para estudiar la infección viral y los cambios inducidos en la vía aérea (Yan et al., 2016; Boda et al., 2018; También se han desarrollado modelos de enfermedades de origen animal para identificar mecanismos sistémicos de exacerbación aguda (Shin, 2016; Gubernatorova et al., 2019; Tanner and Single, 2019). Además, el modelo de ratón humanizado que posee células inmunitarias humanas también puede servir para desentrañar el perfil inmune de una infección viral en estado sano y enfermo (Ito et al., 2019; Li y Di Santo, 2019). Para virus más leves, las infecciones humanas in vivo controladas se pueden realizar para el mejor modo de verificación de la asociación del virus con el mecanismo propuesto de exacerbaciones agudas inducidas virales. Con el advenimiento de modelos enfermos adecuados, la verificación de los mecanismos proporcionará la continuación necesaria para mejorar el tratamiento de las exacerbaciones agudas inducidas virales. En vista de la escasez de medidas preventivas antivirales disponibles sólo para unos pocos virus y vacunas que sólo están disponibles para las infecciones por IFV, se deben explorar más medidas alternativas para mejorar el manejo de la enfermedad. Medidas alternativas dirigidas a nuevos mecanismos de exacerbación aguda inducidos por virus, especialmente en la vía aérea superior, pueden servir como tratamientos complementarios de las estrategias de manejo actualmente disponibles para aumentar su eficacia. Nuevos modelos incluyendo cultivos primarios de células epiteliales bronquiales o nasales humanas, organoides o cortes pulmonares de precisión de pacientes con enfermedad de las vías aéreas en lugar de sujetos sanos pueden ser utilizados para definir mecanismos de exacerbación. Estos mecanismos pueden ser validados en pequeños ensayos clínicos en pacientes con asma o EPOC. Tener múltiples medios de tratamiento también puede reducir los problemas que surgen del desarrollo de resistencia hacia un tratamiento específico.

¿Qué aumenta la gravedad de las exacerbaciones en las vías respiratorias?

Infecciones respiratorias virales en la exacerbación de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías aéreas: nuevos mecanismos e ideas de la vía aérea superior Epiteliohttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7052386/SHA: 45a566c71056ba4faab425b4f7e9edee6320e4a4Autores: Tan, Kai Sen; Lim, Rachel Liyu; Liu, Jing; Ong, Hsiao Hui; Tan, Vivian Jiayi; Lim, Hui Fang; Chung, Kian Fan; Adcock, Ian M.; Chow, Vincent T.; Wang, De YunFecha: 2020-02-25DOI: 10.3389/fcell.2020.00099Licencia: cc-byAbstract: La infección por virus Estas exacerbaciones se asocian a una alta morbilidad e incluso mortalidad en todo el mundo, entendiendo que la infección viral aumenta la inflamación de las vías respiratorias, lo que agrava los síntomas de la enfermedad.Los recientes avances en la interfaz aire-líquido in vitro cultivos 3D, cultivos organoideos y el uso de nuevos modelos de desafío humanos y animales han evocado nuevos entendimientos en cuanto a los mecanismos de exacerbaciones virales.En esta revisión, nos centraremos en los hallazgos recientes que elucidan cómo las infecciones virales respiratorias alteran la barrera epitelial en las vías aéreas, el entorno microbiano de las vías aéreas superiores, modificaciones epigenéticas incluyendo modulación del miRNA y otros cambios en las respuestas inmunes a través de las vías aéreas superiores e inferiores. Primero, revisamos la prevalencia de diferentes infecciones respiratorias virales en causar exacerbaciones en enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Además, destacamos la importancia del viroma dentro del entorno del microbioma de la vía aérea y su impacto en la infección bacteriana posterior, lo que consolida la comprensión de la exacerbación inducida por virus en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias e indica vías que pueden estar dirigidas a un manejo más eficaz de las enfermedades inflamatorias crónicas. Texto: La prevalencia de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias está aumentando en todo el mundo, especialmente en los países desarrollados (GBD 2015 Chronic Respiratory Disease Colaborators, 2017 Guan et al., 2018). Esta enfermedad se caracteriza por inflamación de las vías respiratorias que provoca complicaciones como tos, sibilancia y falta de aliento. La enfermedad puede manifestarse tanto en las vías respiratorias superiores (como rinosinusitis crónica, CRS) como en las vías respiratorias inferiores (como asma y enfermedad pulmonar obstructiva crónica, EPOC) que afectan en gran medida El tratamiento y el manejo varían mucho en eficacia debido a la complejidad y heterogeneidad de la enfermedad. Esto se complica aún más por el efecto de las exacerbaciones episódicas de la enfermedad, definidas como el empeoramiento de los síntomas de la enfermedad, incluyendo sibilancia, tos, falta de aliento y opresión torácica (Xepapadaki y Papadopoulos, 2010). Estas exacerbaciones se deben al efecto de inflamación aguda aumentada de las vías respiratorias que afecta y empeora los síntomas de la enfermedad existente (Hashimoto et al., 2008; Viniol y Vogelmeier, 2018). Estas exacerbaciones agudas son la principal causa de morbilidad y a veces mortalidad en los pacientes, así como resultando en grandes cargas económicas en todo el mundo. Sin embargo, debido a las interacciones complejas entre el huésped y los agentes de exacerbación, los mecanismos de exacerbación pueden variar considerablemente en diferentes individuos bajo Las exacerbaciones agudas suelen deberse a la presencia de factores ambientales como alérgenos, contaminantes, humo, aire frío o seco y microbios patógenos en las vías respiratorias (Gautier y Charpin, 2017; Viniol y Vogelmeier, 2018). Estos agentes provocan una respuesta inmune que conduce a la infiltración de células inmunitarias activadas que liberan además mediadores inflamatorios que causan síntomas agudos como aumento de la producción de mucosidad, tos, sibilancias y falta de aliento. Entre estos agentes, la infección viral es uno de los principales motores de exacerbaciones del asma que representan hasta el 80-90% y el 45-80% de exacerbaciones en niños y adultos, respectivamente (Grissell et al., 2005; Xepapadaki y Papadopoulos, 2010; Jartti y Gern, 2017; Adeli et al., 2019). La participación viral en la exacerbación de la EPOC también es igualmente alta, habiendo sido detectada en el 30-80% de las exacerbaciones agudas de la EPOC (Kherad et al., 2010; Jafarinejad et al., 2017; Stolz et al., 2019). Aunque la prevalencia de exacerbaciones virales en la ERC todavía no está clara, es probable que su prevalencia sea alta debido a la naturaleza inflamatoria similar de estas enfermedades (Rowan et al., 2015; Tan et al., 2017). Una de las razones de la afectación de virus respiratorios en exacerbaciones es su facilidad de transmisión e infección (Kutter et al., 2018). Además, la alta diversidad de virus respiratorios también puede contribuir a exacerbaciones de diferente naturaleza y gravedad (Busse et al., 2010; Costa et al., 2014; Jartti y Gern, 2017) Por lo tanto, es importante identificar los mecanismos exactos que sustentan las exacerbaciones virales en sujetos susceptibles para manejar adecuadamente las exacerbaciones a través de tratamientos complementarios que puedan aliviar los síntomas de exacerbación o prevenir exacerbaciones graves.Si bien la vía aérea inferior es el sitio de inflamación disregulada en la mayoría de las enfermedades inflamatorias crónicas de la vía aérea, la vía aérea superior sigue siendo el primer punto de contacto con fuentes de exacerbación, por lo que su interacción con los agentes de exacerbación puede contribuir directamente a las respuestas posteriores en la vía aérea inferior, en línea con la hipótesis de "United Airway".Para dilucidar la interacción de la vía aérea huésped con virus que conducen a exacerbaciones, enfocamos nuestra revisión en los hallazgos recientes de interacción viral con la vía aérea superior. A pesar de ser una causa importante de exacerbación, los informes que vinculan virus respiratorios a exacerbaciones agudas sólo comienzan a surgir a finales de la década de 1950 (Pattemore et al., 1992) ; con infecciones bacterianas previamente consideradas como el culpable probable de exacerbación aguda (Stevens, 1953; Message y Johnston, 2002). Sin embargo, con el advenimiento de la tecnología PCR, se recuperaron más virus durante exacerbaciones agudas eventos e informes que implicaron su papel emergieron a finales de la década de 1980 (Mensaje y Johnston, 2002). Rhinovirus (RV) y virus respiratorio sincitial (RSV) son los virus predominantes vinculados al desarrollo y exacerbación de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Jarti y Gern, 2017). Otros virus como el virus de la parainfluenza (PIV), el virus de la gripe (IFV) y el adenovirus (AdV) también han sido implicados en exacerbaciones agudas, pero en un grado mucho menor (Johnston et al., 2005; Oliver et al., 2014; Ko et al., 2019). Más recientemente, se han notificado otros virus como el bocavirus (BoV), el metapneumovirus humano (HMPV), ciertas cepas del coronavirus (CoV), una cepa específica del enterovirus (EV-D68), el citomegalovirus humano (hCMV) y el virus del herpes simplex (HSV) que contribuyen a exacerbaciones agudas. La característica común de estos virus es que pueden infectar tanto la vía aérea superior como la inferior, aumentando aún más las condiciones inflamatorias en la vía aérea enferma (Mallia y Johnston, 2006; Los virus respiratorios infectan y replican principalmente dentro de las células epiteliales de la vía aérea. Durante el proceso de replicación, las células liberan factores antivirales y citocinas que alteran la inflamación de la vía aérea local y el nicho de la vía aérea (Busse et al., 2010). En una vía aérea sana, la inflamación normalmente conduce a respuestas inflamatorias tipo 1 consistentes en la activación de un estado antiviral y la infiltración de células efectoras antivirales, lo que eventualmente resulta en la resolución de la respuesta inflamatoria y el aclaramiento de la infección viral (Vareille et al., 2011; Brace et al., 2012). Sin embargo, en una vía aérea crónicamente inflamada, las respuestas contra el virus pueden estar deterioradas o aberrantes, causando inflamación sostenida e infiltración errónea, lo que resulta en la exacerbación de sus síntomas (Mallia y Johnston, 2006; Dougherty y Fahy, 2009; Busse et al., 2010; Britto et al., 2017; Linden et al., 2019). Esto suele agravarse por el aumento de la susceptibilidad de los pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias hacia infecciones respiratorias virales, aumentando así la frecuencia de exacerbación en su conjunto (Dougherty y Fahy, 2009; Busse et al., 2010; Linden et al., 2019). Además, debido a los diferentes ciclos de replicación y respuesta contra la miríada de virus respiratorios, cada virus respiratorio también puede contribuir a exacerbaciones a través de diferentes mecanismos que pueden alterar su Por lo tanto, esta revisión se centrará en compilar y cotejar los actuales mecanismos conocidos de exacerbación viral inducida por enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, así como en vincular la patogénesis de diferentes infecciones virales para dilucidar otras formas potenciales de exacerbación de la enfermedad. La revisión servirá para proporcionar una mayor comprensión de la exacerbación inducida por virus para identificar posibles vías y mecanismos patogénicos que pueden ser dirigidos como cuidados complementarios para el manejo y prevención de la exacerbación. Este enfoque puede ser clínicamente significativo debido a la actual escasez de fármacos antivirales para el manejo de exacerbaciones inducidas por virus, lo que mejorará la calidad de vida de los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias. Una vez establecida la relación entre la infección viral y las exacerbaciones agudas de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias, se han reportado muchos informes sobre los mecanismos subyacentes a la exacerbación inducida por la infección viral respiratoria. Al infectar En general, las células epiteliales de las vías respiratorias infectadas liberan interferones, citoquinas y quimioquinas tipo IL-6, IL-8, IL-12, RANTES, proteína inflamatoria de los macrófagos 1α (MIP-1α) y proteína quimiotáctica de los monocitos 1 (MCP-1) (Wark y Gibson, 2006; Matsukura y otros, 2013) y, a su vez, permiten la infiltración de células innatas inmunes y de células profesionales que presentan antígenos (APCs) que a su vez liberan mediadores específicos para facilitar la focalización y el aclaramiento virales, incluyendo interferón tipo II (IFNγ), IL-2, IL-4, IL-5, IL-9 e IL-12 (Wark y Gibson, 2006; Singh et al., 2010; Brazale Estos factores aumentan la inflamación local y la infiltración de granulocitos, células T y células B (Wark y Gibson, 2006; Brazale et al., 2012). El aumento de la inflamación, a su vez, empeora los síntomas de las enfermedades de las vías respiratorias. Además, en pacientes con asma y pacientes con SCR con pólipo nasal (CRSwNP), las infecciones virales como RV y VRS promueven una respuesta inmune de tipo 2-sesesada (Becker, 2006; Jackson et al., 2014; Jurak et al., 2018). Esto amplifica la inflamación basal tipo 2 resultando en una mayor liberación de IL-4, IL-5, IL-13, RANTES y eotaxina y un aumento adicional de la eosinofilia, un motor patológico clave del asma y CRSwNP (Wark y Gibson, 2006; Singh et al., 2010; Chung et al., 2015; Dunican y Fahy, 2015). El aumento de la eosinofilia, a su vez, empeora los síntomas clásicos de la enfermedad y puede conducir a condiciones potencialmente mortales debido a dificultades respiratorias. Por otro lado, los pacientes con EPOC y los pacientes con SCR sin pólipo nasal (CRSsNP) son más neutrófilos debido a la expresión de quimioattractantes neutrófilos como CXCL9, CXCL10 y CXCL11 (Cukic et al., 2012; Brightling and Greening, 2019). La patología de estas enfermedades de las vías respiratorias se caracteriza por la remodelación de las vías aéreas debido a la presencia de factores de remodelación como las metaloproteinasas de matriz (MMPs) liberadas de neutrófilos infiltrantes (Linden et al., 2019). Las infecciones virales en tales condiciones causarán entonces un aumento de la activación neutrófica; el empeoramiento de los síntomas y la remodelación de las vías respiratorias exacerbando la EPOC, CRSsNP e incluso CRSwNP en ciertos casos (Wang et al., 2009; Tacon et al., 2010; Linden et al., 2019). También se ha identificado recientemente una vía epitelial-céntrica alarmin alrededor de IL-25, IL-33 y linfopoyetina estromal timica (TSLP), y su interacción con las células linfoides innatas del grupo 2 (ILC2) (Nagarkar et al., 2012; Hong et al., 2018; Allinne et al., 2019). IL-25, IL-33 y TSLP son citoquinas inflamatorias de tipo 2 expresadas por las células epiteliales tras la lesión de la barrera epitelial (Gabryelska et al., 2019; Roan et al., 2019). Las ILC2 son un grupo de células linfoides que carecen de receptores de células B y T, pero desempeñan un papel crucial en la secretación de citocinas de tipo 2 para perpetuar la inflamación de tipo 2 cuando se activan (Scanlon y McKenzie, 2012; Li y Hendriks, 2013). En caso de infección viral, la muerte celular y la lesión de la barrera epitelial también inducirán la expresión de IL-25, IL-33 y TSLP, con mayor expresión en una vía aérea inflamada (Alakhverdi et al., 2007; Goldsmith et al., 2012; Byers et al., 2013; Shaw et al., 2013; Beale et al., 2014; Jackson et al., 2014; Uller y Persson, 2018; Ravanetti et al., 2019). Estas 3 citoquinas luego trabajan en concierto para activar ILC2s para segregar más citoquinas tipo 2 IL-4, IL-5 e IL-13 que agravan aún más la inflamación tipo 2 en la vía aérea causando exacerbación aguda (Camelo et al., 2017). En el caso de la EPOC, el aumento de la activación de la ILC2, que retiene la capacidad de diferenciar a la ILC1, también puede aumentar aún más la respuesta neutrófica y agravar aún más la exacerbación (Silver et al., 2016). Curiosamente, estos factores no se liberan en gran medida y no activan una respuesta de la ILC2 durante la infección viral en individuos sanos (Yan et al., 2016; Tan et al., 2018a) ; a pesar de aumentar una exacerbación de tipo 2 en las vías respiratorias crónicamente inflamadas (Jurak et al., 2018). Estos mecanismos clásicos de exacerbaciones agudas inducidas virales se resumen en la Figura 1. A medida que la integración de la virología, microbiología e inmunología de la infección viral se vuelve más interconectada, factores adicionales y FIGURA 1 Tras la infección por virus en la vía aérea, el estado antiviral se activará para eliminar el patógeno invasor de la vía aérea. La respuesta inmunitaria y los factores de lesión liberados del epitelio infectado normalmente inducirían una inmunidad rápida de tipo 1 que facilita el aclaramiento viral. Sin embargo, en la vía aérea inflamada, las citoquinas y quimioquinas liberadas en su lugar aumentaron la inflamación presente en la vía aérea crónicamente inflamada, fortaleciendo la infiltración neutrófila en la vía aérea COPD, e infiltración eosinofílica en la vía aérea asmática. El efecto también se ve agravado por la participación de células Th1 e ILC1 en la vía aérea COPD; y células Th2 e ILC2 en la vía aérea asmática. (2006) ha subrayado el efecto sinérgico de la infección viral con otros agentes sensibilizantes para causar exacerbaciones agudas más graves en las vías respiratorias, especialmente cuando no todos los eventos de exacerbación ocurrieron durante la infección viral, pero también pueden ocurrir mucho después del aclaramiento viral (Kim et al., 2008; Stolz et al., 2019), en particular el inicio tardío de una infección bacteriana (Singanayagam et al., 2018 (Singanayagam et al., 2019a). Además, los virus no necesitan infectar directamente la vía aérea inferior para causar una exacerbación aguda, ya que el epitelio nasal sigue siendo el lugar principal de la mayoría de las infecciones. Además, no todas las infecciones virales de la vía aérea darán lugar a exacerbaciones agudas, sugiriendo una interacción más compleja entre el virus y el epitelio de la vía aérea superior que sinergizan con el entorno de la vía aérea local en línea con la hipótesis de la "vía aérea unida" (Kurai et al., 2013). Por otro lado, las infecciones virales o sus componentes persisten en pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de la vía aérea (Kling et al., 2005; Wood et al., 2011; Ravi et al., 2019). Por lo tanto, su presencia puede alterar aún más el entorno local y contribuir a exacerbaciones actuales y futuras. Los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias han disminuido o reducido la capacidad de aclaramiento viral (Hammond et al., 2015; McKendry et al., 2016; Akbarshahi et al., 2018; Gill et al., 2018; Wang et al., 2018; Singanayagam et al., 2019b). Su deterioro se debe a una respuesta inflamatoria de tipo 2 que priva a la vía aérea de importantes células CD8 receptivas de tipo 1 que son responsables del aclaramiento completo de las células infectadas por el virus (Becker, 2006; McKendry et al., 2016). Esto es especialmente evidente en virus débiles que inducen la inflamación tipo 1 como RV y RSV (Kling et al., 2005; Wood et al., 2011; Ravi et al., 2019). Además, también hay evidencia de reducción de la producción de interferón tipo I (IFNβ) y III (IFN/23370/) debido a la inflamación de tipo 2-secado, que contribuye al aclaramiento imperfecto del virus, lo que resulta en la persistencia de componentes virales, o el virus vivo en el epitelio de las vías respiratorias (Contoli et al., 2006; Hwang et al., 2019; Wark, 2019). Debido a los componentes virales que permanecen en las vías respiratorias, genes antivirales como los interferones de tipo I, factores de activación de la inflamación y citoquinas permanecieron activados dando lugar a inflamación prolongada de las vías respiratorias (Wood et al., 2011; Essaidi-Laziosi et al., 2018). Estos factores aumentan la infiltración de granulocitos prolongando así los síntomas de exacerbación. Esta inflamación persistente también puede encontrarse dentro de virus del ADN como AdV, hCMV y HSV, cuyas infecciones generalmente persisten más tiempo (Imperial y Jiang, 2015), contribuyendo aún más a la activación crónica de la inflamación cuando infectan la vía aérea (Yang et al., 2008; Morimoto et al., 2009; Imperiale y Jiang, 2015; Lan et al., 2016; Tan et al., 2016; Kowalski et al., 2017). Con esa nota, el virus del papiloma humano (VPH), un virus del ADN muy asociado con cánceres de cabeza y cuello y papilomatosis respiratoria, también está relacionado con la inflamación crónica que precede a las neoplasias malignas (de Visser et al., 2005; Gillison et al., 2012; Bonomi et al., 2014; Fernandes et al., 2015). Por lo tanto, el papel de la infección por VPH en causar inflamación crónica en las vías respiratorias y su asociación a exacerbaciones de las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas, que apenas se explora, debe ser investigado en el futuro. Además, la persistencia viral que conduce a la expresión continua de genes antivirales también puede conducir al desarrollo de resistencia a los esteroides, que se observa con la infección por RV, VRS y PIV (Chi et al., 2011; Ford et al., 2013; Papi et al., 2013). El uso de esteroides para suprimir la inflamación también puede causar que el virus persista más tiempo en las vías respiratorias debido a la falta de aclaramiento antiviral (Kim et al., 2008; Hammond et al., 2015; Hewitt et al., 2016; McKendry et al., 2016; Singanayagam et al., 2019b). El desarrollo concomitante de resistencia a los esteroides, junto con la repetición o prolongación de la infección viral, añadió una carga considerable al manejo de la exacerbación aguda, que debería ser el foco futuro de la investigación para resolver las complicaciones duales derivadas de la infección viral. En el otro extremo del espectro, los virus que inducen una fuerte inflamación tipo 1 y la muerte celular como IFV (Yan et al., 2016; Guibas et al., 2018) y ciertos CoV (incluyendo el virus COVID-19 recientemente surgido) (Tao et al., 2013; Yue et al., 2018; Zhu et al., 2020), pueden no causar inflamación prolongada debido a la fuerte inducción del aclaramiento antiviral. Sin embargo, estas infecciones causan daño masivo y muerte celular a la barrera epitelial, tanto que las áreas del epitelio pueden estar completamente ausentes después de la infección (Yan et al., 2016; Tan et Factores como el RANTES y el CXCL10, que reclutan células inmunitarias para inducir apoptosis, son fuertemente inducidos por el epitelio infectado por IFV (Ampomah et al., 2018; Tan et al., 2019). Además, factores necroptóticos como el RIP3 agravan aún más las muertes celulares en el epitelio infectado por IFV. La muerte celular masiva inducida puede provocar un empeoramiento de la exacerbación aguda debido a la liberación de su contenido celular en las vías respiratorias, evocando una respuesta inflamatoria en las vías respiratorias (Guibas et al., 2018). Además, la destrucción de la barrera epitelial puede causar un mayor contacto con otros patógenos y alérgenos en las vías respiratorias que pueden prolongar las exacerbaciones o provocar nuevas exacerbaciones. La destrucción epitelial también puede promover una mayor remodelación epitelial durante su regeneración, ya que la infección viral induce la expresión de genes remodeladores como MMPs y factores de crecimiento. Infecciones que causan destrucción masiva del epitelio, como IFV, generalmente resultan en exacerbaciones agudas graves con síntomas no clásicos de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Afortunadamente, hay vacunas anuales disponibles para prevenir infecciones por IFV (Vasileiou et al., 2017; Zheng et al., 2018) ; y se recomienda que los pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias reciban su vacunación anual contra la gripe como el mejor medio para prevenir la exacerbación inducida por IFV grave. Otro mecanismo que las infecciones virales pueden utilizar para provocar exacerbaciones agudas es la inducción de factores de vasodilación o apertura de la unión estrecha que pueden aumentar la tasa de infiltración. Infección con una multitud de virus respiratorios Esto también aumenta las posibilidades de que los alérgenos entren en contacto con las células inmunitarias de las vías respiratorias. Por ejemplo, se encontró que la infección por IFV induce oncostatina M (OSM) lo que causa una apertura estrecha de la unión (Pothoven et al., 2015; Tian et al., 2018). De manera similar, las infecciones por RV y VRS suelen causar una apertura estrecha de la unión que también puede aumentar la tasa de infiltración de eosinófilos y, por lo tanto, empeorar los síntomas clásicos de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Sajjan et al., 2008; Kast et al., 2017; Kim et al., 2018). Además, la expresión de factores vasodilatadores y factores homeostáticos fluidos como angiopoietin-like 4 (ANGPTL4) y bactericida/permeabilidad en aumento que contienen pliegues familiares A1 (BPIFA1) también están asociados con infecciones virales y desarrollo de neumonía, que pueden empeorar la inflamación en la vía aérea baja Akram et al., 2018). Estos factores pueden servir como objetivos para prevenir exacerbaciones inducidas por virus durante el manejo de la exacerbación aguda de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias. Otro área de interés reciente es la relación entre asma y exacerbaciones de la EPOC y su asociación con el microbioma de las vías respiratorias. El desarrollo de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias suele estar relacionado con especies bacterianas específicas en el microbioma que pueden prosperar en el entorno de las vías respiratorias inflamadas (Diver et al., 2019) En el caso de una infección viral como la infección por RV, el efecto inducido por el virus puede desestabilizar el equilibrio del microbioma presente (Molyneaux et al., 2013; Kloepfer et al., 2014; Kloepfer et al., 2017; Jubinville et al., 2018; van Rijn et al., 2019). Además, la infección viral puede alterar colonias de biofilm en la vía aérea superior (por ejemplo, Streptococcus pneumoniae) microbioma para liberarse en la vía aérea inferior y empeorar la inflamación (Marks et al., 2013; Chao et al., 2014). Además, una infección viral también puede alterar el perfil de nutrientes en la vía aérea a través de la liberación de nutrientes previamente inaccesibles que alterarán el crecimiento bacteriano (Siegel et al., 2014; Mallia et al., 2018 Además, la desestabilización se ve agravada por una respuesta inmune bacteriana alterada, ya sea por influencias virales directas, o por el uso de corticosteroides para suprimir los síntomas de exacerbación (Singanayagam et al., 2018 (Singanayagam et al., 2019a Wang et al., 2018; Finney et al., 2019). Todos estos cambios pueden llevar gradualmente a un efecto de mayor alcance cuando la flora normal es reemplazada por patógenos oportunistas, alterando los perfiles inflamatorios (Teo et al., 2018). Estos cambios a su vez pueden resultar en exacerbaciones agudas más graves y frecuentes debido a la interacción entre el virus y las bacterias patógenas en exacerbar las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas (Wark et al., 2013; Singanayagam et al., 2018). Para contrarrestar estos efectos, las terapias basadas en microbiomas están en su infancia, pero han demostrado eficacia en los tratamientos del síndrome del intestino irritable restaurando el microbioma intestinal (Bakken et al., 2011). Más investigaciones pueden ser hechas de manera similar para que el microbioma de las vías respiratorias pueda restaurar el microbioma después de la interrupción por una infección viral. Las infecciones virales pueden causar la interrupción de la función mucociliar, un componente importante de la barrera epitelial. Proteínas ciliares FIGURA 2 Cambios en el epitelio de las vías respiratorias superiores que contribuyen a la exacerbación viral en enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. El epitelio de las vías respiratorias superiores es el sitio principal de contacto/infección de la mayoría de los virus respiratorios. Por lo tanto, su infección por virus respiratorios puede tener consecuencias de gran alcance en el aumento y La destrucción de la barrera epitelial, la función mucociliar y la muerte celular de las células epitelial sirven para aumentar el contacto entre los desencadenantes ambientales con la vía aérea inferior y las células inmunes residentes. La apertura de la unión estrecha aumentando la fuga aumenta aún más la inflamación y exacerbaciones. Además, las infecciones virales se acompañan generalmente con estrés oxidativo que aumentará aún más la inflamación local en las vías respiratorias. La disregulación de la inflamación puede ser agravada por la modulación de los miRNAs y la modificación epigenética como la metilación del ADN y las modificaciones histonas que promueven la disregulación en la inflamación. Finalmente, el cambio en el ambiente de las vías respiratorias locales y la inflamación promueve el crecimiento de bacterias patógenas que pueden reemplazar al microbioma de las vías respiratorias. Además, el ambiente inflamatorio también puede dispersar los comans de las vías aéreas superiores en la vía aérea Rasgo específico viral que contribuye al mecanismo de exacerbación (con evidencia en la literatura) Estrés oxidativo Producción de ROS (RV, RSV, IFV, HSV)Como RV, RSV e IFV fueron los virus más frecuentemente estudiados en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, la mayoría de los virus enumerados son predominantemente estos virus. Sin embargo, los mecanismos aquí descritos también pueden ser aplicables a otros virus, pero no pueden ser listados ya que no estuvieron implicados en el contexto de exacerbación de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (ver texto para abreviaciones). que ayudan en la función adecuada de los cilios móviles en las vías respiratorias se expresan aberrantemente en células epiteliales de las vías respiratorias ciliadas que son el principal objetivo para la infección por RV (Griggs et al., 2017). Tal forma de cilia discinesia secundaria parece estar presente con inflamaciones crónicas en la vía aérea, pero los mecanismos exactos todavía son desconocidos (Peng et al.,, 2019 Qiu et al., 2018). Sin embargo, se encontró que en la infección viral como IFV, puede haber un cambio en el metabolismo de las células, así como una alteración en la expresión del gen ciliar, principalmente en la forma de regulación descendente de los genes como la cadena pesada dynein axonemal 5 (DNAH5) y diferenciación multiciliada y síntesis de ADN asociada a la proteína del ciclo celular (MCIDAS) (Tan et al., 2018b. El recientemente surgido Wuhan CoV también se encontró para reducir la paliza ciliar en el modelo epitelial de la vía aérea infectado (Zhu et al., 2020). Además, se demostró que las infecciones virales como el VRS destruyen directamente los cilios de las células ciliadas y casi todos los virus respiratorios infectan las células ciliadas (Jumat et al., 2015; Yan et al., 2016; Tan et al., 2018a). Además, la sobreproducción de mucosidad también puede alterar el equilibrio de la función mucociliar después de la infección viral, dando lugar a síntomas de exacerbación aguda (Zhu et al., 2009). Por lo tanto, la interrupción del movimiento ciliar durante la infección viral puede causar más material extraño y alérgeno para entrar en la vía aérea, agravando los síntomas de exacerbación aguda y haciendo más difícil de manejar. Los microRNAs (miRNAs) son ARNs cortos no codificantes involucrados en la modulación post-transcripción de los procesos biológicos, e implicados en una serie de enfermedades (Tan et al., 2014). Los miRNAs se encuentran inducidos por infecciones virales y pueden jugar un papel en la modulación de las respuestas antivirales y la inflamación (Gutierrez et al., 2016; Deng et al., 2017; Feng et al., 2018). En el caso de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, se encontró que los cambios circulantes de miRNAs están relacionados con la exacerbación de las enfermedades (Wardzynska et al., 2020). Por lo tanto, es probable que tales cambios de miRNAs se originan desde el epitelio infectado y las células inmunes que responden, que pueden servir para disregular aún más la inflamación de las vías Tanto las infecciones por IFV como las por VRS han demostrado aumentar miR-21 y aumentar la inflamación en los modelos experimentales de asma murina, lo que se invierte con un tratamiento combinado de antimiR-21 y corticosteroides (Kim et al., 2017). La infección por IFV también se muestra aumentando miR-125a y b, y miR-132 en el epitelio de EPOC que inhibe A20 y MAVS; y p300 e IRF3, respectivamente, lo que resulta en una mayor susceptibilidad a las infecciones virales (Hsu et al., 2016 (Hsu et al., 2017). Por el contrario, se demostró que miR-22 se suprimió en el epitelio asmático en la infección por IFV, lo que da lugar a una respuesta epitelial aberranta, contribuyendo a exacerbaciones (Moheimani et al., 2018). Aparte de estas evidencias directas de cambios en el miRNA en contribuir a exacerbaciones, un aumento del número de miRNAs y otros ARNs no codificantes responsables de la modulación inmune se encuentran alterados después de infecciones virales (Globinska et al., 2014; Feng et al., 2018; Hasegawa et al., 2018). Por lo tanto, los ARNs no codificantes también se presentan como objetivos para modular los cambios virales inducidos en las vías respiratorias como un medio para controlar la exacerbación de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Aparte de la modulación de miRNA, otras modificaciones epigenéticas como la metilación del ADN también pueden desempeñar un papel en la exacerbación de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Al mismo tiempo, también se demostró que las infecciones virales como RV y VRS alteran la metilación del ADN y las modificaciones histonas en el epitelio de las vías respiratorias que pueden alterar las respuestas inflamatorias, provocando enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias y exacerbaciones (McErlean et al., 2014; Pech et al., 2018; Caixia et al., 2019). Además, Spalluto et al. (2017) también mostraron que factores antivirales como IFNγ epigenéticamente modifican la resistencia viral de las células epiteliales. Por lo tanto, esto puede indicar que infecciones como RV y VRS que débilmente inducen respuestas antivirales pueden resultar en un estado inflamatorio alterado que contribuye a una mayor persistencia viral y exacerbación de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Spalluto et al., 2017). Finalmente, la infección viral puede resultar en una mayor producción de especies reactivas de oxígeno (ROS), estrés oxidativo y disfunción mitocondrial en el epitelio de las vías respiratorias (Kim et al., 2018; Mishra et al., 2018; Wang et al., 2018). El epitelio de las vías respiratorias de los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias suelen estar bajo un estado de estrés oxidativo constante que sostiene la inflamación de las vías respiratorias (Barnes, 2017; van der Vliet et al., 2018). Las infecciones virales del epitelio respiratorio por virus como IFV, RV, RSV y HSV pueden desencadenar la producción adicional de ROS como mecanismo antiviral Aizawa et al., 2018; Wang et al., 2018). Además, la infiltración de células en respuesta a la infección, como los neutrófilos, también desencadenará una ruptura respiratoria como medio para aumentar la ROS en la región infectada. El aumento de la ROS y el estrés oxidativo en el ambiente local pueden servir como un desencadenante para promover la inflamación, agravando así la inflamación en las vías respiratorias (Tiwari et al., 2002). En la Figura 2 y la Tabla 1 se muestra un resumen de los posibles mecanismos de exacerbación y los virus asociados. Mientras que los mecanismos subyacentes al desarrollo y exacerbación aguda de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias son ampliamente estudiados para controlar y controlar la enfermedad, una infección viral hace más que sólo causar una exacerbación aguda en estos pacientes. Una exacerbación aguda inducida por virus no sólo induce y empeora los síntomas de la enfermedad, sino que también puede alterar el manejo de la enfermedad o conferir resistencia a tratamientos que funcionaban antes. Por lo tanto, la apreciación de los mecanismos de exacerbaciones agudas inducidas por virus es de importancia clínica para diseñar estrategias para corregir los cambios virales que pueden empeorar los síntomas de la enfermedad inflamatoria de las vías respiratorias crónicas. Otros estudios en exacerbaciones naturales y en modelos de desafíos virales utilizando secuenciación de ARN (ARN-seq) o ARN-seq de una sola célula en un rango de tiempos pueden proporcionar información importante sobre patogénesis viral y cambios inducidos dentro de las vías respiratorias de pacientes con enfermedad inflamatoria de las vías respiratorias crónicas para identificar nuevos objetivos y vías para mejorar el manejo de la enfermedad. El análisis posterior de funciones puede utilizar modelos de células epiteliales como la interfaz aire-líquido, modelo epitelial de vía aérea in vitro que ha sido adaptado para estudiar la infección viral y los cambios inducidos en la vía aérea (Yan et al., 2016; Boda et al., 2018; También se han desarrollado modelos de enfermedades de origen animal para identificar mecanismos sistémicos de exacerbación aguda (Shin, 2016; Gubernatorova et al., 2019; Tanner and Single, 2019). Además, el modelo de ratón humanizado que posee células inmunitarias humanas también puede servir para desentrañar el perfil inmune de una infección viral en estado sano y enfermo (Ito et al., 2019; Li y Di Santo, 2019). Para virus más leves, las infecciones humanas in vivo controladas se pueden realizar para el mejor modo de verificación de la asociación del virus con el mecanismo propuesto de exacerbaciones agudas inducidas virales. Con el advenimiento de modelos enfermos adecuados, la verificación de los mecanismos proporcionará la continuación necesaria para mejorar el tratamiento de las exacerbaciones agudas inducidas virales. En vista de la escasez de medidas preventivas antivirales disponibles sólo para unos pocos virus y vacunas que sólo están disponibles para las infecciones por IFV, se deben explorar más medidas alternativas para mejorar el manejo de la enfermedad. Medidas alternativas dirigidas a nuevos mecanismos de exacerbación aguda inducidos por virus, especialmente en la vía aérea superior, pueden servir como tratamientos complementarios de las estrategias de manejo actualmente disponibles para aumentar su eficacia. Nuevos modelos incluyendo cultivos primarios de células epiteliales bronquiales o nasales humanas, organoides o cortes pulmonares de precisión de pacientes con enfermedad de las vías aéreas en lugar de sujetos sanos pueden ser utilizados para definir mecanismos de exacerbación. Estos mecanismos pueden ser validados en pequeños ensayos clínicos en pacientes con asma o EPOC. Tener múltiples medios de tratamiento también puede reducir los problemas que surgen del desarrollo de resistencia hacia un tratamiento específico.

¿Qué es otro área de interés?

Infecciones respiratorias virales en la exacerbación de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías aéreas: nuevos mecanismos e ideas de la vía aérea superior Epiteliohttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7052386/SHA: 45a566c71056ba4faab425b4f7e9edee6320e4a4Autores: Tan, Kai Sen; Lim, Rachel Liyu; Liu, Jing; Ong, Hsiao Hui; Tan, Vivian Jiayi; Lim, Hui Fang; Chung, Kian Fan; Adcock, Ian M.; Chow, Vincent T.; Wang, De YunFecha: 2020-02-25DOI: 10.3389/fcell.2020.00099Licencia: cc-byAbstract: La infección por virus Estas exacerbaciones se asocian a una alta morbilidad e incluso mortalidad en todo el mundo, entendiendo que la infección viral aumenta la inflamación de las vías respiratorias, lo que agrava los síntomas de la enfermedad.Los recientes avances en la interfaz aire-líquido in vitro cultivos 3D, cultivos organoideos y el uso de nuevos modelos de desafío humanos y animales han evocado nuevos entendimientos en cuanto a los mecanismos de exacerbaciones virales.En esta revisión, nos centraremos en los hallazgos recientes que elucidan cómo las infecciones virales respiratorias alteran la barrera epitelial en las vías aéreas, el entorno microbiano de las vías aéreas superiores, modificaciones epigenéticas incluyendo modulación del miRNA y otros cambios en las respuestas inmunes a través de las vías aéreas superiores e inferiores. Primero, revisamos la prevalencia de diferentes infecciones respiratorias virales en causar exacerbaciones en enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Además, destacamos la importancia del viroma dentro del entorno del microbioma de la vía aérea y su impacto en la infección bacteriana posterior, lo que consolida la comprensión de la exacerbación inducida por virus en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias e indica vías que pueden estar dirigidas a un manejo más eficaz de las enfermedades inflamatorias crónicas. Texto: La prevalencia de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias está aumentando en todo el mundo, especialmente en los países desarrollados (GBD 2015 Chronic Respiratory Disease Colaborators, 2017 Guan et al., 2018). Esta enfermedad se caracteriza por inflamación de las vías respiratorias que provoca complicaciones como tos, sibilancia y falta de aliento. La enfermedad puede manifestarse tanto en las vías respiratorias superiores (como rinosinusitis crónica, CRS) como en las vías respiratorias inferiores (como asma y enfermedad pulmonar obstructiva crónica, EPOC) que afectan en gran medida El tratamiento y el manejo varían mucho en eficacia debido a la complejidad y heterogeneidad de la enfermedad. Esto se complica aún más por el efecto de las exacerbaciones episódicas de la enfermedad, definidas como el empeoramiento de los síntomas de la enfermedad, incluyendo sibilancia, tos, falta de aliento y opresión torácica (Xepapadaki y Papadopoulos, 2010). Estas exacerbaciones se deben al efecto de inflamación aguda aumentada de las vías respiratorias que afecta y empeora los síntomas de la enfermedad existente (Hashimoto et al., 2008; Viniol y Vogelmeier, 2018). Estas exacerbaciones agudas son la principal causa de morbilidad y a veces mortalidad en los pacientes, así como resultando en grandes cargas económicas en todo el mundo. Sin embargo, debido a las interacciones complejas entre el huésped y los agentes de exacerbación, los mecanismos de exacerbación pueden variar considerablemente en diferentes individuos bajo Las exacerbaciones agudas suelen deberse a la presencia de factores ambientales como alérgenos, contaminantes, humo, aire frío o seco y microbios patógenos en las vías respiratorias (Gautier y Charpin, 2017; Viniol y Vogelmeier, 2018). Estos agentes provocan una respuesta inmune que conduce a la infiltración de células inmunitarias activadas que liberan además mediadores inflamatorios que causan síntomas agudos como aumento de la producción de mucosidad, tos, sibilancias y falta de aliento. Entre estos agentes, la infección viral es uno de los principales motores de exacerbaciones del asma que representan hasta el 80-90% y el 45-80% de exacerbaciones en niños y adultos, respectivamente (Grissell et al., 2005; Xepapadaki y Papadopoulos, 2010; Jartti y Gern, 2017; Adeli et al., 2019). La participación viral en la exacerbación de la EPOC también es igualmente alta, habiendo sido detectada en el 30-80% de las exacerbaciones agudas de la EPOC (Kherad et al., 2010; Jafarinejad et al., 2017; Stolz et al., 2019). Aunque la prevalencia de exacerbaciones virales en la ERC todavía no está clara, es probable que su prevalencia sea alta debido a la naturaleza inflamatoria similar de estas enfermedades (Rowan et al., 2015; Tan et al., 2017). Una de las razones de la afectación de virus respiratorios en exacerbaciones es su facilidad de transmisión e infección (Kutter et al., 2018). Además, la alta diversidad de virus respiratorios también puede contribuir a exacerbaciones de diferente naturaleza y gravedad (Busse et al., 2010; Costa et al., 2014; Jartti y Gern, 2017) Por lo tanto, es importante identificar los mecanismos exactos que sustentan las exacerbaciones virales en sujetos susceptibles para manejar adecuadamente las exacerbaciones a través de tratamientos complementarios que puedan aliviar los síntomas de exacerbación o prevenir exacerbaciones graves.Si bien la vía aérea inferior es el sitio de inflamación disregulada en la mayoría de las enfermedades inflamatorias crónicas de la vía aérea, la vía aérea superior sigue siendo el primer punto de contacto con fuentes de exacerbación, por lo que su interacción con los agentes de exacerbación puede contribuir directamente a las respuestas posteriores en la vía aérea inferior, en línea con la hipótesis de "United Airway".Para dilucidar la interacción de la vía aérea huésped con virus que conducen a exacerbaciones, enfocamos nuestra revisión en los hallazgos recientes de interacción viral con la vía aérea superior. A pesar de ser una causa importante de exacerbación, los informes que vinculan virus respiratorios a exacerbaciones agudas sólo comienzan a surgir a finales de la década de 1950 (Pattemore et al., 1992) ; con infecciones bacterianas previamente consideradas como el culpable probable de exacerbación aguda (Stevens, 1953; Message y Johnston, 2002). Sin embargo, con el advenimiento de la tecnología PCR, se recuperaron más virus durante exacerbaciones agudas eventos e informes que implicaron su papel emergieron a finales de la década de 1980 (Mensaje y Johnston, 2002). Rhinovirus (RV) y virus respiratorio sincitial (RSV) son los virus predominantes vinculados al desarrollo y exacerbación de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Jarti y Gern, 2017). Otros virus como el virus de la parainfluenza (PIV), el virus de la gripe (IFV) y el adenovirus (AdV) también han sido implicados en exacerbaciones agudas, pero en un grado mucho menor (Johnston et al., 2005; Oliver et al., 2014; Ko et al., 2019). Más recientemente, se han notificado otros virus como el bocavirus (BoV), el metapneumovirus humano (HMPV), ciertas cepas del coronavirus (CoV), una cepa específica del enterovirus (EV-D68), el citomegalovirus humano (hCMV) y el virus del herpes simplex (HSV) que contribuyen a exacerbaciones agudas. La característica común de estos virus es que pueden infectar tanto la vía aérea superior como la inferior, aumentando aún más las condiciones inflamatorias en la vía aérea enferma (Mallia y Johnston, 2006; Los virus respiratorios infectan y replican principalmente dentro de las células epiteliales de la vía aérea. Durante el proceso de replicación, las células liberan factores antivirales y citocinas que alteran la inflamación de la vía aérea local y el nicho de la vía aérea (Busse et al., 2010). En una vía aérea sana, la inflamación normalmente conduce a respuestas inflamatorias tipo 1 consistentes en la activación de un estado antiviral y la infiltración de células efectoras antivirales, lo que eventualmente resulta en la resolución de la respuesta inflamatoria y el aclaramiento de la infección viral (Vareille et al., 2011; Brace et al., 2012). Sin embargo, en una vía aérea crónicamente inflamada, las respuestas contra el virus pueden estar deterioradas o aberrantes, causando inflamación sostenida e infiltración errónea, lo que resulta en la exacerbación de sus síntomas (Mallia y Johnston, 2006; Dougherty y Fahy, 2009; Busse et al., 2010; Britto et al., 2017; Linden et al., 2019). Esto suele agravarse por el aumento de la susceptibilidad de los pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias hacia infecciones respiratorias virales, aumentando así la frecuencia de exacerbación en su conjunto (Dougherty y Fahy, 2009; Busse et al., 2010; Linden et al., 2019). Además, debido a los diferentes ciclos de replicación y respuesta contra la miríada de virus respiratorios, cada virus respiratorio también puede contribuir a exacerbaciones a través de diferentes mecanismos que pueden alterar su Por lo tanto, esta revisión se centrará en compilar y cotejar los actuales mecanismos conocidos de exacerbación viral inducida por enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, así como en vincular la patogénesis de diferentes infecciones virales para dilucidar otras formas potenciales de exacerbación de la enfermedad. La revisión servirá para proporcionar una mayor comprensión de la exacerbación inducida por virus para identificar posibles vías y mecanismos patogénicos que pueden ser dirigidos como cuidados complementarios para el manejo y prevención de la exacerbación. Este enfoque puede ser clínicamente significativo debido a la actual escasez de fármacos antivirales para el manejo de exacerbaciones inducidas por virus, lo que mejorará la calidad de vida de los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias. Una vez establecida la relación entre la infección viral y las exacerbaciones agudas de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias, se han reportado muchos informes sobre los mecanismos subyacentes a la exacerbación inducida por la infección viral respiratoria. Al infectar En general, las células epiteliales de las vías respiratorias infectadas liberan interferones, citoquinas y quimioquinas tipo IL-6, IL-8, IL-12, RANTES, proteína inflamatoria de los macrófagos 1α (MIP-1α) y proteína quimiotáctica de los monocitos 1 (MCP-1) (Wark y Gibson, 2006; Matsukura y otros, 2013) y, a su vez, permiten la infiltración de células innatas inmunes y de células profesionales que presentan antígenos (APCs) que a su vez liberan mediadores específicos para facilitar la focalización y el aclaramiento virales, incluyendo interferón tipo II (IFNγ), IL-2, IL-4, IL-5, IL-9 e IL-12 (Wark y Gibson, 2006; Singh et al., 2010; Brazale Estos factores aumentan la inflamación local y la infiltración de granulocitos, células T y células B (Wark y Gibson, 2006; Brazale et al., 2012). El aumento de la inflamación, a su vez, empeora los síntomas de las enfermedades de las vías respiratorias. Además, en pacientes con asma y pacientes con SCR con pólipo nasal (CRSwNP), las infecciones virales como RV y VRS promueven una respuesta inmune de tipo 2-sesesada (Becker, 2006; Jackson et al., 2014; Jurak et al., 2018). Esto amplifica la inflamación basal tipo 2 resultando en una mayor liberación de IL-4, IL-5, IL-13, RANTES y eotaxina y un aumento adicional de la eosinofilia, un motor patológico clave del asma y CRSwNP (Wark y Gibson, 2006; Singh et al., 2010; Chung et al., 2015; Dunican y Fahy, 2015). El aumento de la eosinofilia, a su vez, empeora los síntomas clásicos de la enfermedad y puede conducir a condiciones potencialmente mortales debido a dificultades respiratorias. Por otro lado, los pacientes con EPOC y los pacientes con SCR sin pólipo nasal (CRSsNP) son más neutrófilos debido a la expresión de quimioattractantes neutrófilos como CXCL9, CXCL10 y CXCL11 (Cukic et al., 2012; Brightling and Greening, 2019). La patología de estas enfermedades de las vías respiratorias se caracteriza por la remodelación de las vías aéreas debido a la presencia de factores de remodelación como las metaloproteinasas de matriz (MMPs) liberadas de neutrófilos infiltrantes (Linden et al., 2019). Las infecciones virales en tales condiciones causarán entonces un aumento de la activación neutrófica; el empeoramiento de los síntomas y la remodelación de las vías respiratorias exacerbando la EPOC, CRSsNP e incluso CRSwNP en ciertos casos (Wang et al., 2009; Tacon et al., 2010; Linden et al., 2019). También se ha identificado recientemente una vía epitelial-céntrica alarmin alrededor de IL-25, IL-33 y linfopoyetina estromal timica (TSLP), y su interacción con las células linfoides innatas del grupo 2 (ILC2) (Nagarkar et al., 2012; Hong et al., 2018; Allinne et al., 2019). IL-25, IL-33 y TSLP son citoquinas inflamatorias de tipo 2 expresadas por las células epiteliales tras la lesión de la barrera epitelial (Gabryelska et al., 2019; Roan et al., 2019). Las ILC2 son un grupo de células linfoides que carecen de receptores de células B y T, pero desempeñan un papel crucial en la secretación de citocinas de tipo 2 para perpetuar la inflamación de tipo 2 cuando se activan (Scanlon y McKenzie, 2012; Li y Hendriks, 2013). En caso de infección viral, la muerte celular y la lesión de la barrera epitelial también inducirán la expresión de IL-25, IL-33 y TSLP, con mayor expresión en una vía aérea inflamada (Alakhverdi et al., 2007; Goldsmith et al., 2012; Byers et al., 2013; Shaw et al., 2013; Beale et al., 2014; Jackson et al., 2014; Uller y Persson, 2018; Ravanetti et al., 2019). Estas 3 citoquinas luego trabajan en concierto para activar ILC2s para segregar más citoquinas tipo 2 IL-4, IL-5 e IL-13 que agravan aún más la inflamación tipo 2 en la vía aérea causando exacerbación aguda (Camelo et al., 2017). En el caso de la EPOC, el aumento de la activación de la ILC2, que retiene la capacidad de diferenciar a la ILC1, también puede aumentar aún más la respuesta neutrófica y agravar aún más la exacerbación (Silver et al., 2016). Curiosamente, estos factores no se liberan en gran medida y no activan una respuesta de la ILC2 durante la infección viral en individuos sanos (Yan et al., 2016; Tan et al., 2018a) ; a pesar de aumentar una exacerbación de tipo 2 en las vías respiratorias crónicamente inflamadas (Jurak et al., 2018). Estos mecanismos clásicos de exacerbaciones agudas inducidas virales se resumen en la Figura 1. A medida que la integración de la virología, microbiología e inmunología de la infección viral se vuelve más interconectada, factores adicionales y FIGURA 1 Tras la infección por virus en la vía aérea, el estado antiviral se activará para eliminar el patógeno invasor de la vía aérea. La respuesta inmunitaria y los factores de lesión liberados del epitelio infectado normalmente inducirían una inmunidad rápida de tipo 1 que facilita el aclaramiento viral. Sin embargo, en la vía aérea inflamada, las citoquinas y quimioquinas liberadas en su lugar aumentaron la inflamación presente en la vía aérea crónicamente inflamada, fortaleciendo la infiltración neutrófila en la vía aérea COPD, e infiltración eosinofílica en la vía aérea asmática. El efecto también se ve agravado por la participación de células Th1 e ILC1 en la vía aérea COPD; y células Th2 e ILC2 en la vía aérea asmática. (2006) ha subrayado el efecto sinérgico de la infección viral con otros agentes sensibilizantes para causar exacerbaciones agudas más graves en las vías respiratorias, especialmente cuando no todos los eventos de exacerbación ocurrieron durante la infección viral, pero también pueden ocurrir mucho después del aclaramiento viral (Kim et al., 2008; Stolz et al., 2019), en particular el inicio tardío de una infección bacteriana (Singanayagam et al., 2018 (Singanayagam et al., 2019a). Además, los virus no necesitan infectar directamente la vía aérea inferior para causar una exacerbación aguda, ya que el epitelio nasal sigue siendo el lugar principal de la mayoría de las infecciones. Además, no todas las infecciones virales de la vía aérea darán lugar a exacerbaciones agudas, sugiriendo una interacción más compleja entre el virus y el epitelio de la vía aérea superior que sinergizan con el entorno de la vía aérea local en línea con la hipótesis de la "vía aérea unida" (Kurai et al., 2013). Por otro lado, las infecciones virales o sus componentes persisten en pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de la vía aérea (Kling et al., 2005; Wood et al., 2011; Ravi et al., 2019). Por lo tanto, su presencia puede alterar aún más el entorno local y contribuir a exacerbaciones actuales y futuras. Los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias han disminuido o reducido la capacidad de aclaramiento viral (Hammond et al., 2015; McKendry et al., 2016; Akbarshahi et al., 2018; Gill et al., 2018; Wang et al., 2018; Singanayagam et al., 2019b). Su deterioro se debe a una respuesta inflamatoria de tipo 2 que priva a la vía aérea de importantes células CD8 receptivas de tipo 1 que son responsables del aclaramiento completo de las células infectadas por el virus (Becker, 2006; McKendry et al., 2016). Esto es especialmente evidente en virus débiles que inducen la inflamación tipo 1 como RV y RSV (Kling et al., 2005; Wood et al., 2011; Ravi et al., 2019). Además, también hay evidencia de reducción de la producción de interferón tipo I (IFNβ) y III (IFN/23370/) debido a la inflamación de tipo 2-secado, que contribuye al aclaramiento imperfecto del virus, lo que resulta en la persistencia de componentes virales, o el virus vivo en el epitelio de las vías respiratorias (Contoli et al., 2006; Hwang et al., 2019; Wark, 2019). Debido a los componentes virales que permanecen en las vías respiratorias, genes antivirales como los interferones de tipo I, factores de activación de la inflamación y citoquinas permanecieron activados dando lugar a inflamación prolongada de las vías respiratorias (Wood et al., 2011; Essaidi-Laziosi et al., 2018). Estos factores aumentan la infiltración de granulocitos prolongando así los síntomas de exacerbación. Esta inflamación persistente también puede encontrarse dentro de virus del ADN como AdV, hCMV y HSV, cuyas infecciones generalmente persisten más tiempo (Imperial y Jiang, 2015), contribuyendo aún más a la activación crónica de la inflamación cuando infectan la vía aérea (Yang et al., 2008; Morimoto et al., 2009; Imperiale y Jiang, 2015; Lan et al., 2016; Tan et al., 2016; Kowalski et al., 2017). Con esa nota, el virus del papiloma humano (VPH), un virus del ADN muy asociado con cánceres de cabeza y cuello y papilomatosis respiratoria, también está relacionado con la inflamación crónica que precede a las neoplasias malignas (de Visser et al., 2005; Gillison et al., 2012; Bonomi et al., 2014; Fernandes et al., 2015). Por lo tanto, el papel de la infección por VPH en causar inflamación crónica en las vías respiratorias y su asociación a exacerbaciones de las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas, que apenas se explora, debe ser investigado en el futuro. Además, la persistencia viral que conduce a la expresión continua de genes antivirales también puede conducir al desarrollo de resistencia a los esteroides, que se observa con la infección por RV, VRS y PIV (Chi et al., 2011; Ford et al., 2013; Papi et al., 2013). El uso de esteroides para suprimir la inflamación también puede causar que el virus persista más tiempo en las vías respiratorias debido a la falta de aclaramiento antiviral (Kim et al., 2008; Hammond et al., 2015; Hewitt et al., 2016; McKendry et al., 2016; Singanayagam et al., 2019b). El desarrollo concomitante de resistencia a los esteroides, junto con la repetición o prolongación de la infección viral, añadió una carga considerable al manejo de la exacerbación aguda, que debería ser el foco futuro de la investigación para resolver las complicaciones duales derivadas de la infección viral. En el otro extremo del espectro, los virus que inducen una fuerte inflamación tipo 1 y la muerte celular como IFV (Yan et al., 2016; Guibas et al., 2018) y ciertos CoV (incluyendo el virus COVID-19 recientemente surgido) (Tao et al., 2013; Yue et al., 2018; Zhu et al., 2020), pueden no causar inflamación prolongada debido a la fuerte inducción del aclaramiento antiviral. Sin embargo, estas infecciones causan daño masivo y muerte celular a la barrera epitelial, tanto que las áreas del epitelio pueden estar completamente ausentes después de la infección (Yan et al., 2016; Tan et Factores como el RANTES y el CXCL10, que reclutan células inmunitarias para inducir apoptosis, son fuertemente inducidos por el epitelio infectado por IFV (Ampomah et al., 2018; Tan et al., 2019). Además, factores necroptóticos como el RIP3 agravan aún más las muertes celulares en el epitelio infectado por IFV. La muerte celular masiva inducida puede provocar un empeoramiento de la exacerbación aguda debido a la liberación de su contenido celular en las vías respiratorias, evocando una respuesta inflamatoria en las vías respiratorias (Guibas et al., 2018). Además, la destrucción de la barrera epitelial puede causar un mayor contacto con otros patógenos y alérgenos en las vías respiratorias que pueden prolongar las exacerbaciones o provocar nuevas exacerbaciones. La destrucción epitelial también puede promover una mayor remodelación epitelial durante su regeneración, ya que la infección viral induce la expresión de genes remodeladores como MMPs y factores de crecimiento. Infecciones que causan destrucción masiva del epitelio, como IFV, generalmente resultan en exacerbaciones agudas graves con síntomas no clásicos de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Afortunadamente, hay vacunas anuales disponibles para prevenir infecciones por IFV (Vasileiou et al., 2017; Zheng et al., 2018) ; y se recomienda que los pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias reciban su vacunación anual contra la gripe como el mejor medio para prevenir la exacerbación inducida por IFV grave. Otro mecanismo que las infecciones virales pueden utilizar para provocar exacerbaciones agudas es la inducción de factores de vasodilación o apertura de la unión estrecha que pueden aumentar la tasa de infiltración. Infección con una multitud de virus respiratorios Esto también aumenta las posibilidades de que los alérgenos entren en contacto con las células inmunitarias de las vías respiratorias. Por ejemplo, se encontró que la infección por IFV induce oncostatina M (OSM) lo que causa una apertura estrecha de la unión (Pothoven et al., 2015; Tian et al., 2018). De manera similar, las infecciones por RV y VRS suelen causar una apertura estrecha de la unión que también puede aumentar la tasa de infiltración de eosinófilos y, por lo tanto, empeorar los síntomas clásicos de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Sajjan et al., 2008; Kast et al., 2017; Kim et al., 2018). Además, la expresión de factores vasodilatadores y factores homeostáticos fluidos como angiopoietin-like 4 (ANGPTL4) y bactericida/permeabilidad en aumento que contienen pliegues familiares A1 (BPIFA1) también están asociados con infecciones virales y desarrollo de neumonía, que pueden empeorar la inflamación en la vía aérea baja Akram et al., 2018). Estos factores pueden servir como objetivos para prevenir exacerbaciones inducidas por virus durante el manejo de la exacerbación aguda de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias. Otro área de interés reciente es la relación entre asma y exacerbaciones de la EPOC y su asociación con el microbioma de las vías respiratorias. El desarrollo de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias suele estar relacionado con especies bacterianas específicas en el microbioma que pueden prosperar en el entorno de las vías respiratorias inflamadas (Diver et al., 2019) En el caso de una infección viral como la infección por RV, el efecto inducido por el virus puede desestabilizar el equilibrio del microbioma presente (Molyneaux et al., 2013; Kloepfer et al., 2014; Kloepfer et al., 2017; Jubinville et al., 2018; van Rijn et al., 2019). Además, la infección viral puede alterar colonias de biofilm en la vía aérea superior (por ejemplo, Streptococcus pneumoniae) microbioma para liberarse en la vía aérea inferior y empeorar la inflamación (Marks et al., 2013; Chao et al., 2014). Además, una infección viral también puede alterar el perfil de nutrientes en la vía aérea a través de la liberación de nutrientes previamente inaccesibles que alterarán el crecimiento bacteriano (Siegel et al., 2014; Mallia et al., 2018 Además, la desestabilización se ve agravada por una respuesta inmune bacteriana alterada, ya sea por influencias virales directas, o por el uso de corticosteroides para suprimir los síntomas de exacerbación (Singanayagam et al., 2018 (Singanayagam et al., 2019a Wang et al., 2018; Finney et al., 2019). Todos estos cambios pueden llevar gradualmente a un efecto de mayor alcance cuando la flora normal es reemplazada por patógenos oportunistas, alterando los perfiles inflamatorios (Teo et al., 2018). Estos cambios a su vez pueden resultar en exacerbaciones agudas más graves y frecuentes debido a la interacción entre el virus y las bacterias patógenas en exacerbar las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas (Wark et al., 2013; Singanayagam et al., 2018). Para contrarrestar estos efectos, las terapias basadas en microbiomas están en su infancia, pero han demostrado eficacia en los tratamientos del síndrome del intestino irritable restaurando el microbioma intestinal (Bakken et al., 2011). Más investigaciones pueden ser hechas de manera similar para que el microbioma de las vías respiratorias pueda restaurar el microbioma después de la interrupción por una infección viral. Las infecciones virales pueden causar la interrupción de la función mucociliar, un componente importante de la barrera epitelial. Proteínas ciliares FIGURA 2 Cambios en el epitelio de las vías respiratorias superiores que contribuyen a la exacerbación viral en enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. El epitelio de las vías respiratorias superiores es el sitio principal de contacto/infección de la mayoría de los virus respiratorios. Por lo tanto, su infección por virus respiratorios puede tener consecuencias de gran alcance en el aumento y La destrucción de la barrera epitelial, la función mucociliar y la muerte celular de las células epitelial sirven para aumentar el contacto entre los desencadenantes ambientales con la vía aérea inferior y las células inmunes residentes. La apertura de la unión estrecha aumentando la fuga aumenta aún más la inflamación y exacerbaciones. Además, las infecciones virales se acompañan generalmente con estrés oxidativo que aumentará aún más la inflamación local en la vía aérea. La disregulación de la inflamación puede ser agravada por la modulación de los miRNAs y la modificación epigenética como la metilación del ADN y las modificaciones histonas que promueven la disregulación en la inflamación. Finalmente, el cambio en el ambiente de las vías respiratorias locales y la inflamación promueve el crecimiento de bacterias patogénicas que pueden reemplazar al microbioma de la vía aérea. Además, el ambiente inflamatorio también puede dispersar los comans de la vía aérea superior en la vía aérea inferior Rasgo específico viral que contribuye al mecanismo de exacerbación (con evidencia en la literatura) Estrés oxidativo Producción de ROS (RV, RSV, IFV, HSV)Como RV, RSV e IFV fueron los virus más frecuentemente estudiados en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, la mayoría de los virus enumerados son predominantemente estos virus. Sin embargo, los mecanismos aquí descritos también pueden ser aplicables a otros virus, pero no pueden ser listados ya que no estuvieron implicados en el contexto de exacerbación de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (ver texto para abreviaciones). que ayudan en la función adecuada de los cilios móviles en las vías respiratorias se expresan aberrantemente en células epiteliales de las vías respiratorias ciliadas que son el principal objetivo para la infección por RV (Griggs et al., 2017). Tal forma de cilia discinesia secundaria parece estar presente con inflamaciones crónicas en la vía aérea, pero los mecanismos exactos todavía son desconocidos (Peng et al.,, 2019 Qiu et al., 2018). Sin embargo, se encontró que en la infección viral como IFV, puede haber un cambio en el metabolismo de las células, así como una alteración en la expresión del gen ciliar, principalmente en la forma de regulación descendente de los genes como la cadena pesada dynein axonemal 5 (DNAH5) y diferenciación multiciliada y síntesis de ADN asociada a la proteína del ciclo celular (MCIDAS) (Tan et al., 2018b. El recientemente surgido Wuhan CoV también se encontró para reducir la paliza ciliar en el modelo epitelial de la vía aérea infectado (Zhu et al., 2020). Además, se demostró que las infecciones virales como el VRS destruyen directamente los cilios de las células ciliadas y casi todos los virus respiratorios infectan las células ciliadas (Jumat et al., 2015; Yan et al., 2016; Tan et al., 2018a). Además, la sobreproducción de mucosidad también puede alterar el equilibrio de la función mucociliar después de la infección viral, dando lugar a síntomas de exacerbación aguda (Zhu et al., 2009). Por lo tanto, la interrupción del movimiento ciliar durante la infección viral puede causar más material extraño y alérgeno para entrar en la vía aérea, agravando los síntomas de exacerbación aguda y haciendo más difícil de manejar. Los microRNAs (miRNAs) son ARNs cortos no codificantes involucrados en la modulación post-transcripción de los procesos biológicos, e implicados en una serie de enfermedades (Tan et al., 2014). Los miRNAs se encuentran inducidos por infecciones virales y pueden jugar un papel en la modulación de las respuestas antivirales y la inflamación (Gutierrez et al., 2016; Deng et al., 2017; Feng et al., 2018). En el caso de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, se encontró que los cambios circulantes de miRNAs están relacionados con la exacerbación de las enfermedades (Wardzynska et al., 2020). Por lo tanto, es probable que tales cambios de miRNAs se originan desde el epitelio infectado y las células inmunes que responden, que pueden servir para disregular aún más la inflamación de las vías Tanto las infecciones por IFV como las por VRS han demostrado aumentar miR-21 y aumentar la inflamación en los modelos experimentales de asma murina, lo que se invierte con un tratamiento combinado de antimiR-21 y corticosteroides (Kim et al., 2017). La infección por IFV también se muestra aumentando miR-125a y b, y miR-132 en el epitelio de EPOC que inhibe A20 y MAVS; y p300 e IRF3, respectivamente, lo que resulta en una mayor susceptibilidad a las infecciones virales (Hsu et al., 2016 (Hsu et al., 2017). Por el contrario, se demostró que miR-22 se suprimió en el epitelio asmático en la infección por IFV, lo que da lugar a una respuesta epitelial aberranta, contribuyendo a exacerbaciones (Moheimani et al., 2018). Aparte de estas evidencias directas de cambios en el miRNA en contribuir a exacerbaciones, un aumento del número de miRNAs y otros ARNs no codificantes responsables de la modulación inmune se encuentran alterados después de infecciones virales (Globinska et al., 2014; Feng et al., 2018; Hasegawa et al., 2018). Por lo tanto, los ARNs no codificantes también se presentan como objetivos para modular los cambios virales inducidos en las vías respiratorias como un medio para controlar la exacerbación de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Aparte de la modulación de miRNA, otras modificaciones epigenéticas como la metilación del ADN también pueden desempeñar un papel en la exacerbación de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Al mismo tiempo, también se demostró que las infecciones virales como RV y VRS alteran la metilación del ADN y las modificaciones histonas en el epitelio de las vías respiratorias que pueden alterar las respuestas inflamatorias, provocando enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias y exacerbaciones (McErlean et al., 2014; Pech et al., 2018; Caixia et al., 2019). Además, Spalluto et al. (2017) también mostraron que factores antivirales como IFNγ epigenéticamente modifican la resistencia viral de las células epiteliales. Por lo tanto, esto puede indicar que infecciones como RV y VRS que débilmente inducen respuestas antivirales pueden resultar en un estado inflamatorio alterado que contribuye a una mayor persistencia viral y exacerbación de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Spalluto et al., 2017). Finalmente, la infección viral puede resultar en una mayor producción de especies reactivas de oxígeno (ROS), estrés oxidativo y disfunción mitocondrial en el epitelio de las vías respiratorias (Kim et al., 2018; Mishra et al., 2018; Wang et al., 2018). El epitelio de las vías respiratorias de los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias suelen estar bajo un estado de estrés oxidativo constante que sostiene la inflamación de las vías respiratorias (Barnes, 2017; van der Vliet et al., 2018). Las infecciones virales del epitelio respiratorio por virus como IFV, RV, RSV y HSV pueden desencadenar la producción adicional de ROS como mecanismo antiviral Aizawa et al., 2018; Wang et al., 2018). Además, la infiltración de células en respuesta a la infección, como los neutrófilos, también desencadenará una ruptura respiratoria como medio para aumentar la ROS en la región infectada. El aumento de la ROS y el estrés oxidativo en el ambiente local pueden servir como un desencadenante para promover la inflamación, agravando así la inflamación en las vías respiratorias (Tiwari et al., 2002). En la Figura 2 y la Tabla 1 se muestra un resumen de los posibles mecanismos de exacerbación y los virus asociados. Mientras que los mecanismos subyacentes al desarrollo y exacerbación aguda de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias son ampliamente estudiados para controlar y controlar la enfermedad, una infección viral hace más que sólo causar una exacerbación aguda en estos pacientes. Una exacerbación aguda inducida por virus no sólo induce y empeora los síntomas de la enfermedad, sino que también puede alterar el manejo de la enfermedad o conferir resistencia a tratamientos que funcionaban antes. Por lo tanto, la apreciación de los mecanismos de exacerbaciones agudas inducidas por virus es de importancia clínica para diseñar estrategias para corregir los cambios virales que pueden empeorar los síntomas de la enfermedad inflamatoria de las vías respiratorias crónicas. Otros estudios en exacerbaciones naturales y en modelos de desafíos virales utilizando secuenciación de ARN (ARN-seq) o ARN-seq de una sola célula en un rango de tiempos pueden proporcionar información importante sobre patogénesis viral y cambios inducidos dentro de las vías respiratorias de pacientes con enfermedad inflamatoria de las vías respiratorias crónicas para identificar nuevos objetivos y vías para mejorar el manejo de la enfermedad. El análisis posterior de funciones puede utilizar modelos de células epiteliales como la interfaz aire-líquido, modelo epitelial de vía aérea in vitro que ha sido adaptado para estudiar la infección viral y los cambios inducidos en la vía aérea (Yan et al., 2016; Boda et al., 2018; También se han desarrollado modelos de enfermedades de origen animal para identificar mecanismos sistémicos de exacerbación aguda (Shin, 2016; Gubernatorova et al., 2019; Tanner and Single, 2019). Además, el modelo de ratón humanizado que posee células inmunitarias humanas también puede servir para desentrañar el perfil inmune de una infección viral en estado sano y enfermo (Ito et al., 2019; Li y Di Santo, 2019). Para virus más leves, las infecciones humanas in vivo controladas se pueden realizar para el mejor modo de verificación de la asociación del virus con el mecanismo propuesto de exacerbaciones agudas inducidas virales. Con el advenimiento de modelos enfermos adecuados, la verificación de los mecanismos proporcionará la continuación necesaria para mejorar el tratamiento de las exacerbaciones agudas inducidas virales. En vista de la escasez de medidas preventivas antivirales disponibles sólo para unos pocos virus y vacunas que sólo están disponibles para las infecciones por IFV, se deben explorar más medidas alternativas para mejorar el manejo de la enfermedad. Medidas alternativas dirigidas a nuevos mecanismos de exacerbación aguda inducidos por virus, especialmente en la vía aérea superior, pueden servir como tratamientos complementarios de las estrategias de manejo actualmente disponibles para aumentar su eficacia. Nuevos modelos incluyendo cultivos primarios de células epiteliales bronquiales o nasales humanas, organoides o cortes pulmonares de precisión de pacientes con enfermedad de las vías aéreas en lugar de sujetos sanos pueden ser utilizados para definir mecanismos de exacerbación. Estos mecanismos pueden ser validados en pequeños ensayos clínicos en pacientes con asma o EPOC. Tener múltiples medios de tratamiento también puede reducir los problemas que surgen del desarrollo de resistencia hacia un tratamiento específico.

¿Qué suele estar relacionado con el desarrollo de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias?

Infecciones respiratorias virales en la exacerbación de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías aéreas: nuevos mecanismos e ideas de la vía aérea superior Epiteliohttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7052386/SHA: 45a566c71056ba4faab425b4f7e9edee6320e4a4Autores: Tan, Kai Sen; Lim, Rachel Liyu; Liu, Jing; Ong, Hsiao Hui; Tan, Vivian Jiayi; Lim, Hui Fang; Chung, Kian Fan; Adcock, Ian M.; Chow, Vincent T.; Wang, De YunFecha: 2020-02-25DOI: 10.3389/fcell.2020.00099Licencia: cc-byAbstract: La infección por virus Estas exacerbaciones se asocian a una alta morbilidad e incluso mortalidad en todo el mundo, entendiendo que la infección viral aumenta la inflamación de las vías respiratorias, lo que agrava los síntomas de la enfermedad.Los recientes avances en la interfaz aire-líquido in vitro cultivos 3D, cultivos organoideos y el uso de nuevos modelos de desafío humanos y animales han evocado nuevos entendimientos en cuanto a los mecanismos de exacerbaciones virales.En esta revisión, nos centraremos en los hallazgos recientes que elucidan cómo las infecciones virales respiratorias alteran la barrera epitelial en las vías aéreas, el entorno microbiano de las vías aéreas superiores, modificaciones epigenéticas incluyendo modulación del miRNA y otros cambios en las respuestas inmunes a través de las vías aéreas superiores e inferiores. Primero, revisamos la prevalencia de diferentes infecciones respiratorias virales en causar exacerbaciones en enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Además, destacamos la importancia del viroma dentro del entorno del microbioma de la vía aérea y su impacto en la infección bacteriana posterior, lo que consolida la comprensión de la exacerbación inducida por virus en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias e indica vías que pueden estar dirigidas a un manejo más eficaz de las enfermedades inflamatorias crónicas. Texto: La prevalencia de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias está aumentando en todo el mundo, especialmente en los países desarrollados (GBD 2015 Chronic Respiratory Disease Colaborators, 2017 Guan et al., 2018). Esta enfermedad se caracteriza por inflamación de las vías respiratorias que provoca complicaciones como tos, sibilancia y falta de aliento. La enfermedad puede manifestarse tanto en las vías respiratorias superiores (como rinosinusitis crónica, CRS) como en las vías respiratorias inferiores (como asma y enfermedad pulmonar obstructiva crónica, EPOC) que afectan en gran medida El tratamiento y el manejo varían mucho en eficacia debido a la complejidad y heterogeneidad de la enfermedad. Esto se complica aún más por el efecto de las exacerbaciones episódicas de la enfermedad, definidas como el empeoramiento de los síntomas de la enfermedad, incluyendo sibilancia, tos, falta de aliento y opresión torácica (Xepapadaki y Papadopoulos, 2010). Estas exacerbaciones se deben al efecto de inflamación aguda aumentada de las vías respiratorias que afecta y empeora los síntomas de la enfermedad existente (Hashimoto et al., 2008; Viniol y Vogelmeier, 2018). Estas exacerbaciones agudas son la principal causa de morbilidad y a veces mortalidad en los pacientes, así como resultando en grandes cargas económicas en todo el mundo. Sin embargo, debido a las interacciones complejas entre el huésped y los agentes de exacerbación, los mecanismos de exacerbación pueden variar considerablemente en diferentes individuos bajo Las exacerbaciones agudas suelen deberse a la presencia de factores ambientales como alérgenos, contaminantes, humo, aire frío o seco y microbios patógenos en las vías respiratorias (Gautier y Charpin, 2017; Viniol y Vogelmeier, 2018). Estos agentes provocan una respuesta inmune que conduce a la infiltración de células inmunitarias activadas que liberan además mediadores inflamatorios que causan síntomas agudos como aumento de la producción de mucosidad, tos, sibilancias y falta de aliento. Entre estos agentes, la infección viral es uno de los principales motores de exacerbaciones del asma que representan hasta el 80-90% y el 45-80% de exacerbaciones en niños y adultos, respectivamente (Grissell et al., 2005; Xepapadaki y Papadopoulos, 2010; Jartti y Gern, 2017; Adeli et al., 2019). La participación viral en la exacerbación de la EPOC también es igualmente alta, habiendo sido detectada en el 30-80% de las exacerbaciones agudas de la EPOC (Kherad et al., 2010; Jafarinejad et al., 2017; Stolz et al., 2019). Aunque la prevalencia de exacerbaciones virales en la ERC todavía no está clara, es probable que su prevalencia sea alta debido a la naturaleza inflamatoria similar de estas enfermedades (Rowan et al., 2015; Tan et al., 2017). Una de las razones de la afectación de virus respiratorios en exacerbaciones es su facilidad de transmisión e infección (Kutter et al., 2018). Además, la alta diversidad de virus respiratorios también puede contribuir a exacerbaciones de diferente naturaleza y gravedad (Busse et al., 2010; Costa et al., 2014; Jartti y Gern, 2017) Por lo tanto, es importante identificar los mecanismos exactos que sustentan las exacerbaciones virales en sujetos susceptibles para manejar adecuadamente las exacerbaciones a través de tratamientos complementarios que puedan aliviar los síntomas de exacerbación o prevenir exacerbaciones graves.Si bien la vía aérea inferior es el sitio de inflamación disregulada en la mayoría de las enfermedades inflamatorias crónicas de la vía aérea, la vía aérea superior sigue siendo el primer punto de contacto con fuentes de exacerbación, por lo que su interacción con los agentes de exacerbación puede contribuir directamente a las respuestas posteriores en la vía aérea inferior, en línea con la hipótesis de "United Airway".Para dilucidar la interacción de la vía aérea huésped con virus que conducen a exacerbaciones, enfocamos nuestra revisión en los hallazgos recientes de interacción viral con la vía aérea superior. A pesar de ser una causa importante de exacerbación, los informes que vinculan virus respiratorios a exacerbaciones agudas sólo comienzan a surgir a finales de la década de 1950 (Pattemore et al., 1992) ; con infecciones bacterianas previamente consideradas como el culpable probable de exacerbación aguda (Stevens, 1953; Message y Johnston, 2002). Sin embargo, con el advenimiento de la tecnología PCR, se recuperaron más virus durante exacerbaciones agudas eventos e informes que implicaron su papel emergieron a finales de la década de 1980 (Mensaje y Johnston, 2002). Rhinovirus (RV) y virus respiratorio sincitial (RSV) son los virus predominantes vinculados al desarrollo y exacerbación de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Jarti y Gern, 2017). Otros virus como el virus de la parainfluenza (PIV), el virus de la gripe (IFV) y el adenovirus (AdV) también han sido implicados en exacerbaciones agudas, pero en un grado mucho menor (Johnston et al., 2005; Oliver et al., 2014; Ko et al., 2019). Más recientemente, se han notificado otros virus como el bocavirus (BoV), el metapneumovirus humano (HMPV), ciertas cepas del coronavirus (CoV), una cepa específica del enterovirus (EV-D68), el citomegalovirus humano (hCMV) y el virus del herpes simplex (HSV) que contribuyen a exacerbaciones agudas. La característica común de estos virus es que pueden infectar tanto la vía aérea superior como la inferior, aumentando aún más las condiciones inflamatorias en la vía aérea enferma (Mallia y Johnston, 2006; Los virus respiratorios infectan y replican principalmente dentro de las células epiteliales de la vía aérea. Durante el proceso de replicación, las células liberan factores antivirales y citocinas que alteran la inflamación de la vía aérea local y el nicho de la vía aérea (Busse et al., 2010). En una vía aérea sana, la inflamación normalmente conduce a respuestas inflamatorias tipo 1 consistentes en la activación de un estado antiviral y la infiltración de células efectoras antivirales, lo que eventualmente resulta en la resolución de la respuesta inflamatoria y el aclaramiento de la infección viral (Vareille et al., 2011; Brace et al., 2012). Sin embargo, en una vía aérea crónicamente inflamada, las respuestas contra el virus pueden estar deterioradas o aberrantes, causando inflamación sostenida e infiltración errónea, lo que resulta en la exacerbación de sus síntomas (Mallia y Johnston, 2006; Dougherty y Fahy, 2009; Busse et al., 2010; Britto et al., 2017; Linden et al., 2019). Esto suele agravarse por el aumento de la susceptibilidad de los pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias hacia infecciones respiratorias virales, aumentando así la frecuencia de exacerbación en su conjunto (Dougherty y Fahy, 2009; Busse et al., 2010; Linden et al., 2019). Además, debido a los diferentes ciclos de replicación y respuesta contra la miríada de virus respiratorios, cada virus respiratorio también puede contribuir a exacerbaciones a través de diferentes mecanismos que pueden alterar su Por lo tanto, esta revisión se centrará en compilar y cotejar los actuales mecanismos conocidos de exacerbación viral inducida por enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, así como en vincular la patogénesis de diferentes infecciones virales para dilucidar otras formas potenciales de exacerbación de la enfermedad. La revisión servirá para proporcionar una mayor comprensión de la exacerbación inducida por virus para identificar posibles vías y mecanismos patogénicos que pueden ser dirigidos como cuidados complementarios para el manejo y prevención de la exacerbación. Este enfoque puede ser clínicamente significativo debido a la actual escasez de fármacos antivirales para el manejo de exacerbaciones inducidas por virus, lo que mejorará la calidad de vida de los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias. Una vez establecida la relación entre la infección viral y las exacerbaciones agudas de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias, se han reportado muchos informes sobre los mecanismos subyacentes a la exacerbación inducida por la infección viral respiratoria. Al infectar En general, las células epiteliales de las vías respiratorias infectadas liberan interferones, citoquinas y quimioquinas tipo IL-6, IL-8, IL-12, RANTES, proteína inflamatoria de los macrófagos 1α (MIP-1α) y proteína quimiotáctica de los monocitos 1 (MCP-1) (Wark y Gibson, 2006; Matsukura y otros, 2013) y, a su vez, permiten la infiltración de células innatas inmunes y de células profesionales que presentan antígenos (APCs) que a su vez liberan mediadores específicos para facilitar la focalización y el aclaramiento virales, incluyendo interferón tipo II (IFNγ), IL-2, IL-4, IL-5, IL-9 e IL-12 (Wark y Gibson, 2006; Singh et al., 2010; Brazale Estos factores aumentan la inflamación local y la infiltración de granulocitos, células T y células B (Wark y Gibson, 2006; Brazale et al., 2012). El aumento de la inflamación, a su vez, empeora los síntomas de las enfermedades de las vías respiratorias. Además, en pacientes con asma y pacientes con SCR con pólipo nasal (CRSwNP), las infecciones virales como RV y VRS promueven una respuesta inmune de tipo 2-sesesada (Becker, 2006; Jackson et al., 2014; Jurak et al., 2018). Esto amplifica la inflamación basal tipo 2 resultando en una mayor liberación de IL-4, IL-5, IL-13, RANTES y eotaxina y un aumento adicional de la eosinofilia, un motor patológico clave del asma y CRSwNP (Wark y Gibson, 2006; Singh et al., 2010; Chung et al., 2015; Dunican y Fahy, 2015). El aumento de la eosinofilia, a su vez, empeora los síntomas clásicos de la enfermedad y puede conducir a condiciones potencialmente mortales debido a dificultades respiratorias. Por otro lado, los pacientes con EPOC y los pacientes con SCR sin pólipo nasal (CRSsNP) son más neutrófilos debido a la expresión de quimioattractantes neutrófilos como CXCL9, CXCL10 y CXCL11 (Cukic et al., 2012; Brightling and Greening, 2019). La patología de estas enfermedades de las vías respiratorias se caracteriza por la remodelación de las vías aéreas debido a la presencia de factores de remodelación como las metaloproteinasas de matriz (MMPs) liberadas de neutrófilos infiltrantes (Linden et al., 2019). Las infecciones virales en tales condiciones causarán entonces un aumento de la activación neutrófica; el empeoramiento de los síntomas y la remodelación de las vías respiratorias exacerbando la EPOC, CRSsNP e incluso CRSwNP en ciertos casos (Wang et al., 2009; Tacon et al., 2010; Linden et al., 2019). También se ha identificado recientemente una vía epitelial-céntrica alarmin alrededor de IL-25, IL-33 y linfopoyetina estromal timica (TSLP), y su interacción con las células linfoides innatas del grupo 2 (ILC2) (Nagarkar et al., 2012; Hong et al., 2018; Allinne et al., 2019). IL-25, IL-33 y TSLP son citoquinas inflamatorias de tipo 2 expresadas por las células epiteliales tras la lesión de la barrera epitelial (Gabryelska et al., 2019; Roan et al., 2019). Las ILC2 son un grupo de células linfoides que carecen de receptores de células B y T, pero desempeñan un papel crucial en la secretación de citocinas de tipo 2 para perpetuar la inflamación de tipo 2 cuando se activan (Scanlon y McKenzie, 2012; Li y Hendriks, 2013). En caso de infección viral, la muerte celular y la lesión de la barrera epitelial también inducirán la expresión de IL-25, IL-33 y TSLP, con mayor expresión en una vía aérea inflamada (Alakhverdi et al., 2007; Goldsmith et al., 2012; Byers et al., 2013; Shaw et al., 2013; Beale et al., 2014; Jackson et al., 2014; Uller y Persson, 2018; Ravanetti et al., 2019). Estas 3 citoquinas luego trabajan en concierto para activar ILC2s para segregar más citoquinas tipo 2 IL-4, IL-5 e IL-13 que agravan aún más la inflamación tipo 2 en la vía aérea causando exacerbación aguda (Camelo et al., 2017). En el caso de la EPOC, el aumento de la activación de la ILC2, que retiene la capacidad de diferenciar a la ILC1, también puede aumentar aún más la respuesta neutrófica y agravar aún más la exacerbación (Silver et al., 2016). Curiosamente, estos factores no se liberan en gran medida y no activan una respuesta de la ILC2 durante la infección viral en individuos sanos (Yan et al., 2016; Tan et al., 2018a) ; a pesar de aumentar una exacerbación de tipo 2 en las vías respiratorias crónicamente inflamadas (Jurak et al., 2018). Estos mecanismos clásicos de exacerbaciones agudas inducidas virales se resumen en la Figura 1. A medida que la integración de la virología, microbiología e inmunología de la infección viral se vuelve más interconectada, factores adicionales y FIGURA 1 Tras la infección por virus en la vía aérea, el estado antiviral se activará para eliminar el patógeno invasor de la vía aérea. La respuesta inmunitaria y los factores de lesión liberados del epitelio infectado normalmente inducirían una inmunidad rápida de tipo 1 que facilita el aclaramiento viral. Sin embargo, en la vía aérea inflamada, las citoquinas y quimioquinas liberadas en su lugar aumentaron la inflamación presente en la vía aérea crónicamente inflamada, fortaleciendo la infiltración neutrófila en la vía aérea COPD, e infiltración eosinofílica en la vía aérea asmática. El efecto también se ve agravado por la participación de células Th1 e ILC1 en la vía aérea COPD; y células Th2 e ILC2 en la vía aérea asmática. (2006) ha subrayado el efecto sinérgico de la infección viral con otros agentes sensibilizantes para causar exacerbaciones agudas más graves en las vías respiratorias, especialmente cuando no todos los eventos de exacerbación ocurrieron durante la infección viral, pero también pueden ocurrir mucho después del aclaramiento viral (Kim et al., 2008; Stolz et al., 2019), en particular el inicio tardío de una infección bacteriana (Singanayagam et al., 2018 (Singanayagam et al., 2019a). Además, los virus no necesitan infectar directamente la vía aérea inferior para causar una exacerbación aguda, ya que el epitelio nasal sigue siendo el lugar principal de la mayoría de las infecciones. Además, no todas las infecciones virales de la vía aérea darán lugar a exacerbaciones agudas, sugiriendo una interacción más compleja entre el virus y el epitelio de la vía aérea superior que sinergizan con el entorno de la vía aérea local en línea con la hipótesis de la "vía aérea unida" (Kurai et al., 2013). Por otro lado, las infecciones virales o sus componentes persisten en pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de la vía aérea (Kling et al., 2005; Wood et al., 2011; Ravi et al., 2019). Por lo tanto, su presencia puede alterar aún más el entorno local y contribuir a exacerbaciones actuales y futuras. Los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias han disminuido o reducido la capacidad de aclaramiento viral (Hammond et al., 2015; McKendry et al., 2016; Akbarshahi et al., 2018; Gill et al., 2018; Wang et al., 2018; Singanayagam et al., 2019b). Su deterioro se debe a una respuesta inflamatoria de tipo 2 que priva a la vía aérea de importantes células CD8 receptivas de tipo 1 que son responsables del aclaramiento completo de las células infectadas por el virus (Becker, 2006; McKendry et al., 2016). Esto es especialmente evidente en virus débiles que inducen la inflamación tipo 1 como RV y RSV (Kling et al., 2005; Wood et al., 2011; Ravi et al., 2019). Además, también hay evidencia de reducción de la producción de interferón tipo I (IFNβ) y III (IFN/23370/) debido a la inflamación de tipo 2-secado, que contribuye al aclaramiento imperfecto del virus, lo que resulta en la persistencia de componentes virales, o el virus vivo en el epitelio de las vías respiratorias (Contoli et al., 2006; Hwang et al., 2019; Wark, 2019). Debido a los componentes virales que permanecen en las vías respiratorias, genes antivirales como los interferones de tipo I, factores de activación de la inflamación y citoquinas permanecieron activados dando lugar a inflamación prolongada de las vías respiratorias (Wood et al., 2011; Essaidi-Laziosi et al., 2018). Estos factores aumentan la infiltración de granulocitos prolongando así los síntomas de exacerbación. Esta inflamación persistente también puede encontrarse dentro de virus del ADN como AdV, hCMV y HSV, cuyas infecciones generalmente persisten más tiempo (Imperial y Jiang, 2015), contribuyendo aún más a la activación crónica de la inflamación cuando infectan la vía aérea (Yang et al., 2008; Morimoto et al., 2009; Imperiale y Jiang, 2015; Lan et al., 2016; Tan et al., 2016; Kowalski et al., 2017). Con esa nota, el virus del papiloma humano (VPH), un virus del ADN muy asociado con cánceres de cabeza y cuello y papilomatosis respiratoria, también está relacionado con la inflamación crónica que precede a las neoplasias malignas (de Visser et al., 2005; Gillison et al., 2012; Bonomi et al., 2014; Fernandes et al., 2015). Por lo tanto, el papel de la infección por VPH en causar inflamación crónica en las vías respiratorias y su asociación a exacerbaciones de las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas, que apenas se explora, debe ser investigado en el futuro. Además, la persistencia viral que conduce a la expresión continua de genes antivirales también puede conducir al desarrollo de resistencia a los esteroides, que se observa con la infección por RV, VRS y PIV (Chi et al., 2011; Ford et al., 2013; Papi et al., 2013). El uso de esteroides para suprimir la inflamación también puede causar que el virus persista más tiempo en las vías respiratorias debido a la falta de aclaramiento antiviral (Kim et al., 2008; Hammond et al., 2015; Hewitt et al., 2016; McKendry et al., 2016; Singanayagam et al., 2019b). El desarrollo concomitante de resistencia a los esteroides, junto con la repetición o prolongación de la infección viral, añadió una carga considerable al manejo de la exacerbación aguda, que debería ser el foco futuro de la investigación para resolver las complicaciones duales derivadas de la infección viral. En el otro extremo del espectro, los virus que inducen una fuerte inflamación tipo 1 y la muerte celular como IFV (Yan et al., 2016; Guibas et al., 2018) y ciertos CoV (incluyendo el virus COVID-19 recientemente surgido) (Tao et al., 2013; Yue et al., 2018; Zhu et al., 2020), pueden no causar inflamación prolongada debido a la fuerte inducción del aclaramiento antiviral. Sin embargo, estas infecciones causan daño masivo y muerte celular a la barrera epitelial, tanto que las áreas del epitelio pueden estar completamente ausentes después de la infección (Yan et al., 2016; Tan et Factores como el RANTES y el CXCL10, que reclutan células inmunitarias para inducir apoptosis, son fuertemente inducidos por el epitelio infectado por IFV (Ampomah et al., 2018; Tan et al., 2019). Además, factores necroptóticos como el RIP3 agravan aún más las muertes celulares en el epitelio infectado por IFV. La muerte celular masiva inducida puede provocar un empeoramiento de la exacerbación aguda debido a la liberación de su contenido celular en las vías respiratorias, evocando una respuesta inflamatoria en las vías respiratorias (Guibas et al., 2018). Además, la destrucción de la barrera epitelial puede causar un mayor contacto con otros patógenos y alérgenos en las vías respiratorias que pueden prolongar las exacerbaciones o provocar nuevas exacerbaciones. La destrucción epitelial también puede promover una mayor remodelación epitelial durante su regeneración, ya que la infección viral induce la expresión de genes remodeladores como MMPs y factores de crecimiento. Infecciones que causan destrucción masiva del epitelio, como IFV, generalmente resultan en exacerbaciones agudas graves con síntomas no clásicos de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Afortunadamente, hay vacunas anuales disponibles para prevenir infecciones por IFV (Vasileiou et al., 2017; Zheng et al., 2018) ; y se recomienda que los pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias reciban su vacunación anual contra la gripe como el mejor medio para prevenir la exacerbación inducida por IFV grave. Otro mecanismo que las infecciones virales pueden utilizar para provocar exacerbaciones agudas es la inducción de factores de vasodilación o apertura de la unión estrecha que pueden aumentar la tasa de infiltración. Infección con una multitud de virus respiratorios Esto también aumenta las posibilidades de que los alérgenos entren en contacto con las células inmunitarias de las vías respiratorias. Por ejemplo, se encontró que la infección por IFV induce oncostatina M (OSM) lo que causa una apertura estrecha de la unión (Pothoven et al., 2015; Tian et al., 2018). De manera similar, las infecciones por RV y VRS suelen causar una apertura estrecha de la unión que también puede aumentar la tasa de infiltración de eosinófilos y, por lo tanto, empeorar los síntomas clásicos de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Sajjan et al., 2008; Kast et al., 2017; Kim et al., 2018). Además, la expresión de factores vasodilatadores y factores homeostáticos fluidos como angiopoietin-like 4 (ANGPTL4) y bactericida/permeabilidad en aumento que contienen pliegues familiares A1 (BPIFA1) también están asociados con infecciones virales y desarrollo de neumonía, que pueden empeorar la inflamación en la vía aérea baja Akram et al., 2018). Estos factores pueden servir como objetivos para prevenir exacerbaciones inducidas por virus durante el manejo de la exacerbación aguda de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias. Otro área de interés reciente es la relación entre asma y exacerbaciones de la EPOC y su asociación con el microbioma de las vías respiratorias. El desarrollo de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias suele estar relacionado con especies bacterianas específicas en el microbioma que pueden prosperar en el entorno de las vías respiratorias inflamadas (Diver et al., 2019) En el caso de una infección viral como la infección por RV, el efecto inducido por el virus puede desestabilizar el equilibrio del microbioma presente (Molyneaux et al., 2013; Kloepfer et al., 2014; Kloepfer et al., 2017; Jubinville et al., 2018; van Rijn et al., 2019). Además, la infección viral puede alterar colonias de biofilm en la vía aérea superior (por ejemplo, Streptococcus pneumoniae) microbioma para liberarse en la vía aérea inferior y empeorar la inflamación (Marks et al., 2013; Chao et al., 2014). Además, una infección viral también puede alterar el perfil de nutrientes en la vía aérea a través de la liberación de nutrientes previamente inaccesibles que alterarán el crecimiento bacteriano (Siegel et al., 2014; Mallia et al., 2018 Además, la desestabilización se ve agravada por una respuesta inmune bacteriana alterada, ya sea por influencias virales directas, o por el uso de corticosteroides para suprimir los síntomas de exacerbación (Singanayagam et al., 2018 (Singanayagam et al., 2019a Wang et al., 2018; Finney et al., 2019). Todos estos cambios pueden llevar gradualmente a un efecto de mayor alcance cuando la flora normal es reemplazada por patógenos oportunistas, alterando los perfiles inflamatorios (Teo et al., 2018). Estos cambios a su vez pueden resultar en exacerbaciones agudas más graves y frecuentes debido a la interacción entre el virus y las bacterias patógenas en exacerbar las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas (Wark et al., 2013; Singanayagam et al., 2018). Para contrarrestar estos efectos, las terapias basadas en microbiomas están en su infancia, pero han demostrado eficacia en los tratamientos del síndrome del intestino irritable restaurando el microbioma intestinal (Bakken et al., 2011). Más investigaciones pueden ser hechas de manera similar para que el microbioma de las vías respiratorias pueda restaurar el microbioma después de la interrupción por una infección viral. Las infecciones virales pueden causar la interrupción de la función mucociliar, un componente importante de la barrera epitelial. Proteínas ciliares FIGURA 2 Cambios en el epitelio de las vías respiratorias superiores que contribuyen a la exacerbación viral en enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. El epitelio de las vías respiratorias superiores es el sitio principal de contacto/infección de la mayoría de los virus respiratorios. Por lo tanto, su infección por virus respiratorios puede tener consecuencias de gran alcance en el aumento y La destrucción de la barrera epitelial, la función mucociliar y la muerte celular de las células epitelial sirven para aumentar el contacto entre los desencadenantes ambientales con la vía aérea inferior y las células inmunes residentes. La apertura de la unión estrecha aumentando la fuga aumenta aún más la inflamación y exacerbaciones. Además, las infecciones virales se acompañan generalmente con estrés oxidativo que aumentará aún más la inflamación local en las vías respiratorias. La disregulación de la inflamación puede ser agravada por la modulación de los miRNAs y la modificación epigenética como la metilación del ADN y las modificaciones histonas que promueven la disregulación en la inflamación. Finalmente, el cambio en el ambiente de las vías respiratorias locales y la inflamación promueve el crecimiento de bacterias patógenas que pueden reemplazar al microbioma de las vías respiratorias. Además, el ambiente inflamatorio también puede dispersar los comans de las vías aéreas superiores en la vía aérea Rasgo específico viral que contribuye al mecanismo de exacerbación (con evidencia en la literatura) Estrés oxidativo Producción de ROS (RV, RSV, IFV, HSV)Como RV, RSV e IFV fueron los virus más frecuentemente estudiados en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, la mayoría de los virus enumerados son predominantemente estos virus. Sin embargo, los mecanismos aquí descritos también pueden ser aplicables a otros virus, pero no pueden ser listados ya que no estuvieron implicados en el contexto de exacerbación de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (ver texto para abreviaciones). que ayudan en la función adecuada de los cilios móviles en las vías respiratorias se expresan aberrantemente en células epiteliales de las vías respiratorias ciliadas que son el principal objetivo para la infección por RV (Griggs et al., 2017). Tal forma de cilia discinesia secundaria parece estar presente con inflamaciones crónicas en la vía aérea, pero los mecanismos exactos todavía son desconocidos (Peng et al.,, 2019 Qiu et al., 2018). Sin embargo, se encontró que en la infección viral como IFV, puede haber un cambio en el metabolismo de las células, así como una alteración en la expresión del gen ciliar, principalmente en la forma de regulación descendente de los genes como la cadena pesada dynein axonemal 5 (DNAH5) y diferenciación multiciliada y síntesis de ADN asociada a la proteína del ciclo celular (MCIDAS) (Tan et al., 2018b. El recientemente surgido Wuhan CoV también se encontró para reducir la paliza ciliar en el modelo epitelial de la vía aérea infectado (Zhu et al., 2020). Además, se demostró que las infecciones virales como el VRS destruyen directamente los cilios de las células ciliadas y casi todos los virus respiratorios infectan las células ciliadas (Jumat et al., 2015; Yan et al., 2016; Tan et al., 2018a). Además, la sobreproducción de mucosidad también puede alterar el equilibrio de la función mucociliar después de la infección viral, dando lugar a síntomas de exacerbación aguda (Zhu et al., 2009). Por lo tanto, la interrupción del movimiento ciliar durante la infección viral puede causar más material extraño y alérgeno para entrar en la vía aérea, agravando los síntomas de exacerbación aguda y haciendo más difícil de manejar. Los microRNAs (miRNAs) son ARNs cortos no codificantes involucrados en la modulación post-transcripción de los procesos biológicos, e implicados en una serie de enfermedades (Tan et al., 2014). Los miRNAs se encuentran inducidos por infecciones virales y pueden jugar un papel en la modulación de las respuestas antivirales y la inflamación (Gutierrez et al., 2016; Deng et al., 2017; Feng et al., 2018). En el caso de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, se encontró que los cambios circulantes de miRNAs están relacionados con la exacerbación de las enfermedades (Wardzynska et al., 2020). Por lo tanto, es probable que tales cambios de miRNAs se originan desde el epitelio infectado y las células inmunes que responden, que pueden servir para disregular aún más la inflamación de las vías Tanto las infecciones por IFV como las por VRS han demostrado aumentar miR-21 y aumentar la inflamación en los modelos experimentales de asma murina, lo que se invierte con un tratamiento combinado de antimiR-21 y corticosteroides (Kim et al., 2017). La infección por IFV también se muestra aumentando miR-125a y b, y miR-132 en el epitelio de EPOC que inhibe A20 y MAVS; y p300 e IRF3, respectivamente, lo que resulta en una mayor susceptibilidad a las infecciones virales (Hsu et al., 2016 (Hsu et al., 2017). Por el contrario, se demostró que miR-22 se suprimió en el epitelio asmático en la infección por IFV, lo que da lugar a una respuesta epitelial aberranta, contribuyendo a exacerbaciones (Moheimani et al., 2018). Aparte de estas evidencias directas de cambios en el miRNA en contribuir a exacerbaciones, un aumento del número de miRNAs y otros ARNs no codificantes responsables de la modulación inmune se encuentran alterados después de infecciones virales (Globinska et al., 2014; Feng et al., 2018; Hasegawa et al., 2018). Por lo tanto, los ARNs no codificantes también se presentan como objetivos para modular los cambios virales inducidos en las vías respiratorias como un medio para controlar la exacerbación de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Aparte de la modulación de miRNA, otras modificaciones epigenéticas como la metilación del ADN también pueden desempeñar un papel en la exacerbación de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Al mismo tiempo, también se demostró que las infecciones virales como RV y VRS alteran la metilación del ADN y las modificaciones histonas en el epitelio de las vías respiratorias que pueden alterar las respuestas inflamatorias, provocando enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias y exacerbaciones (McErlean et al., 2014; Pech et al., 2018; Caixia et al., 2019). Además, Spalluto et al. (2017) también mostraron que factores antivirales como IFNγ epigenéticamente modifican la resistencia viral de las células epiteliales. Por lo tanto, esto puede indicar que infecciones como RV y VRS que débilmente inducen respuestas antivirales pueden resultar en un estado inflamatorio alterado que contribuye a una mayor persistencia viral y exacerbación de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Spalluto et al., 2017). Finalmente, la infección viral puede resultar en una mayor producción de especies reactivas de oxígeno (ROS), estrés oxidativo y disfunción mitocondrial en el epitelio de las vías respiratorias (Kim et al., 2018; Mishra et al., 2018; Wang et al., 2018). El epitelio de las vías respiratorias de los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias suelen estar bajo un estado de estrés oxidativo constante que sostiene la inflamación de las vías respiratorias (Barnes, 2017; van der Vliet et al., 2018). Las infecciones virales del epitelio respiratorio por virus como IFV, RV, RSV y HSV pueden desencadenar la producción adicional de ROS como mecanismo antiviral Aizawa et al., 2018; Wang et al., 2018). Además, la infiltración de células en respuesta a la infección, como los neutrófilos, también desencadenará una ruptura respiratoria como medio para aumentar la ROS en la región infectada. El aumento de la ROS y el estrés oxidativo en el ambiente local pueden servir como un desencadenante para promover la inflamación, agravando así la inflamación en las vías respiratorias (Tiwari et al., 2002). En la Figura 2 y la Tabla 1 se muestra un resumen de los posibles mecanismos de exacerbación y los virus asociados. Mientras que los mecanismos subyacentes al desarrollo y exacerbación aguda de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias son ampliamente estudiados para controlar y controlar la enfermedad, una infección viral hace más que sólo causar una exacerbación aguda en estos pacientes. Una exacerbación aguda inducida por virus no sólo induce y empeora los síntomas de la enfermedad, sino que también puede alterar el manejo de la enfermedad o conferir resistencia a tratamientos que funcionaban antes. Por lo tanto, la apreciación de los mecanismos de exacerbaciones agudas inducidas por virus es de importancia clínica para diseñar estrategias para corregir los cambios virales que pueden empeorar los síntomas de la enfermedad inflamatoria de las vías respiratorias crónicas. Otros estudios en exacerbaciones naturales y en modelos de desafíos virales utilizando secuenciación de ARN (ARN-seq) o ARN-seq de una sola célula en un rango de tiempos pueden proporcionar información importante sobre patogénesis viral y cambios inducidos dentro de las vías respiratorias de pacientes con enfermedad inflamatoria de las vías respiratorias crónicas para identificar nuevos objetivos y vías para mejorar el manejo de la enfermedad. El análisis posterior de funciones puede utilizar modelos de células epiteliales como la interfaz aire-líquido, modelo epitelial de vía aérea in vitro que ha sido adaptado para estudiar la infección viral y los cambios inducidos en la vía aérea (Yan et al., 2016; Boda et al., 2018; También se han desarrollado modelos de enfermedades de origen animal para identificar mecanismos sistémicos de exacerbación aguda (Shin, 2016; Gubernatorova et al., 2019; Tanner and Single, 2019). Además, el modelo de ratón humanizado que posee células inmunitarias humanas también puede servir para desentrañar el perfil inmune de una infección viral en estado sano y enfermo (Ito et al., 2019; Li y Di Santo, 2019). Para virus más leves, las infecciones humanas in vivo controladas se pueden realizar para el mejor modo de verificación de la asociación del virus con el mecanismo propuesto de exacerbaciones agudas inducidas virales. Con el advenimiento de modelos enfermos adecuados, la verificación de los mecanismos proporcionará la continuación necesaria para mejorar el tratamiento de las exacerbaciones agudas inducidas virales. En vista de la escasez de medidas preventivas antivirales disponibles sólo para unos pocos virus y vacunas que sólo están disponibles para las infecciones por IFV, se deben explorar más medidas alternativas para mejorar el manejo de la enfermedad. Medidas alternativas dirigidas a nuevos mecanismos de exacerbación aguda inducidos por virus, especialmente en la vía aérea superior, pueden servir como tratamientos complementarios de las estrategias de manejo actualmente disponibles para aumentar su eficacia. Nuevos modelos incluyendo cultivos primarios de células epiteliales bronquiales o nasales humanas, organoides o cortes pulmonares de precisión de pacientes con enfermedad de las vías aéreas en lugar de sujetos sanos pueden ser utilizados para definir mecanismos de exacerbación. Estos mecanismos pueden ser validados en pequeños ensayos clínicos en pacientes con asma o EPOC. Tener múltiples medios de tratamiento también puede reducir los problemas que surgen del desarrollo de resistencia hacia un tratamiento específico.

¿Qué sigue en caso de una infección viral como la infección por RV?

Infecciones respiratorias virales en la exacerbación de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías aéreas: nuevos mecanismos e ideas de la vía aérea superior Epiteliohttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7052386/SHA: 45a566c71056ba4faab425b4f7e9edee6320e4a4Autores: Tan, Kai Sen; Lim, Rachel Liyu; Liu, Jing; Ong, Hsiao Hui; Tan, Vivian Jiayi; Lim, Hui Fang; Chung, Kian Fan; Adcock, Ian M.; Chow, Vincent T.; Wang, De YunFecha: 2020-02-25DOI: 10.3389/fcell.2020.00099Licencia: cc-byAbstract: La infección por virus Estas exacerbaciones se asocian a una alta morbilidad e incluso mortalidad en todo el mundo, entendiendo que la infección viral aumenta la inflamación de las vías respiratorias, lo que agrava los síntomas de la enfermedad.Los recientes avances en la interfaz aire-líquido in vitro cultivos 3D, cultivos organoideos y el uso de nuevos modelos de desafío humanos y animales han evocado nuevos entendimientos en cuanto a los mecanismos de exacerbaciones virales.En esta revisión, nos centraremos en los hallazgos recientes que elucidan cómo las infecciones virales respiratorias alteran la barrera epitelial en las vías aéreas, el entorno microbiano de las vías aéreas superiores, modificaciones epigenéticas incluyendo modulación del miRNA y otros cambios en las respuestas inmunes a través de las vías aéreas superiores e inferiores. Primero, revisamos la prevalencia de diferentes infecciones respiratorias virales en causar exacerbaciones en enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Además, destacamos la importancia del viroma dentro del entorno del microbioma de la vía aérea y su impacto en la infección bacteriana posterior, lo que consolida la comprensión de la exacerbación inducida por virus en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias e indica vías que pueden estar dirigidas a un manejo más eficaz de las enfermedades inflamatorias crónicas. Texto: La prevalencia de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias está aumentando en todo el mundo, especialmente en los países desarrollados (GBD 2015 Chronic Respiratory Disease Colaborators, 2017 Guan et al., 2018). Esta enfermedad se caracteriza por inflamación de las vías respiratorias que provoca complicaciones como tos, sibilancia y falta de aliento. La enfermedad puede manifestarse tanto en las vías respiratorias superiores (como rinosinusitis crónica, CRS) como en las vías respiratorias inferiores (como asma y enfermedad pulmonar obstructiva crónica, EPOC) que afectan en gran medida El tratamiento y el manejo varían mucho en eficacia debido a la complejidad y heterogeneidad de la enfermedad. Esto se complica aún más por el efecto de las exacerbaciones episódicas de la enfermedad, definidas como el empeoramiento de los síntomas de la enfermedad, incluyendo sibilancia, tos, falta de aliento y opresión torácica (Xepapadaki y Papadopoulos, 2010). Estas exacerbaciones se deben al efecto de inflamación aguda aumentada de las vías respiratorias que afecta y empeora los síntomas de la enfermedad existente (Hashimoto et al., 2008; Viniol y Vogelmeier, 2018). Estas exacerbaciones agudas son la principal causa de morbilidad y a veces mortalidad en los pacientes, así como resultando en grandes cargas económicas en todo el mundo. Sin embargo, debido a las interacciones complejas entre el huésped y los agentes de exacerbación, los mecanismos de exacerbación pueden variar considerablemente en diferentes individuos bajo Las exacerbaciones agudas suelen deberse a la presencia de factores ambientales como alérgenos, contaminantes, humo, aire frío o seco y microbios patógenos en las vías respiratorias (Gautier y Charpin, 2017; Viniol y Vogelmeier, 2018). Estos agentes provocan una respuesta inmune que conduce a la infiltración de células inmunitarias activadas que liberan además mediadores inflamatorios que causan síntomas agudos como aumento de la producción de mucosidad, tos, sibilancias y falta de aliento. Entre estos agentes, la infección viral es uno de los principales motores de exacerbaciones del asma que representan hasta el 80-90% y el 45-80% de exacerbaciones en niños y adultos, respectivamente (Grissell et al., 2005; Xepapadaki y Papadopoulos, 2010; Jartti y Gern, 2017; Adeli et al., 2019). La participación viral en la exacerbación de la EPOC también es igualmente alta, habiendo sido detectada en el 30-80% de las exacerbaciones agudas de la EPOC (Kherad et al., 2010; Jafarinejad et al., 2017; Stolz et al., 2019). Aunque la prevalencia de exacerbaciones virales en la ERC todavía no está clara, es probable que su prevalencia sea alta debido a la naturaleza inflamatoria similar de estas enfermedades (Rowan et al., 2015; Tan et al., 2017). Una de las razones de la afectación de virus respiratorios en exacerbaciones es su facilidad de transmisión e infección (Kutter et al., 2018). Además, la alta diversidad de virus respiratorios también puede contribuir a exacerbaciones de diferente naturaleza y gravedad (Busse et al., 2010; Costa et al., 2014; Jartti y Gern, 2017) Por lo tanto, es importante identificar los mecanismos exactos que sustentan las exacerbaciones virales en sujetos susceptibles para manejar adecuadamente las exacerbaciones a través de tratamientos complementarios que puedan aliviar los síntomas de exacerbación o prevenir exacerbaciones graves.Si bien la vía aérea inferior es el sitio de inflamación disregulada en la mayoría de las enfermedades inflamatorias crónicas de la vía aérea, la vía aérea superior sigue siendo el primer punto de contacto con fuentes de exacerbación, por lo que su interacción con los agentes de exacerbación puede contribuir directamente a las respuestas posteriores en la vía aérea inferior, en línea con la hipótesis de "United Airway".Para dilucidar la interacción de la vía aérea huésped con virus que conducen a exacerbaciones, enfocamos nuestra revisión en los hallazgos recientes de interacción viral con la vía aérea superior. A pesar de ser una causa importante de exacerbación, los informes que vinculan virus respiratorios a exacerbaciones agudas sólo comienzan a surgir a finales de la década de 1950 (Pattemore et al., 1992) ; con infecciones bacterianas previamente consideradas como el culpable probable de exacerbación aguda (Stevens, 1953; Message y Johnston, 2002). Sin embargo, con el advenimiento de la tecnología PCR, se recuperaron más virus durante exacerbaciones agudas eventos e informes que implicaron su papel emergieron a finales de la década de 1980 (Mensaje y Johnston, 2002). Rhinovirus (RV) y virus respiratorio sincitial (RSV) son los virus predominantes vinculados al desarrollo y exacerbación de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Jarti y Gern, 2017). Otros virus como el virus de la parainfluenza (PIV), el virus de la gripe (IFV) y el adenovirus (AdV) también han sido implicados en exacerbaciones agudas, pero en un grado mucho menor (Johnston et al., 2005; Oliver et al., 2014; Ko et al., 2019). Más recientemente, se han notificado otros virus como el bocavirus (BoV), el metapneumovirus humano (HMPV), ciertas cepas del coronavirus (CoV), una cepa específica del enterovirus (EV-D68), el citomegalovirus humano (hCMV) y el virus del herpes simplex (HSV) que contribuyen a exacerbaciones agudas. La característica común de estos virus es que pueden infectar tanto la vía aérea superior como la inferior, aumentando aún más las condiciones inflamatorias en la vía aérea enferma (Mallia y Johnston, 2006; Los virus respiratorios infectan y replican principalmente dentro de las células epiteliales de la vía aérea. Durante el proceso de replicación, las células liberan factores antivirales y citocinas que alteran la inflamación de la vía aérea local y el nicho de la vía aérea (Busse et al., 2010). En una vía aérea sana, la inflamación normalmente conduce a respuestas inflamatorias tipo 1 consistentes en la activación de un estado antiviral y la infiltración de células efectoras antivirales, lo que eventualmente resulta en la resolución de la respuesta inflamatoria y el aclaramiento de la infección viral (Vareille et al., 2011; Brace et al., 2012). Sin embargo, en una vía aérea crónicamente inflamada, las respuestas contra el virus pueden estar deterioradas o aberrantes, causando inflamación sostenida e infiltración errónea, lo que resulta en la exacerbación de sus síntomas (Mallia y Johnston, 2006; Dougherty y Fahy, 2009; Busse et al., 2010; Britto et al., 2017; Linden et al., 2019). Esto suele agravarse por el aumento de la susceptibilidad de los pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias hacia infecciones respiratorias virales, aumentando así la frecuencia de exacerbación en su conjunto (Dougherty y Fahy, 2009; Busse et al., 2010; Linden et al., 2019). Además, debido a los diferentes ciclos de replicación y respuesta contra la miríada de virus respiratorios, cada virus respiratorio también puede contribuir a exacerbaciones a través de diferentes mecanismos que pueden alterar su Por lo tanto, esta revisión se centrará en compilar y cotejar los actuales mecanismos conocidos de exacerbación viral inducida por enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, así como en vincular la patogénesis de diferentes infecciones virales para dilucidar otras formas potenciales de exacerbación de la enfermedad. La revisión servirá para proporcionar una mayor comprensión de la exacerbación inducida por virus para identificar posibles vías y mecanismos patogénicos que pueden ser dirigidos como cuidados complementarios para el manejo y prevención de la exacerbación. Este enfoque puede ser clínicamente significativo debido a la actual escasez de fármacos antivirales para el manejo de exacerbaciones inducidas por virus, lo que mejorará la calidad de vida de los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias. Una vez establecida la relación entre la infección viral y las exacerbaciones agudas de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias, se han reportado muchos informes sobre los mecanismos subyacentes a la exacerbación inducida por la infección viral respiratoria. Al infectar En general, las células epiteliales de las vías respiratorias infectadas liberan interferones, citoquinas y quimioquinas tipo IL-6, IL-8, IL-12, RANTES, proteína inflamatoria de los macrófagos 1α (MIP-1α) y proteína quimiotáctica de los monocitos 1 (MCP-1) (Wark y Gibson, 2006; Matsukura y otros, 2013) y, a su vez, permiten la infiltración de células innatas inmunes y de células profesionales que presentan antígenos (APCs) que a su vez liberan mediadores específicos para facilitar la focalización y el aclaramiento virales, incluyendo interferón tipo II (IFNγ), IL-2, IL-4, IL-5, IL-9 e IL-12 (Wark y Gibson, 2006; Singh et al., 2010; Brazale Estos factores aumentan la inflamación local y la infiltración de granulocitos, células T y células B (Wark y Gibson, 2006; Brazale et al., 2012). El aumento de la inflamación, a su vez, empeora los síntomas de las enfermedades de las vías respiratorias. Además, en pacientes con asma y pacientes con SCR con pólipo nasal (CRSwNP), las infecciones virales como RV y VRS promueven una respuesta inmune de tipo 2-sesesada (Becker, 2006; Jackson et al., 2014; Jurak et al., 2018). Esto amplifica la inflamación basal tipo 2 resultando en una mayor liberación de IL-4, IL-5, IL-13, RANTES y eotaxina y un aumento adicional de la eosinofilia, un motor patológico clave del asma y CRSwNP (Wark y Gibson, 2006; Singh et al., 2010; Chung et al., 2015; Dunican y Fahy, 2015). El aumento de la eosinofilia, a su vez, empeora los síntomas clásicos de la enfermedad y puede conducir a condiciones potencialmente mortales debido a dificultades respiratorias. Por otro lado, los pacientes con EPOC y los pacientes con SCR sin pólipo nasal (CRSsNP) son más neutrófilos debido a la expresión de quimioattractantes neutrófilos como CXCL9, CXCL10 y CXCL11 (Cukic et al., 2012; Brightling and Greening, 2019). La patología de estas enfermedades de las vías respiratorias se caracteriza por la remodelación de las vías aéreas debido a la presencia de factores de remodelación como las metaloproteinasas de matriz (MMPs) liberadas de neutrófilos infiltrantes (Linden et al., 2019). Las infecciones virales en tales condiciones causarán entonces un aumento de la activación neutrófica; el empeoramiento de los síntomas y la remodelación de las vías respiratorias exacerbando la EPOC, CRSsNP e incluso CRSwNP en ciertos casos (Wang et al., 2009; Tacon et al., 2010; Linden et al., 2019). También se ha identificado recientemente una vía epitelial-céntrica alarmin alrededor de IL-25, IL-33 y linfopoyetina estromal timica (TSLP), y su interacción con las células linfoides innatas del grupo 2 (ILC2) (Nagarkar et al., 2012; Hong et al., 2018; Allinne et al., 2019). IL-25, IL-33 y TSLP son citoquinas inflamatorias de tipo 2 expresadas por las células epiteliales tras la lesión de la barrera epitelial (Gabryelska et al., 2019; Roan et al., 2019). Las ILC2 son un grupo de células linfoides que carecen de receptores de células B y T, pero desempeñan un papel crucial en la secretación de citocinas de tipo 2 para perpetuar la inflamación de tipo 2 cuando se activan (Scanlon y McKenzie, 2012; Li y Hendriks, 2013). En caso de infección viral, la muerte celular y la lesión de la barrera epitelial también inducirán la expresión de IL-25, IL-33 y TSLP, con mayor expresión en una vía aérea inflamada (Alakhverdi et al., 2007; Goldsmith et al., 2012; Byers et al., 2013; Shaw et al., 2013; Beale et al., 2014; Jackson et al., 2014; Uller y Persson, 2018; Ravanetti et al., 2019). Estas 3 citoquinas luego trabajan en concierto para activar ILC2s para segregar más citoquinas tipo 2 IL-4, IL-5 e IL-13 que agravan aún más la inflamación tipo 2 en la vía aérea causando exacerbación aguda (Camelo et al., 2017). En el caso de la EPOC, el aumento de la activación de la ILC2, que retiene la capacidad de diferenciar a la ILC1, también puede aumentar aún más la respuesta neutrófica y agravar aún más la exacerbación (Silver et al., 2016). Curiosamente, estos factores no se liberan en gran medida y no activan una respuesta de la ILC2 durante la infección viral en individuos sanos (Yan et al., 2016; Tan et al., 2018a) ; a pesar de aumentar una exacerbación de tipo 2 en las vías respiratorias crónicamente inflamadas (Jurak et al., 2018). Estos mecanismos clásicos de exacerbaciones agudas inducidas virales se resumen en la Figura 1. A medida que la integración de la virología, microbiología e inmunología de la infección viral se vuelve más interconectada, factores adicionales y FIGURA 1 Tras la infección por virus en la vía aérea, el estado antiviral se activará para eliminar el patógeno invasor de la vía aérea. La respuesta inmunitaria y los factores de lesión liberados del epitelio infectado normalmente inducirían una inmunidad rápida de tipo 1 que facilita el aclaramiento viral. Sin embargo, en la vía aérea inflamada, las citoquinas y quimioquinas liberadas en su lugar aumentaron la inflamación presente en la vía aérea crónicamente inflamada, fortaleciendo la infiltración neutrófila en la vía aérea COPD, e infiltración eosinofílica en la vía aérea asmática. El efecto también se ve agravado por la participación de células Th1 e ILC1 en la vía aérea COPD; y células Th2 e ILC2 en la vía aérea asmática. (2006) ha subrayado el efecto sinérgico de la infección viral con otros agentes sensibilizantes para causar exacerbaciones agudas más graves en las vías respiratorias, especialmente cuando no todos los eventos de exacerbación ocurrieron durante la infección viral, pero también pueden ocurrir mucho después del aclaramiento viral (Kim et al., 2008; Stolz et al., 2019), en particular el inicio tardío de una infección bacteriana (Singanayagam et al., 2018 (Singanayagam et al., 2019a). Además, los virus no necesitan infectar directamente la vía aérea inferior para causar una exacerbación aguda, ya que el epitelio nasal sigue siendo el lugar principal de la mayoría de las infecciones. Además, no todas las infecciones virales de la vía aérea darán lugar a exacerbaciones agudas, sugiriendo una interacción más compleja entre el virus y el epitelio de la vía aérea superior que sinergizan con el entorno de la vía aérea local en línea con la hipótesis de la "vía aérea unida" (Kurai et al., 2013). Por otro lado, las infecciones virales o sus componentes persisten en pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de la vía aérea (Kling et al., 2005; Wood et al., 2011; Ravi et al., 2019). Por lo tanto, su presencia puede alterar aún más el entorno local y contribuir a exacerbaciones actuales y futuras. Los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias han disminuido o reducido la capacidad de aclaramiento viral (Hammond et al., 2015; McKendry et al., 2016; Akbarshahi et al., 2018; Gill et al., 2018; Wang et al., 2018; Singanayagam et al., 2019b). Su deterioro se debe a una respuesta inflamatoria de tipo 2 que priva a la vía aérea de importantes células CD8 receptivas de tipo 1 que son responsables del aclaramiento completo de las células infectadas por el virus (Becker, 2006; McKendry et al., 2016). Esto es especialmente evidente en virus débiles que inducen la inflamación tipo 1 como RV y RSV (Kling et al., 2005; Wood et al., 2011; Ravi et al., 2019). Además, también hay evidencia de reducción de la producción de interferón tipo I (IFNβ) y III (IFN/23370/) debido a la inflamación de tipo 2-secado, que contribuye al aclaramiento imperfecto del virus, lo que resulta en la persistencia de componentes virales, o el virus vivo en el epitelio de las vías respiratorias (Contoli et al., 2006; Hwang et al., 2019; Wark, 2019). Debido a los componentes virales que permanecen en las vías respiratorias, genes antivirales como los interferones de tipo I, factores de activación de la inflamación y citoquinas permanecieron activados dando lugar a inflamación prolongada de las vías respiratorias (Wood et al., 2011; Essaidi-Laziosi et al., 2018). Estos factores aumentan la infiltración de granulocitos prolongando así los síntomas de exacerbación. Esta inflamación persistente también puede encontrarse dentro de virus del ADN como AdV, hCMV y HSV, cuyas infecciones generalmente persisten más tiempo (Imperial y Jiang, 2015), contribuyendo aún más a la activación crónica de la inflamación cuando infectan la vía aérea (Yang et al., 2008; Morimoto et al., 2009; Imperiale y Jiang, 2015; Lan et al., 2016; Tan et al., 2016; Kowalski et al., 2017). Con esa nota, el virus del papiloma humano (VPH), un virus del ADN muy asociado con cánceres de cabeza y cuello y papilomatosis respiratoria, también está relacionado con la inflamación crónica que precede a las neoplasias malignas (de Visser et al., 2005; Gillison et al., 2012; Bonomi et al., 2014; Fernandes et al., 2015). Por lo tanto, el papel de la infección por VPH en causar inflamación crónica en las vías respiratorias y su asociación a exacerbaciones de las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas, que apenas se explora, debe ser investigado en el futuro. Además, la persistencia viral que conduce a la expresión continua de genes antivirales también puede conducir al desarrollo de resistencia a los esteroides, que se observa con la infección por RV, VRS y PIV (Chi et al., 2011; Ford et al., 2013; Papi et al., 2013). El uso de esteroides para suprimir la inflamación también puede causar que el virus persista más tiempo en las vías respiratorias debido a la falta de aclaramiento antiviral (Kim et al., 2008; Hammond et al., 2015; Hewitt et al., 2016; McKendry et al., 2016; Singanayagam et al., 2019b). El desarrollo concomitante de resistencia a los esteroides, junto con la repetición o prolongación de la infección viral, añadió una carga considerable al manejo de la exacerbación aguda, que debería ser el foco futuro de la investigación para resolver las complicaciones duales derivadas de la infección viral. En el otro extremo del espectro, los virus que inducen una fuerte inflamación tipo 1 y la muerte celular como IFV (Yan et al., 2016; Guibas et al., 2018) y ciertos CoV (incluyendo el virus COVID-19 recientemente surgido) (Tao et al., 2013; Yue et al., 2018; Zhu et al., 2020), pueden no causar inflamación prolongada debido a la fuerte inducción del aclaramiento antiviral. Sin embargo, estas infecciones causan daño masivo y muerte celular a la barrera epitelial, tanto que las áreas del epitelio pueden estar completamente ausentes después de la infección (Yan et al., 2016; Tan et Factores como el RANTES y el CXCL10, que reclutan células inmunitarias para inducir apoptosis, son fuertemente inducidos por el epitelio infectado por IFV (Ampomah et al., 2018; Tan et al., 2019). Además, factores necroptóticos como el RIP3 agravan aún más las muertes celulares en el epitelio infectado por IFV. La muerte celular masiva inducida puede provocar un empeoramiento de la exacerbación aguda debido a la liberación de su contenido celular en las vías respiratorias, evocando una respuesta inflamatoria en las vías respiratorias (Guibas et al., 2018). Además, la destrucción de la barrera epitelial puede causar un mayor contacto con otros patógenos y alérgenos en las vías respiratorias que pueden prolongar las exacerbaciones o provocar nuevas exacerbaciones. La destrucción epitelial también puede promover una mayor remodelación epitelial durante su regeneración, ya que la infección viral induce la expresión de genes remodeladores como MMPs y factores de crecimiento. Infecciones que causan destrucción masiva del epitelio, como IFV, generalmente resultan en exacerbaciones agudas graves con síntomas no clásicos de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Afortunadamente, hay vacunas anuales disponibles para prevenir infecciones por IFV (Vasileiou et al., 2017; Zheng et al., 2018) ; y se recomienda que los pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias reciban su vacunación anual contra la gripe como el mejor medio para prevenir la exacerbación inducida por IFV grave. Otro mecanismo que las infecciones virales pueden utilizar para provocar exacerbaciones agudas es la inducción de factores de vasodilación o apertura de la unión estrecha que pueden aumentar la tasa de infiltración. Infección con una multitud de virus respiratorios Esto también aumenta las posibilidades de que los alérgenos entren en contacto con las células inmunitarias de las vías respiratorias. Por ejemplo, se encontró que la infección por IFV induce oncostatina M (OSM) lo que causa una apertura estrecha de la unión (Pothoven et al., 2015; Tian et al., 2018). De manera similar, las infecciones por RV y VRS suelen causar una apertura estrecha de la unión que también puede aumentar la tasa de infiltración de eosinófilos y, por lo tanto, empeorar los síntomas clásicos de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Sajjan et al., 2008; Kast et al., 2017; Kim et al., 2018). Además, la expresión de factores vasodilatadores y factores homeostáticos fluidos como angiopoietin-like 4 (ANGPTL4) y bactericida/permeabilidad en aumento que contienen pliegues familiares A1 (BPIFA1) también están asociados con infecciones virales y desarrollo de neumonía, que pueden empeorar la inflamación en la vía aérea baja Akram et al., 2018). Estos factores pueden servir como objetivos para prevenir exacerbaciones inducidas por virus durante el manejo de la exacerbación aguda de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias. Otro área de interés reciente es la relación entre asma y exacerbaciones de la EPOC y su asociación con el microbioma de las vías respiratorias. El desarrollo de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias suele estar relacionado con especies bacterianas específicas en el microbioma que pueden prosperar en el entorno de las vías respiratorias inflamadas (Diver et al., 2019) En el caso de una infección viral como la infección por RV, el efecto inducido por el virus puede desestabilizar el equilibrio del microbioma presente (Molyneaux et al., 2013; Kloepfer et al., 2014; Kloepfer et al., 2017; Jubinville et al., 2018; van Rijn et al., 2019). Además, la infección viral puede alterar colonias de biofilm en la vía aérea superior (por ejemplo, Streptococcus pneumoniae) microbioma para liberarse en la vía aérea inferior y empeorar la inflamación (Marks et al., 2013; Chao et al., 2014). Además, una infección viral también puede alterar el perfil de nutrientes en la vía aérea a través de la liberación de nutrientes previamente inaccesibles que alterarán el crecimiento bacteriano (Siegel et al., 2014; Mallia et al., 2018 Además, la desestabilización se ve agravada por una respuesta inmune bacteriana alterada, ya sea por influencias virales directas, o por el uso de corticosteroides para suprimir los síntomas de exacerbación (Singanayagam et al., 2018 (Singanayagam et al., 2019a Wang et al., 2018; Finney et al., 2019). Todos estos cambios pueden llevar gradualmente a un efecto de mayor alcance cuando la flora normal es reemplazada por patógenos oportunistas, alterando los perfiles inflamatorios (Teo et al., 2018). Estos cambios a su vez pueden resultar en exacerbaciones agudas más graves y frecuentes debido a la interacción entre el virus y las bacterias patógenas en exacerbar las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas (Wark et al., 2013; Singanayagam et al., 2018). Para contrarrestar estos efectos, las terapias basadas en microbiomas están en su infancia, pero han demostrado eficacia en los tratamientos del síndrome del intestino irritable restaurando el microbioma intestinal (Bakken et al., 2011). Más investigaciones pueden ser hechas de manera similar para que el microbioma de las vías respiratorias pueda restaurar el microbioma después de la interrupción por una infección viral. Las infecciones virales pueden causar la interrupción de la función mucociliar, un componente importante de la barrera epitelial. Proteínas ciliares FIGURA 2 Cambios en el epitelio de las vías respiratorias superiores que contribuyen a la exacerbación viral en enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. El epitelio de las vías respiratorias superiores es el sitio principal de contacto/infección de la mayoría de los virus respiratorios. Por lo tanto, su infección por virus respiratorios puede tener consecuencias de gran alcance en el aumento y La destrucción de la barrera epitelial, la función mucociliar y la muerte celular de las células epitelial sirven para aumentar el contacto entre los desencadenantes ambientales con la vía aérea inferior y las células inmunes residentes. La apertura de la unión estrecha aumentando la fuga aumenta aún más la inflamación y exacerbaciones. Además, las infecciones virales se acompañan generalmente con estrés oxidativo que aumentará aún más la inflamación local en la vía aérea. La disregulación de la inflamación puede ser agravada por la modulación de los miRNAs y la modificación epigenética como la metilación del ADN y las modificaciones histonas que promueven la disregulación en la inflamación. Finalmente, el cambio en el ambiente de las vías respiratorias locales y la inflamación promueve el crecimiento de bacterias patogénicas que pueden reemplazar al microbioma de la vía aérea. Además, el ambiente inflamatorio también puede dispersar los comans de la vía aérea superior en la vía aérea inferior Rasgo específico viral que contribuye al mecanismo de exacerbación (con evidencia en la literatura) Estrés oxidativo Producción de ROS (RV, RSV, IFV, HSV)Como RV, RSV e IFV fueron los virus más frecuentemente estudiados en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, la mayoría de los virus enumerados son predominantemente estos virus. Sin embargo, los mecanismos aquí descritos también pueden ser aplicables a otros virus, pero no pueden ser listados ya que no estuvieron implicados en el contexto de exacerbación de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (ver texto para abreviaciones). que ayudan en la función adecuada de los cilios móviles en las vías respiratorias se expresan aberrantemente en células epiteliales de las vías respiratorias ciliadas que son el principal objetivo para la infección por RV (Griggs et al., 2017). Tal forma de cilia discinesia secundaria parece estar presente con inflamaciones crónicas en la vía aérea, pero los mecanismos exactos todavía son desconocidos (Peng et al.,, 2019 Qiu et al., 2018). Sin embargo, se encontró que en la infección viral como IFV, puede haber un cambio en el metabolismo de las células, así como una alteración en la expresión del gen ciliar, principalmente en la forma de regulación descendente de los genes como la cadena pesada dynein axonemal 5 (DNAH5) y diferenciación multiciliada y síntesis de ADN asociada a la proteína del ciclo celular (MCIDAS) (Tan et al., 2018b. El recientemente surgido Wuhan CoV también se encontró para reducir la paliza ciliar en el modelo epitelial de la vía aérea infectado (Zhu et al., 2020). Además, se demostró que las infecciones virales como el VRS destruyen directamente los cilios de las células ciliadas y casi todos los virus respiratorios infectan las células ciliadas (Jumat et al., 2015; Yan et al., 2016; Tan et al., 2018a). Además, la sobreproducción de mucosidad también puede alterar el equilibrio de la función mucociliar después de la infección viral, dando lugar a síntomas de exacerbación aguda (Zhu et al., 2009). Por lo tanto, la interrupción del movimiento ciliar durante la infección viral puede causar más material extraño y alérgeno para entrar en la vía aérea, agravando los síntomas de exacerbación aguda y haciendo más difícil de manejar. Los microRNAs (miRNAs) son ARNs cortos no codificantes involucrados en la modulación post-transcripción de los procesos biológicos, e implicados en una serie de enfermedades (Tan et al., 2014). Los miRNAs se encuentran inducidos por infecciones virales y pueden jugar un papel en la modulación de las respuestas antivirales y la inflamación (Gutierrez et al., 2016; Deng et al., 2017; Feng et al., 2018). En el caso de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, se encontró que los cambios circulantes de miRNAs están relacionados con la exacerbación de las enfermedades (Wardzynska et al., 2020). Por lo tanto, es probable que tales cambios de miRNAs se originan desde el epitelio infectado y las células inmunes que responden, que pueden servir para disregular aún más la inflamación de las vías Tanto las infecciones por IFV como las por VRS han demostrado aumentar miR-21 y aumentar la inflamación en los modelos experimentales de asma murina, lo que se invierte con un tratamiento combinado de antimiR-21 y corticosteroides (Kim et al., 2017). La infección por IFV también se muestra aumentando miR-125a y b, y miR-132 en el epitelio de EPOC que inhibe A20 y MAVS; y p300 e IRF3, respectivamente, lo que resulta en una mayor susceptibilidad a las infecciones virales (Hsu et al., 2016 (Hsu et al., 2017). Por el contrario, se demostró que miR-22 se suprimió en el epitelio asmático en la infección por IFV, lo que da lugar a una respuesta epitelial aberranta, contribuyendo a exacerbaciones (Moheimani et al., 2018). Aparte de estas evidencias directas de cambios en el miRNA en contribuir a exacerbaciones, un aumento del número de miRNAs y otros ARNs no codificantes responsables de la modulación inmune se encuentran alterados después de infecciones virales (Globinska et al., 2014; Feng et al., 2018; Hasegawa et al., 2018). Por lo tanto, los ARNs no codificantes también se presentan como objetivos para modular los cambios virales inducidos en las vías respiratorias como un medio para controlar la exacerbación de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Aparte de la modulación de miRNA, otras modificaciones epigenéticas como la metilación del ADN también pueden desempeñar un papel en la exacerbación de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Al mismo tiempo, también se demostró que las infecciones virales como RV y VRS alteran la metilación del ADN y las modificaciones histonas en el epitelio de las vías respiratorias que pueden alterar las respuestas inflamatorias, provocando enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias y exacerbaciones (McErlean et al., 2014; Pech et al., 2018; Caixia et al., 2019). Además, Spalluto et al. (2017) también mostraron que factores antivirales como IFNγ epigenéticamente modifican la resistencia viral de las células epiteliales. Por lo tanto, esto puede indicar que infecciones como RV y VRS que débilmente inducen respuestas antivirales pueden resultar en un estado inflamatorio alterado que contribuye a una mayor persistencia viral y exacerbación de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Spalluto et al., 2017). Finalmente, la infección viral puede resultar en una mayor producción de especies reactivas de oxígeno (ROS), estrés oxidativo y disfunción mitocondrial en el epitelio de las vías respiratorias (Kim et al., 2018; Mishra et al., 2018; Wang et al., 2018). El epitelio de las vías respiratorias de los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias suelen estar bajo un estado de estrés oxidativo constante que sostiene la inflamación de las vías respiratorias (Barnes, 2017; van der Vliet et al., 2018). Las infecciones virales del epitelio respiratorio por virus como IFV, RV, RSV y HSV pueden desencadenar la producción adicional de ROS como mecanismo antiviral Aizawa et al., 2018; Wang et al., 2018). Además, la infiltración de células en respuesta a la infección, como los neutrófilos, también desencadenará una ruptura respiratoria como medio para aumentar la ROS en la región infectada. El aumento de la ROS y el estrés oxidativo en el ambiente local pueden servir como un desencadenante para promover la inflamación, agravando así la inflamación en las vías respiratorias (Tiwari et al., 2002). En la Figura 2 y la Tabla 1 se muestra un resumen de los posibles mecanismos de exacerbación y los virus asociados. Mientras que los mecanismos subyacentes al desarrollo y exacerbación aguda de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias son ampliamente estudiados para controlar y controlar la enfermedad, una infección viral hace más que sólo causar una exacerbación aguda en estos pacientes. Una exacerbación aguda inducida por virus no sólo induce y empeora los síntomas de la enfermedad, sino que también puede alterar el manejo de la enfermedad o conferir resistencia a tratamientos que funcionaban antes. Por lo tanto, la apreciación de los mecanismos de exacerbaciones agudas inducidas por virus es de importancia clínica para diseñar estrategias para corregir los cambios virales que pueden empeorar los síntomas de la enfermedad inflamatoria de las vías respiratorias crónicas. Otros estudios en exacerbaciones naturales y en modelos de desafíos virales utilizando secuenciación de ARN (ARN-seq) o ARN-seq de una sola célula en un rango de tiempos pueden proporcionar información importante sobre patogénesis viral y cambios inducidos dentro de las vías respiratorias de pacientes con enfermedad inflamatoria de las vías respiratorias crónicas para identificar nuevos objetivos y vías para mejorar el manejo de la enfermedad. El análisis posterior de funciones puede utilizar modelos de células epiteliales como la interfaz aire-líquido, modelo epitelial de vía aérea in vitro que ha sido adaptado para estudiar la infección viral y los cambios inducidos en la vía aérea (Yan et al., 2016; Boda et al., 2018; También se han desarrollado modelos de enfermedades de origen animal para identificar mecanismos sistémicos de exacerbación aguda (Shin, 2016; Gubernatorova et al., 2019; Tanner and Single, 2019). Además, el modelo de ratón humanizado que posee células inmunitarias humanas también puede servir para desentrañar el perfil inmune de una infección viral en estado sano y enfermo (Ito et al., 2019; Li y Di Santo, 2019). Para virus más leves, las infecciones humanas in vivo controladas se pueden realizar para el mejor modo de verificación de la asociación del virus con el mecanismo propuesto de exacerbaciones agudas inducidas virales. Con el advenimiento de modelos enfermos adecuados, la verificación de los mecanismos proporcionará la continuación necesaria para mejorar el tratamiento de las exacerbaciones agudas inducidas virales. En vista de la escasez de medidas preventivas antivirales disponibles sólo para unos pocos virus y vacunas que sólo están disponibles para las infecciones por IFV, se deben explorar más medidas alternativas para mejorar el manejo de la enfermedad. Medidas alternativas dirigidas a nuevos mecanismos de exacerbación aguda inducidos por virus, especialmente en la vía aérea superior, pueden servir como tratamientos complementarios de las estrategias de manejo actualmente disponibles para aumentar su eficacia. Nuevos modelos incluyendo cultivos primarios de células epiteliales bronquiales o nasales humanas, organoides o cortes pulmonares de precisión de pacientes con enfermedad de las vías aéreas en lugar de sujetos sanos pueden ser utilizados para definir mecanismos de exacerbación. Estos mecanismos pueden ser validados en pequeños ensayos clínicos en pacientes con asma o EPOC. Tener múltiples medios de tratamiento también puede reducir los problemas que surgen del desarrollo de resistencia hacia un tratamiento específico.

¿ A qué lleva todo esto gradualmente?

Infecciones respiratorias virales en la exacerbación de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías aéreas: nuevos mecanismos e ideas de la vía aérea superior Epiteliohttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7052386/SHA: 45a566c71056ba4faab425b4f7e9edee6320e4a4Autores: Tan, Kai Sen; Lim, Rachel Liyu; Liu, Jing; Ong, Hsiao Hui; Tan, Vivian Jiayi; Lim, Hui Fang; Chung, Kian Fan; Adcock, Ian M.; Chow, Vincent T.; Wang, De YunFecha: 2020-02-25DOI: 10.3389/fcell.2020.00099Licencia: cc-byAbstract: La infección por virus Estas exacerbaciones se asocian a una alta morbilidad e incluso mortalidad en todo el mundo, entendiendo que la infección viral aumenta la inflamación de las vías respiratorias, lo que agrava los síntomas de la enfermedad.Los recientes avances en la interfaz aire-líquido in vitro cultivos 3D, cultivos organoideos y el uso de nuevos modelos de desafío humanos y animales han evocado nuevos entendimientos en cuanto a los mecanismos de exacerbaciones virales.En esta revisión, nos centraremos en los hallazgos recientes que elucidan cómo las infecciones virales respiratorias alteran la barrera epitelial en las vías aéreas, el entorno microbiano de las vías aéreas superiores, modificaciones epigenéticas incluyendo modulación del miRNA y otros cambios en las respuestas inmunes a través de las vías aéreas superiores e inferiores. Primero, revisamos la prevalencia de diferentes infecciones respiratorias virales en causar exacerbaciones en enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Además, destacamos la importancia del viroma dentro del entorno del microbioma de la vía aérea y su impacto en la infección bacteriana posterior, lo que consolida la comprensión de la exacerbación inducida por virus en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias e indica vías que pueden estar dirigidas a un manejo más eficaz de las enfermedades inflamatorias crónicas. Texto: La prevalencia de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias está aumentando en todo el mundo, especialmente en los países desarrollados (GBD 2015 Chronic Respiratory Disease Colaborators, 2017 Guan et al., 2018). Esta enfermedad se caracteriza por inflamación de las vías respiratorias que provoca complicaciones como tos, sibilancia y falta de aliento. La enfermedad puede manifestarse tanto en las vías respiratorias superiores (como rinosinusitis crónica, CRS) como en las vías respiratorias inferiores (como asma y enfermedad pulmonar obstructiva crónica, EPOC) que afectan en gran medida El tratamiento y el manejo varían mucho en eficacia debido a la complejidad y heterogeneidad de la enfermedad. Esto se complica aún más por el efecto de las exacerbaciones episódicas de la enfermedad, definidas como el empeoramiento de los síntomas de la enfermedad, incluyendo sibilancia, tos, falta de aliento y opresión torácica (Xepapadaki y Papadopoulos, 2010). Estas exacerbaciones se deben al efecto de inflamación aguda aumentada de las vías respiratorias que afecta y empeora los síntomas de la enfermedad existente (Hashimoto et al., 2008; Viniol y Vogelmeier, 2018). Estas exacerbaciones agudas son la principal causa de morbilidad y a veces mortalidad en los pacientes, así como resultando en grandes cargas económicas en todo el mundo. Sin embargo, debido a las interacciones complejas entre el huésped y los agentes de exacerbación, los mecanismos de exacerbación pueden variar considerablemente en diferentes individuos bajo Las exacerbaciones agudas suelen deberse a la presencia de factores ambientales como alérgenos, contaminantes, humo, aire frío o seco y microbios patógenos en las vías respiratorias (Gautier y Charpin, 2017; Viniol y Vogelmeier, 2018). Estos agentes provocan una respuesta inmune que conduce a la infiltración de células inmunitarias activadas que liberan además mediadores inflamatorios que causan síntomas agudos como aumento de la producción de mucosidad, tos, sibilancias y falta de aliento. Entre estos agentes, la infección viral es uno de los principales motores de exacerbaciones del asma que representan hasta el 80-90% y el 45-80% de exacerbaciones en niños y adultos, respectivamente (Grissell et al., 2005; Xepapadaki y Papadopoulos, 2010; Jartti y Gern, 2017; Adeli et al., 2019). La participación viral en la exacerbación de la EPOC también es igualmente alta, habiendo sido detectada en el 30-80% de las exacerbaciones agudas de la EPOC (Kherad et al., 2010; Jafarinejad et al., 2017; Stolz et al., 2019). Aunque la prevalencia de exacerbaciones virales en la ERC todavía no está clara, es probable que su prevalencia sea alta debido a la naturaleza inflamatoria similar de estas enfermedades (Rowan et al., 2015; Tan et al., 2017). Una de las razones de la afectación de virus respiratorios en exacerbaciones es su facilidad de transmisión e infección (Kutter et al., 2018). Además, la alta diversidad de virus respiratorios también puede contribuir a exacerbaciones de diferente naturaleza y gravedad (Busse et al., 2010; Costa et al., 2014; Jartti y Gern, 2017) Por lo tanto, es importante identificar los mecanismos exactos que sustentan las exacerbaciones virales en sujetos susceptibles para manejar adecuadamente las exacerbaciones a través de tratamientos complementarios que puedan aliviar los síntomas de exacerbación o prevenir exacerbaciones graves.Si bien la vía aérea inferior es el sitio de inflamación disregulada en la mayoría de las enfermedades inflamatorias crónicas de la vía aérea, la vía aérea superior sigue siendo el primer punto de contacto con fuentes de exacerbación, por lo que su interacción con los agentes de exacerbación puede contribuir directamente a las respuestas posteriores en la vía aérea inferior, en línea con la hipótesis de "United Airway".Para dilucidar la interacción de la vía aérea huésped con virus que conducen a exacerbaciones, enfocamos nuestra revisión en los hallazgos recientes de interacción viral con la vía aérea superior. A pesar de ser una causa importante de exacerbación, los informes que vinculan virus respiratorios a exacerbaciones agudas sólo comienzan a surgir a finales de la década de 1950 (Pattemore et al., 1992) ; con infecciones bacterianas previamente consideradas como el culpable probable de exacerbación aguda (Stevens, 1953; Message y Johnston, 2002). Sin embargo, con el advenimiento de la tecnología PCR, se recuperaron más virus durante exacerbaciones agudas eventos e informes que implicaron su papel emergieron a finales de la década de 1980 (Mensaje y Johnston, 2002). Rhinovirus (RV) y virus respiratorio sincitial (RSV) son los virus predominantes vinculados al desarrollo y exacerbación de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Jarti y Gern, 2017). Otros virus como el virus de la parainfluenza (PIV), el virus de la gripe (IFV) y el adenovirus (AdV) también han sido implicados en exacerbaciones agudas, pero en un grado mucho menor (Johnston et al., 2005; Oliver et al., 2014; Ko et al., 2019). Más recientemente, se han notificado otros virus como el bocavirus (BoV), el metapneumovirus humano (HMPV), ciertas cepas del coronavirus (CoV), una cepa específica del enterovirus (EV-D68), el citomegalovirus humano (hCMV) y el virus del herpes simplex (HSV) que contribuyen a exacerbaciones agudas. La característica común de estos virus es que pueden infectar tanto la vía aérea superior como la inferior, aumentando aún más las condiciones inflamatorias en la vía aérea enferma (Mallia y Johnston, 2006; Los virus respiratorios infectan y replican principalmente dentro de las células epiteliales de la vía aérea. Durante el proceso de replicación, las células liberan factores antivirales y citocinas que alteran la inflamación de la vía aérea local y el nicho de la vía aérea (Busse et al., 2010). En una vía aérea sana, la inflamación normalmente conduce a respuestas inflamatorias tipo 1 consistentes en la activación de un estado antiviral y la infiltración de células efectoras antivirales, lo que eventualmente resulta en la resolución de la respuesta inflamatoria y el aclaramiento de la infección viral (Vareille et al., 2011; Brace et al., 2012). Sin embargo, en una vía aérea crónicamente inflamada, las respuestas contra el virus pueden estar deterioradas o aberrantes, causando inflamación sostenida e infiltración errónea, lo que resulta en la exacerbación de sus síntomas (Mallia y Johnston, 2006; Dougherty y Fahy, 2009; Busse et al., 2010; Britto et al., 2017; Linden et al., 2019). Esto suele agravarse por el aumento de la susceptibilidad de los pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias hacia infecciones respiratorias virales, aumentando así la frecuencia de exacerbación en su conjunto (Dougherty y Fahy, 2009; Busse et al., 2010; Linden et al., 2019). Además, debido a los diferentes ciclos de replicación y respuesta contra la miríada de virus respiratorios, cada virus respiratorio también puede contribuir a exacerbaciones a través de diferentes mecanismos que pueden alterar su Por lo tanto, esta revisión se centrará en compilar y cotejar los actuales mecanismos conocidos de exacerbación viral inducida por enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, así como en vincular la patogénesis de diferentes infecciones virales para dilucidar otras formas potenciales de exacerbación de la enfermedad. La revisión servirá para proporcionar una mayor comprensión de la exacerbación inducida por virus para identificar posibles vías y mecanismos patogénicos que pueden ser dirigidos como cuidados complementarios para el manejo y prevención de la exacerbación. Este enfoque puede ser clínicamente significativo debido a la actual escasez de fármacos antivirales para el manejo de exacerbaciones inducidas por virus, lo que mejorará la calidad de vida de los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias. Una vez establecida la relación entre la infección viral y las exacerbaciones agudas de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias, se han reportado muchos informes sobre los mecanismos subyacentes a la exacerbación inducida por la infección viral respiratoria. Al infectar En general, las células epiteliales de las vías respiratorias infectadas liberan interferones, citoquinas y quimioquinas tipo IL-6, IL-8, IL-12, RANTES, proteína inflamatoria de los macrófagos 1α (MIP-1α) y proteína quimiotáctica de los monocitos 1 (MCP-1) (Wark y Gibson, 2006; Matsukura y otros, 2013) y, a su vez, permiten la infiltración de células innatas inmunes y de células profesionales que presentan antígenos (APCs) que a su vez liberan mediadores específicos para facilitar la focalización y el aclaramiento virales, incluyendo interferón tipo II (IFNγ), IL-2, IL-4, IL-5, IL-9 e IL-12 (Wark y Gibson, 2006; Singh et al., 2010; Brazale Estos factores aumentan la inflamación local y la infiltración de granulocitos, células T y células B (Wark y Gibson, 2006; Brazale et al., 2012). El aumento de la inflamación, a su vez, empeora los síntomas de las enfermedades de las vías respiratorias. Además, en pacientes con asma y pacientes con SCR con pólipo nasal (CRSwNP), las infecciones virales como RV y VRS promueven una respuesta inmune de tipo 2-sesesada (Becker, 2006; Jackson et al., 2014; Jurak et al., 2018). Esto amplifica la inflamación basal tipo 2 resultando en una mayor liberación de IL-4, IL-5, IL-13, RANTES y eotaxina y un aumento adicional de la eosinofilia, un motor patológico clave del asma y CRSwNP (Wark y Gibson, 2006; Singh et al., 2010; Chung et al., 2015; Dunican y Fahy, 2015). El aumento de la eosinofilia, a su vez, empeora los síntomas clásicos de la enfermedad y puede conducir a condiciones potencialmente mortales debido a dificultades respiratorias. Por otro lado, los pacientes con EPOC y los pacientes con SCR sin pólipo nasal (CRSsNP) son más neutrófilos debido a la expresión de quimioattractantes neutrófilos como CXCL9, CXCL10 y CXCL11 (Cukic et al., 2012; Brightling and Greening, 2019). La patología de estas enfermedades de las vías respiratorias se caracteriza por la remodelación de las vías aéreas debido a la presencia de factores de remodelación como las metaloproteinasas de matriz (MMPs) liberadas de neutrófilos infiltrantes (Linden et al., 2019). Las infecciones virales en tales condiciones causarán entonces un aumento de la activación neutrófica; el empeoramiento de los síntomas y la remodelación de las vías respiratorias exacerbando la EPOC, CRSsNP e incluso CRSwNP en ciertos casos (Wang et al., 2009; Tacon et al., 2010; Linden et al., 2019). También se ha identificado recientemente una vía epitelial-céntrica alarmin alrededor de IL-25, IL-33 y linfopoyetina estromal timica (TSLP), y su interacción con las células linfoides innatas del grupo 2 (ILC2) (Nagarkar et al., 2012; Hong et al., 2018; Allinne et al., 2019). IL-25, IL-33 y TSLP son citoquinas inflamatorias de tipo 2 expresadas por las células epiteliales tras la lesión de la barrera epitelial (Gabryelska et al., 2019; Roan et al., 2019). Las ILC2 son un grupo de células linfoides que carecen de receptores de células B y T, pero desempeñan un papel crucial en la secretación de citocinas de tipo 2 para perpetuar la inflamación de tipo 2 cuando se activan (Scanlon y McKenzie, 2012; Li y Hendriks, 2013). En caso de infección viral, la muerte celular y la lesión de la barrera epitelial también inducirán la expresión de IL-25, IL-33 y TSLP, con mayor expresión en una vía aérea inflamada (Alakhverdi et al., 2007; Goldsmith et al., 2012; Byers et al., 2013; Shaw et al., 2013; Beale et al., 2014; Jackson et al., 2014; Uller y Persson, 2018; Ravanetti et al., 2019). Estas 3 citoquinas luego trabajan en concierto para activar ILC2s para segregar más citoquinas tipo 2 IL-4, IL-5 e IL-13 que agravan aún más la inflamación tipo 2 en la vía aérea causando exacerbación aguda (Camelo et al., 2017). En el caso de la EPOC, el aumento de la activación de la ILC2, que retiene la capacidad de diferenciar a la ILC1, también puede aumentar aún más la respuesta neutrófica y agravar aún más la exacerbación (Silver et al., 2016). Curiosamente, estos factores no se liberan en gran medida y no activan una respuesta de la ILC2 durante la infección viral en individuos sanos (Yan et al., 2016; Tan et al., 2018a) ; a pesar de aumentar una exacerbación de tipo 2 en las vías respiratorias crónicamente inflamadas (Jurak et al., 2018). Estos mecanismos clásicos de exacerbaciones agudas inducidas virales se resumen en la Figura 1. A medida que la integración de la virología, microbiología e inmunología de la infección viral se vuelve más interconectada, factores adicionales y FIGURA 1 Tras la infección por virus en la vía aérea, el estado antiviral se activará para eliminar el patógeno invasor de la vía aérea. La respuesta inmunitaria y los factores de lesión liberados del epitelio infectado normalmente inducirían una inmunidad rápida de tipo 1 que facilita el aclaramiento viral. Sin embargo, en la vía aérea inflamada, las citoquinas y quimioquinas liberadas en su lugar aumentaron la inflamación presente en la vía aérea crónicamente inflamada, fortaleciendo la infiltración neutrófila en la vía aérea COPD, e infiltración eosinofílica en la vía aérea asmática. El efecto también se ve agravado por la participación de células Th1 e ILC1 en la vía aérea COPD; y células Th2 e ILC2 en la vía aérea asmática. (2006) ha subrayado el efecto sinérgico de la infección viral con otros agentes sensibilizantes para causar exacerbaciones agudas más graves en las vías respiratorias, especialmente cuando no todos los eventos de exacerbación ocurrieron durante la infección viral, pero también pueden ocurrir mucho después del aclaramiento viral (Kim et al., 2008; Stolz et al., 2019), en particular el inicio tardío de una infección bacteriana (Singanayagam et al., 2018 (Singanayagam et al., 2019a). Además, los virus no necesitan infectar directamente la vía aérea inferior para causar una exacerbación aguda, ya que el epitelio nasal sigue siendo el lugar principal de la mayoría de las infecciones. Además, no todas las infecciones virales de la vía aérea darán lugar a exacerbaciones agudas, sugiriendo una interacción más compleja entre el virus y el epitelio de la vía aérea superior que sinergizan con el entorno de la vía aérea local en línea con la hipótesis de la "vía aérea unida" (Kurai et al., 2013). Por otro lado, las infecciones virales o sus componentes persisten en pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de la vía aérea (Kling et al., 2005; Wood et al., 2011; Ravi et al., 2019). Por lo tanto, su presencia puede alterar aún más el entorno local y contribuir a exacerbaciones actuales y futuras. Los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias han disminuido o reducido la capacidad de aclaramiento viral (Hammond et al., 2015; McKendry et al., 2016; Akbarshahi et al., 2018; Gill et al., 2018; Wang et al., 2018; Singanayagam et al., 2019b). Su deterioro se debe a una respuesta inflamatoria de tipo 2 que priva a la vía aérea de importantes células CD8 receptivas de tipo 1 que son responsables del aclaramiento completo de las células infectadas por el virus (Becker, 2006; McKendry et al., 2016). Esto es especialmente evidente en virus débiles que inducen la inflamación tipo 1 como RV y RSV (Kling et al., 2005; Wood et al., 2011; Ravi et al., 2019). Además, también hay evidencia de reducción de la producción de interferón tipo I (IFNβ) y III (IFN/23370/) debido a la inflamación de tipo 2-secado, que contribuye al aclaramiento imperfecto del virus, lo que resulta en la persistencia de componentes virales, o el virus vivo en el epitelio de las vías respiratorias (Contoli et al., 2006; Hwang et al., 2019; Wark, 2019). Debido a los componentes virales que permanecen en las vías respiratorias, genes antivirales como los interferones de tipo I, factores de activación de la inflamación y citoquinas permanecieron activados dando lugar a inflamación prolongada de las vías respiratorias (Wood et al., 2011; Essaidi-Laziosi et al., 2018). Estos factores aumentan la infiltración de granulocitos prolongando así los síntomas de exacerbación. Esta inflamación persistente también puede encontrarse dentro de virus del ADN como AdV, hCMV y HSV, cuyas infecciones generalmente persisten más tiempo (Imperial y Jiang, 2015), contribuyendo aún más a la activación crónica de la inflamación cuando infectan la vía aérea (Yang et al., 2008; Morimoto et al., 2009; Imperiale y Jiang, 2015; Lan et al., 2016; Tan et al., 2016; Kowalski et al., 2017). Con esa nota, el virus del papiloma humano (VPH), un virus del ADN muy asociado con cánceres de cabeza y cuello y papilomatosis respiratoria, también está relacionado con la inflamación crónica que precede a las neoplasias malignas (de Visser et al., 2005; Gillison et al., 2012; Bonomi et al., 2014; Fernandes et al., 2015). Por lo tanto, el papel de la infección por VPH en causar inflamación crónica en las vías respiratorias y su asociación a exacerbaciones de las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas, que apenas se explora, debe ser investigado en el futuro. Además, la persistencia viral que conduce a la expresión continua de genes antivirales también puede conducir al desarrollo de resistencia a los esteroides, que se observa con la infección por RV, VRS y PIV (Chi et al., 2011; Ford et al., 2013; Papi et al., 2013). El uso de esteroides para suprimir la inflamación también puede causar que el virus persista más tiempo en las vías respiratorias debido a la falta de aclaramiento antiviral (Kim et al., 2008; Hammond et al., 2015; Hewitt et al., 2016; McKendry et al., 2016; Singanayagam et al., 2019b). El desarrollo concomitante de resistencia a los esteroides, junto con la repetición o prolongación de la infección viral, añadió una carga considerable al manejo de la exacerbación aguda, que debería ser el foco futuro de la investigación para resolver las complicaciones duales derivadas de la infección viral. En el otro extremo del espectro, los virus que inducen una fuerte inflamación tipo 1 y la muerte celular como IFV (Yan et al., 2016; Guibas et al., 2018) y ciertos CoV (incluyendo el virus COVID-19 recientemente surgido) (Tao et al., 2013; Yue et al., 2018; Zhu et al., 2020), pueden no causar inflamación prolongada debido a la fuerte inducción del aclaramiento antiviral. Sin embargo, estas infecciones causan daño masivo y muerte celular a la barrera epitelial, tanto que las áreas del epitelio pueden estar completamente ausentes después de la infección (Yan et al., 2016; Tan et Factores como el RANTES y el CXCL10, que reclutan células inmunitarias para inducir apoptosis, son fuertemente inducidos por el epitelio infectado por IFV (Ampomah et al., 2018; Tan et al., 2019). Además, factores necroptóticos como el RIP3 agravan aún más las muertes celulares en el epitelio infectado por IFV. La muerte celular masiva inducida puede provocar un empeoramiento de la exacerbación aguda debido a la liberación de su contenido celular en las vías respiratorias, evocando una respuesta inflamatoria en las vías respiratorias (Guibas et al., 2018). Además, la destrucción de la barrera epitelial puede causar un mayor contacto con otros patógenos y alérgenos en las vías respiratorias que pueden prolongar las exacerbaciones o provocar nuevas exacerbaciones. La destrucción epitelial también puede promover una mayor remodelación epitelial durante su regeneración, ya que la infección viral induce la expresión de genes remodeladores como MMPs y factores de crecimiento. Infecciones que causan destrucción masiva del epitelio, como IFV, generalmente resultan en exacerbaciones agudas graves con síntomas no clásicos de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Afortunadamente, hay vacunas anuales disponibles para prevenir infecciones por IFV (Vasileiou et al., 2017; Zheng et al., 2018) ; y se recomienda que los pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias reciban su vacunación anual contra la gripe como el mejor medio para prevenir la exacerbación inducida por IFV grave. Otro mecanismo que las infecciones virales pueden utilizar para provocar exacerbaciones agudas es la inducción de factores de vasodilación o apertura de la unión estrecha que pueden aumentar la tasa de infiltración. Infección con una multitud de virus respiratorios Esto también aumenta las posibilidades de que los alérgenos entren en contacto con las células inmunitarias de las vías respiratorias. Por ejemplo, se encontró que la infección por IFV induce oncostatina M (OSM) lo que causa una apertura estrecha de la unión (Pothoven et al., 2015; Tian et al., 2018). De manera similar, las infecciones por RV y VRS suelen causar una apertura estrecha de la unión que también puede aumentar la tasa de infiltración de eosinófilos y, por lo tanto, empeorar los síntomas clásicos de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Sajjan et al., 2008; Kast et al., 2017; Kim et al., 2018). Además, la expresión de factores vasodilatadores y factores homeostáticos fluidos como angiopoietin-like 4 (ANGPTL4) y bactericida/permeabilidad en aumento que contienen pliegues familiares A1 (BPIFA1) también están asociados con infecciones virales y desarrollo de neumonía, que pueden empeorar la inflamación en la vía aérea baja Akram et al., 2018). Estos factores pueden servir como objetivos para prevenir exacerbaciones inducidas por virus durante el manejo de la exacerbación aguda de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias. Otro área de interés reciente es la relación entre asma y exacerbaciones de la EPOC y su asociación con el microbioma de las vías respiratorias. El desarrollo de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias suele estar relacionado con especies bacterianas específicas en el microbioma que pueden prosperar en el entorno de las vías respiratorias inflamadas (Diver et al., 2019) En el caso de una infección viral como la infección por RV, el efecto inducido por el virus puede desestabilizar el equilibrio del microbioma presente (Molyneaux et al., 2013; Kloepfer et al., 2014; Kloepfer et al., 2017; Jubinville et al., 2018; van Rijn et al., 2019). Además, la infección viral puede alterar colonias de biofilm en la vía aérea superior (por ejemplo, Streptococcus pneumoniae) microbioma para liberarse en la vía aérea inferior y empeorar la inflamación (Marks et al., 2013; Chao et al., 2014). Además, una infección viral también puede alterar el perfil de nutrientes en la vía aérea a través de la liberación de nutrientes previamente inaccesibles que alterarán el crecimiento bacteriano (Siegel et al., 2014; Mallia et al., 2018 Además, la desestabilización se ve agravada por una respuesta inmune bacteriana alterada, ya sea por influencias virales directas, o por el uso de corticosteroides para suprimir los síntomas de exacerbación (Singanayagam et al., 2018 (Singanayagam et al., 2019a Wang et al., 2018; Finney et al., 2019). Todos estos cambios pueden llevar gradualmente a un efecto de mayor alcance cuando la flora normal es reemplazada por patógenos oportunistas, alterando los perfiles inflamatorios (Teo et al., 2018). Estos cambios a su vez pueden resultar en exacerbaciones agudas más graves y frecuentes debido a la interacción entre el virus y las bacterias patógenas en exacerbar las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas (Wark et al., 2013; Singanayagam et al., 2018). Para contrarrestar estos efectos, las terapias basadas en microbiomas están en su infancia, pero han demostrado eficacia en los tratamientos del síndrome del intestino irritable restaurando el microbioma intestinal (Bakken et al., 2011). Más investigaciones pueden ser hechas de manera similar para que el microbioma de las vías respiratorias pueda restaurar el microbioma después de la interrupción por una infección viral. Las infecciones virales pueden causar la interrupción de la función mucociliar, un componente importante de la barrera epitelial. Proteínas ciliares FIGURA 2 Cambios en el epitelio de las vías respiratorias superiores que contribuyen a la exacerbación viral en enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. El epitelio de las vías respiratorias superiores es el sitio principal de contacto/infección de la mayoría de los virus respiratorios. Por lo tanto, su infección por virus respiratorios puede tener consecuencias de gran alcance en el aumento y La destrucción de la barrera epitelial, la función mucociliar y la muerte celular de las células epitelial sirven para aumentar el contacto entre los desencadenantes ambientales con la vía aérea inferior y las células inmunes residentes. La apertura de la unión estrecha aumentando la fuga aumenta aún más la inflamación y exacerbaciones. Además, las infecciones virales se acompañan generalmente con estrés oxidativo que aumentará aún más la inflamación local en la vía aérea. La disregulación de la inflamación puede ser agravada por la modulación de los miRNAs y la modificación epigenética como la metilación del ADN y las modificaciones histonas que promueven la disregulación en la inflamación. Finalmente, el cambio en el ambiente de las vías respiratorias locales y la inflamación promueve el crecimiento de bacterias patogénicas que pueden reemplazar al microbioma de la vía aérea. Además, el ambiente inflamatorio también puede dispersar los comans de la vía aérea superior en la vía aérea inferior Rasgo específico viral que contribuye al mecanismo de exacerbación (con evidencia en la literatura) Estrés oxidativo Producción de ROS (RV, RSV, IFV, HSV)Como RV, RSV e IFV fueron los virus más frecuentemente estudiados en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, la mayoría de los virus enumerados son predominantemente estos virus. Sin embargo, los mecanismos aquí descritos también pueden ser aplicables a otros virus, pero no pueden ser listados ya que no estuvieron implicados en el contexto de exacerbación de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (ver texto para abreviaciones). que ayudan en la función adecuada de los cilios móviles en las vías respiratorias se expresan aberrantemente en células epiteliales de las vías respiratorias ciliadas que son el principal objetivo para la infección por RV (Griggs et al., 2017). Tal forma de cilia discinesia secundaria parece estar presente con inflamaciones crónicas en la vía aérea, pero los mecanismos exactos todavía son desconocidos (Peng et al.,, 2019 Qiu et al., 2018). Sin embargo, se encontró que en la infección viral como IFV, puede haber un cambio en el metabolismo de las células, así como una alteración en la expresión del gen ciliar, principalmente en la forma de regulación descendente de los genes como la cadena pesada dynein axonemal 5 (DNAH5) y diferenciación multiciliada y síntesis de ADN asociada a la proteína del ciclo celular (MCIDAS) (Tan et al., 2018b. El recientemente surgido Wuhan CoV también se encontró para reducir la paliza ciliar en el modelo epitelial de la vía aérea infectado (Zhu et al., 2020). Además, se demostró que las infecciones virales como el VRS destruyen directamente los cilios de las células ciliadas y casi todos los virus respiratorios infectan las células ciliadas (Jumat et al., 2015; Yan et al., 2016; Tan et al., 2018a). Además, la sobreproducción de mucosidad también puede alterar el equilibrio de la función mucociliar después de la infección viral, dando lugar a síntomas de exacerbación aguda (Zhu et al., 2009). Por lo tanto, la interrupción del movimiento ciliar durante la infección viral puede causar más material extraño y alérgeno para entrar en la vía aérea, agravando los síntomas de exacerbación aguda y haciendo más difícil de manejar. Los microRNAs (miRNAs) son ARNs cortos no codificantes involucrados en la modulación post-transcripción de los procesos biológicos, e implicados en una serie de enfermedades (Tan et al., 2014). Los miRNAs se encuentran inducidos por infecciones virales y pueden jugar un papel en la modulación de las respuestas antivirales y la inflamación (Gutierrez et al., 2016; Deng et al., 2017; Feng et al., 2018). En el caso de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, se encontró que los cambios circulantes de miRNAs están relacionados con la exacerbación de las enfermedades (Wardzynska et al., 2020). Por lo tanto, es probable que tales cambios de miRNAs se originan desde el epitelio infectado y las células inmunes que responden, que pueden servir para disregular aún más la inflamación de las vías Tanto las infecciones por IFV como las por VRS han demostrado aumentar miR-21 y aumentar la inflamación en los modelos experimentales de asma murina, lo que se invierte con un tratamiento combinado de antimiR-21 y corticosteroides (Kim et al., 2017). La infección por IFV también se muestra aumentando miR-125a y b, y miR-132 en el epitelio de EPOC que inhibe A20 y MAVS; y p300 e IRF3, respectivamente, lo que resulta en una mayor susceptibilidad a las infecciones virales (Hsu et al., 2016 (Hsu et al., 2017). Por el contrario, se demostró que miR-22 se suprimió en el epitelio asmático en la infección por IFV, lo que da lugar a una respuesta epitelial aberranta, contribuyendo a exacerbaciones (Moheimani et al., 2018). Aparte de estas evidencias directas de cambios en el miRNA en contribuir a exacerbaciones, un aumento del número de miRNAs y otros ARNs no codificantes responsables de la modulación inmune se encuentran alterados después de infecciones virales (Globinska et al., 2014; Feng et al., 2018; Hasegawa et al., 2018). Por lo tanto, los ARNs no codificantes también se presentan como objetivos para modular los cambios virales inducidos en las vías respiratorias como un medio para controlar la exacerbación de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Aparte de la modulación de miRNA, otras modificaciones epigenéticas como la metilación del ADN también pueden desempeñar un papel en la exacerbación de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Al mismo tiempo, también se demostró que las infecciones virales como RV y VRS alteran la metilación del ADN y las modificaciones histonas en el epitelio de las vías respiratorias que pueden alterar las respuestas inflamatorias, provocando enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias y exacerbaciones (McErlean et al., 2014; Pech et al., 2018; Caixia et al., 2019). Además, Spalluto et al. (2017) también mostraron que factores antivirales como IFNγ epigenéticamente modifican la resistencia viral de las células epiteliales. Por lo tanto, esto puede indicar que infecciones como RV y VRS que débilmente inducen respuestas antivirales pueden resultar en un estado inflamatorio alterado que contribuye a una mayor persistencia viral y exacerbación de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Spalluto et al., 2017). Finalmente, la infección viral puede resultar en una mayor producción de especies reactivas de oxígeno (ROS), estrés oxidativo y disfunción mitocondrial en el epitelio de las vías respiratorias (Kim et al., 2018; Mishra et al., 2018; Wang et al., 2018). El epitelio de las vías respiratorias de los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias suelen estar bajo un estado de estrés oxidativo constante que sostiene la inflamación de las vías respiratorias (Barnes, 2017; van der Vliet et al., 2018). Las infecciones virales del epitelio respiratorio por virus como IFV, RV, RSV y HSV pueden desencadenar la producción adicional de ROS como mecanismo antiviral Aizawa et al., 2018; Wang et al., 2018). Además, la infiltración de células en respuesta a la infección, como los neutrófilos, también desencadenará una ruptura respiratoria como medio para aumentar la ROS en la región infectada. El aumento de la ROS y el estrés oxidativo en el ambiente local pueden servir como un desencadenante para promover la inflamación, agravando así la inflamación en las vías respiratorias (Tiwari et al., 2002). En la Figura 2 y la Tabla 1 se muestra un resumen de los posibles mecanismos de exacerbación y los virus asociados. Mientras que los mecanismos subyacentes al desarrollo y exacerbación aguda de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias son ampliamente estudiados para controlar y controlar la enfermedad, una infección viral hace más que sólo causar una exacerbación aguda en estos pacientes. Una exacerbación aguda inducida por virus no sólo induce y empeora los síntomas de la enfermedad, sino que también puede alterar el manejo de la enfermedad o conferir resistencia a tratamientos que funcionaban antes. Por lo tanto, la apreciación de los mecanismos de exacerbaciones agudas inducidas por virus es de importancia clínica para diseñar estrategias para corregir los cambios virales que pueden empeorar los síntomas de la enfermedad inflamatoria de las vías respiratorias crónicas. Otros estudios en exacerbaciones naturales y en modelos de desafíos virales utilizando secuenciación de ARN (ARN-seq) o ARN-seq de una sola célula en un rango de tiempos pueden proporcionar información importante sobre patogénesis viral y cambios inducidos dentro de las vías respiratorias de pacientes con enfermedad inflamatoria de las vías respiratorias crónicas para identificar nuevos objetivos y vías para mejorar el manejo de la enfermedad. El análisis posterior de funciones puede utilizar modelos de células epiteliales como la interfaz aire-líquido, modelo epitelial de vía aérea in vitro que ha sido adaptado para estudiar la infección viral y los cambios inducidos en la vía aérea (Yan et al., 2016; Boda et al., 2018; También se han desarrollado modelos de enfermedades de origen animal para identificar mecanismos sistémicos de exacerbación aguda (Shin, 2016; Gubernatorova et al., 2019; Tanner and Single, 2019). Además, el modelo de ratón humanizado que posee células inmunitarias humanas también puede servir para desentrañar el perfil inmune de una infección viral en estado sano y enfermo (Ito et al., 2019; Li y Di Santo, 2019). Para virus más leves, las infecciones humanas in vivo controladas se pueden realizar para el mejor modo de verificación de la asociación del virus con el mecanismo propuesto de exacerbaciones agudas inducidas virales. Con el advenimiento de modelos enfermos adecuados, la verificación de los mecanismos proporcionará la continuación necesaria para mejorar el tratamiento de las exacerbaciones agudas inducidas virales. En vista de la escasez de medidas preventivas antivirales disponibles sólo para unos pocos virus y vacunas que sólo están disponibles para las infecciones por IFV, se deben explorar más medidas alternativas para mejorar el manejo de la enfermedad. Medidas alternativas dirigidas a nuevos mecanismos de exacerbación aguda inducidos por virus, especialmente en la vía aérea superior, pueden servir como tratamientos complementarios de las estrategias de manejo actualmente disponibles para aumentar su eficacia. Nuevos modelos incluyendo cultivos primarios de células epiteliales bronquiales o nasales humanas, organoides o cortes pulmonares de precisión de pacientes con enfermedad de las vías aéreas en lugar de sujetos sanos pueden ser utilizados para definir mecanismos de exacerbación. Estos mecanismos pueden ser validados en pequeños ensayos clínicos en pacientes con asma o EPOC. Tener múltiples medios de tratamiento también puede reducir los problemas que surgen del desarrollo de resistencia hacia un tratamiento específico.

¿Cuán eficaces son las terapias de ensayo basadas en microbiomas?

Infecciones respiratorias virales en la exacerbación de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías aéreas: nuevos mecanismos e ideas de la vía aérea superior Epiteliohttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7052386/SHA: 45a566c71056ba4faab425b4f7e9edee6320e4a4Autores: Tan, Kai Sen; Lim, Rachel Liyu; Liu, Jing; Ong, Hsiao Hui; Tan, Vivian Jiayi; Lim, Hui Fang; Chung, Kian Fan; Adcock, Ian M.; Chow, Vincent T.; Wang, De YunFecha: 2020-02-25DOI: 10.3389/fcell.2020.00099Licencia: cc-byAbstract: La infección por virus Estas exacerbaciones se asocian a una alta morbilidad e incluso mortalidad en todo el mundo, entendiendo que la infección viral aumenta la inflamación de las vías respiratorias, lo que agrava los síntomas de la enfermedad.Los recientes avances en la interfaz aire-líquido in vitro cultivos 3D, cultivos organoideos y el uso de nuevos modelos de desafío humanos y animales han evocado nuevos entendimientos en cuanto a los mecanismos de exacerbaciones virales.En esta revisión, nos centraremos en los hallazgos recientes que elucidan cómo las infecciones virales respiratorias alteran la barrera epitelial en las vías aéreas, el entorno microbiano de las vías aéreas superiores, modificaciones epigenéticas incluyendo modulación del miRNA y otros cambios en las respuestas inmunes a través de las vías aéreas superiores e inferiores. Primero, revisamos la prevalencia de diferentes infecciones respiratorias virales en causar exacerbaciones en enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Además, destacamos la importancia del viroma dentro del entorno del microbioma de la vía aérea y su impacto en la infección bacteriana posterior, lo que consolida la comprensión de la exacerbación inducida por virus en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias e indica vías que pueden estar dirigidas a un manejo más eficaz de las enfermedades inflamatorias crónicas. Texto: La prevalencia de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias está aumentando en todo el mundo, especialmente en los países desarrollados (GBD 2015 Chronic Respiratory Disease Colaborators, 2017 Guan et al., 2018). Esta enfermedad se caracteriza por inflamación de las vías respiratorias que provoca complicaciones como tos, sibilancia y falta de aliento. La enfermedad puede manifestarse tanto en las vías respiratorias superiores (como rinosinusitis crónica, CRS) como en las vías respiratorias inferiores (como asma y enfermedad pulmonar obstructiva crónica, EPOC) que afectan en gran medida El tratamiento y el manejo varían mucho en eficacia debido a la complejidad y heterogeneidad de la enfermedad. Esto se complica aún más por el efecto de las exacerbaciones episódicas de la enfermedad, definidas como el empeoramiento de los síntomas de la enfermedad, incluyendo sibilancia, tos, falta de aliento y opresión torácica (Xepapadaki y Papadopoulos, 2010). Estas exacerbaciones se deben al efecto de inflamación aguda aumentada de las vías respiratorias que afecta y empeora los síntomas de la enfermedad existente (Hashimoto et al., 2008; Viniol y Vogelmeier, 2018). Estas exacerbaciones agudas son la principal causa de morbilidad y a veces mortalidad en los pacientes, así como resultando en grandes cargas económicas en todo el mundo. Sin embargo, debido a las interacciones complejas entre el huésped y los agentes de exacerbación, los mecanismos de exacerbación pueden variar considerablemente en diferentes individuos bajo Las exacerbaciones agudas suelen deberse a la presencia de factores ambientales como alérgenos, contaminantes, humo, aire frío o seco y microbios patógenos en las vías respiratorias (Gautier y Charpin, 2017; Viniol y Vogelmeier, 2018). Estos agentes provocan una respuesta inmune que conduce a la infiltración de células inmunitarias activadas que liberan además mediadores inflamatorios que causan síntomas agudos como aumento de la producción de mucosidad, tos, sibilancias y falta de aliento. Entre estos agentes, la infección viral es uno de los principales motores de exacerbaciones del asma que representan hasta el 80-90% y el 45-80% de exacerbaciones en niños y adultos, respectivamente (Grissell et al., 2005; Xepapadaki y Papadopoulos, 2010; Jartti y Gern, 2017; Adeli et al., 2019). La participación viral en la exacerbación de la EPOC también es igualmente alta, habiendo sido detectada en el 30-80% de las exacerbaciones agudas de la EPOC (Kherad et al., 2010; Jafarinejad et al., 2017; Stolz et al., 2019). Aunque la prevalencia de exacerbaciones virales en la ERC todavía no está clara, es probable que su prevalencia sea alta debido a la naturaleza inflamatoria similar de estas enfermedades (Rowan et al., 2015; Tan et al., 2017). Una de las razones de la afectación de virus respiratorios en exacerbaciones es su facilidad de transmisión e infección (Kutter et al., 2018). Además, la alta diversidad de virus respiratorios también puede contribuir a exacerbaciones de diferente naturaleza y gravedad (Busse et al., 2010; Costa et al., 2014; Jartti y Gern, 2017) Por lo tanto, es importante identificar los mecanismos exactos que sustentan las exacerbaciones virales en sujetos susceptibles para manejar adecuadamente las exacerbaciones a través de tratamientos complementarios que puedan aliviar los síntomas de exacerbación o prevenir exacerbaciones graves.Si bien la vía aérea inferior es el sitio de inflamación disregulada en la mayoría de las enfermedades inflamatorias crónicas de la vía aérea, la vía aérea superior sigue siendo el primer punto de contacto con fuentes de exacerbación, por lo que su interacción con los agentes de exacerbación puede contribuir directamente a las respuestas posteriores en la vía aérea inferior, en línea con la hipótesis de "United Airway".Para dilucidar la interacción de la vía aérea huésped con virus que conducen a exacerbaciones, enfocamos nuestra revisión en los hallazgos recientes de interacción viral con la vía aérea superior. A pesar de ser una causa importante de exacerbación, los informes que vinculan virus respiratorios a exacerbaciones agudas sólo comienzan a surgir a finales de la década de 1950 (Pattemore et al., 1992) ; con infecciones bacterianas previamente consideradas como el culpable probable de exacerbación aguda (Stevens, 1953; Message y Johnston, 2002). Sin embargo, con el advenimiento de la tecnología PCR, se recuperaron más virus durante exacerbaciones agudas eventos e informes que implicaron su papel emergieron a finales de la década de 1980 (Mensaje y Johnston, 2002). Rhinovirus (RV) y virus respiratorio sincitial (RSV) son los virus predominantes vinculados al desarrollo y exacerbación de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Jarti y Gern, 2017). Otros virus como el virus de la parainfluenza (PIV), el virus de la gripe (IFV) y el adenovirus (AdV) también han sido implicados en exacerbaciones agudas, pero en un grado mucho menor (Johnston et al., 2005; Oliver et al., 2014; Ko et al., 2019). Más recientemente, se han notificado otros virus como el bocavirus (BoV), el metapneumovirus humano (HMPV), ciertas cepas del coronavirus (CoV), una cepa específica del enterovirus (EV-D68), el citomegalovirus humano (hCMV) y el virus del herpes simplex (HSV) que contribuyen a exacerbaciones agudas. La característica común de estos virus es que pueden infectar tanto la vía aérea superior como la inferior, aumentando aún más las condiciones inflamatorias en la vía aérea enferma (Mallia y Johnston, 2006; Los virus respiratorios infectan y replican principalmente dentro de las células epiteliales de la vía aérea. Durante el proceso de replicación, las células liberan factores antivirales y citocinas que alteran la inflamación de la vía aérea local y el nicho de la vía aérea (Busse et al., 2010). En una vía aérea sana, la inflamación normalmente conduce a respuestas inflamatorias tipo 1 consistentes en la activación de un estado antiviral y la infiltración de células efectoras antivirales, lo que eventualmente resulta en la resolución de la respuesta inflamatoria y el aclaramiento de la infección viral (Vareille et al., 2011; Brace et al., 2012). Sin embargo, en una vía aérea crónicamente inflamada, las respuestas contra el virus pueden estar deterioradas o aberrantes, causando inflamación sostenida e infiltración errónea, lo que resulta en la exacerbación de sus síntomas (Mallia y Johnston, 2006; Dougherty y Fahy, 2009; Busse et al., 2010; Britto et al., 2017; Linden et al., 2019). Esto suele agravarse por el aumento de la susceptibilidad de los pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias hacia infecciones respiratorias virales, aumentando así la frecuencia de exacerbación en su conjunto (Dougherty y Fahy, 2009; Busse et al., 2010; Linden et al., 2019). Además, debido a los diferentes ciclos de replicación y respuesta contra la miríada de virus respiratorios, cada virus respiratorio también puede contribuir a exacerbaciones a través de diferentes mecanismos que pueden alterar su Por lo tanto, esta revisión se centrará en compilar y cotejar los actuales mecanismos conocidos de exacerbación viral inducida por enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, así como en vincular la patogénesis de diferentes infecciones virales para dilucidar otras formas potenciales de exacerbación de la enfermedad. La revisión servirá para proporcionar una mayor comprensión de la exacerbación inducida por virus para identificar posibles vías y mecanismos patogénicos que pueden ser dirigidos como cuidados complementarios para el manejo y prevención de la exacerbación. Este enfoque puede ser clínicamente significativo debido a la actual escasez de fármacos antivirales para el manejo de exacerbaciones inducidas por virus, lo que mejorará la calidad de vida de los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias. Una vez establecida la relación entre la infección viral y las exacerbaciones agudas de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias, se han reportado muchos informes sobre los mecanismos subyacentes a la exacerbación inducida por la infección viral respiratoria. Al infectar En general, las células epiteliales de las vías respiratorias infectadas liberan interferones, citoquinas y quimioquinas tipo IL-6, IL-8, IL-12, RANTES, proteína inflamatoria de los macrófagos 1α (MIP-1α) y proteína quimiotáctica de los monocitos 1 (MCP-1) (Wark y Gibson, 2006; Matsukura y otros, 2013) y, a su vez, permiten la infiltración de células innatas inmunes y de células profesionales que presentan antígenos (APCs) que a su vez liberan mediadores específicos para facilitar la focalización y el aclaramiento virales, incluyendo interferón tipo II (IFNγ), IL-2, IL-4, IL-5, IL-9 e IL-12 (Wark y Gibson, 2006; Singh et al., 2010; Brazale Estos factores aumentan la inflamación local y la infiltración de granulocitos, células T y células B (Wark y Gibson, 2006; Brazale et al., 2012). El aumento de la inflamación, a su vez, empeora los síntomas de las enfermedades de las vías respiratorias. Además, en pacientes con asma y pacientes con SCR con pólipo nasal (CRSwNP), las infecciones virales como RV y VRS promueven una respuesta inmune de tipo 2-sesesada (Becker, 2006; Jackson et al., 2014; Jurak et al., 2018). Esto amplifica la inflamación basal tipo 2 resultando en una mayor liberación de IL-4, IL-5, IL-13, RANTES y eotaxina y un aumento adicional de la eosinofilia, un motor patológico clave del asma y CRSwNP (Wark y Gibson, 2006; Singh et al., 2010; Chung et al., 2015; Dunican y Fahy, 2015). El aumento de la eosinofilia, a su vez, empeora los síntomas clásicos de la enfermedad y puede conducir a condiciones potencialmente mortales debido a dificultades respiratorias. Por otro lado, los pacientes con EPOC y los pacientes con SCR sin pólipo nasal (CRSsNP) son más neutrófilos debido a la expresión de quimioattractantes neutrófilos como CXCL9, CXCL10 y CXCL11 (Cukic et al., 2012; Brightling and Greening, 2019). La patología de estas enfermedades de las vías respiratorias se caracteriza por la remodelación de las vías aéreas debido a la presencia de factores de remodelación como las metaloproteinasas de matriz (MMPs) liberadas de neutrófilos infiltrantes (Linden et al., 2019). Las infecciones virales en tales condiciones causarán entonces un aumento de la activación neutrófica; el empeoramiento de los síntomas y la remodelación de las vías respiratorias exacerbando la EPOC, CRSsNP e incluso CRSwNP en ciertos casos (Wang et al., 2009; Tacon et al., 2010; Linden et al., 2019). También se ha identificado recientemente una vía epitelial-céntrica alarmin alrededor de IL-25, IL-33 y linfopoyetina estromal timica (TSLP), y su interacción con las células linfoides innatas del grupo 2 (ILC2) (Nagarkar et al., 2012; Hong et al., 2018; Allinne et al., 2019). IL-25, IL-33 y TSLP son citoquinas inflamatorias de tipo 2 expresadas por las células epiteliales tras la lesión de la barrera epitelial (Gabryelska et al., 2019; Roan et al., 2019). Las ILC2 son un grupo de células linfoides que carecen de receptores de células B y T, pero desempeñan un papel crucial en la secretación de citocinas de tipo 2 para perpetuar la inflamación de tipo 2 cuando se activan (Scanlon y McKenzie, 2012; Li y Hendriks, 2013). En caso de infección viral, la muerte celular y la lesión de la barrera epitelial también inducirán la expresión de IL-25, IL-33 y TSLP, con mayor expresión en una vía aérea inflamada (Alakhverdi et al., 2007; Goldsmith et al., 2012; Byers et al., 2013; Shaw et al., 2013; Beale et al., 2014; Jackson et al., 2014; Uller y Persson, 2018; Ravanetti et al., 2019). Estas 3 citoquinas luego trabajan en concierto para activar ILC2s para segregar más citoquinas tipo 2 IL-4, IL-5 e IL-13 que agravan aún más la inflamación tipo 2 en la vía aérea causando exacerbación aguda (Camelo et al., 2017). En el caso de la EPOC, el aumento de la activación de la ILC2, que retiene la capacidad de diferenciar a la ILC1, también puede aumentar aún más la respuesta neutrófica y agravar aún más la exacerbación (Silver et al., 2016). Curiosamente, estos factores no se liberan en gran medida y no activan una respuesta de la ILC2 durante la infección viral en individuos sanos (Yan et al., 2016; Tan et al., 2018a) ; a pesar de aumentar una exacerbación de tipo 2 en las vías respiratorias crónicamente inflamadas (Jurak et al., 2018). Estos mecanismos clásicos de exacerbaciones agudas inducidas virales se resumen en la Figura 1. A medida que la integración de la virología, microbiología e inmunología de la infección viral se vuelve más interconectada, factores adicionales y FIGURA 1 Tras la infección por virus en la vía aérea, el estado antiviral se activará para eliminar el patógeno invasor de la vía aérea. La respuesta inmunitaria y los factores de lesión liberados del epitelio infectado normalmente inducirían una inmunidad rápida de tipo 1 que facilita el aclaramiento viral. Sin embargo, en la vía aérea inflamada, las citoquinas y quimioquinas liberadas en su lugar aumentaron la inflamación presente en la vía aérea crónicamente inflamada, fortaleciendo la infiltración neutrófila en la vía aérea COPD, e infiltración eosinofílica en la vía aérea asmática. El efecto también se ve agravado por la participación de células Th1 e ILC1 en la vía aérea COPD; y células Th2 e ILC2 en la vía aérea asmática. (2006) ha subrayado el efecto sinérgico de la infección viral con otros agentes sensibilizantes para causar exacerbaciones agudas más graves en las vías respiratorias, especialmente cuando no todos los eventos de exacerbación ocurrieron durante la infección viral, pero también pueden ocurrir mucho después del aclaramiento viral (Kim et al., 2008; Stolz et al., 2019), en particular el inicio tardío de una infección bacteriana (Singanayagam et al., 2018 (Singanayagam et al., 2019a). Además, los virus no necesitan infectar directamente la vía aérea inferior para causar una exacerbación aguda, ya que el epitelio nasal sigue siendo el lugar principal de la mayoría de las infecciones. Además, no todas las infecciones virales de la vía aérea darán lugar a exacerbaciones agudas, sugiriendo una interacción más compleja entre el virus y el epitelio de la vía aérea superior que sinergizan con el entorno de la vía aérea local en línea con la hipótesis de la "vía aérea unida" (Kurai et al., 2013). Por otro lado, las infecciones virales o sus componentes persisten en pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de la vía aérea (Kling et al., 2005; Wood et al., 2011; Ravi et al., 2019). Por lo tanto, su presencia puede alterar aún más el entorno local y contribuir a exacerbaciones actuales y futuras. Los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias han disminuido o reducido la capacidad de aclaramiento viral (Hammond et al., 2015; McKendry et al., 2016; Akbarshahi et al., 2018; Gill et al., 2018; Wang et al., 2018; Singanayagam et al., 2019b). Su deterioro se debe a una respuesta inflamatoria de tipo 2 que priva a la vía aérea de importantes células CD8 receptivas de tipo 1 que son responsables del aclaramiento completo de las células infectadas por el virus (Becker, 2006; McKendry et al., 2016). Esto es especialmente evidente en virus débiles que inducen la inflamación tipo 1 como RV y RSV (Kling et al., 2005; Wood et al., 2011; Ravi et al., 2019). Además, también hay evidencia de reducción de la producción de interferón tipo I (IFNβ) y III (IFN/23370/) debido a la inflamación de tipo 2-secado, que contribuye al aclaramiento imperfecto del virus, lo que resulta en la persistencia de componentes virales, o el virus vivo en el epitelio de las vías respiratorias (Contoli et al., 2006; Hwang et al., 2019; Wark, 2019). Debido a los componentes virales que permanecen en las vías respiratorias, genes antivirales como los interferones de tipo I, factores de activación de la inflamación y citoquinas permanecieron activados dando lugar a inflamación prolongada de las vías respiratorias (Wood et al., 2011; Essaidi-Laziosi et al., 2018). Estos factores aumentan la infiltración de granulocitos prolongando así los síntomas de exacerbación. Esta inflamación persistente también puede encontrarse dentro de virus del ADN como AdV, hCMV y HSV, cuyas infecciones generalmente persisten más tiempo (Imperial y Jiang, 2015), contribuyendo aún más a la activación crónica de la inflamación cuando infectan la vía aérea (Yang et al., 2008; Morimoto et al., 2009; Imperiale y Jiang, 2015; Lan et al., 2016; Tan et al., 2016; Kowalski et al., 2017). Con esa nota, el virus del papiloma humano (VPH), un virus del ADN muy asociado con cánceres de cabeza y cuello y papilomatosis respiratoria, también está relacionado con la inflamación crónica que precede a las neoplasias malignas (de Visser et al., 2005; Gillison et al., 2012; Bonomi et al., 2014; Fernandes et al., 2015). Por lo tanto, el papel de la infección por VPH en causar inflamación crónica en las vías respiratorias y su asociación a exacerbaciones de las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas, que apenas se explora, debe ser investigado en el futuro. Además, la persistencia viral que conduce a la expresión continua de genes antivirales también puede conducir al desarrollo de resistencia a los esteroides, que se observa con la infección por RV, VRS y PIV (Chi et al., 2011; Ford et al., 2013; Papi et al., 2013). El uso de esteroides para suprimir la inflamación también puede causar que el virus persista más tiempo en las vías respiratorias debido a la falta de aclaramiento antiviral (Kim et al., 2008; Hammond et al., 2015; Hewitt et al., 2016; McKendry et al., 2016; Singanayagam et al., 2019b). El desarrollo concomitante de resistencia a los esteroides, junto con la repetición o prolongación de la infección viral, añadió una carga considerable al manejo de la exacerbación aguda, que debería ser el foco futuro de la investigación para resolver las complicaciones duales derivadas de la infección viral. En el otro extremo del espectro, los virus que inducen una fuerte inflamación tipo 1 y la muerte celular como IFV (Yan et al., 2016; Guibas et al., 2018) y ciertos CoV (incluyendo el virus COVID-19 recientemente surgido) (Tao et al., 2013; Yue et al., 2018; Zhu et al., 2020), pueden no causar inflamación prolongada debido a la fuerte inducción del aclaramiento antiviral. Sin embargo, estas infecciones causan daño masivo y muerte celular a la barrera epitelial, tanto que las áreas del epitelio pueden estar completamente ausentes después de la infección (Yan et al., 2016; Tan et Factores como el RANTES y el CXCL10, que reclutan células inmunitarias para inducir apoptosis, son fuertemente inducidos por el epitelio infectado por IFV (Ampomah et al., 2018; Tan et al., 2019). Además, factores necroptóticos como el RIP3 agravan aún más las muertes celulares en el epitelio infectado por IFV. La muerte celular masiva inducida puede provocar un empeoramiento de la exacerbación aguda debido a la liberación de su contenido celular en las vías respiratorias, evocando una respuesta inflamatoria en las vías respiratorias (Guibas et al., 2018). Además, la destrucción de la barrera epitelial puede causar un mayor contacto con otros patógenos y alérgenos en las vías respiratorias que pueden prolongar las exacerbaciones o provocar nuevas exacerbaciones. La destrucción epitelial también puede promover una mayor remodelación epitelial durante su regeneración, ya que la infección viral induce la expresión de genes remodeladores como MMPs y factores de crecimiento. Infecciones que causan destrucción masiva del epitelio, como IFV, generalmente resultan en exacerbaciones agudas graves con síntomas no clásicos de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Afortunadamente, hay vacunas anuales disponibles para prevenir infecciones por IFV (Vasileiou et al., 2017; Zheng et al., 2018) ; y se recomienda que los pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias reciban su vacunación anual contra la gripe como el mejor medio para prevenir la exacerbación inducida por IFV grave. Otro mecanismo que las infecciones virales pueden utilizar para provocar exacerbaciones agudas es la inducción de factores de vasodilación o apertura de la unión estrecha que pueden aumentar la tasa de infiltración. Infección con una multitud de virus respiratorios Esto también aumenta las posibilidades de que los alérgenos entren en contacto con las células inmunitarias de las vías respiratorias. Por ejemplo, se encontró que la infección por IFV induce oncostatina M (OSM) lo que causa una apertura estrecha de la unión (Pothoven et al., 2015; Tian et al., 2018). De manera similar, las infecciones por RV y VRS suelen causar una apertura estrecha de la unión que también puede aumentar la tasa de infiltración de eosinófilos y, por lo tanto, empeorar los síntomas clásicos de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Sajjan et al., 2008; Kast et al., 2017; Kim et al., 2018). Además, la expresión de factores vasodilatadores y factores homeostáticos fluidos como angiopoietin-like 4 (ANGPTL4) y bactericida/permeabilidad en aumento que contienen pliegues familiares A1 (BPIFA1) también están asociados con infecciones virales y desarrollo de neumonía, que pueden empeorar la inflamación en la vía aérea baja Akram et al., 2018). Estos factores pueden servir como objetivos para prevenir exacerbaciones inducidas por virus durante el manejo de la exacerbación aguda de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias. Otro área de interés reciente es la relación entre asma y exacerbaciones de la EPOC y su asociación con el microbioma de las vías respiratorias. El desarrollo de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias suele estar relacionado con especies bacterianas específicas en el microbioma que pueden prosperar en el entorno de las vías respiratorias inflamadas (Diver et al., 2019) En el caso de una infección viral como la infección por RV, el efecto inducido por el virus puede desestabilizar el equilibrio del microbioma presente (Molyneaux et al., 2013; Kloepfer et al., 2014; Kloepfer et al., 2017; Jubinville et al., 2018; van Rijn et al., 2019). Además, la infección viral puede alterar colonias de biofilm en la vía aérea superior (por ejemplo, Streptococcus pneumoniae) microbioma para liberarse en la vía aérea inferior y empeorar la inflamación (Marks et al., 2013; Chao et al., 2014). Además, una infección viral también puede alterar el perfil de nutrientes en la vía aérea a través de la liberación de nutrientes previamente inaccesibles que alterarán el crecimiento bacteriano (Siegel et al., 2014; Mallia et al., 2018 Además, la desestabilización se ve agravada por una respuesta inmune bacteriana alterada, ya sea por influencias virales directas, o por el uso de corticosteroides para suprimir los síntomas de exacerbación (Singanayagam et al., 2018 (Singanayagam et al., 2019a Wang et al., 2018; Finney et al., 2019). Todos estos cambios pueden llevar gradualmente a un efecto de mayor alcance cuando la flora normal es reemplazada por patógenos oportunistas, alterando los perfiles inflamatorios (Teo et al., 2018). Estos cambios a su vez pueden resultar en exacerbaciones agudas más graves y frecuentes debido a la interacción entre el virus y las bacterias patógenas en exacerbar las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas (Wark et al., 2013; Singanayagam et al., 2018). Para contrarrestar estos efectos, las terapias basadas en microbiomas están en su infancia, pero han demostrado eficacia en los tratamientos del síndrome del intestino irritable restaurando el microbioma intestinal (Bakken et al., 2011). Más investigaciones pueden ser hechas de manera similar para que el microbioma de las vías respiratorias pueda restaurar el microbioma después de la interrupción por una infección viral. Las infecciones virales pueden causar la interrupción de la función mucociliar, un componente importante de la barrera epitelial. Proteínas ciliares FIGURA 2 Cambios en el epitelio de las vías respiratorias superiores que contribuyen a la exacerbación viral en enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. El epitelio de las vías respiratorias superiores es el sitio principal de contacto/infección de la mayoría de los virus respiratorios. Por lo tanto, su infección por virus respiratorios puede tener consecuencias de gran alcance en el aumento y La destrucción de la barrera epitelial, la función mucociliar y la muerte celular de las células epitelial sirven para aumentar el contacto entre los desencadenantes ambientales con la vía aérea inferior y las células inmunes residentes. La apertura de la unión estrecha aumentando la fuga aumenta aún más la inflamación y exacerbaciones. Además, las infecciones virales se acompañan generalmente con estrés oxidativo que aumentará aún más la inflamación local en las vías respiratorias. La disregulación de la inflamación puede ser agravada por la modulación de los miRNAs y la modificación epigenética como la metilación del ADN y las modificaciones histonas que promueven la disregulación en la inflamación. Finalmente, el cambio en el ambiente de las vías respiratorias locales y la inflamación promueve el crecimiento de bacterias patógenas que pueden reemplazar al microbioma de las vías respiratorias. Además, el ambiente inflamatorio también puede dispersar los comans de las vías aéreas superiores en la vía aérea Rasgo específico viral que contribuye al mecanismo de exacerbación (con evidencia en la literatura) Estrés oxidativo Producción de ROS (RV, RSV, IFV, HSV)Como RV, RSV e IFV fueron los virus más frecuentemente estudiados en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, la mayoría de los virus enumerados son predominantemente estos virus. Sin embargo, los mecanismos aquí descritos también pueden ser aplicables a otros virus, pero no pueden ser listados ya que no estuvieron implicados en el contexto de exacerbación de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (ver texto para abreviaciones). que ayudan en la función adecuada de los cilios móviles en las vías respiratorias se expresan aberrantemente en células epiteliales de las vías respiratorias ciliadas que son el principal objetivo para la infección por RV (Griggs et al., 2017). Tal forma de cilia discinesia secundaria parece estar presente con inflamaciones crónicas en la vía aérea, pero los mecanismos exactos todavía son desconocidos (Peng et al.,, 2019 Qiu et al., 2018). Sin embargo, se encontró que en la infección viral como IFV, puede haber un cambio en el metabolismo de las células, así como una alteración en la expresión del gen ciliar, principalmente en la forma de regulación descendente de los genes como la cadena pesada dynein axonemal 5 (DNAH5) y diferenciación multiciliada y síntesis de ADN asociada a la proteína del ciclo celular (MCIDAS) (Tan et al., 2018b. El recientemente surgido Wuhan CoV también se encontró para reducir la paliza ciliar en el modelo epitelial de la vía aérea infectado (Zhu et al., 2020). Además, se demostró que las infecciones virales como el VRS destruyen directamente los cilios de las células ciliadas y casi todos los virus respiratorios infectan las células ciliadas (Jumat et al., 2015; Yan et al., 2016; Tan et al., 2018a). Además, la sobreproducción de mucosidad también puede alterar el equilibrio de la función mucociliar después de la infección viral, dando lugar a síntomas de exacerbación aguda (Zhu et al., 2009). Por lo tanto, la interrupción del movimiento ciliar durante la infección viral puede causar más material extraño y alérgeno para entrar en la vía aérea, agravando los síntomas de exacerbación aguda y haciendo más difícil de manejar. Los microRNAs (miRNAs) son ARNs cortos no codificantes involucrados en la modulación post-transcripción de los procesos biológicos, e implicados en una serie de enfermedades (Tan et al., 2014). Los miRNAs se encuentran inducidos por infecciones virales y pueden jugar un papel en la modulación de las respuestas antivirales y la inflamación (Gutierrez et al., 2016; Deng et al., 2017; Feng et al., 2018). En el caso de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, se encontró que los cambios circulantes de miRNAs están relacionados con la exacerbación de las enfermedades (Wardzynska et al., 2020). Por lo tanto, es probable que tales cambios de miRNAs se originan desde el epitelio infectado y las células inmunes que responden, que pueden servir para disregular aún más la inflamación de las vías Tanto las infecciones por IFV como las por VRS han demostrado aumentar miR-21 y aumentar la inflamación en los modelos experimentales de asma murina, lo que se invierte con un tratamiento combinado de antimiR-21 y corticosteroides (Kim et al., 2017). La infección por IFV también se muestra aumentando miR-125a y b, y miR-132 en el epitelio de EPOC que inhibe A20 y MAVS; y p300 e IRF3, respectivamente, lo que resulta en una mayor susceptibilidad a las infecciones virales (Hsu et al., 2016 (Hsu et al., 2017). Por el contrario, se demostró que miR-22 se suprimió en el epitelio asmático en la infección por IFV, lo que da lugar a una respuesta epitelial aberranta, contribuyendo a exacerbaciones (Moheimani et al., 2018). Aparte de estas evidencias directas de cambios en el miRNA en contribuir a exacerbaciones, un aumento del número de miRNAs y otros ARNs no codificantes responsables de la modulación inmune se encuentran alterados después de infecciones virales (Globinska et al., 2014; Feng et al., 2018; Hasegawa et al., 2018). Por lo tanto, los ARNs no codificantes también se presentan como objetivos para modular los cambios virales inducidos en las vías respiratorias como un medio para controlar la exacerbación de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Aparte de la modulación de miRNA, otras modificaciones epigenéticas como la metilación del ADN también pueden desempeñar un papel en la exacerbación de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Al mismo tiempo, también se demostró que las infecciones virales como RV y VRS alteran la metilación del ADN y las modificaciones histonas en el epitelio de las vías respiratorias que pueden alterar las respuestas inflamatorias, provocando enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias y exacerbaciones (McErlean et al., 2014; Pech et al., 2018; Caixia et al., 2019). Además, Spalluto et al. (2017) también mostraron que factores antivirales como IFNγ epigenéticamente modifican la resistencia viral de las células epiteliales. Por lo tanto, esto puede indicar que infecciones como RV y VRS que débilmente inducen respuestas antivirales pueden resultar en un estado inflamatorio alterado que contribuye a una mayor persistencia viral y exacerbación de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Spalluto et al., 2017). Finalmente, la infección viral puede resultar en una mayor producción de especies reactivas de oxígeno (ROS), estrés oxidativo y disfunción mitocondrial en el epitelio de las vías respiratorias (Kim et al., 2018; Mishra et al., 2018; Wang et al., 2018). El epitelio de las vías respiratorias de los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias suelen estar bajo un estado de estrés oxidativo constante que sostiene la inflamación de las vías respiratorias (Barnes, 2017; van der Vliet et al., 2018). Las infecciones virales del epitelio respiratorio por virus como IFV, RV, RSV y HSV pueden desencadenar la producción adicional de ROS como mecanismo antiviral Aizawa et al., 2018; Wang et al., 2018). Además, la infiltración de células en respuesta a la infección, como los neutrófilos, también desencadenará una ruptura respiratoria como medio para aumentar la ROS en la región infectada. El aumento de la ROS y el estrés oxidativo en el ambiente local pueden servir como un desencadenante para promover la inflamación, agravando así la inflamación en las vías respiratorias (Tiwari et al., 2002). En la Figura 2 y la Tabla 1 se muestra un resumen de los posibles mecanismos de exacerbación y los virus asociados. Mientras que los mecanismos subyacentes al desarrollo y exacerbación aguda de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias son ampliamente estudiados para controlar y controlar la enfermedad, una infección viral hace más que sólo causar una exacerbación aguda en estos pacientes. Una exacerbación aguda inducida por virus no sólo induce y empeora los síntomas de la enfermedad, sino que también puede alterar el manejo de la enfermedad o conferir resistencia a tratamientos que funcionaban antes. Por lo tanto, la apreciación de los mecanismos de exacerbaciones agudas inducidas por virus es de importancia clínica para diseñar estrategias para corregir los cambios virales que pueden empeorar los síntomas de la enfermedad inflamatoria de las vías respiratorias crónicas. Otros estudios en exacerbaciones naturales y en modelos de desafíos virales utilizando secuenciación de ARN (ARN-seq) o ARN-seq de una sola célula en un rango de tiempos pueden proporcionar información importante sobre patogénesis viral y cambios inducidos dentro de las vías respiratorias de pacientes con enfermedad inflamatoria de las vías respiratorias crónicas para identificar nuevos objetivos y vías para mejorar el manejo de la enfermedad. El análisis posterior de funciones puede utilizar modelos de células epiteliales como la interfaz aire-líquido, modelo epitelial de vía aérea in vitro que ha sido adaptado para estudiar la infección viral y los cambios inducidos en la vía aérea (Yan et al., 2016; Boda et al., 2018; También se han desarrollado modelos de enfermedades de origen animal para identificar mecanismos sistémicos de exacerbación aguda (Shin, 2016; Gubernatorova et al., 2019; Tanner and Single, 2019). Además, el modelo de ratón humanizado que posee células inmunitarias humanas también puede servir para desentrañar el perfil inmune de una infección viral en estado sano y enfermo (Ito et al., 2019; Li y Di Santo, 2019). Para virus más leves, las infecciones humanas in vivo controladas se pueden realizar para el mejor modo de verificación de la asociación del virus con el mecanismo propuesto de exacerbaciones agudas inducidas virales. Con el advenimiento de modelos enfermos adecuados, la verificación de los mecanismos proporcionará la continuación necesaria para mejorar el tratamiento de las exacerbaciones agudas inducidas virales. En vista de la escasez de medidas preventivas antivirales disponibles sólo para unos pocos virus y vacunas que sólo están disponibles para las infecciones por IFV, se deben explorar más medidas alternativas para mejorar el manejo de la enfermedad. Medidas alternativas dirigidas a nuevos mecanismos de exacerbación aguda inducidos por virus, especialmente en la vía aérea superior, pueden servir como tratamientos complementarios de las estrategias de manejo actualmente disponibles para aumentar su eficacia. Nuevos modelos incluyendo cultivos primarios de células epiteliales bronquiales o nasales humanas, organoides o cortes pulmonares de precisión de pacientes con enfermedad de las vías aéreas en lugar de sujetos sanos pueden ser utilizados para definir mecanismos de exacerbación. Estos mecanismos pueden ser validados en pequeños ensayos clínicos en pacientes con asma o EPOC. Tener múltiples medios de tratamiento también puede reducir los problemas que surgen del desarrollo de resistencia hacia un tratamiento específico.

¿Qué pueden causar las infecciones virales?

Infecciones respiratorias virales en la exacerbación de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías aéreas: nuevos mecanismos e ideas de la vía aérea superior Epiteliohttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7052386/SHA: 45a566c71056ba4faab425b4f7e9edee6320e4a4Autores: Tan, Kai Sen; Lim, Rachel Liyu; Liu, Jing; Ong, Hsiao Hui; Tan, Vivian Jiayi; Lim, Hui Fang; Chung, Kian Fan; Adcock, Ian M.; Chow, Vincent T.; Wang, De YunFecha: 2020-02-25DOI: 10.3389/fcell.2020.00099Licencia: cc-byAbstract: La infección por virus Estas exacerbaciones se asocian a una alta morbilidad e incluso mortalidad en todo el mundo, entendiendo que la infección viral aumenta la inflamación de las vías respiratorias, lo que agrava los síntomas de la enfermedad.Los recientes avances en la interfaz aire-líquido in vitro cultivos 3D, cultivos organoideos y el uso de nuevos modelos de desafío humanos y animales han evocado nuevos entendimientos en cuanto a los mecanismos de exacerbaciones virales.En esta revisión, nos centraremos en los hallazgos recientes que elucidan cómo las infecciones virales respiratorias alteran la barrera epitelial en las vías aéreas, el entorno microbiano de las vías aéreas superiores, modificaciones epigenéticas incluyendo modulación del miRNA y otros cambios en las respuestas inmunes a través de las vías aéreas superiores e inferiores. Primero, revisamos la prevalencia de diferentes infecciones respiratorias virales en causar exacerbaciones en enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Además, destacamos la importancia del viroma dentro del entorno del microbioma de la vía aérea y su impacto en la infección bacteriana posterior, lo que consolida la comprensión de la exacerbación inducida por virus en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias e indica vías que pueden estar dirigidas a un manejo más eficaz de las enfermedades inflamatorias crónicas. Texto: La prevalencia de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias está aumentando en todo el mundo, especialmente en los países desarrollados (GBD 2015 Chronic Respiratory Disease Colaborators, 2017 Guan et al., 2018). Esta enfermedad se caracteriza por inflamación de las vías respiratorias que provoca complicaciones como tos, sibilancia y falta de aliento. La enfermedad puede manifestarse tanto en las vías respiratorias superiores (como rinosinusitis crónica, CRS) como en las vías respiratorias inferiores (como asma y enfermedad pulmonar obstructiva crónica, EPOC) que afectan en gran medida El tratamiento y el manejo varían mucho en eficacia debido a la complejidad y heterogeneidad de la enfermedad. Esto se complica aún más por el efecto de las exacerbaciones episódicas de la enfermedad, definidas como el empeoramiento de los síntomas de la enfermedad, incluyendo sibilancia, tos, falta de aliento y opresión torácica (Xepapadaki y Papadopoulos, 2010). Estas exacerbaciones se deben al efecto de inflamación aguda aumentada de las vías respiratorias que afecta y empeora los síntomas de la enfermedad existente (Hashimoto et al., 2008; Viniol y Vogelmeier, 2018). Estas exacerbaciones agudas son la principal causa de morbilidad y a veces mortalidad en los pacientes, así como resultando en grandes cargas económicas en todo el mundo. Sin embargo, debido a las interacciones complejas entre el huésped y los agentes de exacerbación, los mecanismos de exacerbación pueden variar considerablemente en diferentes individuos bajo Las exacerbaciones agudas suelen deberse a la presencia de factores ambientales como alérgenos, contaminantes, humo, aire frío o seco y microbios patógenos en las vías respiratorias (Gautier y Charpin, 2017; Viniol y Vogelmeier, 2018). Estos agentes provocan una respuesta inmune que conduce a la infiltración de células inmunitarias activadas que liberan además mediadores inflamatorios que causan síntomas agudos como aumento de la producción de mucosidad, tos, sibilancias y falta de aliento. Entre estos agentes, la infección viral es uno de los principales motores de exacerbaciones del asma que representan hasta el 80-90% y el 45-80% de exacerbaciones en niños y adultos, respectivamente (Grissell et al., 2005; Xepapadaki y Papadopoulos, 2010; Jartti y Gern, 2017; Adeli et al., 2019). La participación viral en la exacerbación de la EPOC también es igualmente alta, habiendo sido detectada en el 30-80% de las exacerbaciones agudas de la EPOC (Kherad et al., 2010; Jafarinejad et al., 2017; Stolz et al., 2019). Aunque la prevalencia de exacerbaciones virales en la ERC todavía no está clara, es probable que su prevalencia sea alta debido a la naturaleza inflamatoria similar de estas enfermedades (Rowan et al., 2015; Tan et al., 2017). Una de las razones de la afectación de virus respiratorios en exacerbaciones es su facilidad de transmisión e infección (Kutter et al., 2018). Además, la alta diversidad de virus respiratorios también puede contribuir a exacerbaciones de diferente naturaleza y gravedad (Busse et al., 2010; Costa et al., 2014; Jartti y Gern, 2017) Por lo tanto, es importante identificar los mecanismos exactos que sustentan las exacerbaciones virales en sujetos susceptibles para manejar adecuadamente las exacerbaciones a través de tratamientos complementarios que puedan aliviar los síntomas de exacerbación o prevenir exacerbaciones graves.Si bien la vía aérea inferior es el sitio de inflamación disregulada en la mayoría de las enfermedades inflamatorias crónicas de la vía aérea, la vía aérea superior sigue siendo el primer punto de contacto con fuentes de exacerbación, por lo que su interacción con los agentes de exacerbación puede contribuir directamente a las respuestas posteriores en la vía aérea inferior, en línea con la hipótesis de "United Airway".Para dilucidar la interacción de la vía aérea huésped con virus que conducen a exacerbaciones, enfocamos nuestra revisión en los hallazgos recientes de interacción viral con la vía aérea superior. A pesar de ser una causa importante de exacerbación, los informes que vinculan virus respiratorios a exacerbaciones agudas sólo comienzan a surgir a finales de la década de 1950 (Pattemore et al., 1992) ; con infecciones bacterianas previamente consideradas como el culpable probable de exacerbación aguda (Stevens, 1953; Message y Johnston, 2002). Sin embargo, con el advenimiento de la tecnología PCR, se recuperaron más virus durante exacerbaciones agudas eventos e informes que implicaron su papel emergieron a finales de la década de 1980 (Mensaje y Johnston, 2002). Rhinovirus (RV) y virus respiratorio sincitial (RSV) son los virus predominantes vinculados al desarrollo y exacerbación de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Jarti y Gern, 2017). Otros virus como el virus de la parainfluenza (PIV), el virus de la gripe (IFV) y el adenovirus (AdV) también han sido implicados en exacerbaciones agudas, pero en un grado mucho menor (Johnston et al., 2005; Oliver et al., 2014; Ko et al., 2019). Más recientemente, se han notificado otros virus como el bocavirus (BoV), el metapneumovirus humano (HMPV), ciertas cepas del coronavirus (CoV), una cepa específica del enterovirus (EV-D68), el citomegalovirus humano (hCMV) y el virus del herpes simplex (HSV) que contribuyen a exacerbaciones agudas. La característica común de estos virus es que pueden infectar tanto la vía aérea superior como la inferior, aumentando aún más las condiciones inflamatorias en la vía aérea enferma (Mallia y Johnston, 2006; Los virus respiratorios infectan y replican principalmente dentro de las células epiteliales de la vía aérea. Durante el proceso de replicación, las células liberan factores antivirales y citocinas que alteran la inflamación de la vía aérea local y el nicho de la vía aérea (Busse et al., 2010). En una vía aérea sana, la inflamación normalmente conduce a respuestas inflamatorias tipo 1 consistentes en la activación de un estado antiviral y la infiltración de células efectoras antivirales, lo que eventualmente resulta en la resolución de la respuesta inflamatoria y el aclaramiento de la infección viral (Vareille et al., 2011; Brace et al., 2012). Sin embargo, en una vía aérea crónicamente inflamada, las respuestas contra el virus pueden estar deterioradas o aberrantes, causando inflamación sostenida e infiltración errónea, lo que resulta en la exacerbación de sus síntomas (Mallia y Johnston, 2006; Dougherty y Fahy, 2009; Busse et al., 2010; Britto et al., 2017; Linden et al., 2019). Esto suele agravarse por el aumento de la susceptibilidad de los pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias hacia infecciones respiratorias virales, aumentando así la frecuencia de exacerbación en su conjunto (Dougherty y Fahy, 2009; Busse et al., 2010; Linden et al., 2019). Además, debido a los diferentes ciclos de replicación y respuesta contra la miríada de virus respiratorios, cada virus respiratorio también puede contribuir a exacerbaciones a través de diferentes mecanismos que pueden alterar su Por lo tanto, esta revisión se centrará en compilar y cotejar los actuales mecanismos conocidos de exacerbación viral inducida por enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, así como en vincular la patogénesis de diferentes infecciones virales para dilucidar otras formas potenciales de exacerbación de la enfermedad. La revisión servirá para proporcionar una mayor comprensión de la exacerbación inducida por virus para identificar posibles vías y mecanismos patogénicos que pueden ser dirigidos como cuidados complementarios para el manejo y prevención de la exacerbación. Este enfoque puede ser clínicamente significativo debido a la actual escasez de fármacos antivirales para el manejo de exacerbaciones inducidas por virus, lo que mejorará la calidad de vida de los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias. Una vez establecida la relación entre la infección viral y las exacerbaciones agudas de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias, se han reportado muchos informes sobre los mecanismos subyacentes a la exacerbación inducida por la infección viral respiratoria. Al infectar En general, las células epiteliales de las vías respiratorias infectadas liberan interferones, citoquinas y quimioquinas tipo IL-6, IL-8, IL-12, RANTES, proteína inflamatoria de los macrófagos 1α (MIP-1α) y proteína quimiotáctica de los monocitos 1 (MCP-1) (Wark y Gibson, 2006; Matsukura y otros, 2013) y, a su vez, permiten la infiltración de células innatas inmunes y de células profesionales que presentan antígenos (APCs) que a su vez liberan mediadores específicos para facilitar la focalización y el aclaramiento virales, incluyendo interferón tipo II (IFNγ), IL-2, IL-4, IL-5, IL-9 e IL-12 (Wark y Gibson, 2006; Singh et al., 2010; Brazale Estos factores aumentan la inflamación local y la infiltración de granulocitos, células T y células B (Wark y Gibson, 2006; Brazale et al., 2012). El aumento de la inflamación, a su vez, empeora los síntomas de las enfermedades de las vías respiratorias. Además, en pacientes con asma y pacientes con SCR con pólipo nasal (CRSwNP), las infecciones virales como RV y VRS promueven una respuesta inmune de tipo 2-sesesada (Becker, 2006; Jackson et al., 2014; Jurak et al., 2018). Esto amplifica la inflamación basal tipo 2 resultando en una mayor liberación de IL-4, IL-5, IL-13, RANTES y eotaxina y un aumento adicional de la eosinofilia, un motor patológico clave del asma y CRSwNP (Wark y Gibson, 2006; Singh et al., 2010; Chung et al., 2015; Dunican y Fahy, 2015). El aumento de la eosinofilia, a su vez, empeora los síntomas clásicos de la enfermedad y puede conducir a condiciones potencialmente mortales debido a dificultades respiratorias. Por otro lado, los pacientes con EPOC y los pacientes con SCR sin pólipo nasal (CRSsNP) son más neutrófilos debido a la expresión de quimioattractantes neutrófilos como CXCL9, CXCL10 y CXCL11 (Cukic et al., 2012; Brightling and Greening, 2019). La patología de estas enfermedades de las vías respiratorias se caracteriza por la remodelación de las vías aéreas debido a la presencia de factores de remodelación como las metaloproteinasas de matriz (MMPs) liberadas de neutrófilos infiltrantes (Linden et al., 2019). Las infecciones virales en tales condiciones causarán entonces un aumento de la activación neutrófica; el empeoramiento de los síntomas y la remodelación de las vías respiratorias exacerbando la EPOC, CRSsNP e incluso CRSwNP en ciertos casos (Wang et al., 2009; Tacon et al., 2010; Linden et al., 2019). También se ha identificado recientemente una vía epitelial-céntrica alarmin alrededor de IL-25, IL-33 y linfopoyetina estromal timica (TSLP), y su interacción con las células linfoides innatas del grupo 2 (ILC2) (Nagarkar et al., 2012; Hong et al., 2018; Allinne et al., 2019). IL-25, IL-33 y TSLP son citoquinas inflamatorias de tipo 2 expresadas por las células epiteliales tras la lesión de la barrera epitelial (Gabryelska et al., 2019; Roan et al., 2019). Las ILC2 son un grupo de células linfoides que carecen de receptores de células B y T, pero desempeñan un papel crucial en la secretación de citocinas de tipo 2 para perpetuar la inflamación de tipo 2 cuando se activan (Scanlon y McKenzie, 2012; Li y Hendriks, 2013). En caso de infección viral, la muerte celular y la lesión de la barrera epitelial también inducirán la expresión de IL-25, IL-33 y TSLP, con mayor expresión en una vía aérea inflamada (Alakhverdi et al., 2007; Goldsmith et al., 2012; Byers et al., 2013; Shaw et al., 2013; Beale et al., 2014; Jackson et al., 2014; Uller y Persson, 2018; Ravanetti et al., 2019). Estas 3 citoquinas luego trabajan en concierto para activar ILC2s para segregar más citoquinas tipo 2 IL-4, IL-5 e IL-13 que agravan aún más la inflamación tipo 2 en la vía aérea causando exacerbación aguda (Camelo et al., 2017). En el caso de la EPOC, el aumento de la activación de la ILC2, que retiene la capacidad de diferenciar a la ILC1, también puede aumentar aún más la respuesta neutrófica y agravar aún más la exacerbación (Silver et al., 2016). Curiosamente, estos factores no se liberan en gran medida y no activan una respuesta de la ILC2 durante la infección viral en individuos sanos (Yan et al., 2016; Tan et al., 2018a) ; a pesar de aumentar una exacerbación de tipo 2 en las vías respiratorias crónicamente inflamadas (Jurak et al., 2018). Estos mecanismos clásicos de exacerbaciones agudas inducidas virales se resumen en la Figura 1. A medida que la integración de la virología, microbiología e inmunología de la infección viral se vuelve más interconectada, factores adicionales y FIGURA 1 Tras la infección por virus en la vía aérea, el estado antiviral se activará para eliminar el patógeno invasor de la vía aérea. La respuesta inmunitaria y los factores de lesión liberados del epitelio infectado normalmente inducirían una inmunidad rápida de tipo 1 que facilita el aclaramiento viral. Sin embargo, en la vía aérea inflamada, las citoquinas y quimioquinas liberadas en su lugar aumentaron la inflamación presente en la vía aérea crónicamente inflamada, fortaleciendo la infiltración neutrófila en la vía aérea COPD, e infiltración eosinofílica en la vía aérea asmática. El efecto también se ve agravado por la participación de células Th1 e ILC1 en la vía aérea COPD; y células Th2 e ILC2 en la vía aérea asmática. (2006) ha subrayado el efecto sinérgico de la infección viral con otros agentes sensibilizantes para causar exacerbaciones agudas más graves en las vías respiratorias, especialmente cuando no todos los eventos de exacerbación ocurrieron durante la infección viral, pero también pueden ocurrir mucho después del aclaramiento viral (Kim et al., 2008; Stolz et al., 2019), en particular el inicio tardío de una infección bacteriana (Singanayagam et al., 2018 (Singanayagam et al., 2019a). Además, los virus no necesitan infectar directamente la vía aérea inferior para causar una exacerbación aguda, ya que el epitelio nasal sigue siendo el lugar principal de la mayoría de las infecciones. Además, no todas las infecciones virales de la vía aérea darán lugar a exacerbaciones agudas, sugiriendo una interacción más compleja entre el virus y el epitelio de la vía aérea superior que sinergizan con el entorno de la vía aérea local en línea con la hipótesis de la "vía aérea unida" (Kurai et al., 2013). Por otro lado, las infecciones virales o sus componentes persisten en pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de la vía aérea (Kling et al., 2005; Wood et al., 2011; Ravi et al., 2019). Por lo tanto, su presencia puede alterar aún más el entorno local y contribuir a exacerbaciones actuales y futuras. Los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias han disminuido o reducido la capacidad de aclaramiento viral (Hammond et al., 2015; McKendry et al., 2016; Akbarshahi et al., 2018; Gill et al., 2018; Wang et al., 2018; Singanayagam et al., 2019b). Su deterioro se debe a una respuesta inflamatoria de tipo 2 que priva a la vía aérea de importantes células CD8 receptivas de tipo 1 que son responsables del aclaramiento completo de las células infectadas por el virus (Becker, 2006; McKendry et al., 2016). Esto es especialmente evidente en virus débiles que inducen la inflamación tipo 1 como RV y RSV (Kling et al., 2005; Wood et al., 2011; Ravi et al., 2019). Además, también hay evidencia de reducción de la producción de interferón tipo I (IFNβ) y III (IFN/23370/) debido a la inflamación de tipo 2-secado, que contribuye al aclaramiento imperfecto del virus, lo que resulta en la persistencia de componentes virales, o el virus vivo en el epitelio de las vías respiratorias (Contoli et al., 2006; Hwang et al., 2019; Wark, 2019). Debido a los componentes virales que permanecen en las vías respiratorias, genes antivirales como los interferones de tipo I, factores de activación de la inflamación y citoquinas permanecieron activados dando lugar a inflamación prolongada de las vías respiratorias (Wood et al., 2011; Essaidi-Laziosi et al., 2018). Estos factores aumentan la infiltración de granulocitos prolongando así los síntomas de exacerbación. Esta inflamación persistente también puede encontrarse dentro de virus del ADN como AdV, hCMV y HSV, cuyas infecciones generalmente persisten más tiempo (Imperial y Jiang, 2015), contribuyendo aún más a la activación crónica de la inflamación cuando infectan la vía aérea (Yang et al., 2008; Morimoto et al., 2009; Imperiale y Jiang, 2015; Lan et al., 2016; Tan et al., 2016; Kowalski et al., 2017). Con esa nota, el virus del papiloma humano (VPH), un virus del ADN muy asociado con cánceres de cabeza y cuello y papilomatosis respiratoria, también está relacionado con la inflamación crónica que precede a las neoplasias malignas (de Visser et al., 2005; Gillison et al., 2012; Bonomi et al., 2014; Fernandes et al., 2015). Por lo tanto, el papel de la infección por VPH en causar inflamación crónica en las vías respiratorias y su asociación a exacerbaciones de las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas, que apenas se explora, debe ser investigado en el futuro. Además, la persistencia viral que conduce a la expresión continua de genes antivirales también puede conducir al desarrollo de resistencia a los esteroides, que se observa con la infección por RV, VRS y PIV (Chi et al., 2011; Ford et al., 2013; Papi et al., 2013). El uso de esteroides para suprimir la inflamación también puede causar que el virus persista más tiempo en las vías respiratorias debido a la falta de aclaramiento antiviral (Kim et al., 2008; Hammond et al., 2015; Hewitt et al., 2016; McKendry et al., 2016; Singanayagam et al., 2019b). El desarrollo concomitante de resistencia a los esteroides, junto con la repetición o prolongación de la infección viral, añadió una carga considerable al manejo de la exacerbación aguda, que debería ser el foco futuro de la investigación para resolver las complicaciones duales derivadas de la infección viral. En el otro extremo del espectro, los virus que inducen una fuerte inflamación tipo 1 y la muerte celular como IFV (Yan et al., 2016; Guibas et al., 2018) y ciertos CoV (incluyendo el virus COVID-19 recientemente surgido) (Tao et al., 2013; Yue et al., 2018; Zhu et al., 2020), pueden no causar inflamación prolongada debido a la fuerte inducción del aclaramiento antiviral. Sin embargo, estas infecciones causan daño masivo y muerte celular a la barrera epitelial, tanto que las áreas del epitelio pueden estar completamente ausentes después de la infección (Yan et al., 2016; Tan et Factores como el RANTES y el CXCL10, que reclutan células inmunitarias para inducir apoptosis, son fuertemente inducidos por el epitelio infectado por IFV (Ampomah et al., 2018; Tan et al., 2019). Además, factores necroptóticos como el RIP3 agravan aún más las muertes celulares en el epitelio infectado por IFV. La muerte celular masiva inducida puede provocar un empeoramiento de la exacerbación aguda debido a la liberación de su contenido celular en las vías respiratorias, evocando una respuesta inflamatoria en las vías respiratorias (Guibas et al., 2018). Además, la destrucción de la barrera epitelial puede causar un mayor contacto con otros patógenos y alérgenos en las vías respiratorias que pueden prolongar las exacerbaciones o provocar nuevas exacerbaciones. La destrucción epitelial también puede promover una mayor remodelación epitelial durante su regeneración, ya que la infección viral induce la expresión de genes remodeladores como MMPs y factores de crecimiento. Infecciones que causan destrucción masiva del epitelio, como IFV, generalmente resultan en exacerbaciones agudas graves con síntomas no clásicos de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Afortunadamente, hay vacunas anuales disponibles para prevenir infecciones por IFV (Vasileiou et al., 2017; Zheng et al., 2018) ; y se recomienda que los pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias reciban su vacunación anual contra la gripe como el mejor medio para prevenir la exacerbación inducida por IFV grave. Otro mecanismo que las infecciones virales pueden utilizar para provocar exacerbaciones agudas es la inducción de factores de vasodilación o apertura de la unión estrecha que pueden aumentar la tasa de infiltración. Infección con una multitud de virus respiratorios Esto también aumenta las posibilidades de que los alérgenos entren en contacto con las células inmunitarias de las vías respiratorias. Por ejemplo, se encontró que la infección por IFV induce oncostatina M (OSM) lo que causa una apertura estrecha de la unión (Pothoven et al., 2015; Tian et al., 2018). De manera similar, las infecciones por RV y VRS suelen causar una apertura estrecha de la unión que también puede aumentar la tasa de infiltración de eosinófilos y, por lo tanto, empeorar los síntomas clásicos de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Sajjan et al., 2008; Kast et al., 2017; Kim et al., 2018). Además, la expresión de factores vasodilatadores y factores homeostáticos fluidos como angiopoietin-like 4 (ANGPTL4) y bactericida/permeabilidad en aumento que contienen pliegues familiares A1 (BPIFA1) también están asociados con infecciones virales y desarrollo de neumonía, que pueden empeorar la inflamación en la vía aérea baja Akram et al., 2018). Estos factores pueden servir como objetivos para prevenir exacerbaciones inducidas por virus durante el manejo de la exacerbación aguda de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias. Otro área de interés reciente es la relación entre asma y exacerbaciones de la EPOC y su asociación con el microbioma de las vías respiratorias. El desarrollo de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias suele estar relacionado con especies bacterianas específicas en el microbioma que pueden prosperar en el entorno de las vías respiratorias inflamadas (Diver et al., 2019) En el caso de una infección viral como la infección por RV, el efecto inducido por el virus puede desestabilizar el equilibrio del microbioma presente (Molyneaux et al., 2013; Kloepfer et al., 2014; Kloepfer et al., 2017; Jubinville et al., 2018; van Rijn et al., 2019). Además, la infección viral puede alterar colonias de biofilm en la vía aérea superior (por ejemplo, Streptococcus pneumoniae) microbioma para liberarse en la vía aérea inferior y empeorar la inflamación (Marks et al., 2013; Chao et al., 2014). Además, una infección viral también puede alterar el perfil de nutrientes en la vía aérea a través de la liberación de nutrientes previamente inaccesibles que alterarán el crecimiento bacteriano (Siegel et al., 2014; Mallia et al., 2018 Además, la desestabilización se ve agravada por una respuesta inmune bacteriana alterada, ya sea por influencias virales directas, o por el uso de corticosteroides para suprimir los síntomas de exacerbación (Singanayagam et al., 2018 (Singanayagam et al., 2019a Wang et al., 2018; Finney et al., 2019). Todos estos cambios pueden llevar gradualmente a un efecto de mayor alcance cuando la flora normal es reemplazada por patógenos oportunistas, alterando los perfiles inflamatorios (Teo et al., 2018). Estos cambios a su vez pueden resultar en exacerbaciones agudas más graves y frecuentes debido a la interacción entre el virus y las bacterias patógenas en exacerbar las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas (Wark et al., 2013; Singanayagam et al., 2018). Para contrarrestar estos efectos, las terapias basadas en microbiomas están en su infancia, pero han demostrado eficacia en los tratamientos del síndrome del intestino irritable restaurando el microbioma intestinal (Bakken et al., 2011). Más investigaciones pueden ser hechas de manera similar para que el microbioma de las vías respiratorias pueda restaurar el microbioma después de la interrupción por una infección viral. Las infecciones virales pueden causar la interrupción de la función mucociliar, un componente importante de la barrera epitelial. Proteínas ciliares FIGURA 2 Cambios en el epitelio de las vías respiratorias superiores que contribuyen a la exacerbación viral en enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. El epitelio de las vías respiratorias superiores es el sitio principal de contacto/infección de la mayoría de los virus respiratorios. Por lo tanto, su infección por virus respiratorios puede tener consecuencias de gran alcance en el aumento y La destrucción de la barrera epitelial, la función mucociliar y la muerte celular de las células epitelial sirven para aumentar el contacto entre los desencadenantes ambientales con la vía aérea inferior y las células inmunes residentes. La apertura de la unión estrecha aumentando la fuga aumenta aún más la inflamación y exacerbaciones. Además, las infecciones virales se acompañan generalmente con estrés oxidativo que aumentará aún más la inflamación local en la vía aérea. La disregulación de la inflamación puede ser agravada por la modulación de los miRNAs y la modificación epigenética como la metilación del ADN y las modificaciones histonas que promueven la disregulación en la inflamación. Finalmente, el cambio en el ambiente de las vías respiratorias locales y la inflamación promueve el crecimiento de bacterias patogénicas que pueden reemplazar al microbioma de la vía aérea. Además, el ambiente inflamatorio también puede dispersar los comans de la vía aérea superior en la vía aérea inferior Rasgo específico viral que contribuye al mecanismo de exacerbación (con evidencia en la literatura) Estrés oxidativo Producción de ROS (RV, RSV, IFV, HSV)Como RV, RSV e IFV fueron los virus más frecuentemente estudiados en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, la mayoría de los virus enumerados son predominantemente estos virus. Sin embargo, los mecanismos aquí descritos también pueden ser aplicables a otros virus, pero no pueden ser listados ya que no estuvieron implicados en el contexto de exacerbación de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (ver texto para abreviaciones). que ayudan en la función adecuada de los cilios móviles en las vías respiratorias se expresan aberrantemente en células epiteliales de las vías respiratorias ciliadas que son el principal objetivo para la infección por RV (Griggs et al., 2017). Tal forma de cilia discinesia secundaria parece estar presente con inflamaciones crónicas en la vía aérea, pero los mecanismos exactos todavía son desconocidos (Peng et al.,, 2019 Qiu et al., 2018). Sin embargo, se encontró que en la infección viral como IFV, puede haber un cambio en el metabolismo de las células, así como una alteración en la expresión del gen ciliar, principalmente en la forma de regulación descendente de los genes como la cadena pesada dynein axonemal 5 (DNAH5) y diferenciación multiciliada y síntesis de ADN asociada a la proteína del ciclo celular (MCIDAS) (Tan et al., 2018b. El recientemente surgido Wuhan CoV también se encontró para reducir la paliza ciliar en el modelo epitelial de la vía aérea infectado (Zhu et al., 2020). Además, se demostró que las infecciones virales como el VRS destruyen directamente los cilios de las células ciliadas y casi todos los virus respiratorios infectan las células ciliadas (Jumat et al., 2015; Yan et al., 2016; Tan et al., 2018a). Además, la sobreproducción de mucosidad también puede alterar el equilibrio de la función mucociliar después de la infección viral, dando lugar a síntomas de exacerbación aguda (Zhu et al., 2009). Por lo tanto, la interrupción del movimiento ciliar durante la infección viral puede causar más material extraño y alérgeno para entrar en la vía aérea, agravando los síntomas de exacerbación aguda y haciendo más difícil de manejar. Los microRNAs (miRNAs) son ARNs cortos no codificantes involucrados en la modulación post-transcripción de los procesos biológicos, e implicados en una serie de enfermedades (Tan et al., 2014). Los miRNAs se encuentran inducidos por infecciones virales y pueden jugar un papel en la modulación de las respuestas antivirales y la inflamación (Gutierrez et al., 2016; Deng et al., 2017; Feng et al., 2018). En el caso de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, se encontró que los cambios circulantes de miRNAs están relacionados con la exacerbación de las enfermedades (Wardzynska et al., 2020). Por lo tanto, es probable que tales cambios de miRNAs se originan desde el epitelio infectado y las células inmunes que responden, que pueden servir para disregular aún más la inflamación de las vías Tanto las infecciones por IFV como las por VRS han demostrado aumentar miR-21 y aumentar la inflamación en los modelos experimentales de asma murina, lo que se invierte con un tratamiento combinado de antimiR-21 y corticosteroides (Kim et al., 2017). La infección por IFV también se muestra aumentando miR-125a y b, y miR-132 en el epitelio de EPOC que inhibe A20 y MAVS; y p300 e IRF3, respectivamente, lo que resulta en una mayor susceptibilidad a las infecciones virales (Hsu et al., 2016 (Hsu et al., 2017). Por el contrario, se demostró que miR-22 se suprimió en el epitelio asmático en la infección por IFV, lo que da lugar a una respuesta epitelial aberranta, contribuyendo a exacerbaciones (Moheimani et al., 2018). Aparte de estas evidencias directas de cambios en el miRNA en contribuir a exacerbaciones, un aumento del número de miRNAs y otros ARNs no codificantes responsables de la modulación inmune se encuentran alterados después de infecciones virales (Globinska et al., 2014; Feng et al., 2018; Hasegawa et al., 2018). Por lo tanto, los ARNs no codificantes también se presentan como objetivos para modular los cambios virales inducidos en las vías respiratorias como un medio para controlar la exacerbación de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Aparte de la modulación de miRNA, otras modificaciones epigenéticas como la metilación del ADN también pueden desempeñar un papel en la exacerbación de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Al mismo tiempo, también se demostró que las infecciones virales como RV y VRS alteran la metilación del ADN y las modificaciones histonas en el epitelio de las vías respiratorias que pueden alterar las respuestas inflamatorias, provocando enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias y exacerbaciones (McErlean et al., 2014; Pech et al., 2018; Caixia et al., 2019). Además, Spalluto et al. (2017) también mostraron que factores antivirales como IFNγ epigenéticamente modifican la resistencia viral de las células epiteliales. Por lo tanto, esto puede indicar que infecciones como RV y VRS que débilmente inducen respuestas antivirales pueden resultar en un estado inflamatorio alterado que contribuye a una mayor persistencia viral y exacerbación de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Spalluto et al., 2017). Finalmente, la infección viral puede resultar en una mayor producción de especies reactivas de oxígeno (ROS), estrés oxidativo y disfunción mitocondrial en el epitelio de las vías respiratorias (Kim et al., 2018; Mishra et al., 2018; Wang et al., 2018). El epitelio de las vías respiratorias de los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias suelen estar bajo un estado de estrés oxidativo constante que sostiene la inflamación de las vías respiratorias (Barnes, 2017; van der Vliet et al., 2018). Las infecciones virales del epitelio respiratorio por virus como IFV, RV, RSV y HSV pueden desencadenar la producción adicional de ROS como mecanismo antiviral Aizawa et al., 2018; Wang et al., 2018). Además, la infiltración de células en respuesta a la infección, como los neutrófilos, también desencadenará una ruptura respiratoria como medio para aumentar la ROS en la región infectada. El aumento de la ROS y el estrés oxidativo en el ambiente local pueden servir como un desencadenante para promover la inflamación, agravando así la inflamación en las vías respiratorias (Tiwari et al., 2002). En la Figura 2 y la Tabla 1 se muestra un resumen de los posibles mecanismos de exacerbación y los virus asociados. Mientras que los mecanismos subyacentes al desarrollo y exacerbación aguda de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias son ampliamente estudiados para controlar y controlar la enfermedad, una infección viral hace más que sólo causar una exacerbación aguda en estos pacientes. Una exacerbación aguda inducida por virus no sólo induce y empeora los síntomas de la enfermedad, sino que también puede alterar el manejo de la enfermedad o conferir resistencia a tratamientos que funcionaban antes. Por lo tanto, la apreciación de los mecanismos de exacerbaciones agudas inducidas por virus es de importancia clínica para diseñar estrategias para corregir los cambios virales que pueden empeorar los síntomas de la enfermedad inflamatoria de las vías respiratorias crónicas. Otros estudios en exacerbaciones naturales y en modelos de desafíos virales utilizando secuenciación de ARN (ARN-seq) o ARN-seq de una sola célula en un rango de tiempos pueden proporcionar información importante sobre patogénesis viral y cambios inducidos dentro de las vías respiratorias de pacientes con enfermedad inflamatoria de las vías respiratorias crónicas para identificar nuevos objetivos y vías para mejorar el manejo de la enfermedad. El análisis posterior de funciones puede utilizar modelos de células epiteliales como la interfaz aire-líquido, modelo epitelial de vía aérea in vitro que ha sido adaptado para estudiar la infección viral y los cambios inducidos en la vía aérea (Yan et al., 2016; Boda et al., 2018; También se han desarrollado modelos de enfermedades de origen animal para identificar mecanismos sistémicos de exacerbación aguda (Shin, 2016; Gubernatorova et al., 2019; Tanner and Single, 2019). Además, el modelo de ratón humanizado que posee células inmunitarias humanas también puede servir para desentrañar el perfil inmune de una infección viral en estado sano y enfermo (Ito et al., 2019; Li y Di Santo, 2019). Para virus más leves, las infecciones humanas in vivo controladas se pueden realizar para el mejor modo de verificación de la asociación del virus con el mecanismo propuesto de exacerbaciones agudas inducidas virales. Con el advenimiento de modelos enfermos adecuados, la verificación de los mecanismos proporcionará la continuación necesaria para mejorar el tratamiento de las exacerbaciones agudas inducidas virales. En vista de la escasez de medidas preventivas antivirales disponibles sólo para unos pocos virus y vacunas que sólo están disponibles para las infecciones por IFV, se deben explorar más medidas alternativas para mejorar el manejo de la enfermedad. Medidas alternativas dirigidas a nuevos mecanismos de exacerbación aguda inducidos por virus, especialmente en la vía aérea superior, pueden servir como tratamientos complementarios de las estrategias de manejo actualmente disponibles para aumentar su eficacia. Nuevos modelos incluyendo cultivos primarios de células epiteliales bronquiales o nasales humanas, organoides o cortes pulmonares de precisión de pacientes con enfermedad de las vías aéreas en lugar de sujetos sanos pueden ser utilizados para definir mecanismos de exacerbación. Estos mecanismos pueden ser validados en pequeños ensayos clínicos en pacientes con asma o EPOC. Tener múltiples medios de tratamiento también puede reducir los problemas que surgen del desarrollo de resistencia hacia un tratamiento específico.

¿Cuáles son los virus más comúnmente estudiados en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias?

Infecciones respiratorias virales en la exacerbación de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías aéreas: nuevos mecanismos e ideas de la vía aérea superior Epiteliohttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7052386/SHA: 45a566c71056ba4faab425b4f7e9edee6320e4a4Autores: Tan, Kai Sen; Lim, Rachel Liyu; Liu, Jing; Ong, Hsiao Hui; Tan, Vivian Jiayi; Lim, Hui Fang; Chung, Kian Fan; Adcock, Ian M.; Chow, Vincent T.; Wang, De YunFecha: 2020-02-25DOI: 10.3389/fcell.2020.00099Licencia: cc-byAbstract: La infección por virus Estas exacerbaciones se asocian a una alta morbilidad e incluso mortalidad en todo el mundo, entendiendo que la infección viral aumenta la inflamación de las vías respiratorias, lo que agrava los síntomas de la enfermedad.Los recientes avances en la interfaz aire-líquido in vitro cultivos 3D, cultivos organoideos y el uso de nuevos modelos de desafío humanos y animales han evocado nuevos entendimientos en cuanto a los mecanismos de exacerbaciones virales.En esta revisión, nos centraremos en los hallazgos recientes que elucidan cómo las infecciones virales respiratorias alteran la barrera epitelial en las vías aéreas, el entorno microbiano de las vías aéreas superiores, modificaciones epigenéticas incluyendo modulación del miRNA y otros cambios en las respuestas inmunes a través de las vías aéreas superiores e inferiores. Primero, revisamos la prevalencia de diferentes infecciones respiratorias virales en causar exacerbaciones en enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Además, destacamos la importancia del viroma dentro del entorno del microbioma de la vía aérea y su impacto en la infección bacteriana posterior, lo que consolida la comprensión de la exacerbación inducida por virus en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias e indica vías que pueden estar dirigidas a un manejo más eficaz de las enfermedades inflamatorias crónicas. Texto: La prevalencia de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias está aumentando en todo el mundo, especialmente en los países desarrollados (GBD 2015 Chronic Respiratory Disease Colaborators, 2017 Guan et al., 2018). Esta enfermedad se caracteriza por inflamación de las vías respiratorias que provoca complicaciones como tos, sibilancia y falta de aliento. La enfermedad puede manifestarse tanto en las vías respiratorias superiores (como rinosinusitis crónica, CRS) como en las vías respiratorias inferiores (como asma y enfermedad pulmonar obstructiva crónica, EPOC) que afectan en gran medida El tratamiento y el manejo varían mucho en eficacia debido a la complejidad y heterogeneidad de la enfermedad. Esto se complica aún más por el efecto de las exacerbaciones episódicas de la enfermedad, definidas como el empeoramiento de los síntomas de la enfermedad, incluyendo sibilancia, tos, falta de aliento y opresión torácica (Xepapadaki y Papadopoulos, 2010). Estas exacerbaciones se deben al efecto de inflamación aguda aumentada de las vías respiratorias que afecta y empeora los síntomas de la enfermedad existente (Hashimoto et al., 2008; Viniol y Vogelmeier, 2018). Estas exacerbaciones agudas son la principal causa de morbilidad y a veces mortalidad en los pacientes, así como resultando en grandes cargas económicas en todo el mundo. Sin embargo, debido a las interacciones complejas entre el huésped y los agentes de exacerbación, los mecanismos de exacerbación pueden variar considerablemente en diferentes individuos bajo Las exacerbaciones agudas suelen deberse a la presencia de factores ambientales como alérgenos, contaminantes, humo, aire frío o seco y microbios patógenos en las vías respiratorias (Gautier y Charpin, 2017; Viniol y Vogelmeier, 2018). Estos agentes provocan una respuesta inmune que conduce a la infiltración de células inmunitarias activadas que liberan además mediadores inflamatorios que causan síntomas agudos como aumento de la producción de mucosidad, tos, sibilancias y falta de aliento. Entre estos agentes, la infección viral es uno de los principales motores de exacerbaciones del asma que representan hasta el 80-90% y el 45-80% de exacerbaciones en niños y adultos, respectivamente (Grissell et al., 2005; Xepapadaki y Papadopoulos, 2010; Jartti y Gern, 2017; Adeli et al., 2019). La participación viral en la exacerbación de la EPOC también es igualmente alta, habiendo sido detectada en el 30-80% de las exacerbaciones agudas de la EPOC (Kherad et al., 2010; Jafarinejad et al., 2017; Stolz et al., 2019). Aunque la prevalencia de exacerbaciones virales en la ERC todavía no está clara, es probable que su prevalencia sea alta debido a la naturaleza inflamatoria similar de estas enfermedades (Rowan et al., 2015; Tan et al., 2017). Una de las razones de la afectación de virus respiratorios en exacerbaciones es su facilidad de transmisión e infección (Kutter et al., 2018). Además, la alta diversidad de virus respiratorios también puede contribuir a exacerbaciones de diferente naturaleza y gravedad (Busse et al., 2010; Costa et al., 2014; Jartti y Gern, 2017) Por lo tanto, es importante identificar los mecanismos exactos que sustentan las exacerbaciones virales en sujetos susceptibles para manejar adecuadamente las exacerbaciones a través de tratamientos complementarios que puedan aliviar los síntomas de exacerbación o prevenir exacerbaciones graves.Si bien la vía aérea inferior es el sitio de inflamación disregulada en la mayoría de las enfermedades inflamatorias crónicas de la vía aérea, la vía aérea superior sigue siendo el primer punto de contacto con fuentes de exacerbación, por lo que su interacción con los agentes de exacerbación puede contribuir directamente a las respuestas posteriores en la vía aérea inferior, en línea con la hipótesis de "United Airway".Para dilucidar la interacción de la vía aérea huésped con virus que conducen a exacerbaciones, enfocamos nuestra revisión en los hallazgos recientes de interacción viral con la vía aérea superior. A pesar de ser una causa importante de exacerbación, los informes que vinculan virus respiratorios a exacerbaciones agudas sólo comienzan a surgir a finales de la década de 1950 (Pattemore et al., 1992) ; con infecciones bacterianas previamente consideradas como el culpable probable de exacerbación aguda (Stevens, 1953; Message y Johnston, 2002). Sin embargo, con el advenimiento de la tecnología PCR, se recuperaron más virus durante exacerbaciones agudas eventos e informes que implicaron su papel emergieron a finales de la década de 1980 (Mensaje y Johnston, 2002). Rhinovirus (RV) y virus respiratorio sincitial (RSV) son los virus predominantes vinculados al desarrollo y exacerbación de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Jarti y Gern, 2017). Otros virus como el virus de la parainfluenza (PIV), el virus de la gripe (IFV) y el adenovirus (AdV) también han sido implicados en exacerbaciones agudas, pero en un grado mucho menor (Johnston et al., 2005; Oliver et al., 2014; Ko et al., 2019). Más recientemente, se han notificado otros virus como el bocavirus (BoV), el metapneumovirus humano (HMPV), ciertas cepas del coronavirus (CoV), una cepa específica del enterovirus (EV-D68), el citomegalovirus humano (hCMV) y el virus del herpes simplex (HSV) que contribuyen a exacerbaciones agudas. La característica común de estos virus es que pueden infectar tanto la vía aérea superior como la inferior, aumentando aún más las condiciones inflamatorias en la vía aérea enferma (Mallia y Johnston, 2006; Los virus respiratorios infectan y replican principalmente dentro de las células epiteliales de la vía aérea. Durante el proceso de replicación, las células liberan factores antivirales y citocinas que alteran la inflamación de la vía aérea local y el nicho de la vía aérea (Busse et al., 2010). En una vía aérea sana, la inflamación normalmente conduce a respuestas inflamatorias tipo 1 consistentes en la activación de un estado antiviral y la infiltración de células efectoras antivirales, lo que eventualmente resulta en la resolución de la respuesta inflamatoria y el aclaramiento de la infección viral (Vareille et al., 2011; Brace et al., 2012). Sin embargo, en una vía aérea crónicamente inflamada, las respuestas contra el virus pueden estar deterioradas o aberrantes, causando inflamación sostenida e infiltración errónea, lo que resulta en la exacerbación de sus síntomas (Mallia y Johnston, 2006; Dougherty y Fahy, 2009; Busse et al., 2010; Britto et al., 2017; Linden et al., 2019). Esto suele agravarse por el aumento de la susceptibilidad de los pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias hacia infecciones respiratorias virales, aumentando así la frecuencia de exacerbación en su conjunto (Dougherty y Fahy, 2009; Busse et al., 2010; Linden et al., 2019). Además, debido a los diferentes ciclos de replicación y respuesta contra la miríada de virus respiratorios, cada virus respiratorio también puede contribuir a exacerbaciones a través de diferentes mecanismos que pueden alterar su Por lo tanto, esta revisión se centrará en compilar y cotejar los actuales mecanismos conocidos de exacerbación viral inducida por enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, así como en vincular la patogénesis de diferentes infecciones virales para dilucidar otras formas potenciales de exacerbación de la enfermedad. La revisión servirá para proporcionar una mayor comprensión de la exacerbación inducida por virus para identificar posibles vías y mecanismos patogénicos que pueden ser dirigidos como cuidados complementarios para el manejo y prevención de la exacerbación. Este enfoque puede ser clínicamente significativo debido a la actual escasez de fármacos antivirales para el manejo de exacerbaciones inducidas por virus, lo que mejorará la calidad de vida de los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias. Una vez establecida la relación entre la infección viral y las exacerbaciones agudas de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias, se han reportado muchos informes sobre los mecanismos subyacentes a la exacerbación inducida por la infección viral respiratoria. Al infectar En general, las células epiteliales de las vías respiratorias infectadas liberan interferones, citoquinas y quimioquinas tipo IL-6, IL-8, IL-12, RANTES, proteína inflamatoria de los macrófagos 1α (MIP-1α) y proteína quimiotáctica de los monocitos 1 (MCP-1) (Wark y Gibson, 2006; Matsukura y otros, 2013) y, a su vez, permiten la infiltración de células innatas inmunes y de células profesionales que presentan antígenos (APCs) que a su vez liberan mediadores específicos para facilitar la focalización y el aclaramiento virales, incluyendo interferón tipo II (IFNγ), IL-2, IL-4, IL-5, IL-9 e IL-12 (Wark y Gibson, 2006; Singh et al., 2010; Brazale Estos factores aumentan la inflamación local y la infiltración de granulocitos, células T y células B (Wark y Gibson, 2006; Brazale et al., 2012). El aumento de la inflamación, a su vez, empeora los síntomas de las enfermedades de las vías respiratorias. Además, en pacientes con asma y pacientes con SCR con pólipo nasal (CRSwNP), las infecciones virales como RV y VRS promueven una respuesta inmune de tipo 2-sesesada (Becker, 2006; Jackson et al., 2014; Jurak et al., 2018). Esto amplifica la inflamación basal tipo 2 resultando en una mayor liberación de IL-4, IL-5, IL-13, RANTES y eotaxina y un aumento adicional de la eosinofilia, un motor patológico clave del asma y CRSwNP (Wark y Gibson, 2006; Singh et al., 2010; Chung et al., 2015; Dunican y Fahy, 2015). El aumento de la eosinofilia, a su vez, empeora los síntomas clásicos de la enfermedad y puede conducir a condiciones potencialmente mortales debido a dificultades respiratorias. Por otro lado, los pacientes con EPOC y los pacientes con SCR sin pólipo nasal (CRSsNP) son más neutrófilos debido a la expresión de quimioattractantes neutrófilos como CXCL9, CXCL10 y CXCL11 (Cukic et al., 2012; Brightling and Greening, 2019). La patología de estas enfermedades de las vías respiratorias se caracteriza por la remodelación de las vías aéreas debido a la presencia de factores de remodelación como las metaloproteinasas de matriz (MMPs) liberadas de neutrófilos infiltrantes (Linden et al., 2019). Las infecciones virales en tales condiciones causarán entonces un aumento de la activación neutrófica; el empeoramiento de los síntomas y la remodelación de las vías respiratorias exacerbando la EPOC, CRSsNP e incluso CRSwNP en ciertos casos (Wang et al., 2009; Tacon et al., 2010; Linden et al., 2019). También se ha identificado recientemente una vía epitelial-céntrica alarmin alrededor de IL-25, IL-33 y linfopoyetina estromal timica (TSLP), y su interacción con las células linfoides innatas del grupo 2 (ILC2) (Nagarkar et al., 2012; Hong et al., 2018; Allinne et al., 2019). IL-25, IL-33 y TSLP son citoquinas inflamatorias de tipo 2 expresadas por las células epiteliales tras la lesión de la barrera epitelial (Gabryelska et al., 2019; Roan et al., 2019). Las ILC2 son un grupo de células linfoides que carecen de receptores de células B y T, pero desempeñan un papel crucial en la secretación de citocinas de tipo 2 para perpetuar la inflamación de tipo 2 cuando se activan (Scanlon y McKenzie, 2012; Li y Hendriks, 2013). En caso de infección viral, la muerte celular y la lesión de la barrera epitelial también inducirán la expresión de IL-25, IL-33 y TSLP, con mayor expresión en una vía aérea inflamada (Alakhverdi et al., 2007; Goldsmith et al., 2012; Byers et al., 2013; Shaw et al., 2013; Beale et al., 2014; Jackson et al., 2014; Uller y Persson, 2018; Ravanetti et al., 2019). Estas 3 citoquinas luego trabajan en concierto para activar ILC2s para segregar más citoquinas tipo 2 IL-4, IL-5 e IL-13 que agravan aún más la inflamación tipo 2 en la vía aérea causando exacerbación aguda (Camelo et al., 2017). En el caso de la EPOC, el aumento de la activación de la ILC2, que retiene la capacidad de diferenciar a la ILC1, también puede aumentar aún más la respuesta neutrófica y agravar aún más la exacerbación (Silver et al., 2016). Curiosamente, estos factores no se liberan en gran medida y no activan una respuesta de la ILC2 durante la infección viral en individuos sanos (Yan et al., 2016; Tan et al., 2018a) ; a pesar de aumentar una exacerbación de tipo 2 en las vías respiratorias crónicamente inflamadas (Jurak et al., 2018). Estos mecanismos clásicos de exacerbaciones agudas inducidas virales se resumen en la Figura 1. A medida que la integración de la virología, microbiología e inmunología de la infección viral se vuelve más interconectada, factores adicionales y FIGURA 1 Tras la infección por virus en la vía aérea, el estado antiviral se activará para eliminar el patógeno invasor de la vía aérea. La respuesta inmunitaria y los factores de lesión liberados del epitelio infectado normalmente inducirían una inmunidad rápida de tipo 1 que facilita el aclaramiento viral. Sin embargo, en la vía aérea inflamada, las citoquinas y quimioquinas liberadas en su lugar aumentaron la inflamación presente en la vía aérea crónicamente inflamada, fortaleciendo la infiltración neutrófila en la vía aérea COPD, e infiltración eosinofílica en la vía aérea asmática. El efecto también se ve agravado por la participación de células Th1 e ILC1 en la vía aérea COPD; y células Th2 e ILC2 en la vía aérea asmática. (2006) ha subrayado el efecto sinérgico de la infección viral con otros agentes sensibilizantes para causar exacerbaciones agudas más graves en las vías respiratorias, especialmente cuando no todos los eventos de exacerbación ocurrieron durante la infección viral, pero también pueden ocurrir mucho después del aclaramiento viral (Kim et al., 2008; Stolz et al., 2019), en particular el inicio tardío de una infección bacteriana (Singanayagam et al., 2018 (Singanayagam et al., 2019a). Además, los virus no necesitan infectar directamente la vía aérea inferior para causar una exacerbación aguda, ya que el epitelio nasal sigue siendo el lugar principal de la mayoría de las infecciones. Además, no todas las infecciones virales de la vía aérea darán lugar a exacerbaciones agudas, sugiriendo una interacción más compleja entre el virus y el epitelio de la vía aérea superior que sinergizan con el entorno de la vía aérea local en línea con la hipótesis de la "vía aérea unida" (Kurai et al., 2013). Por otro lado, las infecciones virales o sus componentes persisten en pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de la vía aérea (Kling et al., 2005; Wood et al., 2011; Ravi et al., 2019). Por lo tanto, su presencia puede alterar aún más el entorno local y contribuir a exacerbaciones actuales y futuras. Los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias han disminuido o reducido la capacidad de aclaramiento viral (Hammond et al., 2015; McKendry et al., 2016; Akbarshahi et al., 2018; Gill et al., 2018; Wang et al., 2018; Singanayagam et al., 2019b). Su deterioro se debe a una respuesta inflamatoria de tipo 2 que priva a la vía aérea de importantes células CD8 receptivas de tipo 1 que son responsables del aclaramiento completo de las células infectadas por el virus (Becker, 2006; McKendry et al., 2016). Esto es especialmente evidente en virus débiles que inducen la inflamación tipo 1 como RV y RSV (Kling et al., 2005; Wood et al., 2011; Ravi et al., 2019). Además, también hay evidencia de reducción de la producción de interferón tipo I (IFNβ) y III (IFN/23370/) debido a la inflamación de tipo 2-secado, que contribuye al aclaramiento imperfecto del virus, lo que resulta en la persistencia de componentes virales, o el virus vivo en el epitelio de las vías respiratorias (Contoli et al., 2006; Hwang et al., 2019; Wark, 2019). Debido a los componentes virales que permanecen en las vías respiratorias, genes antivirales como los interferones de tipo I, factores de activación de la inflamación y citoquinas permanecieron activados dando lugar a inflamación prolongada de las vías respiratorias (Wood et al., 2011; Essaidi-Laziosi et al., 2018). Estos factores aumentan la infiltración de granulocitos prolongando así los síntomas de exacerbación. Esta inflamación persistente también puede encontrarse dentro de virus del ADN como AdV, hCMV y HSV, cuyas infecciones generalmente persisten más tiempo (Imperial y Jiang, 2015), contribuyendo aún más a la activación crónica de la inflamación cuando infectan la vía aérea (Yang et al., 2008; Morimoto et al., 2009; Imperiale y Jiang, 2015; Lan et al., 2016; Tan et al., 2016; Kowalski et al., 2017). Con esa nota, el virus del papiloma humano (VPH), un virus del ADN muy asociado con cánceres de cabeza y cuello y papilomatosis respiratoria, también está relacionado con la inflamación crónica que precede a las neoplasias malignas (de Visser et al., 2005; Gillison et al., 2012; Bonomi et al., 2014; Fernandes et al., 2015). Por lo tanto, el papel de la infección por VPH en causar inflamación crónica en las vías respiratorias y su asociación a exacerbaciones de las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas, que apenas se explora, debe ser investigado en el futuro. Además, la persistencia viral que conduce a la expresión continua de genes antivirales también puede conducir al desarrollo de resistencia a los esteroides, que se observa con la infección por RV, VRS y PIV (Chi et al., 2011; Ford et al., 2013; Papi et al., 2013). El uso de esteroides para suprimir la inflamación también puede causar que el virus persista más tiempo en las vías respiratorias debido a la falta de aclaramiento antiviral (Kim et al., 2008; Hammond et al., 2015; Hewitt et al., 2016; McKendry et al., 2016; Singanayagam et al., 2019b). El desarrollo concomitante de resistencia a los esteroides, junto con la repetición o prolongación de la infección viral, añadió una carga considerable al manejo de la exacerbación aguda, que debería ser el foco futuro de la investigación para resolver las complicaciones duales derivadas de la infección viral. En el otro extremo del espectro, los virus que inducen una fuerte inflamación tipo 1 y la muerte celular como IFV (Yan et al., 2016; Guibas et al., 2018) y ciertos CoV (incluyendo el virus COVID-19 recientemente surgido) (Tao et al., 2013; Yue et al., 2018; Zhu et al., 2020), pueden no causar inflamación prolongada debido a la fuerte inducción del aclaramiento antiviral. Sin embargo, estas infecciones causan daño masivo y muerte celular a la barrera epitelial, tanto que las áreas del epitelio pueden estar completamente ausentes después de la infección (Yan et al., 2016; Tan et Factores como el RANTES y el CXCL10, que reclutan células inmunitarias para inducir apoptosis, son fuertemente inducidos por el epitelio infectado por IFV (Ampomah et al., 2018; Tan et al., 2019). Además, factores necroptóticos como el RIP3 agravan aún más las muertes celulares en el epitelio infectado por IFV. La muerte celular masiva inducida puede provocar un empeoramiento de la exacerbación aguda debido a la liberación de su contenido celular en las vías respiratorias, evocando una respuesta inflamatoria en las vías respiratorias (Guibas et al., 2018). Además, la destrucción de la barrera epitelial puede causar un mayor contacto con otros patógenos y alérgenos en las vías respiratorias que pueden prolongar las exacerbaciones o provocar nuevas exacerbaciones. La destrucción epitelial también puede promover una mayor remodelación epitelial durante su regeneración, ya que la infección viral induce la expresión de genes remodeladores como MMPs y factores de crecimiento. Infecciones que causan destrucción masiva del epitelio, como IFV, generalmente resultan en exacerbaciones agudas graves con síntomas no clásicos de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Afortunadamente, hay vacunas anuales disponibles para prevenir infecciones por IFV (Vasileiou et al., 2017; Zheng et al., 2018) ; y se recomienda que los pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias reciban su vacunación anual contra la gripe como el mejor medio para prevenir la exacerbación inducida por IFV grave. Otro mecanismo que las infecciones virales pueden utilizar para provocar exacerbaciones agudas es la inducción de factores de vasodilación o apertura de la unión estrecha que pueden aumentar la tasa de infiltración. Infección con una multitud de virus respiratorios Esto también aumenta las posibilidades de que los alérgenos entren en contacto con las células inmunitarias de las vías respiratorias. Por ejemplo, se encontró que la infección por IFV induce oncostatina M (OSM) lo que causa una apertura estrecha de la unión (Pothoven et al., 2015; Tian et al., 2018). De manera similar, las infecciones por RV y VRS suelen causar una apertura estrecha de la unión que también puede aumentar la tasa de infiltración de eosinófilos y, por lo tanto, empeorar los síntomas clásicos de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Sajjan et al., 2008; Kast et al., 2017; Kim et al., 2018). Además, la expresión de factores vasodilatadores y factores homeostáticos fluidos como angiopoietin-like 4 (ANGPTL4) y bactericida/permeabilidad en aumento que contienen pliegues familiares A1 (BPIFA1) también están asociados con infecciones virales y desarrollo de neumonía, que pueden empeorar la inflamación en la vía aérea baja Akram et al., 2018). Estos factores pueden servir como objetivos para prevenir exacerbaciones inducidas por virus durante el manejo de la exacerbación aguda de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias. Otro área de interés reciente es la relación entre asma y exacerbaciones de la EPOC y su asociación con el microbioma de las vías respiratorias. El desarrollo de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias suele estar relacionado con especies bacterianas específicas en el microbioma que pueden prosperar en el entorno de las vías respiratorias inflamadas (Diver et al., 2019) En el caso de una infección viral como la infección por RV, el efecto inducido por el virus puede desestabilizar el equilibrio del microbioma presente (Molyneaux et al., 2013; Kloepfer et al., 2014; Kloepfer et al., 2017; Jubinville et al., 2018; van Rijn et al., 2019). Además, la infección viral puede alterar colonias de biofilm en la vía aérea superior (por ejemplo, Streptococcus pneumoniae) microbioma para liberarse en la vía aérea inferior y empeorar la inflamación (Marks et al., 2013; Chao et al., 2014). Además, una infección viral también puede alterar el perfil de nutrientes en la vía aérea a través de la liberación de nutrientes previamente inaccesibles que alterarán el crecimiento bacteriano (Siegel et al., 2014; Mallia et al., 2018 Además, la desestabilización se ve agravada por una respuesta inmune bacteriana alterada, ya sea por influencias virales directas, o por el uso de corticosteroides para suprimir los síntomas de exacerbación (Singanayagam et al., 2018 (Singanayagam et al., 2019a Wang et al., 2018; Finney et al., 2019). Todos estos cambios pueden llevar gradualmente a un efecto de mayor alcance cuando la flora normal es reemplazada por patógenos oportunistas, alterando los perfiles inflamatorios (Teo et al., 2018). Estos cambios a su vez pueden resultar en exacerbaciones agudas más graves y frecuentes debido a la interacción entre el virus y las bacterias patógenas en exacerbar las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas (Wark et al., 2013; Singanayagam et al., 2018). Para contrarrestar estos efectos, las terapias basadas en microbiomas están en su infancia, pero han demostrado eficacia en los tratamientos del síndrome del intestino irritable restaurando el microbioma intestinal (Bakken et al., 2011). Más investigaciones pueden ser hechas de manera similar para que el microbioma de las vías respiratorias pueda restaurar el microbioma después de la interrupción por una infección viral. Las infecciones virales pueden causar la interrupción de la función mucociliar, un componente importante de la barrera epitelial. Proteínas ciliares FIGURA 2 Cambios en el epitelio de las vías respiratorias superiores que contribuyen a la exacerbación viral en enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. El epitelio de las vías respiratorias superiores es el sitio principal de contacto/infección de la mayoría de los virus respiratorios. Por lo tanto, su infección por virus respiratorios puede tener consecuencias de gran alcance en el aumento y La destrucción de la barrera epitelial, la función mucociliar y la muerte celular de las células epitelial sirven para aumentar el contacto entre los desencadenantes ambientales con la vía aérea inferior y las células inmunes residentes. La apertura de la unión estrecha aumentando la fuga aumenta aún más la inflamación y exacerbaciones. Además, las infecciones virales se acompañan generalmente con estrés oxidativo que aumentará aún más la inflamación local en la vía aérea. La disregulación de la inflamación puede ser agravada por la modulación de los miRNAs y la modificación epigenética como la metilación del ADN y las modificaciones histonas que promueven la disregulación en la inflamación. Finalmente, el cambio en el ambiente de las vías respiratorias locales y la inflamación promueve el crecimiento de bacterias patogénicas que pueden reemplazar al microbioma de la vía aérea. Además, el ambiente inflamatorio también puede dispersar los comans de la vía aérea superior en la vía aérea inferior Rasgo específico viral que contribuye al mecanismo de exacerbación (con evidencia en la literatura) Estrés oxidativo Producción de ROS (RV, RSV, IFV, HSV)Como RV, RSV e IFV fueron los virus más frecuentemente estudiados en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, la mayoría de los virus enumerados son predominantemente estos virus. Sin embargo, los mecanismos aquí descritos también pueden ser aplicables a otros virus, pero no pueden ser listados ya que no estuvieron implicados en el contexto de exacerbación de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (ver texto para abreviaciones). que ayudan en la función adecuada de los cilios móviles en las vías respiratorias se expresan aberrantemente en células epiteliales de las vías respiratorias ciliadas que son el principal objetivo para la infección por RV (Griggs et al., 2017). Tal forma de cilia discinesia secundaria parece estar presente con inflamaciones crónicas en la vía aérea, pero los mecanismos exactos todavía son desconocidos (Peng et al.,, 2019 Qiu et al., 2018). Sin embargo, se encontró que en la infección viral como IFV, puede haber un cambio en el metabolismo de las células, así como una alteración en la expresión del gen ciliar, principalmente en la forma de regulación descendente de los genes como la cadena pesada dynein axonemal 5 (DNAH5) y diferenciación multiciliada y síntesis de ADN asociada a la proteína del ciclo celular (MCIDAS) (Tan et al., 2018b. El recientemente surgido Wuhan CoV también se encontró para reducir la paliza ciliar en el modelo epitelial de la vía aérea infectado (Zhu et al., 2020). Además, se demostró que las infecciones virales como el VRS destruyen directamente los cilios de las células ciliadas y casi todos los virus respiratorios infectan las células ciliadas (Jumat et al., 2015; Yan et al., 2016; Tan et al., 2018a). Además, la sobreproducción de mucosidad también puede alterar el equilibrio de la función mucociliar después de la infección viral, dando lugar a síntomas de exacerbación aguda (Zhu et al., 2009). Por lo tanto, la interrupción del movimiento ciliar durante la infección viral puede causar más material extraño y alérgeno para entrar en la vía aérea, agravando los síntomas de exacerbación aguda y haciendo más difícil de manejar. Los microRNAs (miRNAs) son ARNs cortos no codificantes involucrados en la modulación post-transcripción de los procesos biológicos, e implicados en una serie de enfermedades (Tan et al., 2014). Los miRNAs se encuentran inducidos por infecciones virales y pueden jugar un papel en la modulación de las respuestas antivirales y la inflamación (Gutierrez et al., 2016; Deng et al., 2017; Feng et al., 2018). En el caso de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, se encontró que los cambios circulantes de miRNAs están relacionados con la exacerbación de las enfermedades (Wardzynska et al., 2020). Por lo tanto, es probable que tales cambios de miRNAs se originan desde el epitelio infectado y las células inmunes que responden, que pueden servir para disregular aún más la inflamación de las vías Tanto las infecciones por IFV como las por VRS han demostrado aumentar miR-21 y aumentar la inflamación en los modelos experimentales de asma murina, lo que se invierte con un tratamiento combinado de antimiR-21 y corticosteroides (Kim et al., 2017). La infección por IFV también se muestra aumentando miR-125a y b, y miR-132 en el epitelio de EPOC que inhibe A20 y MAVS; y p300 e IRF3, respectivamente, lo que resulta en una mayor susceptibilidad a las infecciones virales (Hsu et al., 2016 (Hsu et al., 2017). Por el contrario, se demostró que miR-22 se suprimió en el epitelio asmático en la infección por IFV, lo que da lugar a una respuesta epitelial aberranta, contribuyendo a exacerbaciones (Moheimani et al., 2018). Aparte de estas evidencias directas de cambios en el miRNA en contribuir a exacerbaciones, un aumento del número de miRNAs y otros ARNs no codificantes responsables de la modulación inmune se encuentran alterados después de infecciones virales (Globinska et al., 2014; Feng et al., 2018; Hasegawa et al., 2018). Por lo tanto, los ARNs no codificantes también se presentan como objetivos para modular los cambios virales inducidos en las vías respiratorias como un medio para controlar la exacerbación de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Aparte de la modulación de miRNA, otras modificaciones epigenéticas como la metilación del ADN también pueden desempeñar un papel en la exacerbación de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Al mismo tiempo, también se demostró que las infecciones virales como RV y VRS alteran la metilación del ADN y las modificaciones histonas en el epitelio de las vías respiratorias que pueden alterar las respuestas inflamatorias, provocando enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias y exacerbaciones (McErlean et al., 2014; Pech et al., 2018; Caixia et al., 2019). Además, Spalluto et al. (2017) también mostraron que factores antivirales como IFNγ epigenéticamente modifican la resistencia viral de las células epiteliales. Por lo tanto, esto puede indicar que infecciones como RV y VRS que débilmente inducen respuestas antivirales pueden resultar en un estado inflamatorio alterado que contribuye a una mayor persistencia viral y exacerbación de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Spalluto et al., 2017). Finalmente, la infección viral puede resultar en una mayor producción de especies reactivas de oxígeno (ROS), estrés oxidativo y disfunción mitocondrial en el epitelio de las vías respiratorias (Kim et al., 2018; Mishra et al., 2018; Wang et al., 2018). El epitelio de las vías respiratorias de los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias suelen estar bajo un estado de estrés oxidativo constante que sostiene la inflamación de las vías respiratorias (Barnes, 2017; van der Vliet et al., 2018). Las infecciones virales del epitelio respiratorio por virus como IFV, RV, RSV y HSV pueden desencadenar la producción adicional de ROS como mecanismo antiviral Aizawa et al., 2018; Wang et al., 2018). Además, la infiltración de células en respuesta a la infección, como los neutrófilos, también desencadenará una ruptura respiratoria como medio para aumentar la ROS en la región infectada. El aumento de la ROS y el estrés oxidativo en el ambiente local pueden servir como un desencadenante para promover la inflamación, agravando así la inflamación en las vías respiratorias (Tiwari et al., 2002). En la Figura 2 y la Tabla 1 se muestra un resumen de los posibles mecanismos de exacerbación y los virus asociados. Mientras que los mecanismos subyacentes al desarrollo y exacerbación aguda de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias son ampliamente estudiados para controlar y controlar la enfermedad, una infección viral hace más que sólo causar una exacerbación aguda en estos pacientes. Una exacerbación aguda inducida por virus no sólo induce y empeora los síntomas de la enfermedad, sino que también puede alterar el manejo de la enfermedad o conferir resistencia a tratamientos que funcionaban antes. Por lo tanto, la apreciación de los mecanismos de exacerbaciones agudas inducidas por virus es de importancia clínica para diseñar estrategias para corregir los cambios virales que pueden empeorar los síntomas de la enfermedad inflamatoria de las vías respiratorias crónicas. Otros estudios en exacerbaciones naturales y en modelos de desafíos virales utilizando secuenciación de ARN (ARN-seq) o ARN-seq de una sola célula en un rango de tiempos pueden proporcionar información importante sobre patogénesis viral y cambios inducidos dentro de las vías respiratorias de pacientes con enfermedad inflamatoria de las vías respiratorias crónicas para identificar nuevos objetivos y vías para mejorar el manejo de la enfermedad. El análisis posterior de funciones puede utilizar modelos de células epiteliales como la interfaz aire-líquido, modelo epitelial de vía aérea in vitro que ha sido adaptado para estudiar la infección viral y los cambios inducidos en la vía aérea (Yan et al., 2016; Boda et al., 2018; También se han desarrollado modelos de enfermedades de origen animal para identificar mecanismos sistémicos de exacerbación aguda (Shin, 2016; Gubernatorova et al., 2019; Tanner and Single, 2019). Además, el modelo de ratón humanizado que posee células inmunitarias humanas también puede servir para desentrañar el perfil inmune de una infección viral en estado sano y enfermo (Ito et al., 2019; Li y Di Santo, 2019). Para virus más leves, las infecciones humanas in vivo controladas se pueden realizar para el mejor modo de verificación de la asociación del virus con el mecanismo propuesto de exacerbaciones agudas inducidas virales. Con el advenimiento de modelos enfermos adecuados, la verificación de los mecanismos proporcionará la continuación necesaria para mejorar el tratamiento de las exacerbaciones agudas inducidas virales. En vista de la escasez de medidas preventivas antivirales disponibles sólo para unos pocos virus y vacunas que sólo están disponibles para las infecciones por IFV, se deben explorar más medidas alternativas para mejorar el manejo de la enfermedad. Medidas alternativas dirigidas a nuevos mecanismos de exacerbación aguda inducidos por virus, especialmente en la vía aérea superior, pueden servir como tratamientos complementarios de las estrategias de manejo actualmente disponibles para aumentar su eficacia. Nuevos modelos incluyendo cultivos primarios de células epiteliales bronquiales o nasales humanas, organoides o cortes pulmonares de precisión de pacientes con enfermedad de las vías aéreas en lugar de sujetos sanos pueden ser utilizados para definir mecanismos de exacerbación. Estos mecanismos pueden ser validados en pequeños ensayos clínicos en pacientes con asma o EPOC. Tener múltiples medios de tratamiento también puede reducir los problemas que surgen del desarrollo de resistencia hacia un tratamiento específico.

¿Qué mecanismos, aparte de la modulación por miRNA, juegan un papel?

Infecciones respiratorias virales en la exacerbación de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías aéreas: nuevos mecanismos e ideas de la vía aérea superior Epiteliohttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7052386/SHA: 45a566c71056ba4faab425b4f7e9edee6320e4a4Autores: Tan, Kai Sen; Lim, Rachel Liyu; Liu, Jing; Ong, Hsiao Hui; Tan, Vivian Jiayi; Lim, Hui Fang; Chung, Kian Fan; Adcock, Ian M.; Chow, Vincent T.; Wang, De YunFecha: 2020-02-25DOI: 10.3389/fcell.2020.00099Licencia: cc-byAbstract: La infección por virus Estas exacerbaciones se asocian a una alta morbilidad e incluso mortalidad en todo el mundo, entendiendo que la infección viral aumenta la inflamación de las vías respiratorias, lo que agrava los síntomas de la enfermedad.Los recientes avances en la interfaz aire-líquido in vitro cultivos 3D, cultivos organoideos y el uso de nuevos modelos de desafío humanos y animales han evocado nuevos entendimientos en cuanto a los mecanismos de exacerbaciones virales.En esta revisión, nos centraremos en los hallazgos recientes que elucidan cómo las infecciones virales respiratorias alteran la barrera epitelial en las vías aéreas, el entorno microbiano de las vías aéreas superiores, modificaciones epigenéticas incluyendo modulación del miRNA y otros cambios en las respuestas inmunes a través de las vías aéreas superiores e inferiores. Primero, revisamos la prevalencia de diferentes infecciones respiratorias virales en causar exacerbaciones en enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Además, destacamos la importancia del viroma dentro del entorno del microbioma de la vía aérea y su impacto en la infección bacteriana posterior, lo que consolida la comprensión de la exacerbación inducida por virus en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias e indica vías que pueden estar dirigidas a un manejo más eficaz de las enfermedades inflamatorias crónicas. Texto: La prevalencia de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias está aumentando en todo el mundo, especialmente en los países desarrollados (GBD 2015 Chronic Respiratory Disease Colaborators, 2017 Guan et al., 2018). Esta enfermedad se caracteriza por inflamación de las vías respiratorias que provoca complicaciones como tos, sibilancia y falta de aliento. La enfermedad puede manifestarse tanto en las vías respiratorias superiores (como rinosinusitis crónica, CRS) como en las vías respiratorias inferiores (como asma y enfermedad pulmonar obstructiva crónica, EPOC) que afectan en gran medida El tratamiento y el manejo varían mucho en eficacia debido a la complejidad y heterogeneidad de la enfermedad. Esto se complica aún más por el efecto de las exacerbaciones episódicas de la enfermedad, definidas como el empeoramiento de los síntomas de la enfermedad, incluyendo sibilancia, tos, falta de aliento y opresión torácica (Xepapadaki y Papadopoulos, 2010). Estas exacerbaciones se deben al efecto de inflamación aguda aumentada de las vías respiratorias que afecta y empeora los síntomas de la enfermedad existente (Hashimoto et al., 2008; Viniol y Vogelmeier, 2018). Estas exacerbaciones agudas son la principal causa de morbilidad y a veces mortalidad en los pacientes, así como resultando en grandes cargas económicas en todo el mundo. Sin embargo, debido a las interacciones complejas entre el huésped y los agentes de exacerbación, los mecanismos de exacerbación pueden variar considerablemente en diferentes individuos bajo Las exacerbaciones agudas suelen deberse a la presencia de factores ambientales como alérgenos, contaminantes, humo, aire frío o seco y microbios patógenos en las vías respiratorias (Gautier y Charpin, 2017; Viniol y Vogelmeier, 2018). Estos agentes provocan una respuesta inmune que conduce a la infiltración de células inmunitarias activadas que liberan además mediadores inflamatorios que causan síntomas agudos como aumento de la producción de mucosidad, tos, sibilancias y falta de aliento. Entre estos agentes, la infección viral es uno de los principales motores de exacerbaciones del asma que representan hasta el 80-90% y el 45-80% de exacerbaciones en niños y adultos, respectivamente (Grissell et al., 2005; Xepapadaki y Papadopoulos, 2010; Jartti y Gern, 2017; Adeli et al., 2019). La participación viral en la exacerbación de la EPOC también es igualmente alta, habiendo sido detectada en el 30-80% de las exacerbaciones agudas de la EPOC (Kherad et al., 2010; Jafarinejad et al., 2017; Stolz et al., 2019). Aunque la prevalencia de exacerbaciones virales en la ERC todavía no está clara, es probable que su prevalencia sea alta debido a la naturaleza inflamatoria similar de estas enfermedades (Rowan et al., 2015; Tan et al., 2017). Una de las razones de la afectación de virus respiratorios en exacerbaciones es su facilidad de transmisión e infección (Kutter et al., 2018). Además, la alta diversidad de virus respiratorios también puede contribuir a exacerbaciones de diferente naturaleza y gravedad (Busse et al., 2010; Costa et al., 2014; Jartti y Gern, 2017) Por lo tanto, es importante identificar los mecanismos exactos que sustentan las exacerbaciones virales en sujetos susceptibles para manejar adecuadamente las exacerbaciones a través de tratamientos complementarios que puedan aliviar los síntomas de exacerbación o prevenir exacerbaciones graves.Si bien la vía aérea inferior es el sitio de inflamación disregulada en la mayoría de las enfermedades inflamatorias crónicas de la vía aérea, la vía aérea superior sigue siendo el primer punto de contacto con fuentes de exacerbación, por lo que su interacción con los agentes de exacerbación puede contribuir directamente a las respuestas posteriores en la vía aérea inferior, en línea con la hipótesis de "United Airway".Para dilucidar la interacción de la vía aérea huésped con virus que conducen a exacerbaciones, enfocamos nuestra revisión en los hallazgos recientes de interacción viral con la vía aérea superior. A pesar de ser una causa importante de exacerbación, los informes que vinculan virus respiratorios a exacerbaciones agudas sólo comienzan a surgir a finales de la década de 1950 (Pattemore et al., 1992) ; con infecciones bacterianas previamente consideradas como el culpable probable de exacerbación aguda (Stevens, 1953; Message y Johnston, 2002). Sin embargo, con el advenimiento de la tecnología PCR, se recuperaron más virus durante exacerbaciones agudas eventos e informes que implicaron su papel emergieron a finales de la década de 1980 (Mensaje y Johnston, 2002). Rhinovirus (RV) y virus respiratorio sincitial (RSV) son los virus predominantes vinculados al desarrollo y exacerbación de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Jarti y Gern, 2017). Otros virus como el virus de la parainfluenza (PIV), el virus de la gripe (IFV) y el adenovirus (AdV) también han sido implicados en exacerbaciones agudas, pero en un grado mucho menor (Johnston et al., 2005; Oliver et al., 2014; Ko et al., 2019). Más recientemente, se han notificado otros virus como el bocavirus (BoV), el metapneumovirus humano (HMPV), ciertas cepas del coronavirus (CoV), una cepa específica del enterovirus (EV-D68), el citomegalovirus humano (hCMV) y el virus del herpes simplex (HSV) que contribuyen a exacerbaciones agudas. La característica común de estos virus es que pueden infectar tanto la vía aérea superior como la inferior, aumentando aún más las condiciones inflamatorias en la vía aérea enferma (Mallia y Johnston, 2006; Los virus respiratorios infectan y replican principalmente dentro de las células epiteliales de la vía aérea. Durante el proceso de replicación, las células liberan factores antivirales y citocinas que alteran la inflamación de la vía aérea local y el nicho de la vía aérea (Busse et al., 2010). En una vía aérea sana, la inflamación normalmente conduce a respuestas inflamatorias tipo 1 consistentes en la activación de un estado antiviral y la infiltración de células efectoras antivirales, lo que eventualmente resulta en la resolución de la respuesta inflamatoria y el aclaramiento de la infección viral (Vareille et al., 2011; Brace et al., 2012). Sin embargo, en una vía aérea crónicamente inflamada, las respuestas contra el virus pueden estar deterioradas o aberrantes, causando inflamación sostenida e infiltración errónea, lo que resulta en la exacerbación de sus síntomas (Mallia y Johnston, 2006; Dougherty y Fahy, 2009; Busse et al., 2010; Britto et al., 2017; Linden et al., 2019). Esto suele agravarse por el aumento de la susceptibilidad de los pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias hacia infecciones respiratorias virales, aumentando así la frecuencia de exacerbación en su conjunto (Dougherty y Fahy, 2009; Busse et al., 2010; Linden et al., 2019). Además, debido a los diferentes ciclos de replicación y respuesta contra la miríada de virus respiratorios, cada virus respiratorio también puede contribuir a exacerbaciones a través de diferentes mecanismos que pueden alterar su Por lo tanto, esta revisión se centrará en compilar y cotejar los actuales mecanismos conocidos de exacerbación viral inducida por enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, así como en vincular la patogénesis de diferentes infecciones virales para dilucidar otras formas potenciales de exacerbación de la enfermedad. La revisión servirá para proporcionar una mayor comprensión de la exacerbación inducida por virus para identificar posibles vías y mecanismos patogénicos que pueden ser dirigidos como cuidados complementarios para el manejo y prevención de la exacerbación. Este enfoque puede ser clínicamente significativo debido a la actual escasez de fármacos antivirales para el manejo de exacerbaciones inducidas por virus, lo que mejorará la calidad de vida de los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias. Una vez establecida la relación entre la infección viral y las exacerbaciones agudas de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias, se han reportado muchos informes sobre los mecanismos subyacentes a la exacerbación inducida por la infección viral respiratoria. Al infectar En general, las células epiteliales de las vías respiratorias infectadas liberan interferones, citoquinas y quimioquinas tipo IL-6, IL-8, IL-12, RANTES, proteína inflamatoria de los macrófagos 1α (MIP-1α) y proteína quimiotáctica de los monocitos 1 (MCP-1) (Wark y Gibson, 2006; Matsukura y otros, 2013) y, a su vez, permiten la infiltración de células innatas inmunes y de células profesionales que presentan antígenos (APCs) que a su vez liberan mediadores específicos para facilitar la focalización y el aclaramiento virales, incluyendo interferón tipo II (IFNγ), IL-2, IL-4, IL-5, IL-9 e IL-12 (Wark y Gibson, 2006; Singh et al., 2010; Brazale Estos factores aumentan la inflamación local y la infiltración de granulocitos, células T y células B (Wark y Gibson, 2006; Brazale et al., 2012). El aumento de la inflamación, a su vez, empeora los síntomas de las enfermedades de las vías respiratorias. Además, en pacientes con asma y pacientes con SCR con pólipo nasal (CRSwNP), las infecciones virales como RV y VRS promueven una respuesta inmune de tipo 2-sesesada (Becker, 2006; Jackson et al., 2014; Jurak et al., 2018). Esto amplifica la inflamación basal tipo 2 resultando en una mayor liberación de IL-4, IL-5, IL-13, RANTES y eotaxina y un aumento adicional de la eosinofilia, un motor patológico clave del asma y CRSwNP (Wark y Gibson, 2006; Singh et al., 2010; Chung et al., 2015; Dunican y Fahy, 2015). El aumento de la eosinofilia, a su vez, empeora los síntomas clásicos de la enfermedad y puede conducir a condiciones potencialmente mortales debido a dificultades respiratorias. Por otro lado, los pacientes con EPOC y los pacientes con SCR sin pólipo nasal (CRSsNP) son más neutrófilos debido a la expresión de quimioattractantes neutrófilos como CXCL9, CXCL10 y CXCL11 (Cukic et al., 2012; Brightling and Greening, 2019). La patología de estas enfermedades de las vías respiratorias se caracteriza por la remodelación de las vías aéreas debido a la presencia de factores de remodelación como las metaloproteinasas de matriz (MMPs) liberadas de neutrófilos infiltrantes (Linden et al., 2019). Las infecciones virales en tales condiciones causarán entonces un aumento de la activación neutrófica; el empeoramiento de los síntomas y la remodelación de las vías respiratorias exacerbando la EPOC, CRSsNP e incluso CRSwNP en ciertos casos (Wang et al., 2009; Tacon et al., 2010; Linden et al., 2019). También se ha identificado recientemente una vía epitelial-céntrica alarmin alrededor de IL-25, IL-33 y linfopoyetina estromal timica (TSLP), y su interacción con las células linfoides innatas del grupo 2 (ILC2) (Nagarkar et al., 2012; Hong et al., 2018; Allinne et al., 2019). IL-25, IL-33 y TSLP son citoquinas inflamatorias de tipo 2 expresadas por las células epiteliales tras la lesión de la barrera epitelial (Gabryelska et al., 2019; Roan et al., 2019). Las ILC2 son un grupo de células linfoides que carecen de receptores de células B y T, pero desempeñan un papel crucial en la secretación de citocinas de tipo 2 para perpetuar la inflamación de tipo 2 cuando se activan (Scanlon y McKenzie, 2012; Li y Hendriks, 2013). En caso de infección viral, la muerte celular y la lesión de la barrera epitelial también inducirán la expresión de IL-25, IL-33 y TSLP, con mayor expresión en una vía aérea inflamada (Alakhverdi et al., 2007; Goldsmith et al., 2012; Byers et al., 2013; Shaw et al., 2013; Beale et al., 2014; Jackson et al., 2014; Uller y Persson, 2018; Ravanetti et al., 2019). Estas 3 citoquinas luego trabajan en concierto para activar ILC2s para segregar más citoquinas tipo 2 IL-4, IL-5 e IL-13 que agravan aún más la inflamación tipo 2 en la vía aérea causando exacerbación aguda (Camelo et al., 2017). En el caso de la EPOC, el aumento de la activación de la ILC2, que retiene la capacidad de diferenciar a la ILC1, también puede aumentar aún más la respuesta neutrófica y agravar aún más la exacerbación (Silver et al., 2016). Curiosamente, estos factores no se liberan en gran medida y no activan una respuesta de la ILC2 durante la infección viral en individuos sanos (Yan et al., 2016; Tan et al., 2018a) ; a pesar de aumentar una exacerbación de tipo 2 en las vías respiratorias crónicamente inflamadas (Jurak et al., 2018). Estos mecanismos clásicos de exacerbaciones agudas inducidas virales se resumen en la Figura 1. A medida que la integración de la virología, microbiología e inmunología de la infección viral se vuelve más interconectada, factores adicionales y FIGURA 1 Tras la infección por virus en la vía aérea, el estado antiviral se activará para eliminar el patógeno invasor de la vía aérea. La respuesta inmunitaria y los factores de lesión liberados del epitelio infectado normalmente inducirían una inmunidad rápida de tipo 1 que facilita el aclaramiento viral. Sin embargo, en la vía aérea inflamada, las citoquinas y quimioquinas liberadas en su lugar aumentaron la inflamación presente en la vía aérea crónicamente inflamada, fortaleciendo la infiltración neutrófila en la vía aérea COPD, e infiltración eosinofílica en la vía aérea asmática. El efecto también se ve agravado por la participación de células Th1 e ILC1 en la vía aérea COPD; y células Th2 e ILC2 en la vía aérea asmática. (2006) ha subrayado el efecto sinérgico de la infección viral con otros agentes sensibilizantes para causar exacerbaciones agudas más graves en las vías respiratorias, especialmente cuando no todos los eventos de exacerbación ocurrieron durante la infección viral, pero también pueden ocurrir mucho después del aclaramiento viral (Kim et al., 2008; Stolz et al., 2019), en particular el inicio tardío de una infección bacteriana (Singanayagam et al., 2018 (Singanayagam et al., 2019a). Además, los virus no necesitan infectar directamente la vía aérea inferior para causar una exacerbación aguda, ya que el epitelio nasal sigue siendo el lugar principal de la mayoría de las infecciones. Además, no todas las infecciones virales de la vía aérea darán lugar a exacerbaciones agudas, sugiriendo una interacción más compleja entre el virus y el epitelio de la vía aérea superior que sinergizan con el entorno de la vía aérea local en línea con la hipótesis de la "vía aérea unida" (Kurai et al., 2013). Por otro lado, las infecciones virales o sus componentes persisten en pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de la vía aérea (Kling et al., 2005; Wood et al., 2011; Ravi et al., 2019). Por lo tanto, su presencia puede alterar aún más el entorno local y contribuir a exacerbaciones actuales y futuras. Los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias han disminuido o reducido la capacidad de aclaramiento viral (Hammond et al., 2015; McKendry et al., 2016; Akbarshahi et al., 2018; Gill et al., 2018; Wang et al., 2018; Singanayagam et al., 2019b). Su deterioro se debe a una respuesta inflamatoria de tipo 2 que priva a la vía aérea de importantes células CD8 receptivas de tipo 1 que son responsables del aclaramiento completo de las células infectadas por el virus (Becker, 2006; McKendry et al., 2016). Esto es especialmente evidente en virus débiles que inducen la inflamación tipo 1 como RV y RSV (Kling et al., 2005; Wood et al., 2011; Ravi et al., 2019). Además, también hay evidencia de reducción de la producción de interferón tipo I (IFNβ) y III (IFN/23370/) debido a la inflamación de tipo 2-secado, que contribuye al aclaramiento imperfecto del virus, lo que resulta en la persistencia de componentes virales, o el virus vivo en el epitelio de las vías respiratorias (Contoli et al., 2006; Hwang et al., 2019; Wark, 2019). Debido a los componentes virales que permanecen en las vías respiratorias, genes antivirales como los interferones de tipo I, factores de activación de la inflamación y citoquinas permanecieron activados dando lugar a inflamación prolongada de las vías respiratorias (Wood et al., 2011; Essaidi-Laziosi et al., 2018). Estos factores aumentan la infiltración de granulocitos prolongando así los síntomas de exacerbación. Esta inflamación persistente también puede encontrarse dentro de virus del ADN como AdV, hCMV y HSV, cuyas infecciones generalmente persisten más tiempo (Imperial y Jiang, 2015), contribuyendo aún más a la activación crónica de la inflamación cuando infectan la vía aérea (Yang et al., 2008; Morimoto et al., 2009; Imperiale y Jiang, 2015; Lan et al., 2016; Tan et al., 2016; Kowalski et al., 2017). Con esa nota, el virus del papiloma humano (VPH), un virus del ADN muy asociado con cánceres de cabeza y cuello y papilomatosis respiratoria, también está relacionado con la inflamación crónica que precede a las neoplasias malignas (de Visser et al., 2005; Gillison et al., 2012; Bonomi et al., 2014; Fernandes et al., 2015). Por lo tanto, el papel de la infección por VPH en causar inflamación crónica en las vías respiratorias y su asociación a exacerbaciones de las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas, que apenas se explora, debe ser investigado en el futuro. Además, la persistencia viral que conduce a la expresión continua de genes antivirales también puede conducir al desarrollo de resistencia a los esteroides, que se observa con la infección por RV, VRS y PIV (Chi et al., 2011; Ford et al., 2013; Papi et al., 2013). El uso de esteroides para suprimir la inflamación también puede causar que el virus persista más tiempo en las vías respiratorias debido a la falta de aclaramiento antiviral (Kim et al., 2008; Hammond et al., 2015; Hewitt et al., 2016; McKendry et al., 2016; Singanayagam et al., 2019b). El desarrollo concomitante de resistencia a los esteroides, junto con la repetición o prolongación de la infección viral, añadió una carga considerable al manejo de la exacerbación aguda, que debería ser el foco futuro de la investigación para resolver las complicaciones duales derivadas de la infección viral. En el otro extremo del espectro, los virus que inducen una fuerte inflamación tipo 1 y la muerte celular como IFV (Yan et al., 2016; Guibas et al., 2018) y ciertos CoV (incluyendo el virus COVID-19 recientemente surgido) (Tao et al., 2013; Yue et al., 2018; Zhu et al., 2020), pueden no causar inflamación prolongada debido a la fuerte inducción del aclaramiento antiviral. Sin embargo, estas infecciones causan daño masivo y muerte celular a la barrera epitelial, tanto que las áreas del epitelio pueden estar completamente ausentes después de la infección (Yan et al., 2016; Tan et Factores como el RANTES y el CXCL10, que reclutan células inmunitarias para inducir apoptosis, son fuertemente inducidos por el epitelio infectado por IFV (Ampomah et al., 2018; Tan et al., 2019). Además, factores necroptóticos como el RIP3 agravan aún más las muertes celulares en el epitelio infectado por IFV. La muerte celular masiva inducida puede provocar un empeoramiento de la exacerbación aguda debido a la liberación de su contenido celular en las vías respiratorias, evocando una respuesta inflamatoria en las vías respiratorias (Guibas et al., 2018). Además, la destrucción de la barrera epitelial puede causar un mayor contacto con otros patógenos y alérgenos en las vías respiratorias que pueden prolongar las exacerbaciones o provocar nuevas exacerbaciones. La destrucción epitelial también puede promover una mayor remodelación epitelial durante su regeneración, ya que la infección viral induce la expresión de genes remodeladores como MMPs y factores de crecimiento. Infecciones que causan destrucción masiva del epitelio, como IFV, generalmente resultan en exacerbaciones agudas graves con síntomas no clásicos de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Afortunadamente, hay vacunas anuales disponibles para prevenir infecciones por IFV (Vasileiou et al., 2017; Zheng et al., 2018) ; y se recomienda que los pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias reciban su vacunación anual contra la gripe como el mejor medio para prevenir la exacerbación inducida por IFV grave. Otro mecanismo que las infecciones virales pueden utilizar para provocar exacerbaciones agudas es la inducción de factores de vasodilación o apertura de la unión estrecha que pueden aumentar la tasa de infiltración. Infección con una multitud de virus respiratorios Esto también aumenta las posibilidades de que los alérgenos entren en contacto con las células inmunitarias de las vías respiratorias. Por ejemplo, se encontró que la infección por IFV induce oncostatina M (OSM) lo que causa una apertura estrecha de la unión (Pothoven et al., 2015; Tian et al., 2018). De manera similar, las infecciones por RV y VRS suelen causar una apertura estrecha de la unión que también puede aumentar la tasa de infiltración de eosinófilos y, por lo tanto, empeorar los síntomas clásicos de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Sajjan et al., 2008; Kast et al., 2017; Kim et al., 2018). Además, la expresión de factores vasodilatadores y factores homeostáticos fluidos como angiopoietin-like 4 (ANGPTL4) y bactericida/permeabilidad en aumento que contienen pliegues familiares A1 (BPIFA1) también están asociados con infecciones virales y desarrollo de neumonía, que pueden empeorar la inflamación en la vía aérea baja Akram et al., 2018). Estos factores pueden servir como objetivos para prevenir exacerbaciones inducidas por virus durante el manejo de la exacerbación aguda de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias. Otro área de interés reciente es la relación entre asma y exacerbaciones de la EPOC y su asociación con el microbioma de las vías respiratorias. El desarrollo de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias suele estar relacionado con especies bacterianas específicas en el microbioma que pueden prosperar en el entorno de las vías respiratorias inflamadas (Diver et al., 2019) En el caso de una infección viral como la infección por RV, el efecto inducido por el virus puede desestabilizar el equilibrio del microbioma presente (Molyneaux et al., 2013; Kloepfer et al., 2014; Kloepfer et al., 2017; Jubinville et al., 2018; van Rijn et al., 2019). Además, la infección viral puede alterar colonias de biofilm en la vía aérea superior (por ejemplo, Streptococcus pneumoniae) microbioma para liberarse en la vía aérea inferior y empeorar la inflamación (Marks et al., 2013; Chao et al., 2014). Además, una infección viral también puede alterar el perfil de nutrientes en la vía aérea a través de la liberación de nutrientes previamente inaccesibles que alterarán el crecimiento bacteriano (Siegel et al., 2014; Mallia et al., 2018 Además, la desestabilización se ve agravada por una respuesta inmune bacteriana alterada, ya sea por influencias virales directas, o por el uso de corticosteroides para suprimir los síntomas de exacerbación (Singanayagam et al., 2018 (Singanayagam et al., 2019a Wang et al., 2018; Finney et al., 2019). Todos estos cambios pueden llevar gradualmente a un efecto de mayor alcance cuando la flora normal es reemplazada por patógenos oportunistas, alterando los perfiles inflamatorios (Teo et al., 2018). Estos cambios a su vez pueden resultar en exacerbaciones agudas más graves y frecuentes debido a la interacción entre el virus y las bacterias patógenas en exacerbar las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas (Wark et al., 2013; Singanayagam et al., 2018). Para contrarrestar estos efectos, las terapias basadas en microbiomas están en su infancia, pero han demostrado eficacia en los tratamientos del síndrome del intestino irritable restaurando el microbioma intestinal (Bakken et al., 2011). Más investigaciones pueden ser hechas de manera similar para que el microbioma de las vías respiratorias pueda restaurar el microbioma después de la interrupción por una infección viral. Las infecciones virales pueden causar la interrupción de la función mucociliar, un componente importante de la barrera epitelial. Proteínas ciliares FIGURA 2 Cambios en el epitelio de las vías respiratorias superiores que contribuyen a la exacerbación viral en enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. El epitelio de las vías respiratorias superiores es el sitio principal de contacto/infección de la mayoría de los virus respiratorios. Por lo tanto, su infección por virus respiratorios puede tener consecuencias de gran alcance en el aumento y La destrucción de la barrera epitelial, la función mucociliar y la muerte celular de las células epitelial sirven para aumentar el contacto entre los desencadenantes ambientales con la vía aérea inferior y las células inmunes residentes. La apertura de la unión estrecha aumentando la fuga aumenta aún más la inflamación y exacerbaciones. Además, las infecciones virales se acompañan generalmente con estrés oxidativo que aumentará aún más la inflamación local en la vía aérea. La disregulación de la inflamación puede ser agravada por la modulación de los miRNAs y la modificación epigenética como la metilación del ADN y las modificaciones histonas que promueven la disregulación en la inflamación. Finalmente, el cambio en el ambiente de las vías respiratorias locales y la inflamación promueve el crecimiento de bacterias patogénicas que pueden reemplazar al microbioma de la vía aérea. Además, el ambiente inflamatorio también puede dispersar los comans de la vía aérea superior en la vía aérea inferior Rasgo específico viral que contribuye al mecanismo de exacerbación (con evidencia en la literatura) Estrés oxidativo Producción de ROS (RV, RSV, IFV, HSV)Como RV, RSV e IFV fueron los virus más frecuentemente estudiados en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, la mayoría de los virus enumerados son predominantemente estos virus. Sin embargo, los mecanismos aquí descritos también pueden ser aplicables a otros virus, pero no pueden ser listados ya que no estuvieron implicados en el contexto de exacerbación de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (ver texto para abreviaciones). que ayudan en la función adecuada de los cilios móviles en las vías respiratorias se expresan aberrantemente en células epiteliales de las vías respiratorias ciliadas que son el principal objetivo para la infección por RV (Griggs et al., 2017). Tal forma de cilia discinesia secundaria parece estar presente con inflamaciones crónicas en la vía aérea, pero los mecanismos exactos todavía son desconocidos (Peng et al.,, 2019 Qiu et al., 2018). Sin embargo, se encontró que en la infección viral como IFV, puede haber un cambio en el metabolismo de las células, así como una alteración en la expresión del gen ciliar, principalmente en la forma de regulación descendente de los genes como la cadena pesada dynein axonemal 5 (DNAH5) y diferenciación multiciliada y síntesis de ADN asociada a la proteína del ciclo celular (MCIDAS) (Tan et al., 2018b. El recientemente surgido Wuhan CoV también se encontró para reducir la paliza ciliar en el modelo epitelial de la vía aérea infectado (Zhu et al., 2020). Además, se demostró que las infecciones virales como el VRS destruyen directamente los cilios de las células ciliadas y casi todos los virus respiratorios infectan las células ciliadas (Jumat et al., 2015; Yan et al., 2016; Tan et al., 2018a). Además, la sobreproducción de mucosidad también puede alterar el equilibrio de la función mucociliar después de la infección viral, dando lugar a síntomas de exacerbación aguda (Zhu et al., 2009). Por lo tanto, la interrupción del movimiento ciliar durante la infección viral puede causar más material extraño y alérgeno para entrar en la vía aérea, agravando los síntomas de exacerbación aguda y haciendo más difícil de manejar. Los microRNAs (miRNAs) son ARNs cortos no codificantes involucrados en la modulación post-transcripción de los procesos biológicos, e implicados en una serie de enfermedades (Tan et al., 2014). Los miRNAs se encuentran inducidos por infecciones virales y pueden jugar un papel en la modulación de las respuestas antivirales y la inflamación (Gutierrez et al., 2016; Deng et al., 2017; Feng et al., 2018). En el caso de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, se encontró que los cambios circulantes de miRNAs están relacionados con la exacerbación de las enfermedades (Wardzynska et al., 2020). Por lo tanto, es probable que tales cambios de miRNAs se originan desde el epitelio infectado y las células inmunes que responden, que pueden servir para disregular aún más la inflamación de las vías Tanto las infecciones por IFV como las por VRS han demostrado aumentar miR-21 y aumentar la inflamación en los modelos experimentales de asma murina, lo que se invierte con un tratamiento combinado de antimiR-21 y corticosteroides (Kim et al., 2017). La infección por IFV también se muestra aumentando miR-125a y b, y miR-132 en el epitelio de EPOC que inhibe A20 y MAVS; y p300 e IRF3, respectivamente, lo que resulta en una mayor susceptibilidad a las infecciones virales (Hsu et al., 2016 (Hsu et al., 2017). Por el contrario, se demostró que miR-22 se suprimió en el epitelio asmático en la infección por IFV, lo que da lugar a una respuesta epitelial aberranta, contribuyendo a exacerbaciones (Moheimani et al., 2018). Aparte de estas evidencias directas de cambios en el miRNA en contribuir a exacerbaciones, un aumento del número de miRNAs y otros ARNs no codificantes responsables de la modulación inmune se encuentran alterados después de infecciones virales (Globinska et al., 2014; Feng et al., 2018; Hasegawa et al., 2018). Por lo tanto, los ARNs no codificantes también se presentan como objetivos para modular los cambios virales inducidos en las vías respiratorias como un medio para controlar la exacerbación de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Aparte de la modulación de miRNA, otras modificaciones epigenéticas como la metilación del ADN también pueden desempeñar un papel en la exacerbación de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Al mismo tiempo, también se demostró que las infecciones virales como RV y VRS alteran la metilación del ADN y las modificaciones histonas en el epitelio de las vías respiratorias que pueden alterar las respuestas inflamatorias, provocando enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias y exacerbaciones (McErlean et al., 2014; Pech et al., 2018; Caixia et al., 2019). Además, Spalluto et al. (2017) también mostraron que factores antivirales como IFNγ epigenéticamente modifican la resistencia viral de las células epiteliales. Por lo tanto, esto puede indicar que infecciones como RV y VRS que débilmente inducen respuestas antivirales pueden resultar en un estado inflamatorio alterado que contribuye a una mayor persistencia viral y exacerbación de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Spalluto et al., 2017). Finalmente, la infección viral puede resultar en una mayor producción de especies reactivas de oxígeno (ROS), estrés oxidativo y disfunción mitocondrial en el epitelio de las vías respiratorias (Kim et al., 2018; Mishra et al., 2018; Wang et al., 2018). El epitelio de las vías respiratorias de los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias suelen estar bajo un estado de estrés oxidativo constante que sostiene la inflamación de las vías respiratorias (Barnes, 2017; van der Vliet et al., 2018). Las infecciones virales del epitelio respiratorio por virus como IFV, RV, RSV y HSV pueden desencadenar la producción adicional de ROS como mecanismo antiviral Aizawa et al., 2018; Wang et al., 2018). Además, la infiltración de células en respuesta a la infección, como los neutrófilos, también desencadenará una ruptura respiratoria como medio para aumentar la ROS en la región infectada. El aumento de la ROS y el estrés oxidativo en el ambiente local pueden servir como un desencadenante para promover la inflamación, agravando así la inflamación en las vías respiratorias (Tiwari et al., 2002). En la Figura 2 y la Tabla 1 se muestra un resumen de los posibles mecanismos de exacerbación y los virus asociados. Mientras que los mecanismos subyacentes al desarrollo y exacerbación aguda de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias son ampliamente estudiados para controlar y controlar la enfermedad, una infección viral hace más que sólo causar una exacerbación aguda en estos pacientes. Una exacerbación aguda inducida por virus no sólo induce y empeora los síntomas de la enfermedad, sino que también puede alterar el manejo de la enfermedad o conferir resistencia a tratamientos que funcionaban antes. Por lo tanto, la apreciación de los mecanismos de exacerbaciones agudas inducidas por virus es de importancia clínica para diseñar estrategias para corregir los cambios virales que pueden empeorar los síntomas de la enfermedad inflamatoria de las vías respiratorias crónicas. Otros estudios en exacerbaciones naturales y en modelos de desafíos virales utilizando secuenciación de ARN (ARN-seq) o ARN-seq de una sola célula en un rango de tiempos pueden proporcionar información importante sobre patogénesis viral y cambios inducidos dentro de las vías respiratorias de pacientes con enfermedad inflamatoria de las vías respiratorias crónicas para identificar nuevos objetivos y vías para mejorar el manejo de la enfermedad. El análisis posterior de funciones puede utilizar modelos de células epiteliales como la interfaz aire-líquido, modelo epitelial de vía aérea in vitro que ha sido adaptado para estudiar la infección viral y los cambios inducidos en la vía aérea (Yan et al., 2016; Boda et al., 2018; También se han desarrollado modelos de enfermedades de origen animal para identificar mecanismos sistémicos de exacerbación aguda (Shin, 2016; Gubernatorova et al., 2019; Tanner and Single, 2019). Además, el modelo de ratón humanizado que posee células inmunitarias humanas también puede servir para desentrañar el perfil inmune de una infección viral en estado sano y enfermo (Ito et al., 2019; Li y Di Santo, 2019). Para virus más leves, las infecciones humanas in vivo controladas se pueden realizar para el mejor modo de verificación de la asociación del virus con el mecanismo propuesto de exacerbaciones agudas inducidas virales. Con el advenimiento de modelos enfermos adecuados, la verificación de los mecanismos proporcionará la continuación necesaria para mejorar el tratamiento de las exacerbaciones agudas inducidas virales. En vista de la escasez de medidas preventivas antivirales disponibles sólo para unos pocos virus y vacunas que sólo están disponibles para las infecciones por IFV, se deben explorar más medidas alternativas para mejorar el manejo de la enfermedad. Medidas alternativas dirigidas a nuevos mecanismos de exacerbación aguda inducidos por virus, especialmente en la vía aérea superior, pueden servir como tratamientos complementarios de las estrategias de manejo actualmente disponibles para aumentar su eficacia. Nuevos modelos incluyendo cultivos primarios de células epiteliales bronquiales o nasales humanas, organoides o cortes pulmonares de precisión de pacientes con enfermedad de las vías aéreas en lugar de sujetos sanos pueden ser utilizados para definir mecanismos de exacerbación. Estos mecanismos pueden ser validados en pequeños ensayos clínicos en pacientes con asma o EPOC. Tener múltiples medios de tratamiento también puede reducir los problemas que surgen del desarrollo de resistencia hacia un tratamiento específico.

¿En qué infecciones como RV y VRS que débilmente inducen respuestas antivirales pueden resultar?

Infecciones respiratorias virales en la exacerbación de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías aéreas: nuevos mecanismos e ideas de la vía aérea superior Epiteliohttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7052386/SHA: 45a566c71056ba4faab425b4f7e9edee6320e4a4Autores: Tan, Kai Sen; Lim, Rachel Liyu; Liu, Jing; Ong, Hsiao Hui; Tan, Vivian Jiayi; Lim, Hui Fang; Chung, Kian Fan; Adcock, Ian M.; Chow, Vincent T.; Wang, De YunFecha: 2020-02-25DOI: 10.3389/fcell.2020.00099Licencia: cc-byAbstract: La infección por virus Estas exacerbaciones se asocian a una alta morbilidad e incluso mortalidad en todo el mundo, entendiendo que la infección viral aumenta la inflamación de las vías respiratorias, lo que agrava los síntomas de la enfermedad.Los recientes avances en la interfaz aire-líquido in vitro cultivos 3D, cultivos organoideos y el uso de nuevos modelos de desafío humanos y animales han evocado nuevos entendimientos en cuanto a los mecanismos de exacerbaciones virales.En esta revisión, nos centraremos en los hallazgos recientes que elucidan cómo las infecciones virales respiratorias alteran la barrera epitelial en las vías aéreas, el entorno microbiano de las vías aéreas superiores, modificaciones epigenéticas incluyendo modulación del miRNA y otros cambios en las respuestas inmunes a través de las vías aéreas superiores e inferiores. Primero, revisamos la prevalencia de diferentes infecciones respiratorias virales en causar exacerbaciones en enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Además, destacamos la importancia del viroma dentro del entorno del microbioma de la vía aérea y su impacto en la infección bacteriana posterior, lo que consolida la comprensión de la exacerbación inducida por virus en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias e indica vías que pueden estar dirigidas a un manejo más eficaz de las enfermedades inflamatorias crónicas. Texto: La prevalencia de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias está aumentando en todo el mundo, especialmente en los países desarrollados (GBD 2015 Chronic Respiratory Disease Colaborators, 2017 Guan et al., 2018). Esta enfermedad se caracteriza por inflamación de las vías respiratorias que provoca complicaciones como tos, sibilancia y falta de aliento. La enfermedad puede manifestarse tanto en las vías respiratorias superiores (como rinosinusitis crónica, CRS) como en las vías respiratorias inferiores (como asma y enfermedad pulmonar obstructiva crónica, EPOC) que afectan en gran medida El tratamiento y el manejo varían mucho en eficacia debido a la complejidad y heterogeneidad de la enfermedad. Esto se complica aún más por el efecto de las exacerbaciones episódicas de la enfermedad, definidas como el empeoramiento de los síntomas de la enfermedad, incluyendo sibilancia, tos, falta de aliento y opresión torácica (Xepapadaki y Papadopoulos, 2010). Estas exacerbaciones se deben al efecto de inflamación aguda aumentada de las vías respiratorias que afecta y empeora los síntomas de la enfermedad existente (Hashimoto et al., 2008; Viniol y Vogelmeier, 2018). Estas exacerbaciones agudas son la principal causa de morbilidad y a veces mortalidad en los pacientes, así como resultando en grandes cargas económicas en todo el mundo. Sin embargo, debido a las interacciones complejas entre el huésped y los agentes de exacerbación, los mecanismos de exacerbación pueden variar considerablemente en diferentes individuos bajo Las exacerbaciones agudas suelen deberse a la presencia de factores ambientales como alérgenos, contaminantes, humo, aire frío o seco y microbios patógenos en las vías respiratorias (Gautier y Charpin, 2017; Viniol y Vogelmeier, 2018). Estos agentes provocan una respuesta inmune que conduce a la infiltración de células inmunitarias activadas que liberan además mediadores inflamatorios que causan síntomas agudos como aumento de la producción de mucosidad, tos, sibilancias y falta de aliento. Entre estos agentes, la infección viral es uno de los principales motores de exacerbaciones del asma que representan hasta el 80-90% y el 45-80% de exacerbaciones en niños y adultos, respectivamente (Grissell et al., 2005; Xepapadaki y Papadopoulos, 2010; Jartti y Gern, 2017; Adeli et al., 2019). La participación viral en la exacerbación de la EPOC también es igualmente alta, habiendo sido detectada en el 30-80% de las exacerbaciones agudas de la EPOC (Kherad et al., 2010; Jafarinejad et al., 2017; Stolz et al., 2019). Aunque la prevalencia de exacerbaciones virales en la ERC todavía no está clara, es probable que su prevalencia sea alta debido a la naturaleza inflamatoria similar de estas enfermedades (Rowan et al., 2015; Tan et al., 2017). Una de las razones de la afectación de virus respiratorios en exacerbaciones es su facilidad de transmisión e infección (Kutter et al., 2018). Además, la alta diversidad de virus respiratorios también puede contribuir a exacerbaciones de diferente naturaleza y gravedad (Busse et al., 2010; Costa et al., 2014; Jartti y Gern, 2017) Por lo tanto, es importante identificar los mecanismos exactos que sustentan las exacerbaciones virales en sujetos susceptibles para manejar adecuadamente las exacerbaciones a través de tratamientos complementarios que puedan aliviar los síntomas de exacerbación o prevenir exacerbaciones graves.Si bien la vía aérea inferior es el sitio de inflamación disregulada en la mayoría de las enfermedades inflamatorias crónicas de la vía aérea, la vía aérea superior sigue siendo el primer punto de contacto con fuentes de exacerbación, por lo que su interacción con los agentes de exacerbación puede contribuir directamente a las respuestas posteriores en la vía aérea inferior, en línea con la hipótesis de "United Airway".Para dilucidar la interacción de la vía aérea huésped con virus que conducen a exacerbaciones, enfocamos nuestra revisión en los hallazgos recientes de interacción viral con la vía aérea superior. A pesar de ser una causa importante de exacerbación, los informes que vinculan virus respiratorios a exacerbaciones agudas sólo comienzan a surgir a finales de la década de 1950 (Pattemore et al., 1992) ; con infecciones bacterianas previamente consideradas como el culpable probable de exacerbación aguda (Stevens, 1953; Message y Johnston, 2002). Sin embargo, con el advenimiento de la tecnología PCR, se recuperaron más virus durante exacerbaciones agudas eventos e informes que implicaron su papel emergieron a finales de la década de 1980 (Mensaje y Johnston, 2002). Rhinovirus (RV) y virus respiratorio sincitial (RSV) son los virus predominantes vinculados al desarrollo y exacerbación de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Jarti y Gern, 2017). Otros virus como el virus de la parainfluenza (PIV), el virus de la gripe (IFV) y el adenovirus (AdV) también han sido implicados en exacerbaciones agudas, pero en un grado mucho menor (Johnston et al., 2005; Oliver et al., 2014; Ko et al., 2019). Más recientemente, se han notificado otros virus como el bocavirus (BoV), el metapneumovirus humano (HMPV), ciertas cepas del coronavirus (CoV), una cepa específica del enterovirus (EV-D68), el citomegalovirus humano (hCMV) y el virus del herpes simplex (HSV) que contribuyen a exacerbaciones agudas. La característica común de estos virus es que pueden infectar tanto la vía aérea superior como la inferior, aumentando aún más las condiciones inflamatorias en la vía aérea enferma (Mallia y Johnston, 2006; Los virus respiratorios infectan y replican principalmente dentro de las células epiteliales de la vía aérea. Durante el proceso de replicación, las células liberan factores antivirales y citocinas que alteran la inflamación de la vía aérea local y el nicho de la vía aérea (Busse et al., 2010). En una vía aérea sana, la inflamación normalmente conduce a respuestas inflamatorias tipo 1 consistentes en la activación de un estado antiviral y la infiltración de células efectoras antivirales, lo que eventualmente resulta en la resolución de la respuesta inflamatoria y el aclaramiento de la infección viral (Vareille et al., 2011; Brace et al., 2012). Sin embargo, en una vía aérea crónicamente inflamada, las respuestas contra el virus pueden estar deterioradas o aberrantes, causando inflamación sostenida e infiltración errónea, lo que resulta en la exacerbación de sus síntomas (Mallia y Johnston, 2006; Dougherty y Fahy, 2009; Busse et al., 2010; Britto et al., 2017; Linden et al., 2019). Esto suele agravarse por el aumento de la susceptibilidad de los pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias hacia infecciones respiratorias virales, aumentando así la frecuencia de exacerbación en su conjunto (Dougherty y Fahy, 2009; Busse et al., 2010; Linden et al., 2019). Además, debido a los diferentes ciclos de replicación y respuesta contra la miríada de virus respiratorios, cada virus respiratorio también puede contribuir a exacerbaciones a través de diferentes mecanismos que pueden alterar su Por lo tanto, esta revisión se centrará en compilar y cotejar los actuales mecanismos conocidos de exacerbación viral inducida por enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, así como en vincular la patogénesis de diferentes infecciones virales para dilucidar otras formas potenciales de exacerbación de la enfermedad. La revisión servirá para proporcionar una mayor comprensión de la exacerbación inducida por virus para identificar posibles vías y mecanismos patogénicos que pueden ser dirigidos como cuidados complementarios para el manejo y prevención de la exacerbación. Este enfoque puede ser clínicamente significativo debido a la actual escasez de fármacos antivirales para el manejo de exacerbaciones inducidas por virus, lo que mejorará la calidad de vida de los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias. Una vez establecida la relación entre la infección viral y las exacerbaciones agudas de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias, se han reportado muchos informes sobre los mecanismos subyacentes a la exacerbación inducida por la infección viral respiratoria. Al infectar En general, las células epiteliales de las vías respiratorias infectadas liberan interferones, citoquinas y quimioquinas tipo IL-6, IL-8, IL-12, RANTES, proteína inflamatoria de los macrófagos 1α (MIP-1α) y proteína quimiotáctica de los monocitos 1 (MCP-1) (Wark y Gibson, 2006; Matsukura y otros, 2013) y, a su vez, permiten la infiltración de células innatas inmunes y de células profesionales que presentan antígenos (APCs) que a su vez liberan mediadores específicos para facilitar la focalización y el aclaramiento virales, incluyendo interferón tipo II (IFNγ), IL-2, IL-4, IL-5, IL-9 e IL-12 (Wark y Gibson, 2006; Singh et al., 2010; Brazale Estos factores aumentan la inflamación local y la infiltración de granulocitos, células T y células B (Wark y Gibson, 2006; Brazale et al., 2012). El aumento de la inflamación, a su vez, empeora los síntomas de las enfermedades de las vías respiratorias. Además, en pacientes con asma y pacientes con SCR con pólipo nasal (CRSwNP), las infecciones virales como RV y VRS promueven una respuesta inmune de tipo 2-sesesada (Becker, 2006; Jackson et al., 2014; Jurak et al., 2018). Esto amplifica la inflamación basal tipo 2 resultando en una mayor liberación de IL-4, IL-5, IL-13, RANTES y eotaxina y un aumento adicional de la eosinofilia, un motor patológico clave del asma y CRSwNP (Wark y Gibson, 2006; Singh et al., 2010; Chung et al., 2015; Dunican y Fahy, 2015). El aumento de la eosinofilia, a su vez, empeora los síntomas clásicos de la enfermedad y puede conducir a condiciones potencialmente mortales debido a dificultades respiratorias. Por otro lado, los pacientes con EPOC y los pacientes con SCR sin pólipo nasal (CRSsNP) son más neutrófilos debido a la expresión de quimioattractantes neutrófilos como CXCL9, CXCL10 y CXCL11 (Cukic et al., 2012; Brightling and Greening, 2019). La patología de estas enfermedades de las vías respiratorias se caracteriza por la remodelación de las vías aéreas debido a la presencia de factores de remodelación como las metaloproteinasas de matriz (MMPs) liberadas de neutrófilos infiltrantes (Linden et al., 2019). Las infecciones virales en tales condiciones causarán entonces un aumento de la activación neutrófica; el empeoramiento de los síntomas y la remodelación de las vías respiratorias exacerbando la EPOC, CRSsNP e incluso CRSwNP en ciertos casos (Wang et al., 2009; Tacon et al., 2010; Linden et al., 2019). También se ha identificado recientemente una vía epitelial-céntrica alarmin alrededor de IL-25, IL-33 y linfopoyetina estromal timica (TSLP), y su interacción con las células linfoides innatas del grupo 2 (ILC2) (Nagarkar et al., 2012; Hong et al., 2018; Allinne et al., 2019). IL-25, IL-33 y TSLP son citoquinas inflamatorias de tipo 2 expresadas por las células epiteliales tras la lesión de la barrera epitelial (Gabryelska et al., 2019; Roan et al., 2019). Las ILC2 son un grupo de células linfoides que carecen de receptores de células B y T, pero desempeñan un papel crucial en la secretación de citocinas de tipo 2 para perpetuar la inflamación de tipo 2 cuando se activan (Scanlon y McKenzie, 2012; Li y Hendriks, 2013). En caso de infección viral, la muerte celular y la lesión de la barrera epitelial también inducirán la expresión de IL-25, IL-33 y TSLP, con mayor expresión en una vía aérea inflamada (Alakhverdi et al., 2007; Goldsmith et al., 2012; Byers et al., 2013; Shaw et al., 2013; Beale et al., 2014; Jackson et al., 2014; Uller y Persson, 2018; Ravanetti et al., 2019). Estas 3 citoquinas luego trabajan en concierto para activar ILC2s para segregar más citoquinas tipo 2 IL-4, IL-5 e IL-13 que agravan aún más la inflamación tipo 2 en la vía aérea causando exacerbación aguda (Camelo et al., 2017). En el caso de la EPOC, el aumento de la activación de la ILC2, que retiene la capacidad de diferenciar a la ILC1, también puede aumentar aún más la respuesta neutrófica y agravar aún más la exacerbación (Silver et al., 2016). Curiosamente, estos factores no se liberan en gran medida y no activan una respuesta de la ILC2 durante la infección viral en individuos sanos (Yan et al., 2016; Tan et al., 2018a) ; a pesar de aumentar una exacerbación de tipo 2 en las vías respiratorias crónicamente inflamadas (Jurak et al., 2018). Estos mecanismos clásicos de exacerbaciones agudas inducidas virales se resumen en la Figura 1. A medida que la integración de la virología, microbiología e inmunología de la infección viral se vuelve más interconectada, factores adicionales y FIGURA 1 Tras la infección por virus en la vía aérea, el estado antiviral se activará para eliminar el patógeno invasor de la vía aérea. La respuesta inmunitaria y los factores de lesión liberados del epitelio infectado normalmente inducirían una inmunidad rápida de tipo 1 que facilita el aclaramiento viral. Sin embargo, en la vía aérea inflamada, las citoquinas y quimioquinas liberadas en su lugar aumentaron la inflamación presente en la vía aérea crónicamente inflamada, fortaleciendo la infiltración neutrófila en la vía aérea COPD, e infiltración eosinofílica en la vía aérea asmática. El efecto también se ve agravado por la participación de células Th1 e ILC1 en la vía aérea COPD; y células Th2 e ILC2 en la vía aérea asmática. (2006) ha subrayado el efecto sinérgico de la infección viral con otros agentes sensibilizantes para causar exacerbaciones agudas más graves en las vías respiratorias, especialmente cuando no todos los eventos de exacerbación ocurrieron durante la infección viral, pero también pueden ocurrir mucho después del aclaramiento viral (Kim et al., 2008; Stolz et al., 2019), en particular el inicio tardío de una infección bacteriana (Singanayagam et al., 2018 (Singanayagam et al., 2019a). Además, los virus no necesitan infectar directamente la vía aérea inferior para causar una exacerbación aguda, ya que el epitelio nasal sigue siendo el lugar principal de la mayoría de las infecciones. Además, no todas las infecciones virales de la vía aérea darán lugar a exacerbaciones agudas, sugiriendo una interacción más compleja entre el virus y el epitelio de la vía aérea superior que sinergizan con el entorno de la vía aérea local en línea con la hipótesis de la "vía aérea unida" (Kurai et al., 2013). Por otro lado, las infecciones virales o sus componentes persisten en pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de la vía aérea (Kling et al., 2005; Wood et al., 2011; Ravi et al., 2019). Por lo tanto, su presencia puede alterar aún más el entorno local y contribuir a exacerbaciones actuales y futuras. Los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias han disminuido o reducido la capacidad de aclaramiento viral (Hammond et al., 2015; McKendry et al., 2016; Akbarshahi et al., 2018; Gill et al., 2018; Wang et al., 2018; Singanayagam et al., 2019b). Su deterioro se debe a una respuesta inflamatoria de tipo 2 que priva a la vía aérea de importantes células CD8 receptivas de tipo 1 que son responsables del aclaramiento completo de las células infectadas por el virus (Becker, 2006; McKendry et al., 2016). Esto es especialmente evidente en virus débiles que inducen la inflamación tipo 1 como RV y RSV (Kling et al., 2005; Wood et al., 2011; Ravi et al., 2019). Además, también hay evidencia de reducción de la producción de interferón tipo I (IFNβ) y III (IFN/23370/) debido a la inflamación de tipo 2-secado, que contribuye al aclaramiento imperfecto del virus, lo que resulta en la persistencia de componentes virales, o el virus vivo en el epitelio de las vías respiratorias (Contoli et al., 2006; Hwang et al., 2019; Wark, 2019). Debido a los componentes virales que permanecen en las vías respiratorias, genes antivirales como los interferones de tipo I, factores de activación de la inflamación y citoquinas permanecieron activados dando lugar a inflamación prolongada de las vías respiratorias (Wood et al., 2011; Essaidi-Laziosi et al., 2018). Estos factores aumentan la infiltración de granulocitos prolongando así los síntomas de exacerbación. Esta inflamación persistente también puede encontrarse dentro de virus del ADN como AdV, hCMV y HSV, cuyas infecciones generalmente persisten más tiempo (Imperial y Jiang, 2015), contribuyendo aún más a la activación crónica de la inflamación cuando infectan la vía aérea (Yang et al., 2008; Morimoto et al., 2009; Imperiale y Jiang, 2015; Lan et al., 2016; Tan et al., 2016; Kowalski et al., 2017). Con esa nota, el virus del papiloma humano (VPH), un virus del ADN muy asociado con cánceres de cabeza y cuello y papilomatosis respiratoria, también está relacionado con la inflamación crónica que precede a las neoplasias malignas (de Visser et al., 2005; Gillison et al., 2012; Bonomi et al., 2014; Fernandes et al., 2015). Por lo tanto, el papel de la infección por VPH en causar inflamación crónica en las vías respiratorias y su asociación a exacerbaciones de las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas, que apenas se explora, debe ser investigado en el futuro. Además, la persistencia viral que conduce a la expresión continua de genes antivirales también puede conducir al desarrollo de resistencia a los esteroides, que se observa con la infección por RV, VRS y PIV (Chi et al., 2011; Ford et al., 2013; Papi et al., 2013). El uso de esteroides para suprimir la inflamación también puede causar que el virus persista más tiempo en las vías respiratorias debido a la falta de aclaramiento antiviral (Kim et al., 2008; Hammond et al., 2015; Hewitt et al., 2016; McKendry et al., 2016; Singanayagam et al., 2019b). El desarrollo concomitante de resistencia a los esteroides, junto con la repetición o prolongación de la infección viral, añadió una carga considerable al manejo de la exacerbación aguda, que debería ser el foco futuro de la investigación para resolver las complicaciones duales derivadas de la infección viral. En el otro extremo del espectro, los virus que inducen una fuerte inflamación tipo 1 y la muerte celular como IFV (Yan et al., 2016; Guibas et al., 2018) y ciertos CoV (incluyendo el virus COVID-19 recientemente surgido) (Tao et al., 2013; Yue et al., 2018; Zhu et al., 2020), pueden no causar inflamación prolongada debido a la fuerte inducción del aclaramiento antiviral. Sin embargo, estas infecciones causan daño masivo y muerte celular a la barrera epitelial, tanto que las áreas del epitelio pueden estar completamente ausentes después de la infección (Yan et al., 2016; Tan et Factores como el RANTES y el CXCL10, que reclutan células inmunitarias para inducir apoptosis, son fuertemente inducidos por el epitelio infectado por IFV (Ampomah et al., 2018; Tan et al., 2019). Además, factores necroptóticos como el RIP3 agravan aún más las muertes celulares en el epitelio infectado por IFV. La muerte celular masiva inducida puede provocar un empeoramiento de la exacerbación aguda debido a la liberación de su contenido celular en las vías respiratorias, evocando una respuesta inflamatoria en las vías respiratorias (Guibas et al., 2018). Además, la destrucción de la barrera epitelial puede causar un mayor contacto con otros patógenos y alérgenos en las vías respiratorias que pueden prolongar las exacerbaciones o provocar nuevas exacerbaciones. La destrucción epitelial también puede promover una mayor remodelación epitelial durante su regeneración, ya que la infección viral induce la expresión de genes remodeladores como MMPs y factores de crecimiento. Infecciones que causan destrucción masiva del epitelio, como IFV, generalmente resultan en exacerbaciones agudas graves con síntomas no clásicos de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Afortunadamente, hay vacunas anuales disponibles para prevenir infecciones por IFV (Vasileiou et al., 2017; Zheng et al., 2018) ; y se recomienda que los pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias reciban su vacunación anual contra la gripe como el mejor medio para prevenir la exacerbación inducida por IFV grave. Otro mecanismo que las infecciones virales pueden utilizar para provocar exacerbaciones agudas es la inducción de factores de vasodilación o apertura de la unión estrecha que pueden aumentar la tasa de infiltración. Infección con una multitud de virus respiratorios Esto también aumenta las posibilidades de que los alérgenos entren en contacto con las células inmunitarias de las vías respiratorias. Por ejemplo, se encontró que la infección por IFV induce oncostatina M (OSM) lo que causa una apertura estrecha de la unión (Pothoven et al., 2015; Tian et al., 2018). De manera similar, las infecciones por RV y VRS suelen causar una apertura estrecha de la unión que también puede aumentar la tasa de infiltración de eosinófilos y, por lo tanto, empeorar los síntomas clásicos de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Sajjan et al., 2008; Kast et al., 2017; Kim et al., 2018). Además, la expresión de factores vasodilatadores y factores homeostáticos fluidos como angiopoietin-like 4 (ANGPTL4) y bactericida/permeabilidad en aumento que contienen pliegues familiares A1 (BPIFA1) también están asociados con infecciones virales y desarrollo de neumonía, que pueden empeorar la inflamación en la vía aérea baja Akram et al., 2018). Estos factores pueden servir como objetivos para prevenir exacerbaciones inducidas por virus durante el manejo de la exacerbación aguda de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias. Otro área de interés reciente es la relación entre asma y exacerbaciones de la EPOC y su asociación con el microbioma de las vías respiratorias. El desarrollo de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias suele estar relacionado con especies bacterianas específicas en el microbioma que pueden prosperar en el entorno de las vías respiratorias inflamadas (Diver et al., 2019) En el caso de una infección viral como la infección por RV, el efecto inducido por el virus puede desestabilizar el equilibrio del microbioma presente (Molyneaux et al., 2013; Kloepfer et al., 2014; Kloepfer et al., 2017; Jubinville et al., 2018; van Rijn et al., 2019). Además, la infección viral puede alterar colonias de biofilm en la vía aérea superior (por ejemplo, Streptococcus pneumoniae) microbioma para liberarse en la vía aérea inferior y empeorar la inflamación (Marks et al., 2013; Chao et al., 2014). Además, una infección viral también puede alterar el perfil de nutrientes en la vía aérea a través de la liberación de nutrientes previamente inaccesibles que alterarán el crecimiento bacteriano (Siegel et al., 2014; Mallia et al., 2018 Además, la desestabilización se ve agravada por una respuesta inmune bacteriana alterada, ya sea por influencias virales directas, o por el uso de corticosteroides para suprimir los síntomas de exacerbación (Singanayagam et al., 2018 (Singanayagam et al., 2019a Wang et al., 2018; Finney et al., 2019). Todos estos cambios pueden llevar gradualmente a un efecto de mayor alcance cuando la flora normal es reemplazada por patógenos oportunistas, alterando los perfiles inflamatorios (Teo et al., 2018). Estos cambios a su vez pueden resultar en exacerbaciones agudas más graves y frecuentes debido a la interacción entre el virus y las bacterias patógenas en exacerbar las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas (Wark et al., 2013; Singanayagam et al., 2018). Para contrarrestar estos efectos, las terapias basadas en microbiomas están en su infancia, pero han demostrado eficacia en los tratamientos del síndrome del intestino irritable restaurando el microbioma intestinal (Bakken et al., 2011). Más investigaciones pueden ser hechas de manera similar para que el microbioma de las vías respiratorias pueda restaurar el microbioma después de la interrupción por una infección viral. Las infecciones virales pueden causar la interrupción de la función mucociliar, un componente importante de la barrera epitelial. Proteínas ciliares FIGURA 2 Cambios en el epitelio de las vías respiratorias superiores que contribuyen a la exacerbación viral en enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. El epitelio de las vías respiratorias superiores es el sitio principal de contacto/infección de la mayoría de los virus respiratorios. Por lo tanto, su infección por virus respiratorios puede tener consecuencias de gran alcance en el aumento y La destrucción de la barrera epitelial, la función mucociliar y la muerte celular de las células epitelial sirven para aumentar el contacto entre los desencadenantes ambientales con la vía aérea inferior y las células inmunes residentes. La apertura de la unión estrecha aumentando la fuga aumenta aún más la inflamación y exacerbaciones. Además, las infecciones virales se acompañan generalmente con estrés oxidativo que aumentará aún más la inflamación local en la vía aérea. La disregulación de la inflamación puede ser agravada por la modulación de los miRNAs y la modificación epigenética como la metilación del ADN y las modificaciones histonas que promueven la disregulación en la inflamación. Finalmente, el cambio en el ambiente de las vías respiratorias locales y la inflamación promueve el crecimiento de bacterias patogénicas que pueden reemplazar al microbioma de la vía aérea. Además, el ambiente inflamatorio también puede dispersar los comans de la vía aérea superior en la vía aérea inferior Rasgo específico viral que contribuye al mecanismo de exacerbación (con evidencia en la literatura) Estrés oxidativo Producción de ROS (RV, RSV, IFV, HSV)Como RV, RSV e IFV fueron los virus más frecuentemente estudiados en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, la mayoría de los virus enumerados son predominantemente estos virus. Sin embargo, los mecanismos aquí descritos también pueden ser aplicables a otros virus, pero no pueden ser listados ya que no estuvieron implicados en el contexto de exacerbación de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (ver texto para abreviaciones). que ayudan en la función adecuada de los cilios móviles en las vías respiratorias se expresan aberrantemente en células epiteliales de las vías respiratorias ciliadas que son el principal objetivo para la infección por RV (Griggs et al., 2017). Tal forma de cilia discinesia secundaria parece estar presente con inflamaciones crónicas en la vía aérea, pero los mecanismos exactos todavía son desconocidos (Peng et al.,, 2019 Qiu et al., 2018). Sin embargo, se encontró que en la infección viral como IFV, puede haber un cambio en el metabolismo de las células, así como una alteración en la expresión del gen ciliar, principalmente en la forma de regulación descendente de los genes como la cadena pesada dynein axonemal 5 (DNAH5) y diferenciación multiciliada y síntesis de ADN asociada a la proteína del ciclo celular (MCIDAS) (Tan et al., 2018b. El recientemente surgido Wuhan CoV también se encontró para reducir la paliza ciliar en el modelo epitelial de la vía aérea infectado (Zhu et al., 2020). Además, se demostró que las infecciones virales como el VRS destruyen directamente los cilios de las células ciliadas y casi todos los virus respiratorios infectan las células ciliadas (Jumat et al., 2015; Yan et al., 2016; Tan et al., 2018a). Además, la sobreproducción de mucosidad también puede alterar el equilibrio de la función mucociliar después de la infección viral, dando lugar a síntomas de exacerbación aguda (Zhu et al., 2009). Por lo tanto, la interrupción del movimiento ciliar durante la infección viral puede causar más material extraño y alérgeno para entrar en la vía aérea, agravando los síntomas de exacerbación aguda y haciendo más difícil de manejar. Los microRNAs (miRNAs) son ARNs cortos no codificantes involucrados en la modulación post-transcripción de los procesos biológicos, e implicados en una serie de enfermedades (Tan et al., 2014). Los miRNAs se encuentran inducidos por infecciones virales y pueden jugar un papel en la modulación de las respuestas antivirales y la inflamación (Gutierrez et al., 2016; Deng et al., 2017; Feng et al., 2018). En el caso de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, se encontró que los cambios circulantes de miRNAs están relacionados con la exacerbación de las enfermedades (Wardzynska et al., 2020). Por lo tanto, es probable que tales cambios de miRNAs se originan desde el epitelio infectado y las células inmunes que responden, que pueden servir para disregular aún más la inflamación de las vías Tanto las infecciones por IFV como las por VRS han demostrado aumentar miR-21 y aumentar la inflamación en los modelos experimentales de asma murina, lo que se invierte con un tratamiento combinado de antimiR-21 y corticosteroides (Kim et al., 2017). La infección por IFV también se muestra aumentando miR-125a y b, y miR-132 en el epitelio de EPOC que inhibe A20 y MAVS; y p300 e IRF3, respectivamente, lo que resulta en una mayor susceptibilidad a las infecciones virales (Hsu et al., 2016 (Hsu et al., 2017). Por el contrario, se demostró que miR-22 se suprimió en el epitelio asmático en la infección por IFV, lo que da lugar a una respuesta epitelial aberranta, contribuyendo a exacerbaciones (Moheimani et al., 2018). Aparte de estas evidencias directas de cambios en el miRNA en contribuir a exacerbaciones, un aumento del número de miRNAs y otros ARNs no codificantes responsables de la modulación inmune se encuentran alterados después de infecciones virales (Globinska et al., 2014; Feng et al., 2018; Hasegawa et al., 2018). Por lo tanto, los ARNs no codificantes también se presentan como objetivos para modular los cambios virales inducidos en las vías respiratorias como un medio para controlar la exacerbación de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Aparte de la modulación de miRNA, otras modificaciones epigenéticas como la metilación del ADN también pueden desempeñar un papel en la exacerbación de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Al mismo tiempo, también se demostró que las infecciones virales como RV y VRS alteran la metilación del ADN y las modificaciones histonas en el epitelio de las vías respiratorias que pueden alterar las respuestas inflamatorias, provocando enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias y exacerbaciones (McErlean et al., 2014; Pech et al., 2018; Caixia et al., 2019). Además, Spalluto et al. (2017) también mostraron que factores antivirales como IFNγ epigenéticamente modifican la resistencia viral de las células epiteliales. Por lo tanto, esto puede indicar que infecciones como RV y VRS que débilmente inducen respuestas antivirales pueden resultar en un estado inflamatorio alterado que contribuye a una mayor persistencia viral y exacerbación de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Spalluto et al., 2017). Finalmente, la infección viral puede resultar en una mayor producción de especies reactivas de oxígeno (ROS), estrés oxidativo y disfunción mitocondrial en el epitelio de las vías respiratorias (Kim et al., 2018; Mishra et al., 2018; Wang et al., 2018). El epitelio de las vías respiratorias de los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias suelen estar bajo un estado de estrés oxidativo constante que sostiene la inflamación de las vías respiratorias (Barnes, 2017; van der Vliet et al., 2018). Las infecciones virales del epitelio respiratorio por virus como IFV, RV, RSV y HSV pueden desencadenar la producción adicional de ROS como mecanismo antiviral Aizawa et al., 2018; Wang et al., 2018). Además, la infiltración de células en respuesta a la infección, como los neutrófilos, también desencadenará una ruptura respiratoria como medio para aumentar la ROS en la región infectada. El aumento de la ROS y el estrés oxidativo en el ambiente local pueden servir como un desencadenante para promover la inflamación, agravando así la inflamación en las vías respiratorias (Tiwari et al., 2002). En la Figura 2 y la Tabla 1 se muestra un resumen de los posibles mecanismos de exacerbación y los virus asociados. Mientras que los mecanismos subyacentes al desarrollo y exacerbación aguda de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias son ampliamente estudiados para controlar y controlar la enfermedad, una infección viral hace más que sólo causar una exacerbación aguda en estos pacientes. Una exacerbación aguda inducida por virus no sólo induce y empeora los síntomas de la enfermedad, sino que también puede alterar el manejo de la enfermedad o conferir resistencia a tratamientos que funcionaban antes. Por lo tanto, la apreciación de los mecanismos de exacerbaciones agudas inducidas por virus es de importancia clínica para diseñar estrategias para corregir los cambios virales que pueden empeorar los síntomas de la enfermedad inflamatoria de las vías respiratorias crónicas. Otros estudios en exacerbaciones naturales y en modelos de desafíos virales utilizando secuenciación de ARN (ARN-seq) o ARN-seq de una sola célula en un rango de tiempos pueden proporcionar información importante sobre patogénesis viral y cambios inducidos dentro de las vías respiratorias de pacientes con enfermedad inflamatoria de las vías respiratorias crónicas para identificar nuevos objetivos y vías para mejorar el manejo de la enfermedad. El análisis posterior de funciones puede utilizar modelos de células epiteliales como la interfaz aire-líquido, modelo epitelial de vía aérea in vitro que ha sido adaptado para estudiar la infección viral y los cambios inducidos en la vía aérea (Yan et al., 2016; Boda et al., 2018; También se han desarrollado modelos de enfermedades de origen animal para identificar mecanismos sistémicos de exacerbación aguda (Shin, 2016; Gubernatorova et al., 2019; Tanner and Single, 2019). Además, el modelo de ratón humanizado que posee células inmunitarias humanas también puede servir para desentrañar el perfil inmune de una infección viral en estado sano y enfermo (Ito et al., 2019; Li y Di Santo, 2019). Para virus más leves, las infecciones humanas in vivo controladas se pueden realizar para el mejor modo de verificación de la asociación del virus con el mecanismo propuesto de exacerbaciones agudas inducidas virales. Con el advenimiento de modelos enfermos adecuados, la verificación de los mecanismos proporcionará la continuación necesaria para mejorar el tratamiento de las exacerbaciones agudas inducidas virales. En vista de la escasez de medidas preventivas antivirales disponibles sólo para unos pocos virus y vacunas que sólo están disponibles para las infecciones por IFV, se deben explorar más medidas alternativas para mejorar el manejo de la enfermedad. Medidas alternativas dirigidas a nuevos mecanismos de exacerbación aguda inducidos por virus, especialmente en la vía aérea superior, pueden servir como tratamientos complementarios de las estrategias de manejo actualmente disponibles para aumentar su eficacia. Nuevos modelos incluyendo cultivos primarios de células epiteliales bronquiales o nasales humanas, organoides o cortes pulmonares de precisión de pacientes con enfermedad de las vías aéreas en lugar de sujetos sanos pueden ser utilizados para definir mecanismos de exacerbación. Estos mecanismos pueden ser validados en pequeños ensayos clínicos en pacientes con asma o EPOC. Tener múltiples medios de tratamiento también puede reducir los problemas que surgen del desarrollo de resistencia hacia un tratamiento específico.

¿Qué sostiene la inflamación en las vías respiratorias?

Infecciones respiratorias virales en la exacerbación de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías aéreas: nuevos mecanismos e ideas de la vía aérea superior Epiteliohttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7052386/SHA: 45a566c71056ba4faab425b4f7e9edee6320e4a4Autores: Tan, Kai Sen; Lim, Rachel Liyu; Liu, Jing; Ong, Hsiao Hui; Tan, Vivian Jiayi; Lim, Hui Fang; Chung, Kian Fan; Adcock, Ian M.; Chow, Vincent T.; Wang, De YunFecha: 2020-02-25DOI: 10.3389/fcell.2020.00099Licencia: cc-byAbstract: La infección por virus Estas exacerbaciones se asocian a una alta morbilidad e incluso mortalidad en todo el mundo, entendiendo que la infección viral aumenta la inflamación de las vías respiratorias, lo que agrava los síntomas de la enfermedad.Los recientes avances en la interfaz aire-líquido in vitro cultivos 3D, cultivos organoideos y el uso de nuevos modelos de desafío humanos y animales han evocado nuevos entendimientos en cuanto a los mecanismos de exacerbaciones virales.En esta revisión, nos centraremos en los hallazgos recientes que elucidan cómo las infecciones virales respiratorias alteran la barrera epitelial en las vías aéreas, el entorno microbiano de las vías aéreas superiores, modificaciones epigenéticas incluyendo modulación del miRNA y otros cambios en las respuestas inmunes a través de las vías aéreas superiores e inferiores. Primero, revisamos la prevalencia de diferentes infecciones respiratorias virales en causar exacerbaciones en enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Además, destacamos la importancia del viroma dentro del entorno del microbioma de la vía aérea y su impacto en la infección bacteriana posterior, lo que consolida la comprensión de la exacerbación inducida por virus en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias e indica vías que pueden estar dirigidas a un manejo más eficaz de las enfermedades inflamatorias crónicas. Texto: La prevalencia de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias está aumentando en todo el mundo, especialmente en los países desarrollados (GBD 2015 Chronic Respiratory Disease Colaborators, 2017 Guan et al., 2018). Esta enfermedad se caracteriza por inflamación de las vías respiratorias que provoca complicaciones como tos, sibilancia y falta de aliento. La enfermedad puede manifestarse tanto en las vías respiratorias superiores (como rinosinusitis crónica, CRS) como en las vías respiratorias inferiores (como asma y enfermedad pulmonar obstructiva crónica, EPOC) que afectan en gran medida El tratamiento y el manejo varían mucho en eficacia debido a la complejidad y heterogeneidad de la enfermedad. Esto se complica aún más por el efecto de las exacerbaciones episódicas de la enfermedad, definidas como el empeoramiento de los síntomas de la enfermedad, incluyendo sibilancia, tos, falta de aliento y opresión torácica (Xepapadaki y Papadopoulos, 2010). Estas exacerbaciones se deben al efecto de inflamación aguda aumentada de las vías respiratorias que afecta y empeora los síntomas de la enfermedad existente (Hashimoto et al., 2008; Viniol y Vogelmeier, 2018). Estas exacerbaciones agudas son la principal causa de morbilidad y a veces mortalidad en los pacientes, así como resultando en grandes cargas económicas en todo el mundo. Sin embargo, debido a las interacciones complejas entre el huésped y los agentes de exacerbación, los mecanismos de exacerbación pueden variar considerablemente en diferentes individuos bajo Las exacerbaciones agudas suelen deberse a la presencia de factores ambientales como alérgenos, contaminantes, humo, aire frío o seco y microbios patógenos en las vías respiratorias (Gautier y Charpin, 2017; Viniol y Vogelmeier, 2018). Estos agentes provocan una respuesta inmune que conduce a la infiltración de células inmunitarias activadas que liberan además mediadores inflamatorios que causan síntomas agudos como aumento de la producción de mucosidad, tos, sibilancias y falta de aliento. Entre estos agentes, la infección viral es uno de los principales motores de exacerbaciones del asma que representan hasta el 80-90% y el 45-80% de exacerbaciones en niños y adultos, respectivamente (Grissell et al., 2005; Xepapadaki y Papadopoulos, 2010; Jartti y Gern, 2017; Adeli et al., 2019). La participación viral en la exacerbación de la EPOC también es igualmente alta, habiendo sido detectada en el 30-80% de las exacerbaciones agudas de la EPOC (Kherad et al., 2010; Jafarinejad et al., 2017; Stolz et al., 2019). Aunque la prevalencia de exacerbaciones virales en la ERC todavía no está clara, es probable que su prevalencia sea alta debido a la naturaleza inflamatoria similar de estas enfermedades (Rowan et al., 2015; Tan et al., 2017). Una de las razones de la afectación de virus respiratorios en exacerbaciones es su facilidad de transmisión e infección (Kutter et al., 2018). Además, la alta diversidad de virus respiratorios también puede contribuir a exacerbaciones de diferente naturaleza y gravedad (Busse et al., 2010; Costa et al., 2014; Jartti y Gern, 2017) Por lo tanto, es importante identificar los mecanismos exactos que sustentan las exacerbaciones virales en sujetos susceptibles para manejar adecuadamente las exacerbaciones a través de tratamientos complementarios que puedan aliviar los síntomas de exacerbación o prevenir exacerbaciones graves.Si bien la vía aérea inferior es el sitio de inflamación disregulada en la mayoría de las enfermedades inflamatorias crónicas de la vía aérea, la vía aérea superior sigue siendo el primer punto de contacto con fuentes de exacerbación, por lo que su interacción con los agentes de exacerbación puede contribuir directamente a las respuestas posteriores en la vía aérea inferior, en línea con la hipótesis de "United Airway".Para dilucidar la interacción de la vía aérea huésped con virus que conducen a exacerbaciones, enfocamos nuestra revisión en los hallazgos recientes de interacción viral con la vía aérea superior. A pesar de ser una causa importante de exacerbación, los informes que vinculan virus respiratorios a exacerbaciones agudas sólo comienzan a surgir a finales de la década de 1950 (Pattemore et al., 1992) ; con infecciones bacterianas previamente consideradas como el culpable probable de exacerbación aguda (Stevens, 1953; Message y Johnston, 2002). Sin embargo, con el advenimiento de la tecnología PCR, se recuperaron más virus durante exacerbaciones agudas eventos e informes que implicaron su papel emergieron a finales de la década de 1980 (Mensaje y Johnston, 2002). Rhinovirus (RV) y virus respiratorio sincitial (RSV) son los virus predominantes vinculados al desarrollo y exacerbación de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Jarti y Gern, 2017). Otros virus como el virus de la parainfluenza (PIV), el virus de la gripe (IFV) y el adenovirus (AdV) también han sido implicados en exacerbaciones agudas, pero en un grado mucho menor (Johnston et al., 2005; Oliver et al., 2014; Ko et al., 2019). Más recientemente, se han notificado otros virus como el bocavirus (BoV), el metapneumovirus humano (HMPV), ciertas cepas del coronavirus (CoV), una cepa específica del enterovirus (EV-D68), el citomegalovirus humano (hCMV) y el virus del herpes simplex (HSV) que contribuyen a exacerbaciones agudas. La característica común de estos virus es que pueden infectar tanto la vía aérea superior como la inferior, aumentando aún más las condiciones inflamatorias en la vía aérea enferma (Mallia y Johnston, 2006; Los virus respiratorios infectan y replican principalmente dentro de las células epiteliales de la vía aérea. Durante el proceso de replicación, las células liberan factores antivirales y citocinas que alteran la inflamación de la vía aérea local y el nicho de la vía aérea (Busse et al., 2010). En una vía aérea sana, la inflamación normalmente conduce a respuestas inflamatorias tipo 1 consistentes en la activación de un estado antiviral y la infiltración de células efectoras antivirales, lo que eventualmente resulta en la resolución de la respuesta inflamatoria y el aclaramiento de la infección viral (Vareille et al., 2011; Brace et al., 2012). Sin embargo, en una vía aérea crónicamente inflamada, las respuestas contra el virus pueden estar deterioradas o aberrantes, causando inflamación sostenida e infiltración errónea, lo que resulta en la exacerbación de sus síntomas (Mallia y Johnston, 2006; Dougherty y Fahy, 2009; Busse et al., 2010; Britto et al., 2017; Linden et al., 2019). Esto suele agravarse por el aumento de la susceptibilidad de los pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias hacia infecciones respiratorias virales, aumentando así la frecuencia de exacerbación en su conjunto (Dougherty y Fahy, 2009; Busse et al., 2010; Linden et al., 2019). Además, debido a los diferentes ciclos de replicación y respuesta contra la miríada de virus respiratorios, cada virus respiratorio también puede contribuir a exacerbaciones a través de diferentes mecanismos que pueden alterar su Por lo tanto, esta revisión se centrará en compilar y cotejar los actuales mecanismos conocidos de exacerbación viral inducida por enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, así como en vincular la patogénesis de diferentes infecciones virales para dilucidar otras formas potenciales de exacerbación de la enfermedad. La revisión servirá para proporcionar una mayor comprensión de la exacerbación inducida por virus para identificar posibles vías y mecanismos patogénicos que pueden ser dirigidos como cuidados complementarios para el manejo y prevención de la exacerbación. Este enfoque puede ser clínicamente significativo debido a la actual escasez de fármacos antivirales para el manejo de exacerbaciones inducidas por virus, lo que mejorará la calidad de vida de los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias. Una vez establecida la relación entre la infección viral y las exacerbaciones agudas de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias, se han reportado muchos informes sobre los mecanismos subyacentes a la exacerbación inducida por la infección viral respiratoria. Al infectar En general, las células epiteliales de las vías respiratorias infectadas liberan interferones, citoquinas y quimioquinas tipo IL-6, IL-8, IL-12, RANTES, proteína inflamatoria de los macrófagos 1α (MIP-1α) y proteína quimiotáctica de los monocitos 1 (MCP-1) (Wark y Gibson, 2006; Matsukura y otros, 2013) y, a su vez, permiten la infiltración de células innatas inmunes y de células profesionales que presentan antígenos (APCs) que a su vez liberan mediadores específicos para facilitar la focalización y el aclaramiento virales, incluyendo interferón tipo II (IFNγ), IL-2, IL-4, IL-5, IL-9 e IL-12 (Wark y Gibson, 2006; Singh et al., 2010; Brazale Estos factores aumentan la inflamación local y la infiltración de granulocitos, células T y células B (Wark y Gibson, 2006; Brazale et al., 2012). El aumento de la inflamación, a su vez, empeora los síntomas de las enfermedades de las vías respiratorias. Además, en pacientes con asma y pacientes con SCR con pólipo nasal (CRSwNP), las infecciones virales como RV y VRS promueven una respuesta inmune de tipo 2-sesesada (Becker, 2006; Jackson et al., 2014; Jurak et al., 2018). Esto amplifica la inflamación basal tipo 2 resultando en una mayor liberación de IL-4, IL-5, IL-13, RANTES y eotaxina y un aumento adicional de la eosinofilia, un motor patológico clave del asma y CRSwNP (Wark y Gibson, 2006; Singh et al., 2010; Chung et al., 2015; Dunican y Fahy, 2015). El aumento de la eosinofilia, a su vez, empeora los síntomas clásicos de la enfermedad y puede conducir a condiciones potencialmente mortales debido a dificultades respiratorias. Por otro lado, los pacientes con EPOC y los pacientes con SCR sin pólipo nasal (CRSsNP) son más neutrófilos debido a la expresión de quimioattractantes neutrófilos como CXCL9, CXCL10 y CXCL11 (Cukic et al., 2012; Brightling and Greening, 2019). La patología de estas enfermedades de las vías respiratorias se caracteriza por la remodelación de las vías aéreas debido a la presencia de factores de remodelación como las metaloproteinasas de matriz (MMPs) liberadas de neutrófilos infiltrantes (Linden et al., 2019). Las infecciones virales en tales condiciones causarán entonces un aumento de la activación neutrófica; el empeoramiento de los síntomas y la remodelación de las vías respiratorias exacerbando la EPOC, CRSsNP e incluso CRSwNP en ciertos casos (Wang et al., 2009; Tacon et al., 2010; Linden et al., 2019). También se ha identificado recientemente una vía epitelial-céntrica alarmin alrededor de IL-25, IL-33 y linfopoyetina estromal timica (TSLP), y su interacción con las células linfoides innatas del grupo 2 (ILC2) (Nagarkar et al., 2012; Hong et al., 2018; Allinne et al., 2019). IL-25, IL-33 y TSLP son citoquinas inflamatorias de tipo 2 expresadas por las células epiteliales tras la lesión de la barrera epitelial (Gabryelska et al., 2019; Roan et al., 2019). Las ILC2 son un grupo de células linfoides que carecen de receptores de células B y T, pero desempeñan un papel crucial en la secretación de citocinas de tipo 2 para perpetuar la inflamación de tipo 2 cuando se activan (Scanlon y McKenzie, 2012; Li y Hendriks, 2013). En caso de infección viral, la muerte celular y la lesión de la barrera epitelial también inducirán la expresión de IL-25, IL-33 y TSLP, con mayor expresión en una vía aérea inflamada (Alakhverdi et al., 2007; Goldsmith et al., 2012; Byers et al., 2013; Shaw et al., 2013; Beale et al., 2014; Jackson et al., 2014; Uller y Persson, 2018; Ravanetti et al., 2019). Estas 3 citoquinas luego trabajan en concierto para activar ILC2s para segregar más citoquinas tipo 2 IL-4, IL-5 e IL-13 que agravan aún más la inflamación tipo 2 en la vía aérea causando exacerbación aguda (Camelo et al., 2017). En el caso de la EPOC, el aumento de la activación de la ILC2, que retiene la capacidad de diferenciar a la ILC1, también puede aumentar aún más la respuesta neutrófica y agravar aún más la exacerbación (Silver et al., 2016). Curiosamente, estos factores no se liberan en gran medida y no activan una respuesta de la ILC2 durante la infección viral en individuos sanos (Yan et al., 2016; Tan et al., 2018a) ; a pesar de aumentar una exacerbación de tipo 2 en las vías respiratorias crónicamente inflamadas (Jurak et al., 2018). Estos mecanismos clásicos de exacerbaciones agudas inducidas virales se resumen en la Figura 1. A medida que la integración de la virología, microbiología e inmunología de la infección viral se vuelve más interconectada, factores adicionales y FIGURA 1 Tras la infección por virus en la vía aérea, el estado antiviral se activará para eliminar el patógeno invasor de la vía aérea. La respuesta inmunitaria y los factores de lesión liberados del epitelio infectado normalmente inducirían una inmunidad rápida de tipo 1 que facilita el aclaramiento viral. Sin embargo, en la vía aérea inflamada, las citoquinas y quimioquinas liberadas en su lugar aumentaron la inflamación presente en la vía aérea crónicamente inflamada, fortaleciendo la infiltración neutrófila en la vía aérea COPD, e infiltración eosinofílica en la vía aérea asmática. El efecto también se ve agravado por la participación de células Th1 e ILC1 en la vía aérea COPD; y células Th2 e ILC2 en la vía aérea asmática. (2006) ha subrayado el efecto sinérgico de la infección viral con otros agentes sensibilizantes para causar exacerbaciones agudas más graves en las vías respiratorias, especialmente cuando no todos los eventos de exacerbación ocurrieron durante la infección viral, pero también pueden ocurrir mucho después del aclaramiento viral (Kim et al., 2008; Stolz et al., 2019), en particular el inicio tardío de una infección bacteriana (Singanayagam et al., 2018 (Singanayagam et al., 2019a). Además, los virus no necesitan infectar directamente la vía aérea inferior para causar una exacerbación aguda, ya que el epitelio nasal sigue siendo el lugar principal de la mayoría de las infecciones. Además, no todas las infecciones virales de la vía aérea darán lugar a exacerbaciones agudas, sugiriendo una interacción más compleja entre el virus y el epitelio de la vía aérea superior que sinergizan con el entorno de la vía aérea local en línea con la hipótesis de la "vía aérea unida" (Kurai et al., 2013). Por otro lado, las infecciones virales o sus componentes persisten en pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de la vía aérea (Kling et al., 2005; Wood et al., 2011; Ravi et al., 2019). Por lo tanto, su presencia puede alterar aún más el entorno local y contribuir a exacerbaciones actuales y futuras. Los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias han disminuido o reducido la capacidad de aclaramiento viral (Hammond et al., 2015; McKendry et al., 2016; Akbarshahi et al., 2018; Gill et al., 2018; Wang et al., 2018; Singanayagam et al., 2019b). Su deterioro se debe a una respuesta inflamatoria de tipo 2 que priva a la vía aérea de importantes células CD8 receptivas de tipo 1 que son responsables del aclaramiento completo de las células infectadas por el virus (Becker, 2006; McKendry et al., 2016). Esto es especialmente evidente en virus débiles que inducen la inflamación tipo 1 como RV y RSV (Kling et al., 2005; Wood et al., 2011; Ravi et al., 2019). Además, también hay evidencia de reducción de la producción de interferón tipo I (IFNβ) y III (IFN/23370/) debido a la inflamación de tipo 2-secado, que contribuye al aclaramiento imperfecto del virus, lo que resulta en la persistencia de componentes virales, o el virus vivo en el epitelio de las vías respiratorias (Contoli et al., 2006; Hwang et al., 2019; Wark, 2019). Debido a los componentes virales que permanecen en las vías respiratorias, genes antivirales como los interferones de tipo I, factores de activación de la inflamación y citoquinas permanecieron activados dando lugar a inflamación prolongada de las vías respiratorias (Wood et al., 2011; Essaidi-Laziosi et al., 2018). Estos factores aumentan la infiltración de granulocitos prolongando así los síntomas de exacerbación. Esta inflamación persistente también puede encontrarse dentro de virus del ADN como AdV, hCMV y HSV, cuyas infecciones generalmente persisten más tiempo (Imperial y Jiang, 2015), contribuyendo aún más a la activación crónica de la inflamación cuando infectan la vía aérea (Yang et al., 2008; Morimoto et al., 2009; Imperiale y Jiang, 2015; Lan et al., 2016; Tan et al., 2016; Kowalski et al., 2017). Con esa nota, el virus del papiloma humano (VPH), un virus del ADN muy asociado con cánceres de cabeza y cuello y papilomatosis respiratoria, también está relacionado con la inflamación crónica que precede a las neoplasias malignas (de Visser et al., 2005; Gillison et al., 2012; Bonomi et al., 2014; Fernandes et al., 2015). Por lo tanto, el papel de la infección por VPH en causar inflamación crónica en las vías respiratorias y su asociación a exacerbaciones de las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas, que apenas se explora, debe ser investigado en el futuro. Además, la persistencia viral que conduce a la expresión continua de genes antivirales también puede conducir al desarrollo de resistencia a los esteroides, que se observa con la infección por RV, VRS y PIV (Chi et al., 2011; Ford et al., 2013; Papi et al., 2013). El uso de esteroides para suprimir la inflamación también puede causar que el virus persista más tiempo en las vías respiratorias debido a la falta de aclaramiento antiviral (Kim et al., 2008; Hammond et al., 2015; Hewitt et al., 2016; McKendry et al., 2016; Singanayagam et al., 2019b). El desarrollo concomitante de resistencia a los esteroides, junto con la repetición o prolongación de la infección viral, añadió una carga considerable al manejo de la exacerbación aguda, que debería ser el foco futuro de la investigación para resolver las complicaciones duales derivadas de la infección viral. En el otro extremo del espectro, los virus que inducen una fuerte inflamación tipo 1 y la muerte celular como IFV (Yan et al., 2016; Guibas et al., 2018) y ciertos CoV (incluyendo el virus COVID-19 recientemente surgido) (Tao et al., 2013; Yue et al., 2018; Zhu et al., 2020), pueden no causar inflamación prolongada debido a la fuerte inducción del aclaramiento antiviral. Sin embargo, estas infecciones causan daño masivo y muerte celular a la barrera epitelial, tanto que las áreas del epitelio pueden estar completamente ausentes después de la infección (Yan et al., 2016; Tan et Factores como el RANTES y el CXCL10, que reclutan células inmunitarias para inducir apoptosis, son fuertemente inducidos por el epitelio infectado por IFV (Ampomah et al., 2018; Tan et al., 2019). Además, factores necroptóticos como el RIP3 agravan aún más las muertes celulares en el epitelio infectado por IFV. La muerte celular masiva inducida puede provocar un empeoramiento de la exacerbación aguda debido a la liberación de su contenido celular en las vías respiratorias, evocando una respuesta inflamatoria en las vías respiratorias (Guibas et al., 2018). Además, la destrucción de la barrera epitelial puede causar un mayor contacto con otros patógenos y alérgenos en las vías respiratorias que pueden prolongar las exacerbaciones o provocar nuevas exacerbaciones. La destrucción epitelial también puede promover una mayor remodelación epitelial durante su regeneración, ya que la infección viral induce la expresión de genes remodeladores como MMPs y factores de crecimiento. Infecciones que causan destrucción masiva del epitelio, como IFV, generalmente resultan en exacerbaciones agudas graves con síntomas no clásicos de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Afortunadamente, hay vacunas anuales disponibles para prevenir infecciones por IFV (Vasileiou et al., 2017; Zheng et al., 2018) ; y se recomienda que los pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias reciban su vacunación anual contra la gripe como el mejor medio para prevenir la exacerbación inducida por IFV grave. Otro mecanismo que las infecciones virales pueden utilizar para provocar exacerbaciones agudas es la inducción de factores de vasodilación o apertura de la unión estrecha que pueden aumentar la tasa de infiltración. Infección con una multitud de virus respiratorios Esto también aumenta las posibilidades de que los alérgenos entren en contacto con las células inmunitarias de las vías respiratorias. Por ejemplo, se encontró que la infección por IFV induce oncostatina M (OSM) lo que causa una apertura estrecha de la unión (Pothoven et al., 2015; Tian et al., 2018). De manera similar, las infecciones por RV y VRS suelen causar una apertura estrecha de la unión que también puede aumentar la tasa de infiltración de eosinófilos y, por lo tanto, empeorar los síntomas clásicos de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Sajjan et al., 2008; Kast et al., 2017; Kim et al., 2018). Además, la expresión de factores vasodilatadores y factores homeostáticos fluidos como angiopoietin-like 4 (ANGPTL4) y bactericida/permeabilidad en aumento que contienen pliegues familiares A1 (BPIFA1) también están asociados con infecciones virales y desarrollo de neumonía, que pueden empeorar la inflamación en la vía aérea baja Akram et al., 2018). Estos factores pueden servir como objetivos para prevenir exacerbaciones inducidas por virus durante el manejo de la exacerbación aguda de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias. Otro área de interés reciente es la relación entre asma y exacerbaciones de la EPOC y su asociación con el microbioma de las vías respiratorias. El desarrollo de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias suele estar relacionado con especies bacterianas específicas en el microbioma que pueden prosperar en el entorno de las vías respiratorias inflamadas (Diver et al., 2019) En el caso de una infección viral como la infección por RV, el efecto inducido por el virus puede desestabilizar el equilibrio del microbioma presente (Molyneaux et al., 2013; Kloepfer et al., 2014; Kloepfer et al., 2017; Jubinville et al., 2018; van Rijn et al., 2019). Además, la infección viral puede alterar colonias de biofilm en la vía aérea superior (por ejemplo, Streptococcus pneumoniae) microbioma para liberarse en la vía aérea inferior y empeorar la inflamación (Marks et al., 2013; Chao et al., 2014). Además, una infección viral también puede alterar el perfil de nutrientes en la vía aérea a través de la liberación de nutrientes previamente inaccesibles que alterarán el crecimiento bacteriano (Siegel et al., 2014; Mallia et al., 2018 Además, la desestabilización se ve agravada por una respuesta inmune bacteriana alterada, ya sea por influencias virales directas, o por el uso de corticosteroides para suprimir los síntomas de exacerbación (Singanayagam et al., 2018 (Singanayagam et al., 2019a Wang et al., 2018; Finney et al., 2019). Todos estos cambios pueden llevar gradualmente a un efecto de mayor alcance cuando la flora normal es reemplazada por patógenos oportunistas, alterando los perfiles inflamatorios (Teo et al., 2018). Estos cambios a su vez pueden resultar en exacerbaciones agudas más graves y frecuentes debido a la interacción entre el virus y las bacterias patógenas en exacerbar las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas (Wark et al., 2013; Singanayagam et al., 2018). Para contrarrestar estos efectos, las terapias basadas en microbiomas están en su infancia, pero han demostrado eficacia en los tratamientos del síndrome del intestino irritable restaurando el microbioma intestinal (Bakken et al., 2011). Más investigaciones pueden ser hechas de manera similar para que el microbioma de las vías respiratorias pueda restaurar el microbioma después de la interrupción por una infección viral. Las infecciones virales pueden causar la interrupción de la función mucociliar, un componente importante de la barrera epitelial. Proteínas ciliares FIGURA 2 Cambios en el epitelio de las vías respiratorias superiores que contribuyen a la exacerbación viral en enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. El epitelio de las vías respiratorias superiores es el sitio principal de contacto/infección de la mayoría de los virus respiratorios. Por lo tanto, su infección por virus respiratorios puede tener consecuencias de gran alcance en el aumento y La destrucción de la barrera epitelial, la función mucociliar y la muerte celular de las células epitelial sirven para aumentar el contacto entre los desencadenantes ambientales con la vía aérea inferior y las células inmunes residentes. La apertura de la unión estrecha aumentando la fuga aumenta aún más la inflamación y exacerbaciones. Además, las infecciones virales se acompañan generalmente con estrés oxidativo que aumentará aún más la inflamación local en la vía aérea. La disregulación de la inflamación puede ser agravada por la modulación de los miRNAs y la modificación epigenética como la metilación del ADN y las modificaciones histonas que promueven la disregulación en la inflamación. Finalmente, el cambio en el ambiente de las vías respiratorias locales y la inflamación promueve el crecimiento de bacterias patogénicas que pueden reemplazar al microbioma de la vía aérea. Además, el ambiente inflamatorio también puede dispersar los comans de la vía aérea superior en la vía aérea inferior Rasgo específico viral que contribuye al mecanismo de exacerbación (con evidencia en la literatura) Estrés oxidativo Producción de ROS (RV, RSV, IFV, HSV)Como RV, RSV e IFV fueron los virus más frecuentemente estudiados en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, la mayoría de los virus enumerados son predominantemente estos virus. Sin embargo, los mecanismos aquí descritos también pueden ser aplicables a otros virus, pero no pueden ser listados ya que no estuvieron implicados en el contexto de exacerbación de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (ver texto para abreviaciones). que ayudan en la función adecuada de los cilios móviles en las vías respiratorias se expresan aberrantemente en células epiteliales de las vías respiratorias ciliadas que son el principal objetivo para la infección por RV (Griggs et al., 2017). Tal forma de cilia discinesia secundaria parece estar presente con inflamaciones crónicas en la vía aérea, pero los mecanismos exactos todavía son desconocidos (Peng et al.,, 2019 Qiu et al., 2018). Sin embargo, se encontró que en la infección viral como IFV, puede haber un cambio en el metabolismo de las células, así como una alteración en la expresión del gen ciliar, principalmente en la forma de regulación descendente de los genes como la cadena pesada dynein axonemal 5 (DNAH5) y diferenciación multiciliada y síntesis de ADN asociada a la proteína del ciclo celular (MCIDAS) (Tan et al., 2018b. El recientemente surgido Wuhan CoV también se encontró para reducir la paliza ciliar en el modelo epitelial de la vía aérea infectado (Zhu et al., 2020). Además, se demostró que las infecciones virales como el VRS destruyen directamente los cilios de las células ciliadas y casi todos los virus respiratorios infectan las células ciliadas (Jumat et al., 2015; Yan et al., 2016; Tan et al., 2018a). Además, la sobreproducción de mucosidad también puede alterar el equilibrio de la función mucociliar después de la infección viral, dando lugar a síntomas de exacerbación aguda (Zhu et al., 2009). Por lo tanto, la interrupción del movimiento ciliar durante la infección viral puede causar más material extraño y alérgeno para entrar en la vía aérea, agravando los síntomas de exacerbación aguda y haciendo más difícil de manejar. Los microRNAs (miRNAs) son ARNs cortos no codificantes involucrados en la modulación post-transcripción de los procesos biológicos, e implicados en una serie de enfermedades (Tan et al., 2014). Los miRNAs se encuentran inducidos por infecciones virales y pueden jugar un papel en la modulación de las respuestas antivirales y la inflamación (Gutierrez et al., 2016; Deng et al., 2017; Feng et al., 2018). En el caso de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, se encontró que los cambios circulantes de miRNAs están relacionados con la exacerbación de las enfermedades (Wardzynska et al., 2020). Por lo tanto, es probable que tales cambios de miRNAs se originan desde el epitelio infectado y las células inmunes que responden, que pueden servir para disregular aún más la inflamación de las vías Tanto las infecciones por IFV como las por VRS han demostrado aumentar miR-21 y aumentar la inflamación en los modelos experimentales de asma murina, lo que se invierte con un tratamiento combinado de antimiR-21 y corticosteroides (Kim et al., 2017). La infección por IFV también se muestra aumentando miR-125a y b, y miR-132 en el epitelio de EPOC que inhibe A20 y MAVS; y p300 e IRF3, respectivamente, lo que resulta en una mayor susceptibilidad a las infecciones virales (Hsu et al., 2016 (Hsu et al., 2017). Por el contrario, se demostró que miR-22 se suprimió en el epitelio asmático en la infección por IFV, lo que da lugar a una respuesta epitelial aberranta, contribuyendo a exacerbaciones (Moheimani et al., 2018). Aparte de estas evidencias directas de cambios en el miRNA en contribuir a exacerbaciones, un aumento del número de miRNAs y otros ARNs no codificantes responsables de la modulación inmune se encuentran alterados después de infecciones virales (Globinska et al., 2014; Feng et al., 2018; Hasegawa et al., 2018). Por lo tanto, los ARNs no codificantes también se presentan como objetivos para modular los cambios virales inducidos en las vías respiratorias como un medio para controlar la exacerbación de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Aparte de la modulación de miRNA, otras modificaciones epigenéticas como la metilación del ADN también pueden desempeñar un papel en la exacerbación de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Al mismo tiempo, también se demostró que las infecciones virales como RV y VRS alteran la metilación del ADN y las modificaciones histonas en el epitelio de las vías respiratorias que pueden alterar las respuestas inflamatorias, provocando enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias y exacerbaciones (McErlean et al., 2014; Pech et al., 2018; Caixia et al., 2019). Además, Spalluto et al. (2017) también mostraron que factores antivirales como IFNγ epigenéticamente modifican la resistencia viral de las células epiteliales. Por lo tanto, esto puede indicar que infecciones como RV y VRS que débilmente inducen respuestas antivirales pueden resultar en un estado inflamatorio alterado que contribuye a una mayor persistencia viral y exacerbación de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Spalluto et al., 2017). Finalmente, la infección viral puede resultar en una mayor producción de especies reactivas de oxígeno (ROS), estrés oxidativo y disfunción mitocondrial en el epitelio de las vías respiratorias (Kim et al., 2018; Mishra et al., 2018; Wang et al., 2018). El epitelio de las vías respiratorias de los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias suelen estar bajo un estado de estrés oxidativo constante que sostiene la inflamación de las vías respiratorias (Barnes, 2017; van der Vliet et al., 2018). Las infecciones virales del epitelio respiratorio por virus como IFV, RV, RSV y HSV pueden desencadenar la producción adicional de ROS como mecanismo antiviral Aizawa et al., 2018; Wang et al., 2018). Además, la infiltración de células en respuesta a la infección, como los neutrófilos, también desencadenará una ruptura respiratoria como medio para aumentar la ROS en la región infectada. El aumento de la ROS y el estrés oxidativo en el ambiente local pueden servir como un desencadenante para promover la inflamación, agravando así la inflamación en las vías respiratorias (Tiwari et al., 2002). En la Figura 2 y la Tabla 1 se muestra un resumen de los posibles mecanismos de exacerbación y los virus asociados. Mientras que los mecanismos subyacentes al desarrollo y exacerbación aguda de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias son ampliamente estudiados para controlar y controlar la enfermedad, una infección viral hace más que sólo causar una exacerbación aguda en estos pacientes. Una exacerbación aguda inducida por virus no sólo induce y empeora los síntomas de la enfermedad, sino que también puede alterar el manejo de la enfermedad o conferir resistencia a tratamientos que funcionaban antes. Por lo tanto, la apreciación de los mecanismos de exacerbaciones agudas inducidas por virus es de importancia clínica para diseñar estrategias para corregir los cambios virales que pueden empeorar los síntomas de la enfermedad inflamatoria de las vías respiratorias crónicas. Otros estudios en exacerbaciones naturales y en modelos de desafíos virales utilizando secuenciación de ARN (ARN-seq) o ARN-seq de una sola célula en un rango de tiempos pueden proporcionar información importante sobre patogénesis viral y cambios inducidos dentro de las vías respiratorias de pacientes con enfermedad inflamatoria de las vías respiratorias crónicas para identificar nuevos objetivos y vías para mejorar el manejo de la enfermedad. El análisis posterior de funciones puede utilizar modelos de células epiteliales como la interfaz aire-líquido, modelo epitelial de vía aérea in vitro que ha sido adaptado para estudiar la infección viral y los cambios inducidos en la vía aérea (Yan et al., 2016; Boda et al., 2018; También se han desarrollado modelos de enfermedades de origen animal para identificar mecanismos sistémicos de exacerbación aguda (Shin, 2016; Gubernatorova et al., 2019; Tanner and Single, 2019). Además, el modelo de ratón humanizado que posee células inmunitarias humanas también puede servir para desentrañar el perfil inmune de una infección viral en estado sano y enfermo (Ito et al., 2019; Li y Di Santo, 2019). Para virus más leves, las infecciones humanas in vivo controladas se pueden realizar para el mejor modo de verificación de la asociación del virus con el mecanismo propuesto de exacerbaciones agudas inducidas virales. Con el advenimiento de modelos enfermos adecuados, la verificación de los mecanismos proporcionará la continuación necesaria para mejorar el tratamiento de las exacerbaciones agudas inducidas virales. En vista de la escasez de medidas preventivas antivirales disponibles sólo para unos pocos virus y vacunas que sólo están disponibles para las infecciones por IFV, se deben explorar más medidas alternativas para mejorar el manejo de la enfermedad. Medidas alternativas dirigidas a nuevos mecanismos de exacerbación aguda inducidos por virus, especialmente en la vía aérea superior, pueden servir como tratamientos complementarios de las estrategias de manejo actualmente disponibles para aumentar su eficacia. Nuevos modelos incluyendo cultivos primarios de células epiteliales bronquiales o nasales humanas, organoides o cortes pulmonares de precisión de pacientes con enfermedad de las vías aéreas en lugar de sujetos sanos pueden ser utilizados para definir mecanismos de exacerbación. Estos mecanismos pueden ser validados en pequeños ensayos clínicos en pacientes con asma o EPOC. Tener múltiples medios de tratamiento también puede reducir los problemas que surgen del desarrollo de resistencia hacia un tratamiento específico.

¿Para qué se desarrollan modelos basados en animales?

Infecciones respiratorias virales en la exacerbación de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías aéreas: nuevos mecanismos e ideas de la vía aérea superior Epiteliohttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7052386/SHA: 45a566c71056ba4faab425b4f7e9edee6320e4a4Autores: Tan, Kai Sen; Lim, Rachel Liyu; Liu, Jing; Ong, Hsiao Hui; Tan, Vivian Jiayi; Lim, Hui Fang; Chung, Kian Fan; Adcock, Ian M.; Chow, Vincent T.; Wang, De YunFecha: 2020-02-25DOI: 10.3389/fcell.2020.00099Licencia: cc-byAbstract: La infección por virus Estas exacerbaciones se asocian a una alta morbilidad e incluso mortalidad en todo el mundo, entendiendo que la infección viral aumenta la inflamación de las vías respiratorias, lo que agrava los síntomas de la enfermedad.Los recientes avances en la interfaz aire-líquido in vitro cultivos 3D, cultivos organoideos y el uso de nuevos modelos de desafío humanos y animales han evocado nuevos entendimientos en cuanto a los mecanismos de exacerbaciones virales.En esta revisión, nos centraremos en los hallazgos recientes que elucidan cómo las infecciones virales respiratorias alteran la barrera epitelial en las vías aéreas, el entorno microbiano de las vías aéreas superiores, modificaciones epigenéticas incluyendo modulación del miRNA y otros cambios en las respuestas inmunes a través de las vías aéreas superiores e inferiores. Primero, revisamos la prevalencia de diferentes infecciones respiratorias virales en causar exacerbaciones en enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Además, destacamos la importancia del viroma dentro del entorno del microbioma de la vía aérea y su impacto en la infección bacteriana posterior, lo que consolida la comprensión de la exacerbación inducida por virus en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias e indica vías que pueden estar dirigidas a un manejo más eficaz de las enfermedades inflamatorias crónicas. Texto: La prevalencia de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias está aumentando en todo el mundo, especialmente en los países desarrollados (GBD 2015 Chronic Respiratory Disease Colaborators, 2017 Guan et al., 2018). Esta enfermedad se caracteriza por inflamación de las vías respiratorias que provoca complicaciones como tos, sibilancia y falta de aliento. La enfermedad puede manifestarse tanto en las vías respiratorias superiores (como rinosinusitis crónica, CRS) como en las vías respiratorias inferiores (como asma y enfermedad pulmonar obstructiva crónica, EPOC) que afectan en gran medida El tratamiento y el manejo varían mucho en eficacia debido a la complejidad y heterogeneidad de la enfermedad. Esto se complica aún más por el efecto de las exacerbaciones episódicas de la enfermedad, definidas como el empeoramiento de los síntomas de la enfermedad, incluyendo sibilancia, tos, falta de aliento y opresión torácica (Xepapadaki y Papadopoulos, 2010). Estas exacerbaciones se deben al efecto de inflamación aguda aumentada de las vías respiratorias que afecta y empeora los síntomas de la enfermedad existente (Hashimoto et al., 2008; Viniol y Vogelmeier, 2018). Estas exacerbaciones agudas son la principal causa de morbilidad y a veces mortalidad en los pacientes, así como resultando en grandes cargas económicas en todo el mundo. Sin embargo, debido a las interacciones complejas entre el huésped y los agentes de exacerbación, los mecanismos de exacerbación pueden variar considerablemente en diferentes individuos bajo Las exacerbaciones agudas suelen deberse a la presencia de factores ambientales como alérgenos, contaminantes, humo, aire frío o seco y microbios patógenos en las vías respiratorias (Gautier y Charpin, 2017; Viniol y Vogelmeier, 2018). Estos agentes provocan una respuesta inmune que conduce a la infiltración de células inmunitarias activadas que liberan además mediadores inflamatorios que causan síntomas agudos como aumento de la producción de mucosidad, tos, sibilancias y falta de aliento. Entre estos agentes, la infección viral es uno de los principales motores de exacerbaciones del asma que representan hasta el 80-90% y el 45-80% de exacerbaciones en niños y adultos, respectivamente (Grissell et al., 2005; Xepapadaki y Papadopoulos, 2010; Jartti y Gern, 2017; Adeli et al., 2019). La participación viral en la exacerbación de la EPOC también es igualmente alta, habiendo sido detectada en el 30-80% de las exacerbaciones agudas de la EPOC (Kherad et al., 2010; Jafarinejad et al., 2017; Stolz et al., 2019). Aunque la prevalencia de exacerbaciones virales en la ERC todavía no está clara, es probable que su prevalencia sea alta debido a la naturaleza inflamatoria similar de estas enfermedades (Rowan et al., 2015; Tan et al., 2017). Una de las razones de la afectación de virus respiratorios en exacerbaciones es su facilidad de transmisión e infección (Kutter et al., 2018). Además, la alta diversidad de virus respiratorios también puede contribuir a exacerbaciones de diferente naturaleza y gravedad (Busse et al., 2010; Costa et al., 2014; Jartti y Gern, 2017) Por lo tanto, es importante identificar los mecanismos exactos que sustentan las exacerbaciones virales en sujetos susceptibles para manejar adecuadamente las exacerbaciones a través de tratamientos complementarios que puedan aliviar los síntomas de exacerbación o prevenir exacerbaciones graves.Si bien la vía aérea inferior es el sitio de inflamación disregulada en la mayoría de las enfermedades inflamatorias crónicas de la vía aérea, la vía aérea superior sigue siendo el primer punto de contacto con fuentes de exacerbación, por lo que su interacción con los agentes de exacerbación puede contribuir directamente a las respuestas posteriores en la vía aérea inferior, en línea con la hipótesis de "United Airway".Para dilucidar la interacción de la vía aérea huésped con virus que conducen a exacerbaciones, enfocamos nuestra revisión en los hallazgos recientes de interacción viral con la vía aérea superior. A pesar de ser una causa importante de exacerbación, los informes que vinculan virus respiratorios a exacerbaciones agudas sólo comienzan a surgir a finales de la década de 1950 (Pattemore et al., 1992) ; con infecciones bacterianas previamente consideradas como el culpable probable de exacerbación aguda (Stevens, 1953; Message y Johnston, 2002). Sin embargo, con el advenimiento de la tecnología PCR, se recuperaron más virus durante exacerbaciones agudas eventos e informes que implicaron su papel emergieron a finales de la década de 1980 (Mensaje y Johnston, 2002). Rhinovirus (RV) y virus respiratorio sincitial (RSV) son los virus predominantes vinculados al desarrollo y exacerbación de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Jarti y Gern, 2017). Otros virus como el virus de la parainfluenza (PIV), el virus de la gripe (IFV) y el adenovirus (AdV) también han sido implicados en exacerbaciones agudas, pero en un grado mucho menor (Johnston et al., 2005; Oliver et al., 2014; Ko et al., 2019). Más recientemente, se han notificado otros virus como el bocavirus (BoV), el metapneumovirus humano (HMPV), ciertas cepas del coronavirus (CoV), una cepa específica del enterovirus (EV-D68), el citomegalovirus humano (hCMV) y el virus del herpes simplex (HSV) que contribuyen a exacerbaciones agudas. La característica común de estos virus es que pueden infectar tanto la vía aérea superior como la inferior, aumentando aún más las condiciones inflamatorias en la vía aérea enferma (Mallia y Johnston, 2006; Los virus respiratorios infectan y replican principalmente dentro de las células epiteliales de la vía aérea. Durante el proceso de replicación, las células liberan factores antivirales y citocinas que alteran la inflamación de la vía aérea local y el nicho de la vía aérea (Busse et al., 2010). En una vía aérea sana, la inflamación normalmente conduce a respuestas inflamatorias tipo 1 consistentes en la activación de un estado antiviral y la infiltración de células efectoras antivirales, lo que eventualmente resulta en la resolución de la respuesta inflamatoria y el aclaramiento de la infección viral (Vareille et al., 2011; Brace et al., 2012). Sin embargo, en una vía aérea crónicamente inflamada, las respuestas contra el virus pueden estar deterioradas o aberrantes, causando inflamación sostenida e infiltración errónea, lo que resulta en la exacerbación de sus síntomas (Mallia y Johnston, 2006; Dougherty y Fahy, 2009; Busse et al., 2010; Britto et al., 2017; Linden et al., 2019). Esto suele agravarse por el aumento de la susceptibilidad de los pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias hacia infecciones respiratorias virales, aumentando así la frecuencia de exacerbación en su conjunto (Dougherty y Fahy, 2009; Busse et al., 2010; Linden et al., 2019). Además, debido a los diferentes ciclos de replicación y respuesta contra la miríada de virus respiratorios, cada virus respiratorio también puede contribuir a exacerbaciones a través de diferentes mecanismos que pueden alterar su Por lo tanto, esta revisión se centrará en compilar y cotejar los actuales mecanismos conocidos de exacerbación viral inducida por enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, así como en vincular la patogénesis de diferentes infecciones virales para dilucidar otras formas potenciales de exacerbación de la enfermedad. La revisión servirá para proporcionar una mayor comprensión de la exacerbación inducida por virus para identificar posibles vías y mecanismos patogénicos que pueden ser dirigidos como cuidados complementarios para el manejo y prevención de la exacerbación. Este enfoque puede ser clínicamente significativo debido a la actual escasez de fármacos antivirales para el manejo de exacerbaciones inducidas por virus, lo que mejorará la calidad de vida de los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias. Una vez establecida la relación entre la infección viral y las exacerbaciones agudas de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias, se han reportado muchos informes sobre los mecanismos subyacentes a la exacerbación inducida por la infección viral respiratoria. Al infectar En general, las células epiteliales de las vías respiratorias infectadas liberan interferones, citoquinas y quimioquinas tipo IL-6, IL-8, IL-12, RANTES, proteína inflamatoria de los macrófagos 1α (MIP-1α) y proteína quimiotáctica de los monocitos 1 (MCP-1) (Wark y Gibson, 2006; Matsukura y otros, 2013) y, a su vez, permiten la infiltración de células innatas inmunes y de células profesionales que presentan antígenos (APCs) que a su vez liberan mediadores específicos para facilitar la focalización y el aclaramiento virales, incluyendo interferón tipo II (IFNγ), IL-2, IL-4, IL-5, IL-9 e IL-12 (Wark y Gibson, 2006; Singh et al., 2010; Brazale Estos factores aumentan la inflamación local y la infiltración de granulocitos, células T y células B (Wark y Gibson, 2006; Brazale et al., 2012). El aumento de la inflamación, a su vez, empeora los síntomas de las enfermedades de las vías respiratorias. Además, en pacientes con asma y pacientes con SCR con pólipo nasal (CRSwNP), las infecciones virales como RV y VRS promueven una respuesta inmune de tipo 2-sesesada (Becker, 2006; Jackson et al., 2014; Jurak et al., 2018). Esto amplifica la inflamación basal tipo 2 resultando en una mayor liberación de IL-4, IL-5, IL-13, RANTES y eotaxina y un aumento adicional de la eosinofilia, un motor patológico clave del asma y CRSwNP (Wark y Gibson, 2006; Singh et al., 2010; Chung et al., 2015; Dunican y Fahy, 2015). El aumento de la eosinofilia, a su vez, empeora los síntomas clásicos de la enfermedad y puede conducir a condiciones potencialmente mortales debido a dificultades respiratorias. Por otro lado, los pacientes con EPOC y los pacientes con SCR sin pólipo nasal (CRSsNP) son más neutrófilos debido a la expresión de quimioattractantes neutrófilos como CXCL9, CXCL10 y CXCL11 (Cukic et al., 2012; Brightling and Greening, 2019). La patología de estas enfermedades de las vías respiratorias se caracteriza por la remodelación de las vías aéreas debido a la presencia de factores de remodelación como las metaloproteinasas de matriz (MMPs) liberadas de neutrófilos infiltrantes (Linden et al., 2019). Las infecciones virales en tales condiciones causarán entonces un aumento de la activación neutrófica; el empeoramiento de los síntomas y la remodelación de las vías respiratorias exacerbando la EPOC, CRSsNP e incluso CRSwNP en ciertos casos (Wang et al., 2009; Tacon et al., 2010; Linden et al., 2019). También se ha identificado recientemente una vía epitelial-céntrica alarmin alrededor de IL-25, IL-33 y linfopoyetina estromal timica (TSLP), y su interacción con las células linfoides innatas del grupo 2 (ILC2) (Nagarkar et al., 2012; Hong et al., 2018; Allinne et al., 2019). IL-25, IL-33 y TSLP son citoquinas inflamatorias de tipo 2 expresadas por las células epiteliales tras la lesión de la barrera epitelial (Gabryelska et al., 2019; Roan et al., 2019). Las ILC2 son un grupo de células linfoides que carecen de receptores de células B y T, pero desempeñan un papel crucial en la secretación de citocinas de tipo 2 para perpetuar la inflamación de tipo 2 cuando se activan (Scanlon y McKenzie, 2012; Li y Hendriks, 2013). En caso de infección viral, la muerte celular y la lesión de la barrera epitelial también inducirán la expresión de IL-25, IL-33 y TSLP, con mayor expresión en una vía aérea inflamada (Alakhverdi et al., 2007; Goldsmith et al., 2012; Byers et al., 2013; Shaw et al., 2013; Beale et al., 2014; Jackson et al., 2014; Uller y Persson, 2018; Ravanetti et al., 2019). Estas 3 citoquinas luego trabajan en concierto para activar ILC2s para segregar más citoquinas tipo 2 IL-4, IL-5 e IL-13 que agravan aún más la inflamación tipo 2 en la vía aérea causando exacerbación aguda (Camelo et al., 2017). En el caso de la EPOC, el aumento de la activación de la ILC2, que retiene la capacidad de diferenciar a la ILC1, también puede aumentar aún más la respuesta neutrófica y agravar aún más la exacerbación (Silver et al., 2016). Curiosamente, estos factores no se liberan en gran medida y no activan una respuesta de la ILC2 durante la infección viral en individuos sanos (Yan et al., 2016; Tan et al., 2018a) ; a pesar de aumentar una exacerbación de tipo 2 en las vías respiratorias crónicamente inflamadas (Jurak et al., 2018). Estos mecanismos clásicos de exacerbaciones agudas inducidas virales se resumen en la Figura 1. A medida que la integración de la virología, microbiología e inmunología de la infección viral se vuelve más interconectada, factores adicionales y FIGURA 1 Tras la infección por virus en la vía aérea, el estado antiviral se activará para eliminar el patógeno invasor de la vía aérea. La respuesta inmunitaria y los factores de lesión liberados del epitelio infectado normalmente inducirían una inmunidad rápida de tipo 1 que facilita el aclaramiento viral. Sin embargo, en la vía aérea inflamada, las citoquinas y quimioquinas liberadas en su lugar aumentaron la inflamación presente en la vía aérea crónicamente inflamada, fortaleciendo la infiltración neutrófila en la vía aérea COPD, e infiltración eosinofílica en la vía aérea asmática. El efecto también se ve agravado por la participación de células Th1 e ILC1 en la vía aérea COPD; y células Th2 e ILC2 en la vía aérea asmática. (2006) ha subrayado el efecto sinérgico de la infección viral con otros agentes sensibilizantes para causar exacerbaciones agudas más graves en las vías respiratorias, especialmente cuando no todos los eventos de exacerbación ocurrieron durante la infección viral, pero también pueden ocurrir mucho después del aclaramiento viral (Kim et al., 2008; Stolz et al., 2019), en particular el inicio tardío de una infección bacteriana (Singanayagam et al., 2018 (Singanayagam et al., 2019a). Además, los virus no necesitan infectar directamente la vía aérea inferior para causar una exacerbación aguda, ya que el epitelio nasal sigue siendo el lugar principal de la mayoría de las infecciones. Además, no todas las infecciones virales de la vía aérea darán lugar a exacerbaciones agudas, sugiriendo una interacción más compleja entre el virus y el epitelio de la vía aérea superior que sinergizan con el entorno de la vía aérea local en línea con la hipótesis de la "vía aérea unida" (Kurai et al., 2013). Por otro lado, las infecciones virales o sus componentes persisten en pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de la vía aérea (Kling et al., 2005; Wood et al., 2011; Ravi et al., 2019). Por lo tanto, su presencia puede alterar aún más el entorno local y contribuir a exacerbaciones actuales y futuras. Los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias han disminuido o reducido la capacidad de aclaramiento viral (Hammond et al., 2015; McKendry et al., 2016; Akbarshahi et al., 2018; Gill et al., 2018; Wang et al., 2018; Singanayagam et al., 2019b). Su deterioro se debe a una respuesta inflamatoria de tipo 2 que priva a la vía aérea de importantes células CD8 receptivas de tipo 1 que son responsables del aclaramiento completo de las células infectadas por el virus (Becker, 2006; McKendry et al., 2016). Esto es especialmente evidente en virus débiles que inducen la inflamación tipo 1 como RV y RSV (Kling et al., 2005; Wood et al., 2011; Ravi et al., 2019). Además, también hay evidencia de reducción de la producción de interferón tipo I (IFNβ) y III (IFN/23370/) debido a la inflamación de tipo 2-secado, que contribuye al aclaramiento imperfecto del virus, lo que resulta en la persistencia de componentes virales, o el virus vivo en el epitelio de las vías respiratorias (Contoli et al., 2006; Hwang et al., 2019; Wark, 2019). Debido a los componentes virales que permanecen en las vías respiratorias, genes antivirales como los interferones de tipo I, factores de activación de la inflamación y citoquinas permanecieron activados dando lugar a inflamación prolongada de las vías respiratorias (Wood et al., 2011; Essaidi-Laziosi et al., 2018). Estos factores aumentan la infiltración de granulocitos prolongando así los síntomas de exacerbación. Esta inflamación persistente también puede encontrarse dentro de virus del ADN como AdV, hCMV y HSV, cuyas infecciones generalmente persisten más tiempo (Imperial y Jiang, 2015), contribuyendo aún más a la activación crónica de la inflamación cuando infectan la vía aérea (Yang et al., 2008; Morimoto et al., 2009; Imperiale y Jiang, 2015; Lan et al., 2016; Tan et al., 2016; Kowalski et al., 2017). Con esa nota, el virus del papiloma humano (VPH), un virus del ADN muy asociado con cánceres de cabeza y cuello y papilomatosis respiratoria, también está relacionado con la inflamación crónica que precede a las neoplasias malignas (de Visser et al., 2005; Gillison et al., 2012; Bonomi et al., 2014; Fernandes et al., 2015). Por lo tanto, el papel de la infección por VPH en causar inflamación crónica en las vías respiratorias y su asociación a exacerbaciones de las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas, que apenas se explora, debe ser investigado en el futuro. Además, la persistencia viral que conduce a la expresión continua de genes antivirales también puede conducir al desarrollo de resistencia a los esteroides, que se observa con la infección por RV, VRS y PIV (Chi et al., 2011; Ford et al., 2013; Papi et al., 2013). El uso de esteroides para suprimir la inflamación también puede causar que el virus persista más tiempo en las vías respiratorias debido a la falta de aclaramiento antiviral (Kim et al., 2008; Hammond et al., 2015; Hewitt et al., 2016; McKendry et al., 2016; Singanayagam et al., 2019b). El desarrollo concomitante de resistencia a los esteroides, junto con la repetición o prolongación de la infección viral, añadió una carga considerable al manejo de la exacerbación aguda, que debería ser el foco futuro de la investigación para resolver las complicaciones duales derivadas de la infección viral. En el otro extremo del espectro, los virus que inducen una fuerte inflamación tipo 1 y la muerte celular como IFV (Yan et al., 2016; Guibas et al., 2018) y ciertos CoV (incluyendo el virus COVID-19 recientemente surgido) (Tao et al., 2013; Yue et al., 2018; Zhu et al., 2020), pueden no causar inflamación prolongada debido a la fuerte inducción del aclaramiento antiviral. Sin embargo, estas infecciones causan daño masivo y muerte celular a la barrera epitelial, tanto que las áreas del epitelio pueden estar completamente ausentes después de la infección (Yan et al., 2016; Tan et Factores como el RANTES y el CXCL10, que reclutan células inmunitarias para inducir apoptosis, son fuertemente inducidos por el epitelio infectado por IFV (Ampomah et al., 2018; Tan et al., 2019). Además, factores necroptóticos como el RIP3 agravan aún más las muertes celulares en el epitelio infectado por IFV. La muerte celular masiva inducida puede provocar un empeoramiento de la exacerbación aguda debido a la liberación de su contenido celular en las vías respiratorias, evocando una respuesta inflamatoria en las vías respiratorias (Guibas et al., 2018). Además, la destrucción de la barrera epitelial puede causar un mayor contacto con otros patógenos y alérgenos en las vías respiratorias que pueden prolongar las exacerbaciones o provocar nuevas exacerbaciones. La destrucción epitelial también puede promover una mayor remodelación epitelial durante su regeneración, ya que la infección viral induce la expresión de genes remodeladores como MMPs y factores de crecimiento. Infecciones que causan destrucción masiva del epitelio, como IFV, generalmente resultan en exacerbaciones agudas graves con síntomas no clásicos de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Afortunadamente, hay vacunas anuales disponibles para prevenir infecciones por IFV (Vasileiou et al., 2017; Zheng et al., 2018) ; y se recomienda que los pacientes con enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias reciban su vacunación anual contra la gripe como el mejor medio para prevenir la exacerbación inducida por IFV grave. Otro mecanismo que las infecciones virales pueden utilizar para provocar exacerbaciones agudas es la inducción de factores de vasodilación o apertura de la unión estrecha que pueden aumentar la tasa de infiltración. Infección con una multitud de virus respiratorios Esto también aumenta las posibilidades de que los alérgenos entren en contacto con las células inmunitarias de las vías respiratorias. Por ejemplo, se encontró que la infección por IFV induce oncostatina M (OSM) lo que causa una apertura estrecha de la unión (Pothoven et al., 2015; Tian et al., 2018). De manera similar, las infecciones por RV y VRS suelen causar una apertura estrecha de la unión que también puede aumentar la tasa de infiltración de eosinófilos y, por lo tanto, empeorar los síntomas clásicos de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Sajjan et al., 2008; Kast et al., 2017; Kim et al., 2018). Además, la expresión de factores vasodilatadores y factores homeostáticos fluidos como angiopoietin-like 4 (ANGPTL4) y bactericida/permeabilidad en aumento que contienen pliegues familiares A1 (BPIFA1) también están asociados con infecciones virales y desarrollo de neumonía, que pueden empeorar la inflamación en la vía aérea baja Akram et al., 2018). Estos factores pueden servir como objetivos para prevenir exacerbaciones inducidas por virus durante el manejo de la exacerbación aguda de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias. Otro área de interés reciente es la relación entre asma y exacerbaciones de la EPOC y su asociación con el microbioma de las vías respiratorias. El desarrollo de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias suele estar relacionado con especies bacterianas específicas en el microbioma que pueden prosperar en el entorno de las vías respiratorias inflamadas (Diver et al., 2019) En el caso de una infección viral como la infección por RV, el efecto inducido por el virus puede desestabilizar el equilibrio del microbioma presente (Molyneaux et al., 2013; Kloepfer et al., 2014; Kloepfer et al., 2017; Jubinville et al., 2018; van Rijn et al., 2019). Además, la infección viral puede alterar colonias de biofilm en la vía aérea superior (por ejemplo, Streptococcus pneumoniae) microbioma para liberarse en la vía aérea inferior y empeorar la inflamación (Marks et al., 2013; Chao et al., 2014). Además, una infección viral también puede alterar el perfil de nutrientes en la vía aérea a través de la liberación de nutrientes previamente inaccesibles que alterarán el crecimiento bacteriano (Siegel et al., 2014; Mallia et al., 2018 Además, la desestabilización se ve agravada por una respuesta inmune bacteriana alterada, ya sea por influencias virales directas, o por el uso de corticosteroides para suprimir los síntomas de exacerbación (Singanayagam et al., 2018 (Singanayagam et al., 2019a Wang et al., 2018; Finney et al., 2019). Todos estos cambios pueden llevar gradualmente a un efecto de mayor alcance cuando la flora normal es reemplazada por patógenos oportunistas, alterando los perfiles inflamatorios (Teo et al., 2018). Estos cambios a su vez pueden resultar en exacerbaciones agudas más graves y frecuentes debido a la interacción entre el virus y las bacterias patógenas en exacerbar las enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas (Wark et al., 2013; Singanayagam et al., 2018). Para contrarrestar estos efectos, las terapias basadas en microbiomas están en su infancia, pero han demostrado eficacia en los tratamientos del síndrome del intestino irritable restaurando el microbioma intestinal (Bakken et al., 2011). Más investigaciones pueden ser hechas de manera similar para que el microbioma de las vías respiratorias pueda restaurar el microbioma después de la interrupción por una infección viral. Las infecciones virales pueden causar la interrupción de la función mucociliar, un componente importante de la barrera epitelial. Proteínas ciliares FIGURA 2 Cambios en el epitelio de las vías respiratorias superiores que contribuyen a la exacerbación viral en enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. El epitelio de las vías respiratorias superiores es el sitio principal de contacto/infección de la mayoría de los virus respiratorios. Por lo tanto, su infección por virus respiratorios puede tener consecuencias de gran alcance en el aumento y La destrucción de la barrera epitelial, la función mucociliar y la muerte celular de las células epitelial sirven para aumentar el contacto entre los desencadenantes ambientales con la vía aérea inferior y las células inmunes residentes. La apertura de la unión estrecha aumentando la fuga aumenta aún más la inflamación y exacerbaciones. Además, las infecciones virales se acompañan generalmente con estrés oxidativo que aumentará aún más la inflamación local en las vías respiratorias. La disregulación de la inflamación puede ser agravada por la modulación de los miRNAs y la modificación epigenética como la metilación del ADN y las modificaciones histonas que promueven la disregulación en la inflamación. Finalmente, el cambio en el ambiente de las vías respiratorias locales y la inflamación promueve el crecimiento de bacterias patógenas que pueden reemplazar al microbioma de las vías respiratorias. Además, el ambiente inflamatorio también puede dispersar los comans de las vías aéreas superiores en la vía aérea Rasgo específico viral que contribuye al mecanismo de exacerbación (con evidencia en la literatura) Estrés oxidativo Producción de ROS (RV, RSV, IFV, HSV)Como RV, RSV e IFV fueron los virus más frecuentemente estudiados en enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, la mayoría de los virus enumerados son predominantemente estos virus. Sin embargo, los mecanismos aquí descritos también pueden ser aplicables a otros virus, pero no pueden ser listados ya que no estuvieron implicados en el contexto de exacerbación de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (ver texto para abreviaciones). que ayudan en la función adecuada de los cilios móviles en las vías respiratorias se expresan aberrantemente en células epiteliales de las vías respiratorias ciliadas que son el principal objetivo para la infección por RV (Griggs et al., 2017). Tal forma de cilia discinesia secundaria parece estar presente con inflamaciones crónicas en la vía aérea, pero los mecanismos exactos todavía son desconocidos (Peng et al.,, 2019 Qiu et al., 2018). Sin embargo, se encontró que en la infección viral como IFV, puede haber un cambio en el metabolismo de las células, así como una alteración en la expresión del gen ciliar, principalmente en la forma de regulación descendente de los genes como la cadena pesada dynein axonemal 5 (DNAH5) y diferenciación multiciliada y síntesis de ADN asociada a la proteína del ciclo celular (MCIDAS) (Tan et al., 2018b. El recientemente surgido Wuhan CoV también se encontró para reducir la paliza ciliar en el modelo epitelial de la vía aérea infectado (Zhu et al., 2020). Además, se demostró que las infecciones virales como el VRS destruyen directamente los cilios de las células ciliadas y casi todos los virus respiratorios infectan las células ciliadas (Jumat et al., 2015; Yan et al., 2016; Tan et al., 2018a). Además, la sobreproducción de mucosidad también puede alterar el equilibrio de la función mucociliar después de la infección viral, dando lugar a síntomas de exacerbación aguda (Zhu et al., 2009). Por lo tanto, la interrupción del movimiento ciliar durante la infección viral puede causar más material extraño y alérgeno para entrar en la vía aérea, agravando los síntomas de exacerbación aguda y haciendo más difícil de manejar. Los microRNAs (miRNAs) son ARNs cortos no codificantes involucrados en la modulación post-transcripción de los procesos biológicos, e implicados en una serie de enfermedades (Tan et al., 2014). Los miRNAs se encuentran inducidos por infecciones virales y pueden jugar un papel en la modulación de las respuestas antivirales y la inflamación (Gutierrez et al., 2016; Deng et al., 2017; Feng et al., 2018). En el caso de enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias, se encontró que los cambios circulantes de miRNAs están relacionados con la exacerbación de las enfermedades (Wardzynska et al., 2020). Por lo tanto, es probable que tales cambios de miRNAs se originan desde el epitelio infectado y las células inmunes que responden, que pueden servir para disregular aún más la inflamación de las vías Tanto las infecciones por IFV como las por VRS han demostrado aumentar miR-21 y aumentar la inflamación en los modelos experimentales de asma murina, lo que se invierte con un tratamiento combinado de antimiR-21 y corticosteroides (Kim et al., 2017). La infección por IFV también se muestra aumentando miR-125a y b, y miR-132 en el epitelio de EPOC que inhibe A20 y MAVS; y p300 e IRF3, respectivamente, lo que resulta en una mayor susceptibilidad a las infecciones virales (Hsu et al., 2016 (Hsu et al., 2017). Por el contrario, se demostró que miR-22 se suprimió en el epitelio asmático en la infección por IFV, lo que da lugar a una respuesta epitelial aberranta, contribuyendo a exacerbaciones (Moheimani et al., 2018). Aparte de estas evidencias directas de cambios en el miRNA en contribuir a exacerbaciones, un aumento del número de miRNAs y otros ARNs no codificantes responsables de la modulación inmune se encuentran alterados después de infecciones virales (Globinska et al., 2014; Feng et al., 2018; Hasegawa et al., 2018). Por lo tanto, los ARNs no codificantes también se presentan como objetivos para modular los cambios virales inducidos en las vías respiratorias como un medio para controlar la exacerbación de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Aparte de la modulación de miRNA, otras modificaciones epigenéticas como la metilación del ADN también pueden desempeñar un papel en la exacerbación de enfermedades inflamatorias de las vías respiratorias crónicas. Al mismo tiempo, también se demostró que las infecciones virales como RV y VRS alteran la metilación del ADN y las modificaciones histonas en el epitelio de las vías respiratorias que pueden alterar las respuestas inflamatorias, provocando enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias y exacerbaciones (McErlean et al., 2014; Pech et al., 2018; Caixia et al., 2019). Además, Spalluto et al. (2017) también mostraron que factores antivirales como IFNγ epigenéticamente modifican la resistencia viral de las células epiteliales. Por lo tanto, esto puede indicar que infecciones como RV y VRS que débilmente inducen respuestas antivirales pueden resultar en un estado inflamatorio alterado que contribuye a una mayor persistencia viral y exacerbación de las enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias (Spalluto et al., 2017). Finalmente, la infección viral puede resultar en una mayor producción de especies reactivas de oxígeno (ROS), estrés oxidativo y disfunción mitocondrial en el epitelio de las vías respiratorias (Kim et al., 2018; Mishra et al., 2018; Wang et al., 2018). El epitelio de las vías respiratorias de los pacientes con enfermedades inflamatorias crónicas de las vías respiratorias suelen estar bajo un estado de estrés oxidativo constante que sostiene la inflamación de las vías respiratorias (Barnes, 2017; van der Vliet et al., 2018). Las infecciones virales del epitelio respiratorio por virus como IFV, RV, RSV y HSV pueden desencadenar la producción adicional de ROS como mecanismo antiviral Aizawa et al., 2018; Wang et al., 2018). Además, la infiltración de células en respuesta a la infección, como los neutrófilos, también desencadenará una ruptura respiratoria como medio para aumentar la ROS en la región infectada. El aumento de la ROS y el estrés oxidativo en el ambiente local pueden servir como un desencadenante para promover la inflamación, agravando así la inflamación en las vías respiratorias (Tiwari et al., 2002). En la Figura 2 y la Tabla 1 se muestra un resumen de los posibles mecanismos de exacerbación y los virus asociados. Mientras que los mecanismos subyacentes al desarrollo y exacerbación aguda de la enfermedad inflamatoria crónica de las vías respiratorias son ampliamente estudiados para controlar y controlar la enfermedad, una infección viral hace más que sólo causar una exacerbación aguda en estos pacientes. Una exacerbación aguda inducida por virus no sólo induce y empeora los síntomas de la enfermedad, sino que también puede alterar el manejo de la enfermedad o conferir resistencia a tratamientos que funcionaban antes. Por lo tanto, la apreciación de los mecanismos de exacerbaciones agudas inducidas por virus es de importancia clínica para diseñar estrategias para corregir los cambios virales que pueden empeorar los síntomas de la enfermedad inflamatoria de las vías respiratorias crónicas. Otros estudios en exacerbaciones naturales y en modelos de desafíos virales utilizando secuenciación de ARN (ARN-seq) o ARN-seq de una sola célula en un rango de tiempos pueden proporcionar información importante sobre patogénesis viral y cambios inducidos dentro de las vías respiratorias de pacientes con enfermedad inflamatoria de las vías respiratorias crónicas para identificar nuevos objetivos y vías para mejorar el manejo de la enfermedad. El análisis posterior de funciones puede utilizar modelos de células epiteliales como la interfaz aire-líquido, modelo epitelial de vía aérea in vitro que ha sido adaptado para estudiar la infección viral y los cambios inducidos en la vía aérea (Yan et al., 2016; Boda et al., 2018; También se han desarrollado modelos de enfermedades de origen animal para identificar mecanismos sistémicos de exacerbación aguda (Shin, 2016; Gubernatorova et al., 2019; Tanner and Single, 2019). Además, el modelo de ratón humanizado que posee células inmunitarias humanas también puede servir para desentrañar el perfil inmune de una infección viral en estado sano y enfermo (Ito et al., 2019; Li y Di Santo, 2019). Para virus más leves, las infecciones humanas in vivo controladas se pueden realizar para el mejor modo de verificación de la asociación del virus con el mecanismo propuesto de exacerbaciones agudas inducidas virales. Con el advenimiento de modelos enfermos adecuados, la verificación de los mecanismos proporcionará la continuación necesaria para mejorar el tratamiento de las exacerbaciones agudas inducidas virales. En vista de la escasez de medidas preventivas antivirales disponibles sólo para unos pocos virus y vacunas que sólo están disponibles para las infecciones por IFV, se deben explorar más medidas alternativas para mejorar el manejo de la enfermedad. Medidas alternativas dirigidas a nuevos mecanismos de exacerbación aguda inducidos por virus, especialmente en la vía aérea superior, pueden servir como tratamientos complementarios de las estrategias de manejo actualmente disponibles para aumentar su eficacia. Nuevos modelos incluyendo cultivos primarios de células epiteliales bronquiales o nasales humanas, organoides o cortes pulmonares de precisión de pacientes con enfermedad de las vías aéreas en lugar de sujetos sanos pueden ser utilizados para definir mecanismos de exacerbación. Estos mecanismos pueden ser validados en pequeños ensayos clínicos en pacientes con asma o EPOC. Tener múltiples medios de tratamiento también puede reducir los problemas que surgen del desarrollo de resistencia hacia un tratamiento específico.

¿Qué se puede utilizar para desentrañar el perfil inmunológico de una infección viral en condiciones sanas y enfermas?

La proteína transmembrana inducida por interferón 3 inhibe la infección por el virus de Hantaan y su polimorfismo nucleótido único rs12252 Influye en la gravedad de la fiebre hemorrágica con síndrome renalhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5206578/SHA: 4328e18bdf9b52875c87f3f5ddb1911636a192d2Autores: Xu-yang, Zheng; Pei-yu, Bian; Chuan-tao, Ye; Wei, Ye; Hong-wei, Ma; Kang, Tang; Chun-mei, Zhang; Ying-feng, Lei; Xin, Wei; Ping-zhong, Wang; Chang-xing, Huang Los estudios anteriores han identificado las proteínas transmembranas inducidas por interferón (IFITM) como una familia de genes estimulados por interferón. Sin embargo, el papel de los IFITM en la infección por NVHT no está claro. En este estudio, observamos que los polimorfismos mononucleótidos IFITM3 (SNP) rs12252 C alelo y genotipo CC asociados con la gravedad de la enfermedad y la carga de NVHT en el plasma de los pacientes con HFRS. Los experimentos in vitro mostraron que la proteína truncada producida por el alelo rs12252 C presentaba una actividad anti-NVHT alterada. También demostramos que IFITM3 fue capaz de inhibir la infección por NVHT tanto en células HUVEC como A549 por sobreexpresión y ensayos de ARNi, probablemente a través de un mecanismo de Además, se demostró que la transcripción del IFITM3 está regulada negativamente por un regulador negativo del INCRNA de la respuesta al interferón (NRIR). Tomado en conjunto, se concluye que el IFITM3, regulado negativamente por el NRIR, inhibe la infección por HTNV, y su SNP rs12252 se correlaciona con la carga plasmática de HTNV y la gravedad de la enfermedad de los pacientes con HFRS. Texto: asociado con la gravedad de la enfermedad, indicando la importancia de la viremia en la patogénesis del HFRS (2). Por lo tanto, estudios adicionales de factores de huésped que limitan la infección por HTNV e influyen en la respuesta antiviral así como la progresión de la enfermedad son clínicamente significativos y oportunos. La familia humana de proteínas transmembranas inducidas por interferón (IFITMs) fue descubierta hace 25 años para consistir en genes estimulados por Esta familia incluye cinco miembros, a saber, IFITM1, 2, 3, 5 y 10, entre los cuales IFITM1, 2 y 3 poseen actividad antiviral (4). Diferentes proteínas IFITM tienen espectro antiviral diferente (5). Por ejemplo, IFITM3 ha demostrado prevenir la infección por el virus de la gripe in vitro y en ratones (6, 7), y también inhibe múltiples virus, incluyendo filovirus, rabdovirus, flavivirus, e incluso virus Ébola y Zika (7) (8) (9) (10) (11). El mecanismo antiviral de IFITM3 se cree que es la restricción de la entrada viral en las células (4, 12). Los polimorfismos de nucleótidos únicos (SNPs) son variaciones únicas de nucleótidos en una secuencia genética que ocurren a una frecuencia apreciable en la población. Varios SNPs han sido identificados en IFITM3, entre los cuales el sitio con alelo C rs12252 resulta en una truncación N-terminal de la proteína IFITM3, lo que conduce a una inhibición alterada del virus de la gripe in vitro (13, 14). En particular, las frecuencias de alelo C rs12252 y genotipo CC se correlacionan con la gravedad de la enfermedad en pacientes infectados con el virus de la gripe (13, 15). Se ha demostrado que el HTNV induce una respuesta de interferón tipo I (aunque en el tiempo posterior a la infección) (16, 17). Si bien la sobreexpresión de las células IFITM1, 2 y 3 de Vero E6 sigue siendo desconocida en las células Vero E6 para inhibir la infección por HTNV (18), sin embargo, el efecto de los IFITMs sobre la El LncRNA comprende un grupo de ARNs no codificantes de más de 200 nt que funcionan como reguladores genéticos. Se ha demostrado que algunos lncRNAs desempeñan un papel en la inmunidad innata (19). Entre ellos, el regulador negativo de la respuesta al interferón (NRIR) (INCRNA NRIR, también conocido como lncRNA-CMPK2) es un ISG no codificante que regula negativamente la expresión IFITM1 y Mx1 en la infección por VHC (20). En particular, el IFITM3 es en gran medida homólogo del IFITM1, pero el papel del NRIR en la regulación del IFITM3 en la infección por NHT sigue sin estar claro. En el presente estudio, investigamos el efecto del IFTTM3 en la replicación del HTNV y su papel en el desarrollo del HFRS en humanos. Proveemos evidencia primaria que sugiere que el IFITM3, regulado por el NRIR, puede inhibir la infección por HTNV y su SNP rs12252 se correlaciona con la gravedad de la enfermedad y la carga viral en pacientes con HFRS. Este estudio amplía nuestra comprensión de la actividad antiviral del IFITM3 y enriquece nuestro conocimiento de las respuestas inmunes innatas a la infección por HTNV. Este estudio se realizó de acuerdo con las recomendaciones de las guías de investigación biomédica en las que participan participantes humanos establecidas por la Comisión Nacional de Salud y Planificación Familiar de China. El Comité de Ética Institucional del Hospital de Tangdu aprobó este estudio. Todos los sujetos dieron consentimiento informado por escrito de acuerdo con la Declaración de Helsinki. Antes de la inclusión, todos los participantes fueron informados de los objetivos del estudio y firmaron el formulario de consentimiento antes de obtener muestras de sangre y registros médicos. El diagnóstico de HFRS se basó en los síntomas y signos típicos, así como en anticuerpos IgM e IgG positivos frente a la NVHT en el suero evaluado por el ensayo inmunosorbente vinculado a enzimas (ELISA) en nuestro departamento. La clasificación de la gravedad de HFRS y los criterios de exclusión fueron descritos de la siguiente manera (21): glóbulos blancos (WBC), plaquetas (PLT), nitrógeno de urea sanguínea (BUN), creatinina sérica (Scr) y linfocitos heteromórficos que fueron probados por el Departamento de Laboratorio Clínico (mostrados en la Tabla 1 ). De acuerdo con los síntomas y signos clínicos, tales como fiebre, derrame, hemorragia, edema y función renal, la gravedad del HFRS puede clasificarse como previamente descrito (21): 1) pacientes leves fueron identificados con insuficiencia renal leve sin una etapa oligúrgica obvia; 2) pacientes moderados fueron aquellos con síntomas obvios de uremia, derrame (conjuntiva bulbar), hemorragia (piel y membrana mucosa) e insuficiencia renal con una etapa oligúrica típica; 3) pacientes graves tuvieron uremia grave, derrame (conjuntiva bulbar y <50 ml/día) durante ≤2 días; y 4) pacientes críticos presentaron ≥1 de los siguientes signos durante la enfermedad: shock refractario, hemorragia visceral, insuficiencia cardíaca, edema cerebral, infección secundaria y pérdida grave de la piel, de la piel y de la mucosa, de la oliguria (50 ml/día) durante ≤5 Debido a la cantidad de la muestra requerida para la mecanografía del SNP, los pacientes leves y moderados fueron evaluados juntos en el grupo leve, y combinamos pacientes graves y críticos como grupo severo. Los criterios de exclusión para este estudio fueron los siguientes: (1) cualquier otra enfermedad renal, (2) diabetes mellitus, (3) enfermedad autoinmune, (4) enfermedad hematológica, (5) enfermedad cardiovascular, (6) hepatitis viral (tipos A, B, C, D o E) o (7) cualquier otra enfermedad hepática. Además, ningún paciente recibió corticosteroides u otros fármacos inmunomoduladores durante el período del estudio (21). El ADN genómico se extrajo de la sangre periférica de los pacientes utilizando el kit de aislamiento del ADN de PureGene (Gentra Systems, Minneapolis, MN, EE.UU.). La región que abarca el IFITM3 humano rs12252 fue amplificada por PCR (primario delantero, 5′-GGAAACTGTTGAGAAACCGAA-3′ y primer inverso, 5′-CATACGCACCTTCACGAGT-3′). Los productos PCR fueron purificados y secuenciados utilizando un analizador de ADN de Biosistemas Aplicados 3730xl (Thermo Scientific, Waltham, MA, EE.UU.). Las frecuencias de alelos y genotipos de Han China saludable y otros grupos se obtuvieron a partir del proyecto de 1.000 genomas (http:// www.1000genomes.org). La carga de HTVV en muestras de plasma (recogidas durante la fase aguda) de 24 pacientes HFRS de edad y sexo con diferentes genotipos se midieron utilizando métodos notificados previamente (2). Brevemente, el ARN viral se extrajo del plasma de pacientes con HFRS utilizando kits de ARN/ADN viral Purelink (Invitrogen, Carlsbad, CA, EE.UU.). El kit de sistema RT-PCR cuantificativo Platinum One-Step (Invitrogen, Carlsbad, CA, EE.UU.) fue empleado para el ensayo RT-PCR en tiempo real. Los imprimadores y sonda (proporcionados por Sangon Biotech, Shanghai, China) fueron los siguientes: adelante, 5′-TACAGAGGGAAATCAATGCC-3′, reverso, 5′-TGTTCAACTCATCTGATCCTT-3′, y sonda, 5′-(FAM) ATCCCTCACCTTCTCTCGCGCTTATCTC (TAMRA)-3′. Se utilizó como calibrador cuantitativo el segmento sintético S de la cepa estándar HTNV 76-118 ARN transcrita. El estándar externo fue el sobrenadante de cultivo de células Vero E6 infectadas con HTNV 76-118, que fue cuantificado utilizando calibradores cuantitativos sintéticos. Para cada experimento, se extrajo un alícuota de estándar calibrado 76-118 en paralelo con las muestras clínicas y se diluyó en serie 10 veces con concentraciones que iban de 10,56 a 2,56 log10 copias/ml. PCR se realizó utilizando un Ciclor iQ5 (Bio-Rad, Hércules, CA, EE.UU.) con las siguientes condiciones: 42°C durante 15 min, 95°C durante 2 min, y 50 ciclos de 15 s a 95°C, 30 s a 53°C y 30 s a 72°C. La Las células HUVEC (ScienCell Research Laboratories, Carlsbad, CA, USA) fueron cultivadas en ECM BulletKit (ScienCell Research Laboratories, Carlsbad, CA, USA) en una incubadora de CO2 al 5%. Las células A549 (ATCC Cat# CRM-CCL-185, RRID:CVCL_0023) fueron cultivadas en nuestro laboratorio en DMEM con 10% FBS (Thermo Scientific, Waltham, MA, USA) en una incubadora de CO2 al 5%. Las células fueron utilizadas dentro del paso 10 después del cultivo primario. La cepa HTNV 76-118 fue cultivada en células Vero E6 (ATCC Cat# CRL-1586, RRID:CCL_0574) en nuestro laboratorio y tituladas utilizando un ensayo de tinción de inmunofluorescencia para El TCID50 fue de 10 5 /ml, que se calculó utilizando el método Reed-Muench. La IFN-α2a humana recombinante se obtuvo de PBL Interferon Source (Piscataway, NJ, EE.UU.) y se disolvió en el tampón proporcionado por el fabricante (composición no revelada). Las células HUVEC y A549 fueron infectadas por incubación con HTVV como moi indicado a 37°C durante 60 minutos. Posteriormente, la solución del virus fue removida y se añadió un medio fresco al cultivo celular. Las células fueron transfectadas con vectores lentivirales de C-Myc-tagged IFITM1, IFITM2, IFITM3 e IFITM3 NΔ21 (comprado de GENECHEM, Shanghai, China) en un moi de 10. Se utilizó la puromycin (2 μg/ ml para HUVEC y 6 μg/ml para células A549) para crear líneas celulares que expresaban los IFITM de forma estable. Las células fueron transfectadas con ARN de interferencia corta (siRNA), IFITM1 siRNA, IFITM2 siRNA, o IFITM3 siRNA (10 nM) usando reactivo de transfección de Lipofectamine 3000 (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA). Los siRNAs fueron comprados a Orígene (Rockville, MD, USA), y las secuencias no fueron reveladas. El ARN total fue extraído usando reactivo de TRIzol (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA), y cDNA fue sintetizado usando el kit K1622 (Thermo Scientific, Waltham, MA, USA). La PCR cuantitativa en tiempo real (qPCR) se realizó utilizando SYBR Premix Ex Taq II (Takara Biotechnology Co., Dalian, China) con un ciclor Bio-Rad iQ5 (Bio-Rad, Hércules, CA, EE.UU.). Los primeros (Sangon Biotech, Shanghai, China) eran los siguientes: IFITM1 (a continuación, 5′-ACTCCGTGAAGTCTAGGGACA-3′ e inversa, 5′-TGTACAGAGAGAGAGATACCAG-3′); IFITM2 (a continuación, 5′-ATCGCGCGACACCAT-3′ e inversa, 5′-TGTCCCTAGACTTCAGAGAGAGGA-3′); IFITM3 premRNA (a continuación, 5′-CATAGCGCGCGCTACCAT-3′ e inversa, 5′-CGGCCAACCTCTCTCTGGGG-3′); HHTTM3 premRNA (a continuación, 5′-GCCGAGACGGGGG-3′ e inversa, 5′-CGGCCATCTCTCTCTCTCTCTGGG-3′); S seg Para la detección de miR-130a, cDNA fue sintetizado usando el kit de transcripción inversa de microRNA de TaqMan (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) con un imprimador específico en el kit de ensayo de TaqMan específico para el gen (000454, Invitrogen, Carlsbad, CA, USA). El nivel de MiR-130a fue determinado usando el kit de ensayo de TaqMan específico para el gen (000454, Invitrogen, Carlsbad, CA, USA). U6 (001973, Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) fue usado como un control endógeno (23). Debido a que los niveles de pre-mRNA pueden representar la tasa de transcripción inicial (24), los imprimadores utilizados para detectar el pre-mRNA de IFITM3 fueron diseñados para el intron de I IFITM3 tiene dos exones y un intron. Para qPCR de IFITM3 pre-mRNA, los imprimadores delanteros fueron posicionados en el intron, y el imprimador inverso fue posicionado al principio del segundo exon (24). Debido a que la expresión basal de IFITM3 es baja en las células A549, detectamos IFITM3 mRNA y pre-mRNA en las células A549 después del tratamiento con IFN-α2a (20 UI/ml durante 12 h) después de la sobreexpresión de NRIR. Los lisatos celulares fueron preparados utilizando el tampón Radio Inmunoprecipitation Assay (RIPA) (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, EE.UU.). Cantidades iguales de proteína (20 μg de proteína/lana) fueron electroforizadas en un gel de 10%-SDS-poliacrilamida y transferidas electroforéticamente a una membrana de difluoruro de polivinilideno (Millipore, Billerica, MA, EE.UU.). Después de bloquear con 5% de albúmina sérica bovina en solución salina trisbuferada a temperatura ambiente durante 1 h, las membranas fueron incubadas con anticuerpos contra IFITM1 (Grupo Proteintech Cat# 60074-1-Ig Lot# RRID:AB_2233405), IFITM2, IFITM3 (Grupo Proteintech Cat# 66081-1-Ig Lot# RRID:AB_11182821), y β-actina (Proteintech, Wuhan, Hubei, China) o HTVN NP (proporcionado por el Departamento de Microbiología, la Cuarta Universidad Médica Militar) durante la noche a 4°C. Las membranas fueron luego lavadas e incubadas con anticuerpo IgG (Tecnología de Señalización Celular, Danvers, MA, EE.UU.) Las manchas fueron desarrolladas utilizando un kit mejorado de detección de quimioluminiscencia (Millipore, Billerica, MA, USA) y visualizadas con película de rayos X. Las densidades de blot fueron analizadas con el software Quantity One (Bio-Rad, Hércules, CA, USA). Además, el búfer RIPA contiene 50mM Tris (pH = 7,4), 150 mM NaCl, 1% Triton X-100, 1% desoxicholato de sodio, 0,1% SDS. Se añadió un cóctel inhibidor de proteasa (Roche, Basel, Suiza) antes de su uso. Las células fueron cultivadas en lamas de vidrio (Millipore, Billerica, MA, USA) hasta que fueron semiconfluencia y luego incubadas con HTNV durante 60 min (moi = 1). En los momentos indicados después de la infección por HTVV, las células se fijaron con un 4% de PFA, incubadas con un 0,3% de Triton X-100 (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, USA), y bloqueadas con 5% de BSA durante 1 h. Tras la incubación con un anticuerpo monoclonal de ratón contra c-myc-tag (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, USA, Sigma-Aldrich Cat# M5546), IFITM3, glucoproteína 1 de membrana asociada al lisosoma (LAMP1, Tecnología de Señalización Celular, Danvers, MA, USA), o HTVN NP a 37°C durante 2 h, las células fueron lavadas e incubadas con anti-rabbit Ig conjugada con Alexa 555 y anti-mouse Ig conjugada con Se utilizaron un sistema de microscopio de fluorescencia Olympus BX51 y un sistema de microscopía confocal FV1000 (Olympus, Tokio, Japón) para capturar las imágenes. Ensayo de unión y entrada hTnV Las células transducidas con IFITM3 o el vector vacío fueron desprendidas y lavadas extensamente con PBS fríos. Las células y HTVV fueron pre-refrigeradas sobre hielo durante 30 min, mezcladas a un moi de 1 e incubadas a 4°C durante 1 h con rotación. Parte de las células fueron lavadas extensamente con PBS frío-hielo y recolectadas para el ensayo de unión. Otra parte de las células fueron cambiadas a 37°C durante 2 h para permitir la entrada HTVV. El HTNV que permanecía en la superficie celular fue eliminado mediante tratamiento con proteinasa K (0, Para lograr la entrada directa de HTNV en las células por fusión de la membrana viral-plasma como control positivo, las células fueron pre-refrigeradas sobre hielo durante 10 min con 20 mM NH4Cl. La adsorción de HTNV (moi = 1) se realizó a 4°C durante 1 h. Las células fueron luego lavadas, y la fusión del virus con la membrana plasmática se desencadenó por incubación en medio bajo pH (20 mM succinato de sodio, pH = 5.5) durante 10 min a 37°C. La infección fue seguida por incubación durante 2 h a 37°C en presencia de 20 mM NH4Cl (26). El análisis de qPCR del segmento HTNV S se realizó para evaluar la influencia de IFITMs en la adhesión de células HTNV y la entrada de HTNV. Todos los Para el análisis de asociación del alelo y el genotipo rs12252 se utilizó la prueba exacta de Fisher, se utilizaron muestras independientes t-tests para datos normalmente distribuidos, se determinaron diferencias entre grupos mediante análisis de varianza en un solo sentido (ANOVA) con medidas repetidas, seguidas de la prueba post hoc de Bonferroni. P < 0,05 se consideró estadísticamente significativo, se examinó la relación entre el alelo y el genotipo cc iFiTM3 snP rs12252 c asociado con enfermedad grave de hFrs y una carga de plasma hTnV más altaPara determinar la significación clínica de IFITM3 SNP en infección por HTNV, se examinó la relación entre rs12252 SNP y la gravedad del HFRS en 69 pacientes. La secuenciación de 300 pb del locus IFITM3 abarcando SNP rs12252 en todos los pacientes incluidos. Luego, estratificamos a estos pacientes en leves y graves, según la evaluación clínica que se describe en la sección "Material y Métodos". Encontramos una frecuencia significativamente mayor del alelo C entre los pacientes con HFRS grave en comparación con el Han chino sano en la base de datos de secuencia de 1.000 genomas (68,29 vs. 52,16%, P = 0,0076). La frecuencia de rs12252 C en pacientes graves también fue mayor que los pacientes leves (68,29 vs. 46,43%, P = 0,013, Figuras 1A,B; Tabla 2 ). Estos datos sugieren que albergar rs12252 C alle aumenta el riesgo de sufrir enfermedad grave en individuos infectados por HTNV, con una proporción de probabilidades (IC Para los genotipos, el 43,90% de los pacientes graves tenían el genotipo CC, una frecuencia significativamente mayor que la base de datos de secuencias de genomas Han Chinese por 1.000 (genotipo CC 26,92%, P = 0,03), así como pacientes levemente infectados (14,29%, P = 0,02, Figuras 1A,B; Tabla 2 ). Sin embargo, individuos levemente enfermos no exhibieron una prueba exacta de Fisher para probar la asociación entre el alelo/genotipo rs12252 y la gravedad del HFRS. c) La carga de NVHT plasmática en pacientes con genotipo CC y pacientes con genotipo TC/TT, probada por el análisis qRCR. Cada símbolo representa a un paciente individual. Se utilizó una prueba t de muestras independientes para comprobar la diferencia de la carga NVHT entre grupos. *P Además, también se encontró que los pacientes con genotipo CC tenían mayor carga viral plasmática en fase aguda (Figura 1C). Estos resultados apoyan la noción de que la función normal de IFITM3 juega un papel crítico en la respuesta inmune a la infección por NHTV in vivo, lo que tiene una influencia sustancial en la manifestación clínica de HFRS. Estudios previos revelan que la proteína truncada IFITM3 producida por SNP rs12252 alelo C (Figura 2A, la parte faltante representa los 21 aminoácidos truncados de N-terminal de IFITM3, la hélice intramembrana y la hélice transmembrana se presentaron como cajas) conduce a una actividad anti-influenza deteriorada (14). Para probar la significación funcional de este polimorfismo en la infección por NHTV, transfectamos los alelos mayoritarios T o minoritarios C de la variante IFITM3 que producen proteínas truncadas de longitud completa o N-terminal (NΔ21) (Figura 2A) con c-mic-tag a la célula HUVEC y A549 usando vectores de lentivirus (Figura 2B). Luego, desafiamos las células con NHTV a moi = 1 durante 24 h y encontramos que las células con la variante C minoritaria eran más susceptibles a la infección por NHTV con mayor expresión del segmento S de HTVV (Figura 2C) y más positivas de NHTVP (Figura S3 en Material Suplementario). En efecto, en comparación con el control simulado (vector vacío) infectado, la proteína NΔ21 casi perdió la capacidad de inhibir la infección por NHTV tanto en células HUVEC como A549 (Figuras 2C,D ; Figura S3 en Material Suplementario). Para determinar el papel de la infección por NHTV en la inducción de IFITMs, qPCR así como Western blot de IFITMs se realizaron en células HUVEC y A549 (Figuras 3A,B ; Figura S1 en Material Suplementario). Si bien observamos sólo una regulación moderada del aumento de IFITM1, 2 y 3 mRNA y proteína en HUVECs después de más de 24 h postinfección; IFITM1, 2 y 3 mRNA, sin embargo, sólo fueron regulados transitoriamente en células A549 y no causaron ningún cambio significativo Derribamos la expresión IFITM1, 2 y 3 por transfección de sus siRNAs individualmente. El efecto de los siRNAs sobre la expresión de los IFITMs diana fue probado por qPCR en HUVECs (Figura S2 en Material Suplementario), y el efecto del mejor oligo contra cada IFITMs (IFITM1C, IFITM2A, IFITM3B) fue probado por Western blot en A549 (Figura 4A ) y células HuVEC (Figura 4B). Para evaluar el papel de los IFITMs en el efecto anti-HTNV de IFN-α2a, IFITM1, 2 y 3 fueron derribados respectivamente mediante transfecciones de los oligos anteriormente probados durante 12 h, seguidos por el tratamiento IFN-α2a (20 UI Las células fueron luego desafiadas con HTVN (moi = 1) durante 24 h. El segmento HTVN S y los niveles NP fueron significativamente suprimidos en las células HUVEC y A549 en respuesta al tratamiento con IFN-α2a. En particular, el derribo de IFITM3 restauró significativamente los niveles de HTVN S y NP en las células HUVEC y A549. El derribo de IFITM1 también restauró parcialmente el nivel de HTVN en las células A549 (Figuras 4C,D). Estos resultados demuestran que Para evaluar los efectos anti-HTVN de las IFITMs, se probó el efecto de la sobreexpresación de IFITM1, 2 y 3 sobre la infección por HTVN. Las células con marcado c-myc IFITM1, 2 y 3 fueron expresadas tanto en células HUVEC como en A549 (Figura 5A), y las células fueron rebatidas con HTNV (moi = 1) durante 24 h. El segmento HTNV S y los niveles NP fueron suprimidos por la sobreexpresión IFITM3 en células HUVEC (Figuras 5B-D). También fueron suprimidas al expresar IFITM1 e IFITM3 en células A549 (Figuras 5B-D). El efecto inhibidor de IFITM3 fue confirmado por el análisis de inmunofluorescencia de HTNV NP (Figura S3 en Material Suplementario). Estos resultados fueron de acuerdo con los resultados ARNi descritos anteriormente. Para determinar si IFITM3 inhibió la unión o entrada de HTNV, las células HUVEC y A549 fueron incubadas con HTNV (moi = 1) a 4°C durante 1 h, se lavó el virus no unido, y el ARN HTNV recogido en este momento representa el HTNV unido a la superficie celular. Después de la unión del virus, las células se desplazaron a 37°C durante 2 h para permitir la internalización de HTNV, y el ARN HTNV recogido en este momento representa el virus interiorizado celular. Como control positivo para la inhibición de la entrada del virus, incubamos un grupo paralelo de células con HTNV a pH = 5,5 como se describe en la sección "Materiales y Métodos". La expresión de IFITM3 no afectó la unión de HTNV (figura 6A Para dilucidar el mecanismo de la función IFITM3, se investigó la localización subcelular de IFTIM3 en las células del huésped. IFITM3 se encontró parcialmente localizado a LAMP1 + endosomas tardíos en los HUVEC analizados por microscopía confocal (Figura 6C). La colocalización de IFITM3 y LAMP1 + endosomas tardíos también se había encontrado en células A549 (27). Debido a que la transferencia a LAMP1 + endosomas tardíos es un paso necesario para la entrada de HTVV (28), este resultado proporciona una evidencia para el mecanismo anti-HTNV de IFITM3. La regulación mediada por LncRNA y microRNA de IFITM3 ha sido reportada en varios estudios. Se probó el cambio de reguladores previamente reportados de IFITMs, tales como NRAV, NRIR y miR-130a después de la infección por HTVN, entre los cuales el NRIR fue el único modificado (desregulado) después de la infección por HTVN (Figura 7A ; Figura S4 en Material Suplementario) en HUVEC. Sin embargo, la expresión de NRIR no se modificó en las células A549. sobreexpresamos el NRIR en las células HUVEC y A549 utilizando el vector pcDNA3.1 (Figura 7B). Es importante destacar que la sobreexpresión de NRIR suprimió significativamente los niveles de ARNm IFITM3 y pre-mRNA y facilitó la infección por HTVN en las células HUVEC y A549 (Figuras 7C- El virus Hantaan es un virus de ARN envuelto, de sentido negativo del género Hantavirus dentro de la familia Bunyaviridae. Causa HFRS, que es una amenaza importante para la salud pública en todo el mundo. También es un arma potencial para el terrorismo biológico. Los animales de reserva, generalmente roedores, son asintomáticos durante la infección persistente. A diferencia de los roedores, la infección por Hantavirus conduce a HFRS y síndrome pulmonar de Hantavirus (HPS) en los seres humanos (21). Las principales características clínicas del HFRS incluyen fiebre, hemorragia, hipotensión y lesión renal (1, 21), causando manifestaciones graves y muerte en algunos casos. El estándar actual de atención del HFRS se basa en el tratamiento sintomático y de apoyo. Se ha confirmado que la carga viral plasmática está asociada con la gravedad del HFRS, implicando la importancia de la viremia en la patogénesis del H Sin embargo, en la actualidad no se dispone de medicamentos antivirales directos para esta enfermedad. El interferón es la molécula clave para la respuesta antiviral y se ha utilizado como medicamento antiviral en muchas enfermedades. Se ha informado que la infección por HTNV induce una respuesta tardía de interferón tipo I (16). Sin embargo, el conjunto de ISG necesarios para la inhibición mediada por IFN de HTNV todavía no se ha identificado. Por lo tanto, la identificación de ISG que son eficaces contra HTNV es una estrategia atractiva para identificar nuevos objetivos terapéuticos. En este estudio, se demostró una frecuencia significativamente alta de los rs12252 alelos C y genotipo CC entre los pacientes con HFRS con enfermedad grave en comparación con los individuos levemente infectados y los chinos sanos Han. El alelo C y el genotipo CC rs12252 también se encuentran asociados con una mayor carga También descubrimos que la infección por HTNV induce IFITMs, y el alelo IFITM3 truncado producido por rs12252 C presenta una disminución significativa de la actividad anti-HTNV. Curiosamente, se encuentra que IFITM3 restringe la infección por HTNV con un mecanismo de inhibición de la entrada celular. De hecho, IFITM3 se encuentra localizado al endosoma tardío en las células huésped, que es una estructura necesaria para la entrada de HTNV. Además, encontramos que la infección por HTNV rincrregulada NRIR 48 h después de la infección, que regula negativamente la transcripción de IFITM3. Colectivamente, estos resultados sugieren que IFITM3, regulada por NRIR, inhibe la infección por HTNV, y su SNP rs12252 se correlaciona con la gravedad de la enfermedad y la carga viral Las propiedades antivirales de las proteínas IFITM se identificaron en 2009 en una pantalla de ARNi para los factores huéspedes que influyen en la replicación del virus de la gripe (29). IFITM1, 2 y 3 han demostrado poseer actividad antiviral en varios estudios. Everitt et al. demostraron que la gravedad de la infección por el virus de la gripe aumentó considerablemente en ratones IFITM3-knockout en comparación con animales salvajes (15). También se ha confirmado que diferentes miembros de IFITM inhiben la entrada celular de varias familias de virus (incluyendo filovirus, rabdovirus y flavivirus) (7, (9) (10) (11) 30). Por ejemplo, la infección por VIH-1 y VHC son inhibidas por IFITM1 (31) (32) (33) (34). Se cree comúnmente que los IFITM restringen la infección viral en la etapa de entrada celular (12 Estudios recientes sugieren que la ubicación celular de diferentes IFITMs puede influir en el rango de virus restringidos por cada proteína (5). IFITM1 impide la entrada del VHC porque colocaliza con CD81 en la membrana celular, interrumpiendo la endocitosis de partículas del VHC (32), mientras que IFITM3 limita el virus de la gripe en compartimentos endosómicos acidificados (27). En particular, las partículas del subvirus retrovirus (ISVPs), que no requieren acidificación endosomal para la entrada, no son inhibidas por la expresión IFITM3, lo que sugiere que IFITM3 puede funcionar en la etapa de entrada endosomal (35). Estudios que utilizan análisis de fusión de células celulares han sugerido que IFITM3 bloquea la entrada del virus envuelto al prevenir la fusión de la membrana viral con una membrana limitante de la célula Los resultados obtenidos mediante escaneo láser de dos fotones e imágenes de por vida de fluorescencia (FLIM) sugieren que las proteínas IFITM pueden reducir la fluidez de la membrana y aumentar la curvatura positiva espontánea en el prospecto exterior de membranas (36). En el presente estudio, demostramos que IFN-α2a (20 U/ ml) inhibió significativamente la infección por HTVV, el agotamiento mediado por siRNA de IFITM3 solo mitigó significativamente el efecto antiviral de IFN-α2a tanto en células HUVEC como A549, mientras que el agotamiento de IFITM1 solo alivió el efecto antiviral de IFN-α2a en células A549. La sobreexpresión de la infección por HTVV IFITM3 inhibió las células HUVEC y A549. La sobreexpresión IFITM1 también fue eficaz en Todos estos resultados sugieren que IFITM3 es un factor de control importante bajo infección natural de HTVV. Nuestros resultados también demuestran que la efectividad de IFITM3 es celular independiente, lo que está de acuerdo con los resultados de virus similares, como RVFV (18). Ensayos de unión y entrada, realizados mediante el control de la temperatura y el pH, mostraron que IFITM3 no influyó significativamente en la unión de HTVV pero inhibió la entrada de HTVV en células HUVEC y A549. De hecho, IFITM3 se localiza parcialmente al endosoma tardío de las células huésped, que es un sitio necesario para la entrada de HTVV. Sin embargo, fallamos en el seguimiento del transporte de HTVV en células infectadas posiblemente debido a la falta de virus marcado por fluorescencia. Además, IFITM1 también suprimió la infección por HTVV en Según un estudio reciente sobre la estructura tridimensional de IFITM3, hay una transmembrana C-terminal α-hélice y una intramembrana dos-N-terminal α-hélices (mostrada en la Figura 2A como cajas negras) en IFITM3 (14). Hay dos variantes de empalme que difieren por la presencia o ausencia de los primeros N-terminal 21 aminoácidos (parte suprimida, mostrada en la Figura 2A como línea punteada roja). Varios SNPs incluyendo 13 sinónimos, 13 sinónimos, 1 parada en el marco, y 1 aceptación del sitio del empalme han sido reportados en la secuencia traducida IFITM3 (15, 29). Entre ellos, el raro alelo SNP rs12252C de IFITM3 trunca la proteína como se describe anteriormente, lo que reduce la inhibición de la infección por el virus de la gripe en las células A549 (15). Demostramos que la proteína IFITM3 truncada también pierde la capacidad de inhibir la infección por HTVV in vitro. En los pacientes de Europa del Norte hospitalizados con gripe estacional o virus de la gripe pandémica A, aumentó la homocigosidad del alelo C menor de SNP rs12252 en IFITM3 (37). En los pacientes chinos infectados con el virus de la gripe A (H1N1), también hubo un aumento de la frecuencia del alelo C y el genotipo CC de SNP rs12252 (13). En el presente estudio, observamos un aumento de la frecuencia del alelo C y Los pacientes portadores del genotipo CC también presentaron mayores cargas virales plasmáticas en comparación con los del genotipo CT/TT. Dada la función alterada de la proteína IFITM3 producida por la mutación C, y el hecho de que el enriquecimiento del alelo rs12252 C en pacientes con enfermedad grave y la mayor carga viral en pacientes con genotipo CC, esta fundación sugiere que el IFITM3 juega un papel fundamental en la respuesta anti-VHT in vivo. Especulamos que el nivel mucho más alto de alelo CC en la población sana de Han China en comparación con los caucásicos puede colocar a los chinos en un mayor riesgo de desarrollar enfermedades graves sobre la infección por NVHT, lo que requiere una investigación adicional. Por ejemplo, el lncRNA NEAT1 ha demostrado ser regulado por el virus de la gripe o la estimulación PolyI:C, que promueve la expresión IL-8 (38). lncRNA NRAV ha demostrado regular negativamente la transcripción inicial de IFITM3 y Mx1 al afectar la modificación histona de estos genes (25). lncRNA NRIR es un ISG no codificante, que se ha reportado regular negativamente la expresión IFITM1 y Mx1 en infección por VHC (20). Mir-130a también fue reportado como un regulador de IFITM1 (23). En este análisis, lncRNA NRIR fue regulado en HUVECs después de la infección por HTVV durante 48 h, la sobreexpresión de NRIR regula negativamente la transcripción inicial de IFITM3, evidenciada por la disminución de los niveles pre-mRNA así como mRNA La sobreexpresión NRIR también facilitó la infección por NHTV. Estos resultados indican que la regulación de la NRIR después de la infección por NHT está posiblemente involucrada en la activación de las respuestas inmunes innatas contra la infección por NHTV. También hemos evaluado otros reguladores potenciales de IFITM3 antes de elegir NRIR para un estudio posterior. Otro ARNn que puede regular IFITM3, es decir, NRAV (NR_038854), se mantuvo inalterado después de la infección por NHTV (Figuras S4A,B en Material Suplementario). Además, miR-130a, que potencialmente regula IFITM3, también no se alteró después de la infección por NHTV (Figuras S4C,D en Material Suplementario). En conclusión, este estudio reveló un papel crítico para IFITM3 en la infección por NHTV. Demostramos, por primera vez a nuestro conocimiento, que el IFITM3 es un ISG anti-HTNV recién identificado; su expresión está regulada negativamente por el NRIR; y su actividad antiviral parece a través de un mecanismo de inhibición de la entrada del virus en las células huésped. Además, descubrimos que el alelo y el genotipo del IFITM3 SNP rs12252 C se correlacionan con la carga de HTVV en plasma y la gravedad del HFRS; y el alelo del rs12252 C produce una proteína IFITM3 truncada (NΔ21) que atenúa su función anti-HTNV. Estos resultados proporcionan nuevas percepciones sobre el papel del IFITM3 en la regulación de la inmunidad innata contra la infección por HTLV, que es la base para identificar nuevos objetivos para desarrollar agentes novedosos contra esta enfermedad infecciosa en aUThOr cOnTribUTiOns ZX-y, BP-y, YC-t y MH-w realizaron los experimentos; WP-z, BX-f, LY-f, ZY y JZ-s diseñaron la investigación; HC-x, YW y WX analizaron los datos; TK y ZC-m proporcionaron datos clínicos; ZX-y y BP-y escribieron el artículo.

¿Qué condición clínica es causada por el virus Hantaan?

La proteína transmembrana inducida por interferón 3 inhibe la infección por el virus de Hantaan y su polimorfismo nucleótido único rs12252 Influye en la gravedad de la fiebre hemorrágica con síndrome renalhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5206578/SHA: 4328e18bdf9b52875c87f3f5ddb1911636a192d2Autores: Xu-yang, Zheng; Pei-yu, Bian; Chuan-tao, Ye; Wei, Ye; Hong-wei, Ma; Kang, Tang; Chun-mei, Zhang; Ying-feng, Lei; Xin, Wei; Ping-zhong, Wang; Chang-xing, Huang Los estudios anteriores han identificado las proteínas transmembranas inducidas por interferón (IFITM) como una familia de genes estimulados por interferón. Sin embargo, el papel de los IFITM en la infección por NVHT no está claro. En este estudio, observamos que los polimorfismos mononucleótidos IFITM3 (SNP) rs12252 C alelo y genotipo CC asociados con la gravedad de la enfermedad y la carga de NVHT en el plasma de los pacientes con HFRS. Los experimentos in vitro mostraron que la proteína truncada producida por el alelo rs12252 C presentaba una actividad anti-NVHT alterada. También demostramos que IFITM3 fue capaz de inhibir la infección por NVHT tanto en células HUVEC como A549 por sobreexpresión y ensayos de ARNi, probablemente a través de un mecanismo de Además, se demostró que la transcripción del IFITM3 está regulada negativamente por un regulador negativo del INCRNA de la respuesta al interferón (NRIR). Tomado en conjunto, se concluye que el IFITM3, regulado negativamente por el NRIR, inhibe la infección por HTNV, y su SNP rs12252 se correlaciona con la carga plasmática de HTNV y la gravedad de la enfermedad de los pacientes con HFRS. Texto: asociado con la gravedad de la enfermedad, indicando la importancia de la viremia en la patogénesis del HFRS (2). Por lo tanto, estudios adicionales de factores de huésped que limitan la infección por HTNV e influyen en la respuesta antiviral así como la progresión de la enfermedad son clínicamente significativos y oportunos. La familia humana de proteínas transmembranas inducidas por interferón (IFITMs) fue descubierta hace 25 años para consistir en genes estimulados por Esta familia incluye cinco miembros, a saber, IFITM1, 2, 3, 5 y 10, entre los cuales IFITM1, 2 y 3 poseen actividad antiviral (4). Diferentes proteínas IFITM tienen espectro antiviral diferente (5). Por ejemplo, IFITM3 ha demostrado prevenir la infección por el virus de la gripe in vitro y en ratones (6, 7), y también inhibe múltiples virus, incluyendo filovirus, rabdovirus, flavivirus, e incluso virus Ébola y Zika (7) (8) (9) (10) (11). El mecanismo antiviral de IFITM3 se cree que es la restricción de la entrada viral en las células (4, 12). Los polimorfismos de nucleótido único (SNPs) son variaciones únicas de nucleótidos en una secuencia genética que ocurren a una frecuencia apreciable en la población. Varios SNPs han sido identificados en IFITM3, entre los cuales el sitio con alelo C rs12252 resulta en una truncación N-terminal de la proteína IFITM3, lo que conduce a una inhibición alterada del virus de la gripe in vitro (13, 14). En particular, las frecuencias de alelo C rs12252 y genotipo CC se correlacionan con la gravedad de la enfermedad en pacientes infectados con el virus de la gripe (13, 15). Se ha demostrado que el HTNV induce una respuesta de interferón tipo I (aunque en el tiempo posterior a la infección) (16, 17). Si bien la sobreexpresión de las células IFITM1, 2 y 3 de Vero E6 sigue siendo desconocida en las células Vero E6 para inhibir la infección por HTNV (18), sin embargo, el efecto de los IFITMs sobre la El LncRNA comprende un grupo de ARNs no codificantes de más de 200 nt que funcionan como reguladores genéticos. Se ha demostrado que algunos lncRNAs desempeñan un papel en la inmunidad innata (19). Entre ellos, el regulador negativo de la respuesta al interferón (NRIR) (INCRNA NRIR, también conocido como lncRNA-CMPK2) es un ISG no codificante que regula negativamente la expresión IFITM1 y Mx1 en la infección por VHC (20). En particular, el IFITM3 es en gran medida homólogo del IFITM1, pero el papel del NRIR en la regulación del IFITM3 en la infección por NHT sigue sin estar claro. En el presente estudio, investigamos el efecto del IFTTM3 en la replicación del HTNV y su papel en el desarrollo del HFRS en humanos. Proveemos evidencia primaria que sugiere que el IFITM3, regulado por el NRIR, puede inhibir la infección por HTNV y su SNP rs12252 se correlaciona con la gravedad de la enfermedad y la carga viral en pacientes con HFRS. Este estudio amplía nuestra comprensión de la actividad antiviral del IFITM3 y enriquece nuestro conocimiento de las respuestas inmunes innatas a la infección por HTNV. Este estudio se realizó de acuerdo con las recomendaciones de las guías de investigación biomédica en las que participan participantes humanos establecidas por la Comisión Nacional de Salud y Planificación Familiar de China. El Comité de Ética Institucional del Hospital de Tangdu aprobó este estudio. Todos los sujetos dieron consentimiento informado por escrito de acuerdo con la Declaración de Helsinki. Antes de la inclusión, todos los participantes fueron informados de los objetivos del estudio y firmaron el formulario de consentimiento antes de obtener muestras de sangre y registros médicos. El diagnóstico de HFRS se basó en los síntomas y signos típicos, así como en anticuerpos IgM e IgG positivos frente a la NVHT en el suero evaluado por el ensayo inmunosorbente vinculado a enzimas (ELISA) en nuestro departamento. La clasificación de la gravedad de HFRS y los criterios de exclusión fueron descritos de la siguiente manera (21): glóbulos blancos (WBC), plaquetas (PLT), nitrógeno de urea sanguínea (BUN), creatinina sérica (Scr) y linfocitos heteromórficos que fueron probados por el Departamento de Laboratorio Clínico (mostrados en la Tabla 1 ). De acuerdo con los síntomas y signos clínicos, tales como fiebre, derrame, hemorragia, edema y función renal, la gravedad del HFRS puede clasificarse como previamente descrito (21): 1) pacientes leves fueron identificados con insuficiencia renal leve sin una etapa oligúrgica obvia; 2) pacientes moderados fueron aquellos con síntomas obvios de uremia, derrame (conjuntiva bulbar), hemorragia (piel y membrana mucosa) e insuficiencia renal con una etapa oligúrica típica; 3) pacientes graves tuvieron uremia grave, derrame (conjuntiva bulbar y <50 ml/día) durante ≤2 días; y 4) pacientes críticos presentaron ≥1 de los siguientes signos durante la enfermedad: shock refractario, hemorragia visceral, insuficiencia cardíaca, edema cerebral, infección secundaria y pérdida grave de la piel, de la piel y de la mucosa, de la oliguria (50 ml/día) durante ≤5 Debido a la cantidad de la muestra requerida para la mecanografía del SNP, los pacientes leves y moderados fueron evaluados juntos en el grupo leve, y combinamos pacientes graves y críticos como grupo severo. Los criterios de exclusión para este estudio fueron los siguientes: (1) cualquier otra enfermedad renal, (2) diabetes mellitus, (3) enfermedad autoinmune, (4) enfermedad hematológica, (5) enfermedad cardiovascular, (6) hepatitis viral (tipos A, B, C, D o E) o (7) cualquier otra enfermedad hepática. Además, ningún paciente recibió corticosteroides u otros fármacos inmunomoduladores durante el período del estudio (21). El ADN genómico se extrajo de la sangre periférica de los pacientes utilizando el kit de aislamiento del ADN de PureGene (Gentra Systems, Minneapolis, MN, EE.UU.). La región que abarca el IFITM3 humano rs12252 fue amplificada por PCR (primario delantero, 5′-GGAAACTGTTGAGAAACCGAA-3′ y primer inverso, 5′-CATACGCACCTTCACGAGT-3′). Los productos PCR fueron purificados y secuenciados utilizando un analizador de ADN de Biosistemas Aplicados 3730xl (Thermo Scientific, Waltham, MA, EE.UU.). Las frecuencias de alelos y genotipos de Han China saludable y otros grupos se obtuvieron a partir del proyecto de 1.000 genomas (http:// www.1000genomes.org). La carga de HTVV en muestras de plasma (recogidas durante la fase aguda) de 24 pacientes HFRS de edad y sexo con diferentes genotipos se midieron utilizando métodos notificados previamente (2). Brevemente, el ARN viral se extrajo del plasma de pacientes con HFRS utilizando kits de ARN/ADN viral Purelink (Invitrogen, Carlsbad, CA, EE.UU.). El kit de sistema RT-PCR cuantificativo Platinum One-Step (Invitrogen, Carlsbad, CA, EE.UU.) fue empleado para el ensayo RT-PCR en tiempo real. Los imprimadores y sonda (proporcionados por Sangon Biotech, Shanghai, China) fueron los siguientes: adelante, 5′-TACAGAGGGAAATCAATGCC-3′, reverso, 5′-TGTTCAACTCATCTGATCCTT-3′, y sonda, 5′-(FAM) ATCCCTCACCTTCTCTCGCGCTTATCTC (TAMRA)-3′. Se utilizó como calibrador cuantitativo el segmento sintético S de la cepa estándar HTNV 76-118 ARN transcrita. El estándar externo fue el sobrenadante de cultivo de células Vero E6 infectadas con HTNV 76-118, que fue cuantificado utilizando calibradores cuantitativos sintéticos. Para cada experimento, se extrajo un alícuota de estándar calibrado 76-118 en paralelo con las muestras clínicas y se diluyó en serie 10 veces con concentraciones que iban de 10,56 a 2,56 log10 copias/ml. PCR se realizó utilizando un Ciclor iQ5 (Bio-Rad, Hércules, CA, EE.UU.) con las siguientes condiciones: 42°C durante 15 min, 95°C durante 2 min, y 50 ciclos de 15 s a 95°C, 30 s a 53°C y 30 s a 72°C. La Las células HUVEC (ScienCell Research Laboratories, Carlsbad, CA, USA) fueron cultivadas en ECM BulletKit (ScienCell Research Laboratories, Carlsbad, CA, USA) en una incubadora de CO2 al 5%. Las células A549 (ATCC Cat# CRM-CCL-185, RRID:CVCL_0023) fueron cultivadas en nuestro laboratorio en DMEM con 10% FBS (Thermo Scientific, Waltham, MA, USA) en una incubadora de CO2 al 5%. Las células fueron utilizadas dentro del paso 10 después del cultivo primario. La cepa HTNV 76-118 fue cultivada en células Vero E6 (ATCC Cat# CRL-1586, RRID:CCL_0574) en nuestro laboratorio y tituladas utilizando un ensayo de tinción de inmunofluorescencia para El TCID50 fue de 10 5 /ml, que se calculó utilizando el método Reed-Muench. La IFN-α2a humana recombinante se obtuvo de PBL Interferon Source (Piscataway, NJ, EE.UU.) y se disolvió en el tampón proporcionado por el fabricante (composición no revelada). Las células HUVEC y A549 fueron infectadas por incubación con HTVV como moi indicado a 37°C durante 60 minutos. Posteriormente, la solución del virus fue removida y se añadió un medio fresco al cultivo celular. Las células fueron transfectadas con vectores lentivirales de C-Myc-tagged IFITM1, IFITM2, IFITM3 e IFITM3 NΔ21 (comprado de GENECHEM, Shanghai, China) en un moi de 10. Se utilizó la puromycin (2 μg/ ml para HUVEC y 6 μg/ml para células A549) para crear líneas celulares que expresaban los IFITM de forma estable. Las células fueron transfectadas con ARN de interferencia corta (siRNA), IFITM1 siRNA, IFITM2 siRNA, o IFITM3 siRNA (10 nM) usando reactivo de transfección de Lipofectamine 3000 (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA). Los siRNAs fueron comprados a Orígene (Rockville, MD, USA), y las secuencias no fueron reveladas. El ARN total fue extraído usando reactivo de TRIzol (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA), y cDNA fue sintetizado usando el kit K1622 (Thermo Scientific, Waltham, MA, USA). La PCR cuantitativa en tiempo real (qPCR) se realizó utilizando SYBR Premix Ex Taq II (Takara Biotechnology Co., Dalian, China) con un ciclor Bio-Rad iQ5 (Bio-Rad, Hércules, CA, EE.UU.). Los primeros (Sangon Biotech, Shanghai, China) eran los siguientes: IFITM1 (a continuación, 5′-ACTCCGTGAAGTCTAGGGACA-3′ e inversa, 5′-TGTACAGAGAGAGAGATACCAG-3′); IFITM2 (a continuación, 5′-ATCGCGCGACACCAT-3′ e inversa, 5′-TGTCCCTAGACTTCAGAGAGAGGA-3′); IFITM3 premRNA (a continuación, 5′-CATAGCGCGCGCTACCAT-3′ e inversa, 5′-CGGCCAACCTCTCTCTGGGG-3′); HHTTM3 premRNA (a continuación, 5′-GCCGAGACGGGGG-3′ e inversa, 5′-CGGCCATCTCTCTCTCTCTCTGGG-3′); S seg Para la detección de miR-130a, cDNA fue sintetizado usando el kit de transcripción inversa de microRNA de TaqMan (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) con un imprimador específico en el kit de ensayo de TaqMan específico para el gen (000454, Invitrogen, Carlsbad, CA, USA). El nivel de MiR-130a fue determinado usando el kit de ensayo de TaqMan específico para el gen (000454, Invitrogen, Carlsbad, CA, USA). U6 (001973, Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) fue usado como un control endógeno (23). Debido a que los niveles de pre-mRNA pueden representar la tasa de transcripción inicial (24), los imprimadores utilizados para detectar el pre-mRNA de IFITM3 fueron diseñados para el intron de I IFITM3 tiene dos exones y un intron. Para qPCR de IFITM3 pre-mRNA, los imprimadores delanteros fueron posicionados en el intron, y el imprimador inverso fue posicionado al principio del segundo exon (24). Debido a que la expresión basal de IFITM3 es baja en las células A549, detectamos IFITM3 mRNA y pre-mRNA en las células A549 después del tratamiento con IFN-α2a (20 UI/ml durante 12 h) después de la sobreexpresión de NRIR. Los lisatos celulares fueron preparados utilizando el tampón Radio Inmunoprecipitation Assay (RIPA) (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, EE.UU.). Cantidades iguales de proteína (20 μg de proteína/lana) fueron electroforizadas en un gel de 10%-SDS-poliacrilamida y transferidas electroforéticamente a una membrana de difluoruro de polivinilideno (Millipore, Billerica, MA, EE.UU.). Después de bloquear con 5% de albúmina sérica bovina en solución salina trisbuferada a temperatura ambiente durante 1 h, las membranas fueron incubadas con anticuerpos contra IFITM1 (Grupo Proteintech Cat# 60074-1-Ig Lot# RRID:AB_2233405), IFITM2, IFITM3 (Grupo Proteintech Cat# 66081-1-Ig Lot# RRID:AB_11182821), y β-actina (Proteintech, Wuhan, Hubei, China) o HTVN NP (proporcionado por el Departamento de Microbiología, la Cuarta Universidad Médica Militar) durante la noche a 4°C. Las membranas fueron luego lavadas e incubadas con anticuerpo IgG (Tecnología de Señalización Celular, Danvers, MA, EE.UU.) Las manchas fueron desarrolladas utilizando un kit mejorado de detección de quimioluminiscencia (Millipore, Billerica, MA, USA) y visualizadas con película de rayos X. Las densidades de blot fueron analizadas con el software Quantity One (Bio-Rad, Hércules, CA, USA). Además, el búfer RIPA contiene 50mM Tris (pH = 7,4), 150 mM NaCl, 1% Triton X-100, 1% desoxicholato de sodio, 0,1% SDS. Se añadió un cóctel inhibidor de proteasa (Roche, Basel, Suiza) antes de su uso. Las células fueron cultivadas en lamas de vidrio (Millipore, Billerica, MA, USA) hasta que fueron semiconfluencia y luego incubadas con HTNV durante 60 min (moi = 1). En los momentos indicados después de la infección por HTVV, las células se fijaron con un 4% de PFA, incubadas con un 0,3% de Triton X-100 (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, USA), y bloqueadas con 5% de BSA durante 1 h. Tras la incubación con un anticuerpo monoclonal de ratón contra c-myc-tag (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, USA, Sigma-Aldrich Cat# M5546), IFITM3, glucoproteína 1 de membrana asociada al lisosoma (LAMP1, Tecnología de Señalización Celular, Danvers, MA, USA), o HTVN NP a 37°C durante 2 h, las células fueron lavadas e incubadas con anti-rabbit Ig conjugada con Alexa 555 y anti-mouse Ig conjugada con Se utilizaron un sistema de microscopio de fluorescencia Olympus BX51 y un sistema de microscopía confocal FV1000 (Olympus, Tokio, Japón) para capturar las imágenes. Ensayo de unión y entrada hTnV Las células transducidas con IFITM3 o el vector vacío fueron desprendidas y lavadas extensamente con PBS fríos. Las células y HTVV fueron pre-refrigeradas sobre hielo durante 30 min, mezcladas a un moi de 1 e incubadas a 4°C durante 1 h con rotación. Parte de las células fueron lavadas extensamente con PBS frío-hielo y recolectadas para el ensayo de unión. Otra parte de las células fueron cambiadas a 37°C durante 2 h para permitir la entrada HTVV. El HTNV que permanecía en la superficie celular fue eliminado mediante tratamiento con proteinasa K (0, Para lograr la entrada directa de HTNV en las células por fusión de la membrana viral-plasma como control positivo, las células fueron pre-refrigeradas sobre hielo durante 10 min con 20 mM NH4Cl. La adsorción de HTNV (moi = 1) se realizó a 4°C durante 1 h. Las células fueron luego lavadas, y la fusión del virus con la membrana plasmática se desencadenó por incubación en medio bajo pH (20 mM succinato de sodio, pH = 5.5) durante 10 min a 37°C. La infección fue seguida por incubación durante 2 h a 37°C en presencia de 20 mM NH4Cl (26). El análisis de qPCR del segmento HTNV S se realizó para evaluar la influencia de IFITMs en la adhesión de células HTNV y la entrada de HTNV. Todos los Para el análisis de asociación del alelo y el genotipo rs12252 se utilizó la prueba exacta de Fisher, se utilizaron muestras independientes t-tests para datos normalmente distribuidos, se determinaron diferencias entre grupos mediante análisis de varianza en un solo sentido (ANOVA) con medidas repetidas, seguidas de la prueba post hoc de Bonferroni. P < 0,05 se consideró estadísticamente significativo, se examinó la relación entre el alelo y el genotipo cc iFiTM3 snP rs12252 c asociado con enfermedad grave de hFrs y una carga de plasma hTnV más altaPara determinar la significación clínica de IFITM3 SNP en infección por HTNV, se examinó la relación entre rs12252 SNP y la gravedad del HFRS en 69 pacientes. La secuenciación de 300 pb del locus IFITM3 abarcando SNP rs12252 en todos los pacientes incluidos. Luego, estratificamos a estos pacientes en leves y graves, según la evaluación clínica que se describe en la sección "Material y Métodos". Encontramos una frecuencia significativamente mayor del alelo C entre los pacientes con HFRS grave en comparación con el Han chino sano en la base de datos de secuencia de 1.000 genomas (68,29 vs. 52,16%, P = 0,0076). La frecuencia de rs12252 C en pacientes graves también fue mayor que los pacientes leves (68,29 vs. 46,43%, P = 0,013, Figuras 1A,B; Tabla 2 ). Estos datos sugieren que albergar rs12252 C alle aumenta el riesgo de sufrir enfermedad grave en individuos infectados por HTNV, con una proporción de probabilidades (IC Para los genotipos, el 43,90% de los pacientes graves tenían el genotipo CC, una frecuencia significativamente mayor que la base de datos de secuencias de genomas Han Chinese por 1.000 (genotipo CC 26,92%, P = 0,03), así como pacientes levemente infectados (14,29%, P = 0,02, Figuras 1A,B; Tabla 2 ). Sin embargo, individuos levemente enfermos no exhibieron una prueba exacta de Fisher para probar la asociación entre el alelo/genotipo rs12252 y la gravedad del HFRS. c) La carga de NVHT plasmática en pacientes con genotipo CC y pacientes con genotipo TC/TT, probada por el análisis qRCR. Cada símbolo representa a un paciente individual. Se utilizó una prueba t de muestras independientes para comprobar la diferencia de la carga NVHT entre grupos. *P Además, también se encontró que los pacientes con genotipo CC tenían mayor carga viral plasmática en fase aguda (Figura 1C). Estos resultados apoyan la noción de que la función normal de IFITM3 juega un papel crítico en la respuesta inmune a la infección por NHTV in vivo, lo que tiene una influencia sustancial en la manifestación clínica de HFRS. Estudios previos revelan que la proteína truncada IFITM3 producida por SNP rs12252 alelo C (Figura 2A, la parte faltante representa los 21 aminoácidos truncados de N-terminal de IFITM3, la hélice intramembrana y la hélice transmembrana se presentaron como cajas) conduce a una actividad anti-influenza deteriorada (14). Para probar la significación funcional de este polimorfismo en la infección por NHTV, transfectamos los alelos mayoritarios T o minoritarios C de la variante IFITM3 que producen proteínas truncadas de longitud completa o N-terminal (NΔ21) (Figura 2A) con c-mic-tag a la célula HUVEC y A549 usando vectores de lentivirus (Figura 2B). Luego, desafiamos las células con NHTV a moi = 1 durante 24 h y encontramos que las células con la variante C minoritaria eran más susceptibles a la infección por NHTV con mayor expresión del segmento S de HTVV (Figura 2C) y más positivas de NHTVP (Figura S3 en Material Suplementario). En efecto, en comparación con el control simulado (vector vacío) infectado, la proteína NΔ21 casi perdió la capacidad de inhibir la infección por NHTV tanto en células HUVEC como A549 (Figuras 2C,D ; Figura S3 en Material Suplementario). Para determinar el papel de la infección por NHTV en la inducción de IFITMs, qPCR así como Western blot de IFITMs se realizaron en células HUVEC y A549 (Figuras 3A,B ; Figura S1 en Material Suplementario). Si bien observamos sólo una regulación moderada del aumento de IFITM1, 2 y 3 mRNA y proteína en HUVECs después de más de 24 h postinfección; IFITM1, 2 y 3 mRNA, sin embargo, sólo fueron regulados transitoriamente en células A549 y no causaron ningún cambio significativo Derribamos la expresión IFITM1, 2 y 3 por transfección de sus siRNAs individualmente. El efecto de los siRNAs sobre la expresión de los IFITMs diana fue probado por qPCR en HUVECs (Figura S2 en Material Suplementario), y el efecto del mejor oligo contra cada IFITMs (IFITM1C, IFITM2A, IFITM3B) fue probado por Western blot en A549 (Figura 4A ) y células HuVEC (Figura 4B). Para evaluar el papel de los IFITMs en el efecto anti-HTNV de IFN-α2a, IFITM1, 2 y 3 fueron derribados respectivamente mediante transfecciones de los oligos anteriormente probados durante 12 h, seguidos por el tratamiento IFN-α2a (20 UI Las células fueron luego desafiadas con HTVV (moi = 1) durante 24 h. El segmento HTVV S y los niveles NP fueron significativamente suprimidos en las células HUVEC y A549 en respuesta al tratamiento con IFN-α2a. En particular, el derribo de IFITM3 restauró significativamente los niveles de HTVV S y NP en las células HUVEC y A549. El derribo de IFITM1 también restauró parcialmente el nivel de HTVV en las células A549 (Figuras 4C,D). Estos resultados demuestran que Para evaluar los efectos anti-HTVV de las IFITMs, se probó el efecto de la sobreexpresación de IFITM1, 2 y 3 sobre la infección por HTVV. Las células con marcado c-myc IFITM1, 2 y 3 fueron expresadas tanto en células HUVEC como en A549 (Figura 5A), y las células fueron rebatidas con HTNV (moi = 1) durante 24 h. El segmento HTNV S y los niveles NP fueron suprimidos por la sobreexpresión IFITM3 en células HUVEC (Figuras 5B-D). También fueron suprimidas al expresar IFITM1 e IFITM3 en células A549 (Figuras 5B-D). El efecto inhibidor de IFITM3 fue confirmado por el análisis de inmunofluorescencia de HTNV NP (Figura S3 en Material Suplementario). Estos resultados fueron de acuerdo con los resultados ARNi descritos anteriormente. Para determinar si IFITM3 inhibió la unión o entrada de HTNV, las células HUVEC y A549 fueron incubadas con HTNV (moi = 1) a 4°C durante 1 h, se lavó el virus no unido, y el ARN HTNV recogido en este momento representa el HTNV unido a la superficie celular. Después de la unión del virus, las células se desplazaron a 37°C durante 2 h para permitir la internalización de HTNV, y el ARN HTNV recogido en este momento representa el virus interiorizado celular. Como control positivo para la inhibición de la entrada del virus, incubamos un grupo paralelo de células con HTNV a pH = 5,5 como se describe en la sección "Materiales y Métodos". La expresión de IFITM3 no afectó la unión de HTNV (figura 6A Para dilucidar el mecanismo de la función IFITM3, se investigó la localización subcelular de IFTIM3 en las células del huésped. IFITM3 se encontró parcialmente localizado a LAMP1 + endosomas tardíos en los HUVEC analizados por microscopía confocal (Figura 6C). La colocalización de IFITM3 y LAMP1 + endosomas tardíos también se había encontrado en células A549 (27). Debido a que la transferencia a LAMP1 + endosomas tardíos es un paso necesario para la entrada de HTVV (28), este resultado proporciona una evidencia para el mecanismo anti-HTNV de IFITM3. La regulación mediada por LncRNA y microRNA de IFITM3 ha sido reportada en varios estudios. Se probó el cambio de reguladores previamente reportados de IFITMs, tales como NRAV, NRIR y miR-130a después de la infección por HTVN, entre los cuales el NRIR fue el único modificado (desregulado) después de la infección por HTVN (Figura 7A ; Figura S4 en Material Suplementario) en HUVEC. Sin embargo, la expresión de NRIR no se modificó en las células A549. sobreexpresamos el NRIR en las células HUVEC y A549 utilizando el vector pcDNA3.1 (Figura 7B). Es importante destacar que la sobreexpresión de NRIR suprimió significativamente los niveles de ARNm IFITM3 y pre-mRNA y facilitó la infección por HTVN en las células HUVEC y A549 (Figuras 7C- El virus Hantaan es un virus de ARN envuelto, de sentido negativo del género Hantavirus dentro de la familia Bunyaviridae. Causa HFRS, que es una amenaza importante para la salud pública en todo el mundo. También es un arma potencial para el terrorismo biológico. Los animales de reserva, generalmente roedores, son asintomáticos durante la infección persistente. A diferencia de los roedores, la infección por Hantavirus conduce a HFRS y síndrome pulmonar de Hantavirus (HPS) en los seres humanos (21). Las principales características clínicas del HFRS incluyen fiebre, hemorragia, hipotensión y lesión renal (1, 21), causando manifestaciones graves y muerte en algunos casos. El estándar actual de atención del HFRS se basa en el tratamiento sintomático y de apoyo. Se ha confirmado que la carga viral plasmática está asociada con la gravedad del HFRS, implicando la importancia de la viremia en la patogénesis del H Sin embargo, en la actualidad no se dispone de medicamentos antivirales directos para esta enfermedad. El interferón es la molécula clave para la respuesta antiviral y se ha utilizado como medicamento antiviral en muchas enfermedades. Se ha informado que la infección por HTNV induce una respuesta tardía de interferón tipo I (16). Sin embargo, el conjunto de ISG necesarios para la inhibición mediada por IFN de HTNV todavía no se ha identificado. Por lo tanto, la identificación de ISG que son eficaces contra HTNV es una estrategia atractiva para identificar nuevos objetivos terapéuticos. En este estudio, se demostró una frecuencia significativamente alta de los rs12252 alelos C y genotipo CC entre los pacientes con HFRS con enfermedad grave en comparación con los individuos levemente infectados y los chinos sanos Han. El alelo C y el genotipo CC rs12252 también se encuentran asociados con una mayor carga También descubrimos que la infección por HTNV induce IFITMs, y el alelo IFITM3 truncado producido por rs12252 C presenta una disminución significativa de la actividad anti-HTNV. Curiosamente, se encuentra que IFITM3 restringe la infección por HTNV con un mecanismo de inhibición de la entrada celular. De hecho, IFITM3 se encuentra localizado al endosoma tardío en las células huésped, que es una estructura necesaria para la entrada de HTNV. Además, encontramos que la infección por HTNV rincrregulada NRIR 48 h después de la infección, que regula negativamente la transcripción de IFITM3. Colectivamente, estos resultados sugieren que IFITM3, regulada por NRIR, inhibe la infección por HTNV, y su SNP rs12252 se correlaciona con la gravedad de la enfermedad y la carga viral Las propiedades antivirales de las proteínas IFITM se identificaron en 2009 en una pantalla de ARNi para los factores huéspedes que influyen en la replicación del virus de la gripe (29). IFITM1, 2 y 3 han demostrado poseer actividad antiviral en varios estudios. Everitt et al. demostraron que la gravedad de la infección por el virus de la gripe aumentó considerablemente en ratones IFITM3-knockout en comparación con animales salvajes (15). También se ha confirmado que diferentes miembros de IFITM inhiben la entrada celular de varias familias de virus (incluyendo filovirus, rabdovirus y flavivirus) (7, (9) (10) (11) 30). Por ejemplo, la infección por VIH-1 y VHC son inhibidas por IFITM1 (31) (32) (33) (34). Se cree comúnmente que los IFITM restringen la infección viral en la etapa de entrada celular (12 Estudios recientes sugieren que la ubicación celular de diferentes IFITMs puede influir en el rango de virus restringidos por cada proteína (5). IFITM1 impide la entrada del VHC porque colocaliza con CD81 en la membrana celular, interrumpiendo la endocitosis de partículas del VHC (32), mientras que IFITM3 limita el virus de la gripe en compartimentos endosómicos acidificados (27). En particular, las partículas del subvirus retrovirus (ISVPs), que no requieren acidificación endosomal para la entrada, no son inhibidas por la expresión IFITM3, lo que sugiere que IFITM3 puede funcionar en la etapa de entrada endosomal (35). Estudios que utilizan análisis de fusión de células celulares han sugerido que IFITM3 bloquea la entrada del virus envuelto al prevenir la fusión de la membrana viral con una membrana limitante de la célula Los resultados obtenidos mediante escaneo láser de dos fotones e imágenes de por vida de fluorescencia (FLIM) sugieren que las proteínas IFITM pueden reducir la fluidez de la membrana y aumentar la curvatura positiva espontánea en el prospecto exterior de membranas (36). En el presente estudio, demostramos que IFN-α2a (20 U/ ml) inhibió significativamente la infección por HTVV, el agotamiento mediado por siRNA de IFITM3 solo mitigó significativamente el efecto antiviral de IFN-α2a tanto en células HUVEC como A549, mientras que el agotamiento de IFITM1 solo alivió el efecto antiviral de IFN-α2a en células A549. La sobreexpresión de la infección por HTVV IFITM3 inhibió las células HUVEC y A549. La sobreexpresión IFITM1 también fue eficaz en Todos estos resultados sugieren que IFITM3 es un factor de control importante bajo infección natural de HTVV. Nuestros resultados también demuestran que la efectividad de IFITM3 es celular independiente, lo que está de acuerdo con los resultados de virus similares, como RVFV (18). Ensayos de unión y entrada, realizados mediante el control de la temperatura y el pH, mostraron que IFITM3 no influyó significativamente en la unión de HTVV pero inhibió la entrada de HTVV en células HUVEC y A549. De hecho, IFITM3 se localiza parcialmente al endosoma tardío de las células huésped, que es un sitio necesario para la entrada de HTVV. Sin embargo, fallamos en el seguimiento del transporte de HTVV en células infectadas posiblemente debido a la falta de virus marcado por fluorescencia. Además, IFITM1 también suprimió la infección por HTVV en Según un estudio reciente sobre la estructura tridimensional de IFITM3, hay una transmembrana C-terminal α-hélice y una intramembrana dos-N-terminal α-hélices (mostrada en la Figura 2A como cajas negras) en IFITM3 (14). Hay dos variantes de empalme que difieren por la presencia o ausencia de los primeros N-terminal 21 aminoácidos (parte suprimida, mostrada en la Figura 2A como línea punteada roja). Varios SNPs incluyendo 13 sinónimos, 13 sinónimos, 1 parada en el marco, y 1 aceptación del sitio del empalme han sido reportados en la secuencia traducida IFITM3 (15, 29). Entre ellos, el raro alelo SNP rs12252C de IFITM3 trunca la proteína tal como se describe anteriormente, lo que reduce la inhibición de la infección por el virus de la gripe en las células A549 (15). Demostramos que la proteína IFITM3 truncada también pierde la capacidad de inhibir la infección por HTVV in vitro. En los pacientes de Europa del Norte hospitalizados con gripe estacional o virus de gripe pandémica A, aumentó la homocigosidad del alelo C menor de SNP rs12252 en IFITM3 (37). En los pacientes chinos infectados con el virus de la gripe A (H1N1), también hubo un aumento de la frecuencia del alelo C y el genotipo CC de SNP rs12252 (13). En el presente estudio, observamos un aumento de la frecuencia del alelo C y Los pacientes portadores del genotipo CC también presentaron mayores cargas virales plasmáticas en comparación con los del genotipo CT/TT. Dada la función alterada de la proteína IFITM3 producida por la mutación C, y el hecho de que el enriquecimiento del alelo rs12252 C en pacientes con enfermedad grave y la mayor carga viral en pacientes con genotipo CC, esta fundación sugiere que el IFITM3 juega un papel fundamental en la respuesta anti-VHT in vivo. Especulamos que el nivel mucho más alto de alelo CC en la población sana de Han China en comparación con los caucásicos puede colocar a los chinos en un mayor riesgo de desarrollar enfermedades graves sobre la infección por NVHT, lo que requiere una investigación adicional. Por ejemplo, el lncRNA NEAT1 ha demostrado ser regulado por el virus de la gripe o la estimulación PolyI:C, que promueve la expresión IL-8 (38). lncRNA NRAV ha demostrado regular negativamente la transcripción inicial de IFITM3 y Mx1 al afectar la modificación histona de estos genes (25). lncRNA NRIR es un ISG no codificante, que se ha reportado regular negativamente la expresión IFITM1 y Mx1 en infección por VHC (20). Mir-130a también fue reportado como un regulador de IFITM1 (23). En este análisis, lncRNA NRIR fue regulado en HUVECs después de la infección por HTVV durante 48 h, la sobreexpresión de NRIR regula negativamente la transcripción inicial de IFITM3, evidenciada por la disminución de los niveles pre-mRNA así como mRNA La sobreexpresión NRIR también facilitó la infección por NHTV. Estos resultados indican que la regulación de la NRIR después de la infección por NHT está posiblemente involucrada en la activación de las respuestas inmunes innatas contra la infección por NHTV. También hemos evaluado otros reguladores potenciales de IFITM3 antes de elegir NRIR para un estudio posterior. Otro ARNn que puede regular IFITM3, es decir, NRAV (NR_038854), se mantuvo inalterado después de la infección por NHTV (Figuras S4A,B en Material Suplementario). Además, miR-130a, que potencialmente regula IFITM3, también no se alteró después de la infección por NHTV (Figuras S4C,D en Material Suplementario). En conclusión, este estudio reveló un papel crítico para IFITM3 en la infección por NHTV. Demostramos, por primera vez a nuestro conocimiento, que el IFITM3 es un ISG anti-HTNV recién identificado; su expresión está regulada negativamente por el NRIR; y su actividad antiviral parece a través de un mecanismo de inhibición de la entrada del virus en las células huésped. Además, descubrimos que el alelo y el genotipo del IFITM3 SNP rs12252 C se correlacionan con la carga de HTVV en plasma y la gravedad del HFRS; y el alelo del rs12252 C produce una proteína IFITM3 truncada (NΔ21) que atenúa su función anti-HTNV. Estos resultados proporcionan nuevas percepciones sobre el papel del IFITM3 en la regulación de la inmunidad innata contra la infección por HTLV, que es la base para identificar nuevos objetivos para desarrollar agentes novedosos contra esta enfermedad infecciosa en aUThOr cOnTribUTiOns ZX-y, BP-y, YC-t y MH-w realizaron los experimentos; WP-z, BX-f, LY-f, ZY y JZ-s diseñaron la investigación; HC-x, YW y WX analizaron los datos; TK y ZC-m proporcionaron datos clínicos; ZX-y y BP-y escribieron el artículo.

¿Cuál es la estructura del virus Hantaan?

La proteína transmembrana inducida por interferón 3 inhibe la infección por el virus de Hantaan y su polimorfismo nucleótido único rs12252 Influye en la gravedad de la fiebre hemorrágica con síndrome renalhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5206578/SHA: 4328e18bdf9b52875c87f3f5ddb1911636a192d2Autores: Xu-yang, Zheng; Pei-yu, Bian; Chuan-tao, Ye; Wei, Ye; Hong-wei, Ma; Kang, Tang; Chun-mei, Zhang; Ying-feng, Lei; Xin, Wei; Ping-zhong, Wang; Chang-xing, Huang Los estudios anteriores han identificado las proteínas transmembranas inducidas por interferón (IFITM) como una familia de genes estimulados por interferón. Sin embargo, el papel de los IFITM en la infección por NVHT no está claro. En este estudio, observamos que los polimorfismos mononucleótidos IFITM3 (SNP) rs12252 C alelo y genotipo CC asociados con la gravedad de la enfermedad y la carga de NVHT en el plasma de los pacientes con HFRS. Los experimentos in vitro mostraron que la proteína truncada producida por el alelo rs12252 C presentaba una actividad anti-NVHT alterada. También demostramos que IFITM3 fue capaz de inhibir la infección por NVHT tanto en células HUVEC como A549 por sobreexpresión y ensayos de ARNi, probablemente a través de un mecanismo de Además, se demostró que la transcripción del IFITM3 está regulada negativamente por un regulador negativo del INCRNA de la respuesta al interferón (NRIR). Tomado en conjunto, se concluye que el IFITM3, regulado negativamente por el NRIR, inhibe la infección por HTNV, y su SNP rs12252 se correlaciona con la carga plasmática de HTNV y la gravedad de la enfermedad de los pacientes con HFRS. Texto: asociado con la gravedad de la enfermedad, indicando la importancia de la viremia en la patogénesis del HFRS (2). Por lo tanto, estudios adicionales de factores de huésped que limitan la infección por HTNV e influyen en la respuesta antiviral así como la progresión de la enfermedad son clínicamente significativos y oportunos. La familia humana de proteínas transmembranas inducidas por interferón (IFITMs) fue descubierta hace 25 años para consistir en genes estimulados por Esta familia incluye cinco miembros, a saber, IFITM1, 2, 3, 5 y 10, entre los cuales IFITM1, 2 y 3 poseen actividad antiviral (4). Diferentes proteínas IFITM tienen espectro antiviral diferente (5). Por ejemplo, IFITM3 ha demostrado prevenir la infección por el virus de la gripe in vitro y en ratones (6, 7), y también inhibe múltiples virus, incluyendo filovirus, rabdovirus, flavivirus, e incluso virus Ébola y Zika (7) (8) (9) (10) (11). El mecanismo antiviral de IFITM3 se cree que es la restricción de la entrada viral en las células (4, 12). Los polimorfismos de nucleótidos únicos (SNPs) son variaciones únicas de nucleótidos en una secuencia genética que ocurren a una frecuencia apreciable en la población. Varios SNPs han sido identificados en IFITM3, entre los cuales el sitio con alelo C rs12252 resulta en una truncación N-terminal de la proteína IFITM3, lo que conduce a una inhibición alterada del virus de la gripe in vitro (13, 14). En particular, las frecuencias de alelo C rs12252 y genotipo CC se correlacionan con la gravedad de la enfermedad en pacientes infectados con el virus de la gripe (13, 15). Se ha demostrado que el HTNV induce una respuesta de interferón tipo I (aunque en el tiempo posterior a la infección) (16, 17). Si bien la sobreexpresión de las células IFITM1, 2 y 3 de Vero E6 sigue siendo desconocida en las células Vero E6 para inhibir la infección por HTNV (18), sin embargo, el efecto de los IFITMs sobre la El LncRNA comprende un grupo de ARNs no codificantes de más de 200 nt que funcionan como reguladores genéticos. Se ha demostrado que algunos lncRNAs desempeñan un papel en la inmunidad innata (19). Entre ellos, el regulador negativo de la respuesta al interferón (NRIR) (INCRNA NRIR, también conocido como lncRNA-CMPK2) es un ISG no codificante que regula negativamente la expresión IFITM1 y Mx1 en la infección por VHC (20). En particular, el IFITM3 es en gran medida homólogo del IFITM1, pero el papel del NRIR en la regulación del IFITM3 en la infección por NHT sigue sin estar claro. En el presente estudio, investigamos el efecto del IFTTM3 en la replicación del HTNV y su papel en el desarrollo del HFRS en humanos. Proveemos evidencia primaria que sugiere que el IFITM3, regulado por el NRIR, puede inhibir la infección por HTNV y su SNP rs12252 se correlaciona con la gravedad de la enfermedad y la carga viral en pacientes con HFRS. Este estudio amplía nuestra comprensión de la actividad antiviral del IFITM3 y enriquece nuestro conocimiento de las respuestas inmunes innatas a la infección por HTNV. Este estudio se realizó de acuerdo con las recomendaciones de las guías de investigación biomédica en las que participan participantes humanos establecidas por la Comisión Nacional de Salud y Planificación Familiar de China. El Comité de Ética Institucional del Hospital de Tangdu aprobó este estudio. Todos los sujetos dieron consentimiento informado por escrito de acuerdo con la Declaración de Helsinki. Antes de la inclusión, todos los participantes fueron informados de los objetivos del estudio y firmaron el formulario de consentimiento antes de obtener muestras de sangre y registros médicos. El diagnóstico de HFRS se basó en los síntomas y signos típicos, así como en anticuerpos IgM e IgG positivos frente a la NVHT en el suero evaluado por el ensayo inmunosorbente vinculado a enzimas (ELISA) en nuestro departamento. La clasificación de la gravedad de HFRS y los criterios de exclusión fueron descritos de la siguiente manera (21): glóbulos blancos (WBC), plaquetas (PLT), nitrógeno de urea sanguínea (BUN), creatinina sérica (Scr) y linfocitos heteromórficos que fueron probados por el Departamento de Laboratorio Clínico (mostrados en la Tabla 1 ). De acuerdo con los síntomas y signos clínicos, tales como fiebre, derrame, hemorragia, edema y función renal, la gravedad del HFRS puede clasificarse como previamente descrito (21): 1) pacientes leves fueron identificados con insuficiencia renal leve sin una etapa oligúrgica obvia; 2) pacientes moderados fueron aquellos con síntomas obvios de uremia, derrame (conjuntiva bulbar), hemorragia (piel y membrana mucosa) e insuficiencia renal con una etapa oligúrica típica; 3) pacientes graves tuvieron uremia grave, derrame (conjuntiva bulbar y <50 ml/día) durante ≤2 días; y 4) pacientes críticos presentaron ≥1 de los siguientes signos durante la enfermedad: shock refractario, hemorragia visceral, insuficiencia cardíaca, edema cerebral, infección secundaria y pérdida grave de la piel, de la piel y de la mucosa, de la oliguria (50 ml/día) durante ≤5 Debido a la cantidad de la muestra requerida para la mecanografía del SNP, los pacientes leves y moderados fueron evaluados juntos en el grupo leve, y combinamos pacientes graves y críticos como grupo severo. Los criterios de exclusión para este estudio fueron los siguientes: (1) cualquier otra enfermedad renal, (2) diabetes mellitus, (3) enfermedad autoinmune, (4) enfermedad hematológica, (5) enfermedad cardiovascular, (6) hepatitis viral (tipos A, B, C, D o E) o (7) cualquier otra enfermedad hepática. Además, ningún paciente recibió corticosteroides u otros fármacos inmunomoduladores durante el período del estudio (21). El ADN genómico se extrajo de la sangre periférica de los pacientes utilizando el kit de aislamiento del ADN de PureGene (Gentra Systems, Minneapolis, MN, EE.UU.). La región que abarca el IFITM3 humano rs12252 fue amplificada por PCR (primario delantero, 5′-GGAAACTGTTGAGAAACCGAA-3′ y primer inverso, 5′-CATACGCACCTTCACGAGT-3′). Los productos PCR fueron purificados y secuenciados utilizando un analizador de ADN de Biosistemas Aplicados 3730xl (Thermo Scientific, Waltham, MA, EE.UU.). Las frecuencias de alelos y genotipos de Han China saludable y otros grupos se obtuvieron a partir del proyecto de 1.000 genomas (http:// www.1000genomes.org). La carga de HTVV en muestras de plasma (recogidas durante la fase aguda) de 24 pacientes HFRS de edad y sexo con diferentes genotipos se midieron utilizando métodos notificados previamente (2). Brevemente, el ARN viral se extrajo del plasma de pacientes con HFRS utilizando kits de ARN/ADN viral Purelink (Invitrogen, Carlsbad, CA, EE.UU.). El kit de sistema RT-PCR cuantificativo Platinum One-Step (Invitrogen, Carlsbad, CA, EE.UU.) fue empleado para el ensayo RT-PCR en tiempo real. Los imprimadores y sonda (proporcionados por Sangon Biotech, Shanghai, China) fueron los siguientes: adelante, 5′-TACAGAGGGAAATCAATGCC-3′, reverso, 5′-TGTTCAACTCATCTGATCCTT-3′, y sonda, 5′-(FAM) ATCCCTCACCTTCTCTCGCGCTTATCTC (TAMRA)-3′. Se utilizó como calibrador cuantitativo el segmento sintético S de la cepa estándar HTNV 76-118 ARN transcrita. El estándar externo fue el sobrenadante de cultivo de células Vero E6 infectadas con HTNV 76-118, que fue cuantificado utilizando calibradores cuantitativos sintéticos. Para cada experimento, se extrajo un alícuota de estándar calibrado 76-118 en paralelo con las muestras clínicas y se diluyó en serie 10 veces con concentraciones que iban de 10,56 a 2,56 log10 copias/ml. PCR se realizó utilizando un Ciclor iQ5 (Bio-Rad, Hércules, CA, EE.UU.) con las siguientes condiciones: 42°C durante 15 min, 95°C durante 2 min, y 50 ciclos de 15 s a 95°C, 30 s a 53°C y 30 s a 72°C. La Las células HUVEC (ScienCell Research Laboratories, Carlsbad, CA, USA) fueron cultivadas en ECM BulletKit (ScienCell Research Laboratories, Carlsbad, CA, USA) en una incubadora de CO2 al 5%. Las células A549 (ATCC Cat# CRM-CCL-185, RRID:CVCL_0023) fueron cultivadas en nuestro laboratorio en DMEM con 10% FBS (Thermo Scientific, Waltham, MA, USA) en una incubadora de CO2 al 5%. Las células fueron utilizadas dentro del paso 10 después del cultivo primario. La cepa HTNV 76-118 fue cultivada en células Vero E6 (ATCC Cat# CRL-1586, RRID:CCL_0574) en nuestro laboratorio y tituladas utilizando un ensayo de tinción de inmunofluorescencia para El TCID50 fue de 10 5 /ml, que se calculó utilizando el método Reed-Muench. La IFN-α2a humana recombinante se obtuvo de PBL Interferon Source (Piscataway, NJ, EE.UU.) y se disolvió en el tampón proporcionado por el fabricante (composición no revelada). Las células HUVEC y A549 fueron infectadas por incubación con HTVV como moi indicado a 37°C durante 60 minutos. Posteriormente, la solución del virus fue removida y se añadió un medio fresco al cultivo celular. Las células fueron transfectadas con vectores lentivirales de C-Myc-tagged IFITM1, IFITM2, IFITM3 e IFITM3 NΔ21 (comprado de GENECHEM, Shanghai, China) en un moi de 10. Se utilizó la puromycin (2 μg/ ml para HUVEC y 6 μg/ml para células A549) para crear líneas celulares que expresaban los IFITM de forma estable. Las células fueron transfectadas con ARN de interferencia corta (siRNA), IFITM1 siRNA, IFITM2 siRNA, o IFITM3 siRNA (10 nM) usando reactivo de transfección de Lipofectamine 3000 (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA). Los siRNAs fueron comprados a Orígene (Rockville, MD, USA), y las secuencias no fueron reveladas. El ARN total fue extraído usando reactivo de TRIzol (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA), y cDNA fue sintetizado usando el kit K1622 (Thermo Scientific, Waltham, MA, USA). La PCR cuantitativa en tiempo real (qPCR) se realizó utilizando SYBR Premix Ex Taq II (Takara Biotechnology Co., Dalian, China) con un ciclor Bio-Rad iQ5 (Bio-Rad, Hércules, CA, EE.UU.). Los primeros (Sangon Biotech, Shanghai, China) eran los siguientes: IFITM1 (a continuación, 5′-ACTCCGTGAAGTCTAGGGACA-3′ e inversa, 5′-TGTACAGAGAGAGAGATACCAG-3′); IFITM2 (a continuación, 5′-ATCGCGCGACACCAT-3′ e inversa, 5′-TGTCCCTAGACTTCAGAGAGAGGA-3′); IFITM3 premRNA (a continuación, 5′-CATAGCGCGCGCTACCAT-3′ e inversa, 5′-CGGCCAACCTCTCTCTGGGG-3′); HHTTM3 premRNA (a continuación, 5′-GCCGAGACGGGGG-3′ e inversa, 5′-CGGCCATCTCTCTCTCTCTCTGGG-3′); S seg Para la detección de miR-130a, cDNA fue sintetizado usando el kit de transcripción inversa de microRNA de TaqMan (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) con un imprimador específico en el kit de ensayo de TaqMan específico para el gen (000454, Invitrogen, Carlsbad, CA, USA). El nivel de MiR-130a fue determinado usando el kit de ensayo de TaqMan específico para el gen (000454, Invitrogen, Carlsbad, CA, USA). U6 (001973, Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) fue usado como un control endógeno (23). Debido a que los niveles de pre-mRNA pueden representar la tasa de transcripción inicial (24), los imprimadores utilizados para detectar el pre-mRNA de IFITM3 fueron diseñados para el intron de I IFITM3 tiene dos exones y un intron. Para qPCR de IFITM3 pre-mRNA, los imprimadores delanteros fueron posicionados en el intron, y el imprimador inverso fue posicionado al principio del segundo exon (24). Debido a que la expresión basal de IFITM3 es baja en las células A549, detectamos IFITM3 mRNA y pre-mRNA en las células A549 después del tratamiento con IFN-α2a (20 UI/ml durante 12 h) después de la sobreexpresión de NRIR. Los lisatos celulares fueron preparados utilizando el tampón Radio Inmunoprecipitation Assay (RIPA) (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, EE.UU.). Cantidades iguales de proteína (20 μg de proteína/lana) fueron electroforizadas en un gel de 10%-SDS-poliacrilamida y transferidas electroforéticamente a una membrana de difluoruro de polivinilideno (Millipore, Billerica, MA, EE.UU.). Después de bloquear con 5% de albúmina sérica bovina en solución salina trisbuferada a temperatura ambiente durante 1 h, las membranas fueron incubadas con anticuerpos contra IFITM1 (Grupo Proteintech Cat# 60074-1-Ig Lot# RRID:AB_2233405), IFITM2, IFITM3 (Grupo Proteintech Cat# 66081-1-Ig Lot# RRID:AB_11182821), y β-actina (Proteintech, Wuhan, Hubei, China) o HTVN NP (proporcionado por el Departamento de Microbiología, la Cuarta Universidad Médica Militar) durante la noche a 4°C. Las membranas fueron luego lavadas e incubadas con anticuerpo IgG (Tecnología de Señalización Celular, Danvers, MA, EE.UU.) Las manchas fueron desarrolladas utilizando un kit mejorado de detección de quimioluminiscencia (Millipore, Billerica, MA, USA) y visualizadas con película de rayos X. Las densidades de blot fueron analizadas con el software Quantity One (Bio-Rad, Hércules, CA, USA). Además, el búfer RIPA contiene 50mM Tris (pH = 7,4), 150 mM NaCl, 1% Triton X-100, 1% desoxicholato de sodio, 0,1% SDS. Se añadió un cóctel inhibidor de proteasa (Roche, Basel, Suiza) antes de su uso. Las células fueron cultivadas en lamas de vidrio (Millipore, Billerica, MA, USA) hasta que fueron semiconfluencia y luego incubadas con HTNV durante 60 min (moi = 1). En los momentos indicados después de la infección por HTVV, las células se fijaron con un 4% de PFA, incubadas con un 0,3% de Triton X-100 (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, USA), y bloqueadas con 5% de BSA durante 1 h. Tras la incubación con un anticuerpo monoclonal de ratón contra c-myc-tag (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, USA, Sigma-Aldrich Cat# M5546), IFITM3, glucoproteína 1 de membrana asociada al lisosoma (LAMP1, Tecnología de Señalización Celular, Danvers, MA, USA), o HTVN NP a 37°C durante 2 h, las células fueron lavadas e incubadas con anti-rabbit Ig conjugada con Alexa 555 y anti-mouse Ig conjugada con Se utilizaron un sistema de microscopio de fluorescencia Olympus BX51 y un sistema de microscopía confocal FV1000 (Olympus, Tokio, Japón) para capturar las imágenes. Ensayo de unión y entrada hTnV Las células transducidas con IFITM3 o el vector vacío fueron desprendidas y lavadas extensamente con PBS fríos. Las células y HTVV fueron pre-refrigeradas sobre hielo durante 30 min, mezcladas a un moi de 1 e incubadas a 4°C durante 1 h con rotación. Parte de las células fueron lavadas extensamente con PBS frío-hielo y recolectadas para el ensayo de unión. Otra parte de las células fueron cambiadas a 37°C durante 2 h para permitir la entrada HTVV. El HTNV que permanecía en la superficie celular fue eliminado mediante tratamiento con proteinasa K (0, Para lograr la entrada directa de HTNV en las células por fusión de la membrana viral-plasma como control positivo, las células fueron pre-refrigeradas sobre hielo durante 10 min con 20 mM NH4Cl. La adsorción de HTNV (moi = 1) se realizó a 4°C durante 1 h. Las células fueron luego lavadas, y la fusión del virus con la membrana plasmática se desencadenó por incubación en medio bajo pH (20 mM succinato de sodio, pH = 5.5) durante 10 min a 37°C. La infección fue seguida por incubación durante 2 h a 37°C en presencia de 20 mM NH4Cl (26). El análisis de qPCR del segmento HTNV S se realizó para evaluar la influencia de IFITMs en la adhesión de células HTNV y la entrada de HTNV. Todos los Para el análisis de asociación del alelo y el genotipo rs12252 se utilizó la prueba exacta de Fisher, se utilizaron muestras independientes t-tests para datos normalmente distribuidos, se determinaron diferencias entre grupos mediante análisis de varianza en un solo sentido (ANOVA) con medidas repetidas, seguidas de la prueba post hoc de Bonferroni. P < 0,05 se consideró estadísticamente significativo, se examinó la relación entre el alelo y el genotipo cc iFiTM3 snP rs12252 c asociado con enfermedad grave de hFrs y una carga de plasma hTnV más altaPara determinar la significación clínica de IFITM3 SNP en infección por HTNV, se examinó la relación entre rs12252 SNP y la gravedad del HFRS en 69 pacientes. La secuenciación de 300 pb del locus IFITM3 abarcando SNP rs12252 en todos los pacientes incluidos. Luego, estratificamos a estos pacientes en leves y graves, según la evaluación clínica que se describe en la sección "Material y Métodos". Encontramos una frecuencia significativamente mayor del alelo C entre los pacientes con HFRS grave en comparación con el Han chino sano en la base de datos de secuencia de 1.000 genomas (68,29 vs. 52,16%, P = 0,0076). La frecuencia de rs12252 C en pacientes graves también fue mayor que los pacientes leves (68,29 vs. 46,43%, P = 0,013, Figuras 1A,B; Tabla 2 ). Estos datos sugieren que albergar rs12252 C alle aumenta el riesgo de sufrir enfermedad grave en individuos infectados por HTNV, con una proporción de probabilidades (IC Para los genotipos, el 43,90% de los pacientes graves tenían el genotipo CC, una frecuencia significativamente mayor que la base de datos de secuencias de genomas Han Chinese por 1.000 (genotipo CC 26,92%, P = 0,03), así como pacientes levemente infectados (14,29%, P = 0,02, Figuras 1A,B; Tabla 2 ). Sin embargo, individuos levemente enfermos no exhibieron una prueba exacta de Fisher para probar la asociación entre el alelo/genotipo rs12252 y la gravedad del HFRS. c) La carga de NVHT plasmática en pacientes con genotipo CC y pacientes con genotipo TC/TT, probada por el análisis qRCR. Cada símbolo representa a un paciente individual. Se utilizó una prueba t de muestras independientes para comprobar la diferencia de la carga NVHT entre grupos. *P Además, también se encontró que los pacientes con genotipo CC tenían mayor carga viral plasmática en fase aguda (Figura 1C). Estos resultados apoyan la noción de que la función normal de IFITM3 juega un papel crítico en la respuesta inmune a la infección por NHTV in vivo, lo que tiene una influencia sustancial en la manifestación clínica de HFRS. Estudios previos revelan que la proteína truncada IFITM3 producida por SNP rs12252 alelo C (Figura 2A, la parte faltante representa los 21 aminoácidos truncados de N-terminal de IFITM3, la hélice intramembrana y la hélice transmembrana se presentaron como cajas) conduce a una actividad anti-influenza deteriorada (14). Para probar la significación funcional de este polimorfismo en la infección por NHTV, transfectamos los alelos mayoritarios T o minoritarios C de la variante IFITM3 que producen proteínas truncadas de longitud completa o N-terminal (NΔ21) (Figura 2A) con c-mic-tag a la célula HUVEC y A549 usando vectores de lentivirus (Figura 2B). Luego, desafiamos las células con NHTV a moi = 1 durante 24 h y encontramos que las células con la variante C minoritaria eran más susceptibles a la infección por NHTV con mayor expresión del segmento S de HTVV (Figura 2C) y más positivas de NHTVP (Figura S3 en Material Suplementario). En efecto, en comparación con el control simulado (vector vacío) infectado, la proteína NΔ21 casi perdió la capacidad de inhibir la infección por NHTV tanto en células HUVEC como A549 (Figuras 2C,D ; Figura S3 en Material Suplementario). Para determinar el papel de la infección por NHTV en la inducción de IFITMs, qPCR así como Western blot de IFITMs se realizaron en células HUVEC y A549 (Figuras 3A,B ; Figura S1 en Material Suplementario). Si bien observamos sólo una regulación moderada del aumento de IFITM1, 2 y 3 mRNA y proteína en HUVECs después de más de 24 h postinfección; IFITM1, 2 y 3 mRNA, sin embargo, sólo fueron regulados transitoriamente en células A549 y no causaron ningún cambio significativo Derribamos la expresión IFITM1, 2 y 3 por transfección de sus siRNAs individualmente. El efecto de los siRNAs sobre la expresión de los IFITMs diana fue probado por qPCR en HUVECs (Figura S2 en Material Suplementario), y el efecto del mejor oligo contra cada IFITMs (IFITM1C, IFITM2A, IFITM3B) fue probado por Western blot en A549 (Figura 4A ) y células HuVEC (Figura 4B). Para evaluar el papel de los IFITMs en el efecto anti-HTNV de IFN-α2a, IFITM1, 2 y 3 fueron derribados respectivamente mediante transfecciones de los oligos anteriormente probados durante 12 h, seguidos por el tratamiento IFN-α2a (20 UI Las células fueron luego desafiadas con HTVN (moi = 1) durante 24 h. El segmento HTVN S y los niveles NP fueron significativamente suprimidos en las células HUVEC y A549 en respuesta al tratamiento con IFN-α2a. En particular, el derribo de IFITM3 restauró significativamente los niveles de HTVN S y NP en las células HUVEC y A549. El derribo de IFITM1 también restauró parcialmente el nivel de HTVN en las células A549 (Figuras 4C,D). Estos resultados demuestran que Para evaluar los efectos anti-HTVN de las IFITMs, se probó el efecto de la sobreexpresación de IFITM1, 2 y 3 sobre la infección por HTVN. Las células con marcado c-myc IFITM1, 2 y 3 fueron expresadas tanto en células HUVEC como en A549 (Figura 5A), y las células fueron rebatidas con HTNV (moi = 1) durante 24 h. El segmento HTNV S y los niveles NP fueron suprimidos por la sobreexpresión IFITM3 en células HUVEC (Figuras 5B-D). También fueron suprimidas al expresar IFITM1 e IFITM3 en células A549 (Figuras 5B-D). El efecto inhibidor de IFITM3 fue confirmado por el análisis de inmunofluorescencia de HTNV NP (Figura S3 en Material Suplementario). Estos resultados fueron de acuerdo con los resultados ARNi descritos anteriormente. Para determinar si IFITM3 inhibió la unión o entrada de HTNV, las células HUVEC y A549 fueron incubadas con HTNV (moi = 1) a 4°C durante 1 h, se lavó el virus no unido, y el ARN HTNV recogido en este momento representa el HTNV unido a la superficie celular. Después de la unión del virus, las células se desplazaron a 37°C durante 2 h para permitir la internalización de HTNV, y el ARN HTNV recogido en este momento representa el virus interiorizado celular. Como control positivo para la inhibición de la entrada del virus, incubamos un grupo paralelo de células con HTNV a pH = 5,5 como se describe en la sección "Materiales y Métodos". La expresión de IFITM3 no afectó la unión de HTNV (figura 6A Para dilucidar el mecanismo de la función IFITM3, se investigó la localización subcelular de IFTIM3 en las células del huésped. IFITM3 se encontró parcialmente localizado a LAMP1 + endosomas tardíos en los HUVEC analizados por microscopía confocal (Figura 6C). La colocalización de IFITM3 y LAMP1 + endosomas tardíos también se había encontrado en células A549 (27). Debido a que la transferencia a LAMP1 + endosomas tardíos es un paso necesario para la entrada de HTVV (28), este resultado proporciona una evidencia para el mecanismo anti-HTNV de IFITM3. La regulación mediada por LncRNA y microRNA de IFITM3 ha sido reportada en varios estudios. Se probó el cambio de reguladores previamente reportados de IFITMs, tales como NRAV, NRIR y miR-130a después de la infección por HTVN, entre los cuales el NRIR fue el único modificado (reproducida) después de la infección por HTVN (Figura 7A; Figura S4 en Material Suplementario) en HUVEC. Sin embargo, la expresión de NRIR no se modificó en las células A549. sobreexpresamos el NRIR en las células HUVEC y A549 utilizando el vector pcDNA3.1 (Figura 7B). Es importante destacar que la sobreexpresión de NRIR suprimió significativamente los niveles de ARNm y pre-mRNA y facilitó la infección por HTVN en las células HUVEC y A549 (Figuras 7C-E). Estos datos sugieren que l El virus Hantaan es un virus de ARN envuelto, de sentido negativo del género Hantavirus dentro de la familia Bunyaviridae. Causa HFRS, que es una amenaza importante para la salud pública en todo el mundo. También es un arma potencial para el terrorismo biológico. Los animales de reserva, generalmente roedores, son asintomáticos durante la infección persistente. A diferencia de los roedores, la infección por Hantavirus conduce a HFRS y síndrome pulmonar de Hantavirus (HPS) en los seres humanos (21). Las principales características clínicas del HFRS incluyen fiebre, hemorragia, hipotensión y lesión renal (1, 21), causando manifestaciones graves y muerte en algunos casos. El estándar actual de atención del HFRS se basa en el tratamiento sintomático y de apoyo. Se ha confirmado que la carga viral plasmática está asociada con la gravedad del HFRS, implicando la importancia de la viremia en la patogénesis del H Sin embargo, en la actualidad no se dispone de medicamentos antivirales directos para esta enfermedad. El interferón es la molécula clave para la respuesta antiviral y se ha utilizado como medicamento antiviral en muchas enfermedades. Se ha informado que la infección por HTNV induce una respuesta tardía de interferón tipo I (16). Sin embargo, el conjunto de ISG necesarios para la inhibición mediada por IFN de HTNV todavía no se ha identificado. Por lo tanto, la identificación de ISG que son eficaces contra HTNV es una estrategia atractiva para identificar nuevos objetivos terapéuticos. En este estudio, se demostró una frecuencia significativamente alta de los rs12252 alelos C y genotipo CC entre los pacientes con HFRS con enfermedad grave en comparación con los individuos levemente infectados y los chinos sanos Han. El alelo C y el genotipo CC rs12252 también se encuentran asociados con una mayor carga También descubrimos que la infección por HTNV induce IFITMs, y el alelo IFITM3 truncado producido por rs12252 C presenta una disminución significativa de la actividad anti-HTNV. Curiosamente, se encuentra que IFITM3 restringe la infección por HTNV con un mecanismo de inhibición de la entrada celular. De hecho, IFITM3 se encuentra localizado al endosoma tardío en las células huésped, que es una estructura necesaria para la entrada de HTNV. Además, encontramos que la infección por HTNV rincrregulada NRIR 48 h después de la infección, que regula negativamente la transcripción de IFITM3. Colectivamente, estos resultados sugieren que IFITM3, regulada por NRIR, inhibe la infección por HTNV, y su SNP rs12252 se correlaciona con la gravedad de la enfermedad y la carga viral Las propiedades antivirales de las proteínas IFITM se identificaron en 2009 en una pantalla de ARNi para los factores huéspedes que influyen en la replicación del virus de la gripe (29). IFITM1, 2 y 3 han demostrado poseer actividad antiviral en varios estudios. Everitt et al. demostraron que la gravedad de la infección por el virus de la gripe aumentó considerablemente en ratones IFITM3-knockout en comparación con animales salvajes (15). También se ha confirmado que diferentes miembros de IFITM inhiben la entrada celular de varias familias de virus (incluyendo filovirus, rabdovirus y flavivirus) (7, (9) (10) (11) 30). Por ejemplo, la infección por VIH-1 y VHC son inhibidas por IFITM1 (31) (32) (33) (34). Se cree comúnmente que los IFITM restringen la infección viral en la etapa de entrada celular (12 Estudios recientes sugieren que la ubicación celular de diferentes IFITMs puede influir en el rango de virus restringidos por cada proteína (5). IFITM1 impide la entrada del VHC porque colocaliza con CD81 en la membrana celular, interrumpiendo la endocitosis de partículas del VHC (32), mientras que IFITM3 limita el virus de la gripe en compartimentos endosómicos acidificados (27). En particular, las partículas del subvirus retrovirus (ISVPs), que no requieren acidificación endosomal para la entrada, no son inhibidas por la expresión IFITM3, lo que sugiere que IFITM3 puede funcionar en la etapa de entrada endosomal (35). Estudios que utilizan análisis de fusión de células celulares han sugerido que IFITM3 bloquea la entrada del virus envuelto al prevenir la fusión de la membrana viral con una membrana limitante de la célula Los resultados obtenidos mediante escaneo láser de dos fotones e imágenes de por vida de fluorescencia (FLIM) sugieren que las proteínas IFITM pueden reducir la fluidez de la membrana y aumentar la curvatura positiva espontánea en el prospecto exterior de membranas (36). En el presente estudio, demostramos que IFN-α2a (20 U/ ml) inhibió significativamente la infección por HTVV, el agotamiento mediado por siRNA de IFITM3 solo mitigó significativamente el efecto antiviral de IFN-α2a tanto en células HUVEC como A549, mientras que el agotamiento de IFITM1 solo alivió el efecto antiviral de IFN-α2a en células A549. La sobreexpresión de la infección por HTVV IFITM3 inhibió las células HUVEC y A549. La sobreexpresión IFITM1 también fue eficaz en Todos estos resultados sugieren que IFITM3 es un factor de control importante bajo infección natural de HTVV. Nuestros resultados también demuestran que la efectividad de IFITM3 es celular independiente, lo que está de acuerdo con los resultados de virus similares, como RVFV (18). Ensayos de unión y entrada, realizados mediante el control de la temperatura y el pH, mostraron que IFITM3 no influyó significativamente en la unión de HTVV pero inhibió la entrada de HTVV en células HUVEC y A549. De hecho, IFITM3 se localiza parcialmente al endosoma tardío de las células huésped, que es un sitio necesario para la entrada de HTVV. Sin embargo, fallamos en el seguimiento del transporte de HTVV en células infectadas posiblemente debido a la falta de virus marcado por fluorescencia. Además, IFITM1 también suprimió la infección por HTVV en Según un estudio reciente sobre la estructura tridimensional de IFITM3, hay una transmembrana C-terminal α-hélice y una intramembrana dos-N-terminal α-hélices (mostrada en la Figura 2A como cajas negras) en IFITM3 (14). Hay dos variantes de empalme que difieren por la presencia o ausencia de los primeros N-terminal 21 aminoácidos (parte suprimida, mostrada en la Figura 2A como línea punteada roja). Varios SNPs incluyendo 13 sinónimos, 13 sinónimos, 1 parada en el marco, y 1 aceptación del sitio del empalme han sido reportados en la secuencia traducida IFITM3 (15, 29). Entre ellos, el raro alelo SNP rs12252C de IFITM3 trunca la proteína tal como se describe anteriormente, lo que reduce la inhibición de la infección por el virus de la gripe en las células A549 (15). Demostramos que la proteína IFITM3 truncada también pierde la capacidad de inhibir la infección por HTVV in vitro. En los pacientes de Europa del Norte hospitalizados con gripe estacional o virus de gripe pandémica A, aumentó la homocigosidad del alelo C menor de SNP rs12252 en IFITM3 (37). En los pacientes chinos infectados con el virus de la gripe A (H1N1), también hubo un aumento de la frecuencia del alelo C y el genotipo CC de SNP rs12252 (13). En el presente estudio, observamos un aumento de la frecuencia del alelo C y Los pacientes portadores del genotipo CC también presentaron mayores cargas virales plasmáticas en comparación con los del genotipo CT/TT. Dada la función alterada de la proteína IFITM3 producida por la mutación C, y el hecho de que el enriquecimiento del alelo rs12252 C en pacientes con enfermedad grave y la mayor carga viral en pacientes con genotipo CC, esta fundación sugiere que el IFITM3 juega un papel fundamental en la respuesta anti-VHT in vivo. Especulamos que el nivel mucho más alto de alelo CC en la población sana de Han China en comparación con los caucásicos puede colocar a los chinos en un mayor riesgo de desarrollar enfermedades graves sobre la infección por NVHT, lo que requiere una investigación adicional. Por ejemplo, el lncRNA NEAT1 ha demostrado ser regulado por el virus de la gripe o la estimulación PolyI:C, que promueve la expresión IL-8 (38). lncRNA NRAV ha demostrado regular negativamente la transcripción inicial de IFITM3 y Mx1 al afectar la modificación histona de estos genes (25). lncRNA NRIR es un ISG no codificante, que se ha reportado regular negativamente la expresión IFITM1 y Mx1 en infección por VHC (20). Mir-130a también fue reportado como un regulador de IFITM1 (23). En este análisis, lncRNA NRIR fue regulado en HUVECs después de la infección por HTVV durante 48 h, la sobreexpresión de NRIR regula negativamente la transcripción inicial de IFITM3, evidenciada por la disminución de los niveles pre-mRNA así como mRNA La sobreexpresión NRIR también facilitó la infección por NHTV. Estos resultados indican que la regulación de la NRIR después de la infección por NHT está posiblemente involucrada en la activación de las respuestas inmunes innatas contra la infección por NHTV. También hemos evaluado otros reguladores potenciales de IFITM3 antes de elegir NRIR para un estudio posterior. Otro ARNn que puede regular IFITM3, es decir, NRAV (NR_038854), se mantuvo inalterado después de la infección por NHTV (Figuras S4A,B en Material Suplementario). Además, miR-130a, que potencialmente regula IFITM3, también no se alteró después de la infección por NHTV (Figuras S4C,D en Material Suplementario). En conclusión, este estudio reveló un papel crítico para IFITM3 en la infección por NHTV. Demostramos, por primera vez a nuestro conocimiento, que el IFITM3 es un ISG anti-HTNV recién identificado; su expresión está regulada negativamente por el NRIR; y su actividad antiviral parece a través de un mecanismo de inhibición de la entrada del virus en las células huésped. Además, descubrimos que el alelo y el genotipo del IFITM3 SNP rs12252 C se correlacionan con la carga de HTVV en plasma y la gravedad del HFRS; y el alelo del rs12252 C produce una proteína IFITM3 truncada (NΔ21) que atenúa su función anti-HTNV. Estos resultados proporcionan nuevas percepciones sobre el papel del IFITM3 en la regulación de la inmunidad innata contra la infección por HTLV, que es la base para identificar nuevos objetivos para desarrollar agentes novedosos contra esta enfermedad infecciosa en aUThOr cOnTribUTiOns ZX-y, BP-y, YC-t y MH-w realizaron los experimentos; WP-z, BX-f, LY-f, ZY y JZ-s diseñaron la investigación; HC-x, YW y WX analizaron los datos; TK y ZC-m proporcionaron datos clínicos; ZX-y y BP-y escribieron el artículo.

¿Cuál es el reservorio de vectores animales para el virus Hantaan?

La proteína transmembrana inducida por interferón 3 inhibe la infección por el virus de Hantaan y su polimorfismo nucleótido único rs12252 Influye en la gravedad de la fiebre hemorrágica con síndrome renalhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5206578/SHA: 4328e18bdf9b52875c87f3f5ddb1911636a192d2Autores: Xu-yang, Zheng; Pei-yu, Bian; Chuan-tao, Ye; Wei, Ye; Hong-wei, Ma; Kang, Tang; Chun-mei, Zhang; Ying-feng, Lei; Xin, Wei; Ping-zhong, Wang; Chang-xing, Huang Los estudios anteriores han identificado las proteínas transmembranas inducidas por interferón (IFITM) como una familia de genes estimulados por interferón. Sin embargo, el papel de los IFITM en la infección por NVHT no está claro. En este estudio, observamos que los polimorfismos mononucleótidos IFITM3 (SNP) rs12252 C alelo y genotipo CC asociados con la gravedad de la enfermedad y la carga de NVHT en el plasma de los pacientes con HFRS. Los experimentos in vitro mostraron que la proteína truncada producida por el alelo rs12252 C presentaba una actividad anti-NVHT alterada. También demostramos que IFITM3 fue capaz de inhibir la infección por NVHT tanto en células HUVEC como A549 por sobreexpresión y ensayos de ARNi, probablemente a través de un mecanismo de Además, se demostró que la transcripción del IFITM3 está regulada negativamente por un regulador negativo del INCRNA de la respuesta al interferón (NRIR). Tomado en conjunto, se concluye que el IFITM3, regulado negativamente por el NRIR, inhibe la infección por HTNV, y su SNP rs12252 se correlaciona con la carga plasmática de HTNV y la gravedad de la enfermedad de los pacientes con HFRS. Texto: asociado con la gravedad de la enfermedad, indicando la importancia de la viremia en la patogénesis del HFRS (2). Por lo tanto, estudios adicionales de factores de huésped que limitan la infección por HTNV e influyen en la respuesta antiviral así como la progresión de la enfermedad son clínicamente significativos y oportunos. La familia humana de proteínas transmembranas inducidas por interferón (IFITMs) fue descubierta hace 25 años para consistir en genes estimulados por Esta familia incluye cinco miembros, a saber, IFITM1, 2, 3, 5 y 10, entre los cuales IFITM1, 2 y 3 poseen actividad antiviral (4). Diferentes proteínas IFITM tienen espectro antiviral diferente (5). Por ejemplo, IFITM3 ha demostrado prevenir la infección por el virus de la gripe in vitro y en ratones (6, 7), y también inhibe múltiples virus, incluyendo filovirus, rabdovirus, flavivirus, e incluso virus Ébola y Zika (7) (8) (9) (10) (11). El mecanismo antiviral de IFITM3 se cree que es la restricción de la entrada viral en las células (4, 12). Los polimorfismos de nucleótidos únicos (SNPs) son variaciones únicas de nucleótidos en una secuencia genética que ocurren a una frecuencia apreciable en la población. Varios SNPs han sido identificados en IFITM3, entre los cuales el sitio con alelo C rs12252 resulta en una truncación N-terminal de la proteína IFITM3, lo que conduce a una inhibición alterada del virus de la gripe in vitro (13, 14). En particular, las frecuencias de alelo C rs12252 y genotipo CC se correlacionan con la gravedad de la enfermedad en pacientes infectados con el virus de la gripe (13, 15). Se ha demostrado que el HTNV induce una respuesta de interferón tipo I (aunque en el tiempo posterior a la infección) (16, 17). Si bien la sobreexpresión de las células IFITM1, 2 y 3 de Vero E6 sigue siendo desconocida en las células Vero E6 para inhibir la infección por HTNV (18), sin embargo, el efecto de los IFITMs sobre la El LncRNA comprende un grupo de ARNs no codificantes de más de 200 nt que funcionan como reguladores genéticos. Se ha demostrado que algunos lncRNAs desempeñan un papel en la inmunidad innata (19). Entre ellos, el regulador negativo de la respuesta al interferón (NRIR) (INCRNA NRIR, también conocido como lncRNA-CMPK2) es un ISG no codificante que regula negativamente la expresión IFITM1 y Mx1 en la infección por VHC (20). En particular, el IFITM3 es en gran medida homólogo del IFITM1, pero el papel del NRIR en la regulación del IFITM3 en la infección por NHT sigue sin estar claro. En el presente estudio, investigamos el efecto del IFTTM3 en la replicación del HTNV y su papel en el desarrollo del HFRS en humanos. Proveemos evidencia primaria que sugiere que el IFITM3, regulado por el NRIR, puede inhibir la infección por HTNV y su SNP rs12252 se correlaciona con la gravedad de la enfermedad y la carga viral en pacientes con HFRS. Este estudio amplía nuestra comprensión de la actividad antiviral del IFITM3 y enriquece nuestro conocimiento de las respuestas inmunes innatas a la infección por HTNV. Este estudio se realizó de acuerdo con las recomendaciones de las guías de investigación biomédica en las que participan participantes humanos establecidas por la Comisión Nacional de Salud y Planificación Familiar de China. El Comité de Ética Institucional del Hospital de Tangdu aprobó este estudio. Todos los sujetos dieron consentimiento informado por escrito de acuerdo con la Declaración de Helsinki. Antes de la inclusión, todos los participantes fueron informados de los objetivos del estudio y firmaron el formulario de consentimiento antes de obtener muestras de sangre y registros médicos. El diagnóstico de HFRS se basó en los síntomas y signos típicos, así como en anticuerpos IgM e IgG positivos frente a la NVHT en el suero evaluado por el ensayo inmunosorbente vinculado a enzimas (ELISA) en nuestro departamento. La clasificación de la gravedad de HFRS y los criterios de exclusión fueron descritos de la siguiente manera (21): glóbulos blancos (WBC), plaquetas (PLT), nitrógeno de urea sanguínea (BUN), creatinina sérica (Scr) y linfocitos heteromórficos que fueron probados por el Departamento de Laboratorio Clínico (mostrados en la Tabla 1 ). De acuerdo con los síntomas y signos clínicos, tales como fiebre, derrame, hemorragia, edema y función renal, la gravedad del HFRS puede clasificarse como previamente descrito (21): 1) pacientes leves fueron identificados con insuficiencia renal leve sin una etapa oligúrgica obvia; 2) pacientes moderados fueron aquellos con síntomas obvios de uremia, derrame (conjuntiva bulbar), hemorragia (piel y membrana mucosa) e insuficiencia renal con una etapa oligúrica típica; 3) pacientes graves tuvieron uremia grave, derrame (conjuntiva bulbar y <50 ml/día) durante ≤2 días; y 4) pacientes críticos presentaron ≥1 de los siguientes signos durante la enfermedad: shock refractario, hemorragia visceral, insuficiencia cardíaca, edema cerebral, infección secundaria y pérdida grave de la piel, de la piel y de la mucosa, de la oliguria (50 ml/día) durante ≤5 Debido a la cantidad de la muestra requerida para la mecanografía del SNP, los pacientes leves y moderados fueron evaluados juntos en el grupo leve, y combinamos pacientes graves y críticos como grupo severo. Los criterios de exclusión para este estudio fueron los siguientes: (1) cualquier otra enfermedad renal, (2) diabetes mellitus, (3) enfermedad autoinmune, (4) enfermedad hematológica, (5) enfermedad cardiovascular, (6) hepatitis viral (tipos A, B, C, D o E) o (7) cualquier otra enfermedad hepática. Además, ningún paciente recibió corticosteroides u otros fármacos inmunomoduladores durante el período del estudio (21). El ADN genómico se extrajo de la sangre periférica de los pacientes utilizando el kit de aislamiento del ADN de PureGene (Gentra Systems, Minneapolis, MN, EE.UU.). La región que abarca el IFITM3 humano rs12252 fue amplificada por PCR (primario delantero, 5′-GGAAACTGTTGAGAAACCGAA-3′ y primer inverso, 5′-CATACGCACCTTCACGAGT-3′). Los productos PCR fueron purificados y secuenciados utilizando un analizador de ADN de Biosistemas Aplicados 3730xl (Thermo Scientific, Waltham, MA, EE.UU.). Las frecuencias de alelos y genotipos de Han China saludable y otros grupos se obtuvieron a partir del proyecto de 1.000 genomas (http:// www.1000genomes.org). La carga de HTVV en muestras de plasma (recogidas durante la fase aguda) de 24 pacientes HFRS de edad y sexo con diferentes genotipos se midieron utilizando métodos notificados previamente (2). Brevemente, el ARN viral se extrajo del plasma de pacientes con HFRS utilizando kits de ARN/ADN viral Purelink (Invitrogen, Carlsbad, CA, EE.UU.). El kit de sistema RT-PCR cuantificativo Platinum One-Step (Invitrogen, Carlsbad, CA, EE.UU.) fue empleado para el ensayo RT-PCR en tiempo real. Los imprimadores y sonda (proporcionados por Sangon Biotech, Shanghai, China) fueron los siguientes: adelante, 5′-TACAGAGGGAAATCAATGCC-3′, reverso, 5′-TGTTCAACTCATCTGATCCTT-3′, y sonda, 5′-(FAM) ATCCCTCACCTTCTCTCGCGCTTATCTC (TAMRA)-3′. Se utilizó como calibrador cuantitativo el segmento sintético S de la cepa estándar HTNV 76-118 ARN transcrita. El estándar externo fue el sobrenadante de cultivo de células Vero E6 infectadas con HTNV 76-118, que fue cuantificado utilizando calibradores cuantitativos sintéticos. Para cada experimento, se extrajo un alícuota de estándar calibrado 76-118 en paralelo con las muestras clínicas y se diluyó en serie 10 veces con concentraciones que iban de 10,56 a 2,56 log10 copias/ml. PCR se realizó utilizando un Ciclor iQ5 (Bio-Rad, Hércules, CA, EE.UU.) con las siguientes condiciones: 42°C durante 15 min, 95°C durante 2 min, y 50 ciclos de 15 s a 95°C, 30 s a 53°C y 30 s a 72°C. La Las células HUVEC (ScienCell Research Laboratories, Carlsbad, CA, USA) fueron cultivadas en ECM BulletKit (ScienCell Research Laboratories, Carlsbad, CA, USA) en una incubadora de CO2 al 5%. Las células A549 (ATCC Cat# CRM-CCL-185, RRID:CVCL_0023) fueron cultivadas en nuestro laboratorio en DMEM con 10% FBS (Thermo Scientific, Waltham, MA, USA) en una incubadora de CO2 al 5%. Las células fueron utilizadas dentro del paso 10 después del cultivo primario. La cepa HTNV 76-118 fue cultivada en células Vero E6 (ATCC Cat# CRL-1586, RRID:CCL_0574) en nuestro laboratorio y tituladas utilizando un ensayo de tinción de inmunofluorescencia para El TCID50 fue de 10 5 /ml, que se calculó utilizando el método Reed-Muench. La IFN-α2a humana recombinante se obtuvo de PBL Interferon Source (Piscataway, NJ, EE.UU.) y se disolvió en el tampón proporcionado por el fabricante (composición no revelada). Las células HUVEC y A549 fueron infectadas por incubación con HTVV como moi indicado a 37°C durante 60 minutos. Posteriormente, la solución del virus fue removida y se añadió un medio fresco al cultivo celular. Las células fueron transfectadas con vectores lentivirales de C-Myc-tagged IFITM1, IFITM2, IFITM3 e IFITM3 NΔ21 (comprado de GENECHEM, Shanghai, China) en un moi de 10. Se utilizó la puromycin (2 μg/ ml para HUVEC y 6 μg/ml para células A549) para crear líneas celulares que expresaban los IFITM de forma estable. Las células fueron transfectadas con ARN de interferencia corta (siRNA), IFITM1 siRNA, IFITM2 siRNA, o IFITM3 siRNA (10 nM) usando reactivo de transfección de Lipofectamine 3000 (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA). Los siRNAs fueron comprados a Orígene (Rockville, MD, USA), y las secuencias no fueron reveladas. El ARN total fue extraído usando reactivo de TRIzol (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA), y cDNA fue sintetizado usando el kit K1622 (Thermo Scientific, Waltham, MA, USA). La PCR cuantitativa en tiempo real (qPCR) se realizó utilizando SYBR Premix Ex Taq II (Takara Biotechnology Co., Dalian, China) con un ciclor Bio-Rad iQ5 (Bio-Rad, Hércules, CA, EE.UU.). Los primeros (Sangon Biotech, Shanghai, China) eran los siguientes: IFITM1 (a continuación, 5′-ACTCCGTGAAGTCTAGGGACA-3′ e inversa, 5′-TGTACAGAGAGAGAGATACCAG-3′); IFITM2 (a continuación, 5′-ATCGCGCGACACCAT-3′ e inversa, 5′-TGTCCCTAGACTTCAGAGAGAGGA-3′); IFITM3 premRNA (a continuación, 5′-CATAGCGCGCGCTACCAT-3′ e inversa, 5′-CGGCCAACCTCTCTCTGGGG-3′); HHTTM3 premRNA (a continuación, 5′-GCCGAGACGGGGG-3′ e inversa, 5′-CGGCCATCTCTCTCTCTCTCTGGG-3′); S seg Para la detección de miR-130a, cDNA fue sintetizado usando el kit de transcripción inversa de microRNA de TaqMan (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) con un imprimador específico en el kit de ensayo de TaqMan específico para el gen (000454, Invitrogen, Carlsbad, CA, USA). El nivel de MiR-130a fue determinado usando el kit de ensayo de TaqMan específico para el gen (000454, Invitrogen, Carlsbad, CA, USA). U6 (001973, Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) fue usado como un control endógeno (23). Debido a que los niveles de pre-mRNA pueden representar la tasa de transcripción inicial (24), los imprimadores utilizados para detectar el pre-mRNA de IFITM3 fueron diseñados para el intron de I IFITM3 tiene dos exones y un intron. Para qPCR de IFITM3 pre-mRNA, los imprimadores delanteros fueron posicionados en el intron, y el imprimador inverso fue posicionado al principio del segundo exon (24). Debido a que la expresión basal de IFITM3 es baja en las células A549, detectamos IFITM3 mRNA y pre-mRNA en las células A549 después del tratamiento con IFN-α2a (20 UI/ml durante 12 h) después de la sobreexpresión de NRIR. Los lisatos celulares fueron preparados utilizando el tampón Radio Inmunoprecipitation Assay (RIPA) (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, EE.UU.). Cantidades iguales de proteína (20 μg de proteína/lana) fueron electroforizadas en un gel de 10%-SDS-poliacrilamida y transferidas electroforéticamente a una membrana de difluoruro de polivinilideno (Millipore, Billerica, MA, EE.UU.). Después de bloquear con 5% de albúmina sérica bovina en solución salina trisbuferada a temperatura ambiente durante 1 h, las membranas fueron incubadas con anticuerpos contra IFITM1 (Grupo Proteintech Cat# 60074-1-Ig Lot# RRID:AB_2233405), IFITM2, IFITM3 (Grupo Proteintech Cat# 66081-1-Ig Lot# RRID:AB_11182821), y β-actina (Proteintech, Wuhan, Hubei, China) o HTVN NP (proporcionado por el Departamento de Microbiología, la Cuarta Universidad Médica Militar) durante la noche a 4°C. Las membranas fueron luego lavadas e incubadas con anticuerpo IgG (Tecnología de Señalización Celular, Danvers, MA, EE.UU.) Las manchas fueron desarrolladas utilizando un kit mejorado de detección de quimioluminiscencia (Millipore, Billerica, MA, USA) y visualizadas con película de rayos X. Las densidades de blot fueron analizadas con el software Quantity One (Bio-Rad, Hércules, CA, USA). Además, el búfer RIPA contiene 50mM Tris (pH = 7,4), 150 mM NaCl, 1% Triton X-100, 1% desoxicholato de sodio, 0,1% SDS. Se añadió un cóctel inhibidor de proteasa (Roche, Basel, Suiza) antes de su uso. Las células fueron cultivadas en lamas de vidrio (Millipore, Billerica, MA, USA) hasta que fueron semiconfluencia y luego incubadas con HTNV durante 60 min (moi = 1). En los momentos indicados después de la infección por HTVV, las células se fijaron con un 4% de PFA, incubadas con un 0,3% de Triton X-100 (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, USA), y bloqueadas con 5% de BSA durante 1 h. Tras la incubación con un anticuerpo monoclonal de ratón contra c-myc-tag (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, USA, Sigma-Aldrich Cat# M5546), IFITM3, glucoproteína 1 de membrana asociada al lisosoma (LAMP1, Tecnología de Señalización Celular, Danvers, MA, USA), o HTVN NP a 37°C durante 2 h, las células fueron lavadas e incubadas con anti-rabbit Ig conjugada con Alexa 555 y anti-mouse Ig conjugada con Se utilizaron un sistema de microscopio de fluorescencia Olympus BX51 y un sistema de microscopía confocal FV1000 (Olympus, Tokio, Japón) para capturar las imágenes. Ensayo de unión y entrada hTnV Las células transducidas con IFITM3 o el vector vacío fueron desprendidas y lavadas extensamente con PBS fríos. Las células y HTVV fueron pre-refrigeradas sobre hielo durante 30 min, mezcladas a un moi de 1 e incubadas a 4°C durante 1 h con rotación. Parte de las células fueron lavadas extensamente con PBS frío-hielo y recolectadas para el ensayo de unión. Otra parte de las células fueron cambiadas a 37°C durante 2 h para permitir la entrada HTVV. El HTNV que permanecía en la superficie celular fue eliminado mediante tratamiento con proteinasa K (0, Para lograr la entrada directa de HTNV en las células por fusión de la membrana viral-plasma como control positivo, las células fueron pre-refrigeradas sobre hielo durante 10 min con 20 mM NH4Cl. La adsorción de HTNV (moi = 1) se realizó a 4°C durante 1 h. Las células fueron luego lavadas, y la fusión del virus con la membrana plasmática se desencadenó por incubación en medio bajo pH (20 mM succinato de sodio, pH = 5.5) durante 10 min a 37°C. La infección fue seguida por incubación durante 2 h a 37°C en presencia de 20 mM NH4Cl (26). El análisis de qPCR del segmento HTNV S se realizó para evaluar la influencia de IFITMs en la adhesión de células HTNV y la entrada de HTNV. Todos los Para el análisis de asociación del alelo y el genotipo rs12252 se utilizó la prueba exacta de Fisher, se utilizaron muestras independientes t-tests para datos normalmente distribuidos, se determinaron diferencias entre grupos mediante análisis de varianza en un solo sentido (ANOVA) con medidas repetidas, seguidas de la prueba post hoc de Bonferroni. P < 0,05 se consideró estadísticamente significativo, se examinó la relación entre el alelo y el genotipo cc iFiTM3 snP rs12252 c asociado con enfermedad grave de hFrs y una carga de plasma hTnV más altaPara determinar la significación clínica de IFITM3 SNP en infección por HTNV, se examinó la relación entre rs12252 SNP y la gravedad del HFRS en 69 pacientes. La secuenciación de 300 pb del locus IFITM3 abarcando SNP rs12252 en todos los pacientes incluidos. Luego, estratificamos a estos pacientes en leves y graves, según la evaluación clínica que se describe en la sección "Material y Métodos". Encontramos una frecuencia significativamente mayor del alelo C entre los pacientes con HFRS grave en comparación con el Han chino sano en la base de datos de secuencia de 1.000 genomas (68,29 vs. 52,16%, P = 0,0076). La frecuencia de rs12252 C en pacientes graves también fue mayor que los pacientes leves (68,29 vs. 46,43%, P = 0,013, Figuras 1A,B; Tabla 2 ). Estos datos sugieren que albergar rs12252 C alle aumenta el riesgo de sufrir enfermedad grave en individuos infectados por HTNV, con una proporción de probabilidades (IC Para los genotipos, el 43,90% de los pacientes graves tenían el genotipo CC, una frecuencia significativamente mayor que la base de datos de secuencias de genomas Han Chinese por 1.000 (genotipo CC 26,92%, P = 0,03), así como pacientes levemente infectados (14,29%, P = 0,02, Figuras 1A,B; Tabla 2 ). Sin embargo, individuos levemente enfermos no exhibieron una prueba exacta de Fisher para probar la asociación entre el alelo/genotipo rs12252 y la gravedad del HFRS. c) La carga de NVHT plasmática en pacientes con genotipo CC y pacientes con genotipo TC/TT, probada por el análisis qRCR. Cada símbolo representa a un paciente individual. Se utilizó una prueba t de muestras independientes para comprobar la diferencia de la carga NVHT entre grupos. *P Además, también se encontró que los pacientes con genotipo CC tenían mayor carga viral plasmática en fase aguda (Figura 1C). Estos resultados apoyan la noción de que la función normal de IFITM3 juega un papel crítico en la respuesta inmune a la infección por NHTV in vivo, lo que tiene una influencia sustancial en la manifestación clínica de HFRS. Estudios previos revelan que la proteína truncada IFITM3 producida por SNP rs12252 alelo C (Figura 2A, la parte faltante representa los 21 aminoácidos truncados de N-terminal de IFITM3, la hélice intramembrana y la hélice transmembrana se presentaron como cajas) conduce a una actividad anti-influenza deteriorada (14). Para probar la significación funcional de este polimorfismo en la infección por NHTV, transfectamos los alelos mayoritarios T o minoritarios C de la variante IFITM3 que producen proteínas truncadas de longitud completa o N-terminal (NΔ21) (Figura 2A) con c-mic-tag a la célula HUVEC y A549 usando vectores de lentivirus (Figura 2B). Luego, desafiamos las células con NHTV a moi = 1 durante 24 h y encontramos que las células con la variante C minoritaria eran más susceptibles a la infección por NHTV con mayor expresión del segmento S de HTVV (Figura 2C) y más positivas de NHTVP (Figura S3 en Material Suplementario). En efecto, en comparación con el control simulado (vector vacío) infectado, la proteína NΔ21 casi perdió la capacidad de inhibir la infección por NHTV tanto en células HUVEC como A549 (Figuras 2C,D ; Figura S3 en Material Suplementario). Para determinar el papel de la infección por NHTV en la inducción de IFITMs, qPCR así como Western blot de IFITMs se realizaron en células HUVEC y A549 (Figuras 3A,B ; Figura S1 en Material Suplementario). Si bien observamos sólo una regulación moderada del aumento de IFITM1, 2 y 3 mRNA y proteína en HUVECs después de más de 24 h postinfección; IFITM1, 2 y 3 mRNA, sin embargo, sólo fueron regulados transitoriamente en células A549 y no causaron ningún cambio significativo Derribamos la expresión IFITM1, 2 y 3 por transfección de sus siRNAs individualmente. El efecto de los siRNAs sobre la expresión de los IFITMs diana fue probado por qPCR en HUVECs (Figura S2 en Material Suplementario), y el efecto del mejor oligo contra cada IFITMs (IFITM1C, IFITM2A, IFITM3B) fue probado por Western blot en A549 (Figura 4A ) y células HuVEC (Figura 4B). Para evaluar el papel de los IFITMs en el efecto anti-HTNV de IFN-α2a, IFITM1, 2 y 3 fueron derribados respectivamente mediante transfecciones de los oligos anteriormente probados durante 12 h, seguidos por el tratamiento IFN-α2a (20 UI Las células fueron luego desafiadas con HTVV (moi = 1) durante 24 h. El segmento HTVV S y los niveles NP fueron significativamente suprimidos en las células HUVEC y A549 en respuesta al tratamiento con IFN-α2a. En particular, el derribo de IFITM3 restauró significativamente los niveles de HTVV S y NP en las células HUVEC y A549. El derribo de IFITM1 también restauró parcialmente el nivel de HTVV en las células A549 (Figuras 4C,D). Estos resultados demuestran que Para evaluar los efectos anti-HTVV de las IFITMs, se probó el efecto de la sobreexpresación de IFITM1, 2 y 3 sobre la infección por HTVV. Las células con marcado c-myc IFITM1, 2 y 3 fueron expresadas tanto en células HUVEC como en A549 (Figura 5A), y las células fueron rebatidas con HTNV (moi = 1) durante 24 h. El segmento HTNV S y los niveles NP fueron suprimidos por la sobreexpresión IFITM3 en células HUVEC (Figuras 5B-D). También fueron suprimidas al expresar IFITM1 e IFITM3 en células A549 (Figuras 5B-D). El efecto inhibidor de IFITM3 fue confirmado por el análisis de inmunofluorescencia de HTNV NP (Figura S3 en Material Suplementario). Estos resultados fueron de acuerdo con los resultados ARNi descritos anteriormente. Para determinar si IFITM3 inhibió la unión o entrada de HTNV, las células HUVEC y A549 fueron incubadas con HTNV (moi = 1) a 4°C durante 1 h, se lavó el virus no unido, y el ARN HTNV recogido en este momento representa el HTNV unido a la superficie celular. Después de la unión del virus, las células se desplazaron a 37°C durante 2 h para permitir la internalización de HTNV, y el ARN HTNV recogido en este momento representa el virus interiorizado celular. Como control positivo para la inhibición de la entrada del virus, incubamos un grupo paralelo de células con HTNV a pH = 5,5 como se describe en la sección "Materiales y Métodos". La expresión de IFITM3 no afectó la unión de HTNV (figura 6A Para dilucidar el mecanismo de la función IFITM3, se investigó la localización subcelular de IFTIM3 en las células del huésped. IFITM3 se encontró parcialmente localizado a LAMP1 + endosomas tardíos en los HUVEC analizados por microscopía confocal (Figura 6C). La colocalización de IFITM3 y LAMP1 + endosomas tardíos también se había encontrado en células A549 (27). Debido a que la transferencia a LAMP1 + endosomas tardíos es un paso necesario para la entrada de HTVV (28), este resultado proporciona una evidencia para el mecanismo anti-HTNV de IFITM3. La regulación mediada por LncRNA y microRNA de IFITM3 ha sido reportada en varios estudios. Se probó el cambio de reguladores previamente reportados de IFITMs, tales como NRAV, NRIR y miR-130a después de la infección por HTVN, entre los cuales el NRIR fue el único modificado (desregulado) después de la infección por HTVN (Figura 7A ; Figura S4 en Material Suplementario) en HUVEC. Sin embargo, la expresión de NRIR no se modificó en las células A549. sobreexpresamos el NRIR en las células HUVEC y A549 utilizando el vector pcDNA3.1 (Figura 7B). Es importante destacar que la sobreexpresión de NRIR suprimió significativamente los niveles de ARNm IFITM3 y pre-mRNA y facilitó la infección por HTVN en las células HUVEC y A549 (Figuras 7C- El virus Hantaan es un virus de ARN envuelto, de sentido negativo del género Hantavirus dentro de la familia Bunyaviridae. Causa HFRS, que es una amenaza importante para la salud pública en todo el mundo. También es un arma potencial para el terrorismo biológico. Los animales de reserva, generalmente roedores, son asintomáticos durante la infección persistente. A diferencia de los roedores, la infección por Hantavirus conduce a HFRS y síndrome pulmonar de Hantavirus (HPS) en los seres humanos (21). Las principales características clínicas del HFRS incluyen fiebre, hemorragia, hipotensión y lesión renal (1, 21), causando manifestaciones graves y muerte en algunos casos. El estándar actual de atención del HFRS se basa en el tratamiento sintomático y de apoyo. Se ha confirmado que la carga viral plasmática está asociada con la gravedad del HFRS, implicando la importancia de la viremia en la patogénesis del H Sin embargo, en la actualidad no se dispone de medicamentos antivirales directos para esta enfermedad. El interferón es la molécula clave para la respuesta antiviral y se ha utilizado como medicamento antiviral en muchas enfermedades. Se ha informado que la infección por HTNV induce una respuesta tardía de interferón tipo I (16). Sin embargo, el conjunto de ISG necesarios para la inhibición mediada por IFN de HTNV todavía no se ha identificado. Por lo tanto, la identificación de ISG que son eficaces contra HTNV es una estrategia atractiva para identificar nuevos objetivos terapéuticos. En este estudio, se demostró una frecuencia significativamente alta de los rs12252 alelos C y genotipo CC entre los pacientes con HFRS con enfermedad grave en comparación con los individuos levemente infectados y los chinos sanos Han. El alelo C y el genotipo CC rs12252 también se encuentran asociados con una mayor carga También descubrimos que la infección por HTNV induce IFITMs, y el alelo IFITM3 truncado producido por rs12252 C presenta una disminución significativa de la actividad anti-HTNV. Curiosamente, se encuentra que IFITM3 restringe la infección por HTNV con un mecanismo de inhibición de la entrada celular. De hecho, IFITM3 se encuentra localizado al endosoma tardío en las células huésped, que es una estructura necesaria para la entrada de HTNV. Además, encontramos que la infección por HTNV rincrregulada NRIR 48 h después de la infección, que regula negativamente la transcripción de IFITM3. Colectivamente, estos resultados sugieren que IFITM3, regulada por NRIR, inhibe la infección por HTNV, y su SNP rs12252 se correlaciona con la gravedad de la enfermedad y la carga viral Las propiedades antivirales de las proteínas IFITM se identificaron en 2009 en una pantalla de ARNi para los factores huéspedes que influyen en la replicación del virus de la gripe (29). IFITM1, 2 y 3 han demostrado poseer actividad antiviral en varios estudios. Everitt et al. demostraron que la gravedad de la infección por el virus de la gripe aumentó considerablemente en ratones IFITM3-knockout en comparación con animales salvajes (15). También se ha confirmado que diferentes miembros de IFITM inhiben la entrada celular de varias familias de virus (incluyendo filovirus, rabdovirus y flavivirus) (7, (9) (10) (11) 30). Por ejemplo, la infección por VIH-1 y VHC son inhibidas por IFITM1 (31) (32) (33) (34). Se cree comúnmente que los IFITM restringen la infección viral en la etapa de entrada celular (12 Estudios recientes sugieren que la ubicación celular de diferentes IFITMs puede influir en el rango de virus restringidos por cada proteína (5). IFITM1 impide la entrada del VHC porque colocaliza con CD81 en la membrana celular, interrumpiendo la endocitosis de partículas del VHC (32), mientras que IFITM3 limita el virus de la gripe en compartimentos endosómicos acidificados (27). En particular, las partículas del subvirus retrovirus (ISVPs), que no requieren acidificación endosomal para la entrada, no son inhibidas por la expresión IFITM3, lo que sugiere que IFITM3 puede funcionar en la etapa de entrada endosomal (35). Estudios que utilizan análisis de fusión de células celulares han sugerido que IFITM3 bloquea la entrada del virus envuelto al prevenir la fusión de la membrana viral con una membrana limitante de la célula Los resultados obtenidos mediante escaneo láser de dos fotones e imágenes de por vida de fluorescencia (FLIM) sugieren que las proteínas IFITM pueden reducir la fluidez de la membrana y aumentar la curvatura positiva espontánea en el prospecto exterior de membranas (36). En el presente estudio, demostramos que IFN-α2a (20 U/ ml) inhibió significativamente la infección por HTVV, el agotamiento mediado por siRNA de IFITM3 solo mitigó significativamente el efecto antiviral de IFN-α2a tanto en células HUVEC como A549, mientras que el agotamiento de IFITM1 solo alivió el efecto antiviral de IFN-α2a en células A549. La sobreexpresión de la infección por HTVV IFITM3 inhibió las células HUVEC y A549. La sobreexpresión IFITM1 también fue eficaz en Todos estos resultados sugieren que IFITM3 es un factor de control importante bajo infección natural de HTVV. Nuestros resultados también demuestran que la efectividad de IFITM3 es celular independiente, lo que está de acuerdo con los resultados de virus similares, como RVFV (18). Ensayos de unión y entrada, realizados mediante el control de la temperatura y el pH, mostraron que IFITM3 no influyó significativamente en la unión de HTVV pero inhibió la entrada de HTVV en células HUVEC y A549. De hecho, IFITM3 se localiza parcialmente al endosoma tardío de las células huésped, que es un sitio necesario para la entrada de HTVV. Sin embargo, fallamos en el seguimiento del transporte de HTVV en células infectadas posiblemente debido a la falta de virus marcado por fluorescencia. Además, IFITM1 también suprimió la infección por HTVV en Según un estudio reciente sobre la estructura tridimensional de IFITM3, hay una transmembrana C-terminal α-hélice y una intramembrana dos-N-terminal α-hélices (mostrada en la Figura 2A como cajas negras) en IFITM3 (14). Hay dos variantes de empalme que difieren por la presencia o ausencia de los primeros N-terminal 21 aminoácidos (parte suprimida, mostrada en la Figura 2A como línea punteada roja). Varios SNPs incluyendo 13 sinónimos, 13 sinónimos, 1 parada en el marco, y 1 aceptación del sitio del empalme han sido reportados en la secuencia traducida IFITM3 (15, 29). Entre ellos, el raro alelo SNP rs12252C de IFITM3 trunca la proteína como se describe anteriormente, lo que reduce la inhibición de la infección por el virus de la gripe en las células A549 (15). Demostramos que la proteína IFITM3 truncada también pierde la capacidad de inhibir la infección por HTVV in vitro. En los pacientes de Europa del Norte hospitalizados con gripe estacional o virus de la gripe pandémica A, aumentó la homocigosidad del alelo C menor de SNP rs12252 en IFITM3 (37). En los pacientes chinos infectados con el virus de la gripe A (H1N1), también hubo un aumento de la frecuencia del alelo C y el genotipo CC de SNP rs12252 (13). En el presente estudio, observamos un aumento de la frecuencia del alelo C y Los pacientes portadores del genotipo CC también presentaron mayores cargas virales plasmáticas en comparación con los del genotipo CT/TT. Dada la función alterada de la proteína IFITM3 producida por la mutación C, y el hecho de que el enriquecimiento del alelo rs12252 C en pacientes con enfermedad grave y la mayor carga viral en pacientes con genotipo CC, esta fundación sugiere que el IFITM3 juega un papel fundamental en la respuesta anti-VHT in vivo. Especulamos que el nivel mucho más alto de alelo CC en la población sana de Han China en comparación con los caucásicos puede colocar a los chinos en un mayor riesgo de desarrollar enfermedades graves sobre la infección por NVHT, lo que requiere una investigación adicional. Por ejemplo, el lncRNA NEAT1 ha demostrado ser regulado por el virus de la gripe o la estimulación PolyI:C, que promueve la expresión IL-8 (38). lncRNA NRAV ha demostrado regular negativamente la transcripción inicial de IFITM3 y Mx1 al afectar la modificación histona de estos genes (25). lncRNA NRIR es un ISG no codificante, que se ha reportado regular negativamente la expresión IFITM1 y Mx1 en infección por VHC (20). Mir-130a también fue reportado como un regulador de IFITM1 (23). En este análisis, lncRNA NRIR fue regulado en HUVECs después de la infección por HTVV durante 48 h, la sobreexpresión de NRIR regula negativamente la transcripción inicial de IFITM3, evidenciada por la disminución de los niveles pre-mRNA así como mRNA La sobreexpresión NRIR también facilitó la infección por NHTV. Estos resultados indican que la regulación de la NRIR después de la infección por NHT está posiblemente involucrada en la activación de las respuestas inmunes innatas contra la infección por NHTV. También hemos evaluado otros reguladores potenciales de IFITM3 antes de elegir NRIR para un estudio posterior. Otro ARNn que puede regular IFITM3, es decir, NRAV (NR_038854), se mantuvo inalterado después de la infección por NHTV (Figuras S4A,B en Material Suplementario). Además, miR-130a, que potencialmente regula IFITM3, también no se alteró después de la infección por NHTV (Figuras S4C,D en Material Suplementario). En conclusión, este estudio reveló un papel crítico para IFITM3 en la infección por NHTV. Demostramos, por primera vez a nuestro conocimiento, que el IFITM3 es un ISG anti-HTNV recién identificado; su expresión está regulada negativamente por el NRIR; y su actividad antiviral parece a través de un mecanismo de inhibición de la entrada del virus en las células huésped. Además, descubrimos que el alelo y el genotipo del IFITM3 SNP rs12252 C se correlacionan con la carga de HTVV en plasma y la gravedad del HFRS; y el alelo del rs12252 C produce una proteína IFITM3 truncada (NΔ21) que atenúa su función anti-HTNV. Estos resultados proporcionan nuevas percepciones sobre el papel del IFITM3 en la regulación de la inmunidad innata contra la infección por HTLV, que es la base para identificar nuevos objetivos para desarrollar agentes novedosos contra esta enfermedad infecciosa en aUThOr cOnTribUTiOns ZX-y, BP-y, YC-t y MH-w realizaron los experimentos; WP-z, BX-f, LY-f, ZY y JZ-s diseñaron la investigación; HC-x, YW y WX analizaron los datos; TK y ZC-m proporcionaron datos clínicos; ZX-y y BP-y escribieron el artículo.

¿Qué prueba diagnóstica se correlaciona con la gravedad de la HFRS?

La proteína transmembrana inducida por interferón 3 inhibe la infección por el virus de Hantaan y su polimorfismo nucleótido único rs12252 Influye en la gravedad de la fiebre hemorrágica con síndrome renalhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5206578/SHA: 4328e18bdf9b52875c87f3f5ddb1911636a192d2Autores: Xu-yang, Zheng; Pei-yu, Bian; Chuan-tao, Ye; Wei, Ye; Hong-wei, Ma; Kang, Tang; Chun-mei, Zhang; Ying-feng, Lei; Xin, Wei; Ping-zhong, Wang; Chang-xing, Huang Los estudios anteriores han identificado las proteínas transmembranas inducidas por interferón (IFITM) como una familia de genes estimulados por interferón. Sin embargo, el papel de los IFITM en la infección por NVHT no está claro. En este estudio, observamos que los polimorfismos mononucleótidos IFITM3 (SNP) rs12252 C alelo y genotipo CC asociados con la gravedad de la enfermedad y la carga de NVHT en el plasma de los pacientes con HFRS. Los experimentos in vitro mostraron que la proteína truncada producida por el alelo rs12252 C presentaba una actividad anti-NVHT alterada. También demostramos que IFITM3 fue capaz de inhibir la infección por NVHT tanto en células HUVEC como A549 por sobreexpresión y ensayos de ARNi, probablemente a través de un mecanismo de Además, se demostró que la transcripción del IFITM3 está regulada negativamente por un regulador negativo del INCRNA de la respuesta al interferón (NRIR). Tomado en conjunto, se concluye que el IFITM3, regulado negativamente por el NRIR, inhibe la infección por HTNV, y su SNP rs12252 se correlaciona con la carga plasmática de HTNV y la gravedad de la enfermedad de los pacientes con HFRS. Texto: asociado con la gravedad de la enfermedad, indicando la importancia de la viremia en la patogénesis del HFRS (2). Por lo tanto, estudios adicionales de factores de huésped que limitan la infección por HTNV e influyen en la respuesta antiviral así como la progresión de la enfermedad son clínicamente significativos y oportunos. La familia humana de proteínas transmembranas inducidas por interferón (IFITMs) fue descubierta hace 25 años para consistir en genes estimulados por Esta familia incluye cinco miembros, a saber, IFITM1, 2, 3, 5 y 10, entre los cuales IFITM1, 2 y 3 poseen actividad antiviral (4). Diferentes proteínas IFITM tienen espectro antiviral diferente (5). Por ejemplo, IFITM3 ha demostrado prevenir la infección por el virus de la gripe in vitro y en ratones (6, 7), y también inhibe múltiples virus, incluyendo filovirus, rabdovirus, flavivirus, e incluso virus Ébola y Zika (7) (8) (9) (10) (11). El mecanismo antiviral de IFITM3 se cree que es la restricción de la entrada viral en las células (4, 12). Los polimorfismos de nucleótidos únicos (SNPs) son variaciones únicas de nucleótidos en una secuencia genética que ocurren a una frecuencia apreciable en la población. Varios SNPs han sido identificados en IFITM3, entre los cuales el sitio con alelo C rs12252 resulta en una truncación N-terminal de la proteína IFITM3, lo que conduce a una inhibición alterada del virus de la gripe in vitro (13, 14). En particular, las frecuencias de alelo C rs12252 y genotipo CC se correlacionan con la gravedad de la enfermedad en pacientes infectados con el virus de la gripe (13, 15). Se ha demostrado que el HTNV induce una respuesta de interferón tipo I (aunque en el tiempo posterior a la infección) (16, 17). Si bien la sobreexpresión de las células IFITM1, 2 y 3 de Vero E6 sigue siendo desconocida en las células Vero E6 para inhibir la infección por HTNV (18), sin embargo, el efecto de los IFITMs sobre la El LncRNA comprende un grupo de ARNs no codificantes de más de 200 nt que funcionan como reguladores genéticos. Se ha demostrado que algunos lncRNAs desempeñan un papel en la inmunidad innata (19). Entre ellos, el regulador negativo de la respuesta al interferón (NRIR) (INCRNA NRIR, también conocido como lncRNA-CMPK2) es un ISG no codificante que regula negativamente la expresión IFITM1 y Mx1 en la infección por VHC (20). En particular, el IFITM3 es en gran medida homólogo del IFITM1, pero el papel del NRIR en la regulación del IFITM3 en la infección por NHT sigue sin estar claro. En el presente estudio, investigamos el efecto del IFTTM3 en la replicación del HTNV y su papel en el desarrollo del HFRS en humanos. Proveemos evidencia primaria que sugiere que el IFITM3, regulado por el NRIR, puede inhibir la infección por HTNV y su SNP rs12252 se correlaciona con la gravedad de la enfermedad y la carga viral en pacientes con HFRS. Este estudio amplía nuestra comprensión de la actividad antiviral del IFITM3 y enriquece nuestro conocimiento de las respuestas inmunes innatas a la infección por HTNV. Este estudio se llevó a cabo de acuerdo con las recomendaciones de las guías de investigación biomédica con participantes humanos establecidas por la Comisión Nacional de Salud y Planificación Familiar de China. El Comité de Ética Institucional del Hospital de Tangdu aprobó este estudio. Todos los sujetos dieron consentimiento informado por escrito de acuerdo con la Declaración de Helsinki. Antes de la inclusión, todos los participantes fueron informados de los objetivos del estudio y firmaron el formulario de consentimiento antes de obtener muestras de sangre y registros médicos. El diagnóstico de HFRS se basó en los síntomas y signos típicos, así como en anticuerpos IgM e IgG positivos frente a la NVHT en el suero evaluado por el ensayo inmunosorbente vinculado a enzimas (ELISA) en nuestro departamento. La clasificación de la gravedad de HFRS y los criterios de exclusión fueron descritos de la siguiente manera (21): glóbulos blancos (WBC), plaquetas (PLT), nitrógeno de urea sanguínea (BUN), creatinina sérica (Scr) y linfocitos heteromórficos que fueron probados por el Departamento de Laboratorio Clínico (mostrados en la Tabla 1 ). De acuerdo con los síntomas y signos clínicos, tales como fiebre, derrame, hemorragia, edema y función renal, la gravedad del HFRS puede clasificarse como previamente descrito (21): 1) pacientes leves fueron identificados con insuficiencia renal leve sin una etapa oligúrgica obvia; 2) pacientes moderados fueron aquellos con síntomas obvios de uremia, derrame (conjuntiva bulbar), hemorragia (piel y membrana mucosa) e insuficiencia renal con una etapa oligúrica típica; 3) pacientes graves tuvieron uremia grave, derrame (conjuntiva bulbar y <50 ml/día) durante ≤2 días; y 4) pacientes críticos presentaron ≥1 de los siguientes signos durante la enfermedad: shock refractario, hemorragia visceral, insuficiencia cardíaca, edema cerebral, infección secundaria y pérdida grave de la piel, de la piel y de la mucosa, de la oliguria (50 ml/día) durante ≤5 Debido a la cantidad de la muestra requerida para la mecanografía del SNP, los pacientes leves y moderados fueron evaluados juntos en el grupo leve, y combinamos pacientes graves y críticos como grupo severo. Los criterios de exclusión para este estudio fueron los siguientes: (1) cualquier otra enfermedad renal, (2) diabetes mellitus, (3) enfermedad autoinmune, (4) enfermedad hematológica, (5) enfermedad cardiovascular, (6) hepatitis viral (tipos A, B, C, D o E) o (7) cualquier otra enfermedad hepática. Además, ningún paciente recibió corticosteroides u otros fármacos inmunomoduladores durante el período del estudio (21). El ADN genómico se extrajo de la sangre periférica de los pacientes utilizando el kit de aislamiento del ADN de PureGene (Gentra Systems, Minneapolis, MN, EE.UU.). La región que abarca el IFITM3 humano rs12252 fue amplificada por PCR (primario delantero, 5′-GGAAACTGTTGAGAAACCGAA-3′ y primer inverso, 5′-CATACGCACCTTCACGAGT-3′). Los productos PCR fueron purificados y secuenciados utilizando un analizador de ADN de Biosistemas Aplicados 3730xl (Thermo Scientific, Waltham, MA, EE.UU.). Las frecuencias de alelos y genotipos de Han China saludable y otros grupos se obtuvieron a partir del proyecto de 1.000 genomas (http:// www.1000genomes.org). La carga de HTVV en muestras de plasma (recogidas durante la fase aguda) de 24 pacientes HFRS de edad y sexo con diferentes genotipos se midieron utilizando métodos notificados previamente (2). Brevemente, el ARN viral se extrajo del plasma de pacientes con HFRS utilizando kits de ARN/ADN viral Purelink (Invitrogen, Carlsbad, CA, EE.UU.). El kit de sistema RT-PCR cuantificativo Platinum One-Step (Invitrogen, Carlsbad, CA, EE.UU.) fue empleado para el ensayo RT-PCR en tiempo real. Los imprimadores y sonda (proporcionados por Sangon Biotech, Shanghai, China) fueron los siguientes: adelante, 5′-TACAGAGGGAAATCAATGCC-3′, reverso, 5′-TGTTCAACTCATCTGATCCTT-3′, y sonda, 5′-(FAM) ATCCCTCACCTTCTCTCGCGCTTATCTC (TAMRA)-3′. Se utilizó como calibrador cuantitativo el segmento sintético S de la cepa estándar HTNV 76-118 ARN transcrita. El estándar externo fue el sobrenadante de cultivo de células Vero E6 infectadas con HTNV 76-118, que fue cuantificado utilizando calibradores cuantitativos sintéticos. Para cada experimento, se extrajo un alícuota de estándar calibrado 76-118 en paralelo con las muestras clínicas y se diluyó en serie 10 veces con concentraciones que iban de 10,56 a 2,56 log10 copias/ml. PCR se realizó utilizando un Ciclor iQ5 (Bio-Rad, Hércules, CA, EE.UU.) con las siguientes condiciones: 42°C durante 15 min, 95°C durante 2 min, y 50 ciclos de 15 s a 95°C, 30 s a 53°C y 30 s a 72°C. La Las células HUVEC (ScienCell Research Laboratories, Carlsbad, CA, USA) fueron cultivadas en ECM BulletKit (ScienCell Research Laboratories, Carlsbad, CA, USA) en una incubadora de CO2 al 5%. Las células A549 (ATCC Cat# CRM-CCL-185, RRID:CVCL_0023) fueron cultivadas en nuestro laboratorio en DMEM con 10% FBS (Thermo Scientific, Waltham, MA, USA) en una incubadora de CO2 al 5%. Las células fueron utilizadas dentro del paso 10 después del cultivo primario. La cepa HTNV 76-118 fue cultivada en células Vero E6 (ATCC Cat# CRL-1586, RRID:CCL_0574) en nuestro laboratorio y tituladas utilizando un ensayo de tinción de inmunofluorescencia para El TCID50 fue de 10 5 /ml, que se calculó utilizando el método Reed-Muench. La IFN-α2a humana recombinante se obtuvo de PBL Interferon Source (Piscataway, NJ, EE.UU.) y se disolvió en el tampón proporcionado por el fabricante (composición no revelada). Las células HUVEC y A549 fueron infectadas por incubación con HTVV como moi indicado a 37°C durante 60 minutos. Posteriormente, la solución del virus fue removida y se añadió un medio fresco al cultivo celular. Las células fueron transfectadas con vectores lentivirales de C-Myc-tagged IFITM1, IFITM2, IFITM3 e IFITM3 NΔ21 (comprado de GENECHEM, Shanghai, China) en un moi de 10. Se utilizó la puromycin (2 μg/ ml para HUVEC y 6 μg/ml para células A549) para crear líneas celulares que expresaban los IFITM de forma estable. Las células fueron transfectadas con ARN de interferencia corta (siRNA), IFITM1 siRNA, IFITM2 siRNA, o IFITM3 siRNA (10 nM) usando reactivo de transfección de Lipofectamine 3000 (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA). Los siRNAs fueron comprados a Orígene (Rockville, MD, USA), y las secuencias no fueron reveladas. El ARN total fue extraído usando reactivo de TRIzol (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA), y cDNA fue sintetizado usando el kit K1622 (Thermo Scientific, Waltham, MA, USA). La PCR cuantitativa en tiempo real (qPCR) se realizó utilizando SYBR Premix Ex Taq II (Takara Biotechnology Co., Dalian, China) con un ciclor Bio-Rad iQ5 (Bio-Rad, Hércules, CA, EE.UU.). Los primeros (Sangon Biotech, Shanghai, China) eran los siguientes: IFITM1 (a continuación, 5′-ACTCCGTGAAGTCTAGGGACA-3′ e inversa, 5′-TGTACAGAGAGAGAGATACCAG-3′); IFITM2 (a continuación, 5′-ATCGCGCGACACCAT-3′ e inversa, 5′-TGTCCCTAGACTTCAGAGAGAGGA-3′); IFITM3 premRNA (a continuación, 5′-CATAGCGCGCGCTACCAT-3′ e inversa, 5′-CGGCCAACCTCTCTCTGGGG-3′); HHTTM3 premRNA (a continuación, 5′-GCCGAGACGGGGG-3′ e inversa, 5′-CGGCCATCTCTCTCTCTCTCTGGG-3′); S seg Para la detección de miR-130a, cDNA fue sintetizado usando el kit de transcripción inversa de microRNA de TaqMan (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) con un imprimador específico en el kit de ensayo de TaqMan específico para el gen (000454, Invitrogen, Carlsbad, CA, USA). El nivel de MiR-130a fue determinado usando el kit de ensayo de TaqMan específico para el gen (000454, Invitrogen, Carlsbad, CA, USA). U6 (001973, Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) fue usado como un control endógeno (23). Debido a que los niveles de pre-mRNA pueden representar la tasa de transcripción inicial (24), los imprimadores utilizados para detectar el pre-mRNA de IFITM3 fueron diseñados para el intron de I IFITM3 tiene dos exones y un intron. Para qPCR de IFITM3 pre-mRNA, los imprimadores delanteros fueron posicionados en el intron, y el imprimador inverso fue posicionado al principio del segundo exon (24). Debido a que la expresión basal de IFITM3 es baja en las células A549, detectamos IFITM3 mRNA y pre-mRNA en las células A549 después del tratamiento con IFN-α2a (20 UI/ml durante 12 h) después de la sobreexpresión de NRIR. Los lisatos celulares fueron preparados utilizando el tampón Radio Inmunoprecipitation Assay (RIPA) (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, EE.UU.). Cantidades iguales de proteína (20 μg de proteína/lana) fueron electroforizadas en un gel de 10%-SDS-poliacrilamida y transferidas electroforéticamente a una membrana de difluoruro de polivinilideno (Millipore, Billerica, MA, EE.UU.). Después de bloquear con 5% de albúmina sérica bovina en solución salina trisbuferada a temperatura ambiente durante 1 h, las membranas fueron incubadas con anticuerpos contra IFITM1 (Grupo Proteintech Cat# 60074-1-Ig Lot# RRID:AB_2233405), IFITM2, IFITM3 (Grupo Proteintech Cat# 66081-1-Ig Lot# RRID:AB_11182821), y β-actina (Proteintech, Wuhan, Hubei, China) o HTVN NP (proporcionado por el Departamento de Microbiología, la Cuarta Universidad Médica Militar) durante la noche a 4°C. Las membranas fueron luego lavadas e incubadas con anticuerpo IgG (Tecnología de Señalización Celular, Danvers, MA, EE.UU.) Las manchas fueron desarrolladas utilizando un kit mejorado de detección de quimioluminiscencia (Millipore, Billerica, MA, USA) y visualizadas con película de rayos X. Las densidades de blot fueron analizadas con el software Quantity One (Bio-Rad, Hércules, CA, USA). Además, el búfer RIPA contiene 50mM Tris (pH = 7,4), 150 mM NaCl, 1% Triton X-100, 1% desoxicholato de sodio, 0,1% SDS. Se añadió un cóctel inhibidor de proteasa (Roche, Basel, Suiza) antes de su uso. Las células fueron cultivadas en lamas de vidrio (Millipore, Billerica, MA, USA) hasta que fueron semiconfluencia y luego incubadas con HTNV durante 60 min (moi = 1). En los momentos indicados después de la infección por HTVV, las células se fijaron con un 4% de PFA, incubadas con un 0,3% de Triton X-100 (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, USA), y bloqueadas con 5% de BSA durante 1 h. Tras la incubación con un anticuerpo monoclonal de ratón contra c-myc-tag (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, USA, Sigma-Aldrich Cat# M5546), IFITM3, glucoproteína 1 de membrana asociada al lisosoma (LAMP1, Tecnología de Señalización Celular, Danvers, MA, USA), o HTVN NP a 37°C durante 2 h, las células fueron lavadas e incubadas con anti-rabbit Ig conjugada con Alexa 555 y anti-mouse Ig conjugada con Se utilizaron un sistema de microscopio de fluorescencia Olympus BX51 y un sistema de microscopía confocal FV1000 (Olympus, Tokio, Japón) para capturar las imágenes. Ensayo de unión y entrada hTnV Las células transducidas con IFITM3 o el vector vacío fueron desprendidas y lavadas extensamente con PBS fríos. Las células y HTVV fueron pre-refrigeradas sobre hielo durante 30 min, mezcladas a un moi de 1 e incubadas a 4°C durante 1 h con rotación. Parte de las células fueron lavadas extensamente con PBS frío-hielo y recolectadas para el ensayo de unión. Otra parte de las células fueron cambiadas a 37°C durante 2 h para permitir la entrada HTVV. El HTNV que permanecía en la superficie celular fue eliminado mediante tratamiento con proteinasa K (0, Para lograr la entrada directa de HTNV en las células por fusión de la membrana viral-plasma como control positivo, las células fueron pre-refrigeradas sobre hielo durante 10 min con 20 mM NH4Cl. La adsorción de HTNV (moi = 1) se realizó a 4°C durante 1 h. Las células fueron luego lavadas, y la fusión del virus con la membrana plasmática se desencadenó por incubación en medio bajo pH (20 mM succinato de sodio, pH = 5.5) durante 10 min a 37°C. La infección fue seguida por incubación durante 2 h a 37°C en presencia de 20 mM NH4Cl (26). El análisis de qPCR del segmento HTNV S se realizó para evaluar la influencia de IFITMs en la adhesión de células HTNV y la entrada de HTNV. Todos los Para el análisis de asociación del alelo y el genotipo rs12252 se utilizó la prueba exacta de Fisher, se utilizaron muestras independientes t-tests para datos normalmente distribuidos, se determinaron diferencias entre grupos mediante análisis de varianza en un solo sentido (ANOVA) con medidas repetidas, seguidas de la prueba post hoc de Bonferroni. P < 0,05 se consideró estadísticamente significativo, se examinó la relación entre el alelo y el genotipo cc iFiTM3 snP rs12252 c asociado con enfermedad grave de hFrs y una carga de plasma hTnV más altaPara determinar la significación clínica de IFITM3 SNP en infección por HTNV, se examinó la relación entre rs12252 SNP y la gravedad del HFRS en 69 pacientes. La secuenciación de 300 pb del locus IFITM3 abarcando SNP rs12252 en todos los pacientes incluidos. Luego, estratificamos a estos pacientes en leves y graves, según la evaluación clínica que se describe en la sección "Material y Métodos". Encontramos una frecuencia significativamente mayor del alelo C entre los pacientes con HFRS grave en comparación con el Han chino sano en la base de datos de secuencia de 1.000 genomas (68,29 vs. 52,16%, P = 0,0076). La frecuencia de rs12252 C en pacientes graves también fue mayor que los pacientes leves (68,29 vs. 46,43%, P = 0,013, Figuras 1A,B; Tabla 2 ). Estos datos sugieren que albergar rs12252 C alle aumenta el riesgo de sufrir enfermedad grave en individuos infectados por HTNV, con una proporción de probabilidades (IC Para los genotipos, el 43,90% de los pacientes graves tenían el genotipo CC, una frecuencia significativamente mayor que la base de datos de secuencias de genomas Han Chinese por 1.000 (genotipo CC 26,92%, P = 0,03), así como pacientes levemente infectados (14,29%, P = 0,02, Figuras 1A,B; Tabla 2 ). Sin embargo, individuos levemente enfermos no exhibieron una prueba exacta de Fisher para probar la asociación entre el alelo/genotipo rs12252 y la gravedad del HFRS. c) La carga de NVHT plasmática en pacientes con genotipo CC y pacientes con genotipo TC/TT, probada por el análisis qRCR. Cada símbolo representa a un paciente individual. Se utilizó una prueba t de muestras independientes para comprobar la diferencia de la carga NVHT entre grupos. *P Además, también se encontró que los pacientes con genotipo CC tenían mayor carga viral plasmática en fase aguda (Figura 1C). Estos resultados apoyan la noción de que la función normal de IFITM3 juega un papel crítico en la respuesta inmune a la infección por NHTV in vivo, lo que tiene una influencia sustancial en la manifestación clínica de HFRS. Estudios previos revelan que la proteína truncada IFITM3 producida por SNP rs12252 alelo C (Figura 2A, la parte faltante representa los 21 aminoácidos truncados de N-terminal de IFITM3, la hélice intramembrana y la hélice transmembrana se presentaron como cajas) conduce a una actividad anti-influenza deteriorada (14). Para probar la significación funcional de este polimorfismo en la infección por NHTV, transfectamos los alelos mayoritarios T o minoritarios C de la variante IFITM3 que producen proteínas truncadas de longitud completa o N-terminal (NΔ21) (Figura 2A) con c-mic-tag a la célula HUVEC y A549 usando vectores de lentivirus (Figura 2B). Luego, desafiamos las células con NHTV a moi = 1 durante 24 h y encontramos que las células con la variante C minoritaria eran más susceptibles a la infección por NHTV con mayor expresión del segmento S de HTVV (Figura 2C) y más positivas de NHTVP (Figura S3 en Material Suplementario). En efecto, en comparación con el control simulado (vector vacío) infectado, la proteína NΔ21 casi perdió la capacidad de inhibir la infección por NHTV tanto en células HUVEC como A549 (Figuras 2C,D ; Figura S3 en Material Suplementario). Para determinar el papel de la infección por NHTV en la inducción de IFITMs, qPCR así como Western blot de IFITMs se realizaron en células HUVEC y A549 (Figuras 3A,B ; Figura S1 en Material Suplementario). Si bien observamos sólo una regulación moderada del aumento de IFITM1, 2 y 3 mRNA y proteína en HUVECs después de más de 24 h postinfección; IFITM1, 2 y 3 mRNA, sin embargo, sólo fueron regulados transitoriamente en células A549 y no causaron ningún cambio significativo Derribamos la expresión IFITM1, 2 y 3 por transfección de sus siRNAs individualmente. El efecto de los siRNAs sobre la expresión de los IFITMs diana fue probado por qPCR en HUVECs (Figura S2 en Material Suplementario), y el efecto del mejor oligo contra cada IFITMs (IFITM1C, IFITM2A, IFITM3B) fue probado por Western blot en A549 (Figura 4A ) y células HuVEC (Figura 4B). Para evaluar el papel de los IFITMs en el efecto anti-HTNV de IFN-α2a, IFITM1, 2 y 3 fueron derribados respectivamente mediante transfecciones de los oligos anteriormente probados durante 12 h, seguidos por el tratamiento IFN-α2a (20 UI Las células fueron luego desafiadas con HTVV (moi = 1) durante 24 h. El segmento HTVV S y los niveles NP fueron significativamente suprimidos en las células HUVEC y A549 en respuesta al tratamiento con IFN-α2a. En particular, el derribo de IFITM3 restauró significativamente los niveles de HTVV S y NP en las células HUVEC y A549. El derribo de IFITM1 también restauró parcialmente el nivel de HTVV en las células A549 (Figuras 4C,D). Estos resultados demuestran que Para evaluar los efectos anti-HTVV de las IFITMs, se probó el efecto de la sobreexpresación de IFITM1, 2 y 3 sobre la infección por HTVV. Las células con marcado c-myc IFITM1, 2 y 3 fueron expresadas tanto en células HUVEC como en A549 (Figura 5A), y las células fueron rebatidas con HTNV (moi = 1) durante 24 h. El segmento HTNV S y los niveles NP fueron suprimidos por la sobreexpresión IFITM3 en células HUVEC (Figuras 5B-D). También fueron suprimidas al expresar IFITM1 e IFITM3 en células A549 (Figuras 5B-D). El efecto inhibidor de IFITM3 fue confirmado por el análisis de inmunofluorescencia de HTNV NP (Figura S3 en Material Suplementario). Estos resultados fueron de acuerdo con los resultados ARNi descritos anteriormente. Para determinar si IFITM3 inhibió la unión o entrada de HTNV, las células HUVEC y A549 fueron incubadas con HTNV (moi = 1) a 4°C durante 1 h, se lavó el virus no unido, y el ARN HTNV recogido en este momento representa el HTNV unido a la superficie celular. Después de la unión del virus, las células se desplazaron a 37°C durante 2 h para permitir la internalización de HTNV, y el ARN HTNV recogido en este momento representa el virus interiorizado celular. Como control positivo para la inhibición de la entrada del virus, incubamos un grupo paralelo de células con HTNV a pH = 5,5 como se describe en la sección "Materiales y Métodos". La expresión de IFITM3 no afectó la unión de HTNV (figura 6A Para dilucidar el mecanismo de la función IFITM3, se investigó la localización subcelular de IFTIM3 en las células del huésped. IFITM3 se encontró parcialmente localizado a LAMP1 + endosomas tardíos en los HUVEC analizados por microscopía confocal (Figura 6C). La colocalización de IFITM3 y LAMP1 + endosomas tardíos también se había encontrado en células A549 (27). Debido a que la transferencia a LAMP1 + endosomas tardíos es un paso necesario para la entrada de HTVV (28), este resultado proporciona una evidencia para el mecanismo anti-HTNV de IFITM3. La regulación mediada por LncRNA y microRNA de IFITM3 ha sido reportada en varios estudios. Se probó el cambio de reguladores previamente reportados de IFITMs, tales como NRAV, NRIR y miR-130a después de la infección por HTVN, entre los cuales el NRIR fue el único modificado (desregulado) después de la infección por HTVN (Figura 7A ; Figura S4 en Material Suplementario) en HUVEC. Sin embargo, la expresión de NRIR no se modificó en las células A549. sobreexpresamos el NRIR en las células HUVEC y A549 utilizando el vector pcDNA3.1 (Figura 7B). Es importante destacar que la sobreexpresión de NRIR suprimió significativamente los niveles de ARNm IFITM3 y pre-mRNA y facilitó la infección por HTVN en las células HUVEC y A549 (Figuras 7C- El virus Hantaan es un virus de ARN envuelto, de sentido negativo del género Hantavirus dentro de la familia Bunyaviridae. Causa HFRS, que es una amenaza importante para la salud pública en todo el mundo. También es un arma potencial para el terrorismo biológico. Los animales de reserva, generalmente roedores, son asintomáticos durante la infección persistente. A diferencia de los roedores, la infección por Hantavirus conduce a HFRS y síndrome pulmonar de Hantavirus (HPS) en los seres humanos (21). Las principales características clínicas del HFRS incluyen fiebre, hemorragia, hipotensión y lesión renal (1, 21), causando manifestaciones graves y muerte en algunos casos. El estándar actual de atención del HFRS se basa en el tratamiento sintomático y de apoyo. Se ha confirmado que la carga viral plasmática está asociada con la gravedad del HFRS, implicando la importancia de la viremia en la patogénesis del H Sin embargo, en la actualidad no se dispone de medicamentos antivirales directos para esta enfermedad. El interferón es la molécula clave para la respuesta antiviral y se ha utilizado como medicamento antiviral en muchas enfermedades. Se ha informado que la infección por HTNV induce una respuesta tardía de interferón tipo I (16). Sin embargo, el conjunto de ISG necesarios para la inhibición mediada por IFN de HTNV todavía no se ha identificado. Por lo tanto, la identificación de ISG que son eficaces contra HTNV es una estrategia atractiva para identificar nuevos objetivos terapéuticos. En este estudio, se demostró una frecuencia significativamente alta de los rs12252 alelos C y genotipo CC entre los pacientes con HFRS con enfermedad grave en comparación con los individuos levemente infectados y los chinos sanos Han. El alelo C y el genotipo CC rs12252 también se encuentran asociados con una mayor carga También descubrimos que la infección por HTNV induce IFITMs, y el alelo IFITM3 truncado producido por rs12252 C presenta una disminución significativa de la actividad anti-HTNV. Curiosamente, se encuentra que IFITM3 restringe la infección por HTNV con un mecanismo de inhibición de la entrada celular. De hecho, IFITM3 se encuentra localizado al endosoma tardío en las células huésped, que es una estructura necesaria para la entrada de HTNV. Además, encontramos que la infección por HTNV rincrregulada NRIR 48 h después de la infección, que regula negativamente la transcripción de IFITM3. Colectivamente, estos resultados sugieren que IFITM3, regulada por NRIR, inhibe la infección por HTNV, y su SNP rs12252 se correlaciona con la gravedad de la enfermedad y la carga viral Las propiedades antivirales de las proteínas IFITM se identificaron en 2009 en una pantalla de ARNi para los factores huéspedes que influyen en la replicación del virus de la gripe (29). IFITM1, 2 y 3 han demostrado poseer actividad antiviral en varios estudios. Everitt et al. demostraron que la gravedad de la infección por el virus de la gripe aumentó considerablemente en ratones IFITM3-knockout en comparación con animales salvajes (15). También se ha confirmado que diferentes miembros de IFITM inhiben la entrada celular de varias familias de virus (incluyendo filovirus, rabdovirus y flavivirus) (7, (9) (10) (11) 30). Por ejemplo, la infección por VIH-1 y VHC son inhibidas por IFITM1 (31) (32) (33) (34). Se cree comúnmente que los IFITM restringen la infección viral en la etapa de entrada celular (12 Estudios recientes sugieren que la ubicación celular de diferentes IFITMs puede influir en el rango de virus restringidos por cada proteína (5). IFITM1 impide la entrada del VHC porque colocaliza con CD81 en la membrana celular, interrumpiendo la endocitosis de partículas del VHC (32), mientras que IFITM3 limita el virus de la gripe en compartimentos endosómicos acidificados (27). En particular, las partículas del subvirus retrovirus (ISVPs), que no requieren acidificación endosomal para la entrada, no son inhibidas por la expresión IFITM3, lo que sugiere que IFITM3 puede funcionar en la etapa de entrada endosomal (35). Estudios que utilizan análisis de fusión de células celulares han sugerido que IFITM3 bloquea la entrada del virus envuelto al prevenir la fusión de la membrana viral con una membrana limitante de la célula Los resultados obtenidos mediante escaneo láser de dos fotones e imágenes de por vida de fluorescencia (FLIM) sugieren que las proteínas IFITM pueden reducir la fluidez de la membrana y aumentar la curvatura positiva espontánea en el prospecto exterior de membranas (36). En el presente estudio, demostramos que IFN-α2a (20 U/ ml) inhibió significativamente la infección por HTVV, el agotamiento mediado por siRNA de IFITM3 solo mitigó significativamente el efecto antiviral de IFN-α2a tanto en células HUVEC como A549, mientras que el agotamiento de IFITM1 solo alivió el efecto antiviral de IFN-α2a en células A549. La sobreexpresión de la infección por HTVV IFITM3 inhibió las células HUVEC y A549. La sobreexpresión IFITM1 también fue eficaz en Todos estos resultados sugieren que IFITM3 es un factor de control importante bajo infección natural de HTVV. Nuestros resultados también demuestran que la efectividad de IFITM3 es celular independiente, lo que está de acuerdo con los resultados de virus similares, como RVFV (18). Ensayos de unión y entrada, realizados mediante el control de la temperatura y el pH, mostraron que IFITM3 no influyó significativamente en la unión de HTVV pero inhibió la entrada de HTVV en células HUVEC y A549. De hecho, IFITM3 se localiza parcialmente al endosoma tardío de las células huésped, que es un sitio necesario para la entrada de HTVV. Sin embargo, fallamos en el seguimiento del transporte de HTVV en células infectadas posiblemente debido a la falta de virus marcado por fluorescencia. Además, IFITM1 también suprimió la infección por HTVV en Según un estudio reciente sobre la estructura tridimensional de IFITM3, hay una transmembrana C-terminal α-hélice y una intramembrana dos-N-terminal α-hélices (mostrada en la Figura 2A como cajas negras) en IFITM3 (14). Hay dos variantes de empalme que difieren por la presencia o ausencia de los primeros N-terminal 21 aminoácidos (parte suprimida, mostrada en la Figura 2A como línea punteada roja). Varios SNPs incluyendo 13 sinónimos, 13 sinónimos, 1 parada en el marco, y 1 aceptación del sitio del empalme han sido reportados en la secuencia traducida IFITM3 (15, 29). Entre ellos, el raro alelo SNP rs12252C de IFITM3 trunca la proteína tal como se describe anteriormente, lo que reduce la inhibición de la infección por el virus de la gripe en las células A549 (15). Demostramos que la proteína IFITM3 truncada también pierde la capacidad de inhibir la infección por HTVV in vitro. En los pacientes de Europa del Norte hospitalizados con gripe estacional o virus de gripe pandémica A, aumentó la homocigosidad del alelo C menor de SNP rs12252 en IFITM3 (37). En los pacientes chinos infectados con el virus de la gripe A (H1N1), también hubo un aumento de la frecuencia del alelo C y el genotipo CC de SNP rs12252 (13). En el presente estudio, observamos un aumento de la frecuencia del alelo C y Los pacientes portadores del genotipo CC también presentaron mayores cargas virales plasmáticas en comparación con los del genotipo CT/TT. Dada la función alterada de la proteína IFITM3 producida por la mutación C, y el hecho de que el enriquecimiento del alelo rs12252 C en pacientes con enfermedad grave y la mayor carga viral en pacientes con genotipo CC, esta fundación sugiere que el IFITM3 juega un papel fundamental en la respuesta anti-VHT in vivo. Especulamos que el nivel mucho más alto de alelo CC en la población sana de Han China en comparación con los caucásicos puede colocar a los chinos en un mayor riesgo de desarrollar enfermedades graves sobre la infección por NVHT, lo que requiere una investigación adicional. Por ejemplo, el lncRNA NEAT1 ha demostrado ser regulado por el virus de la gripe o la estimulación PolyI:C, que promueve la expresión IL-8 (38). lncRNA NRAV ha demostrado regular negativamente la transcripción inicial de IFITM3 y Mx1 al afectar la modificación histona de estos genes (25). lncRNA NRIR es un ISG no codificante, que se ha reportado regular negativamente la expresión IFITM1 y Mx1 en infección por VHC (20). Mir-130a también fue reportado como un regulador de IFITM1 (23). En este análisis, lncRNA NRIR fue regulado en HUVECs después de la infección por HTVV durante 48 h, la sobreexpresión de NRIR regula negativamente la transcripción inicial de IFITM3, evidenciada por la disminución de los niveles pre-mRNA así como mRNA La sobreexpresión NRIR también facilitó la infección por NHTV. Estos resultados indican que la regulación de la NRIR después de la infección por NHT está posiblemente involucrada en la activación de las respuestas inmunes innatas contra la infección por NHTV. También hemos evaluado otros reguladores potenciales de IFITM3 antes de elegir NRIR para un estudio posterior. Otro ARNn que puede regular IFITM3, es decir, NRAV (NR_038854), se mantuvo inalterado después de la infección por NHTV (Figuras S4A,B en Material Suplementario). Además, miR-130a, que potencialmente regula IFITM3, también no se alteró después de la infección por NHTV (Figuras S4C,D en Material Suplementario). En conclusión, este estudio reveló un papel crítico para IFITM3 en la infección por NHTV. Demostramos, por primera vez a nuestro conocimiento, que el IFITM3 es un ISG anti-HTNV recién identificado; su expresión está regulada negativamente por el NRIR; y su actividad antiviral parece a través de un mecanismo de inhibición de la entrada del virus en las células huésped. Además, descubrimos que el alelo y el genotipo del IFITM3 SNP rs12252 C se correlacionan con la carga de HTVV en plasma y la gravedad del HFRS; y el alelo del rs12252 C produce una proteína IFITM3 truncada (NΔ21) que atenúa su función anti-HTNV. Estos resultados proporcionan nuevas percepciones sobre el papel del IFITM3 en la regulación de la inmunidad innata contra la infección por HTLV, que es la base para identificar nuevos objetivos para desarrollar agentes novedosos contra esta enfermedad infecciosa en aUThOr cOnTribUTiOns ZX-y, BP-y, YC-t y MH-w realizaron los experimentos; WP-z, BX-f, LY-f, ZY y JZ-s diseñaron la investigación; HC-x, YW y WX analizaron los datos; TK y ZC-m proporcionaron datos clínicos; ZX-y y BP-y escribieron el artículo.

¿Qué proteínas IFITM han demostrado poseer actividad antiviral?

La proteína transmembrana inducida por interferón 3 inhibe la infección por el virus de Hantaan y su polimorfismo nucleótido único rs12252 Influye en la gravedad de la fiebre hemorrágica con síndrome renalhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5206578/SHA: 4328e18bdf9b52875c87f3f5ddb1911636a192d2Autores: Xu-yang, Zheng; Pei-yu, Bian; Chuan-tao, Ye; Wei, Ye; Hong-wei, Ma; Kang, Tang; Chun-mei, Zhang; Ying-feng, Lei; Xin, Wei; Ping-zhong, Wang; Chang-xing, Huang Los estudios anteriores han identificado las proteínas transmembranas inducidas por interferón (IFITM) como una familia de genes estimulados por interferón. Sin embargo, el papel de los IFITM en la infección por NVHT no está claro. En este estudio, observamos que los polimorfismos mononucleótidos IFITM3 (SNP) rs12252 C alelo y genotipo CC asociados con la gravedad de la enfermedad y la carga de NVHT en el plasma de los pacientes con HFRS. Los experimentos in vitro mostraron que la proteína truncada producida por el alelo rs12252 C presentaba una actividad anti-NVHT alterada. También demostramos que IFITM3 fue capaz de inhibir la infección por NVHT tanto en células HUVEC como A549 por sobreexpresión y ensayos de ARNi, probablemente a través de un mecanismo de Además, se demostró que la transcripción del IFITM3 está regulada negativamente por un regulador negativo del INCRNA de la respuesta al interferón (NRIR). Tomado en conjunto, se concluye que el IFITM3, regulado negativamente por el NRIR, inhibe la infección por HTNV, y su SNP rs12252 se correlaciona con la carga plasmática de HTNV y la gravedad de la enfermedad de los pacientes con HFRS. Texto: asociado con la gravedad de la enfermedad, indicando la importancia de la viremia en la patogénesis del HFRS (2). Por lo tanto, estudios adicionales de factores de huésped que limitan la infección por HTNV e influyen en la respuesta antiviral así como la progresión de la enfermedad son clínicamente significativos y oportunos. La familia humana de proteínas transmembranas inducidas por interferón (IFITMs) fue descubierta hace 25 años para consistir en genes estimulados por Esta familia incluye cinco miembros, a saber, IFITM1, 2, 3, 5 y 10, entre los cuales IFITM1, 2 y 3 poseen actividad antiviral (4). Diferentes proteínas IFITM tienen espectro antiviral diferente (5). Por ejemplo, IFITM3 ha demostrado prevenir la infección por el virus de la gripe in vitro y en ratones (6, 7), y también inhibe múltiples virus, incluyendo filovirus, rabdovirus, flavivirus, e incluso virus Ébola y Zika (7) (8) (9) (10) (11). El mecanismo antiviral de IFITM3 se cree que es la restricción de la entrada viral en las células (4, 12). Los polimorfismos de nucleótidos únicos (SNPs) son variaciones únicas de nucleótidos en una secuencia genética que ocurren a una frecuencia apreciable en la población. Varios SNPs han sido identificados en IFITM3, entre los cuales el sitio con alelo C rs12252 resulta en una truncación N-terminal de la proteína IFITM3, lo que conduce a una inhibición alterada del virus de la gripe in vitro (13, 14). En particular, las frecuencias de alelo C rs12252 y genotipo CC se correlacionan con la gravedad de la enfermedad en pacientes infectados con el virus de la gripe (13, 15). Se ha demostrado que el HTNV induce una respuesta de interferón tipo I (aunque en el tiempo posterior a la infección) (16, 17). Si bien la sobreexpresión de las células IFITM1, 2 y 3 de Vero E6 sigue siendo desconocida en las células Vero E6 para inhibir la infección por HTNV (18), sin embargo, el efecto de los IFITMs sobre la El LncRNA comprende un grupo de ARNs no codificantes de más de 200 nt que funcionan como reguladores genéticos. Se ha demostrado que algunos lncRNAs desempeñan un papel en la inmunidad innata (19). Entre ellos, el regulador negativo de la respuesta al interferón (NRIR) (INCRNA NRIR, también conocido como lncRNA-CMPK2) es un ISG no codificante que regula negativamente la expresión IFITM1 y Mx1 en la infección por VHC (20). En particular, el IFITM3 es en gran medida homólogo del IFITM1, pero el papel del NRIR en la regulación del IFITM3 en la infección por NHT sigue sin estar claro. En el presente estudio, investigamos el efecto del IFTTM3 en la replicación del HTNV y su papel en el desarrollo del HFRS en humanos. Proveemos evidencia primaria que sugiere que el IFITM3, regulado por el NRIR, puede inhibir la infección por HTNV y su SNP rs12252 se correlaciona con la gravedad de la enfermedad y la carga viral en pacientes con HFRS. Este estudio amplía nuestra comprensión de la actividad antiviral del IFITM3 y enriquece nuestro conocimiento de las respuestas inmunes innatas a la infección por HTNV. Este estudio se realizó de acuerdo con las recomendaciones de las guías de investigación biomédica en las que participan participantes humanos establecidas por la Comisión Nacional de Salud y Planificación Familiar de China. El Comité de Ética Institucional del Hospital de Tangdu aprobó este estudio. Todos los sujetos dieron consentimiento informado por escrito de acuerdo con la Declaración de Helsinki. Antes de la inclusión, todos los participantes fueron informados de los objetivos del estudio y firmaron el formulario de consentimiento antes de obtener muestras de sangre y registros médicos. El diagnóstico de HFRS se basó en los síntomas y signos típicos, así como en anticuerpos IgM e IgG positivos frente a la NVHT en el suero evaluado por el ensayo inmunosorbente vinculado a enzimas (ELISA) en nuestro departamento. La clasificación de la gravedad de HFRS y los criterios de exclusión fueron descritos de la siguiente manera (21): glóbulos blancos (WBC), plaquetas (PLT), nitrógeno de urea sanguínea (BUN), creatinina sérica (Scr) y linfocitos heteromórficos que fueron probados por el Departamento de Laboratorio Clínico (mostrados en la Tabla 1 ). De acuerdo con los síntomas y signos clínicos, tales como fiebre, derrame, hemorragia, edema y función renal, la gravedad del HFRS puede clasificarse como previamente descrito (21): 1) pacientes leves fueron identificados con insuficiencia renal leve sin una etapa oligúrgica obvia; 2) pacientes moderados fueron aquellos con síntomas obvios de uremia, derrame (conjuntiva bulbar), hemorragia (piel y membrana mucosa) e insuficiencia renal con una etapa oligúrica típica; 3) pacientes graves tuvieron uremia grave, derrame (conjuntiva bulbar y <50 ml/día) durante ≤2 días; y 4) pacientes críticos presentaron ≥1 de los siguientes signos durante la enfermedad: shock refractario, hemorragia visceral, insuficiencia cardíaca, edema cerebral, infección secundaria y pérdida grave de la piel, de la piel y de la mucosa, de la oliguria (50 ml/día) durante ≤5 Debido a la cantidad de la muestra requerida para la mecanografía del SNP, los pacientes leves y moderados fueron evaluados juntos en el grupo leve, y combinamos pacientes graves y críticos como grupo severo. Los criterios de exclusión para este estudio fueron los siguientes: (1) cualquier otra enfermedad renal, (2) diabetes mellitus, (3) enfermedad autoinmune, (4) enfermedad hematológica, (5) enfermedad cardiovascular, (6) hepatitis viral (tipos A, B, C, D o E) o (7) cualquier otra enfermedad hepática. Además, ningún paciente recibió corticosteroides u otros fármacos inmunomoduladores durante el período del estudio (21). El ADN genómico se extrajo de la sangre periférica de los pacientes utilizando el kit de aislamiento del ADN de PureGene (Gentra Systems, Minneapolis, MN, EE.UU.). La región que abarca el IFITM3 humano rs12252 fue amplificada por PCR (primario delantero, 5′-GGAAACTGTTGAGAAACCGAA-3′ y primer inverso, 5′-CATACGCACCTTCACGAGT-3′). Los productos PCR fueron purificados y secuenciados utilizando un analizador de ADN de Biosistemas Aplicados 3730xl (Thermo Scientific, Waltham, MA, EE.UU.). Las frecuencias de alelos y genotipos de Han China saludable y otros grupos se obtuvieron a partir del proyecto de 1.000 genomas (http:// www.1000genomes.org). La carga de HTVV en muestras de plasma (recogidas durante la fase aguda) de 24 pacientes HFRS de edad y sexo con diferentes genotipos se midieron utilizando métodos notificados previamente (2). Brevemente, el ARN viral se extrajo del plasma de pacientes con HFRS utilizando kits de ARN/ADN viral Purelink (Invitrogen, Carlsbad, CA, EE.UU.). El kit de sistema RT-PCR cuantificativo Platinum One-Step (Invitrogen, Carlsbad, CA, EE.UU.) fue empleado para el ensayo RT-PCR en tiempo real. Los imprimadores y sonda (proporcionados por Sangon Biotech, Shanghai, China) fueron los siguientes: adelante, 5′-TACAGAGGGAAATCAATGCC-3′, reverso, 5′-TGTTCAACTCATCTGATCCTT-3′, y sonda, 5′-(FAM) ATCCCTCACCTTCTCTCGCGCTTATCTC (TAMRA)-3′. Se utilizó como calibrador cuantitativo el segmento sintético S de la cepa estándar HTNV 76-118 ARN transcrita. El estándar externo fue el sobrenadante de cultivo de células Vero E6 infectadas con HTNV 76-118, que fue cuantificado utilizando calibradores cuantitativos sintéticos. Para cada experimento, se extrajo un alícuota de estándar calibrado 76-118 en paralelo con las muestras clínicas y se diluyó en serie 10 veces con concentraciones que iban de 10,56 a 2,56 log10 copias/ml. PCR se realizó utilizando un Ciclor iQ5 (Bio-Rad, Hércules, CA, EE.UU.) con las siguientes condiciones: 42°C durante 15 min, 95°C durante 2 min, y 50 ciclos de 15 s a 95°C, 30 s a 53°C y 30 s a 72°C. La Las células HUVEC (ScienCell Research Laboratories, Carlsbad, CA, USA) fueron cultivadas en ECM BulletKit (ScienCell Research Laboratories, Carlsbad, CA, USA) en una incubadora de CO2 al 5%. Las células A549 (ATCC Cat# CRM-CCL-185, RRID:CVCL_0023) fueron cultivadas en nuestro laboratorio en DMEM con 10% FBS (Thermo Scientific, Waltham, MA, USA) en una incubadora de CO2 al 5%. Las células fueron utilizadas dentro del paso 10 después del cultivo primario. La cepa HTNV 76-118 fue cultivada en células Vero E6 (ATCC Cat# CRL-1586, RRID:CCL_0574) en nuestro laboratorio y tituladas utilizando un ensayo de tinción de inmunofluorescencia para El TCID50 fue de 10 5 /ml, que se calculó utilizando el método Reed-Muench. La IFN-α2a humana recombinante se obtuvo de PBL Interferon Source (Piscataway, NJ, EE.UU.) y se disolvió en el tampón proporcionado por el fabricante (composición no revelada). Las células HUVEC y A549 fueron infectadas por incubación con HTVV como moi indicado a 37°C durante 60 minutos. Posteriormente, la solución del virus fue removida y se añadió un medio fresco al cultivo celular. Las células fueron transfectadas con vectores lentivirales de C-Myc-tagged IFITM1, IFITM2, IFITM3 e IFITM3 NΔ21 (comprado de GENECHEM, Shanghai, China) en un moi de 10. Se utilizó la puromycin (2 μg/ ml para HUVEC y 6 μg/ml para células A549) para crear líneas celulares que expresaban los IFITM de forma estable. Las células fueron transfectadas con ARN de interferencia corta (siRNA), IFITM1 siRNA, IFITM2 siRNA, o IFITM3 siRNA (10 nM) usando reactivo de transfección de Lipofectamine 3000 (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA). Los siRNAs fueron comprados a Orígene (Rockville, MD, USA), y las secuencias no fueron reveladas. El ARN total fue extraído usando reactivo de TRIzol (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA), y cDNA fue sintetizado usando el kit K1622 (Thermo Scientific, Waltham, MA, USA). La PCR cuantitativa en tiempo real (qPCR) se realizó utilizando SYBR Premix Ex Taq II (Takara Biotechnology Co., Dalian, China) con un ciclor Bio-Rad iQ5 (Bio-Rad, Hércules, CA, EE.UU.). Los primeros (Sangon Biotech, Shanghai, China) eran los siguientes: IFITM1 (a continuación, 5′-ACTCCGTGAAGTCTAGGGACA-3′ e inversa, 5′-TGTACAGAGAGAGAGATACCAG-3′); IFITM2 (a continuación, 5′-ATCGCGCGACACCAT-3′ e inversa, 5′-TGTCCCTAGACTTCAGAGAGAGGA-3′); IFITM3 premRNA (a continuación, 5′-CATAGCGCGCGCTACCAT-3′ e inversa, 5′-CGGCCAACCTCTCTCTGGGG-3′); HHTTM3 premRNA (a continuación, 5′-GCCGAGACGGGGG-3′ e inversa, 5′-CGGCCATCTCTCTCTCTCTCTGGG-3′); S seg Para la detección de miR-130a, cDNA fue sintetizado usando el kit de transcripción inversa de microRNA de TaqMan (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) con un imprimador específico en el kit de ensayo de TaqMan específico para el gen (000454, Invitrogen, Carlsbad, CA, USA). El nivel de MiR-130a fue determinado usando el kit de ensayo de TaqMan específico para el gen (000454, Invitrogen, Carlsbad, CA, USA). U6 (001973, Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) fue usado como un control endógeno (23). Debido a que los niveles de pre-mRNA pueden representar la tasa de transcripción inicial (24), los imprimadores utilizados para detectar el pre-mRNA de IFITM3 fueron diseñados para el intron de I IFITM3 tiene dos exones y un intron. Para qPCR de IFITM3 pre-mRNA, los imprimadores delanteros fueron posicionados en el intron, y el imprimador inverso fue posicionado al principio del segundo exon (24). Debido a que la expresión basal de IFITM3 es baja en las células A549, detectamos IFITM3 mRNA y pre-mRNA en las células A549 después del tratamiento con IFN-α2a (20 UI/ml durante 12 h) después de la sobreexpresión de NRIR. Los lisatos celulares fueron preparados utilizando el tampón Radio Inmunoprecipitation Assay (RIPA) (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, EE.UU.). Cantidades iguales de proteína (20 μg de proteína/lana) fueron electroforizadas en un gel de 10%-SDS-poliacrilamida y transferidas electroforéticamente a una membrana de difluoruro de polivinilideno (Millipore, Billerica, MA, EE.UU.). Después de bloquear con 5% de albúmina sérica bovina en solución salina trisbuferada a temperatura ambiente durante 1 h, las membranas fueron incubadas con anticuerpos contra IFITM1 (Grupo Proteintech Cat# 60074-1-Ig Lot# RRID:AB_2233405), IFITM2, IFITM3 (Grupo Proteintech Cat# 66081-1-Ig Lot# RRID:AB_11182821), y β-actina (Proteintech, Wuhan, Hubei, China) o HTVN NP (proporcionado por el Departamento de Microbiología, la Cuarta Universidad Médica Militar) durante la noche a 4°C. Las membranas fueron luego lavadas e incubadas con anticuerpo IgG (Tecnología de Señalización Celular, Danvers, MA, EE.UU.) Las manchas fueron desarrolladas utilizando un kit mejorado de detección de quimioluminiscencia (Millipore, Billerica, MA, USA) y visualizadas con película de rayos X. Las densidades de blot fueron analizadas con el software Quantity One (Bio-Rad, Hércules, CA, USA). Además, el búfer RIPA contiene 50mM Tris (pH = 7,4), 150 mM NaCl, 1% Triton X-100, 1% desoxicholato de sodio, 0,1% SDS. Se añadió un cóctel inhibidor de proteasa (Roche, Basel, Suiza) antes de su uso. Las células fueron cultivadas en lamas de vidrio (Millipore, Billerica, MA, USA) hasta que fueron semiconfluencia y luego incubadas con HTNV durante 60 min (moi = 1). En los momentos indicados después de la infección por HTVV, las células se fijaron con un 4% de PFA, incubadas con un 0,3% de Triton X-100 (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, USA), y bloqueadas con 5% de BSA durante 1 h. Tras la incubación con un anticuerpo monoclonal de ratón contra c-myc-tag (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, USA, Sigma-Aldrich Cat# M5546), IFITM3, glucoproteína 1 de membrana asociada al lisosoma (LAMP1, Tecnología de Señalización Celular, Danvers, MA, USA), o HTVN NP a 37°C durante 2 h, las células fueron lavadas e incubadas con anti-rabbit Ig conjugada con Alexa 555 y anti-mouse Ig conjugada con Se utilizaron un sistema de microscopio de fluorescencia Olympus BX51 y un sistema de microscopía confocal FV1000 (Olympus, Tokio, Japón) para capturar las imágenes. Ensayo de unión y entrada hTnV Las células transducidas con IFITM3 o el vector vacío fueron desprendidas y lavadas extensamente con PBS fríos. Las células y HTVV fueron pre-refrigeradas sobre hielo durante 30 min, mezcladas a un moi de 1 e incubadas a 4°C durante 1 h con rotación. Parte de las células fueron lavadas extensamente con PBS frío-hielo y recolectadas para el ensayo de unión. Otra parte de las células fueron cambiadas a 37°C durante 2 h para permitir la entrada HTVV. El HTNV que permanecía en la superficie celular fue eliminado mediante tratamiento con proteinasa K (0, Para lograr la entrada directa de HTNV en las células por fusión de la membrana viral-plasma como control positivo, las células fueron pre-refrigeradas sobre hielo durante 10 min con 20 mM NH4Cl. La adsorción de HTNV (moi = 1) se realizó a 4°C durante 1 h. Las células fueron luego lavadas, y la fusión del virus con la membrana plasmática se desencadenó por incubación en medio bajo pH (20 mM succinato de sodio, pH = 5.5) durante 10 min a 37°C. La infección fue seguida por incubación durante 2 h a 37°C en presencia de 20 mM NH4Cl (26). El análisis de qPCR del segmento HTNV S se realizó para evaluar la influencia de IFITMs en la adhesión de células HTNV y la entrada de HTNV. Todos los Para el análisis de asociación del alelo y el genotipo rs12252 se utilizó la prueba exacta de Fisher, se utilizaron muestras independientes t-tests para datos normalmente distribuidos, se determinaron diferencias entre grupos mediante análisis de varianza en un solo sentido (ANOVA) con medidas repetidas, seguidas de la prueba post hoc de Bonferroni. P < 0,05 se consideró estadísticamente significativo, se examinó la relación entre el alelo y el genotipo cc iFiTM3 snP rs12252 c asociado con enfermedad grave de hFrs y una carga de plasma hTnV más altaPara determinar la significación clínica de IFITM3 SNP en infección por HTNV, se examinó la relación entre rs12252 SNP y la gravedad del HFRS en 69 pacientes. La secuenciación de 300 pb del locus IFITM3 abarcando SNP rs12252 en todos los pacientes incluidos. Luego, estratificamos a estos pacientes en leves y graves, según la evaluación clínica que se describe en la sección "Material y Métodos". Encontramos una frecuencia significativamente mayor del alelo C entre los pacientes con HFRS grave en comparación con el Han chino sano en la base de datos de secuencia de 1.000 genomas (68,29 vs. 52,16%, P = 0,0076). La frecuencia de rs12252 C en pacientes graves también fue mayor que los pacientes leves (68,29 vs. 46,43%, P = 0,013, Figuras 1A,B; Tabla 2 ). Estos datos sugieren que albergar rs12252 C alle aumenta el riesgo de sufrir enfermedad grave en individuos infectados por HTNV, con una proporción de probabilidades (IC Para los genotipos, el 43,90% de los pacientes graves tenían el genotipo CC, una frecuencia significativamente mayor que la base de datos de secuencias de genomas Han Chinese por 1.000 (genotipo CC 26,92%, P = 0,03), así como pacientes levemente infectados (14,29%, P = 0,02, Figuras 1A,B; Tabla 2 ). Sin embargo, individuos levemente enfermos no exhibieron una prueba exacta de Fisher para probar la asociación entre el alelo/genotipo rs12252 y la gravedad del HFRS. c) La carga de NVHT plasmática en pacientes con genotipo CC y pacientes con genotipo TC/TT, probada por el análisis qRCR. Cada símbolo representa a un paciente individual. Se utilizó una prueba t de muestras independientes para comprobar la diferencia de la carga NVHT entre grupos. *P Además, también se encontró que los pacientes con genotipo CC tenían mayor carga viral plasmática en fase aguda (Figura 1C). Estos resultados apoyan la noción de que la función normal de IFITM3 juega un papel crítico en la respuesta inmune a la infección por NHTV in vivo, lo que tiene una influencia sustancial en la manifestación clínica de HFRS. Estudios previos revelan que la proteína truncada IFITM3 producida por SNP rs12252 alelo C (Figura 2A, la parte faltante representa los 21 aminoácidos truncados de N-terminal de IFITM3, la hélice intramembrana y la hélice transmembrana se presentaron como cajas) conduce a una actividad anti-influenza deteriorada (14). Para probar la significación funcional de este polimorfismo en la infección por NHTV, transfectamos los alelos mayoritarios T o minoritarios C de la variante IFITM3 que producen proteínas truncadas de longitud completa o N-terminal (NΔ21) (Figura 2A) con c-mic-tag a la célula HUVEC y A549 usando vectores de lentivirus (Figura 2B). Luego, desafiamos las células con NHTV a moi = 1 durante 24 h y encontramos que las células con la variante C minoritaria eran más susceptibles a la infección por NHTV con mayor expresión del segmento S de HTVV (Figura 2C) y más positivas de NHTVP (Figura S3 en Material Suplementario). En efecto, en comparación con el control simulado (vector vacío) infectado, la proteína NΔ21 casi perdió la capacidad de inhibir la infección por NHTV tanto en células HUVEC como A549 (Figuras 2C,D ; Figura S3 en Material Suplementario). Para determinar el papel de la infección por NHTV en la inducción de IFITMs, qPCR así como Western blot de IFITMs se realizaron en células HUVEC y A549 (Figuras 3A,B ; Figura S1 en Material Suplementario). Si bien observamos sólo una regulación moderada del aumento de IFITM1, 2 y 3 mRNA y proteína en HUVECs después de más de 24 h postinfección; IFITM1, 2 y 3 mRNA, sin embargo, sólo fueron regulados transitoriamente en células A549 y no causaron ningún cambio significativo Derribamos la expresión IFITM1, 2 y 3 por transfección de sus siRNAs individualmente. El efecto de los siRNAs sobre la expresión de los IFITMs diana fue probado por qPCR en HUVECs (Figura S2 en Material Suplementario), y el efecto del mejor oligo contra cada IFITMs (IFITM1C, IFITM2A, IFITM3B) fue probado por Western blot en A549 (Figura 4A ) y células HuVEC (Figura 4B). Para evaluar el papel de los IFITMs en el efecto anti-HTNV de IFN-α2a, IFITM1, 2 y 3 fueron derribados respectivamente mediante transfecciones de los oligos anteriormente probados durante 12 h, seguidos por el tratamiento IFN-α2a (20 UI Las células fueron luego desafiadas con HTVV (moi = 1) durante 24 h. El segmento HTVV S y los niveles NP fueron significativamente suprimidos en las células HUVEC y A549 en respuesta al tratamiento con IFN-α2a. En particular, el derribo de IFITM3 restauró significativamente los niveles de HTVV S y NP en las células HUVEC y A549. El derribo de IFITM1 también restauró parcialmente el nivel de HTVV en las células A549 (Figuras 4C,D). Estos resultados demuestran que Para evaluar los efectos anti-HTVV de las IFITMs, se probó el efecto de la sobreexpresación de IFITM1, 2 y 3 sobre la infección por HTVV. Las células con marcado c-myc IFITM1, 2 y 3 fueron expresadas tanto en células HUVEC como en A549 (Figura 5A), y las células fueron rebatidas con HTNV (moi = 1) durante 24 h. El segmento HTNV S y los niveles NP fueron suprimidos por la sobreexpresión IFITM3 en células HUVEC (Figuras 5B-D). También fueron suprimidas al expresar IFITM1 e IFITM3 en células A549 (Figuras 5B-D). El efecto inhibidor de IFITM3 fue confirmado por el análisis de inmunofluorescencia de HTNV NP (Figura S3 en Material Suplementario). Estos resultados fueron de acuerdo con los resultados ARNi descritos anteriormente. Para determinar si IFITM3 inhibió la unión o entrada de HTNV, las células HUVEC y A549 fueron incubadas con HTNV (moi = 1) a 4°C durante 1 h, se lavó el virus no unido, y el ARN HTNV recogido en este momento representa el HTNV unido a la superficie celular. Después de la unión del virus, las células se desplazaron a 37°C durante 2 h para permitir la internalización de HTNV, y el ARN HTNV recogido en este momento representa el virus interiorizado celular. Como control positivo para la inhibición de la entrada del virus, incubamos un grupo paralelo de células con HTNV a pH = 5,5 como se describe en la sección "Materiales y Métodos". La expresión de IFITM3 no afectó la unión de HTNV (figura 6A Para dilucidar el mecanismo de la función IFITM3, se investigó la localización subcelular de IFTIM3 en las células del huésped. IFITM3 se encontró parcialmente localizado a LAMP1 + endosomas tardíos en los HUVEC analizados por microscopía confocal (Figura 6C). La colocalización de IFITM3 y LAMP1 + endosomas tardíos también se había encontrado en células A549 (27). Debido a que la transferencia a LAMP1 + endosomas tardíos es un paso necesario para la entrada de HTVV (28), este resultado proporciona una evidencia para el mecanismo anti-HTNV de IFITM3. La regulación mediada por LncRNA y microRNA de IFITM3 ha sido reportada en varios estudios. Se probó el cambio de reguladores previamente reportados de IFITMs, tales como NRAV, NRIR y miR-130a después de la infección por HTVN, entre los cuales el NRIR fue el único modificado (desregulado) después de la infección por HTVN (Figura 7A ; Figura S4 en Material Suplementario) en HUVEC. Sin embargo, la expresión de NRIR no se modificó en las células A549. sobreexpresamos el NRIR en las células HUVEC y A549 utilizando el vector pcDNA3.1 (Figura 7B). Es importante destacar que la sobreexpresión de NRIR suprimió significativamente los niveles de ARNm IFITM3 y pre-mRNA y facilitó la infección por HTVN en las células HUVEC y A549 (Figuras 7C- El virus Hantaan es un virus de ARN envuelto, de sentido negativo del género Hantavirus dentro de la familia Bunyaviridae. Causa HFRS, que es una amenaza importante para la salud pública en todo el mundo. También es un arma potencial para el terrorismo biológico. Los animales de reserva, generalmente roedores, son asintomáticos durante la infección persistente. A diferencia de los roedores, la infección por Hantavirus conduce a HFRS y síndrome pulmonar de Hantavirus (HPS) en los seres humanos (21). Las principales características clínicas del HFRS incluyen fiebre, hemorragia, hipotensión y lesión renal (1, 21), causando manifestaciones graves y muerte en algunos casos. El estándar actual de atención del HFRS se basa en el tratamiento sintomático y de apoyo. Se ha confirmado que la carga viral plasmática está asociada con la gravedad del HFRS, implicando la importancia de la viremia en la patogénesis del H Sin embargo, en la actualidad no se dispone de medicamentos antivirales directos para esta enfermedad. El interferón es la molécula clave para la respuesta antiviral y se ha utilizado como medicamento antiviral en muchas enfermedades. Se ha informado que la infección por HTNV induce una respuesta tardía de interferón tipo I (16). Sin embargo, el conjunto de ISG necesarios para la inhibición mediada por IFN de HTNV todavía no se ha identificado. Por lo tanto, la identificación de ISG que son eficaces contra HTNV es una estrategia atractiva para identificar nuevos objetivos terapéuticos. En este estudio, se demostró una frecuencia significativamente alta de los rs12252 alelos C y genotipo CC entre los pacientes con HFRS con enfermedad grave en comparación con los individuos levemente infectados y los chinos sanos Han. El alelo C y el genotipo CC rs12252 también se encuentran asociados con una mayor carga También descubrimos que la infección por HTNV induce IFITMs, y el alelo IFITM3 truncado producido por rs12252 C presenta una disminución significativa de la actividad anti-HTNV. Curiosamente, se encuentra que IFITM3 restringe la infección por HTNV con un mecanismo de inhibición de la entrada celular. De hecho, IFITM3 se encuentra localizado al endosoma tardío en las células huésped, que es una estructura necesaria para la entrada de HTNV. Además, encontramos que la infección por HTNV rincrregulada NRIR 48 h después de la infección, que regula negativamente la transcripción de IFITM3. Colectivamente, estos resultados sugieren que IFITM3, regulada por NRIR, inhibe la infección por HTNV, y su SNP rs12252 se correlaciona con la gravedad de la enfermedad y la carga viral Las propiedades antivirales de las proteínas IFITM se identificaron en 2009 en una pantalla de ARNi para los factores huéspedes que influyen en la replicación del virus de la gripe (29). IFITM1, 2 y 3 han demostrado poseer actividad antiviral en varios estudios. Everitt et al. demostraron que la gravedad de la infección por el virus de la gripe aumentó considerablemente en ratones IFITM3-knockout en comparación con animales salvajes (15). También se ha confirmado que diferentes miembros de IFITM inhiben la entrada celular de varias familias de virus (incluyendo filovirus, rabdovirus y flavivirus) (7, (9) (10) (11) 30). Por ejemplo, la infección por VIH-1 y VHC son inhibidas por IFITM1 (31) (32) (33) (34). Se cree comúnmente que los IFITM restringen la infección viral en la etapa de entrada celular (12 Estudios recientes sugieren que la ubicación celular de diferentes IFITMs puede influir en el rango de virus restringidos por cada proteína (5). IFITM1 impide la entrada del VHC porque colocaliza con CD81 en la membrana celular, interrumpiendo la endocitosis de partículas del VHC (32), mientras que IFITM3 limita el virus de la gripe en compartimentos endosómicos acidificados (27). En particular, las partículas del subvirus retrovirus (ISVPs), que no requieren acidificación endosomal para la entrada, no son inhibidas por la expresión IFITM3, lo que sugiere que IFITM3 puede funcionar en la etapa de entrada endosomal (35). Estudios que utilizan análisis de fusión de células celulares han sugerido que IFITM3 bloquea la entrada del virus envuelto al prevenir la fusión de la membrana viral con una membrana limitante de la célula Los resultados obtenidos mediante escaneo láser de dos fotones e imágenes de por vida de fluorescencia (FLIM) sugieren que las proteínas IFITM pueden reducir la fluidez de la membrana y aumentar la curvatura positiva espontánea en el prospecto exterior de membranas (36). En el presente estudio, demostramos que IFN-α2a (20 U/ ml) inhibió significativamente la infección por HTVV, el agotamiento mediado por siRNA de IFITM3 solo mitigó significativamente el efecto antiviral de IFN-α2a tanto en células HUVEC como A549, mientras que el agotamiento de IFITM1 solo alivió el efecto antiviral de IFN-α2a en células A549. La sobreexpresión de la infección por HTVV IFITM3 inhibió las células HUVEC y A549. La sobreexpresión IFITM1 también fue eficaz en Todos estos resultados sugieren que IFITM3 es un factor de control importante bajo infección natural de HTVV. Nuestros resultados también demuestran que la efectividad de IFITM3 es celular independiente, lo que está de acuerdo con los resultados de virus similares, como RVFV (18). Ensayos de unión y entrada, realizados mediante el control de la temperatura y el pH, mostraron que IFITM3 no influyó significativamente en la unión de HTVV pero inhibió la entrada de HTVV en células HUVEC y A549. De hecho, IFITM3 se localiza parcialmente al endosoma tardío de las células huésped, que es un sitio necesario para la entrada de HTVV. Sin embargo, fallamos en el seguimiento del transporte de HTVV en células infectadas posiblemente debido a la falta de virus marcado por fluorescencia. Además, IFITM1 también suprimió la infección por HTVV en Según un estudio reciente sobre la estructura tridimensional de IFITM3, hay una transmembrana C-terminal α-hélice y una intramembrana dos-N-terminal α-hélices (mostrada en la Figura 2A como cajas negras) en IFITM3 (14). Hay dos variantes de empalme que difieren por la presencia o ausencia de los primeros N-terminal 21 aminoácidos (parte suprimida, mostrada en la Figura 2A como línea punteada roja). Varios SNPs incluyendo 13 sinónimos, 13 sinónimos, 1 parada en el marco, y 1 aceptación del sitio del empalme han sido reportados en la secuencia traducida IFITM3 (15, 29). Entre ellos, el raro alelo SNP rs12252C de IFITM3 trunca la proteína como se describe anteriormente, lo que reduce la inhibición de la infección por el virus de la gripe en las células A549 (15). Demostramos que la proteína IFITM3 truncada también pierde la capacidad de inhibir la infección por HTVV in vitro. En los pacientes de Europa del Norte hospitalizados con gripe estacional o virus de la gripe pandémica A, aumentó la homocigosidad del alelo C menor de SNP rs12252 en IFITM3 (37). En los pacientes chinos infectados con el virus de la gripe A (H1N1), también hubo un aumento de la frecuencia del alelo C y el genotipo CC de SNP rs12252 (13). En el presente estudio, observamos un aumento de la frecuencia del alelo C y Los pacientes portadores del genotipo CC también presentaron mayores cargas virales plasmáticas en comparación con los del genotipo CT/TT. Dada la función alterada de la proteína IFITM3 producida por la mutación C, y el hecho de que el enriquecimiento del alelo rs12252 C en pacientes con enfermedad grave y la mayor carga viral en pacientes con genotipo CC, esta fundación sugiere que el IFITM3 juega un papel fundamental en la respuesta anti-VHT in vivo. Especulamos que el nivel mucho más alto de alelo CC en la población sana de Han China en comparación con los caucásicos puede colocar a los chinos en un mayor riesgo de desarrollar enfermedades graves sobre la infección por NVHT, lo que requiere una investigación adicional. Por ejemplo, el lncRNA NEAT1 ha demostrado ser regulado por el virus de la gripe o la estimulación PolyI:C, que promueve la expresión IL-8 (38). lncRNA NRAV ha demostrado regular negativamente la transcripción inicial de IFITM3 y Mx1 al afectar la modificación histona de estos genes (25). lncRNA NRIR es un ISG no codificante, que se ha reportado regular negativamente la expresión IFITM1 y Mx1 en infección por VHC (20). Mir-130a también fue reportado como un regulador de IFITM1 (23). En este análisis, lncRNA NRIR fue regulado en HUVECs después de la infección por HTVV durante 48 h, la sobreexpresión de NRIR regula negativamente la transcripción inicial de IFITM3, evidenciada por la disminución de los niveles pre-mRNA así como mRNA La sobreexpresión NRIR también facilitó la infección por NHTV. Estos resultados indican que la regulación de la NRIR después de la infección por NHT está posiblemente involucrada en la activación de las respuestas inmunes innatas contra la infección por NHTV. También hemos evaluado otros reguladores potenciales de IFITM3 antes de elegir NRIR para un estudio posterior. Otro ARNn que puede regular IFITM3, es decir, NRAV (NR_038854), se mantuvo inalterado después de la infección por NHTV (Figuras S4A,B en Material Suplementario). Además, miR-130a, que potencialmente regula IFITM3, también no se alteró después de la infección por NHTV (Figuras S4C,D en Material Suplementario). En conclusión, este estudio reveló un papel crítico para IFITM3 en la infección por NHTV. Demostramos, por primera vez a nuestro conocimiento, que el IFITM3 es un ISG anti-HTNV recién identificado; su expresión está regulada negativamente por el NRIR; y su actividad antiviral parece a través de un mecanismo de inhibición de la entrada del virus en las células huésped. Además, descubrimos que el alelo y el genotipo del IFITM3 SNP rs12252 C se correlacionan con la carga de HTVV en plasma y la gravedad del HFRS; y el alelo del rs12252 C produce una proteína IFITM3 truncada (NΔ21) que atenúa su función anti-HTNV. Estos resultados proporcionan nuevas percepciones sobre el papel del IFITM3 en la regulación de la inmunidad innata contra la infección por HTLV, que es la base para identificar nuevos objetivos para desarrollar agentes novedosos contra esta enfermedad infecciosa en aUThOr cOnTribUTiOns ZX-y, BP-y, YC-t y MH-w realizaron los experimentos; WP-z, BX-f, LY-f, ZY y JZ-s diseñaron la investigación; HC-x, YW y WX analizaron los datos; TK y ZC-m proporcionaron datos clínicos; ZX-y y BP-y escribieron el artículo.

¿Qué genotipo causa el truncado de la proteína IFITM3?

Estimando el número de infecciones y el impacto de las intervenciones no farmacéuticas en el COVID-19 en 11 países europeos30 marzo 2020 Imperial College COVID-19 Response TeamSeth Flaxmani Swapnil Mishra*, Axel Gandy*, H JulietteT Unwin, Helen Coupland, Thomas A Mellan, HarrisonZhu, Tresnia Berah, Jeffrey W Eaton, Pablo N P Guzman, Nora Schmit, Lucia Cilloni, Kylie E C Cuomo—Dannenburg, Amy Dighe, Bimandra Djaafara, Ilaria Dorigatti, Sabine van Elsland,Rich Fitz, Han Fu, Katy Gaytorpe, Gendarme, Peter Geidelberg, Wi Green, Timothy Hallett, Arranmlet, Weinsland, EE.UU., EE.UU En respuesta, muchos países europeos han puesto en marcha intervenciones no farmacéuticas sin precedentes, como el aislamiento de casos, el cierre de escuelas y universidades, la prohibición de reuniones masivas o actos públicos, y, más recientemente, una ampliadistribución social a escala local y nacional, incluidos los bloqueos.En este informe, utilizamos un modelo jerárquico bayesiano semimecanicista para tratar de deducir el impacto de estas intervenciones en 11 países europeos.Nuestros métodos suponen que los cambios en el número productivo —una medida de transmisión— son una respuesta inmediata a estas intervenciones en lugar de cambios graduales más amplios en el comportamiento.Nuestro modelo estima estos cambios calculando hacia atrás de las muertes observadas a lo largo del tiempo para estimar la transmisión que ocurrió varias semanas antes, permitiendo el lapso entre la infección y la muerte.Una de las principales suposiciones del modelo es que cada intervención tiene el mismo efecto en el número de producción en todos los países y en el tiempo. Esto nos permite aprovechar una mayor cantidad de datos en toda Europa para estimar estos efectos. También significa que nuestros resultados están fuertemente impulsados por los datos de países con epidemias más avanzadas, y las intervenciones anteriores, como Italia y España. Encontramos que el lento crecimiento de las muertes diarias reportadas en Italia es consistente con un impacto significativo de las intervenciones implementadas varias semanas antes. En Italia, estimamos que el número de reproducción efectiva, Rt, cayó a cerca de 1 alrededor de la época de Iockdown (11 de marzo), aunque con un alto nivel de incertidumbre. En general, estimamos que los países han logrado reducir su número de reproducción. Nuestras estimaciones tienen amplios intervalos creíbles y contienen 1 para los países que han implementado intervenciones consideradas en nuestro análisis. Esto significa que el número de reproducción puede estar por encima o por debajo de este valor. Dado que las intervenciones actuales se mantienen al menos hasta finales de marzo, estimamos que las intervenciones en los 11 países habrán evitado 59.000 muertes hasta el 31 de marzo[intervalo creíble del 95%: 21.000-120.000].Muchas más muertes se evitarán garantizando que las intervenciones permanezcan en vigor hasta que la transmisión disminuya a niveles bajos.Estimamos que, en los 11 países entre 7 y 43 millones de personas se han infectado con el SARS-CoV-Z hasta el 28 de marzo, lo que representa entre el 1,88% y el 11,43% de la población.Se estima que la proporción de la población infectada hasta la fecha —la tasa de ataque— es la más alta en España seguida por Italia y la más baja en Alemania y Noruega, lo que refleja las etapas relativas de las epidemias.Dado el retraso de 2-3 semanas entre el momento en que se producen los cambios de transmisión y cuando su impacto puede observarse en las tendencias de mortalidad, Si las intervenciones en países en las etapas más tempranas de su epidemia, como Alemania o el Reino Unido, son más o menos eficaces de lo que eran en los países con epidemias avanzadas, en los que nuestras estimaciones se basan en gran medida, o si las intervenciones han mejorado o han empeorado con el tiempo, nuestras estimaciones del número de reproducción y las muertes evitadas cambiarían en consecuencia. Por lo tanto, es fundamental que las intervenciones actuales sigan en vigor y las tendencias en los casos y muertes se monitoricen de cerca en los próximos días y semanas para garantizar que la transmisión del SARS-Cov-Z se esté desacelerando. Imperial College London (2020), doi:https://doi.org/10.25561/777311 IntroducciónTras la aparición de un nuevo coronavirus (SARS-CoV-Z) en Wuhan (China) en diciembre de 2019 y su propagación mundial, han surgido en Europa grandes epidemias de la enfermedad, causadas por el virus denominado COVID-19. En respuesta al creciente número de casos y muertes, y para mantener la capacidad de los sistemas de salud para tratar tantos casos graves como sea posible, los países europeos, como los de otros continentes, han implementado o están en proceso de aplicar medidas para controlar susepidemias. Estas intervenciones no farmacéuticas a gran escala varían de un país a otro, pero incluyen distanciamiento social (como la prohibición de grandes reuniones y el asesoramiento a las personas para que no socialicen fuera de sus hogares), cierres de fronteras, cierres de escuelas, medidas para aislar a las personas sintomáticas y sus contactos, y bloqueos a gran escala de poblaciones con todos los viajes internos menos esenciales prohibidos.Entender, en primer lugar, si estas intervenciones están teniendo el impacto deseado de controlar la epidémica y, en segundo lugar, qué intervenciones son necesarias para mantener el control, es crítico dada su gran coste económico y social.El objetivo clave de estas intervenciones es reducir el número de reproducción eficaz, Rt, de la infección, una cantidad epidemiológica fundamental que representa el número medio de infecciones, en el momento t, por caso infectado durante el curso de su infección. Si Rt es mayor que 1, las infecciones aumentarán (dependiendo de cuánto mayor que 1 el número de reproducción es) hasta los picos tepidémicos y eventualmente disminuye debido a la adquisición de inmunidad de rebaños. En China, las estrictas restricciones de movimiento y otras medidas incluyendo aislamiento de casos y cuarentena comenzaron a introducirse a partir del 23 de enero, lo que logró una tendencia a la baja en el número de nuevos casos confirmados durante febrero, resultando en cero nuevos casos indígenas confirmados en Wuhan para el 19 de marzo. Los estudios han calculado cómo cambió Rt durante este tiempo en diferentes áreas de China desde alrededor de 2-4 durante la epidemia incontrolada hasta menos de 1, con una disminución estimada de 7-9 veces en el número de contactos diarios por persona.1'2 Medidas de control tales como distanciamiento social, pruebas intensivas y rastreo de contacto en otros países como Singapur y Corea del Sur han reducido con éxito la incidencia de casos en las últimas semanas, aunque existe un riesgo de que el virus se propague de nuevo una vez que las medidas de control se relajen.3'4La epidemia comenzó un poco más tarde en Europa, a partir de enero o más tarde en diferentes regiones.5 Los países han aplicado diferentes combinaciones de medidas de control y es probable que el nivel de cumplimiento de las recomendaciones gubernamentales sobre distanciamiento social varíe entre países, en parte debido a diferentes niveles de aplicación. La estimación de los números de reproducción para el SARS-CoV-Z presenta desafíos debido a la alta proporción de infecciones no detectadas por los sistemas de salud"7 y a los cambios regulares en las políticas de pruebas, lo que da lugar a proporciones indiferentes de infecciones detectadas a lo largo del tiempo y entre los países.La mayoría de los países hasta ahora sólo tienen la capacidad de probar una pequeña proporción de casos sospechosos y las pruebas están reservadas para pacientes con enfermedades graves o para grupos de alto riesgo (por ejemplo, contactos de casos).Por lo tanto, el análisis de los datos de los casos da una visión sistemáticamente sesgada de las tendencias.Una forma alternativa de estimar el curso de la epidemia es volver a calcular las infecciones derivadas de las muertes observadas. Si bien las tendencias recientes de las muertes serán, por tanto, informativas, hay un retraso en la observación del efecto de las intervenciones sobre las muertes, ya que hay un período de 2 a 3 semanas entre lainfección, el inicio de los síntomas y el resultado.En este informe, encajamos un nuevo modelo mecánico bayesiano del ciclo de infección en las muertes observadas en11 países europeos, inferiendo límites plausibles superiores e inferiores (intervalos creíbles bayesianos) de la población total infectada (tasas de ataque), probabilidades de detección de casos y el número de reproducción a lo largo del tiempo (Rt).Ajustamos el modelo conjuntamente a los datos de COVID-19 de todos estos países para evaluar si hay pruebas de que las intervenciones han tenido éxito hasta ahora en reducir la Rt por debajo de 1, con la fuerte suposición de que las intervenciones particulares están logrando un impacto similar en diferentes países y de que la La mayoría de las intervenciones se iniciaron alrededor del 12 al 14 de marzo. Analizamos los datos sobre las muertes hasta el 28 de marzo, dando un margen de 2-3 semanas para estimar el efecto de las intervenciones. Actualmente, la mayoría de los países en nuestro estudio han implementado todas las intervenciones no farmacéuticas importantes. Para cada país, modelamos el número de infecciones, el número de muertes y el número de reproducciones efectivas a lo largo del tiempo, con Rt cambiando sólo cuando se introduce una intervención (Figura 2-12). Rt es el número medio de infecciones secundarias por individuo infectado, asumiendo que las intervenciones que se realizan en el momento t permanecen en el lugar durante todo su período infeccioso. Cada país tiene su propio número de reproducción inicial Rt antes de que se lleven a cabo las intervenciones. Se supone que las intervenciones específicas tienen el mismo impacto relativo en Rt en cada país cuando se introdujeron allí y están informadas por los datos de mortalidad en todos los países. Figura l: Cronogramas de intervención para los 11 países europeos incluidos en el análisis.Para más detalles, véase el apéndice 8.6.2.1 Número real estimado de infecciones y tasas de ataque actualesEn todos los países, estimamos que hay órdenes de magnitud menos infecciones detectadas (Figura 2) En Italia, nuestros resultados sugieren que, acumulativamente, 5.9 [1,9-15,2] millones de personas han sido infectadas al 28 de marzo, dando una tasa de ataque del 9,8% [3,2%-25%] de la población (Tabla 1). España ha visto recientemente un gran aumento en el número de muertes, y dada su menor población, nuestro modelo estima que una mayor proporción de la población, 15,0% (7,0 [18-19] millones de personas) han sido infectadas hasta la fecha. Alemania se estima que tiene una de las tasas de ataque más bajas en el 0,7% con 600.000[240,000-1,500.000] personas infectadas. Imperial College COVID-19 Response TeamTabla l: Modelo posterior estimaciones del porcentaje de la población infectada al 28 de marzo de 2020. País % de la población total infectada (media [intervalo creíble del 95%l)Austria 1,1% [0,36%-3,1%]Bélgica 3,7% [1,3%-9,7%]Dinamarca 1,1% [0,40%-3,1%]Francia 3,0% [1,1%-7,4%]Alemania 0,72% [0,28%-1,8%]Italia 9,8% [3,2%-26%]Noruega 0,41% [0,09%-1,2%]España 15% [3,7%-41%]Suecia 3,1% [0,85%-8,4%]Suiza 3,2% [1,3%-7,6%]Reino Unido 2,7% [1,2%-5,4%]2,2 Números de reproducción e impacto de las intervencionesAveriguados en todos los países, estimamos que los números de reproducción inicial rondan los 3,87 [3,01-4,66], lo que está en consonancia con otras estimaciones.1'8 Estas estimaciones se basan en nuestra elección de la distribución entre intervalos seriales y la tasa de crecimiento inicial de Un intervalo serial más corto supone un menor número de reproducción inicial (Apéndice 8.4.2, Apéndice 8.4.6).Los números de reproducción inicial también son inciertos debido a que: a) la importación es la fuente dominante de nuevas infecciones al principio de la epidemia, en lugar de la transmisión local (b) la posible incertidumbre en las muertes, particularmente antes de que se generalizaran las pruebas.Estimamos que los grandes cambios en la Rt en respuesta a las intervenciones combinadas no farmacéuticas.Nuestros resultados, impulsados en gran parte por países con epidemias avanzadas y un mayor número de muertes (por ejemplo, Italia, España), sugieren que estas intervenciones han tenido conjuntamente un impacto sustancial en la transmisión, medidos por los cambios en el número de reproducción estimado Rt. En todos los países encontramos estimaciones actuales de Rt que van desde una media posterior de 0,97 [0,14-2,14] para Noruega a una media a posteriori de 2,64 [1,40-4,18] para Suecia, con un promedio de 1,43 en los 11 países a posteriori, una reducción del 64% en comparación con los valores de pre-intervención. Observamos que estas estimaciones son consistentes en que el impacto de la intervención es el mismo en diferentes países y en diferentes épocas. En todos los países, excepto Suecia, en las mismas suposiciones, estimamos que el número de reproducción actual incluye 1 en el rango de incertidumbre. El número de reproducción estimado para Suecia es mayor, no porque las tendencias de mortalidad son significativamente diferentes de cualquier otro país, sino como un artefacto de nuestro modelo, que supone una reducción menor en Rt porque no se ha ordenado un bloqueo completo en la medida. En general, aún no podemos concluir si las intervenciones actuales son suficientes para lograr que Rt sea inferior a 1 (posterior probabilidad de ser inferior a 1,0 es un 44% en promedio en todos los países). También no podemos concluir si las intervenciones pueden ser diferentes entre países o con el tiempo. Sigue habiendo un alto nivel de incertidumbre en estas estimaciones.Es demasiado pronto para detectar un impacto sustancial de la intervención en muchos países en etapas anteriores de su epidemia (por ejemplo, Alemania, Reino Unido, Noruega).Muchas intervenciones se han producido sólo recientemente, y sus efectos aún no se han observado plenamente debido al retraso entre la infección y la muerte.Esta incertidumbre reducirá a medida que se disponga de más datos.Para todos los países, nuestro modelo se ajusta bien a los datos de muertes observadas (pruebas de bondad de la adecuación bayesiana).También descubrimos que nuestro modelo puede predecir de manera fiable las muertes diarias 3 días en el futuro, reteniendo los últimos 3 días de datos Sin embargo, al realizar un análisis de sensibilidad (Apéndice 8.4.3) con distribuciones previas sin información (donde las intervenciones pueden aumentar las muertes) encontramos un impacto similar de las intervenciones del equipo de respuesta del Colegio Imperial COVID-19, que muestra que nuestra elección de la distribución previa no está impulsando los efectos que vemos en el análisis principal.Figura 2: Estimaciones a nivel de país de infecciones, muertes y Rt. Izquierda: número diario de infecciones, marronbars se reportan infecciones, bandas azules son infecciones predichas, intervalo creíble de azul oscuro 50% (IC), azul claro 95% IC. El número de infecciones diarias estimadas por nuestro modelo disminuye inmediatamente después de una intervención, ya que suponemos que todas las personas infectadas se vuelven inmediatamente menos infecciosas a través de la intervención. Medio: número diario de muertes, barritas marrones se reportan muertes, bandas azules se predicen muertes, Cias en la parcela izquierda. Derecha: número de reproducción variable en el tiempo Rt, verde oscuro 50% IC, verde claro 95% IC. Iconos son intervenciones mostradas en el momento en que ocurrieron. Imperial College COVID-19 Response TeamTabla 2: Muertes previstas totales desde el inicio de la epidemia hasta el 31 de marzo en nuestro modelo y en un modelo contrafactual (suponiendo que no hubo intervención).Estimadas muertes evitadas durante este período como resultado de las intervenciones.Números entre paréntesis son intervalos creíbles del 95%. 2.3 Impacto estimado de las intervenciones en las muertesLa Tabla 2 muestra el total de muertes previstas desde el comienzo de la epidemia hasta el 31 de marzo bajo nuestro modelo ajustado y bajo el modelo contrafactual, que predice lo que habría ocurrido si no se implementaran intervenciones (y R, En Italia y España, donde la epidemia está avanzada, se han evitado 38.000 muertes [13.000-84.000] y 16.000 [5400-35.000], respectivamente. Incluso en el Reino Unido, que es mucho más temprano en su epidemia, se han evitado 370 [73-1,000] muertes, que sólo dan lugar a las muertes evitadas que habrían ocurrido hasta el 31 de marzo. Si se incluyeran las muertes de individuos actualmente infectados en ambos modelos, lo que podría ocurrir después del 31 de marzo, las muertes evitadas serían sustancialmente más altas. Figura 3: Número diario de muertes confirmadas, predicciones (hasta el 28 de marzo) y previsiones (después) para (a)Italia y (b) España de nuestro modelo con intervenciones (azul) y del modelo sin intervencionescontrafactuales (rosa); los intervalos creíbles se muestran una semana en el futuro. Otros países se muestran en el Apéndice 8.6. 03/0 25% 50% 753% 100%(sin efecto sobre la transmisibilidad) (final de la transmisibilidadReducción porcentual en R.Figura 4: Nuestro modelo incluye cinco covariables para intervenciones gubernamentales, ajustando para si la intervención fue la primera realizada por el gobierno en respuesta a COVID-19 (rojo) o fue posterior a otras intervenciones (verde).Se muestra una reducción porcentual relativa media en Rt con intervalos creíbles posteriores al 95%.Si se logra una reducción del 100%, Rt = 0 y no hay mástransmisión de COVID-19.No hay efectos significativamente diferentes de los de otras intervenciones, probablemente debido al hecho de que muchas intervenciones ocurrieron en el mismo día o en días de cada una como se muestra en la Figura l.3 DiscusiónDurante esta fase temprana de medidas de control contra el nuevo coronavirus en Europa, analizamos tendencias en el número de muertes para evaluar la medida en que se está reduciendo la transmisión Al representar el proceso de infección por COVID-19 utilizando un modelo jerárquico semimecánico, conjunto y bayesiano, podemosreducir las tendencias observadas en los datos de muertes y podemos pronosticar con precisión en cortos horizontes de tiempo.Estimamos que ha habido muchas más infecciones de las que se reportan actualmente.El alto nivel de incertidumbre de infecciones que estimamos aquí es probable debido al enfoque en pruebas en entornos hospitalarios más que en la comunidad.A pesar de esto, sólo una pequeña minoría de individuos en cada país han sido infectados, con una tasa de ataque en promedio del 4,9% [l,9%-l%] con una considerable variación entre países (Tabla 1).Nuestras estimaciones implican que las poblaciones en Europa no están cercanas a la inmunidad de rebaños ("50-75% si R0 es 2-4).Además, con los valores de Rt disminuyendo sustancialmente, la tasa de adquisición de inmunidad de rebaños se ralentizará rápidamente. Esto implica que el virus será capaz de propagarse rápidamente en caso de que se levanten las intervenciones.Tales estimaciones de la tasa de ataque hasta la fecha deben ser validadas con urgencia por pruebas de anticuerpos recientemente desarrolladas en encuestas de población representativas, una vez que éstas estén disponibles.Estimamos que las intervenciones no farmacéuticas importantes han tenido un impacto sustancial en el número de reproducción que varía en el tiempo en los países donde ha habido tiempo para observar los efectos de la intervención en las tendencias de las muertes (Italia, España). Debido a la rápida sucesión de intervenciones en muchos países, no se dispone de datos suficientes para estimar el tamaño del efecto individual de cada intervención, y desalentamos la atribución de asociaciones a la intervención individual.En algunos casos, como Noruega, donde todas las intervenciones se ejecutaron a la vez, estos efectos individuales son por definición no identificables.A pesar de esto, aunque no se pueden determinar los impactos individuales, su impacto conjunto estimado está fuertemente justificado empíricamente (véase el apéndice 8.4 para el análisis de sensibilidad).Si bien el crecimiento de las muertes diarias ha disminuido, debido a la diferencia entre las infecciones y las muertes, es de esperar un aumento continuo de las muertes diarias durante algún tiempo.Para comprender el impacto de las intervenciones, nos ajustamos a un modelo contrafactual sin las intervenciones y lo comparamos con el modelo real.Consideramos Italia y el Reino Unido -dos países en etapas muy diferentes de sus epidemias.Para el Reino Unido, donde las intervenciones son Los resultados sugieren que las intervenciones tendrán un gran impacto en las infecciones y muertes a pesar del aumento de ambos.Para Italia, donde ha pasado mucho más tiempo desde que se han implementado las intervenciones, está claro que el modelo sin intervenciones no encaja bien con los datos, y no puede explicar la reducción sublineal (en la escala logarítmica) de las muertes (véase la figura 10).El modelo contrafactual para Italia sugiere que, a pesar de la creciente presión sobre los sistemas de salud, las intervenciones han evitado una catástrofe sanitaria en la que el número de nuevas muertes habría sido 3,7 veces mayor (38.000 muertes evitadas) de lo que se observa actualmente.Incluso en el Reino Unido, mucho antes de su epidemia, se prevé que las recientes intervenciones evitarán 370 muertes totales hasta el 31 de marzo. Dados los índices de mortalidad por infecciones observadas y la epidemiología de la COVID-19, las intervenciones no farmacéuticas importantes han tenido un impacto sustancial en la reducción de la transmisión en los países con epidemiologías más avanzadas. Es demasiado pronto para estar seguros de que se verán reducciones similares en los países en las etapas anteriores de su epidemia. Si bien no podemos determinar qué conjunto de intervenciones han tenido más éxito, ya podemos ver cambios en las tendencias de nuevas muertes. Cuando se pronostican 3 días y se examina toda la epidemia, el número de muertes evitadas es sustancial. Observamos que se está produciendo una innovación sustancial, y nuevas intervenciones o refinamientos más eficaces de las intervenciones actuales, junto con cambios de comportamiento, contribuirán aún más a la reducción de las infecciones. No podemos decir con certeza que las medidas actuales hayan controlado la epidemia en Europa; sin embargo, si continúan las tendencias actuales, hay razones para el optimismo. Proponemos una estructura plausible para el proceso de infección y luego estimamos los parámetros empíricamente. Sin embargo, muchos parámetros tuvieron que ser dados fuertes distribuciones previas o tenían que ser fijados. Para estas suposiciones, hemos proporcionado citas relevantes a estudios previos. A medida que se disponga de más datos y surjan mejores estimaciones, actualizaremos estos reportes quincenales. Nuestra elección de la distribución de intervalos seriales influye fuertemente en la distribución previa para el inicio de R0. Nuestra relación de mortalidad por infección y distribuciones de infección a muerte influyen fuertemente en la tasa de muerte y por lo tanto el número estimado de casos subyacentes verdaderos. También suponemos que el efecto de las intervenciones es el mismo en todos los países, lo cual puede no ser totalmente realista. Esto implica que los países con intervenciones tempranas y más muertes ya que estas intervenciones (por ejemplo, Italia, España) influyen fuertemente en las estimaciones del impacto de la intervención en los países en las etapas más tempranas de Hemos intentado crear definiciones coherentes de todas las intervenciones y documentar detalles al respecto en elApéndice 8.6. Sin embargo, invariablemente habrá diferencias de un país a otro en la fuerza de su intervención, por ejemplo, la mayoría de los países han prohibido la reunión de más de 2 personas cuando se aplica un bloqueo, mientras que en Suecia el gobierno sólo prohibió la reunión de más de 10 personas. Estas diferencias pueden distorsionar los impactos en países con muy pocos datos. Creemos que nuestra incertidumbre puede cubrir en cierto grado estas diferencias, y a medida que se disponga de más datos, loscoeficientes deberían ser más fiables. Sin embargo, a pesar de estas fuertes suposiciones, hay suficiente señal en los datos para estimar los cambios en R, (véase el análisis de sensibilidad reportado en el Apéndice 8.4.3) y esta señal se incrementará con el tiempo. En nuestro marco jerárquico bayesiano, cuantificamos robustamente la incertidumbre en nuestras estimaciones de parámetros y predicciones posteriores. Esto se puede ver en los intervalos creíbles más amplios de los últimos días, en los que se dispone de pocos o ningún dato sobre la muerte para informar las estimaciones. Además, predecimos el impacto de la intervención a nivel nacional, pero puede haber diferentes tendencias en diferentes partes de cada país.Por ejemplo, la epidemia en el norte de Italia estaba sujeta a controles antes que el resto del país.5DatosNuestro modelo utiliza datos diarios sobre la mortalidad en tiempo real del ECDC (Centro Europeo de Control de Enfermedades), donde catalogamos datos de casos de 11 países europeos que actualmente padecen la epidemia: Austria, Bélgica, Dinamarca, Francia, Alemania, Italia, Noruega, España, Suecia, Suiza y Reino Unido.El ECDC proporciona información sobre casos confirmados y muertes atribuibles a COVID-19.Sin embargo, los datos de casos son muy poco representativos de la incidencia de infecciones debido a la infrarreportación, así como a cambios sistemáticos y específicos de países Nosotros, por lo tanto, utilizamos sólo las muertes atribuibles a COVID-19 en nuestro modelo; no utilizamos las estimaciones de casos de ECDC en absoluto.Si bien las muertes observadas todavía tienen cierto grado de falta de fiabilidad, de nuevo debido a cambios en los informes y las pruebas, creemos que los datos son de suficiente fidelidad al modelo.Para los recuentos de población, utilizamos los recuentos desglosados por edad de la UNPOP.10También catalogamos datos sobre la naturaleza y el tipo de intervenciones no farmacéuticas importantes.Miramos las páginas web gubernamentales de cada país, así como sus páginas web oficiales de información y división de salud pública para identificar los últimos consejos/leyes que emiten el gobierno y las autoridades sanitarias públicas.Recopilamos lo siguiente:Se ordenó el cierre de la escuela: Esta intervención se refiere a los cierres extraordinarios de escuelas a nivel nacional que en la mayoría de los casos se refieren al cierre de escuelas primarias y secundarias (para la En el caso de Dinamarca y Suecia, permitimos el cierre parcial de las escuelas sólo en las escuelas secundarias. La fecha del cierre de la escuela se considera como la fecha efectiva en que las escuelas comenzaron a cerrarse (si este era un lunes, la fecha utilizada era la de los sábados anteriores, ya que alumnos y estudiantes se quedaron efectivamente en casa a partir de esa fecha). Medidas basadas en casos. Esta intervención comprende recomendaciones o leyes sólidas al público en general y a la atención primaria sobre el autoaislamiento al mostrar síntomas similares al COVID-19.Estos incluyen también programas nacionales de pruebas en los que las personas pueden someterse a pruebas y posteriormente autoaislarse. Nuestra definición se limita al asesoramiento del gobierno nacional a todas las personas (por ejemplo, el Reino Unido) o a toda atención primaria y excluye únicamente el asesoramiento regional.Estos no incluyen intervenciones en fase de contención como el aislamiento si regresan de un país epidémico como China. Se ha fomentado el distanciamiento social: Como una de las primeras intervenciones contra la propagación de la pandemia COVID-19, muchos gobiernos han publicado consejos sobre distanciamiento social, incluyendo la recomendación de trabajar desde el hogar siempre que sea posible, reduciendo el uso del transporte público y todos los demás contactos no esenciales.Las fechas utilizadas son aquellas en las que el distanciamiento social ha sido recomendado oficialmente por el gobierno; el consejo puede incluir mantener una distancia física recomendada de otros. Decretado el bloqueo: Hay varios escenarios diferentes a los que los medios de comunicación se refieren como bloqueo. Como definición general, consideramos regulaciones/legislaciones relativas a una estricta interacción social cara a cara: incluyendo la prohibición de cualquier reunión pública no esencial, el cierre de instituciones educativas y públicas/culturales, ordenando a las personas a permanecer en casa aparte del ejercicio y las tareas esenciales.Incluimos casos especiales en los que no se mencionan explícitamente en los sitios web del gobierno, sino que son Las fechas utilizadas son las fechas efectivas en que se han implementado estas legislaciones. Observamos que el bloqueo abarca otras intervenciones previamente implementadas. Primera intervención: Como muestra la Figura 1, los gobiernos europeos han escalado las intervenciones rápidamente, y en algunos ejemplos (Noruega/Dinamarca) han implementado todas estas intervenciones en un solo día. Por lo tanto, dada la autocorrelación temporal inherente a la intervención gubernamental, incluimos covariable abinaria para la primera intervención, que puede interpretarse como una decisión gubernamental de tomar medidas importantes para controlar COVID-19. Una lista completa de las fechas de estas intervenciones y las fuentes que hemos utilizado se puede encontrar en el Apéndice 8.6. 6 Métodos ResumenUn resumen visual de nuestro modelo se presenta en la Figura 5 (detalles en los Apéndices 8.1 y 8.2). El código de replicación está disponible en https://github.com/mperiaCollegeLondres/covid19model/releases/tag/vl.0Ajustamos nuestro modelo a las muertes observadas de acuerdo con los datos de ECDC de 11 países europeos.Las muertes modeladas se basan en una distribución de infección a inicio (tiempo desde la infección hasta el inicio de los síntomas), una distribución de inicio a muerte (tiempo desde el inicio de los síntomas hasta la muerte) y la relación de mortalidad por infección media de la población (ajustada para la estructura de edad y los patrones de contacto de cada país, véase el Apéndice).Debido a estas distribuciones y proporciones, las muertes modeladas son una función del número de infecciones.El número de infecciones modelado se basa en la distribución por intervalos de serie (tiempo medio desde la infección de una persona hasta el momento en que infectan a otra Finalmente, el número de reproducción variable en el tiempo es una función del número de reproducción inicial antes de las intervenciones y los tamaños de efecto de las intervenciones.Figura 5: Resumen de los componentes del modelo. Siguiendo la jerarquía de abajo a arriba nos da un marco completo para ver cómo las intervenciones afectan a las infecciones, que pueden resultar en muertes.Utilizamos la inferencia bayesiana para asegurar que nuestras muertes modeladas puedan reproducir las muertes observadas lo más cerca posible.De abajo a arriba en la Figura 5, hay un retraso implícito en el tiempo que significa el efecto de intervenciones muy recientes se manifiestan débilmente en muertes actuales (y se fortalecen a medida que avanza el tiempo).Para maximizar la capacidad de observar el impacto de la intervención en las muertes, encajamos nuestro modelo conjuntamente para los 11 países europeos, lo que resulta en un conjunto de datos grande. Hemos evaluado el efecto de nuestras elecciones de distribución de Bayesianprior y evaluado nuestra calibración posterior bayesiana para asegurar que nuestros resultados seanestadísticamente robustos (Apéndice 8.4). 7 AgradecimientosLa investigación inicial sobre covariables en el Apéndice 8.6 fue fuente de crowdsourcing; agradecemos a varias personas de todo el mundo por su ayuda. Este trabajo fue apoyado por el Centro de financiación del Consejo de Investigación Médica del Reino Unido bajo un acuerdo con el Departamento de Desarrollo Internacional del Reino Unido, la Unidad de Investigación sobre Protección de la Salud del NIHR en Metodología de Modelado y ComunidadJameel. 8 Apéndice: Modelo de Análisis de Especificaciones, Validación y Sensibilidad8.1 Modelo de muerteObservamos muertes diarias Dam durante los días t E 1,...,n y países m E 1,...,p. Estas muertes diarias se modelan utilizando una presa de función real valuada positiva Se supone que la presa sigue una distribución binomio negativa conEl número esperado de muertes (1 en un país determinado en un día dado es una función del número de infecciones C que ocurren en días anteriores. Al principio de la epidemia, las muertes observadas en un país pueden estar dominadas por muertes que resultan de infecciones que no son adquiridas localmente. Para evitar sesgar nuestro modelo por esto, sólo incluimos muertes observadas desde el día después de que un país haya observado acumulativamente 10 muertes en nuestro modelo. Para vincular mecánicamente nuestrafunción de muertes a casos infectados, utilizamos una infección COVID-19-fatalidad-ratio ifr estimada previamente (probabilidad de muerte dada infección)9 junto con una distribución detiempos de infección a muerte TE. El ifr se deriva de estimaciones presentadas en Verity et al11 que suponen tasas de ataque homogéneo entre grupos de edad. Para ajustar mejor las estimaciones de las tasas de ataque por edades generadas utilizando información más detallada sobre los patrones de mezcla de países y edades específicas, escalamos estas estimaciones (el ifr no ajustado, al que aquí se hace referencia como ifr’) de la siguiente manera como en el trabajo anterior.4Let Ca ser el número de infecciones generadas en el grupo de edad a, Na el tamaño subyacente de la población en ese grupo de edad y AR“ 2 Ca/Na el índice de ataque específico de grupo de edad.El ifr ajustado se da entonces por: ifra = fififié, donde AR50_59 es la tasa de ataque prevista en el grupo de edad de 50-59 años después de incorporar los patrones de contacto y mezcla específicos de países.Este grupo de edad fue elegido como referencia ya que tenía el nivel más bajo previsto de subinforme en análisis previos de los datos de la epidemia china“. Se obtuvieron estimaciones por países de la tasa de ataque por edad, AR“, para los 11 países europeos en nuestro análisis de un estudio anterior que incorpora información sobre el contacto entre individuos de diferentes edades en países de toda Europa12. Luego se obtuvieron estimaciones globales de cada país ajustando tanto para la demografía como para las tasas de ataque específicas por edad. Utilizando información epidemiológica estimada de estudios anteriores,"11 se supone que la TE es la suma de dos tiempos aleatorios independientes: la distribución del período de incubación (infección al inicio de los síntomas o infección hasta el inicio) y el tiempo entre el inicio de los síntomas y la muerte (ingreso a la muerte). La distribución de la infección hasta el inicio es Gamma distribuida con media de 5,1 días y coeficiente de variación0,86. La distribución de la aparición a la muerte es también Gamma distribuida con una media de 18,8 días y un coeficiente de va riación 0,45. Por lo tanto, la distribución de la infección-a-muerte está dada por:um ~ ifrm ~ (Gamma(5.1,0,86) + Gamma(18,8,0,45)) La Figura 6 muestra la distribución de la infección-a-muerte y la función de supervivencia resultante que se integra a la relación de mortalidad por infección.Figura 6: Distribución izquierda de la infección-a-muerte (media 23,9 días). Correcto, probabilidad de supervivencia de individuos infectados por día dada la relación de mortalidad por infección (1%) y la distribución de la infección-a-muerte por la izquierda.Usando la probabilidad de distribución de la muerte, el número esperado de muertes presa, en un día dado t, para el país, m, está dada por la siguiente suma discreta:El número de muertes hoy es la suma de las infecciones pasadas ponderadas por su probabilidad de muerte, donde la probabilidad de muerte Este enfoque ha sido utilizado en numerosos estudios previos13'16 y tiene una fuerte base teórica en procesos de conteo estocásticos basados en individuos como el proceso Hawkes y el proceso Bellman-Harris.”18 El nuevo modelo está relacionado con el modelo Susceptible-Infectado-Recuperado, excepto que la renovación no se expresa en forma diferencial. Para modelar el número de infecciones con el tiempo necesitamos especificar una distribución serialinterval g con densidad g(T), (el tiempo entre cuando una persona se infecta y cuando posteriormente infectan a otras personas), que elegimos ser Gamma distribuido:g ~ Gamma (6.50.62). La distribución del intervalo serial se muestra a continuación en la Figura 7 y se supone que es la misma para todos los países. Figura 7: Distribución del intervalo serial g con una media de 6,5 días. Dada la distribución del intervalo serial, el número de infecciones Eamon a determinado día t, y country, m, está dado por la siguiente función de convolución discreta:_ t—1Cam — Ram ZT=0 Cr,mgt—‘r r where, similar a la probabilidad de la función de muerte, el intervalo serial diario está discretizado porfs+0.51.5gs = T=s—0.Sg(T)dT fors = 2,3 y 91 = fT=Og(T)dT. Las infecciones dependen hoy en día del número de infecciones en los días anteriores, ponderadas por la distribución del intervalo serial discretizado.Esta ponderación es entonces escalada por el número de producción de tiempo específico, Ram, que modela el número medio de infecciones secundarias en un momento dado. La forma funcional para el número de reproducción del tiempo-Variante fue elegida para ser lo más simple posible para minimizar el impacto de supuestos previos fuertes: utilizamos una función constante por partes que escalaRam de una línea de base previa R0,m y es impulsada por las principales intervenciones no farmacéuticas conocidas que ocurren en diferentes países y tiempos. Incluyemos 6 intervenciones, una de las cuales se construye a partir de las otras 5 intervenciones, que son cronogramas de cierres escolares y universitarios (k=l), enfermedad autoaislante (k=2), prohibición de eventos públicos (k=3), cualquier intervención gubernamental en lugar (k=4), implementación de un bloqueo parcial o completo (k=5) y fomento del distanciamiento y aislamiento social (k=6). Denotamos la variable indicadora de intervención k E 1,2,3,4,5,6 por IkI’m, que es 1 si la intervención k está en placein country m en el La covariable “cualquier intervención gubernamental” (k=4) indica si alguna de las otras 5 intervenciones está en efecto, es decir, 14’t’m es igual a 1 en el momento t si alguna de las intervencionesk E 1,2,3,4,5 están en vigor en el país m en el momento t y es igual a 0 de lo contrario. Covariable 4 tiene la interpretación de indicar el inicio de la intervención gubernamental mayor. Se supone que el efecto de cada intervención es multiplicativo. Ram es, por lo tanto, una función de los indicadores de intervenciónIk’t’m en lugar en el momento t en el país m:Ram : R0,m eXp(— 212:1 O(Rheum)-La forma exponencial se utilizó para asegurar la positividad del número de reproducción, con R0,mconstreñido a ser positivo como aparece fuera de la exponencial. El impacto de cada intervención enRam se caracteriza por un conjunto de parámetros 0(1,...,OL6, con distribuciones previas independientes elegidas para el beock ~ Gamma(. 5,1). Los impactos ock son compartidos entre todos los países m y por lo tanto están informados por todos los datos disponibles. La distribución previa para R0 fue escogida para serR0,m ~ Normal(2,4, IKI) con K ~ Normal(0,0.5),Una vez más, K es el mismo entre todos los países para compartir información. Asumimos que la siembra de nuevas infecciones comienza 30 días antes del día después de que un país haya observado 10 muertes. A partir de esta fecha, sembramos nuestro modelo con 6 días secuenciales de infecciones extraídas de cl’m,...,66’m~EXponential(T), donde T~Exponential(0.03). Se estimaron los parámetros de manera conjunta para los 11 países en un único modelo jerárquico. Se realizó el ajuste en el lenguaje de programación probabilístico Stan,19 utilizando un sampler adaptativo Hamiltoniano Monte Carlo (HMC). Se realizaron 8 cadenas para 4000 iteración con 2000 iteración de calentamiento y un factor de adelgazamiento 4para obtener 2000 muestras posteriores. Se evaluó la convergencia posterior utilizando la estadística Rhat y mediante el diagnóstico de transiciones divergentes del sampler HMC. También se realizaron calibraciones anteriores a posteriori (véase más adelante). 8.3 ValidaciónValidamos la exactitud de las estimaciones puntuales de nuestro modelo utilizando la validación cruzada. En nuestro esquema de validación cruzada, dejamos fuera 3 días de datos de muerte conocidos (no acumulativos) y encajamos en nuestro modelo. Pronosticamos lo que el modelo predice para estos tres días. Presentamos las previsiones individuales para cada día, así como el Los resultados de validación cruzada se muestran en la Figura8.Figura 8: Resultados de validación cruzada para pronósticos agregados de 3 días y 3 díasFigura 8 proporciona una fuerte justificación empírica para nuestra especificación y mecanismo de modelo.Nuestra previsión precisa sobre un horizonte temporal de tres días sugiere que nuestras estimaciones ajustadas para Rt son apropiadas y plausibles.Además de las estimaciones puntuales, todos evaluamos nuestros intervalos posteriores creíbles utilizando la Rhatstatistic.La estadística de Rhat mide si nuestras cadenas Markov Chain Monte Carlo (MCMC) han convergido a la distribución de equilibrio (la distribución posterior correcta).La Figura 9 muestra las estadísticas de Rhatstatistics para todos nuestros parámetrosFigura 9: Las estadísticas de Rhat - valores cercanos a 1 indican la convergencia de MCMC. La Figura 9 indica que nuestra MCMC ha convergido. 8.4 SensibilidadAnálisis8.4.1 Previsión a escala logarítmica para evaluar la señal en los datosComo hemos destacado en todo el presente informe, el desfase entre las muertes y las infecciones significa que es tiempo suficiente para que la información propague backwards de las muertes a las infecciones y, en última instancia, al Rt. Una conclusión de este informe es la predicción de una desaceleración de la Rt en respuesta a las principales intervenciones. Recuperando la intuición de que se trata de datos impulsados y no simplemente una consecuencia de modelos altamente limitados, mostramos previsiones de muerte a escala logarítmica lineal. En esta escala, una línea que curvas por debajo de una tendencia lineal es indicativa de una desaceleración en el crecimiento de la epidemia. Nuestromodelo sugiere que Italia, un país que tiene el mayor número de muertes de COVID-19, verá una desaceleración en el aumento de las muertes diarias durante la próxima semana en comparación con las primeras etapas de la epidemia. Investigamos la sensibilidad de nuestras estimaciones de inicio y final Rt a nuestra supuesta distribución de intervalos seriales. Para ello consideramos varios escenarios, en los que cambiamos la media de distribución de intervalos seriales, de un valor de 6,5 días, para tener valores de 5, 6, 7 y 8 días. En la Figura 13, mostramos nuestras estimaciones de R0, el número de reproducción inicial antes de las intervenciones, para cada uno de estos escenarios. El orden relativo de la Rt=0 en los países es consistente en todos los entornos. Sin embargo, como se esperaba, la escala de Rt=0 se ve considerablemente afectada por este cambio. Esto se debe a que para alcanzar el tamaño observado actualmente de las epidemias, un intervalo serial más largo se compensa con un R0 estimado más alto. Además, en la Figura 14, mostramos nuestras estimaciones de Rt en el momento del modelo más reciente, de nuevo para cada uno de estos escenarios.La media del intervalo serial puede influir sustancialmente en Rt, sin embargo, los intervalos posteriores de Rt se superponen ampliamente.Figura 13: Número de reproducción inicial R0 para diferentes distribuciones de intervalo serial (SI) (medias entre 5 y 8 días).Utilizamos 6,5 días en nuestro análisis principal.Figura 14: Rt el 28 de marzo de 2020 estimado para todos los países, con distribución de intervalo serial (SI) medias entre 5 y 8 días.Utilizamos 6,5 días en nuestro análisis principal. Para evitar la colinealidad, realizamos 6 modelos separados, con efectos resumidos a continuación (comparar con el análisis principal de la Figura 4). En esta serie de análisis univariados, encontramos (Figura 15) que todos los efectos por sí solos sirven para disminuir el Rt. Esto nos da confianza en que nuestra elección de la distribución previa no está impulsando los efectos que vemos en el análisis principal. Lockdown tiene un efecto muy grande, lo más probable debido a que ocurre después de otras intervenciones en nuestro conjunto de datos. Los tamaños de efecto relativamente grandes para las otras intervenciones son más probables debido a la coincidencia de las intervenciones en el tiempo, de tal manera que una intervención es un proxy para unos pocos otros. Figura 15: Efectos de diferentes intervenciones cuando se utilizan como los únicos covariables en el modelo. 8.4.4.4Para evaluar las suposiciones previas sobre nuestra forma funcional constante por pieza para Rt probamos utilizando una función a Encajamos un modelo con una distribución previa de proceso gaussiano a los datos de Italia donde hay la mayor señal en los datos de muerte. Encontramos que el proceso gaussiano tiene una tendencia muy similar al modelo constante por partes y vuelve a la media en regiones de no datos. La correspondencia de una función completamente no paramétrica y nuestra función constante por piezas sugiere una especificación paramétrica adecuada de Rt. Montaje no paramétrico de Rf usando un proceso gaussiano:8.4.5 Dejar fuera el análisis del paísDebido a las diferentes longitudes de la epidemia de cada país europeo, algunos países, como Italia tienen muchos más datos que otros (como el Reino Unido). Para asegurarnos de que no estamos aprovechando demasiada información de ningún país realizamos un análisis de sensibilidad “dejar fuera un país”, donde recorrimos el modelo sin un país diferente cada vez. La Figura 16 y la Figura 17 son ejemplos de resultados para el Reino Unido, dejando de En general, para todos los países, no observamos ninguna dependencia significativa de ningún país.Figura 16: Resultados de modelos para el Reino Unido, cuando no se utilizan datos de Italia para ajustar el modelo.Ver laFigura 17: Resultados de modelos para el Reino Unido, cuando no se utilizan datos de España para ajustar el modelo.Ver subtítulo de la Figura 2 para una explicación de las gráficas. Para resultados teóricos bien conocidos de la ecuación de renovación, dada una distribución de intervalo serie g(r) con media m y desviación estándar 5, dada a = mZ/S2 y b = m/SZ, y posteriormente R0 = (1 + %).Figura 18 muestra teóricamente derivada R0 junto con nuestras estimaciones de Rt=0 de nuestro modelo jerárquico bayesiano.Como se muestra en la Figura 18 hay una grancorrespondencia entre nuestro número de reproducción inicial estimado y el número de reproducción básica implícito por la tasa de crecimiento r.R0 (rojo) vs R(FO) (negro)Figura 18: Nuestra estimación de R0 (negro) versus Ru(rojo) teóricamente derivado de un ajuste de regresión log lineal. 8.5 Análisis contrafactual — intervenciones frente a no intervencionesFigura 19: Número diario de muertes confirmadas, predicciones (hasta el 28 de marzo) y previsiones (después) para todos los países, excepto Italia y España, de nuestro modelo con intervenciones (azul) y del modelo contrafactual sin intervenciones (rosa); los intervalos creíbles se muestran a una semana en el futuro. DOI: https://doi.org/10.25561/77731Página 28 de 3530 de marzo de 2020 Imperial College Equipo de respuesta COVID-19 8.6 Fuentes de datos y cronograma de intervencionesFigura 1 y Tabla 3 muestran las intervenciones de los 11 países en nuestro estudio y las fechas en que estas intervenciones entraron en vigor. Tabla 3: Calendario de intervenciones. País Tipo Evento Fecha efectivaCerrado escolar ordenadoCerrados escolares nacionales.20 14/3/2020Eventos públicosprohibido la celebración de reuniones de más de 5 personas.21 10/3/2020Prohibir todo acceso a espacios públicos y reunionesLockdown de más de 5 personas.Consejos para mantener 1 distancia ordenada.22 16/3/2020Desplazamiento socialalentadoRecomendación para mantener una distancia de 1m.22 16/3/2020Medidas de Austria basadas en casos Implementado en el bloqueo.22 16/3/2020Cerrado escolar ordenadoCerrados escolares nacionales.23 14/3/2020Eventos públicos Todas las actividades recreativas canceladas independientemente de la talla prohibida.23 12/3/2020Los ciudadanos deben permanecer en casa excepto para el trabajo de Lockdown y los viajes esenciales. 24 18/3/2020El transporte público sólo se recomienda para los viajes esenciales de distanciamiento social, el trabajo desde casa fomentado, todos los lugares de interés público, por ejemplo, restaurantes cerrados.23 14/3/2020Case-based Todo el mundo debe permanecer en casa si experimenta una Bélgica mide la tos o la fiebre.25 10/3/2020Cierre escolar Escuelas secundarias cerradas y universidades (escuelas de orden primario también cerradas el 16).26 13/3/2020Eventos públicos Prohibición de eventos > 100 personas, instituciones cerradas de prohibición cultural, instalaciones de ocio, etc.27 12/3/2020Prohibición de reuniones de > 10 personas en lugares públicos y todos ordenados fueron cerrados.27 18/3/2020Uso limitado del transporte público. Todas las instituciones de distancia social cultural cierran y recomiendan mantener una distancia adecuada alentada.28 13/3/2020Base de casos Todo el mundo debe permanecer en casa si experimenta una Dinamarca medidas de tos o fiebre.29 12/3/2020Cierre de escuelas ordenado Cierre de escuelas nacionales.30 14/3/2020Eventos públicosprohibidos Prohibiciones de eventos > 100 personas.31 13/3/2020Lockdown Todo el mundo tiene que permanecer en casa.Necesita un formulario de autorización autoordenada para salir de casa.32 17/3/2020Consejos de estímulo social en el momento del bloqueo.32 16/3/2020Medidas basadas en casosFrancia Consejos en el momento del bloqueo.32 16/03/2020Cierre de escuelas ordenados Nacionalmente.33 14/3/2020Eventos públicos Ninguna reunión de > 1000 personas. 34 22/3/2020Lockdown Recopilaciones de > 2 personas prohibidas, 1,5 distancias ordenadas.35 22/3/2020Desplazamiento social Evite la interacción social siempre que sea posibleAlentado recomendado por Merkel.36 12/3/2020Consejo para todos los que experimentan síntomasContacto basado en un caso de una agencia de atención de la salud para hacerse la prueba y las medidas de Alemania para entonces auto-aislarse.37 6/3/2020Cierre de escuelas ordenado Cierre de escuelas a nivel nacional.38 5/3/2020Eventos públicosprohibidos El gobierno prohíbe todos los eventos públicos.39 9/3/2020Lockdown El gobierno cierra todos los lugares públicos. Las personas ordenadas tienen que permanecer en casa excepto para los viajes esenciales.40 11/3/2020Hay que mantener una distancia de más de 1 m y se debe fomentar el distanciamiento social de cualquier otra forma de agregación alternativa.40 9/3/2020Consejo basado en casos de autoaislamiento si experimenta síntomasMedidas en Italia y cuarentena si se prueba positivo.41 9/3/2020La Dirección de Salud de Noruega cierra todas las instituciones educativas de cierre escolar.Incluidas las instalaciones ordenadas para el cuidado de los niños y todas las escuelas.42 13/3/2020Eventos públicos La Dirección de Salud prohíbe todo contacto social no necesario.42 12/3/2020Lockdown Sólo las personas que viven juntas están permitidas fuera de orden. Todo el mundo tiene que mantener una distancia de 2 metros.43 24/3/2020Desconexión social La Dirección de Salud aconseja contra todo tipo de viajes alentados y contactos sociales no necesarios.42 16/3/2020Consejo basado en un caso para aislarse por 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre.44 15/3/2020Ordenado Cierre de escuelas nacionales.45 13/3/2020Eventos públicosprohibido Prohibir todos los eventos públicos mediante bloqueo.46 14/3/2020Lockdownordenado Bloqueo de todo el país43 14/3/2020Consejo de distanciamiento social sobre distanciamiento social y trabajo en forma remota alentada desde casa.47 9/3/2020Consejo basado en un caso para autoaislarse por 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre en España47 17/3/2020Cerrado de escuelas y escuelas secundarias superiores cerrado.48 18/3/2020Eventos públicosprohibidos El gobierno prohíbe eventos > A las personas con síntomas leves se les dice que limiten el contacto social de distanciamiento social, el estímulo para trabajar desde una casa alentada.50 16/3/2020Consejo basado en un caso de auto-aislamiento si experimentan tos o Suecia mide los síntomas de fiebre.51 Cierre de la escuela ordenado No en persona hasta el 4 de abril.52 14/3/2020Eventos públicos prohibidos El gobierno prohíbe eventos > 100 personas.52 13/3/2020Reuniones ordenadas de bloqueo de más de 5 personas están prohibidas.53 2020-03-20Consejos para mantener la distancia.Todas las empresas donde el distanciamiento social no se puede realizar se han cerrado en todos los estados alentados (kantones).54 16/3/2020Consejo basado en un caso para auto-aislarse si experimentan tos o Suiza mide los síntomas de fiebre.55 2/3/2020Cierre de la escuela general. Los cuidadores de niños, las guarderías para el cierre de escuelas y las sextas formas deben seguir las directrices ordenadas.56 21/3/2020Eventos públicos prohibidos Implementados con bloqueo.57 24/3/2020Los conjuntos de más de 2 personas no pertenecientes al mismo hogar están prohibidos y sujetos a la policía.57 24/3/2020Consejos de distanciamiento social para evitar pubs, clubes, teatros y otras instituciones públicas alentadas.58 16/3/2020Consejo basado en un caso para aislarse durante 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre en el Reino Unido.59 12/3/20209 Referencias1. Li, R. et al. Infección indocumentada sustancial facilita la rápida difusión del nuevocoronavirus (SARS-CoV2). Ciencia (2020) doi:10.1126/science.abb3221. 2. Zhang, J. et al. Patrones de contacto social humano y contacto con animales en Shanghai, China 5cLRep.9,1—11(2019)3. Worldómetros.info. Hong Kong: casos de coronavirus. https://www.wo rldómetros.info/co ronavirus/country/china-hong-kong-sar/. 4. Ferguson, N. et al. Impacto de las intervenciones no farmacéuticas (NPI) para reducir la mortalidad y la demanda de asistencia sanitaria (Informe 9). https://www.imperial.ac.uk/mrc-global-infectious-disase-analysis/news--wuhan-coronavirus/. 5. Cereda, D. et al. La fase inicial del brote de COVID-19 en Lombardy, Italia. arXiv (2020). 6. Zhao, A. J. et al. Título: Respuestas anticuerpos al SARS-CoV-2 en pacientes con nuevas enfermedades por coronavirus 2019 Título breve : Respuestas anticuerpos en pacientes con COVID-19. (2020). 7. Jombart, T. et al. Inferir el número de casos de COVID-19 de muertes recientemente notificadas. medRXiV 2020.03.10.20033761(2020)doi:10.10101/2020.03.10.20033761. 8. Zhang, J. et al. Perfil de edad de susceptibilidad, mezcla y distanciamiento social dan forma a la dinámica del brote de la nueva enfermedad por coronavirus 2019 en China. (2020) doi:10.10101/2020.03.19.20039107. 9. Lourenco, J. et al. Los principios fundamentales de la propagación epidémica destacan la necesidad inmediata de realizar encuestas serológicas a gran escala para evaluar la etapa de la epidemia por SARS doi:10.1101/2020.03.24.2004229110.Naciones Unidas, Departamento de Asuntos Económicos y Sociales, División de Población. WorldPopulation Prospects 2019: Data booket. ST/ESA/SER.A/424. (2019). 11. Verity, R. et al. Estimaciones de la gravedad de la enfermedad de COVID-19. Lancet Infect Dis en la prensa (2020). 12. Walker, P. G. T. et al. Report 12: The Global Impact of COVID-19 and Strategies for Mitigation and Supresation. 13. Fraser, C. Estimating Individual and Household Reproduction Numbers in a EmergingEpidemmic. PL05 ONE 2, e758 (2007). 14. Cori, A., Ferguson, N. M., Fraser, C. & Cauchemez, S J. Epidemiol. 178, 1505-1512(2013115. Nouvellet, P. et al. Un enfoque sencillo para medir la transmisibilidad y la incidencia prevista. Epidemias 22, 29-35 (2018). 16. Cauchemez, 8., Valleron, A. J., Boelle, P. Y., Flahault, A. & Ferguson, N. M. Estimación del impacto del cierre escolar en la transmisión de la gripe a partir de datos Sentinel. Nature 452, 750-754 (2008). 17. Bellman, R. & Harris, T. On Age-Dependent Binary Branking Processes. Ann. Math. 55, 280-295(1952118. Bellman, R. & Harris, T. E. Sobre la teoría de los procesos de ramificación estocásticos dependientes de la edad. Proc. Nat 34, 601-604 (1948). 19. Stan Development Team. 2018. The Stan Core Library, versión 2.18.0. http://mc-stan.org. 20. Bundesministerium. Coronavirus (COVID-19): Status quo — Schulen, Hochschulen,Universitaten und Forschungsinstitutionen. https://www.bmbwf.gv.at/Ministerium/Informationspflicht/corona/corona_status.html. 21. Henley, J. Coronavirus: Los Estados de la Unión Europea promulgan medidas duras para la propagación del tallo. The Guardianhttps://www.theguardian.com/world/200/mar/10/coranonavirus-varios-estados-eu-states-ban-masa-mass-as-pos-italian-lockdown (20 25. Servicio Público Federal. Protéjase y proteja a los demás. https://www.info-coronavirus.be/en/2020/03/10/protege-y-protege-the-others/ (2020). 26. Wikipedia. 2020 pandemia de coronavirus en Dinamarca. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/2020_coronavirus_pandemic_in_Dinamarca. 27. Stephensen, Emma Kinker; Hansen, T. S. Danmark lukker ned: Her er regeringens nye basculag. TV2 https://nyheder.tv2.dk/samfund/2020-03-11-danmark-lukker-ned-er-regeringens-nye-tiltag(2020128. Politi. Nye illbag mod covid-19. Politi https://politi.dk/coronavirus-i-danmark/seneste-nyt-fra-myndighederne/nye-tiltag-mod-covid-19 (2020). 29. Styrelsen for Patientsikkerhed. Indberetning om covid-19zlnformation om mulighed forp\aabud til enkeltpersoner (coronavirus/covid-19). https://stps.dk/da/ansvar-og-retningslinjer/vejledning/indberetning-om-covid-19/#. 30. Wikipedia. 2020 coronavirus pande in France. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/2020_coronavirus_pandemic_in_France. 31. Francia prohíbe las reuniones de más de 100 personas a medida que aumenta el número de muertes por coronavirus -The Local. The Local https://www.thelocal.fr/20200313/france-bans-recopilations-of-over-100-people-to-fight-coronavirus-pandemic (2020). 32. Henley, Jon; Willsher, Kim; Kassam, A. Coronavirus: Francia impone un bloqueo cuando la UE pide una prohibición de viajar de 30 días. The Guardian https://www.theguardian.com/world/2020/mar/16/coronavirus-spain-takes-over-privado-healthcare-amid-more-euro-pean-lockdowns (2020). 33. Wikipedia. 2020 coronavirus pande in Germany. Fundación Wikimediahttps://en.wi 34. BMI. Coronavirus: Fragen und Antworten. Bundesministerium des Innern,fur Bau und Heimathttps://web.archive.org/web/20200317073042/https://www.bmi.bund.de/SharedDocs/faqs/DE/themen/bevoelkerungssschutz/coranavirus/coranavirus-faqs.htmI#doc13738352bodyText7. 35. Noticias de la BBC. Coronavirus: Alemania endurece los frenos y prohíbe las reuniones de más de dos personas. BBCNews https://www.bbc.co.uk/news/world-europe-51999080 (2020). 36. Bundesregierung. Kanzlerin trifft Regierungschefs der Lander Sozialkontakte https://www.bundesregierung.de/breg-de/themen/coranavirus/mpk-1730186(2020)37. Robert Koch Institut. Antworten auf haufig gestellte Fragen zum Coronavirus SARS-CoV-2. Robert Koch Instituthttps://web.archive.org/web/20200312004624/https://www.rki.de/SharedDocs/FAQ/NCOV2019/FAQ_Liste.html (2020). 38. Ministero della Salute. Governo anuncia sospensione dell’attivita didattica dal 5 a15 marzo. Ministero della Salutehttp://www.salute.gov.it/portale/nuovocoronavirus/dettaglioVideoNuovoCoronavirus.jsp?lingua=italiano&menu=multimedia&p=video&id=2052 (2020). 39. CNN. Italia prohíbe los viajes y cancela todos los actos públicos en su región septentrional. CNNhttps://edition.cnn.com/2020/03/08/europe/italy-coranavirus-lockdown-europe-intl/index.html(2020). Attualita. Coronavirus: parada de un pub, cine, teatro e discoteche anche a Roma. Ecco cosaprevede il nuovo decreto. Roma Today https://www.romatoday.it/attualita/coranavirus-pub-cinema-teatri-locali-chiusi-nuovo-decreto.html (2020). 41. Gazzetta Ufficiale. DECRETO DEL PRESIDENTE DEL CONSIGLIO DEL MINISTRI. Gazzetta Ufflclalehttps://www.gazzettaufficiale.it/eli/id/20/03/08/20A01522/sg (2020). 42. Helsedirektoratet. La Dirección de Salud de Noruega ha adoptado la decisión de cerrar las escuelas y otras instituciones educativas. Hellem-Hansen, Viktoria L.; Tandstad, B. Folkehelseinstituttet mener23.000 kan vaere smittet. NRK https://www.nrk.no/norge/folkehelseinstituttet-mener-23.000-kan-vaere-smittet-1.14958149 (2020). 44. Gobierno de Norweigen. regjeringen.no https://www.regjeringen.no/en/aktuelt/the-government-is-esestableciendo-clear-cuarantine-and-aislation-rules/id2693647/ (2020). 45. Wikipedia. 2020 coronavirus pandemic in Spain. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/20_coronavirus_pandemic_in_Spain. 46. Gabinete de Prensa. El Gobierno anuncia nuevas medidas para eliminar la extensión del nuevo coronavirus COVID-19. Gobierno de Españahttps://www.mscbs.gob.es/gabinete/notasPrensa.do?id=4807 (2020). 47. Gabinete de Prensa. El Consejo Interterritorial del SNS alcanza medidas concretas para zonascon transmisión comunitaria de coronavirus. Gobierno de Españahttps://www.mscbs.gob.es/gabinete/notasPrensa.do?id=4806 (2020). 48. Folkhalsomyndigheten.se/nyheter-och-press/nyhetsarkiv/2020/mars/larosaten-och-gymnasieskolor-uppmanas-nu-att-bedriva-distansundervisning(2020). El local. Suecia prohíbe grandes eventos para detener la propagación del coronavirus. El localhttps://www.theloca.se/20200311/sweden-to-ban-large-public-coronavirus-over-coronavirus (2020). 50. Radosevich. Estocolmoers instados a trabajar desde casa como comunidad COVID-19 se extendió confirmado. Sveriges Radiohttps://sverigesradio.se/sida/artikel.aspx?programid=2054&artikel=7430511(2020). Folkhdlsomyndigheten https://www.folkhalsomyndigheten.se/nyheter-och-press/nyhetsarkiv/2020/mars/flera-tecken-pa-samhallsspridning-av-covid-19-i-sverige/ (2020). 52 Bundesamt fur Gesendheit BAG. Bundesrat verscharft Massnahmen gegen das Coronaviruszum Schutz der Gesundheit und unterstUtzt betroffene Branchen. Schweizerische Eidgenossenschafthttps://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg-id-78437.html( Coronavirus: Bundesrat verbietet Ansammlungen von mehrals fUnf Personen. Schweizerische Eidgenossenschaft https://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg-id-78513.html (2020). 54. Bundesamt fur Gesundheit BAG. Coronavirus: Bundesrat erklart die «ausserordentliche Lage»und verscharft die Massnahmen. Schweizerische Eidgenossenschafthttps://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg- Neue Hygiene- und Verhaltensregeln zum Schutz gegen dasneue Coronavirus. Schweizerische Eidgenossenschaft https://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/a ktuell/medienmitteilungen.msg-id-78304.html (2020). 56. Gobierno del Reino Unido, D. for E. Schools, colleges and early ambients to close. Gobierno del Reino Unidohttps://www.gov.uk/government/news/schools-colleges-and-ears-settings-to-close (2020). 57. Gobierno del Reino Unido. Discurso del Primer Ministro a la nación sobre el coronavirus: 23 de marzo de 2020. Gobierno del Reino Unidohttps://www.gov.uk/government/speeches/pm-address-to-the-nation-on-coronavirus-23-march-2020(2020158. Boycott-Owen, Mason; Bowman, Verity; Kelly-Linden, Jordan; Gartner, A. G. H. S. T.Coronavirus: Boris Johnson encierra al Reino Unido a medida que el número de muertos llega a 55. The Telegraphhttps://www.telegraph.co.uk/global-health/science-and- disease/coronavirus-news-uk-latest-update-covid-19-death-toll-cases/ (2020). BBC Newshttps://www.bbc.co.uk/news/uk-51857856 (2020).

¿Cuándo entró Italia en Iockdown?

Estimando el número de infecciones y el impacto de las intervenciones no farmacéuticas en el COVID-19 en 11 países europeos30 marzo 2020 Imperial College COVID-19 Response TeamSeth Flaxmani Swapnil Mishra*, Axel Gandy*, H JulietteT Unwin, Helen Coupland, Thomas A Mellan, HarrisonZhu, Tresnia Berah, Jeffrey W Eaton, Pablo N P Guzman, Nora Schmit, Lucia Cilloni, Kylie E C Cuomo—Dannenburg, Amy Dighe, Bimandra Djaafara, Ilaria Dorigatti, Sabine van Elsland,Rich Fitz, Han Fu, Katy Gaytorpe, Gendarme, Peter Geidelberg, Wi Green, Timothy Hallett, Arranmlet, Weinsland, EE.UU., EE.UU En respuesta, muchos países europeos han puesto en marcha intervenciones no farmacéuticas sin precedentes, como el aislamiento de casos, el cierre de escuelas y universidades, la prohibición de reuniones masivas o actos públicos, y, más recientemente, una ampliadistribución social a escala local y nacional, incluidos los bloqueos.En este informe, utilizamos un modelo jerárquico bayesiano semimecanicista para tratar de deducir el impacto de estas intervenciones en 11 países europeos.Nuestros métodos suponen que los cambios en el número productivo —una medida de transmisión— son una respuesta inmediata a estas intervenciones en lugar de cambios graduales más amplios en el comportamiento.Nuestro modelo estima estos cambios calculando hacia atrás de las muertes observadas a lo largo del tiempo para estimar la transmisión que ocurrió varias semanas antes, permitiendo el lapso entre la infección y la muerte.Una de las principales suposiciones del modelo es que cada intervención tiene el mismo efecto en el número de producción en todos los países y en el tiempo. Esto nos permite aprovechar una mayor cantidad de datos en toda Europa para estimar estos efectos. También significa que nuestros resultados están fuertemente impulsados por los datos de países con epidemias más avanzadas, y las intervenciones anteriores, como Italia y España. Encontramos que el lento crecimiento de las muertes diarias reportadas en Italia es consistente con un impacto significativo de las intervenciones implementadas varias semanas antes. En Italia, estimamos que el número de reproducción efectiva, Rt, cayó a cerca de 1 alrededor de la época de Iockdown (11 de marzo), aunque con un alto nivel de incertidumbre. En general, estimamos que los países han logrado reducir su número de reproducción. Nuestras estimaciones tienen amplios intervalos creíbles y contienen 1 para los países que han implementado intervenciones consideradas en nuestro análisis. Esto significa que el número de reproducción puede estar por encima o por debajo de este valor. Dado que las intervenciones actuales se mantienen al menos hasta finales de marzo, estimamos que las intervenciones en los 11 países habrán evitado 59.000 muertes hasta el 31 de marzo[intervalo creíble del 95%: 21.000-120.000].Muchas más muertes se evitarán garantizando que las intervenciones permanezcan en vigor hasta que la transmisión disminuya a niveles bajos.Estimamos que, en los 11 países entre 7 y 43 millones de personas se han infectado con el SARS-CoV-Z hasta el 28 de marzo, lo que representa entre el 1,88% y el 11,43% de la población.Se estima que la proporción de la población infectada hasta la fecha —la tasa de ataque— es la más alta en España seguida por Italia y la más baja en Alemania y Noruega, lo que refleja las etapas relativas de las epidemias.Dado el retraso de 2-3 semanas entre el momento en que se producen los cambios de transmisión y cuando su impacto puede observarse en las tendencias de mortalidad, Si las intervenciones en países en las etapas más tempranas de su epidemia, como Alemania o el Reino Unido, son más o menos eficaces de lo que eran en los países con epidemias avanzadas, en los que nuestras estimaciones se basan en gran medida, o si las intervenciones han mejorado o han empeorado con el tiempo, nuestras estimaciones del número de reproducción y las muertes evitadas cambiarían en consecuencia. Por lo tanto, es fundamental que las intervenciones actuales sigan en vigor y las tendencias en los casos y muertes se monitoricen de cerca en los próximos días y semanas para garantizar que la transmisión del SARS-Cov-Z se esté desacelerando. Imperial College London (2020), doi:https://doi.org/10.25561/777311 IntroducciónTras la aparición de un nuevo coronavirus (SARS-CoV-Z) en Wuhan (China) en diciembre de 2019 y su propagación mundial, han surgido en Europa grandes epidemias de la enfermedad, causadas por el virus denominado COVID-19. En respuesta al creciente número de casos y muertes, y para mantener la capacidad de los sistemas de salud para tratar tantos casos graves como sea posible, los países europeos, como los de otros continentes, han implementado o están en proceso de aplicar medidas para controlar susepidemias. Estas intervenciones no farmacéuticas a gran escala varían de un país a otro, pero incluyen distanciamiento social (como la prohibición de grandes reuniones y el asesoramiento a las personas para que no socialicen fuera de sus hogares), cierres de fronteras, cierres de escuelas, medidas para aislar a las personas sintomáticas y sus contactos, y bloqueos a gran escala de poblaciones con todos los viajes internos menos esenciales prohibidos.Entender, en primer lugar, si estas intervenciones están teniendo el impacto deseado de controlar la epidémica y, en segundo lugar, qué intervenciones son necesarias para mantener el control, es crítico dada su gran coste económico y social.El objetivo clave de estas intervenciones es reducir el número de reproducción eficaz, Rt, de la infección, una cantidad epidemiológica fundamental que representa el número medio de infecciones, en el momento t, por caso infectado durante el curso de su infección. Si Rt es mayor que 1, las infecciones aumentarán (dependiendo de cuánto mayor que 1 el número de reproducción es) hasta los picos tepidémicos y eventualmente disminuye debido a la adquisición de inmunidad de rebaños. En China, las estrictas restricciones de movimiento y otras medidas incluyendo aislamiento de casos y cuarentena comenzaron a introducirse a partir del 23 de enero, lo que logró una tendencia a la baja en el número de nuevos casos confirmados durante febrero, resultando en cero nuevos casos indígenas confirmados en Wuhan para el 19 de marzo. Los estudios han calculado cómo cambió Rt durante este tiempo en diferentes áreas de China desde alrededor de 2-4 durante la epidemia incontrolada hasta menos de 1, con una disminución estimada de 7-9 veces en el número de contactos diarios por persona.1'2 Medidas de control tales como distanciamiento social, pruebas intensivas y rastreo de contacto en otros países como Singapur y Corea del Sur han reducido con éxito la incidencia de casos en las últimas semanas, aunque existe un riesgo de que el virus se propague de nuevo una vez que las medidas de control se relajen.3'4La epidemia comenzó un poco más tarde en Europa, a partir de enero o más tarde en diferentes regiones.5 Los países han aplicado diferentes combinaciones de medidas de control y es probable que el nivel de cumplimiento de las recomendaciones gubernamentales sobre distanciamiento social varíe entre países, en parte debido a diferentes niveles de aplicación. La estimación de los números de reproducción para el SARS-CoV-Z presenta desafíos debido a la alta proporción de infecciones no detectadas por los sistemas de salud"7 y a los cambios regulares en las políticas de pruebas, lo que da lugar a proporciones indiferentes de infecciones detectadas a lo largo del tiempo y entre los países.La mayoría de los países hasta ahora sólo tienen la capacidad de probar una pequeña proporción de casos sospechosos y las pruebas están reservadas para pacientes con enfermedades graves o para grupos de alto riesgo (por ejemplo, contactos de casos).Por lo tanto, el análisis de los datos de los casos da una visión sistemáticamente sesgada de las tendencias.Una forma alternativa de estimar el curso de la epidemia es volver a calcular las infecciones derivadas de las muertes observadas. Si bien las tendencias recientes de las muertes serán, por tanto, informativas, hay un retraso en la observación del efecto de las intervenciones sobre las muertes, ya que hay un período de 2 a 3 semanas entre lainfección, el inicio de los síntomas y el resultado.En este informe, encajamos un nuevo modelo mecánico bayesiano del ciclo de infección en las muertes observadas en11 países europeos, inferiendo límites plausibles superiores e inferiores (intervalos creíbles bayesianos) de la población total infectada (tasas de ataque), probabilidades de detección de casos y el número de reproducción a lo largo del tiempo (Rt).Ajustamos el modelo conjuntamente a los datos de COVID-19 de todos estos países para evaluar si hay pruebas de que las intervenciones han tenido éxito hasta ahora en reducir la Rt por debajo de 1, con la fuerte suposición de que las intervenciones particulares están logrando un impacto similar en diferentes países y de que la La mayoría de las intervenciones se iniciaron alrededor del 12 al 14 de marzo. Analizamos los datos sobre las muertes hasta el 28 de marzo, dando un margen de 2-3 semanas para estimar el efecto de las intervenciones. Actualmente, la mayoría de los países en nuestro estudio han implementado todas las intervenciones no farmacéuticas importantes. Para cada país, modelamos el número de infecciones, el número de muertes y el número de reproducciones efectivas a lo largo del tiempo, con Rt cambiando sólo cuando se introduce una intervención (Figura 2-12). Rt es el número medio de infecciones secundarias por individuo infectado, asumiendo que las intervenciones que se realizan en el momento t permanecen en el lugar durante todo su período infeccioso. Cada país tiene su propio número de reproducción inicial Rt antes de que se lleven a cabo las intervenciones. Se supone que las intervenciones específicas tienen el mismo impacto relativo en Rt en cada país cuando se introdujeron allí y están informadas por los datos de mortalidad en todos los países. Figura l: Cronogramas de intervención para los 11 países europeos incluidos en el análisis.Para más detalles, véase el apéndice 8.6.2.1 Número real estimado de infecciones y tasas de ataque actualesEn todos los países, estimamos que hay órdenes de magnitud menos infecciones detectadas (Figura 2) En Italia, nuestros resultados sugieren que, acumulativamente, 5.9 [1,9-15,2] millones de personas han sido infectadas al 28 de marzo, dando una tasa de ataque del 9,8% [3,2%-25%] de la población (Tabla 1). España ha visto recientemente un gran aumento en el número de muertes, y dada su menor población, nuestro modelo estima que una mayor proporción de la población, 15,0% (7,0 [18-19] millones de personas) han sido infectadas hasta la fecha. Alemania se estima que tiene una de las tasas de ataque más bajas en el 0,7% con 600.000[240,000-1,500.000] personas infectadas. Imperial College COVID-19 Response TeamTabla l: Modelo posterior estimaciones del porcentaje de la población infectada al 28 de marzo de 2020. País % de la población total infectada (media [intervalo creíble del 95%l)Austria 1,1% [0,36%-3,1%]Bélgica 3,7% [1,3%-9,7%]Dinamarca 1,1% [0,40%-3,1%]Francia 3,0% [1,1%-7,4%]Alemania 0,72% [0,28%-1,8%]Italia 9,8% [3,2%-26%]Noruega 0,41% [0,09%-1,2%]España 15% [3,7%-41%]Suecia 3,1% [0,85%-8,4%]Suiza 3,2% [1,3%-7,6%]Reino Unido 2,7% [1,2%-5,4%]2,2 Números de reproducción e impacto de las intervencionesAveriguados en todos los países, estimamos que los números de reproducción inicial rondan los 3,87 [3,01-4,66], lo que está en consonancia con otras estimaciones.1'8 Estas estimaciones se basan en nuestra elección de la distribución entre intervalos seriales y la tasa de crecimiento inicial de Un intervalo serial más corto supone un menor número de reproducción inicial (Apéndice 8.4.2, Apéndice 8.4.6).Los números de reproducción inicial también son inciertos debido a que: a) la importación es la fuente dominante de nuevas infecciones al principio de la epidemia, en lugar de la transmisión local (b) la posible incertidumbre en las muertes, particularmente antes de que se generalizaran las pruebas.Estimamos que los grandes cambios en la Rt en respuesta a las intervenciones combinadas no farmacéuticas.Nuestros resultados, impulsados en gran parte por países con epidemias avanzadas y un mayor número de muertes (por ejemplo, Italia, España), sugieren que estas intervenciones han tenido conjuntamente un impacto sustancial en la transmisión, medidos por los cambios en el número de reproducción estimado Rt. En todos los países encontramos estimaciones actuales de Rt que van desde una media posterior de 0,97 [0,14-2,14] para Noruega a una media a posteriori de 2,64 [1,40-4,18] para Suecia, con un promedio de 1,43 en los 11 países a posteriori, una reducción del 64% en comparación con los valores de pre-intervención. Observamos que estas estimaciones son consistentes en que el impacto de la intervención es el mismo en diferentes países y en diferentes épocas. En todos los países, excepto Suecia, en las mismas suposiciones, estimamos que el número de reproducción actual incluye 1 en el rango de incertidumbre. El número de reproducción estimado para Suecia es mayor, no porque las tendencias de mortalidad son significativamente diferentes de cualquier otro país, sino como un artefacto de nuestro modelo, que supone una reducción menor en Rt porque no se ha ordenado un bloqueo completo en la medida. En general, aún no podemos concluir si las intervenciones actuales son suficientes para lograr que Rt sea inferior a 1 (posterior probabilidad de ser inferior a 1,0 es un 44% en promedio en todos los países). También no podemos concluir si las intervenciones pueden ser diferentes entre países o con el tiempo. Sigue habiendo un alto nivel de incertidumbre en estas estimaciones.Es demasiado pronto para detectar un impacto sustancial de la intervención en muchos países en etapas anteriores de su epidemia (por ejemplo, Alemania, Reino Unido, Noruega).Muchas intervenciones se han producido sólo recientemente, y sus efectos aún no se han observado plenamente debido al retraso entre la infección y la muerte.Esta incertidumbre reducirá a medida que se disponga de más datos.Para todos los países, nuestro modelo se ajusta bien a los datos de muertes observadas (pruebas de bondad de la adecuación bayesiana).También descubrimos que nuestro modelo puede predecir de manera fiable las muertes diarias 3 días en el futuro, reteniendo los últimos 3 días de datos Sin embargo, al realizar un análisis de sensibilidad (Apéndice 8.4.3) con distribuciones previas sin información (donde las intervenciones pueden aumentar las muertes) encontramos un impacto similar de las intervenciones del equipo de respuesta del Colegio Imperial COVID-19, que muestra que nuestra elección de la distribución previa no está impulsando los efectos que vemos en el análisis principal.Figura 2: Estimaciones a nivel de país de infecciones, muertes y Rt. Izquierda: número diario de infecciones, marronbars se reportan infecciones, bandas azules son infecciones predichas, intervalo creíble de azul oscuro 50% (IC), azul claro 95% IC. El número de infecciones diarias estimadas por nuestro modelo disminuye inmediatamente después de una intervención, ya que suponemos que todas las personas infectadas se vuelven inmediatamente menos infecciosas a través de la intervención. Medio: número diario de muertes, barritas marrones se reportan muertes, bandas azules se predicen muertes, Cias en la parcela izquierda. Derecha: número de reproducción variable en el tiempo Rt, verde oscuro 50% IC, verde claro 95% IC. Iconos son intervenciones mostradas en el momento en que ocurrieron. Imperial College COVID-19 Response TeamTabla 2: Muertes previstas totales desde el inicio de la epidemia hasta el 31 de marzo en nuestro modelo y en un modelo contrafactual (suponiendo que no hubo intervención).Estimadas muertes evitadas durante este período como resultado de las intervenciones.Números entre paréntesis son intervalos creíbles del 95%. 2.3 Impacto estimado de las intervenciones en las muertesLa Tabla 2 muestra el total de muertes previstas desde el comienzo de la epidemia hasta el 31 de marzo bajo nuestro modelo ajustado y bajo el modelo contrafactual, que predice lo que habría ocurrido si no se implementaran intervenciones (y R, En Italia y España, donde la epidemia está avanzada, se han evitado 38.000 muertes [13.000-84.000] y 16.000 [5400-35.000], respectivamente. Incluso en el Reino Unido, que es mucho más temprano en su epidemia, se han evitado 370 [73-1,000] muertes, que sólo dan lugar a las muertes evitadas que habrían ocurrido hasta el 31 de marzo. Si se incluyeran las muertes de individuos actualmente infectados en ambos modelos, lo que podría ocurrir después del 31 de marzo, las muertes evitadas serían sustancialmente más altas. Figura 3: Número diario de muertes confirmadas, predicciones (hasta el 28 de marzo) y previsiones (después) para (a)Italia y (b) España de nuestro modelo con intervenciones (azul) y del modelo sin intervencionescontrafactuales (rosa); los intervalos creíbles se muestran una semana en el futuro. Otros países se muestran en el Apéndice 8.6. 03/0 25% 50% 753% 100%(sin efecto sobre la transmisibilidad) (final de la transmisibilidadReducción porcentual en R.Figura 4: Nuestro modelo incluye cinco covariables para intervenciones gubernamentales, ajustando para si la intervención fue la primera realizada por el gobierno en respuesta a COVID-19 (rojo) o fue posterior a otras intervenciones (verde).Se muestra una reducción porcentual relativa media en Rt con intervalos creíbles posteriores al 95%.Si se logra una reducción del 100%, Rt = 0 y no hay mástransmisión de COVID-19.No hay efectos significativamente diferentes de los de otras intervenciones, probablemente debido al hecho de que muchas intervenciones ocurrieron en el mismo día o en días de cada una como se muestra en la Figura l.3 DiscusiónDurante esta fase temprana de medidas de control contra el nuevo coronavirus en Europa, analizamos tendencias en el número de muertes para evaluar la medida en que se está reduciendo la transmisión Al representar el proceso de infección por COVID-19 utilizando un modelo jerárquico semimecánico, conjunto y bayesiano, podemosreducir las tendencias observadas en los datos de muertes y podemos pronosticar con precisión en cortos horizontes de tiempo.Estimamos que ha habido muchas más infecciones de las que se reportan actualmente.El alto nivel de incertidumbre de infecciones que estimamos aquí es probable debido al enfoque en pruebas en entornos hospitalarios más que en la comunidad.A pesar de esto, sólo una pequeña minoría de individuos en cada país han sido infectados, con una tasa de ataque en promedio del 4,9% [l,9%-l%] con una considerable variación entre países (Tabla 1).Nuestras estimaciones implican que las poblaciones en Europa no están cercanas a la inmunidad de rebaños ("50-75% si R0 es 2-4).Además, con los valores de Rt disminuyendo sustancialmente, la tasa de adquisición de inmunidad de rebaños se ralentizará rápidamente. Esto implica que el virus será capaz de propagarse rápidamente en caso de que se levanten las intervenciones.Tales estimaciones de la tasa de ataque hasta la fecha deben ser validadas con urgencia por pruebas de anticuerpos recientemente desarrolladas en encuestas de población representativas, una vez que éstas estén disponibles.Estimamos que las intervenciones no farmacéuticas importantes han tenido un impacto sustancial en el número de reproducción que varía en el tiempo en los países donde ha habido tiempo para observar los efectos de la intervención en las tendencias de las muertes (Italia, España). Debido a la rápida sucesión de intervenciones en muchos países, no se dispone de datos suficientes para estimar el tamaño del efecto individual de cada intervención, y desalentamos la atribución de asociaciones a la intervención individual.En algunos casos, como Noruega, donde todas las intervenciones se ejecutaron a la vez, estos efectos individuales son por definición no identificables.A pesar de esto, aunque no se pueden determinar los impactos individuales, su impacto conjunto estimado está fuertemente justificado empíricamente (véase el apéndice 8.4 para el análisis de sensibilidad).Si bien el crecimiento de las muertes diarias ha disminuido, debido a la diferencia entre las infecciones y las muertes, es de esperar un aumento continuo de las muertes diarias durante algún tiempo.Para comprender el impacto de las intervenciones, nos ajustamos a un modelo contrafactual sin las intervenciones y lo comparamos con el modelo real.Consideramos Italia y el Reino Unido -dos países en etapas muy diferentes de sus epidemias.Para el Reino Unido, donde las intervenciones son Los resultados sugieren que las intervenciones tendrán un gran impacto en las infecciones y muertes a pesar del aumento de ambos.Para Italia, donde ha pasado mucho más tiempo desde que se han implementado las intervenciones, está claro que el modelo sin intervenciones no encaja bien con los datos, y no puede explicar la reducción sublineal (en la escala logarítmica) de las muertes (véase la figura 10).El modelo contrafactual para Italia sugiere que, a pesar de la creciente presión sobre los sistemas de salud, las intervenciones han evitado una catástrofe sanitaria en la que el número de nuevas muertes habría sido 3,7 veces mayor (38.000 muertes evitadas) de lo que se observa actualmente.Incluso en el Reino Unido, mucho antes de su epidemia, se prevé que las recientes intervenciones evitarán 370 muertes totales hasta el 31 de marzo. Dados los índices de mortalidad por infecciones observadas y la epidemiología de la COVID-19, las intervenciones no farmacéuticas importantes han tenido un impacto sustancial en la reducción de la transmisión en los países con epidemiologías más avanzadas. Es demasiado pronto para estar seguros de que se verán reducciones similares en los países en las etapas anteriores de su epidemia. Si bien no podemos determinar qué conjunto de intervenciones han tenido más éxito, ya podemos ver cambios en las tendencias de las nuevas muertes. Cuando se pronostican 3 días y se examina toda la epidemia, el número de muertes evitadas es sustancial. Observamos que se está produciendo una innovación sustancial, y nuevas intervenciones o refinamientos más eficaces de las intervenciones actuales, junto con cambios de comportamiento, contribuirán aún más a la reducción de las infecciones. No podemos decir con certeza que las medidas actuales hayan controlado la epidemia en Europa; sin embargo, si continúan las tendencias actuales, hay razones para el optimismo. Proponemos una estructura plausible para el proceso de infección y luego estimamos los parámetros empíricamente. Sin embargo, muchos parámetros tuvieron que ser dados fuertes distribuciones previas o tenían que ser fijados. Para estas suposiciones, hemos proporcionado citas relevantes a estudios previos. A medida que se disponga de más datos y surjan mejores estimaciones, actualizaremos estos reportes quincenales. Nuestra elección de la distribución de intervalos seriales influye fuertemente en la distribución previa para el inicio de R0. Nuestra relación de mortalidad por infección y distribuciones de infección a muerte influyen fuertemente en la tasa de muerte y por lo tanto el número estimado de casos subyacentes verdaderos. También suponemos que el efecto de las intervenciones es el mismo en todos los países, lo que puede no ser totalmente realista. Esto implica que los países con intervenciones tempranas y más muertes ya que estas intervenciones (por ejemplo, Italia, España) influyen fuertemente en las estimaciones del impacto de la intervención en los países en las etapas más tempranas de Hemos intentado crear definiciones coherentes de todas las intervenciones y documentar detalles al respecto en elApéndice 8.6. Sin embargo, invariablemente habrá diferencias de un país a otro en la fuerza de su intervención, por ejemplo, la mayoría de los países han prohibido la reunión de más de 2 personas cuando se aplica un bloqueo, mientras que en Suecia el gobierno sólo prohibió la reunión de más de 10 personas. Estas diferencias pueden distorsionar los impactos en países con muy pocos datos. Creemos que nuestra incertidumbre puede cubrir en cierto grado estas diferencias, y a medida que se disponga de más datos, loscoeficientes deberían ser más fiables. Sin embargo, a pesar de estas fuertes suposiciones, hay suficiente señal en los datos para estimar los cambios en R, (véase el análisis de sensibilidad reportado en el Apéndice 8.4.3) y esta señal se incrementará con el tiempo. En nuestro marco jerárquico bayesiano, cuantificamos robustamente la incertidumbre en nuestras estimaciones de parámetros y predicciones posteriores. Esto se puede observar en los intervalos creíbles más amplios de los últimos días, en los que se dispone de pocos o ningún dato sobre la muerte para informar las estimaciones. Además, predecimos el impacto de la intervención a nivel nacional, pero puede haber diferentes tendencias en diferentes partes de cada país. Por ejemplo, la epidemia en el norte de Italia estaba sujeta a controles antes que el resto del país. 5DatosNuestro modelo utiliza datos diarios sobre la mortalidad en tiempo real del ECDC (Centro Europeo de Control de Enfermedades), donde catalogamos datos de casos de 11 países europeos que actualmente padecen la epidemia: Austria, Bélgica, Dinamarca, Francia, Alemania, Italia, Noruega, España, Suecia, Suiza y Reino Unido. El ECDC proporciona información sobre casos confirmados y muertes atribuibles a COVID-19. Sin embargo, los datos de casos no presentan una gran representación de la incidencia de infecciones debido a la falta de informes, así como a cambios sistemáticos y específicos de países Nosotros, por lo tanto, utilizamos sólo las muertes atribuibles a COVID-19 en nuestro modelo; no utilizamos las estimaciones de casos de ECDC en absoluto.Si bien las muertes observadas todavía tienen cierto grado de falta de fiabilidad, de nuevo debido a cambios en los informes y las pruebas, creemos que los datos son de suficiente fidelidad al modelo.Para los recuentos de población, utilizamos los recuentos desglosados por edad de la UNPOP.10También catalogamos datos sobre la naturaleza y el tipo de intervenciones no farmacéuticas importantes.Miramos las páginas web gubernamentales de cada país, así como sus páginas web oficiales de información y división de salud pública para identificar los últimos consejos/leyes que emiten el gobierno y las autoridades sanitarias públicas.Recopilamos lo siguiente:Se ordenó el cierre de la escuela: Esta intervención se refiere a los cierres extraordinarios de escuelas a nivel nacional que en la mayoría de los casos se refieren al cierre de escuelas primarias y secundarias (para la En el caso de Dinamarca y Suecia, permitimos el cierre parcial de las escuelas sólo en las escuelas secundarias. La fecha de cierre de la escuela se considera como la fecha efectiva en que las escuelas comenzaron a cerrarse (si este era un lunes, la fecha utilizada era la de los sábados anteriores, ya que alumnos y estudiantes permanecieron efectivamente en casa a partir de esa fecha). Medidas basadas en casos. Esta intervención comprende recomendaciones o leyes sólidas al público en general y a la atención primaria sobre el autoaislamiento al mostrar síntomas similares al COVID-19.Estos incluyen también programas nacionales de pruebas en los que las personas pueden ser sometidas a pruebas y posteriormente autoaisladas. Nuestra definición se limita al asesoramiento del gobierno a nivel nacional a todas las personas (por ejemplo, el Reino Unido) o a toda atención primaria, y excluye únicamente el asesoramiento regional.Estos no incluyen intervenciones en fase de contención como el aislamiento si regresan de un país epidémico como China. Se ha fomentado el distanciamiento social: Como una de las primeras intervenciones contra la propagación de la pandemia COVID-19, muchos gobiernos han publicado consejos sobre distanciamiento social, incluyendo la recomendación de trabajar desde casa siempre que sea posible, reduciendo el uso del transporte público y todos los demás contactos no esenciales.Las fechas utilizadas son aquellas en las que el distanciamiento social ha sido recomendado oficialmente por el gobierno; el consejo puede incluir mantener una distancia física recomendada de otros. Decretado el bloqueo: Hay varios escenarios diferentes a los que los medios de comunicación se refieren como bloqueo. Como definición general, consideramos regulaciones/legislaciones sobre estricta interacción social cara a cara: incluyendo la prohibición de cualquier reunión pública no esencial, cierre de instituciones educativas y públicas/culturales, ordenando a las personas a permanecer en casa aparte del ejercicio y las tareas esenciales. Las fechas utilizadas son las fechas efectivas en que se han implementado estas legislaciones. Observamos que el bloqueo abarca otras intervenciones previamente implementadas. Primera intervención: Como muestra la Figura 1, los gobiernos europeos han escalado las intervenciones rápidamente, y en algunos ejemplos (Noruega/Dinamarca) han implementado todas estas intervenciones en un solo día. Por lo tanto, dada la autocorrelación temporal inherente a la intervención gubernamental, incluimos covariable abinaria para la primera intervención, que puede interpretarse como una decisión gubernamental de tomar medidas importantes para controlar COVID-19. Una lista completa de las fechas de estas intervenciones y las fuentes que hemos utilizado se puede encontrar en el Apéndice 8.6. 6 Métodos ResumenUn resumen visual de nuestro modelo se presenta en la Figura 5 (detalles en los Apéndices 8.1 y 8.2). El código de replicación está disponible en https://github.com/mperiaCollegeLondres/covid19model/releases/tag/vl.0Ajustamos nuestro modelo a las muertes observadas de acuerdo con los datos de ECDC de 11 países europeos.Las muertes modeladas se basan en una distribución de infección a inicio (tiempo desde la infección hasta el inicio de los síntomas), una distribución de inicio a muerte (tiempo desde el inicio de los síntomas hasta la muerte) y la relación de mortalidad por infección media de la población (ajustada para la estructura de edad y los patrones de contacto de cada país, véase el Apéndice).Debido a estas distribuciones y proporciones, las muertes modeladas son una función del número de infecciones.El número de infecciones modelado se basa en la distribución por intervalos de serie (tiempo medio desde la infección de una persona hasta el momento en que infectan a otra Finalmente, el número de reproducción variable en el tiempo es una función del número de reproducción inicial antes de las intervenciones y los tamaños de efecto de las intervenciones.Figura 5: Resumen de los componentes del modelo. Siguiendo la jerarquía de abajo a arriba nos da un marco completo para ver cómo las intervenciones afectan a las infecciones, que pueden resultar en muertes.Utilizamos la inferencia bayesiana para asegurar que nuestras muertes modeladas puedan reproducir las muertes observadas lo más cerca posible.De abajo a arriba en la Figura 5, hay un retraso implícito en el tiempo que significa el efecto de intervenciones muy recientes se manifiestan débilmente en muertes actuales (y se fortalecen a medida que avanza el tiempo).Para maximizar la capacidad de observar el impacto de la intervención en las muertes, encajamos nuestro modelo conjuntamente para los 11 países europeos, lo que resulta en un conjunto de datos grande. Hemos evaluado el efecto de nuestras elecciones de distribución de Bayesianprior y evaluado nuestra calibración posterior bayesiana para asegurar que nuestros resultados seanestadísticamente robustos (Apéndice 8.4). 7 AgradecimientosLa investigación inicial sobre covariables en el Apéndice 8.6 fue fuente de crowdsourcing; agradecemos a varias personas de todo el mundo por su ayuda. Este trabajo fue apoyado por el Centro de financiación del Consejo de Investigación Médica del Reino Unido bajo un acuerdo con el Departamento de Desarrollo Internacional del Reino Unido, la Unidad de Investigación sobre Protección de la Salud del NIHR en Metodología de Modelado y ComunidadJameel. 8 Apéndice: Modelo de Análisis de Especificaciones, Validación y Sensibilidad8.1 Modelo de muerteObservamos muertes diarias Dam durante los días t E 1,...,n y países m E 1,...,p. Estas muertes diarias se modelan utilizando una presa de función real valuada positiva Se supone que la presa sigue una distribución binomio negativa conEl número esperado de muertes (1 en un país determinado en un día dado es una función del número de infecciones C que ocurren en días anteriores. Al principio de la epidemia, las muertes observadas en un país pueden estar dominadas por muertes que resultan de infecciones que no son adquiridas localmente. Para evitar sesgar nuestro modelo por esto, sólo incluimos muertes observadas desde el día después de que un país haya observado acumulativamente 10 muertes en nuestro modelo. Para vincular mecánicamente nuestrafunción de muertes a casos infectados, utilizamos una infección COVID-19-fatalidad-ratio ifr estimada previamente (probabilidad de muerte dada infección)9 junto con una distribución detiempos de infección a muerte TE. El ifr se deriva de estimaciones presentadas en Verity et al11 que suponen tasas de ataque homogéneo entre grupos de edad. Para ajustar mejor las estimaciones de las tasas de ataque por edades generadas utilizando información más detallada sobre los patrones de mezcla de países y edades específicas, escalamos estas estimaciones (el ifr no ajustado, al que aquí se hace referencia como ifr’) de la siguiente manera como en el trabajo anterior.4Let Ca ser el número de infecciones generadas en el grupo de edad a, Na el tamaño subyacente de la población en ese grupo de edad y AR“ 2 Ca/Na el índice de ataque específico de grupo de edad.El ifr ajustado se da entonces por: ifra = fififié, donde AR50_59 es la tasa de ataque prevista en el grupo de edad de 50-59 años después de incorporar los patrones de contacto y mezcla específicos de países.Este grupo de edad fue elegido como referencia ya que tenía el nivel más bajo previsto de subinforme en análisis previos de los datos de la epidemia china“. Se obtuvieron estimaciones por países de la tasa de ataque por edad, AR“, para los 11 países europeos en nuestro análisis de un estudio anterior que incorpora información sobre el contacto entre individuos de diferentes edades en países de toda Europa12. Luego se obtuvieron estimaciones globales de cada país ajustando tanto para la demografía como para las tasas de ataque específicas por edad. Utilizando información epidemiológica estimada de estudios anteriores,"11 se supone que la TE es la suma de dos tiempos aleatorios independientes: la distribución del período de incubación (infección al inicio de los síntomas o infección hasta el inicio) y el tiempo entre el inicio de los síntomas y la muerte (ingreso a la muerte). La distribución de la infección hasta el inicio es Gamma distribuida con media de 5,1 días y coeficiente de variación0,86. La distribución de la aparición a la muerte es también Gamma distribuida con una media de 18,8 días y coeficiente de va riación 0,45. Por lo tanto, la distribución de la infección-a-muerte está dada por:um ~ ifrm ~ (Gamma(5.1,0,86) + Gamma(18,8,0,45)) La Figura 6 muestra la distribución de la infección-a-muerte y la función de supervivencia resultante que se integra a la relación de mortalidad por infección.Figura 6: Distribución izquierda de la infección-a-muerte (media 23,9 días). Correcto, probabilidad de supervivencia de individuos infectados por día dada la relación de mortalidad por infección (1%) y la distribución de la infección-a-muerte por la izquierda.Usando la probabilidad de distribución de la muerte, el número esperado de muertes presa, en un día dado t, para el país, m, está dada por la siguiente suma discreta:El número de muertes hoy es la suma de las infecciones pasadas ponderadas por su probabilidad de muerte, donde la probabilidad de muerte Este enfoque ha sido utilizado en numerosos estudios previos13'16 y tiene una fuerte base teórica en procesos de conteo estocásticos basados en individuos como el proceso Hawkes y el proceso Bellman-Harris.”18 El nuevo modelo está relacionado con el modelo Susceptible-Infectado-Recuperado, excepto que la renovación no se expresa en forma diferencial. Para modelar el número de infecciones con el tiempo necesitamos especificar una distribución serialinterval g con densidad g(T), (el tiempo entre cuando una persona se infecta y cuando posteriormente infectan a otras personas), que elegimos ser Gamma distribuido:g ~ Gamma (6.50.62). La distribución del intervalo serial se muestra a continuación en la Figura 7 y se supone que es la misma para todos los países. Figura 7: Distribución del intervalo serial g con una media de 6,5 días. Dada la distribución del intervalo serial, el número de infecciones Eamon a determinado día t, y country, m, está dado por la siguiente función de convolución discreta:_ t—1Cam — Ram ZT=0 Cr,mgt—‘r r where, similar a la probabilidad de la función de muerte, el intervalo serial diario está discretizado porfs+0.51.5gs = T=s—0.Sg(T)dT fors = 2,3 y 91 = fT=Og(T)dT. Las infecciones dependen hoy en día del número de infecciones en los días anteriores, ponderadas por la distribución del intervalo serial discretizado.Esta ponderación es entonces escalada por el número de producción de tiempo específico, Ram, que modela el número medio de infecciones secundarias en un momento dado. La forma funcional para el número de reproducción del tiempo-Variante fue elegida para ser lo más simple posible para minimizar el impacto de supuestos previos fuertes: utilizamos una función constante por partes que escalaRam de una línea de base previa R0,m y es impulsada por las principales intervenciones no farmacéuticas conocidas que ocurren en diferentes países y tiempos. Incluyemos 6 intervenciones, una de las cuales se construye a partir de las otras 5 intervenciones, que son cronogramas de cierres escolares y universitarios (k=l), enfermedad autoaislante (k=2), prohibición de eventos públicos (k=3), cualquier intervención gubernamental en lugar (k=4), implementación de un bloqueo parcial o completo (k=5) y fomento del distanciamiento y aislamiento social (k=6). Denotamos la variable indicadora de intervención k E 1,2,3,4,5,6 por IkI’m, que es 1 si la intervención k está en placein country m en el La covariable “cualquier intervención gubernamental” (k=4) indica si alguna de las otras 5 intervenciones está en efecto, es decir, 14’t’m es igual a 1 en el momento t si alguna de las intervencionesk E 1,2,3,4,5 están en vigor en el país m en el momento t y es igual a 0 de lo contrario. Covariable 4 tiene la interpretación de indicar el inicio de la intervención gubernamental mayor. Se supone que el efecto de cada intervención es multiplicativo. Ram es, por lo tanto, una función de los indicadores de intervenciónIk’t’m en lugar en el momento t en el país m:Ram : R0,m eXp(— 212:1 O(Rheum)-La forma exponencial se utilizó para asegurar la positividad del número de reproducción, con R0,mconstreñido a ser positivo como aparece fuera de la exponencial. El impacto de cada intervención enRam se caracteriza por un conjunto de parámetros 0(1,...,OL6, con distribuciones previas independientes elegidas para el beock ~ Gamma(. 5,1). Los impactos ock son compartidos entre todos los países m y por lo tanto están informados por todos los datos disponibles. La distribución previa para R0 fue escogida para serR0,m ~ Normal(2,4, IKI) con K ~ Normal(0,0.5),Una vez más, K es el mismo entre todos los países para compartir información. Asumimos que la siembra de nuevas infecciones comienza 30 días antes del día después de que un país haya observado 10 muertes. A partir de esta fecha, sembramos nuestro modelo con 6 días secuenciales de infecciones extraídas de cl’m,...,66’m~EXponential(T), donde T~Exponential(0.03). Se estimaron los parámetros de manera conjunta para los 11 países en un único modelo jerárquico. Se realizó el ajuste en el lenguaje de programación probabilístico Stan,19 utilizando un sampler adaptativo Hamiltoniano Monte Carlo (HMC). Se realizaron 8 cadenas para 4000 iteración con 2000 iteración de calentamiento y un factor de adelgazamiento 4para obtener 2000 muestras posteriores. Se evaluó la convergencia posterior utilizando la estadística Rhat y mediante el diagnóstico de transiciones divergentes del sampler HMC. También se realizaron calibraciones anteriores a posteriori (véase más adelante). 8.3 ValidaciónValidamos la exactitud de las estimaciones puntuales de nuestro modelo utilizando la validación cruzada. En nuestro esquema de validación cruzada, dejamos fuera 3 días de datos de muerte conocidos (no acumulativos) y encajamos en nuestro modelo. Pronosticamos lo que el modelo predice para estos tres días. Presentamos las previsiones individuales para cada día, así como el Los resultados de validación cruzada se muestran en la Figura8.Figura 8: Resultados de validación cruzada para pronósticos agregados de 3 días y 3 díasFigura 8 proporciona una fuerte justificación empírica para nuestra especificación y mecanismo de modelo.Nuestra previsión precisa sobre un horizonte temporal de tres días sugiere que nuestras estimaciones ajustadas para Rt son apropiadas y plausibles.Además de las estimaciones puntuales, todos evaluamos nuestros intervalos posteriores creíbles utilizando la Rhatstatistic.La estadística de Rhat mide si nuestras cadenas Markov Chain Monte Carlo (MCMC) han convergido a la distribución de equilibrio (la distribución posterior correcta).La Figura 9 muestra las estadísticas de Rhatstatistics para todos nuestros parámetrosFigura 9: Las estadísticas de Rhat - valores cercanos a 1 indican la convergencia de MCMC. La Figura 9 indica que nuestra MCMC ha convergido. 8.4 SensibilidadAnálisis8.4.1 Previsión a escala logarítmica para evaluar la señal en los datosComo hemos destacado en todo el presente informe, el desfase entre las muertes y las infecciones significa que es tiempo suficiente para que la información propague backwards de las muertes a las infecciones y, en última instancia, al Rt. Una conclusión de este informe es la predicción de una desaceleración de la Rt en respuesta a las principales intervenciones. Recuperando la intuición de que se trata de datos impulsados y no simplemente una consecuencia de modelos altamente limitados, mostramos previsiones de muerte a escala logarítmica lineal. En esta escala, una línea que curvas por debajo de una tendencia lineal es indicativa de una desaceleración en el crecimiento de la epidemia. Nuestromodelo sugiere que Italia, un país que tiene el mayor número de muertes de COVID-19, verá una desaceleración en el aumento de las muertes diarias durante la próxima semana en comparación con las primeras etapas de la epidemia. Investigamos la sensibilidad de nuestras estimaciones de inicio y final Rt a nuestra supuesta distribución de intervalos seriales. Para ello consideramos varios escenarios, en los que cambiamos la media de distribución de intervalos seriales, de un valor de 6,5 días, para tener valores de 5, 6, 7 y 8 días. En la Figura 13, mostramos nuestras estimaciones de R0, el número de reproducción inicial antes de las intervenciones, para cada uno de estos escenarios. El orden relativo de la Rt=0 en los países es consistente en todos los entornos. Sin embargo, como se esperaba, la escala de Rt=0 se ve considerablemente afectada por este cambio. Esto se debe a que para alcanzar el tamaño observado actualmente de las epidemias, un intervalo serial más largo se compensa con un R0 estimado más alto. Además, en la Figura 14, mostramos nuestras estimaciones de Rt en el momento del modelo más reciente, de nuevo para cada uno de estos escenarios.La media del intervalo serial puede influir sustancialmente en Rt, sin embargo, los intervalos posteriores de Rt se superponen ampliamente.Figura 13: Número de reproducción inicial R0 para diferentes distribuciones de intervalo serial (SI) (medias entre 5 y 8 días).Utilizamos 6,5 días en nuestro análisis principal.Figura 14: Rt el 28 de marzo de 2020 estimado para todos los países, con distribución de intervalo serial (SI) medias entre 5 y 8 días.Utilizamos 6,5 días en nuestro análisis principal. Para evitar la colinealidad, realizamos 6 modelos separados, con efectos resumidos a continuación (comparar con el análisis principal de la Figura 4). En esta serie de análisis univariados, encontramos (Figura 15) que todos los efectos por sí solos sirven para disminuir el Rt. Esto nos da confianza en que nuestra elección de la distribución previa no está impulsando los efectos que vemos en el análisis principal. Lockdown tiene un efecto muy grande, lo más probable debido a que ocurre después de otras intervenciones en nuestro conjunto de datos. Los tamaños de efecto relativamente grandes para las otras intervenciones son más probables debido a la coincidencia de las intervenciones en el tiempo, de tal manera que una intervención es un proxy para unos pocos otros. Figura 15: Efectos de diferentes intervenciones cuando se utilizan como los únicos covariables en el modelo. 8.4.4.4Para evaluar las suposiciones previas sobre nuestra forma funcional constante por pieza para Rt probamos utilizando una función a Encajamos un modelo con una distribución previa de proceso gaussiano a los datos de Italia donde hay la mayor señal en los datos de muerte. Encontramos que el proceso gaussiano tiene una tendencia muy similar al modelo constante por partes y vuelve a la media en regiones de no datos. La correspondencia de una función completamente no paramétrica y nuestra función constante por piezas sugiere una especificación paramétrica adecuada de Rt. Montaje no paramétrico de Rf usando un proceso gaussiano:8.4.5 Dejar fuera el análisis del paísDebido a las diferentes longitudes de la epidemia de cada país europeo, algunos países, como Italia tienen muchos más datos que otros (como el Reino Unido). Para asegurarnos de que no estamos aprovechando demasiada información de ningún país realizamos un análisis de sensibilidad “dejar fuera un país”, donde recorrimos el modelo sin un país diferente cada vez. La Figura 16 y la Figura 17 son ejemplos de resultados para el Reino Unido, dejando de En general, para todos los países, no observamos ninguna dependencia significativa de ningún país.Figura 16: Resultados de modelos para el Reino Unido, cuando no se utilizan datos de Italia para ajustar el modelo.Ver laFigura 17: Resultados de modelos para el Reino Unido, cuando no se utilizan datos de España para ajustar el modelo.Ver subtítulo de la Figura 2 para una explicación de las gráficas. Para resultados teóricos bien conocidos de la ecuación de renovación, dada una distribución de intervalo serie g(r) con media m y desviación estándar 5, dada a = mZ/S2 y b = m/SZ, y posteriormente R0 = (1 + %).Figura 18 muestra teóricamente derivada R0 junto con nuestras estimaciones de Rt=0 de nuestro modelo jerárquico bayesiano.Como se muestra en la Figura 18 hay una grancorrespondencia entre nuestro número de reproducción inicial estimado y el número de reproducción básica implícito por la tasa de crecimiento r.R0 (rojo) vs R(FO) (negro)Figura 18: Nuestra estimación de R0 (negro) versus Ru(rojo) teóricamente derivado de un ajuste de regresión log lineal. 8.5 Análisis contrafactual — intervenciones frente a no intervencionesFigura 19: Número diario de muertes confirmadas, predicciones (hasta el 28 de marzo) y previsiones (después) para todos los países, excepto Italia y España, de nuestro modelo con intervenciones (azul) y del modelo contrafactual sin intervenciones (rosa); los intervalos creíbles se muestran a una semana en el futuro. DOI: https://doi.org/10.25561/77731Página 28 de 3530 de marzo de 2020 Imperial College Equipo de respuesta COVID-19 8.6 Fuentes de datos y cronograma de intervencionesFigura 1 y Tabla 3 muestran las intervenciones de los 11 países en nuestro estudio y las fechas en que estas intervenciones entraron en vigor. Tabla 3: Calendario de intervenciones. País Tipo Evento Fecha efectivaCerrado escolar ordenadoCerrados escolares nacionales.20 14/3/2020Eventos públicosprohibido la celebración de reuniones de más de 5 personas.21 10/3/2020Prohibir todo acceso a espacios públicos y reunionesLockdown de más de 5 personas.Consejos para mantener 1 distancia ordenada.22 16/3/2020Desplazamiento socialalentadoRecomendación para mantener una distancia de 1m.22 16/3/2020Medidas de Austria basadas en casos Implementado en el bloqueo.22 16/3/2020Cerrado escolar ordenadoCerrados escolares nacionales.23 14/3/2020Eventos públicos Todas las actividades recreativas canceladas independientemente de la talla prohibida.23 12/3/2020Los ciudadanos deben permanecer en casa excepto para el trabajo de Lockdown y los viajes esenciales. 24 18/3/2020El transporte público sólo se recomienda para los viajes esenciales de distanciamiento social, el trabajo desde casa fomentado, todos los lugares de interés público, por ejemplo, restaurantes cerrados.23 14/3/2020Case-based Todo el mundo debe permanecer en casa si experimenta una Bélgica mide la tos o la fiebre.25 10/3/2020Cierre escolar Escuelas secundarias cerradas y universidades (escuelas de orden primario también cerradas el 16).26 13/3/2020Eventos públicos Prohibición de eventos > 100 personas, instituciones cerradas de prohibición cultural, instalaciones de ocio, etc.27 12/3/2020Prohibición de reuniones de > 10 personas en lugares públicos y todos ordenados fueron cerrados.27 18/3/2020Uso limitado del transporte público. Todas las instituciones de distancia social cultural cierran y recomiendan mantener una distancia adecuada alentada.28 13/3/2020Base de casos Todo el mundo debe permanecer en casa si experimenta una Dinamarca medidas de tos o fiebre.29 12/3/2020Cierre de escuelas ordenado Cierre de escuelas nacionales.30 14/3/2020Eventos públicosprohibidos Prohibiciones de eventos > 100 personas.31 13/3/2020Lockdown Todo el mundo tiene que permanecer en casa.Necesita un formulario de autorización autoordenada para salir de casa.32 17/3/2020Consejos de estímulo social en el momento del bloqueo.32 16/3/2020Medidas basadas en casosFrancia Consejos en el momento del bloqueo.32 16/03/2020Cierre de escuelas ordenados Nacionalmente.33 14/3/2020Eventos públicos Ninguna reunión de > 1000 personas. 34 22/3/2020Lockdown Recopilaciones de > 2 personas prohibidas, 1,5 distancias ordenadas.35 22/3/2020Desplazamiento social Evite la interacción social siempre que sea posibleAlentado recomendado por Merkel.36 12/3/2020Consejo para todos los que experimentan síntomasContacto basado en un caso de una agencia de atención de la salud para hacerse la prueba y las medidas de Alemania para entonces auto-aislarse.37 6/3/2020Cierre de escuelas ordenado Cierre de escuelas a nivel nacional.38 5/3/2020Eventos públicosprohibidos El gobierno prohíbe todos los eventos públicos.39 9/3/2020Lockdown El gobierno cierra todos los lugares públicos. Las personas ordenadas tienen que permanecer en casa excepto para los viajes esenciales.40 11/3/2020Hay que mantener una distancia de más de 1 m y se debe fomentar el distanciamiento social de cualquier otra forma de agregación alternativa.40 9/3/2020Consejo basado en casos de autoaislamiento si experimenta síntomasMedidas en Italia y cuarentena si se prueba positivo.41 9/3/2020La Dirección de Salud de Noruega cierra todas las instituciones educativas de cierre escolar.Incluidas las instalaciones ordenadas para el cuidado de los niños y todas las escuelas.42 13/3/2020Eventos públicos La Dirección de Salud prohíbe todo contacto social no necesario.42 12/3/2020Lockdown Sólo las personas que viven juntas están permitidas fuera de orden. Todo el mundo tiene que mantener una distancia de 2 metros.43 24/3/2020Desconexión social La Dirección de Salud aconseja contra todo tipo de viajes alentados y contactos sociales no necesarios.42 16/3/2020Consejo basado en un caso para aislarse por 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre.44 15/3/2020Ordenado Cierre de escuelas nacionales.45 13/3/2020Eventos públicosprohibido Prohibir todos los eventos públicos mediante bloqueo.46 14/3/2020Lockdownordenado Bloqueo de todo el país43 14/3/2020Consejo de distanciamiento social sobre distanciamiento social y trabajo en forma remota alentada desde casa.47 9/3/2020Consejo basado en un caso para autoaislarse por 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre en España47 17/3/2020Cerrado de escuelas y escuelas secundarias superiores cerrado.48 18/3/2020Eventos públicosprohibidos El gobierno prohíbe eventos > A las personas con síntomas leves se les dice que limiten el contacto social de distanciamiento social, el estímulo para trabajar desde una casa alentada.50 16/3/2020Consejo basado en un caso para aislarse si experimentan una tos o Suecia mide los síntomas de fiebre.51 Cierre de la escuela ordenado No en persona hasta el 4 de abril.52 14/3/2020Eventos públicos prohibidos El gobierno prohíbe eventos > 100 personas.52 13/3/2020Reuniones ordenadas de bloqueo de más de 5 personas están prohibidas.53 2020-03-20Consejo para mantener la distancia.Todas las empresas donde el distanciamiento social no se puede realizar se han cerrado en todos los estados alentados (kantones).54 16/3/2020Consejo basado en un caso para aislarse si experimentan una tos o Suiza mide los síntomas de fiebre.55 2/3/2020Cierre de la escuela en toda la nación. Los cuidadores de niños, las guarderías para el cierre de escuelas y las sextas formas deben seguir las directrices ordenadas.56 21/3/2020Eventos públicos prohibidos Implementados con bloqueo.57 24/3/2020Los conjuntos de más de 2 personas no pertenecientes al mismo hogar están prohibidos y sujetos a la policía.57 24/3/2020Consejos de distanciamiento social para evitar pubs, clubes, teatros y otras instituciones públicas alentadas.58 16/3/2020Consejo basado en un caso para aislarse durante 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre en el Reino Unido.59 12/3/20209 Referencias1. Li, R. et al. Infección indocumentada sustancial facilita la rápida difusión del nuevocoronavirus (SARS-CoV2). Ciencia (2020) doi:10.1126/science.abb3221. 2. Zhang, J. et al. Patrones de contacto social humano y contacto con animales en Shanghai, China 5cLRep.9,1—11(2019)3. Worldómetros.info. Hong Kong: casos de coronavirus. https://www.wo rldómetros.info/co ronavirus/country/china-hong-kong-sar/. 4. Ferguson, N. et al. Impacto de las intervenciones no farmacéuticas (NPI) para reducir la mortalidad y la demanda de asistencia sanitaria (Informe 9). https://www.imperial.ac.uk/mrc-global-infectious-disase-analysis/news--wuhan-coronavirus/. 5. Cereda, D. et al. La fase inicial del brote de COVID-19 en Lombardy, Italia. arXiv (2020). 6. Zhao, A. J. et al. Título: Respuestas anticuerpos al SARS-CoV-2 en pacientes con nuevas enfermedades por coronavirus 2019 Título breve : Respuestas anticuerpos en pacientes con COVID-19. (2020). 7. Jombart, T. et al. Inferir el número de casos de COVID-19 de muertes recientemente notificadas. medRXiV 2020.03.10.20033761(2020)doi:10.10101/2020.03.10.20033761. 8. Zhang, J. et al. Perfil de edad de susceptibilidad, mezcla y distanciamiento social dan forma a la dinámica del brote de la nueva enfermedad por coronavirus 2019 en China. (2020) doi:10.10101/2020.03.19.20039107. 9. Lourenco, J. et al. Los principios fundamentales de la propagación epidémica destacan la necesidad inmediata de realizar encuestas serológicas a gran escala para evaluar la etapa de la epidemia por SARS doi:10.1101/2020.03.24.2004229110.Naciones Unidas, Departamento de Asuntos Económicos y Sociales, División de Población. WorldPopulation Prospects 2019: Data booket. ST/ESA/SER.A/424. (2019). 11. Verity, R. et al. Estimaciones de la gravedad de la enfermedad de COVID-19. Lancet Infect Dis en la prensa (2020). 12. Walker, P. G. T. et al. Report 12: The Global Impact of COVID-19 and Strategies for Mitigation and Supresation. 13. Fraser, C. Estimating Individual and Household Reproduction Numbers in a EmergingEpidemmic. PL05 ONE 2, e758 (2007). 14. Cori, A., Ferguson, N. M., Fraser, C. & Cauchemez, S J. Epidemiol. 178, 1505-1512(2013115. Nouvellet, P. et al. Un enfoque sencillo para medir la transmisibilidad y la incidencia prevista. Epidemias 22, 29-35 (2018). 16. Cauchemez, 8., Valleron, A. J., Boelle, P. Y., Flahault, A. & Ferguson, N. M. Estimación del impacto del cierre escolar en la transmisión de la gripe a partir de datos Sentinel. Nature 452, 750-754 (2008). 17. Bellman, R. & Harris, T. On Age-Dependent Binary Branking Processes. Ann. Math. 55, 280-295(1952118. Bellman, R. & Harris, T. E. Sobre la teoría de los procesos de ramificación estocásticos dependientes de la edad. Proc. Nat 34, 601-604 (1948). 19. Stan Development Team. 2018. The Stan Core Library, versión 2.18.0. http://mc-stan.org. 20. Bundesministerium. Coronavirus (COVID-19): Status quo — Schulen, Hochschulen,Universitaten und Forschungsinstitutionen. https://www.bmbwf.gv.at/Ministerium/Informationspflicht/corona/corona_status.html. 21. Henley, J. Coronavirus: Los Estados de la Unión Europea promulgan medidas duras para la propagación del tallo. The Guardianhttps://www.theguardian.com/world/200/mar/10/coranonavirus-varios-estados-eu-states-ban-masa-mass-as-pos-italian-lockdown (20 25. Servicio Público Federal. Protéjase y proteja a los demás. https://www.info-coronavirus.be/en/2020/03/10/protege-y-protege-the-others/ (2020). 26. Wikipedia. 2020 pandemia de coronavirus en Dinamarca. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/2020_coronavirus_pandemic_in_Dinamarca. 27. Stephensen, Emma Kinker; Hansen, T. S. Danmark lukker ned: Her er regeringens nye basculag. TV2 https://nyheder.tv2.dk/samfund/2020-03-11-danmark-lukker-ned-er-regeringens-nye-tiltag(2020128. Politi. Nye illbag mod covid-19. Politi https://politi.dk/coronavirus-i-danmark/seneste-nyt-fra-myndighederne/nye-tiltag-mod-covid-19 (2020). 29. Styrelsen for Patientsikkerhed. Indberetning om covid-19zlnformation om mulighed forp\aabud til enkeltpersoner (coronavirus/covid-19). https://stps.dk/da/ansvar-og-retningslinjer/vejledning/indberetning-om-covid-19/#. 30. Wikipedia. 2020 coronavirus pande in France. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/2020_coronavirus_pandemic_in_France. 31. Francia prohíbe las reuniones de más de 100 personas a medida que aumenta el número de muertes por coronavirus -The Local. The Local https://www.thelocal.fr/20200313/france-bans-recopilations-of-over-100-people-to-fight-coronavirus-pandemic (2020). 32. Henley, Jon; Willsher, Kim; Kassam, A. Coronavirus: Francia impone un bloqueo cuando la UE pide una prohibición de viajar de 30 días. The Guardian https://www.theguardian.com/world/2020/mar/16/coronavirus-spain-takes-over-privado-healthcare-amid-more-euro-pean-lockdowns (2020). 33. Wikipedia. 2020 coronavirus pande in Germany. Fundación Wikimediahttps://en.wi 34. BMI. Coronavirus: Fragen und Antworten. Bundesministerium des Innern,fur Bau und Heimathttps://web.archive.org/web/20200317073042/https://www.bmi.bund.de/SharedDocs/faqs/DE/themen/bevoelkerungssschutz/coranavirus/coranavirus-faqs.htmI#doc13738352bodyText7. 35. Noticias de la BBC. Coronavirus: Alemania endurece los frenos y prohíbe las reuniones de más de dos personas. BBCNews https://www.bbc.co.uk/news/world-europe-51999080 (2020). 36. Bundesregierung. Kanzlerin trifft Regierungschefs der Lander Sozialkontakte https://www.bundesregierung.de/breg-de/themen/coranavirus/mpk-1730186(2020)37. Robert Koch Institut. Antworten auf haufig gestellte Fragen zum Coronavirus SARS-CoV-2. Robert Koch Instituthttps://web.archive.org/web/20200312004624/https://www.rki.de/SharedDocs/FAQ/NCOV2019/FAQ_Liste.html (2020). 38. Ministero della Salute. Governo anuncia sospensione dell’attivita didattica dal 5 a15 marzo. Ministero della Salutehttp://www.salute.gov.it/portale/nuovocoronavirus/dettaglioVideoNuovoCoronavirus.jsp?lingua=italiano&menu=multimedia&p=video&id=2052 (2020). 39. CNN. Italia prohíbe los viajes y cancela todos los actos públicos en su región septentrional. CNNhttps://edition.cnn.com/2020/03/08/europe/italy-coranavirus-lockdown-europe-intl/index.html(2020). Attualita. Coronavirus: parada de un pub, cine, teatro e discoteche anche a Roma. Ecco cosaprevede il nuovo decreto. Roma Today https://www.romatoday.it/attualita/coranavirus-pub-cinema-teatri-locali-chiusi-nuovo-decreto.html (2020). 41. Gazzetta Ufficiale. DECRETO DEL PRESIDENTE DEL CONSIGLIO DEL MINISTRI. Gazzetta Ufflclalehttps://www.gazzettaufficiale.it/eli/id/20/03/08/20A01522/sg (2020). 42. Helsedirektoratet. La Dirección de Salud de Noruega ha adoptado la decisión de cerrar las escuelas y otras instituciones educativas. Hellem-Hansen, Viktoria L.; Tandstad, B. Folkehelseinstituttet mener23.000 kan vaere smittet. NRK https://www.nrk.no/norge/folkehelseinstituttet-mener-23.000-kan-vaere-smittet-1.14958149 (2020). 44. Gobierno de Norweigen. regjeringen.no https://www.regjeringen.no/en/aktuelt/the-government-is-esestableciendo-clear-cuarantine-and-aislation-rules/id2693647/ (2020). 45. Wikipedia. 2020 coronavirus pandemic in Spain. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/20_coronavirus_pandemic_in_Spain. 46. Gabinete de Prensa. El Gobierno anuncia nuevas medidas para eliminar la extensión del nuevo coronavirus COVID-19. Gobierno de Españahttps://www.mscbs.gob.es/gabinete/notasPrensa.do?id=4807 (2020). 47. Gabinete de Prensa. El Consejo Interterritorial del SNS alcanza medidas concretas para zonascon transmisión comunitaria de coronavirus. Gobierno de Españahttps://www.mscbs.gob.es/gabinete/notasPrensa.do?id=4806 (2020). 48. Folkhalsomyndigheten.se/nyheter-och-press/nyhetsarkiv/2020/mars/larosaten-och-gymnasieskolor-uppmanas-nu-att-bedriva-distansundervisning(2020). El local. Suecia prohíbe grandes eventos para detener la propagación del coronavirus. El localhttps://www.theloca.se/20200311/sweden-to-ban-large-public-coronavirus-over-coronavirus (2020). 50. Radosevich. Estocolmoers instados a trabajar desde casa como comunidad COVID-19 se extendió confirmado. Sveriges Radiohttps://sverigesradio.se/sida/artikel.aspx?programid=2054&artikel=7430511(2020). Folkhdlsomyndigheten https://www.folkhalsomyndigheten.se/nyheter-och-press/nyhetsarkiv/2020/mars/flera-tecken-pa-samhallsspridning-av-covid-19-i-sverige/ (2020). 52 Bundesamt fur Gesendheit BAG. Bundesrat verscharft Massnahmen gegen das Coronaviruszum Schutz der Gesundheit und unterstUtzt betroffene Branchen. Schweizerische Eidgenossenschafthttps://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg-id-78437.html( Coronavirus: Bundesrat verbietet Ansammlungen von mehrals fUnf Personen. Schweizerische Eidgenossenschaft https://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg-id-78513.html (2020). 54. Bundesamt fur Gesundheit BAG. Coronavirus: Bundesrat erklart die «ausserordentliche Lage»und verscharft die Massnahmen. Schweizerische Eidgenossenschafthttps://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg- Neue Hygiene- und Verhaltensregeln zum Schutz gegen dasneue Coronavirus. Schweizerische Eidgenossenschaft https://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/a ktuell/medienmitteilungen.msg-id-78304.html (2020). 56. Gobierno del Reino Unido, D. for E. Schools, colleges and early ambients to close. Gobierno del Reino Unidohttps://www.gov.uk/government/news/schools-colleges-and-ears-settings-to-close (2020). 57. Gobierno del Reino Unido. Discurso del Primer Ministro a la nación sobre el coronavirus: 23 de marzo de 2020. Gobierno del Reino Unidohttps://www.gov.uk/government/speeches/pm-address-to-the-nation-on-coronavirus-23-march-2020(2020158. Boycott-Owen, Mason; Bowman, Verity; Kelly-Linden, Jordan; Gartner, A. G. H. S. T.Coronavirus: Boris Johnson encierra al Reino Unido a medida que el número de muertos llega a 55. The Telegraphhttps://www.telegraph.co.uk/global-health/science-and- disease/coronavirus-news-uk-latest-update-covid-19-death-toll-cases/ (2020). BBC Newshttps://www.bbc.co.uk/news/uk-51857856 (2020).

Aproximadamente, ¿cuántas muertes se han evitado en Europa occidental con intervenciones no farmacéuticas en curso hasta finales de marzo?

Estimando el número de infecciones y el impacto de las intervenciones no farmacéuticas en el COVID-19 en 11 países europeos30 marzo 2020 Imperial College COVID-19 Response TeamSeth Flaxmani Swapnil Mishra*, Axel Gandy*, H JulietteT Unwin, Helen Coupland, Thomas A Mellan, HarrisonZhu, Tresnia Berah, Jeffrey W Eaton, Pablo N P Guzman, Nora Schmit, Lucia Cilloni, Kylie E C Cuomo—Dannenburg, Amy Dighe, Bimandra Djaafara, Ilaria Dorigatti, Sabine van Elsland,Rich Fitz, Han Fu, Katy Gaytorpe, Gendarme, Peter Geidelberg, Wi Green, Timothy Hallett, Arranmlet, Weinsland, EE.UU., EE.UU En respuesta, muchos países europeos han puesto en marcha intervenciones no farmacéuticas sin precedentes, como el aislamiento de casos, el cierre de escuelas y universidades, la prohibición de reuniones masivas o actos públicos, y, más recientemente, una ampliadistribución social a escala local y nacional, incluidos los bloqueos.En este informe, utilizamos un modelo jerárquico bayesiano semimecanicista para tratar de deducir el impacto de estas intervenciones en 11 países europeos.Nuestros métodos suponen que los cambios en el número productivo —una medida de transmisión— son una respuesta inmediata a estas intervenciones en lugar de cambios graduales más amplios en el comportamiento.Nuestro modelo estima estos cambios calculando hacia atrás de las muertes observadas a lo largo del tiempo para estimar la transmisión que ocurrió varias semanas antes, permitiendo el lapso entre la infección y la muerte.Una de las principales suposiciones del modelo es que cada intervención tiene el mismo efecto en el número de producción en todos los países y en el tiempo. Esto nos permite aprovechar una mayor cantidad de datos en toda Europa para estimar estos efectos. También significa que nuestros resultados están fuertemente impulsados por los datos de países con epidemias más avanzadas, y las intervenciones anteriores, como Italia y España. Encontramos que el lento crecimiento de las muertes diarias reportadas en Italia es consistente con un impacto significativo de las intervenciones implementadas varias semanas antes. En Italia, estimamos que el número de reproducción efectiva, Rt, cayó a cerca de 1 alrededor de la época de Iockdown (11 de marzo), aunque con un alto nivel de incertidumbre. En general, estimamos que los países han logrado reducir su número de reproducción. Nuestras estimaciones tienen amplios intervalos creíbles y contienen 1 para los países que han implementado intervenciones consideradas en nuestro análisis. Esto significa que el número de reproducción puede estar por encima o por debajo de este valor. Dado que las intervenciones actuales se mantienen al menos hasta finales de marzo, estimamos que las intervenciones en los 11 países habrán evitado 59.000 muertes hasta el 31 de marzo[intervalo creíble del 95%: 21.000-120.000].Muchas más muertes se evitarán garantizando que las intervenciones permanezcan en vigor hasta que la transmisión disminuya a niveles bajos.Estimamos que, en los 11 países entre 7 y 43 millones de personas se han infectado con el SARS-CoV-Z hasta el 28 de marzo, lo que representa entre el 1,88% y el 11,43% de la población.Se estima que la proporción de la población infectada hasta la fecha —la tasa de ataque— es la más alta en España seguida por Italia y la más baja en Alemania y Noruega, lo que refleja las etapas relativas de las epidemias.Dado el retraso de 2-3 semanas entre el momento en que se producen los cambios de transmisión y cuando su impacto puede observarse en las tendencias de mortalidad, Si las intervenciones en países en las etapas más tempranas de su epidemia, como Alemania o el Reino Unido, son más o menos eficaces de lo que eran en los países con epidemias avanzadas, en los que nuestras estimaciones se basan en gran medida, o si las intervenciones han mejorado o han empeorado con el tiempo, nuestras estimaciones del número de reproducción y las muertes evitadas cambiarían en consecuencia. Por lo tanto, es fundamental que las intervenciones actuales sigan en vigor y las tendencias en los casos y muertes se monitoricen de cerca en los próximos días y semanas para garantizar que la transmisión del SARS-Cov-Z se esté desacelerando. Imperial College London (2020), doi:https://doi.org/10.25561/777311 IntroducciónTras la aparición de un nuevo coronavirus (SARS-CoV-Z) en Wuhan (China) en diciembre de 2019 y su propagación mundial, han surgido en Europa grandes epidemias de la enfermedad, causadas por el virus denominado COVID-19. En respuesta al creciente número de casos y muertes, y para mantener la capacidad de los sistemas de salud para tratar tantos casos graves como sea posible, los países europeos, como los de otros continentes, han implementado o están en proceso de aplicar medidas para controlar susepidemias. Estas intervenciones no farmacéuticas a gran escala varían de un país a otro, pero incluyen distanciamiento social (como la prohibición de grandes reuniones y el asesoramiento a las personas para que no socialicen fuera de sus hogares), cierres de fronteras, cierres de escuelas, medidas para aislar a las personas sintomáticas y sus contactos, y bloqueos a gran escala de poblaciones con todos los viajes internos menos esenciales prohibidos.Entender, en primer lugar, si estas intervenciones están teniendo el impacto deseado de controlar la epidémica y, en segundo lugar, qué intervenciones son necesarias para mantener el control, es crítico dada su gran coste económico y social.El objetivo clave de estas intervenciones es reducir el número de reproducción eficaz, Rt, de la infección, una cantidad epidemiológica fundamental que representa el número medio de infecciones, en el momento t, por caso infectado durante el curso de su infección. Si Rt es mayor que 1, las infecciones aumentarán (dependiendo de cuánto mayor que 1 el número de reproducción es) hasta los picos tepidémicos y eventualmente disminuye debido a la adquisición de inmunidad de rebaños. En China, las estrictas restricciones de movimiento y otras medidas incluyendo aislamiento de casos y cuarentena comenzaron a introducirse a partir del 23 de enero, lo que logró una tendencia a la baja en el número de nuevos casos confirmados durante febrero, resultando en cero nuevos casos indígenas confirmados en Wuhan para el 19 de marzo. Los estudios han calculado cómo cambió Rt durante este tiempo en diferentes áreas de China desde alrededor de 2-4 durante la epidemia incontrolada hasta menos de 1, con una disminución estimada de 7-9 veces en el número de contactos diarios por persona.1'2 Medidas de control tales como distanciamiento social, pruebas intensivas y rastreo de contacto en otros países como Singapur y Corea del Sur han reducido con éxito la incidencia de casos en las últimas semanas, aunque existe un riesgo de que el virus se propague de nuevo una vez que las medidas de control se relajen.3'4La epidemia comenzó un poco más tarde en Europa, a partir de enero o más tarde en diferentes regiones.5 Los países han aplicado diferentes combinaciones de medidas de control y es probable que el nivel de cumplimiento de las recomendaciones gubernamentales sobre distanciamiento social varíe entre países, en parte debido a diferentes niveles de aplicación. La estimación de los números de reproducción para el SARS-CoV-Z presenta desafíos debido a la alta proporción de infecciones no detectadas por los sistemas de salud"7 y a los cambios regulares en las políticas de pruebas, lo que da lugar a proporciones indiferentes de infecciones detectadas a lo largo del tiempo y entre los países.La mayoría de los países hasta ahora sólo tienen la capacidad de probar una pequeña proporción de casos sospechosos y las pruebas están reservadas para pacientes con enfermedades graves o para grupos de alto riesgo (por ejemplo, contactos de casos).Por lo tanto, el análisis de los datos de los casos da una visión sistemáticamente sesgada de las tendencias.Una forma alternativa de estimar el curso de la epidemia es volver a calcular las infecciones derivadas de las muertes observadas. Si bien las tendencias recientes de las muertes serán, por tanto, informativas, hay un retraso en la observación del efecto de las intervenciones sobre las muertes, ya que hay un período de 2 a 3 semanas entre lainfección, el inicio de los síntomas y el resultado.En este informe, encajamos un nuevo modelo mecánico bayesiano del ciclo de infección en las muertes observadas en11 países europeos, inferiendo límites plausibles superiores e inferiores (intervalos creíbles bayesianos) de la población total infectada (tasas de ataque), probabilidades de detección de casos y el número de reproducción a lo largo del tiempo (Rt).Ajustamos el modelo conjuntamente a los datos de COVID-19 de todos estos países para evaluar si hay pruebas de que las intervenciones han tenido éxito hasta ahora en reducir la Rt por debajo de 1, con la fuerte suposición de que las intervenciones particulares están logrando un impacto similar en diferentes países y de que la La mayoría de las intervenciones se iniciaron alrededor del 12 al 14 de marzo. Analizamos los datos sobre las muertes hasta el 28 de marzo, dando un margen de 2-3 semanas para estimar el efecto de las intervenciones. Actualmente, la mayoría de los países en nuestro estudio han implementado todas las intervenciones no farmacéuticas importantes. Para cada país, modelamos el número de infecciones, el número de muertes y el número de reproducciones efectivas a lo largo del tiempo, con Rt cambiando sólo cuando se introduce una intervención (Figura 2-12). Rt es el número medio de infecciones secundarias por individuo infectado, asumiendo que las intervenciones que se realizan en el momento t permanecen en el lugar durante todo su período infeccioso. Cada país tiene su propio número de reproducción inicial Rt antes de que se lleven a cabo las intervenciones. Se supone que las intervenciones específicas tienen el mismo impacto relativo en Rt en cada país cuando se introdujeron allí y están informadas por los datos de mortalidad en todos los países. Figura l: Cronogramas de intervención para los 11 países europeos incluidos en el análisis.Para más detalles, véase el apéndice 8.6.2 2.1.Números reales estimados de infecciones y tasas actuales de ataqueEn todos los países, estimamos que hay órdenes de magnitud menos infecciones detectadas (Figu En Italia, nuestros resultados sugieren que, acumulativamente, 5.9 [1,9-15,2] millones de personas han sido infectadas al 28 de marzo, dando una tasa de ataque del 9,8% [3,2%-25%] de la población (Tabla 1). España ha visto recientemente un gran aumento en el número de muertes, y dada su menor población, nuestro modelo estima que una mayor proporción de la población, 15,0% (7,0 [18-19] millones de personas) han sido infectadas hasta la fecha. Alemania se estima que tiene una de las tasas de ataque más bajas en el 0,7% con 600.000[240,000-1,500.000] personas infectadas. Imperial College COVID-19 Response TeamTabla l: Modelo posterior estimaciones del porcentaje de la población infectada al 28 de marzo de 2020. País % de la población total infectada (media [intervalo creíble del 95%l)Austria 1,1% [0,36%-3,1%]Bélgica 3,7% [1,3%-9,7%]Dinamarca 1,1% [0,40%-3,1%]Francia 3,0% [1,1%-7,4%]Alemania 0,72% [0,28%-1,8%]Italia 9,8% [3,2%-26%]Noruega 0,41% [0,09%-1,2%]España 15% [3,7%-41%]Suecia 3,1% [0,85%-8,4%]Suiza 3,2% [1,3%-7,6%]Reino Unido 2,7% [1,2%-5,4%]2,2 Números de reproducción e impacto de las intervencionesAveriguados en todos los países, estimamos que los números de reproducción inicial rondan los 3,87 [3,01-4,66], lo que está en consonancia con otras estimaciones.1'8 Estas estimaciones se basan en nuestra elección de la distribución entre intervalos seriales y la tasa de crecimiento inicial de Un intervalo serial más corto supone un menor número de reproducción inicial (Apéndice 8.4.2, Apéndice 8.4.6).Los números de reproducción inicial también son inciertos debido a que: a) la importación es la fuente dominante de nuevas infecciones al principio de la epidemia, en lugar de la transmisión local (b) la posible incertidumbre en las muertes, particularmente antes de que se generalizaran las pruebas.Estimamos que los grandes cambios en la Rt en respuesta a las intervenciones combinadas no farmacéuticas.Nuestros resultados, impulsados en gran parte por países con epidemias avanzadas y un mayor número de muertes (por ejemplo, Italia, España), sugieren que estas intervenciones han tenido conjuntamente un impacto sustancial en la transmisión, medidos por los cambios en el número de reproducción estimado Rt. En todos los países encontramos estimaciones actuales de Rt que van desde una media posterior de 0,97 [0,14-2,14] para Noruega a una media a posteriori de 2,64 [1,40-4,18] para Suecia, con un promedio de 1,43 en los 11 países a posteriori, una reducción del 64% en comparación con los valores de pre-intervención. Observamos que estas estimaciones son consistentes en que el impacto de la intervención es el mismo en diferentes países y en diferentes épocas. En todos los países excepto Suecia, con las mismas suposiciones, estimamos que el número de reproducción actual incluye 1 en el rango de incertidumbre. El número de reproducción estimado para Suecia es mayor, no porque las tendencias de mortalidad son significativamente diferentes de cualquier otro país, sino como un artefacto de nuestro modelo, que supone una reducción menor en Rt porque no se ha ordenado un bloqueo completo en la medida. En general, aún no podemos concluir si las intervenciones actuales son suficientes para lograr que Rt sea inferior a 1 (posterior probabilidad de ser inferior a 1,0 es un 44% en promedio en todos los países). También no podemos concluir si las intervenciones pueden ser diferentes entre países o con el tiempo. Sigue habiendo un alto nivel de incertidumbre en estas estimaciones.Es demasiado pronto para detectar un impacto sustancial de la intervención en muchos países en etapas anteriores de su epidemia (por ejemplo, Alemania, Reino Unido, Noruega).Muchas intervenciones se han producido sólo recientemente, y sus efectos aún no se han observado plenamente debido al retraso entre la infección y la muerte.Esta incertidumbre reducirá a medida que se disponga de más datos.Para todos los países, nuestro modelo se ajusta bien a los datos de muertes observadas (pruebas de bondad de la adecuación bayesiana).También descubrimos que nuestro modelo puede predecir de manera fiable las muertes diarias 3 días en el futuro, reteniendo los últimos 3 días de datos Sin embargo, al realizar un análisis de sensibilidad (Apéndice 8.4.3) con distribuciones previas sin información (donde las intervenciones pueden aumentar las muertes) encontramos un impacto similar de las intervenciones del equipo de respuesta del Colegio Imperial COVID-19, que muestra que nuestra elección de la distribución previa no está impulsando los efectos que vemos en el análisis principal.Figura 2: Estimaciones a nivel de país de infecciones, muertes y Rt. Izquierda: número diario de infecciones, marronbars se reportan infecciones, bandas azules son infecciones predichas, intervalo creíble de azul oscuro 50% (IC), azul claro 95% IC. El número de infecciones diarias estimadas por nuestro modelo disminuye inmediatamente después de una intervención, ya que suponemos que todas las personas infectadas se vuelven inmediatamente menos infecciosas a través de la intervención. Medio: número diario de muertes, barritas marrones se reportan muertes, bandas azules se predicen muertes, Cias en la parcela izquierda. Derecha: número de reproducción variable en el tiempo Rt, verde oscuro 50% IC, verde claro 95% IC. Iconos son intervenciones mostradas en el momento en que ocurrieron. Imperial College COVID-19 Response TeamTabla 2: Muertes previstas totales desde el inicio de la epidemia hasta el 31 de marzo en nuestro modelo y en un modelo contrafactual (suponiendo que no hubo intervención).Estimadas muertes evitadas durante este período como resultado de las intervenciones.Números entre paréntesis son intervalos creíbles del 95%. 2.3 Impacto estimado de las intervenciones en las muertesLa Tabla 2 muestra el total de muertes previstas desde el comienzo de la epidemia hasta el 31 de marzo bajo nuestro modelo ajustado y bajo el modelo contrafactual, que predice lo que habría ocurrido si no se implementaran intervenciones (y R, En Italia y España, donde la epidemia está avanzada, se han evitado 38.000 muertes [13.000-84.000] y 16.000 [5400-35.000], respectivamente. Incluso en el Reino Unido, que es mucho más temprano en su epidemia, se han evitado 370 [73-1,000] muertes, que sólo dan lugar a las muertes evitadas que habrían ocurrido hasta el 31 de marzo. Si se incluyeran las muertes de individuos actualmente infectados en ambos modelos, lo que podría ocurrir después del 31 de marzo, las muertes evitadas serían sustancialmente más altas. Figura 3: Número diario de muertes confirmadas, predicciones (hasta el 28 de marzo) y previsiones (después) para (a)Italia y (b) España de nuestro modelo con intervenciones (azul) y del modelo sin intervencionescontrafactuales (rosa); los intervalos creíbles se muestran una semana en el futuro. Otros países se muestran en el Apéndice 8.6. 03/0 25% 50% 753% 100%(sin efecto sobre la transmisibilidad) (final de la transmisibilidadReducción porcentual en R.Figura 4: Nuestro modelo incluye cinco covariables para intervenciones gubernamentales, ajustando para si la intervención fue la primera realizada por el gobierno en respuesta a COVID-19 (rojo) o fue posterior a otras intervenciones (verde).Se muestra una reducción porcentual relativa media en Rt con intervalos creíbles posteriores al 95%.Si se logra una reducción del 100%, Rt = 0 y no hay mástransmisión de COVID-19.No hay efectos significativamente diferentes de los de otras intervenciones, probablemente debido al hecho de que muchas intervenciones ocurrieron en el mismo día o en días de cada una como se muestra en la Figura l.3 DiscusiónDurante esta fase temprana de medidas de control contra el nuevo coronavirus en Europa, analizamos tendencias en el número de muertes para evaluar la medida en que se está reduciendo la transmisión Al representar el proceso de infección por COVID-19 utilizando un modelo jerárquico semimecánico, conjunto y bayesiano, podemosreducir las tendencias observadas en los datos de muertes y podemos pronosticar con precisión en cortos horizontes de tiempo.Estimamos que ha habido muchas más infecciones de las que se reportan actualmente.El alto nivel de incertidumbre de infecciones que estimamos aquí es probable debido al enfoque en pruebas en entornos hospitalarios más que en la comunidad.A pesar de esto, sólo una pequeña minoría de individuos en cada país han sido infectados, con una tasa de ataque en promedio del 4,9% [l,9%-l%] con una considerable variación entre países (Tabla 1).Nuestras estimaciones implican que las poblaciones en Europa no están cercanas a la inmunidad de rebaños ("50-75% si R0 es 2-4).Además, con los valores de Rt disminuyendo sustancialmente, la tasa de adquisición de inmunidad de rebaños se ralentizará rápidamente. Esto implica que el virus será capaz de propagarse rápidamente en caso de que se levanten las intervenciones.Tales estimaciones de la tasa de ataque hasta la fecha deben ser validadas con urgencia por pruebas de anticuerpos recientemente desarrolladas en encuestas de población representativas, una vez que éstas estén disponibles.Estimamos que las intervenciones no farmacéuticas importantes han tenido un impacto sustancial en el número de reproducción que varía en el tiempo en los países donde ha habido tiempo para observar los efectos de la intervención en las tendencias de las muertes (Italia, España). Debido a la rápida sucesión de intervenciones en muchos países, no se dispone de datos suficientes para estimar el tamaño del efecto individual de cada intervención, y desalentamos la atribución de asociaciones a la intervención individual.En algunos casos, como Noruega, donde todas las intervenciones se ejecutaron a la vez, estos efectos individuales son por definición no identificables.A pesar de esto, aunque no se pueden determinar los impactos individuales, su impacto conjunto estimado está fuertemente justificado empíricamente (véase el apéndice 8.4 para el análisis de sensibilidad).Si bien el crecimiento de las muertes diarias ha disminuido, debido a la diferencia entre las infecciones y las muertes, es de esperar un aumento continuo de las muertes diarias durante algún tiempo.Para comprender el impacto de las intervenciones, nos ajustamos a un modelo contrafactual sin las intervenciones y lo comparamos con el modelo real.Consideramos Italia y el Reino Unido -dos países en etapas muy diferentes de sus epidemias.Para el Reino Unido, donde las intervenciones son Los resultados sugieren que las intervenciones tendrán un gran impacto en las infecciones y muertes a pesar del aumento de ambos.Para Italia, donde ha pasado mucho más tiempo desde que se han implementado las intervenciones, está claro que el modelo sin intervenciones no encaja bien con los datos, y no puede explicar la reducción sublineal (en la escala logarítmica) de las muertes (véase la figura 10).El modelo contrafactual para Italia sugiere que, a pesar de la creciente presión sobre los sistemas de salud, las intervenciones han evitado una catástrofe sanitaria en la que el número de nuevas muertes habría sido 3,7 veces mayor (38.000 muertes evitadas) de lo que se observa actualmente.Incluso en el Reino Unido, mucho antes de su epidemia, se prevé que las recientes intervenciones evitarán 370 muertes totales hasta el 31 de marzo. Dados los índices de mortalidad por infecciones observadas y la epidemiología de la COVID-19, las intervenciones no farmacéuticas importantes han tenido un impacto sustancial en la reducción de la transmisión en los países con epidemiologías más avanzadas. Es demasiado pronto para estar seguros de que se verán reducciones similares en los países en las etapas anteriores de su epidemia. Si bien no podemos determinar qué conjunto de intervenciones han tenido más éxito, ya podemos ver cambios en las tendencias de nuevas muertes. Cuando se pronostican 3 días y se examina toda la epidemia, el número de muertes evitadas es sustancial. Observamos que se está produciendo una innovación sustancial, y nuevas intervenciones o refinamientos más eficaces de las intervenciones actuales, junto con cambios de comportamiento, contribuirán aún más a la reducción de las infecciones. No podemos decir con certeza que las medidas actuales hayan controlado la epidemia en Europa; sin embargo, si continúan las tendencias actuales, hay razones para el optimismo. Proponemos una estructura plausible para el proceso de infección y luego estimamos los parámetros empíricamente. Sin embargo, muchos parámetros tuvieron que ser dados fuertes distribuciones previas o tenían que ser fijados. Para estas suposiciones, hemos proporcionado citas relevantes a estudios previos. A medida que se disponga de más datos y surjan mejores estimaciones, actualizaremos estos reportes quincenales. Nuestra elección de la distribución de intervalos seriales influye fuertemente en la distribución previa para el inicio de R0. Nuestra relación de mortalidad por infección y distribuciones de infección a muerte influyen fuertemente en la tasa de muerte y por lo tanto el número estimado de casos subyacentes verdaderos. También suponemos que el efecto de las intervenciones es el mismo en todos los países, lo cual puede no ser totalmente realista. Esto implica que los países con intervenciones tempranas y más muertes ya que estas intervenciones (por ejemplo, Italia, España) influyen fuertemente en las estimaciones del impacto de la intervención en los países en las etapas más tempranas de Hemos intentado crear definiciones coherentes de todas las intervenciones y documentar detalles al respecto en elApéndice 8.6. Sin embargo, invariablemente habrá diferencias de un país a otro en la fuerza de su intervención, por ejemplo, la mayoría de los países han prohibido la reunión de más de 2 personas cuando se aplica un bloqueo, mientras que en Suecia el gobierno sólo prohibió la reunión de más de 10 personas. Estas diferencias pueden distorsionar los impactos en países con muy pocos datos. Creemos que nuestra incertidumbre puede cubrir en cierto grado estas diferencias, y a medida que se disponga de más datos, loscoeficientes deberían ser más fiables. Sin embargo, a pesar de estas fuertes suposiciones, hay suficiente señal en los datos para estimar los cambios en R, (véase el análisis de sensibilidad reportado en el Apéndice 8.4.3) y esta señal se incrementará con el tiempo. En nuestro marco jerárquico bayesiano, cuantificamos robustamente la incertidumbre en nuestras estimaciones de parámetros y predicciones posteriores. Esto se puede ver en los intervalos creíbles más amplios de los últimos días, en los que se dispone de pocos o ningún dato sobre la muerte para informar las estimaciones. Además, predecimos el impacto de la intervención a nivel nacional, pero puede haber diferentes tendencias en diferentes partes de cada país.Por ejemplo, la epidemia en el norte de Italia estaba sujeta a controles antes que el resto del país.5DatosNuestro modelo utiliza datos diarios sobre la mortalidad en tiempo real del ECDC (Centro Europeo de Control de Enfermedades), donde catalogamos datos de casos de 11 países europeos que actualmente padecen la epidemia: Austria, Bélgica, Dinamarca, Francia, Alemania, Italia, Noruega, España, Suecia, Suiza y Reino Unido.El ECDC proporciona información sobre casos confirmados y muertes atribuibles a COVID-19.Sin embargo, los datos de casos son muy poco representativos de la incidencia de infecciones debido a la infrarreportación, así como a cambios sistemáticos y específicos de países Nosotros, por lo tanto, utilizamos sólo las muertes atribuibles a COVID-19 en nuestro modelo; no utilizamos las estimaciones de casos de ECDC en absoluto.Si bien las muertes observadas todavía tienen cierto grado de falta de fiabilidad, de nuevo debido a cambios en los informes y las pruebas, creemos que los datos son de suficiente fidelidad al modelo.Para los recuentos de población, utilizamos los recuentos desglosados por edad de la UNPOP.10También catalogamos datos sobre la naturaleza y el tipo de intervenciones no farmacéuticas importantes.Miramos las páginas web gubernamentales de cada país, así como sus páginas web oficiales de información y división de salud pública para identificar los últimos consejos/leyes que emiten el gobierno y las autoridades sanitarias públicas.Recopilamos lo siguiente:Se ordenó el cierre de la escuela: Esta intervención se refiere a los cierres extraordinarios de escuelas a nivel nacional que en la mayoría de los casos se refieren al cierre de escuelas primarias y secundarias (para la En el caso de Dinamarca y Suecia, permitimos el cierre parcial de las escuelas sólo en las escuelas secundarias. La fecha del cierre de la escuela se considera como la fecha efectiva en que las escuelas comenzaron a cerrarse (si este era un lunes, la fecha utilizada era la de los sábados anteriores, ya que alumnos y estudiantes se quedaron efectivamente en casa a partir de esa fecha). Medidas basadas en casos. Esta intervención comprende recomendaciones o leyes sólidas al público en general y a la atención primaria sobre el autoaislamiento al mostrar síntomas similares al COVID-19.Estos incluyen también programas nacionales de pruebas en los que las personas pueden someterse a pruebas y posteriormente autoaislarse. Nuestra definición se limita al asesoramiento del gobierno nacional a todas las personas (por ejemplo, el Reino Unido) o a toda atención primaria y excluye únicamente el asesoramiento regional.Estos no incluyen intervenciones en fase de contención como el aislamiento si regresan de un país epidémico como China. Se ha fomentado el distanciamiento social: Como una de las primeras intervenciones contra la propagación de la pandemia COVID-19, muchos gobiernos han publicado consejos sobre distanciamiento social, incluyendo la recomendación de trabajar desde el hogar siempre que sea posible, reduciendo el uso del transporte público y todos los demás contactos no esenciales.Las fechas utilizadas son aquellas en las que el distanciamiento social ha sido recomendado oficialmente por el gobierno; el consejo puede incluir mantener una distancia física recomendada de otros. Decretado el bloqueo: Hay varios escenarios diferentes a los que los medios de comunicación se refieren como bloqueo. Como definición general, consideramos regulaciones/legislaciones relativas a una estricta interacción social cara a cara: incluyendo la prohibición de cualquier reunión pública no esencial, el cierre de instituciones educativas y públicas/culturales, ordenando a las personas a permanecer en casa aparte del ejercicio y las tareas esenciales.Incluimos casos especiales en los que no se mencionan explícitamente en los sitios web del gobierno, sino que son Las fechas utilizadas son las fechas efectivas en que se han implementado estas legislaciones. Observamos que el bloqueo abarca otras intervenciones previamente implementadas. Primera intervención: Como muestra la Figura 1, los gobiernos europeos han escalado las intervenciones rápidamente, y en algunos ejemplos (Noruega/Dinamarca) han implementado todas estas intervenciones en un solo día. Por lo tanto, dada la autocorrelación temporal inherente a la intervención gubernamental, incluimos covariable abinaria para la primera intervención, que puede interpretarse como una decisión gubernamental de tomar medidas importantes para controlar COVID-19. Una lista completa de las fechas de estas intervenciones y las fuentes que hemos utilizado se puede encontrar en el Apéndice 8.6. 6 Métodos ResumenUn resumen visual de nuestro modelo se presenta en la Figura 5 (detalles en los Apéndices 8.1 y 8.2). El código de replicación está disponible en https://github.com/mperiaCollegeLondres/covid19model/releases/tag/vl.0Ajustamos nuestro modelo a las muertes observadas de acuerdo con los datos de ECDC de 11 países europeos.Las muertes modeladas se basan en una distribución de infección a inicio (tiempo desde la infección hasta el inicio de los síntomas), una distribución de inicio a muerte (tiempo desde el inicio de los síntomas hasta la muerte) y la relación de mortalidad por infección media de la población (ajustada para la estructura de edad y los patrones de contacto de cada país, véase el Apéndice).Debido a estas distribuciones y proporciones, las muertes modeladas son una función del número de infecciones.El número de infecciones modelado se basa en la distribución por intervalos de serie (tiempo medio desde la infección de una persona hasta el momento en que infectan a otra Finalmente, el número de reproducción variable en el tiempo es una función del número de reproducción inicial antes de las intervenciones y los tamaños de efecto de las intervenciones.Figura 5: Resumen de los componentes del modelo. Siguiendo la jerarquía de abajo a arriba nos da un marco completo para ver cómo las intervenciones afectan a las infecciones, que pueden resultar en muertes.Utilizamos la inferencia bayesiana para asegurar que nuestras muertes modeladas puedan reproducir las muertes observadas lo más cerca posible.De abajo a arriba en la Figura 5, hay un retraso implícito en el tiempo que significa el efecto de intervenciones muy recientes se manifiestan débilmente en muertes actuales (y se fortalecen a medida que avanza el tiempo).Para maximizar la capacidad de observar el impacto de la intervención en las muertes, encajamos nuestro modelo conjuntamente para los 11 países europeos, lo que resulta en un conjunto de datos grande. Hemos evaluado el efecto de nuestras elecciones de distribución de Bayesianprior y evaluado nuestra calibración posterior bayesiana para asegurar que nuestros resultados seanestadísticamente robustos (Apéndice 8.4). 7 AgradecimientosLa investigación inicial sobre covariables en el Apéndice 8.6 fue fuente de crowdsourcing; agradecemos a varias personas de todo el mundo por su ayuda. Este trabajo fue apoyado por el Centro de financiación del Consejo de Investigación Médica del Reino Unido bajo un acuerdo con el Departamento de Desarrollo Internacional del Reino Unido, la Unidad de Investigación sobre Protección de la Salud del NIHR en Metodología de Modelado y ComunidadJameel. 8 Apéndice: Modelo de Análisis de Especificaciones, Validación y Sensibilidad8.1 Modelo de muerteObservamos muertes diarias Dam durante los días t E 1,...,n y países m E 1,...,p. Estas muertes diarias se modelan utilizando una presa de función real valuada positiva Se supone que la presa sigue una distribución binomio negativa conEl número esperado de muertes (1 en un país determinado en un día dado es una función del número de infecciones C que ocurren en días anteriores. Al principio de la epidemia, las muertes observadas en un país pueden estar dominadas por muertes que resultan de infecciones que no son adquiridas localmente. Para evitar sesgar nuestro modelo por esto, sólo incluimos muertes observadas desde el día después de que un país haya observado acumulativamente 10 muertes en nuestro modelo. Para vincular mecánicamente nuestrafunción de muertes a casos infectados, utilizamos una infección COVID-19-fatalidad-ratio ifr estimada previamente (probabilidad de muerte dada infección)9 junto con una distribución detiempos de infección a muerte TE. El ifr se deriva de estimaciones presentadas en Verity et al11 que suponen tasas de ataque homogéneo entre grupos de edad. Para ajustar mejor las estimaciones de las tasas de ataque por edades generadas utilizando información más detallada sobre los patrones de mezcla de países y edades específicas, escalamos estas estimaciones (el ifr no ajustado, al que aquí se hace referencia como ifr’) de la siguiente manera como en el trabajo anterior.4Let Ca ser el número de infecciones generadas en el grupo de edad a, Na el tamaño subyacente de la población en ese grupo de edad y AR“ 2 Ca/Na el índice de ataque específico de grupo de edad.El ifr ajustado se da entonces por: ifra = fififié, donde AR50_59 es la tasa de ataque prevista en el grupo de edad de 50-59 años después de incorporar los patrones de contacto y mezcla específicos de países.Este grupo de edad fue elegido como referencia ya que tenía el nivel más bajo previsto de subinforme en análisis previos de los datos de la epidemia china“. Se obtuvieron estimaciones por países de la tasa de ataque por edad, AR“, para los 11 países europeos en nuestro análisis de un estudio anterior que incorpora información sobre el contacto entre individuos de diferentes edades en países de toda Europa12. Luego se obtuvieron estimaciones globales de cada país ajustando tanto para la demografía como para las tasas de ataque específicas por edad. Utilizando información epidemiológica estimada de estudios anteriores,"11 se supone que la TE es la suma de dos tiempos aleatorios independientes: la distribución del período de incubación (infección al inicio de los síntomas o infección hasta el inicio) y el tiempo entre el inicio de los síntomas y la muerte (ingreso a la muerte). La distribución de la infección hasta el inicio es Gamma distribuida con media de 5,1 días y coeficiente de variación0,86. La distribución de la aparición a la muerte es también Gamma distribuida con una media de 18,8 días y un coeficiente de va riación 0,45. Por lo tanto, la distribución de la infección-a-muerte está dada por:um ~ ifrm ~ (Gamma(5.1,0,86) + Gamma(18,8,0,45)) La Figura 6 muestra la distribución de la infección-a-muerte y la función de supervivencia resultante que se integra a la relación de mortalidad por infección.Figura 6: Distribución izquierda de la infección-a-muerte (media 23,9 días). Correcto, probabilidad de supervivencia de individuos infectados por día dada la relación de mortalidad por infección (1%) y la distribución de la infección-a-muerte por la izquierda.Usando la probabilidad de distribución de la muerte, el número esperado de muertes presa, en un día dado t, para el país, m, está dada por la siguiente suma discreta:El número de muertes hoy es la suma de las infecciones pasadas ponderadas por su probabilidad de muerte, donde la probabilidad de muerte Este enfoque ha sido utilizado en numerosos estudios previos13'16 y tiene una fuerte base teórica en procesos de conteo estocásticos basados en individuos como el proceso Hawkes y el proceso Bellman-Harris.”18 El nuevo modelo está relacionado con el modelo Susceptible-Infectado-Recuperado, excepto que la renovación no se expresa en forma diferencial. Para modelar el número de infecciones con el tiempo necesitamos especificar una distribución serialinterval g con densidad g(T), (el tiempo entre cuando una persona se infecta y cuando posteriormente infectan a otras personas), que elegimos ser Gamma distribuido:g ~ Gamma (6.50.62). La distribución del intervalo serial se muestra a continuación en la Figura 7 y se supone que es la misma para todos los países. Figura 7: Distribución del intervalo serial g con una media de 6,5 días. Dada la distribución del intervalo serial, el número de infecciones Eamon a determinado día t, y country, m, está dado por la siguiente función de convolución discreta:_ t—1Cam — Ram ZT=0 Cr,mgt—‘r r where, similar a la probabilidad de la función de muerte, el intervalo serial diario está discretizado porfs+0.51.5gs = T=s—0.Sg(T)dT fors = 2,3 y 91 = fT=Og(T)dT. Las infecciones dependen hoy en día del número de infecciones en los días anteriores, ponderadas por la distribución del intervalo serial discretizado.Esta ponderación es entonces escalada por el número de producción de tiempo específico, Ram, que modela el número medio de infecciones secundarias en un momento dado. La forma funcional para el número de reproducción del tiempo-Variante fue elegida para ser lo más simple posible para minimizar el impacto de supuestos previos fuertes: utilizamos una función constante por partes que escalaRam de una línea de base previa R0,m y es impulsada por las principales intervenciones no farmacéuticas conocidas que ocurren en diferentes países y tiempos. Incluyemos 6 intervenciones, una de las cuales se construye a partir de las otras 5 intervenciones, que son cronogramas de cierres escolares y universitarios (k=l), enfermedad autoaislante (k=2), prohibición de eventos públicos (k=3), cualquier intervención gubernamental en lugar (k=4), implementación de un bloqueo parcial o completo (k=5) y fomento del distanciamiento y aislamiento social (k=6). Denotamos la variable indicadora de intervención k E 1,2,3,4,5,6 por IkI’m, que es 1 si la intervención k está en placein country m en el La covariable “cualquier intervención gubernamental” (k=4) indica si alguna de las otras 5 intervenciones está en efecto, es decir, 14’t’m es igual a 1 en el momento t si alguna de las intervencionesk E 1,2,3,4,5 están en vigor en el país m en el momento t y es igual a 0 de lo contrario. Covariable 4 tiene la interpretación de indicar el inicio de la intervención gubernamental mayor. Se supone que el efecto de cada intervención es multiplicativo. Ram es, por lo tanto, una función de los indicadores de intervenciónIk’t’m en lugar en el momento t en el país m:Ram : R0,m eXp(— 212:1 O(Rheum)-La forma exponencial se utilizó para asegurar la positividad del número de reproducción, con R0,mconstreñido a ser positivo como aparece fuera de la exponencial. El impacto de cada intervención enRam se caracteriza por un conjunto de parámetros 0(1,...,OL6, con distribuciones previas independientes elegidas para el beock ~ Gamma(. 5,1). Los impactos ock son compartidos entre todos los países m y por lo tanto están informados por todos los datos disponibles. La distribución previa para R0 fue escogida para serR0,m ~ Normal(2,4, IKI) con K ~ Normal(0,0.5),Una vez más, K es el mismo entre todos los países para compartir información. Asumimos que la siembra de nuevas infecciones comienza 30 días antes del día después de que un país haya observado 10 muertes. A partir de esta fecha, sembramos nuestro modelo con 6 días secuenciales de infecciones extraídas de cl’m,...,66’m~EXponential(T), donde T~Exponential(0.03). Se estimaron los parámetros de manera conjunta para los 11 países en un único modelo jerárquico. Se realizó el ajuste en el lenguaje de programación probabilístico Stan,19 utilizando un sampler adaptativo Hamiltoniano Monte Carlo (HMC). Se realizaron 8 cadenas para 4000 iteración con 2000 iteración de calentamiento y un factor de adelgazamiento 4para obtener 2000 muestras posteriores. Se evaluó la convergencia posterior utilizando la estadística Rhat y mediante el diagnóstico de transiciones divergentes del sampler HMC. También se realizaron calibraciones anteriores a posteriori (véase más adelante). 8.3 ValidaciónValidamos la exactitud de las estimaciones puntuales de nuestro modelo utilizando la validación cruzada. En nuestro esquema de validación cruzada, dejamos fuera 3 días de datos de muerte conocidos (no acumulativos) y encajamos en nuestro modelo. Pronosticamos lo que el modelo predice para estos tres días. Presentamos las previsiones individuales para cada día, así como el Los resultados de validación cruzada se muestran en la Figura8.Figura 8: Resultados de validación cruzada para pronósticos agregados de 3 días y 3 díasFigura 8 proporciona una fuerte justificación empírica para nuestra especificación y mecanismo de modelo.Nuestra previsión precisa sobre un horizonte temporal de tres días sugiere que nuestras estimaciones ajustadas para Rt son apropiadas y plausibles.Además de las estimaciones puntuales, todos evaluamos nuestros intervalos posteriores creíbles utilizando la Rhatstatistic.La estadística de Rhat mide si nuestras cadenas Markov Chain Monte Carlo (MCMC) han convergido a la distribución de equilibrio (la distribución posterior correcta).La Figura 9 muestra las estadísticas de Rhatstatistics para todos nuestros parámetrosFigura 9: Las estadísticas de Rhat - valores cercanos a 1 indican la convergencia de MCMC. La Figura 9 indica que nuestra MCMC ha convergido. 8.4 SensibilidadAnálisis8.4.1 Previsión a escala logarítmica para evaluar la señal en los datosComo hemos destacado en todo el presente informe, el desfase entre las muertes y las infecciones significa que es tiempo suficiente para que la información propague backwards de las muertes a las infecciones y, en última instancia, al Rt. Una conclusión de este informe es la predicción de una desaceleración de la Rt en respuesta a las principales intervenciones. Recuperando la intuición de que se trata de datos impulsados y no simplemente una consecuencia de modelos altamente limitados, mostramos previsiones de muerte a escala logarítmica lineal. En esta escala, una línea que curvas por debajo de una tendencia lineal es indicativa de una desaceleración en el crecimiento de la epidemia. Nuestromodelo sugiere que Italia, un país que tiene el mayor número de muertes de COVID-19, verá una desaceleración en el aumento de las muertes diarias durante la próxima semana en comparación con las primeras etapas de la epidemia. Investigamos la sensibilidad de nuestras estimaciones de inicio y final Rt a nuestra supuesta distribución de intervalos seriales. Para ello consideramos varios escenarios, en los que cambiamos la media de distribución de intervalos seriales, de un valor de 6,5 días, para tener valores de 5, 6, 7 y 8 días. En la Figura 13, mostramos nuestras estimaciones de R0, el número de reproducción inicial antes de las intervenciones, para cada uno de estos escenarios. El orden relativo de la Rt=0 en los países es consistente en todos los entornos. Sin embargo, como se esperaba, la escala de Rt=0 se ve considerablemente afectada por este cambio. Esto se debe a que para alcanzar el tamaño observado actualmente de las epidemias, un intervalo serial más largo se compensa con un R0 estimado más alto. Además, en la Figura 14, mostramos nuestras estimaciones de Rt en el momento del modelo más reciente, de nuevo para cada uno de estos escenarios.La media del intervalo serial puede influir sustancialmente en Rt, sin embargo, los intervalos posteriores de Rt se superponen ampliamente.Figura 13: Número de reproducción inicial R0 para diferentes distribuciones de intervalo serial (SI) (medias entre 5 y 8 días).Utilizamos 6,5 días en nuestro análisis principal.Figura 14: Rt el 28 de marzo de 2020 estimado para todos los países, con distribución de intervalo serial (SI) medias entre 5 y 8 días.Utilizamos 6,5 días en nuestro análisis principal. Para evitar la colinealidad, realizamos 6 modelos separados, con efectos resumidos a continuación (comparar con el análisis principal de la Figura 4). En esta serie de análisis univariados, encontramos (Figura 15) que todos los efectos por sí solos sirven para disminuir el Rt. Esto nos da confianza en que nuestra elección de la distribución previa no está impulsando los efectos que vemos en el análisis principal. Lockdown tiene un efecto muy grande, lo más probable debido a que ocurre después de otras intervenciones en nuestro conjunto de datos. Los tamaños de efecto relativamente grandes para las otras intervenciones son más probables debido a la coincidencia de las intervenciones en el tiempo, de tal manera que una intervención es un proxy para unos pocos otros. Figura 15: Efectos de diferentes intervenciones cuando se utilizan como los únicos covariables en el modelo. 8.4.4.4Para evaluar las suposiciones previas sobre nuestra forma funcional constante por pieza para Rt probamos utilizando una función a Encajamos un modelo con una distribución previa de proceso gaussiano a los datos de Italia donde hay la mayor señal en los datos de muerte. Encontramos que el proceso gaussiano tiene una tendencia muy similar al modelo constante por partes y vuelve a la media en regiones de no datos. La correspondencia de una función completamente no paramétrica y nuestra función constante por piezas sugiere una especificación paramétrica adecuada de Rt. Montaje no paramétrico de Rf usando un proceso gaussiano:8.4.5 Dejar fuera el análisis del paísDebido a las diferentes longitudes de la epidemia de cada país europeo, algunos países, como Italia tienen muchos más datos que otros (como el Reino Unido). Para asegurarnos de que no estamos aprovechando demasiada información de ningún país realizamos un análisis de sensibilidad “dejar fuera un país”, donde recorrimos el modelo sin un país diferente cada vez. La Figura 16 y la Figura 17 son ejemplos de resultados para el Reino Unido, dejando de En general, para todos los países, no observamos ninguna dependencia significativa de ningún país.Figura 16: Resultados de modelos para el Reino Unido, cuando no se utilizan datos de Italia para ajustar el modelo.Ver laFigura 17: Resultados de modelos para el Reino Unido, cuando no se utilizan datos de España para ajustar el modelo.Ver subtítulo de la Figura 2 para una explicación de las gráficas. Para resultados teóricos bien conocidos de la ecuación de renovación, dada una distribución de intervalo serie g(r) con media m y desviación estándar 5, dada a = mZ/S2 y b = m/SZ, y posteriormente R0 = (1 + %).Figura 18 muestra teóricamente derivada R0 junto con nuestras estimaciones de Rt=0 de nuestro modelo jerárquico bayesiano.Como se muestra en la Figura 18 hay una grancorrespondencia entre nuestro número de reproducción inicial estimado y el número de reproducción básica implícito por la tasa de crecimiento r.R0 (rojo) vs R(FO) (negro)Figura 18: Nuestra estimación de R0 (negro) versus Ru(rojo) teóricamente derivado de un ajuste de regresión log lineal. 8.5 Análisis contrafactual — intervenciones frente a no intervencionesFigura 19: Número diario de muertes confirmadas, predicciones (hasta el 28 de marzo) y previsiones (después) para todos los países, excepto Italia y España, de nuestro modelo con intervenciones (azul) y del modelo contrafactual sin intervenciones (rosa); los intervalos creíbles se muestran a una semana en el futuro. DOI: https://doi.org/10.25561/77731Página 28 de 3530 de marzo de 2020 Imperial College Equipo de respuesta COVID-19 8.6 Fuentes de datos y cronograma de intervencionesFigura 1 y Tabla 3 muestran las intervenciones de los 11 países en nuestro estudio y las fechas en que estas intervenciones entraron en vigor. Tabla 3: Calendario de intervenciones. País Tipo Evento Fecha efectivaCerrado escolar ordenadoCerrados escolares nacionales.20 14/3/2020Eventos públicosprohibido la celebración de reuniones de más de 5 personas.21 10/3/2020Prohibir todo acceso a espacios públicos y reunionesLockdown de más de 5 personas.Consejos para mantener 1 distancia ordenada.22 16/3/2020Desplazamiento socialalentadoRecomendación para mantener una distancia de 1m.22 16/3/2020Medidas de Austria basadas en casos Implementado en el bloqueo.22 16/3/2020Cerrado escolar ordenadoCerrados escolares nacionales.23 14/3/2020Eventos públicos Todas las actividades recreativas canceladas independientemente de la talla prohibida.23 12/3/2020Los ciudadanos deben permanecer en casa excepto para el trabajo de Lockdown y los viajes esenciales. 24 18/3/2020El transporte público sólo se recomienda para los viajes esenciales de distanciamiento social, el trabajo desde casa fomentado, todos los lugares de interés público, por ejemplo, restaurantes cerrados.23 14/3/2020Case-based Todo el mundo debe permanecer en casa si experimenta una Bélgica mide la tos o la fiebre.25 10/3/2020Cierre escolar Escuelas secundarias cerradas y universidades (escuelas de orden primario también cerradas el 16).26 13/3/2020Eventos públicos Prohibición de eventos > 100 personas, instituciones cerradas de prohibición cultural, instalaciones de ocio, etc.27 12/3/2020Prohibición de reuniones de > 10 personas en lugares públicos y todos ordenados fueron cerrados.27 18/3/2020Uso limitado del transporte público. Todas las instituciones de distancia social cultural cierran y recomiendan mantener una distancia adecuada alentada.28 13/3/2020Base de casos Todo el mundo debe permanecer en casa si experimenta una Dinamarca medidas de tos o fiebre.29 12/3/2020Cierre de escuelas ordenado Cierre de escuelas nacionales.30 14/3/2020Eventos públicosprohibidos Prohibiciones de eventos > 100 personas.31 13/3/2020Lockdown Todo el mundo tiene que permanecer en casa.Necesita un formulario de autorización autoordenada para salir de casa.32 17/3/2020Consejos de estímulo social en el momento del bloqueo.32 16/3/2020Medidas basadas en casosFrancia Consejos en el momento del bloqueo.32 16/03/2020Cierre de escuelas ordenados Nacionalmente.33 14/3/2020Eventos públicos Ninguna reunión de > 1000 personas. 34 22/3/2020Lockdown Recopilaciones de > 2 personas prohibidas, 1,5 distancias ordenadas.35 22/3/2020Desplazamiento social Evite la interacción social siempre que sea posibleAlentado recomendado por Merkel.36 12/3/2020Consejo para todos los que experimentan síntomasContacto basado en un caso de una agencia de atención de la salud para hacerse la prueba y las medidas de Alemania para entonces auto-aislarse.37 6/3/2020Cierre de escuelas ordenado Cierre de escuelas a nivel nacional.38 5/3/2020Eventos públicosprohibidos El gobierno prohíbe todos los eventos públicos.39 9/3/2020Lockdown El gobierno cierra todos los lugares públicos. Las personas ordenadas tienen que permanecer en casa excepto para los viajes esenciales.40 11/3/2020Hay que mantener una distancia de más de 1 m y se debe fomentar el distanciamiento social de cualquier otra forma de agregación alternativa.40 9/3/2020Consejo basado en casos de autoaislamiento si experimenta síntomasMedidas en Italia y cuarentena si se prueba positivo.41 9/3/2020La Dirección de Salud de Noruega cierra todas las instituciones educativas de cierre escolar.Incluidas las instalaciones ordenadas para el cuidado de los niños y todas las escuelas.42 13/3/2020Eventos públicos La Dirección de Salud prohíbe todo contacto social no necesario.42 12/3/2020Lockdown Sólo las personas que viven juntas están permitidas fuera de orden. Todo el mundo tiene que mantener una distancia de 2 metros.43 24/3/2020Desconexión social La Dirección de Salud aconseja contra todo tipo de viajes alentados y contactos sociales no necesarios.42 16/3/2020Consejo basado en un caso para aislarse por 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre.44 15/3/2020Ordenado Cierre de escuelas nacionales.45 13/3/2020Eventos públicosprohibido Prohibir todos los eventos públicos mediante bloqueo.46 14/3/2020Lockdownordenado Bloqueo de todo el país43 14/3/2020Consejo de distanciamiento social sobre distanciamiento social y trabajo en forma remota alentada desde casa.47 9/3/2020Consejo basado en un caso para autoaislarse por 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre en España47 17/3/2020Cerrado de escuelas y escuelas secundarias superiores cerrado.48 18/3/2020Eventos públicosprohibidos El gobierno prohíbe eventos > A las personas con síntomas leves se les dice que limiten el contacto social de distanciamiento social, el estímulo para trabajar desde una casa alentada.50 16/3/2020Consejo basado en un caso de auto-aislamiento si experimentan tos o Suecia mide los síntomas de fiebre.51 Cierre de la escuela ordenado No en persona hasta el 4 de abril.52 14/3/2020Eventos públicos prohibidos El gobierno prohíbe eventos > 100 personas.52 13/3/2020Reuniones ordenadas de bloqueo de más de 5 personas están prohibidas.53 2020-03-20Consejos para mantener la distancia.Todas las empresas donde el distanciamiento social no se puede realizar se han cerrado en todos los estados alentados (kantones).54 16/3/2020Consejo basado en un caso para auto-aislarse si experimentan tos o Suiza mide los síntomas de fiebre.55 2/3/2020Cierre de la escuela general. Los cuidadores de niños, las guarderías para el cierre de escuelas y las sextas formas deben seguir las directrices ordenadas.56 21/3/2020Eventos públicos prohibidos Implementados con bloqueo.57 24/3/2020Los conjuntos de más de 2 personas no pertenecientes al mismo hogar están prohibidos y sujetos a la policía.57 24/3/2020Consejos de distanciamiento social para evitar pubs, clubes, teatros y otras instituciones públicas alentadas.58 16/3/2020Consejo basado en un caso para aislarse durante 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre en el Reino Unido.59 12/3/20209 Referencias1. Li, R. et al. Infección indocumentada sustancial facilita la rápida difusión del nuevocoronavirus (SARS-CoV2). Ciencia (2020) doi:10.1126/science.abb3221. 2. Zhang, J. et al. Patrones de contacto social humano y contacto con animales en Shanghai, China 5cLRep.9,1—11(2019)3. Worldómetros.info. Hong Kong: casos de coronavirus. https://www.wo rldómetros.info/co ronavirus/country/china-hong-kong-sar/. 4. Ferguson, N. et al. Impacto de las intervenciones no farmacéuticas (NPI) para reducir la mortalidad y la demanda de asistencia sanitaria (Informe 9). https://www.imperial.ac.uk/mrc-global-infectious-disase-analysis/news--wuhan-coronavirus/. 5. Cereda, D. et al. La fase inicial del brote de COVID-19 en Lombardy, Italia. arXiv (2020). 6. Zhao, A. J. et al. Título: Respuestas anticuerpos al SARS-CoV-2 en pacientes con nuevas enfermedades por coronavirus 2019 Título breve : Respuestas anticuerpos en pacientes con COVID-19. (2020). 7. Jombart, T. et al. Inferir el número de casos de COVID-19 de muertes recientemente notificadas. medRXiV 2020.03.10.20033761(2020)doi:10.10101/2020.03.10.20033761. 8. Zhang, J. et al. Perfil de edad de susceptibilidad, mezcla y distanciamiento social dan forma a la dinámica del brote de la nueva enfermedad por coronavirus 2019 en China. (2020) doi:10.10101/2020.03.19.20039107. 9. Lourenco, J. et al. Los principios fundamentales de la propagación epidémica destacan la necesidad inmediata de realizar encuestas serológicas a gran escala para evaluar la etapa de la epidemia por SARS doi:10.1101/2020.03.24.2004229110.Naciones Unidas, Departamento de Asuntos Económicos y Sociales, División de Población. WorldPopulation Prospects 2019: Data booket. ST/ESA/SER.A/424. (2019). 11. Verity, R. et al. Estimaciones de la gravedad de la enfermedad de COVID-19. Lancet Infect Dis en la prensa (2020). 12. Walker, P. G. T. et al. Report 12: The Global Impact of COVID-19 and Strategies for Mitigation and Supresation. 13. Fraser, C. Estimating Individual and Household Reproduction Numbers in a EmergingEpidemmic. PL05 ONE 2, e758 (2007). 14. Cori, A., Ferguson, N. M., Fraser, C. & Cauchemez, S J. Epidemiol. 178, 1505-1512(2013115. Nouvellet, P. et al. Un enfoque sencillo para medir la transmisibilidad y la incidencia prevista. Epidemias 22, 29-35 (2018). 16. Cauchemez, 8., Valleron, A. J., Boelle, P. Y., Flahault, A. & Ferguson, N. M. Estimación del impacto del cierre escolar en la transmisión de la gripe a partir de datos Sentinel. Nature 452, 750-754 (2008). 17. Bellman, R. & Harris, T. On Age-Dependent Binary Branking Processes. Ann. Math. 55, 280-295(1952118. Bellman, R. & Harris, T. E. Sobre la teoría de los procesos de ramificación estocásticos dependientes de la edad. Proc. Nat 34, 601-604 (1948). 19. Stan Development Team. 2018. The Stan Core Library, versión 2.18.0. http://mc-stan.org. 20. Bundesministerium. Coronavirus (COVID-19): Status quo — Schulen, Hochschulen,Universitaten und Forschungsinstitutionen. https://www.bmbwf.gv.at/Ministerium/Informationspflicht/corona/corona_status.html. 21. Henley, J. Coronavirus: Los Estados de la Unión Europea promulgan medidas duras para la propagación del tallo. The Guardianhttps://www.theguardian.com/world/200/mar/10/coranonavirus-varios-estados-eu-states-ban-masa-mass-as-pos-italian-lockdown (20 25. Servicio Público Federal. Protéjase y proteja a los demás. https://www.info-coronavirus.be/en/2020/03/10/protege-y-protege-the-others/ (2020). 26. Wikipedia. 2020 pandemia de coronavirus en Dinamarca. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/2020_coronavirus_pandemic_in_Dinamarca. 27. Stephensen, Emma Kinker; Hansen, T. S. Danmark lukker ned: Her er regeringens nye basculag. TV2 https://nyheder.tv2.dk/samfund/2020-03-11-danmark-lukker-ned-er-regeringens-nye-tiltag(2020128. Politi. Nye illbag mod covid-19. Politi https://politi.dk/coronavirus-i-danmark/seneste-nyt-fra-myndighederne/nye-tiltag-mod-covid-19 (2020). 29. Styrelsen for Patientsikkerhed. Indberetning om covid-19zlnformation om mulighed forp\aabud til enkeltpersoner (coronavirus/covid-19). https://stps.dk/da/ansvar-og-retningslinjer/vejledning/indberetning-om-covid-19/#. 30. Wikipedia. 2020 coronavirus pande in France. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/2020_coronavirus_pandemic_in_France. 31. Francia prohíbe las reuniones de más de 100 personas a medida que aumenta el número de muertes por coronavirus -The Local. The Local https://www.thelocal.fr/20200313/france-bans-recopilations-of-over-100-people-to-fight-coronavirus-pandemic (2020). 32. Henley, Jon; Willsher, Kim; Kassam, A. Coronavirus: Francia impone un bloqueo cuando la UE pide una prohibición de viajar de 30 días. The Guardian https://www.theguardian.com/world/2020/mar/16/coronavirus-spain-takes-over-privado-healthcare-amid-more-euro-pean-lockdowns (2020). 33. Wikipedia. 2020 coronavirus pande in Germany. Fundación Wikimediahttps://en.wi 34. BMI. Coronavirus: Fragen und Antworten. Bundesministerium des Innern,fur Bau und Heimathttps://web.archive.org/web/20200317073042/https://www.bmi.bund.de/SharedDocs/faqs/DE/themen/bevoelkerungssschutz/coranavirus/coranavirus-faqs.htmI#doc13738352bodyText7. 35. Noticias de la BBC. Coronavirus: Alemania endurece los frenos y prohíbe las reuniones de más de dos personas. BBCNews https://www.bbc.co.uk/news/world-europe-51999080 (2020). 36. Bundesregierung. Kanzlerin trifft Regierungschefs der Lander Sozialkontakte https://www.bundesregierung.de/breg-de/themen/coranavirus/mpk-1730186(2020)37. Robert Koch Institut. Antworten auf haufig gestellte Fragen zum Coronavirus SARS-CoV-2. Robert Koch Instituthttps://web.archive.org/web/20200312004624/https://www.rki.de/SharedDocs/FAQ/NCOV2019/FAQ_Liste.html (2020). 38. Ministero della Salute. Governo anuncia sospensione dell’attivita didattica dal 5 a15 marzo. Ministero della Salutehttp://www.salute.gov.it/portale/nuovocoronavirus/dettaglioVideoNuovoCoronavirus.jsp?lingua=italiano&menu=multimedia&p=video&id=2052 (2020). 39. CNN. Italia prohíbe los viajes y cancela todos los actos públicos en su región septentrional. CNNhttps://edition.cnn.com/2020/03/08/europe/italy-coranavirus-lockdown-europe-intl/index.html(2020). Attualita. Coronavirus: parada de un pub, cine, teatro e discoteche anche a Roma. Ecco cosaprevede il nuovo decreto. Roma Today https://www.romatoday.it/attualita/coranavirus-pub-cinema-teatri-locali-chiusi-nuovo-decreto.html (2020). 41. Gazzetta Ufficiale. DECRETO DEL PRESIDENTE DEL CONSIGLIO DEL MINISTRI. Gazzetta Ufflclalehttps://www.gazzettaufficiale.it/eli/id/20/03/08/20A01522/sg (2020). 42. Helsedirektoratet. La Dirección de Salud de Noruega ha adoptado la decisión de cerrar las escuelas y otras instituciones educativas. Hellem-Hansen, Viktoria L.; Tandstad, B. Folkehelseinstituttet mener23.000 kan vaere smittet. NRK https://www.nrk.no/norge/folkehelseinstituttet-mener-23.000-kan-vaere-smittet-1.14958149 (2020). 44. Gobierno de Norweigen. regjeringen.no https://www.regjeringen.no/en/aktuelt/the-government-is-esestableciendo-clear-cuarantine-and-aislation-rules/id2693647/ (2020). 45. Wikipedia. 2020 coronavirus pandemic in Spain. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/20_coronavirus_pandemic_in_Spain. 46. Gabinete de Prensa. El Gobierno anuncia nuevas medidas para eliminar la extensión del nuevo coronavirus COVID-19. Gobierno de Españahttps://www.mscbs.gob.es/gabinete/notasPrensa.do?id=4807 (2020). 47. Gabinete de Prensa. El Consejo Interterritorial del SNS alcanza medidas concretas para zonascon transmisión comunitaria de coronavirus. Gobierno de Españahttps://www.mscbs.gob.es/gabinete/notasPrensa.do?id=4806 (2020). 48. Folkhalsomyndigheten.se/nyheter-och-press/nyhetsarkiv/2020/mars/larosaten-och-gymnasieskolor-uppmanas-nu-att-bedriva-distansundervisning(2020). El local. Suecia prohíbe grandes eventos para detener la propagación del coronavirus. El localhttps://www.theloca.se/20200311/sweden-to-ban-large-public-coronavirus-over-coronavirus (2020). 50. Radosevich. Estocolmoers instados a trabajar desde casa como comunidad COVID-19 se extendió confirmado. Sveriges Radiohttps://sverigesradio.se/sida/artikel.aspx?programid=2054&artikel=7430511(2020). Folkhdlsomyndigheten https://www.folkhalsomyndigheten.se/nyheter-och-press/nyhetsarkiv/2020/mars/flera-tecken-pa-samhallsspridning-av-covid-19-i-sverige/ (2020). 52 Bundesamt fur Gesendheit BAG. Bundesrat verscharft Massnahmen gegen das Coronaviruszum Schutz der Gesundheit und unterstUtzt betroffene Branchen. Schweizerische Eidgenossenschafthttps://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg-id-78437.html( Coronavirus: Bundesrat verbietet Ansammlungen von mehrals fUnf Personen. Schweizerische Eidgenossenschaft https://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg-id-78513.html (2020). 54. Bundesamt fur Gesundheit BAG. Coronavirus: Bundesrat erklart die «ausserordentliche Lage»und verscharft die Massnahmen. Schweizerische Eidgenossenschafthttps://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg- Neue Hygiene- und Verhaltensregeln zum Schutz gegen dasneue Coronavirus. Schweizerische Eidgenossenschaft https://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/a ktuell/medienmitteilungen.msg-id-78304.html (2020). 56. Gobierno del Reino Unido, D. for E. Schools, colleges and early ambients to close. Gobierno del Reino Unidohttps://www.gov.uk/government/news/schools-colleges-and-ears-settings-to-close (2020). 57. Gobierno del Reino Unido. Discurso del Primer Ministro a la nación sobre el coronavirus: 23 de marzo de 2020. Gobierno del Reino Unidohttps://www.gov.uk/government/speeches/pm-address-to-the-nation-on-coronavirus-23-march-2020(2020158. Boycott-Owen, Mason; Bowman, Verity; Kelly-Linden, Jordan; Gartner, A. G. H. S. T.Coronavirus: Boris Johnson encierra al Reino Unido a medida que el número de muertos llega a 55. The Telegraphhttps://www.telegraph.co.uk/global-health/science-and- disease/coronavirus-news-uk-latest-update-covid-19-death-toll-cases/ (2020). BBC Newshttps://www.bbc.co.uk/news/uk-51857856 (2020).

¿Cuál es el desfase entre el momento en que se producen los cambios de transmisión y el momento en que se puede observar su impacto en las tendencias de la mortalidad?

Estimando el número de infecciones y el impacto de las intervenciones no farmacéuticas en el COVID-19 en 11 países europeos30 marzo 2020 Imperial College COVID-19 Response TeamSeth Flaxmani Swapnil Mishra*, Axel Gandy*, H JulietteT Unwin, Helen Coupland, Thomas A Mellan, HarrisonZhu, Tresnia Berah, Jeffrey W Eaton, Pablo N P Guzman, Nora Schmit, Lucia Cilloni, Kylie E C Cuomo—Dannenburg, Amy Dighe, Bimandra Djaafara, Ilaria Dorigatti, Sabine van Elsland,Rich Fitz, Han Fu, Katy Gaytorpe, Gendarme, Peter Geidelberg, Wi Green, Timothy Hallett, Arranmlet, Weinsland, EE.UU., EE.UU En respuesta, muchos países europeos han puesto en marcha intervenciones no farmacéuticas sin precedentes, como el aislamiento de casos, el cierre de escuelas y universidades, la prohibición de reuniones masivas o actos públicos, y, más recientemente, una ampliadistribución social a escala local y nacional, incluidos los bloqueos.En este informe, utilizamos un modelo jerárquico bayesiano semimecanicista para tratar de deducir el impacto de estas intervenciones en 11 países europeos.Nuestros métodos suponen que los cambios en el número productivo —una medida de transmisión— son una respuesta inmediata a estas intervenciones en lugar de cambios graduales más amplios en el comportamiento.Nuestro modelo estima estos cambios calculando hacia atrás de las muertes observadas a lo largo del tiempo para estimar la transmisión que ocurrió varias semanas antes, permitiendo el lapso entre la infección y la muerte.Una de las principales suposiciones del modelo es que cada intervención tiene el mismo efecto en el número de producción en todos los países y en el tiempo. Esto nos permite aprovechar una mayor cantidad de datos en toda Europa para estimar estos efectos. También significa que nuestros resultados están fuertemente impulsados por los datos de países con epidemias más avanzadas, y las intervenciones anteriores, como Italia y España. Encontramos que el lento crecimiento de las muertes diarias reportadas en Italia es consistente con un impacto significativo de las intervenciones implementadas varias semanas antes. En Italia, estimamos que el número de reproducción efectiva, Rt, cayó a cerca de 1 alrededor de la época de Iockdown (11 de marzo), aunque con un alto nivel de incertidumbre. En general, estimamos que los países han logrado reducir su número de reproducción. Nuestras estimaciones tienen amplios intervalos creíbles y contienen 1 para los países que han implementado intervenciones consideradas en nuestro análisis. Esto significa que el número de reproducción puede estar por encima o por debajo de este valor. Dado que las intervenciones actuales se mantienen al menos hasta finales de marzo, estimamos que las intervenciones en los 11 países habrán evitado 59.000 muertes hasta el 31 de marzo[intervalo creíble del 95%: 21.000-120.000].Muchas más muertes se evitarán garantizando que las intervenciones permanezcan en vigor hasta que la transmisión disminuya a niveles bajos.Estimamos que, en los 11 países entre 7 y 43 millones de personas se han infectado con el SARS-CoV-Z hasta el 28 de marzo, lo que representa entre el 1,88% y el 11,43% de la población.Se estima que la proporción de la población infectada hasta la fecha —la tasa de ataque— es la más alta en España seguida por Italia y la más baja en Alemania y Noruega, lo que refleja las etapas relativas de las epidemias.Dado el retraso de 2-3 semanas entre el momento en que se producen los cambios de transmisión y cuando su impacto puede observarse en las tendencias de mortalidad, Si las intervenciones en países en las etapas más tempranas de su epidemia, como Alemania o el Reino Unido, son más o menos eficaces de lo que eran en los países con epidemias avanzadas, en los que nuestras estimaciones se basan en gran medida, o si las intervenciones han mejorado o han empeorado con el tiempo, nuestras estimaciones del número de reproducción y las muertes evitadas cambiarían en consecuencia. Por lo tanto, es fundamental que las intervenciones actuales sigan en vigor y las tendencias en los casos y muertes se monitoricen de cerca en los próximos días y semanas para garantizar que la transmisión del SARS-Cov-Z se esté desacelerando. Imperial College London (2020), doi:https://doi.org/10.25561/777311 IntroducciónTras la aparición de un nuevo coronavirus (SARS-CoV-Z) en Wuhan (China) en diciembre de 2019 y su propagación mundial, han surgido en Europa grandes epidemias de la enfermedad, causadas por el virus denominado COVID-19. En respuesta al creciente número de casos y muertes, y para mantener la capacidad de los sistemas de salud para tratar tantos casos graves como sea posible, los países europeos, como los de otros continentes, han implementado o están en proceso de aplicar medidas para controlar susepidemias. Estas intervenciones no farmacéuticas a gran escala varían de un país a otro, pero incluyen distanciamiento social (como la prohibición de grandes reuniones y el asesoramiento a las personas para que no socialicen fuera de sus hogares), cierres de fronteras, cierres de escuelas, medidas para aislar a las personas sintomáticas y sus contactos, y bloqueos a gran escala de poblaciones con todos los viajes internos menos esenciales prohibidos.Entender, en primer lugar, si estas intervenciones están teniendo el impacto deseado de controlar la epidémica y, en segundo lugar, qué intervenciones son necesarias para mantener el control, es crítico dada su gran coste económico y social.El objetivo clave de estas intervenciones es reducir el número de reproducción eficaz, Rt, de la infección, una cantidad epidemiológica fundamental que representa el número medio de infecciones, en el momento t, por caso infectado durante el curso de su infección. Si Rt es mayor que 1, las infecciones aumentarán (dependiendo de cuánto mayor que 1 el número de reproducción es) hasta los picos tepidémicos y eventualmente disminuye debido a la adquisición de inmunidad de rebaños. En China, las estrictas restricciones de movimiento y otras medidas incluyendo aislamiento de casos y cuarentena comenzaron a introducirse a partir del 23 de enero, lo que logró una tendencia a la baja en el número de nuevos casos confirmados durante febrero, resultando en cero nuevos casos indígenas confirmados en Wuhan para el 19 de marzo. Los estudios han calculado cómo cambió Rt durante este tiempo en diferentes áreas de China desde alrededor de 2-4 durante la epidemia incontrolada hasta menos de 1, con una disminución estimada de 7-9 veces en el número de contactos diarios por persona.1'2 Medidas de control tales como distanciamiento social, pruebas intensivas y rastreo de contacto en otros países como Singapur y Corea del Sur han reducido con éxito la incidencia de casos en las últimas semanas, aunque existe un riesgo de que el virus se propague de nuevo una vez que las medidas de control se relajen.3'4La epidemia comenzó un poco más tarde en Europa, a partir de enero o más tarde en diferentes regiones.5 Los países han aplicado diferentes combinaciones de medidas de control y es probable que el nivel de cumplimiento de las recomendaciones gubernamentales sobre distanciamiento social varíe entre países, en parte debido a diferentes niveles de aplicación. La estimación de los números de reproducción para el SARS-CoV-Z presenta desafíos debido a la alta proporción de infecciones no detectadas por los sistemas de salud"7 y a los cambios regulares en las políticas de pruebas, lo que da lugar a proporciones indiferentes de infecciones detectadas a lo largo del tiempo y entre los países.La mayoría de los países hasta ahora sólo tienen la capacidad de probar una pequeña proporción de casos sospechosos y las pruebas están reservadas para pacientes con enfermedades graves o para grupos de alto riesgo (por ejemplo, contactos de casos).Por lo tanto, el análisis de los datos de los casos da una visión sistemáticamente sesgada de las tendencias.Una forma alternativa de estimar el curso de la epidemia es volver a calcular las infecciones derivadas de las muertes observadas. Si bien las tendencias recientes de las muertes serán, por tanto, informativas, hay un retraso en la observación del efecto de las intervenciones en las muertes, ya que hay un período de 2 a 3 semanas entre lainfección, el inicio de los síntomas y el resultado.En este informe, encajamos un nuevo modelo mecánico bayesiano del ciclo de infección en las muertes observadas en11 países europeos, inferiendo límites plausibles superiores e inferiores (intervalos creíbles bayesianos) de la población total infectada (tasas de ataque), probabilidades de detección de casos y el número de reproducción a lo largo del tiempo (Rt).Ajustamos el modelo conjuntamente a los datos de COVID-19 de todos estos países para evaluar si hay pruebas de que las intervenciones han tenido éxito hasta ahora en reducir la Rt por debajo de 1, con la fuerte suposición de que las intervenciones particulares están logrando un impacto similar en diferentes países y de que la La mayoría de las intervenciones se iniciaron alrededor del 12 al 14 de marzo. Analizamos los datos sobre las muertes hasta el 28 de marzo, dando un margen de 2-3 semanas para estimar el efecto de las intervenciones. Actualmente, la mayoría de los países en nuestro estudio han implementado todas las intervenciones no farmacéuticas importantes. Para cada país, modelamos el número de infecciones, el número de muertes y el número de reproducciones efectivas a lo largo del tiempo, con Rt cambiando sólo cuando se introduce una intervención (Figura 2-12). Rt es el número medio de infecciones secundarias por individuo infectado, asumiendo que las intervenciones que se realizan en el momento t permanecen en el lugar durante todo su período infeccioso. Cada país tiene su propio número de reproducción inicial Rt antes de que se lleven a cabo las intervenciones. Se supone que las intervenciones específicas tienen el mismo impacto relativo en Rt en cada país cuando se introdujeron allí y están informadas por los datos de mortalidad en todos los países. Figura l: Cronogramas de intervención para los 11 países europeos incluidos en el análisis.Para más detalles, véase el apéndice 8.6.2 2.1.Números reales estimados de infecciones y tasas actuales de ataqueEn todos los países, estimamos que hay órdenes de magnitud menos infecciones detectadas (Figu En Italia, nuestros resultados sugieren que, acumulativamente, 5.9 [1,9-15,2] millones de personas han sido infectadas al 28 de marzo, dando una tasa de ataque del 9,8% [3,2%-25%] de la población (Tabla 1). España ha visto recientemente un gran aumento en el número de muertes, y dada su menor población, nuestro modelo estima que una mayor proporción de la población, 15,0% (7,0 [18-19] millones de personas) han sido infectadas hasta la fecha. Alemania se estima que tiene una de las tasas de ataque más bajas en el 0,7% con 600.000[240,000-1,500.000] personas infectadas. Imperial College COVID-19 Response TeamTabla l: Modelo posterior estimaciones del porcentaje de la población infectada al 28 de marzo de 2020. País % de la población total infectada (media [intervalo creíble del 95%l)Austria 1,1% [0,36%-3,1%]Bélgica 3,7% [1,3%-9,7%]Dinamarca 1,1% [0,40%-3,1%]Francia 3,0% [1,1%-7,4%]Alemania 0,72% [0,28%-1,8%]Italia 9,8% [3,2%-26%]Noruega 0,41% [0,09%-1,2%]España 15% [3,7%-41%]Suecia 3,1% [0,85%-8,4%]Suiza 3,2% [1,3%-7,6%]Reino Unido 2,7% [1,2%-5,4%]2,2 Números de reproducción e impacto de las intervencionesAveriguados en todos los países, estimamos que los números de reproducción inicial rondan los 3,87 [3,01-4,66], lo que está en consonancia con otras estimaciones.1'8 Estas estimaciones se basan en nuestra elección de la distribución entre intervalos seriales y la tasa de crecimiento inicial de Un intervalo serial más corto supone un menor número de reproducción inicial (Apéndice 8.4.2, Apéndice 8.4.6).Los números de reproducción inicial también son inciertos debido a que: a) la importación es la fuente dominante de nuevas infecciones al principio de la epidemia, en lugar de la transmisión local (b) la posible incertidumbre en las muertes, particularmente antes de que se generalizaran las pruebas.Estimamos que los grandes cambios en la Rt en respuesta a las intervenciones combinadas no farmacéuticas.Nuestros resultados, impulsados en gran parte por países con epidemias avanzadas y un mayor número de muertes (por ejemplo, Italia, España), sugieren que estas intervenciones han tenido conjuntamente un impacto sustancial en la transmisión, medidos por los cambios en el número de reproducción estimado Rt. En todos los países encontramos estimaciones actuales de Rt que van desde una media posterior de 0,97 [0,14-2,14] para Noruega a una media a posteriori de 2,64 [1,40-4,18] para Suecia, con un promedio de 1,43 en los 11 países a posteriori, una reducción del 64% en comparación con los valores de pre-intervención. Observamos que estas estimaciones son consistentes en que el impacto de la intervención es el mismo en diferentes países y en diferentes épocas. En todos los países excepto Suecia, con las mismas suposiciones, estimamos que el número de reproducción actual incluye 1 en el rango de incertidumbre. El número de reproducción estimado para Suecia es mayor, no porque las tendencias de mortalidad son significativamente diferentes de cualquier otro país, sino como un artefacto de nuestro modelo, que supone una reducción menor en Rt porque no se ha ordenado un bloqueo completo en la medida. En general, aún no podemos concluir si las intervenciones actuales son suficientes para lograr que Rt sea inferior a 1 (posterior probabilidad de ser inferior a 1,0 es un 44% en promedio en todos los países). También no podemos concluir si las intervenciones pueden ser diferentes entre países o con el tiempo. Sigue habiendo un alto nivel de incertidumbre en estas estimaciones.Es demasiado pronto para detectar un impacto sustancial de la intervención en muchos países en etapas anteriores de su epidemia (por ejemplo, Alemania, Reino Unido, Noruega).Muchas intervenciones se han producido sólo recientemente, y sus efectos aún no se han observado plenamente debido al retraso entre la infección y la muerte.Esta incertidumbre reducirá a medida que se disponga de más datos.Para todos los países, nuestro modelo se ajusta bien a los datos de muertes observadas (pruebas de bondad de la adecuación bayesiana).También descubrimos que nuestro modelo puede predecir de manera fiable las muertes diarias 3 días en el futuro, reteniendo los últimos 3 días de datos Sin embargo, al realizar un análisis de sensibilidad (Apéndice 8.4.3) con distribuciones previas sin información (donde las intervenciones pueden aumentar las muertes) encontramos un impacto similar de las intervenciones del equipo de respuesta del Colegio Imperial COVID-19, que muestra que nuestra elección de la distribución previa no está impulsando los efectos que vemos en el análisis principal.Figura 2: Estimaciones a nivel de país de infecciones, muertes y Rt. Izquierda: número diario de infecciones, marronbars se reportan infecciones, bandas azules son infecciones predichas, intervalo creíble de azul oscuro 50% (IC), azul claro 95% IC. El número de infecciones diarias estimadas por nuestro modelo disminuye inmediatamente después de una intervención, ya que suponemos que todas las personas infectadas se vuelven inmediatamente menos infecciosas a través de la intervención. Medio: número diario de muertes, barritas marrones se reportan muertes, bandas azules se predicen muertes, Cias en la parcela izquierda. Derecha: número de reproducción variable en el tiempo Rt, verde oscuro 50% IC, verde claro 95% IC. Iconos son intervenciones mostradas en el momento en que ocurrieron. Imperial College COVID-19 Response TeamTabla 2: Muertes previstas totales desde el inicio de la epidemia hasta el 31 de marzo en nuestro modelo y en un modelo contrafactual (suponiendo que no hubo intervención).Estimadas muertes evitadas durante este período como resultado de las intervenciones.Números entre paréntesis son intervalos creíbles del 95%. 2.3 Impacto estimado de las intervenciones en las muertesLa Tabla 2 muestra el total de muertes previstas desde el comienzo de la epidemia hasta el 31 de marzo bajo nuestro modelo ajustado y bajo el modelo contrafactual, que predice lo que habría ocurrido si no se implementaran intervenciones (y R, En Italia y España, donde la epidemia está avanzada, se han evitado 38.000 muertes [13.000-84.000] y 16.000 [5400-35.000], respectivamente. Incluso en el Reino Unido, que es mucho más temprano en su epidemia, se han evitado 370 [73-1,000] muertes, que sólo dan lugar a las muertes evitadas que habrían ocurrido hasta el 31 de marzo. Si se incluyeran las muertes de individuos actualmente infectados en ambos modelos, lo que podría ocurrir después del 31 de marzo, las muertes evitadas serían sustancialmente más altas. Figura 3: Número diario de muertes confirmadas, predicciones (hasta el 28 de marzo) y previsiones (después) para (a)Italia y (b) España de nuestro modelo con intervenciones (azul) y del modelo sin intervencionescontrafactuales (rosa); los intervalos creíbles se muestran una semana en el futuro. Otros países se muestran en el Apéndice 8.6. 03/0 25% 50% 753% 100%(sin efecto sobre la transmisibilidad) (final de la transmisibilidadReducción porcentual en R.Figura 4: Nuestro modelo incluye cinco covariables para intervenciones gubernamentales, ajustando para si la intervención fue la primera realizada por el gobierno en respuesta a COVID-19 (rojo) o fue posterior a otras intervenciones (verde).Se muestra una reducción porcentual relativa media en Rt con intervalos creíbles posteriores al 95%.Si se logra una reducción del 100%, Rt = 0 y no hay mástransmisión de COVID-19.No hay efectos significativamente diferentes de los de otras intervenciones, probablemente debido al hecho de que muchas intervenciones ocurrieron en el mismo día o en días de cada una como se muestra en la Figura l.3 DiscusiónDurante esta fase temprana de medidas de control contra el nuevo coronavirus en Europa, analizamos tendencias en el número de muertes para evaluar la medida en que se está reduciendo la transmisión Al representar el proceso de infección por COVID-19 utilizando un modelo jerárquico semimecánico, conjunto y bayesiano, podemosreducir las tendencias observadas en los datos de muertes y podemos pronosticar con precisión en cortos horizontes de tiempo.Estimamos que ha habido muchas más infecciones de las que se reportan actualmente.El alto nivel de incertidumbre de infecciones que estimamos aquí es probable debido al enfoque en pruebas en entornos hospitalarios más que en la comunidad.A pesar de esto, sólo una pequeña minoría de individuos en cada país han sido infectados, con una tasa de ataque en promedio del 4,9% [l,9%-l%] con una considerable variación entre países (Tabla 1).Nuestras estimaciones implican que las poblaciones en Europa no están cercanas a la inmunidad de rebaños ("50-75% si R0 es 2-4).Además, con los valores de Rt disminuyendo sustancialmente, la tasa de adquisición de inmunidad de rebaños se ralentizará rápidamente. Esto implica que el virus será capaz de propagarse rápidamente en caso de que se levanten las intervenciones.Tales estimaciones de la tasa de ataque hasta la fecha deben ser validadas con urgencia por pruebas de anticuerpos recientemente desarrolladas en encuestas de población representativas, una vez que éstas estén disponibles.Estimamos que las intervenciones no farmacéuticas importantes han tenido un impacto sustancial en el número de reproducción que varía en el tiempo en los países donde ha habido tiempo para observar los efectos de la intervención en las tendencias de las muertes (Italia, España). Debido a la rápida sucesión de intervenciones en muchos países, no se dispone de datos suficientes para estimar el tamaño del efecto individual de cada intervención, y desalentamos la atribución de asociaciones a la intervención individual.En algunos casos, como Noruega, donde todas las intervenciones se ejecutaron a la vez, estos efectos individuales son por definición no identificables.A pesar de esto, aunque no se pueden determinar los impactos individuales, su impacto conjunto estimado está fuertemente justificado empíricamente (véase el apéndice 8.4 para el análisis de sensibilidad).Si bien el crecimiento de las muertes diarias ha disminuido, debido a la diferencia entre las infecciones y las muertes, es de esperar un aumento continuo de las muertes diarias durante algún tiempo.Para comprender el impacto de las intervenciones, nos ajustamos a un modelo contrafactual sin las intervenciones y lo comparamos con el modelo real.Consideramos Italia y el Reino Unido -dos países en etapas muy diferentes de sus epidemias.Para el Reino Unido, donde las intervenciones son Los resultados sugieren que las intervenciones tendrán un gran impacto en las infecciones y muertes a pesar del aumento de ambos.Para Italia, donde ha pasado mucho más tiempo desde que se han implementado las intervenciones, está claro que el modelo sin intervenciones no encaja bien con los datos, y no puede explicar la reducción sublineal (en la escala logarítmica) de las muertes (véase la figura 10).El modelo contrafactual para Italia sugiere que, a pesar de la creciente presión sobre los sistemas de salud, las intervenciones han evitado una catástrofe sanitaria en la que el número de nuevas muertes habría sido 3,7 veces mayor (38.000 muertes evitadas) de lo que se observa actualmente.Incluso en el Reino Unido, mucho antes de su epidemia, se prevé que las recientes intervenciones evitarán 370 muertes totales hasta el 31 de marzo. Dados los índices de mortalidad por infecciones observadas y la epidemiología de la COVID-19, las intervenciones no farmacéuticas importantes han tenido un impacto sustancial en la reducción de la transmisión en los países con epidemiologías más avanzadas. Es demasiado pronto para estar seguros de que se verán reducciones similares en los países en las etapas anteriores de su epidemia. Si bien no podemos determinar qué conjunto de intervenciones han tenido más éxito, ya podemos ver cambios en las tendencias de nuevas muertes. Cuando se pronostican 3 días y se examina toda la epidemia, el número de muertes evitadas es sustancial. Observamos que se está produciendo una innovación sustancial, y nuevas intervenciones o refinamientos más eficaces de las intervenciones actuales, junto con cambios de comportamiento, contribuirán aún más a la reducción de las infecciones. No podemos decir con certeza que las medidas actuales hayan controlado la epidemia en Europa; sin embargo, si continúan las tendencias actuales, hay razones para el optimismo. Proponemos una estructura plausible para el proceso de infección y luego estimamos los parámetros empíricamente. Sin embargo, muchos parámetros tuvieron que ser dados fuertes distribuciones previas o tenían que ser fijados. Para estas suposiciones, hemos proporcionado citas relevantes a estudios previos. A medida que se disponga de más datos y surjan mejores estimaciones, actualizaremos estos reportes quincenales. Nuestra elección de la distribución de intervalos seriales influye fuertemente en la distribución previa para el inicio de R0. Nuestra relación de mortalidad por infección y distribuciones de infección a muerte influyen fuertemente en la tasa de muerte y por lo tanto el número estimado de casos subyacentes verdaderos. También suponemos que el efecto de las intervenciones es el mismo en todos los países, lo cual puede no ser totalmente realista. Esto implica que los países con intervenciones tempranas y más muertes ya que estas intervenciones (por ejemplo, Italia, España) influyen fuertemente en las estimaciones del impacto de la intervención en los países en las etapas más tempranas de Hemos intentado crear definiciones coherentes de todas las intervenciones y documentar detalles al respecto en elApéndice 8.6. Sin embargo, invariablemente habrá diferencias de un país a otro en la fuerza de su intervención, por ejemplo, la mayoría de los países han prohibido la reunión de más de 2 personas cuando se aplica un bloqueo, mientras que en Suecia el gobierno sólo prohibió la reunión de más de 10 personas. Estas diferencias pueden distorsionar los impactos en países con muy pocos datos. Creemos que nuestra incertidumbre puede cubrir en cierto grado estas diferencias, y a medida que se disponga de más datos, loscoeficientes deberían ser más fiables. Sin embargo, a pesar de estas fuertes suposiciones, hay suficiente señal en los datos para estimar los cambios en R, (véase el análisis de sensibilidad reportado en el Apéndice 8.4.3) y esta señal se incrementará con el tiempo. En nuestro marco jerárquico bayesiano, cuantificamos robustamente la incertidumbre en nuestras estimaciones de parámetros y predicciones posteriores. Esto se puede ver en los intervalos creíbles más amplios de los últimos días, en los que se dispone de pocos o ningún dato sobre la muerte para informar las estimaciones. Además, predecimos el impacto de la intervención a nivel nacional, pero puede haber diferentes tendencias en diferentes partes de cada país.Por ejemplo, la epidemia en el norte de Italia estaba sujeta a controles antes que el resto del país.5DatosNuestro modelo utiliza datos diarios sobre la mortalidad en tiempo real del ECDC (Centro Europeo de Control de Enfermedades), donde catalogamos datos de casos de 11 países europeos que actualmente padecen la epidemia: Austria, Bélgica, Dinamarca, Francia, Alemania, Italia, Noruega, España, Suecia, Suiza y Reino Unido.El ECDC proporciona información sobre casos confirmados y muertes atribuibles a COVID-19.Sin embargo, los datos de casos son muy poco representativos de la incidencia de infecciones debido a la infrarreportación, así como a cambios sistemáticos y específicos de países Nosotros, por lo tanto, utilizamos sólo las muertes atribuibles a COVID-19 en nuestro modelo; no utilizamos las estimaciones de casos de ECDC en absoluto.Si bien las muertes observadas todavía tienen cierto grado de falta de fiabilidad, de nuevo debido a cambios en los informes y las pruebas, creemos que los datos son de suficiente fidelidad al modelo.Para los recuentos de población, utilizamos los recuentos desglosados por edad de la UNPOP.10También catalogamos datos sobre la naturaleza y el tipo de intervenciones no farmacéuticas importantes.Miramos las páginas web gubernamentales de cada país, así como sus páginas web oficiales de información y división de salud pública para identificar los últimos consejos/leyes que emiten el gobierno y las autoridades sanitarias públicas.Recopilamos lo siguiente:Se ordenó el cierre de la escuela: Esta intervención se refiere a los cierres extraordinarios de escuelas a nivel nacional que en la mayoría de los casos se refieren al cierre de escuelas primarias y secundarias (para la En el caso de Dinamarca y Suecia, permitimos el cierre parcial de las escuelas sólo en las escuelas secundarias. La fecha del cierre de la escuela se considera como la fecha efectiva en que las escuelas comenzaron a cerrarse (si este era un lunes, la fecha utilizada era la de los sábados anteriores, ya que alumnos y estudiantes se quedaron efectivamente en casa a partir de esa fecha). Medidas basadas en casos. Esta intervención comprende recomendaciones o leyes sólidas al público en general y a la atención primaria sobre el autoaislamiento al mostrar síntomas similares al COVID-19.Estos incluyen también programas nacionales de pruebas en los que las personas pueden someterse a pruebas y posteriormente autoaislarse. Nuestra definición se limita al asesoramiento del gobierno nacional a todas las personas (por ejemplo, el Reino Unido) o a toda atención primaria y excluye únicamente el asesoramiento regional.Estos no incluyen intervenciones en fase de contención como el aislamiento si regresan de un país epidémico como China. Se ha fomentado el distanciamiento social: Como una de las primeras intervenciones contra la propagación de la pandemia COVID-19, muchos gobiernos han publicado consejos sobre distanciamiento social, incluyendo la recomendación de trabajar desde el hogar siempre que sea posible, reduciendo el uso del transporte público y todos los demás contactos no esenciales.Las fechas utilizadas son aquellas en las que el distanciamiento social ha sido recomendado oficialmente por el gobierno; el consejo puede incluir mantener una distancia física recomendada de otros. Decretado el bloqueo: Hay varios escenarios diferentes a los que los medios de comunicación se refieren como bloqueo. Como definición general, consideramos regulaciones/legislaciones relativas a una estricta interacción social cara a cara: incluyendo la prohibición de cualquier reunión pública no esencial, el cierre de instituciones educativas y públicas/culturales, ordenando a las personas a permanecer en casa aparte del ejercicio y las tareas esenciales.Incluimos casos especiales en los que no se mencionan explícitamente en los sitios web del gobierno, sino que son Las fechas utilizadas son las fechas efectivas en que se han implementado estas legislaciones. Observamos que el bloqueo abarca otras intervenciones previamente implementadas. Primera intervención: Como muestra la Figura 1, los gobiernos europeos han escalado las intervenciones rápidamente, y en algunos ejemplos (Noruega/Dinamarca) han implementado todas estas intervenciones en un solo día. Por lo tanto, dada la autocorrelación temporal inherente a la intervención gubernamental, incluimos covariable abinaria para la primera intervención, que puede interpretarse como una decisión gubernamental de tomar medidas importantes para controlar COVID-19. Una lista completa de las fechas de estas intervenciones y las fuentes que hemos utilizado se puede encontrar en el Apéndice 8.6. 6 Métodos ResumenUn resumen visual de nuestro modelo se presenta en la Figura 5 (detalles en los Apéndices 8.1 y 8.2). El código de replicación está disponible en https://github.com/mperiaCollegeLondres/covid19model/releases/tag/vl.0Ajustamos nuestro modelo a las muertes observadas de acuerdo con los datos de ECDC de 11 países europeos.Las muertes modeladas se basan en una distribución de infección a inicio (tiempo desde la infección hasta el inicio de los síntomas), una distribución de inicio a muerte (tiempo desde el inicio de los síntomas hasta la muerte) y la relación de mortalidad por infección media de la población (ajustada para la estructura de edad y los patrones de contacto de cada país, véase el Apéndice).Debido a estas distribuciones y proporciones, las muertes modeladas son una función del número de infecciones.El número de infecciones modelado se basa en la distribución por intervalos de serie (tiempo medio desde la infección de una persona hasta el momento en que infectan a otra Finalmente, el número de reproducción variable en el tiempo es una función del número de reproducción inicial antes de las intervenciones y los tamaños de efecto de las intervenciones.Figura 5: Resumen de los componentes del modelo. Siguiendo la jerarquía de abajo a arriba nos da un marco completo para ver cómo las intervenciones afectan a las infecciones, que pueden resultar en muertes.Utilizamos la inferencia bayesiana para asegurar que nuestras muertes modeladas puedan reproducir las muertes observadas lo más cerca posible.De abajo a arriba en la Figura 5, hay un retraso implícito en el tiempo que significa el efecto de intervenciones muy recientes se manifiestan débilmente en muertes actuales (y se fortalecen a medida que avanza el tiempo).Para maximizar la capacidad de observar el impacto de la intervención en las muertes, encajamos nuestro modelo conjuntamente para los 11 países europeos, lo que resulta en un conjunto de datos grande. Hemos evaluado el efecto de nuestras elecciones de distribución de Bayesianprior y evaluado nuestra calibración posterior bayesiana para asegurar que nuestros resultados seanestadísticamente robustos (Apéndice 8.4). 7 AgradecimientosLa investigación inicial sobre covariables en el Apéndice 8.6 fue fuente de crowdsourcing; agradecemos a varias personas de todo el mundo por su ayuda. Este trabajo fue apoyado por el Centro de financiación del Consejo de Investigación Médica del Reino Unido bajo un acuerdo con el Departamento de Desarrollo Internacional del Reino Unido, la Unidad de Investigación sobre Protección de la Salud del NIHR en Metodología de Modelado y ComunidadJameel. 8 Apéndice: Modelo de Análisis de Especificaciones, Validación y Sensibilidad8.1 Modelo de muerteObservamos muertes diarias Dam durante los días t E 1,...,n y países m E 1,...,p. Estas muertes diarias se modelan utilizando una presa de función real valuada positiva Se supone que la presa sigue una distribución binomio negativa conEl número esperado de muertes (1 en un país determinado en un día dado es una función del número de infecciones C que ocurren en días anteriores. Al principio de la epidemia, las muertes observadas en un país pueden estar dominadas por muertes que resultan de infecciones que no se adquieren localmente. Para evitar sesgar nuestro modelo por esto, sólo incluimos muertes observadas desde el día después de que un país haya observado acumulativamente 10 muertes en nuestro modelo. Para vincular mecánicamente nuestrafunción de muertes a casos infectados, utilizamos una infección COVID-19-fatalidad-ratio ifr estimada previamente (probabilidad de muerte dada infección)9 junto con una distribución detiempos desde la infección hasta la muerte TE. El ifr se deriva de estimaciones presentadas en Verity et al11 que suponen tasas de ataque homogéneo entre grupos de edad. Para ajustar mejor las estimaciones de las tasas de ataque por edades generadas utilizando información más detallada sobre los patrones de mezcla de países y edades específicas, escalamos estas estimaciones (el ifr no ajustado, al que aquí se hace referencia como ifr’) de la siguiente manera como en el trabajo anterior.4Let Ca ser el número de infecciones generadas en el grupo de edad a, Na el tamaño subyacente de la población en ese grupo de edad y AR“ 2 Ca/Na el índice de ataque específico de grupo de edad.El ifr ajustado se da entonces por: ifra = fififié, donde AR50_59 es la tasa de ataque prevista en el grupo de edad de 50-59 años después de incorporar los patrones de contacto y mezcla específicos de países.Este grupo de edad fue elegido como referencia ya que tenía el nivel más bajo previsto de subinforme en análisis previos de los datos de la epidemia china“. Se obtuvieron estimaciones por países de la tasa de ataque por edad, AR“, para los 11 países europeos en nuestro análisis de un estudio anterior que incorpora información sobre el contacto entre individuos de diferentes edades en países de toda Europa12. Luego se obtuvieron estimaciones globales de cada país ajustando tanto para la demografía como para las tasas de ataque específicas por edad. Utilizando información epidemiológica estimada de estudios anteriores,"11 se supone que la TE es la suma de dos tiempos aleatorios independientes: la distribución del período de incubación (infección al inicio de los síntomas o infección hasta el inicio) y el tiempo entre el inicio de los síntomas y la muerte (ingreso a la muerte). La distribución de la infección hasta el inicio es Gamma distribuida con media de 5,1 días y coeficiente de variación0,86. La distribución de la aparición a la muerte es también Gamma distribuida con una media de 18,8 días y coeficiente de va riación 0,45. Por lo tanto, la distribución de la infección-a-muerte está dada por:um ~ ifrm ~ (Gamma(5.1,0,86) + Gamma(18,8,0,45)) La Figura 6 muestra la distribución de la infección-a-muerte y la función de supervivencia resultante que se integra a la relación de mortalidad por infección.Figura 6: Distribución izquierda de la infección-a-muerte (media 23,9 días). Correcto, probabilidad de supervivencia de individuos infectados por día dada la relación de mortalidad por infección (1%) y la distribución de la infección-a-muerte por la izquierda.Usando la probabilidad de distribución de la muerte, el número esperado de muertes presa, en un día dado t, para el país, m, está dada por la siguiente suma discreta:El número de muertes hoy es la suma de las infecciones pasadas ponderadas por su probabilidad de muerte, donde la probabilidad de muerte Este enfoque ha sido utilizado en numerosos estudios previos13'16 y tiene una fuerte base teórica en procesos de conteo estocásticos basados en individuos como el proceso Hawkes y el proceso Bellman-Harris.”18 El nuevo modelo está relacionado con el modelo Susceptible-Infectado-Recuperado, excepto que la renovación no se expresa en forma diferencial. Para modelar el número de infecciones con el tiempo necesitamos especificar una distribución serialinterval g con densidad g(T), (el tiempo entre cuando una persona se infecta y cuando posteriormente infectan a otras personas), que elegimos ser Gamma distribuido:g ~ Gamma (6.50.62). La distribución del intervalo serial se muestra a continuación en la Figura 7 y se supone que es la misma para todos los países. Figura 7: Distribución del intervalo serial g con una media de 6,5 días. Dada la distribución del intervalo serial, el número de infecciones Eamon a determinado día t, y country, m, está dado por la siguiente función de convolución discreta:_ t—1Cam — Ram ZT=0 Cr,mgt—‘r r where, similar a la probabilidad de la función de muerte, el intervalo serial diario está discretizado porfs+0.51.5gs = T=s—0.Sg(T)dT fors = 2,3 y 91 = fT=Og(T)dT. Las infecciones dependen hoy en día del número de infecciones en los días anteriores, ponderadas por la distribución del intervalo serial discretizado.Esta ponderación es entonces escalada por el número de producción de tiempo específico, Ram, que modela el número medio de infecciones secundarias en un momento dado. La forma funcional para el número de reproducción del tiempo-Variante fue elegida para ser lo más simple posible para minimizar el impacto de supuestos previos fuertes: utilizamos una función constante por partes que escalaRam de una línea de base previa R0,m y es impulsada por las principales intervenciones no farmacéuticas conocidas que ocurren en diferentes países y tiempos. Incluyemos 6 intervenciones, una de las cuales se construye a partir de las otras 5 intervenciones, que son cronogramas de cierres escolares y universitarios (k=l), enfermedad autoaislante (k=2), prohibición de eventos públicos (k=3), cualquier intervención gubernamental en lugar (k=4), implementación de un bloqueo parcial o completo (k=5) y fomento del distanciamiento y aislamiento social (k=6). Denotamos la variable indicadora de intervención k E 1,2,3,4,5,6 por IkI’m, que es 1 si la intervención k está en placein country m en el La covariable “cualquier intervención gubernamental” (k=4) indica si alguna de las otras 5 intervenciones está en efecto, es decir, 14’t’m es igual a 1 en el momento t si alguna de las intervencionesk E 1,2,3,4,5 están en vigor en el país m en el momento t y es igual a 0 de lo contrario. Covariable 4 tiene la interpretación de indicar el inicio de la intervención gubernamental mayor. Se supone que el efecto de cada intervención es multiplicativo. Ram es, por lo tanto, una función de los indicadores de intervenciónIk’t’m en lugar en el momento t en el país m:Ram : R0,m eXp(— 212:1 O(Rheum)-La forma exponencial se utilizó para asegurar la positividad del número de reproducción, con R0,mconstreñido a ser positivo como aparece fuera de la exponencial. El impacto de cada intervención enRam se caracteriza por un conjunto de parámetros 0(1,...,OL6, con distribuciones previas independientes elegidas para el beock ~ Gamma(. 5,1). Los impactos ock son compartidos entre todos los países m y por lo tanto están informados por todos los datos disponibles. La distribución previa para R0 fue escogida para serR0,m ~ Normal(2,4, IKI) con K ~ Normal(0,0.5),Una vez más, K es el mismo entre todos los países para compartir información. Asumimos que la siembra de nuevas infecciones comienza 30 días antes del día después de que un país haya observado 10 muertes. A partir de esta fecha, sembramos nuestro modelo con 6 días secuenciales de infecciones extraídas de cl’m,...,66’m~EXponential(T), donde T~Exponential(0.03). Se estimaron los parámetros de manera conjunta para los 11 países en un único modelo jerárquico. Se realizó el ajuste en el lenguaje de programación probabilístico Stan,19 utilizando un sampler adaptativo Hamiltoniano Monte Carlo (HMC). Se realizaron 8 cadenas para 4000 iteración con 2000 iteración de calentamiento y un factor de adelgazamiento 4para obtener 2000 muestras posteriores. Se evaluó la convergencia posterior utilizando la estadística Rhat y mediante el diagnóstico de transiciones divergentes del sampler HMC. También se realizaron calibraciones anteriores a posteriori (véase más adelante). 8.3 ValidaciónValidamos la exactitud de las estimaciones puntuales de nuestro modelo utilizando la validación cruzada. En nuestro esquema de validación cruzada, dejamos fuera 3 días de datos de muerte conocidos (no acumulativos) y encajamos en nuestro modelo. Pronosticamos lo que el modelo predice para estos tres días. Presentamos las previsiones individuales para cada día, así como el Los resultados de validación cruzada se muestran en la Figura8.Figura 8: Resultados de validación cruzada para pronósticos agregados de 3 días y 3 díasFigura 8 proporciona una fuerte justificación empírica para nuestra especificación y mecanismo de modelo.Nuestra previsión precisa sobre un horizonte temporal de tres días sugiere que nuestras estimaciones ajustadas para Rt son apropiadas y plausibles.Además de las estimaciones puntuales, todos evaluamos nuestros intervalos posteriores creíbles utilizando la Rhatstatistic.La estadística de Rhat mide si nuestras cadenas Markov Chain Monte Carlo (MCMC) han convergido a la distribución de equilibrio (la distribución posterior correcta).La Figura 9 muestra las estadísticas de Rhatstatistics para todos nuestros parámetrosFigura 9: Las estadísticas de Rhat - valores cercanos a 1 indican la convergencia de MCMC. La Figura 9 indica que nuestra MCMC ha convergido. 8.4 SensibilidadAnálisis8.4.1 Previsión a escala logarítmica para evaluar la señal en los datosComo hemos destacado en todo el presente informe, el desfase entre las muertes y las infecciones significa que es tiempo suficiente para que la información propague backwards de las muertes a las infecciones y, en última instancia, al Rt. Una conclusión de este informe es la predicción de una desaceleración de la Rt en respuesta a las principales intervenciones. Recuperando la intuición de que se trata de datos impulsados y no simplemente una consecuencia de modelos altamente limitados, mostramos previsiones de muerte a escala logarítmica lineal. En esta escala, una línea que curvas por debajo de una tendencia lineal es indicativa de una desaceleración en el crecimiento de la epidemia. Nuestromodelo sugiere que Italia, un país que tiene el mayor número de muertes de COVID-19, verá una desaceleración en el aumento de las muertes diarias durante la próxima semana en comparación con las primeras etapas de la epidemia. Investigamos la sensibilidad de nuestras estimaciones de inicio y final Rt a nuestra supuesta distribución de intervalos seriales. Para ello consideramos varios escenarios, en los que cambiamos la media de distribución de intervalos seriales, de un valor de 6,5 días, para tener valores de 5, 6, 7 y 8 días. En la Figura 13, mostramos nuestras estimaciones de R0, el número de reproducción inicial antes de las intervenciones, para cada uno de estos escenarios. El orden relativo de la Rt=0 en los países es consistente en todos los entornos. Sin embargo, como se esperaba, la escala de Rt=0 se ve considerablemente afectada por este cambio. Esto se debe a que para alcanzar el tamaño observado actualmente de las epidemias, un intervalo serial más largo se compensa con un R0 estimado más alto. Además, en la Figura 14, mostramos nuestras estimaciones de Rt en el momento del modelo más reciente, de nuevo para cada uno de estos escenarios.La media del intervalo serial puede influir sustancialmente en Rt, sin embargo, los intervalos posteriores de Rt se superponen ampliamente.Figura 13: Número de reproducción inicial R0 para diferentes distribuciones de intervalo serial (SI) (medias entre 5 y 8 días).Utilizamos 6,5 días en nuestro análisis principal.Figura 14: Rt el 28 de marzo de 2020 estimado para todos los países, con distribución de intervalo serial (SI) medias entre 5 y 8 días.Utilizamos 6,5 días en nuestro análisis principal. Para evitar la colinealidad, realizamos 6 modelos separados, con efectos resumidos a continuación (comparar con el análisis principal de la Figura 4). En esta serie de análisis univariados, encontramos (Figura 15) que todos los efectos por sí solos sirven para disminuir el Rt. Esto nos da confianza en que nuestra elección de la distribución previa no está impulsando los efectos que vemos en el análisis principal. Lockdown tiene un efecto muy grande, lo más probable debido a que ocurre después de otras intervenciones en nuestro conjunto de datos. Los tamaños de efecto relativamente grandes para las otras intervenciones son más probables debido a la coincidencia de las intervenciones en el tiempo, de tal manera que una intervención es un proxy para unos pocos otros. Figura 15: Efectos de diferentes intervenciones cuando se utilizan como los únicos covariables en el modelo. 8.4.4.4Para evaluar las suposiciones previas sobre nuestra forma funcional constante por pieza para Rt probamos utilizando una función a Encajamos un modelo con una distribución previa de proceso gaussiano a los datos de Italia donde hay la mayor señal en los datos de muerte. Encontramos que el proceso gaussiano tiene una tendencia muy similar al modelo constante por partes y vuelve a la media en regiones de no datos. La correspondencia de una función completamente no paramétrica y nuestra función constante por piezas sugiere una especificación paramétrica adecuada de Rt. Montaje no paramétrico de Rf usando un proceso gaussiano:8.4.5 Dejar fuera el análisis del paísDebido a las diferentes longitudes de la epidemia de cada país europeo, algunos países, como Italia tienen muchos más datos que otros (como el Reino Unido). Para asegurarnos de que no estamos aprovechando demasiada información de ningún país realizamos un análisis de sensibilidad “dejar fuera un país”, donde recorrimos el modelo sin un país diferente cada vez. La Figura 16 y la Figura 17 son ejemplos de resultados para el Reino Unido, dejando de En general, para todos los países, no observamos ninguna dependencia significativa de ningún país.Figura 16: Resultados de modelos para el Reino Unido, cuando no se utilizan datos de Italia para ajustar el modelo.Ver laFigura 17: Resultados de modelos para el Reino Unido, cuando no se utilizan datos de España para ajustar el modelo.Ver subtítulo de la Figura 2 para una explicación de las gráficas. Para resultados teóricos bien conocidos de la ecuación de renovación, dada una distribución de intervalo serie g(r) con media m y desviación estándar 5, dada a = mZ/S2 y b = m/SZ, y posteriormente R0 = (1 + %).Figura 18 muestra teóricamente derivada R0 junto con nuestras estimaciones de Rt=0 de nuestro modelo jerárquico bayesiano.Como se muestra en la Figura 18 hay una grancorrespondencia entre nuestro número de reproducción inicial estimado y el número de reproducción básica implícito por la tasa de crecimiento r.R0 (rojo) vs R(FO) (negro)Figura 18: Nuestra estimación de R0 (negro) versus Ru(rojo) teóricamente derivado de un ajuste de regresión log lineal. 8.5 Análisis contrafactual — intervenciones frente a no intervencionesFigura 19: Número diario de muertes confirmadas, predicciones (hasta el 28 de marzo) y previsiones (después) para todos los países, excepto Italia y España, de nuestro modelo con intervenciones (azul) y del modelo contrafactual sin intervenciones (rosa); los intervalos creíbles se muestran a una semana en el futuro. DOI: https://doi.org/10.25561/77731Página 28 de 3530 de marzo de 2020 Imperial College Equipo de respuesta COVID-19 8.6 Fuentes de datos y cronograma de intervencionesFigura 1 y Tabla 3 muestran las intervenciones de los 11 países en nuestro estudio y las fechas en que estas intervenciones entraron en vigor. Tabla 3: Calendario de intervenciones. País Tipo Evento Fecha efectivaCerrado escolar ordenadoCerrados escolares nacionales.20 14/3/2020Eventos públicosprohibido la celebración de reuniones de más de 5 personas.21 10/3/2020Prohibir todo acceso a espacios públicos y reunionesLockdown de más de 5 personas.Consejos para mantener 1 distancia ordenada.22 16/3/2020Desplazamiento socialalentadoRecomendación para mantener una distancia de 1m.22 16/3/2020Medidas de Austria basadas en casos Implementado en el bloqueo.22 16/3/2020Cerrado escolar ordenadoCerrados escolares nacionales.23 14/3/2020Eventos públicos Todas las actividades recreativas canceladas independientemente de la talla prohibida.23 12/3/2020Los ciudadanos deben permanecer en casa excepto para el trabajo de Lockdown y los viajes esenciales. 24 18/3/2020El transporte público sólo se recomienda para los viajes esenciales de distanciamiento social, el trabajo desde casa fomentado, todos los lugares de interés público, por ejemplo, restaurantes cerrados.23 14/3/2020Case-based Todo el mundo debe permanecer en casa si experimenta una Bélgica mide la tos o la fiebre.25 10/3/2020Cierre escolar Escuelas secundarias cerradas y universidades (escuelas de orden primario también cerradas el 16).26 13/3/2020Eventos públicos Prohibición de eventos > 100 personas, instituciones cerradas de prohibición cultural, instalaciones de ocio, etc.27 12/3/2020Prohibición de reuniones de > 10 personas en lugares públicos y todos ordenados fueron cerrados.27 18/3/2020Uso limitado del transporte público. Todas las instituciones de distancia social cultural cierran y recomiendan mantener una distancia adecuada alentada.28 13/3/2020Base de casos Todo el mundo debe permanecer en casa si experimenta una Dinamarca medidas de tos o fiebre.29 12/3/2020Cierre de escuelas ordenado Cierre de escuelas nacionales.30 14/3/2020Eventos públicosprohibidos Prohibiciones de eventos > 100 personas.31 13/3/2020Lockdown Todo el mundo tiene que permanecer en casa.Necesita un formulario de autorización autoordenada para salir de casa.32 17/3/2020Consejos de estímulo social en el momento del bloqueo.32 16/3/2020Medidas basadas en casosFrancia Consejos en el momento del bloqueo.32 16/03/2020Cierre de escuelas ordenados Nacionalmente.33 14/3/2020Eventos públicos Ninguna reunión de > 1000 personas. 34 22/3/2020Lockdown Recopilaciones de > 2 personas prohibidas, 1,5 distancias ordenadas.35 22/3/2020Desplazamiento social Evite la interacción social siempre que sea posibleAlentado recomendado por Merkel.36 12/3/2020Consejo para todos los que experimentan síntomasContacto basado en un caso de una agencia de atención de la salud para hacerse la prueba y las medidas de Alemania para entonces auto-aislarse.37 6/3/2020Cierre de escuelas ordenado Cierre de escuelas a nivel nacional.38 5/3/2020Eventos públicosprohibidos El gobierno prohíbe todos los eventos públicos.39 9/3/2020Lockdown El gobierno cierra todos los lugares públicos. Las personas ordenadas tienen que permanecer en casa excepto para los viajes esenciales.40 11/3/2020Hay que mantener una distancia de más de 1 m y se debe fomentar el distanciamiento social de cualquier otra forma de agregación alternativa.40 9/3/2020Consejo basado en casos de autoaislamiento si experimenta síntomasMedidas en Italia y cuarentena si se prueba positivo.41 9/3/2020La Dirección de Salud de Noruega cierra todas las instituciones educativas de cierre escolar.Incluidas las instalaciones ordenadas para el cuidado de los niños y todas las escuelas.42 13/3/2020Eventos públicos La Dirección de Salud prohíbe todo contacto social no necesario.42 12/3/2020Lockdown Sólo las personas que viven juntas están permitidas fuera de orden. Todo el mundo tiene que mantener una distancia de 2 metros.43 24/3/2020Desconexión social La Dirección de Salud aconseja contra todo tipo de viajes alentados y contactos sociales no necesarios.42 16/3/2020Consejo basado en un caso para aislarse por 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre.44 15/3/2020Ordenado Cierre de escuelas nacionales.45 13/3/2020Eventos públicosprohibido Prohibir todos los eventos públicos mediante bloqueo.46 14/3/2020Lockdownordenado Bloqueo de todo el país43 14/3/2020Consejo de distanciamiento social sobre distanciamiento social y trabajo en forma remota alentada desde casa.47 9/3/2020Consejo basado en un caso para autoaislarse por 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre en España47 17/3/2020Cerrado de escuelas y escuelas secundarias superiores cerrado.48 18/3/2020Eventos públicosprohibidos El gobierno prohíbe eventos > A las personas con síntomas leves se les dice que limiten el contacto social de distanciamiento social, el estímulo para trabajar desde una casa alentada.50 16/3/2020Consejo basado en un caso de auto-aislamiento si experimentan tos o Suecia mide los síntomas de fiebre.51 Cierre de la escuela ordenado No en persona hasta el 4 de abril.52 14/3/2020Eventos públicos prohibidos El gobierno prohíbe eventos > 100 personas.52 13/3/2020Reuniones ordenadas de bloqueo de más de 5 personas están prohibidas.53 2020-03-20Consejos para mantener la distancia.Todas las empresas donde el distanciamiento social no se puede realizar se han cerrado en todos los estados alentados (kantones).54 16/3/2020Consejo basado en un caso para auto-aislarse si experimentan tos o Suiza mide los síntomas de fiebre.55 2/3/2020Cierre de la escuela general. Los cuidadores de niños, las guarderías para el cierre de escuelas y las sextas formas deben seguir las directrices ordenadas.56 21/3/2020Eventos públicos prohibidos Implementados con bloqueo.57 24/3/2020Los conjuntos de más de 2 personas no pertenecientes al mismo hogar están prohibidos y sujetos a la policía.57 24/3/2020Consejos de distanciamiento social para evitar pubs, clubes, teatros y otras instituciones públicas alentadas.58 16/3/2020Consejo basado en un caso para aislarse durante 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre en el Reino Unido.59 12/3/20209 Referencias1. Li, R. et al. Infección indocumentada sustancial facilita la rápida difusión del nuevocoronavirus (SARS-CoV2). Ciencia (2020) doi:10.1126/science.abb3221. 2. Zhang, J. et al. Patrones de contacto social humano y contacto con animales en Shanghai, China 5cLRep.9,1—11(2019)3. Worldómetros.info. Hong Kong: casos de coronavirus. https://www.wo rldómetros.info/co ronavirus/country/china-hong-kong-sar/. 4. Ferguson, N. et al. Impacto de las intervenciones no farmacéuticas (NPI) para reducir la mortalidad y la demanda de asistencia sanitaria (Informe 9). https://www.imperial.ac.uk/mrc-global-infectious-disase-analysis/news--wuhan-coronavirus/. 5. Cereda, D. et al. La fase inicial del brote de COVID-19 en Lombardy, Italia. arXiv (2020). 6. Zhao, A. J. et al. Título: Respuestas anticuerpos al SARS-CoV-2 en pacientes con nuevas enfermedades por coronavirus 2019 Título breve : Respuestas anticuerpos en pacientes con COVID-19. (2020). 7. Jombart, T. et al. Inferir el número de casos de COVID-19 de muertes recientemente notificadas. medRXiV 2020.03.10.20033761(2020)doi:10.10101/2020.03.10.20033761. 8. Zhang, J. et al. Perfil de edad de susceptibilidad, mezcla y distanciamiento social dan forma a la dinámica del brote de la nueva enfermedad por coronavirus 2019 en China. (2020) doi:10.10101/2020.03.19.20039107. 9. Lourenco, J. et al. Los principios fundamentales de la propagación epidémica destacan la necesidad inmediata de realizar encuestas serológicas a gran escala para evaluar la etapa de la epidemia por SARS doi:10.1101/2020.03.24.2004229110.Naciones Unidas, Departamento de Asuntos Económicos y Sociales, División de Población. WorldPopulation Prospects 2019: Data booket. ST/ESA/SER.A/424. (2019). 11. Verity, R. et al. Estimaciones de la gravedad de la enfermedad de COVID-19. Lancet Infect Dis en la prensa (2020). 12. Walker, P. G. T. et al. Report 12: The Global Impact of COVID-19 and Strategies for Mitigation and Supresation. 13. Fraser, C. Estimating Individual and Household Reproduction Numbers in a EmergingEpidemmic. PL05 ONE 2, e758 (2007). 14. Cori, A., Ferguson, N. M., Fraser, C. & Cauchemez, S J. Epidemiol. 178, 1505-1512(2013115. Nouvellet, P. et al. Un enfoque sencillo para medir la transmisibilidad y la incidencia prevista. Epidemias 22, 29-35 (2018). 16. Cauchemez, 8., Valleron, A. J., Boelle, P. Y., Flahault, A. & Ferguson, N. M. Estimación del impacto del cierre escolar en la transmisión de la gripe a partir de datos Sentinel. Nature 452, 750-754 (2008). 17. Bellman, R. & Harris, T. On Age-Dependent Binary Branking Processes. Ann. Math. 55, 280-295(1952118. Bellman, R. & Harris, T. E. Sobre la teoría de los procesos de ramificación estocásticos dependientes de la edad. Proc. Nat 34, 601-604 (1948). 19. Stan Development Team. 2018. The Stan Core Library, versión 2.18.0. http://mc-stan.org. 20. Bundesministerium. Coronavirus (COVID-19): Status quo — Schulen, Hochschulen,Universitaten und Forschungsinstitutionen. https://www.bmbwf.gv.at/Ministerium/Informationspflicht/corona/corona_status.html. 21. Henley, J. Coronavirus: Los Estados de la Unión Europea promulgan medidas duras para la propagación del tallo. The Guardianhttps://www.theguardian.com/world/200/mar/10/coranonavirus-varios-estados-eu-states-ban-masa-mass-as-pos-italian-lockdown (20 25. Servicio Público Federal. Protéjase y proteja a los demás. https://www.info-coronavirus.be/en/2020/03/10/protege-y-protege-the-others/ (2020). 26. Wikipedia. 2020 pandemia de coronavirus en Dinamarca. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/2020_coronavirus_pandemic_in_Dinamarca. 27. Stephensen, Emma Kinker; Hansen, T. S. Danmark lukker ned: Her er regeringens nye basculag. TV2 https://nyheder.tv2.dk/samfund/2020-03-11-danmark-lukker-ned-er-regeringens-nye-tiltag(2020128. Politi. Nye illbag mod covid-19. Politi https://politi.dk/coronavirus-i-danmark/seneste-nyt-fra-myndighederne/nye-tiltag-mod-covid-19 (2020). 29. Styrelsen for Patientsikkerhed. Indberetning om covid-19zlnformation om mulighed forp\aabud til enkeltpersoner (coronavirus/covid-19). https://stps.dk/da/ansvar-og-retningslinjer/vejledning/indberetning-om-covid-19/#. 30. Wikipedia. 2020 coronavirus pande in France. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/2020_coronavirus_pandemic_in_France. 31. Francia prohíbe las reuniones de más de 100 personas a medida que aumenta el número de muertes por coronavirus -The Local. The Local https://www.thelocal.fr/20200313/france-bans-recopilations-of-over-100-people-to-fight-coronavirus-pandemic (2020). 32. Henley, Jon; Willsher, Kim; Kassam, A. Coronavirus: Francia impone un bloqueo cuando la UE pide una prohibición de viajar de 30 días. The Guardian https://www.theguardian.com/world/2020/mar/16/coronavirus-spain-takes-over-privado-healthcare-amid-more-euro-pean-lockdowns (2020). 33. Wikipedia. 2020 coronavirus pande in Germany. Fundación Wikimediahttps://en.wi 34. BMI. Coronavirus: Fragen und Antworten. Bundesministerium des Innern,fur Bau und Heimathttps://web.archive.org/web/20200317073042/https://www.bmi.bund.de/SharedDocs/faqs/DE/themen/bevoelkerungssschutz/coranavirus/coranavirus-faqs.htmI#doc13738352bodyText7. 35. Noticias de la BBC. Coronavirus: Alemania endurece los frenos y prohíbe las reuniones de más de dos personas. BBCNews https://www.bbc.co.uk/news/world-europe-51999080 (2020). 36. Bundesregierung. Kanzlerin trifft Regierungschefs der Lander Sozialkontakte https://www.bundesregierung.de/breg-de/themen/coranavirus/mpk-1730186(2020)37. Robert Koch Institut. Antworten auf haufig gestellte Fragen zum Coronavirus SARS-CoV-2. Robert Koch Instituthttps://web.archive.org/web/20200312004624/https://www.rki.de/SharedDocs/FAQ/NCOV2019/FAQ_Liste.html (2020). 38. Ministero della Salute. Governo anuncia sospensione dell’attivita didattica dal 5 a15 marzo. Ministero della Salutehttp://www.salute.gov.it/portale/nuovocoronavirus/dettaglioVideoNuovoCoronavirus.jsp?lingua=italiano&menu=multimedia&p=video&id=2052 (2020). 39. CNN. Italia prohíbe los viajes y cancela todos los actos públicos en su región septentrional. CNNhttps://edition.cnn.com/2020/03/08/europe/italy-coranavirus-lockdown-europe-intl/index.html(2020). Attualita. Coronavirus: parada de un pub, cine, teatro e discoteche anche a Roma. Ecco cosaprevede il nuovo decreto. Roma Today https://www.romatoday.it/attualita/coranavirus-pub-cinema-teatri-locali-chiusi-nuovo-decreto.html (2020). 41. Gazzetta Ufficiale. DECRETO DEL PRESIDENTE DEL CONSIGLIO DEL MINISTRI. Gazzetta Ufflclalehttps://www.gazzettaufficiale.it/eli/id/20/03/08/20A01522/sg (2020). 42. Helsedirektoratet. La Dirección de Salud de Noruega ha adoptado la decisión de cerrar las escuelas y otras instituciones educativas. Hellem-Hansen, Viktoria L.; Tandstad, B. Folkehelseinstituttet mener23.000 kan vaere smittet. NRK https://www.nrk.no/norge/folkehelseinstituttet-mener-23.000-kan-vaere-smittet-1.14958149 (2020). 44. Gobierno de Norweigen. regjeringen.no https://www.regjeringen.no/en/aktuelt/the-government-is-esestableciendo-clear-cuarantine-and-aislation-rules/id2693647/ (2020). 45. Wikipedia. 2020 coronavirus pandemic in Spain. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/20_coronavirus_pandemic_in_Spain. 46. Gabinete de Prensa. El Gobierno anuncia nuevas medidas para eliminar la extensión del nuevo coronavirus COVID-19. Gobierno de Españahttps://www.mscbs.gob.es/gabinete/notasPrensa.do?id=4807 (2020). 47. Gabinete de Prensa. El Consejo Interterritorial del SNS alcanza medidas concretas para zonascon transmisión comunitaria de coronavirus. Gobierno de Españahttps://www.mscbs.gob.es/gabinete/notasPrensa.do?id=4806 (2020). 48. Folkhalsomyndigheten.se/nyheter-och-press/nyhetsarkiv/2020/mars/larosaten-och-gymnasieskolor-uppmanas-nu-att-bedriva-distansundervisning(2020). El local. Suecia prohíbe grandes eventos para detener la propagación del coronavirus. El localhttps://www.theloca.se/20200311/sweden-to-ban-large-public-coronavirus-over-coronavirus (2020). 50. Radosevich. Estocolmoers instados a trabajar desde casa como comunidad COVID-19 se extendió confirmado. Sveriges Radiohttps://sverigesradio.se/sida/artikel.aspx?programid=2054&artikel=7430511(2020). Folkhdlsomyndigheten https://www.folkhalsomyndigheten.se/nyheter-och-press/nyhetsarkiv/2020/mars/flera-tecken-pa-samhallsspridning-av-covid-19-i-sverige/ (2020). 52 Bundesamt fur Gesendheit BAG. Bundesrat verscharft Massnahmen gegen das Coronaviruszum Schutz der Gesundheit und unterstUtzt betroffene Branchen. Schweizerische Eidgenossenschafthttps://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg-id-78437.html( Coronavirus: Bundesrat verbietet Ansammlungen von mehrals fUnf Personen. Schweizerische Eidgenossenschaft https://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg-id-78513.html (2020). 54. Bundesamt fur Gesundheit BAG. Coronavirus: Bundesrat erklart die «ausserordentliche Lage»und verscharft die Massnahmen. Schweizerische Eidgenossenschafthttps://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg- Neue Hygiene- und Verhaltensregeln zum Schutz gegen dasneue Coronavirus. Schweizerische Eidgenossenschaft https://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/a ktuell/medienmitteilungen.msg-id-78304.html (2020). 56. Gobierno del Reino Unido, D. for E. Schools, colleges and early ambients to close. Gobierno del Reino Unidohttps://www.gov.uk/government/news/schools-colleges-and-ears-settings-to-close (2020). 57. Gobierno del Reino Unido. Discurso del Primer Ministro a la nación sobre el coronavirus: 23 de marzo de 2020. Gobierno del Reino Unidohttps://www.gov.uk/government/speeches/pm-address-to-the-nation-on-coronavirus-23-march-2020(2020158. Boycott-Owen, Mason; Bowman, Verity; Kelly-Linden, Jordan; Gartner, A. G. H. S. T.Coronavirus: Boris Johnson encierra al Reino Unido a medida que el número de muertos llega a 55. The Telegraphhttps://www.telegraph.co.uk/global-health/science-and- disease/coronavirus-news-uk-latest-update-covid-19-death-toll-cases/ (2020). BBC Newshttps://www.bbc.co.uk/news/uk-51857856 (2020).

¿Cuándo introdujo China restricciones estrictas a la circulación y otras medidas, como el aislamiento de los casos y la cuarentena?

Estimando el número de infecciones y el impacto de las intervenciones no farmacéuticas en el COVID-19 en 11 países europeos30 marzo 2020 Imperial College COVID-19 Response TeamSeth Flaxmani Swapnil Mishra*, Axel Gandy*, H JulietteT Unwin, Helen Coupland, Thomas A Mellan, HarrisonZhu, Tresnia Berah, Jeffrey W Eaton, Pablo N P Guzman, Nora Schmit, Lucia Cilloni, Kylie E C Cuomo—Dannenburg, Amy Dighe, Bimandra Djaafara, Ilaria Dorigatti, Sabine van Elsland,Rich Fitz, Han Fu, Katy Gaytorpe, Gendarme, Peter Geidelberg, Wi Green, Timothy Hallett, Arranmlet, Weinsland, EE.UU., EE.UU Como respuesta, muchos países europeos han puesto en marcha intervenciones no farmacéuticas sin precedentes, como el aislamiento de casos, el cierre de escuelas y universidades, la prohibición de reuniones masivas o actos públicos, y, más recientemente, una ampliadistribución social a escala local y nacional, incluidos los bloqueos.En este informe, utilizamos un modelo jerárquico bayesiano semimecanicista para tratar de deducir el impacto de estas intervenciones en 11 países europeos.Nuestros métodos suponen que los cambios en el número productivo —una medida de transmisión— son una respuesta inmediata a estas intervenciones en lugar de cambios graduales más amplios en el comportamiento.Nuestro modelo estima estos cambios calculando hacia atrás de las muertes observadas a lo largo del tiempo para estimar la transmisión que ocurrió varias semanas antes, permitiendo el lapso entre la infección y la muerte.Una de las principales suposiciones del modelo es que cada intervención tiene el mismo efecto en el número de producción en todos los países y en el tiempo. Esto nos permite aprovechar una mayor cantidad de datos en toda Europa para estimar estos efectos. También significa que nuestros resultados están fuertemente impulsados por los datos de países con epidemias más avanzadas, y las intervenciones anteriores, como Italia y España. Encontramos que el lento crecimiento de las muertes diarias reportadas en Italia es consistente con un impacto significativo de las intervenciones implementadas varias semanas antes. En Italia, estimamos que el número de reproducción efectiva, Rt, cayó a cerca de 1 alrededor de la época de Iockdown (11 de marzo), aunque con un alto nivel de incertidumbre. En general, estimamos que los países han logrado reducir su número de reproducción. Nuestras estimaciones tienen amplios intervalos creíbles y contienen 1 para los países que han implementado intervenciones consideradas en nuestro análisis. Esto significa que el número de reproducción puede estar por encima o por debajo de este valor. Dado que las intervenciones actuales se mantienen al menos hasta finales de marzo, estimamos que las intervenciones en los 11 países habrán evitado 59.000 muertes hasta el 31 de marzo[intervalo creíble del 95%: 21.000-120.000].Muchas más muertes se evitarán garantizando que las intervenciones permanezcan en vigor hasta que la transmisión disminuya a niveles bajos.Estimamos que, en los 11 países entre 7 y 43 millones de personas se han infectado con el SARS-CoV-Z hasta el 28 de marzo, lo que representa entre el 1,88% y el 11,43% de la población.Se estima que la proporción de la población infectada hasta la fecha —la tasa de ataque— es la más alta en España seguida por Italia y la más baja en Alemania y Noruega, lo que refleja las etapas relativas de las epidemias.Dado el retraso de 2-3 semanas entre el momento en que se producen los cambios de transmisión y cuando su impacto puede observarse en las tendencias de mortalidad, Si las intervenciones en países en las etapas más tempranas de su epidemia, como Alemania o el Reino Unido, son más o menos eficaces de lo que eran en los países con epidemias avanzadas, en los que nuestras estimaciones se basan en gran medida, o si las intervenciones han mejorado o han empeorado con el tiempo, nuestras estimaciones del número de reproducción y las muertes evitadas cambiarían en consecuencia. Por lo tanto, es fundamental que las intervenciones actuales sigan en vigor y las tendencias en los casos y muertes se monitoricen de cerca en los próximos días y semanas para garantizar que la transmisión del SARS-Cov-Z se esté desacelerando. Imperial College London (2020), doi:https://doi.org/10.25561/777311 IntroducciónTras la aparición de un nuevo coronavirus (SARS-CoV-Z) en Wuhan (China) en diciembre de 2019 y su propagación mundial, han surgido en Europa grandes epidemias de la enfermedad, causadas por el virus denominado COVID-19. En respuesta al creciente número de casos y muertes, y para mantener la capacidad de los sistemas de salud para tratar tantos casos graves como sea posible, los países europeos, como los de otros continentes, han implementado o están en proceso de aplicar medidas para controlar susepidemias. Estas intervenciones no farmacéuticas a gran escala varían de un país a otro, pero incluyen distanciamiento social (como la prohibición de grandes reuniones y el asesoramiento a las personas para que no socialicen fuera de sus hogares), cierres de fronteras, cierres de escuelas, medidas para aislar a las personas sintomáticas y sus contactos, y bloqueos a gran escala de poblaciones con todos los viajes internos menos esenciales prohibidos.Entender, en primer lugar, si estas intervenciones están teniendo el impacto deseado de controlar la epidémica y, en segundo lugar, qué intervenciones son necesarias para mantener el control, es crítico dada su gran coste económico y social.El objetivo clave de estas intervenciones es reducir el número de reproducción eficaz, Rt, de la infección, una cantidad epidemiológica fundamental que representa el número medio de infecciones, en el momento t, por caso infectado durante el curso de su infección. Si Rt es mayor que 1, las infecciones aumentarán (dependiendo de cuánto mayor que 1 el número de reproducción es) hasta los picos tepidémicos y eventualmente disminuye debido a la adquisición de inmunidad de rebaños. En China, las estrictas restricciones de movimiento y otras medidas incluyendo aislamiento de casos y cuarentena comenzaron a introducirse a partir del 23 de enero, lo que logró una tendencia a la baja en el número de nuevos casos confirmados durante febrero, resultando en cero nuevos casos indígenas confirmados en Wuhan para el 19 de marzo. Los estudios han calculado cómo cambió Rt durante este tiempo en diferentes áreas de China desde alrededor de 2-4 durante la epidemia incontrolada hasta menos de 1, con una disminución estimada de 7-9 veces en el número de contactos diarios por persona.1'2 Medidas de control tales como distanciamiento social, pruebas intensivas y rastreo de contacto en otros países como Singapur y Corea del Sur han reducido con éxito la incidencia de casos en las últimas semanas, aunque existe un riesgo de que el virus se propague de nuevo una vez que las medidas de control se relajen.3'4La epidemia comenzó un poco más tarde en Europa, a partir de enero o más tarde en diferentes regiones.5 Los países han aplicado diferentes combinaciones de medidas de control y es probable que el nivel de cumplimiento de las recomendaciones gubernamentales sobre distanciamiento social varíe entre países, en parte debido a diferentes niveles de aplicación. La estimación de los números de reproducción para el SARS-CoV-Z presenta desafíos debido a la alta proporción de infecciones no detectadas por los sistemas de salud"7 y a los cambios regulares en las políticas de pruebas, lo que da lugar a proporciones indiferentes de infecciones detectadas a lo largo del tiempo y entre los países.La mayoría de los países hasta ahora sólo tienen la capacidad de probar una pequeña proporción de casos sospechosos y las pruebas están reservadas para pacientes con enfermedades graves o para grupos de alto riesgo (por ejemplo, contactos de casos).Por lo tanto, el análisis de los datos de los casos da una visión sistemáticamente sesgada de las tendencias.Una forma alternativa de estimar el curso de la epidemia es volver a calcular las infecciones derivadas de las muertes observadas. Si bien las tendencias recientes de las muertes serán, por tanto, informativas, hay un retraso en la observación del efecto de las intervenciones en las muertes, ya que hay un período de 2 a 3 semanas entre lainfección, el inicio de los síntomas y el resultado.En este informe, encajamos un nuevo modelo mecánico bayesiano del ciclo de infección en las muertes observadas en11 países europeos, inferiendo límites plausibles superiores e inferiores (intervalos creíbles bayesianos) de la población total infectada (tasas de ataque), probabilidades de detección de casos y el número de reproducción a lo largo del tiempo (Rt).Ajustamos el modelo conjuntamente a los datos de COVID-19 de todos estos países para evaluar si hay pruebas de que las intervenciones han tenido éxito hasta ahora en reducir la Rt por debajo de 1, con la fuerte suposición de que las intervenciones particulares están logrando un impacto similar en diferentes países y de que la La mayoría de las intervenciones se iniciaron alrededor del 12 al 14 de marzo. Analizamos los datos sobre las muertes hasta el 28 de marzo, dando un margen de 2-3 semanas para estimar el efecto de las intervenciones. Actualmente, la mayoría de los países en nuestro estudio han implementado todas las intervenciones no farmacéuticas importantes. Para cada país, modelamos el número de infecciones, el número de muertes y el número de reproducciones efectivas a lo largo del tiempo, con Rt cambiando sólo cuando se introduce una intervención (Figura 2-12). Rt es el número medio de infecciones secundarias por individuo infectado, asumiendo que las intervenciones que se realizan en el momento t permanecen en el lugar durante todo su período infeccioso. Cada país tiene su propio número de reproducción inicial Rt antes de que se lleven a cabo las intervenciones. Se supone que las intervenciones específicas tienen el mismo impacto relativo en Rt en cada país cuando se introdujeron allí y están informadas por los datos de mortalidad en todos los países. Figura l: Cronogramas de intervención para los 11 países europeos incluidos en el análisis.Para más detalles, véase el apéndice 8.6.2 2.1.Números reales estimados de infecciones y tasas actuales de ataqueEn todos los países, estimamos que hay órdenes de magnitud menos infecciones detectadas (Figu En Italia, nuestros resultados sugieren que, acumulativamente, 5.9 [1,9-15,2] millones de personas han sido infectadas al 28 de marzo, dando una tasa de ataque del 9,8% [3,2%-25%] de la población (Tabla 1). España ha visto recientemente un gran aumento en el número de muertes, y dada su menor población, nuestro modelo estima que una mayor proporción de la población, 15,0% (7,0 [18-19] millones de personas) han sido infectadas hasta la fecha. Alemania se estima que tiene una de las tasas de ataque más bajas en el 0,7% con 600.000[240,000-1,500.000] personas infectadas. Imperial College COVID-19 Response TeamTabla l: Modelo posterior estimaciones del porcentaje de la población infectada al 28 de marzo de 2020. País % de la población total infectada (media [intervalo creíble del 95%l)Austria 1,1% [0,36%-3,1%]Bélgica 3,7% [1,3%-9,7%]Dinamarca 1,1% [0,40%-3,1%]Francia 3,0% [1,1%-7,4%]Alemania 0,72% [0,28%-1,8%]Italia 9,8% [3,2%-26%]Noruega 0,41% [0,09%-1,2%]España 15% [3,7%-41%]Suecia 3,1% [0,85%-8,4%]Suiza 3,2% [1,3%-7,6%]Reino Unido 2,7% [1,2%-5,4%]2,2 Números de reproducción e impacto de las intervencionesAveriguados en todos los países, estimamos que los números de reproducción inicial rondan los 3,87 [3,01-4,66], lo que está en consonancia con otras estimaciones.1'8 Estas estimaciones se basan en nuestra elección de la distribución entre intervalos seriales y la tasa de crecimiento inicial de Un intervalo serial más corto supone un menor número de reproducción inicial (Apéndice 8.4.2, Apéndice 8.4.6).Los números de reproducción inicial también son inciertos debido a que: a) la importación es la fuente dominante de nuevas infecciones al principio de la epidemia, en lugar de la transmisión local (b) la posible incertidumbre en las muertes, particularmente antes de que se generalizaran las pruebas.Estimamos que los grandes cambios en la Rt en respuesta a las intervenciones combinadas no farmacéuticas.Nuestros resultados, impulsados en gran parte por países con epidemias avanzadas y un mayor número de muertes (por ejemplo, Italia, España), sugieren que estas intervenciones han tenido conjuntamente un impacto sustancial en la transmisión, medidos por los cambios en el número de reproducción estimado Rt. En todos los países encontramos estimaciones actuales de Rt que van desde una media posterior de 0,97 [0,14-2,14] para Noruega a una media a posteriori de 2,64 [1,40-4,18] para Suecia, con un promedio de 1,43 en los 11 países a posteriori, una reducción del 64% en comparación con los valores de pre-intervención. Observamos que estas estimaciones son consistentes en que el impacto de la intervención es el mismo en diferentes países y en diferentes épocas. En todos los países excepto Suecia, con las mismas suposiciones, estimamos que el número de reproducción actual incluye 1 en el rango de incertidumbre. El número de reproducción estimado para Suecia es mayor, no porque las tendencias de mortalidad son significativamente diferentes de cualquier otro país, sino como un artefacto de nuestro modelo, que supone una reducción menor en Rt porque no se ha ordenado un bloqueo completo en la medida. En general, aún no podemos concluir si las intervenciones actuales son suficientes para lograr que Rt sea inferior a 1 (posterior probabilidad de ser inferior a 1,0 es un 44% en promedio en todos los países). También no podemos concluir si las intervenciones pueden ser diferentes entre países o con el tiempo. Sigue habiendo un alto nivel de incertidumbre en estas estimaciones.Es demasiado pronto para detectar un impacto sustancial de la intervención en muchos países en etapas anteriores de su epidemia (por ejemplo, Alemania, Reino Unido, Noruega).Muchas intervenciones se han producido sólo recientemente, y sus efectos aún no se han observado plenamente debido al retraso entre la infección y la muerte.Esta incertidumbre reducirá a medida que se disponga de más datos.Para todos los países, nuestro modelo se ajusta bien a los datos de muertes observadas (pruebas de bondad de la adecuación bayesiana).También descubrimos que nuestro modelo puede predecir de manera fiable las muertes diarias 3 días en el futuro, reteniendo los últimos 3 días de datos Sin embargo, al realizar un análisis de sensibilidad (Apéndice 8.4.3) con distribuciones previas sin información (donde las intervenciones pueden aumentar las muertes) encontramos un impacto similar de las intervenciones del equipo de respuesta del Colegio Imperial COVID-19, que muestra que nuestra elección de la distribución previa no está impulsando los efectos que vemos en el análisis principal.Figura 2: Estimaciones a nivel de país de infecciones, muertes y Rt. Izquierda: número diario de infecciones, marronbars se reportan infecciones, bandas azules son infecciones predichas, intervalo creíble de azul oscuro 50% (IC), azul claro 95% IC. El número de infecciones diarias estimadas por nuestro modelo disminuye inmediatamente después de una intervención, ya que suponemos que todas las personas infectadas se vuelven inmediatamente menos infecciosas a través de la intervención. Medio: número diario de muertes, barritas marrones se reportan muertes, bandas azules se predicen muertes, Cias en la parcela izquierda. Derecha: número de reproducción variable en el tiempo Rt, verde oscuro 50% IC, verde claro 95% IC. Iconos son intervenciones mostradas en el momento en que ocurrieron. Imperial College COVID-19 Response TeamTabla 2: Muertes previstas totales desde el inicio de la epidemia hasta el 31 de marzo en nuestro modelo y en un modelo contrafactual (suponiendo que no hubo intervención).Estimadas muertes evitadas durante este período como resultado de las intervenciones.Números entre paréntesis son intervalos creíbles del 95%. 2.3 Impacto estimado de las intervenciones en las muertesLa Tabla 2 muestra el total de muertes previstas desde el comienzo de la epidemia hasta el 31 de marzo bajo nuestro modelo ajustado y bajo el modelo contrafactual, que predice lo que habría ocurrido si no se implementaran intervenciones (y R, En Italia y España, donde la epidemia está avanzada, se han evitado 38.000 muertes [13.000-84.000] y 16.000 [5400-35.000], respectivamente. Incluso en el Reino Unido, que es mucho más temprano en su epidemia, se han evitado 370 [73-1,000] muertes, que sólo dan lugar a las muertes evitadas que habrían ocurrido hasta el 31 de marzo. Si se incluyeran las muertes de individuos actualmente infectados en ambos modelos, lo que podría ocurrir después del 31 de marzo, las muertes evitadas serían sustancialmente más altas. Figura 3: Número diario de muertes confirmadas, predicciones (hasta el 28 de marzo) y previsiones (después) para (a)Italia y (b) España de nuestro modelo con intervenciones (azul) y del modelo sin intervencionescontrafactuales (rosa); los intervalos creíbles se muestran una semana en el futuro. Otros países se muestran en el Apéndice 8.6. 03/0 25% 50% 753% 100%(sin efecto sobre la transmisibilidad) (final de la transmisibilidadReducción porcentual en R.Figura 4: Nuestro modelo incluye cinco covariables para intervenciones gubernamentales, ajustando para si la intervención fue la primera realizada por el gobierno en respuesta a COVID-19 (rojo) o fue posterior a otras intervenciones (verde).Se muestra una reducción porcentual relativa media en Rt con intervalos creíbles posteriores al 95%.Si se logra una reducción del 100%, Rt = 0 y no hay mástransmisión de COVID-19.No hay efectos significativamente diferentes de los de otras intervenciones, probablemente debido al hecho de que muchas intervenciones ocurrieron en el mismo día o en días de cada una como se muestra en la Figura l.3 DiscusiónDurante esta fase temprana de medidas de control contra el nuevo coronavirus en Europa, analizamos tendencias en el número de muertes para evaluar la medida en que se está reduciendo la transmisión Al representar el proceso de infección por COVID-19 utilizando un modelo jerárquico semimecánico, conjunto y bayesiano, podemosreducir las tendencias observadas en los datos de muertes y podemos pronosticar con precisión en cortos horizontes de tiempo.Estimamos que ha habido muchas más infecciones de las que se reportan actualmente.El alto nivel de incertidumbre de infecciones que estimamos aquí es probable debido al enfoque en pruebas en entornos hospitalarios más que en la comunidad.A pesar de esto, sólo una pequeña minoría de individuos en cada país han sido infectados, con una tasa de ataque en promedio del 4,9% [l,9%-l%] con una considerable variación entre países (Tabla 1).Nuestras estimaciones implican que las poblaciones en Europa no están cercanas a la inmunidad de rebaños ("50-75% si R0 es 2-4).Además, con los valores de Rt disminuyendo sustancialmente, la tasa de adquisición de inmunidad de rebaños se ralentizará rápidamente. Esto implica que el virus será capaz de propagarse rápidamente en caso de que se levanten las intervenciones.Tales estimaciones de la tasa de ataque hasta la fecha deben ser validadas con urgencia por pruebas de anticuerpos recientemente desarrolladas en encuestas de población representativas, una vez que éstas estén disponibles.Estimamos que las intervenciones no farmacéuticas importantes han tenido un impacto sustancial en el número de reproducción que varía en el tiempo en los países donde ha habido tiempo para observar los efectos de la intervención en las tendencias de las muertes (Italia, España). Debido a la rápida sucesión de intervenciones en muchos países, no se dispone de datos suficientes para estimar el tamaño del efecto individual de cada intervención, y desalentamos la atribución de asociaciones a la intervención individual.En algunos casos, como Noruega, donde todas las intervenciones se ejecutaron a la vez, estos efectos individuales son por definición no identificables.A pesar de esto, aunque no se pueden determinar los impactos individuales, su impacto conjunto estimado está fuertemente justificado empíricamente (véase el apéndice 8.4 para el análisis de sensibilidad).Si bien el crecimiento de las muertes diarias ha disminuido, debido a la diferencia entre las infecciones y las muertes, es de esperar un aumento continuo de las muertes diarias durante algún tiempo.Para comprender el impacto de las intervenciones, nos ajustamos a un modelo contrafactual sin las intervenciones y lo comparamos con el modelo real.Consideramos Italia y el Reino Unido -dos países en etapas muy diferentes de sus epidemias.Para el Reino Unido, donde las intervenciones son Los resultados sugieren que las intervenciones tendrán un gran impacto en las infecciones y muertes a pesar del aumento de ambos.Para Italia, donde ha pasado mucho más tiempo desde que se han implementado las intervenciones, está claro que el modelo sin intervenciones no encaja bien con los datos, y no puede explicar la reducción sublineal (en la escala logarítmica) de las muertes (véase la figura 10).El modelo contrafactual para Italia sugiere que, a pesar de la creciente presión sobre los sistemas de salud, las intervenciones han evitado una catástrofe sanitaria en la que el número de nuevas muertes habría sido 3,7 veces mayor (38.000 muertes evitadas) de lo que se observa actualmente.Incluso en el Reino Unido, mucho antes de su epidemia, se prevé que las recientes intervenciones evitarán 370 muertes totales hasta el 31 de marzo. Dados los índices de mortalidad por infecciones observadas y la epidemiología de la COVID-19, las intervenciones no farmacéuticas importantes han tenido un impacto sustancial en la reducción de la transmisión en los países con epidemiologías más avanzadas. Es demasiado pronto para estar seguros de que se verán reducciones similares en los países en las etapas anteriores de su epidemia. Si bien no podemos determinar qué conjunto de intervenciones han tenido más éxito, ya podemos ver cambios en las tendencias de nuevas muertes. Cuando se pronostican 3 días y se examina toda la epidemia, el número de muertes evitadas es sustancial. Observamos que se está produciendo una innovación sustancial, y nuevas intervenciones o refinamientos más eficaces de las intervenciones actuales, junto con cambios de comportamiento, contribuirán aún más a la reducción de las infecciones. No podemos decir con certeza que las medidas actuales hayan controlado la epidemia en Europa; sin embargo, si continúan las tendencias actuales, hay razones para el optimismo. Proponemos una estructura plausible para el proceso de infección y luego estimamos los parámetros empíricamente. Sin embargo, muchos parámetros tuvieron que ser dados fuertes distribuciones previas o tenían que ser fijados. Para estas suposiciones, hemos proporcionado citas relevantes a estudios previos. A medida que se disponga de más datos y surjan mejores estimaciones, actualizaremos estos reportes quincenales. Nuestra elección de la distribución de intervalos seriales influye fuertemente en la distribución previa para el inicio de R0. Nuestra relación de mortalidad por infección y distribuciones de infección a muerte influyen fuertemente en la tasa de muerte y por lo tanto el número estimado de casos subyacentes verdaderos. También suponemos que el efecto de las intervenciones es el mismo en todos los países, lo cual puede no ser totalmente realista. Esto implica que los países con intervenciones tempranas y más muertes ya que estas intervenciones (por ejemplo, Italia, España) influyen fuertemente en las estimaciones del impacto de la intervención en los países en las etapas más tempranas de Hemos intentado crear definiciones coherentes de todas las intervenciones y documentar detalles al respecto en elApéndice 8.6. Sin embargo, invariablemente habrá diferencias de un país a otro en la fuerza de su intervención, por ejemplo, la mayoría de los países han prohibido la reunión de más de 2 personas cuando se aplica un bloqueo, mientras que en Suecia el gobierno sólo prohibió la reunión de más de 10 personas. Estas diferencias pueden distorsionar los impactos en países con muy pocos datos. Creemos que nuestra incertidumbre puede cubrir en cierto grado estas diferencias, y a medida que se disponga de más datos, loscoeficientes deberían ser más fiables. Sin embargo, a pesar de estas fuertes suposiciones, hay suficiente señal en los datos para estimar los cambios en R, (véase el análisis de sensibilidad reportado en el Apéndice 8.4.3) y esta señal se incrementará con el tiempo. En nuestro marco jerárquico bayesiano, cuantificamos robustamente la incertidumbre en nuestras estimaciones de parámetros y predicciones posteriores. Esto se puede ver en los intervalos creíbles más amplios de los últimos días, en los que se dispone de pocos o ningún dato sobre la muerte para informar las estimaciones. Además, predecimos el impacto de la intervención a nivel nacional, pero puede haber diferentes tendencias en diferentes partes de cada país.Por ejemplo, la epidemia en el norte de Italia estaba sujeta a controles antes que el resto del país.5DatosNuestro modelo utiliza datos diarios sobre la mortalidad en tiempo real del ECDC (Centro Europeo de Control de Enfermedades), donde catalogamos datos de casos de 11 países europeos que actualmente padecen la epidemia: Austria, Bélgica, Dinamarca, Francia, Alemania, Italia, Noruega, España, Suecia, Suiza y Reino Unido.El ECDC proporciona información sobre casos confirmados y muertes atribuibles a COVID-19.Sin embargo, los datos de casos son muy poco representativos de la incidencia de infecciones debido a la infrarreportación, así como a cambios sistemáticos y específicos de países Nosotros, por lo tanto, utilizamos sólo las muertes atribuibles a COVID-19 en nuestro modelo; no utilizamos las estimaciones de casos de ECDC en absoluto.Si bien las muertes observadas todavía tienen cierto grado de falta de fiabilidad, de nuevo debido a cambios en los informes y las pruebas, creemos que los datos son de suficiente fidelidad al modelo.Para los recuentos de población, utilizamos los recuentos desglosados por edad de la UNPOP.10También catalogamos datos sobre la naturaleza y el tipo de intervenciones no farmacéuticas importantes.Miramos las páginas web gubernamentales de cada país, así como sus páginas web oficiales de información y división de salud pública para identificar los últimos consejos/leyes que emiten el gobierno y las autoridades sanitarias públicas.Recopilamos lo siguiente:Se ordenó el cierre de la escuela: Esta intervención se refiere a los cierres extraordinarios de escuelas a nivel nacional que en la mayoría de los casos se refieren al cierre de escuelas primarias y secundarias (para la En el caso de Dinamarca y Suecia, permitimos el cierre parcial de las escuelas sólo en las escuelas secundarias. La fecha del cierre de la escuela se considera como la fecha efectiva en que las escuelas comenzaron a cerrarse (si este era un lunes, la fecha utilizada era la de los sábados anteriores, ya que alumnos y estudiantes se quedaron efectivamente en casa a partir de esa fecha). Medidas basadas en casos. Esta intervención comprende recomendaciones o leyes sólidas al público en general y a la atención primaria sobre el autoaislamiento al mostrar síntomas similares al COVID-19.Estos incluyen también programas nacionales de pruebas en los que las personas pueden someterse a pruebas y posteriormente autoaislarse. Nuestra definición se limita al asesoramiento del gobierno nacional a todas las personas (por ejemplo, el Reino Unido) o a toda atención primaria y excluye únicamente el asesoramiento regional.Estos no incluyen intervenciones en fase de contención como el aislamiento si regresan de un país epidémico como China. Se ha fomentado el distanciamiento social: Como una de las primeras intervenciones contra la propagación de la pandemia COVID-19, muchos gobiernos han publicado consejos sobre distanciamiento social, incluyendo la recomendación de trabajar desde el hogar siempre que sea posible, reduciendo el uso del transporte público y todos los demás contactos no esenciales.Las fechas utilizadas son aquellas en las que el distanciamiento social ha sido recomendado oficialmente por el gobierno; el consejo puede incluir mantener una distancia física recomendada de otros. Decretado el bloqueo: Hay varios escenarios diferentes a los que los medios de comunicación se refieren como bloqueo. Como definición general, consideramos regulaciones/legislaciones sobre estricta interacción social cara a cara: incluyendo la prohibición de cualquier reunión pública no esencial, cierre de instituciones educativas y públicas/culturales, ordenando a las personas a permanecer en casa aparte del ejercicio y las tareas esenciales.Incluimos casos especiales en los que no se mencionan explícitamente en los sitios web del gobierno pero son reforzados por la policía Las fechas utilizadas son las fechas efectivas en que se han implementado estas legislaciones. Observamos que el bloqueo abarca otras intervenciones previamente implementadas. Primera intervención: Como muestra la Figura 1, los gobiernos europeos han escalado las intervenciones rápidamente, y en algunos ejemplos (Noruega/Dinamarca) han implementado todas estas intervenciones en un solo día. Por lo tanto, dada la autocorrelación temporal inherente a la intervención gubernamental, incluimos covariable abinaria para la primera intervención, que puede interpretarse como una decisión gubernamental de tomar medidas importantes para controlar COVID-19. Una lista completa de las fechas de estas intervenciones y las fuentes que hemos utilizado se puede encontrar en el Apéndice 8.6. 6 Métodos ResumenUn resumen visual de nuestro modelo se presenta en la Figura 5 (detalles en los Apéndices 8.1 y 8.2). El código de replicación está disponible en https://github.com/mperiaCollegeLondres/covid19model/releases/tag/vl.0Ajustamos nuestro modelo a las muertes observadas de acuerdo con los datos de ECDC de 11 países europeos.Las muertes modeladas se basan en una distribución de infección a inicio (tiempo desde la infección hasta el inicio de los síntomas), una distribución de inicio a muerte (tiempo desde el inicio de los síntomas hasta la muerte) y la relación de mortalidad por infección media de la población (ajustada para la estructura de edad y los patrones de contacto de cada país, véase el Apéndice).Debido a estas distribuciones y proporciones, las muertes modeladas son una función del número de infecciones.El número de infecciones modelado se basa en la distribución por intervalos de serie (tiempo medio desde la infección de una persona hasta el momento en que infectan a otra Finalmente, el número de reproducción variable en el tiempo es una función del número de reproducción inicial antes de las intervenciones y los tamaños de efecto de las intervenciones.Figura 5: Resumen de los componentes del modelo. Siguiendo la jerarquía de abajo a arriba nos da un marco completo para ver cómo las intervenciones afectan a las infecciones, que pueden resultar en muertes.Utilizamos la inferencia bayesiana para asegurar que nuestras muertes modeladas puedan reproducir las muertes observadas lo más cerca posible.De abajo a arriba en la Figura 5, hay un retraso implícito en el tiempo que significa el efecto de intervenciones muy recientes se manifiestan débilmente en muertes actuales (y se fortalecen a medida que avanza el tiempo).Para maximizar la capacidad de observar el impacto de la intervención en las muertes, encajamos nuestro modelo conjuntamente para los 11 países europeos, lo que resulta en un conjunto de datos grande. Hemos evaluado el efecto de nuestras elecciones de distribución de Bayesianprior y evaluado nuestra calibración posterior bayesiana para asegurar que nuestros resultados seanestadísticamente robustos (Apéndice 8.4). 7 AgradecimientosLa investigación inicial sobre covariables en el Apéndice 8.6 fue fuente de crowdsourcing; agradecemos a varias personas de todo el mundo por su ayuda. Este trabajo fue apoyado por el Centro de financiación del Consejo de Investigación Médica del Reino Unido bajo un acuerdo con el Departamento de Desarrollo Internacional del Reino Unido, la Unidad de Investigación sobre Protección de la Salud del NIHR en Metodología de Modelado y CommunityJameel. 8 Apéndice: Modelo de Análisis de Especificaciones, Validación y Sensibilidad8.1 Modelo de muerteObservamos muertes diarias Dam durante los días t E 1,...,n y países m E 1,...,p. Estas muertes diarias se modelan utilizando una presa de función real valuada positiva Se supone que la presa sigue una distribución binomio negativa conEl número esperado de muertes (1 en un país determinado en un día dado es una función del número de infecciones C que ocurren en días anteriores. Al principio de la epidemia, las muertes observadas en un país pueden estar dominadas por muertes que resultan de infecciones que no se adquieren localmente. Para evitar sesgar nuestro modelo por esto, sólo incluimos muertes observadas desde el día después de que un país haya observado acumulativamente 10 muertes en nuestro modelo. Para vincular mecánicamente nuestrafunción de muertes a casos infectados, utilizamos una infección COVID-19-fatalidad-ratio ifr estimada previamente (probabilidad de muerte dada infección)9 junto con una distribución detiempos desde la infección hasta la muerte TE. El ifr se deriva de estimaciones presentadas en Verity et al11 que suponen tasas de ataque homogéneo entre grupos de edad. Para ajustar mejor las estimaciones de las tasas de ataque por edades generadas utilizando información más detallada sobre los patrones de mezcla de países y edades específicas, escalamos estas estimaciones (el ifr no ajustado, al que aquí se hace referencia como ifr’) de la siguiente manera como en el trabajo anterior.4Let Ca ser el número de infecciones generadas en el grupo de edad a, Na el tamaño subyacente de la población en ese grupo de edad y AR“ 2 Ca/Na el índice de ataque específico de grupo de edad.El ifr ajustado se da entonces por: ifra = fififié, donde AR50_59 es la tasa de ataque prevista en el grupo de edad de 50-59 años después de incorporar los patrones de contacto y mezcla específicos de países.Este grupo de edad fue elegido como referencia ya que tenía el nivel más bajo previsto de subinforme en análisis previos de los datos de la epidemia china“. Se obtuvieron estimaciones por países de la tasa de ataque por edad, AR“, para los 11 países europeos en nuestro análisis de un estudio anterior que incorpora información sobre el contacto entre individuos de diferentes edades en países de toda Europa12. Luego se obtuvieron estimaciones globales de cada país ajustando tanto para la demografía como para las tasas de ataque específicas por edad. Utilizando información epidemiológica estimada de estudios anteriores,"11 se supone que la TE es la suma de dos tiempos aleatorios independientes: la distribución del período de incubación (infección al inicio de los síntomas o infección hasta el inicio) y el tiempo entre el inicio de los síntomas y la muerte (ingreso a la muerte). La distribución de la infección hasta el inicio es Gamma distribuida con media de 5,1 días y coeficiente de variación0,86. La distribución de la aparición a la muerte es también Gamma distribuida con una media de 18,8 días y coeficiente de va riación 0,45. Por lo tanto, la distribución de la infección-a-muerte está dada por:um ~ ifrm ~ (Gamma(5.1,0,86) + Gamma(18,8,0,45)) La Figura 6 muestra la distribución de la infección-a-muerte y la función de supervivencia resultante que se integra a la relación de mortalidad por infección.Figura 6: Distribución izquierda de la infección-a-muerte (media 23,9 días). Correcto, probabilidad de supervivencia de individuos infectados por día dada la relación de mortalidad por infección (1%) y la distribución de la infección-a-muerte por la izquierda.Usando la probabilidad de distribución de la muerte, el número esperado de muertes presa, en un día dado t, para el país, m, está dada por la siguiente suma discreta:El número de muertes hoy es la suma de las infecciones pasadas ponderadas por su probabilidad de muerte, donde la probabilidad de muerte Este enfoque ha sido utilizado en numerosos estudios previos13'16 y tiene una fuerte base teórica en procesos de conteo estocásticos basados en individuos como el proceso Hawkes y el proceso Bellman-Harris.”18 El nuevo modelo está relacionado con el modelo Susceptible-Infectado-Recuperado, excepto que la renovación no se expresa en forma diferencial. Para modelar el número de infecciones con el tiempo necesitamos especificar una distribución serialinterval g con densidad g(T), (el tiempo entre cuando una persona se infecta y cuando posteriormente infectan a otras personas), que elegimos ser Gamma distribuido:g ~ Gamma (6.50.62). La distribución del intervalo serial se muestra a continuación en la Figura 7 y se supone que es la misma para todos los países. Figura 7: Distribución del intervalo serial g con una media de 6,5 días. Dada la distribución del intervalo serial, el número de infecciones Eamon a determinado día t, y country, m, está dado por la siguiente función de convolución discreta:_ t—1Cam — Ram ZT=0 Cr,mgt—‘r r where, similar a la probabilidad de la función de muerte, el intervalo serial diario está discretizado porfs+0.51.5gs = T=s—0.Sg(T)dT fors = 2,3 y 91 = fT=Og(T)dT. Las infecciones dependen hoy en día del número de infecciones en los días anteriores, ponderadas por la distribución del intervalo serial discretizado.Esta ponderación es entonces escalada por el número de producción de tiempo específico, Ram, que modela el número medio de infecciones secundarias en un momento dado. La forma funcional para el número de reproducción del tiempo-Variante fue elegida para ser lo más simple posible para minimizar el impacto de supuestos previos fuertes: utilizamos una función constante por partes que escalaRam de una línea de base previa R0,m y es impulsada por las principales intervenciones no farmacéuticas conocidas que ocurren en diferentes países y tiempos. Incluyemos 6 intervenciones, una de las cuales se construye a partir de las otras 5 intervenciones, que son cronogramas de cierres escolares y universitarios (k=l), enfermedad autoaislante (k=2), prohibición de eventos públicos (k=3), cualquier intervención gubernamental en lugar (k=4), implementación de un bloqueo parcial o completo (k=5) y fomento del distanciamiento y aislamiento social (k=6). Denotamos la variable indicadora de intervención k E 1,2,3,4,5,6 por IkI’m, que es 1 si la intervención k está en placein country m en el La covariable “cualquier intervención gubernamental” (k=4) indica si alguna de las otras 5 intervenciones está en efecto, es decir, 14’t’m es igual a 1 en el momento t si alguna de las intervencionesk E 1,2,3,4,5 están en vigor en el país m en el momento t y es igual a 0 de lo contrario. Covariable 4 tiene la interpretación de indicar el inicio de la intervención gubernamental mayor. Se supone que el efecto de cada intervención es multiplicativo. Ram es, por lo tanto, una función de los indicadores de intervenciónIk’t’m en lugar en el momento t en el país m:Ram : R0,m eXp(— 212:1 O(Rheum)-La forma exponencial se utilizó para asegurar la positividad del número de reproducción, con R0,mconstreñido a ser positivo como aparece fuera de la exponencial. El impacto de cada intervención enRam se caracteriza por un conjunto de parámetros 0(1,...,OL6, con distribuciones previas independientes elegidas para el beock ~ Gamma(. 5,1). Los impactos ock son compartidos entre todos los países m y por lo tanto están informados por todos los datos disponibles. La distribución previa para R0 fue escogida para serR0,m ~ Normal(2,4, IKI) con K ~ Normal(0,0.5),Una vez más, K es el mismo entre todos los países para compartir información. Asumimos que la siembra de nuevas infecciones comienza 30 días antes del día después de que un país haya observado 10 muertes. A partir de esta fecha, sembramos nuestro modelo con 6 días secuenciales de infecciones extraídas de cl’m,...,66’m~EXponential(T), donde T~Exponential(0.03). Se estimaron los parámetros de manera conjunta para los 11 países en un único modelo jerárquico. Se realizó el ajuste en el lenguaje de programación probabilístico Stan,19 utilizando un sampler adaptativo Hamiltoniano Monte Carlo (HMC). Se realizaron 8 cadenas para 4000 iteración con 2000 iteración de calentamiento y un factor de adelgazamiento 4para obtener 2000 muestras posteriores. Se evaluó la convergencia posterior utilizando la estadística Rhat y mediante el diagnóstico de transiciones divergentes del sampler HMC. También se realizaron calibraciones anteriores a posteriori (véase más adelante). 8.3 ValidaciónValidamos la exactitud de las estimaciones puntuales de nuestro modelo utilizando la validación cruzada. En nuestro esquema de validación cruzada, dejamos fuera 3 días de datos de muerte conocidos (no acumulativos) y encajamos en nuestro modelo. Pronosticamos lo que el modelo predice para estos tres días. Presentamos las previsiones individuales para cada día, así como el Los resultados de validación cruzada se muestran en la Figura8.Figura 8: Resultados de validación cruzada para pronósticos agregados de 3 días y 3 díasFigura 8 proporciona una fuerte justificación empírica para nuestra especificación y mecanismo de modelo.Nuestra previsión precisa sobre un horizonte temporal de tres días sugiere que nuestras estimaciones ajustadas para Rt son apropiadas y plausibles.Además de las estimaciones puntuales, todos evaluamos nuestros intervalos posteriores creíbles utilizando la Rhatstatistic.La estadística de Rhat mide si nuestras cadenas Markov Chain Monte Carlo (MCMC) han convergido a la distribución de equilibrio (la distribución posterior correcta).La Figura 9 muestra las estadísticas de Rhatstatistics para todos nuestros parámetrosFigura 9: Las estadísticas de Rhat - valores cercanos a 1 indican la convergencia de MCMC. La Figura 9 indica que nuestra MCMC ha convergido. 8.4 SensibilidadAnálisis8.4.1 Previsión a escala logarítmica para evaluar la señal en los datosComo hemos destacado en todo el presente informe, el desfase entre las muertes y las infecciones significa que es tiempo suficiente para que la información propague backwards de las muertes a las infecciones y, en última instancia, al Rt. Una conclusión de este informe es la predicción de una desaceleración de la Rt en respuesta a las principales intervenciones. Recuperando la intuición de que se trata de datos impulsados y no simplemente una consecuencia de modelos altamente limitados, mostramos previsiones de muerte a escala logarítmica lineal. En esta escala, una línea que curvas por debajo de una tendencia lineal es indicativa de una desaceleración en el crecimiento de la epidemia. Nuestromodelo sugiere que Italia, un país que tiene el mayor número de muertes de COVID-19, verá una desaceleración en el aumento de las muertes diarias durante la próxima semana en comparación con las primeras etapas de la epidemia. Investigamos la sensibilidad de nuestras estimaciones de inicio y final Rt a nuestra supuesta distribución de intervalos seriales. Para ello consideramos varios escenarios, en los que cambiamos la media de distribución de intervalos seriales, de un valor de 6,5 días, para tener valores de 5, 6, 7 y 8 días. En la Figura 13, mostramos nuestras estimaciones de R0, el número de reproducción inicial antes de las intervenciones, para cada uno de estos escenarios. El orden relativo de la Rt=0 en los países es consistente en todos los entornos. Sin embargo, como se esperaba, la escala de Rt=0 se ve considerablemente afectada por este cambio. Esto se debe a que para alcanzar el tamaño observado actualmente de las epidemias, un intervalo serial más largo se compensa con un R0 estimado más alto. Además, en la Figura 14, mostramos nuestras estimaciones de Rt en el momento del modelo más reciente, de nuevo para cada uno de estos escenarios.La media del intervalo serial puede influir sustancialmente en Rt, sin embargo, los intervalos posteriores de Rt se superponen ampliamente.Figura 13: Número de reproducción inicial R0 para diferentes distribuciones de intervalo serial (SI) (medias entre 5 y 8 días).Utilizamos 6,5 días en nuestro análisis principal.Figura 14: Rt el 28 de marzo de 2020 estimado para todos los países, con distribución de intervalo serial (SI) medias entre 5 y 8 días.Utilizamos 6,5 días en nuestro análisis principal. Para evitar la colinealidad, realizamos 6 modelos separados, con efectos resumidos a continuación (comparar con el análisis principal de la Figura 4). En esta serie de análisis univariados, encontramos (Figura 15) que todos los efectos por sí solos sirven para disminuir el Rt. Esto nos da confianza en que nuestra elección de la distribución previa no está impulsando los efectos que vemos en el análisis principal. Lockdown tiene un efecto muy grande, lo más probable debido a que ocurre después de otras intervenciones en nuestro conjunto de datos. Los tamaños de efecto relativamente grandes para las otras intervenciones son más probables debido a la coincidencia de las intervenciones en el tiempo, de tal manera que una intervención es un proxy para unos pocos otros. Figura 15: Efectos de diferentes intervenciones cuando se utilizan como los únicos covariables en el modelo. 8.4.4.4Para evaluar las suposiciones previas sobre nuestra forma funcional constante por pieza para Rt probamos utilizando una función a Encajamos un modelo con una distribución previa de proceso gaussiano a los datos de Italia donde hay la mayor señal en los datos de muerte. Encontramos que el proceso gaussiano tiene una tendencia muy similar al modelo constante por partes y vuelve a la media en regiones de no datos. La correspondencia de una función completamente no paramétrica y nuestra función constante por piezas sugiere una especificación paramétrica adecuada de Rt. Montaje no paramétrico de Rf usando un proceso gaussiano:8.4.5 Dejar fuera el análisis del paísDebido a las diferentes longitudes de la epidemia de cada país europeo, algunos países, como Italia tienen muchos más datos que otros (como el Reino Unido). Para asegurarnos de que no estamos aprovechando demasiada información de ningún país realizamos un análisis de sensibilidad “dejar fuera un país”, donde recorrimos el modelo sin un país diferente cada vez. La Figura 16 y la Figura 17 son ejemplos de resultados para el Reino Unido, dejando de En general, para todos los países, no observamos ninguna dependencia significativa de ningún país.Figura 16: Resultados de modelos para el Reino Unido, cuando no se utilizan datos de Italia para ajustar el modelo.Ver laFigura 17: Resultados de modelos para el Reino Unido, cuando no se utilizan datos de España para ajustar el modelo.Ver subtítulo de la Figura 2 para una explicación de las gráficas. Para resultados teóricos bien conocidos de la ecuación de renovación, dada una distribución de intervalo serie g(r) con media m y desviación estándar 5, dada a = mZ/S2 y b = m/SZ, y posteriormente R0 = (1 + %).Figura 18 muestra teóricamente derivada R0 junto con nuestras estimaciones de Rt=0 de nuestro modelo jerárquico bayesiano.Como se muestra en la Figura 18 hay una grancorrespondencia entre nuestro número de reproducción inicial estimado y el número de reproducción básica implícito por la tasa de crecimiento r.R0 (rojo) vs R(FO) (negro)Figura 18: Nuestra estimación de R0 (negro) versus Ru(rojo) teóricamente derivado de un ajuste de regresión log lineal. 8.5 Análisis contrafactual — intervenciones frente a no intervencionesFigura 19: Número diario de muertes confirmadas, predicciones (hasta el 28 de marzo) y previsiones (después) para todos los países, excepto Italia y España, de nuestro modelo con intervenciones (azul) y del modelo contrafactual sin intervenciones (rosa); los intervalos creíbles se muestran a una semana en el futuro. DOI: https://doi.org/10.25561/77731Página 28 de 3530 de marzo de 2020 Imperial College Equipo de respuesta COVID-19 8.6 Fuentes de datos y cronograma de intervencionesFigura 1 y Tabla 3 muestran las intervenciones de los 11 países en nuestro estudio y las fechas en que estas intervenciones entraron en vigor. Tabla 3: Calendario de intervenciones. País Tipo Evento Fecha efectivaCerrado escolar ordenadoCerrados escolares nacionales.20 14/3/2020Eventos públicosprohibido la celebración de reuniones de más de 5 personas.21 10/3/2020Prohibir todo acceso a espacios públicos y reunionesLockdown de más de 5 personas.Consejos para mantener 1 distancia ordenada.22 16/3/2020Desplazamiento socialalentadoRecomendación para mantener una distancia de 1m.22 16/3/2020Medidas de Austria basadas en casos Implementado en el bloqueo.22 16/3/2020Cerrado escolar ordenadoCerrados escolares nacionales.23 14/3/2020Eventos públicos Todas las actividades recreativas canceladas independientemente de la talla prohibida.23 12/3/2020Los ciudadanos deben permanecer en casa excepto para el trabajo de Lockdown y los viajes esenciales. 24 18/3/2020El transporte público sólo se recomienda para los viajes esenciales de distanciamiento social, el trabajo desde casa fomentado, todos los lugares de interés público, por ejemplo, restaurantes cerrados.23 14/3/2020Case-based Todo el mundo debe permanecer en casa si experimenta una Bélgica mide la tos o la fiebre.25 10/3/2020Cierre escolar Escuelas secundarias cerradas y universidades (escuelas de orden primario también cerradas el 16).26 13/3/2020Eventos públicos Prohibición de eventos > 100 personas, instituciones cerradas de prohibición cultural, instalaciones de ocio, etc.27 12/3/2020Prohibición de reuniones de > 10 personas en lugares públicos y todos ordenados fueron cerrados.27 18/3/2020Uso limitado del transporte público. Todas las instituciones de distancia social cultural cierran y recomiendan mantener una distancia adecuada alentada.28 13/3/2020Base de casos Todo el mundo debe permanecer en casa si experimenta una Dinamarca medidas de tos o fiebre.29 12/3/2020Cierre de escuelas ordenado Cierre de escuelas nacionales.30 14/3/2020Eventos públicosprohibidos Prohibiciones de eventos > 100 personas.31 13/3/2020Lockdown Todo el mundo tiene que permanecer en casa.Necesita un formulario de autorización autoordenada para salir de casa.32 17/3/2020Consejos de estímulo social en el momento del bloqueo.32 16/3/2020Medidas basadas en casosFrancia Consejos en el momento del bloqueo.32 16/03/2020Cierre de escuelas ordenados Nacionalmente.33 14/3/2020Eventos públicos Ninguna reunión de > 1000 personas. 34 22/3/2020Lockdown Recopilaciones de > 2 personas prohibidas, 1,5 distancias ordenadas.35 22/3/2020Desplazamiento social Evite la interacción social siempre que sea posibleAlentado recomendado por Merkel.36 12/3/2020Consejo para todos los que experimentan síntomasContacto basado en un caso de una agencia de atención de la salud para hacerse la prueba y las medidas de Alemania para entonces auto-aislarse.37 6/3/2020Cierre de escuelas ordenado Cierre de escuelas a nivel nacional.38 5/3/2020Eventos públicosprohibidos El gobierno prohíbe todos los eventos públicos.39 9/3/2020Lockdown El gobierno cierra todos los lugares públicos. Las personas ordenadas tienen que permanecer en casa excepto para los viajes esenciales.40 11/3/2020Hay que mantener una distancia de más de 1 m y se debe fomentar el distanciamiento social de cualquier otra forma de agregación alternativa.40 9/3/2020Consejo basado en casos de autoaislamiento si experimenta síntomasMedidas en Italia y cuarentena si se prueba positivo.41 9/3/2020La Dirección de Salud de Noruega cierra todas las instituciones educativas de cierre escolar.Incluidas las instalaciones ordenadas para el cuidado de los niños y todas las escuelas.42 13/3/2020Eventos públicos La Dirección de Salud prohíbe todo contacto social no necesario.42 12/3/2020Lockdown Sólo las personas que viven juntas están permitidas fuera de orden. Todo el mundo tiene que mantener una distancia de 2 metros.43 24/3/2020Desconexión social La Dirección de Salud aconseja contra todo tipo de viajes alentados y contactos sociales no necesarios.42 16/3/2020Consejo basado en un caso para aislarse por 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre.44 15/3/2020Ordenado Cierre de escuelas nacionales.45 13/3/2020Eventos públicosprohibido Prohibir todos los eventos públicos mediante bloqueo.46 14/3/2020Lockdownordenado Bloqueo de todo el país43 14/3/2020Consejo de distanciamiento social sobre distanciamiento social y trabajo en forma remota alentada desde casa.47 9/3/2020Consejo basado en un caso para autoaislarse por 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre en España47 17/3/2020Cerrado de escuelas y escuelas secundarias superiores cerrado.48 18/3/2020Eventos públicosprohibidos El gobierno prohíbe eventos > A las personas con síntomas leves se les dice que limiten el contacto social de distanciamiento social, el estímulo para trabajar desde una casa alentada.50 16/3/2020Consejo basado en un caso de auto-aislamiento si experimentan tos o Suecia mide los síntomas de fiebre.51 Cierre de la escuela ordenado No en persona hasta el 4 de abril.52 14/3/2020Eventos públicos prohibidos El gobierno prohíbe eventos > 100 personas.52 13/3/2020Reuniones ordenadas de bloqueo de más de 5 personas están prohibidas.53 2020-03-20Consejos para mantener la distancia.Todas las empresas donde el distanciamiento social no se puede realizar se han cerrado en todos los estados alentados (kantones).54 16/3/2020Consejo basado en un caso para auto-aislarse si experimentan tos o Suiza mide los síntomas de fiebre.55 2/3/2020Cierre de la escuela general. Los cuidadores de niños, las guarderías para el cierre de escuelas y las sextas formas deben seguir las directrices ordenadas.56 21/3/2020Eventos públicos prohibidos Implementados con bloqueo.57 24/3/2020Los conjuntos de más de 2 personas no pertenecientes al mismo hogar están prohibidos y sujetos a la policía.57 24/3/2020Consejos de distanciamiento social para evitar pubs, clubes, teatros y otras instituciones públicas alentadas.58 16/3/2020Consejo basado en un caso para aislarse durante 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre en el Reino Unido.59 12/3/20209 Referencias1. Li, R. et al. Infección indocumentada sustancial facilita la rápida difusión del nuevocoronavirus (SARS-CoV2). Ciencia (2020) doi:10.1126/science.abb3221. 2. Zhang, J. et al. Patrones de contacto social humano y contacto con animales en Shanghai, China 5cLRep.9,1—11(2019)3. Worldómetros.info. Hong Kong: casos de coronavirus. https://www.wo rldómetros.info/co ronavirus/country/china-hong-kong-sar/. 4. Ferguson, N. et al. Impacto de las intervenciones no farmacéuticas (NPI) para reducir la mortalidad y la demanda de asistencia sanitaria (Informe 9). https://www.imperial.ac.uk/mrc-global-infectious-disase-analysis/news--wuhan-coronavirus/. 5. Cereda, D. et al. La fase inicial del brote de COVID-19 en Lombardy, Italia. arXiv (2020). 6. Zhao, A. J. et al. Título: Respuestas anticuerpos al SARS-CoV-2 en pacientes con nuevas enfermedades por coronavirus 2019 Título breve : Respuestas anticuerpos en pacientes con COVID-19. (2020). 7. Jombart, T. et al. Inferir el número de casos de COVID-19 de muertes recientemente notificadas. medRXiV 2020.03.10.20033761(2020)doi:10.10101/2020.03.10.20033761. 8. Zhang, J. et al. Perfil de edad de susceptibilidad, mezcla y distanciamiento social dan forma a la dinámica del brote de la nueva enfermedad por coronavirus 2019 en China. (2020) doi:10.10101/2020.03.19.20039107. 9. Lourenco, J. et al. Los principios fundamentales de la propagación epidémica destacan la necesidad inmediata de realizar encuestas serológicas a gran escala para evaluar la etapa de la epidemia por SARS doi:10.1101/2020.03.24.2004229110.Naciones Unidas, Departamento de Asuntos Económicos y Sociales, División de Población. WorldPopulation Prospects 2019: Data booket. ST/ESA/SER.A/424. (2019). 11. Verity, R. et al. Estimaciones de la gravedad de la enfermedad de COVID-19. Lancet Infect Dis en la prensa (2020). 12. Walker, P. G. T. et al. Report 12: The Global Impact of COVID-19 and Strategies for Mitigation and Supresation. 13. Fraser, C. Estimating Individual and Household Reproduction Numbers in a EmergingEpidemmic. PL05 ONE 2, e758 (2007). 14. Cori, A., Ferguson, N. M., Fraser, C. & Cauchemez, S J. Epidemiol. 178, 1505-1512(2013115. Nouvellet, P. et al. Un enfoque sencillo para medir la transmisibilidad y la incidencia prevista. Epidemias 22, 29-35 (2018). 16. Cauchemez, 8., Valleron, A. J., Boelle, P. Y., Flahault, A. & Ferguson, N. M. Estimación del impacto del cierre escolar en la transmisión de la gripe a partir de datos Sentinel. Nature 452, 750-754 (2008). 17. Bellman, R. & Harris, T. On Age-Dependent Binary Branking Processes. Ann. Math. 55, 280-295(1952118. Bellman, R. & Harris, T. E. Sobre la teoría de los procesos de ramificación estocásticos dependientes de la edad. Proc. Nat 34, 601-604 (1948). 19. Stan Development Team. 2018. The Stan Core Library, versión 2.18.0. http://mc-stan.org. 20. Bundesministerium. Coronavirus (COVID-19): Status quo — Schulen, Hochschulen,Universitaten und Forschungsinstitutionen. https://www.bmbwf.gv.at/Ministerium/Informationspflicht/corona/corona_status.html. 21. Henley, J. Coronavirus: Los Estados de la Unión Europea promulgan medidas duras para la propagación del tallo. The Guardianhttps://www.theguardian.com/world/200/mar/10/coranonavirus-varios-estados-eu-states-ban-masa-mass-as-pos-italian-lockdown (20 25. Servicio Público Federal. Protéjase y proteja a los demás. https://www.info-coronavirus.be/en/2020/03/10/protege-y-protege-the-others/ (2020). 26. Wikipedia. 2020 pandemia de coronavirus en Dinamarca. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/2020_coronavirus_pandemic_in_Dinamarca. 27. Stephensen, Emma Kinker; Hansen, T. S. Danmark lukker ned: Her er regeringens nye basculag. TV2 https://nyheder.tv2.dk/samfund/2020-03-11-danmark-lukker-ned-er-regeringens-nye-tiltag(2020128. Politi. Nye illbag mod covid-19. Politi https://politi.dk/coronavirus-i-danmark/seneste-nyt-fra-myndighederne/nye-tiltag-mod-covid-19 (2020). 29. Styrelsen for Patientsikkerhed. Indberetning om covid-19zlnformation om mulighed forp\aabud til enkeltpersoner (coronavirus/covid-19). https://stps.dk/da/ansvar-og-retningslinjer/vejledning/indberetning-om-covid-19/#. 30. Wikipedia. 2020 coronavirus pande in France. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/2020_coronavirus_pandemic_in_France. 31. Francia prohíbe las reuniones de más de 100 personas a medida que aumenta el número de muertes por coronavirus -The Local. The Local https://www.thelocal.fr/20200313/france-bans-recopilations-of-over-100-people-to-fight-coronavirus-pandemic (2020). 32. Henley, Jon; Willsher, Kim; Kassam, A. Coronavirus: Francia impone un bloqueo cuando la UE pide una prohibición de viajar de 30 días. The Guardian https://www.theguardian.com/world/2020/mar/16/coronavirus-spain-takes-over-privado-healthcare-amid-more-euro-pean-lockdowns (2020). 33. Wikipedia. 2020 coronavirus pande in Germany. Fundación Wikimediahttps://en.wi 34. BMI. Coronavirus: Fragen und Antworten. Bundesministerium des Innern,fur Bau und Heimathttps://web.archive.org/web/20200317073042/https://www.bmi.bund.de/SharedDocs/faqs/DE/themen/bevoelkerungssschutz/coranavirus/coranavirus-faqs.htmI#doc13738352bodyText7. 35. Noticias de la BBC. Coronavirus: Alemania endurece los frenos y prohíbe las reuniones de más de dos personas. BBCNews https://www.bbc.co.uk/news/world-europe-51999080 (2020). 36. Bundesregierung. Kanzlerin trifft Regierungschefs der Lander Sozialkontakte https://www.bundesregierung.de/breg-de/themen/coranavirus/mpk-1730186(2020)37. Robert Koch Institut. Antworten auf haufig gestellte Fragen zum Coronavirus SARS-CoV-2. Robert Koch Instituthttps://web.archive.org/web/20200312004624/https://www.rki.de/SharedDocs/FAQ/NCOV2019/FAQ_Liste.html (2020). 38. Ministero della Salute. Governo anuncia sospensione dell’attivita didattica dal 5 a15 marzo. Ministero della Salutehttp://www.salute.gov.it/portale/nuovocoronavirus/dettaglioVideoNuovoCoronavirus.jsp?lingua=italiano&menu=multimedia&p=video&id=2052 (2020). 39. CNN. Italia prohíbe los viajes y cancela todos los actos públicos en su región septentrional. CNNhttps://edition.cnn.com/2020/03/08/europe/italy-coranavirus-lockdown-europe-intl/index.html(2020). Attualita. Coronavirus: parada de un pub, cine, teatro e discoteche anche a Roma. Ecco cosaprevede il nuovo decreto. Roma Today https://www.romatoday.it/attualita/coranavirus-pub-cinema-teatri-locali-chiusi-nuovo-decreto.html (2020). 41. Gazzetta Ufficiale. DECRETO DEL PRESIDENTE DEL CONSIGLIO DEL MINISTRI. Gazzetta Ufflclalehttps://www.gazzettaufficiale.it/eli/id/20/03/08/20A01522/sg (2020). 42. Helsedirektoratet. La Dirección de Salud de Noruega ha adoptado la decisión de cerrar las escuelas y otras instituciones educativas. Hellem-Hansen, Viktoria L.; Tandstad, B. Folkehelseinstituttet mener23.000 kan vaere smittet. NRK https://www.nrk.no/norge/folkehelseinstituttet-mener-23.000-kan-vaere-smittet-1.14958149 (2020). 44. Gobierno de Norweigen. regjeringen.no https://www.regjeringen.no/en/aktuelt/the-government-is-esestableciendo-clear-cuarantine-and-aislation-rules/id2693647/ (2020). 45. Wikipedia. 2020 coronavirus pandemic in Spain. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/20_coronavirus_pandemic_in_Spain. 46. Gabinete de Prensa. El Gobierno anuncia nuevas medidas para eliminar la extensión del nuevo coronavirus COVID-19. Gobierno de Españahttps://www.mscbs.gob.es/gabinete/notasPrensa.do?id=4807 (2020). 47. Gabinete de Prensa. El Consejo Interterritorial del SNS alcanza medidas concretas para zonascon transmisión comunitaria de coronavirus. Gobierno de Españahttps://www.mscbs.gob.es/gabinete/notasPrensa.do?id=4806 (2020). 48. Folkhalsomyndigheten.se/nyheter-och-press/nyhetsarkiv/2020/mars/larosaten-och-gymnasieskolor-uppmanas-nu-att-bedriva-distansundervisning(2020). El local. Suecia prohíbe grandes eventos para detener la propagación del coronavirus. El localhttps://www.theloca.se/20200311/sweden-to-ban-large-public-coronavirus-over-coronavirus (2020). 50. Radosevich. Estocolmoers instados a trabajar desde casa como comunidad COVID-19 se extendió confirmado. Sveriges Radiohttps://sverigesradio.se/sida/artikel.aspx?programid=2054&artikel=7430511(2020). Folkhdlsomyndigheten https://www.folkhalsomyndigheten.se/nyheter-och-press/nyhetsarkiv/2020/mars/flera-tecken-pa-samhallsspridning-av-covid-19-i-sverige/ (2020). 52 Bundesamt fur Gesendheit BAG. Bundesrat verscharft Massnahmen gegen das Coronaviruszum Schutz der Gesundheit und unterstUtzt betroffene Branchen. Schweizerische Eidgenossenschafthttps://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg-id-78437.html( Coronavirus: Bundesrat verbietet Ansammlungen von mehrals fUnf Personen. Schweizerische Eidgenossenschaft https://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg-id-78513.html (2020). 54. Bundesamt fur Gesundheit BAG. Coronavirus: Bundesrat erklart die «ausserordentliche Lage»und verscharft die Massnahmen. Schweizerische Eidgenossenschafthttps://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg- Neue Hygiene- und Verhaltensregeln zum Schutz gegen dasneue Coronavirus. Schweizerische Eidgenossenschaft https://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/a ktuell/medienmitteilungen.msg-id-78304.html (2020). 56. Gobierno del Reino Unido, D. for E. Schools, colleges and early ambients to close. Gobierno del Reino Unidohttps://www.gov.uk/government/news/schools-colleges-and-ears-settings-to-close (2020). 57. Gobierno del Reino Unido. Discurso del Primer Ministro a la nación sobre el coronavirus: 23 de marzo de 2020. Gobierno del Reino Unidohttps://www.gov.uk/government/speeches/pm-address-to-the-nation-on-coronavirus-23-march-2020(2020158. Boycott-Owen, Mason; Bowman, Verity; Kelly-Linden, Jordan; Gartner, A. G. H. S. T.Coronavirus: Boris Johnson encierra al Reino Unido a medida que el número de muertos llega a 55. The Telegraphhttps://www.telegraph.co.uk/global-health/science-and- disease/coronavirus-news-uk-latest-update-covid-19-death-toll-cases/ (2020). BBC Newshttps://www.bbc.co.uk/news/uk-51857856 (2020).

¿Cuál fue el efecto estimado en el número de reproducción de China en marzo basado en la intervención introducida en enero?

Estimando el número de infecciones y el impacto de las intervenciones no farmacéuticas en el COVID-19 en 11 países europeos30 marzo 2020 Imperial College COVID-19 Response TeamSeth Flaxmani Swapnil Mishra*, Axel Gandy*, H JulietteT Unwin, Helen Coupland, Thomas A Mellan, HarrisonZhu, Tresnia Berah, Jeffrey W Eaton, Pablo N P Guzman, Nora Schmit, Lucia Cilloni, Kylie E C Cuomo—Dannenburg, Amy Dighe, Bimandra Djaafara, Ilaria Dorigatti, Sabine van Elsland,Rich Fitz, Han Fu, Katy Gaytorpe, Gendarme, Peter Geidelberg, Wi Green, Timothy Hallett, Arranmlet, Weinsland, EE.UU., EE.UU En respuesta, muchos países europeos han puesto en marcha intervenciones no farmacéuticas sin precedentes, como el aislamiento de casos, el cierre de escuelas y universidades, la prohibición de reuniones masivas o actos públicos, y, más recientemente, una ampliadistribución social a escala local y nacional, incluidos los bloqueos.En este informe, utilizamos un modelo jerárquico bayesiano semimecanicista para tratar de deducir el impacto de estas intervenciones en 11 países europeos.Nuestros métodos suponen que los cambios en el número productivo —una medida de transmisión— son una respuesta inmediata a estas intervenciones en lugar de cambios graduales más amplios en el comportamiento.Nuestro modelo estima estos cambios calculando hacia atrás de las muertes observadas a lo largo del tiempo para estimar la transmisión que ocurrió varias semanas antes, permitiendo el lapso entre la infección y la muerte.Una de las principales suposiciones del modelo es que cada intervención tiene el mismo efecto en el número de producción en todos los países y en el tiempo. Esto nos permite aprovechar una mayor cantidad de datos en toda Europa para estimar estos efectos. También significa que nuestros resultados están fuertemente impulsados por los datos de países con epidemias más avanzadas, y las intervenciones anteriores, como Italia y España. Encontramos que el lento crecimiento de las muertes diarias reportadas en Italia es consistente con un impacto significativo de las intervenciones implementadas varias semanas antes. En Italia, estimamos que el número de reproducción efectiva, Rt, cayó a cerca de 1 alrededor de la época de Iockdown (11 de marzo), aunque con un alto nivel de incertidumbre. En general, estimamos que los países han logrado reducir su número de reproducción. Nuestras estimaciones tienen amplios intervalos creíbles y contienen 1 para los países que han implementado intervenciones consideradas en nuestro análisis. Esto significa que el número de reproducción puede estar por encima o por debajo de este valor. Dado que las intervenciones actuales se mantienen al menos hasta finales de marzo, estimamos que las intervenciones en los 11 países habrán evitado 59.000 muertes hasta el 31 de marzo[intervalo creíble del 95%: 21.000-120.000].Muchas más muertes se evitarán garantizando que las intervenciones permanezcan en vigor hasta que la transmisión disminuya a niveles bajos.Estimamos que, en los 11 países entre 7 y 43 millones de personas se han infectado con el SARS-CoV-Z hasta el 28 de marzo, lo que representa entre el 1,88% y el 11,43% de la población.Se estima que la proporción de la población infectada hasta la fecha —la tasa de ataque— es la más alta en España seguida por Italia y la más baja en Alemania y Noruega, lo que refleja las etapas relativas de las epidemias.Dado el retraso de 2-3 semanas entre el momento en que se producen los cambios de transmisión y cuando su impacto puede observarse en las tendencias de mortalidad, Si las intervenciones en países en las etapas más tempranas de su epidemia, como Alemania o el Reino Unido, son más o menos eficaces de lo que eran en los países con epidemias avanzadas, en los que nuestras estimaciones se basan en gran medida, o si las intervenciones han mejorado o han empeorado con el tiempo, nuestras estimaciones del número de reproducción y las muertes evitadas cambiarían en consecuencia. Por lo tanto, es fundamental que las intervenciones actuales sigan en vigor y las tendencias en los casos y muertes se monitoricen de cerca en los próximos días y semanas para garantizar que la transmisión del SARS-Cov-Z se esté desacelerando. Imperial College London (2020), doi:https://doi.org/10.25561/777311 IntroducciónTras la aparición de un nuevo coronavirus (SARS-CoV-Z) en Wuhan (China) en diciembre de 2019 y su propagación mundial, han surgido en Europa grandes epidemias de la enfermedad, causadas por el virus denominado COVID-19. En respuesta al creciente número de casos y muertes, y para mantener la capacidad de los sistemas de salud para tratar tantos casos graves como sea posible, los países europeos, como los de otros continentes, han implementado o están en proceso de aplicar medidas para controlar susepidemias. Estas intervenciones no farmacéuticas a gran escala varían de un país a otro, pero incluyen distanciamiento social (como la prohibición de grandes reuniones y el asesoramiento a las personas para que no socialicen fuera de sus hogares), cierres de fronteras, cierres de escuelas, medidas para aislar a las personas sintomáticas y sus contactos, y bloqueos a gran escala de poblaciones con todos los viajes internos menos esenciales prohibidos.Entender, en primer lugar, si estas intervenciones están teniendo el impacto deseado de controlar la epidémica y, en segundo lugar, qué intervenciones son necesarias para mantener el control, es crítico dada su gran coste económico y social.El objetivo clave de estas intervenciones es reducir el número de reproducción eficaz, Rt, de la infección, una cantidad epidemiológica fundamental que representa el número medio de infecciones, en el momento t, por caso infectado durante el curso de su infección. Si Rt es mayor que 1, las infecciones aumentarán (dependiendo de cuánto mayor que 1 el número de reproducción es) hasta los picos tepidémicos y eventualmente disminuye debido a la adquisición de inmunidad de rebaños. En China, las estrictas restricciones de movimiento y otras medidas incluyendo aislamiento de casos y cuarentena comenzaron a introducirse a partir del 23 de enero, lo que logró una tendencia a la baja en el número de nuevos casos confirmados durante febrero, resultando en cero nuevos casos indígenas confirmados en Wuhan para el 19 de marzo. Los estudios han calculado cómo cambió Rt durante este tiempo en diferentes áreas de China desde alrededor de 2-4 durante la epidemia incontrolada hasta menos de 1, con una disminución estimada de 7-9 veces en el número de contactos diarios por persona.1'2 Medidas de control tales como distanciamiento social, pruebas intensivas y rastreo de contacto en otros países como Singapur y Corea del Sur han reducido con éxito la incidencia de casos en las últimas semanas, aunque existe un riesgo de que el virus se propague de nuevo una vez que las medidas de control se relajen.3'4La epidemia comenzó un poco más tarde en Europa, a partir de enero o más tarde en diferentes regiones.5 Los países han aplicado diferentes combinaciones de medidas de control y es probable que el nivel de cumplimiento de las recomendaciones gubernamentales sobre distanciamiento social varíe entre países, en parte debido a diferentes niveles de aplicación. La estimación de los números de reproducción para el SARS-CoV-Z presenta desafíos debido a la alta proporción de infecciones no detectadas por los sistemas de salud"7 y a los cambios regulares en las políticas de pruebas, lo que da lugar a proporciones indiferentes de infecciones detectadas a lo largo del tiempo y entre los países.La mayoría de los países hasta ahora sólo tienen la capacidad de probar una pequeña proporción de casos sospechosos y las pruebas están reservadas para pacientes con enfermedades graves o para grupos de alto riesgo (por ejemplo, contactos de casos).Por lo tanto, el análisis de los datos de los casos da una visión sistemáticamente sesgada de las tendencias.Una forma alternativa de estimar el curso de la epidemia es volver a calcular las infecciones derivadas de las muertes observadas. Si bien las tendencias recientes de las muertes serán, por tanto, informativas, hay un retraso en la observación del efecto de las intervenciones sobre las muertes, ya que hay un período de 2 a 3 semanas entre lainfección, el inicio de los síntomas y el resultado.En este informe, encajamos un nuevo modelo mecánico bayesiano del ciclo de infección en las muertes observadas en11 países europeos, inferiendo límites plausibles superiores e inferiores (intervalos creíbles bayesianos) de la población total infectada (tasas de ataque), probabilidades de detección de casos y el número de reproducción a lo largo del tiempo (Rt).Ajustamos el modelo conjuntamente a los datos de COVID-19 de todos estos países para evaluar si hay pruebas de que las intervenciones han tenido éxito hasta ahora en reducir la Rt por debajo de 1, con la fuerte suposición de que las intervenciones particulares están logrando un impacto similar en diferentes países y de que la La mayoría de las intervenciones se iniciaron alrededor del 12 al 14 de marzo. Analizamos los datos sobre las muertes hasta el 28 de marzo, dando un margen de 2-3 semanas para estimar el efecto de las intervenciones. Actualmente, la mayoría de los países en nuestro estudio han implementado todas las intervenciones no farmacéuticas importantes. Para cada país, modelamos el número de infecciones, el número de muertes y el número de reproducciones efectivas a lo largo del tiempo, con Rt cambiando sólo cuando se introduce una intervención (Figura 2-12). Rt es el número medio de infecciones secundarias por individuo infectado, asumiendo que las intervenciones que se realizan en el momento t permanecen en el lugar durante todo su período infeccioso. Cada país tiene su propio número de reproducción inicial Rt antes de que se lleven a cabo las intervenciones. Se supone que las intervenciones específicas tienen el mismo impacto relativo en Rt en cada país cuando se introdujeron allí y están informadas por los datos de mortalidad en todos los países. Figura l: Cronogramas de intervención para los 11 países europeos incluidos en el análisis.Para más detalles, véase el apéndice 8.6.2.1 Número real estimado de infecciones y tasas de ataque actualesEn todos los países, estimamos que hay órdenes de magnitud menos infecciones detectadas (Figura 2) En Italia, nuestros resultados sugieren que, acumulativamente, 5.9 [1,9-15,2] millones de personas han sido infectadas al 28 de marzo, dando una tasa de ataque del 9,8% [3,2%-25%] de la población (Tabla 1). España ha visto recientemente un gran aumento en el número de muertes, y dada su menor población, nuestro modelo estima que una mayor proporción de la población, 15,0% (7,0 [18-19] millones de personas) han sido infectadas hasta la fecha. Alemania se estima que tiene una de las tasas de ataque más bajas en el 0,7% con 600.000[240,000-1,500.000] personas infectadas. Imperial College COVID-19 Response TeamTabla l: Modelo posterior estimaciones del porcentaje de la población infectada al 28 de marzo de 2020. País % de la población total infectada (media [intervalo creíble del 95%l)Austria 1,1% [0,36%-3,1%]Bélgica 3,7% [1,3%-9,7%]Dinamarca 1,1% [0,40%-3,1%]Francia 3,0% [1,1%-7,4%]Alemania 0,72% [0,28%-1,8%]Italia 9,8% [3,2%-26%]Noruega 0,41% [0,09%-1,2%]España 15% [3,7%-41%]Suecia 3,1% [0,85%-8,4%]Suiza 3,2% [1,3%-7,6%]Reino Unido 2,7% [1,2%-5,4%]2,2 Números de reproducción e impacto de las intervencionesAveriguados en todos los países, estimamos que los números de reproducción inicial rondan los 3,87 [3,01-4,66], lo que está en consonancia con otras estimaciones.1'8 Estas estimaciones se basan en nuestra elección de la distribución entre intervalos seriales y la tasa de crecimiento inicial de Un intervalo serial más corto supone un menor número de reproducción inicial (Apéndice 8.4.2, Apéndice 8.4.6).Los números de reproducción inicial también son inciertos debido a que: a) la importación es la fuente dominante de nuevas infecciones al principio de la epidemia, en lugar de la transmisión local (b) la posible incertidumbre en las muertes, particularmente antes de que se generalizaran las pruebas.Estimamos que los grandes cambios en la Rt en respuesta a las intervenciones combinadas no farmacéuticas.Nuestros resultados, impulsados en gran parte por países con epidemias avanzadas y un mayor número de muertes (por ejemplo, Italia, España), sugieren que estas intervenciones han tenido conjuntamente un impacto sustancial en la transmisión, medidos por los cambios en el número de reproducción estimado Rt. En todos los países encontramos estimaciones actuales de Rt que van desde una media posterior de 0,97 [0,14-2,14] para Noruega a una media a posteriori de 2,64 [1,40-4,18] para Suecia, con un promedio de 1,43 en los 11 países a posteriori, una reducción del 64% en comparación con los valores de pre-intervención. Observamos que estas estimaciones son consistentes en que el impacto de la intervención es el mismo en diferentes países y en diferentes épocas. En todos los países, excepto Suecia, en las mismas suposiciones, estimamos que el número de reproducción actual incluye 1 en el rango de incertidumbre. El número de reproducción estimado para Suecia es mayor, no porque las tendencias de mortalidad son significativamente diferentes de cualquier otro país, sino como un artefacto de nuestro modelo, que supone una reducción menor en Rt porque no se ha ordenado un bloqueo completo en la medida. En general, aún no podemos concluir si las intervenciones actuales son suficientes para lograr que Rt sea inferior a 1 (posterior probabilidad de ser inferior a 1,0 es un 44% en promedio en todos los países). También no podemos concluir si las intervenciones pueden ser diferentes entre países o con el tiempo. Sigue habiendo un alto nivel de incertidumbre en estas estimaciones.Es demasiado pronto para detectar un impacto sustancial de la intervención en muchos países en etapas anteriores de su epidemia (por ejemplo, Alemania, Reino Unido, Noruega).Muchas intervenciones se han producido sólo recientemente, y sus efectos aún no se han observado plenamente debido al retraso entre la infección y la muerte.Esta incertidumbre reducirá a medida que se disponga de más datos.Para todos los países, nuestro modelo se ajusta bien a los datos de muertes observadas (pruebas de bondad de la adecuación bayesiana).También descubrimos que nuestro modelo puede predecir de manera fiable las muertes diarias 3 días en el futuro, reteniendo los últimos 3 días de datos Sin embargo, al realizar un análisis de sensibilidad (Apéndice 8.4.3) con distribuciones previas sin información (donde las intervenciones pueden aumentar las muertes) encontramos un impacto similar de las intervenciones del equipo de respuesta del Colegio Imperial COVID-19, que muestra que nuestra elección de la distribución previa no está impulsando los efectos que vemos en el análisis principal.Figura 2: Estimaciones a nivel de país de infecciones, muertes y Rt. Izquierda: número diario de infecciones, marronbars se reportan infecciones, bandas azules son infecciones predichas, intervalo creíble de azul oscuro 50% (IC), azul claro 95% IC. El número de infecciones diarias estimadas por nuestro modelo disminuye inmediatamente después de una intervención, ya que suponemos que todas las personas infectadas se vuelven inmediatamente menos infecciosas a través de la intervención. Medio: número diario de muertes, barritas marrones se reportan muertes, bandas azules se predicen muertes, Cias en la parcela izquierda. Derecha: número de reproducción variable en el tiempo Rt, verde oscuro 50% IC, verde claro 95% IC. Iconos son intervenciones mostradas en el momento en que ocurrieron. Imperial College COVID-19 Response TeamTabla 2: Muertes previstas totales desde el inicio de la epidemia hasta el 31 de marzo en nuestro modelo y en un modelo contrafactual (suponiendo que no hubo intervención).Estimadas muertes evitadas durante este período como resultado de las intervenciones.Números entre paréntesis son intervalos creíbles del 95%. 2.3 Impacto estimado de las intervenciones en las muertesLa Tabla 2 muestra el total de muertes previstas desde el comienzo de la epidemia hasta el 31 de marzo bajo nuestro modelo ajustado y bajo el modelo contrafactual, que predice lo que habría ocurrido si no se implementaran intervenciones (y R, En Italia y España, donde la epidemia está avanzada, se han evitado 38.000 muertes [13.000-84.000] y 16.000 [5400-35.000], respectivamente. Incluso en el Reino Unido, que es mucho más temprano en su epidemia, se han evitado 370 [73-1,000] muertes, que sólo dan lugar a las muertes evitadas que habrían ocurrido hasta el 31 de marzo. Si se incluyeran las muertes de individuos actualmente infectados en ambos modelos, lo que podría ocurrir después del 31 de marzo, las muertes evitadas serían sustancialmente más altas. Figura 3: Número diario de muertes confirmadas, predicciones (hasta el 28 de marzo) y previsiones (después) para (a)Italia y (b) España de nuestro modelo con intervenciones (azul) y del modelo sin intervencionescontrafactuales (rosa); los intervalos creíbles se muestran una semana en el futuro. Otros países se muestran en el Apéndice 8.6. 03/0 25% 50% 753% 100%(sin efecto sobre la transmisibilidad) (final de la transmisibilidadReducción porcentual en R.Figura 4: Nuestro modelo incluye cinco covariables para intervenciones gubernamentales, ajustando para si la intervención fue la primera realizada por el gobierno en respuesta a COVID-19 (rojo) o fue posterior a otras intervenciones (verde).Se muestra una reducción porcentual relativa media en Rt con intervalos creíbles posteriores al 95%.Si se logra una reducción del 100%, Rt = 0 y no hay mástransmisión de COVID-19.No hay efectos significativamente diferentes de los de otras intervenciones, probablemente debido al hecho de que muchas intervenciones ocurrieron en el mismo día o en días de cada una como se muestra en la Figura l.3 DiscusiónDurante esta fase temprana de medidas de control contra el nuevo coronavirus en Europa, analizamos tendencias en el número de muertes para evaluar la medida en que se está reduciendo la transmisión Al representar el proceso de infección por COVID-19 utilizando un modelo jerárquico semimecánico, conjunto y bayesiano, podemosreducir las tendencias observadas en los datos de muertes y podemos pronosticar con precisión en cortos horizontes de tiempo.Estimamos que ha habido muchas más infecciones de las que se reportan actualmente.El alto nivel de incertidumbre de infecciones que estimamos aquí es probable debido al enfoque en pruebas en entornos hospitalarios más que en la comunidad.A pesar de esto, sólo una pequeña minoría de individuos en cada país han sido infectados, con una tasa de ataque en promedio del 4,9% [l,9%-l%] con una considerable variación entre países (Tabla 1).Nuestras estimaciones implican que las poblaciones en Europa no están cercanas a la inmunidad de rebaños ("50-75% si R0 es 2-4).Además, con los valores de Rt disminuyendo sustancialmente, la tasa de adquisición de inmunidad de rebaños se ralentizará rápidamente. Esto implica que el virus será capaz de propagarse rápidamente en caso de que se levanten las intervenciones.Tales estimaciones de la tasa de ataque hasta la fecha deben ser validadas con urgencia por pruebas de anticuerpos recientemente desarrolladas en encuestas de población representativas, una vez que éstas estén disponibles.Estimamos que las intervenciones no farmacéuticas importantes han tenido un impacto sustancial en el número de reproducción que varía en el tiempo en los países donde ha habido tiempo para observar los efectos de la intervención en las tendencias de las muertes (Italia, España). Debido a la rápida sucesión de intervenciones en muchos países, no se dispone de datos suficientes para estimar el tamaño del efecto individual de cada intervención, y desalentamos la atribución de asociaciones a la intervención individual.En algunos casos, como Noruega, donde todas las intervenciones se ejecutaron a la vez, estos efectos individuales son por definición no identificables.A pesar de esto, aunque no se pueden determinar los impactos individuales, su impacto conjunto estimado está fuertemente justificado empíricamente (véase el apéndice 8.4 para el análisis de sensibilidad).Si bien el crecimiento de las muertes diarias ha disminuido, debido a la diferencia entre las infecciones y las muertes, es de esperar un aumento continuo de las muertes diarias durante algún tiempo.Para comprender el impacto de las intervenciones, nos ajustamos a un modelo contrafactual sin las intervenciones y lo comparamos con el modelo real.Consideramos Italia y el Reino Unido -dos países en etapas muy diferentes de sus epidemias.Para el Reino Unido, donde las intervenciones son Los resultados sugieren que las intervenciones tendrán un gran impacto en las infecciones y muertes a pesar del aumento de ambos.Para Italia, donde ha pasado mucho más tiempo desde que se han implementado las intervenciones, está claro que el modelo sin intervenciones no encaja bien con los datos, y no puede explicar la reducción sublineal (en la escala logarítmica) de las muertes (véase la figura 10).El modelo contrafactual para Italia sugiere que, a pesar de la creciente presión sobre los sistemas de salud, las intervenciones han evitado una catástrofe sanitaria en la que el número de nuevas muertes habría sido 3,7 veces mayor (38.000 muertes evitadas) de lo que se observa actualmente.Incluso en el Reino Unido, mucho antes de su epidemia, se prevé que las recientes intervenciones evitarán 370 muertes totales hasta el 31 de marzo. Dados los índices de mortalidad por infecciones observadas y la epidemiología de la COVID-19, las intervenciones no farmacéuticas importantes han tenido un impacto sustancial en la reducción de la transmisión en los países con epidemiologías más avanzadas. Es demasiado pronto para estar seguros de que se verán reducciones similares en los países en las etapas anteriores de su epidemia. Si bien no podemos determinar qué conjunto de intervenciones han tenido más éxito, ya podemos ver cambios en las tendencias de las nuevas muertes. Cuando se pronostican 3 días y se examina toda la epidemia, el número de muertes evitadas es sustancial. Observamos que se está produciendo una innovación sustancial, y nuevas intervenciones o refinamientos más eficaces de las intervenciones actuales, junto con cambios de comportamiento, contribuirán aún más a la reducción de las infecciones. No podemos decir con certeza que las medidas actuales hayan controlado la epidemia en Europa; sin embargo, si continúan las tendencias actuales, hay razones para el optimismo. Proponemos una estructura plausible para el proceso de infección y luego estimamos los parámetros empíricamente. Sin embargo, muchos parámetros tuvieron que ser dados fuertes distribuciones previas o tenían que ser fijados. Para estas suposiciones, hemos proporcionado citas relevantes a estudios previos. A medida que se disponga de más datos y surjan mejores estimaciones, actualizaremos estos reportes quincenales. Nuestra elección de la distribución de intervalos seriales influye fuertemente en la distribución previa para el inicio de R0. Nuestra relación de mortalidad por infección y distribuciones de infección a muerte influyen fuertemente en la tasa de muerte y por lo tanto el número estimado de casos subyacentes verdaderos. También suponemos que el efecto de las intervenciones es el mismo en todos los países, lo que puede no ser totalmente realista. Esto implica que los países con intervenciones tempranas y más muertes ya que estas intervenciones (por ejemplo, Italia, España) influyen fuertemente en las estimaciones del impacto de la intervención en los países en las etapas más tempranas de Hemos intentado crear definiciones coherentes de todas las intervenciones y documentar detalles al respecto en elApéndice 8.6. Sin embargo, invariablemente habrá diferencias de un país a otro en la fuerza de su intervención, por ejemplo, la mayoría de los países han prohibido la reunión de más de 2 personas cuando se aplica un bloqueo, mientras que en Suecia el gobierno sólo prohibió la reunión de más de 10 personas. Estas diferencias pueden distorsionar los impactos en países con muy pocos datos. Creemos que nuestra incertidumbre puede cubrir en cierto grado estas diferencias, y a medida que se disponga de más datos, loscoeficientes deberían ser más fiables. Sin embargo, a pesar de estas fuertes suposiciones, hay suficiente señal en los datos para estimar los cambios en R, (véase el análisis de sensibilidad reportado en el Apéndice 8.4.3) y esta señal se incrementará con el tiempo. En nuestro marco jerárquico bayesiano, cuantificamos robustamente la incertidumbre en nuestras estimaciones de parámetros y predicciones posteriores. Esto se puede observar en los intervalos creíbles más amplios de los últimos días, en los que se dispone de pocos o ningún dato sobre la muerte para informar las estimaciones. Además, predecimos el impacto de la intervención a nivel nacional, pero puede haber diferentes tendencias en diferentes partes de cada país. Por ejemplo, la epidemia en el norte de Italia estaba sujeta a controles antes que el resto del país. 5DatosNuestro modelo utiliza datos diarios sobre la mortalidad en tiempo real del ECDC (Centro Europeo de Control de Enfermedades), donde catalogamos datos de casos de 11 países europeos que actualmente padecen la epidemia: Austria, Bélgica, Dinamarca, Francia, Alemania, Italia, Noruega, España, Suecia, Suiza y Reino Unido. El ECDC proporciona información sobre casos confirmados y muertes atribuibles a COVID-19. Sin embargo, los datos de casos no presentan una gran representación de la incidencia de infecciones debido a la falta de informes, así como a cambios sistemáticos y específicos de países Nosotros, por lo tanto, utilizamos sólo las muertes atribuibles a COVID-19 en nuestro modelo; no utilizamos las estimaciones de casos de ECDC en absoluto.Si bien las muertes observadas todavía tienen cierto grado de falta de fiabilidad, de nuevo debido a cambios en los informes y las pruebas, creemos que los datos son de suficiente fidelidad al modelo.Para los recuentos de población, utilizamos los recuentos desglosados por edad de la UNPOP.10También catalogamos datos sobre la naturaleza y el tipo de intervenciones no farmacéuticas importantes.Miramos las páginas web gubernamentales de cada país, así como sus páginas web oficiales de información y división de salud pública para identificar los últimos consejos/leyes que emiten el gobierno y las autoridades sanitarias públicas.Recopilamos lo siguiente:Se ordenó el cierre de la escuela: Esta intervención se refiere a los cierres extraordinarios de escuelas a nivel nacional que en la mayoría de los casos se refieren al cierre de escuelas primarias y secundarias (para la En el caso de Dinamarca y Suecia, permitimos el cierre parcial de las escuelas sólo en las escuelas secundarias. La fecha de cierre de la escuela se considera como la fecha efectiva en que las escuelas comenzaron a cerrarse (si este era un lunes, la fecha utilizada era la de los sábados anteriores, ya que alumnos y estudiantes permanecieron efectivamente en casa a partir de esa fecha). Medidas basadas en casos. Esta intervención comprende recomendaciones o leyes sólidas al público en general y a la atención primaria sobre el autoaislamiento al mostrar síntomas similares al COVID-19.Estos incluyen también programas nacionales de pruebas en los que las personas pueden ser sometidas a pruebas y posteriormente autoaisladas. Nuestra definición se limita al asesoramiento del gobierno a nivel nacional a todas las personas (por ejemplo, el Reino Unido) o a toda atención primaria, y excluye únicamente el asesoramiento regional.Estos no incluyen intervenciones en fase de contención como el aislamiento si regresan de un país epidémico como China. Se ha fomentado el distanciamiento social: Como una de las primeras intervenciones contra la propagación de la pandemia COVID-19, muchos gobiernos han publicado consejos sobre distanciamiento social, incluyendo la recomendación de trabajar desde casa siempre que sea posible, reduciendo el uso del transporte público y todos los demás contactos no esenciales.Las fechas utilizadas son aquellas en las que el distanciamiento social ha sido recomendado oficialmente por el gobierno; el consejo puede incluir mantener una distancia física recomendada de otros. Decretado el bloqueo: Hay varios escenarios diferentes a los que los medios de comunicación se refieren como bloqueo. Como definición general, consideramos regulaciones/legislaciones sobre estricta interacción social cara a cara: incluyendo la prohibición de cualquier reunión pública no esencial, cierre de instituciones educativas y públicas/culturales, ordenando a las personas a permanecer en casa aparte del ejercicio y las tareas esenciales. Las fechas utilizadas son las fechas efectivas en que se han implementado estas legislaciones. Observamos que el bloqueo abarca otras intervenciones previamente implementadas. Primera intervención: Como muestra la Figura 1, los gobiernos europeos han escalado las intervenciones rápidamente, y en algunos ejemplos (Noruega/Dinamarca) han implementado todas estas intervenciones en un solo día. Por lo tanto, dada la autocorrelación temporal inherente a la intervención gubernamental, incluimos covariable abinaria para la primera intervención, que puede interpretarse como una decisión gubernamental de tomar medidas importantes para controlar COVID-19. Una lista completa de las fechas de estas intervenciones y las fuentes que hemos utilizado se puede encontrar en el Apéndice 8.6. 6 Métodos ResumenUn resumen visual de nuestro modelo se presenta en la Figura 5 (detalles en los Apéndices 8.1 y 8.2). El código de replicación está disponible en https://github.com/mperiaCollegeLondres/covid19model/releases/tag/vl.0Ajustamos nuestro modelo a las muertes observadas de acuerdo con los datos de ECDC de 11 países europeos.Las muertes modeladas se basan en una distribución de infección a inicio (tiempo desde la infección hasta el inicio de los síntomas), una distribución de inicio a muerte (tiempo desde el inicio de los síntomas hasta la muerte) y la relación de mortalidad por infección media de la población (ajustada para la estructura de edad y los patrones de contacto de cada país, véase el Apéndice).Debido a estas distribuciones y proporciones, las muertes modeladas son una función del número de infecciones.El número de infecciones modelado se basa en la distribución por intervalos de serie (tiempo medio desde la infección de una persona hasta el momento en que infectan a otra Finalmente, el número de reproducción variable en el tiempo es una función del número de reproducción inicial antes de las intervenciones y los tamaños de efecto de las intervenciones.Figura 5: Resumen de los componentes del modelo. Siguiendo la jerarquía de abajo a arriba nos da un marco completo para ver cómo las intervenciones afectan a las infecciones, que pueden resultar en muertes.Utilizamos la inferencia bayesiana para asegurar que nuestras muertes modeladas puedan reproducir las muertes observadas lo más cerca posible.De abajo a arriba en la Figura 5, hay un retraso implícito en el tiempo que significa el efecto de intervenciones muy recientes se manifiestan débilmente en muertes actuales (y se fortalecen a medida que avanza el tiempo).Para maximizar la capacidad de observar el impacto de la intervención en las muertes, encajamos nuestro modelo conjuntamente para los 11 países europeos, lo que resulta en un conjunto de datos grande. Hemos evaluado el efecto de nuestras elecciones de distribución de Bayesianprior y evaluado nuestra calibración posterior bayesiana para asegurar que nuestros resultados seanestadísticamente robustos (Apéndice 8.4). 7 AgradecimientosLa investigación inicial sobre covariables en el Apéndice 8.6 fue fuente de crowdsourcing; agradecemos a varias personas de todo el mundo por su ayuda. Este trabajo fue apoyado por el Centro de financiación del Consejo de Investigación Médica del Reino Unido bajo un acuerdo con el Departamento de Desarrollo Internacional del Reino Unido, la Unidad de Investigación sobre Protección de la Salud del NIHR en Metodología de Modelado y ComunidadJameel. 8 Apéndice: Modelo de Análisis de Especificaciones, Validación y Sensibilidad8.1 Modelo de muerteObservamos muertes diarias Dam durante los días t E 1,...,n y países m E 1,...,p. Estas muertes diarias se modelan utilizando una presa de función real valuada positiva Se supone que la presa sigue una distribución binomio negativa conEl número esperado de muertes (1 en un país determinado en un día dado es una función del número de infecciones C que ocurren en días anteriores. Al principio de la epidemia, las muertes observadas en un país pueden estar dominadas por muertes que resultan de infecciones que no son adquiridas localmente. Para evitar sesgar nuestro modelo por esto, sólo incluimos muertes observadas desde el día después de que un país haya observado acumulativamente 10 muertes en nuestro modelo. Para vincular mecánicamente nuestrafunción de muertes a casos infectados, utilizamos una infección COVID-19-fatalidad-ratio ifr estimada previamente (probabilidad de muerte dada infección)9 junto con una distribución detiempos de infección a muerte TE. El ifr se deriva de estimaciones presentadas en Verity et al11 que suponen tasas de ataque homogéneo entre grupos de edad. Para ajustar mejor las estimaciones de las tasas de ataque por edades generadas utilizando información más detallada sobre los patrones de mezcla de países y edades específicas, escalamos estas estimaciones (el ifr no ajustado, al que aquí se hace referencia como ifr’) de la siguiente manera como en el trabajo anterior.4Let Ca ser el número de infecciones generadas en el grupo de edad a, Na el tamaño subyacente de la población en ese grupo de edad y AR“ 2 Ca/Na el índice de ataque específico de grupo de edad.El ifr ajustado se da entonces por: ifra = fififié, donde AR50_59 es la tasa de ataque prevista en el grupo de edad de 50-59 años después de incorporar los patrones de contacto y mezcla específicos de países.Este grupo de edad fue elegido como referencia ya que tenía el nivel más bajo previsto de subinforme en análisis previos de los datos de la epidemia china“. Se obtuvieron estimaciones por países de la tasa de ataque por edad, AR“, para los 11 países europeos en nuestro análisis de un estudio anterior que incorpora información sobre el contacto entre individuos de diferentes edades en países de toda Europa12. Luego se obtuvieron estimaciones globales de cada país ajustando tanto para la demografía como para las tasas de ataque específicas por edad. Utilizando información epidemiológica estimada de estudios anteriores,"11 se supone que la TE es la suma de dos tiempos aleatorios independientes: la distribución del período de incubación (infección al inicio de los síntomas o infección hasta el inicio) y el tiempo entre el inicio de los síntomas y la muerte (ingreso a la muerte). La distribución de la infección hasta el inicio es Gamma distribuida con media de 5,1 días y coeficiente de variación0,86. La distribución de la aparición a la muerte es también Gamma distribuida con una media de 18,8 días y coeficiente de va riación 0,45. Por lo tanto, la distribución de la infección-a-muerte está dada por:um ~ ifrm ~ (Gamma(5.1,0,86) + Gamma(18,8,0,45)) La Figura 6 muestra la distribución de la infección-a-muerte y la función de supervivencia resultante que se integra a la relación de mortalidad por infección.Figura 6: Distribución izquierda de la infección-a-muerte (media 23,9 días). Correcto, probabilidad de supervivencia de individuos infectados por día dada la relación de mortalidad por infección (1%) y la distribución de la infección-a-muerte por la izquierda.Usando la probabilidad de distribución de la muerte, el número esperado de muertes presa, en un día dado t, para el país, m, está dada por la siguiente suma discreta:El número de muertes hoy es la suma de las infecciones pasadas ponderadas por su probabilidad de muerte, donde la probabilidad de muerte Este enfoque ha sido utilizado en numerosos estudios previos13'16 y tiene una fuerte base teórica en procesos de conteo estocásticos basados en individuos como el proceso Hawkes y el proceso Bellman-Harris.”18 El nuevo modelo está relacionado con el modelo Susceptible-Infectado-Recuperado, excepto que la renovación no se expresa en forma diferencial. Para modelar el número de infecciones con el tiempo necesitamos especificar una distribución serialinterval g con densidad g(T), (el tiempo entre cuando una persona se infecta y cuando posteriormente infectan a otras personas), que elegimos ser Gamma distribuido:g ~ Gamma (6.50.62). La distribución del intervalo serial se muestra a continuación en la Figura 7 y se supone que es la misma para todos los países. Figura 7: Distribución del intervalo serial g con una media de 6,5 días. Dada la distribución del intervalo serial, el número de infecciones Eamon a determinado día t, y country, m, está dado por la siguiente función de convolución discreta:_ t—1Cam — Ram ZT=0 Cr,mgt—‘r r where, similar a la probabilidad de la función de muerte, el intervalo serial diario está discretizado porfs+0.51.5gs = T=s—0.Sg(T)dT fors = 2,3 y 91 = fT=Og(T)dT. Las infecciones dependen hoy en día del número de infecciones en los días anteriores, ponderadas por la distribución del intervalo serial discretizado.Esta ponderación es entonces escalada por el número de producción de tiempo específico, Ram, que modela el número medio de infecciones secundarias en un momento dado. La forma funcional para el número de reproducción del tiempo-Variante fue elegida para ser lo más simple posible para minimizar el impacto de supuestos previos fuertes: utilizamos una función constante por partes que escalaRam de una línea de base previa R0,m y es impulsada por las principales intervenciones no farmacéuticas conocidas que ocurren en diferentes países y tiempos. Incluyemos 6 intervenciones, una de las cuales se construye a partir de las otras 5 intervenciones, que son cronogramas de cierres escolares y universitarios (k=l), enfermedad autoaislante (k=2), prohibición de eventos públicos (k=3), cualquier intervención gubernamental en lugar (k=4), implementación de un bloqueo parcial o completo (k=5) y fomento del distanciamiento y aislamiento social (k=6). Denotamos la variable indicadora de intervención k E 1,2,3,4,5,6 por IkI’m, que es 1 si la intervención k está en placein country m en el La covariable “cualquier intervención gubernamental” (k=4) indica si alguna de las otras 5 intervenciones está en efecto, es decir, 14’t’m es igual a 1 en el momento t si alguna de las intervencionesk E 1,2,3,4,5 están en vigor en el país m en el momento t y es igual a 0 de lo contrario. Covariable 4 tiene la interpretación de indicar el inicio de la intervención gubernamental mayor. Se supone que el efecto de cada intervención es multiplicativo. Ram es, por lo tanto, una función de los indicadores de intervenciónIk’t’m en lugar en el momento t en el país m:Ram : R0,m eXp(— 212:1 O(Rheum)-La forma exponencial se utilizó para asegurar la positividad del número de reproducción, con R0,mconstreñido a ser positivo como aparece fuera de la exponencial. El impacto de cada intervención enRam se caracteriza por un conjunto de parámetros 0(1,...,OL6, con distribuciones previas independientes elegidas para el beock ~ Gamma(. 5,1). Los impactos ock son compartidos entre todos los países m y por lo tanto están informados por todos los datos disponibles. La distribución previa para R0 fue escogida para serR0,m ~ Normal(2,4, IKI) con K ~ Normal(0,0.5),Una vez más, K es el mismo entre todos los países para compartir información. Asumimos que la siembra de nuevas infecciones comienza 30 días antes del día después de que un país haya observado 10 muertes. A partir de esta fecha, sembramos nuestro modelo con 6 días secuenciales de infecciones extraídas de cl’m,...,66’m~EXponential(T), donde T~Exponential(0.03). Se estimaron los parámetros de manera conjunta para los 11 países en un único modelo jerárquico. Se realizó el ajuste en el lenguaje de programación probabilístico Stan,19 utilizando un sampler adaptativo Hamiltoniano Monte Carlo (HMC). Se realizaron 8 cadenas para 4000 iteración con 2000 iteración de calentamiento y un factor de adelgazamiento 4para obtener 2000 muestras posteriores. Se evaluó la convergencia posterior utilizando la estadística Rhat y mediante el diagnóstico de transiciones divergentes del sampler HMC. También se realizaron calibraciones anteriores a posteriori (véase más adelante). 8.3 ValidaciónValidamos la exactitud de las estimaciones puntuales de nuestro modelo utilizando la validación cruzada. En nuestro esquema de validación cruzada, dejamos fuera 3 días de datos de muerte conocidos (no acumulativos) y encajamos en nuestro modelo. Pronosticamos lo que el modelo predice para estos tres días. Presentamos las previsiones individuales para cada día, así como el Los resultados de validación cruzada se muestran en la Figura8.Figura 8: Resultados de validación cruzada para pronósticos agregados de 3 días y 3 díasFigura 8 proporciona una fuerte justificación empírica para nuestra especificación y mecanismo de modelo.Nuestra previsión precisa sobre un horizonte temporal de tres días sugiere que nuestras estimaciones ajustadas para Rt son apropiadas y plausibles.Además de las estimaciones puntuales, todos evaluamos nuestros intervalos posteriores creíbles utilizando la Rhatstatistic.La estadística de Rhat mide si nuestras cadenas Markov Chain Monte Carlo (MCMC) han convergido a la distribución de equilibrio (la distribución posterior correcta).La Figura 9 muestra las estadísticas de Rhatstatistics para todos nuestros parámetrosFigura 9: Las estadísticas de Rhat - valores cercanos a 1 indican la convergencia de MCMC. La Figura 9 indica que nuestra MCMC ha convergido. 8.4 SensibilidadAnálisis8.4.1 Previsión a escala logarítmica para evaluar la señal en los datosComo hemos destacado en todo el presente informe, el desfase entre las muertes y las infecciones significa que es tiempo suficiente para que la información propague backwards de las muertes a las infecciones y, en última instancia, al Rt. Una conclusión de este informe es la predicción de una desaceleración de la Rt en respuesta a las principales intervenciones. Recuperando la intuición de que se trata de datos impulsados y no simplemente una consecuencia de modelos altamente limitados, mostramos previsiones de muerte a escala logarítmica lineal. En esta escala, una línea que curvas por debajo de una tendencia lineal es indicativa de una desaceleración en el crecimiento de la epidemia. Nuestromodelo sugiere que Italia, un país que tiene el mayor número de muertes de COVID-19, verá una desaceleración en el aumento de las muertes diarias durante la próxima semana en comparación con las primeras etapas de la epidemia. Investigamos la sensibilidad de nuestras estimaciones de inicio y final Rt a nuestra supuesta distribución de intervalos seriales. Para ello consideramos varios escenarios, en los que cambiamos la media de distribución de intervalos seriales, de un valor de 6,5 días, para tener valores de 5, 6, 7 y 8 días. En la Figura 13, mostramos nuestras estimaciones de R0, el número de reproducción inicial antes de las intervenciones, para cada uno de estos escenarios. El orden relativo de la Rt=0 en los países es consistente en todos los entornos. Sin embargo, como se esperaba, la escala de Rt=0 se ve considerablemente afectada por este cambio. Esto se debe a que para alcanzar el tamaño observado actualmente de las epidemias, un intervalo serial más largo se compensa con un R0 estimado más alto. Además, en la Figura 14, mostramos nuestras estimaciones de Rt en el momento del modelo más reciente, de nuevo para cada uno de estos escenarios.La media del intervalo serial puede influir sustancialmente en Rt, sin embargo, los intervalos posteriores de Rt se superponen ampliamente.Figura 13: Número de reproducción inicial R0 para diferentes distribuciones de intervalo serial (SI) (medias entre 5 y 8 días).Utilizamos 6,5 días en nuestro análisis principal.Figura 14: Rt el 28 de marzo de 2020 estimado para todos los países, con distribución de intervalo serial (SI) medias entre 5 y 8 días.Utilizamos 6,5 días en nuestro análisis principal. Para evitar la colinealidad, realizamos 6 modelos separados, con efectos resumidos a continuación (comparar con el análisis principal de la Figura 4). En esta serie de análisis univariados, encontramos (Figura 15) que todos los efectos por sí solos sirven para disminuir el Rt. Esto nos da confianza en que nuestra elección de la distribución previa no está impulsando los efectos que vemos en el análisis principal. Lockdown tiene un efecto muy grande, lo más probable debido a que ocurre después de otras intervenciones en nuestro conjunto de datos. Los tamaños de efecto relativamente grandes para las otras intervenciones son más probables debido a la coincidencia de las intervenciones en el tiempo, de tal manera que una intervención es un proxy para unos pocos otros. Figura 15: Efectos de diferentes intervenciones cuando se utilizan como los únicos covariables en el modelo. 8.4.4.4Para evaluar las suposiciones previas sobre nuestra forma funcional constante por pieza para Rt probamos utilizando una función a Encajamos un modelo con una distribución previa de proceso gaussiano a los datos de Italia donde hay la mayor señal en los datos de muerte. Encontramos que el proceso gaussiano tiene una tendencia muy similar al modelo constante por partes y vuelve a la media en regiones de no datos. La correspondencia de una función completamente no paramétrica y nuestra función constante por piezas sugiere una especificación paramétrica adecuada de Rt. Montaje no paramétrico de Rf usando un proceso gaussiano:8.4.5 Dejar fuera el análisis del paísDebido a las diferentes longitudes de la epidemia de cada país europeo, algunos países, como Italia tienen muchos más datos que otros (como el Reino Unido). Para asegurarnos de que no estamos aprovechando demasiada información de ningún país realizamos un análisis de sensibilidad “dejar fuera un país”, donde recorrimos el modelo sin un país diferente cada vez. La Figura 16 y la Figura 17 son ejemplos de resultados para el Reino Unido, dejando de En general, para todos los países, no observamos ninguna dependencia significativa de ningún país.Figura 16: Resultados de modelos para el Reino Unido, cuando no se utilizan datos de Italia para ajustar el modelo.Ver laFigura 17: Resultados de modelos para el Reino Unido, cuando no se utilizan datos de España para ajustar el modelo.Ver subtítulo de la Figura 2 para una explicación de las gráficas. Para resultados teóricos bien conocidos de la ecuación de renovación, dada una distribución de intervalo serie g(r) con media m y desviación estándar 5, dada a = mZ/S2 y b = m/SZ, y posteriormente R0 = (1 + %).Figura 18 muestra teóricamente derivada R0 junto con nuestras estimaciones de Rt=0 de nuestro modelo jerárquico bayesiano.Como se muestra en la Figura 18 hay una grancorrespondencia entre nuestro número de reproducción inicial estimado y el número de reproducción básica implícito por la tasa de crecimiento r.R0 (rojo) vs R(FO) (negro)Figura 18: Nuestra estimación de R0 (negro) versus Ru(rojo) teóricamente derivado de un ajuste de regresión log lineal. 8.5 Análisis contrafactual — intervenciones frente a no intervencionesFigura 19: Número diario de muertes confirmadas, predicciones (hasta el 28 de marzo) y previsiones (después) para todos los países, excepto Italia y España, de nuestro modelo con intervenciones (azul) y del modelo contrafactual sin intervenciones (rosa); los intervalos creíbles se muestran a una semana en el futuro. DOI: https://doi.org/10.25561/77731Página 28 de 3530 de marzo de 2020 Imperial College Equipo de respuesta COVID-19 8.6 Fuentes de datos y cronograma de intervencionesFigura 1 y Tabla 3 muestran las intervenciones de los 11 países en nuestro estudio y las fechas en que estas intervenciones entraron en vigor. Tabla 3: Calendario de intervenciones. País Tipo Evento Fecha efectivaCerrado escolar ordenadoCerrados escolares nacionales.20 14/3/2020Eventos públicosprohibido la celebración de reuniones de más de 5 personas.21 10/3/2020Prohibir todo acceso a espacios públicos y reunionesLockdown de más de 5 personas.Consejos para mantener 1 distancia ordenada.22 16/3/2020Desplazamiento socialalentadoRecomendación para mantener una distancia de 1m.22 16/3/2020Medidas de Austria basadas en casos Implementado en el bloqueo.22 16/3/2020Cerrado escolar ordenadoCerrados escolares nacionales.23 14/3/2020Eventos públicos Todas las actividades recreativas canceladas independientemente de la talla prohibida.23 12/3/2020Los ciudadanos deben permanecer en casa excepto para el trabajo de Lockdown y los viajes esenciales. 24 18/3/2020El transporte público sólo se recomienda para los viajes esenciales de distanciamiento social, el trabajo desde casa fomentado, todos los lugares de interés público, por ejemplo, restaurantes cerrados.23 14/3/2020Case-based Todo el mundo debe permanecer en casa si experimenta una Bélgica mide la tos o la fiebre.25 10/3/2020Cierre escolar Escuelas secundarias cerradas y universidades (escuelas de orden primario también cerradas el 16).26 13/3/2020Eventos públicos Prohibición de eventos > 100 personas, instituciones cerradas de prohibición cultural, instalaciones de ocio, etc.27 12/3/2020Prohibición de reuniones de > 10 personas en lugares públicos y todos ordenados fueron cerrados.27 18/3/2020Uso limitado del transporte público. Todas las instituciones de distancia social cultural cierran y recomiendan mantener una distancia adecuada alentada.28 13/3/2020Base de casos Todo el mundo debe permanecer en casa si experimenta una Dinamarca medidas de tos o fiebre.29 12/3/2020Cierre de escuelas ordenado Cierre de escuelas nacionales.30 14/3/2020Eventos públicosprohibidos Prohibiciones de eventos > 100 personas.31 13/3/2020Lockdown Todo el mundo tiene que permanecer en casa.Necesita un formulario de autorización autoordenada para salir de casa.32 17/3/2020Consejos de estímulo social en el momento del bloqueo.32 16/3/2020Medidas basadas en casosFrancia Consejos en el momento del bloqueo.32 16/03/2020Cierre de escuelas ordenados Nacionalmente.33 14/3/2020Eventos públicos Ninguna reunión de > 1000 personas. 34 22/3/2020Lockdown Recopilaciones de > 2 personas prohibidas, 1,5 distancias ordenadas.35 22/3/2020Desplazamiento social Evite la interacción social siempre que sea posibleAlentado recomendado por Merkel.36 12/3/2020Consejo para todos los que experimentan síntomasContacto basado en un caso de una agencia de atención de la salud para hacerse la prueba y las medidas de Alemania para entonces auto-aislarse.37 6/3/2020Cierre de escuelas ordenado Cierre de escuelas a nivel nacional.38 5/3/2020Eventos públicosprohibidos El gobierno prohíbe todos los eventos públicos.39 9/3/2020Lockdown El gobierno cierra todos los lugares públicos. Las personas ordenadas tienen que permanecer en casa excepto para los viajes esenciales.40 11/3/2020Hay que mantener una distancia de más de 1 m y se debe fomentar el distanciamiento social de cualquier otra forma de agregación alternativa.40 9/3/2020Consejo basado en casos de autoaislamiento si experimenta síntomasMedidas en Italia y cuarentena si se prueba positivo.41 9/3/2020La Dirección de Salud de Noruega cierra todas las instituciones educativas de cierre escolar.Incluidas las instalaciones ordenadas para el cuidado de los niños y todas las escuelas.42 13/3/2020Eventos públicos La Dirección de Salud prohíbe todo contacto social no necesario.42 12/3/2020Lockdown Sólo las personas que viven juntas están permitidas fuera de orden. Todo el mundo tiene que mantener una distancia de 2 metros.43 24/3/2020Desconexión social La Dirección de Salud aconseja contra todo tipo de viajes alentados y contactos sociales no necesarios.42 16/3/2020Consejo basado en un caso para aislarse por 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre.44 15/3/2020Ordenado Cierre de escuelas nacionales.45 13/3/2020Eventos públicosprohibido Prohibir todos los eventos públicos mediante bloqueo.46 14/3/2020Lockdownordenado Bloqueo de todo el país43 14/3/2020Consejo de distanciamiento social sobre distanciamiento social y trabajo en forma remota alentada desde casa.47 9/3/2020Consejo basado en un caso para autoaislarse por 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre en España47 17/3/2020Cerrado de escuelas y escuelas secundarias superiores cerrado.48 18/3/2020Eventos públicosprohibidos El gobierno prohíbe eventos > A las personas con síntomas leves se les dice que limiten el contacto social de distanciamiento social, el estímulo para trabajar desde una casa alentada.50 16/3/2020Consejo basado en un caso para aislarse si experimentan una tos o Suecia mide los síntomas de fiebre.51 Cierre de la escuela ordenado No en persona hasta el 4 de abril.52 14/3/2020Eventos públicos prohibidos El gobierno prohíbe eventos > 100 personas.52 13/3/2020Reuniones ordenadas de bloqueo de más de 5 personas están prohibidas.53 2020-03-20Consejo para mantener la distancia.Todas las empresas donde el distanciamiento social no se puede realizar se han cerrado en todos los estados alentados (kantones).54 16/3/2020Consejo basado en un caso para aislarse si experimentan una tos o Suiza mide los síntomas de fiebre.55 2/3/2020Cierre de la escuela en toda la nación. Los cuidadores de niños, las guarderías para el cierre de escuelas y las sextas formas deben seguir las directrices ordenadas.56 21/3/2020Eventos públicos prohibidos Implementados con bloqueo.57 24/3/2020Los conjuntos de más de 2 personas no pertenecientes al mismo hogar están prohibidos y sujetos a la policía.57 24/3/2020Consejos de distanciamiento social para evitar pubs, clubes, teatros y otras instituciones públicas alentadas.58 16/3/2020Consejo basado en un caso para aislarse durante 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre en el Reino Unido.59 12/3/20209 Referencias1. Li, R. et al. Infección indocumentada sustancial facilita la rápida difusión del nuevocoronavirus (SARS-CoV2). Ciencia (2020) doi:10.1126/science.abb3221. 2. Zhang, J. et al. Patrones de contacto social humano y contacto con animales en Shanghai, China 5cLRep.9,1—11(2019)3. Worldómetros.info. Hong Kong: casos de coronavirus. https://www.wo rldómetros.info/co ronavirus/country/china-hong-kong-sar/. 4. Ferguson, N. et al. Impacto de las intervenciones no farmacéuticas (NPI) para reducir la mortalidad y la demanda de asistencia sanitaria (Informe 9). https://www.imperial.ac.uk/mrc-global-infectious-disase-analysis/news--wuhan-coronavirus/. 5. Cereda, D. et al. La fase inicial del brote de COVID-19 en Lombardy, Italia. arXiv (2020). 6. Zhao, A. J. et al. Título: Respuestas anticuerpos al SARS-CoV-2 en pacientes con nuevas enfermedades por coronavirus 2019 Título breve : Respuestas anticuerpos en pacientes con COVID-19. (2020). 7. Jombart, T. et al. Inferir el número de casos de COVID-19 de muertes recientemente notificadas. medRXiV 2020.03.10.20033761(2020)doi:10.10101/2020.03.10.20033761. 8. Zhang, J. et al. Perfil de edad de susceptibilidad, mezcla y distanciamiento social dan forma a la dinámica del brote de la nueva enfermedad por coronavirus 2019 en China. (2020) doi:10.10101/2020.03.19.20039107. 9. Lourenco, J. et al. Los principios fundamentales de la propagación epidémica destacan la necesidad inmediata de realizar encuestas serológicas a gran escala para evaluar la etapa de la epidemia por SARS doi:10.1101/2020.03.24.2004229110.Naciones Unidas, Departamento de Asuntos Económicos y Sociales, División de Población. WorldPopulation Prospects 2019: Data booket. ST/ESA/SER.A/424. (2019). 11. Verity, R. et al. Estimaciones de la gravedad de la enfermedad de COVID-19. Lancet Infect Dis en la prensa (2020). 12. Walker, P. G. T. et al. Report 12: The Global Impact of COVID-19 and Strategies for Mitigation and Supresation. 13. Fraser, C. Estimating Individual and Household Reproduction Numbers in a EmergingEpidemmic. PL05 ONE 2, e758 (2007). 14. Cori, A., Ferguson, N. M., Fraser, C. & Cauchemez, S J. Epidemiol. 178, 1505-1512(2013115. Nouvellet, P. et al. Un enfoque sencillo para medir la transmisibilidad y la incidencia prevista. Epidemias 22, 29-35 (2018). 16. Cauchemez, 8., Valleron, A. J., Boelle, P. Y., Flahault, A. & Ferguson, N. M. Estimación del impacto del cierre escolar en la transmisión de la gripe a partir de datos Sentinel. Nature 452, 750-754 (2008). 17. Bellman, R. & Harris, T. On Age-Dependent Binary Branking Processes. Ann. Math. 55, 280-295(1952118. Bellman, R. & Harris, T. E. Sobre la teoría de los procesos de ramificación estocásticos dependientes de la edad. Proc. Nat 34, 601-604 (1948). 19. Stan Development Team. 2018. The Stan Core Library, versión 2.18.0. http://mc-stan.org. 20. Bundesministerium. Coronavirus (COVID-19): Status quo — Schulen, Hochschulen,Universitaten und Forschungsinstitutionen. https://www.bmbwf.gv.at/Ministerium/Informationspflicht/corona/corona_status.html. 21. Henley, J. Coronavirus: Los Estados de la Unión Europea promulgan medidas duras para la propagación del tallo. The Guardianhttps://www.theguardian.com/world/200/mar/10/coranonavirus-varios-estados-eu-states-ban-masa-mass-as-pos-italian-lockdown (20 25. Servicio Público Federal. Protéjase y proteja a los demás. https://www.info-coronavirus.be/en/2020/03/10/protege-y-protege-the-others/ (2020). 26. Wikipedia. 2020 pandemia de coronavirus en Dinamarca. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/2020_coronavirus_pandemic_in_Dinamarca. 27. Stephensen, Emma Kinker; Hansen, T. S. Danmark lukker ned: Her er regeringens nye basculag. TV2 https://nyheder.tv2.dk/samfund/2020-03-11-danmark-lukker-ned-er-regeringens-nye-tiltag(2020128. Politi. Nye illbag mod covid-19. Politi https://politi.dk/coronavirus-i-danmark/seneste-nyt-fra-myndighederne/nye-tiltag-mod-covid-19 (2020). 29. Styrelsen for Patientsikkerhed. Indberetning om covid-19zlnformation om mulighed forp\aabud til enkeltpersoner (coronavirus/covid-19). https://stps.dk/da/ansvar-og-retningslinjer/vejledning/indberetning-om-covid-19/#. 30. Wikipedia. 2020 coronavirus pande in France. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/2020_coronavirus_pandemic_in_France. 31. Francia prohíbe las reuniones de más de 100 personas a medida que aumenta el número de muertes por coronavirus -The Local. The Local https://www.thelocal.fr/20200313/france-bans-recopilations-of-over-100-people-to-fight-coronavirus-pandemic (2020). 32. Henley, Jon; Willsher, Kim; Kassam, A. Coronavirus: Francia impone un bloqueo cuando la UE pide una prohibición de viajar de 30 días. The Guardian https://www.theguardian.com/world/2020/mar/16/coronavirus-spain-takes-over-privado-healthcare-amid-more-euro-pean-lockdowns (2020). 33. Wikipedia. 2020 coronavirus pande in Germany. Fundación Wikimediahttps://en.wi 34. BMI. Coronavirus: Fragen und Antworten. Bundesministerium des Innern,fur Bau und Heimathttps://web.archive.org/web/20200317073042/https://www.bmi.bund.de/SharedDocs/faqs/DE/themen/bevoelkerungssschutz/coranavirus/coranavirus-faqs.htmI#doc13738352bodyText7. 35. Noticias de la BBC. Coronavirus: Alemania endurece los frenos y prohíbe las reuniones de más de dos personas. BBCNews https://www.bbc.co.uk/news/world-europe-51999080 (2020). 36. Bundesregierung. Kanzlerin trifft Regierungschefs der Lander Sozialkontakte https://www.bundesregierung.de/breg-de/themen/coranavirus/mpk-1730186(2020)37. Robert Koch Institut. Antworten auf haufig gestellte Fragen zum Coronavirus SARS-CoV-2. Robert Koch Instituthttps://web.archive.org/web/20200312004624/https://www.rki.de/SharedDocs/FAQ/NCOV2019/FAQ_Liste.html (2020). 38. Ministero della Salute. Governo anuncia sospensione dell’attivita didattica dal 5 a15 marzo. Ministero della Salutehttp://www.salute.gov.it/portale/nuovocoronavirus/dettaglioVideoNuovoCoronavirus.jsp?lingua=italiano&menu=multimedia&p=video&id=2052 (2020). 39. CNN. Italia prohíbe los viajes y cancela todos los actos públicos en su región septentrional. CNNhttps://edition.cnn.com/2020/03/08/europe/italy-coranavirus-lockdown-europe-intl/index.html(2020). Attualita. Coronavirus: parada de un pub, cine, teatro e discoteche anche a Roma. Ecco cosaprevede il nuovo decreto. Roma Today https://www.romatoday.it/attualita/coranavirus-pub-cinema-teatri-locali-chiusi-nuovo-decreto.html (2020). 41. Gazzetta Ufficiale. DECRETO DEL PRESIDENTE DEL CONSIGLIO DEL MINISTRI. Gazzetta Ufflclalehttps://www.gazzettaufficiale.it/eli/id/20/03/08/20A01522/sg (2020). 42. Helsedirektoratet. La Dirección de Salud de Noruega ha adoptado la decisión de cerrar las escuelas y otras instituciones educativas. Hellem-Hansen, Viktoria L.; Tandstad, B. Folkehelseinstituttet mener23.000 kan vaere smittet. NRK https://www.nrk.no/norge/folkehelseinstituttet-mener-23.000-kan-vaere-smittet-1.14958149 (2020). 44. Gobierno de Norweigen. regjeringen.no https://www.regjeringen.no/en/aktuelt/the-government-is-esestableciendo-clear-cuarantine-and-aislation-rules/id2693647/ (2020). 45. Wikipedia. 2020 coronavirus pandemic in Spain. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/20_coronavirus_pandemic_in_Spain. 46. Gabinete de Prensa. El Gobierno anuncia nuevas medidas para eliminar la extensión del nuevo coronavirus COVID-19. Gobierno de Españahttps://www.mscbs.gob.es/gabinete/notasPrensa.do?id=4807 (2020). 47. Gabinete de Prensa. El Consejo Interterritorial del SNS alcanza medidas concretas para zonascon transmisión comunitaria de coronavirus. Gobierno de Españahttps://www.mscbs.gob.es/gabinete/notasPrensa.do?id=4806 (2020). 48. Folkhalsomyndigheten.se/nyheter-och-press/nyhetsarkiv/2020/mars/larosaten-och-gymnasieskolor-uppmanas-nu-att-bedriva-distansundervisning(2020). El local. Suecia prohíbe grandes eventos para detener la propagación del coronavirus. El localhttps://www.theloca.se/20200311/sweden-to-ban-large-public-coronavirus-over-coronavirus (2020). 50. Radosevich. Estocolmoers instados a trabajar desde casa como comunidad COVID-19 se extendió confirmado. Sveriges Radiohttps://sverigesradio.se/sida/artikel.aspx?programid=2054&artikel=7430511(2020). Folkhdlsomyndigheten https://www.folkhalsomyndigheten.se/nyheter-och-press/nyhetsarkiv/2020/mars/flera-tecken-pa-samhallsspridning-av-covid-19-i-sverige/ (2020). 52 Bundesamt fur Gesendheit BAG. Bundesrat verscharft Massnahmen gegen das Coronaviruszum Schutz der Gesundheit und unterstUtzt betroffene Branchen. Schweizerische Eidgenossenschafthttps://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg-id-78437.html( Coronavirus: Bundesrat verbietet Ansammlungen von mehrals fUnf Personen. Schweizerische Eidgenossenschaft https://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg-id-78513.html (2020). 54. Bundesamt fur Gesundheit BAG. Coronavirus: Bundesrat erklart die «ausserordentliche Lage»und verscharft die Massnahmen. Schweizerische Eidgenossenschafthttps://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg- Neue Hygiene- und Verhaltensregeln zum Schutz gegen dasneue Coronavirus. Schweizerische Eidgenossenschaft https://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/a ktuell/medienmitteilungen.msg-id-78304.html (2020). 56. Gobierno del Reino Unido, D. for E. Schools, colleges and early ambients to close. Gobierno del Reino Unidohttps://www.gov.uk/government/news/schools-colleges-and-ears-settings-to-close (2020). 57. Gobierno del Reino Unido. Discurso del Primer Ministro a la nación sobre el coronavirus: 23 de marzo de 2020. Gobierno del Reino Unidohttps://www.gov.uk/government/speeches/pm-address-to-the-nation-on-coronavirus-23-march-2020(2020158. Boycott-Owen, Mason; Bowman, Verity; Kelly-Linden, Jordan; Gartner, A. G. H. S. T.Coronavirus: Boris Johnson encierra al Reino Unido a medida que el número de muertos llega a 55. The Telegraphhttps://www.telegraph.co.uk/global-health/science-and- disease/coronavirus-news-uk-latest-update-covid-19-death-toll-cases/ (2020). BBC Newshttps://www.bbc.co.uk/news/uk-51857856 (2020).

¿Cuál es la tasa estimada de ataque en Italia?

Estimando el número de infecciones y el impacto de las intervenciones no farmacéuticas en el COVID-19 en 11 países europeos30 marzo 2020 Imperial College COVID-19 Response TeamSeth Flaxmani Swapnil Mishra*, Axel Gandy*, H JulietteT Unwin, Helen Coupland, Thomas A Mellan, HarrisonZhu, Tresnia Berah, Jeffrey W Eaton, Pablo N P Guzman, Nora Schmit, Lucia Cilloni, Kylie E C Cuomo—Dannenburg, Amy Dighe, Bimandra Djaafara, Ilaria Dorigatti, Sabine van Elsland,Rich Fitz, Han Fu, Katy Gaytorpe, Gendarme, Peter Geidelberg, Wi Green, Timothy Hallett, Arranmlet, Weinsland, EE.UU., EE.UU En respuesta, muchos países europeos han puesto en marcha intervenciones no farmacéuticas sin precedentes, como el aislamiento de casos, el cierre de escuelas y universidades, la prohibición de reuniones masivas o actos públicos, y, más recientemente, una ampliadistribución social a escala local y nacional, incluidos los bloqueos.En este informe, utilizamos un modelo jerárquico bayesiano semimecanicista para tratar de deducir el impacto de estas intervenciones en 11 países europeos.Nuestros métodos suponen que los cambios en el número productivo —una medida de transmisión— son una respuesta inmediata a estas intervenciones en lugar de cambios graduales más amplios en el comportamiento.Nuestro modelo estima estos cambios calculando hacia atrás de las muertes observadas a lo largo del tiempo para estimar la transmisión que ocurrió varias semanas antes, permitiendo el lapso entre la infección y la muerte.Una de las principales suposiciones del modelo es que cada intervención tiene el mismo efecto en el número de producción en todos los países y en el tiempo. Esto nos permite aprovechar una mayor cantidad de datos en toda Europa para estimar estos efectos. También significa que nuestros resultados están fuertemente impulsados por los datos de países con epidemias más avanzadas, y las intervenciones anteriores, como Italia y España. Encontramos que el lento crecimiento de las muertes diarias reportadas en Italia es consistente con un impacto significativo de las intervenciones implementadas varias semanas antes. En Italia, estimamos que el número de reproducción efectiva, Rt, cayó a cerca de 1 alrededor de la época de Iockdown (11 de marzo), aunque con un alto nivel de incertidumbre. En general, estimamos que los países han logrado reducir su número de reproducción. Nuestras estimaciones tienen amplios intervalos creíbles y contienen 1 para los países que han implementado intervenciones consideradas en nuestro análisis. Esto significa que el número de reproducción puede estar por encima o por debajo de este valor. Dado que las intervenciones actuales se mantienen al menos hasta finales de marzo, estimamos que las intervenciones en los 11 países habrán evitado 59.000 muertes hasta el 31 de marzo[intervalo creíble del 95%: 21.000-120.000].Muchas más muertes se evitarán garantizando que las intervenciones permanezcan en vigor hasta que la transmisión disminuya a niveles bajos.Estimamos que, en los 11 países entre 7 y 43 millones de personas se han infectado con el SARS-CoV-Z hasta el 28 de marzo, lo que representa entre el 1,88% y el 11,43% de la población.Se estima que la proporción de la población infectada hasta la fecha —la tasa de ataque— es la más alta en España seguida por Italia y la más baja en Alemania y Noruega, lo que refleja las etapas relativas de las epidemias.Dado el retraso de 2-3 semanas entre el momento en que se producen los cambios de transmisión y cuando su impacto puede observarse en las tendencias de mortalidad, Si las intervenciones en países en las etapas más tempranas de su epidemia, como Alemania o el Reino Unido, son más o menos eficaces de lo que eran en los países con epidemias avanzadas, en los que nuestras estimaciones se basan en gran medida, o si las intervenciones han mejorado o han empeorado con el tiempo, nuestras estimaciones del número de reproducción y las muertes evitadas cambiarían en consecuencia. Por lo tanto, es fundamental que las intervenciones actuales sigan en vigor y las tendencias en los casos y muertes se monitoricen de cerca en los próximos días y semanas para garantizar que la transmisión del SARS-Cov-Z se esté desacelerando. Imperial College London (2020), doi:https://doi.org/10.25561/777311 IntroducciónTras la aparición de un nuevo coronavirus (SARS-CoV-Z) en Wuhan (China) en diciembre de 2019 y su propagación mundial, han surgido en Europa grandes epidemias de la enfermedad, causadas por el virus denominado COVID-19. En respuesta al creciente número de casos y muertes, y para mantener la capacidad de los sistemas de salud para tratar tantos casos graves como sea posible, los países europeos, como los de otros continentes, han implementado o están en proceso de aplicar medidas para controlar susepidemias. Estas intervenciones no farmacéuticas a gran escala varían de un país a otro, pero incluyen distanciamiento social (como la prohibición de grandes reuniones y el asesoramiento a las personas para que no socialicen fuera de sus hogares), cierres de fronteras, cierres de escuelas, medidas para aislar a las personas sintomáticas y sus contactos, y bloqueos a gran escala de poblaciones con todos los viajes internos menos esenciales prohibidos.Entender, en primer lugar, si estas intervenciones están teniendo el impacto deseado de controlar la epidémica y, en segundo lugar, qué intervenciones son necesarias para mantener el control, es crítico dada su gran coste económico y social.El objetivo clave de estas intervenciones es reducir el número de reproducción eficaz, Rt, de la infección, una cantidad epidemiológica fundamental que representa el número medio de infecciones, en el momento t, por caso infectado durante el curso de su infección. Si Rt es mayor que 1, las infecciones aumentarán (dependiendo de cuánto mayor que 1 el número de reproducción es) hasta los picos tepidémicos y eventualmente disminuye debido a la adquisición de inmunidad de rebaños. En China, las estrictas restricciones de movimiento y otras medidas incluyendo aislamiento de casos y cuarentena comenzaron a introducirse a partir del 23 de enero, lo que logró una tendencia a la baja en el número de nuevos casos confirmados durante febrero, resultando en cero nuevos casos indígenas confirmados en Wuhan para el 19 de marzo. Los estudios han calculado cómo cambió Rt durante este tiempo en diferentes áreas de China desde alrededor de 2-4 durante la epidemia incontrolada hasta menos de 1, con una disminución estimada de 7-9 veces en el número de contactos diarios por persona.1'2 Medidas de control tales como distanciamiento social, pruebas intensivas y rastreo de contacto en otros países como Singapur y Corea del Sur han reducido con éxito la incidencia de casos en las últimas semanas, aunque existe un riesgo de que el virus se propague de nuevo una vez que las medidas de control se relajen.3'4La epidemia comenzó un poco más tarde en Europa, a partir de enero o más tarde en diferentes regiones.5 Los países han aplicado diferentes combinaciones de medidas de control y es probable que el nivel de cumplimiento de las recomendaciones gubernamentales sobre distanciamiento social varíe entre países, en parte debido a diferentes niveles de aplicación. La estimación de los números de reproducción para el SARS-CoV-Z presenta desafíos debido a la alta proporción de infecciones no detectadas por los sistemas de salud"7 y a los cambios regulares en las políticas de pruebas, lo que da lugar a proporciones indiferentes de infecciones detectadas a lo largo del tiempo y entre los países.La mayoría de los países hasta ahora sólo tienen la capacidad de probar una pequeña proporción de casos sospechosos y las pruebas están reservadas para pacientes con enfermedades graves o para grupos de alto riesgo (por ejemplo, contactos de casos).Por lo tanto, el análisis de los datos de los casos da una visión sistemáticamente sesgada de las tendencias.Una forma alternativa de estimar el curso de la epidemia es volver a calcular las infecciones derivadas de las muertes observadas. Si bien las tendencias recientes de las muertes serán, por tanto, informativas, hay un retraso en la observación del efecto de las intervenciones en las muertes, ya que hay un período de 2 a 3 semanas entre lainfección, el inicio de los síntomas y el resultado.En este informe, encajamos un nuevo modelo mecánico bayesiano del ciclo de infección en las muertes observadas en11 países europeos, inferiendo límites plausibles superiores e inferiores (intervalos creíbles bayesianos) de la población total infectada (tasas de ataque), probabilidades de detección de casos y el número de reproducción a lo largo del tiempo (Rt).Ajustamos el modelo conjuntamente a los datos de COVID-19 de todos estos países para evaluar si hay pruebas de que las intervenciones han tenido éxito hasta ahora en reducir la Rt por debajo de 1, con la fuerte suposición de que las intervenciones particulares están logrando un impacto similar en diferentes países y de que la La mayoría de las intervenciones se iniciaron alrededor del 12 al 14 de marzo. Analizamos los datos sobre las muertes hasta el 28 de marzo, dando un margen de 2-3 semanas para estimar el efecto de las intervenciones. Actualmente, la mayoría de los países en nuestro estudio han implementado todas las intervenciones no farmacéuticas importantes. Para cada país, modelamos el número de infecciones, el número de muertes y el número de reproducciones efectivas a lo largo del tiempo, con Rt cambiando sólo cuando se introduce una intervención (Figura 2-12). Rt es el número medio de infecciones secundarias por individuo infectado, asumiendo que las intervenciones que se realizan en el momento t permanecen en el lugar durante todo su período infeccioso. Cada país tiene su propio número de reproducción inicial Rt antes de que se lleven a cabo las intervenciones. Se supone que las intervenciones específicas tienen el mismo impacto relativo en Rt en cada país cuando se introdujeron allí y están informadas por los datos de mortalidad en todos los países. Figura l: Cronogramas de intervención para los 11 países europeos incluidos en el análisis.Para más detalles, véase el apéndice 8.6.2 2.1.Números reales estimados de infecciones y tasas actuales de ataqueEn todos los países, estimamos que hay órdenes de magnitud menos infecciones detectadas (Figu En Italia, nuestros resultados sugieren que, acumulativamente, 5.9 [1,9-15,2] millones de personas han sido infectadas al 28 de marzo, dando una tasa de ataque del 9,8% [3,2%-25%] de la población (Tabla 1). España ha visto recientemente un gran aumento en el número de muertes, y dada su menor población, nuestro modelo estima que una mayor proporción de la población, 15,0% (7,0 [18-19] millones de personas) han sido infectadas hasta la fecha. Alemania se estima que tiene una de las tasas de ataque más bajas en el 0,7% con 600.000[240,000-1,500.000] personas infectadas. Imperial College COVID-19 Response TeamTabla l: Modelo posterior estimaciones del porcentaje de la población infectada al 28 de marzo de 2020. País % de la población total infectada (media [intervalo creíble del 95%l)Austria 1,1% [0,36%-3,1%]Bélgica 3,7% [1,3%-9,7%]Dinamarca 1,1% [0,40%-3,1%]Francia 3,0% [1,1%-7,4%]Alemania 0,72% [0,28%-1,8%]Italia 9,8% [3,2%-26%]Noruega 0,41% [0,09%-1,2%]España 15% [3,7%-41%]Suecia 3,1% [0,85%-8,4%]Suiza 3,2% [1,3%-7,6%]Reino Unido 2,7% [1,2%-5,4%]2,2 Números de reproducción e impacto de las intervencionesAveriguados en todos los países, estimamos que los números de reproducción inicial rondan los 3,87 [3,01-4,66], lo que está en consonancia con otras estimaciones.1'8 Estas estimaciones se basan en nuestra elección de la distribución entre intervalos seriales y la tasa de crecimiento inicial de Un intervalo serial más corto supone un menor número de reproducción inicial (Apéndice 8.4.2, Apéndice 8.4.6).Los números de reproducción inicial también son inciertos debido a que: a) la importación es la fuente dominante de nuevas infecciones al principio de la epidemia, en lugar de la transmisión local (b) la posible incertidumbre en las muertes, particularmente antes de que se generalizaran las pruebas.Estimamos que los grandes cambios en la Rt en respuesta a las intervenciones combinadas no farmacéuticas.Nuestros resultados, impulsados en gran parte por países con epidemias avanzadas y un mayor número de muertes (por ejemplo, Italia, España), sugieren que estas intervenciones han tenido conjuntamente un impacto sustancial en la transmisión, medidos por los cambios en el número de reproducción estimado Rt. En todos los países encontramos estimaciones actuales de Rt que van desde una media posterior de 0,97 [0,14-2,14] para Noruega a una media a posteriori de 2,64 [1,40-4,18] para Suecia, con un promedio de 1,43 en los 11 países a posteriori, una reducción del 64% en comparación con los valores de pre-intervención. Observamos que estas estimaciones son consistentes en que el impacto de la intervención es el mismo en diferentes países y en diferentes épocas. En todos los países excepto Suecia, con las mismas suposiciones, estimamos que el número de reproducción actual incluye 1 en el rango de incertidumbre. El número de reproducción estimado para Suecia es mayor, no porque las tendencias de mortalidad son significativamente diferentes de cualquier otro país, sino como un artefacto de nuestro modelo, que supone una reducción menor en Rt porque no se ha ordenado un bloqueo completo en la medida. En general, aún no podemos concluir si las intervenciones actuales son suficientes para lograr que Rt sea inferior a 1 (posterior probabilidad de ser inferior a 1,0 es un 44% en promedio en todos los países). También no podemos concluir si las intervenciones pueden ser diferentes entre países o con el tiempo. Sigue habiendo un alto nivel de incertidumbre en estas estimaciones.Es demasiado pronto para detectar un impacto sustancial de la intervención en muchos países en etapas anteriores de su epidemia (por ejemplo, Alemania, Reino Unido, Noruega).Muchas intervenciones se han producido sólo recientemente, y sus efectos aún no se han observado plenamente debido al retraso entre la infección y la muerte.Esta incertidumbre reducirá a medida que se disponga de más datos.Para todos los países, nuestro modelo se ajusta bien a los datos de muertes observadas (pruebas de bondad de la adecuación bayesiana).También descubrimos que nuestro modelo puede predecir de manera fiable las muertes diarias 3 días en el futuro, reteniendo los últimos 3 días de datos Sin embargo, al realizar un análisis de sensibilidad (Apéndice 8.4.3) con distribuciones previas sin información (donde las intervenciones pueden aumentar las muertes) encontramos un impacto similar de las intervenciones del equipo de respuesta del Colegio Imperial COVID-19, que muestra que nuestra elección de la distribución previa no está impulsando los efectos que vemos en el análisis principal.Figura 2: Estimaciones a nivel de país de infecciones, muertes y Rt. Izquierda: número diario de infecciones, marronbars se reportan infecciones, bandas azules son infecciones predichas, intervalo creíble de azul oscuro 50% (IC), azul claro 95% IC. El número de infecciones diarias estimadas por nuestro modelo disminuye inmediatamente después de una intervención, ya que suponemos que todas las personas infectadas se vuelven inmediatamente menos infecciosas a través de la intervención. Medio: número diario de muertes, barritas marrones se reportan muertes, bandas azules se predicen muertes, Cias en la parcela izquierda. Derecha: número de reproducción variable en el tiempo Rt, verde oscuro 50% IC, verde claro 95% IC. Iconos son intervenciones mostradas en el momento en que ocurrieron. Imperial College COVID-19 Response TeamTabla 2: Muertes previstas totales desde el inicio de la epidemia hasta el 31 de marzo en nuestro modelo y en un modelo contrafactual (suponiendo que no hubo intervención).Estimadas muertes evitadas durante este período como resultado de las intervenciones.Números entre paréntesis son intervalos creíbles del 95%. 2.3 Impacto estimado de las intervenciones en las muertesLa Tabla 2 muestra el total de muertes previstas desde el comienzo de la epidemia hasta el 31 de marzo bajo nuestro modelo ajustado y bajo el modelo contrafactual, que predice lo que habría ocurrido si no se implementaran intervenciones (y R, En Italia y España, donde la epidemia está avanzada, se han evitado 38.000 muertes [13.000-84.000] y 16.000 [5400-35.000], respectivamente. Incluso en el Reino Unido, que es mucho más temprano en su epidemia, se han evitado 370 [73-1,000] muertes, que sólo dan lugar a las muertes evitadas que habrían ocurrido hasta el 31 de marzo. Si se incluyeran las muertes de individuos actualmente infectados en ambos modelos, lo que podría ocurrir después del 31 de marzo, las muertes evitadas serían sustancialmente más altas. Figura 3: Número diario de muertes confirmadas, predicciones (hasta el 28 de marzo) y previsiones (después) para (a)Italia y (b) España de nuestro modelo con intervenciones (azul) y del modelo sin intervencionescontrafactuales (rosa); los intervalos creíbles se muestran una semana en el futuro. Otros países se muestran en el Apéndice 8.6. 03/0 25% 50% 753% 100%(sin efecto sobre la transmisibilidad) (final de la transmisibilidadReducción porcentual en R.Figura 4: Nuestro modelo incluye cinco covariables para intervenciones gubernamentales, ajustando para si la intervención fue la primera realizada por el gobierno en respuesta a COVID-19 (rojo) o fue posterior a otras intervenciones (verde).Se muestra una reducción porcentual relativa media en Rt con intervalos creíbles posteriores al 95%.Si se logra una reducción del 100%, Rt = 0 y no hay mástransmisión de COVID-19.No hay efectos significativamente diferentes de los de otras intervenciones, probablemente debido al hecho de que muchas intervenciones ocurrieron en el mismo día o en días de cada una como se muestra en la Figura l.3 DiscusiónDurante esta fase temprana de medidas de control contra el nuevo coronavirus en Europa, analizamos tendencias en el número de muertes para evaluar la medida en que se está reduciendo la transmisión Al representar el proceso de infección por COVID-19 utilizando un modelo jerárquico semimecánico, conjunto y bayesiano, podemosreducir las tendencias observadas en los datos de muertes y podemos pronosticar con precisión en cortos horizontes de tiempo.Estimamos que ha habido muchas más infecciones de las que se reportan actualmente.El alto nivel de incertidumbre de infecciones que estimamos aquí es probable debido al enfoque en pruebas en entornos hospitalarios más que en la comunidad.A pesar de esto, sólo una pequeña minoría de individuos en cada país han sido infectados, con una tasa de ataque en promedio del 4,9% [l,9%-l%] con una considerable variación entre países (Tabla 1).Nuestras estimaciones implican que las poblaciones en Europa no están cercanas a la inmunidad de rebaños ("50-75% si R0 es 2-4).Además, con los valores de Rt disminuyendo sustancialmente, la tasa de adquisición de inmunidad de rebaños se ralentizará rápidamente. Esto implica que el virus será capaz de propagarse rápidamente en caso de que se levanten las intervenciones.Tales estimaciones de la tasa de ataque hasta la fecha deben ser validadas con urgencia por pruebas de anticuerpos recientemente desarrolladas en encuestas de población representativas, una vez que éstas estén disponibles.Estimamos que las intervenciones no farmacéuticas importantes han tenido un impacto sustancial en el número de reproducción que varía en el tiempo en los países donde ha habido tiempo para observar los efectos de la intervención en las tendencias de las muertes (Italia, España). Debido a la rápida sucesión de intervenciones en muchos países, no se dispone de datos suficientes para estimar el tamaño del efecto individual de cada intervención, y desalentamos la atribución de asociaciones a la intervención individual.En algunos casos, como Noruega, donde todas las intervenciones se ejecutaron a la vez, estos efectos individuales son por definición no identificables.A pesar de esto, aunque no se pueden determinar los impactos individuales, su impacto conjunto estimado está fuertemente justificado empíricamente (véase el apéndice 8.4 para el análisis de sensibilidad).Si bien el crecimiento de las muertes diarias ha disminuido, debido a la diferencia entre las infecciones y las muertes, es de esperar un aumento continuo de las muertes diarias durante algún tiempo.Para comprender el impacto de las intervenciones, nos ajustamos a un modelo contrafactual sin las intervenciones y lo comparamos con el modelo real.Consideramos Italia y el Reino Unido -dos países en etapas muy diferentes de sus epidemias.Para el Reino Unido, donde las intervenciones son Los resultados sugieren que las intervenciones tendrán un gran impacto en las infecciones y muertes a pesar del aumento de ambos.Para Italia, donde ha pasado mucho más tiempo desde que se han implementado las intervenciones, está claro que el modelo sin intervenciones no encaja bien con los datos, y no puede explicar la reducción sublineal (en la escala logarítmica) de las muertes (véase la figura 10).El modelo contrafactual para Italia sugiere que, a pesar de la creciente presión sobre los sistemas de salud, las intervenciones han evitado una catástrofe sanitaria en la que el número de nuevas muertes habría sido 3,7 veces mayor (38.000 muertes evitadas) de lo que se observa actualmente.Incluso en el Reino Unido, mucho antes de su epidemia, se prevé que las recientes intervenciones evitarán 370 muertes totales hasta el 31 de marzo. Dados los índices de mortalidad por infecciones observadas y la epidemiología de la COVID-19, las intervenciones no farmacéuticas importantes han tenido un impacto sustancial en la reducción de la transmisión en los países con epidemiologías más avanzadas. Es demasiado pronto para estar seguros de que se verán reducciones similares en los países en las etapas anteriores de su epidemia. Si bien no podemos determinar qué conjunto de intervenciones han tenido más éxito, ya podemos ver cambios en las tendencias de nuevas muertes. Cuando se pronostican 3 días y se examina toda la epidemia, el número de muertes evitadas es sustancial. Observamos que se está produciendo una innovación sustancial, y nuevas intervenciones o refinamientos más eficaces de las intervenciones actuales, junto con cambios de comportamiento, contribuirán aún más a la reducción de las infecciones. No podemos decir con certeza que las medidas actuales hayan controlado la epidemia en Europa; sin embargo, si continúan las tendencias actuales, hay razones para el optimismo. Proponemos una estructura plausible para el proceso de infección y luego estimamos los parámetros empíricamente. Sin embargo, muchos parámetros tuvieron que ser dados fuertes distribuciones previas o tenían que ser fijados. Para estas suposiciones, hemos proporcionado citas relevantes a estudios previos. A medida que se disponga de más datos y surjan mejores estimaciones, actualizaremos estos reportes quincenales. Nuestra elección de la distribución de intervalos seriales influye fuertemente en la distribución previa para el inicio de R0. Nuestra relación de mortalidad por infección y distribuciones de infección a muerte influyen fuertemente en la tasa de muerte y por lo tanto el número estimado de casos subyacentes verdaderos. También suponemos que el efecto de las intervenciones es el mismo en todos los países, lo cual puede no ser totalmente realista. Esto implica que los países con intervenciones tempranas y más muertes ya que estas intervenciones (por ejemplo, Italia, España) influyen fuertemente en las estimaciones del impacto de la intervención en los países en las etapas más tempranas de Hemos intentado crear definiciones coherentes de todas las intervenciones y documentar detalles al respecto en elApéndice 8.6. Sin embargo, invariablemente habrá diferencias de un país a otro en la fuerza de su intervención, por ejemplo, la mayoría de los países han prohibido la reunión de más de 2 personas cuando se aplica un bloqueo, mientras que en Suecia el gobierno sólo prohibió la reunión de más de 10 personas. Estas diferencias pueden distorsionar los impactos en países con muy pocos datos. Creemos que nuestra incertidumbre puede cubrir en cierto grado estas diferencias, y a medida que se disponga de más datos, loscoeficientes deberían ser más fiables. Sin embargo, a pesar de estas fuertes suposiciones, hay suficiente señal en los datos para estimar los cambios en R, (véase el análisis de sensibilidad reportado en el Apéndice 8.4.3) y esta señal se incrementará con el tiempo. En nuestro marco jerárquico bayesiano, cuantificamos robustamente la incertidumbre en nuestras estimaciones de parámetros y predicciones posteriores. Esto se puede ver en los intervalos creíbles más amplios de los últimos días, en los que se dispone de pocos o ningún dato sobre la muerte para informar las estimaciones. Además, predecimos el impacto de la intervención a nivel nacional, pero puede haber diferentes tendencias en diferentes partes de cada país.Por ejemplo, la epidemia en el norte de Italia estaba sujeta a controles antes que el resto del país.5DatosNuestro modelo utiliza datos diarios sobre la mortalidad en tiempo real del ECDC (Centro Europeo de Control de Enfermedades), donde catalogamos datos de casos de 11 países europeos que actualmente padecen la epidemia: Austria, Bélgica, Dinamarca, Francia, Alemania, Italia, Noruega, España, Suecia, Suiza y Reino Unido.El ECDC proporciona información sobre casos confirmados y muertes atribuibles a COVID-19.Sin embargo, los datos de casos son muy poco representativos de la incidencia de infecciones debido a la infrarreportación, así como a cambios sistemáticos y específicos de países Nosotros, por lo tanto, utilizamos sólo las muertes atribuibles a COVID-19 en nuestro modelo; no utilizamos las estimaciones de casos de ECDC en absoluto.Si bien las muertes observadas todavía tienen cierto grado de falta de fiabilidad, de nuevo debido a cambios en los informes y las pruebas, creemos que los datos son de suficiente fidelidad al modelo.Para los recuentos de población, utilizamos los recuentos desglosados por edad de la UNPOP.10También catalogamos datos sobre la naturaleza y el tipo de intervenciones no farmacéuticas importantes.Miramos las páginas web gubernamentales de cada país, así como sus páginas web oficiales de información y división de salud pública para identificar los últimos consejos/leyes que emiten el gobierno y las autoridades sanitarias públicas.Recopilamos lo siguiente:Se ordenó el cierre de la escuela: Esta intervención se refiere a los cierres extraordinarios de escuelas a nivel nacional que en la mayoría de los casos se refieren al cierre de escuelas primarias y secundarias (para la En el caso de Dinamarca y Suecia, permitimos el cierre parcial de las escuelas sólo en las escuelas secundarias. La fecha del cierre de la escuela se considera como la fecha efectiva en que las escuelas comenzaron a cerrarse (si este era un lunes, la fecha utilizada era la de los sábados anteriores, ya que alumnos y estudiantes se quedaron efectivamente en casa a partir de esa fecha). Medidas basadas en casos. Esta intervención comprende recomendaciones o leyes sólidas al público en general y a la atención primaria sobre el autoaislamiento al mostrar síntomas similares al COVID-19.Estos incluyen también programas nacionales de pruebas en los que las personas pueden someterse a pruebas y posteriormente autoaislarse. Nuestra definición se limita al asesoramiento del gobierno nacional a todas las personas (por ejemplo, el Reino Unido) o a toda atención primaria y excluye únicamente el asesoramiento regional.Estos no incluyen intervenciones en fase de contención como el aislamiento si regresan de un país epidémico como China. Se ha fomentado el distanciamiento social: Como una de las primeras intervenciones contra la propagación de la pandemia COVID-19, muchos gobiernos han publicado consejos sobre distanciamiento social, incluyendo la recomendación de trabajar desde el hogar siempre que sea posible, reduciendo el uso del transporte público y todos los demás contactos no esenciales.Las fechas utilizadas son aquellas en las que el distanciamiento social ha sido recomendado oficialmente por el gobierno; el consejo puede incluir mantener una distancia física recomendada de otros. Decretado el bloqueo: Hay varios escenarios diferentes a los que los medios de comunicación se refieren como bloqueo. Como definición general, consideramos regulaciones/legislaciones relativas a una estricta interacción social cara a cara: incluyendo la prohibición de cualquier reunión pública no esencial, el cierre de instituciones educativas y públicas/culturales, ordenando a las personas a permanecer en casa aparte del ejercicio y las tareas esenciales.Incluimos casos especiales en los que no se mencionan explícitamente en los sitios web del gobierno, sino que son Las fechas utilizadas son las fechas efectivas en que se han implementado estas legislaciones. Observamos que el bloqueo abarca otras intervenciones previamente implementadas. Primera intervención: Como muestra la Figura 1, los gobiernos europeos han escalado las intervenciones rápidamente, y en algunos ejemplos (Noruega/Dinamarca) han implementado todas estas intervenciones en un solo día. Por lo tanto, dada la autocorrelación temporal inherente a la intervención gubernamental, incluimos covariable abinaria para la primera intervención, que puede interpretarse como una decisión gubernamental de tomar medidas importantes para controlar COVID-19. Una lista completa de las fechas de estas intervenciones y las fuentes que hemos utilizado se puede encontrar en el Apéndice 8.6. 6 Métodos ResumenUn resumen visual de nuestro modelo se presenta en la Figura 5 (detalles en los Apéndices 8.1 y 8.2). El código de replicación está disponible en https://github.com/mperiaCollegeLondres/covid19model/releases/tag/vl.0Ajustamos nuestro modelo a las muertes observadas de acuerdo con los datos de ECDC de 11 países europeos.Las muertes modeladas se basan en una distribución de infección a inicio (tiempo desde la infección hasta el inicio de los síntomas), una distribución de inicio a muerte (tiempo desde el inicio de los síntomas hasta la muerte) y la relación de mortalidad por infección media de la población (ajustada para la estructura de edad y los patrones de contacto de cada país, véase el Apéndice).Debido a estas distribuciones y proporciones, las muertes modeladas son una función del número de infecciones.El número de infecciones modelado se basa en la distribución por intervalos de serie (tiempo medio desde la infección de una persona hasta el momento en que infectan a otra Finalmente, el número de reproducción variable en el tiempo es una función del número de reproducción inicial antes de las intervenciones y los tamaños de efecto de las intervenciones.Figura 5: Resumen de los componentes del modelo. Siguiendo la jerarquía de abajo a arriba nos da un marco completo para ver cómo las intervenciones afectan a las infecciones, que pueden resultar en muertes.Utilizamos la inferencia bayesiana para asegurar que nuestras muertes modeladas puedan reproducir las muertes observadas lo más cerca posible.De abajo a arriba en la Figura 5, hay un retraso implícito en el tiempo que significa el efecto de intervenciones muy recientes se manifiestan débilmente en muertes actuales (y se fortalecen a medida que avanza el tiempo).Para maximizar la capacidad de observar el impacto de la intervención en las muertes, encajamos nuestro modelo conjuntamente para los 11 países europeos, lo que resulta en un conjunto de datos grande. Hemos evaluado el efecto de nuestras elecciones de distribución de Bayesianprior y evaluado nuestra calibración posterior bayesiana para asegurar que nuestros resultados seanestadísticamente robustos (Apéndice 8.4). 7 AgradecimientosLa investigación inicial sobre covariables en el Apéndice 8.6 fue fuente de crowdsourcing; agradecemos a varias personas de todo el mundo por su ayuda. Este trabajo fue apoyado por el Centro de financiación del Consejo de Investigación Médica del Reino Unido bajo un acuerdo con el Departamento de Desarrollo Internacional del Reino Unido, la Unidad de Investigación sobre Protección de la Salud del NIHR en Metodología de Modelado y CommunityJameel. 8 Apéndice: Modelo de Análisis de Especificaciones, Validación y Sensibilidad8.1 Modelo de muerteObservamos muertes diarias Dam durante los días t E 1,...,n y países m E 1,...,p. Estas muertes diarias se modelan utilizando una presa de función real valuada positiva Se supone que la presa sigue una distribución binomio negativa conEl número esperado de muertes (1 en un país determinado en un día dado es una función del número de infecciones C que ocurren en días anteriores. Al principio de la epidemia, las muertes observadas en un país pueden estar dominadas por muertes que resultan de infecciones que no se adquieren localmente. Para evitar sesgar nuestro modelo por esto, sólo incluimos muertes observadas desde el día después de que un país haya observado acumulativamente 10 muertes en nuestro modelo. Para vincular mecánicamente nuestrafunción de muertes a casos infectados, utilizamos una infección COVID-19-fatalidad-ratio ifr estimada previamente (probabilidad de muerte dada infección)9 junto con una distribución detiempos desde la infección hasta la muerte TE. El ifr se deriva de estimaciones presentadas en Verity et al11 que suponen tasas de ataque homogéneo entre grupos de edad. Para ajustar mejor las estimaciones de las tasas de ataque por edades generadas utilizando información más detallada sobre los patrones de mezcla de países y edades específicas, escalamos estas estimaciones (el ifr no ajustado, al que aquí se hace referencia como ifr’) de la siguiente manera como en el trabajo anterior.4Let Ca ser el número de infecciones generadas en el grupo de edad a, Na el tamaño subyacente de la población en ese grupo de edad y AR“ 2 Ca/Na el índice de ataque específico de grupo de edad.El ifr ajustado se da entonces por: ifra = fififié, donde AR50_59 es la tasa de ataque prevista en el grupo de edad de 50-59 años después de incorporar los patrones de contacto y mezcla específicos de países.Este grupo de edad fue elegido como referencia ya que tenía el nivel más bajo previsto de subinforme en análisis previos de los datos de la epidemia china“. Se obtuvieron estimaciones por países de la tasa de ataque por edad, AR“, para los 11 países europeos en nuestro análisis de un estudio anterior que incorpora información sobre el contacto entre individuos de diferentes edades en países de toda Europa12. Luego se obtuvieron estimaciones globales de cada país ajustando tanto para la demografía como para las tasas de ataque específicas por edad. Utilizando información epidemiológica estimada de estudios anteriores,"11 se supone que la TE es la suma de dos tiempos aleatorios independientes: la distribución del período de incubación (infección al inicio de los síntomas o infección hasta el inicio) y el tiempo entre el inicio de los síntomas y la muerte (ingreso a la muerte). La distribución de la infección hasta el inicio es Gamma distribuida con media de 5,1 días y coeficiente de variación0,86. La distribución de la aparición a la muerte es también Gamma distribuida con una media de 18,8 días y coeficiente de va riación 0,45. Por lo tanto, la distribución de la infección-a-muerte está dada por:um ~ ifrm ~ (Gamma(5.1,0,86) + Gamma(18,8,0,45)) La Figura 6 muestra la distribución de la infección-a-muerte y la función de supervivencia resultante que se integra a la relación de mortalidad por infección.Figura 6: Distribución izquierda de la infección-a-muerte (media 23,9 días). Correcto, probabilidad de supervivencia de individuos infectados por día dada la relación de mortalidad por infección (1%) y la distribución de la infección-a-muerte por la izquierda.Usando la probabilidad de distribución de la muerte, el número esperado de muertes presa, en un día dado t, para el país, m, está dada por la siguiente suma discreta:El número de muertes hoy es la suma de las infecciones pasadas ponderadas por su probabilidad de muerte, donde la probabilidad de muerte Este enfoque ha sido utilizado en numerosos estudios previos13'16 y tiene una fuerte base teórica en procesos de conteo estocásticos basados en individuos como el proceso Hawkes y el proceso Bellman-Harris.”18 El nuevo modelo está relacionado con el modelo Susceptible-Infectado-Recuperado, excepto que la renovación no se expresa en forma diferencial. Para modelar el número de infecciones con el tiempo necesitamos especificar una distribución serialinterval g con densidad g(T), (el tiempo entre cuando una persona se infecta y cuando posteriormente infectan a otras personas), que elegimos ser Gamma distribuido:g ~ Gamma (6.50.62). La distribución del intervalo serial se muestra a continuación en la Figura 7 y se supone que es la misma para todos los países. Figura 7: Distribución del intervalo serial g con una media de 6,5 días. Dada la distribución del intervalo serial, el número de infecciones Eamon a determinado día t, y country, m, está dado por la siguiente función de convolución discreta:_ t—1Cam — Ram ZT=0 Cr,mgt—‘r r where, similar a la probabilidad de la función de muerte, el intervalo serial diario está discretizado porfs+0.51.5gs = T=s—0.Sg(T)dT fors = 2,3 y 91 = fT=Og(T)dT. Las infecciones dependen hoy en día del número de infecciones en los días anteriores, ponderadas por la distribución del intervalo serial discretizado.Esta ponderación es entonces escalada por el número de producción de tiempo específico, Ram, que modela el número medio de infecciones secundarias en un momento dado. La forma funcional para el número de reproducción del tiempo-Variante fue elegida para ser lo más simple posible para minimizar el impacto de supuestos previos fuertes: utilizamos una función constante por partes que escalaRam de una línea de base previa R0,m y es impulsada por las principales intervenciones no farmacéuticas conocidas que ocurren en diferentes países y tiempos. Incluyemos 6 intervenciones, una de las cuales se construye a partir de las otras 5 intervenciones, que son cronogramas de cierres escolares y universitarios (k=l), enfermedad autoaislante (k=2), prohibición de eventos públicos (k=3), cualquier intervención gubernamental en lugar (k=4), implementación de un bloqueo parcial o completo (k=5) y fomento del distanciamiento y aislamiento social (k=6). Denotamos la variable indicadora de intervención k E 1,2,3,4,5,6 por IkI’m, que es 1 si la intervención k está en placein country m en el La covariable “cualquier intervención gubernamental” (k=4) indica si alguna de las otras 5 intervenciones está en efecto, es decir, 14’t’m es igual a 1 en el momento t si alguna de las intervencionesk E 1,2,3,4,5 están en vigor en el país m en el momento t y es igual a 0 de lo contrario. Covariable 4 tiene la interpretación de indicar el inicio de la intervención gubernamental mayor. Se supone que el efecto de cada intervención es multiplicativo. Ram es, por lo tanto, una función de los indicadores de intervenciónIk’t’m en lugar en el momento t en el país m:Ram : R0,m eXp(— 212:1 O(Rheum)-La forma exponencial se utilizó para asegurar la positividad del número de reproducción, con R0,mconstreñido a ser positivo como aparece fuera de la exponencial. El impacto de cada intervención enRam se caracteriza por un conjunto de parámetros 0(1,...,OL6, con distribuciones previas independientes elegidas para el beock ~ Gamma(. 5,1). Los impactos ock son compartidos entre todos los países m y por lo tanto están informados por todos los datos disponibles. La distribución previa para R0 fue escogida para serR0,m ~ Normal(2,4, IKI) con K ~ Normal(0,0.5),Una vez más, K es el mismo entre todos los países para compartir información. Asumimos que la siembra de nuevas infecciones comienza 30 días antes del día después de que un país haya observado 10 muertes. A partir de esta fecha, sembramos nuestro modelo con 6 días secuenciales de infecciones extraídas de cl’m,...,66’m~EXponential(T), donde T~Exponential(0.03). Se estimaron los parámetros de manera conjunta para los 11 países en un único modelo jerárquico. Se realizó el ajuste en el lenguaje de programación probabilístico Stan,19 utilizando un sampler adaptativo Hamiltoniano Monte Carlo (HMC). Se realizaron 8 cadenas para 4000 iteración con 2000 iteración de calentamiento y un factor de adelgazamiento 4para obtener 2000 muestras posteriores. Se evaluó la convergencia posterior utilizando la estadística Rhat y mediante el diagnóstico de transiciones divergentes del sampler HMC. También se realizaron calibraciones anteriores a posteriori (véase más adelante). 8.3 ValidaciónValidamos la exactitud de las estimaciones puntuales de nuestro modelo utilizando la validación cruzada. En nuestro esquema de validación cruzada, dejamos fuera 3 días de datos de muerte conocidos (no acumulativos) y encajamos en nuestro modelo. Pronosticamos lo que el modelo predice para estos tres días. Presentamos las previsiones individuales para cada día, así como el Los resultados de validación cruzada se muestran en la Figura8.Figura 8: Resultados de validación cruzada para pronósticos agregados de 3 días y 3 díasFigura 8 proporciona una fuerte justificación empírica para nuestra especificación y mecanismo de modelo.Nuestra previsión precisa sobre un horizonte temporal de tres días sugiere que nuestras estimaciones ajustadas para Rt son apropiadas y plausibles.Además de las estimaciones puntuales, todos evaluamos nuestros intervalos posteriores creíbles utilizando la Rhatstatistic.La estadística de Rhat mide si nuestras cadenas Markov Chain Monte Carlo (MCMC) han convergido a la distribución de equilibrio (la distribución posterior correcta).La Figura 9 muestra las estadísticas de Rhatstatistics para todos nuestros parámetrosFigura 9: Las estadísticas de Rhat - valores cercanos a 1 indican la convergencia de MCMC. La Figura 9 indica que nuestra MCMC ha convergido. 8.4 SensibilidadAnálisis8.4.1 Previsión a escala logarítmica para evaluar la señal en los datosComo hemos destacado en todo el presente informe, el desfase entre las muertes y las infecciones significa que es tiempo suficiente para que la información propague backwards de las muertes a las infecciones y, en última instancia, al Rt. Una conclusión de este informe es la predicción de una desaceleración de la Rt en respuesta a las principales intervenciones. Recuperando la intuición de que se trata de datos impulsados y no simplemente una consecuencia de modelos altamente limitados, mostramos previsiones de muerte a escala logarítmica lineal. En esta escala, una línea que curvas por debajo de una tendencia lineal es indicativa de una desaceleración en el crecimiento de la epidemia. Nuestromodelo sugiere que Italia, un país que tiene el mayor número de muertes de COVID-19, verá una desaceleración en el aumento de las muertes diarias durante la próxima semana en comparación con las primeras etapas de la epidemia. Investigamos la sensibilidad de nuestras estimaciones de inicio y final Rt a nuestra supuesta distribución de intervalos seriales. Para ello consideramos varios escenarios, en los que cambiamos la media de distribución de intervalos seriales, de un valor de 6,5 días, para tener valores de 5, 6, 7 y 8 días. En la Figura 13, mostramos nuestras estimaciones de R0, el número de reproducción inicial antes de las intervenciones, para cada uno de estos escenarios. El orden relativo de la Rt=0 en los países es consistente en todos los entornos. Sin embargo, como se esperaba, la escala de Rt=0 se ve considerablemente afectada por este cambio. Esto se debe a que para alcanzar el tamaño observado actualmente de las epidemias, un intervalo serial más largo se compensa con un R0 estimado más alto. Además, en la Figura 14, mostramos nuestras estimaciones de Rt en el momento del modelo más reciente, de nuevo para cada uno de estos escenarios.La media del intervalo serial puede influir sustancialmente en Rt, sin embargo, los intervalos posteriores de Rt se superponen ampliamente.Figura 13: Número de reproducción inicial R0 para diferentes distribuciones de intervalo serial (SI) (medias entre 5 y 8 días).Utilizamos 6,5 días en nuestro análisis principal.Figura 14: Rt el 28 de marzo de 2020 estimado para todos los países, con distribución de intervalo serial (SI) medias entre 5 y 8 días.Utilizamos 6,5 días en nuestro análisis principal. Para evitar la colinealidad, realizamos 6 modelos separados, con efectos resumidos a continuación (comparar con el análisis principal de la Figura 4). En esta serie de análisis univariados, encontramos (Figura 15) que todos los efectos por sí solos sirven para disminuir el Rt. Esto nos da confianza en que nuestra elección de la distribución previa no está impulsando los efectos que vemos en el análisis principal. Lockdown tiene un efecto muy grande, lo más probable debido a que ocurre después de otras intervenciones en nuestro conjunto de datos. Los tamaños de efecto relativamente grandes para las otras intervenciones son más probables debido a la coincidencia de las intervenciones en el tiempo, de tal manera que una intervención es un proxy para unos pocos otros. Figura 15: Efectos de diferentes intervenciones cuando se utilizan como los únicos covariables en el modelo. 8.4.4.4Para evaluar las suposiciones previas sobre nuestra forma funcional constante por pieza para Rt probamos utilizando una función a Encajamos un modelo con una distribución previa de proceso gaussiano a los datos de Italia donde hay la mayor señal en los datos de muerte. Encontramos que el proceso gaussiano tiene una tendencia muy similar al modelo constante por partes y vuelve a la media en regiones de no datos. La correspondencia de una función completamente no paramétrica y nuestra función constante por piezas sugiere una especificación paramétrica adecuada de Rt. Montaje no paramétrico de Rf usando un proceso gaussiano:8.4.5 Dejar fuera el análisis del paísDebido a las diferentes longitudes de la epidemia de cada país europeo, algunos países, como Italia tienen muchos más datos que otros (como el Reino Unido). Para asegurarnos de que no estamos aprovechando demasiada información de ningún país realizamos un análisis de sensibilidad “dejar fuera un país”, donde recorrimos el modelo sin un país diferente cada vez. La Figura 16 y la Figura 17 son ejemplos de resultados para el Reino Unido, dejando de En general, para todos los países, no observamos ninguna dependencia significativa de ningún país.Figura 16: Resultados de modelos para el Reino Unido, cuando no se utilizan datos de Italia para ajustar el modelo.Ver laFigura 17: Resultados de modelos para el Reino Unido, cuando no se utilizan datos de España para ajustar el modelo.Ver subtítulo de la Figura 2 para una explicación de las gráficas. Para resultados teóricos bien conocidos de la ecuación de renovación, dada una distribución de intervalo serie g(r) con media m y desviación estándar 5, dada a = mZ/S2 y b = m/SZ, y posteriormente R0 = (1 + %).Figura 18 muestra teóricamente derivada R0 junto con nuestras estimaciones de Rt=0 de nuestro modelo jerárquico bayesiano.Como se muestra en la Figura 18 hay una grancorrespondencia entre nuestro número de reproducción inicial estimado y el número de reproducción básica implícito por la tasa de crecimiento r.R0 (rojo) vs R(FO) (negro)Figura 18: Nuestra estimación de R0 (negro) versus Ru(rojo) teóricamente derivado de un ajuste de regresión log lineal. 8.5 Análisis contrafactual — intervenciones frente a no intervencionesFigura 19: Número diario de muertes confirmadas, predicciones (hasta el 28 de marzo) y previsiones (después) para todos los países, excepto Italia y España, de nuestro modelo con intervenciones (azul) y del modelo contrafactual sin intervenciones (rosa); los intervalos creíbles se muestran a una semana en el futuro. DOI: https://doi.org/10.25561/77731Página 28 de 3530 de marzo de 2020 Imperial College Equipo de respuesta COVID-19 8.6 Fuentes de datos y cronograma de intervencionesFigura 1 y Tabla 3 muestran las intervenciones de los 11 países en nuestro estudio y las fechas en que estas intervenciones entraron en vigor. Tabla 3: Calendario de intervenciones. País Tipo Evento Fecha efectivaCerrado escolar ordenadoCerrados escolares nacionales.20 14/3/2020Eventos públicosprohibido la celebración de reuniones de más de 5 personas.21 10/3/2020Prohibir todo acceso a espacios públicos y reunionesLockdown de más de 5 personas.Consejos para mantener 1 distancia ordenada.22 16/3/2020Desplazamiento socialalentadoRecomendación para mantener una distancia de 1m.22 16/3/2020Medidas de Austria basadas en casos Implementado en el bloqueo.22 16/3/2020Cerrado escolar ordenadoCerrados escolares nacionales.23 14/3/2020Eventos públicos Todas las actividades recreativas canceladas independientemente de la talla prohibida.23 12/3/2020Los ciudadanos deben permanecer en casa excepto para el trabajo de Lockdown y los viajes esenciales. 24 18/3/2020El transporte público sólo se recomienda para los viajes esenciales de distanciamiento social, el trabajo desde casa fomentado, todos los lugares de interés público, por ejemplo, restaurantes cerrados.23 14/3/2020Case-based Todo el mundo debe permanecer en casa si experimenta una Bélgica mide la tos o la fiebre.25 10/3/2020Cierre escolar Escuelas secundarias cerradas y universidades (escuelas de orden primario también cerradas el 16).26 13/3/2020Eventos públicos Prohibición de eventos > 100 personas, instituciones cerradas de prohibición cultural, instalaciones de ocio, etc.27 12/3/2020Prohibición de reuniones de > 10 personas en lugares públicos y todos ordenados fueron cerrados.27 18/3/2020Uso limitado del transporte público. Todas las instituciones de distancia social cultural cierran y recomiendan mantener una distancia adecuada alentada.28 13/3/2020Base de casos Todo el mundo debe permanecer en casa si experimenta una Dinamarca medidas de tos o fiebre.29 12/3/2020Cierre de escuelas ordenado Cierre de escuelas nacionales.30 14/3/2020Eventos públicosprohibidos Prohibiciones de eventos > 100 personas.31 13/3/2020Lockdown Todo el mundo tiene que permanecer en casa.Necesita un formulario de autorización autoordenada para salir de casa.32 17/3/2020Consejos de estímulo social en el momento del bloqueo.32 16/3/2020Medidas basadas en casosFrancia Consejos en el momento del bloqueo.32 16/03/2020Cierre de escuelas ordenados Nacionalmente.33 14/3/2020Eventos públicos Ninguna reunión de > 1000 personas. 34 22/3/2020Lockdown Recopilaciones de > 2 personas prohibidas, 1,5 distancias ordenadas.35 22/3/2020Desplazamiento social Evite la interacción social siempre que sea posibleAlentado recomendado por Merkel.36 12/3/2020Consejo para todos los que experimentan síntomasContacto basado en un caso de una agencia de atención de la salud para hacerse la prueba y las medidas de Alemania para entonces auto-aislarse.37 6/3/2020Cierre de escuelas ordenado Cierre de escuelas a nivel nacional.38 5/3/2020Eventos públicosprohibidos El gobierno prohíbe todos los eventos públicos.39 9/3/2020Lockdown El gobierno cierra todos los lugares públicos. Las personas ordenadas tienen que permanecer en casa excepto para los viajes esenciales.40 11/3/2020Hay que mantener una distancia de más de 1 m y se debe fomentar el distanciamiento social de cualquier otra forma de agregación alternativa.40 9/3/2020Consejo basado en casos de autoaislamiento si experimenta síntomasMedidas en Italia y cuarentena si se prueba positivo.41 9/3/2020La Dirección de Salud de Noruega cierra todas las instituciones educativas de cierre escolar.Incluidas las instalaciones ordenadas para el cuidado de los niños y todas las escuelas.42 13/3/2020Eventos públicos La Dirección de Salud prohíbe todo contacto social no necesario.42 12/3/2020Lockdown Sólo las personas que viven juntas están permitidas fuera de orden. Todo el mundo tiene que mantener una distancia de 2 metros.43 24/3/2020Desconexión social La Dirección de Salud aconseja contra todo tipo de viajes alentados y contactos sociales no necesarios.42 16/3/2020Consejo basado en un caso para aislarse por 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre.44 15/3/2020Ordenado Cierre de escuelas nacionales.45 13/3/2020Eventos públicosprohibido Prohibir todos los eventos públicos mediante bloqueo.46 14/3/2020Lockdownordenado Bloqueo de todo el país43 14/3/2020Consejo de distanciamiento social sobre distanciamiento social y trabajo en forma remota alentada desde casa.47 9/3/2020Consejo basado en un caso para autoaislarse por 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre en España47 17/3/2020Cerrado de escuelas y escuelas secundarias superiores cerrado.48 18/3/2020Eventos públicosprohibidos El gobierno prohíbe eventos > A las personas con síntomas leves se les dice que limiten el contacto social de distanciamiento social, el estímulo para trabajar desde una casa alentada.50 16/3/2020Consejo basado en un caso de auto-aislamiento si experimentan tos o Suecia mide los síntomas de fiebre.51 Cierre de la escuela ordenado No en persona hasta el 4 de abril.52 14/3/2020Eventos públicos prohibidos El gobierno prohíbe eventos > 100 personas.52 13/3/2020Reuniones ordenadas de bloqueo de más de 5 personas están prohibidas.53 2020-03-20Consejos para mantener la distancia.Todas las empresas donde el distanciamiento social no se puede realizar se han cerrado en todos los estados alentados (kantones).54 16/3/2020Consejo basado en un caso para auto-aislarse si experimentan tos o Suiza mide los síntomas de fiebre.55 2/3/2020Cierre de la escuela general. Los cuidadores de niños, las guarderías para el cierre de escuelas y las sextas formas deben seguir las directrices ordenadas.56 21/3/2020Eventos públicos prohibidos Implementados con bloqueo.57 24/3/2020Los conjuntos de más de 2 personas no pertenecientes al mismo hogar están prohibidos y sujetos a la policía.57 24/3/2020Consejos de distanciamiento social para evitar pubs, clubes, teatros y otras instituciones públicas alentadas.58 16/3/2020Consejo basado en un caso para aislarse durante 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre en el Reino Unido.59 12/3/20209 Referencias1. Li, R. et al. Infección indocumentada sustancial facilita la rápida difusión del nuevocoronavirus (SARS-CoV2). Ciencia (2020) doi:10.1126/science.abb3221. 2. Zhang, J. et al. Patrones de contacto social humano y contacto con animales en Shanghai, China 5cLRep.9,1—11(2019)3. Worldómetros.info. Hong Kong: casos de coronavirus. https://www.wo rldómetros.info/co ronavirus/country/china-hong-kong-sar/. 4. Ferguson, N. et al. Impacto de las intervenciones no farmacéuticas (NPI) para reducir la mortalidad y la demanda de asistencia sanitaria (Informe 9). https://www.imperial.ac.uk/mrc-global-infectious-disase-analysis/news--wuhan-coronavirus/. 5. Cereda, D. et al. La fase inicial del brote de COVID-19 en Lombardy, Italia. arXiv (2020). 6. Zhao, A. J. et al. Título: Respuestas anticuerpos al SARS-CoV-2 en pacientes con nuevas enfermedades por coronavirus 2019 Título breve : Respuestas anticuerpos en pacientes con COVID-19. (2020). 7. Jombart, T. et al. Inferir el número de casos de COVID-19 de muertes recientemente notificadas. medRXiV 2020.03.10.20033761(2020)doi:10.10101/2020.03.10.20033761. 8. Zhang, J. et al. Perfil de edad de susceptibilidad, mezcla y distanciamiento social dan forma a la dinámica del brote de la nueva enfermedad por coronavirus 2019 en China. (2020) doi:10.10101/2020.03.19.20039107. 9. Lourenco, J. et al. Los principios fundamentales de la propagación epidémica destacan la necesidad inmediata de realizar encuestas serológicas a gran escala para evaluar la etapa de la epidemia por SARS doi:10.1101/2020.03.24.2004229110.Naciones Unidas, Departamento de Asuntos Económicos y Sociales, División de Población. WorldPopulation Prospects 2019: Data booket. ST/ESA/SER.A/424. (2019). 11. Verity, R. et al. Estimaciones de la gravedad de la enfermedad de COVID-19. Lancet Infect Dis en la prensa (2020). 12. Walker, P. G. T. et al. Report 12: The Global Impact of COVID-19 and Strategies for Mitigation and Supresation. 13. Fraser, C. Estimating Individual and Household Reproduction Numbers in a EmergingEpidemmic. PL05 ONE 2, e758 (2007). 14. Cori, A., Ferguson, N. M., Fraser, C. & Cauchemez, S J. Epidemiol. 178, 1505-1512(2013115. Nouvellet, P. et al. Un enfoque sencillo para medir la transmisibilidad y la incidencia prevista. Epidemias 22, 29-35 (2018). 16. Cauchemez, 8., Valleron, A. J., Boelle, P. Y., Flahault, A. & Ferguson, N. M. Estimación del impacto del cierre escolar en la transmisión de la gripe a partir de datos Sentinel. Nature 452, 750-754 (2008). 17. Bellman, R. & Harris, T. On Age-Dependent Binary Branking Processes. Ann. Math. 55, 280-295(1952118. Bellman, R. & Harris, T. E. Sobre la teoría de los procesos de ramificación estocásticos dependientes de la edad. Proc. Nat 34, 601-604 (1948). 19. Stan Development Team. 2018. The Stan Core Library, versión 2.18.0. http://mc-stan.org. 20. Bundesministerium. Coronavirus (COVID-19): Status quo — Schulen, Hochschulen,Universitaten und Forschungsinstitutionen. https://www.bmbwf.gv.at/Ministerium/Informationspflicht/corona/corona_status.html. 21. Henley, J. Coronavirus: Los Estados de la Unión Europea promulgan medidas duras para la propagación del tallo. The Guardianhttps://www.theguardian.com/world/200/mar/10/coranonavirus-varios-estados-eu-states-ban-masa-mass-as-pos-italian-lockdown (20 25. Servicio Público Federal. Protéjase y proteja a los demás. https://www.info-coronavirus.be/en/2020/03/10/protege-y-protege-the-others/ (2020). 26. Wikipedia. 2020 pandemia de coronavirus en Dinamarca. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/2020_coronavirus_pandemic_in_Dinamarca. 27. Stephensen, Emma Kinker; Hansen, T. S. Danmark lukker ned: Her er regeringens nye basculag. TV2 https://nyheder.tv2.dk/samfund/2020-03-11-danmark-lukker-ned-er-regeringens-nye-tiltag(2020128. Politi. Nye illbag mod covid-19. Politi https://politi.dk/coronavirus-i-danmark/seneste-nyt-fra-myndighederne/nye-tiltag-mod-covid-19 (2020). 29. Styrelsen for Patientsikkerhed. Indberetning om covid-19zlnformation om mulighed forp\aabud til enkeltpersoner (coronavirus/covid-19). https://stps.dk/da/ansvar-og-retningslinjer/vejledning/indberetning-om-covid-19/#. 30. Wikipedia. 2020 coronavirus pande in France. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/2020_coronavirus_pandemic_in_France. 31. Francia prohíbe las reuniones de más de 100 personas a medida que aumenta el número de muertes por coronavirus -The Local. The Local https://www.thelocal.fr/20200313/france-bans-recopilations-of-over-100-people-to-fight-coronavirus-pandemic (2020). 32. Henley, Jon; Willsher, Kim; Kassam, A. Coronavirus: Francia impone un bloqueo cuando la UE pide una prohibición de viajar de 30 días. The Guardian https://www.theguardian.com/world/2020/mar/16/coronavirus-spain-takes-over-privado-healthcare-amid-more-euro-pean-lockdowns (2020). 33. Wikipedia. 2020 coronavirus pande in Germany. Fundación Wikimediahttps://en.wi 34. BMI. Coronavirus: Fragen und Antworten. Bundesministerium des Innern,fur Bau und Heimathttps://web.archive.org/web/20200317073042/https://www.bmi.bund.de/SharedDocs/faqs/DE/themen/bevoelkerungssschutz/coranavirus/coranavirus-faqs.htmI#doc13738352bodyText7. 35. Noticias de la BBC. Coronavirus: Alemania endurece los frenos y prohíbe las reuniones de más de dos personas. BBCNews https://www.bbc.co.uk/news/world-europe-51999080 (2020). 36. Bundesregierung. Kanzlerin trifft Regierungschefs der Lander Sozialkontakte https://www.bundesregierung.de/breg-de/themen/coranavirus/mpk-1730186(2020)37. Robert Koch Institut. Antworten auf haufig gestellte Fragen zum Coronavirus SARS-CoV-2. Robert Koch Instituthttps://web.archive.org/web/20200312004624/https://www.rki.de/SharedDocs/FAQ/NCOV2019/FAQ_Liste.html (2020). 38. Ministero della Salute. Governo anuncia sospensione dell’attivita didattica dal 5 a15 marzo. Ministero della Salutehttp://www.salute.gov.it/portale/nuovocoronavirus/dettaglioVideoNuovoCoronavirus.jsp?lingua=italiano&menu=multimedia&p=video&id=2052 (2020). 39. CNN. Italia prohíbe los viajes y cancela todos los actos públicos en su región septentrional. CNNhttps://edition.cnn.com/2020/03/08/europe/italy-coranavirus-lockdown-europe-intl/index.html(2020). Attualita. Coronavirus: parada de un pub, cine, teatro e discoteche anche a Roma. Ecco cosaprevede il nuovo decreto. Roma Today https://www.romatoday.it/attualita/coranavirus-pub-cinema-teatri-locali-chiusi-nuovo-decreto.html (2020). 41. Gazzetta Ufficiale. DECRETO DEL PRESIDENTE DEL CONSIGLIO DEL MINISTRI. Gazzetta Ufflclalehttps://www.gazzettaufficiale.it/eli/id/20/03/08/20A01522/sg (2020). 42. Helsedirektoratet. La Dirección de Salud de Noruega ha adoptado la decisión de cerrar las escuelas y otras instituciones educativas. Hellem-Hansen, Viktoria L.; Tandstad, B. Folkehelseinstituttet mener23.000 kan vaere smittet. NRK https://www.nrk.no/norge/folkehelseinstituttet-mener-23.000-kan-vaere-smittet-1.14958149 (2020). 44. Gobierno de Norweigen. regjeringen.no https://www.regjeringen.no/en/aktuelt/the-government-is-esestableciendo-clear-cuarantine-and-aislation-rules/id2693647/ (2020). 45. Wikipedia. 2020 coronavirus pandemic in Spain. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/20_coronavirus_pandemic_in_Spain. 46. Gabinete de Prensa. El Gobierno anuncia nuevas medidas para eliminar la extensión del nuevo coronavirus COVID-19. Gobierno de Españahttps://www.mscbs.gob.es/gabinete/notasPrensa.do?id=4807 (2020). 47. Gabinete de Prensa. El Consejo Interterritorial del SNS alcanza medidas concretas para zonascon transmisión comunitaria de coronavirus. Gobierno de Españahttps://www.mscbs.gob.es/gabinete/notasPrensa.do?id=4806 (2020). 48. Folkhalsomyndigheten.se/nyheter-och-press/nyhetsarkiv/2020/mars/larosaten-och-gymnasieskolor-uppmanas-nu-att-bedriva-distansundervisning(2020). El local. Suecia prohíbe grandes eventos para detener la propagación del coronavirus. El localhttps://www.theloca.se/20200311/sweden-to-ban-large-public-coronavirus-over-coronavirus (2020). 50. Radosevich. Estocolmoers instados a trabajar desde casa como comunidad COVID-19 se extendió confirmado. Sveriges Radiohttps://sverigesradio.se/sida/artikel.aspx?programid=2054&artikel=7430511(2020). Folkhdlsomyndigheten https://www.folkhalsomyndigheten.se/nyheter-och-press/nyhetsarkiv/2020/mars/flera-tecken-pa-samhallsspridning-av-covid-19-i-sverige/ (2020). 52 Bundesamt fur Gesendheit BAG. Bundesrat verscharft Massnahmen gegen das Coronaviruszum Schutz der Gesundheit und unterstUtzt betroffene Branchen. Schweizerische Eidgenossenschafthttps://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg-id-78437.html( Coronavirus: Bundesrat verbietet Ansammlungen von mehrals fUnf Personen. Schweizerische Eidgenossenschaft https://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg-id-78513.html (2020). 54. Bundesamt fur Gesundheit BAG. Coronavirus: Bundesrat erklart die «ausserordentliche Lage»und verscharft die Massnahmen. Schweizerische Eidgenossenschafthttps://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg- Neue Hygiene- und Verhaltensregeln zum Schutz gegen dasneue Coronavirus. Schweizerische Eidgenossenschaft https://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/a ktuell/medienmitteilungen.msg-id-78304.html (2020). 56. Gobierno del Reino Unido, D. for E. Schools, colleges and early ambients to close. Gobierno del Reino Unidohttps://www.gov.uk/government/news/schools-colleges-and-ears-settings-to-close (2020). 57. Gobierno del Reino Unido. Discurso del Primer Ministro a la nación sobre el coronavirus: 23 de marzo de 2020. Gobierno del Reino Unidohttps://www.gov.uk/government/speeches/pm-address-to-the-nation-on-coronavirus-23-march-2020(2020158. Boycott-Owen, Mason; Bowman, Verity; Kelly-Linden, Jordan; Gartner, A. G. H. S. T.Coronavirus: Boris Johnson encierra al Reino Unido a medida que el número de muertos llega a 55. The Telegraphhttps://www.telegraph.co.uk/global-health/science-and- disease/coronavirus-news-uk-latest-update-covid-19-death-toll-cases/ (2020). BBC Newshttps://www.bbc.co.uk/news/uk-51857856 (2020).

A finales de marzo, ¿cuál es la proporción de la población española infectada?

Estimando el número de infecciones y el impacto de las intervenciones no farmacéuticas en el COVID-19 en 11 países europeos30 marzo 2020 Imperial College COVID-19 Response TeamSeth Flaxmani Swapnil Mishra*, Axel Gandy*, H JulietteT Unwin, Helen Coupland, Thomas A Mellan, HarrisonZhu, Tresnia Berah, Jeffrey W Eaton, Pablo N P Guzman, Nora Schmit, Lucia Cilloni, Kylie E C Cuomo—Dannenburg, Amy Dighe, Bimandra Djaafara, Ilaria Dorigatti, Sabine van Elsland,Rich Fitz, Han Fu, Katy Gaytorpe, Gendarme, Peter Geidelberg, Wi Green, Timothy Hallett, Arranmlet, Weinsland, EE.UU., EE.UU En respuesta, muchos países europeos han puesto en marcha intervenciones no farmacéuticas sin precedentes, como el aislamiento de casos, el cierre de escuelas y universidades, la prohibición de reuniones masivas o actos públicos, y, más recientemente, una ampliadistribución social a escala local y nacional, incluidos los bloqueos.En este informe, utilizamos un modelo jerárquico bayesiano semimecanicista para tratar de deducir el impacto de estas intervenciones en 11 países europeos.Nuestros métodos suponen que los cambios en el número productivo —una medida de transmisión— son una respuesta inmediata a estas intervenciones en lugar de cambios graduales más amplios en el comportamiento.Nuestro modelo estima estos cambios calculando hacia atrás de las muertes observadas a lo largo del tiempo para estimar la transmisión que ocurrió varias semanas antes, permitiendo el lapso entre la infección y la muerte.Una de las principales suposiciones del modelo es que cada intervención tiene el mismo efecto en el número de producción en todos los países y en el tiempo. Esto nos permite aprovechar una mayor cantidad de datos en toda Europa para estimar estos efectos. También significa que nuestros resultados están fuertemente impulsados por los datos de países con epidemias más avanzadas, y las intervenciones anteriores, como Italia y España. Encontramos que el lento crecimiento de las muertes diarias reportadas en Italia es consistente con un impacto significativo de las intervenciones implementadas varias semanas antes. En Italia, estimamos que el número de reproducción efectiva, Rt, cayó a cerca de 1 alrededor de la época de Iockdown (11 de marzo), aunque con un alto nivel de incertidumbre. En general, estimamos que los países han logrado reducir su número de reproducción. Nuestras estimaciones tienen amplios intervalos creíbles y contienen 1 para los países que han implementado intervenciones consideradas en nuestro análisis. Esto significa que el número de reproducción puede estar por encima o por debajo de este valor. Dado que las intervenciones actuales se mantienen al menos hasta finales de marzo, estimamos que las intervenciones en los 11 países habrán evitado 59.000 muertes hasta el 31 de marzo[intervalo creíble del 95%: 21.000-120.000].Muchas más muertes se evitarán garantizando que las intervenciones permanezcan en vigor hasta que la transmisión disminuya a niveles bajos.Estimamos que, en los 11 países entre 7 y 43 millones de personas se han infectado con el SARS-CoV-Z hasta el 28 de marzo, lo que representa entre el 1,88% y el 11,43% de la población.Se estima que la proporción de la población infectada hasta la fecha —la tasa de ataque— es la más alta en España seguida por Italia y la más baja en Alemania y Noruega, lo que refleja las etapas relativas de las epidemias.Dado el retraso de 2-3 semanas entre el momento en que se producen los cambios de transmisión y cuando su impacto puede observarse en las tendencias de mortalidad, Si las intervenciones en países en las etapas más tempranas de su epidemia, como Alemania o el Reino Unido, son más o menos eficaces de lo que eran en los países con epidemias avanzadas, en los que nuestras estimaciones se basan en gran medida, o si las intervenciones han mejorado o han empeorado con el tiempo, nuestras estimaciones del número de reproducción y las muertes evitadas cambiarían en consecuencia. Por lo tanto, es fundamental que las intervenciones actuales sigan en vigor y las tendencias en los casos y muertes se monitoricen de cerca en los próximos días y semanas para garantizar que la transmisión del SARS-Cov-Z se esté desacelerando. Imperial College London (2020), doi:https://doi.org/10.25561/777311 IntroducciónTras la aparición de un nuevo coronavirus (SARS-CoV-Z) en Wuhan (China) en diciembre de 2019 y su propagación mundial, han surgido en Europa grandes epidemias de la enfermedad, causadas por el virus denominado COVID-19. En respuesta al creciente número de casos y muertes, y para mantener la capacidad de los sistemas de salud para tratar tantos casos graves como sea posible, los países europeos, como los de otros continentes, han implementado o están en proceso de aplicar medidas para controlar susepidemias. Estas intervenciones no farmacéuticas a gran escala varían de un país a otro, pero incluyen distanciamiento social (como la prohibición de grandes reuniones y el asesoramiento a las personas para que no socialicen fuera de sus hogares), cierres de fronteras, cierres de escuelas, medidas para aislar a las personas sintomáticas y sus contactos, y bloqueos a gran escala de poblaciones con todos los viajes internos menos esenciales prohibidos.Entender, en primer lugar, si estas intervenciones están teniendo el impacto deseado de controlar la epidémica y, en segundo lugar, qué intervenciones son necesarias para mantener el control, es crítico dada su gran coste económico y social.El objetivo clave de estas intervenciones es reducir el número de reproducción eficaz, Rt, de la infección, una cantidad epidemiológica fundamental que representa el número medio de infecciones, en el momento t, por caso infectado durante el curso de su infección. Si Rt es mayor que 1, las infecciones aumentarán (dependiendo de cuánto mayor que 1 el número de reproducción es) hasta los picos tepidémicos y eventualmente disminuye debido a la adquisición de inmunidad de rebaños. En China, las estrictas restricciones de movimiento y otras medidas incluyendo aislamiento de casos y cuarentena comenzaron a introducirse a partir del 23 de enero, lo que logró una tendencia a la baja en el número de nuevos casos confirmados durante febrero, resultando en cero nuevos casos indígenas confirmados en Wuhan para el 19 de marzo. Los estudios han calculado cómo cambió Rt durante este tiempo en diferentes áreas de China desde alrededor de 2-4 durante la epidemia incontrolada hasta menos de 1, con una disminución estimada de 7-9 veces en el número de contactos diarios por persona.1'2 Medidas de control tales como distanciamiento social, pruebas intensivas y rastreo de contacto en otros países como Singapur y Corea del Sur han reducido con éxito la incidencia de casos en las últimas semanas, aunque existe un riesgo de que el virus se propague de nuevo una vez que las medidas de control se relajen.3'4La epidemia comenzó un poco más tarde en Europa, a partir de enero o más tarde en diferentes regiones.5 Los países han aplicado diferentes combinaciones de medidas de control y es probable que el nivel de cumplimiento de las recomendaciones gubernamentales sobre distanciamiento social varíe entre países, en parte debido a diferentes niveles de aplicación. La estimación de los números de reproducción para el SARS-CoV-Z presenta desafíos debido a la alta proporción de infecciones no detectadas por los sistemas de salud"7 y a los cambios regulares en las políticas de pruebas, lo que da lugar a proporciones indiferentes de infecciones detectadas a lo largo del tiempo y entre los países.La mayoría de los países hasta ahora sólo tienen la capacidad de probar una pequeña proporción de casos sospechosos y las pruebas están reservadas para pacientes con enfermedades graves o para grupos de alto riesgo (por ejemplo, contactos de casos).Por lo tanto, el análisis de los datos de los casos da una visión sistemáticamente sesgada de las tendencias.Una forma alternativa de estimar el curso de la epidemia es volver a calcular las infecciones derivadas de las muertes observadas. Si bien las tendencias recientes de las muertes serán, por tanto, informativas, hay un retraso en la observación del efecto de las intervenciones sobre las muertes, ya que hay un período de 2 a 3 semanas entre lainfección, el inicio de los síntomas y el resultado.En este informe, encajamos un nuevo modelo mecánico bayesiano del ciclo de infección en las muertes observadas en11 países europeos, inferiendo límites plausibles superiores e inferiores (intervalos creíbles bayesianos) de la población total infectada (tasas de ataque), probabilidades de detección de casos y el número de reproducción a lo largo del tiempo (Rt).Ajustamos el modelo conjuntamente a los datos de COVID-19 de todos estos países para evaluar si hay pruebas de que las intervenciones han tenido éxito hasta ahora en reducir la Rt por debajo de 1, con la fuerte suposición de que las intervenciones particulares están logrando un impacto similar en diferentes países y de que la La mayoría de las intervenciones se iniciaron alrededor del 12 al 14 de marzo. Analizamos los datos sobre las muertes hasta el 28 de marzo, dando un margen de 2-3 semanas para estimar el efecto de las intervenciones. Actualmente, la mayoría de los países en nuestro estudio han implementado todas las intervenciones no farmacéuticas importantes. Para cada país, modelamos el número de infecciones, el número de muertes y el número de reproducciones efectivas a lo largo del tiempo, con Rt cambiando sólo cuando se introduce una intervención (Figura 2-12). Rt es el número medio de infecciones secundarias por individuo infectado, asumiendo que las intervenciones que se realizan en el momento t permanecen en el lugar durante todo su período infeccioso. Cada país tiene su propio número de reproducción inicial Rt antes de que se lleven a cabo las intervenciones. Se supone que las intervenciones específicas tienen el mismo impacto relativo en Rt en cada país cuando se introdujeron allí y están informadas por los datos de mortalidad en todos los países. Figura l: Cronogramas de intervención para los 11 países europeos incluidos en el análisis.Para más detalles, véase el apéndice 8.6.2.1 Número real estimado de infecciones y tasas de ataque actualesEn todos los países, estimamos que hay órdenes de magnitud menos infecciones detectadas (Figura 2) En Italia, nuestros resultados sugieren que, acumulativamente, 5.9 [1,9-15,2] millones de personas han sido infectadas al 28 de marzo, dando una tasa de ataque del 9,8% [3,2%-25%] de la población (Tabla 1). España ha visto recientemente un gran aumento en el número de muertes, y dada su menor población, nuestro modelo estima que una mayor proporción de la población, 15,0% (7,0 [18-19] millones de personas) han sido infectadas hasta la fecha. Alemania se estima que tiene una de las tasas de ataque más bajas en el 0,7% con 600.000[240,000-1,500.000] personas infectadas. Imperial College COVID-19 Response TeamTabla l: Modelo posterior estimaciones del porcentaje de la población infectada al 28 de marzo de 2020. País % de la población total infectada (media [intervalo creíble del 95%l)Austria 1,1% [0,36%-3,1%]Bélgica 3,7% [1,3%-9,7%]Dinamarca 1,1% [0,40%-3,1%]Francia 3,0% [1,1%-7,4%]Alemania 0,72% [0,28%-1,8%]Italia 9,8% [3,2%-26%]Noruega 0,41% [0,09%-1,2%]España 15% [3,7%-41%]Suecia 3,1% [0,85%-8,4%]Suiza 3,2% [1,3%-7,6%]Reino Unido 2,7% [1,2%-5,4%]2,2 Números de reproducción e impacto de las intervencionesAveriguados en todos los países, estimamos que los números de reproducción inicial rondan los 3,87 [3,01-4,66], lo que está en consonancia con otras estimaciones.1'8 Estas estimaciones se basan en nuestra elección de la distribución entre intervalos seriales y la tasa de crecimiento inicial de Un intervalo serial más corto supone un menor número de reproducción inicial (Apéndice 8.4.2, Apéndice 8.4.6).Los números de reproducción inicial también son inciertos debido a que: a) la importación es la fuente dominante de nuevas infecciones al principio de la epidemia, en lugar de la transmisión local (b) la posible incertidumbre en las muertes, particularmente antes de que se generalizaran las pruebas.Estimamos que los grandes cambios en la Rt en respuesta a las intervenciones combinadas no farmacéuticas.Nuestros resultados, impulsados en gran parte por países con epidemias avanzadas y un mayor número de muertes (por ejemplo, Italia, España), sugieren que estas intervenciones han tenido conjuntamente un impacto sustancial en la transmisión, medidos por los cambios en el número de reproducción estimado Rt. En todos los países encontramos estimaciones actuales de Rt que van desde una media posterior de 0,97 [0,14-2,14] para Noruega a una media a posteriori de 2,64 [1,40-4,18] para Suecia, con un promedio de 1,43 en los 11 países a posteriori, una reducción del 64% en comparación con los valores de pre-intervención. Observamos que estas estimaciones son consistentes en que el impacto de la intervención es el mismo en diferentes países y en diferentes épocas. En todos los países excepto Suecia, con las mismas suposiciones, estimamos que el número de reproducción actual incluye 1 en el rango de incertidumbre. El número de reproducción estimado para Suecia es mayor, no porque las tendencias de mortalidad son significativamente diferentes de cualquier otro país, sino como un artefacto de nuestro modelo, que supone una reducción menor en Rt porque no se ha ordenado un bloqueo completo en la medida. En general, aún no podemos concluir si las intervenciones actuales son suficientes para lograr que Rt sea inferior a 1 (posterior probabilidad de ser inferior a 1,0 es un 44% en promedio en todos los países). También no podemos concluir si las intervenciones pueden ser diferentes entre países o con el tiempo. Sigue habiendo un alto nivel de incertidumbre en estas estimaciones.Es demasiado pronto para detectar un impacto sustancial de la intervención en muchos países en etapas anteriores de su epidemia (por ejemplo, Alemania, Reino Unido, Noruega).Muchas intervenciones se han producido sólo recientemente, y sus efectos aún no se han observado plenamente debido al retraso entre la infección y la muerte.Esta incertidumbre reducirá a medida que se disponga de más datos.Para todos los países, nuestro modelo se ajusta bien a los datos de muertes observadas (pruebas de bondad de la adecuación bayesiana).También descubrimos que nuestro modelo puede predecir de manera fiable las muertes diarias 3 días en el futuro, reteniendo los últimos 3 días de datos Sin embargo, al realizar un análisis de sensibilidad (Apéndice 8.4.3) con distribuciones previas sin información (donde las intervenciones pueden aumentar las muertes) encontramos un impacto similar de las intervenciones del equipo de respuesta del Colegio Imperial COVID-19, que muestra que nuestra elección de la distribución previa no está impulsando los efectos que vemos en el análisis principal.Figura 2: Estimaciones a nivel de país de infecciones, muertes y Rt. Izquierda: número diario de infecciones, marronbars se reportan infecciones, bandas azules son infecciones predichas, intervalo creíble de azul oscuro 50% (IC), azul claro 95% IC. El número de infecciones diarias estimadas por nuestro modelo disminuye inmediatamente después de una intervención, ya que suponemos que todas las personas infectadas se vuelven inmediatamente menos infecciosas a través de la intervención. Medio: número diario de muertes, barritas marrones se reportan muertes, bandas azules se predicen muertes, Cias en la parcela izquierda. Derecha: número de reproducción variable en el tiempo Rt, verde oscuro 50% IC, verde claro 95% IC. Iconos son intervenciones mostradas en el momento en que ocurrieron. Imperial College COVID-19 Response TeamTabla 2: Muertes previstas totales desde el inicio de la epidemia hasta el 31 de marzo en nuestro modelo y en un modelo contrafactual (suponiendo que no hubo intervención).Estimadas muertes evitadas durante este período como resultado de las intervenciones.Números entre paréntesis son intervalos creíbles del 95%. 2.3 Impacto estimado de las intervenciones en las muertesLa Tabla 2 muestra el total de muertes previstas desde el comienzo de la epidemia hasta el 31 de marzo bajo nuestro modelo ajustado y bajo el modelo contrafactual, que predice lo que habría ocurrido si no se implementaran intervenciones (y R, En Italia y España, donde la epidemia está avanzada, se han evitado 38.000 muertes [13.000-84.000] y 16.000 [5400-35.000], respectivamente. Incluso en el Reino Unido, que es mucho más temprano en su epidemia, se han evitado 370 [73-1,000] muertes, que sólo dan lugar a las muertes evitadas que habrían ocurrido hasta el 31 de marzo. Si se incluyeran las muertes de individuos actualmente infectados en ambos modelos, lo que podría ocurrir después del 31 de marzo, las muertes evitadas serían sustancialmente más altas. Figura 3: Número diario de muertes confirmadas, predicciones (hasta el 28 de marzo) y previsiones (después) para (a)Italia y (b) España de nuestro modelo con intervenciones (azul) y del modelo sin intervencionescontrafactuales (rosa); los intervalos creíbles se muestran una semana en el futuro. Otros países se muestran en el Apéndice 8.6. 03/0 25% 50% 753% 100%(sin efecto sobre la transmisibilidad) (final de la transmisibilidadReducción porcentual en R.Figura 4: Nuestro modelo incluye cinco covariables para intervenciones gubernamentales, ajustando para si la intervención fue la primera realizada por el gobierno en respuesta a COVID-19 (rojo) o fue posterior a otras intervenciones (verde).Se muestra una reducción porcentual relativa media en Rt con intervalos creíbles posteriores al 95%.Si se logra una reducción del 100%, Rt = 0 y no hay mástransmisión de COVID-19.No hay efectos significativamente diferentes de los de otras intervenciones, probablemente debido al hecho de que muchas intervenciones ocurrieron en el mismo día o en días de cada una como se muestra en la Figura l.3 DiscusiónDurante esta fase temprana de medidas de control contra el nuevo coronavirus en Europa, analizamos tendencias en el número de muertes para evaluar la medida en que se está reduciendo la transmisión Al representar el proceso de infección por COVID-19 utilizando un modelo jerárquico semimecánico, conjunto y bayesiano, podemosreducir las tendencias observadas en los datos de muertes y podemos pronosticar con precisión en cortos horizontes de tiempo.Estimamos que ha habido muchas más infecciones de las que se reportan actualmente.El alto nivel de incertidumbre de infecciones que estimamos aquí es probable debido al enfoque en pruebas en entornos hospitalarios más que en la comunidad.A pesar de esto, sólo una pequeña minoría de individuos en cada país han sido infectados, con una tasa de ataque en promedio del 4,9% [l,9%-l%] con una considerable variación entre países (Tabla 1).Nuestras estimaciones implican que las poblaciones en Europa no están cercanas a la inmunidad de rebaños ("50-75% si R0 es 2-4).Además, con los valores de Rt disminuyendo sustancialmente, la tasa de adquisición de inmunidad de rebaños se ralentizará rápidamente. Esto implica que el virus será capaz de propagarse rápidamente en caso de que se levanten las intervenciones.Tales estimaciones de la tasa de ataque hasta la fecha deben ser validadas con urgencia por pruebas de anticuerpos recientemente desarrolladas en encuestas de población representativas, una vez que éstas estén disponibles.Estimamos que las intervenciones no farmacéuticas importantes han tenido un impacto sustancial en el número de reproducción que varía en el tiempo en los países donde ha habido tiempo para observar los efectos de la intervención en las tendencias de las muertes (Italia, España). Debido a la rápida sucesión de intervenciones en muchos países, no se dispone de datos suficientes para estimar el tamaño del efecto individual de cada intervención, y desalentamos la atribución de asociaciones a la intervención individual.En algunos casos, como Noruega, donde todas las intervenciones se ejecutaron a la vez, estos efectos individuales son por definición no identificables.A pesar de esto, aunque no se pueden determinar los impactos individuales, su impacto conjunto estimado está fuertemente justificado empíricamente (véase el apéndice 8.4 para el análisis de sensibilidad).Si bien el crecimiento de las muertes diarias ha disminuido, debido a la diferencia entre las infecciones y las muertes, es de esperar un aumento continuo de las muertes diarias durante algún tiempo.Para comprender el impacto de las intervenciones, nos ajustamos a un modelo contrafactual sin las intervenciones y lo comparamos con el modelo real.Consideramos Italia y el Reino Unido -dos países en etapas muy diferentes de sus epidemias.Para el Reino Unido, donde las intervenciones son Los resultados sugieren que las intervenciones tendrán un gran impacto en las infecciones y muertes a pesar del aumento de ambos.Para Italia, donde ha pasado mucho más tiempo desde que se han implementado las intervenciones, está claro que el modelo sin intervenciones no encaja bien con los datos, y no puede explicar la reducción sublineal (en la escala logarítmica) de las muertes (véase la figura 10).El modelo contrafactual para Italia sugiere que, a pesar de la creciente presión sobre los sistemas de salud, las intervenciones han evitado una catástrofe sanitaria en la que el número de nuevas muertes habría sido 3,7 veces mayor (38.000 muertes evitadas) de lo que se observa actualmente.Incluso en el Reino Unido, mucho antes de su epidemia, se prevé que las recientes intervenciones evitarán 370 muertes totales hasta el 31 de marzo. Dados los índices de mortalidad por infecciones observadas y la epidemiología de la COVID-19, las intervenciones no farmacéuticas importantes han tenido un impacto sustancial en la reducción de la transmisión en los países con epidemiologías más avanzadas. Es demasiado pronto para estar seguros de que se verán reducciones similares en los países en las etapas anteriores de su epidemia. Si bien no podemos determinar qué conjunto de intervenciones han tenido más éxito, ya podemos ver cambios en las tendencias de nuevas muertes. Cuando se pronostican 3 días y se examina toda la epidemia, el número de muertes evitadas es sustancial. Observamos que se está produciendo una innovación sustancial, y nuevas intervenciones o refinamientos más eficaces de las intervenciones actuales, junto con cambios de comportamiento, contribuirán aún más a la reducción de las infecciones. No podemos decir con certeza que las medidas actuales hayan controlado la epidemia en Europa; sin embargo, si continúan las tendencias actuales, hay razones para el optimismo. Proponemos una estructura plausible para el proceso de infección y luego estimamos los parámetros empíricamente. Sin embargo, muchos parámetros tuvieron que ser dados fuertes distribuciones previas o tenían que ser fijados. Para estas suposiciones, hemos proporcionado citas relevantes a estudios previos. A medida que se disponga de más datos y surjan mejores estimaciones, actualizaremos estos reportes quincenales. Nuestra elección de la distribución de intervalos seriales influye fuertemente en la distribución previa para el inicio de R0. Nuestra relación de mortalidad por infección y distribuciones de infección a muerte influyen fuertemente en la tasa de muerte y por lo tanto el número estimado de casos subyacentes verdaderos. También suponemos que el efecto de las intervenciones es el mismo en todos los países, lo cual puede no ser totalmente realista. Esto implica que los países con intervenciones tempranas y más muertes ya que estas intervenciones (por ejemplo, Italia, España) influyen fuertemente en las estimaciones del impacto de la intervención en los países en las etapas más tempranas de Hemos intentado crear definiciones coherentes de todas las intervenciones y documentar detalles al respecto en elApéndice 8.6. Sin embargo, invariablemente habrá diferencias de un país a otro en la fuerza de su intervención, por ejemplo, la mayoría de los países han prohibido la reunión de más de 2 personas cuando se aplica un bloqueo, mientras que en Suecia el gobierno sólo prohibió la reunión de más de 10 personas. Estas diferencias pueden distorsionar los impactos en países con muy pocos datos. Creemos que nuestra incertidumbre puede cubrir en cierto grado estas diferencias, y a medida que se disponga de más datos, loscoeficientes deberían ser más fiables. Sin embargo, a pesar de estas fuertes suposiciones, hay suficiente señal en los datos para estimar los cambios en R, (véase el análisis de sensibilidad reportado en el Apéndice 8.4.3) y esta señal se incrementará con el tiempo. En nuestro marco jerárquico bayesiano, cuantificamos robustamente la incertidumbre en nuestras estimaciones de parámetros y predicciones posteriores. Esto se puede ver en los intervalos creíbles más amplios de los últimos días, en los que se dispone de pocos o ningún dato sobre la muerte para informar las estimaciones. Además, predecimos el impacto de la intervención a nivel nacional, pero puede haber diferentes tendencias en diferentes partes de cada país.Por ejemplo, la epidemia en el norte de Italia estaba sujeta a controles antes que el resto del país.5DatosNuestro modelo utiliza datos diarios sobre la mortalidad en tiempo real del ECDC (Centro Europeo de Control de Enfermedades), donde catalogamos datos de casos de 11 países europeos que actualmente padecen la epidemia: Austria, Bélgica, Dinamarca, Francia, Alemania, Italia, Noruega, España, Suecia, Suiza y Reino Unido.El ECDC proporciona información sobre casos confirmados y muertes atribuibles a COVID-19.Sin embargo, los datos de casos son muy poco representativos de la incidencia de infecciones debido a la infrarreportación, así como a cambios sistemáticos y específicos de países Nosotros, por lo tanto, utilizamos sólo las muertes atribuibles a COVID-19 en nuestro modelo; no utilizamos las estimaciones de casos de ECDC en absoluto.Si bien las muertes observadas todavía tienen cierto grado de falta de fiabilidad, de nuevo debido a cambios en los informes y las pruebas, creemos que los datos son de suficiente fidelidad al modelo.Para los recuentos de población, utilizamos los recuentos desglosados por edad de la UNPOP.10También catalogamos datos sobre la naturaleza y el tipo de intervenciones no farmacéuticas importantes.Miramos las páginas web gubernamentales de cada país, así como sus páginas web oficiales de información y división de salud pública para identificar los últimos consejos/leyes que emiten el gobierno y las autoridades sanitarias públicas.Recopilamos lo siguiente:Se ordenó el cierre de la escuela: Esta intervención se refiere a los cierres extraordinarios de escuelas a nivel nacional que en la mayoría de los casos se refieren al cierre de escuelas primarias y secundarias (para la En el caso de Dinamarca y Suecia, permitimos el cierre parcial de las escuelas sólo en las escuelas secundarias. La fecha del cierre de la escuela se considera como la fecha efectiva en que las escuelas comenzaron a cerrarse (si este era un lunes, la fecha utilizada era la de los sábados anteriores, ya que alumnos y estudiantes se quedaron efectivamente en casa a partir de esa fecha). Medidas basadas en casos. Esta intervención comprende recomendaciones o leyes sólidas al público en general y a la atención primaria sobre el autoaislamiento al mostrar síntomas similares al COVID-19.Estos incluyen también programas nacionales de pruebas en los que las personas pueden someterse a pruebas y posteriormente autoaislarse. Nuestra definición se limita al asesoramiento del gobierno nacional a todas las personas (por ejemplo, el Reino Unido) o a toda atención primaria y excluye únicamente el asesoramiento regional.Estos no incluyen intervenciones en fase de contención como el aislamiento si regresan de un país epidémico como China. Se ha fomentado el distanciamiento social: Como una de las primeras intervenciones contra la propagación de la pandemia COVID-19, muchos gobiernos han publicado consejos sobre distanciamiento social, incluyendo la recomendación de trabajar desde el hogar siempre que sea posible, reduciendo el uso del transporte público y todos los demás contactos no esenciales.Las fechas utilizadas son aquellas en las que el distanciamiento social ha sido recomendado oficialmente por el gobierno; el consejo puede incluir mantener una distancia física recomendada de otros. Decretado el bloqueo: Hay varios escenarios diferentes a los que los medios de comunicación se refieren como bloqueo. Como definición general, consideramos regulaciones/legislaciones relativas a una estricta interacción social cara a cara: incluyendo la prohibición de cualquier reunión pública no esencial, el cierre de instituciones educativas y públicas/culturales, ordenando a las personas a permanecer en casa aparte del ejercicio y las tareas esenciales.Incluimos casos especiales en los que no se mencionan explícitamente en los sitios web del gobierno, sino que son Las fechas utilizadas son las fechas efectivas en que se han implementado estas legislaciones. Observamos que el bloqueo abarca otras intervenciones previamente implementadas. Primera intervención: Como muestra la Figura 1, los gobiernos europeos han escalado las intervenciones rápidamente, y en algunos ejemplos (Noruega/Dinamarca) han implementado todas estas intervenciones en un solo día. Por lo tanto, dada la autocorrelación temporal inherente a la intervención gubernamental, incluimos covariable abinaria para la primera intervención, que puede interpretarse como una decisión gubernamental de tomar medidas importantes para controlar COVID-19. Una lista completa de las fechas de estas intervenciones y las fuentes que hemos utilizado se puede encontrar en el Apéndice 8.6. 6 Métodos ResumenUn resumen visual de nuestro modelo se presenta en la Figura 5 (detalles en los Apéndices 8.1 y 8.2). El código de replicación está disponible en https://github.com/mperiaCollegeLondres/covid19model/releases/tag/vl.0Ajustamos nuestro modelo a las muertes observadas de acuerdo con los datos de ECDC de 11 países europeos.Las muertes modeladas se basan en una distribución de infección a inicio (tiempo desde la infección hasta el inicio de los síntomas), una distribución de inicio a muerte (tiempo desde el inicio de los síntomas hasta la muerte) y la relación de mortalidad por infección media de la población (ajustada para la estructura de edad y los patrones de contacto de cada país, véase el Apéndice).Debido a estas distribuciones y proporciones, las muertes modeladas son una función del número de infecciones.El número de infecciones modelado se basa en la distribución por intervalos de serie (tiempo medio desde la infección de una persona hasta el momento en que infectan a otra Finalmente, el número de reproducción variable en el tiempo es una función del número de reproducción inicial antes de las intervenciones y los tamaños de efecto de las intervenciones.Figura 5: Resumen de los componentes del modelo. Siguiendo la jerarquía de abajo a arriba nos da un marco completo para ver cómo las intervenciones afectan a las infecciones, que pueden resultar en muertes.Utilizamos la inferencia bayesiana para asegurar que nuestras muertes modeladas puedan reproducir las muertes observadas lo más cerca posible.De abajo a arriba en la Figura 5, hay un retraso implícito en el tiempo que significa el efecto de intervenciones muy recientes se manifiestan débilmente en muertes actuales (y se fortalecen a medida que avanza el tiempo).Para maximizar la capacidad de observar el impacto de la intervención en las muertes, encajamos nuestro modelo conjuntamente para los 11 países europeos, lo que resulta en un conjunto de datos grande. Hemos evaluado el efecto de nuestras elecciones de distribución de Bayesianprior y evaluado nuestra calibración posterior bayesiana para asegurar que nuestros resultados seanestadísticamente robustos (Apéndice 8.4). 7 AgradecimientosLa investigación inicial sobre covariables en el Apéndice 8.6 fue fuente de crowdsourcing; agradecemos a varias personas de todo el mundo por su ayuda. Este trabajo fue apoyado por el Centro de financiación del Consejo de Investigación Médica del Reino Unido bajo un acuerdo con el Departamento de Desarrollo Internacional del Reino Unido, la Unidad de Investigación sobre Protección de la Salud del NIHR en Metodología de Modelado y ComunidadJameel. 8 Apéndice: Modelo de Análisis de Especificaciones, Validación y Sensibilidad8.1 Modelo de muerteObservamos muertes diarias Dam durante los días t E 1,...,n y países m E 1,...,p. Estas muertes diarias se modelan utilizando una presa de función real valuada positiva Se supone que la presa sigue una distribución binomio negativa conEl número esperado de muertes (1 en un país determinado en un día dado es una función del número de infecciones C que ocurren en días anteriores. Al principio de la epidemia, las muertes observadas en un país pueden estar dominadas por muertes que resultan de infecciones que no son adquiridas localmente. Para evitar sesgar nuestro modelo por esto, sólo incluimos muertes observadas desde el día después de que un país haya observado acumulativamente 10 muertes en nuestro modelo. Para vincular mecánicamente nuestrafunción de muertes a casos infectados, utilizamos una infección COVID-19-fatalidad-ratio ifr estimada previamente (probabilidad de muerte dada infección)9 junto con una distribución detiempos de infección a muerte TE. El ifr se deriva de estimaciones presentadas en Verity et al11 que suponen tasas de ataque homogéneo entre grupos de edad. Para ajustar mejor las estimaciones de las tasas de ataque por edades generadas utilizando información más detallada sobre los patrones de mezcla de países y edades específicas, escalamos estas estimaciones (el ifr no ajustado, al que aquí se hace referencia como ifr’) de la siguiente manera como en el trabajo anterior.4Let Ca ser el número de infecciones generadas en el grupo de edad a, Na el tamaño subyacente de la población en ese grupo de edad y AR“ 2 Ca/Na el índice de ataque específico de grupo de edad.El ifr ajustado se da entonces por: ifra = fififié, donde AR50_59 es la tasa de ataque prevista en el grupo de edad de 50-59 años después de incorporar los patrones de contacto y mezcla específicos de países.Este grupo de edad fue elegido como referencia ya que tenía el nivel más bajo previsto de subinforme en análisis previos de los datos de la epidemia china“. Se obtuvieron estimaciones por países de la tasa de ataque por edad, AR“, para los 11 países europeos en nuestro análisis de un estudio anterior que incorpora información sobre el contacto entre individuos de diferentes edades en países de toda Europa12. Luego se obtuvieron estimaciones globales de cada país ajustando tanto para la demografía como para las tasas de ataque específicas por edad. Utilizando información epidemiológica estimada de estudios anteriores,"11 se supone que la TE es la suma de dos tiempos aleatorios independientes: la distribución del período de incubación (infección al inicio de los síntomas o infección hasta el inicio) y el tiempo entre el inicio de los síntomas y la muerte (ingreso a la muerte). La distribución de la infección hasta el inicio es Gamma distribuida con media de 5,1 días y coeficiente de variación0,86. La distribución de la aparición a la muerte es también Gamma distribuida con una media de 18,8 días y un coeficiente de va riación 0,45. Por lo tanto, la distribución de la infección-a-muerte está dada por:um ~ ifrm ~ (Gamma(5.1,0,86) + Gamma(18,8,0,45)) La Figura 6 muestra la distribución de la infección-a-muerte y la función de supervivencia resultante que se integra a la relación de mortalidad por infección.Figura 6: Distribución izquierda de la infección-a-muerte (media 23,9 días). Correcto, probabilidad de supervivencia de individuos infectados por día dada la relación de mortalidad por infección (1%) y la distribución de la infección-a-muerte por la izquierda.Usando la probabilidad de distribución de la muerte, el número esperado de muertes presa, en un día dado t, para el país, m, está dada por la siguiente suma discreta:El número de muertes hoy es la suma de las infecciones pasadas ponderadas por su probabilidad de muerte, donde la probabilidad de muerte Este enfoque ha sido utilizado en numerosos estudios previos13'16 y tiene una fuerte base teórica en procesos de conteo estocásticos basados en individuos como el proceso Hawkes y el proceso Bellman-Harris.”18 El nuevo modelo está relacionado con el modelo Susceptible-Infectado-Recuperado, excepto que la renovación no se expresa en forma diferencial. Para modelar el número de infecciones con el tiempo necesitamos especificar una distribución serialinterval g con densidad g(T), (el tiempo entre cuando una persona se infecta y cuando posteriormente infectan a otras personas), que elegimos ser Gamma distribuido:g ~ Gamma (6.50.62). La distribución del intervalo serial se muestra a continuación en la Figura 7 y se supone que es la misma para todos los países. Figura 7: Distribución del intervalo serial g con una media de 6,5 días. Dada la distribución del intervalo serial, el número de infecciones Eamon a determinado día t, y country, m, está dado por la siguiente función de convolución discreta:_ t—1Cam — Ram ZT=0 Cr,mgt—‘r r where, similar a la probabilidad de la función de muerte, el intervalo serial diario está discretizado porfs+0.51.5gs = T=s—0.Sg(T)dT fors = 2,3 y 91 = fT=Og(T)dT. Las infecciones dependen hoy en día del número de infecciones en los días anteriores, ponderadas por la distribución del intervalo serial discretizado.Esta ponderación es entonces escalada por el número de producción de tiempo específico, Ram, que modela el número medio de infecciones secundarias en un momento dado. La forma funcional para el número de reproducción del tiempo-Variante fue elegida para ser lo más simple posible para minimizar el impacto de supuestos previos fuertes: utilizamos una función constante por partes que escalaRam de una línea de base previa R0,m y es impulsada por las principales intervenciones no farmacéuticas conocidas que ocurren en diferentes países y tiempos. Incluyemos 6 intervenciones, una de las cuales se construye a partir de las otras 5 intervenciones, que son cronogramas de cierres escolares y universitarios (k=l), enfermedad autoaislante (k=2), prohibición de eventos públicos (k=3), cualquier intervención gubernamental en lugar (k=4), implementación de un bloqueo parcial o completo (k=5) y fomento del distanciamiento y aislamiento social (k=6). Denotamos la variable indicadora de intervención k E 1,2,3,4,5,6 por IkI’m, que es 1 si la intervención k está en placein country m en el La covariable “cualquier intervención gubernamental” (k=4) indica si alguna de las otras 5 intervenciones está en efecto, es decir, 14’t’m es igual a 1 en el momento t si alguna de las intervencionesk E 1,2,3,4,5 están en vigor en el país m en el momento t y es igual a 0 de lo contrario. Covariable 4 tiene la interpretación de indicar el inicio de la intervención gubernamental mayor. Se supone que el efecto de cada intervención es multiplicativo. Ram es, por lo tanto, una función de los indicadores de intervenciónIk’t’m en lugar en el momento t en el país m:Ram : R0,m eXp(— 212:1 O(Rheum)-La forma exponencial se utilizó para asegurar la positividad del número de reproducción, con R0,mconstreñido a ser positivo como aparece fuera de la exponencial. El impacto de cada intervención enRam se caracteriza por un conjunto de parámetros 0(1,...,OL6, con distribuciones previas independientes elegidas para el beock ~ Gamma(. 5,1). Los impactos ock son compartidos entre todos los países m y por lo tanto están informados por todos los datos disponibles. La distribución previa para R0 fue escogida para serR0,m ~ Normal(2,4, IKI) con K ~ Normal(0,0.5),Una vez más, K es el mismo entre todos los países para compartir información. Asumimos que la siembra de nuevas infecciones comienza 30 días antes del día después de que un país haya observado 10 muertes. A partir de esta fecha, sembramos nuestro modelo con 6 días secuenciales de infecciones extraídas de cl’m,...,66’m~EXponential(T), donde T~Exponential(0.03). Se estimaron los parámetros de manera conjunta para los 11 países en un único modelo jerárquico. Se realizó el ajuste en el lenguaje de programación probabilístico Stan,19 utilizando un sampler adaptativo Hamiltoniano Monte Carlo (HMC). Se realizaron 8 cadenas para 4000 iteración con 2000 iteración de calentamiento y un factor de adelgazamiento 4para obtener 2000 muestras posteriores. Se evaluó la convergencia posterior utilizando la estadística Rhat y mediante el diagnóstico de transiciones divergentes del sampler HMC. También se realizaron calibraciones anteriores a posteriori (véase más adelante). 8.3 ValidaciónValidamos la exactitud de las estimaciones puntuales de nuestro modelo utilizando la validación cruzada. En nuestro esquema de validación cruzada, dejamos fuera 3 días de datos de muerte conocidos (no acumulativos) y encajamos en nuestro modelo. Pronosticamos lo que el modelo predice para estos tres días. Presentamos las previsiones individuales para cada día, así como el Los resultados de validación cruzada se muestran en la Figura8.Figura 8: Resultados de validación cruzada para pronósticos agregados de 3 días y 3 díasFigura 8 proporciona una fuerte justificación empírica para nuestra especificación y mecanismo de modelo.Nuestra previsión precisa sobre un horizonte temporal de tres días sugiere que nuestras estimaciones ajustadas para Rt son apropiadas y plausibles.Además de las estimaciones puntuales, todos evaluamos nuestros intervalos posteriores creíbles utilizando la Rhatstatistic.La estadística de Rhat mide si nuestras cadenas Markov Chain Monte Carlo (MCMC) han convergido a la distribución de equilibrio (la distribución posterior correcta).La Figura 9 muestra las estadísticas de Rhatstatistics para todos nuestros parámetrosFigura 9: Las estadísticas de Rhat - valores cercanos a 1 indican la convergencia de MCMC. La Figura 9 indica que nuestra MCMC ha convergido. 8.4 SensibilidadAnálisis8.4.1 Previsión a escala logarítmica para evaluar la señal en los datosComo hemos destacado en todo el presente informe, el desfase entre las muertes y las infecciones significa que es tiempo suficiente para que la información propague backwards de las muertes a las infecciones y, en última instancia, al Rt. Una conclusión de este informe es la predicción de una desaceleración de la Rt en respuesta a las principales intervenciones. Recuperando la intuición de que se trata de datos impulsados y no simplemente una consecuencia de modelos altamente limitados, mostramos previsiones de muerte a escala logarítmica lineal. En esta escala, una línea que curvas por debajo de una tendencia lineal es indicativa de una desaceleración en el crecimiento de la epidemia. Nuestromodelo sugiere que Italia, un país que tiene el mayor número de muertes de COVID-19, verá una desaceleración en el aumento de las muertes diarias durante la próxima semana en comparación con las primeras etapas de la epidemia. Investigamos la sensibilidad de nuestras estimaciones de inicio y final Rt a nuestra supuesta distribución de intervalos seriales. Para ello consideramos varios escenarios, en los que cambiamos la media de distribución de intervalos seriales, de un valor de 6,5 días, para tener valores de 5, 6, 7 y 8 días. En la Figura 13, mostramos nuestras estimaciones de R0, el número de reproducción inicial antes de las intervenciones, para cada uno de estos escenarios. El orden relativo de la Rt=0 en los países es consistente en todos los entornos. Sin embargo, como se esperaba, la escala de Rt=0 se ve considerablemente afectada por este cambio. Esto se debe a que para alcanzar el tamaño observado actualmente de las epidemias, un intervalo serial más largo se compensa con un R0 estimado más alto. Además, en la Figura 14, mostramos nuestras estimaciones de Rt en el momento del modelo más reciente, de nuevo para cada uno de estos escenarios.La media del intervalo serial puede influir sustancialmente en Rt, sin embargo, los intervalos posteriores de Rt se superponen ampliamente.Figura 13: Número de reproducción inicial R0 para diferentes distribuciones de intervalo serial (SI) (medias entre 5 y 8 días).Utilizamos 6,5 días en nuestro análisis principal.Figura 14: Rt el 28 de marzo de 2020 estimado para todos los países, con distribución de intervalo serial (SI) medias entre 5 y 8 días.Utilizamos 6,5 días en nuestro análisis principal. Para evitar la colinealidad, realizamos 6 modelos separados, con efectos resumidos a continuación (comparar con el análisis principal de la Figura 4). En esta serie de análisis univariados, encontramos (Figura 15) que todos los efectos por sí solos sirven para disminuir el Rt. Esto nos da confianza en que nuestra elección de la distribución previa no está impulsando los efectos que vemos en el análisis principal. Lockdown tiene un efecto muy grande, lo más probable debido a que ocurre después de otras intervenciones en nuestro conjunto de datos. Los tamaños de efecto relativamente grandes para las otras intervenciones son más probables debido a la coincidencia de las intervenciones en el tiempo, de tal manera que una intervención es un proxy para unos pocos otros. Figura 15: Efectos de diferentes intervenciones cuando se utilizan como los únicos covariables en el modelo. 8.4.4.4Para evaluar las suposiciones previas sobre nuestra forma funcional constante por pieza para Rt probamos utilizando una función a Encajamos un modelo con una distribución previa de proceso gaussiano a los datos de Italia donde hay la mayor señal en los datos de muerte. Encontramos que el proceso gaussiano tiene una tendencia muy similar al modelo constante por partes y vuelve a la media en regiones de no datos. La correspondencia de una función completamente no paramétrica y nuestra función constante por piezas sugiere una especificación paramétrica adecuada de Rt. Montaje no paramétrico de Rf usando un proceso gaussiano:8.4.5 Dejar fuera el análisis del paísDebido a las diferentes longitudes de la epidemia de cada país europeo, algunos países, como Italia tienen muchos más datos que otros (como el Reino Unido). Para asegurarnos de que no estamos aprovechando demasiada información de ningún país realizamos un análisis de sensibilidad “dejar fuera un país”, donde recorrimos el modelo sin un país diferente cada vez. La Figura 16 y la Figura 17 son ejemplos de resultados para el Reino Unido, dejando de En general, para todos los países, no observamos ninguna dependencia significativa de ningún país.Figura 16: Resultados de modelos para el Reino Unido, cuando no se utilizan datos de Italia para ajustar el modelo.Ver laFigura 17: Resultados de modelos para el Reino Unido, cuando no se utilizan datos de España para ajustar el modelo.Ver subtítulo de la Figura 2 para una explicación de las gráficas. Para resultados teóricos bien conocidos de la ecuación de renovación, dada una distribución de intervalo serie g(r) con media m y desviación estándar 5, dada a = mZ/S2 y b = m/SZ, y posteriormente R0 = (1 + %).Figura 18 muestra teóricamente derivada R0 junto con nuestras estimaciones de Rt=0 de nuestro modelo jerárquico bayesiano.Como se muestra en la Figura 18 hay una grancorrespondencia entre nuestro número de reproducción inicial estimado y el número de reproducción básica implícito por la tasa de crecimiento r.R0 (rojo) vs R(FO) (negro)Figura 18: Nuestra estimación de R0 (negro) versus Ru(rojo) teóricamente derivado de un ajuste de regresión log lineal. 8.5 Análisis contrafactual — intervenciones frente a no intervencionesFigura 19: Número diario de muertes confirmadas, predicciones (hasta el 28 de marzo) y previsiones (después) para todos los países, excepto Italia y España, de nuestro modelo con intervenciones (azul) y del modelo contrafactual sin intervenciones (rosa); los intervalos creíbles se muestran a una semana en el futuro. DOI: https://doi.org/10.25561/77731Página 28 de 3530 de marzo de 2020 Imperial College Equipo de respuesta COVID-19 8.6 Fuentes de datos y cronograma de intervencionesFigura 1 y Tabla 3 muestran las intervenciones de los 11 países en nuestro estudio y las fechas en que estas intervenciones entraron en vigor. Tabla 3: Calendario de intervenciones. País Tipo Evento Fecha efectivaCerrado escolar ordenadoCerrados escolares nacionales.20 14/3/2020Eventos públicosprohibido la celebración de reuniones de más de 5 personas.21 10/3/2020Prohibir todo acceso a espacios públicos y reunionesLockdown de más de 5 personas.Consejos para mantener 1 distancia ordenada.22 16/3/2020Desplazamiento socialalentadoRecomendación para mantener una distancia de 1m.22 16/3/2020Medidas de Austria basadas en casos Implementado en el bloqueo.22 16/3/2020Cerrado escolar ordenadoCerrados escolares nacionales.23 14/3/2020Eventos públicos Todas las actividades recreativas canceladas independientemente de la talla prohibida.23 12/3/2020Los ciudadanos deben permanecer en casa excepto para el trabajo de Lockdown y los viajes esenciales. 24 18/3/2020El transporte público sólo se recomienda para los viajes esenciales de distanciamiento social, el trabajo desde casa fomentado, todos los lugares de interés público, por ejemplo, restaurantes cerrados.23 14/3/2020Case-based Todo el mundo debe permanecer en casa si experimenta una Bélgica mide la tos o la fiebre.25 10/3/2020Cierre escolar Escuelas secundarias cerradas y universidades (escuelas de orden primario también cerradas el 16).26 13/3/2020Eventos públicos Prohibición de eventos > 100 personas, instituciones cerradas de prohibición cultural, instalaciones de ocio, etc.27 12/3/2020Prohibición de reuniones de > 10 personas en lugares públicos y todos ordenados fueron cerrados.27 18/3/2020Uso limitado del transporte público. Todas las instituciones de distancia social cultural cierran y recomiendan mantener una distancia adecuada alentada.28 13/3/2020Base de casos Todo el mundo debe permanecer en casa si experimenta una Dinamarca medidas de tos o fiebre.29 12/3/2020Cierre de escuelas ordenado Cierre de escuelas nacionales.30 14/3/2020Eventos públicosprohibidos Prohibiciones de eventos > 100 personas.31 13/3/2020Lockdown Todo el mundo tiene que permanecer en casa.Necesita un formulario de autorización autoordenada para salir de casa.32 17/3/2020Consejos de estímulo social en el momento del bloqueo.32 16/3/2020Medidas basadas en casosFrancia Consejos en el momento del bloqueo.32 16/03/2020Cierre de escuelas ordenados Nacionalmente.33 14/3/2020Eventos públicos Ninguna reunión de > 1000 personas. 34 22/3/2020Lockdown Recopilaciones de > 2 personas prohibidas, 1,5 distancias ordenadas.35 22/3/2020Desplazamiento social Evite la interacción social siempre que sea posibleAlentado recomendado por Merkel.36 12/3/2020Consejo para todos los que experimentan síntomasContacto basado en un caso de una agencia de atención de la salud para hacerse la prueba y las medidas de Alemania para entonces auto-aislarse.37 6/3/2020Cierre de escuelas ordenado Cierre de escuelas a nivel nacional.38 5/3/2020Eventos públicosprohibidos El gobierno prohíbe todos los eventos públicos.39 9/3/2020Lockdown El gobierno cierra todos los lugares públicos. Las personas ordenadas tienen que permanecer en casa excepto para los viajes esenciales.40 11/3/2020Hay que mantener una distancia de más de 1 m y se debe fomentar el distanciamiento social de cualquier otra forma de agregación alternativa.40 9/3/2020Consejo basado en casos de autoaislamiento si experimenta síntomasMedidas en Italia y cuarentena si se prueba positivo.41 9/3/2020La Dirección de Salud de Noruega cierra todas las instituciones educativas de cierre escolar.Incluidas las instalaciones ordenadas para el cuidado de los niños y todas las escuelas.42 13/3/2020Eventos públicos La Dirección de Salud prohíbe todo contacto social no necesario.42 12/3/2020Lockdown Sólo las personas que viven juntas están permitidas fuera de orden. Todo el mundo tiene que mantener una distancia de 2 metros.43 24/3/2020Desconexión social La Dirección de Salud aconseja contra todo tipo de viajes alentados y contactos sociales no necesarios.42 16/3/2020Consejo basado en un caso para aislarse por 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre.44 15/3/2020Ordenado Cierre de escuelas nacionales.45 13/3/2020Eventos públicosprohibido Prohibir todos los eventos públicos mediante bloqueo.46 14/3/2020Lockdownordenado Bloqueo de todo el país43 14/3/2020Consejo de distanciamiento social sobre distanciamiento social y trabajo en forma remota alentada desde casa.47 9/3/2020Consejo basado en un caso para autoaislarse por 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre en España47 17/3/2020Cerrado de escuelas y escuelas secundarias superiores cerrado.48 18/3/2020Eventos públicosprohibidos El gobierno prohíbe eventos > A las personas con síntomas leves se les dice que limiten el contacto social de distanciamiento social, el estímulo para trabajar desde una casa alentada.50 16/3/2020Consejo basado en un caso de auto-aislamiento si experimentan tos o Suecia mide los síntomas de fiebre.51 Cierre de la escuela ordenado No en persona hasta el 4 de abril.52 14/3/2020Eventos públicos prohibidos El gobierno prohíbe eventos > 100 personas.52 13/3/2020Reuniones ordenadas de bloqueo de más de 5 personas están prohibidas.53 2020-03-20Consejos para mantener la distancia.Todas las empresas donde el distanciamiento social no se puede realizar se han cerrado en todos los estados alentados (kantones).54 16/3/2020Consejo basado en un caso para auto-aislarse si experimentan tos o Suiza mide los síntomas de fiebre.55 2/3/2020Cierre de la escuela general. Los cuidadores de niños, las guarderías para el cierre de escuelas y las sextas formas deben seguir las directrices ordenadas.56 21/3/2020Eventos públicos prohibidos Implementados con bloqueo.57 24/3/2020Los conjuntos de más de 2 personas no pertenecientes al mismo hogar están prohibidos y sujetos a la policía.57 24/3/2020Consejos de distanciamiento social para evitar pubs, clubes, teatros y otras instituciones públicas alentadas.58 16/3/2020Consejo basado en un caso para aislarse durante 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre en el Reino Unido.59 12/3/20209 Referencias1. Li, R. et al. Infección indocumentada sustancial facilita la rápida difusión del nuevocoronavirus (SARS-CoV2). Ciencia (2020) doi:10.1126/science.abb3221. 2. Zhang, J. et al. Patrones de contacto social humano y contacto con animales en Shanghai, China 5cLRep.9,1—11(2019)3. Worldómetros.info. Hong Kong: casos de coronavirus. https://www.wo rldómetros.info/co ronavirus/country/china-hong-kong-sar/. 4. Ferguson, N. et al. Impacto de las intervenciones no farmacéuticas (NPI) para reducir la mortalidad y la demanda de asistencia sanitaria (Informe 9). https://www.imperial.ac.uk/mrc-global-infectious-disase-analysis/news--wuhan-coronavirus/. 5. Cereda, D. et al. La fase inicial del brote de COVID-19 en Lombardy, Italia. arXiv (2020). 6. Zhao, A. J. et al. Título: Respuestas anticuerpos al SARS-CoV-2 en pacientes con nuevas enfermedades por coronavirus 2019 Título breve : Respuestas anticuerpos en pacientes con COVID-19. (2020). 7. Jombart, T. et al. Inferir el número de casos de COVID-19 de muertes recientemente notificadas. medRXiV 2020.03.10.20033761(2020)doi:10.10101/2020.03.10.20033761. 8. Zhang, J. et al. Perfil de edad de susceptibilidad, mezcla y distanciamiento social dan forma a la dinámica del brote de la nueva enfermedad por coronavirus 2019 en China. (2020) doi:10.10101/2020.03.19.20039107. 9. Lourenco, J. et al. Los principios fundamentales de la propagación epidémica destacan la necesidad inmediata de realizar encuestas serológicas a gran escala para evaluar la etapa de la epidemia por SARS doi:10.1101/2020.03.24.2004229110.Naciones Unidas, Departamento de Asuntos Económicos y Sociales, División de Población. WorldPopulation Prospects 2019: Data booket. ST/ESA/SER.A/424. (2019). 11. Verity, R. et al. Estimaciones de la gravedad de la enfermedad de COVID-19. Lancet Infect Dis en la prensa (2020). 12. Walker, P. G. T. et al. Report 12: The Global Impact of COVID-19 and Strategies for Mitigation and Supresation. 13. Fraser, C. Estimating Individual and Household Reproduction Numbers in a EmergingEpidemmic. PL05 ONE 2, e758 (2007). 14. Cori, A., Ferguson, N. M., Fraser, C. & Cauchemez, S J. Epidemiol. 178, 1505-1512(2013115. Nouvellet, P. et al. Un enfoque sencillo para medir la transmisibilidad y la incidencia prevista. Epidemias 22, 29-35 (2018). 16. Cauchemez, 8., Valleron, A. J., Boelle, P. Y., Flahault, A. & Ferguson, N. M. Estimación del impacto del cierre escolar en la transmisión de la gripe a partir de datos Sentinel. Nature 452, 750-754 (2008). 17. Bellman, R. & Harris, T. On Age-Dependent Binary Branking Processes. Ann. Math. 55, 280-295(1952118. Bellman, R. & Harris, T. E. Sobre la teoría de los procesos de ramificación estocásticos dependientes de la edad. Proc. Nat 34, 601-604 (1948). 19. Stan Development Team. 2018. The Stan Core Library, versión 2.18.0. http://mc-stan.org. 20. Bundesministerium. Coronavirus (COVID-19): Status quo — Schulen, Hochschulen,Universitaten und Forschungsinstitutionen. https://www.bmbwf.gv.at/Ministerium/Informationspflicht/corona/corona_status.html. 21. Henley, J. Coronavirus: Los Estados de la Unión Europea promulgan medidas duras para la propagación del tallo. The Guardianhttps://www.theguardian.com/world/200/mar/10/coranonavirus-varios-estados-eu-states-ban-masa-mass-as-pos-italian-lockdown (20 25. Servicio Público Federal. Protéjase y proteja a los demás. https://www.info-coronavirus.be/en/2020/03/10/protege-y-protege-the-others/ (2020). 26. Wikipedia. 2020 pandemia de coronavirus en Dinamarca. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/2020_coronavirus_pandemic_in_Dinamarca. 27. Stephensen, Emma Kinker; Hansen, T. S. Danmark lukker ned: Her er regeringens nye basculag. TV2 https://nyheder.tv2.dk/samfund/2020-03-11-danmark-lukker-ned-er-regeringens-nye-tiltag(2020128. Politi. Nye illbag mod covid-19. Politi https://politi.dk/coronavirus-i-danmark/seneste-nyt-fra-myndighederne/nye-tiltag-mod-covid-19 (2020). 29. Styrelsen for Patientsikkerhed. Indberetning om covid-19zlnformation om mulighed forp\aabud til enkeltpersoner (coronavirus/covid-19). https://stps.dk/da/ansvar-og-retningslinjer/vejledning/indberetning-om-covid-19/#. 30. Wikipedia. 2020 coronavirus pande in France. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/2020_coronavirus_pandemic_in_France. 31. Francia prohíbe las reuniones de más de 100 personas a medida que aumenta el número de muertes por coronavirus -The Local. The Local https://www.thelocal.fr/20200313/france-bans-recopilations-of-over-100-people-to-fight-coronavirus-pandemic (2020). 32. Henley, Jon; Willsher, Kim; Kassam, A. Coronavirus: Francia impone un bloqueo cuando la UE pide una prohibición de viajar de 30 días. The Guardian https://www.theguardian.com/world/2020/mar/16/coronavirus-spain-takes-over-privado-healthcare-amid-more-euro-pean-lockdowns (2020). 33. Wikipedia. 2020 coronavirus pande in Germany. Fundación Wikimediahttps://en.wi 34. BMI. Coronavirus: Fragen und Antworten. Bundesministerium des Innern,fur Bau und Heimathttps://web.archive.org/web/20200317073042/https://www.bmi.bund.de/SharedDocs/faqs/DE/themen/bevoelkerungssschutz/coranavirus/coranavirus-faqs.htmI#doc13738352bodyText7. 35. Noticias de la BBC. Coronavirus: Alemania endurece los frenos y prohíbe las reuniones de más de dos personas. BBCNews https://www.bbc.co.uk/news/world-europe-51999080 (2020). 36. Bundesregierung. Kanzlerin trifft Regierungschefs der Lander Sozialkontakte https://www.bundesregierung.de/breg-de/themen/coranavirus/mpk-1730186(2020)37. Robert Koch Institut. Antworten auf haufig gestellte Fragen zum Coronavirus SARS-CoV-2. Robert Koch Instituthttps://web.archive.org/web/20200312004624/https://www.rki.de/SharedDocs/FAQ/NCOV2019/FAQ_Liste.html (2020). 38. Ministero della Salute. Governo anuncia sospensione dell’attivita didattica dal 5 a15 marzo. Ministero della Salutehttp://www.salute.gov.it/portale/nuovocoronavirus/dettaglioVideoNuovoCoronavirus.jsp?lingua=italiano&menu=multimedia&p=video&id=2052 (2020). 39. CNN. Italia prohíbe los viajes y cancela todos los actos públicos en su región septentrional. CNNhttps://edition.cnn.com/2020/03/08/europe/italy-coranavirus-lockdown-europe-intl/index.html(2020). Attualita. Coronavirus: parada de un pub, cine, teatro e discoteche anche a Roma. Ecco cosaprevede il nuovo decreto. Roma Today https://www.romatoday.it/attualita/coranavirus-pub-cinema-teatri-locali-chiusi-nuovo-decreto.html (2020). 41. Gazzetta Ufficiale. DECRETO DEL PRESIDENTE DEL CONSIGLIO DEL MINISTRI. Gazzetta Ufflclalehttps://www.gazzettaufficiale.it/eli/id/20/03/08/20A01522/sg (2020). 42. Helsedirektoratet. La Dirección de Salud de Noruega ha adoptado la decisión de cerrar las escuelas y otras instituciones educativas. Hellem-Hansen, Viktoria L.; Tandstad, B. Folkehelseinstituttet mener23.000 kan vaere smittet. NRK https://www.nrk.no/norge/folkehelseinstituttet-mener-23.000-kan-vaere-smittet-1.14958149 (2020). 44. Gobierno de Norweigen. regjeringen.no https://www.regjeringen.no/en/aktuelt/the-government-is-esestableciendo-clear-cuarantine-and-aislation-rules/id2693647/ (2020). 45. Wikipedia. 2020 coronavirus pandemic in Spain. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/20_coronavirus_pandemic_in_Spain. 46. Gabinete de Prensa. El Gobierno anuncia nuevas medidas para eliminar la extensión del nuevo coronavirus COVID-19. Gobierno de Españahttps://www.mscbs.gob.es/gabinete/notasPrensa.do?id=4807 (2020). 47. Gabinete de Prensa. El Consejo Interterritorial del SNS alcanza medidas concretas para zonascon transmisión comunitaria de coronavirus. Gobierno de Españahttps://www.mscbs.gob.es/gabinete/notasPrensa.do?id=4806 (2020). 48. Folkhalsomyndigheten.se/nyheter-och-press/nyhetsarkiv/2020/mars/larosaten-och-gymnasieskolor-uppmanas-nu-att-bedriva-distansundervisning(2020). El local. Suecia prohíbe grandes eventos para detener la propagación del coronavirus. El localhttps://www.theloca.se/20200311/sweden-to-ban-large-public-coronavirus-over-coronavirus (2020). 50. Radosevich. Estocolmoers instados a trabajar desde casa como comunidad COVID-19 se extendió confirmado. Sveriges Radiohttps://sverigesradio.se/sida/artikel.aspx?programid=2054&artikel=7430511(2020). Folkhdlsomyndigheten https://www.folkhalsomyndigheten.se/nyheter-och-press/nyhetsarkiv/2020/mars/flera-tecken-pa-samhallsspridning-av-covid-19-i-sverige/ (2020). 52 Bundesamt fur Gesendheit BAG. Bundesrat verscharft Massnahmen gegen das Coronaviruszum Schutz der Gesundheit und unterstUtzt betroffene Branchen. Schweizerische Eidgenossenschafthttps://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg-id-78437.html( Coronavirus: Bundesrat verbietet Ansammlungen von mehrals fUnf Personen. Schweizerische Eidgenossenschaft https://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg-id-78513.html (2020). 54. Bundesamt fur Gesundheit BAG. Coronavirus: Bundesrat erklart die «ausserordentliche Lage»und verscharft die Massnahmen. Schweizerische Eidgenossenschafthttps://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg- Neue Hygiene- und Verhaltensregeln zum Schutz gegen dasneue Coronavirus. Schweizerische Eidgenossenschaft https://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/a ktuell/medienmitteilungen.msg-id-78304.html (2020). 56. Gobierno del Reino Unido, D. for E. Schools, colleges and early ambients to close. Gobierno del Reino Unidohttps://www.gov.uk/government/news/schools-colleges-and-ears-settings-to-close (2020). 57. Gobierno del Reino Unido. Discurso del Primer Ministro a la nación sobre el coronavirus: 23 de marzo de 2020. Gobierno del Reino Unidohttps://www.gov.uk/government/speeches/pm-address-to-the-nation-on-coronavirus-23-march-2020(2020158. Boycott-Owen, Mason; Bowman, Verity; Kelly-Linden, Jordan; Gartner, A. G. H. S. T.Coronavirus: Boris Johnson encierra al Reino Unido a medida que el número de muertos llega a 55. The Telegraphhttps://www.telegraph.co.uk/global-health/science-and- disease/coronavirus-news-uk-latest-update-covid-19-death-toll-cases/ (2020). BBC Newshttps://www.bbc.co.uk/news/uk-51857856 (2020).

¿Qué país de Europa occidental se estima que tiene la tasa de ataque más baja?

Estimando el número de infecciones y el impacto de las intervenciones no farmacéuticas en el COVID-19 en 11 países europeos30 marzo 2020 Imperial College COVID-19 Response TeamSeth Flaxmani Swapnil Mishra*, Axel Gandy*, H JulietteT Unwin, Helen Coupland, Thomas A Mellan, HarrisonZhu, Tresnia Berah, Jeffrey W Eaton, Pablo N P Guzman, Nora Schmit, Lucia Cilloni, Kylie E C Cuomo—Dannenburg, Amy Dighe, Bimandra Djaafara, Ilaria Dorigatti, Sabine van Elsland,Rich Fitz, Han Fu, Katy Gaytorpe, Gendarme, Peter Geidelberg, Wi Green, Timothy Hallett, Arranmlet, Weinsland, EE.UU., EE.UU En respuesta, muchos países europeos han puesto en marcha intervenciones no farmacéuticas sin precedentes, como el aislamiento de casos, el cierre de escuelas y universidades, la prohibición de reuniones masivas o actos públicos, y, más recientemente, una ampliadistribución social a escala local y nacional, incluidos los bloqueos.En este informe, utilizamos un modelo jerárquico bayesiano semimecanicista para tratar de deducir el impacto de estas intervenciones en 11 países europeos.Nuestros métodos suponen que los cambios en el número productivo —una medida de transmisión— son una respuesta inmediata a estas intervenciones en lugar de cambios graduales más amplios en el comportamiento.Nuestro modelo estima estos cambios calculando hacia atrás de las muertes observadas a lo largo del tiempo para estimar la transmisión que ocurrió varias semanas antes, permitiendo el lapso entre la infección y la muerte.Una de las principales suposiciones del modelo es que cada intervención tiene el mismo efecto en el número de producción en todos los países y en el tiempo. Esto nos permite aprovechar una mayor cantidad de datos en toda Europa para estimar estos efectos. También significa que nuestros resultados están fuertemente impulsados por los datos de países con epidemias más avanzadas, y las intervenciones anteriores, como Italia y España. Encontramos que el lento crecimiento de las muertes diarias reportadas en Italia es consistente con un impacto significativo de las intervenciones implementadas varias semanas antes. En Italia, estimamos que el número de reproducción efectiva, Rt, cayó a cerca de 1 alrededor de la época de Iockdown (11 de marzo), aunque con un alto nivel de incertidumbre. En general, estimamos que los países han logrado reducir su número de reproducción. Nuestras estimaciones tienen amplios intervalos creíbles y contienen 1 para los países que han implementado intervenciones consideradas en nuestro análisis. Esto significa que el número de reproducción puede estar por encima o por debajo de este valor. Dado que las intervenciones actuales se mantienen al menos hasta finales de marzo, estimamos que las intervenciones en los 11 países habrán evitado 59.000 muertes hasta el 31 de marzo[intervalo creíble del 95%: 21.000-120.000].Muchas más muertes se evitarán garantizando que las intervenciones permanezcan en vigor hasta que la transmisión disminuya a niveles bajos.Estimamos que, en los 11 países entre 7 y 43 millones de personas se han infectado con el SARS-CoV-Z hasta el 28 de marzo, lo que representa entre el 1,88% y el 11,43% de la población.Se estima que la proporción de la población infectada hasta la fecha —la tasa de ataque— es la más alta en España seguida por Italia y la más baja en Alemania y Noruega, lo que refleja las etapas relativas de las epidemias.Dado el retraso de 2-3 semanas entre el momento en que se producen los cambios de transmisión y cuando su impacto puede observarse en las tendencias de mortalidad, Si las intervenciones en países en las etapas más tempranas de su epidemia, como Alemania o el Reino Unido, son más o menos eficaces de lo que eran en los países con epidemias avanzadas, en los que nuestras estimaciones se basan en gran medida, o si las intervenciones han mejorado o han empeorado con el tiempo, nuestras estimaciones del número de reproducción y las muertes evitadas cambiarían en consecuencia. Por lo tanto, es fundamental que las intervenciones actuales sigan en vigor y las tendencias en los casos y muertes se monitoricen de cerca en los próximos días y semanas para garantizar que la transmisión del SARS-Cov-Z se esté desacelerando. Imperial College London (2020), doi:https://doi.org/10.25561/777311 IntroducciónTras la aparición de un nuevo coronavirus (SARS-CoV-Z) en Wuhan (China) en diciembre de 2019 y su propagación mundial, han surgido en Europa grandes epidemias de la enfermedad, causadas por el virus denominado COVID-19. En respuesta al creciente número de casos y muertes, y para mantener la capacidad de los sistemas de salud para tratar tantos casos graves como sea posible, los países europeos, como los de otros continentes, han implementado o están en proceso de aplicar medidas para controlar susepidemias. Estas intervenciones no farmacéuticas a gran escala varían de un país a otro, pero incluyen distanciamiento social (como la prohibición de grandes reuniones y el asesoramiento a las personas para que no socialicen fuera de sus hogares), cierres de fronteras, cierres de escuelas, medidas para aislar a las personas sintomáticas y sus contactos, y bloqueos a gran escala de poblaciones con todos los viajes internos menos esenciales prohibidos.Entender, en primer lugar, si estas intervenciones están teniendo el impacto deseado de controlar la epidémica y, en segundo lugar, qué intervenciones son necesarias para mantener el control, es crítico dada su gran coste económico y social.El objetivo clave de estas intervenciones es reducir el número de reproducción eficaz, Rt, de la infección, una cantidad epidemiológica fundamental que representa el número medio de infecciones, en el momento t, por caso infectado durante el curso de su infección. Si Rt es mayor que 1, las infecciones aumentarán (dependiendo de cuánto mayor que 1 el número de reproducción es) hasta los picos tepidémicos y eventualmente disminuye debido a la adquisición de inmunidad de rebaños. En China, las estrictas restricciones de movimiento y otras medidas incluyendo aislamiento de casos y cuarentena comenzaron a introducirse a partir del 23 de enero, lo que logró una tendencia a la baja en el número de nuevos casos confirmados durante febrero, resultando en cero nuevos casos indígenas confirmados en Wuhan para el 19 de marzo. Los estudios han calculado cómo cambió Rt durante este tiempo en diferentes áreas de China desde alrededor de 2-4 durante la epidemia incontrolada hasta menos de 1, con una disminución estimada de 7-9 veces en el número de contactos diarios por persona.1'2 Medidas de control tales como distanciamiento social, pruebas intensivas y rastreo de contacto en otros países como Singapur y Corea del Sur han reducido con éxito la incidencia de casos en las últimas semanas, aunque existe un riesgo de que el virus se propague de nuevo una vez que las medidas de control se relajen.3'4La epidemia comenzó un poco más tarde en Europa, a partir de enero o más tarde en diferentes regiones.5 Los países han aplicado diferentes combinaciones de medidas de control y es probable que el nivel de cumplimiento de las recomendaciones gubernamentales sobre distanciamiento social varíe entre países, en parte debido a diferentes niveles de aplicación. La estimación de los números de reproducción para el SARS-CoV-Z presenta desafíos debido a la alta proporción de infecciones no detectadas por los sistemas de salud"7 y a los cambios regulares en las políticas de pruebas, lo que da lugar a proporciones indiferentes de infecciones detectadas a lo largo del tiempo y entre los países.La mayoría de los países hasta ahora sólo tienen la capacidad de probar una pequeña proporción de casos sospechosos y las pruebas están reservadas para pacientes con enfermedades graves o para grupos de alto riesgo (por ejemplo, contactos de casos).Por lo tanto, el análisis de los datos de los casos da una visión sistemáticamente sesgada de las tendencias.Una forma alternativa de estimar el curso de la epidemia es volver a calcular las infecciones derivadas de las muertes observadas. Si bien las tendencias recientes de las muertes serán, por tanto, informativas, hay un retraso en la observación del efecto de las intervenciones sobre las muertes, ya que hay un período de 2 a 3 semanas entre lainfección, el inicio de los síntomas y el resultado.En este informe, encajamos un nuevo modelo mecánico bayesiano del ciclo de infección en las muertes observadas en11 países europeos, inferiendo límites plausibles superiores e inferiores (intervalos creíbles bayesianos) de la población total infectada (tasas de ataque), probabilidades de detección de casos y el número de reproducción a lo largo del tiempo (Rt).Ajustamos el modelo conjuntamente a los datos de COVID-19 de todos estos países para evaluar si hay pruebas de que las intervenciones han tenido éxito hasta ahora en reducir la Rt por debajo de 1, con la fuerte suposición de que las intervenciones particulares están logrando un impacto similar en diferentes países y de que la La mayoría de las intervenciones se iniciaron alrededor del 12 al 14 de marzo. Analizamos los datos sobre las muertes hasta el 28 de marzo, dando un margen de 2-3 semanas para estimar el efecto de las intervenciones. Actualmente, la mayoría de los países en nuestro estudio han implementado todas las intervenciones no farmacéuticas importantes. Para cada país, modelamos el número de infecciones, el número de muertes y el número de reproducciones efectivas a lo largo del tiempo, con Rt cambiando sólo cuando se introduce una intervención (Figura 2-12). Rt es el número medio de infecciones secundarias por individuo infectado, asumiendo que las intervenciones que se realizan en el momento t permanecen en el lugar durante todo su período infeccioso. Cada país tiene su propio número de reproducción inicial Rt antes de que se lleven a cabo las intervenciones. Se supone que las intervenciones específicas tienen el mismo impacto relativo en Rt en cada país cuando se introdujeron allí y están informadas por los datos de mortalidad en todos los países. Figura l: Cronogramas de intervención para los 11 países europeos incluidos en el análisis.Para más detalles, véase el apéndice 8.6.2.1 Número real estimado de infecciones y tasas de ataque actualesEn todos los países, estimamos que hay órdenes de magnitud menos infecciones detectadas (Figura 2) En Italia, nuestros resultados sugieren que, acumulativamente, 5.9 [1,9-15,2] millones de personas han sido infectadas al 28 de marzo, dando una tasa de ataque del 9,8% [3,2%-25%] de la población (Tabla 1). España ha visto recientemente un gran aumento en el número de muertes, y dada su menor población, nuestro modelo estima que una mayor proporción de la población, 15,0% (7,0 [18-19] millones de personas) han sido infectadas hasta la fecha. Alemania se estima que tiene una de las tasas de ataque más bajas en el 0,7% con 600.000[240,000-1,500.000] personas infectadas. Imperial College COVID-19 Response TeamTabla l: Modelo posterior estimaciones del porcentaje de la población infectada al 28 de marzo de 2020. País % de la población total infectada (media [intervalo creíble del 95%l)Austria 1,1% [0,36%-3,1%]Bélgica 3,7% [1,3%-9,7%]Dinamarca 1,1% [0,40%-3,1%]Francia 3,0% [1,1%-7,4%]Alemania 0,72% [0,28%-1,8%]Italia 9,8% [3,2%-26%]Noruega 0,41% [0,09%-1,2%]España 15% [3,7%-41%]Suecia 3,1% [0,85%-8,4%]Suiza 3,2% [1,3%-7,6%]Reino Unido 2,7% [1,2%-5,4%]2,2 Números de reproducción e impacto de las intervencionesAveriguados en todos los países, estimamos que los números de reproducción inicial rondan los 3,87 [3,01-4,66], lo que está en consonancia con otras estimaciones.1'8 Estas estimaciones se basan en nuestra elección de la distribución entre intervalos seriales y la tasa de crecimiento inicial de Un intervalo serial más corto supone un menor número de reproducción inicial (Apéndice 8.4.2, Apéndice 8.4.6).Los números de reproducción inicial también son inciertos debido a que: a) la importación es la fuente dominante de nuevas infecciones al principio de la epidemia, en lugar de la transmisión local (b) la posible incertidumbre en las muertes, particularmente antes de que se generalizaran las pruebas.Estimamos que los grandes cambios en la Rt en respuesta a las intervenciones combinadas no farmacéuticas.Nuestros resultados, impulsados en gran parte por países con epidemias avanzadas y un mayor número de muertes (por ejemplo, Italia, España), sugieren que estas intervenciones han tenido conjuntamente un impacto sustancial en la transmisión, medidos por los cambios en el número de reproducción estimado Rt. En todos los países encontramos estimaciones actuales de Rt que van desde una media posterior de 0,97 [0,14-2,14] para Noruega a una media a posteriori de 2,64 [1,40-4,18] para Suecia, con un promedio de 1,43 en los 11 países a posteriori, una reducción del 64% en comparación con los valores de pre-intervención. Observamos que estas estimaciones son consistentes en que el impacto de la intervención es el mismo en diferentes países y en diferentes épocas. En todos los países, excepto Suecia, en las mismas suposiciones, estimamos que el número de reproducción actual incluye 1 en el rango de incertidumbre. El número de reproducción estimado para Suecia es mayor, no porque las tendencias de mortalidad son significativamente diferentes de cualquier otro país, sino como un artefacto de nuestro modelo, que supone una reducción menor en Rt porque no se ha ordenado un bloqueo completo en la medida. En general, aún no podemos concluir si las intervenciones actuales son suficientes para lograr que Rt sea inferior a 1 (posterior probabilidad de ser inferior a 1,0 es un 44% en promedio en todos los países). También no podemos concluir si las intervenciones pueden ser diferentes entre países o con el tiempo. Sigue habiendo un alto nivel de incertidumbre en estas estimaciones.Es demasiado pronto para detectar un impacto sustancial de la intervención en muchos países en etapas anteriores de su epidemia (por ejemplo, Alemania, Reino Unido, Noruega).Muchas intervenciones se han producido sólo recientemente, y sus efectos aún no se han observado plenamente debido al retraso entre la infección y la muerte.Esta incertidumbre reducirá a medida que se disponga de más datos.Para todos los países, nuestro modelo se ajusta bien a los datos de muertes observadas (pruebas de bondad de la adecuación bayesiana).También descubrimos que nuestro modelo puede predecir de manera fiable las muertes diarias 3 días en el futuro, reteniendo los últimos 3 días de datos Sin embargo, al realizar un análisis de sensibilidad (Apéndice 8.4.3) con distribuciones previas sin información (donde las intervenciones pueden aumentar las muertes) encontramos un impacto similar de las intervenciones del equipo de respuesta del Colegio Imperial COVID-19, que muestra que nuestra elección de la distribución previa no está impulsando los efectos que vemos en el análisis principal.Figura 2: Estimaciones a nivel de país de infecciones, muertes y Rt. Izquierda: número diario de infecciones, marronbars se reportan infecciones, bandas azules son infecciones predichas, intervalo creíble de azul oscuro 50% (IC), azul claro 95% IC. El número de infecciones diarias estimadas por nuestro modelo disminuye inmediatamente después de una intervención, ya que suponemos que todas las personas infectadas se vuelven inmediatamente menos infecciosas a través de la intervención. Medio: número diario de muertes, barritas marrones se reportan muertes, bandas azules se predicen muertes, Cias en la parcela izquierda. Derecha: número de reproducción variable en el tiempo Rt, verde oscuro 50% IC, verde claro 95% IC. Iconos son intervenciones mostradas en el momento en que ocurrieron. Imperial College COVID-19 Response TeamTabla 2: Muertes previstas totales desde el inicio de la epidemia hasta el 31 de marzo en nuestro modelo y en un modelo contrafactual (suponiendo que no hubo intervención).Estimadas muertes evitadas durante este período como resultado de las intervenciones.Números entre paréntesis son intervalos creíbles del 95%. 2.3 Impacto estimado de las intervenciones en las muertesLa Tabla 2 muestra el total de muertes previstas desde el comienzo de la epidemia hasta el 31 de marzo bajo nuestro modelo ajustado y bajo el modelo contrafactual, que predice lo que habría ocurrido si no se implementaran intervenciones (y R, En Italia y España, donde la epidemia está avanzada, se han evitado 38.000 muertes [13.000-84.000] y 16.000 [5400-35.000], respectivamente. Incluso en el Reino Unido, que es mucho más temprano en su epidemia, se han evitado 370 [73-1,000] muertes, que sólo dan lugar a las muertes evitadas que habrían ocurrido hasta el 31 de marzo. Si se incluyeran las muertes de individuos actualmente infectados en ambos modelos, lo que podría ocurrir después del 31 de marzo, las muertes evitadas serían sustancialmente más altas. Figura 3: Número diario de muertes confirmadas, predicciones (hasta el 28 de marzo) y previsiones (después) para (a)Italia y (b) España de nuestro modelo con intervenciones (azul) y del modelo sin intervencionescontrafactuales (rosa); los intervalos creíbles se muestran una semana en el futuro. Otros países se muestran en el Apéndice 8.6. 03/0 25% 50% 753% 100%(sin efecto sobre la transmisibilidad) (final de la transmisibilidadReducción porcentual en R.Figura 4: Nuestro modelo incluye cinco covariables para intervenciones gubernamentales, ajustando para si la intervención fue la primera realizada por el gobierno en respuesta a COVID-19 (rojo) o fue posterior a otras intervenciones (verde).Se muestra una reducción porcentual relativa media en Rt con intervalos creíbles posteriores al 95%.Si se logra una reducción del 100%, Rt = 0 y no hay mástransmisión de COVID-19.No hay efectos significativamente diferentes de los de otras intervenciones, probablemente debido al hecho de que muchas intervenciones ocurrieron en el mismo día o en días de cada una como se muestra en la Figura l.3 DiscusiónDurante esta fase temprana de medidas de control contra el nuevo coronavirus en Europa, analizamos tendencias en el número de muertes para evaluar la medida en que se está reduciendo la transmisión Al representar el proceso de infección por COVID-19 utilizando un modelo jerárquico semimecánico, conjunto y bayesiano, podemosreducir las tendencias observadas en los datos de muertes y podemos pronosticar con precisión en cortos horizontes de tiempo.Estimamos que ha habido muchas más infecciones de las que se reportan actualmente.El alto nivel de incertidumbre de infecciones que estimamos aquí es probable debido al enfoque en pruebas en entornos hospitalarios más que en la comunidad.A pesar de esto, sólo una pequeña minoría de individuos en cada país han sido infectados, con una tasa de ataque en promedio del 4,9% [l,9%-l%] con una considerable variación entre países (Tabla 1).Nuestras estimaciones implican que las poblaciones en Europa no están cercanas a la inmunidad de rebaños ("50-75% si R0 es 2-4).Además, con los valores de Rt disminuyendo sustancialmente, la tasa de adquisición de inmunidad de rebaños se ralentizará rápidamente. Esto implica que el virus será capaz de propagarse rápidamente en caso de que se levanten las intervenciones.Tales estimaciones de la tasa de ataque hasta la fecha deben ser validadas con urgencia por pruebas de anticuerpos recientemente desarrolladas en encuestas de población representativas, una vez que éstas estén disponibles.Estimamos que las intervenciones no farmacéuticas importantes han tenido un impacto sustancial en el número de reproducción que varía en el tiempo en los países donde ha habido tiempo para observar los efectos de la intervención en las tendencias de las muertes (Italia, España). Debido a la rápida sucesión de intervenciones en muchos países, no se dispone de datos suficientes para estimar el tamaño del efecto individual de cada intervención, y desalentamos la atribución de asociaciones a la intervención individual.En algunos casos, como Noruega, donde todas las intervenciones se ejecutaron a la vez, estos efectos individuales son por definición no identificables.A pesar de esto, aunque no se pueden determinar los impactos individuales, su impacto conjunto estimado está fuertemente justificado empíricamente (véase el apéndice 8.4 para el análisis de sensibilidad).Si bien el crecimiento de las muertes diarias ha disminuido, debido a la diferencia entre las infecciones y las muertes, es de esperar un aumento continuo de las muertes diarias durante algún tiempo.Para comprender el impacto de las intervenciones, nos ajustamos a un modelo contrafactual sin las intervenciones y lo comparamos con el modelo real.Consideramos Italia y el Reino Unido -dos países en etapas muy diferentes de sus epidemias.Para el Reino Unido, donde las intervenciones son Los resultados sugieren que las intervenciones tendrán un gran impacto en las infecciones y muertes a pesar del aumento de ambos.Para Italia, donde ha pasado mucho más tiempo desde que se han implementado las intervenciones, está claro que el modelo sin intervenciones no encaja bien con los datos, y no puede explicar la reducción sublineal (en la escala logarítmica) de las muertes (véase la figura 10).El modelo contrafactual para Italia sugiere que, a pesar de la creciente presión sobre los sistemas de salud, las intervenciones han evitado una catástrofe sanitaria en la que el número de nuevas muertes habría sido 3,7 veces mayor (38.000 muertes evitadas) de lo que se observa actualmente.Incluso en el Reino Unido, mucho antes de su epidemia, se prevé que las recientes intervenciones evitarán 370 muertes totales hasta el 31 de marzo. Dados los índices de mortalidad por infecciones observadas y la epidemiología de la COVID-19, las intervenciones no farmacéuticas importantes han tenido un impacto sustancial en la reducción de la transmisión en los países con epidemiologías más avanzadas. Es demasiado pronto para estar seguros de que se verán reducciones similares en los países en las etapas anteriores de su epidemia. Si bien no podemos determinar qué conjunto de intervenciones han tenido más éxito, ya podemos ver cambios en las tendencias de las nuevas muertes. Cuando se pronostican 3 días y se examina toda la epidemia, el número de muertes evitadas es sustancial. Observamos que se está produciendo una innovación sustancial, y nuevas intervenciones o refinamientos más eficaces de las intervenciones actuales, junto con cambios de comportamiento, contribuirán aún más a la reducción de las infecciones. No podemos decir con certeza que las medidas actuales hayan controlado la epidemia en Europa; sin embargo, si continúan las tendencias actuales, hay razones para el optimismo. Proponemos una estructura plausible para el proceso de infección y luego estimamos los parámetros empíricamente. Sin embargo, muchos parámetros tuvieron que ser dados fuertes distribuciones previas o tenían que ser fijados. Para estas suposiciones, hemos proporcionado citas relevantes a estudios previos. A medida que se disponga de más datos y surjan mejores estimaciones, actualizaremos estos reportes quincenales. Nuestra elección de la distribución de intervalos seriales influye fuertemente en la distribución previa para el inicio de R0. Nuestra relación de mortalidad por infección y distribuciones de infección a muerte influyen fuertemente en la tasa de muerte y por lo tanto el número estimado de casos subyacentes verdaderos. También suponemos que el efecto de las intervenciones es el mismo en todos los países, lo que puede no ser totalmente realista. Esto implica que los países con intervenciones tempranas y más muertes ya que estas intervenciones (por ejemplo, Italia, España) influyen fuertemente en las estimaciones del impacto de la intervención en los países en las etapas más tempranas de Hemos intentado crear definiciones coherentes de todas las intervenciones y documentar detalles al respecto en elApéndice 8.6. Sin embargo, invariablemente habrá diferencias de un país a otro en la fuerza de su intervención, por ejemplo, la mayoría de los países han prohibido la reunión de más de 2 personas cuando se aplica un bloqueo, mientras que en Suecia el gobierno sólo prohibió la reunión de más de 10 personas. Estas diferencias pueden distorsionar los impactos en países con muy pocos datos. Creemos que nuestra incertidumbre puede cubrir en cierto grado estas diferencias, y a medida que se disponga de más datos, loscoeficientes deberían ser más fiables. Sin embargo, a pesar de estas fuertes suposiciones, hay suficiente señal en los datos para estimar los cambios en R, (véase el análisis de sensibilidad reportado en el Apéndice 8.4.3) y esta señal se incrementará con el tiempo. En nuestro marco jerárquico bayesiano, cuantificamos robustamente la incertidumbre en nuestras estimaciones de parámetros y predicciones posteriores. Esto se puede observar en los intervalos creíbles más amplios de los últimos días, en los que se dispone de pocos o ningún dato sobre la muerte para informar las estimaciones. Además, predecimos el impacto de la intervención a nivel nacional, pero puede haber diferentes tendencias en diferentes partes de cada país. Por ejemplo, la epidemia en el norte de Italia estaba sujeta a controles antes que el resto del país. 5DatosNuestro modelo utiliza datos diarios sobre la mortalidad en tiempo real del ECDC (Centro Europeo de Control de Enfermedades), donde catalogamos datos de casos de 11 países europeos que actualmente padecen la epidemia: Austria, Bélgica, Dinamarca, Francia, Alemania, Italia, Noruega, España, Suecia, Suiza y Reino Unido. El ECDC proporciona información sobre casos confirmados y muertes atribuibles a COVID-19. Sin embargo, los datos de casos no presentan una gran representación de la incidencia de infecciones debido a la falta de informes, así como a cambios sistemáticos y específicos de países Nosotros, por lo tanto, utilizamos sólo las muertes atribuibles a COVID-19 en nuestro modelo; no utilizamos las estimaciones de casos de ECDC en absoluto.Si bien las muertes observadas todavía tienen cierto grado de falta de fiabilidad, de nuevo debido a cambios en los informes y las pruebas, creemos que los datos son de suficiente fidelidad al modelo.Para los recuentos de población, utilizamos los recuentos desglosados por edad de la UNPOP.10También catalogamos datos sobre la naturaleza y el tipo de intervenciones no farmacéuticas importantes.Miramos las páginas web gubernamentales de cada país, así como sus páginas web oficiales de información y división de salud pública para identificar los últimos consejos/leyes que emiten el gobierno y las autoridades sanitarias públicas.Recopilamos lo siguiente:Se ordenó el cierre de la escuela: Esta intervención se refiere a los cierres extraordinarios de escuelas a nivel nacional que en la mayoría de los casos se refieren al cierre de escuelas primarias y secundarias (para la En el caso de Dinamarca y Suecia, permitimos el cierre parcial de las escuelas sólo en las escuelas secundarias. La fecha de cierre de la escuela se considera como la fecha efectiva en que las escuelas comenzaron a cerrarse (si este era un lunes, la fecha utilizada era la de los sábados anteriores, ya que alumnos y estudiantes permanecieron efectivamente en casa a partir de esa fecha). Medidas basadas en casos. Esta intervención comprende recomendaciones o leyes sólidas al público en general y a la atención primaria sobre el autoaislamiento al mostrar síntomas similares al COVID-19.Estos incluyen también programas nacionales de pruebas en los que las personas pueden ser sometidas a pruebas y posteriormente autoaisladas. Nuestra definición se limita al asesoramiento del gobierno a nivel nacional a todas las personas (por ejemplo, el Reino Unido) o a toda atención primaria, y excluye únicamente el asesoramiento regional.Estos no incluyen intervenciones en fase de contención como el aislamiento si regresan de un país epidémico como China. Se ha fomentado el distanciamiento social: Como una de las primeras intervenciones contra la propagación de la pandemia COVID-19, muchos gobiernos han publicado consejos sobre distanciamiento social, incluyendo la recomendación de trabajar desde casa siempre que sea posible, reduciendo el uso del transporte público y todos los demás contactos no esenciales.Las fechas utilizadas son aquellas en las que el distanciamiento social ha sido recomendado oficialmente por el gobierno; el consejo puede incluir mantener una distancia física recomendada de otros. Decretado el bloqueo: Hay varios escenarios diferentes a los que los medios de comunicación se refieren como bloqueo. Como definición general, consideramos regulaciones/legislaciones sobre estricta interacción social cara a cara: incluyendo la prohibición de cualquier reunión pública no esencial, cierre de instituciones educativas y públicas/culturales, ordenando a las personas a permanecer en casa aparte del ejercicio y las tareas esenciales. Las fechas utilizadas son las fechas efectivas en que se han implementado estas legislaciones. Observamos que el bloqueo abarca otras intervenciones previamente implementadas. Primera intervención: Como muestra la Figura 1, los gobiernos europeos han escalado las intervenciones rápidamente, y en algunos ejemplos (Noruega/Dinamarca) han implementado todas estas intervenciones en un solo día. Por lo tanto, dada la autocorrelación temporal inherente a la intervención gubernamental, incluimos covariable abinaria para la primera intervención, que puede interpretarse como una decisión gubernamental de tomar medidas importantes para controlar COVID-19. Una lista completa de las fechas de estas intervenciones y las fuentes que hemos utilizado se puede encontrar en el Apéndice 8.6. 6 Métodos ResumenUn resumen visual de nuestro modelo se presenta en la Figura 5 (detalles en los Apéndices 8.1 y 8.2). El código de replicación está disponible en https://github.com/mperiaCollegeLondres/covid19model/releases/tag/vl.0Ajustamos nuestro modelo a las muertes observadas de acuerdo con los datos de ECDC de 11 países europeos.Las muertes modeladas se basan en una distribución de infección a inicio (tiempo desde la infección hasta el inicio de los síntomas), una distribución de inicio a muerte (tiempo desde el inicio de los síntomas hasta la muerte) y la relación de mortalidad por infección media de la población (ajustada para la estructura de edad y los patrones de contacto de cada país, véase el Apéndice).Debido a estas distribuciones y proporciones, las muertes modeladas son una función del número de infecciones.El número de infecciones modelado se basa en la distribución por intervalos de serie (tiempo medio desde la infección de una persona hasta el momento en que infectan a otra Finalmente, el número de reproducción variable en el tiempo es una función del número de reproducción inicial antes de las intervenciones y los tamaños de efecto de las intervenciones.Figura 5: Resumen de los componentes del modelo. Siguiendo la jerarquía de abajo a arriba nos da un marco completo para ver cómo las intervenciones afectan a las infecciones, que pueden resultar en muertes.Utilizamos la inferencia bayesiana para asegurar que nuestras muertes modeladas puedan reproducir las muertes observadas lo más cerca posible.De abajo a arriba en la Figura 5, hay un retraso implícito en el tiempo que significa el efecto de intervenciones muy recientes se manifiestan débilmente en muertes actuales (y se fortalecen a medida que avanza el tiempo).Para maximizar la capacidad de observar el impacto de la intervención en las muertes, encajamos nuestro modelo conjuntamente para los 11 países europeos, lo que resulta en un conjunto de datos grande. Hemos evaluado el efecto de nuestras elecciones de distribución de Bayesianprior y evaluado nuestra calibración posterior bayesiana para asegurar que nuestros resultados seanestadísticamente robustos (Apéndice 8.4). 7 AgradecimientosLa investigación inicial sobre covariables en el Apéndice 8.6 fue fuente de crowdsourcing; agradecemos a varias personas de todo el mundo por su ayuda. Este trabajo fue apoyado por el Centro de financiación del Consejo de Investigación Médica del Reino Unido bajo un acuerdo con el Departamento de Desarrollo Internacional del Reino Unido, la Unidad de Investigación sobre Protección de la Salud del NIHR en Metodología de Modelado y ComunidadJameel. 8 Apéndice: Modelo de Análisis de Especificaciones, Validación y Sensibilidad8.1 Modelo de muerteObservamos muertes diarias Dam durante los días t E 1,...,n y países m E 1,...,p. Estas muertes diarias se modelan utilizando una presa de función real valuada positiva Se supone que la presa sigue una distribución binomio negativa conEl número esperado de muertes (1 en un país determinado en un día dado es una función del número de infecciones C que ocurren en días anteriores. Al principio de la epidemia, las muertes observadas en un país pueden estar dominadas por muertes que resultan de infecciones que no son adquiridas localmente. Para evitar sesgar nuestro modelo por esto, sólo incluimos muertes observadas desde el día después de que un país haya observado acumulativamente 10 muertes en nuestro modelo. Para vincular mecánicamente nuestrafunción de muertes a casos infectados, utilizamos una infección COVID-19-fatalidad-ratio ifr estimada previamente (probabilidad de muerte dada infección)9 junto con una distribución detiempos de infección a muerte TE. El ifr se deriva de estimaciones presentadas en Verity et al11 que suponen tasas de ataque homogéneo entre grupos de edad. Para ajustar mejor las estimaciones de las tasas de ataque por edades generadas utilizando información más detallada sobre los patrones de mezcla de países y edades específicas, escalamos estas estimaciones (el ifr no ajustado, al que aquí se hace referencia como ifr’) de la siguiente manera como en el trabajo anterior.4Let Ca ser el número de infecciones generadas en el grupo de edad a, Na el tamaño subyacente de la población en ese grupo de edad y AR“ 2 Ca/Na el índice de ataque específico de grupo de edad.El ifr ajustado se da entonces por: ifra = fififié, donde AR50_59 es la tasa de ataque prevista en el grupo de edad de 50-59 años después de incorporar los patrones de contacto y mezcla específicos de países.Este grupo de edad fue elegido como referencia ya que tenía el nivel más bajo previsto de subinforme en análisis previos de los datos de la epidemia china“. Se obtuvieron estimaciones por países de la tasa de ataque por edad, AR“, para los 11 países europeos en nuestro análisis de un estudio anterior que incorpora información sobre el contacto entre individuos de diferentes edades en países de toda Europa12. Luego se obtuvieron estimaciones globales de cada país ajustando tanto para la demografía como para las tasas de ataque específicas por edad. Utilizando información epidemiológica estimada de estudios anteriores,"11 se supone que la TE es la suma de dos tiempos aleatorios independientes: la distribución del período de incubación (infección al inicio de los síntomas o infección hasta el inicio) y el tiempo entre el inicio de los síntomas y la muerte (ingreso a la muerte). La distribución de la infección hasta el inicio es Gamma distribuida con media de 5,1 días y coeficiente de variación0,86. La distribución de la aparición a la muerte es también Gamma distribuida con una media de 18,8 días y coeficiente de va riación 0,45. Por lo tanto, la distribución de la infección-a-muerte está dada por:um ~ ifrm ~ (Gamma(5.1,0,86) + Gamma(18,8,0,45)) La Figura 6 muestra la distribución de la infección-a-muerte y la función de supervivencia resultante que se integra a la relación de mortalidad por infección.Figura 6: Distribución izquierda de la infección-a-muerte (media 23,9 días). Correcto, probabilidad de supervivencia de individuos infectados por día dada la relación de mortalidad por infección (1%) y la distribución de la infección-a-muerte por la izquierda.Usando la probabilidad de distribución de la muerte, el número esperado de muertes presa, en un día dado t, para el país, m, está dada por la siguiente suma discreta:El número de muertes hoy es la suma de las infecciones pasadas ponderadas por su probabilidad de muerte, donde la probabilidad de muerte Este enfoque ha sido utilizado en numerosos estudios previos13'16 y tiene una fuerte base teórica en procesos de conteo estocásticos basados en individuos como el proceso Hawkes y el proceso Bellman-Harris.”18 El nuevo modelo está relacionado con el modelo Susceptible-Infectado-Recuperado, excepto que la renovación no se expresa en forma diferencial. Para modelar el número de infecciones con el tiempo necesitamos especificar una distribución serialinterval g con densidad g(T), (el tiempo entre cuando una persona se infecta y cuando posteriormente infectan a otras personas), que elegimos ser Gamma distribuido:g ~ Gamma (6.50.62). La distribución del intervalo serial se muestra a continuación en la Figura 7 y se supone que es la misma para todos los países. Figura 7: Distribución del intervalo serial g con una media de 6,5 días. Dada la distribución del intervalo serial, el número de infecciones Eamon a determinado día t, y country, m, está dado por la siguiente función de convolución discreta:_ t—1Cam — Ram ZT=0 Cr,mgt—‘r r where, similar a la probabilidad de la función de muerte, el intervalo serial diario está discretizado porfs+0.51.5gs = T=s—0.Sg(T)dT fors = 2,3 y 91 = fT=Og(T)dT. Las infecciones dependen hoy en día del número de infecciones en los días anteriores, ponderadas por la distribución del intervalo serial discretizado.Esta ponderación es entonces escalada por el número de producción de tiempo específico, Ram, que modela el número medio de infecciones secundarias en un momento dado. La forma funcional para el número de reproducción del tiempo-Variante fue elegida para ser lo más simple posible para minimizar el impacto de supuestos previos fuertes: utilizamos una función constante por partes que escalaRam de una línea de base previa R0,m y es impulsada por las principales intervenciones no farmacéuticas conocidas que ocurren en diferentes países y tiempos. Incluyemos 6 intervenciones, una de las cuales se construye a partir de las otras 5 intervenciones, que son cronogramas de cierres escolares y universitarios (k=l), enfermedad autoaislante (k=2), prohibición de eventos públicos (k=3), cualquier intervención gubernamental en lugar (k=4), implementación de un bloqueo parcial o completo (k=5) y fomento del distanciamiento y aislamiento social (k=6). Denotamos la variable indicadora de intervención k E 1,2,3,4,5,6 por IkI’m, que es 1 si la intervención k está en placein country m en el La covariable “cualquier intervención gubernamental” (k=4) indica si alguna de las otras 5 intervenciones está en efecto, es decir, 14’t’m es igual a 1 en el momento t si alguna de las intervencionesk E 1,2,3,4,5 están en vigor en el país m en el momento t y es igual a 0 de lo contrario. Covariable 4 tiene la interpretación de indicar el inicio de la intervención gubernamental mayor. Se supone que el efecto de cada intervención es multiplicativo. Ram es, por lo tanto, una función de los indicadores de intervenciónIk’t’m en lugar en el momento t en el país m:Ram : R0,m eXp(— 212:1 O(Rheum)-La forma exponencial se utilizó para asegurar la positividad del número de reproducción, con R0,mconstreñido a ser positivo como aparece fuera de la exponencial. El impacto de cada intervención enRam se caracteriza por un conjunto de parámetros 0(1,...,OL6, con distribuciones previas independientes elegidas para el beock ~ Gamma(. 5,1). Los impactos ock son compartidos entre todos los países m y por lo tanto están informados por todos los datos disponibles. La distribución previa para R0 fue escogida para serR0,m ~ Normal(2,4, IKI) con K ~ Normal(0,0.5),Una vez más, K es el mismo entre todos los países para compartir información. Asumimos que la siembra de nuevas infecciones comienza 30 días antes del día después de que un país haya observado 10 muertes. A partir de esta fecha, sembramos nuestro modelo con 6 días secuenciales de infecciones extraídas de cl’m,...,66’m~EXponential(T), donde T~Exponential(0.03). Se estimaron los parámetros de manera conjunta para los 11 países en un único modelo jerárquico. Se realizó el ajuste en el lenguaje de programación probabilístico Stan,19 utilizando un sampler adaptativo Hamiltoniano Monte Carlo (HMC). Se realizaron 8 cadenas para 4000 iteración con 2000 iteración de calentamiento y un factor de adelgazamiento 4para obtener 2000 muestras posteriores. Se evaluó la convergencia posterior utilizando la estadística Rhat y mediante el diagnóstico de transiciones divergentes del sampler HMC. También se realizaron calibraciones anteriores a posteriori (véase más adelante). 8.3 ValidaciónValidamos la exactitud de las estimaciones puntuales de nuestro modelo utilizando la validación cruzada. En nuestro esquema de validación cruzada, dejamos fuera 3 días de datos de muerte conocidos (no acumulativos) y encajamos en nuestro modelo. Pronosticamos lo que el modelo predice para estos tres días. Presentamos las previsiones individuales para cada día, así como el Los resultados de validación cruzada se muestran en la Figura8.Figura 8: Resultados de validación cruzada para pronósticos agregados de 3 días y 3 díasFigura 8 proporciona una fuerte justificación empírica para nuestra especificación y mecanismo de modelo.Nuestra previsión precisa sobre un horizonte temporal de tres días sugiere que nuestras estimaciones ajustadas para Rt son apropiadas y plausibles.Además de las estimaciones puntuales, todos evaluamos nuestros intervalos posteriores creíbles utilizando la Rhatstatistic.La estadística de Rhat mide si nuestras cadenas Markov Chain Monte Carlo (MCMC) han convergido a la distribución de equilibrio (la distribución posterior correcta).La Figura 9 muestra las estadísticas de Rhatstatistics para todos nuestros parámetrosFigura 9: Las estadísticas de Rhat - valores cercanos a 1 indican la convergencia de MCMC. La Figura 9 indica que nuestra MCMC ha convergido. 8.4 SensibilidadAnálisis8.4.1 Previsión a escala logarítmica para evaluar la señal en los datosComo hemos destacado en todo el presente informe, el desfase entre las muertes y las infecciones significa que es tiempo suficiente para que la información propague backwards de las muertes a las infecciones y, en última instancia, al Rt. Una conclusión de este informe es la predicción de una desaceleración de la Rt en respuesta a las principales intervenciones. Recuperando la intuición de que se trata de datos impulsados y no simplemente una consecuencia de modelos altamente limitados, mostramos previsiones de muerte a escala logarítmica lineal. En esta escala, una línea que curvas por debajo de una tendencia lineal es indicativa de una desaceleración en el crecimiento de la epidemia. Nuestromodelo sugiere que Italia, un país que tiene el mayor número de muertes de COVID-19, verá una desaceleración en el aumento de las muertes diarias durante la próxima semana en comparación con las primeras etapas de la epidemia. Investigamos la sensibilidad de nuestras estimaciones de inicio y final Rt a nuestra supuesta distribución de intervalos seriales. Para ello consideramos varios escenarios, en los que cambiamos la media de distribución de intervalos seriales, de un valor de 6,5 días, para tener valores de 5, 6, 7 y 8 días. En la Figura 13, mostramos nuestras estimaciones de R0, el número de reproducción inicial antes de las intervenciones, para cada uno de estos escenarios. El orden relativo de la Rt=0 en los países es consistente en todos los entornos. Sin embargo, como se esperaba, la escala de Rt=0 se ve considerablemente afectada por este cambio. Esto se debe a que para alcanzar el tamaño observado actualmente de las epidemias, un intervalo serial más largo se compensa con un R0 estimado más alto. Además, en la Figura 14, mostramos nuestras estimaciones de Rt en el momento del modelo más reciente, de nuevo para cada uno de estos escenarios.La media del intervalo serial puede influir sustancialmente en Rt, sin embargo, los intervalos posteriores de Rt se superponen ampliamente.Figura 13: Número de reproducción inicial R0 para diferentes distribuciones de intervalo serial (SI) (medias entre 5 y 8 días).Utilizamos 6,5 días en nuestro análisis principal.Figura 14: Rt el 28 de marzo de 2020 estimado para todos los países, con distribución de intervalo serial (SI) medias entre 5 y 8 días.Utilizamos 6,5 días en nuestro análisis principal. Para evitar la colinealidad, realizamos 6 modelos separados, con efectos resumidos a continuación (comparar con el análisis principal de la Figura 4). En esta serie de análisis univariados, encontramos (Figura 15) que todos los efectos por sí solos sirven para disminuir el Rt. Esto nos da confianza en que nuestra elección de la distribución previa no está impulsando los efectos que vemos en el análisis principal. Lockdown tiene un efecto muy grande, lo más probable debido a que ocurre después de otras intervenciones en nuestro conjunto de datos. Los tamaños de efecto relativamente grandes para las otras intervenciones son más probables debido a la coincidencia de las intervenciones en el tiempo, de tal manera que una intervención es un proxy para unos pocos otros. Figura 15: Efectos de diferentes intervenciones cuando se utilizan como los únicos covariables en el modelo. 8.4.4.4Para evaluar las suposiciones previas sobre nuestra forma funcional constante por pieza para Rt probamos utilizando una función a Encajamos un modelo con una distribución previa de proceso gaussiano a los datos de Italia donde hay la mayor señal en los datos de muerte. Encontramos que el proceso gaussiano tiene una tendencia muy similar al modelo constante por partes y vuelve a la media en regiones de no datos. La correspondencia de una función completamente no paramétrica y nuestra función constante por piezas sugiere una especificación paramétrica adecuada de Rt. Montaje no paramétrico de Rf usando un proceso gaussiano:8.4.5 Dejar fuera el análisis del paísDebido a las diferentes longitudes de la epidemia de cada país europeo, algunos países, como Italia tienen muchos más datos que otros (como el Reino Unido). Para asegurarnos de que no estamos aprovechando demasiada información de ningún país realizamos un análisis de sensibilidad “dejar fuera un país”, donde recorrimos el modelo sin un país diferente cada vez. La Figura 16 y la Figura 17 son ejemplos de resultados para el Reino Unido, dejando de En general, para todos los países, no observamos ninguna dependencia significativa de ningún país.Figura 16: Resultados de modelos para el Reino Unido, cuando no se utilizan datos de Italia para ajustar el modelo.Ver laFigura 17: Resultados de modelos para el Reino Unido, cuando no se utilizan datos de España para ajustar el modelo.Ver subtítulo de la Figura 2 para una explicación de las gráficas. Para resultados teóricos bien conocidos de la ecuación de renovación, dada una distribución de intervalo serie g(r) con media m y desviación estándar 5, dada a = mZ/S2 y b = m/SZ, y posteriormente R0 = (1 + %).Figura 18 muestra teóricamente derivada R0 junto con nuestras estimaciones de Rt=0 de nuestro modelo jerárquico bayesiano.Como se muestra en la Figura 18 hay una grancorrespondencia entre nuestro número de reproducción inicial estimado y el número de reproducción básica implícito por la tasa de crecimiento r.R0 (rojo) vs R(FO) (negro)Figura 18: Nuestra estimación de R0 (negro) versus Ru(rojo) teóricamente derivado de un ajuste de regresión log lineal. 8.5 Análisis contrafactual — intervenciones frente a no intervencionesFigura 19: Número diario de muertes confirmadas, predicciones (hasta el 28 de marzo) y previsiones (después) para todos los países, excepto Italia y España, de nuestro modelo con intervenciones (azul) y del modelo contrafactual sin intervenciones (rosa); los intervalos creíbles se muestran a una semana en el futuro. DOI: https://doi.org/10.25561/77731Página 28 de 3530 de marzo de 2020 Imperial College Equipo de respuesta COVID-19 8.6 Fuentes de datos y cronograma de intervencionesFigura 1 y Tabla 3 muestran las intervenciones de los 11 países en nuestro estudio y las fechas en que estas intervenciones entraron en vigor. Tabla 3: Calendario de intervenciones. País Tipo Evento Fecha efectivaCerrado escolar ordenadoCerrados escolares nacionales.20 14/3/2020Eventos públicosprohibido la celebración de reuniones de más de 5 personas.21 10/3/2020Prohibir todo acceso a espacios públicos y reunionesLockdown de más de 5 personas.Consejos para mantener 1 distancia ordenada.22 16/3/2020Desplazamiento socialalentadoRecomendación para mantener una distancia de 1m.22 16/3/2020Medidas de Austria basadas en casos Implementado en el bloqueo.22 16/3/2020Cerrado escolar ordenadoCerrados escolares nacionales.23 14/3/2020Eventos públicos Todas las actividades recreativas canceladas independientemente de la talla prohibida.23 12/3/2020Los ciudadanos deben permanecer en casa excepto para el trabajo de Lockdown y los viajes esenciales. 24 18/3/2020El transporte público sólo se recomienda para los viajes esenciales de distanciamiento social, el trabajo desde casa fomentado, todos los lugares de interés público, por ejemplo, restaurantes cerrados.23 14/3/2020Case-based Todo el mundo debe permanecer en casa si experimenta una Bélgica mide la tos o la fiebre.25 10/3/2020Cierre escolar Escuelas secundarias cerradas y universidades (escuelas de orden primario también cerradas el 16).26 13/3/2020Eventos públicos Prohibición de eventos > 100 personas, instituciones cerradas de prohibición cultural, instalaciones de ocio, etc.27 12/3/2020Prohibición de reuniones de > 10 personas en lugares públicos y todos ordenados fueron cerrados.27 18/3/2020Uso limitado del transporte público. Todas las instituciones de distancia social cultural cierran y recomiendan mantener una distancia adecuada alentada.28 13/3/2020Base de casos Todo el mundo debe permanecer en casa si experimenta una Dinamarca medidas de tos o fiebre.29 12/3/2020Cierre de escuelas ordenado Cierre de escuelas nacionales.30 14/3/2020Eventos públicosprohibidos Prohibiciones de eventos > 100 personas.31 13/3/2020Lockdown Todo el mundo tiene que permanecer en casa.Necesita un formulario de autorización autoordenada para salir de casa.32 17/3/2020Consejos de estímulo social en el momento del bloqueo.32 16/3/2020Medidas basadas en casosFrancia Consejos en el momento del bloqueo.32 16/03/2020Cierre de escuelas ordenados Nacionalmente.33 14/3/2020Eventos públicos Ninguna reunión de > 1000 personas. 34 22/3/2020Lockdown Recopilaciones de > 2 personas prohibidas, 1,5 distancias ordenadas.35 22/3/2020Desplazamiento social Evite la interacción social siempre que sea posibleAlentado recomendado por Merkel.36 12/3/2020Consejo para todos los que experimentan síntomasContacto basado en un caso de una agencia de atención de la salud para hacerse la prueba y las medidas de Alemania para entonces auto-aislarse.37 6/3/2020Cierre de escuelas ordenado Cierre de escuelas a nivel nacional.38 5/3/2020Eventos públicosprohibidos El gobierno prohíbe todos los eventos públicos.39 9/3/2020Lockdown El gobierno cierra todos los lugares públicos. Las personas ordenadas tienen que permanecer en casa excepto para los viajes esenciales.40 11/3/2020Hay que mantener una distancia de más de 1 m y se debe fomentar el distanciamiento social de cualquier otra forma de agregación alternativa.40 9/3/2020Consejo basado en casos de autoaislamiento si experimenta síntomasMedidas en Italia y cuarentena si se prueba positivo.41 9/3/2020La Dirección de Salud de Noruega cierra todas las instituciones educativas de cierre escolar.Incluidas las instalaciones ordenadas para el cuidado de los niños y todas las escuelas.42 13/3/2020Eventos públicos La Dirección de Salud prohíbe todo contacto social no necesario.42 12/3/2020Lockdown Sólo las personas que viven juntas están permitidas fuera de orden. Todo el mundo tiene que mantener una distancia de 2 metros.43 24/3/2020Desconexión social La Dirección de Salud aconseja contra todo tipo de viajes alentados y contactos sociales no necesarios.42 16/3/2020Consejo basado en un caso para aislarse por 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre.44 15/3/2020Ordenado Cierre de escuelas nacionales.45 13/3/2020Eventos públicosprohibido Prohibir todos los eventos públicos mediante bloqueo.46 14/3/2020Lockdownordenado Bloqueo de todo el país43 14/3/2020Consejo de distanciamiento social sobre distanciamiento social y trabajo en forma remota alentada desde casa.47 9/3/2020Consejo basado en un caso para autoaislarse por 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre en España47 17/3/2020Cerrado de escuelas y escuelas secundarias superiores cerrado.48 18/3/2020Eventos públicosprohibidos El gobierno prohíbe eventos > A las personas con síntomas leves se les dice que limiten el contacto social de distanciamiento social, el estímulo para trabajar desde una casa alentada.50 16/3/2020Consejo basado en un caso de auto-aislamiento si experimentan tos o Suecia mide los síntomas de fiebre.51 Cierre de la escuela ordenado No en persona hasta el 4 de abril.52 14/3/2020Eventos públicos prohibidos El gobierno prohíbe eventos > 100 personas.52 13/3/2020Reuniones ordenadas de bloqueo de más de 5 personas están prohibidas.53 2020-03-20Consejos para mantener la distancia.Todas las empresas donde el distanciamiento social no se puede realizar se han cerrado en todos los estados alentados (kantones).54 16/3/2020Consejo basado en un caso para auto-aislarse si experimentan tos o Suiza mide los síntomas de fiebre.55 2/3/2020Cierre de la escuela general. Los cuidadores de niños, las guarderías para el cierre de escuelas y las sextas formas deben seguir las directrices ordenadas.56 21/3/2020Eventos públicos prohibidos Implementados con bloqueo.57 24/3/2020Los conjuntos de más de 2 personas no pertenecientes al mismo hogar están prohibidos y sujetos a la policía.57 24/3/2020Consejos de distanciamiento social para evitar pubs, clubes, teatros y otras instituciones públicas alentadas.58 16/3/2020Consejo basado en un caso para aislarse durante 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre en el Reino Unido.59 12/3/20209 Referencias1. Li, R. et al. Infección indocumentada sustancial facilita la rápida difusión del nuevocoronavirus (SARS-CoV2). Ciencia (2020) doi:10.1126/science.abb3221. 2. Zhang, J. et al. Patrones de contacto social humano y contacto con animales en Shanghai, China 5cLRep.9,1—11(2019)3. Worldómetros.info. Hong Kong: casos de coronavirus. https://www.wo rldómetros.info/co ronavirus/country/china-hong-kong-sar/. 4. Ferguson, N. et al. Impacto de las intervenciones no farmacéuticas (NPI) para reducir la mortalidad y la demanda de asistencia sanitaria (Informe 9). https://www.imperial.ac.uk/mrc-global-infectious-disase-analysis/news--wuhan-coronavirus/. 5. Cereda, D. et al. La fase inicial del brote de COVID-19 en Lombardy, Italia. arXiv (2020). 6. Zhao, A. J. et al. Título: Respuestas anticuerpos al SARS-CoV-2 en pacientes con nuevas enfermedades por coronavirus 2019 Título breve : Respuestas anticuerpos en pacientes con COVID-19. (2020). 7. Jombart, T. et al. Inferir el número de casos de COVID-19 de muertes recientemente notificadas. medRXiV 2020.03.10.20033761(2020)doi:10.10101/2020.03.10.20033761. 8. Zhang, J. et al. Perfil de edad de susceptibilidad, mezcla y distanciamiento social dan forma a la dinámica del brote de la nueva enfermedad por coronavirus 2019 en China. (2020) doi:10.10101/2020.03.19.20039107. 9. Lourenco, J. et al. Los principios fundamentales de la propagación epidémica destacan la necesidad inmediata de realizar encuestas serológicas a gran escala para evaluar la etapa de la epidemia por SARS doi:10.1101/2020.03.24.2004229110.Naciones Unidas, Departamento de Asuntos Económicos y Sociales, División de Población. WorldPopulation Prospects 2019: Data booket. ST/ESA/SER.A/424. (2019). 11. Verity, R. et al. Estimaciones de la gravedad de la enfermedad de COVID-19. Lancet Infect Dis en la prensa (2020). 12. Walker, P. G. T. et al. Report 12: The Global Impact of COVID-19 and Strategies for Mitigation and Supresation. 13. Fraser, C. Estimating Individual and Household Reproduction Numbers in a EmergingEpidemmic. PL05 ONE 2, e758 (2007). 14. Cori, A., Ferguson, N. M., Fraser, C. & Cauchemez, S J. Epidemiol. 178, 1505-1512(2013115. Nouvellet, P. et al. Un enfoque sencillo para medir la transmisibilidad y la incidencia prevista. Epidemias 22, 29-35 (2018). 16. Cauchemez, 8., Valleron, A. J., Boelle, P. Y., Flahault, A. & Ferguson, N. M. Estimación del impacto del cierre escolar en la transmisión de la gripe a partir de datos Sentinel. Nature 452, 750-754 (2008). 17. Bellman, R. & Harris, T. On Age-Dependent Binary Branking Processes. Ann. Math. 55, 280-295(1952118. Bellman, R. & Harris, T. E. Sobre la teoría de los procesos de ramificación estocásticos dependientes de la edad. Proc. Nat 34, 601-604 (1948). 19. Stan Development Team. 2018. The Stan Core Library, versión 2.18.0. http://mc-stan.org. 20. Bundesministerium. Coronavirus (COVID-19): Status quo — Schulen, Hochschulen,Universitaten und Forschungsinstitutionen. https://www.bmbwf.gv.at/Ministerium/Informationspflicht/corona/corona_status.html. 21. Henley, J. Coronavirus: Los Estados de la Unión Europea promulgan medidas duras para la propagación del tallo. The Guardianhttps://www.theguardian.com/world/200/mar/10/coranonavirus-varios-estados-eu-states-ban-masa-mass-as-pos-italian-lockdown (20 25. Servicio Público Federal. Protéjase y proteja a los demás. https://www.info-coronavirus.be/en/2020/03/10/protege-y-protege-the-others/ (2020). 26. Wikipedia. 2020 pandemia de coronavirus en Dinamarca. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/2020_coronavirus_pandemic_in_Dinamarca. 27. Stephensen, Emma Kinker; Hansen, T. S. Danmark lukker ned: Her er regeringens nye basculag. TV2 https://nyheder.tv2.dk/samfund/2020-03-11-danmark-lukker-ned-er-regeringens-nye-tiltag(2020128. Politi. Nye illbag mod covid-19. Politi https://politi.dk/coronavirus-i-danmark/seneste-nyt-fra-myndighederne/nye-tiltag-mod-covid-19 (2020). 29. Styrelsen for Patientsikkerhed. Indberetning om covid-19zlnformation om mulighed forp\aabud til enkeltpersoner (coronavirus/covid-19). https://stps.dk/da/ansvar-og-retningslinjer/vejledning/indberetning-om-covid-19/#. 30. Wikipedia. 2020 coronavirus pande in France. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/2020_coronavirus_pandemic_in_France. 31. Francia prohíbe las reuniones de más de 100 personas a medida que aumenta el número de muertes por coronavirus -The Local. The Local https://www.thelocal.fr/20200313/france-bans-recopilations-of-over-100-people-to-fight-coronavirus-pandemic (2020). 32. Henley, Jon; Willsher, Kim; Kassam, A. Coronavirus: Francia impone un bloqueo cuando la UE pide una prohibición de viajar de 30 días. The Guardian https://www.theguardian.com/world/2020/mar/16/coronavirus-spain-takes-over-privado-healthcare-amid-more-euro-pean-lockdowns (2020). 33. Wikipedia. 2020 coronavirus pande in Germany. Fundación Wikimediahttps://en.wi 34. BMI. Coronavirus: Fragen und Antworten. Bundesministerium des Innern,fur Bau und Heimathttps://web.archive.org/web/20200317073042/https://www.bmi.bund.de/SharedDocs/faqs/DE/themen/bevoelkerungssschutz/coranavirus/coranavirus-faqs.htmI#doc13738352bodyText7. 35. Noticias de la BBC. Coronavirus: Alemania endurece los frenos y prohíbe las reuniones de más de dos personas. BBCNews https://www.bbc.co.uk/news/world-europe-51999080 (2020). 36. Bundesregierung. Kanzlerin trifft Regierungschefs der Lander Sozialkontakte https://www.bundesregierung.de/breg-de/themen/coranavirus/mpk-1730186(2020)37. Robert Koch Institut. Antworten auf haufig gestellte Fragen zum Coronavirus SARS-CoV-2. Robert Koch Instituthttps://web.archive.org/web/20200312004624/https://www.rki.de/SharedDocs/FAQ/NCOV2019/FAQ_Liste.html (2020). 38. Ministero della Salute. Governo anuncia sospensione dell’attivita didattica dal 5 a15 marzo. Ministero della Salutehttp://www.salute.gov.it/portale/nuovocoronavirus/dettaglioVideoNuovoCoronavirus.jsp?lingua=italiano&menu=multimedia&p=video&id=2052 (2020). 39. CNN. Italia prohíbe los viajes y cancela todos los actos públicos en su región septentrional. CNNhttps://edition.cnn.com/2020/03/08/europe/italy-coranavirus-lockdown-europe-intl/index.html(2020). Attualita. Coronavirus: parada de un pub, cine, teatro e discoteche anche a Roma. Ecco cosaprevede il nuovo decreto. Roma Today https://www.romatoday.it/attualita/coranavirus-pub-cinema-teatri-locali-chiusi-nuovo-decreto.html (2020). 41. Gazzetta Ufficiale. DECRETO DEL PRESIDENTE DEL CONSIGLIO DEL MINISTRI. Gazzetta Ufflclalehttps://www.gazzettaufficiale.it/eli/id/20/03/08/20A01522/sg (2020). 42. Helsedirektoratet. La Dirección de Salud de Noruega ha adoptado la decisión de cerrar las escuelas y otras instituciones educativas. Hellem-Hansen, Viktoria L.; Tandstad, B. Folkehelseinstituttet mener23.000 kan vaere smittet. NRK https://www.nrk.no/norge/folkehelseinstituttet-mener-23.000-kan-vaere-smittet-1.14958149 (2020). 44. Gobierno de Norweigen. regjeringen.no https://www.regjeringen.no/en/aktuelt/the-government-is-esestableciendo-clear-cuarantine-and-aislation-rules/id2693647/ (2020). 45. Wikipedia. 2020 coronavirus pandemic in Spain. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/20_coronavirus_pandemic_in_Spain. 46. Gabinete de Prensa. El Gobierno anuncia nuevas medidas para eliminar la extensión del nuevo coronavirus COVID-19. Gobierno de Españahttps://www.mscbs.gob.es/gabinete/notasPrensa.do?id=4807 (2020). 47. Gabinete de Prensa. El Consejo Interterritorial del SNS alcanza medidas concretas para zonascon transmisión comunitaria de coronavirus. Gobierno de Españahttps://www.mscbs.gob.es/gabinete/notasPrensa.do?id=4806 (2020). 48. Folkhalsomyndigheten.se/nyheter-och-press/nyhetsarkiv/2020/mars/larosaten-och-gymnasieskolor-uppmanas-nu-att-bedriva-distansundervisning(2020). El local. Suecia prohíbe grandes eventos para detener la propagación del coronavirus. El localhttps://www.theloca.se/20200311/sweden-to-ban-large-public-coronavirus-over-coronavirus (2020). 50. Radosevich. Estocolmoers instados a trabajar desde casa como comunidad COVID-19 se extendió confirmado. Sveriges Radiohttps://sverigesradio.se/sida/artikel.aspx?programid=2054&artikel=7430511(2020). Folkhdlsomyndigheten https://www.folkhalsomyndigheten.se/nyheter-och-press/nyhetsarkiv/2020/mars/flera-tecken-pa-samhallsspridning-av-covid-19-i-sverige/ (2020). 52 Bundesamt fur Gesendheit BAG. Bundesrat verscharft Massnahmen gegen das Coronaviruszum Schutz der Gesundheit und unterstUtzt betroffene Branchen. Schweizerische Eidgenossenschafthttps://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg-id-78437.html( Coronavirus: Bundesrat verbietet Ansammlungen von mehrals fUnf Personen. Schweizerische Eidgenossenschaft https://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg-id-78513.html (2020). 54. Bundesamt fur Gesundheit BAG. Coronavirus: Bundesrat erklart die «ausserordentliche Lage»und verscharft die Massnahmen. Schweizerische Eidgenossenschafthttps://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg- Neue Hygiene- und Verhaltensregeln zum Schutz gegen dasneue Coronavirus. Schweizerische Eidgenossenschaft https://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/a ktuell/medienmitteilungen.msg-id-78304.html (2020). 56. Gobierno del Reino Unido, D. for E. Schools, colleges and early ambients to close. Gobierno del Reino Unidohttps://www.gov.uk/government/news/schools-colleges-and-ears-settings-to-close (2020). 57. Gobierno del Reino Unido. Discurso del Primer Ministro a la nación sobre el coronavirus: 23 de marzo de 2020. Gobierno del Reino Unidohttps://www.gov.uk/government/speeches/pm-address-to-the-nation-on-coronavirus-23-march-2020(2020158. Boycott-Owen, Mason; Bowman, Verity; Kelly-Linden, Jordan; Gartner, A. G. H. S. T.Coronavirus: Boris Johnson encierra al Reino Unido a medida que el número de muertos llega a 55. The Telegraphhttps://www.telegraph.co.uk/global-health/science-and- disease/coronavirus-news-uk-latest-update-covid-19-death-toll-cases/ (2020). BBC Newshttps://www.bbc.co.uk/news/uk-51857856 (2020).

¿Cuál es el porcentaje medio estimado de Austria [intervalo creíble del 95%] de la población total infectada al 28 de marzo?

Estimando el número de infecciones y el impacto de las intervenciones no farmacéuticas en el COVID-19 en 11 países europeos30 marzo 2020 Imperial College COVID-19 Response TeamSeth Flaxmani Swapnil Mishra*, Axel Gandy*, H JulietteT Unwin, Helen Coupland, Thomas A Mellan, HarrisonZhu, Tresnia Berah, Jeffrey W Eaton, Pablo N P Guzman, Nora Schmit, Lucia Cilloni, Kylie E C Cuomo—Dannenburg, Amy Dighe, Bimandra Djaafara, Ilaria Dorigatti, Sabine van Elsland,Rich Fitz, Han Fu, Katy Gaytorpe, Gendarme, Peter Geidelberg, Wi Green, Timothy Hallett, Arranmlet, Weinsland, EE.UU., EE.UU En respuesta, muchos países europeos han puesto en marcha intervenciones no farmacéuticas sin precedentes, como el aislamiento de casos, el cierre de escuelas y universidades, la prohibición de reuniones masivas o actos públicos, y, más recientemente, una ampliadistribución social a escala local y nacional, incluidos los bloqueos.En este informe, utilizamos un modelo jerárquico bayesiano semimecanicista para tratar de deducir el impacto de estas intervenciones en 11 países europeos.Nuestros métodos suponen que los cambios en el número productivo —una medida de transmisión— son una respuesta inmediata a estas intervenciones en lugar de cambios graduales más amplios en el comportamiento.Nuestro modelo estima estos cambios calculando hacia atrás de las muertes observadas a lo largo del tiempo para estimar la transmisión que ocurrió varias semanas antes, permitiendo el lapso entre la infección y la muerte.Una de las principales suposiciones del modelo es que cada intervención tiene el mismo efecto en el número de producción en todos los países y en el tiempo. Esto nos permite aprovechar una mayor cantidad de datos en toda Europa para estimar estos efectos. También significa que nuestros resultados están fuertemente impulsados por los datos de países con epidemias más avanzadas, y las intervenciones anteriores, como Italia y España. Encontramos que el lento crecimiento de las muertes diarias reportadas en Italia es consistente con un impacto significativo de las intervenciones implementadas varias semanas antes. En Italia, estimamos que el número de reproducción efectiva, Rt, cayó a cerca de 1 alrededor de la época de Iockdown (11 de marzo), aunque con un alto nivel de incertidumbre. En general, estimamos que los países han logrado reducir su número de reproducción. Nuestras estimaciones tienen amplios intervalos creíbles y contienen 1 para los países que han implementado intervenciones consideradas en nuestro análisis. Esto significa que el número de reproducción puede estar por encima o por debajo de este valor. Dado que las intervenciones actuales se mantienen al menos hasta finales de marzo, estimamos que las intervenciones en los 11 países habrán evitado 59.000 muertes hasta el 31 de marzo[intervalo creíble del 95%: 21.000-120.000].Muchas más muertes se evitarán garantizando que las intervenciones permanezcan en vigor hasta que la transmisión disminuya a niveles bajos.Estimamos que, en los 11 países entre 7 y 43 millones de personas se han infectado con el SARS-CoV-Z hasta el 28 de marzo, lo que representa entre el 1,88% y el 11,43% de la población.Se estima que la proporción de la población infectada hasta la fecha —la tasa de ataque— es la más alta en España seguida por Italia y la más baja en Alemania y Noruega, lo que refleja las etapas relativas de las epidemias.Dado el retraso de 2-3 semanas entre el momento en que se producen los cambios de transmisión y cuando su impacto puede observarse en las tendencias de mortalidad, Si las intervenciones en países en las etapas más tempranas de su epidemia, como Alemania o el Reino Unido, son más o menos eficaces de lo que eran en los países con epidemias avanzadas, en los que nuestras estimaciones se basan en gran medida, o si las intervenciones han mejorado o han empeorado con el tiempo, nuestras estimaciones del número de reproducción y las muertes evitadas cambiarían en consecuencia. Por lo tanto, es fundamental que las intervenciones actuales sigan en vigor y las tendencias en los casos y muertes se monitoricen de cerca en los próximos días y semanas para garantizar que la transmisión del SARS-Cov-Z se esté desacelerando. Imperial College London (2020), doi:https://doi.org/10.25561/777311 IntroducciónTras la aparición de un nuevo coronavirus (SARS-CoV-Z) en Wuhan (China) en diciembre de 2019 y su propagación mundial, han surgido en Europa grandes epidemias de la enfermedad, causadas por el virus denominado COVID-19. En respuesta al creciente número de casos y muertes, y para mantener la capacidad de los sistemas de salud para tratar tantos casos graves como sea posible, los países europeos, como los de otros continentes, han implementado o están en proceso de aplicar medidas para controlar susepidemias. Estas intervenciones no farmacéuticas a gran escala varían de un país a otro, pero incluyen distanciamiento social (como la prohibición de grandes reuniones y el asesoramiento a las personas para que no socialicen fuera de sus hogares), cierres de fronteras, cierres de escuelas, medidas para aislar a las personas sintomáticas y sus contactos, y bloqueos a gran escala de poblaciones con todos los viajes internos menos esenciales prohibidos.Entender, en primer lugar, si estas intervenciones están teniendo el impacto deseado de controlar la epidémica y, en segundo lugar, qué intervenciones son necesarias para mantener el control, es crítico dada su gran coste económico y social.El objetivo clave de estas intervenciones es reducir el número de reproducción eficaz, Rt, de la infección, una cantidad epidemiológica fundamental que representa el número medio de infecciones, en el momento t, por caso infectado durante el curso de su infección. Si Rt es mayor que 1, las infecciones aumentarán (dependiendo de cuánto mayor que 1 el número de reproducción es) hasta los picos tepidémicos y eventualmente disminuye debido a la adquisición de inmunidad de rebaños. En China, las estrictas restricciones de movimiento y otras medidas incluyendo aislamiento de casos y cuarentena comenzaron a introducirse a partir del 23 de enero, lo que logró una tendencia a la baja en el número de nuevos casos confirmados durante febrero, resultando en cero nuevos casos indígenas confirmados en Wuhan para el 19 de marzo. Los estudios han calculado cómo cambió Rt durante este tiempo en diferentes áreas de China desde alrededor de 2-4 durante la epidemia incontrolada hasta menos de 1, con una disminución estimada de 7-9 veces en el número de contactos diarios por persona.1'2 Medidas de control tales como distanciamiento social, pruebas intensivas y rastreo de contacto en otros países como Singapur y Corea del Sur han reducido con éxito la incidencia de casos en las últimas semanas, aunque existe un riesgo de que el virus se propague de nuevo una vez que las medidas de control se relajen.3'4La epidemia comenzó un poco más tarde en Europa, a partir de enero o más tarde en diferentes regiones.5 Los países han aplicado diferentes combinaciones de medidas de control y es probable que el nivel de cumplimiento de las recomendaciones gubernamentales sobre distanciamiento social varíe entre países, en parte debido a diferentes niveles de aplicación. La estimación de los números de reproducción para el SARS-CoV-Z presenta desafíos debido a la alta proporción de infecciones no detectadas por los sistemas de salud"7 y a los cambios regulares en las políticas de pruebas, lo que da lugar a proporciones indiferentes de infecciones detectadas a lo largo del tiempo y entre los países.La mayoría de los países hasta ahora sólo tienen la capacidad de probar una pequeña proporción de casos sospechosos y las pruebas están reservadas para pacientes con enfermedades graves o para grupos de alto riesgo (por ejemplo, contactos de casos).Por lo tanto, el análisis de los datos de los casos da una visión sistemáticamente sesgada de las tendencias.Una forma alternativa de estimar el curso de la epidemia es volver a calcular las infecciones derivadas de las muertes observadas. Si bien las tendencias recientes de las muertes serán, por tanto, informativas, hay un retraso en la observación del efecto de las intervenciones sobre las muertes, ya que hay un período de 2 a 3 semanas entre lainfección, el inicio de los síntomas y el resultado.En este informe, encajamos un nuevo modelo mecánico bayesiano del ciclo de infección en las muertes observadas en11 países europeos, inferiendo límites plausibles superiores e inferiores (intervalos creíbles bayesianos) de la población total infectada (tasas de ataque), probabilidades de detección de casos y el número de reproducción a lo largo del tiempo (Rt).Ajustamos el modelo conjuntamente a los datos de COVID-19 de todos estos países para evaluar si hay pruebas de que las intervenciones han tenido éxito hasta ahora en reducir la Rt por debajo de 1, con la fuerte suposición de que las intervenciones particulares están logrando un impacto similar en diferentes países y de que la La mayoría de las intervenciones se iniciaron alrededor del 12 al 14 de marzo. Analizamos los datos sobre las muertes hasta el 28 de marzo, dando un margen de 2-3 semanas para estimar el efecto de las intervenciones. Actualmente, la mayoría de los países en nuestro estudio han implementado todas las intervenciones no farmacéuticas importantes. Para cada país, modelamos el número de infecciones, el número de muertes y el número de reproducciones efectivas a lo largo del tiempo, con Rt cambiando sólo cuando se introduce una intervención (Figura 2-12). Rt es el número medio de infecciones secundarias por individuo infectado, asumiendo que las intervenciones que se realizan en el momento t permanecen en el lugar durante todo su período infeccioso. Cada país tiene su propio número de reproducción inicial Rt antes de que se lleven a cabo las intervenciones. Se supone que las intervenciones específicas tienen el mismo impacto relativo en Rt en cada país cuando se introdujeron allí y están informadas por los datos de mortalidad en todos los países. Figura l: Cronogramas de intervención para los 11 países europeos incluidos en el análisis.Para más detalles, véase el apéndice 8.6.2.1 Número real estimado de infecciones y tasas de ataque actualesEn todos los países, estimamos que hay órdenes de magnitud menos infecciones detectadas (Figura 2) En Italia, nuestros resultados sugieren que, acumulativamente, 5.9 [1,9-15,2] millones de personas han sido infectadas al 28 de marzo, dando una tasa de ataque del 9,8% [3,2%-25%] de la población (Tabla 1). España ha visto recientemente un gran aumento en el número de muertes, y dada su menor población, nuestro modelo estima que una mayor proporción de la población, 15,0% (7,0 [18-19] millones de personas) han sido infectadas hasta la fecha. Alemania se estima que tiene una de las tasas de ataque más bajas en el 0,7% con 600.000[240,000-1,500.000] personas infectadas. Imperial College COVID-19 Response TeamTabla l: Modelo posterior estimaciones del porcentaje de la población infectada al 28 de marzo de 2020. País % de la población total infectada (media [intervalo creíble del 95%l)Austria 1,1% [0,36%-3,1%]Bélgica 3,7% [1,3%-9,7%]Dinamarca 1,1% [0,40%-3,1%]Francia 3,0% [1,1%-7,4%]Alemania 0,72% [0,28%-1,8%]Italia 9,8% [3,2%-26%]Noruega 0,41% [0,09%-1,2%]España 15% [3,7%-41%]Suecia 3,1% [0,85%-8,4%]Suiza 3,2% [1,3%-7,6%]Reino Unido 2,7% [1,2%-5,4%]2,2 Números de reproducción e impacto de las intervencionesAveriguados en todos los países, estimamos que los números de reproducción inicial rondan los 3,87 [3,01-4,66], lo que está en consonancia con otras estimaciones.1'8 Estas estimaciones se basan en nuestra elección de la distribución entre intervalos seriales y la tasa de crecimiento inicial de Un intervalo serial más corto supone un menor número de reproducción inicial (Apéndice 8.4.2, Apéndice 8.4.6).Los números de reproducción inicial también son inciertos debido a que: a) la importación es la fuente dominante de nuevas infecciones al principio de la epidemia, en lugar de la transmisión local (b) la posible incertidumbre en las muertes, particularmente antes de que se generalizaran las pruebas.Estimamos que los grandes cambios en la Rt en respuesta a las intervenciones combinadas no farmacéuticas.Nuestros resultados, impulsados en gran parte por países con epidemias avanzadas y un mayor número de muertes (por ejemplo, Italia, España), sugieren que estas intervenciones han tenido conjuntamente un impacto sustancial en la transmisión, medidos por los cambios en el número de reproducción estimado Rt. En todos los países encontramos estimaciones actuales de Rt que van desde una media posterior de 0,97 [0,14-2,14] para Noruega a una media a posteriori de 2,64 [1,40-4,18] para Suecia, con un promedio de 1,43 en los 11 países a posteriori, una reducción del 64% en comparación con los valores de pre-intervención. Observamos que estas estimaciones son consistentes en que el impacto de la intervención es el mismo en diferentes países y en diferentes épocas. En todos los países, excepto Suecia, en las mismas suposiciones, estimamos que el número de reproducción actual incluye 1 en el rango de incertidumbre. El número de reproducción estimado para Suecia es mayor, no porque las tendencias de mortalidad son significativamente diferentes de cualquier otro país, sino como un artefacto de nuestro modelo, que supone una reducción menor en Rt porque no se ha ordenado un bloqueo completo en la medida. En general, aún no podemos concluir si las intervenciones actuales son suficientes para lograr que Rt sea inferior a 1 (posterior probabilidad de ser inferior a 1,0 es un 44% en promedio en todos los países). También no podemos concluir si las intervenciones pueden ser diferentes entre países o con el tiempo. Sigue habiendo un alto nivel de incertidumbre en estas estimaciones.Es demasiado pronto para detectar un impacto sustancial de la intervención en muchos países en etapas anteriores de su epidemia (por ejemplo, Alemania, Reino Unido, Noruega).Muchas intervenciones se han producido sólo recientemente, y sus efectos aún no se han observado plenamente debido al retraso entre la infección y la muerte.Esta incertidumbre reducirá a medida que se disponga de más datos.Para todos los países, nuestro modelo se ajusta bien a los datos de muertes observadas (pruebas de bondad de la adecuación bayesiana).También descubrimos que nuestro modelo puede predecir de manera fiable las muertes diarias 3 días en el futuro, reteniendo los últimos 3 días de datos Sin embargo, al realizar un análisis de sensibilidad (Apéndice 8.4.3) con distribuciones previas sin información (donde las intervenciones pueden aumentar las muertes) encontramos un impacto similar de las intervenciones del equipo de respuesta del Colegio Imperial COVID-19, que muestra que nuestra elección de la distribución previa no está impulsando los efectos que vemos en el análisis principal.Figura 2: Estimaciones a nivel de país de infecciones, muertes y Rt. Izquierda: número diario de infecciones, marronbars se reportan infecciones, bandas azules son infecciones predichas, intervalo creíble de azul oscuro 50% (IC), azul claro 95% IC. El número de infecciones diarias estimadas por nuestro modelo disminuye inmediatamente después de una intervención, ya que suponemos que todas las personas infectadas se vuelven inmediatamente menos infecciosas a través de la intervención. Medio: número diario de muertes, barritas marrones se reportan muertes, bandas azules se predicen muertes, Cias en la parcela izquierda. Derecha: número de reproducción variable en el tiempo Rt, verde oscuro 50% IC, verde claro 95% IC. Iconos son intervenciones mostradas en el momento en que ocurrieron. Imperial College COVID-19 Response TeamTabla 2: Muertes previstas totales desde el inicio de la epidemia hasta el 31 de marzo en nuestro modelo y en un modelo contrafactual (suponiendo que no hubo intervención).Estimadas muertes evitadas durante este período como resultado de las intervenciones.Números entre paréntesis son intervalos creíbles del 95%. 2.3 Impacto estimado de las intervenciones en las muertesLa Tabla 2 muestra el total de muertes previstas desde el comienzo de la epidemia hasta el 31 de marzo bajo nuestro modelo ajustado y bajo el modelo contrafactual, que predice lo que habría ocurrido si no se implementaran intervenciones (y R, En Italia y España, donde la epidemia está avanzada, se han evitado 38.000 muertes [13.000-84.000] y 16.000 [5400-35.000], respectivamente. Incluso en el Reino Unido, que es mucho más temprano en su epidemia, se han evitado 370 [73-1,000] muertes, que sólo dan lugar a las muertes evitadas que habrían ocurrido hasta el 31 de marzo. Si se incluyeran las muertes de individuos actualmente infectados en ambos modelos, lo que podría ocurrir después del 31 de marzo, las muertes evitadas serían sustancialmente más altas. Figura 3: Número diario de muertes confirmadas, predicciones (hasta el 28 de marzo) y previsiones (después) para (a)Italia y (b) España de nuestro modelo con intervenciones (azul) y del modelo sin intervencionescontrafactuales (rosa); los intervalos creíbles se muestran una semana en el futuro. Otros países se muestran en el Apéndice 8.6. 03/0 25% 50% 753% 100%(sin efecto sobre la transmisibilidad) (final de la transmisibilidadReducción porcentual en R.Figura 4: Nuestro modelo incluye cinco covariables para intervenciones gubernamentales, ajustando para si la intervención fue la primera realizada por el gobierno en respuesta a COVID-19 (rojo) o fue posterior a otras intervenciones (verde).Se muestra una reducción porcentual relativa media en Rt con intervalos creíbles posteriores al 95%.Si se logra una reducción del 100%, Rt = 0 y no hay mástransmisión de COVID-19.No hay efectos significativamente diferentes de los de otras intervenciones, probablemente debido al hecho de que muchas intervenciones ocurrieron en el mismo día o en días de cada una como se muestra en la Figura l.3 DiscusiónDurante esta fase temprana de medidas de control contra el nuevo coronavirus en Europa, analizamos tendencias en el número de muertes para evaluar la medida en que se está reduciendo la transmisión Al representar el proceso de infección por COVID-19 utilizando un modelo jerárquico semimecánico, conjunto y bayesiano, podemosreducir las tendencias observadas en los datos de muertes y podemos pronosticar con precisión en cortos horizontes de tiempo.Estimamos que ha habido muchas más infecciones de las que se reportan actualmente.El alto nivel de incertidumbre de infecciones que estimamos aquí es probable debido al enfoque en pruebas en entornos hospitalarios más que en la comunidad.A pesar de esto, sólo una pequeña minoría de individuos en cada país han sido infectados, con una tasa de ataque en promedio del 4,9% [l,9%-l%] con una considerable variación entre países (Tabla 1).Nuestras estimaciones implican que las poblaciones en Europa no están cercanas a la inmunidad de rebaños ("50-75% si R0 es 2-4).Además, con los valores de Rt disminuyendo sustancialmente, la tasa de adquisición de inmunidad de rebaños se ralentizará rápidamente. Esto implica que el virus será capaz de propagarse rápidamente en caso de que se levanten las intervenciones.Tales estimaciones de la tasa de ataque hasta la fecha deben ser validadas con urgencia por pruebas de anticuerpos recientemente desarrolladas en encuestas de población representativas, una vez que éstas estén disponibles.Estimamos que las intervenciones no farmacéuticas importantes han tenido un impacto sustancial en el número de reproducción que varía en el tiempo en los países donde ha habido tiempo para observar los efectos de la intervención en las tendencias de las muertes (Italia, España). Debido a la rápida sucesión de intervenciones en muchos países, no se dispone de datos suficientes para estimar el tamaño del efecto individual de cada intervención, y desalentamos la atribución de asociaciones a la intervención individual.En algunos casos, como Noruega, donde todas las intervenciones se ejecutaron a la vez, estos efectos individuales son por definición no identificables.A pesar de esto, aunque no se pueden determinar los impactos individuales, su impacto conjunto estimado está fuertemente justificado empíricamente (véase el apéndice 8.4 para el análisis de sensibilidad).Si bien el crecimiento de las muertes diarias ha disminuido, debido a la diferencia entre las infecciones y las muertes, es de esperar un aumento continuo de las muertes diarias durante algún tiempo.Para comprender el impacto de las intervenciones, nos ajustamos a un modelo contrafactual sin las intervenciones y lo comparamos con el modelo real.Consideramos Italia y el Reino Unido -dos países en etapas muy diferentes de sus epidemias.Para el Reino Unido, donde las intervenciones son Los resultados sugieren que las intervenciones tendrán un gran impacto en las infecciones y muertes a pesar del aumento de ambos.Para Italia, donde ha pasado mucho más tiempo desde que se han implementado las intervenciones, está claro que el modelo sin intervenciones no encaja bien con los datos, y no puede explicar la reducción sublineal (en la escala logarítmica) de las muertes (véase la figura 10).El modelo contrafactual para Italia sugiere que, a pesar de la creciente presión sobre los sistemas de salud, las intervenciones han evitado una catástrofe sanitaria en la que el número de nuevas muertes habría sido 3,7 veces mayor (38.000 muertes evitadas) de lo que se observa actualmente.Incluso en el Reino Unido, mucho antes de su epidemia, se prevé que las recientes intervenciones evitarán 370 muertes totales hasta el 31 de marzo. Dados los índices de mortalidad por infecciones observadas y la epidemiología de la COVID-19, las intervenciones no farmacéuticas importantes han tenido un impacto sustancial en la reducción de la transmisión en los países con epidemiologías más avanzadas. Es demasiado pronto para estar seguros de que se verán reducciones similares en los países en las etapas anteriores de su epidemia. Si bien no podemos determinar qué conjunto de intervenciones han tenido más éxito, ya podemos ver cambios en las tendencias de las nuevas muertes. Cuando se pronostican 3 días y se examina toda la epidemia, el número de muertes evitadas es sustancial. Observamos que se está produciendo una innovación sustancial, y nuevas intervenciones o refinamientos más eficaces de las intervenciones actuales, junto con cambios de comportamiento, contribuirán aún más a la reducción de las infecciones. No podemos decir con certeza que las medidas actuales hayan controlado la epidemia en Europa; sin embargo, si continúan las tendencias actuales, hay razones para el optimismo. Proponemos una estructura plausible para el proceso de infección y luego estimamos los parámetros empíricamente. Sin embargo, muchos parámetros tuvieron que ser dados fuertes distribuciones previas o tenían que ser fijados. Para estas suposiciones, hemos proporcionado citas relevantes a estudios previos. A medida que se disponga de más datos y surjan mejores estimaciones, actualizaremos estos reportes quincenales. Nuestra elección de la distribución de intervalos seriales influye fuertemente en la distribución previa para el inicio de R0. Nuestra relación de mortalidad por infección y distribuciones de infección a muerte influyen fuertemente en la tasa de muerte y por lo tanto el número estimado de casos subyacentes verdaderos. También suponemos que el efecto de las intervenciones es el mismo en todos los países, lo que puede no ser totalmente realista. Esto implica que los países con intervenciones tempranas y más muertes ya que estas intervenciones (por ejemplo, Italia, España) influyen fuertemente en las estimaciones del impacto de la intervención en los países en las etapas más tempranas de Hemos intentado crear definiciones coherentes de todas las intervenciones y documentar detalles al respecto en elApéndice 8.6. Sin embargo, invariablemente habrá diferencias de un país a otro en la fuerza de su intervención, por ejemplo, la mayoría de los países han prohibido la reunión de más de 2 personas cuando se aplica un bloqueo, mientras que en Suecia el gobierno sólo prohibió la reunión de más de 10 personas. Estas diferencias pueden distorsionar los impactos en países con muy pocos datos. Creemos que nuestra incertidumbre puede cubrir en cierto grado estas diferencias, y a medida que se disponga de más datos, loscoeficientes deberían ser más fiables. Sin embargo, a pesar de estas fuertes suposiciones, hay suficiente señal en los datos para estimar los cambios en R, (véase el análisis de sensibilidad reportado en el Apéndice 8.4.3) y esta señal se incrementará con el tiempo. En nuestro marco jerárquico bayesiano, cuantificamos robustamente la incertidumbre en nuestras estimaciones de parámetros y predicciones posteriores. Esto se puede ver en los intervalos creíbles más amplios de los últimos días, en los que se dispone de pocos o ningún dato sobre la muerte para informar las estimaciones. Además, predecimos el impacto de la intervención a nivel nacional, pero puede haber diferentes tendencias en diferentes partes de cada país.Por ejemplo, la epidemia en el norte de Italia estaba sujeta a controles antes que el resto del país.5DatosNuestro modelo utiliza datos diarios sobre la mortalidad en tiempo real del ECDC (Centro Europeo de Control de Enfermedades), donde catalogamos datos de casos de 11 países europeos que actualmente padecen la epidemia: Austria, Bélgica, Dinamarca, Francia, Alemania, Italia, Noruega, España, Suecia, Suiza y Reino Unido.El ECDC proporciona información sobre casos confirmados y muertes atribuibles a COVID-19.Sin embargo, los datos de casos son muy poco representativos de la incidencia de infecciones debido a la infrarreportación, así como a cambios sistemáticos y específicos de países Nosotros, por lo tanto, utilizamos sólo las muertes atribuibles a COVID-19 en nuestro modelo; no utilizamos las estimaciones de casos de ECDC en absoluto.Si bien las muertes observadas todavía tienen cierto grado de falta de fiabilidad, de nuevo debido a cambios en los informes y las pruebas, creemos que los datos son de suficiente fidelidad al modelo.Para los recuentos de población, utilizamos los recuentos desglosados por edad de la UNPOP.10También catalogamos datos sobre la naturaleza y el tipo de intervenciones no farmacéuticas importantes.Miramos las páginas web gubernamentales de cada país, así como sus páginas web oficiales de información y división de salud pública para identificar los últimos consejos/leyes que emiten el gobierno y las autoridades sanitarias públicas.Recopilamos lo siguiente:Se ordenó el cierre de la escuela: Esta intervención se refiere a los cierres extraordinarios de escuelas a nivel nacional que en la mayoría de los casos se refieren al cierre de escuelas primarias y secundarias (para la En el caso de Dinamarca y Suecia, permitimos el cierre parcial de las escuelas sólo en las escuelas secundarias. La fecha de cierre de la escuela se considera como la fecha efectiva en que las escuelas comenzaron a cerrarse (si este era un lunes, la fecha utilizada era la de los sábados anteriores, ya que alumnos y estudiantes permanecieron efectivamente en casa a partir de esa fecha). Medidas basadas en casos. Esta intervención comprende recomendaciones o leyes sólidas al público en general y a la atención primaria sobre el autoaislamiento al mostrar síntomas similares al COVID-19.Estos incluyen también programas nacionales de pruebas en los que las personas pueden ser sometidas a pruebas y posteriormente autoaisladas. Nuestra definición se limita al asesoramiento del gobierno a nivel nacional a todas las personas (por ejemplo, el Reino Unido) o a toda atención primaria, y excluye únicamente el asesoramiento regional.Estos no incluyen intervenciones en fase de contención como el aislamiento si regresan de un país epidémico como China. Se ha fomentado el distanciamiento social: Como una de las primeras intervenciones contra la propagación de la pandemia COVID-19, muchos gobiernos han publicado consejos sobre distanciamiento social, incluyendo la recomendación de trabajar desde el hogar siempre que sea posible, reduciendo el uso del transporte público y todos los demás contactos no esenciales.Las fechas utilizadas son aquellas en las que el distanciamiento social ha sido recomendado oficialmente por el gobierno; el consejo puede incluir mantener una distancia física recomendada de otros. Decretado el bloqueo: Hay varios escenarios diferentes a los que los medios de comunicación se refieren como bloqueo. Como definición general, consideramos regulaciones/legislaciones sobre estricta interacción social cara a cara: incluyendo la prohibición de cualquier reunión pública no esencial, cierre de instituciones educativas y públicas/culturales, ordenando a las personas a permanecer en casa aparte del ejercicio y las tareas esenciales.Incluimos casos especiales en los que no se mencionan explícitamente en los sitios web del gobierno pero son reforzados por la policía Las fechas utilizadas son las fechas efectivas en que se han implementado estas legislaciones. Observamos que el bloqueo abarca otras intervenciones previamente implementadas. Primera intervención: Como muestra la Figura 1, los gobiernos europeos han escalado las intervenciones rápidamente, y en algunos ejemplos (Noruega/Dinamarca) han implementado todas estas intervenciones en un solo día. Por lo tanto, dada la autocorrelación temporal inherente a la intervención gubernamental, incluimos covariable abinaria para la primera intervención, que puede interpretarse como una decisión gubernamental de tomar medidas importantes para controlar COVID-19. Una lista completa de las fechas de estas intervenciones y las fuentes que hemos utilizado se puede encontrar en el Apéndice 8.6. 6 Métodos ResumenUn resumen visual de nuestro modelo se presenta en la Figura 5 (detalles en los Apéndices 8.1 y 8.2). El código de replicación está disponible en https://github.com/mperiaCollegeLondres/covid19model/releases/tag/vl.0Ajustamos nuestro modelo a las muertes observadas de acuerdo con los datos de ECDC de 11 países europeos.Las muertes modeladas se basan en una distribución de infección a inicio (tiempo desde la infección hasta el inicio de los síntomas), una distribución de inicio a muerte (tiempo desde el inicio de los síntomas hasta la muerte) y la relación de mortalidad por infección media de la población (ajustada para la estructura de edad y los patrones de contacto de cada país, véase el Apéndice).Debido a estas distribuciones y proporciones, las muertes modeladas son una función del número de infecciones.El número de infecciones modelado se basa en la distribución por intervalos de serie (tiempo medio desde la infección de una persona hasta el momento en que infectan a otra Finalmente, el número de reproducción variable en el tiempo es una función del número de reproducción inicial antes de las intervenciones y los tamaños de efecto de las intervenciones.Figura 5: Resumen de los componentes del modelo. Siguiendo la jerarquía de abajo a arriba nos da un marco completo para ver cómo las intervenciones afectan a las infecciones, que pueden resultar en muertes.Utilizamos la inferencia bayesiana para asegurar que nuestras muertes modeladas puedan reproducir las muertes observadas lo más cerca posible.De abajo a arriba en la Figura 5, hay un retraso implícito en el tiempo que significa el efecto de intervenciones muy recientes se manifiestan débilmente en muertes actuales (y se fortalecen a medida que avanza el tiempo).Para maximizar la capacidad de observar el impacto de la intervención en las muertes, encajamos nuestro modelo conjuntamente para los 11 países europeos, lo que resulta en un conjunto de datos grande. Hemos evaluado el efecto de nuestras elecciones de distribución de Bayesianprior y evaluado nuestra calibración posterior bayesiana para asegurar que nuestros resultados seanestadísticamente robustos (Apéndice 8.4). 7 AgradecimientosLa investigación inicial sobre covariables en el Apéndice 8.6 fue fuente de crowdsourcing; agradecemos a varias personas de todo el mundo por su ayuda. Este trabajo fue apoyado por el Centro de financiación del Consejo de Investigación Médica del Reino Unido bajo un acuerdo con el Departamento de Desarrollo Internacional del Reino Unido, la Unidad de Investigación sobre Protección de la Salud del NIHR en Metodología de Modelado y CommunityJameel. 8 Apéndice: Modelo de Análisis de Especificaciones, Validación y Sensibilidad8.1 Modelo de muerteObservamos muertes diarias Dam durante los días t E 1,...,n y países m E 1,...,p. Estas muertes diarias se modelan utilizando una presa de función real valuada positiva Se supone que la presa sigue una distribución binomio negativa conEl número esperado de muertes (1 en un país determinado en un día dado es una función del número de infecciones C que ocurren en días anteriores. Al principio de la epidemia, las muertes observadas en un país pueden estar dominadas por muertes que resultan de infecciones que no se adquieren localmente. Para evitar sesgar nuestro modelo por esto, sólo incluimos muertes observadas desde el día después de que un país haya observado acumulativamente 10 muertes en nuestro modelo. Para vincular mecánicamente nuestrafunción de muertes a casos infectados, utilizamos una infección COVID-19-fatalidad-ratio ifr estimada previamente (probabilidad de muerte dada infección)9 junto con una distribución detiempos desde la infección hasta la muerte TE. El ifr se deriva de estimaciones presentadas en Verity et al11 que suponen tasas de ataque homogéneo entre grupos de edad. Para ajustar mejor las estimaciones de las tasas de ataque por edades generadas utilizando información más detallada sobre los patrones de mezcla de países y edades específicas, escalamos estas estimaciones (el ifr no ajustado, al que aquí se hace referencia como ifr’) de la siguiente manera como en el trabajo anterior.4Let Ca ser el número de infecciones generadas en el grupo de edad a, Na el tamaño subyacente de la población en ese grupo de edad y AR“ 2 Ca/Na el índice de ataque específico de grupo de edad.El ifr ajustado se da entonces por: ifra = fififié, donde AR50_59 es la tasa de ataque prevista en el grupo de edad de 50-59 años después de incorporar los patrones de contacto y mezcla específicos de países.Este grupo de edad fue elegido como referencia ya que tenía el nivel más bajo previsto de subinforme en análisis previos de los datos de la epidemia china“. Se obtuvieron estimaciones por países de la tasa de ataque por edad, AR“, para los 11 países europeos en nuestro análisis de un estudio anterior que incorpora información sobre el contacto entre individuos de diferentes edades en países de toda Europa12. Luego se obtuvieron estimaciones globales de cada país ajustando tanto para la demografía como para las tasas de ataque específicas por edad. Utilizando información epidemiológica estimada de estudios anteriores,"11 se supone que la TE es la suma de dos tiempos aleatorios independientes: la distribución del período de incubación (infección al inicio de los síntomas o infección hasta el inicio) y el tiempo entre el inicio de los síntomas y la muerte (ingreso a la muerte). La distribución de la infección hasta el inicio es Gamma distribuida con media de 5,1 días y coeficiente de variación0,86. La distribución de la aparición a la muerte es también Gamma distribuida con una media de 18,8 días y coeficiente de va riación 0,45. Por lo tanto, la distribución de la infección-a-muerte está dada por:um ~ ifrm ~ (Gamma(5.1,0,86) + Gamma(18,8,0,45)) La Figura 6 muestra la distribución de la infección-a-muerte y la función de supervivencia resultante que se integra a la relación de mortalidad por infección.Figura 6: Distribución izquierda de la infección-a-muerte (media 23,9 días). Correcto, probabilidad de supervivencia de individuos infectados por día dada la relación de mortalidad por infección (1%) y la distribución de la infección-a-muerte por la izquierda.Usando la probabilidad de distribución de la muerte, el número esperado de muertes presa, en un día dado t, para el país, m, está dada por la siguiente suma discreta:El número de muertes hoy es la suma de las infecciones pasadas ponderadas por su probabilidad de muerte, donde la probabilidad de muerte Este enfoque ha sido utilizado en numerosos estudios previos13'16 y tiene una fuerte base teórica en procesos de conteo estocásticos basados en individuos como el proceso Hawkes y el proceso Bellman-Harris.”18 El nuevo modelo está relacionado con el modelo Susceptible-Infectado-Recuperado, excepto que la renovación no se expresa en forma diferencial. Para modelar el número de infecciones con el tiempo necesitamos especificar una distribución serialinterval g con densidad g(T), (el tiempo entre cuando una persona se infecta y cuando posteriormente infectan a otras personas), que elegimos ser Gamma distribuido:g ~ Gamma (6.50.62). La distribución del intervalo serial se muestra a continuación en la Figura 7 y se supone que es la misma para todos los países. Figura 7: Distribución del intervalo serial g con una media de 6,5 días. Dada la distribución del intervalo serial, el número de infecciones Eamon a determinado día t, y country, m, está dado por la siguiente función de convolución discreta:_ t—1Cam — Ram ZT=0 Cr,mgt—‘r r where, similar a la probabilidad de la función de muerte, el intervalo serial diario está discretizado porfs+0.51.5gs = T=s—0.Sg(T)dT fors = 2,3 y 91 = fT=Og(T)dT. Las infecciones dependen hoy en día del número de infecciones en los días anteriores, ponderadas por la distribución del intervalo serial discretizado.Esta ponderación es entonces escalada por el número de producción de tiempo específico, Ram, que modela el número medio de infecciones secundarias en un momento dado. La forma funcional para el número de reproducción del tiempo-Variante fue elegida para ser lo más simple posible para minimizar el impacto de supuestos previos fuertes: utilizamos una función constante por partes que escalaRam de una línea de base previa R0,m y es impulsada por las principales intervenciones no farmacéuticas conocidas que ocurren en diferentes países y tiempos. Incluyemos 6 intervenciones, una de las cuales se construye a partir de las otras 5 intervenciones, que son cronogramas de cierres escolares y universitarios (k=l), enfermedad autoaislante (k=2), prohibición de eventos públicos (k=3), cualquier intervención gubernamental en lugar (k=4), implementación de un bloqueo parcial o completo (k=5) y fomento del distanciamiento y aislamiento social (k=6). Denotamos la variable indicadora de intervención k E 1,2,3,4,5,6 por IkI’m, que es 1 si la intervención k está en placein country m en el La covariable “cualquier intervención gubernamental” (k=4) indica si alguna de las otras 5 intervenciones está en efecto, es decir, 14’t’m es igual a 1 en el momento t si alguna de las intervencionesk E 1,2,3,4,5 están en vigor en el país m en el momento t y es igual a 0 de lo contrario. Covariable 4 tiene la interpretación de indicar el inicio de la intervención gubernamental mayor. Se supone que el efecto de cada intervención es multiplicativo. Ram es, por lo tanto, una función de los indicadores de intervenciónIk’t’m en lugar en el momento t en el país m:Ram : R0,m eXp(— 212:1 O(Rheum)-La forma exponencial se utilizó para asegurar la positividad del número de reproducción, con R0,mconstreñido a ser positivo como aparece fuera de la exponencial. El impacto de cada intervención enRam se caracteriza por un conjunto de parámetros 0(1,...,OL6, con distribuciones previas independientes elegidas para el beock ~ Gamma(. 5,1). Los impactos ock son compartidos entre todos los países m y por lo tanto están informados por todos los datos disponibles. La distribución previa para R0 fue escogida para serR0,m ~ Normal(2,4, IKI) con K ~ Normal(0,0.5),Una vez más, K es el mismo entre todos los países para compartir información. Asumimos que la siembra de nuevas infecciones comienza 30 días antes del día después de que un país haya observado 10 muertes. A partir de esta fecha, sembramos nuestro modelo con 6 días secuenciales de infecciones extraídas de cl’m,...,66’m~EXponential(T), donde T~Exponential(0.03). Se estimaron los parámetros de manera conjunta para los 11 países en un único modelo jerárquico. Se realizó el ajuste en el lenguaje de programación probabilístico Stan,19 utilizando un sampler adaptativo Hamiltoniano Monte Carlo (HMC). Se realizaron 8 cadenas para 4000 iteración con 2000 iteración de calentamiento y un factor de adelgazamiento 4para obtener 2000 muestras posteriores. Se evaluó la convergencia posterior utilizando la estadística Rhat y mediante el diagnóstico de transiciones divergentes del sampler HMC. También se realizaron calibraciones anteriores a posteriori (véase más adelante). 8.3 ValidaciónValidamos la exactitud de las estimaciones puntuales de nuestro modelo utilizando la validación cruzada. En nuestro esquema de validación cruzada, dejamos fuera 3 días de datos de muerte conocidos (no acumulativos) y encajamos en nuestro modelo. Pronosticamos lo que el modelo predice para estos tres días. Presentamos las previsiones individuales para cada día, así como el Los resultados de validación cruzada se muestran en la Figura8.Figura 8: Resultados de validación cruzada para pronósticos agregados de 3 días y 3 díasFigura 8 proporciona una fuerte justificación empírica para nuestra especificación y mecanismo de modelo.Nuestra previsión precisa sobre un horizonte temporal de tres días sugiere que nuestras estimaciones ajustadas para Rt son apropiadas y plausibles.Además de las estimaciones puntuales, todos evaluamos nuestros intervalos posteriores creíbles utilizando la Rhatstatistic.La estadística de Rhat mide si nuestras cadenas Markov Chain Monte Carlo (MCMC) han convergido a la distribución de equilibrio (la distribución posterior correcta).La Figura 9 muestra las estadísticas de Rhatstatistics para todos nuestros parámetrosFigura 9: Las estadísticas de Rhat - valores cercanos a 1 indican la convergencia de MCMC. La Figura 9 indica que nuestra MCMC ha convergido. 8.4 SensibilidadAnálisis8.4.1 Previsión a escala logarítmica para evaluar la señal en los datosComo hemos destacado en todo el presente informe, el desfase entre las muertes y las infecciones significa que es tiempo suficiente para que la información propague backwards de las muertes a las infecciones y, en última instancia, al Rt. Una conclusión de este informe es la predicción de una desaceleración de la Rt en respuesta a las principales intervenciones. Recuperando la intuición de que se trata de datos impulsados y no simplemente una consecuencia de modelos altamente limitados, mostramos previsiones de muerte a escala logarítmica lineal. En esta escala, una línea que curvas por debajo de una tendencia lineal es indicativa de una desaceleración en el crecimiento de la epidemia. Nuestromodelo sugiere que Italia, un país que tiene el mayor número de muertes de COVID-19, verá una desaceleración en el aumento de las muertes diarias durante la próxima semana en comparación con las primeras etapas de la epidemia. Investigamos la sensibilidad de nuestras estimaciones de inicio y final Rt a nuestra supuesta distribución de intervalos seriales. Para ello consideramos varios escenarios, en los que cambiamos la media de distribución de intervalos seriales, de un valor de 6,5 días, para tener valores de 5, 6, 7 y 8 días. En la Figura 13, mostramos nuestras estimaciones de R0, el número de reproducción inicial antes de las intervenciones, para cada uno de estos escenarios. El orden relativo de la Rt=0 en los países es consistente en todos los entornos. Sin embargo, como se esperaba, la escala de Rt=0 se ve considerablemente afectada por este cambio. Esto se debe a que para alcanzar el tamaño observado actualmente de las epidemias, un intervalo serial más largo se compensa con un R0 estimado más alto. Además, en la Figura 14, mostramos nuestras estimaciones de Rt en el momento del modelo más reciente, de nuevo para cada uno de estos escenarios.La media del intervalo serial puede influir sustancialmente en Rt, sin embargo, los intervalos posteriores de Rt se superponen ampliamente.Figura 13: Número de reproducción inicial R0 para diferentes distribuciones de intervalo serial (SI) (medias entre 5 y 8 días).Utilizamos 6,5 días en nuestro análisis principal.Figura 14: Rt el 28 de marzo de 2020 estimado para todos los países, con distribución de intervalo serial (SI) medias entre 5 y 8 días.Utilizamos 6,5 días en nuestro análisis principal. Para evitar la colinealidad, realizamos 6 modelos separados, con efectos resumidos a continuación (comparar con el análisis principal de la Figura 4). En esta serie de análisis univariados, encontramos (Figura 15) que todos los efectos por sí solos sirven para disminuir el Rt. Esto nos da confianza en que nuestra elección de la distribución previa no está impulsando los efectos que vemos en el análisis principal. Lockdown tiene un efecto muy grande, lo más probable debido a que ocurre después de otras intervenciones en nuestro conjunto de datos. Los tamaños de efecto relativamente grandes para las otras intervenciones son más probables debido a la coincidencia de las intervenciones en el tiempo, de tal manera que una intervención es un proxy para unos pocos otros. Figura 15: Efectos de diferentes intervenciones cuando se utilizan como los únicos covariables en el modelo. 8.4.4.4Para evaluar las suposiciones previas sobre nuestra forma funcional constante por pieza para Rt probamos utilizando una función a Encajamos un modelo con una distribución previa de proceso gaussiano a los datos de Italia donde hay la mayor señal en los datos de muerte. Encontramos que el proceso gaussiano tiene una tendencia muy similar al modelo constante por partes y vuelve a la media en regiones de no datos. La correspondencia de una función completamente no paramétrica y nuestra función constante por piezas sugiere una especificación paramétrica adecuada de Rt. Montaje no paramétrico de Rf usando un proceso gaussiano:8.4.5 Dejar fuera el análisis del paísDebido a las diferentes longitudes de la epidemia de cada país europeo, algunos países, como Italia tienen muchos más datos que otros (como el Reino Unido). Para asegurarnos de que no estamos aprovechando demasiada información de ningún país realizamos un análisis de sensibilidad “dejar fuera un país”, donde recorrimos el modelo sin un país diferente cada vez. La Figura 16 y la Figura 17 son ejemplos de resultados para el Reino Unido, dejando de En general, para todos los países, no observamos ninguna dependencia significativa de ningún país.Figura 16: Resultados de modelos para el Reino Unido, cuando no se utilizan datos de Italia para ajustar el modelo.Ver laFigura 17: Resultados de modelos para el Reino Unido, cuando no se utilizan datos de España para ajustar el modelo.Ver subtítulo de la Figura 2 para una explicación de las gráficas. Para resultados teóricos bien conocidos de la ecuación de renovación, dada una distribución de intervalo serie g(r) con media m y desviación estándar 5, dada a = mZ/S2 y b = m/SZ, y posteriormente R0 = (1 + %).Figura 18 muestra teóricamente derivada R0 junto con nuestras estimaciones de Rt=0 de nuestro modelo jerárquico bayesiano.Como se muestra en la Figura 18 hay una grancorrespondencia entre nuestro número de reproducción inicial estimado y el número de reproducción básica implícito por la tasa de crecimiento r.R0 (rojo) vs R(FO) (negro)Figura 18: Nuestra estimación de R0 (negro) versus Ru(rojo) teóricamente derivado de un ajuste de regresión log lineal. 8.5 Análisis contrafactual — intervenciones frente a no intervencionesFigura 19: Número diario de muertes confirmadas, predicciones (hasta el 28 de marzo) y previsiones (después) para todos los países, excepto Italia y España, de nuestro modelo con intervenciones (azul) y del modelo contrafactual sin intervenciones (rosa); los intervalos creíbles se muestran a una semana en el futuro. DOI: https://doi.org/10.25561/77731Página 28 de 3530 de marzo de 2020 Imperial College Equipo de respuesta COVID-19 8.6 Fuentes de datos y cronograma de intervencionesFigura 1 y Tabla 3 muestran las intervenciones de los 11 países en nuestro estudio y las fechas en que estas intervenciones entraron en vigor. Tabla 3: Calendario de intervenciones. País Tipo Evento Fecha efectivaCerrado escolar ordenadoCerrados escolares nacionales.20 14/3/2020Eventos públicosprohibido la celebración de reuniones de más de 5 personas.21 10/3/2020Prohibir todo acceso a espacios públicos y reunionesLockdown de más de 5 personas.Consejos para mantener 1 distancia ordenada.22 16/3/2020Desplazamiento socialalentadoRecomendación para mantener una distancia de 1m.22 16/3/2020Medidas de Austria basadas en casos Implementado en el bloqueo.22 16/3/2020Cerrado escolar ordenadoCerrados escolares nacionales.23 14/3/2020Eventos públicos Todas las actividades recreativas canceladas independientemente de la talla prohibida.23 12/3/2020Los ciudadanos deben permanecer en casa excepto para el trabajo de Lockdown y los viajes esenciales. 24 18/3/2020El transporte público sólo se recomienda para los viajes esenciales de distanciamiento social, el trabajo desde casa fomentado, todos los lugares de interés público, por ejemplo, restaurantes cerrados.23 14/3/2020Case-based Todo el mundo debe permanecer en casa si experimenta una Bélgica mide la tos o la fiebre.25 10/3/2020Cierre escolar Escuelas secundarias cerradas y universidades (escuelas de orden primario también cerradas el 16).26 13/3/2020Eventos públicos Prohibición de eventos > 100 personas, instituciones cerradas de prohibición cultural, instalaciones de ocio, etc.27 12/3/2020Prohibición de reuniones de > 10 personas en lugares públicos y todos ordenados fueron cerrados.27 18/3/2020Uso limitado del transporte público. Todas las instituciones de distancia social cultural cierran y recomiendan mantener una distancia adecuada alentada.28 13/3/2020Base de casos Todo el mundo debe permanecer en casa si experimenta una Dinamarca medidas de tos o fiebre.29 12/3/2020Cierre de escuelas ordenado Cierre de escuelas nacionales.30 14/3/2020Eventos públicosprohibidos Prohibiciones de eventos > 100 personas.31 13/3/2020Lockdown Todo el mundo tiene que permanecer en casa.Necesita un formulario de autorización autoordenada para salir de casa.32 17/3/2020Consejos de estímulo social en el momento del bloqueo.32 16/3/2020Medidas basadas en casosFrancia Consejos en el momento del bloqueo.32 16/03/2020Cierre de escuelas ordenados Nacionalmente.33 14/3/2020Eventos públicos Ninguna reunión de > 1000 personas. 34 22/3/2020Lockdown Recopilaciones de > 2 personas prohibidas, 1,5 distancias ordenadas.35 22/3/2020Desplazamiento social Evite la interacción social siempre que sea posibleAlentado recomendado por Merkel.36 12/3/2020Consejo para todos los que experimentan síntomasContacto basado en un caso de una agencia de atención de la salud para hacerse la prueba y las medidas de Alemania para entonces auto-aislarse.37 6/3/2020Cierre de escuelas ordenado Cierre de escuelas a nivel nacional.38 5/3/2020Eventos públicosprohibidos El gobierno prohíbe todos los eventos públicos.39 9/3/2020Lockdown El gobierno cierra todos los lugares públicos. Las personas ordenadas tienen que permanecer en casa excepto para los viajes esenciales.40 11/3/2020Hay que mantener una distancia de más de 1 m y se debe fomentar el distanciamiento social de cualquier otra forma de agregación alternativa.40 9/3/2020Consejo basado en casos de autoaislamiento si experimenta síntomasMedidas en Italia y cuarentena si se prueba positivo.41 9/3/2020La Dirección de Salud de Noruega cierra todas las instituciones educativas de cierre escolar.Incluidas las instalaciones ordenadas para el cuidado de los niños y todas las escuelas.42 13/3/2020Eventos públicos La Dirección de Salud prohíbe todo contacto social no necesario.42 12/3/2020Lockdown Sólo las personas que viven juntas están permitidas fuera de orden. Todo el mundo tiene que mantener una distancia de 2 metros.43 24/3/2020Desconexión social La Dirección de Salud aconseja contra todo tipo de viajes alentados y contactos sociales no necesarios.42 16/3/2020Consejo basado en un caso para aislarse por 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre.44 15/3/2020Ordenado Cierre de escuelas nacionales.45 13/3/2020Eventos públicosprohibido Prohibir todos los eventos públicos mediante bloqueo.46 14/3/2020Lockdownordenado Bloqueo de todo el país43 14/3/2020Consejo de distanciamiento social sobre distanciamiento social y trabajo en forma remota alentada desde casa.47 9/3/2020Consejo basado en un caso para autoaislarse por 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre en España47 17/3/2020Cerrado de escuelas y escuelas secundarias superiores cerrado.48 18/3/2020Eventos públicosprohibidos El gobierno prohíbe eventos > A las personas con síntomas leves se les dice que limiten el contacto social de distanciamiento social, el estímulo para trabajar desde una casa alentada.50 16/3/2020Consejo basado en un caso de auto-aislamiento si experimentan tos o Suecia mide los síntomas de fiebre.51 Cierre de la escuela ordenado No en persona hasta el 4 de abril.52 14/3/2020Eventos públicos prohibidos El gobierno prohíbe eventos > 100 personas.52 13/3/2020Reuniones ordenadas de bloqueo de más de 5 personas están prohibidas.53 2020-03-20Consejos para mantener la distancia.Todas las empresas donde el distanciamiento social no se puede realizar se han cerrado en todos los estados alentados (kantones).54 16/3/2020Consejo basado en un caso para auto-aislarse si experimentan tos o Suiza mide los síntomas de fiebre.55 2/3/2020Cierre de la escuela general. Los cuidadores de niños, las guarderías para el cierre de escuelas y las sextas formas deben seguir las directrices ordenadas.56 21/3/2020Eventos públicos prohibidos Implementados con bloqueo.57 24/3/2020Los conjuntos de más de 2 personas no pertenecientes al mismo hogar están prohibidos y sujetos a la policía.57 24/3/2020Consejos de distanciamiento social para evitar pubs, clubes, teatros y otras instituciones públicas alentadas.58 16/3/2020Consejo basado en un caso para aislarse durante 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre en el Reino Unido.59 12/3/20209 Referencias1. Li, R. et al. Infección indocumentada sustancial facilita la rápida difusión del nuevocoronavirus (SARS-CoV2). Ciencia (2020) doi:10.1126/science.abb3221. 2. Zhang, J. et al. Patrones de contacto social humano y contacto con animales en Shanghai, China 5cLRep.9,1—11(2019)3. Worldómetros.info. Hong Kong: casos de coronavirus. https://www.wo rldómetros.info/co ronavirus/country/china-hong-kong-sar/. 4. Ferguson, N. et al. Impacto de las intervenciones no farmacéuticas (NPI) para reducir la mortalidad y la demanda de asistencia sanitaria (Informe 9). https://www.imperial.ac.uk/mrc-global-infectious-disase-analysis/news--wuhan-coronavirus/. 5. Cereda, D. et al. La fase inicial del brote de COVID-19 en Lombardy, Italia. arXiv (2020). 6. Zhao, A. J. et al. Título: Respuestas anticuerpos al SARS-CoV-2 en pacientes con nuevas enfermedades por coronavirus 2019 Título breve : Respuestas anticuerpos en pacientes con COVID-19. (2020). 7. Jombart, T. et al. Inferir el número de casos de COVID-19 de muertes recientemente notificadas. medRXiV 2020.03.10.20033761(2020)doi:10.10101/2020.03.10.20033761. 8. Zhang, J. et al. Perfil de edad de susceptibilidad, mezcla y distanciamiento social dan forma a la dinámica del brote de la nueva enfermedad por coronavirus 2019 en China. (2020) doi:10.10101/2020.03.19.20039107. 9. Lourenco, J. et al. Los principios fundamentales de la propagación epidémica destacan la necesidad inmediata de realizar encuestas serológicas a gran escala para evaluar la etapa de la epidemia por SARS doi:10.1101/2020.03.24.2004229110.Naciones Unidas, Departamento de Asuntos Económicos y Sociales, División de Población. WorldPopulation Prospects 2019: Data booket. ST/ESA/SER.A/424. (2019). 11. Verity, R. et al. Estimaciones de la gravedad de la enfermedad de COVID-19. Lancet Infect Dis en la prensa (2020). 12. Walker, P. G. T. et al. Report 12: The Global Impact of COVID-19 and Strategies for Mitigation and Supresation. 13. Fraser, C. Estimating Individual and Household Reproduction Numbers in a EmergingEpidemmic. PL05 ONE 2, e758 (2007). 14. Cori, A., Ferguson, N. M., Fraser, C. & Cauchemez, S J. Epidemiol. 178, 1505-1512(2013115. Nouvellet, P. et al. Un enfoque sencillo para medir la transmisibilidad y la incidencia prevista. Epidemias 22, 29-35 (2018). 16. Cauchemez, 8., Valleron, A. J., Boelle, P. Y., Flahault, A. & Ferguson, N. M. Estimación del impacto del cierre escolar en la transmisión de la gripe a partir de datos Sentinel. Nature 452, 750-754 (2008). 17. Bellman, R. & Harris, T. On Age-Dependent Binary Branking Processes. Ann. Math. 55, 280-295(1952118. Bellman, R. & Harris, T. E. Sobre la teoría de los procesos de ramificación estocásticos dependientes de la edad. Proc. Nat 34, 601-604 (1948). 19. Stan Development Team. 2018. The Stan Core Library, versión 2.18.0. http://mc-stan.org. 20. Bundesministerium. Coronavirus (COVID-19): Status quo — Schulen, Hochschulen,Universitaten und Forschungsinstitutionen. https://www.bmbwf.gv.at/Ministerium/Informationspflicht/corona/corona_status.html. 21. Henley, J. Coronavirus: Los Estados de la Unión Europea promulgan medidas duras para la propagación del tallo. The Guardianhttps://www.theguardian.com/world/200/mar/10/coranonavirus-varios-estados-eu-states-ban-masa-mass-as-pos-italian-lockdown (20 25. Servicio Público Federal. Protéjase y proteja a los demás. https://www.info-coronavirus.be/en/2020/03/10/protege-y-protege-the-others/ (2020). 26. Wikipedia. 2020 pandemia de coronavirus en Dinamarca. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/2020_coronavirus_pandemic_in_Dinamarca. 27. Stephensen, Emma Kinker; Hansen, T. S. Danmark lukker ned: Her er regeringens nye basculag. TV2 https://nyheder.tv2.dk/samfund/2020-03-11-danmark-lukker-ned-er-regeringens-nye-tiltag(2020128. Politi. Nye illbag mod covid-19. Politi https://politi.dk/coronavirus-i-danmark/seneste-nyt-fra-myndighederne/nye-tiltag-mod-covid-19 (2020). 29. Styrelsen for Patientsikkerhed. Indberetning om covid-19zlnformation om mulighed forp\aabud til enkeltpersoner (coronavirus/covid-19). https://stps.dk/da/ansvar-og-retningslinjer/vejledning/indberetning-om-covid-19/#. 30. Wikipedia. 2020 coronavirus pande in France. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/2020_coronavirus_pandemic_in_France. 31. Francia prohíbe las reuniones de más de 100 personas a medida que aumenta el número de muertes por coronavirus -The Local. The Local https://www.thelocal.fr/20200313/france-bans-recopilations-of-over-100-people-to-fight-coronavirus-pandemic (2020). 32. Henley, Jon; Willsher, Kim; Kassam, A. Coronavirus: Francia impone un bloqueo cuando la UE pide una prohibición de viajar de 30 días. The Guardian https://www.theguardian.com/world/2020/mar/16/coronavirus-spain-takes-over-privado-healthcare-amid-more-euro-pean-lockdowns (2020). 33. Wikipedia. 2020 coronavirus pande in Germany. Fundación Wikimediahttps://en.wi 34. BMI. Coronavirus: Fragen und Antworten. Bundesministerium des Innern,fur Bau und Heimathttps://web.archive.org/web/20200317073042/https://www.bmi.bund.de/SharedDocs/faqs/DE/themen/bevoelkerungssschutz/coranavirus/coranavirus-faqs.htmI#doc13738352bodyText7. 35. Noticias de la BBC. Coronavirus: Alemania endurece los frenos y prohíbe las reuniones de más de dos personas. BBCNews https://www.bbc.co.uk/news/world-europe-51999080 (2020). 36. Bundesregierung. Kanzlerin trifft Regierungschefs der Lander Sozialkontakte https://www.bundesregierung.de/breg-de/themen/coranavirus/mpk-1730186(2020)37. Robert Koch Institut. Antworten auf haufig gestellte Fragen zum Coronavirus SARS-CoV-2. Robert Koch Instituthttps://web.archive.org/web/20200312004624/https://www.rki.de/SharedDocs/FAQ/NCOV2019/FAQ_Liste.html (2020). 38. Ministero della Salute. Governo anuncia sospensione dell’attivita didattica dal 5 a15 marzo. Ministero della Salutehttp://www.salute.gov.it/portale/nuovocoronavirus/dettaglioVideoNuovoCoronavirus.jsp?lingua=italiano&menu=multimedia&p=video&id=2052 (2020). 39. CNN. Italia prohíbe los viajes y cancela todos los actos públicos en su región septentrional. CNNhttps://edition.cnn.com/2020/03/08/europe/italy-coranavirus-lockdown-europe-intl/index.html(2020). Attualita. Coronavirus: parada de un pub, cine, teatro e discoteche anche a Roma. Ecco cosaprevede il nuovo decreto. Roma Today https://www.romatoday.it/attualita/coranavirus-pub-cinema-teatri-locali-chiusi-nuovo-decreto.html (2020). 41. Gazzetta Ufficiale. DECRETO DEL PRESIDENTE DEL CONSIGLIO DEL MINISTRI. Gazzetta Ufflclalehttps://www.gazzettaufficiale.it/eli/id/20/03/08/20A01522/sg (2020). 42. Helsedirektoratet. La Dirección de Salud de Noruega ha adoptado la decisión de cerrar las escuelas y otras instituciones educativas. Hellem-Hansen, Viktoria L.; Tandstad, B. Folkehelseinstituttet mener23.000 kan vaere smittet. NRK https://www.nrk.no/norge/folkehelseinstituttet-mener-23.000-kan-vaere-smittet-1.14958149 (2020). 44. Gobierno de Norweigen. regjeringen.no https://www.regjeringen.no/en/aktuelt/the-government-is-esestableciendo-clear-cuarantine-and-aislation-rules/id2693647/ (2020). 45. Wikipedia. 2020 coronavirus pandemic in Spain. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/20_coronavirus_pandemic_in_Spain. 46. Gabinete de Prensa. El Gobierno anuncia nuevas medidas para eliminar la extensión del nuevo coronavirus COVID-19. Gobierno de Españahttps://www.mscbs.gob.es/gabinete/notasPrensa.do?id=4807 (2020). 47. Gabinete de Prensa. El Consejo Interterritorial del SNS alcanza medidas concretas para zonascon transmisión comunitaria de coronavirus. Gobierno de Españahttps://www.mscbs.gob.es/gabinete/notasPrensa.do?id=4806 (2020). 48. Folkhalsomyndigheten.se/nyheter-och-press/nyhetsarkiv/2020/mars/larosaten-och-gymnasieskolor-uppmanas-nu-att-bedriva-distansundervisning(2020). El local. Suecia prohíbe grandes eventos para detener la propagación del coronavirus. El localhttps://www.theloca.se/20200311/sweden-to-ban-large-public-coronavirus-over-coronavirus (2020). 50. Radosevich. Estocolmoers instados a trabajar desde casa como comunidad COVID-19 se extendió confirmado. Sveriges Radiohttps://sverigesradio.se/sida/artikel.aspx?programid=2054&artikel=7430511(2020). Folkhdlsomyndigheten https://www.folkhalsomyndigheten.se/nyheter-och-press/nyhetsarkiv/2020/mars/flera-tecken-pa-samhallsspridning-av-covid-19-i-sverige/ (2020). 52 Bundesamt fur Gesendheit BAG. Bundesrat verscharft Massnahmen gegen das Coronaviruszum Schutz der Gesundheit und unterstUtzt betroffene Branchen. Schweizerische Eidgenossenschafthttps://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg-id-78437.html( Coronavirus: Bundesrat verbietet Ansammlungen von mehrals fUnf Personen. Schweizerische Eidgenossenschaft https://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg-id-78513.html (2020). 54. Bundesamt fur Gesundheit BAG. Coronavirus: Bundesrat erklart die «ausserordentliche Lage»und verscharft die Massnahmen. Schweizerische Eidgenossenschafthttps://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg- Neue Hygiene- und Verhaltensregeln zum Schutz gegen dasneue Coronavirus. Schweizerische Eidgenossenschaft https://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/a ktuell/medienmitteilungen.msg-id-78304.html (2020). 56. Gobierno del Reino Unido, D. for E. Schools, colleges and early ambients to close. Gobierno del Reino Unidohttps://www.gov.uk/government/news/schools-colleges-and-ears-settings-to-close (2020). 57. Gobierno del Reino Unido. Discurso del Primer Ministro a la nación sobre el coronavirus: 23 de marzo de 2020. Gobierno del Reino Unidohttps://www.gov.uk/government/speeches/pm-address-to-the-nation-on-coronavirus-23-march-2020(2020158. Boycott-Owen, Mason; Bowman, Verity; Kelly-Linden, Jordan; Gartner, A. G. H. S. T.Coronavirus: Boris Johnson encierra al Reino Unido a medida que el número de muertos llega a 55. The Telegraphhttps://www.telegraph.co.uk/global-health/science-and- disease/coronavirus-news-uk-latest-update-covid-19-death-toll-cases/ (2020). BBC Newshttps://www.bbc.co.uk/news/uk-51857856 (2020).

¿Cuál es el porcentaje medio estimado de Bélgica [intervalo creíble del 95%] de la población total infectada al 28 de marzo?

Estimando el número de infecciones y el impacto de las intervenciones no farmacéuticas en el COVID-19 en 11 países europeos30 marzo 2020 Imperial College COVID-19 Response TeamSeth Flaxmani Swapnil Mishra*, Axel Gandy*, H JulietteT Unwin, Helen Coupland, Thomas A Mellan, HarrisonZhu, Tresnia Berah, Jeffrey W Eaton, Pablo N P Guzman, Nora Schmit, Lucia Cilloni, Kylie E C Cuomo—Dannenburg, Amy Dighe, Bimandra Djaafara, Ilaria Dorigatti, Sabine van Elsland,Rich Fitz, Han Fu, Katy Gaytorpe, Gendarme, Peter Geidelberg, Wi Green, Timothy Hallett, Arranmlet, Weinsland, EE.UU., EE.UU En respuesta, muchos países europeos han puesto en marcha intervenciones no farmacéuticas sin precedentes, como el aislamiento de casos, el cierre de escuelas y universidades, la prohibición de reuniones masivas o actos públicos, y, más recientemente, una ampliadistribución social a escala local y nacional, incluidos los bloqueos.En este informe, utilizamos un modelo jerárquico bayesiano semimecanicista para tratar de deducir el impacto de estas intervenciones en 11 países europeos.Nuestros métodos suponen que los cambios en el número productivo —una medida de transmisión— son una respuesta inmediata a estas intervenciones en lugar de cambios graduales más amplios en el comportamiento.Nuestro modelo estima estos cambios calculando hacia atrás de las muertes observadas a lo largo del tiempo para estimar la transmisión que ocurrió varias semanas antes, permitiendo el lapso entre la infección y la muerte.Una de las principales suposiciones del modelo es que cada intervención tiene el mismo efecto en el número de producción en todos los países y en el tiempo. Esto nos permite aprovechar una mayor cantidad de datos en toda Europa para estimar estos efectos. También significa que nuestros resultados están fuertemente impulsados por los datos de países con epidemias más avanzadas, y las intervenciones anteriores, como Italia y España. Encontramos que el lento crecimiento de las muertes diarias reportadas en Italia es consistente con un impacto significativo de las intervenciones implementadas varias semanas antes. En Italia, estimamos que el número de reproducción efectiva, Rt, cayó a cerca de 1 alrededor de la época de Iockdown (11 de marzo), aunque con un alto nivel de incertidumbre. En general, estimamos que los países han logrado reducir su número de reproducción. Nuestras estimaciones tienen amplios intervalos creíbles y contienen 1 para los países que han implementado intervenciones consideradas en nuestro análisis. Esto significa que el número de reproducción puede estar por encima o por debajo de este valor. Dado que las intervenciones actuales se mantienen al menos hasta finales de marzo, estimamos que las intervenciones en los 11 países habrán evitado 59.000 muertes hasta el 31 de marzo[intervalo creíble del 95%: 21.000-120.000].Muchas más muertes se evitarán garantizando que las intervenciones permanezcan en vigor hasta que la transmisión disminuya a niveles bajos.Estimamos que, en los 11 países entre 7 y 43 millones de personas se han infectado con el SARS-CoV-Z hasta el 28 de marzo, lo que representa entre el 1,88% y el 11,43% de la población.Se estima que la proporción de la población infectada hasta la fecha —la tasa de ataque— es la más alta en España seguida por Italia y la más baja en Alemania y Noruega, lo que refleja las etapas relativas de las epidemias.Dado el retraso de 2-3 semanas entre el momento en que se producen los cambios de transmisión y cuando su impacto puede observarse en las tendencias de mortalidad, Si las intervenciones en países en las etapas más tempranas de su epidemia, como Alemania o el Reino Unido, son más o menos eficaces de lo que eran en los países con epidemias avanzadas, en los que nuestras estimaciones se basan en gran medida, o si las intervenciones han mejorado o han empeorado con el tiempo, nuestras estimaciones del número de reproducción y las muertes evitadas cambiarían en consecuencia. Por lo tanto, es fundamental que las intervenciones actuales sigan en vigor y las tendencias en los casos y muertes se monitoricen de cerca en los próximos días y semanas para garantizar que la transmisión del SARS-Cov-Z se esté desacelerando. Imperial College London (2020), doi:https://doi.org/10.25561/777311 IntroducciónTras la aparición de un nuevo coronavirus (SARS-CoV-Z) en Wuhan (China) en diciembre de 2019 y su propagación mundial, han surgido en Europa grandes epidemias de la enfermedad, causadas por el virus denominado COVID-19. En respuesta al creciente número de casos y muertes, y para mantener la capacidad de los sistemas de salud para tratar tantos casos graves como sea posible, los países europeos, como los de otros continentes, han implementado o están en proceso de aplicar medidas para controlar susepidemias. Estas intervenciones no farmacéuticas a gran escala varían de un país a otro, pero incluyen distanciamiento social (como la prohibición de grandes reuniones y el asesoramiento a las personas para que no socialicen fuera de sus hogares), cierres de fronteras, cierres de escuelas, medidas para aislar a las personas sintomáticas y sus contactos, y bloqueos a gran escala de poblaciones con todos los viajes internos menos esenciales prohibidos.Entender, en primer lugar, si estas intervenciones están teniendo el impacto deseado de controlar la epidémica y, en segundo lugar, qué intervenciones son necesarias para mantener el control, es crítico dada su gran coste económico y social.El objetivo clave de estas intervenciones es reducir el número de reproducción eficaz, Rt, de la infección, una cantidad epidemiológica fundamental que representa el número medio de infecciones, en el momento t, por caso infectado durante el curso de su infección. Si Rt es mayor que 1, las infecciones aumentarán (dependiendo de cuánto mayor que 1 el número de reproducción es) hasta los picos tepidémicos y eventualmente disminuye debido a la adquisición de inmunidad de rebaños. En China, las estrictas restricciones de movimiento y otras medidas incluyendo aislamiento de casos y cuarentena comenzaron a introducirse a partir del 23 de enero, lo que logró una tendencia a la baja en el número de nuevos casos confirmados durante febrero, resultando en cero nuevos casos indígenas confirmados en Wuhan para el 19 de marzo. Los estudios han calculado cómo cambió Rt durante este tiempo en diferentes áreas de China desde alrededor de 2-4 durante la epidemia incontrolada hasta menos de 1, con una disminución estimada de 7-9 veces en el número de contactos diarios por persona.1'2 Medidas de control tales como distanciamiento social, pruebas intensivas y rastreo de contacto en otros países como Singapur y Corea del Sur han reducido con éxito la incidencia de casos en las últimas semanas, aunque existe un riesgo de que el virus se propague de nuevo una vez que las medidas de control se relajen.3'4La epidemia comenzó un poco más tarde en Europa, a partir de enero o más tarde en diferentes regiones.5 Los países han aplicado diferentes combinaciones de medidas de control y es probable que el nivel de cumplimiento de las recomendaciones gubernamentales sobre distanciamiento social varíe entre países, en parte debido a diferentes niveles de aplicación. La estimación de los números de reproducción para el SARS-CoV-Z presenta desafíos debido a la alta proporción de infecciones no detectadas por los sistemas de salud"7 y a los cambios regulares en las políticas de pruebas, lo que da lugar a proporciones indiferentes de infecciones detectadas a lo largo del tiempo y entre los países.La mayoría de los países hasta ahora sólo tienen la capacidad de probar una pequeña proporción de casos sospechosos y las pruebas están reservadas para pacientes con enfermedades graves o para grupos de alto riesgo (por ejemplo, contactos de casos).Por lo tanto, el análisis de los datos de los casos da una visión sistemáticamente sesgada de las tendencias.Una forma alternativa de estimar el curso de la epidemia es volver a calcular las infecciones derivadas de las muertes observadas. Si bien las tendencias recientes de las muertes serán, por tanto, informativas, hay un retraso en la observación del efecto de las intervenciones en las muertes, ya que hay un período de 2 a 3 semanas entre lainfección, el inicio de los síntomas y el resultado.En este informe, encajamos un nuevo modelo mecánico bayesiano del ciclo de infección en las muertes observadas en11 países europeos, inferiendo límites plausibles superiores e inferiores (intervalos creíbles bayesianos) de la población total infectada (tasas de ataque), probabilidades de detección de casos y el número de reproducción a lo largo del tiempo (Rt).Ajustamos el modelo conjuntamente a los datos de COVID-19 de todos estos países para evaluar si hay pruebas de que las intervenciones han tenido éxito hasta ahora en reducir la Rt por debajo de 1, con la fuerte suposición de que las intervenciones particulares están logrando un impacto similar en diferentes países y de que la La mayoría de las intervenciones se iniciaron alrededor del 12 al 14 de marzo. Analizamos los datos sobre las muertes hasta el 28 de marzo, dando un margen de 2-3 semanas para estimar el efecto de las intervenciones. Actualmente, la mayoría de los países en nuestro estudio han implementado todas las intervenciones no farmacéuticas importantes. Para cada país, modelamos el número de infecciones, el número de muertes y el número de reproducciones efectivas a lo largo del tiempo, con Rt cambiando sólo cuando se introduce una intervención (Figura 2-12). Rt es el número medio de infecciones secundarias por individuo infectado, asumiendo que las intervenciones que se realizan en el momento t permanecen en el lugar durante todo su período infeccioso. Cada país tiene su propio número de reproducción inicial Rt antes de que se lleven a cabo las intervenciones. Se supone que las intervenciones específicas tienen el mismo impacto relativo en Rt en cada país cuando se introdujeron allí y están informadas por los datos de mortalidad en todos los países. Figura l: Cronogramas de intervención para los 11 países europeos incluidos en el análisis.Para más detalles, véase el apéndice 8.6.2 2.1.Números reales estimados de infecciones y tasas actuales de ataqueEn todos los países, estimamos que hay órdenes de magnitud menos infecciones detectadas (Figu En Italia, nuestros resultados sugieren que, acumulativamente, 5.9 [1,9-15,2] millones de personas han sido infectadas al 28 de marzo, dando una tasa de ataque del 9,8% [3,2%-25%] de la población (Tabla 1). España ha visto recientemente un gran aumento en el número de muertes, y dada su menor población, nuestro modelo estima que una mayor proporción de la población, 15,0% (7,0 [18-19] millones de personas) han sido infectadas hasta la fecha. Alemania se estima que tiene una de las tasas de ataque más bajas en el 0,7% con 600.000[240,000-1,500.000] personas infectadas. Imperial College COVID-19 Response TeamTabla l: Modelo posterior estimaciones del porcentaje de la población infectada al 28 de marzo de 2020. País % de la población total infectada (media [intervalo creíble del 95%l)Austria 1,1% [0,36%-3,1%]Bélgica 3,7% [1,3%-9,7%]Dinamarca 1,1% [0,40%-3,1%]Francia 3,0% [1,1%-7,4%]Alemania 0,72% [0,28%-1,8%]Italia 9,8% [3,2%-26%]Noruega 0,41% [0,09%-1,2%]España 15% [3,7%-41%]Suecia 3,1% [0,85%-8,4%]Suiza 3,2% [1,3%-7,6%]Reino Unido 2,7% [1,2%-5,4%]2,2 Números de reproducción e impacto de las intervencionesAveriguados en todos los países, estimamos que los números de reproducción inicial rondan los 3,87 [3,01-4,66], lo que está en consonancia con otras estimaciones.1'8 Estas estimaciones se basan en nuestra elección de la distribución entre intervalos seriales y la tasa de crecimiento inicial de Un intervalo serial más corto supone un menor número de reproducción inicial (Apéndice 8.4.2, Apéndice 8.4.6).Los números de reproducción inicial también son inciertos debido a que: a) la importación es la fuente dominante de nuevas infecciones al principio de la epidemia, en lugar de la transmisión local (b) la posible incertidumbre en las muertes, particularmente antes de que se generalizaran las pruebas.Estimamos que los grandes cambios en la Rt en respuesta a las intervenciones combinadas no farmacéuticas.Nuestros resultados, impulsados en gran parte por países con epidemias avanzadas y un mayor número de muertes (por ejemplo, Italia, España), sugieren que estas intervenciones han tenido conjuntamente un impacto sustancial en la transmisión, medidos por los cambios en el número de reproducción estimado Rt. En todos los países encontramos estimaciones actuales de Rt que van desde una media posterior de 0,97 [0,14-2,14] para Noruega a una media a posteriori de 2,64 [1,40-4,18] para Suecia, con un promedio de 1,43 en los 11 países a posteriori, una reducción del 64% en comparación con los valores de pre-intervención. Observamos que estas estimaciones son consistentes en que el impacto de la intervención es el mismo en diferentes países y en diferentes épocas. En todos los países excepto Suecia, con las mismas suposiciones, estimamos que el número de reproducción actual incluye 1 en el rango de incertidumbre. El número de reproducción estimado para Suecia es mayor, no porque las tendencias de mortalidad son significativamente diferentes de cualquier otro país, sino como un artefacto de nuestro modelo, que supone una reducción menor en Rt porque no se ha ordenado un bloqueo completo en la medida. En general, aún no podemos concluir si las intervenciones actuales son suficientes para lograr que Rt sea inferior a 1 (posterior probabilidad de ser inferior a 1,0 es un 44% en promedio en todos los países). También no podemos concluir si las intervenciones pueden ser diferentes entre países o con el tiempo. Sigue habiendo un alto nivel de incertidumbre en estas estimaciones.Es demasiado pronto para detectar un impacto sustancial de la intervención en muchos países en etapas anteriores de su epidemia (por ejemplo, Alemania, Reino Unido, Noruega).Muchas intervenciones se han producido sólo recientemente, y sus efectos aún no se han observado plenamente debido al retraso entre la infección y la muerte.Esta incertidumbre reducirá a medida que se disponga de más datos.Para todos los países, nuestro modelo se ajusta bien a los datos de muertes observadas (pruebas de bondad de la adecuación bayesiana).También descubrimos que nuestro modelo puede predecir de manera fiable las muertes diarias 3 días en el futuro, reteniendo los últimos 3 días de datos Sin embargo, al realizar un análisis de sensibilidad (Apéndice 8.4.3) con distribuciones previas sin información (donde las intervenciones pueden aumentar las muertes) encontramos un impacto similar de las intervenciones del equipo de respuesta del Colegio Imperial COVID-19, que muestra que nuestra elección de la distribución previa no está impulsando los efectos que vemos en el análisis principal.Figura 2: Estimaciones a nivel de país de infecciones, muertes y Rt. Izquierda: número diario de infecciones, marronbars se reportan infecciones, bandas azules son infecciones predichas, intervalo creíble de azul oscuro 50% (IC), azul claro 95% IC. El número de infecciones diarias estimadas por nuestro modelo disminuye inmediatamente después de una intervención, ya que suponemos que todas las personas infectadas se vuelven inmediatamente menos infecciosas a través de la intervención. Medio: número diario de muertes, barritas marrones se reportan muertes, bandas azules se predicen muertes, Cias en la parcela izquierda. Derecha: número de reproducción variable en el tiempo Rt, verde oscuro 50% IC, verde claro 95% IC. Iconos son intervenciones mostradas en el momento en que ocurrieron. Imperial College COVID-19 Response TeamTabla 2: Muertes previstas totales desde el inicio de la epidemia hasta el 31 de marzo en nuestro modelo y en un modelo contrafactual (suponiendo que no hubo intervención).Estimadas muertes evitadas durante este período como resultado de las intervenciones.Números entre paréntesis son intervalos creíbles del 95%. 2.3 Impacto estimado de las intervenciones en las muertesLa Tabla 2 muestra el total de muertes previstas desde el comienzo de la epidemia hasta el 31 de marzo bajo nuestro modelo ajustado y bajo el modelo contrafactual, que predice lo que habría ocurrido si no se implementaran intervenciones (y R, En Italia y España, donde la epidemia está avanzada, se han evitado 38.000 muertes [13.000-84.000] y 16.000 [5400-35.000], respectivamente. Incluso en el Reino Unido, que es mucho más temprano en su epidemia, se han evitado 370 [73-1,000] muertes, que sólo dan lugar a las muertes evitadas que habrían ocurrido hasta el 31 de marzo. Si se incluyeran las muertes de individuos actualmente infectados en ambos modelos, lo que podría ocurrir después del 31 de marzo, las muertes evitadas serían sustancialmente más altas. Figura 3: Número diario de muertes confirmadas, predicciones (hasta el 28 de marzo) y previsiones (después) para (a)Italia y (b) España de nuestro modelo con intervenciones (azul) y del modelo sin intervencionescontrafactuales (rosa); los intervalos creíbles se muestran una semana en el futuro. Otros países se muestran en el Apéndice 8.6. 03/0 25% 50% 753% 100%(sin efecto sobre la transmisibilidad) (final de la transmisibilidadReducción porcentual en R.Figura 4: Nuestro modelo incluye cinco covariables para intervenciones gubernamentales, ajustando para si la intervención fue la primera realizada por el gobierno en respuesta a COVID-19 (rojo) o fue posterior a otras intervenciones (verde).Se muestra una reducción porcentual relativa media en Rt con intervalos creíbles posteriores al 95%.Si se logra una reducción del 100%, Rt = 0 y no hay mástransmisión de COVID-19.No hay efectos significativamente diferentes de los de otras intervenciones, probablemente debido al hecho de que muchas intervenciones ocurrieron en el mismo día o en días de cada una como se muestra en la Figura l.3 DiscusiónDurante esta fase temprana de medidas de control contra el nuevo coronavirus en Europa, analizamos tendencias en el número de muertes para evaluar la medida en que se está reduciendo la transmisión Al representar el proceso de infección por COVID-19 utilizando un modelo jerárquico semimecánico, conjunto y bayesiano, podemosreducir las tendencias observadas en los datos de muertes y podemos pronosticar con precisión en cortos horizontes de tiempo.Estimamos que ha habido muchas más infecciones de las que se reportan actualmente.El alto nivel de incertidumbre de infecciones que estimamos aquí es probable debido al enfoque en pruebas en entornos hospitalarios más que en la comunidad.A pesar de esto, sólo una pequeña minoría de individuos en cada país han sido infectados, con una tasa de ataque en promedio del 4,9% [l,9%-l%] con una considerable variación entre países (Tabla 1).Nuestras estimaciones implican que las poblaciones en Europa no están cercanas a la inmunidad de rebaños ("50-75% si R0 es 2-4).Además, con los valores de Rt disminuyendo sustancialmente, la tasa de adquisición de inmunidad de rebaños se ralentizará rápidamente. Esto implica que el virus será capaz de propagarse rápidamente en caso de que se levanten las intervenciones.Tales estimaciones de la tasa de ataque hasta la fecha deben ser validadas con urgencia por pruebas de anticuerpos recientemente desarrolladas en encuestas de población representativas, una vez que éstas estén disponibles.Estimamos que las intervenciones no farmacéuticas importantes han tenido un impacto sustancial en el número de reproducción que varía en el tiempo en los países donde ha habido tiempo para observar los efectos de la intervención en las tendencias de las muertes (Italia, España). Debido a la rápida sucesión de intervenciones en muchos países, no se dispone de datos suficientes para estimar el tamaño del efecto individual de cada intervención, y desalentamos la atribución de asociaciones a la intervención individual.En algunos casos, como Noruega, donde todas las intervenciones se ejecutaron a la vez, estos efectos individuales son por definición no identificables.A pesar de esto, aunque no se pueden determinar los impactos individuales, su impacto conjunto estimado está fuertemente justificado empíricamente (véase el apéndice 8.4 para el análisis de sensibilidad).Si bien el crecimiento de las muertes diarias ha disminuido, debido a la diferencia entre las infecciones y las muertes, es de esperar un aumento continuo de las muertes diarias durante algún tiempo.Para comprender el impacto de las intervenciones, nos ajustamos a un modelo contrafactual sin las intervenciones y lo comparamos con el modelo real.Consideramos Italia y el Reino Unido -dos países en etapas muy diferentes de sus epidemias.Para el Reino Unido, donde las intervenciones son Los resultados sugieren que las intervenciones tendrán un gran impacto en las infecciones y muertes a pesar del aumento de ambos.Para Italia, donde ha pasado mucho más tiempo desde que se han implementado las intervenciones, está claro que el modelo sin intervenciones no encaja bien con los datos, y no puede explicar la reducción sublineal (en la escala logarítmica) de las muertes (véase la figura 10).El modelo contrafactual para Italia sugiere que, a pesar de la creciente presión sobre los sistemas de salud, las intervenciones han evitado una catástrofe sanitaria en la que el número de nuevas muertes habría sido 3,7 veces mayor (38.000 muertes evitadas) de lo que se observa actualmente.Incluso en el Reino Unido, mucho antes de su epidemia, se prevé que las recientes intervenciones evitarán 370 muertes totales hasta el 31 de marzo. Dados los índices de mortalidad por infecciones observadas y la epidemiología de la COVID-19, las intervenciones no farmacéuticas importantes han tenido un impacto sustancial en la reducción de la transmisión en los países con epidemiologías más avanzadas. Es demasiado pronto para estar seguros de que se verán reducciones similares en los países en las etapas anteriores de su epidemia. Si bien no podemos determinar qué conjunto de intervenciones han tenido más éxito, ya podemos ver cambios en las tendencias de nuevas muertes. Cuando se pronostican 3 días y se examina toda la epidemia, el número de muertes evitadas es sustancial. Observamos que se está produciendo una innovación sustancial, y nuevas intervenciones o refinamientos más eficaces de las intervenciones actuales, junto con cambios de comportamiento, contribuirán aún más a la reducción de las infecciones. No podemos decir con certeza que las medidas actuales hayan controlado la epidemia en Europa; sin embargo, si continúan las tendencias actuales, hay razones para el optimismo. Proponemos una estructura plausible para el proceso de infección y luego estimamos los parámetros empíricamente. Sin embargo, muchos parámetros tuvieron que ser dados fuertes distribuciones previas o tenían que ser fijados. Para estas suposiciones, hemos proporcionado citas relevantes a estudios previos. A medida que se disponga de más datos y surjan mejores estimaciones, actualizaremos estos reportes quincenales. Nuestra elección de la distribución de intervalos seriales influye fuertemente en la distribución previa para el inicio de R0. Nuestra relación de mortalidad por infección y distribuciones de infección a muerte influyen fuertemente en la tasa de muerte y por lo tanto el número estimado de casos subyacentes verdaderos. También suponemos que el efecto de las intervenciones es el mismo en todos los países, lo cual puede no ser totalmente realista. Esto implica que los países con intervenciones tempranas y más muertes ya que estas intervenciones (por ejemplo, Italia, España) influyen fuertemente en las estimaciones del impacto de la intervención en los países en las etapas más tempranas de Hemos intentado crear definiciones coherentes de todas las intervenciones y documentar detalles al respecto en elApéndice 8.6. Sin embargo, invariablemente habrá diferencias de un país a otro en la fuerza de su intervención, por ejemplo, la mayoría de los países han prohibido la reunión de más de 2 personas cuando se aplica un bloqueo, mientras que en Suecia el gobierno sólo prohibió la reunión de más de 10 personas. Estas diferencias pueden distorsionar los impactos en países con muy pocos datos. Creemos que nuestra incertidumbre puede cubrir en cierto grado estas diferencias, y a medida que se disponga de más datos, loscoeficientes deberían ser más fiables. Sin embargo, a pesar de estas fuertes suposiciones, hay suficiente señal en los datos para estimar los cambios en R, (véase el análisis de sensibilidad reportado en el Apéndice 8.4.3) y esta señal se incrementará con el tiempo. En nuestro marco jerárquico bayesiano, cuantificamos robustamente la incertidumbre en nuestras estimaciones de parámetros y predicciones posteriores. Esto se puede ver en los intervalos creíbles más amplios de los últimos días, en los que se dispone de pocos o ningún dato sobre la muerte para informar las estimaciones. Además, predecimos el impacto de la intervención a nivel nacional, pero puede haber diferentes tendencias en diferentes partes de cada país.Por ejemplo, la epidemia en el norte de Italia estaba sujeta a controles antes que el resto del país.5DatosNuestro modelo utiliza datos diarios sobre la mortalidad en tiempo real del ECDC (Centro Europeo de Control de Enfermedades), donde catalogamos datos de casos de 11 países europeos que actualmente padecen la epidemia: Austria, Bélgica, Dinamarca, Francia, Alemania, Italia, Noruega, España, Suecia, Suiza y Reino Unido.El ECDC proporciona información sobre casos confirmados y muertes atribuibles a COVID-19.Sin embargo, los datos de casos son muy poco representativos de la incidencia de infecciones debido a la infrarreportación, así como a cambios sistemáticos y específicos de países Nosotros, por lo tanto, utilizamos sólo las muertes atribuibles a COVID-19 en nuestro modelo; no utilizamos las estimaciones de casos de ECDC en absoluto.Si bien las muertes observadas todavía tienen cierto grado de falta de fiabilidad, de nuevo debido a cambios en los informes y las pruebas, creemos que los datos son de suficiente fidelidad al modelo.Para los recuentos de población, utilizamos los recuentos desglosados por edad de la UNPOP.10También catalogamos datos sobre la naturaleza y el tipo de intervenciones no farmacéuticas importantes.Miramos las páginas web gubernamentales de cada país, así como sus páginas web oficiales de información y división de salud pública para identificar los últimos consejos/leyes que emiten el gobierno y las autoridades sanitarias públicas.Recopilamos lo siguiente:Se ordenó el cierre de la escuela: Esta intervención se refiere a los cierres extraordinarios de escuelas a nivel nacional que en la mayoría de los casos se refieren al cierre de escuelas primarias y secundarias (para la En el caso de Dinamarca y Suecia, permitimos el cierre parcial de las escuelas sólo en las escuelas secundarias. La fecha del cierre de la escuela se considera como la fecha efectiva en que las escuelas comenzaron a cerrarse (si este era un lunes, la fecha utilizada era la de los sábados anteriores, ya que alumnos y estudiantes se quedaron efectivamente en casa a partir de esa fecha). Medidas basadas en casos. Esta intervención comprende recomendaciones o leyes sólidas al público en general y a la atención primaria sobre el autoaislamiento al mostrar síntomas similares al COVID-19.Estos incluyen también programas nacionales de pruebas en los que las personas pueden someterse a pruebas y posteriormente autoaislarse. Nuestra definición se limita al asesoramiento del gobierno nacional a todas las personas (por ejemplo, el Reino Unido) o a toda atención primaria y excluye únicamente el asesoramiento regional.Estos no incluyen intervenciones en fase de contención como el aislamiento si regresan de un país epidémico como China. Se ha fomentado el distanciamiento social: Como una de las primeras intervenciones contra la propagación de la pandemia COVID-19, muchos gobiernos han publicado consejos sobre distanciamiento social, incluyendo la recomendación de trabajar desde el hogar siempre que sea posible, reduciendo el uso del transporte público y todos los demás contactos no esenciales.Las fechas utilizadas son aquellas en las que el distanciamiento social ha sido recomendado oficialmente por el gobierno; el consejo puede incluir mantener una distancia física recomendada de otros. Decretado el bloqueo: Hay varios escenarios diferentes a los que los medios de comunicación se refieren como bloqueo. Como definición general, consideramos regulaciones/legislaciones relativas a una estricta interacción social cara a cara: incluyendo la prohibición de cualquier reunión pública no esencial, el cierre de instituciones educativas y públicas/culturales, ordenando a las personas a permanecer en casa aparte del ejercicio y las tareas esenciales.Incluimos casos especiales en los que no se mencionan explícitamente en los sitios web del gobierno, sino que son Las fechas utilizadas son las fechas efectivas en que se han implementado estas legislaciones. Observamos que el bloqueo abarca otras intervenciones previamente implementadas. Primera intervención: Como muestra la Figura 1, los gobiernos europeos han escalado las intervenciones rápidamente, y en algunos ejemplos (Noruega/Dinamarca) han implementado todas estas intervenciones en un solo día. Por lo tanto, dada la autocorrelación temporal inherente a la intervención gubernamental, incluimos covariable abinaria para la primera intervención, que puede interpretarse como una decisión gubernamental de tomar medidas importantes para controlar COVID-19. Una lista completa de las fechas de estas intervenciones y las fuentes que hemos utilizado se puede encontrar en el Apéndice 8.6. 6 Métodos ResumenUn resumen visual de nuestro modelo se presenta en la Figura 5 (detalles en los Apéndices 8.1 y 8.2). El código de replicación está disponible en https://github.com/mperiaCollegeLondres/covid19model/releases/tag/vl.0Ajustamos nuestro modelo a las muertes observadas de acuerdo con los datos de ECDC de 11 países europeos.Las muertes modeladas se basan en una distribución de infección a inicio (tiempo desde la infección hasta el inicio de los síntomas), una distribución de inicio a muerte (tiempo desde el inicio de los síntomas hasta la muerte) y la relación de mortalidad por infección media de la población (ajustada para la estructura de edad y los patrones de contacto de cada país, véase el Apéndice).Debido a estas distribuciones y proporciones, las muertes modeladas son una función del número de infecciones.El número de infecciones modelado se basa en la distribución por intervalos de serie (tiempo medio desde la infección de una persona hasta el momento en que infectan a otra Finalmente, el número de reproducción variable en el tiempo es una función del número de reproducción inicial antes de las intervenciones y los tamaños de efecto de las intervenciones.Figura 5: Resumen de los componentes del modelo. Siguiendo la jerarquía de abajo a arriba nos da un marco completo para ver cómo las intervenciones afectan a las infecciones, que pueden resultar en muertes.Utilizamos la inferencia bayesiana para asegurar que nuestras muertes modeladas puedan reproducir las muertes observadas lo más cerca posible.De abajo a arriba en la Figura 5, hay un retraso implícito en el tiempo que significa el efecto de intervenciones muy recientes se manifiestan débilmente en muertes actuales (y se fortalecen a medida que avanza el tiempo).Para maximizar la capacidad de observar el impacto de la intervención en las muertes, encajamos nuestro modelo conjuntamente para los 11 países europeos, lo que resulta en un conjunto de datos grande. Hemos evaluado el efecto de nuestras elecciones de distribución de Bayesianprior y evaluado nuestra calibración posterior bayesiana para asegurar que nuestros resultados seanestadísticamente robustos (Apéndice 8.4). 7 AgradecimientosLa investigación inicial sobre covariables en el Apéndice 8.6 fue fuente de crowdsourcing; agradecemos a varias personas de todo el mundo por su ayuda. Este trabajo fue apoyado por el Centro de financiación del Consejo de Investigación Médica del Reino Unido bajo un acuerdo con el Departamento de Desarrollo Internacional del Reino Unido, la Unidad de Investigación sobre Protección de la Salud del NIHR en Metodología de Modelado y ComunidadJameel. 8 Apéndice: Modelo de Análisis de Especificaciones, Validación y Sensibilidad8.1 Modelo de muerteObservamos muertes diarias Dam durante los días t E 1,...,n y países m E 1,...,p. Estas muertes diarias se modelan utilizando una presa de función real valuada positiva Se supone que la presa sigue una distribución binomio negativa conEl número esperado de muertes (1 en un país determinado en un día dado es una función del número de infecciones C que ocurren en días anteriores. Al principio de la epidemia, las muertes observadas en un país pueden estar dominadas por muertes que resultan de infecciones que no son adquiridas localmente. Para evitar sesgar nuestro modelo por esto, sólo incluimos muertes observadas desde el día después de que un país haya observado acumulativamente 10 muertes en nuestro modelo. Para vincular mecánicamente nuestrafunción de muertes a casos infectados, utilizamos una infección COVID-19-fatalidad-ratio ifr estimada previamente (probabilidad de muerte dada infección)9 junto con una distribución detiempos de infección a muerte TE. El ifr se deriva de estimaciones presentadas en Verity et al11 que suponen tasas de ataque homogéneo entre grupos de edad. Para ajustar mejor las estimaciones de las tasas de ataque por edades generadas utilizando información más detallada sobre los patrones de mezcla de países y edades específicas, escalamos estas estimaciones (el ifr no ajustado, al que aquí se hace referencia como ifr’) de la siguiente manera como en el trabajo anterior.4Let Ca ser el número de infecciones generadas en el grupo de edad a, Na el tamaño subyacente de la población en ese grupo de edad y AR“ 2 Ca/Na el índice de ataque específico de grupo de edad.El ifr ajustado se da entonces por: ifra = fififié, donde AR50_59 es la tasa de ataque prevista en el grupo de edad de 50-59 años después de incorporar los patrones de contacto y mezcla específicos de países.Este grupo de edad fue elegido como referencia ya que tenía el nivel más bajo previsto de subinforme en análisis previos de los datos de la epidemia china“. Se obtuvieron estimaciones por países de la tasa de ataque por edad, AR“, para los 11 países europeos en nuestro análisis de un estudio anterior que incorpora información sobre el contacto entre individuos de diferentes edades en países de toda Europa12. Luego se obtuvieron estimaciones globales de cada país ajustando tanto para la demografía como para las tasas de ataque específicas por edad. Utilizando información epidemiológica estimada de estudios anteriores,"11 se supone que la TE es la suma de dos tiempos aleatorios independientes: la distribución del período de incubación (infección al inicio de los síntomas o infección hasta el inicio) y el tiempo entre el inicio de los síntomas y la muerte (ingreso a la muerte). La distribución de la infección hasta el inicio es Gamma distribuida con media de 5,1 días y coeficiente de variación0,86. La distribución de la aparición a la muerte es también Gamma distribuida con una media de 18,8 días y un coeficiente de va riación 0,45. Por lo tanto, la distribución de la infección-a-muerte está dada por:um ~ ifrm ~ (Gamma(5.1,0,86) + Gamma(18,8,0,45)) La Figura 6 muestra la distribución de la infección-a-muerte y la función de supervivencia resultante que se integra a la relación de mortalidad por infección.Figura 6: Distribución izquierda de la infección-a-muerte (media 23,9 días). Correcto, probabilidad de supervivencia de individuos infectados por día dada la relación de mortalidad por infección (1%) y la distribución de la infección-a-muerte por la izquierda.Usando la probabilidad de distribución de la muerte, el número esperado de muertes presa, en un día dado t, para el país, m, está dada por la siguiente suma discreta:El número de muertes hoy es la suma de las infecciones pasadas ponderadas por su probabilidad de muerte, donde la probabilidad de muerte Este enfoque ha sido utilizado en numerosos estudios previos13'16 y tiene una fuerte base teórica en procesos de conteo estocásticos basados en individuos como el proceso Hawkes y el proceso Bellman-Harris.”18 El nuevo modelo está relacionado con el modelo Susceptible-Infectado-Recuperado, excepto que la renovación no se expresa en forma diferencial. Para modelar el número de infecciones con el tiempo necesitamos especificar una distribución serialinterval g con densidad g(T), (el tiempo entre cuando una persona se infecta y cuando posteriormente infectan a otras personas), que elegimos ser Gamma distribuido:g ~ Gamma (6.50.62). La distribución del intervalo serial se muestra a continuación en la Figura 7 y se supone que es la misma para todos los países. Figura 7: Distribución del intervalo serial g con una media de 6,5 días. Dada la distribución del intervalo serial, el número de infecciones Eamon a determinado día t, y country, m, está dado por la siguiente función de convolución discreta:_ t—1Cam — Ram ZT=0 Cr,mgt—‘r r where, similar a la probabilidad de la función de muerte, el intervalo serial diario está discretizado porfs+0.51.5gs = T=s—0.Sg(T)dT fors = 2,3 y 91 = fT=Og(T)dT. Las infecciones dependen hoy en día del número de infecciones en los días anteriores, ponderadas por la distribución del intervalo serial discretizado.Esta ponderación es entonces escalada por el número de producción de tiempo específico, Ram, que modela el número medio de infecciones secundarias en un momento dado. La forma funcional para el número de reproducción del tiempo-Variante fue elegida para ser lo más simple posible para minimizar el impacto de supuestos previos fuertes: utilizamos una función constante por partes que escalaRam de una línea de base previa R0,m y es impulsada por las principales intervenciones no farmacéuticas conocidas que ocurren en diferentes países y tiempos. Incluyemos 6 intervenciones, una de las cuales se construye a partir de las otras 5 intervenciones, que son cronogramas de cierres escolares y universitarios (k=l), enfermedad autoaislante (k=2), prohibición de eventos públicos (k=3), cualquier intervención gubernamental en lugar (k=4), implementación de un bloqueo parcial o completo (k=5) y fomento del distanciamiento y aislamiento social (k=6). Denotamos la variable indicadora de intervención k E 1,2,3,4,5,6 por IkI’m, que es 1 si la intervención k está en placein country m en el La covariable “cualquier intervención gubernamental” (k=4) indica si alguna de las otras 5 intervenciones está en efecto, es decir, 14’t’m es igual a 1 en el momento t si alguna de las intervencionesk E 1,2,3,4,5 están en vigor en el país m en el momento t y es igual a 0 de lo contrario. Covariable 4 tiene la interpretación de indicar el inicio de la intervención gubernamental mayor. Se supone que el efecto de cada intervención es multiplicativo. Ram es, por lo tanto, una función de los indicadores de intervenciónIk’t’m en lugar en el momento t en el país m:Ram : R0,m eXp(— 212:1 O(Rheum)-La forma exponencial se utilizó para asegurar la positividad del número de reproducción, con R0,mconstreñido a ser positivo como aparece fuera de la exponencial. El impacto de cada intervención enRam se caracteriza por un conjunto de parámetros 0(1,...,OL6, con distribuciones previas independientes elegidas para el beock ~ Gamma(. 5,1). Los impactos ock son compartidos entre todos los países m y por lo tanto están informados por todos los datos disponibles. La distribución previa para R0 fue escogida para serR0,m ~ Normal(2,4, IKI) con K ~ Normal(0,0.5),Una vez más, K es el mismo entre todos los países para compartir información. Asumimos que la siembra de nuevas infecciones comienza 30 días antes del día después de que un país haya observado 10 muertes. A partir de esta fecha, sembramos nuestro modelo con 6 días secuenciales de infecciones extraídas de cl’m,...,66’m~EXponential(T), donde T~Exponential(0.03). Se estimaron los parámetros de manera conjunta para los 11 países en un único modelo jerárquico. Se realizó el ajuste en el lenguaje de programación probabilístico Stan,19 utilizando un sampler adaptativo Hamiltoniano Monte Carlo (HMC). Se realizaron 8 cadenas para 4000 iteración con 2000 iteración de calentamiento y un factor de adelgazamiento 4para obtener 2000 muestras posteriores. Se evaluó la convergencia posterior utilizando la estadística Rhat y mediante el diagnóstico de transiciones divergentes del sampler HMC. También se realizaron calibraciones anteriores a posteriori (véase más adelante). 8.3 ValidaciónValidamos la exactitud de las estimaciones puntuales de nuestro modelo utilizando la validación cruzada. En nuestro esquema de validación cruzada, dejamos fuera 3 días de datos de muerte conocidos (no acumulativos) y encajamos en nuestro modelo. Pronosticamos lo que el modelo predice para estos tres días. Presentamos las previsiones individuales para cada día, así como el Los resultados de validación cruzada se muestran en la Figura8.Figura 8: Resultados de validación cruzada para pronósticos agregados de 3 días y 3 díasFigura 8 proporciona una fuerte justificación empírica para nuestra especificación y mecanismo de modelo.Nuestra previsión precisa sobre un horizonte temporal de tres días sugiere que nuestras estimaciones ajustadas para Rt son apropiadas y plausibles.Además de las estimaciones puntuales, todos evaluamos nuestros intervalos posteriores creíbles utilizando la Rhatstatistic.La estadística de Rhat mide si nuestras cadenas Markov Chain Monte Carlo (MCMC) han convergido a la distribución de equilibrio (la distribución posterior correcta).La Figura 9 muestra las estadísticas de Rhatstatistics para todos nuestros parámetrosFigura 9: Las estadísticas de Rhat - valores cercanos a 1 indican la convergencia de MCMC. La Figura 9 indica que nuestra MCMC ha convergido. 8.4 SensibilidadAnálisis8.4.1 Previsión a escala logarítmica para evaluar la señal en los datosComo hemos destacado en todo el presente informe, el desfase entre las muertes y las infecciones significa que es tiempo suficiente para que la información propague backwards de las muertes a las infecciones y, en última instancia, al Rt. Una conclusión de este informe es la predicción de una desaceleración de la Rt en respuesta a las principales intervenciones. Recuperando la intuición de que se trata de datos impulsados y no simplemente una consecuencia de modelos altamente limitados, mostramos previsiones de muerte a escala logarítmica lineal. En esta escala, una línea que curvas por debajo de una tendencia lineal es indicativa de una desaceleración en el crecimiento de la epidemia. Nuestromodelo sugiere que Italia, un país que tiene el mayor número de muertes de COVID-19, verá una desaceleración en el aumento de las muertes diarias durante la próxima semana en comparación con las primeras etapas de la epidemia. Investigamos la sensibilidad de nuestras estimaciones de inicio y final Rt a nuestra supuesta distribución de intervalos seriales. Para ello consideramos varios escenarios, en los que cambiamos la media de distribución de intervalos seriales, de un valor de 6,5 días, para tener valores de 5, 6, 7 y 8 días. En la Figura 13, mostramos nuestras estimaciones de R0, el número de reproducción inicial antes de las intervenciones, para cada uno de estos escenarios. El orden relativo de la Rt=0 en los países es consistente en todos los entornos. Sin embargo, como se esperaba, la escala de Rt=0 se ve considerablemente afectada por este cambio. Esto se debe a que para alcanzar el tamaño observado actualmente de las epidemias, un intervalo serial más largo se compensa con un R0 estimado más alto. Además, en la Figura 14, mostramos nuestras estimaciones de Rt en el momento del modelo más reciente, de nuevo para cada uno de estos escenarios.La media del intervalo serial puede influir sustancialmente en Rt, sin embargo, los intervalos posteriores de Rt se superponen ampliamente.Figura 13: Número de reproducción inicial R0 para diferentes distribuciones de intervalo serial (SI) (medias entre 5 y 8 días).Utilizamos 6,5 días en nuestro análisis principal.Figura 14: Rt el 28 de marzo de 2020 estimado para todos los países, con distribución de intervalo serial (SI) medias entre 5 y 8 días.Utilizamos 6,5 días en nuestro análisis principal. Para evitar la colinealidad, realizamos 6 modelos separados, con efectos resumidos a continuación (comparar con el análisis principal de la Figura 4). En esta serie de análisis univariados, encontramos (Figura 15) que todos los efectos por sí solos sirven para disminuir el Rt. Esto nos da confianza en que nuestra elección de la distribución previa no está impulsando los efectos que vemos en el análisis principal. Lockdown tiene un efecto muy grande, lo más probable debido a que ocurre después de otras intervenciones en nuestro conjunto de datos. Los tamaños de efecto relativamente grandes para las otras intervenciones son más probables debido a la coincidencia de las intervenciones en el tiempo, de tal manera que una intervención es un proxy para unos pocos otros. Figura 15: Efectos de diferentes intervenciones cuando se utilizan como los únicos covariables en el modelo. 8.4.4.4Para evaluar las suposiciones previas sobre nuestra forma funcional constante por pieza para Rt probamos utilizando una función a Encajamos un modelo con una distribución previa de proceso gaussiano a los datos de Italia donde hay la mayor señal en los datos de muerte. Encontramos que el proceso gaussiano tiene una tendencia muy similar al modelo constante por partes y vuelve a la media en regiones de no datos. La correspondencia de una función completamente no paramétrica y nuestra función constante por piezas sugiere una especificación paramétrica adecuada de Rt. Montaje no paramétrico de Rf usando un proceso gaussiano:8.4.5 Dejar fuera el análisis del paísDebido a las diferentes longitudes de la epidemia de cada país europeo, algunos países, como Italia tienen muchos más datos que otros (como el Reino Unido). Para asegurarnos de que no estamos aprovechando demasiada información de ningún país realizamos un análisis de sensibilidad “dejar fuera un país”, donde recorrimos el modelo sin un país diferente cada vez. La Figura 16 y la Figura 17 son ejemplos de resultados para el Reino Unido, dejando de En general, para todos los países, no observamos ninguna dependencia significativa de ningún país.Figura 16: Resultados de modelos para el Reino Unido, cuando no se utilizan datos de Italia para ajustar el modelo.Ver laFigura 17: Resultados de modelos para el Reino Unido, cuando no se utilizan datos de España para ajustar el modelo.Ver subtítulo de la Figura 2 para una explicación de las gráficas. Para resultados teóricos bien conocidos de la ecuación de renovación, dada una distribución de intervalo serie g(r) con media m y desviación estándar 5, dada a = mZ/S2 y b = m/SZ, y posteriormente R0 = (1 + %).Figura 18 muestra teóricamente derivada R0 junto con nuestras estimaciones de Rt=0 de nuestro modelo jerárquico bayesiano.Como se muestra en la Figura 18 hay una grancorrespondencia entre nuestro número de reproducción inicial estimado y el número de reproducción básica implícito por la tasa de crecimiento r.R0 (rojo) vs R(FO) (negro)Figura 18: Nuestra estimación de R0 (negro) versus Ru(rojo) teóricamente derivado de un ajuste de regresión log lineal. 8.5 Análisis contrafactual — intervenciones frente a no intervencionesFigura 19: Número diario de muertes confirmadas, predicciones (hasta el 28 de marzo) y previsiones (después) para todos los países, excepto Italia y España, de nuestro modelo con intervenciones (azul) y del modelo contrafactual sin intervenciones (rosa); los intervalos creíbles se muestran a una semana en el futuro. DOI: https://doi.org/10.25561/77731Página 28 de 3530 de marzo de 2020 Imperial College Equipo de respuesta COVID-19 8.6 Fuentes de datos y cronograma de intervencionesFigura 1 y Tabla 3 muestran las intervenciones de los 11 países en nuestro estudio y las fechas en que estas intervenciones entraron en vigor. Tabla 3: Calendario de intervenciones. País Tipo Evento Fecha efectivaCerrado escolar ordenadoCerrados escolares nacionales.20 14/3/2020Eventos públicosprohibido la celebración de reuniones de más de 5 personas.21 10/3/2020Prohibir todo acceso a espacios públicos y reunionesLockdown de más de 5 personas.Consejos para mantener 1 distancia ordenada.22 16/3/2020Desplazamiento socialalentadoRecomendación para mantener una distancia de 1m.22 16/3/2020Medidas de Austria basadas en casos Implementado en el bloqueo.22 16/3/2020Cerrado escolar ordenadoCerrados escolares nacionales.23 14/3/2020Eventos públicos Todas las actividades recreativas canceladas independientemente de la talla prohibida.23 12/3/2020Los ciudadanos deben permanecer en casa excepto para el trabajo de Lockdown y los viajes esenciales. 24 18/3/2020El transporte público sólo se recomienda para los viajes esenciales de distanciamiento social, el trabajo desde casa fomentado, todos los lugares de interés público, por ejemplo, restaurantes cerrados.23 14/3/2020Case-based Todo el mundo debe permanecer en casa si experimenta una Bélgica mide la tos o la fiebre.25 10/3/2020Cierre escolar Escuelas secundarias cerradas y universidades (escuelas de orden primario también cerradas el 16).26 13/3/2020Eventos públicos Prohibición de eventos > 100 personas, instituciones cerradas de prohibición cultural, instalaciones de ocio, etc.27 12/3/2020Prohibición de reuniones de > 10 personas en lugares públicos y todos ordenados fueron cerrados.27 18/3/2020Uso limitado del transporte público. Todas las instituciones de distancia social cultural cierran y recomiendan mantener una distancia adecuada alentada.28 13/3/2020Base de casos Todo el mundo debe permanecer en casa si experimenta una Dinamarca medidas de tos o fiebre.29 12/3/2020Cierre de escuelas ordenado Cierre de escuelas nacionales.30 14/3/2020Eventos públicosprohibidos Prohibiciones de eventos > 100 personas.31 13/3/2020Lockdown Todo el mundo tiene que permanecer en casa.Necesita un formulario de autorización autoordenada para salir de casa.32 17/3/2020Consejos de estímulo social en el momento del bloqueo.32 16/3/2020Medidas basadas en casosFrancia Consejos en el momento del bloqueo.32 16/03/2020Cierre de escuelas ordenados Nacionalmente.33 14/3/2020Eventos públicos Ninguna reunión de > 1000 personas. 34 22/3/2020Lockdown Recopilaciones de > 2 personas prohibidas, 1,5 distancias ordenadas.35 22/3/2020Desplazamiento social Evite la interacción social siempre que sea posibleAlentado recomendado por Merkel.36 12/3/2020Consejo para todos los que experimentan síntomasContacto basado en un caso de una agencia de atención de la salud para hacerse la prueba y las medidas de Alemania para entonces auto-aislarse.37 6/3/2020Cierre de escuelas ordenado Cierre de escuelas a nivel nacional.38 5/3/2020Eventos públicosprohibidos El gobierno prohíbe todos los eventos públicos.39 9/3/2020Lockdown El gobierno cierra todos los lugares públicos. Las personas ordenadas tienen que permanecer en casa excepto para los viajes esenciales.40 11/3/2020Hay que mantener una distancia de más de 1 m y se debe fomentar el distanciamiento social de cualquier otra forma de agregación alternativa.40 9/3/2020Consejo basado en casos de autoaislamiento si experimenta síntomasMedidas en Italia y cuarentena si se prueba positivo.41 9/3/2020La Dirección de Salud de Noruega cierra todas las instituciones educativas de cierre escolar.Incluidas las instalaciones ordenadas para el cuidado de los niños y todas las escuelas.42 13/3/2020Eventos públicos La Dirección de Salud prohíbe todo contacto social no necesario.42 12/3/2020Lockdown Sólo las personas que viven juntas están permitidas fuera de orden. Todo el mundo tiene que mantener una distancia de 2 metros.43 24/3/2020Desconexión social La Dirección de Salud aconseja contra todo tipo de viajes alentados y contactos sociales no necesarios.42 16/3/2020Consejo basado en un caso para aislarse por 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre.44 15/3/2020Ordenado Cierre de escuelas nacionales.45 13/3/2020Eventos públicosprohibido Prohibir todos los eventos públicos mediante bloqueo.46 14/3/2020Lockdownordenado Bloqueo de todo el país43 14/3/2020Consejo de distanciamiento social sobre distanciamiento social y trabajo en forma remota alentada desde casa.47 9/3/2020Consejo basado en un caso para autoaislarse por 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre en España47 17/3/2020Cerrado de escuelas y escuelas secundarias superiores cerrado.48 18/3/2020Eventos públicosprohibidos El gobierno prohíbe eventos > A las personas con síntomas leves se les dice que limiten el contacto social de distanciamiento social, el estímulo para trabajar desde una casa alentada.50 16/3/2020Consejo basado en un caso de auto-aislamiento si experimentan tos o Suecia mide los síntomas de fiebre.51 Cierre de la escuela ordenado No en persona hasta el 4 de abril.52 14/3/2020Eventos públicos prohibidos El gobierno prohíbe eventos > 100 personas.52 13/3/2020Reuniones ordenadas de bloqueo de más de 5 personas están prohibidas.53 2020-03-20Consejos para mantener la distancia.Todas las empresas donde el distanciamiento social no se puede realizar se han cerrado en todos los estados alentados (kantones).54 16/3/2020Consejo basado en un caso para auto-aislarse si experimentan tos o Suiza mide los síntomas de fiebre.55 2/3/2020Cierre de la escuela general. Los cuidadores de niños, las guarderías para el cierre de escuelas y las sextas formas deben seguir las directrices ordenadas.56 21/3/2020Eventos públicos prohibidos Implementados con bloqueo.57 24/3/2020Los conjuntos de más de 2 personas no pertenecientes al mismo hogar están prohibidos y sujetos a la policía.57 24/3/2020Consejos de distanciamiento social para evitar pubs, clubes, teatros y otras instituciones públicas alentadas.58 16/3/2020Consejo basado en un caso para aislarse durante 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre en el Reino Unido.59 12/3/20209 Referencias1. Li, R. et al. Infección indocumentada sustancial facilita la rápida difusión del nuevocoronavirus (SARS-CoV2). Ciencia (2020) doi:10.1126/science.abb3221. 2. Zhang, J. et al. Patrones de contacto social humano y contacto con animales en Shanghai, China 5cLRep.9,1—11(2019)3. Worldómetros.info. Hong Kong: casos de coronavirus. https://www.wo rldómetros.info/co ronavirus/country/china-hong-kong-sar/. 4. Ferguson, N. et al. Impacto de las intervenciones no farmacéuticas (NPI) para reducir la mortalidad y la demanda de asistencia sanitaria (Informe 9). https://www.imperial.ac.uk/mrc-global-infectious-disase-analysis/news--wuhan-coronavirus/. 5. Cereda, D. et al. La fase inicial del brote de COVID-19 en Lombardy, Italia. arXiv (2020). 6. Zhao, A. J. et al. Título: Respuestas anticuerpos al SARS-CoV-2 en pacientes con nuevas enfermedades por coronavirus 2019 Título breve : Respuestas anticuerpos en pacientes con COVID-19. (2020). 7. Jombart, T. et al. Inferir el número de casos de COVID-19 de muertes recientemente notificadas. medRXiV 2020.03.10.20033761(2020)doi:10.10101/2020.03.10.20033761. 8. Zhang, J. et al. Perfil de edad de susceptibilidad, mezcla y distanciamiento social dan forma a la dinámica del brote de la nueva enfermedad por coronavirus 2019 en China. (2020) doi:10.10101/2020.03.19.20039107. 9. Lourenco, J. et al. Los principios fundamentales de la propagación epidémica destacan la necesidad inmediata de realizar encuestas serológicas a gran escala para evaluar la etapa de la epidemia por SARS doi:10.1101/2020.03.24.2004229110.Naciones Unidas, Departamento de Asuntos Económicos y Sociales, División de Población. WorldPopulation Prospects 2019: Data booket. ST/ESA/SER.A/424. (2019). 11. Verity, R. et al. Estimaciones de la gravedad de la enfermedad de COVID-19. Lancet Infect Dis en la prensa (2020). 12. Walker, P. G. T. et al. Report 12: The Global Impact of COVID-19 and Strategies for Mitigation and Supresation. 13. Fraser, C. Estimating Individual and Household Reproduction Numbers in a EmergingEpidemmic. PL05 ONE 2, e758 (2007). 14. Cori, A., Ferguson, N. M., Fraser, C. & Cauchemez, S J. Epidemiol. 178, 1505-1512(2013115. Nouvellet, P. et al. Un enfoque sencillo para medir la transmisibilidad y la incidencia prevista. Epidemias 22, 29-35 (2018). 16. Cauchemez, 8., Valleron, A. J., Boelle, P. Y., Flahault, A. & Ferguson, N. M. Estimación del impacto del cierre escolar en la transmisión de la gripe a partir de datos Sentinel. Nature 452, 750-754 (2008). 17. Bellman, R. & Harris, T. On Age-Dependent Binary Branking Processes. Ann. Math. 55, 280-295(1952118. Bellman, R. & Harris, T. E. Sobre la teoría de los procesos de ramificación estocásticos dependientes de la edad. Proc. Nat 34, 601-604 (1948). 19. Stan Development Team. 2018. The Stan Core Library, versión 2.18.0. http://mc-stan.org. 20. Bundesministerium. Coronavirus (COVID-19): Status quo — Schulen, Hochschulen,Universitaten und Forschungsinstitutionen. https://www.bmbwf.gv.at/Ministerium/Informationspflicht/corona/corona_status.html. 21. Henley, J. Coronavirus: Los Estados de la Unión Europea promulgan medidas duras para la propagación del tallo. The Guardianhttps://www.theguardian.com/world/200/mar/10/coranonavirus-varios-estados-eu-states-ban-masa-mass-as-pos-italian-lockdown (20 25. Servicio Público Federal. Protéjase y proteja a los demás. https://www.info-coronavirus.be/en/2020/03/10/protege-y-protege-the-others/ (2020). 26. Wikipedia. 2020 pandemia de coronavirus en Dinamarca. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/2020_coronavirus_pandemic_in_Dinamarca. 27. Stephensen, Emma Kinker; Hansen, T. S. Danmark lukker ned: Her er regeringens nye basculag. TV2 https://nyheder.tv2.dk/samfund/2020-03-11-danmark-lukker-ned-er-regeringens-nye-tiltag(2020128. Politi. Nye illbag mod covid-19. Politi https://politi.dk/coronavirus-i-danmark/seneste-nyt-fra-myndighederne/nye-tiltag-mod-covid-19 (2020). 29. Styrelsen for Patientsikkerhed. Indberetning om covid-19zlnformation om mulighed forp\aabud til enkeltpersoner (coronavirus/covid-19). https://stps.dk/da/ansvar-og-retningslinjer/vejledning/indberetning-om-covid-19/#. 30. Wikipedia. 2020 coronavirus pande in France. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/2020_coronavirus_pandemic_in_France. 31. Francia prohíbe las reuniones de más de 100 personas a medida que aumenta el número de muertes por coronavirus -The Local. The Local https://www.thelocal.fr/20200313/france-bans-recopilations-of-over-100-people-to-fight-coronavirus-pandemic (2020). 32. Henley, Jon; Willsher, Kim; Kassam, A. Coronavirus: Francia impone un bloqueo cuando la UE pide una prohibición de viajar de 30 días. The Guardian https://www.theguardian.com/world/2020/mar/16/coronavirus-spain-takes-over-privado-healthcare-amid-more-euro-pean-lockdowns (2020). 33. Wikipedia. 2020 coronavirus pande in Germany. Fundación Wikimediahttps://en.wi 34. BMI. Coronavirus: Fragen und Antworten. Bundesministerium des Innern,fur Bau und Heimathttps://web.archive.org/web/20200317073042/https://www.bmi.bund.de/SharedDocs/faqs/DE/themen/bevoelkerungssschutz/coranavirus/coranavirus-faqs.htmI#doc13738352bodyText7. 35. Noticias de la BBC. Coronavirus: Alemania endurece los frenos y prohíbe las reuniones de más de dos personas. BBCNews https://www.bbc.co.uk/news/world-europe-51999080 (2020). 36. Bundesregierung. Kanzlerin trifft Regierungschefs der Lander Sozialkontakte https://www.bundesregierung.de/breg-de/themen/coranavirus/mpk-1730186(2020)37. Robert Koch Institut. Antworten auf haufig gestellte Fragen zum Coronavirus SARS-CoV-2. Robert Koch Instituthttps://web.archive.org/web/20200312004624/https://www.rki.de/SharedDocs/FAQ/NCOV2019/FAQ_Liste.html (2020). 38. Ministero della Salute. Governo anuncia sospensione dell’attivita didattica dal 5 a15 marzo. Ministero della Salutehttp://www.salute.gov.it/portale/nuovocoronavirus/dettaglioVideoNuovoCoronavirus.jsp?lingua=italiano&menu=multimedia&p=video&id=2052 (2020). 39. CNN. Italia prohíbe los viajes y cancela todos los actos públicos en su región septentrional. CNNhttps://edition.cnn.com/2020/03/08/europe/italy-coranavirus-lockdown-europe-intl/index.html(2020). Attualita. Coronavirus: parada de un pub, cine, teatro e discoteche anche a Roma. Ecco cosaprevede il nuovo decreto. Roma Today https://www.romatoday.it/attualita/coranavirus-pub-cinema-teatri-locali-chiusi-nuovo-decreto.html (2020). 41. Gazzetta Ufficiale. DECRETO DEL PRESIDENTE DEL CONSIGLIO DEL MINISTRI. Gazzetta Ufflclalehttps://www.gazzettaufficiale.it/eli/id/20/03/08/20A01522/sg (2020). 42. Helsedirektoratet. La Dirección de Salud de Noruega ha adoptado la decisión de cerrar las escuelas y otras instituciones educativas. Hellem-Hansen, Viktoria L.; Tandstad, B. Folkehelseinstituttet mener23.000 kan vaere smittet. NRK https://www.nrk.no/norge/folkehelseinstituttet-mener-23.000-kan-vaere-smittet-1.14958149 (2020). 44. Gobierno de Norweigen. regjeringen.no https://www.regjeringen.no/en/aktuelt/the-government-is-esestableciendo-clear-cuarantine-and-aislation-rules/id2693647/ (2020). 45. Wikipedia. 2020 coronavirus pandemic in Spain. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/20_coronavirus_pandemic_in_Spain. 46. Gabinete de Prensa. El Gobierno anuncia nuevas medidas para eliminar la extensión del nuevo coronavirus COVID-19. Gobierno de Españahttps://www.mscbs.gob.es/gabinete/notasPrensa.do?id=4807 (2020). 47. Gabinete de Prensa. El Consejo Interterritorial del SNS alcanza medidas concretas para zonascon transmisión comunitaria de coronavirus. Gobierno de Españahttps://www.mscbs.gob.es/gabinete/notasPrensa.do?id=4806 (2020). 48. Folkhalsomyndigheten.se/nyheter-och-press/nyhetsarkiv/2020/mars/larosaten-och-gymnasieskolor-uppmanas-nu-att-bedriva-distansundervisning(2020). El local. Suecia prohíbe grandes eventos para detener la propagación del coronavirus. El localhttps://www.theloca.se/20200311/sweden-to-ban-large-public-coronavirus-over-coronavirus (2020). 50. Radosevich. Estocolmoers instados a trabajar desde casa como comunidad COVID-19 se extendió confirmado. Sveriges Radiohttps://sverigesradio.se/sida/artikel.aspx?programid=2054&artikel=7430511(2020). Folkhdlsomyndigheten https://www.folkhalsomyndigheten.se/nyheter-och-press/nyhetsarkiv/2020/mars/flera-tecken-pa-samhallsspridning-av-covid-19-i-sverige/ (2020). 52 Bundesamt fur Gesendheit BAG. Bundesrat verscharft Massnahmen gegen das Coronaviruszum Schutz der Gesundheit und unterstUtzt betroffene Branchen. Schweizerische Eidgenossenschafthttps://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg-id-78437.html( Coronavirus: Bundesrat verbietet Ansammlungen von mehrals fUnf Personen. Schweizerische Eidgenossenschaft https://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg-id-78513.html (2020). 54. Bundesamt fur Gesundheit BAG. Coronavirus: Bundesrat erklart die «ausserordentliche Lage»und verscharft die Massnahmen. Schweizerische Eidgenossenschafthttps://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg- Neue Hygiene- und Verhaltensregeln zum Schutz gegen dasneue Coronavirus. Schweizerische Eidgenossenschaft https://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/a ktuell/medienmitteilungen.msg-id-78304.html (2020). 56. Gobierno del Reino Unido, D. for E. Schools, colleges and early ambients to close. Gobierno del Reino Unidohttps://www.gov.uk/government/news/schools-colleges-and-ears-settings-to-close (2020). 57. Gobierno del Reino Unido. Discurso del Primer Ministro a la nación sobre el coronavirus: 23 de marzo de 2020. Gobierno del Reino Unidohttps://www.gov.uk/government/speeches/pm-address-to-the-nation-on-coronavirus-23-march-2020(2020158. Boycott-Owen, Mason; Bowman, Verity; Kelly-Linden, Jordan; Gartner, A. G. H. S. T.Coronavirus: Boris Johnson encierra al Reino Unido a medida que el número de muertos llega a 55. The Telegraphhttps://www.telegraph.co.uk/global-health/science-and- disease/coronavirus-news-uk-latest-update-covid-19-death-toll-cases/ (2020). BBC Newshttps://www.bbc.co.uk/news/uk-51857856 (2020).

¿Cuál es el porcentaje medio estimado de Dinamarca [intervalo creíble del 95%] de la población total infectada al 28 de marzo?

Estimando el número de infecciones y el impacto de las intervenciones no farmacéuticas en el COVID-19 en 11 países europeos30 marzo 2020 Imperial College COVID-19 Response TeamSeth Flaxmani Swapnil Mishra*, Axel Gandy*, H JulietteT Unwin, Helen Coupland, Thomas A Mellan, HarrisonZhu, Tresnia Berah, Jeffrey W Eaton, Pablo N P Guzman, Nora Schmit, Lucia Cilloni, Kylie E C Cuomo—Dannenburg, Amy Dighe, Bimandra Djaafara, Ilaria Dorigatti, Sabine van Elsland,Rich Fitz, Han Fu, Katy Gaytorpe, Gendarme, Peter Geidelberg, Wi Green, Timothy Hallett, Arranmlet, Weinsland, EE.UU., EE.UU En respuesta, muchos países europeos han puesto en marcha intervenciones no farmacéuticas sin precedentes, como el aislamiento de casos, el cierre de escuelas y universidades, la prohibición de reuniones masivas o actos públicos, y, más recientemente, una ampliadistribución social a escala local y nacional, incluidos los bloqueos.En este informe, utilizamos un modelo jerárquico bayesiano semimecanicista para tratar de deducir el impacto de estas intervenciones en 11 países europeos.Nuestros métodos suponen que los cambios en el número productivo —una medida de transmisión— son una respuesta inmediata a estas intervenciones en lugar de cambios graduales más amplios en el comportamiento.Nuestro modelo estima estos cambios calculando hacia atrás de las muertes observadas a lo largo del tiempo para estimar la transmisión que ocurrió varias semanas antes, permitiendo el lapso entre la infección y la muerte.Una de las principales suposiciones del modelo es que cada intervención tiene el mismo efecto en el número de producción en todos los países y en el tiempo. Esto nos permite aprovechar una mayor cantidad de datos en toda Europa para estimar estos efectos. También significa que nuestros resultados están fuertemente impulsados por los datos de países con epidemias más avanzadas, y las intervenciones anteriores, como Italia y España. Encontramos que el lento crecimiento de las muertes diarias reportadas en Italia es consistente con un impacto significativo de las intervenciones implementadas varias semanas antes. En Italia, estimamos que el número de reproducción efectiva, Rt, cayó a cerca de 1 alrededor de la época de Iockdown (11 de marzo), aunque con un alto nivel de incertidumbre. En general, estimamos que los países han logrado reducir su número de reproducción. Nuestras estimaciones tienen amplios intervalos creíbles y contienen 1 para los países que han implementado intervenciones consideradas en nuestro análisis. Esto significa que el número de reproducción puede estar por encima o por debajo de este valor. Dado que las intervenciones actuales se mantienen al menos hasta finales de marzo, estimamos que las intervenciones en los 11 países habrán evitado 59.000 muertes hasta el 31 de marzo[intervalo creíble del 95%: 21.000-120.000].Muchas más muertes se evitarán garantizando que las intervenciones permanezcan en vigor hasta que la transmisión disminuya a niveles bajos.Estimamos que, en los 11 países entre 7 y 43 millones de personas se han infectado con el SARS-CoV-Z hasta el 28 de marzo, lo que representa entre el 1,88% y el 11,43% de la población.Se estima que la proporción de la población infectada hasta la fecha —la tasa de ataque— es la más alta en España seguida por Italia y la más baja en Alemania y Noruega, lo que refleja las etapas relativas de las epidemias.Dado el retraso de 2-3 semanas entre el momento en que se producen los cambios de transmisión y cuando su impacto puede observarse en las tendencias de mortalidad, Si las intervenciones en países en las etapas más tempranas de su epidemia, como Alemania o el Reino Unido, son más o menos eficaces de lo que eran en los países con epidemias avanzadas, en los que nuestras estimaciones se basan en gran medida, o si las intervenciones han mejorado o han empeorado con el tiempo, nuestras estimaciones del número de reproducción y las muertes evitadas cambiarían en consecuencia. Por lo tanto, es fundamental que las intervenciones actuales sigan en vigor y las tendencias en los casos y muertes se monitoricen de cerca en los próximos días y semanas para garantizar que la transmisión del SARS-Cov-Z se esté desacelerando. Imperial College London (2020), doi:https://doi.org/10.25561/777311 IntroducciónTras la aparición de un nuevo coronavirus (SARS-CoV-Z) en Wuhan (China) en diciembre de 2019 y su propagación mundial, han surgido en Europa grandes epidemias de la enfermedad, causadas por el virus denominado COVID-19. En respuesta al creciente número de casos y muertes, y para mantener la capacidad de los sistemas de salud para tratar tantos casos graves como sea posible, los países europeos, como los de otros continentes, han implementado o están en proceso de aplicar medidas para controlar susepidemias. Estas intervenciones no farmacéuticas a gran escala varían de un país a otro, pero incluyen distanciamiento social (como la prohibición de grandes reuniones y el asesoramiento a las personas para que no socialicen fuera de sus hogares), cierres de fronteras, cierres de escuelas, medidas para aislar a las personas sintomáticas y sus contactos, y bloqueos a gran escala de poblaciones con todos los viajes internos menos esenciales prohibidos.Entender, en primer lugar, si estas intervenciones están teniendo el impacto deseado de controlar la epidémica y, en segundo lugar, qué intervenciones son necesarias para mantener el control, es crítico dada su gran coste económico y social.El objetivo clave de estas intervenciones es reducir el número de reproducción eficaz, Rt, de la infección, una cantidad epidemiológica fundamental que representa el número medio de infecciones, en el momento t, por caso infectado durante el curso de su infección. Si Rt es mayor que 1, las infecciones aumentarán (dependiendo de cuánto mayor que 1 el número de reproducción es) hasta los picos tepidémicos y eventualmente disminuye debido a la adquisición de inmunidad de rebaños. En China, las estrictas restricciones de movimiento y otras medidas incluyendo aislamiento de casos y cuarentena comenzaron a introducirse a partir del 23 de enero, lo que logró una tendencia a la baja en el número de nuevos casos confirmados durante febrero, resultando en cero nuevos casos indígenas confirmados en Wuhan para el 19 de marzo. Los estudios han calculado cómo cambió Rt durante este tiempo en diferentes áreas de China desde alrededor de 2-4 durante la epidemia incontrolada hasta menos de 1, con una disminución estimada de 7-9 veces en el número de contactos diarios por persona.1'2 Medidas de control tales como distanciamiento social, pruebas intensivas y rastreo de contacto en otros países como Singapur y Corea del Sur han reducido con éxito la incidencia de casos en las últimas semanas, aunque existe un riesgo de que el virus se propague de nuevo una vez que las medidas de control se relajen.3'4La epidemia comenzó un poco más tarde en Europa, a partir de enero o más tarde en diferentes regiones.5 Los países han aplicado diferentes combinaciones de medidas de control y es probable que el nivel de cumplimiento de las recomendaciones gubernamentales sobre distanciamiento social varíe entre países, en parte debido a diferentes niveles de aplicación. La estimación de los números de reproducción para el SARS-CoV-Z presenta desafíos debido a la alta proporción de infecciones no detectadas por los sistemas de salud"7 y a los cambios regulares en las políticas de pruebas, lo que da lugar a proporciones indiferentes de infecciones detectadas a lo largo del tiempo y entre los países.La mayoría de los países hasta ahora sólo tienen la capacidad de probar una pequeña proporción de casos sospechosos y las pruebas están reservadas para pacientes con enfermedades graves o para grupos de alto riesgo (por ejemplo, contactos de casos).Por lo tanto, el análisis de los datos de los casos da una visión sistemáticamente sesgada de las tendencias.Una forma alternativa de estimar el curso de la epidemia es volver a calcular las infecciones derivadas de las muertes observadas. Si bien las tendencias recientes de las muertes serán, por tanto, informativas, hay un retraso en la observación del efecto de las intervenciones sobre las muertes, ya que hay un período de 2 a 3 semanas entre lainfección, el inicio de los síntomas y el resultado.En este informe, encajamos un nuevo modelo mecánico bayesiano del ciclo de infección en las muertes observadas en11 países europeos, inferiendo límites plausibles superiores e inferiores (intervalos creíbles bayesianos) de la población total infectada (tasas de ataque), probabilidades de detección de casos y el número de reproducción a lo largo del tiempo (Rt).Ajustamos el modelo conjuntamente a los datos de COVID-19 de todos estos países para evaluar si hay pruebas de que las intervenciones han tenido éxito hasta ahora en reducir la Rt por debajo de 1, con la fuerte suposición de que las intervenciones particulares están logrando un impacto similar en diferentes países y de que la La mayoría de las intervenciones se iniciaron alrededor del 12 al 14 de marzo. Analizamos los datos sobre las muertes hasta el 28 de marzo, dando un margen de 2-3 semanas para estimar el efecto de las intervenciones. Actualmente, la mayoría de los países en nuestro estudio han implementado todas las intervenciones no farmacéuticas importantes. Para cada país, modelamos el número de infecciones, el número de muertes y el número de reproducciones efectivas a lo largo del tiempo, con Rt cambiando sólo cuando se introduce una intervención (Figura 2-12). Rt es el número medio de infecciones secundarias por individuo infectado, asumiendo que las intervenciones que se realizan en el momento t permanecen en el lugar durante todo su período infeccioso. Cada país tiene su propio número de reproducción inicial Rt antes de que se lleven a cabo las intervenciones. Se supone que las intervenciones específicas tienen el mismo impacto relativo en Rt en cada país cuando se introdujeron allí y están informadas por los datos de mortalidad en todos los países. Figura l: Cronogramas de intervención para los 11 países europeos incluidos en el análisis.Para más detalles, véase el apéndice 8.6.2.1 Número real estimado de infecciones y tasas de ataque actualesEn todos los países, estimamos que hay órdenes de magnitud menos infecciones detectadas (Figura 2) En Italia, nuestros resultados sugieren que, acumulativamente, 5.9 [1,9-15,2] millones de personas han sido infectadas al 28 de marzo, dando una tasa de ataque del 9,8% [3,2%-25%] de la población (Tabla 1). España ha visto recientemente un gran aumento en el número de muertes, y dada su menor población, nuestro modelo estima que una mayor proporción de la población, 15,0% (7,0 [18-19] millones de personas) han sido infectadas hasta la fecha. Alemania se estima que tiene una de las tasas de ataque más bajas en el 0,7% con 600.000[240,000-1,500.000] personas infectadas. Imperial College COVID-19 Response TeamTabla l: Modelo posterior estimaciones del porcentaje de la población infectada al 28 de marzo de 2020. País % de la población total infectada (media [intervalo creíble del 95%l)Austria 1,1% [0,36%-3,1%]Bélgica 3,7% [1,3%-9,7%]Dinamarca 1,1% [0,40%-3,1%]Francia 3,0% [1,1%-7,4%]Alemania 0,72% [0,28%-1,8%]Italia 9,8% [3,2%-26%]Noruega 0,41% [0,09%-1,2%]España 15% [3,7%-41%]Suecia 3,1% [0,85%-8,4%]Suiza 3,2% [1,3%-7,6%]Reino Unido 2,7% [1,2%-5,4%]2,2 Números de reproducción e impacto de las intervencionesAveriguados en todos los países, estimamos que los números de reproducción inicial rondan los 3,87 [3,01-4,66], lo que está en consonancia con otras estimaciones.1'8 Estas estimaciones se basan en nuestra elección de la distribución entre intervalos seriales y la tasa de crecimiento inicial de Un intervalo serial más corto supone un menor número de reproducción inicial (Apéndice 8.4.2, Apéndice 8.4.6).Los números de reproducción inicial también son inciertos debido a que: a) la importación es la fuente dominante de nuevas infecciones al principio de la epidemia, en lugar de la transmisión local (b) la posible incertidumbre en las muertes, particularmente antes de que se generalizaran las pruebas.Estimamos que los grandes cambios en la Rt en respuesta a las intervenciones combinadas no farmacéuticas.Nuestros resultados, impulsados en gran parte por países con epidemias avanzadas y un mayor número de muertes (por ejemplo, Italia, España), sugieren que estas intervenciones han tenido conjuntamente un impacto sustancial en la transmisión, medidos por los cambios en el número de reproducción estimado Rt. En todos los países encontramos estimaciones actuales de Rt que van desde una media posterior de 0,97 [0,14-2,14] para Noruega a una media a posteriori de 2,64 [1,40-4,18] para Suecia, con un promedio de 1,43 en los 11 países a posteriori, una reducción del 64% en comparación con los valores de pre-intervención. Observamos que estas estimaciones son consistentes en que el impacto de la intervención es el mismo en diferentes países y en diferentes épocas. En todos los países, excepto Suecia, en las mismas suposiciones, estimamos que el número de reproducción actual incluye 1 en el rango de incertidumbre. El número de reproducción estimado para Suecia es mayor, no porque las tendencias de mortalidad son significativamente diferentes de cualquier otro país, sino como un artefacto de nuestro modelo, que supone una reducción menor en Rt porque no se ha ordenado un bloqueo completo en la medida. En general, aún no podemos concluir si las intervenciones actuales son suficientes para lograr que Rt sea inferior a 1 (posterior probabilidad de ser inferior a 1,0 es un 44% en promedio en todos los países). También no podemos concluir si las intervenciones pueden ser diferentes entre países o con el tiempo. Sigue habiendo un alto nivel de incertidumbre en estas estimaciones.Es demasiado pronto para detectar un impacto sustancial de la intervención en muchos países en etapas anteriores de su epidemia (por ejemplo, Alemania, Reino Unido, Noruega).Muchas intervenciones se han producido sólo recientemente, y sus efectos aún no se han observado plenamente debido al retraso entre la infección y la muerte.Esta incertidumbre reducirá a medida que se disponga de más datos.Para todos los países, nuestro modelo se ajusta bien a los datos de muertes observadas (pruebas de bondad de la adecuación bayesiana).También descubrimos que nuestro modelo puede predecir de manera fiable las muertes diarias 3 días en el futuro, reteniendo los últimos 3 días de datos Sin embargo, al realizar un análisis de sensibilidad (Apéndice 8.4.3) con distribuciones previas sin información (donde las intervenciones pueden aumentar las muertes) encontramos un impacto similar de las intervenciones del equipo de respuesta del Colegio Imperial COVID-19, que muestra que nuestra elección de la distribución previa no está impulsando los efectos que vemos en el análisis principal.Figura 2: Estimaciones a nivel de país de infecciones, muertes y Rt. Izquierda: número diario de infecciones, marronbars se reportan infecciones, bandas azules son infecciones predichas, intervalo creíble de azul oscuro 50% (IC), azul claro 95% IC. El número de infecciones diarias estimadas por nuestro modelo disminuye inmediatamente después de una intervención, ya que suponemos que todas las personas infectadas se vuelven inmediatamente menos infecciosas a través de la intervención. Medio: número diario de muertes, barritas marrones se reportan muertes, bandas azules se predicen muertes, Cias en la parcela izquierda. Derecha: número de reproducción variable en el tiempo Rt, verde oscuro 50% IC, verde claro 95% IC. Iconos son intervenciones mostradas en el momento en que ocurrieron. Imperial College COVID-19 Response TeamTabla 2: Muertes previstas totales desde el inicio de la epidemia hasta el 31 de marzo en nuestro modelo y en un modelo contrafactual (suponiendo que no hubo intervención).Estimadas muertes evitadas durante este período como resultado de las intervenciones.Números entre paréntesis son intervalos creíbles del 95%. 2.3 Impacto estimado de las intervenciones en las muertesLa Tabla 2 muestra el total de muertes previstas desde el comienzo de la epidemia hasta el 31 de marzo bajo nuestro modelo ajustado y bajo el modelo contrafactual, que predice lo que habría ocurrido si no se implementaran intervenciones (y R, En Italia y España, donde la epidemia está avanzada, se han evitado 38.000 muertes [13.000-84.000] y 16.000 [5400-35.000], respectivamente. Incluso en el Reino Unido, que es mucho más temprano en su epidemia, se han evitado 370 [73-1,000] muertes, que sólo dan lugar a las muertes evitadas que habrían ocurrido hasta el 31 de marzo. Si se incluyeran las muertes de individuos actualmente infectados en ambos modelos, lo que podría ocurrir después del 31 de marzo, las muertes evitadas serían sustancialmente más altas. Figura 3: Número diario de muertes confirmadas, predicciones (hasta el 28 de marzo) y previsiones (después) para (a)Italia y (b) España de nuestro modelo con intervenciones (azul) y del modelo sin intervencionescontrafactuales (rosa); los intervalos creíbles se muestran una semana en el futuro. Otros países se muestran en el Apéndice 8.6. 03/0 25% 50% 753% 100%(sin efecto sobre la transmisibilidad) (final de la transmisibilidadReducción porcentual en R.Figura 4: Nuestro modelo incluye cinco covariables para intervenciones gubernamentales, ajustando para si la intervención fue la primera realizada por el gobierno en respuesta a COVID-19 (rojo) o fue posterior a otras intervenciones (verde).Se muestra una reducción porcentual relativa media en Rt con intervalos creíbles posteriores al 95%.Si se logra una reducción del 100%, Rt = 0 y no hay mástransmisión de COVID-19.No hay efectos significativamente diferentes de los de otras intervenciones, probablemente debido al hecho de que muchas intervenciones ocurrieron en el mismo día o en días de cada una como se muestra en la Figura l.3 DiscusiónDurante esta fase temprana de medidas de control contra el nuevo coronavirus en Europa, analizamos tendencias en el número de muertes para evaluar la medida en que se está reduciendo la transmisión Al representar el proceso de infección por COVID-19 utilizando un modelo jerárquico semimecánico, conjunto y bayesiano, podemosreducir las tendencias observadas en los datos de muertes y podemos pronosticar con precisión en cortos horizontes de tiempo.Estimamos que ha habido muchas más infecciones de las que se reportan actualmente.El alto nivel de incertidumbre de infecciones que estimamos aquí es probable debido al enfoque en pruebas en entornos hospitalarios más que en la comunidad.A pesar de esto, sólo una pequeña minoría de individuos en cada país han sido infectados, con una tasa de ataque en promedio del 4,9% [l,9%-l%] con una considerable variación entre países (Tabla 1).Nuestras estimaciones implican que las poblaciones en Europa no están cercanas a la inmunidad de rebaños ("50-75% si R0 es 2-4).Además, con los valores de Rt disminuyendo sustancialmente, la tasa de adquisición de inmunidad de rebaños se ralentizará rápidamente. Esto implica que el virus será capaz de propagarse rápidamente en caso de que se levanten las intervenciones.Tales estimaciones de la tasa de ataque hasta la fecha deben ser validadas con urgencia por pruebas de anticuerpos recientemente desarrolladas en encuestas de población representativas, una vez que éstas estén disponibles.Estimamos que las intervenciones no farmacéuticas importantes han tenido un impacto sustancial en el número de reproducción que varía en el tiempo en los países donde ha habido tiempo para observar los efectos de la intervención en las tendencias de las muertes (Italia, España). Debido a la rápida sucesión de intervenciones en muchos países, no se dispone de datos suficientes para estimar el tamaño del efecto individual de cada intervención, y desalentamos la atribución de asociaciones a la intervención individual.En algunos casos, como Noruega, donde todas las intervenciones se ejecutaron a la vez, estos efectos individuales son por definición no identificables.A pesar de esto, aunque no se pueden determinar los impactos individuales, su impacto conjunto estimado está fuertemente justificado empíricamente (véase el apéndice 8.4 para el análisis de sensibilidad).Si bien el crecimiento de las muertes diarias ha disminuido, debido a la diferencia entre las infecciones y las muertes, es de esperar un aumento continuo de las muertes diarias durante algún tiempo.Para comprender el impacto de las intervenciones, nos ajustamos a un modelo contrafactual sin las intervenciones y lo comparamos con el modelo real.Consideramos Italia y el Reino Unido -dos países en etapas muy diferentes de sus epidemias.Para el Reino Unido, donde las intervenciones son Los resultados sugieren que las intervenciones tendrán un gran impacto en las infecciones y muertes a pesar del aumento de ambos.Para Italia, donde ha pasado mucho más tiempo desde que se han implementado las intervenciones, está claro que el modelo sin intervenciones no encaja bien con los datos, y no puede explicar la reducción sublineal (en la escala logarítmica) de las muertes (véase la figura 10).El modelo contrafactual para Italia sugiere que, a pesar de la creciente presión sobre los sistemas de salud, las intervenciones han evitado una catástrofe sanitaria en la que el número de nuevas muertes habría sido 3,7 veces mayor (38.000 muertes evitadas) de lo que se observa actualmente.Incluso en el Reino Unido, mucho antes de su epidemia, se prevé que las recientes intervenciones evitarán 370 muertes totales hasta el 31 de marzo. Dados los índices de mortalidad por infecciones observadas y la epidemiología de la COVID-19, las intervenciones no farmacéuticas importantes han tenido un impacto sustancial en la reducción de la transmisión en los países con epidemiologías más avanzadas. Es demasiado pronto para estar seguros de que se verán reducciones similares en los países en las etapas anteriores de su epidemia. Si bien no podemos determinar qué conjunto de intervenciones han tenido más éxito, ya podemos ver cambios en las tendencias de nuevas muertes. Cuando se pronostican 3 días y se examina toda la epidemia, el número de muertes evitadas es sustancial. Observamos que se está produciendo una innovación sustancial, y nuevas intervenciones o refinamientos más eficaces de las intervenciones actuales, junto con cambios de comportamiento, contribuirán aún más a la reducción de las infecciones. No podemos decir con certeza que las medidas actuales hayan controlado la epidemia en Europa; sin embargo, si continúan las tendencias actuales, hay razones para el optimismo. Proponemos una estructura plausible para el proceso de infección y luego estimamos los parámetros empíricamente. Sin embargo, muchos parámetros tuvieron que ser dados fuertes distribuciones previas o tenían que ser fijados. Para estas suposiciones, hemos proporcionado citas relevantes a estudios previos. A medida que se disponga de más datos y surjan mejores estimaciones, actualizaremos estos reportes quincenales. Nuestra elección de la distribución de intervalos seriales influye fuertemente en la distribución previa para el inicio de R0. Nuestra relación de mortalidad por infección y distribuciones de infección a muerte influyen fuertemente en la tasa de muerte y por lo tanto el número estimado de casos subyacentes verdaderos. También suponemos que el efecto de las intervenciones es el mismo en todos los países, lo cual puede no ser totalmente realista. Esto implica que los países con intervenciones tempranas y más muertes ya que estas intervenciones (por ejemplo, Italia, España) influyen fuertemente en las estimaciones del impacto de la intervención en los países en las etapas más tempranas de Hemos intentado crear definiciones coherentes de todas las intervenciones y documentar detalles al respecto en elApéndice 8.6. Sin embargo, invariablemente habrá diferencias de un país a otro en la fuerza de su intervención, por ejemplo, la mayoría de los países han prohibido la reunión de más de 2 personas cuando se aplica un bloqueo, mientras que en Suecia el gobierno sólo prohibió la reunión de más de 10 personas. Estas diferencias pueden distorsionar los impactos en países con muy pocos datos. Creemos que nuestra incertidumbre puede cubrir en cierto grado estas diferencias, y a medida que se disponga de más datos, loscoeficientes deberían ser más fiables. Sin embargo, a pesar de estas fuertes suposiciones, hay suficiente señal en los datos para estimar los cambios en R, (véase el análisis de sensibilidad reportado en el Apéndice 8.4.3) y esta señal se incrementará con el tiempo. En nuestro marco jerárquico bayesiano, cuantificamos robustamente la incertidumbre en nuestras estimaciones de parámetros y predicciones posteriores. Esto se puede ver en los intervalos creíbles más amplios de los últimos días, en los que se dispone de pocos o ningún dato sobre la muerte para informar las estimaciones. Además, predecimos el impacto de la intervención a nivel nacional, pero puede haber diferentes tendencias en diferentes partes de cada país.Por ejemplo, la epidemia en el norte de Italia estaba sujeta a controles antes que el resto del país.5DatosNuestro modelo utiliza datos diarios sobre la mortalidad en tiempo real del ECDC (Centro Europeo de Control de Enfermedades), donde catalogamos datos de casos de 11 países europeos que actualmente padecen la epidemia: Austria, Bélgica, Dinamarca, Francia, Alemania, Italia, Noruega, España, Suecia, Suiza y Reino Unido.El ECDC proporciona información sobre casos confirmados y muertes atribuibles a COVID-19.Sin embargo, los datos de casos son muy poco representativos de la incidencia de infecciones debido a la infrarreportación, así como a cambios sistemáticos y específicos de países Nosotros, por lo tanto, utilizamos sólo las muertes atribuibles a COVID-19 en nuestro modelo; no utilizamos las estimaciones de casos de ECDC en absoluto.Si bien las muertes observadas todavía tienen cierto grado de falta de fiabilidad, de nuevo debido a cambios en los informes y las pruebas, creemos que los datos son de suficiente fidelidad al modelo.Para los recuentos de población, utilizamos los recuentos desglosados por edad de la UNPOP.10También catalogamos datos sobre la naturaleza y el tipo de intervenciones no farmacéuticas importantes.Miramos las páginas web gubernamentales de cada país, así como sus páginas web oficiales de información y división de salud pública para identificar los últimos consejos/leyes que emiten el gobierno y las autoridades sanitarias públicas.Recopilamos lo siguiente:Se ordenó el cierre de la escuela: Esta intervención se refiere a los cierres extraordinarios de escuelas a nivel nacional que en la mayoría de los casos se refieren al cierre de escuelas primarias y secundarias (para la En el caso de Dinamarca y Suecia, permitimos el cierre parcial de las escuelas sólo en las escuelas secundarias. La fecha del cierre de la escuela se considera como la fecha efectiva en que las escuelas comenzaron a cerrarse (si este era un lunes, la fecha utilizada era la de los sábados anteriores, ya que alumnos y estudiantes se quedaron efectivamente en casa a partir de esa fecha). Medidas basadas en casos. Esta intervención comprende recomendaciones o leyes sólidas al público en general y a la atención primaria sobre el autoaislamiento al mostrar síntomas similares al COVID-19.Estos incluyen también programas nacionales de pruebas en los que las personas pueden someterse a pruebas y posteriormente autoaislarse. Nuestra definición se limita al asesoramiento del gobierno nacional a todas las personas (por ejemplo, el Reino Unido) o a toda atención primaria y excluye únicamente el asesoramiento regional.Estos no incluyen intervenciones en fase de contención como el aislamiento si regresan de un país epidémico como China. Se ha fomentado el distanciamiento social: Como una de las primeras intervenciones contra la propagación de la pandemia COVID-19, muchos gobiernos han publicado consejos sobre distanciamiento social, incluyendo la recomendación de trabajar desde el hogar siempre que sea posible, reduciendo el uso del transporte público y todos los demás contactos no esenciales.Las fechas utilizadas son aquellas en las que el distanciamiento social ha sido recomendado oficialmente por el gobierno; el consejo puede incluir mantener una distancia física recomendada de otros. Decretado el bloqueo: Hay varios escenarios diferentes a los que los medios de comunicación se refieren como bloqueo. Como definición general, consideramos regulaciones/legislaciones relativas a una estricta interacción social cara a cara: incluyendo la prohibición de cualquier reunión pública no esencial, el cierre de instituciones educativas y públicas/culturales, ordenando a las personas a permanecer en casa aparte del ejercicio y las tareas esenciales.Incluimos casos especiales en los que no se mencionan explícitamente en los sitios web del gobierno, sino que son Las fechas utilizadas son las fechas efectivas en que se han implementado estas legislaciones. Observamos que el bloqueo abarca otras intervenciones previamente implementadas. Primera intervención: Como muestra la Figura 1, los gobiernos europeos han escalado las intervenciones rápidamente, y en algunos ejemplos (Noruega/Dinamarca) han implementado todas estas intervenciones en un solo día. Por lo tanto, dada la autocorrelación temporal inherente a la intervención gubernamental, incluimos covariable abinaria para la primera intervención, que puede interpretarse como una decisión gubernamental de tomar medidas importantes para controlar COVID-19. Una lista completa de las fechas de estas intervenciones y las fuentes que hemos utilizado se puede encontrar en el Apéndice 8.6. 6 Métodos ResumenUn resumen visual de nuestro modelo se presenta en la Figura 5 (detalles en los Apéndices 8.1 y 8.2). El código de replicación está disponible en https://github.com/mperiaCollegeLondres/covid19model/releases/tag/vl.0Ajustamos nuestro modelo a las muertes observadas de acuerdo con los datos de ECDC de 11 países europeos.Las muertes modeladas se basan en una distribución de infección a inicio (tiempo desde la infección hasta el inicio de los síntomas), una distribución de inicio a muerte (tiempo desde el inicio de los síntomas hasta la muerte) y la relación de mortalidad por infección media de la población (ajustada para la estructura de edad y los patrones de contacto de cada país, véase el Apéndice).Debido a estas distribuciones y proporciones, las muertes modeladas son una función del número de infecciones.El número de infecciones modelado se basa en la distribución por intervalos de serie (tiempo medio desde la infección de una persona hasta el momento en que infectan a otra Finalmente, el número de reproducción variable en el tiempo es una función del número de reproducción inicial antes de las intervenciones y los tamaños de efecto de las intervenciones.Figura 5: Resumen de los componentes del modelo. Siguiendo la jerarquía de abajo a arriba nos da un marco completo para ver cómo las intervenciones afectan a las infecciones, que pueden resultar en muertes.Utilizamos la inferencia bayesiana para asegurar que nuestras muertes modeladas puedan reproducir las muertes observadas lo más cerca posible.De abajo a arriba en la Figura 5, hay un retraso implícito en el tiempo que significa el efecto de intervenciones muy recientes se manifiestan débilmente en muertes actuales (y se fortalecen a medida que avanza el tiempo).Para maximizar la capacidad de observar el impacto de la intervención en las muertes, encajamos nuestro modelo conjuntamente para los 11 países europeos, lo que resulta en un conjunto de datos grande. Hemos evaluado el efecto de nuestras elecciones de distribución de Bayesianprior y evaluado nuestra calibración posterior bayesiana para asegurar que nuestros resultados seanestadísticamente robustos (Apéndice 8.4). 7 AgradecimientosLa investigación inicial sobre covariables en el Apéndice 8.6 fue fuente de crowdsourcing; agradecemos a varias personas de todo el mundo por su ayuda. Este trabajo fue apoyado por el Centro de financiación del Consejo de Investigación Médica del Reino Unido bajo un acuerdo con el Departamento de Desarrollo Internacional del Reino Unido, la Unidad de Investigación sobre Protección de la Salud del NIHR en Metodología de Modelado y ComunidadJameel. 8 Apéndice: Modelo de Análisis de Especificaciones, Validación y Sensibilidad8.1 Modelo de muerteObservamos muertes diarias Dam durante los días t E 1,...,n y países m E 1,...,p. Estas muertes diarias se modelan utilizando una presa de función real valuada positiva Se supone que la presa sigue una distribución binomio negativa conEl número esperado de muertes (1 en un país determinado en un día dado es una función del número de infecciones C que ocurren en días anteriores. Al principio de la epidemia, las muertes observadas en un país pueden estar dominadas por muertes que resultan de infecciones que no son adquiridas localmente. Para evitar sesgar nuestro modelo por esto, sólo incluimos muertes observadas desde el día después de que un país haya observado acumulativamente 10 muertes en nuestro modelo. Para vincular mecánicamente nuestrafunción de muertes a casos infectados, utilizamos una infección COVID-19-fatalidad-ratio ifr estimada previamente (probabilidad de muerte dada infección)9 junto con una distribución detiempos de infección a muerte TE. El ifr se deriva de estimaciones presentadas en Verity et al11 que suponen tasas de ataque homogéneo entre grupos de edad. Para ajustar mejor las estimaciones de las tasas de ataque por edades generadas utilizando información más detallada sobre los patrones de mezcla de países y edades específicas, escalamos estas estimaciones (el ifr no ajustado, al que aquí se hace referencia como ifr’) de la siguiente manera como en el trabajo anterior.4Let Ca ser el número de infecciones generadas en el grupo de edad a, Na el tamaño subyacente de la población en ese grupo de edad y AR“ 2 Ca/Na el índice de ataque específico de grupo de edad.El ifr ajustado se da entonces por: ifra = fififié, donde AR50_59 es la tasa de ataque prevista en el grupo de edad de 50-59 años después de incorporar los patrones de contacto y mezcla específicos de países.Este grupo de edad fue elegido como referencia ya que tenía el nivel más bajo previsto de subinforme en análisis previos de los datos de la epidemia china“. Se obtuvieron estimaciones por países de la tasa de ataque por edad, AR“, para los 11 países europeos en nuestro análisis de un estudio anterior que incorpora información sobre el contacto entre individuos de diferentes edades en países de toda Europa12. Luego se obtuvieron estimaciones globales de cada país ajustando tanto para la demografía como para las tasas de ataque específicas por edad. Utilizando información epidemiológica estimada de estudios anteriores,"11 se supone que la TE es la suma de dos tiempos aleatorios independientes: la distribución del período de incubación (infección al inicio de los síntomas o infección hasta el inicio) y el tiempo entre el inicio de los síntomas y la muerte (ingreso a la muerte). La distribución de la infección hasta el inicio es Gamma distribuida con media de 5,1 días y coeficiente de variación0,86. La distribución de la aparición a la muerte es también Gamma distribuida con una media de 18,8 días y un coeficiente de va riación 0,45. Por lo tanto, la distribución de la infección-a-muerte está dada por:um ~ ifrm ~ (Gamma(5.1,0,86) + Gamma(18,8,0,45)) La Figura 6 muestra la distribución de la infección-a-muerte y la función de supervivencia resultante que se integra a la relación de mortalidad por infección.Figura 6: Distribución izquierda de la infección-a-muerte (media 23,9 días). Correcto, probabilidad de supervivencia de individuos infectados por día dada la relación de mortalidad por infección (1%) y la distribución de la infección-a-muerte por la izquierda.Usando la probabilidad de distribución de la muerte, el número esperado de muertes presa, en un día dado t, para el país, m, está dada por la siguiente suma discreta:El número de muertes hoy es la suma de las infecciones pasadas ponderadas por su probabilidad de muerte, donde la probabilidad de muerte Este enfoque ha sido utilizado en numerosos estudios previos13'16 y tiene una fuerte base teórica en procesos de conteo estocásticos basados en individuos como el proceso Hawkes y el proceso Bellman-Harris.”18 El nuevo modelo está relacionado con el modelo Susceptible-Infectado-Recuperado, excepto que la renovación no se expresa en forma diferencial. Para modelar el número de infecciones con el tiempo necesitamos especificar una distribución serialinterval g con densidad g(T), (el tiempo entre cuando una persona se infecta y cuando posteriormente infectan a otras personas), que elegimos ser Gamma distribuido:g ~ Gamma (6.50.62). La distribución del intervalo serial se muestra a continuación en la Figura 7 y se supone que es la misma para todos los países. Figura 7: Distribución del intervalo serial g con una media de 6,5 días. Dada la distribución del intervalo serial, el número de infecciones Eamon a determinado día t, y country, m, está dado por la siguiente función de convolución discreta:_ t—1Cam — Ram ZT=0 Cr,mgt—‘r r where, similar a la probabilidad de la función de muerte, el intervalo serial diario está discretizado porfs+0.51.5gs = T=s—0.Sg(T)dT fors = 2,3 y 91 = fT=Og(T)dT. Las infecciones dependen hoy en día del número de infecciones en los días anteriores, ponderadas por la distribución del intervalo serial discretizado.Esta ponderación es entonces escalada por el número de producción de tiempo específico, Ram, que modela el número medio de infecciones secundarias en un momento dado. La forma funcional para el número de reproducción del tiempo-Variante fue elegida para ser lo más simple posible para minimizar el impacto de supuestos previos fuertes: utilizamos una función constante por partes que escalaRam de una línea de base previa R0,m y es impulsada por las principales intervenciones no farmacéuticas conocidas que ocurren en diferentes países y tiempos. Incluyemos 6 intervenciones, una de las cuales se construye a partir de las otras 5 intervenciones, que son cronogramas de cierres escolares y universitarios (k=l), enfermedad autoaislante (k=2), prohibición de eventos públicos (k=3), cualquier intervención gubernamental en lugar (k=4), implementación de un bloqueo parcial o completo (k=5) y fomento del distanciamiento y aislamiento social (k=6). Denotamos la variable indicadora de intervención k E 1,2,3,4,5,6 por IkI’m, que es 1 si la intervención k está en placein country m en el La covariable “cualquier intervención gubernamental” (k=4) indica si alguna de las otras 5 intervenciones está en efecto, es decir, 14’t’m es igual a 1 en el momento t si alguna de las intervencionesk E 1,2,3,4,5 están en vigor en el país m en el momento t y es igual a 0 de lo contrario. Covariable 4 tiene la interpretación de indicar el inicio de la intervención gubernamental mayor. Se supone que el efecto de cada intervención es multiplicativo. Ram es, por lo tanto, una función de los indicadores de intervenciónIk’t’m en lugar en el momento t en el país m:Ram : R0,m eXp(— 212:1 O(Rheum)-La forma exponencial se utilizó para asegurar la positividad del número de reproducción, con R0,mconstreñido a ser positivo como aparece fuera de la exponencial. El impacto de cada intervención enRam se caracteriza por un conjunto de parámetros 0(1,...,OL6, con distribuciones previas independientes elegidas para el beock ~ Gamma(. 5,1). Los impactos ock son compartidos entre todos los países m y por lo tanto están informados por todos los datos disponibles. La distribución previa para R0 fue escogida para serR0,m ~ Normal(2,4, IKI) con K ~ Normal(0,0.5),Una vez más, K es el mismo entre todos los países para compartir información. Asumimos que la siembra de nuevas infecciones comienza 30 días antes del día después de que un país haya observado 10 muertes. A partir de esta fecha, sembramos nuestro modelo con 6 días secuenciales de infecciones extraídas de cl’m,...,66’m~EXponential(T), donde T~Exponential(0.03). Se estimaron los parámetros de manera conjunta para los 11 países en un único modelo jerárquico. Se realizó el ajuste en el lenguaje de programación probabilístico Stan,19 utilizando un sampler adaptativo Hamiltoniano Monte Carlo (HMC). Se realizaron 8 cadenas para 4000 iteración con 2000 iteración de calentamiento y un factor de adelgazamiento 4para obtener 2000 muestras posteriores. Se evaluó la convergencia posterior utilizando la estadística Rhat y mediante el diagnóstico de transiciones divergentes del sampler HMC. También se realizaron calibraciones anteriores a posteriori (véase más adelante). 8.3 ValidaciónValidamos la exactitud de las estimaciones puntuales de nuestro modelo utilizando la validación cruzada. En nuestro esquema de validación cruzada, dejamos fuera 3 días de datos de muerte conocidos (no acumulativos) y encajamos en nuestro modelo. Pronosticamos lo que el modelo predice para estos tres días. Presentamos las previsiones individuales para cada día, así como el Los resultados de validación cruzada se muestran en la Figura8.Figura 8: Resultados de validación cruzada para pronósticos agregados de 3 días y 3 díasFigura 8 proporciona una fuerte justificación empírica para nuestra especificación y mecanismo de modelo.Nuestra previsión precisa sobre un horizonte temporal de tres días sugiere que nuestras estimaciones ajustadas para Rt son apropiadas y plausibles.Además de las estimaciones puntuales, todos evaluamos nuestros intervalos posteriores creíbles utilizando la Rhatstatistic.La estadística de Rhat mide si nuestras cadenas Markov Chain Monte Carlo (MCMC) han convergido a la distribución de equilibrio (la distribución posterior correcta).La Figura 9 muestra las estadísticas de Rhatstatistics para todos nuestros parámetrosFigura 9: Las estadísticas de Rhat - valores cercanos a 1 indican la convergencia de MCMC. La Figura 9 indica que nuestra MCMC ha convergido. 8.4 SensibilidadAnálisis8.4.1 Previsión a escala logarítmica para evaluar la señal en los datosComo hemos destacado en todo el presente informe, el desfase entre las muertes y las infecciones significa que es tiempo suficiente para que la información propague backwards de las muertes a las infecciones y, en última instancia, al Rt. Una conclusión de este informe es la predicción de una desaceleración de la Rt en respuesta a las principales intervenciones. Recuperando la intuición de que se trata de datos impulsados y no simplemente una consecuencia de modelos altamente limitados, mostramos previsiones de muerte a escala logarítmica lineal. En esta escala, una línea que curvas por debajo de una tendencia lineal es indicativa de una desaceleración en el crecimiento de la epidemia. Nuestromodelo sugiere que Italia, un país que tiene el mayor número de muertes de COVID-19, verá una desaceleración en el aumento de las muertes diarias durante la próxima semana en comparación con las primeras etapas de la epidemia. Investigamos la sensibilidad de nuestras estimaciones de inicio y final Rt a nuestra supuesta distribución de intervalos seriales. Para ello consideramos varios escenarios, en los que cambiamos la media de distribución de intervalos seriales, de un valor de 6,5 días, para tener valores de 5, 6, 7 y 8 días. En la Figura 13, mostramos nuestras estimaciones de R0, el número de reproducción inicial antes de las intervenciones, para cada uno de estos escenarios. El orden relativo de la Rt=0 en los países es consistente en todos los entornos. Sin embargo, como se esperaba, la escala de Rt=0 se ve considerablemente afectada por este cambio. Esto se debe a que para alcanzar el tamaño observado actualmente de las epidemias, un intervalo serial más largo se compensa con un R0 estimado más alto. Además, en la Figura 14, mostramos nuestras estimaciones de Rt en el momento del modelo más reciente, de nuevo para cada uno de estos escenarios.La media del intervalo serial puede influir sustancialmente en Rt, sin embargo, los intervalos posteriores de Rt se superponen ampliamente.Figura 13: Número de reproducción inicial R0 para diferentes distribuciones de intervalo serial (SI) (medias entre 5 y 8 días).Utilizamos 6,5 días en nuestro análisis principal.Figura 14: Rt el 28 de marzo de 2020 estimado para todos los países, con distribución de intervalo serial (SI) medias entre 5 y 8 días.Utilizamos 6,5 días en nuestro análisis principal. Para evitar la colinealidad, realizamos 6 modelos separados, con efectos resumidos a continuación (comparar con el análisis principal de la Figura 4). En esta serie de análisis univariados, encontramos (Figura 15) que todos los efectos por sí solos sirven para disminuir el Rt. Esto nos da confianza en que nuestra elección de la distribución previa no está impulsando los efectos que vemos en el análisis principal. Lockdown tiene un efecto muy grande, lo más probable debido a que ocurre después de otras intervenciones en nuestro conjunto de datos. Los tamaños de efecto relativamente grandes para las otras intervenciones son más probables debido a la coincidencia de las intervenciones en el tiempo, de tal manera que una intervención es un proxy para unos pocos otros. Figura 15: Efectos de diferentes intervenciones cuando se utilizan como los únicos covariables en el modelo. 8.4.4.4Para evaluar las suposiciones previas sobre nuestra forma funcional constante por pieza para Rt probamos utilizando una función a Encajamos un modelo con una distribución previa de proceso gaussiano a los datos de Italia donde hay la mayor señal en los datos de muerte. Encontramos que el proceso gaussiano tiene una tendencia muy similar al modelo constante por partes y vuelve a la media en regiones de no datos. La correspondencia de una función completamente no paramétrica y nuestra función constante por piezas sugiere una especificación paramétrica adecuada de Rt. Montaje no paramétrico de Rf usando un proceso gaussiano:8.4.5 Dejar fuera el análisis del paísDebido a las diferentes longitudes de la epidemia de cada país europeo, algunos países, como Italia tienen muchos más datos que otros (como el Reino Unido). Para asegurarnos de que no estamos aprovechando demasiada información de ningún país realizamos un análisis de sensibilidad “dejar fuera un país”, donde recorrimos el modelo sin un país diferente cada vez. La Figura 16 y la Figura 17 son ejemplos de resultados para el Reino Unido, dejando de En general, para todos los países, no observamos ninguna dependencia significativa de ningún país.Figura 16: Resultados de modelos para el Reino Unido, cuando no se utilizan datos de Italia para ajustar el modelo.Ver laFigura 17: Resultados de modelos para el Reino Unido, cuando no se utilizan datos de España para ajustar el modelo.Ver subtítulo de la Figura 2 para una explicación de las gráficas. Para resultados teóricos bien conocidos de la ecuación de renovación, dada una distribución de intervalo serie g(r) con media m y desviación estándar 5, dada a = mZ/S2 y b = m/SZ, y posteriormente R0 = (1 + %).Figura 18 muestra teóricamente derivada R0 junto con nuestras estimaciones de Rt=0 de nuestro modelo jerárquico bayesiano.Como se muestra en la Figura 18 hay una grancorrespondencia entre nuestro número de reproducción inicial estimado y el número de reproducción básica implícito por la tasa de crecimiento r.R0 (rojo) vs R(FO) (negro)Figura 18: Nuestra estimación de R0 (negro) versus Ru(rojo) teóricamente derivado de un ajuste de regresión log lineal. 8.5 Análisis contrafactual — intervenciones frente a no intervencionesFigura 19: Número diario de muertes confirmadas, predicciones (hasta el 28 de marzo) y previsiones (después) para todos los países, excepto Italia y España, de nuestro modelo con intervenciones (azul) y del modelo contrafactual sin intervenciones (rosa); los intervalos creíbles se muestran a una semana en el futuro. DOI: https://doi.org/10.25561/77731Página 28 de 3530 de marzo de 2020 Imperial College Equipo de respuesta COVID-19 8.6 Fuentes de datos y cronograma de intervencionesFigura 1 y Tabla 3 muestran las intervenciones de los 11 países en nuestro estudio y las fechas en que estas intervenciones entraron en vigor. Tabla 3: Calendario de intervenciones. País Tipo Evento Fecha efectivaCerrado escolar ordenadoCerrados escolares nacionales.20 14/3/2020Eventos públicosprohibido la celebración de reuniones de más de 5 personas.21 10/3/2020Prohibir todo acceso a espacios públicos y reunionesLockdown de más de 5 personas.Consejos para mantener 1 distancia ordenada.22 16/3/2020Desplazamiento socialalentadoRecomendación para mantener una distancia de 1m.22 16/3/2020Medidas de Austria basadas en casos Implementado en el bloqueo.22 16/3/2020Cerrado escolar ordenadoCerrados escolares nacionales.23 14/3/2020Eventos públicos Todas las actividades recreativas canceladas independientemente de la talla prohibida.23 12/3/2020Los ciudadanos deben permanecer en casa excepto para el trabajo de Lockdown y los viajes esenciales. 24 18/3/2020El transporte público sólo se recomienda para los viajes esenciales de distanciamiento social, el trabajo desde casa fomentado, todos los lugares de interés público, por ejemplo, restaurantes cerrados.23 14/3/2020Case-based Todo el mundo debe permanecer en casa si experimenta una Bélgica mide la tos o la fiebre.25 10/3/2020Cierre escolar Escuelas secundarias cerradas y universidades (escuelas de orden primario también cerradas el 16).26 13/3/2020Eventos públicos Prohibición de eventos > 100 personas, instituciones cerradas de prohibición cultural, instalaciones de ocio, etc.27 12/3/2020Prohibición de reuniones de > 10 personas en lugares públicos y todos ordenados fueron cerrados.27 18/3/2020Uso limitado del transporte público. Todas las instituciones de distancia social cultural cierran y recomiendan mantener una distancia adecuada alentada.28 13/3/2020Base de casos Todo el mundo debe permanecer en casa si experimenta una Dinamarca medidas de tos o fiebre.29 12/3/2020Cierre de escuelas ordenado Cierre de escuelas nacionales.30 14/3/2020Eventos públicosprohibidos Prohibiciones de eventos > 100 personas.31 13/3/2020Lockdown Todo el mundo tiene que permanecer en casa.Necesita un formulario de autorización autoordenada para salir de casa.32 17/3/2020Consejos de estímulo social en el momento del bloqueo.32 16/3/2020Medidas basadas en casosFrancia Consejos en el momento del bloqueo.32 16/03/2020Cierre de escuelas ordenados Nacionalmente.33 14/3/2020Eventos públicos Ninguna reunión de > 1000 personas. 34 22/3/2020Lockdown Recopilaciones de > 2 personas prohibidas, 1,5 distancias ordenadas.35 22/3/2020Desplazamiento social Evite la interacción social siempre que sea posibleAlentado recomendado por Merkel.36 12/3/2020Consejo para todos los que experimentan síntomasContacto basado en un caso de una agencia de atención de la salud para hacerse la prueba y las medidas de Alemania para entonces auto-aislarse.37 6/3/2020Cierre de escuelas ordenado Cierre de escuelas a nivel nacional.38 5/3/2020Eventos públicosprohibidos El gobierno prohíbe todos los eventos públicos.39 9/3/2020Lockdown El gobierno cierra todos los lugares públicos. Las personas ordenadas tienen que permanecer en casa excepto para los viajes esenciales.40 11/3/2020Hay que mantener una distancia de más de 1 m y se debe fomentar el distanciamiento social de cualquier otra forma de agregación alternativa.40 9/3/2020Consejo basado en casos de autoaislamiento si experimenta síntomasMedidas en Italia y cuarentena si se prueba positivo.41 9/3/2020La Dirección de Salud de Noruega cierra todas las instituciones educativas de cierre escolar.Incluidas las instalaciones ordenadas para el cuidado de los niños y todas las escuelas.42 13/3/2020Eventos públicos La Dirección de Salud prohíbe todo contacto social no necesario.42 12/3/2020Lockdown Sólo las personas que viven juntas están permitidas fuera de orden. Todo el mundo tiene que mantener una distancia de 2 metros.43 24/3/2020Desconexión social La Dirección de Salud aconseja contra todo tipo de viajes alentados y contactos sociales no necesarios.42 16/3/2020Consejo basado en un caso para aislarse por 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre.44 15/3/2020Ordenado Cierre de escuelas nacionales.45 13/3/2020Eventos públicosprohibido Prohibir todos los eventos públicos mediante bloqueo.46 14/3/2020Lockdownordenado Bloqueo de todo el país43 14/3/2020Consejo de distanciamiento social sobre distanciamiento social y trabajo en forma remota alentada desde casa.47 9/3/2020Consejo basado en un caso para autoaislarse por 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre en España47 17/3/2020Cerrado de escuelas y escuelas secundarias superiores cerrado.48 18/3/2020Eventos públicosprohibidos El gobierno prohíbe eventos > A las personas con síntomas leves se les dice que limiten el contacto social de distanciamiento social, el estímulo para trabajar desde una casa alentada.50 16/3/2020Consejo basado en un caso de auto-aislamiento si experimentan tos o Suecia mide los síntomas de fiebre.51 Cierre de la escuela ordenado No en persona hasta el 4 de abril.52 14/3/2020Eventos públicos prohibidos El gobierno prohíbe eventos > 100 personas.52 13/3/2020Reuniones ordenadas de bloqueo de más de 5 personas están prohibidas.53 2020-03-20Consejos para mantener la distancia.Todas las empresas donde el distanciamiento social no se puede realizar se han cerrado en todos los estados alentados (kantones).54 16/3/2020Consejo basado en un caso para auto-aislarse si experimentan tos o Suiza mide los síntomas de fiebre.55 2/3/2020Cierre de la escuela general. Los cuidadores de niños, las guarderías para el cierre de escuelas y las sextas formas deben seguir las directrices ordenadas.56 21/3/2020Eventos públicos prohibidos Implementados con bloqueo.57 24/3/2020Los conjuntos de más de 2 personas no pertenecientes al mismo hogar están prohibidos y sujetos a la policía.57 24/3/2020Consejos de distanciamiento social para evitar pubs, clubes, teatros y otras instituciones públicas alentadas.58 16/3/2020Consejo basado en un caso para aislarse durante 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre en el Reino Unido.59 12/3/20209 Referencias1. Li, R. et al. Infección indocumentada sustancial facilita la rápida difusión del nuevocoronavirus (SARS-CoV2). Ciencia (2020) doi:10.1126/science.abb3221. 2. Zhang, J. et al. Patrones de contacto social humano y contacto con animales en Shanghai, China 5cLRep.9,1—11(2019)3. Worldómetros.info. Hong Kong: casos de coronavirus. https://www.wo rldómetros.info/co ronavirus/country/china-hong-kong-sar/. 4. Ferguson, N. et al. Impacto de las intervenciones no farmacéuticas (NPI) para reducir la mortalidad y la demanda de asistencia sanitaria (Informe 9). https://www.imperial.ac.uk/mrc-global-infectious-disase-analysis/news--wuhan-coronavirus/. 5. Cereda, D. et al. La fase inicial del brote de COVID-19 en Lombardy, Italia. arXiv (2020). 6. Zhao, A. J. et al. Título: Respuestas anticuerpos al SARS-CoV-2 en pacientes con nuevas enfermedades por coronavirus 2019 Título breve : Respuestas anticuerpos en pacientes con COVID-19. (2020). 7. Jombart, T. et al. Inferir el número de casos de COVID-19 de muertes recientemente notificadas. medRXiV 2020.03.10.20033761(2020)doi:10.10101/2020.03.10.20033761. 8. Zhang, J. et al. Perfil de edad de susceptibilidad, mezcla y distanciamiento social dan forma a la dinámica del brote de la nueva enfermedad por coronavirus 2019 en China. (2020) doi:10.10101/2020.03.19.20039107. 9. Lourenco, J. et al. Los principios fundamentales de la propagación epidémica destacan la necesidad inmediata de realizar encuestas serológicas a gran escala para evaluar la etapa de la epidemia por SARS doi:10.1101/2020.03.24.2004229110.Naciones Unidas, Departamento de Asuntos Económicos y Sociales, División de Población. WorldPopulation Prospects 2019: Data booket. ST/ESA/SER.A/424. (2019). 11. Verity, R. et al. Estimaciones de la gravedad de la enfermedad de COVID-19. Lancet Infect Dis en la prensa (2020). 12. Walker, P. G. T. et al. Report 12: The Global Impact of COVID-19 and Strategies for Mitigation and Supresation. 13. Fraser, C. Estimating Individual and Household Reproduction Numbers in a EmergingEpidemmic. PL05 ONE 2, e758 (2007). 14. Cori, A., Ferguson, N. M., Fraser, C. & Cauchemez, S J. Epidemiol. 178, 1505-1512(2013115. Nouvellet, P. et al. Un enfoque sencillo para medir la transmisibilidad y la incidencia prevista. Epidemias 22, 29-35 (2018). 16. Cauchemez, 8., Valleron, A. J., Boelle, P. Y., Flahault, A. & Ferguson, N. M. Estimación del impacto del cierre escolar en la transmisión de la gripe a partir de datos Sentinel. Nature 452, 750-754 (2008). 17. Bellman, R. & Harris, T. On Age-Dependent Binary Branking Processes. Ann. Math. 55, 280-295(1952118. Bellman, R. & Harris, T. E. Sobre la teoría de los procesos de ramificación estocásticos dependientes de la edad. Proc. Nat 34, 601-604 (1948). 19. Stan Development Team. 2018. The Stan Core Library, versión 2.18.0. http://mc-stan.org. 20. Bundesministerium. Coronavirus (COVID-19): Status quo — Schulen, Hochschulen,Universitaten und Forschungsinstitutionen. https://www.bmbwf.gv.at/Ministerium/Informationspflicht/corona/corona_status.html. 21. Henley, J. Coronavirus: Los Estados de la Unión Europea promulgan medidas duras para la propagación del tallo. The Guardianhttps://www.theguardian.com/world/200/mar/10/coranonavirus-varios-estados-eu-states-ban-masa-mass-as-pos-italian-lockdown (20 25. Servicio Público Federal. Protéjase y proteja a los demás. https://www.info-coronavirus.be/en/2020/03/10/protege-y-protege-the-others/ (2020). 26. Wikipedia. 2020 pandemia de coronavirus en Dinamarca. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/2020_coronavirus_pandemic_in_Dinamarca. 27. Stephensen, Emma Kinker; Hansen, T. S. Danmark lukker ned: Her er regeringens nye basculag. TV2 https://nyheder.tv2.dk/samfund/2020-03-11-danmark-lukker-ned-er-regeringens-nye-tiltag(2020128. Politi. Nye illbag mod covid-19. Politi https://politi.dk/coronavirus-i-danmark/seneste-nyt-fra-myndighederne/nye-tiltag-mod-covid-19 (2020). 29. Styrelsen for Patientsikkerhed. Indberetning om covid-19zlnformation om mulighed forp\aabud til enkeltpersoner (coronavirus/covid-19). https://stps.dk/da/ansvar-og-retningslinjer/vejledning/indberetning-om-covid-19/#. 30. Wikipedia. 2020 coronavirus pande in France. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/2020_coronavirus_pandemic_in_France. 31. Francia prohíbe las reuniones de más de 100 personas a medida que aumenta el número de muertes por coronavirus -The Local. The Local https://www.thelocal.fr/20200313/france-bans-recopilations-of-over-100-people-to-fight-coronavirus-pandemic (2020). 32. Henley, Jon; Willsher, Kim; Kassam, A. Coronavirus: Francia impone un bloqueo cuando la UE pide una prohibición de viajar de 30 días. The Guardian https://www.theguardian.com/world/2020/mar/16/coronavirus-spain-takes-over-privado-healthcare-amid-more-euro-pean-lockdowns (2020). 33. Wikipedia. 2020 coronavirus pande in Germany. Fundación Wikimediahttps://en.wi 34. BMI. Coronavirus: Fragen und Antworten. Bundesministerium des Innern,fur Bau und Heimathttps://web.archive.org/web/20200317073042/https://www.bmi.bund.de/SharedDocs/faqs/DE/themen/bevoelkerungssschutz/coranavirus/coranavirus-faqs.htmI#doc13738352bodyText7. 35. Noticias de la BBC. Coronavirus: Alemania endurece los frenos y prohíbe las reuniones de más de dos personas. BBCNews https://www.bbc.co.uk/news/world-europe-51999080 (2020). 36. Bundesregierung. Kanzlerin trifft Regierungschefs der Lander Sozialkontakte https://www.bundesregierung.de/breg-de/themen/coranavirus/mpk-1730186(2020)37. Robert Koch Institut. Antworten auf haufig gestellte Fragen zum Coronavirus SARS-CoV-2. Robert Koch Instituthttps://web.archive.org/web/20200312004624/https://www.rki.de/SharedDocs/FAQ/NCOV2019/FAQ_Liste.html (2020). 38. Ministero della Salute. Governo anuncia sospensione dell’attivita didattica dal 5 a15 marzo. Ministero della Salutehttp://www.salute.gov.it/portale/nuovocoronavirus/dettaglioVideoNuovoCoronavirus.jsp?lingua=italiano&menu=multimedia&p=video&id=2052 (2020). 39. CNN. Italia prohíbe los viajes y cancela todos los actos públicos en su región septentrional. CNNhttps://edition.cnn.com/2020/03/08/europe/italy-coranavirus-lockdown-europe-intl/index.html(2020). Attualita. Coronavirus: parada de un pub, cine, teatro e discoteche anche a Roma. Ecco cosaprevede il nuovo decreto. Roma Today https://www.romatoday.it/attualita/coranavirus-pub-cinema-teatri-locali-chiusi-nuovo-decreto.html (2020). 41. Gazzetta Ufficiale. DECRETO DEL PRESIDENTE DEL CONSIGLIO DEL MINISTRI. Gazzetta Ufflclalehttps://www.gazzettaufficiale.it/eli/id/20/03/08/20A01522/sg (2020). 42. Helsedirektoratet. La Dirección de Salud de Noruega ha adoptado la decisión de cerrar las escuelas y otras instituciones educativas. Hellem-Hansen, Viktoria L.; Tandstad, B. Folkehelseinstituttet mener23.000 kan vaere smittet. NRK https://www.nrk.no/norge/folkehelseinstituttet-mener-23.000-kan-vaere-smittet-1.14958149 (2020). 44. Gobierno de Norweigen. regjeringen.no https://www.regjeringen.no/en/aktuelt/the-government-is-esestableciendo-clear-cuarantine-and-aislation-rules/id2693647/ (2020). 45. Wikipedia. 2020 coronavirus pandemic in Spain. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/20_coronavirus_pandemic_in_Spain. 46. Gabinete de Prensa. El Gobierno anuncia nuevas medidas para eliminar la extensión del nuevo coronavirus COVID-19. Gobierno de Españahttps://www.mscbs.gob.es/gabinete/notasPrensa.do?id=4807 (2020). 47. Gabinete de Prensa. El Consejo Interterritorial del SNS alcanza medidas concretas para zonascon transmisión comunitaria de coronavirus. Gobierno de Españahttps://www.mscbs.gob.es/gabinete/notasPrensa.do?id=4806 (2020). 48. Folkhalsomyndigheten.se/nyheter-och-press/nyhetsarkiv/2020/mars/larosaten-och-gymnasieskolor-uppmanas-nu-att-bedriva-distansundervisning(2020). El local. Suecia prohíbe grandes eventos para detener la propagación del coronavirus. El localhttps://www.theloca.se/20200311/sweden-to-ban-large-public-coronavirus-over-coronavirus (2020). 50. Radosevich. Estocolmoers instados a trabajar desde casa como comunidad COVID-19 se extendió confirmado. Sveriges Radiohttps://sverigesradio.se/sida/artikel.aspx?programid=2054&artikel=7430511(2020). Folkhdlsomyndigheten https://www.folkhalsomyndigheten.se/nyheter-och-press/nyhetsarkiv/2020/mars/flera-tecken-pa-samhallsspridning-av-covid-19-i-sverige/ (2020). 52 Bundesamt fur Gesendheit BAG. Bundesrat verscharft Massnahmen gegen das Coronaviruszum Schutz der Gesundheit und unterstUtzt betroffene Branchen. Schweizerische Eidgenossenschafthttps://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg-id-78437.html( Coronavirus: Bundesrat verbietet Ansammlungen von mehrals fUnf Personen. Schweizerische Eidgenossenschaft https://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg-id-78513.html (2020). 54. Bundesamt fur Gesundheit BAG. Coronavirus: Bundesrat erklart die «ausserordentliche Lage»und verscharft die Massnahmen. Schweizerische Eidgenossenschafthttps://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg- Neue Hygiene- und Verhaltensregeln zum Schutz gegen dasneue Coronavirus. Schweizerische Eidgenossenschaft https://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/a ktuell/medienmitteilungen.msg-id-78304.html (2020). 56. Gobierno del Reino Unido, D. for E. Schools, colleges and early ambients to close. Gobierno del Reino Unidohttps://www.gov.uk/government/news/schools-colleges-and-ears-settings-to-close (2020). 57. Gobierno del Reino Unido. Discurso del Primer Ministro a la nación sobre el coronavirus: 23 de marzo de 2020. Gobierno del Reino Unidohttps://www.gov.uk/government/speeches/pm-address-to-the-nation-on-coronavirus-23-march-2020(2020158. Boycott-Owen, Mason; Bowman, Verity; Kelly-Linden, Jordan; Gartner, A. G. H. S. T.Coronavirus: Boris Johnson encierra al Reino Unido a medida que el número de muertos llega a 55. The Telegraphhttps://www.telegraph.co.uk/global-health/science-and- disease/coronavirus-news-uk-latest-update-covid-19-death-toll-cases/ (2020). BBC Newshttps://www.bbc.co.uk/news/uk-51857856 (2020).

¿Cuál es el porcentaje medio estimado de Francia [intervalo creíble del 95%] de la población total infectada al 28 de marzo?

Estimando el número de infecciones y el impacto de las intervenciones no farmacéuticas en el COVID-19 en 11 países europeos30 marzo 2020 Imperial College COVID-19 Response TeamSeth Flaxmani Swapnil Mishra*, Axel Gandy*, H JulietteT Unwin, Helen Coupland, Thomas A Mellan, HarrisonZhu, Tresnia Berah, Jeffrey W Eaton, Pablo N P Guzman, Nora Schmit, Lucia Cilloni, Kylie E C Cuomo—Dannenburg, Amy Dighe, Bimandra Djaafara, Ilaria Dorigatti, Sabine van Elsland,Rich Fitz, Han Fu, Katy Gaytorpe, Gendarme, Peter Geidelberg, Wi Green, Timothy Hallett, Arranmlet, Weinsland, EE.UU., EE.UU En respuesta, muchos países europeos han puesto en marcha intervenciones no farmacéuticas sin precedentes, como el aislamiento de casos, el cierre de escuelas y universidades, la prohibición de reuniones masivas o actos públicos, y, más recientemente, una ampliadistribución social a escala local y nacional, incluidos los bloqueos.En este informe, utilizamos un modelo jerárquico bayesiano semimecanicista para tratar de deducir el impacto de estas intervenciones en 11 países europeos.Nuestros métodos suponen que los cambios en el número productivo —una medida de transmisión— son una respuesta inmediata a estas intervenciones en lugar de cambios graduales más amplios en el comportamiento.Nuestro modelo estima estos cambios calculando hacia atrás de las muertes observadas a lo largo del tiempo para estimar la transmisión que ocurrió varias semanas antes, permitiendo el lapso entre la infección y la muerte.Una de las principales suposiciones del modelo es que cada intervención tiene el mismo efecto en el número de producción en todos los países y en el tiempo. Esto nos permite aprovechar una mayor cantidad de datos en toda Europa para estimar estos efectos. También significa que nuestros resultados están fuertemente impulsados por los datos de países con epidemias más avanzadas, y las intervenciones anteriores, como Italia y España. Encontramos que el lento crecimiento de las muertes diarias reportadas en Italia es consistente con un impacto significativo de las intervenciones implementadas varias semanas antes. En Italia, estimamos que el número de reproducción efectiva, Rt, cayó a cerca de 1 alrededor de la época de Iockdown (11 de marzo), aunque con un alto nivel de incertidumbre. En general, estimamos que los países han logrado reducir su número de reproducción. Nuestras estimaciones tienen amplios intervalos creíbles y contienen 1 para los países que han implementado intervenciones consideradas en nuestro análisis. Esto significa que el número de reproducción puede estar por encima o por debajo de este valor. Dado que las intervenciones actuales se mantienen al menos hasta finales de marzo, estimamos que las intervenciones en los 11 países habrán evitado 59.000 muertes hasta el 31 de marzo[intervalo creíble del 95%: 21.000-120.000].Muchas más muertes se evitarán garantizando que las intervenciones permanezcan en vigor hasta que la transmisión disminuya a niveles bajos.Estimamos que, en los 11 países entre 7 y 43 millones de personas se han infectado con el SARS-CoV-Z hasta el 28 de marzo, lo que representa entre el 1,88% y el 11,43% de la población.Se estima que la proporción de la población infectada hasta la fecha —la tasa de ataque— es la más alta en España seguida por Italia y la más baja en Alemania y Noruega, lo que refleja las etapas relativas de las epidemias.Dado el retraso de 2-3 semanas entre el momento en que se producen los cambios de transmisión y cuando su impacto puede observarse en las tendencias de mortalidad, Si las intervenciones en países en las etapas más tempranas de su epidemia, como Alemania o el Reino Unido, son más o menos eficaces de lo que eran en los países con epidemias avanzadas, en los que nuestras estimaciones se basan en gran medida, o si las intervenciones han mejorado o han empeorado con el tiempo, nuestras estimaciones del número de reproducción y las muertes evitadas cambiarían en consecuencia. Por lo tanto, es fundamental que las intervenciones actuales sigan en vigor y las tendencias en los casos y muertes se monitoricen de cerca en los próximos días y semanas para garantizar que la transmisión del SARS-Cov-Z se esté desacelerando. Imperial College London (2020), doi:https://doi.org/10.25561/777311 IntroducciónTras la aparición de un nuevo coronavirus (SARS-CoV-Z) en Wuhan (China) en diciembre de 2019 y su propagación mundial, han surgido en Europa grandes epidemias de la enfermedad, causadas por el virus denominado COVID-19. En respuesta al creciente número de casos y muertes, y para mantener la capacidad de los sistemas de salud para tratar tantos casos graves como sea posible, los países europeos, como los de otros continentes, han implementado o están en proceso de aplicar medidas para controlar susepidemias. Estas intervenciones no farmacéuticas a gran escala varían de un país a otro, pero incluyen distanciamiento social (como la prohibición de grandes reuniones y el asesoramiento a las personas para que no socialicen fuera de sus hogares), cierres de fronteras, cierres de escuelas, medidas para aislar a las personas sintomáticas y sus contactos, y bloqueos a gran escala de poblaciones con todos los viajes internos menos esenciales prohibidos.Entender, en primer lugar, si estas intervenciones están teniendo el impacto deseado de controlar la epidémica y, en segundo lugar, qué intervenciones son necesarias para mantener el control, es crítico dada su gran coste económico y social.El objetivo clave de estas intervenciones es reducir el número de reproducción eficaz, Rt, de la infección, una cantidad epidemiológica fundamental que representa el número medio de infecciones, en el momento t, por caso infectado durante el curso de su infección. Si Rt es mayor que 1, las infecciones aumentarán (dependiendo de cuánto mayor que 1 el número de reproducción es) hasta los picos tepidémicos y eventualmente disminuye debido a la adquisición de inmunidad de rebaños. En China, las estrictas restricciones de movimiento y otras medidas incluyendo aislamiento de casos y cuarentena comenzaron a introducirse a partir del 23 de enero, lo que logró una tendencia a la baja en el número de nuevos casos confirmados durante febrero, resultando en cero nuevos casos indígenas confirmados en Wuhan para el 19 de marzo. Los estudios han calculado cómo cambió Rt durante este tiempo en diferentes áreas de China desde alrededor de 2-4 durante la epidemia incontrolada hasta menos de 1, con una disminución estimada de 7-9 veces en el número de contactos diarios por persona.1'2 Medidas de control tales como distanciamiento social, pruebas intensivas y rastreo de contacto en otros países como Singapur y Corea del Sur han reducido con éxito la incidencia de casos en las últimas semanas, aunque existe un riesgo de que el virus se propague de nuevo una vez que las medidas de control se relajen.3'4La epidemia comenzó un poco más tarde en Europa, a partir de enero o más tarde en diferentes regiones.5 Los países han aplicado diferentes combinaciones de medidas de control y es probable que el nivel de cumplimiento de las recomendaciones gubernamentales sobre distanciamiento social varíe entre países, en parte debido a diferentes niveles de aplicación. La estimación de los números de reproducción para el SARS-CoV-Z presenta desafíos debido a la alta proporción de infecciones no detectadas por los sistemas de salud"7 y a los cambios regulares en las políticas de pruebas, lo que da lugar a proporciones indiferentes de infecciones detectadas a lo largo del tiempo y entre los países.La mayoría de los países hasta ahora sólo tienen la capacidad de probar una pequeña proporción de casos sospechosos y las pruebas están reservadas para pacientes con enfermedades graves o para grupos de alto riesgo (por ejemplo, contactos de casos).Por lo tanto, el análisis de los datos de los casos da una visión sistemáticamente sesgada de las tendencias.Una forma alternativa de estimar el curso de la epidemia es volver a calcular las infecciones derivadas de las muertes observadas. Si bien las tendencias recientes de las muertes serán, por tanto, informativas, hay un retraso en la observación del efecto de las intervenciones sobre las muertes, ya que hay un período de 2 a 3 semanas entre lainfección, el inicio de los síntomas y el resultado.En este informe, encajamos un nuevo modelo mecánico bayesiano del ciclo de infección en las muertes observadas en11 países europeos, inferiendo límites plausibles superiores e inferiores (intervalos creíbles bayesianos) de la población total infectada (tasas de ataque), probabilidades de detección de casos y el número de reproducción a lo largo del tiempo (Rt).Ajustamos el modelo conjuntamente a los datos de COVID-19 de todos estos países para evaluar si hay pruebas de que las intervenciones han tenido éxito hasta ahora en reducir la Rt por debajo de 1, con la fuerte suposición de que las intervenciones particulares están logrando un impacto similar en diferentes países y de que la La mayoría de las intervenciones se iniciaron alrededor del 12 al 14 de marzo. Analizamos los datos sobre las muertes hasta el 28 de marzo, dando un margen de 2-3 semanas para estimar el efecto de las intervenciones. Actualmente, la mayoría de los países en nuestro estudio han implementado todas las intervenciones no farmacéuticas importantes. Para cada país, modelamos el número de infecciones, el número de muertes y el número de reproducciones efectivas a lo largo del tiempo, con Rt cambiando sólo cuando se introduce una intervención (Figura 2-12). Rt es el número medio de infecciones secundarias por individuo infectado, asumiendo que las intervenciones que se realizan en el momento t permanecen en el lugar durante todo su período infeccioso. Cada país tiene su propio número de reproducción inicial Rt antes de que se lleven a cabo las intervenciones. Se supone que las intervenciones específicas tienen el mismo impacto relativo en Rt en cada país cuando se introdujeron allí y están informadas por los datos de mortalidad en todos los países. Figura l: Cronogramas de intervención para los 11 países europeos incluidos en el análisis.Para más detalles, véase el apéndice 8.6.2.1 Número real estimado de infecciones y tasas de ataque actualesEn todos los países, estimamos que hay órdenes de magnitud menos infecciones detectadas (Figura 2) En Italia, nuestros resultados sugieren que, acumulativamente, 5.9 [1,9-15,2] millones de personas han sido infectadas al 28 de marzo, dando una tasa de ataque del 9,8% [3,2%-25%] de la población (Tabla 1). España ha visto recientemente un gran aumento en el número de muertes, y dada su menor población, nuestro modelo estima que una mayor proporción de la población, 15,0% (7,0 [18-19] millones de personas) han sido infectadas hasta la fecha. Alemania se estima que tiene una de las tasas de ataque más bajas en el 0,7% con 600.000[240,000-1,500.000] personas infectadas. Imperial College COVID-19 Response TeamTabla l: Modelo posterior estimaciones del porcentaje de la población infectada al 28 de marzo de 2020. País % de la población total infectada (media [intervalo creíble del 95%l)Austria 1,1% [0,36%-3,1%]Bélgica 3,7% [1,3%-9,7%]Dinamarca 1,1% [0,40%-3,1%]Francia 3,0% [1,1%-7,4%]Alemania 0,72% [0,28%-1,8%]Italia 9,8% [3,2%-26%]Noruega 0,41% [0,09%-1,2%]España 15% [3,7%-41%]Suecia 3,1% [0,85%-8,4%]Suiza 3,2% [1,3%-7,6%]Reino Unido 2,7% [1,2%-5,4%]2,2 Números de reproducción e impacto de las intervencionesAveriguados en todos los países, estimamos que los números de reproducción inicial rondan los 3,87 [3,01-4,66], lo que está en consonancia con otras estimaciones.1'8 Estas estimaciones se basan en nuestra elección de la distribución entre intervalos seriales y la tasa de crecimiento inicial de Un intervalo serial más corto supone un menor número de reproducción inicial (Apéndice 8.4.2, Apéndice 8.4.6).Los números de reproducción inicial también son inciertos debido a que: a) la importación es la fuente dominante de nuevas infecciones al principio de la epidemia, en lugar de la transmisión local (b) la posible incertidumbre en las muertes, particularmente antes de que se generalizaran las pruebas.Estimamos que los grandes cambios en la Rt en respuesta a las intervenciones combinadas no farmacéuticas.Nuestros resultados, impulsados en gran parte por países con epidemias avanzadas y un mayor número de muertes (por ejemplo, Italia, España), sugieren que estas intervenciones han tenido conjuntamente un impacto sustancial en la transmisión, medidos por los cambios en el número de reproducción estimado Rt. En todos los países encontramos estimaciones actuales de Rt que van desde una media posterior de 0,97 [0,14-2,14] para Noruega a una media a posteriori de 2,64 [1,40-4,18] para Suecia, con un promedio de 1,43 en los 11 países a posteriori, una reducción del 64% en comparación con los valores de pre-intervención. Observamos que estas estimaciones son consistentes en que el impacto de la intervención es el mismo en diferentes países y en diferentes épocas. En todos los países, excepto Suecia, en las mismas suposiciones, estimamos que el número de reproducción actual incluye 1 en el rango de incertidumbre. El número de reproducción estimado para Suecia es mayor, no porque las tendencias de mortalidad son significativamente diferentes de cualquier otro país, sino como un artefacto de nuestro modelo, que supone una reducción menor en Rt porque no se ha ordenado un bloqueo completo en la medida. En general, aún no podemos concluir si las intervenciones actuales son suficientes para lograr que Rt sea inferior a 1 (posterior probabilidad de ser inferior a 1,0 es un 44% en promedio en todos los países). También no podemos concluir si las intervenciones pueden ser diferentes entre países o con el tiempo. Sigue habiendo un alto nivel de incertidumbre en estas estimaciones.Es demasiado pronto para detectar un impacto sustancial de la intervención en muchos países en etapas anteriores de su epidemia (por ejemplo, Alemania, Reino Unido, Noruega).Muchas intervenciones se han producido sólo recientemente, y sus efectos aún no se han observado plenamente debido al retraso entre la infección y la muerte.Esta incertidumbre reducirá a medida que se disponga de más datos.Para todos los países, nuestro modelo se ajusta bien a los datos de muertes observadas (pruebas de bondad de la adecuación bayesiana).También descubrimos que nuestro modelo puede predecir de manera fiable las muertes diarias 3 días en el futuro, reteniendo los últimos 3 días de datos Sin embargo, al realizar un análisis de sensibilidad (Apéndice 8.4.3) con distribuciones previas sin información (donde las intervenciones pueden aumentar las muertes) encontramos un impacto similar de las intervenciones del equipo de respuesta del Colegio Imperial COVID-19, que muestra que nuestra elección de la distribución previa no está impulsando los efectos que vemos en el análisis principal.Figura 2: Estimaciones a nivel de país de infecciones, muertes y Rt. Izquierda: número diario de infecciones, marronbars se reportan infecciones, bandas azules son infecciones predichas, intervalo creíble de azul oscuro 50% (IC), azul claro 95% IC. El número de infecciones diarias estimadas por nuestro modelo disminuye inmediatamente después de una intervención, ya que suponemos que todas las personas infectadas se vuelven inmediatamente menos infecciosas a través de la intervención. Medio: número diario de muertes, barritas marrones se reportan muertes, bandas azules se predicen muertes, Cias en la parcela izquierda. Derecha: número de reproducción variable en el tiempo Rt, verde oscuro 50% IC, verde claro 95% IC. Iconos son intervenciones mostradas en el momento en que ocurrieron. Imperial College COVID-19 Response TeamTabla 2: Muertes previstas totales desde el inicio de la epidemia hasta el 31 de marzo en nuestro modelo y en un modelo contrafactual (suponiendo que no hubo intervención).Estimadas muertes evitadas durante este período como resultado de las intervenciones.Números entre paréntesis son intervalos creíbles del 95%. 2.3 Impacto estimado de las intervenciones en las muertesLa Tabla 2 muestra el total de muertes previstas desde el comienzo de la epidemia hasta el 31 de marzo bajo nuestro modelo ajustado y bajo el modelo contrafactual, que predice lo que habría ocurrido si no se implementaran intervenciones (y R, En Italia y España, donde la epidemia está avanzada, se han evitado 38.000 muertes [13.000-84.000] y 16.000 [5400-35.000], respectivamente. Incluso en el Reino Unido, que es mucho más temprano en su epidemia, se han evitado 370 [73-1,000] muertes, que sólo dan lugar a las muertes evitadas que habrían ocurrido hasta el 31 de marzo. Si se incluyeran las muertes de individuos actualmente infectados en ambos modelos, lo que podría ocurrir después del 31 de marzo, las muertes evitadas serían sustancialmente más altas. Figura 3: Número diario de muertes confirmadas, predicciones (hasta el 28 de marzo) y previsiones (después) para (a)Italia y (b) España de nuestro modelo con intervenciones (azul) y del modelo sin intervencionescontrafactuales (rosa); los intervalos creíbles se muestran una semana en el futuro. Otros países se muestran en el Apéndice 8.6. 03/0 25% 50% 753% 100%(sin efecto sobre la transmisibilidad) (final de la transmisibilidadReducción porcentual en R.Figura 4: Nuestro modelo incluye cinco covariables para intervenciones gubernamentales, ajustando para si la intervención fue la primera realizada por el gobierno en respuesta a COVID-19 (rojo) o fue posterior a otras intervenciones (verde).Se muestra una reducción porcentual relativa media en Rt con intervalos creíbles posteriores al 95%.Si se logra una reducción del 100%, Rt = 0 y no hay mástransmisión de COVID-19.No hay efectos significativamente diferentes de los de otras intervenciones, probablemente debido al hecho de que muchas intervenciones ocurrieron en el mismo día o en días de cada una como se muestra en la Figura l.3 DiscusiónDurante esta fase temprana de medidas de control contra el nuevo coronavirus en Europa, analizamos tendencias en el número de muertes para evaluar la medida en que se está reduciendo la transmisión Al representar el proceso de infección por COVID-19 utilizando un modelo jerárquico semimecánico, conjunto y bayesiano, podemosreducir las tendencias observadas en los datos de muertes y podemos pronosticar con precisión en cortos horizontes de tiempo.Estimamos que ha habido muchas más infecciones de las que se reportan actualmente.El alto nivel de incertidumbre de infecciones que estimamos aquí es probable debido al enfoque en pruebas en entornos hospitalarios más que en la comunidad.A pesar de esto, sólo una pequeña minoría de individuos en cada país han sido infectados, con una tasa de ataque en promedio del 4,9% [l,9%-l%] con una considerable variación entre países (Tabla 1).Nuestras estimaciones implican que las poblaciones en Europa no están cercanas a la inmunidad de rebaños ("50-75% si R0 es 2-4).Además, con los valores de Rt disminuyendo sustancialmente, la tasa de adquisición de inmunidad de rebaños se ralentizará rápidamente. Esto implica que el virus será capaz de propagarse rápidamente en caso de que se levanten las intervenciones.Tales estimaciones de la tasa de ataque hasta la fecha deben ser validadas con urgencia por pruebas de anticuerpos recientemente desarrolladas en encuestas de población representativas, una vez que éstas estén disponibles.Estimamos que las intervenciones no farmacéuticas importantes han tenido un impacto sustancial en el número de reproducción que varía en el tiempo en los países donde ha habido tiempo para observar los efectos de la intervención en las tendencias de las muertes (Italia, España). Debido a la rápida sucesión de intervenciones en muchos países, no se dispone de datos suficientes para estimar el tamaño del efecto individual de cada intervención, y desalentamos la atribución de asociaciones a la intervención individual.En algunos casos, como Noruega, donde todas las intervenciones se ejecutaron a la vez, estos efectos individuales son por definición no identificables.A pesar de esto, aunque no se pueden determinar los impactos individuales, su impacto conjunto estimado está fuertemente justificado empíricamente (véase el apéndice 8.4 para el análisis de sensibilidad).Si bien el crecimiento de las muertes diarias ha disminuido, debido a la diferencia entre las infecciones y las muertes, es de esperar un aumento continuo de las muertes diarias durante algún tiempo.Para comprender el impacto de las intervenciones, nos ajustamos a un modelo contrafactual sin las intervenciones y lo comparamos con el modelo real.Consideramos Italia y el Reino Unido -dos países en etapas muy diferentes de sus epidemias.Para el Reino Unido, donde las intervenciones son Los resultados sugieren que las intervenciones tendrán un gran impacto en las infecciones y muertes a pesar del aumento de ambos.Para Italia, donde ha pasado mucho más tiempo desde que se han implementado las intervenciones, está claro que el modelo sin intervenciones no encaja bien con los datos, y no puede explicar la reducción sublineal (en la escala logarítmica) de las muertes (véase la figura 10).El modelo contrafactual para Italia sugiere que, a pesar de la creciente presión sobre los sistemas de salud, las intervenciones han evitado una catástrofe sanitaria en la que el número de nuevas muertes habría sido 3,7 veces mayor (38.000 muertes evitadas) de lo que se observa actualmente.Incluso en el Reino Unido, mucho antes de su epidemia, se prevé que las recientes intervenciones evitarán 370 muertes totales hasta el 31 de marzo. Dados los índices de mortalidad por infecciones observadas y la epidemiología de la COVID-19, las intervenciones no farmacéuticas importantes han tenido un impacto sustancial en la reducción de la transmisión en los países con epidemiologías más avanzadas. Es demasiado pronto para estar seguros de que se verán reducciones similares en los países en las etapas anteriores de su epidemia. Si bien no podemos determinar qué conjunto de intervenciones han tenido más éxito, ya podemos ver cambios en las tendencias de las nuevas muertes. Cuando se pronostican 3 días y se examina toda la epidemia, el número de muertes evitadas es sustancial. Observamos que se está produciendo una innovación sustancial, y nuevas intervenciones o refinamientos más eficaces de las intervenciones actuales, junto con cambios de comportamiento, contribuirán aún más a la reducción de las infecciones. No podemos decir con certeza que las medidas actuales hayan controlado la epidemia en Europa; sin embargo, si continúan las tendencias actuales, hay razones para el optimismo. Proponemos una estructura plausible para el proceso de infección y luego estimamos los parámetros empíricamente. Sin embargo, muchos parámetros tuvieron que ser dados fuertes distribuciones previas o tenían que ser fijados. Para estas suposiciones, hemos proporcionado citas relevantes a estudios previos. A medida que se disponga de más datos y surjan mejores estimaciones, actualizaremos estos reportes quincenales. Nuestra elección de la distribución de intervalos seriales influye fuertemente en la distribución previa para el inicio de R0. Nuestra relación de mortalidad por infección y distribuciones de infección a muerte influyen fuertemente en la tasa de muerte y por lo tanto el número estimado de casos subyacentes verdaderos. También suponemos que el efecto de las intervenciones es el mismo en todos los países, lo que puede no ser totalmente realista. Esto implica que los países con intervenciones tempranas y más muertes ya que estas intervenciones (por ejemplo, Italia, España) influyen fuertemente en las estimaciones del impacto de la intervención en los países en las etapas más tempranas de Hemos intentado crear definiciones coherentes de todas las intervenciones y documentar detalles al respecto en elApéndice 8.6. Sin embargo, invariablemente habrá diferencias de un país a otro en la fuerza de su intervención, por ejemplo, la mayoría de los países han prohibido la reunión de más de 2 personas cuando se aplica un bloqueo, mientras que en Suecia el gobierno sólo prohibió la reunión de más de 10 personas. Estas diferencias pueden distorsionar los impactos en países con muy pocos datos. Creemos que nuestra incertidumbre puede cubrir en cierto grado estas diferencias, y a medida que se disponga de más datos, loscoeficientes deberían ser más fiables. Sin embargo, a pesar de estas fuertes suposiciones, hay suficiente señal en los datos para estimar los cambios en R, (véase el análisis de sensibilidad reportado en el Apéndice 8.4.3) y esta señal se incrementará con el tiempo. En nuestro marco jerárquico bayesiano, cuantificamos robustamente la incertidumbre en nuestras estimaciones de parámetros y predicciones posteriores. Esto se puede observar en los intervalos creíbles más amplios de los últimos días, en los que se dispone de pocos o ningún dato sobre la muerte para informar las estimaciones. Además, predecimos el impacto de la intervención a nivel nacional, pero puede haber diferentes tendencias en diferentes partes de cada país. Por ejemplo, la epidemia en el norte de Italia estaba sujeta a controles antes que el resto del país. 5DatosNuestro modelo utiliza datos diarios sobre la mortalidad en tiempo real del ECDC (Centro Europeo de Control de Enfermedades), donde catalogamos datos de casos de 11 países europeos que actualmente padecen la epidemia: Austria, Bélgica, Dinamarca, Francia, Alemania, Italia, Noruega, España, Suecia, Suiza y Reino Unido. El ECDC proporciona información sobre casos confirmados y muertes atribuibles a COVID-19. Sin embargo, los datos de casos no presentan una gran representación de la incidencia de infecciones debido a la falta de informes, así como a cambios sistemáticos y específicos de países Nosotros, por lo tanto, utilizamos sólo las muertes atribuibles a COVID-19 en nuestro modelo; no utilizamos las estimaciones de casos de ECDC en absoluto.Si bien las muertes observadas todavía tienen cierto grado de falta de fiabilidad, de nuevo debido a cambios en los informes y las pruebas, creemos que los datos son de suficiente fidelidad al modelo.Para los recuentos de población, utilizamos los recuentos desglosados por edad de la UNPOP.10También catalogamos datos sobre la naturaleza y el tipo de intervenciones no farmacéuticas importantes.Miramos las páginas web gubernamentales de cada país, así como sus páginas web oficiales de información y división de salud pública para identificar los últimos consejos/leyes que emiten el gobierno y las autoridades sanitarias públicas.Recopilamos lo siguiente:Se ordenó el cierre de la escuela: Esta intervención se refiere a los cierres extraordinarios de escuelas a nivel nacional que en la mayoría de los casos se refieren al cierre de escuelas primarias y secundarias (para la En el caso de Dinamarca y Suecia, permitimos el cierre parcial de las escuelas sólo en las escuelas secundarias. La fecha de cierre de la escuela se considera como la fecha efectiva en que las escuelas comenzaron a cerrarse (si este era un lunes, la fecha utilizada era la de los sábados anteriores, ya que alumnos y estudiantes permanecieron efectivamente en casa a partir de esa fecha). Medidas basadas en casos. Esta intervención comprende recomendaciones o leyes sólidas al público en general y a la atención primaria sobre el autoaislamiento al mostrar síntomas similares al COVID-19.Estos incluyen también programas nacionales de pruebas en los que las personas pueden ser sometidas a pruebas y posteriormente autoaisladas. Nuestra definición se limita al asesoramiento del gobierno a nivel nacional a todas las personas (por ejemplo, el Reino Unido) o a toda atención primaria, y excluye únicamente el asesoramiento regional.Estos no incluyen intervenciones en fase de contención como el aislamiento si regresan de un país epidémico como China. Se ha fomentado el distanciamiento social: Como una de las primeras intervenciones contra la propagación de la pandemia COVID-19, muchos gobiernos han publicado consejos sobre distanciamiento social, incluyendo la recomendación de trabajar desde casa siempre que sea posible, reduciendo el uso del transporte público y todos los demás contactos no esenciales.Las fechas utilizadas son aquellas en las que el distanciamiento social ha sido recomendado oficialmente por el gobierno; el consejo puede incluir mantener una distancia física recomendada de otros. Decretado el bloqueo: Hay varios escenarios diferentes a los que los medios de comunicación se refieren como bloqueo. Como definición general, consideramos regulaciones/legislaciones sobre estricta interacción social cara a cara: incluyendo la prohibición de cualquier reunión pública no esencial, cierre de instituciones educativas y públicas/culturales, ordenando a las personas a permanecer en casa aparte del ejercicio y las tareas esenciales. Las fechas utilizadas son las fechas efectivas en que se han implementado estas legislaciones. Observamos que el bloqueo abarca otras intervenciones previamente implementadas. Primera intervención: Como muestra la Figura 1, los gobiernos europeos han escalado las intervenciones rápidamente, y en algunos ejemplos (Noruega/Dinamarca) han implementado todas estas intervenciones en un solo día. Por lo tanto, dada la autocorrelación temporal inherente a la intervención gubernamental, incluimos covariable abinaria para la primera intervención, que puede interpretarse como una decisión gubernamental de tomar medidas importantes para controlar COVID-19. Una lista completa de las fechas de estas intervenciones y las fuentes que hemos utilizado se puede encontrar en el Apéndice 8.6. 6 Métodos ResumenUn resumen visual de nuestro modelo se presenta en la Figura 5 (detalles en los Apéndices 8.1 y 8.2). El código de replicación está disponible en https://github.com/mperiaCollegeLondres/covid19model/releases/tag/vl.0Ajustamos nuestro modelo a las muertes observadas de acuerdo con los datos de ECDC de 11 países europeos.Las muertes modeladas se basan en una distribución de infección a inicio (tiempo desde la infección hasta el inicio de los síntomas), una distribución de inicio a muerte (tiempo desde el inicio de los síntomas hasta la muerte) y la relación de mortalidad por infección media de la población (ajustada para la estructura de edad y los patrones de contacto de cada país, véase el Apéndice).Debido a estas distribuciones y proporciones, las muertes modeladas son una función del número de infecciones.El número de infecciones modelado se basa en la distribución por intervalos de serie (tiempo medio desde la infección de una persona hasta el momento en que infectan a otra Finalmente, el número de reproducción variable en el tiempo es una función del número de reproducción inicial antes de las intervenciones y los tamaños de efecto de las intervenciones.Figura 5: Resumen de los componentes del modelo. Siguiendo la jerarquía de abajo a arriba nos da un marco completo para ver cómo las intervenciones afectan a las infecciones, que pueden resultar en muertes.Utilizamos la inferencia bayesiana para asegurar que nuestras muertes modeladas puedan reproducir las muertes observadas lo más cerca posible.De abajo a arriba en la Figura 5, hay un retraso implícito en el tiempo que significa el efecto de intervenciones muy recientes se manifiestan débilmente en muertes actuales (y se fortalecen a medida que avanza el tiempo).Para maximizar la capacidad de observar el impacto de la intervención en las muertes, encajamos nuestro modelo conjuntamente para los 11 países europeos, lo que resulta en un conjunto de datos grande. Hemos evaluado el efecto de nuestras elecciones de distribución de Bayesianprior y evaluado nuestra calibración posterior bayesiana para asegurar que nuestros resultados seanestadísticamente robustos (Apéndice 8.4). 7 AgradecimientosLa investigación inicial sobre covariables en el Apéndice 8.6 fue fuente de crowdsourcing; agradecemos a varias personas de todo el mundo por su ayuda. Este trabajo fue apoyado por el Centro de financiación del Consejo de Investigación Médica del Reino Unido bajo un acuerdo con el Departamento de Desarrollo Internacional del Reino Unido, la Unidad de Investigación sobre Protección de la Salud del NIHR en Metodología de Modelado y ComunidadJameel. 8 Apéndice: Modelo de Análisis de Especificaciones, Validación y Sensibilidad8.1 Modelo de muerteObservamos muertes diarias Dam durante los días t E 1,...,n y países m E 1,...,p. Estas muertes diarias se modelan utilizando una presa de función real valuada positiva Se supone que la presa sigue una distribución binomio negativa conEl número esperado de muertes (1 en un país determinado en un día dado es una función del número de infecciones C que ocurren en días anteriores. Al principio de la epidemia, las muertes observadas en un país pueden estar dominadas por muertes que resultan de infecciones que no son adquiridas localmente. Para evitar sesgar nuestro modelo por esto, sólo incluimos muertes observadas desde el día después de que un país haya observado acumulativamente 10 muertes en nuestro modelo. Para vincular mecánicamente nuestrafunción de muertes a casos infectados, utilizamos una infección COVID-19-fatalidad-ratio ifr estimada previamente (probabilidad de muerte dada infección)9 junto con una distribución detiempos de infección a muerte TE. El ifr se deriva de estimaciones presentadas en Verity et al11 que suponen tasas de ataque homogéneo entre grupos de edad. Para ajustar mejor las estimaciones de las tasas de ataque por edades generadas utilizando información más detallada sobre los patrones de mezcla de países y edades específicas, escalamos estas estimaciones (el ifr no ajustado, al que aquí se hace referencia como ifr’) de la siguiente manera como en el trabajo anterior.4Let Ca ser el número de infecciones generadas en el grupo de edad a, Na el tamaño subyacente de la población en ese grupo de edad y AR“ 2 Ca/Na el índice de ataque específico de grupo de edad.El ifr ajustado se da entonces por: ifra = fififié, donde AR50_59 es la tasa de ataque prevista en el grupo de edad de 50-59 años después de incorporar los patrones de contacto y mezcla específicos de países.Este grupo de edad fue elegido como referencia ya que tenía el nivel más bajo previsto de subinforme en análisis previos de los datos de la epidemia china“. Se obtuvieron estimaciones por países de la tasa de ataque por edad, AR“, para los 11 países europeos en nuestro análisis de un estudio anterior que incorpora información sobre el contacto entre individuos de diferentes edades en países de toda Europa12. Luego se obtuvieron estimaciones globales de cada país ajustando tanto para la demografía como para las tasas de ataque específicas por edad. Utilizando información epidemiológica estimada de estudios anteriores,"11 se supone que la TE es la suma de dos tiempos aleatorios independientes: la distribución del período de incubación (infección al inicio de los síntomas o infección hasta el inicio) y el tiempo entre el inicio de los síntomas y la muerte (ingreso a la muerte). La distribución de la infección hasta el inicio es Gamma distribuida con media de 5,1 días y coeficiente de variación0,86. La distribución de la aparición a la muerte es también Gamma distribuida con una media de 18,8 días y coeficiente de va riación 0,45. Por lo tanto, la distribución de la infección-a-muerte está dada por:um ~ ifrm ~ (Gamma(5.1,0,86) + Gamma(18,8,0,45)) La Figura 6 muestra la distribución de la infección-a-muerte y la función de supervivencia resultante que se integra a la relación de mortalidad por infección.Figura 6: Distribución izquierda de la infección-a-muerte (media 23,9 días). Correcto, probabilidad de supervivencia de individuos infectados por día dada la relación de mortalidad por infección (1%) y la distribución de la infección-a-muerte por la izquierda.Usando la probabilidad de distribución de la muerte, el número esperado de muertes presa, en un día dado t, para el país, m, está dada por la siguiente suma discreta:El número de muertes hoy es la suma de las infecciones pasadas ponderadas por su probabilidad de muerte, donde la probabilidad de muerte Este enfoque ha sido utilizado en numerosos estudios previos13'16 y tiene una fuerte base teórica en procesos de conteo estocásticos basados en individuos como el proceso Hawkes y el proceso Bellman-Harris.”18 El nuevo modelo está relacionado con el modelo Susceptible-Infectado-Recuperado, excepto que la renovación no se expresa en forma diferencial. Para modelar el número de infecciones con el tiempo necesitamos especificar una distribución serialinterval g con densidad g(T), (el tiempo entre cuando una persona se infecta y cuando posteriormente infectan a otras personas), que elegimos ser Gamma distribuido:g ~ Gamma (6.50.62). La distribución del intervalo serial se muestra a continuación en la Figura 7 y se supone que es la misma para todos los países. Figura 7: Distribución del intervalo serial g con una media de 6,5 días. Dada la distribución del intervalo serial, el número de infecciones Eamon a determinado día t, y country, m, está dado por la siguiente función de convolución discreta:_ t—1Cam — Ram ZT=0 Cr,mgt—‘r r where, similar a la probabilidad de la función de muerte, el intervalo serial diario está discretizado porfs+0.51.5gs = T=s—0.Sg(T)dT fors = 2,3 y 91 = fT=Og(T)dT. Las infecciones dependen hoy en día del número de infecciones en los días anteriores, ponderadas por la distribución del intervalo serial discretizado.Esta ponderación es entonces escalada por el número de producción de tiempo específico, Ram, que modela el número medio de infecciones secundarias en un momento dado. La forma funcional para el número de reproducción del tiempo-Variante fue elegida para ser lo más simple posible para minimizar el impacto de supuestos previos fuertes: utilizamos una función constante por partes que escalaRam de una línea de base previa R0,m y es impulsada por las principales intervenciones no farmacéuticas conocidas que ocurren en diferentes países y tiempos. Incluyemos 6 intervenciones, una de las cuales se construye a partir de las otras 5 intervenciones, que son cronogramas de cierres escolares y universitarios (k=l), enfermedad autoaislante (k=2), prohibición de eventos públicos (k=3), cualquier intervención gubernamental en lugar (k=4), implementación de un bloqueo parcial o completo (k=5) y fomento del distanciamiento y aislamiento social (k=6). Denotamos la variable indicadora de intervención k E 1,2,3,4,5,6 por IkI’m, que es 1 si la intervención k está en placein country m en el La covariable “cualquier intervención gubernamental” (k=4) indica si alguna de las otras 5 intervenciones está en efecto, es decir, 14’t’m es igual a 1 en el momento t si alguna de las intervencionesk E 1,2,3,4,5 están en vigor en el país m en el momento t y es igual a 0 de lo contrario. Covariable 4 tiene la interpretación de indicar el inicio de la intervención gubernamental mayor. Se supone que el efecto de cada intervención es multiplicativo. Ram es, por lo tanto, una función de los indicadores de intervenciónIk’t’m en lugar en el momento t en el país m:Ram : R0,m eXp(— 212:1 O(Rheum)-La forma exponencial se utilizó para asegurar la positividad del número de reproducción, con R0,mconstreñido a ser positivo como aparece fuera de la exponencial. El impacto de cada intervención enRam se caracteriza por un conjunto de parámetros 0(1,...,OL6, con distribuciones previas independientes elegidas para el beock ~ Gamma(. 5,1). Los impactos ock son compartidos entre todos los países m y por lo tanto están informados por todos los datos disponibles. La distribución previa para R0 fue escogida para serR0,m ~ Normal(2,4, IKI) con K ~ Normal(0,0.5),Una vez más, K es el mismo entre todos los países para compartir información. Asumimos que la siembra de nuevas infecciones comienza 30 días antes del día después de que un país haya observado 10 muertes. A partir de esta fecha, sembramos nuestro modelo con 6 días secuenciales de infecciones extraídas de cl’m,...,66’m~EXponential(T), donde T~Exponential(0.03). Se estimaron los parámetros de manera conjunta para los 11 países en un único modelo jerárquico. Se realizó el ajuste en el lenguaje de programación probabilístico Stan,19 utilizando un sampler adaptativo Hamiltoniano Monte Carlo (HMC). Se realizaron 8 cadenas para 4000 iteración con 2000 iteración de calentamiento y un factor de adelgazamiento 4para obtener 2000 muestras posteriores. Se evaluó la convergencia posterior utilizando la estadística Rhat y mediante el diagnóstico de transiciones divergentes del sampler HMC. También se realizaron calibraciones anteriores a posteriori (véase más adelante). 8.3 ValidaciónValidamos la exactitud de las estimaciones puntuales de nuestro modelo utilizando la validación cruzada. En nuestro esquema de validación cruzada, dejamos fuera 3 días de datos de muerte conocidos (no acumulativos) y encajamos en nuestro modelo. Pronosticamos lo que el modelo predice para estos tres días. Presentamos las previsiones individuales para cada día, así como el Los resultados de validación cruzada se muestran en la Figura8.Figura 8: Resultados de validación cruzada para pronósticos agregados de 3 días y 3 díasFigura 8 proporciona una fuerte justificación empírica para nuestra especificación y mecanismo de modelo.Nuestra previsión precisa sobre un horizonte temporal de tres días sugiere que nuestras estimaciones ajustadas para Rt son apropiadas y plausibles.Además de las estimaciones puntuales, todos evaluamos nuestros intervalos posteriores creíbles utilizando la Rhatstatistic.La estadística de Rhat mide si nuestras cadenas Markov Chain Monte Carlo (MCMC) han convergido a la distribución de equilibrio (la distribución posterior correcta).La Figura 9 muestra las estadísticas de Rhatstatistics para todos nuestros parámetrosFigura 9: Las estadísticas de Rhat - valores cercanos a 1 indican la convergencia de MCMC. La Figura 9 indica que nuestra MCMC ha convergido. 8.4 SensibilidadAnálisis8.4.1 Previsión a escala logarítmica para evaluar la señal en los datosComo hemos destacado en todo el presente informe, el desfase entre las muertes y las infecciones significa que es tiempo suficiente para que la información propague backwards de las muertes a las infecciones y, en última instancia, al Rt. Una conclusión de este informe es la predicción de una desaceleración de la Rt en respuesta a las principales intervenciones. Recuperando la intuición de que se trata de datos impulsados y no simplemente una consecuencia de modelos altamente limitados, mostramos previsiones de muerte a escala logarítmica lineal. En esta escala, una línea que curvas por debajo de una tendencia lineal es indicativa de una desaceleración en el crecimiento de la epidemia. Nuestromodelo sugiere que Italia, un país que tiene el mayor número de muertes de COVID-19, verá una desaceleración en el aumento de las muertes diarias durante la próxima semana en comparación con las primeras etapas de la epidemia. Investigamos la sensibilidad de nuestras estimaciones de inicio y final Rt a nuestra supuesta distribución de intervalos seriales. Para ello consideramos varios escenarios, en los que cambiamos la media de distribución de intervalos seriales, de un valor de 6,5 días, para tener valores de 5, 6, 7 y 8 días. En la Figura 13, mostramos nuestras estimaciones de R0, el número de reproducción inicial antes de las intervenciones, para cada uno de estos escenarios. El orden relativo de la Rt=0 en los países es consistente en todos los entornos. Sin embargo, como se esperaba, la escala de Rt=0 se ve considerablemente afectada por este cambio. Esto se debe a que para alcanzar el tamaño observado actualmente de las epidemias, un intervalo serial más largo se compensa con un R0 estimado más alto. Además, en la Figura 14, mostramos nuestras estimaciones de Rt en el momento del modelo más reciente, de nuevo para cada uno de estos escenarios.La media del intervalo serial puede influir sustancialmente en Rt, sin embargo, los intervalos posteriores de Rt se superponen ampliamente.Figura 13: Número de reproducción inicial R0 para diferentes distribuciones de intervalo serial (SI) (medias entre 5 y 8 días).Utilizamos 6,5 días en nuestro análisis principal.Figura 14: Rt el 28 de marzo de 2020 estimado para todos los países, con distribución de intervalo serial (SI) medias entre 5 y 8 días.Utilizamos 6,5 días en nuestro análisis principal. Para evitar la colinealidad, realizamos 6 modelos separados, con efectos resumidos a continuación (comparar con el análisis principal de la Figura 4). En esta serie de análisis univariados, encontramos (Figura 15) que todos los efectos por sí solos sirven para disminuir el Rt. Esto nos da confianza en que nuestra elección de la distribución previa no está impulsando los efectos que vemos en el análisis principal. Lockdown tiene un efecto muy grande, lo más probable debido a que ocurre después de otras intervenciones en nuestro conjunto de datos. Los tamaños de efecto relativamente grandes para las otras intervenciones son más probables debido a la coincidencia de las intervenciones en el tiempo, de tal manera que una intervención es un proxy para unos pocos otros. Figura 15: Efectos de diferentes intervenciones cuando se utilizan como los únicos covariables en el modelo. 8.4.4.4Para evaluar las suposiciones previas sobre nuestra forma funcional constante por pieza para Rt probamos utilizando una función a Encajamos un modelo con una distribución previa de proceso gaussiano a los datos de Italia donde hay la mayor señal en los datos de muerte. Encontramos que el proceso gaussiano tiene una tendencia muy similar al modelo constante por partes y vuelve a la media en regiones de no datos. La correspondencia de una función completamente no paramétrica y nuestra función constante por piezas sugiere una especificación paramétrica adecuada de Rt. Montaje no paramétrico de Rf usando un proceso gaussiano:8.4.5 Dejar fuera el análisis del paísDebido a las diferentes longitudes de la epidemia de cada país europeo, algunos países, como Italia tienen muchos más datos que otros (como el Reino Unido). Para asegurarnos de que no estamos aprovechando demasiada información de ningún país realizamos un análisis de sensibilidad “dejar fuera un país”, donde recorrimos el modelo sin un país diferente cada vez. La Figura 16 y la Figura 17 son ejemplos de resultados para el Reino Unido, dejando de En general, para todos los países, no observamos ninguna dependencia significativa de ningún país.Figura 16: Resultados de modelos para el Reino Unido, cuando no se utilizan datos de Italia para ajustar el modelo.Ver laFigura 17: Resultados de modelos para el Reino Unido, cuando no se utilizan datos de España para ajustar el modelo.Ver subtítulo de la Figura 2 para una explicación de las gráficas. Para resultados teóricos bien conocidos de la ecuación de renovación, dada una distribución de intervalo serie g(r) con media m y desviación estándar 5, dada a = mZ/S2 y b = m/SZ, y posteriormente R0 = (1 + %).Figura 18 muestra teóricamente derivada R0 junto con nuestras estimaciones de Rt=0 de nuestro modelo jerárquico bayesiano.Como se muestra en la Figura 18 hay una grancorrespondencia entre nuestro número de reproducción inicial estimado y el número de reproducción básica implícito por la tasa de crecimiento r.R0 (rojo) vs R(FO) (negro)Figura 18: Nuestra estimación de R0 (negro) versus Ru(rojo) teóricamente derivado de un ajuste de regresión log lineal. 8.5 Análisis contrafactual — intervenciones frente a no intervencionesFigura 19: Número diario de muertes confirmadas, predicciones (hasta el 28 de marzo) y previsiones (después) para todos los países, excepto Italia y España, de nuestro modelo con intervenciones (azul) y del modelo contrafactual sin intervenciones (rosa); los intervalos creíbles se muestran a una semana en el futuro. DOI: https://doi.org/10.25561/77731Página 28 de 3530 de marzo de 2020 Imperial College Equipo de respuesta COVID-19 8.6 Fuentes de datos y cronograma de intervencionesFigura 1 y Tabla 3 muestran las intervenciones de los 11 países en nuestro estudio y las fechas en que estas intervenciones entraron en vigor. Tabla 3: Calendario de intervenciones. País Tipo Evento Fecha efectivaCerrado escolar ordenadoCerrados escolares nacionales.20 14/3/2020Eventos públicosprohibido la celebración de reuniones de más de 5 personas.21 10/3/2020Prohibir todo acceso a espacios públicos y reunionesLockdown de más de 5 personas.Consejos para mantener 1 distancia ordenada.22 16/3/2020Desplazamiento socialalentadoRecomendación para mantener una distancia de 1m.22 16/3/2020Medidas de Austria basadas en casos Implementado en el bloqueo.22 16/3/2020Cerrado escolar ordenadoCerrados escolares nacionales.23 14/3/2020Eventos públicos Todas las actividades recreativas canceladas independientemente de la talla prohibida.23 12/3/2020Los ciudadanos deben permanecer en casa excepto para el trabajo de Lockdown y los viajes esenciales. 24 18/3/2020El transporte público sólo se recomienda para los viajes esenciales de distanciamiento social, el trabajo desde casa fomentado, todos los lugares de interés público, por ejemplo, restaurantes cerrados.23 14/3/2020Case-based Todo el mundo debe permanecer en casa si experimenta una Bélgica mide la tos o la fiebre.25 10/3/2020Cierre escolar Escuelas secundarias cerradas y universidades (escuelas de orden primario también cerradas el 16).26 13/3/2020Eventos públicos Prohibición de eventos > 100 personas, instituciones cerradas de prohibición cultural, instalaciones de ocio, etc.27 12/3/2020Prohibición de reuniones de > 10 personas en lugares públicos y todos ordenados fueron cerrados.27 18/3/2020Uso limitado del transporte público. Todas las instituciones de distancia social cultural cierran y recomiendan mantener una distancia adecuada alentada.28 13/3/2020Base de casos Todo el mundo debe permanecer en casa si experimenta una Dinamarca medidas de tos o fiebre.29 12/3/2020Cierre de escuelas ordenado Cierre de escuelas nacionales.30 14/3/2020Eventos públicosprohibidos Prohibiciones de eventos > 100 personas.31 13/3/2020Lockdown Todo el mundo tiene que permanecer en casa.Necesita un formulario de autorización autoordenada para salir de casa.32 17/3/2020Consejos de estímulo social en el momento del bloqueo.32 16/3/2020Medidas basadas en casosFrancia Consejos en el momento del bloqueo.32 16/03/2020Cierre de escuelas ordenados Nacionalmente.33 14/3/2020Eventos públicos Ninguna reunión de > 1000 personas. 34 22/3/2020Lockdown Recopilaciones de > 2 personas prohibidas, 1,5 distancias ordenadas.35 22/3/2020Desplazamiento social Evite la interacción social siempre que sea posibleAlentado recomendado por Merkel.36 12/3/2020Consejo para todos los que experimentan síntomasContacto basado en un caso de una agencia de atención de la salud para hacerse la prueba y las medidas de Alemania para entonces auto-aislarse.37 6/3/2020Cierre de escuelas ordenado Cierre de escuelas a nivel nacional.38 5/3/2020Eventos públicosprohibidos El gobierno prohíbe todos los eventos públicos.39 9/3/2020Lockdown El gobierno cierra todos los lugares públicos. Las personas ordenadas tienen que permanecer en casa excepto para los viajes esenciales.40 11/3/2020Hay que mantener una distancia de más de 1 m y se debe fomentar el distanciamiento social de cualquier otra forma de agregación alternativa.40 9/3/2020Consejo basado en casos de autoaislamiento si experimenta síntomasMedidas en Italia y cuarentena si se prueba positivo.41 9/3/2020La Dirección de Salud de Noruega cierra todas las instituciones educativas de cierre escolar.Incluidas las instalaciones ordenadas para el cuidado de los niños y todas las escuelas.42 13/3/2020Eventos públicos La Dirección de Salud prohíbe todo contacto social no necesario.42 12/3/2020Lockdown Sólo las personas que viven juntas están permitidas fuera de orden. Todo el mundo tiene que mantener una distancia de 2 metros.43 24/3/2020Desconexión social La Dirección de Salud aconseja contra todo tipo de viajes alentados y contactos sociales no necesarios.42 16/3/2020Consejo basado en un caso para aislarse por 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre.44 15/3/2020Ordenado Cierre de escuelas nacionales.45 13/3/2020Eventos públicosprohibido Prohibir todos los eventos públicos mediante bloqueo.46 14/3/2020Lockdownordenado Bloqueo de todo el país43 14/3/2020Consejo de distanciamiento social sobre distanciamiento social y trabajo en forma remota alentada desde casa.47 9/3/2020Consejo basado en un caso para autoaislarse por 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre en España47 17/3/2020Cerrado de escuelas y escuelas secundarias superiores cerrado.48 18/3/2020Eventos públicosprohibidos El gobierno prohíbe eventos > A las personas con síntomas leves se les dice que limiten el contacto social de distanciamiento social, el estímulo para trabajar desde una casa alentada.50 16/3/2020Consejo basado en un caso para aislarse si experimentan una tos o Suecia mide los síntomas de fiebre.51 Cierre de la escuela ordenado No en persona hasta el 4 de abril.52 14/3/2020Eventos públicos prohibidos El gobierno prohíbe eventos > 100 personas.52 13/3/2020Reuniones ordenadas de bloqueo de más de 5 personas están prohibidas.53 2020-03-20Consejo para mantener la distancia.Todas las empresas donde el distanciamiento social no se puede realizar se han cerrado en todos los estados alentados (kantones).54 16/3/2020Consejo basado en un caso para aislarse si experimentan una tos o Suiza mide los síntomas de fiebre.55 2/3/2020Cierre de la escuela en toda la nación. Los cuidadores de niños, las guarderías para el cierre de escuelas y las sextas formas deben seguir las directrices ordenadas.56 21/3/2020Eventos públicos prohibidos Implementados con bloqueo.57 24/3/2020Los conjuntos de más de 2 personas no pertenecientes al mismo hogar están prohibidos y sujetos a la policía.57 24/3/2020Consejos de distanciamiento social para evitar pubs, clubes, teatros y otras instituciones públicas alentadas.58 16/3/2020Consejo basado en un caso para aislarse durante 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre en el Reino Unido.59 12/3/20209 Referencias1. Li, R. et al. Infección indocumentada sustancial facilita la rápida difusión del nuevocoronavirus (SARS-CoV2). Ciencia (2020) doi:10.1126/science.abb3221. 2. Zhang, J. et al. Patrones de contacto social humano y contacto con animales en Shanghai, China 5cLRep.9,1—11(2019)3. Worldómetros.info. Hong Kong: casos de coronavirus. https://www.wo rldómetros.info/co ronavirus/country/china-hong-kong-sar/. 4. Ferguson, N. et al. Impacto de las intervenciones no farmacéuticas (NPI) para reducir la mortalidad y la demanda de asistencia sanitaria (Informe 9). https://www.imperial.ac.uk/mrc-global-infectious-disase-analysis/news--wuhan-coronavirus/. 5. Cereda, D. et al. La fase inicial del brote de COVID-19 en Lombardy, Italia. arXiv (2020). 6. Zhao, A. J. et al. Título: Respuestas anticuerpos al SARS-CoV-2 en pacientes con nuevas enfermedades por coronavirus 2019 Título breve : Respuestas anticuerpos en pacientes con COVID-19. (2020). 7. Jombart, T. et al. Inferir el número de casos de COVID-19 de muertes recientemente notificadas. medRXiV 2020.03.10.20033761(2020)doi:10.10101/2020.03.10.20033761. 8. Zhang, J. et al. Perfil de edad de susceptibilidad, mezcla y distanciamiento social dan forma a la dinámica del brote de la nueva enfermedad por coronavirus 2019 en China. (2020) doi:10.10101/2020.03.19.20039107. 9. Lourenco, J. et al. Los principios fundamentales de la propagación epidémica destacan la necesidad inmediata de realizar encuestas serológicas a gran escala para evaluar la etapa de la epidemia por SARS doi:10.1101/2020.03.24.2004229110.Naciones Unidas, Departamento de Asuntos Económicos y Sociales, División de Población. WorldPopulation Prospects 2019: Data booket. ST/ESA/SER.A/424. (2019). 11. Verity, R. et al. Estimaciones de la gravedad de la enfermedad de COVID-19. Lancet Infect Dis en la prensa (2020). 12. Walker, P. G. T. et al. Report 12: The Global Impact of COVID-19 and Strategies for Mitigation and Supresation. 13. Fraser, C. Estimating Individual and Household Reproduction Numbers in a EmergingEpidemmic. PL05 ONE 2, e758 (2007). 14. Cori, A., Ferguson, N. M., Fraser, C. & Cauchemez, S J. Epidemiol. 178, 1505-1512(2013115. Nouvellet, P. et al. Un enfoque sencillo para medir la transmisibilidad y la incidencia prevista. Epidemias 22, 29-35 (2018). 16. Cauchemez, 8., Valleron, A. J., Boelle, P. Y., Flahault, A. & Ferguson, N. M. Estimación del impacto del cierre escolar en la transmisión de la gripe a partir de datos Sentinel. Nature 452, 750-754 (2008). 17. Bellman, R. & Harris, T. On Age-Dependent Binary Branking Processes. Ann. Math. 55, 280-295(1952118. Bellman, R. & Harris, T. E. Sobre la teoría de los procesos de ramificación estocásticos dependientes de la edad. Proc. Nat 34, 601-604 (1948). 19. Stan Development Team. 2018. The Stan Core Library, versión 2.18.0. http://mc-stan.org. 20. Bundesministerium. Coronavirus (COVID-19): Status quo — Schulen, Hochschulen,Universitaten und Forschungsinstitutionen. https://www.bmbwf.gv.at/Ministerium/Informationspflicht/corona/corona_status.html. 21. Henley, J. Coronavirus: Los Estados de la Unión Europea promulgan medidas duras para la propagación del tallo. The Guardianhttps://www.theguardian.com/world/200/mar/10/coranonavirus-varios-estados-eu-states-ban-masa-mass-as-pos-italian-lockdown (20 25. Servicio Público Federal. Protéjase y proteja a los demás. https://www.info-coronavirus.be/en/2020/03/10/protege-y-protege-the-others/ (2020). 26. Wikipedia. 2020 pandemia de coronavirus en Dinamarca. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/2020_coronavirus_pandemic_in_Dinamarca. 27. Stephensen, Emma Kinker; Hansen, T. S. Danmark lukker ned: Her er regeringens nye basculag. TV2 https://nyheder.tv2.dk/samfund/2020-03-11-danmark-lukker-ned-er-regeringens-nye-tiltag(2020128. Politi. Nye illbag mod covid-19. Politi https://politi.dk/coronavirus-i-danmark/seneste-nyt-fra-myndighederne/nye-tiltag-mod-covid-19 (2020). 29. Styrelsen for Patientsikkerhed. Indberetning om covid-19zlnformation om mulighed forp\aabud til enkeltpersoner (coronavirus/covid-19). https://stps.dk/da/ansvar-og-retningslinjer/vejledning/indberetning-om-covid-19/#. 30. Wikipedia. 2020 coronavirus pande in France. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/2020_coronavirus_pandemic_in_France. 31. Francia prohíbe las reuniones de más de 100 personas a medida que aumenta el número de muertes por coronavirus -The Local. The Local https://www.thelocal.fr/20200313/france-bans-recopilations-of-over-100-people-to-fight-coronavirus-pandemic (2020). 32. Henley, Jon; Willsher, Kim; Kassam, A. Coronavirus: Francia impone un bloqueo cuando la UE pide una prohibición de viajar de 30 días. The Guardian https://www.theguardian.com/world/2020/mar/16/coronavirus-spain-takes-over-privado-healthcare-amid-more-euro-pean-lockdowns (2020). 33. Wikipedia. 2020 coronavirus pande in Germany. Fundación Wikimediahttps://en.wi 34. BMI. Coronavirus: Fragen und Antworten. Bundesministerium des Innern,fur Bau und Heimathttps://web.archive.org/web/20200317073042/https://www.bmi.bund.de/SharedDocs/faqs/DE/themen/bevoelkerungssschutz/coranavirus/coranavirus-faqs.htmI#doc13738352bodyText7. 35. Noticias de la BBC. Coronavirus: Alemania endurece los frenos y prohíbe las reuniones de más de dos personas. BBCNews https://www.bbc.co.uk/news/world-europe-51999080 (2020). 36. Bundesregierung. Kanzlerin trifft Regierungschefs der Lander Sozialkontakte https://www.bundesregierung.de/breg-de/themen/coranavirus/mpk-1730186(2020)37. Robert Koch Institut. Antworten auf haufig gestellte Fragen zum Coronavirus SARS-CoV-2. Robert Koch Instituthttps://web.archive.org/web/20200312004624/https://www.rki.de/SharedDocs/FAQ/NCOV2019/FAQ_Liste.html (2020). 38. Ministero della Salute. Governo anuncia sospensione dell’attivita didattica dal 5 a15 marzo. Ministero della Salutehttp://www.salute.gov.it/portale/nuovocoronavirus/dettaglioVideoNuovoCoronavirus.jsp?lingua=italiano&menu=multimedia&p=video&id=2052 (2020). 39. CNN. Italia prohíbe los viajes y cancela todos los actos públicos en su región septentrional. CNNhttps://edition.cnn.com/2020/03/08/europe/italy-coranavirus-lockdown-europe-intl/index.html(2020). Attualita. Coronavirus: parada de un pub, cine, teatro e discoteche anche a Roma. Ecco cosaprevede il nuovo decreto. Roma Today https://www.romatoday.it/attualita/coranavirus-pub-cinema-teatri-locali-chiusi-nuovo-decreto.html (2020). 41. Gazzetta Ufficiale. DECRETO DEL PRESIDENTE DEL CONSIGLIO DEL MINISTRI. Gazzetta Ufflclalehttps://www.gazzettaufficiale.it/eli/id/20/03/08/20A01522/sg (2020). 42. Helsedirektoratet. La Dirección de Salud de Noruega ha adoptado la decisión de cerrar las escuelas y otras instituciones educativas. Hellem-Hansen, Viktoria L.; Tandstad, B. Folkehelseinstituttet mener23.000 kan vaere smittet. NRK https://www.nrk.no/norge/folkehelseinstituttet-mener-23.000-kan-vaere-smittet-1.14958149 (2020). 44. Gobierno de Norweigen. regjeringen.no https://www.regjeringen.no/en/aktuelt/the-government-is-esestableciendo-clear-cuarantine-and-aislation-rules/id2693647/ (2020). 45. Wikipedia. 2020 coronavirus pandemic in Spain. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/20_coronavirus_pandemic_in_Spain. 46. Gabinete de Prensa. El Gobierno anuncia nuevas medidas para eliminar la extensión del nuevo coronavirus COVID-19. Gobierno de Españahttps://www.mscbs.gob.es/gabinete/notasPrensa.do?id=4807 (2020). 47. Gabinete de Prensa. El Consejo Interterritorial del SNS alcanza medidas concretas para zonascon transmisión comunitaria de coronavirus. Gobierno de Españahttps://www.mscbs.gob.es/gabinete/notasPrensa.do?id=4806 (2020). 48. Folkhalsomyndigheten.se/nyheter-och-press/nyhetsarkiv/2020/mars/larosaten-och-gymnasieskolor-uppmanas-nu-att-bedriva-distansundervisning(2020). El local. Suecia prohíbe grandes eventos para detener la propagación del coronavirus. El localhttps://www.theloca.se/20200311/sweden-to-ban-large-public-coronavirus-over-coronavirus (2020). 50. Radosevich. Estocolmoers instados a trabajar desde casa como comunidad COVID-19 se extendió confirmado. Sveriges Radiohttps://sverigesradio.se/sida/artikel.aspx?programid=2054&artikel=7430511(2020). Folkhdlsomyndigheten https://www.folkhalsomyndigheten.se/nyheter-och-press/nyhetsarkiv/2020/mars/flera-tecken-pa-samhallsspridning-av-covid-19-i-sverige/ (2020). 52 Bundesamt fur Gesendheit BAG. Bundesrat verscharft Massnahmen gegen das Coronaviruszum Schutz der Gesundheit und unterstUtzt betroffene Branchen. Schweizerische Eidgenossenschafthttps://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg-id-78437.html( Coronavirus: Bundesrat verbietet Ansammlungen von mehrals fUnf Personen. Schweizerische Eidgenossenschaft https://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg-id-78513.html (2020). 54. Bundesamt fur Gesundheit BAG. Coronavirus: Bundesrat erklart die «ausserordentliche Lage»und verscharft die Massnahmen. Schweizerische Eidgenossenschafthttps://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg- Neue Hygiene- und Verhaltensregeln zum Schutz gegen dasneue Coronavirus. Schweizerische Eidgenossenschaft https://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/a ktuell/medienmitteilungen.msg-id-78304.html (2020). 56. Gobierno del Reino Unido, D. for E. Schools, colleges and early ambients to close. Gobierno del Reino Unidohttps://www.gov.uk/government/news/schools-colleges-and-ears-settings-to-close (2020). 57. Gobierno del Reino Unido. Discurso del Primer Ministro a la nación sobre el coronavirus: 23 de marzo de 2020. Gobierno del Reino Unidohttps://www.gov.uk/government/speeches/pm-address-to-the-nation-on-coronavirus-23-march-2020(2020158. Boycott-Owen, Mason; Bowman, Verity; Kelly-Linden, Jordan; Gartner, A. G. H. S. T.Coronavirus: Boris Johnson encierra al Reino Unido a medida que el número de muertos llega a 55. The Telegraphhttps://www.telegraph.co.uk/global-health/science-and- disease/coronavirus-news-uk-latest-update-covid-19-death-toll-cases/ (2020). BBC Newshttps://www.bbc.co.uk/news/uk-51857856 (2020).

¿Cuál es el porcentaje medio estimado de Alemania [intervalo creíble del 95%] de la población total infectada al 28 de marzo?

Estimando el número de infecciones y el impacto de las intervenciones no farmacéuticas en el COVID-19 en 11 países europeos30 marzo 2020 Imperial College COVID-19 Response TeamSeth Flaxmani Swapnil Mishra*, Axel Gandy*, H JulietteT Unwin, Helen Coupland, Thomas A Mellan, HarrisonZhu, Tresnia Berah, Jeffrey W Eaton, Pablo N P Guzman, Nora Schmit, Lucia Cilloni, Kylie E C Cuomo—Dannenburg, Amy Dighe, Bimandra Djaafara, Ilaria Dorigatti, Sabine van Elsland,Rich Fitz, Han Fu, Katy Gaytorpe, Gendarme, Peter Geidelberg, Wi Green, Timothy Hallett, Arranmlet, Weinsland, EE.UU., EE.UU En respuesta, muchos países europeos han puesto en marcha intervenciones no farmacéuticas sin precedentes, como el aislamiento de casos, el cierre de escuelas y universidades, la prohibición de reuniones masivas o actos públicos, y, más recientemente, una ampliadistribución social a escala local y nacional, incluidos los bloqueos.En este informe, utilizamos un modelo jerárquico bayesiano semimecanicista para tratar de deducir el impacto de estas intervenciones en 11 países europeos.Nuestros métodos suponen que los cambios en el número productivo —una medida de transmisión— son una respuesta inmediata a estas intervenciones en lugar de cambios graduales más amplios en el comportamiento.Nuestro modelo estima estos cambios calculando hacia atrás de las muertes observadas a lo largo del tiempo para estimar la transmisión que ocurrió varias semanas antes, permitiendo el lapso entre la infección y la muerte.Una de las principales suposiciones del modelo es que cada intervención tiene el mismo efecto en el número de producción en todos los países y en el tiempo. Esto nos permite aprovechar una mayor cantidad de datos en toda Europa para estimar estos efectos. También significa que nuestros resultados están fuertemente impulsados por los datos de países con epidemias más avanzadas, y las intervenciones anteriores, como Italia y España. Encontramos que el lento crecimiento de las muertes diarias reportadas en Italia es consistente con un impacto significativo de las intervenciones implementadas varias semanas antes. En Italia, estimamos que el número de reproducción efectiva, Rt, cayó a cerca de 1 alrededor de la época de Iockdown (11 de marzo), aunque con un alto nivel de incertidumbre. En general, estimamos que los países han logrado reducir su número de reproducción. Nuestras estimaciones tienen amplios intervalos creíbles y contienen 1 para los países que han implementado intervenciones consideradas en nuestro análisis. Esto significa que el número de reproducción puede estar por encima o por debajo de este valor. Dado que las intervenciones actuales se mantienen al menos hasta finales de marzo, estimamos que las intervenciones en los 11 países habrán evitado 59.000 muertes hasta el 31 de marzo[intervalo creíble del 95%: 21.000-120.000].Muchas más muertes se evitarán garantizando que las intervenciones permanezcan en vigor hasta que la transmisión disminuya a niveles bajos.Estimamos que, en los 11 países entre 7 y 43 millones de personas se han infectado con el SARS-CoV-Z hasta el 28 de marzo, lo que representa entre el 1,88% y el 11,43% de la población.Se estima que la proporción de la población infectada hasta la fecha —la tasa de ataque— es la más alta en España seguida por Italia y la más baja en Alemania y Noruega, lo que refleja las etapas relativas de las epidemias.Dado el retraso de 2-3 semanas entre el momento en que se producen los cambios de transmisión y cuando su impacto puede observarse en las tendencias de mortalidad, Si las intervenciones en países en las etapas más tempranas de su epidemia, como Alemania o el Reino Unido, son más o menos eficaces de lo que eran en los países con epidemias avanzadas, en los que nuestras estimaciones se basan en gran medida, o si las intervenciones han mejorado o han empeorado con el tiempo, nuestras estimaciones del número de reproducción y las muertes evitadas cambiarían en consecuencia. Por lo tanto, es fundamental que las intervenciones actuales sigan en vigor y las tendencias en los casos y muertes se monitoricen de cerca en los próximos días y semanas para garantizar que la transmisión del SARS-Cov-Z se esté desacelerando. Imperial College London (2020), doi:https://doi.org/10.25561/777311 IntroducciónTras la aparición de un nuevo coronavirus (SARS-CoV-Z) en Wuhan (China) en diciembre de 2019 y su propagación mundial, han surgido en Europa grandes epidemias de la enfermedad, causadas por el virus denominado COVID-19. En respuesta al creciente número de casos y muertes, y para mantener la capacidad de los sistemas de salud para tratar tantos casos graves como sea posible, los países europeos, como los de otros continentes, han implementado o están en proceso de aplicar medidas para controlar susepidemias. Estas intervenciones no farmacéuticas a gran escala varían de un país a otro, pero incluyen distanciamiento social (como la prohibición de grandes reuniones y el asesoramiento a las personas para que no socialicen fuera de sus hogares), cierres de fronteras, cierres de escuelas, medidas para aislar a las personas sintomáticas y sus contactos, y bloqueos a gran escala de poblaciones con todos los viajes internos menos esenciales prohibidos.Entender, en primer lugar, si estas intervenciones están teniendo el impacto deseado de controlar la epidémica y, en segundo lugar, qué intervenciones son necesarias para mantener el control, es crítico dada su gran coste económico y social.El objetivo clave de estas intervenciones es reducir el número de reproducción eficaz, Rt, de la infección, una cantidad epidemiológica fundamental que representa el número medio de infecciones, en el momento t, por caso infectado durante el curso de su infección. Si Rt es mayor que 1, las infecciones aumentarán (dependiendo de cuánto mayor que 1 el número de reproducción es) hasta los picos tepidémicos y eventualmente disminuye debido a la adquisición de inmunidad de rebaños. En China, las estrictas restricciones de movimiento y otras medidas incluyendo aislamiento de casos y cuarentena comenzaron a introducirse a partir del 23 de enero, lo que logró una tendencia a la baja en el número de nuevos casos confirmados durante febrero, resultando en cero nuevos casos indígenas confirmados en Wuhan para el 19 de marzo. Los estudios han calculado cómo cambió Rt durante este tiempo en diferentes áreas de China desde alrededor de 2-4 durante la epidemia incontrolada hasta menos de 1, con una disminución estimada de 7-9 veces en el número de contactos diarios por persona.1'2 Medidas de control tales como distanciamiento social, pruebas intensivas y rastreo de contacto en otros países como Singapur y Corea del Sur han reducido con éxito la incidencia de casos en las últimas semanas, aunque existe un riesgo de que el virus se propague de nuevo una vez que las medidas de control se relajen.3'4La epidemia comenzó un poco más tarde en Europa, a partir de enero o más tarde en diferentes regiones.5 Los países han aplicado diferentes combinaciones de medidas de control y es probable que el nivel de cumplimiento de las recomendaciones gubernamentales sobre distanciamiento social varíe entre países, en parte debido a diferentes niveles de aplicación. La estimación de los números de reproducción para el SARS-CoV-Z presenta desafíos debido a la alta proporción de infecciones no detectadas por los sistemas de salud"7 y a los cambios regulares en las políticas de pruebas, lo que da lugar a proporciones indiferentes de infecciones detectadas a lo largo del tiempo y entre los países.La mayoría de los países hasta ahora sólo tienen la capacidad de probar una pequeña proporción de casos sospechosos y las pruebas están reservadas para pacientes con enfermedades graves o para grupos de alto riesgo (por ejemplo, contactos de casos).Por lo tanto, el análisis de los datos de los casos da una visión sistemáticamente sesgada de las tendencias.Una forma alternativa de estimar el curso de la epidemia es volver a calcular las infecciones derivadas de las muertes observadas. Si bien las tendencias recientes de las muertes serán, por tanto, informativas, hay un retraso en la observación del efecto de las intervenciones en las muertes, ya que hay un período de 2 a 3 semanas entre lainfección, el inicio de los síntomas y el resultado.En este informe, encajamos un nuevo modelo mecánico bayesiano del ciclo de infección en las muertes observadas en11 países europeos, inferiendo límites plausibles superiores e inferiores (intervalos creíbles bayesianos) de la población total infectada (tasas de ataque), probabilidades de detección de casos y el número de reproducción a lo largo del tiempo (Rt).Ajustamos el modelo conjuntamente a los datos de COVID-19 de todos estos países para evaluar si hay pruebas de que las intervenciones han tenido éxito hasta ahora en reducir la Rt por debajo de 1, con la fuerte suposición de que las intervenciones particulares están logrando un impacto similar en diferentes países y de que la La mayoría de las intervenciones se iniciaron alrededor del 12 al 14 de marzo. Analizamos los datos sobre las muertes hasta el 28 de marzo, dando un margen de 2-3 semanas para estimar el efecto de las intervenciones. Actualmente, la mayoría de los países en nuestro estudio han implementado todas las intervenciones no farmacéuticas importantes. Para cada país, modelamos el número de infecciones, el número de muertes y el número de reproducciones efectivas a lo largo del tiempo, con Rt cambiando sólo cuando se introduce una intervención (Figura 2-12). Rt es el número medio de infecciones secundarias por individuo infectado, asumiendo que las intervenciones que se realizan en el momento t permanecen en el lugar durante todo su período infeccioso. Cada país tiene su propio número de reproducción inicial Rt antes de que se lleven a cabo las intervenciones. Se supone que las intervenciones específicas tienen el mismo impacto relativo en Rt en cada país cuando se introdujeron allí y están informadas por los datos de mortalidad en todos los países. Figura l: Cronogramas de intervención para los 11 países europeos incluidos en el análisis.Para más detalles, véase el apéndice 8.6.2 2.1.Números reales estimados de infecciones y tasas actuales de ataqueEn todos los países, estimamos que hay órdenes de magnitud menos infecciones detectadas (Figu En Italia, nuestros resultados sugieren que, acumulativamente, 5.9 [1,9-15,2] millones de personas han sido infectadas al 28 de marzo, dando una tasa de ataque del 9,8% [3,2%-25%] de la población (Tabla 1). España ha visto recientemente un gran aumento en el número de muertes, y dada su menor población, nuestro modelo estima que una mayor proporción de la población, 15,0% (7,0 [18-19] millones de personas) han sido infectadas hasta la fecha. Alemania se estima que tiene una de las tasas de ataque más bajas en el 0,7% con 600.000[240,000-1,500.000] personas infectadas. Imperial College COVID-19 Response TeamTabla l: Modelo posterior estimaciones del porcentaje de la población infectada al 28 de marzo de 2020. País % de la población total infectada (media [intervalo creíble del 95%l)Austria 1,1% [0,36%-3,1%]Bélgica 3,7% [1,3%-9,7%]Dinamarca 1,1% [0,40%-3,1%]Francia 3,0% [1,1%-7,4%]Alemania 0,72% [0,28%-1,8%]Italia 9,8% [3,2%-26%]Noruega 0,41% [0,09%-1,2%]España 15% [3,7%-41%]Suecia 3,1% [0,85%-8,4%]Suiza 3,2% [1,3%-7,6%]Reino Unido 2,7% [1,2%-5,4%]2,2 Números de reproducción e impacto de las intervencionesAveriguados en todos los países, estimamos que los números de reproducción inicial rondan los 3,87 [3,01-4,66], lo que está en consonancia con otras estimaciones.1'8 Estas estimaciones se basan en nuestra elección de la distribución entre intervalos seriales y la tasa de crecimiento inicial de Un intervalo serial más corto supone un menor número de reproducción inicial (Apéndice 8.4.2, Apéndice 8.4.6).Los números de reproducción inicial también son inciertos debido a que: a) la importación es la fuente dominante de nuevas infecciones al principio de la epidemia, en lugar de la transmisión local (b) la posible incertidumbre en las muertes, particularmente antes de que se generalizaran las pruebas.Estimamos que los grandes cambios en la Rt en respuesta a las intervenciones combinadas no farmacéuticas.Nuestros resultados, impulsados en gran parte por países con epidemias avanzadas y un mayor número de muertes (por ejemplo, Italia, España), sugieren que estas intervenciones han tenido conjuntamente un impacto sustancial en la transmisión, medidos por los cambios en el número de reproducción estimado Rt. En todos los países encontramos estimaciones actuales de Rt que van desde una media posterior de 0,97 [0,14-2,14] para Noruega a una media a posteriori de 2,64 [1,40-4,18] para Suecia, con un promedio de 1,43 en los 11 países a posteriori, una reducción del 64% en comparación con los valores de pre-intervención. Observamos que estas estimaciones son consistentes en que el impacto de la intervención es el mismo en diferentes países y en diferentes épocas. En todos los países excepto Suecia, con las mismas suposiciones, estimamos que el número de reproducción actual incluye 1 en el rango de incertidumbre. El número de reproducción estimado para Suecia es mayor, no porque las tendencias de mortalidad son significativamente diferentes de cualquier otro país, sino como un artefacto de nuestro modelo, que supone una reducción menor en Rt porque no se ha ordenado un bloqueo completo en la medida. En general, aún no podemos concluir si las intervenciones actuales son suficientes para lograr que Rt sea inferior a 1 (posterior probabilidad de ser inferior a 1,0 es un 44% en promedio en todos los países). También no podemos concluir si las intervenciones pueden ser diferentes entre países o con el tiempo. Sigue habiendo un alto nivel de incertidumbre en estas estimaciones.Es demasiado pronto para detectar un impacto sustancial de la intervención en muchos países en etapas anteriores de su epidemia (por ejemplo, Alemania, Reino Unido, Noruega).Muchas intervenciones se han producido sólo recientemente, y sus efectos aún no se han observado plenamente debido al retraso entre la infección y la muerte.Esta incertidumbre reducirá a medida que se disponga de más datos.Para todos los países, nuestro modelo se ajusta bien a los datos de muertes observadas (pruebas de bondad de la adecuación bayesiana).También descubrimos que nuestro modelo puede predecir de manera fiable las muertes diarias 3 días en el futuro, reteniendo los últimos 3 días de datos Sin embargo, al realizar un análisis de sensibilidad (Apéndice 8.4.3) con distribuciones previas sin información (donde las intervenciones pueden aumentar las muertes) encontramos un impacto similar de las intervenciones del equipo de respuesta del Colegio Imperial COVID-19, que muestra que nuestra elección de la distribución previa no está impulsando los efectos que vemos en el análisis principal.Figura 2: Estimaciones a nivel de país de infecciones, muertes y Rt. Izquierda: número diario de infecciones, marronbars se reportan infecciones, bandas azules son infecciones predichas, intervalo creíble de azul oscuro 50% (IC), azul claro 95% IC. El número de infecciones diarias estimadas por nuestro modelo disminuye inmediatamente después de una intervención, ya que suponemos que todas las personas infectadas se vuelven inmediatamente menos infecciosas a través de la intervención. Medio: número diario de muertes, barritas marrones se reportan muertes, bandas azules se predicen muertes, Cias en la parcela izquierda. Derecha: número de reproducción variable en el tiempo Rt, verde oscuro 50% IC, verde claro 95% IC. Iconos son intervenciones mostradas en el momento en que ocurrieron. Imperial College COVID-19 Response TeamTabla 2: Muertes previstas totales desde el inicio de la epidemia hasta el 31 de marzo en nuestro modelo y en un modelo contrafactual (suponiendo que no hubo intervención).Estimadas muertes evitadas durante este período como resultado de las intervenciones.Números entre paréntesis son intervalos creíbles del 95%. 2.3 Impacto estimado de las intervenciones en las muertesLa Tabla 2 muestra el total de muertes previstas desde el comienzo de la epidemia hasta el 31 de marzo bajo nuestro modelo ajustado y bajo el modelo contrafactual, que predice lo que habría ocurrido si no se implementaran intervenciones (y R, En Italia y España, donde la epidemia está avanzada, se han evitado 38.000 muertes [13.000-84.000] y 16.000 [5400-35.000], respectivamente. Incluso en el Reino Unido, que es mucho más temprano en su epidemia, se han evitado 370 [73-1,000] muertes, que sólo dan lugar a las muertes evitadas que habrían ocurrido hasta el 31 de marzo. Si se incluyeran las muertes de individuos actualmente infectados en ambos modelos, lo que podría ocurrir después del 31 de marzo, las muertes evitadas serían sustancialmente más altas. Figura 3: Número diario de muertes confirmadas, predicciones (hasta el 28 de marzo) y previsiones (después) para (a)Italia y (b) España de nuestro modelo con intervenciones (azul) y del modelo sin intervencionescontrafactuales (rosa); los intervalos creíbles se muestran una semana en el futuro. Otros países se muestran en el Apéndice 8.6. 03/0 25% 50% 753% 100%(sin efecto sobre la transmisibilidad) (final de la transmisibilidadReducción porcentual en R.Figura 4: Nuestro modelo incluye cinco covariables para intervenciones gubernamentales, ajustando para si la intervención fue la primera realizada por el gobierno en respuesta a COVID-19 (rojo) o fue posterior a otras intervenciones (verde).Se muestra una reducción porcentual relativa media en Rt con intervalos creíbles posteriores al 95%.Si se logra una reducción del 100%, Rt = 0 y no hay mástransmisión de COVID-19.No hay efectos significativamente diferentes de los de otras intervenciones, probablemente debido al hecho de que muchas intervenciones ocurrieron en el mismo día o en días de cada una como se muestra en la Figura l.3 DiscusiónDurante esta fase temprana de medidas de control contra el nuevo coronavirus en Europa, analizamos tendencias en el número de muertes para evaluar la medida en que se está reduciendo la transmisión Al representar el proceso de infección por COVID-19 utilizando un modelo jerárquico semimecánico, conjunto y bayesiano, podemosreducir las tendencias observadas en los datos de muertes y podemos pronosticar con precisión en cortos horizontes de tiempo.Estimamos que ha habido muchas más infecciones de las que se reportan actualmente.El alto nivel de incertidumbre de infecciones que estimamos aquí es probable debido al enfoque en pruebas en entornos hospitalarios más que en la comunidad.A pesar de esto, sólo una pequeña minoría de individuos en cada país han sido infectados, con una tasa de ataque en promedio del 4,9% [l,9%-l%] con una considerable variación entre países (Tabla 1).Nuestras estimaciones implican que las poblaciones en Europa no están cercanas a la inmunidad de rebaños ("50-75% si R0 es 2-4).Además, con los valores de Rt disminuyendo sustancialmente, la tasa de adquisición de inmunidad de rebaños se ralentizará rápidamente. Esto implica que el virus será capaz de propagarse rápidamente en caso de que se levanten las intervenciones.Tales estimaciones de la tasa de ataque hasta la fecha deben ser validadas con urgencia por pruebas de anticuerpos recientemente desarrolladas en encuestas de población representativas, una vez que éstas estén disponibles.Estimamos que las intervenciones no farmacéuticas importantes han tenido un impacto sustancial en el número de reproducción que varía en el tiempo en los países donde ha habido tiempo para observar los efectos de la intervención en las tendencias de las muertes (Italia, España). Debido a la rápida sucesión de intervenciones en muchos países, no se dispone de datos suficientes para estimar el tamaño del efecto individual de cada intervención, y desalentamos la atribución de asociaciones a la intervención individual.En algunos casos, como Noruega, donde todas las intervenciones se ejecutaron a la vez, estos efectos individuales son por definición no identificables.A pesar de esto, aunque no se pueden determinar los impactos individuales, su impacto conjunto estimado está fuertemente justificado empíricamente (véase el apéndice 8.4 para el análisis de sensibilidad).Si bien el crecimiento de las muertes diarias ha disminuido, debido a la diferencia entre las infecciones y las muertes, es de esperar un aumento continuo de las muertes diarias durante algún tiempo.Para comprender el impacto de las intervenciones, nos ajustamos a un modelo contrafactual sin las intervenciones y lo comparamos con el modelo real.Consideramos Italia y el Reino Unido -dos países en etapas muy diferentes de sus epidemias.Para el Reino Unido, donde las intervenciones son Los resultados sugieren que las intervenciones tendrán un gran impacto en las infecciones y muertes a pesar del aumento de ambos.Para Italia, donde ha pasado mucho más tiempo desde que se han implementado las intervenciones, está claro que el modelo sin intervenciones no encaja bien con los datos, y no puede explicar la reducción sublineal (en la escala logarítmica) de las muertes (véase la figura 10).El modelo contrafactual para Italia sugiere que, a pesar de la creciente presión sobre los sistemas de salud, las intervenciones han evitado una catástrofe sanitaria en la que el número de nuevas muertes habría sido 3,7 veces mayor (38.000 muertes evitadas) de lo que se observa actualmente.Incluso en el Reino Unido, mucho antes de su epidemia, se prevé que las recientes intervenciones evitarán 370 muertes totales hasta el 31 de marzo. Dados los índices de mortalidad por infecciones observadas y la epidemiología de la COVID-19, las intervenciones no farmacéuticas importantes han tenido un impacto sustancial en la reducción de la transmisión en los países con epidemiologías más avanzadas. Es demasiado pronto para estar seguros de que se verán reducciones similares en los países en las etapas anteriores de su epidemia. Si bien no podemos determinar qué conjunto de intervenciones han tenido más éxito, ya podemos ver cambios en las tendencias de nuevas muertes. Cuando se pronostican 3 días y se examina toda la epidemia, el número de muertes evitadas es sustancial. Observamos que se está produciendo una innovación sustancial, y nuevas intervenciones o refinamientos más eficaces de las intervenciones actuales, junto con cambios de comportamiento, contribuirán aún más a la reducción de las infecciones. No podemos decir con certeza que las medidas actuales hayan controlado la epidemia en Europa; sin embargo, si continúan las tendencias actuales, hay razones para el optimismo. Proponemos una estructura plausible para el proceso de infección y luego estimamos los parámetros empíricamente. Sin embargo, muchos parámetros tuvieron que ser dados fuertes distribuciones previas o tenían que ser fijados. Para estas suposiciones, hemos proporcionado citas relevantes a estudios previos. A medida que se disponga de más datos y surjan mejores estimaciones, actualizaremos estos reportes quincenales. Nuestra elección de la distribución de intervalos seriales influye fuertemente en la distribución previa para el inicio de R0. Nuestra relación de mortalidad por infección y distribuciones de infección a muerte influyen fuertemente en la tasa de muerte y por lo tanto el número estimado de casos subyacentes verdaderos. También suponemos que el efecto de las intervenciones es el mismo en todos los países, lo cual puede no ser totalmente realista. Esto implica que los países con intervenciones tempranas y más muertes ya que estas intervenciones (por ejemplo, Italia, España) influyen fuertemente en las estimaciones del impacto de la intervención en los países en las etapas más tempranas de Hemos intentado crear definiciones coherentes de todas las intervenciones y documentar detalles al respecto en elApéndice 8.6. Sin embargo, invariablemente habrá diferencias de un país a otro en la fuerza de su intervención, por ejemplo, la mayoría de los países han prohibido la reunión de más de 2 personas cuando se aplica un bloqueo, mientras que en Suecia el gobierno sólo prohibió la reunión de más de 10 personas. Estas diferencias pueden distorsionar los impactos en países con muy pocos datos. Creemos que nuestra incertidumbre puede cubrir en cierto grado estas diferencias, y a medida que se disponga de más datos, loscoeficientes deberían ser más fiables. Sin embargo, a pesar de estas fuertes suposiciones, hay suficiente señal en los datos para estimar los cambios en R, (véase el análisis de sensibilidad reportado en el Apéndice 8.4.3) y esta señal se incrementará con el tiempo. En nuestro marco jerárquico bayesiano, cuantificamos robustamente la incertidumbre en nuestras estimaciones de parámetros y predicciones posteriores. Esto se puede ver en los intervalos creíbles más amplios de los últimos días, en los que se dispone de pocos o ningún dato sobre la muerte para informar las estimaciones. Además, predecimos el impacto de la intervención a nivel nacional, pero puede haber diferentes tendencias en diferentes partes de cada país.Por ejemplo, la epidemia en el norte de Italia estaba sujeta a controles antes que el resto del país.5DatosNuestro modelo utiliza datos diarios sobre la mortalidad en tiempo real del ECDC (Centro Europeo de Control de Enfermedades), donde catalogamos datos de casos de 11 países europeos que actualmente padecen la epidemia: Austria, Bélgica, Dinamarca, Francia, Alemania, Italia, Noruega, España, Suecia, Suiza y Reino Unido.El ECDC proporciona información sobre casos confirmados y muertes atribuibles a COVID-19.Sin embargo, los datos de casos son muy poco representativos de la incidencia de infecciones debido a la infrarreportación, así como a cambios sistemáticos y específicos de países Nosotros, por lo tanto, utilizamos sólo las muertes atribuibles a COVID-19 en nuestro modelo; no utilizamos las estimaciones de casos de ECDC en absoluto.Si bien las muertes observadas todavía tienen cierto grado de falta de fiabilidad, de nuevo debido a cambios en los informes y las pruebas, creemos que los datos son de suficiente fidelidad al modelo.Para los recuentos de población, utilizamos los recuentos desglosados por edad de la UNPOP.10También catalogamos datos sobre la naturaleza y el tipo de intervenciones no farmacéuticas importantes.Miramos las páginas web gubernamentales de cada país, así como sus páginas web oficiales de información y división de salud pública para identificar los últimos consejos/leyes que emiten el gobierno y las autoridades sanitarias públicas.Recopilamos lo siguiente:Se ordenó el cierre de la escuela: Esta intervención se refiere a los cierres extraordinarios de escuelas a nivel nacional que en la mayoría de los casos se refieren al cierre de escuelas primarias y secundarias (para la En el caso de Dinamarca y Suecia, permitimos el cierre parcial de las escuelas sólo en las escuelas secundarias. La fecha del cierre de la escuela se considera como la fecha efectiva en que las escuelas comenzaron a cerrarse (si este era un lunes, la fecha utilizada era la de los sábados anteriores, ya que alumnos y estudiantes se quedaron efectivamente en casa a partir de esa fecha). Medidas basadas en casos. Esta intervención comprende recomendaciones o leyes sólidas al público en general y a la atención primaria sobre el autoaislamiento al mostrar síntomas similares al COVID-19.Estos incluyen también programas nacionales de pruebas en los que las personas pueden someterse a pruebas y posteriormente autoaislarse. Nuestra definición se limita al asesoramiento del gobierno nacional a todas las personas (por ejemplo, el Reino Unido) o a toda atención primaria y excluye únicamente el asesoramiento regional.Estos no incluyen intervenciones en fase de contención como el aislamiento si regresan de un país epidémico como China. Se ha fomentado el distanciamiento social: Como una de las primeras intervenciones contra la propagación de la pandemia COVID-19, muchos gobiernos han publicado consejos sobre distanciamiento social, incluyendo la recomendación de trabajar desde el hogar siempre que sea posible, reduciendo el uso del transporte público y todos los demás contactos no esenciales.Las fechas utilizadas son aquellas en las que el distanciamiento social ha sido recomendado oficialmente por el gobierno; el consejo puede incluir mantener una distancia física recomendada de otros. Decretado el bloqueo: Hay varios escenarios diferentes a los que los medios de comunicación se refieren como bloqueo. Como definición general, consideramos regulaciones/legislaciones relativas a una estricta interacción social cara a cara: incluyendo la prohibición de cualquier reunión pública no esencial, el cierre de instituciones educativas y públicas/culturales, ordenando a las personas a permanecer en casa aparte del ejercicio y las tareas esenciales.Incluimos casos especiales en los que no se mencionan explícitamente en los sitios web del gobierno, sino que son Las fechas utilizadas son las fechas efectivas en que se han implementado estas legislaciones. Observamos que el bloqueo abarca otras intervenciones previamente implementadas. Primera intervención: Como muestra la Figura 1, los gobiernos europeos han escalado las intervenciones rápidamente, y en algunos ejemplos (Noruega/Dinamarca) han implementado todas estas intervenciones en un solo día. Por lo tanto, dada la autocorrelación temporal inherente a la intervención gubernamental, incluimos covariable abinaria para la primera intervención, que puede interpretarse como una decisión gubernamental de tomar medidas importantes para controlar COVID-19. Una lista completa de las fechas de estas intervenciones y las fuentes que hemos utilizado se puede encontrar en el Apéndice 8.6. 6 Métodos ResumenUn resumen visual de nuestro modelo se presenta en la Figura 5 (detalles en los Apéndices 8.1 y 8.2). El código de replicación está disponible en https://github.com/mperiaCollegeLondres/covid19model/releases/tag/vl.0Ajustamos nuestro modelo a las muertes observadas de acuerdo con los datos de ECDC de 11 países europeos.Las muertes modeladas se basan en una distribución de infección a inicio (tiempo desde la infección hasta el inicio de los síntomas), una distribución de inicio a muerte (tiempo desde el inicio de los síntomas hasta la muerte) y la relación de mortalidad por infección media de la población (ajustada para la estructura de edad y los patrones de contacto de cada país, véase el Apéndice).Debido a estas distribuciones y proporciones, las muertes modeladas son una función del número de infecciones.El número de infecciones modelado se basa en la distribución por intervalos de serie (tiempo medio desde la infección de una persona hasta el momento en que infectan a otra Finalmente, el número de reproducción variable en el tiempo es una función del número de reproducción inicial antes de las intervenciones y los tamaños de efecto de las intervenciones.Figura 5: Resumen de los componentes del modelo. Siguiendo la jerarquía de abajo a arriba nos da un marco completo para ver cómo las intervenciones afectan a las infecciones, que pueden resultar en muertes.Utilizamos la inferencia bayesiana para asegurar que nuestras muertes modeladas puedan reproducir las muertes observadas lo más cerca posible.De abajo a arriba en la Figura 5, hay un retraso implícito en el tiempo que significa el efecto de intervenciones muy recientes se manifiestan débilmente en muertes actuales (y se fortalecen a medida que avanza el tiempo).Para maximizar la capacidad de observar el impacto de la intervención en las muertes, encajamos nuestro modelo conjuntamente para los 11 países europeos, lo que resulta en un conjunto de datos grande. Hemos evaluado el efecto de nuestras elecciones de distribución de Bayesianprior y evaluado nuestra calibración posterior bayesiana para asegurar que nuestros resultados seanestadísticamente robustos (Apéndice 8.4). 7 AgradecimientosLa investigación inicial sobre covariables en el Apéndice 8.6 fue fuente de crowdsourcing; agradecemos a varias personas de todo el mundo por su ayuda. Este trabajo fue apoyado por el Centro de financiación del Consejo de Investigación Médica del Reino Unido bajo un acuerdo con el Departamento de Desarrollo Internacional del Reino Unido, la Unidad de Investigación sobre Protección de la Salud del NIHR en Metodología de Modelado y CommunityJameel. 8 Apéndice: Modelo de Análisis de Especificaciones, Validación y Sensibilidad8.1 Modelo de muerteObservamos muertes diarias Dam durante los días t E 1,...,n y países m E 1,...,p. Estas muertes diarias se modelan utilizando una presa de función real valuada positiva Se supone que la presa sigue una distribución binomio negativa conEl número esperado de muertes (1 en un país determinado en un día dado es una función del número de infecciones C que ocurren en días anteriores. Al principio de la epidemia, las muertes observadas en un país pueden estar dominadas por muertes que resultan de infecciones que no se adquieren localmente. Para evitar sesgar nuestro modelo por esto, sólo incluimos muertes observadas desde el día después de que un país haya observado acumulativamente 10 muertes en nuestro modelo. Para vincular mecánicamente nuestrafunción de muertes a casos infectados, utilizamos una infección COVID-19-fatalidad-ratio ifr estimada previamente (probabilidad de muerte dada infección)9 junto con una distribución detiempos desde la infección hasta la muerte TE. El ifr se deriva de estimaciones presentadas en Verity et al11 que suponen tasas de ataque homogéneo entre grupos de edad. Para ajustar mejor las estimaciones de las tasas de ataque por edades generadas utilizando información más detallada sobre los patrones de mezcla de países y edades específicas, escalamos estas estimaciones (el ifr no ajustado, al que aquí se hace referencia como ifr’) de la siguiente manera como en el trabajo anterior.4Let Ca ser el número de infecciones generadas en el grupo de edad a, Na el tamaño subyacente de la población en ese grupo de edad y AR“ 2 Ca/Na el índice de ataque específico de grupo de edad.El ifr ajustado se da entonces por: ifra = fififié, donde AR50_59 es la tasa de ataque prevista en el grupo de edad de 50-59 años después de incorporar los patrones de contacto y mezcla específicos de países.Este grupo de edad fue elegido como referencia ya que tenía el nivel más bajo previsto de subinforme en análisis previos de los datos de la epidemia china“. Se obtuvieron estimaciones por países de la tasa de ataque por edad, AR“, para los 11 países europeos en nuestro análisis de un estudio anterior que incorpora información sobre el contacto entre individuos de diferentes edades en países de toda Europa12. Luego se obtuvieron estimaciones globales de cada país ajustando tanto para la demografía como para las tasas de ataque específicas por edad. Utilizando información epidemiológica estimada de estudios anteriores,"11 se supone que la TE es la suma de dos tiempos aleatorios independientes: la distribución del período de incubación (infección al inicio de los síntomas o infección hasta el inicio) y el tiempo entre el inicio de los síntomas y la muerte (ingreso a la muerte). La distribución de la infección hasta el inicio es Gamma distribuida con media de 5,1 días y coeficiente de variación0,86. La distribución de la aparición a la muerte es también Gamma distribuida con una media de 18,8 días y coeficiente de va riación 0,45. Por lo tanto, la distribución de la infección-a-muerte está dada por:um ~ ifrm ~ (Gamma(5.1,0,86) + Gamma(18,8,0,45)) La Figura 6 muestra la distribución de la infección-a-muerte y la función de supervivencia resultante que se integra a la relación de mortalidad por infección.Figura 6: Distribución izquierda de la infección-a-muerte (media 23,9 días). Correcto, probabilidad de supervivencia de individuos infectados por día dada la relación de mortalidad por infección (1%) y la distribución de la infección-a-muerte por la izquierda.Usando la probabilidad de distribución de la muerte, el número esperado de muertes presa, en un día dado t, para el país, m, está dada por la siguiente suma discreta:El número de muertes hoy es la suma de las infecciones pasadas ponderadas por su probabilidad de muerte, donde la probabilidad de muerte Este enfoque ha sido utilizado en numerosos estudios previos13'16 y tiene una fuerte base teórica en procesos de conteo estocásticos basados en individuos como el proceso Hawkes y el proceso Bellman-Harris.”18 El nuevo modelo está relacionado con el modelo Susceptible-Infectado-Recuperado, excepto que la renovación no se expresa en forma diferencial. Para modelar el número de infecciones con el tiempo necesitamos especificar una distribución serialinterval g con densidad g(T), (el tiempo entre cuando una persona se infecta y cuando posteriormente infectan a otras personas), que elegimos ser Gamma distribuido:g ~ Gamma (6.50.62). La distribución del intervalo serial se muestra a continuación en la Figura 7 y se supone que es la misma para todos los países. Figura 7: Distribución del intervalo serial g con una media de 6,5 días. Dada la distribución del intervalo serial, el número de infecciones Eamon a determinado día t, y country, m, está dado por la siguiente función de convolución discreta:_ t—1Cam — Ram ZT=0 Cr,mgt—‘r r where, similar a la probabilidad de la función de muerte, el intervalo serial diario está discretizado porfs+0.51.5gs = T=s—0.Sg(T)dT fors = 2,3 y 91 = fT=Og(T)dT. Las infecciones dependen hoy en día del número de infecciones en los días anteriores, ponderadas por la distribución del intervalo serial discretizado.Esta ponderación es entonces escalada por el número de producción de tiempo específico, Ram, que modela el número medio de infecciones secundarias en un momento dado. La forma funcional para el número de reproducción del tiempo-Variante fue elegida para ser lo más simple posible para minimizar el impacto de supuestos previos fuertes: utilizamos una función constante por partes que escalaRam de una línea de base previa R0,m y es impulsada por las principales intervenciones no farmacéuticas conocidas que ocurren en diferentes países y tiempos. Incluyemos 6 intervenciones, una de las cuales se construye a partir de las otras 5 intervenciones, que son cronogramas de cierres escolares y universitarios (k=l), enfermedad autoaislante (k=2), prohibición de eventos públicos (k=3), cualquier intervención gubernamental en lugar (k=4), implementación de un bloqueo parcial o completo (k=5) y fomento del distanciamiento y aislamiento social (k=6). Denotamos la variable indicadora de intervención k E 1,2,3,4,5,6 por IkI’m, que es 1 si la intervención k está en placein country m en el La covariable “cualquier intervención gubernamental” (k=4) indica si alguna de las otras 5 intervenciones está en efecto, es decir, 14’t’m es igual a 1 en el momento t si alguna de las intervencionesk E 1,2,3,4,5 están en vigor en el país m en el momento t y es igual a 0 de lo contrario. Covariable 4 tiene la interpretación de indicar el inicio de la intervención gubernamental mayor. Se supone que el efecto de cada intervención es multiplicativo. Ram es, por lo tanto, una función de los indicadores de intervenciónIk’t’m en lugar en el momento t en el país m:Ram : R0,m eXp(— 212:1 O(Rheum)-La forma exponencial se utilizó para asegurar la positividad del número de reproducción, con R0,mconstreñido a ser positivo como aparece fuera de la exponencial. El impacto de cada intervención enRam se caracteriza por un conjunto de parámetros 0(1,...,OL6, con distribuciones previas independientes elegidas para el beock ~ Gamma(. 5,1). Los impactos ock son compartidos entre todos los países m y por lo tanto están informados por todos los datos disponibles. La distribución previa para R0 fue escogida para serR0,m ~ Normal(2,4, IKI) con K ~ Normal(0,0.5),Una vez más, K es el mismo entre todos los países para compartir información. Asumimos que la siembra de nuevas infecciones comienza 30 días antes del día después de que un país haya observado 10 muertes. A partir de esta fecha, sembramos nuestro modelo con 6 días secuenciales de infecciones extraídas de cl’m,...,66’m~EXponential(T), donde T~Exponential(0.03). Se estimaron los parámetros de manera conjunta para los 11 países en un único modelo jerárquico. Se realizó el ajuste en el lenguaje de programación probabilístico Stan,19 utilizando un sampler adaptativo Hamiltoniano Monte Carlo (HMC). Se realizaron 8 cadenas para 4000 iteración con 2000 iteración de calentamiento y un factor de adelgazamiento 4para obtener 2000 muestras posteriores. Se evaluó la convergencia posterior utilizando la estadística Rhat y mediante el diagnóstico de transiciones divergentes del sampler HMC. También se realizaron calibraciones anteriores a posteriori (véase más adelante). 8.3 ValidaciónValidamos la exactitud de las estimaciones puntuales de nuestro modelo utilizando la validación cruzada. En nuestro esquema de validación cruzada, dejamos fuera 3 días de datos de muerte conocidos (no acumulativos) y encajamos en nuestro modelo. Pronosticamos lo que el modelo predice para estos tres días. Presentamos las previsiones individuales para cada día, así como el Los resultados de validación cruzada se muestran en la Figura8.Figura 8: Resultados de validación cruzada para pronósticos agregados de 3 días y 3 díasFigura 8 proporciona una fuerte justificación empírica para nuestra especificación y mecanismo de modelo.Nuestra previsión precisa sobre un horizonte temporal de tres días sugiere que nuestras estimaciones ajustadas para Rt son apropiadas y plausibles.Además de las estimaciones puntuales, todos evaluamos nuestros intervalos posteriores creíbles utilizando la Rhatstatistic.La estadística de Rhat mide si nuestras cadenas Markov Chain Monte Carlo (MCMC) han convergido a la distribución de equilibrio (la distribución posterior correcta).La Figura 9 muestra las estadísticas de Rhatstatistics para todos nuestros parámetrosFigura 9: Las estadísticas de Rhat - valores cercanos a 1 indican la convergencia de MCMC. La Figura 9 indica que nuestra MCMC ha convergido. 8.4 SensibilidadAnálisis8.4.1 Previsión a escala logarítmica para evaluar la señal en los datosComo hemos destacado en todo el presente informe, el desfase entre las muertes y las infecciones significa que es tiempo suficiente para que la información propague backwards de las muertes a las infecciones y, en última instancia, al Rt. Una conclusión de este informe es la predicción de una desaceleración de la Rt en respuesta a las principales intervenciones. Recuperando la intuición de que se trata de datos impulsados y no simplemente una consecuencia de modelos altamente limitados, mostramos previsiones de muerte a escala logarítmica lineal. En esta escala, una línea que curvas por debajo de una tendencia lineal es indicativa de una desaceleración en el crecimiento de la epidemia. Nuestromodelo sugiere que Italia, un país que tiene el mayor número de muertes de COVID-19, verá una desaceleración en el aumento de las muertes diarias durante la próxima semana en comparación con las primeras etapas de la epidemia. Investigamos la sensibilidad de nuestras estimaciones de inicio y final Rt a nuestra supuesta distribución de intervalos seriales. Para ello consideramos varios escenarios, en los que cambiamos la media de distribución de intervalos seriales, de un valor de 6,5 días, para tener valores de 5, 6, 7 y 8 días. En la Figura 13, mostramos nuestras estimaciones de R0, el número de reproducción inicial antes de las intervenciones, para cada uno de estos escenarios. El orden relativo de la Rt=0 en los países es consistente en todos los entornos. Sin embargo, como se esperaba, la escala de Rt=0 se ve considerablemente afectada por este cambio. Esto se debe a que para alcanzar el tamaño observado actualmente de las epidemias, un intervalo serial más largo se compensa con un R0 estimado más alto. Además, en la Figura 14, mostramos nuestras estimaciones de Rt en el momento del modelo más reciente, de nuevo para cada uno de estos escenarios.La media del intervalo serial puede influir sustancialmente en Rt, sin embargo, los intervalos posteriores de Rt se superponen ampliamente.Figura 13: Número de reproducción inicial R0 para diferentes distribuciones de intervalo serial (SI) (medias entre 5 y 8 días).Utilizamos 6,5 días en nuestro análisis principal.Figura 14: Rt el 28 de marzo de 2020 estimado para todos los países, con distribución de intervalo serial (SI) medias entre 5 y 8 días.Utilizamos 6,5 días en nuestro análisis principal. Para evitar la colinealidad, realizamos 6 modelos separados, con efectos resumidos a continuación (comparar con el análisis principal de la Figura 4). En esta serie de análisis univariados, encontramos (Figura 15) que todos los efectos por sí solos sirven para disminuir el Rt. Esto nos da confianza en que nuestra elección de la distribución previa no está impulsando los efectos que vemos en el análisis principal. Lockdown tiene un efecto muy grande, lo más probable debido a que ocurre después de otras intervenciones en nuestro conjunto de datos. Los tamaños de efecto relativamente grandes para las otras intervenciones son más probables debido a la coincidencia de las intervenciones en el tiempo, de tal manera que una intervención es un proxy para unos pocos otros. Figura 15: Efectos de diferentes intervenciones cuando se utilizan como los únicos covariables en el modelo. 8.4.4.4Para evaluar las suposiciones previas sobre nuestra forma funcional constante por pieza para Rt probamos utilizando una función a Encajamos un modelo con una distribución previa de proceso gaussiano a los datos de Italia donde hay la mayor señal en los datos de muerte. Encontramos que el proceso gaussiano tiene una tendencia muy similar al modelo constante por partes y vuelve a la media en regiones de no datos. La correspondencia de una función completamente no paramétrica y nuestra función constante por piezas sugiere una especificación paramétrica adecuada de Rt. Montaje no paramétrico de Rf usando un proceso gaussiano:8.4.5 Dejar fuera el análisis del paísDebido a las diferentes longitudes de la epidemia de cada país europeo, algunos países, como Italia tienen muchos más datos que otros (como el Reino Unido). Para asegurarnos de que no estamos aprovechando demasiada información de ningún país realizamos un análisis de sensibilidad “dejar fuera un país”, donde recorrimos el modelo sin un país diferente cada vez. La Figura 16 y la Figura 17 son ejemplos de resultados para el Reino Unido, dejando de En general, para todos los países, no observamos ninguna dependencia significativa de ningún país.Figura 16: Resultados de modelos para el Reino Unido, cuando no se utilizan datos de Italia para ajustar el modelo.Ver laFigura 17: Resultados de modelos para el Reino Unido, cuando no se utilizan datos de España para ajustar el modelo.Ver subtítulo de la Figura 2 para una explicación de las gráficas. Para resultados teóricos bien conocidos de la ecuación de renovación, dada una distribución de intervalo serie g(r) con media m y desviación estándar 5, dada a = mZ/S2 y b = m/SZ, y posteriormente R0 = (1 + %).Figura 18 muestra teóricamente derivada R0 junto con nuestras estimaciones de Rt=0 de nuestro modelo jerárquico bayesiano.Como se muestra en la Figura 18 hay una grancorrespondencia entre nuestro número de reproducción inicial estimado y el número de reproducción básica implícito por la tasa de crecimiento r.R0 (rojo) vs R(FO) (negro)Figura 18: Nuestra estimación de R0 (negro) versus Ru(rojo) teóricamente derivado de un ajuste de regresión log lineal. 8.5 Análisis contrafactual — intervenciones frente a no intervencionesFigura 19: Número diario de muertes confirmadas, predicciones (hasta el 28 de marzo) y previsiones (después) para todos los países, excepto Italia y España, de nuestro modelo con intervenciones (azul) y del modelo contrafactual sin intervenciones (rosa); los intervalos creíbles se muestran a una semana en el futuro. DOI: https://doi.org/10.25561/77731Página 28 de 3530 de marzo de 2020 Imperial College Equipo de respuesta COVID-19 8.6 Fuentes de datos y cronograma de intervencionesFigura 1 y Tabla 3 muestran las intervenciones de los 11 países en nuestro estudio y las fechas en que estas intervenciones entraron en vigor. Tabla 3: Calendario de intervenciones. País Tipo Evento Fecha efectivaCerrado escolar ordenadoCerrados escolares nacionales.20 14/3/2020Eventos públicosprohibido la celebración de reuniones de más de 5 personas.21 10/3/2020Prohibir todo acceso a espacios públicos y reunionesLockdown de más de 5 personas.Consejos para mantener 1 distancia ordenada.22 16/3/2020Desplazamiento socialalentadoRecomendación para mantener una distancia de 1m.22 16/3/2020Medidas de Austria basadas en casos Implementado en el bloqueo.22 16/3/2020Cerrado escolar ordenadoCerrados escolares nacionales.23 14/3/2020Eventos públicos Todas las actividades recreativas canceladas independientemente de la talla prohibida.23 12/3/2020Los ciudadanos deben permanecer en casa excepto para el trabajo de Lockdown y los viajes esenciales. 24 18/3/2020El transporte público sólo se recomienda para los viajes esenciales de distanciamiento social, el trabajo desde casa fomentado, todos los lugares de interés público, por ejemplo, restaurantes cerrados.23 14/3/2020Case-based Todo el mundo debe permanecer en casa si experimenta una Bélgica mide la tos o la fiebre.25 10/3/2020Cierre escolar Escuelas secundarias cerradas y universidades (escuelas de orden primario también cerradas el 16).26 13/3/2020Eventos públicos Prohibición de eventos > 100 personas, instituciones cerradas de prohibición cultural, instalaciones de ocio, etc.27 12/3/2020Prohibición de reuniones de > 10 personas en lugares públicos y todos ordenados fueron cerrados.27 18/3/2020Uso limitado del transporte público. Todas las instituciones de distancia social cultural cierran y recomiendan mantener una distancia adecuada alentada.28 13/3/2020Base de casos Todo el mundo debe permanecer en casa si experimenta una Dinamarca medidas de tos o fiebre.29 12/3/2020Cierre de escuelas ordenado Cierre de escuelas nacionales.30 14/3/2020Eventos públicosprohibidos Prohibiciones de eventos > 100 personas.31 13/3/2020Lockdown Todo el mundo tiene que permanecer en casa.Necesita un formulario de autorización autoordenada para salir de casa.32 17/3/2020Consejos de estímulo social en el momento del bloqueo.32 16/3/2020Medidas basadas en casosFrancia Consejos en el momento del bloqueo.32 16/03/2020Cierre de escuelas ordenados Nacionalmente.33 14/3/2020Eventos públicos Ninguna reunión de > 1000 personas. 34 22/3/2020Lockdown Recopilaciones de > 2 personas prohibidas, 1,5 distancias ordenadas.35 22/3/2020Desplazamiento social Evite la interacción social siempre que sea posibleAlentado recomendado por Merkel.36 12/3/2020Consejo para todos los que experimentan síntomasContacto basado en un caso de una agencia de atención de la salud para hacerse la prueba y las medidas de Alemania para entonces auto-aislarse.37 6/3/2020Cierre de escuelas ordenado Cierre de escuelas a nivel nacional.38 5/3/2020Eventos públicosprohibidos El gobierno prohíbe todos los eventos públicos.39 9/3/2020Lockdown El gobierno cierra todos los lugares públicos. Las personas ordenadas tienen que permanecer en casa excepto para los viajes esenciales.40 11/3/2020Hay que mantener una distancia de más de 1 m y se debe fomentar el distanciamiento social de cualquier otra forma de agregación alternativa.40 9/3/2020Consejo basado en casos de autoaislamiento si experimenta síntomasMedidas en Italia y cuarentena si se prueba positivo.41 9/3/2020La Dirección de Salud de Noruega cierra todas las instituciones educativas de cierre escolar.Incluidas las instalaciones ordenadas para el cuidado de los niños y todas las escuelas.42 13/3/2020Eventos públicos La Dirección de Salud prohíbe todo contacto social no necesario.42 12/3/2020Lockdown Sólo las personas que viven juntas están permitidas fuera de orden. Todo el mundo tiene que mantener una distancia de 2 metros.43 24/3/2020Desconexión social La Dirección de Salud aconseja contra todo tipo de viajes alentados y contactos sociales no necesarios.42 16/3/2020Consejo basado en un caso para aislarse por 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre.44 15/3/2020Ordenado Cierre de escuelas nacionales.45 13/3/2020Eventos públicosprohibido Prohibir todos los eventos públicos mediante bloqueo.46 14/3/2020Lockdownordenado Bloqueo de todo el país43 14/3/2020Consejo de distanciamiento social sobre distanciamiento social y trabajo en forma remota alentada desde casa.47 9/3/2020Consejo basado en un caso para autoaislarse por 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre en España47 17/3/2020Cerrado de escuelas y escuelas secundarias superiores cerrado.48 18/3/2020Eventos públicosprohibidos El gobierno prohíbe eventos > A las personas con síntomas leves se les dice que limiten el contacto social de distanciamiento social, el estímulo para trabajar desde una casa alentada.50 16/3/2020Consejo basado en un caso de auto-aislamiento si experimentan tos o Suecia mide los síntomas de fiebre.51 Cierre de la escuela ordenado No en persona hasta el 4 de abril.52 14/3/2020Eventos públicos prohibidos El gobierno prohíbe eventos > 100 personas.52 13/3/2020Reuniones ordenadas de bloqueo de más de 5 personas están prohibidas.53 2020-03-20Consejos para mantener la distancia.Todas las empresas donde el distanciamiento social no se puede realizar se han cerrado en todos los estados alentados (kantones).54 16/3/2020Consejo basado en un caso para auto-aislarse si experimentan tos o Suiza mide los síntomas de fiebre.55 2/3/2020Cierre de la escuela general. Los cuidadores de niños, las guarderías para el cierre de escuelas y las sextas formas deben seguir las directrices ordenadas.56 21/3/2020Eventos públicos prohibidos Implementados con bloqueo.57 24/3/2020Los conjuntos de más de 2 personas no pertenecientes al mismo hogar están prohibidos y sujetos a la policía.57 24/3/2020Consejos de distanciamiento social para evitar pubs, clubes, teatros y otras instituciones públicas alentadas.58 16/3/2020Consejo basado en un caso para aislarse durante 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre en el Reino Unido.59 12/3/20209 Referencias1. Li, R. et al. Infección indocumentada sustancial facilita la rápida difusión del nuevocoronavirus (SARS-CoV2). Ciencia (2020) doi:10.1126/science.abb3221. 2. Zhang, J. et al. Patrones de contacto social humano y contacto con animales en Shanghai, China 5cLRep.9,1—11(2019)3. Worldómetros.info. Hong Kong: casos de coronavirus. https://www.wo rldómetros.info/co ronavirus/country/china-hong-kong-sar/. 4. Ferguson, N. et al. Impacto de las intervenciones no farmacéuticas (NPI) para reducir la mortalidad y la demanda de asistencia sanitaria (Informe 9). https://www.imperial.ac.uk/mrc-global-infectious-disase-analysis/news--wuhan-coronavirus/. 5. Cereda, D. et al. La fase inicial del brote de COVID-19 en Lombardy, Italia. arXiv (2020). 6. Zhao, A. J. et al. Título: Respuestas anticuerpos al SARS-CoV-2 en pacientes con nuevas enfermedades por coronavirus 2019 Título breve : Respuestas anticuerpos en pacientes con COVID-19. (2020). 7. Jombart, T. et al. Inferir el número de casos de COVID-19 de muertes recientemente notificadas. medRXiV 2020.03.10.20033761(2020)doi:10.10101/2020.03.10.20033761. 8. Zhang, J. et al. Perfil de edad de susceptibilidad, mezcla y distanciamiento social dan forma a la dinámica del brote de la nueva enfermedad por coronavirus 2019 en China. (2020) doi:10.10101/2020.03.19.20039107. 9. Lourenco, J. et al. Los principios fundamentales de la propagación epidémica destacan la necesidad inmediata de realizar encuestas serológicas a gran escala para evaluar la etapa de la epidemia por SARS doi:10.1101/2020.03.24.2004229110.Naciones Unidas, Departamento de Asuntos Económicos y Sociales, División de Población. WorldPopulation Prospects 2019: Data booket. ST/ESA/SER.A/424. (2019). 11. Verity, R. et al. Estimaciones de la gravedad de la enfermedad de COVID-19. Lancet Infect Dis en la prensa (2020). 12. Walker, P. G. T. et al. Report 12: The Global Impact of COVID-19 and Strategies for Mitigation and Supresation. 13. Fraser, C. Estimating Individual and Household Reproduction Numbers in a EmergingEpidemmic. PL05 ONE 2, e758 (2007). 14. Cori, A., Ferguson, N. M., Fraser, C. & Cauchemez, S J. Epidemiol. 178, 1505-1512(2013115. Nouvellet, P. et al. Un enfoque sencillo para medir la transmisibilidad y la incidencia prevista. Epidemias 22, 29-35 (2018). 16. Cauchemez, 8., Valleron, A. J., Boelle, P. Y., Flahault, A. & Ferguson, N. M. Estimación del impacto del cierre escolar en la transmisión de la gripe a partir de datos Sentinel. Nature 452, 750-754 (2008). 17. Bellman, R. & Harris, T. On Age-Dependent Binary Branking Processes. Ann. Math. 55, 280-295(1952118. Bellman, R. & Harris, T. E. Sobre la teoría de los procesos de ramificación estocásticos dependientes de la edad. Proc. Nat 34, 601-604 (1948). 19. Stan Development Team. 2018. The Stan Core Library, versión 2.18.0. http://mc-stan.org. 20. Bundesministerium. Coronavirus (COVID-19): Status quo — Schulen, Hochschulen,Universitaten und Forschungsinstitutionen. https://www.bmbwf.gv.at/Ministerium/Informationspflicht/corona/corona_status.html. 21. Henley, J. Coronavirus: Los Estados de la Unión Europea promulgan medidas duras para la propagación del tallo. The Guardianhttps://www.theguardian.com/world/200/mar/10/coranonavirus-varios-estados-eu-states-ban-masa-mass-as-pos-italian-lockdown (20 25. Servicio Público Federal. Protéjase y proteja a los demás. https://www.info-coronavirus.be/en/2020/03/10/protege-y-protege-the-others/ (2020). 26. Wikipedia. 2020 pandemia de coronavirus en Dinamarca. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/2020_coronavirus_pandemic_in_Dinamarca. 27. Stephensen, Emma Kinker; Hansen, T. S. Danmark lukker ned: Her er regeringens nye basculag. TV2 https://nyheder.tv2.dk/samfund/2020-03-11-danmark-lukker-ned-er-regeringens-nye-tiltag(2020128. Politi. Nye illbag mod covid-19. Politi https://politi.dk/coronavirus-i-danmark/seneste-nyt-fra-myndighederne/nye-tiltag-mod-covid-19 (2020). 29. Styrelsen for Patientsikkerhed. Indberetning om covid-19zlnformation om mulighed forp\aabud til enkeltpersoner (coronavirus/covid-19). https://stps.dk/da/ansvar-og-retningslinjer/vejledning/indberetning-om-covid-19/#. 30. Wikipedia. 2020 coronavirus pande in France. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/2020_coronavirus_pandemic_in_France. 31. Francia prohíbe las reuniones de más de 100 personas a medida que aumenta el número de muertes por coronavirus -The Local. The Local https://www.thelocal.fr/20200313/france-bans-recopilations-of-over-100-people-to-fight-coronavirus-pandemic (2020). 32. Henley, Jon; Willsher, Kim; Kassam, A. Coronavirus: Francia impone un bloqueo cuando la UE pide una prohibición de viajar de 30 días. The Guardian https://www.theguardian.com/world/2020/mar/16/coronavirus-spain-takes-over-privado-healthcare-amid-more-euro-pean-lockdowns (2020). 33. Wikipedia. 2020 coronavirus pande in Germany. Fundación Wikimediahttps://en.wi 34. BMI. Coronavirus: Fragen und Antworten. Bundesministerium des Innern,fur Bau und Heimathttps://web.archive.org/web/20200317073042/https://www.bmi.bund.de/SharedDocs/faqs/DE/themen/bevoelkerungssschutz/coranavirus/coranavirus-faqs.htmI#doc13738352bodyText7. 35. Noticias de la BBC. Coronavirus: Alemania endurece los frenos y prohíbe las reuniones de más de dos personas. BBCNews https://www.bbc.co.uk/news/world-europe-51999080 (2020). 36. Bundesregierung. Kanzlerin trifft Regierungschefs der Lander Sozialkontakte https://www.bundesregierung.de/breg-de/themen/coranavirus/mpk-1730186(2020)37. Robert Koch Institut. Antworten auf haufig gestellte Fragen zum Coronavirus SARS-CoV-2. Robert Koch Instituthttps://web.archive.org/web/20200312004624/https://www.rki.de/SharedDocs/FAQ/NCOV2019/FAQ_Liste.html (2020). 38. Ministero della Salute. Governo anuncia sospensione dell’attivita didattica dal 5 a15 marzo. Ministero della Salutehttp://www.salute.gov.it/portale/nuovocoronavirus/dettaglioVideoNuovoCoronavirus.jsp?lingua=italiano&menu=multimedia&p=video&id=2052 (2020). 39. CNN. Italia prohíbe los viajes y cancela todos los actos públicos en su región septentrional. CNNhttps://edition.cnn.com/2020/03/08/europe/italy-coranavirus-lockdown-europe-intl/index.html(2020). Attualita. Coronavirus: parada de un pub, cine, teatro e discoteche anche a Roma. Ecco cosaprevede il nuovo decreto. Roma Today https://www.romatoday.it/attualita/coranavirus-pub-cinema-teatri-locali-chiusi-nuovo-decreto.html (2020). 41. Gazzetta Ufficiale. DECRETO DEL PRESIDENTE DEL CONSIGLIO DEL MINISTRI. Gazzetta Ufflclalehttps://www.gazzettaufficiale.it/eli/id/20/03/08/20A01522/sg (2020). 42. Helsedirektoratet. La Dirección de Salud de Noruega ha adoptado la decisión de cerrar las escuelas y otras instituciones educativas. Hellem-Hansen, Viktoria L.; Tandstad, B. Folkehelseinstituttet mener23.000 kan vaere smittet. NRK https://www.nrk.no/norge/folkehelseinstituttet-mener-23.000-kan-vaere-smittet-1.14958149 (2020). 44. Gobierno de Norweigen. regjeringen.no https://www.regjeringen.no/en/aktuelt/the-government-is-esestableciendo-clear-cuarantine-and-aislation-rules/id2693647/ (2020). 45. Wikipedia. 2020 coronavirus pandemic in Spain. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/20_coronavirus_pandemic_in_Spain. 46. Gabinete de Prensa. El Gobierno anuncia nuevas medidas para eliminar la extensión del nuevo coronavirus COVID-19. Gobierno de Españahttps://www.mscbs.gob.es/gabinete/notasPrensa.do?id=4807 (2020). 47. Gabinete de Prensa. El Consejo Interterritorial del SNS alcanza medidas concretas para zonascon transmisión comunitaria de coronavirus. Gobierno de Españahttps://www.mscbs.gob.es/gabinete/notasPrensa.do?id=4806 (2020). 48. Folkhalsomyndigheten.se/nyheter-och-press/nyhetsarkiv/2020/mars/larosaten-och-gymnasieskolor-uppmanas-nu-att-bedriva-distansundervisning(2020). El local. Suecia prohíbe grandes eventos para detener la propagación del coronavirus. El localhttps://www.theloca.se/20200311/sweden-to-ban-large-public-coronavirus-over-coronavirus (2020). 50. Radosevich. Estocolmoers instados a trabajar desde casa como comunidad COVID-19 se extendió confirmado. Sveriges Radiohttps://sverigesradio.se/sida/artikel.aspx?programid=2054&artikel=7430511(2020). Folkhdlsomyndigheten https://www.folkhalsomyndigheten.se/nyheter-och-press/nyhetsarkiv/2020/mars/flera-tecken-pa-samhallsspridning-av-covid-19-i-sverige/ (2020). 52 Bundesamt fur Gesendheit BAG. Bundesrat verscharft Massnahmen gegen das Coronaviruszum Schutz der Gesundheit und unterstUtzt betroffene Branchen. Schweizerische Eidgenossenschafthttps://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg-id-78437.html( Coronavirus: Bundesrat verbietet Ansammlungen von mehrals fUnf Personen. Schweizerische Eidgenossenschaft https://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg-id-78513.html (2020). 54. Bundesamt fur Gesundheit BAG. Coronavirus: Bundesrat erklart die «ausserordentliche Lage»und verscharft die Massnahmen. Schweizerische Eidgenossenschafthttps://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg- Neue Hygiene- und Verhaltensregeln zum Schutz gegen dasneue Coronavirus. Schweizerische Eidgenossenschaft https://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/a ktuell/medienmitteilungen.msg-id-78304.html (2020). 56. Gobierno del Reino Unido, D. for E. Schools, colleges and early ambients to close. Gobierno del Reino Unidohttps://www.gov.uk/government/news/schools-colleges-and-ears-settings-to-close (2020). 57. Gobierno del Reino Unido. Discurso del Primer Ministro a la nación sobre el coronavirus: 23 de marzo de 2020. Gobierno del Reino Unidohttps://www.gov.uk/government/speeches/pm-address-to-the-nation-on-coronavirus-23-march-2020(2020158. Boycott-Owen, Mason; Bowman, Verity; Kelly-Linden, Jordan; Gartner, A. G. H. S. T.Coronavirus: Boris Johnson encierra al Reino Unido a medida que el número de muertos llega a 55. The Telegraphhttps://www.telegraph.co.uk/global-health/science-and- disease/coronavirus-news-uk-latest-update-covid-19-death-toll-cases/ (2020). BBC Newshttps://www.bbc.co.uk/news/uk-51857856 (2020).

¿Cuál es el porcentaje medio estimado de Italia [intervalo creíble del 95%] de la población total infectada al 28 de marzo?

Estimando el número de infecciones y el impacto de las intervenciones no farmacéuticas en el COVID-19 en 11 países europeos30 marzo 2020 Imperial College COVID-19 Response TeamSeth Flaxmani Swapnil Mishra*, Axel Gandy*, H JulietteT Unwin, Helen Coupland, Thomas A Mellan, HarrisonZhu, Tresnia Berah, Jeffrey W Eaton, Pablo N P Guzman, Nora Schmit, Lucia Cilloni, Kylie E C Cuomo—Dannenburg, Amy Dighe, Bimandra Djaafara, Ilaria Dorigatti, Sabine van Elsland,Rich Fitz, Han Fu, Katy Gaytorpe, Gendarme, Peter Geidelberg, Wi Green, Timothy Hallett, Arranmlet, Weinsland, EE.UU., EE.UU En respuesta, muchos países europeos han puesto en marcha intervenciones no farmacéuticas sin precedentes, como el aislamiento de casos, el cierre de escuelas y universidades, la prohibición de reuniones masivas o actos públicos, y, más recientemente, una ampliadistribución social a escala local y nacional, incluidos los bloqueos.En este informe, utilizamos un modelo jerárquico bayesiano semimecanicista para tratar de deducir el impacto de estas intervenciones en 11 países europeos.Nuestros métodos suponen que los cambios en el número productivo —una medida de transmisión— son una respuesta inmediata a estas intervenciones en lugar de cambios graduales más amplios en el comportamiento.Nuestro modelo estima estos cambios calculando hacia atrás de las muertes observadas a lo largo del tiempo para estimar la transmisión que ocurrió varias semanas antes, permitiendo el lapso entre la infección y la muerte.Una de las principales suposiciones del modelo es que cada intervención tiene el mismo efecto en el número de producción en todos los países y en el tiempo. Esto nos permite aprovechar una mayor cantidad de datos en toda Europa para estimar estos efectos. También significa que nuestros resultados están fuertemente impulsados por los datos de países con epidemias más avanzadas, y las intervenciones anteriores, como Italia y España. Encontramos que el lento crecimiento de las muertes diarias reportadas en Italia es consistente con un impacto significativo de las intervenciones implementadas varias semanas antes. En Italia, estimamos que el número de reproducción efectiva, Rt, cayó a cerca de 1 alrededor de la época de Iockdown (11 de marzo), aunque con un alto nivel de incertidumbre. En general, estimamos que los países han logrado reducir su número de reproducción. Nuestras estimaciones tienen amplios intervalos creíbles y contienen 1 para los países que han implementado intervenciones consideradas en nuestro análisis. Esto significa que el número de reproducción puede estar por encima o por debajo de este valor. Dado que las intervenciones actuales se mantienen al menos hasta finales de marzo, estimamos que las intervenciones en los 11 países habrán evitado 59.000 muertes hasta el 31 de marzo[intervalo creíble del 95%: 21.000-120.000].Muchas más muertes se evitarán garantizando que las intervenciones permanezcan en vigor hasta que la transmisión disminuya a niveles bajos.Estimamos que, en los 11 países entre 7 y 43 millones de personas se han infectado con el SARS-CoV-Z hasta el 28 de marzo, lo que representa entre el 1,88% y el 11,43% de la población.Se estima que la proporción de la población infectada hasta la fecha —la tasa de ataque— es la más alta en España seguida por Italia y la más baja en Alemania y Noruega, lo que refleja las etapas relativas de las epidemias.Dado el retraso de 2-3 semanas entre el momento en que se producen los cambios de transmisión y cuando su impacto puede observarse en las tendencias de mortalidad, Si las intervenciones en países en las etapas más tempranas de su epidemia, como Alemania o el Reino Unido, son más o menos eficaces de lo que eran en los países con epidemias avanzadas, en los que nuestras estimaciones se basan en gran medida, o si las intervenciones han mejorado o han empeorado con el tiempo, nuestras estimaciones del número de reproducción y las muertes evitadas cambiarían en consecuencia. Por lo tanto, es fundamental que las intervenciones actuales sigan en vigor y las tendencias en los casos y muertes se monitoricen de cerca en los próximos días y semanas para garantizar que la transmisión del SARS-Cov-Z se esté desacelerando. Imperial College London (2020), doi:https://doi.org/10.25561/777311 IntroducciónTras la aparición de un nuevo coronavirus (SARS-CoV-Z) en Wuhan (China) en diciembre de 2019 y su propagación mundial, han surgido en Europa grandes epidemias de la enfermedad, causadas por el virus denominado COVID-19. En respuesta al creciente número de casos y muertes, y para mantener la capacidad de los sistemas de salud para tratar tantos casos graves como sea posible, los países europeos, como los de otros continentes, han implementado o están en proceso de aplicar medidas para controlar susepidemias. Estas intervenciones no farmacéuticas a gran escala varían de un país a otro, pero incluyen distanciamiento social (como la prohibición de grandes reuniones y el asesoramiento a las personas para que no socialicen fuera de sus hogares), cierres de fronteras, cierres de escuelas, medidas para aislar a las personas sintomáticas y sus contactos, y bloqueos a gran escala de poblaciones con todos los viajes internos menos esenciales prohibidos.Entender, en primer lugar, si estas intervenciones están teniendo el impacto deseado de controlar la epidémica y, en segundo lugar, qué intervenciones son necesarias para mantener el control, es crítico dada su gran coste económico y social.El objetivo clave de estas intervenciones es reducir el número de reproducción eficaz, Rt, de la infección, una cantidad epidemiológica fundamental que representa el número medio de infecciones, en el momento t, por caso infectado durante el curso de su infección. Si Rt es mayor que 1, las infecciones aumentarán (dependiendo de cuánto mayor que 1 el número de reproducción es) hasta los picos tepidémicos y eventualmente disminuye debido a la adquisición de inmunidad de rebaños. En China, las estrictas restricciones de movimiento y otras medidas incluyendo aislamiento de casos y cuarentena comenzaron a introducirse a partir del 23 de enero, lo que logró una tendencia a la baja en el número de nuevos casos confirmados durante febrero, resultando en cero nuevos casos indígenas confirmados en Wuhan para el 19 de marzo. Los estudios han calculado cómo cambió Rt durante este tiempo en diferentes áreas de China desde alrededor de 2-4 durante la epidemia incontrolada hasta menos de 1, con una disminución estimada de 7-9 veces en el número de contactos diarios por persona.1'2 Medidas de control tales como distanciamiento social, pruebas intensivas y rastreo de contacto en otros países como Singapur y Corea del Sur han reducido con éxito la incidencia de casos en las últimas semanas, aunque existe un riesgo de que el virus se propague de nuevo una vez que las medidas de control se relajen.3'4La epidemia comenzó un poco más tarde en Europa, a partir de enero o más tarde en diferentes regiones.5 Los países han aplicado diferentes combinaciones de medidas de control y es probable que el nivel de cumplimiento de las recomendaciones gubernamentales sobre distanciamiento social varíe entre países, en parte debido a diferentes niveles de aplicación. La estimación de los números de reproducción para el SARS-CoV-Z presenta desafíos debido a la alta proporción de infecciones no detectadas por los sistemas de salud"7 y a los cambios regulares en las políticas de pruebas, lo que da lugar a proporciones indiferentes de infecciones detectadas a lo largo del tiempo y entre los países.La mayoría de los países hasta ahora sólo tienen la capacidad de probar una pequeña proporción de casos sospechosos y las pruebas están reservadas para pacientes con enfermedades graves o para grupos de alto riesgo (por ejemplo, contactos de casos).Por lo tanto, el análisis de los datos de los casos da una visión sistemáticamente sesgada de las tendencias.Una forma alternativa de estimar el curso de la epidemia es volver a calcular las infecciones derivadas de las muertes observadas. Si bien las tendencias recientes de las muertes serán, por tanto, informativas, hay un retraso en la observación del efecto de las intervenciones sobre las muertes, ya que hay un período de 2 a 3 semanas entre lainfección, el inicio de los síntomas y el resultado.En este informe, encajamos un nuevo modelo mecánico bayesiano del ciclo de infección en las muertes observadas en11 países europeos, inferiendo límites plausibles superiores e inferiores (intervalos creíbles bayesianos) de la población total infectada (tasas de ataque), probabilidades de detección de casos y el número de reproducción a lo largo del tiempo (Rt).Ajustamos el modelo conjuntamente a los datos de COVID-19 de todos estos países para evaluar si hay pruebas de que las intervenciones han tenido éxito hasta ahora en reducir la Rt por debajo de 1, con la fuerte suposición de que las intervenciones particulares están logrando un impacto similar en diferentes países y de que la La mayoría de las intervenciones se iniciaron alrededor del 12 al 14 de marzo. Analizamos los datos sobre las muertes hasta el 28 de marzo, dando un margen de 2-3 semanas para estimar el efecto de las intervenciones. Actualmente, la mayoría de los países en nuestro estudio han implementado todas las intervenciones no farmacéuticas importantes. Para cada país, modelamos el número de infecciones, el número de muertes y el número de reproducciones efectivas a lo largo del tiempo, con Rt cambiando sólo cuando se introduce una intervención (Figura 2-12). Rt es el número medio de infecciones secundarias por individuo infectado, asumiendo que las intervenciones que se realizan en el momento t permanecen en el lugar durante todo su período infeccioso. Cada país tiene su propio número de reproducción inicial Rt antes de que se lleven a cabo las intervenciones. Se supone que las intervenciones específicas tienen el mismo impacto relativo en Rt en cada país cuando se introdujeron allí y están informadas por los datos de mortalidad en todos los países. Figura l: Cronogramas de intervención para los 11 países europeos incluidos en el análisis.Para más detalles, véase el apéndice 8.6.2.1 Número real estimado de infecciones y tasas de ataque actualesEn todos los países, estimamos que hay órdenes de magnitud menos infecciones detectadas (Figura 2) En Italia, nuestros resultados sugieren que, acumulativamente, 5.9 [1,9-15,2] millones de personas han sido infectadas al 28 de marzo, dando una tasa de ataque del 9,8% [3,2%-25%] de la población (Tabla 1). España ha visto recientemente un gran aumento en el número de muertes, y dada su menor población, nuestro modelo estima que una mayor proporción de la población, 15,0% (7,0 [18-19] millones de personas) han sido infectadas hasta la fecha. Alemania se estima que tiene una de las tasas de ataque más bajas en el 0,7% con 600.000[240,000-1,500.000] personas infectadas. Imperial College COVID-19 Response TeamTabla l: Modelo posterior estimaciones del porcentaje de la población infectada al 28 de marzo de 2020. País % de la población total infectada (media [intervalo creíble del 95%l)Austria 1,1% [0,36%-3,1%]Bélgica 3,7% [1,3%-9,7%]Dinamarca 1,1% [0,40%-3,1%]Francia 3,0% [1,1%-7,4%]Alemania 0,72% [0,28%-1,8%]Italia 9,8% [3,2%-26%]Noruega 0,41% [0,09%-1,2%]España 15% [3,7%-41%]Suecia 3,1% [0,85%-8,4%]Suiza 3,2% [1,3%-7,6%]Reino Unido 2,7% [1,2%-5,4%]2,2 Números de reproducción e impacto de las intervencionesAveriguados en todos los países, estimamos que los números de reproducción inicial rondan los 3,87 [3,01-4,66], lo que está en consonancia con otras estimaciones.1'8 Estas estimaciones se basan en nuestra elección de la distribución entre intervalos seriales y la tasa de crecimiento inicial de Un intervalo serial más corto supone un menor número de reproducción inicial (Apéndice 8.4.2, Apéndice 8.4.6).Los números de reproducción inicial también son inciertos debido a que: a) la importación es la fuente dominante de nuevas infecciones al principio de la epidemia, en lugar de la transmisión local (b) la posible incertidumbre en las muertes, particularmente antes de que se generalizaran las pruebas.Estimamos que los grandes cambios en la Rt en respuesta a las intervenciones combinadas no farmacéuticas.Nuestros resultados, impulsados en gran parte por países con epidemias avanzadas y un mayor número de muertes (por ejemplo, Italia, España), sugieren que estas intervenciones han tenido conjuntamente un impacto sustancial en la transmisión, medidos por los cambios en el número de reproducción estimado Rt. En todos los países encontramos estimaciones actuales de Rt que van desde una media posterior de 0,97 [0,14-2,14] para Noruega a una media a posteriori de 2,64 [1,40-4,18] para Suecia, con un promedio de 1,43 en los 11 países a posteriori, una reducción del 64% en comparación con los valores de pre-intervención. Observamos que estas estimaciones son consistentes en que el impacto de la intervención es el mismo en diferentes países y en diferentes épocas. En todos los países excepto Suecia, con las mismas suposiciones, estimamos que el número de reproducción actual incluye 1 en el rango de incertidumbre. El número de reproducción estimado para Suecia es mayor, no porque las tendencias de mortalidad son significativamente diferentes de cualquier otro país, sino como un artefacto de nuestro modelo, que supone una reducción menor en Rt porque no se ha ordenado un bloqueo completo en la medida. En general, aún no podemos concluir si las intervenciones actuales son suficientes para lograr que Rt sea inferior a 1 (posterior probabilidad de ser inferior a 1,0 es un 44% en promedio en todos los países). También no podemos concluir si las intervenciones pueden ser diferentes entre países o con el tiempo. Sigue habiendo un alto nivel de incertidumbre en estas estimaciones.Es demasiado pronto para detectar un impacto sustancial de la intervención en muchos países en etapas anteriores de su epidemia (por ejemplo, Alemania, Reino Unido, Noruega).Muchas intervenciones se han producido sólo recientemente, y sus efectos aún no se han observado plenamente debido al retraso entre la infección y la muerte.Esta incertidumbre reducirá a medida que se disponga de más datos.Para todos los países, nuestro modelo se ajusta bien a los datos de muertes observadas (pruebas de bondad de la adecuación bayesiana).También descubrimos que nuestro modelo puede predecir de manera fiable las muertes diarias 3 días en el futuro, reteniendo los últimos 3 días de datos Sin embargo, al realizar un análisis de sensibilidad (Apéndice 8.4.3) con distribuciones previas sin información (donde las intervenciones pueden aumentar las muertes) encontramos un impacto similar de las intervenciones del equipo de respuesta del Colegio Imperial COVID-19, que muestra que nuestra elección de la distribución previa no está impulsando los efectos que vemos en el análisis principal.Figura 2: Estimaciones a nivel de país de infecciones, muertes y Rt. Izquierda: número diario de infecciones, marronbars se reportan infecciones, bandas azules son infecciones predichas, intervalo creíble de azul oscuro 50% (IC), azul claro 95% IC. El número de infecciones diarias estimadas por nuestro modelo disminuye inmediatamente después de una intervención, ya que suponemos que todas las personas infectadas se vuelven inmediatamente menos infecciosas a través de la intervención. Medio: número diario de muertes, barritas marrones se reportan muertes, bandas azules se predicen muertes, Cias en la parcela izquierda. Derecha: número de reproducción variable en el tiempo Rt, verde oscuro 50% IC, verde claro 95% IC. Iconos son intervenciones mostradas en el momento en que ocurrieron. Imperial College COVID-19 Response TeamTabla 2: Muertes previstas totales desde el inicio de la epidemia hasta el 31 de marzo en nuestro modelo y en un modelo contrafactual (suponiendo que no hubo intervención).Estimadas muertes evitadas durante este período como resultado de las intervenciones.Números entre paréntesis son intervalos creíbles del 95%. 2.3 Impacto estimado de las intervenciones en las muertesLa Tabla 2 muestra el total de muertes previstas desde el comienzo de la epidemia hasta el 31 de marzo bajo nuestro modelo ajustado y bajo el modelo contrafactual, que predice lo que habría ocurrido si no se implementaran intervenciones (y R, En Italia y España, donde la epidemia está avanzada, se han evitado 38.000 muertes [13.000-84.000] y 16.000 [5400-35.000], respectivamente. Incluso en el Reino Unido, que es mucho más temprano en su epidemia, se han evitado 370 [73-1,000] muertes, que sólo dan lugar a las muertes evitadas que habrían ocurrido hasta el 31 de marzo. Si se incluyeran las muertes de individuos actualmente infectados en ambos modelos, lo que podría ocurrir después del 31 de marzo, las muertes evitadas serían sustancialmente más altas. Figura 3: Número diario de muertes confirmadas, predicciones (hasta el 28 de marzo) y previsiones (después) para (a)Italia y (b) España de nuestro modelo con intervenciones (azul) y del modelo sin intervencionescontrafactuales (rosa); los intervalos creíbles se muestran una semana en el futuro. Otros países se muestran en el Apéndice 8.6. 03/0 25% 50% 753% 100%(sin efecto sobre la transmisibilidad) (final de la transmisibilidadReducción porcentual en R.Figura 4: Nuestro modelo incluye cinco covariables para intervenciones gubernamentales, ajustando para si la intervención fue la primera realizada por el gobierno en respuesta a COVID-19 (rojo) o fue posterior a otras intervenciones (verde).Se muestra una reducción porcentual relativa media en Rt con intervalos creíbles posteriores al 95%.Si se logra una reducción del 100%, Rt = 0 y no hay mástransmisión de COVID-19.No hay efectos significativamente diferentes de los de otras intervenciones, probablemente debido al hecho de que muchas intervenciones ocurrieron en el mismo día o en días de cada una como se muestra en la Figura l.3 DiscusiónDurante esta fase temprana de medidas de control contra el nuevo coronavirus en Europa, analizamos tendencias en el número de muertes para evaluar la medida en que se está reduciendo la transmisión Al representar el proceso de infección por COVID-19 utilizando un modelo jerárquico semimecánico, conjunto y bayesiano, podemosreducir las tendencias observadas en los datos de muertes y podemos pronosticar con precisión en cortos horizontes de tiempo.Estimamos que ha habido muchas más infecciones de las que se reportan actualmente.El alto nivel de incertidumbre de infecciones que estimamos aquí es probable debido al enfoque en pruebas en entornos hospitalarios más que en la comunidad.A pesar de esto, sólo una pequeña minoría de individuos en cada país han sido infectados, con una tasa de ataque en promedio del 4,9% [l,9%-l%] con una considerable variación entre países (Tabla 1).Nuestras estimaciones implican que las poblaciones en Europa no están cercanas a la inmunidad de rebaños ("50-75% si R0 es 2-4).Además, con los valores de Rt disminuyendo sustancialmente, la tasa de adquisición de inmunidad de rebaños se ralentizará rápidamente. Esto implica que el virus será capaz de propagarse rápidamente en caso de que se levanten las intervenciones.Tales estimaciones de la tasa de ataque hasta la fecha deben ser validadas con urgencia por pruebas de anticuerpos recientemente desarrolladas en encuestas de población representativas, una vez que éstas estén disponibles.Estimamos que las intervenciones no farmacéuticas importantes han tenido un impacto sustancial en el número de reproducción que varía en el tiempo en los países donde ha habido tiempo para observar los efectos de la intervención en las tendencias de las muertes (Italia, España). Debido a la rápida sucesión de intervenciones en muchos países, no se dispone de datos suficientes para estimar el tamaño del efecto individual de cada intervención, y desalentamos la atribución de asociaciones a la intervención individual.En algunos casos, como Noruega, donde todas las intervenciones se ejecutaron a la vez, estos efectos individuales son por definición no identificables.A pesar de esto, aunque no se pueden determinar los impactos individuales, su impacto conjunto estimado está fuertemente justificado empíricamente (véase el apéndice 8.4 para el análisis de sensibilidad).Si bien el crecimiento de las muertes diarias ha disminuido, debido a la diferencia entre las infecciones y las muertes, es de esperar un aumento continuo de las muertes diarias durante algún tiempo.Para comprender el impacto de las intervenciones, nos ajustamos a un modelo contrafactual sin las intervenciones y lo comparamos con el modelo real.Consideramos Italia y el Reino Unido -dos países en etapas muy diferentes de sus epidemias.Para el Reino Unido, donde las intervenciones son Los resultados sugieren que las intervenciones tendrán un gran impacto en las infecciones y muertes a pesar del aumento de ambos.Para Italia, donde ha pasado mucho más tiempo desde que se han implementado las intervenciones, está claro que el modelo sin intervenciones no encaja bien con los datos, y no puede explicar la reducción sublineal (en la escala logarítmica) de las muertes (véase la figura 10).El modelo contrafactual para Italia sugiere que, a pesar de la creciente presión sobre los sistemas de salud, las intervenciones han evitado una catástrofe sanitaria en la que el número de nuevas muertes habría sido 3,7 veces mayor (38.000 muertes evitadas) de lo que se observa actualmente.Incluso en el Reino Unido, mucho antes de su epidemia, se prevé que las recientes intervenciones evitarán 370 muertes totales hasta el 31 de marzo. Dados los índices de mortalidad por infecciones observadas y la epidemiología de la COVID-19, las intervenciones no farmacéuticas importantes han tenido un impacto sustancial en la reducción de la transmisión en los países con epidemiologías más avanzadas. Es demasiado pronto para estar seguros de que se verán reducciones similares en los países en las etapas anteriores de su epidemia. Si bien no podemos determinar qué conjunto de intervenciones han tenido más éxito, ya podemos ver cambios en las tendencias de nuevas muertes. Cuando se pronostican 3 días y se examina toda la epidemia, el número de muertes evitadas es sustancial. Observamos que se está produciendo una innovación sustancial, y nuevas intervenciones o refinamientos más eficaces de las intervenciones actuales, junto con cambios de comportamiento, contribuirán aún más a la reducción de las infecciones. No podemos decir con certeza que las medidas actuales hayan controlado la epidemia en Europa; sin embargo, si continúan las tendencias actuales, hay razones para el optimismo. Proponemos una estructura plausible para el proceso de infección y luego estimamos los parámetros empíricamente. Sin embargo, muchos parámetros tuvieron que ser dados fuertes distribuciones previas o tenían que ser fijados. Para estas suposiciones, hemos proporcionado citas relevantes a estudios previos. A medida que se disponga de más datos y surjan mejores estimaciones, actualizaremos estos reportes quincenales. Nuestra elección de la distribución de intervalos seriales influye fuertemente en la distribución previa para el inicio de R0. Nuestra relación de mortalidad por infección y distribuciones de infección a muerte influyen fuertemente en la tasa de muerte y por lo tanto el número estimado de casos subyacentes verdaderos. También suponemos que el efecto de las intervenciones es el mismo en todos los países, lo cual puede no ser totalmente realista. Esto implica que los países con intervenciones tempranas y más muertes ya que estas intervenciones (por ejemplo, Italia, España) influyen fuertemente en las estimaciones del impacto de la intervención en los países en las etapas más tempranas de Hemos intentado crear definiciones coherentes de todas las intervenciones y documentar detalles al respecto en elApéndice 8.6. Sin embargo, invariablemente habrá diferencias de un país a otro en la fuerza de su intervención, por ejemplo, la mayoría de los países han prohibido la reunión de más de 2 personas cuando se aplica un bloqueo, mientras que en Suecia el gobierno sólo prohibió la reunión de más de 10 personas. Estas diferencias pueden distorsionar los impactos en países con muy pocos datos. Creemos que nuestra incertidumbre puede cubrir en cierto grado estas diferencias, y a medida que se disponga de más datos, loscoeficientes deberían ser más fiables. Sin embargo, a pesar de estas fuertes suposiciones, hay suficiente señal en los datos para estimar los cambios en R, (véase el análisis de sensibilidad reportado en el Apéndice 8.4.3) y esta señal se incrementará con el tiempo. En nuestro marco jerárquico bayesiano, cuantificamos robustamente la incertidumbre en nuestras estimaciones de parámetros y predicciones posteriores. Esto se puede ver en los intervalos creíbles más amplios de los últimos días, en los que se dispone de pocos o ningún dato sobre la muerte para informar las estimaciones. Además, predecimos el impacto de la intervención a nivel nacional, pero puede haber diferentes tendencias en diferentes partes de cada país.Por ejemplo, la epidemia en el norte de Italia estaba sujeta a controles antes que el resto del país.5DatosNuestro modelo utiliza datos diarios sobre la mortalidad en tiempo real del ECDC (Centro Europeo de Control de Enfermedades), donde catalogamos datos de casos de 11 países europeos que actualmente padecen la epidemia: Austria, Bélgica, Dinamarca, Francia, Alemania, Italia, Noruega, España, Suecia, Suiza y Reino Unido.El ECDC proporciona información sobre casos confirmados y muertes atribuibles a COVID-19.Sin embargo, los datos de casos son muy poco representativos de la incidencia de infecciones debido a la infrarreportación, así como a cambios sistemáticos y específicos de países Nosotros, por lo tanto, utilizamos sólo las muertes atribuibles a COVID-19 en nuestro modelo; no utilizamos las estimaciones de casos de ECDC en absoluto.Si bien las muertes observadas todavía tienen cierto grado de falta de fiabilidad, de nuevo debido a cambios en los informes y las pruebas, creemos que los datos son de suficiente fidelidad al modelo.Para los recuentos de población, utilizamos los recuentos desglosados por edad de la UNPOP.10También catalogamos datos sobre la naturaleza y el tipo de intervenciones no farmacéuticas importantes.Miramos las páginas web gubernamentales de cada país, así como sus páginas web oficiales de información y división de salud pública para identificar los últimos consejos/leyes que emiten el gobierno y las autoridades sanitarias públicas.Recopilamos lo siguiente:Se ordenó el cierre de la escuela: Esta intervención se refiere a los cierres extraordinarios de escuelas a nivel nacional que en la mayoría de los casos se refieren al cierre de escuelas primarias y secundarias (para la En el caso de Dinamarca y Suecia, permitimos el cierre parcial de las escuelas sólo en las escuelas secundarias. La fecha del cierre de la escuela se considera como la fecha efectiva en que las escuelas comenzaron a cerrarse (si este era un lunes, la fecha utilizada era la de los sábados anteriores, ya que alumnos y estudiantes se quedaron efectivamente en casa a partir de esa fecha). Medidas basadas en casos. Esta intervención comprende recomendaciones o leyes sólidas al público en general y a la atención primaria sobre el autoaislamiento al mostrar síntomas similares al COVID-19.Estos incluyen también programas nacionales de pruebas en los que las personas pueden someterse a pruebas y posteriormente autoaislarse. Nuestra definición se limita al asesoramiento del gobierno nacional a todas las personas (por ejemplo, el Reino Unido) o a toda atención primaria y excluye únicamente el asesoramiento regional.Estos no incluyen intervenciones en fase de contención como el aislamiento si regresan de un país epidémico como China. Se ha fomentado el distanciamiento social: Como una de las primeras intervenciones contra la propagación de la pandemia COVID-19, muchos gobiernos han publicado consejos sobre distanciamiento social, incluyendo la recomendación de trabajar desde el hogar siempre que sea posible, reduciendo el uso del transporte público y todos los demás contactos no esenciales.Las fechas utilizadas son aquellas en las que el distanciamiento social ha sido recomendado oficialmente por el gobierno; el consejo puede incluir mantener una distancia física recomendada de otros. Decretado el bloqueo: Hay varios escenarios diferentes a los que los medios de comunicación se refieren como bloqueo. Como definición general, consideramos regulaciones/legislaciones relativas a una estricta interacción social cara a cara: incluyendo la prohibición de cualquier reunión pública no esencial, el cierre de instituciones educativas y públicas/culturales, ordenando a las personas a permanecer en casa aparte del ejercicio y las tareas esenciales.Incluimos casos especiales en los que no se mencionan explícitamente en los sitios web del gobierno, sino que son Las fechas utilizadas son las fechas efectivas en que se han implementado estas legislaciones. Observamos que el bloqueo abarca otras intervenciones previamente implementadas. Primera intervención: Como muestra la Figura 1, los gobiernos europeos han escalado las intervenciones rápidamente, y en algunos ejemplos (Noruega/Dinamarca) han implementado todas estas intervenciones en un solo día. Por lo tanto, dada la autocorrelación temporal inherente a la intervención gubernamental, incluimos covariable abinaria para la primera intervención, que puede interpretarse como una decisión gubernamental de tomar medidas importantes para controlar COVID-19. Una lista completa de las fechas de estas intervenciones y las fuentes que hemos utilizado se puede encontrar en el Apéndice 8.6. 6 Métodos ResumenUn resumen visual de nuestro modelo se presenta en la Figura 5 (detalles en los Apéndices 8.1 y 8.2). El código de replicación está disponible en https://github.com/mperiaCollegeLondres/covid19model/releases/tag/vl.0Ajustamos nuestro modelo a las muertes observadas de acuerdo con los datos de ECDC de 11 países europeos.Las muertes modeladas se basan en una distribución de infección a inicio (tiempo desde la infección hasta el inicio de los síntomas), una distribución de inicio a muerte (tiempo desde el inicio de los síntomas hasta la muerte) y la relación de mortalidad por infección media de la población (ajustada para la estructura de edad y los patrones de contacto de cada país, véase el Apéndice).Debido a estas distribuciones y proporciones, las muertes modeladas son una función del número de infecciones.El número de infecciones modelado se basa en la distribución por intervalos de serie (tiempo medio desde la infección de una persona hasta el momento en que infectan a otra Finalmente, el número de reproducción variable en el tiempo es una función del número de reproducción inicial antes de las intervenciones y los tamaños de efecto de las intervenciones.Figura 5: Resumen de los componentes del modelo. Siguiendo la jerarquía de abajo a arriba nos da un marco completo para ver cómo las intervenciones afectan a las infecciones, que pueden resultar en muertes.Utilizamos la inferencia bayesiana para asegurar que nuestras muertes modeladas puedan reproducir las muertes observadas lo más cerca posible.De abajo a arriba en la Figura 5, hay un retraso implícito en el tiempo que significa el efecto de intervenciones muy recientes se manifiestan débilmente en muertes actuales (y se fortalecen a medida que avanza el tiempo).Para maximizar la capacidad de observar el impacto de la intervención en las muertes, encajamos nuestro modelo conjuntamente para los 11 países europeos, lo que resulta en un conjunto de datos grande. Hemos evaluado el efecto de nuestras elecciones de distribución de Bayesianprior y evaluado nuestra calibración posterior bayesiana para asegurar que nuestros resultados seanestadísticamente robustos (Apéndice 8.4). 7 AgradecimientosLa investigación inicial sobre covariables en el Apéndice 8.6 fue fuente de crowdsourcing; agradecemos a varias personas de todo el mundo por su ayuda. Este trabajo fue apoyado por el Centro de financiación del Consejo de Investigación Médica del Reino Unido bajo un acuerdo con el Departamento de Desarrollo Internacional del Reino Unido, la Unidad de Investigación sobre Protección de la Salud del NIHR en Metodología de Modelado y ComunidadJameel. 8 Apéndice: Modelo de Análisis de Especificaciones, Validación y Sensibilidad8.1 Modelo de muerteObservamos muertes diarias Dam durante los días t E 1,...,n y países m E 1,...,p. Estas muertes diarias se modelan utilizando una presa de función real valuada positiva Se supone que la presa sigue una distribución binomio negativa conEl número esperado de muertes (1 en un país determinado en un día dado es una función del número de infecciones C que ocurren en días anteriores. Al principio de la epidemia, las muertes observadas en un país pueden estar dominadas por muertes que resultan de infecciones que no son adquiridas localmente. Para evitar sesgar nuestro modelo por esto, sólo incluimos muertes observadas desde el día después de que un país haya observado acumulativamente 10 muertes en nuestro modelo. Para vincular mecánicamente nuestrafunción de muertes a casos infectados, utilizamos una infección COVID-19-fatalidad-ratio ifr estimada previamente (probabilidad de muerte dada infección)9 junto con una distribución detiempos de infección a muerte TE. El ifr se deriva de estimaciones presentadas en Verity et al11 que suponen tasas de ataque homogéneo entre grupos de edad. Para ajustar mejor las estimaciones de las tasas de ataque por edades generadas utilizando información más detallada sobre los patrones de mezcla de países y edades específicas, escalamos estas estimaciones (el ifr no ajustado, al que aquí se hace referencia como ifr’) de la siguiente manera como en el trabajo anterior.4Let Ca ser el número de infecciones generadas en el grupo de edad a, Na el tamaño subyacente de la población en ese grupo de edad y AR“ 2 Ca/Na el índice de ataque específico de grupo de edad.El ifr ajustado se da entonces por: ifra = fififié, donde AR50_59 es la tasa de ataque prevista en el grupo de edad de 50-59 años después de incorporar los patrones de contacto y mezcla específicos de países.Este grupo de edad fue elegido como referencia ya que tenía el nivel más bajo previsto de subinforme en análisis previos de los datos de la epidemia china“. Se obtuvieron estimaciones por países de la tasa de ataque por edad, AR“, para los 11 países europeos en nuestro análisis de un estudio anterior que incorpora información sobre el contacto entre individuos de diferentes edades en países de toda Europa12. Luego se obtuvieron estimaciones globales de cada país ajustando tanto para la demografía como para las tasas de ataque específicas por edad. Utilizando información epidemiológica estimada de estudios anteriores,"11 se supone que la TE es la suma de dos tiempos aleatorios independientes: la distribución del período de incubación (infección al inicio de los síntomas o infección hasta el inicio) y el tiempo entre el inicio de los síntomas y la muerte (ingreso a la muerte). La distribución de la infección hasta el inicio es Gamma distribuida con media de 5,1 días y coeficiente de variación0,86. La distribución de la aparición a la muerte es también Gamma distribuida con una media de 18,8 días y un coeficiente de va riación 0,45. Por lo tanto, la distribución de la infección-a-muerte está dada por:um ~ ifrm ~ (Gamma(5.1,0,86) + Gamma(18,8,0,45)) La Figura 6 muestra la distribución de la infección-a-muerte y la función de supervivencia resultante que se integra a la relación de mortalidad por infección.Figura 6: Distribución izquierda de la infección-a-muerte (media 23,9 días). Correcto, probabilidad de supervivencia de individuos infectados por día dada la relación de mortalidad por infección (1%) y la distribución de la infección-a-muerte por la izquierda.Usando la probabilidad de distribución de la muerte, el número esperado de muertes presa, en un día dado t, para el país, m, está dada por la siguiente suma discreta:El número de muertes hoy es la suma de las infecciones pasadas ponderadas por su probabilidad de muerte, donde la probabilidad de muerte Este enfoque ha sido utilizado en numerosos estudios previos13'16 y tiene una fuerte base teórica en procesos de conteo estocásticos basados en individuos como el proceso Hawkes y el proceso Bellman-Harris.”18 El nuevo modelo está relacionado con el modelo Susceptible-Infectado-Recuperado, excepto que la renovación no se expresa en forma diferencial. Para modelar el número de infecciones con el tiempo necesitamos especificar una distribución serialinterval g con densidad g(T), (el tiempo entre cuando una persona se infecta y cuando posteriormente infectan a otras personas), que elegimos ser Gamma distribuido:g ~ Gamma (6.50.62). La distribución del intervalo serial se muestra a continuación en la Figura 7 y se supone que es la misma para todos los países. Figura 7: Distribución del intervalo serial g con una media de 6,5 días. Dada la distribución del intervalo serial, el número de infecciones Eamon a determinado día t, y country, m, está dado por la siguiente función de convolución discreta:_ t—1Cam — Ram ZT=0 Cr,mgt—‘r r where, similar a la probabilidad de la función de muerte, el intervalo serial diario está discretizado porfs+0.51.5gs = T=s—0.Sg(T)dT fors = 2,3 y 91 = fT=Og(T)dT. Las infecciones dependen hoy en día del número de infecciones en los días anteriores, ponderadas por la distribución del intervalo serial discretizado.Esta ponderación es entonces escalada por el número de producción de tiempo específico, Ram, que modela el número medio de infecciones secundarias en un momento dado. La forma funcional para el número de reproducción del tiempo-Variante fue elegida para ser lo más simple posible para minimizar el impacto de supuestos previos fuertes: utilizamos una función constante por partes que escalaRam de una línea de base previa R0,m y es impulsada por las principales intervenciones no farmacéuticas conocidas que ocurren en diferentes países y tiempos. Incluyemos 6 intervenciones, una de las cuales se construye a partir de las otras 5 intervenciones, que son cronogramas de cierres escolares y universitarios (k=l), enfermedad autoaislante (k=2), prohibición de eventos públicos (k=3), cualquier intervención gubernamental en lugar (k=4), implementación de un bloqueo parcial o completo (k=5) y fomento del distanciamiento y aislamiento social (k=6). Denotamos la variable indicadora de intervención k E 1,2,3,4,5,6 por IkI’m, que es 1 si la intervención k está en placein country m en el La covariable “cualquier intervención gubernamental” (k=4) indica si alguna de las otras 5 intervenciones está en efecto, es decir, 14’t’m es igual a 1 en el momento t si alguna de las intervencionesk E 1,2,3,4,5 están en vigor en el país m en el momento t y es igual a 0 de lo contrario. Covariable 4 tiene la interpretación de indicar el inicio de la intervención gubernamental mayor. Se supone que el efecto de cada intervención es multiplicativo. Ram es, por lo tanto, una función de los indicadores de intervenciónIk’t’m en lugar en el momento t en el país m:Ram : R0,m eXp(— 212:1 O(Rheum)-La forma exponencial se utilizó para asegurar la positividad del número de reproducción, con R0,mconstreñido a ser positivo como aparece fuera de la exponencial. El impacto de cada intervención enRam se caracteriza por un conjunto de parámetros 0(1,...,OL6, con distribuciones previas independientes elegidas para el beock ~ Gamma(. 5,1). Los impactos ock son compartidos entre todos los países m y por lo tanto están informados por todos los datos disponibles. La distribución previa para R0 fue escogida para serR0,m ~ Normal(2,4, IKI) con K ~ Normal(0,0.5),Una vez más, K es el mismo entre todos los países para compartir información. Asumimos que la siembra de nuevas infecciones comienza 30 días antes del día después de que un país haya observado 10 muertes. A partir de esta fecha, sembramos nuestro modelo con 6 días secuenciales de infecciones extraídas de cl’m,...,66’m~EXponential(T), donde T~Exponential(0.03). Se estimaron los parámetros de manera conjunta para los 11 países en un único modelo jerárquico. Se realizó el ajuste en el lenguaje de programación probabilístico Stan,19 utilizando un sampler adaptativo Hamiltoniano Monte Carlo (HMC). Se realizaron 8 cadenas para 4000 iteración con 2000 iteración de calentamiento y un factor de adelgazamiento 4para obtener 2000 muestras posteriores. Se evaluó la convergencia posterior utilizando la estadística Rhat y mediante el diagnóstico de transiciones divergentes del sampler HMC. También se realizaron calibraciones anteriores a posteriori (véase más adelante). 8.3 ValidaciónValidamos la exactitud de las estimaciones puntuales de nuestro modelo utilizando la validación cruzada. En nuestro esquema de validación cruzada, dejamos fuera 3 días de datos de muerte conocidos (no acumulativos) y encajamos en nuestro modelo. Pronosticamos lo que el modelo predice para estos tres días. Presentamos las previsiones individuales para cada día, así como el Los resultados de validación cruzada se muestran en la Figura8.Figura 8: Resultados de validación cruzada para pronósticos agregados de 3 días y 3 díasFigura 8 proporciona una fuerte justificación empírica para nuestra especificación y mecanismo de modelo.Nuestra previsión precisa sobre un horizonte temporal de tres días sugiere que nuestras estimaciones ajustadas para Rt son apropiadas y plausibles.Además de las estimaciones puntuales, todos evaluamos nuestros intervalos posteriores creíbles utilizando la Rhatstatistic.La estadística de Rhat mide si nuestras cadenas Markov Chain Monte Carlo (MCMC) han convergido a la distribución de equilibrio (la distribución posterior correcta).La Figura 9 muestra las estadísticas de Rhatstatistics para todos nuestros parámetrosFigura 9: Las estadísticas de Rhat - valores cercanos a 1 indican la convergencia de MCMC. La Figura 9 indica que nuestra MCMC ha convergido. 8.4 SensibilidadAnálisis8.4.1 Previsión a escala logarítmica para evaluar la señal en los datosComo hemos destacado en todo el presente informe, el desfase entre las muertes y las infecciones significa que es tiempo suficiente para que la información propague backwards de las muertes a las infecciones y, en última instancia, al Rt. Una conclusión de este informe es la predicción de una desaceleración de la Rt en respuesta a las principales intervenciones. Recuperando la intuición de que se trata de datos impulsados y no simplemente una consecuencia de modelos altamente limitados, mostramos previsiones de muerte a escala logarítmica lineal. En esta escala, una línea que curvas por debajo de una tendencia lineal es indicativa de una desaceleración en el crecimiento de la epidemia. Nuestromodelo sugiere que Italia, un país que tiene el mayor número de muertes de COVID-19, verá una desaceleración en el aumento de las muertes diarias durante la próxima semana en comparación con las primeras etapas de la epidemia. Investigamos la sensibilidad de nuestras estimaciones de inicio y final Rt a nuestra supuesta distribución de intervalos seriales. Para ello consideramos varios escenarios, en los que cambiamos la media de distribución de intervalos seriales, de un valor de 6,5 días, para tener valores de 5, 6, 7 y 8 días. En la Figura 13, mostramos nuestras estimaciones de R0, el número de reproducción inicial antes de las intervenciones, para cada uno de estos escenarios. El orden relativo de la Rt=0 en los países es consistente en todos los entornos. Sin embargo, como se esperaba, la escala de Rt=0 se ve considerablemente afectada por este cambio. Esto se debe a que para alcanzar el tamaño observado actualmente de las epidemias, un intervalo serial más largo se compensa con un R0 estimado más alto. Además, en la Figura 14, mostramos nuestras estimaciones de Rt en el momento del modelo más reciente, de nuevo para cada uno de estos escenarios.La media del intervalo serial puede influir sustancialmente en Rt, sin embargo, los intervalos posteriores de Rt se superponen ampliamente.Figura 13: Número de reproducción inicial R0 para diferentes distribuciones de intervalo serial (SI) (medias entre 5 y 8 días).Utilizamos 6,5 días en nuestro análisis principal.Figura 14: Rt el 28 de marzo de 2020 estimado para todos los países, con distribución de intervalo serial (SI) medias entre 5 y 8 días.Utilizamos 6,5 días en nuestro análisis principal. Para evitar la colinealidad, realizamos 6 modelos separados, con efectos resumidos a continuación (comparar con el análisis principal de la Figura 4). En esta serie de análisis univariados, encontramos (Figura 15) que todos los efectos por sí solos sirven para disminuir el Rt. Esto nos da confianza en que nuestra elección de la distribución previa no está impulsando los efectos que vemos en el análisis principal. Lockdown tiene un efecto muy grande, lo más probable debido a que ocurre después de otras intervenciones en nuestro conjunto de datos. Los tamaños de efecto relativamente grandes para las otras intervenciones son más probables debido a la coincidencia de las intervenciones en el tiempo, de tal manera que una intervención es un proxy para unos pocos otros. Figura 15: Efectos de diferentes intervenciones cuando se utilizan como los únicos covariables en el modelo. 8.4.4.4Para evaluar las suposiciones previas sobre nuestra forma funcional constante por pieza para Rt probamos utilizando una función a Encajamos un modelo con una distribución previa de proceso gaussiano a los datos de Italia donde hay la mayor señal en los datos de muerte. Encontramos que el proceso gaussiano tiene una tendencia muy similar al modelo constante por partes y vuelve a la media en regiones de no datos. La correspondencia de una función completamente no paramétrica y nuestra función constante por piezas sugiere una especificación paramétrica adecuada de Rt. Montaje no paramétrico de Rf usando un proceso gaussiano:8.4.5 Dejar fuera el análisis del paísDebido a las diferentes longitudes de la epidemia de cada país europeo, algunos países, como Italia tienen muchos más datos que otros (como el Reino Unido). Para asegurarnos de que no estamos aprovechando demasiada información de ningún país realizamos un análisis de sensibilidad “dejar fuera un país”, donde recorrimos el modelo sin un país diferente cada vez. La Figura 16 y la Figura 17 son ejemplos de resultados para el Reino Unido, dejando de En general, para todos los países, no observamos ninguna dependencia significativa de ningún país.Figura 16: Resultados de modelos para el Reino Unido, cuando no se utilizan datos de Italia para ajustar el modelo.Ver laFigura 17: Resultados de modelos para el Reino Unido, cuando no se utilizan datos de España para ajustar el modelo.Ver subtítulo de la Figura 2 para una explicación de las gráficas. Para resultados teóricos bien conocidos de la ecuación de renovación, dada una distribución de intervalo serie g(r) con media m y desviación estándar 5, dada a = mZ/S2 y b = m/SZ, y posteriormente R0 = (1 + %).Figura 18 muestra teóricamente derivada R0 junto con nuestras estimaciones de Rt=0 de nuestro modelo jerárquico bayesiano.Como se muestra en la Figura 18 hay una grancorrespondencia entre nuestro número de reproducción inicial estimado y el número de reproducción básica implícito por la tasa de crecimiento r.R0 (rojo) vs R(FO) (negro)Figura 18: Nuestra estimación de R0 (negro) versus Ru(rojo) teóricamente derivado de un ajuste de regresión log lineal. 8.5 Análisis contrafactual — intervenciones frente a no intervencionesFigura 19: Número diario de muertes confirmadas, predicciones (hasta el 28 de marzo) y previsiones (después) para todos los países, excepto Italia y España, de nuestro modelo con intervenciones (azul) y del modelo contrafactual sin intervenciones (rosa); los intervalos creíbles se muestran a una semana en el futuro. DOI: https://doi.org/10.25561/77731Página 28 de 3530 de marzo de 2020 Imperial College Equipo de respuesta COVID-19 8.6 Fuentes de datos y cronograma de intervencionesFigura 1 y Tabla 3 muestran las intervenciones de los 11 países en nuestro estudio y las fechas en que estas intervenciones entraron en vigor. Tabla 3: Calendario de intervenciones. País Tipo Evento Fecha efectivaCerrado escolar ordenadoCerrados escolares nacionales.20 14/3/2020Eventos públicosprohibido la celebración de reuniones de más de 5 personas.21 10/3/2020Prohibir todo acceso a espacios públicos y reunionesLockdown de más de 5 personas.Consejos para mantener 1 distancia ordenada.22 16/3/2020Desplazamiento socialalentadoRecomendación para mantener una distancia de 1m.22 16/3/2020Medidas de Austria basadas en casos Implementado en el bloqueo.22 16/3/2020Cerrado escolar ordenadoCerrados escolares nacionales.23 14/3/2020Eventos públicos Todas las actividades recreativas canceladas independientemente de la talla prohibida.23 12/3/2020Los ciudadanos deben permanecer en casa excepto para el trabajo de Lockdown y los viajes esenciales. 24 18/3/2020El transporte público sólo se recomienda para los viajes esenciales de distanciamiento social, el trabajo desde casa fomentado, todos los lugares de interés público, por ejemplo, restaurantes cerrados.23 14/3/2020Case-based Todo el mundo debe permanecer en casa si experimenta una Bélgica mide la tos o la fiebre.25 10/3/2020Cierre escolar Escuelas secundarias cerradas y universidades (escuelas de orden primario también cerradas el 16).26 13/3/2020Eventos públicos Prohibición de eventos > 100 personas, instituciones cerradas de prohibición cultural, instalaciones de ocio, etc.27 12/3/2020Prohibición de reuniones de > 10 personas en lugares públicos y todos ordenados fueron cerrados.27 18/3/2020Uso limitado del transporte público. Todas las instituciones de distancia social cultural cierran y recomiendan mantener una distancia adecuada alentada.28 13/3/2020Base de casos Todo el mundo debe permanecer en casa si experimenta una Dinamarca medidas de tos o fiebre.29 12/3/2020Cierre de escuelas ordenado Cierre de escuelas nacionales.30 14/3/2020Eventos públicosprohibidos Prohibiciones de eventos > 100 personas.31 13/3/2020Lockdown Todo el mundo tiene que permanecer en casa.Necesita un formulario de autorización autoordenada para salir de casa.32 17/3/2020Consejos de estímulo social en el momento del bloqueo.32 16/3/2020Medidas basadas en casosFrancia Consejos en el momento del bloqueo.32 16/03/2020Cierre de escuelas ordenados Nacionalmente.33 14/3/2020Eventos públicos Ninguna reunión de > 1000 personas. 34 22/3/2020Lockdown Recopilaciones de > 2 personas prohibidas, 1,5 distancias ordenadas.35 22/3/2020Desplazamiento social Evite la interacción social siempre que sea posibleAlentado recomendado por Merkel.36 12/3/2020Consejo para todos los que experimentan síntomasContacto basado en un caso de una agencia de atención de la salud para hacerse la prueba y las medidas de Alemania para entonces auto-aislarse.37 6/3/2020Cierre de escuelas ordenado Cierre de escuelas a nivel nacional.38 5/3/2020Eventos públicosprohibidos El gobierno prohíbe todos los eventos públicos.39 9/3/2020Lockdown El gobierno cierra todos los lugares públicos. Las personas ordenadas tienen que permanecer en casa excepto para los viajes esenciales.40 11/3/2020Hay que mantener una distancia de más de 1 m y se debe fomentar el distanciamiento social de cualquier otra forma de agregación alternativa.40 9/3/2020Consejo basado en casos de autoaislamiento si experimenta síntomasMedidas en Italia y cuarentena si se prueba positivo.41 9/3/2020La Dirección de Salud de Noruega cierra todas las instituciones educativas de cierre escolar.Incluidas las instalaciones ordenadas para el cuidado de los niños y todas las escuelas.42 13/3/2020Eventos públicos La Dirección de Salud prohíbe todo contacto social no necesario.42 12/3/2020Lockdown Sólo las personas que viven juntas están permitidas fuera de orden. Todo el mundo tiene que mantener una distancia de 2 metros.43 24/3/2020Desconexión social La Dirección de Salud aconseja contra todo tipo de viajes alentados y contactos sociales no necesarios.42 16/3/2020Consejo basado en un caso para aislarse por 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre.44 15/3/2020Ordenado Cierre de escuelas nacionales.45 13/3/2020Eventos públicosprohibido Prohibir todos los eventos públicos mediante bloqueo.46 14/3/2020Lockdownordenado Bloqueo de todo el país43 14/3/2020Consejo de distanciamiento social sobre distanciamiento social y trabajo en forma remota alentada desde casa.47 9/3/2020Consejo basado en un caso para autoaislarse por 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre en España47 17/3/2020Cerrado de escuelas y escuelas secundarias superiores cerrado.48 18/3/2020Eventos públicosprohibidos El gobierno prohíbe eventos > A las personas con síntomas leves se les dice que limiten el contacto social de distanciamiento social, el estímulo para trabajar desde una casa alentada.50 16/3/2020Consejo basado en un caso de auto-aislamiento si experimentan tos o Suecia mide los síntomas de fiebre.51 Cierre de la escuela ordenado No en persona hasta el 4 de abril.52 14/3/2020Eventos públicos prohibidos El gobierno prohíbe eventos > 100 personas.52 13/3/2020Reuniones ordenadas de bloqueo de más de 5 personas están prohibidas.53 2020-03-20Consejos para mantener la distancia.Todas las empresas donde el distanciamiento social no se puede realizar se han cerrado en todos los estados alentados (kantones).54 16/3/2020Consejo basado en un caso para auto-aislarse si experimentan tos o Suiza mide los síntomas de fiebre.55 2/3/2020Cierre de la escuela general. Los cuidadores de niños, las guarderías para el cierre de escuelas y las sextas formas deben seguir las directrices ordenadas.56 21/3/2020Eventos públicos prohibidos Implementados con bloqueo.57 24/3/2020Los conjuntos de más de 2 personas no pertenecientes al mismo hogar están prohibidos y sujetos a la policía.57 24/3/2020Consejos de distanciamiento social para evitar pubs, clubes, teatros y otras instituciones públicas alentadas.58 16/3/2020Consejo basado en un caso para aislarse durante 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre en el Reino Unido.59 12/3/20209 Referencias1. Li, R. et al. Infección indocumentada sustancial facilita la rápida difusión del nuevocoronavirus (SARS-CoV2). Ciencia (2020) doi:10.1126/science.abb3221. 2. Zhang, J. et al. Patrones de contacto social humano y contacto con animales en Shanghai, China 5cLRep.9,1—11(2019)3. Worldómetros.info. Hong Kong: casos de coronavirus. https://www.wo rldómetros.info/co ronavirus/country/china-hong-kong-sar/. 4. Ferguson, N. et al. Impacto de las intervenciones no farmacéuticas (NPI) para reducir la mortalidad y la demanda de asistencia sanitaria (Informe 9). https://www.imperial.ac.uk/mrc-global-infectious-disase-analysis/news--wuhan-coronavirus/. 5. Cereda, D. et al. La fase inicial del brote de COVID-19 en Lombardy, Italia. arXiv (2020). 6. Zhao, A. J. et al. Título: Respuestas anticuerpos al SARS-CoV-2 en pacientes con nuevas enfermedades por coronavirus 2019 Título breve : Respuestas anticuerpos en pacientes con COVID-19. (2020). 7. Jombart, T. et al. Inferir el número de casos de COVID-19 de muertes recientemente notificadas. medRXiV 2020.03.10.20033761(2020)doi:10.10101/2020.03.10.20033761. 8. Zhang, J. et al. Perfil de edad de susceptibilidad, mezcla y distanciamiento social dan forma a la dinámica del brote de la nueva enfermedad por coronavirus 2019 en China. (2020) doi:10.10101/2020.03.19.20039107. 9. Lourenco, J. et al. Los principios fundamentales de la propagación epidémica destacan la necesidad inmediata de realizar encuestas serológicas a gran escala para evaluar la etapa de la epidemia por SARS doi:10.1101/2020.03.24.2004229110.Naciones Unidas, Departamento de Asuntos Económicos y Sociales, División de Población. WorldPopulation Prospects 2019: Data booket. ST/ESA/SER.A/424. (2019). 11. Verity, R. et al. Estimaciones de la gravedad de la enfermedad de COVID-19. Lancet Infect Dis en la prensa (2020). 12. Walker, P. G. T. et al. Report 12: The Global Impact of COVID-19 and Strategies for Mitigation and Supresation. 13. Fraser, C. Estimating Individual and Household Reproduction Numbers in a EmergingEpidemmic. PL05 ONE 2, e758 (2007). 14. Cori, A., Ferguson, N. M., Fraser, C. & Cauchemez, S J. Epidemiol. 178, 1505-1512(2013115. Nouvellet, P. et al. Un enfoque sencillo para medir la transmisibilidad y la incidencia prevista. Epidemias 22, 29-35 (2018). 16. Cauchemez, 8., Valleron, A. J., Boelle, P. Y., Flahault, A. & Ferguson, N. M. Estimación del impacto del cierre escolar en la transmisión de la gripe a partir de datos Sentinel. Nature 452, 750-754 (2008). 17. Bellman, R. & Harris, T. On Age-Dependent Binary Branking Processes. Ann. Math. 55, 280-295(1952118. Bellman, R. & Harris, T. E. Sobre la teoría de los procesos de ramificación estocásticos dependientes de la edad. Proc. Nat 34, 601-604 (1948). 19. Stan Development Team. 2018. The Stan Core Library, versión 2.18.0. http://mc-stan.org. 20. Bundesministerium. Coronavirus (COVID-19): Status quo — Schulen, Hochschulen,Universitaten und Forschungsinstitutionen. https://www.bmbwf.gv.at/Ministerium/Informationspflicht/corona/corona_status.html. 21. Henley, J. Coronavirus: Los Estados de la Unión Europea promulgan medidas duras para la propagación del tallo. The Guardianhttps://www.theguardian.com/world/200/mar/10/coranonavirus-varios-estados-eu-states-ban-masa-mass-as-pos-italian-lockdown (20 25. Servicio Público Federal. Protéjase y proteja a los demás. https://www.info-coronavirus.be/en/2020/03/10/protege-y-protege-the-others/ (2020). 26. Wikipedia. 2020 pandemia de coronavirus en Dinamarca. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/2020_coronavirus_pandemic_in_Dinamarca. 27. Stephensen, Emma Kinker; Hansen, T. S. Danmark lukker ned: Her er regeringens nye basculag. TV2 https://nyheder.tv2.dk/samfund/2020-03-11-danmark-lukker-ned-er-regeringens-nye-tiltag(2020128. Politi. Nye illbag mod covid-19. Politi https://politi.dk/coronavirus-i-danmark/seneste-nyt-fra-myndighederne/nye-tiltag-mod-covid-19 (2020). 29. Styrelsen for Patientsikkerhed. Indberetning om covid-19zlnformation om mulighed forp\aabud til enkeltpersoner (coronavirus/covid-19). https://stps.dk/da/ansvar-og-retningslinjer/vejledning/indberetning-om-covid-19/#. 30. Wikipedia. 2020 coronavirus pande in France. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/2020_coronavirus_pandemic_in_France. 31. Francia prohíbe las reuniones de más de 100 personas a medida que aumenta el número de muertes por coronavirus -The Local. The Local https://www.thelocal.fr/20200313/france-bans-recopilations-of-over-100-people-to-fight-coronavirus-pandemic (2020). 32. Henley, Jon; Willsher, Kim; Kassam, A. Coronavirus: Francia impone un bloqueo cuando la UE pide una prohibición de viajar de 30 días. The Guardian https://www.theguardian.com/world/2020/mar/16/coronavirus-spain-takes-over-privado-healthcare-amid-more-euro-pean-lockdowns (2020). 33. Wikipedia. 2020 coronavirus pande in Germany. Fundación Wikimediahttps://en.wi 34. BMI. Coronavirus: Fragen und Antworten. Bundesministerium des Innern,fur Bau und Heimathttps://web.archive.org/web/20200317073042/https://www.bmi.bund.de/SharedDocs/faqs/DE/themen/bevoelkerungssschutz/coranavirus/coranavirus-faqs.htmI#doc13738352bodyText7. 35. Noticias de la BBC. Coronavirus: Alemania endurece los frenos y prohíbe las reuniones de más de dos personas. BBCNews https://www.bbc.co.uk/news/world-europe-51999080 (2020). 36. Bundesregierung. Kanzlerin trifft Regierungschefs der Lander Sozialkontakte https://www.bundesregierung.de/breg-de/themen/coranavirus/mpk-1730186(2020)37. Robert Koch Institut. Antworten auf haufig gestellte Fragen zum Coronavirus SARS-CoV-2. Robert Koch Instituthttps://web.archive.org/web/20200312004624/https://www.rki.de/SharedDocs/FAQ/NCOV2019/FAQ_Liste.html (2020). 38. Ministero della Salute. Governo anuncia sospensione dell’attivita didattica dal 5 a15 marzo. Ministero della Salutehttp://www.salute.gov.it/portale/nuovocoronavirus/dettaglioVideoNuovoCoronavirus.jsp?lingua=italiano&menu=multimedia&p=video&id=2052 (2020). 39. CNN. Italia prohíbe los viajes y cancela todos los actos públicos en su región septentrional. CNNhttps://edition.cnn.com/2020/03/08/europe/italy-coranavirus-lockdown-europe-intl/index.html(2020). Attualita. Coronavirus: parada de un pub, cine, teatro e discoteche anche a Roma. Ecco cosaprevede il nuovo decreto. Roma Today https://www.romatoday.it/attualita/coranavirus-pub-cinema-teatri-locali-chiusi-nuovo-decreto.html (2020). 41. Gazzetta Ufficiale. DECRETO DEL PRESIDENTE DEL CONSIGLIO DEL MINISTRI. Gazzetta Ufflclalehttps://www.gazzettaufficiale.it/eli/id/20/03/08/20A01522/sg (2020). 42. Helsedirektoratet. La Dirección de Salud de Noruega ha adoptado la decisión de cerrar las escuelas y otras instituciones educativas. Hellem-Hansen, Viktoria L.; Tandstad, B. Folkehelseinstituttet mener23.000 kan vaere smittet. NRK https://www.nrk.no/norge/folkehelseinstituttet-mener-23.000-kan-vaere-smittet-1.14958149 (2020). 44. Gobierno de Norweigen. regjeringen.no https://www.regjeringen.no/en/aktuelt/the-government-is-esestableciendo-clear-cuarantine-and-aislation-rules/id2693647/ (2020). 45. Wikipedia. 2020 coronavirus pandemic in Spain. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/20_coronavirus_pandemic_in_Spain. 46. Gabinete de Prensa. El Gobierno anuncia nuevas medidas para eliminar la extensión del nuevo coronavirus COVID-19. Gobierno de Españahttps://www.mscbs.gob.es/gabinete/notasPrensa.do?id=4807 (2020). 47. Gabinete de Prensa. El Consejo Interterritorial del SNS alcanza medidas concretas para zonascon transmisión comunitaria de coronavirus. Gobierno de Españahttps://www.mscbs.gob.es/gabinete/notasPrensa.do?id=4806 (2020). 48. Folkhalsomyndigheten.se/nyheter-och-press/nyhetsarkiv/2020/mars/larosaten-och-gymnasieskolor-uppmanas-nu-att-bedriva-distansundervisning(2020). El local. Suecia prohíbe grandes eventos para detener la propagación del coronavirus. El localhttps://www.theloca.se/20200311/sweden-to-ban-large-public-coronavirus-over-coronavirus (2020). 50. Radosevich. Estocolmoers instados a trabajar desde casa como comunidad COVID-19 se extendió confirmado. Sveriges Radiohttps://sverigesradio.se/sida/artikel.aspx?programid=2054&artikel=7430511(2020). Folkhdlsomyndigheten https://www.folkhalsomyndigheten.se/nyheter-och-press/nyhetsarkiv/2020/mars/flera-tecken-pa-samhallsspridning-av-covid-19-i-sverige/ (2020). 52 Bundesamt fur Gesendheit BAG. Bundesrat verscharft Massnahmen gegen das Coronaviruszum Schutz der Gesundheit und unterstUtzt betroffene Branchen. Schweizerische Eidgenossenschafthttps://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg-id-78437.html( Coronavirus: Bundesrat verbietet Ansammlungen von mehrals fUnf Personen. Schweizerische Eidgenossenschaft https://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg-id-78513.html (2020). 54. Bundesamt fur Gesundheit BAG. Coronavirus: Bundesrat erklart die «ausserordentliche Lage»und verscharft die Massnahmen. Schweizerische Eidgenossenschafthttps://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg- Neue Hygiene- und Verhaltensregeln zum Schutz gegen dasneue Coronavirus. Schweizerische Eidgenossenschaft https://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/a ktuell/medienmitteilungen.msg-id-78304.html (2020). 56. Gobierno del Reino Unido, D. for E. Schools, colleges and early ambients to close. Gobierno del Reino Unidohttps://www.gov.uk/government/news/schools-colleges-and-ears-settings-to-close (2020). 57. Gobierno del Reino Unido. Discurso del Primer Ministro a la nación sobre el coronavirus: 23 de marzo de 2020. Gobierno del Reino Unidohttps://www.gov.uk/government/speeches/pm-address-to-the-nation-on-coronavirus-23-march-2020(2020158. Boycott-Owen, Mason; Bowman, Verity; Kelly-Linden, Jordan; Gartner, A. G. H. S. T.Coronavirus: Boris Johnson encierra al Reino Unido a medida que el número de muertos llega a 55. The Telegraphhttps://www.telegraph.co.uk/global-health/science-and- disease/coronavirus-news-uk-latest-update-covid-19-death-toll-cases/ (2020). BBC Newshttps://www.bbc.co.uk/news/uk-51857856 (2020).

¿Cuál es el porcentaje medio estimado de Noruega [intervalo creíble del 95%] de la población total infectada al 28 de marzo?

Estimando el número de infecciones y el impacto de las intervenciones no farmacéuticas en el COVID-19 en 11 países europeos30 marzo 2020 Imperial College COVID-19 Response TeamSeth Flaxmani Swapnil Mishra*, Axel Gandy*, H JulietteT Unwin, Helen Coupland, Thomas A Mellan, HarrisonZhu, Tresnia Berah, Jeffrey W Eaton, Pablo N P Guzman, Nora Schmit, Lucia Cilloni, Kylie E C Cuomo—Dannenburg, Amy Dighe, Bimandra Djaafara, Ilaria Dorigatti, Sabine van Elsland,Rich Fitz, Han Fu, Katy Gaytorpe, Gendarme, Peter Geidelberg, Wi Green, Timothy Hallett, Arranmlet, Weinsland, EE.UU., EE.UU En respuesta, muchos países europeos han puesto en marcha intervenciones no farmacéuticas sin precedentes, como el aislamiento de casos, el cierre de escuelas y universidades, la prohibición de reuniones masivas o actos públicos, y, más recientemente, una ampliadistribución social a escala local y nacional, incluidos los bloqueos.En este informe, utilizamos un modelo jerárquico bayesiano semimecanicista para tratar de deducir el impacto de estas intervenciones en 11 países europeos.Nuestros métodos suponen que los cambios en el número productivo —una medida de transmisión— son una respuesta inmediata a estas intervenciones en lugar de cambios graduales más amplios en el comportamiento.Nuestro modelo estima estos cambios calculando hacia atrás de las muertes observadas a lo largo del tiempo para estimar la transmisión que ocurrió varias semanas antes, permitiendo el lapso entre la infección y la muerte.Una de las principales suposiciones del modelo es que cada intervención tiene el mismo efecto en el número de producción en todos los países y en el tiempo. Esto nos permite aprovechar una mayor cantidad de datos en toda Europa para estimar estos efectos. También significa que nuestros resultados están fuertemente impulsados por los datos de países con epidemias más avanzadas, y las intervenciones anteriores, como Italia y España. Encontramos que el lento crecimiento de las muertes diarias reportadas en Italia es consistente con un impacto significativo de las intervenciones implementadas varias semanas antes. En Italia, estimamos que el número de reproducción efectiva, Rt, cayó a cerca de 1 alrededor de la época de Iockdown (11 de marzo), aunque con un alto nivel de incertidumbre. En general, estimamos que los países han logrado reducir su número de reproducción. Nuestras estimaciones tienen amplios intervalos creíbles y contienen 1 para los países que han implementado intervenciones consideradas en nuestro análisis. Esto significa que el número de reproducción puede estar por encima o por debajo de este valor. Dado que las intervenciones actuales se mantienen al menos hasta finales de marzo, estimamos que las intervenciones en los 11 países habrán evitado 59.000 muertes hasta el 31 de marzo[intervalo creíble del 95%: 21.000-120.000].Muchas más muertes se evitarán garantizando que las intervenciones permanezcan en vigor hasta que la transmisión disminuya a niveles bajos.Estimamos que, en los 11 países entre 7 y 43 millones de personas se han infectado con el SARS-CoV-Z hasta el 28 de marzo, lo que representa entre el 1,88% y el 11,43% de la población.Se estima que la proporción de la población infectada hasta la fecha —la tasa de ataque— es la más alta en España seguida por Italia y la más baja en Alemania y Noruega, lo que refleja las etapas relativas de las epidemias.Dado el retraso de 2-3 semanas entre el momento en que se producen los cambios de transmisión y cuando su impacto puede observarse en las tendencias de mortalidad, Si las intervenciones en países en las etapas más tempranas de su epidemia, como Alemania o el Reino Unido, son más o menos eficaces de lo que eran en los países con epidemias avanzadas, en los que nuestras estimaciones se basan en gran medida, o si las intervenciones han mejorado o han empeorado con el tiempo, nuestras estimaciones del número de reproducción y las muertes evitadas cambiarían en consecuencia. Por lo tanto, es fundamental que las intervenciones actuales sigan en vigor y las tendencias en los casos y muertes se monitoricen de cerca en los próximos días y semanas para garantizar que la transmisión del SARS-Cov-Z se esté desacelerando. Imperial College London (2020), doi:https://doi.org/10.25561/777311 IntroducciónTras la aparición de un nuevo coronavirus (SARS-CoV-Z) en Wuhan (China) en diciembre de 2019 y su propagación mundial, han surgido en Europa grandes epidemias de la enfermedad, causadas por el virus denominado COVID-19. En respuesta al creciente número de casos y muertes, y para mantener la capacidad de los sistemas de salud para tratar tantos casos graves como sea posible, los países europeos, como los de otros continentes, han implementado o están en proceso de aplicar medidas para controlar susepidemias. Estas intervenciones no farmacéuticas a gran escala varían de un país a otro, pero incluyen distanciamiento social (como la prohibición de grandes reuniones y el asesoramiento a las personas para que no socialicen fuera de sus hogares), cierres de fronteras, cierres de escuelas, medidas para aislar a las personas sintomáticas y sus contactos, y bloqueos a gran escala de poblaciones con todos los viajes internos menos esenciales prohibidos.Entender, en primer lugar, si estas intervenciones están teniendo el impacto deseado de controlar la epidémica y, en segundo lugar, qué intervenciones son necesarias para mantener el control, es crítico dada su gran coste económico y social.El objetivo clave de estas intervenciones es reducir el número de reproducción eficaz, Rt, de la infección, una cantidad epidemiológica fundamental que representa el número medio de infecciones, en el momento t, por caso infectado durante el curso de su infección. Si Rt es mayor que 1, las infecciones aumentarán (dependiendo de cuánto mayor que 1 el número de reproducción es) hasta los picos tepidémicos y eventualmente disminuye debido a la adquisición de inmunidad de rebaños. En China, las estrictas restricciones de movimiento y otras medidas incluyendo aislamiento de casos y cuarentena comenzaron a introducirse a partir del 23 de enero, lo que logró una tendencia a la baja en el número de nuevos casos confirmados durante febrero, resultando en cero nuevos casos indígenas confirmados en Wuhan para el 19 de marzo. Los estudios han calculado cómo cambió Rt durante este tiempo en diferentes áreas de China desde alrededor de 2-4 durante la epidemia incontrolada hasta menos de 1, con una disminución estimada de 7-9 veces en el número de contactos diarios por persona.1'2 Medidas de control tales como distanciamiento social, pruebas intensivas y rastreo de contacto en otros países como Singapur y Corea del Sur han reducido con éxito la incidencia de casos en las últimas semanas, aunque existe un riesgo de que el virus se propague de nuevo una vez que las medidas de control se relajen.3'4La epidemia comenzó un poco más tarde en Europa, a partir de enero o más tarde en diferentes regiones.5 Los países han aplicado diferentes combinaciones de medidas de control y es probable que el nivel de cumplimiento de las recomendaciones gubernamentales sobre distanciamiento social varíe entre países, en parte debido a diferentes niveles de aplicación. La estimación de los números de reproducción para el SARS-CoV-Z presenta desafíos debido a la alta proporción de infecciones no detectadas por los sistemas de salud"7 y a los cambios regulares en las políticas de pruebas, lo que da lugar a proporciones indiferentes de infecciones detectadas a lo largo del tiempo y entre los países.La mayoría de los países hasta ahora sólo tienen la capacidad de probar una pequeña proporción de casos sospechosos y las pruebas están reservadas para pacientes con enfermedades graves o para grupos de alto riesgo (por ejemplo, contactos de casos).Por lo tanto, el análisis de los datos de los casos da una visión sistemáticamente sesgada de las tendencias.Una forma alternativa de estimar el curso de la epidemia es volver a calcular las infecciones derivadas de las muertes observadas. Si bien las tendencias recientes de las muertes serán, por tanto, informativas, hay un retraso en la observación del efecto de las intervenciones sobre las muertes, ya que hay un período de 2 a 3 semanas entre lainfección, el inicio de los síntomas y el resultado.En este informe, encajamos un nuevo modelo mecánico bayesiano del ciclo de infección en las muertes observadas en11 países europeos, inferiendo límites plausibles superiores e inferiores (intervalos creíbles bayesianos) de la población total infectada (tasas de ataque), probabilidades de detección de casos y el número de reproducción a lo largo del tiempo (Rt).Ajustamos el modelo conjuntamente a los datos de COVID-19 de todos estos países para evaluar si hay pruebas de que las intervenciones han tenido éxito hasta ahora en reducir la Rt por debajo de 1, con la fuerte suposición de que las intervenciones particulares están logrando un impacto similar en diferentes países y de que la La mayoría de las intervenciones se iniciaron alrededor del 12 al 14 de marzo. Analizamos los datos sobre las muertes hasta el 28 de marzo, dando un margen de 2-3 semanas para estimar el efecto de las intervenciones. Actualmente, la mayoría de los países en nuestro estudio han implementado todas las intervenciones no farmacéuticas importantes. Para cada país, modelamos el número de infecciones, el número de muertes y el número de reproducciones efectivas a lo largo del tiempo, con Rt cambiando sólo cuando se introduce una intervención (Figura 2-12). Rt es el número medio de infecciones secundarias por individuo infectado, asumiendo que las intervenciones que se realizan en el momento t permanecen en el lugar durante todo su período infeccioso. Cada país tiene su propio número de reproducción inicial Rt antes de que se lleven a cabo las intervenciones. Se supone que las intervenciones específicas tienen el mismo impacto relativo en Rt en cada país cuando se introdujeron allí y están informadas por los datos de mortalidad en todos los países. Figura l: Cronogramas de intervención para los 11 países europeos incluidos en el análisis.Para más detalles, véase el apéndice 8.6.2.1 Número real estimado de infecciones y tasas de ataque actualesEn todos los países, estimamos que hay órdenes de magnitud menos infecciones detectadas (Figura 2) En Italia, nuestros resultados sugieren que, acumulativamente, 5.9 [1,9-15,2] millones de personas han sido infectadas al 28 de marzo, dando una tasa de ataque del 9,8% [3,2%-25%] de la población (Tabla 1). España ha visto recientemente un gran aumento en el número de muertes, y dada su menor población, nuestro modelo estima que una mayor proporción de la población, 15,0% (7,0 [18-19] millones de personas) han sido infectadas hasta la fecha. Alemania se estima que tiene una de las tasas de ataque más bajas en el 0,7% con 600.000[240,000-1,500.000] personas infectadas. Imperial College COVID-19 Response TeamTabla l: Modelo posterior estimaciones del porcentaje de la población infectada al 28 de marzo de 2020. País % de la población total infectada (media [intervalo creíble del 95%l)Austria 1,1% [0,36%-3,1%]Bélgica 3,7% [1,3%-9,7%]Dinamarca 1,1% [0,40%-3,1%]Francia 3,0% [1,1%-7,4%]Alemania 0,72% [0,28%-1,8%]Italia 9,8% [3,2%-26%]Noruega 0,41% [0,09%-1,2%]España 15% [3,7%-41%]Suecia 3,1% [0,85%-8,4%]Suiza 3,2% [1,3%-7,6%]Reino Unido 2,7% [1,2%-5,4%]2,2 Números de reproducción e impacto de las intervencionesAveriguados en todos los países, estimamos que los números de reproducción inicial rondan los 3,87 [3,01-4,66], lo que está en consonancia con otras estimaciones.1'8 Estas estimaciones se basan en nuestra elección de la distribución entre intervalos seriales y la tasa de crecimiento inicial de Un intervalo serial más corto supone un menor número de reproducción inicial (Apéndice 8.4.2, Apéndice 8.4.6).Los números de reproducción inicial también son inciertos debido a que: a) la importación es la fuente dominante de nuevas infecciones al principio de la epidemia, en lugar de la transmisión local (b) la posible incertidumbre en las muertes, particularmente antes de que se generalizaran las pruebas.Estimamos que los grandes cambios en la Rt en respuesta a las intervenciones combinadas no farmacéuticas.Nuestros resultados, impulsados en gran parte por países con epidemias avanzadas y un mayor número de muertes (por ejemplo, Italia, España), sugieren que estas intervenciones han tenido conjuntamente un impacto sustancial en la transmisión, medidos por los cambios en el número de reproducción estimado Rt. En todos los países encontramos estimaciones actuales de Rt que van desde una media posterior de 0,97 [0,14-2,14] para Noruega a una media a posteriori de 2,64 [1,40-4,18] para Suecia, con un promedio de 1,43 en los 11 países a posteriori, una reducción del 64% en comparación con los valores de pre-intervención. Observamos que estas estimaciones son consistentes en que el impacto de la intervención es el mismo en diferentes países y en diferentes épocas. En todos los países, excepto Suecia, en las mismas suposiciones, estimamos que el número de reproducción actual incluye 1 en el rango de incertidumbre. El número de reproducción estimado para Suecia es mayor, no porque las tendencias de mortalidad son significativamente diferentes de cualquier otro país, sino como un artefacto de nuestro modelo, que supone una reducción menor en Rt porque no se ha ordenado un bloqueo completo en la medida. En general, aún no podemos concluir si las intervenciones actuales son suficientes para lograr que Rt sea inferior a 1 (posterior probabilidad de ser inferior a 1,0 es un 44% en promedio en todos los países). También no podemos concluir si las intervenciones pueden ser diferentes entre países o con el tiempo. Sigue habiendo un alto nivel de incertidumbre en estas estimaciones.Es demasiado pronto para detectar un impacto sustancial de la intervención en muchos países en etapas anteriores de su epidemia (por ejemplo, Alemania, Reino Unido, Noruega).Muchas intervenciones se han producido sólo recientemente, y sus efectos aún no se han observado plenamente debido al retraso entre la infección y la muerte.Esta incertidumbre reducirá a medida que se disponga de más datos.Para todos los países, nuestro modelo se ajusta bien a los datos de muertes observadas (pruebas de bondad de la adecuación bayesiana).También descubrimos que nuestro modelo puede predecir de manera fiable las muertes diarias 3 días en el futuro, reteniendo los últimos 3 días de datos Sin embargo, al realizar un análisis de sensibilidad (Apéndice 8.4.3) con distribuciones previas sin información (donde las intervenciones pueden aumentar las muertes) encontramos un impacto similar de las intervenciones del equipo de respuesta del Colegio Imperial COVID-19, que muestra que nuestra elección de la distribución previa no está impulsando los efectos que vemos en el análisis principal.Figura 2: Estimaciones a nivel de país de infecciones, muertes y Rt. Izquierda: número diario de infecciones, marronbars se reportan infecciones, bandas azules son infecciones predichas, intervalo creíble de azul oscuro 50% (IC), azul claro 95% IC. El número de infecciones diarias estimadas por nuestro modelo disminuye inmediatamente después de una intervención, ya que suponemos que todas las personas infectadas se vuelven inmediatamente menos infecciosas a través de la intervención. Medio: número diario de muertes, barritas marrones se reportan muertes, bandas azules se predicen muertes, Cias en la parcela izquierda. Derecha: número de reproducción variable en el tiempo Rt, verde oscuro 50% IC, verde claro 95% IC. Iconos son intervenciones mostradas en el momento en que ocurrieron. Imperial College COVID-19 Response TeamTabla 2: Muertes previstas totales desde el inicio de la epidemia hasta el 31 de marzo en nuestro modelo y en un modelo contrafactual (suponiendo que no hubo intervención).Estimadas muertes evitadas durante este período como resultado de las intervenciones.Números entre paréntesis son intervalos creíbles del 95%. 2.3 Impacto estimado de las intervenciones en las muertesLa Tabla 2 muestra el total de muertes previstas desde el comienzo de la epidemia hasta el 31 de marzo bajo nuestro modelo ajustado y bajo el modelo contrafactual, que predice lo que habría ocurrido si no se implementaran intervenciones (y R, En Italia y España, donde la epidemia está avanzada, se han evitado 38.000 muertes [13.000-84.000] y 16.000 [5400-35.000], respectivamente. Incluso en el Reino Unido, que es mucho más temprano en su epidemia, se han evitado 370 [73-1,000] muertes, que sólo dan lugar a las muertes evitadas que habrían ocurrido hasta el 31 de marzo. Si se incluyeran las muertes de individuos actualmente infectados en ambos modelos, lo que podría ocurrir después del 31 de marzo, las muertes evitadas serían sustancialmente más altas. Figura 3: Número diario de muertes confirmadas, predicciones (hasta el 28 de marzo) y previsiones (después) para (a)Italia y (b) España de nuestro modelo con intervenciones (azul) y del modelo sin intervencionescontrafactuales (rosa); los intervalos creíbles se muestran una semana en el futuro. Otros países se muestran en el Apéndice 8.6. 03/0 25% 50% 753% 100%(sin efecto sobre la transmisibilidad) (final de la transmisibilidadReducción porcentual en R.Figura 4: Nuestro modelo incluye cinco covariables para intervenciones gubernamentales, ajustando para si la intervención fue la primera realizada por el gobierno en respuesta a COVID-19 (rojo) o fue posterior a otras intervenciones (verde).Se muestra una reducción porcentual relativa media en Rt con intervalos creíbles posteriores al 95%.Si se logra una reducción del 100%, Rt = 0 y no hay mástransmisión de COVID-19.No hay efectos significativamente diferentes de los de otras intervenciones, probablemente debido al hecho de que muchas intervenciones ocurrieron en el mismo día o en días de cada una como se muestra en la Figura l.3 DiscusiónDurante esta fase temprana de medidas de control contra el nuevo coronavirus en Europa, analizamos tendencias en el número de muertes para evaluar la medida en que se está reduciendo la transmisión Al representar el proceso de infección por COVID-19 utilizando un modelo jerárquico semimecánico, conjunto y bayesiano, podemosreducir las tendencias observadas en los datos de muertes y podemos pronosticar con precisión en cortos horizontes de tiempo.Estimamos que ha habido muchas más infecciones de las que se reportan actualmente.El alto nivel de incertidumbre de infecciones que estimamos aquí es probable debido al enfoque en pruebas en entornos hospitalarios más que en la comunidad.A pesar de esto, sólo una pequeña minoría de individuos en cada país han sido infectados, con una tasa de ataque en promedio del 4,9% [l,9%-l%] con una considerable variación entre países (Tabla 1).Nuestras estimaciones implican que las poblaciones en Europa no están cercanas a la inmunidad de rebaños ("50-75% si R0 es 2-4).Además, con los valores de Rt disminuyendo sustancialmente, la tasa de adquisición de inmunidad de rebaños se ralentizará rápidamente. Esto implica que el virus será capaz de propagarse rápidamente en caso de que se levanten las intervenciones.Tales estimaciones de la tasa de ataque hasta la fecha deben ser validadas con urgencia por pruebas de anticuerpos recientemente desarrolladas en encuestas de población representativas, una vez que éstas estén disponibles.Estimamos que las intervenciones no farmacéuticas importantes han tenido un impacto sustancial en el número de reproducción que varía en el tiempo en los países donde ha habido tiempo para observar los efectos de la intervención en las tendencias de las muertes (Italia, España). Debido a la rápida sucesión de intervenciones en muchos países, no se dispone de datos suficientes para estimar el tamaño del efecto individual de cada intervención, y desalentamos la atribución de asociaciones a la intervención individual.En algunos casos, como Noruega, donde todas las intervenciones se ejecutaron a la vez, estos efectos individuales son por definición no identificables.A pesar de esto, aunque no se pueden determinar los impactos individuales, su impacto conjunto estimado está fuertemente justificado empíricamente (véase el apéndice 8.4 para el análisis de sensibilidad).Si bien el crecimiento de las muertes diarias ha disminuido, debido a la diferencia entre las infecciones y las muertes, es de esperar un aumento continuo de las muertes diarias durante algún tiempo.Para comprender el impacto de las intervenciones, nos ajustamos a un modelo contrafactual sin las intervenciones y lo comparamos con el modelo real.Consideramos Italia y el Reino Unido -dos países en etapas muy diferentes de sus epidemias.Para el Reino Unido, donde las intervenciones son Los resultados sugieren que las intervenciones tendrán un gran impacto en las infecciones y muertes a pesar del aumento de ambos.Para Italia, donde ha pasado mucho más tiempo desde que se han implementado las intervenciones, está claro que el modelo sin intervenciones no encaja bien con los datos, y no puede explicar la reducción sublineal (en la escala logarítmica) de las muertes (véase la figura 10).El modelo contrafactual para Italia sugiere que, a pesar de la creciente presión sobre los sistemas de salud, las intervenciones han evitado una catástrofe sanitaria en la que el número de nuevas muertes habría sido 3,7 veces mayor (38.000 muertes evitadas) de lo que se observa actualmente.Incluso en el Reino Unido, mucho antes de su epidemia, se prevé que las recientes intervenciones evitarán 370 muertes totales hasta el 31 de marzo. Dados los índices de mortalidad por infecciones observadas y la epidemiología de la COVID-19, las intervenciones no farmacéuticas importantes han tenido un impacto sustancial en la reducción de la transmisión en los países con epidemiologías más avanzadas. Es demasiado pronto para estar seguros de que se verán reducciones similares en los países en las etapas anteriores de su epidemia. Si bien no podemos determinar qué conjunto de intervenciones han tenido más éxito, ya podemos ver cambios en las tendencias de las nuevas muertes. Cuando se pronostican 3 días y se examina toda la epidemia, el número de muertes evitadas es sustancial. Observamos que se está produciendo una innovación sustancial, y nuevas intervenciones o refinamientos más eficaces de las intervenciones actuales, junto con cambios de comportamiento, contribuirán aún más a la reducción de las infecciones. No podemos decir con certeza que las medidas actuales hayan controlado la epidemia en Europa; sin embargo, si continúan las tendencias actuales, hay razones para el optimismo. Proponemos una estructura plausible para el proceso de infección y luego estimamos los parámetros empíricamente. Sin embargo, muchos parámetros tuvieron que ser dados fuertes distribuciones previas o tenían que ser fijados. Para estas suposiciones, hemos proporcionado citas relevantes a estudios previos. A medida que se disponga de más datos y surjan mejores estimaciones, actualizaremos estos reportes quincenales. Nuestra elección de la distribución de intervalos seriales influye fuertemente en la distribución previa para el inicio de R0. Nuestra relación de mortalidad por infección y distribuciones de infección a muerte influyen fuertemente en la tasa de muerte y por lo tanto el número estimado de casos subyacentes verdaderos. También suponemos que el efecto de las intervenciones es el mismo en todos los países, lo que puede no ser totalmente realista. Esto implica que los países con intervenciones tempranas y más muertes ya que estas intervenciones (por ejemplo, Italia, España) influyen fuertemente en las estimaciones del impacto de la intervención en los países en las etapas más tempranas de Hemos intentado crear definiciones coherentes de todas las intervenciones y documentar detalles al respecto en elApéndice 8.6. Sin embargo, invariablemente habrá diferencias de un país a otro en la fuerza de su intervención, por ejemplo, la mayoría de los países han prohibido la reunión de más de 2 personas cuando se aplica un bloqueo, mientras que en Suecia el gobierno sólo prohibió la reunión de más de 10 personas. Estas diferencias pueden distorsionar los impactos en países con muy pocos datos. Creemos que nuestra incertidumbre puede cubrir en cierto grado estas diferencias, y a medida que se disponga de más datos, loscoeficientes deberían ser más fiables. Sin embargo, a pesar de estas fuertes suposiciones, hay suficiente señal en los datos para estimar los cambios en R, (véase el análisis de sensibilidad reportado en el Apéndice 8.4.3) y esta señal se incrementará con el tiempo. En nuestro marco jerárquico bayesiano, cuantificamos robustamente la incertidumbre en nuestras estimaciones de parámetros y predicciones posteriores. Esto se puede observar en los intervalos creíbles más amplios de los últimos días, en los que se dispone de pocos o ningún dato sobre la muerte para informar las estimaciones. Además, predecimos el impacto de la intervención a nivel nacional, pero puede haber diferentes tendencias en diferentes partes de cada país. Por ejemplo, la epidemia en el norte de Italia estaba sujeta a controles antes que el resto del país. 5DatosNuestro modelo utiliza datos diarios sobre la mortalidad en tiempo real del ECDC (Centro Europeo de Control de Enfermedades), donde catalogamos datos de casos de 11 países europeos que actualmente padecen la epidemia: Austria, Bélgica, Dinamarca, Francia, Alemania, Italia, Noruega, España, Suecia, Suiza y Reino Unido. El ECDC proporciona información sobre casos confirmados y muertes atribuibles a COVID-19. Sin embargo, los datos de casos no presentan una gran representación de la incidencia de infecciones debido a la falta de informes, así como a cambios sistemáticos y específicos de países Nosotros, por lo tanto, utilizamos sólo las muertes atribuibles a COVID-19 en nuestro modelo; no utilizamos las estimaciones de casos de ECDC en absoluto.Si bien las muertes observadas todavía tienen cierto grado de falta de fiabilidad, de nuevo debido a cambios en los informes y las pruebas, creemos que los datos son de suficiente fidelidad al modelo.Para los recuentos de población, utilizamos los recuentos desglosados por edad de la UNPOP.10También catalogamos datos sobre la naturaleza y el tipo de intervenciones no farmacéuticas importantes.Miramos las páginas web gubernamentales de cada país, así como sus páginas web oficiales de información y división de salud pública para identificar los últimos consejos/leyes que emiten el gobierno y las autoridades sanitarias públicas.Recopilamos lo siguiente:Se ordenó el cierre de la escuela: Esta intervención se refiere a los cierres extraordinarios de escuelas a nivel nacional que en la mayoría de los casos se refieren al cierre de escuelas primarias y secundarias (para la En el caso de Dinamarca y Suecia, permitimos el cierre parcial de las escuelas sólo en las escuelas secundarias. La fecha de cierre de la escuela se considera como la fecha efectiva en que las escuelas comenzaron a cerrarse (si este era un lunes, la fecha utilizada era la de los sábados anteriores, ya que alumnos y estudiantes permanecieron efectivamente en casa a partir de esa fecha). Medidas basadas en casos. Esta intervención comprende recomendaciones o leyes sólidas al público en general y a la atención primaria sobre el autoaislamiento al mostrar síntomas similares al COVID-19.Estos incluyen también programas nacionales de pruebas en los que las personas pueden ser sometidas a pruebas y posteriormente autoaisladas. Nuestra definición se limita al asesoramiento del gobierno a nivel nacional a todas las personas (por ejemplo, el Reino Unido) o a toda atención primaria, y excluye únicamente el asesoramiento regional.Estos no incluyen intervenciones en fase de contención como el aislamiento si regresan de un país epidémico como China. Se ha fomentado el distanciamiento social: Como una de las primeras intervenciones contra la propagación de la pandemia COVID-19, muchos gobiernos han publicado consejos sobre distanciamiento social, incluyendo la recomendación de trabajar desde casa siempre que sea posible, reduciendo el uso del transporte público y todos los demás contactos no esenciales.Las fechas utilizadas son aquellas en las que el distanciamiento social ha sido recomendado oficialmente por el gobierno; el consejo puede incluir mantener una distancia física recomendada de otros. Decretado el bloqueo: Hay varios escenarios diferentes a los que los medios de comunicación se refieren como bloqueo. Como definición general, consideramos regulaciones/legislaciones sobre estricta interacción social cara a cara: incluyendo la prohibición de cualquier reunión pública no esencial, cierre de instituciones educativas y públicas/culturales, ordenando a las personas a permanecer en casa aparte del ejercicio y las tareas esenciales. Las fechas utilizadas son las fechas efectivas en que se han implementado estas legislaciones. Observamos que el bloqueo abarca otras intervenciones previamente implementadas. Primera intervención: Como muestra la Figura 1, los gobiernos europeos han escalado las intervenciones rápidamente, y en algunos ejemplos (Noruega/Dinamarca) han implementado todas estas intervenciones en un solo día. Por lo tanto, dada la autocorrelación temporal inherente a la intervención gubernamental, incluimos covariable abinaria para la primera intervención, que puede interpretarse como una decisión gubernamental de tomar medidas importantes para controlar COVID-19. Una lista completa de las fechas de estas intervenciones y las fuentes que hemos utilizado se puede encontrar en el Apéndice 8.6. 6 Métodos ResumenUn resumen visual de nuestro modelo se presenta en la Figura 5 (detalles en los Apéndices 8.1 y 8.2). El código de replicación está disponible en https://github.com/mperiaCollegeLondres/covid19model/releases/tag/vl.0Ajustamos nuestro modelo a las muertes observadas de acuerdo con los datos de ECDC de 11 países europeos.Las muertes modeladas se basan en una distribución de infección a inicio (tiempo desde la infección hasta el inicio de los síntomas), una distribución de inicio a muerte (tiempo desde el inicio de los síntomas hasta la muerte) y la relación de mortalidad por infección media de la población (ajustada para la estructura de edad y los patrones de contacto de cada país, véase el Apéndice).Debido a estas distribuciones y proporciones, las muertes modeladas son una función del número de infecciones.El número de infecciones modelado se basa en la distribución por intervalos de serie (tiempo medio desde la infección de una persona hasta el momento en que infectan a otra Finalmente, el número de reproducción variable en el tiempo es una función del número de reproducción inicial antes de las intervenciones y los tamaños de efecto de las intervenciones.Figura 5: Resumen de los componentes del modelo. Siguiendo la jerarquía de abajo a arriba nos da un marco completo para ver cómo las intervenciones afectan a las infecciones, que pueden resultar en muertes.Utilizamos la inferencia bayesiana para asegurar que nuestras muertes modeladas puedan reproducir las muertes observadas lo más cerca posible.De abajo a arriba en la Figura 5, hay un retraso implícito en el tiempo que significa el efecto de intervenciones muy recientes se manifiestan débilmente en muertes actuales (y se fortalecen a medida que avanza el tiempo).Para maximizar la capacidad de observar el impacto de la intervención en las muertes, encajamos nuestro modelo conjuntamente para los 11 países europeos, lo que resulta en un conjunto de datos grande. Hemos evaluado el efecto de nuestras elecciones de distribución de Bayesianprior y evaluado nuestra calibración posterior bayesiana para asegurar que nuestros resultados seanestadísticamente robustos (Apéndice 8.4). 7 AgradecimientosLa investigación inicial sobre covariables en el Apéndice 8.6 fue fuente de crowdsourcing; agradecemos a varias personas de todo el mundo por su ayuda. Este trabajo fue apoyado por el Centro de financiación del Consejo de Investigación Médica del Reino Unido bajo un acuerdo con el Departamento de Desarrollo Internacional del Reino Unido, la Unidad de Investigación sobre Protección de la Salud del NIHR en Metodología de Modelado y ComunidadJameel. 8 Apéndice: Modelo de Análisis de Especificaciones, Validación y Sensibilidad8.1 Modelo de muerteObservamos muertes diarias Dam durante los días t E 1,...,n y países m E 1,...,p. Estas muertes diarias se modelan utilizando una presa de función real valuada positiva Se supone que la presa sigue una distribución binomio negativa conEl número esperado de muertes (1 en un país determinado en un día dado es una función del número de infecciones C que ocurren en días anteriores. Al principio de la epidemia, las muertes observadas en un país pueden estar dominadas por muertes que resultan de infecciones que no son adquiridas localmente. Para evitar sesgar nuestro modelo por esto, sólo incluimos muertes observadas desde el día después de que un país haya observado acumulativamente 10 muertes en nuestro modelo. Para vincular mecánicamente nuestrafunción de muertes a casos infectados, utilizamos una infección COVID-19-fatalidad-ratio ifr estimada previamente (probabilidad de muerte dada infección)9 junto con una distribución detiempos de infección a muerte TE. El ifr se deriva de estimaciones presentadas en Verity et al11 que suponen tasas de ataque homogéneo entre grupos de edad. Para ajustar mejor las estimaciones de las tasas de ataque por edades generadas utilizando información más detallada sobre los patrones de mezcla de países y edades específicas, escalamos estas estimaciones (el ifr no ajustado, al que aquí se hace referencia como ifr’) de la siguiente manera como en el trabajo anterior.4Let Ca ser el número de infecciones generadas en el grupo de edad a, Na el tamaño subyacente de la población en ese grupo de edad y AR“ 2 Ca/Na el índice de ataque específico de grupo de edad.El ifr ajustado se da entonces por: ifra = fififié, donde AR50_59 es la tasa de ataque prevista en el grupo de edad de 50-59 años después de incorporar los patrones de contacto y mezcla específicos de países.Este grupo de edad fue elegido como referencia ya que tenía el nivel más bajo previsto de subinforme en análisis previos de los datos de la epidemia china“. Se obtuvieron estimaciones por países de la tasa de ataque por edad, AR“, para los 11 países europeos en nuestro análisis de un estudio anterior que incorpora información sobre el contacto entre individuos de diferentes edades en países de toda Europa12. Luego se obtuvieron estimaciones globales de cada país ajustando tanto para la demografía como para las tasas de ataque específicas por edad. Utilizando información epidemiológica estimada de estudios anteriores,"11 se supone que la TE es la suma de dos tiempos aleatorios independientes: la distribución del período de incubación (infección al inicio de los síntomas o infección hasta el inicio) y el tiempo entre el inicio de los síntomas y la muerte (ingreso a la muerte). La distribución de la infección hasta el inicio es Gamma distribuida con media de 5,1 días y coeficiente de variación0,86. La distribución de la aparición a la muerte es también Gamma distribuida con una media de 18,8 días y coeficiente de va riación 0,45. Por lo tanto, la distribución de la infección-a-muerte está dada por:um ~ ifrm ~ (Gamma(5.1,0,86) + Gamma(18,8,0,45)) La Figura 6 muestra la distribución de la infección-a-muerte y la función de supervivencia resultante que se integra a la relación de mortalidad por infección.Figura 6: Distribución izquierda de la infección-a-muerte (media 23,9 días). Correcto, probabilidad de supervivencia de individuos infectados por día dada la relación de mortalidad por infección (1%) y la distribución de la infección-a-muerte por la izquierda.Usando la probabilidad de distribución de la muerte, el número esperado de muertes presa, en un día dado t, para el país, m, está dada por la siguiente suma discreta:El número de muertes hoy es la suma de las infecciones pasadas ponderadas por su probabilidad de muerte, donde la probabilidad de muerte Este enfoque ha sido utilizado en numerosos estudios previos13'16 y tiene una fuerte base teórica en procesos de conteo estocásticos basados en individuos como el proceso Hawkes y el proceso Bellman-Harris.”18 El nuevo modelo está relacionado con el modelo Susceptible-Infectado-Recuperado, excepto que la renovación no se expresa en forma diferencial. Para modelar el número de infecciones con el tiempo necesitamos especificar una distribución serialinterval g con densidad g(T), (el tiempo entre cuando una persona se infecta y cuando posteriormente infectan a otras personas), que elegimos ser Gamma distribuido:g ~ Gamma (6.50.62). La distribución del intervalo serial se muestra a continuación en la Figura 7 y se supone que es la misma para todos los países. Figura 7: Distribución del intervalo serial g con una media de 6,5 días. Dada la distribución del intervalo serial, el número de infecciones Eamon a determinado día t, y country, m, está dado por la siguiente función de convolución discreta:_ t—1Cam — Ram ZT=0 Cr,mgt—‘r r where, similar a la probabilidad de la función de muerte, el intervalo serial diario está discretizado porfs+0.51.5gs = T=s—0.Sg(T)dT fors = 2,3 y 91 = fT=Og(T)dT. Las infecciones dependen hoy en día del número de infecciones en los días anteriores, ponderadas por la distribución del intervalo serial discretizado.Esta ponderación es entonces escalada por el número de producción de tiempo específico, Ram, que modela el número medio de infecciones secundarias en un momento dado. La forma funcional para el número de reproducción del tiempo-Variante fue elegida para ser lo más simple posible para minimizar el impacto de supuestos previos fuertes: utilizamos una función constante por partes que escalaRam de una línea de base previa R0,m y es impulsada por las principales intervenciones no farmacéuticas conocidas que ocurren en diferentes países y tiempos. Incluyemos 6 intervenciones, una de las cuales se construye a partir de las otras 5 intervenciones, que son cronogramas de cierres escolares y universitarios (k=l), enfermedad autoaislante (k=2), prohibición de eventos públicos (k=3), cualquier intervención gubernamental en lugar (k=4), implementación de un bloqueo parcial o completo (k=5) y fomento del distanciamiento y aislamiento social (k=6). Denotamos la variable indicadora de intervención k E 1,2,3,4,5,6 por IkI’m, que es 1 si la intervención k está en placein country m en el La covariable “cualquier intervención gubernamental” (k=4) indica si alguna de las otras 5 intervenciones está en efecto, es decir, 14’t’m es igual a 1 en el momento t si alguna de las intervencionesk E 1,2,3,4,5 están en vigor en el país m en el momento t y es igual a 0 de lo contrario. Covariable 4 tiene la interpretación de indicar el inicio de la intervención gubernamental mayor. Se supone que el efecto de cada intervención es multiplicativo. Ram es, por lo tanto, una función de los indicadores de intervenciónIk’t’m en lugar en el momento t en el país m:Ram : R0,m eXp(— 212:1 O(Rheum)-La forma exponencial se utilizó para asegurar la positividad del número de reproducción, con R0,mconstreñido a ser positivo como aparece fuera de la exponencial. El impacto de cada intervención enRam se caracteriza por un conjunto de parámetros 0(1,...,OL6, con distribuciones previas independientes elegidas para el beock ~ Gamma(. 5,1). Los impactos ock son compartidos entre todos los países m y por lo tanto están informados por todos los datos disponibles. La distribución previa para R0 fue escogida para serR0,m ~ Normal(2,4, IKI) con K ~ Normal(0,0.5),Una vez más, K es el mismo entre todos los países para compartir información. Asumimos que la siembra de nuevas infecciones comienza 30 días antes del día después de que un país haya observado 10 muertes. A partir de esta fecha, sembramos nuestro modelo con 6 días secuenciales de infecciones extraídas de cl’m,...,66’m~EXponential(T), donde T~Exponential(0.03). Se estimaron los parámetros de manera conjunta para los 11 países en un único modelo jerárquico. Se realizó el ajuste en el lenguaje de programación probabilístico Stan,19 utilizando un sampler adaptativo Hamiltoniano Monte Carlo (HMC). Se realizaron 8 cadenas para 4000 iteración con 2000 iteración de calentamiento y un factor de adelgazamiento 4para obtener 2000 muestras posteriores. Se evaluó la convergencia posterior utilizando la estadística Rhat y mediante el diagnóstico de transiciones divergentes del sampler HMC. También se realizaron calibraciones anteriores a posteriori (véase más adelante). 8.3 ValidaciónValidamos la exactitud de las estimaciones puntuales de nuestro modelo utilizando la validación cruzada. En nuestro esquema de validación cruzada, dejamos fuera 3 días de datos de muerte conocidos (no acumulativos) y encajamos en nuestro modelo. Pronosticamos lo que el modelo predice para estos tres días. Presentamos las previsiones individuales para cada día, así como el Los resultados de validación cruzada se muestran en la Figura8.Figura 8: Resultados de validación cruzada para pronósticos agregados de 3 días y 3 díasFigura 8 proporciona una fuerte justificación empírica para nuestra especificación y mecanismo de modelo.Nuestra previsión precisa sobre un horizonte temporal de tres días sugiere que nuestras estimaciones ajustadas para Rt son apropiadas y plausibles.Además de las estimaciones puntuales, todos evaluamos nuestros intervalos posteriores creíbles utilizando la Rhatstatistic.La estadística de Rhat mide si nuestras cadenas Markov Chain Monte Carlo (MCMC) han convergido a la distribución de equilibrio (la distribución posterior correcta).La Figura 9 muestra las estadísticas de Rhatstatistics para todos nuestros parámetrosFigura 9: Las estadísticas de Rhat - valores cercanos a 1 indican la convergencia de MCMC. La Figura 9 indica que nuestra MCMC ha convergido. 8.4 SensibilidadAnálisis8.4.1 Previsión a escala logarítmica para evaluar la señal en los datosComo hemos destacado en todo el presente informe, el desfase entre las muertes y las infecciones significa que es tiempo suficiente para que la información propague backwards de las muertes a las infecciones y, en última instancia, al Rt. Una conclusión de este informe es la predicción de una desaceleración de la Rt en respuesta a las principales intervenciones. Recuperando la intuición de que se trata de datos impulsados y no simplemente una consecuencia de modelos altamente limitados, mostramos previsiones de muerte a escala logarítmica lineal. En esta escala, una línea que curvas por debajo de una tendencia lineal es indicativa de una desaceleración en el crecimiento de la epidemia. Nuestromodelo sugiere que Italia, un país que tiene el mayor número de muertes de COVID-19, verá una desaceleración en el aumento de las muertes diarias durante la próxima semana en comparación con las primeras etapas de la epidemia. Investigamos la sensibilidad de nuestras estimaciones de inicio y final Rt a nuestra supuesta distribución de intervalos seriales. Para ello consideramos varios escenarios, en los que cambiamos la media de distribución de intervalos seriales, de un valor de 6,5 días, para tener valores de 5, 6, 7 y 8 días. En la Figura 13, mostramos nuestras estimaciones de R0, el número de reproducción inicial antes de las intervenciones, para cada uno de estos escenarios. El orden relativo de la Rt=0 en los países es consistente en todos los entornos. Sin embargo, como se esperaba, la escala de Rt=0 se ve considerablemente afectada por este cambio. Esto se debe a que para alcanzar el tamaño observado actualmente de las epidemias, un intervalo serial más largo se compensa con un R0 estimado más alto. Además, en la Figura 14, mostramos nuestras estimaciones de Rt en el momento del modelo más reciente, de nuevo para cada uno de estos escenarios.La media del intervalo serial puede influir sustancialmente en Rt, sin embargo, los intervalos posteriores de Rt se superponen ampliamente.Figura 13: Número de reproducción inicial R0 para diferentes distribuciones de intervalo serial (SI) (medias entre 5 y 8 días).Utilizamos 6,5 días en nuestro análisis principal.Figura 14: Rt el 28 de marzo de 2020 estimado para todos los países, con distribución de intervalo serial (SI) medias entre 5 y 8 días.Utilizamos 6,5 días en nuestro análisis principal. Para evitar la colinealidad, realizamos 6 modelos separados, con efectos resumidos a continuación (comparar con el análisis principal de la Figura 4). En esta serie de análisis univariados, encontramos (Figura 15) que todos los efectos por sí solos sirven para disminuir el Rt. Esto nos da confianza en que nuestra elección de la distribución previa no está impulsando los efectos que vemos en el análisis principal. Lockdown tiene un efecto muy grande, lo más probable debido a que ocurre después de otras intervenciones en nuestro conjunto de datos. Los tamaños de efecto relativamente grandes para las otras intervenciones son más probables debido a la coincidencia de las intervenciones en el tiempo, de tal manera que una intervención es un proxy para unos pocos otros. Figura 15: Efectos de diferentes intervenciones cuando se utilizan como los únicos covariables en el modelo. 8.4.4.4Para evaluar las suposiciones previas sobre nuestra forma funcional constante por pieza para Rt probamos utilizando una función a Encajamos un modelo con una distribución previa de proceso gaussiano a los datos de Italia donde hay la mayor señal en los datos de muerte. Encontramos que el proceso gaussiano tiene una tendencia muy similar al modelo constante por partes y vuelve a la media en regiones de no datos. La correspondencia de una función completamente no paramétrica y nuestra función constante por piezas sugiere una especificación paramétrica adecuada de Rt. Montaje no paramétrico de Rf usando un proceso gaussiano:8.4.5 Dejar fuera el análisis del paísDebido a las diferentes longitudes de la epidemia de cada país europeo, algunos países, como Italia tienen muchos más datos que otros (como el Reino Unido). Para asegurarnos de que no estamos aprovechando demasiada información de ningún país realizamos un análisis de sensibilidad “dejar fuera un país”, donde recorrimos el modelo sin un país diferente cada vez. La Figura 16 y la Figura 17 son ejemplos de resultados para el Reino Unido, dejando de En general, para todos los países, no observamos ninguna dependencia significativa de ningún país.Figura 16: Resultados de modelos para el Reino Unido, cuando no se utilizan datos de Italia para ajustar el modelo.Ver laFigura 17: Resultados de modelos para el Reino Unido, cuando no se utilizan datos de España para ajustar el modelo.Ver subtítulo de la Figura 2 para una explicación de las gráficas. Para resultados teóricos bien conocidos de la ecuación de renovación, dada una distribución de intervalo serie g(r) con media m y desviación estándar 5, dada a = mZ/S2 y b = m/SZ, y posteriormente R0 = (1 + %).Figura 18 muestra teóricamente derivada R0 junto con nuestras estimaciones de Rt=0 de nuestro modelo jerárquico bayesiano.Como se muestra en la Figura 18 hay una grancorrespondencia entre nuestro número de reproducción inicial estimado y el número de reproducción básica implícito por la tasa de crecimiento r.R0 (rojo) vs R(FO) (negro)Figura 18: Nuestra estimación de R0 (negro) versus Ru(rojo) teóricamente derivado de un ajuste de regresión log lineal. 8.5 Análisis contrafactual — intervenciones frente a no intervencionesFigura 19: Número diario de muertes confirmadas, predicciones (hasta el 28 de marzo) y previsiones (después) para todos los países, excepto Italia y España, de nuestro modelo con intervenciones (azul) y del modelo contrafactual sin intervenciones (rosa); los intervalos creíbles se muestran a una semana en el futuro. DOI: https://doi.org/10.25561/77731Página 28 de 3530 de marzo de 2020 Imperial College Equipo de respuesta COVID-19 8.6 Fuentes de datos y cronograma de intervencionesFigura 1 y Tabla 3 muestran las intervenciones de los 11 países en nuestro estudio y las fechas en que estas intervenciones entraron en vigor. Tabla 3: Calendario de intervenciones. País Tipo Evento Fecha efectivaCerrado escolar ordenadoCerrados escolares nacionales.20 14/3/2020Eventos públicosprohibido la celebración de reuniones de más de 5 personas.21 10/3/2020Prohibir todo acceso a espacios públicos y reunionesLockdown de más de 5 personas.Consejos para mantener 1 distancia ordenada.22 16/3/2020Desplazamiento socialalentadoRecomendación para mantener una distancia de 1m.22 16/3/2020Medidas de Austria basadas en casos Implementado en el bloqueo.22 16/3/2020Cerrado escolar ordenadoCerrados escolares nacionales.23 14/3/2020Eventos públicos Todas las actividades recreativas canceladas independientemente de la talla prohibida.23 12/3/2020Los ciudadanos deben permanecer en casa excepto para el trabajo de Lockdown y los viajes esenciales. 24 18/3/2020El transporte público sólo se recomienda para los viajes esenciales de distanciamiento social, el trabajo desde casa fomentado, todos los lugares de interés público, por ejemplo, restaurantes cerrados.23 14/3/2020Case-based Todo el mundo debe permanecer en casa si experimenta una Bélgica mide la tos o la fiebre.25 10/3/2020Cierre escolar Escuelas secundarias cerradas y universidades (escuelas de orden primario también cerradas el 16).26 13/3/2020Eventos públicos Prohibición de eventos > 100 personas, instituciones cerradas de prohibición cultural, instalaciones de ocio, etc.27 12/3/2020Prohibición de reuniones de > 10 personas en lugares públicos y todos ordenados fueron cerrados.27 18/3/2020Uso limitado del transporte público. Todas las instituciones de distancia social cultural cierran y recomiendan mantener una distancia adecuada alentada.28 13/3/2020Base de casos Todo el mundo debe permanecer en casa si experimenta una Dinamarca medidas de tos o fiebre.29 12/3/2020Cierre de escuelas ordenado Cierre de escuelas nacionales.30 14/3/2020Eventos públicosprohibidos Prohibiciones de eventos > 100 personas.31 13/3/2020Lockdown Todo el mundo tiene que permanecer en casa.Necesita un formulario de autorización autoordenada para salir de casa.32 17/3/2020Consejos de estímulo social en el momento del bloqueo.32 16/3/2020Medidas basadas en casosFrancia Consejos en el momento del bloqueo.32 16/03/2020Cierre de escuelas ordenados Nacionalmente.33 14/3/2020Eventos públicos Ninguna reunión de > 1000 personas. 34 22/3/2020Lockdown Recopilaciones de > 2 personas prohibidas, 1,5 distancias ordenadas.35 22/3/2020Desplazamiento social Evite la interacción social siempre que sea posibleAlentado recomendado por Merkel.36 12/3/2020Consejo para todos los que experimentan síntomasContacto basado en un caso de una agencia de atención de la salud para hacerse la prueba y las medidas de Alemania para entonces auto-aislarse.37 6/3/2020Cierre de escuelas ordenado Cierre de escuelas a nivel nacional.38 5/3/2020Eventos públicosprohibidos El gobierno prohíbe todos los eventos públicos.39 9/3/2020Lockdown El gobierno cierra todos los lugares públicos. Las personas ordenadas tienen que permanecer en casa excepto para los viajes esenciales.40 11/3/2020Hay que mantener una distancia de más de 1 m y se debe fomentar el distanciamiento social de cualquier otra forma de agregación alternativa.40 9/3/2020Consejo basado en casos de autoaislamiento si experimenta síntomasMedidas en Italia y cuarentena si se prueba positivo.41 9/3/2020La Dirección de Salud de Noruega cierra todas las instituciones educativas de cierre escolar.Incluidas las instalaciones ordenadas para el cuidado de los niños y todas las escuelas.42 13/3/2020Eventos públicos La Dirección de Salud prohíbe todo contacto social no necesario.42 12/3/2020Lockdown Sólo las personas que viven juntas están permitidas fuera de orden. Todo el mundo tiene que mantener una distancia de 2 metros.43 24/3/2020Desconexión social La Dirección de Salud aconseja contra todo tipo de viajes alentados y contactos sociales no necesarios.42 16/3/2020Consejo basado en un caso para aislarse por 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre.44 15/3/2020Ordenado Cierre de escuelas nacionales.45 13/3/2020Eventos públicosprohibido Prohibir todos los eventos públicos mediante bloqueo.46 14/3/2020Lockdownordenado Bloqueo de todo el país43 14/3/2020Consejo de distanciamiento social sobre distanciamiento social y trabajo en forma remota alentada desde casa.47 9/3/2020Consejo basado en un caso para autoaislarse por 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre en España47 17/3/2020Cerrado de escuelas y escuelas secundarias superiores cerrado.48 18/3/2020Eventos públicosprohibidos El gobierno prohíbe eventos > A las personas con síntomas leves se les dice que limiten el contacto social de distanciamiento social, el estímulo para trabajar desde una casa alentada.50 16/3/2020Consejo basado en un caso de auto-aislamiento si experimentan tos o Suecia mide los síntomas de fiebre.51 Cierre de la escuela ordenado No en persona hasta el 4 de abril.52 14/3/2020Eventos públicos prohibidos El gobierno prohíbe eventos > 100 personas.52 13/3/2020Reuniones ordenadas de bloqueo de más de 5 personas están prohibidas.53 2020-03-20Consejos para mantener la distancia.Todas las empresas donde el distanciamiento social no se puede realizar se han cerrado en todos los estados alentados (kantones).54 16/3/2020Consejo basado en un caso para auto-aislarse si experimentan tos o Suiza mide los síntomas de fiebre.55 2/3/2020Cierre de la escuela general. Los cuidadores de niños, las guarderías para el cierre de escuelas y las sextas formas deben seguir las directrices ordenadas.56 21/3/2020Eventos públicos prohibidos Implementados con bloqueo.57 24/3/2020Los conjuntos de más de 2 personas no pertenecientes al mismo hogar están prohibidos y sujetos a la policía.57 24/3/2020Consejos de distanciamiento social para evitar pubs, clubes, teatros y otras instituciones públicas alentadas.58 16/3/2020Consejo basado en un caso para aislarse durante 7 días si experimenta síntomas de tos o fiebre en el Reino Unido.59 12/3/20209 Referencias1. Li, R. et al. Infección indocumentada sustancial facilita la rápida difusión del nuevocoronavirus (SARS-CoV2). Ciencia (2020) doi:10.1126/science.abb3221. 2. Zhang, J. et al. Patrones de contacto social humano y contacto con animales en Shanghai, China 5cLRep.9,1—11(2019)3. Worldómetros.info. Hong Kong: casos de coronavirus. https://www.wo rldómetros.info/co ronavirus/country/china-hong-kong-sar/. 4. Ferguson, N. et al. Impacto de las intervenciones no farmacéuticas (NPI) para reducir la mortalidad y la demanda de asistencia sanitaria (Informe 9). https://www.imperial.ac.uk/mrc-global-infectious-disase-analysis/news--wuhan-coronavirus/. 5. Cereda, D. et al. La fase inicial del brote de COVID-19 en Lombardy, Italia. arXiv (2020). 6. Zhao, A. J. et al. Título: Respuestas anticuerpos al SARS-CoV-2 en pacientes con nuevas enfermedades por coronavirus 2019 Título breve : Respuestas anticuerpos en pacientes con COVID-19. (2020). 7. Jombart, T. et al. Inferir el número de casos de COVID-19 de muertes recientemente notificadas. medRXiV 2020.03.10.20033761(2020)doi:10.10101/2020.03.10.20033761. 8. Zhang, J. et al. Perfil de edad de susceptibilidad, mezcla y distanciamiento social dan forma a la dinámica del brote de la nueva enfermedad por coronavirus 2019 en China. (2020) doi:10.10101/2020.03.19.20039107. 9. Lourenco, J. et al. Los principios fundamentales de la propagación epidémica destacan la necesidad inmediata de realizar encuestas serológicas a gran escala para evaluar la etapa de la epidemia por SARS doi:10.1101/2020.03.24.2004229110.Naciones Unidas, Departamento de Asuntos Económicos y Sociales, División de Población. WorldPopulation Prospects 2019: Data booket. ST/ESA/SER.A/424. (2019). 11. Verity, R. et al. Estimaciones de la gravedad de la enfermedad de COVID-19. Lancet Infect Dis en la prensa (2020). 12. Walker, P. G. T. et al. Report 12: The Global Impact of COVID-19 and Strategies for Mitigation and Supresation. 13. Fraser, C. Estimating Individual and Household Reproduction Numbers in a EmergingEpidemmic. PL05 ONE 2, e758 (2007). 14. Cori, A., Ferguson, N. M., Fraser, C. & Cauchemez, S J. Epidemiol. 178, 1505-1512(2013115. Nouvellet, P. et al. Un enfoque sencillo para medir la transmisibilidad y la incidencia prevista. Epidemias 22, 29-35 (2018). 16. Cauchemez, 8., Valleron, A. J., Boelle, P. Y., Flahault, A. & Ferguson, N. M. Estimación del impacto del cierre escolar en la transmisión de la gripe a partir de datos Sentinel. Nature 452, 750-754 (2008). 17. Bellman, R. & Harris, T. On Age-Dependent Binary Branking Processes. Ann. Math. 55, 280-295(1952118. Bellman, R. & Harris, T. E. Sobre la teoría de los procesos de ramificación estocásticos dependientes de la edad. Proc. Nat 34, 601-604 (1948). 19. Stan Development Team. 2018. The Stan Core Library, versión 2.18.0. http://mc-stan.org. 20. Bundesministerium. Coronavirus (COVID-19): Status quo — Schulen, Hochschulen,Universitaten und Forschungsinstitutionen. https://www.bmbwf.gv.at/Ministerium/Informationspflicht/corona/corona_status.html. 21. Henley, J. Coronavirus: Los Estados de la Unión Europea promulgan medidas duras para la propagación del tallo. The Guardianhttps://www.theguardian.com/world/200/mar/10/coranonavirus-varios-estados-eu-states-ban-masa-mass-as-pos-italian-lockdown (20 25. Servicio Público Federal. Protéjase y proteja a los demás. https://www.info-coronavirus.be/en/2020/03/10/protege-y-protege-the-others/ (2020). 26. Wikipedia. 2020 pandemia de coronavirus en Dinamarca. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/2020_coronavirus_pandemic_in_Dinamarca. 27. Stephensen, Emma Kinker; Hansen, T. S. Danmark lukker ned: Her er regeringens nye basculag. TV2 https://nyheder.tv2.dk/samfund/2020-03-11-danmark-lukker-ned-er-regeringens-nye-tiltag(2020128. Politi. Nye illbag mod covid-19. Politi https://politi.dk/coronavirus-i-danmark/seneste-nyt-fra-myndighederne/nye-tiltag-mod-covid-19 (2020). 29. Styrelsen for Patientsikkerhed. Indberetning om covid-19zlnformation om mulighed forp\aabud til enkeltpersoner (coronavirus/covid-19). https://stps.dk/da/ansvar-og-retningslinjer/vejledning/indberetning-om-covid-19/#. 30. Wikipedia. 2020 coronavirus pande in France. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/2020_coronavirus_pandemic_in_France. 31. Francia prohíbe las reuniones de más de 100 personas a medida que aumenta el número de muertes por coronavirus -The Local. The Local https://www.thelocal.fr/20200313/france-bans-recopilations-of-over-100-people-to-fight-coronavirus-pandemic (2020). 32. Henley, Jon; Willsher, Kim; Kassam, A. Coronavirus: Francia impone un bloqueo cuando la UE pide una prohibición de viajar de 30 días. The Guardian https://www.theguardian.com/world/2020/mar/16/coronavirus-spain-takes-over-privado-healthcare-amid-more-euro-pean-lockdowns (2020). 33. Wikipedia. 2020 coronavirus pande in Germany. Fundación Wikimediahttps://en.wi 34. BMI. Coronavirus: Fragen und Antworten. Bundesministerium des Innern,fur Bau und Heimathttps://web.archive.org/web/20200317073042/https://www.bmi.bund.de/SharedDocs/faqs/DE/themen/bevoelkerungssschutz/coranavirus/coranavirus-faqs.htmI#doc13738352bodyText7. 35. Noticias de la BBC. Coronavirus: Alemania endurece los frenos y prohíbe las reuniones de más de dos personas. BBCNews https://www.bbc.co.uk/news/world-europe-51999080 (2020). 36. Bundesregierung. Kanzlerin trifft Regierungschefs der Lander Sozialkontakte https://www.bundesregierung.de/breg-de/themen/coranavirus/mpk-1730186(2020)37. Robert Koch Institut. Antworten auf haufig gestellte Fragen zum Coronavirus SARS-CoV-2. Robert Koch Instituthttps://web.archive.org/web/20200312004624/https://www.rki.de/SharedDocs/FAQ/NCOV2019/FAQ_Liste.html (2020). 38. Ministero della Salute. Governo anuncia sospensione dell’attivita didattica dal 5 a15 marzo. Ministero della Salutehttp://www.salute.gov.it/portale/nuovocoronavirus/dettaglioVideoNuovoCoronavirus.jsp?lingua=italiano&menu=multimedia&p=video&id=2052 (2020). 39. CNN. Italia prohíbe los viajes y cancela todos los actos públicos en su región septentrional. CNNhttps://edition.cnn.com/2020/03/08/europe/italy-coranavirus-lockdown-europe-intl/index.html(2020). Attualita. Coronavirus: parada de un pub, cine, teatro e discoteche anche a Roma. Ecco cosaprevede il nuovo decreto. Roma Today https://www.romatoday.it/attualita/coranavirus-pub-cinema-teatri-locali-chiusi-nuovo-decreto.html (2020). 41. Gazzetta Ufficiale. DECRETO DEL PRESIDENTE DEL CONSIGLIO DEL MINISTRI. Gazzetta Ufflclalehttps://www.gazzettaufficiale.it/eli/id/20/03/08/20A01522/sg (2020). 42. Helsedirektoratet. La Dirección de Salud de Noruega ha adoptado la decisión de cerrar las escuelas y otras instituciones educativas. Hellem-Hansen, Viktoria L.; Tandstad, B. Folkehelseinstituttet mener23.000 kan vaere smittet. NRK https://www.nrk.no/norge/folkehelseinstituttet-mener-23.000-kan-vaere-smittet-1.14958149 (2020). 44. Gobierno de Norweigen. regjeringen.no https://www.regjeringen.no/en/aktuelt/the-government-is-esestableciendo-clear-cuarantine-and-aislation-rules/id2693647/ (2020). 45. Wikipedia. 2020 coronavirus pandemic in Spain. Fundación Wikimediahttps://en.wikipedia.org/wiki/20_coronavirus_pandemic_in_Spain. 46. Gabinete de Prensa. El Gobierno anuncia nuevas medidas para eliminar la extensión del nuevo coronavirus COVID-19. Gobierno de Españahttps://www.mscbs.gob.es/gabinete/notasPrensa.do?id=4807 (2020). 47. Gabinete de Prensa. El Consejo Interterritorial del SNS alcanza medidas concretas para zonascon transmisión comunitaria de coronavirus. Gobierno de Españahttps://www.mscbs.gob.es/gabinete/notasPrensa.do?id=4806 (2020). 48. Folkhalsomyndigheten.se/nyheter-och-press/nyhetsarkiv/2020/mars/larosaten-och-gymnasieskolor-uppmanas-nu-att-bedriva-distansundervisning(2020). El local. Suecia prohíbe grandes eventos para detener la propagación del coronavirus. El localhttps://www.theloca.se/20200311/sweden-to-ban-large-public-coronavirus-over-coronavirus (2020). 50. Radosevich. Estocolmoers instados a trabajar desde casa como comunidad COVID-19 se extendió confirmado. Sveriges Radiohttps://sverigesradio.se/sida/artikel.aspx?programid=2054&artikel=7430511(2020). Folkhdlsomyndigheten https://www.folkhalsomyndigheten.se/nyheter-och-press/nyhetsarkiv/2020/mars/flera-tecken-pa-samhallsspridning-av-covid-19-i-sverige/ (2020). 52 Bundesamt fur Gesendheit BAG. Bundesrat verscharft Massnahmen gegen das Coronaviruszum Schutz der Gesundheit und unterstUtzt betroffene Branchen. Schweizerische Eidgenossenschafthttps://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg-id-78437.html( Coronavirus: Bundesrat verbietet Ansammlungen von mehrals fUnf Personen. Schweizerische Eidgenossenschaft https://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg-id-78513.html (2020). 54. Bundesamt fur Gesundheit BAG. Coronavirus: Bundesrat erklart die «ausserordentliche Lage»und verscharft die Massnahmen. Schweizerische Eidgenossenschafthttps://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/aktuell/medienmitteilungen.msg- Neue Hygiene- und Verhaltensregeln zum Schutz gegen dasneue Coronavirus. Schweizerische Eidgenossenschaft https://www.bag.admin.ch/bag/de/home/das-bag/a ktuell/medienmitteilungen.msg-id-78304.html (2020). 56. Gobierno del Reino Unido, D. for E. Schools, colleges and early ambients to close. Gobierno del Reino Unidohttps://www.gov.uk/government/news/schools-colleges-and-ears-settings-to-close (2020). 57. Gobierno del Reino Unido. Discurso del Primer Ministro a la nación sobre el coronavirus: 23 de marzo de 2020. Gobierno del Reino Unidohttps://www.gov.uk/government/speeches/pm-address-to-the-nation-on-coronavirus-23-march-2020(2020158. Boycott-Owen, Mason; Bowman, Verity; Kelly-Linden, Jordan; Gartner, A. G. H. S. T.Coronavirus: Boris Johnson encierra al Reino Unido a medida que el número de muertos llega a 55. The Telegraphhttps://www.telegraph.co.uk/global-health/science-and- disease/coronavirus-news-uk-latest-update-covid-19-death-toll-cases/ (2020). BBC Newshttps://www.bbc.co.uk/news/uk-51857856 (2020).

¿Cuál es el porcentaje medio estimado de España [intervalo creíble del 95%] de la población total infectada al 28 de marzo?