Datasets:
OTAR3088
/
BioData-CellLine_annotated

Dataset card Data Studio Files
xet
Community
1
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ner
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PMC7433824
Trypan blue (Thermo Fisher Scientific, USA) exclusion and a Thoma chamber (Isolab Laborgeräte GmbH, Germany) were used for vital cell identification and counting, respectively.
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PMC11770130
g Scheme of the establishment of CerS2 mouse strain.
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PMC10094712
These two main isoforms of cytoplasmic actin differ from each other by only four amino acid residues at the N-terminus and play a key role in key cellular processes such as adhesion, migration, polarization, and mitosis.
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PMC9429973
We used the age adjusted International Prognostic Index (aaIPI) to evaluate the prognosis.
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PMC11682525
Our results demonstrate a stark contrast in the resilience of hHFSCs and SH-SY5Y cells to hypoxic conditions.
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PMC11623887
As previous reports showed the role of GATA1 in the erythroid development and differentiation and may be support to induce B19V infection, we speculate that GATA1 may lead to B19V genes expression.
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PMC6892818
a ACHN, 786-O and A-704 cells were treated with mCD40L in the absence (vehicle control—denoted ‘Control’) or presence of 100 μM of inhibitor of caspase-10 (z-AEVD-FMK), caspase-8 (z-IETD-FMK), caspase-9 (z-LEHD-FMK) or pan-caspase inhibitor (z-VAD-FMK).
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PMC11697189
The expression of HSPA7, HSPA8 and HSP90B1 were validated with quantitative real-time PCR.
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PMC6835428
The last example of the above section shows that it is reasonable to attack OCs via the targeting of tumor endothelial cells.
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PMC11190062
The raw counts were cpm normalized and log transformed using EdgeR before TLR gene expression in diagnostic samples was analyzed (n = 772 patients).
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PMC9429973
AZA was the only HMA used in this population.
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PMC11026382
d TYMS lysate assays.
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PMC11721064
This approach enabled the generation of multiple populations of corneal epithelial cells and provided preliminary evidence for the involvement of the STAT3/PI3K/AKT signaling pathway in this process.
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PMC10706275
This approach requires only 2 weeks to obtain targeted transfected pools and 4 weeks to select integrated clones.
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PMC5417661
As expected, at the 24 h time point the average MI was significantly elevated in each compound treated cell line (50 nM) in comparison to the respective DMSO control (P≤0.001, Figure 1E) while at the 48 h time point the average MI was only between 1% and 12% due to the high cytotoxicity of the compounds.
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PMC9118379
Distribution of 320 variant PSMs with support from explosive search by 0–3 search engines.
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PMC11585565
The Mg extrusion assay was performed according to previous studies.
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PMC11617590
A, B) Mia PaCa‐2 cells were seeded at 4 × 10 cells/3 mL/well and were treated for 24 h with sulforaphane (SFN) at concentrations of 0, 25, and 100 μM. (C) Mia PaCa‐2 cells were seeded at 1 × 10 cells/5 mL/well and were treated for 24 h with SFN at concentrations of 0 and 100 μM. Protein expressions of p‐GSK‐3β (Ser9), GSK‐3β, β‐catenin, and β‐Actin were measured using Western blot analysis.
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PMC9429973
Across several tumor subtypes, increased relative frequencies of γδ T cells had the best prognostic value in comparison to other immune subsets.
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PMC8839885
After 24 h, cells were treated with the specified agents.
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PMC11488203
After the removal of non-EV proteins and due to the eluate dilution after SEC, only 0.8 µg of total protein were loaded per lane (B, left panel).
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PMC11064533
E. coli K-12 MG1655 was used as a reference for mapping and snp calling.
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PMC10376064
Several research articles have been published (listed in Supplementary Materials—Table S1) using either transgenic mouse models or experimentally inducible models in rats (all from the same group) and mice to verify effects of DMF on the pathology and behavioral aspects also associated with AD.
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PMC11486946
n = 56, 61, 72, 47, 63, 42, and 46 cells from 5, 5, 6, 5, 9, 4, and 4 independent experiments for broxyquinoline, daunorubicin, eltrombopag, sorafenib, verteporfin, glafenine, and nilotinib, respectively.
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PMC2944824
Data are expressed as mean of n = 3 (± S.E.M.). *
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PMC11082662
Notably, the identification of ACER2 as an upregulator of SMPDL3B in ovarian carcinoma cells implies that SMPDL3B may function downstream of ACER2.
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PMC6600253
Although the regulators and pathways involved in anticancer therapy mediated by cellular senescence are complex and the detailed mechanisms still need to be elucidated, several vital processes have been well described in recent years, such as those involved in the regulation of telomerase, DNA replication, DNA damage, permanent cell cycle arrest, and the mitotic inhibition .
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PMC10222971
Data were evaluated with GraphPad Prism Version 5.00 software (San Diego, CA, USA) and analyzed using one-way ANOVA.
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PMC11306331
p > 0.05; *: p < 0.05, **: p < 0.01, ***: p < 0.001.
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PMC11307990
The concentration of SUN was 50 nM in both samples.
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PMC9243326
Next was infectious diseases (4,230, 16.08%) and cancers (3,068, 11.66%) (Figure 2E).
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PMC11319300
However, in PCHi-C data from mESCs (Schoenfelder et al., 2015), no interaction is seen with the evolutionarily conserved region, but an interaction is observed with a region just downstream of this element (Figure 6D).
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PMC11411131
In contrast, Luc-Cys-odc showed no luciferase activity.
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PMC11411004
7CHO-ADM cells treated with NC (vector control) or siHDAC5.
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PMC9429973
Nine patients achieved complete remission (CR), 2 partial response (PR) and 2 had persistent disease.
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PMC9581083
In a clinical trial, patients with COVID-19 infection were randomly assigned to receive usual care alone (controls) or in combination with LHC for 14 days (Hu et al., 2022).
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PMC11576293
3D-overlay of compound 22 (cyan), 29 (yellow), sorafenib (purple) within VEGFR-2 active (PDB ID: 3WZE).
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PMC11599565
This indicates that these cells maintain an undifferentiated phenotypical status.
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PMC11045125
Hierarchical clustering of the data was computed and visualized using the Euclidean distance method with the ComplexHeatmap (v2.8.0) R package .
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PMC10079526
Equal loading was verified with Ponceau S staining.
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PMC11012012
Co-administering anti-SLAMF6/CD352 monoclonal antibody with the Bruton tyrosine kinase inhibitor, ibrutinib, synergized to efficiently eliminate the tumor cells in the spleen, bone marrow, liver, and the peritoneal cavity.
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PMC9844987
If the effects of significant changes in expression across the panel are masked by compensatory changes in decomposed promoter usage within the same promoter, this would be revealed by low or even negative expression correlation between decomposed promoters (e.g., decomposed promoters 1 and 2 of UFSP2, Figure 4C and E).
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Given that Bruton’s tyrosine kinase (BTK) is expressed on myeloid cells, we considered that BTK inhibitors (BTKi) could improve CAR-T cell therapy by modulating immune system.
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PMC11519567
The investigators were not blinded to allocation during the experiment and outcome assessment.
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PMC11129910
A xenograft study in nude mice was carried out to confirm the transformed nature of cells with RAB25 loss and overexpression of H-RAS61L (Figure 10(a)).
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PMC11672881
This approach can also decrease toxicity, enhance efficacy, and produce a synergistic effect, whereby the combined therapeutic impact exceeds the sum of individual effects .
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PMC9429973
Pts with MyD MF represent a challenging population, as prognosis is poorer compared to pts with myeloproliferative (MyP) MF and therapeutic options, including the JAK1/2 inhibitor ruxolitinib (RUX), are limited or must be given at reduced doses.
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PMC11592837
Here, we believe that to sustain cell viability in dormant PBMCs, mitochondrial biogenesis, including mtDNA replication events, are not as important as in actively dividing Jukat cells.
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PMC9503685
In order to overcome such disadvantages, non-peptide synthetic mimics of AMPs have been developed.
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PMC10957991
n(slug, ctrl, 0.2 kPa) = 6; n(slug, siRNA, 0.2 kPa) = 6; n(slug, ctrl, plastic) = 8; n(slug, siRNA, plastic) = 8.
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PMC10932641
lncRNA LINC00973 induces the expression of Siglec-15.
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P < 0.05; **P < 0.01; ***P < 0.001.
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PMC6643347
In PBMCs infected with the R5 strain HIV-1SF162, 90% inhibition of the infection could be achieved at 6.0 μg/ml SBF-HS.
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PMC9874064
Further studies indicated that these compounds can only show strong anti-tumor activity against tumors with homologous recombination defect (HRD) mutations.
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PMC7602170
As a limitation, the authors did not assess PI3K and AKT activity levels upon drug application .
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Then, viral excision was analysed by DNA PCR. (
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These pathways can intersect and even mutually regulate each other in a variety of circumstances .
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PMC11591038
Thus, ischemic events may directly contribute to the enhancement of the amyloidogenic metabolism in brain capillary endothelial cells, leading to intracellular deposition of Aβ42, impaired Aβ clearance, and AD-related BBB dysfunctions.
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The oral bioavailability has an important role in the biological action of drug molecules.
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Self-renewal was assessed by performing the colony forming assay using MethoCult Enriched media.
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Significant peaks in YY1 are evident in all cell types, which is intriguing given the evidence that YY1 and CTCF cooperate to affect long-distance interactions .
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The distribution of MM cells in these mice was measured at the indicated days after inoculation using a living imaging system.
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Cellular RNAs can undergo various chemical modifications that play crucial roles in RNA metabolism, contributing to the intricate process of gene regulation.
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PMC11536589
The ferroptosis suppressors MGST1 and GSTM1 were higher expressed under MRTX1133 treatment in both in vitro and in vivo models (Fig. 1I).
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PMC9429973
Methods: During the period of March 2020 – November 2021, 192 patients with hematologic malignancies having coronavirus infection underwent specific antineoplastic therapy at the hematology unit of Moscow clinical hospital #52.
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PMC11448304
When the normalized expression of a gene was zero between two samples, its expression value was adjusted to 0.01 (as 0 cannot be plotted on a log plot).
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PMC10969097
This research has the potential to make significant contributions to the field of cancer treatment and improve patient outcomes .
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PMC11453018
The data represent mean ± SEM; *p<0.05, ****p<0.0001 by one-way ANOVA (n=3) Senescent cells evade apoptosis through a variety of mechanisms, such as enhancing anti-apoptotic pathways, modifying pro-survival signaling, and regulating apoptotic regulators, enabling them to persist in a senescent state .
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PMC11597167
It is also clear that the expression levels of other AD and lipoprotein-related genes revealed by genome-wide association studies (GWAS), such as APOE, PICALM, BIN1, and CD2AP, were not changed .
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PMC9964635
Table 4 shows the docked complexes’ categories, modes of interactions, binding affinities, and by-products.
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PMC11767582
F NMR (282 MHz, CDCl3) δ -63.4.
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PMC11656380
These findings suggest that the cytotoxic activity of Tat-Ram13 is negatively correlated with PTEN protein expression levels, indicating that Tat-Ram13 is more effective against PTEN-deficient or low-PTEN leukemia/lymphoma cells in a macropinocytosis-dependent manner.
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PMC11763111
A The ratio of the proportion of CD8 T cells to the proportion of CD4 T cells in unstimulated and antigen-stimulated condition (n = 4).
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PMC11711663
The optimal model, identified by the minimum lambda (the left vertical line) by Lasso-Cox, corresponds to 5 degrees of freedom in terms of partial likelihood (deviance) and concordance index (CI).
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PMC5839394
Zymographic analysis of MMP9 and MMP2 activity in SKBR3 cells.
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Western blot showing cell fractionation.
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PMC11144200
A dynamic laser particle size analyzer (NanoBrook 90plus PALS, Brookhaven, USA) was used to determine the size, distribution range, as well as zeta potential of the produced liposomes, and a transmission electron microscopy (TEM, Jem-F200, JEOL, Japan) was used to capture the liposomes’ morphology.
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PMC11574029
The specific steps are as follows: First, mRNA was extracted using the KAPA Stranded mRNA-Seq Kit (Roche, KK84420).
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This article contains supplemental data.
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PMC11472569
Additionally, clinical studies are essential to elucidate the clinical relevance of this non-genetic mode of MDR transmission, its impact on patient response to chemotherapy, and overall clinical outcome.
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PMC11509309
Following biological tests on mammalian cells, we report here the identification of the hitherto unknown ability of the six bromotyrosine derivatives 1, 2, 5, 7, 11, and 14 of marine origin to reduce the spread of the PrP prion and the ability of compounds 1 and 2 to reduce endoplasmic reticulum stress.
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PMC11770746
A PEGylated lipid-based micelle formulation was prepared using 18:0 PEG2000 PE (1,2-distearoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine-N-[methoxy(poly(ethylene glycol))-2000]; Avanti Research, Cat.
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PMC7136814
MYOD1+ NOG+ cell subpopulation demonstrated increased levels of BCL2 protein expression prior to treatment, thus indicating that resistance to cell death is an intrinsic property of this cell subpopulation, resulting in primary resistance to chemotherapeutic agents.
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PMC11525293
For this purpose, we queried the p53Fam-Tag database and identified one strong putative p53/p63-RE composed by three decamers in the first intron of the ACE2 gene (Fig. 3B).
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There was no obvious difference in drug response of platinum agents and PARP inhibitors between samples with BRCA1 methylation (n = 6) and those with BRCA1/2 mutations with locus-specific LOH (n = 19) (Figure S1).
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PMC9429973
Secondary objectives for dose escalation/expansion are to assess the preliminary antitumor activity, PK, and PD of HMPL-760.
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dN, number of non-synonymous substitutions per non-synonymous site.
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E The mean value of average radiance in each group of mice was monitored using bioluminescence in order to compare the therapeutic efficacy of 4KO-LLT1 CAR-T with that of other CAR-T cells.
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The anticancer properties of curcumin are related to multiple signaling pathways such as nuclear factor kappa-light-chain-enhancer of activated B cells (NF-ĸB), phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)/protein kinase B (AKT)/mammalian target of rapamycin (mTOR), Janus kinase/signal transducers and activators of transcription (JAK/STAT), and Wnt/β-catenin, among others .
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After 48 h of incubation of HER2-positive cell lines ZR-75-1 and SK-BR-3 with a range of concentrations of the methanolic leaves ZSC extract (10, 20, 40, 60, 80, and 100 µg/mL), we found that there is a significant reduction in cell viability in comparison with the untreated cells for both cell lines, as shown in Figure 2.
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Dose-response curves are shown in Figure 2A.
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Besides trans-placental transmission, our findings also provided insights to explain the pathogenesis of other non-vector-borne human transmission routes of ZIKV.
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Three bioinformatics tools—SpectrumAI, SAVControl, and PepQuery—have been developed to validate the quality of claimed variant peptides.
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We also observed significantly enhanced levels of C-C3 and C-C9 in the 143B-EFHD1-cisplatin-CATR group compared to the 143B-EFHD1-cisplatin group (Figs. 6E&F, S14).
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Cells were treated with recombinant C5a as indicated in the panels (0–10 h in (A), 0–100 nM in (B), 10 nM and 10 h in (C).
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PMC11591038
Other possible detrimental effects of HIF-1 in AD include impairing the integrity of the blood–brain barrier (BBB) and compromising the microvasculature.
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The literature search was performed independently by two authors to ensure objectivity and thoroughness.
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However, improved metabolic control can significantly mitigate these effects.
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Source data are provided in the Source data file.
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Fig. 2 Distribution of telomere lengths in patient samples of the cancer (N = 106) and control (N = 453) cohorts.
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