In September 1987, Buyoya led a military coup d'état against the Second Republic of Burundi, led by Jean-Baptiste Bagaza, and installed himself as the first president of the Third Republic.
Septembris 1987 juhtis Buyoya sõjaväelist riigipööret Burundi Teise Vabariigi vastu, mille eesotsas oli Jean-Baptiste Bagaza, ja hakkas Kolmanda Vabariigi esimeseks presidendiks.