Newsgroup: it.scienza.biologia
Titolo: Bovine Serum Albumin

Ciao, avrei bisogno di tutte le informazioni possibili sull' albumina
bovina : struttura primaria, secondaria, terziaria, quaternaria ;
gruppi ionizzabili , cariche esposte in soluzione acquosa, folding
unfolding.... Praticamente tutto!
Grazie mille

 ha scritto nel messaggio news:1118998359.8...@z14g2000cwz.googlegroups.com...
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it.scienza.chimica
Ciao
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Andrea
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Io ne ho viste cose che voi Umani non potreste immaginare...
(Blade Runner - 1982)
La sequenza non è che l'inizio...
(J. Craig Venter, Celera Genomics - 2000)

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http://www.expasy.ch/uniprot/P02769

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troppo vaga... cmq non credo esista una struttura 3D sperimentale, pero'
esiste un modello costruito per omologia su quella umana, che probabilmente e'
molto buono vista l'alta identita' di sequenza (76%). Trovi il link a modbase
sulla pagina di swiss-prot (expasy). Una curiosita': perche' ti interessa
questa proteina?

 questa proteina?
Grazie per le informazioni , dovrò quindi leggere qualcosa su hsa
visto che sto cercando di ricavare in qualche modo, se possibile, la
distanza media  tra i gruppi carichi negativi della bsa.
Sto studiando questa proteina per la mia tesi in biofisica .
Grazie ancora ciao

 distanza media  tra i gruppi carichi negativi della bsa.
In questo caso credo che il modello della bovina che trovi su modbase vada
piu' che bene, vista l'alta omologia, soprattutto se misuri le distanze tra i
C alfa. Ci possono essere differenze maggiori sulla posizione delle catene
laterali, ma io sarei cmq abbastanza fiducioso del modello.

 laterali, ma io sarei cmq abbastanza fiducioso del modello.
Visto che non sono pratica di queste banche dati e soprattutto non
conosco il linguaggio utilizzato sai come è possibile avere una
immagine 3 D dell'Albumina bovina?

 immagine 3 D dell'Albumina bovina?
Ti scarichi il PDB (formato utilizzato dalla Protein Data Bank, il sito dove
sono depositate le strutture proteiche ottenute tramite cristallografia a
raggi X oppure NMR). In questo file ci sono le coordinate di tutti gli atomi
non-idrogeno della proteina. Poiche' non esiste una struttura sperimentale
della proteina bovina, scarica il modello dalla pagina di modbase scegliendo
"Coordinate file" nel menu delle azioni:
http://salilab.org/modbase-cgi/model_search.cgi?searchkw=name&kword=P02769
(salva il file con estensione .pdb)
La stessa pagina ti da molte informazioni sul templato (= la struttura
sperimentale) usato per la costruzione del modello, in questo caso la proteina
umana, la cui struttura e' depositata nella protein data bank con codice 1n5u
(puoi trovare immagini di quest'ultima anche nella PDB,
http://www.pdb.org/pdb/cgi/explore.cgi?job=graphics&pdbId=1N5U
 )
A questo punto ti basta un software per la visualizzazione e manipolazione dei
PDB. Uno molto buono e free per windows e' rastop
http://www.geneinfinity.org/rastop/
  oppure per tutte le piattaforme c'e' lo
Swiss-PdbViewer 
http://www.expasy.org/spdbv/
Con questo puoi visualizzare tutti o solo alcuni degli aminoacidi, colorarli
diversamente a seconda delle caratteristiche, oppure visualizzare la struttura
secondaria, o solo il backbone, misurare distanze anche con script, ecc. prova
a giocarci un po'.
btw, su swiss-prot ( 
http://www.expasy.org/uniprot/P02769
 ) nella sezione
Cross-References trovi dei link ad altri database che hanno informazioni sulla
proteina bovina.

Molto chiaro, grazie!