Newsgroup: it.scienza.biologia
Titolo: Qualche bioinformatico in ascolto?!?

Salve a tutti. Ho trovato una serie di programmi per la decodifica di genomi
e similari, dal sito 
www.tigr.org
 ma sono tutti zip files, contenenti per lo
più file con estensione .tar oppure .gz, sempre scaricati da cartelle di
ftp... ma come si installano e come si usano?? Non riesco a far partire il
software.... qualcuno ha idea???
Ciao e grazie in anticipo.
Andrea
-- 
Il matrimonio è l'arte di risolvere in due quei problemi che da solo non
avevi!!

 Ciao e grazie in anticipo.
Se sono file .tar o .tar.gz sono quasi sicuramente per Linux.
Possono essere dei sorgenti, nel qual caso li scarichi, li metti in una
directory appositamente creata e dai il comando tar xvzf <nomefile>, poi
ti sposti nella directory che dovrebbe aver creato e dai il comando
./configure, poi make e poi make install (di solito ci sono dei README che
conviene, appunto, leggere), dopodiche' sono pronti per funzionare.
Oppure possono essere gia' compilati, nel qual caso dopo averli
decompressi con tar xvzf <nomefile> devi in generale eseguire uno script
che si chiama qualcosa come ./install o ./install.sh
NON si possono usare (sempre in generale) sotto Windows
Eugenio
P.S. Ho controllato: si', sono Open Source per Linux/Unix
-- 
Join the Army, travel the world,
meet exotic people and kill them!

 conviene, appunto, leggere), dopodiche' sono pronti per funzionare.
Errata corrige
Ho provato a scaricare e installare glimmer. E' *veramente* vecchio, non
ha neanche i comandi di configurazione e installazione. Fondamentalmente
tutto quello che c'e' da fare e' dare 2 comandi (sempre sotto Linux/Unix,
dopo averlo decompresso)
make
e poi
./run-glimmer2
ignorando le lamentele del sistema per l'uso di una versione piuttosto
datata del linguaggio di programmazione
-- 
The nice thing about Windows is - It does not just crash, it displays a
dialog box and lets you press 'OK' first.

 P.S. Ho controllato: si', sono Open Source per Linux/Unix
Grazie


 non funziona??
No, mi spiace, ma non funziona ne' da Windows ne' da DOS. Ti serve una
macchina Linux/Unix.
Eugenio


 non funziona??
no! non funzioneranno mai ne' in windows ne' in dos, ma solo con un sistema
operativo Linux o Unix. Ho dato un' occhiata veloce veloce e, se ti
accontenti, alcuni hanno un' interfaccia web.
bye ;)
-- 
Linux user # 209015 on Linux machine # 97103
RoLUG member --> 
http://rovigo.linux.it
GnuPG-ID: 8D704AF5 on 
keyserver.linux.it

 Eugenio
Ciao


A che ti servono? Cosa vuoi farci? Magari ti posso indirizzare su qlcs per
winsozz (anche se sarebbe bene che tu passassi a linux o BSD)
dawe

Salve,
spero di non essere troppo OT
rispetto al post originario.
Io sono l'autore del Post del 2 Agosto titolo Bionformatica
che cercava di capire se se in questo gruppo
ci fossero persone interessate alla Bioinformatica.
In sintesi vorrei sapere se Le persone che hanno risposto
e Dominio Digitale in che modo si occupino di bioinformatica.
Lo chiedo perché vorrei sapere se in italia si fa Bioinformatica
e in che modo:
le persone che hanno risposto sono Bioinformatici e cosa fanno
(Master, industria Farmaceutica, ricercatori..).
La cosa migliore sarebbe che esistesse un gruppo tipo
it.scienza.bioinformatica ma putroppo ancora non esiste :-(
In pratica mi piacerebbe sviluppare una discussione seria;
con impressioni idee etc...
saluti Roldano

 con impressioni idee etc...
Per il momento non credo si riuscirebbe a creare un ng del genere; tuttavia
si potrebbe per ora pensare ad una mailing list, in modo da creare un
minimo di "comunita'".


 molto tempo da dedicarci.
Il mio interesse è allo stato embrionale. Come studente di Biologia sto
approfondendo argomenti relativi al sequenziamento dei genomi e navigando
sul web ho trovato il sito della Celera con le release dei software
utilizzati da loro. La faccenda mi ha subito intrigato e cercavo di
installarli sul mio PC ma come si vede dagli altri post non è possibile.
Serve Linux o Unix e quindi per il momento mi tocca soprassedere....
Per la proposta di un ng specifico : secondo me anche questo ng è indicato,
perché in effetti la Bioinformatica nasce in applicazione all biologia
molecolare e alla genetica, quindi non siamo OT se discutiamo di simili
argomenti... almeno penso. Anzi, può essere un ottimo punto di partenza per
approfondire la questione, correlando gli argomenti ad altri di biologia
pura e/o applicata (genetica, genomica e proteomica, evoluzione,
antropologia molecolare....).
Ciao.
Andrea.


 dawe
Grazie....
Andrea.
-- 
Il matrimonio č l'arte di risolvere in due quei problemi che da solo
non avevi!!

 contemporaneamente a Win??? Ossia creando una specie di PC ibrido....
contemporaneamente di certo no, puoi usarne uno alla volta. Se vuoi puoi
installarlo su un' altro hard disk oppure anche sullo stesso (basta creare
delle partizioni). In questo modo, all' avvio del pc potrai sciegliere il
sistema operativo che vuoi. Un' altra soluzione sarebbe quella di usare un
emulatore come VMware:e' un programma disponibile sia per win che per linux
che "emula" un vero e proprio pc, creando una "macchina virtuale". Su
questa macchina virtuale puoi installarci il sistema operativo che vuoi:
questo, volendo, e' un modo per far girare due sistemi operativi
"contemporaneamente" anche se l' emulazione richiede molte risorse e porta
ad una significativa perdita di performance.


 antropologia molecolare....).
La proposta di un nuovo gruppo in realtà dovuta al fatto che la 
Bioinformatica è un termine generale che prevede diversi livelli forse 
meglio dire canali
Mi spiego gli strumenti per l'analisi delle sequenze sono essenzialmente 
programmi scritti in linguaggi che in media richiedono conoscenze 
approfondite per fare qualcosa di serio.
Poi esiste il grado di formalismo matematico Hidden Markov Model
che implica una discreta conoscenza della matematica.
e poi non ultima la conoscenza Biologica che trasforma i formalismi in 
qualcosa di veramente utile.
Il problema è che la Bioinformatica è una terra di frontiera dove in 
tutti i casi le competenze sono limitate e forse si possono ottenere
risultati unendo le diverse conoscenze.
Ciao Roldano

 potrai sciegliere il sistema operativo che vuoi.
Ecco questa soluzione (con due HD) sarebbe perfetta... se è possibile in un
post, puoi spiegarmi come fare?
Grazie molte...
Andrea
-- 
Il matrimonio è l'arte di risolvere in due quei problemi che da solo
non avevi!!

 Ciao Roldano
Ciao
Andrea


 ...mmmh no, non l'ho mai usato... ma credo che sia ora di smanettarci su!!
Su internet i tutorial si sprecano
Saluti Roldano

 Grazie molte...
spiegare in un post come installare linux non e' che sia proprio facile.
Per fortuna oggi esistono diverse distribuzioni che rendono l' installazione
di questo sistema operativo abbastanza semplice. Le distribuzioni che in
genere vengono consigliate per iniziare sono Mandrake (ora sono alla
versione 9.1 ma a breve dovrebbe uscire la 9.2), Red Hat (giunti alla 9.0)
e Suse (arrivata, mi pare, alla 8.2). In genere le trovi alegate a riviste
che trovi in edicola a 5-8 euro. Questo mese mi pare di aver visto che la
rivista Red Hat Magazine che include l' omonima versione. In genere in
queste riviste e' anche presente un' articoletto che spiega a grandi linee
come procedere (a dire il vero nella rivista che ti ho citato forse non c'
e' nessun articolo del genere...).
Altro consiglio che mi sento di darti e' quello di contattare il LUG (Linux
User Group) della tua citta' (mi pare di aver capito che tu sia di Roma,
nella tua citta' ce ne sono due o tre): troverai sicuramente persone
disposte a darti aiuto (sia per fornirti i cd della distribuzione che
preferisci, sia per l' installazione che per muovere i primi passi).
In poche parole... prova!
Se hai bisogno di altro puoi pure contattarmi in privato, visto che stiamo
andando un po' OT...
Colgo l' occasione per salutare tutto l' ng, vado in vacanza e questa
settimana saro' offline :-)))


 settimana saro' offline :-)))
Ok, grazie per le dritte... e buone vacanze. A presto.


On Sat, 09 Aug 2003 21:45:24 +0100, Dominio Digitale wrote:
Oh, vale anche per me, se hai bisogno di qualche informazione su come
metter su una macchina con 2 sistemi operativi, il mio indirizzo qui sopra
e' valido
Eugenio
-- 
"What! what! men, dodging this way for single bullets! What will you 
do when they open fire along the whole line? I am ashamed of you. 
They couldn't hit an elephant at this dist..."
Gen. John Sedgwick's last words, battle of Spotsylvania

 e' valido
Ti ringrazio moltissimo, sicuramente approfitterň del tuo sapere, ma ora
purtroppo ho un problema piů intricato: č letteralmente scoppiato
l'alimentatore del mio comp!! Una fiammata, tanto fumo e una puzza di
plastica bruciata da morire!! Quindi per il momento sono bloccato, mi tocca
aspettare il 1 settembre che riapre il negozio per farmelo sostituire. Pork,
azz, dannaz, malediz!!!@**@@### grrrr! Speriamo che sia solo quello e che
non abbia mandato in corto qualche scheda...
A presto.
Andrea
-- 
Il matrimonio č l'arte di risolvere in due quei problemi che da solo non
avevi!!

 Andrea
Complimenti sei riuscito a creare il primo computer che va in vacanza a 
ferragosto ;-)
una curosità questo da dove l'hai postato internet point?
auguri per il tuo computer
PS.
se ti interessa i discorsi bioinformatici si possono continuare a voce
come ti ho detto in un post io sono di Roma
a presto Roldano

 a presto Roldano
Cià e buon ferragosto!!!
Andrea
-- 
Il matrimonio è l'arte di risolvere in due quei problemi che da solo non
avevi!!

 Andrea
quanti computer hai ? se uno è saltato o meglio l'alimentatore  con che 
scrivi ? ecco perché internet point
buon ferragosto anche a te
PS
sempre disponibile a discorsi bioinfo

 sempre disponibile a discorsi bioinfo
Purtroppo č saltato il tower sul quale ho i lavori e i software di biologia.
Ora scrivo con il mio notebook... speriamo che non mi abbandoni anche lui!!
Buon proseguimento e a presto sul ng per la bioinformatica...
Andrea
-- 
Il matrimonio č l'arte di risolvere in due quei problemi che da solo non
avevi!!