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Titolo: help : sequenze mtDNA a confronto

Ciao a tutti.
Secondo numerosi studi sembra che l’origine dell’orso polare ,
considerando la sequenza del mtDNA , sia abbastanza vicina a quella
degli orsi bruni provenienti dalle isole Admiralty, Baranof e
Chichagof, in Alaska.
In sostanza :
Ursus arctos (ORSO BRUNO)  è il progenitore di Ursus maritimus (ORSO
POLARE / ORSO BIANCO)
Utilizzando BIOEDIT (software utilizzato in ambito Bioinformatico) ho
confrontato la sequenza del mtDNA (limitata a 34bp) delle 8 specie di
orsi esistenti .
Ursus arctos, --> ORSO BRUNO
Ursus americanus, --> ORSO NERO AMERICANO
Ursus thibethanus, --> ORSO DAL COLLARE / ORSO TIBETANO
Ursus maritimus, --> ORSO POLARE / ORSO BIANCO
Helarctos malayanus, --> ORSO MALESE
Melursus ursinus, --> ORSO LABIATO
Tremarctos ornatus --> ORSO ANDINO
Ailuropoda melanoleuca --> PANDA GIGANTE
Con grande sorpresa ho notato che il confronto tra le sequenze di
nucleotidi tra Ursus arctos e Ursus maritimus non evidenzia
similarità.
sequenza (34 bp) Ursus arctos
TGGTACATACTACTATGTTACTCCATGTCTCATT
sequenza (34 bp) Ursus maritimus
GATCACACATAACTGTGGTGTCATGCATTTGGTA
In cosa sbaglio ?
In sostanza vorrei avvalorare l'ipotesi di evoluzione da ORSO BRUNO a
POLARE ,ma le 2 sequenze sono molto diverse.
Ho scaricato le sequenze da : 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore
Mi potete aiutare a capire ?
grazie molte .

 grazie molte .
ma che gene del mtDNA e'?
-- 
crepuscolo autunnale:
da solo faccio visita
a un'altra solitudine
http://www.lorologiaiomiope.com


Grazie per avermi risposto
Io a questo link 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore
ho effettuato interrogazioni con le seguenti parole chiave :
Ursus arctos  e Ursus maritimus
ho limitato poi il numero di bp a 34.
Per mtDNA si intende il DNA mitocondriale , cioè quello avente un
tasso di mutazione basso.
Potresti dirmi cosa intendi con : << ma che gene del mtDNA e'?>>
grazie

 grazie
il mtDNA dei mammiferi ha 16 geni (o giu' di li), di cui alcuni sono 
piu' conservati di altri.
Sei sicuro che si tratti dello stesso gene nella stessa posizione?
Quali geni del mtDNA dei due animali sono stati sequenziati?
ncbi e' un casino da usare bene...


 
http://www.lorologiaiomiope.com
Quindi in sostanza mi stai dicendo che la stranezza da me rilevata
sarebbe riconducibile ad un errore di ricerca
o comunque di utilizzo della banca dati biologica...capisco.
Posso comunicare direttamente con te tramite email ?
Ho disperatamente bisogno della tua competenza .
ti sono molto grato
Il mio indirizzo é :
moowoo9[at]
fastmail.fm
grazie infinite

 grazie infinite
guarda, ne so pochissimo anche io, ho usato professionalmente le 
sequenze pubblicate solo pochissime volte e solo per la specie che mi 
interessa, ma qui ci sono molte altre persone che possono aiutarti 
meglio di me.
Aspettiamo, se non si fa vivo nessun biologo molecolare patentato allora 
mi faccio un giro su ncbi e vediamo


 In cosa sbaglio ?
Può essere come dice Ladybat che le due sequenze si riferiscono a
parti diverse del genoma. Usare una lunghezza come criterio non è
granchè: In questa banca la gente manda anche frammenti venuti di qua
e di là.
Magari fai così: ho richiamato "Ursus arctos" senza altri limiti e ho
cercato un gene promettente. Già a pagina 4 c'è il "mitochondrial
cytochrome b gene" in vari esemplari della stessa lunghezza per cui
suppongo che si tratti di qualcosa di specifico e completo e che la
gente sequenzia spesso. Poi ho cercato "Ursus maritimus mitochondrial
cytochrome b gene" e a pagina 1 c'è in basso una sequenza della stessa
lunghezza (1140), cosi spero che sia davvero il gene corrispondente.
Le due sequenze sono qui e ci sono effettivamente un paio di
differenze.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/X82308.1
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/EU567096.1
Per controprova ho cercato "Helarctos malayanus mitochondrial
cytochrome b gene". Lì non c'è il gene completo ma solo l'inizio 5'
con 397 bp ma tanto a te basta:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/L21871.1
( e se mai dato che invece il genoma mitocondriale completo c'è, ti
basta cercare il citocromo B lì dentro (già fatto: comincia con bp
15062: 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/FM177765.1
 ))
Ma io trovo al massimo una o due differenze per riga di 60 bp e per
paio, e in più vedo almeno una differenza che u. arctos ha in comune
con u. maritimus (pb 60), un'altra che lui ha in comune con h.
malayanus (bp 120) ma anche una che gli ultimi due hanno in comune (bp
150), per cui non so se prendendo solo le 34 bp del tuo progetto
iniziale arriverai a risultati concludenti. Comunque in bocca al lupo.
Ciao
Marco P