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Titolo: Doamnde da profano sul genoma.

Avrei alcune curiosita' circa la sequenziazione del genoma umano, in
particolare, qual'e' il margine di errrore ?
Ovvero presumo che sperimentalmente la sequenza dei nucleotidi non possa
essere determinata con esatezza, se cosi'  a quanto ammonta l'errore ?
Sono state rintracciate tutte le sequenze codificanti ?
Come vengono rintracciate, individuando i gruppi di inizio/promotori
etc. o anche mediante il confronto con altri geni noti ?
E' facile realizzare i riarrangiamneti ? Perche' non viene studiato
l'RNA anziche'il DNA ?
so che posso sembrare un po' confusao :)
ciao,
Andrea

 so che posso sembrare un po' confusao :)
mi pare che hai le idee molto piu` chiare di certi giornalisti.
-- 
Ciao
cf

 non ho capito che intendi.
Ok, mi hai gia' risposto, volevo sapere se per studiare i geni non si usava
anche il cDNA (che piu' o meno dovrebbe essere una specie del controstampo
del mRNA e quindi essere gia' "al netto" di tagli, riarrangiamenti e reazioni
varie.
ciao,
Andrea

 riarrangiamenti e reazioni varie.
ah, quello intendevi.
Se  sei  un informatico,  ti  piace  la biologia  e  ti  va di  andare
all'estero hai una brillante cariera assicurata, credimi.
-- 
Ciao
cf

 Non  ti seguo,  che intendi  per evoluzione?
Negli algoritmi genetici di ricerca, si fa evolvere un campione di
soluzioni possibile, selezionato di volta in volta in base ad un criterio
di ottimalita' e con operazioni che "fanno evolvere" il campione:
mutazioni e ricombinazioni.
ciao,
Andrea

 mutazioni e ricombinazioni.
non che mi occupi di evoluzione ma detta cosi` questa cosa proprio non
la capisco, mi dai un riferimento o mi spieghi la cosa con un esempio?
-- 
Ciao
cf

 molto probabilmente  era un semplice polimorfismo.
Qui casca l'asino (che sarei io, sia chiaro ;-) ). Ossia: puo' un non
biologo
seguire un NG di biologia? Questo e'il caso piu' semplice (perche' forse
l'ho
capito) di un uso frequente che fai di terminologia un po'
specialistica.
Percio' mi permetto di chiedere se ho capito bene: polimorfismo
significa una
variante di un gene, che produce una proteina fuzionalmente equivalente?
Se e' cosi', si tratta di un'ulteriore ridondanza. Vorrei sapere: quanto
e'
estesa questa ridondanza?
Grazie.
-- 
Elio Fabri
Dip. di Fisica - Univ. di Pisa
Sez. Astronomia e Astrofisica

 Grazie.
grazie a te
-- 
Ciao
cf

 --
Gli algoritmi genetici sono degli algoritmi di ricerca che si ispirano
all'evoluzione biologica. Hai detto che si cerca di usare algoritmi genetici
per rintracciare i geni. Forse non intendevi genetici per dire che "operano
sui geni", ma il nome in se designa una classe di algoritmi di ricerca.
L'idea di tali algoritmi e' molto in bereve la seguente:
Ho un problema, le cui soluzioni possono essere coidifcate in un certo modo,
diciamo una seuqnza di caratteri. Ad esempio il percorso migliore per passare
per 20 citta', data una mappa, potrebbe essere una seuqnza di lettere (poi per
questo esempio, mesa cosi', un algoritmo genetico e' quasi il peggio che si
possa avere, ma e' un esmpio).
Quante soluzioni ci sono ?
In tutto, se ci sono 100 cita', 100!(80!), supponendo il percorso ordinato.
Si costruisce un campione casuale di soluzioni, ad esempio 500, e si valutano
con un criterio di fitness (ad esempio, qual'e' la strada piu' corta?). Poi si
selezionano le soluzioni piu' "soddisfacenti" e da queste si genera un nuovo
campione, inserendo dele mutazioni e delle ricombinazioni fra seqienze di
caratteri, e cosi' via, in modo da tendere verso una soluzione ottimale. Si
tratat di un sistema di ricerca fondamentalmente random, che ha alcuni
vantaggi e alcuni svantaggi, quali ad esempio la forte dipendenza della
ricerca dalla codifica.
Comuqnue il discorso e' ch ee' essenziale avere un decisore che dica quali
sono le soluzioni, dall'attuale campione, piu' soddisfacenti, e visto il
probelam in genetica (genetica biologica, per non confonderci), non saprei
come potrebbero essere applicati.
ciao,
Andrea
P.S.: se vuoi posso darti qualche riferimento, ma non credo la cosa ti sia di
grande interesse.