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Titolo: DNA a sei basi!

Leggevo su C. de Duve, Come evolve la vita (libro che dimostra ancora una
volta come l'aver ricevuto un premio Nobel non andrebbe preso come
un'autorizzazione a filosofeggiare, ma questo è un altro discorso):
"...scienziati giapponesi...hanno introdotto artificialmente nel DNA due
basi sintetiche, reciprocamente complementari, chiamate S e Y. Le molecole
del DNA così modificato hanno formato doppie eliche normali, in cui la base
S si accoppiava con la base Y, come ci si attendeva. Con questa operazione,
due nuove lettere (S e Y) sono state, quindi, aggiunte all'alfabeto
nucleotidico di quattro lettere e il numero dei possibili codoni nel codice
genetico è passato da 64 a 216.
Se si permette che alcuni dei codoni in più specifichino per nuovi
amminoacidi, sarà possibile creare un numero quasi illimitato di proteine
nuove dotate di un'ampia gamma di proprietà. Gli scienziati hanno fatto un
primo passo in questa direzione ingegnerizzando in vitro i sistemi di
trascrizione e di traduzione, in modo che incorporassero in una proteina un
amminoacido non naturale, la clorotirosina."
A me sembra una cosa _enorme_!
Qualcuno ne sa di più?
Danilo
--------------------------------
Inviato via 
http://arianna.libero.it/usenet/

 un amminoacido non naturale, la clorotirosina."
che vuol dire ingegnerizzando in vitro i sistemi di traduzione e traduzione?
questo DNA dovrebbe prodursi la sua DNA polimerasi, la sua RNA polimerasi,
i suoi organizzatori nucleolari e i suoi tRNA. Non so se siamo arrivati al
punto da ingegnerizzare ex-novo gli enzimi, figuriamoci i tRNA. 
A quando risale questa notizia? se l'hai letta in un libro tradotto
dev'essere vecchia di almeno un paio di anni, forse piu' ma dopo che e'
successo? Se non ci sono in giro strani plasmidi a sei basi evidentemente
costruire ex novo il tutto era troppo complesso, finora. non nego che non
ci si possa arrivare, ma non ne vedo l'utilita', onestamente. Avremmo solo
un codice piu' ridondante, con un sacco di possibilita' di errori in piu'.
per incorporare aminoacidi strani (e gia' questo accade nel tRNA, se non
sbaglio), basterebbe che questi fossero riconosciuti nel normale sistema a
quattro basi.
Comunque rimando a chi ne sa piu' di me, la mia era un'impressione "a
pelle".
Ladybat
-- 
l'uno nell'altro si specchiano
i verdi smaglianti
di due colline gemelle

 Ladybat
Ciao
Andrea - tra il perplesso (scientificamente) e il preoccupato
(umanamente)...
-- 
"Io ne ho viste cose che voi Umani non potreste immaginare..."
Blade Runner
"La sequenza non č che l'inizio"
J. Craig Venter - Celera Genomics

 punto da ingegnerizzare ex-novo gli enzimi, figuriamoci i tRNA.
In effetti, a quanto ne so io (sto preparando giusto giusto l'esame di
ingegneria proteica studiando un po' di articolozzi), la creazione ex novo
di enzimi è ancora un sogno di là da venire. Tutt'al più si riesce a
modificare la funzione di enzimi già esistenti o a unirne due o più in modo
da creare nuove funzioni. La possibilità di costruire addirittura un
apparato di trascrizione e traduzione a partire da 0 (visto che in natura
non esistono sistemi a 6 basi :) ) mi pare abbastanza fantascientifica allo
stadio attuale.
Ciao
Federico

 potrebbe essere il modo per creare nuove forme di vita????
La butto lì...
Un modo davvero complicato! Se da tutto il tempo che esiste la vita
l'evoluzione non ha mai sentito la necessità di aumentare il numero di basi,
o di amminoacidi coinvolti per l'appunto nella vita, tanto è vero che dal
più infimo virus all'homo sapiens usiamo sempre quelli, ci saranno stati dei
buoni motivi :)
Ciao
Federico

 successo?
E' appunto quello che mi chiedevo...


 buoni motivi :)
Beh, è una posizione discutibile. Potrei dire che nel regno animale non
esiste nessuna struttura a ruota, e che quindi la ruota non serve a niente
:)
Il numero di basi e il numero di amminoacidi utilizzati dai viventi potrebbe
tranquillamente essere frutto di una contingenza storica, no?


 E' appunto quello che mi chiedevo...
Si saranno resi conto che č una stronzata definire "unnatural" il codone
GAY......
ciao
-- 
Danilo Giacomelli
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Il sonno della ragione genera ragionieri
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 codone GAY......
LOL !!

nella posizione specificata dal codone GAY."
Due osservazioni.
1) Hai scritto:
"... Con questa operazione, due nuove lettere (S e Y) sono state,
quindi, aggiunte all'alfabeto nucleotidico di quattro lettere e il
numero dei possibili codoni nel codice genetico è passato da 64 a 216.
Se si permette che alcuni dei codoni in più specifichino per nuovi
amminoacidi, sarà possibile creare un numero quasi illimitato di
proteine nuove dotate di un'ampia gamma di proprietà. "
Allora. Anche le condizioni precedenti - 4 basi e 20 amminoacidi -
permettevano di ottenere - lasciamo stare il creare... :-) - un numero
quasi illimitato di proteine inedite. Ricordo la formulina delle
permutazioni (con ripetizione) N^K, dove N e' il numero dei simboli
(amminoacidi) e K la lunghezza della stringa con essi formata
(proteine in questo caso).
Ed il sistema di sintesi proteica - ridondande - possedeva gia' la
possibilità di inserire nuovi amminoacidi. Bastava usare una delle
triplette ridondanti... per tale eventualità.
Questo lo dico non per sottovalutare l'interesse della notizia...
anche a livello di bioingegneria. Sia chiaro.
2) Un punto importante e' invece questo.
Malgrado tale "potenzialità" delle molecole biologiche e dei
meccanismi in essere - come c'e' chi l'ha fatto notare - in natura,
dal virus all'uomo abbiamo sempre i soliti 20 amminoacidi e le solite
quattro basi.
Tempo fa' lessi che l'enzima che carica il tRNA con il relativo
amminoacido (mi sembra su una pubblicazione su Le Scienze) puo' essere
alterato geneticamente facendo si' che la tripletta dell'anticodone
codifichi per amminoacidi diversi dal normale. Cosicche' si
introducono - per mutazione del processo di "caricamento" del tRNA -
mutazioni anche nella proteina sintetizzata - malgrado che il DNA non
contenga alcuna mutazione ma una sequenza corretta di basi.
L'osservazione e' molto pertinente dal punto di vista evoluzionistico
perche' ci dice che la natura avrebbe potuto tranquillamente prevedere
diversi accoppiamenti tra tRNA ed amminoacidi. Ma non lo ha fatto - o
meglio... nelle forme viventi conosciute questo non si osserva.
Penso che questo sia un elemento "molto" importante a favore della
classica concezione evoluzionistica "neodarwiniana" poiche' questo
puo' essere inteso come ulteriore evidenza a sostegno del fatto che
tutti gli organismi viventi odierni siano discendenti da un unico tipo
LUCA originario, da cui hanno ereditato la "contingente" associazione
amminoacido-tRNA che oggi osserviamo.
Con buona pace per chi "surrettiziamente" ci seguita a ricordare come
l'evoluzionismo debba essere inteso come morto e seppellito. ;-)
Ciao
VR
"La fonte principale degli attuali contrasti fra le sfere della 
religione e della scienza si trova nella concezione di un Dio 
personale." 
Albert Einstein. Pensieri di un uomo curioso, 
Oscar Mondadori Ed. 1997, Milano; p. 115. 
***************
La rivincita darwiniana 
sul reverendo Paley:
www.diolaico.it
***************

 tranquillamente essere frutto di una contingenza storica, no?
Mmmh ma io non ho detto che un DNA a 6 basi non serve a niente, ho detto
solo che la natura non ne ha sentito la necessità, perchè evidentemente
poteva fare tutto quello che gli pareva con quello che già aveva. Quindi,
visto che la tua domanda iniziale era se in linea di principio si poteva
creare una "nuova forma di vita", io ti ho risposto che sarebbe estremamente
complicato (visto che già facciamo una faticaccia a capire quanto già
esiste). In linea di principio e in un futuro lontano in cui sapremo tutto
di come funziona la vita per così dire "naturale" potremmo forse pensare di
inventarne di sintetiche.
Ciao
Federico

 Federico
Ciao
Andrea
-- 
"Io ne ho viste cose che voi Umani non potreste immaginare..."
Blade Runner
"La sequenza non è che l'inizio"


 anche a livello di bioingegneria. Sia chiaro.
Forse serve un certo livello soglia per ottenere organizzazione
sopramolecolare funzionale a qualcosa....


 Appunto... stiamo lavorando per questo, no?
Mmmmh... ah si? :) Non mi ero mai posto il problema dell'uomo che diventi
"creatore" di nuove forme di vita. Potrebbe essere interessante senza
dubbio.
Ciao
Federico

 dubbio.
tutto il pallino dei raeliani per la clonazione e' appunto rivolto a quello.
Sospetto che sia un'impronta "maschile" della scienza: non poter dare la
vita a niente deve ogni tanto far sentire i maschietti in imbarazzo, ma non
fateci caso, e' solo una speculazione OT e piuttosto gratuita...
ladybat
-- 
qui
raggiungono il mio occhio
solo cose fresche

 interessante senza dubbio.
Anche un ibrido è una "nuova forma di vita" nel senso meno stretto del
termine, quindi si può affermare che l'uomo sia un "creatore" di nuove forme
di vita (Blade Runner docet.... e secondo me con l'evoluzione della
tecnologia ci saranno le potenzialità per arrivare a quei livelli). Senza
parlare di quello che si combina già con i batteri ricombinanti o con i
protoplasti vegetali utilizzati a fini industriali (produzione di proteine
eterologhe, di intermedi secondari mediante sintesi "non convenzionali"),
tutte forme di vita non comprese nel progetto evoluzionistico originario...
oppure pensiamo agli OGM, tanto per fomentare i recenti dibattiti sul tema,
anche se resta ancora molto da capire su come utilizzarli ai fini pratici
senza spedirci automaticamente all'altro mondo.... Se non ho capito male,
stai studiando ingegneria proteica, quindi puoi facilmente immaginare le
ampie potenzialità di manipolazione insite in queste tecniche.


 ladybat
Ehi, Ladybat, non mi sono ancora convertito al pelatone e alla strappona....
;-))))


 industriali, tutto qui.
So so tranquillo :) Non scrivo spesso nel ng ma lo leggo sempre con piacere.
Se no manco mi ci mettevo a parlare se avessi avuto anche il minimo sentore
di raeliano :) Piccola parentesi.. quando mi vedete postare con continuità è
xchè il giorno dopo ho un esame (sic) e tra una pausa e l'altra dello studio
(sono un pazzo furioso che si riduce quasi sempre alla full immersion
dell'ultimo giorno) bazzico l'ng xchè mi sono ormai convinto che porti
fortuna (un 30 e un 28 le ultime 2 volte che ho adottato questa procedura
:) )
Ciao
Federico

sopramolecolare funzionale a qualcosa....
Mmmmm.... scusa ma non ti seguo qui... cosa c'entra?
Ciao... :-)


 ultime 2 volte che ho adottato questa procedura :) )
Ho capito. Ma...un esame il 22 dicembre?!? Maledetti prof. stakanovisti!!!!
Allora in bocca al lupo!!!!!!!!


 triplette ridondanti... per tale eventualità.
Intendevo allacciarmi a questa ultima parte del tuo post: se anche con un
numero inferiore di aa. e basi si poteva creare una forma di vita ma
l'evoluzione non si è accontentata di questo, forse serve un minimo di
informazione per ottenere l'attuale complessità.


informazione per ottenere l'attuale complessità.
Mmmm... un po' piu' chiaro... ma non ancora tutto chiaro...
Cmq.
Non pensi che forse e' un'aspetto "contingente"?
Ovvero "quel tipo di complessita' fondata su quattro basi" ha permesso
di visitare un sufficiente numero di forme  o stati... biologicamente
validi.
Dunque si e' solo fissato "quel contingente" tipo di duplicazione...
efficace a tal punto.. da competere con un'eventuale "variante".
Ecco cosa sostenevo come "supporto" importante alla concezione
neodarwiniana corrente...


 elettromagnetici come gli hard disk dei nostri pc.
Beh allora spero per loro che non usino filesystem FAT32 o NTFS
altrimenti addio invarianza riproduttiva... ;-)
-- 
The ultimate game show will be the one where somebody gets killed at the
end.		-- Chuck Barris, creator of "The Gong Show"

 piuttosto gratuita...
ROTFL!!! ^_^
-- 
A language that doesn't have everything is actually easier to program
in than some that do.
		-- Dennis M. Ritchie

 Allora in bocca al lupo!!!!!!!!
Già... proprio il 22 dicembre e tanto per gradire pare ci sia pure sciopero
selvaggio dei mezzi a Milano...
Cmq crepi il lupo :)
Ciao
Federico

 strappona.... ;-))))
come dicevo, non mi riferivo a nessuno, la mia era una speculazione ot e
gratuita
-- 
un guscio 
di cicala, svuotatasi
nel canto

 indipendentemente dal fatto del dna a 4 o 6 basi!
Concordo pienamente con te. 
Per fare un analogia con i computer si puo pensare
al sistema binario. Perchè utilizzare solo una logica
a due stati (1 e 0)? Potremmo utilizzarne una a 3 stati
(è stato fatto), o a 4 5 6 7 stati ... o infiniti (fuzzy
logic).
Ma aggiungere stati non migliora affatto ne l'affidabilità
dei computer ne la loro potenza, ne aumenta le possibilità
di programmazione. Forse che con un computer a 4 stati
abbiamo programmi che con una logica binaria non abbiamo?
Evidentemente no.
Infatti i nostri computer funzionano a due stati e non 
sembra ci siano motivi sufficienti per cambiare rotta.
ciao fuzzy
-- 
Posted via Mailgate.ORG Server - 
http://www.Mailgate.ORG

 ciao fuzzy
