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Titolo: DOMANDA SUL GENOMA UMANO

Mappare il genoma significa conoscere la sequenza nucleotidica , che
caratterizza ciascun gene che codifica per un determinato
carattere.
Il sequenziamento del genoma umano e del topo sta rilevando che i geni
essenziali del topo e dell'uomo hanno identica sequenza
nucleotidica.
Se i due genomi sono veramente identici, perchč l'uomo e il topo sono
diversi somaticamente?
Spero che le vostre risposte possano colmare le mie lacune in biologia
molecolare.
Ciao e grazie a tutti,Vanda.


Ad occhio e croce ti direi che in realtà molti geni presenti nel topo e
nell'uomo non sono egualmente espressi nei due organismi, un po' come i geni
che permettono alle cellule del notro corpo di differenziarsi. Gli
eritrociti esprimono geni non espressi ad esempio dagli epatociti, e
viceversa, anche se il loro corredo genomico è perfettamente identico.
Questo è dovuto alla complessa rete di proteine che attivano i reprimono la
trascrizione di alcuni geni: questi fattori trascrizionali (TF) sono delle
molecole proteiche con alcuni domini che permettono loro di legare il DNA in
corrispondenza di sequenze nucleotidiche a monte del gene stesso, a volte in
prossimità del gene da trascrivere, altre volte anche migliaia di basi più
lontano. Dopo il loro legame esse interagiscono con l'apparato basale di
trascrizione, cioè il complesso macchinario della RNA polimerasi, e lo
stabilizza, incrementando la frequenza di trascrizione di quel gene. Questo
sistema può ovviamente essere represso, se alle sequenze dove si legano i TF
vanno a legarsi altre molecole proteiche, dei repressori, che impediscono il
legame ai TF ed alla polimerasi stessa. Visto che nelle cellule di topo o di
uomo esistono differenti fattori trascrizionali, le cellule esprimono in
maniera diversa, con frequenza diversa, le stesse proteine. Quanto poi siano
identici i genomi di uomo e topo, questo non te lo so dire. So solo che
effettivamente qualche somiglianza filogenetica deve esserci, se facciamo
tutti quegli esperimenti sui topi da laboratorio, prima di passare alla
sperimentazione umana.
Spero di averti aiutato
Dario

 Dario
Spero possa servire. Dalle notizie sul sequenziamento del genoma murino
sembra che le due specie si siano staccate circa 75 milioni di anni fa, e
che condividano circa l'88 per cento dei geni. Parlando con una delle
ricercatrici italiane implicate nella ricerca (in particolare nel cromosoma
21) mi ha detto che perņ, anche se sono uguali, i geni di uomo e topo sono
posti in posizioni differenti, tanto che nel topo ci sono geni comuni al
cromosoma 21 umano, ma il topo stesso ne ha solo 20 (di cromosomi) e quindi
i geni sono disposti su cromosomi diversi. Quanto alle funzioni, non quindi
alle sequenza del Dna, ho anche letto che la somiglianza tra uomo e topo č
di circa il 99 per cento, ma non sono riuscito a capire a fondo cosa
volessero dire gli articoli. Non ho letto il lavoro originale su Nature,
perņ.
MarkIII
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Inviato via 
http://usenet.libero.it

Egregio Dario la ringrazio tantissimo per la sua ottima risposta.
Non ho ancora studiato i repressori,la conoscenza sulle loro proprietą
chiarirą meglio i miei dubbi.

 sperimentazione umana.
Scusate, la mia opinione é solo una speculazione. Non ho mai studiato la
comparazione tra il genoma topo/uomo.

 ha scritto nel messaggio
news:ast185$dh5$1...@lacerta.tiscalinet.it...


Di certo l'impatto di differenza tra il cariotipo di uomo e di topo è forte.
Ma è il fenotipo, ovviamente, che ci colpisce di più. Fondamentalmente i
fattori trascrizionali determinano la specializzazione di una cellula, e di
conseguenza causa la variazione del fenotipo. Ad esempio in laboratorio è
stato possibile inserire il gene per la beta-galattosidasi in cellule
eucariotiche che non presentavano affatto tale copia del gene, e questo ha
permesso la sintesi della proteina in questione. Se una cellula di topo
possiede i fattori trascrizionali ed i geni necessari per la sintesi delle
proteine che costituiscono i peli, quella cellula produrrà, per l'appunto, i
peli stessi, con una determinata frequenza. Allo stesso modo potrà fare, ma
con le dovute varianti nei fattori tempo/modalità, una cellula della cute
umana. In fin dei conti la proteina "base" per entrambi i tipi di
"pelliccia" è sempre la alfa-cheratina! Ovviamente, come fatto notare, i
fattori trascrizionali possono essere gli stessi ed identici in alcuni casi
sia nell'uomo che nel topo, ed allora i geni verrebbero espressi nelle
medesime condizioni in entrambi gli organismi. Ma è possibile che il
promotore o l'enhancer, cioè le sequenze di DNA che sono bersaglio dei TF
siano leggermente diversi. In realtà tutte queste molecole trans attivanti
(così chiamate perchè in grado di attivare la trascrizione di geni pur non
essendo legati direttamente a quei geni) possiedono un enorme numero di tipi
di legame con il DNA, attivazioni e repressioni, ed il discorso sarebbe
molto lungo...basta chiedere e ci si dilunga volentieri. Di conseguenza dire
che i fattori  trascrizionali intervengano solo nella differenziazione
istologica è vero: tale differenziazione non riguarda però solo le cellule
di uno stesso organismo, ma con funzioni diverse, ma anche cellule di
organismi diversi, ma con lo stesso (quasi) genoma.
E' poi vero che è fondamentale la disposizione dei geni sui cromosomi: un
esempio eclatante è il gene della beta-globina, una delle subunità del
sangue. Il gene della beta-globina infatti è preceduto da una serie di geni
che codificano, ad esempio, per la gamma globina, che è la subunità che
sostituisce la betaglobina nell'emoglobina durante i primi mesi di vita. I
due geni sono posti in successioni specifiche, che portano all'espressione
del primo solo per un breve periodo, per poi essere inattivato e permettere
la formazione di emoglobina adulta (con la betaglobina e non la alfa
globina). Anche in questo caso sono state fatte importanti scoperte:
inserendo il solo gene delle beta globina umana nel topo (il che significa
che queste proteine sono diverse...un primo segno di differenza tra i due
genomi) con il suo promotore ed i suoi enhancers si è notato che la
trascrizione non avviene, sia per l'assenza di tutti i geni che precedono la
beta globina, sia per la mancanza di 5 regioni a monte ed una regione a
valle del gene, che vengono chiamati isolatori, il cui compito è impedire
ogni tipo di influenza negativa o positiva da parte dell'intero genoma
restante. Eliminando l'isolatore, oppure post-ponendolo completamente al
gene, si è notato che la trascrizione non procede. Questo probabilmente
significa una cosa molto importante: il genoma non è solo una serie di geni,
"azzeccati" gli uni vicini agli altri, a formare il patrimonio genetico,
come fossero tante banconote isolate e fini a sè stesse: i geni, le sequenze
nucleotidiche introniche e tutto il resto lavorano in stretta sinergia, a
determinare quello che siamo, o che potremmo essere. Spero di essere stato
chiaro, scientifico, e di non aver detto cazzate...anche io sono qui per
imparare da voi e con voi dalla comune discussione.
Un saluto a tutti
Dario

 molto lungo...basta chiedere e ci si dilunga volentieri.
Se tu ti dilunghi volentieri, io leggo almeno altrettanto volentieri.
(per inciso, credo che farò una scappata su it.linguistica a chiedere lumi
sull'etimo di volentieri...)
Ciao Danilo


 determinare quello che siamo, o che potremmo essere.
Non sono solo gli introni, i promotori, gli enhancer, le sequenze non
tradotte ecc.. ad essere importanti.
Buona parte dei genomi superiori è costituito da DNA "spazzatura" che sembra
da studi recenti che tanto spazzatura non sia, e che possa essere un altro
fattore di differenza che i signori che hanno stabilito il livello di
omologia tra noi e il topo non penso abbiano considerato.
A mio parere diffondere dati in questo modo può solo condurre a fuorviare
l'opinione della gente. Trovo che sia scienza senzazionalistica e,
sinceramente, mi da molto fastidio.
Saluti


 diversi somaticamente?
I geni che tu chiami "essenziali" forse non sono quelli somatici.
Bepo

 
Perfettamente daccordo, ci vorrebbe qualcuno che facesse da portavoce
veritiero su questo e su tante altre notizie, non del tutto fasulle ma
neanche del tutto esatte e che mettono la gente che non é del ramo in
condizione di farsi un opinione sbagliata.

Dimenticate la diversità del processo di splicing sull'RNA operato nelle
diverse specie
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