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Titolo: proteomica... aiuto!

Qualcuno si occupa di proteomica?
Mi piacerebbe sapere come vengono trattati statisticamente i dati derivanti
dall'espressione in differenti condizioni di crescita.
dawe
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Inviato via 
http://usenet.libero.it

 dawe
Allora ti rispondo qui, invece che sul 3D di gianfranco il folgorato.
E se io, con un sorriso infantilmente ingenuo, ti dicessi: "beh, mi
annoiavo..."?
Ok, ok, hai ragione, non discuto.
Ciao Danilo
PS:
per restare, in un certo senso, IT, sai che non sapevo neppure che esistesse
la parola "proteomica"? Mi spieghi?


 la parola "proteomica"? Mi spieghi?
Negli ultimi anni stanno nascendo le cosiddette -omiche, cioè metodologie
olistiche per approcciarsi alla biologia molecolare.
In particolare c'è la genomica (che conoscerai), la proteomica e anche la
trascrittomica.
In comune hanno la possibilità di analizzare contemporaneamente un gran
numero di geni (anche il genoma intero quando è conosciuto), di proteine
(anzi, tutte le proteine) o di mRNA.
Parlando di proteomica.
Tu fai crescere, che so, un lievito in un certo ambiente. Estrai tutte le
proteine e le visualizzi con un gel bidimensionale.
Poi fai crescere lo stesso lievito in altre condizioni. Estrai tutte le
proteine e fai un gel bidimensionale.
Fatto ciò, se confronti i due gel vedrai quasi sicuramente alcune differenze
nel pattern di sintesi proteica. In questo modo puoi
1- identificare, o almeno ipotizzare, la funzione di proteine sconosciute ma
coinvolte nella risposta al cambiamento
2- caratterizzare la rete di soggetti (proteine) coinvolti nella risposta,
magari arrivando fino a definire le cascate...
Lo stesso lo puoi fare con i genomi e con i trascrittomi. Io sono
interessato per l'analisi dello "spaceroma", una robetta nuova che sto
cercando di implementare, per l'analisi di comunità batteriche in diverse
condizioni di crescita.
Chiaro che tutto ciò che ho detto è la versione ultrastringata di quanto in
realtà accade e generalmente non è che fai due gel e trovi subito le
proteine! Magari fosse così facile. Tra l'altro sono tecnologie assai
costose...
dawe

 olistiche per approcciarsi alla biologia molecolare.
cut
Ma il tuo problema è teorico (di statistica), informatico (di metodo di
analisi) o che altro?
Nel primo caso posso darti un indirizzo e-mail di chi sa, ma non è detto che
risponda.
Nel caso che il tuo problema sia informatico, scrivi chiaramente qual'è (per
via che io non ne capisco niente) e so a chi girarlo.
Nel caso "che altro" non so che dirti.
Ciao Danilo



Diciamo che è un problema di entrambi i tipi, chiedevo se qlcn fosse pratico
di proteomica perchè il tipo di analisi da fare credo sia lo stesso. In ogni
modo tenterò di spiegare brevemente che cosa debbo fare.
Io ho dei gel di elettroforesi indicanti diversi campioni di comunità
batteriche in diverse situazioni.
Da questi gel ho potuto costruire una matrice RxC dove le colonne indicano i
campioni e le righe indicano il numero di banda con relativa intensità.
Da questa matrice ho fatto una analisi dei componenti principali (PCA).
Mi manca l'ultimo pezzo, cioè, io ho il mio bel scatter-plot della PCA ma il
mio sofware (excel... :(   ) non mi permette di andare oltre e cioè
interpolare i punti di ciascuna serie con delle ellissi che siano
rappresentative del 95% del mio campione... in più mi piacerebbe anche
sapere con che coefficiente queste ellissi "fittino" i miei punti...
Alcuni software (come ADE4) fanno questo ma il manuale è in francese e
l'interfaccia non è molto user friendly...
dawe

 l'interfaccia non è molto user friendly...
Sei certo che non esista una traduzione in inglese di questo software.
Magari in rete...
Zimian

 Magari in rete...
I tutorial sono in francese per le parti più importanti, poi ripeto, non è
molto user friendly, soprattutto per l'immissione dei dati e non ho molto
tempo da dedicare ad imparare l'uso di questo sw (nonchè del francese!).
L'ideale sarebbe un add-in per excel o comunque qualcosa basato su
spreadsheet (tipo SPSS), ade4 non lo è.
dawe
