Newsgroup: it.scienza.biologia
Titolo: BioEdit

Salve a tutti. Qualcuno usa BioEdit?? Una domanda: sono io che sopravvaluto
il software o č veramente cosě potente come sto sperimentando? Insomma, per
essere free mi sembra davvero utile e completo..... Mi fate una recensione??
Grazie
Ciao
Andrea
-- 
"Io ne ho viste cose che voi Umani non potreste immaginare..."
Blade Runner
"La sequenza non č che l'inizio"
J. Craig Venter - Celera Genomics

 essere free mi sembra davvero utile e completo..... Mi fate una
recensione??
mah guarda... io l'ho installato da poco, forse č un pň astruso come
programma e io non lo capisco molto, ma come software di gestione di
bioseqenze trovo + utili e immediati i software che funzionano (ahimč) su
piattaforma machintosh che uso in laboratorio, come il dna strider o dna
star...
beh non mi resta ke attendere ke qualcuno delucidando te delucidi anche
me!!:D
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Inviato via 
http://arianna.libero.it/usenet/

 ha scritto nel messaggio
news:bori67$qha$1...@lacerta.tiscalinet.it...


 Andrea
Beh, non stupirti. Del resto sono free strumenti ben piů importanti, pensa a
cosa offrono EBI, NCBI o KEGG... In ogni caso BioEdit suscita pareri
contrastanti... c'č chi lo apprezza e chi dice che č poco intuitivo ma,
soprattutto, pieno di bachi (e qualcuno lo avevo visto anche io...).
Ma tu cosa devi farne delle sequenze? Ci sono un sacco di programmi per
elaborale ed analizzarle. Se ne hai tante (diciamo almeno una cinquantina)
ti consiglio vivamente di darti ad ARB (che funziona sotto linux, ma magari
con CygWin riesci a fare porting) che puň gestire, grazie a strutture di
alberi di prefissi, un numero spropositato di sequenze.
dawe

 spropositato di sequenze.
Ora  so che mi "cazzierai" ma ho ancora qualche perplessità a passare a
Linux (Orrore!!!!).... sì lo so, forse sarebbe bene che un microbiologo
cominciasse ad utilizzare sistemi più seri.... prometto che mi impegnerò.
;-) Cmq, per il momento mi trovo bene con BioEdit, sto imparando abbastanza
facilmente le sue funzioni, mi ero solo stupito delle potenzialità di un
freeware.... e poi tutta sta complessità non la riscontro più di tanto, ho
usato per tanti anni Cubase VST (se sei musicista sicuramente sai di cosa si
tratta...) e se sopravvivi a quello...........
Grazie.
Ciao
Andrea
-- 
"Io ne ho viste cose che voi Umani non potreste immaginare..."
Blade Runner
"La sequenza non è che l'inizio"


dawe wrote:
|| Beh, non stupirti. Del resto sono free strumenti ben più importanti,
|| pensa a cosa offrono EBI, NCBI o KEGG...
scusate, da profano di programmi di bioinformatica (premetto che non ne ho
ancora mai usati e mi sto informando da solo ...):
l'allineamento delle sequenza non viene fatto anche da CLUSTAL ???
se sì esiste la versione "user friendly" (CLUSTALX) che fa da interfaccia
(per winzozz esiste di sicuro, non so per oltri OS...)
--
Ciao!
Gecko

 l'allineamento delle sequenza non viene fatto anche da CLUSTAL ???
clustalw è una euristica per fare multiallineamento e non si usa per fare
allineamento di due sequenze (cioè, si può usare ma serve a poco). E' usata
da tanto tempo e per questo è ormai uno standard anche se algoritmi
alternativi si fanno strada.
Clustalw costruisce una gerarchia di similarità tra le sequenze con dei
confronti pairwise e non effettua tutti i confronti possibili, il suo
risultato è dipendente dall'ordine con cui i dati vengono considerati e in
ogni caso viene dato un risultato, quindi c'è la possibilità di generare
risultati fittizi.
dawe


Cubase l'ho solo intravisto, ho usato per un po' cakewalk ma suonare in sala
prove con un gruppo era decisamente meglio! :)
dawe

dawe wrote:
|| clustalw è una euristica per fare multiallineamento e non si usa per
|| fare allineamento di due sequenze (cioè, si può usare ma serve a
|| poco). E' usata da tanto tempo e per questo è ormai uno standard
|| anche se algoritmi alternativi si fanno strada.
|| Clustalw costruisce una gerarchia di similarità tra le sequenze con
|| dei confronti pairwise e non effettua tutti i confronti possibili,
|| il suo risultato è dipendente dall'ordine con cui i dati vengono
|| considerati e in ogni caso viene dato un risultato, quindi c'è la
|| possibilità di generare risultati fittizi.
denghiù per la spiegazione !
mi sa che devo informarmi un pò di più di questo campo a me sconosciuto (la
biochimica computazionale ...)
qualche link _in italiano_ ???
--
Ciao!
Gecko