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Titolo: Quanti geni condividiamo con...

domanda semplice credo.
Vorrei sapere solo questo. Si dice che noi condividiamo n% geni (la
percentuale precisa non mi interessa) con gli scimpanze' (o altra
specie, anche questo non importa).
Poniamo sia il 90%. Quindi se noi abbiamo 35.000 geni, 31500 saranno
gli stessi di questi primati. Gli stessi in senso funzionale immagino,
giusto?
Quanti geni in percentuale condivido con mio fratello o con un cinese,
piuttosto che con un nigeriano, piuttosto che con mio figlio? di norma
il 100%?
e se si, con che probabilità/frequenza potrebbe comparire un gene
nuovo (un vero e proprio transgene naturale, o scomparire uno vecchio)
nella specie umana?
per ora è tutto qui.
grazie
fuzzy
p.s. tra le altre gradirei anche la risp. di danilo.
comunicazione di servizio: LA MIA DOMANDA NON HA NIENTE A CHE FARE CON
LA DISCUSSIONE INTORNO AL RAZZISMO. MI SERVE PER UN'ALTRA COSA. PER CUI
SE A QUALCUNO PRUDE IL COCCIGE, SE LO VADA A GRATTARE SU ALTRI POST.
MERCI!

 p.s. tra le altre gradirei anche la risp. di danilo.
Adoro quando mi si tendono delle trappole :-)
Danilo
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Inviato via 
http://arianna.libero.it/usenet/

 Adoro quando mi si tendono delle trappole :-)
Nessuna trappola, stavo solo rileggendo la interminabile sequela di
scempiaggini che scrive Dawkins, tra cui c'e' anche quella perla di
definizione (anzi definizioni) del concetto di GENE. :-)
fuzzy

 definizione (anzi definizioni) del concetto di GENE. :-)
Beh, esprimi un punto di vista un po' energico, diciamo, ma è nel tuo pieno
diritto. Certo suoneresti un po' meno ridicolo se, all'interno dello stesso
breve post, non avessi contestualmente dimostrato la tua adamantina
ignoranza riguardo l'argomento che critichi.


grazie
Ciao!!!
VR

 nella specie umana?
non è che compare o scompare, diciamo che può inattivarsi, o magari
un gene si duplica, o è duplicato da un virus... non saprei la
frequenza, ma è molto piccola.

 differenza è nell'ordine di 10^-3, circa un decimo della precedente.
Intendi geni geni o alleli? Solo i geni "funzionali" o tutti, compresi 
gli inattivati e il junk (o quello che oggi si intende per junk)?
Se sono differenti mi sembrano tanti, e per quanto riguarda gli alleli 
il numero è invece basso. O no?
MarkIII

MarkIII ha scritto:

Mi associo alle domande di MarkIII.
Se ipiotiziamo di avere 35.000 geni codificanti, significa che tra me
e te ci potrebbero essere 35 geni di differenza. Ma geni o alleli?
Solo codificanti o tutti?
Hai sottomano un qualche sito o testo dove ci si puo' chiarire questi
dubbi?
grazie
fuzzy

 The difference in DNA sequences between man and
chimpanzee is extremely small (there is >99% similarity), so it is
clear that the
functions and interactions between a similar set of genes can produce
very different
results.
Lewin, Gene VIII, p 185, virtual text.
la definizione approssimativa di gene considerata prima: un continuo di
introni ed esoni che vengono trascritti in RNA, comprendendo anche le
sequenze attivatrici. Al 2004 erano circa 20.000 i geni umani
identificati con certezza ed altri 10.000 presumibilmente da
identificare. Si parla ovviamente di geni codificanti, mentre per il
selfish DNA le variabilità individuali possono essere molto maggiori.
Gli alleli sono analoga cosa, se vuoi, ma dal punto di vista genetico e
non molecolare. Ora questi calcoli, questa quantificazione, è
molecolare, evidentemente. Dal punto di vista della genetica mendeliana
non so quanto i concetti siano "trasponibili", se mi permetti il gioco
di parole.
Penso che potresti fare riferimento al testo di Watson, che si trova
anche online, dedicato appunto alla "Biologia molecolare del gene".
fuzzy ha scritto:


 anche online, dedicato appunto alla "Biologia molecolare del gene".
Come sopra.
-- 
Ci sono 10 tipi di persone: quelle che capiscono il
sistema binario e quelle che non lo capiscono.

 Dove?

 Online... che dire?
Mai sentito parlare di URL...?


...mai sentito parlare di P2P?
Mad Prof ha scritto:


 ...mai sentito parlare di P2P?
Sě, ma non mi risulta che sia sinonimo di "on line"...


 Sì, ma non mi risulta che sia sinonimo di "on line"...

 di parole.
Ora, è passato molto tempo dall'esame, ma se ricordo bene gli alleli 
sono forme alternative di un gene. Cioè ci sono i geni per il colore dei 
capelli o per quello degli occhi, che possono essere capelli-verdi 
capelli-rossi, capelli-gialli, oppure occhi-verdi, rossi o gialli. 
Quindi se abbiamo 23.000 geni (ultima stima, forse un po' di più), 
possiamo avere (come specie) 46.000 o più alleli. E' questo è definito 
polimorfismo. Cioè, e se sbaglio mi corriggerete, abbiamo tutti gli 
stessi geni (sto parlando dei codificanti e dei regolatori, in linea 
molto generale - poi ce ne sono altri, come piccoli frammenti che creano 
Rna che non si sa bene a cosa serva), ma tutti gli stessi alleli. Quando 
a CSI fanno la ricerca del Dna per trovare il colpevole, cercano gli 
alleli diversi, non i geni. Quindi noi abbiamo identità quasi assoluta 
con altri della nostra specie (ci possono essere differenze di NUMERO di 
geni, cioè io ho un gene ripetuto e tu no, oppure snips o quel che sono 
in grande quantità e tu in piccola), ma abbiamo differenze ANCHE nel 
numero di geni con scimpanzé e bonobo. Io ho il Foxp2 umano e loro no 
(hanno quello scimpanzesco e bonobico).
Dove sbaglio?
MarkIII

 Dove sbaglio?
Non vedo particolari errori...ma sono alquanto ignorante pure io...

 vuoi...
Figurati. Comunque mi sembrava troppo bello per essere vero...


 Non vedo particolari errori...ma sono alquanto ignorante pure io...
Siamo in due.
MarkIII

in sostanza il gene definito in termini classici è quello che dici tu,
ma se parliamo di introni esoni e DNA facciamo un discorso molecolare.
Allora quando un biologo molecolare parla di un "gene" intende quasi la
stessa cosa ma non l'identica di un genetista. Quando si fa il DNA
fingerprinting si vanno a cercare le sequenze brevi ripetute, selfish
DNA che presenta polimorfismo senza conseguenze negative, e che non fa
parte dei "geni". La variabilità tra un individuo e l'altro è in
media di 1bp su 1000, è chiaro che i geni che presentano leggere
differenze possono essere molti di più, in effetti ho fatto un po' di
confusione. 1 su 1000 è la differenza in coppie di basi. Quindi la
differenza tra i geni può essere anche molto più elevata. Sì il
genetista magari parla del gene degli occhi verdi, il biologo
molecolare no, a meno che davvero non vi sia davvero una singola
sequenza di DNA che decide il colore degli occhi.


 Non sono convinto
Giŕ dall'articolo ne correlano subito circa il 20%.
Perň effettivamente me ne aspettavo molti di piů.

 sequenza di DNA che decide il colore degli occhi.
In sostanza, per essere un po' tranchant, il biologo molecolare vede il 
gene come un'entità fisica codificante risultante dal "management" da 
parte della cellula di quanto è registrato sul Dna, mentre il genetista 
vede invece nel gene l'aspetto funzionale, cioè cosa fa, cosa produce. E 
il prodotto potrebbe essere una proteina (un enzima, si diceva nel 
secolo scorso), oppure un pezzo di Dna regolatore o tante altre cose. 
Sono due linguaggi diversi, direi, ma compatibili. Un po' come la storia 
dei ciechi e dell'elefante.
MarkIII

 secolo scorso)
le due parole non sono sinonimi pero!
--
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Ahem..., lo so. Richiamavo solo il famoso dogma "un gene - un enzima" 
che mi hanno insegnato appunto nel secolo scorso. Che adesso non è più 
un dogma.
MarkIII


il dogma centrale della biologia, buonanima, recitava, difatto:
"un gene->una proteina", non parlava specificatamente di enzimi, AFAIK.
Ma magari mi sbaglio...


 Ma magari mi sbaglio...
Qui quoto ladybat...

 Qui quoto ladybat...
Beadle e Tatum, premi Nobel nel 1958, "fondatori" del dogma, parlavano
espressamente di enzimi.
<
http://nobelprize.org/nobel_prizes/medicine/laureates/1958/beadle-lectu
re.pdf>
<
http://nobelprize.org/nobel_prizes/medicine/laureates/1958/tatum-lectur
e.html>


 
io conosco questa versione:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Class/MLACourse/Modules/MolBioReview/central_dogma.html
Vedi anche:
http://web.mit.edu/esgbio/www/dogma/dogma.html
http://en.wikipedia.org/wiki/Central_dogma_of_molecular_biology
http://courses.biology.utah.edu/jorgensen/2030/book%20pdf/13%20central%20dogma.pdf
.
Lewin, sul gene VII, dice anche:
"The central dogma describes the basic nature of genetic information:
sequences of nucleic acid can be perpetuated and interconverted by
replication, transcription, and reverse transcription, but translation
from nucleic acid to protein is unidirectional, because nucleic acid
sequences cannot be retrieved from protein sequences".
etc etc.
Ma forse dipende solo da quando ci si e' laureati. Adesso non credo si
studi neanche piu', ed io ho qualche anno meno di mark, per cui nel
tempo magari il "dogma" si e' andato via via affinando.
ladybat e il bello delle scienze inesatte


 
Esatto. Io mi sono laureato prima di tutti, e ai miei tempi il dogma 
centrale era un gene--->un enzima, sottintendendo che erano gli enzimi 
che facevano tutto il lavoro, anche quello di assemblare le proteine.
Qualche tempo dopo è diventato un gene ---> una proteina e poi è scomparso.
MarkIII
P.S. I libri di quando andavo all'università non li ho più.

 io conosco questa versione
So bene che non tutte le proteine sono enzimi e tra l'altro anche
l'espressione "un gene - una proteina" č sbagliata, anche senza tenere
conto dello splicing: si dovrebbe dire al limite "un gene - una catena
polipeptidica", visto che molte proteine sono costituite da piů catene,
ciascuna codificata da un gene diverso. La formulazione "classica"  del
perň era appunto "un gene - un enzima".


 io conosco questa versione
So bene che non tutte le proteine sono enzimi e tra l'altro anche
l'espressione "un gene - una proteina" č sbagliata, anche senza tenere
conto dello splicing: si dovrebbe dire al limite "un gene - una catena
polipeptidica", visto che molte proteine sono costituite da piů catene,
ciascuna codificata da un gene diverso. La formulazione "classica" perň
era appunto "un gene - un enzima".
