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Titolo: Tecnologie al DNA

Il nostro prof di genetica ha avuto la simpaticissima idea di farci lavorare
in gruppi di studio per un seminario sulle malattie genetiche umane causate
da geni che hanno omologhi in drosophila melanogaster. La malattia di cui si
occuperà il ns gruppo è una malattia tumorale dovuta all'STK11 (serina
treonina chinasi). Ciò che noi abbiamo da studiare sono dei simpaticissimi
articoli in inglese, ma la difficoltà che incontro non è tanto nella lingua
quanto nelle tecniche che sono servite ad identificare il gene, in quanto mi
mancano le basi teoriche non avendo fatto ancora esami specifici di
laboratorio (eh già lo so me li sono lasciati alla fine) o di genetica
umana. Il primo approccio è quello di genetica formale e mi suscita un primo
dubbio:
Come si arriva a stabilire che il gene STK11 è localizzato sul cromosoma
19?? io risponderei con la FISH, ma dato ke si tratta di genetica formale
escluderei questa ipotesi.
La parte ke mi suscita + mistero è quella di genetica molecolare. più
precisamente mi chiedo quali sono gli approcci molecolari alla
caratterizzazione di tale gene?
l'articolo fa riferimento al Conting del DNA, ho dato un'occhiata al "DNA
ricombinante" del watson, libro che seppur abbastanza chiaro e sintetico non
è abbastanza utile per quella tecnica, soprattutto quando si parla di
overlapping (è sempre un libro del lontano '92)
Aspetto chiarimenti di qualche guru e anticipatamente ringrazio
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Inviato via 
http://arianna.libero.it/usenet/

 escluderei questa ipotesi.
Dubito anch'io (pur non sapendo il PESCE cosa sia).
Mediante la genetica formale puoi solo inserire il locus in un gruppo di
associazione.
Capire a che cromosoma č associato richiede almeno un riscontro
citogenetico.
Nel Mesozoico, quando ho fatto Genetica io, l'esperimento paradigmatico era
la fusione cellulare uomo-topo con eliminazione selettiva dei cromosomi.
ciao
-- 
Danilo Giacomelli
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Dice il Saggio: "Prima di urlare nel corridoio di aver
scoperto il DNB, controlla di non aver fatto correre il
gel con la polaritŕ invertita".
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 Dubito anch'io (pur non sapendo il PESCE cosa sia).
Il ''PESCE'' (in effetti ho sentito parlarne proprio come ''go 
fishing'') dovrebbe sfruttare l'ibridazione di oligo fluorescenti per 
verificare, ad esempio, la presenza di traslocazioni. In poche parole si 
segue la posizione relativa di due sequenze di DNA al microscopio...
Per ''askanflax'':
Se hai qualche domanda specifica sarei lieto di aiutarti (se posso)...
Magari posta le referenze agli articoli piů problematici, cosě gli do 
una lettura veloce...
-- 
Do. Or do not.
There is no try.

Forzapanino wrote:
|||| Come si arriva a stabilire che il gene STK11 è localizzato sul
|||| cromosoma 19?? io risponderei con la FISH, ma dato ke si tratta di
|||| genetica formale escluderei questa ipotesi.
||
||| Dubito anch'io (pur non sapendo il PESCE cosa sia).
||
|| Il ''PESCE'' (in effetti ho sentito parlarne proprio come ''go
|| fishing'') dovrebbe sfruttare l'ibridazione di oligo fluorescenti per
|| verificare, ad esempio, la presenza di traslocazioni. In poche
|| parole si segue la posizione relativa di due sequenze di DNA al
|| microscopio...
esattamente, la FISH (acronimo di Fluorescent In Situ Hybridization) sfrutta
delle probe fluorescenti ricavate dalla degradazione con nucleasi dei vari
cromosomi, per esempio per creare le probe per il cromosoma 19 si prende un
cromosoma 19, lo si digerisce con nucleasi e si producono le probes ...
in più esistono altri tipi di FISH che sfruttano alcune sequenze conservate
come nel caso dei telomeri, dei centromeri e del DNA alfoide.
l'applicazione più bella della fish è il cosiddetto CHROMOSOME PAINTING, in
questo esperimento (usato in dieagnosi prenatale) ogni cromosoma viene
colorato con un cromogeno diverso, in questo modo è possibile identificare
traslocazioni cromosomiche bilanciate/sbilanciate ...
la FISH è il metodo più comodo per conoscere la posizione fisica di un gene,
altri metodi non mi vengono in mente ...
--
Ciao!
Gecko

 colorato con un cromogeno diverso
Fico! Mi garberebbe vedere delle immagini simili dal microscopio a 
fluorescenza... (così si vedono, no?). Googleggierò...
P.S.
Settimana prossima riesci a portarmi la ''robba'' per la mia 
certificazione? ormai ci sto prendendo la mano, ma il mio istruttore ci 
ha minacciato fisicamente se non manteniamo la media dell'associazione!
Ho anche un dubbio specifico, ma quello magari te lo chiedo a lezione...


 escluderei questa ipotesi.
Ho guardato in PubMed e ho trovato questo articolo, forse ti puo' aiutare:
Loss of LKB1 kinase activity in Peutz-Jeghers syndrome, and evidence for 
allelic and locus heterogeneity.
Mehenni H, Gehrig C, Nezu J, Oku A, Shimane M, Rossier C, Guex N, Blouin 
JL, Scott HS, Antonarakis SE.
Peutz-Jeghers syndrome (PJS) is an autosomal dominant disease 
characterized by mucocutaneous pigmentation and hamartomatous polyps. 
There is an increased risk of benign and malignant tumors in the 
gastrointestinal tract and in extraintestinal tissues. One PJS locus has 
been mapped to chromosome 19p13.3; a second locus is suspected on 
chromosome 19q13.4 in a minority of families. The PJS gene on 19p13.3 
has recently been cloned, and it encodes the serine/threonine kinase 
LKB1. The gene, which is ubiquitously expressed, is composed of 10 exons 
spanning 23 kb. Several LKB1 mutations have been reported in 
heterozygosity in PJS patients. In this study, we screened for LKB1 
mutations in nine PJS families of American, Spanish, Portuguese, French, 
Turkish, and Indian origin and detected seven novel mutations. These 
included two frameshift mutations, one four-amino-acid deletion, two 
amino-acid substitutions, and two splicing errors. Expression of mutant 
LKB1 proteins (K78I, D176N, W308C, and L67P) and assessment of their 
autophosphorylation activity revealed a loss of the kinase activity in 
all of these mutants. These results provide direct evidence that the 
elimination of the kinase activity of LKB1 is probably responsible for 
the development of the PJS phenotypes. In two Indian families, we failed 
to detect any LKB1 mutation; in one of these families, we previously had 
detected linkage to markers on 19q13.3-4, which suggests locus 
heterogeneity of PJS. The elucidation of the molecular etiology of PJS 
and the positional cloning of the second potential PJS gene will further 
elucidate the involvement of kinases/phosphatases in the development of 
cancer-predisposing syndromes.
Qui il link diretto:
http://www.journals.uchicago.edu/AJHG/journal/issues/v63n6/980592/980592.html
Guya

Forzapanino wrote:
|| Fico! Mi garberebbe vedere delle immagini simili dal microscopio a
|| fluorescenza... (cosě si vedono, no?). Googleggierň...
qua ce ne sono alcune carine :
http://www.path.cam.ac.uk/~pawe1/fish.htm
per le "nostre cose" ti porterň un cd a lezione, anche perchč sono una 20ina
di Mb ...
--
Ciao!
Gecko

 altri metodi non mi vengono in mente ...
Fresco da lezioni di biol molec dico:
-ibridazione di cell somatiche
-FISH
-linkage genetico
-- 
Tomorrow will be cancelled due to lack of interest.