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Titolo: IL GENE ...

Si parla moltissimo di genetica.
Ma ...
CHE COS'E' UN GENE, da un punto di vista rigorosamente scientifico e
sperimentale (cioe' trascurando le pittoresche descrizioni dei/da mass
media) ???
Come fanno i biologi molecolari ad individuare sul segmento di DNA un
certo tratto di catena come gene ?
Quale metodo usano ?
Come fanno i biologi a dire gia' da ora che il nostra genoma si
compone complessivamente di tot geni ?
Grazie
Giovanni

 wrote in message
3a8f0e48...@news.interbusiness.it...

un gene e' un tratto d acido ribonucleico (o desossiribonucleico) che
codifica per una proteina, cioe' x una catena polipeptidica. ora, fai conto
che tu scopri la sequenza di un certo tratto d DNA. bene, conoscendo il
codice genetico, cioe', conoscendo la "chiave di lettura" e
l'interpretazione che il macchinario d traduzione DNA->proteina (in realtà,
spesso, si tratta d più passaggi: DNA->RNA->PROTEINA) darà a quella
sequenza, tu 6 in grado d dire se quel certo tratto è o meno un gene o un
"pezzo" d gene se, in base al codice genetico, quel segmento codifica o meno
x una proteina (o x un RNA ribosomiale o transfer).
Stefano
gifa...@tin.it
http://web.tiscalinet.it/gifalone

 codifica per una proteina, cioe' x una catena polipeptidica.
Umh.. scusami, ma e' la solita spiegazione fumosa..
1)Che vuol dire "codifica per una proteina" ?
2)Perche' i tratti di altri piu' umili acidi (es: acido fosforico etc..) non
sono importanti ? ;)
ciao
a.

sono importanti ? ;)
Per capire ciò dovresti conoscere com'è la struttura del DNA. Ma
siccome presumo tu non lo sappia andremo per paragoni.
Il DNA è una molecola filamentosa assai lunga composta di una
variabile sequenza di 4 unità (nucleotidi, i costituenti). un gene è
una sequenza di nucleotidi (A, T, G, C) che possono essere "letti" in
modo univoco da un sistema cellulare e, attraversi alcuni passaggi,
tradotti in una proteina. In questo senso un gene è una parola formata
da 4 lettere, o meglio è una "istruzione", mentre la proteina è ciò
che si ottiene dall'interpretazione di quell'istruzione.
Perchè più umili acidi non possono funzionare da geni? perchè non sono
molecole informazionali. 
Il DNA, proprio perchè è una sequenza di tante "lettere" porta una
informazione. E questa può essere variabile ma soprattutto può essere
interpretata, copiata e pure scritta.
Un acido fosforico non è una molecola di questo tipo. Al limite può
portare informazioni codificate, che so, negli stati di spin degli
elettroni facenti l'orbitale molecolare, ma una tale informazione non
è nemmeno codificabile ed interpretabile da un sistema biologico.
Spero di essere stato chiaro (?)
dawe

codifica per una proteina, cioe' x una catena polipeptidica. >......
Prego correggetemi, mi sembrava di aver capito che
una tripletta di (C-A),(T-G) codifica uno dei 20 amminoacidi fondamentali
che a loro volta si uniscono
necessariamente  per la costruzione
di una proteina, ma, chi codifica poi la  programmazione a un livello più
alto per la costruzione
dell'individuo? Perchè il tutto non si esaurisce in una produzione infinita
e disordinata di proteine?
Scusate se, non sapendo troppe cose ,vorrei ugualmente soddisfare la mia
curiosità.
Grazie Edoardo Sala

 ha scritto nel messaggio
news:KeUj6.32739$LM4.3...@twister1.tin.it...

Giusta osservazione;
Secondo la medicina naturale le informazioni precise del programma completo
della Vita (in senso lato a 360°) si trovano negli Atomi di tutto il DNA
dell'essere vivente e quindi anche in quelli contenuti nelle sostanze dei
geni del DNA; sono essi - gli atomi (piu' precisamente sono gli elettroni
che ruotano attorno ai nuclei degli atomi stessi) - che governano ed
organizzano le varie specializzazioni.
A seconda del tipo di aggregazione (guidata dal programma stesso)
bioelettronico/chimico/molecolare/cellulare/tissutale/organico......, il
programma di vita si "dispiega" e viene alla luce......permettendo di
distinguere una parte dall'altra, un essere vivente dall'altro, in una
infinita varieta' di possibilita', come possiamo osservare nella natura
delle cose esistenti e viventi dell'Uni-Verso.
G. Paolo

 sono importanti ? ;)
1) codifica x una proteina vuol dire che da qull'acido polinucleotidico si
ottiene una proteina tramite il macchinario d trascrizione/traduzione.
2) xché è solo l'acido (deossi)ribonucleico a codificare x le proteine e x
altri tipi d RNA e non l'acido fosforico e altri (almeno a giudicare dalle
ns attuali conoscenze)
Stefano
gifa...@tin.it
http://web.tiscalinet.it/gifalone

e disordinata di proteine?
Non è una domanda di semplice risposta. Il fatto che oltre a proteine
strutturali esistono anche proteine di regolazione che possono
regolare l'espressione di un gene a seconda del periodo di vita. Il
periodo di vita viene determinato attraverso la presenza o meno di
alcuni prodotti cellulari (cioè, la cellula deve sapere quando fare le
cose e lo fa quando si sono verificate alcune condizioni che, tra le
altre cose, portano alla produzione di "messaggi").
In realtà non c'è nessuno che codifica per il livello più alto...
cioè: l'informazione nel DNA è sufficiente a creare una serie di
proteine in grado di autoorganizzarsi secondo equilibri biochimici
complessi. La stessa attività genica è determinata da tali equilibri.
La vita è un fenomeno che, tra le altre caratteristiche, ha quello
dell'autoorganizzazione.
dawe

e disordinata di proteine?
Perche' le proteine si autoregolano andando ad agire sia su altre proteine
che sul DNA. Per esempio, proteine fosforilanti altri proteine ne modificano
l'attività; proteine che si legano al DNA (su sequenze chiamate promotori ed
enhancer, per esempio) ne modulano l'espressione dei geni.

Quale metodo usano ?
Un gene non e' composto dalla sola sequenza che codifica per gli
amminoacidi, ma da molte altre sequenze che ne costituiscono una struttura
generale:
-introni: sequenze non codificanti sparse tra le sequenze codificanti di un
gene, sono riconoscibili perche' hanno una particolare composizione (che e'
quella che permette a particolari proteine di eliminarli prima di tradurre)
- sequenza di poliA alla fine del gene
- promotori, ne esistono diversi, ma hanno caratteristiche comuni
riconoscibili
- domini conosciuti: moltissime proteine eucariote sono costituite come un
collage di poche sequenze fondamentali, per esempio domini SH2, SH3, PTB,
ecc ecc che se trovati lungo una sequenza sconosciuta inducono a pensare che
quella sequenza si tratti di un gene o di una sue parte.
- confronto con sequenze ricavate dagli mRNA
I computer cercano nel genoma sequenziato tutte queste informazioni note, e
sono in grado di dare dei candidati di geni. Il conteggio di tutti i geni
candidati trovati piu' i geni conosciuti permette di dare un numero,
statistico, del numero totale di geni.
.

- sequenza di poliA alla fine del gene
come non detto, pardon!

 Spero di essere stato chiaro (?)
si', molto. 
toda' raba' (=mille grazie)
a.

a.

è nemmeno codificabile ed interpretabile da un sistema biologico.
Immagina uno scheletro polisaccaridico o di qualche altro polimero o di
acido fosforico stesso. Poi aggiungi lateralmente ad ogni monomero 0, 1, 2 o
3 reisidui di acido fosforico in serie, ed ecco che ottieni una nuova
molecola informazionale la cui informazione e' codificata dalla lunghezza
della catena laterale di acido fosforico. Anzi, basterebbero solo 0 o 1
residui per posizione, ottenendo una codificazione binaria.
In quale sistema e' possibile determinare lo spin di un elettrone qualsiasi
in un atomo in un determinato istante? Leggerlo e copiarlo?
ciao

in un atomo in un determinato istante? Leggerlo e copiarlo?
Miiii come siamo puntigliosi... Comunque queste domande confermano che
se possiamo considerare informaizone qualsiasi stato quantico di un
elettrone in una molecola essa non può essere letta da un sistema
biologico!
:-)
dawe

>presupposto per cui il DNA può portare una informazione e un H2PO4
ops! H3PO4... 

 wrote:

Hai toccato il nocciolo di un problema che sudio da un decennio: il
passaggio dal codice al significato. Non riesco a trovarlo, non c'è
sui libri che conosco.
Vediamo di capirci: un gne è un tratto di NA, cona sequneza di start e
una di stop che serve al RNA messaggero per copiarlo. Questo RNA copia
solo alcune parti del genre che di normna è pieno di "introni" ossia
di sequenze silenti, inutili. Già qui sembra in opera una selezione di
significato ma non pare essere così. l'RNA messaggero va poi nei
ribosomi e lì il filameento ssi accoppia in base a pura affinità
chimica con i tratti di RNA transfer che SONO GIA' ATTACCATI ad un
certo aminoacido. Quindi l'RNA transfer molla il suo aminoacido sulla
testa della catena e così, un amino acido per volta, si forma la
proteina. Da codice astratto (le basi sono solo un codice non hanno
altre funzione) ad una proteina senza mai trovare un passaggio
a"significato". oi la proteina si arriccia in un certo modo e questa
posizione stereo è importantissima per le fuznioni che deve fare, dopo
di che inizia una trasmigrazione attraverso il reticolo cellulare e se
"deve" (????) andare in circolo supera il doppio sbarramento della
membrana cellulare.
Ed eccoti qui. Eccomi qui. Eccoci qui. Tutto avviene in modo
automatico: la complessità fa emeregere il significato senza mai
averlo nelle sue parti costituenti. Probabilmente il segreto è qui, ma
non aiuta per ora il sospettarlo.
Se provi a costruire una rete neurale sul compiuter, anche una rete
elementare, assisti a qualcoa di simile: la rete impara, modifia i
propri pesi, finchè reagirà con apparente intelligenza alla soluzione
di UN certo problema, eppure la rete è stupida se considerata nodo per
nodo...
Io trovo tutto questo affascinante, mi pare di scorgere in esso il
vero segreto dell'universo e della coscienza.
Ernesto
-La libertà non ha casa-

 codone di stop (TAA, TGA, TAG)
Scusate, mi sembrava di ricordare che tali sequenze, nel m-RNA, fossero AUG
per l'inizio (codifica per la metionina: nei batteri il primo amino acido
e' sempre N-formil-metionina, la formilazione e' post-traduzionale), e UAG,
UAA, UGA per la fine. Le sequenze complementari sul DNA, rispettivamene,
dovrebbero essere TAC e ATC (o ATT, ACT) o sbaglio?

 Quando vuoi
onde non approfittare troppo della tua pazienza, mi potresti consigliare
un libro
universitario "di base" su questi argomenti ?
(meglio se pensato per un fisico)
sto cercando di muovere parzailmente i miei attuali interessi di ricerca
sulle 
applicazioni della  biomatematica in questi campi, ma prima dovro' molto
studiare...
ho dato un'occhiata al libro di watson et al. sulla biologia molecolare
della cellula, che abbiamo
in istituto, ma probabilmente e' un corso che da per scontate certe
conoscenze, difatti
la definizione di gene che da e' assai strana: non definisce chiaramente
cosa sia ed accenna solo 
in due righe e mezza (per poi approfondire nel mezzo del libro) al fatto
che un gene e' un tratto 
del dna con le caratteristiche da te descritte.
ciao
a.

Credo che sia un errore comune. In realtà devi considerare che l'mRNA
è uguale al gene e che viene trascritto usando l'elica complementare
al gene stesso, quindi
DNA
5'- ATG...........................................TAG - 3'
3'- TAC...........................................ATC - 5'   <- questo
viene trascritto
mRNA
5'- AUG...........................................UAG - 3'
o no?
dawe

(meglio se pensato per un fisico)
Di libri ce ne sono a "decinaia". Per un fisico non saprei ma credo
che il "GENES" di B. Lewin della oxford press sia ottimo (per me è
stata la bibbia). non so a che edizione siamo arrivati. Oppure
"Biologia Molecolare Cellulare" di S. Wolfe ed. EdiSES va bene, col
vantaggio che Wolfe è americano e si sa che loro badano molto alla
forma piuttosto che alla sostanza, quindi risulta molto
comprensibilie. Comunque non esitare a chiedere, io sono contento di
sapere che ciò che ho imparato non serve solo a me!
Scusa se mi sono dilungato troppo!
dawe

l'appaiamento al mRNA.
:-)
Certo che ne hai di immaginazione.... e' positivo, ma dovresti indirizzarla
meglio!

 Scusa se mi sono dilungato troppo!
anzi, ti ringrazio io di aver speso tutto questo tempo a rispondermi !
ciao
a.


Lo prendo come complimento. Non preoccuparti che la fantasia che ho la
sfrutto quando serve....
ciao 
dawe

a.
Non ti preoccupare... in realtà il tempo che passo qui nei ng è solo
tempo morto tra un download e l'altro....
dawe

 tempo morto tra un download e l'altro....
ehm.. spero serii articoli di genetica in formato postscript... ;)
ciao
a.

 wrote in message
3a942151...@news.libero.it...

esatto.
Stefano
gifa...@tin.it
http://web.tiscalinet.it/gifalone

 >in un atomo in un determinato istante? Leggerlo e copiarlo?
Con i computer ai fullereni, almeno cosi' c'e' scritto su "le scienze" di
questo mese.
Ciao R.

questo mese.
Puoi darmi un riferimento piu' preciso?
Grazie ciao

 Grazie ciao
"le scienze" di febbraio articolo sui computer ai fullereni basta? Ho
provato a cercare su 
www.lescienze.it
 ma c'e' il nuovo numero online. Prova
a guardare li.
Ciao R.

a guardare li.
Boh, ce l'ho davanti ma non lo trovo. Al massimo c'e' l'articolo sui
nanotubi (che non ho ancora letto). Provo a leggere quello.
Ciao

 wrote in message
news:OTxn6.43030$Y93.1...@news.infostrada.it...

Infatti e' quello. Nanotubi sono fatti di fullereni.
Ciao R:

Infatti e' quello. Nanotubi sono fatti di fullereni.
Non penso proprio.
I fullereni sono organizzazioni finite del carbonio, cioe' formano strutture
a palla, chiuse, e con un un numero elevato di atomi di C. I nanotubi INVECE
sono costituiti da una organizzazione non finita del carbonio, che peraltro
rispecchia pienamente quella della grafite. Un nanotubo infatti, stando
all'articolo di Le Scienze, si puo' vedere come un foglio di grafite
arrotolato. Fullerene e grafite sono due cose DIVERSE, due stati di
organizzazione molecolare del carbonio DIVERSI.
Detto questo, non vedo cosa c'entrino i nanotubi, o al tuo paese i
fullereni, con il fatto che sia possibile codificare una informazione
scrivibile, mantenibile, leggibile e modificabile sullo stato di spin di un
elettrone di un certo atomo, che era la mia domanda iniziale fatta a dawe.
L'unica possibilità di costruire dispositivi di memoria con i nanotubi,
sempre secondo l'articolo citato, e' di usarli come una specie di rele' in
una schiera di unità formate da due nanotubi mobili ciascuna che possono
toccarsi o distaccarsi, creando o distruggendo banalmente il contatto
elettrico. Di elettroni e spin non se ne parla proprio.
Se sei in grado e hai voglia di rispondere alla mia domanda fallo
direttamente SPIEGANDOMI la risposta, e non rimandandomi sbrigativamente a
un articolo che non solo la risposta non la da', ma che perfino mi sembra
che non c'entri proprio nulla.
Ciao.

a guardare li.
Ho cercato nell'archivio del sito, in totale ci sono 7 articoli sui
fullereni.
NESSUNO risponde, neanche lontanamente, alla mia domanda. Anzi, nemmeno
toccano l'argomento.
CIao

 che non c'entri proprio nulla.
Rileggilo.
Ciao R.