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Titolo: Prioni ed altro

Un saluto a chi mi legge. C'è qualcuno in grado di darmi qualche
orientamento sui "prioni"? Essendo "proteine" dovrebbero essere codificate
da un gene (DNA), e allora perchè le malattie da prioni sono trattate
esclusivamente come malattie infettive e non con possibili cause genetiche?
C'è qualche scoperta importante che mi sono perso negli ultimi anni, da
quando mi sono laureato per poi...... fare altro? E' ancora valido il dogma
centrale della biologia molecolare?
SMM

 Una predisposizione genetica, č poco utile alla ricerca dell'evitare l'


 Sario
Ho fatto un abilissimo "copia-incolla". infatti anch' io sono nuovo al PC
anche se ho 44 anni!
ciao da Franco Santin

 No solo una "banalissima" variazione morfologica.
In una proteina la sua variazione morfologica ne può cambiare totalmente di
proprietà!
Può passare da enzima necessario a sostanza "tossica" o comunque che
interferisce negativamente con i meccanismi chimici della cellula. Questo è
il prione!
ciao da Franco Santin

 ha scritto nel messaggio
news:0pY%b.36379$Kc3.1...@twister2.libero.it...


 proteina? 
Ci sono tantissime cose capaci di modificare una proteina, in pių mi sembra che il 
prione, in un certo senso, funzioni a mo' di vampiro: trasforma in altri 
vampiri le proteine "sane" che "tocca"

 volte pazienza. Fa parte degli errori dei principianti.
:-)

franco santin il 28 feb 2004 ha detto:

Penso sia "un gene = una proteina".
Beh, come tutti i dogmi è sbagliato :-)

Innanzi tutto direi che il dogma della biologia molecolare gene=proteina non
vale per la maggior parte dei geni.Esistono diverse possibilità di produrre
mRNA alternativi a partire dallo stesso gene.In particolare possono essere
regolati in maniera alternativa all'inizo, alla fine della trascrizione e
con lo splicing.Questi meccanismi sono spesso regolati in maniera molto fine
durante lo sviluppo e il differenziamento dei diversi tessuti.Per questo
motivo più che geni, è corretto parlare di unità trascrizionali.
Da una sequenza di dna quindi senza mutazioni è possibile formare proteine
diverse,attraverso splicing alternativi,aberranti ecc.Mutazioni che possono
coinvolgere questo processo, possono essere quelle che riguardano proteine
come gli snRNP che svolgono lo splicing.Nel caso poi dei procarioti essendo
orgasismi policistronici, possono formare dalla stessa seq di dna tantissime
proteine diverse, dato che la traduzione può iniziare in numerosissimi
codoni.

Rispondo un po' a tutti, utilizzando la celeberrima tecnica del quoting ad
minchiam.
Allora...
Maurizio:
''...La struttura primaria di una proteina, la sua sequenza aminoacidica,
determina direttamente la sua struttura secondaria e terziaria. Variazioni
morfologiche sono senz'altro possibili, ma se interviene qualche fattore
esterno (modificazioni del pH o della temperatura, le più banali). A monte
ci deve pur essere qualcosa che "trasforma" la proteina!...''
Come dici tu la sequenza aminoacidica di una proteina ne determina le
strutture secondarie locali e in definitiva la struttura tridimensionale
finale.
Ti sei mai chiesto il perchè?
Se la molecola ha una e una sola conformazione stabile, vorrà dire che in
quella conformazione la molecola si trova in minimo energetico, per lo meno
in un minimo locale.
Se mettessimo in grafico le diverse conformazioni, associate all'energia
corrispondente, avremmo quindi un grafico a ''imbuto'' (funnel like), in cui
il minimo energetico coincide con la conformazione stabile della proteina
(gli ultimi lavori propendono per una questa situazione nel caso delle
proteine).
Ovviamente l'imbuto non sarà ''liscio'', ma sulle ''discese'' ci potranno
essere altri minimi locali dai quali però la proteina può uscire, in quanto
l'energia di attivazione per la transizione (uscire dal minimo) è abbastanza
bassa da consentire una velocità di reazione decente (l'energia cinetica
associata alla temperatura lo permette).
Questo fa si che in qualsiasi conformazione la proteina si trovi al momento
in cui viene sintetizzata, questa finisce per scivolare nel minimo.
Ora, possiamo però immaginare, che nel caso della proteina prionica esista
un secondo minimo a cui corrisponde la conformazione ''patologica'' (due
imbuti vicini, disegna un grafico tipo W con un minimo più basso
dell'altro).
In condizioni normali la proteina neosintetizzata si trova nell'imbuto il
cui minimo corrisponde alla conformazione nativa. Per un qualche motivo però
una proteina potrebbe acquisire una certa quota di energia in grado di farla
passara nel secondo imbuto (e quindi farla ''cadere'' nel secondo minimo).
Ipotizzando che il secondo minimo sia abbstanza più basso del primo, la
proteina non farà il processo inverso. Se poi questo cambiamento
conformazionale, rendesse la proteina in grado di abbassare l'energia di
attivazione tra i due imbuti, il gioco è fatto...
Sono stato abbastanza oscuro?
Nemo:
'' Certo, diciamo che è difficile che per "incidente" una proteina cambi in
modo da essere "autocatalitica" e con una funzione "nociva" (molto ma molto
più semplice che semplicemente perda tutte le funzioni), ma se esiste vuol
dire che capita. ''
... questo capita perchè la forma ''degenerata'' (si chiama scrapy ma non
sono sicuro si scriva così) della proteina prionica è molto poco solubile e
tende a precipitare, formando delle fibrille insolubili e alla lunga
tossiche (dovrebbe rientrare nelle beta-fibrillosi, anche perchè la
struttura secondaria prevalente nella conformazione ''patogena'' è il
beta-sheet)...
Ovviamente il tutto IMHO e da quel poco che il mio mononeurone ricorda...
--
Viva la vida y muera la muerte.

"Nemo" <ambro...@libero.it.invalid> ha scritto nel messaggio
news:Xns949D7C89CCCB9...@193.70.192.192...

E già ti sei fatto un dogma!
Ma hai ragione, pure esso è sbagliato!
Esistono 2 tipi di dogmi.
Il dogma di verità e il dogma di libertà. Tu conosci meglio quelli del primo
tipo!
Visto che lo conosci, mi sai descriverlo? (le implicazioni nel soggettivo
quotidiano vivere)
Ti faccio un esempio invece di dogma di libertà:
L' uomo e la donna sono uguali davanti alla Legge! Riesci a distinguere la
differenza tra i primi e i secondi?
Ma può essere che non ti interessa e comunque è OT!
Ciao da Franco santin

 mRNA alternativi a partire dallo stesso gene.
Questo non lo sapevo! Molto interessante!
Però non inficia il dogma.
Rimane sempre la sequenza DNA---> mRNA--> proteina
Il "dogma salta" completamente nel riconoscere che la maggior parte dell'
informazione produce RNA (RNA attivo e non proteine).
Mi formuleresti delle ipotesi sul perchè questo accade? Perchè così tanto
RNA?(così importante!) io ne ho una!
ciao da Franco Santin

 Allora...
......
OK!
Riconoscerai anche l' articolo di LE SCiENZE del maggio 2001 descrive benino
la situazione.
Ma tu pensi sia esattamente SOLO così? Certo in una provetta, lo è! ma nel
corpo umano, quale complessità ne determina l ' evoluzione manifesta della
malattia?!
Non mi riferisco ad eventi accidentali, mi riferisco all' interazione
complessiva di tutte le sue "attività" e queste con l' ambiente.
Ciao da Franco santin

 ha scritto nel messaggio
news:M870c.40154$FJ6.1...@twister1.libero.it...


 ha scritto nel messaggio
news:YO60c.37783$Kc3.1...@twister2.libero.it...


 Ci sono tantissime cose capaci di modificare una proteina, in più mi


 probabilità di funzione).
(SARIO) Ok, ma allora questa proteina prionica, è mutata o non è mutata? Ci
sono aminoacidi modificati? Glicosilazioni? Cosa?


 RNA?
    La sovrapproduzione di RNA è giustificata dalla sua scarsa stabilità a
livello cellulare. La sua degradazione è di fatto molto veloce. Intendevi
questo?


 beta-sheet)...
Puo darsi che la forma degenerata si chiami scrapie, ma neanche io ne sono
sicuro. Di sicuro so che la encefalopatia spongiforme ovina è chiamata cosi,
quindi questo potrebbe essere un indizio.
Secondo le informazioni in mio possesso la PrP in forma beta-sheet si forma
"naturalmente" per un taglio enzimatico erroneo durante la rimozione di
proteine usate per il normale turnover cellulare. Siccome il taglio non
viene fatto nel sito corretto, la struttura terziaria puo riuscire a mutare
da quella giusta a quella beta-foglietto, diventando tra l'altro
inattaccabile da parte degli enzimi litici. Questo non si sa bene perche
succeda, forse per un caso, oppure per una mutazione pregressa delle
proteine deputate al turnover, o per semplice sfiga. Sta di fatto che il
prione patologico, inutilizzabile e non removibile, si accumula un po dentro
ma soprattutto fuori dalle cellule.
L'attivita autocatalitica è una sfiga aggiunta, che porta a amplificare
progressivamente la quantita di proteina patologica accumulata, finche
questa non diventa talmente tanta che comprime l'encefalo, causando l'ormai
tristemente famoso cervello a spugna.
Tutto questo puo avvenire piu "facilmente" ingerendo la PrP patologica
preformata, che passa indenne lo stomaco e puo essere assorbita
dall'intestino e da li passare al sangue ed eventualmente all'encefalo.
Ovviamente piu ne mangi, piu probabilita hai che tutti questi eventi
succedano. E se sei fortunato arriva anche tanto prione al cervello...
Spero di essere stato chiaro, anche se sicuramente non rigoroso... :)
CiaociaO!
Marco!!!

 valido il dogma centrale della biologia molecolare?
Direi proprio di no..

 Rimane sempre la sequenza DNA---> mRNA--> proteina
Il dogma era che UN gene producesse UNA proteina...

 l'ho e sono aperto a qualunque suggerimento. Ad esempio, cosa č un OT?
OT = Off Topic

 Ma tutto questo č poco scientifico :-\
Perchč? E' un modello spiegato con un'analogia simpatica ;)

 questo?
No!
Lascio aperto il quesito per cui la sintesi di RNA (attivo) è maggioritaria
sulla sintesi di proteine (attive)
ciao da Franco Santin


 ha scritto nel messaggio
news:Zkh0c.40872$FJ6.1...@twister1.libero.it...

OK!
Con l' importanza dei geni non codificanti proteine il "dogma" è saltato
completamente.
ciao da Franco

 ha scritto nel messaggio
news:BQj0c.41104$FJ6.1...@twister1.libero.it...


 tuo quesito.Cosa intendi per rna e proteine attive??
Tranquillizza il criceto, sono io certo "grossolano". La proteina è stata
paragonata alla macchina estremamente "maleabile" e diversificata nelle
funzioni.
L' RNA era relegato a ad essere poco altro che mRNA, ora si sa che la
trascrizione in RNA non finalizzata a produrre proteine è maggioritaria.
Non so a breve quanto si arriverà a conoscere di queste funzioni praticate
dall' RNA, per il momento se ne scorge solo una punta di Iceberg.
Ho "sentore" che non sia poca cosa ( non sono professionista nel campo, ma
lettore di riviste a parte il diploma di chimico e laurea in agraria
datati!). Da sempre si conosce L' RNa ribosomiale, ma ora una mole enorme di
RNa qualcosa dovrà pur fare!
 La mia domanda è questa: Perchè tutto questo RNA non codificante proteine?
(quindi attivio in se e non come messaggero)
saluti da franco Santin

 ha scritto nel messaggio
news:0cp0c.38991$Kc3.1...@twister2.libero.it...


 ha scritto nel messaggio
news:lrh0c.40890$FJ6.1...@twister1.libero.it...


 > (quindi attivo in se e non come messaggero)
A dir la verità su LE SCiENZE di dicembre c' era anche il dato della % del
DNA codificante per le proteine: secondo me è errore di stampa, solo il 2% è
impossibile!
Ammetto il 20% ! L' 80% non si tratterà certo tutto di DNA che trascrive in
RNA, per esempio ci sarà anche tanta "spazzatura"!
Ammetto che la % non la conosco e azzardo dire non si conosce!
Per farla breve, ipotizzavo che l' importanza dell' RNA fosse dovuta al
"bagaglio" di meccanismi biochimici "sopravvisuti" dall' epoca in cui la
vita era costituita da solo RNA.
Per me quella fase, non è stata di poco conto come acquisizione di
meccanismi biochimici.
Ovvio che la cosa non la sostengo con prove, ma solo considerazioni o poco
+. Questa è una mia ipotesi, che certo può essere risibile per un competente
in materia. Su questo tema sono pronto a buttare la spugna se qualcuno
sostiene diversamente.
(Anticipo che mai "butterò la spugna" su un altro tema che mi sta a cuore
che riguarda i meccanismi dell' evoluzione. Stò cercando in qualche libro un
"punto" che fermamente contesto che riporterò. Dovrò andare in soffitta a
spolverare il mio libro di zoologia )
 saluti da franco Santin

 mutata? Ci sono aminoacidi modificati? Glicosilazioni? Cosa?
Che io sappia il prione non cambia il DNA ma la proteina.
In realtà non ricordo molto circa questi studi: sono fuori dal giro già da 
un annetto e si vede :-)
Oramai sono un felice commerciante, con molte gratificazioni personali e 
professionali e di fare il ricercatore non ho più voglia.
Se volessi potrei sposarmi adesso, come ricercatore non l'avrei mai potuto 
fare.

 Ma può essere che non ti interessa e comunque è OT!
Sull'interessamento non giurarci, sull'OT è sicuro :-)

 Ma tutto questo è poco scientifico :-\
Conoscerai veramente un fenomeno quando sarai capace di spiegarlo a tua 
nonna.

 Non ero ironico. Davvero l'ho trovato carino come esempio. :-)


E sul fatto che non ho capito franco santin cosa intendesse e che mi
piacerebbe capirlo è altrettanto certo. SMM
"Nemo" <ambro...@libero.it.invalid> ha scritto nel messaggio
news:Xns949EE7979A51C...@193.70.192.192...


 ha scritto nel messaggio
Cr0c.39341$Kc3.1...@twister2.libero.it...


 ha scritto nel messaggio
news:c1vjns$r6f$1...@lacerta.tiscalinet.it...


 Almeno così avevo imparato!
francamente sono d'accordo sulle tue perplessita'. Anche io sono laureata da
un po, e non ho mai seguito dal punto di vista scinetifico la storia del
morbo di kreutzfel-Jakobson, o come diavolo si scrive. 
Tuttavia se esistono patologie *indotte* da prioni, cio' significa che il
prione e' una proteina esogena. Infatti e' possibile identificarli nella
mucca, ed anche nell'uomo che ha mangiato la mucca.
Quindi, se cosi' e', non riesco a capire come il prione possa essere un
prodotto del nostro DNA, a meno che non ci sia un qualcosa che attiva lo
stesso gene, in comune tra l'uomo e la mucca.
Io non sarei cosi' spaventata ad ammettere una violazione del dogma
centrale, i retrovirus ed i virus a RNA gia' lo fanno egregiamente.
Del resto l'ultima volta che ho letto una definizione di prione recitava
piu' o meno "proteina capace di autoreplicarsi".
E una modifica del trascritto, salvo rarissime eccezioni, in genere finisce
con lo sviluppare una proteina inefficiente. E non mi sembra che nelle
persone con la CJD sia dimostrata la mancanza, ad esempio, di un enzima.
Ladybat perplessa
-- 
e' qui l'autunno:
bisogna arrendersi all'evidenza
dello starnuto

Se cambi un aminoacido vuol dire che, a monte c'è stata una modificazione
del DNA o dell'RNA.
Altre ipotesi, continuano ad apparirmi interessanti, ma in contrasto con le
mie conoscenze, certamente misere. Comunque un pò di notizie in più ora le
ho e vado ad approfondire.
Solo per curiosità: commerciante in che settore?
"Nemo" <ambro...@libero.it.invalid> ha scritto nel messaggio
news:Xns949EE7751AE8D...@193.70.192.192...


 Solo per curiosità: commerciante in che settore?
Ingrosso semilavorati alta moda e sposa.