Newsgroup: it.scienza.biologia
Titolo: 1) Catena respiratoria e chemiosmosi: risorse online 2) Dimensioni trasportatori

Ciao a tutti,
Mi spiace rompere per cose tanto banali (non per me) ma google mi dà
solo articoli di volgarizzazione da siti sul fitness quando
inserisco le parole chiave necessarie. Al limite potrete sempre
cestinare il post :) Ecco le mie domande.
1) Sto cercando di studiare la catena respiratoria e la chemiosmosi
ma per me sono argomenti veramente difficili SE non ci si limita
alle linee generali. Non ho fatto biologia, ho un background
totalmente diverso e, per finire, ho l'impressione che perlomeno i
testi in cui mi sono imbattuto io siano fatti da persone che non si
rendono troppo conto della grande difficoltà dell'argomento e
"spiegano" da biologi a colleghi. Non so nemmeno a chi andare a
chiedere, visto che non sono iscritto ad alcuna facoltà. In
particolare il complesso III in cui c'è una specie di contemporanea
ossidazione e riduzione dell'Ubichinolo in cui scambia un elettrone
per volta (e so che lo sto riferendo in modo sbagliato) e il modo in
cui evita radicali superossidi (perché si dovrebbero formare?) mi è
totalmente inaccessibile. Lo dico per rendere il problema in cui
sono: un tutorial non va abbastanza a fondo, mentre un reference
ricade nel "da biologo a biologo" ci cui sopra; con un prof. a
portata di mano ogni libro diventa usabile ma... non per me. E
allora, esiste qualcosa in cui tutti i passaggi della catena
respiratoria siano spiegati in dettaglio ma mantendendosi in termini
semplici, con schemini, bilanci di cariche eccetera? C'è qualcosa di
simile per l'ipotesi chemiosmotica?
2) I miei libri sono di qualche anno fa, e molti dettagli sulla
struttura chimica delle specie coinvolte nella catena respiratoria
li danno per non noti, tra tutte le proteine FeS. Esiste qualche
recente acquisizione che magari ha chiarito tutti i dettagli e manco
lo so? C'è in rete? O è ancora un argomento "misterioso"?
3) Non riesco a darmi conto delle dimensioni di specie come l'NAD,
in fondo anche molecole molto più semplici possono ossidarsi e
ridursi. Perché una struttura tanto complessa? Ho pensato che fosse
necessario per non farla passare attraverso le membrane
mitocondriali e/o che la struttura servisse per avere esattamente
*quel* potenziale redox e non un altro. Ma mi è difficile pensare
che - per esempio - se sostituisco un gruppo molto lontano da quello
che accoglie gli idrogeni, le proprietà e in particolare i 
potenziali redox
cambino di tanto; a distanza di qualche atomo, l'orbitale molecolare
non dovrebbe troppo risentire di cosa accade da un'altra parte. O
non è così? Qual'è la ragione profonda di strutture tanto complesse
per qualcosa di apparentemente così semplice? Perché a un'altra
estremità del NAD c'è magari un gruppo OH e non un altro? Non ho UN
testo che affronti le cose dal punto di vista della logica della
struttura al di là di fatti molto semplici.
Grazie a chi mi darà una mano. Scusate il linguaggio becero, ma non
sono del ramo :( Ammetto tutta la mia ignoranza.
Apx.
-- 
"-'Prepariamoci un arrosto cardiaco' -'Sì ma
dobbiamo prima trovare un bue infartuato'."

 cestinare il post :) Ecco le mie domande.
Ohi carissimo, io non ti rispondo che queste cose le ho un pò dimenticate 
(ebbene ti sembrerà strano ma è esistito un giorno in cui le sapevo, in un 
intorno temporale piccolo a piacere dell'esame di biochimica:)) ma mi pareva 
che ti fossi comprato il mitico "Siliprandi" sul quale questi concetti sono 
esposti con gradissima semplicità, o poi non l'avevi più preso? comunque se 
vuoi quando ci si vede te lo presto!
ciao!

 vuoi quando ci si vede te lo presto!
Grassie cara,
Non so se questo post riesce a uscire perché ho tentato di cambiare
server delle news e... beh, lo vedremo tra un secondo. Il Siliprandi
ce l'ho, ricordi bene, ma ricordo pure che sul "nostro" NG intimo
diversi mi dissero che non era un buon testo e l'avevo messo nello
scaffale quarantena della mia libreria. Ieri l'ho preso e a parte le
figure che sono orrende effettivamente la spiegazione c'è. Magari
sarà colpa mia che sono il tipo che vorrebbe rifarsi ogni passaggino
anche piccolo, contare i protoni per ogni passo della catena,
controllare i bilanci delle cariche eccetera. Per me è l'unico modo
per capire le cose. Peccato che a quanto sembra nessuno sappia di
buoni tutorial&referencetuttoassieme in rete, vabbè, prima o poi ne
verrò a capo lo stesso.
ciao ciao e sempre grazie
C.
PS - Non fare la modesta, sei una mente della medicina e quando
diverrai professore ordinario spero di essere lì a festeggiare con te.
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 scaffale quarantena della mia libreria. 
In effetti il Siliprandi è un po' miserello per il tipo di 
approfondimento che cerchi. Ho letto i tuoi quesiti però non capisco la 
finalità del tuo studio : per un esame, per capire articoli 
specialistici... oppure per semplice curiosità? La domanda non è oziosa, 
perché implica il suggerire dei riferimenti ben precisi e ben 
differenziati. Hai ragione sulla mancanza di tutorial via web fatti bene 
sull'argomento, magari prova a chiedere su *it.scienza.chimica*, loro (i 
chimici) possono essere più aggiornati sulla "didattica" on line.
Se hai modo di frequentare una biblioteca, ti consiglio il capitolo 
relativo sul Mathews oppure sul Voet: due bestie di libri, belli belli 
belli da studiarci la biochimica e con spiegazioni molto chiare; occhio 
però che per le tue domande "finalistico-evolutive" su struttura e 
funzione della catena respiratoria è necessario un buon bagaglio di 
reattività organica e di chimica fisica, se proprio vuoi spiegarti il 
perché ultimo di ogni più piccolo elettrone e di ogni struttura proteica 
conivolta; forse questo è il motivo per cui nessuno qui si è azzardato 
in una spiegazione che necessita di formule e passaggi difficilmente 
schematizzabili su un NG non-binario...  Insomma, un approccio 
biologico-molecolare è decisamente di spessore da affrontare in due parole.
Magari prova prima a documentarti sui testi che ti ho suggerito e poi se 
la questione non è ancora chiara proviamo a riparlarne.
 > Ma mi è difficile pensare
 > che - per esempio - se sostituisco un gruppo molto lontano da quello
 > che accoglie gli idrogeni, le proprietà e in particolare i potenziali 
 > redox cambino di tanto; a distanza di qualche atomo, l'orbitale
 > molecolare non dovrebbe troppo risentire di cosa accade da un'altra
 > parte.
La questione - come dicevo prima - è più complessa e si spiega in 
un'ottica di equilibri elettronici e termodinamici dell'intera proteina, 
oltre a problematiche di interazioni nel folding (ripiegamento) 
tridimensionale che poi determinerà la funzione specifica. Un gruppo 
chimico specifico è lì e soltanto lì perché nel corso dell'evoluzione 
quella struttura è risultata vincente nell'esplicitare ciò che deve 
fare. Sposta un solo atomo e la struttura crolla.
Ciao
-- 
Andrea
***
Ciò che seminai nell'ira crebbe in una notte,
rigogliosamente ma la pioggia lo distrusse.
Ciò che seminai con amore germinò lentamente,
maturò tardi ma in benedetta abbondanza.
(Peter Rosegger)
Io ne ho viste cose che voi Umani non potreste immaginare...
(Blade Runner)

 struttura crolla.
E' infatti quello che mi interessava. Posso immaginare che per
tornare all'esempio ipotetico, magari sostituisco un gruppo OH
lontano dalla sede dove si attaccano gli idrogeni, e la molecola
continua a funzionare (quasi) esattamente come prima. Ma magari così
facendo
ho alterato di pochissimo un qualche bilancio energetico che
diventerebbe di pochissimo sfavorevole rispetto all'ottimale e sulla
scala dei miliardi di cellule di un organismo e dei tempi
dell'evoluzione, questa soluzione non sarebbe "premiata". Un tempo
chiesi qualche esempio del genere qui, e mi venne risposto che il
"che succede se sostituisco X a Y" è una questione ricorrente sulla
quale si fonda tutta la biochimica. Accadde un annetto fa, e per non
rompere le scatole, appunto, mi presi qualche libro. Ma nulla, non
si parla minimamente di questo genere di problemi, salvo pochi
esempi quasi banali e legati a patologie. In nessun libro ho trovato
un esempio didattico del "cosa accade se" di cui stiamo parlando.
Non mi stupirei se questa faccenda sia chiara solo in minimissima
parte, a livello di avanzamento globale della conoscenza. Ma per non
ricadere in quello che rimprovero ai varii Vanolicchi, preferisco
pensare che non ho né cercato né capito abbastanza io.
thanksss!!!! Ciao!
Apx.


 parte, a livello di avanzamento globale della conoscenza. 
No, aspetta. Le cose cominciano ad essere abbastanza chiare in merito ed 
escono fior di lavori in proteomica e metabolomica praticamente ogni 
giorno, però stai parlando di materie molto complesse che si fondano 
innanzi tutto (come ti accennavo prima) su conoscenze di chimica fisica, 
strutturistica organica e bioinformatica. Esistono testi ben fatti da 
cui puoi imparare a predire "cosa accade se..." come l'Atkins (Physycal 
Chemistry), il Mount (Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis) però 
sono testi di grande approfondimento, non so quanto possano fare al caso 
tuo...


 scaffale quarantena della mia libreria.
Nooo il Silipardi no in quarantena:) Sicuramente non č al livello dei 
trattati di biochimica tipo Lehninger o Styer ma č di una chiarezza 
assoluta, io farei cosě: capirei concettualmente la questione sul Siliprandi 
(anche se a quanto mi sembra ti č abbastanza chiara) e per i "dettagli" che 
ti piacciono me ne andrei su uno di quei due:)
ciao!