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Titolo: Gli introni... questi sconosciuti!

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Molti di voi, se non tutti, sapranno che nel nostro codice genetico sono
presenti delle sequenze di basi NON codificanti, dette INTRONI.
Adesso, oltre al dibattito sulla loro funzione (che mi piacerebbe
affrontare) vi pongo un' ulteriore domanda. (Chi non è interessato alla
funziona vada direttamente alla domanda numero 2)
- ----------------------------------
Domanda 1, con parere personale...
La funzione degli introni: Questi cavolo di introni si mettono in mezzo
(intrano :)) tra un gene ed un altro o anche all'interno dello stesso gene
rendendolo discontinuo!!
A che cavolo possono servire delle sequenze non codificanti per nessun
polipeptide ad un organismo??
Bene la mia ipotesi guarda nel campo evoluzionistico (quanto lo amo..):
Fenomeni che causano riarrangiamenti molecolari del DNA quali il crossing
over, inversioni, delezioni ecc. hanno la caratteristica di inibire un
eventuale successivo "evento fratello" dopo il loro verificarsi. In
chiacchere se su una porzione di cromosoma si verifica cross over la
regione immediatamente adiacente a quella coinvolta nello scambio ha una
probabilità di ricombinare a sua volta bassissima!
E' plausibile che gli introni si siano afformati in modo da garantire una
maggiore distanza fisica tra le varie zone codificanti in modo da aumentare
la relativa probabilità di ricombinazione?
E in più, è possibile che dopo miliardi di cicli di ricombinazione che hanno
coinvolto direttamente PEZZI di introni nascano INTRONI NUOVI che magari
casualmente si rivelano geni in tutto e per tutto (codificano)?
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Domanda 2, e mò viene il difficile!
Ok, ragionare sul ruolo funzionale degli introni è divertente, stimolante e
inoltre vengono in mente tantissime ipotesi plausibili MA!! ...
I procarioti non hanno introni... QUALE cavolo di processo ha fatto in modo
che questi sconosciuti siano comparsi nel DNA ecucariotico?
p.s. la seconda domanda mi piace perchè illumina un punto di vista: la
natura non ha coscienza (o forse Gaia.. vabbè lasciamo stà gaia :)) il
processo che ha consentito la comparsa e l'affermazione degli introni non
poteva mica lavorare col senno del poi! quindi evidentemente sono 2
processi separati, comparsa e affermazione...
Boh... 
MONDI INESPLORATI!!
Scoprivatelo su rieducational chan!, cha!, nel!, CHANNEL!
- -- 
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 modo che questi sconosciuti siano comparsi nel DNA ecucariotico?
io ho sempre immaginato il DNA eucariotico come la burocrazia italiana, con
un sacco di roba inutile che ci si porta dietro per abitudine...
direi che virus in fase lisogena siano stati comunque i primi introni
comparsi.
ladybat
-- 
colpo d'accetta:
profumo inaspettato
nel bosco invernale

 inoltre vengono in mente tantissime ipotesi plausibili MA!! ...
"Darwin's Radio", di Greg Bear (non conosco il titolo in italiano). Un
libro divertente e del tutto implausibile basato sull'idea che nel DNA, in
realta', non ci sia nulla di inutile e che gli introni stiano li' per via
di un progetto ben definito.
Eugenio
-- 
"What! what! men, dodging this way for single bullets! What will you 
do when they open fire along the whole line? I am ashamed of you. 
They couldn't hit an elephant at this dist..."
Gen. John Sedgwick's last words, battle of Spotsylvania


Sbagliato anche i batteri hanno introni.
Vi ricordo che gli introni sono classificati in tre classi. Ogni classe di
introni ha caratteristiche di splicing particolari.
In particolare gli introni di gruppo II  sono stati trovati nei batteri e
negli eucarioti
superiori e utilizzano un meccanismo di self-splicing.
I fagi e i batteri (gram + e - !!!!!!) hanno introni di gruppo I e di gruppo
II
e utilizzano pure un meccanismo di self-splicing!!
Gli introni di gruppo III sono caratteristici degli animali e il loro
splicing è mediato
da fattori che agiscono in trans.
SALUTI A TUTTI

 sono presenti delle sequenze di basi NON codificanti, dette INTRONI.
Ciao, su "Le Scienze" di questo mese c'è un articolo a riguardo
http://www.lescienze.it/special.php3?id=8234
A me li hanno sempre "spacciati" come sequenze che regolano l'espressione
genica sia del gene che li contiene che di altri geni posti a migliaia di
kilobasi a monte o valle. Su questo ti passo un altro link:
http://www.uildm.org/dm/145/ricerca/44finger.htm
Qui un'altra teoria
http://cubo.newton.rcs.it:8666/linea/board.php3?Id=2&Pag=13
Questo è quanto.
Spero di esserti stato di aiuto
P.S.: Per adesso, da vero newbie sto imparando ad usare openoffice e la
distro mdk 9.1

 SALUTI A TUTTI
ciao
ladybat
-- 
in questo giorno 
che tramonta
sono caduti i fiori di ciliegio

 distro mdk 9.1
bravo! :) ma quanto prima passa a Slackware e li capisci come funziona
linux! :)


 
Regole e storiella sul quoting :)
1>
http://lists.presso.net/pipermail/tevac-macsupport/2003-April/000756.html
2>
http://lists.presso.net/pipermail/tevac-macsupport/2003-April/000759.html


 
http://www.lescienze.it/special.php3?id=8234
"- Le forme attive di RNA aiutano anche a regolare uno strato separato
«epigenetico» di informazione ereditabile che risiede nei cromosomi, ma
all’esterno della sequenza di DNA. "
ma bene! questo aggiunge qualcosa alle interessanti informazioni
che sto accumulando relativamente a informazioni ereditabili
extra DNA (e in verità extra-nucleiche). Certo sono studi molto
recenti, ma la biologia dello sviluppo credo che abbia tutto da
scoprire circa i processi epigenetici.
Per esempio riguardo alle interazioni tra geni distanti c'e'
da considerare anche che nel genoma eucariotico solo il 2% degli
elementi trasponibili (come diceva ladybat, i trasposoni)è dato 
da frammenti di DNA che si trasferiscono da un punto all'altro 
dei cromosomi: la parte piu consistente è data dai retrotrasposoni 
che provengono da RNA che ha subito il processo di trascrizione 
inversa, trasformandosi in RNA (v. mia bibliografia: Kidwell e 
Lisch, 2000; Girard e Feeling, 1999).
Sembra che il ruolo dei trasposoni prodotti dall'RNA sia molto 
piu imortante di quanto non si pensasse...
ciao fuzzy
-- 
Posted via Mailgate.ORG Server - 
http://www.Mailgate.ORG

 > superiori
scusate volevo scrivere inferiori


errata corrige
avevo scritto 
"...trascrizione inversa, trasformandosi in RNA ..."
invece era (ovviamente)
"...trascrizione inversa, trasformandosi in DNA..."


 !!
Credo che questo sia il motivo principale, o meglio, quello finora meglio
caratterizzato. A tal proposito vi invito a leggere diversi articoli (non ho
sottomano le referenze) che trattano la determinazione del sesso in  D.
melanogaster...
Buona parte dei meccanismi che ragolano la determinazione del sesso passa
attraverso una cascata di splicing alternativi...
-- 
Forzapanino

 modo che questi sconosciuti siano comparsi nel DNA ecucariotico?
Non è proprio vero, alcuni ce ne hanno pochi. Guardiamo il problema da un
altro punto di vista: il lievito S. cerevisiae ha solo 4 introni, perchè?
Probabilmente, come i procarioti, deve spendere pochissimo tempo per la
replicazione del suo materiale cellulare se vuole crescere con una certa
velocità. Mettiamo invece che un organismo superiore, come noi, non abbia
introni, probabilmente la replicazione avverrebbe più velocemente con
probabile aumento degli eventi di cancro. Per quello che posso immaginare
io gli introni servono *anche* a "rallentare" la duplicazione del materiale
genico e regolarne la frequenza.
dawe

 
Qui si va OT, ma credo che si possa imparare benissimo anche con mdk se si
rinuncia ai comodissimi tools che mette a disposizione, no? Addirittura
conosco gente convinta che mdk o RH non siano utilizzabili tramite shell,
il che mi sembra un po' esagerato.
In ogni caso consiglio gentoo per imparare linux e, in definitiva, consiglio
di passare a BSD perchč Linux č per chi odia windows, BSD per chi ama unix
(io pian piano sto provando a migrarci...). 
dawe

Forzapanino wrote:
|| Credo che questo sia il motivo principale, o meglio, quello finora
|| meglio caratterizzato. A tal proposito vi invito a leggere diversi
|| articoli (non ho sottomano le referenze) che trattano la
|| determinazione del sesso in  D. melanogaster...
|| Buona parte dei meccanismi che ragolano la determinazione del sesso
|| passa attraverso una cascata di splicing alternativi...
ah, bravo !
si riciclano gli articoli letti a lezione eh ???  :-P
a parte questo ha ragione, è un articolo molto interessante !
--
Ciao!
Gecko

 da fattori che agiscono in trans.
Hai tempo e voglia di spiegarmi questo punto?
Siccome non ho capito il perchè dei punti esclamativi, evidentemente non ho
capito nulla :)
Ciao Danilo
--------------------------------
Inviato via 
http://arianna.libero.it/usenet/

 Gecko
P.S. Sto facendo un pensierino per la serata birra di Martedě di I.S.P.
visto che, tra le alrte cose, la strada mi č abbastanza agevole (settimana
scorsa ho lavorato al M.W. dopo l'Slunga)...

 e inoltre vengono in mente tantissime ipotesi plausibili MA!! ...
Bene signori... abbiamo sputato le ipotesi. Sono tantissime... sono tutte
valide... sono tutte Ipotesi!
Il punto è che stiamo ragionando sul ruolo degli introni ORA! che conosciamo
i moltissimi meccanismi che interagiscono con il DNA. Ma pensiamo a PRIMA
quando la vita nasceva per la prima volta... I primi acidi nucleici ...
Quale processo ha fatto si che gli introni siano presenti nel DNA?
- -- 
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 Quale processo ha fatto si che gli introni siano presenti nel DNA?
Magari non č esattamente questa la domanda...
Vediamo se ho capito bene. Gli introni del gruppo III, per essere rimossi,
necessitano della presenza di un gene apposito.
In assenza di un meccanismo di escissione, un introne silenzia il gene
all'interno del quale si trova, giusto?
Quindi gli introni comparsi _prima_ della comparsa del meccanismo di
escissione sarebbero stati selezionati negativamente (questo nell'ipotesi,
naturalmente, che il gene fosse funzionale).
Seguendo questo ragionamento mi verrebbe da pensare che i geni preposti
all'escissione degli introni fossero preesistenti, e che quindi gli introni
si siano mantenuti, una volta comparsi, perchč selettivamente ininfluenti
(tanto, vengono tagliati via...).
Allora magari la domanda giusta č: a cosa servivano i geni per tagliar via
gli introni, prima della comparsa degli introni stessi? E dev'essere
qualcosa di conveniente per un eucariota, ma inutile o dannoso per un
procariota, immagino.
Poi, gli introni possono essere stati cooptati per una qualche funzione
utile, ma niente vieta che all'inizio fossero semplicemente invisibili alla
selezione.
Ora, lo so che tutto quel dna che non codifica ha un costo, come minimo a
livello di tempi di replicazione. Ma il singolo introne non credo che possa
influire gran che, e quindi non vedo una pressione selttiva per eliminarlo.
