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Titolo: Bioinformatica

"Allineamnto delle sequenze", "matrici di sostituzione"...vi dicono niente?
Circa l'allineamento delle sequenze mi sembra di capire che si tratti di un 
sistema comparativo tra due sequenze omologhe del tipo punto-punto, con 
slittamento di una sequenza rispetto all'altra. Sarebbero previste anche 
"inserzioni" correttive, ma verrebbero penalizzate da un apposito sistema di 
punteggio che "premia" le corrispondenze e penalizza in numero di 
inserzioni.
ma le matrici? Per quel che ne so in un sistema cartesiano si dispongono le 
sequenze, una in orizzontale e l'altra in verticale e si procede con il 
consueto sistema di raffronto
Questo in termini mooooolto basilari....è tutto ciò che "posseggo". Per 
arricchire le mie conoscenze a riguardo ho cercato in rete trovandovi non 
molto (si va dall'ipergenerico all'iperspecifico senza vie di mezzo):avete 
consigli e/o altro?
vi ringrazio
P.S. la finalità è quella di stendere una relazione in cui la bioinformatica 
non è argomento sostanzialissimo: da 1 a 10 si pone su un 4, per chiarire
-- 
Era ribelle di natura. Quello di sua madre non fu un parto : era lui che 
scappava di casa la prima volta.  [Furio Ombri] 

 non è argomento sostanzialissimo: da 1 a 10 si pone su un 4, per chiarire
Qui ci sono le slide del corso di Zoologia Sistematica che ho seguito 
all'università; coprono alcuni di questi argomenti: magari riesci a dare 
un senso alle cose che sai...
http://dipbau.bio.uniroma1.it/web/Docenti/Docente387/Zoologia-Sistematica/index.htm
Ciao
-- 
Andrea
***
Ci sono libri pericolosi
che non vanno aperti impunemente.
(Viktor Fargas - bibliofilo,
da "La Nona Porta" di R. Polanski - 1999)
La Ricerca è sempre faticosa,
richiede una enorme attenzione
e non rende ricchi: quindi può solo
essere amata.
(V. Erspamer)

 "Allineamnto delle sequenze", "matrici di sostituzione"...vi dicono niente?
come no?
Le matrici di sostituzione sono un sistema statistico per determinare,
in un allineamento, quanto e' probabile che una certa lettera (che
identifica un nucleotide o un aminoacido) sia sostituita da un'altra. A
questa sostituzione si da un punteggio, tanto piu' basso quanto minore
e' la probabilita' di transizione. Le matrici sono state ottenute da un
allineamento di sequenze tra di loro "simili" (che so, 100 globine). E'
un sistema che, statisticamente parlando, ha un po' di falle ma, dal
punto di vista biologico, ha il suo senso e incredibilmente funziona.
Quando fai un allineamento, dipendentemente dall'algoritmo, usi queste
matrici per valutare quanto siano simili due lettere in una certa
posizione.
Si comincia con cercare in due sequnze le regioni piu' simili, delle
isole di similarita', e da li' si cresce l'allineamento fino a quando il
punteggio non peggiora. Si inseriscono dei gap quando serve.
Fare un allineamento scivolando una sequenza sull'altra e' un sistema
molto poco performante e quando hai migliaia di sequenze i tempi
diventano biblici.
d


Grazie, ho dato un'occhiata:veramente gentile passarmi il link
ciao

 e' la probabilita' di transizione.
Per quanto ne so io, un sistema valutativo tipo prevede un punteggio 
positivo per ogno corrispondenza, mentre per ogni intervallo inserito viene 
assegnato un punteggio negativo. Ad esempio in un particolare allineamento 
tra le sequenze dell'alfa-Hb e la Mb si ottengo, inserendo un singolo 
intervallo, 38 corrispondenze. Per cui il punteggio ottenuto si ha 
moltiplicando (38 x fattore positivo) - /1 x fattore negativo).
Per stimare la corrispondenza percentuale si fa il rapporto tra gli 
amminoacidi totali nelle due sequenze e i punti di corrispondenza. Tra le 
due proteine in esempio si ha un 25,9% di corrispondenza.
Il lato (a me ) oscuro della faccenda sta nel processo di rimescolamento. 
Dovrebbe essere un ulteriore passaggio nell'indagine, atto a dimostrare che 
la casualità non incida troppo nelle corrispondenze trovate. Si procederebbe 
riarrangiando le sequenze in maniera casuale e ripetendo l'allineamento 
delle sequenze. E qui mi sembra abbastanza oscuro: non verremo così a 
trovarci con dati del tutto differenti trattandosi a tutti gli effetti di 
sequenze differenti? O forse è proprio questo che si vuole dimostrare? Che 
cioè l'altra corrispondenza trovata all'inizio è la meno casuale di tutte.
Boh!!!
Le matrici sono state ottenute da un....
Risponderò al seguito del tuo post appena mi libero un pò, intanto davvero 
grazie per il tuo contributo. Arricchente
:-)
ciao

 diventano biblici.
Infatti. Però ti segnalo su microsoft.public.office.excel un 3d aperto da 
me. In particolare la risposta di Ivano che molto gentilmente ha approntato 
un file per il raffronto delle seqeunze.
Ciao e grazie. Scusami per il ritardo.

 un file per il raffronto delle seqeunze.
Tieni conto che tutti questi algoritmi sono stati sviluppati prima della
meta' degli anni 90. La potenza di calcolo di un desktop medio rendeva
necessario avere algoritmi decenti. A parte questo avere algoritmi
decenti e' sempre buona cosa, indipendentemente dalla potenza di
calcolo. Purtroppo oggi spesso si tende a dimenticarsi di questa cosa
affidandosi solo ed esclusivamente ad ottime macchine. Poi accade che, e
mi e' successo davvero, un programma per l'analisi di reti metaboliche
(mfinder), pubblicato su Science (mica pizza e fichi) sia assolutamente
inadatto per problemi anche solo un po' piu' grandi di quelli affrontati
dagli autori. Se guardi il sorgente di sto programma vedi che e' una
ciofeca, e scala x^x !!!!
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