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Titolo: mimivirus

Sentivo oggi nel TG scientifico Leonardo che in un'amebe trovata in un
condotto di scolo è stato trovato un nuovo tipo di virus, classificato
come "mimivirus" poichè imiterebbe il comportamento dei batteri.
Questo virus sarebbe il più grande virus conosciuto, avendo un diametro
di 400 nm e nell'uomo pare sia responsabile di una forma di polmonite
(diversa dalla SARS). E' un virus a DNA e pare che nel suo enorme
cromosoma ci siano centinaia di geni. Quello che mi chiedevo è cosa se
ne faccia un virus di tutti questi geni. Se il suo meccanismo di
replicazione è quello classico di un virus avere un genoma troppo grande
   è più che altro controproducente, in quanto le risorse cellulari sono
limitate e un minor numero di copie del virus può essere prodotto.
Possibile che siano geni inattivi? a che pro? e se sono attivi di quante
proteine avrà mai bisogno un virus? Avrà questo virus un ciclo
lisogenico? Difficile da pensare. Quello che mi viene da pensare è che
il virus potrebbe aver incluso dei geni eucarioti in un errato
meccanismo di escissione.
Qualcuno qui ne ha qualche idea? Ho provato a fare una ricerca su Google
ma non c'è granchè
Ladybat

 condotto di scolo è stato trovato un nuovo tipo di virus, classificato
Questa è la notizia, da Science: ho tolto materials and methods e le
citazioni.
Non era un condotto di scolo, ma una torre di raffreddamento.
Potrebbe anche esere un virus primitivo con ancora molti geni. I più evoluti
li hanno persi e sono dimagriti fino all'essenziale.
MarkIII
A Giant Virus in Amoebae
Bernard La Scola,1 Ste´phane Audic,2 Catherine Robert,1 Liang Jungang,1
Xavier de Lamballerie,3 Michel Drancourt,1 Richard Birtles,1 Jean-Michel
Claverie,2* Didier Raoult1*
During a study following a pneumonia outbreak in 1992, a microorganism
growing in amoebae and resembling a small Gram-positive coccus (Fig. 1A) was
isolated from the water of a cooling tower in Bradford, England. Despite
attempts with various extraction protocols and low-stringency polymerase
chain reaction, no amplification product was obtained with universal 16S
rDNA bacterial primers (1). Study of this microorganism within Acanthamoeba
polyphaga (2) revealed a characteristic viral morphology with mature
particles of 400 nm in diameter and surrounded by an icosahedral capsid.
This structure is consistent with the finding that Mimivirus is not
filterable through 0.2- _m pore size filters. No envelope was observed, but
80-nm fibrils attached to the capsid were visible (fig. S1). A typical virus
developmental cycle, including an eclipse phase, was observed (fig. S2). As
it resembles a bacterium on Gram staining, it was named Mimivirus (for
Mimicking microbe) (Fig. 1A). DNA digestion by Sal I and Sac II treatment of
purified particles (2), followed by pulsed-field gel electrophoresis,
demonstrated that Mimivirus has a double-stranded DNA circular genome of
about 800 kilobase pairs (kbp). Its genome is thus larger than the sequenced
genomes of several bacteria, including Mycoplasma genitalium (580 kbp),
Ureaplasma urealyticum (752 kbp), Buchnera sp. (641 kbp), and Wigglesworthia
brevipalpis (698 kbp) (3). Consistent with this large genome, Mimivirus
particles have a size comparable to that of small bacteria such as U.
urealyticum (Fig. 1B). The viruses with the largest genomes previously
described are a Phycodnavirus infecting Pyramimonas algae (560 kbp) and
phage D of Bacillus megaterium (670 kbp) (4, 5). Mimivirus is a
nucleocytoplasmic large DNA virus (NCLDV). This group of viruses includes
four other families, including the enveloped Poxviridae, which infect
vertebrates (Chordopoxvirinae) and insects (Entomopoxvirinae). The three
others are also icosahedral. Iridoviridae and Phycodnaviridae are aquatic
viruses, and Asfarviridae infect vertebrates (6). Whole genome shotgun
sequencing is under way. Two libraries (5-kb and 9-kb inserts obtained by
mechanic shearing, cloned in pcdna 2.1 with Bst XI adaptators) were
constructed. Plasmid inserts were sequenced from both ends with flanking
vector sequences and dye terminator primers. The preliminary assembly [using
the Phred/Phrap software (7)] of 6X coverage shotgun data confirmed that the
Mimivirus genome is about 800 kbp (734 kbp of preliminary sequence data with
phrap score _20 is available in the WGS section of GenBank, accession #
AABV01000000). More than 900 open reading frames (ORFs) longer than 100
amino acids were identified, representing _82.4% of the available genome, a
coding fraction comparable to other NCLDVs. Comparisons to DNA and protein
sequence databases (GenBank, Swissprot, and Tr- EMBL) did not reveal any
sign of amoebal or other contamination. Following Iyer et al. (8), we
compared Mimivirus ORFs with viral proteins only, allowing greater
sensitivity in relating it to one of the established families of large
eukaryotic DNA viruses (2). We identified 21 Mimivirus proteins with known
functional attributes and clear homologs in at least one of these virus
families, as follows: nine in Phycodnaviridae, six in Poxviridae, five in
Iridoviridae, and one in Baculoviridae. Some of the genes also exhibited
lower similarity to Baculoviridae or Asfarviridae homologs. These results
suggest that Mimivirus occupies an intermediary position between Poxviridae,
Iridoviridae, and Phycodnaviridae, with which Mimivirus appears to share the
Vp54 capsid protein and a glucosamine synthetase unique to the Paramecium
bursaria Chlorella virus. Mimivirus appears as a deep branch in the
phylogenetic tree (Fig. 1C), suggesting early divergence from other virus
families. Although further characterization is needed, Mimivirus’s
icosahedral ultrastructure and the typical eclipse phase in its life cycle
support its viral nature. Furthermore, Mimivirus lacks universal bacterial
genes, such as those encoding ribosomal RNA or proteins, as well as other
ubiquitous bacterial proteins involved in protein translation. The high
fraction (80%, P value _ 10–6) of ORFs without significant similarity to
other organisms is also typical of viruses. Finally, the Mimivirus genome
has 21 genes encoding homologs to proteins highly conserved in most NCLDVs
(8). We propose that Mimivirus is a member of a new family of giant virus,
the Mimiviridae, that represents a divergent taxon within the NCLDV group.
--------------------------------
Inviato via 
http://usenet.libero.it

 citazioni.
Scusa, puoi scrivere il riferimento esatto dell'articolo (numero,
volume...)?? Grazie.
Ciao.
Andrea

 > Questa è la notizia, da Science: ho tolto materials and methods e le

Voila: SCIENCE VOL 299 28 MARCH 2003 pag 2033
markIII


Ok. Grazie ancora.
Ciao.
Andrea.

 li hanno persi e sono dimagriti fino all'essenziale.
non sarebbe molto competitivo con i virus attuali in giro. Teoricamente 
un virus così ingombrante si sarebbe dovuto estinguere nel corso del 
tempo. E poi mi sembrerebbe strano che un virus COSI' primitivo sia in 
grado di attaccare un mammifero: avrebbe dovuto evolversi in quel senso 
aggiungendo ancora altri geni al suo già pesante fardello.
ladybat

 ha scritto ...
....

Mi sembra che diate per scontato che i virus derivino da organismi cellulari
per "regressione parassitaria".
Vent'anni fa si riteneva molto più probabile un'origine mediante quella che
io chiamo "secessione genetica".
Siete al corrente di dati più recenti che supportino la prima ipotesi?
ciao
--
Danilo Giacomelli
--------------------------
La legalità è rivoluzionaria.
--------------------------

 Siete al corrente di dati più recenti che supportino la prima ipotesi?
dai un'occhiata qui:
http://web.tiscali.it/no-redirect-tiscali/ip_michetti/virus.htm
http://web.uct.ac.za/microbiology/tutorial/virorig.html

Danilo Giacomelli wrote:
 > Mi sembra che diate per scontato che i virus derivino da organismi 
cellulari
 > per "regressione parassitaria".
 > Vent'anni fa si riteneva molto più probabile un'origine mediante 
quella che
 > io chiamo "secessione genetica".
 > Siete al corrente di dati più recenti che supportino la prima ipotesi?
dai un'occhiata qui:
http://web.tiscali.it/no-redirect-tiscali/ip_michetti/virus.htm
http://web.uct.ac.za/microbiology/tutorial/virorig.html

 ha scritto ...

Il secondo, che mi sembra quello più dettagliato e "accademico", afferma di
propendere per la "secessione genetica".
Il primo porta come unico indizio della regressione da cellule i micoplasmi,
visti come forme intermedie.
Ma allora vi sono ben più numerose forme intermedie per l'altra ipotesi.
Basti pensare ai trasposoni e ai vari repliconi autonomi (episomi e
plasmidi).
ciao
--
Danilo Giacomelli
--------------------------
Un genio non è necessariamente una persona intelligente.
--------------------------

 plasmidi).
mmm... sinceramente mi cogli impreparata. Ieri sera ho dato un'occhiata 
rapida in rete e non ho trovato molto di più di quei due indirizzi.
Dovrei andare a cercare in qualche testo, per poterti citare fonti più 
autorevoli, ma in questo momento ho un po di problemi logistici (il 
grosso dei miei testi di biologia molecolare sono a 3000 Km da me). Li 
avrò sottomano solo a Pasqua :((
ladybat


Non ho capito...