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Titolo: domandina sul DNA

Parlo del DNA nucleare degli esseri umani. Mi limito 
a quello.
 
il modello che ho in mente per descriverlo è simile a 
due binari connessi da traversine. 
 
Ogni traversina, a sua volta, si compone di due pezzi.
Se un pezzo è l' elemento  Adenina, l' altro attaccato
puo' essere solo la Timina. 
 
Se un pezzo è la Citosina,  l'  altro  attaccato puo' 
essere solo la Guanina. 
 
Dunque abbiamo A-T oppure C-G. La "parola" (diciamo) 
piu' breve, non scindibile, si compone di 4 traversine.
 
Le parole viste come unità costituive dovrebbero 
chiamarsi "codoni", se non vado errato. 
 
Per cui tutte le possibili parole (a prescindere dal
fatto che solo un sottoisieme di queste è valido) sono,
considerando solo le parti delle traversine superiori 
(visto che le altre inferiori seguono da esse), 2^4 = 16
poichè il primo posto puo' essere occupato in due modi
diversi, il secondo, il terzo ed il quarto : stessa cosa.
 
Quindi abbiamo 2*2*2*2 = 2^4 = 16 possibilita'. 16 
possibili parole
 
Il  dubbio  che mi viene è : ma  non  è che conta anche il  
"verso" ?  Ossia  A "sopra" e T "sotto" è forse diverso da
T "sopra" A "sotto" ? O no ?  
 
Perchè in tal  caso  le  possibili  parole  sarebbero molte
di piu perchè sarebbero 4^4 perchè in tal caso la prima scelta
la posso fare in 4 modi diversi (A,T,C,G) e cosi via. 
 
4*4*4*4 = (2^2*2^2)*(2^2*2^2) = 2^4*2^4 = 256 ossia ben 16 
volte maggiori delle precedenti
 
Grazie :-) 
 
 
 

 di piu
 
No, cambia solo come le leggi (vedi l'esempio sopra). Ciò in quanto
le parole (codoni) del DNA hanno sempre e solo 3 lettere (basi).
 
Ma al liceo non ti avevano spiegato 'ste cose all'ora di scienze?
 
Bye,
 
   *GB*

 Ma al liceo non ti avevano spiegato 'ste cose all'ora di scienze?
 
Eh no ... purtroppo no.   
me le sono dovute incocciare da solo. E come vedi ancora insisto e
persisto. Non dovrebbe essere una cosa buona, questa ? :-) 
 

 una  specie  di "standardizzazione" della decodifica. Mi spiego ?
 
Tanti, no. Ma non è impossibile che le irregolarità derivino in parte
anche dalla combinazione di due o tre antichi codici un po' differenti.
 
Non credo tuttavia che tali differenze fossero molto grandi perché
c'è una relazione chimica tra la base centrale (X) dei codoni (NXN)
e le dimensioni e solubilità degli aminoacidi da essi codificati:
 
 
https://en.wikipedia.org/wiki/File:ELLIPTICAL_GENETIC_CODE_Ian.png
 
 
Bye,
 
   *GB*


mi pare non ci sia niente in proposito
 
google ha suggerito di cercare:
synonymous codon usage influences the local protein structure observed
 
e in effetti mi pare ci sia qualcosa, ma ora non ho tempo per 
approfondire...
 
-- 
bye
!(!1|1)
 
 

 produzione del medesimo amminoacido
 
ma che si intende per "efficienza" ? 


    
https://en.wikipedia.org/wiki/File:ELLIPTICAL_GENETIC_CODE_Ian.png
 
 
Grazie, sei molto gentile
 
... Ma non posso fare a meno di esporti quello che segue : 
 
astrattamente : 
 
il DNA  entra  come input in un meccanismo (struttura) M la quale lo
replica e lo usa per costruire praticamente il genotipo, l'individuo
stesso. Che poi, in funzione anche dell' ambiente esterno, produrra'
il fenotipo. 
 
Ma il DNA non credo sia in grado ANCHE  di  definire  i  dettagli di 
funzionamento del meccanismo M stesso. 
 
In  parole povere : M  è  indipendente dal DNA stesso. Deve esserlo. 
Almeno in parte deve esserlo. 
 
Una prova brutale, rozza di questa cosa potrebbe essere : cè il DNA
mitocondriale che è significativamente diverso da quello  nucleare.
 
E  il  DNA nucleare non puo' influire su quello mitocondriale.
 
Il che significa che il DNA "entra"   in un meccanismo piu' "grande" 
di quello da lui stesso definibile.  
 
Ecco, vorresti cortesemente parlarmi di questo problema ? Imho 
dovrebbe avere conseguenze molto profonde, talune forse inquietanti.
 
Grazie 
 


e vorrei aggiungere : sono convinto che se prendi un certo DNA da un
certo individuo e lo sostituisci dentro  la  cellula  di  un'  altra
creatura molto  diversa  in generale  i  codoni verranno tradotti in 
modo diverso. 
 
 

 ma che si intende per "efficienza" ?
 
per metterla in modo semplice, che vengono prodotti più o meno amminoacidi
 
-- 
bye
!(!1|1)
 

 più o meno amminoacidi
 
Nell'unità di tempo! Altrimenti il tuo discorso non ha alcun fondamento.
 
Bye,
 
   *GB*

 ... Ma non posso fare a meno di esporti quello che segue :
 
E io non posso fare a meno di ignorarlo, almeno per ora. Scusami.
 
Bye,
 
   *GB*

 approfondire...
 
Basta rifletterci un attimo... vedi la tabella:
 
https://it.wikipedia.org/wiki/Codice_genetico#Tabella_codifica_codoni_nel_DNA
 
 
Se la leucina è codificata da 6 codoni e la metionina da uno solo,
secondo te che conseguenze di cinetica chimica si avranno da ciò?
 
Bye,
 
   *GB*

 discutere di queste cose senza averne nemmeno le basi di partenza.
 
Hai ragione.  Mi dispiace. Tutto  sommato questo NG dovrebbe essere 
riservato  a persone  con una base minima di conoscenze. E' giusto. 
 
Vedro' di farmi vedere il meno possibile. 
 
 
 
 

 Vedro' di farmi vedere il meno possibile.
 
Il mio consiglio, riguardo alle cose che sai già di non conoscere,
è di dargli prima una scorsa su Wikipedia.
 
Bye,
 
   *GB*


Sei molto gentile d'animo, lo percepisco :-) 
 
Vorrei chiarire : 
non mi sono offeso, perchè  capisco  che  puo'  essere irritante per
una persona  molto  preparata  avere  a  che  fare  con un asino che 
svolazza  con la fantasia pretendendo, appunto, di poter svolazzare.
 
Quindi : seguiro' il tuo consiglio. 
 
Ora pero' ... 
come in tutte le scienze (anzi : come in tutte le discipline) la cosa
piu'  difficile  non  è  tanto  capire  i concetti  ma "entrare nella 
mentalità", in questo caso del biologo/genetista.  
 
Ed è quasi impossibile  farlo se non  hai  avuto una base iniziale da
qualche buon insegnante. 
 
Avete un  linguaggio, avete  una  forma  mentis. Difficilissimo tutto 
questo da conseguire
 
Ad es.  quando  tu dici che il DNA nucleare è meno regolare di quello
mitocondriale  io  rimango  interdetto.  Piu' "regolare" ... ? In che 
senso ?   
 
Mettici pure che ho una base matematica (ecco, quella ce l'ho) quindi
tendo  a  concentrarmi  sulla  precisione  delle  definizioni  e  sul 
linguaggio. 
 
Dunque la mia forma mentis (che è matematica) è un problema  in piu'. 
Da un lato aiuta, ma dall' altro ... è un handicap. 
 
Ciao :-) 
 
 

 linguaggio.
 
Il rischio è che ti concentri solo su quelle. Le hai confrontate o no
quelle due tabelle? Nel DNA mitocondriale tutte le codifiche sono a
doppiette o quartine, talché si può considerare irrilevante l'ultima
base quando è dello stesso tipo molecolare (pirimidina o purina), e
in metà dei casi anche quando non lo è:
 
 
https://www.mun.ca/biology/scarr/MtDNA_code.html
 
 
In pratica, se la terza base la codifichi come pirimidina P o purina R
o con Q entrambe, hai che tutti gli MNP hanno lo stesso significato, e
analogamente tutti gli MNR, e il codice mitocondriale si può scrivere:
 
   UUP = Phe     UCQ = Ser     UAP = Tyr     UGP = Cys
   UUR = Leu                   UAR = Stp     UGR = Trp
 
   CUQ = Leu     CCQ = Pro     CAP = His     CGQ = Arg
                               CAR = Gln
 
   AUP = Ile     ACQ = Thr     AAP = Asn     AGP = Ser
   AUR = Met                   AAR = Lys     AGR = Stp
 
   GUQ = Val     GCQ = Ala     GAP = Asp     GGQ = Gly
                               GAR = Glu
 
Invece nel DNA nucleare non è così; compaiono anche codifiche singole
e quindi ci sono alcuni casi in cui la terza base conta singolarmente:
 
https://it.wikipedia.org/wiki/Codice_genetico#Tabella_codifica_codoni_nel_DNA
 
 
E quindi non puoi semplificarne la tabella allo stesso modo sopravisto.
 
Bye,
 
   *GB*

 ti ho spiegato è molto semplice.
 
Hai tagliato tutta la "parte umana" del mio post :-) 
 
Ma cosi azzeri l' aspetto come dire ... "umano", appunto, 
del rapporto :-) 
 
Fa niente, cmq

Perfetto
quindi in realtà : + regolare = + ridondante. Capito. 
 
Grazie mille. 
 

 quindi in realtà : + regolare = + ridondante. Capito.
 
In questo caso è così. Però io noto anche che la ridondanza è massima
con la citosina come base centrale del codone, e minima quando la base
centrale è l'adenina. Con le altre due basi è intermedia, e risulta
maggiore quando la prima base è A o U. Pertanto è interessante rifare
quella tabella con l'ordinamento AUGC in orizzontale e in verticale:
 
   AAP = Asn     AUP = Ile     AGP = Ser  |  ACQ = Thr
   AAR = Lys     AUR = Met     AGR = Stp  |
                                          |
   UAP = Tyr     UUP = Phe     UGP = Cys  |  UCQ = Ser
   UAR = Stp     UUR = Leu     UGR = Trp  |
              +---------------------------+
   GAP = Asp  |  GUQ = Val     GGQ = Gly     GCQ = Ala
   GAR = Glu  |
              |
   CAP = His  |  CUQ = Leu     CGQ = Arg     CCQ = Pro
   CAR = Gln  |
 
Noti una certa regolarità?
 
Bye,
 
   *GB*


Francamente no perchè non so cosa intendi per regolarità. 
Ti puoi irritare  quanto  ti  pare ma non posso mentirti.
Spiacente
 
Pero voglio esporti una mia idea
 
esiste una ridondanza globale RG che è misurata dal rapporto 
(o meglio : si puo' misurare col rapporto) :
 
(n.codoni)/(n.aminoacidi+stop) che sarebbe,  in  pratica, il
rapporto astratto tra numero  di  traduttori (o  messaggeri) 
e numero di *significati* che  quei  messaggeri  trasportano 
 
e  che  varia  da un minimo di 1 ad un massimo di 64/21, che 
chiamo RGM (Ridondanza Globale Massima)  
 
Percio  se   RG*  è  la ridondanza globale effettiva possiamo 
rapportarla al  numero  64/21 (= 3,04761904761905)  ottenendo 
il numero  RG*/RGM che è un comodo indice normalizzato perchè 
qualunque sia il tipo di DNA a cui viene applicato esso dovra
necessariamente trovarsi nell' intervallo 1-64/21 
 
A  questo punto  possiamo comparare tra loro tutti i tipi di 
DNA per quanto riguarda la loro ridondanza e possiamo farlo 
in modo estremamente *preciso*. 
 
Non solo
Possiamo affinare l' analisi utilizzando lo stesso strumento
per misurare  con assoluta precisione la ridondanza al netto 
del segnale di stop
 
Non solo
Possiamo misurare il tuo concetto di ridondanza "condizionata"
o "locale" ad es. quando parli di C centrale al codone oppure
no.
 
E cosi via. 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

 o "locale" ad es. quando parli di C centrale al codone oppure no.
 
Se lo dici tu. A me sembra che si possa mantenere la stessa ridondanza
però attribuendo le triplette in maniera tale che non si possa più
supporre alcuna origine chimica alla codifica nei primissimi esseri
viventi o quasiviventi. Però non è questa la situazione reale, per cui
considero dispersivo proseguire questo discorso. Se tu pensi che serva
a qualcosa, fai i tuoi calcoli e poi spiegaci che cosa hai ottenuto.
 
Bye,
 
   *GB*

 Francamente no perchè non so cosa intendi per regolarità.
 
Intendo che esattamente metà delle triplette hanno ridondanza 1:4
ed esattamente metà delle triplette hanno ridondanza 1:2. Inoltre
che tali triplette non sono composte a caso con le loro basi, ma
seguono un preciso schema: se la base centrale è C, la ridondanza è
sempre 1:4, mentre se è G o U essa è 1:4 se la prima base è G o C.
 
Tutto ciò non può essere casuale, ed evidenzia un'origine (almeno
in parte) chimica del primissimo codice genetico.
 
Bye,
 
   *GB*

 in parte) chimica del primissimo codice genetico.
 
Ma come potrebbe non essere chimica ? Quale altra origine potrebbe
avere ?


Capisco
a te interessa questo : l' origine chimica o non chimica del DNA. 
Perchè ?