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Titolo: [Bioinformatica]  Un linguaggio fatto apposta....

Ogni tanto, nei pochi momenti di ozio, mi piace coltivare delle idee che
ovviamente a me sembrano geniali, magari invece sono cazzate, perché magari
non praticabili.
Una di queste è quella di un linguaggio 'biomedico' per scrivere le
pubblicazioni.
Le 'basi filosofiche' sarebbero queste :
ogni pubblicazione biomedica in verità rappresenta un 'modello di una
funzione fisiologica/biochimica.
Del tipo : 'se io immetto/modifico una sostanza x questa produce le reazioni
w,y,z.'. Quindi una funzione. 
Questo é giá un modello algoritmizzabile.
Al momento attuale, se un ricercatore decide di 'immettere' questo modello,
trovato magari su una pubblicazione, per verificare una sua teoria, deve
scriversi un programma, cioè algoritmizzarlo lui stesso.
Invece se tutte le pubblicazioni di questo tipo fossero scritte giá in un
linguaggio 'high level', cioé vicino al ricercatore, un apposito
traduttore/compilatore poi si occuperebbe automaticamente di costruire un
algoritmo giá bell'e pronto, magari da immettere in un simulatore
fisiologico generale open-source.
In questo modo i tempi di ricerca si accorcerebbero enormemente, ed anche
eventuali 'redundancies' (che nella ricerca senzaltro esistono).
Voi che ne pensate ?
Pensate che un ricercatore biomedico abbia voglia (= abbastanza motivazione) 
di scrivere le pubblicazioni in questo modo ???
John.

 di scrivere le pubblicazioni in questo modo ???
No. Spesso è già complicato esprimersi e farrsi comprendere in una 
lingua umana.
Spesso si utilizzano espressioni e sfumature che non so quanto siano 
algoritmizzabili.


la cosa è già stata proposta dai circolisti di vienna negli anni '20.
Il progetto è franato nell'atto della sua realizzazione.
fuzzy

algoritmizzabili.
Grazie delle risposte.
C'é da dire però che negli anni venti non esisteva ancora l'ambiente
informatico adatto. La Univac era ancora alle prese con le macchine a
schede perforate ed il concetto di 'compilatore/traduttore' era più
una 'idea' dei costruttori che una scienza vera e propria.
Oggi i 'linguaggi di programmazione' e relativi compilers sono una
disciplina a parte, una delle più importanti dell'informatica.
E qui rispondo a guybrush : eppure io sono convinto che con la dovuta
pazienza, ricercatori biomedici ed informatici, lavorando insieme,  possano
venir fuori con un linguaggio di programmazione nuovo,
ovviamente 'upgradabile', per che copra tutte le necessità della ricerca
biomedica.
In fondo, penso che se ci si abituasse a questo linguaggio, anche certi
concetti propri dell' *arte*, si potrebbero trasmetterre immediatamente,
con più facilitá.
Chi scriverebbe oggi, in una pubblicazione scientifica, frasi come :
*la somma di tutti gli elementi dell'insieme A* invece di scrivere un bel
sigma in mezzo alla riga, coi suoi  'A' 'i'  e 'n'  ???
A tutti quelli che hanno 'paura' dei linguaggi di programmazione, voglio
ricordare che il COBOL, uno dei primi linguaggi di programmazione
high-level, insieme al FORTRAN, aveva istruzioni del tipo 
'Metti  A = 20
'Metti  B = 40
'Addiziona A e B
Ciao.
John.

 reazioni w,y,z.'. Quindi una funzione.
Un po' schematico, comunque, argomento gia' affrontato e gia' oggetto di
ricerca.
Il concetto piu' generale e' quello di studiare degli analizzatori
sintattici che estraggono il contenuto semantico dei predicati biomedici. 
http://www.loinc.de
.
ciao
B.

 B.
Ciao.
John.

 laboratorio, di parametri vitali e ricerca clinica.
Per adesso si'. Uno degli scopi finali -almeno quello proclamato ai
convegni- e' fra l'altro arrivare alla interpretazione semantica della
cartella clinica scritta "in chiaro". Entra un testo in chiaro ed esce un
documento categorizzato ricercabile per "significati" e non solo per
significanti (lemmi), come potrebbe fare gia' adesso un full text database.
Se trovo gli appunti di un paio di eventi ti dico meglio.
ciao

 informatico adatto.
Per "realizzazione" intendevo la stesura dell'impianto teorico.
Ma è proprio la teoria che ha dimostrato l'impossibilità
del progetto.
I computer non c'entrano niente.
fuzzy

 informatico adatto. 
C'ha provato il prof. Colosimo dell'Università di Roma La Sapienza 4-5 
anni fa e il tentativo è miseramente naufragato, come quello degli anni 
'20 già citato.
Ciao
-- 
Andrea
***
Ci sono libri pericolosi
che non vanno aperti impunemente.
(Viktor Fargas - bibliofilo,
da "La Nona Porta" di R. Polanski - 1999)
La Ricerca è sempre faticosa,
richiede una enorme attenzione
e non rende ricchi: quindi può solo
essere amata.
(V. Erspamer)

 Apx.
Ciao.
John.

 ciao
OK grazie.
Ciao.
john.


Mmmmhhh io non credo all'impossibile, nel campo dell'informatica.
Sarà mio difetto 'costituzionale', ma io ci tenterei.....
 
Secondo me TUTTO è algoritmizzabile (che poi algoritmizzabile vuol dire
semplicemente 'ridurlo ad una sequenza di procedure' che un compuzer puo'
eseguire). Si parla ovviamente di simulazione, e la simulazione ha i suoi
limiti 'quantitativi' ma non 'funzionali'.
Ad esempio e' impossibile pensare di 'simulare' tutto un cervello umano, ma
è possibilissimo creare algoritmi di reti neuronali che simulano le
operazioni logiche (AND, XOR, etc.) e l'apprendimento.
John.


Mi piacerebbe tanto informarmi su questo tentativo. Cercherò in internet
quello che posso trovare. Grazie della segnalazione. 
Ciao.
John

 bla bla bla e lo terova affascinante, e salta le formule.
Ma neanche per niente! Si vede che non conosci i Fisici...



...li conosco....li conosco.....sono dei matematici mancati....<hahahaha>

 confrontato con la realtà, almeno un paio di migliaia di volte....
...quindi prima di fare un'anestesia dalle tue parti testano, simulano e 
riprovano migliaia di volte... nel frattempo il paziente è morto. Mah...


 Ciao
Ciao.
John.

 
Certamente il problema non è semplice. Anzi. Ma quello che proponevo non è
una cosa poi così tanto astrusa come potrebbe sembrare a prima vista.
Prendiamo ad esempio una pubblicazione, risultato di una ricerca scientifica
particolare.
La pubblicazione, se togliamo la parte 'estetica' si puo'  veramente ridurre
ad una 'sequenza' di 'dati di input' che producono 'dati di output', nel
mezzo dei quali sta una 'funzione', appunto l'esperimento effettuato.
tutto qui. E questa semplice cosa  si dovrebbe cercare di descriverla non
pensando agli umani che poi la devono leggere, bensi pensando ad un
compilatore che dovrà 'tradurre in fatti' le parole, cioe la funzione, che
noi stiamo proponendo.
Non è un problema semplice, ma nemmeno irrisolvibile. 
Ci vuole solo tanta tanta pazienza e buona volontá da tutte e due le parti :
gli informatici e i ricercatori biomedici, affinchè trovino un linguaggio
adatto.
Si puo' fare.  Ne sono sicuro.
John.

 John.


 
...se riesco a mettere insieme, nella mia cerchia di conoscenze, qualche
cervellone matematico e qualche egregio biomedico, che accettano, mi ci
butterà a capofitto, e senzaltro terrò informato il NG. :-)))
Ma finora il tutto è solo allo stato di 'fantasia'.
Ciao.
John.

 operazioni logiche (AND, XOR, etc.) e l'apprendimento.
si 'sti discorsi escono fuori ogni anno, da 50 anni a questa parte.
Nascono e muoiono, e poi si ricomincia...
fuzzy

 fuzzy


 FORTRAN, (che significa FORmula TRANslation).
Secondo me hai delle idee proprio sbagliate su come funziona tutto
questo...
1. Una persona che legga il "bla bla" e salta le formule non e' unco
"che s'interessa alla materia": ammesso che esista, e' solo un
superficiale destinato a non capire niente.
2. Se tu credi che le formule che trovi in un libro di fisica
a) possano essere agevolmente tradotte in un programma FORTRAN (enon
in un algoritno, che inqueanto tale e' indipendente dal linguaggio)
b) che sia questo il modo per capire "come funziona"
allora appartieni anche tu alla categoria di quelli che non hanno
capito niente (almeno sulla fisica).
Che tu sia un patito dell'infornatica "ueber alles" l'abbiamo capito,
ma dammi retta: "ne sutor supra (o ultra?) crepidam" :-)
Non solo per le tue idee sulla fisica, ma anche per quelle
sull'informatizzazione della biologia...
 
-- 
Elio Fabri


...e sai cosa è 'decisivo' ? La potenza dell'hardware. 
Magari aspettiamo i processori con 50 GigaHertz uniti in cluster di 25
computer....<hahahahahahah>.
Allora vedrai quante cose saranno possibili.
Guarda, tanto per farti un esempio della velicitá con cui vanno le cose : 
Esattamente nell'anno 2000 parlavo con un professore di Leningrado che si
occupava di protocolli (H.21) per il broadcasting ad alta risoluzione.
Il problema era che allora era quasi immpossibile trasmettere immagini
televisive via internet.
Oggi, vedere la televisione via internet è una cosa comune.
E sono passati solo 7 anni !!!
Ciao.
John.

         
L'informatizzazione della biologia, la bioinformatica, non l'ho inventata
io.
Esiste ed evolve. I biologi che ci credono, stanno al passo coi tempi, gli
altri stanno solo a guardare.
John.

 io.
La bioinformatica pero' afaik si occupa di sequenze geniche, probabilita',
pattern matching, non di linguaggio

P. Bianchi wrote:

Finora è così,  ma non è proibito 'allargarne' i confini, laddove si veda
una possibile applicazione.


sei un cazzarone eh? :-)
fuzzy