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Titolo: domandona di biologia molecolare

Allora, ho tra le mani una sequenza di cDNA, la ricerca in banca dati della
proteina tradotta mi dice che sono di fronte alla B-galattosidasi di
Bacillus sp.
La cosa curiosa è che Prosite (e non solo lui) mi trova un motivo
Helix-Turn-Helix tipico di proteine che legano il DNA e sono tipicamente
fattori di regolazione genica (la famiglia è quella di araC/xylS).
Quello che mi chiedo io... cosa ci sta a fare un dominio del genere in una
B-galattosidasi?
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dawe
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 ha scritto ...

Interessante.
A priori perché mai un enzima non dovrebbe interagire col Dna?
Sarebbe utile sapere se l'interazione avviene in presenza o meno di legame
col substrato.
Magari in presenza del substrato promuove la sintesi di un enzima a valle,
oppure in assenza inibisce la sua propria sintesi...
ciao
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Danilo Giacomelli
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Dice il Saggio: "Prima di urlare nel corridoio di aver
scoperto il DNB, controlla di non aver fatto correre il
gel con la polarità invertita".
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 Helix-Turn-Helix tipico di proteine che legano il DNA e sono tipicamente
Non č detto che sia un dominio esposto, nč che la sua funzione esclusiva sia 
di legare il DNA. 

 sia di legare il DNA.
Questo è vero. Il fatto è che se allineo questa proteina putativa con una
B-galattosidasi di Bacillus halodurans o Bacillus circulans (il gene in
questione è stato caratterizzato da Bacillus...) non trovo alcuna omologia.
Di contro le galattosidasi di questi due Bacillus sono del tutto simili tra
di loro e simili a B-galattosidasi di batteri anche filogenticamente
distanti (Pseudomonas...).
Allora mi sono messo un po' a smanettare ed ho ricercato omologie della
sequenza nucleotidica e, indovina un po', trovo analogie con il gene della
B-galattosidasi di B. circulans e B.halodurans, solo che il primo è omologo
nella sequenza antisenso, il secondo è omologo in una regione a valle del
gene della B-galattosidasi.
Per me è succeso che chi ha scoperto questo gene lo ha cercato in banca dati
e ha visto i primi risultati dell'allineamento e quindi ha detto che aveva
scoperto una B-galattosidasi. Per me invece il gene in questione è
semplicemente l'RNA parziale di un operone batterico in cui c'è una
sequenza parziale della B-galattosidasi e a valle la sequenza del
regolatore dell'operone. Del resto anche in B. halodurans a valle del gene
della B-galattosidasi c'è il regolatore dell'espressione (e questo si vede
bene, tanto più che B. halodurans ha il genoma completamente
sequenziato...). 
Devo scrivere all'EMBL e dire di stare più attenti alle sequenze che gli
mandano?
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dawe
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 wrote:

Può essere un caso di trappola genica. Cioé viene posta la
B-galattosidasi con il suo promotore e una sequenza accettore per lo
splicing e un marcatore (penso TK) all' interno di un introne di una
qualunque sequenza proteica. Questo serve per fare un saggio enzimatico
su roteine difficilmente rilevabili in vivo. La proteina in vivo viene
fuori in forma chimerica facilemente colorabile con X-gal e INPG.
O c'é qualche errore nella computazione della struttura secondaria.
O seplicemente può esserci un HTH non sviluppato per una diversa
stimolazione post-traduzionale.
Altrimenti non sò proprio????  Bo!?! 

 O c'é qualche errore nella computazione della struttura secondaria.
Si, possibile che si tratti di un falso positivo, il pattern HTH-araC ne
trova 53 su 138 pattern analizzati, però altre evidenze e un po' di intuito
mi portano a pensare tutt'altro... e cioè che chi ha inviato la sequenza si
sia clamorosamente sbagliato. Domani pomeriggio, forse, saprò la verità...
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dawe
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> Domani pomeriggio, forse, saprò la verità...
Fammi assolutamente sapere!!!

 Fammi assolutamente sapere!!!
La mia docente concorda con me della probabile cantonata presa dalla banca
dati... Mi dice che non sarebbe la prima volta (e non sarà nemmeno l'ultima
credo).
Questo mi obbliga moralmente a scrivere all'EMBL dicendo quello che ho
scoperto e chiedendo di scrivere agli autori affinchè caratterizzino meglio
la loro sequenza.
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dawe
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