Newsgroup: it.scienza.biologia
Titolo: Bioinformatici in ascolto

Ciao
Dopo lunga ricerca ho trovato in questo newsgroup messaggi
riguardanti la bioinformatica.... una vera rarità! Io sto
iniziando adesso la tesi a biologia quinquennale ed è di
bioinformatica! Se qualcuno mi sa indicare una mailing list 
o magari un newsgroup di bioinformatica mi farebbe un grande
favore. Si trova poco in rete ed è un peccato perchè è una
delle aree + interessanti e nuove della biologia e sarebbe 
utile trovare qualcuno per discuterne. Per quanto riguarda i 
post riguardanti i programmi in unix/linux è vero che gran
parte dei programmi utili sono per questo os e comunque di
solito ne esistono anche per windows/DOS. Nello specifico di
che programmi si tratta? 

Ciao con questo caldo un pochino di
vento d'inverno non sarebbe male ;-).
A parte questa infelice battuta e parlando di cose serie:
a) Da quello che mi risulta non esistono gruppi italiani
    di bioinformatica, tanto per fare un esempio non esiste nemmeno un 
sito o meglio 
bioinformatica.it
 è in vendita al miglior offerente
b) Le uniche prove documentali dell'esistenza della Bioinformatica in 
    Italia sono due testi universitari abbastanza recenti:
    Bioinformatica di Anna Tramontano ZANICHELLI
    Introduzione alla Bioinformatica Giorgio Valle, Manuela H. Citterich
    Marcella Attimonelli, Graziano Pesole ZANICHELLI 
  Per il resto si stanno attivando corsi e Master.
Questo per quanto riguarda l'interesse travolgente per questa nuova 
disciplina.
Link Utili
1)
http://directory.google.com/Top/Science/Biology/Bioinformatics/
   qui trovi link a tutto praticamente
2) newsgroup interessante bionet.software
Considerazioni :
ogni tanto cerco di vedere anche io se esiste qualcuno interessato 
all'argomento in media siamo pochini e distanti, purtroppo come al 
solito questo è un paese che si interessa delle cose ...a "cose fatte" o 
quando vanno di moda
My IMHO riguardo quello che bisognerebbe fare per eeser un buon 
Bioinformatico:
Tutto tranne che essere un Biologo ...scherzo ;-) ma nella pazzia c'è un 
fondo di verità.
Praticamente si tratta di usare o costruire applicativi che 
interagiscono con DB per analizzare pattern al fine di dare un 
significato Biologico a stringhe di lettere codifcate.
In alcuni casi devi saper scrivere un applicativo da solo usando 
linguaggi di scripting appropriati (vedi Perl) e quindi devi conoscere 
cosa è un linguaggio di programmazione.
Se perl non basta occorre fare le cose in grande stile con C, C++, Java 
e SQL e quindi dai con algoritmi ed efficenza di calcolo.
E la statistica dove la mettiamo?
Saluti Roldano

 che programmi si tratta?
Ciao,
sono programmi che ho trovato sul sito della Celera Genomics e sono stati
sviluppati per sequenziare il genoma umano in HGP. C'è di tutto: da
analizzatori di sequenze fino a gestori di DB e di microarray... Il mio
primo post in materia è nato perché fatto il download mi sono accorto che i
file hanno l'estensione tipica per Linux (che non conoscevo), quindi ho
chiesto info qui al ng...
Ora stavo attrezzando il mio comp con un secondo HD su cui installare RedHat
Linux 9 in dual boot, per far girare tutta sta roba, quando mi è esploso
l'alimentatore!!! PorkAzz!! A breve appena riapriranno i negozi cercherò di
risolvere il problema e di proseguire nell'impresa...
Andrea
-- 
Il matrimonio è l'arte di risolvere in due quei problemi che da solo non
avevi!!

winterwind, se trovi qualcosa, me lo faresti sapere, anche io sto 
lavorando sulla tesi in bioinformatico, sono al 3 anno in 
biotecnologie. 
Grazie
Inviato da 
www.mynewsgate.net

 biotecnologie.
Ola ciccio! Dove studi? Io sono al terzo anno a Milano Bicocca...
-- 
Do. Or do not. There is no try.

Ciao
In effetti la prima impressione è quella che il lavoro del
bioinformatico sia quello di creare programmi per gli usi +
svariati ma credo che non sia questo il nocciolo di questo 
tipo di studio. Io so programmare a livello medio in modo
decente in c/c++ - Java - python e *nix shells varie ma da
quella che è la mia esperienza (ho all'attivo 1 lab e un paio
di esami attinenti alla bioinfo) questo mi ha parecchio distolto
dallo scopo fondamentale che, alla fine, è l'analisi funzionale
della sequenza. Inizialmente credevo che buona parte del lavoro
si risolvesse con dei buoni BLAST (o altri mezzi similari) e 
successiva analisi dei risultati con programmi ad hoc ma ... 
1) arrivare ad avere l'esperienza per ritoccare e definire
   dei dataset puliti non è affatto uno scherzo (le banche dati
   sono zeppe di robaccia ridondante!)
2) la parte + difficile è l'interpretazione dei risultati. Mi
   è capitato di fare figure da stupido in fase di interpretazione!
Io dovrei occuparmi dello studio delle regioni non tradotte degli
mRna per trovare in esse motivi ripetuti e funzionali per la re-
golazione traduzionale (roba tipo IRE ). L'argo-
mento è poco battuto (la bioinfo in generale) ma spero che si
riesca a far gruppo... comunque è anche questione di passione.
Conosco gente che a sentir nominare BLAST storce il naso e ho
sentito a lezione in altri corsi prof. dire frasi del tipo
"Finita la parte bioinformatica inizia il lavoro del vero 
biologo...". Io non mi sono ancora ripreso del tutto dalla
scoperta di una biologia di questo tipo: non credevo che ci fosse.
E dire che è già da un pò che me ne occupo. Ho iniziato a studiare
sul Principi di bioinformatica di Attimonelli/Pesole e adesso è
sempre nello zaino!
 

 biologo...". 
Purtroppo quello che molti ancora non capiscono è che la Biologia è un 
pochino nella situazione della Chimica qundo i fisici sfottevano dicendo 
che era come collezionare francobolli; poi venne la meccanica quantistica.
Io penso che bisognerebbe parlare di Biologia computazionale, credo 
infatti che la Bioinformatica sia il suo "braccio armato".
Una Biologia più astratta con uso di modelli andrebbe molto più lontano 
delle storielle orali che vengono spacciate per Scienza.
In sintesi la Bioinformatica è la Biologia Molecolare o la Biochimica 
con altri mezzi.
Andrebbe sempre sottolineato che nelle vere Scienze i modelli non 
sostituiscono la realtà ma la descrivono con un certo grado di 
approssimazione...dovresti ricordare a chi storce il naso che ormai da 
anni si fa uso di statistica ed equazioni in molte branche della 
Biologia vedi equazioni di Volterra. Ora se uso un pc per aiutarmi nelle
ricerche che cosa cambia?
Praticamente e come se nell'ottocento qualcuno ti avesse detto dopo 
averti descritto il microscopio ok adesso parliamo di Biologia ;-)
Ma da quando si fa scenza senza strumenti?
senza contare che come ha dimostrato la meccanica quantistica (ovvio che 
è un esempio limite) gli strumenti possono condizionare i risultati.
Saluti a tutti i Bionformatici in ascolto
PS
Mi piacerebbe molto attivare un newsgroup, un sito, qualcosa insomma che
non sia dispersivo. Io faccio il programmatore php e motorizzare 
(newsletter, phorum etc..) un sito
non mi riesce difficile.

Ciao a tutti.
Volevo segnalare, visto che se ne parla, un portale secondo me  molto
interessante:
http://bioinformatics.org
Non sono un esperto in materia, anzi non ne so nulla.. comunque non è male
l'idea di roldano:
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Ciao
Di cosa ti occupi a livello bioinformatico? Che tipo di programmi
hai scritto (cosa fanno di preciso)? Te lo chiedo perchè sono perfet-
tamente d'accordo quando dici che astrarre porta grandi benefici
(basti pensare a quanto è + facile il tuning di un prog che parte
con il piede giusto, anche a livello di ottimizzazione delle pre-
stazioni) ma il fatto è che a volte astrarre diventa difficile se
non hai ben chiaro cosa stai cercando e, con tutta la buona volontà,
non possiamo dire di aver ancora compreso a fondo i meccanismi di
regolazione (cfr strutt. secondarie e terziarie mRna e loro azione,
per citare un esempio). Ergo come si può astrarre a tal punto da
essere sicuri di trovare qualcosa di attinente a ciò che cerchi se
non sai com'è? E' come la vecchia storia del database searching che
si gioca su calibrazione sensibilità/selettività : se si astrae si
aumenta la possibilità di ampliare il resultset (>sensibilità)ma poi ti 
arriva di tutto e le fasi di analisi successive sono da urlo! Per quanto 
mi riguarda in origine ero convinto che tutto si potesse risolvere con
delle reti neurali ma chiedendo in giro ho visto che non sono molto
utilizzate (anche perchè sono molto difficili da implementare ...
io non ne sarei in grado). Oltretutto richiedono una fase di
addestramento quindi, per definizione, non le si può utilizzare per
cercare qualcosa di nuovo in assoluto. 
Il sito 
http://bioinformatics.org
 è buono e riporta una serie di
estensioni per linguaggi di programmazione che permettono di svolgere
compiti bioinformatici. Personalmente l'unica che ho provato per ora
è biopython e mi è piaciuta parecchio ma ancora non riesco a fare
ciò che voglio ossia cercare patterns ripetuti in una UTR. Il fatto è 
che vorrei cercare non per identità ma per similarità in modo da 
poterne poi valutare l'omologia funzionale. devo ammettere di non 
saperne molto sui design patterns ma la cosa i interessa moltissimo. 
Magari si riesce a mettere il piedi qualcosa a livello di gruppo. 
Usi php ...
l'hai già utilizzato php nuke? Io l'ho già provato ed è molto
semplice da usare (se ci arrivo anch'io che ho sempre preferito la
programmazione in locale...). Che ne dite se intanto iniziamo a 
contarci e a vedere chi siamo e se c'è qualche idea per iniziare
una discussione + mirata alla bioinformatica?Magari potremmo discutere
del modo di risolvere problemi specifici sia a livello di programmazione
che a livello di pianificazione di analisi bioinformatiche (è molto
trascurata come cosa ma è facile che per una medesima analisi ci siano
vie alternative ... pare che ognuno abbia la propria "ricetta", potremmo
discutere i pregi e i difetti dei vari approcci). Insomma : di argomenti
ce ne sono a non finire, spaziando dall'analisi funzionale delle
biosequenze fino all'evoluzione molecolare. Io so qualcosa (meno di quanto
vorrei!) su queste due, magari voi conoscete altre branche e sarebbe bello
discuterne.     

 Magari si riesce a mettere il piedi qualcosa a livello di gruppo.
Mi piacerebbe sottolineare che quello che i bioinformatici chiamano
linguaggi biopython, bioperl, biojava etch in realtà sono delle semplici 
librerie dei suddetti linguaggi ...quindi invece di dover io scrivere 
una funzione o un metodo per fare quella cosa c'è qualcuno che lo ha 
fatto per me.
In secondo luogo ogni linguaggio ha le sue particolarità : perl è 
utilissimo per analizzare le stringhe ma se dvo fare un calcolo duro e 
puro di vari mesi come si fa nel caso della dinamica molecolare uso C o 
C++ ...dipende da cosa serve veramente ...se devo poi estrarre dei dati 
da un DB uso SQL.
Nel caso dei diversi DB sparsi nel mondo bisognerebbe scomodare il 
datawarehouse e il datamining cose non molto semplici
adesso chiudo qui perché ho troppo  sonno
saluti Roldano

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Su cosa verte la tua tesi? Devi programmare o usi strumenti già
pronti? Io per ora sto spulciando parecchio la rete per trovare
qualche riferimento all'implementazione degli algoritmi classici
(blast/fasta ecc) e qualche approfondimento della linguistica del
dna, che varia anche di molto da genoma a genoma.Ad ogni modo non
studio sequenze proteiche ma genomiche con particolare riferimento
alle UTR.Fammi sapere cosa cerchi (magari ho già trovato roba che
a me non serve e a te si.
Ciao

 alle UTR.
Non sei con Pesole, vero?
dawe

 ha scritto nel messaggio
news:pan.2003.08.20....@jumpy.it...
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