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Titolo: Bioinformatica Killer application

Salve a tutti i Bioinformatici.
In questi giornio mi stavo domandando quale potesse
essere considerata la killer application el campo della
Bioinformatica; in sintesi se un industria farmaceutica
dovesse investire dei soldi in un progetto Bioinformatico
che cosa la attirerebbe tanto?
Mi spiego meglio quale o quanti tools possono ancora essere
sviluppati per far sì che dei ricercatori siano soddisfatti
nel loro utilizzo?
Che cosa manca ancora che non abbia risvolti di puro interesse
teorico ma sia interessante anche dal punto di vista finanziario?
Uno dei motivi che porta a farmi queste domande è che se la 
Bioinformatica avrà uno sviluppo in Italia sarà per motivi di puro
interesse economico e non certo per i poveri funghi distribuiti
qua e là nelle università italiane spesso oberati da impegni didattici
Saluti a tutti i Bioinformatici

Se riesci ad avere un buon programma che fa QSAR o docking a basso prezzo,
in maniera efficiente e veloce... beh, potresti fare i milioni.
dawe


grazie della risposta se qualcun'altro avesse idee in proposito
è ben accetto

Ciao
Come ti accennavo già in un post precedente credo che
un grosso problema (o almeno io la vedo così) sia la ridondanza
del collettori primari, ciò porta alla necessità di creare banche
dati specializzate nelle quali l'informazione sia verificata e,
soprattutto, riorganizzata. Esempi classici sono browsers genomici
del ripo di EnsEMBL. A mio giudizio tutto deriva dalla
progettazione iniziale dei db dei collettori primari che non
prevedono relazionalità. Prova ad immaginare qualcosa in grado
di fare la scansione dell'intero db e definire famiglie proteiche
o di messaggeri in modo affidabile. Dico affidabile perchè quache
tentativo è già stato fatto (EnsEMBL tenta di definire le famiglie
proteiche utilizzando un algoritmo che in rete non ho ancora
trovato ... ma nel corso di un'analisi che ho fatto di recente per
un corso è risultato che 2 entries che risultavano in famiglie 
proteiche diverse in realta erano prodotto del medesimo gene). La
verità è che non esiste ancora nulla di affidabile in questo senso.
E dire che sarebbe utilissimo, poter lavorare sul dataset di 
interesse in modo chiaro e pulito utilizzando sql. Immaginati di
poter usare una select per trovare tutti i possibili messaggeri di 
un gene ed i relativi messaggeri. Immaginati di catalogare tramite
relazioni uno a molti i patterns regolativi presenti in una sequenza
e poi di poter fare una query per pattern : la relazione funzionale
e filogenetica verrebbe definita in modo molto semplice e nel momento
in cui trovo un pattern onnipresente per una certa categoria regolativa
o funzinale e mi manca qualcosa di somile nell'organismo x potrei
fare un blast contro tutto il suo genoma ... magari c'è anche se 
ha subito variazioni che non lo rendono + immediatamente riconoscibile.
Magari è pura banalità un'idea del genere, non sarebbe un programma
che fa qualcosa di nuovo e spettacolare ma farebbe meglio (e in molto
meno tempo!) ciò che oggi richiede settimane di lavoro a spulciare entries
male annotate (o peggio ... mal sequenziate: avete presente il clustalw
che vi fa notare come 2 seqs differiscano sono di 1 nucleotide?) prima
di poter procedere alla vera fase di analisi.