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Titolo: Essere scimpanze' al 98%

VOglo sottoporvi un brano del libro 
"Che cosa significa essere scimpanze' al 98%" di Jonathan Marks,
Feltrinelli, 2003
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La seconda area fuorviante nei paragoni tra sequenze genetiche implica
una considerazione dal lato opposto della scala. La struttura del DNA,
la celeberrima "doppia elica", è formata da quattro semplici subunità.
Ognuna della nostre cellule ha una data quantità di DNA che comprende
circa 3,2 miliardi di tali subunità, che però sono sempre quattro:
adenina, guanina, citosina e timina, A, G, C, T. Ciò crea una
bizzarria statistica. Dal momento che l'informazione genetica è
composta da sequenze di DNA e ci sono soltanto quattro elementi in
ogni sequenza, ne consegue che due sequenze di DNA non possono
differire in media di più del 75%. È evidente che un breve tratto di
dna potrebbe essere simile allo 0% a un altro tratto piccolissimo (in
fondo AAAAT non corrisponde in nulla e per nulla a GGCCG), ma due
tratti medi presi a caso sono statisticamente obbligati a
corrispondere in un punto su quattro.
Detto altrimenti, due tratti di DNA generati totalmente a caso,
completamente indipendenti tra loro, non saranno simili allo
0% bensì piuttosto al 25%.
Ma quando mai è possibile un raffronto tra due segmenti di
DNA nati in totale indipendenza? Quando paragoniamo due sequenze di
DNA è chiaro che stiamo paragonando sequenze corrispondenti, come il
gene che codifica la proteina citocromo C che trasporta gli elettroni.
In biologia tale corrispondenza, o omologia, è un riflesso
dell'origine comune. Un uomo e uno scimpanzè hanno geni simili per il
citocromo C perché discendono da un antenato comune che aveva un gene
per il citocromo C simile a quelli di entrambi.
In realtà questo vale anche per umani e moscerini della frutta. Il
loro progenitore comune è più remoto nel tempo che non quello di umani
e scimpanzè, però anche il moscerino possiede la molecola citocromo C,
che ha la stessa funzione delle analoghe versioni per uomo e
scimpanzè, e questi geni possono essere raffrontati proprio perché
umani e moscerini hanno un capostipite comune.
*****
Secondo me questo calcolo e' palesemente sbagliato.
La somiglianza statistica delle basi di una sequenza proteica, anche
se prese a caso, non e' del 25% come sostiene l'autore. 
Questo e' tale solo se si prende in esame una posizione alla volta.
In questo caso e' vero che a fronte della base A potremo avere altri
tre casi diversi... ed ecco il 25%.
Ma se solo prendiamo la sequenza che lo stesso autore propone AAAAT e
GGCCG vediamo che il calcolo non e' piu' valido.
In questo caso infatti la probabilità di avere a caso due sequenze
identiche diventerebbe uguale a 1/4^4 ovvero 0,00390625
Ovvero... la probabilità e' composta... e questo e' qualcosa di
completamente diverso da quanto sostiene l'autore.
Ovvero che in realta' la similitudine tra uomo e scimpanze' e' meno
forte di quanto si dice perche'... 
Detto altrimenti, due tratti di DNA generati totalmente a caso,
completamente indipendenti tra loro, non saranno simili allo
0% bensì piuttosto al 25%.
Tutt'al piu'... potremo dire che se contiamo e cumuliamo le basi
presenti in due frammenti proteici generati a caso abbiamo al piu' una
differenza del 75%.
Ovvero. Immaginiamo di avere un filamento di DNA lungo 100 basi tutto
fatto di A (E' improbabile che si formi a caso - e questo conferma
quel che dico - ma e' una sequenza identicamente probabile di ogni
altra sequenza ben definita).
Se calcoliamo quante differenze nei contenuti % di A,C,G,T si possono
avere rispetto a questo filamento da parte di un nuovo filamento
formato a caso avremo al massimo una differenza del 75%.
Ma questa somiglianza quantitativa grezza non c'entra niente con la
somiglianza dei filamenti che si risocontra nell'esame molecolare
delle proteine di specie diverse.
Che ne pensate? Grazie...
VR
"La fonte principale degli attuali contrasti fra le sfere della 
religione e della scienza si trova nella concezione di un Dio 
personale." 
Albert Einstein. Pensieri di un uomo curioso, 
Oscar Mondadori Ed. 1997, Milano; p. 115. 
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La rivincita darwiniana 
sul reverendo Paley:
www.diolaico.it
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VR <LEVAv...@LEVAvirgilio.it> ha scritto:

Caro Veroby, penso che tu abbia assolutamente ragione. Dire che
le basi sono identiche mediamente al 25% non significa nulla,
perché una base da sola non codifica nulla.
Sarebbe come dire che due programmi per computer presi a caso
sono mediamente uguali al 50% perché, controntandoli bit a bit,
in ogni posizione ci può essere solo 1 o 0 e quindi c'è il 50% di
probabilità che coincidano.
Ma, anche qui, un solo bit non codifica nulla, come minimo
dovremmo prendere un byte e sappiamo bene che anche questo ha
poco senso perché un certo byte in una posizione codifica una
istruzione, in una altro punto è un parametro di un'altra, ecc.
E ho come l'impressione che il sistema di codifica usato dalla
natura sia un tantino più complesso dell'assembler 80x86 :-)
In sintesi: RUBBISH, monnezza scritta al solo scopo di dimostrare
una tesi preconcetta. Tale è la mia opinione :-)
Ambuti

una tesi preconcetta. Tale è la mia opinione :-)
L'hai letto? Sto' ancora alle prime pagine...
A cosa mira?
Ciao e grazie


 L'hai letto? Sto' ancora alle prime pagine...
A me è sembrato un libro molto interessante. Condivido forse il 50%, e
alcune affermazioni sono smaccatamente di parte, ma i problemi che solleva
esistono, e l'ottica in cui vede le cose val la pena di essere considerata.
In buona sostanza analizza l'interazione fra scienza e società, dal punto di
vista della società. Cioè, lui dice dal punto di vista dell'antropologia, ma
non mi sembra sia così.
Comunque non sono proprio d'accordo con te sulla faccenda del 25%.
Se le somiglianze fra i DNA sono analizzate base per base, allora qualunque
percentuale è sfalsata da quel 25% che sarà comunque uguale.
E' pur vero che due programmi qualsiasi in codice binario saranno uguali al
50%, e questo non dice assolutamente niente su quello che faranno, ma è
anche vero che se analizzi le differenze a livello statistico di due
programmi considerando solo le corrispondenze punto per punto, devi prendere
in considerazione il fatto che i simboli sono solo due.
Qualunque gene condiviso da uomo e scimpanzè può mutare nell'uno o
nell'altro, ma la mutazione ha solo il 75% di probabilità di portare ad una
diversità rilevabile con il raffronto base per base.
O sbaglio?
Danilo
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Inviato via 
http://arianna.libero.it/usenet/

O sbaglio?
Mettiamola cosi'. Prendi la tripletta TTG
Secondo te se e' sostituita con ATC questa conduce ad una variazione
del 75% dell'amminoacido... o del 100%? 


 dall'altra.
Beh, io direi che il fatto è questo: se la percentuale di somiglianza del
98% è stata stabilita confrontando le basi, allora va fatta la correzione.
Se invece la percentuale è stata stabilita confrontando le proteine
specificate dai geni, allora la correzione è assurda. Soprattutto, ma non
solo, per via della ridondanza del codice.
Ma, come dice l'autore, questa percentuale viene dal confronto base per base
di piccole sequenze altamente conservative rispetto alla maggior parte del
DNA, in quanto codificanti, e viene poi inferita alla totalità del genoma.
Se le cose stanno così, mi pare che abbia ragione lui. Il "se" è d'obbligo,
perchè nel libro ci sono alcuni punti che perfino io ho riconosciuto come
non esattamente corrispondenti ai fatti :)


Inviato via 
http://arianna.libero.it/usenet/
VR


>una tesi preconcetta. Tale è la mia opinione :-)
Sì, è spazzatura.
Ovviamente il "messaggio" sono le proteine che vengono formate da
catene di aminoacidi, ognuno dei quali è comandato da una tripletta di
basi. Quel che conta è la catena, basta a volte un solo amino acido
"sbagliato" per dividere vita da morte.
Poichè la vita sulla Terra sembra proprio essere una, ovvio che i geni
che codificano per le proteine di base, per le simmetrie di base
eccetera siano uguali anche tra uomini e animali molto primitivi.
Inoltre il COME l'evoluzione abbia evoluto è ancora un punto
interrogativo. A volte certi geni "primitivi" scompaiono per una
miliardata di anni e poi ri-saltano fuori in nuovi viventi.
Noi e gli scimpanzè, specie i bonobo, siamo cugini strettissimi.
€
I prezzi aumentano per colpa dell'euro? Come a dire che gli inglesi passando dalle yarde
ai metri vedranno AUMENTARE LE DISTANZE!

 Noi e gli scimpanzč, specie i bonobo, siamo cugini strettissimi.
Perchč _specie_ i bonobo?



Perché sono piů simpatici, no?  :))))
ciao
Lisa


Ah, ecco...


Perché sono più simpatici, no?  :))))
Anche. La cultura degli scimpanzè bonobo è più vicina a quella umana:
scopano sempre.
;-))


 scopano sempre.
Beh, in questo senso si potrebbe dire che gli esseri umani sono l'anello
mancante fra gli scimpanzè e i bonobo.
Nel senso che gli scimpanzè lo vorrebbero fare di quando in quando, gli
uomini lo vorrebbero fare sempre, e i bonobo lo fanno davvero sempre.
(E le donne sono l'anello mancante fra i larici, che preferiscono
l'impollinazione anemofila, e gli scimpanzè. Di quando in quando, ma
moooolto di quando in quando, e poi dipende...).
:-)


Evoluzionisticamente ce' un abisso.
Bè, avete qualche dubbio, se i termini di paragome sono Romeo Caudan e
questo tizio?
http://www.paniscus.net/kanzi.htm
Lisa

 
http://www.paniscus.net/kanzi.htm
Be'... c'č di meglio:
http://www.ostara.org/images/bush_ape.jpg
P.
-- 
Passo lento, disinvolto e spensierato degli alpini che marciano
cantando sotto le parabole successive e accanite degli shrapnels.