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Titolo: Genoma

Come si fa a capire quando inizia un gene?
Ho letto che vi e' una particolare sequenza di nucleotidi che indica la 
metionina AUG (o ATG), cioe' l'inizio della sequenza codificante, e 
alcune particolari triplette UAG, UGA e UAA che codificano la fine 
dell'informazione.
Ma come si fa a capire (e come fa a capirlo l'enzima) che non si sta 
leggendo sfalsati di una lettera a dx o di una a sx?
Ad esempio, nell'mRNA, per quel che so
|Guanina|-|P|-|P|-|P|-|nucleotidiinutili|-|AUG|-|gene|-|fine|-|altraroba|
Se nella sequenza "spazzatura" vi fossero due triplette del tipo CAUGAA,
non c'e' il rischio che la proteina venga sequenziata leggendo in modo 
sbagliato tutta la catena?
E questo vale per ogni possibile sequenza promotrice, di stop, etc.
Come ci si districa senza un carattere di controllo che permetta di 
distinguere la forma dal contenuto?
Intendo, come fa l'enzima a sapere dove deve iniziare a leggere?
Grazie per le eventuali risposte.

Innanzitutto le sequenze promotrici sono sul DNA e non sul mRNA,
quindi partiamo dal presupposto che il macchinario di trascrizione
(composto da un nutrito numero di proteine) sappia riconoscere
sequenze promotrici, sequenzeconsensus per fattori di trascrizione e
via dicendo e produca mRNA solo dove effettivamente ci sono dei geni e
non nel cosiddetto "DNA spazzatura" (a me questa definizione mica
piace, ma tant'č)
Ora, se abbiamo un mRNA come dovrebbe essere, e cioč col CAP e la coda
di poliA (immagino che il tuo schema rappresenti questo),
effettivamente nella sequenza ci possono essere (statisticamente ci
saranno) piů AUG. Per riconoscere il posto giusto su cui piazzarsi, il
ribosoma sfrutta delle sequenze specifiche a cui si lega, che sono nei
pressi dell'AUG. Se si lega e nei paraggi non c'č nessun AUG, non
inizia la traduzione, se vicino all'AUG non č presente questa sequenza
il ribosoma non si lega.
Saluti
Silvia
______
Se vuoi scrivermi togli tutti i punti prima della @ da
sil.via...@gmail.com
"Soltanto poche cose sono piů difficili da sopportare
dell'irritazione provocata da un buon esempio"
(Mark Twain)

 
che poi questa cosa dell'AUG vale solo per i procarioti...

che poi questa cosa dell'AUG vale solo per i procarioti...
in che senso scusa? intanto CAP e polyA non ci sono nei procarioti, e
poi a quanto mi risulta i fattori si legano al CAP ed alla porzione di
RNA prima dell'AUG (che spesso č strutturata) per consentire il
corretto legame del ribosoma...


 Silvia
si, appunto, quello che volevo dire e' che negli eucarioti non
necessariamente il primo amminoacido e' codificato da AUG.

necessariamente il primo amminoacido e' codificato da AUG.
ah no? a me sembra che il primo sia sempre un AUG, semmai a volte la
proteina subisce un processamento posttraduzionale che elimina la
prima metionina (e di solito anche altri aminoacidi, ad esempio nel
caso di segnali per l'inserimento in membrana), il risultato č che la
proteina finale non ha una metionina al suo N-terminale perň la
trascrizione č comunque iniziata dalla metionina stessa (AUG)


 Silvia
hai ragione, e' che confondevo col resto della sequenza consenso
(CCA/GCCAUGG) e sono i batteri che invece cominciano con fMET
ladybat