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Titolo: considerazione su replicazione virale

Un Fago a DNA singolo filamento positivo come fiX174 ha la molecola di DNA 
orientata come un mRNA e cioè 5'-3'.
Quando deve essere replicato, siccome la DNA polimerasi è in grado di 
aggiungere nucleotidi soltanto al 3', sono necessari gli inneschi 
esattamente come avviene per la replicazione del filamento Lagging del DNA 
cromosomale, in quanto:
5'----------------------------3'
3'-------5'qui non può aggiungere nucleotidi
Vorrei sapere se è giusto affermare che il DNA a filamento positivo è 
orientato 5'-3'... e se è per questo che sono necessari più inneschi per la 
replicazione... questo è quello che ho capito io, siccome il libro lo spiega 
troppo sinteticamente vorrei sapere se ho capito bene!
Grazie 

 troppo sinteticamente vorrei sapere se ho capito bene!
Scusa, ma che senso ha parlare di orientazione di un DNA, per di piů
circolare?
Qualsiasi sintesi polinucleotidica avviene in verso 5'-3'.
ciao
-- 
Danilo Giacomelli
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Per anni ho fatto l'amore con Control
poi ho scoperto Alt Gr.
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 Qualsiasi sintesi polinucleotidica avviene in verso 5'-3'.
Scusa danilo, mi intrometto per chiedere altre cose.
Da cosa si definisce esattamente un gene?
Sappiamo che un gene ha delle varianti sia nello stesso organismo
sia negli altri organismi della stessa specie (alleli), giusto?
Quindi cio che identifica quel gene non è la sequenza di basi azotate,
giusto?
Allora sarà la proteina che codifica?
Ma anche qui vedo difficoltà. Sappiamo che il concetto "un gene una
proteina" come dice Dulbecco non è piu vero. Prediamo la stessa
sequenza. Primo, produrrà proteine differenti a seconda della tipo di
cellula in cui si trova (l'ho dico in modo rozzo, ma cerca di cogliere il
senso). Sappiamo infatti che il filamento polipeptidico si ripiega in
modi diversi a seconda delel condizioni del contesto (urti molecolari,
o temperatura).
Secondo, per assurdo se trovassimo una stessa identica sequenza
in un genoma animale e in uno vegetale, sarebbero cmq due geni
diversi, questo per via di quali fattori? Per esempio della posizione
all'interno del genoma e quindi delle sue interazioni con altri geni
enzimi, represosri, ecc. ecc.?
Quindi quando identifichiamo un gene, chiamandolo"pippo25i4"
intendiamo piu che altro la sua funzione (fenotipica?) in quel
contesto e per quella specie. Sarebbe piu corretto cosi?
grazie per le risposte e scusa per la grande imprecisione
ma inevitabile.
ciao
vagus
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Inviato via 
http://arianna.libero.it/usenet/

 Da cosa si definisce esattamente un gene?
Concordo sul fatto che più si analizza in dettaglio il genoma, più si
comprende che non sempre il gene è definibile in modo assoluto.
Nell'81, nella prova di ammissione alla Scuola di Perfezionamento in
Genetica, cera la domanda "cos'è un gene?". Non era ancora approfondita la
maturazione differenziale dei trascritti primari, per cui mi concentrai sul
problema se si dovessero considerare anche le sequenze di controllo della
trascrizione, solo la sequenza trascritta o solo la sequenza tradotta.....
Tra l'altro, proprio nel FiX174, che è il primo organismo il cui genoma fu
sequenziato nella storia, ci sono pure geni sovrapposti, che vengono
tradotti con fasi differenti.
ciao
-- 
Danilo Giacomelli
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Memento Gaudere Semper
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 questo per via di quali fattori secodo te?
e in ultimo: in presenza di una mutazione puntiforme
si potrebbe parlare di un "nuovo" gene?
scua per l'insistenza, ma non riesco a trovare queste info,
grazie ancora


 si potrebbe parlare di un "nuovo" gene?
Se la mutazione puntiforme silenzia in qualche modo la funzione del gene, 
non si avrà trascritto e il problema non si pone. Oppure hai un trascritto inefficace
e siamo sempre lì....
Se l'accumularsi di tante puntiformi genera nuove funzioni, allora il gene
è ben diverso dall'originale, ma per quest ultimo caso ci vuole tanto tanto tempo.
Ho sparato troppe c*****e??
-- 
Andrea
***
Si deve portare il massimo rispetto per *ogni* cosa che cresca
in modo esponenziale, non importa quanto piccola essa sia...
(Garrett Hardin - 1968)
Io ne ho viste cose che voi Umani non potreste immaginare...
(Blade Runner - 1982)

 Ho sparato troppe c*****e??
e io? :-P
ciao


 Quinid non solo "a chi giova?", ma anche "a chi nuoce?"
Sì, sono le due facce della medaglia. E infatti in natura il tabacco fosforescente
non esiste.... ma solo nella serra-laboratorio di un mio amico. ;-)
Boh, nn so credo che meglio di così altre risposte nn mi vengano...
forse tu volevi sapere le questioni "filosofiche" che regolano il senso 
e lo scopo di un gene?



un virus a filamento positivo e' quello che non ha problemi a produrre 
mRNA, quindi dovrebbe essere il 3'-5'. Quando e' a filamento negativo, 
infatti, per produrre mRNA deve prima fabbricare lo stampo 
complementare, quindi dal 5'-3' dovrebbe costruirsi il 3'-5' e da qui 
ottenere l'mRNA che sara' uguale e non complementare al primo filamento.
Anche la mRNA polimerasi, infatti, lavora in direzione 5'-3' ma non 
credo che abbia la capacita' che ha la DNA polimerasi di usare gli 
inneschi, quindi un filamento 5'-3' non e' trascrivibile, as far as I 
know, ovviamente.
Ricordo che qualcosa del genere e' usata nelle piante per i meccanismi 
di knock-out e knock-down nelle piante, usando appunto l'RNA per 
bloccare il DNA, ma non ne so abbastanza
ladybat
-- 
piu' numerose le primavere,
piu' i lunghi di'
recano lacrime e lamenti

 e lo scopo di un gene?
Volevo capire cosa si intende -nel senso piu rigoroso possibile- per "gene".
Ed è chiaro da quello che mi avete risposto e da quello che pensavo,
che "gene" è un concetto un po' ...fuzzy... ;)


 che "gene" è un concetto un po' ...fuzzy... ;)
Uhmmm.... forse mi sono spiegato in maniera un po' farraginosa...
Non vorrei che passasse il concetto che un gene rende disponibili determinate
istruzioni in una specie e lo stesso gene ne rende disponibili altre in altri taxa...
perché non è così, anche in caso di splicing alternativo.
Un po' come una stringa di programma: non puoi pensare che quella stringa sia fuzzy.
Dove la metti la metti, codificherà sempre per una determinata istruzione.
Se poi la inserisci in un  altro contesto (ex: dal Basic in Fortran) e non funziona, è perché
non si integra bene nella sua nuova sistemazione. Esattamente come i geni.
Una determinata sequenza nucleotidica si è strutturata in una determinata 
linea filogenetica (quindi in determinati organismi)
perché alla fine è risultata vincente, quindi continuerà a disporre le sue precise istruzioni in ogni caso,
anche in provetta, se gli fornisci le condizioni giuste.
Poi una mutazione può rovinare il suo contenuto e silenziarla oppure fargli codificare istruzioni
nuove (vantaggiose o letali si vedrà...) ma questo è un altro discorso.
Ecco il motivo per cui parlavo di funzione/i assegnata/e ad ogni gene (e quindi di nome univoco
per quel gene), che puoi seguire filogeneticamente nei vari taxa....
Ed ecco perché ho spiegato tale assegnazione con l'esempio delle applicazioni biotecnologiche,
una sorta di repertorio genico che in teoria puoi divertirti ad innestare in altri genomi.
Ma solo in teoria.... perché poi nella pratica stabilizzare il tutto ti assicuro che 
è un'impresa (motivo per cui la terapia genica con l'attuale tecnologia a nostra disposizione
non è ancora possibile).
Ciao


 che "gene" è un concetto un po' ...fuzzy... ;)
uhmmm... in incognito... ari-uhmmm... 
se tu sei chi penso io, questa puoi spiegarmela in pvt - se ti va - perché 
è troppo forte!! ;-)
Ciao
