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Titolo: Deduzione da esperimento. Vi torna questo discorso?

<< I mutanti di S. pombe che sono privi della funzione di Cdc2 non
riescono ad intraprendere la mitosi, mentre i mutanti in cui la
funzione di Cdc2 è più elevata del normale entrano in mitosi prima
delle cellule non mutanti. La proteina Cdc2 è quindi la componente
fondamentale per la regolazione dell'entrata in mitosi. >>
La conclusione, in base alle premesse, è corretta secondo voi?
Poi, se volete, vi dirò qual è la fonte.
Grazie e ciao!

 fondamentale per la regolazione dell'entrata in mitosi. >>
    Mi pare di capire che l'assenza della funzione di Cdc2 (qualunque cosa
    essa sia) privi completamente la cellula della capacita' di entrare in
mitosi.
    Quindi il confronto con una cellula in cui Cdc2 si esprima in misura
    maggiore rispetto al normale non aggiunge nessuna informazione
    utile al raggiugimento delle conclusioni.
     Ma le conclusioni dovrebbero tenere conto a mio avviso del fatto che
     la proteina Cdc2 potrebbe essere *una* delle componenti
     fondamentali non necessariamente l'unica.
 
     -- LaMolla
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Inviato via 
http://arianna.libero.it/usenet/

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Già. Direi che l'errore è in quel "fondamentale". Più o meno ogni effetto
fenotipico è il risultato di una cascata di reazioni biochimiche, decine o
centinaia di passaggi. Ed ogni passaggio può essere definito "componente
fondamentale", visto che in sua assenza l'effetto non si produce. E' un po'
il concetto di fattore limitante, no?
Danilo


 il concetto di fattore limitante, no?
mmm...direi di no. Spesso, ci sono esempi proprio sul ciclo cellulare, 
alcune proteine possono sopperire l'assenza di altre (alcune cicline, 
ad esempio). Almeno in parte.
In questo caso, essendo CDC2 l'unica kinasi ciclina-dipendente è, 
effettivamente *fondamentale*.
-- 
Do, or do not. There is no try.

 effettivamente *fondamentale*.
Beh, non ne so niente, di queste cose.
Però direi che nulla è necessario _e_ sufficiente, nei processi biologici. E
se qualcosa è necessario, ma non sufficiente, è un fattore limitante. E le
altre cose necessarie sono altrettanto fondamentali.
In più mi suona male parlare di "regolatore" in questo contesto. Cioè,
funzionalmente lo è, ma funzionalmente anche la temperatura ambientale è un
regolatore della mitosi, no? E anche una martellata, in senso lato :-)
Per parlare di regolazione, dovrebbe esserci modulazione, credo. Mutanti
senza o con troppa CDC2 non dimostrano che questa sia usata dall'organismo
normale con funzione di regolazione.
Ma, insisto, non ne so niente, di queste cose.


 Ma, insisto, non ne so niente, di queste cose.
In effetti, solo quegli espirimenti sono abbastanza "risicati".
Però, in effetti, CDC2 (o meglio, la sua attività) regola il passaggio 
da una fase all'altra.
CDC2 è una chinasi. Quando è attiva, fosforila i sui substrati e può 
avvenire il passaggio di fase.
E' anche vero che molteplici altre proteine sono in grado di regolare 
l'attività di CDC2.
Ho fatto uno schemino "buttato lì", che può tornare utile. (premessa: 
vietato deridere le mie doti di grafico! ^__^)
http://img68.imageshack.us/my.php?image=a5hv.jpg
(immagina in rosso CDC2, in verde i suoi regolatori e in giallo gli 
effettori a valle)
Ci sono un sacco di cose che influiscono una proteina chiave 
(temperatura compresa se vuoi).
L'attività di questa, poi, regola direttamente le diverse cascate di 
eventi che portano al risultato.
A mio avviso, chiamarla fondamentale, non è così avventato.
-- 
Io sono la gomma, tu la colla...

 corta. Dal deleto e l'overespresso ci sono dati complementari.
   non sono sicuro di aver capito, o forse mi sono spiegato male
   La mia era un'argomentazione di tipo logico
  (ovviamente non necessariamente corretta). Ad ogni modo quello che
   intendevo dire e' che l'assenza completa di Cdc2 non permette la mitosi
   (questo e' il dato) e quindi non e' necessaria nessun'altra informazione
    per arrivare alla conclusione che si tratta di un fattore fondamentale
   per la mitosi stessa.
 
 
    -- LaMolla
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Sono completamente d'accordo con voi...! E pensare che data la fonte
pensavo di sbagliarmi!
Questo discorso l'ho trovato su "Biologia molecolare della cellula",
H. Lodish, A. Berk ecc., seconda edizione italiana condotta sulla
quarta edizione americana, a pag. 156 nel riassunto.
Non so come la pensate voi, ma secondo me è un errore deduttivo molto
grave visto che l'hanno scritto degli scienziati, che come tali
dovrebbero usare la logica come primo strumento di indagine. :-/
Poi vi vorrei postare un altro errore pazzesco che trovai sul Russell
di Genetica...

    per la mitosi stessa.
No, avevo capito.
Quella sola informazione (il deleto non entra in mitosi) ti dice cha 
CDC2 è necessario.
Il fatto che la sola over-espressione della stessa CDC2 sia sufficiente 
a accelerare il processo ti dice che non è solamente necessario, ma la 
sua attività regola positivamente l'entrata in mitosi (almeno lo 
suggerisce fortemente, diciamo così)


 di Genetica...
Spara... ^__^
-- 
Io non credo nella guerra come strumento.
C'è un dato inoppugnabile, che la guerra è uno strumento che non 
funziona, semplicemente non funziona...

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infatti fai bene ad usare la logica (a differenza di alcuni :). Sì
direi che non ci piove che sia fondamentale in base al dato.
Però attenzione.... forse sarebbe meglio aggiungere (per rigore):
"nelle condizioni dell'esperimento".  Chi ci dice che in altre
condizioni sia fondamentale? Va bè non esageriamo...(?)

 grave visto che l'hanno scritto degli scienziati, che come tali
     potrebbe anche essere una cattiva traduzione
    -- LaMolla
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 la fonte e poi il contenuto...)
sono assolutamente d'accordo. Spesso si pende dalle
labbra della fonte.
Io ho trovato errori (diciamo imprecisioni) anche in Dulbecco
"il progetto della vita".
fuzzy


 quarta edizione americana, a pag. 156 nel riassunto.
Quinta Edizione inglese. Nel capitolo scrive.
"The finding that a loss of Cdc2 activity (cdc2 mutants) pre-
vents entry into mitosis and a gain of Cdc2 activity (cdc2
mutants) brings on mitosis earlier than normal identified
Cdc2 as *a key regulator* of entry into mitosis in S. pombe."
Quindi "un componente chiave".
Manco a farlo apposta io avevo detto "ha un ruolo chiave nella 
regolazione dei tempi del processo" (cit. me prima) :-)


 Quindi "un componente chiave".
No, un _regolatore_ chiave, mi pare.
Componente chiave sarebbe del tutto corretto, dopo che mi hai spiegato come
stanno le cose. Però io ho ancora dei dubbi su "regolatore".
Magari mi sbaglio, ma rimango convinto che proprietà essenziale di un
regolatore sia la modulazione, e quanto sopra detto non la dimostra.
La presenza di livelli diversi, con effetti fenotipici diversi, in
_individui_ diversi, non dimostra che nello stesso individuo siano possibili
livelli diversi, e quindi un effetto di regolazione.
Mi sbaglio? (Possibilissimo...)


 Mi sbaglio? (Possibilissimo...)
Di fatto...si.
Nel senso che l'attività di CDC2, di fatto, regola l'ingresso im 
mitosi.
Ti sbagli sugli individui diversi:
il background genetico DEVE essere identico, per fare un confronto tra 
selvatico e mutante, così come condizioni di coltura, etc.etc.
Di fatto l'unica differenza tra i 3 campioni erano i livelli 
dell'attività di CDC2 (CDC2 "-" non era deleto, ma termosensibile).
E quest'unica differenza portava a durate diverse del ciclo prima di 
entrare in mitosi.
E guardacaso le durate diverse correlavano perfettamente con i livelli 
di attività:
livello basso -> ritardo
livello normale -> normale
livello alto -> anticipo
E il fatto che basti, nello stesso individuo (virtualmente) modulare i 
livelli di CDC2 per modularne l'entrata in mitosi,
dimostra che è in grado di regolare i tempi del fenomeno.
Se non ricordo male, per verificare come stavano le cose temporalmente, 
in vivo, è stata valutata l'attività chinasica di CDC2 in diverse fasi 
del ciclo (tramite immunoprecipitazione), verificando la "correlazione" 
tra la sua attività e l'entrata in fase M.
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