Datasets:

jurgiraud

/

eval

like 0

{ "en": "Lastly, we argue that research in environmental epigenetics could open a new route for personalized medicine in oncology, where epigenetics contributes to an individualized assessment of patients' life paths.", "fr": "La recherche en épigénétique environnementale pourrait, quant à elle, ouvrir une troisième voie pour la médecine personnalisée, centrée sur une approche individualisée des parcours de vie." }

{ "en": "Finally, experimental results and theoretical justifications that demonstrate the feasibility of our approach demonstrated through extensive experiments on synthetic datasets.", "fr": "Enfin, nous avons démontré la faisabilité de notre approche par de nombreuses expériences sur des jeux de données synthétiques." }

{ "en": "Prognosis is generally poor in cases of advanced or metastatic disease and most treatment approaches rely on unspecific and highly toxic chemotherapy.", "fr": "Le pronostic est généralement sombre dans les formes avancées et métastatiques, et la plupart des traitements reposent actuellement sur des chimiothérapies non spécifiques et très toxiques." }

{ "en": "The screening of these contiguous regions, like a blast but for local 3D regions, open the way to numerous biological and pharmaceutical applications.", "fr": "Le criblage des régions contiguës, tout comme un blast mais pour la comparaison de régions 3D locales, ouvre la voie à de nombreuses applications biologiques et pharmaceutiques." }

{ "en": "Horizontal transfer of DNA is one of the major motors of evolutive forces.", "fr": "Le transfert horizontal d'ADN est un des moteurs importants de l'évolution." }

{ "en": "The development of sensitive markers on the surface electrical mapping of the body would be the ideal technique to identify subjects at risk of sudden cardiac death.", "fr": "Le développement de marqueurs sensibles sur la cartographie électrique de surface du corps serait la technique idéale pour identifier les sujets à risque de mort cardiaque subite." }

{ "en": "Listeriosis is mainly caused by the ingestion of food contaminated with the bacterium Listeria monocytogenes (Lm).", "fr": "Les produits alimentaires prêts-à-consommer sont généralement incriminés car potentiellement contaminés par Listeria monocytogenes (Lm) et consommés sans cuisson préalable, d'où un risque accru pour les consommateurs." }

{ "en": "The first approach focuses on semantic redundancy where similarity between subgraphs is measured based on the similarity between their nodes' labels, using prior domain knowledge.", "fr": "La première approche s'adresse à la redondance sémantique où la similarité entre les sous-graphes est mesurée en fonction de la similarité entre les étiquettes de leurs noeuds, en utilisant les connaissances de domaine." }

{ "en": "MicrOBI can be regarded as my response to this problem.", "fr": "MicrOBI peut être considéré comme ma réponse à ce problème." }

{ "en": "We challenged DLA on two fundamental questions about PPI: (i) identification of near-native protein complex conformations, and (ii) prediction of the effects of mutations on protein interactions.", "fr": "Nous avons testé DLA sur deux questions fondamentales concernant les PPI: (i) l'identification des conformations de complexes protéiques quasi-natifs, et (ii) la prédiction des effets des mutations sur les interactions protéiques." }

{ "en": "Additionally, Teg16 and RsaD appear to share common metabolic function, since they both control the production of two distinct acetolactate synthases.", "fr": "De plus, Teg16 et RsaD semblent partager des fonctions métaboliques communes puisque chacun régule la production d'une acétolactate synthase distincte." }

{ "en": "It uses a Bayesian Network to represent the searched modules and the joint base pair probability estimation to select candidates.", "fr": "L'algorithme utilise un réseau bayésien pour la représentation des modules couplé à l'estimation de la probabilité conjointe des paires de bases Watson-Crick participant à des modules." }

{ "en": "N binds to the viral genome forming an N-RNA complex that serves as a matrix for viral transcription and replication.", "fr": "N s'associe étroitement à l'ARN viral. Ce complexe N-ARN sert de matrice pour la réplication et la transcription virale." }

{ "en": "In this PhD project, the efficiency of a new method - derived from operations research and computational geometry - is studied in order to answer this question: How does this method explore the conformational spaces of small proteins? This method - implemented within the iBPprot software framework - treats protein structure determination as a distance geometry problem, which the interval branch-and-prune algorithm tries to solve by the full exploration of its solutions space.", "fr": "Dans ce projet de thèse, nous avons étudié une nouvelle approche pour le calcul de structures des protéines et l'exploration de leurs espaces conformationnels, basée sur la résolution du problème de Géométrie de Distance associé aux contraintes de distances dans une protéine par l'algorithme \"interval Branch and Prune\". Le logiciel implémentant cette méthode est appelée iBPprot, il incarne l'une des premières tentatives d'échantillonnage exhaustive des espaces conformationnels des protéines. Dans un premier temps, on s'est intéressé à l'application de la méthode en utilisant exclusivement des constraintes de distances exactes." }

{ "en": "We showed that this method can better mimic the in vivo phenotype of the energy metabolism of the parasite Trypanosoma brucei.", "fr": "Nous montrons que la prise en compte des données biologiques par cette méthode permet de mieux reproduire certains phénotypes observés in vivo pour notre modèle d'étude du métabolisme énergétique du parasite Trypanosoma brucei." }

{ "en": "Crop pathogens have been a threat to mankind since the beginnings of agriculture.", "fr": "Les pathogènes de cultures représentent une menace pour l'Homme depuis les débuts de l'Agriculture." }

{ "en": "Interpretation is facilitated by the use of an attention mechanism, enabling the model to focus on the most informative neurons.", "fr": "L'interprétation est facilitée par le recours aux mécanismes d'attention orientant le modèle à se concentrer sur les neurones les plus informatifs." }

{ "en": "Based on successful typing of 282 samples, subpopulations were characterized along the borders of the country.", "fr": "La présence de sous-populations le long des frontières du pays a été établie grâce à l'analyse de 282 échantillons." }

{ "en": "Despite numerous campaigns of vaccination by the BCG (Bacillus Calmette-Guérin) vaccine, and TB treatments, there was a resurgence of the disease since the 80s.", "fr": "Malgré de nombreuses campagnes de vaccination par le BCG (Bacilles de Calmette et Guérin) et les traitements antituberculeux, on observe une réémergence de la maladie depuis les années 80." }

{ "en": "This analysis will help biologists to choose among these databases based on their needs.", "fr": "Cette analyse va aider les biologistes à choisir entre ces bases de données en fonction de leurs besoins." }

{ "en": "Using a high-throughput reporter assay we explored the function of Epromoter in response to type I interferon. We found that STAT1/2 and IRF transcription factors preferentially bind to IFNa-induced Epromoters and distally regulate the activation of interferon-response genes.", "fr": "En utilisant un test de reporter à haut débit, nous avons exploré la fonction d'Epromoter en réponse à l'interféron de type I. Nous avons constaté que les facteurs de transcription STAT1/STAT2 et IRF se lient préférentiellement aux Epromoteurs induits par l'IFNa et régulent de manière distale l'activation des gènes de réponse à l'interféron." }

{ "en": "As NCR3-412 is associated with resistance to mild malaria, we therefore investigated whether this SNP is also involved in severe malaria resistance, but we did not detect any association neither with severe anemia nor with cerebral malaria.", "fr": "NCR3-412 altérant la résistance à la forme simple du paludisme, nous avons souhaité déterminer s'il est aussi impliqué dans la résistance au paludisme sévère mais nous n'avons détecté aucune association." }

{ "en": "In recent years, single-cell RNA-seq (scRNA-seq) has fostered the characterization of cell heterogeneity at a remarkable high resolution.", "fr": "Ces dernières années, l'émergence des approches en cellules uniques (scRNA-seq) a favorisé la caractérisation de l'hétérogénéité cellulaire avec une précision inégalée." }

{ "en": "SM2PH Central is our online reference center for all human proteins including many levels of information such as genomics, structural, functional and evolutionary aspects of transcriptomics, interactomics, proteomics or metabolomics.", "fr": "SM2PH Central constitue notre centre de référence en ligne pour toutes les protéines humaines intégrant des niveaux d'informations qui vont des aspects génomiques, structuraux, fonctionnels ou évolutifs aux aspects de transcriptomique, interactomique, protéomique ou métabolomique." }

{ "en": "However, this is a difficult problem to solve, either by experimental methods (crystallography, NMR) which are very costly in time and money, or by computational methods.", "fr": "Or il s'agit d'un problème difficile à résoudre, aussi bien par des méthodes expérimentales (cristallographie, RMN) qui sont très coûteuses en temps et en argent, que computationnelles." }

{ "en": "According to (2016, Computational pan-genomics: status, promises and challenges, Brief Bioinform), a pangenome is a set of genomic sequences to be analyzed as a reference jointly, and which integrates information on genomic structural variations between different varieties, group of individuals or individuals of the same species.", "fr": "Nous reprenons la définition étendue de la pangénomique (2016, Computational pan-genomics: status, promises and challenges. Brief. Bioinform.) qui considère qu'un pangénome est un ensemble de séquences génomiques devant être analysées ou servir de référence conjointement, et qui intègre l'information sur les variations structurales génomiques entre les différentes variétés, groupe d'individus ou individus d'une même espèce." }

{ "en": "Thus, different measures are increasingly taken to ensure proper management and use of land, water and contaminated materials.", "fr": "C'est ainsi que différentes mesures sont de plus en plus prises pour assurer une gestion et une valorisation adéquate des sols, des eaux et des matériaux contaminés." }

{ "en": "It aims to design and implement innovative bioinformatics and numerical approaches to analyze, compare, interpret and disseminate (meta)genomic data sets of fermentative food ecosystems.", "fr": "Il vise à concevoir et mettre en œuvre des approches bioinformatiques et numériques innovantes pour analyser, comparer, interpréter et diffuser des jeux de données de données (meta)génomiques d'écosystèmes alimentaires fermentaires." }

{ "en": "First, through analysis of transcriptome data, I selected a group of genes activated during ZGA.", "fr": "Tout d'abord, par l'analyse de données transcriptomiques, j'ai sélectionné un groupe de gènes activés pendant l'AGZ." }

{ "en": "However, in the context of phenotype prediction from gene expression, these approaches generally do not provide an understandable explanation, as these data are not directly comprehensible by humans.", "fr": "Or, dans le cas d'une application sur les données d'expression de gènes, cela n'est pas suffisant, car ces données sont difficilement compréhensibles par l'homme." }

{ "en": "In this thesis we study two important problems in computational biology, one pertaining to primary analysis of sequencing data, and the second pertaining to secondary analysis of sequences to obtain biological insights using machine-learning.", "fr": "Dans cette thèse nous étudierons deux problèmes importants en bioinformatique, le premier concernant l'analyse primaire de données de séquençage, et le second concernant l'analyse secondaire de séquence par apprentissage automatique en vue d'obtenir des connaissances biologiques." }

{ "en": "These are characteristics of a soft selective sweep, which is observed for the first time in chronic HCV patients infected with multiple genotypes.", "fr": "Nous mettons ainsi en évidence un processus dit de balayage sélectif doux qui est observé pour la première fois chez des patients infectées par des génotypes multiples du virus VHC." }

{ "en": "Conclusion Botulinum toxin remains the second-line reference treatment for detrusor overactivity of neurological origin.", "fr": "Conclusion La toxine botulique reste le traitement de référence de deuxième ligne de l'hyperactivité détrusorienne d'origine neurologique." }

{ "en": "Computing the similarity between two protein structures is therefore a crucial task and has been extensively investigated.", "fr": "Déterminer la similarité entre deux structures de protéines est une tâche importante qui a été largement étudiée." }

{ "en": "For bioinformatic approach, interest was focused on two proteins of unknown function and CX2CX10CX2C motif: Llmg_0524 and Llmg_0526.", "fr": "Par l'approche bioinformatique, notre intérêt s'est porté sur deux protéines de surface de fonctions inconnues et à motif CX2CX10CX2C : Llmg_0524 et Llmg_0526." }

{ "en": "(ii) Explore the roles of genetic determinants and epigenetic factors in the targeting andelimination of the IESs. Taken together, the studies illustrate the co-Evolution of TE and host defense mecha-Nisms.", "fr": "(ii) Comprendre le rôle de déterminants génétiques et dedifférents facteurs épigénétiques dans le ciblage et l'élimination des IES.L'ensemble de ces analyses met en lumière la co-Évolution des ET et des mécan-Ismes de défense de l'hôte." }

{ "en": "In asthma, we have assessed the value of peribronchial density using microCT in murine models of ovalbumine sensitization.", "fr": "Dans l'asthme, chez l'animal, nous avons évalué la densité péribronchique dans des modèles murins de sensibilisation allergique." }

{ "en": "In the first project of this thesis, I present the first in-depth mathematical treatment of the question, and describe a new potential evolutionary pathway to social hybridogenesis.", "fr": "Dans le premier projet de cette thèse, je présente le premier traitement mathématique détaillé de cette question, et décris un nouveau chemin évolutif vers l'hybridogénèse sociale." }

{ "en": "Based on this knowledge, new in silico, in vitro, and \" omic \" experimental models are emerging. Although these models cannot currently replace classic safety evaluations performed on laboratory animals, they allow compounds with unacceptable toxicity to be rejected in the early stages of drug development, thereby reducing the number of laboratory animals needed.", "fr": "Celles-ci ont permis la mise au point de modèles expérimentaux in silico, in vitro et in omic qui, sans remplacer l'évaluation effectuée en grande partie sur l'animal de laboratoire, permettent d'éliminer très en amont des molécules à toxicité rédhibitoire contribuant ainsi à la diminution du nombre d'animaux utilisés." }

{ "en": "The quantification and interpretation of the prognostic value of outputs of some mechanistic models is briefly presented before focusing on the particular case of models able to recommend the best treatment for each patient according to his molecular profile.", "fr": "La quantification et l'interprétation de la valeur pronostique des biomarqueurs issus de certains modèles méchanistiques est brièvement présentée avant de se focaliser sur le cas particulier des modèles capables de sélectionner le meilleur traitement pour chaque patient en fonction des ses caractéristiques moléculaires." }

{ "en": "The second part of my PhD thesis deals with the logical modelling and analysis of the regulatory network restricting the expression of Wingless (Wg) to the dorsalventral (DV) boundary of the wing imaginal disc of Drosophila melanogaster.", "fr": "La seconde partie de ma thèse traite de la modélisation et de l'analyse logiques du réseau de régulation contrôlant l'expression de Wingless (Wg) au niveau de la frontière dorsoventrale du disque imaginal d'aile de Drosophila melanogaster." }

{ "en": "On complex datasets such as metagenomes, such a filter is not efficient and discards too many k-mers.", "fr": "Sur des ensembles de données complexes comme les métagénomes, un tel filtre n'est pas efficace et élimine un trop grand nombre de k-mers." }

{ "en": "This work is about the molecular classification of these tumours, and also the search for specific gene markers for each of the pathologies.", "fr": "Ce travail s'intéresse à la classification moléculaire de ces tumeurs ainsi qu'à la recherche de marqueurs spécifiques à chaque pathologie." }

{ "en": "They all share the same structure for the first 7 fields, while differing in the content and format of the 'ninth field'.", "fr": "Ils partagent tous la même structure pour les 7 premiers champs, mais diffèrent par le contenu et le format du neuvième champ." }

{ "en": "It is caused by infection with the plasmodium parasite, P. falciparum and P. vivax are the most represented.", "fr": "Elle est causée par l'infection par le parasite plasmodium, dont P. falciparum et P. vivax sont les plus représentés." }

{ "en": "The 1st questionnaire was followed by a medical interview focusing on level of risk and recommended prophylactic measures.", "fr": "Le 1er questionnaire a été suivi d ́un entretien médical centré sur les risques encourus et les mesures prophylactiques." }

{ "en": "Furthermore, patients with germline inactivations of RB1 mostly developed cone-like retinoblastomas, indicating that these tumors may initiate earlier during retinal development.", "fr": "De plus, les patients avec des inactivations constitutionnelles du gène RB1 développent majoritairement des tumeurs cone-like; les cone-like s'initieraient donc plus tôt durant le développement de la rétine." }

{ "en": "As of 2012, comparable stable-state sampling could be done on a standard desktop with a new graphics card and more sophisticated algorithms.", "fr": "En 2012, un échantillonnage comparable à l'état stable pourrait être effectué sur un ordinateur bureau standard avec une carte graphique récente et des algorithmes plus sophistiqués." }

{ "en": "In this project, we have used pharmacophoric models and docking methods to guide and prioritize the synthesis of molecules, presenting different and original structures, with enhanced affinity for the biological target.", "fr": "Au cours de ce projet, nous nous sommes appuyés sur les modèles pharmacophoriques et les méthodes de docking afin de guider et de prioriser la synthèse de molécules de structures diverses et originales, susceptibles de présenter les meilleures affinités pour la cible étudiée." }

{ "en": "While information is abundant in the world, structured, ready-to-use information is rare.", "fr": "Même si l'information est abondante dans le monde, l'information structurée, prête à être utilisée est rare." }

{ "en": "To address this issue, we developed an in-silico method for ncRNA detection in bacterial genomes, named NAPP - Nucleic Acid Phylogenetic Profiling.", "fr": "Partant de ces constatations, nous avons développé une méthode de détection in-silico des ARNnc dans les génomes bactériens que nous avons appelée NAPP pour \" Nucleic Acid Phylogenetic Profiling \"." }

{ "en": "We have also used the neighbourhood in a new angle, the one of comparative genomics.", "fr": "Nous avons également exploité le voisinage dans une perspective de génomique comparative." }

{ "en": "Here, we investigated the relationship between circulating monocytes and cardiovascular risk progression in people with T2D, using phenotypic, transcriptomic and metabolomic analyses.", "fr": "Lors de ce projet de thèse, nous avons enquêté sur la relation entre les monocytes circulants et la progression du risque cardiovasculaire chez les individus ayant un diabète de type 2, au travers d'analyses phénotypique, transcriptomique et métabolomique." }

{ "en": "From this screen, we showed that 2 genes of T.gondii encoding Nd11 and Nd12 are involved in invasion and their the knock-down leads to loss of rhoptry secretion.", "fr": "Nous avons démontré que deux protéines de Toxoplasma gondii, appelées Nd11 et Nd12 et identifiées par ce criblage, sont impliquées dans l'invasion, et que l'incapacité à envahir en l'absence de ces protéines pourrait être liée à une perte de la capacité à secréter les rhoptries." }

{ "en": "The first part consisted in developing reinforcement and active learning tools to improve the design of metabolic circuits and optimize biosensing and bioproduction.", "fr": "La première partie a consisté à développer des outils d'apprentissage actif et par renforcement pour améliorer la conception de circuits métaboliques et optimiser la biodétection et la bioproduction." }

{ "en": "The second one identified an association between the H2AFY2 gene and the severity of superior eyelid drooping.", "fr": "La seconde a mis en évidence une association entre le gène H2AFY2 et la sévérité de l'affaissement de la paupière supérieure." }

{ "en": "Cisplatin is the most important drug to reach efficacy, but must be combined with different other compounds (Petrelli et al., 2014).", "fr": "Le cisplatine est le médicament le plus important pour atteindre l'efficacité mais doit être combiné avec différents autres composés (Petrelli et al., 2014)." }

{ "en": "Mathematical modelling is increasingly used to integrate regulatory pathways and predict the effects of genetic perturbations.", "fr": "La modélisation mathématique est de plus en plus utilisée pour intégrer les voies de régulation et prévoir les effets de perturbations génétiques." }

{ "en": "We showed several imbalances in the proportion of QTLs mapped between duplicated chromosomal fragments, and characterized various biases in genome fractionation, gene expression level, transposable element coverage, and DNA methylation.", "fr": "Nous avons montré plusieurs déséquilibres dans la proportion de QTLs cartographiés entre fragments chromosomiques dupliqués, et caractérisé divers biais dans le fractionnement du génome, le niveau d'expression des gènes, la couverture en éléments transposables et la méthylation de l'ADN." }

{ "en": "This suggests that recent changes regarding certain phases of these organisms cell cycle which would be interesting to explore experimentally.", "fr": "Ceci suggère des changements récents concernant certaines étapes du cycle cellulaire de ces organismes qu'il serait intéressant d'explorerexpérimentalement." }

{ "en": "The L protein of negative strand RNA viruses ((‐)RNA) is the essential RNA polymerase for transcription and replication of the viral genome.", "fr": "La protéine L des virus à ARN négatif (ARN(‐)) est la polymérase indispensable à la transcription et à la réplication de leur génome." }

{ "en": "That's why we propose a new classification of GPCRs which is pharmacologically- oriented.", "fr": "C'est pourquoi nous proposons une nouvelle classification des RCPG orientée phar- macologie." }

{ "en": "The induction of “susceptibility” S genes in the plant will result in disease.", "fr": "L'induction de gènes de \" susceptibilité \" de la plante est responsable de la maladie." }

{ "en": "Furthermore, analysis of expression data of two models of infection with HCV (replicon and infectious) has highlighted the transcriptional modulations resulting from the antiviral activity of chloroquine, a potential anti-HCV alternative.", "fr": "Par ailleurs, l'analyse de données d'expression de deux modèles d'infection par le VHC (réplicon et infectieux) a permis de mettre en évidence les modulations transcriptionnelles résultant de l'activité antivirale de la chloroquine, une alternative potentielle anti-VHC." }

{ "en": "Microbial metabolism has traditionally been investigated at two different scales: the finest involves characterizing individually each reaction occurring in the cell; the largest focuses on global cell physiology.", "fr": "Le métabolisme des microorganismes est traditionnellement étudié à deux échelles: d'une part, à l'échelle locale, la description des réactions métaboliques et d'autre part, à l'échelle globale, l'étude de la physiologie de la cellule." }

{ "en": "This algorithm was used to identify and quantify the abundance of composite genes in polluted soil environments, and in prokaryotic plasmids.", "fr": "Cet algorithme a été utilisé pour identifier et quantifier l'abondance des gènes composites dans des environnements de sols pollués ainsi que dans les plasmides." }

{ "en": "All the algorithms developed in this work are implemented, integrated to baobabLUNA, a java framework to deal with genomes and reversals.", "fr": "Tous les algorithmes qu'on a developpés sont implémentés en java, integrés à baobabLUNA, un logiciel qui contient des outils pour manipuler des génomes et des inversions." }

{ "en": "This review summarizes toxic effects (in vitro and on animal models) of some xenobiotics-associated genetically modified food, such as glyphosate and Cry1Ab protein, and extrapolates on their potential role in the pathophysiology of endometriosis.", "fr": "Cette revue résume les effets toxiques (démontrés in vitro et sur modèle animal) de certains xénobiotiques associés aux aliments génétiquement modifiés, dont le glyphosate et la protéine Cry1Ab et extrapole sur leur rôle potentiel dans la physiopathologie de l'endométriose." }

{ "en": "Thus the TB and Mycobacteria unit of the Pasteur Institute of Guadeloupe (IPG) has developed a database of genotypic profiles for the study of global epidemiology of tuberculosis.", "fr": "C'est ainsi que l'unité de la Tuberculose et des Mycobactéries de l'Institut Pasteur de la Guadeloupe (IPG) a mis en place une base de données de profils génotypiques pour l'étude de l'épidémiologie globale de la tuberculose." }

{ "en": "We analysed apple data related to ripening of fruits stored in cold storage; biological interpretation of the results of our differential analysisprovides some promising leads to a more targeted experimental study of genes or pathways, which role could be underestimated without integration of anti-sense data.", "fr": "Pour les données pommier que nous avons étudiées et qui concerne la maturation des fruits et leur conservation à basse température, l'interprétation biologique des résultats de notre analyse différentielle fournit des pistes pertinentes pour une étude expérimentale plus ciblée de gènes ou de voies de signalisation dont l'importance pourrait être sous-estimée sans la prise en compte des données anti-sens." }

{ "en": "These advances are achievable only through morphometric analytical methods, which are increasingly precise and focused, in particular thanks to the high-throughput automation of these methods.", "fr": "Ces avancées ne sont réalisables que grâce à des méthodes d'analyses morphométriques de plus en plus précises et pointues, en particulier grâce à l'automatisation à haut débit de ces méthodes." }

{ "en": "Human cytomegalovirus (HCMV) is an important opportunistic pathogen for immunecompromised patients and is the leading cause of congenital viral infection.", "fr": "Le cytomégalovirus humain (CMVH) est un pathogène opportuniste majeur en cas d'immunodépression et représente la principale cause d'infection congénitale d'origine virale." }

{ "en": "The first chapter introduce ten principles for creating a genomic visualization tool, for future biology or bioinformatics scientists interested in datavisualization.", "fr": "Le premier chapitre recueille dix conseils pour créer un outil de visualisation de données génomiques, à l'attention de futurs chercheu·r·se·s en biologie ou bio-informatique qui s'intéresseraient à la data visualisation." }

{ "en": "Analysis of their internal sequence shows a strong variability.", "fr": "L'observation de leur séquence interne montre une grande variabilité." }

{ "en": "Each species has developed specific properties for colonizing the different oral sites subjected to constantly changing conditions, for competing against competitors, and for resisting external agressions (host immune system, physico-chemical shocks, and mechanical frictions).", "fr": "Chaque espèce a développé des propriétés spécifiques pour coloniser les différents sites buccaux soumis à de constants changements de conditions, pour combattre les compétiteurs et pour résister aux agressions externes (système immunitaire de l'hôte, chocs physico-chimiques, frictions mécaniques)." }

{ "en": "In the first main chapter, an algorithm called MOOMIN for “Mathematical explOration of Omics data on a MetabolIc Network” is presented.", "fr": "Dans le premier chapitre principal, un algorithme appelé MOOMIN pour \"Mathematical explOration of Omics data on a MetabolIc Network\" est présenté." }

{ "en": "Clonal analysis in two patients whose SMM has progressed to aggressive MM, shows that HR genomic elements are already present at “Baseline” time: shared 13q clonal deletion, 17p clonal deletion, 1p deletion and 1q amplification and SNVs such as TP53, DIS3 and KRAS These mutations have an impact on important mechanisms like the DNA repair or the MAPK signaling pathway.", "fr": "L'analyse clonale chez deux patients dont le SMM a évolué vers un MM agressif, montre que des éléments génomiques à HR sont déjà présents au temps \" Baseline \" : délétion clonale 13q partagée, délétion clonale 17p, délétion 1p et amplification 1q et des SNVs tels que TP53, DIS3 et KRAS. Ces mutations ont un impact sur des mécanismes importants comme la réparation de l'ADN ou la voie de signalisation MAPK." }

{ "en": "It provides a better understanding of the processes driving genetic diversification and structure of populations, which could ultimately help setting up appropriate conservation measures for these organisms.", "fr": "Elle permet une meilleure compréhension des processus de diversification et de structuration génétiques, qui pourront, à terme, aider à mettre en place des mesures de conservation adaptées à ces organismes." }

{ "en": "No offspring with chromosomes 2 and 8T2 were observed, but descendants with chromosomes 8 and 2T8 were observed.", "fr": "Aucun descendant avec les chromosomes 2 et 8T2 n'a été observé, par contre on observe des descendants avec les chromosomes 8 et 2T8." }

{ "en": "We havedeveloped a generic tool called IncRId that allows tak- ing into account all reviewedheterogeneous features in a modular and easily extensible way and could be used and adapted forpredicting any type of ncRNA.", "fr": "Nous développons un outil générique appelé IncRIdqui permet de prendre en compte toutes les caractéristiques hétérogènes examinées de façonmodulaire et facilement extensible et peut être utilisé et adapté pour prédire tout type d'ARNnc." }

{ "en": "Once a TE is regulated, the progressive accumulation of mutations in its sequence will inevitably lead to the definitive loss of its transposition capacity.", "fr": "Une fois qu'un ET est régulé, l'accumulation progressive de mutations dans sa séquence conduit fatalement à la perte définitive de son activité de transposition." }

{ "en": "The paradoxical miscorrelation between the number of genesin an organism's genome and its phenotypic complexityfinds an explanation in the alternative natureof splicing in higher organisms. Alternative splicing largely increases the functionaldiversity of proteins encoded by a limitednumber of genes.", "fr": "Cette absence de correspondance entre le nombre de gènes d'un eucaryote et sa complexité phénotypique s'explique en partie par le caractère alternatif de l'épissage.L'épissage alternatif augmente considérablement le répertoire fonctionnel de protéines codées par un nombre limité de gènes." }

{ "en": "To understand the dynamics of PL acquisition and metabolism in Plasmodium we have used fluxomic data to build a quantitative kinetic model.", "fr": "Pour comprendre la dynamique d'acquisition et le métabolisme des phospholipides chez Plasmodium, nous avons construit un modèle cinétique quantitatif basé sur des données fluxomiques." }

{ "en": "In particular, it includes Plasmodium falciparum parasites, the causative agent of malaria, a disease that endangers half of the world's population and is responsible for 400 000 deaths, annually.", "fr": "Il comprend notamment les parasites Plasmodium falciparum, l'agent responsable du paludisme, une maladie qui met en danger la moitié de la population mondiale et est responsable de plus de 400 000 décès par an." }

{ "en": "The abundances of 15 proteins were quantified by Western blotting in two muscles of HspB1-null mice and their controls.", "fr": "Les abondances de 15 protéines ont été quantifiées par Western-bloting dans deux muscles (m. Soleus, m. Tibialis)." }

{ "en": "It is in this context that has been developed my PhD thesis, proposing a new representation of the global metabolic network, where reactions sharing the same chemical transformation type are grouped in reaction molecular signatures (RMS).", "fr": "C'est dans ce contexte que s'inscrit mon travail de thèse qui propose une nouvelle représentation d'un réseau métabolique global où les réactions partageant le même type de transformation chimique sont regroupées en signatures moléculaires de réactions (RMS)." }

{ "en": "On the one hand, the sequences previously identified in the target organism and its close relatives are integrated in the learning alignments.", "fr": "D'un côté, nous intégrons aux alignements d'apprentissage des MMC les séquences précédemment identifiés dans l'organisme cible ou ses proches relatifs." }

{ "en": "I characterised the role of the different forces (apical and apico-basal) and tested their importance in the formation of mesoderm invagination.", "fr": "Tout d'abord, nous avons caractérisé le rôle des différentes forces (apicale et apico-basale) et testé leur importance dans la formation de l'invagination du mésoderme." }

{ "en": "We were particularly interested in flagellar system of E. amylovora.", "fr": "Nous avons particulièrement approfondi le système flagellaire d'E. amylovora." }

{ "en": "These technological advances have also unveiled a much larger human-associated microbiota than was expected.", "fr": "Ces avancées technologiques ont également dévoilé un microbiote associé à l'homme beaucoup plus diversifié qu'initialement imaginé." }

{ "en": "In this case, as when spreads are not considered, the optimal reconciliations obtained will depend on the choice made for the costs of the events.", "fr": "Dans ce cas, lorsque les propagations ne sont pas considérés, les réconciliations optimales sont obtenues en tenant compte seulement des coûts des évènements classiques (cospeciation, duplication, saut, perte)." }

{ "en": "Presence of admixture parasite subpopulation couldbe supporting artemisinin resistance transmission.", "fr": "La présence de sous-populations mixtes de parasite apparait comme un risque majeur pour la transmission de la résistance à l'artémisinine." }

{ "en": "In a second project, I studied the variation in the transcription of chlorella's genes (C. variabilis NC64A) during the infection by a chlorovirus (PBCV-1) using the deep-sequencing (Illumina) of all polyadenylated messenger RNA in the healthy or infected cell.", "fr": "Dans un autre projet, j'ai également étudié les variations de la transcription des gènes de la chlorelle (C. varabilis NC64A) induites par l'infection par un chlorovirus (PBCV-1) grâce au séquençage profond (Illumina) des ARNm polyadénylés présent dans la cellule saine, puis après infection." }

{ "en": "Multilayer networks have been introduced to combine multiple data types and factors.", "fr": "Les réseaux multicouches peuvent combiner plusieurs types de données et facteurs." }

{ "en": "Almost all of them have been published in international peer-reviewed journals or conference proceedings.", "fr": "La plupart d'entre eux ont été publiés dans des journaux ou actes de conférences internationaux." }

{ "en": "These proteins have the ability, as suggested by their name, to be over expressed in cells after heat shock but also following a huge variety of stresses and in several diseases and cellular disorders (Tavaria M et al, 1996).", "fr": "Ces protéines possèdent, comme leur nom le sous-entend, la capacité d'être surexprimées par la cellule après choc thermique mais aussi après une grande variété d'autres stress et dans de nombreuses maladies (Tavaria M et al, 1996)." }

{ "en": "We performed MD simulations on a human UGT1A1 homology model and created, to the best of our knowledge, the first prediction models of UGT1A1 inhibition by integrating information on UGT1A1 structure and dynamics, interactions with diverse ligands, and ML methodologies.", "fr": "Nous avons effectué des simulations MD sur un modèle de l'UGT1A1 humain et créé les premiers modèles prédictifs de l'inhibition de cette protéine en intégrant des informations structurales et de dynamique, les interactions avec divers ligands et des techniques de ML." }

{ "en": "The combination of bioinformatics analysis and the in vivo simultaneous overexpression of 14 DD-miRNAs, in the healthy muscle suggested that DD-miRNAs may cooperatively modulate OxPhos capacity.", "fr": "La combinaison d'une analyse bioinformatique et de la surexpression simultanée in vivo de 14 DD-miRNAs dans le muscle sain a suggéré que les DD-miRNAs peuvent moduler en coopération la capacité d'OxPhos." }

{ "en": "We then showed that taking these motifs into account in the analysis reduced significantly the false-positive rate.", "fr": "Nous avons ensuite montré que la prise en compte de ces motifs dans l'analyse, réduisait considérablement le taux de faux positifs." }

{ "en": "This new research field, called metagenomics, is leading innovation in many areas such as human health, agriculture, and ecology.", "fr": "Ce nouveau domaine de recherche, appelé métagénomique, a de nombreuses applications en santé, en agro-alimentaire, en écologie, par exemple." }