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{ "en": "Such signalling controls embryogenesis, the building of a body plan from scratch through a series of sequential steps.", "fr": "Une telle signalisation contrôle l'embryogenèse, la construction d'un plan corporel à partir de zéro à travers une série d'étapes séquentielles." }

{ "en": "The major contribution of post-translational modifications (PTMs) in the regulation of gene expression, enzyme activity as well as in the functional regulation of proteins, turns PTMs into integrators of the dynamic adaptation of the phenotype.", "fr": "La contribution majeure des modifications post-traductionnelles (MPTs) dans la régulation de l'expression génique, de l'activité enzymatique ainsi que dans la régulation fonctionnelle des protéines font des MPTs les intégrateurs de l'adaptation dynamique du phénotype." }

{ "en": "Finally, we looked at the effects of chronic materna! obesity and subsequent weight J oss on the transcription of epigenetic machinery genes in the fetus and placenta of mice.", "fr": "Enfin, nous avons examiné les effets de l'obésité maternelle chronique et de la perte de poids ultérieure sur la transcription de gènes de la machinerie épigénétique dans le fœtus et le placenta de souris." }

{ "en": "In the second part, we analyse the Buchnera dynamic genomic architecture, i. E. The organization and the evolution of its operon map.", "fr": "La deuxième partie analyse l'architecture génomique de Buchnera, i. E. L'organisation et l'évolution de sa carte opéronique." }

{ "en": "We observed that exon 14 skipping was an uncommon event in patients, in part related to SR protein expression.", "fr": "Nous observons que le saut de l'exon 14 est un événement peu fréquent chez les patients, modulé en partie par l'expression des protéines SR." }

{ "en": "The interaction between CDC48 and cAPX was confirmed by different approaches.", "fr": "L'interaction physique entre CDC48 et cAPX a été confirmée par différentes approches." }

{ "en": "Subsequently, a genome wide association study was conducted on 173 winter oilseed rape genotypes tested within this network in order to identify the QTL that control seed yield and the G×E interaction.", "fr": "Puis, une analyse génétique par association a été menée sur 173 génotypes de colza d'hiver expérimentés dans ce réseau afin d'identifier les QTL qui contrôlent le rendement et l'interaction G×E." }

{ "en": "First, because of the statistical and technical limitations outlined previously, any significant findings (those already reported and those still to come) need corroboration.", "fr": "En premier lieu, en raison des limites statistiques et techniques décrites ci-dessus, tous les résultats significatifs (ceux déjà publiés ou à venir) doivent être corroborés." }

{ "en": "Finally, we compared transcriptomic and epigenetic data of skeletal muscle tissue and C2C12 myoblasts and myotubes and provide a detailed description of genes, signaling pathways and transcription factors that are differentially expressed during myogenic differentiation.", "fr": "Enfin, nous avons comparé les données transcriptomiques et épigénétiques du tissu musculaire squelettique et de myoblastes et myotubes C2C12, et nous fournissons une description détaillée de gènes, voies de signalisation et facteurs de transcription exprimés de façon différentielle pendant la différenciation myogénique." }

{ "en": "Nevertheless, they are better for identifications (> 90%) than for susceptibility to antibiotics (> 80%).", "fr": "Elles sont cependant meilleures pour les identifications (> 90 %) que pour la sensibilité aux antibiotiques (> 80 %)." }

{ "en": "Experiments realized with two different cloud providers show that using the proposed model, the users could execute their application in a cloud federation environment, without needing to know the variabilities and constraints of the clouds.", "fr": "Les expériences réalisées avec deux fournisseurs de cloud différents montrent qu'en utilisant le modèle proposé, les utilisateurs peuvent exécuter leurs applications dans un environnement de clouds fédérés, sans avoir besoin de connaître les variabilités et contraintes du cloud." }

{ "en": "For example, this approach has highlighted the unsuspected complexity of the oncogenic signaling induced by the TK Src in colorectal cancer (CRC) cells.", "fr": "Cette approche a ainsi mis en évidence une complexité inattendue de la signalisation oncogénique induite par la TK Src dans les cellules de cancer colorectal (CCR)." }

{ "en": "Organellar RNA editing is performed by a protein complex called the editosome.", "fr": "L'édition des ARN des organites est réalisée par un complexe protéique nommé l'éditosome." }

{ "en": "The regulation of gene transcription is largely based on the existence of non-coding DNA sequences in the genome.", "fr": "Le processus de régulation de la transcription des gènes repose très largement sur l'existence de séquences d'ADN non codantes dans le génome." }

{ "en": "As part of my PhD project, I participated in major developments in our docking server, InterEvDock2, which suggests 10 interface models for a pair of input proteins using a mix of different scoring properties.", "fr": "J'ai participé à des évolutions majeures de notre serveur de docking, InterEvDock2, qui, à partir de deux protéines, propose 10 modèles d'interface en croisant des scores aux propriétés différentes." }

{ "en": "To evaluate its clinical relevance, we applied this symptom interaction model to phenotype-driven gene prioritization in the cohort and improved the diagnostic performance by 42 % compared to the best current competitor.", "fr": "Pour évaluer la pertinence clinique de ce modèle, nous l'avons utilisé comme système de priorisation de gènes en fonction du phénotype et avons amélioré les performances de priorisation de 42 % par rapport au meilleur concurrent actuel." }

{ "en": "Metallic bismuth nanoparticles are poorly described in the literature and yet they have a high medical potential.", "fr": "Les nanoparticules de bismuth métallique sont peu décrites dans la littérature et pourtant elles ont un fort potentiel médical." }

{ "en": "Finally, by studying the metaproteome of alpine soil biotic communities, we have highlighted the advantage of combining proteomics and genomics, in order to establish the most appropriate protein database and to “validate” proteomics data.", "fr": "Enfin, en étudiant le métaprotéome de communautés biotiques des sols alpins, nous avons mis en évidence l'intérêt de combiner protéomique et génomique, afin d'établir la banque de données protéiques la plus appropriée, mais aussi pour \" valider \" les données protéomiques." }

{ "en": "Also we published SpliceLauncher tool.", "fr": "Aussi nous avons publié l'outil SpliceLauncher." }

{ "en": "Chondrocyte is the unique cell type in cartilage which accounts for the synthesis of extracellular matrix (ECM) components (collagens, proteoglycans).", "fr": "Dans le cartilage, le chondrocyte est le seul type cellulaire et il est responsable de la synthèse des composants de la matrice extracellulaire (collagènes, protéoglycanes)." }

{ "en": "I have developed the bioinformatics tool GEMPROT, which makes it possible to visualize the effect of genetic variants on the protein sequence and to highlight combinations of variants affecting the same functional domain.I then studied the impact of two variants associated with p. Phe508del (508del) on CFTR protein function.", "fr": "J'ai donc développé l'outil bioinformatique GEMPROT qui permet de visualiser l'effet des variants génétiques sur la séquence protéique et de mettre en évidence les combinaisons de variants touchant un même domaine fonctionnel.J'ai ensuite étudié l'impact de deux variants associés à la p. Phe508del (508del) sur la protéine CFTR." }

{ "en": "First of all, two Quantum Monte Carlo algorithms (the loop algorithm and the Stochastic Series Expansion), considered as the most sophisticated at the present time, are explained in details.", "fr": "Tout d'abord, deux algorithmes de Monte Carlo Quantique (l'algorithme de boucle en temps continu et la méthode de développement en séries stochastique), considérés comme les plus sophistiqués à l'heure actuelle, sont présentés en détail." }

{ "en": "They represent more than 8% of the human genome.", "fr": "Ils représentent plus de 8% du génome chez l'Homme." }

{ "en": "We proposed an original method based on random perturbations of the compared genomes.", "fr": "Nous avons proposé une méthode originale fondée sur l'application de perturbations aléatoires sur les génomes comparés." }

{ "en": "This set was called extended RAAS (extRAAS).", "fr": "Cet ensemble a été appelé RAAS étendu (extRAAS)." }

{ "en": "The OIE has a leading and central role in the management, interpretation and use of information in animal health.", "fr": "L'OIE joue un rôle central et de chef de file dans la gestion, l'interprétation et l'utilisation des informations de santé animale." }

{ "en": "The genomes of avian species have special features such as the structure of chromosomes or their content in repeated sequences.", "fr": "Les génomes des espèces aviaires ont des caractéristiques particulières comme la structure des chromosomes et le contenu en séquences répétées." }

{ "en": "Through a bioinformatic approach, we finally found a molecule capable of expression re-Induction of Cyclin G2 in CML cells : alexidine dihydrochloride.", "fr": "Nous avons, pour finir, trouvé une molécule, via une approche bioinformatique, capable de réinduire l'expression de la Cycline G2 dans les cellules de LMC, l'alexidine dihydrochloride." }

{ "en": "This suggests that these two rearrangements would have emerged within this group.", "fr": "Ceci permet de proposer que ces deux réarrangements auraient émergé au sein de ce groupe." }

{ "en": "These forms are far from being fully understood.", "fr": "Ces formes sont loin d'être totalement élucidées." }

{ "en": "Then, a loss of the number of gene models, such as plant cell wall degrading enzymes occurred in the common ancestor of Tuber spp about 100 Mya.", "fr": "Ensuite, une réduction de leur contenu en gènes, et principalement en enzymes dégradant la paroi végétale, a eu lieu chez l'ancêtre des Tuber il y a environ 100 millions d'années." }

{ "en": "In stable patients, the treatment had a limited effect with changes in the expression of about 60 genes, and in the DNA methylation pattern of about 100 regions.", "fr": "Chez les patients stables sous traitement, le traitement induit un changement d'expression d'une soixantaine de gènes et du niveau de méthylation d'une centaine de régions seulement." }

{ "en": "Ocular hypertension and glaucoma, found in 40% of eyes, were the main postoperative complications.", "fr": "L'hypertonie intraoculaire et le glaucome, retrouvés chez 40 % des yeux, étaient les principales complications postopératoires." }

{ "en": "Lastly, heritable regulatory states, e.g. a differentiated state that results from tipping a regulatory \" toggle switch \", involve components that are distributed throughout the nucleus or the cytoplasm, and possibly all the way to cell confines.", "fr": "D'autre part, les états régulatoires héritables, par exemple une différenciation cellulaire résultant de la bascule d'un \" interrupteur \" régulatoire bistable, mettent en jeu des effecteurs distribués dans le noyau ou le cytoplasme, voire aux confins de la cellule." }

{ "en": "Briefly, the first chapter describes the phytochemical investigation of Acronychia pedunculata, the identification of secondary metabolites contained in this species and evaluation of their biological properties.", "fr": "En bref, le premier chapitre décrit l'étude phytochimique d'Acronychia pedunculata, l'identification des métabolites secondaires contenus dans cette espèce et l'évaluation de leurs propriétés biologiques." }

{ "en": "Finally, a thesis conclusion is that there was no real competition between different approaches, but rather everything to gain from successful cooperation.", "fr": "Pour finir, l'une des conclusions de cette thèse est qu'il n'y a pas réellement de compétition entre les différentes approches, mais plutôt qu'il y a tout à gagner d'une coopération fructueuse." }

{ "en": "Furthermore, many GPCRs are still orphan, without known ligand, and hence constitute potential pharmacological targets.", "fr": "De plus, beaucoup de RCPG sont encore orphelins, c'est-à-dire sans ligand connu, et possèdent donc un fort potentiel pharmacologique." }

{ "en": "This work was funded by the EvoEvo project, under the European Commission (FP7-ICT-610427).", "fr": "Cette thèse a été financée par le projet européen EvoEvo (FP7-ICT-610427), grâce à la commission européenne." }

{ "en": "Due to their rarity and diversity, diagnosis is often missed or delayed.", "fr": "En raison de leur rareté et diversité, le diagnostic en est souvent erroné ou retardé." }

{ "en": "A significant decrease of apoptic spermatozoa with fragmented DNA and chromosome imbalance was observed.", "fr": "Une diminution significative des spermatozoïdes apoptotiques avec un ADN fragmenté et chromosomiquement déséquilibrés a été observée." }

{ "en": "My first focus involves the optimization of different steps of the analytical protocol by focusing on an innovative quantification standard, the DIA acquisition mode and the processing of these complex data.", "fr": "La première partie de mon travail implique les optimisations de différentes étapes du protocole analytique en me concentrant sur un standard de quantification innovant, le mode d'acquisition DIA et le traitement de ces données complexes." }

{ "en": "The goal here is to infer this composition from omics data (transcriptomic and DNA methylation) obtained on the whole tumor.", "fr": "Le but est ici d'inférer cette composition à partir de données omiques (transcriptomique et méthylation de l'ADN) obtenues sur la tumeur entière." }

{ "en": "Feed efficiency (FE) is an important trait of agronomical interest.", "fr": "L'efficience alimentaire (EA) est un important caractère d'intérêt agronomique." }

{ "en": "The phenolic compounds production in fruits may be affected by microclimate and soil characteristics.", "fr": "La production des composés phénoliques dans les fruits peut être affectée par le microclimat et les caractéristiques du terroir." }

{ "en": "In terms of applications, I was involved in a variety of collaborative projects with different labs. As representative examples, I searched for binding partners of the histone chaperone Asf1; I studied the CENP-F/Nup133 interaction in the context of mitosis and the Exo70/Abi interaction related to cell mobility regulation; I also simulated the binding modes of multiple peptides, partners of Ku complex involved in DNA repair pathway.", "fr": "En termes d'applications, je me investis dans différents projets collaboratifs, qui touchent des domaines aussi variés que, la recherche de partenaires pour le chaperon d'histone Asf1; la prédiction des modes d'interaction entre CENP-F et Nup133 dans le contexte de la mitose et de Exo70 et Abi dans celui de la régulation de la mobilité cellulaire; la simulation des modes de liaison entre le complexe Ku et ses partenaires peptidiques, dans les voies de réparation de l'ADN." }

{ "en": "Despite its clinical importance, the molecular basis for the success of the ST235 clone is poorly understood.", "fr": "Malgré son importance clinique, la base moléculaire Du succès du clone ST235 n'est pas comprise." }

{ "en": "Initially, I studied the evolutionary history of the PI3K family (Phosphati-dylinositol 3-kinases).", "fr": "Dans un premier temps, j'ai étudié l'histoire évolutive de la famille des PI3K (Phosphatidylinositol 3-kinases)." }

{ "en": "A value 255 indicates that the mapping quality is not available.", "fr": "Une valeur de 255 indique que la qualité du mappage n'est pas disponible." }

{ "en": "Although based on one biological experiment, analysis of the remaining insertion sequences identified several mutants that were absent or underrepresented at 8 and 18 hours post infection, including mutants of the afc cluster, a gene cluster that specifies the production of a compound with antifungal activity.", "fr": "L'analyse des séquences restantes a identifié plusieurs mutants absents ou sous-représentés à 8 et 18 heures post-infection, dont des mutants dans le cluster afc, impliqué dans la production d'un composé doté d'une activité antifongique." }

{ "en": "Lichens are symbiotic fungi, the chemistry of which has been used by humans since antiquity.", "fr": "Les lichens sont des champignons symbiotiques dont la chimie est exploitée par l'Homme depuis l'antiquité." }

{ "en": "Here, the ability to detect heterozygous mutations is important and this can only be done if the sequence of the diploid genome is obtained.", "fr": "Ici, la capacité de détecter des mutations hétérozygotes est importante et cela ne peut être fait que si la séquence du génome diploïde est obtenue." }

{ "en": "We further considered an IPD meta-analysis with competing risks to assess the benefit of the addition of chemotherapy to radiotherapy on each competing endpoint for patients with nasopharyngeal carcinoma.", "fr": "Nous avons également considéré une méta-analyse IPD pour quantifier le bénéfice de l'ajout de la chimiothérapie à la radiothérapie sur chaque risque concurrent pour les patients avec un carcinome nasopharyngien ." }

{ "en": "We have started an RNAi screen of these transcription factors.", "fr": "Nous avons initié un crible ARNi de ces facteurs de transcription." }

{ "en": "This is the reason why new techniques have to be created to address these new problems.", "fr": "C'est pourquoi, de nouvelles techniques doivent être créées pour répondre à ces nouveaux besoins." }

{ "en": "To conclude, this research work, focusing on the variability of thiopurine response and mainly therapeutic resistance, provides new hypotheses to individualize and optimize therapeutic response to thiopurines.", "fr": "En conclusion, ce travail de thèse, qui a exploré la variabilité de réponse aux thiopurines et tout particulièrement la résistance à ces médicaments, propose des hypothèses pour l'individualisation et l'optimisation thérapeutique des thiopurines." }

{ "en": "Phase I metabolism reactions primarily involve oxidation-reduction and are predominantly catalyzed by the cytochrome P450 enzymes, whereas phase II metabolism (conjugation) reactions include catalysis by, among others, sulfotransferases (SULTs) and UDP-glucuronosyltransferases (UGTs).", "fr": "Les réactions de phase I impliquent principalement l'oxydation-réduction faisant intervenir les enzymes de cytochrome P450, tandis que les réactions de phase II (conjugaison) incluent le plus souvent les sulfotransférases (SULT) et les UDP-glucuronosyltransférases (UGT)." }

{ "en": "We propose a hierarchical control scheme, based on nonlinear control theory, in particular Lyapunov, backstepping and input/output feedback linearization.", "fr": "Nous proposons un schéma de contrôle hiérarchique, basé sur la théorie du contrôle non linéaire, en particulier de Lyapunov, le backstraping et d'entrée/ sortie de feedback linéarisation." }

{ "en": "The first part of this thesis describes how newly developed bioinformatic tools can be combined in order to get more conservative and reliable biodiversity inventories, approaching a 1:1 species-OTU correspondence, and underline the advantages of clustering and LULU-curation for producing more reliable metazoan biodiversity inventories.", "fr": "Le premier chapitre de cette thèse décrit comment des outils bioinformatiques nouvellement développés peuvent être combinés afin d'obtenir des inventaires plus conservateurs et fiables, approchant une correspondance 1:1 espèce-OTU, et soulignent les avantages du clustering et de l'outil LULU pour produire des inventaires de biodiversité métazoaire plus fiable." }

{ "en": "Proteomics is also a powerful tool to identify themolecular mechanisms of diseases.", "fr": "La protéomique est également un outil puissant pour le décryptage des mécanismes moléculaires à l'origine des pathologies." }

{ "en": "However, currently, there are still few bioinformatics softwares developed to identify bacterial strains from erroneous long reads.", "fr": "Or, actuellement, il existe encore assez peu de logiciels bioinformatiques développés pour identifier les souches bactériennes à partir de longues lectures erronées." }

{ "en": "The systems toxicology models (i.e, network-based models) for chemicals were first constructed based on publicly available data.", "fr": "Ces modèles de toxicologie systémique (basés ici sur la science des réseaux biologiques) ont été construits à partir de données publiques." }

{ "en": "• Comparative analysis of healthy and diseased tissue with respect to the spatial distribution of cell types.", "fr": "• Analyse comparative des tissus sains et malades par rapport à la distribution spatiale des types de cellules." }

{ "en": "The results of these simulations show that as the size of these networks increases their dynamics becomes more and more sensitive to the choice of iteration mode.", "fr": "Les résultats des simulations montrent que lorsque la taille des réseaux croît, la dynamique de ces réseaux devient de plus en plus sensible au choix du mode d'itération." }

{ "en": "Such information can be derived from reading a long fragment covering the repeats in full or only its two ends.", "fr": "Une telle information peut être dérivée de la lecture d'un long fragment couvrant entièrement les répétitions ou seulement ses deux extrémités." }

{ "en": "A wide diversity of scoring methods exists.", "fr": "Une grande diversité de méthodes d'évaluation existe." }

{ "en": "These exchanges are mediated by mobile genetic elements such as plasmids and phages, and can lead to the gain of new functionalities like antibiotic resistance or to the acquisition of virulence factors.", "fr": "Ces échanges sont médiés par des éléments génétiques mobiles tels que les plasmides et les phages, et peuvent conduire à l'acquisition de nouvelles fonctionnalités comme la résistance aux antibiotiques ou à l'acquisition de facteurs de virulence." }

{ "en": "Precision medicine takes advantage of these conceptual and technological developments and is based on two main pillars: the generation of multimodal data and their subsequent modeling.", "fr": "La médecine de précision tire parti de ces avancées conceptuelles et technologiques et repose sur deux piliers principaux : la génération de données multimodales et leur modélisation." }

{ "en": "Molecular dynamic simulations and binding free energy calculations were used to evaluate these peptides.", "fr": "Des simulations de dynamique moléculaire et des calculs d'énergie libre de liaisons ont permis d'évaluer ces peptides." }

{ "en": "Moreover, mosaic structures have also been revealed.", "fr": "Par ailleurs, des structures mosaïque ont aussi pu être mises en évidence." }

{ "en": "RNA structure prediction stays a difficult task, and the numerous existing tools don't always give good predictions.", "fr": "La prédiction de structures d'ARN reste une tâche difficile, et les outils existants, pourtant nombreux, ne donnent pas toujours de bonnes prédictions." }

{ "en": "Spectacular tumor responses are seen, but resistance eventually occurs.", "fr": "Des réponses tumorales spectaculaires sont observées, mais une résistance finit par apparaître." }

{ "en": "We believe that MALDI-TOF mass spectrometry can be used both in large-scale epidemiological studies and in routine veterinary diagnosis.", "fr": "Nous pensons que la spectrométrie de masse MALDI-TOF peut être utilisée à la fois dans le cadre d'études épidémiologiques à large échelle, mais également être intégrée dans le diagnostic vétérinaire de routine." }

{ "en": "A new approach of genome-based classification and nomenclature of strains was developed using K. pneumoniae as a model.", "fr": "Une nouvelle approche de classification et de nomenclature génomiques est proposée en utilisant comme modèle l'espèce K. pneumoniae." }

{ "en": "We show that the combination of three proteases increases the sequence coverage of the protein and the spatial resolution in the determination of interest areas.", "fr": "L'utilisation combinée de trois protéases nous a permis d'obtenir un meilleur recouvrement de séquence de la protéine étudiée et une plus grande résolution spatiale dans la localisation des zones d'intérêt." }

{ "en": "Only the 2/8 translocation was found heterozygous in two cultivated accessions.", "fr": "Seule la translocation 2/8 a été retrouvée à l'état hétérozygote chez deux accessions cultivés." }

{ "en": "Depending on the restriction enzyme used, studies have shown that RAD-Seq methods could be an interesting alternative to low density SNP chips. Evolutionary models associated with species concepts underlie selective sweep processes at the gene or genome scale.", "fr": "En fonction de l'enzyme de restriction utilisée, les études ont montré que les méthodes RAD-Seq Les modèles d'évolution associés aux concepts de l'espèce mettent en avant des processus de balayage sélectif à l'échelle des gènes ou à l'échelle des génomes." }

{ "en": "These patients are very-well documented regarding the history of their HIV/HCV infection and are very carefully followed-up, especially regarding the status of liver fibrosis.", "fr": "L'histoire naturelle du VIH et du VHC y est renseignée de manière très détaillée et le suivi clinique des patients permet d'avoir des informations précises sur l'état de fibrose hépatique." }

{ "en": "Retinoblastoma is a heterogeneous disease.", "fr": "Le rétinoblastome est une maladie hétérogène." }

{ "en": "The structure of a network is described by a signed directed graph which indicates the activations / inhibitions present between genes and the dynamics is represented by an asynchronous transition system.", "fr": "La structure d'un réseau est représentée par un graphe orienté signé, appelé graphe d'interactions, et la dynamique du réseau est modélisée par un système de transitions asynchrone." }

{ "en": "Recent work has begun to focus on resolving the effects of some of these issues.", "fr": "Des travaux récents ont commencé à se concentrer sur la résolution des effets causés par certains de ces problèmes." }

{ "en": "It will also highlight the heterogeneity between the glioma subtypes and provide useful appreciations of their differences.", "fr": "Il mettra également en évidence l'hétérogénéité entre les sous-types de gliomes et fournira des appréciations utiles de leurs différences." }

{ "en": "One of the main goal of genomic selection is to develop less expensive tools for genotyping or sequencing the selection candidates.", "fr": "Un des enjeux de la sélection génomique est donc de développer des outils de génotypage ou de séquençage des candidats à la sélection à moindre coût." }

{ "en": "Filtered data, which in general will then correspond to the relevant portions, may be used as input of a multiple local alignment algorithm.", "fr": "Les données filtrées, limitées en majorité aux portions pertinentes, peuvent alors être fournies en entrée d'un algorithme d'alignement multiple local." }

{ "en": "In this order a unified principle to deal with the data heterogeneity problem is proposed.", "fr": "Pour cela, un principe unifié est proposé pour surmonter le problème de l'hétérogénéité des données." }

{ "en": "In spite of their current limitations, proteomics, either array-based (such as tissue microarrays, antibody arrays or reverse phase protein microarrays) or mass spectrometry-based, make possible to envision major improvements in the molecular knowledge of breast cancer and for the identification of tissue-based or circulating diagnostic and theragnostic biomarkers relevant to this disease.", "fr": "Les approches protéomiques, basées sur des techniques de type arrays (tissue microarrays, antibody arrays ou reverse phase protein microarrays par exemple) ou sur les technologies de spectrométrie de masse, malgré leurs limites actuelles, laissent envisager des progrès futurs considérables pour une meilleure connaissance moléculaire des cancers du sein et pour l'identification de biomarqueurs diagnostiques ou théragnostiques, à partir d'échantillons biologiques, qu'il s'agisse des tissus ou des fluides biologiques." }

{ "en": "During the PhD studies, we develop an RNAseq analysis pipeline and an enhanced method to predict PPR binding sites, opening the way to an easier characterization of several PPR proteins.", "fr": "Nous avons donc développé un pipeline spécifique d'analyse de données de séquençage d'ARN ainsi qu'une méthode améliorée de prédiction des zones de fixation des protéines PPR, ouvrant la voie à une caractérisation simplifiée de nombreuses protéines." }

{ "en": "This study not only included a much larger number of SNPs than previously investigated, but importantly, it also considered SNP to SNP interactions.", "fr": "Cette étude a non seulement examiné un nombre bien plus élevé de SNP que jamais auparavant, mais elle a également tenu compte des interactions entre SNP." }

{ "en": "Complexities of existing algorithms is at least of O(n3).", "fr": "Les algorithmes existants ont des complexités d'au moins O(n3)." }

{ "en": "In particular, the regulation of the translatome by G protein-coupled receptors (GPCR) is still poorly described, albeit the trophic role that many receptors of this family play in their target cells.", "fr": "En particulier, la régulation du traductome par les récepteurs couplés aux protéines G (RCPG) est un domaine encore peu exploré, alors que de nombreux récepteurs de cette famille jouent un rôle trophique très important dans leur cellule cible." }

{ "en": "The general goal of the project is to understand the molecular mechanisms underlying these interactions.", "fr": "L'objectif général du projet est de mieux comprendre les mécanismes moléculaires à la base de ces interactions." }

{ "en": "Besides their extremely large lengths that make classical dynamic programming alignment methods unsuitable, aligning whole genomes involves several additional difficulties, due to the mechanisms through which genomes evolve: the divergence, which let sequence similarity vanish over time, the re- ordering of genomic segments (rearrangements), or the acquisition of external genetic material generating regions that are unalignable between sequences, e.g. horizontal gene transfer, phages.", "fr": "Outre leurs grandes tailles qui rendent les solutions classiques basées sur la programmation dynamique inutilisables, l'alignement de génomes complets pose des difficultés supplémentaires dues à des mécanismes d'évolution particuliers: la divergence, qui estompe les similarités entre les séquences, le réordonnancent des portions génomiques (réarrangements), ou l'acquisition de matériel génétique extérieur, qui produit des régions non alignables entres les séquences, e.g. transfert horizontal des gènes, phages." }

{ "en": "The characterization of RNA-protein complexes at the atomic scale allows us to better understand the biological functions of these complexes, and to define therapeutic targets to regulate the biological phenomena in which they participate.", "fr": "La caractérisation des complexes ARN-protéine à l'échelle atomique nous permet de mieux comprendre les fonctions de ces complexes, et de définir des cibles thérapeutiques pour réguler les phénomènes biologiques auxquels ils participent." }

{ "en": "In Pseudomonas aeruginosa, an opportunistic pathogen, among the wide rangeof section systems, the Type II secretion system, called Xcp secreton, is a major pathway for therelease of virulence factors.", "fr": "Chez Pseudomonas aeriginosa, une bactérie pathogène opportuniste, le système de sécrétion de Type II, ou sécrétion Xcp, constitue l'une des voies principales de la sécrétion." }

{ "en": "To gain evolutionary information on GPCRs, we explored their sequence space by metric multidimensional scaling (MDS).", "fr": "Pour obtenir des informations sur l'évolution des RCPG, nous avons exploré leur espace de séquences par multidimensional scaling métrique (MDS)." }

{ "en": "To identify those, we have developed genetic assays to measure the rate of SV in yeast that will allow us to identify new genes controlling the stability of the genome using large scale linkage analysis.", "fr": "Pour les identifier, nous avons développé des systèmes génétiques de mesure des taux de SV chez la levure qui vont nous permettre d'identifier les gènes contrôlant l'instabilité chromosomique par analyse de liaison à grande échelle." }

{ "en": "After a reduction step, the optimal set of signatures specifically targets our set of interleukins.", "fr": "Après optimisation, l'ensemble optimal des signatures cible spécifiquement notre ensemble d'interleukines." }

{ "en": "The reduced size of toxins allows their production by chemical peptide synthesis and permits to obtain large amounts of native-like toxins and structural analogs thereof, needed for their structural and pharmacological characterization.", "fr": "Leur faible taille les rend accessibles par synthèse chimique, qui présente l'avantage de fournir une quantité importante des toxines \" natives \" et analogues structuraux, pour leur caractérisation structurale et pharmacologique." }

{ "en": "We propose a new method to solve the link prediction problem.", "fr": "Nous proposons une nouvelle méthode pour la prédiction de liens dans un réseau." }

{ "en": "These cells share several properties with stem cells which make them resistant to glioblastoma treatments.", "fr": "Ces cellules ont plusieurs propriétés communes aux cellules souches, qui les rendent résistantes aux traitements des glioblastomes." }

{ "en": "The third part focuses on the use of this tool on metagenomic data to answer to specific biological questions, including data from the TARA scientific expedition across the oceans.", "fr": "La dernière partie se concentre sur l'utilisation de cet outil sur des données issues de projets métagénomiques afin de répondre à des questions biologiques précises, notamment sur les données de l'expédition scientifique TARA à travers les océans." }