Datasets:
OTAR3088
/
BioData-CellLine_annotated

Dataset card Data Studio Files
xet
Community
1
PMCID
string
Sentences
string
ner
list
PMC9429973
The longest duration of response was 7.1+ mo and ongoing.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "longest", "duration", "of", "response", "was", "7.1", "+", "mo", "and", "ongoing", "." ] } ]
PMC8708099
In current experiments, the Caco-2 cell line is used as a human epithelium model, because it reflects the morphology and function of human intestinal epithelial cells .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "current", "experiments", ",", "the", "Caco-2", "cell", "line", "is", "used", "as", "a", "human", "epithelium", "model", ",", "because", "it", "reflects", "the", "morphology", "and", "function", "of", "human", "intestinal", "epithelial", "cells", "." ] } ]
PMC11766350
Once this has been established for a pro-apoptotic gene of interest, the logical next step would be to design the shRNA to target the toxic transgene directly, for the manufacturing process, and to remove the gfp gene.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Once", "this", "has", "been", "established", "for", "a", "pro-apoptotic", "gene", "of", "interest", ",", "the", "logical", "next", "step", "would", "be", "to", "design", "the", "shRNA", "to", "target", "the", "toxic", "transgene", "directly", ",", "for", "the", "manufacturing", "process", ",", "and", "to", "remove", "the", "gfp", "gene", "." ] } ]
PMC11515150
We chose to investigate CD5 antigen as CD5 is highly expressed in the majority of T-ALL and T cell lymphoma , but also in a fraction of B cell tumor, such as CLL and MCL .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "chose", "to", "investigate", "CD5", "antigen", "as", "CD5", "is", "highly", "expressed", "in", "the", "majority", "of", "T-ALL", "and", "T", "cell", "lymphoma", ",", "but", "also", "in", "a", "fraction", "of", "B", "cell", "tumor", ",", "such", "as", "CLL", "and", "MCL", "." ] } ]
PMC9429973
Bone morphogenetic proteins (BMPs) are major regulators of cell fate in tissue homeostasis.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Bone", "morphogenetic", "proteins", "(", "BMPs", ")", "are", "major", "regulators", "of", "cell", "fate", "in", "tissue", "homeostasis", "." ] } ]
PMC9429973
Methods: The IGHV leader primer set developed by the EuroClonality-NGS working group was used to amplify all IGH rearrangements present in an end of treatment (EOT) DNA pool.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Methods", ":", "The", "IGHV", "leader", "primer", "set", "developed", "by", "the", "EuroClonality-NGS", "working", "group", "was", "used", "to", "amplify", "all", "IGH", "rearrangements", "present", "in", "an", "end", "of", "treatment", "(", "EOT", ")", "DNA", "pool", "." ] } ]
PMC7057940
The cell extract was collected by centrifugation at 3,000 × g for 5 min, resuspended in 0.5 ml sonication buffer (50 mM Hepes, pH 7.9, 140 mM NaCl, 1 mM EDTA, 1% Triton X-100, 0.1% deoxycholate acid, 0.1% SDS, and a mixture of proteinase inhibitors) and incubated for 10 min on ice.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "cell", "extract", "was", "collected", "by", "centrifugation", "at", "3,000", "×", "g", "for", "5", "min", ",", "resuspended", "in", "0.5", "ml", "sonication", "buffer", "(", "50", "mM", "Hepes", ",", "pH", "7.9", ",", "140", "mM", "NaCl", ",", "1", "mM", "EDTA", ",", "1", "%", "Triton", "X-100", ",", "0.1", "%", "deoxycholate", "acid", ",", "0.1", "%", "SDS", ",", "and", "a", "mixture", "of", "proteinase", "inhibitors", ")", "and", "incubated", "for", "10", "min", "on", "ice", "." ] } ]
PMC9429973
An important manifestation of genetic instability is the loss of heterozygosity, i.e., the loss of the second allele in the regions of the genome featuring inherited polymorphisms.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "An", "important", "manifestation", "of", "genetic", "instability", "is", "the", "loss", "of", "heterozygosity", ",", "i.e.", ",", "the", "loss", "of", "the", "second", "allele", "in", "the", "regions", "of", "the", "genome", "featuring", "inherited", "polymorphisms", "." ] } ]
PMC9429973
Individual dosing dynamics by safety and efficacy will be presented.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Individual", "dosing", "dynamics", "by", "safety", "and", "efficacy", "will", "be", "presented", "." ] } ]
PMC9429973
These trends were particularly evident on the day of the index event (Fig. 1).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "trends", "were", "particularly", "evident", "on", "the", "day", "of", "the", "index", "event", "(", "Fig.", "1", ")", "." ] } ]
PMC11733919
We have also observed that TfR levels were elevated in senescent skin cancer cells using the drug-induced senescence model (Figure S7d).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "have", "also", "observed", "that", "TfR", "levels", "were", "elevated", "in", "senescent", "skin", "cancer", "cells", "using", "the", "drug-induced", "senescence", "model", "(", "Figure", "S7d", ")", "." ] } ]
PMC11190238
Mesenchymal cells lack functional epithelial junctions and exhibit back-front polarity in their actin stress fibers.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Mesenchymal", "cells", "lack", "functional", "epithelial", "junctions", "and", "exhibit", "back-front", "polarity", "in", "their", "actin", "stress", "fibers", "." ] } ]
PMC7504302
A recent functional genomics study by Xu et al. has aimed to identify the genetic determinants that limit the efficacy of standard cisplatin/pemetrexed chemotherapy in MESO-1 cells by implementing a kinome-wide CRISPR negative selection screen strategy based on a lentiviral sgRNA library that targets 763 kinases.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "recent", "functional", "genomics", "study", "by", "Xu", "et", "al.", "has", "aimed", "to", "identify", "the", "genetic", "determinants", "that", "limit", "the", "efficacy", "of", "standard", "cisplatin/pemetrexed", "chemotherapy", "in", "MESO-1", "cells", "by", "implementing", "a", "kinome-wide", "CRISPR", "negative", "selection", "screen", "strategy", "based", "on", "a", "lentiviral", "sgRNA", "library", "that", "targets", "763", "kinases", "." ] } ]
PMC11739484
Panel (C) illustrates the correlations of MMP7, MMP11, and MMP14 genes with various drugs in SKCM, indicating their potential roles in drug sensitivity and resistance mechanisms.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Panel", "(", "C", ")", "illustrates", "the", "correlations", "of", "MMP7", ",", "MMP11", ",", "and", "MMP14", "genes", "with", "various", "drugs", "in", "SKCM", ",", "indicating", "their", "potential", "roles", "in", "drug", "sensitivity", "and", "resistance", "mechanisms", "." ] } ]
PMC10317042
Consequently, we believe that SOX10 plays a critical role in the malignant behavior of CCS.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Consequently", ",", "we", "believe", "that", "SOX10", "plays", "a", "critical", "role", "in", "the", "malignant", "behavior", "of", "CCS", "." ] } ]
PMC11755467
The reactions were incubated for 2 min at 37 °C.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "reactions", "were", "incubated", "for", "2", "min", "at", "37", "°", "C", "." ] } ]
PMC8345486
Three-dimensional spherical cell cultures were derived in our study from ovarian cancer cell lines with different sensitivities/resistances to cisplatin, A2780, A2780cis, A2780cisR, SKOV-3, and OVCAR-3.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "B-CellLine", "O" ], "tokens": [ "Three-dimensional", "spherical", "cell", "cultures", "were", "derived", "in", "our", "study", "from", "ovarian", "cancer", "cell", "lines", "with", "different", "sensitivities/resistances", "to", "cisplatin", ",", "A2780", ",", "A2780cis", ",", "A2780cisR", ",", "SKOV-3", ",", "and", "OVCAR-3", "." ] } ]
PMC7136814
Intratumoral heterogeneity represents therefore a major obstacle to effective cancer treatment .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Intratumoral", "heterogeneity", "represents", "therefore", "a", "major", "obstacle", "to", "effective", "cancer", "treatment", "." ] } ]
PMC10203589
Gastric cancer (GC) is the second most common cancer in the world in terms of deaths and the fifth most common cancer in terms of incidence (37).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Gastric", "cancer", "(", "GC", ")", "is", "the", "second", "most", "common", "cancer", "in", "the", "world", "in", "terms", "of", "deaths", "and", "the", "fifth", "most", "common", "cancer", "in", "terms", "of", "incidence", "(", "37", ")", "." ] } ]
PMC2118063
We monitored levels of transcripts for genes known to change in expression in association with GC passage and subsequent maturation to memory and plasma cells: BCL6, IRF4, AICDA, CD38, XBP1, and PRDM1 (BLIMP1) (Fig. 1 B).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "monitored", "levels", "of", "transcripts", "for", "genes", "known", "to", "change", "in", "expression", "in", "association", "with", "GC", "passage", "and", "subsequent", "maturation", "to", "memory", "and", "plasma", "cells", ":", "BCL6", ",", "IRF4", ",", "AICDA", ",", "CD38", ",", "XBP1", ",", "and", "PRDM1", "(", "BLIMP1", ")", "(", "Fig.", "1", "B", ")", "." ] } ]
PMC7294030
The optical density (OD) was determined at 540 nm using a micro plate reader (ELISA Reader, Sunrise).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "optical", "density", "(", "OD", ")", "was", "determined", "at", "540", "nm", "using", "a", "micro", "plate", "reader", "(", "ELISA", "Reader", ",", "Sunrise", ")", "." ] } ]
PMC11519583
The immunoprecipitates were washed with lysis buffer and eluted with sample buffer (62.5 mM Tris-HCl [pH 6.8], 5% [v/v] 2-mercaptoethanol, 2% [w/v] SDS, 5% [w/v] sucrose, and 0.005% [w/v] bromophenol blue).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "immunoprecipitates", "were", "washed", "with", "lysis", "buffer", "and", "eluted", "with", "sample", "buffer", "(", "62.5", "mM", "Tris-HCl", "[", "pH", "6.8", "]", ",", "5", "%", "[", "v/v", "]", "2-mercaptoethanol", ",", "2", "%", "[", "w/v", "]", "SDS", ",", "5", "%", "[", "w/v", "]", "sucrose", ",", "and", "0.005", "%", "[", "w/v", "]", "bromophenol", "blue", ")", "." ] } ]
PMC9712534
The expression plasmid for EGFP-tagged human TOP2B (EGFP-TOP2B) was described previously.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "expression", "plasmid", "for", "EGFP-tagged", "human", "TOP2B", "(", "EGFP-TOP2B", ")", "was", "described", "previously", "." ] } ]
PMC8010066
P. aeruginosa inhibits the electron chain transport of respiration using 4-hydroxy-2-heptylquinoline-N-oxide, kills S. aureus to acquire iron using the LasA protease, and produces rhamnolipids to disperse the S. aureus biofilm (Tognon et al. 2019; Woods et al. 2019).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "P.", "aeruginosa", "inhibits", "the", "electron", "chain", "transport", "of", "respiration", "using", "4-hydroxy-2-heptylquinoline-N-oxide", ",", "kills", "S.", "aureus", "to", "acquire", "iron", "using", "the", "LasA", "protease", ",", "and", "produces", "rhamnolipids", "to", "disperse", "the", "S.", "aureus", "biofilm", "(", "Tognon", "et", "al.", "2019", ";", "Woods", "et", "al.", "2019", ")", "." ] } ]
PMC11676670
Sanger sequencing of DNA isolated from the OVAR79 cell line identified mutations in the PIK3CA and PTEN genes.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Sanger", "sequencing", "of", "DNA", "isolated", "from", "the", "OVAR79", "cell", "line", "identified", "mutations", "in", "the", "PIK3CA", "and", "PTEN", "genes", "." ] } ]
PMC9429973
R. Mina, F. Bonello, F. Fazio, R. Saccardi, V. Bongarzoni, F. Marchesi, G. Bertuglia, P. Curci, R. M. Lemoli, S. Ballanti, T. Dentamaro, G. Benevolo, A. Capra, R. Floris, P. Tosi, A. Olivieri, D. Rota-Scalabrini, C. Cangialosi, M. Cavo, P. Corradini, G. Milone, M. Boccadoro, A. Larocca European Myeloma Network, (EMN), Italy Background: High-dose melphalan and autologous stem-cell transplant (ASCT) are pillars for the upfront treatment of ASCT-eligible newly diagnosed multiple myeloma (ND)MM patients (pts) or as salvage strategy at relapse.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "R.", "Mina", ",", "F.", "Bonello", ",", "F.", "Fazio", ",", "R.", "Saccardi", ",", "V.", "Bongarzoni", ",", "F.", "Marchesi", ",", "G.", "Bertuglia", ",", "P.", "Curci", ",", "R.", "M.", "Lemoli", ",", "S.", "Ballanti", ",", "T.", "Dentamaro", ",", "G.", "Benevolo", ",", "A.", "Capra", ",", "R.", "Floris", ",", "P.", "Tosi", ",", "A.", "Olivieri", ",", "D.", "Rota-Scalabrini", ",", "C.", "Cangialosi", ",", "M.", "Cavo", ",", "P.", "Corradini", ",", "G.", "Milone", ",", "M.", "Boccadoro", ",", "A.", "Larocca", "European", "Myeloma", "Network", ",", "(", "EMN", ")", ",", "Italy", "Background", ":", "High-dose", "melphalan", "and", "autologous", "stem-cell", "transplant", "(", "ASCT", ")", "are", "pillars", "for", "the", "upfront", "treatment", "of", "ASCT-eligible", "newly", "diagnosed", "multiple", "myeloma", "(ND)MM", "patients", "(", "pts", ")", "or", "as", "salvage", "strategy", "at", "relapse", "." ] } ]
PMC11665584
The link between PITX1 and RA signaling is unclear, and how RA-related signaling may distinguish oral and cutaneous keratinocyte stem cell dynamics requires further study.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "link", "between", "PITX1", "and", "RA", "signaling", "is", "unclear", ",", "and", "how", "RA-related", "signaling", "may", "distinguish", "oral", "and", "cutaneous", "keratinocyte", "stem", "cell", "dynamics", "requires", "further", "study", "." ] } ]
PMC9429973
The most informative timepoint was after first cycle.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "most", "informative", "timepoint", "was", "after", "first", "cycle", "." ] } ]
PMC9429973
Secondary outcomes included cumulative Bortezomib dose, number of Bortezomib cycles and Thalidomide tolerance.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Secondary", "outcomes", "included", "cumulative", "Bortezomib", "dose", ",", "number", "of", "Bortezomib", "cycles", "and", "Thalidomide", "tolerance", "." ] } ]
PMC11697189
Survival analysis of patients in the high TMB group and low TMB group. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Survival", "analysis", "of", "patients", "in", "the", "high", "TMB", "group", "and", "low", "TMB", "group", ".", "(" ] } ]
PMC9429973
In addition to its antitumor activity as a single agent, HMPL-760 showed synergistic and/or additive effects on B-cell lymphoma models when combined with other targeted therapies or chemoimmuno-therapy.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "addition", "to", "its", "antitumor", "activity", "as", "a", "single", "agent", ",", "HMPL-760", "showed", "synergistic", "and/or", "additive", "effects", "on", "B-cell", "lymphoma", "models", "when", "combined", "with", "other", "targeted", "therapies", "or", "chemoimmuno-therapy", "." ] } ]
PMC11607764
Elevated PTBP1 expression correlates with increased Tregs infiltration and decreased CD8 T cell presence, aligning with poorer survival outcomes.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Elevated", "PTBP1", "expression", "correlates", "with", "increased", "Tregs", "infiltration", "and", "decreased", "CD8", "T", "cell", "presence", ",", "aligning", "with", "poorer", "survival", "outcomes", "." ] } ]
PMC9429973
This lack of induction of CD36 expression was also observed in CLL-derived T cells that increased CD25, which implies that this response is independent of T-cell activation.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "lack", "of", "induction", "of", "CD36", "expression", "was", "also", "observed", "in", "CLL-derived", "T", "cells", "that", "increased", "CD25", ",", "which", "implies", "that", "this", "response", "is", "independent", "of", "T-cell", "activation", "." ] } ]
PMC9429973
Summary/Conclusion: In was found the most of CVC’s complications were associated with hemorrhagic as hematoma (4.0%), puncture of an artery (2.7%), and bleeding from the catheter passage area (2.7%) and they were connected with technic of procedure and hemostasis disorders.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Summary/Conclusion", ":", "In", "was", "found", "the", "most", "of", "CVC", "’s", "complications", "were", "associated", "with", "hemorrhagic", "as", "hematoma", "(", "4.0", "%", ")", ",", "puncture", "of", "an", "artery", "(", "2.7", "%", ")", ",", "and", "bleeding", "from", "the", "catheter", "passage", "area", "(", "2.7", "%", ")", "and", "they", "were", "connected", "with", "technic", "of", "procedure", "and", "hemostasis", "disorders", "." ] } ]
PMC9221284
Indeed, despite different alternative splicing, Trans4 and 5 each present an open reading frame from, respectively, the first and second nucleotides of transcription initiation to the stop codon at the last exon 3 of the c-MYC gene.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Indeed", ",", "despite", "different", "alternative", "splicing", ",", "Trans4", "and", "5", "each", "present", "an", "open", "reading", "frame", "from", ",", "respectively", ",", "the", "first", "and", "second", "nucleotides", "of", "transcription", "initiation", "to", "the", "stop", "codon", "at", "the", "last", "exon", "3", "of", "the", "c-MYC", "gene", "." ] } ]
PMC10998613
The experimental approach described here could be applicable to investigations of other membrane protein interactions in their living cellular environments.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "experimental", "approach", "described", "here", "could", "be", "applicable", "to", "investigations", "of", "other", "membrane", "protein", "interactions", "in", "their", "living", "cellular", "environments", "." ] } ]
PMC10170482
Confocal plane images are shown for selected regions. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Confocal", "plane", "images", "are", "shown", "for", "selected", "regions", ".", "(" ] } ]
PMC11476264
Cell numbers were then counted under a microscope.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cell", "numbers", "were", "then", "counted", "under", "a", "microscope", "." ] } ]
PMC11407042
Check the digestion under the inverted microscope.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Check", "the", "digestion", "under", "the", "inverted", "microscope", "." ] } ]
PMC5173112
In contrast, only 6.7 spheres/1,000 cells and 10.2 spheres/1,000 cells in the corresponding USP21 knockdown lines (Figure 4C and 4D). (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "contrast", ",", "only", "6.7", "spheres/1,000", "cells", "and", "10.2", "spheres/1,000", "cells", "in", "the", "corresponding", "USP21", "knockdown", "lines", "(", "Figure", "4C", "and", "4D", ")", ".", "(" ] } ]
PMC11033180
n = 60 clusters per culture well, from 12 culture wells from 4 independent experiments); ∗∗∗p < 0.001, One-way ANOVA with Tukey’s multiple comparisons test.(D) Neurons were depolarized by 1 min exposure to 90 mM KCl and collected for western blot analysis and assessment of synapsin 1 phosphorylation at site Ser-603, Ser-9 and Ser-62/67.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "n", "=", "60", "clusters", "per", "culture", "well", ",", "from", "12", "culture", "wells", "from", "4", "independent", "experiments", ")", ";", "∗∗∗p", "<", "0.001", ",", "One-way", "ANOVA", "with", "Tukey", "’s", "multiple", "comparisons", "test.(D", ")", "Neurons", "were", "depolarized", "by", "1", "min", "exposure", "to", "90", "mM", "KCl", "and", "collected", "for", "western", "blot", "analysis", "and", "assessment", "of", "synapsin", "1", "phosphorylation", "at", "site", "Ser-603", ",", "Ser-9", "and", "Ser-62/67", "." ] } ]
PMC9429973
According to the international myeloma working group, the diagnosis of multiple solitary plasmacytoma is made by objectifying more than one bone or extramedullary plasma cell lesion, absence of monoclonal IgM gammapathy in the blood and urine, absence of spinal cord damage, normal skeletal survey, no end-organ damage.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "According", "to", "the", "international", "myeloma", "working", "group", ",", "the", "diagnosis", "of", "multiple", "solitary", "plasmacytoma", "is", "made", "by", "objectifying", "more", "than", "one", "bone", "or", "extramedullary", "plasma", "cell", "lesion", ",", "absence", "of", "monoclonal", "IgM", "gammapathy", "in", "the", "blood", "and", "urine", ",", "absence", "of", "spinal", "cord", "damage", ",", "normal", "skeletal", "survey", ",", "no", "end-organ", "damage", "." ] } ]
PMC11544122
While some studies suggest that CXCR4 follows the β-arrestin mode for endocytosis, it is emerging that β-arrestins may be not required for endocytosis.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "While", "some", "studies", "suggest", "that", "CXCR4", "follows", "the", "β-arrestin", "mode", "for", "endocytosis", ",", "it", "is", "emerging", "that", "β-arrestins", "may", "be", "not", "required", "for", "endocytosis", "." ] } ]
PMC6182045
Previously, rgp120 purification methods required the use of lectin affinity or immunoaffinity columns for purification (23).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Previously", ",", "rgp120", "purification", "methods", "required", "the", "use", "of", "lectin", "affinity", "or", "immunoaffinity", "columns", "for", "purification", "(", "23", ")", "." ] } ]
PMC10123657
The effect of hydrogen peroxide was addressed using 1 × 10 cells exposed to 14.6 mM H2O2 for 1.5 h and cell viability was estimated with trypan blue.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "effect", "of", "hydrogen", "peroxide", "was", "addressed", "using", "1", "×", "10", "cells", "exposed", "to", "14.6", "mM", "H2O2", "for", "1.5", "h", "and", "cell", "viability", "was", "estimated", "with", "trypan", "blue", "." ] } ]
PMC9776316
Successful knockdown of the XRCC4 was confirmed by the Western blot (Figure 2a).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Successful", "knockdown", "of", "the", "XRCC4", "was", "confirmed", "by", "the", "Western", "blot", "(", "Figure", "2a", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Informed consent was waived.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Informed", "consent", "was", "waived", "." ] } ]
PMC11085211
Consequently, FR2-A was further investigated regarding its effect on imatinib-resistant cells and its mechanism of action.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Consequently", ",", "FR2-A", "was", "further", "investigated", "regarding", "its", "effect", "on", "imatinib-resistant", "cells", "and", "its", "mechanism", "of", "action", "." ] } ]
PMC9429973
Results: IR-clones of KCL-22 differ in their sensitivity to BH3-mimetics (Table 1).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Results", ":", "IR-clones", "of", "KCL-22", "differ", "in", "their", "sensitivity", "to", "BH3-mimetics", "(", "Table", "1", ")", "." ] } ]
PMC9429973
P. Fenaux, V. Santini, R. S. Komrokji, A. Zeidan, G. Garcia-Manero, R. Buckstein, D. Miteva, K. Keeperman, N. Holot, J. Zhang, J. A. Nadal, B. Rosettani, A. Yucel, U. Platzbecker Service d’Hématologie Séniors, Hôpital Saint-Louis, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris and Université Paris 7, Paris, France; MDS Unit, AOU Careggi, University of Florence, Florence, Italy; Moffitt Cancer Center, Tampa; Department of Internal Medicine, Yale School of Medicine and Yale Cancer Center, New Haven; Department of Leukemia, The University of Texas MD Anderson Cancer Center, Houston, United States of America; Odette Cancer Centre, Sunnybrook Health Sciences Centre, Toronto, Canada; Celgene International Sàrl, a Bristol-Myers Squibb Company, Boudry, Switzerland; Bristol Myers Squibb, Princeton, United States of America; Medical Clinic and Policlinic 1, Hematology and Cellular Therapy, University Hospital Leipzig, Leipzig, Germany Background: Luspatercept has been shown to improve anemia in the phase 3 MEDALIST trial of pts with LR-MDS ineligible/intolerant or refractory to erythropoiesis-stimulating agents (ESAs).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "P.", "Fenaux", ",", "V.", "Santini", ",", "R.", "S.", "Komrokji", ",", "A.", "Zeidan", ",", "G.", "Garcia-Manero", ",", "R.", "Buckstein", ",", "D.", "Miteva", ",", "K.", "Keeperman", ",", "N.", "Holot", ",", "J.", "Zhang", ",", "J.", "A.", "Nadal", ",", "B.", "Rosettani", ",", "A.", "Yucel", ",", "U.", "Platzbecker", "Service", "d’Hématologie", "Séniors", ",", "Hôpital", "Saint-Louis", ",", "Assistance", "Publique-Hôpitaux", "de", "Paris", "and", "Université", "Paris", "7", ",", "Paris", ",", "France", ";", "MDS", "Unit", ",", "AOU", "Careggi", ",", "University", "of", "Florence", ",", "Florence", ",", "Italy", ";", "Moffitt", "Cancer", "Center", ",", "Tampa", ";", "Department", "of", "Internal", "Medicine", ",", "Yale", "School", "of", "Medicine", "and", "Yale", "Cancer", "Center", ",", "New", "Haven", ";", "Department", "of", "Leukemia", ",", "The", "University", "of", "Texas", "MD", "Anderson", "Cancer", "Center", ",", "Houston", ",", "United", "States", "of", "America", ";", "Odette", "Cancer", "Centre", ",", "Sunnybrook", "Health", "Sciences", "Centre", ",", "Toronto", ",", "Canada", ";", "Celgene", "International", "Sàrl", ",", "a", "Bristol-Myers", "Squibb", "Company", ",", "Boudry", ",", "Switzerland", ";", "Bristol", "Myers", "Squibb", ",", "Princeton", ",", "United", "States", "of", "America", ";", "Medical", "Clinic", "and", "Policlinic", "1", ",", "Hematology", "and", "Cellular", "Therapy", ",", "University", "Hospital", "Leipzig", ",", "Leipzig", ",", "Germany", "Background", ":", "Luspatercept", "has", "been", "shown", "to", "improve", "anemia", "in", "the", "phase", "3", "MEDALIST", "trial", "of", "pts", "with", "LR-MDS", "ineligible/intolerant", "or", "refractory", "to", "erythropoiesis-stimulating", "agents", "(", "ESAs", ")", "." ] } ]
PMC10490530
Improved RLuc versions have been used for in vivo tracking in potential stem cell applications .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Improved", "RLuc", "versions", "have", "been", "used", "for", "in", "vivo", "tracking", "in", "potential", "stem", "cell", "applications", "." ] } ]
PMC9429973
Fatal AEs occurred in 5 (6%) pts and none were suge-related as assessed by investigators.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Fatal", "AEs", "occurred", "in", "5", "(", "6", "%", ")", "pts", "and", "none", "were", "suge-related", "as", "assessed", "by", "investigators", "." ] } ]
PMC10944868
The results obtained from molecular docking studies (Table 3) are presented specifically focused on the ‘gScore’ and ‘geMode’ parameters.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "results", "obtained", "from", "molecular", "docking", "studies", "(", "Table", "3", ")", "are", "presented", "specifically", "focused", "on", "the", "‘", "gScore", "’", "and", "‘", "geMode", "’", "parameters", "." ] } ]
PMC11806818
Second, the TDNs-aptamer 1 is immobilized as a recognition element on the surface of a gold electrode (GE) via Au-S bonding for capturing the target HER2.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Second", ",", "the", "TDNs-aptamer", "1", "is", "immobilized", "as", "a", "recognition", "element", "on", "the", "surface", "of", "a", "gold", "electrode", "(", "GE", ")", "via", "Au-S", "bonding", "for", "capturing", "the", "target", "HER2", "." ] } ]
PMC10033453
Blood was collected by cardiac puncture into clot tubes and placed on ice for 30 min.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Blood", "was", "collected", "by", "cardiac", "puncture", "into", "clot", "tubes", "and", "placed", "on", "ice", "for", "30", "min", "." ] } ]
PMC6181431
434 somatic mutations in 416 genes were identified in the 12 tumor samples.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "434", "somatic", "mutations", "in", "416", "genes", "were", "identified", "in", "the", "12", "tumor", "samples", "." ] } ]
PMC9429973
Aims: We aim to investigate the effect and molecular mechanism of TQ05105 on MPN cell lines and mouse models.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Aims", ":", "We", "aim", "to", "investigate", "the", "effect", "and", "molecular", "mechanism", "of", "TQ05105", "on", "MPN", "cell", "lines", "and", "mouse", "models", "." ] } ]
PMC9611901
Taken together, previously known mechanisms of DNA damage induced by this specific chemical and the results we obtained in the present study match very well.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Taken", "together", ",", "previously", "known", "mechanisms", "of", "DNA", "damage", "induced", "by", "this", "specific", "chemical", "and", "the", "results", "we", "obtained", "in", "the", "present", "study", "match", "very", "well", "." ] } ]
PMC9429973
Median time to onset of CRS was 7 days (range, 1-16) with median duration of 4 days (range, 0-18).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Median", "time", "to", "onset", "of", "CRS", "was", "7", "days", "(", "range", ",", "1", "-", "16", ")", "with", "median", "duration", "of", "4", "days", "(", "range", ",", "0", "-", "18", ")", "." ] } ]
PMC8382973
In general, the 2P23 microbicide gel did not have any significant effect on mucosal cytokines and had only a small effect on the microbiome, indicating its tolerability and suitability as a candidate microbicide.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "general", ",", "the", "2P23", "microbicide", "gel", "did", "not", "have", "any", "significant", "effect", "on", "mucosal", "cytokines", "and", "had", "only", "a", "small", "effect", "on", "the", "microbiome", ",", "indicating", "its", "tolerability", "and", "suitability", "as", "a", "candidate", "microbicide", "." ] } ]
PMC11632064
Immunoblotting of OXPHOS complex I–V proteins in Rho-0 cells and parental controls (MeWo).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O" ], "tokens": [ "Immunoblotting", "of", "OXPHOS", "complex", "I", "–", "V", "proteins", "in", "Rho-0", "cells", "and", "parental", "controls", "(", "MeWo", ")", "." ] } ]
PMC10329074
Proliferation of A498 cells was investigated via CCK8 assays. (
[ { "tags": [ "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Proliferation", "of", "A498", "cells", "was", "investigated", "via", "CCK8", "assays", ".", "(" ] } ]
PMC7433824
Although no proteins were common in both cell lines when treated with 100 and 300 µM P4, three proteins were found to be common in a U87 cell line with 300 µM P4 and an A172 cell line with both 100 and 300 µM P4.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Although", "no", "proteins", "were", "common", "in", "both", "cell", "lines", "when", "treated", "with", "100", "and", "300", "µM", "P4", ",", "three", "proteins", "were", "found", "to", "be", "common", "in", "a", "U87", "cell", "line", "with", "300", "µM", "P4", "and", "an", "A172", "cell", "line", "with", "both", "100", "and", "300", "µM", "P4", "." ] } ]
PMC7351993
Only the pump pulses are imaged onto a Si photodetector (PD) array (Hamamatsu, S4114-35Q) (Supplementary Fig. 1e).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Only", "the", "pump", "pulses", "are", "imaged", "onto", "a", "Si", "photodetector", "(", "PD", ")", "array", "(", "Hamamatsu", ",", "S4114", "-", "35Q", ")", "(", "Supplementary", "Fig.", "1e", ")", "." ] } ]
PMC11721587
These phosphorylation events can be detected by phospho-specific antibodies pS218/220 and pS1382, respectively (29, 31).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "phosphorylation", "events", "can", "be", "detected", "by", "phospho-specific", "antibodies", "pS218/220", "and", "pS1382", ",", "respectively", "(", "29", ",", "31", ")", "." ] } ]
PMC10538569
For example, GPI-scFv-X5 and GPI-HCDR3 PG16, due to their different specificities, could be co-delivered into hematopoietic progenitor cells or human primary CD4 T cells of HIV-1 patients ex vivo through lentiviral vector transduction.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "example", ",", "GPI-scFv-X5", "and", "GPI-HCDR3", "PG16", ",", "due", "to", "their", "different", "specificities", ",", "could", "be", "co-delivered", "into", "hematopoietic", "progenitor", "cells", "or", "human", "primary", "CD4", "T", "cells", "of", "HIV-1", "patients", "ex", "vivo", "through", "lentiviral", "vector", "transduction", "." ] } ]
PMC9429973
Results: For baseline characteristics see Table 1.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Results", ":", "For", "baseline", "characteristics", "see", "Table", "1", "." ] } ]
PMC11632064
The human melanoma cell line transcriptomic dataset was obtained from the Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE, Broad, 2019) (Ghandi et al, 2019).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "human", "melanoma", "cell", "line", "transcriptomic", "dataset", "was", "obtained", "from", "the", "Cancer", "Cell", "Line", "Encyclopedia", "(", "CCLE", ",", "Broad", ",", "2019", ")", "(", "Ghandi", "et", "al", ",", "2019", ")", "." ] } ]
PMC11359735
To provide further evidence, immunoprecipitated CSP was analyzed for the presence of myo-inositol (a characteristic component of GPI anchor) using strong acid hydrolysis and GC-MS for highly sensitive and quantitative detection.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "provide", "further", "evidence", ",", "immunoprecipitated", "CSP", "was", "analyzed", "for", "the", "presence", "of", "myo-inositol", "(", "a", "characteristic", "component", "of", "GPI", "anchor", ")", "using", "strong", "acid", "hydrolysis", "and", "GC-MS", "for", "highly", "sensitive", "and", "quantitative", "detection", "." ] } ]
PMC9473868
It is well known that MMPs, mainly produced by FLSs in RA, are proteases involved in extracellular matrix remodeling and play an important role in FLSs migration and progressive joint destruction in RA.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "It", "is", "well", "known", "that", "MMPs", ",", "mainly", "produced", "by", "FLSs", "in", "RA", ",", "are", "proteases", "involved", "in", "extracellular", "matrix", "remodeling", "and", "play", "an", "important", "role", "in", "FLSs", "migration", "and", "progressive", "joint", "destruction", "in", "RA", "." ] } ]
PMC11569208
A P-value less than 0.05 was considered statistically significant throughout this study.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "P-value", "less", "than", "0.05", "was", "considered", "statistically", "significant", "throughout", "this", "study", "." ] } ]
PMC9429973
22 developed grade >1 aGVHD, and 23 cGVHD (all grades included).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "22", "developed", "grade", ">", "1", "aGVHD", ",", "and", "23", "cGVHD", "(", "all", "grades", "included", ")", "." ] } ]
PMC9429973
The median overall survival (OS) of the cohort was 25.5m (95%CI 18.9-32.1), since treatment initiation 17.1m (95%CI 13.3-20.8), and after cessation 5.3m (95%CI 4.3-6.3).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "median", "overall", "survival", "(", "OS", ")", "of", "the", "cohort", "was", "25.5", "m", "(", "95%CI", "18.9", "-", "32.1", ")", ",", "since", "treatment", "initiation", "17.1", "m", "(", "95%CI", "13.3", "-", "20.8", ")", ",", "and", "after", "cessation", "5.3", "m", "(", "95%CI", "4.3", "-", "6.3", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Overall, 38.0% of HMA-treated pts progressed to AML; median time from HMA initiation to AML progression was 8.2 mo (IQR: 3.5–15.1).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Overall", ",", "38.0", "%", "of", "HMA-treated", "pts", "progressed", "to", "AML", ";", "median", "time", "from", "HMA", "initiation", "to", "AML", "progression", "was", "8.2", "mo", "(", "IQR", ":", "3.5–15.1", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Eight patients (10%) died before treatment with hemorrhage.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Eight", "patients", "(", "10", "%", ")", "died", "before", "treatment", "with", "hemorrhage", "." ] } ]
PMC11279397
For instance, flavonoids primarily inhibit viral protease activity to prevent viral replication .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "instance", ",", "flavonoids", "primarily", "inhibit", "viral", "protease", "activity", "to", "prevent", "viral", "replication", "." ] } ]
PMC9429973
The current chemotherapy regimens based on anthracycline show limited efficacy, and there is no best rescue treatment for patients with relapsed and refractory (RR) AITL.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "current", "chemotherapy", "regimens", "based", "on", "anthracycline", "show", "limited", "efficacy", ",", "and", "there", "is", "no", "best", "rescue", "treatment", "for", "patients", "with", "relapsed", "and", "refractory", "(", "RR", ")", "AITL", "." ] } ]
PMC7823217
Cancer patients display a high degree of inter-patient variation in terms of clinical outcomes, prognosis, and response or tolerance to medication .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cancer", "patients", "display", "a", "high", "degree", "of", "inter-patient", "variation", "in", "terms", "of", "clinical", "outcomes", ",", "prognosis", ",", "and", "response", "or", "tolerance", "to", "medication", "." ] } ]
PMC4277423
In in vitro reconstitution of the Streptococcus pyogenes type II CRISPR system, single guide RNAs (sgRNA, i.e. crRNA-tracrRNA fusion chimeras) are sufficient to direct the Cas9 endonuclease to specifically cleave target DNA sequences matching the crRNA .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "in", "vitro", "reconstitution", "of", "the", "Streptococcus", "pyogenes", "type", "II", "CRISPR", "system", ",", "single", "guide", "RNAs", "(", "sgRNA", ",", "i.e.", "crRNA-tracrRNA", "fusion", "chimeras", ")", "are", "sufficient", "to", "direct", "the", "Cas9", "endonuclease", "to", "specifically", "cleave", "target", "DNA", "sequences", "matching", "the", "crRNA", "." ] } ]
PMC11794568
Data are shown as SD ± mean.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Data", "are", "shown", "as", "SD", "±", "mean", "." ] } ]
PMC9429973
We performed RNA-Seq on 90 samples to determine changes in gene expression patterns after treatment of healthy bone marrow cells and CAMF leukemia cells with the AHR agonist and antagonist.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "performed", "RNA-Seq", "on", "90", "samples", "to", "determine", "changes", "in", "gene", "expression", "patterns", "after", "treatment", "of", "healthy", "bone", "marrow", "cells", "and", "CAMF", "leukemia", "cells", "with", "the", "AHR", "agonist", "and", "antagonist", "." ] } ]
PMC9429973
Single-cell RNA sequencing of PBMCs from the patients carrying the monoallelic R291X truncating variant or the biallelic I325V variant revealed upregulation of pro-inflammatory genes associated with T-cell receptor activation and T-cell exhaustion.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Single-cell", "RNA", "sequencing", "of", "PBMCs", "from", "the", "patients", "carrying", "the", "monoallelic", "R291X", "truncating", "variant", "or", "the", "biallelic", "I325V", "variant", "revealed", "upregulation", "of", "pro-inflammatory", "genes", "associated", "with", "T-cell", "receptor", "activation", "and", "T-cell", "exhaustion", "." ] } ]
PMC9429973
Consolidative RT was given at the treating physician’s discretion and was highly affected by PET/CT results.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Consolidative", "RT", "was", "given", "at", "the", "treating", "physician", "’s", "discretion", "and", "was", "highly", "affected", "by", "PET/CT", "results", "." ] } ]
PMC11354239
200-02), and interleukin-15 (IL-15; 10 ng/mL; Peprotech, cat. #
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "200", "-", "02", ")", ",", "and", "interleukin-15", "(", "IL-15", ";", "10", "ng/mL", ";", "Peprotech", ",", "cat", ".", "#" ] } ]
PMC9100622
The dissociation of PDX tumors into single-cell suspensions was performed as previously described in , except that the enzymatic dissociation was realized in CO2-independent medium (GIBCO) containing 150 µg/mL Liberase (Roche) and 150 µg/mL DNase (Roche), for 30 min at 37 °C with gentle mixing.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "dissociation", "of", "PDX", "tumors", "into", "single-cell", "suspensions", "was", "performed", "as", "previously", "described", "in", ",", "except", "that", "the", "enzymatic", "dissociation", "was", "realized", "in", "CO2-independent", "medium", "(", "GIBCO", ")", "containing", "150", "µg/mL", "Liberase", "(", "Roche", ")", "and", "150", "µg/mL", "DNase", "(", "Roche", ")", ",", "for", "30", "min", "at", "37", "°", "C", "with", "gentle", "mixing", "." ] } ]
PMC9429973
The most frequently used induction was cyclophosphamide(C), bortezomib(V) and dexamethasone(D) (>60%, VCD).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "most", "frequently", "used", "induction", "was", "cyclophosphamide(C", ")", ",", "bortezomib(V", ")", "and", "dexamethasone(D", ")", "(", ">", "60", "%", ",", "VCD", ")", "." ] } ]
PMC9386809
Physical and spectral data of known compounds are in good agreement with those reported in the literature.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Physical", "and", "spectral", "data", "of", "known", "compounds", "are", "in", "good", "agreement", "with", "those", "reported", "in", "the", "literature", "." ] } ]
PMC10631132
Differentiation of iPSCs into OCs requires a complex series of events.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Differentiation", "of", "iPSCs", "into", "OCs", "requires", "a", "complex", "series", "of", "events", "." ] } ]
PMC6835428
The functionality of PGAamine:siRac1 was proven in vitro in SKOV3 cells, showing the inhibition of cellular migration.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "functionality", "of", "PGAamine", ":", "siRac1", "was", "proven", "in", "vitro", "in", "SKOV3", "cells", ",", "showing", "the", "inhibition", "of", "cellular", "migration", "." ] } ]
PMC9429973
Main risk factors for critical illness comprise age, cardiovascular disease and obesity.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Main", "risk", "factors", "for", "critical", "illness", "comprise", "age", ",", "cardiovascular", "disease", "and", "obesity", "." ] } ]
PMC11457557
These findings support the hypothesis that hyperglycemia might have a lasting effect on patient outcomes, a phenomenon known as ''metabolic memory''.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "findings", "support", "the", "hypothesis", "that", "hyperglycemia", "might", "have", "a", "lasting", "effect", "on", "patient", "outcomes", ",", "a", "phenomenon", "known", "as", "''", "metabolic", "memory", "''", "." ] } ]
PMC9429973
In allo HCT, fludarabine is a frequently used agent, mainly in reduced intensity conditioning regimes.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "allo", "HCT", ",", "fludarabine", "is", "a", "frequently", "used", "agent", ",", "mainly", "in", "reduced", "intensity", "conditioning", "regimes", "." ] } ]
PMC11476666
SOX2 protein levels were significantly decreased after treatment with DHS (p < 0.05 and p < 0.01) compared to both untreated and DMSO-treated cells (Figure 3e).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "SOX2", "protein", "levels", "were", "significantly", "decreased", "after", "treatment", "with", "DHS", "(", "p", "<", "0.05", "and", "p", "<", "0.01", ")", "compared", "to", "both", "untreated", "and", "DMSO-treated", "cells", "(", "Figure", "3e", ")", "." ] } ]
PMC6892818
CD40 ligation by membrane-presented CD40 ligand (mCD40L), but not soluble CD40 agonist, induced extensive apoptosis in RCC cells; by contrast, normal cells were totally refractory to mCD40L.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "CD40", "ligation", "by", "membrane-presented", "CD40", "ligand", "(", "mCD40L", ")", ",", "but", "not", "soluble", "CD40", "agonist", ",", "induced", "extensive", "apoptosis", "in", "RCC", "cells", ";", "by", "contrast", ",", "normal", "cells", "were", "totally", "refractory", "to", "mCD40L", "." ] } ]
PMC7812570
Table 1Inhibitory activity of GPI-anchored m36.4 in TZM-b1 cells against divergent HIV-1 subtypesHIV-1SubtypeTropismMean % infection ± SDGPI-FluIgG03GPI-m36.4Sec-FluIgG03Sec-m36.4Replication-competent virusJR-CSFBCCR596 ± 30128 ± 865 ± 5RHPA.c/2635BCCR5106 ± 70120 ± 1061 ± 4THRO.c/2626BCCR592 ± 20116 ± 453 ± 6CH077.t/2627BCCR589 ± 30108 ± 169 ± 4NL4-3BCXCR485 ± 20114 ± 543 ± 5LAI.2BCXCR482 ± 30120 ± 456 ± 589.6BR5X490 ± 40118 ± 659 ± 4MJ4CCCR598 ± 50112 ± 874 ± 3"Global Panel" pseudovirus398-F1_F6_20ACCR5141 ± 46 ± 1102 ± 672 ± 4TRO.11BCCR5104 ± 10113 ± 889 ± 5X2278_C2_B6BCCR5136 ± 80106 ± 280 ± 3CE1176_A3CCCR5115 ± 10101 ± 384 ± 4CE703010217_B6CCCR5112 ± 2088 ± 375 ± 5HIV_25710-2.43CCCR5117 ± 20106 ± 680 ± 4X1632-S2-B10GCCR5108 ± 03 ± 1106 ± 282 ± 3246_F3_C10_2A/CCCR5113 ± 20105 ± 487 ± 4CNE8A/ECCR5139 ± 23107 ± 593 ± 2CNE55A/ECCR5126 ± 21103 ± 690 ± 6CH119.10B/CCCR5112 ± 20111 ± 898 ± 7BJOX002000.03B/CCCR5106 ± 20103 ± 593 ± 5VSV-GNANA97 ± 1103 ± 2102 ± 7111 ± 7*The assay was performed in triplicate and repeated three times.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Table", "1Inhibitory", "activity", "of", "GPI-anchored", "m36.4", "in", "TZM-b1", "cells", "against", "divergent", "HIV-1", "subtypesHIV-1SubtypeTropismMean", "%", "infection", "±", "SDGPI-FluIgG03GPI-m36.4Sec-FluIgG03Sec-m36.4Replication-competent", "virusJR-CSFBCCR596", "±", "30128", "±", "865", "±", "5RHPA.c/2635BCCR5106", "±", "70120", "±", "1061", "±", "4THRO.c/2626BCCR592", "±", "20116", "±", "453", "±", "6CH077.t/2627BCCR589", "±", "30108", "±", "169", "±", "4NL4", "-", "3BCXCR485", "±", "20114", "±", "543", "±", "5LAI.2BCXCR482", "±", "30120", "±", "456", "±", "589.6BR5X490", "±", "40118", "±", "659", "±", "4MJ4CCCR598", "±", "50112", "±", "874", "±", "3\"Global", "Panel", "\"", "pseudovirus398-F1_F6_20ACCR5141", "±", "46", "±", "1102", "±", "672", "±", "4TRO.11BCCR5104", "±", "10113", "±", "889", "±", "5X2278_C2_B6BCCR5136", "±", "80106", "±", "280", "±", "3CE1176_A3CCCR5115", "±", "10101", "±", "384", "±", "4CE703010217_B6CCCR5112", "±", "2088", "±", "375", "±", "5HIV_25710", "-", "2.43CCCR5117", "±", "20106", "±", "680", "±", "4X1632-S2-B10GCCR5108", "±", "03", "±", "1106", "±", "282", "±", "3246_F3_C10_2A/CCCR5113", "±", "20105", "±", "487", "±", "4CNE8A/ECCR5139", "±", "23107", "±", "593", "±", "2CNE55A/ECCR5126", "±", "21103", "±", "690", "±", "6CH119.10B/CCCR5112", "±", "20111", "±", "898", "±", "7BJOX002000.03B/CCCR5106", "±", "20103", "±", "593", "±", "5VSV-GNANA97", "±", "1103", "±", "2102", "±", "7111", "±", "7*The", "assay", "was", "performed", "in", "triplicate", "and", "repeated", "three", "times", "." ] } ]
PMC11507371
As anticipated, the nucleus-to-cytosol ratio of Keap1 did not change upon CAP treatment in both cell lines (Figure 5B).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "As", "anticipated", ",", "the", "nucleus-to-cytosol", "ratio", "of", "Keap1", "did", "not", "change", "upon", "CAP", "treatment", "in", "both", "cell", "lines", "(", "Figure", "5B", ")", "." ] } ]
PMC10582828
Despite similar prognoses, Asian and Caucasian patients with lung adenocarcinomas differ in their cellular biology and mutation patterns in their neoplastic cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Despite", "similar", "prognoses", ",", "Asian", "and", "Caucasian", "patients", "with", "lung", "adenocarcinomas", "differ", "in", "their", "cellular", "biology", "and", "mutation", "patterns", "in", "their", "neoplastic", "cells", "." ] } ]
PMC10698968
MF-R 3 cells match morphologic and phenotypic characteristics of the original tumour as 2D cultures, 3D aggregates, and on the chorioallantoic membrane of chick embryos.
[ { "tags": [ "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "MF-R", "3", "cells", "match", "morphologic", "and", "phenotypic", "characteristics", "of", "the", "original", "tumour", "as", "2D", "cultures", ",", "3D", "aggregates", ",", "and", "on", "the", "chorioallantoic", "membrane", "of", "chick", "embryos", "." ] } ]
PMC10994876
The exact quantity of total protein per lane underwent separation using 10% sodium dodecyl sulfate (SDS) polyacrylamide gel electrophoresis and transferred onto a nitrocellulose membrane (WhatmanGmbH; Germany).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "exact", "quantity", "of", "total", "protein", "per", "lane", "underwent", "separation", "using", "10", "%", "sodium", "dodecyl", "sulfate", "(", "SDS", ")", "polyacrylamide", "gel", "electrophoresis", "and", "transferred", "onto", "a", "nitrocellulose", "membrane", "(", "WhatmanGmbH", ";", "Germany", ")", "." ] } ]
PMC11216402
Using the ATAC-seq data, we developed a machine learning approach to determine the transcription factors (TFs) regulating the subtypes of GC.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Using", "the", "ATAC-seq", "data", ",", "we", "developed", "a", "machine", "learning", "approach", "to", "determine", "the", "transcription", "factors", "(", "TFs", ")", "regulating", "the", "subtypes", "of", "GC", "." ] } ]