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app.py
CHANGED
@@ -1,20 +1,14 @@
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1 |
import os
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2 |
import gradio as gr
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3 |
import torch
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4 |
import cv2
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5 |
import numpy as np
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6 |
import time
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7 |
-
from sklearn.cluster import KMeans
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8 |
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9 |
-
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10 |
-
models = {
|
11 |
-
'SE-RegUNet 4GF': torch.jit.load('./model/SERegUNet4GF.pt'),
|
12 |
-
'SE-RegUNet 16GF': torch.jit.load('./model/SERegUNet16GF.pt'),
|
13 |
-
'AngioNet': torch.jit.load('./model/AngioNet.pt'),
|
14 |
-
'EffUNet++ B5': torch.jit.load('./model/EffUNetppb5.pt'),
|
15 |
-
'Reg-SA-UNet++': torch.jit.load('./model/RegSAUnetpp.pt'),
|
16 |
-
'UNet3+': torch.jit.load('./model/UNet3plus.pt'),
|
17 |
-
}
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18 |
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19 |
# Função para ordenar e pré-processar a imagem de entrada
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20 |
def ordenar_e_preprocessar_imagem(img, modelo):
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@@ -23,7 +17,43 @@ def ordenar_e_preprocessar_imagem(img, modelo):
|
|
23 |
h, w = img.shape
|
24 |
img_out = preprocessar_imagem(img, modelo)
|
25 |
return img_out, h, w, img, ori
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26 |
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27 |
def processar_imagem_de_entrada(img, modelo, pipe, salvar_resultado=False):
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28 |
try:
|
29 |
# Faça uma cópia da imagem original
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@@ -32,6 +62,9 @@ def processar_imagem_de_entrada(img, modelo, pipe, salvar_resultado=False):
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|
32 |
# Coloque o modelo na GPU (se disponível) e configure-o para modo de avaliação
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33 |
pipe = pipe.to(device).eval()
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34 |
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35 |
# Pré-processe a imagem e obtenha informações de dimensão
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36 |
img, h, w, ori_gray, ori = ordenar_e_preprocessar_imagem(img, modelo)
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37 |
|
@@ -44,6 +77,10 @@ def processar_imagem_de_entrada(img, modelo, pipe, salvar_resultado=False):
|
|
44 |
img = torch.cat([img, img], dim=0)
|
45 |
logit = np.round(torch.softmax(pipe.forward(img), dim=1).detach().cpu().numpy()[0, 0]).astype(np.uint8)
|
46 |
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|
|
|
|
47 |
# Redimensione o resultado, se necessário
|
48 |
if h != 512 or w != 512:
|
49 |
logit = cv2.resize(logit, (h, w))
|
@@ -60,27 +97,32 @@ def processar_imagem_de_entrada(img, modelo, pipe, salvar_resultado=False):
|
|
60 |
nome_arquivo = os.path.join(caminho_salvar_resultado, f'resultado_{int(time.time())}.png')
|
61 |
cv2.imwrite(nome_arquivo, img_out)
|
62 |
|
63 |
-
return img_out
|
64 |
|
65 |
except Exception as e:
|
66 |
# Em caso de erro, retorne uma mensagem de erro
|
67 |
return str(e)
|
68 |
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69 |
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70 |
-
#
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71 |
def processar_imagem_de_entrada_wrapper(img, modelo, salvar_resultado=False):
|
72 |
-
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73 |
-
|
74 |
-
|
75 |
-
overlaid_img = cv2.addWeighted(img, 0.7, cv2.cvtColor(img_out, cv2.COLOR_GRAY2BGR), 0.3, 0)
|
76 |
-
|
77 |
-
return resultado, overlaid_img
|
78 |
-
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79 |
|
80 |
# Inicializar a contagem de análises
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81 |
num_analises = 0
|
82 |
|
83 |
-
# Criar a interface Gradio
|
84 |
my_app = gr.Interface(
|
85 |
fn=processar_imagem_de_entrada_wrapper,
|
86 |
inputs=[
|
@@ -93,8 +135,9 @@ my_app = gr.Interface(
|
|
93 |
description="Esta aplicação segmenta angiogramas coronarianos usando modelos de segmentação pré-treinados.",
|
94 |
theme="default",
|
95 |
layout="vertical",
|
96 |
-
allow_flagging=
|
97 |
)
|
98 |
|
99 |
# Iniciar a interface Gradio
|
100 |
-
my_app.launch()
|
|
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|
1 |
import os
|
2 |
+
os.environ["CUDA_DEVICE_ORDER"] = "PCI_BUS_ID"
|
3 |
+
|
4 |
import gradio as gr
|
5 |
import torch
|
6 |
import cv2
|
7 |
import numpy as np
|
8 |
+
from preprocess import unsharp_masking
|
9 |
import time
|
|
|
10 |
|
11 |
+
device = "cuda" if torch.cuda.is_available() else "cpu"
|
|
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12 |
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13 |
# Função para ordenar e pré-processar a imagem de entrada
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14 |
def ordenar_e_preprocessar_imagem(img, modelo):
|
|
|
17 |
h, w = img.shape
|
18 |
img_out = preprocessar_imagem(img, modelo)
|
19 |
return img_out, h, w, img, ori
|
20 |
+
|
21 |
+
# Função para pré-processar a imagem com base no modelo selecionado
|
22 |
+
def preprocessar_imagem(img, modelo='SE-RegUNet 4GF'):
|
23 |
+
# Redimensionar a imagem para 512x512
|
24 |
+
img = cv2.resize(img, (512, 512))
|
25 |
+
|
26 |
+
# Aplicar a máscara de nitidez à imagem
|
27 |
+
img = unsharp_masking(img).astype(np.uint8)
|
28 |
|
29 |
+
# Função auxiliar para normalizar a imagem
|
30 |
+
def normalizar_imagem(img):
|
31 |
+
return np.float32((img - img.min()) / (img.max() - img.min() + 1e-6))
|
32 |
+
|
33 |
+
if modelo == 'AngioNet' or modelo == 'UNet3+':
|
34 |
+
img = normalizar_imagem(img)
|
35 |
+
img_out = np.expand_dims(img, axis=0)
|
36 |
+
elif modelo == 'SE-RegUNet 4GF':
|
37 |
+
clahe1 = cv2.createCLAHE(clipLimit=2.0, tileGridSize=(8, 8))
|
38 |
+
clahe2 = cv2.createCLAHE(clipLimit=8.0, tileGridSize=(8, 8))
|
39 |
+
image1 = clahe1.apply(img)
|
40 |
+
image2 = clahe2.apply(img)
|
41 |
+
img = normalizar_imagem(img)
|
42 |
+
image1 = normalizar_imagem(image1)
|
43 |
+
image2 = normalizar_imagem(image2)
|
44 |
+
img_out = np.stack((img, image1, image2), axis=0)
|
45 |
+
else:
|
46 |
+
clahe1 = cv2.createCLAHE(clipLimit=2.0, tileGridSize=(8, 8))
|
47 |
+
image1 = clahe1.apply(img)
|
48 |
+
image1 = normalizar_imagem(image1)
|
49 |
+
img_out = np.stack((image1,) * 3, axis=0)
|
50 |
+
|
51 |
+
return img_out
|
52 |
+
|
53 |
+
# Caminho absoluto para a pasta de salvamento
|
54 |
+
caminho_salvar_resultado = "/Segmento_de_Angio_Coronariana_v5/Salvar Resultado"
|
55 |
+
|
56 |
+
# Função para processar a imagem de entrada
|
57 |
def processar_imagem_de_entrada(img, modelo, pipe, salvar_resultado=False):
|
58 |
try:
|
59 |
# Faça uma cópia da imagem original
|
|
|
62 |
# Coloque o modelo na GPU (se disponível) e configure-o para modo de avaliação
|
63 |
pipe = pipe.to(device).eval()
|
64 |
|
65 |
+
# Registre o tempo de início
|
66 |
+
start = time.time()
|
67 |
+
|
68 |
# Pré-processe a imagem e obtenha informações de dimensão
|
69 |
img, h, w, ori_gray, ori = ordenar_e_preprocessar_imagem(img, modelo)
|
70 |
|
|
|
77 |
img = torch.cat([img, img], dim=0)
|
78 |
logit = np.round(torch.softmax(pipe.forward(img), dim=1).detach().cpu().numpy()[0, 0]).astype(np.uint8)
|
79 |
|
80 |
+
# Calcule o tempo decorrido
|
81 |
+
spent = time.time() - start
|
82 |
+
spent = f"{spent:.3f} segundos"
|
83 |
+
|
84 |
# Redimensione o resultado, se necessário
|
85 |
if h != 512 or w != 512:
|
86 |
logit = cv2.resize(logit, (h, w))
|
|
|
97 |
nome_arquivo = os.path.join(caminho_salvar_resultado, f'resultado_{int(time.time())}.png')
|
98 |
cv2.imwrite(nome_arquivo, img_out)
|
99 |
|
100 |
+
return spent, img_out
|
101 |
|
102 |
except Exception as e:
|
103 |
# Em caso de erro, retorne uma mensagem de erro
|
104 |
return str(e)
|
105 |
|
106 |
+
# Carregar modelos pré-treinados
|
107 |
+
models = {
|
108 |
+
'SE-RegUNet 4GF': torch.jit.load('./model/SERegUNet4GF.pt'),
|
109 |
+
'SE-RegUNet 16GF': torch.jit.load('./model/SERegUNet16GF.pt'),
|
110 |
+
'AngioNet': torch.jit.load('./model/AngioNet.pt'),
|
111 |
+
'EffUNet++ B5': torch.jit.load('./model/EffUNetppb5.pt'),
|
112 |
+
'Reg-SA-UNet++': torch.jit.load('./model/RegSAUnetpp.pt'),
|
113 |
+
'UNet3+': torch.jit.load('./model/UNet3plus.pt'),
|
114 |
+
}
|
115 |
|
116 |
+
# Função para processar a imagem de entrada com os campos extras removidos
|
117 |
def processar_imagem_de_entrada_wrapper(img, modelo, salvar_resultado=False):
|
118 |
+
model = models[modelo]
|
119 |
+
resultado = processar_imagem_de_entrada(img, modelo, model, salvar_resultado)
|
120 |
+
return resultado
|
|
|
|
|
|
|
|
|
121 |
|
122 |
# Inicializar a contagem de análises
|
123 |
num_analises = 0
|
124 |
|
125 |
+
# Criar a interface Gradio sem os campos extras
|
126 |
my_app = gr.Interface(
|
127 |
fn=processar_imagem_de_entrada_wrapper,
|
128 |
inputs=[
|
|
|
135 |
description="Esta aplicação segmenta angiogramas coronarianos usando modelos de segmentação pré-treinados.",
|
136 |
theme="default",
|
137 |
layout="vertical",
|
138 |
+
allow_flagging="never", # Altere para uma string "auto", "manual" ou "never"
|
139 |
)
|
140 |
|
141 |
# Iniciar a interface Gradio
|
142 |
+
my_app.launch()
|
143 |
+
|