【2019冠状病毒病台湾疫情】
严重特殊传染性肺炎台湾疫情是指在中华民国发生的严重特殊传染性肺炎（COVID-19）疫情。
自2020年1月21日至2023年3月20日止，台湾累计确诊病例10,236,886例（10,178,478例本土案例、58,354例境外移入案例、36例敦睦舰队、3例航空器感染、1例不明及14例调查中），确诊率为44.15%，累计死亡病例18,803例（18,779例本土案例、24例境外移入案例），致死率2，另确诊个案中12,190例移除为空号。
截至2023年3月12日止，各县市确诊率以新北市52.24%最高，其次为基隆市50.37%。确诊率最低者为金门县18.94%（以户籍人口统计，若以实际常住人数确诊率应为50%左右）。依乡镇市区统计截至2022年12月30日止，新北市汐止区确诊率最高，达52.85%（相当2人至少有1人确诊）。其次为新北市深坑区51.28%（相当2人至少有1人确诊）。确诊率最低者为金门县乌坵乡，确诊率4.62%（相当22人至少有1人确诊）。截至2022年12月28日，累计10万1260例重复感染个案。
== 基本背景 ==
台湾经历2003年严重急性呼吸系统综合症疫情后2loc=第29页，政府检讨防疫体系及准备工作的缺失，加强传染病防疫医疗体系的组织，分为中央政府、地区、地方政府三级指挥架构2loc=第65页至第66页。
台湾决定对全球流行性传染病采取积极防治作为，推动《传染病防治法》修正，并配修正或新定施行细则及其他法规命令2loc=第65页至第66页。其中新设中央指挥体系的「国家卫生指挥中心」、及透过法制程序授权成立下属的「中央流行疫情指挥中心」，统整资源、设备、人力来让防疫决策一致化2loc=第65页至第66页。疾病管制局提高位阶改制为疾病管制署，增聘专业技术人员、教育人员、医事人员，并与部会间有密切的协作机制1loc=第9页、第47页。台湾还增加传染病防疫医师的制度与训练、储备口罩与防护服等防疫物资，并积极投资新兴传染病科技的研发2loc=第65页至第66页。同时政府修法建立「传染病防治医疗网」，主要由隔离医院、应变医院、支援合作医院等三种医院组成2loc=第29页至第30页、第65页至第66页。
台湾医疗体系自此重视感染管制措施，将院内感染管制列为例行医院评鉴中的查核项目2loc=第39页至第40页。医界配合建立完善的传染病监测系统，并扩充疾病管制署、中央实验室和合约实验室的检验能量2loc=第39页。经历严重急性呼吸道症候群、H1N1新型流感疫情后，台湾民众也建立起勤洗手、戴口罩、量体温等良好卫生习惯1loc=第12页至第15页。台湾纳入世界卫生组织《国际卫生条例》运作机制后，可以查询世界各地的疫情资讯，并持续交流防疫策略1loc=第146页至第147页。2015年，因应中东呼吸症候群韩国疫情，台湾虽无感染的人，政府仍持续加强Disease surveillance、边境检疫等防治措施，并指示应变医院准备随时面对疫情1loc=第31页至第32页。
== 疫情发展 ==
=== 早期部署 ===
2019年12月，中国武汉华南海鲜市场陆续出现不明肺炎病例2loc=第4页、第52页。网路盛传武汉市卫健委的紧急通知，称是SARS1loc=第25页。
12月31日，疾管署得知网路正在讨论武汉疫情的贴文后，基于先前防疫经验并高度重视，且向中国疾病预防控制中心及世卫确认讯息3loc=第66页。由行政院副院长陈其迈召开跨部会应变整备会议，疾管署紧急召开公布2loc=第26页至第28页、第213页至第216页。
2020年1月2日，疾管署成立应变工作小组1loc=第86页至第87页。
1月7日，疾管署将中国武汉市的旅游疫情建议列为第一级，同时对国际航线及小三通提升警戒。
1月12日，台湾防疫专家团队前往武汉访查，了解当地疫情情况、防治作为及病患暴露史3loc=第66页。
1月15日，疾管署将严重急性呼吸道症候群冠状病毒2型列为第五类法定传染病，定名为「严重特殊传-{}-染性肺炎」4loc=第19页。
1月20日，由于对台湾的威胁增加，行政院同意正式成立三级中央流行疫情指挥中心，由疾管署署长周志浩担任指挥官3loc=第31页至第33页。
=== 出现病例 ===
2020年1月21日，中央流行疫情指挥中心宣布台湾确诊首例境外移入个案，是全世界首例非中国大陆籍确诊个案3loc=第31页至第33页、第213页至第216页。
1月22日，中华民国总统蔡英文召开国家安全高层会议，要求行政院与卫生福利部有效协调各部会及各地方政府1loc=第11页。
1月23日，中国武汉市疫情防控指挥部宣布暂停所有大众运输，市民无特殊原因不得离开，约有470多名台湾人滞留当地2loc=第31页至第33页、第36页至第41页、第77页至第80页、第183页至第189页。
1月24日，中央流行疫情指挥中心疫情提升为二级开设，由卫福部部长陈时中担任指挥官3loc=第31页至第33页。疾管署从人流、防治措施和行为模式预测第二波高峰发生在欧洲1loc=第88页。
1月28日，台湾出现首宗本土病例家户感染个案1loc=第34页至第35页。
=== 境外防堵 ===
行政院整合各部会资料建立「智慧防疫系统」，建立居家隔离、居家检疫和自主健康管理机制。并组织多家企业厂商，提升相关医疗物资产量，并协助研发相关产品。
2020年1月30日，世卫宣布疫情构成「国际关注的突发公共卫生事件」1loc=第42页至第46页。
2月3日，多国启动武汉「撤侨」后，首架搭载247名居民的包机抵达台湾，但这次包机也引发政治争议4loc=第98页至第99页。
2月6日，「口罩实名制」正式上路，民众可于全台湾6336家药局购买口罩。
2月8日，宝瓶星号邮轮从冲绳进港，128名游客经采检后办理入境2loc=第17页至第18页。
2月12日，由于新加坡、日本出现「无旅游史确诊」个案，中央流行疫情指挥中心决议以回溯方式对留存检体追加检验。
2月16日，发现首例死亡病例，本土社区感染疑虑一度加深2loc=第49页至第50页、第213页至第216页。中央流行疫情指挥中心与彰化县政府启动疫情调查协同作业，并执行匡列者居家隔离与居家检疫1loc=第113页至第121页。为了及早发现疑似个案，中央流行疫情指挥中心还启动加强社区监测方案1loc=第121页至第122页。
2月21日，在钻石公主号邮轮发生群聚感染事件后，台湾以包机方式接回19名台湾籍旅客，进行14天隔离检疫1loc=第61页至第65页。
2月25日，立法院三读通过《严重特殊传染性-{}-肺炎防治及纾困振兴特别条例》，分为防治、纾困、振兴、罚则四部分1loc=第90页至第92页。
2月27日，因应国际疫情紧急，行政院院长苏贞昌宣布中央流行疫情指挥中心提升为一级开设，由陈时中担任指挥官2loc=第5页、第35页。
2月29日，台湾出现首起医院群聚感染事件2loc=第18页。
3月，大量民众自西方国家返回台湾，境外移入案例陆续增加。
3月10日，在历经先前包机风波后，第二批载有361名台湾人的两架包机从武汉市返回台湾，并进行隔离检疫3loc=第98页至第99页。
3月11日，随著病例数量和受灾国家快速增加，世界卫生组织宣布这次疫情为全球「大流行」1loc=第121页至第122页。
3月12日，「口罩实名制2.0」正式上路，除既有健保特约药局及卫生所等实体通路外，增加网路预购通路，民众可透过健保卡、自然人凭证登入平台，或可借由健保快易通行动APP进行认证预购。购买数量限制与实体通路相同，但不受身分证号码尾数限制。
3月17日，大量民众自西方国家返回台湾，境外移入的案例陆续增加，防疫工作与人力上的压力陡增2loc=第256页至第261页。
此时防疫策略集中在强制检疫隔离、防堵病毒扩散、加强医护专业治疗，直到封锁边境及加强入境检疫后，境外移入案例的压力才减轻2loc=第87页。不同于中央流行疫情指挥中心意见，部分公共卫生学者强调要进行普筛2loc=第105页至第106页。其中国立台湾大学公共卫生学院与彰化县政府卫生局合作，针对高风险群进行血清抗体调查，引发诸多争议与讨论1loc=第106页至第107页。
3月18日，台湾总确诊数突破100例。
3月19日，台湾全面禁止外籍人士入境，并加强入境检疫措施，境外移入案例的压力得以减轻。
3月22日，台湾发生养护机构护理师确诊感染的事件2loc=第18页至第19页。
4月1日，指挥中心制定两阶段「社交距离注意事项」，在兼顾民众合理权益，并顾及境内防疫安全等双重前提下，降低社区感染风险，分阶段鼓励或强制保持社交距离。所有大众运输系统，全面量测体温，体温合格者且必须戴口罩才能进入。另外，「全面禁止旅客来台转机」政策延长至4月30日。
4月18日，中华民国海军敦睦舰队的磐石舰军人验出群聚感染，最终36名病例2loc=第203页至第201页。研判来自台湾，但感染源不明2loc=第203页至第201页、第256页至第261页。
4月22日，「口罩实名制3.0」正式上路，增加了超商预购的方式，只要拿健保卡到四大超商的「多功能事务机」就能完成预购，并在预约到期日到超商取货。
=== 防疫新生活运动 ===
2020年4月30日，指挥中心宣布正式启动「防疫新生活运动」1loc=第113页至第114页。
6月7日，政府实施防疫松绑政策，开始大规模解封，此后台湾社会经济活动大都维持过往运作1loc=第227页至第231页、第261页至第264页。
7月15日，行政院实施振兴三倍券刺激消费1loc=第120页至第121页。
9月16日，台湾总确诊数突破500例。
=== 秋冬防疫专案 ===
2020年12月1日，启动「秋冬防疫专案」，强化「边境检疫」、「社区防疫」及「医疗应变」措施。边境检疫：所有入境及转机旅客登机前须附3日内COVID-19核酸检验报告；社区防疫：出入八大类场所应佩戴口罩，经劝导不听者依法开罚；医疗应变：加强通报采检，订定奖励指标。
12月21日，一名确诊的纽西兰籍长荣航空外籍机师感染友人，打破连续252天无「本土案例」纪录。
2020年度累积：确诊数799例（本土56例、境外704例、敦睦36例、航空器2例、不明1例）、7例死亡。
2021年1月12日，卫生福利部桃园医院爆发群聚感染事件，一度进入封锁医院的阶段，最终累计21例。
3月3日，首批AZ疫苗到货。
3月19日，台湾总确诊数突破1,000例。
3月22日，AZ疫苗正式开打。并上线「Taiwan V-Watch」疫苗接种健康回报系统。
=== 本土疫情大规模爆发（三级警戒） ===
本次大规模爆发本土病例主要为病毒株「Alpha变种」。
2021年4月20日，中华航空发生机师确诊案例，员工防疫宿舍「诺富特华航桃园机场饭店」出现群聚感染，最终累计44例。
4月21日，开放民众预约疫苗自费接种。
5月9日，宜兰县游艺场、新北市芦洲区社区、及台北市万华区茶艺馆都出现群聚感染，本土感染扩大，本土感染情况快速扩大。
5月15日，宣布台北市、新北市进入第三级警戒，并宣布暂停自费接种「COVID-19疫苗」，原已预约者仍可接种。本土单日确诊首次破百例。
5月19日，宣布全台湾防疫警戒等级提升至第三级，高中以下学校开始停课，并推出「简讯实联制」，于第一时间掌握染疫者及其接触者的足迹，避免疫情扩散。
5月22日，随著各地医疗院所和社区筛检站出现人潮、医疗资源与人力出现排挤效应、出现院内感染情况，逐步执行「清零计划」、部署基层医师至社区筛检站、分散采检人潮等。同时检验实验室无法处理大量检体，未能优先采检确诊接触者，因行政流程需「校正回归」数据。
5月25日，台湾总确诊数突破5,000例。
5月28日，超过SARS疫情73例死亡人数。首批莫德纳疫苗到货，延后复课至6月11日。
5月30日，台湾总死亡人数突破100例。
6月，许多地方政府和民间企业表态希望自行购买疫苗。
6月4日，台湾总确诊数突破1万例。
6月8日，莫德纳疫苗正式开打。
6月9日，公布新版「COVID-19疫苗公费优先接种对象」。
6月11日，屏东县爆发「枋山、枋寮群聚感染事件」，进入准四级警戒，最终累计15例，本次主要病毒株「Delta」。同时宣布停课至暑假。
6月18日，台湾总死亡人数突破500例。
6月25日，宣布为有效利用「COVID-19疫苗」，针对当日最后一瓶疫苗开瓶的剩余剂量，可由接种单位规划候补名单机制。
7月6日，宣布「COVID-19公费疫苗预约平台」正式上线，并将在澎湖县、金门县、连江县试办「意愿登记」。
7月8日，宣布「COVID-19公费疫苗预约平台」开放全国「意愿登记」。
7月19日，宣布核准高端疫苗专案制造。
7月24日，结束连续64天（5月22日至7月24日）新增死亡病例。
=== 本土疫情调降二级警戒 ===
2021年7月27日，随著疫情趋缓，指挥中心将第三级防疫警戒调降至二级。
8月23日，新北市爆发「幼儿园及社区群聚感染事件」，进入强化二级警戒，最终累计33例，本次主要病毒株「Delta」。高端疫苗正式开打。
9月3日，首批辉瑞－BioNTech疫苗(成人剂型)到货。
9月9日，约翰霍普金斯大学公布的统计数据，台湾病死率达到5.2%，排名第9。
9月18日，指挥中心宣布，考量目前国内口罩产量已大幅提升，足够供应每位国人所需，且有多元购买口罩管道，民众透过实名制通路取得口罩的需求已大幅下降，因此「口罩实名制」网路/超商贩售通路，将运作至第44轮后暂停服务。药局通路及无健保特约药局的偏乡卫生所，则仍持续维持实名制口罩贩售服务。
9月23日，辉瑞－BioNTech疫苗正式开打。
10月4日，行政院实施振兴五倍券刺激消费。
11月5日，宣布「COVID-19疫苗」剩余剂量管控放宽！指挥官陈时中说，现在只要有预约，不管是否只剩1人都可以开新瓶使用。
11月12日，指挥中心宣布，民众出国需求，无论曾接种「高端」，只要间隔28天即可要求，可混打2剂「AZ」、「BNT」或「莫德纳」。
11月17日，指挥中心宣布，将开放「AZ疫苗」混打「BNT」或「莫德纳」疫苗，「COVID-19疫苗预约平台」意愿登记或修改；若「第2剂」无混打意愿仍选择接种「AZ疫苗」的民众，则无需再进行意愿登记修改。
11月25日，指挥中心宣布，接种第1剂「AZ」满8周者，无论是否登记混打意愿，都可向医院预约混打「BNT」或「莫德纳」。
11月29日，指挥中心表示，经过「卫福部传染病防治咨询会预防接种组」（ACIP）专家会议建议，考量「COVID-19疫苗」接种后之免疫保护力可能随时间下降，建议接种「第三剂」疫苗，其中也以「6大族群」建议优先接种。指挥官陈时中也直言，如果有需要出国且打疫苗不方便，可以弹性在满「5个月」就施打。并表示，建议已完成「2剂COVID-19疫苗」接种「65岁以上长者、长照机构住民与工作者、医护人员、防疫工作人员、第一线高感染风险工作人员及容易感染与疾病严重风险者（即COVID-19疫苗公费接种对象第九类）」等应于第二剂6个月后，接种第三剂。
12月2日，指挥中心宣布，即日起开放「第一至第三类人员」，以及「因公务需出国者」，于接种「第二剂疫苗」满5个月后，接种「第三剂」疫苗。
12月9日，台湾间隔34天后，再度出现本土个案，为中研院一名女研究员，她在实验过程中不慎感染。
12月11日，宣布首例「Omicron」境外移入个案，为一名30多岁女子，12月8日从史瓦帝尼入境，随后又公布新增两例个案，分别从英国、美国入境。
12月23日，宣布「COVID-19公费疫苗预约平台」暂时退场，并视第3剂施打潮再重启。
12月24日，指挥中心宣布，对于「第二剂」建议以同厂牌疫苗施打，但民众若想「混打」也可以，「第二剂」不限疫苗厂牌，只有时间间隔不同；「第一剂」接种「AZ」者，「第二剂」混打「莫德纳」、「BNT」或「高端」，间隔8周；「第一剂」接种「莫德纳」或「BNT」者，「第二剂」可接种不同厂牌的「mRNA疫苗」或「AZ」、「高端」，间隔4周；至于「第一剂」接种「高端」者，「第二剂」建议「莫德纳」或「BNT」，同样间隔4周。
12月27日，指挥中心表示，欧盟执委会于2021年12月21日宣布台湾正式加入「欧盟数位新冠证明」系统。欧盟数位新冠证明为世界性标准之一，国际成员国多且最早用于国际旅行，为使台湾民众能加速入境欧盟等国家，将于12月28日上午8时开放台湾「数位新冠病毒健康证明」供国人下载使用。
12月29日，因「COVID-19疫苗公费预约平台」暂缓使用，卫福部疾管署正式推出疫苗地图「COVID-19 防治一网通」。
2021年度累积：确诊数16,230例（本土14,544例、境外1,671例、航空器1例、调查中14例）、空号111例、843死亡。
2022年1月3日，桃园市爆发桃园机场确诊个案，并拓及多个地点，本次主要病毒株「Omicron变种」BA.1。
1月7日，指挥中心表示，因应国内发生「Omicron变异株」本土病例，社区感染风险提升，「卫福部传染病防治咨询会预防接种组」(ACIP)决议，满「18岁」民众（已接种两剂疫苗，且间隔满12周以上），应接种1剂「疫苗追加剂」，提升免疫保护力，以「mRNA疫苗」(莫德纳、BNT)或「蛋白质次单元疫苗」(高端)完成「基础剂」：「追加剂」可选莫德纳(半剂量)、BNT、高端或AZ。以「AZ」完成「基础剂」：「追加剂」可选择接种「mRNA」或「蛋白质次单元」疫苗。
1月11日，宣布「COVID-19公费疫苗预约平台」将在15至16日重新上线，并于17日起开始施打。正式采用「国际机场」的「落地采验」政策。
1月12日，卫福部食药署专家召开会议，通过默沙东药厂的COVID-19口服抗病毒药品「Molnupiravir」专案输入申请案。
1月15日，卫福部食药署专家召开会议，通过辉瑞药厂的COVID-19口服抗病毒药品「Paxlovid」专案输入申请案。
1月20日，高雄市爆发高雄港确诊个案，本次主要病毒株「Omicron变种」BA.2。
1月21日，「数位新冠病毒健康证明」开放国内使用。
1月23日，宜兰县爆发「礁溪饭店群聚感染事件」，本次主要病毒株「Omicron变种」BA.1。
2月15日，出现首例感染「Omicron变种」死亡个案。
2月20日，台湾总确诊数突破2万例。
=== 经济防疫新模式 ===
这个时期，总共爆发三波大规模Omicron感染事件，本土病例主要病毒株为「Omicron」亚型变异株。
2022年3月1日，进入「经济防疫新模式」，适度放宽防疫措施。并宣布「COVID-19公费疫苗预约平台」提供「定期预约」，开放18岁以上预约接种「追加剂」。
3月8日，为方便民众依个人接种需求查询，「COVID-19防治一网通」已将「查询追加剂」及「查询第1、2剂」的疫苗地图分开呈现，民众进入地图页面后，可依个人喜好的厂牌及接种地点，查询「当日」接种院所的开诊情形及咨询电话，该院所如有预约网站亦可直接连结预约。
3月10日，睽违68天后，台湾再度无增加本土确诊个案。
3月22日，宣布「COVID-19公费疫苗预约平台」于4月1日起2度停止运作，届时不再提供民众进行预约。
3月24日，「卫福部传染病防治咨询会预防接种组」（ACIP）召开专家会议，决议「12至17岁」（青少年）的「基础剂」可打「莫德纳疫苗」，也可混打「BNT疫苗」，但1、2剂「间隔12周」，医疗院所应充分告知接种「莫德纳」保护力，及心肌炎、心包膜炎风险，并经家长同意、医师评估后才可接种。
4月1日，本土单日确诊再次破100例。
4月15日，首次本土单日确诊破1,000例。
4月17日，卫福部食药署召开专家会议，核准莫德纳疫苗用于6至11岁儿童的基础接种，施打两剂，每剂0.25毫升（50微克，为成人一半），两剂间隔28天。
4月20日，「卫福部传染病防治咨询会预防接种组」（ACIP）将「6至11岁」（儿童）接种莫德纳疫苗两剂间隔延长至12周。通过「青少年族群」（12-17岁）建议完成基础剂接种且无发生严重不良反应者，于最后1剂基础剂接种后5个月，接种追加剂。并通过「三大类族群」（65岁以上长者、长照机构住民、18岁以上免疫不全及免疫力低下且病情稳定者(即建议接种基础加强剂之对象)）建议接种「第四剂」（第二次追加剂），接种时间与「第一次追加剂」（间隔5个月），且不论前面剂次接种厂牌，可接种以下厂牌：莫德纳（半剂量）、辉瑞-BNT（全剂量）、蛋白质次单元疫苗（高端、Novavax，全剂量）。
4月21日，指挥中心估染疫率约万分之17，并表示若染疫率达15%至20%，就是实质「与病毒共存」，目前政策以减灾为目标，重点在疫苗、药物与轻重症分流。
4月23日，台湾总确诊数突破5万例。
4月24日，首次本土单日确诊破5,000例。
4月27日，指挥中心宣布取消简讯实联制，并以台湾社交距离APP取代
。
4月28日，首次本土单日确诊破1万例。「快筛实名制」正式上路。卫福部食药署召开专家会议，核准辉瑞-BNT疫苗用于5至11岁儿童的基础接种。
4月29日，台湾总确诊数突破10万例。
5月4日，指挥中心表示，「COVID-19疫苗接种作业」已于2022年5月2日起推动「6至11岁」（儿童）基础剂接种，除持续以全国「疫苗不良事件通报系统(VAERS)」进行监测外，「Taiwan V-Watch疫苗接种-健康回报」自5月3日起亦将小于18岁的儿童及青少年纳入追踪监测对象，经由父母手机在「疾管家介面」申请加入，代为填写接种后健康回报，以加强儿童及青少年「COVID-19疫苗」接种后安全性监测，并及时将国内该族群接种后常见不良反应发生情形，提供医疗端、公卫端向家长说明接种后常见副作用发生概况，以及持续不适及时就医提醒等。
5月6日，单日死亡再次突破10例。即日起增加公费PCR筛检服务诊所，可以透过采检地图查询，目前要先电话预约。诊所名单已公布于卫福部疾管署全球资讯网「COVID-19防疫专区」、台湾社交距离App及采检地图「COVID-19全国指定社区采检院所地图」。
5月10日，首次本土单日确诊破5万例。
5月11日，台湾总确诊数突破50万例。
5月12日，正式实施修订「2019年冠状病毒病」定义，新增「居家隔离」及「自主防疫」或「居家检疫」期间使用「家用快筛」检测阳性，经医事人员确认为确诊条件。
5月13日，台湾总死亡人数突破1,000例。
5月14日，指挥中心宣布，为降低「COVID-19」感染后中、重症风险，5月16日起开放部分对象接种「第一次追加剂」满5个月后，可接种「第二次追加剂」，开放对象：65岁以上长者、长照机构住民、18岁以上免疫不全及免疫力低下且病情稳定者(即建议接种基础加强剂之对象)，前述对象不论先前剂次接种厂牌，「第二次追加剂」可打「莫德纳疫苗」（半剂量）、「BNT疫苗」（全剂量）或「蛋白质次单元」之高端、Novavax疫苗（全剂量）。
5月16日，首批辉瑞－BioNTech疫苗(儿童剂型)到货。
5月18日，正式实施修订「2019年冠状病毒病」定义，65岁(含)以上且非居家隔离、自主防疫、居家检疫者，使用家用抗原快筛试剂检测结果阳性，经医事人员确认，或由医事人员执行抗原快筛结果阳性者，即可研判为确定病例。
5月19日，台湾总确诊数突破100万例。
5月25日，儿童(5-11岁)首剂及青少年(12-17岁)第三剂(追加剂)辉瑞－BioNTech疫苗正式开打。
5月26日，正式实施修订「2019年冠状病毒病」定义，民众使用家用抗原快筛试剂检测结果阳性，不分年龄及族群，经医事人员确认，或由医事人员执行抗原快筛结果阳性者，即可研判为确定病例。首次「单日死亡」突破百例。
5月27日，单日新增「确诊」94,855例、单日新增「本土」94,808例，创「历史最高」纪录。
5月31日，台湾总确诊数突破200万例。
6月1日，正式暂停「国际机场」的「落地采验」政策，改采「唾液采验」措施。
6月9日，单日新增中重症个案575例(中症384例，重症191例)，创「历史最高」纪录。
6月10日，单日新增死亡人数213例，创「历史最高」纪录。「卫福部传染病防治咨询会预防接种组」（ACIP）召开专家会议，建议「5-11岁」(儿童)应完成2剂「COVID-19疫苗」接种，以降低染疫后重症及死亡的风险，并经参考疫苗临床试验结果及各国疫苗接种政策，建议2剂间隔4-8周以上；且基于目前尚无儿童族群以不同厂牌「COVID-19疫苗」完成基础剂接种之安全性及有效性数据，建议儿童族群以同厂牌「COVID-19疫苗」完成2剂接种。惟特殊情形(如第1剂接种后出现严重不良反应、指挥中心评估疫苗供应情形等)下，可以不同厂牌疫苗完成2剂接种。
6月14日，台湾总确诊数突破300万例。
6月17日，卫福部食药署召开专家会议，核准莫德纳疫苗用于6个月至5岁儿童的基础接种，施打两剂，每剂0.25 ml(含25微克的mRNA)，施打间隔28天。并核准Novavax疫苗专案输入，适用于18岁以上成人主动免疫接种以预防COVID-19，用法用量为施打两剂，每剂0.5毫升(含5微克的SARS-CoV-2棘蛋白)，两剂施打间隔3周。
6月18日，台湾总死亡人数突破5,000例。
6月21日，正式实施修订「2019年冠状病毒病」定义，新增民众使用经卫福部食药署核准通过之「家用新型冠状病毒核酸检验试剂」检测阳性，并经医师确认即为确诊。
6月27日，「卫福部传染病防治咨询会预防接种组」（ACIP）召开专家会议，正式宣布提供「6个月至5岁」（幼儿）莫德纳疫苗接种、「5至11岁」（儿童）COVID-19疫苗「基础加强剂」及「追加剂」接种、「机场港埠、居家检疫、航空机组员及机构与社福照护系统相关工作人员」接种「第二次追加剂」、Novavax疫苗使用于「18岁以上」民众「基础剂」、「基础加强剂」，及「第1次、第2次追加剂」接种，并公告「COVID-19确诊者」疫苗接种建议。
6月30日，首批Novavax疫苗到货。
7月1日，正式实施「机场港埠、居家检疫、航空机组员及机构与社福照护系统」相关人员为「第二次追加剂」接种对象。指挥中心修订「COVID-19重复感染之定义及个案处置原则」：解隔治疗之COVID-19确诊个案，除症状恶化等特殊情况外，建议于发病日或采检日3个月内无需再进行SARS-CoV-2检验。惟如于发病日或采检日1至3个月内症状恶化，且SARS-CoV-2 RT-PCR检验阳性且Ct值
===确诊病例年龄及性别分布===
====确诊个案====
自2020年1月起，至2023年3月20日止，共10,236,886例。
====死亡个案====
2021年5月11日至7月4日死亡的675名本土案例平均年龄73岁，而台湾2019年整体死者平均73.76岁。
自2020年1月起，至2023年3月20日止，共18,803例。
===各县市本土确诊数===
自2020年1月起，至2023年3月20日止，各县市累计本土个案确诊个案前五多的县市分别为新北市（2,106,835例）、台中市（1,252,264例）、高雄市（1,145,855例）、桃园市（1,122,273例）和台北市（1,012,500例）。
===本土病例中重症个案数===
自2022年1月1日起，至2023年2月22日止，本土病例共9,902,106例，含中重度以上病例47,459人，其中16,848人死亡。