【2019冠状病毒病台湾疫情时间线 (2020年)】
本条目解说2019冠状病毒-{}-病（COVID-19）疫情于2020年在中华民国自由地区（台澎金马）的情况。
2020年1月15日，卫生福利部疾病管制署增订「第五类法定传染病」命名此传染病为「严重特殊传染性-{}-肺炎」、并常简称为「武汉-{}-肺炎」time=2021-05-22T14:25:21+00:00，民间则常通称为「武汉-{}-肺炎」或「新冠-{}-肺炎」。疫情在2019年末于中国湖北省武汉市爆发后，对台湾的实质影响开始于2020年1月；由于台湾与中国大陆的人员与物资往来密切，以及全球各地陆续发生疫情，政府在疫情期间依《传染病防治法》成立应对单位——中央流行疫情指挥中心，负责统整协调指挥各政府部门来处理各种防疫措施，包括是否检疫的标准、国内人员管制、出入境管制、口罩管制措施等，并每日对外说明台湾及全球的疫情发展与状况。
2020年度累积：确诊数799例（本土56例、境外704例、敦睦36例、航空器2例、不明1例）、7例死亡。
==首例确诊前==
卫生福利部部长陈时中，于2020年1月23日兼任提升为二级开设的中央流行疫情指挥中心指挥官，同年2月27日指挥中心再提升为一级开设。
严重特殊传染性肺炎自中华人民共和国湖北省武汉市爆发后，有网友整理相关资讯noteTag|由帐号nomorepipe的网友于2019年12月31日2:24:19发表于批踢踢实业坊八卦板的文章，标题为「 武汉疑爆发非典型肺炎冠状病毒群聚感染？」于2019年12月31日凌晨于批踢踢发布。卫生福利部疾病管制署（下称疾管署）副署长罗一钧看到此资讯后于同日上午寄电子邮件向中国大陆疾控中心查证，同时发电子邮件至世界卫生组织「国际卫生条例」（IHR）联系窗口，邮件中特别提及「非典型肺炎」、「病患已进行隔离治疗」等字样，强烈暗示具人传人之可能性。同日傍晚6点，疾管署临时召开记者会说明武汉市的疫情，也马上开始针对自武汉直航入境之班机进行登机检疫。陆委会提醒前往中国大陆的民众做好自我的防疫措施。
2020年1月2日，疾管署召开「卫生福利部传染病防治咨询会-流感防治组农历春节流感因应整备会议」，就武汉地区肺炎疫情进行讨论。专家建议，除目前已实施的登机检疫外，医疗院所注意从武汉抵台之临床严重肺炎病人及加强通报，并提醒医护人员严格执行标准感染防护措施；进行插管、气切等侵入式医疗行为时应依规定佩戴N95口罩。
1月7日，疾管署将武汉市的旅游疫情建议列为第一级，同时对国际航线及小三通提升警戒。
1月12日，疾管署派出庄银清、洪敏南2名专家抵达武汉查访，实地交流并了解了防治的相关资讯，于15日返回。
1月15日，疾管署公告将「严重特殊传染性肺炎」列入第五类法定传染病。
1月16日，疾管署宣布提升中国湖北省武汉市的旅游疫情建议至第二级警示，提醒民众近期如前往武汉及邻近区域，应该做好个人防护的措施。
1月20日，由于中国大陆已有新型冠状病毒明显社区传播及疫情扩大情形，疾管署宣布成立「严重特殊传染性肺炎中央流行疫情指挥中心」（以下称中央流行疫情指挥中心），由疾管署署长周志浩担任指挥官。金门县是防疫的前线，距离中国大陆较近，在小三通海关使用大量的防疫仪器。
==首例确诊至首起死亡==
1月21日台湾的首例严重特殊传染性肺炎确诊后，疾管署提升中国湖北省武汉市旅游疫情建议至第三级警告，提醒如非必要应避免前往当地；大陆委员会也依指挥中心决定，同步调升武汉的旅游警示灯为「橙色」，建议民众避免非必要前往旅行；同日行政院院长苏贞昌表示政府严阵以待，境内备有约4400万个外科口罩，并备有约193万个N95口罩；隔日交通部观光局停止旅行业出团至湖北旅游，也停止接湖北的旅游团。交通部部长林佳龙指示，23日至29日共10个武汉赴台旅游团也协调取消；为配合防疫政策，内政部移民署在同日晚间已针对观光局所提供拟于1月底赴台的武汉团24团429人办理废证，且即日起暂停核发武汉旅游团的入境许可。
1月22日，总统蔡英文召开国安高层会议，听取政府相关部门最新防疫工作简报，并就疫情资讯掌握、国际共同防疫、错假讯息因应以及政府后续因应作为等，做出相关裁示，为农历新年期间的防疫工作做安排。会后发表了总统敞厅谈话。
1月23日，中央流行疫情指挥中心宣布将中心由三级提升至二级，由卫生福利部部长陈时中担任指挥官。原本只针对武汉人士的边境检疫扩大到所有中国大陆入境者，并拒绝居住于湖北省武汉市的居民登机入境，入境旅客必须详实填写行踪记录与健康状况声明书；隔日中央流行疫情中心宣布，为确保当地的口罩供应充足，自1月24日起管制N95口罩及外科口罩出口一个月，并要求25日凌晨零点开始到该月底，全面暂停旅行团前往中国大陆旅游。苏贞昌院长指示卫福部持续落实边境检疫应变措施，加强入境旅客发烧筛检，强化相关防疫措施。
1月24日，因应新增两例确诊新冠肺炎，旅游警示再次提升，预备至中国大陆旅游之旅游团，全面停止出团。原居住地在武汉的入境限制改扩大为湖北省地区（因当地部分地区已陆续封城）不准登机或入境。
位于台北市民生社区的屈臣氏民环门市外排队买口罩的民众，摄于2月2日
2月5日，台中一大润发内医疗用口罩货架已经清空
2月7日，严重特殊传染性肺炎大流行期间，领到号码牌的民众排队进入益华药局买口罩
1月25日，移民署提高中国大陆游客入境限制，入台证记载为观光、健检医美及专业交流者均不准入台，赴台就学的中国大陆学生及配偶不受其限制，同日时任高雄市长韩国瑜在主持第二级流行疫情指挥中心会议时宣布指挥中心提升一级开设，让高雄成为台湾第一个针对武汉肺炎防治一级开设的城市。此外屏东县疫情指挥中心等级也提升至第二级；两天后中央流行疫情指挥中心宣布自当天零时起暂缓受理中国大陆人士的观光签证；已发入台许可证者将推迟入境，在境内旅游的武汉团于1月26日全数离境，湖北团1月27日全数离境，中国大陆观光团应于1月31日前离境。
1月28日，新增两起境内确诊病例后，此时中国大陆疫情加剧，中央流行疫情指挥中心将全中国大陆纳入第三级旅游警示，隔日政府增强「电子监控」，发给居家隔离、检疫者约2000人每人一支定位手机，每天必须回报；
同日经济部商业司表示，自1月28日起连3天将在7-11、全家、莱尔富、OK超商等四大超商，每天供应6百万片战备口罩销售，不过每人限购3片。每片口罩定价为新台币8元，由于年假结束生产线渐渐恢复产能，2020年2月起降为每片6元。
1月31日，中央流行疫情指挥中心表示，台大医学院医技系张淑媛教授已从康复的第10例病患分离出新冠状病毒的病毒株，成为继中国大陆、澳洲、日本后，全球第4个分离出武汉肺炎病毒的国家地区，未来可进行更多研究、培养，以及发展疫苗、治疗药物及开发新药等。
2月1日，中央流行疫情指挥中心将中国大陆流行地区划分为2级，湖北省列为一级流行区、广东省列为二级流行地区，并宣布自2月2日起拒绝广东居民入境，近期有广东旅游史与透过小三通入境者，都须居家隔离14天。
2月2日，中央流行疫情指挥中心将浙江省温州市列为二级流行地区，宣布自2月3日起拒绝温州市民入境。
2月3日，教育部部长潘文忠表示，为了防止武汉肺炎疫情扩散，大专院校统一延后到2月25日以后开学，中国大陆学生2月9日后维持暂缓赴台，但学期仍要维持18周，高中（含）以下学校延后开学，由原订开学日之2月11日，更动为2月25日开学，且将暑假延后至7月15日。在这期间12岁（含）以下一方家长可请防疫照顾假留在家中照顾小孩。针对国中会考、统测等考试日程和入学措施时程则不变，因应开学时间延后和课程实施调整，会请相关考试单位调整考试范围。
针对研究所入学考试事宜，各校以不影响学校考试和考生的准备，依原计划进行，但办理入学考试事务时须依照，进行高规格防疫措施。
同日苏贞昌院长宣布口罩购买政策，2月4日起四大超商停止贩售口罩，并自2月6日起购买口罩采实名制，民众需使用健保卡在全台六千多家健保特约药局或卫生所（偏乡地区）购买，每个人在7天内限购2片，一人可持两张健保卡，一片降价为5元。晚间，首批撤侨专机有247人搭乘中国东方航空抵达台湾，再由专车载至新北市及台中市等检疫所。
2月4日，外交部领事事务局宣布自2月7日起，凡过去14天曾入境中国大陆的非台籍人士，均禁止入境台湾。入境前14天曾停靠陆港澳地区港口的邮轮，不得停靠台湾港口。
2月5日，陈时中部长兼指挥官宣布，因中国大陆疫情持续上升，中国大陆全境皆被列入二级以上流行区，居住中国各省市的中国大陆籍人士均全面暂缓入境，返台居民如有中国大陆居留、停留与旅游的纪录，亦列入居家检疫对象。
2月6日，中央流行疫情指挥中心宣布即日起国际邮轮禁止停靠台湾港口。口罩实名制正式上路。
2月7日，经中央流行疫情指挥中心讨论后，陆委会宣布自2月10日起暂停小三通客船服务，为自2003年SARS疫情以来再次暂停；交通部宣布自2月10日至4月30日，台湾往返中国大陆航线，除北京首都国际机场、上海浦东国际机场、上海虹桥国际机场、厦门高崎国际机场、成都双流国际机场外，全面停飞。同时因应钻石公主号邮轮已爆发群聚感染，中央流行疫情指挥中心透过灾防告警系统针对台湾北部发布防疫讯息，提醒1月31日曾去相关观光景点的旅客，请自主健康管理至2月14日。
2月8日，中央流行疫情指挥中心将中华人民共和国广东省列为一级流行区；陆委会宣布自2月10日起，暂停两岸海运客运直航。宝瓶星号上午11时抵基隆港后进行检疫，船上旅客至晚间确认采检均为阴性后，让旅客回家自主居家隔离14天，并安排外籍人士由机场离开。
2月10日，中央流行疫情指挥中心宣布自2月11日起，港澳人士除商务相关人士、拥有中华民国居留证港澳配偶与其未成年子女之外，皆暂缓入境。
2月11日，中央流行疫情指挥中心宣布针对疫情状况调整为港澳（三级 避免前往）、新加坡（二级 加强防护）、泰国（一级 注意防护）。外交部领事事务局因应菲律宾片面禁止台湾公民入境措施，同步将菲律宾旅游警示提升至红色（不宜前往 尽速离境）。晚间，陆委会宣布疫情期间有条件开放中国大陆籍非中华民国籍子女来台的措施，引发社会议论。
2月12日下午，中央流行疫情指挥中心宣布因疾管署反对陆委会的措施，撤销陆委会昨天宣布的措施。因新加坡境内感染陆续出现，指挥中心针对1月31日后全国医疗院所通报流感并发重症且流感检验为阴性的个案，皆须进行武汉肺炎病毒之检验。同日，大学入学考试中心宣布，大学入学指定科目考试由原定7月1日至3日改为7月3日至5日。
2月13日，经济部宣布禁止口罩出口与征用口罩政策，时限由原先的2月23日延长至4月底，未来再视疫情情况调整。
2月14日，蔡英文视察「台湾烟酒公司隆田酒厂」防疫用酒精生产情形
2月14日，中央流行疫情指挥中心将日本升为第一级（一级 一般措施），次日起将中国浙江省、河南省列为一级流行地区。
==首起死亡暨社区感染病例后==
2月16日，中央流行疫情中心宣布首例死亡暨社区感染案例，为中部一位61岁从事白牌计程车司机的男性，主要客户是有陆港澳旅游史的乘客，自身无出国旅游史，也非已知确诊病例密切接触者，不过有B型肝炎及糖尿病病史。该男性于1月27日出现咳嗽，2月3日因呼吸急促赴医院就医，诊断为肺炎，当日收治于负压加护病房治疗，2月15日晚间因肺炎合并败血症死亡。
同日，增加303家卫生所贩卖实名制口罩，其他规定不变。
2月17日，中央流行疫情中心宣布自2月20日起，12岁以下儿童7天内可购买4片儿童口罩，成人口罩维持7天内限购2片，其他规定不变。
2月18日，首批撤侨班机的台商自2月3日至今日（两个星期）隔离结束。另外鉴于钻石公主号确诊病例数逐日攀升，自即日起列为武汉肺炎感染区，船上台籍乘客（含旅客及工作人员）返台，必须依指挥中心安排搭乘包机回台，并遵守相关隔离检疫措施。
2月20日，中央流行疫情指挥中心将韩国的旅游疫情警示升为第一级（一级 一般措施）。一名自浙江返台的台商曾出现呼吸道症状，现已康复，血液送台大医院及中央研究院检验后，确认具有武汉肺炎抗体，防疫中心以此主张案19遭该台商传染。然而该名台商的家人以及部份专家对防疫中心的判断有所质疑，却被防疫中心以「违反传染病防治法第63条」为由函送侦办。
2月21日，执行第二波撤侨，钻石公主号上的中华民国籍20人（22名国籍乘客、2名双重国籍乘客、2名国籍船员、1名国籍随行医师，扣除5名确诊、2名隔离）搭乘包机从东京羽田机场离开日本，于晚间抵达桃园机场，并前往医院检验，无症状者必须在检疫所隔离14天。同日，陈时中部长表示将购买儿童口罩的年龄放宽到13岁（民国96年1月1日（含）后出生者），并自明(22)日起实施。
2月22日，中央流行疫情指挥中心将韩国及日本的旅游疫情警示升为第二级（二级 加强防护）。
2月23日，中央流行疫情指挥中心将伊朗及义大利的旅游疫情警示升为第一级（一级 一般措施）。钻石公主号上的中华民国籍19人（扣除随行医师）2次采检结果均为阴性，将送至检疫所隔离检疫14天。卫生福利部于今日比照其他传染病，公布严重特殊传染性肺炎的地理分布统计资料。
2月24日，中央流行疫情指挥中心将韩国的旅游疫情警示升为第三级（三级 不宜前往），自2月25日零时起，由韩国入境的外籍人士，需进行14天居家检疫；另自2月27日零时起，由韩国入境的台籍人士，也需进行14天居家检疫。在中国湖北武汉的血友病童基于医疗需求须搭机返台，全程均有防护措施，返台后必须强制隔离14天。
2月25日，中央流行疫情指挥中心将义大利的旅游疫情警示升为第二级（二级 加强防护），而外交部配合将义大利旅游警示升为橙色、北部疫区更升为红色灯号。另外，自2月27日起，儿童健保卡不受身分证字号尾数单双号分流限制，每日都可购买，且最多一次可持三张儿童健保卡购买口罩。
2月26日，中央流行疫情指挥中心将伊朗的旅游疫情警示升为第二级（二级 加强防护）。自武汉返台的血友病童及其母亲二采均为阴性，将送检疫所强制隔离14天。此外，案24的关联群组结案，依旧会往源头回朔，但非现阶段必要事项。
==疫情指挥中心一级开设==
2月27日，中央流行疫情指挥中心提升为一级开设，蔡英文协同相关人员视导防疫勤务重点协助单位33化学兵群
2月27日，中央及台北市流行疫情指挥中心提升为一级开设，由陈时中担任指挥官。同时，将义大利的旅游疫情警示升为第三级（三级 不宜前往），自2月28日零时起，14天内有义大利旅游史者，入境后需进行14天的居家检疫。另外，也公布了案32在双北2月16日至24日的活动轨迹，同时段出入者须自主健康管理14天。
2月29日，中央流行疫情指挥中心宣布第一起院内感染事件，为案34的相关案例，要求医院关闭案34确诊前之住院病房，并进行环境清洁消毒；针对有症状工作人员，若2次采检皆为阴性，仍应居家隔离14天，期满后再采检1次为阴性才能上班；无症状工作人员则须经采检阴性且隔离14天后才能上班；至于同病房住院病患均已安置於单人病房隔离，经采检阴性后才能出院，出院后仍须居家隔离14天。另外，也公布案33日本旅游路径2月17日自富山至高山，18日于岐阜县高鹫滑雪公园，19日自高冈搭乘JR雷鸟特急号(金泽至大阪)，20日于大阪环球影城，21日及22日于大阪市区。，同团有3人有症状并隔离，其余进行14天居家隔离。
3月1日，中央流行疫情指挥中心将伊朗的旅游疫情警示升为第三级（三级 不宜前往），提醒民众非必要勿前往，自3月2日零时起，14天内有伊朗旅游史者，入境后需进行14天的居家检疫。
3月2日，中央流行疫情指挥中心宣布自3月5日起成人口罩购买量增加为7天3片，儿童口罩购买量增加为7天5片，其余购买原则和价格不变。以色列旅游团11人于旅游搭机时，有一名以色列人确诊感染武汉肺炎，故该11人搭乘土耳其专机于2日返台，且须居家隔离14天。
3月3日，中央流行疫情指挥中心宣布案27的关联群组结案，依旧会往源头回朔，但非现阶段必要事项。
3月4日，中央流行疫情指挥中心宣布案33和案39结案，但5日确诊一名相关个案。
3月5日，蔡英文为参与「口罩国家队」工具机业者打气
3月5日，中央流行疫情指挥中心公布「公众集会因应指引」和企业「持续营运指引」供民众参考。另外，针对1名最近曾抵台演出的澳洲确诊病例进行疫调，并匡列接触者。还有，陈时中对于香港富豪狗的个案表示表示，「那不是从身体冒出来的，而是抹到的」，目前已经请农委会提高关注，并提供专业建议。
3月6日，中央流行疫情指挥中心宣布掌握澳洲确诊病例的行踪，在台活动史较单纯，社区传播风险低，已匡列接触者共147人，其中103人列为密切接触者须居家隔离14天，其他接触者则须自主健康管理14天。另外，友邦帛琉出现疑似病例，由新光医院感染科医师透过视讯协助采检，检体于晚间抵台，并送至疾管署实验室检验。
3月7日，中央流行疫情指挥中心将法国、德国及西班牙的旅游疫情警示升为第二级（二级 加强防护），从这3国入境的民众，应落实14天自主健康管理。另外，钻石公主号返台旅客自2月23日至3月7日（两个星期）隔离结束，全数阴性，返家后需进行自主健康管理。
3月8日，中央流行疫情指挥中心宣布9日起，调整与会者间适当距离及场地通风，会前提供干洗手，媒体及工作人员皆须签到、采固定座位，会后将进行场地及相关用具消毒，并避免以堵麦方式进行采访。
3月9日，蔡英文访视口罩制造商
3月10日，晚间，执行第三波撤侨、同时为第2批武汉撤侨包机，分由中华航空与中国东方航空执飞。由中华航空执飞的第三班撤侨专机搭载169人自武汉返台。
3月11日，蔡英文视察及慰劳中华邮政公司防疫物流作业同仁
3月11日，清晨，由中国东方航空执飞的第四班撤侨专机搭载192人自武汉返台。两架撤侨班机共361人返台，统一送至三处集中检疫所进行14天隔离。同日，中央流行疫情指挥中心将欧洲十六国希腊、捷克、葡萄牙、芬兰 、斯洛维尼亚、波兰、爱沙尼亚 、匈牙利、卢森堡、马尔他、斯洛伐克、拉脱维亚、立陶宛、列支敦斯登、英国及爱尔兰。的旅游疫情警示升为第一级（一级 一般措施）；欧洲八国及中东两国冰岛、瑞士、挪威、瑞典、比利时、荷兰、丹麦、奥地利、巴林王国及科威特。的旅游疫情警示升为第二级（二级 加强防护）。从以上国家入境的民众，应落实14天自主健康管理。
3月12日，中央流行疫情指挥中心宣布「口罩实名制2.0」上路，采用网路线上预约、实体商店取货的模式。
3月13日，中央流行疫情指挥中心表示，第2批武汉撤侨包机返台361人检验结果均为阴性，目前健康情形良好，持续于集中检疫所密切健康监测。
3月14日，中央流行疫情指挥中心将美国华盛顿州、纽约州及加利福尼亚州的旅游疫情警示升为第二级（二级 加强防护）。自14时起尚未从欧洲二十七国及中东一国法国、德国、西班牙、葡萄牙、奥地利、荷兰、比利时、卢森堡、丹麦、芬兰、瑞典、斯洛伐克、斯洛维尼亚、波兰、捷克、匈牙利、希腊、马尔他、爱沙尼亚、拉脱维亚、立陶宛、冰岛、挪威、瑞士、列支敦斯登、英国、爱尔兰及杜拜。登机者，需居家检疫14天。
3月15日，中央流行疫情指挥中心将埃及的旅游疫情警示升为第二级（二级 加强防护），从埃及入境的民众，应落实14天自主健康管理。另外，境外移入个案数再度超越境内传染个案数。
3月16日，蔡英文访视防护衣生产企业
==全球升为旅游疫情第一级以上后==
3月17日，中央流行疫情指挥中心将全球各国（除第二、三级国家与地区之外）的旅游疫情警示升为第一级（一级 一般措施）；欧洲四十国、中东十六国与一地区、北非五国及中亚九国法国、德国、西班牙、葡萄牙、奥地利、荷兰、比利时、卢森堡、丹麦、芬兰、瑞典、斯洛伐克、斯洛维尼亚、波兰、捷克、匈牙利、希腊、马尔他、爱沙尼亚、拉脱维亚、立陶宛、冰岛、挪威、瑞士、列支敦斯登、英国、爱尔兰、俄罗斯、白俄罗斯、乌克兰、罗马尼亚、保加利亚、赛普勒斯、塞尔维亚、波士尼亚与赫塞哥维纳、蒙特内哥罗、科索沃、克罗埃西亚、阿尔巴尼亚、北马其顿、杜拜、沙乌地阿拉伯、阿拉伯联合大公国、卡达、阿曼、叶门、科威特、巴林、约旦、黎巴嫩、叙利亚、伊拉克、以色列、土耳其、阿富汗、巴基斯坦、巴勒斯坦地区、埃及、利比亚、突尼西亚、阿尔及利亚、摩洛哥、乔治亚、亚塞拜然、亚美尼亚、哈萨克、吉尔吉斯、塔吉克、土库曼、乌兹别克及蒙古。的旅游疫情警示升为第三级（三级 不宜前往）。从第三级国家、地区入境者应居家检疫14天，外国无住所旅客可至集中检疫所付费居住；从其余国家入境者应落实14天自主健康管理。非必要前往旅游疫情建议等级第三级等国家或地区，返台后接受隔离或检疫者，不得领取补偿，并加征必要之费用，费用将另外公布。此外，民众入境填写检疫通知书资料若不确实(包括提供不实联络资料或漏填)，除不得领取防疫补偿金，将依「传染病防治法」最高处15万元罚锾，另违反相关检疫规定者，依法罚10至100万，并公布其姓名。自旅游疫情建议第三级以外国家、地区入台短期停留之外来人士无健保卡者，于入境后发病，除需自付门急诊医疗费用外，也需自付检验费用。因近期台湾境外移入个案数攀升，将往回追溯3月3日至14日期间所有自欧洲入境者，并针对其中可能之对象进行检验。
3月19日，蔡英文在指挥官陈时中等人陪同下，视察检验及疫苗研制中心，并为实验室同仁加油打气
3月19日，中央流行疫情指挥中心将亚洲十九国、东欧一国、北美洲两国及大洋洲十六国日本、新加坡、北韩、泰国、马来西亚、菲律宾、印尼、汶莱、越南、寮国、柬埔寨、缅甸、东帝汶、孟加拉、不丹、尼泊尔、斯里兰卡、印度、马尔地夫、摩尔多瓦、美国、加拿大、澳洲及纽西兰。的旅游疫情警示升为第三级（三级 不宜前往）。不论从何处返台，所有境外返台者，都需填写「入境健康声明暨居家检疫通知书」，并配合居家检疫14天（禁止外出，配合流行地区分级处理）。外籍人士除持有外交、商务相关文件或特殊文件人士与持有中华民国居留证者，一律禁止入境，入境者也须配合居家检疫。台湾旅行社禁止组团出国及接待抵台观光团体至4月30日。下午，蔡英文于总统府发表敞厅谈话，呼吁民众团结冷静、配合相关政策，政府会确保民生物资稳定供给。
3月21日，中央流行疫情指挥中心将全球的旅游疫情警示升为第三级（三级 不宜前往），台湾人应避免所有非必要之出境旅游，入境者须进行14天居家检疫。台湾5处机场免税商店开始代售征用之口罩给入境旅客，每份口罩价格新台币50元或美金2元，每人限购1份(成人型3片或儿童型5片)。旅客如为台籍或有居留证者，其口罩采购纪录将并入口罩实名制。另外，因近期境外移入个案数攀升，将往回追溯3月8日至18日间，自美国、东亚国家入境后就医者，即刻起居家检疫，并进行COVID-19(武汉肺炎)病毒检验。针对外籍人士，以免签证、落地签证或持停留签证入境台湾，且停留期限尚未逾期之外籍人士，其在台得停留期限，一律自动延长30日，毋需另行申请。
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3月22日，中央研究院南港院区爆发群聚感染事件，共有5位研究员确诊。
3月24日，中央流行疫情指挥中心表示为避免疫情透过航空运输传播，即日起至4月7日，将全面禁止旅客登机入台转机，以减少人口跨境流动与降低疾病传播风险。
3月25日，中央流行疫情指挥中心宣布自即日起，室内超过100人以上、室外超过500人以上的公众集会活动建议停办，以减低社区感染的风险。「口罩实名制2.0」进行第二轮线上预购。第2批武汉包机返台361人已于今日清晨解除隔离，其中140人由亲友接送、221人搭乘交通部安排的游览车至定点后各自返家。
3月26日，开放「口罩实名制2.0」第一阶段预购成功者取货，行政院长苏贞昌早上亲自到超商体验领取流程，并表示正在评估未来让民众可以一次买更多、限制更少、方式更多元。
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3月29日，由中华航空定期班机CI504以「类包机」方式，从上海浦东机场接回滞留湖北的台湾民众，共153人返台，统一送至集中检疫所进行14天隔离。
3月30日，第一批第二架自中国大陆起飞的「类包机」搭载214人抵台，并统一送至集中检疫所进行14天隔离。
3月31日，中央疫情指挥中心初步研议，建议在非特定人场所，室外的社交距离至少1公尺，室内至少1.5公尺，如果特殊状况无法达到，要戴口罩或使用隔板。现阶段以软性劝导，希望民众自律，暂无强制规范
==施行「社交距离注意事项」第一阶段后==
4月1日，指挥中心制定公布两阶段「社交距离注意事项」，在兼顾民众合理权益，并顾及境内防疫安全等双重前提下，降低社区感染风险，分阶段鼓励或强制保持社交距离。所有大众运输系统，包含高铁、台铁、航空、公路、邮局服务，全面量测使用者体温，体温合格者且必须戴口罩才能进站或搭车、进入服务区。另外，「全面禁止旅客来台转机」政策（首度延后）延长至4月30日。
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4月3日，有疑似症状之入境乘客，应依照指示搭乘防疫车辆前往检疫所，静待检体检验结果，再做进一步的隔离或检疫。搭乘大众交通必须戴口罩，屡劝不听者，可处新台币3000元以上、1万5000元以下罚锾。
4月4日，搭乘计程车（包含UBER）必须戴口罩，屡劝不听者司机可拒载，以维护司机安全。
4月6日，因应清明连假各地涌现观光人潮，未能保持社交距离，指挥中心呼吁民众若在连假期间曾至人潮拥挤的地方活动，请自主健康管理14天，避免出入公共场所，外出时务必配戴口罩，尽可能在家上班，如有身体不适就医时务必告知旅游史。
疾管署在台湾桃园国际机场设立的发烧筛检站
4月9日，酒店和舞厅即日起全面停止营业。「口罩实名制」改为儿童每14天10片，成人改为每14天9片，取消原先身分证号末码单双号分流限制，并放宽儿童、成人口罩类型限制，可依个人脸型购买。4月1日开始的第3批口罩实名制线上预购适用此新规定。
4月10日，著名观光景点、国家公园、游乐区及夜市、寺庙等人潮密集公共场域，实施人流管制等相关防疫措施。
4月15日，试办网购4至8岁小童立体口罩，一样透过eMask口罩预购系统预订。另外因成人购买儿童口罩比例过高，恢复儿童口罩购买年龄限制，16(含)岁以下之健保卡才能购买儿童口罩。
4月17日，行政院通过国防部所提案的加强国军防疫及战备需求，官兵每人每日配发1片口罩至疫情结束，18日开始补给配送。
4月18日，过去14天如有欧洲、美洲地区旅游史，返台前需先通报，如家中有慢性病、年长者、幼童、无检疫专用独立套房，一律入住防疫旅馆。另外，滞留阿拉伯联合大公国的60位民众，搭乘阿联酋航空包机返台。
4月19日，考量递送口罩的邮差，及协助实名制口罩的药师、药剂生和卫生所人员的辛劳，每周日不再卖实名制口罩。
4月20日，第二批第一架自中国大陆撤侨的「类包机」搭载231人抵台，并统一送至集中检疫所进行14天隔离。
4月21日，过去14天如有东南亚地区旅游史，返台前需先通报，如家中有慢性病、年长者、幼童、无检疫专用独立套房，一律入住防疫旅馆。另外，第二批第二架自中国大陆撤侨的「类包机」搭载229人抵台，并统一送至集中检疫所进行14天隔离。
4月22日，口罩实名制3.0上路，新增超商预购功能，民众可持全家人的健保卡到超商一次预购完毕。
4月23日，国际疫情持续严峻，为维护境内防疫安全，原本4月29日到期的「限缩两岸航空客运直航航线」（首度延后）及4月30日到期的「全面禁止旅客来台转机」（第二度延后）二项政策，将继续延长执行。解禁时程将视疫情状况决定。
4月25日，部分居隔或居检者因二亲等亲属身故或重病等社会紧急需求，需外出奔丧或探视。基于人道考量，开放上述条件民众向所在地方卫生局提出外出申请。
4月28日，中央流行疫情指挥中心成立满100天(1月20日成立)。
4月30日，因应即将到来的五一连假，指挥中心推出「COVID-19疫情期间民众假期生活防疫指引」。此外，随著境内疫情趋缓，为了让民众逐步回归正常生活，将启动「防疫新生活运动」，希望民众在维持个人防疫措施的情况下，可以放心参与各项户外活动。实施细节与启动时间，将邀集相关部会进行讨论后，于近期对外公布。
5月3日，敦睦远训支队专案共713人已于清晨隔离期满，检验阴性即可解除隔离返家，返家后需落实自主健康管理。
5月4日，海外返台前皆需先通报，如家中有慢性病、年长者、幼童、无检疫专用独立套房，一律入住防疫旅馆。
==逐步放宽防疫措施==
5月7日，玉山国家公园、太鲁阁国家公园、雪霸国家公园回复原山屋申请数量，新申请者与候补者依放宽后之住宿量申请办理。
5月8日，2020全球首场开放球迷进场的职棒赛事在新庄棒球场开赛，由中央流行疫情指挥中心指挥官陈时中担任神秘嘉宾，三军联合旗队领队开场、陆军特战指挥部60位官兵举护巨幅国旗，并由第一线执行防疫任务的化学兵群官兵代表领唱国歌
5月8日，原先为了防疫而不开放民众进场之中华职棒例行赛，每场比赛将开放1000名观众进场观赛。此外，滞留湖北民众可自行返台，惟搭机时应加强防护作为，并于返台后集中检疫14天。暂停营业之业者，经各县市政府评估符合防疫及安全条件后，可开放营业，不受室内100人、室外500人的限制。
5月10日，台湾超过28天（2个14日潜伏期）没有本土病例，以公卫立场来看属于相当安全的社区。但国际疫情仍处于大规模流行阶段，不可掉以轻心。
5月15日，交通部召开第七次防疫会议，研商第三阶段的交通观光防疫措施松绑推动方案（草案），其中有关两岸客运航点、海运直航及小三通客船航班等，规划于10月1日全面恢复。陈时中于16日针对此议题指出，交通部的规画是超前准备，先做构想并提出时间表，实际上要如何做还是要看疫情的发展而定。中华职棒例行赛每场开放进场观众增加至2千名，也能于场内食用官方准备之餐盒。
5月16日，鉴于商务人士居家检疫十四天可能影响商务作业，研拟改为商务人士入台居家检疫第五天后即可采检，若采检结果为阴性可短暂外出2至3天。经济部官员表示，口罩本周单日最高产量达2000万片，平均日产能达1800万到1900万片。
5月19日，考量目前国际疫情仍严峻，交通部观光局暂停旅行业组团赴境外旅游以及接待赴台观光团体入境之禁令延至6月30日。
5月20日，陈时中参加「各部会首长宣誓典礼」，续任卫福部部长
5月20日，因应蔡英文政府第二任期从本日开始，内阁成员改组，陈时中续任卫福部部长，并继续担任防疫总指挥官。
5月25日，台湾居家隔离人数于今日归零。放宽精神科病房探视，在相关防疫措施及限定条件下亲友可预约探视，访客与病人仍需全程佩戴口罩。
5月26日，中央流行疫情指挥中心表示，如台湾至6月7日仍可维持本土病例零确诊或无社区感染，将扩大松绑生活防疫规范。民众只要配合实名制，及落实个人防护措施，从事各项日常及休闲活动将不再受限于人数限制规范。
5月27日，经济部长沈荣津表示，目前台湾医疗口罩每日产能约2,000万个，政府口罩库存量超过2~3亿片，因此6月1日起国产口罩将部分开放内外销。口罩开放销售后，以健保卡购买的14天9片实名制机制仍不变，其余将恢复自由买卖和市场机制。沈荣津表示，厂商、通路商考虑到实名制5元，定价时每片一定会低于5元，由民众自己选择。但口罩业者表示：「口罩成本原料涨价已较疫情前高，若再加上运输、包装成本，售价恐怕会高于5元」、「希望如实反映价格，回归市场机制后，口罩需要包装、物流成本，且通路商也要赚钱，成本结构与往日大不相同，若政府订定1片不得超过5元是不合理的」。针对业者回馈反弹，经济部官员解释，实名制每片5元是作为业者自由贩售定价的参考原则，并非强制定价，后续价格仍是回归市场机制。
5月28日，由于境内疫情风险低，将松绑民众生活防疫措施，考量实务作业、咨询专家并与相关部会研商后，公布「COVID-19因应指引：实联制措施指引」，供各界参考运用。
5月29日，由于境内疫情已趋稳定且检验量能日益提升，开放有检验需求民众可自行至指定院所进行自费检验，以取得相关检验证明文件。但目前并无实施普筛之必要性。
5月30日，鉴于瑞德西韦疗效及安全性已有初步证据支持，且国际间亦陆续核准该药品使用，基于台湾公共卫生需求、医疗利益与风险平衡，食药署有条件核准该药品专案输入使用于重度新型冠状病毒感染的病人。
6月1日，解除医疗级口罩内外销的销售禁令，但仍会与实名制并行，保障民众购买权益。解禁后政府仍会每日定量征收800万片以供实名制购买、库存量、战备量等使用，剩下产量由厂商自由销售，厂商可外销也可在台湾贩售。台铁、高铁饮食有条件解禁，只要旅客维持社交距离，便可在列车上饮食，但吃完仍须戴口罩。疾病管制署依国际间最新临床试验结果与6月1日专家咨询会议建议修订完成第七版「新型冠状病毒(SARS-CoV-2)感染临床处置暂行指引」（如附件）。
6月2日，宣布禁令解除后，携带、邮寄或快递医疗口罩至海外不再设限且不需申请输出许可，但是一旦口罩库存量低于1亿片，将提高征用量从800万片提升至1200万片。
==逐步解封防疫措施==
6月7日，疫情指挥中心至今已成立140天，开了164场记者会。因应疫情趋缓，未来记者会改为一周一次，订于每周三下午2时举行。卫生福利部整合中央及地方政府各项防疫政策的决策过程，并将此「台湾模式」以网站「 COVID-19台湾防疫关键决策网date=20200607083545 」呈现，向民众及各国说明台湾防疫成功因素、卫生医疗体系基础、重大政策等。交通部对多项管制措施进行松绑，台铁连续假期可卖站票但有数量限制；高铁可卖自由座；车厢、班机内恢复贩售饮食与商品；观光景区和游乐区取消人数及车辆限制。车站、捷运进站仍须量体温，但保持社交距离下可脱口罩。电影院无需梅花座、人数不受限制，保持安全距离，可以不戴口罩。中华职棒座位采间隔梅花座但人数不受限制，保持安全距离，可以不戴口罩，现场可以饮食、贩卖食物。指挥中心例行记者会改为每周三召开。
6月17日，考量长期隔离治疗对个案身心之影响及医疗资源使用之适当性，经参考国际作法及相关研究实证并咨询专家后，将现行确诊个案解除隔离条件，由连续3次呼吸道检体检验阴性，调整为连续2次检验阴性即可解除隔离。境外确诊个案须符合：(1)发病日至登机日已逾2个月，且症状已缓解、(2)距发病日已达10天，且取得2次呼吸道检体检验SARS-CoV-2阴性证明(须间隔至少24小时采检)，条件之一才能搭机抵达台湾，违者将处新台币1万元以上15万元以下罚锾。
6月19日，放宽医疗院所人员管制措施，每日开放探视时段增至2个，不限病房科别，但须全程配戴口罩，且至多2名访客，尽量避免不必要的探视，以降低感染风险。
6月22日，短期商务人士入境，可有条件申请缩短居家检疫时间至5~7日。
6月25日，开放桃园机场转机，但排除疫情仍属严峻的中国大陆，并仅能搭乘同一航空集团营运的航班(华航、长荣及国泰航空)，且限制转机停留时间在8小时以内。
6月29日，外籍人士除观光、一般社会访问以外，得提出申请入境；港澳人士有特殊人道考量、紧急协处、商务履约、跨国企业内部调动及商务经贸交流(含工作居留、投资居留及创新创业居留等)之需求，或已取得居留证之外籍配偶、子女，得提出申请入境。但仍应主动出示「表订登机时间前3天内之COVID-19核酸检验阴性报告(英文版)」，并配合入境后居家检疫14天及必要之检疫措施。
6月30日，中央流行疫情指挥中心发言人庄人祥表示，口罩征用政策将延长到今年12月底，口罩实名制政策也将继续办理。
7月8日，放宽居家隔离/检疫者奔丧或探视之次数及时间，隔离/检疫5天后无症状且检验阴性者，经医院同意后由地方卫生单位安排外出，无论探病、奔丧或办理丧事均以每天1次、每次2小时为原则，期间不得搭乘大众交通工具，需全程佩戴口罩并保持安全社交距离。
7月15日，逾期未领实名制口罩的民众可至原指定通路及门市补领，处理费及简讯等相关费用则由民众自行负担。
7月16日，台湾人之2岁(含)以下持居留证的中国大陆籍子女申请入境，并得由父母亲陪同，入境后须依规定完成14天居家检疫。
7月24日，交通部观光局宣布〈暂停旅行业组团赴国外旅游及接待来台观光团体入境措施〉将再持续实施至8月31日，并视后续疫情发展适时调整公告事宜。
7月26日，自菲律宾飞抵台湾的旅客中，台湾人及持居留证或居留签证、移工、境外生、外交公务等外国籍人士，无论有无症状，入境时均须于机场完成采检，有症状者送至集中检疫所等候检验结果，无症状者返家或至防疫旅馆完成居家检疫14天。未持有台湾居留证之外国籍人士，仍须提供登机前3日内之COVID-19检验阴性报告，才能登机、转机及入境台湾，并于入境后进行居家检疫14天。
8月1日，除健康检查、美容医学等非急迫性医疗需求外，国际医疗病患可透过医疗机构检具相关资料、文件提出赴台就医申请。可申请其配偶或3亲等内亲属2人陪同，必要时得增加1位居住国的医事人员或其他照护者随行，需附医疗保险证明、检疫切结书、入境健康证明。
8月5日，部分场所回复戴口罩规定。
8月12日，自菲律宾飞抵台湾的旅客均需于集中检疫场所接受检疫14天。
8月13日，6岁以下中国大陆籍子女及其陪同父母均得返台，入境后须依规定完成14天居家检疫。
8月17日，彰化县卫生局长叶彦伯主动采验无症状居家检疫者，而后被检疫者确诊，由于不符合指挥中心筛检作业程式，中央流行疫情指挥中心指挥官陈时中同日下令政风处调查采检流程是否符合程序及采检理由，引发争议。
==秋冬防疫专案==
12月1日，启动「秋冬防疫专案」，强化「边境检疫」、「社区防疫」及「医疗应变」措施。边境检疫：所有入境及转机旅客登机前须附3日内COVID-19核酸检验报告；社区防疫：出入八大类场所应佩戴口罩，经劝导不听者依法开罚；医疗应变：加强通报采检，订定奖励指标。
12月4日，暂停引进印尼籍移工入境来台工作二周，视当地疫情再评估是否自12月18日起减半原印尼籍移工每周入境人数。
12月9日，宣布移工完成14日集中检疫及居家检疫期满，应进行7日之自主健康管理。为掌握移工于自主健康管理行踪及落实移工生活照顾，雇主或仲介公司应于移工入境登录检疫作业时，同时于「入出国移工机场关怀服务网」，登录移工自主健康管理地点（如雇主工作地、仲介公司安置处所等），以利掌握移工行踪及地方政府进行实地关怀。自主健康管理期间应尽量一人一室。如有困难者，应保持1.5公尺距离，配戴口罩、落实消毒作业。
12月16日，鉴于印尼疫情持续升温，自12月18日起，持续暂停引进印尼籍移工来台工作，并视当地疫情状况，再决定重新开放之时间。
12月22日，疫情中心考量年度跨年晚会活动具人潮拥挤、长时间、近距离接触不特定人士之特性，请参与民众务必遵守下述活动期间之防疫规范：
#主办单位应于活动场域提供足量之手部清消用品、提高公共厕所之消毒频率并设有医疗应变措施，且除指定贩卖区外，场内不得贩售饮食。
#室内活动不得贩售无座位票并落实实联制，同时须规划固定入口，且于入口处进行体温量测及手部消毒（消毒频率可适时增加）。
#参与活动者于活动期间应全程佩戴口罩，除补充水分外，禁止饮食，经劝导不听者，予以裁罚（罚款最重者可达新台币一百万）。
#居家检疫、居家隔离、自主健康管理期间者，及有发烧、呼吸道症状、腹泻、嗅味觉异常等疑似症状之民众（包括表演者及活动工作人员），不得参加相关活动。
#为利通知防疫相关讯息，请参加民众携带手机（须维持开机状态）。
同样在12月22日，台湾出现1例本土确诊病例（案771），为4月12日（案386）后首例本土确诊个案。
自12月23日零时起，因应英国疫情严峻且病毒出现变异，自英国入境及过去14日有英国旅游史者皆至集中检疫所进行居家检疫。另外，针对（12月13日至22日具英国旅游史）的入境旅客共计216人，将进行回溯采检。2021年1月8日疫情中心检疫结果公布，除1+3名确诊（旧案－案342与案787、案791、案799）案例外，其余212人均呈阴性，至此「英国专案」宣布结案。12月23日起具英国旅游史旅客，将全数入住集中检疫所，入住后与期满前会各采检一次。至2021年1月8日止，总计英国变种病毒确诊者有5例（案791、案792、案793、案799及后续新增的案804）。
同日伦敦飞返台北客机航班数减半，由于华航、长荣每周均有一班航班往返伦敦，本周由华航先行执飞（本周长荣航班取消），后续则由民航局协调华航、长荣轮流派飞。
同日指挥中心强调，目前所实施之「国籍航空公司实施机组人员防疫健康管控措施作业原则」，机组员要在完整的防护措施前提下，才可缩短居家检疫天数，将加强航空检疫措施，尤其针对机组员在外站及机舱内如何落实防疫等管理机制，并订出确实的惩罚办法，以兼顾防疫及航空业的正常营运。
12月27日，华航航班载运旅客（含机组员13人）共计127人之专机，自英国伦敦抵台。除机上旅客确诊者外（案792、案793及案794），剩余111人则被安排住进检疫所（阳明山和乌来）内，2021年1月11日零时隔离期满，在采检阴性者后，111名旅客陆续顺利离开检疫所（转至各自住家自主健康管理7天）。
自12月31日起，实名制口罩从原本14天9片45元，调整为14天10片40元且为源头独立包装、标示生产商。