【中华民国首长特别费事件】
首长特别费事件是指2006年于中华民国国务机要费案之后，检察单位针对各个首长的特别费支出进行调查与起诉的一列活动。多数行政首长都被发现将特别费使用于私人支出上以及为了报销特别费而使用假发票报帐的现象，其中最受瞩目的就是马英九在台北市市长任内的特别费案。
遭受调查的首长，除马英九之外，还有萧万长、连战、吴敦义、蔡英文、谢长廷、苏贞昌、吕秀莲、游锡堃等多名政务首长遭调查、侦讯、起诉及法庭审理。由于民进党执政时期其中遭波及的民进党公职人员较多，直到政党二次轮替国民党重新执政以后，民进党对此认为检察机关明显偏袒，要求立法院民进党团扩大检举国民党政务官特别费问题。
在该事件之后，前台北市市长马英九的秘书长（经查证特别费案判决书，余文时任市府秘书处科员，为事务官，非政务官秘书长）余文与杜正胜幕僚郭秀霞、陈香微是少数因特别费被判刑的人士，而首长皆被判处无罪。法官蔡守训审理马英九案时，判决马英九无罪，但判决陈水扁国务机要费案认定有罪，引起民进党抗议两案审理标准不同。2011年5月立法院通过特别费除罪化，但是由于并没有将国务机要费除罪化，仍有泛绿官员被继续审判，但皆被判无罪或缓刑。
==事件经过==
*2006年5月起，民主进步党数名民意代表（立法委员谢欣霓，台北市议员徐佳青、周威佑等）质疑马英九特别费的支出方式，并检举告发。告发者认为，特别费的持有人仅具有特别费的支配权，而非所有权，告发者认为马英九此举涉嫌贪污与伪造文书等两项非告诉乃论罪。
2006年，卷入特别费争议的马英九。
*2006年11月14日，马英九因特别费支出争议，遭台北地检署侦讯。检察官侯宽仁以「他」字案关系人身份，传讯马英九出庭说明。调查显示台北市政府特别费的一半被直接汇入马英九帐户并私用。中国国民党及民进党立委蔡启芳在此时对其他首长的特别费提出争议，认为全中华民国的主管之特别费，连检察机构内的检察长都应为侦查之对象。
*2006年12月20日，台南地检署传讯包括台南市市长许添财及台南市前副市长许阳明等四位被告及六位关系人，为继马英九之后，第二位地方首长被传唤到案说明。
*2007年2月5日，龙应台在《中国时报》发表「自首报告」自承：「从一九九九年秋天踏进台北市政府成为台北市的首任文化局长开始，我的特支费的一半，三万四千元，就是每个月直接汇入薪资帐户的。秘书作业自动处理，没问过我，也没有任何人告诉过我还有其他的可能作法。」。
*2007年2月13日，台北地方法院检察署正式宣布马英九所涉及的特别费案件侦查终结，以违反贪污治罪条例、伪造文书罪为由，起诉马英九与秘书室科员余文。
*2007年3月12日，台南地检署侦结台南市长许添财与副市长许阳明特别费的案件，许添财因公支出大于特别费，故检察官给予许添财予不起诉处分，而许阳明因搜集他人消费之发票诈领特别费遭检察官依贪污治罪条例、伪造文书起诉。
*2007年8月14日，台北地方法院宣判马英九特别费案一审无罪。法官蔡守训以「领据核销半数特别费，确系在维系特别费乃首长法定薪资外之实质补贴属性」和「客观上显乏使用任何欺罔不实之诈术方法使任何会计审计人员陷于错误而核发之举措」认定马英九无罪。同案的余文依伪造文书罪判有期徒刑1年2个月，可上诉。
*2007年8月17日，台北地检署检察官侯宽仁宣布对马英九提起再上诉。
*2007年9月21日，曾担任桃园县长及宜兰县长的吕秀莲和游锡堃以及曾担任外交部长的陈唐山也因特别费遭特别侦查组依贪污治罪条例、伪造文书罪起诉。游锡堃遭起诉后，则在当日晚宣布辞去民进党主席职务。至于谢长廷和苏贞昌将特别费汇入私人帐户之部份，引用大水库理论，予以不起诉处分。
*2007年12月28日，台湾高等法院二审判决马英九无罪；同案的余文依伪造文书罪判有期徒刑1年。
*2008年1月3日，马英九控告负责特别费案之检察官侯宽仁笔录不实，涉嫌伪造文书及渎职。
*2008年4月24日，马英九特别费案，最高法院三审宣判上诉驳回，马英九无罪定谳，同案的余文有期徒刑1年定谳。
*2008年7月15日，特别侦查组依贪污治罪条例、伪造文书罪起诉5名已卸任之民进党首长，包含杜正胜、施茂林、李逸洋、林嘉诚、朱武献。民进党修改因贪污而停权或开除党籍的规定，其中包括：若四分之三以上廉政委员认为司法判决有争议时，可以免罚。
*2008年11月，有些人质疑侦查时对泛绿的标准比泛蓝严格很多，曾承办国务机要费的检察官陈瑞仁发言表示「应避免办案对象群组化」。
*2009年6月，自由时报的报导认为司法对泛绿早已起诉移审，对泛蓝的特别费问题则以「侦查中」之由按兵不动；且传言蓝营将采取「拖」字诀，并在拖无可拖时，修法解套特别费问题。
*2009年7月，泛绿决定以法律行动反制部分检察官，泛绿认为这些检察官针对泛绿滥权起诉。余文出狱后，击败多名竞争者，得到台北市兵役处的公职录取（台北市市长已换为郝龙斌）。
*2009年9月30日，因特别费被起诉的第二案，前台南市副市长许阳明经台南地方法院近三年之审理，一审判决许阳明无罪。本案的审理，许阳明除了就特别费的统一性质，在法律上并无所谓的「领据的特别费」与「单据的特别费」两种，因此特别费不应有不同的对待标准。且过去特别费的使用一向尊重首长使用的惯例、许阳明从未经手申报特别费之等等辩护之外，判决书采纳许阳明的辩护词，反驳起诉书说「岂有一方面认实质补贴性质，另一方面又认为以私人花费报领特别费应构成职务上诈领财物之理。」且判决书反驳检方起诉书所说的特别费是「特别酬庸」或「实质补贴」的说法，认定特别费不具待遇性质，特别费并非「特别酬庸」或「实质补贴」。一审判决书叙明：一、许阳明从未经手申报特别费，也从未有一笔特别费，无论是领据部分或单据部分汇至私人帐户，而是放在办公室公用，薪水也是先扣除办公室的不足支出后，再汇至个人帐户。根据检调单位所取得的办公室电脑记帐记录查证，判决书认定，许阳明放在办公室公用的薪资及个人奖金等「其他收入所得已足以支付其个人花费，根本不需动用到特别费。」二、起诉书说许阳明将许添财市长的消费拿来申报，判决书说：「显有违误。」起诉书说许阳明卸任后还申报特别费，判决书说：「应有误认。」三、许阳明在台北、高雄之消费，例如牛排消费，大饭店消费及诸多其他消费--等等，经证人包括中时晚报前总经理、中华民国自然保育协会副理事长、台南市记者....等等很多位到庭作证，另外包括接待瓜地马拉总统、日本交流协会秘书长垂秀夫---等等费用，也经公务行程--等等证明。这部分判决书说：「证明均与公务有关。」四、许阳明认为消费经再三查证仍有一些不清楚之处，检察官如认为与公务无关应负举证责任。判决书因此判定：「起诉书仅记载消费时间、地点及报销项目，就消费目的为何，是否全然与公务无关，并未提出任何证据为凭，因此无法遽指此一部份报领有何不法。」--等等理由，因此判许阳明无罪。此案台南地检署继续上诉，2010年5月13日，台南高等法院二审判决，驳回上诉，检方再度上诉。11月4日，最高法院判决驳回上诉，本案历时四年多，终告无罪三审定谳。
*2011年5月3日，立法院三读通过《会计法》第九十九条之一增订案，民国95年（2006年）12月31日前特别费的报支、经办、核销、支用及其他事项，不追究行政及民事责任；如涉及刑事责任者，不罚，将特别费问题除罪化。该法案原本是立院民进党团提出，民进党当时罗列特别费、机要费、机密费、办公费、研究费、民意代表助理费、出国考察费、村里长事务补助费等多项费用，但国民党修改成只包括特别费。5月18日总统公布此次法案，成为法律。
*2011年6月23日，因会计法增订第九十九条之一除罪化，特别侦查组因而签结111人。另外因原始凭证已销毁签结23人、查无具体不法事证签结47人、发交各地检署办理签结12人，被告死亡签结1人，计签结194人。
*2011年7月29日，民进党首长特别费案，台北地方法院一审宣判，施茂林、李逸洋、林嘉诚、朱武献等人被起诉的犯罪事实为95年12月31日以前，给予免诉判决；杜正胜获判无罪（检方未对施茂林、李逸洋、林嘉诚、朱武献、杜正胜提起上诉，一审定谳）。但杜正胜幕僚触犯伪造文书罪，判处郭秀霞有期徒刑2年、陈香微1年4个月。
*2011年11月24日，民进党首长特别费案，台湾高等法院二审宣判，杜正胜幕僚触犯伪造文书罪，判处郭秀霞有期徒刑2年（缓刑3年）、陈香微7个月（缓刑2年），全案定谳。
*2012年7月2日，前副总统吕秀莲、前行政院长游锡堃、前外交部长陈唐山等人国务费及首长特别费案，台北地院判决3人无罪及免诉。经办相关费用的6名幕僚，因使用不实发票、单据核销，构成伪造文书罪，被分别判刑2个月到6个月，但均获得缓刑2年。检方未对吕秀莲、游锡堃、陈唐山提起上诉，6名幕僚亦未上诉，全案定谳。
==社会评论==
*马英九认为任内可报为因公支出之公益、公务捐赠之总金额共达5,150万3,199元，远高于所领取之「领据特别费」总金额（1,530万4,300元），因此根据大水库理论，他并未挪用「领据特别费」（部分捐款来自选举补助款）。
*由于台湾的报帐体系僵化，以其他发票报帐是常态，例如实验室的设备是以购买墨水匣或连接线的名义报帐。但不能光以此现象就认定贪污罪成立，此现象称为「公款公用」但非「公款法用」。以此标准来观察，马英九使用家人发票报帐的行为被检察官侯宽仁一律视为「公款公用」，但因马英九把特别费当成财产申报才起诉之。
*部分人相信余文是司法恶意误判下造成的冤狱，例如中国人权协会指出：「（特别费案是）行政陋习所形成的历史共业，不应由余文一人承担，呼吁检察官暂缓对余文案执行，以期人权保障。」余文回任公务员之后，舆论虽然没有刻意谴责余文，但是却质疑其品德操守是否能再度担任公务员。
==后续发展==
检方继续清查政府各项支出报帐，后续多位民代因利用公款上酒店再以假发票报帐而入狱，如颜清标、张清堂等人。
2012年起，检方发现国立大学院校的教授申请国科会计划以假发票报帐，估计有一千多位教授涉案，有700位教授及研究人员遭约谈、起诉，被称为大专院校教授涉挪用国科会补助款弊案。
2011年5月，立法院通过会计法修正案，将政府首长特别费事件中以假发票报帐的行为除罪化，但没有涵盖民意代表及大学教授。
2013年5月，立法院再度通过会计法修正案，将民意代表以假发票报帐行为除罪化，并溯及既往。此修正案随即引发争议，被质疑是颜清标条款。马英九总统召开记者会道歉，责成行政院进行覆议，立法院召开临时会，同意覆议，修法退回原点。