【裸鳃类的谱系学分类】
Acanthodoris lutea在美国加利福尼亚的潮池中产卵。
裸鳃类的谱系学分类仍在研究中。一般来说，本支序的物种大致可以分为有角鳃类和无角鳃类两大类，但若以物种的丰盛度来看，则以海牛类 (裸鳃类)及蓑海牛类两大分类最丰富。不同的文献对这两大分类所包含的物种有所出入。以下为最新的分类及过往历史上曾经出现的主流分类。
==概说==
裸鳃目原是后鳃目的成员，其科学分类到现在仍在研究中，仍不时会有改动。从18S核糖体DNA的资料显示，裸鳃类应该是一个单系群。传统上，裸鳃类的分类如下：
* 花鳃类 Anthobranchia
** 海牛总科 Doridoidea：又名隐鳃类
** Doridoxoidea
** Onchidoridoidea
** 多角总科 Polyceroidea
* 枝鳃类 Cladobranchia
** 蓑海牛总科 Aeolidioidea
** 片鳃海蛞蝓总科 Arminoidea
** 枝背海牛总科 Dendronotoidea
** 后片鳃海蛞蝓总科 Metarminoidea
另一项2001年的研究却发现裸鳃类应该分为两个主要分支：
* Anthobranchia（只包括Bathydoridoidea及海牛总科 Doridoidea）
* Dexiarchia nom. nov.（Doridoxoidea、Dendronotoidea、Aeolidoidea及Arminoidea）
===2005年分类===
裸鳃类是异鳃类内物种分类最复杂的：单单是总科以上的就有六个支序。根据2005年的《布歇特和洛克罗伊的腹足类分类》Bouchet 2005，裸鳃类裸鳃类亚支序（Nudibranchia）大致可以分为下列三个部份：
* 有角鳃类支序（Euctinidiacea）
* 无角鳃类支序（Dexiarchia）
* 总科地位未定
**Family Rhodopidae
====总科与科====
* 枝背海牛总科 Dendronotina
** 三歧海牛科 Tritoniidae Lamarck, 1809
** Marianinidae
** Lomanotidae
** Scyllaeidae
** Hancockiidae
** 枝背海牛科 Dendronotidae
** 二列鳃海牛科 Bornellidae
** Tethyidae
** Dotoidae
** Phylliroidae
* 片鳃海蛞蝓总科 Arminoidealesmart
** Pachygnatha
*** Madrellidae
*** Dironidae
*** Zephyrinidae
** Leptognatha
*** Goniaeolididae
*** Charcotiidae
*** Heroidae
** Euarminiacea
*** Heterodorididae
*** Doridomorphidae
*** 片鳃海蛞蝓科 Arminidaelesmart
*** Lemindidae
* 蓑海牛总科 Aeolidioidea
** Pleuroprocta
*** Notaeolidiidae
*** Coryphellidae
*** Nossidae
*** 扇羽鳃科 Flabellinidae Bergh, 1889
*** Protaeolidiellidae
*** Pleurolidiidae
** Acleioprocta
*** Pseudovermidae
*** Tergipedidae
*** 菲纳鳃科 Fionidae Gray, 1857
*** Calmidae
*** Eubranchidae
**** Cumanotinae
**** Eubranchinae
** Cleioprocta
*** 蓑海牛科 Aeolidiidae
*** Myrrhinidae
*** 海神鳃科 Glaucidae
**** Babakininae
**** 灰翼亚科 Facelininae
**** Favorininae
**** Pteraeolidiinae
**** Glaucinae
**** Crateninae
**** Herviellinae
===2017年分类===
根据2017年12月出版的最新分类，裸鳃类从原来的不分等支序改为目级分类单元，依然是裸侧类支序的成员，而裸侧类亦升为总目级分类单元；但在本分类裸侧类不再是直接隶属直神经类，而是与露齿螺总目共同组成Ringipleura Subterclass这个新成立的分类单元WoRMS_1057249。裸鳃类依然分为枝鳃亚目和海牛亚目两个亚目WoRMS_1762：
* 枝鳃亚目 Cladobranchia
** ?
*** Marianinidae
*** Hancockiidae
**Aeolidioidea Aeolidioidea Gray, 1827
**片鳃海蛞蝓总科 Arminoidea Iredale & O'Donoghue, 1923 (1841)
**枝背海牛总科 Dendronotoidea Allman, 1845：原来的枝背海牛类（Dendronotina）
*** 枝背海牛科 Dendronotidae Allman, 1845
*** Dotidae Gray, 1853
*** Hancockiidae MacFarland, 1923
*** Lomanotidae Bergh, 1890
*** Scyllaeidae Alder & Hancock, 1855
*** Tethydidae Rafinesque, 1815
**Superfamily Doridoxoidea Bergh, 1899
**菲纳鳃总科 Fionoidea Gray, 1857
**扇羽鳃总科 Flabellinoidea Bergh, 1889
**Superfamily Proctonotoidea Gray, 1853
**三歧海牛总科 Tritonioidea Lamarck, 1809
**总科地位未定
***二列鳃海牛科 Bornellidae
* 海牛亚目 Doridina
**Infraorder Bathydoridoidei
*** Superfamily Bathydoridoidea Bergh, 1891
**海牛下目 Doridoidei
*** 海牛总科 Doridoidea Rafinesque, 1815
**** Family Actinocyclidae O'Donoghue, 1929
**** Family Cadlinidae Bergh, 1891
**** 多彩海麒麟科 Chromodorididae Bergh, 1891
****Family Discodorididae Bergh, 1891
**** Family Dorididae Rafinesque, 1815
**** Subfamily Miamirinae Bergh, 1891
*** Superfamily Onchidoridoidea Gray, 1827（= Phanerobranchiata Suctoria）
**** Family Akiodorididae Millen & Martynov, 2005
**** Family Calycidorididae Roginskaya, 1972
**** Family Corambidae Bergh, 1871
**** Family Goniodorididae H. Adams & A. Adams, 1854
**** Family Onchidorididae Gray, 1827
*** 叶海牛总科 Phyllidioidea Rafinesque, 1814
**** 枝鳃海麒麟科shelldoc_000161 Dendrodorididae O'Donoghue, 1924 (1864)
**** Family Mandeliidae Valdés & Gosliner, 1999
**** 叶海牛科 Phyllidiidae Rafinesque, 1814
*** 多角总科 Polyceroidea Alder & Hancock, 1845（= sname|Phanerobranchiata Non Suctoria）
**** Family Aegiridae
**** 六鳃海麒麟科 Hexabranchidaeshelldoc_000161：又名六鳃海牛科shelldoc_200142
**** 优美海麒麟科 Okadaiidae
**** 多角海牛科 Polyceridae Alder & Hancock, 1845：又名多角海麒麟科shelldoc_000161)，并入了Gymnodorididae Odhner, 1941。
==参考文献==
==参看==
*腹足纲的谱系学分类