【腕足动物的分类】
在西班牙穆尔西亚塞埃欣的早白垩世豪特里维期地层出土的Pygites diphyoides (d'Orbigny, 1849)化石。这件穿孔贝目化石的特色是其壳上位于中央的孔洞。
腕足动物的分类有其独特的困难之处：现时腕足动物的现存物种与化石物种有着不同的特色。其化石物种的外形变化很大，但其外壳只有少量特征；而现存物种的外壳变化不大，反而其软体及外壳均各有特征。若我们只专注于其中一类特征，均不能把另一类好好的分类。本门动物也经历了显著的趋同进化和逆转演化（这使较新的组别损失了原来在中间组别出现的特色，又或回复了原来只在较旧的组别出现的特点）。因此，有些分类学的学者认为现时我们仍然未成熟到可以具体把目以上的分类确定，建议只适宜透过自底向上的方法，先确定物种的种属，然后再把他们分成组。然而，其他分类学家相信，物种中某些模式的特点已足够稳定，值得作更高级别的分类，尽管大家可能对更高级别的分类有不同的看法。以下我们回归这一门动物的分类演化。
== 有铰纲和无铰纲 ==
传统上，腕足动物门主要依从Huxley在1869年提出的分类，分为两纲：有铰纲（Articulate）和无铰纲（Inarticulate）。
有铰纲的两壳间有齿和槽，套膜叶在背方连接，依靠简单的开合肌肉来令两壳绞合；而无铰纲的两壳间没有有齿和槽，套膜的两叶分开，两壳依靠一套较为复杂的肌肉系统来令两边保持对齐pp=821–829。
在1990年代，波波夫等(1993)用分支系统学 (cladistics)的方法，提出对腕足动物门物种作新的高级别分类。他们建议提出加入“钙质壳纲”去优化这个二分分类pp=87–93。根据这个建议，加入按外壳的主要成分为分类的原则。无铰纲生物壳主要成分是几丁质或几丁磷灰质与磷酸钙组成，有肛门；有铰纲生物的壳主要成分是碳酸钙，无肛门，排泄器官为原肾。按这原则，髑髅贝类从无铰纲被归入有铰纲，而平圆贝目则被归入无铰纲pp=87–93。但亦有批评指髑髅贝类跟原来的有铰纲的差别太大，令这个建议变得不合理。
=== 两纲式分类 ===
*无铰纲（Inarticulate）
**†乳房贝目（Acrotretida）
**舌形贝目（Lingulida）
**†小圆货贝目（Obolellida）
**†神父贝目（Paterinida）
*有铰纲（Articulate）
**†正形贝目（Orthida）
***†正形贝族
***†德姆贝族
**†五房贝目（Pentamerida）
**†扭月贝目（Strophomendia）
**†长身贝目（Productia）
**小嘴贝目（Rhynchonellida）
***小嘴贝超科（Rhynchonellacea）
***†狭体贝超科（Stenoscismatacea）
***巴西利贝超科（Basilolacea）
***†韦勒贝超科（Wellerellacea）
**†无洞贝目（Atrypida）
**†石燕贝目（Spiriferida）
**穿孔贝目（Terebratulida）
***†中脊贝亚目（Centronellidina）
****†鸮头贝超科（Stringocephalacea）
***穿孔贝亚目（Terebratulidina）
****†两板贝超科（Dielasmatacea）
****穿孔贝超科（Terebratulacea）
***小穿孔贝亚目（Terebratellidina）
****†隐弧贝超科（Cryptonellacea）
****†齐勒贝超科（Zeilleriacea）
****小穿孔贝超科（Terebratellacea）
== 三纲分类 ==
对于波波夫等方案的问题，Williams等 (1996)提出一个更大胆的方案：取消无铰纲和有铰纲的分别，把当中与其他物种有显着分别的物种独立出来：
* 原来的有铰纲的绝大部份物种被归为小嘴贝型亚门；
* 无铰纲一分为二，
** 原来的髑髅贝类 (craniids)和原货贝类(obolellids)独立出来成为新的髑髅贝型亚门，
** 而余下的舌形贝类则成立舌形贝型亚门。
}pp=xxxix-xlv
舌形贝型亚门Linguliformea
髑髅贝型亚门Craniformea
小嘴贝型亚门Rhynchonelliformea
目
舌形贝目Lingulidapp=821–829
Discinidapp=821–829
髑髅贝目Craniidapp=821–829
穿孔贝目Terebratulidapp=821–829
小嘴贝目Rhynchonellidapp=821–829
铰
无齿
有齿及槽
肛门
位于身体前方，在U-形肠的末端（原肾）
无
肉茎（Pedicle）
包含体腔，有肌肉贯穿。
肉茎已退化
无体腔，肌肉与身体连结
长，有肉茎孔
短，与硬物表面接着
无，黏紧在表面
短，与硬物表面接着pp=87–93
外壳膜（Periostracum）
糖胺聚糖及甲壳素
几丁质
蛋白质
Primary (middle) mineralized layer of shell
Glycosaminoglycans and apatite (calcium phosphate)
Calcite (a form of calcium carbonate)
Inner mineralized layer of shell
Collagen and other proteins, chitinophosphate and apatite (calcium phosphate)
Calcite
Proteins and calcite
Chaetae around opening of shells
Yespp=87–93
Nopp=87–93
Yespp=87–93
Coelom fully divided
Yespp=87–93
Nopp=87–93
Yespp=87–93
== 分类 ==
现时本门已确认有约330个现存物种pp=87–93，可分成100多个属。大部份现存的腕足动物物种属于小嘴贝型亚门，其余属于髑髅贝目、舌形贝目。
以下为综合上述演变之后，现时腕足动物门以下的目的分类：
* 舌形贝型亚门（Linguliformea）
** 舌形贝纲（Lingulata）
*** †顶孔贝目（Acrotretida，又名乳房贝目）
*** 舌形贝目（Linguilida）
*** †管洞贝目（Siphonotretida）
** †神父贝纲（Paterinata）
*** †神父贝目（Paterinida）
* 髑髅贝型亚门（Craniiformea）
** 髑髅贝纲（Craniata，又名头壳纲、颅形贝纲）
*** 髑髅贝目（Craniida，又名头壳目、颅形贝目）
*** †拟髑髅贝目（Craniopsida，又名拟颅形贝目）
*** †三分贝目（Trimerellida）
* 小嘴贝型亚门（Rhynchonelliformea）
** 小嘴贝纲（Rhynchonellata）
*** †前正形贝目（Protorthida）
*** †正形贝目（Orthida）
*** †五房贝目（Pentamerida）
*** †无洞贝目（Atrypida，已废弃的并系群分类）
*** 小嘴贝目（Rhynchonellida）
*** †石燕贝目（Spiriferida）
*** †无窗贝目（Athyridida）
*** †荚采贝目（Spiriferinida）
*** 穿孔贝目（Terebratulida）
*** 鞘贝目（Thecideida）
** †扭月贝纲（Strophomenata）
*** †扭月贝目（Strophomenida）
*** †长身贝目（Productida）
*** †伯灵贝目（Billingsellida）
*** †直形贝目（Orthotetida）
** †智利贝纲（Chileata）
*** †智利贝目（Chileida）
*** †目 Dictyonellida
** †库图贝纲（Kutorginata）
*** †库图贝目（Kutorginida）
** †小圆货贝纲（Obolellata）
*** †小圆货贝目（Obolellida）
*** †目 Naukatida