【2018年国立台湾大学校长遴选事件】
时任台大校长管中闵
2018年国立台湾大学校长遴选事件（台湾媒体称为拔管案、卡管案等）是指2018年国立台湾大学（台大）遴选校长期间所发生的事件，主要是以台大2018年1月5日选出管中闵为台大第12届新任校长后，教育部指出此案有严重瑕疵，拒绝发给聘书，但教育部的作为亦遭到各界大力质疑，衍生出一连串关于校长遴选制度以及学术自主的争议。因此争议延烧，一年内先后有潘文忠、吴茂昆和叶俊荣三任教育部长为此下台，事后潘文忠回任教育部长。
2018年12月24日，教育部长叶俊荣宣布对台大校长遴选委员会的决议「勉予同意」，但要请台大提检讨报告，2019年1月8日管中闵正式上任，结束台大354天校长遴选争议（2018年1月5日 - 2018年12月24日）及565天无正式校长的情况（2017年6月22日 - 2019年1月7日）。2018年12月25日，由于总统府及行政院认为未和总统蔡英文及行政院院长赖清德事先沟通，为此赖清德约谈叶俊荣；叶俊荣表示会负起政务官责任并提出辞呈，赖清德亦批示「勉予同意」签准叶俊荣请辞。
此案历经台北地检署历经2年多调查，共签分9件他字案侦办。调查证实，管中闵兼职所为都有依照程序，并未使公务员登载不实；赴中国大陆兼课，比对出入境和核准文件，并无未经允许擅自出境或逾越核准地区等情事，确认没有逾越；全案查无不法，全数签结。对此，管中闵回应，「正义虽然迟到，但不会永远不到」。
2023年，管中闵和杨渡合著、时报文化出版《大学的脊梁：台大校长遴选事件与管中闵心情记事》，由管中闵和其周遭人物的视角记录此事件；3月13日新书发表会，管中闵透露，当时因压力而住院、作恶梦，并出现心肌痉挛、轻度躁郁等症状。
==缘由==
由于台湾大学在2016年11月发生台大医学论文造假案，曾任台大医学院院长和时任校长的杨泮池，虽已于2016年5月28日校务会议中通过他的续任案，但由于他本身亦为数篇论文共同作者，虽经调查后，并无违反学术伦理，但已引发轩然大波，因不舍台大再被继续伤害，也为了学术界的和谐，遂于2017年3月18日的校务会议中忽然宣布，将于2017年6月21日任期届满，请辞台大校长，不再续任。于是台湾大学于2017年6月24日，召开临时校务会议组成台大校长遴选委员会，准备遴选新任校长。
2017年6月24日，台大召开临时校务会议，由173名校务会议代表选出18席遴选委员，加上教育部指派的3名遴选委员，组成台大校长遴选委员会。
2017年9月4日，教育部106年9月4日台教人(二)字第1060109645号函修正，删除台大遴选会作业细则第九点中「本会委员如认委员有具体事实足认其执行职务有偏颇之虞，得主动提议，经本会议决后解除委员职务」的规定。经此修改，仅校长候选人才具有请求解除特定遴选委员职务之权力。此外，在教育部编印的「国立大学校长遴选作业参考汇编」当中的「常见问题及注意事项」亦注明：仅「候选人」得向遴委会举其不得担任委员之事由或有具体事实足认其执行职务有偏颇之虞之原因及事实，经遴委会议决后，始得解除委员职务。成为日后遴选会委员坚持遴选过程合法的依据。
2017年10月20日，遴选委员会选出第一阶段校长人选8人：中研院副院长周美吟、中研院院士王泛森、台大文学院前院长陈弱水、台大电资学院院长陈铭宪、台大行政副校长张庆瑞、台大财金系教授管中闵、台大电机系教授吴瑞北与清大前副校长吴诚文。2017年12月23日，经校务会议推荐投票后，5位候选人进入第二阶段：周美吟、陈弱水、陈铭宪、张庆瑞与管中闵。2018年1月5日，选出管中闵为台湾大学校长当选人，预定二月上任：其过程为进行最终投票，分为两轮，第一轮每位委员至少要投2名候选人、至多投5名，最高票两人进入第二轮投票，过半数者（11票）当选；管中闵在遴选委员两轮投票中都获得最高票，且两轮得票都过半数，第二轮投票管中闵获12票，陈铭宪获9票。
==事件经过==
===绿营指责管中闵当选有疑义===
2018年1月9日，管中闵遭质疑未揭露台湾大哥大独董身分，与遴选委员、富邦金董事长蔡明兴有利益冲突，未利益回避。然而台大仍将校长遴选结果报请教育部聘任。台大遴选委员会声明蔡明兴「并不具备」不得担任委员的事由。
2018年1月12日，教育部第1次行文台大：报载校长遴选过程似有部分疑义，请于文到后3日内详予说明并函复本部。2018年1月23日，台大遴选委员会受教育部要求召开会议。此次会议中，所有委员已明确知悉管教授兼任台湾大哥大独立董事、审计委员会及薪资报酬委员会委员，亦查明校内审查程序时间点与公文。至于教育部认为遴选过程中有重大资讯揭露未尽完整，实属法令制度未明确规范所致。历经近7小时之充分讨论与审视相关法规与文件后，才做成以下之书面决议：「本会自成立至今，作业程序皆依相关法规办理。本会确认107年1月5日管教授之当选资格，并无疑义」。所有与会之遴选委员，皆于会议记录上签名确认。然而隔日教育部第2次行文台大：监察院函，遴选过程涉有瑕疵，请查照及转请遴选委员会认定，检附相关佐证资料到部。
2018年1月25日，管中闵遭立委张廖万坚爆料，质疑其论文涉嫌抄袭。隔日教育部第3次行文台大：要求对报载管中闵发表论文似涉不当引用疑义，请转请遴选委员会秉权责认定并妥适处理，并将处理情形报部。台大对此发布声明表示，此论文非属台大「违反送审教师资格规定及学术伦理案件处理要点」之规范或处理对象，故决议不予立案调查，海外学术团体出了一份报告声称管中闵抄袭论文，但管中闵之论文是持续研究中并未完成，而该学生的论文亦引用「被指抄袭论文」的手稿，同时张廖万坚被反咬自己涉嫌抄袭论文。
1月27日，教育部第4次行文台大：请台大就监察院所询校长遴选过程中相关疑义，提供文件佐证确为遴选会合议认定。31日，台大校长遴选委员会第5次会议，认定管中闵当选无疑义。
2月6日，教育部第5次行文台大：请台大妥善查明管中闵论文疑义。是否违反学术伦理的处理原则，并将调查结果函送本部。2018年2月9日，教育部第6次行文台大：一周内函监察院调查遴选争议所询事项。2018年2月9日，为厘清遴选委员会第五次会议纪录，教育部第7次行文台大：要求台大叙明「提会讨论事项」的议决方式，例如多数决、共识决或其他方式？有无经委员书面或电邮确认？。2018年2月26日，教育部人事处，以电邮检付兼职调查表格，要求台大人事室填写管中闵兼职资料，而校方也在翌日回复。
3月16日，管中闵遭绿营学者爆料在中国大陆多所大学违法兼职。20日，北检分他字案调查管中闵是否违法赴陆兼职，以及是否违反涉密退职政务人员管制3年登陆的规定。
3月24日，针对遴选争议，台大召开(第一次)临时校务会议，曾针对是否搁置「成立本校校长遴选争议调查小组案」进行投票，投票结果为同意90票、反对58票，同意票的比例为61%，决议搁置管中闵争议，接受校长遴选结果。。巧合的是，陆委会副主委邱垂正在台大校务会议召开前公布管中闵去了多少次大陆的详细资料，教育部长潘文忠在台大校务会议后宣布成立一个跨部会的专案小组，称为「管中闵教授赴大陆地区从事学术交流等活动适法性疑义咨询会议」，审视管中闵赴大陆兼职的相关情事。
4月10日，教育部召开第一次「管中闵教授赴大陆地区从事学术交流等活动适法性疑义咨询会议」厘清管中闵争议。
4月14日，时任教育部长潘文忠以「希望让台湾大学校长遴选纷争有重新厘清的机会」为由请辞教育部部长获准。19日，由前东华大学校长吴茂昆接任教育部长。
4月25日，教育部召开第2次跨部会咨询小组会议厘清管中闵争议。在专案小组会议中，由于无法证实管中闵赴中国大陆兼职一事，官方委员之一的法务部政次蔡碧仲转攻管中闵的独董兼任问题，结果会议讨论从「管中闵教授赴大陆地区从事学术交流等活动」变成「管中闵教授独董争议」。27日，教育部正式以有经济法律上重大利益未回避的适法疑虑为由，驳回遴选结果，要求重新回到校长候选人推荐资格初审阶段。
教育部次长林腾蛟代部长召开记者会，记者会上除提供文字说明外，也提供一份咨询小组的法律研析意见作为「附件二」供媒体参考。「附件二」的结论指出，台大校长有重大公共利益性质，管中闵违法兼职在前，又未揭露与遴选委员间的利害关系在后，「应非能胜任立于执牛耳地位之台大校长」，具体主张台大应重新办理遴选程序，且管中闵违法事证明确，依法不得再参加遴选。不过，林腾蛟在记者会上及后续受访时强调，教育部并未完全采纳咨询小组这份法律研析意见，并说校长候选人的资格应由遴选委员会认定，如果认为符合资格，就能和其他候选人一同参与后续的遴选程序。晚间，传出政院高层不满意林腾蛟说法，甚至要求某特定媒体改稿，多位记者晚上将近11点致电吴茂昆，吴茂昆明确表示，管中闵有适法性问题，但是这个问题必须回到台大遴委会，让台大遴委会去认定，「这也就彰显大学自治。」，意指管中闵已不适任台大校长。吴茂昆晚间再度透过教育部幕僚单位转达文字说明指出，跨部会咨询小组意见明确指出管中闵在台湾大哥大兼职违法，遴选会没有详细检视候选人资格，违背自己订定的规范，背离学术诚信的准则。吴茂昆重申，管中闵是否能再参选，还是要回到台大遴选会，进行实质审查后决定，但咨询小组已提出管中闵不能选的法律意见，「相信遴选委员会已经看到，也会尊重」。
吴茂昆为原本为专案小组的非官方成员之一，在行政院长赖清德宣布教育部长的任命后立即被揭发一连串的争议，甚至在宣布不聘任管中闵后愈演愈烈，甚至被指在东华大学校长任内，涉嫌以东华大学的技术在外国申请专利云云，一直至其下台为止。而国民党立委认为吴茂昆违法，因为依据《大学法》规定，国立大学校长教育部只有「聘任」之权，并没有「审议后聘任」之权。而国立阳明大学校长亦被揭发在校长选举过程中出现与管中闵一模一样的争议，独董是校长当选人、经营者是遴选委员会召集人的争议，教育部声称该校长在聘任被揭发而无法处理。所以国民党立委在立法院中一直对吴茂昆进行追问及杯葛。
2018年5月4日，教育部发函台大应迅即重启校长遴选程序案与厘清大学自治的范围。12日，针对遴选争议，台大召开(第二次)临时校务会议，经过冗长的讨论，以77:30的悬殊比数通过，作成「请教育部依大学法尽速核聘」校长决议，台大校方并据校务会议决议回文给教育部。据台大校务会议决议，大学校长遴选属大学自治的一部分，请教育部「依大学法」精神，「尽速核聘」台大遴选委员会依法选出的校长人选。
5月13日，管中闵表示，今年520是蔡总统任期满一半的日子，他诚恳希望蔡总统以政治智慧与高度，在7天内设法解决弭平因台大校长遴选衍生的风暴，并呼吁蔡总统不要让校长遴选的政治风暴扩大，甚至成为总统五二○就职演说的「不可承受之重」。14日，总统蔡英文接受「蔻蔻早餐」节目专访表示，要求总统做政治介入反而不好，这是法律问题不是政治问题，教育部依法处理，她尊重教育部。并表示，如果管中闵有事要说，就回到体制里按照程序表示意见，她也注意到，整件事管中闵似乎都没有回应外界质疑的问题，把很多事情就只有一个解释，就是政治化。对于管中闵说蔡总统一定知道做出这些决策甚至拍板拔管的那位决定者是谁，蔡总统反问：「可不可以告知一下？」
5月25日，教育部行文台大，仍坚持台大应「迅即重启遴选程序」。教育部回文也搬出大学法，认为国立大学校长遴选，学校的自治权限行使范围仅限于「组织遴委会」，但遴委会组成后的相关运作，必须受相关法令规范，而教育部有权作「适法性监督」。
2018年5月29日，教育部长吴茂昆被国民党立委柯志恩揭发，在国科会主委任内(2005年)到大陆考察时，在当时的香港科技大学校长朱经武的邀请下，原来只申请去苏州出席国际科学理事会，没有向政府申报而转往杭州参加高新技术高峰论坛，违反了法律的规定，最后宣告下台。
5月31日，台大国发所博士生王宗伟等台大学生，下午到教育部完成递交诉愿书，希望教育部做成聘任管中闵。6月4日，台大正式委托律师向教育部提出诉愿。6月5日，管中闵亦向教育部提起诉愿，要求教育部依法聘任管中闵为台大校长。并于9月11日补正诉愿理由。
2018年6月6日，蔡英文总统密邀台大校长遴选委员会召集人陈维昭和王金平到总统官邸，针对管中闵案交换意见。蔡总统与陈维昭和王金平谈了约一个小时，在会中彼此争锋相对，最终没有达成共识与结论。总统府发言人林鹤明12月25日表示，6月6日当天双方各自坚持立场，会谈并无交集，最终「不欢而散」。
2018年7月16日，叶俊荣接任教育部长。针对「台大校长」案，叶俊荣坦言这个案子对台大、整个台湾的人心造成冲击，且变成一个「糟糕的僵局」，但他也认知到「不宜久拖」，「未来一、两个月黄金处理时间内会与重要当事人沟通与倾听」。
7月23日，蔡英文总统首度回应台大校长遴选案，她说，这件事情仍属于教育部权责，现任叶俊荣部长是擅长沟通的部长，希望叶与各方沟通，让教育部在台大校长遴选案，能引导各方来达成共识，让台大校长问题早日解决。同时也借此呼吁各方关心台大案，也要关心台大学生及老师权益。28日，叶俊荣部长出席大学社会实践博览会时受访时表示，对于台大校长遴选案，社会上不适合用就任或不就任的「人」的角度来看这个问题，希望从制度来看，要大家不要一直聚焦在最后结果，而是面对整个制度性结构的问题，若双方都能够退一步释出善意，看出这些「结构性」问题。叶俊荣最后也表示，透过与遴委会召集人陈维昭、台大校长郭大维互相交换意见，针对问题的困难点做讨论，关于未来的发展，相信在善意之下会有一个合乎大家期待的制度。
7月30日，台大遴选委员会证实将重启遴选，大会也已著手开会时间意见调查。但30日晚汇集遴委征询意见结果，最终决议台大遴委会将继续坚持管案无瑕疵，吁请教育部聘任管中闵当校长，重启遴选会确定流会，管案仍陷僵局。
8月2日，国立台湾大学校长遴选委员会发出声明，强调已依法完成校长遴选，且两次校务会议之决议皆为维持遴选委员会决议，再次吁请教育部应尽速依法聘任管中闵教授为台大新任校长。
===教育部同意聘任===
随著民进党在九合一大选大败，行政院即将改组的情况下，2018年12月24日，教育部长叶俊荣主持记者会说明「台大校长遴选进度说明记者会」，会中宣布对台大遴选委员会的决议勉予核定，但要请台大提检讨报告，意即教育部将发台大校长聘书给管中闵，结束台大354天遴选争议及552天无正式校长的情况。隔日，行政院长赖清德中午召见叶俊荣；叶俊荣表示基于教育部权责、台大学生权益及维护大学自主教育原则，愿对台大校长遴选案担起政治责任，辞去教育部长职务。行政院于下午5点召开记者会证实，院长赖清德已「勉予同意」签准叶俊荣请辞；叶俊荣确定成为台大校长遴选风波以来继潘文忠、吴茂昆第三位走人的教育部长。
12月28日，教育部正式发函台湾大学，确定管中闵民国108年1月8日接任台大校长，任期四年，至民国112年的1月7日。同日，行政院诉愿审议委员会对于台大校方、管中闵及台大学生之前提起的3件诉愿案，作成「诉愿不受理」决定。
2019年1月1日，陈良博、周昌弘、李敦厚、贺德芬、张清溪、郑秀玲、赖秀穗、周松男、陈荣基、杨惠郎等10位学者近日发起「撤销教育部聘任管中闵为台大校长之违法处分」连署，号召关心台湾学术自由的人共同加入连署。呼吁政府依行政程序法第117条及诉愿法第58条第2项的规定，迅即于一月七日以前撤销教育部聘任管中闵之违法处分。4日，吴瑞北向法院声请定暂时状态假处分，防教育部聘管中闵。台北高等行政法院权衡公私益，认为声请无理由，今裁定驳回，可抗告。
===正式上任后===
2019年1月8日，教育部常务次长林腾蛟发给管中闵校长聘书，该聘书由教育部政务次长姚立德署名，并随后在林腾蛟次长的监交下，管中闵从代理校长郭大维的手中接过印信，正式成为台湾大学第12任校长。
1月15日，监察院针对管中闵过去担任学校主管及政府部门任职时在外兼职违法事宜召开弹劾审查会，以7：4通过管中闵弹劾案。按行政院前政务委员兼国家发展委员会主任委员管中闵于101年2月6日起至104年2月3日止之期间，身为国家高阶政务官乃至机关首长，却违反公务员服务法第14条第1项「禁止兼职」之规定，透过匿名方式「常态性」为壹周刊撰写社论，以获取年约新台币65万元之兼职报酬，严重损害公务纪律及败坏官箴，违失情节重大，爰依法提案弹劾 。公务员惩戒委员会于7月2日下午公开审理，并通知管中闵出席准备程序庭。公惩会受理案件后，已请管中闵说明，再给监察院核阅后，进行分案，由5位公惩会委员组成合议庭。本案合议庭成员为石木钦（公惩会委员长兼审判长）、廖宏明、吴景源、张清埤、黄梅月。合议庭日前已通知管中闵，于7月2日下午3时开庭，管中闵依法必须出席。公惩会借用台湾高等法院开庭，并开放60名民众旁听。
8月1日，教育部公布修正「国立大学校长遴选委员会组织及运作办法」，明订校务会议有权解散大学校长遴委会的权力。此一修法被外界称为「管中闵条款」，新版办法规定，国立大学校长就任前之遴选争议，遴委会应于三个月内作成决议确实处理；若未于所定期限内确实处理遴选争议，经学校校务会议代表三分之一以上提案，出席代表二分之一以上同意后解散。学校必须在解散后的两个月内重组遴委会。教育部表示，以此机制来处理遴选过程可能产生的「当机」现象。
8月20日，公务员惩戒委员会针对台大校长管中闵被控在担任政务官任内匿名在《壹周刊》写社论而被监察院弹劾一案召开言词辩论庭；9月2日，判处管中闵申诫。
==提出的争议内容==
管中闵当选后不久，随即传出管中闵在遴选过程中疑似违反利益回避原则、论文争议、赴陆授课等爆料，教育部以相关爆料为由暂缓核准台大校长的聘任，多次要求台大校方说明疑点，台大校长遴选委员会也多次回文澄清并无疑虑。
===遴选委员疑似利益冲突===
*2018年1月9日，质疑者主张管中闵当选是因为掌握了三位来自企业界的遴选委员支持，而其中蔡明兴与管中闵分别为台湾大哥大股份有限公司的副董事长与独立董事，产生双方是否应利益回避之问题。
遴选会发言人表示各界对任何委员的投票意向都是纯属臆测，依遴选办法各候选人及委员并无违反规定，已做到利益回避，并举遴选委员中央研究院院长廖俊智与候选人中研院副院长周美吟为例「难道也不符规定？」（依法务部法律字第 1000015676 号的行政函释，与教育部编印的「国立大学校长遴选作业参考汇编」，遴选委员并没有利益回避的声请权。廖俊智确实没有利益回避问题），遴选表格上并没要求写到私人企业职务。
*2018年1月12日，管中闵辞去独立董事职位。
台大管理学院兼任教授暨富邦金控高级顾问龚天行不同意教育部所称管和蔡两人的职务有「经济法律上重大利益」。国民党的智库国家政策研究基金会也发表评论说依据《证券交易法》，独立董事「执行业务范围内应保持独立性，不得与公司有直接或间接之利害关系」，因此没有理由要回避。台大政治系教授陈淳文则从法理层面解释指出：只有法定申报义务，没有自我揭露义务；回避义务的规范方式是以「法定关系」为原则，「具体事实」为例外；「瑕疵」与「重大明显瑕疵」在法律上是完全不同的两个概念，重大明显瑕疵的认定标准；台大及教育部皆无权推翻遴选委员会之决定。
之后，阳明大学校长遴选程序同样被质疑没有利益回避，教育部表示阳明大学校长遴选程序中确有召集人与候选人任同一公司（独立）董事职务的关系，但是在教育部完成聘任后才被外界揭露，校长遴选委员会也已解散，随后教育部于5月7日及17日二度函请阳明查明实情，而台大则是还没聘任，遴选委员会仍未解散的状况下就被揭露利益回避的问题；目前台大案已进入诉愿及司法程序，阳明案有相关法律见解及个案异同的情形，须一并慎重考量，教育部仍在积极研议可能的处理方式。
*2018年1月31日，国立台湾大学校长遴选委员会第5次会议, 关于蔡明兴委员回避问题:
（蔡委员离席回避）依本会作业细则第9点原规定：「…本会委员…应遵守以下规范：…有下列情形之一者，经本会确认后，解除其职务：…有具体事实足认其执行职务有偏颇之虞者，候选人得向本会举其原因及事实，经本会议决后，解除委员职务。…」嗣依教育部106 年9 月4 日台教人(二)字第1060109645号函修正，删除前揭「本会委员如认委员有具体事实足认其执行职务有偏颇之虞，得主动提议，经本会议决后解除委员职务」之规定，并经教育部106 年11 月27 日台教人(二)字第1060105102 号书函备查在案。候选人管教授与蔡明兴委员并无「与候选人有配偶、三亲等内之血亲或姻亲或曾有此关系者」、「学位论文指导之师生关系」，而蔡委员亦无「因故无法参与遴选作业」之情事；又本校办理校长遴选期间迄今，并无候选人向本会提出具体事实足认蔡委员执行职务有偏颇之虞，爰本会自无从主动议决是否应解除其委员职务。行政程序法第33 条及第34 条虽对于回避设有规定，惟查依大学法第9 条第3 项授权订定之国立大学校长遴选委员会组织及运作办法第6 条另设有特别之回避规定，此经法务部100 年7 月4 日法律字第1000015676 号函复教育部在案。本会作业细则第9 点系依前揭运作办法所修正，并予叙明。
依照教育部编印的「国立大学校长遴选作业参考汇编」当中的「常见问题及注意事项」（2017年版为第60页，2013年版为第86页）注明：仅「候选人」得向遴委会举其不得担任委员之事由或有具体事实足认其执行职务有偏颇之虞之原因及事实，经遴委会议决后，始得解除委员职务。
*2018年5月9日，立法院教育及文化委员会审议《终身学习法部分条文修正草案》，吴茂昆列席备询，会前媒体询问教部回给台大的公文，主要是认为管担任台湾大哥大独董，台湾大副董事长蔡明兴又是校长遴选委员，未利益回避，也未在遴选时揭露此一利害关系，但法务部之前已做过解释，是否需要回避是依大学遴选相关规定，并非行政法，而大学遴选办法中的回避关系，并未包括管案的情形，追问吴茂昆是依据哪条规定拔管，吴茂昆回应：「请大家仔细看教育部的公文，而且我们没有拔管。」但记者再问拔管法源，吴又回：「请看我们的公文。」3分钟的访谈，至少说了10次请大家去看公文。由于吴一直说不清拔管的法律依据，有记者问「你了解吗？」吴茂昆提高音量回「我当然了解，但为什么要我现在说明。」
===论文引用来源争议===
*2018年1月25日，时任立委张廖万坚爆料，台大校长当选人管中闵涉嫌抄袭论文。
*2018年1月26日，台大对此发布声明表示，此论文并非已经完成之正式论文，非属台大「违反送审教师资格规定及学术伦理案件处理要点」之规范或处理对象，故决议不予立案调查。
===疑似在台湾非法兼职===
*2019年1月15日，台大校长管中闵虽已于2019年1月8日走马上任，但监察院仍针对他过去担任学校主管及政府部门任职时在外兼职违法事宜召开弹劾审查会，以7：4通过管中闵弹劾案。按行政院前政务委员兼国家发展委员会主任委员管中闵于101年2月6日起至104年2月3日止之期间，身为国家高阶政务官乃至机关首长，却违反公务员服务法第14条第1项「禁止兼职」之规定，透过匿名方式「常态性」为壹周刊撰写社论，以获取年约新台币65万元之兼职报酬，严重损害公务纪律及败坏官箴，违失情节重大，爰依法提案弹劾 。
*1月15日，不过国立台北商业大学校长张瑞雄表示，根据铨叙部 75.9.5.（七五）台铨华参字第46252号函，依司法院大法官会议41年11月22日第11号解释，公务员不得兼任新闻纸类及杂志之编辑人、发行人、社长、经理、记者及其他职员，至于报社特邀专栏撰稿，倘不涉职务之事务，尚无禁止之规定 。
*1月15日，台大校长管中闵在任职政务委员与国发会主委期间，为壹周刊撰写相关专栏文章，被监察院通过弹劾，究竟公务员能不能为报纸杂志等媒体撰稿，主管公务员行为规范的考试院铨叙部对此有无一致规定，相关官员透露，其关键在双方有无签订「承揽契约」。据了解，民国九十一年二月七日，铨叙部曾作成解释函，主旨即明确指出「公务人员不得事先与他人签订于一定期限内必须完成一定著作，并于该著作完成后，将著作权移转他人并获取报酬之合约。」铨叙部固然于民国七十五年，依据司法院释字第十一号「公务员不得兼任新闻纸类及杂志之编辑人、发行人、社长、经理、记者及其他职员。至于报社特邀专栏撰稿，倘不涉职务之事务，尚无禁止之规定」，作出「公务员得受邀专栏撰稿」的解释。但那主要是指偶然、不连续的行为，若订有契约恐就另当别论。
*1月16日，监察委员王美玉及刘德勋在15日弹劾审查会中表达意见指出，管中闵受邀撰稿是否违反《公务员服务法》第14条第1项：「公务员除法令所规定外，不得兼任他项公职或业务。其依法令兼职者，不得兼薪及兼领公费。」因法条不明确，且铨叙部多年函释并未有此部分，调查过程中仅向铨叙部调阅卷证，「唯独未请铨叙部以主管机关表达正式书面意见」当作审查基础，「此乃程序及实质欠缺之严重问题」。并且《壹周刊》也已说明此案为「社论专栏之邀稿，未有契约关系」，所付的报酬也是稿费，而调查案所附的多篇专栏是否均为管中闵所撰亦未论及，均有进一步查清楚的必要。王美玉及刘德勋也指出，司法院32年4月28日院字第2508号早已函释「公务员在报纸杂志投稿或著作书籍出版收受报酬，或编辑研究学术之杂志刊物，均非修正公务员服务法第十三条第一项所谓经营商业。」他们表示，受邀撰稿既非兼职，是否刊登也属于报社杂志的选择，而且投稿、撰稿是否为兼职也没有铨叙部的函释，此案判定为「经常、固定」兼职但却欠缺更具体之事证当作佐证。
*7月2日，监察院公务员惩戒委员会公开审理管中闵弹劾案，并通知管中闵出席准备程序庭。公惩会受理案件后，已请管中闵说明，再给监察院核阅后，进行分案，由5位公惩会委员组成合议庭。本案合议庭成员为石木钦（公惩会委员长兼审判长）、廖宏明、吴景源、张清埤、黄梅月。合议庭日前已通知管中闵，于7月2日下午3时开庭，管中闵依法必须出席。公惩会借用台湾高等法院开庭，并开放60名民众旁听。
*8月20日，公惩会针对台大校长管中闵被控在担任政务官任内匿名在《壹周刊》写社论而被监察院弹劾一案召开言词辩论庭；9月2日，判处管中闵申诫。
===疑似在中国大陆兼职===
*2018年3月16日，传出管中闵在中国大陆的数间大学违法兼职，学校网页上将管中闵列为兼职或客座教授。自由时报记者致电厦门大学询问时，得到的回答是管中闵确实有授课。然而这些学校后来都改口或澄清说管中闵只是去演讲或参加会议，未支酬，并将管中闵的名字从网页上去除。
*2018年4月10日，教育部「管中闵教授赴大陆地区从事学术交流等活动适法性疑义」咨询会议（台湾媒体称为拔管小组）召开第一次会议；成员名单：行政院法务部次长蔡碧仲、行政院大陆委员会副主委邱垂正、处长蔡志儒、处长华士杰、行政院人事行政总处副人事长苏俊荣、科长许孟智、中研院院士吴茂昆、国立台北教育大学教务长周志宏、世新大学前校长赖鼎铭。
*2018年4月25日，教育部「管中闵教授赴大陆地区从事学术交流等活动适法性疑义」咨询会议，召开第二次会议。
==各方反应==
===管中闵===
管中闵在大多数时间都未直接表态回应任何争议。支持者肯定其不随抹黑者起舞的高度，反对者则认为管中闵有不肯澄清和回应是不负责任的作法。
*2018年5月6日，管中闵发表声明：
# 捍卫大学自主。
# 重建社会信任机制。
# 抗拒新型党国资本主义。
*5月13日，管中闵表示，今年520是蔡总统任期满一半的日子，他诚恳希望蔡总统以政治智慧与高度，在7天内设法解决弭平因台大校长遴选衍生的风暴，并呼吁蔡总统不要让校长遴选的政治风暴扩大，甚至成为总统五二○就职演说的「不可承受之重」。
*管中闵于2019年1月8日上任台大校长，7天后(1月15日)监察院以管过去担任公职期间替壹周刊写社论而弹劾，移送公务员惩戒委员会。公惩会于7月2日行准备程序，于8月20日行言词辩论。管中闵最后陈述如下：
首先，依据准备程序庭证人的证词，以及前面引述媒体的相关评论，我要再次强调：受媒体邀请投稿，本就不是「职」。既不是「职」，就无「兼职」可言；既非「兼职」，自无「违法」。除了今天律师们所提出的法律见解外，恳请庭上也能审酌以下几点：
# 监察院当初是基于我有什么重大犯罪嫌疑，而必须清查我近二十年的个人所得资料，并要求各单位详细交代与我来往的细节？这种抄家式的清算，算不算滥权？
# 监察院为什么可以在提出弹劾时隐匿行政单位在监察院的证词？然后在毫无事实基础之下，仅用臆测就入人于罪？这样的罗织构陷，算不算滥权？
# 报刊社论代表社方立场，向不署名，何来匿名之说？监察院又为什么可以任意向媒体泄漏我投稿的刊物名称？个人资料保护法已公布24 年，为什么监察院可以向媒体泄漏包括我所得资料的个资？（若非刻意泄漏，难道媒体是在中山南路的人行道上捡到这些个资？）这样侵害我的自由与隐私，算不算违法？监察院滥权违法所为，就是政治迫害；由此得出的弹劾决定，根本不应成立。而以政治迫害来侵犯大学自主，企图摧毁大学校长遴选当选人的人格与公信，更是七十年来所仅见。我一介书生，面对政治迫害时毫无所恃，可寄望者唯有司法的公正。礼记儒行篇说：「儒有可亲而不可劫也，可近而不可迫也，可杀而不可辱也」。我敬谨出庭，力争清白，希望庭上与大众能了解：今之儒者，依旧不可以势劫，不可以力迫，亦绝不受辱。
===教育部===
* 在管中闵案发生前，教育部在「国立大学校长遴选作业参考汇编」当中，针对利益回避的处理，就已经提出案例并说明应注意事项。该案例的详细案情为「某校遴委会委员表示该校遴委会中有部分遴选委员为校长候选人（校外参选人）之同事，依据行政程序法及公职人员利益冲突回避法之相关回避规定，渠等应自行回避，渠于会上提出质疑却未被正视，爰引发争议。」教育部对该案例的应注意事项只有三点：第一，关于利益回避，应优先适用国立大学校长遴选委员会组织及运作办法。第二，仅候选人得向遴委会举事由或足认其执行职务有偏颇之虞之原因与具体事实，经遴委会议决后，始得解除委员职务。第三，公职人员利益冲突回避法之规定不适用于遴选委员。
*2018年4月14日，时任教育部长潘文忠以「希望让台湾大学校长遴选纷争有重新厘清的机会」为由请辞教育部部长获准。
*2018年4月19日，新任教育部长吴茂昆在陷入更多学术争议（担任东华大学校长有高达九项兼职也是事后追认、隐瞒学校以公司名义向美国提出专案申请案）下就任；5月3日，国民党立委柯志恩加码爆料吴茂昆在东华校长任内兼任陈水来文教基金会董事，该基金会董事长就是庆富集团陈庆男，且吴茂昆2012年到2014年兼任董事隐匿不报，未经教育部核可就担任董事多年；2015年还以东华大学校长身分担任「国立海洋科技博物馆新建营运移转（OT-BOT）案」的「协调委员」，此工程是庆富集团子公司庆阳海洋企业承包，最后失败收场——既是庆富相关基金会董事，又担任庆富子公司协调委员为庆富排难解纷，吴茂昆应自清有无官商勾结。
*2018年4月27日，教育部认为管中闵参选时未揭露与遴选委员蔡明兴间之薪酬关系，不但违法兼职，还造成「蔡董投管董」的严重瑕疵，有经济和法律上重大利益未回避的适法疑虑，台大也未善尽查核不适格候选人之责，形成对其它被推荐人的偏颇与不公平竞争，违反「正当行政程序原则」，最终教育部决定不予聘任，要求全案回到遴选委员会对校长候选人资格进行检视审查的阶段，相关争议由台北地检署和监察院调查中。
*2018年5月3日，教育部遭外界质疑对可能也有「利益回避」问题的阳明大学校长郭旭崧有双重标准。依据证交所揭露资讯，郭旭崧曾任心悦生技独董、审计、薪酬委员会委员、与薪酬委员会召集人，直到当选阳明大学校长才辞去三项兼任职务。而出任阳明校长遴委会召集人的张鸿仁，当时也是心悦生技董事对此教育部次长林腾蛟解释，阳明校长是上任后才被检举独董问题，目前监察院已在调查，教育部会用同一标准检视。
*2018年5月4日，教育部发函台大应迅即重启校长遴选程序案与厘清大学自治的范围。
*2018年5月29日，吴茂昆辞职下台。
*2018年9月12日，教育部长叶俊荣要求台大遴选会至少回到1月5日的会议议程，开会前需先议决遴委蔡明兴是否需回避或解除职务，再从台大校务会议推荐的5位候选人（含管中闵在内）开始依法进行遴选，就决定的结果报请教育部聘任。由于教育部多次要求重启遴选程序，国立台湾大学坚持拒绝政治力介入学术，早已于6月4日提起诉愿，未来将以司法程序解决争议。
*2018年12月24日，台大校长遴选案僵持将近1年，教育部长叶俊荣召开临时记者会宣布「勉予同意」聘任管中闵为台大校长，但台大必须在3个月内全盘做程序上检讨，并向教育部报告。在宣布的两个小时前，叶俊荣透过简讯告知行政院长赖清德表示要开记者会，赖清德要叶俊荣「审慎思考」并向蔡总统报告，随后叶俊荣仍对外宣布了此决定。总统府发言人林鹤明表示，府方对此案的一贯立场就是「由教育部依照权责办理」。
*2018年12月25日，由于前一日教育部长叶俊荣宣布「勉予同意」管中闵出任台大校长，并要求台大校方，须于3个月内提出遴选程序检讨报告；教育部公文并于同日送达台大；行政院长赖清德中午召见叶俊荣；叶俊荣表示基于教育部权责、台大学生权益及维护大学自主教育原则，愿对台大校长遴选案担起政治责任，辞去教育部长职务。行政院于下午5点召开记者会证实，院长赖清德已「勉予同意」签准叶俊荣请辞；叶俊荣确定成为台大校长遴选风波以来继潘文忠、吴茂昆第三位走人的教育部长。
*2018年12月28日，教育部正式发函台湾大学，确定管中闵民国108年1月8日接任台大校长，任期四年，至民国112年的1月7日。
*2019年1月8日，教育部由常务次长林腾蛟前往台湾大学发给管中闵校长聘书，该聘书由教育部政务次长姚立德署名，并随后在林腾蛟次长的监交下，管中闵从代理校长郭大维的手中接过印信，正式成为台湾大学第12任校长。
*8月1日，教育部公布修正「国立大学校长遴选委员会组织及运作办法」，明订校务会议有权解散大学校长遴委会的权力。此一修法被外界称为「管中闵条款」，新版办法规定，国立大学校长就任前之遴选争议，遴委会应于三个月内作成决议确实处理；若未于所定期限内确实处理遴选争议，经学校校务会议代表三分之一以上提案，出席代表二分之一以上同意后解散。学校必须在解散后的两个月内重组遴委会。教育部表示，以此机制来处理遴选过程可能产生的「当机」现象。
===行政院===
*2018年12月24日，针对台大校长遴选案，教育部长叶俊荣召开临时记者会宣布「勉予同意」聘任管中闵为台大校长，在宣布的两个小时前，叶俊荣透过简讯告知行政院长赖清德表示要开记者会，赖清德要叶俊荣「审慎思考」并向蔡总统报告，随后叶俊荣仍对外宣布了此决定。
*2018年12月25日，由于前一日教育部长叶俊荣宣布「勉予同意」管中闵出任台大校长，行政院长赖清德中午召见叶俊荣；叶俊荣表示基于教育部权责、台大学生权益及维护大学自主教育原则，愿对台大校长遴选案担起政治责任，辞去教育部长职务。行政院于下午5点召开记者会证实，院长赖清德已「勉予同意」签准叶俊荣请辞。
*2018年12月28日，行政院诉愿审议委员会对于台大校方、管中闵及台大学生之前提起的3件诉愿案，作成「诉愿不受理」决定。 行政院诉愿审议委员会认为教育部5月4日函请台大补正遴选程序瑕疵，是教育部「作成行政处分前之程序处置」，目的是为了确保将来新任校长当选人的合法性、正当性及任期中的稳定性，认定这份公函并非行政处分，提起诉愿依法未合，因此决定不受理。
===总统府===
*2018年5月14日，针对台湾大学校长当选人管中闵呼吁总统蔡英文解决台大校长遴选风暴，总统蔡英文接受「蔻蔻早餐」节目专访表示，要求总统做政治介入反而不好，这是法律问题不是政治问题，教育部依法处理，她尊重教育部。并表示，如果管中闵有事要说，就回到体制里按照程序表示意见，她也注意到，整件事管中闵似乎都没有回应外界质疑的问题，把很多事情就只有一个解释，就是政治化。对于管中闵说蔡总统一定知道做出这些决策甚至拍板拔管的那位决定者是谁，蔡总统反问：「可不可以告知一下？」
*2018年6月6日，蔡英文总统密邀台大校长遴选委员会召集人陈维昭和王金平到总统官邸，针对管中闵案交换意见。根据陈维昭在2019年1月号《台大校友双月刊》(NTU Alumni Bimonthly, No.121) 发表的《六月六日总统官邸谈管案》一文中表示，陈向蔡总统表示他认为管案是政治事件 ，陈与蔡谈了约一个小时，在会中彼此争锋相对，最终没有达成共识与结论。总统府发言人林鹤明12月25日表示，6月6日当天双方各自坚持立场，会谈并无交集，最终「不欢而散」。
*2018年7月23日，蔡英文总统首度回应台大校长遴选案，她说，这件事情仍属于教育部权责，现任叶俊荣部长是擅长沟通的部长，希望叶与各方沟通，让教育部在台大校长遴选案，能引导各方来达成共识，让台大校长问题早日解决。同时也借此呼吁各方关心台大案，也要关心台大学生及老师权益。
*2018年12月24日，针对教育部长叶俊荣前24日突然宣布「勉予同意」管中闵出任台大校长，总统府发言人林鹤明表示，府方对此案的一贯立场，就是「由教育部依照权责办理」。
*2018年12月25日，总统府发言人林鹤明表示，2018年6月6日当天蔡总统在与王金平、陈维昭两人的会面中强调，基于外界对于管案遴选程序的质疑，为了台大的学生，希望台大遴选委员会可以展现弹性和善意来处理，不能铁板一块，应尊重教育部的权责，「但双方各自坚持立场，会谈并无交集，不欢而散」。
*2018年12月26日，针对教育部长叶俊荣任命管中闵台大校长案，蔡英文总统于其脸书表示:「处理台大校长的遴选争议，当然是教育部的权责。不过，身为执政团队一份子，教育部长仅在记者会前一小时透过简讯告知，也未遵照赖院长指示向总统报告，就迳自宣布决策，我跟赖院长都相当错愕，也让许多国人感到不解，难以接受……面对大学自治，即使身为总统，对于校长的人选，也没有置喙的余地。但我同样期待，大学自治应该对程序正义有所坚持……一个清楚的事实是，无论是台大校长遴选的争议，或是教育部长的决策，都没有所谓总统默许的问题，这样的操作无助于解决问题。」
*2019年1月1日，蔡英文总统邀请李远哲在官邸请益，李远哲表示要「请辞总统府资政」，蔡表示不解，李远哲说他对通过管中闵当选台大校长一事不满已久，蔡续问原因，李语带怒气回说：「妳不让管碧玲做教育部长，去找叶俊荣做教育部长，这就错了！」
*2019年1月3日，独派大老的总统府资政吴澧培、总统府前资政彭明敏、长老教会高俊明牧师、中研院前院长李远哲等发表公开信，呼吁蔡英文总统放弃2020年连任。吴澧培指出，他们见蔡总统提建言，主要因素是人事问题，认为叶俊荣处理台大管案出现大纰漏。
*2019年1月14日，蔡英文总统和媒体餐叙时，被问到前教育部长叶俊荣先前突然决定让管中闵就任台大校长一事，她表示当时有大声的说「我反对！」不过她也懊恼说，事后回想，「当时怎么没第一时间打电话去阻止？」蔡英文还原当天过程，她说当天在总统府开会，行政院长赖清德拿来叶俊荣传来的简讯过来给她看，她当场就表示「我反对！」而赖清德也有跟叶俊荣说，「你要跟总统报告」，未料，叶俊荣未转告通知蔡英文，蔡英文说:「我想他没有来跟我报告，记者会大概不会开了吧。」媒体质疑，叶俊荣放管一事蔡英文先前是否知道？蔡英文回应，「叶俊荣很想做这件事，我们大家都知道，所以我们都想防著他去做这件事，但是我真的不知道他那天下午要开记者会宣布！」媒体再追问，府院后续怎没把人事任命公文追回来？蔡英文说，「追公文这件事是行政院处理的，你不要以为总统每件事情都插手。」
===台湾大学===
*2018年4月28日，台大校方声明对教育部不予聘任的决定表达异议，认为伤害大学自主精神，对台大发展造成负面影响时任台大代理校长郭大维表示，教育部对台大发展产生重大负面影响；随后台大遴选委员会声明「政治力介入、戕害大学自治」，并说若教育部无法提出合法不聘任理由，遴选会将拒绝重启遴选校长。4月30日，台大校方声明将提起诉愿等行政救济，来厘清大学校长遴选是否为大学自主的一环。5月1日，监察委员申请调查大学自治、校长遴选与教育部之间的关系为何。
*2018年4月30日，国立台湾大学系统声明，教育部应尊重大学自治，不可剥夺宪法保障国立大学组织之自主权，并依大学法第9条依法行政，校长遴选委员会已完成遴选程序，请该部尊重校长遴选委员会之遴选结果。 针对台大校长遴选的行政干涉已造成校园之对立与不安，并将影响未来所有国立大学校长之聘任。且政治与教育应分离，政治应退出校园运作，以维高等教育长远之发展。该声明由国立台湾大学代理校长、国立台湾师范大学、国立台湾科技大学校长联合署名。
*2018年5月3日，台大学生深夜在校园内绑起反管黄丝带「管中闵纯洁骗杀全国」、「爷林大道走九遍」，但随即遭校方拆除。引发社民党成员苗博雅不满，认为校方双重标准，只准挺管黄丝带系挂。并质疑校内单位没有会议、决议，就可以用单位名义自动发出声明，讽刺地说：「大学自治的定义不断被刷新中」。台大学生徐连毅也发文批评校方，指称系挂的黄丝带并未挡到他人、更无违法情事，为何校外人士能够自由在校内悬挂布条，台大学生却不拥有同等权利。
*2018年8月2日，国立台湾大学校长遴选委员会发表声明指出教育部之认定系法令制度未明确规范所致，并做出书面决议确认当选资格，并无疑义。
*2019年3月25日，台湾大学遴选检讨报告出炉，表示管中闵独董身分无须强制揭露；台大呼吁：资讯揭露勿以「道德标准」著手。此案，历经将近1年争议后，由前教育部长叶俊荣宣布「勉予同意」管中闵上任，并要求台大校方，须于3个月内提出遴选程序检讨报告；教育部公文于2018年12月25日送达台大，台大并于最后期限，送出检讨报告。
===监察院===
*2018年8月16日，针对台大校长遴选争议，监察院通过对教育部及台湾大学纠正案。
*12月13日，监察院通过纠正案，指教育部已逾越《中华民国宪法》适法性监督范围，予以纠正。
*2019年1月15日，台大校长管中闵已于同月8日走马上任，但监察院仍由陈师孟委员针对他过去担任学校主管及政府部门任职时在外兼职违法事宜召开弹劾审查会，以 7：4 通过管中闵弹劾案。按行政院前政务委员兼国家发展委员会主任委员管中闵于101年2月6日起至104年2月3日止之期间，身为国家高阶政务官乃至机关首长，却违反公务员服务法第14条第1项「禁止兼职」之规定，透过匿名方式「常态性」为壹周刊撰写社论，以获取年约新台币65万元之兼职报酬，严重损害公务纪律及败坏官箴，违失情节重大，爰依法提案弹劾 。不过国立台北商业大学校长张瑞雄表示，根据铨叙部 75.9.5.（七五）台铨华参字第46252号函，依司法院大法官会议41年11月22日第11号解释，公务员不得兼任新闻纸类及杂志之编辑人、发行人、社长、经理、记者及其他职员，至于报社特邀专栏撰稿，倘不涉职务之事务，尚无禁止之规定 。
*1月16日，监察委员王美玉及刘德勋在15日弹劾审查会中表达意见指出，管中闵受邀撰稿是否违反《公务员服务法》第14条第1项：「公务员除法令所规定外，不得兼任他项公职或业务。其依法令兼职者，不得兼薪及兼领公费。」因法条不明确，且铨叙部多年函释并未有此部分，调查过程中仅向铨叙部调阅卷证，「唯独未请铨叙部以主管机关表达正式书面意见」当作审查基础，「此乃程序及实质欠缺之严重问题」。并且《壹周刊》也已说明此案为「社论专栏之邀稿，未有契约关系」，所付的报酬也是稿费，而调查案所附的多篇专栏是否均为管中闵所撰亦未论及，均有进一步查清楚的必要。王美玉及刘德勋也指出，司法院32年4月28日院字第2508号早已函释「公务员在报纸杂志投稿或著作书籍出版收受报酬，或编辑研究学术之杂志刊物，均非修正公务员服务法第十三条第一项所谓经营商业。」他们表示，受邀撰稿既非兼职，是否刊登也属于报社杂志的选择，而且投稿、撰稿是否为兼职也没有铨叙部的函释，此案判定为「经常、固定」兼职但却欠缺更具体之事证当作佐证。
===司法院===
2019年，针对台大校长管中闵被控在担任政务官任内，匿名在《壹周刊》写社论而被监察院弹劾一案，公务员惩戒委员会于7月公开审理，经监察院核阅后，进行分案，由5位公惩会委员组成合议庭。8月召开言词辩论庭，庭讯历时约2小时20分结束。9月宣判，认定管中闵匿名在壹周刊投书批评政府的行为妨碍其本职，并且损及相关官员的形象，因此属于非法兼职，判处申诫。
===其他===
*2018年1月31日，陈昭如教授（台大法律系教授）、杨信男（台大物理系名誉教授）、林敏聪（台大物理系教授）、刘静怡（台大国发所教授）、陈翠莲（台大历史系教授）、黄青真（台大生技系教授）、戴绍恩（台大法研所学生）、陈其诚（台大数学系教授）、颜厥安（台大法律系教授）等人主张基于本次遴选程序的严重程序瑕疵，教育部不应核定本次的遴选结果；遴选委员会失去公信力，应立即停止运作，并召开临时校务会议厘清问题，然而相关提议案在临时校务会议被搁置。
*2018年12月6日，林右昌以民进党代理党主席身分，接受媒体访问时主动提及台大校长争议案，他说：「台积电创办人张忠谋虽然年纪大，但适合任何职位，或许有机会来担任台大校长，可化解僵局，相信各方都可以认同跟接受，也不一定。」
*2018年12月25日，在教育部24日勉予同意管中闵就任台湾大学校长，身为台大校长候选人之一的电机系教授吴瑞北向台北高等行政法院声请假处分，要求教育部不得未重启遴选就发聘台大校长，必须先厘清遴选争议，不能漠视法律程序、恣意滥权发聘，希望防堵教育部聘管中闵。台北高等行政法院权衡公私利益，认为声请无理由，于2019年1月4日裁定驳回，可抗告，吴瑞北提起抗告，最高行政法院于2019年3月7日驳回抗告确定。吴另于107年12月28日具状提出「备位声明」，请求停止教育部107年12月25日函之执行等。法院认为，本件假处分声请案之系属与教育部函文是于同日发生，吴并无就该函提起诉愿后另案声请停止执行之余裕，固为事实，但本件吴并非该函文受文者，且未对该函文提起诉愿，则吴另为声请停止执行，客观上与行政诉讼法第116条第3项要件仍有未合；且行政法院对于声请停止执行，仍须进行利益权衡，而本院就大学遴选争议应否维持现状权衡如上，则吴另以「备位声明」所为请求，于本件裁定结果，并无影响。。
*2018年12月26日，律师林宪同向台北地检署告发叶俊荣、管中闵、蔡明兴等3人，涉违反贪污治罪条例之渎职、图利及刑法使公务员登载不实等罪。
*2019年1月1日，陈良博、周昌弘、李敦厚、贺德芬、张清溪、郑秀玲、赖秀穗、周松男、陈荣基、杨惠郎等10位学者近日发起「撤销教育部聘任管中闵为台大校长之违法处分」连署，号召关心台湾学术自由的人共同加入连署。呼吁政府依行政程序法第117条及诉愿法第58条第2项的规定，迅即于一月七日以前撤销教育部聘任管中闵之违法处分。
*2019年1月1日，蔡英文总统邀请了10多位中研院士到官邸讨论政局发展，希望请益相关意见，向来力挺蔡的李远哲希望能与蔡英文单独谈话，于是提早半小时抵达官邸。李远哲抵达官邸后，蔡英文原本还热情招呼，但李远哲直接告诉蔡要「请辞总统府资政」，蔡英文面露诧异不解，李远哲说，他对通过管中闵当选台大校长一事不满已久，李远哲越讲越激烈，蔡终于按捺不住情绪，不解问：「我到底做错了什么？」李语带怒气回说：「妳不让管碧玲做教育部长，去找叶俊荣做教育部长，这就错了！」这场会面就在凝重的气氛下结束。
*2019年1月3日，独派大老的总统府资政吴澧培、总统府前资政彭明敏、长老教会高俊明牧师、中研院前院长李远哲等发表公开信，呼吁蔡英文总统放弃2020年连任。吴澧培指出，他们见蔡总统提建言，主要因素是人事问题，认为叶俊荣处理台大管案出现大纰漏。
*2019年1月10日，前台大校长陈维昭在2019年1月号《台大校友双月刊》(NTU Alumni Bimonthly, No.121)发表「六月六日总统官邸谈管案」一文，还原2018年在前立法院长王金平的牵线下，前往总统官邸，与总统蔡英文、总统府秘书长陈菊商讨如何解决此起人事僵局始末。陈向蔡总统说:「我认为这完全是一个政治事件，这种事件发生在这个年代很不可思议，而政府的操作手法又太粗糙，因而普遍引起反感，我认为不应为管案让社会包括台大，付出这么大的代价，应该想办法尽快解决。」
*2019年1月15日，针对叶俊荣于去年12月24日宣布「勉予同意」后，管中闵终于可以接任台大校长，府院当时都说不知情。但是蔡英文总统14日与媒体餐叙时却表示，当天(24日)赖清德院长跟他报告此事时，当下她就大声说「我反对！」并回应「叶俊荣很想做这件事，我们大家都知道，所以我们都想防著他去做这件事，但是我真的不知道他那天下午要开记者会宣布！」蔡英文反对管中闵接任台大校长，台大自主联盟（15）日于脸书发文：「搞了一年，小英总统终于愿意承认以政治力介入台大校长遴选」，而这次蔡英文14日的发言，也证实台大去年4月声明「政治力介入，戕害大学自治」一事。此发文引起不少网友回应「以前说什么『尊重教育部的专业』云云，果然都是谎言」、「说穿了就是得罪蔡英文、教育部先卡管、卡不住、先让他上、再来就换监察院弹管、最后就是要他过不好年！」、「罪证确凿，政治力介入卡管」，也有网友提出质疑：「部长你们任命的，然后说想防止他做这决策？赖清德是行政院长，『出了事』叫部长直接跟总统报告？蔡英文说了反对，但又说总统不是每件事都要插手？火都你们在放，话都你们在说，这是什么样的政府啊！」。
==大学自主争议==
由于此时的主政者为民进党政府，而管中闵曾任国民党政府的内阁成员，部分人士认为此案是民进党基于政治立场干预大学自主而表达反对。《大学法》第一条开宗名义说大学「应受学术自由之保障，并在法律规定范围内，享有自治权」，显示大学自主是大学的核心价值。然而，大学自主的的具体定义和范围在台湾尚未明晰，且大学的经费来自公共预算，自应受一定程度之监管。关于「大学自主」的意义以及教育部的权责之争议因此而生。
依据《大学法》第9条规定，「新任公立大学校长之产生，由学校……遴选出校长后，由教育部或各该所属地方政府聘任之。」即教育部只是形式上发聘书，不能进行实质审查。比较同一条文的后半部：「私立大学校长……报请教育部核准聘任之。」多了「核准」两字，可见当初立法意旨，并未授予教育部在聘任公立大学校长前进行实质审查的权力。
同一条文的中间部分说「遴选委员除学校与社会人士各占五分之二外，其余由教育部遴派之代表担任之」。所以说教育部要实质影响大学校长的遴选结果，可借由遴选委员的任命为之，但影响力就是遴选委员总额的五分之一，这就是《大学法》的立法精神：2005年6月，台大选出两名校长人选送交教育部，当时的部长杜正胜决定圈选得票数较低的李嗣涔而非得票数过半的杨永斌，引发争议，于是在2005年底立法院通过《大学法》修正案，将大学校长遴选由两阶段（大学选出数名人选，由教育部择聘其一）改为一阶段（大学只选出一名人选，由教育部聘任），让教育部对大学校长遴选只保留五分之一的实质决定权，而非原本的二分之一。
2019年8月1日，教育部公布修正「国立大学校长遴选委员会组织及运作办法」，明订校务会议有权解散大学校长遴委会的权力。此一修法被外界称为「管中闵条款」，新版办法规定，国立大学校长就任前之遴选争议，遴委会应于三个月内作成决议确实处理；若未于所定期限内确实处理遴选争议，经学校校务会议代表三分之一以上提案，出席代表二分之一以上同意后解散。学校必须在解散后的两个月内重组遴委会。
===反对教育部介入者===
全国教育产业总工会认为，此举严重戕害高教自主，也伤害了中华民国努力了几十年的民主机制。全国教师工会总联合会亦发起「三不运动」抵制吴茂昆领导的教育部。
傅钟所进行的黄丝带声援活动。
2018年4月28日，国立大学校院协会发出声明「基于大学自治精神，政府不应干预遴选结果」。4月29日，台北商业大学校长张瑞雄、德明科技大学校长徐守德、中国科技大学校长俞明德、圣约翰科技大学校长艾和昌、东南科技大学校长李清吟、东方设计大学董事长李福登和文藻外语大学校长周守民在网路上发起全民连署要求教育部退出政治干预，一天内得到多于4万签名；在5月4日已超过8万个联署。私立大学校院协进会也发布声明「台大校长遴选争议的负面发展，是大学自治有史以来最黑暗的时刻」。4月30日，国立台湾大学系统下的国立台湾大学、国立台湾师范大学、国立台湾科技大学校长共同声明呼吁教育部应尊重校长遴选结果。国立清华大学在校园内发起系「政治退出校园」黄丝带的声援活动，清大教师会、前后四任清大校长与5位中研院院士清大教授声明要求政府应落实校园自治，随后国立台湾大学、国立交通大学、国立中央大学财经系主任叶锦徽、经济系教授徐之强等人发起，陆续在校园声援此活动；国立交通大学校长张懋中则呼吁政府尽速让国立大学法人化。7月3日，中央研究院院士会议表决通过由人文及社会科学组所提案的「国立大学校长遴选时，教育部应尊重大学法精神及规定，执行校长聘任事宜。」一案
5月1日，台大自主联盟在傅钟的集会中正式提出《台大自主联盟五一声明》，向全国人民呼吁重视台大校长遴选事件。5月4日适逢五四运动99周年，以文学院为首的台大师生以及台大EMBA的学生发起「新五四运动」，扩大抗争规模，希望引起更多人对此事件的重视与发声。5月29日，有多起学术争议事件的教育部长吴茂昆在就任第41天时请辞获准，成为任期最短的教育部长（7月，监察院以吴在东华校长任内的学术争议通过弹劾并移送公惩会）。6月初，台大学生、台大校方与校长当选人分别委请律师向行政院提出行政诉愿。
反对教育部介入的知名人士包括教育部前部长曾志朗、台北市长柯文哲、作家龙应台、曾任《新新闻》社长的王健壮、作家张大春、吴敦义、前行政院政务委员高思博等人。
2019年8月1日，教育部公布修正「国立大学校长遴选委员会组织及运作办法」，明订校务会议有权解散大学校长遴委会的权力。此一修法被外界称为「管中闵条款」，新版办法规定，国立大学校长就任前之遴选争议，遴委会应于三个月内作成决议确实处理；若未于所定期限内确实处理遴选争议，经学校校务会议代表三分之一以上提案，出席代表二分之一以上同意后解散。学校必须在解散后的两个月内重组遴委会。清大校长贺陈弘认为此一修正将严重干预遴选委员的独立自主；中研院院士、教育部前部长曾志朗则表示，教育部管太多，此一修法让大学教育「从宪政时代退回训政时代」。
===支持教育部介入者===
中兴大学法律系教授李惠宗撰文，以法学方法论方式，指出本案中许多法律争点。其中，关于大学自治范围部分，由于大学校长之性质属于行政机关之首长，其聘(派)任属于大学组织法事项(外部组织)，非涉大学教学研究学术自由范围内等大学作用法之自治事项，因此校长遴选、聘任，其实并非所谓大学自治之范畴。所谓大学自治范畴，仅有于涉及教学、研究、学习等自由范围内之事项，始克当之。
台大经济系教授郑秀玲在《读报》撰文指出，前台大校长、台大行政高层动员人力向校务会议代表「关说」，要求「撤签」连署召开临时行政会议提案，导致临时校务会议延至3/24。而三月时，管中闵违法兼职、违法赴中兼职、论文抄袭等争议已经扩大。郑秀玲认为，3/24临时校务会议，是完全复制陈维昭校长时代的会议运作模式，当天的会议流程与最后的搁置决议，导致各项争议都无法得到厘清。
台大学生议长周安履发三点声明指出，「教育部驳回台大校长遴选结果，于法有据且并无侵犯大学自治」、「管中闵兼职事实违法明确」、「呼吁执政当局正视学生意见，为所当为」，力挺教育部不聘管中闵的决定。
台大社会系副教授范云认为，教育部的行为是迟来的程序正义。台湾大学研究生协会会长王昱钧表示：「教育部驳回聘任案有一定的考量、一定的证据」，他要呼吁台大校方理性面对，不要借机鼓吹爱校情感、激起对立，事后参加台湾北社召开的记者会支持教育部决定。全国家长团体联盟荣誉理事长吴福滨表示，教育部有监督台湾的大学之责任，教育部在昨天做出驳回的决定，对于台大身为高教的龙头来说算是正确的决定，这让台大能回归学术，摆脱政治纷扰。身兼民进党智库的台大社会科学院教授陈东升则认为，大学自治的意义并非无限上纲，大学自治仍需基于正当、合法等两前提，并不是他人无论如何完全都不能介入，譬如说：发生遴选委员、候选人资讯没有充分揭露利益回避的问题时，行政部门有权提出质疑。台大遴委会、校方得负起相关责任，不能只批外部介入。
其他支持教育部介入者包括台大退休教授黄武雄、金管会主委顾立雄、台大机械系特聘教授陈炳𪸩、行政院发言人徐国勇、台大学生代表大会议长周安履等。
== 正式聘任 ==
*2018年5月，管中闵、台大校方和台大学生对于5月4日教育部函请台大补正遴选程序瑕疵向行政院诉愿审议委员会提出诉愿，若仍有疑虑可向行政法院提行政诉讼。12月19日，行政院诉愿会进行听取教育部、管中闵和台大三方说法的言词辩论，预定2019年1月22日前做出裁决。12月26日，行政院诉愿会均对三件诉愿案作「诉愿不受理」的决定，理由是该函是做行政处分前的程序处置，并非行政处分，对其提起诉愿依法未合。然而不影响稍早教育部核准管中闵就任台大校长的决定。
*2018年12月13日，监察院通过纠正案指教育部已逾越《中华民国宪法》适法性监督范围，予以纠正。
*2018年12月24日，教育部部长叶俊荣勉予同意管中闵担任台大校长，但要求台大在3个月内针对此次校长遴选过程中的瑕疵和争议全盘检讨；隔天，叶在辞去部长一职之前送出聘任校长的公文，同日台大立刻回复公文，最后确定第12任国立台湾大学校长管中闵于2019年1月8日正式就职。
==来源资料==
== 外部连结 ==
*  国立台湾大学校长遴选专区
*  台大校长遴选关键问题懒人包date=20180307055335 （台湾大学自主行动联盟）
*  全民连署敦促教育部退出政治干预，尊重大学自主date=20190328092047