【细菌分类表】
本表以 LPSN网站的分类为基础（当前版本2008年1月7日），本分类代表原核生物分类的权威杂志 IJSEM date=20111019160924 的分类系统，同时参考 NCBI Taxonomy date=20060206165407 ，但目前其它中文维基分类表可能依照其它标准，请注意其区别。
中文名称采用惯例（包括网上搜索途径）以及拉丁名直接意译，部分参考 《细菌名称》第二版，拉丁文意译参考 原核生物名称(英文)网站。翻译问题欢迎在原文中添加或者在讨论页中提出。
本表列到属级。
后面带*者为尚未被IJSEM杂志确认的分类。
参见：细菌。
==酸杆菌门(Acidobacteria)==
===酸杆菌纲(Acidobacteria)===
#酸杆菌目(Acidobacteriales)
##酸杆菌科(Acidobacteriaceae)
###酸杆菌属(Acidobacterium)
###土壤杆菌属(Edaphobacter)
###(Terriglobus)
===全噬菌纲(Holophagae)===
#石鳖杆菌目(Acanthopleuribacterales)
##石鳖杆菌科(Acanthopleuribacteraceae)
###石鳖杆菌属(Acanthopleuribacter)
#全噬菌目(Holophagales)
##全噬菌科(Holophagaceae)
###地发菌属(Geothrix)
###全噬菌属(Holophaga)
==放线菌门(Actinobacteria)（高G+C革兰氏阳性菌）==
===放线菌纲(Actinobacteria)===
#酸微菌亚纲(Acidimicrobidae)
##酸微菌目(Acidimicrobiales)
###酸微菌亚目(Acidimicrobineae)
####酸微菌科(Acidimicrobiaceae)
#####酸微菌属(Acidimicrobium)
####(Iamiaceae)
#####(Iamia)
#放线菌亚纲(Actinobacteridae)
##放线菌目(Actinomycetales)
###放线菌亚目(Actinomycineae)
####放线菌科(Actinomycetaceae)
#####放线棒菌属(Actinobaculum)
#####放线菌属(Actinomyces)
#####隐秘杆菌属(Arcanobacterium)
#####镰弧菌属(Falcivibrio)
#####动弯杆菌属(Mobiluncus)
#####(Varibaculum)
###(Actinopolysporineae)
####(Actinopolysporaceae)
#####(Actinopolyspora)
###(Catenulisporineae)
####(Actinospicaceae)
#####(Actinospica)
####(Catenulisporaceae)
#####(Catenulispora)
###棒杆菌亚目(Corynebacterineae)
####棒杆菌科(Corynebacteriaceae)
#####(Bacterionema)
#####(Caseobacter)
#####棒杆菌属(Corynebacterium)
#####(Turicella)
####迪茨氏菌科(Dietziaceae)
#####迪茨氏菌属(Dietzia)
####分枝杆菌科(Mycobacteriaceae)
#####分枝杆菌属(Mycobacterium)  （含结核杆菌）
####诺卡氏菌科(Nocardiaceae)
#####戈登氏菌属(Gordonia)
#####(Micropolyspora)
#####(Millisia)
#####诺卡氏菌属(Nocardia)
#####红球菌属(Rhodococcus)
#####斯科曼氏菌属(Skermania)
#####(Williamsia)
#####(Smaragdicoccus)
####(Segniliparaceae)
#####(Segniliparus)
####束村氏菌科(Tsukamurellaceae)
#####束村氏菌属(Tsukamurella)
###弗兰克氏菌亚目(Frankineae)
####酸热菌科(Acidothermaceae)
#####酸热菌属(Acidothermus)
####弗兰克氏菌科(Frankiaceae)
#####弗兰克氏菌属(Frankia)
####地嗜皮菌科(Geodermatophilaceae)
#####芽球菌属(Blastococcus)
#####地嗜皮菌属(Geodermatophilus)
#####(Modestobacter)
####(Kineosporiaceae)
#####(Cryptosporangium)
#####(Kineococcus)
#####(Kineosporia)
####(Nakamurellaceae)
#####(Humicoccus)
#####(Nakamurella)
#####(Quadrisphaera)
####孢鱼菌科(Sporichthyaceae)
#####孢鱼菌属(Sporichthya)
###糖霉菌亚目(Glycomycineae)
####糖霉菌科(Glycomycetaceae)
#####糖霉菌属(Glycomyces)
#####(Stackerbrandtia)
###微球菌亚目(Micrococcineae)
####获山氏菌科(Beutenbergiaceae)
#####获山氏菌属(Beutenbergia)
#####乔治菌属(Georgenia)
#####萨勒河菌属(Salana)
####博戈里亚湖菌科(Bogoriellaceae)
#####博戈里亚湖菌属(Bogoriella)
####短杆菌科(Brevibacteriaceae)
#####短杆菌属(Brevibacterium)
####纤维素单胞菌科(Cellulomonadaceae)
#####纤维素单胞菌属(Cellulomonas)
#####厄氏菌属(Oerskovia)
#####(Tropheryma)
####(Dermabacteraceae)
#####(Brachybacterium)
#####(Dermabacter)
####(Dermacoccaceae)
#####(Demetria)
#####(Dermacoccus)
#####(Kytococcus)
####(Dermatophilaceae)
#####(Dermatophilus)
#####(Kineosphaera)
####(Intrasporangiaceae)
#####(Arsenicicoccus)
#####(Humihabitans)
#####(Intrasporangium)
#####(Janibacter)
#####(Knoellia)
#####(Kribbia)
#####(Lapillicoccus)
#####(Ornithinicoccus)
#####(Ornithinimicrobium)
#####(Oryzihumus)
#####(Serinicoccus)
#####(Terrabacter)
#####(Terracoccus)
#####(Tetrasphaera)
####(Jonesiaceae)
#####(Jonesia)
####(Microbacteriaceae)
#####(Agreia)
#####(Agrococcus)
#####(Agromyces)
#####(Aureobacterium)
#####(Clavibacter)
#####(Cryobacterium)
#####(Curtobacterium)
#####(Frigoribacterium)
#####(Frondicola)
#####(Gulosibacter)
#####(Labedella)
#####(Leifsonia)
#####(Leucobacter)
#####(Microbacterium)
#####(Microcella)
#####(Mycetocola)
#####(Okibacterium)
#####(Plantibacter)
#####(Pseudoclavibacter)
#####(Rathayibacter)
#####(Rhodoglobus)
#####(Salinibacterium)
#####(Subtercola)
#####(Yonghaparkia)
#####(Zimmermannella)
####微球菌科(Micrococcaceae)
#####(Acaricomes)
#####节杆菌属(Arthrobacter)
#####(Citricoccus)
#####(Kocuria)
#####微球菌属(Micrococcus)
#####(Nesterenkonia)
#####(Renibacterium)
#####罗氏菌属(Rothia)
#####口腔球菌属(Stomatococcus)
#####刘志恒菌属(Zhihengliuella)
####(Promicromonosporaceae)
#####(Cellulosimicrobium)
#####(Isoptericola)
#####(Myceligenerans)
#####(Promicromonospora)
#####(Xylanibacterium)
#####(Xylanimonas)
####(Rarobacteraceae)
#####(Rarobacter)
####(Sanguibacteraceae)
#####血杆菌属(Sanguibacter)
####(Yaniaceae)
#####(Yania)
####科未定
#####(Actinotalea)
#####(Demequina)
#####(Phycicoccus)
#####(Ruania)
###微单孢菌亚目(Micromonosporineae)
####微单孢菌科(Micromonosporaceae)
#####(Actinocatenispora)
#####(Actinoplanes)
#####(Amorphosporangium)
#####(Ampullariella)
#####(Asanoa)
#####(Catellatospora)
#####(Catenuloplanes)
#####(Couchiolanes)
#####(Dactylosporangium)
#####(Krasilnikovia)
#####(Longispora)
#####(Luedemannella)
#####微单孢菌属(Micromonospora)
#####(Pilimelia)
#####(Planopolyspora)
#####(Polymorphospora)
#####(Salinispora)
#####(Spirilliplanes)
#####(Verrucosispora)
#####(Virgisporangium)
###丙酸杆菌亚目(Propionibacterineae)
####(Nocardioidaceae)
#####(Actinopolymorpha)
#####(Aeromicrobium)
#####(Friedmanniella)
#####(Hongia)
#####(Kribbella)
#####(Marmoricola)
#####(Micropruina)
#####(Nocardioides)
#####(Pimelobacter)
#####(Propionicicella)
#####(Propionicimonas)
####丙酸杆菌科(Propionibacteriaceae)
#####河口微菌属(Aestuariimicrobium)
#####(Arachnia)
#####(Brooklawnia)
#####(Granulicoccus)
#####江氏菌属(Jiangella)
#####(Luteococcus)
#####(Microlunatus)
#####丙酸杆菌属(Propionibacterium)
#####(Propioniferax)
#####(Propionimicrobium)
#####(Tessaracocccus)
###(Pseudonocardineae)
####(Actinosynnemataceae)
#####(Actinokineospora)
#####(Actinosynnema)
#####(Lechevalieria)
#####(Lentzea)
#####(Saccharothrix)
#####(Umezawaea)
####(Pseudonocardiaceae)
#####(Actinoalloteichus)
#####(Actinobispora)
#####(Amycolata)
#####(Amycolatopsis)
#####(Crossiella)
#####(Faenia)
#####(Goodfellowia)
#####(Kibdelosporangium)
#####(Kutzneria)
#####(Prauserella)
#####(Pseudoamycolata)
#####(Pseudonocardia)
#####(Saccharomonospora)
#####(Saccharopolyspora)
#####(Streptoalloteichus)
#####(Thermobispora)
#####(Thermocrispum)
###链霉菌亚目(Streptomycineae)
####链霉菌科(Sterptomycetaceae)
#####(Actinopycnidium)
#####(Actinosporangium)
#####(Chainia)
#####(Elytrosporangium)
#####北里菌属(Kitasatoa)
#####北里孢菌属(Kitasatospora)
#####(Microellobosporia)
#####(Streptacidiphilus)
#####链霉菌属(Streptomyces)
#####(Streptoverticillium)
###(Streptosporangineae)
####(Nocardiopsaceae)
#####(Nocardiopsis)
#####(Streptomonospora)
#####(Thermobifida)
####(Streptosporangiaceae)
#####(Acrocarpospora)
#####(Herbidospora)
#####(Microbispora)
#####(Microtetraspora)
#####(Nonomuraea)
#####(Planobispora)
#####(Planomonospora)
#####(Planotetraspora)
#####(Sphaerisporangium)
#####(Streptosporangium)
#####(Thermopolyspora)
####(Thermomonosporaceae)
#####珊瑚状放线菌属(Actinocorallia)
#####(Actinomadura)
#####(Excellospora)
#####(Spirillospora)
#####(Thermomonospora)
##双歧杆菌目(Bifidobacteriales)
###双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)
####(Aeriscardovia)
####(Alloscardovia)
####双歧杆菌属(Bifidobacterium)
####(Gardnerella)
####(Metascardovia)
####(Parascardovia)
####(Scardovia)
###科未定
#(Coriobacteridae)
##(Coriobacteriales)
###(Coriobacterineae)
####(Coriobacteriaceae)
#####奇异菌属(Atopobium)
#####(Collinsella)
#####(Coriobacterium)
#####(Cryptobacterium)
#####(Denitrobacterium)
#####(Eggerthella)
#####(Olsenella)
#####(Slackia)
#红色杆菌亚纲(Rubrobacteridae)
##红色杆菌目(Rubrobacterales)
###红色杆菌亚目(Rubrobacterineae)
####(Conexibacteraceae)
#####(Conexibacter)
####(Patulibacteraceae)
#####(Patulibacter)
####红色杆菌科(Rubrobacteraceae)
#####红色杆菌属(Rubrobacter)
####(Solirubrobacteraceae)
#####(Solirubrobacter)
####(Thermoleophilaceae)
#####(Thermoleophilum)
#球形杆菌亚纲(Sphaerobacteridae)
##球形杆菌目(Sphaerobacterales)
###球形杆菌亚目(Sphaerobacterineae)
####球形杆菌科(Sphaerobacteraceae)
#####球形杆菌属(Sphaerobacter)
==产水菌门(Aquificae)==
===产水菌纲(Aquificae)===
#产水菌目(Aquificales)
##产水菌科(Aquificaceae)
###产水菌属(Aquifex)
###(Calderobacterium)
###(Hydrogenivirga)
###(Hydrogenobacter)
###(Hydrogenobaculum)
###(Thermocrinis)
##除硫杆菌科(Desulfurobacteriaceae)
###(Balnearium)
###除硫杆菌属(Desulfurobacterium)
###热弧菌属(Thermovibrio)
##(Hydrogenothermaceae)
###(Hydrogenothermus)
###(Persephonella)
###(Sulfurihydrogenibium)
==拟杆菌门(Bacteroidetes)==
===拟杆菌纲(Bacteroidetes)===
#拟杆菌目(Bacteroidales)
##拟杆菌科(Bacteroidaceae)
###(Acetomicrobium)
###(Anaerophaga)
###(Anaerorhabdus)
###拟杆菌属(Bacteroides)
###(Pontibacter)
##紫单胞菌科(Porphyromonadaceae)
###(Barnesiella)
###(Capsularis)
###(Dysgonomonas)
###(Hallella)
###(Odoribacter)
###(Oribaculum)
###(Paludibacter)
###(Parabacteroides)
###紫单胞菌属(Porphyromonas)  （多译作“卟啉单胞菌”，但porphyro-应来源于希腊语“紫色”）
###(Proteiniphilum)
###(Tannerella)
###(Xylanibacter)
##普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)
###普雷沃氏菌属(Prevotella)  （或译作“普氏菌”）
##理研菌科(Rikenellaceae)
###(Alistipes)
###(Alkaliflexus)
###(Marinilabilia)
###(Petrimonas)
###理研菌属(Rikenella)  （注：Riken是日语“理化学研究所”简称）
##科未定
###(Acetofilamentum)
###(Acetothermus)
===黄杆菌纲(Flavobacteria)===
#黄杆菌目(Flavobacteriales)
##蟑螂杆状体科(Blattabacteriaceae)
###蟑螂杆状体属(Blattabacterium)
##(Cryomorphaceae)
###(Algoriphagus)
###(Brumimicrobium)
###(Crocinitomix)
###(Cryomorpha)
###(Fluviicola)
###李时珍菌属(Lishizhenia)
###(Owenweeksia)
##黄杆菌科(Flavobacteriaceae)
###(Actibacter)
###(Aequorivita)
###(Algibacter)
###(Aquimarina)
###(Arenibacter)
###伯杰菌属(Bergeyella)
###(Bizionia)
###碳酸噬胞菌属(Capnocytophaga)  （注：多译作“二氧化碳噬纤维菌属”）
###噬纤维素菌属(Cellulophaga)
###金黄杆菌属(Chryseobacterium)
###(Cloacibacterium)
###(Coenonia)
###(Costertonia)
###(Croceibacter)
###独岛菌属(Dokdonia)
###东海菌属(Donghaeana)
###(Elizabethkingia)
###(Empedobacter)
###(Epilithonimonas)
###(Flaviramulus)
###黄杆菌属(Flavobacterium)
###(Formosa)
###泥滩杆菌属(Gaetbulibacter)
###泥滩微菌属(Gaetbulimicrobium)
###(Galbibacter)
###(Gelidibacter)
###(Gillisia)
###(Gilvibacter)
###革兰菌属(Gramella)
###(Kaistella)
###(Kordia)
###(Krokinobacter)
###(Lacinutrix)
###列文虎克菌属(Leeuwenhoekiella)
###(Lutibacter)
###(Maribacter)
###(Mariniflexile)
###(Marixanthomonas)
###(Mesonia)
###(Muricauda)
###(Myroides)
###(Nonlabens)
###(Olleya)
###(Ornithobacterium)
###(Persicivirga)
###(Pibocella)
###极地杆菌属(Polaribacter)
###冷弯菌属(Psychroflexus)
###(Psychroserpens)
###(Riemerella)
###(Robiginitalea)
###(Salegentibacter)
###(Sandarakinotalea)
###(Sediminibacter)
###(Sediminicola)
###世宗菌属(Sejongia)
###(Stanierella)
###(Stenothermobacter)
###(Subsaxibacter)
###(Subsaximicrobium)
###(Tamlana)
###(Tenacibaculum)
###(Ulvibacter)
###(Vitellibacter)
###(Wautersiella)
###(Weeksella)
###(Winogradskyella)
###丽水菌属(Yeosuana)
###(Zeaxanthinibacter)
###周氏菌属(Zhouia)
###(Zobellia)
###王祖农菌属(Zunongwangia)
===鞘脂杆菌纲(Sphingobacteria)===
#鞘脂杆菌目(Sphingobacteriales)
##泉发菌科(Crenotrichaceae)
###(Balneola)
###(Chitinophaga)
###泉发菌属(Crenothrix)
###(Rhodothermus)
###(Salinibacter)
###(Terrimonas)
###(Toxothrix)
##(Flammeovirgaceae)
###(Flammeovirga)
###(Flexithrix)
###(Perexilibacter)
###(Persicobacter)
###(Rapidithrix)
###(Sediminitomix)
###(Thermonema)
##屈挠杆菌科(Flexibacteraceae)
###(Adhaeribacter)
###(Aquiflexum)
###(Arcicella)
###(Belliella)
###(Chimaereicella)
###(Cyclobacterium)
###噬胞菌属(Cytophaga)  （注：目前多称此属为“噬纤维菌属”，此处依拉丁文）
###(Dyadobacter)
###(Echinicola)
###(Effluviibacter)
###(Emticicia)
###(Fabibacter)
###(Flectobacillus)
###屈挠杆菌属(Flexibacter)
###(Hongiella)
###(Hymenobacter)
###(Larkinella)
###(Leadbetterella)
###(Marinicola)
###(Meniscus)
###(Microscilla)
###(Niastella)
###(Persicitalea)
###(Reichenbachiella)
###(Rhodonellum)
###(Roseivirga)
###(Runella)
###(Spirosoma)
###生孢噬胞菌属(Sporocytophaga)
##腐螺旋菌科(Saprospiraceae)
###(Aureispira)
###(Haliscomenobacter)
###(Lewinella)
###腐螺旋菌属(Saprospira)
##鞘脂杆菌科(Sphingobacteriaceae)
###(Mucilaginibacter)
###(Olivibacter)
###(Parapedobacter)
###(Pedobacter)
###(Pseudosphingobacterium)
###鞘脂杆菌属(Sphingobacterium)
##科未定
###(Niabella)
===纲未定===
#(Flavisolibacter)
#(Fulvivirga)
#(Prolixibacter)
#(Segetibacter)
==衣原体门(Chlamydiae)==
===衣原体纲(Chlamydiae)===
#衣原体目(Chlamydiales)
##衣原体科(Chlamydiaceae)
###衣原体属(Chlamydia)
###嗜衣体属(Chlamydophila)
##副衣原体科(Parachlamydiaceae)
###新衣原体属(Neochlamydia)
###副衣原体属(Parachlamydia)
##芯卡体科(Simkaniaceae)
###芯卡体属(Simkania)  （注：人名缩写简称，此处用音译）
###棍衣原体属(Rhabdochlamydia)##华诊体科(Waddliaceae)
###华诊体属(Waddlia)  （注：WADDL为“华盛顿动物病诊断实验室”缩写）
==绿菌门(Chlorobi)==
===绿菌纲(Chlorobia)===
#绿菌目(Chlorobiales)
##绿菌科(Chlorobiaceae)
###臂绿菌属(Ancalochloris)
###绿棒菌属(Chlorobaculum)
###绿菌属(Chlorobium)
###绿爬菌属(Chloroherpeton)
###暗网菌属(Pelodictyon)
###突柄绿菌属(Prosthecochloris)
==绿弯菌门(Chloroflexi)==
===厌氧绳菌纲(Anaerolineae)===
#厌氧绳菌目(Anaerolineales)
##厌氧绳菌科(Anaerolineaceae)
###厌氧绳菌属(Anaerolinea)
###(Bellilinea)
###纤绳菌属(Leptolinea)
###(Levilinea)
###长绳菌属(Longilinea)
===暖绳菌纲(Caldilineae)===
#暖绳菌目(Caldilineales)
##暖绳菌科(Caldilineaceae)
###暖绳菌属(Caldilinea)
===绿弯菌纲(Chloroflexi)===
#绿弯菌目(Chloroflexales)
##绿弯菌科(Chloroflexaceae)
###绿弯菌属(Chloroflexus)
###绿线菌属(Chloronema)
###太阳发菌属(Heliothrix)
###玫瑰弯菌属(Roseiflexus)
##颤绿菌科(Oscillochloridaceae)
###颤绿菌属(Oscillochloris)
#爬管菌目(Herpetosiphonales)
##爬管菌科(Herpetosiphonaceae)
###爬管菌属(Herpetosiphon)
==产金菌门(Chrysiogenetes)==
===产金菌纲(Chrysiogenetes)===
#产金菌目(Chrysiogenales)
##产金菌科(Chrysiogenaceae)
###产金菌属(Chrysiogenes)
==蓝藻门(Cyanobacteria)==
===蓝藻纲(Cyanobacteria)===
注：目前有三套蓝藻分类系统，分别为NCBI、Bergey's手册及Cavalier-Smith（2002年，仅分至目)。
本文采用的Bergey's手册中蓝藻内的分类，不论目科属，均为形态分类，其中目在手册中为“Subsection”而非“Order”，目、科均未列名称，此处目名称为习惯用法，科不列名称；属除Halospirulina和Trichodesmium之外均标为“形态属”(Form Genus)而非“属”(Genus)。表中在形态分类后面加注"@"。预料不久的将来整个蓝藻分类系统将会大调，与其它细菌统一为系统发育分类系统。
此外，因汉语“藻”字可指多种水生光合产氧生物，包括多枝互不相关的原生生物甚至高等水生植物，此处仍用按照“藻”翻译蓝藻门(Cyanobacteria)细菌。但也可依据个人理念将名称定为“某菌”或“某蓝菌”，但应注意避免与其余细菌重名。
#第一目（色球藻目(Chroococcales)）@
##第一科@
###管孢藻属(Chamaesiphon)@
###色球藻属(Chroococcus)@
###(Cyanobacterium)@
###(Cyanobium)@
###(Cyanothece)@
###蓝纤维藻属(Dactylococcopsis)@
###(Gloeobacter)@
###黏球藻属(Gloeocapsa)@
###黏杆藻属(Gloeothece)@
###微囊藻属(Microcystis)@
###原绿球藻属(Prochlorococcus)@
###原绿藻属(Prochloron)@
###聚球藻属(Synechococcus)@
###集胞藻属(Synechocystis)@
#第二目（宽球藻目(Pleurocapsales)）@
##第一科@
###(Cyanocystis)@
###(Dermocarpella)@
###(Stanieria)@
###异球藻属(Xenococcus)@
##第二科@
###拟色球藻属(Chroococcidiopsis)@
###黏囊藻属(Myxosarcina)@
###宽球藻属(Pleurocapsa)@
#第三目（颤藻目(Oscillatoriales)）@
##第一科@
###节螺藻属(Arthrospira)@  （包含商业化螺旋藻）
###(Borzia)@
###(Crinalium)@
###(Geitlerinema)@
###盐螺旋藻属(Halospirulina)
###(Leptolyngbya)@
###(Limnothrix)@
###鞘丝藻属(Lyngbya)@
###微鞘藻属(Microcoleus)@
###颤藻属(Oscillatoria)@
###(Planktothrix)@
###原绿发藻属(Prochlorothrix)@
###(Pseudanabaena)@
###螺旋藻属(Spirulina)@
###(Starria)@
###束藻属(Symploca)@
###束毛藻属(Trichodesmium)
###(Tychonema)@
#第四目（念珠藻目(Nostocales)）@：亦作念珠藻目
##第一科@
###鱼腥藻属(Anabaena)@
###项圈藻属(Anabaenopsis)@
###束丝藻属(Aphanizomenon)@
###(Cyanospira)@
###(Cylindrospermopsis)@
###筒孢藻属(Cylindrospermum)@
###节球藻属(Nodularia)@
###念珠藻属(Nostoc)@：亦作念珠藻属
###伪枝藻属(Scytonema)@
##第二科@
###眉藻属(Calothrix)@
###胶须藻属(Rivularia)@
###单歧藻属(Tolypothrix)@
#第五目（真枝藻目(Stigonematales)）@
##第一科@
###(Chlorogloeopsis)@
###费氏藻属(Fischerella)@
###(Geitleria)@
###(Iyengariella)@
###拟念珠藻属(Nostochopsis)@：亦作拟念珠藻属
###真枝藻属(Stigonema)@
==脱铁杆菌门(Deferribacteres)==
===脱铁杆菌纲(Deferribacteres)===
#脱铁杆菌目(Deferribacterales)
##脱铁杆菌科(Deferribacteraceae)
###脱铁杆菌属(Deferribacter)
###(Denitrovibrio)
###(Flexistipes)
###地弧菌属(Geovibrio)
###(Mucispirillum)
##科未定
###暖发菌属(Caldithrix)
###(Synergistes)
==异常球菌-栖热菌门(Deinococcus-Thermus)==
===异常球菌纲(Deinococci)===
#异常球菌目(Deinococcales)
##异常球菌科(Deinococcaceae)
###异常杆菌属(Deinobacter)
###异常球菌属(Deinococcus)
##特吕珀菌科(Trueperaceae)
###特吕珀菌属(Truepera)
#栖热菌目(Thermales)
##栖热菌科(Thermaceae)
###海栖热菌属(Marinithermus)
###亚栖热菌属(Meiothermus)
###海洋栖热菌属(Oceanithermus)
###栖热菌属(Thermus)
###火山栖热菌属(Vulcanithermus)
==网团菌门(Dictyoglomi)==
===网团菌纲(Dictyoglomi)===
#网团菌目(Dictyoglomales)
##网团菌科(Dictyoglomaceae)
###网团菌属(Dictyoglomus)
==纤维杆菌门(Fibrobacteres)==
===纤维杆菌纲(Fibrobacteres)===
#纤维杆菌目(Fibrobacterales)
##纤维杆菌科(Fibrobacteraceae)
###纤维杆菌属(Fibrobacter)
==厚壁菌门(Firmicutes)（低G+C革兰氏阳性菌）==
===芽孢杆菌纲(Bacilli)===
#芽孢杆菌目(Bacillales)
##(Alicyclobacillaceae)
###(Alicyclobacillus)
###(Pasteuria)
###(Sulfobacillus)
##芽孢杆菌科(Bacillaceae)
###(Alkalibacillus)
###(Amphibacillus)
###(Anoxybacillus)
###芽孢杆菌属(Bacillus)
###(Caldalkalibacillus)
###(Cerasibacillus)
###(Exiguobacterium)
###(Filobacillus)
###(Geobacillus)
###(Gracilibacillus)
###(Halalkalibacillus)
###(Halobacillus)
###(Haloactibacillus)
###(Jeotgalibacillus)
###(Lentibacillus)
###(Lysinibacillus)
###(Marinibacillus)
###(Oceanobacillus)
###(Ornithinibacillus)
###(Paraliobacillus)
###(Paucisalibacillus)
###(Pelagibacillus)
###(Piscibacillus)
###(Pontibacillus)
###糖球菌属(Saccharococcus)
###(Salibacillus)
###(Salimicrobium)
###(Salinibacillus)
###(Salirhabdus)
###(Sasuginibacillus)
###(Tenuibacillus)
###(Terribacillus)
###(Thalassobacillus)
###(Ureibacillus)
###(Virgibacillus)
###(Vulcanibacillus)
##(Caryophanaceae)
###(Caryophanon)
##李斯特氏菌科(Listeriaceae)
###环丝菌属(Brochothrix)
###李斯特氏菌属(Listeria)
##(Paenibacillaceae)
###(Ammoniphilus)
###(Aneurinibacillus)
###(Brevibacillus)
###(Cohnella)
###(Oxalophagus)
###(Paenibacillus)
###(Thermicanus)
###(Thermobacillus)
##(Planococcaceae)
###(Filibacter)
###(Kurthia)
###(Planococcus)
###(Planomicrobium)
###(Sporosarcina)
##芽孢乳杆菌科(Sporolactobacillaceae)
###(Marinococcus)
###(Sinococcus)
###芽孢乳杆菌属(Sporolactobacillus)
###(Tuberibacillus)
##葡萄球菌科(Staphylococcaceae)
###孪生菌属(Gemella)
###(Joetgalicoccus)
###(Macrococcus)
###(Salinicoccus)
###葡萄球菌属(Staphylococcus)
##(Thermoactinomycetaceae)
###(Laceyella)
###(Mechercharimyces)
###(Planifilum)
###(Seinonella)
###(Shimazuella)
###(Thermoactinomyces)
###(Thermoflavimicrobium)
##(Turicibacteraceae)
###(Turicibacter)
##科未定
###(Pullulanibacillus)
#乳杆菌目(Lactobacillales)
##气球菌科(Aerococcaceae)
###(Abiotrophia)
###气球菌属(Aerococcus)
###(Dolosicoccus)
###(Eremococcus)
###(Facklamia)
###(Globicatella)
###(Ignavigranum)
##肉杆菌科(Carnobacteriaceae)
###(Agitococcus)
###(Alkalibacterium)
###(Allofustis)
###(Alloiococcus)
###(Atopococcus)
###(Atopostipes)
###肉杆菌属(Carnobacterium)
###德库菌属(Desemzia)   （DSMZ，德国微生物与细胞保藏中心）
###(Dolosigranulum)
###(Granulicatella)
###(Isobaculum)
###(Lactosphaera)
###(Marinilactibacillus)
###(Trichococcus)
##肠球菌科(Enterococcaceae)
###(Atopobacter)
###(Catellicoccus)
###肠球菌属(Enterococcus)
###(Melissococcus)
###(Pilibacter)
###(Tetragenococcus)
###漫游球菌属(Vagococcus)
##乳杆菌科(Lactobacillaceae)
###乳杆菌属(Lactobacillus)
###(Paralactobacillus)
###片球菌属(Pediococcus)
##明串珠菌科(Leuconostocaceae)
###明串珠菌属(Leuconostoc)
###(Oenococcus)
###(Weissella)
##颤螺旋菌科(Oscillospiraceae)
###颤杆菌属(Oscillibacter)
###颤螺旋菌属(Oscillospira)
##链球菌科(Streptococcaceae)
###乳球菌属(Lactococcus)
###(Lactovum)
###链球菌属(Streptococcus)
##科未定
###(Acetoanaerobium)
###互营球菌属(Syntrophococcus)
===梭菌纲(Clostridia)===
#梭菌目(Clostridiales)
##梭菌科(Clostridiaceae)
###(Acetanaerobacterium)
###(Acetivibrio)
###(Acidaminobacter)
###(Alkaliphilus)
###(Anaerobacter)
###(Anaerotruncus)
###(Anoxynatronum)
###(Bryantella)
###(Caloramator)
###(Caloranaerobacter)
###(Caminicella)
###(Clostridiisalibacter)
###梭菌属(Clostridium)
###(Coprobacillus)
###(Dorea)
###(Ethanoligenens)
###(Faecalibacterium)
###(Fastidiosipila)
###(Garciella)
###(Gracilibacter)
###(Guggenheimella)
###(Hespellia)
###(Natronincola)
###(Oxobacter)
###(Parasporobacterium)
###八叠球菌属(Sarcina)
###(Soehngenia)
###(Sporacetigenium)
###(Sporobacter)
###(Subdoligranulum)
###(Tepidibacter)
###(Tepidimicrobium)
###(Thermobrachium)
###(Thermohalobacter)
###(Tindallia)
##优杆菌科(Eubacteriaceae)
###醋杆菌属(Acetobacterium)
###(Alkalibacter)
###(Anaerofustis)
###(Anaerovorax)
###优杆菌属(Eubacterium)
###(Mogibacterium)
###(Pseudoramibacter)
##太阳杆菌科(Heliobacteriaceae)
###太阳杆状菌属(Heliobacillus)
###太阳杆菌属(Heliobacterium)
###嗜日菌属(Heliophilum)
###(Heliorestis)
##毛螺旋菌科(Lachnospiraceae)
###(Acetitomaculum)
###(Anaerofilum)
###(Anaerostipes)
###丁酸弧菌属(Butyrivibrio)
###(Catenibacterium)
###(Catonella)
###粪球菌属(Coprococcus)
###(Johnsonella)
###(Lachnobacterium)
###毛螺旋菌属(Lachnospira)
###(Moryella)
###(Oribacterium)
###假丁酸弧菌属(Pseudobutyrivibrio)
###(Roseburia)
###瘤胃球菌属(Ruminococcus)
###(Shuttleworthia)
###(Sporobacterium)
##消化球菌科(Peptococcaceae)
###(Carboxydothermus)
###(Cryptanaerobacter)
###(Dehalobacter)
###(Desulfitobacterium)
###(Desulfonispora)
###(Desulfosporosinus)
###(Desulfotomaculum)
###(Pelotomaculum)
###消化球菌属(Peptococcus)
###(Syntrophobotulus)
###(Thermincola)
###(Thermoterrabacterium)
##消化链球菌科(Peptostreptococcaceae)
###(Anaerococcus)
###(Filifactor)
###(Finegoldia)
###(Fusibacter)
###(Gallicola)
###(Helcococcus)
###微单胞菌属(Parvimonas)  （原名Micromonas）
###(Peptoniphilus)
###消化链球菌属(Peptostreptococcus)
###(Sedimentibacter)
###(Sporanaerobacter)
###(Tissierella)
##互营单胞菌科(Syntrophomonadaceae)
###(Aminiphilus)
###(Aminobacterium)
###(Aminomonas)
###(Anaerobaculum)
###(Anaerobranca)
###(Caldicellulosiruptor)
###(Carboxydocella)
###(Dethiosulfovibrio)
###(Pelospora)
###互营单胞菌属(Syntrophomonas)
###(Syntrophospora)
###互营热菌属(Syntrophothermus)
###(Thermaerobacter)
###(Thermanaerovibrio)
###(Thermohydrogenium)
###(Thermosyntropha)
###(Thermovirga)
##韦荣氏菌科(Veillonellaceae)
###(Acetonema)
###氨基酸球菌属(Acidaminococcus)
###(Allisonella)
###(Anaeroarcus)
###(Anaeroglobus)
###(Anaeromusa)
###(Anaerosinus)
###(Anaerovibrio)
###(Centipeda)
###(Dendrosporobacter)
###(Dialister)
###(Megamonas)
###(Megasphaera)
###光冈菌属(Mitsuokella)
###(Papillibacter)
###(Pectinatus)
###(Pelosinus)
###(Phascolarctobacterium)
###(Propionispira)
###(Propionispora)
###(Quinella)
###(Schwartzia)
###新月形单胞菌属(Selenomonas)
###鼠孢菌属(Sporomusa)
###(Sporotalea)
###(Succiniclasticum)
###(Succinispira)
###(Thermosinus)
###韦荣氏菌属(Veillonella)
###(Zymophilus)
##科未定
###(Anaerovirgula)
###(Dethiosulfatibacter)
###(Geosporobacter)
###(Howardella)
###(Proteiniborus)
#盐厌氧菌目(Halanaerobiales)
##盐厌氧菌科(Halanaerobiaceae)
###盐厌氧菌属(Halanaerobium)
###(Halocella)
###(Haloincola)
###(Halothermothrix)
##盐拟杆菌科(Halobacteroidaceae)
###(Acetohalobium)
###(Halanaerobacter)
###盐拟杆菌属(Halobacteroides)
###(Halonatronum)
###(Natroniella)
###(Orenia)
###(Selenihalanaerobacter)
###(Sporohalobacter)
#盐碱厌氧菌目(Natranaerobiales)
##盐碱厌氧菌科(Natranaerobiaceae)
###盐碱厌氧菌属(Natranaerobius)
#热厌氧杆菌目(Thermoanaerobacteriales)
##热厌氧杆菌科(Thermoanaerobacteriaceae)
###(Acetogenium)
###(Ammonifex)
###(Caldanaerobacter)
###(Carboxydibrachium)
###(Coprothermobacter)
###(Desulfovirgula)
###(Gelria)
###(Mahella)
###(Moorella)
###(Sporotomaculum)
###(Tepidanaerobacter)
###(Thermacetogenium)
###热厌氧单胞菌属(Thermanaeromonas)
###(Thermoanaerobacter)
###(Thermoanaerobium)
###(Thermoanaerobacterium)
###热厌氧菌属(Thermoanaerobium)
###(Thermobacteroides)
###(Thermosediminibacter)
###(Thermovenabulum)
##热脱硫菌科(Thermodesulfobiaceae)
###热脱硫菌属(Thermodesulfobium)
#目未定
##(Desulfitibacter)
##(Symbiobacterium)
===热石杆菌纲(Thermolithobacteria)===
#热石杆菌目(Thermolithobacterales)
##热石杆菌科(Thermolithobacteraceae)
###热石杆菌属(Thermolithobacter)
==梭杆菌门(Fusobacteria)==
===梭杆菌纲(Fusobacteria)===
#梭杆菌目(Fusobacteriales)
##梭杆菌科(Fusobacteriaceae)
###梭杆菌属(Fusobacterium)
###(Ilyobacter)
###纤毛菌属(Leptotrichia)
###(Propionigenium)
###(Sebaldella)
###(Sneathia)
###(Streptobacillus)
##科未定
###(Cetobacterium)
==芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)==
===芽单胞菌纲(Gemmatimonadetes)===
#芽单胞菌目(Gemmatimonadales)
##芽单胞菌科(Gemmatimonadaceae)
###芽单胞菌属(Gemmatimonas)
==黏胶球形菌门(Lentisphaerae)==
===黏胶球形菌纲(Lentisphaerae)===
#黏胶球形菌目(Lentisphaerales)
##黏胶球形菌科(Lentisphaeraceae)
###黏胶球形菌属(Lentisphaera)
#食物谷菌目(Victivallales)
##食物谷菌科(Victivallaceae)
###食物谷菌属(Victivallis)
==硝化螺旋菌门(Nitrospirae)==
===硝化螺旋菌纲(Nitrospira)===
#硝化螺旋菌目(Nitrospirales)
##硝化螺旋菌科(Nitrospiraceae)
###钩端螺菌属(Leptospirillum)
###硝化螺旋菌属(Nitrospira)
###磁杆菌属(Magnetobacterium)###热脱硫弧菌属(Thermodesulfovibrio)
==浮霉菌门(Planctomycetes)==
===浮霉菌纲(Planctomycetacia)===
#浮霉菌目(Planctomycetales)
##浮霉菌科(Planctomycetaceae)
###(Blastopirellula)
###(Gemmata)
###(Isosphaera)
###小梨形菌属(Pirellula)
###浮霉菌属(Planctomycetes)
###红小梨形菌属(Rhodopirellula)
###(Schlesneria)
##科未定  （均未能分离培养，见厌氧氨氧化菌）
###(Brocadia)###(Kuenenia)###(Scalindua)
==海绵杆菌门(Poribacteria)*==
==变形菌门(Proteobacteria)==
===α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)===
#柄杆菌目(Caulobacterales)
##柄杆菌科(Caulobacteraceae)
###(Asticcacaulis)
###短波单胞菌属(Brevundimonas)
###柄杆菌属(Caulobacter)
###苯基杆菌属(Phenylobacterium)
#(Kordiimonadales)
##(Kordiimonadaceae)
###(Kordiimonas)
#短小盒菌目(Parvularculales)
##短小盒菌科(Parvularculaceae)
###短小盒菌属(Parvularcula)
#根瘤菌目(Rhizobiales)
##橙单胞菌科(Aurantimonadaceae)
###橙单胞菌属(Aurantimonas)
###(Fulvimarina)
###(Martelella)
##巴通体科(Bartonellaceae)
###巴通体属(Bartonella)
###(Grahamella)
###(Rochalimaea)
##拜叶林克氏菌科(Beijerinckiaceae)
###拜叶林克氏菌属(Beijerinckia)
###(Chelatococcus)
###(Methylocapsa)
###(Methylocella)
##慢生根瘤菌科(Bradyrhizobiaceae)
###阿菲波菌属(Afipia)
###农单胞菌属(Agromonas)
###(Balneimonas)
###芽生杆菌属(Blastobacter)
###(Bosea)
###慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium)
###硝化杆菌属(Nitrobacter)
###(Oligotropha)
###(Rhodoblastus)
###红假单胞菌属(Rhodopseudomonas)
##布鲁氏菌科(Brucellaceae)
###布鲁氏菌属(Brucella)
###(Crabtreella)
###(Daeguia)
###枝动菌属(Mycoplana)
###苍白杆菌属(Ochrobactrum)
###(Pseudochrobactrum)
##黏著杆菌科(Cohaesibacteraceae)
###黏著杆菌属(Cohaesibacter)
##生丝微菌科(Hyphomicrobiaceae)
###(Ancalomicrobium)
###(Angulomicrobium)
###水杆菌属(Aquabacter)
###芽绿菌属(Blastochloris)
###(Devosia)
###(Dichotomicrobium)
###(Filomicrobium)
###(Gemmiger)
###生丝微菌属(Hyphomicrobium)
###(Methylorhabdus)
###土微菌属(Pedomicrobium)
###突柄微菌属(Prosthecomicrobium)
###红微菌属(Rhodomicrobium)
###(Rhodoplanes)
###(Seliberia)
##甲基杆菌科(Methylobacteriaceae)
###(Meganema)
###甲基杆菌属(Methylobacterium)
###(Microvirga)
###(Protomonas)
##甲基孢囊菌科(Methylocystaceae)
###(Albibacter)
###甲基孢囊菌属(Methylocystis)
###(Methylopila)
###(Methylosinus)
###(Pleomorphomonas)
###(Terasakiella)
##叶杆菌科(Phyllobacteriaceae)
###(Aminobacter)
###(Aquamicrobium)
###(Defluvibacter)
###(Hoeflea)
###中慢生根瘤菌属(Mesorhizobium)
###(Nitratireductor)
###叶杆菌属(Phyllobacterium)
###(Pseudaminobacter)
##根瘤菌科(Rhizobiaceae)
###土壤杆菌属(Agrobacterium)
###异根瘤菌属(Allorhizobium)
###嗜碳菌属(Carbophilus)
###螯合杆菌属(Chelatobacter)
###剑菌属(Ensifer)
###(Kaistia)
###韧皮杆菌属(Liberibacter)###根瘤菌属(Rhizobium)
###中华根瘤菌属(Sinorhizobium)
##红菌科(Rhodobiaceae)
###(Anderseniella)
###(Parvibaculum)
###红菌属(Rhodobium)
###玫瑰螺菌属(Roseospirillum)
##黄色杆菌科(Xanthobacteraceae)
###(Ancylobacter)
###(Azorhizobium)
###(Labrys)
###(Pseudolabrys)
###(Starkeya)
###黄色杆菌属(Xanthobacter)
##科未定
###(Sneathiella)
#红杆菌目(Rhodobacterales)
##生丝单胞菌科(Hyphomonadaceae)
###(Hirschia)
###生丝单胞菌属(Hyphomonas)
###(Maricaulis)
###(Oceanicaulis)
###(Robiginitomaculum)
##红杆菌科(Rhodobacteraceae)
###(Ahrensia)
###(Albidovulum)
###(Amaricoccus)
###(Antarctobacter)
###(Catellibacterium)
###(Citreicella)
###(Citreimonas)
###(Dinoroseobacter)
###(Donghicola)
###(Gemmobacter)
###(Haematobacter)
###(Jannaschia)
###(Ketogulonicigenium)
###(Labrenzia)
###(Leisingera)
###(Loktanella)
###(Maribius)
###(Marinovum)
###(Maritimibacter)
###(Methylarcula)
###(Nereida)
###(Nesiotobacter)
###(Oceanibulbus)
###海洋生菌属(Oceanicola)
###(Octadecabacter)
###(Palleronia)
###(Pannonibacter)
###副球菌属(Paracoccus)
###(Pelagibaca)
###(Phaeobacter)
###假红杆菌属(Pseudorhodobacter)
###(Pseudovibrio)
###(Rhodobaca)
###红杆菌属(Rhodobacter)
###(Rhodothalassium)
###小红卵菌属(Rhodovulum)
###(Roseibacterium)
###(Roseibium)
###(Roseicyclus)
###(Roseinatronobacter)
###(Roseisalinus)
###(Roseivivax)
###玫瑰杆菌属(Roseobacter)
###(Roseovarius)
###(Rubellimicrobium)
###(Rubrimonas)
###(Ruegeria)
###(Sagittula)
###(Salipiger)
###(Shimia)
###(Silicibacter)
###(Staleya)
###(Stappia)
###(Sulfitobacter)
###(Tateyamaria)
###(Thalassobacter)
###(Thalassobius)
###(Thalassococcus)
###(Thioclava)
###硫球形菌属(Thiosphaera)
###(Wenxinia)
###木洞菌属(Woodsholea)
###杨氏菌属(Yangia)
#红螺菌目(Rhodospirillales)
##醋杆菌科(Acetobacteraceae)
###醋杆菌属(Acetobacter)
###(Acidicaldus)
###嗜酸菌属(Acidiphilium)
###酸球形菌属(Acidisphaera)
###酸胞菌属(Acidocella)
###酸单胞菌属(Acidomonas)
###(Asaia)
###(Belnapia)
###脆弱球菌属(Craurococcus)
###葡糖醋杆菌属(Gluconacetobacter)
###葡糖杆菌属(Gluconobacter)
###(Granulibacter)
###驹形杆菌属(Komagataeibacter)
###(Kozakia)
###鼠球菌属(Muricoccus)
###(Neoasaia)
###(Paracraurococcus)
###红球状菌属(Rhodopila)
###(Rhodovarius)
###玫瑰球菌属(Roseococcus)
###玫瑰单胞菌属(Roseomonas)
###(Rubritepida)
###(Saccharibacter)
###(Stella)
###(Swaminathania)
###(Teichococcus)
###(Zavarzinia)
##红螺菌科(Rhodospirillaceae)
###固氮螺菌属(Azospirillum)
###(Conglomeromonas)
###(Defluviicoccus)
###(Inquilinus)
###磁螺菌属(Magnetospirillum)
###(Phaeospirillum)
###(Rhodocista)
###红螺旋菌属(Rhodospira)
###红螺菌属(Rhodospirillum)
###红弧菌属(Rhodovibrio)
###玫瑰螺旋菌属(Roseospira)
###(Skermanella)
###(Telmatospirillum)
###(Thalassospira)
###(Tistrella)
#立克次体目(Rickettsiales)
##无形体科(Anaplasmataceae)
###(Aegyptianella)
###无形体属(Anaplasma)
###(Cowdria)
###埃里希体属(Ehrlichia)
###新立克次体属(Neorickettsia)
###沃巴赫体属(Wolbachia)
###(Xenohaliotis)##全孢菌科(Holosporaceae)
###全孢菌属(Holospora)
##立克次体科(Rickettsiaceae)
###(Orientia)
###立克次体属(Rickettsia)
##SAR 11群###远洋杆菌属(Pelagibacter)##科未定
###(Lyticum)
###(Odyssella)###(Pseudocaedibacter)
###(Symbiotes)
###(Tectibacter)
#鞘脂单胞菌目(Sphingomonadales)
##赤杆菌科(Erythrobacteraceae)
###(Altererythrobacter)
###赤杆菌属(Erythrobacter)
###赤微菌属(Erythromicrobium)
###紫杆菌属(Porphyrobacter)
##鞘脂单胞菌科(Sphingomonadaceae)
###芽单胞菌属(Blastomonas)
###柠檬酸微菌属(Citromicrobium)###赤单胞菌属(Erythromonas)
###新鞘脂菌属(Novosphingobium)
###(Sandaracinobacter)
###(Sandaracinorhabdus）
###鞘脂菌属(Sphingobium)
###鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)
###(Sphingopyxis)
###(Sphingosinicella)
###发酵单胞菌属(Zymomonas)
#目未定
##(Albimonas)
##(Caenispirillum)
##(Insolitispirillum)
##(Novispirillum)
===β-变形菌纲(Betaproteobacteria)===
#伯克氏菌目(Burkholderiales)
##产碱菌科(Alcaligenaceae)
###无色杆菌属(Achromobacter)
###(Advenella)
###产碱菌属(Alcaligenes)
###(Azohydromonas)
###博德氏菌属(Bordetella)
###(Brackiella)
###(Castellaniela)
###德克斯氏菌属(Derxia)
###(Kerstersia)
###(Oligella)
###(Pelistega)
###(Pigmentiphaga)
###(Pusillimonas)
###(Sutterella)
###(Taylorella)
###(Tetrathiobacter)
##伯克氏菌科(Burkholderiaceae)
###伯克氏菌属(Burkholderia)
###(Chitinimonas)
###(Cupriavidus)
###(Lautropia)
###(Limnobacter)
###(Pandoraea)
###(Paucimonas)
###(Polynucleobacter)
###青枯菌属(Ralstonia)
###(Thermothrix)
###沃特氏菌属(Wautersia)
##丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)
###食酸菌属(Acidovorax)
###(Alcycliphilus)
###(Brachymonas)
###(Caenibacterium)
###(Caldimonas)
###丛毛单胞菌属(Comamonas)
###(Curvibacter)
###代尔夫特菌属(Delftia)
###(Diaphorobacter)
###(Giesbergeria)
###噬氢菌属(Hydrogenophaga)
###(Hylemonella)
###(Lampropedia)
###(Macromonas)
###(Malikia)
###(Ottowia)
###(Pelomonas)
###(Polaromonas)
###(Ramlibacter)
###红育菌属(Rhodoferax)
###(Schlegelella)
###(Simplicispira)
###贪食菌属(Variovorax)
###(Xenophilus)
##草酸杆菌科(Oxalobacteraceae)
###(Collimonas)
###(Duganella)
###(Herbaspirillum)
###(Herminiimonas)
###(Janthinobacterium)
###(Massilia)
###(Naxibacter)
###(Oxalicibacterium)
###草酸杆菌属(Oxalobacter)
###(Telluria)
###(Undibacterium)
##科未定
###(Aquabacterium)
###(Aquincola)
###(Ideonella)
###纤发菌属(Leptothrix)
###(Methylibium)
###(Mitsuaria)
###(Paucibacter)
###(Roseateles)
###红长命菌属(Rubrivivax)
###(Sphaerotilus)
###(Tepidicella)
###(Tepidimonas)
###(Thiobacter)
###硫单胞菌属(Thiomonas)
###(Xylophilus)
#嗜氢菌目(Hydrogenophilales)
##嗜氢菌科(Hydrogenophilaceae)
###嗜氢菌属(Hydrogenophilus)
###(Petrobacter)
###(Tepidiphilus)
###硫杆状菌属(Thiobacillus)
#嗜甲基菌目(Methylophilales)
##嗜甲基菌科(Methylophilaceae)
###(Methylobacillus)
###嗜甲基菌属(Methylophilus)
###(Methylotenera)
###(Methylovorus)
#奈瑟菌目(Neisseriales)
##奈瑟菌科(Neisseriaceae)
###(Alysiella)
###(Andreprevotia)
###水螺菌属(Aquaspirillum)
###(Aquitalea)
###(Bergeriella)
###(Chitinibacter)
###(Chitinilyticum)
###色杆菌属(Chromobacterium)
###(Conchiformibius)
###(Deefgea)
###艾肯氏菌属(Eikenella)
###(Formivibrio)
###(Gulbenkiania)
###(Iodobacter)
###金氏菌属(Kingella)
###鸥杆菌属(Laribacter)
###(Leeia)
###(Microvirgula)
###(Morococcus)
###奈瑟菌属(Neisseria)
###(Paludibacterium)
###(Prolinoborus)
###(Silvimonas)
###(Simonsiella)
###(Uruburuella)
###(Vitreoscilla)
###(Vogesella)
#亚硝化单胞菌目(Nitrosomonadales)
##嘉利翁氏菌科(Gallionellaceae)
###嘉利翁氏菌属(Gallionella)
##亚硝化单胞菌科(Nitrosomonadaceae)
###亚硝化叶菌属(Nitrosolobus)
###亚硝化单胞菌属(Nitrosomonas)
###亚硝化螺旋菌属(Nitrosospira)
##螺菌科(Spirillaceae)
###螺菌属(Spirillum)
#普罗卡杆菌目(Procabacteriales)##普罗卡杆菌科(Procabacteriaceae)###普罗卡杆菌属(Procabacter)#红环菌目(Rhodocyclales)
##红环菌科(Rhodocyclaceae)
###固氮弓菌属(Azoarcus)
###(Azonexus)
###(Azospira)
###(Azovibrio)
###(Dechloromonas)
###(Dechlorosoma)
###(Denitratisoma)
###(Ferribacterium)
###(Methyloversatilis)
###丙酸杆菌属(Propionibacter)
###(Propionivibrio)
###(Quatrionicoccus)
###红环菌属(Rhodocyclus)
###(Shinella)
###(Sterolibacterium)
###陶厄氏菌属(Thauera)
###(Uliginosibacterium)
###动胶菌属(Zoogloea)
===δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria)===
#蛭弧菌目(Bdellovibrionales)
##(Bacteriovoracaceae)
###(Bacteriovorax)
###(Peredibacter)
##蛭弧菌科(Bdellovibrionaceae)
###蛭弧菌属(Bdellovibrio)
###(Micavibrio)
###(Vampirovibrio)
#脱硫盒菌目(Desulfarculales)
##脱硫盒菌科(Desulfarculaceae)
###脱硫盒菌属(Desulfarculus)
#脱硫杆菌目(Desulfobacterales)
##脱硫杆菌科(Desulfobacteraceae)
###(Desulfatibacillum)
###(Desulfatiferula)
###(Desulfatirhabdium)
###脱硫杆菌属(Desulfobacter)
###(Desulfobacterium)
###(Desulfobacula)
###(Desulfobotulus)###(Desulfocella)
###(Desulfococcus)
###(Desulfofaba)
###(Desulfofrigus)
###(Desulfomusa)
###(Desulfonema)
###(Desulforegula)
###(Desulfosarcina)
###(Desulfospira)
###(Desulfotignum)
##(Desulfobulbaceae)
###(Desulfobulbus)
###(Desulfocapsa)
###(Desulfofustis)
###(Desulfopila)
###(Desulforhopalus)
###(Desulfotalea)
##(Nitrospinaceae)
###(Nitrospina)
#脱硫弧菌目(Desulfovibrionales)
##(Desulfohalobiaceae)
###(Desulfohalobium)
###(Desulfonatronovibrio)
###(Desulfonauticus)
###(Desulfothermus)
###(Desulfovermiculus)
##(Desulfomicrobiaceae)
###(Desulfomicrobium)
##(Desulfonatronaceae)
###(Desulfonatronum)
##脱硫弧菌科(Desulfovibrionaceae)
###(Bilophila)
###(Desulfomonas)
###脱硫弧菌属(Desulfovibrio)
###(Lawsonia)
#硫还原菌目(Desulfurellales)
##硫还原菌科(Desulfurellaceae)
###硫还原菌属(Desulfurella)
###(Hippea)
#除硫单胞菌目(Desulfuromonadales)
##除硫单胞菌科(Desulfuromonadaceae)
###除硫单胞菌属(Desulfuromonas)
###(Desulfuromusa)
###(Malonomonas)
###(Pelobacter)
##地杆菌科(Geobacteraceae)
###(Geoalkalibacter)
###地杆菌属(Geobacter)
###(Geopsychrobacter)
###(Geothermobacter)
###(Trichlorobacter)
#黏球菌目(Myxococcales)
##孢囊杆菌亚目(Cystobacterineae)
###孢囊杆菌科(Cystobacteraceae)
####(Anaeromyxobacter)
####(Archangium)
####孢囊杆菌属(Cystobacter)
####(Hyalangium)
####(Melittangium)
####(Stigmatella)
###黏球菌科(Myxococcaceae)
####(Angiococcus)
####(Corallococcus)
####黏球菌属(Myxococcus)
####(Pyxidicoccus)
##侏囊菌亚目(Nannocystineae)
###(Haliangiaceae)
####(Haliangium)
###(Kofleriaceae)
####(Kofleria)
###侏囊菌科(Nannocystaceae)
####(Enhygromyxa)
####侏囊菌属(Nannocystis)
####(Plesiocystis)
##堆囊菌亚目(Sorangineae)
###多囊菌科(Polyangiaceae)
####(Byssovorax)
####(Chondromyces)
####(Haploangium)####(Jahnella)
####多囊菌属(Polyangium)
####堆囊菌属(Sorangium)
#互营杆菌目(Syntrophobacterales)
##互营菌科(Syntrophaceae)
###(Desulfobacca)
###(Desulfomonile)
###(Smithella)
###互营菌属(Syntrophus)
##互营杆菌科(Syntrophobacteraceae)
###(Desulfacinum)
###(Desulfoglaeba)
###(Desulforhabdus)
###(Desulfovirga)
###互营杆菌属(Syntrophobacter)
###(Thermodesulforhabdus)
===ε-变形菌纲(Epsilonproteobacteria)===
#弯曲菌目(Campylobacterales)
##弯曲菌科(Campylobacteraceae)
###弓形杆菌属(Arcobacter)
###弯曲菌属(Campylobacter)
###(Dehalospirillum)
###硫螺旋菌属(Sulfurospirillum)
##螺杆菌科(Helicobacteraceae)
###螺杆菌属(Helicobacter)
###(Sulfuricurvum)
###(Sulfurimonas)
###(Sulfurovum)
###(Thiovulum)
###沃林氏菌属(Wolinella)
##氢单胞菌科(Hydrogenimonadaceae)
###氢单胞菌属(Hydrogenimonas)
#(Nautiliales)
##(Nautiliaceae)
###(Caminibacter)
###(Lebetimonas)
###(Nautilia)
###(Nitratifractor)
###(Nitratiruptor)
###(Thioreductor)
===γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)===
#酸硫杆状菌目(Acidithiobacillales)
##酸硫杆状菌科(Acidithiobacillaceae)
###酸硫杆状菌属(Acidithiobacillus)
##热硫杆状菌科(Thermithiobacillaceae)
###热硫杆状菌属(Thermithiobacillus)
#气单胞菌目(Aeromonadales)
##气单胞菌科(Aeromonadaceae)
###气单胞菌属(Aeromonas)
###(Oceanimonas)
###(Oceanisphaera)
###(Tolumonas)
###(Zobellella)
##琥珀酸弧菌科(Succinivibrionaceae)
###厌氧螺菌属(Anaerobiospirillum)
###反刍杆菌属(Ruminobacter)
###琥珀酸单胞菌属(Succinimonas)
###琥珀酸弧菌属(Succinivibrio)
#交替单胞菌目(Alteromonadales)
##交替单胞菌科(Alteromonadaceae)
###(Aestuariibacter)
###(Agarivorans)
###(Alishewanella)
###交替单胞菌属(Alteromonas)
###(Glaciecola)
###(Marinimicrobium)
###海杆菌属(Marinobacter)
###海细菌属(Marinobacterium)
###产微球茎菌属(Microbulbifer)
###(Saccharophagus)
###(Salinimonas)
##(Colwelliaceae)
###(Colwellia)
###(Thalassomonas)
##(Ferrimonadaceae)
###(Ferrimonas)
###(Paraferrimonas)
##(Idiomarinaceae)
###(Idiomarina)
###(Pseudidiomarina)
##(Moritellaceae)
###(Moritella)
##假交替单胞菌科(Pseudoalteromonadaceae)
###(Algicola)
###假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)
##冷单胞菌科(Psychromonadaceae)
###冷单胞菌属(Psychromonas)
##希万氏菌科(Shewanellaceae)
###希万氏菌属(Shewanella)
##科未定
###(Teredinibacter)
###(Endobugula)#心杆菌目(Cardiobacteriales)
##心杆菌科(Cardiobacteriaceae)
###心杆菌属(Cardiobacterium)
###(Dichelobacter)
###(Suttonella)
#着色菌目(Chromatiales)
##着色菌科(Chromatiaceae)
###(Allochromatium)
###(Amoebobacter)
###着色菌属(Chromatium)
###盐着色菌属(Halochromatium)
###(Isochromatium)
###(Lamprobacter)
###(Lamprocystis)
###(Marichromatium)
###亚硝化球菌属(Nitrosococcus)
###芬尼氏菌属(Pfennigia)
###棍着色菌属(Rhabdochromatium)
###(Rheinheimera)
###热着色菌属(Thermochromatium)
###硫碱球菌属(Thioalkalicoccus)
###硫橄榄菌属(Thiobaca)
###硫匣菌属(Thiocapsa)
###硫球菌属(Thiococcus)
###硫囊菌属(Thiocystis)
###硫网菌属(Thiodictyon)
###硫黄球菌属(Thioflavicoccus)
###硫盐匣菌属(Thiohalocapsa)
###(Thiolamprovum)
###(Thiopedia)
###硫红球菌属(Thiorhodococcus)
###硫红弧菌属(Thiorhodovibrio)
###硫螺菌属(Thiospirillum)
##外硫红螺旋菌科(Ectothiorhodospiraceae)
###碱湖生菌属(Alkalilimnicola)
###碱螺菌属(Alkalispirillum)
###(Aquisalimonas)
###(Arhodomonas)
###(Ectothiorhodosinus)
###外硫红螺旋菌属(Ectothiorhodospira)
###盐红螺旋菌属(Halorhodospira)
###(Natronocella)
###硝化球菌属(Nitrococcus)
###硫碱螺旋菌属(Thioalkalispira)
###硫碱弧菌属(Thialkalivibrio)
###硫红螺旋菌属(Thiorhodospira)
##颗粒状球菌科(Granulosicoccaceae)
###颗粒状球菌属(Granulosicoccus)
##盐硫杆状菌科(Halothiobacillaceae)
###盐硫杆状菌属(Halothiobacillus)
###(Thiovirga)
#肠杆菌目(Enterobacteriales)
##肠杆菌科(Enterobacteriaceae)
###(Arsenophonus)
###(Brenneria)
###布赫纳氏菌属(Buchnera)
###(Budvicia)
###布丘氏菌属(Buttiauxella)
###(Calymmatobacterium)
###西地西菌属(Cedecea)
###柠檬酸杆菌属(Citrobacter)
###(Dickeya)
###爱德华氏菌属(Edwardsiella)
###肠杆菌属(Enterobacter)
###欧文氏菌属(Erwinia)
###埃希氏菌属(Escherichia)  （包含大肠杆菌）
###(Ewingella)
###哈夫尼菌属(Hafnia)
###克雷伯氏菌属(Klebsiella)
###克吕沃氏菌属(Kluyvera)
###(Leclercia)
###(Leminorella)
###(Levinea)
###(Moellerella)
###(Morganella)
###(Obesumbacterium)
###泛菌属(Pantoea)
###(Pectobacterium)
###(Phlomobacter)###(Photorhabdus)
###邻单胞菌属(Plesiomonas)
###(Pragia)
###变形杆菌属(Proteus)  （注：或译作“变形菌属”，此处把“变形菌”一词留给Proteobacteria）
###普罗维登斯菌属(Providencia)
###(Rahnella)
###(Raoultella)
###糖杆菌属(Saccharobacter)
###沙门氏菌属(Salmonella)
###(Samsonia)
###沙雷氏菌属(Serratia)
###志贺氏菌属(Shigella)
###(Sodalis)
###(Tatumella)
###(Thorsellia)
###(Trabulsiella)
###(Wigglesworthia)
###致病杆菌属(Xenorhabdus)
###耶尔辛氏菌属(Yersinia)  （包含鼠疫杆菌）
###(Yokenella)
#军团菌目(Legionellales)
##柯克斯体科(Coxiellaceae)
###(Aquicella)
###柯克斯体属(Coxiella)
###立克次小体属(Rickettsiella)
##军团菌科(Legionellaceae)
###(Fluoribacter)
###军团菌属(Legionella)
###(Sarcobium)
###(Tatlockia)
#甲基球菌目(Methylococcales)
##甲基球菌科(Methylococcaceae)
###甲基杆菌属(Methylobacter)
###甲基暖菌属(Methylocaldum)
###甲基球菌属(Methylococcus)
###甲基盐菌属(Methylohalobius)
###甲基微菌属(Methylomicrobium)
###甲基单胞菌属(Methylomonas)
###甲基八叠球菌属(Methylosarcina)
###(Methylosoma)
###甲基球形菌属(Methylosphaera)
###甲基热菌属(Methylothermus)
#海洋螺菌目(Oceanospirillales)
##食碱菌科(Alcanivoraceae)
###食碱菌属(Alcanivorax)
###(Fundibacter)
###(Kangiella)
##河氏菌科(Hahellaceae)
###(Endozoicomonas)
###河氏菌属(Hahella)
###(Halospina)
###(Zooshikella)
##盐单胞菌科(Halomonadaceae)
###(Carnimonas)
###色盐杆菌属(Chromohalobacter)
###(Cobetia)
###(Deleya)
###盐单胞菌属(Halomonas)
###(Halotalea)
###(Halovibrio)
###(Modicisalibacter)
###(Salicola)
###(Volcaniella)
###发酵杆菌属(Zymobacter)
##岸生菌科(Litoricolaceae)
###岸生菌属(Litoricola)
##海洋螺菌科(Oceanospirillaceae)
###(Amphritea)
###巴氏发菌属(Balneatrix)
###海单胞菌属(Marinomonas)
###海螺菌属(Marinospirillum)
###(Neptuniibacter)
###(Neptunomonas)
###(Nitrincola)
###海洋杆菌属(Oceanobacter)
###海洋螺菌属(Oceanospirillum)
###油螺旋菌属(Oleispira)
###假螺菌属(Pseudospirillum)
###(Reinekea)
###(Thalassolituus)
##嗜油菌科(Oleiphilaceae)
###嗜油菌属(Oleiphilus)
##糖螺菌科(Saccharospirillaceae)
###糖螺菌属(Saccharospirillum)
#巴斯德氏菌目(Pasteurellales)
##巴斯德氏菌科(Pasteurellaceae)
###放线杆菌属(Actinobacillus)
###(Aggregatibacter)
###(Avibacterium)
###(Bibersteinia)
###(Gallibacterium)
###嗜血菌属(Haemophilus)
###(Histophilus)
###(Lonepinella)
###(Mannheimia)
###(Nicoletella)
###巴斯德氏菌属(Pasteurella)
###(Phocoenobacter)
###(Volucribacter)
#假单胞菌目(Pseudomonadales)
##莫拉菌科(Moraxellaceae)
###不动杆菌属(Acinetobacter)
###(Alkanindiges)
###布兰汉氏菌(Branhamella)
###(Enhydrobacter)
###莫拉菌属(Moraxella)
###(Perlucidibaca)
###冷杆菌属(Psychrobacter)
##假单胞菌科(Pseudomonadaceae)
###(Azomonas)
###(Azomonotrichon)
###(Azorhizophilus)
###(Azotobacter)
###纤维弧菌属(Cellvibrio)
###(Chryseomonas)
###(Flavimonas)
###(Mesophilobacter)
###假单胞菌属(Pseudomonas)
###根瘤杆菌属(Rhizobacter)
###皱纹单胞菌属(Rugamonas)
###蛇形菌属(Serpens)
#咸水球形菌目(Salinisphaerales)
##咸水球形菌科(Salinisphaeraceae)
###咸水球形菌属(Salinisphaera)
#硫发菌目(Thiotrichales)
##(Francisellaceae)
###(Francisella)
##鱼立克次体科(Piscirickettsiaceae)
###(Cycloclasticus)
###(Hydrogenovibrio)
###(Methylophaga)
###鱼立克次体属(Piscirickettsia)
###(Sulfurivirga)
###(Thioalkalimicrobium)
###(Thiomicrospira)
##硫发菌科(Thiotrichaceae)
###无色菌属(Achromatium)
###贝扎托菌属(Beggiatoa)
###亮发菌属(Leucothrix)
###硫杆菌属(Thiobacterium)
###硫珠菌属(Thiomargarita)
###硫辫菌属(Thioploca)
###硫螺旋菌属(Thiospira)
###硫发菌属(Thiothrix)
##科未定
###(Caedibacter)
###(Fangia)
#弧菌目(Vibrionales)
##弧菌科(Vibrionaceae)
###(Aliivibrio)
###异单胞菌属(Allomonas)
###(Beneckea)
###链状球菌属(Catenococcus)
###肠弧菌属(Enterovibrio)
###(Grimontia)
###(Listonella)
###(Lucibacterium)
###发光杆菌属(Photobacterium)
###(Salinivibrio)
###弧菌属(Vibrio)
#黄色单胞菌目(Xanthomonadales)
##华杆菌科(Sinobacteraceae)
###(Hydrocarboniphaga)
###(Nevskia)
###华杆菌属(Sinobacter)
##黄色单胞菌科(Xanthomonadaceae)
###水单胞菌属(Aquimonas)
###(Arenimonas)
###(Aspromonas)
###(Dokdonella)
###(Dyella)
###(Frateuria)
###(Fulvimonas)
###(Ignatzschineria)
###(Luteibacter)
###(Luteimonas)
###(Lysobacter)
###假黄色单胞菌属(Pseudoxanthomonas)
###(Rhodanobacter)
###(Silanimonas)
###(Stenotrophomonas)
###热单胞菌属(Thermomonas)
###黄色单胞菌属(Xanthomonas)
###(Xylella)
#目未定
##碱单胞菌属(Alkalimonas)
##(Bowmanella)
##聚集杆菌属(Congregibacter)##(Methylohalomonas)
##(Methylonatrum)
##(Sedimenticola)
##(Solimonas)
##(Thiohalomonas)
##(Thiohalophilus)
==螺旋体门(Spirochaetes)==
===螺旋体纲(Spirochaetes)===
#螺旋体目(Spirochaetales)
##短螺旋体科(Brachyspiraceae)
###短螺旋体属(Brachyspira)
###小蛇菌属(Serpulina)
##钩端螺旋体科(Leptospiraceae)
###纤线菌属(Leptonema)
###钩端螺旋体属(Leptospira)
###(Turneriella)
##螺旋体科(Spirochaetaceae)
###疏螺旋体属(Borrelia)
###(Brevinema)
###(Clevelandina)
###(Cristispira)
###(Diplocalyx)
###(Hollandina)
###(Pillotina)
###螺旋体属(Spirochaeta)
###密螺旋体属(Treponema)
==柔膜菌门(Tenericutes)==
注：此处Tenericutes不同于原先基于形态分类的“软壁菌门”，而仅包括枝原体及其基于分子演化分类的亲属
===柔膜菌纲(Mollicutes)===
#无胆甾原体目(Acholeplasmatales)
##无胆甾原体科(Acholeplasmataceae)
###无胆甾原体属(Acholeplasma)
###植原体属(Phytoplasma)#厌氧原体目(Anaeroplasmatales)
##厌氧原体科(Anaeroplasmataceae)
###厌氧原体属(Anaeroplasma)
###无甾醇原体属(Asteroleplasma)
#虫原体目(Entomoplasmatales)
##虫原体科(Entomoplasmataceae)
###虫原体属(Entomoplasma)
###中间原体属(Mesoplasma)
##螺原体科(Spiroplasmataceae)
###螺原体属(Spiroplasma)
#枝原体目(Mycoplasmatales)
##枝原体科(Mycoplasmataceae)
###(Allobaculum)
###(Eperythrozoon)
###(Haemobartonella)
###枝原体属(Mycoplasma)
###脲原体属(Ureaplasma)
#目未定
##丹毒丝菌科(Erysipelothrichaceae)
###(Bulleidia)
###丹毒丝菌属(Erysipelothrix)
###(Holdemania)
###(Solobacterium)
==热脱硫杆菌门(Thermodesulfobacteria)==
===热脱硫杆菌纲(Thermodesulfobacteria)===
#热脱硫杆菌目(Thermodesulfobacteriales)
##热脱硫杆菌科(Thermodesulfobacteriaceae)
###(Thermodesulfatator)
###热脱硫杆菌属(Thermodesulfobacterium)
==热微菌门(Thermomicrobia)==
===热微菌纲(Thermomicrobia)===
#热微菌目(Thermomicrobiales)
##热微菌科(Thermomicrobiaceae)
###热微菌属(Thermomicrobium)
==热袍菌门(Thermotogae)==
===热袍菌纲(Thermotogae)===
#热袍菌目(Thermotogales)
##热袍菌科(Thermotogaceae)
###(Fervidobacterium)
###(Geotoga)
###(Marinitoga)
###(Petrotoga)
###(Thermosipho)
###热袍菌属(Thermotoga)
==疣微菌门(Verrucomicrobia)==
===丰祐菌纲(Opitutae)===
（注：正确形式似应为Opituti）
#丰祐菌目(Opitutales)
##丰祐菌科(Opitutaceae)
###交替球菌属(Alterococcus)
###丰祐菌属(Opitutus)
#紫红球菌目(Puniceicoccales)
##紫红球菌科(Puniceicoccaceae)
###(Cerasicoccus)
###(Coraliomargarita)
###(Pelagicoccus)
###紫红球菌属(Puniceicoccus)
===疣微菌纲(Verrucomicrobiae)===
#疣微菌目(Verrucomicrobiales)
##疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)
###(Akkermansia)
###突柄杆菌属(Prosthecobacter)
###(Rubritalea)
###疣微菌属(Verrucomicrobium)
##(Xiphinematobacteraceae)###(Xiphinematobacter)
==门未定==
#(Jonquetella)
===纤线杆菌纲(Ktedonobacteria)===
#纤线杆菌目(Ktedonobacterales)
##纤线杆菌科(Ktedonobacteraceae)
###纤线杆菌属(Ktedonobacter)