【古菌分类表】
本表以 LPSN网站的分类为基础（当前版本2007年3月29日），本分类代表原核生物分类的权威杂志 IJSEMdate=20111019160924 的分类系统，同时参考 NCBI Taxonomydate=20060206165407 ，但目前其它中文维基分类表可能依照其它标准，请注意其区别。
中文名称采用惯例（包括网上搜索途径）以及拉丁名直接意译，部分参考 《细菌名称》第二版，拉丁文意译参考 原核生物名称(英文)网站。翻译问题欢迎在原文中添加或者在讨论页中提出。
本表列到属级。
后面带*者为尚未被IJSEM杂志确认的分类。
参见古细菌。
==初古菌门(Korarchaeota)*==
#初古菌属(Korarchaeum)==纳古菌门(Nanoarchaeota)*==
#纳古菌属(Nanoarchaeum)
==Thaumarchaeota==
#餐古菌目(Cenarchaeales)
##餐古菌科(Cenarchaeaceae)###餐古菌属(Cenarchaeum)#亚硝化暖菌目(Nitrosocaldales)##亚硝化暖菌科(Nitrosocaldaceae)###亚硝化暖菌属(Nitrosocaldus)#亚硝化侏儒菌目(Nitrosopumilales)##亚硝化侏儒菌科(Nitrosopumilaceae)###亚硝化侏儒菌属(Nitrosopumilus)
==泉古菌门(Crenarchaeota)==
===热变形菌纲(Thermoprotei)===
#暖球形菌目(Caldisphaerales)
##暖球形菌科(Caldisphaeraceae)
###暖球形菌属(Caldisphaera)
#除硫球菌目(Desulfurococcales)
##除硫球菌科(Desulfurococcaceae)
###酸叶菌属(Acidilobus)
###气火菌属(Aeropyrum)
###除硫球菌属(Desulfurococcus)
###燃球菌属(Ignicoccus)
###燃球形菌属(Ignisphaera)
###葡萄热菌属(Staphylothermus)
###施铁特菌属(Stetteria)
###厌硫球菌属(Sulfophobococcus)
###热盘菌属(Thermodiscus)
###热球形菌属(Thermosphaera)
##热网菌科(Pyrodictiaceae)
###超热菌属(Hyperthermus)
###热网菌属(Pyrodictium)
###火叶菌属(Pyrolobus)
#硫化叶菌目(Sulfolobales)
##硫化叶菌科(Sulfolobaceae)
###喜酸菌属(Acidianus)
###除硫叶菌属(Desulfurolobus)
###生金球形菌属(Metallosphaera)
###憎叶菌属(Stygiolobus)
###硫化叶菌属(Sulfolobus)
###硫磺球形菌属(Sulfurisphaera)
###硫磺球菌属(Sulfurococcus)
#热变形菌目(Thermoproteales)
##热丝菌科(Thermofilaceae)
###热丝菌属(Thermofilum)
##热变形菌科(Thermoproteaceae)
###暖枝菌属(Caldivirga)
###火棒菌属(Pyrobaculum)
###热分支菌属(Thermocladium)
###热变形菌属(Thermoproteus)
###火山鬃菌属(Vulcanisaeta)
==广古菌门(Euryarchaeota)==
===古丸菌纲(Archaeoglobi)===
#古丸菌目(Archaeoglobales)
##古丸菌科(Archaeoglobaceae)
###古丸菌属(Archaeoglobus)
###铁丸菌属(Ferroglobus)
###地丸菌属(Geoglobus)
===盐杆菌纲(Halobacteria)===
#盐杆菌目(Halobacteriales)
##盐杆菌科(Halobacteriaceae)
###适盐菌属(Haladaptatus)
###盐碱球菌属(Halalkalicoccus)
###盐盒菌属(Haloarcula)
###盐杆菌属(Halobacterium)
###盐棒菌属(Halobaculum)
###盐二型菌属(Halobiforma)
###盐球菌属(Halococcus)
###富盐菌属(Haloferax)
###盐几何菌属(Halogeometricum)
###盐微菌属(Halomicrobium)
###盐惰菌属(Halopiger)
###盐盘菌属(Haloplanus)
###盐方菌属(Haloquadratum)
###盐棍菌属(Halorhabdus)
###盐红菌属(Halorubrum)
###盐简菌属(Halosimplex)
###盐池栖菌属(Halostagnicola)
###盐陆生菌属(Haloterrigena)
###盐长命菌属(Halovivax)
###钠白菌属(Natrialba)
###钠线菌属(Natrinema)
###盐碱杆菌属(Natronobacterium)
###盐碱球菌属(Natronococcus)
###盐碱湖菌属(Natronolimnobius)
###盐碱单胞菌属(Natronomonas)
###盐碱红菌属(Natronorubrum)
===甲烷杆菌纲(Methanobacteria)===
#甲烷杆菌目(Methanobacteriales)
##甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)
###甲烷杆菌属(Methanobacterium)
###甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)
###甲烷球形菌属(Methanosphaera)
###甲烷热杆菌属(Methanothermobacter)
##甲烷热菌科(Methanothermaceae)
###甲烷热菌属(Methanothermus)
===甲烷球菌纲(Methanococci)===
#甲烷球菌目(Methanococcales)
##甲烷暖球菌科(Methanocaldococcaceae)
###甲烷暖球菌属(Methanocaldococcus)
###甲烷炎菌属(Methanotorris)
##甲烷球菌科(Methanococcaceae)
###甲烷球菌属(Methanococcus)
###甲烷热球菌属(Methanothermococcus)
===甲烷微菌纲(Methanomicrobia)===
#甲烷微菌目(Methanomicrobiales)
##甲烷粒菌科(Methanocorpusculaceae)
###甲烷粒菌属(Methanocorpusculum)
##甲烷微菌科(Methanomicrobiaceae)
###甲烷囊菌属(Methanoculleus)
###甲烷泡菌属(Methanofollis)
###产甲烷菌属(Methanogenium)
###甲烷裂叶菌属(Methanolacinia)
###甲烷微菌属(Methanomicrobium)
###甲烷盘菌属(Methanoplanus)
##甲烷螺菌科(Methanospirillaceae)
###甲烷螺菌属(Methanospirillum)
##科未定
###甲烷砾菌属(Methanocalculus)
###甲烷绳菌属(Methanolinea)
#甲烷八叠球菌目(Methanosarcinales)
##甲烷鬃菌科(Methanosaetaceae)
###甲烷鬃菌属(Methanosaeta)
###甲烷发菌属(Methanothrix)
##甲烷八叠球菌科(Methanosarcinaceae)
###盐甲烷球菌(Halomethanococcus)
###甲烷微球菌属(Methanimicrococcus)
###甲烷类球菌属(Methanococcoides)
###甲烷盐菌属(Methanohalobium)
###甲烷嗜盐菌属(Methanohalophilus)
###甲烷叶菌属(Methanolobus)
###甲烷食甲基菌属(Methanomethylovorans)
###甲烷咸菌属(Methanosalsum)
###甲烷八叠球菌属(Methanosarcina)
##甲热球菌科(Methermicoccaceae)
###甲热球菌属(Methermicoccus)
===甲烷火菌纲(Methanopyri)===
#甲烷火菌目(Methanopyrales)
##甲烷火菌科(Methanopyraceae)
###甲烷火菌属(Methanopyrus)
===热球菌纲(Thermococci)===
#热球菌目(Thermococcales)
##热球菌科(Thermococcaceae)
###古老球菌属(Palaeococcus)
###火球菌属(Pyrococcus)
###热球菌属(Thermococcus)
===热原体纲(Thermoplasmata)===
#热原体目(Thermoplasmatales)
##铁原体科(Ferroplasmaceae)（注：正确形式应为Ferroplasmataceae）
###铁原体属(Ferroplasma)
##嗜苦菌科(Picrophilaceae)
###嗜苦菌属(Picrophilus)
##热原体科(Thermoplasmataceae)
###热原体属(Thermoplasma)
##科未定
###热裸单胞菌属(Thermogymnomonas)