zamanda Kudüs'ü işgal etmiş olan İngilizlere yönelik bir Türk karşı saldırısından sonra İngiliz Generali Allenby tarafından karar verilmiştir. İnşaat Mayıs 1918'de başlamış ve aynı yılın Eylül ayında tamamlanmıştır. Ancak aynı zaman diliminde cephe gittikçe kuzeye doğru ilerlediği için hat faydasız kalmıştır. Bu kısa hat bugünün Knesset ve İncil Hayvanat Bahçesi arazisinden geçmekteydi. (2 ft 6 inç) hat açıklığındaki daha dar bir hat da İngilizler tarafından Lod'dan, mevcut (3 ft 5 11⁄32 inç) hat açıklığındaki Türk hattına kısmen bitişik olan Tira ve Lubban'a inşa edilmiştir.

Demiryolunda kullanılan lokomotifler, savaş sırasında Filistin'deki tüm şebekelerde kullanılabilmelerini sağlamak için, Türkler tarafından hat açıklığı ölçüsünden dönüştürülmüştür. Lokomotiflerden beşi (ikisi Baldwin 2-6-0 (3. ve 5. Lokomotif) ve üçü Borsig 0-4-4-0 (6., 7. ve 8. Lokomotif)) savaşı atlatmıştır. 3. Lokomotif "Ramleh", diğer bozulmuş lokomotiflerin motorlarının yedek parçaları kullanılarak tamir edilmesine rağmen çok hasarlı durumdaydı. Ramleh, savaşın bitiminden sonra muhtemelen kullanılmamasına rağmen, 1930 yılına kadar envanterde varlığını sürdürmüştür.

Hat hala dar hat açıklığında olduğu ve diğer İngiliz hatlarıyla bağdaşmadığı için Sudan ya da Avustralya'dan getirilen lokomotif ve yolcu vagonlarını kullanabilmek için çeşitli öneriler ileri sürüldü. Ancak, demiryolu sistemini yöneten İngiliz işleticisi Filistin Askeri Demiryolları, hattı daha geniş olarak (4 ft 8 1⁄2 inç) standart hat açıklığına göre yeniden inşa etmeye karar verdi. Bu işlem 27 Ocak ile 15 Haziran 1920 tarihleri arasında yapıldı. Yafa ve Lod arasındaki son kısım Eylül 1920'de tamamlandı ve 5 Ekim'de İngiliz Yüksek Komiseri Herbert Samuel'in katıldığı bir tören ile açıldı.

Savaşın sonu ile 1920 yılları arasında demiryolu neredeyse tamamen askeri amaçlarla kullanıldı. Ancak, savaş bittikten kısa bir süre sonra İngiliz yetkilileri tarafından Kudüs'e iaşe (gıda) teslimatı yapılması için de kullanılmasına izin verildi. Haziran 1919'da Hayfa ile Kudüs arasında sivil yolcu taşımacılığı faaliyete geçti, ve Şubat 1920'de Kudüs'ten Mısır'a gitmek için Lod'da aktarma yapma yoluyla bir seçenek vardı. Bu dönemde Siyonist hareket demiryolu için (demiryolu İngilizlerin mülkiyetinde olmadığı için) Fransa'dan hak talep etmişti. İngilizler, Fransa'nın savaş sırasında İngiltere'nin müttefiki olduğunu iddia ederek bu talebe karşı çıktı. Bununla birlikte, tüm satır içi sivil operasyonlar güçlü Fransız muhalefetiyle bir araya geldi; ve Fransa, İngiliz Sivil Mandası'nın demiryolunu kontrol etmesini onaylamadı. İngiltere'nin Fransa'ya cevabı ise orijinal Fransız hattının yeniden inşa edilmesinden bu yana, aslında hattın İngiliz malı olduğu yönündeydi.

Tartışmalar sonrasında, Nisan 1920'de hattı sivil Filistin Demiryolları devraldı. 4 Ekim 1922'de iki taraf, Britanya'nın hattın asıl işleticisi olan Fransız şirketine 565.000 pound tazminat ödeyeceği bir anlaşma imzalandı. Fransız işletmecilerinin tazminat talebi aslında 1.5 milyon pound'du ancak sonrasında 565.000 pound'da uzlaşıldı. Kıyı demiryolu artık El Kantara'dan Hayfa'ya uzanıyor ve Lod'da Yafa-Kudüs hattıyla kesişiyordu. 1921'de talep üzerine Kudüs'ten El Kantara'ya kadar lüks bir sefer hizmeti başlatıldı, ancak bu hizmet popüler değildi. Daha sonra bu hat yerini kıyı demiryolu hattındaki El Kantara'dan Hayfa'ya sefer yapan daha başarılı bir lüks sefere bıraktı.

Yafa-Kudüs Demiryolu hattı Ekim 1921'e kadar İngiliz Ordusu tarafından, o tarihten sonra ise uluslararası kabul görmüş Birleşik Krallık Filistin Mandası Yönetimi tarafından korundu ve işletildi. İngiliz Yüksek Komiseri, hattın devlet kontrolündeki Filistin Demiryolları tarafından yönetilmesi ve işletilmesi, ve devlet malı olarak kalması için özel çaba sarfetti ve hattı Filistin'in çekirdek arteri olarak değerlendirdi. Bununla birlikte, Yafa–Kudüs Demiryolu'nun geleceği hattın elektrifikasyon işlemi görmesiyle doğrudan bağlantılıydı. Filistin'in elektrifikasyonu için imtiyaz verilmesi için Yüksek Komiser Herbert Samuel ile Pinhas Rutenberg arasındaki karşılıklı görüşmeler kusursuz bir şekilde sonuçlandı: Her ikisi de hattın elektrifikasyonu için Londra tarafından onaylanan bir hükümet taahhüdünü güvence altına almaya çalıştı. Rutenberg, demiryollarının elektrifikasyonunun, ülkenin bir bütün olarak başarılı bir şekilde elektrifikasyonu için gerekli olduğunu ilan etti. Sömürge Ofisi'ne yazı yazan Yüksek Komiser, şunları vurguladı: "Yafa ile Kudüs arasındaki demiryolunun elektriklendirilmesi ve hattın elektrik enerjisinin imtiyaz sahibi tarafından sağlanması gerekliliği planın ayrılmaz bir parçasıdır." Yine de, Londra'daki Sönürge Ofisi ve Hazine'nin ekonomik fizibilite gerekçesiyle projeyi reddetmesi potansiyel yatırımı başarısızlığa uğrattı.

1 Nisan 1923'te, bilet fiyatları önemli ölçüde azaltıldı ve hattın günlük kullanımını onlarca yolcudan yüzlerce yolcuya yükseldi. Bununla birlikte, 1920'lerin sonunda, araba ya da otobüsle katedilen hat yakınındaki karayolunun rekabeti nedeniyle, hat tekrar düşüş gösterdi.

1948 Arap–İsrail Savaşı sırasında, hattın hizmeti durduruldu. Savaşın sona ermesinden sonra hattın birçok kısmı Ürdün Arap Lejyonu'nun kontrolü altında kaldı. 1949 Ateşkes Anlaşmaları'nın ardından tüm hat İsrail'e iade edildi, ve 7 Ağustos 1949'da, sembolik olarak gönderililen, un, çimento ve Tevrat parşömenleri yüklü ilk İsrail treni Kudüs'e geldiğinde, hat resmen yeniden hizmete girmiş oldu. İsrail Demiryolları, 2 Mart 1950'de Tel Aviv Kuzey Tren İstasyonu'ndan Doğu Demiryolları ve Rosh HaAyin yolu ile Kudüs'e kadar düzenli yolcu servisine başladı. Kısa süre sonra, güney Tel Aviv'den gelen demiryolu hattı düzenli serviste kullanılmak üzere restore edildi.

1950'lerin sonunda İsrail Demiryolları dizel lokomotif kullanmaya başlamasına ve hattın onarılmasına rağmen, J&J hattı çift hatlı bir konfigürasyona dönüştürülmedi ve seyahat süresi hala çok fazlaydı. Yafa Tren İstasyonu terk edildi, ve kıyıdaki son istikamet noktası Tel Aviv'in "Beit Hadar Tren İstasyonu" (orijinal Tel Aviv Güney İstasyonu) olarak değiştirildi. Bu durum Tel Aviv'in kentsel alanındaki hattın tamamen söküldüğünü ve yeni son istasyonun Tel Aviv Güney İstasyonu olduğunu göstermektedir. Hat üzerinde yapılan değişiklikler için belirtilen nedenler arasında hattın şehirde trafik sıkışıklığına neden olması ve gayrimenkul geliştirme alanının yüksek arazi değerine sahip olması yer alıyordu. Daha sonra Ulaştırma Bakanı Şimon Peres, şehir içindeki hattın iptalinin birinci derecede destekçisi oldu ve Tel Aviv'in içinde demiryonun geçtiği bölgelere karşılık İsrail Demiryolları'na tazminat olarak verilen kullanılmayan arazide yeni bir istasyon (Tel Aviv Güney İstasyonu) inşa edilmesi için çalıştı.

Demiryolu hattı, Altı Gün Savaşı'ndan önce 1960'lı yıllarda, özellikle Yeşil Hat'ta ve Arap köyü Battir'e olan yakınlığı nedeniyle, sayısız terörist saldırıya maruz kaldı. 27 Ekim 1966'da, hatta yerleştirilen bomba nedeniyle bir kişi yaralandı.

Daha sonra Tel Aviv ile Kudüs arasında modern bir karayolu inşa edildi, ve iki şehir arasındaki demiryolu hattının kullanımı terk edildi. 1995 yılında tren seferleri çift yönlü olarak durduruldu. 12 Temmuz 1998'de İsrail Demiryolları'nın CEO'su Amos Uzani, hattın tamamen kapatılmasına karar verdi. Ve hattaki son tren 14 Ağustos 1998'de hareket etti.

Amos Uzani, Altyapı Bakanı Ariel Şaron'dan hattın önemli düzeyde onarımı ve yeniden inşası için kaynak ayrılması talebinde bulundu, ancak bunun yerine Tel Aviv–Beersheba Demiryolu hattının geliştirilmesine ve Beerşeba Merkezi Otobüs Terminali'ne daha yakın yeni bir merkez tren istasyonu inşa edilmesine karar verildi.

Bu arada, Tel Aviv ile Kudüs arasındaki demiryolu bağlantısının restorasyonu için çeşitli alternatifler üzerinde düşünüldü:
Karayolu 443'ün yanında yeni bir hat inşa etme planı (B, B1, B2, M ve M1 Rotaları), Batı Şeria'yı takip eden rota nedeniyle rafa kaldırıldı. Kudüs Belediyesi G1 Rotası'nı desteklerken, İsrail Demiryolları ise S Rotası'nı hızlı bir uygulama planı olarak destekledi ve onu A1 Rotası takip etti. Haziran 2001'de Ulaştırma Bakanı Ephraim Sneh ve Başbakan Ariel Şaron İsrail Demiryolları'nın önerisini kullanmayı tercih etti.

13 Eylül 2003, Tel Aviv–Beit-Shemesh bölümü ve Beit-Shemesh Tren İstasyonu yeniden açıldı. Nisan 2005'te, ikinci bölümün inşaatı Kudüs Malha Tren İstasyonu'nun açılması ile birlikte başlatıldı; Kudüs'ün daha merkezi bir noktasında yer alan Kudüs Han Tren İstasyonu'na giden bu rotanın geri kalan kısmı Kudüs Belediyesi'nin talebi üzerine iptal edildi. Açılış töreninde Ariel Şaron ve Binyamin Netanyahu da yer aldı.

Yenilenen hat, özellikle Beit-Shemesh–Kudüs kısmında birçok sorunla karşı karşıya kaldı ve hat ekonomik olarak uygulanabilir olarak değerlendirilmedi. Ayrıca hattın 330 Milyon Şekel olarak planlanan inşaat maliyeti beklenenin üzerinde gerçekleşti ve hat 540 Milyon Şekel'e mal oldu. Beit Shemesh ile Kudüs arasındaki 19. yüzyıl rotası keskin virajları olan bir rotaydı. Bu rota manzaralı olsa da virajlar demiryolu hattında kullanılabilen tren tiplerini ve hızlarını kısıtlıyordu. Ayrıca Malha Tren İstasyonu'nun Kudüs'teki konumu, şehrin güney eteklerinde yer aldığı için ideal sayılmazdı. 2006 yılının sonlarında (30 Aralık'ta yürülüğe girecek şekilde) hattaki sefer hizmetini Tel Aviv–Beit-Shemesh ve Beit-Shemesh–Kudüs olarak ikiye bölme kararı alındı. Hattın bu iyileştirilmiş koşulları ve zaman çizelgesinin güvenilirliği ile artık hat üzerinde çeşitli tren tipleri ile her iki yönde de sefer düzenlenmeye başlandı. Ancak bu durum Kudüs ve Beit-Shemesh dışındaki diğer varış noktaları arasındaki zamanı önemli derecede arttırdı, ve ikiye ayrılan hat, takip eden mevsimsel programda tekrar birleştirildi. Yeniden inşa sürecinin kendisi de eleştiriye konu oldu, çünkü orijinal Beit-Shemesh ve Battir Tren İstasyonları ile bir taş köprü de dahil olmak üzere bir dizi tarihi yapı inşaat sırasında yok edilmişti.

Keskin virajları düzelterek ve hemzemin geçitler yerine köprüler