mlara karşı çıktı ve günümüze kadar devam etmekte olan Afgan iç savaşı tetiklenmiş oldu.

Başlangıçta Amin ve Terakki ikilisi, yakın ilişki içindeydi, fakat kısa sürede bu ilişki bozuldu. İlk zamanlarda Terakki'yi parlatmaya ve onu ön plana çıkarmaya yardım eden Amin, kısa sürede bu propagandaya kendini kaptıran Terakki,sürekli olarak Amin'i ve onun tavsiyelerini göz ardı ediyordu. Bu durum da, Amin'i içten içe yaralıyordu. Günden güne araları bozulan ikili, Ordu üzerinde hakimiyet kurmak için kavgaya tutuştu. 1979 Herat İsyanı'ndan sonra, Afganistan Demokratik Halk Partisi Politbürosu, Anavatan Yüksek Savunma Konseyi'ni kurdu. Konseyin başkanı olarak Terakki, yardımcılığına da Amin seçildi. Amin'in bu göreve getirilmesi ve Bakanlar Konseyi'nde sahip olduğu sandalye, onun siyasi açıdan sahip olduğu gücün göstergesi değildi. Zira yapılan anayasal reformlarla, Amin'in koltukarı neredeyse tamamen etkisiz hale getirilmişti. Vatancar, Seyid Muhammed Gulabzoy, Şercan Mazdoryar ve Esadullah Serveri'den oluşan, Dörtlü Çete'nin liderliğinde, başarısız bir suikast girişiminde bulunuldu. Bu suikast girişimi, Amin'i Terakki'ye karşı eyleme geçmeye zorladı. Terakki, Havana gezisi sonrası görevinden alındı ve Amin'in emriyle öldürüldü.

Amin 104 gün sürecek kısa iktidarı boyunca, yönetimde kolektif liderlik ilkesini uygulamaya çalıştı. İktidarı ele geçirdiğinde "otokratik bir yönetime izin vermeyeceğine dair söz vermişti." Halkı yatıştırmak ve kendinden önceki dönemini kötülemek için, Terakki döneminde idam edilen 18,000 kişilik bir isim listesi yayınladı ve idamlardan Terakki'yi sorumlu tuttu. Terakki ve Amin döneminde tutuklananların sayısının, 17,000 ila 45,000 kişi arasında olduğu düşünülmektedir.

Amin Afgan halkı tarafından sevilen bir lider değildi. İktidarı döneminde komünist rejime karşı muhalefet arttı ve hükumet kırsal kesimlerde hakimiyetini kaybetti. Sevr Devrimi'nden sonra 100,000 kişilik Afgan Ordusu, asker kaçakları yüzünden 50,000 ila 70,000 kişi civarına düşmüştü. ADHP'ye ve devlet yönetimine sızan KGB ajankarı da, başlı başına ayı bir sorun teşkil ediyordu. Koltuğu günden güne tehlikeye giren Amin'in, SSCB ve Doğu Bloku ülkelerinde sürgünde bulunan rakipleri de, onu devirmek için ellerinden geleni yapıyorlardı. Bir yandan Muhammed İslam Vatancar, Seyid Muhammed Gulabzoy ve Esadullah Serveri intikam planları yaparken, Perçemci lider Babrak Karmal da Amin'i devirmek için, Doğu Bloku'nun önde gelen kişileriyle görüşmeler yapıyordu. Sovietmüdahalesinden hemen önce ADHP, çoğunluğu Pol-i Çarhi Hapishanesi'nde bulunan 10,000 ila 27,000 mahkumu infaz ettirdi.

Bu arada SSCB'de, Yuri Andropov, Andrey Gromıko, Dmitri Ustinov ve Boris Ponomarev'den müteşekkil, Afganistan konusuyla ilgili Politbüro tarafından görevlendirilmiş özel bir komisyon, Sovyetler Birliği'nin Amin'in politikalarını desteklediği yönündeki izlenimi yok etmeye çalışıyordu. Andropov, şiddetle Afganistan'a müdahale edilmesini savunuyordu. Leonid Brejnev'e, Amin'in izlediği politikaların, gerek ordunun, gerekse de hükumetin krizi önleme kapasitelerini yok ettiği telkininde bulunuyordu. Andrapov, küçük bir askeri kuvvetle müdahale ederek Amin'i görevden almayı ve yerine Karmal'ı getirmeyi planlıyordu. Sovyetler Birliği 12 Aralık 1979'da Afganistan'a müdahale edeceğini duyurdu ve 27 Aralık 1979 tarihinde, askeri müdahalenin ilk aşaması olan Fırtına 333 harekatını başlattı.

İlişkiler ağır şekilde zedelenmiş olmasına rağmen, Amin'in son ana kadar SSCB'ye olan güveni tamdı. Hatta Afgan gizli servisin, SSCB'nin ülkeyi işgale hazırlandığı ve Amin iktidarını devireceği yönünde kendisine sunduğu raporu, "emperyalistlerin oyunu" şeklinde değerlendirmişti. Bundan birkaç ay sonra SSCB, Afganistan'a asker ihracına karar verdi. Batılıların aksi yönde düşünmelerine rağmen, SSCB'nin asker gönderme kararı önceden Amin'e bildirilmişti. Amin 27 Aralık 1979 tarihinde, Sovyet askeri güçleri tarafından öldürüldü.

Amin katledildikten sonra, iktidarı Karmal devraldı. 27 Aralık'ta, Kabil Radyosu'ndan, Karmal'ın önceden kaydedilmiş bir konuşması yayınlandı. Karmal, Afgan halkına; "Bugün Amin ve iş birlikçilerinin başında olduğu, anne, baba ve kardeşlerimizi, genç yaşlı demeden on binlerce Afganı katleden yağmacı ve katillerden oluşan işkence mekanizması çökertildi..." diye seslenerek, önceki yönetimi ağır şekilde suçluyordu. 1 Ocak'ta, Sovyetler Birliği Komünist Partisi Merkez Komite Genel Sekreteri Leonid Brejnev ve Başbakan Aleksey Kosigin, Karmal'ı "lider olarak seçilmesinden" dolayı kutlayan resmi açıklama yaptılar. Oysa Karmal, Afganistan'da hiçbir devlet organı ya da parti tarafından herhangi bir göreve seçilmemişti.

İktidara geldikten sonra Karmal, Afgan halkına; infazları durduracağına, tüm demokratik kurumların tesis edilip özgür seçimlerin yapılacağına, yeni bir anayasa yapılacağına, ADHP'den başka partilerin de seçimlere katılabilmesi için gerekli yasal düzenlemelerin yapılacağına, özel mülkiyet hakkına sahip çıkılacağına, genel af ilan edilerek, önceki yönetim zamanında hapse atılanların serbest bırakılacağına, hatta hatta "sosyalist olmayan bir koalisyon kükümetinin kurulacağına" dair sözler verdi. Sovyetler Birliği ile görüşerek, askeri, ekonomik ve siyasi yardım talep edeceğini duyurdu. Cömertçe verilen bu sözlerin, gerçekleştirilmek istense bile, SSCB'nin müdahil olduğu böylesine bir ortamda hayata geçirilmesi imkansız görünüyordu. Afganların büyük çoğunluğu da verilen sözlere rağmen yeni hükumete güvenmiyordu. Karmal'ın, 1978 yılında" özel sermayeye dokunulmayacak" şeklinde verdiği söze rağmen, bunun aksinin gerçekleşmiş olduğu gerçeği, hafızalrda tazeliğini koruyordu.

Politik çözümler akim kalınca, Sovyet yetkililer ve Afgan hükumeti, sorunu askeri yöntemle çözmeye karar verdi. Askerler bir anda devreye sokulmadı. 1981 Ocak ayında Karmal, askerlerin ücretini iki kat arttırdı. Bazı askerlerin rütbesini yükseltti. Bir general ve 13 albaya madalya taktı. Askerlik yaşı düşürüldü, mecburi askerlik süresi uzatıldı ve yedek askerlik yaşı 35'e çıkartıldı. Esadullah Serveri Haziran ayında ADHP Politbürosu'ndaki koltuğundan azledildi ve yerine eski bir tankçı subay olan Muhammed İslam Vatancar getirildi. Vatancar daha sonra kabinede İletişim Bakanı olarak yer alacaktı. Tümgeneral Muhammad Refi, Savunma Bakanlığına, istihbarat teşkilatı KHAD'ın başına da Muhammed Necibullah getirildi. Tüm düzenlemeler dağılan orduyu toparlamak için yapılmaktaydı. İşgalden önce 100,000 kişilik kuvvete sahip ordu, işgal sonrası 25,000 kişiye düşmüştü. 
Asker kaçakları salgın hastalık gibi orduyu sarmıştı. Daha da kötüsü asker kaçaklarının isyancı gruplara katılmalarıydı. Daha iyi bir organizasyon için, ordu, her biri kendi "savunma konseyine" sahip yedi ayrı bölgeye bölündü. "Savunma Konseyleri" ülke, il ve ilçe düzeylerinde, yetkileri ADHP'nin yerel teşkilatlarının emri altına girecek şekilde düzenlenmişti. Bu dönemde GSMH'nin %40'ının savunma giderlerine harcandığı tahmin edilmektedir.

Karmal, Mayıs 1985'te, Sovyet liderlerin baskısı sonucunda, ADHP Genel Sekreterliği görevinden istifa ettirildi ve yerine gizli servis eski başkanı Necibullah getirildi. KArmal, Kasım ve 1986'da Devrim Konseyi Başkanlığı görevinden istifa edene dek, partinin ve devletin üst kademelerinde nüfuz sahibi olmaya devam etti. Devrim Konseyindeki görevini de, Hacı Muhammed Çamkani'ye devretti.

Eylül 1986'da, Necibullah'ın talimatıyla, "Ulusal Uzlaşma Komisyonu" (UUK) adıyla bir komisyon oluşturuldu. Komisyonun amacı, karşı devrimcilerle görüşüp anlaşarak, Sevr Devrimi'ni daha ileri bir aşamaya taşımaktı. Hükumet, tahminen 40,000 kadar isyancı ile ilişki sağladı. Millî Mutabakat adını verdiği bir projeyi hayata geçirmek amacıyla, değişik muhalif gruplarla görüşmeler sürdürmekte olan Necibullah, 1986 yılının sonuna doğru altı aylık ateşkes ilan etti. Görüşmeler olumlu sonuçlandı, ADHP'nin tek parti yönetimine son verecek bir koalisyon hükumeti kuruldu. Her ne kadar bu program sonradan iflas etse de, dağıtılan mücahit grupların üyeleri, hükumet milisleri olarak istihdam edildiler. Millî Mutabakat adı verilen bu politika, şehirlerde hükumete desteği arttırırken, silahlı kuvvetlere de istikrar getirdi.

Necibullah her ne kadar "de jure" lider olarak görünse de, kararların büyük kısmı Sovyet danışmanlar tarafından alınmaktaydı. Gorbaçov bu durumu "Her şeyi biz kendi başımıza yapıyoruz [...] Halkımız yaptıklarımızın farkında. Necibullah'ın elleri kolları bağlı." sözleriyle özetliyordu. Sovyetler Birliği'nin Afganistan büyükelçisi Fikret Tabeev (Temmuz 1986'ya kadar bu görevi sürdürdü), bir sömürge valisi gibi davranmakla suçlanıyordu.

Nihayet Gorbaçov, Afganistan'da Sovyet yönetiminin sona erdiğini duyurdu. Sovyet Politbüro toplantısında yaptığı konuşmada "Eski malzemelerle yeni bir bina inşa etmek çok zor... umarım Necibullah'ı seçmekle bir hata yapmamışızdır." diyordu. Zaman, Necibullah'ın amaçlarıyla, Sovyetler Birliği'nin amaçlarının çeliştiğini kanıtlayacaktı; SSCB Afganistan'dan çekilmek isterken, Necibullah buna karşı çıkıyordu. Dağılmanın eşiğinde, zayıf bir orduya sahip Necibullah, iktidarını Sovyet askeri varlığına bağlamıştı. Temmuz 1986'da, altı Sovyet alayı, toplam 15.000 asker, Afganistan'dan geri çekildi.Bu miktarda asker çekmenin amacı, Gorbaçov tarafından, Sovyet yönetiminin Afganistan'dan çıkmak konusundaki ciddiyetini ispat etmek, olarak açıklanıyordu.

14 Nisan 1988'de Afganistan ve Pakistan devletleri, ABD ve SSCB'nin garantör olarak dahil oldukları, Cenevre Anlaşması'na imza koydular. Anlaşmaya göre 15 Şubat 1989 tarihine kadar, Sovyet askeri birlikleri Afganistan'dan çekilmeyi tamamlayacaktı. Bir Politbüro toplantısı esnasında Eduard Şevardnadze "Afganistan'ı içler acısı bir vaziyette bırakarak terk ettiklerini, Afgan ekonomisinin çökmüş olduğunu, en az 10,000 - 15,000 Sovyet askerinin Afganistan'da bırakılması" gerektiğinden bahsedecekti. KGB başkanı Vladimir Kryuchkov Şevardnadze'nin bu tutumunu destekliyordu. Ancak böyle bir duruş sergilenmesi, Cenevre Anlaşması hükümlerinin de ihlali