ise hikâyenin gerçekliğinden şüphe duyduğunu belirtir. Öğrenciler daha sonra, 19. yüzyılda ayinle öldürülen ve daha sonra cesetleri ortadan kaybolan beş adamın bulunduğu Tabut Kayası'na çıkarlar. Grup, ilerleyen vakitte ise gece konaklamak için kamp kurar.

Ertesi gün ormanın içlerine doğru daha da ilerlerler ve yedi küçük taş yığınının olduğu mezarlığın yanında kamp kurarlar. O gecenin ilerleyen saatlerinde, her yerden çatırdayan dal sesleri duysalar da seslerin hayvanlardan ya da yerli halktan geldiğini düşünürler. Ertesi gün arabaya dönmeye çalışırlar; ancak yolu bulamayınca hava kararmadan kamp kurarlar. Geceleyin tekrar dalların çatırdama seslerini duyan grup, bu seslerin kaynağını yine bulamaz.

Sabah uyandıklarında çadırın dışında üç taş yığını bulurlar ve bu durum gruptakilerin sinirini bozar. Araçlarını bulmak için yola devam ederlerken Heather, haritasının kaybolduğunu fark eder ve Mike'ın önceki gün haritayı derenin içine attığını öğrenirler. Heather ile Josh, Mike'a öfkeyle saldırır. Artık kaybolduklarının farkında olan grup, sadece güneye doğru gitmeye karar verir. Yürüyüşlerinin sonunda ağaçlara asılmış çok sayıda insansı sopa figürünün olduğu bir yere varırlar. O gece, diğer garip seslerle birlikte gülüşen çocuk sesleri de dahil olmak üzere çeşitli sesler duyarlar. Bilinmeyen bir kuvvet çadırı salladıktan sonra panik içinde kaçarlar ve şafak sökene kadar ormanda saklanırlar. Çadırlarına döndüklerinde eşyalarının dağıtıldığını ve soyulduklarını, Josh'un ekipmanlarının çamurla kaplı olduğunu görürler. Yollarına devam ederken daha önce geçtikleriyle aynı olan nehir üzerindeki bir kütüğe ulaşırlar. Güneye doğru yürümelerine rağmen tüm gün çember çizdiklerini fark ederek tekrar kamp kurarlar.

Heather ve Mike, ertesi sabah uyandığında Josh'ın ortadan kaybolduğunu fark ederler. Onu aramanın boşuna bir çaba olduğunu anlamalarıyla yavaşça yollarına devam ederler. O gece, karanlıkta Josh'ın acı çığlıklarını duyarlar ancak onu bulamazlar. Mike ve Heather, Josh'ın çığlıklarının kendilerini çadırdan çıkarmalarını sağlaması için cadının bir oyunu olduğunu düşünürler.

Heather ertesi gün, Josh'ın tişörtünden bir parçayla bağlanmış bir çubuk yığını bulur. Yığını açtığında tişört parçasının içinde Josh'ın dişini, saçını ve dile benzeyen bir parça görür. Bulduklarından ötürü kendinden geçmesine rağmen, Mike'a söylememeyi seçer. O gece, Heather hem kendi ailesinden hem de Mike ve Josh'ı bu duruma soktuğu için ikilinin ailesinden özür dilediğini videoya çeker.

Josh'ın yardım çığlıklarını tekrar duyarlar ve sesi takip ederek duvarlarda semboller ile çocukların kanlı el izlerini içeren terk edilmiş bir ev bulurlar. Mike, Josh'ı bulmak için hızlıca yukarıya çıkarken Heather onu takip eder. Mike daha sonra Josh'ı bodrum katta duyduğunu söyler. Hızlıca aşağı inerken Heather ona yetişmeye çalışır. Bodruma ulaştığında bir şey Mike'a saldırarak kameranın yere düşmesine, ortamın sessizleşmesine neden olur. Heather, bodruma çığlık atarak girer ve kamerası Mike'ın arkasının dönük bir şekilde köşede beklediğini gösterir. Daha sonra bir varlık Heather'a saldırarak kamerasının düşmesine ve sesinin kesilmesine neden olur. Kamera biraz daha çekim yapar ve kapanır.

"Blair Cadısı"nın geliştirilmesine 1993'te başlandı. Florida Merkez Üniversitesi'ndeki sinema öğrencileri Daniel Myrick ve Eduardo Sánchez, paranormal fenomenler hakkındaki belgesellerin, geleneksel korku filmlerinden daha korkunç olduğunu düşünmesiyle film fikri ortaya çıktı. İkili, iki türün tarzlarını birleştirerek bir film yapmaya karar verdi. Myrick ve Sánchez mezun olduktan sonra Gregg Hale, Robin Cowie ve Michael Monello ile birlikte, Benjamin Christensen'in 1922 İsveç-Danimarka ortak yapımı sessiz belgesel-korku filmi "Häxan"dan adını alan yapım şirketi Haxan Films'i kurdu.

Filmdeki mitolojiyi geliştirirken yaratıcılar, çeşitli noktalardan ilham almıştı. Örneğin, birkaç karakterin adı anagrama yakındır. Filmde Blair Cadısı olarak anılan Elly Kedward'ın adı 16. yüzyıldaki ruhani medyum Edward Kelley'in anagramıyken 1940'lı yıllarda kurgusal çocuk katili olarak bahsedilen Rustin Parr'ın adı ise Grigori Rasputin'in anagramıdır. İzleyicilere, efsaneye göre Blair Cadısı'nın 1785'te büyücülük yaptığı için Blair kasabasından (sonraki dönemlerdeki adı Burkittsville) uzaklaştırılan Elly Kedward'ın hayaleti olduğu aktarılmaktaydı. Yönetmenler, efsanenin bu kısmını Salem cadı mahkemeleri ile cadı olarak anılanlara yapılan haksızlıkları ele alan Arthur Miller'ın "Cadı Kazanı" ("The Crucible", 1953) adlı oyununa atfederek filme dahil etti.

Yönetmenler, televizyon dizisi "In Search of..." ile belgesel-korku filmleri "Tanrıların Arabaları" ("Erinnerungen an die Zukunft") ve "The Legend of Boggy Creek"ten etkilendiklerini belirttiler. "Cinnet" ("The Shining"), "Yaratık" ("Alien") ve "Kehanet" ("The Omen") gibi korku filmleri, yönetmenlerin ifadelerine göre etkilendikleri diğer filmler arasındadır. Cadının tüm film boyunca izleyiciden gizlenmesinden ötürü "Denizin Dişleri" ("Jaws") de filmi etkileyen yapımlar arasında gösterilmişti.

Filmin ön yapım aşaması 5 Ekim 1997'de başladı. Yatırımcılar ile yaptıkları görüşmelerde yönetmenler, sekiz dakikalık bir belgesel ile gazete küpürleri ve haber görüntüleri sundu. Belgesel, John Pierson'ın sunduğu Amerika'daki bağımsız filmlere odaklanan televizyon dizisi "Split Screen"de yayımlandı. Senaryo, doğaçlama yapılacak diyaloglara ek olarak otuz beş sayfalık bir taslakla başladı. Bundan ötürü yönetmenler, güçlü doğaçlama yetenekleri olan oyuncular için "Backstage" dergisinde ilan verdi. İlana, "ormanlık bir yerde" çekilen "tamamen doğaçlama bir film" notu eklendi. Filmin seçmeleri New York'taki Musical Theater Works'ta yapıldı. İki bin oyuncunun katıldığı seçmeleri daraltma işlemi için bir doğaçlama seçmesi yapıldı. Seçmelere katılanlara, Myrick ve Sánchez'in Heather Donahue'ya sorduğu "Dokuz yıl hapse mahkum oldun fakat yedi yıl hapis yattın. Seni neden şartlı tahliye edelim?" sorusu yöneltildi ve adayların doğaçlama cevap vermesi istendi. Joshua Leonard da seçmelere "Backstage" aracılığıyla katıldı ve sahneleri filme çeken çok yönlü bir kamera olmadığı için bir kameranın nasıl çalıştırılacağı konusundaki bilgisi ışığında filme dahil edildiğini belirtti.

Filmin temel çekim aşaması 23 Ekim 1997'de başladı. Filmin çoğu, Montgomery, Maryland'deki Seneca Deresi Eyalet Parkı'nda çekilirken Burkittsville'in gerçek kasabasında da birkaç sahne çekildi. Filmde röportaj yapılan kasaba halkının bazıları oyuncu değildi. Daha önce hiç kamera kullanmamış olan Donahue, iki gün boyunca "hızlandırılmış ders" aldı. Her şey "plânlandığı gibi gittiğinde" ve kriz sırasında yaşanan karmaşalarda karakterin "kendinden emin" biri olduğunu belirten Donahue, karakterini daha önceden çalıştığı bir yönetmenden model aldığını ifade etti.

Film çekimleri sırasında oyuncular, görüntü yönetmeni Neal Fredericks tarafından bir CP-16 ile Hi8 video kameraları ile donatıldılar. Günün olayını doğaçlama yapmalarına yardımcı olması için oyunculara, kullanacakları kişisel yönergeler verildi. Dişler, filmdeki insan kalıntıları olarak kullanılmak üzere bir Maryland dişçisinden temin edildi. Son sahneler, Granite, Maryland yakınlarındaki Patapsco Vadisi Eyalet Parkı'nda bulunan 200 yıllık Griggs Evi'nde çekildi. Kasım 1999'un sonlarında, filmin hayranları tarafından eve akın edildiği bildirildi ve hatıra olarak evden parçaların alınıyor olması sebebiyle yerel yönetim tarafından evin bir sonraki ay yıkılması kararlaştırıldı. Filmin çekimleri 31 Ekim'de sona erdi.

Çekim aşamasında kaydedilen yirmi saatlik ham görüntü, sekiz aydan fazla süren kurgu işlemi sonrasında iki buçuk saate düşürüldü. Yönetmenler, geri bildirim almak ve olabildiğince geniş bir kitleye hitap etmesini sağlayacak değişiklikler yapmak için görece küçük film festivallerinde filmin ilk hâlini gösterdi. Yönetmenler, esasen filmin ülke genelinde gösterime girmesini değil televizyonda yayımlanmasını bekliyorlardı. Filmin son hâli Sundance Film Festivali'nde gösterildi. 5 Ocak 1999'daki gece yarısı galasındaki başarıdan sonra Artisan Entertainment, filmin dağıtım haklarını 1,1 milyon dolara satın aldı. Bundan önce, Artisan Entertainment filmin sonunu (Donahue dehşetle çığlık atar ve yere düşmeden hemen önce, Michael C. Williams'ı, arkasını dönmüş şekilde köşede beklediğini görür) değiştirmek istedi. Sebebiyse bir dizi deneme izleyicisinin, final sahnesinde korktuklarını; ancak kafalarının karıştıklarını belirtmeleriydi. Yönetmenler ve Williams, Maryland'e dönerek dört alternatif son çekti. Sonuç olarak filmin özgün sonunun kullanılmasına karar verildi. Myrick konuyla alakalı olarak "Bizi korkutucu yapan şey sıradan, açıklanamayan bir şeydir. İlk son, izleyicinin dengesini bozmadı; gerçek dünya düzenine meydan okudu ve onu gerçekten korkutucu yapan şey de buydu." ifadelerini kullandı.

Yapım maliyetinin bir listesi yıllar içinde yayımlandı ve $20.000 olduğu belirtildi. "Entertainment Weekly" ile yaptığı bir röportajda Sánchez, ilk çekimlere yaklaşık $20.000- $25.000 harcandığını açıkladı. "Time" dergisinden Richard Corliss, bütçenin $35.000 olduğunu yazdı. Diğer rakamlar, $500.000-$750.000 arasında değişen bir nihai bütçeyi içeriyordu. Eylül 2016'da "Blair Cadısı" filminin resmî maliyetinin 60.000 dolar olduğu açıklandı.

"Blair Cadısı"nın, geniş çapta gösterime giren filmler arkasında, İnternet'te pazarlaması yapılan ilk film olduğu düşünülmektedir. Filmin resmî web sitesinde sahte polis raporları ve "haber filmi tarzı" röportajlar yer aldı. "Found footage" tekniği, filmin gerçek zamanlı bir belgesel ya da bir kurmaca eser olup olmadığı üzerine İnternet üzerinden tartışmalara yol açtı. Filmin gösterimleri sırasında film yapımcıları, filmdeki olayları, Sundance Film Festivali gibi festivallerde el ilanları dağıtımı da dahil olmak üzere gerçek olaymış gibi ilan ederek filmin reklamını yaptılar ve dağıtılan ilanlarda "kayıp" öğrenciler hakkında herhangi bir bilgiye sahip olan izleyicilerin bunu bildirmesi istendi. F