Ekip, Ergi Deniz Özsoy, Namık Kemal Pak, Müge Boz, Mehmet Somel, Füsun Gezgin Özer gibi Türkiye'nin en önde gelen evrimsel biyologları, fizikçileri ve diğer dallardan olan bilim insanlarıyla da birçok farklı nedenle iş birliği yapmış, ortak etkinliklerde bulunmuş, ortak yazılar kaleme almış ve ortaklaşa televizyon programları yapmıştır.

Evrim Ağacı, ALS hastalarına yönelik olarak düzenlenen Ice Bucket Challenge'ın Türkiye'ye taşınmasında büyük rol oynadığı ve Indiegogo kampanyasıyla binlerce ABD dolarının toplanmasına önayak olduğu gibi, görme engellilere yönelik başlattığı "Sesiniz Olsun" gibi sosyal sorumluluk projeleriyle de bilinmektedir.

Evrim Ağacı'nın internet sitesi 2011 yılında yayın hayatına başlamıştır. Site sürümleri, başlangıçtan bu yana Yunan alfabesini takip etmiştir. Alfa, Beta ve Gama sürümleri Evrim Ağacı'nın kurucularından Güngör Budak tarafından geliştirilmiştir. Delta sürümü; Kozmik Anafor, Özgür Düşünce Hareketi, Ateist Dergi gibi oluşumların sitelerini geliştirmiş olan Erhan Kılıç ile geliştirilmiştir. Şu anda yayında olan Epsilon sürümü, Erhan Kılıç ve Eyüp Can Akman tarafından geliştirilmiştir. Ekip, Şubat 2018'den itibaren Eyüp Can Akman liderliğinde yeni bir site geliştirme ekibi kurmaya başlamıştır. Şu anda Zeta sürümü olarak adlandırılan, daha modern bir arayüz ve yeni bir site tasarımı üzerinde çalışılmaktadır.

Evrim Ağacı'nın internet sitesi altyapısı, Wikipedia'nın altında yatan mantıktan ilham almaktadır. Evrim Ağacı, bilim konusunda bilgi sahibi herkesin katkı sahibi olabileceği, özgürce modern bilim içerikleri ekleyebilecekleri, bu eklemelerin denetimden geçmesi sonrasında yayına alınarak kolektif olarak büyüyen bir bilim arşivi olabilmesi hedeflenmektedir.

Evrim Ağacı, Patreon üzerinden büyük kitlelerin desteğiyle grup fonlama yoluyla gelişimini sürdüren ilk büyük bilim oluşumudur. Evrim Ağacı çalışmaları, gönüllülerinin günlük olarak çok fazla zamanını almasından ötürü artık "hobi" olmaktan çıkarak "meslek" halini almaya başlamıştır. Ancak bilim anlatıcılığının Türkiye'de resmi bir meslek olmayışı, Evrim Ağacı'nın okur/izleyen kitlesinden maddi destek alarak yola devam etme kararına neden olmuştur. Bu sayede Evrim Ağacı hiçbir reklam faaliyetinde bulunmaksızın ve tekil bir organizasyonun denetimi altına girmeksizin bilim anlatıcılığını ve diğer faaliyetlerini sürdürebilmektedir.

Sosyal medya ve Türkçe internet siteleri üzerinden yapılan bilim yayınlarında Evrim Ağacı bir ekol görevi görmektedir. Evrim Ağacı'nın bugüne kadar popüler bilimin Türkiye'de yayılması adına aldığı kararlar, birçok diğer oluşuma ilham olmuştur. Bunların en belirgin örnekleri arasında Facebook'ta "sayfa" düzeninden "grup" düzenine geçme kararı, Facebook'u terk ederek YouTube temelli bir bilim oluşumu yaratma kararı, ve bir grup fonlaması sistemi olan Patreon üzerinden gelen desteklere dayalı bir sistem inşa etme kararı gibi örnekler bulunmaktadır. Evrim Ağacı'nın attığı yenilikçi adımlar, Türkiye'deki popüler bilim oluşumlarına ilham ve yol gösterici olmuştur.

İstanbul Üniversitesi, Atatürk Üniversitesi ve Yıldız Teknik Üniversitesi gibi çeşitli üniversitelerde yapılan lisansüstü araştırma ve tezlerde Evrim Ağacı, internet aracılığıyla ve sosyal medya üzerinden bilim anlatıcılığı konusunda bir ekol olarak incelenmiştir.

Evrim Ağacı ekolünün birden fazla ayağı bulunmaktadır: Ekol dahilindeki en önemli prensiplerden biri "ne verirsen iki katını bulursun" yaklaşımıdır. Evrim Ağacı, kendisine katkı sağlayan ve destek olan herkese tanıtım, saygı, destek gibi açılardan ekstradan geri dönüşlerde bulunmaktadır. Örneğin yapıcı eleştirilerde bulunan ve oluşuma saygıyla yaklaşan kişilere, gösterdikleri ilgi ve saygının iki katıyla yanaşmaya çalışmaktadır. Benzer şekilde, oluşuma yönelik olumsuz yaklaşımlara da iki misliyle karşı çıkmakta, duvar örmekte, engel olmaktadır.

Ekolün bir diğer önemli özelliği, Evrim Ağacı'nın ilkeleri arasında da yer alan açık kapı politikasıdır. Bu politikanın bir uzantısı, her Evrim Ağacı okurunun aynı zamanda bir katkı sağlayan olabilmesidir. Ancak bir diğer önemli uzantısı, Türkiye içerisinde ve dışarısında benzer amaçlar güden oluşumlarla karşılıksız bir destek çabası içerisinde olunmasıdır. Bu süreçte, özellikle Evrim Ağacı'ndan Arsel Acar'ın çabaları sayesinde, Türkiye'nin en önde gelen bilim platformları arasında bulunan Kozmik Anafor, Yalansavar, Bilim Kazanı, Bilimkurgu Kulübü, FelisAgnosticus gibi site ve sayfalarla birçok röportaj ve ortak projeler yapılmıştır. Ayrıca Türkiye'deki popüler bilim kitaplarının tanıtımını, tartışılmasını ve incelenmesini teşvik etmek amacıyla Goodreads üzerinde bir akademik/popüler okuma grubuna imza atmıştır.

Evrim Ağacı ekolünün önemli özelliklerinden bir diğeri açık kaynak ve açık paylaşım politikasıdır. Örneğin Evrim Ağacı, bütün eğitim sunumlarını halka açık bir şekilde SlideShare üzerinden yayınlamaktadır. Benzer şekilde, Evrim Ağacı'nın iç eğitimleri de "İleri Düzey Öğrenciler İçin Evrim" başlığı altında YouTube üzerinden yayınlanmaktadır. Evrim Ağacı'nın tüm Makale Arşivi PDF ve ePub olarak indirmeye açık bir şekilde paylaşılmıştır. Dahası, Evrim Ağacı bütün içeriklerinin tekrar kullanımına belli şartlar altında izin vermektedir. Evrim Ağacı'nın sitesinde ve paylaşımlarında yer alan telif hakkı ibaresine göre:

Ekol dahilinde sürdürülmekte olan yaklaşımlardan bir diğeri, haber-odaklı içerik yerine konsept-odaklı (veya kavram-odaklı) içerikler üretilmesidir. Bunun en temel amacı, okurlara kazandırılması hedeflenen bilimsel ve akademik analiz yeteneğidir. Bu bakımdan, bilimsel gelişmeleri olduğu gibi yabancı kaynaklardan çevirerek aktarmak yerine, yazarlardan/çevirmenlerden gelen katkıları ve analizleri de içeriğe harmanlamaktadır. Bu durum, Evrim Ağacı karşıtlarına kimi zaman saldırı materyali sunmuş olsa da, ekip bu yaklaşımın önemini bilmesi nedeniyle bu politikadan hiç vazgeçmemiştir . Ekip, bu politikayla ilgili olası hatalı anlaşılmaları önlemek adına çok net yayın ve yönetim politikaları ve oldukça açık iletişim kanalları geliştirmiştir.

Ekolün önemli özelliklerinden bir diğeri ise kurumsal yapısıdır. Birçok sefer sosyal medya oluşumları "bilgi üreten" ve "bilgi tüketen" ayrımından ötürü takipçiler ile yöneticiler arasında hiyerarşik bir ayrıma gitmeye meyillidirler. Evrim Ağacı ekolü çerçevesinde ise, ilkeler ile uyumluluk sürdürüldüğü müddetçe her türlü hiyerarşinin önüne geçilmeye çalışılmaktadır. Dikey olmak yerine daha yatay yapılı bu hiyerarşi sistemi, okurların ekibin bir parçası oldukları hissini pekiştirmeye yaramaktadır.

Evrim Ağacı, evrimsel biyolojide türlerin birbiriyle olan akrabalık ilişkisini ve türler arasındaki göreli ayrışma miktarı ve sürelerini görselleştirmek adına kullanılan filogenetik ağaçların gayrıresmî bir adıdır. Charles Darwin tarafından "Yaşam Ağacı" biçiminde kullanılmıştır.

İsim, Evrim Ağacı'nın kurucu üyelerinden Babür Erdem tarafından önerilmiş ve ekibin kuruluş aşamasında oy birliğiyle kabul edilmiştir. İsim, aynı zamanda Evrim Ağacı'nın Türkiye'deki etki ve yayılma politikasına yönelik olarak, köklerini ODTÜ ve Ankara'dan alan, dalları ise tüm Anadolu coğrafyasına yayılan bir ağaç simgesine de gönderme yapmaktadır.

Ekibin sloganı ise, Charles Darwin'in "Türlerin Kökeni" isimli eserinin kapanış paragrafına ithafen seçilmiştir:

Evrim Ağacı'nın logosu, 16 Şubat 2015'te, Serhat Seykan tarafından tasarlanmıştır. Temel tasarım fikri üzerine, Bakırcı'nın yönlendirmeleri ışığında logo şekillenmiş ve detayları netleştirilmiştir. Evrim Ağacı'nın eski logosu olarak kullanılan, aslında "logo" olma değeri ve niteliği taşımayan amblemin aksine, Evrim Ağacı için kuruluşundan 4 seneden fazla bir süre sonra tasarlanan ilk logonun, son derece sade; ancak çok sayıda mesajı o sadelik çerçevesinde yansıtabilmesi hedeflenmiştir. Bu açıdan bakıldığında Evrim Ağacı'nın logosu, sayısız ilginç bilimsel olgu ve felsefi içeriği çok yalın ve sade çizgilerle aktarabilmektedir. Bunlardan bazıları aşağıdaki gibi özetlenebilir:


Evrim Ağacı’nın temelleri, Eylül 2010 ayında yapılan bir ODTÜ Biyoloji ve Genetik Topluluğu (BİYOGEN) haftalık toplantısı sırasında atılmıştır. Toplantıda, ilk defa BİYOGEN’e katılım gösteren Çağrı Mert Bakırcı, dönemin Yönetim Kurulu Başkanı'na yeni bir evrimsel biyoloji oluşumu kurma fikrini anlatmış, olumlu geridönüşler almıştır. Bu olumlu dönüşler üzerine, kısa sürede proje hayata geçirilmeye karar verilmiş ve Evrim Kuramı ile özellikle ilgilenmek isteyebilecek kişiler, Bakırcı ile bir araya gelmiştir.

Bu süreçte Babür Erdem ve Güngör Budak ile tanışan Bakırcı, kısa sürede geniş bir yol haritası çizmiş ve ekibin diğer muhtemel bireyleriyle beyin fırtınası yaparak oluşumun vizyonu, misyonu, içeriği ve planlarıyla ilgili gerekli kararları almıştır. Bir bilim ve aydınlanma hareketi olarak ilerlemesine karar verilen grubun ismi olacak olan “Evrim Ağacı”, birkaç günlük düşünme ve tartışma süreci sonrasında Erdem tarafından tavsiye edilmiş ve kısa sürede kabul edilmiştir. Bunun üzerine, Bakırcı önderliğinde düzenlenen ilk toplantısıyla Evrim Ağacı, 5 Kasım 2010 günü ODTÜ, Ankara'da resmen kurulmuştur.

Kuruluşundan 2 hafta kadar sonra, o zamanlar yeni yeni Türkiye'de yer etmeye başlayan Facebook üzerinden sayfalarını açan ekip, yaklaşık 2 ay gibi bir süre içerisinde 1500’ü aşkın sayıda takipçiye ulaşmıştır. Bu sayı, Facebook üzerinde o dönemde bulunan Türkçe bilim sayfaları arasında dikkate değer bir sayıdır. Evrim Ağacı’nın sanal platformda ses getirmesinin nedeni ise büyüme hızı ya da okur/takipçi sayısı değil, yayın tarzı ve uslubu tipi olmuştur. Facebook’ta daha önce o zamana kadar pek görülmeyen bir şekilde, sadece bilim üzerine kurulu, din-bilim tartışmasına girmeyen ve her bir okuruna ayrı ayrı cevaplar yazıp, en üst seviyede saygı çerçevesi içerisinde yaklaşan bir tutum sergilemiştir. Bu kurumsal yapı ve orijinal yaklaşım, Evrim Ağacı'nı dönemin diğer çevirimiçi bilim oluşumlarından ayıran nitelik olmuştur. Öyle ki, Evrim Ağacı'nın bu tutumu o dönemden sonra ortaya çıkan sayıs