ız diğer bilim ve bilim-harici oluşum için bir ekol haline gelmiştir.

Bakırcı başta olmak üzere Evrim Ağacı yazarları sayfanın kurulmasından itibaren, özellikle Facebook üzerinden evrim ve Evrim Kuramı ile ilgili gelen tüm sorulara, üşenmeden, ayrım yapmadan, kaynaklarıyla ve herkesin anlayabileceği bir dilde, detaylı ve kapsamlı cevaplar hazırlamıştır. Bu da, Evrim Ağacı'nın kısa sürede Evrim Kuramı konusunda “bilirkişi” olarak görülmesini sağlamıştır. Sayfanın büyümesiyle ile birlikte ilk defa çeşitli ilkeler belirlenmesi gerekmiş ve bu ilkeler, yine birçok diğer oluşumdan Evrim Ağacı'nı ayıran nitelikler olmuştur.

Bu hızlı büyüme, sadece bilimseverler tarafından değil, bilim karşıtları tarafından da fark edilmiştir. Ekibin Facebook sayfası, 1650 küsür takipçiye ulaştığı sıralarda, internet korsanları (hackerlar) tarafından saldırıya uğramış ve ele geçirilmiştir. Tüm çabalara rağmen sayfalarını geri almayı başaramayan ekip, kısa sürede yenisini açmış ve okurlarının destekleri sayesinde 24 saat içerisinde Facebook üzerinde yeniden 1500 okur sayısına ulaşmıştır. Ancak sayfa aynı gün içerisinde internet korsanları tarafından yeniden ele geçirilmiştir. Bunun üzerine, 9 Nisan 2011 tarihinde, uç düzeyde sanal güvenlik önlemleri altında sayfa yeniden kurulmuştur. Evrim Ağacı, o günden günümüze dek bu resmî Facebook sayfası üzerinden yayın hayatını sürdürmektedir.

Evrim Ağacı, 3 Mart 2012’de 17.000'den fazla okura ulaşarak Facebook’taki Türkçe sayfalar arasındaki en büyük evrimsel biyoloji odaklı bilim sayfası olmuştur. 4 Nisan 2012’de Avrupa Evrimsel Biyoloji Cemiyeti (ESEB) tarafından ilk defa maddi ve akademik olarak desteklenmeye başlamıştır. 22 Nisan 2012’de 20.000'den fazla okura ulaşarak Dünya’daki her dilden tüm evrimsel biyoloji odaklı Facebook sayfaları arasında ikinci sıraya yükselmiştir. 12 Ekim 2016 itibarıyla 460.000'e yakın okurla ve haftalık ortama 2 milyon kişilik erişim miktarıyla yola devam etmektedir.

Ekibe gelen soruların ve verilmesi gereken cevapların belli bir noktadan sonra kendisini tekrar etmeye başlaması, bu soru ve cevapların arşivlenmesi ihtiyacını doğurmuştur. Bu metinler, günümüzdeki Evrim Ağacı Makale Arşivi'nin de temelini atmıştır. Facebook'taki güvenlik açıklarının sıkıntı yaratıyor olması ve büyümenin getirdiği tehlikelerden ötürü ekip, 11 Aralık 2012 tarihinde Evrimagaci.org adı altında resmî sitelerini açmıştır. O tarihten beridir Evrim Ağacı'nın tüm veritabanı resmî internet sitesi üzerinde depolanmakta ve Facebook, Twitter, Instagram gibi sosyal medya hesapları üzerinden resmi bir şekilde yayınlanmaktadır.

Evrim Ağacı'nın en temel amacı, her türlü dogmatik ön yargının sınırlayıcılığından bağımsız olarak bilimin temsilcisi ve koruyucusu olmaktır. Bu amaç çerçevesinde, elektronik ve basılı araçları kullanarak Türkiye'nin en güvenilir, en kapsamlı, en geniş bilim arşivini geliştirmeye ve sürdürmeye çalışmaktadır. Evrim Ağacı'nın bu doğrultuda giderken odağında her zaman evrimsel biyoloji bulunmaktadır. Ekip, evrimsel biyolojinin bütün modern bilimlerin birleştirici ve bütünleştirici harcı olduğu fikrini sürdürmektedir. Bu çerçevede, evrimsel biyoloji ve evrimsel biyolojinin etkileşim halinde olduğu diğer dallar, bunların ortak alanları ve biyoloji teknolojileri ile ilgili bilimsel araştırma-geliştirme çalışmaları yapmakta veya bu tür çalışmalara önayak ve destek olmaktadır. Bunun en önemli basamaklarından biri, evrimsel biyolojiyle ilgili popüler ve akademik düzeylerde bilgi vermektir.

Evrim Ağacı, evrimsel biyolojinin insanların var oluşundan bu yana sorduğu en temel sorulardan biri olan "Ben kimim?" sorusuna nihai yanıtı verebildiği düşüncesini savunmaktadır. Bu bakımdan, evrimsel biyolojiyi anlamanın, insan türünün benliğini ve var oluşunu anlamak konusundaki en önemli basamak olduğunu ileri sürmektedir. Bu sebeple, evrimsel biyoloji hakkında her türlü bilgilenme ve bilgilendirme çalışmasını yürütmektedir. Bu süreçte, bilimin diğer dallarına ait bilgilere de yaygın ve bol bir biçimde yer vermekte, mümkün olduğunca bu çalışmalar ile evrimsel biyoloji arasındaki bağlantıları kurmakta ve bu bağlantıları bilimsel bir perspektiften analiz etmektedir.

Ayrıca, Türkiye'deki akademi kültürünü geliştirmek için çaba göstermektedir. Birçoklarınca "lisenin devamı" olarak görülen üniversitenin kimliğini yeniden kazandırmaya çalışmakta, üniversite sınırları dahilinde bilimin herkesçe icra edilebilmesi önündeki engelleri kaldırmaya çalışmakta, öğrencilere akademik düşünce, analiz ve çalışma kültürünü aşılamakta ve bu konularda yol gösterici olmayı amaç edinmektedir.

Evrim Ağacı, resmi internet sitesinde düzenli olarak makaleler kaleme alan geniş bir yazar kadrosuna, çevirmenlere ve düzeltmenlere (editörlere) sahiptir. Bunun yanı sıra ekibin sanal dünya haricindeki işlerinden sorumlu kişiler, etkinliklerini düzenleyen koordinatörler, teknik içeriklerini denetleyen editörler, görsel tasarım ve seslendirme gibi teknik konularda katkılar sağlayan sanatçılar, internet sitesi tasarımcıları ve web yazılım geliştiricileri gibi birimleri de bulunmaktadır. Bu katkı sağlayıcılar zaman içerisinde değişiyor olsa da, Evrim Ağacı'na bugüne kadar farklı şekillerde katkıda bulunmuş isimlerin bir listesi şöyledir:

Baş Yazar ve Yayın Yönetmeni
Editörler
Yazarlar

Çekirdek Ekip ve Organizasyon Komitesi (2016-2017)

Çevirmenler
Yazılım ve Teknik
Görsel Medya ve Seslendirme
Yıldan yıla aralıklarla, Evrim Ağacı'nın ateizm propagandası yaptığı ve din düşmanlığı içerdiği ile ilgili eleştiriler yapılmıştır.

Evrim Ağacı, ilkelerinde belirtilen felsefe gereği din ve tanrıları bilimsel argümanlar olarak kabul etmemektedir. Dolayısıyla yaptığı paylaşımlarda da bu içerik yansıtılmaktadır. Ne var ki, bu tutum ve yaklaşımın din düşmanlığı ve tanrı karşıtlığı olarak görülmesi, din ve tanrı olgularının henüz bilimsel olarak ispatlanmamış argümanlar olmaları bakımından geçersizdir. Evrim Ağacı din ve tanrı konularındaki içeriklere de bilimsel ve objektif olarak yaklaşmakta, modern bilimin elinde var olan verileri mümkün olduğunca sunmaktadır.

Evrim Ağacı bünyesinde ateizmden teizme kadar uzanan bir dinî perspektifte koordinatörler, yöneticiler ve üyeler bulunmaktadır. Evrim Ağacı bugüne kadar bu kişilerin hepsine eşit mesafede durmuş ve hepsine saygıyla yaklaşmıştır.

Akıllı Tasarım odaklı paylaşımlar yapan dinî bir YouTube sayfası, 22 Nisan 2013'te Evrim Ağacı'nın biyokimya profesörü ve Akıllı Tasarım'ın en önde gelen savunucularından olan Michael Behe'nin görüşlerinin yıldan yıla değişimini ve Evrim Ağacı'nın yazılarında kullandığı kaynakları çarpıttığını iddia eden bir video yayınlamıştır. Evrim karşıtı ve din destekçisi birçok oluşumun sadece birkaç saat içerisinde videoyu çok farklı kanallar üzerinden paylaşması ile konu kısa sürede bir Evrim Ağacı karalama, yıpratma ve bitirme kampanyasına dönüşmüştür. Video sahibi, ODTÜ Biyoloji ve Genetik Topluluğu yönetimi, Aykut Kence, Meral Kence, ESEB gibi kişi ve kurumlar başta olmak üzere Evrim Ağacı ile Çağrı Mert Bakırcı'nın ilişki ve irtibat içerisinde olduğu herkese özel e-postalar göndererek bu kişi ve kurumların Evrim Ağacı ile ilişkisini sonlandırmaya davet etmiştir.

Evrim Ağacı, kısa bir sürede videoyu parça parça ele alan ve her bir kısmını tüm detaylarıyla ele alan bir açıklama yazısı yayınlamıştır. Açıklamada video içerisindeki iddiaların neredeyse tamamının temelsiz, abartılmış, ispatsız ve çarpıtılmış olduğu kaynaklarıyla birlikte gösterilmiş ve ispatlanmıştır. Video içeriğinde bolca yanıltıcı unsur bulunduğu, şahsın kastî olarak algı yönetimi yaptığı, İngilizceye hakim olmadığı ve doğru kaynakları göstermediği net bir şekilde ve örnekleriyle birlikte izah edilmiştir. ESEB, şahıstan aldığı e-posta sonucunda konu hakkında bir inceleme başlatmıştır. İnceleme sonucunda, Evrim Ağacı'nın içeriklerinde herhangi bir sorun olmadığı ve hemen hemen tüm içeriklerinin kaliteli olduğu tescillenmiştir.

2015 yılında Bakırcı ile irtibata geçen YouTube sayfası, konu ile ilgili özür dileyerek orijinal videoyu yayından kaldırmıştır. Evrim Ağacı, bu tip sorunların tekrar yaşanmaması için daha net bir yazar-okur iletişim ağı kurmuş ve yazılarının sonunda çeviriler ile derlemeler arasındaki farkı netleştirecek etiketler kullanmaya başlamıştır.

Evrim Ağacı bugüne kadar hem siyasi olmadığı, hem de siyasi olduğu için eleştiriler almıştır. Evrim Ağacı'nı siyasi olmadığı için eleştiren gruplar, bilim ile siyasetin birbirinden ayrılamaz olduğunu, siyasetin bilimin icrasını etkilediğini ileri sürmüşler ve Evrim Ağacı'nı siyasi aktivizme davet etmişlerdir. Evrim Ağacı'nı siyasi olduğu için eleştiren gruplarsa, içeriklerin bazılarında bulunan siyasi göndermeleri, eleştirileri, Evrim Ağacı'nın geleneksel olarak oy kullanmaya davet mesajlarını örnek göstererek siyasetin bilime karıştırılmaması gerektiğini ileri sürmüşlerdir.

Evrim Ağacı, siyasî partilerden taraf olmamak kaydıyla, siyaseti bir bilim olarak ele alabilmekte ve değerlendirebilmektedir. Siyasetin tarihsel ve bilimsel önemine değinen içerikler paylaşmakla birlikte, seküler, halk-odaklı, dürüst, demokratik ve bilimsel bir siyaset anlayışını açıkça desteklemektedir. Bu nedenle insanları seçimlerde oy kullanmak gibi demokratik haklarını icra etmeye düzenli olarak davet ettiği gibi, çeşitli imza kampanyalarını da hayata geçirmiştir. Ayrıca bu tip siyaseti desteklemek adına "1. Bilim, Özgür Düşünce ve Sekülerizm" başlıklı etkinliğe liderlik etmiştir.

Evrim Ağacı bünyesinde sol düşünceden sağ düşünceye kadar uzanan bir siyasi perspektifte koordinatörler, yöneticiler ve üyeler bulunmaktadır. Evrim Ağacı bugüne kadar bu kişilerin hepsine eşit mesafede durmuş ve hepsine saygıyla yaklaşmıştır.

Evrim Ağacı'nın vejetaryenlik ve veganizm ile ilgili tutumu vegan organizasyonlar tarafından eleştirilmiştir.

Evrim Ağacı'nın vejetaryenlik ve veganizm de dahil olmak üzere beslenme ve diyet tiplerine bakış açısı bilimsel perspektiflidir. Evrimsel biyoloji ve beslenme biliminden gelen veriler ışığında, hepçil (omnivor) bir diyeti destekleme