a tarihi için 6 Eylül olarak belirlenmişti. Bunun yanı sıra ek bir seçenek olarak iki gün boyunca yapılan görüşmelerin ardından NASA’ lı ve Rus uzay yöneticileri fırlatmanın bir gün daha ertelenmesini kabul ettiler. 3 Eylül 2006 sabahının erken saatlerinde resmi geri sayım T-43 saat olarak başlatıldı. 6 Eylül 2006 sabahının erken saatlerinde mühendisler, elektrik üreten yakıt hücrelerinden üçünden biri çalıştırıldığında görünür iç kısa devre gözlemlediler. Mühendisler problemi zamanında gözlemleyemedikleri için fırlatma tarihi yakıt hücrelerinin detaylı incelenmesi için ileri bir tarihe ertelendi. Çarşamba akşamı geç saatlere doğru NASA yöneticileri fırlatmayı perşembe günü gerçekleştirmeyeceklerini ve yeni fırlatma tarihini 8 Eylül 2006 olarak belirlediler. Normal plana göre fırlatma tarihi planlanan Rus Soyuz Görevi Soyuz TMA-9 ile çakıştığından dolayı 9 Eylül 2006 olarak kararlaştırılmıştı. Soyuz TMA-9 uçuşunu 18 Eylül 2006’ da gerçekleştirebildi. Bu olay bazı ajansların Cuma gününü Ekim ayına kadar fırlatma için son şans olarak rapor etmelerine sebep oldu.

8 Eylül 2006 sabahı harici tankta bulunan motor devre dışı bırakma sensörlerinden birinin başarısız olduğu rapor edildi. Fırlatma zamanından yarım saat önce NASA fırlatmayı 24 saat daha ertelemeye karar verdi. Bu süre zarfında harici tanktaki yakıt boşaltılarak problemin çözülmesi hedefleniyordu. Sensör ele alıdığında, motor devre dışı bırakma 3 numaralı sensörün harici tankın tamamen boşalmasına rağmen içinde hala sıvı hidrojen olması hatalı olduğu kanıtlanmış oldu. Diğer üç sensör tank boşken beklendiği gibi çalışmıştı ve uzun süre arıza onarımına başlamadılar. Daha sonra NASA dört motor devre dışı bırakma sensörü yerine üç sensörle fırlatmaya onay vermişti.

9 Eylül 2006’ da bütün motor devre dışı bırakma sensörleri düzgün çalışıyordu ve ardından kusursuz bir geri sayım ardından 15:15 ( evrensel saati) ( 11:15 Doğu zaman dilimi )’ de Atlantis Uzay Mekiği, uluslararası uzay istasyonuna gitmek üzere rampadan fırlatıldı. Atlantis fırlatıldığında uluslaraarası uzay istasyonu Kuzey Atlantik Okyanusu’ nun 350 kilometre üstünde Grönland ve İzlanda arasındaydı.

Yörünge tırmanma sırasında, görev kontrol merkezi mürettebata soğutma sistemini yeniden düzenlemelerini istedi. Soğutma sistemi görünürde buzla örtülmüştü. Yeniden yapılandırma ışıltılı buharlaştırma adı verilen sistemi temizlemiş ve normal olarak çalışmaya devam etmişti. Soğutma birimindeki bu geçici buz yaygın olmayan bir şey değildi ve önceki görevlerde de görülmüştü.

Ana motorların devre dışı bırakılması, kalkıştan 8.5 dakika sonra Tanner ve MacLean, harici tankın mekikten ayrıldıktan sonra el kameralarıyla video ve fotoğraf çekerek belgelediler. Bu çektikleri görüntüler olduğu kadar mekiğin gövdesinde bulunan kameralar ve harici tankta yer alan kameraların çektiği görüntülerde yeryüzüne incelenmek üzere gönderildi.

Uzayda geçirilen tam bir gün boyunca mürettebat, Atlantis ile uzay aracı vinç kolu sensör sistemleri tamamiyle inceledi. Atlantis uzay aracında bulunan bu robotik kol 15 metreye kadar uzayabiliyordu.Pilot Chris Ferguson ve görev uzmanları Dan Burbank ile Steve MacLean, güçlendirilmiş karbon-karbon panellerini, Atlantis’ in sancak bölümü, sol kanatları ve burun kapağını yavaş ve düzenli bir şekilde kontrol ettiler.

Mürettebat çoğu gün programın ilerisinde hareket ederek uzay aracının bağlanması ve planlanan üç farklı uzay aracı dışı aktiviteleri için hazırlık yaptılar. Görev uzmanları Joe Tanner ve Heide Stefanyshny-Piper, MacLean ve Burbank’ ın 4, 5 ve 7. günlerde uzay yürüşüşü sırasında giyecekleri uzay kıyafetlerini test ettiler. Uzay yürüyüşleri sırasında entegre destek kirişlerinin yüklenmesi, yen, güneş panellerinin yerleştirilmesi ve bunların görevler için hazırlanması olacaktı.

Uluslararası uzay istasyonunda, Expediction 13 uçuş mühendisi Jeffrey Williams, 3. Gün gelecek olan Atlantis için yörünge laboratuvarını hazırladı.Williams dijital kameraları yerleştirerek uzay mekiği ısı kalkanının yüksek çözünürlüklü fotoğraflarını çekecekti.Görev komutanı Pavel Vinogradov’ un yardımıyla Destiny Laboratuvar Modülü’ nün en sonunda bulunan basınçlı birleşme adaptörü 2’ yi basınçlandırarak Atlantis’ in bağlanması için hazırladı. Ayrıca Vinogradov geri dönecek ekipmanları hazırladı.

Atlantis’ in bağlanmasından önce Atlantis yörüngesi boyunca uzay istasyonunun yaklaşık 180 metre altından uçuş yapacaktı. Yapılan bu manvera uçuşu sayesinde Expediction 13 mürettebatı mekiğin ısı kalkanının yüksek çözünürlüklü fotoğraflar çekmesine olanak sağlayacaktı.

Uluslararası saat ile 10:46 sıralarında Atlantis, uluslararası uzay istasyonuna bağlandı ve yaklaşık iki saat sonra uzay istasyonu ve Atlantis arasındaki bağlantı kapağı açıldı. Böylece Atlantis mürettebatı uluslararası saat ile 12:35 sıralarında uzay istasyonu mürettebatı tarafından karşılanmış oldu.

Uzay istasyonu ile bağlanmadan sonra Ferguson ve Burbank mekiğin robotik kolu Canadarm’ ı 17.5 tonluk entegre kiriş yapısına bağladılar. Onu mekiğin yük bölümünden kaldırdı ve manevra gerçekleştirerek uzay istasyonunun Canadarm 2 robotik koluna yönlendirdi.

Bağlantı kapağının açılmasından sonra MacLean ve Expediction 13 uçuş mühendisi Jeff Williams, Canadarm 2’ yi kullanarak uzay mekiğinin robotik kolundan krişi aldılar. Böylece MacLean, Canadarm 2’ yi uzayda kullananan ilk Kanadalı olmuştur.

Tanner ve Stefanyshny-Piper 4. gün gerçekleştirilecek olan uzay yürüyüşü için görev hava kilidi bölmesinde kamp sürecine girerek hazırlık yaptılar. Bu hazırlıklar NASA’ nın yeni ön nefes alış ölçümleri basınçtan kaynaklı hastalıklar ve kandolaşımındaki nitrojen azlığından dolayı bükülmeleri engellemek için yapılıyordu. Bu hazırlıklar oksijen maskesi giyme ve gece boyunca 10 psi basınç altında havasız ortamda uyumadan oluşmaktaydı. Böylece mürettebatın vücudunu onlara uzay kıyafetleri giydirerek uzay yürüyüşü sırasında düşük basıncın üstesinden gelmeleri sağlanıyordu.

Bir sonraki adım, P3/P4 desteğinin uluslararası uzay istasyonundaki Canadarm 2’ ye taşınması, Tannerr ve Stefanyshny-Piper’ ın uzay yürüyüşlerine başlayarak bu entegre destek birimini uluslararası saat ile 9:17 sıralarında aktive etmekti. Uzay aracı dışı görevler yapılırken ekip P1 ve P3/P4 entegre destek yapıları arasındaki güç ve veri kablolarını yükleyecekler, P3/P4 entegre desteklerinin fırlatma koltuklarının serbest bırakılması ve entegre destekleri bir sonraki görevler için hazırlanmasıydı. Uzay yürüyüşleri o kadar başarılı olmuştu ki astronotlar daha sonraki araç dışı çok sayıda aktivite gerçekleştirmişlerdi. Bu aktivitelerin nihai tamamlanması uluslararası saat ile 15:43’ i bulmuştu. Bu ekstra aktiviteler yapılırken bir cıvata, bir yay ve fırlatma kilidinden bir de conta uzay boşluğunda kaybolmuştu.

Araç dışı aktivitelerin tamamlanmasıyla uzay istasyonu ekibi beşinci gün gerçekleştirilecek uzay yürüyüşü için hazırlıklara başladı. Burbank ve MacLean hava kilitli odaya uluslararası saat ile 18:40’ ta girerek, 9:15’ te gerçekleştirilecek olan araç dışı görevlere hazırlanmaya başladılar.

Uçuşun beşinci günü ikinci uzay yürüyüşü gerçekleştirildi. Bu sefer sıra Burbank ve MacLean’ de idi ve ilk kez uzay yürüyüşü gerçekleştireceklerdi. Astronotlar tüm günü son görevleri gerçekleştirmeye adadılar. Bu görevler arasında solar Alpha dönel bağlantılarının aktive edilmesi vardı. Solar Alpha dönel bağlantıları ortalama bir araba büyüklüğündeydi ve uzay istasyonundaki güneş panellerinin Güneş’ e doğru dönmesini sağlamaktaydı. Burbank ve MacLean, uçuş sırasında Alpha dönel bağlantılarının Atlantis’ e sabitleştirme kilitlerini açtılar. Uzay yürüyüşü sırasında astronotlar küçük çaplı problemlerle karşılaştılar. Bu problemlerden başlıcaları kask kamerasında arıza, kırık soket aracı, yerine oturmayan cıvata ve cıvata sabitleştirmek için kullanılan mandalın mekanizmadan fırlaması. Astronotlar bu mandalı sabitleştirmek için kuvvet uygulayarak ayırdılar.

Burbank ve MacLean istasyon dışında 7 saat 11 dakika geçirdiler. Uluslararası saat ile 9:05’ te başlayan yürüyüşleri 16:16’ da tamamlandı. Alpha Dönel bölmeleri dışında uzay istasyonu dışında bazı ileri görevleri de gerçekleştirdiler.

Mühendisler dört saatlik Alpha dönel bağlantılarının ayrılması ve aktivasyonu sırasında bir takım aksaklıklarla karşılaştılar ve güneş panellerinin yerini alması gecikti. Bunun nedeni Alpha dönel bağlantılarının ayrılması sırasında aksaklıklar yaşanması ve üzerinde detaylı çalışmalar yapılması gerektiği idi.Gecikme zamanı uzun bir zaman dilimine genişletilerek mühendislerin gece boyu üzerinde çalışmasına olanak sağlandı ve planlandığı gibi yerleştirme Perşembe gününe yetiştirildi.

Uçuşun altıncı gününde de güneş panellerinin yerleştirilmesi devam etti. Güneş panellerinin açılması beşinci günde Alpha dönel bağlantılarında meydana gelen bir takım aksaklıklar nedeniyle planlanan zamanın biraz gerisinde kaldı. Yaşanan bu problemin yazılım kaynaklı olduğu kanısına varıldı ve bunun için geçici bir çözüm üretildi.Güneş panellerinin açılması sabah aşamalarına kadar devam etti. STS-97’ de olduğu gibi panellerin birbirine yapışması önlenmiş olacaktı.Ekibin kaydettiği verilere göre bazı paneller hala daha yapışmaya devam ediyordu fakat bu bir probleme yol açmamıştı. Yüklemenin tamamlanmasına rağmen güneş panelleri bir sonraki fırlatma görevine kadar uzay istasyonuna güç sağlayamayacaktı. Aralık 2006’ da gerçekleştirilmesi planlanan STS-116 görevi ile uzay istasyonunda büyük elektriksel kablolama bakımı gerçekleştirilecekti.

Altıncı gündeki diğer aktiviteler ise istasyonun Canadarm 2’ nin güncel konumu mobil baz sisteminden başlayarak Destiny laboratuvar modülüne kadar çift serbest dolaşma ve üçüncü uzay yürüyüşü görevi için hazırlıklardan oluşmaktaydı. Görevlerin yanı sıra günün ilerleyen saatlerinde Jett,MacLean ve Kanada Başbakanı Stephen Harper,öğrenciler arasında röportaj gerçekleştirildi.

Yedinci uçuş günü, STS-115’ in üçüncü ve son uzay yürüyüşünün gerçekleştirileceği gün olmasından dolayı önemlidir. Uzay yürüyüşünün ba