kinci Dünya Savaşı sırasında biriktiğinde, psikiyatrik testlerle eşcinsellerin askere alınmasını önlemeyi çalışmaya başladı. Bu önlemler ancak pek etkili değildi, zira bir yandan testler güvenilmezdi, öte yandan ise eşcinsel acemi askerlerin arasında, sivil hayatta da kurturulmadıkları yaygın eşcinsel karşıtı stigmasını askerde de tecrübe etme isteği yoktu. Askerlik görevine çağrılan 18 milyon erkekten neredeyse 5 bin tanesi, eşcinsel olmaları gerekçesiyle askere alınmadılar. Üstelik çok sayıda eşcinsel askerlik görevini, efemine klişesine uymadıklarını kanıtlama fırsatı olarak gördüler, ve özellikle Deniz Piyade Kolordusu gibi "erkeksi" sayılan örgütlere katılmayı tercih ederlerdi. Buna rağmen, savaş sırasında eşcinsel olma gerekçesiyle ("blue discharge") askerden atılan erkek ve kadınların sayısı neredeyse 10.000'e ulaştı. Bunun etkisi altında kalanlar için sivil hayata geri dönme süreci çoğunlukla zordu, zira hem cinsel yönelimleri razıdışı olarak açığa vuruldu, hem de ordudan atılanlara normalde mevcut olan sosyal yardımlara erişemezlerdi.

Psikanaliz dalının 1896 yılından sonra gösterdiği artışıyla eşcinselliğin nevrotik bozukluk olduğu inanç, Amerikan psikiyatristlerin arasında yaygınlaştı. Bu fikir, Quakerlar gibi insani kaygılarla ilgilenen kurumlardan destek gördü. 1940'larda Quakerlara ait "Quaker Emergency Service" ("Quaker Acil Hizmet")'in "Readjustment Center" ("Yeniden Düzeltme Merkezi")'ları, başlıca olarak erkek eşcinsellere yönelik rehabilitasyon merkezleri olarak faaliyet gösterdi. İkinci Dünya Savaşı'nın sonuna kadar psikiyatristler, eşcinselliğin çoğunlukla bir "hormon dengesizliği"nden kaynaklandığı fikirindeydi, ve bu tıbbi yöntemlerle "tedavi" görürdü. Eşcinselliği "tedavi" etmek için kullanılan, dönemdeki tipik diğer yöntemlerin arasında geleneksel psikanaliz, engelleme terapisi, elektroşok tedavisi ve lobotomi (bunun sonuncusu 1951'de gerçekleştirildi). 20. yüzyılın başından beri eşcinsel kadınlar ve erkekler hastanelere zorla yatırıldı, bazıları da kendi istekleri üzere psikolojik tedavi arardı. Eşcinsellik, İkinci Dünya Savaşı'na kadar genel olarak çok nadir bir fenomen olarak algılanırdı.

1941'de New Yorklu psikiyatrist George Henry, yüzlerce kişisel görüşmeye dayanan "Sex Variants" isimli araştırmasını yayımladı. Metodolojik açıdan tartışmalı araştırması, dönemdeki hem kadın hem de erkek eşcinsellerin tecrübelerini temsil edici bir şekilde kapsayan ABD'deki ilk araştırmaydı.

Bu dönem boyunca toplumun cinsel ahlak anlayışı genel olarak serbestleşme sürecindeydi. Antibiyotiklerin mevcut kılınması bunun için önemli bir etkendi. Frengi ve belsoğukluğu gibi cinsel yolla bulaşan hastalıklar tedavi edilebilir oldu ve bunlar artık cinsel özgürlüğe engel olamadılar. Heteroseksüel Amerikalılar için cinsel devrimin 1960'ta doğum kontrol hapının kamuya sunulması ile başlamasına karşın eşcinseller, daha 1930'lardan beri benzeri koşullardan yararlanıyordu.

İkinci Dünya Savaşı'nın ilk yıllarında eşcinsellikle suçlu bulunan ABD Silahlı Kuvvetleri üyeleri tutuklanırdı. 1944'te askeri liderlik, bu kişilerin tutuklanmalarından çok hastaneye zorla sevkedilmelerini emretti. Askeri psikiyatristler böylece eşcinselleri, bu sayılarla ya da bu seviyede temsil edicilikle ABD'de daha evvel hiç yapılmamış şekilde araştırma fırsatını kazandılar. Clements Fry ve Edna Rostow dahil olmak üzere az sayıda psikiyatrist, bu araştırmalardan vardıkları sonuçlarla eşcinselliğin nevrotik bozukluk olduğu yönündeki o dönem yaygınlaşmış görüşle hemfikir olmadıklarını gösterdi; bu karşıt görüş ancak dönemde az ilgi gördü.

1948'de Alfred Kinsey'nin "Sexual Behaviour in the Human Male" ("İnsan Erkeğinde Cinsel Davranış") isimli araştırması kamuya sunuldu. Kişisel görüşmelere dayanan bu araştırma bir sansasyon yarattı, zira eşcinsellikle biseksüelliğin toplum dışı gruplara ait bir fenomen olmaktan çok aslında nüfus çoğunluğunun hayatlarını çeşitli şekillerde etkilediği olgusunu Amerikan halkına ilk kez tanıttı. Üstelik Kinsey'nin çalışmaları, cinselliğe dair toplumsal söylemin dini/ahlâki yorumlamalardan kurtulması ve bilimselleştirilmesinde önemli ölçüde katkıda bulundu. Kinsey'nin 1947'de kurduğu Kinsey Institute (Kinsey Enstitüsü) bunun ardından eşcinsellik hakkında daha fazla sayıda önemli araştırma yayınladı.

1951'de Edward Sagarin'in "Donald Webster Cory" takma ismiyle kamuya sunduğu ""The Homosexual in America"" ("Amerika'da eşcinsel") isimli raporu yayınlandı. Bir eşcinselin bakış açışından yazılan ve eşcinsellere karşı sempati kurmaya çalışan kitap, okuyucuya erkek eşcinsel altkültürünü kapsamlı bir şekilde tanıttı ve geniş bir okuyucu kitlesi buldu.

1957'de Evelyn Hooker'ın ""The Adjustment of the Male Overt Homosexual"" ("Açık Erkek Eşcinselin Psikolojik Ayarlaması") isimli çok itibarlı çalışmasını yayımlandı. Bu çalışmada eşcinsel erkeklerin akıl sağlığı bakımından heteroseksüel erkeklerden farklı olmadıkları ilk kez kanıtlandı. Judd Marmor ise, 1965'te yayımladığı ""Sexual Inversion: The Multiple Roots of Homosexuality"" ("Cinsel Tersinme: Eşcinselliğin Çeşitli Kökleri") isimli kitabında eşcinselliğe dair toplumsal tutumların "kültürel" olarak şekillendiriliğini ileri sürdü. Amerikan Psikiyatri Birliği bu görüşle hemfikir olup 15 Aralık 1973 tarihinde oybirliğiyle eşcinselliği Mental Bozuklukların Tanısal ve Sayımsal El Kitabı'ndan kaldırmaya karar verdi. Ancak Charles Socarides ve Irving Bieber gibi bazı tanınmış psikiyatristler, 20. yüzyılın sonuna kadar eşcinselliğin yine nevrotik bozukluk olduğu fikrini benimseye devam etti.

İkinci Dünya Savaşı boyunca ya Avrupa'ya giden ya da Avrupa'dan eve dönen yüzbinlerce askeri personel, New York'un içinden geçti. 1950'li yıllarda New York, ABD'deki tüm diğer kentlere göre tüm cinsel yönelimlerden en yüksek sayıda sanatçı ve ikonoklast barındırdı. Daha savaştan önce New York'taki eşcinsel topluluğu ülkedeki en büyüğüydü, fakat 1940'tan sonra bu durum daha fazla pekiştirildi. Savoy-Plaza Hotel barı gibi homoerotizm sezen yeni mekanlar açıldı. Daha 1930'ların ilk yıllarından beri Harlem'da her sene bir drag balosu ("drag ball") düzenlenirdi, ve bu özellikle 1944'te doruğuna ulaştı. 1945'te eşcinsel olmalarından dolayı Silahlı Kuvvetler'den kovulan eski askerlere yönelik Veterans Benevolent Association (VBA) adında bir yardım kuruluşu kuruldu. Savaş sonrasında, arasında birçok eşcinselin bulunduğu Beat Kuşağı şairleri de kentin kültürel hayatını şekillendirdi. 1950'lerden beri Harlem mahallesinde, New York'un ilk gayrıresmî eşcinsel hamamlardan biri olan "Mount Morris Baths" oldukça uğrak bir mekan oldu. Bu hamamlar (İngilizcede "bathhouse") yeni tanışma noktaları olarak keşfedildi, zira daha fazla banyolu evin yapılmasıyla bu tür mekanlar zamanla özgün amaçlarını kaybediyordu. 1960'larda kentte 40'tan fazla eşcinsel bar ve kulübün yanı sıra üç ya da dört lezbiyen barından oluşan canlı bir eşcinsel hayatı vardı. Lezbiyen bir altkültürünün gelişiminde barlar, eşcinsel erkek altkültüründen daha önemli bir rol oynadı, zira lezbiyenlere yönelik diğer tanışma noktaları yoktu.

İkinci Dünya Savaşı sırasında New York'ta ayrıca eşcinsel bir entelektüel kesimi oluştu. Sanat patronu Lincoln Kirstein ve onun edebiyat salonu, bu kesimin merkezini oluşturdu. Kirstein, edebiyat salonunda yazarlar W. H. Auden, Glenway Wescott ve Monroe Wheeler ve ressam Paul Cadmus'a misafirlik ederdi. Bunun yanı sıra şairler Allen Ginsberg, John Ashbery, Frank O'Hara ve Audre Lorde, yazarlar Gore Vidal, Truman Capote, Christopher Isherwood, William Inge, Arthur Laurents, Edward Albee ve Tennessee Williams, ressamlar Jasper Johns, Robert Rauschenberg ve Ellsworth Kelly, fotoğrafçı George Platt Lynes, mimar Philip Johnson, dansçı Rudolf Nureyev ve besteciler Leonard Bernstein, Ned Rorem, John Cage, Aaron Copland ve Cole Porter, o dönemde toplum kurallarına uymayan ve New York'ta yaşayan diğer LGBT şahıslardır. Bunların çoğu kendi cinsel yönelimlerine dair kamuoyuna açılmamayı tercih etmiştir.

McCarthy devrinde ABD'de sözde "yıkıcılar" ("subsersives")a karşı bir avlama başladı. Joseph McCarthy ile birçok diğer sağcı siyasetçinin inancına göre şu söz konusu "yıkıcılar", sözde ABD'yi komünist ülkeye dönüştürme amacıyla ABD hükümetinin her seviyesine sızmıştı. Bazı diğer "toplum dışı gruplar"la olduğu şekilde "eşcinseller" de toplu bir bütün olarak "yıkıcı" bir grup olarak görüldü. McCarthy ile Dışişleri Bakanı Müsteşarı Yardımcısı John Peurifoy, "komünist komplo"yu destekleyen bir "eşcinsel yeraltı"nın var olduğunu ilan ettiler. Bu komplo teorisinin temelinde, sözde Hitler'in şantaj amacıyla Amerikalıların de aralarında bulunduğu yabancı eşcinsel siyasetçilerin isimlerinden oluşan bir liste kurduğunu, bu listenin de sonra Stalinist Sovyetler Birliği hükümetinin ellerine sözde geçmiş olduğunu iddia eden, Washington'da dolaşan bir rivayet vardı. McCarthy'nin danışmanı Roy Cohn, eşcinsel karşıtı kampanyanın düzenleyicisiydi; ancak Cumhuriyetçi Parti Ulusal Komite Yönetim Kurulu Başkanı Guy Gabrielson da bu kampanyaya destek verdi. Basında ""pervert peril"" ("sapkın tehlikesi") ve ""lavender scare"" ("lavanta korkusu") gibi ifadeler yaratıldı ve 1950 ilkbaharında tüm ülke çapında eşcinsellere karşı soruşturmalar yapılmaya başladı. Bu çok sayıda eşcinsel devlet memurunun iş yerinden kovulmasına yol verdi. 1954'te FBI de eşcinsel örgütlere sızmaya ve bunları izlemeye başladı.

"The Washington Post" gazetesi için ""Washington Sex Story"" ("Washington Seks Hikâyesi") başlıklı bir makale dizini yazan gazeteci Max Lerner, bu karalama kampanyasının en önde gelen eleştirmenlerinden biri olarak sayılır. 1953'te ABD Başkanı Dwight E. Eisenhower, sözde ulusal güvenliği koruma amacıyla hükûmetin eşcinsellere iş vermeyi yasaklayan 10450 no.lu kararnâme ("Executive Order")yi imzaladı ve kamu sektöründe eşcinsellere iş verme yasağı 1975'e kadar sürdü.

ABD'deki bu eşcinsel karşıtı histeri, 1955 sonbaharında Idaho-Boise kentinde "Boise eşcinsellik skandalı" kapsamında doruğuna ulaştı. Bu kentte sözde yüzlerce genç erkeğe