e Nasırcılardan müteşekkil Devrim Komutanlığı Milli Konseyi'ni oluşturdular. Başlangıçta bu konseyin çoğunluğunu asker üyeler teşkil ediyordu.

Basçılarla Nasırcılar arasındaki ilişki, en iyi tanımlamayla "rahatsızlık" boyutlarındaydı. Baas Partisi'nin hem Irak'ta hem de Suriye'de iktidara gelmesi, Nasır'ı iyice zora sokup sıkıştırmıştı. Irak ve Suriye arasındaki birlik, Nasır'ın panarabizm konusundaki gücünü zayıflatmaktaydı. Buna karşı Nasır'da partiye ve Eflak'a karşı sert eleştirilerde bulunarak, karalama kampanyası başlattı; Nasır, Eflak'ın yetersiz bir teorisyen olduğunu söylüyor, Hristiyanlığına vurgu yapıyor (Kıbrıs asıllı bir Hristiyan olduğunu öne sürerek), onu kukla bir "Roma İmparatoru" olmakla itham ediyordu. Baas parti toplantılarında, bu ithamlara hiddetle cevap yetiştiren Eflak, tam bir Nasır karşıtı haline gelmişti. Böylelikle, Nasır'la hala iyi ilişkiler kurulabileceğine inan Bitar ile de ters düşmüş oluyorlardı.

Nasır ile ayrılık, Baas'ın ilk yöneticilerinin de gücünü zayıflatmıştı. Zira Askeri Komite'ye, partide daha fazla yetki ve nüfuz alanı sağlamak zorunda kalmışlardı. İktidarı ele geçirdikten sonra Askeri Komite, partinin ideolojik rotasını çizmeye başladı. Ancak daha öncesinde olduğu gibi bu konuda Eflak'a danışma gereği duymadılar. Bunun için partinin Marksist kanadından Hamud el-Şufi'ye başvurdular. Askeri Komite, Baas Suriye Bölgesel Kongresi'nde Eflak'a ve geleneksel liderlik yapısına karşı çıktığı gibi, ılımlı sosyal ve ekonomik politikaları da reddetmekteydi. Komite, Eflak'ın yaşlı ve yetersiz olduğuna inanarak, liderliği onun elinden almak için gereken neyse yapacaktı.

Altıncı ulusal kongrede, 1963 yılında, Eflak Genel Sekreterlik görevini zorlukla korumayı başardı. Irak ve Suriye'de, Hamud el-Şufi ve Ali Salih el-Sadi'nin başı çektiği Marksist gruplar çoğunluğu ellerinde tutuyorlardı. Eflak'ın karşılaştığı sorunlarından bir başkası da, destekçilerinin bir kısmı parti yönetimine girememesiydi. Örneğin Bitar Baas Partisi Milli Yönetimi'ne giremedi. Artık sivillerin hakim bir olduğu yönetimden bahsetmek pek mümkün değildi. Askerler yönetimdeki ağırlıklarını gittikçe arttırıyorlardı. Suriye'den Emin el-Hafız, Irak'tan Ahmed Hasan el-Bekir ve Salih Mehdi Emmaş Milli Yönetim'e seçildi. Askeri Komite Baas Partisi'nin kontrolünü sivillerden devralırken, bu konuda kendilerine yöneltilen eleştirilere de hassasiyetle yaklaşıyorlardı. Yayınladıkları ideolojik kitapçıkta, eğer sosyalist yeniden yapılanma başarılmak isteniyorsa sivil-asker iş birliğinin gerekliliğine vurgu yapıyorlardı. Dış dünyada, Eflak'ın gücü ve etkisi abartılmaya devam ediyordu. Tunus'ta yayınlanan bir makalede Eflak'tan, "Bir ay içinde Irak ve Suriye'de iki ayrı darbe gerçekleştiren filozof" olarak bahsediliyordu.

Baas Hareketi, dünyanın geri kalanının inandığı kadar sorunsuz değildi; Irak fraksiyonu üye kaybetmeye başlamıştı. Irak Ordusu ile partinin silahlı kanadı "Irak Milli Muhafızları" birbirlerinden hiç hazzetmiyorlardı. Nihayet 11 Kasım tarihinde, Ali Salih el-Sadi tasfiye edildi ve Madrid'e sürgüne gönderildi. Bunun üzerine Eflak, ani bir ziyaretle Irak'a geçti. Partinin Irak dalını kapattığını, yeni bölgesel yönetim yeniden seçilinceye kadar, Milli Yönetim'in Irak'ta iktidarı ele alacağını duyurdu. Ancak bu karar, Irak Ordusu'nun ve Irak Baasçılarının büyük bir kısmı tarafından pek de hoş karşılanmadı. Bir Hristiyan'ın Müslüman Araplar üzerinde hakimiyet kurması en hafif tanımıyla "vurdumduymazlıktı".

Irak'ta durum iyiye gitmiyordu. Bir Nasırcı olan Irak cumhurbaşkanı Abdüsselam Arif, 18 Kasım'da Baas Partisi'ne karşı başarılı bir darbe düzenledi. Nasır'ın Pan Arap rüyası sona ermiş, Baas Hareketi'ne, Nasır ve Nasırcılar eliyle son verilmişti. Haber duyulduktan sonra Eflak ve yanındaki bazı Baasçılar Irak'tan Suriye'ye kaçtı.

Muhammed Ümran üyesi olduğu Askeri Komite'den ayrıldıktan sonra, Eflak'a, lideri olduğu sivil Baas yönetiminin elinden alınacağına dair, Askeri Komite'nin gizli bir plan yürüttüğünü haber verdi. Kısa bir süre sonra da Ümran, Eflak'ı desteklediği için, İspanya'ya büyükelçi olarak atanarak ülkeden uzaklaştırıldı. Eflak kendisine ve yönetimine yönelen bu tehditlere karşı, Genel Sekreterlik yetkilerini kullanarak ve Baas Partisi'nin Suriye kolunu tasfiye ederek cevap verdi. Parti üyelerinin çoğunluğu buna karşı çıktı ve Eflak'ı kararını geri çekmeye zorladılar. Eflak ile Askeri Komite arasında iyice gün yüzüne çıkan iktidar mücadelesini, Eflak adım adım yitiriyordu. Komite en başından beri Eflak karşıtlarıyla iş birliği içindeydi. Eflak ise, askerlere karşı parti içi disiplin kurallarını işleme koyarak mücadeleye girişti. Askerler ise kendilerine "Bölgeciler" adını veren grupla, ki bu grup Eflak'ın bölge örgütlerinin kapatılması kararına uymayı reddedenlerden müteşekkildi, ittifak kurarak güçlerini arttırmaya çalıştılar.

Partinin Suriye kolu, 1965'te geçekleştirdiği bölgesel kongrede, merkezde bulunan yetkileri kendi organlarına aktarma kararı aldı. Bu kararla birlikte, Bölgesel Yönetim Genel Sekreteri, re'sen Suriye'nin de yöneticisi sayılmaya başlandı. Başbakanı, kabineyi, genel kurmay başkanı'nı ve yüksek rütbeli subay atamaları, bu kişinin elinde toplanmıştı. Eflak olayların gelişiminden hiç de hoşnut değildi ve Mayıs ayında topladığı sekinci parti kongresiyle hem dostlarına hem de düşmanlarına karşı güç gösterisinde bulunmaya çalıştı. Ancak işler pek de Eflak'ın umduğu gibi sonuçlanmadı. Lübnanlı Cibran Mecdelini ve Suudi Ali Gannam gibi, Baas Partisi Milli Yönetimi'nin bazı sivil üyeleri, Askeri Komite'ye aşırı baskı yapılırsa, aynı Irak'ta da olduğu gibi, ordunun hem parti hem de ülke yönetimini zorla ele geçerebileceği yönünde uyarılarda bulunuyorlardı.

Eflak tavsiyelere uyarak sessiz kalarak sesini fazla yükseltmedi. Fakat sessiz kalınca da Genel Sekreterlik makamını, Ürdün asıllı bir Suriyeli'ye, Munif er-Rezzaz'a kaptırdı. Fakat, Emin el-Hafız beklenmedik şekilde taraf değiştirip Eflak'ın safına geçince, güçler dengesi tekrar değişmiş oldu. Ancak diğer subayların aksine, el-Hafız'ın gerek parti, gerekse de parti dışında çok büyük bir etkisi ve gücü bulunmamaktaydı. El-Hafız'ın katılmasıyla Eflak tarafında bir canlanma meydana geldi. Bitar ve Ümran yeni bir hükumet teşkili için yurt dışından geri çağrıldılar.

Eflak'ın halefi olarak Genel Sekreterlik makamına gelen Munif er-Rezzaz, Eflak yanlısı politikacılar arasından seçilmişti. Hafız'ın taraf değiştirmesinden sonra Milli Yönetim'in Baas Partisi'nin tek yasal ("de jure") yönetim organı olduğunu ilan etti. El Hafız başkanlık görevini üstlenirken, Bitar başbakan, Ümran savunma bakanlığı, Mansur el-Atraş ise Devrim Komutanlığı Milli Konseyi Başkanlığı makamına getirilmişti. Askeri Komite'nin güçlü üyesi Salah Cedid, bu siyasi hamleye, bazı Umran taraftarlarını tutuklayarak yanıt verdi. Buna karşı Ümran da Cedid yanlısı memurları tasfiye ederek bu hamleye yanıt verdi. Tasfiyelerin en önemlisi, askeri istihbaratın başındaki Ahmed Suveydani'nin yerinden edilerek başka bir göreve getirilmesiydi. 23 Şubat tarihinde Hafız Esad ve Cedid tarafından gerçekleştirilen başarılı bir askeri darbeyle Baas iktidarı ve hükumet devrildi. Parti yöneticilerinin bir kısmı kaçtı. Eflak ve destekçileri gözaltına alınarak, devlet konukevine konuldu. Yeni yönetim Ağustos ayında büyük bir tasfiye hareketine girişti. Eflak güvenilir arkadaşları Nesim el-Sefercelani ve Malik Başur'un yardımıyla Beyrut'a kaçmayı başardı. Daha sonra da Brezilya'ya gitti.

Eflak'ın devrilmesiyle parti fiilen dağılmış oldu. Irak Baas Partisi ve Suriye Baas Partisi adıyla iki ayrı parti kuruldu. Suriye'deki partiye Cedid liderlik ediyordu ve Zeki el-Arsuzi!yi Baasçı ideolojinin banisi olarak kendilerine rehber edindiler. Ahmed Hasan el-Bekir ve Saddam Hüseyin önderliğindeki Irak Baasçıları ise, Baasçı düşüncenin babasının Eflak olduğunda ısrar ediyorlardı. Partinin 1966 yılında yapılan 9. kongresinde Eflak yanlısı kanat tasfiye edildi ve bölünme kesinleşti. Irak Baasçıları, buna karşı "Gerçek 9. Kongre" adıyla Şubat 1968'de Beyrut'ta başka bir kongre topladılar, ve Eflak'ı Genel Sekreter olarak seçtiler. Bu kongre aynı zamanda Eflak'la Bitar'ın da yollarının ayrılacağı dönüm noktası oldu. Kongrenin hemen öncesinde Bitar, Baas Partisi'nden istifa ettiğini ve Baasçı düşünceyi tümüyle terk ettiğini açıkladı.

Eflak tekrar Genel sekreter seçildikten sonra, Şubat 1968'de Bağdat'a taşındı ve 1970 yılında Kara Eylül olayları gerçekleşene kadar burada kaldı. Baas yönetimini, olaylar sırasında Filistin Kurtuluş Örgütü'nü (FKÖ) yalnız bırakmakla suçladı. Bu süreçte Eflak, FKÖ ve Yaser Arafat lehine yoğun lobi faaliyetinde bulundu. Irak'ın müdahil olmasını istiyordu ancak el-Bekir müdahil olmaya yanaşmıyordu. Bu duruma kızan Eflak Irak'ı terk ederek Lübnan'a gitti. Hafız Esad yönetimi, 1971 yılında gıyabında Eflak'ı ölüme mahkum ettirdi.

Dört yıl süren oto-sürgünden sonra Eflak 1974'te, Lübnan İç Savaşı patlak vermeden bir yıl önce Irak'a döndü. Artık Irak iç siyasetine uzak duruyordu. Kitaplarından bir kısmını bu dönemde yazdı. En önemlisi "Arap Devriminin Çarpıtılmasına Karşı Mücadele" adlı, 1975 tarihli eserdir. Eflak Saddam Hüseyin ile dostluk kurduktan sonra, yitirdiği siyasi ve ideolojik etkinin bir kısmını geri kazandı. İran-Irak Savaşı esnasında İran, Saddam Hüseyin'i bir Hristiyan kafirin etkisi altında kalarak davranmakla suçladı. Irak'ta Genel Sekreterlik makamında bulunduğu sürece, kendisine Baas Hareketi'nin banisi olarak gereken tüm saygı gösterilmekteydi, fakat politikaların belirlenmesinde hiçbir etki ve yetkisi yoktu.

Eflak 23 Haziran 1989'da kalp ameliyatı için gittiği Paris'te hayatını kaybetti.

Mişel Eflâk ve Selâhaddin Bîtâr tarafından temelleri atılan Baas Partisi ideoloji açısından Arap sosyalizmini benimsemişti. Partinin sloganı "Birlik, özgürlük ve sosyalizm" şeklinde ifade edilmekteydi. Baas Partisi ebedî misyonu bir tek Arap milleti oluşturmaktı. Buradaki birlik Arap milletinin birliğini, özgürlük emperyalizm ve siyonizmden özgür olmayı ve sosyalizm, karm