tecrübe ve ekipmanlarla Beams’in savaş zamanında uranyum izotoplarının ayırılmasında kullanılan gaz santrifüjlerini geliştirmek için yaptığı projesine oldukça önemli katkılarda bulunmuştur.
Ney uranyum hekzaflorür’ün öz yayınım katsayısını ölçmeyi başardı ve bu ölçümü yaparken yanında tez danışmanı olarak Beams bulunuyordu. O sıralarda bulduğu sonuçlar gizli tutuluyordu ancak 1947 yılında bulunan bu sonuçlar Physical Review adlı bilimsel bir dergide yayımlandı ve böylece dergi okurlarına duyuruldu. 1946 yılında Ney fizik alanında doktorasını aldı ve Virginia Üniversitesi’nde asistan profesör olarak görev almaya başladı. Beams ve Leland Swoddy ile birlikte Ney, New Market-Virginia yakınlarındaki Endless Caverns’da ( mağaralarda ) yeraltı kozmik ışın deneylerini yapmaya başladı.

John T. Tate Minnesota Üniversitesi’nde Fizik bölümünde oldukça etkili ve sözü geçen bir profesör, aynı zamanda Nier’ın akıl hocası ve Physical Review dergisinin editörü idi. Tate savaştan sonra Jean Piccard tarafından bulunan ve Minneapolis’in Como mahallesindeki General Mills laboratuvarlarında imal edilen büyük plastik balonların araştırmalarda kullanılabilme potansiyelleri olduğunu fark etti. Burada Otto C. Winzen tarafından yapılan çalışmalarla elde edilen ve polietilen kullanılarak üretilen balonların yüksek irtifalarda Piccard’ın geliştirmiş olduğu selefon ( şeffaf kağıt )’dan yapılmış olan balonlardan daha iyi performans sergilediği gözlemlendi. 1947 yılında Ney’in kozmik ışınlara olan büyük ilgisi nedeniyle Tate ona asistan profesör pozisyonunda çalışabileceği bir iş teklif etti ve bu teklif Ney tarafından hemen kabul edildi. Ney uzun ve maaşlı bir izin ve iki kısa ayrılık sonucu olan yokluğunun dışında hayatının geri kalan kısmını Minnesota’da yaşayarak geçirdi.
Ney Minneapolis’e döndüğünde buraya kendinden bir yıl önce gelmiş olan Frank Oppenheimer ve Edward J. Lofgren adlı iki kişiyle tanıştı. Tate’in yapmış olduğu girişimler üzerine bu üçlü atmosferin üstündeki ilk kozmik ışın çalışmalarında balonu kullanmaya karar verdiler. İlk olarak, balonlarda bulunan bulut bölmelerinin balonla uçabilmeyi sağlayacak derecede küçük geliştirilmesine odaklandılar ancak daha sonra nükleer emilsiyonların enerjik parçacıkları ortaya çıkarmak için daha taşınabilir bir yol ortaya koyduğunu fark ettiler. Gruplarına emilsiyonlarla çalışma sorumluluğunu üstlenebilecek dördüncü bir isim olan yüksek lisans öğrencisi Phyllis S. Freier’i aldılar. Freier daha sonraları çok tanınan ünlü bir profesör olacaktı. 1948 yılında Minnesota grubu Rochester Üniversitesi’nden Bernard Peters ve Helmut L. Bradt ile bulut bölmesi ve emilsiyonlar taşıyan bir balon uçuşunu piyasaya sürmek için işbirliği gerçekleştirdiler. Gerçekleştirilen bu uçuş kozmik ışınlar arasında ağır çekirdekler olduğuna dair kanıt veriyordu. Daha spesifik olarak, araştırmacılar hidrojen çekirdeklerine ( protonlar ) ek olarak başlıca kozmik ışınların önemli numaralarda elementlerin, helyumdan demire kadar, hızlı hareket eden çekirdekler içerdiklerini keşfetmişlerdir.
Normal durumlarda bu elementlerin atomları elektron bulutuyla çevrelenmiş çekirdek içerirler. Ancak kozmik ışınlar söz konusu olduğunda, kozmik ışınlara dönüşen çekirdekler elektronlardan yoksundur ve bu da yıldızlararası maddenin içindeki atomlarla çarpışmasının bir sonucudur. Emilsiyonların ve bulut bölmelerinin içinde, bu soyulmuş ağır çekirdekler şüphe götürmez bir şekilde iz bırakır ve bu izler protonlarınkinden daha yoğundur. Ayrıca bu izlerin belirli özellikleri atom numarasına karar vermek için kullanılabilir. Grup, daha sonra gerçekleştirilen uçuşlarda kozmik ışınlardaki elementlerin bolluğunun dünyada ve yıldızlarda bulunanlarla benzer olduğunu göstermiştir. Elde edilen bu sonuçlar kozmik radyasyon çalışmalarının astrofizikte önemli bir rol oynayabileceğini göstermek adına oldukça büyük bir etkiye sahiptir.
Bu keşiflerden kısa bir süre sonra Lofgren, Kaliforniya’da Bevatron’u inşa edebilmek için ayrılmıştır. 1949 yılında Oppenheimer savaş öncesindeki Amerika Birleşik Devletleri Komünist Partisindeki üyeliğini gizlediği gerekçesiyle Minnesota fakültesinden istifa etmeye zorlanmıştır. O yıl John R. Winckler Minnesota’nın kozmik ışın grubuna katılmıştır.
1950 yılında Ney, Charles Critchfield ve yüksek lisans öğrencisi Sophie Oleksa kurşun plakalar içeren bulut bölmesi yardımıyla başlıca kozmik ışın elektronlarını araştırmaya başladılar. Araştırmaları sonuçsuz kaldı ancak 1958 yılında Minnesota grubuna katılan James Earl 1960 yılında küçük başlıca elektron bileşenini keşfetmek için benzer aparatlar kullanmıştır.
1950 yılından 1960 yılına kadar geçen 10 senelik sürede Ney’in kozmik ışın araştırmaları bulut bölmesi kullanmaktan emilsiyon kullanmaya doğru yönelmiştir. Ancak aynı zamanda Ney’in yüksek lisans öğrencileri kozmik ışınların araştırılması ve analiz edilmesi için kullanılan elektronik enstrümentasyonlarda önemli ilerlemeler yapabilmek adına sayaç kontrollü bulut bölmesi kullanmışlardır. Özellikle 1954 yılında John Linsley ağır çekirdeklerin yük dağılımını çalışabilmek için cherenkov dedektörüyle harekete geçirilmiş bulut bölmesi kullanmıştır. Bunun yanı sıra 1955 yılında Frank McDonald aynı amaç için sintilasyon ( parıldama ) sayacıyla harekete geçirilmiş bir bulut bölmesi kullanmıştır. Sonraki yıllarda, McDonald kullanılan bu iki elektronik dedektörü birleştirmiş ve bir balonun içine yerleştirmiştir. Bu oluşum birçok uzay aracında taşınan cihazların prototipi ( ilk örnek ) olarak hizmet vermiştir.

İlk plastik balonların olağanüstü bir şekilde bazı olaylarda kullanılmasına rağmen üretimleri sırasında çokça aksilik ve uçuşları sırasında da fazlaca beklenmeyen başarısızlıklar yaşanmıştır. Ney yaşanan bu güvensizliklerin yetersiz mühendislik bilgileri ve balon fiziğini anlamadaki önemli eksikliklerden kaynaklandığını farketmiştir. Bu farkındalığın karşısında ise Winckler ve Critchfield ile işbirliği yaparak ‘ Yüksek İrtifa Plastik Balonları Alanında Araştırma ve Geliştirme’ başlığı altında bir proje başlattılar. Bu projeye Birleşik Devletler ordusu, donanması ve hava kuvvetleri sponsor oldular ve Nonr-710 ( 01 ) isimli deniz kuvvetlerine ait ofis ile sözleşme yaptılar. Bu sözleşme Aralık 1951’den Ağustos 1956’ya kadar yürürlükte kalmıştır.

Soğuk Savaş sırasında Birleşik Devletler aşırı miktarlarda finanse edilmiş ve çok gizli tutulan bazı denemelere sponsorluk yapmıştır. Bu denemelerin amacı Sovyetler Birliğini düzenlenen çeşitli balon uçuşlarıyla gözetlemektir. Bu denemelere örnek olarak: Mogul Projesi, Moby Dick Projesi ve Genetrix Projesi verilebilir. 1958 yılının Temmuz ayında gösterilen bu çabaların hayal kırıklığıyla sonuçlanması ve Lockheed U-2’nun savaş düzeni almasına karşılık olarak başkan Eisenhower balon gözetlemelerini durdurmak için emir vermiştir. Çünkü bu gizli programlar Minnesota balon projesinden alınan gizli bilgilerle gerçekleştirilmişti ancak bu gizli bilgiler 1958 yılında gizliliğini kaybetti.
Projenin hala aktif olduğu dönemde Ney ve iş arkadaşları 313 adet büyük ya da deneysel balon uçuşu , yayımlanan 16 teknik rapor ve patentlenmiş yaklaşık olarak 20 icat gerçekleştirmişlerdir. Son oluşturulan rapor 62 adet büyük yenilik ve başarı listelemiştir. Yeniliklere örnek olarak: dehliz uzantısı , doğal balon şekli , Minnesota piyasaya sürme sistemi ve tetroon balon tasarımı verilebilir. Listelenen son başarı ise gerçekleştirilen son uçuş olan ince ve dayanıklı polyester filmden yapılmış tetroon balonun 7 Eylül 1956 tarihinde Minneapolis üzerinde ulaştığı 145,000 feet ( 44,000 m ) maksimum yüksekliktir. O zamanlar bu balonların çıkabildiği yükseklik rekoruydu ve bu uçuşta hatırı sayılır ölçüde basınç kapsama alanı vardı. Yapılan birçok projede kullanılan balonların çoğu New Brighton, Minnesota’da bulunan Minnesota Üniversitesi Havaalanı’nda üretilmiştir. Projeler, Havaalanı 6 Mayıs 1965 tarihinde bir kasırga tarafından harap edilene kadar 1948 yılından itibaren bu havaalanında yapılmış olan 1000’den fazla uçuş arasındaydı.
Bu projenin anahtar isimleri: mühendislik kapsamında bilirkişi olarak temin edilen William F. Huch ve Raymond W. Maas, fizik makine dükkanının yetkili kişisi olan Rudolph B. Thorness, elektronik dükkanını işleten Robert L. Howard ve projede çalışırken Ney’in liderliğinde doktorasını kazanan Leland S. Bohl idi. Birçoğunun adı sadece patentler ve teknik raporlarda yazar olarak gözükmüyor aynı zamanda bilimsel yayınlarda da bulunuyorlardı.

Gizliliğine rağmen projelerde kullanılan balonlardan birçoğu açık yapılan bilimsel araştırmalar için çeşitli cihazlar taşıyorlardı. Örneğin 20 Ocak 1953’ten 4 Şubat 1953’e kadar Winzen Araştırma A.Ş. ile yürütülen projede Teksas’ta bulunan Pyote Hava Kuvvetleri Üssü’nde 13 uçuş düzenlendi. Bunlardan bazıları kozmik ışın araştırmaları için paket taşıyorlardı ve bunlardan bir tanesi denge ağırlığı olarak dizayn edilmişti. Bu uçuşlar Skyhook uçuşları olarak adlandırılmıştı. Skyhook deniz kuvvetleri araştırma ofisinin başlıca amaçları askeri olmaktan ziyade bilimsel olan belirlenmiş bazı uçuşlar için kullandığı özel bir terimdi. 1500 uçuştan fazla olan Skyhook uçuşlarından bazı kilometre taşları şunlardır: ilk Skyhook uçuş faaliyeti ( 1947 ), ilk gemi güverteli uçuş ( 1949 ), Rockoon programı ( 1952 ), 1956 yılın Eylül ayında gerçekleştirilen tetroon rekor uçuşu, Stratoscope ( 1957-1971 ), ve Skyhook Churchill ( 1959-1976 ).

1960 yılında Atmosferik Araştırmalar Ulusal Merkezi kuruldu. 17 Ekim 1961 tarihinde balon operasyonlarının düzenlenmesi için kalıcı bir faaliyet alanı seçmek amacıyla bilimsel balonlar konulu bir panel düzenlendi. Verner E. başkanlığında yapılan bu panele katılan isimler arasında Ney, Charles B. Moore, Alvin Howell , James K. Angell , J. Allen Hynek ve Stratoscope’un fikir babası olan isim Martin Schwarzschild bulunmaktadır. Panel sonucunda Teksas’ta bulunan Palestine, Ulusal Bilimsel Balon Servisi ( NSBF )’nin kurulması için seçilen bölge oldu ve 1962 yılında hizmet vermeye başladı. O zamandan sonra kurulan bu bölgede binlerce bal