an "tourmarchai tōn ploimatōn" olarak zikredilmiştir) komutasında büyükçe filotilla tutuyorlardı. Bu filotillalar büyük thema filoları ile merkezi imparatorluk filosu arasında orta bir rol oynuyorlardı: profesyonel mürettebat ("taxatoi") ile daimi filotillaydılar, bakımları bulundukları vilayet tarafından değil imparatorluk hazinesi tarafından karşılanıyordu fakat yerel thema "stratēgos" tarafından yönetiliyorlardı ve ana görevleri yerel savunma ve kolluk kuvveti vazifeleriydi..

Bu themalar:

Özellikle önemli birbaşına bölgelerinin ana deniz yollarının kontrolü için "archon" unvanlı ayrı subayların kontrolündeydi, bu unvan bazı durumlarda İmparatorluk Filosu müfrezelerinin komutanı için kullanılırdı. Bu "archontes"ler, Sakız Adası, Malta, Eğriboz Körfezi ve muhtemelen Sesprotya ve "Bulgaristan" (kontrol ettiği alan Ahrweiler tarafından Tuna Nehri ağzı olarak tanımlanmıştır) olarak bilinmektedir. Bunlar 9. yüzyıl sonunda ortadan kalkmışlardı, bunun sebebi Arap akınlarına direnememeleri ya da themalar ile birleşmeleridir.

Kara birliği karşılıklarında olduğu gibi, Bizans donanmasının tam büyüklüğü ve birlik sayıları önemli bir tartışma konusudur, bunun sebebi birincil kaynakların yetersiz ve muğlak olmasıdır. Bir istisna, geç 9 ve erken 10. yüzyıl için, 911 yılında yapılan Girit seferine yapılan detaylı analizdir. Bu listeler, VI. Leon'un hükümdarlığında donanmanın 34,200 kürekçiye ve muhtemelen 8,000 deniz piyadesine ulaştığını göstermektedir. Merkezi imparatorluk filosu, "basilikon plōimon"un "droungarios"u komutasında toplam 19,600 kürekçi ve 4,000 deniz piyadesinden oluşuyordu. Bu 4,000 deniz piyadesi profesyonel askerdi, ilk olarak I. Basileios tarafından 870li yıllarda birliklere alınmışlardı. Daha önce thema ve tagma askerlerine ihtiyaç duyuluyordu, bu nedenle onlar imparatorluk filosunun büyük varlıklarıydılar, bu taze güç daha güvenilir, daha iyi eğitimli ve İmparator'un idaresinde hemen mevcut bir güçtü. Bu deniz piyadelerinin yüksek statüsü, onların benzer bir şekilde organize edilmiş imparatorluk "tagmata" gücüne ait olduğunun düşünülmesi gerçeğini betimliyordu. Ege Themasının filosu 2,610 kürekçi ve 400 deniz piyadesi, Kibirreoton Theması filosu 5,710 kürekçi ve 1,000 deniz piyadesi, Samian filosu 3,980 kürekçi ve 600 deniz piyadesi ve son olarak Hellas Theması 2,000 kişilik bölümü aynı zamanda deniz piyadesi de olacak şekilde seçilmiş thema askerlerinden oluşan 2,300 kürekçiden oluşuyordu.

Aşağıdaki tablo, Warren T. Treadgold tarafından yapılan, Bizans donanmasının tüm tarihi boyunca kürekçilerinin miktarları hakkında tahminleri içerir:
Yaygın algının tersine, kürekçi olarak forsa kullanılmamıştır, ne Bizanslılar ne de Araplar ya da onların Romalı ve Yunan öncülleri de kullanmamışlardır. İmparatorluk var olduğu süre boyunca, Bizanslı mürettebatlar çoğunlukla özgür doğmuş düşük tabakadan insanlardan oluşurdu, bu insanlar yasal zorunluluk olan askeri hizmetlerine ("strateia") karşılık ödeme ya da toprak alırlardı. 10. yüzyılın ilk yarısında sonrakinin denizci ve askerler için değeri altın karşılığı hesaplanmıştı. Savaş esirleri ve yabancılar da diğer yandan kullanılırdı. ilo mürettebatının büyük kısmını oluşturan Merdeiler yanında, "Toulmatzoi" olarak bilinen esrarengiz grup (muhtemelen Dalmaçyalı) Girit seferlerinde görülürken birçok Ruslara, 10. yüzyılda gerçekleşen bir seri anlaşmalarda Bizans silahlı güçlerinde hizmet etme hakkı verilmiştir.

VII. Konstantin Porfirogennetos'un "De Ceremoniis" eserinde 911 ve 949 yıllarında Girit'e yapılan seferlerde kullanılan filoların listelerini vermiştir. Bu kaynaklar önemli bir tartışmayı başlatmıştır, yorumlara göre: böylece 949 yılında tüm İmparatorluk filosu için verilen sayılar Yunanca metinlerin okumalarına bağlı olarak 100, 150 ya da 350 gemi olarak yorumlanmaktadır. "Ousia" () terimini tam anlamı da ayrıca karışıklık konusudur: geleneksel olarak, 108 adamlık standart mürettebata karşılık gelir ve tek bir geminin güvertesinde bulunan mürettebattan fazladır. "De Ceremoniis" bağlamında diğer yandan en yalın haliyle "birlik" ya da " gemi" olarak da okunabilir. 150 sayısı başka yerlerde kaydedilmiş sayılar ile uyumludur ve birçok tarihçi tarafından kabul görmesine rağmen filonun oluşumu konusunda farklı düşünürler. Makrypoulias, 8 "pamphyloi", 100 "ousiakoi" ve 42 "dromōnes" sayılarını uygun bulur, sonraki iki imparatorluk gemisi ve 10 "Stenon" filotello gemisi içerir. Bu dönem Bizans donanmasının toplam büyüklüğü olarak, Warren Treadgold denizci themalar da dahil olmak üzere yaklaşık 240 savaş gemilik bir toplama ulaşmaktadır, 960-961 Girit seferinde bu rakam 307'e çıkmaktadır. Treadgold'a göre, sonraki rakam muhtemelen 9 ve 10. yüzyılda tüm Bizans donanmasının (daha küçük filotellolar da dahil) yaklaşık ayakta tutabileceği üst sınırı gösterir. Fakat kayda değerdir ki thema filolarında gemi sayısı ve onlara atanan insan gücünde 911 ve 949 yıllarında önemli bir düşüş vardır. Thema filolarının ağırlığını toplam donanma içinde üçde ikiden düşürmek kısmen daha ağır "dromōn" yerine daha hafif "ousiakos" kullanılması kısmen ise mali ve insan gücü zorluklarındadır. Bu ayrıca taşra filolarının tamamen ortadan kalktığı geç 11. yüzyıla kadar sürecek sürecek eğilimin de bir göstergesidir.

Denizci themalar, kara karşılıkları ile aynı şekilde yapılanmalarına rağmen, Bizans kaynaklarında tam rütbe yapısıyla ilgili bazı karışıklık mevcuttur. Amiral için kullanılan yaygın terim "stratēgos", kara "themata" yöneten general içinde kullanılırdı. "Stratēgos" altında, iki ya da üç "tourmarchai" (tekil "tourmarches", etkin olarak "Koramiral"). Onların arkasından bir grup "droungarioi" (tekil "droungarios", "Tümamiral" karşılığı) gelirdi. 9. yüzyılın ortalarına kadar, bağlı komutanları orijinal "Karabisianoi" filolarından ayrıldıkları için, Ege ve Sisam Themalarının valileri "droungarioi" olarak kaydedilmişlerdir, ancak sonra "stratēgos" rütbesine yükseltilmişlerdir. Thema amiralleri aynı zamanda kendi themalarının valileriydiler, themanın sivil idaresinde "prōtonotarios" ("baş seketer/noter") onlara yardım ederlerdi. Filo idaresinden sorumlu "chartoularios", kurmay başkanı olarak görev yapan "prōtomandatōr" ("şef haberci") ve amiralin korumasını yöneten "komēs tēs hetaireias" içeren bir grup kurmay "komētes" ("kontlar", tekil "komēs"), diğer kurmay subaylardır.
İmparatorluk filosu farklı bir durumdu, thema idaresine bağlı değildi fakat profesyonel merkezi yedek kuvveti olarak bir "tagmata" olarak kabul edilirdi. Sonuçta, İmparatorluk filosu komutanı "droungarios tou basilikou ploïmou" (later with the prefix "megas", "büyük") tanınır olarak kaldı. Komnenos döneminde de unvan vardı ancak imparatorluk eskort filosu komutanı olarak kullanılıyordu ve Paleologos dönemine kadar ayakta kaldı, 14. yüzyıl Pseudo-Kodinos'un "unvanlar kitabı" bu unvanı içerir. Yardımcının unvanı "topotērētēs" olarak adlandırılır ve İmparatorluk filosu için kullanılmıştır lakin kaynaklarda rolü çok açık değildir. Bu görevli Liman Amiral'in rolüne benzer bir görev yapıyor olabilir. Bu kıdemli görevlilerin bazıları profesyonel denizcilikten yükselmelerine rağmen, çoğu filo komutanı yüksel saray memurlarıydı, bu kişiler denizcilik deneyiminde profesyonel yardımcılarının deneyimlerine güvenirlerdi.

Organizasyonun alt kademelerinde, daha fazla benzerlik vardı: üç ya da beş gemilik filolar bir "komēs" ya da "droungarokomēs" tarafından komuta ediliyordu ve her geminin kaptanı "kentarchos" ("Centurio") olarak isimlendirilirken, literatür kaynakları "nauarchos" ya da hatta "triērarchos" gibi daha eski terimleri de kullanırdı. Her geminin mürettebatı, geminin büyüklüğüne bağlı olarak, birle üç arası "ousiai"den oluşurdu. Kaptanın altında ikinci kaptan olarak hareket eden bir "bandophoros" ("sancak taşıyan"), iki "prōtokaraboi" (tekil "prōtokarabos", "geminin başı"), bazen eski kullanım olarak "kybernētes" ve pruva subayı, "prōreus" bulunurdu. Her iki tarafta kürekçilerin başında, kıçta kürekleri yönlendiren "Prōtokaraboi" (dümenciler) vardı. Bu ikilinin kıdemlisi "ilk "prōtokarabos"" ("prōtos prōtokarabos") idi. Gerçek hayatta, muhtemelen her gemide bu görevlilerden, vardiya usulü çalışılmasından dolayı birçok tane vardı. Bu subayların çoğu, aşamalardan geçerek yükselirlerdi ve "De Administrando Imperio" kitabında birinci kürekçilikten ("prōtelatai") imparatotluk mavnasına "prōtokaraboi" olarak yükselmiş atıflar mevcuttur ve sonra daha yüksek makamlara çıkanlar da vardır; İmparator Romanos Lekapenos en başarılı örnektir. Güvertede ayrıca birçok uzman da vardı ki pruvada iki kürekçi, Rum ateşini atan tüpleri ("sifōn") çalıştıran "siphōnatores" bunlardan bazılarıdır. Emirleri kürekçilere ("kōpēlatai" ya da "elatai") taşıyan bir "boukinatōr" ("borazancı"/"Tellal") kaynaklarda ayrıca kaydedilmiştir. Deniz piyadeleri nizami ordu birlikleri olarak kuruldukları için, rütbeleri ordu karşılıklarını izler.

Donanmanın 11. yüzyılda düşüşünden sonra, I. Aleksios donanamayı farklı bir çizgide yeniden inşa etti. Thema filolar tamamen ortadan kalktığı için, onlardan arta kalanlar "megas doux" ismiyle oluşturulan yeni komutanın emrinde birleşik imparatorluk filosu altında bir araya getirildi. İmparatorun kayınbiraderi İoannis Dukas bu göre gelmiş ilk kişi olarak kabul edilir, yaklaşık 1092 yılında bu unvanı almıştır. Deniz kuvvetinin komutanı, filonun "megas droungarios"u, bu yeni makama bağlanarak, baş yardımcısı oldu. "Megas doux" ayrıca filo sağlayan bölgelere ("oria") bölünmüş eski Hellas ve Mora themalarının bir araya gelmesiyle oluşan Güney Yunanistan'ın tamamının valisi olarak görevlendirildi. II. İoannis'in hükümdarlığında, Ege adaları ayrıca bakım, mürettebat ile savaş gemilerinin hazırlığından sorumluydular ve dönemin kaynakları Manuil'in büyük filosundan büyük bir kıvanç ile mürettebatın "yerli Romalılar" ile oluşturulduğunu bahsetmelerine rağmen müttefik filo ve paralı asker kullanımı devam ediyordu. Fakat filonun özel olarak inşa edilmesi ve Konstantinopolis etrafında konuşlanması ile vilayet filolarının yeniden ya