yenmesini bekleyecek; ayrıca maçlar bu şekilde sonuçlanırsa play-off çeyrek turunda Beşiktaş-Galatasaray eşleşecekti. Galatasaray İTÜ'yü 88-87, Beşiktaş da uzun süre geride götürdüğü maçta Fenerbahçe'yi 73-65 yendi. Bu sonuçla Fenerbahçe play-off dışı kalırken, lider Beşiktaş ile sekizinci Galatasaray eşleşti. Bu seri de ilginç olaylara sahne oldu. İlk maçta Beşiktaşlı Michael Bullock ile Galatasaraylı Mehmet Ali Tlabar kavga edince ikişer maç men cezası aldılar ve Beşiktaş üç yabancılı Galatasaray karşısında ilk maçın son dakikalarını ve son iki maçı yabancısız oynamak zorunda kaldı ve 2-1'lik sonuçla elendi. Amerikalı oyuncusuna teknik faul verilmeden atılmasını ve iki maç ceza verilmesini eleştiren Beşiktaş bir sonraki sezon küçülmeye gitti ve sezon sonunda küme düştü.

Galatasaray'ın Fenerbahçe'ye belirgin bir üstünlük sağladığı bu dönemin sonunda galibiyet sayılarında Galatasaray 74-51 öndeydi.

1980'li yıllarda istikrarlı bir kadroya sahip olan Galatasaray 1987'den sonra türlü nedenlerle tökezledi. Sözkonusu yıl Türkiye Basketbol Federasyonu yabancı ve çifte vatandaş basketbolcular konusunda 9+1 kuralını yürürlüğe koydu. Bu kurala göre takımlar kadrolarında bir tane "altyapısını Türkiye'de almamış" basketbolcu bulundurabiliyorlardı . Bu düzenlemeyle sonradan Türk yapılmış basketbolcular da bir anda yabancı statüsüne düşüverdiler. Birkaç sezondur üç yabancıyla oynayan Galatasaray bu avantajını kaybettiği gibi, transfer ettiği tek yabancısı Antony Hackett'tan da beklediği verimi alamadı. Buna ilaveten, istikrarlı kadrosuna rağmen her yıl antrenör değiştiren sarı-kırmızılı takım 1987-88 sezonunda da geleneği bozmayarak Fenerbahçe'nin iki yıl önce Dennis Parryman ile yaptığı gibi Jack Avina adlı bir Amerikalı antrenör ile anlaştı, ancak bu antrenörden de beklediği performansı göremedi. Buna karşılık Fenerbahçe ise NBA takımı Denver Nuggets'ta forma giymiş Pete Williams ile başarılı bir transfer gerçekleştirdi. 27 Eylül 1987 tarihinde Fenerbahçe Ankara'da düzenlenen Osman Erverdi Turnuvası'nda yabancısız oynamasına rağmen Galatasaray'ı 72-70 yenerken hem turnuva şampiyonu oldu hem de Galatasaray'ın ezeli rekabetteki sekiz maçlık galibiyet serisini sonlandırdı. Sezon sonunda ise rakibini yine Ankara'da bu defa Beden Terbiyesi Genel Müdürlüğü Kupası'nda 78-75 mağlup ederek bu kupayı ilk kez müzesine taşıdı. Bu sezondan itibaren yaklaşık çeyrek yüzyıl süresince galibiyet ibresi Fenerbahçe'den yana seyretti.

1989-90 sezonu Fenerbahçe ligi lider bitirmesine rağmen yarı finalde Paşabahçe'ye elenince şampiyonluğu Galatasaray'a kaptırdı. Ancak sezon sonunda 26 Mayıs 1990 tarihinde rakibini Cumhurbaşkanlığı Kupası'nda 95-86 yenen sarı-lacivertliler hem şampiyonluğun kaybını telafi ettiler, hem de 5 yıl önceki maçın rövanşını almış oldular. Bu maçta takımlar şu kadrolarıyla mücadele ettiler:

1990-91 sezonunda Fenerbahçe Türkiye Ligi'ndeki ilk şampiyonluğunu kazanırken ve 10 hazırlık maçı ile 14 lig maçında hiç yenilmemişken ilk mağlubiyetini 12 Ocak 1991 tarihinde Galatasaray'a karşı 98-83'lük skorla alması ezeli rekabetin ilginç anlarından biri oldu. Esasen bu durum daha sonraki sezonlarda da birkaç kez tekrarlandı. Nitekim, Galatasaray giderek güçten düşüp 1990'lı yıllar boyunca orta sıra takımı olurken, Fenerbahçe güçlü kadrolarıyla 1999 yılına kadar Efes Pilsen, Ülkerspor, Tofaş SAS ve Türk Telekom gibi müessese takımlarına kafa tutan tek kulüp takımı oldu. 1999-2000 sezonuna kadar Galatasaray Fenerbahçe'yi lig sıralamasında hiç geçemedi, ancak Fenerbahçe'nin Dream Team olarak adlandırılan 1993-94 sezonu kadrosunu ligde 88-80, yine Fenerbahçe'nin NBA yıldızlarıyla takviye ettiği 1998-99 sezonu kadrosunu 78-71 yenerek zaman zaman sürpriz sonuçlara imza attı.

1999-2003 arasında Fenerbahçe'nin erkek basketboluna yatırımı kısmasıyla galibiyetlerde kısa bir süreliğine denge kurulduysa da, 2003 yılından sonra Galatasaray'ın amatör şubelerinde gözlemlenen genel çöküş hali ezeli rekabetin rengini yine sarı-laciverte boyadı. Bu dönemin kaydadeğer gelişmelerinden bir tanesi 2002-03 sezonunda iki ezeli rakibin Beşiktaş ile ittifak halinde hareket ederek müessese kulüplerinin yarattığı haksız rekabete karşı ligi boykot etme kararı almalarıydı . 2001 Ekonomik Krizi ile sarsılmış olan üç büyükler kararı hayata geçirmedilerse de bütçelerini daralttılar, kadrolarını gençleştirdiler.

Büyük çöküşü bir sezon erteleyebilen Galatasaray 2003-04 sezonunda 1 galibiyet farkla küme düşmekten son anda kurtuldu; 2004-05 sezonunda ise kulübün 100. yılında sarı-kırmızılılar küme düşme hattında yeraldılar, ancak play-out karşılaşmaları sonucunda kümede kalmayı başardılar. Kadın takımı ise aynı şansı yakalayamadı ve son maçta hem de Fenerbahçe'ye yenilerek küme düştü. Bu dönemde Fenerbahçe 2004 yılında takımın antrenörlüğüne 1996'da Efes Pilsen'i Koraç Kupası şampiyonluğuna ulusal takımı ise 2001'de Avrupa ikinciliğine ulaştırmış olan Aydın Örs'ü getirdi ve basketbolda yeniden yapılanma başlattı. Bu yeniden yapılanma 2006 yılında Ülkerspor'la birleşme sonucu yeni bir hamleye sahne oldu ve Fenerbahçe 16 yıl aradan sonra Türkiye Ligi şampiyonluğuna ulaştı. Kulübün 100. yılında futbol, basketbol ve voleybolda kadınlarda ve erkeklerde Galatasaray'a karşı oynanan 16 maçın tamamını Fenerbahçe kazanırken; 4 galibiyet de erkek basketboldan gelmişti. 9 Nisan 2005'te rakibini deplasmanda 90-63 yenen Fenerbahçe, 18 Mart 2007'de yine deplasmanda 91-57 yenerken rakibine karşı tarihinin en farklı galibiyetini alıyordu.

Fenerbahçe 2006-07 sezonundan sonra 2007-08 ve 2009-10 sezonlarında da şampiyon oldu. Galatasaray ise 2005 yılında Ülker ile yaptığı sponsorluk anlaşması sonucu isminin önüne Cafe Crown markasını alarak yeniden orta sıralara geri döndü. Buna rağmen 2009-10 sezonunda basketbol şube sorumlularının yolaçtığı Cemal Nalga skandalı nedeniyle beş maçta hükmen yenik sayılması ve puan silinme czası nedeniyle 2004 ve 2005 yıllarından sonra bir kez daha küme düşme tehlikesiyle karşı karşıya kaldıysa da son maçlarda durumunu kurtardı. Galatasaray'ın 20-0 hükmen yenik sayıldığı maçlardan biri de Fenerbahçe karşılaşmasıydı. Fenerbahçe Ülker sezonu çifte kupayla kapattı. Fenerbahçe 1987-88 sezonundan 2009-10 sezonuna kadar rakibinin 24 galibiyetine karşı 43 galibiyet aldı. Yeniden kıyasıya rekabetin başladığı 2010-11 sezonunun başlangıcında galibiyet sayılarında Galatasaray'ın 98-94'lük üstünlüğü vardı.

2010-11 sezonu basketbolda Fenerbahçe-Galatasaray rekabetinin geri geldiği dönem oldu. Fenerbahçe, Ülker ortaklığıyla 2010-11 sezonunda da bir önceki sezon olduğu gibi hem Türkiye Ligi'nde hem de Türkiye Kupası'nda şampiyon olurken lig finalinde Galatasaray'ı 4-2 ile geride bıraktı ve 1984-85 sezonunun rövanşını aldı. 11 Şubat 2011'de Kayseri'de rakibini Türkiye Kupası yarı finalinde eleyen sarı-lacivertiler 17 Haziran 2011'de de rakibinin salonunda lig şampiyonluğunu kutladı. 9 Haziran 2011'de Galatasaray finalin üçüncü maçında Fenerbahçe'yi uzatmada 97-93 yenerken ezeli rekabette 100. galibiyetini aldı. Fenerbahçe'nin şampiyonluğunu ilan ettiği altıncı maçta ise sarı-lacivertliler 100. galibiyetlerine ulaştılar.

2011 yılında Medical Park ile sponsorluk sözleşmesi imzalayarak daha büyük yatırım yapan Galatasaray Futboldaki şike soruşturması nedeniyle 2011-12 sezonuna sıkıntılı giren Fenerbahçe Ülker'i Cumhurbaşkanlığı Kupası'nda uzatmada 103-97 yendi. Ancak, ligi lider bitiren Galatasaray play-off yarı finalinde o sezon dört kupa kazanan Beşiktaş'a elendi. Bu sonuçla Beşiktaş da Galatasaray'a karşı 1986-87 sezonunun rövanşını almış oldu. Galatasaray Medical Park özlediği Türkiye Ligi şampiyonluğuna 23 yıl sonra 2012-13 sezonunda kavuştu. Ancak bir anlamda sevinci yarım kaldı, zira o sezonun Türkiye Kupası'nı Eskişehir'de 10 Şubat 2013 tairihnde oynanan finalde 63-57'lik sonuçla Fenerbahçe Ülker'e kaptırdı; müteakip sezonun başında da 9 Ekim 2013'te Samsun'da oynanan maçta bu defa Cumhurbaşkanlığı Kupası'nda Fenerbahçe Ülker'e mağlup oldu.

2013-14 sezonu ezeli rekabette üzücü gelişmelere sahne oldu. Esasen iki kulüp arasında futboldaki şike soruşturması nedeniyle artan gerginlik, 6 Nisan 2014 tarihinde Türk Telekom Arena'da oynanan Türkiye Futbol Ligi karşılaşmasında artmış, Kadınlar Basketbol Ligi'nin finalinde yine Galatasaray'ın evsahipliğindeki maçtaki olaylar ve Fenerbahçeli yönetici Mahmut Uslu'nun Galatasaraylı taraftarlarca yumruklanması sonucu iyice alevlenmişti. Erkekler Basketbol Ligi'nde de iki takım final oynarken, yine Galatasaray'ın evsahipliğindeki dördüncü maçta çıkan olaylar nedeniyle sarı-kırmızılı takım kendi sahasındaki bir sonraki maçı seyircisiz oynama cezasına çarptırıldı. Buna karşılık Fenerbahçe'nin sahasındaki beşinci maçtaki olaylar sonucu Fenerbahçe'ye sadece para cezası verilmesini protesto eden Galatasaray durum 3-3 iken son maça çıkmama kararı aldı ve 4-3'lük skorla Fenerbahçe şampiyon oldu.

3 Haziran 2014 tarihinde Fenerbahçe'nin 89-70 kazandığı finalin ilk maçında iki takımın galibiyet sayıları ilk kez 106-106 olarak eşitlendi; Fenerbahçe'nin son beş dakikada sekiz sayı geriden gelerek 74-73 kazandığı ikinci maçta ise 69 yıllık ezeli rekabette Fenerbahçe galibiyet sayısında ilk kez öne geçti. Final sonuçlandığında iki takımın galibiyet sayıları 109-109 eşitlenmiş oldu.

2014-15 sezonunda iki takım arasındaki karşılaşmalar daha az gergin bir ortamda oynandı. O sezon Galatasaray Liv Hospital tarihinde ilk kez Euroleague'de Final Four oynayan Fenerbahçe Ülker'i ligde maddi sıkıntılardan dolayı sahada sadece altı oyuncuya yer verebilmesine rağmen 92-88 yenerek kaydadeğer bir sonuca imza attı. Buna karşılık sarı-lacivertliler de play-off çeyrek finalinde eşleştikleri ezeli rakiplerini bir kez daha eleyerek rövanşı almış oldular. 2015-16 sezonunda da iki ekip bu kez yarı finalde eşleşirken sarı-lacivertliler rakiplerini bu eşleşmede de saf dışı bıraktı (bu sonuçla son 8 play-off eşleşmesinin 7'sinde Fenerbahçe üstün taraf oluyordu). Bu turun 31 Mayıs 2016 tarihli ve Galatasaray Odeabank'ın ev sahipliğindeki dördüncü maçı, b