arının ardından dönemin voleybol şampiyonu Fenerbahçe de İstanbul'un büyük takımları Beşiktaş, Galatasaray ve İstanbulspor ile birlikte bir basketbol takımı kurmayı taahhüt etmiştir. Fenerbahçe, çekilen fikstürde yeralmasına rağmen, takım kuramadığı için lige katılmamıştır .

Galatasaray 1934 yılında İstanbul Erkekler Basketbol Ligi'nde ilk şampiyonluğunu kazanıp sonraki yıllarda önce İstanbul'un sonra da Türkiye'nin en güçlü basketbol takımı haline gelirken, Fenerbahçe yönetim kurulunda faaliyetlerin futbola yoğunlaştırılmasını savunanların kulüp tarihinde ilk ve son kez baskın çıkmaları nedeniyle sarı-lacivertli kulüp 1936 yılından itibaren faaliyet alanını futbol, atletizm, tenis ve kürekle sınırlandırdı.

İkinci Dünya Savaşı'nın (1939-1945) Türkiye'nin ekonomisine getirdiği sıkıntılar spor faaliyetlerinin de alabildiğine daralmasına neden olmuş, İstanbul Erkekler Basketbol Ligi de zaman zaman oynanamamıştır. Bu kesintilere rağmen Galatasaray basketboldaki varlığını korurken, Fenerbahçe de iki idealist Muhtar Sencer ve Cem Atabeyoğlu'nun önderliğinde basketbol takımını 1944 Kasım ayında bu defa kalıcı olarak kurdu.

Eski adı Barkhoba olan ve daha sonra Galata Gençlik Kulübü adını alan İstanbul musevilerinin takımının as oyuncularını da bünyesine katarak tarihte ilk kez 1944-45 sezonunda İstanbul İkinci Basketbol Ligi'nde mücadelesine başlayan Fenerbahçe 1945-46 sezonunda bu ligde şampiyon olarak 1946-47 sezonundan itibaren İstanbul Erkekler Basketbol Ligi'nde mücadele etmeye başladı.

1911'den itibaren iki kulüp bünyesinde basketbol çeşitli tarihlerde olmasına rağmen Türk sporunun iki ezeli rakibi Fenerbahçe ve Galatasaray 1945 yılına kadar hiç karşı karşıya gelemediler.

Türk sporunun ezeli rakipleri Fenerbahçe ile Galatasaray 1945 tarihine kadar futbolun haricinde, çim hokeyi, voleybol, hentbol, sutopu ve atletizm'de ikili müsabakalarda karşı karşıya gelmişler; ayrıca boks, kürek, yüzme, yelken, atlama, bisiklet sporlarında çeşitli şampiyona ve turnuvalarda kozlarını paylaşmışlardır. Basketboldaki ilk karşılaşma ise 21 Ocak 1945 tarihinde Teşvik Turnuvası vesilesiyle gerçekleşmiştir.

Bu dönemde Beden Terbiyesi ve Genel Müdürlüğü'ne bağlı ulusal federasyonlar çeşitli sporlarda "Türkiye Şampiyonası" gibi ulusal turnuvaları düzenlerken, Genel Müdürlüğe bağlı il bölge müdürlükleri (ajanlıkları) da yerel lig ya da şampiyonaları tertip ederdi. İstanbul Basketbol Bölge Müdürlüğü 1940'lı yıllardan itibaren İstanbul Erkekler Basketbol Ligi'nden önce takımları hazırlamak amacıyla tüm liglerdeki kulüplerin katılımıyla teşvik turnuvası düzenlerdi (bu turnuvalar basketbol ve voleybolda Türkiye Ligi başlayana kadar ve masatenisinde ise 1990'lı yıllara kadar düzenli olarak yapıldı).

1944 Kasım ayında kurulan Fenerbahçe basketbol takımı 1944-45 sezonunun Teşvik Turnuvası'nda karşısında ilk turda güçlü Galatasaray'ı buldu. İki takım ilk maçlarını şu kadrolarıyla oynadılar:

Eminönü Halkevi Spor Salonu'nda oynanan maç 48-15 Galatasaray'ın galibiyetiyle bitti. Galatasaray basketbolunun öncülerinden Turgut Atakol ve Fenerbahçe'nin basketbol şubesi kurucularından Cem Atabeyoğlu karşılaşma sonrası birbirlerini tebrik ederken, basketbol sporunda da ezeli rekabetin başlamasını da kutladılar.

1945-46 sezonunda Fenerbahçe İstanbul 2. Lig şampiyonu olup 1946-47 sezonundan itibaren 1. Ligde mücadele etmeye hak kazanınca iki takımın karşılaşmaları düzenli bir hal aldı. Bu sezon 26 Ocak 1947 tarihinde ilk kez İstanbul Ligi'nde karşı karşıya gelen ezeli rakiplerden gülen taraf bu defa 38-32'lik sonuçla yine Galatasaray olduysa da; Fenerbahçe hem aradaki farkı kapadığını gösterdi hem de Galatasaray'ı sürpriz bir şekilde mağlup eden dönemin güçlü takımı (1943-44 sezonunun şampiyonu) Kurtuluş'u 9 Şubat 1947 tarihinde 36-29 yenerek Galatasaray'ın averajla şampiyon olmasını da sağladı.

Buna rağmen basketbolda tarihinin en parlak dönemini yaşayan Galatasaray (sarı-kırmızılı takım 1945'ten 1954'e kadar 10 kez üst üste İstanbul, 1947-1950 arasında dört kez üst üste Türkiye şampiyonu olmuş ve Yenilmez Armada lakabını almıştı), rakibine ilk 13 karşılaşmada şans tanımadı. 1951 ve 1952 yıllarında oynanan üç maçta Galatasaray rakibini 58-55, 56-54 ve 35-34 gibi az farklarla mağlup ederken, ezeli rekabetteki en farklı sonuç da bu döneme denk geldi. 15 Ocak 1950 günü İTÜ Salonu’nda yapılan lig maçında Galatasaray Fenerbahçe'yi 105-39 yenerken ezeli rekabetin en farklı sonucuna imza attı. Büyük maddi sıkıntılar içindeki sarı-lacivertli takım çoğu millî oyunculardan oluşan tam kadro Galatasaray'ın karşısına beş kişiyle çıkabilmiş, beş faul gören oyuncuları nedeniyle, 16. dakikadan itibaren 4, 26. dakikadan itibaren 3 kişiyle mücadele vermek zorunda kalmıştı. Sözkonusu maçın öyküsü ünlü spor tarihçisi Cem Atabeyoğlu'nun Fenerbahçe Basketbol takımının 50. kuruluş yıldönümü vesilesiyle 1994 yılında kaleme aldığı kitapta şu şekilde özetlenir:
"Bu maçta “Yenilmez Armada”nın o ünlü ve güçlü “Ali Uras, Hüseyin Öztürk, Erdoğan Partener, Yalçın Granit, Yılmaz Gündüz, Ayhan Öz ve Ertem Göreç’ten kurulu kadrosunun karşısına Fenerbahçe, sadece beş oyuncudan (Ayduk Koray, Enir Günşar, Affan Başak, David Filiba, Silvio Guerson) kurulu bir takımla çıkmak zorunda kalmıştı. Sakatlıklar ve hastalıklar yüzünden altıncı adamı bulup yedek sırasına oturtamamıştık."

"Affan, daha ilk yarı sonuçlanmadan faul sayısını doldurup safdışı kalmıştı. Oyuna dört kişiyle devam eden Fenerbahçe, ikinci yarının altıncı dakikasında da Filiba’nın faullerini doldurup çıkmasıyla son 14 dakikayı 3 kişiyle oynamak zorunda kalmıştı. Sahadaki 3 Fenerbahçeli, Ayduk Koray, Enis Günşar ve Silvio Guerson, o güçlü rakip karşısında haysiyet dolu, ölümüne mücadele vermişlerdi. Fakat onların beşe karşı üç olarak verdikleri bu amansız mücadele, ağır yenilgiyi önleyememişti. Son nefesine kadar amansız bir savaş verilmiş, ancak kale düşmüştü.".

4 Şubat 1951 tarihli Fenerbahçe-Galatasaray Lig maçı ise Fenerbahçe tarihi açısından önemli bir dönüm noktasıdır. Bu tarihlerde, Fenerbahçe Yönetim Kurulu'ndaki bazı yöneticiler basketbolu bütçede israf yaratan bir faaliyet olarak görürken, Galatasaray'a galibiyetler sunan bir şube olarak algılıyor; takımın Modaspor'a devrini tezekkür ediyorlardı . Galatasaray maçı 56-54 kazanırken, Fenerbahçe basketbol takımı da çıkardığı oyunla içerideki eleştirileri susturuyor ve "Şubenin kapatılması ve takımın olduğu gibi Modaspor’a devredilmesi" konusu Yönetim Kurulu Toplantılarında bir daha gündeme getirilmiyordu.

İkinci Dünya Savaşı sırasında ve ardından geçen yıllarda yaşanan ekonomik darboğaz nedeniyle A takımına gerekli tahsisatı ayıramayan Fenerbahçe, 1952-53 sezonunda futbol takımının İstanbul Profesyonel Ligi'nde kazandığı namağlup şampiyonluğun getirdiği ekonomik ferahlama sonucunda basketbola ayırdığı bütçeyi 2.250 TL'den 14 bin TL'ye çıkarınca başta Altan Dinçer gibi skorer bir yıldızın da transferiyle güçlü bir kadro kurabilmeyi başardı. 27 Mart 1954 tarihinde 1945 yılından beri İstanbul şampiyonluğunu elinde tutan ve Yenilmez Armada olarak adlandırılan Galatasaray'ı lig maçında 71-61 mağlup eden Fenerbahçe, potalardaki üstünlüğün ezeli rakibinden kendine geçtiğini ilan etti.

Bu maçta takımların kadroları ve oyuncuların attıkları sayılar şu şekildedir:

Fenerbahçe İstanbul Ligi'nde aldığı galibiyetin rastlantısal olmadığını ezeli rakibini 5 Mayıs 1954 tarihinde bu defa Türkiye Şampiyonası'nda 60-55 yenerek kanıtladı. İzdiham yaratan ve "davullu zurnalı maç" olarak adlandırılan bu maçtaki galibiyet Fenerbahçe'yi mutlu etmedi, zira Galatasaray'ın son 2 saniye kala attığı basket Fenerbahçe yerine Modaspor'u şampiyon yaptı. Ertesi sezon Fenerbahçe işini şansa bırakmadı ve Galatasaray'ın İstanbul Ligi'ndeki on yıllık şampiyonluk serisini sonlandırarak tarihinde ilk kez şampiyon oldu. Fenerbahçe'nin de rekabete dahil olması Türk basketboluna da büyük heyecan ve ilgi getirdi. Nitekim, 1954-55 sezonundan itibaren İstanbul Erkekler Basketbol Ligi maçları 1.000 kişilik İTÜ salonu yerine 5.000 kişilik Spor ve Sergi Sarayı'nda oynanmaya başlanırken, Fenerbahçe'nin Galatasaray'ı 55-47 yenerek ilk şampiyonluğunu ilan ettiği 5 Şubat 1955 tarihli maç Türkiye'de radyoda naklen yayınlanan ilk basketbol karşılaşması oldu.

1956 Nisan ayına kadar sekiz maçın yedisini Fenerbahçe kazanırken, bu dönemde Galatasaray'ın aldığı tek galibiyet ise ezeli rekabetin tarihine geçen maçlardan birine sahne oldu. 25 Nisan 1955 tarihinde Türkiye Şampiyonası'nda tüm maçlarını kazanarak son maçta tek mağlubiyetli Galatasaray'ın karşısına şampiyonluk için çıkan Fenerbahçe rakibine karşı 40-27 gerideyken maçın bitimine 40 saniye kala sahadan çekildi. Fenerbahçe'nin 2-0'lık skorla tescil edilecek hükmen yenilgisi Modaspor'u şampiyon yapacakken, Fenerbahçe'nin sahadan kasten çekilerek bu şekilde Galatasaray yerine Modaspor'u şampiyon yapmayı hedeflediği öne sürülerek Federasyon Başkanı Faik Gökay tarafından Galatasaray da şampiyon ilan edildi. Esasen şampiyona öncesinde Fenerbahçe ile Federasyon arasında maç hasılatları konusunda gerginlik başlamıştı. Fenerbahçe Genel Kaptanı Hayrullah Güvenir 1954 Türkiye Şampiyonası'nda Fenerbahçe'nin de katılımının getirdiği ilginin Federasyonun 18 bin TL net hasılat elde etmesini sağladığını ancak bundan Fenerbahçe'ye hiçbir pay verilmediği öne sürerek benzer bir durum olacaksa 1955 şampiyonasına Fenerbahçe'nin katılmayacağını ilan etti. Bu sorun aşılsa da bu defa bununla bağlantılı ikinci bir sorun ortaya çıktı. Bir devreli yapılacak müsabakaların fikstürünün kura ile belirlenmesi gerekirken, Federasyon Başkanı Faik Gökay, şampiyonadan 3 gün önce hasılatın artırılması düşüncesiyle Fenerbahçe'ye fikstürün kura ile değil tertip suretiyle düzenlenmesini ve Fenerbahçe-Galatasaray maçının son güne bırakılmasını teklif etti. Fenerbahçe camiasının görüş açısına göre bu şekil Fenerbahçe’nin aleyhine idi, zira Fenerbahçe Galatasaray'a oranla daha yaşlı sporculardan oluştuğundan üst üste ve aralıksız 4 maçtan sonra ezeli rakibinin karşısına dezavantajlı çıkmış olacaktı.