deriye'ye çekildi ve İskenderiye halkı tarafından çok iyi karşılandı. Yeni Fâtımîler Hâlifeliği'nin ordusuyla Şavar ve Avrupa'dan yeni gelen Haçlılarla ve Haçlı donanmasıyla takviye edilen Haçlı ordusu çok geçmeden İskenderiye'yi kuşatmaya aldılar. Bu kuşatma Suriye ordusu ve İskenderiye halkına büyük zorluklar yarattı. Bunu üzerine Sirkuh Suriye ordusunun büyük bir kısmını yeğeni Selahhdin Eyyubi emirine bıraktı ve küçük ama seçkin bir süvari birliği başında kuşatmayı yardı ve Yukarı Mısır'a gitmeye başladı. Yukarı Mısır'da köylüleri Şavar ve Fâtımîler Hâlifeliği aleyhinde ayaklandırıp birliğini yeni askerlerle takviye ederek kuşatıcı ordu arkasından güneyden yeni bir cephe açtı. Haçlı Ordusu komutanı I. Amalrik ülkesine kuzeyden Suriye'den Kudüs'e mümkün hücumdan korkmaktaydı ve Kudüs'e geri dönmeye hazırdı. Sirkuh bir elçi göndererek üç sene önce olduğu gibi her iki dışarıdan gelen ordunun da Mısır'dan çekilmesini teklif edince bu bir anlaşmaya neden oldu. Haçlılar ve Fâtımîler İskenderiye kuşatmasını kaldırdı ve Suriye ordusu başlarında Selahaddin bir törenle İskenderiye'den ayrıldı. Ağustos 1167'de Haçlı ordusu Kudüs'e ve Sirkuh'un Suriye ordusu da Şam'a eski güzergahlarını takip ederek geri çekildiler

Amalrik, Fâtımîler Hâlifeliği'nin veziri Şavar ile müttefiklik anlaşması yaptığında bu anlaşmanın şartlarına uyulmasının kontrolü için bazı özel şartlar kabul edilmişti. Bunlara uygun olarak Amalrik Kahire'de bir Haçlı birliği geride bırakmıştı. Bu birliğin baş görevi Kahire kalesi kapısında muhafızlık ederek bu şehre girenleri kontrol etmek idi. Diğer önemli görevi ise Fâtımîler vezir Şavar'in Kutsal Kudüs Krallığı'na vermeyi taahhüt ettiği 100.000 dinar yıllık tazminatın ödenebilmesi için Mısır halkından vergi toplanması için gönderilen Kutsal Kudüs Krallığı'na bağlı vergi memurlarını korumaktı. Mısır halkı yabancı vergi memurlarına yüksek vergiler vermekten ve ülkelerinde devamlı olarak yabancı Haçlı askerinin bulunmasından çok şikayetçi idi ve buna karşı reaksiyon gittikçe güçlenmeye başlamıştı.

Halk arasında bu hoşnutsuzluk Fâtımîler Hâlifeliği sarayı ve idareci çevrelerine de yayılmıştı. Herkese çok büyük yük olan Hristiyan haçlı müttefikle yerine Müslüman Nureddin Zengi'nin gelmesi tercih edilir bir alternatif olarak görülmeye başlandı. Halep'de olan Nureddin'e Fâtımî saraylılar ve idarecilerinden birçok mektup, temsilci ve heyet gelmeye başladı.

Amalrik ise tecavüzkar olarak yeni bir Haçlı ordusu kurdu ve dördüncü bir defa bir daha Mısır seferi açarak. Ekim 1168'de Kral Amalrik yeni bir Haçlı şövalyeler ordusu ile Mısır'a girdi. Bilhays kalesine yöneldi ve kaleyi eline geçirdi. Hiçbir açık sebep olmadan yeni Haçlı ordusu büyük bir katliama girişerek kale savunucularını ve şehirde yaşayan erkek, kadın, çocuk ayrımı yapmadan ve Müslüman ve Koptik mezhepli Hristiyan farkını hiçe sayarak Mısırlı sivil halkı tümüyle öldürdüler. Bu büyük katliam haberi Mısır'a hemen yayıldı ve Haçlılara karşı büyük bir aksi reaksiyon ortaya çıktı. Bilhays'ta olanların haberleri yayılınca Kahireliler sonucu her ne olursa olsun Haçlılar ordusuna direnme göstermeye karar verdiler. Haçlılar ordusu Kahire'ye doğru ilerlerken Fâtımîler Hâlifeliği veziri Şavar Kahire'nin sivil halkının yaşadığı eski şehri yakıp harabeye döndürmeye ve Haçlılara yanmakta olan bir harebe bırakmaya karar verdi. Şehrin sivil halkı o zamana kadar sadece saray, hukûmet binaları, askeri kışlalar ve el-Ezher mederesesi bulunan Kahire kalesi surlarıyla çevrili yeni Kahire'ye çekildiler. Eski şehirdeki her türlü yapıya 20.000 küp kadar nafta döküldü ve bunlar ateşe verildi. Çıkarılan yangının 54 gün sürdüğü ve eski Kahire'nin yerle bir olduğu bildirilir. Şavar bu tedbiriyle Kral Amalrik'i bu Haçlı istila hareketinden vazgeçmeye zorlayabileceğini sanmaktaydı.

Fakat Şavar ve etrafındaki kliği Fâtımîler Hâlifeliği idarecilerinin ve saraylılarının desteğini kaybetmişti. Şavar aleyhinde olan Fâtımîler Hâlifeliği kliği Fâtımi halifesi ve Sultanı El-Âdıd li-Din-Allâh'ı de Savar aleyhine çevirebilmişdi. Halifesi Âdıd Halep'deki Nureddin Zengi'ye çok hissi bir mektup göndererek ondan yardım istedi. Bu mektupla birlikte halife birkaç tutam saç göndermişti; bunların kendi harem kadınlarının saçları olduğunu ve bunların kadınlarının kendilerini Frenklerin zulmünden kurtarmasını sağlamak için ona yalvarıp ondan yardım istediklerini gösterdiğini ifade etti. Nureddin Zengi, Sirkuh'a üçüncü defa bir Suriye ordusuyla Mısır'a gitmek için emir verdi. Amalrik olanlardan haberdardı. Kahire'nin kendine teslim edileceğine yakılıp harabeye döndürülmesinden çok etkilenmişti ve Mısır halkının Haçlılara devamlı karşı olacağını anlamıştı. Nureddin'in Suriye'den yeniden göndereceği ordu ile kuzeyden ve Şavar'in Fâtımîler Hâlifeliği'nin ordusu ile güneyden birlikte hücumlarına karşı koyamayacağını bilmekte olan Amalrik, bu nedenle 2 Ocak 1169'da Haçlı ordusuyla birlikte Mısır'dan çekilip Filistin'e geri dönüşe başladı. Sihruh ve Suriye ordusu hiç Haçlılar ile karşılaşmadan 8 Ocak 1169'da Kahire'ye girdi. Harabeye dönmüş şehirlerinde Kahireliler ve vezir Şavar dahil Fâtımîler Hâlifeliği idarecileri bu orduyu çok büyük bir tezahüratla kurtarıcı olarak karşıladılar. Şavar, son birkaç hafta Haçlılara karşı savaşmakla beraber, onları çağıran ve onlarla anlaşma yapan bir idareci olarak bilinmekteydi. Savar Hristiyan haçlı orduları ile müttefiklik yaptığı için, Fâtımi Hâlifesi Âdıd'in de kabulü ile, 18 Ocak'da yakalandı ve idam edildi. Bazı tarihler onun Selahaddin tarafından şahsen öldürüldüğünü açıklarlar. Yerine aynı gün Mısır'da Fâtımîler Hâlifeliği Veziri olarak Sirkuh atandı. Sirkuh, Savar'in vezirlik ikametgahına gittiği zaman evin bütün eşyalarının yağmalanmış olduğunu, üzerinde oturacak bir minder bile kalmadığını gördü.

Fakat Sirkuh da bu görevde iki ay kaldıktan sonra Sarayda zengin bir ziyafet yemeğinden sonra birdenbire bir kriz geçirip öldü. Sirkuh'un ölümünden sonra, Fâtımi Hâlifesi Âdıd'ın danışmanları ölen Sirkuh'un yerine genç yeğeni Selahaddin Yusuf'un vezir seçilmesini tavsiye ettiler. Buna bir neden de genç ve tecrübesiz bir idareci olacağı için halifenin ve danışman saraylıların yeniden iktidar gücünü kazanabilme ihtimali idi. Böylece Selahaddin Eyyubi henüz 31 yaşındayken Fâtımi Hâlifesi Âdıd tarafından "el-melik el-nasır" unvanı ile vezir tayin edildi ve Mısır'daki Suriye birliklerinin komutanı oldu.

Fakat Selahaddin şahsen iktidara hemen hakim oldu. Kendisine itaat etmeyeceği düşündüğü Fâtımîler saraylılar ve bürokratlarını işlerinden atıp onların yerine kendi adamlarını devlet idaresine yerleştirdi. Fâtımîler Hâlifeliği muhafız askerlerinin ortaya çıkardığı isyan hareketi Selahaddin'in kardeşi Adil tarafından çok sertçe bastırıldı. Elebaşları olan Nubiyalı muhafızların kışlası basılıp hepsi elimine edildi ve Fâtımîler Ermeni muhafızlarının kışlaları yakıldı.

Ekim 1169'da Kudüs Kralı Amalrik beşinci defa Mısır'ı istila seferine başladı. Bu istila planı için Bizans donanması desteği sağlanması kararı aldı. 10 Temmuz'da Bizans donanması Contostephanus komutası altında Konstantinopolis'den ayrıldı. Kudüs Kralı Amalrik komutasındaki Kudüs devleti Haçlı ordusu ise ancak Ekim'de Mısır'a girip Dimyat kalesine hücuma ve kaleyi kuşatmaya başladı. Nil Nehrine çekilen zencir yüzünden de Bizans donanması Dimyat önüne gecikerek geldi. Ayrıca mevsim geç olduğu için Bizans donanması için gereken yiyecek ıasesi sağlanamadı. Kudüs'den gelen Haçlı şövalyeler da bu levazım gereğini planlamadıkları için Bizanslılara iase yardımı vermekten çekindiler. Bizans donanması mensupları büyük bir yiyecek sıkıntısına girdiler. Böylece Hristiyan istilacıların iki tarafının arası daha da açıldı. Ayrıca Kudüs Haçlı ordusu komutanı Amalrik Bizans donanma komutanının taktik tavsiyelerine kulak asmamaya başladı. Özellikle Dimyat kalesine hemen büyük bir hücuma geçmekten kaçındı. Savunucuların Nil üzerinden gönderdikleri bir ateş gemisi Bizans donanmasına büyük zararlar vermekte iken donanmanın tümüyle yanması Amalrik'in aldığı tedbirlerle önlenebildi. Yağan yağmurlar kale önünü ve Haçlı ordugahını çamur alanına döndürmüştü. Kalenin savunucuları da çok iyi hazırlıklıydılar, iyi organize edilmişler ve iyi komuta edilmekteydiler. Aralık başında bu kuşatmanın hiç sonuç vermeyeceği iyice anlaşıldı.

Selahaddin ile Kudüs Haçlıları arasında barış müzakerelerinin başladığı bilinmektedir. Fakat zamanının tarihçileri müzakerelerin nasıl gelişip nasıl sonuçlar doğurduğu hakkında kesin gerçekleri bildirmemektedirler. Barış anlaşması hakkında da değişik kaynaklar farklı gerçekler vermektedirler. Bunun için günümüzde gerçekte yapılan barışın şartlarının neler olduğu bilinmemektedir. Ama bu barış şartlarına göre 13 Aralık 1169'da Haçlı ordusu kuşatma mancınıklarını yakarak Dimyat önünden ayrıldı ve Filistin'e fazla zayiat vermeden geri dönebildi. Bizans donanması ise Akdeniz'de kötü hava ve fırtına dolayısıyla çok büyük zayiat verdi ve donanma komutanı Contostephanus bile ancak Tarsus'a Kılıkya kıyısına çıkabildi ve karadan Konstantinopolis'e dönebildi.

Haziran 1171'de Selahaddin'in ismen tabi olduğu Nureddin Zengi ona Mısır'ın Şii İsmaili Fâtımi Hâlifesi Âdıd yönetimden ayrılıp sünni Abbasi halifesinin adına yöneltilmesini istediğini bildirdi. Selahaddin Şafii fakihi Necmeddin El-Habusanı'nın da fetvasını alarak bu değişmeyi sağlamak için iki ay planlar yaptı. Bu değişmeye Mısırlı yerliler özellikle Şii olanlar hiç sonuç vermeyen itirazlarda bulundular. Selahaddin itirazlarda bulunan birkaç Şii Mısır emirini öldürmek zorunda kadlı. Fakat Vezir olarak Selahaddain Fâtımi halifesi Âdıd'a verdiği raporda bunların ayaklanmacı oldukları için öldürüldüklerini bildirdi.

Tam o sirada Fâtımi halifesi Âdıd bir hastalık geçirmeye başladı. Bazı tarihçiler onun zehirlendiğini bildirmektedirler. Bu hastalığı sırasında Veziri Selahaddin'e kendisi ölürse genç olan çocuklarının hayatlarını koruması için yemin vermesini istedi. Fakat Selahaddin bunun bir politik tuzak olacağını ve Mısır'ın sünni olma planina bir set koayacağı