a çıktı. 1871 yılının (Meiji Dönemi, Sene:4), Ekim ayında, Miyako Adası'ndan Shuri(Okinawa)'ye "nengu" adı verilen yıllık vergiyi götüren Ryûkyû gemisi geri dönüş yolunda tayfun sebebiyle alabora olmuştur. Mürettebat; akıntının etkisiyle sürüklenmiş, Tayvan'ın güney bölgesinde karaya oturmuştur. Gemide devlet görevlileri, gemiciler ve mürettebattan oluşan toplam 69 kişi bulunmaktaydı. Karaya çıkan mürettebattan 66 kişi (3 kişi boğularak hayatını kaybetmiştir.) yerlilerden (günümüzün Tayvan aborjinleri, Paiwan Haklı) yardım istemişlerdir. Ancak, yerliler tarafından köye götürülüp esir edilmişlerdir.

Kazâzedeler, yerlilerle bir anlaşmaya varamamış ve Aralık'ın 17'sinde köyden kaçmışlardır. Yerliler, kaçanları düşman olarak görmüş ve birer birer ortadan kaldırmak suretiyle, toplamda 54 kişiyi öldürmüşlerdir (Mudan Olayı, 1871). Çinli göçmenler, hayatta kalan 12 kişiye yardım etmiştir. Bu kişiler, Tayvan Vilayeti'nin gözetimi altında, Fujian'ın Fuzhou şehri üzerinden, Miyako Adası'na gönderilmiştir. Meiji Hükümeti, Qing (Manchu) Hanedanlığı'ndan tazminat talep etmesine rağmen; Qing Hanedanlığı hakimiyet alanı dışında kaldığı gerekçesiyle bu talebi reddetmiştir.Ertesi yıl, 1872'de (Meiji Dönemi, sene:5), Ryukyu Adası'nı kontrolünde bulunduran Kagoshima Vilayeti müsteşarı Ōyama Tsunayoshi Japon Hükümeti adına sorumluluğu üstlenerek birlik göndermeyi teklif etmiştir. 1873'te, Bitchū Vilayeti Asakuchi Bölgesi Kashiwa Adası'na (Günümüzde Okayama Vilayeti, Kurashiki İlçesi) ait bir gemi de Tayvan'da karaya oturmuştur ve dört mürettebatın soyguna uğradığı bir olay meydana gelmiştir. Bu nedenle, Tayvan'ın fethine yönelik tartışmalar başlamıştır.

Miyako Adalıları'nın, Tayvan deniz kazası olayından haberdar olan Qing Hanedanlığı Amoy Şehri'nin (Xiamen) Amerika Birleşik Devletleri başkonsolosu Charles William Guillaum Joseph Émile Le Gendre, Japonya büyükelçileri Charles E. DeLong aracılığıyla "Barbarları cezalandırmak gerek!" diyerak Japonya Dışişleri Bakanlığı'nı desteklemiştir.
Zamanın Meiji Hükümeti, Kore'nin işgaliyle ilgili olarak "Seikanron" ( Kore'nin işgal edilmesini savunan görüş) tartışmalarıyla karşı karşıya kalmış, Kabayama Sukenori, Kagoshima Vilayet danışmanı Ōyama Tsunayoshi ve Satsuma boyu Tayvan'a asker çıkartmayı teklif etmişlerdir.Bu coşkulu fikirlerin arkasında, feodal toprakların yürürlükten kaldırılmasıyla birlikte işsizlerin sayısının dört yüz binden beş yüz bine ulaşması ve samuray ailelerinin öngörülen hoşnutsuzluğunun bir market arayışına sebebiyet vermesi yatmaktadır . 1873'te tam yetkili olarak Qing Hanedanlığı'na giden Dışişleri Bakanı Soejima Taneomi, memurlardan Yanagiwara Sakimitsu'yı görevlendirerek Miyako Adalıları'nın Tayvan deniz kazası olayı ve benzer hadiseleri soruşturmasını istemiştir. Ancak, Qing Hanedanlığı'nın dişişleri yetkilileri Tayvan yerlilerini ""kegai"" (imparatorluk dışında kalan, gelişmemiş bölge) olarak tanımlamıştır. Ayrıca, bunu Qing Hanedanlığı'nın hakimiyeti dışındaki bölgede gerçekleşmiş bir olay olarak nitelendirmiş ve sorumluluk almaktan kaçınmıştır . Akabinde, aynı yılın sonbaharında Kore'ye elçi göndermekle alakalı hükümet içinde bölünmeler olmuştur ( Meiji Dönemi'nin 6. yılına rastlayan siyasi kargaşa). Ayrıca bir sonraki yıl, 1874,'ün Ocak ayında Iwakura Tomomi'ye yönelik suikast girişimi ve Şubat ayındaki Etō Shimpei öncülüğündeki ayaklanma (Saga İsyanı) siyasi istikrarsızlığa neden olmuştur. Bu sebeple, Ōkubo Toshimichi merkezli Meiji Hükümeti, ülke içindeki huzursuzluğu yurtdışına yönlendirme amacıyla Tayvan'ın fethine karar vermiş; 1874 (Meiji Dönemi, 7.yıl)'ün Nisan ayında Sangi(İmparatorluk Japonyası'nda daijō-kan adı verilen danıştayda yer alan yardımcı danışman pozisyonlarından biridir.) Ōkuma Shigenobu'yu Tayvan Uygarlaşmamış Bölgesi'nin yöneticisi ve Donanma Korgenerali Saigō Jūdō'yu genel vali olarak atayıp, çıkartmanın hazırlıklarına girişmiştir.
Meiji Dönemi'nin 6. yılına rastlayan siyasi kargaşa ortamında, İmparator Meiji'nin kararı Rusya sınırıyla alakalı bir ihtilâfa sebep olmuştur. Rusya sınırını belirlemeye yönelik herhangi bir harekât, Kore'nin Fethi'nin ertelenmesine neden olacaktı. Bu durumda, Kore'nin fethini savunan grubun isteğinin tekrar alevlenmesi ihtimali yüksekti. Bu kargaşa ortamında, Ōkubo, Kore'den ziyade kontrolünün daha kolay olacağını düşündüğü Tayvan'ın işgalini savunmuş ve bu işgali ayrıntılarıyla planlamıştır. 

Tayvan'ın işgaline yönelik, hükümet içinden ve İngiltere sefiri Parkes ve Charles E. DeLong'un halefi Amerika sefiri John Bingham gibi isimlerden karşıt görüşler gelmiştir. Özellikle, hükümet üyelerinden Kido Takayoshi'nin Chōshū Bölgesi, "Seikanron"a olumsuz yaklaşmıştır. Ancak,buna bir tezat oluşturacak şekilde, Tayvan'a asker çıkarılmasına karşı koymamıştır. Nisan'ın 18'inde Kido, meclis üyeliğinden istifa etmiş ve devlet memurluğundan emekli olmuştur. Bu yüzden, Hükümet belli bir süre taburların sevkini ertelemeye karar vermiştir.
Ancak, Saigo Tsugumichi işgal konusunda ısrar etmiş ve beklemede olan yaklaşık 3000 kişilik işgâl ordusuna Nagasaki 'ye doğru yelken açtırmıştır. İşgâl Ordusu iki tabur dan oluşmaktaydı: Bu iki tabur, garnizon içindeki bir kıtadan ve kalanı da "kolonilerden gelen askerler"den oluşmakta idi. İkinci tabur, Satsuma veya Kyūshū gibi bölgelerin samuray aileleri mensuplarından olup, işgal altındaki bölgenin daimî ikâmetini öngörüp toplanan askerlerdi . 2 Mayıs'ta Saigō'dan emir alan Tani Tateki ve Akamatsu Noriyoshi 'nin yönettiği ana ordu kuvvetleri, Tokugawa şogunluğu 'ndan devralınan 3 küçük savaş gemisiyle Nagasaki 'den ayrılmıştır. Hükümet, isteksiz bir şekilde bunu onaylamıştır. 6 Mayıs'ta Tayvan'ın güney bölgesinde karaya çıkmışlardır ve burada Tayvan halkıyla bir çatışma meydana gelmiştir. 22 Mayıs'ta bütün ordu kuvvetleri, Tayvan'ın güney-batı bölgesindeki limana toplanmış ve Saigō'nun emri üzerine geniş çaplı bir işgâl başlatılmıştır. 3 Haziran'da Tayvan İşgali'nin patlak verdiği bölgenin kontrolü tamamen ele geçirilmiş ve yerel işgâllere devam edilmiştir. 12 kişi çatışmalar esnasında yaşamını yitirmiştir . Ancak, ordu olumsuz sağlık koşullarından ötürü, subtropikal iklim bölgesinin endemik hastalıklarından biri olan sıtma ya yakalanmış ve hastalığın hızla yayılması acil bir çözümü gerekli hâle getirmiştir. Sıtma, yayılmaya devam etmiş ve 561 kişinin ölümüne sebep olmuştur . Ayrıca, Qing Hanedanlığı Japonya'nın bu işgalini protesto etmiş ve ordularını geri çekmesini istemiştir.

Meiji Hükümeti, işgal durumunu Qing Hanedanlığı'na bildirmemiştir. Ayrıca, Çin üzerindeki emellerini dünyanın büyük güçlerine de bildirmemiş ve gerekli zemini hazırlamamıştır. Bu, duruma göre ihtilâfı tetikleyen bir hataydı. Qing Hanedanlığı'nın etkin kişilerinden Li Hongzhang (Li Hung Chang) ve İngiltere'nin Japonya büyükelçisi Harry Parkes başlangıçta Japonya'nın askeri hareketlerini öfke dolu olarak değerlendirip karşı çıkmıştır. Bunun ardından İngiltere diplomatı Thomas Francis Wade'nin arabuluculuğuyla barış görüşmeleri devam etmiş ve Ağustos'ta tam yetkili olarak Ōkubo Toshimichi Pekin'e gitmiş, Qing Hanedanlığı'yla müzakerelerde bulunmuştur. Ōkubo, Legendre ile Fransız hukukçu Gustave Boissonade 'yi danışman olarak seçmiş ve Tayvan Sorunu'nu görüşmüştür . Ana görüşme partneri Zongli Yamen 'in (Qing Hanedanlığı'nın son dönemlerinde Çin'de dışişleriyle ilgilenen hükümet birimi) kabine bakanı Kyōshinnō idi . Görüşme zor geçmiş olmasına rağmen, Wade'nin arabuluculuğu ve Li Hongzhang'ın barışçıl tavrı sayesinde, 31 Ekim'de "Japonya ve Qing Hanedanlığı karşılıklı takas taahhüt (zh)"ü imzalanmıştır. Buna göre, Qing Hanedanlığı Japon Ordusu'nun işgalini Yasutami'nin soylu bir girişimi olarak onaylamış, kazazedelere yönelik olarak da 100 bin tael "geçmiş olsun ödeneği" tahsis etmiştir. Savaş masraflarının tazminatı olarak da 400 bin tael planlanmış olmasına rağmen; Japon tarafına 500 bin tael ödemişlerdir. "Vahşi kabile halkının" yönetimini garantileyen ve buna karşılık Japonya'nın 1874 yılının 20 Aralık'ına kadar işgal ordusunu geri çekmesi konusunda anlaşmaya varılmıştır. Ayrıca, Qing Hanedanlığı Japon Ordusu'nun hareketlerini onayladığı için, Ryūkyū halkı Japonya vatandaşı olmuş ve Japonya'nın Ryūkyū üzerindeki hakimiyeti de uluslararası arenada tanınmıştır .

Japonya ve Qing Hanedanlığı arasında, Ryūkyū'nun hakimiyeti net bir şekilde belirtilmemiştir; ancak bu olay vasıtasıyla Japonya'ya avanyaj sağlayan Meiji Hükümeti, ertesi yıl (1875, Meiji 8. yıl) Qing Hanedanlığı'yla Ryūkyū'ya yönelik ""Yarlık- Haraç"" ilişkisini feshetmiştir. Ayrıca, Meiji Dönemi yıllarının kullanımını vb. istemiştir. Ancak, Ryūkyū Qing Hanedanlığı'yla olan ilişkilerin devamlılığı konusunda üstelemiştir ve Qing Hanedanlığı'nın da Ryūkyū'ya yönelik vergi yasağını protesto etmesi gibi diplomatik bir sonuca bağlanmıştır. 
1879'da (Meiji Dönemi, sene:12), Meiji Hükümeti'nin öne sürdüğü Ryūkyū Adaları'nın sözde tarihi konusunda, 1880'de (Meiji Dönemi, sene:13)buna karşı çıkan Qing Hanedanlığı'yla Pekin'de bir görüşme yapılmıştır. Bu görüşmede, Meiji Hükümeti Okinawa'yı Japonya'nın toprağı ve Yaeyama Adaları ile Miyako Adası'nı Çin'in hakimiyet alanı yapma planını ortaya koymuştur. Ancak, Qing Hanedanlığı bu iki adanın da hakimiyetini istemeksizin "yarlık- haraç "ilişkisinin devamı için adaları Ryūkyū'ya geri vermiştir. Ryūkyū Krallığı da restorasyon talebinde bulunmuştur ve Ryūkyūlular Pekin'deki görüşmeye yönelik tepkili olduğundan, "yarlık- haraç "konusunda bir karara varılamamıştır. Japonya ve Qing Hanedanlığı arasındaki Ryūkyū'nun hakimiyeti probleminin nihaî çözümü Birinci Çin-Japon Savaşı'ndaki Japonya'nın zaferine kadar beklemek durumunda kalmıştır.
Ayrıca, Meiji Hükümeti askerî personelin nakliyesini İngiltere-Amerika'nın buharlı gemi şirketine yaptıracağı varsayımını inkâr etmiştir. Aceleyle büyük bir gemi satın alıp, ulusal mülkiyete dayalı ve nakliyata yönelik olan "Japonya buharlı gemi şirketinin" çalışmasını tahsis ettiğini de inkâr etmiştir. Ōkuma Shigenobu isteksiz bir şekilde, gelişmekte olan özel girişimlerden olan Mi