nu memnuniyetle karşıladı ve Mihail Konstantinopolis'e çekilmeye zorlandı. İçlerinde birçok Slav da olmak üzere gönüllüler, Thomas'ın bayrağı altında toplandılar. Konstantinopolis'e doğru ilerlerken, vakainame yazarları ordusunun 80.000 kişiye ulaştığını yazarlar. Başkent Opsikion ve Armeniakon Themaları tarafından güçlendirilmiş İmparatorluk tagması ile savunuluyordu. Mihail şehir surlarının tamir edilmesini ve Haliç'e girişi engellemek için zincir çekilmesi emrini verdi, bu sırada İmparatorluk filosu denizden şehri koruyacaktı. Mihail'in bu edilgen duruşundan, ordusunun Thomas'tan az olduğuğu sonucuna ulşılabilir; Warren Treadgold Mihail'in ordusunun yaklaşık 35.000 kişi olduğunu tahmin etmektedir.

İlk önce Thomas'ın donanması başkente vardı. İmparatorluk donanmasından bir karşılık ile karşılaşmadan, girişindeki zinciri kırarak ya da çözerek Haliç'e girdiler, Thomas ve ordusunu bekleyecekleri Barbisos Deresi ağzında demirlediler. Thomas Aralık ayı başında vardı. Bu büyük gücün görüntüsü, başkent ahalisini sindirmedi, vilayetlerden farklı olarak, şehir vatandaşları ve garnizonu Mihail'in arkasında sıkıca kenetlendiler. Birlikleri daha da cesaretlendirmek için, Mihail'in genç oğlu Theofilos gerçek haç parçası ve Meryem'in kutsal elbisesini şehir surlarında gezdirirken, büyük ölçüdeki ise Blakernai'deki Meryem Ana Kilisesi'nin tepesine iki tarafın orduları tarafından tamamen görülecek şekilde asıldı.
Başkent etrafındaki şehirleri aldıktan sonra, Thomas Konstantinopolis'e üç taraftan saldırdı, bu yoğun saldırı ile belki de ahalinin etkilenmesini ve teslim olmaya itmesini umut ediyordu. Yardımcıları Anastasius ve Grigorios Pterotos sırasıyla Theodosian bölgesine ve deniz duvarlarına saldırırlarken, kendisi Blakernai'yi koruyan daha az zorlu savunmanın olduğu tarafa ana saldırıyı gerçekleştirdi. Thomas'ın kuvvetlerinin tamamının kuşatma makineleri ve mancınıklar ile bol bol tedariği, filosunda da birçok gemi mancınığı ve buna ek olarak bol miktarda Rum ateşi vardı. Thomas'ın ataklarının her biri başarısız oldu: savunanların ağı silahları üstün olduklarını kanıtladı ve kuşatma makinelerini şehir surlarından uzak tutarken ters esen rüzgar donanmayı da anlamlı bir hareket etmekten uzak tuttu. Kış ortasında karar verilen tüm saldırılar felaket olacak ve başarısızlıkla sonuçlanacaktı, Thomas bütün saldırıları bahara kadar askıya alıp, orduyu kışlıklara geri çekti.
Mihail, bu soluklanmadan Anadolu'dan takviye askerler getirterek ve Blakernai'yi koruyan şehir duvarlarını güçlendirerek faydalandı. Thomas baharda döndüğünde, Blakernai kesimine odaklanmaya karar verdi. Saldırı başlamadan önce, Mihail duvarlara tırmandı ve Thomas'ın birliklerine seslenerek komutanlarını terk etmelerini istedi ve eğer bunu yaparlarsa af edeceğini vadetti. Thomas'ın birlikleri bu konuşmayı zayıflık işareti bir yalvarma olarak gördüler ve daha bir güvenle saldırıya başladılar fakat duvarın yanına geldiklerinde savunmacıların kapıları açıp taarruz ettiler. Bu şiddetli hücum Thomas'ın ordusunun çekilmesine neden oldu, aynı anda, İmparatorluk donanması Thomas'ın filosunu mağlup etti, filodaki mürettebat panik halinde dağıldı ve sahile kaçtı. Bu yenilgi, Thomas'ın deniz gücünü azalttı ve kara tarafından kuşatmayı devam ettirmesine rağmen destekçilerinin moralini kaybetmesine ve mağlubiyetin başlangıcı olmasına neden oldu. Ailesi Mihail'in elinde olan Grigorios Pterotos, kendisine sadık bir grup asker ile Thomas'ı terk etmeye karar verdi. Asilerin kampını terk ederek, batıya yöneldi ve kararını bildirmek için bir keşişi Mihail'e yolladı. Fakat keşiş kuşatmayı aşıp başkente ulaşamadı. Bunu öğrenen, Thomas hızla bir birlikle Grigorios'u izleyip, birliklerini yendi ve onu öldürdü.
Thomas, bu küçük zaferi, "karada ve denizde" Mihail'in ordularını yenmiş geniş ve değerli şekilde sundu. Bu noktaya kadar bu isyana ilgisiz Yunanistan yarım adasındaki themalara ek gemi talep eden mesaj yolladı. Themalar, buna güçlü bir şekilde cevap verip Thomas'a katılacak 350 gemilik bir filo yolladılar. Böylece güçlenmiş Thomas, eski filosu Altın Boynuz'a, yeni gelen filo ise Marmara Denizi'ne bakan güney sahiline olmak üzere Konstantinopolis'in deniz surlarına iki uçlu bir saldırı yapmaya karar verdi. Mihail ise bu sırada boş durmadı: vardıktan hemen sonra Byrida'ya demirlemiş Thema'dan gelen kuvvete kendi filosu ile saldırdı. Rum ateşi kullanarak, İmparatorluk filosu asi gemilerin çoğunu yok etti, kalanların çoğunu da ele geçirdi. Sadece birkaç gemi kurtularak Thomas'ın kevvetlerine katıldı.

Bu zafer ile Mihail, deniz tarafının kontrolünü güvence altına aldı fakat karada Thomas'ın ordusu hala üstündü ve Konstantinopolis'i abluka altında tutuyordu. Küçük çarpışmalar yılın kalanında devam etti, Mihail'in kuvvetleri kaleden çıkıp Thomas'ın kuvvetlerine karşı taarruzlarda bulundular Her iki taraf bu çarpışmalarda küçük başarılar kazansa da hiçbiri kesin bir üstünlük sağlayamadı.
Mihail, yardım için Kuzey komşusu Bulgaristan'a yöneldi. İki ülke arasında V. Leon ile Bulgar hükümdarı Omurtag (814-831 arası hükümdar), tarafından imzalanan bir antlaşma vardı. Omurtag, Mihail'ın yardım talebine karşılık vermekten memnun oldu. Genesios ve "Teofanes Continuatus" tarafından yazılan sonraki döneme ait rivayetlerde Omurtag, Mihail'in taleplerine göre değil kendi arzusuna göre davrandığı yazmaktadır fakat bu versiyon Mihail'ı "barbarları" imparatorluğu işgal etmeye teşvik etmiş göstermemek için kurgulanmış olduğu için genel olarak reddedilir. Bulgar ordusu Trakya'yı muhtemelen Kasım 822'de istila etti (Bury, Bulgar saldırısının bahar 823'de olduğuna inanır) ve Konstantinopolis'e ilerlemeye başladılar. Thomas, kuşatmayı kaldırıp, Bulgar ordusu ile karşılaşmak için yürüyüşe geçti. İki ordu, Heraklea yakınlarında bir düzlükte karşı karşıya geldi (Bizans kaynaklarında Kedouktos Muharebesi olarak bilinir). Bu savaş hakkında bilgiler farklılık gösterir: sonraki kaynaklar Thomas'ın savaşı kaybettiğini belirtirken, döneme daha yakın Georgios Amartolos Thomas "birçok Bulgar öldürdü" demektedir. Savaştan sonra Bulgar faaliyetlerindeki aksaklıklara bakarak, modern tarihçilerin çoğu (Bury'nin göz ardı edilemez istisnasıyla) Thomas'ın savaşı kazandığına inanır.

Thomas, kuşatmaya kaldığı yerden devam edemedi. Ordusu aldığı ağır kayıptan muzdaripken, arkasında Haliç'te bıraktığı donanması yokluğunda Mihail tarafından kuşatılmıştı. Thomas, Konstantinopolis'in yaklaşık 40 km batısında yer alan Diabasis düzlüğünde kamp kurdu, kış ile baharın başını orada geçirdi. Az miktarda adamı onu terk ederken, büyük kitle ona bağlı kaldı. Sonunda 823 yılının Nisan sonu ya da Mayıs başı, Anadolu'dan Generaller Olbianos ve Katakylas komutasında gelen taze kuvvetler eşliğinde Mihail birlikleri ile Thomas'a karşı yürüyüşe geçti. Thomas, Mihail'in birliklerinin üzerine yürüdü ve bir askerî manevra ile onları alt etmeyi planladı. Plan, görünüşte askerlerinin morallerinin bozulup geri çekiliyor gibi yapmaları, imparatorluk ordusu onları izlemesi, sonra da geri dönüp saldırmaları şeklindeydi. Fakat, Thomas'ın birlikleri uzayan bir çatışmadan yorgun düşmüşlerdi ve bu görevlerini hakkıyla yerine getiremediler. Birçoğu Mihail tarafından esir alındı, diğerleri de yakınlardaki kalelere sığındılar. Thomas, büyük bir grupla Arkadiopolis'e; evlat edindiği oğlu Anastasius, Thomas'ın adamlarının bazılarıyla Bizye'ye; kalanlar ise Panium ve Heraklea'ya sığındılar.
Mihail, Thomas'ın ve adamlarının sığındığı şehirleri kuşattı ama saldırı düzenlemedi, onun yerine desteğini azaltarak barışçı şekilde ele geçirmeyi amaçladı. Bu stratejisi, siyasi bir propaganda ile "Hristiyan kanı dökülmemesi" için af çıkacağı şeklinde desteklendi, Mihail bunu Dindar Ludwig'e yazdığı mektuba koymuş fakat ayrıca, vakainamelere göre, Bizans şehir kalelerinin saldırıyla düşmesini Bulgarlara göstermeme korkusu da etkili olmuştur. Anadolu'da Thomas'ın partizanları Araplara serbest geçiş vererek Mihail'e sadık Opsikion ve Armeniakon Themalarının yağmalanmasını sağlamakla tehdit etmişler; ancak Mihail kuşatmayı kaldırmamıştır. Birlikleri Arkadiopolis'e geçişi engellemek için hendek kazdılar. Tedariği koruyabilmek için muhasaraya alınan birlikler çok yaşlı, yaralı ya da silah tutamayanları takiben kadın ve çocukları yollamışlardır. Beş ay kuşatmadan sonra, Thomas'a bağlı insanlar nihayetinde aç atları ve zulalarındakileri yemeye başladılar. Bazıları kendileri iple şehir duvarlarından sarkıtarak ya da atlayarak kaçmaya başladılar. Kuşatmanın daha gevşek olduğu Bizye'ye kuryeler göndererek Anastasius'un durumu düzeltecek bir saldırı düzenlemesini istedi. Henüz bir şey yapılamadan, yorgun birlikler imparatorluk affı için Arkadiopolis'te liderlerini teslim aldılar. Thomas bir eşeğin üzerinde zincirlenmiş olarak Mihail'e teslim edildi. Thomas, ayakları yenilmiş rakibinin boğazında olan imparatorun önüne kapandı, imparator, el ve ayaklarının kesilmesini ve kazığa oturtulmasını emretti. "Ey Gerçek İmparator, bana merhamet et!" diyerek af diledi. Mihail, esirine sadece kendi kıdemli komutanlarının Thomas ilişkilerini ortaya çıkarmak için sorguladı. Thomas cevap vermeden önce, "Logothetis tu dromu" İoannis Heksabulios, küllenen isyanı tekrar canlandırma ihtimaline karşı bu iddiaların duyulmasına karşı çıktı. Mihail, mutabık kalıp, Thomas'ın cezasını hemen infaz ettirdi.

Bizye'ye sığınanlar, Thomas'ın kaderini duyunca, Thomas ile aynı kaderi paylaşacak Anastasius'u teslim aldılar. Panium ve Heraklea'da, Thomas'ın adamları Şubat 824 tarihinde bir deprem olana kadar direndiler. Deprem Panium duvarlarına ağır hasar verince, şehir düştü. Heraklea'da hasar daha az yıkıcıydı fakat Mihail birliklerini deniz tarafından indirdikten sonra orası da ele geçirildi. Anadolu'da, Thomas taraftarları çoğunlukla barışçı şekilde teslim oldular fakat güney sahilinde bulunan Kibirreoton Theması "strategos"u İoannis Ehimos tarafından bastırılana kadar direncini sürdürdü. Trakyalılar Theması'nda Thomas'ın askerleri eşkıyalık yapmaya başladılar. En ciddi dirence, Anadolu'nun orta bölgesinden