dokuları karbondioksitten temizleyemez. pH'ın düşmesi ve diğer kimyasal değişiklikler hücrelerin yapısal bütünlüğünün kaybetmesine neden olur. Hücre yapısının bozulması ile serbest kalan enzimler, diğer hücrelerin yapısının da bozulmasına neden olur. Bu işlem otoliz olarak isimlendirilir. Ayrışma sırasındaki grülebilir değişiklikler "yeni" aşamasında pek gözlemlenebilir değildir ancak otolizin neden olduğu kabarcıklar deri yüzeyinde fark edilebilir.

Vücutta kalan oksijen, hücre metabolizması ve vücuttaki solunum ve sindirim yollarında doğal olarak bulunan aerobik mikroorganizmalar tarafından tüketilir, bu durum anaerobik organizmaların çoğalmasına olanak sağlar. Sonuçta, vücudun karbonhidrat, lipit ve proteinleri tükenip; propionik asit, laktik asit, metan, hidrojen sülfit ve amonyak da dahil olmak üzere çeşitli maddelerin üretilmesine enden olur. Gövde içinde mikrobiyal çoğalma işlemi kokuşma olarak adlandırılır ve şişme olarak bilinen ayrışmanın ikinci aşamasına yol açar.

Göksinekler ve et sinekleri leşe ilk gelen böceklerdir, ve uygun bir yumurtlama yeri ararlar.

Şişme, mikrobiyal çoğalmanın devam ettiğini gösteren ilk açık işarettir. Bu aşama, anaerobik metabolizma sonucu hidrojen sülfür, karbon dioksit, metan ve azot gibi gazların birikmesi ile meydana gelir. Bedensel boşlukta gazların birikmesi karnın gerginleşmesine neden olur ve vücut şişkin bir görünüme ulaşır. Ayrıca üretilen gazlar, doğal sıvıların ve sıvılaşan dokuların köpüklü hale gelmesine neden olur. Vücutta gaz basıncının artmasıyla birlikte, sıvılar  vücudun doğal deliklerinden çıkma eğilimine girerler. Artan basınç ve cilt bütünlüğünün bozulması vücutta yırtılmalara neden olur.

Bağırsaklardaki anaerobik bakteriler hemoglobinini sülfohemoglobin ve diğer renkli pigmentlere dönüştürürler. Bununla ilişkili gazlar vücutta birikerek sülfohemoglobininin dolaşım ve lenf sistemi üzerinden vücut boyunca taşınmasına yardımcı olur ve vücutta gemel bir mermer görünümü gözlenir.

Eğer böcekler vücuda erişebilirlerse, bıraktıkları larvalar (sinek kurdu olarak bilinir) vücutta beslenmeye ve gelişmeye başlarlar. Larva faaliyetleri tipik olarak vücudun doğal deliklerinde sınırlanmış ve deri altında kümelenmiştir, kıllar ve cildin birbirinden ayrılmasına neden olurlar. Larvaların beslenmesi ve vücutta gaz birikmesi çevreye gaz ve sıvıların salınmasına neden olan yırtıklara neden olurlar. Yırtıklar deriden oksijen girmesine olanak sağlarlar ve vücut tekrar oksijenlenir, böylece sinek larvalarının gelişimi ve aerobik mikroorganizmaların aktivitesi için daha fazla yüzey alanı sağlanmış olur. Gazlar ve sıvıların tasfiyesi kokuşma ile ilişkili güçlü ayırt edici kokuların oluşmasına yol açar.

Aktif çürüme büyük kütle kaybı ile karakterize bir dönemdir. Bu kayıp hem doymak bilmeyen kurtçukların beslenmelerinin hem de çevreye ayrışma sıvılarının tasfiyesinin bir sonucu olarak ortaya çıkar. Kokuşma sıvıları bedenin çevresinde toparlanır ve kadavrayı bir ayrışma adasına çevirir (CDI). Doku sıvılaşması ve ayrışması bu aşamada bariz bir şekilde gerçekleşir ve daha güçlü dokularla devam eder. Aktif çürümenin sonunun belirtisi kurtçukların pupa olarak vücudu ya da ondan geri kalanları terk etmeleridir.

Ayrışma, kullanılabilir kadavra materyalinin azalmasından dolayı ileri çürüme aşamasında büyük oranda sınırlanır. Böcek aktivitesi de bu aşamada azalır. Leşin kaldığı yerdeki bitki örtüsünün öldüğü de gözlenebilir. Kadavra ayrışma adası leşi çevreleyerek topraktaki karbon, fosfor, potasyum, kalsiyum, ve magnezyum gibi besinlerin yapısında bulunan maddelerde artışa; PH'nın değişimine; topraktaki azot miktarında kaydadeğer bir artış gözlenmesine neden olur.

Kuru/kalıntılar aşaması sırasında, kadavra ayrışma adası etrafında bitkiler canlanır ve büyümeye başlarlar ve bu ilgili ortamda besin olduğununve toprağın hala normale dönmediğinin bir işaretidir. Bu aşamada kadavranın kıkırdak ve kemikler gibi kuru kısımları kalır. Tüm yumuşak doku kadavradan kaldırılırsa buna tamamen iskeletleşme denir, eğer kemiklerin bağzı kısımları maruz kalırsa buna kısmen iskeletleşme denilir.

Bitkisel maddelerin ayrışması birçok aşamadan oluşur. Bu su sızıntısıyla başlar; en kolay kaybedilebilen madde olan çözünebilen karbon bu süreçte serbest kalır. Diğer erken bir süreç, bazı böceklerin etkinlikleri ile oluşan ve bakteri matarlar için üreme  alanları oluşturan fiziksel parçalanma ya da ufalanmadır. Küçük ölü bitkilerde bu süreç büyük ölçüde toprak omurgasız faunası tarafından yürütülmektedir, Daha büyük bitkilerde, böcekler ve mantarlar gibi birincil parazitik yaşam-formlar büyük rol oynar ve çok sayıda saprotrof tarafından desteklenmezler. Sonrasında, bitki tortusu ( selüloz, hemiselüloz, mikrobiyal ürünler ve lignin) mikroplar tarafından kimyasal olarak değişime uğrarlar. Bileşiklerin farklı tipleri farklı oranlarda ayrışırlar. Bu onların kimyasal yapılarına bağlıdır. Örneğin, lignin ayrışmaya oldukça dayanıklıdır ve aslında sadece siyah çürüğü mantarları gibi bazı mantarlar ile ayrıştırılabilir ahşap bir bileşenidir. Lignin karmaşık kimyasal yapısından dolayı geç ayrıştırılır ve çürüyen bitkilerden geriye kalan maddelerdendir. Sıcaklık bitki çürümesine doğrudan etki eden bir faktördür, örneğin, sıcak bir ortamda bitki daha hızlı çürür.

Bitkilerin kimyasal ayrışmaları her zaman karbondioksit salınımına yol açar.

Gıdaların ayrışması, bitki ve hayvanlarda olduğu gibi  "bozulma "denir, bu konu gıda bilimleri içerisinde önemli bir çalışma alanıdır. Koruyucu uygulamalarla gıdaların bozulması geciktirilebilmektedir. Eğer et üzerine herhangi bir müdahale yapılmazsa, et  saatler veya günler sonra iştah kapatıcı şekile gelebilir hatta yenildiğinde zehirleyici etkiler gösterebilir. Ete, kesilen hayvanların kendi florasından gelen, eti işleyen kişilerden ve işleme uygulamalarından gelen bakteri ve mantarlar tarafından etin bozulması ve ayrıştırılması kaçınılmaz bir durumdur. Süresiz olmada da – uygun gıda güvenliği, gıda koruyucu uygulamalar ve uygun saklama koşulları temin edildiğinde – etin uzun bir süre saklanması mümkün olabilir.

Adli vakalarda çeşitli bilimlere başvurulmaktadır, bunlar ölüm zamanı ve ölüm sebebinin bulunabilmesi için yasal çalışmalardır:
Knoxville'deki Tennessee üniversitesi antropolojik araştırma tesisinin (daha çok Beden Çiftiliği olarak bilinir) çitli bir arsada numaralandırılmış cesetleri mevcuttur. Beden çiftliğinde araştırma yapan bilim insanları, insan vücudunun çeşitli durumlardaki çürüme işlemini daha iyi anlayabilmek için çalışmalar yapmaktadırlar.

Su, hava, böcekeler gibi maruz kalınan faktörler cesedin ayrışmasının hızlandırıcı etki yaparlar. Örneğin bir tabutta bulunan cesede böceklerin ulaşımı daha sınırlıdır ya da düşük sıcaklıktaki bir ceset daha geç kokuşur.

Bir hayvanın vücudundaki ayrışmanın hızı, cesedin çeşitli faktörlere maruziyetine göre değişiklik gösterir:
Şartlar ayrışma hızını büyük ölçüde etkiler. Sıcaklık, nem ve ölümün gerçekleştiği mevsim, cesedin iskeletleşmesini veya mumyalaşmasını etkiler. Ayrışmada çevrenin etkisi konusunda temel rehber Casper kanun (ya da oranı) olarak verilir: Oksijenin serbest olarak ulaşabildiği, ıslanmış bir ceset, gömülmüş cesede göre sekiz saat daha hızlı ayrışmaya uğrar. Sıcaklık yükselmesi bakterilerin etkinliklerinin artmasına neden olacağından ayrışmayı da hızlandırır, sıcaklık azalması da aksi etki gösterir.

Mumyalamak, insan ve hayvan bedeninin ayrışmasını pratik olarak geciktirir ancak tamamen engel olmaz.Mumyalayıcılar genellikle, yüzler ve eller gibi vücudun görülen ksımlarına karşı daha özenli davranırlar. Mumyalama kullanılan kimyasallaın çoğu sinekleri kovmaya, vücuttaki mevcut bakterileri öldürerek bakteriyel çürümeyi yavaşlatmaya ya da daha sonraki bakteriyel ajanlar için besin kaynağı olmaması açısından hücrelerin proteinlerini sabitlemeye yardım eder. Yeterince kuru bir ortamda tam anlamıyla mumyalanmış bir bedenin ve organlarının yıllar sonra bile bozulmadan kaldığı durumlar nadir değildir. Bu şekilde mumyalanmış önemli görülebilir bedenler şunlardır:

Yeterince kuru bir ortamda gömülü bir ceset de yıllardır korunmuş olabilir. Öldürülen sivil haklar savunucusu Medgar Evers'ın cinayet davasında doğru bir otopsi için 1900'lü yıllarda mezarı yeniden açıldığında, 30 yılım aşkın bir sürede cesedinin neredeyse mükemmel korunmuş olduğu tespit edilmiştir.

Turba bataklıkta batmış bir vücut doğal olarak mumyalanmış olur ve korunur.

Kehribar gibi bir reçinede hapsolmuş bir hayvan milyonlarca yıl hemen hemen mükemmel bir şekilde muhafaza edilebilir..

Onyıllarca hatta yüzyıllarca ( hiçbir insan müdahalesi olmadan) organları açıklanamaz bir şekilde korunmuş ve neredeyse öldükleri zamanla aynı görünen bazı örnekler vardır. Bazı dini gruplar bunu dürüstlüğün bir neticesi olarak bilir. Yapay koruma olmadan bir bedenin ne kadar korunabileceği hakkında bir fikir belirtilememektedir.






İskeletleşme

İskeletleşme ayrışmanın son aşamasını ifade eder, leşin ya da cesedin yumuşak dokularının ayrışmasından sonra geriye kemiklerin kalmasıdır . İskeletleşme sürecinin sonunda tüm yumuşak doku ortadan kalkarak geriye kemikler kalır. Bir bedenin tamamen bir iskelet olarak ayrıştırılması için, Ilıman iklim, genellikle su gibi bir alt-tabaka içinde olma, böceklerin varlığı ve gömülme gibi etkenlere bağlı olarak,  üç hafta ila birkaç yıl gerekir. İskeletleşme süreci tropik bölgelerde haftalar içinde olurken, tundra bölgelerinde, ya da sıfırın altındaki sıcaklıklar devam ederse hiç olmayabilir. Turba bataklıkları veya tuz çöllerinde doğal mumyalama işlemi gerçekleşir ve bu aşama süresiz olarak ertelenebilir.

İskeletleşme oranı ve cesedin mevcut durumu, ölüm zamanını belirlemede kullanılabilir.

İnsanlar gibi orta ve büyük boyutu memelilerin cesetlerinde iskeletleşme gerçekleştikten sonra, süpürücü hayvanlar kemikleri tüketmezler ise, bereketli topraklarda asitler tarafından tamamen erimesi yaklaşık yirmi yıl sürer. nötr pH'lı topraklarda ve kumlarda iskeletin parçalanması yüz yıllar sürebilmektedir. Diğer bir durumda ise