n filosuna önce direnip daha sonra yenebilmiştir. Fakat sonucunda imzalanan barış anlaşması Normanların İmparatorluk için bir filo kuracakları maddesini içermekteydi. Bu ve buna benzer II. İsaakios'un (1185-1195 ve 1203-1204 arası hükümdar) ertesi yıl Venedikliler ile yaptığı anlaşma cazip ticari imtiyazlar karşılığı Cumhuriyetin takip eden altı ay içinde 40-100 kadırga sağlamasını içermesi, Bizans hükümetinin kendi deniz teşkilatının yetersizliğinin farkında olduğunu anlatan göstergelerdir.

Bu dönem de ayrıca Doğu Akdeniz boyunca korsanlık artmıştır. Korsan faaliyetleri Ege'de yüksek olup aynı zamanda korsan kaptanları kendilerini denizci olarak bir ya da diğer bölge gücüne önermekteydiler, çünkü bu şekil düzenli bir filo tutmanın maliyetine göre belirli bir sefer için daha hızlı ve ucuz bir yöntemdi. Böylece II. İsaakios'un Kıbrıs'ı İsaakios Komnenos'un elinden geri almak için yolladığı 66 gemilik filo Sicilyalı Normanlar tarafından tutulan korsan Brindisili Margaritus tarafından yok edildi. Özellikle Cenevizli kaptan Kaphoures başta olmak üzere korsanların tahribatı, Nikitas Honiatis ve kardeşi Atina Metropoliti Mihail Honiatis tarafından anlatılmıştır, sonucunda Angelos iktidarı eyleme geçmeye zorunda kalmıştır. Kıyı bölgelerden filo vergisi toplanmış ve 30 gemi hazırlanmış ve Calabrialı korsan Steiriones'in komutasına verilmiştir. BaşDilıçta birkaç başarı kazanmalarına rağmen, Sestos açıklarında Kaphoures'un sürpriz saldırısı ile yok edilmişlerdir. Gene Steiriones tarafından konuta edilen, Pisa tarzı gemilerden oluşan ikinci filo nihayetinde Kaphoures'u yenmiş ve akınlarını bitirmiştir.
Aynı zamanda Nikitas Honiatis, "megas doux", Mihail Strifnos'u imparatorluk filosunun ekipmanlarını satarak kendisini zengin etmekle suçlarken, erken 13. yüzyılda merkezi hükümetin yetkisi zayıflarken çeşitli yerel güç sahipleri vilayetlerde gücü ele almaya başlamışlardı. Genel atmosferin kanunsuzluk olması, Güney Yunanistan'da Leo Sgouros ve Sisam adasının imparatorluk valisi Pegonites gibi adamlar gemileri kendi amaçları için kullanmalarına neden oluyor, kendileri için akınlar düzenleyebiliyorlardı. Hatta İmparator III. Aleksios'un komutanlarından biri olan Konstantin Frangopulos'a Karadeniz ticaretine karşı korsan akınları düzenlemesi için yetki verdiği söylenir.

Sonuç olarak Bizans devleti ve filosu, Dördüncü Haçlı Seferi'ni destekleyen Venedik deniz kudretine direnebilecek durumda değildi. Nikitas Honiatis'a göre, III. Aleksios ve Stryphnos, Haçlıların Konstantinopolis'e doğru gemilerle ilerledikleri gerçeği ile uyarıldıklarında sadece 20 "acınası ve çürümüş" gemi bulabilirler. 1203 yılında İlk Haçlı kuşatması boyunca, Bizans gemilerinin Haçlı Filosunun Altın Boynuz'a girmelerine engel olma teşebbüsleri başarısız oldu ayrıca Bizans kundak gemileri saldırıları Venediklilerin gemilerini yönetmelerindeki kıvraklıkla başarısız oldu.

1204 yılında Dördüncü Haçlı Seferi tarafından Konstantinopolis'in ele geçirilmesinden sonra, Bizans İmparatorluğu Haçlılar tarafından paylaşılırken, her biri Bizans imparatoru unvanını kullanan Epir Despotluğu, Trabzon İmparatorluğu ve İznik İmparatorluğu olmak üzere üç Rum devleti kuruldu. Epir bir donanma bulundurmadı, Trabzon donanması çok küçük ve çoğunlukla devriye ve birliklerin transferi için kullanılıyordu, İznik başDilıçta güçlendirme politikası izledi ve filosunu sahillerin savunması için kullandı. III. İoannis (1222-1254 arası hükümdar) hükümdarlığında daha etkili dış politika izlendi ve 1225 yılında İznik filosu Midilli, Sakız, Sisam ve İkarya adalarını zapt etti. Fakat 1235 tarihli Konstantinopolis Kuşatması sırasında İznik donanması çok daha küçük Venedik gücü tarafından mağlup edildi ve 1241 yılındaki benzer bir teşebbüs de İznikliler açısından aynı şekilde sonuçlandı. 1230lar boyunca İznik çabaları Girit adasında Venediklilere karşı kısmen başarılı olmuş yerel ayaklanmayı desteklemek olmuştur, 1236 yılında adada kalan son İznik birliği ayrılmaya zorlanmıştır. Donanmasının zayıflığının farkında olan İmparator VIII. Mihail (1259-1282 arası hükümdar) denizde Venediklilere karşı yardımı güvence altına alabilmek için Cenevizliler ile Nymphaeum Anlaşmasını Mart 1261 tarihinde imzalamaya karar verdi, bu anlaşma ile bazı ticari imtiyazlar tanıdı.
Konstantinopolis'in geri alınmasından birkaç ay sonra VIII. Mihail kendi filosunu inşa etmeye odaklanabildi. 1260ların başlarında, Bizans donanması hala zayıftı ve büyük oranda Ceneviz yardımına ihtiyaç duyuyordu. Yine de müttefikler doğrudan çatışmada Venedik karşısında duramıyorlardı, buna örnek 48 gemilik Bizans-Ceneviz birleşik filosu, 1263 yılında kendilerinden çok daha küçük Venedik filosuna yenildiler. İtalyanların kendi aralarında devam eden Ceneviz-Venedik savaşıyla meşgul olmalarının avantajıyla, 1270 yılında imparatorluk bayrağı altında denize açılan Latin korsanlarla beraber, Mihail'in çabaları 80 gemilik güçlü bir donanma doğurdu. Aynı yıl, 24 kadırgalı bir filo Negroponte adasında (Eğriboz Adası) bulunan Oreos kasabasını kuşattı ve 20 kadırgalı bir Latin filosunu mağlup etti. Bu, ilk bağımsız Bizans deniz operasyonu ve Ege'de düzenli deniz seferlerini başDilıcı olarak kabul edilir, bu seferler 1270ler boyunca devam etmiş ve birçok ada Latinlerden geri alınmış ancak elde uzun süre tutulmamıştır.

Bu diriliş uzun süre devam etmemiştir. Charles d'Anjou'nun 1285 yılında ölümünden sonra ve İtalya'dan işgal tehdidinin sona ermesiyle Mihail'in ardılı II. Andronikos (1282-1328 arası hükümdar) Cenevizli müttefiklerinin deniz gücüne güvenerek, filoyu ayakta tutmak için bir şey yapmadı, buna bir sebepte filonun ağır masraflarını kaldırabilecek hazineye nakit akışının olmamasıydı. Aynı zamanda, Andronikos Batı için daha az endişe duyuyor ve Küçük Asya'ta daha çok vakit ayırıyordu ve orada Türk ilerleyişini durduracak politikalarında donanmaya yer yoktu. Sonuçta, tüm filo iptal edildi, mürettebatı işten çıkarıldı ve gemiler ya parçalandı ya da çürümeye terk edildi. Bunun sonuçları çok çabuk görüldü: Andronikos'un uzun hükümdarlığında, Türkler Anadolu'nun Ege sahillerinin kalıcı egemenliğini ele geçirdiler, imparatorluk bu durumu tersine çevirmeyi başaramadı, diğer yandan Bizans-Venedik Savaşı (1296-1302) boyunca Venedik filosu Konstantinopolis'e saldırıp ve etrafını talan etti.

Andronikos'un kararı, dönemim yazarları ve bürokratlarından neredeyse başından itibaren önemli bir muhalefet görmüş ve eleştiri almıştır, Yeoryos Pahimeris ve Nikiforos Grigoras gibi tarihçiler dar görüşlü bu kararın uzun vadeli etkilerinin felaket olduğunu belirtirler: iptal edilen filonun mürettebatın Türk ve Latin efendilerin hizmetine girmesiyle güçlenmiş korsanlık artmış, Konstantinopolis İtalyan deniz güçlerine karşı savunmasız kalmış ve Sakız Adası'nın Cenevizli Benedetto Zaccaria'ya, Rodos ve On İki Ada'nın Hospitalier Şövalyeleri'ne, Midilli ve diğer adaların Gattilusilerin eline geçmesi dahil daha fazla Ege adası yabancı güçlere karşı kaybedilmiştir. Grigoras'un yorumu, "eğer [Bizanslılar] geçmişte olduğu gibi denizlerin efendisi olarak kalırlarsa, Latinler bu kadar küstah gelişmezler [...], Türkler Ege Denizi'nin kumlarına göz dikmezler ya da her yıl herkese haraç ödemezdik." 1305 yılından sonra bu genel baskıya bağlı olarak ve Katalan Bölüğü'ne bağımlılık nedeniyle, İmparator gecikmeli olarak 20 gemilik bir donanma inşasına karar verdi fakat birkaçı yapılabildi ve küçük bir filo takip eden birkaç yıl faal oldu, sonunda bu filo da iptal edildi.

14. yüzyılda tekrar eden iç savaşlar, Balkanlarda Bulgar ve Sırp saldırıları ve sürekli artan Türk akınları ile meydana gelen tahribat ile Bizans devletinin çöküşü hızlandı ve 1453 yılında Osmanlı Türklerinin ele geçirmesi ile nihayetlendi. Özellikle İtalyan deniz güçlerinin müdahalelerine karşı Konstantinopolis'un güvenliği ve dolayısıyla bağımsızlığını muhafaza etmek için Andronikos'dan sonra birçok imparator filoyu yeniden kurmaya teşebbüs etti fakat çabaları sadece kısa vadeli sonuçlar doğurdu.

II. Andronikos'un ardılı III. Andronikos (1328-1341 arası hükümdar), tahta geçtikten hemen sonra, çeşitli sermayedarların katkılarının yardımıyla da 105 gemi olarak kaydedilen büyük bir filoyu bir araya getirdi. Onun kişisel liderliğinde donanma ile Ege Denizi'ne büyük bir akın düzenledi, Cenevizlilerden Sakız adası veFokaia geri alındı, ayrıca küçük Latin ve Osmanlı prenslikleri Bizans şartlarına uymak konusunda zorlandı. Fakat Bitinya'da Osmanlılara karşı seferleri fiyaskoydu ve kısa bir süre sonra Osmanlılar kendi ilk deniz üslerini Marmara Denizi'nde Trigleia'da kurdular, Trakya sahilinde diğer yerler ile devam ettiler. Bu yeni tehdit karşı savunma yapabilmek için, III. Andronikos'un hükümdarlığının sonlarına doğru Konstantinopolis'te Türk akınlarına karşı durması için 70 gemilik bir filo inşa edildi ve başına "Megas doux" Aleksios Apokaukos atandı. Bu filo, 1341-1347 iç savaşı sırasında çok faaldi ve komutanı baskın bir rol oynadı. İç savaşı takiben, İmparator VI. İoannis Kantakuzinos (1347-1354 arası hükümdar) Konstantinopolis'ten geçen ticareti kontrol eden Galata'da bulunan Ceneviz kolonisine olan ekonomik bağımlılığı azaltmak ve Türklerin geçişine karşı Çanakkale Boğazı'nı güvence altına almak için askeri ve ticari filoyu geliştirmeyi denedi. Venediklilerin yardımıyla bunu yaptı fakat Mart 1349 tarihinde 9 gemi ve yaklaşık 100 küçük tekneden oluşan yeni inşa edilmiş filo Konstantinopolis'in güney kıyısında fırtınaya yakalandı. Tecrübesiz mürettebat paniğe kapıldı ve gemiler Cenevizliler tarafından ya batırıldı ya da ele geçirildi. Vazgeçmeyen Kantakuzinos bir başka filo inşa etme çabasına girdi ve bu ona Selanik ve bazı kıyı şehir ve adalarında Bizans otoritesini tekrar tesis etme imkanı verdi. Ana filo Konstantinopolis'te tutuldu ve Bizans gemileri Ege'de faal kalmalarına ve Türk korsanlarına karşı bazı başarılar sağlamalarına rağmen Türklerin tüm faaliyetlerini durdurmayı başaramadılar ve denizlerde üstünlük sağlamakta onları İtalyan donanmalarına kafa tutmalarında yalnız bıraktılar. Mali kaynakların yeter