lu Mihail'ın azmettiriciliğinde saray bürokratları tarafından sarayın şapelinde öldürüldü, hemen sonrasında ise Mihail hiç beklemeksizin taç giydi. Hemen hemen aynı zamanlarda Thomas, Anatolikon Theması'nda bir isyan başlattı. Kaynaklar isyanın kronolojisi ve sebepleri konusunda bölünmüşlerdir. Georgios Amartolos, hagiografi kaynakları ve II. Mihail Kutsal Roma imparatoru Dindar Ludwig'e yazdığı mektupta, Thomas'ın isyanını kendisinin tahtı gaspından önce başlattığını iddia eder. Bu kronoloji, sonra gelen Genesios, "Oi meta Theofanin" ve İoannis Skilicis gibi hemen hemen tüm Bizans vakainame yazarları ile John B. Bury ve Aleksandr Kajdan gibi modern tarihçilerin birçoğu tarafından izlenmiştir. Thomas ve isyanı çalışmasında Paul Lemerle zaman çizelgesini dikkate almayıp, Leon'un isyanı bastırmaktaki başarısızlığına cevap olarak kendi isyanını meşrulaştırmak için sonradan Mihail tarafından yapılmış bir teşebbüs ve imparatorluk kuvvetlerinin başlangıçtaki yenilgileri dolayısıyla yaşanan sıkıntılardan kendini muaf görme çabasıdır. Son dönem çalışmaların bazıları Lemerle'i izlemekte ve -genellikle 10 yüzyıl kaynaklarının en doğrusu olarak kabul edilen- Simeon Metafrastis'in Thomas'ın isyanının Leon'un öldürülmesinden birkaç gün sonra buna tepki olarak başladığını belirten kayıtlarını tercih etmektedir.

Sonuç olarak imparatorluk, yerleşik hükûmet kuvvetlerine karşı bir isyandan çok iki eşit rakibin taht için yaptıkları yarış olan bir mücadele ile bölünmüş oldu. Mihail, Konstantinopolis ve Avrupa vilayetlerini elinde tutuyor, imparatorluk bürokrasisini kontrol ediyor ve Konstantinapolis Patriği tarafından uygun şekilde taç giydirilmişti fakat tahta bir cinayet ile ulaşmıştı diğer taraftan Thomas devrilen Leon'un intikamı iddiası ile destek ve meşruluk sağlamış ve hem Asya sonra Avrupa Themalarının desteğini kazanmıştı. Thomas, V. Leon'un kayda değer destek aldığı Anadolu'da iyi bilinen, halk tarafından sevilen ve saygı duyulan biriydi. Mihail, diğer taraftan, başkent dışında neredeyse hiç tanınmıyordu; askerî başarıları önemsiz, düşük eğitimli ve görgüsüz, onunla alay edilen kekemeliği ve ailesinin bağlı olduğu kafir bir Athinganoi mezhebine sempati duymakla ünlemişti. Thomas isyanını anlatan Bizans kaynakları, Thomas'ın gerçekte tacı kendi adına değil fakat 797 yılında Annesi Atinalı İrini tarafından tahttan indirilip, öldürülen VI. Konstantinos kimliğinde istediğini belirtirler. Modern tarihçiler, bununda diğerleri gibi sonradan uydurulduğunu düşünen Lemerle'i izler. Eğer bu herhangi bir gerçeklik taşıyorsa, "Konstantinos" hükümdarlık ismiyle taç giymeyi düşünen Thomas kaynaklı bir hikâye oması muhtemeldir fakat böyle bir eylemle ilgili kanıt mevcut değildir. Mihail'in ikona karşıtı görüşlerine muhalefet nedeniyle, VI. Konstantinos'un kimliğinin muhtemel benimsenmesi ile bazı Bizans kaynakları İkona destekleyicisi hizbin Thomas hakkında yarattığı ifade ile ilişki kurmuşlardır: Onun yönetimi altında ikonaların yeniden kutsandığı kararların alındığı 787 tarihli İkinci İznik Konsili'ni toplanmıştı. Bununla beraber, kaynaklardaki muğlak ifadeler, Anadolu'daki birçok themada bulunan ikona karşıtı eğilimler ve Thomas'ın Araplar ile ittifakı onun ikona tapınması için hiçbir açık taahhütte bulunmadığını göstermektedir. Fakat II. Mihail'in hükümdarlığının başlarındaki uzlaştırıcı tavrına bakarak, ikona tapınma ihtilafının o zaman ana bir mesele olmadığını izlenimi uyandırmaktadır ve Modern tarihçilerin bakışı da Thomas'ın isyanında çok muhtemel ana rol oynamadığıdır. İkona karşıtı II. Mihail'e karşı Thomas'ın İkona destekleyici görünümü, Makedon dönemi kaynaklarının ikonoklazm karşıtı önyargılarının muhtemel sonucu olarak sonradan ortaya çıkmıştır. Üstelik Warren Treadgold eğer bu doğruysa, Thomas'ın VI. Konstantinos olma iddiasının destek kazanmak için dolaştırılan bir hikâyeden biraz daha fazla, ikonalara karşı "çalışılmış belirsizlik" ile İkona destekleyicilerinin desteğini çekmek için tasarlandığını önermektedir. Treadgold'un kendi kelimeleri ile ifade edilirse: "Thomas tüm imparatorluğu ele geçirene kadar, herkesin her şeyiydi ve sonra bazı destekçilerini hayal kırıklığına uğratacak kadar zamanı olacaktı".

"Oi meta Theofanin" ise Thomas'ın isyanı hakkında, "kul, efendisine eline kaldırdı, asker subayına, yüzbaşı generaline" demiştir. Bu başta Aleksandr Vasilyev ve Georgiy Ostrogorskiy gibi tarihçilerin, Thomas'ın isyanını ağır vergiler altında ezilen kırsal nüfusun yaygın memnuniyetsizliğinin ifadesi olarak almalarına neden olmuştur. Diğer Bizans uzmanları, özellikle Lemerle, isyan boyunca ana faktörün kırsal huzursuzluk olduğunu düşünmezler.

Genesios ve diğer vakainameler daha da ileri giderek Thomas'ın "Hagareneler, Hintler, Mısırlılar, Süryaniler, Medler, Abhazlar, Zichler, İberyalılar, Kabirler, Slavlar, Hunlar, Vandallar, Getaeler, Mani dini inananları, Lazlar, Alanialar, Haldialılar, Ermeniler ve diğer insanların her türünün" desteğini aldığını belirtmişlerdir. Bu da modern tarihçilerin Thomas'ın isyanının imparatorluğun Yunan olmayan etnik gruplarının bir başkaldırısını temsil ettiğini iddia etmelerine neden olmuştur, fakat Lemerle'e göre bu iddia da bir başka abartılı bir görüş ve bir başka düşmanca bilgi kirliliği kırıntısıdır. Ancak, Thomas'ın imparatorluğun Abhazlar, Ermeniler ve İberyalıların ordusunda yer almasından hareketle Kafkas komşularının desteğini aldığı neredeyse kesindir, bu bilgi olaya yakın bir zamanda II. Mihail ile Dindar Ludwig arasındaki mektuplarda zikredilmiştir. Bu desteğin sebepleri belirsizdir; Thomas'ın kendi hükümdarlarına bilinmeyen sözler vermesi muhtemeldir fakat Lemerle, Ermenilerin Thomas'a katılmasının sebebini katledilmiş akrabaları Leon'un intikamını almak olduğunu iddia eder.

"Foederati" komutanı olarak, Thomas Anatolikon Theması başkenti Amorium'da konumlanmıştı. Themanın "strategos" (askerî vali) görevlisinden daha az kıdemli olmasına rağmen, onun bildirisi Anadolu'da çok geniş destek aldı. Kısa bir sürede, II. Mihail'ın yeğeni "patrici" Katakilas yönetimindeki Opsikion Theması ile "strategos" Olbianos yönetimindeki Armeniakon Theması hariç tüm Asya Themaları Thomas'ı destekledi. Trakyalılar Theması iki rakip arasında gitti geldi ama sonunda Thomas'ı destekledi. İmparatorluğun Asya ordularınınki de üçünden daha fazlası Thomas'ın arkasında yer alırken, vilayetlerdeki vergi memurlarının çekilmesi ile ihtiyaç duyduğundan fazla gelir sağladı.

Mihail'ın ilk tepkisi Armeniakon ordusunun Thomas'a saldırma emrini vermesi oldu. Armeniakon ordusu savaşta kolayca mağlup edildi ve Thomas Armeniakon Theması'nın doğusuna ilerleyip sınırda yer alan Haldia bölgesini işgal etti. Armeniakon vilayetinin ele geçirmesi, Abbasiler yüzünden yarım kaldı, çünkü iç savaştan avantaj elde edip Thomas çok az birlik bıraktığı güney Anadolu'da kara ve denizden baskınlar düzenlemeye başlamıştı. Dönüp bu saldırılar ile yüzleşmek yerine, Thomas bahar 821'de Abbasi topraklarına kendisi bu sefer geniş ölçekli bir istila başlattı. Bu topraklar Bury ve diğerlerine göre Suriye, Treadgold'e göre ise Arapların elinde bulunan Ermenistan'dır. Thomas sonra Halife Memun'a elçi yolladı. Halife, özellikle Halife kendi iç meselesi Babek Hürremi liderliğindeki Hurremiyyelerin isyanına bakışı olmak üzere Thomas'ın istediklerini almakta gösterdiği güç konusundan yeterince etkilendi. Thomas ve Memun bir barış anlaşması ve müttefiklik üzerine uzlaşmaya vardı. Halife, Arap kontrolündeki topraklardan Thomas'ın asker almasına ve ikona destekleyicisi Antakya Patriği Job tarafından taç giydirileceği Arapların elindeki Antakya'ya geçiş izni verdi. Karşılığında ise, anlaşmanın tam şartları bugün belli olmasa da, bilinmeyen bir toprağı vermek ve Halifeyi vasal olarak kabul etme sözü verdi. Yakın bir zamanda, ismini Konstantinos olarak değiştirdiği kökeni bilinmeyen genç bir erkeği evlatlık almış ve ortak imparator ilan etmişti.

Bu sırada, II. Mihail ikona destekleyicisi hizip arasında destek kazanmak için, akrabasını Efes başpiskoposu atadı; fakat plan, açık bir ikona karşıtı olan Konstantinopolis Patriği I. Antonios Kassimatis tarafından yeni başpiskopos kutsanmayınca başarısız oldu. Özellikle Mihail kendisine sadık iki Asya theması başta olmak üzere vilayetleri elinde tutabilmek için 821-822 yıllarında vergileri %25 indirdiğini açıkladı.
821 yazında, Thomas Doğudaki pozisyonunu Opsikion ve Armeniakon Themaları hariç birleştirdi. Büyük ödül olarak Konstantinopolis'i belirledi. Yalnızca bu şehri elinde tutması bile bir imparatora tam meşruluk veriyordu. Thomas birlikler oluşturdu, gerekli kumanya ve ihtiyaçları topladı, kuşatma makineleri inşa ettirdi. Başkentte demirli güçlü İmparatorluk donanmasına karşı Ege Denizi ve Kibirreoton Themaları ile muhtemelen Hellas Theması'ndan gelen elindeki filoyu güçlendirici yeni gemiler inşa etti. Thomas, V. Leon'un yeğeni ve II. Mihail tarafından İskiri adasına sürgün edilen General Grigorios Pterotos'u da çağırdı ve donanmanın komutanlığı görevini verdi. Ekim'de Thomas'a sadık Thema filosu Midilli'de hazırlıklarını tamamladı ve Thomas'ın ordusu Abidos'tan Trakya'ya geçmek üzere yürüyüşe geçti.

Abidos'a yola çıkmadan önce evlatlığı Konstantinos komutasında bir orduyu Armeniakon Themasına gönderdi. Konstantinos, "strategos" Olbianos tarafından pusuya düşürülüp öldürüldü, ordu aç kayıpla geri çekilmeyi başardı. Konstantinos'un kesik başı Mihail'e gönderildi, oda onu Abidos'ta bulunan Thomas'a yolladı. Bu göreceli küçük yenilgiye rağmen gözüpek şekilde Ekim sonu ya da Kasım başıda Avrupa'ya geçti. Orada kısa bir süre sonra Konstantin yerine kökeni bilinmeyen bir başka birini ortak imparator ilan etti. Daha önce keşiş olan bu kişi, Thomas tarafından evlat edinilmiş ve ona Anastasius ismi verilmişti.

Thomas'ın amacını sezen Mihail bir ordunun başında, Konstantinopolis'in Avrupa hinterlandında yer alan Trakya ve Makedonya Themalarına hareket etti ve oraların halkını bağlılığını güvence altına almak için birçok kalenin garnizonunu güçlendirdi. Thomas karaya çıktığında, Avrupa Themaları halkı o