izik alanlarında İngiltere’de bulunanlardan daha ileride olduğunu biliyordu (İngiliz üniversiteleri hala klasikler ve matematik üzerinde yoğunlaşan bir eğitim veriyorlardı. Verdikleri dersler laboratuvar bilimlerine dair bir şey içermiyordu.). Bu ikili 1848 yılının yaz aylarında Almanya’ya taşındı ve Marburg Üniversitesine gitmeye başladılar. Gittikleri bu üniversitede Robert Bunsen etkin bir akademi üyesi olarak bulunmaktaydı. Tyndall Bunsen’ın himayesi altında 2 yıl boyunca çalıştı. Aynı üniversitede Tyndall’ın daha öncesinde mektuplaştığı ve kendisi üzerinde çok daha etkin bir yere sahip olan Professör Hermann Knoblauch da bulunuyordu. Tyndall’ın Marburg Üniversitesindeki doktora tezi vidalanmış yüzeylerin matematiksel analiziydi ve bu tezini 1850 yılında Friedrich Ludwig Stegmann’ın da yardımlarıyla tamamladı. Sonraki yıl manyetizm üzerinde araştırma yapmak için Knoblauch ile birlikte Marburg’ta kaldı. Knoblauch’un esas hocası olan Heinrich Gustav Magnus’un Berlin’de bulunan laboratuvarını da sık sık ziyaret ettiler. Bugün hala bildiğimiz bir şey var ki o da yaşadıkları dönemde bilim alanında en etkin şekilde ders veren iki bilim insanı Bunsen ve Magnus’tu. Tyndall 1851 yılının yazında İngiltere’ye yaşamak için tekrar döndüğünde, İngiltere’de laboratuvar bilimi üzerine eğitim almış herkesten daha iyiydi.
Tyndall’ın fizikte yapılmış en erken orijinal çalışması manyetizma ve diyamanyetik polarite üzerine yaptığı deneyleridir. Bu deneyler üzerinde 1850’den 1856’ya kadar çalışmıştır. Kaleme aldığı en etkin iki raporu daha önceden Knoblauch tarafından yazılan raporlardır. Bunlardan bir tanesi “"kristallerin manyeto-optik özellikleri ve moleküler düzenlemede kullanılan manyetizm ve diyamanyetizm arasındaki ilişki"”dir ve 1850 yılında yazılmıştır. Bu ve buna benzer manyetik araştırmalar Tyndall’ı o zamanların en bilinen bilim adamı yapmıştır. 1852 yılında Royal Society’e akademi üyesi olarak seçilmiştir. Tyndall Alman fizik gazetesinin uzun süredir editörü olan kişiden ve diğer seçkin insanlardan kendi lehine yazılar yazması için ricada bulunmuştur. 1853 yılında Natural Philosophy (Physics)’in ünlü professörü tarafından çok prestijli bir teklif almıştır. Yaklaşık on yıl sonra ise Michael Faraday’ın Royal Insitution’dan emekli olmasından sonra onun yerine geçecek kişi olarak belirlenmiştir. 
1850’li yılların sonlarına doğru Tyndall ışıyan enerji hareketinin havanın bileşenlerine etkisi üzerinde çalışıyordu. Bu onu araştırmasındaki daha çeşitli çizgilere yönlendirdi ve orijinal olarak aşağıdaki sonuçları elde etti:
19. yüzyılda bilimsel dergiler arasında yapılan bir araştırmaya göre John Tyndall bilim araştırma dergilerinde 147’den fazla kağıdın yazarıydı ve bunların hepsini kısım kısım 1850 ve 1884 yılları arasında yazdığını açıklanmıştı. Yaklaşık 35 yıl boyunca senede 4 sayfadan daha fazla dergiler için yazdığı öğrenildi.
Tyndall özellikle laboratuvar dersleri verirken üretme, yaşama ve gözle görülebilir kanıt oluşturmaya çok büyük bir önem gösteriyordu. Bir gün kanıtlama yaparken günümüzde de çok önemli olan ışık çeşmesi adlı bir gözlem elde etti. Bu buluş günümüzdeki modern optik teknolojisinin geçmişteki bir basamağı oldu. 
Tyndall bir deneyci ve laboratuvar cihazları inşa eden biriydi, soyut model çizimleri yapan biri değildi. Ancak radyasyon ve gazların ısı emici güçleri üzerine yaptığı deneylerde küçük bir ajanda tutuyordu ve ve moleküllerin fiziğini anlayabilmek için basit çizimler yapıyordu. 1872 yılındaki kitabında bu ajandasını isim vererek kullandı. Bütün fiziksel aktivitelerin altında görünmeyen parçacıkların davranışlarının çok önemli bir rolü vardı. Deneylerinde de şahit olduğu gibi farklı moleküller kızılötesi radyasyon üzerinde farklı absorbe etme özelliklerine sahipti. Aynı zamanda atomların absorbe edilmesiyle moleküllerinki arasında oldukça fazla fark bulunuyordu. 
Tyndall 1856 yılında Alpleri bilimsel amaçlar için ziyaret etti ancak daha sonrasında dağcılıkta da çığır açan bir tırmanıcıya dönüştü. 1856’daki dağ ziyareti sonrasında neredeyse bütün yaz aylarında Alplere tekrar gitti. Ve bu sırada bilinen ilk dağ tırmanıcıları takımının bir üyesiydi ve 1861 yılında Weisshorn’un zirvesine bir tırmanış gerçekleştirmişlerdi. Ayrıca 1868 yılında Matterhorn’un zirvesine ulaşmayı başaran ilk takımlardan bazılarına liderlik ediyordu. Adı sık sık “Alpinizmin altın çağı” yakıştırmalarıyla bilinen dönemle bağlantılı olarak kullanılmaktaydı. Bu dönem genel olarak Viktorya döneminin ortalarını yansıtıyordu ve o sıralarda Alplerin zirvelerine tırmanmak diğer zamanlara göre oldukça zor ve zahmetliydi ancak yine de ilk kez ulaşmayı başarmışlardı.

Alplerdeyken Tyndall buzullar üzerine de çalışmaya başladı ve özellikle buzulların hareketi üzerinde yoğunlaşıyordu. Bu konu üzerideki görüşleri daha sonraları onun diğerleriyle tartışmasına ve fikir ayrılıklarına sebep olacaktı özellikle de James David Forbes ile. Daha önceden buzul hareketleriyle alakalı yapılan çalışmaların çoğu Forbes’a aitti ancak o dönemde Forbes çözülme ve daha sonra tekrar donma fenomeninden haberdar değildi. Bu fenomen sonraki zamanlarda Michael Faraday tarafından ortaya çıkarılacaktı. Ortaya çıkarılan bu fenomen Tyndall’ın açıklamalarında kilit bir rol oynamaktaydı. Forbes bu regülasyonu diğerleriyle aynı şekilde görmüyordu. Tartıştıkları konu daha da karmaşık bir hale gelirken Tyndall ve Forbes diğerlerinin de katıldığı ve konusu da kimin hangi buluştan dolayı kazanç sağlayacağı büyük bir tartışmaya daha dahil oldular. Forbes’un kendisi ve arkadaşları onun büyük bir paya sahip olduğunu söylerken Tyndall farklı düşünüyordu ve kimlerin neyin üstünde hakkı olduğuna dair görüşlerini şu sözlerle açıkladı: “"yarı akışkan maddelerin hareketiyle ilgili fikirlerin tamamı Louis Rendu’ya; ancak hızlanan merkezi akıntının bir kısmı Rendu’ya aitken, oldukça fazla diğer kısmı ise Louis Agassiz ve Forbes’a aitti, geciktirme ile ilgili kanıtlamaların tamamı Forbes’a; ve de maksimum hareket noktası ise sanıyorum ki bana aittir."” Forbes ve Tyndall mezardayken ise hakkında tartıştıkları bütün konular hayatlarını kaleme alan kişiler arasında da anlaşmazlıklara sebep oldu ve tartışmaları bu kişiler devam ettirdi. Herkes mantıklı olmaya çalışıyordu ancak yine de bir anlaşma ortamı sağlanamadı. Ve dahası hayal kırıklığı olarak buzulların hareketinden beklentiler anlaşılamamış bir şekilde kalmaya devam etti ve kanıtlanmadı. 
Şili ve Colorado’daki Tyndall buzulları John Tyndall’ın adına bir hatıra olarak isimlendirilmiştir tıpkı Kaliforniya’daki Tyndall dağı ve Tazmanya’da bulunan Tyndall dağı gibi.
Bir bilim insanı olmasının yanı sıra Tyndall aynı zamanda bilim konusunda ders veren bir öğretmen ve bilimin sebeplerini açıklayan ve incilden bölümler okuyan bir vaizdi. Yaşadığı hayatın çok büyük bir kısmını bilimi insanlara tanıtabilmek için kullandı. Londra’da bulunan Royal Institution’da birçok halka açık ders verdi ve bu dersleri dinleyenler bilim insanları değildi. 1872 yılında Amerika Birleşik Devletleri’ne giderek orada halka açık ders verebilmek için bir tur başlattı ve bu tur sırasında bilimle alakası olmayan insanlar bile onun ışığın doğası ve benzeri bilimsel konularda verdiği dersleri dinleyebilmek için para ödüyorlardı. O dönemlerde Tyndall’ın şöhretini anlatan çok spesifik bir cümle kullanılıyordu ve 1878 yılında Londra’da şu şekilde basıldı: “"Faraday’ın yapmış olduklarını takip eden ve onu örnek alan biri olarak Professör Tyndall sadece orijinal araştırmalar yapıp bilimsel konularda ders vermekte başarılı olmadı aynı zamanda bu konuları çekici bir hale getirmekte de oldukça başarılıydı."” John Tyndall bir düzineden daha fazla kitap yazdı ve bu kitapları yayınlandı. 1860’lı yılların ortalarından itibaren dünyada hala yaşayan en ünlü fizikçilerden biri haline gelmişti ve bunu fizik alanındaki yetenekleri ve kararlılıkları sağladı. Kitaplarının çoğu Almanca ve Fransızcaya çevrildi ve bu dillerde bile on yıllar boyunca tekrar basılmaya devam etti.
Öğretmen olarak davranışlarına bir gösterge olarak 1867 yılında yazdığı "Sound" isimli 350 sayfadan oluşan kendisine ait notlarının açılış paragrafı şöyleydi: “"ilerleyen sayfalarda bütün zeki insanlar için bilimi enteresan kılmaya çalıştım, bu kişilerin arasında daha önce hiçbir bilimsel çalışmada bulunmamış ve bilime dair bir geçmişleri olmayan insanlarda var. İşlediğim konu kitap boyunca deney yapılarak işlenildi ve her bir deneyin başlangıcında onun gerçekten yapıldığını kanıtlayacak birer kısım yazdım."” Tyndall Çinlilerin büyük miktarda bir bedel ödeyerek bu kitabın önceki baskılarının onlar tarafından Çinceye çevrildiğini ve aynı zamanda Herman von Helmholtz’un kontrolünde Almancaya çevrildiğini söylemiştir. Basılan ilk notları 1860 yılında yayınlandı ve içeriği tamamen buzullarla ilgiliydi ve ilk cümlesi de yine benzer şekilde başlıyordu: “"kitabın içindekiler okuyan zeki insanları etkilemek için büyük bir arzu duyularak yazılmıştır ve bu kişilerin bilimsel açıdan bir şey bilmelerine gerek yoktur."” 
1863 yılında basılan ve basılan bütün kitapları arasında en çok övülen 550 sayfadan oluşan "Heat: a Mode of Motion" isimli kitabıdır ve bu kitap 1863 yılından 1880’e kadar basılmaya devam etmiştir. 
Tyndall’ın yazılan en uzun notları isimlerini vermek gerekirse "Heat" (1863), "Sound" (1867) ve "Light" (1873)’tür. Ve bunların hepsi de yazıldıkları dönemde fizik konusunda kaleme alınan çok değerli sanat eserleri olarak kabul edilmiştir. Bu kitapların içeriklerinin çoğu konuyla alakalı olarak yapılan yenilikleri ele alıyordu ve yazılan bu kitapların hepsi geniş okuyucu kitlesine sahip olan ilk yazar Tyndall tarafından halka yönelik yazılmıştır. Bu kitaplar laboratuvar bilimlerini kapsayacak şekilde oluşturuldular ve içerisinde her türlü matematik işleminden kaçındılar. Hiçbir parçasında en küçük bir kalkülüs işlemi bile bulunmuyordu. 
Tyndall’ın jenerasyonunda bulunan yaşayan ve yeni gelen İngiliz bilim adamlarının büyük çoğunluğu tutucu ve ortodoks kimlikleriyle tanınıyorlardı. Bu bilim insanlarına örnek olar