üvari ve 6 bin piyade toplamına ulaşır. Mersey Nehrini Stockport'da geçerek Bolton'a saldırır, burada Parlamento yanlısı asker ve sivillerden yaklaşık 1600 kişiyi öldürür. Bury'de dinlenen Prens Rupert, York kuşatmasından çıkabilmiş olan Newcastle Markisi'nin Lord George Goring komutasındaki süvari birlikleriyle birleşir. Parlamento yanlısı önemli bir merkez olan Manchester'a yaklaşmadan ilerler. Beş günlük bir kuşatmanın ardından Parlamento yanlısı Liverpool kentini ele geçirir.

Rupert bu aşamada nasıl devam edeceğine dair kararsız kalır. Ya ilerleyerek York kuşatmasına müdahale edecek veya Lancashire bölgesindeki hakimiyetini tahkim ederek ordusunu güçlendirecektir. Bu sırada kraldan karışık haberler gelir. Kurmay heyetindeki deneyimsiz ve maceracıların elinde oyuncak olan kral acele saldırı emirleri vermiş ve Oxford'dan ayrılıp vardığı Worcester'de Parlamento saldırısına açık hale gelmiştir. Kralın Rupert'e yazdığı mektup ise karışık ve anlaşılmazdır, kral hem York'un düşmemesini istemekte hem de Rupert'i yardımına çağırmaktadır.

Ordusunun toplamı 14 bin seviyelerine çıkmış olan Rupert önceliğin York savunmasında olduğunu yorumlayarak buna göre hareket eder. Hızlı hareket eden Rupert 30 Haziran günü York'un 14 mil uzağındaki Knaresborough Kalesine ulaşmıştır. Kuşatma yapan Parlamento birlikleri Prens Rupert'in yaklaştığını bilmekte ve onlar da Midlands bölgesinden destek beklemektedir. Ancak bu destek gelmeyince ve kuşatmadaki müttefik orduların stratejik konumlanma hataları sonucu kuşatma 30 Haziran akşamı kaldırılır. Şehre doğrudan giden eski Roma dönemi yolda Marston Moor bölgesinde mevzilenen Parlamento birlikleri Rupert'in yaklaşmasına engel olur. Rupert kentin etrafından çevirme harekâtı yaparak şehre girişlerdeki mevzileri küçük çarpışmalar sonucu alarak kenti kurtarmış olur. Rupert, yaklaşan büyük muharebe için Newcastle Markisinden birliklerinin komutasını talep eder.

Muharabe taktiği olarak üstünlüğü Monarşi birliklerine kaptıran Parlamento kurmay heyeti seçeneklerini masaya yatırmak üzere bir araya gelir. Güneye, Tadcaster bölgesine doğru ilerlemeye karar veren heyet bu sayede hem Hull ile olan ikmal hatlarını güvenceye alacak hem de Prens Rupert'in güneye sarkmasına engel olacaktır. 2 Temmuz günü harekete geçen ordu birlikleri geride Sir Thomas Fairfax komutasında süvari birliklerini emniyet gücü olarak bırakarak yola koyulur. ancak sabah saat 9 sularında monarşi birliklerinin bölgedeki köprü geçişlerini denetimine alarak Marston Moor'a doğru ilerlediği bilgisi alınır. Tadcaster'a girmekte olan öncü birlikleri dahil olmak üzere tüm piyade birlikleri geri çağrılır.

Monarşi saflarında ise fikir ayrılıkları mevcuttur. Newcastle Markisi ve kurmay başkanı Lord Eythin bir meydan muharebesine girmek istememekte ve Prens Rupert'in keyfi tavırlarından dolayı rahatsız olmaktadır. Bu yüzden Prens Rupert'e derhal katılmak yerine York kuşatmasının kaldırılması işini bahane ederler. York kuşatmasının sona ermesiyle beraber Newcastle'ın askerleri birikmiş maaşlarının ödenmesini istemiş, aksi takdirde savaşmayacaklarını belirterek düşman tarafından terk edilmiş kuşatma malzemelerini yağmaya girişmişlerdir.

Öğle saatlerinde Newcastle ile buluşan Prens Rupert, beklediği güçte olmayan destek birlik sayısının azlığına rağmen derhal saldırma niyetindedir. Ancak hem kendi piyadelerinin yorgunluğu hem de Newcastle'ın piyadelerinin yokluğu onu saldırmaktan alıkoyar. Saatler ilerledikçe İskoç ve Parlamento piyade ve topçu birlikleri de mevzilerine gelmiştir. Öğleden sonra saat 2 sularında Parlamento birlikleri 30 parça topçu bataryasıyla ateşe başlar, saldırı saat 5'e kadar sürer. Bu sırada Eythin komutasındaki York'daki monarşi yanlısı birlikler muharebe alanına gelir. Rupert ile Eythin arasında çok eski bir husumet vardır. Savaş meydanında Eythin Rupert'in düşmana çok yakın konumlandığını belirterek eleştirir, Rupert'in sürpriz bir saldırı veya birliklerin geri çekilmesi önerisi havanın kararmakta olmasıyla beraber uygulanamaz.

Parlamento birlikleri Marston Tepesi adı verilen yaklaşık 30 metre yüksekliğinde bir tepeye mevzilenirler. Çok yüksek bir tepe olmasa da vadiye hakim olan bu konum Long Marston ve Tockwith köyleri arasında kalan bölgeye hakimdir. Monarşi yanlısı ordunun bazı birlikleri tepenin batısına sızmaya çalışsalar da püskürtülürler. Bu çatışmanın yaşandığı kanada Oliver Cromwell komutasındaki süvariler konumlanır. Merkezde ise başkomutan olarak tayin edilen İskoç Leven Earlü komutasındaki 14 bin piyade ve 30-40 parça topçu bataryası bulunmaktadır. Sağ kanatta Sir Thomas Fairfax yeralmaktadır.

Monarşi yanlıları bozkırın aşağı kısmında süvari saldırısına karşı tahkimat olarak kullanılan bir hendek arkasında hazır bekler. Ordunun sol kanadını komuta eden Lord Goring yaklaşık 2 bin süvari ve 500 tüfekli piyadeye sahiptir. Merkezde ise komuta Eythin'dedir. Hendeğin içinde de düşmana ilk elden saldıracak bir Forlorn hope birliği hazırdır. Sağ kanatta Lord Byron2600 süvari ve 500 tüfekli piyade ile beklemektedir. Prens Rupert, kendi özel muhafız birliği dahil olmak üzere 600 süvariyi kendi kişisel komutası altında yedekte tutmaktadır. Bu birlik merkezde geride beklemektedir. Parlamento birliklerinde yedek birlik bulunmamaktadır.

York garnizonun geç gelmesi nedeniyle monarşi yanlısı ordunun tam olarak mevzilenmesi ancak gece saatlerinde tamamlanır. Yağmurun yağıyor olması ve kurmay heyetinin isteksizliği Prens Rupert'i planladığı baskın saldırı fikrini ertelemeye ikna eder. Monarşi birlikleri akşam karavanası için mevzilerinden ayrıldığı sırada Parlamento başkomutanı Leven hazırlıksız konumda olan düşmana saat 19:30 sularında saldırı emri verir, bu sırada gökgürültülü sağanak şeklinde yağmur yağmaktadır.

Parlamento birliklerinin sol kanadı hızla çevirme harekâtı yaparak Napier komutasındaki birlikleri geriletir, Cromwell'in süvarileri de Byron'ın birliklerine saldırır. Cromwell bu saldırıda hafif şekilde yaralanır. Bu bölgeye destek olarak yedekleri gönderen Rupert, kaçan birlikleri durdurarak karşı saldırıya kalkmalarını sağlar. İskoç birlikleri dengeyi Parlamento lehine bozmuş ve monarşi yanlısı süvari briliklerini yenmiştir. Rupert'in sağ kanadı ve yedekleri geri püskürtülmüş ve Rupert tarlada ekinler içinde saklanarak kaçabilmiştir. Parlamento birliklerinin sağ kanadı Goring komutasındaki monarşi yanlısı karşı saldırı karşısında çöker. Goring'e bağlı birlikler düşmanı kovalarken dağılıp yağmaya girişir. Newcastle'a bağlı piyade birlikleri de geri çekilmeyi bırakıp karşı saldırıya geçince Fairfax'ın merkez piyade birlikleri kaçmaya başlar. Monarşi yanlılarının ilerleyişi İskoç piyadesinin direnci ve süvarilerin ardı ardına hücumlarıyla durdurulur. Artık gecenin ilerleyen saatlerine gelinmiş ve muharebe meydanı iki taraftan da savaştan kaçanlarla dolmuştur. Cromwell'in yüksek disipline sahip süvari birliği muharebenin başlangıcındaki mevzilerine gelirler. Dağılmayan piyade birlikleri de Cromwell'in birliklerine dahil olur. Cromwell elindeki süvari ve piyadelerle Goring'in birliklerine cepheden saldırır.

Subayları esir düşmüş, savaştan yorgun düşmüş ve dağınık durumda olan Goring'in birlikleri eski mevzilerini tutmaya çalışsalar da ilk saldırıda püskürtülürler. Yeniden saldırıya geçmeyi reddeden monarşi yanlısı piyade birlikleri geceleyin York'a doğru geri çekilir. Zafer kazanmış olan Parlamento birlikleri hala savaşan monarşi merkezindeki piyadelere saldırır. Teslim olmayı reddeden ve çevresi sarılış olan bu birlikler neredeyse tamamen imha edilir.

Muharebede yaklaşık 4 bin monarşi yanlısı asker hayatını kaybeder, aralarında Sir Charles Lucas ve General Henry Tillier dahil olmak üzere 1500 kişi esir edilir. Monarşi ordusunun tüm toplarına ve kraliyet sancaklarına el konur. Parlamento tarafında ölü sayısı 300 civarındadır. Ağır yaralananlardan birisi de Sir Thomas Fairfax'ın kardeşi Charles olur. Cromwell'in yeğeni Valentine Walton da bu muharebede ağır yaralanmış, kısa bir süre sonra da ölmüştür.

Muharebeyi izleyen gece yarısı monarşi yanlısı generaller ve ordunun kılıç artıkları York'a ulaşır. York valisi Sir Thomas Glemham, sadece kendi garnizondakilerin kente girmesine izin verir. Çok sayıda yaralı kentin batı yönündeki kapısının önündeki yollarda kalır. Newcastle Markisi, tüm servetini harcadığı maceradan sonra elinde hiçbir şeyin kalmaması üzerine kralın karşısına çıkamayacağını düşünerek beraberinde Eythin ve çok sayıda subayı olduğu halde Hamburg'a sürgüne gider. Muharebeden iki gün sonra Prens Rupert kılıç artıklarından devşirdiği birlikleri 5 bin kişilik bir süvari birliği olarak düzenler. Kuzeyde vakit kaybetmektense güneyde krala katılmaya karar verir. Prens Rupert Marston Moor Muharebesiyle ilk kez bir meydan muharebesinde kesin olarak yenilmiştir. Bu mağlubiyet onu derinden etkilemiştir. Ayrıca onu sayısız muharebede korumuş olan savaş köpeği "Boye"nin kaybı da onu derinden yaralamıştır. Newcastle Markisi ve Prens Rupert'in ayrılmasıyla birlikte monarşi yanlıları birkaç yalıtılmış bölge dışında kuzeyi tamamen terk ederler.

Muzaffer Parlamento birlikleri York yönüne kaçan Prens Rupert'i takip etmek için yeniden toparlandı. Birlikler düzene girince York kuşatmasına devam edildi. Dışarıdan yardım umudu kalmayan kent yönetimiyle yapılan teslim görüşmelerinde kentte İskoç birlik bulundurulmaması koşuluyla garnizon 16 Temmuz günü teslim olur. York'un alınmasından sonra Parlamento birlikleri dağılır. Leven Earlü Newcastle upon Tyne ve Carlisle kentlerini kuşatmak için ayrılır. Ayrıca monarşi yanlısı İskoç ordusunun kılıç artıkları esir edilir. Manchester Earlünün birlikleri ise Lincolnshire'a döner ve güney cephesine katılır. Bu muharebede İskoç piyadelerin disiplini kadar Oliver Cromwell'in süvari komutanı kabiliyetleri de ön plana çıkmıştır. Denzil Holles gibi muhaliflerinin aksi yönünde çabalarına rağmen muarebede kazanılan zaferdeki payı büyük olan Cromwell, sıkı disiplinle kendisine bağlı yüksek kabiliyetli birlikleri sayesinde zaferde belirleyici olmuştur. Bu muharebeden sonra Cromwel