'ın Güney İtalya ve Sicilya'da tekrar aktif olduğu 1205 yılına kadar yerel Bizans güçlerine ve çeşitli İtalyan devletlerine bırakıldı.

Doğu'da, 956 yılında "stratēgos" Basileios'un Heksamilites, Tarsos filosuna ezici bir şekilde mağlup ederek, Girit'e bir diğer büyük seferin yolunu açtı. Bu Nikeforos Fokas'ın 960 yılında 100 dromons, 200 "chelandia", ve 308 nakliye aracından oluşan toplam 77,000 adamlık bir güçle adaya saldırmasına teşvik etti. Girit'in fethi, Bizans deniz gücünün kalbi Ege denizine doğrudan tehdidi ortana kaldırırken Fokas'ın takip eden operasyonları Klikya (963), Kıbrıs (968), ve kuzey Suriye kıyılarının (969) geri alınmasını yol açacaktı. Bu fetihler güçlü Müslüman Suriye filolarının tehdidini ortadan kaldırırken, Doğu Akdeniz'de Bizans egemenliğini yeniden tesis ederek, Nikeforos Fokas'ın Kremonalı Liutprand'a iftiharla "Ben tek başına denizin hakimiyim" sözlerini söylemesine neden olacaktı. 990ların sonlarında Fatımiler ile olan anlaşmazlık sırasında birkaç akın ve deniz çarpışması oldu. fakat kısa süre sonra barışçıl ilişkiler kuruldu ve Doğu Akdeniz gelecek birkaç on yıl göreceli sakin kaldı.

Aynı dönem boyunca, Bizans filosu Karadeniz'de de faaldi: Konstantinopolis'i tehdit eden Rus filosu, 941 yılında Rum ateşiyle teçhiz edilmiş aceleyle toparlanmış 15 eski gemi tarafından imha edildi, ve I. Svyatoslav'un Bulgaristan'ı istilası sırasında, I. İoannis (969-976 arası hükümdar) Tuna boyunca 300 gemiyle Kiev Knezliği'ni ablukaya almasında, donanma anahtar rol oynadı.

11. yüzyılın çoğunluğunda Bizans donanması yeni meydan okumalar ile yüzleşti. Müslümanların donanmasının zayıflaması özellikle Fatımi Devleti ile Bizans ilişkilerinin çoğunlukla barışçı olması nedeniyle, Müslüman tehdidi azaldı. Kayıt edilen imparatorluk topraklarına yapılan son Arap akını Kiklad Adaları'na 1035 yılında yapılmış, ertesi yılda mağlup edilmişlerdir. 1043 yılında bir diğer Rus saldırısı kolaylıkla geri püskürtüldü, kısa ömürlü Georgios Maniakes yönetiminde Sicilya'nın geri alınması dışında kayda değer büyük bir sefer yapılmamıştır. Bu uzun barış ve refah dönemi kaçınılmaz şekilde ordunun rehavet içine girmesine ve laçkalaşmasına neden oldu. Daha I. Basileios'un (976-1025 arası hükümdar) hükümdarlığında, Adriatik savunması, Venediklilere verilmişti. IX. Konstantinos Monomakos'un (1042-1055 arası hükümdar) hükümdarlığında, askeri hizmet nakit para karşılığı takas edilirken ordu ve donanma küçülüyor, sonucunda yabancı denizcilere bağımlılık artırıyordu. Büyük thema filoları küçüldü ve yerlerini yerel askeri komutanlara bağlı küçük filolar aldı, denizlerde büyük düşmanlar ile yüzleşmekten korsanlık bastıran bir seviyeye geriledi.

11. yüzyılın son çeyreğinde, Bizans donanması önceki kişiliğinin gölgesi olmuş, ihmal,subaylarının yetersizliği ve mali kaynakların yetersizliği ile düşüşe geçmiştir. Kekaumenos, yaklaşık 1078 yılında yazdıklarında, şöyle hayıflanmaktadır: "makul devriyelerin mazeretinde, [Bizans gemilerinin]" Ege kıyılarından ve adalardan "buğday, arpa, baklagiller, peynir, şarap, et, zeytinyağı, para anlaşması ve başka her şey taşımak dışında hiçbir şey yapmıyorlardı", "[düşmanlarını] gördükten sonra kaçıyorlar ve böylece Romalılara utanç oluyorlardı". Kekaumenos bunları yazdığı zamanlar, yeni ve güçlü rakipler yükselmeye başlamıştı. Batı'da Bizanslıları güney İtalya'dan atıp, Sicilya'yı fetheden Norman Sicilya Krallığı, şimdi gözünü Bizans Adriyatik sahillerine ve ötesine dikmişti. Doğu'da korkunç 1071 tarihli Malazgirt Meydan Muharebesi İmparatorluğun askeri ve ekonomik kalbi Küçük Asya'nın kaybıyla sonuçlanmış, Selçuklular Konstantinopolis'in 100 mil güneyinde Nicaea şehrini 1081 yılında başkent yapmışlardı. Kısa süre sonra Hristiyanlar yanında Türk korsanlarda Ege Deniz'inde ortaya çıktılar. Denizleri denetlemekle görevli Bizans thema filoları ihmal ve ardı ardına iç savaşlar yüzünden tükenmiş oldukları için bu görevlerinde etkin mukabelede bulunamıyorlardı.

Bu noktada, Bizans filosunun acınası durumu vahim sonuçlar doğurdu. Norman istilası durdurulamadı ve orduları Korfu'yu ele geçirdi, Epirus'ta mukavemet görmeden karaya çıktılar ve Dyrrhachium'ı (Modern Dıraç) kuşatmaları, on yıllık bir savaşı başlatarak sıkışmış imparatorluğun kısıtlı kaynaklarını tüketti. Yeni imparator I. Aleksios (1081-1118 arası hükümdar), zaten 1070lerde Adriyatik ve Dalmaçya'da Normanlara karşı kontrollerini ortaya koyan Venediklileri yardıma çağırmak zorunda kaldı. 1082 yılında, yardımlarına karşılık, onlara büyük ekonomik imtiyazlar tanıdı. Bu anlaşma ve sonraki bu imtiyazların genişlemesi pratikte Venediklilerin (daha sonra Cenevizliler ve Pisalılar da) Bizanslıları rehin almalarına neden olmuştur. Tarihçi John Birkenmeier şöyle yazmıştır:
1080li yıllarda Normanlar ile yapılan çatışmalarda, etkili Bizans deniz gücü sadece küçük bir filoydu ve muhtemelen önceki on yılda donanma komutanlığından emekli olan Michael Maurex tarafından ayakta tutuluyordu. Venedikliler ile beraber başDilıçta Norman filosuna karşı galip gelindi ama birleşik filo 1084 yılında Korfu açıklarında Normanlar tarafından mağlup edildi.

Aleksios kaçınılamaz surette kendi filosuna sahip olması gerektiğini anladı ve kara operasyonlarındaki uğraşmasına rağmen, deniz gücü kurmak için adımlar attı. Özellikle Ege'ye filo gönderen İzmirli Çaka Bey gibi Türk emirlerinin teşebbüslerini karşılık verirken, çabaları bazı başarılar doğurdu. İoannis Doukas komutasında filo akabinde Girit ve Kıbrıs isyanlarını bastırmakta kullanıldı. Haçlıların yardımıyla, Aleksios Batı Anadolu sahillerini geri kazanabildi ve etkisini doğu tarafına doğru genişletti: 1104 yılında, 10 gemilik bir filo Trablus ile beraber Laodicea ve diğer kıyı kasabalarını ele geçirdi. 1118 yılına gelindiğinde Aleksios küçük bir donanmayı ardılı II. İoannis'a (1118-1143 arası hükümdar) bırakabildi. Babası gibi II. İoannis de orduya ve kara temelli seferlere odaklandı fakat donanmanın gücünün ve sistemin tedarikinin ayakta tutulmasına dikkat gösterdi. İoannis, Aleksios'un Venediklilere verdiği imtiyazları yenilemeyi reddetti. Misilleme olarak Venedikliler birçok Bizans adasını talan ettiler ve Bizans filosu üzerilerine gidemedi, İoannis 1125 yılında anlaşmayı yenilemek zorunda kaldı. Açıkça bu noktada Bizans donanması İoannis'in başarı bir şekilde İmparatorluğun kaynakları üzerine baskı uygulayan Venediklilere karşı gelmesini sağlayacak yeterli güce sahip değildi. Bu olaydan çok vakit geçmeden, II. İoannis, Maliye bakanı Poutzeli İoannis'in tavsiyesine uyarak filoya ayırdığı parayı orduya aktarmış, sadece "ad hoc" temelli gemiler hazırlamıştır.

Hırslı hükümdar I. Manuil (1143-1180 arası hükümdar) idaresinde Doğu Akdeniz'in Latin ve Müslüman devletleri ile ilişkilerinde dış politikanın güçlü bir aracı olarak geniş şekilde donanmayı kullanması onun büyük geri dönüşüne neden oldu. Hükümdarlığının erken dönemi boyunca, Bizans deniz gücü hala zayıftı: 1147 yılında Sicilya Kralı II. Rugerro'nun amirali Giorgio d'Antiochia'nın komutasında filo Korfu, İyonya Adaları ve Ege'nin içerisine çok ciddi direnç görmeden akınlar düzenleyebildiler. Ertesi yıl büyük bir filonun (iddiaya göre 500 savaş gemisi ve 100 nakliye gemisi) eşlik ettiği bir ordudan oluşan Venedik yardımı ile Korfu ve İyonya Adaları Normanlardan geri alındı. İntikam olarak 40 gemilik bir Norman filosu Konstantinopolis'e ulaştı, Boğaziçi'nde Büyük Saray önünde gövde gösterip, şehrin banliyölerini yağmalamışlardır. Fakat dönüş yolunda bu filo, Bizans ya da Venedik donanmasının saldırısına uğrayıp yok edilmiştir.

1155 yılında, 10 gemilik bir Bizans filosu Norman asi Loritellolu III. Robert'i desteklemek için Ancona'ya vardı, Güney İtalya'yı elde etmek için son Bizans teşebbüsünü başlattılar. BaşDilıçtaki başarılara ve "megas doux" Alexios Komnenos Bryennios'un takviyesine rağmen, sefer 1156 yılında nihayetinde mağlup edildi ve dört Bizans gemisi ele geçirildi. 1169 yılında Manuil'in çabaları meyvesini verdi, "megas doux" Andronikos Kontostefanos komutasında 150 kadırga, 20 büyük nakliye gemisi ve 60 at nakliye gemisinde oluşan büyük ve saf Bizans donanması Haçlı Kudüs Krallığı hükümdarı ile beraber Mısır işgal etmek için gönderildi. Fakat işgal başarısızlıkla sonuçlandı ve Bizans filosunun yarısı dönüş yolunda fırtınada yok oldu.

Mart 1171 tarihinde İmparatorluk çapında tüm Venediklilerin yakalanıp, tutuklandığında, Bizans donanması Sakız Adası'na seyir eden Venediklilere bir saldırıyla engelleyecek güce sahipti ve onları görüşmeye razı edebildiler. Manuil, Kontostefanos komutasında 150 gemilik bir filoyu orada onlarla yüzleşmeleri için yolladı ve hastalıktan zayıflayana kadar geciktirme taktikleri uyguladılar, Venedikliler geri çekilmeye başladılar ve Kontostefanos'un filosu tarafından takip edildiler. 1125 yılında yaşanan aşağılanmadan sonra kayda değer bir geri dönüştü. 1177 yılında, Kontostefanos komutasında 70 kadırga ve 80 yardımcı gemilik bir başka filo Mısır'a yollandılar, Flandra Kontu Filip ve Kudüs Krallığı soylularının önemli miktarı bu sefere katılmayı red edince filo Akka açıklarından geri döndü. Fakat Manuil'in hükümdarlığının bitimi, bütün cephelerde sürekli savaşı yorgunluğu ve İmparator'un görkemli projelerin sonucu, tarihçi Nikitas Honiatis, Manuil'in hükümdarlığının son döneminde artan korsanlığı, filonun ayakta tutulması için ihtiyaç duyulan fonların imparatorluk hazinesinin diğer ihtiyaçlarına yönlendirilmesine bağlar.

I. Manuil'in ölümünden ve Komnenos Hanedanı'nın 1185 yılında iktidardan çekilmesinden sonra, donanma hızla düşüşe geçti. Kadırgaların bakımı ve yetkin mürettebatı elde tutmak çok pahalıydı ve ihmal, filonun hızlı kötüleşmesine neden oldu. 1182 yılında Bizanslılar Venedikli denizcilere bazı kadırgalarına mürettebat olmaları için para vermelerine rağmen, 1180lerde Komnenos deniz teşkilatının büyük kısmı ayaktaydı ve 70-100 gemilik seferler düzenlendiği dönemin kaynaklarında kaydedilmiştir. Böylece I. Andronikos (1183-1185 arası hükümdar) hâlâ 1185 yılında 100 savaş gemisi toparlayabilip Marmara denizi'nde Norma