Seferi yapılması için hazırlıklara başlanmakta iken, Kutsal Roma Cermen İmparatorluğu'nun başkenti Frankfurt'da yapılan "Riechtag" toplantısında Haçlı askerleri ve para toplamak için vaiz veren Papa'nın bu sefer için baş organizatörü olan Clairvoux'lu Bernard'a Saksonyalılar tarafından Wendlerin üzerine bir haçlı seferi gönderilerek onların zorla Katolik Hristiyanlığa dönüştürülmesi teklifi getirildi. Saksonyalıların bu talebi papalık tarafından uygun görürülerek, 13 Nisan 1147'de Wend İslavlar üzerine bir haçlı seferi de açılması için Papa III. Eugenius adına "Divina dispensatione" adlı bir papalık beyannamesi yayınladı ve bu beyannamede pagan Slavlar üzerine yapılacak Haçlı seferinin aynen Suriye-Filistin'e karşı haçlı seferi (yani İkinci Haçlı Seferi) gibi kabul edileceği ilan edildi. Böylece Wendler kavmini zorla Katolik Hristiyanlığa dönüştürmek için Haziran 1147'de resmen bir Haçlı Seferi başlatıldı.

Wendlere karşı yapılan Haçlı Seferi başlangıçta Filistin'deki "Kutsal Topraklar"a yapılan İkinci Haçlı Seferi ile ayni zamanda oldu. İslavlar üzerine sefer yapmak için gönüllü haçlı askeri olanlar genellikle Saksonyalı, Danimarkalı ve Lehler idi ve bazı Bohemyalı haçlıların da bu sefere katıldığı bilinmektedir. Genellikle Alman asilleri, Saksonyalılar hariç, bu haçlı seferine katılmamışlardır. Ama kurulan haçlı orduları "Ascani", "Wettin", "Schauenburger" adlı Saksonyalı asil ailelerin mensupları tarafından idare edilmişlerdir. Seferin en üst komutanı olarak ise (sefer başlamadan Wend İslavları idaresinde olan) Havelberg Başpiskoposu olarak atanan papalık baş temsilcisi "Havelberg'li Anselm" tayin edildi.

Wendlere karşı Haçlı Seferleri 1147 yazının sonlarında başladı. Wendler Danimarkalı haçlıları mağlup edip geri püskürttüler. Saksonyalı haçlılar ise Wagria ve Polabiya'yı ellerine geçirdiler. Wend İslavlar buna karşılık Lübeck doğusunda genişlediler. İslavlar Saksonyalılara tabiyet tazminatı vermeyi üslendiler. Havelberg bir başpiskoposluk merkezi olarak Saksonya eline geçti ve buralardaki arazilere Saksonlar yerleşmeye başladılar. Wendlerin çoğunluğu pagan dininden Hristiyanlığa dönüşmedi. Saksonların "Dobin"e yaptıkları hücum ile ele geçirdikleri arazilerde yasayan İslavlar yeniden vaftiz ile güya Hıristiyanlığa dönüştüler ama Saksonyalı haçlı ordusu dağılıp bu arazilerden ayrıldıktan sonra bu güya Hristiyan İslavlar yine pagan dinlerine geri döndüler. Özetle bu Haçlı seferi'nde haçlıların bazı başarılar elde etmelerine rağmen, bu seferin bir devamlı bir sonuç yaratmadığı kabul edilmektedir.

Bu Wendlere karşı ilk Haçlı Seferi'nden sonra yeniden Wendler üzerine Haçlı seferleri tertip etmek için papalık beyannameleri yayımlandı ama bunlar bir haçlı seferine yol açmadı.

Saksonya Kralı Arslan Henry Saksonya tahtına geçtikten sonra 1160-1162'de Saksonya orduları ile Wendler üzerine yeni bir Haçlı Seferi açtığını ilan etti. Bu yeni haçlı ordusunun çoğunluğunu Saksonyalılar oluşturmaktaydı. Bu haçlı seferinin gelişmesini ve sonucunu inceleyen tarihçiler, bu sefere iştirak edenlerin, komutanları Saksonya Kralı Arslan Henry dahil, dinsel şevkle İslav paganları Hristiyanlığa dönüştürme aşkına savaşmadıklarını ve hedeflerinin para, mal ve eşya ganimet alınması ve talanı ile birlikte kendilerine bağlı yeni topraklar edinme olduğu bildirilmektedir. Bu yeni güya Haçlı seferinde Wendler "Benin Savaşı"nda mağlup edildi. Mecklenburg ve merkezî Pomeranya kırsal arazileri talan edildi. Buralarda yaşayıp tarım yapan İslav köylüler genellikle Hristiyanlık adına yalnız pagan dinlerini değil; para ve mallarını ganimet ve talan arayan çapulcu Haçlılara kaybettiler. Hatta birçoğu, katliama uğrayarak canlarını da kaybettiler. Bu kırsal araziler sanki boşaltıldı.

12. yüzyıl başlarında (günümüzde Estonya, Letonya ve Litvanya adlarını taşıyan ülkeler topraklarında), gittikçe güç kazanan birbirine rakip (doğuda Ortodoks Hıristiyan mezhebini kabul etmiş olan ve batısında Roma Katolik Hıristiyan mezhebini kabul etmiş olan) Hristiyan devletler arasında bir tampon gibi sıkışmış olup paganlık inançlarını devam ettiren kavimler yerleşik olarak yaşamaktaydılar. Hristiyan mezhepleri, yani Ortodoks Kilisesi ile Katolik Kilisesi, arasında bulunan farklar ve her iki mezhebin de yalnız kendisinin gerçek Hristiyan inancı olduğu iddiaları dolayısıyla o zamana kadar bu kavimler etkin olarak Hristiyanlığa dönüştürülememişlerdi. Bu bölgeye Alman Haçlı ordularının gelmesine kadar geçen son 150 yılda Estonya, Rusya prenslikleri tarafından 13 kere askerî hücuma uğramıştı ve Danimarkalı ve İsveçliler de Estonya'ya bu dönemde hücumlar yapmışlardı. Buna karşılık Estonyalılar da İsveç ve Danimarka topraklarına zaman zaman askeri talan akınları yapmışlardı. Bu dönemde bazı Katolik Hristiyanlar barışcıl yollarla Estonyalıları Hristiyanlığa dönüştürmeye çaba harcamışlardı. Bu barışçıl yolla Hristiyanlığa dönüştürme çabalarının başlangıcı 1048-1072 döneminde "Hamburg Başpiskoposu Adalberet" ve "Bremen Başpiskoposu tarafından Estonyalılara misyoner papazlar gönderilmesi ile olmuştu. Fakat bu barışçıl yol ve çabalarla Hristiyanlığa dönüştürme çok sınırlı bir başarıya uğramıştı.

1180'de günümüzdeki Letonya'da bulunan Dauvaga Nehri ağzına, eski geleneksel Viking ticaret yollarını takip edip gelen Alman tüccarların hemen arkasından "Meinhard" adlı bir Katolik keşiş gelip; yerleşip Hristiyan propagandasına başlamıştı. Bu keşişe 1186'da kilise tarafından Piskopos unvanı verildi.

1195'te Roma'daki Papa II. Ceolestin Hıristiyanlığa inanmayan Baltık paganlarına karşı bir Haçlı seferi tertip edildiğini ilan etti. Bu Haçlı Seferini onu takip eden Papa III. İnnocentius da onaylandığını ilan etti. Organize edilen Haçlı Seferi'nin ordusu 1198'de, (günümüzde Letonya' daki Riga Körfezi adı verilen) Livonya sahillerine çıktı. Bu Haçlı ordusunun idarecisi, papalık temsilcisi olarak misyoner keşiş "Meinhard"in yerine geçen Hanoverli Piskopos Berthold'du. Bu Haçlı ordusu Livonyalılara karşı ilk muharebeyi kazandı. Fakat Haçlı ordusunun komutanı Piskopos Berthold bu muharebede ağır yaralanıp çok geçmeden öldü. Bundan sonra da karaya çıkmış olan Haçlı ordusu da bu mevkiden püskürtülüp atıldılar.

1199'da "Bremen Başpiskoposu Uthlede'li Hartwig" Baltık kavimlerini Hristiyanlığa dönüştürme görevi ile Buxhoevenden'li (bazen Rigalı olarak anılan) Albert'i görevlendirip "Riga Prens-Piskoposu" olarak atadı. Albert bu tarihten 30 yıl sonra öldüğünde Baltık (günümuzde Estonya ve kuzey Letonya) bölgelerinin tümü Haçlılar tarafından istila edilip buralardaki halkın Hıristiyanlığa dönüştürülmesi başarı ile tamamlanmıştı.

Albert Riga'da görevi başına geçmeden önce Kutsal Roma-Germen İmparatorluğu'nu (yani günümüzdeki Almanya'yı) gezip Baltık Denizi etrafındaki paganlara karşı Haçlı Seferi yapmak için gönüllü Haçlı asker toplamaya başladı. Bu Haçlı ordusunu toplamada kendine verilen en büyük destek Papalık tarafından çıkartılmış bir Papalık Fermanı oldu; bunda Baltık paganlarına karşı yapılacak savaşın aynen Filistin'deki Kutsal Topraklara Müslümanlara karşı yapılacak bir sefere eşit olduğu belirtilmekte idi.

1200'de Piskopos Rigalı Albert topladığı 200 gönüllü asker ve 23 gemiden oluşan bir filo ile Daugava Nehri ağzındaki (günümüzde Riga olan) bir mevkiiye çıkartma yaptı. Burada bir kale kurup bir Haçlı ordusuna bir üs kurdu. Bu ufak bir birlik olmakla beraber Albert'in ünü Almanya'ya ve hatta daha uzaklara yayılıp bu mevkiye büyük gruplar halinde gönüllü Haçlı askerleri gelmeye başladılar. Bu yeni Haçlı gönüllüler daha çok kırsal alanlardan olup ilkbahar başında kış sona erip yollar ve deniz seferleri açıldıktan sonra gelmekte idiler ve sonbaharda evlerine geri dönmekte idiler.

1202'de devamlı bir Haçlı askeri ordusu bulunmasını sağlamak gereği anlaşıldı. O yıl üyeleri Hıristiyan keşiş statülü olan yeni bir asker tarikatı kuruldu ve bu askeri tarikata Livonyalı Kılıç Kardeşleri ismi verildi. 1201'de Piskopos Albert Riga'da bir pazar açtı. Bu pazar Almanya, diğer İmparatorluk bölgeleri ve hatta diğer Atlas Okyanusu kıyısı ülkeleri tüccarları tarafından çok rağbet gördü. Bu pazarın rağbet görmesi Riga ve yakınındaki bölgelerin devamlı olarak iktisadi olarak ayakta durmasını sağladı. Albert'in isteği üzerine Papa II. İnnocentius Baltık ülkelerini İsa'nin Annesi Meryem Ana'ya adadı. Bu yeni isimlendirme Haçlı gönüllü askeri çekmek için bir ilan görevi yaptı. Bu Baltık ülkeleri buna atıfla (günümüzde bile) "Meryem'in Ülkesi (Terra Mariana)" olarak anılmaya başlandı. 

1206'da Livonyalı Kılıç Kardeşleri şövalyeleri ve Haçlı ordusu, kuzeybatı Rusya'ya giden önemli bir ticaret yolu üzerinde bir anahtar şehir olan ve yerli Livonyalıların önemli bir askerî müstahkem mevkii olan "Gauja Nehir"nin sol kıyısında bulunan Turaida'yı ellerine geçirdiler.

1210'da önce Haçlılar bu mevkide Sigulda adını verdikleri, taştan yapılmış çok korunaklı bir kale inşa ettiler ve boylece "Gauja Nehri"nin sol sahillerinin kontrolünü de ellerine geçirdiler. 1211'e gelindiğinde Livonya "Metsepole" vilayeti (günümüzde Limbazi ilçesi) ve Livonyalılar ve Latgalyalılar kavimlerinin karışık olarak yerleştikleri "İdumae" vilayeti (günümüzde Straupoe ilçesi) Haçlılar tarafından fethedilerek buraların halkı da vaftiz edilerek Katolik Hristiyanlığa dönüştürüldü.

Pagan Livonyalılara karşı katolik Hristiyan Haçlı ordusunun yaptığı en son silahlı çatışma Haçlı ordusunun Sigulda yakınında bulunan Livonyalılara ait olan "Satezele" tepe kalesini kuşatmaya almaları ve çok uzun sürmeden bu kaleyi ellerine geçirmeleri ile oldu. Livonyalılar önce Almanları kendilerine destek sağlayan bir müttefik olarak kabul etmişlerdi. Bir Doğu İslav Prensliği olan Polotsk hükümdarlık bölgesine Livonyalılar yıllık tazminat ödemekteydiler ve Almanların onlara karşı kendilerine destek sağlayacaklarını beklemekteydiler. Livonyalıların lideri olan "Turaidalı Caupo" Alman Haçlılar tarafından vaftiz edilip Hıristiyanlığı kabul eden en önemli Livonyalı lider oldu. Fakat Haçlı Almanlar idaresi yerlilere karşı gittikçe daha sıkı tedbirler almaya başladılar