ı kupası olan EuroLeague'de top-16 gruplarına kalınmış ve 3 sezonda da top-16’da 2. olunmuştur. O dönemde Avrupa’da top-16 liderleri doğrudan final-four oynadığından Efes final-four oynayamamıştır. Özellikle 2003-04 sezonunda Top-16'da o zamanki adıyla Fortitudo Skipper Bologna deplasmanında, Basile’nin son saniye üçlüğü ile alınan yenilgi final-four’un kaçmasına neden olmuştur. 2004-05 sezonunda ise, Euroleague'de yeniden getirilen çeyrek final uygulaması sonucu Efes, Top-16’dan çeyrek finale yükselmiş, ancak saha avantajını elinde tutan Panathinaikos’a 2-1’le boyun eğmiştir. Ayrıca 2004-05 sezonunda Euroleague'de normal sezon 6. haftada Efes Pilsen, Olympiacos'u deplasmanda 59-110 yenerek sansasyonel bir galibiyet almıştır. Bu galibiyet Efes Pilsen'in Avrupa'da aldığı en farklı deplasman galibiyetidir. Yine 2004-05 sezonunda top-16 3. hafta karşılaşmasında İstanbul'da oynanan maçta Efes Pilsen'in Benetton'u 52-43 yenmesi ile o maç, o güne kadar oynanan en düşük skorlu Euroleague maçı olarak kayıtlara geçmiştir. 
2005-06 sezonunda Efes, ligi finalde Ülkerspor’a kaybetmesine rağmen Türkiye Kupasını kazanmıştır. Avrupa’da da çok zorlu bir top-16 mücadelesi sonrası geçen sezonki başarı tekrarlanmış ve takım Euroleague'de çeyrek finale yükselmiştir. O sezonda Efes'in bulunduğu top-16 G Grubunda 4 takım da 3 galibiyet 3 yenilgi ile sıralanmış ve Efes averajla 2. olmayı başarıp çeyrek finale yükselmiştir. Fakat Efes, CSKA Moskova’ya çeyrek finalde 2-0’la elenmiştir. 
2006-07 sezonu başında Efes Pilsen, bir NBA takımıyla maç oynayan ilk Türk takımı olmuştur. ABD'de Denver Nuggets ve Golden State Warriors ile birer maç oynayan Efes, bu maçları kaybetmiş olsa da ilkler hanesine yeni bir not düşmüştür. Ayrıca sezon başında Cumhurbaşkanlığı Kupasını kazanan Efes, Türkiye Ligi’ni ise finalde kaybetmiştir. Takım Türkiye Kupasını kazanmasına karşın Avrupa’da top-16 gruplarından bir üst seviyeye çıkamamıştır. Bu sonuçların ardından sezon sonu Oktay Mahmuti ile yollar ayrılmıştır. Mahmuti döneminde Efes, Kaspars Kambala, Nikola Prkacin, Marcus Brown, Antonio Granger, Mehmet Okur, Ender Arslan, Kerem Tunçeri ve Alper Yılmaz gibi önemli oyuncularla hem Türkiye'de hem de Avrupa'da istikrarlı bir savunma takımı görüntüsü çizmiştir.

2007-08 ve 2013-14 sezonları arasında Efes, neredeyse her sezon ayrı bir koçu takımın başına getirmiş ve yapılan ciddi transferlere rağmen istikrarsız bir görüntü çizmiştir. Aydın Örs’ün kurduğu ve ayrılması sonrası Oktay Mahmuti’nin devam ettirdiği savunma anlayışı, 2007-08 sezonunun başında David Blatt’in takımın başına getirilmesi ile son bulmuştur. Blatt yönetiminde yenilenen kadro ile sezona iddialı girilmiştir. Sezon başında İstanbul'da bir NBA takımı olan Minnesota Timberwolves ile maç oynayan Efes Pilsen bu maçı kıl payı kaybetse de Türkiye'de bir NBA takımı ile maç oynayan ilk Türk takımı olmuştur. Ancak Euroleague'deki Partizan deplasmanına kimi Amerikalı oyuncuların gelmek istememesi ile karışıklıklar baş göstermiştir. Sezon bitmeden Blatt ile yollar ayrılmış ve takımı sezon sonuna kadar Ekrem Memnun idare etmiştir. Sezon boyu istikrarsız bir görüntü çizen takım o sezon çok uzun bir aradan sonra ilk kez Türkiye’de finale çıkamamış ve Euroleague'e de top-16’da veda etmiştir. 
2008-09 sezonu başında takımın başına Ergin Ataman getirilmiştir. Bu sezon başında Cumhurbaşkanlığı Kupası kazanılmış ve 3 sezonluk hasretin ardından, Charles Smith, Bootsy Thorton, Preston Schumpert, Kerem Gönlüm ve Kaya Peker gibi oyuncularla Türkiye Ligi şampiyonluğu gelmiştir. Özellikle olaylı geçen final serisinde Fenerbahçe Ülker’in 2-0 geriden gelip, 4-2 mağlup edilmesi ses getirmiştir. Türkiye Kupasını da Ataman yönetiminde kazanan Efes yine bir duble başarısı göstermiştir. Ancak Avrupa’da istenen sonuçlar alınamamış ve takım Euroleague'de çok uzun bir süre sonra top-16’nın dışında kalmıştır.
2009-10 sezonunda da Ataman’la yola çıkan Efes, sezon başında Cumhurbaşkanlığı Kupasını müzesine götürmüştür. Ancak Igor Rakocevic ve Bostjan Nachbar gibi yıldız transferlere rağmen takım ligi finalde kaybetmiştir. Türkiye Kupasında ise yarı finalde elenen Efes, Avrupa’da yine top-16 oynamıştır. 
2010-11 sezonuna koç Velimir Perasovic ile giren Efes, sezon başında Cumhurbaşkanlığı kupasını kazanmasına rağmen lige yarı finalde, Türkiye Kupasına çeyrek finalde veda ederken, Avrupa’da da top-16’nın ötesine geçememiştir. Ayrıca sezon ortasında Perasovic ile yollar ayrılmış ve yerine takımın eski önemli oyuncularından Ufuk Sarıca gelmiştir. 
2011-12 sezonuna Ufuk Sarıca antrenörlüğünde girilmiştir. Ayrıca değişen yasa gereği 2011-2012 sezonundan itibaren takımın adı Anadolu Efes olarak değiştirilmiştir. Sezon ortasında Sarıca ile yollar ayrılmış ve takımın başına Ilias Zouros getirilmiştir. Takım ligi finalde Beşiktaş’a yenilirken, Türkiye Kupasına ise yarı finalde veda etmiştir. Sezonu kupasız kapatan Efes, Avrupa’da da yine top-16 oynamıştır. 
2012-13 sezonunda takımın başına yeniden Oktay Mahmuti getirilmiştir. Jordan Farmar gibi yıldız transferlerle iddialı bir kadro kuran Efes, ligde ve kupada istediği başarıları elde edemese de 7 sezondur uzak olduğu Euroleague çeyrek finaline erişmeyi başarmıştır. 3 maç kazananın final-four’a kalacağı çeyrek finalde Olympiacos ile eşleşen Efes, Pire’deki ilk iki maçı kaybetse de İstanbul’da durumu 2-2’ye getirmeyi başarmıştır. Özellikle serinin 4. maçı hala hatırlanan bir maçtır. Maçın bitimine 1.15 kala 68-73 geride olan ve savunmada olan Efes, Farmar’ın olağanüstü çabası ile geriden gelip, Jamon Gordon’un son saniye basketiyle 74-73 kazanıp seriyi eşitlemiştir. Ancak Efes, sezonu şampiyon kapatacak olan Olympiacos’a karşı son maçta Pire'de kaybetmiş ve 3-2 ile geçilmiştir. Efes için bu sezon da final-four kapısından dönülen sezonlardan biri olarak tarihe geçmiştir. Yine bu sezonda Efes Pilsen, Oktay Mahmuti yönetiminde Avrupa'da toplam 100 galibiyet barajını da geçmiştir. 
2013-14 sezonuna yine Mahmuti ile giren Efes'te, Avrupa’da top-16 grupları öncesi Mahmuti ile yollar ayrılmış ve daha önce Dušan Ivković’in yardımcı antrenörlüğünü yapmış olan Vangelis Aggelou yönetiminde sezon kupasız kapatılmıştır. Ligde başarılı olamayan Efes, Türkiye Kupasında ise final oynamıştır. Avrupa'da da top-16'da başarısız sonuçlar elde edilmiştir ve takım üst tura yükselememiştir. Bu sezon için önemli noktalar, Efes'in Euroleague top-16 turu 8. haftasında Euroleague'deki 250. maçına, 10. haftasında ise tarihindeki 500. Avrupa maçına çıkmış olmasıdır.

2014-15 sezonu başında Avrupa Basketbolunun efsanelerinden biri olarak kabul edilen Dušan Ivković takımın başına getirilmiştir. Ivkovic ile yeni bir yapılanmaya giden Efes’te bu sezonda altyapıdan gelen Cedi Osman ve Furkan Korkmaz gibi genç Türk oyuncular ciddi süreler almıştır. Efes, Türkiye Liginde final oynamasına karşın Pınar Karşıyaka’ya şampiyonluğu kaptırmıştır. Ancak 2015 Türkiye Kupası finalinde Fenerbahçe Ülker’i yenen Anadolu Efes, 2010’dan sonra ilk kez bir kupa kazanma başarısı göstermiştir. Euroleague'de ise çeyrek finale yükselen takım, sezonu şampiyon olarak kapatacak olan Real Madrid’e 3-1'le elenmiştir. Ayrıca sezon sonunda 1999'dan beri kulübün genel direktörlük görevini üstlenen Engin Özerhun ile yollar ayrılmıştır.

2015-2016 sezonun başında, Anadolu Efes, Pınar Karşıyaka'yı 76-74 mağlup ederek Cumhurbaşkanlığı Kupası'nı kazanmıştır. Çalıştırdığı takımların ikinci sezon ivme kazanmasıyla tanınan İvkovic bu durumu Efes'te gerçekleştirememiştir. Mücalede ettiği 4 kulvarda da başarı arayan takım Cumhurbaşkanlığı Kupası zaferinden sonra Türkiye Kupasından elenmiştir. Sezon başında final-four hedefi konulan Avrupa'da ise istenilen sonuçlar elde edilememiştir. Efes'teki ikinci sezonunda, Türkiye Liginde zirvede olmasına rağmen, Euroleague top-16 grubunda 5. olarak play-off'ları kaçıran İvkovic ile Anadolu Efes'in yolları sezon bitmeden 25 Nisan 2016 günü ayrılmıştır. Takımı sezon sonuna kadar Ahmet Çakı devralmıştır. Andolu Efes, 2015-16 sezonunda ligi lider bitirmiştir. Play-Off çeyrek final turunda Royal Halı Gaziantep'i 2-0, Darüşşafaka Doğuş'u ise 3-0 yenip, finalde Fenerbahçe'nin rakibi olmuştur. Finalde ise 4-2 kaybetmiştir.

Anadolu Efes, 2010-11 sezonunda takımın başında olan Hırvat koç Velimir Perasović ile 2 seneliğine tekrardan anlaştı. 2016-17 Basketbol Süper Ligi normal sezonunu 23 galibiyet, 7 yenilgi ile üçüncü sırada bitirdi. Play-off çeyrek final turunda Galatasaray'ı 2-1 sonuçla yendi. Yarı finalde ise Beşiktaş karşısında 3-1 ile elendi. 2016-17 EuroLeague'de 17 galibiyet, 13 yenilgi normal sezonu altıncı sırada bitirdi ve Play-Off'da statü gereği normal sezonu üçüncü sırada bitiren Yunan takımı Olimpiakos ile eşleşti. Anadolu Efes, 3-2 sonuçla kaybederek turnuvadan elendi. 2016-17 Türkiye Kupasında çeyrek finalde Fenerbahçe'yi 82-74, yarı finalde ise Pınar Karşıyaka'yı 79-74 yenerek finale yükseldi ve Banvit'in rakibi oldu. Final maçını 75-66 kaybetti. 2017-18 EuroLeague'de 12 maçta sadece 3 galibiyet alabildi. 16 Aralık 2017 tarihinde Baskonia maçını 82-81 kaybetmesi üzerine görevine üzerine Velimir Perasović'in görevine son verildi. Takım, bu süre zarfında Türkiye Ligi'nde 7 galibiyet 4 yenilgi ile altıncı sıradaydı.

Türk antrenör Ergin Ataman ile 1,5 senelik sözleşme imzalandı ve böylece Ergin Atanam, Anadolu Efes'in başına 3.kez geçmiş oldu. Ergin Ataman, 2018 Şubat'ında Türkiye Kupası'nı kazandı.

Tütün ve Alkol Piyasası Düzenleme Kurumu (TAPDK) hazırlamış olduğu yönetmeliğin yürürlüğe girmesi nedeniyle takımın mevcut adıyla faaliyetini sürdüremeyeceğini spor kulübüne bildirmiştir. Anadolu Grubu Yönetim Kurulu Başkanı Tuncay Özilhan, yaptığı açıklamada, Efes Pilsen Kulübü'nü kapatmak istemediklerini ve bunun için bir takım isim çözümleriyle Tütün ve Alkol Piyasası Düzenleme Kurumu'na (TAPDK) müracaat edeceklerini belirtmiştir. Takımın adı için Anadolu Efes ve Efes Spor Kulübü adları önerildiği kamuoyuna duyurulmuştur. Takım 2011-2012 tarihinden itibaren Anadolu Efes adıyla oynamaktadır.

Türkiye Basketbol Ligi'ne yü