k Ops'taki ana kahramanımız Yüzbaşı Alex Mason ve yardımcımız Çavuş Frank Woods un olacağı bildirilmiştir.Black Ops II nin asıl ana karakteri ise Alex Mason'un oğlu David Mason'dur.David Mason'un Arkadaşları arasında Harper,Salazar,Crosby ve Amiral olarak Briggs bulunur.David'in kod adı Section'dur.

Oyunda konunun zaman ilerlemesi düzensiz olduğundan anlatım olayların kronolojik sırasına göre ilerleyecek.

Oyunun antagonisti Menendez, çocukluğunda yaşadığı Nikaragua ve kız kardeşi Josephina'nın felç olmasına sebep olan kaza kapitalist Amerika'ya olan nefretini oluşturdu(İddia ettiğine göre yangın(kaza) sigorta parasını alabilmek için Amerikalı bir şirket etkisiyle çıktı). Babasıyla birlikte kurduğu uyuşturucu ağıyla ekonomik açıdan güçlense de yeterli güce sahip olmadığı için babası CIA tarafından öldürüldü ve o da işini silah üzerinde yoğunlaştırmaya başladı. 3. Dünya ülkelerinin soğuk savaş döneminde yaşadığı çatışmalarda iyi piyasa bulan Menendez'in yolu Black Ops I'in karakterleri Alex Mason, Frank Woods ve Jason Hudson'la kesişir. Mason açısından olay Alaska'da oğluyla sakin bir hayat sürmeye çalışırken (Black Ops I olayları sonrası) Hudson'ın kendisini ziyaret etmesiyle başlar. Hudson Woods'un bir çatışma sonucunda esir düştüğünü haber verir ve Mason'dan yardım ister. Bu olay onları Angola iç savaşına götürür. O zamanki Amerikan sempatizanı Savimbi'nin yardımıyla Woods'u bulurlar. Birliğinin teker teker Menendez tarafından katledilişini izleyen ve cesetleriyle 2 hafta boyunca bir konteynırda kalan Woods Menendez'e derin bir kin besler. Woods kurtarılırken Mason Menendez'le radyoda Kravchenko'yla konuşurken rastlar (Mason Menendez'in konuştuğu kişinin Kravchenko olduğunu henüz bilmiyor.) Menendezle boğuşması sonucu Menendez bir gözünü kaybeder.

Angola'da olanlardan sonra Menendez peşine düşen Mason'la Woods Afganistan'a Sovyet işgali sırasında gider. Orada tanıştıkları Çinli Zhao'yla buluşup mücahitlerin yanında savaşan (Mücahitlerin lideri Menendez hakkında bildiklerini yardım karşılığında anlatacağını söyler) Woods, Mason ve Hudson Kravchenko'yu yakalarlar. Mason'un onla karşılaşması Gulag zamanlarındaki programlanmasını hatırlatır (sayılar vs.). Woods Kravchenko'yu sorgulayarak Menendez'in silah satın almaya başladığını öğrenir. Sorgudan sonra Woods Kravchenko'yu öldürür. Mücahitler ise silahlarını dörtlüye doğrultarak Menendez yanında saf tuttuklarını gösterirler ve bizimkileri çölde başıboş bırakırlar.

Bu badireyi de atlattıktan sonra Mason'la arkadaşları Menendez'in Nikaragua'daki evini Manuel Noriega'nın yardımıyla basmaya gider. Ancak Noriega Mason'lara ihanet etmiş ve önceden adamlarıyla Menendez'i evinden çıkartmıştır. Menendez ise kız kardeşi Josephina'nın yardım çığlığını duyması üzerine evine geri koşar. Masonlarla aşağı yukarı aynı anda varan Menendez'i Hudson durdurur. O an Woods kendine hakim olamaz ve Menendez'i öldürmeye kalkar. Attığı el bombasını Mason engellemeye çalışırken bomba yanlışlıkla Josephina'nın odasına gider. Menendez de bombanın peşinden koşar. Oluşan patlama sonucunda Hudson Menendez'in de kardeşinin de öldüğünü söyler.

Mason ve Woods Menendez'in canlı olduğunu öğrenince son olarak 1989 Amerika işgali dönemi Manuel Noriega'yı yakalamak için Panama'ya giderler (Sebebi Noriega'nın Menendez'le iş yaptığını düşünmeleri) Woods'la Mason'ın öncelikli amaçları Noriega'yı etkisiz hale getirmek olsa da Hudson'ın talimatı üzerine Noriega'nın esir değişimi sonucunda kullanılacağını öğrenir ve onu esir değişimi yapılacak yere götürürler. Değişim yerine Noriega'yla yalnız giden Woods Hudson'la itibara geçip değişilecek kişiyi sorar. Hudson da diğer kişinin Menendez olduğunu söyler. Oyunun bu kısmında başına çuval geçirilmiş bir adamın durduğunu ve Hudson'ın o adamı vurmamız gerektiğini söylediğini görüyoruz. Başına çuval geçirilmiş adam aslında Mason ve onu vurup vurmamayı(daha doğrusu öldürmemeyi) seçebiliyoruz. Bu olay sonucunda Woods vurduğu kişinin Mason olduğunu anlıyor ve Menendez'in eline geçiyor. Menendez onu Mason'ın oğlu David, Hudson (Panama işgali boyunca Menendez'in esiriydi, Woods'u Mason'ı vurmaya yönlendiren oydu) ve Mason'ın cesedinin olduğu yere götürür. Bu yerde Menendez Hudson'dan kimin öldürüleceğini seçmesini ister. Hudson kendisini seçer. Hudson'ı öldürdükten sonra Menendez Woods ve David'e intikam planlarından bahseder ve onlardan intikamını doğru zamanda alacağını söyler.

Bu 4 olaydan sonra konu 2025 senesine atlar. Aradan geçen 30 yıl boyunca Menendez boş durmamış, silah yatırımı yapmış, iyi bir plan oluşturmuş ve bu plan doğrultusunda Cordis Die adında bir hareket oluşturmuştur. Bu hareket kapitalizmin en büyük düşmanı haline gelir. Planının ilk ayağı olarak Menendez Çin Borsasına siber saldırı düzenler ve saldırıyı ABD üzerine yıkar. Bunun sonucunda kıymetli elementler piyasasına büyük söz sahibi olan Çin bu elementlerin ABD'ye satımını durdurur ve yeni bir soğuk savaş başlar. Bu savaştaki kutuplaşmalar Strategic Defence Coalition (Çin bazlı) ve Ortak Özel Harekât Komutanlığı (ABD bazlı, aslında böyle bir birlik gerçekte de var) şeklinde olur. David Mason bu süreçte ABD askeri olarak görev alır (Section kod adıyla bundan sonra ondan Section olarak bahsedeceğim). Birimini Harper, Salazar ve Crosby oluşturuyor. Section ilk olarak Myanmar'da Menendez'in teknoloji üssünü basarak Celerium cihazı hakkında bilgi alırlar ve ilk kez ilerilerde karşımıza çıkacak olan 'Karma'dan bahsedilir.

Bir sonraki bölümde Section, Harper ve Salazar Pakistan'da saldırırlar ve çatışma biince ayrılırlar. Section, Harper'la beraber Menendez'in sığınağına sızarlar. O zamanın teknolojisi ile fark edilmeden uzak mesafeden, mesafeden Menendez'in 400 TB'lık konuşmasını dinlerler. Tam bu sırada tespit edilirler ve zorlu bir çatışmadan sonra Salazar ile birleşirler. Burada yeni bir ara video çıkar. Daha sonra oyuncu bindikleri aracı kontrol ederek hedef yere ulaşırlar. Burada Harper'ın yüzü aleve temas ederek yanacak ve oyun boyunca böyle gözükecektir. Burada oyuncunun aracı sağa sürmesi bu durumu engeller. Daha sonra General Zhao ve adamlarıyla karşılaşırlar ve silahlarını indirirler. Section, Zhao'ya 35 yıl önce babası Alex Mason, Woods ve Hudson'nın beraber Sovyet işgaline karşı savaştıklarını söyleyince silahları indirirler ve bölüm tamamlanır.

Bir sonraki bölümde, Section, Harper ve Salazar sivil olarak, büyük bir AVM'ye girerler.(İçerisinde podyum, sinema, büyük parklar vs. var. Farid'in sağladığı istihbarata göre Cyloe Lynch adındaki bir kızı 'Karma' adı ile ararlar ve Karma'yı bir silah sanırlar. Harper en başta ayrılır. Section, Salazar ile sivillere kapalı olan bir bölgeye girer ve çatışırlar. Etraf temizlenince, havalandırmaya bir robot örümcek bırakırlar. Kontrol örümceğe geçer. Bu örümcek, bir görevliyi öldürür ve gözünü tarar. Tam bu sırada başka bir düşman, örümceği ezer ve Section'a döneriz.İkisi beraber çatışır ve ayrılırlar. Section, Harper'ın yanına gider. Bu sırada Harper, Cyloe Lync'e ulaşmış ve onu ikna etmeye çalışmaktadır. Section yanlarına gider ve ona hayatının teröristler tarafından tehlikede olduğunu söyler. İnat eden Karma, bunu duyunca şaşırır fakat düşmanımız -Menendez'in iki numarası- Defalco adamlarıyla pavyonu basarak bir kızı rehin alır. Lync'e seslenir. Cevap gelmeyince kızı öldürür. Başka birini rehin alır. 'Cyloe Lync' der ve Karma kendini belli eder ve elimizdan kaçıp Defalco'ya teslim olur. Defalco, Karma'yı kaçırır ve ateş açmasını söylerler. Çok sivil öldürülür. Harper'la Section, sivillere ateş açan düşmanları öldürür. Bir süre sonra, Salazar ile birleşirler. Güvenlik ekibi ile düşmanları ezerek Defalco'yu kovalarlar. Bu görevin başarılı olması oyuncuya bağlıdır. Karma'yı kurtarırsanız Defalco ölür ve görev başarılı olur. Gecikirseniz, Karma kaçırılır. Ve oyun size Defalco'nun hala hayatta olduğunu söyler.

Sonraki görevde ABD ajanı Farid'i oynarız. Menendez'in Yemen'deki hareketi sırasında ABD işgaline uğrarlar. Farid ajan olduğu için Menendez tarafında olur. Bölümün ortasında Farid'i zor bir seçim bekler. Farid tekrar Menendez'in yanına gelir. Menendez Harper'ın uçağını düşürür ve onu meydana getirmelerini söyler. Daha sonra Menendez, teröristlerin gözü önünde Farid'e Five-Seven verir ve Harper'ı öldürmesini söyler. Burası oyuncuya bırakılır. Harper'ı öldürürse Diğer askerler orayı basar ve Farid'i canlı bulurlar ve Harper'ın cesedini görürler. Farid, Menendez'in onu zorladığını söyler. Eğer Harper'ı öldürmezseniz, Farid Menendez'i vurmaya kalkışır fakat Menendez Farid'i öldürür. Ardından kontrol Section'a geçer. Harper'ı kurtarırlar ve çatışmaya devam ederler. Senaryo gereği Menendez'i uçağında yakalayıp tutuklarlar.

Sonraki bölümde, Menendez'i sorgulamak üzere USS Obama adlı pist gemisine getirirler. Section, Menendez'i sorgularken, bunların bir tuzak olduğunu ve saldırı altında olduklarını anlar. Fakat Menendez kaçmayı başarır. Bölüm, Salazar'ın, tıpkı General Shepherd gibi sürpriz ihanetine kadar normal gider. Menendez, Briggs'i rehin alır. Salazar ise Briggs'i kurtarmak yerine diğer askerleri öldürür. Menendez ise Briggs'i oyuncunun kararına göre öldürür ya da yaralar. Ve bizzat kendisi, sisteme virüs bulaştırır ve firar eder. Tüm bunları monütörden izleyen Section, Salazar'a kin besler. Harper'la birleşir ve o anda yakalanan Salazar'ın yanına gider, onu sorgular. Eğer Harper yaşıyor ise, onu infaz eder. Ve işgal altındaki meydanda çatışarak helikoptere bineriz.

David Mason: Önceki oyundaki Alex Mason'ın oğludur. Önceki ve sonraki oyunlarda yer almamıştır. Babasını öldürdüğü/öldürdüğünü sandığı için Menendez'e kin beslemektedir. Ara sıra Woods'un yanına gidip eski zamanları öğrenir. Rütbesi binbaşıdır. Kendisine kod adı 'Section' ile seslenirler.

Uzman çavuş Frank Woods: İlk oyunda, Kravchenko ile öldüğü sanılsa da, bu oyun ile her ikisininde hayatta olduğu anlaşıldı. Oyuna kendi birliğinin katledilişininden sonra cesetlerin yanına iken kurtatılması girer. Sadece 'Suffer with me' adlı bölümde oynadığımız Woods, oyunda genelde 1986