r'a kaçtı. Mısır'a gidenlerin sayısı tartışma konusudur. Kaçanlar, Mısır'da Migdol, Tahpanhes, Nof ve Patros şehirlerine yerleşti.

Her ne kadar Çıkış kitabında İbranilerin Antik Mısır'da köle olduğu anlatılsa da, bir asrı aşkın arkeolojik çalışmalar, ne dört asır boyunca Yahudilerin Mısır'da kaldığı, ne bir milyondan fazla İsrailoğlunun Kızıldeniz'i geçtiği, ne de Sina Çölü'nde geçen üç ay ile ilgili bir kanıt bulabilmiştir. Çıkış hikâyesinin tarihi bir gerçeklik olduğunu savunan uzmanlar bugün bunun sadece bir olasılık olduğu görüşünde birleşmektedir.

Sonradan yaşanan göç dalgalarıyla Ptolemaios döneminde Yahudiler, başta İskenderiye olmak üzere Mısır'a göç etti. Bu dönemde Mısır'daki Yahudi tarihi İskenderiye merkezliyken Kafr ed-Davar gibi diğer şehirlerde de kardeş cemaatler kuruldu. MÖ 3. yüzyılda Yahudi diasporasının büyük bir kısmı Mısır'ın şehir ve kasabalarında bulunmaktaydı. Josephus'un tarihine göre, Yahudiye'yi eline geçiren I. Ptolemaios Soter, Yehuda toprakları, Kudüs, Samarya ve Gerizim Dağı'ndan 120,000 Yahudi esiri Mısır'a gönderdi. Bu kişilerin yanı sıra, bereketli toprakların ve Ptolemaios'un liberalliğinin cazibesiyle birçok Yahudi kendi arzusuyla buraya göç etti. Ptolemaious ve Mısırlı annesi Berenis'e adanan sinagoglar 19. yüzyılda İskenderiye yakınlarında bulundu. Josephus ayrıca bu 120,000 esirin II. Ptalemaios Filadelfus tarafından serbest bırakıldığını belirtir.

İskenderiye'deki Yahudilerin tarihi, MÖ 332'de Büyük İskender tarafından şehrin kurulmasıyla başlar. Yahudiler, İskender ve ardılları döneminde nüfusun önemli bir bölümünü oluşturmaktaydı. Yerli kült tesirlerinden etkilenmemek için Ptolemaioslar Yahudilere şehrin beş idari bölümünden ikisini tahsis etti. Bu zamanda İskenderiye'deki Yahudiler, dünyadaki herhangi bir Yahudiye göre bağımsız bir siyasi yaşam sürüyordu. Roma İmparatorluğu'ndaki Yahudiler dini amaçlı özel topluluklar kurarken veya Mısır ve Fenike gibi yabancı ticari kurumlara üye olurken İskenderiye Yahudileri, yerli halkla yan yana bağımsız siyasi bir cemaat oluşturuyordu.

Roma döneminde Nil nehrinin doğsusunda bugün "Benheseh" denen yerde önemli sayılabilecek bir Yahudi cemaati bluunuyordu. Şehirde Yahudilere ait sokaklar vardı. Buradaki Yahudilerin çoğu ahitsel isimlerini korumalarına rağmen bir ihtimalle Hristiyan olmuşlardır. 300'lerde bir Mısır tapınağında Aşil oğlu Yakov diye bir din görevlisi bulunmaktaydı.

İskenderiye'deki Yahudi cemaati Kitos Savaşı sırasında Trajan'ın orduları tarafından hemen hemen yok edildi ve Josephus'a göre pogromda katledilenlerin sayısı 50,000'di.

Arapların Mısır'ı işgaline ilk destek, Monotelitizmi yaymaya çalışmakla ünlü İskenderiyeli Patriark Kiros'un idari yolsuzluklarından rahatsız olan Yahudiler, Koptikler ve diğer Hristiyanlardan geldi. Orada hali hazırda yaşayan Yahudilerin yanı sıra diğer bazı Yahudiler Arap Yarımadası'ndan gelmiş olmalıdır. Muhammed'in "Banu Canba"ya 630'da yazdığı mektubu Al-Baladhuri, Mısır'da gördüğünü iddia etmiştir. Aynı mektubun İbranice harflerle yazılmış bir kopyası Kahire Genizası'nda bulunmuştur.

Yahudilerin, eski Mısır liderleri için hoş duygular beslemesi için bir sebebi yoktu. 629'da İmparator Herakleios, Yahudileri Kudüs'ten kovdu ve akabinde İmparatorluk genelinde Yahudilere karşı katliam başlattı. İmparator Anastasius zamanında (502) Amida'nın Persler tarafından ve İskenderiye'nin Pers general Şahin tarafından fethedildiği zamanlarda Yahudilerin Hristiyanlara karşı olması sebebiyle bu zamandan beri Koptiklerle Yahudiler arasında süre gelen bir anlaşmazlık mevcuttu; bu nedenle Roma İmparatorluğu'nun Yahudilere karşı uyguladığı katliamın Mısır ayağında katliamlar Koptikler tarafından destek gördü. "İskenderiye Antlaşması"yla (8 Kasım 641) Mısır'ın Arapların eline geçişi resmileşti. Bu antlaşmayla, Yahudilerin yaşadıkları şehirlerde kalmaları garanti altına alındı; Şehrin fethedildiği zamanda Amr Bin El-as halifeye bir mektup yazıp burada 40,000 Yahudinin bulunduğunu belirtmiştir.

Emeviler ve Abbasiler döneminde (641-868) Mısırlı Yahudilerin akıbetleriyle ilgili çok az bilgi mevcuttur. Tolunoğulları döneminde ise (863-905), Karay cemaati büyük ölçüde kalkındı.

Son dönemlerdeki El-Hakim bi-Amrallah hakimiyeti dışındaki zamanda Fatımiler dönemi Yahudiler için genelde olumlu geçmiştir. Mısır'da Talmud okullarının açılması genelde bu döneme denk gelir. Toplumda yüksek mevkilere gelen Yahudilerden birisi Yakub ibn Kilis'ti.

Helife el-Hakim (996-1020), II. Ömer Antlaşması'na sıkı sıkya bağlıydı; Yahudilere çıngırak takma ve toplum içinde tahtadan oyma bir buzağı taşıma zorunluluğu getirdi. El-Cevderiye'de bir sokakta yalnız Yahudiler yaşamaktaydı. El-Hakim, buradaki Yahudilerin ayinlerinde kendisiyle dalga geçildiğini duyunca mahalleyi yaktı.

12. yüzyılın başlarında Abu el-Münecce ibn Şayah isimli bir Yahudi tarım bakanıydı. En bilinen icraatı 1112'de Nil nehrinde bent kurmasıydı ve buraya "Bahr Abu el-Münecce" denmektedir. İşi gereği harcamalarının yüksek olması itibarını zedeledi ve İskenderiye'de hapse atıldı, fakat kısa bir süre sonra çıkmayı başardı. Bir banker ile yaptığı alışverişin belgesi bugün hala muhafaza edilmektedir. 1137'de vezir Al-Afdal Şahanşah altında maliyeden sorumlu fakat adı bilinmeyen Yahudi bir usta vardı. Düşmanları tarafından işine son verilen bu kişinin yerine, Yahudileri Krallık'tan kovmaya çalışan bir Hristiyan patriark getirildi. Önde gelen dört Yahudi bir araya gelip Hristiyanlara karşı komplo kurdular fakat bu komplonun sonucunda ne olduğu bilinmemektedir. Eski bakan, Konstantinapollü Yahudilere karmaşık şiirsel bir formda mektup yazıp kendilerine yardım etmeleri için yalvarmıştır. Bu mektup bugüne kadar korunmuştur. Halife el-Hafız'ın doktorlarından biri Abu Mansur isimli bir Yahudiydi. Abu el-Fedail ibn al-Nakid (ö. 1189) ünlü bir göz hekimiydi.

Bu asırda, Mısır cemaatleri üzerine gerek Yahudi uzmanların raporları gerekse seyyahlardan gelen bilgiler sayesinde biraz daha fazla ışık tutmak mümkündür. 1141'de İskenderiye'ye gelen Yehuda Halevi, arkadaşı Aaron Ben-Zion ibn Alamani ve onun beş oğluyla ilgili şiir yazmıştır. Halevi, Dimyat'ta İspanyol asıllı Abu Said ibn Halfon ha-Levi ile tanışıp arkadaş oldu. 1160'da Mısır'ı ziyaret eden Tudelalı Benjamin buradaki Yahudi cemaatiyle ilgili genel bilgiler sunmuştur: Kahire'de 2000 birey; liderleri Fransız asıllı Phineas b. Meşaullam olan İskenderiye'de 3000 birey; Feyyum'da 20 aile; Dimyat'ta 200 birey; Nil'in doğusundaki Bilbeis'te 300 birey; ve Damira'da 700 birey Yahudi bulunmaktaydı.

Selahaddin'in Haçlılar ile yaptığı savaştan (1169-93) Yahudilerin etkilenmediği görülmüştür. Son Fatımi'nin doktoru olan Yahudi Abu al-Bayyan al-Mudavvar (ö. 1184), Selahaddin'in de doktorluğunu yapmaktaydı. Rambam'ın kayın biyraderi Abu al-Maali de Selahaddin için çalışmaktaydı. 1166'da Mısır'a gidip Fustat'a yerleşen Rambam, doktor olarak ün yapınca, Selahaddin'in ailesinin, vezir El-Kadı El-Fadıl'ın ve Selahaddin'in ardıllarının doktoru oldu. Kendisine "Rais al-Umma" (Ümmet reisi) veya "Rais al-Milla" (Millet reisi) unvanı verildi. Fustat'ta "Mişna Tora"yı (1180) ve "Şaşkınlara Kılavuz"u yazdı; her ikisi de dönemin Yahudi uzmanlarınca muhaleftle karşılandı. Bu mekandan responsa denen dini cevaplar içerikli mektuplar gönderdi. 1173'te esirlerin kurtarılması için Kuzey Afrika cemaatlerinden talepte bulundu. Bu talep Rambam'dan bugüne kalan son belgedir. Karayların meclisten çıkarılmasına sebep oldu.

Bahri Hanedanı altında (1250-1390) Yahudiler nispeten sessiz ve sakin bir hayat yaşadılar; zaman zaman ordu ekipmanlarının bakımıyla ilgilenen Yahudiler tutucu Müslümanların kadı ve ulemaları tarafından rahatsız edildiler. Al Makrizi'ye göre Memlukların ilk büyük sultanı Baybars (Al-Malik al-Tahir, 1260-77), "zimmi" vergisini ikiye katladı. Bir ara Yahudileri yakmaya niyetlenen ve bu sebeple kuyular kazdıran Sultan, fikrinden cayıp ağır vergiler uyguladı; bu dönemde Yahudiler ortadan kayboldu.

Sambari (135, 22)'de, Ömer Antlaşması'nın geçerli olduğu yerlerde bu kuralların katıca uygulandığı belirtilir. 1305'te Suriye'de Moğollara karşı zafer kazanan Sultan ülkesine geri döndü, Yahudilikten İslam'a geçen İskenderiyeli fanatik Said ibn Hasan, gayrimüslümlerin kilise ve sinagoglarından yaptığı aleni ayinleri kibirlik olarak nitelendirip kızgınlık duydu. On haham, on papaz ve on ulemadan oluşan dini bir meclis kurmaya çalıştı. Bunu başaramayınca kilise ve sinagogların kapatılması için çaba verdi. İskenderiyeli güruhlar tarafından bazı kiliseler yıkıldı; fakat Ömer Antlaşması gereğince sinagogların çoğunun ayakta kalmasına izin verildi. Sambari (137, 20)'de dediğine göre Barselona'nın Faslı kralından gelen mektupla (1309) yeni bir antlaşma yapıldı ve sinagoglar tekrar açıldı; bu mektup muhtemelen Ömer Antlaşması'nın tazelenmiş sürümüdür. Bu konuyla ilgili hala baki olan Müslüman doktorların fetvaları bulunur. Taki al-Din ibn Taimiyyah'a (d. 1263) göre Kahire'deki sinagoglar bunden önce de bir kere kapatılmıştı. Bu fanatik Müslüman, Yahudilere küfür eden fetvasında, sinagogların heterodoks Müslümanlar, İsmaili, Karmati ve Nusayriler zamanında kuruldukları için yıkılmasını buyurmuştur. Fakat sinagogların ayakta kalmasına izin verildi. Aynı sultan zamanında (1324) Yahudileri Fustat'ta ve Kahire'de kundakçılıkla suçlandı; temize çıkarılmak için 50,000 parça altın ödetildi.

Burci Hanedanı zamanında Franklar İskenderiye'ye tekrar saldırdı (1416), Yahudilere karşı kurallar Şeyh el-Muayyid (1412-21), nüfusu azaltan veba nedeniyle 1438'de Eşref Bars Bey, Al-Zahir Çakmak (1438–53) ve Kait Bey (1468–95) tarafından sertçe uygulandı. Kahire Yahudilerine 75,000 parça altın ödetildi.

22 Ocak 1517'de Türk sultan Yavuz Sultan Selim, son Memluklu Tomanbay'ı bozguna uğrattı. Yahudi ilişkileriyle ilgili kökten değişiklikler yapan sultan "nagid"i feshetti, her cemaati bağımsız kıldı ve David ibn Abi Zimra'yı Kahire'deki cemaatin başına getirdi. Ayrıca Abraham de Castro'yu darphaneye ustabaşı olarak atadı. Selim'in ardılı II. Süleyman zamanında, De