ayrılan ve Suriye yolundan geçen Şiîlerin en tercih ettikleri vatan Selçuklular’ın hükümran oldukları ülkelerdi. Sahib olduğu sahte vatanperverlik duygularıyle çevresinin etkisi altında kalan Şehzâde Gıyas’ed-Dîn Moğollarla itaatinden dolayı babası Âlâ’ed-Dîn Key-Kûbâd’ı H. 634 / M. 1237 yılında zehirleyerek tahta çıktı. Böylece Köpek te Emîr Sâd’ed-Dîn unvanıyla vezîr-i â’zamlığa atandı. Müridi Sâd’ed-Dîn Köpek’in elde ettiği bu başarılar sayesinde itibârını artıran Baba İshâk Kefersudî idare etmekte olduğu Anadolu’daki Bâtınîlik Teşkilâtı’nı daha da büyütme fırsatını yakaladı. Tokat, Canik, Çorum, Sivas, Karahisar vilâyetlerinde Ebû’l Bekâ Baba İlyâs Horasanî adına yaptığı dâvetlerine daha da önem verdi. Onun bu faaliyetleri neticesinde binlerce insan Selçuklu düşmanı olarak “Bâtınî” oluyorlardı.

Müridi Sâd’ed-Dîn Köpek’in Anadolu Selçuklu vezîr-i â’zamlığına yükseltilmesi ve kazandığı başarılardan son derece memnuniyet duyan Baba İshâk Kefersudî, o zamana kadar Baba İlyas Horasânî nâmına yaptığı dâvetlerden vazgeçerek kendisini ön plâna çıkarmağa başladı. Yirmi bin ihtilâlciden oluşan bir kuvvet ile H. 632 / M. 1235 yılında huruç hareketi başlattı. "“Emîr’ûl-Mü’minîn Sadr’ûd-Dünya ve’d-Dîn ve Resûl’ûl-Lâh Baba İshâk”" ünvânıyla hâlifeliğini ilân etti. El-Mukannaʿ benzeri bir şekilde Muhammed’in ruhunun Ali’ye, Ali’den de kendisine hulûl ettiğini iddia ediyordu.
Şimşat, Urfa, Kefersud, Maraş, Ayintâb’dan gelen ve Suriye kıt’asındaki Halep Bâtınî merkezinden takviye edilen binlerce fedainin katılmasıyla birdenbire elli bin kişilik büyük bir ordu haline dönüşen "“Şîʿa-i Bâtıniyye Fırkaları”" Amasya, Tokat, Sivas, Çorum’dan batıya doğru ilerlemeye ve civar şehirlere saldırmağa başlamışlardı. Bâtınî – Babâî Ordu’su önlerine gelen bütün engelleri yıkıp hızla Konya’ya doğru ilerliyorlardı. Babâîler’in bu huruç hareketi karşısında tecavüze uğrayan memleketlerin seçkinleri, ulemâ ve eşrafı Mısır’a, Pâyitaht Konya’ya ve Anadolu’nun diğer hücra köşelerine doğru kaçışmaktaydılar. Sonunda durumun vahameti ve ihtilâlin ne kadar geniş bir alana yayıldığı hükümdara anlatıldı. İhtilâlin müsebbipleri arasında olduğu anlaşılan Baba İshâk Kefersudî’nin müridi Vezîr Sâd’ed-Dîn Köpek derhal i’dam edildi.

Birçok cephede Babâîler ile çarpışan Selçuklular, nihâyetinde Baba İshâk Kefersudî ve tâbi’lerini H. 637 / M. 1240 yılında Amasya Kalesi’nde ele geçirerek i’dam ettiler. Anadolu’da çıkan bu kanlı ihtilâlden son derece memnuniyet duyan "“Şîʿa-i Bâtıniyye Dâ’îleri”" Olcaytu’nun sarayından Anadolu’nun dört bir yanına yayılmağa başladılar. Cereyan eden bu elîm hâdiselerden yeise kapılan ve İlhanlılar’ın baskılarından usanan Sünnî âlimler de Uç Beyleri’ne sığnmak zorunda kaldılar. Sabık Mes’udîye müderrisi “Şeyh Mecd’ed-Dîn İsâ” Ertuğrul Gazi’ye, “Cemâl’ed-Dîn Aksarayî de Mısır’a iltica etmişlerdi. Şiîliğin uğradığı bu büyük faciayı istismar eden bazı Acem fırsatçıları Şîʿa-i Bâtın’îyye dâ’îsi sıfatıyla Batı Anadolu’ya kadar nüfuz etmekteydiler. Bu Bâtıni – Babalar Anadolu’da Türkmen aşîretleri arasında tam teşekküllü bir "“Alevîlik Cereyânı”" oluşturmağa muvaffak oldular. 

O yüzyıllarda, Selçuklular zamanında faaliyet gösteren en etkin Tasavvufî-Bâtınî-Tarikât mensupları Melâmetî, Kalenderî ve Haydarîler’den oluşmaktaydı. Bu Bâtınî-Tarikât temsilcileri daha ziyâde göçebeler arasında barınan ve halka hitap etmekle görevli olan “Babalar” idi. Eğitimli çevrelerden uzakta yaşayan bu “Bâtınî-Babalar” yüzyıllar boyunca beri kulaktan kulağa yayılan hurafelerle yıpranmış olan nakilleri bir veli tipi kanalıyla tasvir etmek suretiyle, ve bu efsaneleri bir takım hârikalar ve kerâmetler ile süsleyerek bedevî ruhunun hoşlanacağı koşmalar, rubâîler, destanlar şeklinde halka anlatıyorlardı. “Bâtınî-Türkmen Babaları” Oğuz boylarının anlayacakları bir dilde, efsane ve masalları ilâhî bir hava ile içerisine İslâmî bir boyutu da ilâve etmek suretiyle halka sunmak hususunda çok başarılı oluyorlardı.

On ikinci yüzyılda Bağdat’ta Abdülkâdir Geylânî ve Şihab’ed-Dîn Ömer Sühreverdî, Konya’da ise Mevlâna Celâleddîn Rûmî, Endülüslü Muhy’id-Dîn-î Ârabî, Lem’at yazarı Fahreddin Irakî ve Sadr’ed-Dîn Kunevî gibi farklı geleneklere mensup tarikât pîrlerinin yayınlarla meşgul oldukları görülmektedir. İslâmî çevreler içinde tasavvufun pek revaçta olduğunu anlamamıza yardımcı olan bunca meşhur şahsiyetlerin arasında özellikle de Save’deki Kutb’ûd-Dîn Haydar tekkesi bu yüzyıldaki en tanınmış zâviyelerin başında gelmekteydi.

Meşhur Velâyet-Nâme onu Şiîliğin unvan mezhebini taşıyan Câ’fer-i Sâdık’tan Beyazid Bistâmî’nin getirdiği hırkayı giymiş olan “Lokman Perende” vasıtasıyla Hoca Ahmed Yesevî’ye bağlar. Velâyet-Nâme üzerinde uzmanlaşmış yazarların nakletiklerine göre Hacı Bektâş’ın tarikât silsilesi önce Kutb’ûd-Dîn Haydar’a, ondan da Lokman Serhasî’ye, ve oradan da Şücâ’ed-Dîn Ebû’l Bekâ Baba İlyas el-Horasanî vasıtasıyla Hoca Ahmed Yesevî’ye bağlanmaktadır. Âşık Paşa tarihinde ise “Hacı Bektâş” Horasan’dan “Menteş” adındaki kardeşiyle beraber Sivas’a gelerek Baba İlyas Horasanî’ye mürid oldular. Bu intisaptan sonra Hacı Bektâş önce Kayseri’ye oradan da Kırşehri’ne geldi, sonra da Karacahöyüğe yerleşti. Buna göre Hoca Ahmed Yesevî müridlerinden olduğuna dâir rivayetin doğru olmadığı anlaşılıyor.

Tezkire-i Eflâkî’ye göre “Hacı Bektâş” Rûm’da “Baba Resûl” derler bir Erin halifesiydi. Bektâş o yüzyılda mesnevîleri ve gazelleriyle bütün tasavvuf âleminde saygıyla anılan Mevlânâ Celâl’ed-Dîn-i Rûmî’ye bazı sualler sormak için müridi Baba İshâk Kefersudî’yi Konya’ya gönderdi. Şeyh İshâk Konya’da Mevlânâ’nın yanına vardığında onu zikr’üs-semâ’yla meşgul buldu. Mevlânâ ise keşf ve kerâmet yoluyla sorulara önceden vâkıf olduğundan daha Şeyh İshâk’ın sorularını sormasına fırsat tanımadan bir dörtlük şeklinde başka sorular yöneltmek suretiyle yanıt verdi. Şeyh İshâk kendisini, sualin ve mısraların zamirinde yatan amacın yanıtını almış addetmek suretiyle geri dönerek keyfiyeti Hacı Bektâş’a nakletti. Sultan Âlâ’ed-Dîn Key-Kûbâd-ı Evvel’ın oğlu Gıyas’ed-Dîn Key-Hüsrev-i Sâni devrinde yaşadığı anlaşılan Hacı Bektâş’ın Anadolu’da nüfuz sâhibi Şiî dâîlerden birisi olduğu anlaşılmaktadır. Selçuklu Sultanları arasındaysa Süleyman’dan başka Şiî olan bilinmemektedir. Bir başka rivayete göre ise bu “Şiîlik Hareketleri” Hacı Bektâş’ın şahsiyetinde değil de ona tâbi olanlara mahsustu. Şekayık’a göre Hacı Bektâş’ın Şeyh İshâk gibi diğer müridleri arasında da “Melâhide-i Bâtıniyye” i’tikadını paylaşan pek çok dervişler mevcuttu.

Hacı Bektâş Horasan’dan Anadolu’ya göç ettikten sonra Suluca Karahüyük’te otuz altı sene “Horasan Melametîliği kökenli On İki İmamcı Tasavvufî–Bâtınî İslâm” i’tikadını neşriyât ile meşgul oldu ve bu süre zarfında aralarında Cemâl Seyyid, Sarı İsmâil, Kolu açık Hâcim Sultan, Baba Resul, Birap Sultan, Recep Seyyid Sarı Kadı, Ali Baba, Barak Baba, Yahya Paşa, Sultan Bahâ’ed-Dîn, Atlaspuş, ve Dost Hüda Hazreti Sâmet gibi meşhurların da bulunduğu tam otuz altı bin halife yetiştirdi. Ölümünün yaklaştığını hisseder hissetmez her birini bir memlekete yolladı. Bunların bazılarının hâllerini Velâyet-Nâme anlatmaktadır.
Hacı Bektâş’ın Horasan Melametîliği kökenli Bâtınîliğin Anadolu’daki neşri faaliyetleri tartışmasız hâyrete şâyan olmakla beraber bu meyândaki teşkilatlanmanın ana merkezinde Şücâ’ed-Dîn Ebû’l Bekâ Baba İlyas el-Horasanî bulunmaktaydı. Eflâkî’nin Baba Resul’ü Hacı Bektâş’ın şeyhi olarak göstermesine karşın Velâyet-Nâme tersini iddia etmektedir. Burak Baba’nın da Tokatlı olduğuna dair söylenti ile Hoylu olduğuna dâir ihtilâf da aynen buna benzemektedir. Velâyet-Nâme’nin nakilleri, Milâdî 1271 tarininde vefât ettiği bilinen Hacı Bektâş’ı Orhan Gazi devrinde sağ olarak göstermek gibi daha birçok yönden tenkit edilmeye açık kalan çelişkileri ihtivâ etmektedir.
Anadolu’da Alevî, Bektâşî, Kızılbaş, Dazalak, Hurûfî, Rum abdalları, Kalenderîler, Melâmiye, Haydariye, Câmiye, Şemsiye, Edhemiye gibi Bâtınî kolları birbirleri ardından ortaya çıktıkları gibi bütün bu çeşitli yolların dinî hükümlerdeki ihtilâflarına rağmen kendi aralarında “Bâtınîlik” konusunda ortak bir zeminde birleşmekteydiler. Taşıdıkları Bâtınî akideler ise hep Mısır Fâtımî dâîleri ile Suriye Bâtınilerinin telkinlerini ihtiva etmekteydi. 
Çeşitli Türk kabileleri Anadolu’ya göç etmeğe başladıklarında özellikle de Anadolu Selçukluları’nın en debdebeli devri olan Büyük Âlâ’ed-Dîn Key-Kûbâd’ın iktidarına rast gelen zaman dilimi içerisinde Anadolu’da Şiîlik bir hâyli ilerlemiş, ve İkinci Gıyas’ed-Dîn Key-Hüsrev’in saltanatının başlangıcında Babâîler İhtilâli patlak vermiş ve Hacı Bektâş da bu arada çok kuvvetli nüfuz sahibi bir şahsiyet olarak ortaya çıkmıştı. Vilâyetnâme’ye göre Sultan Âlâ’ed-Dîn bile, Şaman Türklerin İslamiyet’e girmelerine bir vesile olan Hacı Bektaş’ın hâlifesi "“Kara Donlu Can Baba”" dolayısıyla hünkâra karşı derin bir hürmet beslemekteydi. Hacı Bektâş’ın yurt edindiği Kırşehir yolu Dulgadır Türkmenleri’nin arasından geçmekteydi. Bu nedenle Halep, Adana ve havalisinde yaşayan Türkmenler arasında hünkârın adı saygıyla anılmaktaydı. Akşehir’deki “Mahmud Hayranî” ile Sivrihisar’da yaşayan “Yunus Emre” de hünkâra âhid verenler arasındaydı. Ahlat’da da meşhur Hoylu Burak Baba’nın müridlerinden “Baba Emîrci” bulunuyordu. O devirlerde Anadolu’daki Bektâşî nüfuzunun en hâkim bulunduğu yerler arasında Ankara, Sivas, Konya, Kayseri, Kırşehir ve güneye doğru yayılmış olan Türkmen Aşîretleri’nin yerleşmiş oldukları vilâyetlerdi. 
Anadolu Selçukluları dönemi ile Osmanlı Devleti’nin kuruluşu sürecinde "“Âhilik”" Anadolu’daki sosyal yaşantının gelişmesine çok önemli katkılarda bulunmuştur. Kendi kural ve kurullarına sahip, günümüz esnaf odalarına benzer bir işlevi olan "“Âhilik Teşkilatı”" iyi ahlâkın, doğruluğun, kardeşliğin, yardım severliğin kısacası bütün güzel meziyetlerin birleştiği bir sosyo-ekonomik düzendir. 
Âhiler’in reisi olan ve Kırşehir’de yaşayan Ahi Evran’nın Hacı Bektâş Veli ile de dostlukları vardı. Sivas’taki Âhiler çok geniş bir teşkilâta sahip oldukları gibi Babâîler ile