ndan 1804'te burnu kesilip gözleri oyularak hapse atıldı. Aynı yıl Cezzar'ın ölümünden sonra hapisten çıkarılan Farhi, yanında büyütüp vali seçtirdiği Abdullah Paşa tarafından boğdurularak öldürüldü.

1807'de Osmanlı hükûmeti Rusya'ya savaş ilan etti. Ruslarla müttefik olan İngilizler İstanbul önlerine demirledi. Hükümet, savunmasını sağlamlaştırmak amacıyla İstanbul etrafına hendek kazılması için vatandaşları yardıma çağırınca, Yahudiler "bir Şabat günü olmasına aldırmayarak" yardıma koştu.

1821 Yunan İsyanı arifesinde donanmanın kuvvetlendirilmesi için bahriyeli sayısını artırma kararı alan hükûmet, İstanbul Yahudi Cemaati'ne başvurarak Hasköy ve Balat'tan da orduya katılacak 30'ar Yahudi istedi. Fener Ortodoks Patriği Gregoryos'un ayaklanmayla ilgisi olduğu anlaşılınca Patrikhane kapısına astırıldı. Galante'nin anlattığına göre, infazda yer alan Sadrazam Benderli Ali Paşa, kalabalıkta Yahudiler görünce "işte sizin ve bizim düşmanımız asıldı" deyip cesedin denize atılmasını emretti. Mutal, Biçaçi ve Levi ismindeki üç Yahudi Sadrazam'ın isteğini yerine getirince, bundan gücenen Mora Rumları, öç almak için birçok Yahudi cemaatine zarar verdi.

15 Haziran 1826'da Vaka-i Hayriye ile yeniçerilerin kaldırılması, Yahudiler için yeni bir dönemin başlangıcı oldu. Son yıllarda tamamen yozlaşan yeniçeriler sudan bahanelerle Yahudi mahallelerini yağmalayıp haksız kazançlar sağlıyordu.

Liberalliğiyle bilinen II. Mahmud, şöyle demiştir:
Yahudiler hakkında olumlu görüşleri bulunan II. Mahmud'un Yeşaya Isaiah Aciman, Ezekiel Gabay ve Behor Karmona isimli üç Yahudi maliyeciyi idam ettirmesi dikkat çekicidir. İdamların Yeniçeri ocaklarının kaldırılmasıyla ilgili olduğu düşünülmektedir.

Aciman ailesinden son olarak Isaiah Aciman 1808'de banker oldu. Yeniçerileri desteklediği iddiasıyla 1820'de servetine el konulan Aciman, Kıbrıs'a sürüldü. Yeniçeri ocaklarının kaldırılmasından sonra da idam edildi.

1811 yılında Bağdat Valisi Küçük Süleyman Paşa'nın liderliğindeki ayaklanmayı bastırmakla görevli Talat Paşa'ya büyük yardımları bulunan Ezekiel Gabay, Saray'a Sarrafbaşı olarak atandı. Saray'da nüfuz sahibi olan Ermeni asıllı Allahverdioğlu ile Gabay arasında gerginlik mevcuttu. Yunan isyancılarla ilişki kurmakla suçlanan Allahverdioğlu asıldı ve Artin Kazas Rodos'a sürüldü.

Artin Kazas, Behor Karmona aracılığıyla sürgünden dönüp görevine dönünce Saray'daki Ermeni nüfuzu tekrar eski kudretine kavuştu. Kazas ve Abdullah Paşa'nın entrikaları sonucu, yeniçerilere para sağladığı gerekçesiyle Gabay önce 1826'da Bostancı'da hapsedildi, ardından Antalya'ya sürülüp idam edildi.

"Çelebi" lakabıyla anılan Behor Karmona'nın büyükbabası, III. Selim'in "baba" olarak hitap ettiği ve mali konularda tavsiye aldığı Moiz Karmona bir banka kurdu ve ölünce yerine torunu Behor geçti. Yeniçeri ocaklarının para işlerini de yürüten Karmona, maaşları kontrol eder, Yeniçeri ağalarına avans verirdi.

Önceden sürgüne gönderilen fakat Behor Karmona'nın aracılığıyla sürgünden dönüp görevine devam eden Artin Kazas, II. Mahmud ile Karmona'nın yalısının önünden geçerken Behor'un Müslümanlara alkollü içki sattığını anlattı. Buna sinirlenen II. Mahmud, öfkesini üç kelimeyle dile getirdi: "Öyleyse tez ölmelidir!" Çelebi Behor Karmona, Şabat'a denk gelen 14 Nisan 1826 gecesi, Kiduş duası okunduktan sonra cellatlar tarafından ailesi önünde boğdurtuldu.

Abdülmecid döneminde Yahudi Basını doğdu. 1843'te ilk Ladino gazete olan "La Buena Esperansa" (İyi Ümit), İzmir'de Rafael Uziyel Pinserle tarafından yayımlanmaya başlandı. Aynı kişi, 1846'da "Şaaret ha Mizrah"ı (Doğu'nun Kapıları) yayımladı. İstanbul'un ilk Yahudi gazetesi ise, 1853'te Kırım Savaşı'nda cepheye gidenlerden haber bekleyenlerin ihtiyacını karşılamak üzere, 1853'te matbaacı Leon Haim de Kastro tarafından Ladino diliyle "Or Israel" (İsrailoğullarının Işığı) adıyla yayımlandı. Bugünün "gazete" kriterlerine uygun ilk gazete 1860'ta Yehezkiel Gabay'ın başlattığı "El Jurnal Israelit"tir.

1847 yılında, Yahudi gençlerin kaşer yemek bulamamaları nedeniyle okula devam edemediğini öğrenen Abdülmecid, Kuleli Askerî Lisesi'nde "haham gözetiminde kaşer mutfak açılmasını ve Yahudi öğrencilerin Cumartesi okula gelmemelerini" emretti. Ayrıca Abdülmecid, 12 Mart 1857 tarihli fermanla Yahudilerin hastane kurmalarına izin verdi.

1840 yılında Şam ve Rodos'ta gerçekleşen büyük çaplı kan iftirası olayları nedeniyle Abdülmecid 28 Ekim 1840'ta bir ferman yayınlayıp Yahudilerin rahat bırakılmasını emretti:
19. yüzyıla girildiğinde Osmanlı Yahudileri, yabancı dil öğrenmeyi dinden çıkmak gibi görecek kadar cehalet içindeydiler.

Avrupa ile temas halinde olan Avram Kamondo, Avrupa'daki yeniliklerden kendi cemaatinin de faydalanmasını istediğinden 1830'larda cemaatin laik yönetimini eline aldı. Kamondo, Türkçe, Fransızca ve İbranice'nin okutulacağı bir ilkokul fikrini Piri Paşa'da 23 Kasım 1854'te hayata geçirdi. Ancak Haham İsak Akriş ve Salomon Kamhi'nin başını çektiği bağnazlar, "din elden gidiyor" feryatlarıyla Fransızca ve modern eğitimi ortadan kaldırmaya çalıştı. Akriş yanlısı iki kişinin 1 Kasım 1862'de Kamondo'nun yalısını basmasıyla başlayan olaylar, Haham Akriş'in hapsedilmesi, bazı hahamların dilekçe sunmasıyla Akriş'in serbest bırakılması ve Hahambaşı Yakup Avigdor'un görevden alınmasıyla devam etti.

Yahudiler arasındaki anlaşmazlıklardan bezen Padişah, Edirne Hahambaşısı Yakir Geron'u İstanbul Hahambaşısı olarak atadı ve Yahudi cemaatinin bir reform tasarısı düzenleyerek hükûmete sunmasını istedi. Hahamhane Nizamnamesi'nin hazırlanması için 12 laik 4 hahamdan oluşan bir komisyon seçildi. Hahamhane Nizamnamesi 15 Mayıs 1865'te yürürlüğe girdi.

Beş bölümden oluşan nizamnamede 48 madde bulunmaktaydı. Ana bölümler şunlardır:

Nizamnameye göre Hahambaşı 30 ila 70 yaşları arasında olmalıydı. Genel Kurul, 60'ı laik 20'si dinî olmak üzere 80 üyeden oluşmaktaydı. Dinî Kurul, Genel Kurul tarafından seçilen 7 hahamdan, Laik Kurul ise Genel Kurul tarafından iki yıllığına seçilen 8 üyeden oluşmaktaydı. Bu nizamname İstanbul Hahambaşılığı için tasarlanmış olsa da diğer hahambaşılıklara emsal teşkil etmiştir.

Hahambaşı, sınırları gelenek veya yasalarla belirlenmiş belirgin bir yörenin dinî lideridir. İstanbul'un fethinden sonra Yahudiler tarafından ödenen vergilerden biri, bir Hahambaşı'ya sahip olma hakkı veren "Rav akçesi"ydi ancak Eliyahu Mizrahi'nin vefatının ardından bu verginin ödenmesi durduruldu. Sefarad Yahudileri, Romanyot bir Hahambaşı istemediklerinden bu vergiyi ödemediler.

Romanyotların kendilerine ait bir Hahambaşısı bulunurken Sefaradlar bu ayrıcalıktan mahrum kaldılar. Osmanlı İmparatorluğu'nda asırlar boyunca Yahudileri Saray'da temsil eden resmi biri bulunmadı. 22 Şubat 1825 tarihli Takvim-i Vekayi gazetesi, Rum ve Ermeniler gibi Yahudilerin de Saray nezdinde resmen tanınması için Sultan'dan rica ettiklerini yazar. II. Mahmud bu talebi kabul edip Hahambaşılığı resmen tanımış oldu. İlk resmî Hahambaşı Abraham Levi'nin ölümünün ardından bu mevkiye Samuel Haim getirildi fakat yabancı uyruklu olduğu anlaşılınca görevden alındı. Samuel'i Moşe Fresko, Yakov Bahar David, Haim Hakohen ve Yakup Avigdor takip etti.

Uzun yıllar boyunca dinî mahkemelerde hâkimlik yapmış olan 1794 doğumlu Yakup Avigdor, 1860'ta yani 66 yaşında Genel Hahambaşı seçildi. Kamondo-Akriş çekişmesinde etrafı sakinleştirmeye çalışan Avigdor ("bkz. Kamondo-Akriş çekişmesi") bir soruşturma komisyonunca aklandı fakat yaşı nedeniyle Temmuz 1863'te görevinden alındı. Yakup Avigdor, 1874'te 80 yaşında öldü.

1813 doğumlu Edirneli Yakir Geron, 1835'te Edirne Hahambaşısı oldu. 1846'daki Edirne yangınında hasar gören sinagogların tadilatı için Padişah'ın ferman çıkarmasını sağlayan Yakir, İstanbul Yahudilerinden topladığı bağışları yangında evsiz kalan Edirne Yahudilerine dağıttı. Aynı yıl Yakir, üçüncü derece Mecidiye Nişanı ile onurlandırıldı.

Abdülaziz, Yakup Avigdor'un görevden alınmasının ardından 19 Temmuz 1863'te verdiği kararla Edirne Hahambaşısı Yakir Geron'un İstanbul Hahambaşısı olmasını ve "Hahamhane Nizamnamesi"nin hazırlanmasını emretti. Yakir Geron, 10 Ağustos 1863'te düzenlediği toplantıda cemaati "birlik ve ahenge davet edip" uyulması gereken esasları hazırladı ve bu esaslara uymayanların cezalandırılacağını belirtti. 1866'da, bağnaz Haham İsak Akriş'in müridi Salomon Kamhi'nin Karaylara saldıran "Melehet Şelomo" isimli kitabını toplatıp Kamhi'yi ahengi bozma gerekçesiyle cezalandırdı.

7 Ekim 1869'da Sultan Abdülaziz'i ziyaret eden III. Napolyon'un eşi Eugenie de Montijo, Yakir Geron'u huzuruna davet etti ve Yakir'in Yahudi İspanyolcası konuşması İmparatoriçe'yi etkiledi ve şöyle konuştu: "Misafiri bulunduğum bu ülkede ana dilimi bulmak ve konuşmak ne saadet".

Yakir Geron'a yöneltilen en önemli eleştiri, İzmir Hahambaşısı Haim Palaçi'ye karşı tavrıdır. Kendisinin başkanlık ettiği bir toplantıda Palaçi'nin fikirlerine daha çok önem verilmesi bir kıskançlık yarattı ve Geron, Palaçi'ye karşı cephe aldı. Haim Palaçi'nin aleyhine harekete geçmesini fırsat bilen Geron, hükûmete başvurup Palaçi'nin cezalandırılmasını istedi.

1870'te birinci derece Mecidiye Nişanı ile onurlandırılan Yakir Geron, 1872'de Laik Kurul içindeki anlaşmazlıklardan sıkılınca istifa etti. Kudüs'e yerleşip bir yeşiva kuran Geron, 11 Şubat 1874'te öldü.

Konferansın maddelerinden bazıları gayrimüslimlerin haklarının güvence altına alınmasıyla ilgiliydi ve bu konferansa sunulan en ilginç belge Dünya Yahudi Cemaatleri'nin birleşerek 2 Ocak 1877'de sunduğu 28 sayfalık muhtıradır. Bu muhtıranın 6 ila 8. sayfalarının özeti şöyledir.

Böylece gayrimüslim halkın haklarının korunmasının görüşüldüğü konferansa en güzel cevap Yahudilerden gelmiştir.

İstanbul Konferansı'nın ilk gününde ilan edilen Kanun-ı Esasî (Anayasa), konferansa katılan devletler tarafından bir "oyalama taktiği" olarak görülse de ulus genelinde coşkuyla karşılandı. Anayasa'nın ilk maddesinde Osmanlı İmparatorluğu'nun "çok yapılı, çok uluslu bir devlet" olduğu belirtilir. Kanun-ı Esasî "Osmanlı Devleti uy