erodot'un "yaşamın herhangi bir bölümünde İyonya'lılar hakkında söylenecek hemen hiçbir sözü" olmadığını yazmaktadır. Andrew Robert Burn ise "kin doludur ve dürüst değildir" demektedir.

Bronz Çağı Çöküşü ardından Antik Yunanistan'da saray ekonomilerinin çökmesiyle nüfusun önemli bir bölümü, daha güvenli bulunan Önasya'ya göç ederek oralarda yerleştiler. Bu yerleşimciler Antik Yunanistan'ın dört ana kabilesinden üçü olan Aioller, İyonlar ve Dorlardır. İyon boyları, Lidya ve Karya kıyılarına yerleşerek İyonyayı oluşturacak 12 kent devleti kurdular. Bu kentler Karya'da Milet, Myus, Priene, İyonya'da Efes, Kolofon, Lebedos, Teos, Klozomenai, Phokaia, Erytrae ve Ege Adaları'nda Sisam ile Sakız'dır. Paniyonya Birliği olarak bilinen bu birliğe daha sonra Smyrna da katılmıştır. İyon kent devletleri ünlü Lidya kıralı Krezüs tarafından MÖ 560 yılı civarında boyun eğdirilene kadar bağımsız kalmaya devam etmişlerdi. Bu tarihten Akamenid İmparatorluğu'nu kuran II. Kiros tarafından yıkıldığı tarihe kadar (MÖ 564) Lidya hakimiyetinde kaldılar. Bu dönemde, Karadeniz, Çanakkale ve İstanbul Boğazları'nın batı kıyılarıyla Trakya kıyıları Pers kontrolüne geçmişti. Bu durumda Yunanistan ve Batı Anadolu kentlerinin bu bölgelerle ticareti kesilmişti. Karadeniz kıyılarında özellikle Milet'in yaygın bir kolonileşmesi mevcuttur. Bu kıyılardaki Pers hakimiyetinin yarattığı ve ticareti ilgilendiren diğer bir sorun ise bu kolonilerden gelen buğdayın kesilmesidir. Diğer yandan Pers Sarayı, boyun eğdirdiği Batı Anadolu'daki tüm kent devletlerinden haraç alınyordu.

Ancak Pers İmparatoroluğu için İyon kentlerini hakimiyet altında tutmak, istila edilmiş olan diğer imparatorluk bölgelerine oranla bazı güçlükler göstermektedir. II. Kiros, İmparatorluğun diğer bölgelerinde Musevi din adamları gibi, "seçkin" grupları, hakimiyetini güçlendirmek amacıyla desteklemiş, kollamıştı. Söz konusu dönemde Yunanistan'da ve İyonya'da benzer bir seçkin zümre yoktu. Her ne kadar aristokrat bir toprak sahipliği varsa da bu sınıf kendi içinde birlik halinde değil, kaçınılmaz olarak birbirine rakip durumdaydı. Bu yüzden Persler İyon kent devletlerinde bir tiranın yönetime gelmesini, kendilerini İyonya'nın iç çatışmalarına sürüklese de desteklemek durumunda kalmışlardır. Bir başka risk de bazı tiranların kendi yönetimlerini olabildiğince bağımsız kılma girişimleri olabilecekti ve bunların bir şekilde değiştirilmesi zorunluydu. Tiranlar da ayrıca zorlu bir işin üstesinden gelmeliydiler, vatandaşlarının Pers düşmanlığını yumuşatmalı, mümkünse gidermeli ve bu yolla Pers hakimiyetinin sürmesini garantilemeliydiler.

İyonya'nın istilasından 40 yıl sonra, (ki Büyük Kiros'un ardından tahta çıkan üçüncü kraldı) Pers kralı I. Darius'un döneminde, Milet tiranı Aristagoras da kendini, bu içinden çıkılması güç durumda bulmuştur. Bu sıralarda Nakşa'dan sürgün edilmiş olan aristokratlardan bazıları MÖ 500 yılında Aristagoras'a baş vurarak Ada'yı ele geçirmesi için teşvik ettiler. Nakşa'yı istila etmekle Milet'teki durumunu sağlamlaştırmayı planlayan Aristagoras, Lidya Satrabı Artaphernes'e başvurmuş, bir ordu istemiştir. Artaphernes bu teklifi kabul etmiştir.

Birleşik orduyu taşıyan gemiler MÖ 499 yılının baharında denize açıldılar. Fakat Nakşa'yı kuşatmalarına karşın sefer başarısızlıkla sonuçlandı. Dört ay süren Nakşa Kuşatması, bu sürenin sonunda maddi kaynakların tükenmesi nedeniyle kaldırılmak zorunda kalındı. Donanma ve ordu çaresiz olarak Önasya kıyılarına geri döndüler. Bu durumda, Pers Sarayı'nın Aristagoras'ı görevden alması kaçınılmaz gibi görünmektedir. Sarsıntıda gördüğü durumunu düzeltmek için yaptığı güçlü hamlenin başarısızlıkla sonuçlanması Aristagoras'ı, sarsıntıda gördüğü durumunu bıçak sırtına getirmesiyle sonuçlanmıştı. Pers Sarayı'ndaki itibar ve güven kaybını gidermek için yapabileceği hiçbir şey yoktu. Kendi halkına yöneldi ve Pers boyunduruğuna karşı duyulan hoşnutsuzluğu körükleyerek yeniden bir güç oluşturmayı denedi. Herodot her ne kadar ayaklanmayı Aristagoras ve Histiaeus'un kişisel ihtiraslarına bağlıyorsa da, İyonya'nın iç dinamiklerinin ayaklanmak için olgunlaşmış olduğu açıktır. Herodot, bu koşulları olgunlaştıran ilk etmenin Pers Sarayı tarafından atanan yöneticilere karşı duyulan hoşnutsuz olarak gösterir. Bu yüzden Aristagoras'ın girişimleri, bir kuru ot yığınına düşen kıvılcım gibi hızla yayılan etkilerle ayaklanmayı ateşlemiştir. Hemen her kent devletinde tiranlık yerine demokrasi hükümet şekline geçilerek ayaklanma başlatılmış oldu. Diğer ifadeyle İyonlar, Pers Sarayı tarafından atanmış tiranları yönetimden uzaklaştırarak siyasi erki ele geçirmişlerdir.

Aristagoras Önasya'daki tüm Grek dünyasını ayaklanma içine çekmeyi başardı. Fakat, Pers kuvvetleriyle savaşabilmek için başka müttefiklere de ihtiyaçları olduğunu fark etmiştir. Bu düşünceyle MÖ 499 kışında deniz yoluyla, savaş konularında en atak Grek kent devleti olan Sparta'ya gitmiştir. Ancak Aristagoras'ın tüm israrına karşın Sparta Kralı I. Cleomenes, Perslere karşı Grek liderliği yönündeki teklifi geri çevirmiştir. Aristagoras bunun üzerine Atina'ya ve Eretria'ya gitti. Atina da Eretria da, Aristagoras'ın ayaklanmasını destekleme kararı vermiştir. Bu işbirliğinin bir sonucu olarak beşi Eretria'dan, yirmisi Atina'dan olmak üzere toplam 25 triremeden oluşan bir kuvvet, MÖ 498 baharında İyonya'ya gitmek üzere yola çıkmıştır. Bu filo esas İyon kuvvetleriyle Efes yakınlarında birleşti. Daha sonra Artaphernes'in Satraplık başkentine ilerleyen bu kuvvete Sard dağlarını aşarken Efesliler rehberlik etti. Pers savunması hazırlıksız yakalandı ve Grek kuvvetleri aşağı kente girdiler. Ancak Artaphernes halen önemli bir kuvvetle yukarı şehirdeki kaleyi tutmaktaydı. Bu arada aşağı şehirde bir yangın başladı ve hızla yayıldı. Herodot bu yangının kazaen çıktığını yazmıştır. Savaşa devam etme olanağı kalmayan Grek kuvvetleri muharebeyi bırakarak Efes'e geri dönmek üzere harekete geçtiler. Önasya'daki Pers kuvvetleri Sard'a doğru yürüyüşe geçmiş ancak kente ulaştıklarında Grek birliklerinin çekildiğini öğrenmişlerdir. İzlemeye geçen bu kuvvetler Grek ordusuna Efes yakınlarında yetiştiler. Moralsiz ve yorgun Grek kuvvetleri Pers ordusu için kaçınılmaz olarak zayıf bir rakipti. Yine de muharebeden kaçınma olanakları yoktu ve savaşa girdiler. Ancak sonuç ağır bir yenilgi oldu. Muharebe alanında tutunamayan İyonlar kendi kentlerini savunmak üzere çekilirken Atinalılar ve Eratrialılar gemilere kaçmayı başardı ve Yunanistan'a döndüler.

Bu yenilgiye karşın ayaklanma yine de yayılma göstermiştir. Bir İyon filosu Çanakkale Boğazı üzerinden Marmara Denizi civarına ilerledi. Bu kuvveler Byzantium'u ve civar kentleri istila ettiler. Aynı filo daha sonra Güney Ege'ye yelken açmış ve Karya ayaklanmaya katılmasını sağlamıştır. Diğer yandan ayaklanmanın genişlediğini gören Kıbrıs Kralı, herhangi bir dış teşvik olmadan Pers hakimiyetine başkaldırdı. Sonraki üç yıl boyunca Pers ordusu ve donanmasının büyük kısmı Karya ve Kıbrıs'da, bu bölgelerdeki ayaklanmayı ezmekte kullanılmıştır. Bu yıllarda İyonya'nın geri kalanında görece durgun yıllar yaşanmıştır. Karya'yı ve Kıbrıs'ı hedef alan Pers karşı saldırılarının en güçlü olduğu bu evrede durumunun savunulmasının güçlüğünü gören Aristagoras, Milet'in ve ayaklanmanın liderliğinden çekilmiştir. Herodot bu tutum karşısında olumsuz bir yaklaşım sergiler. O'na göre Aristagoras bütünüyle soğukkanlılığını kaybetmiş ve mücadeleden kaçmıştır.

İyon Ayaklanması'nın altıncı yılı olan MÖ 494'te Pers kuvvetleri yeniden harekete geçmiştir İyon Ayaklanması'nı bastırmak için tahsis edilen tüm kara güçleri bir ordu olarak teşkillendi. Orduya destek olacak filo ise Mısır, Kilikya, Fenike ile yeniden boyun eğdirilen Kıbrıs 'dan sağlanmıştır. Bu şekilde düzenlenen Pers kuvvetleri, diğer kentler üzerinde durmayarak İyon Ayaklanması'nı merkez üssünde boğmak üzere doğrudan doğruya Milet'e yönelmişlerdir. I. Darius bu kez, Grekler konusunda deneyimli bir Pers Generali olan Datis'i orduya komuta etmek üzere atamıştır. Bu bağlamda Datis'in Pers taarruzunun genel komutasını üstlenmiş olması mümkündür. Pers kuvvetlerinin yaklaştığı haberi ulaşınca Miletliler, açık alanda bir muharebeye girmemek, savunmayı Milet surları gerisinde yapmak yönünde karar almışlardır. Diğer yandan toplayabildikleri tüm savaş gemilerini Milet açıklarındaki Lade Adası'nda topladılar. Milet'in deniz yaklaşımı olan ada, Milet'i denizden savunmak için seçilmişti. Ada, Büyük Menderes Nehri'nin getirdiği alüvyonlar nedeniyle günümüzde ova içinde bir yükselti haline gelmiştir.

MÖ 5. yüzyılda Akdeniz'de deniz savaşlarında kullanılan en gelişkin savaş gemileri triremelerdir. Uzunlukları 36 metre, genişlikleri ise 6 metre olan bu gemiler üç sıra kürekçi takımına sahiptir. Uygun rüzgar olduğunda toplam alanı 175 metrekareyi bulan yelken takımıyla hareket edebilirlerdi. Ancak yeterli rüzgar olmadığında ve muharebelerde kürekçi takımına dayanmak zorundadırlar. Bu gemilerde 170'i kürekçi olmak üzere 200 mürettebat istihdam edilmektedir.

O dönemde Akdeniz'de temel deniz muharebesi taktikleri gemilerin pruvasında bulunan mahmuzu kullanarak düşman gemisini mahmuzlayarak batırmaktı. Eğer bu mümkün olmazsa trireme düşman gemisine olabildiğince yakın geçiş yapmaya ve bir taraftaki kürekleri kırarak gemiyi manevra yapmaz hale getirmeye çalışırdı. Bir başka manevra da düşman gemisine bordalayarak asker çıkarmaktı. Bu kez düşman gemisi güvertesinde kıyasıya bir çatışma yaşanırdı ki, bu herhangi bir kara çatışmasıyla hemen hemen aynı şartlarda olurdu. Her iki tarafın savaş gemilerinde bu tür olası bir çatışma için asker bulunmaktadır. Grek İttifakı Donanması'nda tam silahlı hoplitler, Pers Donanması'nda ise hafif piyadeler.

MÖ VI. yüzyıl (500'lü yıllar) öncesinde mahmuzlu savaş gemileri olduğuna ilişkin herhangi bir kanıt günümüze ulaşmış değildir. Mahmuzlu savaş gemilerine dair ilk kanıt MÖ VI. yüzyıl ortalarına denk gelen Herodot'un kaydıdır. Mahmuz, düşman gemisinin bordasını parçalayabilmesi için tunç kaplamayla sağlamlaştırılırdı. Bu