olan Miletliler O'nun tiranlığını kabul etmekte bütünüyle isteksizdiler. Bunun üzerine Midilli'nin başkentine giden Histiaeus, Lesbos'luları kendisine sekiz trireme vermeleri konusunda ikna etti. Elindeki bu kuvvetle Byzantium'a yelken açtı. Orada duruma hakim olup Karadeniz'e giden tüm gemileri ele geçirmeye başladı. kendisine hizmet etmeyi kabul eden mürettebata dokunmuyordu.

İyon Ayaklanması'nın altıncı yılı olan MÖ 494'te Pers kuvvetleri yeniden harekete geçmiştir İyon Ayaklanması'nı bastırmak için tahsis edilen kara güçleri bir ordu olarak teşkillendi. Orduya destek olacak filo ise Mısır, Kilikya Fenike ve yeniden boyun eğdirilen Kıbrıs'tan sağlanmıştır. Bu şekilde düzenlenen Pers kuvvetleri, İyon Ayaklanması'nı merkez üssünde boğmak üzere, diğer kentler üzerinde durmayarak doğrudan doğruya Milet'e yönelmişlerdir. I. Darius bu kez, Grekler konusunda deneyimli bir Pers General olan Datis orduya komuta etmek üzere atamıştı. Bu bağlamda Pers taarruzunun genel komutasını üstlenmiş olması mümkündür. Güçlü bir Pers saldırısının harekete öğrenilmesi üzerine Milet, Panionion'dan üzerinden İyon kentlerine ve müttefiklerine haberciler gönderdiler. Panionion'da yapılan görüşmelerde açık alanda bir muharebeye girmemek kararı aldılar. Dolayısıyla Pers kuvvetlerine karşı bir kara ordusu toplamayacaklar, savunmayı Milet surları gerisinde yapacaklardı. Diğer yandan toplayabildikleri tüm savaş gemilerini Milet açıklarındaki Lade Adası'nda topladılar. Milet'in deniz yaklaşımı olan ada, Milet'i denizden savunmak için seçilmişti. Ada, Büyük Menderes Nehri'nin getirdiği alüvyonlar nedeniyle günümüzde ova içinde bir yükselti haline gelmiştir. Milet yaklaşımını savunmak amaçla İyon kent devletleri ile Midilli kent devletleri 353 triremelik bir bileşik deniz kuvveti toplamışlardır.

Herodot'a göre Pers komutanlığı, İyon filosunu yenemeyeceklerinden, bu yüzden de Milet'i düşüremeyeceklerinden endişeliydiler. Bu endişeyle sürgüne gönderilmiş İyon tiranlarını, her biri vatandaşlarını Pers tarafına geçme yönünde ikna etsin diye Lade'ye getirmişlerdi. Bunun üzerine yanlarında getirdikleri sürülmüş ve Pers Sarayı'na sığınmış İyon tiranlarını, kendi halklarına elçi olarak gönderdiler. Bu elçiler, savaşı keserlerse affedileceklerini, aksi takdirde acımasızca cezalandırılacaklarını anlatacaktı. Elçiler görevlerini yerine getirdiler. Ancak her kentin halkı, biraz da bu uyarıların sadece kendilerine yapıldığını saanarak kabul etmeye yanaşmadılar ve savaşa devam etme yönünde karar aldılar. Bu arada toplanan savaş meclisinde Phokaialı general Dioisios'un talim planı kabul edildi. Ancak birkaç gün sonra gemiciler ağır talim koşullarına dayanamadılar ve topluca talimlere çıkmamaya başladılar. Bu disiplinsizlik, zatan savaşın başarıya ulaşması konusunda pek umutlu olmayan Sisamlı komutanları cesaretlendirdi ve İyonlardan ayrılmaya karar verdiler.

Kısa bir süre sonra Pers donanması, saldırı için düzen alarak taarruza geçti. Ancak her iki donanma da birbirine doğru ilerlerledi ve muharebeye başlandı. Bu sırada Sisam savaş gemileri, filodan ayrılıp, daha önce Perslerle anlaştıkları gibi Sisam Adası yönünde geri çekilmişlerdir. Midilli filosu da Sisam filosunun muharebe hattını terk edip geri çekildiğini görünce olabildiğince hızla birleşik filodan ayrıldı. Böylece Pers Donanması önünde esas olarak büyük ölçüde İyon filosu kalmış oldu. Başlangıçtan itibaren donanmanın 100 trireme ile en büyük bileşeni olan Sakız Adası filosu, yanlarında kalmış olan az sayıdaki müttefikleriyle birlikte inatla dövüştüler ama üstün sayı karşısında yenilgiye uğrayarak muharebe hattını terk ettiler.

Lade Deniz Muharebesi'nin yenilgisiyle İyon Ayaklanması kesin olarak son bulmuştur. Bunun ardından karaya çıkarak Milet'e ilerleyen Pers Ordusu kenti yakın bir kuşatma altına aldı. Kent duvarlarının altını kazarak duvarlardan taşları sökmek dahil her türlü kuşatma tekniğini ve silahını kullanarak kenti düşürene kadar yüklendiler. Sonunda kente girdiler. Herodot'un yazdıklarına göre erkeklerin çoğu öldürüldü, kadınlar ve çocuklarsa köle edildi. Milet'te gerçekleştirilen arkeolojik çalışmalarda kentin terk edildiğini göstermektedir. Dahası geniş çaplı bir yakılıp yıkılmaya ilişkin buluntulara ulaşılması, bu olayın açık bir kanıtı olarak görülmektedir. Ancak bazı Miletliler sağ kalmayı başarmıştı ya da kısa süre sonra kente döndüler. Yine de Milet, eski debdebeli günlerini bir daha göremedi.

Milet'in bu şekilde kısmen tahliye edilmesiyle kent boş kalmıştır. kent ve sahil bölgesi Persler tarafından alındı. Pedasa'dan Karya'ya kadar olan topraklar da geride Pedasalılara bırakıldı. Esir Miletliler önce Susa'ya gönderildiler. I. Darius onları Basra Körfezi'nde Dicle deltasına yakın bir bölgede iskana mecbur etmiştir.

Birçok Sisamlı Lade'de kendi generallerinin tutumundan dolayı dehşete düşmüştü. Yine çoğu, eski tiranları Aeaces'in yeniden yönetime getirilmesinden önce kentlerinden ve adalarından göç etmeye karar verdiler. Bu insanlar Sicilya kıyılarına yerleşmeleri için yer gösteren Messina'nın teklifini kabul ettiler. Bu öneri, Pers hakimiyetinden kaçamayı sağlayacak bir çözüm olarak görülmüştü. Aslında Sisam Persler tarafından, verilen söze sadık kalınarak yakılıp yıkılmadı. Bazı direnek noktaları ancak zor kullanılarak ele geçirilse de Karyalılar'ın çoğu Pers kuvvetlerine boyun eğmiştir.

Bu arada Histiaeus, Milet'in düştüğü haberini alıca kendini Pers istilasına karşı direnişin lideri olarak görmeye başlamıştır. Elindeki Midilli kuvvetleriyle Byzantium'dan hareket ederek Sakız'a dönmüştür. Fakat Sakız muhafız gemileri kendisini engellemeye kalkışınca Sakız filosundan kalanlara saldırarak bu gemileri imha etti. Ardından Adanın bir kenti olan P?olikhna'yı ele geçirerek burayı bir üs olarak kullandı. Denizde uğranılan iki yenilgi sonucu askeri gücünü büyük ölçüde yitirmiş olan Sakız, sonunda Histiaeus tarafından işgal edildi.

İyon ve Aiol kuvvetleriyle önemli bir askeri güce sahip olan Histiaeus, Taşoz'u kuşatmak üzere harekete geçti. Ancak adayı kuşattıktan sonra, Pers filosunun İyonya'nın geri kalanına saldırmak üzere Milet'ten yelken açtığı haberi üzerine Midilli'ye hızla geri döndü. Bu arada ordusunun erzak stokları çok düşmüştü, erzak sağlamak için Atarneus ve Myus üzerine yağma seferine çıktı. General Harpagus komutasındaki büyük bir Pers kuvveti bölgedeydi ve sonuçta Malene yakınlarında Histiaeus'un yolunu kesti. Girişilen savaşta Histiaeus'un kuvvetleri ağır bir yenilgiye uğradı, büyük bir bölümü öldürüldü. Histiaeus, ordusunu dağıtan bir Pers süvari akını sırasında, kendisi de kaçarken tam bir Pers süvarisi tarafından vurulacakken adını söyleyerek öldürülmekten kurtulmuştur. Af dilemek için I. Darius'la konuşma fırsatının olacağını umarak teslim olmuştu. Fakat I. Darius yerine Artaphernes'e gönderildi. Histiaeus'un ihanetinden bütünüyle haberdar olan Artaphernes kazığa oturttuğu Histiaeus'un bozulmaması için mumyalanmış başını I. Darius'a göndermiştir.

Pers filosu ve ordusu kışı Milet'de geçirdi. MÖ 493 yılında, İyon Ayaklanması'nın son direnek noktalarını da kırmak için harekete geçti. İlk saldırıları Sakız Adası, Midilli ve Bozcaada'ya yönelmiştir. Her ada askerlerden oluşan bir insan ağıyla tarandı ve gizlenmeye çalışan tüm isyancılar ele geçirildi. Pers askerleri el ele tutuşuyar ve adanın bir kenarından diğer kenarına yürüyorlardı. Daha sonra askeri harekat Önasya'ya taşındı ve halen boyun eğdirilmemiş İyon kentleri tek tek elden geçirilerek tüm ayaklanma unsurları, aynı titizlikle peşlerine düşülerek imha edildi. Tüm İyon kentleri benzer akıbete uğradılar. Hemen hepsi Milet'in kaderini kısmen paylaşmamıştır. Lade önlerinde sürülmüş tiranlarla İyonlara bildirdikleri tehditlerin hepsini gerçekleştirdiler. Bir kent üzerinde hakimiyet kurduklarında Milet'teki gibi, en yakışıklı erkek çocukları ve çocuk yapabilecek durumdaki erkekleri toplayarak hadım ettiler, en güzel genç kızları da Pers Kraliyet Haremi'ne gönderdiler. Bu arada kentler ve tapınakları ateşe verildi. Herodot'un bu anlattıkları muhtemelen gerçektir. Fakat Herodot'un yıkımın ölçüsünü bir parça abarttığı da söylenebilir. Kentlerde günlük yaşam birkaç yıl içinde şu ya da bu ölçüde eski normal durumuna dönmüştür. Öyle ki sadece 13 yıl sonra başlayacak olan Yunanistan'a yönelik ikinci Pers istilası için 100 triremelik bir donanma kurulabilmiştir.

Pers Ordusu Marmara Denizi'nin Asya tarafındaki kentleri yeniden istila etti. Donanma ise Çanakkale Boğazı'nın Avrupa kıyılarına akın yapıp buradaki kentleri sırayla ele geçirdi. Gelibolu Yarımadası'ndaki tüm kentler taş üstünde taş bırakmamacasına imha edildi. Sadece daha önce boyun eğen Kyzikos tahrip edilmemiştir. Önasya tümüyle Pers hakimiyetine girdi ve dolayısıyla İyon Ayaklanması kesin olarak bastırılmış oldu.

Ayaklanmanın kaçınılmaz ve beklenen cezalandırmalarının ardından Pers yönetimi uzlaşıcı ve yatıştırıcı bir tutum içine girmiştir. Bölge artık Pers topraklarıydı. Böyle olunca bu bölge ekonomilerinde yıkıcı etkiler yaratmak ya da yeni ayaklanmalara neden olmak akılcı olmazdı. Artaphernes bu düşünceyle, boyun eğmiş yerleşimlerle uygun ilişkileri yeniden kurmak için harekete geçti. Her kent devletinden temsilcileri Sard'a topladı ve onlara artık kendi aralarındaki anlaşmazlıkları ve uyuşmazlıkları, sürtüşmeler ve çatışmalarla çözmeye çalışmayacaklarını anlattı. Anlaşmazlıklar ve uyuşmazlıklar, bir hakem heyeti tarafından görüşülerek çözüme ulaştırılacaktı. Yasalara uyulacak, anlaşmazlık durumunda bundan böyle birbirlerine karşı soygun ve yağma işlerine girişmeyeceklerdi. Ayrıca her kent devletinin hakimiyeti altındaki arazinin ölçümlemesi yapılarak her biri için orantılı bir haraç tutarı belirlenmiştir. Bu hesaplama sadece arazi genişliğini değil, aynı zamanda verimliliği de esas alan bir hesaplama olacaktı. Artaphernes İyonların tiranlardan ne derecede hoşnutsuz olduğuna birinci elden tanıklık etmiştir. Şimdi, İyonya'da yerel yönetimler karşısındaki durumunu yeniden gözden geçirmeye koyulmuştu. Ertesi yıl I. Darius'un diğer damadı Mardonius iyonya