Sultanlığı görevini verdi ve genç emire danışmanlar ve idari destek sağlayacak bürokratlar tayin etti. Aynı zamanda ikinci oğlu Aziz Osman bin Selahaddin'i Mısır Emiri ve üçüncü oğlu Zahir Gazi'yi Halep Emiri olarak görevlendirdi. Bu görevlendirmeler Selahaddin'in öldükten sonra varislerinin kim olacağını tespit etmesi olarak kabul edildi. Bu görev paylaştırılması sırasında Selahaddin kardeşi Adil'e Urfa ve Harran'da Elcezire emiri görevi verdi. Salahaddin Eyyubi 3/4 Mart 1193'te vefat ettiği zaman Eyyubiler yüksek bürokrasisi 1186'da Selahaddin'in oğulları arasında yaptığı görev paylaştırmasını onun mirası olarak kabul ettiler. Böylece büyük oğul olan Afdal Eyyubiler Suriye Sultanı oldu ve Eyyubiler üst Sultanlığı görevi ve yetkileri de verildi. İkinci oğlu Aziz Osman Eyyubiler Mısır Sultanı ve üçüncü oğlu Zahir Gazi Halep Emiri oldu

Fakat üst Eyyubiler Sultanı olarak Afdal tecrübesiz çıktı. Kendine verilen idarecileri kendi adamları ile değiştirdi ve Şam'da hayatını zevküsefa içinde geçirmeye başladı. Yerlerinden attığı bürokratlar Mısır'a giderek Mısır Sultanı Aziz Osman'ı kardeşi Afdal aleyhine döndürdüler. Sultan Aziz Osman Mısır ordusu ile 1194'te Şam'a geçerek o şehri ve Sultan Efdal'ı kuşatmaya aldı. Sultan Afdal amcası olan Elcezire emiri Adil'den yardım istedi. Adil yeğenleri arasında arabuluculuk rolü yapmaya başladı. Adil Mısır Sultanı Aziz Osman ile Suriye Sultanı Afdal'ın arasını buldu; Sultan Aziz Osman Şam kuşatmasını bırakarak ordusu ile Mısır'a geri döndü.

1195'te Mısır Sultanı yeniden Mısır ordusu ile kardeşi Sultan Afdal'a Suriye'de hücuma geçti. Bu safer de amcası Adil Afdal'ı koruma amacıyla Aziz Osman'ın ordusunda bulunan bazı önemli emirleri bu orduyu terk etmeye inandırdı. Ordusu dağılmakta olan Sultan Aziz Osman Mısır'a dõnmeye başladı. Sultan Afdal bunu fırsat bilip Suriye ordusu ile kardeşini kovalayıp Mısır'a girip Kahire'yi eline geçirip orada Mısır Sultanı olarak da hüküm sürmeyi planladı. Fakat yeğenlerinin fazla güçlenmesini istemeyen Adil bu sefer de Afdal'ı Aziz Osman'ı Mısır Sultanlığından indirme hevesinden vazgeçirdi.

Bu sefer Adil güya idarecilikten çekilerek Elcezire emirliğini bıraktı ve Mısır'da yaşamaya başladı. Diğer taraftan Afdal idaresizliği ve fazla zevküsefaya dalması dolayısıyla Şam'daki devlet idarecilerini ve şehir halkını kendinden gocundurdu. Adil de yeğeni Afdal'ın Suriye'deki idaresizlikten hoşlanmamaktaydı. Haziran 1196'da Mısır Sultanı Aziz Osman üçüncü bir defa daha Mısır ordusu ile Suriye'ye geçti. Fakat bu sefer amcası Adil, Aziz Osman'ı tutup onun yanında bulunmaktaydı. Bu ordu 3 Temmuz 1196'da Şam'a girdi. Mısır Sultanı Aziz Osman üst Eyyubiler hükümdarı olarak kabul edildi. Afdal Suriye tahtından indirildi Suriye'de küçük bir valilik olan Sarhad valiliğine gönderildi. Amcası Adil Eyyubiler Suriye Sultanı oldu. Her ne kadar Sultan Aziz Osman nominal üst Eyyubiler Sultanı unvanı taşımaktaysa da Eyyubiler Devleti iktidarı Sultan Adil eline geçmiști.

Mısır Sultanı Aziz Osman 29 Kasım 1198 günü Piramidler civarında bir kürt avına çıktı ve bir attan düşme kazası geçirip hayata gözlerini yumdu. Mısır bürokratları Sultan Aziz Osman yerine 9 yasında olan oğlu Mansur bin Aziz Eyyûbîler'in Mısır Sultanlığı tahtına çıkardılar. Yetişkin olmayan Sultan Mansur bin Aziz için Mısır Sultan Naipliği görevini atabek unvanı ile Emir "Bahaddin Karakuş" aldı. Mısır ileri gelenleri yeni sultanın amcası olan Efdal bin Selâhaddîn'in Suriye'de idare tecrübeli ve daha yakın akrabalığı olması yüzünden onu Mısır sultan naibi yapmaya karar verdiler. Afdal'ı sürgüne gönderildiği Sarhad'dan Mısır'a davet edilip Ocak 1199'da Kahire'ye varan Afdal "atabek" unvanı ile Sultan Naibi görevini üzerine aldı.
Mısır sultan naibi olan Afdal'ın kendisini Suriye Sultanlığı'ndan indiren amcası Adil'den öç almak istemekteydi. Afdal, Suriye Sultanı olan Adil'in başkent Şam'dan uzakta, Mardin'de bulunduğunu öğrenip bunu fırsat bilip Şam'ı ele geçirmeyi planladı. Bunu haber alan Adil daha önce davranıp 7 Haziran 1199'da Şam'a geri döndü. Afdal Mısır ordusu başında ancak 14 Haziran 1199'da Şam'a gelip kuşattı. Ama amca-yeğen savaşa girmeyi göze alamadılar. Afdal danışmanlarının verdikleri tavsiyeler aksine olarak amcası Adil ile altı ay sürecek bir barış anlaşması imzaladı. Afdal, Şam kuşatmasını bırakarak ordu ile Mısır'a geri döndü. Bu amca-yeğen anlaşmasına dayanan Afdal, tarım hasadıyla uğrașmak isteyen Mısır ordusu askerlerinin çoğunu dağıttı. Fakat bu anlaşmaya önem vermeyen Âdil Suriye ordusuyla Mısır'a girdi. Mısır Sultan Naibi olan Afdal dağılmış olan ordusunu yeniden toplamaya imkanı olmadı ve toplayabildiği askerle Adil'in Suriye ordusunu Bilhays'da karşıladı. Adil'in Suriye ordusu Bilbays Muharebesi'nde galip geldi. Adil 5 Şubat 1200'de Kahire'yi eline geçirdi.

Âdil, yeğeni 11 yasında olan Sultan Mansur bin Aziz'i tahttan indirdi dördüncü Eyyûbîler Mısır Sultanı ve Eyyubiler üst sultanı olarak tahta geçti. Suriye Sultanlığı unvanı Adil'in elinde kaldı ama bu ülkenin idaresini Eyyubiler Şam Emiri unvanı ile küçük oğlu Muazzam bin Adil'e verdi. Mansur Aziz'e Urfa valisi unvanı verildi. Afdal'ı ise Elcezire'de Havran'a sürgüne gönderdi.

Âdil hem Eyyûbîler Mısır Sultanı ve hem de Suriye Sultanı olarak göreve başladı ve 1200-1218 döneminde hükümdarlık yaptı. Bu dönemde Filistin'de bulunan Akka merkezli Kudüs Krallığı ve Trablus Kontluğunda oluşan haçlı devletleri ile iyi ilişkiler kurdu ve ticaret bağlantılarını arttırdı.

Kardeşi Selahaddin Eyyubi döneminde ve ondan sonraki oğullarının birbirleri ile saltanat kavgası dönemlerinde Eyyubiler hazineyi boşlamıştı. Sultan Adil'in en önem vediği politikası bu hazine durumunu iyileştirmek için bir seri para reformu ve vergi reformu uygulamak oldu.

Bu reformların Eyyibiler hazinesini yeterli derecede doldurduğuna göstergeler 1199'da deprem ve 1199-1202 döneminde Nil Nehri sellerinin azalması sırasında aldığı tedbirlerdir. 1199 Mısır'da büyükçe bir deprem olmustu ama bundan sonra Sultan Adil'in aldığı özel tedbirlele ülke çabukça tekrar kendini toplamamıştır. 1199-1202 döneminde Nil Nehri sellerinin az olması dolayısila bir tarım krizi ortaya çıkmış ve açlık tehlikesi baş göstermiştir. Sultan Adil tarım sektörü üretiminin çökmemesi için özel tedbirler almıştır. Örneğin ordu askerlerinin tarım sektöründe üretime yardımda bulunması için ülke düzeyine gönderilmiştir. Sultan Adil bu ekonomik krizler sırasında sosyal ve politik istikrarı devam ettirip ekonominin hızlı olarak kendini toplamasını da sağlamıştır.

Sultan Adil'in ikinci önem verdiği tedbirler Avrupa'dan yeni Haçlı seferlerinin gelmesini önlemek içindi. Bunun için Avrupalı tüccarlara kendine ait olan ülkeler sahillerinde büyü ticaret fırsatları sağlamıştır. Özellikle İtalayan ticaret şehirleri bu tedbirlerden büyük faydalar gördüler. Sultan Adil Avrupalılarla karlı ve barışçıl ticaret devam ederken onların artaya savaşçıl Haçlı Sefrleri yapmak istmiyeceklerine inanmıştı. Fakat bu tedbirler tümüyle başarılı olmadı. 1204'te Frank gemileri Mısır'ın Rosetta limanına ve 1211'de Dimyat limanına saldırılarda bulunmuşlardır.

Sultan Adil'in üçüncü önem verdiği politika Eyyubiler iadaresinde bulunan topraklarda zora başvurmadan Eyyubiüler hegomenyasını korumak idi. 1200'deki iç savaşlardan sonra Sultan Adil bu hamacında başarılı oldu ve Eyyubi toparaklarında iç çatışmalar çok gelişmeden kaldırıldı. Bu politikaya bir örnek Sultan Adil'in kendi ailesini Selahaddin'in diğer oğlu olan Halep Emiri Zahir Gazi'ye daha yakın bağlamak için 1212'de Zahir Gazi'yi kızı Dayfa Hatun ile evlendirmesidir. Diğer bir örnek tüm Eyyubiler arazilerinde kalelerin ve müztakem mevkilerin masıf şekilde onarılıp yenilenmesi programı uygulamasında görülür. Örneğin gününümeze kadar gelmiş büyük Şam iç kalesinin son yenileştirilmes Sultan Adil döneminde olmuştır.

Sultan Adil'in döneminde Eyyubilerin toprak elde etme hedefleri Akdeniz'den uzaklaşıp Güney ANadolu'ya ve kuzey Irak'a dönmüştür. Sultan Adil döneminde, Musul ve Sincar hariç, eskiden Zengiler idaresinde olan toprakların çoğu Eyyubiler idaresi altına girmiştir. Van Gölü etrfındaki araziler deele gerilmeue çalışılmıştır. 1207'de Ahlat'a bir sefer yaparak burada bulunan beyliği kaldırdı ve Ahlat'ı Suriye Sultanlığı’na bağladı.

Sultan Adil'in dış politika amaçlarının başında Avrupalıları yeni bir Haçlı Seferi hazırlayıp Eyyubiler topraklarına akın yapmaktan caydırıcı politikalar uygulamak gelmekteydi. Fakat 1217'de Akka'ya yeni bir büyük Haçlı ordusunun gelmeye başladığını öğrendi. Bu haberi Sultan Adil hiç beklememekteydi. Günümüzde Beşinci Haçlı Seferi olarak isimlendirilen bu Haçlı akınının haberini alınca Sultan Adil 72 yasında olmasına rağmen Mısır ile Filistin’in savunma planlarını hazırladı. Filistin'de ortaya çıkmasını beklediği cepheye gitti. Fakat Avrupa'dan gelen yeni Haçlı ordusu Filistin'den gemilere binip Ağustos 1218 Mısır'a çıkması ve Dimyat kalesini kuşatması onun hiç beklemediği gelişmelerdi. Yaşlı Sultan Adil Sam'da hastalandı ve Ağustos 1218’de vefat etti. Büyük oğlu Kamil bin Adil Eyyubiler Mısır Sultanı olarak yerine geçti.

Kabiliyetli ve verimli bir yönetici ve örgütleyici olan Âdil, Selâhaddîn’in büyük seferlerine askerî ve sivil konularda hatırı sayılır destek verdi. Kendisi aynı zamanda kendi başına becerikli bir general ve strateji uzmanıydı. Eyyûbîlerin kuruluşu ve devamında önün payı Selâhaddîn Eyyubi kadardır.

Sultan Adil'in saltanat dönemi de Eyyubiler hanedanı ve devletinin gelecekte ne şekil alacağını tayin eden en önemli saltanat dönemidir. Eyyubiler hanedanından olanlar kuzeydoğu Eyyubi topraklarında sıralanmış olan savunma kalelerini uzun zaman ellerinde tutmayı başarmışlardır. Fakat Orta Asya'dan gelen Moğol baskısı, sonunda bu kalelerin Eyyubiler ellerinden çıkmasına neden olmuştur. Sultan Adil'den sonra Mısır'da sultanlık genellikle kendisini takip eden en yaşlı Sultan oğlundan o Sultan'ın en yaşlı oğluna geçmesi şeklinde olmuştur. Eyyubiler toprakları içinde Selahaddin'in oğul ve ahvadı Halep'i; Adil ve Selahaddin'in karde