bir atılım yaparak dördüncülüğe yükselen sarı-lacivertli takım, başta o sezondan sonra yedi sezonda altı şampiyonluk kazanarak voleybol gibi basketbolda da büyük egemenlik kuran Eczacıbaşı olmak üzere Efes Pilsen, Tofaş SAS ve Şekerspor gibi müessese kulüplerinin sözde amatör olan basketbolda oyuncu fiyatlarını kulüp takımlarının altından kalkamayacakları düzeye taşımaları nedeniyle, güçlü altyapısıyla ayakta kalmaya çalıştı. Müessese kulüplerinin, yaptıkları yatırım karşılığında vergi indirimleri almaları ve basketbolcuları şirket bünyesinde işçi ya da hizmetli kadrolarına alarak düzenli maaşa bağlayarak gelecek güvencesi verebilmeleri gibi avantajlara karşı, özellikle 1973 Petrol Krizi, 1974 Kıbrıs Harekâtı sonrasında Türkiye'ye uygulanan silah ambargosu ve 1979 Petrol Krizi nedeniyle ekonomisi bunalıma sürüklenen Türkiye'nin içinde bulunduğu duruma paralel olarak Fenerbahçe, amatör şubelerde müessese takımlarının yarattığı piyasada giderek daralan bütçesiyle nefes almakta zorlandı. Ferhan Baras ve Halil Dağlı gibi eski ve yaşlı yıldızlarının yanına genç ve maliyeti düşük oyuncuları monte ederek ligde tutunmaya çalışan Fenerbahçe, 1978-79 sezonunda yıllarca Türkiye şampiyonluklarını paylaştığı ezeli rakibi Galatasaray'la bu defa ligin son iki sırasında yeralarak küme düşme yazgısını paylaştıysa da, daha üst sıralarda yer alan kimi takımların lisanssız oyuncu oynatmalarıyla bağlantılı olarak Danıştay'a intikal eden yargı süreci bağlamında Türkiye Basketbol Federasyonu'nun küme düşmeyi kaldırmasıyla ligde kalmayı başardı. Bu dönemde diğer kulüp takımlarıyla birlikte müessese takımlarının ayrı bir profesyonel lig kurmaları gerektiğini savunan Fenerbahçe, küme düşmemek için 1978-79'da Yugoslav Jarko Knezeviç ve Brainur Popoviç, 1981-82'de de Amerikalı Kevin Singleton ve Kennet Bassley ile takviye etmek suretiyle kadrosunda ilk kez düzenli olarak yabancı basketbolculara yer vermeye başladı. Fenerbahçe basketbolundaki bu karanlık dönemin avuntuları 1982 yılında gençlerde kazanılan Türkiye şampiyonluğu ile Necati Güler, Mehmet Döğüşken, Necdet Ronabar ve Hakan Artış gibi millî yıldızları Türk basketboluna armağan etmek oldu.

1981 yılında başkan olan Ali Şen'in başarılı kaynak yaratma hamlesi sonucunda amatör şubeler da yeniden canlandı. Dönemin en önemli basketbolcusu Efe Aydan, oyun kurucu Ali Limoncuoğlu, skorer Fatih Özal ve spektaküler Amerikalı Calvin Roberts'in transferleriyle yıllardır suskun Fenerbahçe seyircisi de 1982-83 sezonunda salonlara dönerken, Fenerbahçe normal sezonu 14 maçta yenilgisiz lider kapattı ve 1978-79'dan beri uygulanan play-offlara ilk kez kalmayı başardı. 15 maçlık üç devreli final turunda müessese takımlarının ittifakını, dar kadrosunun dezavantajını, salonsuzluğu yarattığı idman düzensizliğini ve zaman zaman TRT'deki spor programlarına bile konu olan tartışmalı hakem kararlarını karşısında bulan Fenerbahçe final turunda antrenör değişikliğiyle iyice temposunu yitirdi ve ikinci oldu.
1984-85, 1987-88 ve 1989-90 sezonlarında Erman Kunter, Aytek Gürkan, Can Sonat, Ferhat Oktay, Pete Williams ve Larry Richard gibi yıldızlarla mücadele verip ligi üç kez lider bitirmesine rağmen play-offlarda havlu atarak şampiyonluk özlemini dindiremeyen Fenerbahçe, 1984-85 sezonunda finalde üç yabancılı Galatasaray'a kaybederken tek yabancıyla oynamanın dezavantajını yaşadı. 6 Nisan 1985'te ilk kez düzenlenen Cumhurbaşkanlığı Kupası'nda ezeli rakibine 85-84 yenilirken, aynı kupada 1988'de ise Eczacıbaşı'na 2 sayıyla kaybetti. 1988 yılında Galatasaray'ı bu kez yenerek Beden Terbiyesi Genel Müdürlük Kupası'nı, ezeli rakibini 26 Mayıs 1990 tarihinde bu kez 95-86 yenerek Cumhurbaşkanlığı Kupası'nı ilk kez müzesine götüren sarı-lacivertliler özledikleri şampiyonluğa 1990-91 sezonunda ulaştılar. Dönemin en iyi Amerikalı basketbolcusu Larry Richard'ın yanına Levent Topsakal ve Hüsnü Çakırgil gibi yıldızları monte eden Fenerbahçe altı yıl sonra çıktığı finalde Tofaş SAS'ı 3-2 ile geçerek tarihindeki ilk lig şampiyonluğuna ulaşırken, 6 Nisan 1991'de aynı rakibi 75-72 mağlup ederek ikinci kez Cumhurbaşkanlığı Kupası'nı kazanan ilk kulüp oldu.

1992-1999 dönemi Fenerbahçe'nin büyük bütçelerle pahalı kadrolar kuran müessese takımları Efes Pilsen, Ülkerspor, Tofaş SAS ve Türk Telekom ile tek başına mücadele ettiği bir dönem oldu. 1992-93 ve 1994-95 sezonlarında Türkiye Ligi; 1994, 1997 ve 1999 yıllarında ise Türkiye Kupası finali oynayan Fenerbahçe, 1992'de Çukurova'yı 84-83 yenerek Gençlik ve Spor Genel Müdürlüğü Kupası'nı ikinci kez, 15 Eylül 1994'te son üç sezonun şampiyonu Efes Pilsen'i 85-74 yenerek Cumhurbaşkanlığı Kupası'nı üçüncü kez kazandı. 1993-1996 yılları arasında Mustafa Koç'un başkanlığında 1907 Fenerbahçeliler Derneği'nin basketbol takımına sağladığı maddi katkı sarı-lacivertli takımın Harun Erdenay, Hakan Yörükoğlu, Levent Topsakal, Hüsnü Çakırgil, Ömer Büyükaycan, Serdar Apaydın ve altyapısından yetiştirdiği İbrahim Kutluay gibi millî yıldızların yanı sıra Henry Turner, Mitch Smith ve Dallas Comegys gibi önemli oyuncuları kadrosuna alabilmesini sağladı.

1985 yılında Koraç Kupası'nda ilk kez çeyrek final grubuna kalma başarısını gösteren Fenerbahçe 1991-1999 arasında her sezon gruplara kalma başarısı gösterek toplam 96 Avrupa Kupası oynadı, 54 galibiyet aldı. 1995-96 sezonunda tarihinde ilk kez Koraç Kupası'nda çeyrek finale yükseldiyse de o sezon o kupada şampiyon olan Efes Pilsen'e 68-95, 74-56 ile sayı averajıyla elendi. 1998-99'da İbrahim Kutluay, Jan Tabak ve Conrad McRae'li kadrosunu NBA'deki lokavttan da faydalanarak Mahmoud Abdul-Rauf ve Marko Miliç gibi yıldızlarla zenginleştiren Fenerbahçe ilk kez mücadele ettiği EuroLeague'de iki grup aşamasını da önemli galibiyetlerle aşarak son 16'ya kaldıysa da Real Madrid'e elendi. İbrahim Kutluay bu ligin sayı kralı olarak önemli bir başarıya imza attı.

1999-2004 arasında yıldız oyuncularla yollarını ayırarak genç kadrolarla mücadele veren Fenerbahçe ligde başarıların uzağında kalırken, 2002-03 sezonunun başında ezeli rakipleriyle birlikte hareket ederek maddi nedenlerle ligi boykot etme noktasına bile geldi. Bu süreçte kısıtlı kadrolarına rağmen Avrupa kupalarında başarılar kazanan Fenerbahçe 2001 yılında Koraç Kupası'nda çeyrek final oynadıktan sonra, 2002'de Kuzey Avrupa Ligi'nde yarı final grubuna kaldı, 2004 ve 2005 yıllarında ise ULEB Eurocup'ta Final Four oynadı. 2004 yılında Aydın Örs'ün antrenörlüğe getirilmesi ve Ömer Onan'ın transferiyle atılım yapan ve altı yıl aradan sonra ligde yarı final oynayan Fenerbahçe, kulübün yüzüncü yılında ortaya koyduğu erekler doğrultusunda Ülker ile geniş kapsamlı bir sponsorluk anlaşmasına vardı.

Bu birleşme sonrasında yüksek bütçeler ayırıp Mirsad Türkcan gibi sonradan efsaneleşecek oyuncularla rekabet edebilen takımlar kurup gücünü seyirciyle birleştirerek 2006-07, 2007-08, 2009-10, 2010-11 ve 2013-14 sezonlarında Türkiye şampiyonu, 2009-10, 2010-11 ve 2012-13 sezonlarında Türkiye Kupası ve 2007 ile 2013 yıllarında Cumhurbaşkanlığı Kupası şampiyonu oldu. 2008-09 sezonunda lig; 2008, 2009, 2010 ve 2011 yıllarında Cumhurbaşkanlığı Kupası finali oynadı. Ülker ile olan anlaşmanın sayesinde EuroLeague haklarını da devralan Fenerbahçe, bu kupada da 2008-09, 2010-11, 2011-12 ve 2012-13 sezonlarında son 16'ya kaldı, 2007-08 sezonunda ise tarihinde ilk kez çeyrek final oynayarak Montepaschi Siena'ya elendi.

Bu dönemde Fenerbahçe, altyapıda da yeniden Türkiye'nin önde gelen kudret merkezlerinden biri haline geldi. Nitekim, sarı lacivertliler 2007'de gençlerde, 2008, 2009, 2011 ve 2012'de yıldızlarda Türkiye şampiyonu olurken, A takımında tecrübe kazanan ya da altyapısından yetişen Semih Erden, Ömer Aşık ve Enes Kanter gibi değerleri NBA'e yolladı. 2010 yılında Dünya Şampiyonası'nda ikinci olan millî takıma Erden ve Aşık'ın yanı sıra Ömer Onan ve Oğuz Savaş'ı verdi.

2012-13 sezonunda transfer bütçesini daha da yukarılara çeken Fenerbahçe Montepaschi Siena'yla büyük başarılar yakalayan antrenör Simone Pianigiani ile anlaştıktan sonra Bo McCalebb, Romain Sato, David Andersen, J.R Bremer ve Mike Batiste gibi tecrübeli yıldızlar ve İlkan Karaman ve Barış Ermiş gibi gençleri transfer ettiyse de EuroLeague'de Top 16'da 2 galibiyet ve 12 yenilgi ile kulüp tarihinin en kötü performanslarından birini gösterdi ve Türkiye Basketbol Ligi'nde çeyrek finalde Pınar Karşıyaka'ya elendi. 2013 yılında koç Simone Pianigiani ile yollarını ayıran kulüp 2013-14 sezonu öncesinde Željko Obradović ile anlaşarak tarihi bir an yaşadı. Sırp koç ile birlikte Fenerbahçe 2014-15 sezonunda çeyrek final serisinde Makkabi Tel Aviv'i 3-0 yenerek tarihinde ilk kez Euroleague Final Four'una yükseldi. Ayrıca takım oyuncuları Nemanja Bjelica Euroleague'te Sezonun MVP'si, Andrew Goudelock Yılın İkinci Beşi'ne ve Bogdan Bogdanović Euroleague Yükselen Yıldız'ı seçilme başarısı gösterdi. Ancak Fenerbahçe ilk kez katıldığı Final-Four yarı final karşılaşmasında Real Madrid'e 96-87 yenilerek dördüncü oldu. Daha sonra 2015 yazında Ülker, Fenerbahçe basketbol takımı ile bulunan isim sponsorluk anlaşmasını feshettiğini, ancak takıma destek vermeye devam edeceğini açıkladı.

Ülker grubu ile yollarını ayıran Fenerbahçe, sponsorsuz bir şekilde 2015-16 sezonuna başladı ve kendi seyircisi önünde Avrupa ve ligde oynadığı 35 maçın 34'ünü kazandı. İlk olarak Türkiye Kupasını Darüşşafaka'ya karşı oynanan final maçı sonrasında kazandı. İlerleyen zamanlarda EuroLeague'de son 16 takım arasında kaldı ve finale kadar devam etti. Finalde PBK ÇSKA Moskova'ya karşı maçı kaybetti ve sezonu ikinci tamamladı. Türkiye basketbol liginde ise normal sezonu Anadolu Efes'in ardından ikinci bitiren Fenerbahçe, play-off'larda ilk olarak Uşak Sportif'i ardından da Galatasaray'ı eleyerek finalde Anadolu Efesi'in rakibi oldu. Abdi İpekçi Arena'da oynanan ilk final maçını kazanan Fenerbahçe, saha avantajını elde etti ve Ülker Sports Arena'da oynanan 6. maçı kazanarak seriyi 4-2'ye getirip şampiyon oldu.

Fenerbahçe 2016-17 sezonu öncesinde Bogdan Bogdanović, Ekpe Udoh ve Jan Veselý ile yen