le bir hafta ara verilmiş, Samsunspor bu arayı Orduspor ile hazırlık maçı yaparak doldurmuştur. 19 Eylül Stadyumu'nda oynanan maç 2-2 eşitlikle sonuçlanmıştır.

14 Eylül günü ligler tekrar başlamış; Samsunspor, Denizlispor deplasmanına gitmiştir. Maç 1-0 Denizlispor üstünlüğüyle oynanırken 56. dakikada elektrik trafosunda meydana gelen bir arıza ile stadyum ışıklarının sönmesi nedeniyle maçın hakemi Serkan Tokat maçı durdurmuş, arıza giderilemeyince ise maçı tatil etmiştir. Ertesi gün saat 17:00'ye alınan maç 56. dakikadan itibaren oynanmaya başlamış ve 2-2 beraberlikle sonuçlanmıştır. Yeni transferler Eldin Adilović ve Arif Şahin ilk kez bu maçta şans bulmuşlardır. Arif maça ilk 11'de başlamış ve 46 dakika sahada kalmış, Adilović ise sonradan oyuna girerek 32 dakika oynama fırsatı bulmuştur. Ayrıca Ekigho Ehiosun ve Eldin Adilović yine Denizlispor maçında rakibin sert müdahaleleri nedeniyle sakatlanmıştır. 19 Eylül 2013 tarihindeki 5. hafta mücadelesinde ise Adana Demirspor'u ağırlayan Samsunspor Musa Sinan Yılmazer ve Arif Şahin'in golleriyle rakibi ile 2-2 berabere kalmıştır. Ertesi hafta Boluspor deplasmanında 1-0 mağlup olan takım 7. hafta mücadelesinde Gaziantep Büyükşehir Belediyespor'u ağırlamıştır. 90+3. dakikada Erdem Şen'in golüyle maçı 2-1 galip tamamlayan Karadeniz ekibi böylece üç hafta aradan sonra tekrar galibiyet yaşamıştır. Ayrıca takım kaptanı Adnan Güngör bu maçla birlikte 2.364 gün sonra ilk kez Samsunspor formasıyla 19 Mayıs Stadyumu'nda taraftarın karşısına çıkmıştır.

Samsunspor ekim ayına Türkiye Kupası 2. tur mücadelesinde Aydınspor 1923 maçıyla girmiştir. İlk 11 oyuncularından Adnan Güngör, Musa Aydın, Erdem Şen, Aminu Umar, Soner Şahin, Cemil Adıcan ile sakatlıkları bulunan Ekigho Ehiosun, Eldin Adilović ile Ahmet Burak Solakel'in yer almadığı bir kadroyla deplasmana giden takım maça yedek ve genç oyuncu ağırlıklı bir kadro ile çıkmıştır. Fatih Kılıçkaya ve Turgay Gölbaşı'nın gol attığı maçta normal süreler 2-2 eşitlikle tamamlanmış ve uzatmalara geçilmiştir. Uzatma dakikalarında yenilen gole cevap veremeyen Samsunspor böylece 3-2'lik skorla Türkiye Kupası'na veda etmiştir. 6 Ekim günü oynanan 1461 Trabzon maçıyla tekrar lig karşılaşmasına çıkan Samsunspor, Musa Aydın'nın son dakika golüyle beraberliği kurtarmıştır. 67. dakikada oyuna dahil olan 1 Haziran 1996 doğumlu Burhan Arman ise sezonun ilk devresinde sahaya çıkan en genç futbolcu olmuştur. Samsunlu ve Trabzonlu taraftarların birbirlerine karşı olan husumeti nedeniyle bu maçta da olaylar çıkmış, yedek kulübesinde kırmızı kart gören Atilla Özmen'e 1 maç men ve 6.500₺ para cezası verilmiştir. Ayrıca Samsunspor'a da taraftarlarının neden olduğu çirkin ve kötü tezahüratlardan 36.000₺, sportmenliğe aykırılıktan ise 5.250₺ para cezası kesilmiştir.

2014 FIFA Dünya Kupası Avrupa elemelerinin son maçları nedeniyle liglere verilen arada genç oyuncu ağırlıklı bir kadroyla Termespor ile hazırlık maçı oynayan takım bu maçı 3-0 kazanmıştır. Millî aranın ardından 9. hafta karşılaşmasında lig lideri Balıkesirspor ile karşı karşıya gelen ekip maçı 3-0 kazanmıştır. Ayrıca bu maç iki takımın 44 yıl aradan sonra yaptığı ilk resmî maç olma özelliğini de taşımaktadır.

10. haftayı bay geçiren Samsunspor sonraki üç maçını dokuz günlük bir periyotta oynamıştır. İlk olarak 3 Kasım 2013 tarihinde Bucaspor'a konuk olmuş ve deplasmanda 1-1 berabere kalmıştır. Samsunspor'a beraberliği getiren golü atan Eldin Adilović takımı adına ilk golünü bu maçta atmıştır. 6 Kasım günü Ankaraspor'la oynanan iç saha maçı da 1-1 sonuçlanmıştır. Sıkışık üç maçlık periyotun son maçı olan Şanlıurfaspor deplasmanı kafilesine sakatlıkları bulunan Adnan Güngör, Aminu Umar, Musa Aydın ve Ahmet Burak Solakel ile sarı kart cezalıları Cemil Adıcan ile Şaban Özel dahil edilmemiştir. 9 Kasım 2013 tarihinde bu futbolculardan mahrum olarak çıktığı maçı da beraberlikle tamamlayan Samsunspor böylece sıkışık fikstüründen 3 puan çıkartmıştır. 25 Kasım günü eksiksiz kadrosuyla Adanaspor'u ağırlayan takım geriye düştüğü maçtan 3-1 galip ayrılmasını bilmiş fakat Ekigho Ehiosun maçta sakatlanmıştır. Ayrıca Aminu Umar bu maçta Samsunspor için ilk golünü atmıştır. Kasım ayının son gününde ise Mersin İdman Yurdu'na konuk olan Samsunspor ilk yarısını 0-3 önde kapadığı karşılaşmanın ikinci yarısının ilk 14 dakikasında iki gol yemiş, 70. dakikada atılan golle skoru 2-4'e getirmesine rağmen 85. ve 90+4. dakikalarda yediği gollerle maçı 5-4 mağlup tamamlamıştır. Haftanın en gollü mücadelesi olan maç ayrıca on iki sarı kart ve bir de kırmızı kart ile en fazla kart gösterilen hafta karşılaşması da olmuştur.

2013 yılının son ayındaki ilk maçına 7 Aralık günü çıkan Samsunspor, Orduspor'u konu etmiştir. Sahadan tek gollü mağlubiyet ile ayrılan takım haftayı 8. sırada tamamlamıştır. Ertesi hafta Karşıyaka deplasmanına giden ekip henüz maçın ilk dakikasında geriye düşmesine rağmen ikinci yarıda gelen gollerle maçı 1-2 galip tamamlamayı bilmiştir. 22 Aralık 2013 tarihinde Manisaspor'u ağırlayan Samsunspor 4. dakikada yediği gol ile mağlup duruma düşmesine karşına önceki hafta olduğu gibi geriden gelip iki gol atarak maçı 2-1 kazanmıştır. Bu galibiyet ile altı hafta aradan sonra puan sıralamasında tekrar 7. sıraya oturan ekipte ayrıca Cemil Adıcan yediği sarı kart ile cezalı duruma düşmüştür. Cezalı Cemil ile sakatlığı bulunan Erdem Şen'den mahrum olarak sezonun ilk yarısının son maçında Kahramanmaraşspor deplasmanına giden Samsunspor maçı 1-1 beraberlikle tamamlamıştır. Takım böylece ilk devreyi 7 galibiyet 7 beraberlik 4 mağlubiyetle 28 puan toplayarak play-off potasının hemen altında 7. sırada bitirmiştir.

2014 yılına ligin ikinci devresi çalışmaları kapsamında Antalya kampıyla giren Samsunspor'da Ozan Özkan ile Haluk Türkeri kampa dahil edilmemiş, kulüp bulmaları istenmiş fakat Ozan Özkan kulüpte kalmış, Haluk Türkeri ise Boluspor'a kiralanmıştır. Halil İbrahim Pekşen Eyüpspor'a, Ercan Yazıcı ise Şanlıurfaspor'a kiralık gönderilmiştir. Bunlara karşılık Tuna Üzümcü ve Zafer Özden kadroya dahil edilmiştir. Dokuz gün süren Antalya kampı sırasında hazırlık maçı yapılmamıştır.

İkinci devrenin ilk maçında ilk devrede olduğu gibi İstanbul BB ile karşılaşan Samsunspor Cemil Adıcan'ın sakatlığı nedeniyle oynayamadığı maçta rakibini 1-3 mağlup ederek liderlik koltuğundan etmiştir. Maçta Samsunspor adına iki gol kaydeden Umar Aminu'nun ikinci golü yayıncı kuruluş tarafından haftanın golü seçilmiştir. Sonraki hafta ise TKİ Tavşanlı Linyitspor'u ağırlayan Karadeniz takımı rakibini 1-0 devirerek puanını 28'e yükseltmiştir. Samsunspor taraftarı, 20 Ocak Faciası'nı anmak için bu maçta 3D koreografi hazırlamıştır. 2.650₺'na mal olan koreografide Muzaffer Badalıoğlu, Mete Adanır, Zoran Tomić ve Nuri Asan resmedilmiş; futbolcular ile kollarında siyah bantlarla sahaya çıkmışlardır.

Ocak ayının son maçında Fethiyespor ile deplasmanda oynayan takım 0-0 beraberlik ile Samsun'a dönmüştür. Maçın uzatma dakikalarında Fethiyespor kalecisi Sammy N'Djock'un hatasıyla gol atan Tuna Üzümcü'nün golünün önce verilip sonra iptal edilmesi Samsunspor yönetimi ve taraftarlarınca tepkiyle karşılanmıştır. Ayrıca eski hakemler Serdar Tatlı ve Markus Merk de golün nizami olduğunu belirtip iptal edilmesinin yanlış bir karar olduğunu savunmuştur.

Samsunspor, şubat ayının ilk maçına Denizlispor karşısında çıkmıştır. Samsun'da oynanan maçta Ekigho Ehiosun'un biri penaltıdan olmak üzere iki golüyle rakibini deviren Samsunspor puanını 35'e yükselterek 50.000₺ galibiyet primi almıştır. Ayrıca Şirinler grubunun yapmayı planladığı koreografi maçtan önceki gece stadyuma sızan kişilerce yakılmış ve kullanılamaz duruma getirilmiştir. Fakat aynı koreografiyi birkaç saat içinde tekrar hazırlayan Şirinler maçta pankartlarını açarak koreografilerini yapmışlardır. Saldırı hakkında suç duyurusunda bulunulmuş, Samsunspor Başkanı Emin Kar da saldırıyı kınamıştır. Denizlispor maçının ardından Adana Demirspor deplasmanına giden Karadeniz ekibi sarı kart cezalısı Taha Yalçıner'in oynayamadığı maçta 3-1 geriye düşmüş fakat Ekigho Ehiosun'un iki asist bir gollük performansıyla skoru 3-3'e getirmeyi başarmıştır. İki gol arkadan gelip beraberlik elde eden takıma galibiyet durumunda verilmesi gereken 50.000₺'lik prim verilmiştir. 25. hafta karşılaşmasında ise Boluspor'u ağırlayan Samsunspor önceki maçta sakatlanan Soner Şahin, Musa Sinan Yılmazer ve sarı kart cezalıları Adnan Güngör ile Murat Akyüz'den yoksun olarak çıktığı karşılaşmayı Eldin Adilović'in golleriyle 2-0 galibiyetle tamamlamıştır. Bu galibiyetle on altı hafta aradan sonra tekrar play-off potasına giren takım puanını 45'e yükselterek 5. sıraya tırmanmıştır. 26. hafta karşılaşmasında Gaziantep Büyükşehir Belediyespor deplasmanına giden takım Aminu Umar'ın 5. dakikada attığı gol ile bu maçı da galibiyetle tamamlamıştır. Şubat ayının son karşılaşmasında ise 1461 Trabzon'u ağırlayan Samsunspor mücadeleyi yinr Umar Aminu'nun golüyle 1-0 kazanmıştır. Bu galibiyetle birlikte takıma son iki maç galibiyetle tamamlandığından dolayı 100.000₺ prim dağıtılmıştır. Ayrıca Samsunspor taraftarı bu maça özel "King of the North" temalı üç boyutlu bir koreografi hazırlamıştır.

Samsunspor, Mart ayının ilk karşılaşmasında Balıkesirspor'a konuk olmuştur. Rakip oyuncu İsmail Dinler'in 41. dakikada kırmızı kart görmesi nedeniyle sahada rakibinden bir kişi fazla oynayan takım Eldin Adilović'in biri penaltıdan ve biri de 90. dakikada olmak üzere iki golüyle deplasmandan 2-2 beraberlikle dönmüştür. Maç sırasında eski sakatlığı nükseden kaleci Soner Şahin maçı iğne tedavisiyle tamamlayabilmiş, yapılan tetkikte sakatlığın ciddi olmadığı anlaşılmıştır. Ayrıca maç sırasında protokol tribününde Balıkesir emniyet müdürü ile belediye başkanı arasında yumruklaşmaya varan bir tartışma yaşanmış, arbede sırasında Samsunspor Başkanı Emin Kar tribünden düşme tehlikesi yaşamıştır. Samsunspor 29. haftayı bay geçmiş, ertesi hafta ise Bucaspor'u konuk etmiştir. Nijeryalı futbolcular Ekigho Ehiosun ve Aminu Umar'ın golleri ile maçı kazanan Samsun