anan "Rufina" isimli bir kadının var oluşu bu dönemde İzmir'deki Yahudi varlığının kanıtıdır. Fakat Ortaçağ'dan başlayarak 13 asır boyunca İzmir'de bir Yahudi mevcudiyetine dair kanıt bulunmamaktadır. Galante'ye göre bunun sebebi, sık sık gerçekleşen depremler, veba ve kolera salgınları ve savaşlardır.

İzmir'de örgütlenmiş bir Yahudi cemaatinden ancak 1605 yılından itibaren bahsedilebilir. Özellikle 1604-1620 yılları arasında Selanik'te gerçekleşen yangın ve salgınlar sonucu Yahudiler İzmir'e göç etmeye başlayınca Ege ve Akdeniz ticaretinin merkezi Selanik'ten İzmir'e kaydı. 1631'de 7000 olan Yahudi nüfusu 1675'te 15.000'e kadar yükseldi.

1620'de İzmir'de "Etz Ahayim", "Portugal", "Geruş", "Mahazike Tora", "Şalom" ve "Talmud Tora" isimli altı sinagog bulunmaktaydı. Bunlardan üçü Selanik kökenlilere ait olup Haham Jozef Eskapa tarafından, diğer üçü ise İstanbullu Haham İsak ben Meir Levi tarafından yönetiliyordu.

Bu sinagogların yanı sıra, Pinto ailesince yaptırılan "Pinto" sinagoğu, Bakış ailesince yaptırılan "Bakış" sinagoğu ve Sabetay Sevi'nin mesih olduğunu İzmirlilere ilan eden Haham Moiz Galante tarafından yaptırılan "Galante" sinagoğu mevcuttu.

İzmir Yahudileri, köken olarak başka şehir ve yörelerden geldikleri için kendilerine ait farklı geleneklere sahipti. Yahudi zümreler arasında karışıklığı azaltmak ve gündelik ortak yaşam kurallarını düzenlemek için "Takanotlar" hazırladı. Bu bağlamda, cemaat bireylerinden alınacak vergilere katılım paylarını bir esasa bağladı ve cemaatin dinî ve idari işlerini yürütecek meclisler kurdu.

Jozef Eskapa'nın iki ünlü eseri "Roşe Yosef" ve "Hohen Mişpat"tır.

1616'da ortaya çıkan veba salgınında Yahudilerin bir kısmı Güzel Hisar yöresine göç edip yeni bir cemaat kurdu. 1663'te tekrarlanan veba salgınında, aralarında Hahambaşı Haim Benveniste'nin de bulunduğu Yahudiler bu sefer Pınarbaşı'na göç etti. 1668'de bir Cumartesi gecesi Şabat duasının ardından gerçekleşen şiddetli depremde, aralarında Hahambaşı Aaron ben Hayim'in de bulunduği 400 Yahudi can verdi.

17.yy, Osmanlı Yahudileri için genelde bir çöküş dönemi olsa da İzmir Yahudileri'nin altın çağıydı. Ekonomik refah yaygınlaşmış, kültürel faaliyetler artmış, okul ve yeşivaların sayısı artmış ve ilk matbaa kurulmuştur. Yahudilerin bir kısmı ticaret ve sanayi ile ilgilenirken bir kısmı da bankerlik, kambiyo, simsarlık ve tercümanlık yapmaktaydı.

Şehirde ilk İbranice matbaa 1658'de Abraham ben Yididya Gabay tarafından kuruldu ve ilk kitap olarak Jozef Eskapa'nın "Roş Yosef" isimli eseri basıldı. İzmir'in bu alandaki gelişimi, Sabetay Sevi hareketinin oluşturduğu kararsızlık döneminde durakladı.

Sabetay Sevi'nin yarattığı heyecan sonradan hayal kırıklığına dönüşünce, kendilerini "amaçsız ve şaşkın" hisseden Osmanlı Yahudileri "pasif korunma psikozu" içine girdi. Günlük ibadetlerini dahi yerine getiremeyecek kadar İbranice'yi unutan Yahudi halkın ana dili zamanla Ladino'ya dönüştü. İstanbul'da yangınlar 18. yüzyılda da aynı şiddetle devam edince Yahudiler Piri Paşa, Galata, Ortaköy ve Üsküdar'a kayarak yeni muhitlerine alışmaya çalıştılar.

Yoksulluk ve ihtiyaç içinde olan Filistinli Yahudilerin borçlarını üzerine alan İstanbul Yahudi Cemaati, İmparatorluk, Balkanlar ve İtalya'daki cemaat mensuplarına "haftada 1 para zorunlu bağış" tahakkuk ettirdi. 1763'te de Hebron Yahudilerinin borçlarını karşılayabilmek için dolaylı bir vergi daha ekledi. 1772 tarihli belgelerden anlaşıldığına göre İstanbul Yahudi Cemaati o yıl bütçesinde 10.000 kuruş açık vermiştir, bunun sebebi ise 1500 vergi yükümlüsünden 300'ünün orduya çağrılıp cepheye gönderilmesiydi.

18. yüzyıl Osmanlı Yahudi edebiyatı üç bölümde ele alınabilir:

1714'te Kudüs'ten İstanbul'a gelen Yaakov ben Meir Kuli, Yahudileri, atalarının dinlerine döndürebilmek için din kurallarının halkın anlayacağı bir dilde tekrar yazılması gerektiğine inanmaktaydı. Bu fikirle yola çıkan Kuli, 1730'da, "Doğu Sefaradlarının Ansiklopedisi" ya da "İbranice anlamayanların kitabı" olarak da anılan "yabancı dil konuşan kavim" anlamına gelen "Me'am Lo'ez"i yazıp yayımlamaya başladı. Uzun yıllar boyunca bu kitap yüzlerce Sefarad Yahudisinin tek okuma kaynağı oldu; hatta bu eseri okumak dinî bir görev sayılıyordu. Çok pahalı ve değerli kabul edilen bu eser çoğu kez drahoma olarak verilirdi.

Ladino edebiyatının babası olarak anılan yayımcı Abraham ben İsak Assa (1710-1768) Tevrat'ı, Şulhan Aruh'u ve aralarında "Osmanlı Sultanlarının Tarihi"nin de bulunduğu birçok tarihî, dinî ve bilimsel eseri tercüme edip yayımladı.

Sefarad göçmenlerinin yeni vatanlarına uyumunun en güzel örneği, müzikteki adaptasyondur. Yahudilerin Türk Musikisine erken zamanlarda iştirak ettiğine dair belgeler bulunmaktadır. Bugün dahi Yahudi ayinlerinde Türk Musikisi makamlarıyla bestelenen dua ve ilahiler kullanılır. Örneğin:

16. yüzyıldan başlayarak haham ve şair Şlomo ben Mazaltov ile besteci ve şair Israel Nadjara bir araya gelerek İbrani Tasavvuf ilahilerinden oluşan Maftirim musikisinin temelini atmıştır. Endülüs'te Emeviler döneminde Arap musikisine aşina olan Yahudi besteci ve sazendeler kısa zamanda Klasik Türk musikisine uyum sağlayıp gönülden bağlanarak eserleri ile zenginleştirdiler.

Şehzadeliği sırasında III. Selim'e tambur hocalığı yapan İsak Fresko Romano'dur.

Osmanlı yönetiminde Saray'a bağlı bir Yahudi Hahambaşılığı'ndan ziyade, Yahudi yerleşim birimlerinde şehir bazında küçük özerk hahambaşılıklar bulunmaktaydı. Bu hahambaşılıkların en güçlüsü İstanbul Hahambaşılığı'ydı. 18. yüzyılda İstanbul Hahambaşılığı makamında yer alanların listesi şöyledir:

1672 yılında Portekiz'in Oporto şehrinde marrano bir ailede doğan Fonseca, papaz olmak için yetiştirildiyse de Yahudiliğini gizlice devam ettirdi. Durumu engizisyon makamlarına aktarılınca Fransa'ya kaçtı. Bordeaux'da tıp eğitimi alan Fonseca, 1702'de İstanbul'a yerleşip, Fransa elçisi gibi yüksek makam sahibi kişilerin özel hekimi ve sırdaşı oldu. 1740'ta ölen Fonseca için Voltaire, "belki de ulusunun tek filozofu" demiştir.

Tobia, II. Mustafa'nın sadrazamı Rami Mehmet Paşa'nın, ardından III. Ahmed'in sadrazamı Baltacı Mehmed Paşa'nın hekimliğini yaptı.

18. yüzyılda ve 19. yüzyılın başlarında Osmanlı Maliyesi'nde önemli mevkilerde bulunan Aciman ailesinden Yeşaya Aciman, 1730'dan 1773'e kadar I. Mahmud, III. Osman ve III. Mustafa dönemlerinde görev aldı. Bir iftira sonucu idam edilen Yeşaya'nın kardeşi Meir de 1807'de, Saray'da kendisine mevki verdiği bir yeniçeri tarafından öldürüldü.

I. Mahmud'un Sarrafbaşısı Yuda Baruh isimli bir Yahudiydi. Madrid başpsikoposunun ikna etmesiyle Avusturya İmparatoriçesi Maria Theresia, Osmanlı Yahudilerini ülkesinden kovmaya karar verdi. Durumdan haberdar olan Yuda Baruh, I. Mahmud'u bilgilendirince, Padişah bir elçi göndererek İmparatoriçe'nin fikrini değiştirmesini sağladı.

18. yüzyılda da, bazı bireysel ve yerel münferit olaylar dışında, Yahudilerin Müslümanlarla ilişkileri olumlu geçti; Yahudilerin, dış ticaretteki başarılarını sahiplenen yabancı elçiliklerin himayesindeki Hristiyanlarla sorunu vardı. Yahudiler sık sık Ermeniler ile Rumların baskısına uğrar, ne zaman bir olay çıksa Ortodoks Rumlar, Ermeniler ve Bulgarlarla birlik olup Yahudileri suçlamaya başlarlardı. Bu tür baskı ve suçlamaların önüne geçmek çoğu kez ancak Padişah fermanlarıyla gerçekleşebilmiştir.

Haliç ve İstanbul Boğazı'nın iki yakasına yolcu ve mal taşıyan Yahudi kayıkçılar tarafından 1715'lerde kurulan "Kayıkçılar Loncası Hayır Kurumu"nun amacı, fakir kayıkçıların veya denizde boğulanların cenaze masraflarını karşılamaktı. Bu kurum daha sonra denizde hastalanıp veya kaza geçirip karada ölenlerin masraflarını da karşılamaya başladı. Loncaya zamanla kayıkçıların yanı sıra, deniz yoluyla meyve ve sebze taşıyan manavlar, şarap taşıyan meyhaneciler de katılmaya başladı. Kurumun I. Dünya Savaşı başına kadar devam ettiği zannedilmektedir.

18. yüzyılda İstanbul'da gerçekleşen 60'a yakın büyük yangın, şehrin demografik dağılımını etkilemeye devam etti. 1715 yangınında evleri yok olan birçok Yahudi Hasköy'ün Piri Paşa semtine yerleşti. 1740 yangınından sonra evlerinin tekrar inşa edilmesine izin verilmeyen Yahudiler özellikle Ortaköy, Galata ve Üsküdar'a taşındı. 1756 Cibali yangınında 800'den fazla ev kül olunca Yahudiler Galata, Ortaköy ve Kuzguncuk'a kaymaya başladı.

1751'de Hahambaşı seçilen Eli Geron zamanında Edirne'de 13 özerk sinagog bulunmaktaydı.

Her 1282 gram kaşer ete eklenen "gabella" geliri sadece muhtaçlara yardım için kullanılmak üzere bir fon oluşturuyordu. Bazı İstanbullu Yahudiler, "şehrin yabancısı" olduğu gerekçesiyle bu vergiyi ödemek istemeyince anlaşmazlık çıktı. Bu olay üzerine Sultan bir ferman yayınlayıp fakirleri gücendiren bu eylemin derhal kesilmesini ve herkesin vergisini ödemesini buyurdu.


12 Temmuz 1725 tarihli fermanla Müslüman evlerinin sekiz metreyi, zimmî ve Yahudi evlerinin altı metreyi geçemeyeceği bildirildi.

I. Mahmud, 28 Ocak 1732 tarihli fermanla şarap ve rakıların Yahudi gemilerine yüklenmesini yasakladı. Yahudilerin başvurusu üzerine dört ay sonra dinî gereksinimlerde kullanılmak ve meyhanede kullanılmamak üzere 10 kg şarap satışına ve nakliyatına izin verildi. Aynı Padişah, 23 Ağustos 1751'de, zimmîlere bir kadehi dolduracak kadar dahi üzüm satılmasını yasakladı.

1712 yılında Yahudilere ait Üsküdar-Bağlarbaşı mezarlığı üzerinde Ermeniler hak iddia edince III. Ahmed kapsamlı bir araştırma yaptırıp bir fermanla mezarlığın Yahudilere ait olduğunu belirtti.

III. Selim, İstanbul Yahudi Cemaati'nin bahriyeli olarak görev yapmak üzere orduya Yahudi göndermesini istedi ve böylece Yahudiler ilk defa vatan savunmasında yer almış oldular. Daha sonra, 25 Kasım 1804, 1 Şubat 1808 ve 3 Ocak 1809 tarihlerinde yayınlanan fermanlarla Yahudiler bahriyeli sağlamaktan muaf tutuldu.

Öte yandan, Napolyon, Filistin Yahudi Cemaati lideri Hayim Farhi ile temasa geçip bazı vaatlerde bulunduysa da Farhi bu vaatleri geri çevirip Akka savunmasında yer aldı. 1790'dan beri danışmanlığını yaptığı Cezzar Ahmet Paşa tarafı