nmedi; isteğini yerine getirmeyen seçmen akademik üyelerden hataya düştüklerini ve kraldan bu hatalarını affetmesi için ona sahsi "tövbe mektubu" göndermelerini emretti. Bunu birçok seçmen akademik üye kabul etmedi ve James bunların hepsini idari görevlerinden alıp, akademik işlerinden de attı. Bu kovulan akademisyenler yerine Katolik akademik kadroları Kolej üyesi olarak göreve getirdi.

James devlet idaresine de Katolik inançlı kişileri getirmeye başladı. 1687'de Protestan olmayanlara devlet memuriyeti ve üniversite girişini yasak eden "Test Kanunu" adlı kanunu ve bunlara uymayanlara ceza getiren ceza kanununu kaldırmak için hazırlığa başladı. Bunu yapmak için, o dönemlerde kanunen mümkün olan, şahsen yeni Parlamento üyelerini seçme yetkisini kullanıp Parlamentoyu kendinin taraftarları ile doldurmayı düşünmekteydi.James, bunu Katoliklerin yanında Anglikan olmayan diğer Protestanların ve hatta "aşağı kilise" Anglikanlarının da kabul edeceklerini ve sadece "yukarı kilise" mensubu Tory Partisi üyelerinin muhalefet edeceğini beklemekteydi. Bunun yanında devlet memurluklarını ve diğer devlet idaresi olamayan ama memurların seçiminin devlet tarafından yapılan kurumların memurlarını toptan değiştirip yerlerine Katoliklerin seçilmesini öngören bir plan uygulamaya başladı. Bu uygulamaya Krallık Temsilcilikleri (lietenancy) ile Ağustos'da başlandı; sonra Eylül'de Londra şehri loncalarınıın 1.000'den fazla üyesi üyelikte atıldılar. Ekim'de Londra dışında buluna krallık temsilcilerine James bir emir göndererek buralarda yerel mahkemelerde görev yapan alt-seviyedeki yargıçlarına üç soru sorulmasını ve ancak bu sorulara uygun cevap veren yerel yargıçlara davalara bakma yetkisi verilmesini istedi. Bu sorular: "Test Kanunu ve ceza kanununun değiştirilmesini kabul edecekler mi?"; "Bunları kabul edecek üyelere şahsî destek sağlıyacaklar mı" ve "çıkarılacak bir "Endüljans Bildirisi"'ni kabul edecekler mi". Aralık'ta tüm ülke içinde bulunan yardımcı kraliyet temsilcileri ve "Barış Hakimi" adlı yerel yargıçların görev ve görevlilerin yeniden incelenip değiştirmeler yapılacağı ilan edildi. Bunun üzerine 1688'in ilk üç ayında bu üç soru ülkenin her tarafında bulunan yetkilere soruldu ve bu sorulara uygun olmayan aksi cevap verenler görevlerinde atıldılar. Bu geniş temizlik hareketini kontrol etmek için Kasım'da merkezî bir kontrol edici komite kuruldu. Bu komite Parlamento seçimlerini idare eden şehir ve kasaba belediyelerinde idareyi kontrol altına almak için ve sırf kraliyet isteklerine uygun bir seçim sistemi sağlamak üzere bu yerel idarelere özel ve geniş yetkili idareciler göndermeye başladı. Kraliyet isteklerine kayıtsız şartsız uyacak üyelerden oluşacak bir Parlamento seçmek için bütün bu hazırlıklar tamam olunca, 24 Ağustos 1688'de James yeni Parlamento seçimleri yapılmasını ilan etti.

Bu arada James devamlı silah altında olan bir ordu da kurmaya gayret etmişti. Bu ordunun komutan ve subayları olarak sadece Katolikleri tayin etmişti. İngiltere Krallığı ordusunun alayları için kışlalar Londra yakınlarında Hounslow'da kurulup Londra şehrinde olacak bir isyan hareketine karşı hazırlanmışlardı. James sadece İngilter Krallığı ile yetinmedi şahsen kralı olduğu İskoçya Krallığı ve İrlanda Krallığı ordularını da Protestan subaylardan arındırmaya ve yerlerine Katolik subaylar görevlendirmeye gayret etti. 1688'de James'in Katolik subayları kontrolü altında üç ordusunda 34.000 asker silah altında bulunmaktaydı.

Parlamento'nun üyeleri James'in bu politikaları aleyhindeydiler ve birçoğu bunu keyfi krallık için bir giriş olarak kabul etmekteydi. Bunların fikirlerini Parlamento'ya getirmelerini önlemek için, James Parlamento üyelerine hiç danışma yapmadan ve ne zaman geri yeni toplantıya açılacağı belirtmeden Parlamento'yu tatile gönderdi.

Nisan 1688'de James "Endüljans Bildirisi" adlı daha önce hazırlayıp protestolardan korktuğu için yürürlüğe koymadığı bir bildiriyi tekrar yayınladı ve bütün papazlara bunu kiliselerinde kilise ayinlerine iştirak eden halka okumalarını emrini verdi. Anglikan Kilisesi'nin en yüksek dini lideri olan {Canterbury Başpiskopusu William Sandfort ve diğer önemli 6 piskopos buna itiraz ederek James'e bu politikalarını değiştirmesi için fikirlerini açıkladılar. Bunun üzerine James bu 7 piskoposu "vatan hainliği ile iftira" suçu ile Londra Kulesi'nde tutuklattı. Ama bu 7 piskopos kanun gereği mahkemede yargıç karşısına getirdikleri zaman, bu mahkeme bu suçu işlemediklerinden dolayı onları beraat ettirdi. Londra 'da büyük kalabık bir halk kitlesi beraaat eden piskoposlar lehine gösterilerde bulundular.

Haziran 1688'de durum daha da ciddileşti. II. James'in katolik ikinci karısı olan Modena'lı Mary'den bir erkek çocuğu doğdu ve İskoç ve İngiliz kralların çok kullandıkları isim olan "[[James Francis Edward Stuart" ismi verildi. Bu doğumdan önce İngiltere Krallığı ve İskoçya Krallığı için veliaht Protestan olarak yetişmiş James'in kızı [[II. Mary|Mary]] idi. James'in erkek çocuğu olmaması dolayısıyla ve bu çocuğun Katolik olarak yetiştirilip eğitilmesine hiçbir kanunî engel olmadığı için yakın bir gelecekte İngiltere Krallığı, İskoçya Krallığı ve İrlanda Krallığı katolik olan bir kral eline geçip Katolik Kontr-Refermasyon rejiminin uygulanması kaçınılmaz olarak görünmeye başladı.

Bazı Protestanlar bu yeni doğuna bebeğin James'in öz oğlu olmadığı dedikodularını yaymaya başladılar. Bu dedikodulara göre James'in karısı normal doğum yapmamış ve doğan çocuk ölü olarak doğmuştu, fakat bir erkek ve katolik olarak yetiştirilebilecek veliaht isteyen James, karısı ve danışmanları çok büyük bir gizlilikle yeni doğan bir başka çocuk bulmuşlar; bunu bir yatak taşımak için kullanılan metal kap içinde saraya kraliçenin odasına gizlice getirmişler ve yeni doğan erkek veliaht olarak herkese sonradan sunmuşlardı. II. James'in yeni erkek oğlu olduktan sonra Prenses Mary kızkardeşi Londra'da bulunan kızkardeşi Anne ile yaptığı son mektuplaşmada bu doğum hakkında ortaya çıkarılan Prostestan dedikodularının doğru olup olmadığını ona sormuştu. Anne'ın cevabı ve devamlı olarak yayılan dedikodu Mary'nin bu doğum hakkında olan şüphelerini daha da ciddi hâle getirmişti. Mary babasının Katolik İngiltere ve İskoçya Kralıkları kurmak için doğumda ölen bir çocuğunu başka diğer bir bebekle değiştirdiğine ve yeni "üvey kardeşi"'nin doğal babası olmadığına kendini iyice inandırmıştı.

Avrupa'da Katolik kilisesinin Kontr-Refermasyon politikalarını nasıl uygulandığını bile birçok ileri gelen İngiliz protestan soyluları ve politikacıları bu durumdan korkarak Protestan olan eski veliaht prenses "Mary" ve kocası yine protestan olan Hollanda cumhur-reisi Oranj-Nassau'lu [[III. William|William]]'a 1686'da müracaat edip durumu görüşme talebinde bulunmuşlardı.

II. James'in aleyhtarları protestanlar Hollanda reis-i cumhuru olan [[III. William|Oranj'li William Henry]] ve karısı [[II. Mary|Kraliçe Mary]]'nin etrafında toplandılar. Her ikisi de, William anne tarafından ve Mary ise II. James'in birinci kızı olarak, İngiltere Kralı ve İskoçya Kralı olan ve [[İngiliz İç Savaşı]] sırasında idam edilmiş [[I. Charles]]'in torunu idiler; her ikisi de Protestan idiler ve her ikisi de (Mary 2, sırada ve William 4. sırada) İngiltere Krallığı ve İskoçya krallığı varisi idiler. II. James'in yeni oğlu olunca Mary'nin taht varışlığı sırası birincilikten ikinciliğe düşmüş ve William'ın sırası da aynı şekilde bir sıra inmişti. İngiltere Krallığı sarayında II. James oğlu ve Mary ile William veliahtlığını tercih eden iki klik yanında epeyce güçlü olan ve 2. Sunderland Kontu etrafında bulunan, Fransa kraliyet ailesine mensup Katolik olan bir başka prensin veliaht olmasını isteyen üçüncü bir klik de bulunmaktaydı 

Oranj'li William kendini Avrupalı protestanların hamisi olarak görmekte idi. Fransa Kralı [[XVİ. Lousi]]'nin Fransa'daki protestanlara karşı tolereans gösterilmesini prensip olarak içeren 1598'de çıkartılmai [[Nantes Emri]]'ni 1665'de feshetmesine karşı ve [[Köln]] ve Ren Palatın'da ortaya çıkan hanedan kavgaları dolayısıyla ve yeni bir [[Dokuz Yıl Savaşı]]'ni başlatmak için bağdaşıklar toplama sırasındaydı. Bu bağdaşıklık kendini Katolik ve mutlak istibtdat rejimi koruyucusu olarak gören [[Fransa Krallığı]]'na krası kurulmakta idi. İngiltere Krallığı ve İskoçya Krallığı'nda karışıklık çıkması ve özellikle bu karışıklığa neden olan devlet rejiminin Fransa'nın yakın bağdaşığı olması ve Katolik rejimi getirmek ideali olması, protestanların koruyucu rolünü alan William'a bir fırsat olarak görünmekteydi. Bundan sonraki olayların gelişmeleri tartışmalara yol açmaktadır. II. James'e karşı bir komplonun hazırlanması İngiltere'de bulunan ve rejimden hoşnutsuz olan kişiler tarafından mı başlatıldığı yoksa İngıtere ve İskoçya tahtlarına göz diken Mary ve William tarafından mı başlatıldığı bu tartışmanın konusudur. 
William İngiltere Krallığı politikalarına bir yıldan uzun bir zamandır karışmaktaydı. James kral olduktan sonra yeğeni ve sonra damadı olan William Oranjlı ile James'in ilişkileri hızlanır şekilde bozulmaya başlamıştı. 1685'de William Oranj'li Hollanda ordusunun İskoç ve İngiliz asıllı paralı olarak tutulan askerlerinden oluşan paralı asker birliklerini [[Montmouth İsyanı]]'ni bastırmak için James'in emrine vermişti. Fakat James'in Katolikleri yüksek mevkilere geçirme ve askerlini katolik subaylar emrine vermesi politikası geliştikçe William Oranj'lı kuşkulanmaya başladı. Kasım 1686'da James "test Kanunu" feshedilmesi için William Oranj'liın desteğini istedi. Bunu sağlamak için Quaker mezhebinden olan [[William Penn]]'i [[Lahey]]'e Hollanda'ya gönderdi ama William Oranj'li bu desteği sağlamaktan kaçındı. Diğer taraftanWilliam Oranj'li Fransa'ya karşı bir protestan bağdaşıkları kurmaktaydı. Şubat 1687'de ve Mayıs 1687'de William Oranj'li "Everhard van Weede Dijkvelt" adli bir elçiyi Londra, İngiltere'ye gönderip Fransız'ların genişleme heveslerine karşı durmak için yardım istedi. James bu William Oranj'linın kurmakta olduğu bağdaşıklık sistemine katılmayı istemedi.