ında ölür.

Aradan yirmi yıl geçmiş ve 2033 yılına gelinmiştir. Boston'daki karantina altına alınan bölgede yaşayan Joel, partneri Tess ile birlikte kaçakçılık yapmaktadır. Sahip oldukları silahların çalınması üzerine ikili, yerel bir gangster olan Robert'ın peşine düşer. Tess tarafından öldürülmeden önce Robert, karantina bölgelerindeki yönetime karşı silahlı bir ayaklanma başlatan Ateşböcekleri adlı gruba silahları sattığını söyler. Bir müddet sonra Ateşböcekleri'nin lideri Marlene ile buluşan Joel ve Tess'e, ancak Ellie isimli genç bir kızı karantina bölgesi dışına çıkarmaları karşılığında silahları geri alabilecekleri önerisi gelir. Silahları almak için başka seçenekleri olmayan ikili, Joel'un itirazlarına rağmen bu teklifi kabul eder.

Karanlık çöktüğünde karantina bölgesinin dışına çıkmayı başardıktan sonra Joel ve Tess, Ellie'nin hastalıklılar tarafından ısırılmış olduğunu öğrenir. Normalde birkaç saat içerisinde dönüşümün başlaması gerekirken Ellie, üç hafta önce ısırıldığını ve hastalığa karşı olan bağışıklığının bir tedavi üretiminde kullanılabileceğini, kendisinin bu yüzden Ateşböcekleri'ne götürülmesi gerektiğini söyler. Ertesi günün sabahında grup buluşma noktasına varır; ancak burada Ateşböcekleri üyelerinin ölüleriyle karşılaşırlar. Ne yapacakları konusunda tartışırken Tess'in de hastalıklılar tarafından ısırıldığı ortaya çıkar. Buluşma noktasına askerlerin gelmeye başlamasıyla Tess Joel'a, Ellie'yi, Joel'un uzun süredir görmediği ve Ateşböcekleri'nin bir üyesi olan kardeşi Tommy'ye götürmesini tembihler ve zaman kazandırmak için mekâna giren askerlerle girdiği çatışmada öldürülür. Joel ile Ellie ise binayı sağ salim terk etmeyi başarırlar.

Bu noktadan sonra Joel'un amacı, kendisine bir iyilik borçlu olan eski bir arkadaşı olan Bill'e ulaşmak ve onda bulunan çalışır durumdaki arabayı alarak Tommy'nin yanına gitmektir. Massachusetts'teki Lincoln kasabasında yalnız yaşayan Bill'e ulaşan ikili, ondaki arabayı alarak yola koyulur. Ancak bir müddet sonra, artık "avcılar" adı verilen gruplar tarafından kontrol edilen Pittsburgh'e vardıklarında bu grupların saldırısına uğrar. Arabayı terk ederek mücadelelerine yayan devam eden ikili, yolculukları sırasında orta yaşlardaki Henry ve Ellie yaşlarındaki kardeşi Sam ile tanışır. Henry ile Sam de daha önceleri birlikte yaşadığı grubun üyelerini aramak için şehirden çıkmaya çalıştığından bu dört kişi birlikte hareket etmeye karar verirler. Hastalıklılar ve çetelerle girilen mücadeleler sonrasında bu dörtlü şehirden çıkmayı başarır. Ancak Sam, hastalıklılar tarafından ısırılmış ve bunu yanındakilerden saklamıştır. Grup geceyi bir evde geçirirken sabah olduğunda hastalığın etkisine girmiş olan Sam, Ellie'ye saldırır. Elindeki silahla kardeşini öldürmek zorunda kalan Henry, önce silahını Joel'a doğrultsa da kararını değiştirerek kendi kafasına da bir kurşun sıkar.

Sonbahara girildiğinde Joel ve Ellie, Wyoming'deki bir hidroelektrik santralinin içerisinde yerleşim yeri kuran Tommy'yi bulur. Joel, Ellie'nin Ateşböcekleri'ne ulaştırılması görevini Tommy'ye bırakma niyetinde olsa da; bölgenin çeteler tarafından saldırıya uğraması sonrasında Ellie'yi kurtarması ve Sarah konusunda Ellie ile yüzleşmesinin ardından Ellie ile kalmaya karar verir. Tommy'nin Doğu Colorado Üniversitesi'nde Ateşböcekleri'nin kullandığı bir laboratuvarın olduğunu söylemesi üzerine ikili at üzerinde üniversiteye doğru yola koyulur. Ancak buraya vardıklarında laboratuvarın terk edilmiş olduğunu görürler. Bir kayıt cihazından yaşayanların Salt Lake City'deki bir hastaneye nakledildiğini öğrenmelerinin ardından hastaneye doğru hareket edecekleri sırada avcıların saldırısına uğrarlar. Saldıran grubun tamamı öldürülür; ancak gerçekleşen çatışmalarda Joel ağır bir şekilde yaralanır. Ellie, Joel'u at sırtına bindirerek bölgeden uzaklaştırmayı başarır.

İkili, kış aylarındaki kar ve tipiden korunmak için dağların arasındaki bir sığınakta saklanmaktadır. Ağır yaralı olan Joel'a yiyecek bir şeyler bulmak için avlanmaya çıkan Ellie, okla avladığı geyiği sığınağa götürecekken David ve James isimli iki yabancıyla karşılaşır. Oku ikiliye tutarak yaptığı konuşmalar sonrasında Ellie, ete ihtiyacı olduğunu belirten David'e avladığı geyiği, penisilin karşılığında vermeyi kabul eder. James'in penisilini almak için kendi kamplarına gittiği sırada Ellie ile David hastalıklıların saldırısına uğrar. Birlikte hareket ederek saldırıların savuşturulmasının ardından David, Joel'un yaralandığı mücadelenin bizzat kendisi tarafından gönderilen grupla yapıldığını ve birlikte yaşadığı bu insanların Joel tarafından öldürüldüğünü söyler. Ellie'nin bu konuda yapabilecek bir şeyi olmadığını da belirtmesinin ardından penisilini alarak gitmesine izin verir. Penisilini Joel'a veren Ellie, onun hemen yanında uykuya dalar. Ertesi günün sabahında uyandığında David'in grubunun kendisini takip ederek bulundukları bölgeye gelmiş olduğunu görür. Joel'a ulaşmamaları için atına atlayarak uzaklaşır ve adamların dikkatini başka yöne çeker. Bir süre kaçtıktan sonra David tarafından bayıltılır. Uyandığında kendisini bir kafesin içinde bulan Ellie, James'in ölü bir insanı parçalara ayırdığını görür. David'in grubuna katılma teklifini reddetmesinin ardından onun sonunun da parçalanan kişiye benzer olacağı tehdidiyle karşılaşır. Bu sırada penisilinin etkisiyle birlikte kendine gelen Joel, uyanır ve ortadan kaybolan Ellie'nin peşine düşer. David'in adamlarıyla girdiği mücadelenin ardından, adamların ikisine işkence yaparak Ellie'nin nerede tutulduğunu öğrenir. Diğer yandan David, Ellie'yi kafesten çıkarmaya çalışırken Ellie tarafından ısırılır. Ellie'nin yarasını göstererek hastalıklılar tarafından ısırıldığını söylemesinin ardından iki adam kısa bir süreliğine şaşkınlık yaşar. Bunu fırsat bilen Ellie, odadaki satırı alarak James'in boğazını keser ve David'in silahını ateşlemesinden de kurtularak odadan kaçar. Bir süre kampta kaçacak yer aramasının ardından bir restoranda David tarafından kıstırılan Ellie'nin David ile boğuşması sırasında restoranda yangın çıkar. Bu yangını gören Joel, hemen restorana girer ve Ellie'nin kendini korumak amacıyla David'i öldürdüğünü görür.

İlkbahara gelindiğinde Joel ve Ellie, Salt Lake City'deki Saint Mary Hastanesi'ne varır. Hastaneye gitmek için su altında kalan tünellerden geçtikleri sırada Ellie boğulma tehlikesi geçirir. Kızı kurtarmaya çalışan Joel, bir anda Ateşböcekleri üniforması giyen birisinin kendisine silah doğrulttuğunu görür. Yapılan dur ihtarına uymamasının ardından silahının dipçiğiyle Joel'a vurur ve onu bayıltır. Gözlerini hastahanede açan Joel, karşısında Marlene'i görür. Ellie'nin hayatta olduğu, şu anda ameliyat için hazırlandığı, hastalık için bir aşı üretmek için beyne yerleşen mantardan aşı elde edilebileceği; ancak bunun gerçekleştirilebilmesi için beyinden bir parça alınması ve Ellie'nin ölmesi gerektiği konusunda bilgilendirilen Joel, buna karşı çıkar. Hastanedekilerle girdiği çatışma sonrasında ameliyathaneye girer ve baygın hâldeki Ellie'yi kucağına alarak otoparka iner. Otoparkta kendisini bekleyen Marlene'i de öldürmesinin ardından Ellie'yi bir arabanın arka koltuğuna yerleştirir. Arabayla bölgeden uzaklaştıkları sırada Ellie kendine gelir ve olan biteni sorar. Ancak Joel, Ateşböcekleri'nin elinde hastalığa karşı bağışıklığı olan onlarca insan olduğunu; ancak bir aşı geliştirmeyi başaramadıklarından artık denemelere devam etmediğini söyler. İkilinin Tommy'nin yerleşim yerine varmasıyla oyun sona erer.

Ana karakterlerin Joel ve Ellie olduğu oyunun tek kişilik kısımın büyük bir bölümünde Joel, bazı bölümlerinde ise Ellie kontrol edilmektedir. Oyundaki görülebilen karakterler ile bu karakterleri canlandıran ve seslendiren kişiler aşağıdaki gibidir:

Oyun ilk olarak 29 Kasım 2011'de, Times Square'deki bir reklam panosunda "gözlerinize inanamayacağınız bir PlayStation 3 oyunu" sloganı ile duyuruldu. Oyunla ilgili ilk video 3 Aralık 2011 tarihinde yayımlandı. Gerçek isyan ve trajedi görüntülerinden oluşan bu videonun sonunda oyunun adı ve resmî web sitesi gözükmekteydi. Ertesi gün oyunun resmî web sitesinde, BBC yapımı doğa belgeseli "Yeryüzü"nden ("Planet Earth") alınan ve "ophiocordyceps unilateralis" isimli parazit mantarın türünün bir karıncayı enfeksiyona uğratarak onun beynini ele geçirmesini gösteren video yayımlandı. 7 Aralık günü site üzerinden oyuna dair ilk görseller sunuldu. Bu görsellerin ilkinde ağaçlar ve ağaçların arasından süzülen güneş ışığı, ikincisinde ise dünyanın çeşitli bölgelerinin bir çeşit salgın hastalıktan etkilendiği haberleri yer alan bir gazete baş sayfası bulunmaktaydı. 9 Aralık 2011'de "" oyuncularının, oyun içerisinde üzerinde "bilim adamları ölümcül mantarı anlamakta zorlanıyorlar" başlıklı bir haber içeren gazetenin görüntülerine rastlamasıyla fragman arasında bir bağlantı kuruldu ve çıkacak yeni oyuna bir gönderme yapıldığı anlaşıldı. Oyunun yaratıcı yönetmeni Neil Druckmann ve yönetmen Bruce Straley tarafından daha sonraları yapılan açıklamada Naughty Dog'un "Uncharted 3: Drake's Deception"da yer alan bu ipucunu kaldırmayı planladığı; ancak sonradan bu konuyu unuttuğu ifadelerine yer verildi.

Oyun, 2011 Spike Video Oyunu Ödülleri töreni sırasında, Naughty Dog'un yeni bir fikrî mülkiyet üzerinde çalıştığını belirten Sony Computer Entertainment tarafından resmî olarak duyuruldu. Sonrasında yayımlanan oyun içi görüntülerden oluşan bir fragmanda orta yaşlardaki bir erkeğin başka bir erkekle boğuştuğu, onu bayıltmasının ardından odaya giren genç bir kızın baygın durumdaki adamın üstünde malzeme ve yiyecek aradığı, sonrasında duydukları sesler üzerine ikilinin saklandığı, odaya giren ve bir çeşit enfeksiyona uğramış insanlarla mücadeleleri ve sonrasında kaçıp binayı terk ederek bitkilerle kaplanmış ve terk edilmiş bir şehrin ortasına ulaştığı gösterilmekteydi. Duyurusunun yapılmasının ardından Naughty Dog eş başkanı Evan Wells, "The Last of Us" hakkında daha fazla bilgiyi PlayStation Blog üzerinde şu şekilde paylaştı:

""in tamamlanmasının ardından Naug