âtınîler’in Sahib-î Â’zam-ı” Hasan Sabbah’ı karşılarında buldular. Bilâhare Moğol istilâlarının başlamasıyla sahip oldukları karışık i’tikadların etkisinde kalarak vicdanî oluşumlarını kaybetmiş olan önemli kütleler, Moğol ordularının arasına karıştılar. Anadolu Selçuklu sultanlarından Birinci Âlâ’ed-Dîn Key-Kûbâd zamanında Halaç ve Kapçak gibi Türkmen kabilelerinden pek yoğun kütleler de Anadolu’ya yerleşmekteydi. Celâl’ed-Dîn Harezmşah’ın baskıcı tutumundan rahatsızlık duyan kabileler ve Harezm Türkmenleri Selçuklular’ın kendilerine duyduğu güvenle Anadolu Selçuklu Devleti’nin savunma kuvvetlerini teşkil etmekteydiler. İkinci Gıyas’ed-Dîn devrinde Amasya Bâtınî merkezinin etkisiyle bu Harezm Türkleri Selçuk ülkelerinden çıkartılarak Halep, Suriye ve El-Cezire muhitlerine dağıtıldılar. Konya Selçuk Sarayının hasmane siyâsetînden kuşkulanan Şîʿa-i Bâtın’îyye dâîlerinden oluşan büyük bir topluluk ta bu Türkmen kabileleriyle birlikte göç ettiler. Harezm ülkesinin pek çok mezhep çatışmalarına sahne olduğunu fırsat bilen Bâtınî dâîleri, Harezmliler’in Anadolu Selçukluları tarafından kovulmaları fırsatını çok iyi değerlendirerek bütün kuvvetleriyle kendi âkide ve dâvalarını tasavvuf kanallarından geçirerek neşretmeye başladılar.

Celâl’ed-Dîn Harezmşah’ın harekâtından memnun olmayan aşîretler ondan ayrılarak Birinci Âlâ’ed-Dîn Key-Kûbâd’a iltica etmişler ve Selçuklular ülkelerine gelen bu aşîretlere de Sivas, Çorum, Engürü’ye kadar olan yörelerde yaylâk ve kışlaklar tahsis edilmişti. Bunların Celâl’ed-Dîn Harezmşah’ın maiyetinden ayrılmalarına rastlayan zamanlar zarfında Hacı Bektaş hâlifelerinden bazıları da onların içlerine nüfuz etmeyi başarmışlardı. Şîʿa-i Bâtın’îyye dâîleri sıfatıyla bu topluluklar üzerinde önemli bir nüfuz kazanmışlardı. Harezm ve Azerbaycan’dan gelen bu aşîretleri Anadolu ahalisi Tatar ve Moğol artıkları nazarıyla görüyordu. Bektaşî babalarından Ahlat, Diyâr-ı Bekir vilâyetlerinden önemli bir grupla beraber Harzemliler arasında da Burak Baba müridlerinden yine ayrı bir parti propagandalarda bulunuyorlardı. Bu devirde Burak Baba’nın Anadolu’da yaygın bir şöhreti vardı.

Anadolu Selçuklu Devleti’nin çöküşünün başlangıcı olan Gıyas’ed-Dîn-i Key-Hüsrev-i Sâni’nin Kösedağ yenilgisi ( H. 640 / M. 1243 ) üzerine Anadolu’nun tamamı Moğollar’ın denetim alanı içerisine girdi. Anadolu’nun tamamı Aksaray’da ikâmet eden ve barışı tesis etmek ile görevlendirilmiş bir Moğol valisi tarafından yönetilmekteydi. İşte bu fetret devrinde, Celâl’ed-Dîn Harzem Şâh Menküberti’nin ordularıyla Orta Asya’dan Anadolu’ya gelen Bâtınîye dervişleri de devletin takibatından kurtulmuş olarak fa’aliyetlerini serbestçe sürdürmekteydiler. Anadolu’nun her tarafında Şiî ve Bâtınî-Alevî babalar tarafından art arda zâviyeler açılmaktaydı. Sultan Mes’ud Evvel’in Amasya’daki tekkesine Baba İlyas Horasanî gibi Şîʿa-i Bâtın’îyye Mezhebi’nin en meşhur bir dâîsi postnişin olmuştu. Vaktiyle, İlhanlı saraylarında mâkam ve mevki sahibi olan Şiî âlimler Anadolu Selçukluları’nın Moğollar’ın himayesi altına girmeleri fırsatından istifadeyle Anadolu’ya yayıldılar. 

Melik Dânişmendiye devrinde bütün Anadolu’da meşhur olan Horasanlı Baba İlyas, “İbrahim Bey’in oğlu Yağ Basan Bey” zamanında Kayseri’ye kadı tâyin edilmişti. Birinci Âlâ’ed-Dîn Key-Kûbâd tahta geçtiğinde, Amas’ya Kadılığı’na Taky’ed-Dîn’i, Mes’udiye Müderrisliği’ne Tâc’ed-Dîn Yûsuf Tebrizî’yi, Hankah Mes’udiye Şeyhliği’ne de Tâc’ed-Dîn Ebû’l Vefâ Harezmî’yi atadı. Ebu'l Vefâ’nın ölümü üzerine de yerine onun hâlifelerinden Kayseri Kadısı ve Şîʿa-i Bâtıniyye’nin en meşhurlarından olan Babâîler pirî Şücâ’ed-Dîn Ebû’l Bekâ Baba İlyâs Horasanî’yi tâyin etti.

Birinci Âlâ’ed-Dîn Key-Kûbâd iktidara geldiğinde “Mûhy’id-Dîn Muhammed bin Ali bin Ahmed Tahimî” adında İran’dan göç etmiş bir Şiî’yi Sivas’a kadı olarak atadı. Vaktiyle Şiraz’da önemli bir mevkî sahibi, felsefe ve bâtınî îlimlerde bir hâyli meşhur, belâgatlı söz söyleme üstâdı ve yüksek iktidar sahibi olan bu âlim adamdan Baba İshâk Kefersudî nâmında “Binaz” hanedanına mensûp bir Rum asıllı dersler görmekteydi. Baba İshâk Şirâz’da Mûhy’id-Dîn’in derslerine devam ederken, Şîʿa-i Bâtın’îyye’nin Elemût’taki Dâî Â’zamı “Hükümet-i Melâhide-i Bâtın’îyye Reisi Âlâ’ed-Dîn bin Muhammed bin Hasan-ı Sânî” tarafından Anadolu Dâîliği’ne atandı. Bu sırada Hocası Mûhy’id-Dîn Tahimî’nin Sivas Kadılığı’na tâyin edilmesi fırsatını çok iyi değerlendiren Baba İshâk, hocasının himâyesi altında Anadolu Selçuklu Hükümeti’nin de güven ve teveccühünü arkasına alarak Şimşat yakınlarında Kefersud nahiyesinde Elemût merkezli Şiîlik propagandasını ve “Melâhide-i Bâtıniyye” i’tikadını neşriyâta başladı. H. 621 / M. 1225 yılında Mûhy’id-Dîn-i Ahmed Tahimî’nin vefâtından sonra hükümet aleyhinde yaptığı tahrikâtın duyulması üzerine Baba İshâk bir süre gizlenmek zorunda kaldı. Şücâ’ed-Dîn Ebû’l Bekâ Baba İlyas Horasanî’nin Amas’ya Mes’udiye tekkesine şeyh olduğunu öğrenince hemen oraya giderek kendisine mürid oldu. Baba İlyas Tekkesi’nde “Amas’ya Valisi Toğrak Bey” ile olan pîrdâşlığı sayesinde halkın gözünde itibarını gün geçtikçe artırmaktaydı.

Vefâ’îyye tâkipçilerinden Ebu’l Bekâ Baba İlyas bin Ali el-Horasânî ve müridi Baba İshâk Kefersudî’nin çıkardığı Bâbâ’î ayaklanması, bugünkü Alevî-Bâtınî yerleşim yerlerini belirleyen isyândır. Anadolu’da Alevî nüfusun yoğun olduğu bölgelerde etkili olmuştur.

Sâd’ed-Dîn Köpek Baba İshâk Kefersudî’nin Selçuklu sarayına memur olarak gönderdiği bir müridiydi. Birinci Âlâ’ed-Dîn Key-Kûbâd ile şehzadesi İkinci Gıyas’ed-Dîn Key-Hüsrev devirlerinde Konya sarayına hulûl etmeyi ve “Şîʿa-i Bâtıniyye” nüfuzunu oraya sokmayı başaran bu bâtınî dervişi kendisine sarayda bazı taraftarlar edinmeyi de başarmıştı. Bu devirde Moğol istilâları nedeniyle Orta Asya ve Maverâünnehir’den ayrılan ve Suriye yolundan geçen Şiîlerin en tercih ettikleri vatan Selçuklular’ın hükümran oldukları ülkelerdi. Sahib olduğu sahte vatanperverlik duygularıyle çevresinin etkisi altında kalan Şehzâde Gıyas’ed-Dîn Moğollarla itaatinden dolayı babası Âlâ’ed-Dîn Key-Kûbâd’ı H. 634 / M. 1237 yılında zehirleyerek tahta çıktı. Böylece Köpek te Emîr Sâd’ed-Dîn unvanıyla vezîr-i â’zamlığa atandı. Müridi Sâd’ed-Dîn Köpek’in elde ettiği bu başarılar sayesinde itibârını artıran Baba İshâk Kefersudî idare etmekte olduğu Anadolu’daki Bâtınîlik Teşkilâtı’nı daha da büyütme fırsatını yakaladı. Tokat, Canik, Çorum, Sivas, Karahisar vilâyetlerinde Ebu’l Bekâ Baba İlyâs Horasânî adına yaptığı dâvetlerine daha da önem verdi. Onun bu fa’aliyetleri neticesinde binlerce insan Selçuklu düşmanı olarak “Bâtınî” oluyorlardı.

Müridi Sâd’ed-Dîn Köpek’in Anadolu Selçuklu vezîr-i â’zamlığına yükseltilmesi ve kazandığı başarılardan son derece memnuniyet duyan Baba İshâk Kefersudî, o zamana kadar Baba İlyas Horasânî nâmına yaptığı dâvetlerden vazgeçerek kendisini ön plâna çıkarmağa başladı. Yirmi bin ihtilâlciden oluşan bir kuvvet ile H. 632 / M. 1235 yılında huruç hareketi başlattı. "“Emîr’ûl-Mü’minîn Sadr’ûd-Dünya ve’d-Dîn ve Resûl’ûl-Lâh Baba İshâk”" ünvânıyla hâlifeliğini ilân etti. El-Mukannaʿ benzeri bir şekilde Muhammed’in ruhunun Ali’ye, Ali’den de kendisine hulûl ettiğini iddia ediyordu.
Şimşat, Urfa, Kefersud, Maraş, Ayintâb’dan gelen ve Suriye kıt’asındaki Halep Bâtınî merkezinden takviye edilen binlerce fedainin katılmasıyla birdenbire elli bin kişilik büyük bir ordu haline dönüşen "“Şîʿa-i Bâtıniyye Fırkaları”" Amasya, Tokat, Sivas, Çorum’dan batıya doğru ilerlemeye ve civar şehirlere saldırmağa başlamışlardı. Bâtınî – Babâî Ordu’su önlerine gelen bütün engelleri yıkıp hızla Konya’ya doğru ilerliyorlardı. Babâîler’in bu huruç hareketi karşısında tecavüze uğrayan memleketlerin seçkinleri, ulemâ ve eşrafı Mısır’a, Pâyitaht Konya’ya ve Anadolu’nun diğer hücra köşelerine doğru kaçışmaktaydılar. Sonunda durumun vahameti ve ihtilâlin ne kadar geniş bir alana yayıldığı hükümdara anlatıldı. İhtilâlin müsebbipleri arasında olduğu anlaşılan Baba İshâk Kefersudî’nin müridi Vezîr Sâd’ed-Dîn Köpek derhal i’dam edildi.

Birçok cephede Babâîler ile çarpışan Selçuklular, nihâyetinde Baba İshâk Kefersudî ve tâbi’lerini H. 637 / M. 1240 yılında Amasya Kalesi’nde ele geçirerek i’dam ettiler. Anadolu’da çıkan bu kanlı ihtilâlden son derece memnuniyet duyan "“Şîʿa-i Bâtıniyye Dâîleri”" Olcaytu’nun sarayından Anadolu’nun dört bir yanına yayılmağa başladılar. Cereyan eden bu elîm hâdiselerden yeise kapılan ve İlhanlılar’ın baskılarından usanan Sünnî âlimler de Uç Beyleri’ne sığnmak zorunda kaldılar. Sabık Mes’udîye müderrisi “Şeyh Mecd’ed-Dîn İsâ” Ertuğrul Gazi’ye, “Cemâl’ed-Dîn Aksarayî de Mısır’a iltica etmişlerdi. Şiîliğin uğradığı bu büyük faciayı istismar eden bazı Acem fırsatçıları Şîʿa-i Bâtın’îyye dâîsi sıfatıyla Batı Anadolu’ya kadar nüfuz etmekteydiler. Bu Bâtınî – Babalar Anadolu’da Türkmen aşîretleri arasında tam teşekküllü bir "“Alevîlik Cereyânı”" oluşturmağa muvaffak oldular. 

O yüzyıllarda, Selçuklular zamanında fa’aliyet gösteren en etkin Tasavvufî-Bâtınî-Tarikât mensupları Melâmetî, Kalenderî ve Haydarîler’den oluşmaktaydı. Bu Bâtınî-Tarikât temsilcileri daha ziyâde göçebeler arasında barınan ve halka hitap etmekle görevli olan “Babalar” idi. Eğitimli çevrelerden uzakta yaşayan bu “Bâtınî-Babalar” yüzyıllar boyunca beri kulaktan kulağa yayılan hurafelerle yıpranmış olan nakilleri bir veli tipi kanalıyla tasvir etmek suretiyle, ve bu efsaneleri bir takım hârikalar ve kerâmetler ile süsleyerek bedevî ruhunun hoşlanacağı koşmalar, rubâîler, destanlar şeklinde halka anlatıyorlardı. “Bâtınî-Türkmen Babaları” Oğuz boylarının anlayacakları bir dilde, efsane ve masalları ilâhî bir hava ile içerisine İslâmî bir boyutu da ilâve etmek suretiyle halka sunmak hususunda çok başarılı oluyorlardı.

On ikinci yüzyılda Bağdat’ta Abdülkâdir Geylânî ve Şihab’ed-Dîn Ömer Sühreverdî, Konya’da ise Mevlâna Celâleddîn Rûmî, Endülüslü Muhy’id-Dîn-î Ârabî, Lem’at yazarı Fahreddin Irakî ve Sadr’ed-Dîn Kunevî gibi farklı geleneklere mensup tarikât pîrlerinin yayınlarla meşgul oldukları görülmektedir. İslâmî ç