demektedir.

Bronz Çağı Çöküşü ardından Antik Yunanistan'da saray ekonomilerinin çökmesiyle nüfusun önemli bir bölümü, daha güvenli bulunan Önasya'ya göç ederek oralarda yerleştiler. Bu yerleşimciler Antik Yunanistan'ın dört ana kabilesinden üçü olan Ailoller, İyonlar ve Dorlardır. İyon boyları, Lidya ve Karya kıyılarına yerleşerek İyonyayı oluşturacak 12 kent devleti kurdular. Paniyonya Birliği olarak bilinen bu birliğe daha sonra Smyrna da katılmıştır. Bu kentler Karya'da Milet, Myus, Priene, İyonya'da Efes, Colophon, Lebedos, Teos, Klozomenai, Phokaia, Erytrae ve Ege Adaları'nda Sisam ile Sakız'dır. Her ne kadar bu İyon kentleri bağımsız birer yönetim birimiyse de, ortak bir kültürel mirası paylaşmaktaydılar ve bunun ortaya konuluşu olarak Panionion'da Poseidon Helikonios onuruna festivallerin düzenlendiği ve ortak kararların alındığı ortak tapınak ve toplanma mekanlarını oluşturmuşlardı. Böylelikle, diğer kent devletlerinin, hatta bunun dışında kalan İyon kabilelerinin de benimsediği bir kültürel birlik oluşturdular. Batı Anadolu kent devletleri, MÖ 560 dolaylarında Lidya Kralı Krezüs tarafından istila edilene kadar bağımsızlıklarını sürdürdüler. Ege Adaları'nın kent devletleri için ise, Persler henüz Fenike'yi istila etmediği, bir donanmaları olmadığı için bağımsızdılar. Bu tarihten Akamenid İmparatorluğu'nu kuran II. Kiros tarafından yıkıldığı tarihe kadar (MÖ 564) Lidya hakimiyetinde kaldılar.

II. Kiros, Lidya'yla savaş halindeyken İyon kentlerine elçiler göndererek Lidya hakimiyetine baş kaldırmalarını istemişti. Ancak İyon kentleri bu isteği geri çevirdiler. Savaşların sonunda Lidya çökünce İyon kent devletleri bu kez II. Kiros'a bir teklif ilettiler. Buna göre Krezüs'e bağımlıkları, aynı şartlarla Akamenid İmparatorluğu'na geçecekti. Bu kez de II. Kiros, savaş öncesinde kendisiyle işbirliği yapmamış olduklarını ileri sürerek bu öneriyi reddetmiştir. İyon ve Aiolis kent devletleri bunun üzerine Sparta'ya elçiler göndererek yardım istediler, ancak olumsuz yanıt aldılar. Fakat Sparta Batı Anadolu'ya bir gemi asker gönderdi. Bunlar Sard'a bir elçi göndererek Grek kentlerinden biri olsun istilaya uğrarsa bunun hesabının sorulacağı tehdidinde bulundu. II. Kiros bu hakaretin intikamını almaya karar vermişti, fakat Babil'de sorunları vardı, esasen o sıralar Batı Anadolu'yu pek önemsemiyordu. Sard'da küçük bir birlik bırakarak ordunun büyük kısmıyla Babil'e döndü. Lidya hazinesii de Paktyas adında güvendiği bir Lidyalıya emanet etti. Ancak Pers ordusu uzaklaştıktan kısa bir süre sonra Paktyas, elindeki hazineyle sahil kesimlerinden asker toplayarak Sard üzerine yürüdü ve kenti kuşattı. Bunun üzerine Kiros, Med generali Mazares'i Lidya üzerine gönderdi. Mazares'in görevi Lidyalıları itidale çağırmak, (Krezüs'ün ricasını kırmamıştı) ve Paktyas'ı ele geçirmekti. Ancak Mazares Sard'a ulaşmadan önce Paktyas ve askerleri çekilmişti. Lidyalılar yeni düzene uyum sağladılar. Sonunda Mazares Paktyas'ı ele geçirdi. Ama ona yardım edenleri cezalandıracaktı. Priene'yi ele geçirdi, tüm Menderes Ovası'nı ezip geçti, Magnesia'yı yağmaladı. Ancak bu sırada hastalanıp öldü. Yerine bir Med generali olan Harpagos gönderildi. Harpagos, birçoğunun duvarları önüne toprak yığarak çok sayıda kenti ele geçirdi. General Harpagus'un ilk saldırısı Phokaia (günümüzde Foça) üzerine olmuştur. Fakat bu arada kent halkı, Pers hakimiyetine girmektense kentlerini deniz yoluyla terk ederek Phokaia'ya giderek buradaki Pers garnizonunu kılıçtan geçirdiler. Ardından Korsika'ya gidip orada yerleştiler. General Harpagus daha sonra Teos'a (günümüzde Seferihisar) yönelmiştir. Teosluların bir kısmı Ege Denizi'nin kuzey sahillerindeki Abdera'ya göç ettiler. Önasya'daki Milet dışındaki diğer kentler de istila edildi. Milet daha önce Kiros'la anlaşmıştı ve bu anlaşmaya bağlı kalmıştı. Adalardaki kent devletleri de, Batı Anadolu'da olanları haber alarak çatışmaya girmeden Pers hakimiyetine boyun eğdiler.

Ancak Pers İmparatoroluğu için İyon kentlerini hakimiyet altında tutmak, istila edilmiş olan diğer imparatorluk bölgelerine oranla bazı güçlükler göstermektedir. II. Kiros, İmparatorluğun diğer bölgelerinde Musevi din adamları gibi, kitlelerin tutumunu etkileyebilecek, özellikle dini otoriteye sahip grupları, hakimiyetini güçlendirmek amacıyla desteklemiş, kollamıştı. Söz konusu dönemde Yunanistan'da benzer bir seçkin zümre yoktu. Her ne kadar aristokrat bir toprak sahipliği varsa da bu sınıf kendi içinde birlik halinde değildi, hatta kaçınılmaz olarak birbirine rakip durumdaydı. Bu yüzden Persler İyon kent devletlerinde bir tiranın yönetime gelmesini, kendilerini İyonya'nın iç çatışmalarına sürüklese de desteklemek durumunda kalmışlardır. Bir başka risk de bazı tiranların kendi yönetimlerini olabildiğince bağımsız kılma girişimleri olabilecekti ve bunların bir şekilde değiştirilmesi zorunluydu. Tiranlar da ayrıca zorlu bir işin üstesinden gelmeliydiler, vatandaşlarının Pers düşmanlığını yumuşatmalı, mümkünse gidermeliydiler.

İyonya'nın istilasından 40 yıl sonra, Pers kralı I. Darius'un döneminde, (ki Büyük Kiros'un ardından tahta çıkan üçüncü kraldı) Milet tiranı Aristagoras da kendini, içinden çıkılması bu güç bir durumda bulmuştur. Aristagoras'ın amcası Histiaeus, MÖ 513 yılında I. Darius'la sefere katılmıştı. İstediği ödül sorulduğunda istila edilmiş Trakya topraklarının bir bölümünü talep etmişti. Bu istek yerine getirilmekle birlikte Histiaeus'un hırsı, I. Darius'un danışmanlarının dikkatinden kaçmamıştır. Sonuçta, "daha fazlasıyla" ödüllendirildi ve Kral'ın yakın çevresine dahil edilerek kışlık başkent Susa'da kalması istendi. Aristagoras, Milet tiranlığını Histiaeus'dan devraldığında, kentte Pers hakimiyetine karşı duyulan hoşnutsuzluk artmaktaydı. Bu arada Nakşa'dan kovulan hali vakti yerinde bazı sürgünler MÖ 500 yılında Aristagoras'a baş vurarak Ada'yı ele geçirmesi için teşvik ettiler. Dahası, tüm seferin masraflarını karşılayaklarına söz verdiler ve diğer Kiklad Adaları'nın da Darius'a boyun eğeceğini vadettiler. Nakşa'yı istila etmekle Milet'teki durumunu güçlendireceğinin hesabını yapan Aristagoras, Lidya Satrap'ı Artaphernes'e bir teklifle yaklaştı. Eğer Artaphernes, bir orduyla kendisini askeri yönden desteklerse, Nakşa'yı ele geçirdiğinde, ki böylece I. Darius'un İmparatorluğu'nun sınırlarını genişletmiş olacaktır, ele geçen ganimetten, genişleteceği ordusunun maliyetini karşılamakta kullanabileceği bir pay verecekti. Artaphernes prensip olarak bu teklifi kabul etti. Aristogoras 100 geminin yeterli olacağını söylemişti ama Artaphernes 200 gemi vermeyi vadetti. Ancak sefer için I. Darius'dan izin alınımalıydı. I. Darius bunu onaylayınca, ertesi yıl 200 trireme'den oluşan bir donanma Nakşa'ya saldırı için Megabates komutası altında toplandı. Megabates, I. Darius'un kuzeni, Artaphernes'in kardeşidir.

Artaphernes MÖ 499 yılı bahar aylarında Pers kuvvetlerini hazırladı ve bu kuvvetleri iki yüz triremeden oluşan bir donanmayla birlike kendisinin ve Darius'un kuzeni Magabates komutasına verdi. Bu kuvvetlerle Milet Limanı'na yanaşan donanma, Aristagoras'ın kuvvetlerini de alarak Nakşa'ya yelken açmıştır. Aristagoras, Nakşa yolundayken Megabates'le görüş ayrılığına düşmüştür. Herodot'a göre Magabates, Nakşa'ya bir haber göndererek yaklaşmakta olan istila tehdidini haber vermişti. Bu açıklama mümkün görünmekle birlikte, yenilgiden sonra Aristagoras'ın yenilgiye kendi dışında bir neden göstermek için yaydığı bir mazeret de olabilir. Sonuç itibarıyla kent, bir kuşatma için iyi hazırlanmıştı ve dahası Nakşalılar Pers kuvvetleri karşısında kentlerini başarıyla savundular. Nakşa'nın dört ay boyunca inatla direnmesi sonucunda hem Pers tarafının, hem de Aristagoras'ın, seferin devamını getirecek parasal kaynakları artık tükenmişti. Kuşatmayı sürdürecek mali olanaklar kalmayınca, çaresizlik içinde kuşatma kaldırıldı, askerler gemilere bindirilerek İyonya'ya geri dönüldü.

Herodot her ne kadar ayaklanmayı Aristagoras ve Histiaeus'un kişisel ihtiraslarına bağlıyorsa da, İyonya'nın iç dinamiklerinin ayaklanmak için olgunlaşmış olduğu açıktır. Yine Herodot'a göre ayaklanmayı hazırlayan birincil etmen, Pers Sarayı'nın, İyon kent devletleri yönetimine tiranları getirmesiydi. Geçmişte zaman zaman tiranlar tarafından yönetilen Grek kent devletleri olmuşsa da bu hükümet biçimi her seferinde, bir süre sonra çökmeye mahkûm bir hükümet biçimi olmuştur. Fakat geçmişteki tiranlar, güç ve liderliğe az çok sahip yöneticilerdi. Oysa Pers Sarayı tarafından atananlar bu yönlerden daha sıradan insanlardı. Pers askeri gücü tarafından desteklenen bu tiranlar halk desteğine gereksinme duymuyorlardı ve bu yüzden yönetimler daha baskıcı ve keyfiydi.

Bu dönemde, Karadeniz, Çanakkale ve İstanbul Boğazları'nın batı kıyılarıyla Trakya kıyıları Pers kontrolüne geçmişti. Bu durumda Yunanistan ve Batı Anadolu kentlerinin bu bölgelerle ticareti kesilmiştir. Karadeniz kıyılarında özellikle Milet'in yaygın bir kolonileşmesi mevcuttur. Bu kıyılardaki Pers hakimiyetinin yarattığı ve ticareti ilgilendiren diğer bir sorun ise bu kolonilerden gelen buğdayın kesilmesidir. Diğer yandan Pers Sarayı, boyun eğdirdiği Batı Anadolu'daki tüm kent devletlerinden haraç alınıyordu. Esas olarak bu nedenlerle Aristagoras'ın hareketi bir kuru ot yığınına düşen kıvılcım gibi hızla yayılan etkilerle ayaklanmayı ateşlemiştir. Hemen her kent devletinde tiranlık yerine demokrasi hükümet şekline geçilerek ayaklanma başlatılmış oldu.

Nakşa'yı feth etme yolundaki girişimin başarısızlığı Aristagoras için zor aşılacak sorunlar ortaya çıkarmıştır. Bir yandan, Artaphernes'e verdiği sözü yerine getirememiştir, diğer yandan da sınırlarını batı yönünde, hiçbir mali külfete katlanmadan genişletme beklentisi içine ittiği Pers Sarayı'nda düş kırıklığı yaratmıştır. Bu durumda, Satraplık'ın onu görevden alması kaçınılmaz gibi görünmektedir. Durumunu düzeltmek için giriştiği seferin sonucu, durumu daha da içinden çıkılmaz duruma sokmuştu. Pers Sarayı'ndaki itibar ve güven kaybını gidermek için yapabileceği hiçbir şey yoktu.