şikayetlerini İç Savaş sırasında Bear Nehri Katliamı olarak cevaplamıştır. Katliamın ardından bir dizi antlaşmalarla Şoşoni kabileleri barış vaadiyle rezervasyonlara kapatılmışlardır. Kızılderililerin arazi tapu sicillerinin çoğu bu antlaşmalarla ellerinden alınmıştır.

Front Range ve Platte vadisindeki Kızılderili kabileleri ile Pike's Peak altına hücumunda madenci ve yerleşimcilerle olan ilişkiler başlangıçta dostça olmuştur. Daha sonra çıkan çatışmaları çözmek için müzakereler yoluyla imzalanan Fort Wise Antlaşması gereği Colorado'nun güneydoğusunda konuşlandırılan bir Kızılderili rezervasyonuna kapatılma fikri savaşçı kabileler tarafından, özellikle de Şayenlerin savaşçı topluluğu olan Köpek Askerler (Hotamétaneo’o) tarafından kabul edilmemiştir. 1860 ların başında tırmanan gerginlik Colorado Savaşı ile Sand Creek Katliamı'nda doruğa ulaşmış, Colorado gönüllüleri huzurlu Şayen köyünü basmış ve çoluk çocuk yüzden fazla kişiyi katletmiştir.

Colorado ve Kansas ovalarındaki yerleşimciler ile Kızılderililer arasındaki barışçıl ilişkilere sadakatle devam edilmiş, fakat Kızılderililerin tehcir edilmesi fikri Colorado yerleşimcileri arasında giderek büyümüştür. Platte Vadisi ve Denver'in doğusundaki alanlarda meydana gelen birkaç küçük olayda olduğu gibi, 1862 Dakota Savaşı sırasında sivillere yönelik saldırıların vahşeti bu duygulara katkı yapmıştır. Düzenli ordu birlikleri Amerikan İç Savaşı'nda geri çekilince yerlerini genellikle Kızılderilileri yok etmeyi tercih eden kaba insanlardan oluşan Colorado Gönüllüleri doldurmuştur. Colorado Gönüllüleri, Colorado valisi John Evans'ın emri altında ve John Chivington ile George L. Shoup komutasında savaşmışlardır. Bütün Kızılderilileri yok edilmesi gereken yaratıklar olarak gören ve bunu politika olarak da benimseyen Colorado Gönüllüleri'nin bu fikirleri kısa bir süre içinde Colorado ve Kansas ovalarını tutuşturan ve istekleri doğrultusunda ilerleyen Colorado Savaşı'na dönüşmüştür.

Kansas'ta ilerleyen yerleşimler ile Julesburg gibi South Platte boyunca yer alan istasyonlara ve Smoky Hill Trail yolundakilere karşı Denver'in doğusunda izole topraklarındaki Ova Kızılderililerinin baskınlarına karşı, Colorado ve Kansas'taki yerleşimcilerin Kızılderililerin canice bir tutumla imha edilmesi yönünde çağrılar yükselmiştir. Aynı şekilde, vahşice misilleme yapan Köpek Askerler denen Şayen grubu gibi, Colorado Gönüllüleri de Sand Creek Katliamı'nda vahşet gösterisi yapmışlardır.

İngilizce eski ve popüler metinlerde yaygın biçimde 1862 Siyu Ayaklanmaları ("Sioux Uprising of 1862") olarak bilinen 1862 Dakota Savaşı ABD ile Siyular arasındaki ilk büyük silahlı çatışmadır. Minnesota'da çoğunlukla Thaóyate Dúta önderliğinde süren savaştan altı hafta sonra yapılan kesinleşmiş kayıtlara göre 500 kadar Amerikan askeri ve yerleşimcinin çatışmada öldüğü yer almaktadır. Savaş ya da ayaklanmada öldürülen Siyuların sayısı çoğunlukla belgelenmemiştir, fakat savaş sonrasında 303 Siyunun ABD askeri mahkemeleri tarafından cinayet ve tecavüz suçlamasıyla ölüme mahkûm edilmişlerdir. Ölüm cezalarının çoğu başkan Abraham Lincoln tarafından geri çevrilse de, 26 Aralık 1862 günü Mankato, Minnesota'da 38 Dakota Siyusu asılarak idam edilmiştir ve bu idam günümüzde bile ABD tarihinin en büyük toplu idam infazıdır.

Siyuların Dakota Toprakları'ından ("Dakota Territory") tehcir edilmesinden sonra, Lakotalardan bazı mülteci ve savaşçılar günümüzdeki Kuzey Dakota'da kendi yollarını yapmışlardır. Birleşik Siyu (Lakota ve Dakota) kuvvetleriyle Minnesota alayları arasındaki muharebeler albay Henry Hastings Sibley'in Dakota Toprakları'ndaki Siyuları takibiyle devam etmiştir. Sibley'in ordusu Lakota ve Dakotaları 1863 yılında yapılan üç büyük muharebede yenmiştir: 26 Temmuz 1863 tarihinde Dead Buffalo Lake Muharebesi, 28 Temmuz 1863 tarihinde Stony Lake Muharebesi ve 3 Eylül 1863 tarihinde Whitestone Hill Muharebesi. Bunun üzerine Siyular daha geriye çekilirler, fakat ABD ordusuyla 1864 yılında yine karşı karşıya gelirler; general Alfred Sully komutasındaki ordu Fort Pierre, Güney Dakota yakınlarında 28 Temmuz 1864 tarihinde çıkan Killdeer Mountain Muharebesi'nde Siyuları yine yenmiştir.

Kızılderililerin Beyaz yerleşimcilere karşı saldırılarının misillemesi olarak, 29 Kasım 1864 tarihinde Colorado'nun güneydoğusunda Sand Creek bölgesindeki Şayenlerin ve Arapahoların yerleşim kampına Colorado eyalet milisleri saldırmıştır. Amirlerinden aldıkları hiç esir almama emri gereği, kamptaki Kızılderililere öldürmek üzere saldıran milisler, 200 kadar yerliyi öldürmüş ya da sakatlamıştır ve bunların üçte ikisi kadın ve çocuklardır ve bunların kafa derileri yüzülerek savaş hatırası (trofesi) olarak alınmıştır. ABD Hükûmeti Sand Creek yöresindeki Kızılderililere topraklarında güvenli olacakları yolunda güvence vermesine rağmen, Beyaz yerleşimcilerin anti-Kızılderili duyguları en üst seviyeye çıkmıştı.

Katliamın ardından ölmeyip kurtulan ya da sakat kalan Kızılderililer, Şayenlerin Smokey Hill ve Republican Nehirleri'ndeki kamplarına katılmışlardır. Burada, dumanla haberleşme yoluyla diğer Siyu, Şayen ve Arapaho kamplarına savaş çağrısı yapılmış ve 1865 Ocak ayında da çağrıya uyup gelen Kızılderililer tarafından Julesburg'daki istasyon ve ticaret karakoluna saldırı düzenlenmiştir. Bu başarılı saldırıyı, Şubat başlarında hem South Platte hem de Julesberg'in doğu ve batısındaki çok sayıda noktaya yapılan baskınlar izlemiş ve birçok Beyaz öldürülüp malları ganimet olarak dağıtılmıştır. Toplanan Kızılderililer daha sonra Nebraska'nın kuzeyindeki Black Hills ve Powder River yörelerine taşınmıştır..

1865 bahar aylarında Siyular, Kuzey Şayenleri ve Kuzey Arapahoları birlikte hareket ederek Sand Creek Katliamı'ndan sonra kuzeye gelen savaşçılarla birlikte Nebraska'da Kuzey Platte Nehri boyunca Oregon Trail yolunda baskınlara devam edilmiştir. 1865 Temmuz ayında ise bugünkü Casper, Wyoming 'de bulunan Kuzey Platte Nehri üzerindeki köprüde konuşlanan ABD askerlerine saldırılmıştır ve bu savaş Platte Bridge Muharebesi olarak geçmiştir.

Amerikan İç Savaşı'ndan sonra bütün ABD Kızılderilileri istemiyerek de olsa rezervasyon adı verilen sınırlı kamp benzeri özel toplama yerleşimlere kapatılmıştır ve ordunun bundan sonraki görevi Kızılderilileri bu rezervasyonlarda tutmaktır. Bu rezervasyonların kontrolü İçişleri Bakanlığı'ndadır. Büyük Ovalar'ın kontrolü ise Ordu'nun Department of the Missouri adlı bölümüne geçmiştir ve bu kontrol edilen idarî alan 1,000,000 mi.² olup Mississippi Nehri ile Rocky Dağları arasındaki bütün araziyi kapsar. Tümgeneral Winfield S. Hancock tarafından 1866 yılında açılan Missouri departmanı, onun yaptığı kampanyayı yanlış ele almış, Siyu ve Şayenlerin baskınları sonucu istasyonları yakılıp çalışanları öldürülmüştür. Ayrıca, dışarıda birçok yerleşimci tecavüze upramış, öldürülmüş ve kaçırılmıştır. Valilerden gelen baskılar üzerine, komutanlık general Ulysses Grant'tan Philip Sheridan'a geçmiştir. Eylül 1866'da Teksas'taki Fort Martin Scott karakoluna giden Sheridan Kızılderili baskınlarını durdurmak için burada üç ay kalmıştır.. Kızılderililere önyargılı yaklaşan ve yaşamı boyunca onları büyük bir düşman olarak gördüğü bilinen general Philip Sheridan, Kızılderililere olan yaklaşımını "The only good Indian is a dead Indian" («En iyi Kızılderili, ölü Kızılderilidir») olarak ifade etmiş ve bu söz daha sonra deyimleşerek yayılmış, kendisi reddetse de onun siyasi muhalifleri bu sözünden dolayı eleştirmişlerdir.

Ağustos 1867'de "Department of the Missouri" bölümünün yönetimi Grant'tan Sheridan'a geçmiş ve Büyük Ovaları sakinleştirmesi istenmiştir. Emrindeki askerlerden ayrıca, eyalet milisleriyle de desteklenen ordusu gerçek bir etkiye sahip olmak için çok ince yayılım göstermiştir. Sheridan'ın her zamanki stratejisi Kızılderililerin kışlık erzakları korumak için bir araya geldiği kış mevsiminde saldırmaktır. 1868–69 Kış Kampanyası olarak Şayen, Kayova ve Komançi kabilelerine kışın ilk çeyreğinde saldırıp, erzak ve hayvanlarına el koyup zorla rezervasyonlara kapatmıştır. Bu kampanyanın bir parçası olarak 1868 yılında yarbay George Armstrong Custer ve 7. Süvari Washita Nehri Muharebesi 'nde Şayen reisi Black Kettle'ın kampına saldırıp çoluk çocuk dahil herkesi katletmiştir. 23 Ocak 1870 tarihindeki Marias Katliamı emri de bizzat Sheridan tarafından verilmiştir ve bu katliamda masum Karaayakların kampı kış sabahı askerlerce basılmış ve çoğu kadın ve çocuk 173 Kızılderili katledilmiştir.

1875'te Dakota'daki altına hücum sırasında Beyazların Lakota Siyularının topraklarındaki Black Hills (Lakotaca "Pahá Sápa") bölgesine doluşması üzerine Siyu savaşlarının son serisi olan Büyük Siyu Savaşı (1876–77) patlak vermiştir. ABD Ordusu altın aramaya gelen bu beyaz madencileri Lakota avlakları dışında tutmamış, Lakota Siyularının antlaşmalardan doğan hakları gereği mütecaviz madencilere henüz saldırmadan ordu hemen harekete geçmiştir. 1876'da, birkaç kararsız karşılaşmadan sonra, General George Custer Lakotaların ana kampını ve onların müttefiklerini Little Bighorn Muharebesi yapılan alanda bulmuştur. Custer ve adamları geçmişte birçok Kızılderili öldürmüş olduklarından oldukça deneyimli ve avantajlı durumda idiler ve ana gövdeden ayrılırlar. Fakat Çılgın At ve Oturan Boğa liderliğindeki Kızılderililer Custer ve adamlarını yenilgiye uğratırlar. Custer ve adamlarının bu yenilgisi batı Kızılderili savaş tarihinin en popüler bölümüdür ve bu savaş Anheuser-Busch adlı Amerikan bira şirketinin reklamlarıyla kışkırtılmıştır. Bu girişimci bira şirketinin "Custer's Last Fight" («Custer'ın Son Dövüşü») adlı dramatik baskı resimleri reklam olarak Vahşi Batı'nın saloon'larında asılmıştı.

Daha sonra 1890 yılında Güney Dakota'daki Wounded Knee Kızılderili rezervasyonunda Kuzey Lakotalarının Hayalet Dansı âyini yayılınca bunu bastırmak için ABD Ordusu harekete geçer. 29 Aralık günü saldıran ordu çoğu yaşlı erkek, kadın ve çocuklardan oluşan 300 kadar Kızılderiliyi katleder ve bu katliam Wounded Knee Katliamı olarak bilinir. Saldırıda ölen 2