sonra yayından kaldırılacağını düşünenlere bölüm sonunda çıkan kısa bir yazıyla cevap vermektedirler. Bu yazı şöyledir:

""Bu bölüm, Babil Projesi'nin başarısız olacağını düşünen herkese ithaf edilmiştir. İnanç başarır.""

1994 ile 1998 yılları arasında yayınlanan Babylon 5, toplam 5 sezon ve 110 bölümden oluşmaktadır. Dizinin her sezonunda 22 bölüm bulunur. Pek çok dizinin aksine Babylon 5, bölüm isimlerinin yanı sıra sezon isimlerine de sahiptir. Dizinin her sezonu, kurgusal Babylon 5 evrenindeki bir yılı anlatır. Dizi, tüm bölümler yazıldıktan sonra çekilmeye başlandığı için, sezonları arasındaki bağ oldukça güçlü ve sağlamdır.

1. sezon, 1993 yılında yayınlanan adlı pilot filmin bittiği noktadan devam eder. 1. sezon, 26 Ocak 1994'de başlayıp 3 Ekim 1994 tarihinde sona ermiştir. İlk sezonda, Babylon 5 Üssü'nün komutanlığını Jeffrey Sinclair üstlenmektedir. Dünya-Minbari Savaşı'nda da etkin görev yapmış olan Sinclair, bu savaş esnasında Minbariler tarafından kısa bir süreliğine esir alınmıştır. Sinclair, esir alındığı süre boyunca neler yaşadığını hatırlamamaktadır. Bu gizemli durumun varlığı, sezonun sürekleyici unsurlarından biri haline gelir. Öte yandan, izleyiciye ırkların ve karakterlerin tanıtıldığı bu sezon, diğer sezonlara oranla daha yavaş tempoda ilerler. Epsilon III gezegeninde keşfedilen üstün teknoloji, Babylon 4 Üssü'nden gelen yardım çağrısı, Irkların birbirleriyle ilişkileri, Minbari büyükelçisi Delenn'in sırları ve fiziki dönüşümü, Dünya İttifakı Başkanı Luis Santiago'ya yönelik gerçekleştirilecek olası suikaste dair işaretler ve Gölgeler ırkının Morden aracılığı ile yavaş yavaş ortaya çıkması sezonu besleyen en önemli konulardır.

2. sezon, 2 Kasım 1994'de başlayıp 15 Ağustos 1995 tarihinde sona ermiştir. Komutan Sinclair, Babylon 5'ın komutasından alınarak Minbar gezegenine büyükelçi olarak tayin edildiğinden, Babylon 5'ın komutanlığına John Sheridan getirilmiştir. Sinclair'in görevden alınmış olması Babylon 5 İstasyonu'nda genel bir huzursuzluğa neden olmuştur. Ama Sheridan, bunun üstesinden gelebileceğine ve her şeyi tekrar eski düzenine döndürebileceğe emindir. Diğer taraftan güvenlik şefi Garibaldi'nin sağlık sorunu, G'Kar'ın kayıp oluşu ve Delenn'in ise girdiği koza durumundan henüz çıkamaması yeni sezonun işlediği ilk konuları oluşturur. Böylesi bir curcunanın içine düşen Sheridan, burada işlerin sandığı kadar kolay yürütülemeyeceğini fark eder. Psi Birliği'nin Babylon 5 ile yakından ilgilenmeye başlaması, Centauri İmparatoru'nun üs ziyareti, Delenn'in Gri Konseyi ile yaşadığı sorunlar, kamuoyunda Babylon 5'in tartışılmaya açılması, Gölgeler ırkına dair bilinmeyen gerçeklerin ortaya çıkışı, Narn-Centauri Savaşı ve ilk kez bir Vorlon'un biyolojik kıyafeti olmaksızın görünmesi gibi konular, 2. sezonun ana hatlarını oluşturur.

3. sezon, 6 Kasım 1995'de başlayıp 22 Eylül 1996 tarihinde sona ermiştir. Bu sezonda Gölgeler ırkı artık açıktan saldırılar yaparak galaksiye korku salmaya başlar. Gölgeler'e karşı savaşmak üzere ırkların bir araya gelmesi gerekliliği doğacaktır. Ama pek çok ırk, Gölgeler'le savaşmaya çekinmektedir. Bu sorunun halledilmesi ve birlikteliğin sağlanması gitgide önem kazanmaya başlar. Öte yandan Gölgeler ile yapılacak savaşta Kadim ırkların bilgeliğine ve güçlerine ihtiyaç duyulur. Bu nedenle söz konusu ırklarla temas kurma çabaları başlar. Minbari-Vorlon ortak teknolojisiyle üretilmiş olan ve Akyıldız adı verilen savaş gemileri de ilk kez günyüzüne çıkacaktır. Ayrıca Dünya İttifakı Başkanı Clark'ın sıkıyönetim ilan etmesi, geniş çaplı bir kargaşanın yaşanmasına neden olmuştur. Babylon 5 İstasyonu da bu kargaşadan nasibini alır. Dünya İttifakı yetkilileri, sıkıyönetim süresi boyunca üssün güvenliğinden "Gece İzleyicileri" örgütünün sorumlu olduğunu açıklarlar. Bu karar başta Güvenlik Şefi Garibaldi olmak üzere herkesi huzursuz eder. Yetkiyle donatılan Gece Bekçileri ise, derhal işe koyulmaya ve üsde despotizm yaratmaya başlamıştır. Dünya İttifakı Başkanı Clark, sıkıyönetim kararına uymayan Mars Kolonisi'nin bombalanmasını emreder. Bu harekat binlerce masum insanın ölümüyle sonuçlanmıştır. Başkan Clark'a ve yönetimine direnen General Hague önderliğinde gizli bir yapılanma oluşur. Babylon 5 yetkilileri de bu yapılanmaya destek verir. Clark yönetimi güçlerinin üsse saldırması ise bir başka heyecan verici gelişmedir. Bunun üzerine Komutan John Sheridan, Dünya İttifakı'nın mevcut siyasi yönetimini tanımadığını ve yönetim değişene kadar Babylon 5'ın bağımızlığını ilan ettiğini duyurur.

Kolcular Birliği'nin önderliğine yükselen (Entil'Zha) Jeffrey Sinclair'in kısa süreli geri dönüşü, Babylon 4 İstasyonu'na dair gizemin ortaya çıkışı, Gölgeler gemilerinin telepatlar tarafından etkisiz hale getirilebildiğinin fark edilmesi, Entil'Zha görevine Jeffrey Sinclair'in ardından Delenn'in gelişi, Gölgeler ırkının saldırılarını iyice arttırması ve John Sheridan'ın Gölgeler ırkının anavatanı olan Zha'Dum'a gitme kararı alması 3. sezonun belli başlı konularını oluşturur.

4. sezon, 4 Kasım 1996'da başlayıp 27 Ekim 1997 tarihinde sona ermiştir. Herkes Komutan John Sheridan'ın Zha'Dum'da öldüğünü düşünmektedir. Büyükelçi Delenn ve Susan Ivanova, Bağımsız Dünyalar İttifakı'nı Sheridan için bir araştırma operasyonu düzenlemeye ikna edemezler. İttifak temsilcileri, Sheridan'ın öldüğüne inanmakta, yapılacak bir operasyonun gereksiz ve tehlikeli olduğunu düşünmektedirler. Öte yandan Centauri İmparatoru Cartagia, kişisel güç ve ihtirasları uğruna Gölgeler'le bir anlaşma yapmıştır. Bu durum Mollari'nin tepkisini çeker ve Vir'in yardımını da alarak İmparator Cartagia'yı ortadan kaldırmaya karar verir. Vorlonlar, kurdukları büyük savaş filosuyla Gölgeler'in politikasına alet olmuş tüm kolonileri teker teker yok etmeye başlar. Babylon 5 İstasyonu, bu kolonilerden kaçan mültecilerle dolup taşmaya başlamıştır. John Sheridan Vorlonlar'ın bu hamlesini sona erdirmeye çalışacaktır. Babylon 5 güçleri, Vorlonlar'ın Cariana 6 gezegenine bir saldırı düzenleyeceği bilgisine ulaşır. Söz konusu gezegende 6 milyar zeki canlı yaşamaktadır. Sheridan'ın, ne olursa olsun böylesi bir katliama izin vermeye niyeti yoktur. Bağımsız Gezegenler Topluluğu'nun da tam desteği alınarak büyük bir filo oluşturulur. Asıl amaçları, yem taktiği uygulayarak Gölgeleri de Cariana 6 bölgesine çekmektir. Böylelikle Vorlonlar ile Gölgeler'in birbirleriyle çatışması sağlanacaktır.

Babylon 5 ittifakı güçlerinin taktiği işe yarar ve Vorlonlar ile Gölgeler büyük bir çatışmaya girerler. İttifak güçleriyse her iki tarafa da saldırılar düzenlemeye başlar. Bu karmaşa devam ederken bir Vorlon gemisi Cariana 6 gezegenini yok etmek için harekete geçer. Bunun üzerine Sheridan kadim ırklara savaşa müdahil olma çağrısı yapar. Çağrıya karşılık veren 5 kadim ırk, savaş alanına gelerek Vorlon gemisini etkisiz hale getirir. Gölgeler ve Vorlonlar, bu kararlı direniş karşısında geri dönmemek üzere galaksiyi terkederler. Artık savaş bitmiş ve galaksi genç ırklara kalmıştır. Öte yandan, Delenn, Mollari ve G'Kar, diğer bağımsız dünyalar topluluğu üyeleriyle önemli ve tarihi bir karara varırlar. Bu karara göre, tüm galakside barışı ve huzuru sağlayacak olan geniş kapsamlı bir örgüt kurulacaktır. Bu örgütün başına ise John Sheridan getirilir. Böylelikle Yıldızlar İttifakı da doğmuş olur. Bu gelişmelerin yanı sıra, Centauri İmparatoru Cartagia'nın öldürülmesi, Londo Mollari'nin Centauri Başbakanı ilan edilmesi, Centauri güçlerinin Narn anayurdundan çekilmesi, Dünya Başkanı Clark'ın Babylon 5 aleyhinde başlattığı kara propaganda, Mars direniş hareketi, Sheridan ile Delenn'in evliliği, G'Kar'ın dini bir kişiliğe dönüşmesi, kayıp olan Garibaldi'nin bulunması ve eski kişiliğini kaybetmesi, Minbariler arasında iç çatışmanın çıkması, Babylon 5 güçlerinin Clark yönetimine savaş açması, Garibaldi'nin kurduğu tuzak sonucu John Sheridan'ın Clark yönetimi güçlerince yakalanması ve arkadaşları tarafından tutsak edildiği yerden kaçırılması, Başkan Clark'ın intihar etmesi ve faşist yönetimin sona ermesi gibi konular, 4. sezonun ana temasını oluşturur.

5. sezon, 21 Ocak 1998'de başlayıp 25 Kasım 1998 tarihinde sona ermiştir. Dizinin 5. ve son sezonunda üssün komutanlığına Susan Ivanova'nın yerine Elizabeth Lochley getirilir. Elizabeth Lochley, dizinin son bölümüne değin komutanlık görevini sürdürecektir. Sezon genel olarak, savaşın sona ermesiyle oluşan manzarayı ele alır. Böylesi büyük bir savaşın ardından tüm ırklar derin yaralar almış ve toparlanmaya çalışmaktadır. Öte yandan kimliği belirsiz güçlerin, rastgele saldırılar düzenlemesi politik ortamın gerilmesine neden olur. Bu saldırılar sonrası çoğu uygarlık birbirlerini suçlamaya başlayacak ve bu durum galaksideki düzen ortamını tehdit edecektir. Saldırıların ardından Centauri güçlerinin olduğunun anlaşılması, Centauri İmparatorluğu'nun Yıldız İttifakı'ndan çıkarılması, Yıldız İttifakı'nın Centauri İmparatorluğu'na savaş açması, Drazi ve Narn güçlerinin Centauri Başgezegeni'ni bombalaması, Drazi ve Narn gemilerinin saldırısına uğrayan Centauri İmparatorluğu'nun ağır hasara uğraması, Londo Mollari'nin İmparator olması, Gölgeler İttifakı üyesi karanlık ırkların Centauri İmparatorluğu üzerindeki hakimiyeti, Psi Birliği'nin rahatsız edici varlığı, G'Kar ile Lyta Alexander'ın keşif yolculuğuna çıkışı, bağımsız telepatlar sorunu, John Sheridan ve Delenn'in Minbar'da yapımı tamamlanan yeni ittifak merkezine yerleşmeleri, Lenier'in ihaneti ve John Sheridan'ın kendisine biçilen ömrün sonuna gelişi, 5. sezonun öne çıkan konuları arasındadır.

5. sezon boyunca dizinin müzikleri Christopher Franke tarafından bestelendi ve eleştirmenlerin takdirini topladı. Babylon 5, müziklerinin özgünlüğü sayesinde çağının diğer bilimkurgu dizilerinden kolayca ayırt edilebilen bir karaktere kavuşmuştur. Christopher Franke, her bölüm için yaklaşık 25 dakikasını ayırıyordu. Besteleri esnasında, çoğu zaman bir müzik kayıt ve işleme yazılımı olan Cubase adlı programdan faydalanmış; ancak karmaşık ve daha zor besteler için farklı yöntemler kullanmışt