değişimler, disülfür oluşumu, fosforilasyon ve glikozilasyonlar gibi, genelde birincil yapının parçası sayılırlar ama gen dizisi okunarak bunların varlığı gösterilemez.

Proteinlerde ikincil yapı, çok düzenli yerel alt yapılardır. Alfa sarmal ve beta yaprak olarak adlandırılan iki ana ikincil yapı tipi, 1951'de Linus Pauling ve arkadaşları tarafından önerilmiştir. Bu ikincil yapılar, protein omurgasındaki atomlar arasındaki hidrojen bağı örüntüleri ile tanımlanır. Düzenli bir geometriye sahiptir, Ramachandran grafiğinde belli ψ ve φ açıları ile kısıtlanmıştır. Alfa sarmal ve beta yapraklar, peptit omurga üzerindeki hidrojen bağı verici ve alıcılarınının doymasını sağlayan yerel yapılardır. Proteinlerin bazı kısımları yapılıdır ama düzenli değildir. Bu kısımlar rastgele sarım ile karıştırılmamalıdır; rastgele sarım, belli bir sabit üç boyutlu yapıya sahip olmayan, katlanmamış polipeptit zinciridir. Birbirini izleyen birkaç ikincil yapı bir "süperikincil birim" oluşturabilir.

Üçüncül yapı, tek bir protein molekülünün üç boyutlu yapısıdır. Alfa sarmal ve beta yapraklar kompakt bir yapı oluşturacak şekilde katlanırlar. Bu katlanma hidrofobik etkileşimler (hidrofobik kalıntıların sudan uzaklaştırılması) tarafında yönlendirilir ama yapının stabil olabilmesi için spesifik üçüncül etkileşimlerle (tuz köprüleri, hidrojen bağları, disülfür bağları ve yaz zincirlerin sıkı istiflenmesi gibi) bir protein bölgesinin kısımlarının yerinin sabitlenmesi gerekir.

Dördüncül yapı birkaç protein veya polipeptit zincirinin (bu bağlamda bunlara protein altbirim denir) bir araya gelmesinden meydana gelen büyük bir toplaşmadır. Dördüncül yapı, üçüncül yapıyı stabilize eden, kovalent olmayan bağlar ve disülfür bağları tarafından stabilize edilir. İki ve daha çok (yani mültipl) polipeptitten oluşan kompleksler mültimer olarak adlandırılır. Daha spesifik olarak, böylesi bir yapı eğer iki altbirimden oluşuyorlarsa "dimer", üç altbirimden oluşuyorlarsa "trimer", ve dört altbirimden oluşuyorlarsa "tetramer" olarak adlandırılır. Altbirimler genelde birbirlerine simetri işlemleri ile ilişkilidir, örneğin bir dimerde iki katlı bir simetri ekseni vardır. Birbirinin aynı altbirimlerden oluşan mültimerlere değinirken "homo-" öneki kullanılır (örneğin bir "homotetramer"), farklı altbirimlerden oluşanlar için ise "hetero-" öneki kullanılır (örneğin bir "heterotetramer", iki alfa ve iki beta zinciri olan hemoglobinden bahsederken). Çoğu proteinin dördüncül yapısı yoktur ve monomer olarak işlev görür.

Proteinlerden bahsederken sıkça aşağıdaki yapısal birimlere değinilir.

Ökaryotik sistemlerde yüzbinlerce farklı protein ifade edilmesine rağmen, bundan çok daha az sayıda farklı bölge, yapısal motif ve katlama vardır. Bu kısmen evrimin bir sonucudur, çünkü genler ve gen parçaları çiftlenebilir veya genom içinde yer değiştirebilir. Bu demektir ki, örneğin, bir protein bölgesi bir proteinden bir diğerine taşınabilir ve ikinci proteine yeni bir fonksiyon kazandırabilir. Bu tür mekanizmalar nedeniyle, yolaklar ve mekanizmalar farklı proteinlerde yeniden kullanılabilir.

Rastgele sarım şeklinde olan bir polipeptit katlanarak kendisine has üç boyutlu yapısını elde eder.

Protein Data Bank adlı veritabanındaki protein yapılarının yaklaşık %90'ı X-ışını kritalografisi ile belirlenmiştir. Bu yöntem, (kristalleşmiş) bir proteindeki elektron dağılımının üç boyutlu (3B) yoğunluğunu ölçmeyi sağlar ve dolayısıyla tüm atomların 3B koordinatlarının belli bir çözünürlük ile çıkarımı mümkün olur. Yapısı bilinen proteinlerin yaklaşık %9'u Nükleer Manyetik Rezonans ile elde edilmiştir. Proteinin ikincil yapı bileşimi dairesel dikroizm veya ikili polarizasyon interferometrisi ile belirlenebilir. Kriyo-elektron mikroskopisi de bazı durumlarda protein yapısının yüksek (5 angstromdan düşük) çözünürlükle belirlenmesi için kullanılan bir yöntem olarak gelişmektedir. Bu yöntem özellikle çok büyük protein komplekslerinin (virüs kılıf proteinleri gibi) yapısının anlaşılması için hâlen mevcut olan tek yoldur.

Protein yapıları, benzerliklerine veya ortak evrimsel kökene dayanarak sınıflandırılabilir. SCOP ve CATH veritabanları iki farklı protein yapısal sınıflandırması sunmaktadır.

Bir protein dizisini üretmek, bir proteinin yapısını çözmekten çok daha kolaydır. Ancak, bir proteinin yapısı onun işlevinin çok daha iyi anlaşılmasına olanak verir, sadece onun dizisini bilmeye kıyasla. Dolayısıyla, bir proteinin dizisinden yola çıkararak onun yapısının hesaplamalı (berimsel) öngörüsü için çeşitli yöntemler geliştirilmiştir. Temel ilkelerden ("Ab initio") öngörü yöntemleri sadece proteinin dizisini kullanır. İplik geçirme (İng. "Threading") ve homoloji modellemesi yöntemleri kullanılarak, evrimsel ilişkili proteinlerin deneysel olarak çözülmüş yapılarına dayanarak bilinmeyen bir proteinin 3B modeli yapılabilir.

Protein yapısının çeşitli cepheleri hakkında çalışan araştırmacılara yardımcı olan yazılımlar mevcuttur. Bu araştırmalarda gereken en temel işlevsellik, yapı görüntülemesi sağlamaktır. Protein yapısının analizi yapıları hizalayan yazılım ile kolaylaştırılır. Belli bir protein dizisi için yapı bilinmiyorsa, bilinen protein yapılarına dayanarak onun yapısını öngören veya modelleyen yazılımlar kullanılabilir. Ayrıca, model veya öngörü yapıları varsa, onlarda hata kontrolü yapmak için, protein konformasyonel değişimlerini öngörmek, veya substrat bağlanma konumların öngörmek için yazılımlar vardır.








Robyn (anlam ayrımı)

Robyn, İsveçli bir şarkıcıdır. Şu anlama da gelebilir:





Amerika Birleşik Devletleri federal hükûmeti

Birleşik Devletler'in federal yönetimi, Amerika Birleşik Devletleri'ni oluşturan 50 eyaletin ait olduğu anayasal cumhuriyetin millî yönetimidir. Federal hükûmet (veya yönetim), üç organdan oluşur: yasama, yürütme ve yargı. Bu dallar ve onların güçleri Amerika Birleşik Devletleri Anayasası içinde belirtilmiştir; güçler hakkında daha çok ayrıntı, Kongre tarafından yürürlüğe geçirilen kanunlarda belirtilir.

Birleşik Devletlerin yönetim merkezi Washington, DC'de yer alır, bu coğrafi bölge hiçbir eyalete ait değildir. Bu yüzden Amerika Birleşik Devletleri federal hükûmeti için "Washington" tabiri yaygın olarak kullanılır.

Bu metinde "hükûmet" sözcüğü "bakanlar kurulu" anlamında değil, bir ülkeyi yöneten kuruluşlar anlamında, ve "yönetim" sözcüğü ile eş anlamlı kullanılmıştır.

Birleşik Devletler hükûmetinin ana hatları anayasasında özetlenmiştir. Hükûmetin 1789'da kurulması ile ABD, dünyanın ilk modern millî anayasal cumhuriyetlerinden biri olmuştur.

Amerika Birleşik Devletleri Anayasası'nda belirtildiği üzere, Birleşik Devletler hükûmeti federalizm esası üzerine kurulmuştur, siyasi güç, federal hükûmet ile eyalet hükûmetleri arasında bölüşülmüştür. Amerikan federalizminin ayrıntıları (federal hükûmetin hangi güçlere sahip olması gerektiği ve bu güçlerin nasıl uygulanması gerektiği de dahil olmak üzere), Anayasa'nın kabulünden beri tartışılagelmiştir. Bazıları kapsamlı bir federal gücü savunurken, başkalarınin görüşüne göre, kişiler, eyaletler ve diğer tanımlanmış varlıklara kıyasla, merkezi hükûmet daha sınırlı bir role sahip olmalıdır.

Amerika Birleşik Devletleri İç Savaşı'ndan beri, federal hükûmetin gücü genelde artmıştır. Ancak, yasama organının daha baskın olduğu belli dönemler de olmuştur (örneğin, İç Savaşı takip eden on yıllarda). Keza, yasama, yürütme erki veya anayasa ilkelerinin hâkimlerce yorumlanması yoluyla, eyalet hakları savunucularının federal gücü sınırlamayı başardığı dönemler de olmuştur.

Amerika Birleşik Devletleri Anayasası'ndaki kuramsal esaslardan biri, Amerikan hükûmetinin üç organının (yürütme, yasama ve yargı) güçleri ve sorumlulukları arasında "kontrol ve dengeler" (İngilizce tabiriyle ""checks and balances"") olmasıdır. Örneğin, Kongre (yasama organı), yasa yapma gücüne sahip olmasına karşın, yürütme (Başkan) herhangi bir yasayı veto edebilir, onun bu eylemi de Kongre tarafından geçersiz kılınabilir. Başkan ülkenin en yüksek yargı otoritesine (Anayasa Mahkemesi) hâkimleri atar, ama atanan bu hâkimlerin Kongre tarafından onaylanması gerekir. Anayasa Mahkemesi de, Kongre tarafından geçirilen herhangi bir yasayı "anayasaya aykırı" bulup geçersiz kılabilir. Bu ve diğer örnekler aşağıdaki metinde incelenmektedir.

Amerika Birleşik Devletleri Kongresi, federal hükûmetin yasama organıdır. Kongre çift meclislidir, Amerika Birleşik Devletleri Temsilciler Meclisi ve Senato'sundan oluşur.

Anayasa, Kongre'ye çeşitli güçler vermiştir. I. Maddenin 8. Bölümünde sıralandığı üzere, bunlar, vergi koyma ve toplama; para basma ve değerini düzenleme; kalpazanlık için ceza belirleme, posta hizmetleri ve yollar sağlamak, patent vermek yoluyla bilimin gelişmesini teşvik etmek, Anayasa Mahkemesi'nden altında yer alan mahkemeleri kurmak, korsanlık ve ağır suçlara karşı savaşmak; savaş ilan etmek; ordular kurmak ve onu idame ettirmek; donanma kurmak ve onu idame ettirmek; kara ve deniz güçlerinin düzenlenmesi için kurallar yapmak, milis güçlerini finanse etmek, onları silahlandırmak ve onların disiplinini sağlamak; Columbia Bölgesi ("District of Columbia") için özel yasa yapmak, ve kendisine ait bu güçleri uygulayabilmek için gerekli kanunları yapmaktır. Birleşik Devletler'in kurulduğundan beri geçen iki yüzyılı aşkın süre zarfında federal hükûmet organlarının güçlerinin sınırları hakkında pek çok ihtilaf çıkmıştır. Bu ihtilaflar çoğu zaman davaların konusu olmuş ve en nihayetinde Amerika Birleşik Devletleri Anayasa Mahkemesi'nde çözümlenmiştir.

Temsilciler Meclisi (İng. "House of Representatives") hâlen 435 temsilciden oluşur, bunların her biri bir kongre bölgesini ("congressional district") temsil eder. Her eyaletin Meclis'te sahip olduğu temsilci sayısı, o eyaletin Amerika Birleşik Devletleri Nüfus Sayımı ile belirlenmiş olan nüfusuna dayalıdır. 435 temsilcinin hepsi ikişer yıl görev yapar. Her eyaletin Meclis'te en az bir temsilcisi olmalıdır. Temsilci seçilebilmek için bir kişinin en az 25 yaşında olması ve en az yedi yıldır Amerika Birleşik