rmacıların kabul ettiğine göre, Osmanlı İmparatorluğu'ndaki ilk matbaa, Yahudiler tarafından "Kuşta"da yani İstanbul'da kurulmuştur. Araştırmacıların uzlaşamadığı konu basılan ilk eserin tarihidir. Binlerce kâtip ve hattatın işsiz kalma riski bulunduğundan Arapça harflerle basım yapılmasına izin verilmiyor, baskılar İbranice veya Latince yapılıyordu.

Osmanlı topraklarındaki ilk matbaanın kurucuları David ve Samuel ibn Nahman isimli iki Yahudiydi. Basılan ilk kitap Toledolu din bilgini Yakub ben Asher'in Sefer Aturim le Ribi Yaakov ben Arosh isimli eseriydi. Bu eserin basım tarihi Abraham Galante ve Adri K. Offenberg'e göre 13 Aralık 1493, Rosanes'e göre 1503/1504, "Yahudi Ansiklopedisi"ne göre 1503, Abraham Ya'ari ve modern Yahudi bibliyografyanın babası kabul edilen Moritz Steinschneider'a göre 1504'tür.

1512 yılında David Nahmias tarafından basılan "Midraş Teilim - Vegam Nikra: Midraş Şahar Tov Yakar Mipeninim" isimli eserde "Efendimiz Kral Sultan Bayezid hükümranlığı altında basılmıştır. Tanrı krallığını ve kendisini yüceltsin" ibaresi bulunmaktadır.

Hristiyan ülkelerdeki gibi kiliselerin baskısının bulunmaması nedeniyle 16. yüzyıldan 18. yüzyıla kadar İstanbul, İbranice matbaanın merkezi haline geldi.

İspanya ve Portekiz'den gelip Osmanlı İmparatorluğu'na yerleşen Yahudi topluluklar genel olarak köklerine veya geldikleri bölgelere göre cemiyetlere ayrılmıştı. Her bir cemiyet kendi içinde özerk olup kendi hahamları, öğretmenleri, Talmud Tora ve Hevra Kadişa gibi dinî kurumları, hayır kuruluşları ve hatta bazen Bet-Dinleri vardı. Sırf İstanbul'daki cemiyetlerin sayısı 30 ila 40 arasında olup şehrin Yahudi nüfusu 50.000 civarındaydı. Cemiyetlerin sinagoğu Büyük Bet-Din anlamına gelen "Bet-Din HaGadol"a bağlıydı Hahambaşılık makamının sadece bir cemiyeti ya da bazı cemiyetleri mi yoksa tüm Osmanlı Yahudilerini mi temsil ettiği tam olarak bilinmese de, fiilî olarak Osmanlı Sarayı nezdinde Moşe Kapsali veya Eliyahu Mizrahi gibi İstanbul Hahambaşılığı ülkedeki bütün Yahudilerin muhatabıydı. İmparatorlukta, bir cemiyetin başka bir cemaate ya da bir dinadamının başka bir dinadamına üstünlüğü söz konusu değildi. Saray nezdindeki Hahambaşılık makamı 1520'lerde fiilen sona erdi.

Hem responsalardan hem de seyyahların ifadelerinden, Osmanlı İmparatorluğu'nun iç, dış, kara ve deniz ticaretindeki Yahudi mevcudiyeti anlaşılmaktadır. Yahudilerin uğraştığı başlıca ticaret kalemleri tekstil ve giyim eşyası, deri eşya ihracatı, yün ticareti, tekstil boya maddeleri ihracatı, doğudan ithal edilen ipek, inci, mücevherat ve baharatın batıya ihracatı, maden ve metaller ile hafif hırdavat ticareti ve gıda maddeleri alım satımı idi.

Yahudiler istedikleri yere seyahat edebiliyor, evde veya sokakta özgürce çalışabiliyorlardı. Yahudiler dindaşlarına dilencilik yaptırmıyor, evden eve giderek, topladıkları parayla fakirlerini geçindiriyorlardı.

Sokullu Mehmed Paşa'nın 12 Ekim 1579'da hançerlenerek öldürülmesiyle Osmanlı İmparatorluğu duraklama dönemine girdi. 16. yüzyılda Osmanlı hâkimiyetinde altın çağını yaşayan Osmanlı Yahudileri, 17. yüzyılda kültürel ve ekonomik anlamda çöküşe geçti. Bernard Lewis'e göre Yahudilerin gerilemesinin sebebi "tırmanan ayrımcılık, azalan hoşgörü, vahimleşen maddi ve fikrî fakirlikti". Osmanlı Yahudilerinin Avrupa ile temasları azaldı ve bu nedenle yeni gelişmelerden haberdar olunmamaya başlandı. Ayrıca, Avrupa'da kullanılan İspanyolca yerine Yahudilerin dillerinin Ladinoya dönüşmesi ve Latin alfabesi yerine İbrani alfabesinin kullanılması hem ticari hem kültürel ilişkilere darbe vurdu. Sarayda yüksek mevkilerde bulunan Yahudi doktorlar yerlerini zamanla siyasette uzmanlaşan Rum doktorlara bıraktı, Avrupa'nın desteğiyle de ticaret Hristiyan azınlığın eline geçti.

Sabetay Sevi olayıyla Yahudiler düş kırıklığına uğrarken, hahamların etkisi o zamana kadar görülmemiş şekilde arttı.

Yahudilerin Saray'daki nüfuzu o kadar azalmıştı ki, IV. Murad, Yahudi Cemaati Başkanı Rabbi Yehuda Kovo'yu basit bir nedenle idam etme kararı verdiğinde Saray nezdinde bunu durdurabilecek bir cemaat lideri bulunamadı.

7 Temmuz 1626 tarihinde (İbrani takvimine göre 9 Av 5386'da) Mora'dan İzmir'e göç eden Aşkenaz bir ailede doğan Sabetay Sevi, küçük yaşta din kitaplarına merak sardı. 15 yaşına geldiğinde, "öğrenmekten çok öğretecek" kapasiteye gelen Sevi, Tevrat ve Talmud'u ezbere biliyor, Kabala'yı inceliyor ve Zohar ile ilgileniyordu. Mesianik fikirlerinin oluşmasında Isaac Luria'nın da etkisi oldu. Kabalistik çalışmalara göre 5408'de (1648'de) geleceğine inanılan mesihin kendisi olduğuna inanan Sevi, bu amaca hazırlanıyordu.

Dinen söylenmesi günah olan Tanrı'nın adını İzmir sinagoglarında ve sokaklarında bağırmaya başlayıp mesih olduğunu iddia etmeyi sürdürünce 1651'de İzmir'den kovulması kararlaştırıldı.

İki kere evlenmesine rağmen bekâretini koruyan Sevi, bir daha evlenmeyeceğini ve zaten hâlihazırda Tevrat ile evli olduğunu dolayısıyla mesih olduğunu tekrarlamaktaydı. Selanik'i terk etmek zorunda kalan Sevi, İstanbul'a gelince burada 9 ay barınabildi.

Rüyasında mesihle evleneceğini gördüğünü söyleyen Polonyalı hafifmeşrep bir kadın olan Sara, rüyasını herkese tekrarlamaktaydı. Sara ile evlenen Sevi, bir rivayete göre, fakir Kudüs halkı için topladığı paraları Sara'yı getirtmek ve görkemli bir düğün yapmak için harcamıştır.

Gazzeli Natan isimli bir genç, bir peygamberin ortaya çıkıp mesihin geleceğini haber vermesi inancına dayanarak Sevi'nin mesih, dolayısıyla kendisinin peygamber olduğunu iddia etti. Natan, kurtuluş gününden sonra olacakları şöyle anlatıyordu:
Mesih'in geldiği haberi Orta ve Kuzey Avrupa'da da heyecan yaratmıştı. İstanbul Hahambaşılığı'nın uyarılarına rağmen bir girişimde bulunmayan İzmir Hahambaşılığı'nın durumu kontrol altında tutma çabaları da bir sonuç vermedi. Sevi, sinagoglarda okunan bazı dualarda Sultan'ın adının kullanılıp şükran bildirilmesi gereken geleneği değiştirip kendi adının okunmasını emretti. Yasağa izin veren ve günahı mübah kılan Sevi, 15 Sivan 5426 (18 Haziran 1666)'nın kurtuluş günü olduğunu ileri sürdü.

Sevi'nin etkisi o kadar artmıştı ki Yahudiler dışında bazı Hristiyan ve Müslümanlardan da kendisine inananlar bulunmaktaydı. Örneğin, Bektaşi dervişinin başkanlığında birkaç kişilik Müslüman grubu da Sevi'nin meslihliğini kabul etmişti.

Gerek Saray'a sunulan raporlar doğrultusunda, gerekse İstanbul Yahudi Cemaati'nin şikayetleri sonucunda zincire vurulan Sevi, İstanbul'a getirilip Köprülü Fazıl Ahmed Paşa'nın başkanlığında Divan huzuruna çıkarıldı. Çok daha hafif cezalara idam cezası verilirken Sevi'nin zindana atılması, muhtemelen bir kahraman yaratılmak istenmemesindendir. Sevi'nin nakledildiği Gelibolu'daki Kumkapı kalesi, hücreden çok bir ziyaret yerine dönüştü. Polonya cemaatlerini temsilen gelen zamanın ünlü hahamlarından Nehamya ha-Kohen, "Sabetay ile Mesih arasında herhangi bir ilgi görmediğini" açıkladı.

Bir mucize gerçekleştiremediği takdirde idam edileceğinin bildirilmesi üzerine, Mehmet Efendi adını alan Sevi İslam dinine geçti ve müritleri tarafından adına Aziz unvanı eklendi. Sevi'nin Müslümanlığa geçmesine sevinenler arasında Yahudiler de bulunmaktaydı. İstanbul hahamlarının İzmir Yahudi Cemaati'ne gönderdiği mektupta şöyle yazmaktaydı:
Din değiştirdikten on yıl sonra 17 Eylül 1676'da ölen Sabetay Sevi'nin ideolojisi özellikle üç ülkede gelişti: Türkiye (Selanik, İstanbul ve İzmir), İtalya (Leghorn ve Modena) ve Polonya.

I. Ahmed döneminde, İspanya ile müzakere akdi için gönderilenler arasında Gabriel Buenaventura isimli bir Yahudi de bulunmaktaydı. 1699 Karlofça Antlaşması görüşmelerine katılanlardan birisi de, 1675 yılında İstanbul'a yerleşmiş, Kara Mustafa Paşa'nın özel hekimi İsrael Konegliano'ydu.

Ruslara karşı bir anlaşma önermek için gönderilen İsveç Kralı XI. Charles'ın elçisi ile temas kurması için, Sadrazam Köprülü Mehmed Paşa, Moiz ben Yuda Bebri'yi görevlendirdi. Moiz ben Yuda Bebri'nin ölümünün ardından görevi oğlu Yuda Bebri devraldı.

IV. Murad'ın Eyüp, Galata ve Üsküdar yörelerinde yaptırdığı nüfus sayımına göre 9990 Müslüman, 304 Rum, 17 Frenk, 27 Ermeni ve 957 Yahudi mahallesi bulunmaktaydı. Karay seyyahlardan Samuel ben David (1642) Karayların Haliç'in iki yakasındaki Balat ve Hasköy'de, Benjamen Behar Eli Yeruşalmi ise hemen hemen tamamının Hasköy'de yaşadığını belirtmektedir.

İstanbul'da bulunan İtalyan göçmeni Yahudilerin sinagog ve cemaatleri yakın ilişkide oldukları Sefaradlarla birleşti. 1648 Kmielnitzki katliamından kurtulabilen veya Kazaklar tarafından tutsak alınan Yahudilerin İstanbul Yahudi Cemaati'nce satın alınarak kurtarılmasıyla İstanbul'a yüzlerce Aşkenaz gelmiştir.

17. yüzyılda İstanbul'un muzdarip olduğu yangınlardan Yahudiler de zarara uğradılar ve başka muhitlere taşınmak zorunda kaldılar. Böylece 16. yüzyılda kullanılan köken-sinagog kavramı 17. yüzyılda ikamet yeri-sinagog kavramına dönüştü. Evliya Çelebi, 22 Mayıs 1606'da Yahudi mahallesinde çıkan yangında binlerce ev kül olunca Yahudilerin Hasköy'e nakledildiğini, Hasköy'ün yerli Yahudileriyle birleşip 11.000 kişilik yirmi cemaat oluşturduklarını nakleder. 1618'de çıkan Bedesten yangını Zeytun Sinagoğu'nu küle çevirince buradaki Yahudiler Ortaköy'e nakledildiler. 2 Eylül 1633 yangınında Yahudi mahallesinde 20.000 kadar ev kül olunca Yahudiler başka mahallelere taşınıp Romanyot sinagoglarına kaydoldular. 24 Temmuz 1660'ta 80.000'den fazla evi harabeye çeviren Büyük İstanbul ve Galata yangınında Dona Gracia Nasi'nin yeşivası da küle döndü. Evleri yananlar, Üsküdar'da Sultan'ın bahçelerinde ağırlandılar.

1618'de Galata'dan başlayıp hızla yayılan veba salgını sırasında Yahudiler Üsküdar'a göç etti. Evliya Çelebi Seyahatnamesi'nde 1625'te Üsküdar'da bir Yahudi mahallesi bulunduğundan bahsedilir.

17. yüzyılda çıkarılan fermanlardan Yahudileri ilgilendirenlerden bazıları şunlardır:

Yeni Ahit'te yazılanlardan anlaşıldığı üzere miladın ilk yıllarında İzmir'de Yahudi nüfusu bulunmaktaydı. 2. veya 3. yüzyıla ait olduğu sanılan bir kitabede "sinagogun anası" diye tanıml