tarafından esir tutulan gayrimeşru çocukları, Anais ve Boussy'i kurtarmak için kendi kişisel savaşını başlatmıştır. Foltest çocuklarını bulduğu sırada kör bir keşiş kılığındaki bir suikastçı tarafından öldürülür. Geralt henüz tepki dahi veremeden kaçan suikastçı Geralt'ı Foltest'ın cesediyle baş başa bırakır. Geralt Temerya askerleri tarafından yakalanıp kral katili damgası yer. Savunmasını dinledikten sonra Roche, Geralt'ın masum olduğuna karar verir ve ceza evinden kaçmasına yardım eder. Bir sahire ve Geralt'ın arkadaşı olan Triss Merigold, Roche ve Geralt birlikte kral katilini aramak üzere Flotsam adlı bir ticaret kasabasına doğru yola çıkarlar.

Flotsam'a ulaştıklarında Geralt, Roche ve Triss Iorveth tarafından pusuya düşürülür. Ama Triss'in yaptığı büyü sayesinde okçulardan kurtulurlar. Geralt suikastçının Scoia'tael (türkçe: "Sincaplar") olarak bilinen Elf isyancıları ile işbirliği içinde olan bir witcher olduğunu öğrenir. Suikastçının başka bir kralı daha öldürdüğü ortaya çıkar. Bu, komşu krallık Aedirn'in kralı olan Demavend adında biridir. Aedirn'e ulaştıklarında Geralt şehir meydanında asılmak üzere olan Zoltan ve Dandelion'u görür. Korumaları ile yapılan savaştan sonra, Flotsam komutanı Loredo belirli koşullar altında onları özgür bırakır ve Geralt'tan konağında onunla buluşmasını ister. Buluşmada Loredo şehrin ticaret yollarını kesintiye uğratan bir canavar olan Kayran'ı öldürmelerini ister. Büyücü Sile de Tansarville yardımıyla Kayran'ı öldürdükten sonra Geralt bir Scoia'tael teğmeni ile hapishanede buluşur. Teğmen kral'ın katilinin Letho olarak bilinen biri olduğunu öne sürer, İddiasına göre Scoia'tael'in lideri olan Iorveth'e ihanet etme amacıyla yapmıştır bunu. Iorveth bunu öğrenir ve Geralt ile birlikte, şimdi de Iorveth'i öldürme planı yapmakta olan Letho ile yüzleşmeye karar verirler. Tam bu sırada Roche bir silahlı bir orduyla çıkagelir. Bu noktada oyunucunun bir seçim yapması gerekir; Eğer Iorveth'e yardım etmeyi seçerse, bu Flotsam'da insan olmayan tüm ırkların kılıçtan geçirilmesine neden olacaktır. Eğer Roch'a yardım etmeyi seçerse, bu  Iorveth'in tutsak edilmesi ve Flotsam'da şölen yapılması ile sonuçlanacaktır..

Oyuncunun seçiminden sonra Geralt Letho ile savaşır ve yenilir. Ama Letho, Geralt'ın geçmişte onun ve witcher birliğinin hayatını kurtardığını öğrenince Geralt'ın hayatını bağışlar. Letho Triss'i kaçırır, ve onu ve kendisini zorla Aedirn'e teleport ettirir. Bu noktada oyuncu bir kez daha Iorveth veya Roche'a yardım etmek arasında bir seçim yapacaktır. Ve bu seçim oyunun 2. bölümünün gidişatını etkileyecektir.

Eğer Geralt Iorveth'e yardım etmişse, Geralt ve Iorveth, Loredo'yu öldürmek veya zindanın kulesindeki Elf kadınları kurtarmak arasında bir seçim yaptıktan sonra Aidern'a doğru yola çıkarlar. Orada, merhum Kral Demavend'ın oğlu Prens Stennis ve Saskia Dragonslayer olarak bilinen isyancı komutan liderliğinde düzenlenen komşu krallık Kaedwen kralı, Kral Henselt ve isyancıların birleşik ordusu arasında geçen bir toplantı vardır.  Bir kavga patlak verir, ama eski bir lanetin yeniden canlanması kavgayı böler ve hayalet askerler insanlara saldırırlar. Geralt ve Iorveth tam bu sırada  oraya gelirler ve Saskia'nın danışmanı olan büyücü Philippa Eilhart'ın da yardımlarıyla Prens Stennis ve Saskia'ya destek olurlar. Sonrasında isyancılar bir toplantı yaparlar. Saskia 3 savaşçı gücü (Prens Stennis'ın emri altındaki kraliyet yanlısı güçler, Vergen kasabasının cüce savaşçıları ve Iorveth'in liderliğindeki Scoia'tael) tek bir savaşçı güç altında toplayıp Kral Henselt'i yenilgiye uğratmak ve sonrasında kendisinin kraliçe olarak yönettiği bağımsız bir ulus oluşumunu ilan etmek niyetindedir. Ancak toplantı tarihi yaklaşırken Saskia zehirlenir.

Geralt'a 2 görev verilir; Saskia'yı iyileştirmek için panzehir formüle etmeye yarayacak malzemeleri elde etmek ve savaş meydanındaki laneti kaldıracak sihirli nesneyi bulmak. Bu arada bir grup köylü Prince Stennis'i Saskia'yı zehirlemekle suçlar. Bu noktada Geralt köylüylerin Prince Stennis'i öldürmesine izin vermekle, (Bu sayede Prince Stennis'in soylu kanı elde edilerek Saskia iyileştirilebilir) bir mahkeme yapılmasına karar vermesi arasında bir seçim yapması gerekir. (Bu durumda Geralt soylu kanı Henselt'ten elde edecek) Geralt'ın yardımıyla Philippa Eilhart Saskia'yı iyileştirmede başarılı olur. Bu arada Geralt, Triss'in Aidirn'e ulaştıklarında Letho tarafından bırakıldığını ve hemen sonrasında Nilfgaard impratorluğunun casusları tarafından kaçırıldığını öğrenir. Ama Geralt kurtaramadan önce Triss Nilfgaard güçleri tarafından Loc Muinne'e götürülür. 

Geralt daha sonra eski savaşı tekrar yaşamak ve laneti sonlandırmak için savaş alanına girer. Lanetin kaldırılmasıyla Kral Henselt ve güçleri Vergen'e saldırırlar, ama isyancılar Kaedweni ordusunu yenilgiye uğratırlar ve Henselt Saskia'nın koşullarını kabul etmek zorunda kalır.

Savaş sırasında, Geralt Saskia'nın aslında insan formunda bir ejderha olduğunu fark eder. Iorveth Saskia'nın tuhaf davrandığını fark eder ve Dethmold'a Saskia'yı yargısız infaz etmesi için emir verir. Ama Dethmold ve Geralt harekete geçmeden önce Philippa Saskia'yı ve kendini Loc Muinne'e teleport eder. Geralt ve Iorveth Philippa'nın büyüyle Saskia'nın zihnini ele geçirdiğini ve onu kontrol ettiğini öğrenirler. Ve ikisinin Philippa'nın peşinden Loc Muinne'e gitmekten başka seçenekleri kalmaz.

Eğer Geralt Flotsam'da Roche'a yardım etmişse, Roche Geralt'a kasabanın komutanı Bernard Loredo'yu Kaedwen için casusluk yaptığından dolayı öldürtür. (Ve bu süreçte Ves, Loredo tarafından tecavüze uğrayan ve loreda'dan bir oğlu olan tutsak bir elf'e yardım etmiş, ama elf'in intihar etmesine engel olamamıştır.) Elf'in çocuğunu bir bakıcıya bıraktıktan sonra Blue Stripe'lar Aiedirn'nin yukarı bölgesine gitmek için yola çıkarlar. Orada, merhum Kral Demavend'ın oğlu Prens Stennis ve Saskia Dragonslayer olarak bilinen isyancı komutan liderliğinde düzenlenen ve komşu krallık Kaedwen kralı, Kral Henselt ve isyancıların birleşik ordusu arasında geçen bir toplantı vardır.

Bir kavga patlak verir, ama eski bir lanet'in yeniden canlanması kavgayı böler ve hayalet askerler insanlara saldırırlar. Geralt ve Iorveth tam bu sırada  oraya gelirler ve , King Henselt'ın da yardımlarıyla Henselt"in iki danışmanı olan sihirbaz Dethmold  ve büyücü Sile de Tansarville'a destek olurlar.

Geralt, Henselt tarafından hem savaş meyanındaki laneti kaldırması için , (Bu sayede Henselt'in askeri gücü Vergen'i işgal edebilecektir.) hem de başka bir büyücü olan ve Henselt'in 3 yıl önce onu lanetlediği için öldürdüğü Sabrina Glevissig'in lanetini kaldırması için görevlendirilir.

Geralt, Bir yandan Triss'i aramaya devam ederken öte yandan kral yanlısı Kaedweni ordusu içinde Henselt'in Nilfgaard ile işbirliği yaptığına inananlar tarafından başlatılmış  bir isyan olduğunu fark eder. Triss'in Nilfgaard casusları tarafından götürüldüğünü öğrenir, ama onlarla karşılaşmadan önce Loc Muinne'den ayrılmışlardır. Geralt, Henselt'in üzerinden Sabrina Glevissig'in lanetini kaldırdıktan sonra Letho ile işbilriği içinde olan  iki witcher, Serrit ve Auckes kralı öldürmeye teşebbüs ederler. Geralt Hendselt'i savunur ve Auckes'u öldürür. Geralt büyü gücünü kullanrak ölü wticher'ın anılarına ulaşır. Bu sayede kralın katilinin şu anda Loc Muinne'de olan Sile de Tansarville ile işbirliği yaptığını öğrenir. Geralt daha sonra savaş alanındaki laneti kaldırır ve kral Vergel'i işgal etmeye başlar. Roche, Kaedweni ordusunun içindeki isyancıların lideri konumuna gelmiştir. Henselt ve Dethmold, Ves dışında (Henselt tarafından tecavüze uğrayan kadın) Roche'un komutası altındaki her bir askeri asar. Geralt ve Roche Henselt'in peşinden Vergen'e giderler. Ama çok geç kalırlar, Sile de Tansarville ve Philippa Eilhart kendinden geçmiş Saskia ile birlikte çoktan Loc Muinne'e kaçmışlardır. Geralt ve Roche geride kalan Kaedweni güçlerini öldürürler ve Geralt'ın bu noktada Roch'un Henselt'i öldürmesine izin verip vermeyeceği ile ilgili seçim yapması gerekir.  

  Sonunda Geralt (Daha önce kime yardım ettiğine bağlı olarak) Iorveth veya Roche ile birlikte Loc Muinne'e ulaşır. Büyücüler Conclave olarak bilinen yeni bir sihirli yönetim kurallarını oluşturmak için Loc Muinne'de bir toplantı için çağrıda bulunurlar. Böylece tüm kraliyet liderleri  Loc Muinne'de buluşurlar. Philippa Eilhart ve Sile de Tansarville kendi iktidarını kurmak için toplantıyı kullanmak niyetindedirler. Ve bir olaylar zincirini tetiklemek için Kral Demavend'in öldürülmesini emrederler. Toplantıda koz olarak hala büyünün etkisinde olan Saskia kullanmak niyetindedirler. Geralt'ın Nilfgaard casuslarının rehin tuttukları Triss ile birlikte  Loc Muinne' de olduklarını fark eder. Eğer Geralt Loc Muinne'e Roche ile gelmişse, Foltest'ın gayrimeşru kızı, Prenses Anais'in Dethmold tarafından kaçırıldığını öğrenecektir.  Ve Triss'i veya Anais kurtarmak arasında bir seçim yapması gerekecektir. Eğer  Geralt Loc Muinne'e Iorveth ile gelmişse, Philippa'nın Redanya kralı, Kral Radovid tarafından yakalandığını ve gözlerinin kör edildiğini öğrenecektir.  Bu durumda Triss'i  veya artık kör olan Philippa'yı kurtarmak arasında bir seçim yapması gerekecektir. (Philippa aynı zamanda Saskia üzerindeki büyüyü kaldırabilecek tek kişidir. )  

Eğer Geralt  Anais'i Roche ile birlikte kurtarmışsa, bu Roche'un intikam almak için Dethmold'u vahşi bir şekilde öldürmesiyle sonuçlanır.  Geralt ve Roche Anais'i Kral Radovid ve Redanyalılara ya da John Natalis ve Temeryalılara göndermek arasında bir seçim yapacaklardır. Eğer Geralt Phillipa'yı kurtarmışsa, Phillipa Hançeri ulaşmaları için Geralt ve Ioverth'e yardımcı olur. Eğer Triss kurtarılmış ise Geralt kime yardım etmiş olursa olsun Nilfgaard elçisi ölür.

Kraliyet liderleri  ve Sile de Tansarville arasındaki toplantı başlar. Eğer Geralt Saskia ve Iorveth'e yardım etmişse, Saskia kendisinin kraliçesi olacağı özgür bir ulus oluşturma planını açıklar. Eğer Geralt  Roche'a yardım etmiş ve Anais'i kurtarmayı seçmiş