çocukları büyük Mahabharata savaşında öldü. Babruvāhana Chitrāngadā'nın babasına verdiği sözden dolayı savaşa katılmamıştı.

Doğru olduğuna inandığı şeyleri yapmakta kararlı olan Arjuna Pandavaların savaşında çok önemli bir rol oynadı.
Kurukshetra savaşından önce, tanrı Krişna Arjuna için endişe duydu, çünkü Karna'nın elinde tanrı Indra'dan aldığı ve Arjuna da dahil kim olursa olsun yok edebilecek güçte olan tanrısal bir silah olan Shakti vardı. Arjuna'ya Tanrıça Durga'ya kendisini korumak için dua etmesini söyledi. Arjuna'nın kısa bir yakarışından sonra Tanrıça Durga belirdi ve savaşta güvende olacağını bildirdi. Krişna aynı zamanda eğer Bhishma Kaurava ordusunun başına geçerse Arjuna'ya karşı savaşmayacağını söyleyen Karna'nın bu hareketinin bir inayet olduğunu söyledi. Fakat Bhishma'nın düşüşünden sonra Karna Kurukshetra savaşında Arjuna'ya karşı savaştı. Bhishma'nın bu davranışının arkasında iki neden var; birincisi kardeşlerin savaşmasını istemiyordu, ikincisi ise Karna onun hocası Parsuram'a hakaret etmişti.

Arjuna başka önemli bir muharebede vahşice öldürülen çocuğu Abhimanyu'nun intikamını almak için Kaurava askerlerinden oluşan büyük bir birliğin tamamını bir günde imha etti. Öldürülen çocuğunun intikamını almak için eğer Sindhu kralı Jayadratha'yı öldüremezse kendisini yakacağını söyleyen Arjuna ona ulaşabilmek için önündeki bütün orduları yok etti.

Arjuna'nın kendi kendisine verdiği bu söz Kaurava kampına şafaktan önce ulaştı. Jayadratha çok korktu ve savaş meydanından kaçmak istedi fakat Duryodhana, Drona, Karna ve Sakuni tarafından kalıp savaşması yönünde ikna edildi. Drona Jayadratha'yı içinden geçilmesi imkansız bir savaş düzeni olan Padmavyuh ile koruyacağına dair söz verdi. Drona Kritvarma ile birlikte kilometrelerce uzunluktaki heybetli bir zırh içerisinde meydanda yer aldı. Bu savaş düzenini gören Jayadratha rahatladı ve kimsenin bu askerleri yarıp kendisine ulaşamayacağını düşündüğü için neşeyle doldu.

Arjuna savaşa muhteşem yayı Gandiva'ya ok sürerek başladı. Drona ile giriştiği düelloda vakit kaybettiğini söyleyen Krişna Drona'yı geçmesini söyledi. Arjuna kabul etti ve Krişna'ya atlıları alıp Drona'yı görmezden gelerek askerleri yarmasını söyledi. Krişna bunu yaparken, Drona Arjuna'dan kendisiyle savaşmaya devam etmesini istedi fakat Arjuna bu isteğini reddeti ve Drona'nın kendisinin hocası olduğunu söyledi. Drona Arjuna'yı durdurmaya çalıştı ama başarılı olamadı. Arjuna askeri düzeni yarmayı başardı. Drona kral Yudhisthira'yı yakalamak için onun bulunduğu yere geldi. Arjuna Kaurava ordularının ortasında durdurulamaz bir şekilde en güçlü savaşçıları yok etmeye devam ediyordu. Kullandığı tanrısal silahlarla piyadeler ve filli birliklere çok büyük zararlar verdi. Arjuna askeri birlikleri tek tek yararak ilerledi. Geçilemez ilk askeri sırayı da geçmeyi başardı ve savunmanın bütün bir kısmını yok etti. Kaurava'ların içine doğru çok aşırı ilerlemişti. Arjuna'nın koruyucuları onunla birlikte içeriye doğru bu kadar ilerleyemediler ve Kritavarma tarafından durduruldular. Bu esnada Bheema, Satyaki ve Drishtadyumna Drona'yı koyda tuttular ve Drona Yudhishthira'yı yakalayamadı.

Arjuna Kaurava ordularının en içlerine girdiği zaman, Yudhishthira Satyaki ve Bheema'yı düşman ordularının ortasında yalnız bulunan Arjuna'ya yardım için gönderdi. Arjuna'nın aksine, Satyaki ve Bheema Drona'yı yenerek Kaurava'nın içlerine girdiler. Arjuna tarafından ordular çoktan yok edildiğinden herhangi bir mücadele içine girmeden kolayca ilerlediler. Satyaki'nin Arjuna'nın yardımına geldiğini gören Karna onunla savaşmak için atıldı ve Satyaki'yi yenerek geldiği yere geri gönderdi. Bundan sonra Bheema Kaurava ordusu içlerine daldı ve Karna onunla da savaştı. Bheema Karna'nın atlı askerlerini öldürmeyi başararak onu sayıca zayıflatmayı başardı. Sonunda Karna Bheema'yı yenmeyi başardı fakat onu öldürmedi. Karna Kunti'ye Arjuna hariç başka hiçbir Pandava'yı öldürmeyeceğine dair söz vermişti. Karna sözleriyle Bheema'ya hakaret etti. Bheema bunun üzerine çok sinirlendi fakat başka önemli görevlerin olduğunu düşünerek geri çekildi.

Arjuna'nın Jayadratha'ya çok yaklaştığını gören Duryodhana Drona'ya onu durdurmasını söyledi. Fakat Drona kralı yakalama şansını kaçırmak istemediği için Duryodhana'ya kendisinin gidip Arjuna ile savaşmasını söyledi. Duryodhana Arjuna'yı durdurabilecek güçte olmadığını söyledi. Böylece Drona Duryodhana'ya kırılamaz bir zırh giydirdi ve Arjuna'ya karşı zafer kazanağına dair onu ikna etti. Böylece Duryodhana'nın kendisine güveni geldi ve Arjuna'ya doğru saldırıya geçti. Krişna bu esnada Arjuna biraz dinlensin ve kolayca ok atsın diye atlarının dizginini eline aldı. Biraz dinlendikten sonra tekrar savaşa başladılar. Duryodhana Arjuna ile karşı karşıya geldi ama Arjuna tarafından zırh giymesine rağmen kolayca yenilgiye uğratıldı. Ashwatthama, Duhshasana ve Kripa müdahale edip Duryodhana'yı Arjuna'nın elinden kurtardılar.

Kauravalar ile birlikte Arjuna'ya karşı savaşan Karna Arjuna'nın kendisinin anne tarafından yarı kardeşi olduğunu bilmeden Arjuna tarafından öldürüldü.

Karna Arjuna'nın hocası tarafından küçük düşürülmenin intikamını almak için Arjuna ile çok büyük bir rekabete girdi. Arjuna Karna tarafından hem aşağılanarak hem de çocuğu Abhimanyu'nun savaşta öldürülmesinden dolayı tahrike kapıldı. Her ikisi de bu kişisel rekabeti savaş meydanına getirdi. Karşı karşıya geldiklerinde çok güçlü silahlarla uzun uzadıya savaştılar. Her ikisinin de cesareti ve hüneri savaşı izleyen milyonlarca askeri büyüledi. Karna annesi Kunti'ye Arjuna hariç hiçbir Pandavalıyı öldürmeyeceğine söz vermişti ve Arjuna'yı yok etmek onun hayattaki en büyük gayesiydi.

Indra Karna'nın yenilemez olduğunu ve altın zırh ve küpe giydiği sürece savaş meydanında ölümsüz olduğunun farkına vardı. Böylece Brahmin kılığına girerek Karna'ya gitti ve Karna'nın zırhını istedi. Karna doğuştan zırh ile dünyaya gelmişti. Babası güneş tanrısı Surya'dan bir hediyeydi o. Karna vücudundan zırhı sökerek onu Brahmin'e verdi. Indra Arjuna'nın kazanmasını çok istiyordu o yüzden böyle bir yola başvurdu. Karna'nı cömertliği karşısında Indra ona Indrastra Vasavi Shakti adında bir silah verdi. Silah Karna tarafından sadece bir kez kullanılabilirdi ve Karna Bheema'nın oğlu Ghatotkach'ı bu silahla öldürdü.

Savaşta Karna Yudhishthira ve onun kuvvetlerini yenilgiye uğrattı ve onu savaş meydanını terk etmek zorunda bıraktı. Bunun üzerine Arjuna Indra'dan aldığı silahı kaybeden Karna'nın karşısına çıktı. İki kardeş arasında büyük bir savaş baş gösterdi. Çok büyük tanrısal silahlarla karşılıklı savaştılar. Bu noktada herhangi biri üstünlük gösteremedi. Arjuna'nın sıradan silahlarla yok edilemeyeceğini gören Karna Nagastra adındaki yılan oklarını kullanmaya başladı. Annesi Arjuna tarafından yıllar önce öldürülen yılan Aswasena Karna'nın bilgisi olmadan silahın içine girdi. Fakat Tanrı Krişna arkadaşı Arjuna'yı bundan korudu.

Savaşın sonraki gününde Karna önceden maruz kaldığı lanetlerin acılarını çekmeye başladı. Parashurama'nın laneti ile Karna Brahmastra'yı uyandırmak için gereken duaları unuttu. Başka bir lanet sayesinde de savaş at arabasının tekerlekleri savaş meydanında kuma battı. Bütün bunlar Arjuna'nın lehineydi. Fakat Karna Arjuna ile savaşmaya devam etti. Arjuna Krişna'ya at arabasını durdurmasını söyledi böylece savaş eşit bir şekilde yerde gerçekleşmiş olacaktı. Bu durumda Karna Arjuna'nın oklarını durdurmada çok büyük zorluklar yaşamaya başladı. Arjuna Rudra adındaki tanrısal silahını aldı. Karna buna karşı Brahmastra'yı almak istedi ama başarılı olamadı. Karna at arabasından indi ve Arjuna'ya DHARMA aşkına durup beklemesini söyledi. Arjuna Rudra silahını geri koydu. Fakat Krişna Karna'nın Abhimanyu'yu öldürmelerine nasıl yardım ettiğini ve Karna'nın yaptığı bütün kötülükleri göz önünde bulundurarak ona merhamet göstermemesini istedi. Bunun üzerine Arjuna Anjalika silahını kullanarak Karna'nın kafasını kopardı ve onu öldürdü.

Savaştan sonra, Pandavalar atalarının krallığı Hastinapura'yı ele geçirdi. Muhteşem zaferleri, kazandıkları büyük destek ve Kauravaları destekleyen bütün kralları yenilgiye uğratmaları kendilerini iyi hissetmelerine ve Asvamedha Yagna yani kendilerine Chakravarti ("İmparator") unvanı kazandıracak at kurban etme töreni için iyi bir zaman olduğu inancına götürdü. Bu kurban törenin göre birkaç ön ayinden sonra bir at serbest bırakılır. At hangi kral veya kralların toprağına giderse o krallar şu seçeneklere sahip olacak: atın sahibini kendi liderleri olarak kabul edebilirler ya da ona karşı koyabilirler. Arjuna atı ordusuyla birlikte takip etti. Başka kralların savaşarak ya da savaşmaksızın boyun eğmesini kabul etti. Pandava krallığının genişlemesi için bu çok önemliydi. Uttarapatha'ya düzenlediği sefer neticesinde Pragjyotisha, Uluka, Modapura, Vamadeva, Sudaman, Susankula, Northern Uluka, Puru, Utsava-Sanketa, Lohita, Trigarta, Darava, Abhisara, Kokonada, Ursa, Simhapura, Suhma, Sumala, Balhika, Darada ve Kamboja başta olmak üzere otuzdan fazla krallığı düşürdü. Dağlardaki hırsız kabileleri de kontrolü altına aldıktan sonra Arjuna Transoxiana bölgesine gitti ve Loha, Parama Kamboja, Kuzey Rishika, Limpurusha, Harataka, Gandharva ve Uttarakuru'ları fethetti.

Arjuna çocukları ve torunları Kurukshetra'da kendisine karşı çarpışan Trigata'nın muhalefetiyle karşılaştı. Bu büyük arabalı savaşçı kabile Arjuna ile 3 gün savaştı. Suryavarman'ın genç kardeşi Ketuvarman ilk saldıran oldu ve Vibhatsu tarafından öldürüldü. Sonrasında Dhritivarman geldi ve savaşmaya başladı. Arjuna bu genç çocuktan çok etkilendi ve bir anda Dhritivarman Arjuna'nın elini yaraladı ve Arjuna'nın büyük silahı Gandiva yere düştü. Arjuna toparlandı ve Dhritivarman'ı yaraladı fakat Maharaja Yudhishthira'nın emri üzerinde onu öldürmedi. Savaşan diğer Tigarta'lar ise öldürüldü. Sonunda yenilgiyi kabul ettiler ve Hastinapura'ya gelmeye karar verdiler.

Kral Bagdatta'nın oğlu Vajradatta, görkemli filinin üzerinde atı ele geçirmeye ve Arjuna'yı kızdırmaya geldi.