l'de savaşa karşı muhalefetin doğmasına sebep oldu.

Ağustos 1982'de FKÖ, birliklerini Lübnan'dan çıkarıp Tunus'a konuşlandırdı. İsrail, kendilerini tanıyıp barış yapacak olan Beşir Cemayel'in bakan seçilmesi için çaba verdi. Cemayel, İsrail ile anlaşma imzalanamadan öldürüldü ve ertesi gün Elie Hobeika komutasındaki Falajist Hristiyan kuvvetler iki Filistin mülteci kampına girip katliam gerçekleştirdi. Bunun üzerine İsrail'de bu zaman kadar yaşanmış en büyük savaş karşıtı protesto gerçekleşti; tüm İsrail nüfusunun %10'unu oluşturan 400.000 kişi Tel Aviv'de toplandı. 1983'te Kahan Komisyonu adı altında yapılan soruşturmada, Şaron dolaylı da olsa kişisel olarak katliamdan sorumlu tutuldu. Bir daha bu görevde yer almamasına karar verildi (fakat bu onun başbakan olmasına engel teşkil etmemekteydi).

Eylül 1983'te Begin istifa etti ve başbakanlığa Yitzhak Şamir geçti. 1984 seçimlerinden kesin bir sonuç çıkmayınca 44 sandalyeli Alignment partisinin başkanı Şimon Peres ile 41 sandalyeli Likud partisi başkanı Şamir iktidarı paylaştı. Peres 1984'ten 1986'ya kadar başbakanlık yaparken 1986'dan 1988'e görevi Şamir devraldı. 1984'te, Sefarad Ultra-Ortodoksların Aşkenaz Ultra-Ortodokslar tarafından sürekli ayrımcılığa uğraması nedeniyle siyasi aktivist Aryeh Deri, Agudat Israel partisinden ayrılıp eski hahambaşı Ovadya Yosef ile birlikte Şas partisini kurdu; partinin hedef kitlesi Aşkenaz olmayan Ultra-Ortodokslardı. Seçime ilk girişlerinde 4 sandalye toplayan Şas partisi yirmi yıl boyunce Knesset'in üçüncü büyük partisi oldu. Şas, ülke çapında bedava Sefarad ortodoks okul ağı kurdu. 1984'te kıtlık Etiyopya'yı vurunca 8000 Falaşa gizlice İsrail'e getirildi. Ünlü insan hakları aktivisti ve Aiyonist refusenik Natan Sharansky, 1986'da, iki Sovyet ajanına karşılık gulagdan serbest bırakıldı.

Haziran 1985'te İsrail, birliklerinin büyük bir kısmını Lübnan'dan çekip arkada küçük birlikleri ve İsrail destekli milisleri tampon bölgede güvenlik amacıyla bıraktı. Maaşlardaki karmaşık indeks bağı Temmuz 1985'te İsrail enflasyonunu perçinledi ve bu zamana kadar dünyanın en yüksek oranı %480 enflasyon ile tarihe geçildi. Peres fiyatlara acil kontrol getirdi ve devlet masraflarını kıstı böylece enflasyonu kontrol altına aldı. 1980'e kadar İsrail lirası olan para birimi Yeni İsrail Şekeli olarak değiştirildi. Ağustos 1987'de İsrail hükümeti, bağımsız İsrail savaş uçağı geliştirme projesi olan IAI Lavi projesini iptal etti. İsrail, bu projenin masrafının altından çıkamadı ve ABD'nin projeye karşı muhalefetiyle karşılaştı. Eylül 1988'de İsrail, Şavit roketiyle Ofeq isimli keşif uydusunu uzaya gönderdi ve kendi uydusunu uzaya gönderebilen sekiz ülkeden biri oldu (bu zamandan sonra iki ülke daha bu yeteneğe ulaşmıştır).

İsrail'in Batı Şeria ve Gazze'yi işgalinin devam etmesi ve buralarda yerleşim birimleri kurması, İsrail'in bastırma çabalarına rağmen, 1991 Madrid Konferansı'na kadar sürecek olan Birinci İntifada'nın başlamasına sebebiyet verdi. İsrail birliklerinin insan haklarını ihlal etmesi sebebiyle bir grup İsrailli, insan hakları konusunda halkı bilinçlendirme ve kurallara uyma amaçlı B'Tselem örgütünü kurdu.
1988 seçimlerinde Alignment (39 sandalye) ile Likud (40 sandalye) partileri başa baş mücadele etti. Şamir, İşçi Alignment partisiyle birlikte millî birlik koalisyonu kurmayı başardı.

Mart 1990'da Alignment lideri Şimon Peres, hükümetin güven kaybettiğini belirtip yeni bir hükümet kurmaya çalıştıysa da bunda başarısız oldu ve Şamir, sağ görüşlü koalisyonun başbakanı oldu.

1990'da Sovyetler Birliği, Yahudilerin İsrail'e göç etmesine izin verdi. Bundan önce ülkeyi terk etmeye çalışan Yahudiler zorluklarla karşılaşmaktaydı; kaçabilenler ise İsrail'e mülteci olarak sığındı. Birkaç yıl içinde bir milyon civarında Sovyet vatandaşı İsrail'e göç etti. Yeni gelenlerin çoğu Yahudiliklerinden uzaklaşmış oldukları ve beraberinde Yahudi olmayan akrabalarını getirdikleri için halkta endişe oluşturduysa da bu yüksek sayıdaki nüfus beraberinde eğitimli Rus Yahudileri ve güçlü bir Rus kültürü getirdi.
Ağustos 1990'da Irak Kuveyt'e girdi ve Irak ile ABD ve müttefikleriyle Körfez Savaşı başladı. Irak, İsrail'i 39 Scud füzesiyle bombaladı. İsrail misillemede bulunmadı. İsrail, Filistinli nüfus ile İsrail vatandaşlarına gaz maskesi tedarik etti. Mayıs 1991'de 36 saat içinde, 15.000 Beta Israel (Etiyopya Yahudileri) gizlice hava yoluyla İsrail'e getirildi. Müttefiklerin Körfez Savaşı'ndan zaferle ayrılmasının ardından yeni barış olanakları ortaya çıktı. Ekim 1991'de ABD Başkanı George H.W. Bush ve Sovyetler Başkanı Mikhail Gorbachev önderliğinde, İsrailli, Lübnanlı, Ürdünlü, Suriyeli ve Filistinli liderler, Madrid'de tarihi bir buluşma gerçekleştirdi. Şamir, bu fikre karşı olmasına rağmen, Sovyetler Birliğinden gelen yeni göçmenler için gereken maddi yardımın garantisini alınca fikri kabul etti. Konferansa katılması, sağ görüşlü koalisyonun yıkılmasına sebep oldu.

"Sert general" imajlı Yitzhak Rabin, barış yanlısı tavrı ve FKÖ ile hiçbir şekilde barış yapmama söylevleriyle 1992 seçimlerinden 44 sandalyeyle zaferle ayrıldı. Barış yanlısı Siyonist parti olan Meretz 12, Arap ve komünist partiler 5 sandalye kazanınca Knesset'te barış yanlısı bir hükümet oluştu.

13 Eylül 1993'te İsrail ve Filistin Kurtuluş Örgütü, Beyaz Saray'da Oslo Barış Anlaşmasını imzaladı. Bölgenin yetkisini İsrail'den geçici Filistin otoritesine bırakan ilkelere karar verildi. İlkeler anlaşmasına göre Batı Şeria ve Gazze'nin kalıcı statüsünün Mayıs 1999'da başlamasına karar verildi. Şubat 1994'te Kah hareketi Hebron'daki Makpela mağarasında 25 Filistinli Arap öldürdü. Irkçılık gerekçesiyle Kah'ın 1992 seçimlerine girmesi yasaklandı. Mayıs 1994'te imzalanan Gazze-Eriha Anlaşması'na göre Filistin'deki yetkilerin İsrail'den Filistin'e aktarılma süreci Ağustos 1994'te başladı.

25 Temmuz 1994'te İsrail ile Ürdün Washington Bildirgesi'nin altına imza attı ve 26 Ekim'de imzalanan İsrail-Ürdün Barış Antlaşması ile 1948'den bu zamana kadar süren savaş hali ABD Başkanı Bill Clinton şahitliğinde resmen son buldu.

Başbakan Yitzhak Rabin ile FKÖ genel başkanı Yaser Arafat, 28 Eylül 1995 tarihinde Washington'da Batı Şeria ve Gazze Şeridi ile ilgili ara dönem anlaşması imzaladı. İsrail ile FKÖ arasında yapılan ilk aşama görüşmeler, bundan önce yapılan anlaşmaların yerini aldı ve buna ABD adına Bill Clinton ve Rusya, Mısır, Norveç ile Avrupa Birliği tanıklık etti. Anlaşmayla FKÖ'nun tekrar işgal altındaki topraklara dönmesine izin verildi ve son durumu tartışmak için Filistinlilere özerklik verildi. Buna karşı Filistinliler terörü durduracağına ve 1917'den sonra gelen Yahudileri kovmaktan ve İsrail'i yok etmekten bahseden Filistin Milli Tüzüğü'nü değiştirmeye söz verdi.

Anlaşmaya karşı çıkan Hamas ve diğer Filistinli gruplar İsrail'e karşı intihar saldırıları düzenledi. Rabin, saldırıların önüne geçebilmek için Gazze etrafına bariyerler diktirdi. İsrail ile Filistin bölgelerindeki ayrılığın büyümesi, başta inşaat sektörü olmak üzere işçi eksikliğine yol açtı. İşçi sıkıntısını gidermek için İsrail, Filipinler, Tayland, Çin ve Romanya'dan işçi ithal etti ve bunlardan bazıları vizesiz olarak ülkede kaldı. Buna ilave olarak, Afrika'dan yasadışı yollarla İsrail'e göçler gerçekleşti. Terörizmin devam etmesinden kaynaklanan gerginlik Yitzhak Rabin'in 4 Kasım 1995'te aşırı sağ görüşlü bir Yahudi tarafından öldürülmesine sebebiyet verdi.

1992'de İsrail seçim sistemi değişti ve seçmenler istedikleri kişiye başbakan olmaları için direkt oy ve mecliste görmek istediği partiye ayrı ayrı oy verme şansı buldu. Sistem değişikliğinin sebebi, (başta dindar partiler olmak üzere) küçük partilerin mecliste yer almasını engellemek ve dolayısıyla koalisyon kurulurken verilen imtiyazların azaltılmasıydı. Arzu edilenin aksine, büyük partiler daha az oy alıp küçük partiler seçmenler için daha cazip hale geldi; böylece meclisteki küçük partilerin sayısı arttı. 2006 seçimlerinde bu sistemden vazgeçildi.

Rabin'in ardılı olarak başa gelen Şimon Peres, Şubat 1996'da erken seçime gidilmesine karar verdi. Mayıs 1996'da gerçekleşen seçimlerde seçmenler başbakanı doğrudan seçti ve az bir farkla Likud lideri Benyamin Netanyahu başbakan seçildi. Yoğun olarak gerçekleşen intihar saldırıları sebebiyle Likud, güvenlik üzerine odaklandı. Hamas, saldırıların çoğunu üstlendi. Her ne kadar zamanında Başbakan Netanyahu Oslo Anlaşması'na karşı olduğunu belirttiyse de, anlaşmada kabul edilenleri uygulamaya devam etti fakat bu hükümet döneminde barış sürecinde yavaşlama başladı. Netanyahu, yavaşça ABD'nin İsrail'e olan yardımlarının kesileceği taahütünde bulundu.

Netanyahu Ocak 1997'de, Filistin Ulusal Yönetimi ile Hebron Protokolü'nü imzaladı. Böylece İsrail güçleri Hebron'dan çekildi ve bölgenin büyük bir kısmının sivil otoritesi Filistin yönetimine bırakıldı.

Temmuz 1999'daki seçimlerden İsrail İşçi Partisi lideri Ehud Barak başbakan olarak çıktı. Barak'ın partisi Knesset'te 26 sandalyeyle en büyük partiyi oluşturmaktaydı. 21 Mart 2000'de, Papa Jean Paul İsrail'e tarihi bir ziyarette bulundu. 2000'de İsrail, Güney Lübnan'daki "tampon bölge"den tek taraflı olarak çekilme kararı aldı. Güney Lübnan Ordusu'nun bin üyesi (ailelerini yanlarına alarak) İsraillilerle birlikte bölgeden ayrıldı. ABD Dışişlerinin açıklamasında, İsrail BM'in 425 no'lu kararına uygun olarak çekildiği belirtilmiştir. Lübnan, 1967'e kadar Suriye'nin olan ve bu zamandan sonra İsrail'in kontrolüne geçen "Şeba'a tarlaları"nın kendilerine ait olduğunu ve dolayısıyla İsrail'in Lübnan'dan tamamiyle çekilmediğini iddia etmektedir. Şeba'a tarlaları konusu Hizbullah tarafından savaş sebebi olarak kullanılmaktadır. Lübnan hükümeti, Hizbullah'ın kontrolüne geçen bu bölgenin, BM kararnamesine aykırı gelerek egemenliğini kabullenmemiştir.
2000'in sonbaharında, kalıcı bir çözüm bulmak için Camp David'de görüşmelerde bulunuldu. Ehud Barak, Filistin grubunun istediği çoğu verilmesi istenen topraksal ve siyasi imtiyazları kabul etti; hatta Yahudilik için kutsal olan Kudüs'ün doğ