at’taki hilâfet makâmı Bâtınîler’e karşı tavizkâr davranmak zorunda kaldı. Ebû’l Muzaffer el-Müstencit bil-Lâh’ın torunu olan “En-Nâsır’ûd-Dîn’Allah” halife olunca Şîʿa-i Bâtın’îyye’ye karşı daha teveccühkâr bir tutum izledi. Hattâ bazen teşvik dahi etti.

Türkler Maverâünnehir ve İran’a yerleşmeden önce ve sonra, Budist, Mazdek, Mani dinleriyle Zerdüşt ve Hristiyanlığın neşirleri tarafından yapılmakta olan etkin telkinler altında kaldılar.

Orta Asya’da yaşayan ve Türkler’in dini olan Şamanizm, Pamir’e kadar gelen Alevî-Bâtınî dâ’îlerinin savunduğu ilkeler ile kolayca kaynaşabilecek akideler ihtiva etmekteydi. “Bâtınîler” eski Türk dîninde mevcut olan bir takım inançlar ile “Şîʿa-i Bâtın’îyye” arasındaki benzerlikleri kullanarak büyük istifade köprüleri oluşturdular. Bu hususta en çok yararlandıkları fikir ise Ali bin Ebû Tâlib’in şahsiyetinin ilâhlaştırılması ve kendisine Türk ilâhlarının en büyüğü olan ve göğün en üst katında oturan Gök Tanrı’ya eşdeğer bir makam atfedilmesi olmuştu. 
Büveyhîler gibi Abbâsîler’e düşman olan Kutb’ûd-Dîn Muhammed Harzem Şah’ın hilâfetin Ali evlâdına devredilmesi için girişimlerde bulunması da Türkler üzerinde "“Şîʿa-i Bâtın’îyye”" lehine çok kuvvetli etkiler oluşturmuştu. “Kutb’ûd-Dîn Muhammed Harzem Şah” zamanın Abbâsî Hâlifesi En-Nâsır’ûd-Dîn’Allah’ın yerine Sâdattan Seyyid Abd’ûl-Melik Tırmizî’yi geçirmek üzereyken Moğolların taarruza geçtikleri haberinin etrafa yayılması üzerine kendi ülkesini savunmak için memleketine geri dönmek zorunda kalmıştı. Şeyh Şihab’ed-Dîn Ömer Sühreverdî’nin Havarezmşâh’ın huzurunda Abbâsî Hâlifeliği’nin sürekliliğinin sağlanmasının gerekliliğine lehinde uzun bir nutuk attığında Kutb’ûd-Dîn’in şiddetli muhalefetine mâruz kalmıştı.

Bu devirde Anadolu’da Bâtınîliğin en önemli propaganda merkezini Sultan Mes’ud evvel tarafından yaptırılmış olan Mes’udiye tekkesi temsil ediyordu. Anadolu Selçukluları’nın nüfuz ve hâkimiyet sahaları tamamen Moğollar’ın denetim ve müsaadesine tâbi bulunuyordu. Birçok şehirlerde İlhanlılar’ın himâyesi altında Şiîliği neşreden “Bâtın’ûl-Mezhep Babalar” tarafından açılan zâviyelerin sayıları da gün geçtikçe artmaktaydı. Moğollar’ın nüfuzuyla Mes’udiye Medresesi müderrisi Sünnî âlimlerden “Şeyh Mecd’ed-Dîn İsâ” azledilerek yerine Şîʿa-i Bâtıniyye’nin en değerli dâîlerinden “Şems’ed-Dîn Ahmed Baba” atandı.

Samânîler devrinin İranî bir simâ göstermesi ve Abbâsîler’in de İran-perestişkârı olarak tarihin huzuruna çıkması gibi yedinci hicrî asırda Konya’da Mevlânâ Celâl’ed-Dîn’in tesiri neticesinde Selçuklu saraylarında yaşayan şairler Anadolu’da İranîliğe doğru şiddetli bir sevgi uyandırmışlardı. Bu tesirler altında kalan Konya Selçuk sultanları da ayni duygu ve hisler içerisinde İranın tantanalı hükümdar adları ile kendi şehzâdelerini çağırmağa varacak kadar aşırı derecede ifrata kaçan birer İran hâyranı ve tâklitçisi olarak yetişmekteydiler. Konya Selçuklu sarayındaki şehzadeler hep Keyâniyan ve Sâsâniyan hükümdarlarının isimleriyle çağrılır olmuştu. Bu kültürün etkisi altında yetişen kibâr ve tâhsilli sınıflar, âlimler, şeyhler ve şâirler olanca güçleriyle İran dil ve edebiyatının gelişmesine hizmet ederlerken, diğer taraftan da asıl i’tikadi unsurları bünyelerinde barındıran Bâtınî Babalar bütün Türk ve Türkmen boylarını bir millî birlik ruhuyla birbirlerine kaynaştırmak için yoğun gayret sarfetmekteydiler. Öte taraftan devletin resmî dili ise Farsça’ydı.
"“Horasan Erenleri”" nâmıyla Oğuz boyları arasında kendilerine yer edinen "“Şia-i Bâtıniyye dâîleri”" ve millî lisân ile konuşarak halkın ruhiyatına pek uygun telkinlerde bulunan "“Bâtınî-Babalar,”" iptidaî bir şer’ait içerisinde yaşamlarını idâme ettirme mücadelesi sürdüren, ve şehirliğin ince yaşam tarzını bilmeyen "“Türk Özleri”" yanında kendilerini birer "“Veli”" olarak tanıtmayı başarıyla becermişlerdi. Bâtınîler, süslü nâzım lisanından bir şey anlamayan bu aşîretler arasında düzenledikleri sazlı ve şaraplı meclislerde geçmişin tüm hurafe ve efsanelerini halka nakletmek suretiyle insanların gönüllerinde ilâhi duygular uyandırmaktaydılar.

Selçuklular iktidara geldiklerinde Bağdat hilâfetine düşmüş olan Mısır Fâtımîleri’yle, aslında Şîʿa’nın Nizar’îyye kolu mensuplarından olan “Hükümet-i Melâhide-i Bâtın’îyye Reisi” ve bütün “Bâtınîler’in Sahib-î Â’zam-ı” Hasan bin Sabbah’ı karşılarında buldular. Bilâhare Moğol istilâlarının başlamasıyla sahip oldukları karışık i’tikadların etkisinde kalarak vicdanî oluşumlarını kaybetmiş olan önemli kütleler, Moğol ordularının arasına karıştılar. Anadolu Selçuklu sultanlarından Birinci Âlâ’ed-Dîn Key-Kûbâd zamanında Halaç ve Kapçak gibi Türkmen kabilelerinden pek yoğun kütleler de Anadolu’ya yerleşmekteydi. Celâl’ed-Dîn Harzem Şâh Menkûberti’nin baskıcı tutumundan rahatsızlık duyan kabileler ve Harezm Türkmenleri Selçuklular’ın kendilerine duyduğu güvenle Anadolu Selçuklu Devleti’nin savunma kuvvetlerini teşkil etmekteydiler. İkinci Gıyas’ed-Dîn devrinde Amasya Bâtınî merkezinin etkisiyle bu Harezm Türkleri Selçuk ülkelerinden çıkartılarak Halep, Suriye ve El-Cezire muhitlerine dağıtıldılar. Konya Selçuk Sarayının hasmane siyâsetînden kuşkulanan Şîʿa-i Bâtın’îyye dâîlerinden oluşan büyük bir topluluk ta bu Türkmen kabileleriyle birlikte göç ettiler. Harezm ülkesinin pek çok mezhep çatışmalarına sahne olduğunu fırsat bilen Bâtınî dâîleri, Harezmliler’in Anadolu Selçukluları tarafından kovulmaları fırsatını çok iyi değerlendirerek bütün kuvvetleriyle kendi âkide ve dâvalarını tasavvuf kanallarından geçirerek neşretmeye başladılar.
Celâl’ed-Dîn Harezmşah’ın harekâtından memnun olmayan aşîretler ondan ayrılarak Birinci Âlâ’ed-Dîn Key-Kûbâd’a iltica etmişler ve Selçuklular ülkelerine gelen bu aşîretlere de Sivas, Çorum, Engürü’ye kadar olan yörelerde yaylâk ve kışlaklar tahsis edilmişti. Bunların Celâl’ed-Dîn Harezmşah’ın maiyetinden ayrılmalarına rastlayan zamanlar zarfında Hacı Bektaş hâlifelerinden bazıları da onların içlerine nüfuz etmeyi başarmışlardı. Şîʿa-i Bâtın’îyye dâîleri sıfatıyla bu topluluklar üzerinde önemli bir nüfuz kazanmışlardı. Harezm ve Azerbaycan’dan gelen bu aşîretleri Anadolu ahalisi Tatar ve Moğol artıkları nazarıyla görüyordu. Bektaşî babalarından Ahlat, Diyâr-ı Bekir vilâyetlerinden önemli bir grupla beraber Harzemliler arasında da Burak Baba müridlerinden yine ayrı bir parti propagandalarda bulunuyorlardı. Bu devirde Burak Baba’nın Anadolu’da yaygın bir şöhreti vardı.

Anadolu Selçuklu Devleti’nin çöküşünün başlangıcı olan Gıyas’ed-Dîn Key-Hüsrev-i Sânî’nin Kösedağ yenilgisi ( H. 640 / M. 1243 ) üzerine Anadolu’nun tamamı Moğollar’ın denetim alanı içerisine girdi. Anadolu’nun tamamı Aksaray’da ikâmet eden ve barışı tesis etmek ile görevlendirilmiş bir Moğol valisi tarafından yönetilmekteydi. İşte bu fetret devrinde, Celâl’ed-Dîn Harzem Şâh Menkûberti’nin ordularıyla Orta Asya’dan Anadolu’ya gelen Bâtınîye dervişleri de devletin tâkibatından kurtulmuş olarak faaliyetlerini serbestçe sürdürmekteydiler. Anadolu’nun her tarafında Şiî ve Bâtınî-Alevî babalar tarafından art arda zâviyeler açılmaktaydı. Sultan Mes’ud Evvel’in Amasya’daki tekkesine Baba İlyas Horasanî gibi Şîʿa-i Bâtın’îyye Mezhebi’nin en meşhur bir dâ’îsi postnişin olmuştu. Vaktiyle, İlhanlı saraylarında mâkam ve mevki sahibi olan Şiî âlimler Anadolu Selçukluları’nın Moğollar’ın himayesi altına girmeleri fırsatından istifadeyle Anadolu’ya yayıldılar. 
Melik Dânişmendiye devrinde bütün Anadolu’da meşhur olan Horasanlı Baba İlyas, “İbrahim Bey’in oğlu Yağ Basan Bey” zamanında Kayseri’ye kadı tâyin edilmişti. Birinci Âlâ’ed-Dîn Key-Kûbâd tahta geçtiğinde, Amas’ya Kadılığı’na Taky’ed-Dîn’i, Mes’udiye Müderrisliği’ne Tâc’ed-Dîn Yûsuf Tebrizî’yi, Hankah Mes’udiye Şeyhliği’ne de Tâc’ed-Dîn Ebû’l Vefâ Harezmî’yi atadı. Ebu'l Vefâ’nın ölümü üzerine de yerine onun hâlifelerinden Kayseri Kadısı ve Şîʿa-i Bâtıniyye’nin en meşhurlarından olan Babâîler pirî Şücâ’ed-Dîn Ebû’l Bekâ Baba İlyâs Horasanî’yi tâyin etti.
Birinci Âlâ’ed-Dîn Key-Kûbâd iktidara geldiğinde “Mûhy’id-Dîn Muhammed bin Ali bin Ahmed Tahimî” adında İran’dan göç etmiş bir Şiî’yi Sivas’a kadı olarak atadı. Vaktiyle Şiraz’da önemli bir mevkî sahibi, felsefe ve bâtınî îlimlerde bir hâyli meşhur, belâgatlı söz söyleme üstâdı ve yüksek iktidar sahibi olan bu âlim adamdan Baba İshâk Kefersudî nâmında “Binaz” hanedanına mensûp bir Rum asıllı dersler görmekteydi. Baba İshâk Şirâz’da Mûhy’id-Dîn’in derslerine devam ederken, Şîʿa-i Bâtın’îyye’nin Elemût’taki Dâ’î Â’zamı “Hükümet-i Melâhide-i Bâtın’îyye Reisi II. Muhammed” tarafından Anadolu Dâîliği’ne atandı. Bu sırada Hocası Mûhy’id-Dîn Tahimî’nin Sivas Kadılığı’na tâyin edilmesi fırsatını çok iyi değerlendiren Baba İshâk, hocasının himâyesi altında Anadolu Selçuklu Hükümeti’nin de güven ve teveccühünü arkasına alarak Şimşat yakınlarında Kefersud nahiyesinde Elemût merkezli Şiîlik propagandasını ve “Melâhide-i Bâtıniyye” i’tikadını neşriyâta başladı. H. 621 / M. 1225 yılında Mûhy’id-Dîn-i Ahmed Tahimî’nin vefâtından sonra hükümet aleyhinde yaptığı tahrikâtın duyulması üzerine Baba İshâk bir süre gizlenmek zorunda kaldı. Şücâ’ed-Dîn Ebû’l Bekâ Baba İlyas Horasanî’nin Amas’ya Mes’udiye tekkesine şeyh olduğunu öğrenince hemen oraya giderek kendisine mürid oldu. Baba İlyas Tekkesi’nde “Amas’ya Valisi Toğrak Bey” ile olan pîrdâşlığı sayesinde halkın gözünde itibarını gün geçtikçe artırmaktaydı.

Vefâ’îyye tâkipçilerinden Ebu’l Bekâ Baba İlyâs bin Ali el-Horasânî ve müridi Baba İshâk Kefersudî’nin çıkardığı Bâbâ’î ayaklanması, bugünkü Alevî-Bâtınî yerleşim yerlerini belirleyen isyândır. Anadolu’da Alevî nüfusun yoğun olduğu bölgelerde etkili olmuştur.

Sâd’ed-Dîn Köpek Baba İshâk Kefersudî’nin Selçuklu sarayına memur olarak gönderdiği bir müridiydi. Birinci Âlâ’ed-Dîn Key-Kûbâd ile şehzadesi İkinci Gıyas’ed-Dîn Key-Hüsrev devirlerinde Konya sarayına hulûl etmeyi ve “Şîʿa-i Bâtıniyye” nüfuzunu oraya sokmayı başaran bu bâtınî dervişi kendisine sarayda bazı taraftarlar edinmeyi de başarmıştı. Bu devirde Moğol istilâları nedeniyle Orta Asya ve Maverâünnehir’den