ağlamak gibi askeri yükümlülükler vardır. Yıllık olarak ödenecek haraç tutarı her ulus için ayrı ayır belirlenmiştir. Ödeme, gümüş üzerinden yapılır ve belirlenmiş olan tutarı Babil talentidir. Babil talenti Attik talentten 1 / 6 oranında fazladır, yani 30,3 kg.dır. Örneğin İyonya, Karya, Likya ve Pamfilya için yıllık haraç 400 talenttir. Bu yaklaşık olarak 12,12 ton gümüştür. Lidya ve Kilikya 500 talent, (15,15 ton) Mısır ise 700 talent (21,21 ton) yıllık haraç ödemekle yükümlüdür. Bu ödemeler kuşkusuz ki söz konusun toplumların geçim durumunu ciddi biçimde etkileyecektir. Sonuç olarak Pers hakimiyeti Anadolu kıyılarındaki ve Ege Adaları'ndaki kentlerin ekonomilerinde ciddi bir daralmaya neden olurken Yunanistan'daki kent devletlerinde de, deniz ve kara ticaretinin Pers kontrolüne geçmesine de bağlı olarak, fakat daha sınırlı ölçüde olmak üzere aynı yönde etkiler yaratmıştı.

İmparatorluk'un yayıldığı tüm bölgelerdeki durum bu çerçevededir. Bu ekonomik baskının yarattığı hoşnutsuzlukla tebaası arasında halen ayaklanma dinamikleri canlıydı. Öte yandan Pers Kralı I. Darius tahtı bir darbeyle ele geçirmişti ve hükümdarlık yıllarında önemli sayılacak bir süreyi tebaasının hükümranlığına karşı ayaklanmalarını bastırmakla geçirmişti. Bu ayaklanmalardan biri de İyon Ayaklanması olmuştur. İyonya, coğrafi olarak imparatorluğun doğal genişleme uzantısı olarak görülmektedir. Bununla birlikte İyonlar, tüm Ege Denizi'ne sahili olan topraklardaki Yunanca konuşan topluluklarla kültürel olarak güçlü bağları olan bir halktır. Her şey bir yana, Batı Anadolu kıyılarına Yunanistan'dan göç edip yerleşmişlerdi. Diğer yandan İmparatorluk, İyon Ayaklanması'ndan önceki yıllarda topraklarını Avrupa'ya doğru genişletme çabası içindeydi. Bu yönde, Traklar'a boyun eğdirdi ve Makedonya Krallığı'nı müttefik olmaya zorlamıştı. Avrupa topraklarına genişleme yöneliminin Yunanistan'ı da hedef alması, Antik Yunan dünyasının politik bölünmüşlüğü karşısında bir bakıma kaçınılmazdı. Diğer yandan İyon Ayaklanması İmparatorluğu parçalanmaya götürecek bir girişimdi. Her ne kadar ayaklanma bastırıldıysa da Yunanistan anakarasındaki Grek kent devletlerinin varlığı, Pers İmparatorluğu'nun batı toprakları için hala bir tehdit olmaya devam ediyordu. Bu durumda I. Darius, İyon Ayaklanması'na askeri planda destek oldukları için Grek kent devletlerini cezalandırmaya, ama esas olarak Yunan anakarasıyla Ege'ye boyun eğdirmeye, en azından pasivize etmeye karar vermiştir.

İyon Ayaklanması, Pers Satrabı Artaphernes ile Milet tiranı Aristagoras'ın ortak bir seferiyle Nakşa Adası'nın istilası girişimiyle başlamıştı. Aristagoras'ın planladığı ve yönettiği bu girişimin başarısızlığa uğraması üzerine Artaphernes muhtemelen O'nu görevden almaya karar vermişti. Fakat Aristagoras daha önce davranarak tiranlığı bıraktı ve Milet'de demokrasiyi ilan etti. Bu gerçekte Milet'in bağımsızlık ilan etmesiydi. Diğer İyon kent devletleri de böyle bir başkaldırıya hazırdılar. Pers Sarayı'nın atadığı tiranları devirerek onlar da bağımsızlıklarını ilan ettiler. Diğer yandan Aristagoras Yunan anakarasındaki kent devletlerini ayaklanmayı desteklemeleri konusunda ikna etmeye çalıştı. Ancak sadece Atina ve Eretria buna yanaştılar.

Atina'nın İyon Ayaklanması'na destek sağlaması, MÖ 6. yüzyılın sonlarına doğru Atina Demokrasisi'nin kurulmasıyla başlayan bir dizi karmaşık olayların sonucu olarak ortaya çıkmıştır. Atinalılar MÖ 510 yılında, Sparta Kralı I. Kleomenes'in yardımıyla Atina kralı Hippias'ı devirmişlerdi. Hippias Sard'a kaçarak Pers Satraplık Sarayı'na sığındı. Atina'da yeniden kral olmasına destek olurlarsa kentin kontrolünü Pers Sarayı'na vadetti. Bu arada I. Kleomenes, Atina'da Sparta yanlısı bir krallık kurması için Isagoras'ı destekliyordu. Isagoras, Atina yönetiminin geleneksel olarak kendilerine miras olduğunu ileri süren güçlü ve soylu Alcmaenidae ailesinden Kleistenes'in siyasi rakibiydi. Kleistenes'in karşılığı son derece radikal ve güçlü oldu, Atinalılar'a, soyluların o denli nefret ettiği demokrasiyi vadetmişti. Ailesinin Atina üzerindeki etkisini tümüyle ortadan kaldıran böyle bir girişimde Kleistenes'in amacı açık değildir. Muhtemelen Atina aristokrasinin gününün dolduğunu fark etmişti. Bu durumda Atina'nın Sparta'nın kuklası durumuna düşmesini bir şekilde önlemeye çalışmıştı. Ancak bu vaadin bir sonucu olarak Isagoras, diğer muhalifleriyle birlikte Kleistenes ve ailesini Atina'dan sürmüştür. Ancak demokrasi vaadi Atinalıları harekete geçirdi, ayaklanıldı ve Isagoras'la I. Kleomenes kentten kovuldu. Ardından Kleisthenes MÖ 507'de Atina'ya geri döndü ve hızla demokratik bir yönetim kurulmaya başlandı. Demokrasinin kurulmasıyla Atina, Yunanistan'ın önde gelen kent devletlerinden biri haline gelmiştir. Demokratik yönetime geçen Atina'nın bundan böyle Hippias'ın ya da başka birinin krallığını ve ayrıca ister Sparta, ister başka bir güç olsun, dış bir gücün hegemonyasına mücadele etmeden boyun eğmeyeceği ortadadır.

Ancak I. Kleomenes bekleneceği gibi Atina'daki bu gelişmelerden rahatsızlık duyacak ve Sparta ordusuyla birlikte Atina üzerine yürüyecektir. Sparta'nın, Isagoras'ı yeniden Atina kralı yapmak amaçlı bu girişimi bir fiyaskoya dönüştü. Yine de daha kötü gelişmelerden çekinen Atinalılar, bir önlem alma ihtiyacıyla Sard Satrabı Artaphernes'e elçiler göndererek Pers İmparatorluğu'ndan yardım istediler. Artaphernes, tabi olmanın geleneksel bir göstergesi olan "toprak ve su" istemiştir. Atina elçileri bu isteği kabul ettiler. Ancak Atina'ya döndüklerinde şiddetle suçlandılar. Olaylar bu aşamaya geldiğinde I. Kleomenes, Hippias'yı yeniden Atina kralı yapmak için bir komplo girişime yönelmiştir. Ancak bu girişim başarısız oldu ve Hippias yine Sard'a giderek Artaphernes'i Atina'ya boyun eğdirmek yönünde ikna etmeye çalıştı. Atina da bu kez Artaphernes'i bu yönde harekete geçmekten vazgeçirmek için elçiler gönderdiyse de Artaphernes, Hippias'ın tekrar kral olarak Atina'ya kabul edilmesini emretmiştir. Atina bunu kabul etmedi ve Pers imparatorluğu ile savaşa girmeyi göze aldı. Bu olayların gelişiminde Aristagoras'ın İyonya'daki ayaklanmaya destek istemesi, zaten Pers İmparatorluğu ile düşmanca bir tutuma girmiş olan Atina için, karşılanması zor bir istek değildi. Gerçekte İyon demokrasileri Atina örneğinden esinlenmişti. Dahası İyon kentleri başlangıçta birer Atina kolonisiydiler. Bu etmenler de Atina'nın İyon Ayaklanması'nı desteklemesinde etkisi kuşkusuz ki olmuştur.

Diğer yandan Eretria'nin İyon Ayaklanmasını askeri yönden desteklemesinin nedenler çok açık değildir. Muhtemelen ticari nedenler önemli olmuştur. Eretria, Ege'deki Pers hakimiyetinin tehdit ettiği ticarete dayanan bir kentti. Bir diğer bakış açısından, Herodot, Eretria'nın bir süre önce Lelantine Muharebesi'nde kendisine destek veren Milet'e borcunu ödemek istediğini ileri sürmektedir.

Sonuç olarak Atina ve Eretria İyon Ayaklanması'nı desteklemek için Batı Anadolu'ya 25 triremeden oluşan bir kuvvet gönderdiler. İyon kuvvetleriyle birleşen bu kuvvetler doğrudan bölgenin Pers Satraplığı olan Sard'a yürümüşlerdir. Artaphernes baskına uğramıştır. Emri altındaki kuvvetlerle, aşağı kenti bırakıp iç kaleye çekildi ve orada savunmaya geçti. İyon, Atina ve Eretria kuvvetleri dış kaleyi aldılar ve aşağı kente girdiler Ancak seferin bütün kazanımı bu kadardı. Sard'dan çekilerek Efes'e doğru yürüyüşe geçtiklerinde onları izleyen Pers kuvvetleriyle Efes yakınlarında muharebeye girmeye zorlandılar. Burada gerçekleşen Efes Muharebesi'nde ağır kayıplara uğradılar. Girişim bir yandan başarısız olmuş, diğer yandan da Eretria'nın ve özellikle de Atina'nın, I. Darius'un düşmanlığını kazanmalarına yol açmıştır. Darius, her iki kent devletinden de intikam almaya yemin etmiştir.

Ayaklanmayı bastırmak için Pers orduları Batı Anadolu'ya sevk edildi. Bir dizi kara muharebesinin devamında, MÖ 494'teki Lade Deniz Muharebesi'ndeki Pers zaferi İyon Ayaklanması'nın çözülmesine neden olmuştur. Ardından Pers donanması Batı Anadolu'daki tüm İyon kentlerini art arda ele geçirdi. I. Darius ayaklanmayı, İmparatorluğun sınırlarını Ege ve Marmara adalarına kadar genişletmek için bir fırsat olarak görmüş, bu adalara saldırmıştır. İyon Ayaklanması'nın bastırılmasından sonra, hem Atina ve Eretria'yı cezalandırmak, hem de İmparatorluk'a yönelen Yunanistan kaynaklı tehdidi bütün bütün ortadan kaldırmak için planlamalara başlanmıştır.

I. Darius'un kara ordusu ve donanmadan oluşan bir sefer kuvveti, MÖ 492 yılının bahar aylarında teşkil edilmişti. Ordu ve donanmanın komutanlığına I. Darius'un damadı olan Mardonius atanmıştır. Mardonius (Persce Marduniya) aynı zamanda, I. Darius'un tahtı ele geçirme mücadelesinde yanında yer alan Pers soylusu Gobryas'ın oğludur. Bu politik ittifak, Darius'un Gobryas'ın kızıyla, Gobryas'ın da Darius'un kız kardeşiyle evlenmesiyle pekiştirilmiş, Mardonius da Darius'un kızıyla evlendirilmiştir. Seferin nihai amacı Atina ve Eretria üzerine yürümek olmakla birlikte asıl niyetin olabildiğince fazla sayıda Grek kent devletinin kontrol altına alınması da amaçlanmaktadır. Diğer yandan Hippias'ın yeniden Atina tahtına oturmasının sağlanmasının yeterli olacağı, seferin esas hedefinin bu olduğu da ileri sürülmektedir. Hippias'ın, Atina'daki Pers karşıtı partinin liderlerini bir şekilde ortadan kaldıracağına kuşku yoktur. Bu noktadan sonra Eretria konusunda Atina'dan yararlanmak da mümkün olacaktır.

General Mardonius kuvvetlerinin önünde, deniz ve kara olmak üzere iki yol vardır. ancak, tüm kara ordusunun, atların ve sefer için gerekli tüm diğer şeylerle birlikte ikmal malzemesinin donanmayla taşınmasındaki olağanüstü güçlükler göz önüne alınarak, ordunun karadan gitmesine karar verilmiştir. Kilikya'dan hareket eden Pers ordusu Çanakkale Boğazı yönünde ilerlerken General ise donanmayla hareket etmiştir. Donanma İyonya kıyılarına hareket etti. General Mardonius, İyonya'da kısa bir süre kalmıştır. Bu süre içinde uzlaştırıcı bir politikayı uygulamaya koymuş İyon Ayaklanması'nın bastırılmasından sonra Pers Sarayı'nca yeniden kent