devletleri yönetimine getirilmiş olan tiranları görevden almış, bu kentlerde demokrasiyi ilan etmiştir. İyon Ayaklanması'na yol açan genel hoşnutsuzlukta bu tiranların yönetimi önemli bir paya sahipti. Esesen bu "demokrasi", birer kukla yönetimdi. Yine de İyonların yeniden ayaklanmasının önüne geçecek bir önlem olarak görülmüştür.

Daha sonra ordu karadan ilerlerken donanma da Çanakkale Boğazı'na hareket etmiştir. Burada ordu gemilere alınarak Avrupa tarafına geçirildi. Seferin ilk hedefi Taşoz Adası'ydı ve donanma tarafından ele geçirildi. Bir Grek yerleşmesi olan ada altın madenleriyle değerliydi, bundan böyle Pers Sarayı'na haraç ödeyecekti. Ordu Trakya üzerine ilerledi ve buradaki kabileler savaşmadan teslim oldular ve yeniden Pers hakimiyetine girdiler. Bu kabileler I. Darius'un İskit Seferi'nin ardından MÖ 512 yılında Pers hakimiyetine girmişlerdi. Makedonya'ya ilerleyen ordu Makedonya Krallığı'nı bağımlı bir krallık haline getirdi. Daha önce Pers İmparatorluğu'nun müttefiki olmakla birlikte bağımsız bir krallıktı. Bu arada Filo, Aynoroz Yarımadası'nı dolaşmak üzere güneye yelken açmıştır. Ancak burada patlak veren şiddetli bir fırtına donanmayı sahile sürmüştür. Herodot'un belirttiğine göre fırtınada 300 gemi batmış, 20 bin Pers askeri kaybedilmiştir. Makedonya'daki Pers ordusu ise, bir Trak kabilesi olan Brygianların gece baskınına uğramıştır. Kampa yapılan bu baskında çok sayıda asker ölürken General Mardonius da yaralanmıştır. Yaralanmasına karşın Brygianları yenilgiye uğratarak yeniden Pers hakimiyeti altına aldı. Donanmanın çok büyük bir kısmı elden çıkmıştır ve ordunun mevcudu ciddi biçimde azalmıştır. Bu durumda General Mardonius'un elinde harekatı sürdürecek güç bulunmamaktadır. Bunun üzerine ordusuyla Çanakkale Boğazı'na dönmüştür. Donanmadan arta kalanlar ise Asya kıyılarına çekildi. Her ne kadar bu sefer düş kırıklığı yaratacak bir şekilde sona ermişse de Persler yönünden, Yunanistan kara yaklaşımları güven altına alınmış oldu. Diğer yandan General Mardonius oldukça başarılıydı. Ordunun Tuna Nehri kıylarına ulaştığına işaret eden buluntular vardır. Diğer yandan Grekler, I. Darius'un Yunanistan hakkındaki niyetlerinden kuşkuya yer bırakmayacak biçimde emin olmuşlardı.

Bir önceki yılki seferin, Yunanistan üzerindeki Pers niyetini açığa vurmasıyla Grek kent devletlerinin direncinin zayıflatmış olabileceğini düşünen I. Darius, MÖ 491 yılı içinde diplomatik bir girişimde bulunmaya karar vermiştir. Bu kararla, tüm Grek kent devletlerine elçiler göndererek, geleneksel olarak boyun eğmeği simgeleyen "toprak ve su" istemiştir. Pers İmparatorluğu'nun Yunanistan'a yönelecek gazabından çekinen birçok kent devletleri ve başta Aegina Adası olmak üzere Yunanistan'a yakın tüm adalar bu teklife olumlu bakmış, Pers Sarayı'na toprak ve su göndermiştir. Ancak Atina elçileri yargılayıp daha sonra da idam etti. Spartalılar ise kestirmeden, bir kuyuya atarak öldürdüler. Bu uzlaşmaz tutum, aralarındaki düşmanlığa rağmen Atina ve Sparta'yı yakın gelecekteki savaş için ittifak oluşturmaya itmiştir. Herodot'un anlatımına göre Darius bu girişimiyle aynı sırada hükümranlığı altındaki tüm sahil kentlerine haberciler göndermiş, savaş gemisi ve atları taşımak için nakliye gemileri inşa edilmesini emretmiştir.

Aegina'nın Pers elçilerinin teklifini kabul etmesi, Atina'yı derhal harekete geçirmiştir. Aegina'nın bu tutumunu Atina'ya karşı düşmanca niyetler güttüğüne yordular. Öyle ki Aegina Perslerle bir olup Atina'ya saldıracaktı. Pers Donanması'nın adayı bir deniz üssü olarak kullanacağı ndişesi önemli bir sorundu Sparta'ya duruma müdahale önerdi. Bu endişenin temelinde, Ada'nın Atina'nın ana limanı olan Faleron'a son derece yakın olmasında yatmaktadır. Bu durum askeri açıdan korkunç sayılmasının dışında Atina kentinin tahıl ihtiyacını karşılamasını da ciddi biçimde tehlikeye düşürecektir. Çünkü Atina, kentin tahıl ihtiyacının önemli bir kısmını Ege Denizi üzerinden yaptığı ithalatla karşılamaktadır. Diğer yandan Atina, deniz ticaretinde en büyük rakibi olan Aegina'yı, Pers iradesine boyun eğmekle tüm Yunanistan'a ihanet etmiş olarak ilan etmiştir. Aetina'nın tutumunun, Pers İmparatorluğu'nu Yunanistan'dan intikamını alsın diye davet etmek olduğu ileri sürüldü. Nitekim Herodot, Atina'nın bu boyun eğme meselesini bir bahane olarak kullandığını yazmıştır. Bunun üzerine Kral I. Kleomenes, Aegina meselesine doğrudan doğruya kişisel olarak müdahale etmek üzere Adaya gitti. Ancak bu gidiş hiç de barışçı değildir, Ada'nın önde gelenlerini tutuklayacaktır. Çok büyük olasılıkla yanına bir birlik almıştır. Ancak Krios adında biri Kral'ı, Sparta'nın onayını almadan, Atina'dan rüşvet aldığı için bu işe kalkışmakla suçlamıştır. Ayrıca "Sparta liderlerimizi tutuklamak istiyorsa iki kıralıyla gelmeliydi" karşı çıkışıyla karşılaşmıştır. Bunun üzerine Kleomenes geri dönmeye karar verilmiştir. I. Kleomenes satın aldığı Delfi Rahipleri'nin desteğiyle, Demaratus'un gayrimeşru olduğunu ilan etti. Bunun üzerine Demaratus'un yerine kuzeni Leotychides geçti. Aeginalılar'a karşı şiddetli bir hınç duyan Kleomenes, Leotychides'i de yanına alarak cezalandırmak iüzere Ada'ya gitmiştir. Bu durumda kendilerini destekleyecek bir Sparta kralı kalmayan, tersine iki Sparta kralını karşılarında bulan Aeginalılar boyun eğdiler ve istenmeyen herhangi bir tutum içine girmeyeceklerinin bir garantisi olarak rehineler vermeye razı oldular. Kleomenes, en soylu, en zengin ve en güçlü on kişi seçerek yanına aldı ve bu kişileri Atina'ya bıraktı. Esasen Kleomenes'in seçtiği bu on kişi, Ada'daki Pers yanlısı hizipin önde gelenlerindendir. Bu rehin alma olayı MÖ 491 yılının eylül ayında gerçekleşmiştir. Aslında Atina ile Aegina arasıdaki bu gerginlik yıllarca sürmüş ve sonuçta dolaylı olarak Atina'nın ve Themistokles'in işine yaramıştır. Themistokles, yeni ve güçlü bir donanma inşa edilmesinin gereğini, Atina donanmasının demode olmasına ve Aegina donanması karşısında yetersiz kalmasına dayandırmıştır. Atinalıları ikna etmekte başarılıydı ve bu donanma, yıllar sonra Pers istilası karşısında en önemli askeri güç oldu.

Ancak Kleomenes'in Delfi Rahipleri'ne rüşvet verdiğinin Sparta'da duyulmasının üzerine kentten uzaklaşmak zorunda kalmıştır. Fakat daha sonra Kuzey Peleponnes'teki takdir toplayan çalışmalarıyla Spartalılar'ın tutumu yumuşadı ve kente geri çağırıldı. MÖ 491 boyunca Sparta'daki davranışları çoğunluk tarafından fazlasıyla akıl dışı bulunmuştur. Durum böyle olunca hapis cezasına çarptırıldı. Fakat bir sonraki gün ölü bulundu. Ölümü üzerine yerine üvey kardeşi I. Leonidas geçmiştir.

Sparta'daki bu istikrarsız durumu bir avantaj olarak gören I. Darius, Atina ve Eretria'yı cezalandırmak için Yunanistan üzerine yeni bir sefer başlatmaya karar vermiştir. Başkent Susa'da bir ordu toplandı. Ordu, bir donanmanın toplandığı Kilikya'ya yürüyüşe geçirildi. Seferin komutası bir Med General olan Datis'e ve Sard Satrabı Artaphernes'in oğlu Artaphernes'e verilmiştir. Pers Komutanlığı sefer sırasında yeri geldiğinde sürgündeki Atina Kralı Hippias'ın rehberliğinden de yararlanmıştır. Bu kez, Mardonius Seferi'ndeki gibi bir deniz faciasından kaçınmak için Donanma Güney Ege üzerinden bir rota izlenmesine ve bu rota boyunca henüz Pers Sarayı'na boyun eğmemiş olan adalara uğranmasına, dolayısıyla tüm güçlükler göze alınarak ordunun donanmayla taşınmasına karar verilmiştir. Ordu Kilikya'da, "Aleian Ovasında (günümüzde Çukurova) toplanmış ve buradan donanmaya alınmıştır.

Herodot'a göre Pers Filosu 600 triremeden oluşmaktadır. Tarihsel kaynaklarda bu Pers Filosu'na kaç nakliye gemisinin katılmış olduğu konusunda bir bilgi yoktur. Çağdaş tarihçiler arasında bu rakamı makul bulanlar vardır. Ancak farklı görüşler de vardır. Altıyüz sayısını, hem triremeler hem de nakliye gemileri toplamı olarak düşünenler olduğu gibi, atların taşınması için ayrıca 600 triremenin daha donanmaya katıldığı ileri sürülmektedir. Bir karşılaştırma yapabilmek yönünden belirtilebilir ki, Herodot, I. Serhas'ın MÖ 480 yılındaki Yunanistan'a İkinci Pers Saldırısı için 1.207 trireme ve nakliye gemileri olmak üzere toplam 3 bin parça tekneden oluşan bir donanmanın seferber edildiğini yazmaktadır.

Herodot Pers Ordusu'nun mevcudu hakkında bir bilgi vermemektedir. Sadece güçlü piyade unsurlarından söz etmektedir. Yakın tarihlerde yaşamış olan Yunan ozan Simonides, 200 bin kişilik bir ordudan bahsetmektedir. Daha geç dönemden Romalı yazar Cornelius Nepos ise Pers Ordusu'nun 200 bin piyade ve 10 bin süvari gibi bir kuvvetten oluştuğunu yazmıştır. Plutarkhos, Pausanias ve bir Bizans ansiklopedisi olan Suda 300 bin, Platon ve Lysias ise 500 bin, tarihçi Justin de 600 bin rakamlarını vermektedir.

Günümüz tarihçileri çoğunlukla bu rakamları abartılı bulmaktadır. Konuyla ilgili bir yaklaşım, 600 triremenin taşıyabileceği asker sayısını hesaplamaktır. Herodot Yunanistan'a İkinci Pers Saldırısı sırasında triremelere, Pers, Saka ve Med askeri olmak üzere 30 asker yüklendiğini yazmaktadır. Bu durumda 600 triremenin asker taşıma kapasitesi 18 -26 bin arasında bir rakam olmalıdır. Bununla birlikte günümüzde farklı tarihçilere göre Pers piyade mevcudu için verilen rakamlar 18 bin ile 100 bin arasında değişmektedir. Yine de genel kabul görebilecek makul rakam 25 bin civarında olmaktadır.

İstila seferleri için kullanılan Pers piyadesi genel olarak tüm imparatorluk topraklarından toplanan karma piyade unsurudur. Dolayısıyla farklı etnik gruplardan, bölgelerden gelen askerlerdi. Bu bölgelerden askerlerin bazıları Hyrkania, Afganistan, Fırat Havzası, İndus Nehri Havzası, Ceyhun ve Nil havzalarının askerleri, Horasan'dan süvariler ve Etiyopya'dan okçulardır. Dil ve farklı askeri geleneklerin bu karmaşası, kuşkusuz Pers askeri liderliği için sevk ve idaresi zor bir ordu meydana getirmektedir. Ancak Herodot'a göre Pers ordusunun zırh tipi ve savaş biçimi konusunda genel bir tarzı, bir tek tipliliği vardı. Piyade genel olarak kısa mızrak, daha ağı ve usun olan süvari mızrağı, tek yan keskin eğik namlulu pala ve kılıç, ok ve yayla silahl