uoyuyla paylaşılmasa da CIA ekibi, sahte aşılama programı aracılığıyla, bin Ladin'in diğer aile üyeleri ile karşılaştırmak üzere komplekste yaşayan bazı kişilerden DNA örneği alma girişiminde bulundu. Ulusal Jeouzamsal İstihbarat Ajansı, Ortak Özel Harekât Komutanlığına pilotlar için bir görev simülasyonu hazırlama konusunda yardımcı oldu; harekât öncesinde, sırasında ve sonrasında Lockheed Martin RQ-170 Sentinel insansız hava aracından elde edilen verileri analiz etti; bilgisayarda evin üç boyutlu modellerini oluşturdu; evdeki ticari faaliyetleri gösteren tablolar hazırladı ve yaşayanların dış görünümlerinin tanımlanmasına katkıda bulundu. Ulusal Güvenlik Ajansına bağlı Özel Amaçlı Erişim Operasyonları adlı birim de gizli bir şekilde hedeflenen bilgisayar ve telefon ağlarına casus yazılımlar ile takip etme amaçlı araçlar yükleyerek istihbarat toplama konusunda yardımcı oldu.

Amerika Birleşik Devletleri Senatosu İstihbarat Seçilmiş Komitesi Başkanı Dianne Feinstein, yaptığı açıklamada bin Ladin'in öldürülmesine giden yolda elde edilen verilerin hiçbirinin Bush döneminde tutuklulara karşı uygulanan işkence veya sert sorgulama teknikleri sonucunda elde edilmediğini belirtti. Feinstein'in açıklamasına göre CIA, toplanan istihbarat verileri sonucunda elde edilen kanıt ve olguları gözden geçirmek için "kırmızı takım" adlı yöntemi de kullanmıştı. Bir yetkili "Elde edilen verileri gözden geçirmek için kırmızı takım yöntemi ve diğer alternatif analiz yöntemlerini uyguladık. Burada yaşayabilecek kişi profiline bin Ladin'den başka biri uymuyordu." açıklamasını yaptı. Öte yandan düzenlenen operasyon öncesinde bin Ladin'in yapının içinde olduğunu gösteren bir fotoğraf çekilmemiş veya bin Ladin'e ait ses kaydı yapılmamıştı.

Usame Bin ladin'in öldürülmesi için düzenlenen harekâtın resmî kod adı Neptün Mızrağı Harekâtı () idi. Bu isim, Navy SEALs rozetinde yer alan Antik Roma tanrısı Neptün'ün üç uçlu mızrağından esinlenerek verilmişti.

Associated Press, iki Amerikalı yetkilinin "Amerika Birleşik Devletleri silahsız bir şekilde teslim olan insanları öldürmediğinden, resmî olarak öldür veya canlı yakala türünde bir görevdi. Ancak başından beri, bu duvarların arkasında saklanan kişinin teslim olmaya niyeti olmadığı açıktı." şeklindeki sözlerine yer verdi. İç Güvenlik Danışmanı John O. Brennan tarafından baskın sonrasında yapılan açıklamada "Bin Ladin'i canlı yakalama fırsatımız olsaydı, herhangi bir tehditte bulunmasaydı, harekâta katılanlar bunu yapabilecek kapasitedeydi ve bunu yapmaya hazırdı." ifadeleri yer aldı. CIA Direktörü Leon Panetta "PBS NewsHour"da "Burada verilen yetki bin Ladin'i öldürmekti... Tabii ki angajman kurallarına göre ellerini havaya kaldırsa ve herhangi bir tehlike arz etmese kendisini canlı olarak yakalarlardı. Ancak öldürülmesi için tüm yetki verilmişti." ifadelerini kullandı. İsmi açıklanmayan Amerikalı bir ulusal güvenlik yetkilisi Reuters'a "bu bir öldürme harekâtıydı" dedi ve "teslim olmak için beyaz bir bayrak sallamış olsaydı canlı olarak ele geçirilirdi" diye ekledi. Aynı haberde Obama yönetiminden üst düzey bir yetkilinin de baskına katılan harekâtçıların bin Ladin'in canlı olarak yakalanmasından ziyade öldürüleceğinin farkında olduğu yönündeki sözlerine yer verilmişti. Politico'daki bir haberde, adı açıklanmayan Amerikalı bir yetkili de harekâta katılacak kişilere "öldürme emri" verildiğini söyleyerek "Yetkililer, göreve katılacak kişileri haftalar öncesinden belirledi ve onları bu görev için hazırladı. Kendilerine 'sanırız Usame bin Ladin'i bulduk ve sizin göreviniz onu öldürmek.' dendi." ifadelerini kullandı.

Harekât sonrası Pakistan tarafından olayı soruşturma amacıyla oluşturulan Abbottabad Komisyonu'nun hazırladığı ve 8 Temmuz 2013'te kamuoyuna sızan raporda bin Ladin'i canlı ele geçirmek gibi bir amaç olmadığı, görevin "yakala veya öldür" görevi değil "öldür" görevi olduğu belirtilmekteydi.

2010 yılı sonlarında Obama'dan Panetta'ya, gerçekleştirilmesi muhtemel bir askerî harekât için seçenekleri belirlemesi yönünde bir talep geldi. Panetta bu bağlamda Ortak Özel Harekât Komutanlığı (JSOC) Komutanı Koramiral William H. McRaven'ı bin Ladin'in saklanma yeri konusunda bilgilendirdi. Ocak 2011'de Amerika Birleşik Devletleri Deniz Özel Harp Geliştirme Grubundan (DEVGRU) Brian adlı bir yüzbaşı CIA ile çalışması için atanırken, teşkilatın Langley'deki merkezinde kurulan çalışma ofisinde altı JSOC subayı ile birlikte baskın planı yapılmaya başlandı.

14 Mart'ta Beyaz Saray Durum Odası'nda, Obama ve ulusal güvenlik danışmanları arasında, nasıl bir girişimde bulunulacağının tespiti için bir toplantı gerçekleştirildi. Sunulan önerilerin çoğu, bir komando baskını veya hava saldırısının farklı versiyonlarıydı. Bazı önerilerde Pakistan kuvvetleriyle ortak bir harekât düzenlenmesi gündeme getirilse de Obama bu öneriyi desteklemedi. Obama'nın üst düzey danışmanlarından biri daha sonraları "The New Yorker"a, Obama'nın "Pakistanlıların bu sırrı bir saliseden fazla saklayabileceğine dair ciddi güven eksikliği vardı." dediği yönünde bir demeci de olmuştu. Toplantı sonunda McRaven'a bir baskın planı hazırlaması talimatı verildi.

29 Mart'ta gerçekleştirilen toplantıda McRaven, hazırlanan planı Obama'ya sundu. Sunulan öneri katılımcılar arasında fikir ayrılığı oluşturdu, bazıları baskın fikrini, bazıları hava saldırısını, bazıları ise istihbarat verileri artana kadar beklenmesini savunmaktaydı. Savunma Bakanı Robert Gates ve diğer askerî yetkililer bin Ladin'in komplekste olmama ihtimalini ve bu ihtimali göze alarak bir komando baskını düzenlenmesi riskinin alınması konusundaki çekincelerini dile getirdi. Gates'in yanı sıra Genelkurmay Başkan Yardımcısı General James Cartwright, Northrop Grumman B-2 Spirit hayalet bombalama uçaklarıyla saldırı yapılması fikrini destekledi. Öte yandan CIA, yeraltında bir sığınak olup olmadığını tespit edememişti. Böyle bir sığınağın olması halinde, saldırı için JDAM güdüm sistemiyle donatılan 32 adet 90 kg'lık bombanın germekteydi. Bu kadar mühimmatla, çevredeki bazı yapılar patlamanın etki alanında bulunacak, tahminlere göre evde yaşayanlar dışında bir düzineye yakın sivil hayatını kaybedecek ve bulunan kişinin bin Ladin olduğuna dair yeterli kanıt elde edilemeyecekti. Toplantı sonunda Obama bombalı saldırı planını rafa kaldırırken, McRaven'a baskın için provalar gerçekleştirme talimatı verdi.

McRaven, DEVGRU'yu oluşturan dört birimden biri olan Red Squadron'daki bazı harekâtçılardan bir ekip oluşturdu. Afganistan'dan Amerika Birleşik Devletleri'ne getirilen ekip, kendilerine görevlerinin ne olduğu tam olarak söylenmeden baskın için gerekli eğitimi almaya başladı. Bin Ladin'in saklanma yerinin 1:1 kopyalarının inşa edildiği Kuzey Karolina'daki Harvey Point Defense Testing Activity tesislerinde 10 Nisan'dan itibaren beş gün boyunca, Nevada'da ise 18 Nisan'da baskın provaları gerçekleştirildi. Nevada'daki mekân, baskında kullanılacak helikopterlerdeki rakımın yaratacağı etkiyi test etmek amacıyla yaklaşık 1.200 m (4.000 ft) rakıma sahipti. Öte yandan baskında kullanılacak helikopterler sessiz ve radarda görünme ihtimali düşük olarak tasarlanmıştı.

Bin Ladin'in, teslim olması durumunda Afganistan'daki Bagram Hava Üssü'nde tutulması planlanmıştı. Harekâtçıların baskın sırasında Pakistan kuvvetleri tarafından tespit edilmesi durumunda ise Genelkurmay Başkanı Amiral Michael Mullen Pakistan Genelkurmay Başkanı General Eşfak Kayani'yi arayacak ve harekâtçıların serbest bırakılması için görüşmelerde bulunacaktı.

19 Nisan'da gerçekleştirilen Ulusal Güvenlik Konseyi toplantısında Obama, helikopter baskınına geçici onay verdi. Baskında görev alacak personel ile McRaven Amerika Birleşik Devletleri'ndeki Oceana Deniz Hava Üssü'nden 26 Nisan günü bir Boeing C-17 Globemaster III ile kalktı, Almanya'daki Ramstein Hava Üssü'nde yakıt takviyesi yaptıktan sonra 27 Nisan'da Celalabad'daki Bagram Hava Üssü'ne iniş yaptı. Bagram'da hazırlanan kompleksin birebir kopyasında baskın provaları yapıldı.

28 Nisan'da Amiral Mullen son planını Ulusal Güvenlik Konseyi'ne sundu. "Kalabalığın arasından kaçmak" senaryosunun gerçekleşmesi durumunda ise Boeing CH-47 Chinook helikopter ile ek birlikler harekât sahası yakınlarında hazırda bekletilecekti. Başkan Yardımcısı Joe Biden dışındaki tüm katılımcılar baskın konusunda hemfikirdi. Önceleri insansız hava araçlarından yollanan füzelerle gerçekleştirilecek bir saldırı seçeneğini savunan Savunma Bakanı Robert Gates, ertesi gün fikrini değiştirerek helikopter baskını planını destekledi. Talimatı vermeden önce doğrudan McRaven ile görüşmek istediğini belirten Obama, bu görüşmede, Afganistan'a gitmesinin ardından kendilerine olan güvenlerini kaybettirecek bir şey yaşanıp yaşanmadığını sordu. Baskını gerçekleştirecek ekibin hazır olduğunu belirten McRaven, birkaç gece boyunca Abbottabad'da ay ışığı olmayacağını ve baskın için uygun zaman olduğunu söyledi.

29 Nisan günü Doğu Yaz Zaman Dilimi ile saat 8.20'de danışmanlarıyla son bir görüşme yapan Obama, görüşme sonrasında ertesi gün gerçekleşecek olan harekâtın emrini verdi. Aynı gün kendisine, havanın bulutlu olması sebebiyle harekâtın bir günlük gecikmeyle gerçekleştirilebileceği de bildirilmişti. 30 Nisan'da McRaven'ı bir kez daha arayan Obama, harekâtçılara başarılar diledi ve hizmetlerinden ötürü teşekkürlerini iletti. Ertesi gün saat 13.22'de Panetta, başkanın talimatlarını uygulayarak McRaven'a harekete geçmesi talimatında bulundu. Obama saat 15.00'ten sonra Beyaz Saray Durum Odası'nda ulusal güvenlik yetkilileriyle buluşurken odadaki ekranda, Lockheed Martin RQ-170 Sentinel insansız hava aracından gece görüşüyle çekilen görüntüler ve CIA merkezinden Panetta ile Afganistan'dan McRaven'ın da canlı görüntüleri yer almaktaydı. Yan ofisteki JSOC Komutan Yardımcısı Tuğgeneral Marshall Webb'in dizüstü bilgisayarına da RQ-170 insansız hava aracından çekilen canlı görüntüler verilmekteydi. Durum Odası'nda bulunanlardan Dışişleri Bakanı Hillary Clinton, 2014'te yayımlanan anı kitabı "Zor Seçimler"de ("Hard Ch