hkaha idi'.

1974'te, "Thomas Jefferson, Mahrem Bir Hikaye" ("Thomas Jefferson, An Intimate History") eserinde University of California, Los Angeles profesörü Fawn M. Brodie, Thomas Jefferson ve Sally Hemings arasından cinsel bir ilişki hikâyesinin muhtemelen doğru olduğunu savundu. Brodie, kitabında, her iki kişiyi de duygusal anlamda savunmasız ve tamamen insanî olarak sunmuştur. Jefferson, Hemings'in altı veya yedi açık tenli çocuğundan bir veya daha fazla çoğunun babası olmuştur ama Sally ile 38 yıl süren, sevecen ve muhtemelen tek eşli bir ilişki sürdürmüştür.

Monticello'nun bir kahyası olan Edmund Bacon'un anıları papaz Hamilton Wilcox Pierson tarafından 1862'de "Thomas Jefferson'un Özel Hayatı" adlı kitabı için kaydedilmişti. Bacon, Sally Hemings'in kızının, (muhtemelen Harriet'i kastediyordu) Jefferson'un olmadığını söylemiştir. Bacon'un ifadesini şüpheyle karşılayanlar Bacon'un Monticello'da çalışmaya 1806'da başladığına, ki bu tarih Harriet'in doğumundan beş yıl sonradır, ve Bacon'ın "büyük ev"de yaşamadığına dikkati çekerler.

Jefferson'un torunlarından ikisi, Hemings çocuklarının babasının Samuel veya Peter Carr olduğunu iddia etmiştlerdir. Bu Carr kardeşler Monticello'da yetişmişlerdi ve Jefferson'un kız kardeşi Martha'nın oğullarıydı. Torunlardan biri Hemings çocuklarının hepsinin Samuel'e ait olduğunu iddia etmişti; öbür torun ise onların Peter'e ait olduğunu iddia etmiştir. Torun Jeff Randolph, Sally Hemings'in çocuklarının Peter'a, Sally'nin kızkardeşi Betsey Hemings'in çocuklarının ise Samuel'e ait olduğunu söylemiştir. Biyografist Henry S. Randall'e göre, Carr kardeşler bunu kendisine itiraf etmiştir. Kız kardeşi Ellen Randolph Coolidge, Hemings'in çocuklarının Samuel'e ait olduğunu söylemiştir. 1998 DNA testi Carr sülalesi ile Hemings sülalesi arasında bir ilişki olmadığını kesin bir şekilde kanıtlamıştır.

Jefferson'un kızı Martha Jefferson Randolph'un çocuklarından birini biyografist Henry Randall'a dediğine göre, "Bay Jefferson ve Sally Hemings buluşmuş olamazlardı" - Jefferson'a en çok benzeyen çocuğun doğumundan "önceki onbeş ay boyunca birbirlerinden uzak duruyorlardı." Oysa Jefferson ve Hemings'in söz konusu dönemde Monticello'da bulunmadıkları iddiasını destekleyecek bir yazılı belge mevcut değildir, ve Hemings'in her bir çocuğunun doğumundan dokuz ay önce Jefferson Monticello'daydı.
Babalık iddialarını desteklemek için öne sürülen savlar arasında şunlar bulunur: (1) Hemings'in çocuklarının hepsinin peydahlanması Jefferson'un ya Paris veya Monticello'da bulunduğu zamanlara rastlar, hiçbiri onun uzun süreli yokluklarına rastlamaz; (2) Madison Hemings ve onu destekleyen, Monticello'daki bir diğer eski kölenin ifadeleri; (3) Hemings'in çocuklarının Jefferson'a fiziksel olarak benzediğine dair o dönemde yapılmış gözlemler; ve (4) Jefferson'un sadece Hemings'in çocuklarını azat etmesi ve kaçmalarına göz yumması.

Yukarıdakilere karşı savlar ise şunlardır: (1) Jefferson'un Monticello'da bulunduğu çoğu zamanda Hemings hamile kalmamıştır, Jefferson'un orada bulunduğu dönemlerde onun erkek akrabalarının da orada bulunma olasılığı daha yüksektir; (2) bir sözlü geleneğin güçlülüğü onun doğruluğunun bir ölçütü değildir, başka sözlü gelenekler ve anılarla çelişki olabilir; (3) Hemings çocuklarının babası Jefferson ailesinden başka biri olabilir, ve bunun sonucu çocuklar Jefferson'a benzeyebilir; ve (4) Hemings ailesinden olan ama Sally'nin çocuğu olmayan birkaç kişi daha azat edilmişti. 1781'de "Virginia Eyaleti Hakkında Notlar" adlı kitabında, Jefferson köle çocuklarının bir meslek edinip kendilerine bakabilecek hale geldikten sonra azat edilmelerini savunmuştu (Ancak, Hemings aile üyeleri dışında kimseyi serbest bıraktığına dair bir belge bulunmamaktadır).

19. ve 20. yüzyılın büyük bölümünde, Thomas Jefferson'un biyografistleri, onun bir köle ile çocuk yaptığı iddialarına karşı çıkmışlardır. Callendar'ın iddiaların dikkate alınmayacak derecede siyasi amaçlı olduğunu saymışlar, Madison Hemings'in yayımlanmış anılarının ise kendi statüsünü şişirmek amaçlı olarak yorumlamışlardır.
Erken dönem Amerikan ırk ilişkilerinin incelemesi muazzam bir eser olan "Siyah üzerine Beyaz" ("White Over Black") adlı eserinde Winthrop Jordan, Hemings-Jefferson ilişkisini inanılabilir ve dikkate almaya değer olarak ele almış, Sally Hemings'in her hamile oluşunda Jefferson'un Monticello'da olduğunu belirtmiştir. Fawn M. Brodie, 1974 tarihli Jefferson biyografisinde Hemings ailesi ve Hemings'in hamilelik zamanları hakkında ek bilgiler toparladı; ama bazı eleştirmenler Brodie'nin psikoananlitik yaklaşımına karşı çıkmışlardır. Dumas Malone, Douglass Adair, Virginius Dabney ve diğer yazarlar Brodie'nin argümanlarına itirazlar getirmiştir, Jefferson aile fertlerinin Carr kardeşler hakkındaki iddialarına dikkati çekerek. Bazı kurgusal eserler, Barbara Chase-Riboud'un "Sally Hemings" adlı romanı, Steve Erickson'un "Arc d'X" ve Merchant-Ivory filmi "Jefferson in Paris" ("Jefferson Paris'te") geniş kitlelere ulaşmış ve pek çok kişiyi inandırmışsa da, çoğu ana teamül tarihçisi Jefferson'un bir kölesiyle cinsel ilişkiye girmiş olmasının düşük olasılıklı bulmuştur.

Ancak, 1997'de, hukuk profesörü Annette Gordon-Reed, "Thomas Jefferson ve Sally Hemings: Bir Amerikan ihtilafı" ("Thomas Jefferson and Sally Hemings: An American Controversy.") adlı eserinde savlar ve kanıtlar hakkında bir inceleme yayımlammıştır. Gordon-Reed, Madison Hemings'in ifadesi lehinde ve aleyhinde kanıtların değerlendirilmesinde çoğu tarihçinin nasıl çifte standartlar kullandığına işaret etmiştir. Örneğin, Hemings'in babası hakkındaki ifadesi güvenilmez "sözlü tarih" olarak etiketlenmiş, buna karşın Jefferson ailesinde aktarılan hikâyeler güvenilir olarak değerlendirilmiştir, bunlar kendi aralarında ve yazılı belgelerle çelişse dahi. Tarihçiler Sally'nin babasının John Wayles olduğu ifadesinin çok az somut delil olmasına rağmen kabul etmektedir ama Saly'nin çocukları hakkında çok daha fazla kanıt istemektedir.

Gordon-Reed, yazılı belgelerin Madison Hemings'in iddiasını kanıtladığını değil, sadece uzmanların bu iddiaları haksız yere reddettiğini savunmuştur. Hemings çocuklarının babasının kim olduğu sorusunun cevabının ise, DNA analizi ile elde edilecek kanıtlarda bulunabileceğini öne sürmüştür.

Britanya bilimsel derigisi "Nature"ın 5 Kasım 1998 sayısında mevcut DNA delilleri hakkında bir araştırma yayımlandı. Eugene A. Foster tarafından yapılan çalışma dört grup erkeğin Y kromozomal haplotiplerini incelemiştir: Thomas Jefferson'un büyükbabasının; Thomas Woodson'un; Madison Hemings'in abisi Eston Hemings'in (kendisi sonradan Eston Jefferson adını almıştır); ve Carr kardeşlerin büyükbabası John Carr'ın soyundan gelenler.

Her durumda incelenen erkeklerin baba tarafından inmeleri şartı vardı, yani oğlunun oğlunun oğlu olmak. Sadece bu soylarda Y kromozomları muhafaza olabilir. Bu yüzden Thomas ve Martha Jefferson'un doğrudan ahvadı bu çalışmada incelenememiştir, çünkü ne bu soydan ne de Madison Hemings'in soyundan, babasoylu ahvad tespit edilememiştir.

Araştırmanın ana bulgusu, Jefferson ailesinin Y kromozomunun Eston Hemings'in ailesininki ile eşleştiği, buna karşın Woodson ve Carr ailelerinin Y kromozomlarının farklı olduğudur. Jefferson'un Eston Hemings'in babası olduğu konusunda kesin bir sonuç değildi bu, ama test edilen diğer aileler durumunda sonuç açıktı. Jefferson'un torunlarının iddiası olan, Sally Heming'in çocuklarının babasının Carr kardeşlerden biri veya ikisi birden olduğu doğru olamazdı. Bu çıkarımın hatalı olmasının yolu, ya a) Hemings'in başka erkeklerden de çocukları olmuş olması ve Carr kardeşlerin Eston dışında da çocuklar yapmış olmaları, ya da b) Carr kardeşlerin büyük babaları ile aynı Y kromozomuna sahip olmaması (gayrı meşruluk sonucu) ve Jefferson ailesinden birinin onların babası olması olabilirdi. Woodson ailesinin Jefferson soyundan olma iddiası da çürütüldü; Woodson soyundan beş kişi test edilmişti, doğruluğu garantilemek için. Buna karşın Eston Jefferson'un babasının "bir" Jefferson olduğu inkar edilmez bir bulguydu.

1998'den önce Hemings çocukları tarafından tüm yazılanlar arasında Madison Hemings'inki, DNA testi ile en uyumlu çıkmıştır. "Nature" dergisi bu nedenle bu çalışma için "Jefferson kölesinin son çocuğunun babasıydı" olarak başlık atmıştır. Makalenin yazarları bu başlığı "hatalı" olarak nitelemiştir çünkü ekibin vardığı sonuçları tam yansıtmamaktaydı.

DNA testleri 1) Carr kardeşlerinin Eston'un babalığıyla ilişkisini dışlamış ve 2) Jeffersonlar'dan herhangi birinin Thomas Woodson'un babası olduğunu da dışlamıştı. Buna karşın, Jefferson veya ailesinin bir diğer üyesinin tüm Hemings çocuklarının babası olduğunu kesin olarak kanıtlanmış değildir. Jefferson'un Randolph adında bir kardeşi vardı ve onun beş oğlu vardı. "Nature"da sonradan belirtilen bir diğer olasılık, Jefferson'un baba soyundan bir akrabasının, örneğin babası, veya büyükbabasının bir köle ile çocuk veya çocuklar yapmış olduğu, ve bu kölenin veya onun soyundan birinin Hemings'in çocuklarının babası olmuş olduğudur. Dr. Foster bu olasılıkların genetik verilere dayanarak dışlanamayacağını kabul etmiştir ama çok sayıda tarihsel delil günümüzde babanın Jefferson olduğunu belirtmektedir.

PBS Hour programındaki bir mülakat sırasında ilk Amerikan başkanları konusunda uzman olan meşhur biyografi yazarı Joseph Ellis konu hakkındaki fikrini değiştirdiğini söylemiştir:

"Nature" makalesinin ardından, tartışma büyüdü. 2000 ve 2001'de Jefferson-Hemings meseleleri hakkında iki büyük çalışma yayımlandı. Her iki çalışma da sonuçlarını desteklemek için, hem bilimsel hem tarihî pek çok kaynaktan yararlanmıştır.

Ocak 2000'de Thomas Jefferson Vakfı'ndan ("Thomas Jefferson Foundation", veya kısaca TJF) bir grup uzman, Nature makalesinin yayımlanmasının hemen ardından başlatılmış olan bir çalışmayı yayımladılar. Uzmanların hemen hemen hepsinin katıldığı sonuç "babalık mutlak bir kesinlikle belirlenemese dahi, mevcut en iyi kanıtlar üzerindeki incelememiz, Thomas Jeffers