an İngiliz hükümeti yazışmayı cevaplamadı. Kral, İngiliz konsolosunu ve heyetini ele geçirip zindana atarak bu saygısızlığa tepki göstermiş ve güya kralın annesinin onurunu kırmış olan misyonerin yakalanıp kamçılanmasını emretmiştir. Kralın mektubuna geciken yanıt, mektubu getiren heyetin esir alınıp hapsedilmesiyle sonuçlandı. Başarısız uzlaştırma çabalarının ardından İngilizler, askerî bir keşif heyeti göndererek meseleyi bastırmaya karar verdi. Ülke coğrafyacısı çok az tanındığı için harita yapma yetenekleri ile deneyimli bir gezginin, bunun sonucu olarak Markham'ın tayininin kuvvetlere eşlik etmesi gerektiğine karar verildi.

Napier'in birlikleri 1868 başlarında Kızıldeniz'de Annesley Körfezi'ne ulaştı. Markham, genel inceleme çalışmasına dair sorumluluğu ve özellikle kralın dağdan kalesi Magdaala'ya rota seçimiyle kuvvetin garnizon kurmaylığına iliştirildi. Deniz kıyısından güneye doğru 400 mil (640 km) sınır bölgesi boyunca karşılaştığı vahşi hayvan türlerini anlatan Markham aynı zamanda ekibin doğabilimcisi sıfatıyla da hareket etti. 10 Nisan 1868 tarihinde ansızın saldırılan Magdala'nın, savaşlarına Napier ile birlikte gitti. Kralın kuvvetleri, Napeir'in ilerleyen birlikleriyle karşılaşmaktan dağı sorumlu tutarken Markham: "Snider tüfekleri hiçbir Habeş birliğinin tahammül edemediği ateşi sürdürdü. En kahramanca mücâdelenin böyle çok büyük cephane eşitsizliği karşısında hiçbir şey yapamadığı yöntemlerle yok edildiler." diye kaydetti. Markham'a göre kralın kuruluşu keşfinden sonra galip birlikler, "sanki ölü bir kurnaz adam gibi Markham'a desteklerini kestiler". Markham, kralın kötü hareketlerinin sayısız ve korkunç zulümleri olduğu hâlde nihayet kahraman olarak öldüğünü ekledi. General Napier'in emirleriyle Magdala toprağa kadar yakılıp silahları imha edildi. İngiliz birlikleri ondan sonra ayrılmış ve Temmuz 1868'de Markham'a İngiltere'de arka çıkılmıştır. Bu seferberliğe hizmetlerinden dolayı Markham 1871'de Banyo Rütbesinin kavalyeliğine atandı.

Markham ... 1870'li yılların başlarında Kraliyet Deniz Harp Arktik keşif heyetine sorun olacak bu bağlantıları kullandı. Başbakan Benjamin Disraeli "İngiliz halkını hiç ayrım yapmamış olan deniz kıyısındaki kuruluşun yüksek manevî gücü"nü kabul etti. Keşif heyeti denize açılmaya hazır olduğunda Markham keşif heyetinin üç gemisinden birinde, HMS "Alert" gemisinde Grönland'a kadar eşlik etmeye çağrıldı. Markham bunu onaylayıp 20 Mart 1875 tarihinde konvoydan ayrıldı. Baffin Körfezi'ndeki ada gibi Disko'ya kadar "Alert" gemisinde kalan kâşif üç aylığına gözden kayboldu. Bu seyehatten: "Benim (bundan önce) hiç daha mutlu (geçen) bir turistik deniz yolculuğum olmamıştı ... yoldaşlardan bir soylu grubu hiç birlikte denize açılmadılar." diye bahsetti. Yurda doğru olan yolculuk "Valorous" bir kayalığa vurup önemli onarımları gerektirdikten sonra ertelenmişse de destek gemisi HMS "Valoruos" ile İngiltere'ye geri döndü. Diğer çeşitli çıkarlara karşı ilgisini artırmasıyla birlikte Markham'ın Hindistan Bürosundaki görevlerinden uzun süre uzak kalması üstlerinin istifasını istemelerine neden oldu. Markham ona emekliliği hak ettiren 22 yıllık hizmeti, garnizon nöbet işinden 1877 yılında emekli oldu.

Bu arada Kaptan George Nares'in emri altında asıl keşif heyeti HMS "Discovery" ve HMS "Alert" adlı iki gemiyle kuzeye doğru ilerlemişti. 1 Eylül 1875 tarihinde o tarihe kadar her gemiyle ulaşılan en yüksek enleme, 82°24'e ulaştılar. Markham'ın kuzeni Komutan Albert Hastings Markham tarafından kurulan kızak takımı ertesi bahar aylarında 83°20'lik "En Uzak Kuzey" rekorunu elde etti.

Kasım 1854'te Markham, Kraliyet Coğrafya Kurumunun yoldaşı seçilmişti. Kurum hemen onun coğrafyayla ilgili meraklarının kalbi olmuş ve 1863 yılında 25 yıllığına sürdürdüğü mevkiye, derneğin yazı işleri müdürlüğüne atanmıştır.

Nares Arktik keşif heyetini yükseltme çalışmasına ilâveten Kuzey Doğu yolculuklarından ikincisinin başarılı olmasından sonra İsveçli kâşif Adolf Erik Nordenskiöld için karşılama töreni organize eden ve Adolphus Greely ile George W. DeLong'un Amerika keşif seferlerinin gelişmesini izleyen Markham diğer Arktik kâşiflerinin çalışmasını takip etti. Hindistan Bürosundan feragati Markham'a daha fazla gezme vakti tanıdı. Avrupa'ya düzenli geziler yapmış ve 1885'te Beyaz Saray'da Başkan Grover Cleveland ile tanıştığı Amerika'ya gitmiştir. Yazı işleri müdürlüğü süresince Markham gezi hakkında sürekli olarak kitap ve biyografi yazmış olup birçok önemli belgeyi RGS ve başka kuruluşlara ibraz etmiştir. "Coğrafî Keşiflerin Gelişimi" konulu "Encyclopædia Britannica" (sekinci baskı) makalesinin de yazarıdır. Aynı zamanda halkça benimsenmiş tarih olaylarını da yazmıştır. RGS'de Markham, Kurumun her yıl alışılagelmiş olarak yayımlanan "Gezginler için İpuçları" adlı baskısı üzerindeki hataların düzeltilmesinden ve önceki baskıdan daha canlı bir biçimde "Kraliyet Coğrafya Kurumunun Tutanakları" adlı gazetenin reklamlar aracılığıyla yeniden halka sunulmasından sorumluydu.

Kurum'daki görevlerine paralel olarak sonradan kurumun başkanı olan Markham, 1886'ya kadar Hakluyt Kurumu'nun yazı işleri müdürlüğünü yaptı. Bu kuruluş için yaptığı çalışması çerçevesinde Markham özellikle Peru ile ilgili olan seyehatnamelerinin İspanyolcadan İngilizceye çok sayıda çevirisine bakmıştı. Zamanında aceleyle hazırlananları keşfeden ve kesinliğe ihtiyacı olan coğrafya bilginleri bu tercümelerin bazılarının kalitesi hakkındaki şüphelerini dile getirirlerdi. Yine de bu çalışma, kurumun yayınlarında 22 cilde ulaştı. 1873'te Markham, Kraliyet Kurumu'nun Akademi Üyeliğine atanmış ve sonraki yıllarda Birezilya Gül Rütbesi ile Portekiz İsa Rütbesi de dâhil olmak üzere çeşitli denizaşırı onur nişanları almıştır. Kısaca düşündü fakat mecliste kariyer yapma düşüncesinin peşine düşmedi. Markham, donanmaya özellikle de subayların eğitimine olan ilgisini sürdürdü. Ticarî subay eğitim gemileri, HMS "Conway" ile HMS "Worcester"ı sık sık ziyaret etmiş ve son bahsedilen baş kuruluşun üyesi olmuştur. 1887'nin başında, West Indies istasyonundaki filoyu ziyaret etmek için Kraliyet Donanmasının eğitim filosunu yöneten kuzeni Albert Markham'dan gelen daveti kabul etti. Markham, HMS "Rover" gemisinde deniz yarsubaylığı yapmış olan Robert Falcon Scott ile 1 Mart 1887 tarihinde ilk bulaşmasını gerçekleştirdiği süre boyunca HMS "Active" amiral gemisinde üç ay geçirmiştir. Scott, Markham tarafından fark edilip anımsanan karşılaşmada, sahil koruma botları arasında yapılan bir yarışta galip geldi.

Keşif üzerinden ayrıcalıklı eğitim ile ortaya çıkan derneğin yeni politikaları ile üstünlükte kendisini bulan Markham, Mayıs 1888'de derneğin yazı işleri müdürlüğü mevkisinden istifa etti. "25 yılın hizmetinden sonra yazı işleri müdürlüğünden emekliye ayrılması üzerine ... coğrafya yazını ile elde ettiği başarılarının değerinin bilinmesiyle" derneğin kuruculuk madalyasıyla ödüllendirildi.

Sonraki birkaç yıl seyahat ve kitap yazmayla dolduruldu. Eğitim filosu ile yapılan daha fazla gemi gezisi ve Baltık ile Akdeniz'e yapılan uzun ziyaretler vardı. Bu yolculukların birisinin seyri boyunca 1893'te Markham, Kraliyet Coğrafî Derneğinin gıyabında Başkanlığına atandı. Bu beklenmeyen yükseliş, Markham'ın hangi konularda sessiz kaldığı hakkındaki kadın üyelerin sorusu üzerinde dernek içinde çatışmayla sonuçlandı. Temmuz 1893'te konu özel bir genel toplantıya bırakıldığında kadınları derneğe alacak teklif, ayrıcalıkla gönderilen ezici bir kartpostal oy pusulasına rağmen güç belâ iptal ettirildi. Bu şartlarda Derneğin Başkanı M. E. Grant Duff bürosunu bıraktı. 22 mevcut kadın üyeye dernekte kalmaları için imkân verilmiş fakat derneğin politikalarını değiştirdiği Ocak 1913'e kadar artık derneğe alınmamışlardır. Markham—ele alınan diğer şahısların—yerine geçen birisi olarak ilk seçenek olmasa da kadın üye tartışmasından uzak durup üyeliğe açık olarak kabul edilebilirdi. Başkanlığa erişmesinin ardından coğrafyaya olan hizmetlerinin tanınmasıyla Markham, Şövalye Komutanlık rütbesine doğru Banyo Rütbesine yükseltilip Sir Clements Markham olmuştur.

Birkaç yıl sonra yazılmış bir mektupta Markham, bazı büyük kuruluşların benimsenmesiyle "derneğin sağlam ününü eski hâline getirecek" kadınlar üzerindeki tartışmanın ardından başkanlık varsayımında gerek duyduğunu söyledi. Bu misyon için temel olarak Antarktika keşfini seçmiş, James Clark Ross'un daha önceki elli yıllık keşif seferlerinden beri hiç önemli bir Antarktika keşfi olmamıştı. Derneğe yeni bir hız kazandırma dürtüsü, "güneyde hâlen var olan önemli sorunları giderecek bir sefer"e çağıran deniz bilimci Prof. John Murray tarafından 1893 yılında derneğe verilen bir konferans sayesinde sağlandı. Murray'a karşı Kraliyet Coğrafî Derneği ve Kraliyet Derneği aralarında, İngiliz Antarktika keşif seferi için mücâdele edecek karma bir kurul kurdu. Markham bütün başkanlık yetkilerini bu sorunun ilerletilmesine adadı.

Coğrafya derneği, Ağustos 1895'te altıncı Uluslararası Coğrafya Kongresi'ne ev sahipliği yaptığında Murray'ın Antartik keşfinin yeniden başlatılmasına dair çağrısı iki yıl sonra tekrar ele alındı.

Antarktik Bölgelerinin keşfi[ne] gene girişilecek coğrafî keşfin en büyük parçası[olan]dır. Böylesine sistematik bir keşiften kaynaklanan bilimin hemen her dalında bilgi birikimine ilâveler karşısında, Kongre, dünya genelindeki bilimsel cemiyetlerin teşvik etmeleri gerektiği; bütün yöntemin onlara en etkili yöntem olarak gözüktüğü; bu çalışmaya yüzyıl başlamadan önce girişilmesi gerektiği izlenimlerini bırak[ır.]an

bu "Kongre" ittifak kararını geçmiştir.

Bu karara karşı İngilizlerin cevabını hazırlayan karma kurulda görüş ayrılıkları mevcuttu. Markham ve Kraliyet Coğrafya Cemiyeti'nin görüş birliğinin büyük kısmı, donanmanın şanını hayata döndürmenin vesilesi olarak yeni bir Ulusal Antartik Keşif Seferi'ni görüşüp gereği olarak keşif seferini düzenlemeyi istediklerinde Murray ve Kraliyet Cemiyeti geniş çapta sivil olan bir keşif seferine karşı geldiler. Markham'ın azmi, 1900 yılında keşif seferinin genel komutan