uk onayı üzerine geri çekilmeye başlayan Tokugawa Yoshinobu, Kaiyō Maru gemisiyle Osaka’dan çıkarak Edo’ya çekilir. Liderlerinin geri çekilmesinden ve yerel daimyoların saf değiştirmesinden ötürü morali bozulan ordu geri çekilir. Toba-Fushimi Muharebesi olarak adlandırılan bu savaş Osaka Kalesinin teslim olmasıyla beraber 8 Şubat günü sona erecektir.

Aynı sıralarda, 28 Ocak 1868 günü Şogun kuvvetleri ile Satsuma donanması arasında Awa Deniz Muharebesi yapılır. Bu savaş iki modern donanma arasında Japonya’da yapılan ilk savaştır. Küçük ölçekli olan bu savaş Şogun yönetimi lehine sonuçlanacaktır.

Diplomatik cephede ise Hyōgo (günümüzde Kobe) Limanında toplanan yabancı ülke elçileri Şubat ayında yaptıkları açıklamada Şogun yönetiminin hala Japonya’daki yasal iktidar olduğunu belirterek Tokugawa Yoshinobu’yu umutlandırmıştır. Yoshinobu özellikle Fransa’nın kendisinden yana askeri müdahale yapma ihtimalini düşünmüştür. Ancak bu açıklamadan birkaç gün sonra yabancı diplomatik misyonları ziyaret ederek Şogun yönetiminin lağvedildiğini, buna rağmen limanların uluslararası ticarete açık kalacağını, yabancıların güvenliğinin sağlanacağını bildirince yabancı temsilcilikler yeni hükümeti tanımaya karar verecektir.

Bu dönemde yeniden yükselen yabancı karşıtlığı çok sayıda saldırının gerçekleşmesine sebep olacaktır. Dupleix savaş gemisine bağlı on bir Fransız askeri Tosa samurayları tarafından 8 Mart 1868 günü Sakai Olayı sırasında öldürülür. On beş gün sonra İngiliz elçisi Sir Harry Parkes Kyoto sokaklarında saldırıya uğrar.

Şubat ayından başlayarak Fransız elçisi Léon Roches’in girişimleriyle imparatorluk kuvvetlerinin ilerlemesini Edo önlerindeki Odawara’da durduracak bir plan tasarlanır. Ancak plan bizzat Yoshinobu tarafından reddedilince Léon Roches görevinden istifa eder. Mart ayında İngiliz elçisi Parkes’ın girişimleriyle hazırlanan tarafsızlık antlaşması tüm yabancı devlet temsilcilerince imzalanır, buna göre hiçbir ülke Japonya’daki siyasi sorun çözülene kadar savaşan taraflara silah vb yardımda bulunmayacak ve askeri anlamda yanında yer almayacaktır.

Saigō Takamori muzaffer imparatorluk ordularıyla Japonya’nın kuzey ve doğusuna doğru ilerleyecek ve Kōshū Katsunuma Muharebesini kazanacaktır. Mayıs 1868’e gelindiğinde Edo kuşatılmıştır. Şehir, Şogun yönetiminin Savaş Bakanı Katsu Kaishū tarafından teslim edilecektir. Bazı birlikler Edo’nun düşüşünden sonra da savaşmaya devam etse de 4 Temmuz 1868 günü yapılan Ueno Muharebesiyle direniş sona erer.

Karada bu gelişmeler yaşanırken Şogun donanmasının komutanı Enomoto Takeaki, gemilerini teslim etmeyi reddeder. Sadece dört gemisini imparatorluk güçlerine teslim eder, geriye kalan sekiz buharlı savaş gemisi ve 2 bin kişilik mürettebatıyla beraber kuzeye kaçar. Amacı kuzeydeki Şogun yönetimi yanlısı daimyolarla beraber karşı saldırı düzenlemektir. Beraberinde Fransız Ordusundan resmen istifa etmiş olan ve artık isyancı konumundaki birliklere katılan Fransız eski askeri danışmanlardan Jules Brunet ve ekibi de bulunmaktadır.

Yoshinobu’nun teslim olmasından sonra Japonya’nın büyük bir kısmı imparatorun otoritesini kabul etse de kuzeyde Aizu klanının öncülüğünde direniş sürer. Mayıs ayına gelindiğinde çok sayıda kuzey daimyosu imparatorluk ordularına karşı savaşmak için bir ittifak oluştururlar. Kuzey İttifakı olarak adlandırılacak bu oluşum Sendai, Yonezawa, Aizu, Shonai ve Nagaoka bölgelerinden oluşmaktadır ve 50 bin kişilik askeri kuvvete sahiptir. İmparatorluk ailesine bağlı prenslerden Tokugawa Şogun yönetimine bağlı savaşçılarla beraber kuzeye kaçmış olan bir tanesi ittifakın başına İmparator Tobu olarak geçirilerek oluşuma yasallık kazandırılmak istenir.

Şogun yönetimi donanma komutanı Enomoto ve beraberindeki gemiler 26 Ağustos günü Sendai Limanına ulaşır. Kuzey İttifakı askerleri sayıca üstün konumda olsa bile teçhizat açısından çok zayıftır ve geleneksel silahlarla donatılmışlardır. Modern silah ve ekipmandan yoksun olan birlikler ağaçtan yapılan toplar kullanılmaya çalışılmıştır. Alman silah taciri Henry Schnell aracılığıyla 2 bin Fransız tüfeği satın alınmıştır.

Mayıs 1868’de Nagaoka daimyosu Hokuetsu Muharebesinde imparatorluk kuvvetlerine zayiat verdirse de kalesi 19 Mayıs günü düşer. İmparatorluk kuvvetleri kuzeye doğru ilerlemeye devam eder. Bonari Geçidi Muharebesinde Shinsengumi ve Ekim 1868’deki Aizu Muharebesinde ise Aizu Wakamatsu kaleleri düşer. Kuzey İttifakı için Sendai bölgesi artık elden çıkmaktadır.

İttifak paramparça olmuştur. 12 Ekim 1868 günü Sendai’den kaçarak Hokkaidō’ya doğru yola çıkan gemilerde Şogun yönetimine bağlı kalan Otori Keisuke komutasında bine yakın asker, Hijikata Toshizo komutasındaki Shinsengumi birliklerinden geriye kalanlar, Hitomi Katsutarō komutasındaki gerilla (yugekitai) birlikleri ve çok sayıda Fransız askeri danışman (Fortant, Garde, Marlin, Bouffier) bulunmaktadır.

26 Ekim günü Edo’nun ismi Tokyo olarak değiştirilir ve Meiji dönemi resmî olarak başlar. Aizu bölgesindeki Byakkotai (Beyaz Kaplan Birlikleri) toplu olarak intihar eder. Aizu kalesi kesin olarak 6 Kasımda düşecektir.

Yenilginin ardından Hokkaidō'ya kaçan Enomoto Takeaki, donanmasından geriye kalan denizciler ve Fransız askeri danışmanlar ile birlikte adada bağımsız bir yönetim kurmak amacıyla hükümet kurma hazırlıklarına girişirler. 25 Aralık günü Ezo cumhuriyetinin kuruluşunu ilan ederler. Japonya topraklarında kurulan ilk ve tek cumhuriyetin cumhurbaşkanı Enomoto olur. Yeni yönetim Hakodate’de bulunan yabancı ülke temsilcilikleriyle görüşseler de uluslararası destek alamazlar. Enomoto imparatorluk ile Tokugawa Şogun yönetimi toprakları üzerindne müzakere etmek istese de bu talep reddedilir.

Kış ayları boyunca Hakodate bölgesine yığınak yapılır ve Goryokaku kalesi merkezde olacak şekilde bir savunma hattı inşa edilir. Orduda Fransız – Japon ortak komuta sistemi geliştirilir, buna göre başkomutan Ōtori Keisuke olurken yardımcısı Fransız yüzbaşı Jules Brunet olacaktır.

İmparatorluk donanması Miyako Limanına 20 Mart günü ulaşır. Deniz harekatının bu yönden geleceğini önceden kestiren Ezo savaşçıları Kotetsu zırhlısını ele geçirme planı yaparlar. Hijikata Toshizō komutasındaki üç savaş gemisi sürpriz bir saldırı için harekete geçerler ve Miyako Körfezi Deniz Muharebesi olarak bilinen muharebe meydana gelir. Muharebe Tokugawa tarafı için yenilgiyle sonuçlanır. Kötü hava koşulları, gemilerdeki motor sorunları ve imparatorluk askerleri tarafından yoğun olarak kullanılan modern Gatling tüfeği yüzünden gemilere çıkmaya çalışan samuraylar yenilirler.

İmparatorluk kuvvetleri Japonya’daki durumlarını iyice sağlamlaştırdıktan sonra Nisan 1869’da yeniden adaya geleceklerdir.

Bu tarihte adaya geri dönen imparatorluk donanması ve 7 bin askerle Ezo çıkarması başlar. Hakodate Muharebesinde Japonya’nın ilk geniş ölçekli modern deniz savaşı gerçekleşecektir. Durumun umutsuz olduğunu gören Fransız askeri danışmanlar Hakodate Körfezindeki Fransız gemisi Coëtlogon’a geçerek Yokohama üzerinden Fransa’ya geçerler. Japonya bu askerlerin Fransa’da yargılanmalarını talep etse de Fransa’da yoğun destekle karşılanan askerler yargılanmayacaktır.

Enomoto sonuna kadar savaşmaya karalı olsa da Otori tarafından teslim olmaya ikna edilir. Enomoto 18 Mayıs 1869 günü Meiji İmparatorunun egemenliğine boyun eğer, Ezo Cumhuriyeti ise 27 Haziran 1869 günü sona erer.

Zaferin kazanılmasından sonra yeni hükümet ülkeyi tek ve güçlü bir yönetim altında birleştirme yolunda adımlar attı. İmparatorun sarayı 1868 yılı sonunda Kyoto’dan Tokyo’ya taşındı. Merkezden uzak bölgelerin siyasi ve askeri güçleri kısıtlandı, bölge valileri merkezden atanır hale geçildi. Önemli bir reform da samuray sınıfının mallarına el konulup tamamen tasfiye edilmesi oldu. Bazı samurayların yönetim kademelerine geçmelerine izin verilse de çoğu yoksulluğa mahkûm olacaktı. İç savaşta önemli rol oynayan güney bölgeleri Satsuma, Chōshū ve Tosa zaferden sonra kurulan hükümette ve devlet kademelerinde uzun süre önemli mevkileri işgal etmiştir. Bu durum çoğunlukla Meiji oligarşisi olarak nitelendirilecek ve kurumsallaşacaktır. 1869 yılında Boshin Savaşında hayatını kaybedenler için Tokyo’da Yasukuni Tapınağı inşa edilecektir.

Şogun yönetminin önde gelen savunucuları hapse atılacak ancak idam edilmeyeceklerdir. Bunda Saigō Takamori ve Iwakura Tomomi’nin yanı sıra İngiliz elçisi Parkes’ın da etkisi bulunmaktadır. Parkes yeni yönetimin bağışlayıcı olmasının Avrupalı güçler için önemini vurgulamıştır. Birçok lider iki veya üç yıl hapis cezasından sonra yeni hükümete hizmet edeceklerdir. Ezo Cumhuriyetinin kurucularından olan Enomoto Takeaki, hapisten çıktıktan sonra Rusya ve Çin elçiliği görevlerini üstlenecek, bir dönem de Eğitim Bakanlığı yapacaktır.

İmparatorluk ilk başta yola çıkış sebeplerinden olan Japonya’daki yabancı etkisini sona erdirme amacını sürdürmeyecektir. Bunun yerine ülkenin modernizasyonu için ilerici ve uzlaşmacı bir siyasi hat izlenecektir. Yabancı ülkelerle yapılan bazı haksız antlaşmalar yeniden masaya yatırılacak ve bu siyaset fukoku kyōhei (富国強兵, zengin ülke, güçlü ordu) olarak tanımlanacaktır. Yabancılar karşı değişen bu yaklaşımın ilk işaretleri Boshin Savaşı sırasında verilmiştir; Kyoto’da 1868 yılı Nisan ayında asılan tabelalarda yabancılara saldırı kesinlikle yasaklanmıştı. Ayrıca savaş sırasında Meiji İmparatoru Kyoto, Osaka ve Tokyo’da sürekli olarak yabancı heyetlerle temas halinde olmuştu.

Meiji döneminde Avrupalılarla ilişkilerde gelişme gözlense de Fransa le ilişkiler soğuktu. Fransa iç savaş sırasında Şogun yönetimini desteklediği için ilişkilerin gelişmesi zaman alacaktı. Savaştan sonra ilk olarak 1874 yılında Fransa askeri heyeti Japonya’ya davet edilecek, bunu diğer heyetler takip edecektir. 1886 yılında imzalanan antlaşmayla Fransız mühendis Louis-Émile Bertin, Japon donanmasının yenilenmesi ve geliştirilmesi projesini yürütecektir. Meiji hükümeti, Şogun yönetiminin açtığı doğrultudan ilerlerken ülkeyi modernleştirecek ve ulusal birliği sağlayacaktır.

Tahta çıkması üzerine yaptığı