ini Stephen Sommers yapmıştır. Dünya çapında yaklaşık 301 milyon $ hasılat yapmıştır. Devam filminin çekilmesi düşünülmektedir.

Yakın bir gelecekte, silah uzmanı James McCullen (Christopher Eccleston) bir şehrin tamamını yok edebilecek nanoteknoloji tabanlı bir silah üretir. Silah uzmanının şirketi M.A.R.S. NATO'ya dört savaş başlığını satar, ve NATO askerleri savaş başlıklarını teslim etmekle vazifelendirilir. Duke (Channing Tatum) ve Ripcord (Marlon Wayans) teslim görevi üzerindeyken Baroniçe (Sienna Miller) tarafından kıstırılırlar.Duke Baroniçenin eski nişanlısı Ana Lewis olduğunu fark eder. Duke ve Ripcord bir Joe ekibi taradından kurtarılır ve bu ekipte Scarlett (Rachel Nichols), Snake Eyes (Ray Park), Breaker (Saïd Taghmaoui) ve Heavy Duty (Adewale Akinnuoye-Agbaje) bulunur. Savaş başlıklarını The Pit (çukur) adı verilen Mısır'daki Joe'ların merkez üstüne götürürler. 
Vardıkları zaman G.I. Joe takımının lideri General Hawk (Dennis Quaid) ile karşılaşırlar. Hawk savaş başlıklarının kontrolünü teslim aldıktan sonra Duke ve Ripcord'a gitmelerini söyler. Ancak Duke'un Baroniçeyi tanıdığını söylemesi ve sadece takıma katılırsa bilgileri vereceğini söylemesi üzerine takıma girerler.

McMullen, Doktor'un (Joseph Gordon-Levitt) yardımıyla nanoteknoloji kullanarak kendisine bir ordu yaratmak ve savaş başlıklarını Dünya'da kaosa neden olması ve yeni dünya düzenini kurmak için kullanma istemektedir. Savaş başlıklarının üzerinde bulunan izleme sistemiyle McCullen G.I. Joe takımının üssünü belirler ve oraya Zartan'ın (Arnold Vosloo) yardımlarıyla savaş başlıklarını çalmaları için Baroniçe ve Storm Shadow'u (Byung Hun-Lee) yollamıştır. Dövüştükten sonra Storm Shadow ve Baroniçe savaş başlıklarını almış ve onları aktif hale getirebilmek için Baroniçe'nin kocası Baron DeCobray'e gitmişlerdir. Paris'te Joe takımı Baroniçe ve Storm Shadow'u füzeyi fırlatmadan durdurmaya çalışırlar ama başarılı olamazlar. Nanoteknolojik hücreler Eyfel kulesi ve çevresindeki bazı alanı yok etmeye başlar ancak Duke'ün durdurma butonuna basmasıyla tehlike orada durur. Her ne kadar bu konuda Duke başarılı olsa da Eyfel Kulesi artık geri dönülemez bir hale gelmiştir, Duke yakalanır ve McCullen'in Kuzey Kutbundaki üssüne götürülür.

Joe takımı McCullen'in gizli üssünü bulur ve oraya vardıklarında üç savaşbaşlığı fırlatılmak üzeredir. Snake Eyes fırlatıldıktan hemen sonra bir tanesini patlatır. Scarlett, Breaker ve Snake Eyes üsse sızarken, Ripcord kalan füzeleri çalıntı M.A.R.S prototipi Night Raven jetiyle takip etmeye karar verir.Snake Eyes ve Storm Shadow düelloda karşı karşıya gelirler ve Snake Eyes galip gelir. Duke burada ilginç bir gerçeği öğrenir. Bu gerçek ise kendi kabusları olan,nişanlısını terketmesine neden olan Ana'nın Duke'nin yanlış hava saldırısı işaretlemesi yapmasıyla öldüğü zannedilen Rex Lewis'in Doktor olduğudur. Rex o ambarda Doctor Mindbender (Kevin O'Connor) ile karşılaşmış ve nanoteknolojiyi ondan öğrenmişti. Bilgileri alması çok uzun sürmüştü ve bu nedenle patlamada çıkamadı. Baroniçe Duke'ü serbest bırakır. Baroniçe ve Duke Rex'in dört sene boyunca nanoteknolojiyle Ana'yı yönettiğini anlarlar. Duke'ü öldürmeyi denerken McCullen'in yanar ve böylece o ve Doktor kaçış aracına yönelirler. Duke ve Baroniçe onları takip eder ve bu arada Doktor üssün kendini imha etmesi için gerekli hareketleri yapar. 
Doktor McCullen'in yanan yüzünü nanomitlerle tedavi eder ve bunun sonucunda McCullen kendi kontrolüne girer. Ona "Destro" ismini verir ve kendini Kobra'nın komutanı ilan eder. J.I. Joe ekibi tarafından yakalanırlar. Doktor ve Destro özel hücrelerine yerleştirilirler. Baroniçe vücudundan nanomitler çıkarılana kadar gözetim altında tutulacaktır. Zartan ise bu işten en karlı çıkarak nanomitlerin yüzünü değiştirmesiyle Amerika Birleşik Devletleri başkanının yerine geçer.

G.I. Joe Takımı

Cobra

Diğerleri

2003'te, Amerikan yapımcı Lorenzo di Bonaventura, ileri askeri teknoloji hakkında bir film yapmak istedi. Hasbro'dan Brian Goldner onu aradı ve G.I. Joe üzerine bir film yapma teklifi sundu. Daha önce de birlikte çalıştıkları olmuştu. Goldner ve Bonaventura senaryo üzerinde üç ay uğraştılar ve senarist olarak senaryosunu beğendikleri 300 Spartalı filminin senaristi Michael B. Gordon'ı seçtiler. Bonaventura ana karakterlerin hikâyelerinin ön tarafta olmasını istedi ve Rex'i ise Duke'yi daha iyi anlamak amacıyla yarattı. Rex'e ismi ise Hasbro tarafından verilmiştir. Don Murphy filmi çekmeye karar verdi ancak Irak Savaşı'nın patlak vermesi sonucunda bu filmin uygunsuz olacağını düşündü ve başka bir Hasbro projesi olan Transformers filmine odaklanmaya karar kıldı. Bonaventura filmle ilgili düşüncesini şöyle belirtiyor; "Joe Takımının ve Duke'nin uğruna savaştıkları şey bence Dünya üzerindeki herkesi ekrana bağlayacağı düşüncesindeyim"

Şubat 2005'te Bonaventura için Dört Kardeş filminin senaryosunu yazan Paul Lovett and David Elliot, Gordon'un taslağını yeniden gözden geçirdiler. Yazdıkları senaryoda Rex mutasyona uğrar ve Destro'nun ve Kobra'nın Komutanı olur. Skip Woods Mart 2007de senaryoyu tekrar düzenlemiştir ve Action Man dan bilinen Alex Mann karakterini hikâyeye dahil etmiştir. Bonaventura: "Başkan bizi uluslararası öyle bir pozisyona koydu ki G.I. Joe adında bir film çıkarmak imkânsız hale geldi. Yeni bir karakter eklemek yapmak için eğlenceli bir şey." demiş ve böyle açıklama getirmiştir. Senaryo bir süre sonra internetteydi. Bu taslakta Scarlett Action Man ile evliydi fakat Duke'e beslediği hisler vardı ve Baroniçe tarafından öldürüldü. Snake-Eyes konuşur fakat hikâye sırasında ses telleri kesilir ve sessizliğe boğulur. Mayimbe Stuart Beattieye senaryoyu düzenlemesi teklifi yaptı. Metin incelemesinden sonra hayranların filme bakışı negatifti. Art arda gelen düzenlemelerden sonra Bonaventura "Umuyorum bu sefer doğru yapıyoruzdur" dedi. Kobra'nın yaratılışında bir eksiklik olduğunu kabul etti ve "Onlar, orada muhtemelen en aptal kötü organizasyonuydu [Çizgi filmde öyle yansıtıltı]" diye ekledi. Hasbro Kobra'yı senaryoya dahil edebileceğini söyledi.

Ağustos 2007'de Paramount Pictures Brad Grey'e sunumundan sonra filmi çekmesi için Stephen Sommersı işe aldı. Sommers J.I. Joe Dünyasıyla tanışma fırsatını Hasbro'nun Rhode Islanddaki merkezinde bulmuştur. Bonaventura'nın Murphy ile beraber çalıştığı Transformers'daki başarının nedenini buldular. Sommers düşünmeden imzaladı çünkü bu proje ona James Bondu hatırlattı ve Thunderball filmine gönderme yaparak su altı savaş sahnelerini ekledi. Senaryoyu tekrar yazması için Stuart Beattie filme alındı ve G.I. Joe'nun yaratıcısı Larry Hama filme danışman olarak alındı. Hama hayranların sevmediği bazı şeyleri değiştirmede yardımcı oldu ve bunun filmi çizgi roman serisine daha da yaklaştıracağını söyledi, kararlaştırılan senaryo hayranlar tarafından da sevildi. Snake-Eyes'ın filmin sonundaki konuşup konuşmaması hakkında görüşünü belirtti ve onları ikna etti. 2007-2008 yazar grevlerinden önce senaryoyu bitirebilmek için John Lee Hancock, Brian Koppelman ve David Levien yardımcı olmuşlardır. Goldner asıl olarak J.I. Joe'nin çizgi filminin yerine çizgi romanlarından esinlendiklerini söylemiştir. Sommers hikâyenin grev yüzünden geri kalacağını ve böylece aşırı zengin bi altyapısının olamayacağını söylemiştir.

Bazı kişiler Paramount'u hikâyeyi değiştirmekle suçlamış ve Hasbro ise böyle birşeyin olmadığını söylemiştir.

Film 11 Şubat 2008 tarihinde Los Angeles'ta çekilmeye başlanmıştır. Çukur'un ilk iki katı Downey'e yapılmıştır ve gerisi ise özel efektlerle desteklenmiştir. Destro'nun M.A.R.S üssü yine Downey'de kurulmuştur.

Barrandov Studios'daki film aşamaları ise Mayıs ayında başlamıştır. Pragdaki Old Town'ın yönetimini ekip devraldı. 26 Nisanda filmin çekiminde fireni tutmayan bir araç ve diğer araçlar ve otobüsün birbirine çarpmasıyla bazı insanlar yaralandı. Yaralananların ağır yaralı olmadıkları bildirildi. Filmin çekimine ancak bir ay sonra devam edilebildi. İkinci ekip ise Paris, Mısır, Tokyo, Kuzey Kutbu ve sualtı kısmını çekti.

Summors silahlarla ilgili okuduğu kitap ve dergilerden filmde kullanılan teknolojilerin 10 ile 20 yıl arasında kullanılacağına %100 emin. Summors görünmezliğin imkânsız olduğuna inanıyor ancak bir fotoğraf makinesinin arka taraftan aldığı görüntüyü ön tarafa iletmesiyle sanal görünmezliğin oluşturulabileceğine inanıyor. Üretim tasarımcıları, Destro'nun özel denizaltısının içini Handley Page Jetstream'a yaptı. Aktörlerin görevlerinde yardımcı olabilmek için senaryoya kıyafetler eklenmiştir. Beattie buna bir insanın bir aracı hiçbir araca binmeden takip etmesi olarak tanımlıyor.

Bonaventura Amerika Birleşik Devletleri ordusunun filme yardımının az olacağını düşündü çünkü senaryo kurgusaldı. Film yapımcıları Orta Doğu kullanıldıkları için MRAP araçlarını kullanmayı reddetti ve sonrasında filmi Fort Irwin Military Reservation'da çekmeye karar verdi. Bazı eleştirmenler filmin Team America: World Police filmiyle benzerliğine dikkat çekmiştir.

Altı görsel efekt firması bu projede çalıştı. Aralarında en önemli işi Paris'teki kovalama ve aksiyon sahnelerini Digital Domain yapmıştır. Eyfel Kulesinin yıkılış sahnesinde metal parçalarının nasıl zarar göreceğini belirlemek için yeni bir program yazılmıştır. Digital Eyfel Kulesini yapmak için teknikerler Eyfel'in projelerini aldı ve kompleks bir şekilde bunu oluşturdu. Nanomitler iki firma tarafından yapılmıştır. Bunlardan birisi Digital Domain, diğeri ise aletleri,gökyüzü ve bulutları oluşturan Prime Focus VFX'dir. Senaryonun çukur,son yeraltı savaşları gibi büyük kısmı bilgisayar efektleriyle oluşturulmuştur.

G.I. Joe: The Rise of Cobra'nin müziği Alan Silvestri tarafından yapılmıştır. Sountrack albümü 4 Ağustos 2009 tarihinde Varèse Sarabande Records tarafından çıkarılmıştır.

Filmin galası 6 Ağustos 2009'da Grauman's Chinese Theater'da yapılmıştır. Seyircilerin karşısına ise 7 Ağustos 2009 tarihinde çıkmıştır. Türkiye’ye ise 7 Ağustos 2009 tarihinde yayınlanmıştır.

Film gösterime çıktığı haftasonu Amerika'da