riye arasında “bir iletişim kanalı” olarak görüyordu .

İsrail Cumhurbaşkanı Şimon Peres, Kasım 2007’deki üç günlük Ankara gezisinde, Türkiye Cumhurbaşkanı Abdullah Gül’le görüştü ve TBMM’ye konuştu. Gül, alı koyulan üç İsrailli asker; Gilad Şalit, Ehud Goldwaasser ve Eldad Regev’in özgür bırakılmaları konusunda yardım edeceği sözünü verdi 

Türk hükümetinin 2008-2009 İsrail-Gazze savaşını kınamasıyla birlikte, iki ülke arasındaki ilişkiler gerildi . Aralık 1987’de Türkiye, Filistinlilerin kendi geleceklerini tayin etmelerine yardım edeceğini deklare etmişti. 2004 yılında, Türkiye, Şeyh Ahmed Yassin suikastını kınadı. Türkiye İsrail’in Gazze şeridi politikasını “devlet destekli terörizm” olarak tanımladı . İsrail’in Gazze’deki operasyonlarıyla ilgili Türkiye’nin her yerinde protestolar vardı .

5 Mart 2009’da, İsrailli günlük gazete Ha’aretz, İsrail ve Türkiye ilişkilerinin tekrar düzelmesi için “yüksek seviyede gizli uzlaşma görüşmeleri” nin yapıldığını yazdı . Bu yazı Türk gazetelerinde de paylaşıldı .

11 Ekim 2009 tarihinde Türkiye, İsrail, ABD ve İtalya’nın içinde bulunduğu bir hava egzersizi gerçekleşecekti. Ama Türkiye, İsrail’e “Anadolu Kartalı” askeri tatbikatını yasakladı . 
Ekim 2009’da Türkiye’nin Anadolu Kartalı egzersizinden İsrail’i men etmesi sonrasında, İsrail Başbakanı Benyamin Netanyahu, Türkiye’nin arabulucu olmasına karşı çıktı ve “Türkiye, Suriye ve İsrail arasında dürüst bir arabulucu olamaz” dedi .

2009 yılı başında gerçekleşen, Dünya Ekonomik Forumu’nda, Erdoğan, İsrail’in Gazze’ye karşı tutumunu şiddetle eleştirdi . Dinleyicilerin Peres’i alkışlamasının ardından, Erdoğan: “İnsanların söylediklerini alkışlamalarını üzücü buluyorum. İnsanlar ölüyor ve ben bunun oldukça yanlış olduğunu düşünüyorum” dedi. Washington Post köşe yazarı olan moderatör David İgnatius, insanların akşam yemeğine gideceklerini belirterek, Erdoğan’dan konuşmasını tamamlamasını istedi . Erdoğan, Peres’in 25 dakika süren konuşmasından sonra kendisine 12 dakika verilmesini şikâyet etti ve sahneyi terk etti .

Ekim 2009’da, TRT 1’ın prime time dizisi Ayrılık’ta, kurgulanan sahnelerle İsrailli askerlerin Filistinli çocukları öldürdüğünü ve yaşlı Araplara kötü davrandığını gösterdi . İsrail Dışişleri bakanı Avigdor Liebermann, diziyi eleştirdi ve Türk Elçisini medya önünde azarladı . Liebermann daha sonra, Türkiye elçisini geri çekmekle tehdit ettiğinde özür diledi .

14 Şubat 2009 tarihinde Türkiye'nin Filistin tavrını eleştirerek “Erdoğan aynaya baksın. Ermeniler'i katlettiler, şimdi aynı şeyi Kürtlere yapıyorlar, Kıbrıs’ı işgal ettiler” diye konuşan İsrail Kara Kuvvetleri Komutanı Avi Mirzahi'nin sözleri nedeniyle İsrail'e açık nota vermiş ve Mizrahi’nin laflarını “hezeyan” olarak niteliyerek İsrail’den “izahat” istemiştir. Türkiye Cumhuriyeti Genelkurmay Başkanlığı da ağır bir açıklama yayınlayarak Mizrahi’nin “görev, yetki ve sorumluluklarını” aştığını, sözlerinin “milli çıkarlara zarar vereceğini” açıklamıştır. İsrail Ankara büyükelçisi Gabby Levy Dışişleri Bakanlığı'na çağırılmıştır.

Hamas lideri Halid Maşal’ın resmi Ankara ziyaretinden sonra, aradaki gerginlik yatışmaya başladı . Ocak 2010’da İsrail, Kurtlar Vadisi adlı Türk dizisinin, İsrail istihbaratının Türkiye’de casusluk yaptığını ve Türk bebekleri kaçırdığını resmetmesini protesto etti. Dizi ayrıca, MOSSAD’ın Tel-Aviv’deki Türk elçiliğine saldırdığını ve Elçiyle ailesinin esir alındığını gösterdi. 11 Ocak 2010 tarihinde İsrail Dışişleri Bakan yardımcısı Danny Ayalon, Türk elçisi Ahmet Oğuz Çelikkol’la görüştü. Görüşmeleri esnasında, Çelikkol, Ayalon’dan daha alçakta bir yerde oturuyordu. İddialara göre, Ayalon yardımcılarına dönüp alaycı bir tavırla, “Gördünüz gibi, asıl mesele, o daha alçakta oturuyor ve biz ondan yüksekteyiz… Masada sadece bir bayrak (İsrail bayrağı) var ve gülümsemiyoruz” dedi .

İsrail Stratejik İşler Bakanı Moşe Ya’alon, Türkiye’yi Hamas ve İran’la iş birliği yapmakla suçladı. Şin Bet’e göre, Hamas, Türkiye’de geçici karargâh kurmuştu ve buradan Orta Doğu’da operasyonlar yönetip, yeni görevliler topluyordu .

31 Mayıs 2010 tarihinde, 9 aktivist (sekizi Türk ve biri çifte vatandaşlığa sahip Türk-Amerikan) İsrailli askerler tarafından öldürüldü ve birçok kişi de yaralandı. Yaralananlar arasında yedi İsrail askeri de vardı. Olay, “Gazze Özgürlük Filosunun” bir parçası olan Mavi Marmara adlı yolcu gemisinde gerçekleşti . Filoda altı gemi ve 37 milletten 663, aktivist vardı . Akdeniz üzerindeki uluslararası sularda gerçekleşen müdahalenin ardından , iki ülke arasındaki tansiyon yükseldi. Filodaki gemilerden biri Türk bayrağı taşıyordu. Türkiye Başbakanı Erdoğan müdahaleyi “devlet terörizmi” olarak adlandırdı. Türkiye elçisini İsrail’den bir açıklama talep etmek için geri çekti. Türk Dışişleri Bakanı, olayın iki ülkenin arasındaki ilişkileri geri dönülmez bir şekilde zedeleyebileceğini belirtti .

2 Eylül 2011’de Türkiye İsrail’le olan diplomatik bağlarının derecesini düşürdü ve Birleşmiş Milletler Mavi Marmara müdahalesiyle ilgili raporunu yayınladıktan sonra İsrail’le arasındaki askeri iş birliğini askıya aldı. İsrail başbakanlık ofisinden gelen bir açıklama, “İsrail’in bu sorunu çözmek için bir yol bulmayı ümit etmekte olduğunu ve bir çözüm yolu bulmak için çalışmaya devam edeceklerini” belirtti. Türkiye İsrail tarafından bir özür ve müdahale esnasında ölenler için tazminat talep etti. İsrail hükümeti taleplere ret cevabı verdi .

Eylül 2011’de, Birleşmiş Milletler raporu, gemiye karşı müdahale esnasında orantısız güç kullanıldığını belirtse de, Gazze ablukasını yasal buldu . Bunun ardından, Türkiye İsrail elçisini kovdu. İsrailli yetkililer bağları tekrar onarmak istediklerini belirtti fakat özür dilenmeyeceğini vurguladılar . Hamas Türkiye’nin kararını övdü .

Muhalefet lideri Kemal Kılıçdaroğlu, İsrail’le ilişkilerin kötüleşmesini kınadı, bunun hiçbir yararı olmayacağını ve küçük amaçlar için Türkiye’nin çıkarlarını riske atmamaları gerektiğini iddia etti. Cumhuriyet Halk Partisibaşkan vekili Faruk Loğoğlu, “İktidar partisinin Türkiye bir sıcak savaşın eşiğine getirmesi olasılığı üzücü ve kabul edilemez” diyerek Erdoğan’ı eleştirdi. İsrail’in eski Türkiye elçisi Alon Liel, Türk askerinin İsrail sularına girmeyeceğini belirtti. Ayrıca Türkiye’nin gelecekte İsrail’in Kıbrıs’a ihraç ettiği gaza engel olabileceğini speküle edip, Mısırla Türkiye arasındaki bir ittifakın İsrail’i Akdeniz’de yalnız bırakacağını belirtti .

İsrail Savunma Bakanı Ehud Barak, ilişkilerdeki bu bozulmanın zamanla geçeceğini belirtti . Eylül 2011’de Birleşmiş Milletler Genel Kurulunda ABD Başkanı Barack Obama, Erdoğan’a İsrail’le krizi çözmesi çağrısında bulundu .

Olayın ardından İstanbul Cumhuriyet Savcılığınca hazırlanan Akdeniz'in uluslararası sularında düzenlenen müdahaleye ilişkin olay tarihinde "İsrail Genelkurmay Başkanı olan Rau Aluf Gabiel Ashknazi, Deniz Kuvvetleri Komutanı Eliezer Alfred Marom, İstihbarat Başkanı Amos Yadlin, Hava Kuvvetleri Komutanı Avishay Levi" hakkında hazırlanan iddianame İstanbul 7. Ağır Ceza Mahkemesi'ne gönderilmiş iddianame oy birliğiyle kabul edildi.

İsmi geçen komutanların "Canavarca hisle veya eziyet çektirerek öldürmeye teşebbüs suçuna azmettirmek", "silahla yaralama suçuna azmettirmek", "kemik kırığına neden olacak şekilde yaralamaya azmettirmek", "yaralama suçuna azmettirmek", "kişiyi hürriyetinden yoksun bırakmak suçuna azmettirmek", "haberleşmenin engellenmesine azmettirmek", "Eziyet suçuna azmettirmek", "Yağma suçuna azmettirmek", ve "'mala zarar vermeye azmettirmek" suçlarından da toplam 8 bin 578 ile 18 bin 32'şer yıl arasında yakalandıkları yerde hapis cezasına çarptırılmaları öngörüldü.

Palmer Rapor'unun açıklanmasının ardından rapor için Türkiye Başbakanı Recep Tayyip Erdoğan "Bu raporun hiçbir önemi yok, bu rapor onu yazanların ayıbıdır. Rapor Gazze ablukasına meşrutiyet kazandırıyor ve işgale kapı aralıyor. Biz bunu kabul etmeyeceğiz" demiştir. Ardından Türkiye, İsrail'e yaptırım kararı almış ve ilişkilerin düzeyini daha da düşürmüştür. Türkiye Dışişleri Bakanı Ahmet Davutoğlu şu 5 maddelik yaptırımları açıklamıştır:


22 Mart 2013 tarihinde, Türkiye başbakanı Recep Tayyip Erdoğan ve İsrail başbakanı Benyamin Netanyahu arasındaki bir telefon görüşmesinde Netanyahu, olanlardan dolayı özür diledi. İsrail hükümeti tarafından gelen resmi beyanda, Netanyahu, Türkiye’yle ilişkilerin kötüye gitmesinden duyduğu pişmanlığı belirtip, Mavi Marmara müdahalesinde olanların istenmeden olduğunu, pişmanlık yarattığını ve incelemelere göre operasyonun hatalı olduğunu belirtti . Erdoğan daha sonraki bir beyanında, Türk halkı adına özrü kabul etti . İsrail ayrıca ölenlerin ailelerine tazminat ödeneceği sözünü verdi . 
Özrün geldiği dönemde, İsrail’de bulunan ve iki ülke arasındaki ilişkiler için tekrar atılan bu köprü ile ilgili en büyük krediye sahip olan ABD Başkanı Barack Obama, Amerika’nın iki ülke arasındaki ilişkiye çok önem verdiğini ve bu ilişkinin bölgedeki barış ve güvenlik önemli olduğunu belirti .

Ağustos 2013’te, Hürriyet Gazetesi, Erdoğan’ın, AKP il başkanları toplantısında, yakın dönemdeki Mısır’da gerçekleşen ve Muhammed Mursi’yi deviren askeri darbenin arkasında İsrail’in olduğunu belirttiğini yazdı. Yazıya göre Erdoğan, "Bunun arkasında kim var? İsrail. Kanıtlarımız var" – özellikle, Erdoğan, Tzipi Livni’nin Fransız aydınlarından Bernard Henri Levy ile konuşmasından alıntı yaptı. Erdoğan’ın iddiasına göre Levy şunları söyledi:

Buna rağmen, Hürriyet’e göre Levi’nin aslında söylediği şuydu:
İsrail Dışişleri Bakanı sözcüsü daha sonra Erdoğan’ın suçlamasının üzerinde yorum yapmaya değmeyecek bir söylenti olarak adlandırdı.

Haziran 2010’da Akdeniz’in İsrail kıyılarına yakın bir yerde, geniş bir doğal gaz alanı olan “Leviathan Gaz Alanı” keşfedildi. İsrail enerji şirketi Delek Grubu, hali hazırda aktif olduğu bu alanda doğal gaz keşfi ve çıkarılması için Kıbrıs’la iş birliği kurmak istedi .

Eylül 2011’de Türk medyasındaki haberlere göre, İsrail Hava Kuvvetlerine ait savaş uçakları, doğu Akdeniz’deki bir Türk