Ö'nün tutuklanmamış liderlerinin büyük çoğunluğu Marksizmi kabul ve örgütü Marksist-Leninist olarak ilan etmeye evet demiştir. Bu durum "İdeolojik Meseleler Manifestosu" isimli kitapta merkez yönetici kadronun "on yıllık yeraltı varlığı, dört yıllık silahlı mücadele ve iki yıllık yoğun bir ideolojik yeniden değerlendirme sonucunda esas devrimci yolun İslam değil Marksizm olduğu sonucuna ulaşmışlardı." şeklinde beyanıyla açıklanmaktadır. Ayatallah Taleqani'nin oğlu Mujtaba Taleqani de Marksizmi kabul edenlerden biriydi. Böylece. Böylece Mayıs 1975'le birlikte, her birinin kendine ait yayın organı, kendi örgütlenmesi ve eylemleri olan iki rakip Mücahit örgütü vardır. İran devriminde birkaç ay önce Marksist Mücahitlerin büyük kısmı kendilerini "Peykar" olarak isimlendirmiştir. 7 Aralık 1978 tarihindeki tam ismi ise "İşçi Sınıfının Kurtuluşu için Mücadele Örgütü"dür. Bu isim Rusya, St. Petersburg'ta sosyalist grup kanat bir grup olan İşçi Sınıfının Kurtuluşu İçin Mücadele Birliği'nden gelmektedir. Bu birlik, Lenin tarafından 1895 sonbaharında kurulmuştur.

1970'lerde İran'daki Amerikalılar örgütün birincil hedefleriydi.


İslam Devrimi gerçekleşene kadar HMÖ'nün Marksist kanadı hem İran hem de Batılı hedeflere saldırılar düzenlemiştir. Amerikan Dışişleri ve Avustralya Meclisi Dışişleri komisyonunun HMÖ sunumuna göre örgüt 1970ler boyunca birçok Amerikan askeri personeline ve İran'da çalışan sivile suikastlar düzenlemiştir. Devrimde sonra örgüt 1979'da Tahran'da ABD Büyükelçiliği işgalini aktif bir şekilde desteklemiştir.

HMÖ'nün devrimci Şiilik ideolojisi, birçoklarına göre ilham aldıkları Ali Shariati'nin yaptığına çok benzer bir İslam yorumuna dayanmaktadır. Tarihçi Ervand Abrahamian'e göre ilerleyen yıllarda Shariati'nin hem kendisinin hem de verimli çalışmalarının dolaylı olarak Mücahitlere yardım ettiği açıktır. Amerikan Dışişlerine göre HMÖ'nün felsefesi Marksizm, nasyonalizm ve İslam'ın bir sentezidir.

Örgütün kurucularından Ahmad Reza'i'nin yazdığı ve grubun "ilk büyük ideolojik çalışması" olan "Nahzat-i Husseini"' (ya da Hüseyin'in davası) adlı eserde, Muhammed'in tesis etmeye çalıştığı toplumsal düzenin "Nizam-ı Tevhid" (birlik nizamı-düzeni) kavramıyla tanımlanabileceği ifade edilmektedir. Bu kavram ile sadece, aynı din etrafında ve aynı tanrıya ibadet etmek için bir araya gelmiş bir topluluğun tanımlanmadığı, bunun yanı sıra, tüm topluluğun ortak refahını yükseltmeyi amaçlayan insanların oluşturduğu, sınıfsız bir toplum yapısının tarif edildiği savunulmaktadır. "Kültürümüzde özel bir yere sahip olan ve devrimci bir içerik taşıyan Şiilik aslında, Hüseyin'in şehadeti ve onun mücadelesidir."

Özellikle son yıllarda Maryam Rajavi'nin yönetiminde örgüt kadınların lehine çok güçlü ilkeler kabul etmiştir. Artık kadınlar HMÖ örgütü içinde bazı üst düzey görevleri üstlenmektedir ve savaşçıların sadece üçte biri kadın olmasına rağmen komutanların üçte ikisi kadınlardan oluşmaktadır. Rajavi, kadınların da erkeklerle eşit haklara sahip olması gerektiğine tam olarak inanmaktadır.

HMÖ 1981 yılında İran hükümetine muhalifleri tek bir şemsiye örgüt altında birleştirme amacıyla İran Ulusal Direniş Konseyi'ni (İUDK) kurmuştur. HMÖ, geçtiğimiz 25 yıl içinde İUDK'nın 540 üyeli, serbest seçimleri, cinsiyet eşitliğini ve etnik ve dini azınlıklara eşit haklar verilmesini savunan bir sürgün meclisine dönüştüğünü iddia etmektedir. HMÖ aynı zamanda serbest pazar ekonomisini savunduğunu ve Orta Doğu'da barışı desteklediğini iddia etmektedir. Buna rağmen FBI İUDK'nın ayrı bir örgütlenme değil bunun yerine her dönemde HMÖ'nün bir parçası olduğunu ve tersi olması gerektiği halde İUDK'nın HMÖ'nün politik kolu olduğunu iddia etmektedir. Bugün UİDK'daki temel örgüt HMÖ olmasına rağmen, geçmişte İran Kürdistan Demokrat Partisi gibi diğer örgütlere de ev sahipliği yapmıştır.

Örgütün resmi ideolojisine göre, serbest seçimler ve bu seçimlerde halkın seçme ve seçilme hakkının bulunması siyasi meşruiyetin olmazsa olmaz ön koşulu ve yegane göstergesidir. Örgüt yayınlarında, toplumu oluşturan bireylerin şahsi irade ve seçimleri göz ardı edilerek, İslam dininin kavranamayacağı öne sürülmektedir. Onlara göre, Kuran'da da belirtildiği gibi, insanlarla hayvanlar arasındaki en büyük fark, insanoğlunun özgür iradeye sahip olmasıdır. Bu düşünce temelinde asıl olan insanoğludur.Özgürlük olmadan toplumsal gelişme ve özgürlükten bahsedilemez. Örgüt liderleri kendilerini Müslüman olarak tanımlasa da, HMÖ kendisini laik bir örgüt olarak tanımlamaktadır: "Ulusal Direniş Konseyi, din ve devlet işlerinin birbirinden ayrı olması gerektiğini savunur."

İran devriminin ardından Ayetullah Humeyni'nin yeni kurulmuş olan teokratik hükümeti HMÖ'nü yok etmek için şiddetli bir kampanyaya başladı. Humeyni HMÖ'ne eklektik oldukları, Batı tutkusu/taklitçiliği ("the Western plague" - bir yozlaşma terimi olarak kullanılıyor) ile kirlenmiş, münafık ve kafir oldukları gerekçesiyle saldırmaktaydı. 1980 yılının Şubat ayında "Hizbullah" yanlılarının HMÖ ve diğer solcu gruplara ve bu gruplara ait mekanlara yoğun saldırılarının sonucunda, HMÖ yanlıları diğer solcu gruplarla birlikte yeraltına çekilmek zorunda kaldı. 1979 yılından 1981'e kadar yüzlerce HMÖ üyesi katledildi. 3000 kadar örgüt üyesi de tutuklandı . Bu gelişmeler sonunda örgüt,2o Temmuz 1981 tarihinde kitleleri İslam bayrağı altında toplayarak, İran'ın yeni yönetimini ve lider kadrosunu protesto etmeyi hedefleyen geniş katılımlı bir miting tertip etti. HMÖ bu olayı İran tarihinde bir dönüm noktası olarak tanımlamıştır. 1980 yılının Şubat ayında, HMÖ üyelerine ve diğer sol gruplara ait kitap dükkanlarına, stantlarına ve toplanma mekanlarına yönelik, "hizbullahçı" saldırılar yoğunlaştı ve sol grupları yer altına çekilmeye zorladı. 1979-1981 arası dönemde, yüzlerce HMÖ üyesi öldürüldü ve 3,000 kadarı da tutuklandı. Bu baskılar karşısında örgüt, İran'ın yeni yönetimini protesto etmek amacıyla, 20 Haziran 1980 tarihinde İslam bayrağı altında geniş katılımlı bir protesto mitingi düzenledi. HMÖ bu gösteriyi, çağdaş İran tarihinde bir dönüm noktası olarak tanımlamıştır.

28 Haziran 1981 tarihinde, İran İslami Cumhuriyet Partisi'nin (İCP) liderleri, partinin Tahran'daki genel merkezinde toplantı halindeyken çok güçlü bir patlama meydana geldi. Aralarında Yargıtay Başkanı Ayetullah Muhammed Beheşti'nin de bulunduğu (o dönem Ayetullah Humeyni'den sonra İran İslam Devrimi'nin en güçlü kişisi olarak gösterilen kişi), parti yöneticisi ve parlamenter 73 kişi bombalama olayında yaşamını yitirdi. Mücahitler, bombalamayla alakaları olduğuna dair iddiaları ne yalanladılar, ne de eylemi üstlendiler. Ancak eylemi, rejimin artan saldırganlığına karşı gerekli bir cevap olarak tanımladılar. Fakat HMÖ bu eylemi, rejimin artan saldırganlığına karşı kaçınılmaz bir reaksiyon olarak tanımlamaktaydı. Bombacının Muhammed Reza Kolahi isimli, HMÖ militanı genç bir öğrenci olduğu belirlendi. Kendisini ses mühendisi olarak tanıtıp binada çalışmaya başladığı, bu sayede eylemi gerçekleştirebildiği anlaşılmıştı.. Humeyni, saldırıyla ilgili olarak HMÖ'yü suçluyordu. BBC muhabiri Baqer Moin'e göre, İran kamuoyunda da eylemin HMÖ tarafından gerçekleştirildiğine dair yaygın bir inanış vardı.

PMOI 1986'da İran-Irak savaşı esnasında genel merkezini Irak'a taşımıştır. US State Department'e göre PMOI tüm askeri ve finansal desteği 2003 Irak işgaline kadar Saddam hükümetinden sağlamaktaydı.

HMÖ'den çok sayıda ve diğer muhalif sol örgütlerden de bir miktar mahkûm (çeşitli kaynaklara göre 1400 ila 30000 arasında) Sonsuz Işık Operasyonu ardından 1988 yılında idam edilmiştir. Muhalif Ayetullah Montazeri günlüklerine bu katliamın, insanlığa karşı işlenmiş sayılabilecek bu suçun emrinin Ayetullah Humeyni tarafından verildiğini ve mevcut İran hükümetinin yüksek dereceli üyeleri tarafından uygulandığını yazmıştır.

1986'da Fransa başbakanı Jacques Chirac'ın Tahran ile Lübnan'da Hizbullah tarafından esir tutulan Fransız rehinelerin serbest bırakılması için anlaşmaya varınca HMÖ Fransa'yı terk etmek yeniden Irak'a yerleşmek zorunda kaldı. Araştırmacı gazeteci Dominique Lorentz, 1986'da Fransızların rehin alınmasını, Fransa'nın İran tarafından nükleer programla ilgili olarak tehdit edilmesi olarak görmektedir.

ABD Dışişleri ve Avustralya Meclisi Dışişleri komisyonu istihbaratına göre HMÖ ayrıca Irak Cumhuriyet Muhafızları'nın 1991 Körfez Savaşı sonrasındaki Kürt ve Şii ayaklanmalarını bastırmasına destek olmakla suçlanmaktadır. Eski HMÖ üyelerine göre kocası Massoud Rajavi yanında yıllarca eşbaşkanlık/yardımcı başkanlık yaptıktan sonra liderliği üzerine alan Maryam Rajavi'nin "Kürtleri tanklarınızın altına alınve mermilerinizi İran Devrim Muhafızları için saklayın." dediğini bildirmişlerdir. "

Takip eden yıllarda HMÖ İslam Cumhuriyeti'nin 1998'de "Evin Kasabı" olarak da bilinen İran Silahlı Kuvvetleri Genel Kurmay asbaşkanı Asadollah Lajevardi ve 10 Nisan 1999'da evinin kapısında öldürülen Tuğgeneral Ali Sayyad Shirazi'yi de içeren bazı politik ve askeri figürlere suikastlar düzenledi.

2003'teki Irak işgalinin ardından HMÖ kampları Saddam Hüseyin'le işbirliği yaptığı gerekçesiyle koalisyon güçleri tarafından bombalanmıştır. 15 Nisanda ABD Özel Kuvvetleri HMÖ'nün liderleri ile bir ateşkes anlaşması sağlamış ve böylece saldırı sonrası koalisyon güçleriylede ateşkese girmişlerdir. Tüm yerleşkeler herhangi bir muhalefet olmaksızın teslim olmuştur. In the operation, the US reportedly captured 6,000 PMOI fighters and over 2,000 pieces of military equipment. This was a controversial agreement both in the public sphere and privately among the Bush administration due to the MEK's designation as a terrorist organization by the U.S. State Department.

Operasyon esnasında ABD'li kaynaklara göre 6000 HMÖ militanı ve 19 İngiliz yapımı Chieftain tankta dahil olmak üzere 2000 parçanın üzerinde askeri mühimmatta ele geçirilmiştir.

Irak Ulusal Güvenlik Danışmanı Mowaffak al-Rubaie, 23 Ocak 2009 Tahran ziyaretinde Irak Başbakanının HMÖ'nün Irak topraklarında kendisine daha fazla y