e, denetmen seçimi tipik olarak editöre düşen bir görevdir. Bir makale geldiğinde, editör uzmanlardan onun hakkında bir değerlendirme talep eder; bu uzmanlar önceden bu konuda istekli olduklarını belirtmiş olabilir. Fon veren kurumlar ise genelde başvuruların gelmesinden önce bir denetmenler paneli veya komitesi oluştururlar.

Tipik olarak denetmenler yazarların yakın meslektaşları, öğrencileri veya arkadaşları arasından seçilmez. Bir çıkar çatışması olabilecekse denetmenlerin bunu editöre bildirmeleri gerekmektedir. Dergiler genelde makale yazarından makaleyi denetlemeye ehil kişilerin isimlerini vermelerini isterler. Bazı dergilerde bu, makale sunmanın bir şartıdır. Yazarlar bazen sundukları makalenin kimin tarafından denetlenmesini istemediklerini de belirtme hakkına sahiptir; bu durumda gerekçe göstermeleri gerekir (bu tipik olarak çıkar çatışması şeklinde ifade edilir). Bazı sahalarda derginin Katkı (Teşekkür) bölümünde çalışmaya katkıları belirtilen (ama yazar olmayan) kişiler de denetmen olarak görev alamaz.

Editörlerin denetmen seçimi için yazarlardan görüş almalarının nedeni, akademik yazımın çok uzmanlaşmış olmasıdır. Editörler genelde birçok uzmanlık sahasına bakarlar ve hepsinin uzmanı olmayabilirler, çünkü editörler zamanlarının tamamını bu işe adamış olup bilim yapmıyor olabilirler. Ama editör, bir aday havuzundan denetmenleri seçtikten sonra onların kimliğini yazarlara bildirmek zorunda değildir. Bilimsel dergilerde denetmenlere birbirlerinin kimliği bildirilmez. Bu konudaki politikalar akademik sahaya göre fark eder.

Denetmenlerin göreve alınması siyasi bir sanat sayılabilir çünkü denetmenler ve çoğu zaman editörler de, ücretsiz çalışırlar; denetmenlik yapmak, denetmenin asıl faaliyetlerinden, örneğin kendi araştırmasından, zaman eksiltir. Ancak, çoğu potansiyel denetmenin kendisi de yayım yaptığı veya en azından bilimsel dergileri okuduğu için yayımcılık sisteminin iyi çalışması için denetmenlere gerek olduğunu bilir. Denetmenler ayrıca kendi sahalarının standartlarına uymayan çalışmalarının yayımını engelleme fırsatına sahiptir, bu bakımdan yaptıklarının sorumluluklu bir iş olduğunu bilirler. Eğer bir araştırmacı bir makalesini bir dergide yeni yayımlanmışsa veya yakın gelecekte o dergiye bir makale sunmayı planlıyorlarsa, bu durum editöre o araştırmacıdan denetmen olmasını istediği zaman bir avantaj verebilir. Keza, fon veren kurumlar, halen veya geçmişte kendilerinden fon almış kişiler arasından kendilerine denetmen ararlar. Bir araştırma fonu almanın veya mesleki kuruma üye olmanın şartlarından biri denetmen olarak görev almak olabilir.

Akran denetim organizasyonu yapanların karşılaştığı bir diğer sorun da, bazı makale veya fon başvurularında, uzman sayılabilecek kişilerin çok az sayıda olmasıdır. Gerçek uzmanlar bu sahada çalışmış olan ve metindeki incelikleri yakalayabilecek kişilerdir. Bu durumda denetmen anonimliği ve çıkar çelişkisinden kaçınma amaçları sağlanamayabilir veya gerçek uzmanların bulunamama olasılığı artar. Düşük prestijli dergiler ve az para veren finansman kurumları gerek duydukları uzmanları göreve almakta özellikle yetersiz kalabilmektedir.

Anonimlik denetmen bulmayı daha da zorlaştıran bir unsurdur. Bilimsel topluluklarda meslekî atıflar ve şöhret önemlidir; prestijli bir dergi için denetmenlik yapmak onur kaynağı olsa da, anonimlik kısıtlaması, kişinin belli bir makalenin denetmenliğini yaptığını ilan etmesine izin vermez. Buna karşın meslekî atıflanma ve şöhrete yayım yaparak ulaşılır, denetmenlik yaparak değil.

Akran denetimi bir makale matbaaya gitmesiyle son bulmayabilir. Jurnal kulüpleri o sahada çalışan kişiler makaleleri değerlendirip onun anlam ve önemini tartışırlar. Jurnal kulüpleri çoğu zaman dergi editörlerine mektup veya e-posta göndererek yayımlanmış makaleleri değerlendirip eleştirebilirler.

Akran denetimi kullanılan uzmanlık seviyesi bakımından "sıkı" olup, fazla "zorlayıcı" olmayabilir. Araştırma fonu verecek bir kuruluşun çok fazla parası olabilir veya bir derginin seçebileceği kaliteli makale adayları sınırlı olabilir, böyle durumlarda ince eleme yapmaya gerek yoktur. Tersine, fonlar veya dergi sayfaları sınırlı ise, akran denetimi çok az sayıda başvuru veya makalenin seçilebilmesini sağlayabilir. Dergilerin kabul oranları çok farklı olabilir: "Nature" genelde kendisine sunulan yazıların %5'ini yayımlar, buna karşın "Astrophysical Journal" %70'ini yayımlar.

Çoğu zaman neyin "yeterli" olduğuna karar vermek editöre veya denetim organizatörüne kalır. Başka durumlarda ise uygulanacak sıkılık konusunda denetmenlere genel yönergeler verilerek her birinden bu konuda görüş istenir.

"Science" ve "Nature" gibi genel içerikli dergilerin yayım standartları son derece sıkıdır ve bunlar makaleleri yüksek kaliteli olmalarına rağmen rededebilirler, eğer editör söz konusu çalışmanın çok önemli bir buluş olmadığına kanaat getirirse. Bu tip dergilerin iki aşamalı bir denetim sistemi vardır. İlk aşamada yayım kurulu üyeleri makaledeki buluşların -eğer doğru oldukları sonradan gösterilebilirse- Science veya Nature'da yayımlanmayı hakkedecek kadar önemli olup olmadığına karar verirler. Çoğu makale bu aşamada reddedilir. Bu 'ön denetleme'den geçen makaleler sonra daha ayrıntılı değerlendirme için dergi dışı denetmenlere yollanır. Tüm denetmenler yayımlanmayı önerdikten sonra ve yazarlar tüm eleştiri ve değişik önerilerine uysa dahi, makaleler derginin uzunluk sınırlamaları nedeniyle kısaltılmaları için geri yollanabilir. Elektronik yayımcılık sayesinde artık dergi sayfalarına sığmayan malzemeler derginin Web sitesinde Elektronik Destek Bilgi arşivine yerleştirilmektedir.

Kimya gibi genel sahalarda yayım yapan dergilerde de benzeri bir yenilikçilik arayışı vardır. Örneğin "Journal of the American Chemical Society" (Amerikan Kimya Derneği Dergisi) gelen tüm makaleleri denetime yollar, denetmenler makalenin bilimsel kalitesinin yanı sıra derginin genel okuyucu kitlesine mi yoksa daha özelleşmiş bir alt grubuna mı uygun olduğu konusunda değerlendirmeleri istenir. İkinci durumda, daha uzmanlaşmış bir dergide yayımlanma önerilir. Editör yazarlara makale metni ve denetim raporlarını doğrudan bu tip bir dergiye (örneğin "Journal of Organic Chemistry" - Organik Kimya Dergisi) iletmeyi önerir. Eğer denetmen raporu böylesi bir kararı destekliyorsa ikinci dergi tekrar bir denetim yapmadan makaleyi kabul edebilir.

Akranlar tarafından makalelerin elenmesi bazı sahalarda "bırakınız yapsınlar" ("laissez faire") bir felsefe ile değerlendirilir. Fizikte, örneğin, bir derginin kalitesinin okuyucu kitlesi tarafından belirlenmesi gerektiği görüşü hakimdir. Böylesi bir kültürde dahi akran denetimi yayımlanacak malzemenin yüksek standartlara sahip olmasının sağlar. Bariz hatalar yakalanır, yazarlar okurlarından düzeltme ve öneriler alırlar.

Akran denetim sürecinin bütünlüğünü korumak için, başvuru yapan yazarlar makalelerinin kim tarafından denetlendiğini bilmemeleri gerekir; bazen makaleden sorunmlu olan editör yardımcısının kimliği dahi onlardan gizlenebilir. Bazı dergilerde, yazarların kimliği de denetmenden gizlenir, bunun amacı yazarların kimliğinin denetmende önyargı oluşturmasını engellemektir. Böyle durumlarda bir tek yardımcı editör yazarların kim olduğunu bilir. Yazar ve denetmenin kimliklerinin gizli tutulduğu denetime "çift maskeli" veya "çift kör" denetim (İng: "double blind peer review") denir, sadece denetmenin kimliğinin gizli olduğu sürece değinmek için "tek maskeli" denetim terimi kullanılır. İki maskeli denetimde makalede yazarların kimliğini belli edecek her türlü bilginin denetimden evvelden çıkartılması gerekir. Denetmenlerin anonimliği nerdeyse evrensel olmakla beraber, çift maskeli denetimler hâlen nispeten enderdir.

Çift maskeli denetimin eleştirmenleri, anonimliği sağlamak için kullanılan ek önlemlere rağmen, bunun tamamen sağlanamadığı, bazı yaklaşım, yöntem, yazı tarzı, simge seçimlerinin belli araştırma gruplarına ve hatta belli bir kişiye işaret ettiğini belirtirler. Çift kör denetim yönteminin savunucuları ise onun en az geleneksel denetim kadar iyi çalıştığını ve bilimsel finansmnan ve yayımcılığın daha adil ve eşit görünmesine sağladığını öne sürmekteler. "Behavioral Ecology" dergisi çift kör akran denetimine geçtikten sonra kadın yazarların sunduğu makalelerin kabul oranı artmış, ekoloji dalında yayım yapan ve tek kör denetime devam benzer dergilerde ise kadın yazarların kabul edilme oranı değişmediği bulunmuştur. Sosyal ve Beşeri bilimlerde çift maskeli denetim yaygın olarak kullanılmakta ve bu sahalarda desteklenmektedir, biyomedikal bilimlerde ise tek maskeli denetime göre olan avantajı hâlâ tartışmalıdır. Çok rekabetli sahalarda (sinir bilimleri gibi) ve ticari boyutlu sahalarda (malzeme bilmi ve kimya mühendisliği gibi) çift maske denetimi desteklenirken, açık bilgi erişimi geleneği olan sahalarda (matematik ve astronomi gibi) bu yöntem az destek bulmaktadır.

Eğer bir yazar ve denetmen birbirlerine normalden öte bir saygı (veya küçümseme) duyarlarsa bir çıkar çatışması ortaya çıkar. Bu yüzden denetmenler yazarın kimliğini görebiliyorlarsa çıkar çatışmalarını bildirmeleri istenir. Yazarlar da çıkar çatışması yaratacak kişilerin denetmen olmamasını önceden talep edebilirler. Bir çıkar çatısması durumunda çatışmalı denetmenin makaleyi görmesine izin verilmez. Bir denetmenin çıkar çelişkisini bildirmesi meslek ahlakî ve kişisel nâmus meselesidir. Denetim raporları halka açık değilse de bunlar kayıtlarda mevcuttur ve denetmenin inanılırlığı o kişinin akranlarına kendisini nasıl sunduğuyla ilişkilidir. Bazı bilişim mühendisliği dergileri (örneğin "IEEE Transactions on Software Engineering") maskesiz denetim kullanır ve çıkar çatışması olup olmadığı hem yazar hem denetmenlerce editöre bildirilir.

Daha sıkı bir sorumluluk standardı ise bilimsel teftiştir. Denetmenler parasız görev yaptığı için denetim yaparken bir teftişte olduğu kadar çok zaman ve emek harcayamazlar. Bazı dergi (ve NSF gibi fon veren kurumlar) başka bir araştırmacının araştırma s