e ertesi sene Doğu Kudüs İsrail hakimiyeti altına girdi.

1967'deki Altı Gün Savaşı'yla İsrail Batı Şeria'yı ele geçirdi, ve bir zaman sonra Doğu Kudüs ve çevresindeki köyleri Kudüs belediyesi altında birleştirdi. Batı Şeria'nın 111 km²'sini kapsayan bu hareket Doğu Kudüs'e bağlı bazı köy ve yerleşim birimlerini hariç tuttu.

İsrail hakimiyetinde bütün dinlerin kutsal yerleri ziyaret etmesine izin verildi, İslami kutsal yerler ve Tapınak Dağı Müslüman vakıfa bağlıydı. Bölge ele geçirildikten üç gün sonra Ağlama Duvarı'nın karşısında bulunan Magribi Çeyreği (Fas) buldozerlendi, birkaç kişi öldü ve 135 aile taşınmaya zorlandı. Bu yere bir meydan yapıldı. 1948'de yıkılıp nüfusu azalan Yahudi Çeyreği tekrar inşa edilip Yahudiler tarafından dolduruldu.

İsrail, İkinci İntifada sırasında olası bir sızmayı engellemek için Kudüs'ün doğusunu güvenlik bariyerleriyle çevreledi. Bu yapı Doğu Kudüs ile Batı Şeria'yı ayırmaktadır ve bu yerlerin hepsi İsrail ve IDF idaresi altındadır. Bu bariyerlerin konumu eleştirelere sebebiyet verdi ve İsrail Anayasa Mahkemesi bariyerlerin tekrar düzenlemesi kararı aldı.

25 Ocak 2006'daki Filistin seçimlerinde kayıtlı olan 6300 Doğu Kudüslü Arap vardı. İkamet eden diğerleri ise oy kullanmak için Batı Şeria'ya gittiler. İsrail'in, Hamas'ın şehirde kampanya yapmasına yasak getirmesine rağmen Hamas 4 ve Fatah 2 sandalye kazandı. 1996'dan önceki seçimlerde 6000'den az kişinin oy kullanma hakkı vardı.

Mart 2009'da ketum "AB Doğu Kudüs Görev Raporu"nda İsrail yasa dışı yollarla Doğu Kudüs'ü ilhak etmekle suçlandı. Rapor, İsrail'in yeni yerleşim yerleri kurarak, bariyerler koyarak, ayrımcı gayrimenkul politikaları uygulayarak, evleri yıkarak, kısıtlı izin rejimi uygularak ve Filistin enstitülerini kapayarak, Doğu Kudüs'te İsrail Yahudi varlığını arttırdığı ve şehirdeki Filistin cemaatini zayıflaştırdığını, Filistin şehir gelişmesini engellediği ve Doğu Kudüs'ü Batı Şeria'dan ayırdığını söylemektedir.

1967'de İsrail tarafından yapılan nüfus sayımına göre Doğu Kudüs'te 44,000 ve belediyeye sonradan eklenen bölgelerde 22,000 Filistinli vardı. Bu zamanda sadece birkaç yüz Yahudi bulunmaktaydı. Haziran 1993'te ise 155,000 Yahudi ve 150,000 Filistinliyle çoğunluğu Yahudiler oluşturmaya başladı.

2008'in sonu itibarıyla şehirdeki 456,000 kişinin %60'ı Kudüs yerlisidir. Kudüs genelindeki Yahudilerin %40'ını oluşturan Doğu Kudüs'ün %43'ü 195,500 Yahudiden ve Kudüs genelindeki Müslümanların %98'ini oluşturan Doğu Kudüs'ün %57'si 260,800 Müslümandan oluşur. Filistin nüfusunun ebatı politik nedenlerle çelişkilidir. 2008'deki Filistin Merkez İstatistik Bürosu'nun raporuna göre Doğu Kudüs'teki Filistinli sayısı 208,000'dir.

2008 itibarıyla en yoğun Müslüman muhitler Şuafat (38,800), Beyt Hanina (27,900), Müslüman Çeyreği (26,300) A-Tor ve A-Savana (24,400)'dır. Doğu Kudüs'ün ana Yahudi muhitleri Ramot Alon (42,200), Pisgat Ze'ev (42,100), Gilo (26,900), Neve Yaakov (20,400), Ramat Şlomo (15,100) ve Doğu Talpiot (12,200)'tur. Eski Şehir'deki Arap nüfusu 36,681 ve Yahudi nüfusu 3,847'dir.

Doğu Kudüs, Filistin Devleti tarafından başkent ilan edildi. Ramallah, Filistin Ulusal Yönetimi'nin idari başkentidir.

28 Haziran 1967'de, İsrail Doğu Kudüs'ü hem idari hem belediyesel anlamda kanunen İsrail Devleti'ne bağladı. Uluslararası toplum bu hareketi "de facto" ilhak olarak kabul edip bağlayıcılığı olmayan Birleşmiş Milletler Genel Kurulu kararıyla İsrail'in yetki alanını geçersiz görür. Fakat bu karara cevaben İsrail, yapılanın ilhak olduğu iddiasını reddetti. 1980'de Knesset, "Kudüs Yasası'nı" İsrail Temel Yasası'na ekleyip Kudüs'ün "tam ve birleşik" olarak "İsrail'in başkenti" olduğunu deklare etti. Bu yeni yasayla Doğu Kudüs resmen ilhak edilmiş oldu. Kanunda sınırlar belirtilmediğinden Kudüs'ün belediye sınırlarına doğu bölgeler de dahildir. Buna cevap olarak Birleşmiş Milletler Güvenlik Konseyi, ABD'nin çekimser oy kullandığı 478 sayılı kararla bu kanunun geçersiz ve uluslararası kanunlara aykırı olduğunu belirtmiştir. 1988'de Ürdün, İsrail'in Doğu Kudüs'teki hakimiyetini kabul etmemesine rağmen Doğu Kudüs ve Batı Şeria'daki haklarında feragat etti.

13 Eylül 1993'te imzalanan Oslo Anlaşması ile Kudüs'ün kalıcı durumunun, görüşmelerin sonuna ertelendiği belirtildi. Filistin Ulusal Yönetimi, Doğu Kudüs'ün gelecekteki kalıcı statüsünün başkentleri olarak görmektedir. Doğu Kudüs'ün Filistin'in başkenti olma ihtimali İsrail tarafından ilk defa 2001'deki Taba Zirvesi'nde ele alındı. Fakat görüşmeler sonunda anlaşma sağlanamayınca İsrail bu zamandan beri bu olasılığı bir daha göz önünde bulundurmamaktadır.

1990'da ABD Senatosu'ndan çıkan kararla "Kudüs'ün İsrail'in başkenti olduğu" tanınıp "Kudüs'ün bölünmez bir şehir olarak kalması gerekliliğine kuvvetle inanılmaktadır" denildi. Fakat 1991'de ABD Dışişleri bakanı James Baker, ABD'nin İsrail'in Doğu Kudüs'ü ilhak edip kanunlarını bu bölgelere yaymasına karşı olduğunu belirtti. Tarihsel olarak ABD, Doğu Kudüs'ü hep savaşlar sonunda işgal edilen Batı Şeria'ya ait topraklar olarak gördü. Bunu takip eden Bill Clinton'ın başkanlık döneminde Doğu Kudüs'ün işgal altında olduğuna karşı çıkılıp bölgenin egemenliğinin henüz tanımlanmadığı belirtildi. Başkan yardımcısı Gore, ABD'nin "birleşik Kudüs'ü" İsrail'in başkenti olarak gördüğünü söyledi. Bu tanımdan sonra ABD, Güvenlik Konseyinde Doğu Kudüs'ün Batı Şeria'nın parçası olduğunu söyleyen kararlara çekimser yaklaştı. 1995'te Kongre'den çıkan Kudüs Elçilik Kararı ile Kudüs'ün bölünememiş olarak İsrail'in başkenti olduğunun tanınması gerektiği deklare edildi.

Julius Stone gibi bazı uluslararası hukuk uzmanlarınca, Altı Gün Savaşı sonunda Ürdün bölgedeki yasal egemenliğini yitirdiğinden ve İsrail nefs-i müdaafa gereğince "boşluğu doldurduğundan" İsrail'in bölgedeki egemenliği uluslararası kanunlar altında geçerlidir.

Howard Grief gibi bazı uluslararası hukuk uzmanlarınca da, San Remo Anlaşması gereğince Balfour Deklarasyonu Uluslararası Kanuna dönüştüğünden İsrail'in Filistin üzerindeki "de jure" egemenliği meşrudur. Grief'in dediğine göre, 1969 Viyana Antlaşmalar Konvansiyonu'nda uluslararası hakkedilmiş haklar kanun doktrininde belirtildiği üzere, İngiltere bölgedeki manda ve mütevelliliği bırakınca anlaşmalar gereği varisi İsrail olmuştur. BM Sözleşmesi 80. maddesine göre San Remo Anlaşması ve Milletler Cemiyeti'nde verilen haklar halen geçerlidir.

1967 Savaşı'nın ardından İsrail, Doğu Kudüs'te yaptığı sayımda, sayımda yer alan Kudüslü Araplara İsrail'de kalıcı olarak ikamet etme hakkı verdi. Sayımda bulunmayanlar ise Kudüs'te ikamet etme hakkını yitirdi. İsrail, vatandaşlığa geçme koşullarını yerine getiren yani İsrail'e bağlı olacağına dair yemin eden ve diğer vatandaşlıklarından feragat edecek olan Kudüslü Filistinlilere İsrail vatandaşı olma hakkı tanıdı fakat nüfusun çoğu bunu reddetti. 2005'in sonunda Doğu Kudüs'teki Arapların %93'ü kalıcı ikamet hakkına ve %5'i İsrail vatandaşlığına sahip oldu.

İkamet izni olan Doğu Kudüslülere vatandaş olmamalarına rağmen belediye seçimlerinde oy kullanma ve şehir idaresinde rol alma hakları verilmiştir. İkamet edenler vergi ödemektedirler ve 1988'de İsrail Anayasa Mahkemesi kararınca sosyal güvenlik hakları ve devlet sağlık hizmetlerinden faydalanma hakları garanti altında alınmıştır.

1995'e kadar, başka bir ülkenin vatandaşlığına geçen veya orada ikamet eden kişi 7 yıl boyunca ülkeye dönmezse ikamet haklarından mahrum edilebilmekteydi. 1995'te "yaşam merkezi"nin Kudüs olduğunu ispatlayamayan Arapların ikamet izinleri geri çekildi. Bu statüden yararlanmak için birçok Arap'ın geri döndüğü keşfedilince 4 yıl sonra bu kanun feshedildi. Mart 2000'de İçişleri bakanı Natan Şaranski, "sessiz tehcir" politikasının dondurulduğunu, eski politikanın geri çekildiğini ve Kudüslü Arap yerlilere ikamet izinlerinin geri verileceğini bildirdi, tek koşul, kişilerin üç yılda bir İsrail'e giriş yapmasıydı. Aralık 1995'ten beri 3000'den fazla kişinin vatandaşlık veya ikamet izni "son buldu". Şaranski altında değiştirilen kanunlara rağmen 2006'da haklarını yitirenlerin sayısı 1363'tü ve bu sayı bir önceki seneye kıyasla altı kat daha fazlaydı. Statü kaybı otomatik olup bazen kişinin haberi dahi olmamaktadır.

İsrail hükümetine bağlı olmayan B'Tselem örgütüne göre, 1990'lardan beri, Arapların inşaat izni almaları zor olduğundan ev sıkıntısı yaşanmakta ve bu nedenle Arap sakinler Doğu Kudüs'ün dışına taşınmaktadır. Bunun yanı sıra, Batı Şeria'dan veya Gazze'den biriyle evlenen kişi Doğu Kudüs'ü terk etmektedir. Ayrıca birçok kişi İkinci İntifada'nın getirdiği ekonomik kriz sonucu yurtdışına göç etmektedir. İsrailli gazeteci Şahar Ilan'a göre Doğu Kudüslü Filistinlilerin dışarıya göç etmesi ikamet izni haklarının kaybolmasında etkendir.

American Friends Service Committee ve Marshall J. Breger'a göre, Doğu Kudüs'teki Filistin planlama ve geliştirmedeki kısıtlamalar İsrail'in şehri Yahudileştirme çabalarından kaynaklanmaktadır. 13 Mayıs 2007'de İsrail Kabinesi, Yahudi yerleşimcilerin ilgisini çekmek için Doğu Kudüs ekonomisine katkı yapma önergesi üzerinde tartıştı. Kabine, şehri Yahudi yerleşimcelere cazip kılmak için 5.75 milyar Şekel'i vergiden düşmeyi, hükümet bürolarını buraya taşımayı, yeni mahkeme ve Kudüs çalışma merkezi inşa etmeyi tartıştı. 25,000 Yahudi evi inşa etme planı gelişme aşamasındadır. Bu plan, Arapların inşa izni almasında zorluklar yaşaması sebebiyle eleştirileri üzerine çekti.

Kudüs 2009'da Arap Kültür Başkenti olarak seçildi. Bu festival Arap dünyasında bir seri etkinlik festivali olarak organize edildi. Etkinliklerin açılışı Ocak 2009'da gerçekleşmesi gerekirken Gazze Savaşı sebebiyle Mart ayına ertelendi. İsrail'in Millî Güvenlik Bakanı, İsrail polisini Filistinliler tarafından yapılacak Kudüs'te ve İsrail'in genelindeki olayları bastırması için görevlendirdi. İsrail ile Filistin arasındaki anlaşmalara göre Filistin Devletinin İsrail topraklarında etkinlik düzenlemesinin yasak oluşu baz alınarak olası bir olayın kanunlara aykırı olacağı gerekçesiyle İsrail topraklarınd