indeki ikinci şampiyonluğunu elde eden Fenerbahçe, 25 Haziran 1961'deki maçtan 2-1 mağlup ayrıldı. 1961-62 sezonu öncesinde iki takım, Sporcuları Koruma Derneği tarafından yardım amacıyla düzenlenen ve Beşiktaş ile Beykoz'un da katıldığı dörtlü turnuvada karşı karşıya geldi. 30 Ağustos günü iki takım arasında oynanan maç 2-0'lık Fenerbahçe galibiyetiyle, 20 Eylül günü Ankara'da Eski Muharipler Derneği yararına yapılan özel karşılaşma ise 1-1'lik beraberlikle sonuçlandı. 1 Ocak 1962 günü Millî Lig'de oynanan derbi Galatasaray'ın tek gollük galibiyetiyle sonuçlandı. Ocak-Şubat aylarında, Doğu'ya yardım amacıyla düzenlenen ve kendilerinin yanında Beşiktaş ile Vefa takımlarının katıldığı turnuvada 14 Şubat günü birbirleriyle oynadıkları maç Fenerbahçe'nin 3-2'lik üstünlüğüyle sona erdi. 24 Mayıs günü ligde oynadıkları sezonun ikinci Millî Lig mücadelesinden 2-1'lik skorla mağlup ayrılan Galatasaray, sezon sonunda lig tarihindeki ilk şampiyonluğunu yaşadı. Millî Lig'in 1962-63 sezonunda lig iki gruba ayrılmış ve iki takım farklı gruba düşmüştü. Gruplarında aldıkları pozisyonlar neticesinde her iki takım da şampiyonluk grubuna yükselmeyi başardı. 24 Nisan ve 19 Haziran 1963 günlerinde oynadıkları maçlar sırasıyla 0-0 ve 1-1'lik skorlarla berabere sonuçlanırken; sezon sonunda Galatasaray üst üste ikinci kez lig şampiyonu olarak bu alanda bir ilke imza attı. Öte yandan aynı sezon Türkiye Kupası da düzenlenmeye başlamıştı. Kupada finale kadar yükselen iki takım, 29 ve 30 Haziran 1963 günleri oynanan iki ayaklı finalde karşılaştı. Her iki maçı da 2-1'lik skorla kazanan Galatasaray, hem Türkiye Kupası'nın ilk şampiyonu hem de aynı sezonda lig ve kupa şampiyonluğu yaşayan ilk takım oldu.

1963-64 sezonunda Millî Lig'in adı Türkiye 1. Futbol Ligi olarak değiştirilmişti. 1 Aralık 1963 ve 24 Mayıs 1964 günlerinde ligde oynanan her iki Fenerbahçe-Galatasaray derbisi de golsüz beraberlikle sona erdi. Ligi Fenerbahçe şampiyon olarak tamamlarken, Galatasaray da Türkiye Kupası şampiyonluğunu elde etti. Cumhuriyet Halk Partisi'nin kuruluşunun 40. yılı dolayısıyla Beşiktaş, Fenerbahçe ve Galatasaray'ın katılımıyla 1963 Eylül'ünde Atatürk Kupası adını taşıyan turnuvaya başlanmıştı. Her takımın diğer ikisiyle birer maç yaptığı turnuvanın son maçı olan Fenerbahçe-Galatasaray maçı 2 Temmuz 1964 günü oynandı. Rakibini 3-1 yenen Fenerbahçe, turnuvayı da şampiyon olarak tamamladı. Ağustos ayında, ikincisi gerçekleştirilen Türkiye Spor Yazarları Derneği Kupası isimli hazırlık turnuvası kapsamında 19 Ağustos günü birbirleriyle oynadıkları karşılaşma 1-1 sonuçlandı. Ertesi sezon ligde 3 Ocak ve 21 Mart günlerinde oynanan her iki Fenerbahçe-Galatasaray derbisi de aynı skorla sona erdi. Fenerbahçe'nin lig şampiyonluğunu kazanmasını ardından 27 Haziran'da iki takım bu kez Türkiye Kupası finalinde karşı karşıya geldi. Normal süresi golsüz beraberlikle sonuçlanan maçın uzatılması gerekirken, Spor Toto'ya dahil edilmiş olması sebebiyle uzatılmadı. Alınan karar gereğince, havaların aşırı sıcak olması gerekçe gösterilerek, tekrar maçı ertesi sezonun başına ertelendi. 18 Ağustos'ta Fenerbahçe'nin Galatasaray'ı 1-0 yendiği Türkiye Spor Yazarları Derneği Kupası maçı sonrasında iki takım 1 Eylül günü, önceki sezonun Türkiye Kupası finalinin tekrarında karşılaştı. Maçı tek golle kazanan Galatasaray, bir kez daha kupanın sahibi oldu. 5 Aralık'taki lig maçını 2-0 kaybeden sarı-lacivertli ekip, iki takımın kurucularından Ali Sami Yen ve Galip Kulaksızoğlu adına düzenlenen özel bir turnuva olan Yen-Kulaksızoğlu Kupası kapsamında 24 Ocak 1966 tarihinde oynanan maçı 2-0 kazandı ve kupanın sahibi oldu. Ligin ikinci yarısında, 27 Şubat günü oynadıkları karşılaşma 0-0 sona erdi. Aynı sezon iki ekip Türkiye Kupası yarı finalinde karşı karşıya geldi. İki ayaklı olan finalin 4 Haziran'daki ilk maçı 0-0 biterken, 12 Haziran'da oynanan ikinci maçın da normal süresi 1-1 berabere bitti. Uzatma dakikalarında attığı gollerle maçı 3-1 kazanarak finale yükselen Galatasaray, finalde de Beşiktaş'ı yenerek üst üste dördüncü kez Türkiye Kupası şampiyonu oldu. Bu performansıyla kupa tarihinin üst üste en çok şampiyonluk kazanan takımı olan takım, halen bu unvanını korumaktadır.

Spor Toto Kupası kapsamında 28 Ağustos 1966'da, Ali Sami Yen Stadyumu'ndaki ilk Fenerbahçe-Galatasaray karşılaşması 1-1 berabere sona erdi. Ligde ise 13 Kasım günü oynadıkları karşılaşmayı 2-0 kazanan sarı-kırmızılı ekip, Ali Sami Yen Stadyumu'ndaki ilk Fenerbahçe galibiyetini aldı. Bir yandan da Galatasaray'ın kazanacağı Türkiye Spor Yazarları Derneği Kupası'nda 1 Aralık günü karşı karşıya gelen ekipler, sahadan 1-0'lık Galatasaray galibiyetiyle ayrıldı. 2 Nisan 1967 günü ligde oynadıkları ikinci karşılaşmayı Fenerbahçe 3-1 kazanırken, Ali Sami Yen Stadyumu'nda Galatasaray karşısındaki ilk galibiyetini elde etti. Ertesi sezona hazırlık amacıyla Türkiye Spor Yazarları Derneği Kupası'nda 8 Ağustos günü oynadıkları maçı Galatasaray 2-1 kazanırken, kupanın da sahibi oldu. 8 Ekim 1967 ile 3 Mart 1968 tarihlerinde oynanan lig maçlarını sırasıyla 2-0 ve 3-0'lık skorlarla kazanan Fenerbahçe, lig tarihinde ilk kez iki Galatasaray maçından da galip ayrılmış oldu. Ligi şampiyon olarak tamamlayan sarı-lacivertli takım, Türkiye Kupası'nda da ilk şampiyonluğuna ulaşarak ilk kez iki organizasyonda birden şampiyonluk yaşadı. 1968-69 sezonu başında, 24 Ağustos 1968 günü karşılaştıkları hazırlık amaçlı Yen-Kulaksızoğlu Kupası'nda golsüz berabere kaldılar. Kupa için iki yıl önce oynanan karşılaşmayı kazanmış olan Fenerbahçe, bu maçtan da beraberlikle ayrılınca kupanın daimi sahibi oldu. Ligde 8 Ekim 1967 ve 3 Mart 1968 günlerinde oynanan karşılaşmaları Fenerbahçe sırasıyla 2-0 ve 3-0 kazanırken, Galatasaray sezonu lig şampiyonu olarak tamamladı. 6 Haziran günü ise Türkiye Kupası yarı finalinde yapılan maçı 2-1 kazanan Galatasaray finale yükselse de finalde Göztepe'ye kaybederek turnuvayı ikincilikle tamamladı. Metin Oktay'ın jübilesi dolayısıyla 23 Ağustos'ta iki takım arasında oynanan özel karşılaşma 1-1 berabere sona erdi. 3 Eylül'de Türkiye Spor Yazarları Derneği Kupası'nda tekrar karşılan ekipler bu kez sahadan 0-0 berabere ayrılırken, turnuvada şampiyonluğu Fenerbahçe elde etti. 7 Aralık'ta oynanan 1969-70 sezonundaki iki takım arasındaki ilk lig maçında sarı-kırmızılı takım rakibini tek golle yendi.

26 Nisan 1970 günü aralarında sezonun ikinci lig maçını oynayan ekipler, bu kez Fenerbahçe'nin 1-0'lık üstünlüğüyle sahadan ayrılırken, lig Fenerbahçe'nin şampiyonluğuyla tamamlandı. 1970-71 sezonu öncesinde, Spor Toto Kupası'nın İstanbul elemelerinde 16 Ağustos günü oynadıkları karşılaşma 1-1 berabere sonuçlandı. Bu sonuçla birlikte her iki takım da final grubuna katılma şansı elde edememişti. 10 gün sonra, 26 Ağustos günü Türkiye Spor Yazarları Derneği Kupası'nda oynadıkları karşılaşma Galatasaray'ın 3-0'lık galibiyetiyle sona ererken; takım daha sonradan turnuva şampiyonluğuna da ulaştı. 29 Kasım günü ligde oynadıkları 1-1 sona ererken, 2 Mayıs 1971'de oynadıkları ikinci maçı 2-1'lik skorla kazanan Galatasaray, sezonu lig şampiyonu olarak tamamladı. Ertesi sezon başında düzenlenen Türkiye Spor Yazarları Derneği Kupası'nda 11 Ağustos günü oynadıkları maçı Galatasaray attığı tek golle kazandı. 10 Ekim'de oynadıkları maçı 1-0 kazanan Galatasaray, 12 Mart 1972'deki Fenerbahçe maçını 2-1 kaybetti. Sezon sonunda ise lig şampiyonluğuna ulaşan takım oldu. 1972-73 sezonu başındaki Türkiye Spor Yazarları Derneği Kupası'nın ilk maçında, 16 Ağustos günü karşılaşan iki ekip sahadan golsüz beraberlikle ayrıldı. 30 Ağustos Zafer Bayramı dolasıyla bayram gününde oynanan Zafer Kupası maçında rakibini 1-0 yenen Fenerbahçe, bu galibiyetin ardından kupanın sahibi oldu. Aynı sezon ligdeki ilk karşılaşmaları 1-1 berabere sonuçlandı. 21 Ocak 1973'te, Gençlik ve Spor Bakanlığı tarafından gazeteci Hasan Tahsin adına ortaya konan kupa için iki ekip İzmir Atatürk Stadyumu'nda karşı karşıya geldi. İzmir'de oynanan tek Fenerbahçe-Galatasaray maçı olan bu maçı 2-1 kazanan Fenerbahçe, kupanın da sahibi oldu. 29 Nisan'da oynadıkları lig maçı Galatasaray'ın 1-0'lık üstünlüğüyle sona ererken, ikinci kez aynı sezonda hem lig hem kupa şampiyonluğuna ulaştı. Ligi ikinci tamamlamasından dolayı Başbakanlık Kupası'nda oynama hakkını elde eden ve oynanan maç sonunda kupayı kazanan Fenerbahçe, 9 Haziran günü Cumhurbaşkanlığı Kupası için Galatasaray ile karşılaştı. İki takım arasındaki ilk Cumhurbaşkanlığı Kupası maçını 2-1 kazanan Fenerbahçe, organizasyon tarihindeki ikinci şampiyonluğunu elde etti. 1973-74 sezonuna hazırlık sürecindeki Türkiye Spor Yazarları Derneği Kupası'nın ikinci maçında, 11 Ağustos günü iki takımın karşılaşmasından 2-2'lik beraberlik çıkarken; turnuvayı Fenerbahçe şampiyon olarak tamamladı. 30 Eylül'de, ligde oynadıkları karşılaşma golsüz eşitlikle sona erdi. Türkiye'nin kuruluşunun 50. yılı dolasıyla Türkiye Futbol Fedetasyonu tarafından düzenlenen 50. Yıl Kupası'nda finale kadar yükselen iki takım, 30 Ekim'deki finalde karşı karşıya geldi. Normal süresi ve uzatma dakikaları 0-0 biten karşılaşmayı seri penaltı atışlarında 4-3 kazanan Galatasaray, kupanın sahibi oldu. 3 Mart'ta, ligdeki ikinci karşılaşmalarında Fenerbahçe 1-0 galip geldi. Aynı sezon Türkiye Kupası yarı finalinde 20 Mart günü oynadıkları ilk maç 0-0, 17 Nisan günü oynadıkları ikinci maç ise 3-0'lık Fenerbahçe galibiyetiyle sona erdi. Bu skorlarla finale yükselen ekip, finalde de Bursaspor'u yenerek Türkiye Kupası şampiyonu oldu. Ligde de şampiyonluğa ulaşan takım, tarihinde ikinci kez aynı sezonda lig ve kupa şampiyonluğu yaşadı.

20 Temmuz 1974 tarihinde başlatılan Kıbrıs Harekâtı'nı gerçekleştiren Türk Silahlı Kuvvetlerine yardım amacıyla düzenlenen Türk Donanma Vakfı Kupası finali için 28 Temmuz günü Galatasaray ile karşılaşan Fenerbahçe, rakibini 1-0 yendi ve kupanın sahibi oldu. Sonrasında Türkiye Spor Yazarları Derneği Kupası'nda karşı karşıya gelen iki ekip, 3 Ağustos'ta oynanan maçtan Fenerbahçe'nin 2-1'lik galibiyetiyle ayrıldı. 27 Ekim günü oynanan ligin 1974