k golünü atmak için 28 Kasım'ı bekleyen oyuncu, bu tarihte Cagliari ağlarını havalandırdı ancak takımı 3-2 mağlup oldu. Sonraki haftada da Juventus deplasmanında gol atan Pandev Fabio Cannavaro, Lilian Thuram ve Gianluca Zambrotta gibi defanslara zor anlar yaşatırken çok dar bir açıdan Gianluigi Buffon'u avlamasıyla tüm dikkatleri üzerine çekti. Aralık ayında ise yeni teknik direktör Giuseppe Papadopulo’nun işbaşı yapmasıyla kendisini kulübede buldu. O sezon ilerleyen zamanlarda ise süre alan Pandev, 13 lig maçında 1 gol atarken kariyerinde ilk yaşayarak UEFA Avrupa Ligi maçlarında da süre aldı. Villareal, Partizan ve Eagleo ile aynı grupta bulunan takımıyla, 4 maça çıkıp 1 gol attı. Temmuz 2005'te ise David Pizarro transferinde karşılık haklarının %50'lik bölümü Udinese takımına verildi.
2005-06 sezonu başında ise sezona çok iyi giren ve ligin ilk maçında Ağustos ayında Messina karşısında gol atan Pandev, 5 haftada attığı 3 golle dikkat çekse de sonra yine kendisini kulübede buldu. O sezon 22 Serie A maçına çıkan Pandev, 11 gol attı bunun yanında toplam 2040 dk süre aldı. İtalya Kupası'nda ise tek maçına Cittadella karşısında çıkan Pandev, bu maçta da bir gol attı. 
2006-07 sezonunda ilk maçına Ağustos ayında Coppa Italia'da Messina'ya karşı çıkan oyuncu, bu maçta gol birden atsa da takımı alt lig ekibine 4-3 mağlup oldu. Serie A'da ilk maçına AC Milan karşısında çıkan oyuncu, o sezon ilk lig golünü ise 5 Kasım günü Empoli maçında attı. O sezon Lazio'nun teknik direktörü Delio Rossi'nin takımında süre almaya devam eden Pandev'in Tommaso Rocchi transferine karşılık %50'lik diğer hakları ile ise 4Milyon Euro bedel ile Udinese'ye verildi. Sezona Lazio ile devam eden Pandev, Sezon boyunca 38 maçın 24 tanesinde görev yapıp 11 gol attı.
Haklarının Udinese'ye verilmesine rağmen 2007-08 sezonuna da SS Lazio ile devam eden Pandev, o sezon Serie A'nın ilk maçında Torino ağlarını havalandırdı ve takımının 2-2'lik beraberliğinde pay sahibi oldu. O sezon Delio Rossi yönetiminde bir ilki yaşayan Pandev, kariyerinde ilk UEFA Şampiyonlar Ligi maçında 14 Ağustos 2007'de Dinamo București karşısında çıkarken, bu maçın rövanşında da 1 gol atarak takımının gruplara kalmasında pay sahibi oldu. Real Madrid, Olimpiakos ve SV Werder Bremen ile aynı grupa düşen Lazio ile, 3 Ekim 2007 günü oynanan Real Madrid maçında Ruud Van Nistelrooy, Wesley Sneijder, Guti Arjen Robben ve Sergio Ramos gibi isimlere karşı ilk 11'de başlarken, 32 ve 75.dakikada attığı gollerle Ruud van Nistelrooy'un gollerine cevap verdi ve maç 2-2 berabere bitti. Pandev bu maç sonunda Avrupa'da birçok ülkede manşet olurken, grup aşamasında Olimpiakos ve Real Madrid ile oynanan rövanş maçında da birer gol attı. Serie A'da ise 30 maça görev yapan oyuncu, 2 gol attığı Juventus maçında dikkat çekerken, sezonun tamamında 14 gol atarak en skorer sezonunu yaşadı. 

2008-09 sezonunda da SS Lazio ile devam eden Makedon oyuncu, o sezon ilk maçına Cagliari karşısında çıkarken geleneği bozmadı ve yine bir ilk hafta maçında fileleri havalandırdı. 11 Ocak 2009'da ise kariyerindeki ilk hattrick'i Reggina maçında yaptı. O sezon ligde 29 maçta 9, Kupa'da ise 4 maçta 6 gol kaydetti ve Coppa Italia'da gol kralı oldu.
2009-10 sezonunda ise sakatlığı nedeniyle sezonun ilk yarısında şans bulamayan oyuncu, devre arası geldiğinde ise Inter FC'in portekizli antrenörü José Mourinho'nun dikkatini çekti.

2009-10 devre arasında Wesley Sneijder, Diego Milito, Maicon ve Samuel Eto'o gibi yıldızları kadrosunda bulunduran FC Internazionale Milano'nun dikkatini çeken Pandev, bu takıma transfer oldu ve 4,5 yıllık sözleşme imzaladı. 
Bu takım ile ilk maçına Ocak 2010'da Chievo karşısında çıktı. Bu maçta takımın galibiyet golünü atan Mario Balotelli'nin attığı golün asistini yapan Pandev, bir sonraki hafta yine 3-3 devam eden maçta 90.dakika galibiyeti getiren Walter Samuel'in golünün asistini yapan isim oldu. 16 Ocak 2010'da oynanan Bari maçında ilk golünü atan Pandev, bu maçtan sonraki haftada ise AC Milan ile oynanan derbi maçında da ilk 11 başladı. Art arda galibiyetler alarak ligi 1.sırada devam ettiren Inter, Wesley Sneijder'li Diego Milito'lu, Esteban Cambiasso'lu, Javier Zanetti'li ve Mario Balotellili kadrosuyla Thiago Silva'lı David Beckhamlı Klaas-Jan Huntelaarlı Milan karşısında maçı 2-0 yendi. 65. dakikada ise skoru 2-0'a getirien isim ilk derbi maçına çıkan ve frikikten Dida'yı "27" numaralı formasıyla avlayan Goran Pandev oldu. Bir sonraki haftada ise Cagliari maçında gol atan Pandev, 24 Şubat 2010'da Inter ile ilk UEFA Şampiyonlar Ligi maçına Didier Drogbalı Frank Lampardlı Chelsea FC karşısında çıktı. Son 16'da tur atlayan Inter'de her iki maçta da görev yapan Pandev, Çeyrek final maçlarnıda 1-0'la sonuçlanan her iki CSKA Moskova maçında da görev yaparken, yarı finalde ise Lionel Messili Thierry Henryli FC Barcelona karşısında da iki maçta da ilk 11 başladı ve takımı tur atlayan taraf oldu. José Mourinho yönetiminde finale çıkan Inter, 22 Mayıs 2010 tarihinde 2010 UEFA Şampiyonlar Ligi Finali maçına Louis van Gaal yönetimindeki Bayern Münih karşısında çıktı. Bu maça Samuel Eto'o, Diego Milito, Wesley Sneijder ve Pandevli hücum hattıyla çıkan Inter, 35.dakikada Diego Milito'nun golüyle 1-0 öne geçti. 70.dakikada attığı gol ise galibiyeti perçimlerken Pandev, 79.dakikada yerini Sulley Muntari'ye bıraktı. Bu final maçını Inter kazanırken, Goran Pandev UEFA Şampiyonlar Ligi şampiyonluğu yaşayan ilk Makedon futbolcu oldu. Aynı zamanda Mourinho yönetimindeki Inter, Serie A şampiyonu olurken Coppa Italia'yı da alan takım oldu. 2.yarıda takıma katılan Pandev, Coppa Italia'da 4 maç, UEFA Şampiyonlar Ligi'nde 7 maç, Serie A'da ise 17 maç 2 gol ve 5 asist performansıyla oynadı.
2010-11 sezonunda ise José Mourinho, gösterdiği performansın ardından Real Madrid'in başına getirilirken Inter'in başına ise İspanyol teknik adam Rafael Benitez geldi. FC Internazionale Milano ile devam eden Pandev, Benitez'in de vazgeçilmezi oldu. 30 Ağustos günü ilk maçına Bologna karşısında çıktı. İlk golünü 3 Aralık 2010 günü Fernando Muslera'nın korduğu kaleye SS Lazio'ya karşı deplasmanda atan Pandev, takımının yenilmesine engel olamadı. Twente, Tottenham Hotspur ve SV Werder Bremen ile aynı gruba düşen Inter'de ilk Avrupa maçına 14 Eylül günü Twente karşısında çıktı, grupta oynanan 6 maçın 5 tanesinde görev yapan Pandev ile takımı aldığı 3 galibiyet ile üst tura yükseldi. O sezon FIFA Kulüpler Dünya Kupası'nda da 16 Aralık 2010 günü Final'e çıkan Pandev, Demokratik Kongo ekibi Mazembe karşısında ilk 11'de maça başlarken, 2010 FIFA Kulüpler Dünya Kupası Finali'nde takımını 1-0 öne geçiren golü atarken, kariyerindeki ilk final golünü attı. Aynı zamanda bu turnuvada gol atan ilk Makedon futbolcu oldu. UEFA Şampiyonlar Ligi'nde ise son 16 turunda bir önceki sezon finalde eşleştikleri Bayern Münih ile eşleşen takımda Pandev rövanş maçında ilk 11 başladı. Serie A ekibi, evinde 1-0 yenildiği Bayern'i Allianz Arena'da Goran Pandev'in bitime iki dakika kala attığı golle 3-2 yenerek çeyrek finale yükseldi. Çeyrek finalde ise Schalke 04 takımına elendi. Serie A 27 maça çıkan Pandev, 2 gol atmış, Coppa Italia şampiyonu olan takım ile bu kulvarda ise 4 maç, 1 asist ile oynamıştır.

Pandev, 26 Ağustos 2011 tarihinde ise 1 yıllığına SSC Napoli takımına kiralandı.
10 Eylül günü ilk maçına 66.dakikada girdiği Cesena maçında çıkan Pandev, 3-1 kazanılan maç ile başladığı Napoli kariyerinde, Gökhan İnler, Edinson Cavani, Blerim Dzemaili ve Ezequiel Lavezzi gibi oyuncularla ilk UEFA Şampiyonlar Ligi maçına Roberto Mancini'nin çalıştırdığı Manchester City karşısında çıktı. Güney ekibine alışma döneminde yaşadığı sakatlık nedeniyle bir ay sahalardan uzak kalan Makedon golcü, 11. haftadaki Juventus maçında attığı iki golle çıkış yakaladı. Sezonu lig ve kupada toplam 7 gol 7 asistle tamamlayan Pandev, Şampiyonlar Ligi’nde ise Marek Hamsik – Lavezzi – Edinson Cavani üçlüsüne yeterince dahil olamadı ve çok az şans bulabildi. Sezon sonunda ise son 3 sezonda İtalya Kupası şampiyonu kadrolarda yer alan Pandev, aynı sevinci SSC Napoli ile de yaşadı.
2012-13 sezonu geldiğinde ise bonservisi Napoli tarafından alındı. O sezon ilk maçına 16 Eylül 2012 günü Parma karşısında çıkan Pandev, bu maçta bir de gol attı. Sezon boyunca Serie A'da 33 maça çıkan, 6 gol atan ve tam 9 asist yapan Pandev, İtalya Kupası'nda 1 maç 1 asist ve UEFA Avrupa Ligi'nde ise 6 maçta görev yaptı.
2013-14 sezonunda ise Edinson Cavani'yle yolları ayıran Napoli, kadrosuna Gonzalo Higuain ve Jose Callejon gibi golcüleri katan Napoli, takımın başına ise Pandev'in Inter'den hocası olan Rafael Benitez getirildi. Napoli'de ilk maçına 29 Temmuz 2013 günü oynanan Galatasaray hazırlık maçında çıkmış ve 3-1 kazanılan bu maçta bir tanede kafa golü atmıştır. O sezon ilk lig maçına 25 Ağustos günü Bologna karşısında çıktı. 28 Eylül 2013 tarihinde ise Pandev, Napoli'nin kazandığı maçta Genoa ağlarına 2 gol atarak takımını liderliğe yükseltti. O sezon Serie A'da 29 maç, 7 gol, 7 asist, İtalya Kupası'nda 3 maç ve UEFA Avrupa Ligi'nde Porto'ya 1 gol atan Pandev, bu turnuvada da 4 maça çıkmıştır.
2014-15 sezonunda ise kadroya Michu'nun katılmasıyla takımdaki forvet sayısı artmış ve Pandev'in forma şansı azalmıştır. Hazırlık maçlarında süre alan Pandev, Serie A'nın ilk haftasında görev yapamamıştır.

2014-15 transfer döneminin bitimine bir gün kala adı Joel Campbell, Lukas Podolski ve Alexandre Pato gibi forvetlerle anılan Galatasaray, Pandev, Blerim Džemaili ve Tarık Çamdal ile görüşmelere başlandığı açıklanmıştır. Transferin son günü ise Milano'dan Blerim Džemaili ile sabah 10:45 civarı İstanbul'a inen oyuncu, sağlık kontrolünden geçmiş ve akşam saatlerinde ise bonservissiz olarak 1+1 yıllık sözleşme imzalandığı açıklanmıştır ve şu ifadelere yer verilmiştir; "Napoli Kulübü profesyonel oyuncularından Goran Pandev ile bonservis bedeli ödenmeksizin 2014-2015 futbol sezonu için anlaşmaya varılmıştır. Şirketimiz tarafından futbolcuya, 2014-2015 sezonu için 2.400.000 EUR sabit transfer ücreti ödenece