sayıdaki Yahudi tebanın veya vatandaşın isimlerini sıralamak işten bile değildir; aynı durum Hıristiyanlar için de geçerlidir. Ancak, baskıların, keyfi müsaderelerin, din değiştirmeye zorlama teşebbüslerinin veya pogromların uzun bir listesini yapmak da aynı şekilde zor olmayacaktır." 

Tarihçi Martin Gilbert Müslüman ülkelerdeki Yahudilerin durumunun 19. yüzyılda kötüleştiğini yazar.

1828'de, Bağdat'ta Yahudileri hedef alan bir katliam yaşanmıştır. 1839'da, İran'ın doğusundaki Meşhed şehrinde, bir güruh Yahudi Mahallesi'ne dalmış, sinagogu yakarak Tora tomarlarını yok etmiştir. Yahudilerin katli ancak zorla din değiştirmeleri sayesinde önlenebilmiştir. 1867'de Barfuruş'ta bir başka katliam yaşanmıştır.

1840 yılında, Şam'daki Yahudiler bir Hıristiyan keşiş ile Müslüman uşağını öldürüp Hamursuz Bayramı'nda pişirdikleri ekmeklerde kanlarını kullanmakla suçlandılar. Bir Yahudi berbere, "suçunu itiraf edene" kadar işkence edilirken, iki Yahudi daha işkence altında hayatını kaybetmiştir. Bir üçüncüsü ise Müslümanlığa geçerek hayatını kurtardı. 1860'lar boyunca, Libya Yahudileri, Gilbert'in tabiri ile, cezai vergiye maruz kalmışlardır. 1864 yılında, Fas'ın Marakeş ve Fez şehirlerinde 500 civarında Yahudi öldürülmüştür. 1869 yılında, Tunus'da 18 Yahudi öldürülürken Jerba Adası'nda da Araplardan oluşan kalabalık Yahudi ev ve dükkânlarını yağmalayarak sinagogları yakmıştır. 1875 yılında, Fas'ın Demnat şehrinde 20 Yahudi öldürülürken, ülkedeki diğer şehirlerde de çok sayıda Yahudi sokak ortasında saldırıya uğramış ve öldürülmüştür. 1891 yılında, Kudüs'ün Müslüman liderleri Osmanlı yetkililerinden Rusya'dan gelen Yahudilerin bölgeye girmesinin yasaklanmasını talep etmiştir. 1897 yılında, Trablusgarp'ta sinagoglar basılarak Yahudiler katledilmiştir.

Benny Moris, Yahudilerin maruz kaldıkları aşağılanmanın sembollerinden birinin de Yahudilerin Müslüman çocuklar tarafından taşlanması olduğunu yazar. Morris, bir 19. yüzyıl seyyahından şu alıntıyı yapar: "Altı yaşında küçük bir çocuğun üç-dört yaşlarında birkaç şişman ufaklığa bir Yahudiye nasıl taş atmaları gerektiğini öğretişine şahit oldum. Veletlerden biri büyük bir serinkanlılıkla paytak paytak adamın yanına yürüdü ve Yahudi olduğunu gösteren gabardinine tükürdü. Yahudinin tüm bunlara boyun eğmesi gerekiyordu; bir Müslüman'a tokat atmanın bedelini hayatı ile ödeyebilirdi." 

Mark Cohen'e göre, "The Oxford Handbook of Jewish Studies"'de, çoğu uzman modern dünyadaki Arap Antisemitizmi'nin on dokuzuncu yüzyılda, Yahudi ve Arap milliyetçiliklerinin çatışması sonucunda ortaya çıktığını ve Arap dünyasına öncelikle milliyetçi bir düşünce yapısına sahip Hıristiyan Araplar tarafından sokulduğu (ve ancak daha sonra "İslamlaştığı") sonucuna varmaktadır.

Avrupa Rönesansı sırasındaki en korkunç kovulmalar, İspanya'daki Morisko veya Arap İslam devletinin bilinen adı ile Endülüs'ün yeniden fethinin ("reconquista") hemen ardından gerçekleşmiştir. Son Müslüman hükümdarların da 1492'de Gırnata'dan çıkarılmasını İspanyol Engizisyonu izlemiş, İspanya'nın sayıları 200.000'e varan Sefarad Yahudisi nüfusunun tamamı ülkeden kovulmuştur. Bunu, 1493'te Sicilya'dan (37.000 Yahudi) ve 1496'da Portekiz'den kovulmalar izlemiştir. Kovulan İspanyol Yahudilerinin büyük bölümü Osmanlı İmparatorluğu, Hollanda ve Kuzey Afrika'ya kaçarken bir kısmı da Güney Avrupa ve Orta Doğu'ya gitmiştir.

On yedinci yüzyılda, Batı Avrupa'da neredeyse hiç Yahudi yaşamıyordu. Nispeten hoşgörülü olan Polonya, Avrupa'daki en büyük nüfusa sahipti, ancak Yahudiler için buradaki sakin durum da yüz binlerce Polonya ve Litvanya Yahudisinin Chmielnicki ayaklanması (1648) ve İsveç savaşları (1655) sırasında katledilmesi ile sona ermiş oldu. Bu ve diğer zulümlerin etkisiyle, Yahudiler 17. yüzyılda Batı Avrupa'ya geri döndüler. Yahudilere yönelik (İngilizler tarafından konulan) son yasak da 1654 yılında kaldırılmış olsa da, kimi şehirlerden dönemsel kovulmalar yine de devam etmiş, Yahudiler sıklıkla toprak sahibi olmaktan men edilmiş ve gettolarda yaşamaya zorlanmıştır.

On sekizinci yüzyılın sonlarında Polonya'nın Parçalanması ile, Yahudi nüfus da Polonya topraklarını kendi aralarında paylaşan Rus İmparatorluğu, Avusturya-Macaristan İmparatorluğu ve Prusya arasında bölünmüştür.

Avrupa'daki Rönesans ve Aydınlanma dönemi boyunca, Yahudi toplumu içinde kayda değer değişimler yaşanmıştır. Avrupa genelindeki Aydınlanma'ya paralel olarak Haskala (Yahudi Aydınlanması) hareketi de ortaya çıkmış, 18. yüzyılda Yahudiler kendilerini kısıtlayan yasalardan kurtulmak ve Avrupa toplumunun geneline entegre olmak için kampanyalara başlamıştır. Öğrencilerin aldığı geleneksel dini öğrenime laik ve bilimsel öğretim de eklenmiştir. Yahudi tarihi ve İbranice çalışmaları yeniden hayat bulmuş, ulusal Yahudi kimliğine olan ilgi büyümeye başlamıştır. Haskala, Reform ve Muhafazakar hareketleri doğurmuş, Siyonizm'in tohumlarını ekerken Yahudilerin ikamet ettikleri ülkelere kültürel asimilasyonunu da teşvik etmiştir. Hemen hemen aynı zamanda, Haskala'nın neredeyse tam zıttını telkin eden Hasidik Yahudilik hareketi doğmuştur. On sekizinci yüzyılda, Haham İsrael ben Eliezer (Baal Şem Tov) tarafından başlatılan Hasidik Yahudilik, dine coşkulu ve mistik yaklaşımı ile hızla taraftar toplamıştır. Bu iki hareket ve içinden çıktıkları Yahudiliğe geleneksel ortodoks yaklaşım, çağımızda Yahudi görenekleri içindeki bölünmelerin temelini oluşturmuştur.

Bu esnada, dış dünyada da bir değişim yaşanmakta, Yahudilerin serbestleşmesi (eşit haklar verilmesi) olasılığı tartışmaya açılmaktaydı. Bunu yapan ilk ülke ise, 1789 Fransız Devrimi sırasında Fransa olmuştur. Bununla birlikte, Yahudilerden geleneklerini sürdürmeleri değil, entegre olmaları beklenmekteydi. Bu muğlak durum, Clermont-Tonnerre'nin 1789 yılında Ulusal Meclis'te yaptığı meşhur konuşmasında da gözler önüne serilmiştir:

"Yahudilere bir ulus olarak hiçbir şey vermemeli, ancak bireyler olarak Yahudilere her şeyi vermeliyiz. Hakimlerini tanımayı bırakmalıyız; onlar da sadece bizim hakimlerimize tabi olmalılar. Yahudi örgütlenmesinin sözde yasalarının korunmasına yasal koruma sağlamayı reddetmeliyiz; devlet içinde ne bir siyasi vücut ne de düzen kurmalarına izin verilmemelidir. Her biri bireysel olarak vatandaş olmalıdır. Ancak, kimileri bana onların vatandaş olmak istemediğini söyleyecektir. Pekala öyleyse! Vatandaş olmak istemiyorlarsa, bunu söylesinler ve biz de onları buralardan sürelim. Devlet içinde vatandaş olmayanlardan oluşan bir topluluğun, ulus içinde bir ulus olması rezil bir durumdur."

Her ne kadar baskılar sürse de, serbestleşme 19. yüzyıl boyunca Avrupa'nın her yerine yayılmıştır. Napolyon, Yahudileri Avrupa'daki Yahudi gettolarını terk edip yeni oluşturulan hoşgörülü siyasi rejimlere sığınmaya davet ederek bu serbestleşmeyi daha da yaymıştır (bkz. Napolyon ve Yahudiler). 1871'e gelindiğinde, Almanya'nın da Yahudilere serbestlik vermesi ile, Rusya dışında Avrupa ülkelerinin hepsi Yahudilerine serbestlik tanımış oluyordu.

Yahudilerin laik topluma giderek daha fazla entegre olmasına rağmen, Orta Çağ'ın dini nefreti yerine ırk ve ulus fikirlerine dayanan yeni bir Antisemitizm türü ortaya çıkmaktaydı. Yahudilerin Batı Avrupa'nın Ari halklarından farklı ve bunlardan aşağı bir ırk olduğunu savunan bu Antisemitizm türü, Fransa, Almanya ve Avusturya-Macaristan'da, serbestleşmenin geri alınması platformu üzerinde kampanyalar yürüten siyasi partilerin ortaya çıkışına yol açmıştır. Bu Antisemitizm türü Avrupa kültüründe sık sık kendini göstermiş, Fransa'daki Dreyfus Olayı da bu olayların en ünlüsü olmuştur. Rusya'daki devlet destekli pogromların yanı sıra bu baskılar da çok sayıda Yahudinin sadece kendi devletleri içinde güven içinde olacağına inanmasına yol açmıştır (Bkz. Theodor Herzl ve Siyonizmin tarihi).

Bu dönemde, Amerika Birleşik Devletleri'ne Yahudi göçü (bkz. Amerikan Yahudileri), bu ülkede Avrupa'daki kısıtlamalardan önemli ölçüde kurtulmuş yeni bir büyük cemaatin ortaya çıkmasını sağlamıştır. 1890 ile 1924 yılları arasında, çoğunlukla Rusya ve Doğu Avrupa'dan iki milyonun üzerinde Yahudi Amerika Birleşik Devletleri'ne göç etmiştir.

1870'li ve 1880'li yıllarda, Avrupa'daki Yahudi nüfus arasında İsrail'e göç ve burada Yahudi ulusu için bir ulusal anavatan kurulması konusu tartışılmaya başlamıştır. 1882 yılında, ilk Siyonist yerleşim olan Rişon Lezion, Rus imparatorluğundan gelen "Hovevey Siyon" hareketine üye olan göçmenler tarafından kurulmuştur. Daha sonra ise, İsrail Diyarı'nda çok sayıda yerleşim kuran "Bilu" hareketi ortaya çıkmıştır.

Siyonist hareket resmi olarak Kattowitz toplantısı (1884) ve Dünya Siyonist Kongresi'nin (1897) ardından kurulmuştur. Dünya süpergüçlerini Yahudiler için bir devlet kurmaya ikna etmek üzere mücadele başlatan ise Theodor Herzl olmuştur. Birinci Dünya Savaşı'ndan sonra, böyle bir devlet kurmak için gerekli koşullar oluşmuş gibi görünüyordu: Birleşik Krallık Filistin'i Osmanlı İmparatorluğu'ndan almış, Chaim Weizmann'a verilen 1917 tarihli Balfour Deklerasyonu ile, Britanya Yahudilere bir "ulusal anavatan" için söz de vermişti.

1920'de, Britanya Filistin Mandası başlamış, Britanyalılar Filistin'de Yahudiler için bir ulusal anavatanı yaratmayı ve desteklemeyi vadetmişti. Başlangıçta Yahudiler için her şey yolunda gidiyor gibiydi: Yahudi yanlısı Herbet Samuel Filistin Yüksek Komiseri olarak atanmış, Kudüs İbrani Üniversitesi kurulmuş ve Filistin'e çok sayıda büyük göç dalgası gelmişti. Artan Yahudi göçünden memnun olmayan Filistin'in Arap sakinleri ise Yahudi yerleşimine ve Britanya hükümetinin Yahudi yanlısı politikasına şiddet içeren ayaklanmalar ve terör eylemleri yoluyla karşı çıkmaya başladılar.

Arap çeteleri konvoylara ve Yahudi nüfusa saldırmaya başladı. 1920 Arap isyanları ve 1921 Yafa isyanları'nın ardından, Filistin'deki Yahudi liderleri Britanya'nın yerel Arap çetelerini Filistin'deki Yahudilere saldırıları konusunda karşısına almaya niyeti olmadığına karar verdiler. Bu çetelere karşı korunma için Britanya yönetimine güvemeyeceklerinin farkına varan