sırasıyla üçüncü ve dördüncü sırayı kazanan Kovalainen ve Alonso tarafından beşinci sıraya itildi. Kubica, altıncı olarak Toyota pilotları Jarno Trulli ve Glock ile Torro Rosso pilotları Sebastian Vettel ve Sébastien Bourdais'in önünde yer aldı. Red Bull sürücüleri 11. Coulthard ile 13. Webber'in arasına Piquet girmeyi başarırken; piste çıkan tek Japon sürücü olan Nakajima, Williams'tan takım arkadaşı Nico Rosberg'in önünde 14. sırayı aldı. Birinci bölümün büyük kısmını aracının ayarlarıyla uğraşarak geçiren Hiedfield ise ancak takım arkadaşı Kubica'nın on sıra gerisinde 16. olabildi. Honda'nın kendi seyircisi önünde sürücüleri Rubens Barrichello ile Jenson Button 17. ve 18. sırada kalırken; sonda kalan Force India pilotlarından Sutil, takım arkadaşı Fisichella'yı 0,8 saniye gibi rahat bir farkla geçerek 19. çizginin sahibi oldu.

Yarış öncesinde pist bölgesi yağışsız, hava sıcaklığı 16 °C (61 °F), pist sıcaklığı 21 °C (70 °F) düzeyindeyken, koşulların yarış süresi boyunca bu şekilde kalması bekleniyordu. Ön bölümdeki pilotların büyük bölümü yarışa sert lastiklerle başlarken, sadece Massa yumuşak lastikleri tercih etmişti. Yarışın başlamasıyla birlikte Räikkönen, çizgisini kaybeden Hamiton'dan daha iyi bir kalkışla ilk viraja girilirken öne geçmiş; fakat Ferrari'nin hava koridoruna giren McLaren pilotu virajda içeriye yönelerek Räikkönen'i geride bırakmıştı. Virajın iç bölümünde kötü frenleme yüzünden Hamilton'un ön tekerlekleri kilitlenmiş; bu sırada Hamilton ve Kovaleinen ikilisi Räikkönen'in aracına temas ederek onu pist dışına çıkmaya zorlamıştı. Üç pilotta kaza sonunda sıralamalarını kaybederek geriye düştü. Henüz ısınmamış lastiklerin kilitlenmesinden kaynaklanan çarpışmalardan kurtulan Kubica, virajdan sonra Alonsa ve Kovalainen'in önünde liderliği ele geçirdi. Barrichello'ya arkadan çarpan Fisichella'nın aracından kopan karbon fiber parçalar piste dağılırken; Coulthard ise önce Bourdais daha sonra da Piquet'e temas etmiş, yaşadığı süspansiyon sorunu sebebiyle ikinci viraj sonrası kayarak bariyerlere çarpmıştı. Nakajima, Coulthard'ın aracından kaçmak için pist dışına yönelmek zorunda kalmış; ancak ön kanadını kaybederek geri dönebilmişti. Japon sürücü tur sonunda yeni kanat için pit stop yapmak zorunda kaldı.
Kubica; 1. turun sonunda Alonso, Kovalainen, Trulli, Massa, Hamilton ve Räikkönen'in önünde lider durumdaydı. 2. turda Massa, 10. virajda şikana girerken geç frenledi. Bu esnada Hamilton onu geride bıraktı; ancak bordürlerin üstünden geçen Massa virajın çıkışında McLaren pilotuna çarptı. Aldığı darbeyle spin atan Hamilton, turun sonunda pite girerek lastiklerini değiştirip benzin aldı. pit dönüşünde ise kendisine ancak 18. sırada yer bulabildi. Massa ise yarışı 7. sırada sürdürüyordu. 10. turda Trulli'yi 10. virajın iç bölümünde geride bırakan Räikkönen 4. sıraya yükseldi. Ferrari pilotunun bir saniyeden daha fazla önünde üçüncü olan Kovalainen 1:19.258 ile 12. turda en hızlı tur zamanına imza atmış, Räikkönen ise buna dört tur sonra 1:19:193'lük tur zamanı ile karşılık vermişti. 6. ve 7. turlarda pite girmesine rağmen kırılan koltuğu yüzünden araç hakimiyetinde yaşadığı problemler Glock'un pistteki karbon fiber parçalarının oluşturduğu bir kesik ise Sutil'in, Coulthard'tan sonra yarış dışı kalan diğer iki pilot olmasına yol açtı.

17. turda Massa ve Hamilton pitten geçme cezası aldı. Massa Hamilton'a çarptığından, Hamilton ise ilk virajda Räikkönen'i pist dışına çıkmaya zorladığından dolayı bu cezaya çarptırıldı. Hamilton cezasını hemen yerine getirmeyi seçerken, Massa önce 18. turda bir pit stopla benzin alıp lastiklerini değiştirdi. Daha sonra da 20. turda pitten bu sefer cezası için geçti; yarışa döndüğünde Hailton'un hemen önünde 14. durumdaydı. Diğer pilotlardan Kubica ile Räikkönen de 17. turda benzin ve lastikler için pit stop yaptı. Aynı tur içinde Kovalainen motor problemi yaşayınca aracını kenara çekerek yarışa daha fazla devam edemedi. Alonso 18. turda pite girince liderliği geçici olarak henüz pit yapmamış pilotlardan Kubica'ya bıraktı. Sonraki altı tur içinde Trulli, Vettel ve Bourdais üçlüsü de pit stoplarını yaparken, 21. turda Fisichella vites kutusu sorunu yüzünden yarış dışı kaldı. 28. turda ilk pit stopunu yapan Piquet yarışa Bourdais'in önünde dönmeyi başarmış; bu sırada ön bölümde Alonso Kubica farkı 7.8 saniyeye ulaşmıştı. Bir tur sonra Massa Button'u geride bırakarak 12. sıraya yükseldi.
Fernando Alonso 1:19 civarında turlar atmaya devam ederken, 41. turda 1:19.101'lik zamanıyla yarışın o ana kadarki en hızlı turunu attı. Bu performansla Kubica ile aralarındaki fark 12 saniyenin üzerine çıkmıştı; Räikkönen ise Kubica'nın 5 saniye kadar gerisinde üçüncü sıradaydı. Alonso 43. turda ikinci kez pit stop yaparak yumuşak lastiklerle piste döndü. Takım telsizinde önden kopma yaşadığından şikayet eden Kubica 46. turda ikinci kez pit stop yaparken, Räikkönen iki tur sonra pit alanında görüldü. Trulli, Bourdais, Vettel ve Piquet de sonraki 5 tur içinde pite girerek yarış sonuna kadar yetecek benzin takviyesi yaptı. Bourdais 51. turda pit alanından piste 7. olarak dönmekteyken, o sırada henüz son pit stopunu yapmamış 8. sıradaki Massa onu geçmeye çalıştı ama iki araç çarpıştı. Spin atan Massa, Bourdais'in arkasında kalsa da yarışa devam etmeyi başardı. Üç tur sonra, yarış komiserleri kazayı incelemeye aldıklarını ve kararın yarış sonrasında çıkabileceğini açıkladı. 52. turda Räikkönen ilk viraja yaklaşırken Kubica'nın hava koridorunu kullanıp geçmek için hamle yaptı; ancak geç fren yapan Kubica, bu önleyici manevrayla yerini korudu. Bir sonraki turda Räikkönen atağını tekrarlarken bu sefer ilk viraj içinde iyi bir frenlemeyle kendisini arkada tutmaya çalışan Kubica ile yan yana geldi. Üçüncü virajda içerde kalıp yarış çizgisini koruyan sol bölümdeki Kubica, Räikkönen'in çizgiyi kaybedip kaçış alanına taşmasını sağladı. Räikkönen daha sonra BMW pilotunun arkasında piste geri döndü. Kubica-Räikkönen arasındaki bu mücadele sonraki iki tur boyunca özellik ilk viraj içinde devam etse de Polonyalı pilot ikinci sıradaki yerini korumayı başardı.
53. turda pite giren Massa, Heidfeld'in arkasında 10. sıradan yarışa döndü. Hemen ardından 55. turda 1:18.426'lık derecesiyle yarıştaki en hızlı turu attı. Bu arada Piquet, 60. turda beşinci virajı dıştan alarak zaman kaybetmeden önce, Räikkönen ile arasındaki farkı bir saniyenin altına kadar düşürmüştü. Yine 60. turda Massa Heidfeld'i geçerek 9. sıraya yükseldi ve Webber'e yaklaşmaya başladı. 65. turda düzlük sonunda Massa Webber'i geçmek için hamle yaptıysa da, Avustralyalı pilot pistin sağ tarafında pozisyon alarak yerini korudu. Ancak daha sonr, pisti sınırlayan çizgileri geçip pit yolunun çıkışına doğru kayan Massa bu defa Webber'i geride bıraktı; birinci virajda onu arkasında tutmayı başaran Massa böylece 8.'liğe yerleşti. 67 tur sonunda bitiş çizgisini ilk geçen pilot olan Alonso, sezondaki ikinci zaferine Kubica'nın yaklaşık beş saniye önünde ulaştı. Räikkönen üçüncü sırada yer alırken, onu sırasıyla Piquet, Trulli, Bourdais, Vettel ve Massa takip etti. Webber, ağır aracıyla sıralama turlarındaki kötü derecelerini düzeltemeyen Heidfeld'in önünde 9. olurken; Rosberg Hamiton'un önünde 11. oldu. Araçlarının Fuji pistindeki performansından şikayetçi olan Honda pilotları Barrichello ile Button sonraki iki sıranın sahibi oldu. Yarışın başlarındaki pit stopundan sonra toparlanamayan Nakajima ise 15. ve son sırada yarışı tamamladı.

Podyumda yer alan pilotların katıldığı yarış sonrası düzenlenen basın toplantısında Fernando Alonso, birinci ve ikinci pit stoplar arasını kısa tutma kararı hakkında "Bazen bunu yapabilirsiniz, bazen yapamazsınız ve bugün araç mükemmel olunca bunu deneyebildim." şeklinde açıklama yaptı. "Şu an her şeyi başarabileceğimizi hissediyorum" diyen Alonso, geri kalan yarışlarda aracına olan güvenini ortaya koydu. Diğer isimlerden Robert Kubica yarışta aldığı ikinciliğin, sezonun başlarındaki Kanada Grand Prix galibiyetinden daha iyi olduğunu söyledi. Polonyalı sürücü, takımı BMW Sauber'in sezonun başından beri araçta bir iyileştirme gerçekleştirememesine rağmen alınan bu podyum derecesini "takımın içinde bulunduğu zor dönemde alınmış çok iyi bir sonuç" olarak niteledi. Üçüncü Kimi Räikkönen ise yarışı "ilk virajda en öndeyken sonra geride kalmak iyi olmadı. Önde kalmak bize daha iyi bir sonuç getirebilirdi ve bu yüzden biraz hayal kırıklığına uğradım; fakat yarışmak zaten böyle bir şey" sözleriyle değerlendirdi. Finlandiyalı pilot ayrıca, Kovalainen'in ilk virajdaki temasından sonra aracının kontrolünde sorunlar yaşadığını ve bu durumun üçüncülükten daha iyi bir derece yapmasına engel olduğunu belirtti.

Yarıştan 40 dakika sonra Sébastien Bourdais'e yarışın 50. turunda Massa ile karıştığı kaza sebebiyle komiserler tarafından 25 saniye ceza verildi. Sürücü bu kararla 6.'lıktan 10.'luğa gerilerken, Massa 7. sıraya yükselerek Sürücüler Şampiyonası için bir puan daha kazanmış oldu. Bourdais yaşanan olayda Massa'yı aşağıdaki sözleriyle suçladı:

Massa ise yarış organizatörlerinin verdiği karara katıldığını belirtti ve suçlamaları şu sözlerle reddetti: "Söyleyecek çok fazla şey olduğunu düşünmüyorum: Ben o an viraja girmiştim ve o bana arkadan çarparak spin atmama yol açtı." Verilen bu ceza medyadan çokça eleştiri aldı. GrandPrix.com sitesi Bourdais'in "birden ortadan kaybolamayacağı" yorumuyla, kararı "tuhaf" olarak niteledi. ITV kanalından James Allen FIA yarış direktörü Charlie Whiting'in yarıştan önce yaptığı, pit yolundan çıkan araçların geçiş üstünlüğü olduğu şeklindeki açıklamayı hatırlatarak, buna göre cezanın "saçmalık" olduğu yorumunda bulundu. Fransız spor gazetesi "L'Équipe" de yarış organizatörlerinin kararını, iki pilotun da yarış çizgisini koruduğunu ve olayın normal bir kazadan ibaret olduğunu yazarak, eleştirdi. Daha önce beş yıl boyunca Formula 1 pilotluğu yapmış olan Mark Blundell ise "Kağıt parçalarını, grafikleri, telemetriyi inceleyebilirsiniz fakat bir pilotun aklından geçenleri, bu konuda tecrübeniz olmadan anlay