kuşu, İstanbul'un Beyoğlu ilçesinde yer alan bir yoldur. Kuzeydoğu-güneybatı doğrultusunda bir yay çizerek Cihangir semtinden Tophane'ye iner. Kılıçalipaşa ve Firuzağa mahalleleri arasında idarî sınır teşkil eder. Taksim Meydanı'ndan başlayan Sıraselviler Caddesi'nin devamı niteliğindedir. Tophane'de Boğazkesen Caddesi ile kesişerek sonlanır. Yokuş üzerinde bulunan önemli yapılar Firuzağa Camii ve Özel İstanbul İtalyan Hastanesi'dir. Yokuş araç trafiğine açık olmasına karşın eğimden dolayı araçlar kontrollü ilerleyebilmektedir. Yokuşta herhangi bir toplu taşıma aracı çalışmamaktadır. T1 kodlu tramvay hattının Tophane durağına kolaylıkla ulaşılabilir.




Yeniçarşı Caddesi

Yeniçarşı Caddesi, İstanbul'un Beyoğlu ilçesinde yer alan bir yoldur. Kuzeybatı-güneydoğu doğrultusunda İstiklal Caddesi'nden başlayarak Galatasaray semtinden Çukurcuma'ya iner. Kuloğlu ve Tomtom mahalleleri arasında idarî sınır teşkil eder. Galatasaray Meydanı'nda, Galatasaray Lisesi'nin solundan başlayarak Çukurcuma'da Boğazkesen Caddesi ile birleşerek sonlanır. Yokuş üzerinde bulunan önemli yapılar Galatasaray Lisesi ve Tomtom Kaptan Camii'dir. Caddenin sonunda yer alan Tomtom Kaptan Sokağı aracılığıyla Fransa, Rusya ve İtalyan başkonsolosluklarına ulaşılabilir. Caddede herhangi bir toplu taşıma aracı çalışmamaktadır.




Boğazkesen Caddesi

Boğazkesen Caddesi, İstanbul'un Beyoğlu ilçesinde yer alan bir yoldur. Kuzeybatı-güneydoğu doğrultusunda Çukurcuma semtinden Tophane'ye iner. Firuzağa ve Tomtom mahalleleri arasında idarî sınır teşkil eder. Galatasaray Meydanı'nden başlayarak Çukurcuma'da sonlanan Yeniçarşı Caddesi'nin devamı niteliğindedir. "Boğazkesen" adını, İstanbul Boğazı'na paralel olarak ilerleyen Meclis-i Mebusan Caddesi'ni dik kestiği için almıştır. Yokuş üzerinde bulunan önemli yapılar Tomtom Kaptan Camii ve Tophane-i Amire Binası'dır. Caddede herhangi bir toplu taşıma aracı çalışmamaktadır ancak T1 kodlu tramvay hattının Tophane durağına kolaylıkla ulaşılabilir.




Kartaltepe





Mahmutpaşa Yokuşu

Mahmutpaşa Yokuşu, İstanbul'un Fatih ilçesinde yer alan bir yoldur. Güney-kuzey doğrultusunda Kapalı Çarşı'nın hemen batısından başlayarak Tahtakale'ye iner. İdarî olarak Molla Fenari ve Tayahatun mahalleleri sınırları içinde kalır. Kapalı Çarşı'nın Mahmutpaşa Kapısı'nın açıldığı noktadan başlayarak hafif bir yay çizer ve Tahtakale'de Vasıf Çınar Caddesi'ni keserek sonlanır.

Yokuşun her iki yakasında sıralanmış çok sayıda dükkân yer almaktadır. Genel olarak tesettür ve bebek giyim eşyası satan işyerlerinin yoğunlaştığı cadde, tarihî Mahmutpaşa Çarşısı'nın ana hattını oluşturmaktadır. Yokuşta bulunan dükkânlarda giyim eşyasının yanı sıra çeyiz, sünnet ve okul malzemeleri satan yerler de önemli bir yer tutmaktadır. Düzensiz ve yer yer köhne yapılarda bulunan dükkânların çevrelediği dar bir yoldur. Yokuşun zemini 2000'li yılların başlarında yapılan yenileme çalışmalarıyla Arnavut kaldırımı tarzında döşenmiştir. Cadde gün içinde araç trafiğine kapalıdır. Günün belirli saatlerde dükkân sahiplerinin nakliye işlemleri için araç trafiğine açılmaktadır. Yokuş üzerinde ve yakın çevresinde tarihî öneme sahip pek çok yapı yer alır. Bunlar arasında Mahmutpaşa Camii, Mahmutpaşa Hamamı, bazı tarihî han, çarşı ve mescitler sayılabilir.




Dizi hizalaması

Biyoenformatikte dizi hizalaması, DNA, RNA veya protein dizilerini düzenleyerek benzer bölgelerin tespit edilmesidir. Bu bölgelerin benzer olması, diziler arasında işlevsel, yapısal veya evrimsel bir ilişki olduğu anlamına gelir. Hizalanmış nükleotit veya aminoasit kalıntı dizileri tipik olarak bir matriksin satırları olarak gösterilir. Kimyasal kalıntıları temsil eden harflerin arasına boşluklar konarak ardışık sütunlarda yer alan aynı veya benzer harflerin bir hizada olması (altalta gelmesi) sağlanır.

Dizi hizalaması biyolojik olmayan dizilerde, örneğin doğal dil veya finansal verilerde de kullanılabilir.

İki dizi ortak bir ataya sahipse, hizalamada eşleşmeyen harfler, bu dizilerin birbirinden ıraksadığı zamandan beri meydana gelmiş noktasal mutasyonlar olarak yorumlanır. Hizalamadaki boşluklar ise insersiyon veya delesyonlar (indel) olarak yorumlanır. Proteinlerin dizi hizalamasında belli bir pozisyondaki amino asitlerin benzerlik derecesi, bu proteinler için belli bir bölge veya dizi motifininin ne kadar korunmuş olduğunun kaba bir ölçütü olarak alınabilir. Dizinin belli bir bölgesinde substitusyonların olmaması veya sadece çok muhafazkar substitusyonların olması (yani benzer biyokimyasal özelliğe sahip amino asit substitusyonları), bu bölgenin yapısal veya işlevsel bir öneme sahip olduğunun bir belirtisi sayılır. DNA ve RNA bazları, proteinlerdeki aminoasitlerden daha çok birbirine benzese de, baz çiftlerinin korunması da benzer bir işlevsel veya yapısal önemi belirtebilir.

Çok kısa veya çok benzer diziler elle hizalanabilir. Ancak, çoğu ilginç problem, insan eliyle yapılamıyacak kadar uzun, karmaşık veya çok sayıda dizinin hizalanmasını gerektirir. Böyle durumlarda, kaliteli dizi hizalamaları elde edebilmek için insan bilgisine dayanan algoritmalar kullanılır. Ender olarak bu algoritmalardan elde edilen sonuçlar, algoritmik olarak ifadesi zor olan durumlar için elle düzeltilebilir. Dizi hizalaması için kullanılan hesaplamalı yöntemler genelde iki gruba ayrılır: "global optimizasyon" ve "yerel optimizasyon". Global hizalamanın bulunması bir global optimizasyon çeşididir ve elde edilecek hizalamanın, sorgulanan dizilerin tamamını kapsamaya "zorlar". Buna karşın, yerel hizalamalar genelde birbirinden çok farklılık gösteren uzun dizilerde benzer bölgeleri tespit eder. Çoğu zaman yerel hizalamalar tercih edilir ama bunların bulunması daha zor olabilir. Dizi hizalama problemi için çeşitli algoritmalar uygulanmıştır, bunların bazıları, dinamik programlama gibi, yavaş ama formel olarak eniyileyici yöntemlerdir, bazıları ise hızlı ama mutlaka mükemmel sonucu vermeyebilen, veri tabanı aramaları için tasarlanmış buluşsal algoritmalar veya olasılıksal yöntemlerdir.

Hizalamalar genelde hem grafik olarak hem de metin olarak gösterilir. Hemen her dizi hizalama gösteriminde diziler satırlar şeklinde ve hizalanmış harfler de sütunlar halinde düzenlenir. Metin formatlarında aynı veya benzer harfler içeren hizalanmış sütunlar korunma sembolleri ile gösterilir. Yukarıdaki resimde olduğu gibi, bir yıldız veya dik çizgi iki satır arasındaki aynılığı göstermekte kullanılır; daha ender kullanılan semboller ise, korunmuş bir substitusyon için iki nokta üst üste, ve yarı korunmuş substitusyonlar için bir noktadır. Çoğu dizi görüntüleme programları ayrıca substitusyon harflerinin özelliklerini belirtmek için renkler kullanır; DNA ve RNA dizilerinde her nükleotidin kendi rengi olur. Protein hizalamalarında, örneğin yukarıdaki örnekte olduğu gibi, belli bir amino asit substitusyonunu korunumunu değerlendirmek için renk kullanılır. Çoklu dizilerde her sütünun son satırı o hizalama ile belirlenmiş olan konsensus dizisidir; konsensus dizinin grafik olarak gösterilmesi bir dizi logosu ile olur; dizi logosunda her nükleotit veya amino asitin harfinin büyüklüğü o harfin korunma derecesine karşılık gelir.

Dizi hizalamaları çeşitli metin-tabanlı dosya formatlarında saklanabilir, bunların çoğu ilk olarak belli bir hizalama programı veya uygulaması ile birlikte geliştirilmiştir. Çoğu Web-temelli araçlar sınırlı sayıda girdi ve çıktı format seçeneği verirler, örneğin FASTA formatı ve GenBank formatı gibi, ve program çıktısı genelde kolayca değiştirilemez. Çeşitli format dönüştürme programları mevcuttur, bunlardan READSEQ ve EMBOSS gibi bazılarının grafik arayüzü veya komut satır arayüzü vardır, buna karşın BioPerl, BioRuby gibi program paketlerinin buna olanak veren kendi fonksiyonları vardır.

Global hizalamalarda her dizideki her harfin hizalanması amaçlanır. Sorgu kümesindeki diziler birbirine benzer ve yaklaşık aynı uzunlukta olursa global hizalamaları en yararlı olur. (Ama bu, global hizalamaların boşluklarla sonlanamayacağı anlamına gelmez.) Global hizalama tekniklerinden biri, dinamik programlamaya dayalı olan Needleman-Wunsch algoritmasıdır. Birbirine benzemeyen ama benzer bölgeler içerdiği tahmin edilen diziler için
lokal hizalamalar daha yararlıdır. Keza, benzer kısa dizi motiflerinin tespitinde lokal hizalamalar kullanılır. Smith-Waterman algoritması da dinamik programlamaya dayalı bir lokal hizalama yöntemidir. Eğer diziler yeterince birbirine benziyorsa lokal ve global hizalama sonuçları arasında bir fark olmaz.

Hibrit yöntemler (yarı global veya "glokal" yöntemler olarak da adlandırılabilir) bir veya öbür dizinin başı ve sonunu da kapsayan en iyi hizalamayı bulmaya çalışır. Dizilerden birinin sonu, öbürünün başı ile örtüşüyorsa bu özellikle yararlı olabilir. Bu durumda ne global ne de lokal hizalama tamamen uygundur: global yöntem hizalamayı örtüşme bölgesinin dışına uzatmaya çalışacaktır, lokal yöntem ise örtüşme bölgesini yeterince kapsamayabilir.

İkili hizalama yöntemleri, iki sorgu dizisinin birbiriyle en iyi uyuşan parçalı (lokal) veya global hizalamasını bulmakta kullanılır. İkili hizalamalar bir defada sadece iki dizi arasında bulunabilir ama hesaplanmaları verimlidir ve çoğu zaman çok yüksek doğruluk gerektirmeyen yöntemlerde kullanılırlar (örneğin bir veritabanında sorgu dizisine yüksek oranda benzeyen dizileri bulmak için). İkili hizalamalar üretmekte kullanılan üç ana yöntem, nokta-matris yöntemleri, dinamik programlama ve sözcük yöntemleridir; ancak, çoklu hizalama yöntemlerinde de dizi ikilileri hizalanır. Her yöntemin kendi avantaj ve dezavantajları olsa da, bu ikili hizlama yöntemlerinin hepsi, düşük bilgi içerikli olan çok tekrarlı dizilerde zorlanırlar, özellikle hizalanacak olan iki dizideki tekrarlı altdizilerin sayıları farklıysa. Belli bir ikili hizalama yönteminin yararını nicelemenin bir yolu, 'maksimum yegane uyuşma' yani her iki dizide bulunan en uzun altdizidir. Daha uzun ortak altdiziler tipik olarak daha yakın bir ilişkiyi yansıtır.

Nokta matris yaklaşımında her bir dizi bö