zerdir, ancak erkekler çok az miktarda daha büyüktür. Erkeklerin gagaları, dişilere göre daha büyük olur. Ortalama bir erkek gagası; 6,1 cm iken, dişilerinki 5,4 cm'dir. Bu fark sayesinde erkek ve dişi ayırt edilebilir.

Olgunlaşmamış makaroni penguenleri; ufak gövdeleri, küçük mat kahverengi gagaları, koyu gri çene ve boğazı, kafalarının üzerine saçılan eksik veya gelişmemiş sarı tüyleri ile ayırt edilir. Üreme yaşından bir ya da iki yıl önce, 3-4 yaş arasında penguenlerde sorguç tamamen gelişmiştir.

Makaroni penguenleri, varolan bütün tüylerini değiştirecek şekilde yılda bir defa tüy döker. Tüy dökme sırasında yiyecek temin edebilmek için suya giremediklerinden, tüy dökmeye başlamadan önce iki hafta kadar vücutlarında yağ birikimi meydana gelir. Tüy dökme işlemi, 3-4 hafta sürer ve bu süreyi sahilde oturarak geçirir. Makaroni pengueni, tüy dökme safhasının ardından denize döner ve baharda çiftleşmek üzere kolonisine katılır. Ortalama yaşama süreleri, pek iyi bilinmemektedir. Güney Georgia Adaları'nda yavrulayan erişkinlerin başarılı şekilde dönüş oranları; üç yıllık dönemde yüzde 49 ilâ 78 arasında değişmiştir. Dönenlerin yüzde 10'u, bir sonraki yıl yavrulamamıştır.

Makaroni pengueninin ötüşü diğer sorguçlu penguenlere benzer. Eş bulma ve kur yapma döneminde, koloniler oldukça gürültülü olur ancak kuluçka dönemi süresince azalma eğilimi gösterir. Kuluçka döneminde ebeveynler yuvada yer değişikliği yapacağı zaman borazan benzeri sesler çıkarır, bu sayede birbirlerini kolaylıkla tanırlar. Bir penguen, görsel işaretin az ve yüksek seviyede gürültünün olduğu bir çevrede, yavru veya eşini çağırmak için mümkün mertebe kolonideki diğer binlerce kuşun sesiyle yarışmak durumundadır. Bilimsel çalışmalar makaroni pengueninin iletişimi, bir görüntü-çağrı kullanımıyla sağladığını ortaya koyar, her penguen benzersiz akustik bir imzayı içeren karmaşık bir ses yapısına sahiptir. Güney Georgia Adaları'ndaki kolonilerde kaydedilen penguen seslerinin Kerguelen ve Crozet Adaları'ndakilerden daha yüksek ritim ve alçak perdeye sahip olduğu ortaya çıkmıştır.

Koloniler halinde yaşamak, penguenler arasında vokal gösterilere ek olarak görsel repertuarı da geliştirerek sosyal etkileşimin yüksek olması sonucunu doğurur. Bu davranışlar, üreme döneminin başlarında zirveye çıkar ve koloniler, özellikle erkek penguenler denizde olduklarında sakinleşirler. Karşı koyma, ilerleme ya da yer değiştirme gibi mücadeleci gösteriler, diğer bireylerle çatışmayı yatıştırmak ve kaçınmak içindir. Özellikle bitişik yuvalarda olan makaroni penguenleri, gaga düellosu yapabilirler. Penguenler gagalarını birbirine kenetler ve güreşirler. Diğerini düşürmek için yapılan her denemede, rakip tekmelenir ve gagalanır ya da ensesine vurulur. Uysal görünümlü narin yürüyüşe sahiptir. Koloni içinde ilerlerken tüyleri düz, kanatları vücudun önünde, baş ve boyunları öne eğik, kuluçka halinde iken ya da yuvada durduklarında ise kafa ve boyunları hep kambur şekilde öne eğiktir.

Diğer penguen türleri gibi, makaroni pengueni de yuva yapma ve yiyecek arama sırasında sosyal davranan bir hayvandır. Kurdukları üreme kolonileri, bütün penguen türleri içerisinde en büyük ve en kalabalık olanlarıdır. Üreme mevsimi dışında, genellikle açık denizlerde yaşarlar. Nisan ya da mayıstan ekime kadar denize dağılırlar. Charles Andre Bost tarafından yönetilen bir Fransız takımının 2009 yılındaki çalışmasında, Kerguelen'deki makaroni penguenlerine ait yuvaların, doğuya doğru 3×10 km² 'yi aşan bir alana yayıldıkları görülmüştür. Yer bulma algılayıcılarıyla donatılmış 12 penguenin, yaptıkları 10.000 km'nin üzerindeki yolculuklarında, kıyıya bir kere bile gelmeden, zamanlarını çoğunlukla 47–49° güney enlemleri ve 70–110° doğu boylamları arasındaki bölgede (Hint Okyanusu'nun ortalarında, bu alan ""Ön Kutup Noktası"" olarak da bilinir) geçirdikleri görülmüştür. Bölge, krillerin azlığı açısından dikkate değerdir.

Makaroni pengueninin diyeti çeşitli kabukluları, kalamar ve balıkları kapsar, ancak her birinin oranı bölgeye ve sezona göre değişiklik gösterir. Kril, özellikle Antarktika krili ("Euphausia superba") üreme mevsiminde gıdanın % 90'ından fazlasını oluşturur. Kafadanbacaklılar ve "Notothenia rossii", "Lepidonotothen larseni", "Champsocephalus gunneri", Myctophidae türleri "Krefftichthys anderssoni", "Protomyctophum tenisoni" ve "Protomyctophum normani" gibi küçük balıklar, yavru yetiştirme döneminde daha önemli bir hale gelir. Diğer birçok penguen türü gibi makaroni pengueni de bazen kasti olarak küçük taşları (10–30 mm çapında) yutar. Bu davranışın, derin su dalışında ağırlık oluşturmak için ve özellikle diyetin büyük kısmını oluşturan kabukluların dış iskeleti gibi yiyecekleri öğütmeye yardımcı olması için yapıldığına dair yorumlar yapılmaktadır.

Yiyecek arama genellikle günlük olarak idare edilir. Beslenecek yavrular varken gün doğumundan, gün kararmasına kadar sürer. Gece yolculukları bazen özellikle yavrular büyürken yapılır. 2008'deki bir araştırmada penguenlerin hareketlerini izleyen, cerrahi olarak implante edilmiş veri kaydedicileri yavru yetiştirme döneminin bitmesiyle yiyecek arama yolculuklarının uzadığını gösterdi. Penguenler, kuluçka dönemi esnasında ve tüy dökmeden önce 10-20 gün kadar dışarı çıkma riskini göze alırlar. Yılda yaklaşık 9,2 milyon ton kril avlayan makaroni penguenleri, bütün deniz kuşları içinde en büyük tekli deniz kaynakları tüketicisidir. Makaroni penguenleri üreme dönemi dışında, kış göçü esnasında yaz mevsimindeki üreme dönemine oranla daha derine, daha uzun süre ve daha verimli bir şekilde dalar. Yıl boyunca yiyecek için dalışlar gündüz vakitlerinde yapılır, ancak kışın, günün daha kısa olması sebebiyle dalışlar daha sıkışık bir şekilde yapılır.

Avlanma uzaklığı kolonilerden itibaren, Güney Georgia'da 50 km (31 mil) kıta sahanlığından açıklarda ve Marion Adası'ndan 59-303 kilometre mesafede herhangi bir yer olarak ölçülmüştür. Makaroni penguenleri normalde 15-70 metre (49–230 ft) derinliklerde avlanır, ancak özel durumlarda 100 metre (330 ft) derinliğe indikleri de kaydedilmiştir. Kimi zaman gece aramaları da olur; ancak 3-6 metre (9,8–20 ft) aralığında olan bu dalışlar daha sığdır. Dalışlar nadiren 2 dakikadan fazla sürer. Bütün dalışlar "V" şeklindedir ve avlanma esnasında deniz dibinde vakit harcanmaz. Yiyecek aramaya ayrılan zamanın yaklaşık yarısı dalış için harcanır. Penguenlerin dalış başına 4–16 kril veya 40–50 amfipod yakaladığı hesaplanmıştır.

Dişi makaroni pengueni 5 yaşında, erkek makaroni pengueni ise en erken 6 yaşında çiftleşebilir. Dişilerin daha erken çiftleşmeye başlamasının nedeni erkek mevcudun daha çok olmasıdır. Erkek makaroni penguenin nüfusunun çok olması, dişilerin üreme zamanına girildiğinde daha deneyimli eş seçebilmesini sağlar. Dişiler koloniye katıldıktan birkaç gün sonra erkekler kendi hakimiyet bölgelerini tanıtır ve dişilere kur yapmaya başlarlar. Yuvada çiftleştikten sonra vardiyalı olarak kuluçkaya yatarlar. Dişi yumurtlarken öne doğru eğilir, hırıltı şeklinde yüksek sesler çıkarır, boynu ve gagası dikey hizaya gelene kadar ileri uzanır. Sonra ise kafasını bölge bölge sallar ve anırmaya benzer yüksek sesler çıkarır. Bir taraftan da iki tarafa doğru bükülür, kanatlarını çarpar ve gagasıyla tüylerini çekiştirir. South Georgia'da eşlerin sadakatini anlamak için yapılan gözlemler, çiftlerin dörtte üçünün bir sonraki yıl yine aynı eşle çiftleştiklerini göstermiştir.

Yetişkin makaroni penguenleri genellikle ekim sonlarında çiftleşir ve kasım başlarında yumurtalarını yapar. Yuva yere sığ biçimde kazılır ve üzeri taş, çakıl veya otlarla kaplanır ya da çimen topaklarının (Güney Georgia Adaları'nda) içine yapılır. Yuvalar, koloninin orta kısımlarında yaklaşık 66 cm., dış kısımlarda ise yaklaşık 86 cm. aralıklı olarak oldukça sığ biçimde yapılır. Sağlıklı bir makaroni pengueni bir yumurtlama döneminde iki yumurta bırakır. Birinci yumurta 90-94 gram gelir. 145-155 gram gelen ikinci yumurtanın %61-64'ü olan bu yumurtanın yaşama şansı oldukça azdır. İki yumurtanın toplam ağırlığı annenin ağırlığının %4,8'i kadardır ve bunun %20'si yumurta sarısı, %66'sı yumurta akı ve %14'ü de kabuğundan oluşur. Diğer penguen türlerine oranla, kabuk kırılma riskini azaltacak şekilde göreli olarak daha kalındır ve yumurtanın sarısı da civcivin daha gelişmiş bir şekilde doğmasını sağlayacak şekide daha iridir. Yavru yumurtadan çıktığında yumurta sarısının bir kısmı kabuğun içinde kalır ve civciv ilk birkaç gün bununla beslenir.

Birinci yumurtanın akıbeti çoğu kez belirsizdir; fakat kraliyet pengueni ve dik sorguçlu penguenler üzerinde yapılan araştırmalara göre dişi ikinci yumurtayı yaptıktan sonra ilk yumurtayı kırdığını göstermiştir. Kuluçka süreci beş haftayı bulur ve her biri kabaca 12 gün kadar süren üç aşamadan oluşur. İlk aşamada hem erkek hem dişi kuluçkaya yatar ve daha sonra erkek yumurtayı dişiye teslim edip beslenmek üzere denize döner. Erkek denizden döner dönmez, bu sefer dişi yumurtayı erkeğe bırakıp denize gider ve civcivler yumurtadan çıkana kadar geri dönmez. Hem erkek hem dişi kuluçka süreci boyunca hatırı sayılır biçimde oruç tutmak zorundadır; erkekler denize gidecekleri zamana kadar 37 gün boyunca bir şey yemezler, denizde geçirdikleri 10 günlük süreden beslenmeden sonra tekrar nöbeti alıp yumurtadan yavru çıkıp belli bir aşamaya gelene kadar 36 gün daha bir şey yemezler. Dişiler ise erkeklerin gelip yumurtayı alacakları zamana kadar 42 gün boyunca herhangi bir besin almaz. Bu süre boyunca her iki yetişkin ağırlıklarının %36-40'ını kaybederler. İkinci yumurta yapıldıktan yaklaşık 34 gün sonra civciv çıkar. Makaroni penguenleri üreme kolonilerini genellikle nisan ya da mayıs ayınca terkedip okyanusa dönerler.

Yavru yumurtadan çıktıktan sonra erkek makaroni pengueni yeni doğmuş yavrusuna bakar. Erkek, yeni doğan yavrunun tüyleri büyüyene kadar 23 ile 25 gün arası onu korur ve sıcak tutar. Dişi ise bu dönemde bir iki günde bir yavruya yiyecek getirir. Erkek penguenler yavruları korumayı bıraktıktan sonra, yavruların sıcak