aması veya immünoglobin katlamasında olduğu gibi) veya "kapalı beta fıçı" olabilirler (TIM fıçısı gibi). β-Fıçılar genelde "dekalaj" veya "kayma"ları ile tarif edilir. Bazı açık β yapraklar çok kavislidir ve kendileri üzerine katlanırlar (SH3 bölgesinde olduğu gibi) veya atnalı şekli oluşturabilirler (ribonükleaz katlamasında olduğu gibi). Açık β yapraklar yüz-yüze (beta-pervane bölgesi veya immünoglobin katlaması gibi) veya kenar-kenara birleşip büyük bir β yaprak meydana getirebilir.

Proteinlerdeki beta-yapraklar Raman spektrometresi ile gözlemlendiklerinde akordeon gibi, düşük frekanslı hareket gösterirler.

Bir β sarmal birbirine kısa ilmiklerle bağlı, iki veya üç kısa β iplikten oluşan, tekrar eden yapısal birimlerden oluşur. Bu birimler birbirinin üstüne sarmal biçimde dizilerek bir "deste" oluştururlar, öyle ki aynı ipliğin takip eden tekrarları birbirilerine paralel şekilde hidrojen bağları kurar. Daha çok ayrıntı için beta sarmal maddesine bakınız.

Sol elli β sarmallarda, ipliklerin kendileri düzdür ve burkuk değildir; meydana gelen sarmal yüzeyler neredeyse düzdür, düzenli bir üçgen prizma şekil oluştururlar, sağdaki karbonik anhidraz örneğinde görülebileceği gibi. Diğer örnekler Lipid A sentez enzimi LpxA ve böceklerdeki antifriz proteinleridir. Antifriz proteinlerinin bir yüzündeki düzenli Thr yan zincirlerinin dizilimi, buzun yapısını taklit eder. 
Sağ elli β sarmallar, soldaki pektat liyaz enzimi veya P22 faj kuyruk çıkıntısındaki gibi, düzensiz bir kesite sahiptir, kenarlarından biri daha uzun ve girintilidir; üç bağlayıcı ilmikten biri sadece iki amino asit kalıntısı uzunluğunda, diğer ise değişken uzunlukta olur, çoğu zaman bir ligand bağlanma veya aktif bölge oluşturacak şekilde yapılanmıştır.

İki kenarlı β sarmal (sağ elli) bazı bakteryel metaloproteazlarda bulunur. İki ilmiğinin her biri 6 kalıntı uzunluğundadır ve yapının bütünlüğünü sağlayan, stabilize edici kalsiyum iyonlarına bağlanır. Bu kalsiyum iyonlarına bağlanmak için GGXGXD motifinin omurgası ve Asp yan zincirinin oksijenleri kullanılır. SCOP sınıflandırmasında bu katlanma beta rulosu olarak adlandırılır.

Monomer hâllerinde düzensiz veya sarmal biçimli olan bazı proteinler, amiloid β (amiloid plaka maddesine bakınız), patolojik durumlarla ilişkili β-yaprak zengini oligomerik yapılar oluşturabilirler. Amiloid β proteinin oligomerik şekli Alzheimer hastalığının gelişimi ile ilişkili olduğu bulunmuştur. Bu proteinin yapısı henüz tamamen çözülmüş olmamakla birlikte, iki iplikli bir β sarmal içerdiği yönünde bulgular vardır.

β yaprak yapısında bulunan amino asit kalıntılarının yan zincirleri öyle düzenlenebilir ki, yaprağın bir yüzündeki yan zincirlerin çoğu hidrofobik, öbür yüzündekilerin ise hidrofilik olabilir. Böylece yaprak, polar ile apolar ortamlar arasında yer alabilir.







Pyriphlegethon

Pyriphlegethon (Πυριφλεγέθων, Türkçesi: "Alev") veya Phlegethon nehri (Φλεγέθων, Türkçesi: "Alev alev yanan") Yunan mitolojisinde, yeraltı dünyasının cehennem bölgesindeki Stiks, Lethe, Cocytus ve Acheron'la beraber 5 nehrinden biriydi. Plato, nehri "dünyanın etrafında dolaşan ve Tartarus'un derinliklerine dökülen ateşten bir ırmak"[1] olarak tanımlar. Styx nehrine paralel uzanır. Rivayete göre Tanrıça Styx, Phlegethon'a aşıktı ancak onun aşkının ateşiyle yanıp kül oldu ve Hades'e gönderildi. Sonunda Hades, Styx'e izin verdiğinde nehirleri birleşti.

1. ^ Plato. Phaedo 112b.




Dönüş (biyokimya)

Dönüş (veya ilmik), polipeptit zincirinin doğrultusunu ters çevirdiği bir protein ikincil yapı elemanıdır.

En yaygın tanıma göre bir dönüş, aralarında birkaç (1 ilâ 5) peptit bağı olan iki amino asit kalıntısının C atomlarının birbirine yakın uzaklıkta (< 7 Å) olduğu, ve sözkonusu kalıntılar arasında düzgün bir ikincil yapı elemanı (alfa sarmal veya beta yaprak) olmadığı, bir yapısal motiftir. Sarmalların aksine, omurga dihedral açıları dönüşteki her kalıntı için (yaklaşık) sabit değildir.

Uçlardaki iki C atomlarının yakınlaşması, bu kalıntılar arasında bir veya iki hidrojen bağının oluşması ile genelde ilişkili olsa da, dönüş tanımı için böyle bir hidrojen bağının varlığı gerekli değildir. Buna rağmen, çoğu durumda H-bağı ile C uzaklıkları birbirine denk oldğu görülür.

Dönüşler iki uç kalıntı arasındaki ayrılmanın miktarına göre sınıflandırılır:


Her tip içinde, dönüşler omurga dihedral açılarına göre alt sınıflara ayrılabilir (bakınız Ramachandran çizimi). Bir dönüşün "tüm" dihedral açılarının işareti değiştirilerek onun ters dönüşüne ("ayna yansıma dönüşü" olarak da adlandırılır) dönüştürülebilir. (Ters dönüş gerçek bir ayna yansıması değildir çünkü C atomlarının kiralliği değişmez.) Dolayısıyla, γ-dönüşün iki şekli vardır, (φ, ψ) dihedral açıların yaklaşık (75°, -65°) olduğu bir klasik şekil ve (-75°, 65°) olduğu bir ters şekil. β-dönüşün en az sekiz şekli tespit edilmiştir, bir peptit bağının "cis" izomeri olduğuna ve ortadaki iki kalıntının dihedral açılarına bağlı olarak. Klasik ve ters β-dönüşler birbirlerinden üs işareti ile ayırdedilir, örneğin, tip I ve tip I' β-dönüşler gibi.

Sabit hidrojen bağları olmayan, daha uzun, düzensiz ilmikler için, uzunluğundan bağımsız olarak, ω-ilmik terimi kullanılır.

Çoğu durumda, bir veya daha çok kalıntı kısmen örtüşen dönüşlere aittir. Örneğin, 5 kalıntıdan oluşan bir dizide, hem 1 ve 4. kalıntılar hem de 2 ve 5. kalıntılar bir dönüş oluşturabilirler; böyle bir durumda formula_6 "çifte dönüş" olduğundan söz edilir. Çoklu dönüşler (7'liye kadar) proteinlerde görülmüştür ve tekli dönüşlerden daha sık rastlanır..

Bir firkete özel bir dönüş tipidir, protein omurgasının doğrultusu geriye döner ama iki yandaki ikincil yapı elemanları etkileşirler. Örneğin bir β-firkete iki hidrojen bağlı, antiparalel β-ipliğini birbirine bağlar. (Bu adlandırma akıl karıştırıcı olabilir çünkü bir β-firkete çeşitli dönüş tipleri içerebilir - α,β,γ, gibi.)

β-firketeler dönüş yapan kalıntı sayısına göre (yani β-firketenin kenarlarında olanların sayısına göre değil) sınıflandırılabilir. Bu sayı X veya Y ise (β yapraklar için olan iki farklı tanıma göre), β-firkete X:Y olarak tanımlanır.

Protein katlanmasında dönüşlerin rolü hakkında iki hipotez öne sürülmüştür. Bir görüşe göre, dönüşler düzenli yapı elemanlarının etkileşimini sağlayarak katlanmada önemli bir rol oynarlar. Bazı proteinlerdeki dönüşlerdeki belli amino asitlerin kritik rol oynadığını gösteren mutajenez çalışmaları bu görüşü desteklemektedir. Ayrıca, dönüşlerdeki X-Pro peptit bağlarının doğal olmayan izomerleri bazı proteinlerin katlanmasını tamamen bloke edebilirler. Öbür görüşe göre, dönüşler katlanmada pasif bir rol oynar. Çoğu dönüşte amino asit dizisinin pek az korunması bu görüşü destekler. Ayrıca, X-Pro peptit bağının doğal olmayan izomerlerinin pek çoğunun dönüşlerde yer alması, protein katlanması üzerinde pek az etkilidir veya hiç etkisizdir.







Askalaphos

Ascalaphus veya Askalaphos, Yunan mitolojisinde (Yunanca: Ἀσκάλαφος) Acheron ve Orphne'nin oğlu. Askalaphos Hades'in bağcılarından biriydi. Öbür tanrılara Persephone'un Hades'te bir nar yediğini söyledi. Bir baykuşa dönüştürülerek cezalandırıldı. Jason'ın Argosu'nda Altın Yün9'ü arayan gruptaydı. Tiz sesli bir baykuşa dönüştürüldükten sonra Yeraltı Kralının (Hades) kuşu oldu.




True Grit




Orphne

Yunan mitolojisinde, Styx ve Gorgyra olarak da bilinen Orphne [1] Hades'te yaşayan bir nymphti. Acheron'la birlikteliğinden Askalaphos doğdu. [1]

1. ^ a b Fontenrose, Joseph Eddy (May 1980). Python: a study of Delphic myth and its origins. University of California Press. p. 287. ISBN 9780520040915. Retrieved 6 January 2011.




Apt. (albüm)

Apt., Şilili şarkıcı Nicole'un 2006 çıkışlı beşinci stüdyo albümü.





Otrera

Yunan mitolojisinde, Otrera (Yunanca: "Οτρηρη Otrērē") Amazonlar'ın kraliçesi, Ares'in eşi, Eurus'un kızı ve Hippolyta, Antiope, Melanippe ve Penthesilea'nın annesiydi. Bazen Otrera, Amazonlar'la yakından bağlantılı Artemis'in Efes'teki tapınağının mitolojik kurucusu olarak kabul edilir. Ayrıca ilk Amazonlar hakkındaki birçok mite rağmen, bazen de Amazon ırkının kurucusu sayılır.




Uluç Özülker

Uluç Özülker, (d. 11 Mart 1942), Türk diplomat.

Özülker, 11 Mart 1942 tarihinde İstanbul’da doğdu. 1961'de Galatasaray Lisesi'ni ve 1965'te Ankara Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi'ni bitirdi ve aynı yıl Dışişleri Bakanlığı'na girdi. 1993-1995 yılları arasında Trablus (Libya) Büyükelçiliği, 1995-1998 arasında AB nezdinde Türkiye Daimi Temsilciliği, 1998-2000 yıllarında Dışişleri Bakanlığı Avrupa İşleri Müsteşar Yardımcılığı, 2000-2002 yıllarında OECD nezdinde Türkiye Daimi Temsilciliği ve 2002-2005 arasında Paris Büyükelçiliği görevini icra ettikten sonra 2006'da Paris Büyükelçiliği görevinden dönüşünde, kendi isteğiyle emekli oldu. 41 yıla yaklaşan Dışişleri görevinin ardından halen İstanbul Ticaret Üniversitesi'nde ders vermekte ve Türkiye Avrupa Vakfı Başkan Yardımcılığını yürütmektedir. 

Özülker, ayrıca eski MİT Müsteşarı Bahattin Özülker'in oğludur.




Biyomoleküler yapı

Biyomoleküler yapı biyomoleküllerin (başlıca protein, DNA ve RNA'nın) yapısıdır. Bu moleküllerin yapısı genelde birincil, ikincil, üçüncül ve dördüncül yapı olarak ayrılır. Bu yapının iskeleti, molekül içinde birbirine hidrojen bağları ile bağlanmış ikincil yapı elemanları tarafından oluşturulur. Bunun sonucunda protein ve nükleik asit yapı bölgeleri (İngilizce "domain") oluşur.

Birincil, ikincil, üçüncül ve dördüncül yapı terimleri ilk defa Kaj Ulrik Linderstrøm-Lang tarafından Stanford Üniversitesi'ndeki 1951 Lane Tıp Konferanslarında kullanılmıştır.

Biyokimyada bir biyomolekülün birincil yapısı, onun atomik bileşiminin ve bu atomları birbirine bağlayan kimyasal bağların (stereokimyaları da dahil olmak üzere) tam olarak belirtilmesidir. Tipik, dallanmamış, çapraz bağlanmamış bir biyopolimerde (DNA, RNA veya tipik bir protein gibi), birincil yapı, onun monomerlerinin dizisine (yani nükleotit veya peptit dizisine) karşılık gelir.

Birincil yapı bazen hatalı olarak "birincil dizi" olarak ifade ed