n sahipleri ise nadir olarak eşcinseldi. (Olayların olduğu Stonewall Inn'in sahibi ise Amerikan mafyasıydı.) Birçok farklı müşteri kitlesine hizmet veren bu mekanlar, özellikle LGBT toplumunun en dışlanan kesimleri (travestiler, transgenderler, efemine genç erkekler, fahişeler ve evsiz gençler) arasında daha popüler idi. 1960'larda gey barlar rutin olarak polis tarafından baskına uğrardı.

Stonewall ayaklanmalarının olduğu gün ise polis memurları Stonewall Inn'deki durumunun kontrolünü çabucak kaybetti ve uyguladığı şiddet ile ayaklanmayı teşvik ederek daha fazla insan kalabalığının barın önünde toplanmasına yol açtı. New York polisi ile Greenwich Village'de yaşayan eşcinseller arasındaki gerginliklerin neticesine ayaklanmalarının olduğu günden sonraki akşam daha kalabalık bir protesto gösterisi düzenlendi. Bu gösteriler birkaç gün sonra tekrarlandı. İlerleyen haftalarda Greenwich Village'de yaşayanlar başta olmak üzere, polis tarafından tutuklanmaktan korkmayan eşcinseller cinsel yönelimleri ile açıkça ifade edebilecekleri mekânlar açmak için eylem grupları kurdular.

Stonewall ayaklanmalarının hemen sonrasında New York'ta yaşayan gey ve lezbiyenler, cinsel, sınıfsal ve nesilsel engellere karşı yüzleşmeye başladı. Olayların gerçekleşmesinin üzerinden altı ay geçtiğinde New York'ta iki eşcinsel eylemci grubunun yanında, geyler ve lezbiyenlerin haklarını destekleme amaçlı üç adet gazete kurulmuştu. Birkaç yıl içinde ise başta ABD olmak üzere tüm dünyada LGBT haklarını savunan dernekler kuruldu. 28 Haziran 1970'te Los Angeles ve New York şehirlerinde ayaklanmaların yıldönümünü anan ilk onur yürüyüşleri düzenlendi. Diğer kentlerde de benzeri yürüyüşler düzenlendi. Günümüzde Stonewall ayaklanmalarını anmak amacıyla New York'taki Gey Onur etkinlikleri her sene Haziran ayının sonunda düzenlenmektedir.

Tarihçi Barry Adam'a göre II. Dünya Savaşı'nın getirdiği toplumsal değişim ile Amerika Birleşik Devletleri'nde birçok insan "savaş öncesi toplumsal düzeni sağlayarak değişimin etkilerini ertelemek" düşüncesi için coşkun bir istek hissettiler. Milletin antikomünizm düşüncesi üzerine vurgulanması ile dürtülen Senatör Joseph McCarthy, ABD hükûmeti, ABD Silahlı Kuvvetleri ve diğer hükûmet organları tarafından finanse edilen ajanslar ve kurumlardaki komünistleri keşfeden duruşmalar yaparak, millî bir paranoyaya yol açtı. Anarşistler, komünistler ile "gayrı-Amerikan" ve baltalayıcı olarak varsayılan diğer insanlar, güvenlik için risk olarak görülüyordu. ABD Dışişleri Bakanlığı, eşcinsellerin şantaja meyilli olduklarını iddia eden bir teoriyi takip ederek 1950'de eşcinselleri bu listeye eklediler. Bir raporda ABD Dışişleri Bakanı Müşaviri James E. Webb, "Aleni sapıklık eylemleri ile ilgilenen kişilerde normal insanların duygusal istikrarının eksik olduğuna genel olarak inanılmaktadır" diye yazmıştır. 1947 ile 1950 arasında eşcinsellik şüphesinden dolayı 1700 federal iş başvurusu reddedildi, 4380 kişi ordudan ihraç edildi ve 420 kişi hükûmet işlerinden atıldı.

1950'ler ve 1960'lar süresince Federal Soruşturma Bürosu (FBI) ve polis teşkilâtlarında bilinen eşcinsellerin, en çok uğradıkları müesseseler ve arkadaşlarının listeleri vardı; ABD Posta Hizmeti, eşcinselliğe ilişkin maddelerin gönderildiği adresleri kayıt tuttu. Devlet ve yerel hükûmetler de aynı renkten oynadılar: eşcinsellere hizmet eden barlar kapatıldı ve müşterileri tutuklanıp yerel gazetelerde kötülendiler. Geyleri mahalleler, parklar, barlar ve plajlardan kovmak için şehirler "sweeps" ("temizlikler") yaparlardı. Öteki cinsiyetin kıyafetlerini giymeyi yasak ettiler ve üniversiteler, eşcinsel olduğundan şüphelenilen eğitmenleri işlerinden attı. Binlerce gey ve lezbiyen kişi kamusal ortamda aşağılandı, fiziksel olarak taciz edildi, işlerinden atıldı, tutuklandı ya da akıl hastanelerine alındı.

1952'de Amerikan Psikiyatri Birliği eşcinselliği, bir sosyopatik kişilik bozukluğu olarak "Mental Bozuklukların Tanısal ve Sayımsal El Kitabı" (DSM) listesine ekledi. 1962'de yapılan ayrıntılı bir çalışma, bozukluğu travmatik veli-çocuk ilişkilerinden dolayı karşı cinse karşı hissedilen patolojik, gizli bir korku olarak tanımlayarak onun listede yer almasını gerekçeledi. Bu görüş tıp mesleğinde çok yaygın ve etkiliydi. Bununla birlikte 1956'da Evelyn Hooker, bir çalışmada kendini eşcinsel olarak tanımlayan erkeklerin mutlulukları ve iyi ayarlanmış mizaçlarını, heteroseksüel erkeklerinki ile karşılaştırıp herhangi bir fark bulamadı. Onun çalışması tıp toplumunu afallattı ve Hooker, birçok gey erkek ve lezbiyen için kahraman oldu; ancak eşcinsellik 1973'e kadar DSM'den kaldırılmadı.

Bu eğilime karşılık olarak, eşcinsellerin toplumsal davasını ilerleten ve tutuklanmaktan korkmayan geyler ve lezbiyenler için kaynaşma fırsatları sağlayan iki tane birbirinden bağımsız dernek kuruldu. Los Angeles bölgesinde yaşayan eşcinseller 1951'de "Mattachine Society" isimli derneği, komünist eylemci Harry Hay'in evinde kurdular. Derneğin amaçları eşcinselleri bir araya getirmek, onları eğitmek, onlara öncülük etmek ve "cinsel sapıklar"a hukukî sorunlarda yardım etmekti. Radikal yaklaşımından dolayı büyük direniş ile karşılaşması nedeniyle Mattachine Society, 1953'te vurgusunu asimilasyon ve saygınlıkla değiştirdi. Dernek, geyler ve lezbiyenlerin heteroseksüeller gibi normal insanlar olduklarını ispat ederek eşcinsellik hakkında daha çok düşünce sahibi olunulması amacına dayandı. Çok zaman geçmeden de San Francisco'da birkaç kadın, salonlarda toplanarak lezbiyenlere yönelik Daughters of Bilitis (DOB)'i kurdular. DOB'yi kuran sekiz kadın özgün olarak dans etmek için tehlikesiz bir yere sahip olmak amacı ile toplanmalarına karşın, DOB büyüdükçe Mattachine'ye benzer amaçlar geliştirdi ve üyelerinin genel topluma aykırı olmamalarını arzu ettiler.

1953'te hükûmet baskısına karşı ilk itirazlar yapıldı. "ONE" adlı bir örgüt, Postane'nin göndermekte direndiği "ONE, Inc." dergisini yayımladı. Sade kahverengi ambalaj kâğıtlarının içinde gönderilen dergi sayısı, heteroseksüel evliliklere giren eşcinseller hakkında idi; Postane bunun müstehcen olduğunu bildirdi. Neticede bu dava ABD Yüksek Mahkemesi'ne taşındı; sonuç olarak da One, Inc.'in ABD Posta Hizmeti ile sayılarını gönderebileceği kararı verildi.

Homofil örgütlerinin (o dönemdeki gey örgütlerin adı) sayıları artarak Doğu Yakası'na yayıldılar. Zaman geçtikçe bu örgütlerin üyeleri daha cesur oldular. Frank Kameny, Washington, D.C.'nin Mattachine'sini kurdu. O eşcinsel olduğu için ABD Silahlı Kuvvetleri Harita Hizmeti'nden atılmıştı ve görevine geri alınmak için açtığı davanın sonucu olumsuzdu. Kameny, eşcinsellerin heteroseksüellerden farklı olmadıklarını yazarak çabalarını ruh sağlığı uzmanlarına iletmeyi hedefledi; bunların bazıları da Mattachine ve DOB toplantılarına gelip üyelerine anormal olduklarını söylediler. Afroamerikan sivil haklar hareketi tarafından esinlenmiş Kameny, 1965'te Beyaz Saray ve diğer hükûmet binalarının önünde istihdam ayrımcılığına karşı bir grev düzenledi. Bu grevler, başta Mattachine ve DOB'nin bazı önderleri olmak üzere, birçok eşcinseli şaşırtmıştı. Aynı zamanda sivil haklar ile feminist hareketleri tarafından düzenlenen ve Vietnam Savaşı'na karşı yapılan gösteriler, 1960'lar boyunca önem, sıklık, şiddet ve polis kuvvetleri ile yaşanan çatışmalar sayısı bakımından artıyordu.

Çok az sayıdaki küçük gey toplulukların dış kenarlarında cinsiyet beklentilerine meydan okuyanlar vardı. Bunlar efemine erkekler ile maskülen kadınlar ya da ya yarı zamanlı ya da devamlı olarak kadın gibi giyinen ve yaşayan biyolojik erkekler ile erkek gibi giyinen kadınlar idi. Çağdaş nomenklatür onları travestiler olarak tanımladı ve cinsel azınlıkların en görünür temsilcilerinden oldular. Onlar da Mattachine Society ve DOB'nin eşcinsellerin saygıdeğer ve normal insanları olduklarını gösteren özen ile biçimlenen imajı konusunda çeliştiler. Mattachine ve DOB, karşı cinsin giysilerini giymekten dolayı tutuklanmalarının, homofil örgütlerinin mücadelelerine paralel olduğunu varsaydılar; onlara benzer fakat onlardan belirgin olarak ayrı. 1966'da drag queenler, fahişeler ve travestiler San Francisco'daki Compton's Cafeteria'da oturduklarında polisler, kadın gibi giyinen erkekleri tutuklamak için geldi. Bir ayaklanma oluştu. Kafeteryanın sahipleri bardaklar, tabaklar ve çay tabaklarını atarak restoranın cephesindeki çekme cam pencerelerini kırdı ve birkaç gün sonra yeni pencereler konulduktan sonra geri gelip tekrar pencereleri kırdılar. Profesör Susan Stryker, Compton's Cafeteria ayaklanmasını "cinsel yönelim ayrımcılığı eyleminden çok, bir transgender ayrımcılığı eylemi" olarak tanımlıyor ve ayaklanmayı, homofil örgütlerinin önemini azalttığı cinsiyet, ırk ve sınıf sorunlarına bağlıyor. Ayaklanma, San Francisco'daki transgender eylemciliğin başlangıcı oldu.

I. Dünya Savaşı'ndan sonra askeriyeye katılan birçok erkek ve kadın, büyük şehirlere taşınma fırsatından yararlandı ve New York'un Greenwich Village ve Harlem mahalleri büyük gey ve lezbiyen nüfuslarına sahip oldular. Bir gazete makalesinde "kısa saçlı kadınlar ve uzun saçlı erkekler" olarak tanımlanan geyler ve lezbiyenlerin yaşadıkları yerlerde ondan sonraki yirmi yıl boyunca kendi belirgin altkültürü geliştirildi. Dönemdeki içki yasağı gey müesseselerine kasıtsız olarak avantajlar sağladı, zira alkollü içki içmek ahlâksız olarak sayılan diğer hareketler gibi ancak gizlice yapılabilen bir şey oldu. New York Şehri, kamu ve özel iş kuruluşlarda eşcinselliği cezalandıran yasaları yürürlüğe soktu; ancak alkol çok rağbet gördüğü için çok sayıda geçici "speakeasy" ve empromptü içme kuruluşu vardı ve yetkililer bunların hepsini denetlemekte zorlandılar.

1950'lerin sosyal baskısı, Greenwich Village'de bir kültürel devrim ile sonuçlandı. Sonradan "Beat" şairleri olarak bilinen bir takım şair anarşi, uyuşturucu ve hedonistik keyifler hakkında yazılar yazdılar. Bunlardan ikisi Allen Ginsberg ile William S. Burroughs (her ikisi de Greenwich Village'de oturuyorlardı) eşcinsellik hakkında da yazdılar. On