tiketler ve bozuk RNA'nın yıkımına önayak olur.

Ökaryotlarda splisozom, intron dizilerinin çıkartılması için gerekli olan uçbirleştirme reaksiyonlarını meydana getirir, bu süreç olgun mRNA'nın oluşması için zorunludur. Splisozom, snRNP veya tri-snRNP olarak da adlandırılan bir diğer RNP'dir. Splisozomun iki biçimi vardır, bunlar majör ve minör biçimler olarak adlandırılır. Majör splisozomun ncRNA bileşenleri U1, U2, 
U4 ve U5'tir. Minör splisozomun ncRNA bileşenleri U11, U12, U5, U4atac ve U6atac'dir.

Bazı intronlar öncül transkriptten çıkarılmalarını kendileri katalizler, bunlara öz-uçbirleştirici RNA denir. Öz-uçbirleştirici RNA'ların iki ana grubu vardır, bunlar grup I katalitik intron ve grup II katalitik intronlardır. Bu ncRNA'lar, çoğu organızmada mRNA, tRNA ve rRNA prekürsörlerinden kendi kendilerinin çıkartılmalarını katalizler.

Memelilerde snoRNA'ların mRNA'nın alternatif uçbirleştirmesini düzenlediği bulunmuştur. Örneğin HBII-52 adlı snoRNA, serotonin reseptör 2C'nin uçbirleştirmesini düzenler.

Nematodlarda SmY adlı ncRNA, mRNA trans-uçbirleştirmesinde rol oynar.

Binlerce genin ifadesi ncRNA'lar tarafından düzenlenir. Bu düzenleme trans veya cis etkili olabilir.

Yüksek ökaryotlarda mikroRNA'lar (miRNA'lar) gen ifadesini düzenler. Tek bir miRNA yüzlerce genin ifade düzeyini azaltabilir. Olgun miRNA moleküllerin etki mekanizması mRNA molekülleri ile kısmî komplemantarite yoluyla, genelde 3' UTR bölgesinde olur. miRNA'ların ana işlevi gen ifadesini aşağı düzenlemektir.

RNaz P de gen ifadesine etki eden bir ncRNA'dır. İnsan hücrelerinin çekirdeğinde RNaz polimeraz III tarafından yazılan çeşitli ncRNA'ların normal ve verimli transkripsiyonu için RNaz P gereklidir. Bunların arasında tRNA, 5S rRNA, Sinyal tanıma taneciği RNA'sı ve U6 snRNA genleri bulunur. RNaz P, Pol III ve aktif tRNA ve 5S rRNA genlerinin kromatini ile birleşerek transkripsiyon üzerindeki etkisini gösterir.

7SK RNA adlı bir metazoan ncRNA türü, RNA polimeraz II uzama faktörü P-TEFb'nin bir negatif düzenleyicisi olarak etki ettiği ve bu etkinliğin stres tepki yolağı ("stress response pathway") tarafından etkilendiği gösterilmiştir.

Bakteriyel bir ncRNA olan 6S RNA, sigma70 spesifisite faktörünü içeren RNA polimeraz holoenzimi ile birleşir. Bu etkileşim sonucu, bakteriyel büyümenin duraklama evresinde ("stationary phase") sigma70-bağımlısı promotörlerden gen ifadesini bastırır.

Bir diğer bakteriyel ncRNA, OxyS RNA, Shine-Dalgarno dizilerine bağlanarak ribozomun bağlanmasına engel olur ve çevrimi inhibe eder.

B2 RNA, RNA polimeraz III tarafından üretilen küçük bir transkripttir, ısı şokuna tepki olarak fare hücrelerinde mRNA transkripsiyonunu bastırır. B2 RNA, çekirdek ("core") Pol II'ye bağlanarak promotörde bir başlama-öncesi kompleksi oluşturur ve RNA sentezini bloke eder. 
ncRNA dizilerinin transkripsiyonunun gen ekspresiyonuna etki ettiği gösterilmiştir. Schizosaccharomyces pombe mayasında RNA polimeraz II tarafından ncRNA'ların transkripsiyonu kromatinin yeniden şekillenmesi için gereklidir. ncRNA türlerinin transkripsiyonu yapıldıkça kromatin daha "açık" bir biçim alır.

Bazı Protein kodlayan genlerin 5' UTR bölgelerinde ncRNA'lar bulunur, bunlar çeşitli yollardan ifadeye etki eder. Örneğin, bir ribo-anahtar, bir küçük hedef moleküle doğrudan bağlanıp genin etkinliğini değiştirebilir.

Amino asit biyosentetik operonlarının ilk geninin ön tarafında (akış yukarısında) RNA lider dizileri bulunur. Bu RNA dizi elemanları, iki farklı yapı oluşturabilir, ayrıca ribozom tarafından çevrilince operonun son ürünü olan amino asitten çok sayıda bulunduran kısa peptit diziler kodlar. Düzenleyici amino asitten bol miktarda bulunduğu ve ribozomun hareketi engellenmediği zamanlarda, RNA'nın bu bölgesinde bir RNA polimerazı durduran bir sonlandırıcı yapı oluşur. Buna karşın, düzenleyici amino asiti taşıyan yüklü tRNA'dan yeterli miktarda yoksa, lider peptit çevrimini yapmakta olan ribozom "tökezler" ve bir anti-sonlandırıcı yapı oluşur. Bu yeni oluşan yapı RNA polimerazın operonun transkripsiyonunu yapmasına izin verir. Bu şekilde çalıştığı bilinen RNA liderli operonlar, histidin, treonin ve triptofan operon liderleridir.

Demir tepki elemanları, (İngilizce "Iron response element" veya IRE) demir tepki proteinleri ("iron response proteins" veya IRP) tarafından bağlanır. Bu IRE dizi elemanları, demir metabolizmasıyla ilgili proteinleri kodlayan çeşitli mRNA'ların UTR'lerinde (çevrilmeyen bölgelerinde) bulunur. Demir konsantrasyonu düşük olunca IRP, ferritin mRNA IRE'sine bağlanarak çevrim baskılamasına yol açar.

Dahilî ribozom giriş konumları (İngilizce "Internal ribosome entry site" veya IRE), bir mRNA dizisinin ortasında çevrimin başlamasını sağlayan RNA yapılarıdır.

Memeli testis ve somatik hücrelerinde ifade edilen Piwi-etkileşimli RNA'lar (piRNA'lar), Piwi proteinleri ile RNA-protein kompleksleri oluşturur. Bu piRNA kompleksleri ("piRNA complexes" veya piRC) retrotranspozonların ve spermatogenez ile ilgili genetik elemanların transkripsiyonel gen susturması ile ilişkilendirilmişlerdir.

Düzenli aralıklarla bölünmüş palindromik tekrar kümeleri (İng. "Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats" veya CRISPR), çoğu bakteri ve arke'nin DNA'sında görülen tekrar dizileridir. Bu tekrarlar benzer uzunluklu aralıklarla birbirlerinden ayrılmıştır. Bu aralıkların fajlardan elde edildiği ve hücreyi enfeksiyondan koruduğu gösterilmiştir.

Telomeraz, kromozomlarin telomer bölgelerine spesifik olan DNA dizi tekrarları (örneğin omurgalılarda "TTAGGG") ekleyen bir RNP enzimidir. Telomerler ökaryot kromozomlarının uçlarında bulunan özelleşmiş bölgelerdir, DNA'larının yoğunlaşmış durumda olması kromozoma stabilite sağlar. Telomerler her hücre bölünmesinde kısalır ve sonra telomeraz tarafından normal uzunluğuna geri getirilir. Telomeraz bir ters transkriptazdır, içerdiği telomeraz RNA, telomerlerin uzatılmasında bir kalıp olarak kullanılır

Xist ("X-inactive-specific transcript") plasentalı memelilerin X kromozomunda bulunan uzun bir ncRNA'dır, Barr cisimleri oluşturan X kromozom inaktivasyonunda rol oynayan önemli bir unsurdur. Tsix adlı antianlam RNA Xist'in bir negatif düzenleyicisidir. Tsix ifadesi olmayan (ve dolayısıyla yüksek Xist transkripsiyon düzeyleri olan) X kromozomları, normal kromozomlardan daha sık inaktive olur. XY cinsiyet belirleme sistemi kullanan Drosophila'da da, roX (İng. "RNA on the X" teriminden) RNA'ları dozaj telafisinde rol oynar. Xist ve roX, epigenetik transkripsiyon düzenlemesi yoluyla çalışırlar, bu süreçte histon modifiye edici enzimler seferber edilir.

Çift işlevli RNA'lar iki farklı işleve sahip RNA'lardır. Bilinen çift işlevli RNA'ların çoğunluğu hem prtoein kodlayan mRNA hem de ncRNA'dırlar. Artan sayıda ncRNA'nın iki farklı ncRNA kategorisine (örneğin H/ACA box snoRNA ve miRNA) girdiği keşfedilmektedir.

Çift işlevli RNA'ların iyi bilinen iki örneği SgrS RNA ve RNAIII'tür. Başka çift örnekli RNA'ların da varlığı bilinmektedir, örneğin, SRA ("Steroid Receptor Activator", Steroid Reseptör Etkinleştiricisi), VegT RNA
Oskar RNA

ve enod40

"Ayrıca bakınız:" Hastalıklarda uzun kodlamayan RNA'lar

Proteinlerde olduğu gibi, ncRNA'larda da mutasyonlar veya ncRNA repertuvarındaki dengesizlikler çeşitli hastalıklara yol açabilir.

Çoğu ncRNA'lar kanserli dokularda anormal biçimde ifade edilir. Bunlar arasında miRNA'lar, long mRNA-like ncRNAs, telomeraz RNA ve Y RNA'lar sayılabilir. miRNA'lar, protien kodlayan pek çok genin düzenlenmesinde rol oynar, Y RNA'lar DNA ikileşmesinin başlatılmasında önemlidir, telomeraz RNA, telomeraz için kalıp (primer) olarak görev yapar (daha çok bilgi için bkz. Telomer#Telomerler ve hastalık). mRNA-benzeri ncRNA'ların işlevi henüz iyi bilinmemektedir.

miR-16-1 ve miR-15 birincil öncüllerindeki mutasyonların kronik lenfositik lösemi hastalarının germ hücrelerinde çok daha sık olduğu gösterilmiştir, kontrol topluluklara kıyasla.

hsa-mir-196a2 üzerinde bulunan ender bir SNP'in küçük hücre-olmayan akciğer karsinoması ile ilişkili olduğu gösterilmiştir. Benzer şekilde, göğüs kanseri ile ilişkili genleri düzenlediği tahmin edilen 17 miRNA üzerinde yapılan bir elemede miR-17 ve miR-30c-1'de varyasyonlar bulunmuştur. Hastalarda BRCA1 veya BRCA2 bulunmadığı için, bu bulgu, ailesel göğüs kanserinin bu miRNA'lardaki varyasyonların neden olabileceği olasılığını ortaya çıkarmıştır.

Prader-Willi sendromunun birincil nedeninin C/D kutulu snoRNA SNORD116'nın 48 kopyasının yok edilmesi olduğu gösterilmiştir. Prader-Willi, aşırı yemek ve öğrenme zorlukları ile ilişkili bir gelişimsel bozukluktur. SNORD116'nın bir takım protein kodlayıcı genlerin içinde potansiyel bağlanma hedefleri vardır ve alternatif uçbirleştirme düzenlenmesinde bir rolü olabilir.

RNaz MRP içindeki mutasyonların kıkırdak-saç hipoplazisine neden olduğu gösterilmiştir. Amiş ve Finlarda görülen bu hastalık kısa boy, seyrek saç, iskelet bozuklukları ve bastırılmış bağışıklık sisteminden oluşan bir belirtiler grubu ile ilişkilidir. En iyi karakterize edilmiş varyant, korunmuş bir psödo-düğümün 5' tarafındaki bir ilmikte bulunan, nükleotit 70 konumundaki bir A->G transisyonudur. Ancak bu hastalığa neden olan çeşitli başka mutasyonlar da bilinmektedir.

BACE1-AS adlı ters anlamlı RNA'nın transkripsiyonu, BACE1'in karşı tarafındaki iplikten yapılır, Alzheimer hastalarında yukarı düzenlenmiştir. BACE1-AS, transkripsiyon-sonrası bir ileri-besleme mekanizmasıyla BACE1 mRNA stabilitesini artırır ve BACE1 ifadesini düzenler. Ayrıca, aynı mekanizma ile senil plakların başlıca bileşeni olan, beta amiloid konsantrasyonunu da artırır. Alzheimer hastalarında ve amiloid öncül proteini ifade eden transgenik farelerde BACE1-AS konsantrasyonu yüksektir.

Olgun miR-96'nın tohum bölgesindeki varyasyonlar, insan ve farelerde, otozomal baskın, ilerlen duyma kaybı ile ilişkili olduğu bulunmuştur. Homozigot mutant fareler tamamen sağırdır, hiç kokleal tepki göstermezler. Heterozigot fare ve insanlar zamanla duyma yeteneklerini kaybederler.

"ncRNA" teri