"Eşrefiye" grubuna dahil emirler Emir Dağcı'nın Sultan olmasını ve Emir Kırcı'nın da atabeg olmasını istemekteydiler. Fakat sonunda toplantının ana kararlarına uyuldu ve Sultan Muhammed Nasır annesiyle birlikte Kahire'ye geldi. Halkın lehinde gösterileriyle çok iyi karşılandı ve 14 yaşında ikinci defa Memluklu devleti sultanlık tahtına geçti.
Fakat atabeg olarak eski sultanlara da görev yapmış olan Emir Seyfeddin Salar görevlendirildi. Komploculardan Emir Baybars Çeşnigar da Östadar görevini aldı Sultan Nasır Muhammed böylece tekrar Sultan olmakla beraber bu sefer devletin gerçek iktidar gücü Emir Seyfeddin Salar ile Emir Baybars Çeşnigar elindeydi.

Burci Memlukluları Sultan Nasır Muhammed'in ikinci hükümdarlığı sırasında büyük güçler kazandılar. Bir çeşit gangster koruma parası gibi hizmetlerini veya korumalarını isteyenlerden açıkça "Himaye" adını verdikleri bir bac istemeye başladılar. Burcilerin bu güç kazanması devlette diğer önemlileri itirazına yol açtı ve bunlar arasında Emir Baybars Çeşnigar'ın "Salikiyya" kölemenler grubu; Emir Seyfeddin Salar'ın "Masuriye" grubu ve Emir Barlığı'nın "Eşrefiye" grubu bulunmaktaydı.

1299'da Kahire'ye gelen bir habere göre Mahmud Gazan Han komutasında bir Moğol ordusu Memluklular elinde bulunan Suriye ve doğu Akdeniz kıyılarına büyük bir ordu ile hücum etmeye hazırlanmaktaydı. Onun müttefiki olan Hristiyan Haçlı devletlerini destek için Beyrut'a 30 gemiden oluşan bir donanma gelmişti. Memluk devletinin gerçek idarecisi emirler hemen tedbirler alıp Mısır'dan Suriye'ye büyük bir Memluklu ordusu göndermeye karar verdiler. Filodaki Haçlı orduları daha karaya çıkmaya imkân bulamadan bir fırtına Haçlı filosuna çok büyük hasar verip filoyu ortadan kaldırdı. Mahmud Gazan Han ordusu ile Bağdad'a geldiği zaman planlarını değiştirmek zorunda kaldı. Çünkü önemli komutanlarından bir olan Sülemiş Bin Afdal Mısır'a kaçmıştı ve Memluklulardan Gazan Mahmud Han'a karşı savaşmak asker desteği istemişti.

1299'da Sultan Nasır Memluklu ordusunu Suriye'de Gazan Han'ın ilerleyişini önlemek için Mısır'dan Suriye'ye getirdi. Bu ordu Suriye'ye gitmekteydi, yolda iken Moğol asıllı Oyrat'lar Sultan'ın sahibi olduğu bir Memluklu köle ile anlaşarak Hama'da bulunan Kitboğa'yı tekrar Memluklu sultanı yapmak için Emir Baybars Çeşnigar ve Emir Salar'ı öldürme komplosu hazırladılar. Sultan'ın Memluklu kölesi bu komplo uyarınca Baybars Çeşnigar'ı öldürmek için şahsi bir hücuma geçince kendisi öldürüldü. Oyratlar Sultan'ın "Dihliz" adlı kızıl çadırına hücuma geçtiler. Fakat Emir Baybars ve Emir Salar'ın muhafızları tarafından durduruldular ve tutuklanıp cezalandırıldılar; 50 kadar Uyrat asılarak idam edildi ve diğerleri onlara birlikte hareket eden Memluklu kölelerle birlikte Karak Kalesi'ne, hapse gönderildiler. Fakat bu hücuma Sultan'ın kölesi katılması ve hücumun uygulanışı öyle yapılmıştı ki Emir Salar ve Emir Baybars bu komplonun Sultan'ın kendisi tarafından hazırladığından şüphe etmeye başlamışlardı.

Moğolların Memluklular karşısında mağlup oldukları Suriye'deki İkinci Humuş Savaşı'nden 20 yıl sonra , 1299'da İlhanlı hani Gazan Han Memluklu-İlhanlı sınırı olan Fırat Nehrini 60.000 kişilik bir Moğol ordusu ve ve 40.000 kişilik destekçi Hristiyan Gücü ve Ermeni ordusuyla geçip Halep'i eline geçirdi. Sonra güneye yönelen bu istilacı ordu Humuş'un hemen kuzeyinde bulunan Vadi El Hazandar'da Sultan Nasır'ın komutası altında buluna 20-30 bin kişilik Memluklu ordusu ile karşılaştılar. 22 Aralık 1299 günü sabah erkenden iki ordu yaklaşık 15 km uzunlukta olan cephede yakın çatışmaya girişti. Memluklu ordusu ertesi güne kadar saflarını koruduysa da 23 Aralık günü Gazan Han galip geldiği belli oldu. Sultan Nasır'ın zayiatı nispeten daha küçüktü (yaklaşık bin Memluklu ölüye karşı yaklaşık 14 bin Moğol ölü). Fakat Memluklu ordusu İlhanlıların yakın kovalaması ile Humuş'a çekilmek zorunda kaldı.

Sultan Nasır Mısır'a kaçtı. Moğollar Humuş'u ellerine geçirdiler. Şam halkı da endişeye başladı ve ileri gelenler Mısır'a kaçtılar. İlerleyen Moğol askerleri Şam'ın varoşlarına gelip oraları yağmalamaya başlamışlardı. Şam'da kalanlar Gazan Han'a başlarında Şam Kadısı Bedreddin Muhammed olarak bir elçi heyetin göndererek eğer şehirde kalan halkı öldürmemeye söz verirse şehri ona teslim edeceklerini söylediler. Gazan Han'da bu şartı kabul etti. Böylece iç kale hariç Şam Moğol komutanı Kübcuc'a teslim oldu ve Şam Emevi Camii'nde ve diğer camilerde "Sultan-ı azam el-İslam ve el-Müslimin Muzafer el-dünya ve el-din" lakabla Mahmud Gazan Han adına Cuma hutbeleri okundu.

Sultan Nasır Muhammed'in Suriye'de Gazan Han'a yenilen ordusunun artıkları çok dağınık bir şeklide Mısır'a gelmeye başladılar. Suriye'de bulunan tahttan indirilmiş eski Sultan Kitboğa da Mısır'a geldi. Kahire Suriye'den kaçıp gelen gayet çok sayıda muhacirlerle doldu taştı Sultan Nasır Muhammed ve Memluklu emirler Suriye üzerine bir diğer sefer yapmak için hazırlıklara başladılar. Tüm Mısır'dan paralara, silahlara ve atlara toplanmaya başlandı. Sultan Kutuz döneminde çıkartılan ve Moğollara karşı direnmeyi sağlamak için hazırlanmış olan müftü fetvası bu sırada da geçerli olarak kullanılmaya başladı. Bu fetva bir kanun çıkartılmadan her Mısırlı'nın mutlaka yeni kurulan orduyu kurmak için 1 Dinar ödemesini öngörmekte idi. Fakat bu gereken fonları toplamaya yeterli olmadı. Halk bu fetvanın geçerli olmadığını iddia etmekteydiler. Bu tedbirin aleyhtarları Sultan Kutuz'un bu fetva çıkmadan önce Kölemen Emirlerden servetlerine ve sahibi oldukları gayrimenkullerin değerine göre böyle bir vergi toplamış olmasıydı. Bunun üzerine herkesten gönüllü olarak para toplanmaya başlandı.

Tam bu sırada Mısır'a Gazan Han'ın ordusuyla Suriye, Lübnan ve Filistin'i bıraktığı ve bu yörelerde hükûmet idaresini sağlamak için 2 tane Moğol komutanını vali olarak tayin ettiği haberi geldi. Sultan MNaşır Muhammaed bu iki Moğol valiye mektuplara göndererek Kendine biat etmelerini; Memluklu devleti valileri olarak idareye devam etmelerini teklif etti ve bu teklifler kabul edildi. Eski Sultan Adil Kitboğa Hama valisi olarak tayin edildi. Emir Salar ve Emir Baybars Çeşnigar Memluk orduları başında geride kalan Moğol ordusu artıklarını temizlemek ve tümüyle elemine etmek için buralarda gönderildi. Sultan Nasır Muhammed'in yenilip Mısır'a çekilişi sırasında korunaklı dağlarda yaşayan Dürzîler kaçan Mısırlı askerlere ve Suriye'den Mısır'a kaçmaya çalışan mültecilere hücumlarda bulunarak onların silah ve mallarını ele geçirmişlerdi. Dürzüler'den bu talan malları geri alınmaya çalışıldı. Geride bırakılan iki Moğol valisi Mısır'a giderek Sultan Nasır Muhammed'e şahsen biat ettiler. Her yerde camilerde Cuma hutbeleri Sultan Nasır Muhammed adına okundu. Böylece Moğollarca işgal edilmiş olan Suriye, Lübnan ve Filistin tekrar Memluklu ülkesi oldu.

Sultan Nasır Muhammed ikinci dönem Sultanlığı döneminde sadece Gazan Han'ın hücumları ile uğraşmakla yetinmedi. Kahire'de softalar dinsel maksatlı isyan çıkardılar ve Yukarı Mısır'da halk ayaklanmaları çıktı. Bu isyanlar ve ayaklanmalar Sultan'ın ordusu tarafından çok şiddetle bastırıldı.. Gazan Han'a destek sağlamış Lübnan ve Suriye'de yerleşmiş olan güney Ermenilere karşı da 1301'de Memluklu Emirleri bir sıra akınlar yapıp bu arazileri talan ettiler. 1302'de Müslüman deniz taşımasına korsan hücumlarına üs olan Haçlılar elindeki Arvad adası da Memluklu emirlerinin hücumuna uğradı ve talan edildi..

1303'de Gazan Han'ın ordusu tekrar Fırat Nehri'ni geçerek Suriye'ye hücuma geçti. Suriyeliler Halep ve Hama şehirlerinden Şam'a doğru kaçmaya başladılar. Emir Baybars Çeşnigar komutasında bir Memluklu ordusu Şam'a geldi. Şam halkı da kaçmak istemekteydi. Fakat eğer şehirden kaçarlarsa geride bıraktıkları evleri ve eşyalarının yağma edileceği ve kaçma yolunda öldürülebilecekleri ikazları verilince birçoğu bundan vazgeçti..Gazan Han'a bağlı bir ordu birliği Suriye'deki Türkmen köylerine hücum edilip kadın ve çocukları esir alamaya başladılar. Fakat Memluklu emirleri komutasındaki bir birlik 6.000 kadar Türkmen'i bu Moğol birliklerinin elinden kurtardı ve bu birlikleri yenip imhs etti.

20 Nisan 1303'de Sultan Nasır Muhammed beraberinde Mısır'da Kahire'ye yerleşmiş olan Abbasi halifesi Müstakfi Billah (Süleyman bin Ahmed bin Ali) ile Mısır'dan Suriye'ye gelip acele Şam'a yetişti. Bunları karşılama sırasında Memluklu Emirleri, Gazan Han'ın yardımcısı olan Kutluk Şah komutası altında olan 50.000 kişilik bir Moğol ordusunun şehre yaklaştığı haberini aldılar. Memluklu Sultanı ve Emirleri bu Moğol ordusunu Şam'ın hemen güneyinde bulunan "Sahkab" veya "Kisve" mevkinde karşılamaya karar verdiler. Başlarında Sultan ve Halife bulunan Memluklu ordusuna Şam'dan birçok gönüllü katıldı ve bunlar arasında kadınlar bile bulunmaktaydı.

Memluklu ve Moğol orduları arasında 20-23 Nisan 1303'de "Sahkab" veya "Kisve" mevkinde yapılan savaşa Merc-i Saffar Savaşı adı verilmektedir. Savaş 20 Nisan 1303'de başladı. Moğol ordusu bir nehir kenarında mevki almıştı. Moğol komutanı Kutluk Şah 10.000 kişilik sol cenah birlikleri ile Memluklu ordusunun sağ kanadına hücuma geçti. Emir Salar ve Emir Baybars Çeşnigar komutasında olan Memluklu ordusunun orta kanadı ve sol kanadı hücum eden Moğollara karşı sağa doğru yürüdüler. Moğol hücumu Memluklu sağ kanadını geri itmeye başladı ve birçok Memluklu asker savaşın kaybolduğunu sandılar. Fakat Memluklu sol kanadı direnişine devam etti ve merkezi Moğol hücumuna karşı koydu. Kutluk Şah ordusunun ilerleyişini gözetlemek için yakında bir tepeye çıkmıştı. Buradan ordusuna emirler göndermekteyken Memluklu ordu birlikleri tepe kuşatıldı. Moğol komutanı Kutluk Şah Memluklu ordusunun bu direnişine ve tepeyi kuşatmasına inanmayıp yanında esir olan bulunan Memluklu emirine bu orduya kimin komuta ettiğini sordu. Memlukluların şahsen Sultan Nasır Muhammed tarafından komuta edildiği öğrenince şaşırıp kaldı; çünkü Moğollar Sultan'ın Şam'a geldiği haberini almamışlardı. Moğollar tepeyi savunmak için büyük zayiat vermek zorunda kaldılar. Akşam olunca Kutluk Şah karan