rine t24.com.tr internet sitesine yaptığı açıklamada: "Cumhuriyet’i koruma ve kollama görevinin gereği olarak (...) EMASYA (Emniyet ve Asayiş) planları seminerlerde elbette ele alınmıştır." dedi . Ancak darbe suçlamalarını reddetti. Söz konusu darbe senaryolarının seminerde görüşülmediğini belirterek: "Yok böyle bir şey. Bu uydurma bir senaryoyla monte ediyorlar. Meşhur bir tabirle, kopyala ve yapıştır usulüyle." dedi
. Türk Silahlı Kuvvetleri de haberin ertesi günü yaptığı basın açıklamasında 5-7 Mart 2003 tarihleri arasında gerçekleştirilen Plan Seminerinde "giderek tırmanan bir gerginlik dönemini kapsayan bir senaryo" konu edildiğini doğruladı, ancak bu seminer ile ilgili darbe iddialarını reddetti.

30 Ocak 2010 günü, "Taraf" muhabiri Mehmet Baransu elindeki belgeleri bir bavul içerisinde Beşiktaş'taki İstanbul Adliyesi'ne teslim etti. Dosya için Mehmet Berk, Bilal Bayraktar ve Ali Haydar adlı savcılar görevlendirildi.

Özel yetkili savcılar, yaklaşık bir aylık incelemeden sonra 22 Şubat 2010 günü aralarında emekli generaller ve muvazzaf subayların da bulunduğu 49 askeri gözaltına aldı.

4 gün sonra soruşturma kapsamında 13 ilde 1'i emekli 17'si muvazzaf 18 asker daha gözaltına alındı. 3 Mart 2010 günü tutuklananların sayısı 41'e ulaştı.

12. Ağır Ceza Mahkemesi'nin nöbetçi hakimi Oktay Kuban, 1 Nisan 2010'da aralarında Çetin Doğan'ın da bulunduğu 19 sanığı "kuvvetli suç olgusunun bulunmadığı" gerekçesiyle tahliye etti. Fakat savcılar nöbetçi hakimin aldığı bu karara itiraz etti ve 12. Ağır Ceza Mahkemesi üç kişilik heyet olarak toplandı. Mahkeme 21 şüphelinin tekrar tutuklanmasına karar verdi. Kararda, tahliyelerin, "mevcut somut olgularla çelişen ve soyut gerekçeye dayalı kararlar olduğu" ve "somut belge, bilgi, kayıt ve bilirkişi raporlarının dikkate alınması durumunda kuvvetli suç şüphesinin varlığını gösteren olguların bulunduğu" belirtildi. Kararda ayrıca, heyet kararının hakim kararından üstün olduğu da vurgulandı.

Haziran 2010'da İstanbul 9. Ağır Ceza Mahkemesi nöbetçi hakimi Yılmaz Alp, 26 şüpheliyi tahliyesine karar verdi. Alp, gerekçeli kararında ise şüphelilerin katıldıkları ya da görevlendirildikleri Balyoz Seminer Planı'nda yapılması planlanan eylemlerin icra hareketlerinin gerçekleştirildiğine ilişkin somut olgular bulunmadığını savundu. Gerekçeli kararda "AİHM Iijkov-Bulgaristan" davasına da atıfta bulunulmuş ve AİHM'in verdiği kararda, "şüphelinin üzerine atılı suçu işlediğine yönelik makul şüphenin varlığı tutukluluğun devamı için olmazsa olmaz koşuldur. Ama tutukluluğun belirli bir süreyi geçmesi halinde artık tek başına yeterli değildir. Mahkeme tutukluluğun devamı için diğer yasal gerekçelerin varlığını da aramalıdır. Sadece yasal ya da farazi çıkarımlar tutukluluğun devamı için yeterli değildir. Aksi durum tutuklamanın belirli sayıda ve son derece sınırlı koşullarda uygulanabileceğine ilişkin hükmün ihlali sonucunu doğurur" denmiştir.

19 Temmuz 2010'da İstanbul 10. Ağır Ceza Mahkemesi İstanbul Cumhuriyet Savcıları Mehmet Ergül, Murat Yönder, Süleyman Pehlivan ve Ali Haydar'ın hazırladığı iddianameyi kabul ederek tamamı asker 196 kişi hakkında dava açtı. 968 sayfalık iddianamede sanıklara "Türkiye Cumhuriyeti yürütme organını cebren ıskat ve vazife görmekten cebren men etmeye teşebbüs etmek" suçlaması yöneltildi. Fakat eski TCK'nın 61/1. maddesine dayanılarak "eksik teşebbüs" nedeniyle cezalarda indirim yapılması istendi ve her sanık için 15 yıldan 20 yıla kadar hapis talep edildi.

İddianameye, konu olan tüm darbe plan ve hazırlıkları savcılığa teslim edilen belgeler arasındaki 11 numaralı CD içerisinde bulundu. Savcılar 5-7 Mart 2003 tarihinde gerçekleştirilen resmi plan seminerinin de Balyoz darbe planının bir provası olduğunu iddia ediyor. Sanıkların büyük bir bölümü darbe planlarında isimleri geçtiği için suçlanıyor. Toplam 162 kişinin katıldığı bu seminerde 196 balyoz sanığından 49'u katılımcı olarak yer alıyor.

İddianame kabul edildiğinde davada tutuklu sanık yoktu. Fakat davaya bakacak olan İstanbul 10. Ağır Ceza Mahkemesi, 23 Temmuz 2010'da 102 sanık için kuvvetli suç şüphesi bulunduğu gerekçesiyle yakalama kararı çıkardı. Yakalama kararı çıkmasına rağmen iki hafta boyunca sanıkların hiçbiri adliyeye gelip teslim olmadı. Bu süre içerisinde yalnızca emekli Albay Ahmet Şentürk yakalandı. Hakkında yakalama kararı çıkarılan sanıklar karara itiraz ettiler. Cumhuriyet savcısı 10. Ağır Ceza Mahkemesinin verdiği yakalama kararına, yasalar çerçevesinde itiraz etme hakkının bulunmadığı ancak tutuklama durumunda itiraz edilebileceğini savundu ve itirazların reddi yönünde mütalaada bulundu. Fakat 11.Ağır Ceza Mahkemesi, 101 şüphelinin itirazlarını oy çokluğu ile kabul etti. Üye hakim Metin Özçelik'in muhalif kaldığı kararda, sanıklar hakkında yakalama müzekkeresi çıkarılabilmesi için kaçak olmaları gerektiği ve şüphelilerin bu tanıma uymadığı belirtildi. Bazı sanıkları yaptığı redd-i hakim talepleri ise İstanbul 12. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından reddedildi.
Mahkeme ilk duruşma tarihini de 16 Aralık 2010 olarak belirledi. Duruşmalar, Beşiktaş Adliyesi'nin fiziki koşullarının yetersiz olması nedeniyle Silivri Ceza İnfaz Kurumları Yerleşkesi'ndeki duruşma salonunda gerçekleşti.

Aralık ayında TSK içindeki bir dizi askeri casusluk ve şantaj iddiaları ile ilgili yürütülen soruşturma kapsamında, Gölcük Donanma Komutanlığı İstihbarat Şube Müdürlüğü'ne özel yetkili savcı Fikret Seçen başkanlığında yapılan baskında İstihbarat Kısım Amirliği odasının döşemesi altında 10 çuval belgele ele geçirilmiştir. Bu belgelerden 43 klasörünün "Balyoz Harekat planı" ile ilgili olduğu anlaşılması üzerine ilgili belgeler, Balyoz darbe planı davasını yürütmekte olan İstanbul 10. Ağır Ceza Mahkemesi'ne gönderildi. Tuğamiral Sinan Azmi Tosun başkanlığındaki askerî bilirkişi heyetinin raporunda bu belgelerle ilgili şu ifadelere yer verilmiştir: "İsth. Bçvş. Erdinç Yıldız, 3 ve 5 numaralı hard disklerin kullanımına 28 Temmuz 2009 tarihinden itibaren son verildiğini, söz konusu disklerin aramanın yapıldığı 6 Aralık 2010 tarihine kadar, imha edilecek diğer malzemelerle birlikte kullanım dışı olarak çeşitli zamanlarda İKK kısım amirliğindeki dolaplarda, kimi zaman da uygun yer yetersizliği nedeniyle İstihbarat Kısım Amirliği odasında döşeme altında bulundurulduğunu belirtmiştir."

Gölcük'teki Donanma Komutanlığı İstihbarat Şube Müdürlüğü'nde ele geçirilen belgeleri dava dosyasına ekleyen mahkeme, 11 Şubat 2011 tarihinde "dosyadaki delil durumu, dosyada kuvvetli suç şüphesini gösteren olguların bulunması, delillerin tam olarak toplanılmamış olması, sanıkların konumları itibarıyla delillere etki yapma ihtimalinin olması, tanıkların henüz dinlenilmemiş oluşu, atılı suçun CMK'nın 100. maddesinde belirtilen katalog suçlardan olması, belirtilen bu sebeplerle adli kontrol hükümlerinin uygulanmasının yetersiz kalacağı" gerekçeleriyle 134 sanığın tutuklanmasına, 29 sanık hakkında da yakalama kararı çıkarılmasına karar verdi. Mahkeme, eski Hava Kuvvetleri Komutanı emekli Orgeneral İbrahim Fırtına, eski Deniz Kuvvetleri Komutanı emekli Oramiral Özden Örnek, emekli Korgeneral Engin Alan, Süha Tanyeri, Feyyaz Öğütçü, Mehmet Otuzbiroğlu, Şükrü Sarıışık, Kadir Sağdıç, Gürbüz Kaya, Halil Helvacıoğlu, Abdullah Gavremoğlu'nun da aralarında bulunduğu 133 sanık hakkında tutuklama kararı verildiğini açıkladı. Duruşmaya katılmayan sanıklar eski 1. Ordu Komutanı emekli Orgeneral Çetin Doğan, muvazzaf Korgeneral Nejat Bek ve emekli Orgeneral Ergin Saygun'un da aralarında bulunduğu 29 sanık hakkında ise yakalama kararı çıkarılarak, ayrıca yine duruşmaya katılmayan başka suçtan tutuklu sanık Albay Dursun Çiçek'in de tutuklama kararının yüzüne okunması için tutuklu bulunduğu cezaevi aracılığıyla mahkemede hazır edilmesine karar verildi.

29 Mart 2012'de savcı 920 sayfalık esas hakkında mütalaayı mahkeme heyetine sundu. Mütalaada davadaki tüm sanıklar hakkında "Türkiye Cumhuriyeti hükümetini devirmeye eksik teşebbüs" suçundan 15 yıldan 20 yıla kadar hapis cezası verilmesi talep edildi

21 Eylül 2012'de sanıkların son savunmalarının da tamamlanmasının ardından mahkeme karar için toplandı. Mahkeme şu kararları verdi.

Yargıtay 9. Dairesi 9 Ekim 2013 tarihinde verdiği kararla sanıklara verilen kararları büyük oranda onadı. Yargıtay 9. Daire kararında 88 sanığa verilen mahkûmiyet kararlarının bozulmasına ayrıca sanıklardan tutuklu olanların da tahliyesine karar verdi.
Daire başkanı olarak Eyüp Yeşil; Ergenekon Davası ile Balyoz Davası'nın temyizine bakmıştır.

Anayasa Mahkemesi 18 Haziran 2014 tarihinde verdiği tarihi kararla Balyoz davasında hak ihlali olduğuna karar verdi. AYM verdiği kararında tanıkların dava başlangıcından itibaren belirttikleri tanıların dinlenmemesini, dijitallerin sahteliğine ilişkin çelişkilerin giderilmediğine hükmetti. Sanıklar davanın başından itibaren dijitallerin sonradan üretilmiş ve sahte olduğunu iddia ediyorlardı.

Anayasa Mahkemesinin verdiği karar üzerine davanın yeniden yargılanmasına karar verildi. 3 Kasım 2014'te Kartal 4. Ağır Ceza Mahkemesinde görülmeye başladı. İlk olarak tanıklığına başvurulmayan eski Genelkurmay Başkanı Hilmi Özkök ve eski Kara Kuvvetleri Komutanı Aytaç Yalman dinlendi. İki eski orgeneral de, Balyoz diye bir planı hiç duymadıklarını beyan ettiler. Mahkeme dijitallerin bilirkişi raporlarının alınması için 3 Şubat 2015 tarihine ertelendi. 

Davaya ek olarak 11. ve 17. CD'nin sahte olduğunun tespit edilmiş ve ilgili savcılık "Sahte Delil Sunmak" suçu ile ilgili adli soruşturma başlatmıştır. Gerekçeli kararda,"Yargılamanın yenilenmesi aşamasında elde edilen deliller doğrultusunda gazeteci tarafından teslim edilen 11 ve 17 no'lu CD'lerin sahte olarak oluşturulduğu kesin olarak tespit edilmiş, mahkumiyet hükmüne esas alınan diğer tüm dijital delillerin de sahte olarak oluşturulduğu yönünde kuvvetli şüphe oluşmuştur" denildi. Savcı; Çetin Doğan, Dursun Çiçek, Engin Alan, Ergin Saygun, İbrahim Fırtına, Özden Örnek'in de aralarında bulunduğu 236 sanığın tamamı için beraat istemiş, mahkeme de bera