gerçekleşmemiş ve sonraki bölümlerde gerçekleşecek olaylar hakkında önceden bilgi vermektedir. Tercihe bağlı olarak toplanabilecek diğer unsurlar arasında kahve termoslarının yanı sıra "Bahar Geceleri" ("Night Springs") adındaki bir televizyon dizisinin bölümlerinin yayımlandığı televizyonlar, Bright Falls'un yerel radyo istasyonunun yayınlarının dinlenebileceği radyolar ve şehirdeki diğer metinsel işaretler yer almaktadır. Radyo programları ve işaretler şehrin tarihi ve kültürü hakkında daha fazla bilgi alınabilmesini sağlamaktadır. Oyunun indirilebilir içerik bölümleri alarm saatleri ve video oyun kutuları gibi diğer toplanabilir unsurları içermektedir.

Çok satan gerilim hikâyeleri yazarı Alan Wake, iki yıldır yazar tıkanıklığı ile boğuşmaktadır. Alan ve eşi Alice Washington'daki Bright Falls kasabasına kısa bir tatile çıkarak Alan'ın yaratıcılığının geriye gelmesini ummaktadırlar. Alan, kiraladıkları kulübenin hasta sahibi için kulübenin anahtarlarını ve bir haritayı siyah elbiseli ve yüzü örtülü bir kadından alır. Çift, ardından Cauldran Gölü'nün üzerinde yer alan kulübelerine doğru yola çıkarlar. Eşyalarını yerleştirirken, Alan'ın yeni kitabını yazmaya burada başlamasını uman Alice'in Alan'ın daktilosunu yanında getirdiğini ve kulübenin çalışma odasına yerleştirdiğini görür. Baskısına sinirlenen Alan kısa bir yürüyüş için dışarı çıkar ve çok geçmeden içeriden Alice'in çığlığını duyar. Birisinin Alice'i kulübeden çıkarıp göle doğru sürüklediğini fark eder ve onların ardından gölün içine atlar ve kısa bir süre sonra da bilincini kaybeder.

Alan, bir kaza sonucu yoldan çıkmış bir arabanın içerisinde kendini bulur. Kasabaya doğru yola çıkan Alan, Bright Falls kasaba halkının karanlığa bulanmış garip figürleri ile karşılaşır ve bu karanlık figürlere karşı işe yarayan tek silahın ışık olduğunu fark eder. Alan ayrıca bir derin su dalgıcının hayali görüntüsü ile de sık sık karşılaşır. Bu dalgıç, Alan'ın toplaması için onun yazdığı bir hikâyenin taslaklarını düşürmüştür. Alan bu taslakların kendi yazısı olduğunu anlar ancak bunları daha önce yazdığını hatırlamamaktadır ancak bu yazılar, Alanın'ın karanlık figürlerle karşılaşmasının önüne geçerek güvenli bir şekilde kaçmasına yardımcı olur. Kasabaya vardığında Alan, kulübeye varmalarının üzerinden bir hafta geçtiğini fark eder, ancak Şerif Sarah Breaker'ın gölde neredeyse 30 yıldır ne bir adanın ne de bir kulübenin var olmadığını söylemesi ile kafası daha da karışır. Alan'ın arkadaşı ve temsilcisi Barry, Alice'in kaybolması ile Alan'ın başetmesini kolaylaştırabilmek adına kısa bir süre sonra kasabaya gelir. Aynı zamanda FBI Ajanı Robert Nightingale, Alice'in kayboluşunun ardında Alan'ın olmasından şüphelenmektedir.

Alice'i kaçıran kişi olduğunu iddia eden bir adam Alan'ın FBI'dan kaçmasını ister. Alan bir süre sonra adamı yakalar ancak Alice'i kaçırmadığını ve aksine Cauldron Gölü'nü dolduran Karanlık Güç'ten ve onun "Alınmış"ları nasıl kontrol ettiğinden bahseder. Adam, Karanlık Güç'ün hayali gerçeğe dönüştürme gücüne sahip olduğunu ve Alan'ın gölden kaçmasına yardım ettiğini ve Alan'ın artık durması gerektiğini söyler. Karanlık Güç, siyah bir girdap formunu alır ve adamı içine çeker. Alan buradan kaçmayı başarır ancak girdap tarafından fırlatılarak kendinden geçer. Alan bu sefer Cauldron Gölü'ndeki bir akıl hastanesinde uyanır. Burada, Karanlık Güç'ü kendi çiftliklerinde nasıl yendiklerini anlatan rock müzisyenleri Anderson kardeşler ile tanışır. Karanlık Güç bu sefer de locada belirir ancak Alan, Barry'nin yardımıyla oradan kaçmayı başarır ve Andersonların çiftliğine giderler. Orada, Karanlık Güç'ü yenebilecek bir silahı olan Cynthia Weaver'ı keşfederler. İkili, o geceyi çiftlikte ay ışığında içerek geçirirler. Baygınlığı sırasında Alan, hatırlamadığı o hafta süresince neler olduğunu görmeye başlar. Bu sırada Alan, kadının kaçışı için Karanlık Güç tarafından yazmaya zorlandığını görür. Ancak Alan, kendinde değildir, Karanlık Güç'e teslim olmuş, ruhani bir dalgıç formunda Zane'in ruhunu oluşturmakla birlikte göle çeşitli unsurlar yerleştirerek kaçmayı başaran diğer bir yazar olan Thomas Zane'in ruhu tarafından yönlendirilmektedir.

İkili sonraki gün Ajan Nightingale tarafından yakalanır ancak Karanlık Güç gruba saldırır. Alan, Barry ve Sarah kaçarak Cynthia'nın saklandığı bilinen hidroelektrik santraline doğru yola çıkarlar. Cynthia grubu karşılar ve Alan'ı "İyi Aydınlanmış Oda"ya ("Well-Lit Room") götürür. Alan, burada Karanlık Güç ile başedebileceği silahı bulur. Silah, Zane'in Alan'ın hikayesine yazdığı, ışıkları açık kapamaya yarayan bir düğmedir. Alan, göle geri döner ve Karanlık Güç ile karşılaşır ve düğmeyi kullanarak ona karşı savaşır. Ancak Alice halen göldedir ve Alan, düzenin korunması için göle geri dönerek Alice'in kaçmasını sağlamaya yardım etmesi gerektiğini fark eder. Alan göle atladıktan sonra Alice gölden çıkar ve güvenle limana ulaşır. Son sahnelerde Alan, kulübede yeni çalışmasına başlarken görülür. Alan'ın oyundaki son sözleri, ""Bu bir göl değil; bu bir okyanus…"" Olmuştur Ve Hemen Arkasından Alice ""Alan Uyan..."" Olmuştur

Ana oyunun kaldığı yerden devam eden bu bölümde Alan, kendisini Bright Falls'un gerçek dışı bir kopyasında bulur ve halen gölün altında tutulduğunu fark eder. Zane, Alan'ı cep telefonunu kullanarak işareti takip etmesi ve bu sayede kendisini Karanlık Güç'ün geldiği ve yazılmış sözlerin gerçeğe dönüştüğü Karanlık Yer'den çıkarması için yönlendirir. Alan "Alınmış"larla savaşırken bazı televizyon ekranları ile karşılaşır. Bu ekranlar üzerinde olacaklar hakkında Alan'ı uyaran daha çılgın bir Alan yer almaktadır. Alan ayrıca bilinçaltında hayali olan ve Alan'a buradan kaçması için yardımcı olan, dünyevi olmayan Barry ile karşılaşır.

Zane'in işareti Alan'ı bir kereste fabrikasına yönlendirir, ancak Alan burayı keşfederken kendisini şehirdeki dairesinde otururken bulur. Zane belirir ve televizyonlarda gördüğü çılgın kişinin kendisi olduğunu ve onu bu Karanlık Yer'de tuttuğunu söyler. Alan kendisini burada esir tuttuğuna inanmak istemez ancak kısa bir süre sonra üzerilerinde çılgın Alan'ın yer aldığı ve onu öldürmeye çalışan canavarlaşmış televizyonlarla karşılaşır. Alan, kendisinin delirmiş versiyonunu yener ve yeniden kulübede uyanarak halen esir olduğunu fark eder.

Karanlık Yer'de halen esir olan Alan, Cauldron Gölü'nden ve Andersonların çiftliğinden ayrıldıktan sonra Bright Falls'taki hatıralarının bir araya geldiğini fark eder. Zane, Alan'a deniz feneri üzerinden kulübeye gitmesi gerektiğini söyler. Civar gitgide daha gerçekdışı bir hal alırken Alan, Zane'in yolunu takip eder ve bu sırada sayıları gittikçe artan "Alınmış"lara karşı savaş verir. Zane, kendinde olmayan Alan'ın halen kulübede yer aldığını ve Karanlık Yer'i kontrol ettiğini, bu sırada dışarıda olan Alan'ın ise Alan'ın daha aklı başında Alan'ı yansıttığını söyler. Aklı başında Alan, Alan'ın bu Karanlık Yer'den kaçışını sağlamak için kontrolü yeniden ele alması gerekmektedir. Alan'ın kendinde olmayan kısmı ise Alice'in hayalini Alan'ın karşısına çıkararak, deniz fenerinin ışığını bozarak ve karşısına "Alınmış" ordularını çıkararak Alan'ı durdurmayı hedeflemektedir. Ancak Alan, Zane'in de yardımıyla en sonunda hedefine ulaşır ve deniz fenerini geçerek kulübeye varır.

Kulübeye yaklaşırken Barry'nin hayali belirir ve Alan'a, kendinde olmayan Alan ile savaşmadan önce belirebilecek tüm illüzyonları reddetmesi gerektiğini söyler. Alan bunu kabul etmeye hazırdır ve Dr. Hartman, Odin ve Thor'un (Anderson kardeşlerin sahne ismi) "Alınmış" sürümleri ile savaşır ve en sonunda kulübeye varır. Alan içeriye girdiğinde kendisinin kontrolünü kaybetmiş bir şekilde yerde yattığını görür. Alan ona dokunduğunda, ikisi bir bütün haline gelir. Alan, kendisini hiçbir zaman kaçamayacağı korkusuna sahip o kuruntusal duruma sokmasına izin veremeyeceğini fark eder ve daktiloya geri dönerek yeni hikâyesi "Geri Dönüş" ("Return")'ü yazmaya başlar.

Oyunun müzikleri Petri Alanko tarafından bestelenmiştir. Müziklerde Poets of the Fall'ın "War" (Türkçesi: "Savaş") adlı şarkısı, grubun dördüncü stüdyo albümü "Twilight Theatre"'dan geliyor. Sam Lake, şarkı için "... Alan Wake müziklerinin önemli bir parçası olduğunu ve temanın da oyunun hikayesine sıkı sıkıya bağlı olduğunu" söyledi. Poets of the Fall, "Old Gods of Asgard" (Türkçesi: "Asgard'ın Eski Tanrıları") adı altında "Children of the Elder God" (Türkçesi: "Yaşlı Tanrının Çocukları") ve The Poet and the Muse (Türkçesi: "Şair ve İlham") adlı iki özgün şarkı sergiliyorlar. Grup, Remedy'nin önceki oyunu "" adlı bitiş parçası olan, "Late Goodbye" (Türkçesi: "Geç Elveda") şarkısını Lake tarafından yazılmış bir şiir üzerine kuruluydu. Ancak "War", "Alan Wake"'e özel olarak yazılmadı. Poe'nun "Haunted" adlı şarkısı, ikinci bölümün sonunda çalıyor. Emeği geçenler gösterilirken David Bowie'nin "Space Oddity" parçası çalıyor. Üçüncü bölümde Anomie Belle'in "How Can I Be Sure" duyuluyor. Harry Nilsson'ın "Coconut" şarkısı, oyun sırasında birkaç kez çalınmaktadır. 20 Temmuz 2010'da 18 parçadan oluşan resmi bir müzik albümü yayınlandı.

Üretim sırasında, Goldfrapp'ın "Lovely Head", PJ Harvey'in "Dear Darkness" ve Jeff Buckley'nin "Lilac Wine" adlı parçaları ikinci bölüm için de değerlendirildi. Tom Waits'in "Sea of Love" ve "Don't Go into That Barn" parçalarının yanı sıra The Verve'ün "Sit and Wonder" Arcade Fire'ın "Wake Up" şarkıları muhtemel seçimlerdendi.

Alan Wake'te yer alan karakterlerin tümü gerçek karakterlerden esinlenmiştir. Iila Villi ve Jonna Järvenpää sırasıyla Alan ve Alice Wake üstlenirken oyundaki tek Fin modellerdir. Oyundaki tüm diğer modeller Amerikandır. Seslendirmeler Japonya, Amerika ve Finlandiya'dan getirilen aktörler tarafından ilgili ülkelerde yayımlanan oyunun sürümleri için kullanılmıştır.

Alan Wake, çıkış yaptığı yıl (2010-Xbox 360 platformu için) alanındaki başarılarından dolayı birçok ödüle layık görüldü. Time dergisinin editörleri 2010 yılının en iyi video oyununu Alan Wake olarak belirledi. IGN, 2010'un En İyi Vid