esine ve eğer bu evlilikten sonra Abdurrahman kendilerine karşı gelirse onun öldürülmesine karar verdiler. Fakat bu kararlarını tatbikata koymaya başlamadan önce Endülüs'ün kuzey sınır bölgesinde ciddi bir ayaklanma başladı. Bu ayaklanmacılar kendilerine ve önemli bir ticaret şehri olan ayaklanma merkezi Zaragoza'ya bağımsızlık verilmesini talep ettiler. El Fihri ve El Sumayni, bu ayaklanmayı bastırmak için ordularının başlarında Zaragoza ve civarı yörelerine yöneldiler. Bu Abdurrahman için Endülüs'te iktidar gücünü kazanmak için büyük bir fırsat oldu. Bu sırada Abdurrahman Endülüs'teki gücünün dayandığı Emevi aşiretliler ve Yemenli "jundlar" idi. Bunlara dayanan Abdurrahman Mart 736'da Sevilla şehrini pek az direniş görerek eline geçirdiler. Fazla çaba göstermeden Zaragoza merkezli ayaklanma girişimini de bastırmaya muvaffak oldular. Ama tam bu sırada Kurtuba'ya daha kuzeyde Bask ülkesinde bulunan Pamplona'da yeni bir ayaklanma çıktığı haberi geldi. Bu ayaklanmayı bastırmak için Yusuf bin Abdurrahman komutasında büyük bir askeri birlik Pamplona'ya gönderildi. Fakat ayaklanmacılar bu birliği mağlubiyete uğratıp tamamıyla imha ettiler. Bu vahim durum ortaya çıkmışken El-Fihri ordusu ile "düzmece hükümdar" olarak kabul ettiği Abdurrahman üzerine güneye yürümeye başladı. Endülüs'de kimin iktidarı ele alacağı bir iç savaş çıkmasına sebep oldu.

Bu iç savaşın ilk muharebesi Kurtuba şehri yakınında oldu. İki taraf bölgenin başkenti olan Kurtuba şehrinin hemen dışında bulunan Musarah ovasında akan Guadalquivir Nehri'nin iki sahilinde mevzi aldılar. Bu nehir o yıl uzun süren bir kuraklık döneminden sonra yağan yağmurlar nedeni ile olağan yatağından taşmıştı. Fakat önceki kuraklık dolayısıyla bölgede yiyecek sıkıntısı vardı. Abdurrahman'ın ordusu erzak sıkıntısı çekmeye başladı. El Fihri kendi ordusuna gayet iyi yiyecek ve erzak tedariki sağlamıştı. El Fihri ordusunun mensuplarını bu erzağı gayet gösterişli şekilde tüketmesini emretti. Böylece açlık çeken Abdurrahman ordusunun moralini yıkmaya gayret etti. Gelenek üzere ilk defa iki taraf arasında barış müzakereleri açıldı. Bu müzakerelerde büyük olasılıkla Abdurrahman'a El Fihri'nin kızı ile evlenmesi ve bu evlilik için büyük bir servetin çeyiz olarak getirmesi teklif edilmişti. Fakat Abdurrahman'ın emirliği tümüyle kendi yönetimi ve kontrolü altına alma talep etti. Bu kabul edilmediği için bu müzakerelerde barış sağlanamadı.

Daha gerçekçi çarpışmalar başlamadan önce Abdurrahman ordusundaki askerlerin hoşnutsuzluğu belli olmaktaydı. Emri altında bulunan Yemen asıllı Arap askerler ona çok güzel ve hızlı İspanyol atı verilmesinden ve onun bu ata binmesinden kuşkulanmaya başlamışlardı. Bu Yemenliler Abdurrahman'ın daha kendini hiçbir savaşta göstermemiş olmasından ve bu güzel hızlı atın Abdurrahman'a savaş meydanına kaçabilmek için çok iyi fırsat sağlamakta olduğundan kuşkulanmaktaydılar.

İyi bir komutan olan Abdurrahman ordu mensuplarının kendine karşı besledikleri bu şüphelerden haberdardı ve Yemenli Arap askerlerin kendine inancını tekrar kazanmak istemekteydi. Bunun için "Yıldırım" adlı bir katır üstüne binmiş bir şekilde savaşa gelmiş olan bir Yemenli komutana yaklaştı ve bindiği İspanyol atının kontrolünün çok zor olduğunu bunun için kendi atı ile "Yıldırım" adlı katırı değiştirebileceğini söyledi. Bu kabul olunca değiş tokuş yapılıp Abdurrahman savaşa bu katır üzerinde katılacağı ortaya çıktı. Bu Yemenli askerlerini kendine olan inancını ve moralini gayet yükseltti. Çok geçmeden iki ordu nehrin aynı yakasında karşılıklı düzene geçtiler. Abdurrahman'ın bir bayrağı olmadığı anlaşıldı. Giydiği yeşil renkli sarığını çıkardı ve bir mızrağın üzerine bir bayrak gibi açtı. Bundan sonra Kurtuba Emevi Emirliği'nin ve Endülüs Emeviler Devleti'nin bayrağı ve sembolü buna izafeten bir mızrağa takılmış ve yeşil renkli açık bir sarık kumaşına benzer olmuştur. Muharebenin ilk taarruzunu Abdurrahman süvarileri ile yaptı. El Sumayıl kendi süvari gücü ile bu taarruzunu durdurmak için bir karşı taarruza geçti. Bu iki süvari gücü arasında yapılan uzun süren ve gayet şiddetli çarpışmalar sonunda 

Abdurrahman bu muharebeden gayet kararlı olarak galip çıktı., Muharebe meydanı düşmanlarının cesetleri ile dolmuştu. 

El Fihri ve El Sumayl ordularından kalan kısımları ile bu muharebe sahasından kaçmayı başardılar.

Abdurrahman galibiyetinden sonra Kurtuba şehrine girdi. Kurtuba Emeviler Emirliği devleti yönetimini kurdu.

Fakat muharebeden kaçmış olan El Fihri birlikte kaçtığı ordusu kalıntısını yeni askerlerle takviye etti. Çok geçmeden tekrar Abdurrahaman ile muharebeye girişmek için ordusu ile Kurtuba önlerine geldi. Geleneklere göre önce barış müzakereleri yapılmaya başlandı. Bu sefer müzakereler pozitif sonuç verdi. El Fihri'nin hayatı ve serveti bağışlandı ve Kurtuba şehri sınırları dışına çıkmadan o şehirde yaşamasına izin verildi. El Fihri'nin oğul ve kızları rehine olarak Abdurrahman'ın sarayında yaşamaları gerekti. Her gün Abdurrahman ile istişareye gelmesi şart koşularak şehirden kaçması önlendi. El Fihri bir müddet bu şartlara uydu. Fakat şehirde ve etrafındaki bölgede çok sayıda kendi taraftarları bulunmaktaydı ve bunlar kendisinin tekrar emirlik idaresini eline almasını istemekteydiler.

Çok geçmeden El Fihri Kurtuba şehrinden kaçtı ve kendini tutanların idarede olduğu bölgelerde yeni bir idare kurup yeni bir ordu toplamaya başladı. Abdurrahman'ın atadığı Sevilla Valisi bu yeni orduyu ortadan kaldırmak için faaliyete geçti. Nispeten küçük birkaç çarpışmadan sonra Al Fihri'nin yeni ordusunu mağlup edip elemine etmeyi başardı. El Fihri bundan sonra merkezi Endülüs'te bulunan eski Vizigot başkenti olan Toledo'ya kaçtı. Fakat bu şehirde yakalandı ve idam edildi. Kesik başı başkent Kurtuba'ya gönderildi. Bu kesik baş bu şehirde bulunan bir nehir köprüsü üzerine çakılarak halka gösterilmeye başlandı. Kurtuba'da zindanda bulunan El Sümeyil de bundan çok geçmeden idam edildi.

Abdurrahman Endülüs Emeviler Emiri olarak Kurtuba'da hüküm sürmeye başladı. Buna rağmen kuzey Endülüs bölgesi (Toledo, Zaragoza, Barcelona, vb.) onun doğrudan doğruya yönetimi altına girmediler. El Fihri'nin taraftarları Kurtuba'dan bağımsız olarak bölgede hüküm sürdüler. Bu bölge Kurtuba Emevi Emirliği idaresine ancak 779'da alınabildi.

Abdurrahman bir Emeviler prensi olmakla beraber kurduğu devlette kendini halife olarak değil emir olarak ilan etmişti. Buna pek muhtemel nedenin Endülüs'un gayet değişik sadakat gerektiren birçok gruplardan oluşması ve bir Sünni halifelik ilan edilince bunların halifeye karşı gelebileceklerini düşmesi idi. Ama Abdurrahaman'ı takip eden ahfadı hükümdar olma yanında halife olduklarını da ilan etmekten hiç aksi tesir görmemişlerdir. 

Abdurrahman Endulus'de kendi devletini kurup kendi emir olarak tahta gectigi zaman Kuzey Afrika, Orta doğu ve hatta ic Asya'da yasyan Musluman topluluklara hitap eden davetnameler göndermis ve Endukus'un Emeviler hanadanina yakınlığı ve sevgisi olanları Endulus'e davet etmiştir. Bu davet ozellikle Abbasilerinin kokunu kazmaya gayreti içinde bulundukları Emevi kalıntılarına çok cekici gelmiştir. Abdurrahman'in Firat Nehri kıyısında aglayarak kizkardesleri yanında geride bu=iraktigi oglu Suleyman Endulus'e ulasmayi basarnistir. Fakat Abdurrahman'in kizkardesleri Endulus'e kadar olan uzun yola katlanammislardir. Abdurrahman Emevi sullaesinden olup da Endulus'e gelebilenlere yuksek devlet memurluklara verdi ve boylece Emevi asillilara tekrar devletin ilerigelen yöneticiler kadrosunda onemli rol almaya basladı ve Endulus'deki bu sulale mensuplarai sayısı gittikce buyudud. 
Abdurrahman'in ugrasmaya basladıgi ikinci onemli sorun Abbasilerin Endulus'u ele gecirmelerini onlemek için tedbirler almasi idi. Ta Bagdad hukum surmeye baslayan Abbasi halifesi El-Mansur kendilerine Endulus Emiri unvani veren Emevileri ortadan kaldırmaya kararli idi. Halife Mansur, El-Ala Ibni Mugith adli bir komutani Afrika valisi yaptı ve bu valinin idare alanı Endulusu de ihtiva etmekteydi. El-Ala Kuzey Afrika'dan ordu ile Iber yarimadasindna bulunan (ve modern Portekiz'e ait olan) Beja limanina bir cikartma yaptı. Beja etrafından bulunan yerleskelerin hemen hepsi bu valiye (ve Abbasi halifesi Mansur'a) biat ettiler. Abdurrahaman hic gecikme kabul etmeyen bu durum karsisında hemen toplayabildığı ordu ile El-Ala'ya karsi yürüyüşe gecti. El Ala komutasında altında bulunan takriben 7,000 kisilik ordudan çok daha küçüktu. Abdurrahman hemen ordusu ile Carmona'daki bulunan kale mevzilerine cekildi. El Ata'nin Abbasi ordusu hemen arkasından takip etmeke idi. ve Caramona kaleini kusatma altina aldi. Bu kusatma takriben iki ay surdu. Abdurrahman'in ordusunda yiyecek ve su sikintisi cekilmeye baslandi. Durum daha fazla kotuye gitmeden Abdurrahman'in bir karar almasi gerekmekteydi. Abdurrahman askerlarını topladı ve gayete cesur ve atik bir huruc planini onlara anlatti. Kusatilan ordudan secilmis askerlerden 700 kisilik bir birlik kurdu. Bu birlik ile Carmmona kalesi esas kapısı onune geldi. Burada büyük bir ates yaktirdi. Abdurrahman bu plana verdiği onemi göstermek için a kilicinin kinini ates içine atti ve bir moral verme soylevi yaptu. Bu birlik askerlerinin aclik ve susuzluktan olme olasiligina kiyasla dusmana yapılacak bir huruc saldirisi sırasında kahramanca olmenin daha iyi olugunaiddibildirdi. Kale kapısı acildi ve Abdurrahman'in birligi hic beklemedikleri için gayet hazırliksiz olan kusatici Abbasi guclerine bir surpriz saldirisi baslatti. Bu baskin seklinde saldiriyi karsilayamayan Abbasi gucleri dagildi. Abbasi ordusunun onemli komutanları yakalandilar ve basları kesilerek idam edildiler. Bu kesik baslar tuzlanarak kokusmaları onlendi ve kesik keleler bir torba içinde gemi ile Suriye'ye ve oradan da karadan Abbasiler baskenti Bagdad'a gönderildi. Ama halife El-Mensur orada degildi ve Hac yapmak için Hicaz'a gitmisti. Bu kesik kafalar paketi Mekke'de bulunan Abbasi halifesi eline gönderildi. Halife Mansur boyle trajik bir sekilde Endulus'e gönderdiği El-Ala ve Abbasi ordusunun