ı olarak, HMS "Majestic"te o zamanki torpido teğmeni tarafından, koruması altındaki Robert Falcon Scott'ın tayinini sağlama bağladığı gün sonunda gâlip geldi. Böyle yapmakla İngiliz Müzesi Profesörü John Gregory'nin ellerinde olan liderliği verme girişimini önledi. Markham tarafından düzenlenen, "Komutan için Direktifler", coğrafî ve ilmî çalışmaya eşit öncelikler vermiş olsa da Markham'ın muhaliflerinin görüşüyle bu, bilimsel çalışmanın donanma serüvenine bağlığını temsil etmiştir. "Serüvene karşı olan bilim" görüşleri tekrarlandığında keşif seferinin nüksetmesinden sonra bilimsel sonuçlarından bazılarının kesinlik ve uzmanlığı konusunda eleştirisi vardı.

Markham keşif seferine fon sağlamakla daha fazla sorunu göze aldı. Üç yıllık gayretten sonra, 1898'de, gereken şeyin yalnızca bir kısmı için söz verilmişti. Anglo-Norveçli kâşif Carsten Borchgreving, gizli bir Antarktik girişimine para sağlayacak yayımcı George Newnes'ten (2008'de £3 milyonun üzerinde) £40,000'lık bir tutar sağlamıştı. Para kaynağının kendi projesinden ayrıldığına inanan Markham öfkeliydi ve "kaçamak cevaplı, yalancı ve dolandırıcı" olarak Borchgrevink'i kınadı. Ulusal Antarktik Keşif Seferi'ne katılmak için soru soran Markham'a yazmış olan İskoçyalı kâşif, William Speirs Bruce'a aynı derecede düşmandı. Tayinden hiçbir onay almamakla Bruce, İskoçyalı Coats ailesinden para sağlayıp kendi İskoçya Ulusal Antarktik Keşif Seferi'ni düzenledi. Markham "zararlı rekabet"in ve girişimin "kendisi için plan yapmak amacıyla ... Ulusal Keşif Seferi'ni felce uğrutmasından" Bruce'u suçladı. İskoçyalı keşif heyeti zamanında denize açıldı ama Markham İskoçya keşif seferine doğru affetmemeyi sürdürüp seferin katılımcılarının geri dönüşleri sırasında hiç kutup madalyası almamalarını sağlayacak etkisini kullandı.

Önemli bir özel bağış Ulusal Antarktik Keşif Seferi'nin ilerlemesine imkân verdi. Yeni gemi "Discovery" kurulup temelde subaylardan oluşan donanma mürettebatı ve tayfa, "yeterince güçlü" olarak tanımlanan bilim kadrosunun beraberinde atadı. "Discovery", Markham'ın Scott ve subayları tanıtmak için hazır bulunduğu, Kral [[Edward VII tarafından yapılan teftişin ardından 5 Ağustos 1901'de denize açıldı. Gemiyle, [[Ross Sea]] bölgesinde bir temelden Antarktika'nın bu bölgesinin önemli keşiflerinin uzun bilimsel program beraberinde gerçekleştirildiği süre içinde sadece üç yıl boyunca gezildi. "Kuzey veya güney Kutup bölgelerine hiç cesaret etmeyen en başarılı [keşif heyetleri]nden birisi" olduğu "Times" tarafından bildirilse de o günün hükümeti tarafından büyük ölçüde yok sayıldı. Markham Antarktik'te ikinci bir dönemi gizlice tasdik etmesi, yeni plâna karşıt olması ve ondan sonra 1904'te keşif heyetinin kurtarılması için para kaynaklarının toplanılamamasından dolayı resmî kışlada suçlandı. Bundan dolayı maliyet [[Treasury]]'ye taşınmak zorunda kaldı.

[[Dosya:Shackletonhead.jpg|thumb|upright|Ernest Shackleton: Markham onu başlangıçta destekledi fakat sonradan onu düşman edindi.]]
"Discovery" gemisinin geri gelişinin ardından birkaç gün, Markham RGS başkanlığından emekliliğini duyurdu. 75 yaşında, "etkin coğrafya yaşamının sona erdi"ğini ve o özel yönetimle hiç daha iyi şeyler yapamadığını anladı. Başkanlığında 12 yıl kayıtlı en uzun süreydi. Başkan yardımcılığında, RGS Kurulu'nun üyeliğinde kaldı ve Antarktik keşfine özellikle de emekliliğini izleyen beş yıl içinde başlayan iki İngiliz keşif seferine etkin ilgi besledi. Bunlar [[Emes Shacleton]] ve Robert Falcon Scott tarafından her biri ayrı ayrı olmak üzere biriktirildi.

Markham keşif seferine asıl bağış yapan kişiden gelen bir tavsiyeyi takiben Shackleton'un "Discovery" gemisine üçüncü subay olarak atanmasına razı olmuştu. Hastalığın sebepleri üzerine Shackleton'un keşif seferinden erken dönüşünden sonra şefkat ve destek vermiş ve Kraliyet Donanma görevi için en son başarısız uygulamayı desteklemişti. Shackleton'un kendisinin bir keşif seferinin başına geçme niyetini Markham'a itiraf etmesinin ardından, daha sonra, Shackleton'u "sıkıntı ve zorluk çıkaran bir kurumda insanların suçlanmış olmaları için iyi hazırlanmış" ve "bir Kutup Keşif Seferi'nin takdire şâyan şekilde hazırlanmış önderliği" diye tanımlayan Markham cömert bir tavsiye mektubu tedarik etti. Shackleton'un 1907–09 "Nimrod" Keşif Seferi'ne güçlü desteğini ifade etti: "... Sizin başarınız için benim yalnızca hiç samimi olmayan dileklerim ama aynı zamanda iyi ümitler de sizinle olsun." Yeni bir [[En Uzak Güney]] 88°23' arz derecesinin keşif seferinin başarısının haberi ona ulaştığı zaman Markham, RGS Patronunun Madalyasını Shackleton'a arz etme maksadını göz göre göre ifade etti.
[[Dosya:Scottski.jpg|thumb|left|Kutupsal kariyeri boyunca Markham'ın koruması altında olmayı sürdüren, Robert Falcon Scott]]
Ancak Markham'ın ikinci derecede düşünceleri vardı ve bu şüpheleri Scott'a tekrarlayan Shackleton'un iddia edilen arz dereceleri hakkında güvensizliği belirtmek için yeni RGS başkanı [[Leonard Darwid]]'e derhâl yazıyordu. Tarihçiler Scott'ın Markham'ın koruması altında olduğunu ve yaşlı adamın başka birine geçen kutupsal üne gücendiğini tahmin etmişler. Nedeninin ne olduğunu, Markham hayatının geri kalanı için Shackleton'a karşı tuttuğu sertliği benimsedi. "Discovery" keşif seferi sırasında tuttuğu kendi notlarında Shacklen'a karşı bütün olumlu göndermeleri silmiş olduğu ve 1912'de İngiliz Birliği'ne yaptığı bir söylevde Shackleton'un başarılarını gerçekte dikkate almamış olduğu söylenir. Antarktik keşfinin, "The Lands of Silence"in onun geçmişinde aynı derecede değersizdi. Zıtlıkla, Markham Scott ile arasındaki kişisel ilişkileri sürdürüp yaşlı adamın onuru bakımından 14 Eylül 1909 doğumlu ve Peter Markham Scott isimli, kâşifin çocuğuna manevî baba oldu. (1913) "Scott'ın Son Keşif Seferi" kitabının önsözünde Scott'u övmesiyle Markham, Scott'ı "çağımızın en olağanüstü insanları arasında" olarak tanımlayıp kişiliğinin "güzelliği"nden söz eder. Scott ölmek üzereyken "kendisi için hiçbir düşünce yoktu, yalnızca diğerlerine ciddi huzur ve teselli verme düşüncesi vardı." Ölüm günlerini, son kışlasından yazılan son mektuplardan birinde, Scott şöyle yazdı: "Onu çok yâd ettiğim ve 'Discovery'nin hâkimiyetini benim üzerime yüklemesine asla üzülmediğim Sir Clements'i anlatın."

RGS başkanlığından emekli olmasından sonra, Markham bir yazar ve gezici olarak hareketli bir hayat sürdü. İngiliz kralları [[Edward IV]] ile [[Richard III]]'ün; ve düzenleme ve çeviri çalışmalarını da sürdürdüğü eski deniz harp arkadaşı Amiral Sir Leopold McClickton'un biyografilerini yazdı. RGS için evrakları ortaya koymaya devam etti ve 1910 yılına kadar Hakluyt Society başkanlığında kaldı. Markham Avrupa'da yaygın olarak seyahat etmeye devam etti ve Scott'ın, Amiral Sir George Egerton ile amiral gemisi süvarisi olarak bulunduğu Akdeniz süvari bölüğü ile 1906 yılında dolaştı. Scott yeni bir Antarktik girişimi için plânlarını duyurduğu zaman "Terra Nova Keşif Seferi"'ni, Markham bağışla destekledi ve Evans'ın sefer plânlarından vazgeçmesi şartıyla komutaya ikinci olarak Teğmen "Teddy" Evans'ı getiren anlaşmayı düzenleyen, keşif seferinin düzenleyici heyetinde görev aldı.

Markham, [[Cambridge Üniversitesi|Cambridge]] ve [[Leeds Üniversitesi|Leeds]] Üniversiteleri tarafından [[onursal rütbeler]]le ödüllendirildi. Bu rütbeyi vermekle [[rektör]] "insanlığın hizmetinde olan bir emektar" olarak Markham'a atıfta bulundu ve "altmış yıl İngiliz coğrafya biliminden ilham" edindiğini hatırladı. Ancak Markham tartışmalardan tümüyle uzak durmadı. Güney Kutbu'nun fatihi [[Roald Amundsen]]'in, RGS başkanı Leonard Darwin tarafından Kurum'a akşam yemeği yemeye çağrıldığı 1912'de Markham protestoyla heyet kürsüsünü terk etti.

[[Estoril]]'de kalırken Scott'ın ölümü ve kutup bölgesindeki grubu geri getirmesi haberleri Şubat 1913'te Markham'a ulaştı. İngiltere'ye geri dönüp Scott'ın seyir defterlerinin basıma hazırlanmasına yardım etti. Scott'ın ölümü ağır bir darbeydi fakat Markham kitap yazıp seyahat etmekten oluşan yoğun bir hayat sürmeye devam etti. Bir pencerenin Scott ve onun arkadaşlarına tahsis edildiği [[Stratford-upon-Avon]] yakınında, Peter'in kilisesi [[Binton]]'a 1915'te hizmette bulunmuş; daha sonra o yıl Londra, Waterloo Place'te, Scott'ın Kraliyet Donanmasının heykelinin açılışının yapılmasına yardım etmiştir. Markham, "Coğrafya Biliminin Zemininin Aşamalı Gelişim Tarihi" başlığını, 10 Haziran 1915'te RGS için son belgesini okudu.

Mum ışığıyla yatakta kitap okurken 29 Ocak 1916'da, Markham yatak örtülerini yakıp dumanla zayıf düşürüldü. Ertesi gün öldü. Önceki birkaç gün hatıra defterine son yazdığı şeyi, Peter Markham Scott tarafından yapılan bir ziyareti yazmıştı.

Ailesi; Markham'ın, Devonport'ta Deniz Harp Komutanı tarafından şef olarak ve Norveçli Arktik kâşifi, [[Fridtjol Nansen]] tarafından ortak edildiği Kraliyet Coğrafya Kurumu ile diğer bilgin kurumların araştırma ve incelemelerini Markham'ın iş hayatına borçlu olan ülkeye karşı borcunu kabul eden Kral [[George V]]'tan gelen övgüleri kabul etti. Diğer haberler Fransa, İtalya, Danimarka, İsveç, ABD ve Peru'da Arequipa'den alındı.

Markham'ın yaşamı ve işinin daha titiz değerlendirmeleri takip etmek içindi. Shackleton'un ilk biyografi yazarı birkaç yıllığına RGS kütüphanecisi [[Hugh Robert Mill]], Markham'ın Kurumu işlettiği amirâne tarza başvurdu. Zamanla, onun bazı Hakluyt tercümelerinin kesinliği ve diğer yayınların hazırlanma çabukluğunun ispatı hakkında sorular artırılırdı. William Speirs Bruce, Markham'ın "Ulusal İskoçya Keşif Seferine karşı kötü niyetli karşıtlığından bahsederken; hem Scott hem de Shackleton ile hizmet veren jeolog [[Frank Debenham]], Markham'ı "tehlikeli bir yaşlı insan" diye adlandırmış; kişisel bir düzeyde Markham arkadaşların yanı sıra düşmanlar da edinmişti. Markham'ı "şu yaşlı budala ve riyakâr" diye anlandıran Bruce'un, meslektaşı [[Robert Rudmose-Brown]] konuyu deşti. Bu protestolar Markham'ın koruyucu tutumunu Scott'a karşı yansıttı; Bruce'a göre "Scott, Markham'ın koruması altındaydı ve M