faciaya sebep olmuştur. Hanedan kavgaları ve fetih savaşları Avrupa'daki birçok devleti dönem boyunca sürekli savaş halinde tutmuştur. Balkanlar'da, Anadolu'da kurulmuş bir Türk devleti olan Osmanlı İmparatorluğu eski Bizans topraklarını devamlı olarak ele geçirmiştir ve bu 1453'te İstanbul'un Fethi ile sonuçlanmıştır.

Kabaca 14.yüzyıl Floransa'sından başlayarak ve daha sonraları baskı makinasının gelişmesiyle Avrupa'nın tamamına yayılan bilgi Rönesansı bilim ve teknolojide geleneksel öğretilere meydan okudu, Arapça metinlerle ve felsefeyle klasik Yunan ve Roma bilgisi yeniden keşfedildi.

Vestfalya Barışı ile 1648'de bitecek olan dini savaşlar Avrupa'da savaşılmaya devam edilirken, Portekiz ve İspanya'nın Reconquista ile İberya'da hakimiyet sağlamaları Asya, Amerika, Afrika ile doğrudan bağlantı kurulacak olan Keşifler Çağı'nı başlatacak bir dizi okyanus keşfinin yapılmasını sağladı. İspanyol tacı Avrupa'daki üstünlüğünü sürdürdü, İspanya ve Fransa arasında Otuz Yıl Savaşları ile başlayan çatışmanın Pireneler Antlaşmasıyla bitmesine kadar İspanyol tacı kıtadaki önde gelen güçtü. 1610 ve 1700 arasındaki dönemde Avrupa'da ve dünyada eşi görülmemiş bir dizi önemli savaş ve politik devrim gerçekleşti. Zamanın gözlemcileri ve o zamandan beri birçok tarihçi, savaşların devrimlere neden olduğunu savundu. Galileo Galilei, kendisinin güneş sistemini gözlemlemesini ve betimlemesini sağlayacak olan teleskobu ve termometreyi icat etti.Leonardo da Vinci dünyanın en ünlü tablolarından biri olan Mona Lisa'yı resmetti. Guglielmo Marconi radyoyu icat etti.

Avrupa'nın denizaşırı topraklarının genişlemesi Sömürge İmparatorluklarını ortaya çıkardı. Yeni Dünya'dan gelen hammadde akışı ile Birleşik Krallık'ın Sanayi Devrimi'nin birleşimi geçimlik tarım yerine üretime dayalı yeni bir ekonomi kurulmasına olanak sağladı.

1815 ve 1871 arasındaki dönemde çok sayıda devrim girişimi ve bağımsızlık savaşı yaşandı. Balkan ulusları Osmanlı İmparatorluğu'ndan bağımsızlıklarını geri kazanmaya başladılar. İtalya bir ulus devleti haline gelerek birleşti. 1870 yılında İtalya'nın Roma'yı ele geçirilmesiyle Papalık devletinin seküler gücü ortadan kalktı. İmparatorluk mücadelelerinde rekabet yayıldı ve 1875-1914 yıllarına İmparatorluk Çağı adının verilmesine sebep oldu.

Büyük güçler taraf seçerken, Güneydoğu Avrupa'da milliyetçiliğin artması Birinci Dünya Savaşı'nın 1914'te patlak vermesiyle sonuçlanacak olan süreci hızlandırdı. Müttefikler 1918 yılında İttifak Devletlerini yendiler. Paris Barış Konferansı sırasında Büyük Dörtlü şartlarını bir dizi antlaşmayla dayattılar, Versay Antlaşması bu antlaşmalardan biridir.

Adolf Hitler'in emrinde 1933'te iktidara gelen Nazi rejimi, Mussolini İtalyası ile birlikte İkinci Dünya Savaşı'nda Avrupa kıtasının kontrolünü ele geçirmek için uğraştı.
Müttefik zaferiyle sonuçlanan İkinci Dünya Savaşı sonrasında Avrupa Demir Perde ile bölündü. Güneydoğu Avrupa'daki ülkelere Sovyetler Birliği hakim oldu ve komünist devletlere dönüştüler. Komünist olmayan başlıca Güneydoğu Avrupalı devletler Amerika Birleşik Devletleri önderliğinde bir askeri ittifaka (NATO) katıldılar ve aralarında Avrupa Ekonomik Topluluğu'nu oluşturdular. Sovyet etki alanında kalan ülkeler Varşova Paktı olarak bilinen askeri ittifaka ve Comecon ekonomik bloğuna katıldılar. Yugoslavya tarafsız kaldı.

İtalya savaş sonrası gerçekleştirdiği ekonomik mucize dolayısıyla tekrar başlıca Sanayileşmiş devletler arasına girdi. Avrupa Birliği'nin (AB) önemi arttı vergilendirme, sağlık ve eğitim üye olan ulus devletler tarafından yönetilirken, Birlik ise piyasa kurallarının, rekabetin, yasal standartların ve çevreciliğin yönetimini kontrol altına aldı. Sovyet ekonomik ve politik sistemi çöktü, bu komünizmin 1989'te uydu devletlerde son bulmasına ve 1991'de Sovyetler Birliğinin dağılmasına sebep oldu. Sonuç olarak Avrupa'nın bütünleşmesi derinleşti, kıtadaki kutuplaşma ortadan kalktı ve Avrupa Birliği daha sonraları birçok eski komünist Avrupalı devleti genişleyerek içine aldı - Romanya ve Bulgaristan (2007) ve Hırvatistan (2013).

Aşağıdaki tablo Güney Avrupa'da en az beş milyon kişi tarafından konuşulan dilleri gösteriyor:

Aşağıdaki tablo 2013'te Güney Avrupadaki en işlek havalimanlarını listeliyor.

Güney Avrupa'da çoğunluğun mensup olduğu din Hristiyanlıktır. Hristiyanlık Güney Avrupa'ya Roma İmparatorluğu döneminde yayıldı ve imparatorluk hristiyanlığı MS 380 yılında resmi dini olarak benimsedi. 
Batı yarımı Roma'da doğu yarımı Konstantinopolis'te olacak şekilde Hristiyan kilisesinin tarihi parçalanmasından dolayı Avrupa'nın farklı bölgelerinde Hristiyanlığın farklı mezhepleri hakim oldu.
Güney Avrupa'nın Batı yarısındaki hristiyanlar - Portekiz, İspanya, İtalya gibi - genellikle Roma Katolik Kilisesi'ne bağlıdır. Güney Avrupa'nın Doğu yarımındaki hristiyanlar ise - Yunanistan, Makedonya gibi - genellikle Yunan Ortodoks Kilisesi'ne bağlıdır.

Ek olarak, Güney Avrupa'nın doğu parçasında (Bosna, Arnavutluk, Makedonya, Türkiye gibi) İslam dinine mensup nüfusun çoğunlukta olduğu ülkelerde vardır.




Çoklu dizi hizalaması

Çoklu dizi hizalaması, üç ya da çok biyolojik dizinin (genelde protein, DNA veya RNA dizisinin) dizi hizalamasıdır. Çoğu durumda, girdi kümesindeki sorgu dizilerinin evrimsel bir ilişkiye sahip olduğu, yani ortak bir ataya sahip oldukları varsayılır. Elde edilen çoklu dizi hizalamasından homoloji olduğu çıkarımı yapılabilir ve filogenetik analiz ile dizilerin evrimsel kökenleri değerlendirilebilir. Hizalamanın sağdaki resimdeki gibi gösterimiyle noktasal mutasyonlar, hizalamadaki sütunlardan birinde farklı bir harf olarak, ensersiyon ve delesyonlar ise hizalamadaki satırlardan bir veya daha fazlasında tire şeklinde beliren eklemeler şeklinde mutasyon olayları görülebilir. Protein bölgelerinde, ikincil veya üçüncül yapılarda ve hatta bireysel amino asit veya nükleotitlerin dizi korunumunu değerlendirmek için çoklu dizi hizalamaları sıkça kullanılır.

Çoklu dizi hizalaması terimi ayrıca bir dizi kümesinin hizalanması süreci için kullanılır. Üç veya daha çok dizinin elle hizalanması zor olduğu ve genelde çok zaman alıcı olduğu için hizalamaların üretim ve analizi için berimsel (hesaplamalı) algoritmalar kullanılır. ÇDH'ler ikili dizi hizalamasından daha ileri yöntemlerin kullanımını gerektirir çünkü berimsel olarak karmaşıktırlar. Nispeten kısa birkaç diziden fazlasının optimal hizalamasını bulmak berimsel bakımdan çok pahalıdır, bu yüzden çoğu çoklu dizileme programları global optimizasyon yerine höristik yöntemler kullanır.

Bir ÇDH üretiminde global optimal çözümünü bulmak için dinamik programlama tekniği kullanılır. Proteinler için, bu yöntem iki parametre grubu kullanılır: bir boşluk cezası ve bir substitusyon matrisi. Substitusyon matrisi, her bir amino asit çiftinin birbiriyle hizalanmasına karşılık gelen bir puan (skor) veya olasılık değeri içerir, bu değerler amino asitlerin kimyasal özelliklerinin benzerliğine ve mutasyonun olmasının evrimsel olasılığına dayalıdır. Nükleotit dizileri için benzer bir boşluk ceza değeri vardır ama substitusyon matrisi çok daha basittir, tipik olarak sadece aynı olma veya olmamaya göre skorlar bulunur. Substitusyon matrisindeki skorlar global hizalamalar durumunda ya sırf pozitif olabilir veya hem pozitif hem negatif değerler içerebilirler, ama lokal hizalama durumunda hem pozitif hem negatif değerler içermek zorundadır.

İki dizinin hizalanmasında bir matris kullanılmasından yola çıkarak, "n" adet dizinin hizalanması için, o matrisin "n"-boyutlu karşılığı bir matris kullanmak, çözüme ulaşmanın toy (saf) bir yolu olur. Bu yaklaşımın sonucu arama uzayı artan "n" ile üssel şekilde büyür ve dizi uzunluğuna da kuvvetle bağımlıdır. Berimsel karmaşıklığı ölçmekte kullanılan büyük O notasyonu ile ifade edilirse, toy yaklaşımla elde edilmiş bir ÇDH "n" dizi için "O(Uzunluk)" sürede tamamlanır. Bu "n" dizi için global optimumu bulmanın NP-tam problem olduğu gösterilmiştir. Altschul, 1989'da, Carrillo-Lipman Algorithmasını kullanarak, n-boyutlu arama uzayının ikili hizalamalar yaparak sınırlanabileceğini göstermiştir. Bu yaklaşım ile, sorgu kümesindeki her bir dizi çifti için dinzmik programlama hizalamaları yapılır, sonra bu hizalamaların n-boyutlu kesişimi civarında n-li hizalama için arama yapılır. Bu ÇDH algoritması hizalamadaki her pozisyon için, karakter çiftlerinin toplamlarını ("çiftler toplamı" skorunu) optimize eder. Algoritma, çoklu dizi hizalaması yapan bir yazılım programı olarak uygulamaya sokulmuştur.

Çoklu dizi hizalamasında en yaygın kullanılan yöntem, ilerleyici (İng. "progressive") yöntem olarak bilinen (hiyerarşik veya ağaç yöntemi olarak da bilinir) bir buluşsal (höristik) aramadır. Bu yöntemde, ÇDH'yi inşa etmek için önce birbirine en benzer olan çiftten başlanır, sonra gittikçe daha az benzeşen çiftler eklenir. İlerleyici hizalama yöntemlerinin hepsi iki aşamadan oluşur: diziler arasındaki ilişkinin "kılavuz ağaç" denen bir filogenetik ağaç olarak gösterildiği birinci aşama; ve büyüyen ÇDH'ye dizilerin sırayla eklenerek ÇDH'nin inşa edildiği bir ikinci aşama. İlk "kılavuz ağacı" oluşturmak için, dinamik programlama hizalaması yapmak yerine, verimli bir kümeleme ("clustering") yöntemi kullanılır (komşu birleştirme veya UPGMA gibi). Kümelemede uzaklık değeri olarak aynı iki harfli altdizilerin sayısı kullanılabilir (FASTA programında olduğu gibi).

İlerleyici hizalamalar global optimal olamaz. Temel sorun, ÇDH oluşturulurken yapılan hataların nihai sonuca kadar taşınmasıdır. Kümedeki diziler birbirlerine uzaktan ilişkiliyse algoritmanın performansı özellikle kötüdür. Çoğu modern ilerleyici yöntemler, sorgu kümesinin her bir üyesi için skor fonksiyonlarını değiştirir. Bu değişken skor, dizilerin en yakın komşularına olan genetik uzaklığına bağlı olarak nonlineer değişen bir ağırlık fonksiyonuyla hesaplanır. Böylece, hizalama programının dizileri rastgele olmayan bir şekilde seçmesinin etkisi düzeltilmiş olur.

İlerleyici hizalama yöntemler, çok sayıda (yüzlerce ila binlerce arası) diziye