tin olmasını reddetti. Dahası, Bohemya ve Moravya Protektorası'nın siyasi durumu oldukça belirsizdi. Dönitz, Danimarka sınırındaki Flensburg'daki Mürwik deniz akademisine gitmeye karar verdi. Kabine, Donanma Akademisinin Sporokulu'unda bir araya geldi; Flensburg Limanı'nda demirlemiş olan Patria gemisine idari bürolar ve çeşitli bakanlıkların yerleştirilmesi sağlandı. İki gün önce Rheinsburg'dan Holstein'daki Neustadt'a taşınan Alman Yüksek Komutanlığı da Flensburg'a taşındı; SS liderliği 28 Nisandan bu yana Flensburg'da toplanıyordu.

Dönitz, kabinesinde Speer dışındaki önde gelen Nazi liderlerini de bulundurmaktan kaçındı; SS'te ve eski rejimin soykırım politikalarını formüle eden ve kovuşturmaya yakından dahil olan çeşitli subayları içeriyordu. Herbert Backe, 1941'in Açlık Planı'nın planlayıcısıydı. Bu plan, Sovyet savaş esirleri ve Sovyet kentsel nüfuslarının açlağa terkedilelerek kitlesel olarak ortadan kaldırılması için kasıtlı bir strateji idi. Speer'in Ekonomi Bakanlığı'ndaki yardımcısı, işgal altındaki Sovyet topraklarında yüz binlerce Yahudi ve komünistin öldürülmesini kişisel olarak yöneten Otto Ohlendorf'tu. Wilhelm Stuckart, "Yahudi Sorununa Son Çözüm" konusundaki idari sorumlulukların kabul edildiği Ocak 1942 Wannsee Konferansına katılmıştı. Flensburg hükümetinin ofislerinde çalışan 350 personelin 230'u SS ya da diğer güvenlik servislerinin üyesiydi. Aksi takdirde ve hükümetinin 'mantıksız' olduğu yönündeki iddialarına rağmen, seçilenlerin en tutarlı özelliği, Bolşevizme karşı öldürücü bir muhalefettiler ve 1918 Mütarekesi'ne katılan Almanya'daki devrimci olayların 1945'te tekrarlanmaması için kararlılık gösteren kişilerdi.

İlk birkaç gün İçişleri Bakanlığı görevi boşta kaldı. Bu, Heinrich Himmler'in göreviydi, Ancak Himmler, hain olarak kınanmış, tüm görevlerden uzaklaştırılmış ve Hitler'in Son vasiyesinde tutuklanmasını emretmişti. Dönitz, Himmler'in adını yeni yönetimiyle ilişkilendirmek istemedi, ancak silahlı güçlü olarak SS'i de yabancılaştırmayı göze alamazdı. Hitler'in talimatlarını sakin bir şekilde bir kenara bıraktı ve Himmler'i resmi olarak herhangi bir randevu almadan günlük olarak görmeye devam etti. Son görüşme 6 Mayıs 1945'te yapıldı. batıdaki Almanların Dwight D. Eisenhower'a teslim olması, Dönitz'in Himmler'i bütün görevlerinden uzaklaştırması ve yerine Stuckart'ı ataması ile sonuçlandı. 
Dönitz, Ordu Yüksek Komutanlığına (Oberkommando des Heeres) tabi olan Ordu Komutanı ve Silahlı Kuvvetler Yüksek Komutanlığı (Oberkommando der Wehrmacht) lideri olarak Felmareşal Erich von Manstein'ı atamayı umdu ancak kendisiyle 28 Nisan 1945'ten 2 Mayıs'a kadar temasa geçilemedi ve bu nedenle feldmareşal Wilhelm Keitel görevde kaldı; Keitel bu görevdeyken 8 Mayıs'ta Berlin'deki Alman Yüksek Komutanlığına teslim olma sözleşmesini imzaladı. Keitel'in Başkomutan olarak görevine devam etmesini destekleyen bir diğer faktör ise, esas olarak gördüğü Wehrmacht Operasyon başkanı Albay Alfred Jodl'ın kendisine verdiği destek oldu. Jodl, Dönitz'i Fransa Reims'teki Müttefiklerle görüşmelerde temsil edecekti. Dönitz, Amiral Hans-Georg von Friedeburg'u, Kriegsmarine Komutanı olarak atadı ve Dönitz tarafından 1 Mayıs'ta Büyükamiral rütbesine yükseltildi. Hava Kuvvetleri, yakıt eksikliği yüzünden büyük oranda yok edildi veya topraklanmıştı, bu nedenle yeni atanma yapılmadı. Felmareşal Robert Ritter von Greim, Luftwaffe Komutanı olarak kaldı. Tekrarlanan yerlerinin değiştirilmesine rağmen, Silahlı Kuvvetler Yüksek Komutanlığı görevine devam etmiş, örgütü ve yapıları korunmuştur.

Mart 1945'ten itibaren çeşitli bakanlıkların çalışanları, esasen Berchtesgaden bölgesindeki Bavyera ve Avusturya Alpleri'ndeki otellere gönderildiler ve sadece bakanların kendileri Berlin'de kaldılar. 13 Nisan'da kalan yabancı elçilikler ve diplomatik birlikler Bad Gastein'e tahliye edildi. Nihayet 20 Nisan'da tüm bakanlara ve şahsiyetlere güneye doğru ilerlemeleri emredildi; Ancak o zamana kadar yollar kesilmişti ve ulaşım için uçakları yetersizdi, bunun yerine bazı bakanlar (örneğin von Krosigk) kuzeyde başkanlık yapmıştı. Fakat sonuç olarak, Almanya Hükümeti, Hitler'in ölümünde altı merkeze ayrıldı. Luftwaffe Yüksek Komutanlığı Berchtesgeden'e taşındı. Kuzeydeki Lübeck'de kurulmuş ve daha sonra Flensburg'a taşınmış olan Himmler'in, özel gücü SS'i bulunmaktadydı. Diğer hükümet bakanlıkları ve bakanlar daha sonra Berchtesgaden ve Dönitz'in Plön'deki karargahında çeşitli yerlerde bulunmuştu. Birçok OKW personelinin gitmesine rağmen, kuzeyde bulunan Silahlı Kuvvetler Yüksek Komutanlığı ile sonuçta, artık bir Alman merkez hükümetine benzemiyordu ve von Krosigk kabinesinin üyelerinin çoğunun hiçbir destek personeli yoktu.

Dönitz'in öncelikli hedefi Alman ordularının komutanlarıyla iletişim kurmak ve onlarla birlikte tüm Alman silahlı kuvvetlerinin tek Üst Komutanı olarak yeni yetkisini kabul etmekti.
Ayrıca, Doğu'daki Sovyet güçlerine karşı savaşı sürdürürken, Batı Müttefikleriyle art arda kısmi teslim olanakları müzakere etme politikasıyla da anlaşmaya çalıştı. Bunun anahtarı, Heinrich Himmler, Joachim von Ribbentrop, Alfred Rosenberg ve Flensburg'a kaçan diğer eski Nazi ustalarından uzaklaşmaktı ancak hükümete sürekli katılımı batı müttefikleri ile olan herhangi bir müzakereyi engelleyecekti. Dönitz'in bu konudaki niyetleri Müttefikleri bölmek ve mümkünse ortak bir anti-Bolşevik cephe unsurları olarak Alman askeri birimlerini sunmaktı. Başarısız bir şekilde, doğudaki birimleri batı yönünde geri çekilmeleri ve Sovyet esaretinden mümkün olduğunca çok sayıda Alman askerini kurtarmaya çalıştı. İngilizler, Kanadalılar ya da Amerikalılara teslim olmak ve Baltık sahilinde sıkışan birliklerin denizden tahliye edilmesi için Hannibal operasyonunu başlattı. 2 Mayıs'ta Dönitz, Norveç, Courland, Doğu Prusya ve Bohemya'daki Alman ordularının komutanlarına bağlılık sözü aldı; Bu taahhütler kendiliğinden Başkomutan olarak kabul edildi ve gelecek bir hükümette Devlet Başkanı olmayacaktı.

Aksi halde, Dönitz politikaları bir önceki rejimle süreklilik sergiledi. Nazi Partisi ne yasaklanmış ne de çözülmüştü. Dönitz, Hitler'in büstünü ofisinde tuttu; Üçüncü Reich'ın üniformaları, bayrakları ve protokolü, başta 'Heil Hitler' tebrikleri dahil olmak üzere muhafaza edildi. Dönitz, Speer'den bir savunmasını takiben, Alman altyapısı ve sanayi tesislerinin ve ülkenin tüm altyapısının tahrip edilmesini isteyen Neron Kararnamesi'ni kaldırdı.

SS komutanları ve çalışanlarının Flensburg'daki varlığı, Dönitz'e hükümetini desteklemek için bir personel kaynağı sağlamış olsa da, aksine sorunlar devam ediyordu. Özellikle SS liderliği, Dönitz'in kontrolü altında olmayan silahlı kuvvetlerden yararlandı ve Dönitz'in kişisel olarak hem Batılı Müttefikler'e hem de Wehrmacht'a kabul edilemez olduğu tahmin edilen Himmler'e sadık kalmaya devam etti. Dönitz, konuyu Himmler'i hükümette olası bir görevinin belirsiz umutlarıyla mümkün olduğu uzatarak oyaladı. Himmler, Eisenhower'a teslim olmak için ciddi müzakereler yapmaya başladıktan sonra, Himmler ve SS örgütü yoldan çekilmek zorunda kaldı. Dönitz, 5 Mayıs 1945'te Himmler'e görevden alınma ihtimalini bildirerek, kendisi ve yardımcıları için sahte kağıtlar ve kimlikler vermeyi vadetti. Himmler, o günkü son SS başkanlarını bir araya getirdi ve onlara 'Wehrmacht'a girmelerini' tavsiye etti. Ertesi gün kaçtılar.

2 Mayıs'ta Plitz'e devam ederken Dönitz, İtalya'daki Alman kuvvetlerinin koşulsuz olarak Batı Müttefikleri'ne teslim olduklarını öğrenince şaşırdı. Kapitülasyon Hitler'in bilgisi veya rızası olmadan müzakere edildi ve 29 Mayıs'ta Caserta'da imzalandı ancak üç gün boyunca yürürlüğe girmedi. Hitler hala hayatta iken, Dönitz kesinlikle tüm cephelerde sonuna kadar savaşma emrini uygulamıştı. Bununla birlikte, Wehrmacht'ın Batı'daki tutumunun savunulamaz olduğunu fark etti. Alman kuvvetlerini Batı Müttefiklerine teslim etmenin, İngilizleri ve Amerikalıları Sovyetlerden ayırmak için fırsatlar sunabileceğine inandı. Bundan sonra, daha fazla Almanın teslim müzakerelerini üstlendi ve Batı'da kısmi teslimiyet için fırsatlar keşfetti. Ancak Doğu'da savaşmak için Alman ordularına emir vermeye devam etti. 2 Mayıs'ta Berlin'deki Alman komutanın kararlarını güç kullanarak Sovyetlere teslim etmesinde başarısız oldu; 3 Mayıs'ta kuşatılmış Courland ve Breslau'yu savunan askerlere anlamsız direnişlerini sürdürmeleri emrini verdi.

3 Mayıs'ta Dönitz, Batılı Müttefikler'e teslim olma pazarlığı emri ile, Lüneburg'ta bulunan İngiliz Mareşal Bernard Montgomery'nin karargahına Amiral Hans-Georg von Friedeburg'u baş donanma komutanı olarak gönderdi. Bununla birlikte, Dönitz tarafından yetkilendirilmiş olan von Friedeburg, Müttefik Kuvvetler adına Montgomery tarafından kabul edildi. Montgomery, Almanya'nın sadece koşulsuz şartsız teslimiyetinin kendileri tarafından kabul edilebilir olduğunu Amiral von Friedeburg'e bildirdi. Yine de, Dönitz tarafından yetkilendirilmiş olan von Friedeburg, Hollanda, Danimarka ve Kuzeybatı Almanya'da bulunan tüm Alman askerleri için bir teslimiyet aracını imzaladı. Montgomery, Amiral von Friedeburg'u Doğu Cephesinde savaşan Alman güçlerin teslimiyetini kabul edemeyeceğini bildirdi; ve bu nedenle İngiliz kuvvetleri, batıya kaçan herhangi bir Alman askerinin teslim olmasını kabul etse de, Vistül Ordu Grubu'nu Sovyetlere teslim olması gerekecekti. Bunun yerine, Eisenhower ve İngiliz hükümeti arasındaki görüşmeler sonrasında Kuzey Batı Almanya, Schleswig-Holstein, Hollanda ve Danimarka'daki deniz kuvvetleri ve savaş gemileri de dahil olmak üzere tüm Alman askeri kuvvetlerinin teslim olmalarını kabul edeceğini söyledi. Von Friedeburg bunu düşünmek için 48 saat süre istedi; Montgomery ona 24 saat izin verdi.

Ayrıca, 5 Mayıs 1945'te, Bavyera'daki ve Güney Batı Almanya'daki tüm Alman kuvvetleri, Münih'in dışında, Haar'daki Amerikalılara teslim olması için bir anlaşma imzaladı; 6 Mayıs'ta yürürlüğe girdi. Montgomery, diğer Müttefik komutanlar pahasına kendi kamuoyunu yükseltmeyi istemekle birlikte, 4 Mayıs'ta imzalanacak olan