muhabir ve dağıtımcıların da bulunduğu 27 çalışanının çoğu faili meçhul bir şekilde öldürüldü. Ayrıca birçok ofisi ve bürosuna saldırı düzenlendi. Yayınlanan toplam 580 sayısının 486'sı hakkında dava açıldı ve gazete çalışanları toplam 147 yıl hapis cezasına mahkûm oldu. PKK ve KCK propagandası suçlamaları nedeniyle birçok kez toplatılmasına karar verildi.

Öncülü, 1990 ve 1992 yılları arasında haftalık yayınlanan "Yeni Ülke" gazetesi olan Özgür Gündem 30 Mayıs 1992'de yayına başlamış, 14 Nisan 1994'te mahkeme kararıyla kapatılmıştır. Gazete, 17 yıl aradan sonra 4 Nisan 2011 tarihinde yayına yeniden başladı.

16 Ağustos 2016'da, gazete "terör örgütü PKK'nın propagandasını yaparak, örgütün yayın organı gibi hareket ettiği" gerekçesi ile geçici olarak kapatıldı. 29 Ekim 2016'da çıkarılan kanun hükmünde kararname ile kapatılmasına karar verildi.

Özgür Gündem gazetesi 30 Mayıs 1992'de yayına başladı. Öncülleri, 1990 ve 1992 yılları arasında haftalık yayınlanan "Yeni Ülke" gazetesi ve "Özgür Ülke"dir.

Gazetenin ilk genel yayın yönetmeni Ragıp Duran iki hafta sonra bu görevden ayrıldı, yerine Haluk Gerger ve Hasan Bildirici geldi. Gazetenin sahibi Yaşar Kaya idi. Yayın Kurulu ise Haluk Gerger, Arslan Başer Kafaoğlu, Taner Kutlay, Yavuz Şimşek, Hasan Bildirici ve Veli Özdemir'den oluşuyordu. Yazarlar arasında, Mehmed Uzun, Ali Fırat, Zafer Üskül, Ercan Kanar, Ertuğrul Kürkçü, Yalçın Küçük, Fikret Başkaya, Sedat Yurtdaş, Cemil Gündoğan, Mehmet Yılmazer, Mustafa Erdoğan, Nihat Behram, Hüseyin Ergün, Mete Tunçay, Server Tanilli, Faik Bulut, Arslan Başer Kafaoğlu, Ayşenur Arslan, İsmail Beşikçi, Veli Yılmaz, İbrahim Gürbüz, Sezai Sarıoğlu, Suat Bozkuş, Mihri Belli, Temel Demirer, Engin Erkiner ve M. Can Yüce bulunuyordu.

Merkez ofisi İstanbul'da olan gazetenin bu dönemdeki ulusal tirajının 45.000 civarında olduğu tahmin edilmektedir. Gazetenin ilk yayın döneminde, aralarında yazar, muhabir ve dağıtımcıların da bulunduğu 27 çalışanı çoğu faili meçhul bir şekilde öldürüldü. Yayınlanan toplam 580 sayısının 486'sı hakkında dava açıldı ve gazete çalışanları toplam 147 yıl hapis cezasına mahkûm oldu.

Gazete 683 günlük yayını süresince üç kez 30 gün, 15 kez 15 gün, iki kez 10 gün olmak üzere toplam 335 gün kapatıldı. Gazete yetkilileri toplam 147 yıl hapis ve 21 milyar lira para cezasına çarptırıldı.

Yayımlandığı dönemde "Özgür Gündem" ile bağlantılı gazetecilere, dağıtımcılara ve diğer kişilere yönelik çeşitli saldırılar düzenlenmiştir. Bu olaylarda gazetenin 8 muhabir ve yazarı ile 19 dağıtımcısı, çoğu faili meçhul bir şekilde öldürülmüştür.
Gazeteci Hafız Akdemir 8 Haziran 1992 tarihinde Diyarbakır'da, Yahya Orhan 31 Temmuz 1992 tarihinde Gercüş'te, gazeteci Hüseyin Deniz 10 Ağustos 1992 tarihinde Ceylanpınar'da, köşe yazarı Musa Anter 20 Eylül 1992 tarihinde Diyarbakır'da, gazetenin Şanlıurfa temsilcisi Kemal Kılıç 18 Şubat 1993 tarihinde Akçakale'de ve "Yeni Ülke" muhabiri Cengiz Altun 24 Şubat 1992 tarihinde vurularak öldürülmüştür. "Özgür Gündem" muhabiri Burhan Karadeniz, 5 Ağustos 1992 tarihinde Diyarbakır'da uğradığı silahlı saldırı sonucu 19 yaşında felç olmuştur. "Yeni Ülke" muhabiri Mecit Akgün 2 Haziran 1992'de Nusaybin'de bir telefon direğinde asılı olarak bulunmuştur. Üzerinde "ihanet ettiği için cezalandırıldığını" yazan ve PKK adına imzalanmış bir not bulunmuştur. "Özgür Gündem" Bitlis muhabiri Ferhat Tepe 28 Temmuz 1993 tarihinde kaçırılmış ve 4 Ağustos 1993 tarihinde ölü olarak bulunmuştur. Gazeteci Salih Tekin'in gözaltında iken insanlık dışı ve aşağılayıcı muameleye maruz kaldığı Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi'ne yapılan başvuru sonucunda belirlenmiştir. Gazetenin 17 yaşındaki muhabiri Nazım Babaoğlu, 12 Mart 1994 tarihinde bir haber için Siverek'e gitmiş, kendisinden bir daha haber alınamamıştır. 
Diyarbakır'da 16 Kasım 1992'de gazeteyi dağıtan bir stand kundaklanmış, 15 Ocak 1993'te ve 15 Haziran 1993'te de iki gazete bayii silahlı saldırıya uğramıştır. Aynı yıl gazeteyi dağıtan çocuklara yönelik bıçaklı saldırılar düzenlenmiştir. 17 Kasım 1992'de Bingöl'de bir bayii işletmecisinin arabası kundaklanarak tahrip edilmiştir. Ekim 1993'te Yüksekova'da gerçekleşen bir bombalama eyleminde bir gazete bayii hasar görmüştür. Ardılı "Özgür Ülke"nin İstanbul ofisinde 2 Aralık 1994'te meydana gelen bombalı saldırıda bir gazete çalışanı ölmüş, on sekiz kişi de yaralanmıştır.

Gazetecilerinden Gurbetelli Ersöz, Mehmet Şenol ve Behzat Eraslan PKK'nın dağ kadrosuna katılıp yaşamlarını yitirdiler.

Gazetenin İstanbul Kadırga'daki teknik binası, Cağaloğlu'ndaki merkez bürosu ve Ankara bürosu 3 Aralık 1994'te bombalı saldırıya uğradı. Kadırga bürosundaki ulaştırma görevlisi 32 yaşındaki Ersin Yıldız öldü, 23 çalışan yaralandı. Tempo dergisi yıllar sonra bombalama emrini dönemin Başbakanı Tansu Çiller'in verdiğine ilişkin belgeler yayınladı.. TBMM Darbe ve Muhtıraları Araştırma Komisyonu tutanaklarına göre, Çiller “Başta Özgür Ülke olmak üzere bölücü örgütlere destek verici yayın yapanlarla etkin mücadele yöntemlerinin derhal uygulanması” için 30 Kasım 1994'te gizli bir yazı ile talimat verdi ve bu yazıdan birkaç gün sonra, Özgür Ülke bombalandı. Bu yönde Susurluk Raporu'nde ifadeler yer aldı.

Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi, 2000 yılında verdiği bir kararda gazetenin ifade özgürlüğünü müspeten korumayla yükümlü olan Türkiye Cumhuriyeti Hükümeti'nin bu yükümlülüğü yerine getiremediği ve Avrupa İnsan Hakları Sözleşmesi'nin 10. maddesini ihlal ettiği sonucuna varmıştır (§46). Mahkeme, Hükümet'in gazete ve çalışanlarının PKK'yı desteklediklerine dair güçlü bir kanaate sahip olmasının, araştırmaların yürütülmemesine ve gerektiğinde şiddet içeren yasa dışı eylemlere karşı korunmaları için etkili adımların atılmamasına gerekçe sağlamadığını belirtmiştir (§45).

Özgür Gündem, 17 yıl aradan sonra 4 Nisan 2011 tarihinde yayına yeniden başladı. Gazetenin 04-10 Temmuz 2016 tarihleri arasındaki toplam tirajı 6.891 adettir.

Gazetenin PKK yanlısı yayın yaptığına dair çok sayıda iddia, suçlama ve yargı kararı bulunmaktadır. PKK propagandası ve KCK üyeliği suçlamaları nedeniyle birçok gazeteci, köşe yazarı ve çalışanları tutuklandı ve yargılandı. 2008 yılında Wikileaks belgelerinde ABD'nin Türkiye Büyükelçisi Ross L. Wilson'in Özgür Gündem gazetesinin PKK yanlısı yayın yaptığına dair iddiaları yer aldı.

Gazetede PKK ve KCK yöneticisi birçok militan köşe yazıları yayımlamaktadır. PKK'nın yönetim kadrosunda yer alan ve KCK Yürütme Konseyi üyesi Mustafa Karasu, "Hüseyin Ali" takma adıyla Özgür Gündem Gazetesi'nde köşe yazarlığı yapmaktadır. PKK kurucularından Muzaffer Ayata yazar kadrosunda bulunmaktadır. KCK Yürütme Konseyi Eş Başkanı "Bese Hozat" kod adlı Hülya Oran hâlen Özgür Gündem gazetesinin editör kadrosunda yer almaktadır. Ayrıca, PKK'nın kurucu liderlerinden Abdullah Öcalan 2012-2014 yılları arasında gazetede yazılar yayımladı. PKK yöneticilerinden Duran Kalkan "Adil Bayram" müstear ismi ile gazetede editörlük yaptı. 9 Eylül 2015'te "Özgür Gündem'in haber kaynağının gizli tutulmasında titiz davranmadığı" ve "yazdıklarının içeriğinden çok yazanın kim olduğu konusunun tartışıldığı" gerekçeleri ile gazetede artık yazmayacağını açıkladı.

20 Haziran 2016'da; Sınır Tanımayan Gazeteciler Örgütü Türkiye Temsilcisi Erol Önderoğlu, Türkiye İnsan Hakları Vakfı Başkanı Şebnem Korur Fincancı ve yazar Ahmet Nesin, Özgür Gündem gazetesi ile dayanışma için başlatılan "bir günlük nöbetçi genel yayın yönetmenliği" kampanyasına katılmaları nedeniyle "terör örgütü propagandası yapmak" suçlaması ile tutuklanmalarına karar verildi. Mahkeme gerekçe olarak, "üç kişinin gazetenin genel yayın yönetmenliğini üstlendikleri tarihlerde yayımlanan haber içerikleri ve görsellerde silahlı terör örgütü PKK/ KCK veya bu örgüte bağlı alt yapılanmaların propagandası mahiyetinde yazılar yazıldığı, örgüt adına suç işleyen, güvenlik güçleriyle çatışan kişilerin övüldüğünün anlaşıldığı" belirtildi. 30 Haziran 2016'da Şebnem Korur Fincancı ve Erol Önderoğlu, 1 Temmuz 2016'da ise Ahmet Nesin cezaevinden tahliye edildi.

16 Ağustos 2016'da; İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı Özgür Gündem gazetesinin yetkilileri hakkında "gazetede sürekli PKK terör örgütü propagandası yapıldığı ve bu örgütün yayın organı gibi hareket edildiği"nin anlaşılması nedeniyle, "devletin birliğini ve bütünlüğünü bozmak, silahlı terör örgütü üyeliği, örgüt kurmak, yönetmek, üye olmak, yardım etmek ve terör örgütü propagandası yapmak" suçlarından soruşturma başlatıldığını belirterek, İstanbul 8. Sulh Ceza Hakimliği'nden gazetenin geçici olarak kapatılması talebinde bulundu. Talebi değerlendiren hakimlik, yetkilileri hakkında soruşturma başlatıldığı anlaşılan gazetenin, Türkiye Cumhuriyeti Anayasası'nın, 28. maddesi uyarınca geçici olarak kapatılmasına karar verdi.

29 Ekim 2016 tarihinde çıkarılan 675 ve 676 sayılı kanun hükmünde kararnameler ile aralarında Dicle Haber Ajansı, Tîroj ve Azadiya Welat gibi birçok gazete, dergi ve haber ajansı ile birlikte kapatılmasına karar verildi.

Gazete hakkında birçok defa toplatma kararı verildi.
24 Mart 2012'de İstanbul 14. Ağır Ceza Mahkemesi'nin aldığı kararla gazetenin 24 Mart 2012 tarihli sayısının 1, 8, 9, 10 ve 11. sayfalarında "örgüt propagandası" yapıldığı iddiasıyla 1 aylık kapatma cezası verdi. Bianet'in haberine göre Özgür Gündem'in 24 ve 25 Mart 2012 tarihli sayılarına da el konuldu.

14 Mart 2016'da, Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı gazete hakkında “terör örgütü propagandası” yaptığı iddiasıyla soruşturma başlattı ve 14 Mart tarihli nüshasının toplanması için Sulh Ceza Hakimliği’nden talepte bulundu. Soruşturmaya gerekçe olarak, gazetenin birinci sayfasında 13 Mart'ta gerçekleşen Ankara saldırısının fotoğrafı ile verilen "Newroz'un ayak sesleri" sürmanşeti ve "Baharı erteleyemezsin" manşetlerini, içeriği ve fotoğrafları ile birlikte değerlendiren Başsavcılık, Kızılay'da düzenlenen bombalı intihar saldırısına atıf yapılarak, terör eylemini övücü nitelikte yayın yapıldığını belirtti. Talebi değerlendiren Ankara 1. Sulh Ceza Hakimliği, gazetenin topl