undu. Lewandowski bu gollerden sonra ligin ilk yarısında gol atma başarısı gösteremedi. İlk yarı sonunda Dortmund dördüncü sıradaydı ve lider Bayern Münih'in 12 puan gerisinde bulunuyordu.

2013-2014 sezonu sonrası Dortmund ile sözleşmesi sona erecek olan Lewandowski, 4 Ocak 2014 tarihinde bedelsiz olarak Dortmund'un ezeli rakibi Bayern Münih'e transfer oldu.

Sezon ortasında gerçekleşen bu transfer Lewandowski'nin Dortmund'daki konumunu etkilemedi. İkinci yarıda 90 dakika forma giymeye devam etti. 20. hafta SV Werder Bremen'i deplasmanda 1-5 yendikleri maçta 2 gol 1 asistlik performans gösterdi. Bir sonraki hafta Frankfurt'u 4-0 yendikleri mücadelede bir gol attı. 23. haftada Nürnberg karşısında 1 gol 1 asistle oynadı. 24. haftada sakatlığı yüzünden forma giyemeyen Lewandowski, 26. haftada deplasmanda Hannover96'yı 0-3 mağlup ettikleri maçta 1 gol atmayı başardı. Daha sonra Wolfsburg ve Mainz 05 maçlarında birer gol atan Lewandowski, ligin son haftasında oynanan ve ligde Dortmund ile çıktığı son maç olan Hertha Berlin mücadelesinde 2 gol attı. Dortmund, ligi şampiyon Bayern Münih'in ardında ikinci sırada tamamladı. Lewandowski Dortmund formasıyla son kez mücadele ettiği Bundesliga'da, bu sezonda 33 maça çıktı, 2803 dakika süre aldı. 20 gol 10 asistlik katkıda bulundu. Attığı 20 gol ile sezonu ligde gol kralı olarak bitirdi.

Şampiyonlar Ligi'nde ise F grubunda yer aldılar ve Napoli, Arsenal, Olympique de Marseille ile aynı gruba düştüler. Grupta ilk mücadeleler 18 Eylül 2013 tarihinde yapıldı. Son finalist Dortmund Lewandowski'nin de forma giydiği Napoli maçında İtalya'dan 2-1'lik mağlup ile döndü. İkinci hafta Marsilya'yı ağırladılar ve 3-0 gibi rahat bir sonuç ile grupta ilk kez kazandılar. Lewandowski 90 dakika forma giydi. Takımının ilk ve son golünü kaydetti. Grupta üçüncü hafta Dortmund kritik bir deplasmanda Arsenal ile karşılaştı. 1-2 biten maçta Lewandowski 1 gol 1 asistlik katkısı ile göz doldurdu ve Dortmund puanını altıya çıkardı. Bir sonraki hafta Arsenal'i ağırlayan Dortmund kendi evinde Arsenal'e 0-1 mağlup oldu. Beşinci haftada Napoli'yi konuk eden Dortmund, mücadeleden 3-1 galip ayrıldı. Lewandowski bu mücadelede iki asist yaptı. Son hafta Fransa'da Marsilya ile karşılaştılar ve Lewandowski'nin de bir gol attığı maçı 1-2 kazanarak gruptan çıktılar. Son 16 turunda Rus temsilcisi Zenit ile eşleştiler. İlk maç Rusya'da Dortmund'un 2-4'lik üstünlüğü ile bitti Lewandowski bu maçta 2 gol attı. Almanya'da Zenit, Dortmund'u 1-2 mağlup etti fakat bu sonuç Zenit'e yetmedi ve Dortmund çeyrek finale yükseldi. Dortmund, çeyrek finalde bir önceki sezon yarı finalde elediği Real Madrid ile eşleşti. İlk maç İspanya'da oynandı. Lewandowski'nin sarı kart cezalısı olduğu maçı Real Madrid 3-0 kazandı. Rövanşta, Dortmund maça hızlı başlayıp skoru 2-0 yapsa bile üçüncü golü bulamadı ve çeyrek finalde elendi. Lewandowski bu sezon Şampiyonlar Ligi'nde 9 maça çıktı, 809 dakika süre aldı. 6 gol atıp 4 asist yaptı.

DFB-Pokal'de ise ilk turda Wilhelmshaven ile eşleştiler. Deplasmanda 0-3 yenerek elediler ve Lewandowski bu maçta bir gol kaydetti. İkinci turda 1860 München ile eşleştiler. Uzatmaya giden maçta 105 ve 107. dakikalarda buldukları goller ile 1860 München'i de elediler. Lewandowski 105. dakikada oyundan alındı. Son 16'da Saarbrücken ile eşleştiler. Lewanddowski bu maçta forma giymedi ama takımı maçı 0-2 kazanarak çeyrek finale çıktı. Çeyrek finalde Frankurt ile eşleştiler. Lewandowski'nin de 90 dakika forma giydiği maçı 0-1 kazanarak yarı finale çıktılar. Yarı finalde Wolfsburg ile eşleştiler. Lewandowski'nin de bir gol attığı maçı 2-0 kazanarak finale çıktılar ve finalde Bayern Münih ile eşleştiler. Berlin'de oynanan finalde 63. dakikada Mats Hummels'in kafa vuruşunu defans güçlükle çıkardı fakat Dortmundlu futbolcular topun çizgiyi geçtiğini düşünüyordu. Hakem golü vermedi ve maçın kaderine direkt etki etti. 90 dakika golsüz eşitlikle sonuçlandı. Uzatmalarda Arjen Robben'i durduramadılar ve Robben 107. dakikada skoru değiştirdi Bayern'i 1-0 öne geçirdi. 120+3'te Thomas Müller son noktayı koydu ve Bayern Münih, Dortmund'u 0-2 yenerek kupaya ulaştı. Lewandowski, Dortmund adına son kez forma giydiği maçta skora etki yapamadı. Polonyalı golcü, 2013-2014 sezonunda DFB-Pokal'de 5 maça çıktı 488 dakika süre aldı. 2 gol atabildi.

Robert Lewandowski, 2013/2014 sezonunda toplamda 48 maça çıktı. 28 gol attı 14 asist yaptı. 4169 dakika sahada kaldı.

Borussia Dortmund forması giyerken devre arasında Bayern Münih'e transfer olan Lewandowski, Bayern Münih formasıyla ilk resmi maçına DFL-Supercup finalinde Dortmund karşısında çıktı. 90 dakika sahada kalmasına rağmen eski takımı Dortmund'a karşı gol veya asist yapamadı. Dortmund, Bayern'i 2-0 mağlup ederek kupaya ulaşırken Polonyalı golcünün Bayern Münih kariyeri mağlubiyet ile başladı. Lewandowski, ligde kırmızı beyaz formayı ilk kez 22 Ağustos 2014'te Wolfsburg'a karşı oynanan birinci hafta mücadelesinde giydi. 47. dakikada Arjen Robben'e gol pasını vererek ilk asistini de yapmayı başardı. Bayern Münih, Lewandowski'nin bir asistle tamamladığı maçı 2-0 kazanarak lige güzel bir başlangıç yaptı. İkinci hafta Schalke 04 ile oynanan deplasman mücadelesinde dakika 10'da Bayern Münih formasıyla ilk golünü kaydetti. Maç 1-1 bitti. Üçüncü hafta Stuttgart'ı 2-0 mağlup ettikleri mücadele bir asist daha yaptı. Dördüncü hafta 0-0 biten Hamburg maçını boş geçti ve sonraki hafta Paderborn'a karşı bir gol kaydetti. Takımı ligde lider giderken yedinci hafta oynanan Hannover 96 mücadelesinde iki gol birden attı ve takımı mücadeleden 4-0'lık galibiyet ile çıktı. Sekizinci hafta SV Werder Bremen maçında kadroda olmasına rağmen forma giymedi, Bayern Münih bu maçı 6-0 kazandı. Dokuzuncu hafta Borussia Mönchengladbach maçında sol kanat mevkinde forma giydi. 90 dakika sahada olmasına rağmen skora katkı yapamadı. Maç başladığı gibi sonra erdi. Bir sonraki hafta Dortmund'u ağırladıkları maçta 1 gol attı. Takımı maçı 2-1 kazandı. 12. hafta TSG 1899 Hoffenheim maçında 1 gol 1 asistle oynadı. Bayern Münih, Polonyalı golcüsünün iki gole direkt katkı yaptığı maçı 4-0 kazandı. Lewandowski, 15. hafta oynanan Augsburg deplasmanında 1 gol kaydetti. 17. haftada oynanan Mainz 05 maçında sakatlığı nedeniyle yer almadı. Bundesliga'da ilk yarı bittiğinde Bayern Münih 45 puanla zirvede bulunuyordu en yakın takipçisine 11 puan fark atmıştı ve namağlup konumdaydı.

Sezonun ilk yarısını namağlup bitiren Bayern Münih, ikinci yarının ilk maçında Wolfsburg'a 4-1 mağlup oldu ve bu unvanı kaybetti. Lewandowski 71 dakika oyunda kaldı. Oyunda kaldığı sürece skora katkı yapamadı. 19 ve 20. haftaları da boş geçen Lewandowski, 21. hafta oynanan ve takımının 8-0 kazandığı Hamburg maçına sol kanat mevkinde çıkmasına rağmen maçı 1 gol 1 asistle tamamladı. Bir sonraki hafta Paderborn maçında 2 gol birden kaydetti ve takımı maçı deplasmanda 0-6 kazandı. 23. haftada oynanan ve 4-1 Bayern Münih'in üstünlüğü ile biten Köln maçında bir gol kaydetti. 25. hafta oynanan Werder Bremen deplasmanında 2 gol kaydetti. Bayern Münih, Polonyalı golcüsünün 2 gol attığı maçı 0-4 kazandı ve liderliğini sürdürdü. 27. hafta Lewandowski, yıllarca sarı siyah formayla çıktığı Signal Iduna Park'a, kırmızı beyaz formayla çıktı ve eski takımı Dortmund'un rakibi olarak mücadele etti. Maç Bayern Münih'in 0-1'lik üstünlüğü ile tamamlandı. Dortmund'a golü eski golcüsü Robert Lewandowski attı. 36. dakikada düzgün bir kafa vuruşu ile takımını Dortmund karşısında 0-1 öne geçiren Lewandowski 2014/2015 sezonunda 14. golünü atmış oldu. Bir sonraki hafta Frankfurt maçında 2 gol attı. Takımı mücadeleden 3-0 galip çıktı. Son hafta oynanan Mainz 05 maçını da 1 gol 1 asistle tamamladı. 34 haftanın sonunda 79 puana ulaşan Bayern Münih sezonu şampiyon bitirdi. İlk sezonunda Bayern Münih ile şampiyonluğa ulaşan Polonyalı yıldız, 2014/2015 sezonunda Bayern Münih forması ile 31 maça çıktı, 2487 dakika süre aldı. 17 gol atıp 7 asist yaptı.

Şampiyonlar Ligi'nde E grubunda İngiliz temsilcisi Manchester City, Rus temsilcisi CSKA Moskova ve İtalyan temsilcisi Roma ile aynı gruba düştüler. Lewandowski, Bayern Münih formasıyla Şampiyonlar Ligi ilk maçına 17 Eylül 2014'te Manchester City'i konuk ettikleri maçta çıktı. Maç 1-0 takımının üstünlüğü ile biterken Lewandowski skora katkı yapamadı. İkinci şampiyonlar ligi haftasında Rusya'ya gittiler. Bayern Münih bu maçıda 0-1 kazandı. Polonyalı golcü 90 dakika forma giymesine rağmen yine skora katkı yapamadı. Üçüncü hafta Roma deplasmanında gittiler. Lewandowski, Bayern Münih adına ilk golünü bu maçta attı. Bir de asist yaptı. Takımı maçı 1-7 kazandı. Dördüncü hafta Roma'yı konuk ettiler. Lewandowski'nin bir asist yaptığı maçı 2-0 kazandılar ve gruptan çıkmayı garantiler. Beşinci hafta gruptan çıkmayı garantilemiş Bayern Münih, Manchester City deplasmanına gitti. 3-2 City'nin galibiyeti ile sonuçlanan maçta Lewandowski bir gol kaydetti. Grubun son maçında Bayern Münih, Rus temsilcisi CSKA Moskova'yı ağırladı. 3-0 Bayern Münih'in lehine biten maçta Lewandowski bir asist yaptı. Maçların bitiminde oluşan puan durumuna göre 15 puan toplayan Bayern Münih gruptan lider çıktı.

Şampiyonlar Ligi son 16 turunda FK Şahtar Donetsk ile eşleştiler. İlk maç Ukrayna'da 0-0 bitti. Lewandowski 15 dakika süre aldı. Almanya'da oynanan rövanşı Bayern Münih 7-0 kazandı ve adını bir üst tura yazdırdı. Lewandowski rövanş maçında 1 gol 2 asist ile mücadele etti. Çeyrek finalde Portekiz temsilcisi Porto ile eşleştiler. Portekiz'de oynanan ilk ayağı Porto 3-1 kazandı. Almanya'da oynanan rövanş maçında Bayern Münih 6-1 galip geldi ve yarı finale çıktı. Lewandowski rövanş maçında 2 gol kaydetti. Yarı finalde Barcelona ile eşleştiler. İspanya'da oynanan ilk maç 3-0 Barcelona'nın üstünlüğü ile bitti. Almanya'da oynanan rövanş maçın 3-2 bitince Bayern Münih, şampiyonlar ligine yarı finalde veda etti. Lewandowski, rövanşta bir gol kaydetti. Lewandowski, 2013/2014 sezonunda Şampiyonlar Ligi'nde 12 maça çıktı, 931 dakika süre aldı. 6 gol atıp 5 asist yaptı.

DFB-Poka