amayı planladığını açıkladı.

Mayer'ın son albümü "Continuum", 12 Eylül 2006'da yayımlandı ve prodüktörlüğünü Mayer ile Steve Jordan üstlendi. Mayer albümün kendi pop müzik imzasıyla blues'un duygusu, sesi, geleneği ve duyarlığını birleştirmeyi amaçladığını belirtti. Bu tarzda, yayımlanan trio albümü "Try!"dan iki parça— funky "Vultures" ile blues merkezli "Gravity"— da "Continuum" albümünde yer aldı. Mayer, "Gravity" şarkısının, yazdıkları içinde en önemli şarkı olduğunu ifade etti.

"Continuum" albümünden çıkan ilk single, "The Ron and Fez Show"da çıkış yapan "Waiting on the World to Change" oldu. Şarkı, yayınlandıktan sonra 11 Temmuz 2006'da, iTunes Müzik Mağazası'nda haftanın en çok indirilen üçüncü şarkısı oldu ve "Billboard" Hot 100 listesine, 25 numaradan giriş yaptı. 23 Ağustos 2006'da, Mayer, Los Angeles radyo istasyonu Star 98.7'de, her parçaya yorum yaparak tüm albümünü çaldı. Daha sonraki bir versiyon ise ertesi gün Clear Channel Music internet sitesinde sunuldu. 21 Eylül 2006'da Mayer Kanıt Peşinde'de yer aldı ve "Waiting on the World to Change" ile "Slow Dancing in a Burning Room"'u çaldı. "Gravity" parçası, televizyon dizileri "House"'ın "Cane & Able" bölümünde ve "Numb3rs"'da yer aldı. 22 Ekim 2006'da Abbey Road Studios'da "Live From Abbey Road" programı için bir bölüm kaydetti.

7 Aralık 2006'da "Yılın Albümü" dahil beş dalda 2007 Grammy'lerine aday oldu. John Mayer Trio da "Try!" albümüyle aday gösterildi. "Waiting on the World to Change" ile En İyi Sözlü Pop Parçası, "Continuum" ile En İyi Pop Albüm ödüllerini aldı. Mayer "Waiting on the World to Change" teklisinin, müzisyen Ben Harper'ın vokalinin eklendiği akustik versiyonunun remiksini yaptı. "Continuum" albümünün kaydına hazırlanırken, Los Angeles'taki The Village'i usta müzisyen Robbie McIntosh ile beş şarkısının demo akustik versiyonlarını kaydetmek için tutmuştu. Bu kayıtlar 12 Aralık 2006'da "The Village Sessions" adıyla EP olarak piyasaya sürüldü. Mayer her zamanki gibi albümün kapak çalışmasını denetledi.
Mayer Şubat 2007'de John Frusciante ve Derek Trucks ile birlikte "Rolling Stone"'un (#1020) kapağında yer aldı. "Yeni Gitar Tanrıları"ndan biri olarak gösterildi ve kapakta Eric Clapton'a atıfla "Slowhand, Jr." takma adıyla anıldı. Buna ek olarak "Time" dergisi editörleri tarafından 2007'nin En Etkili 100 isminden biri seçildi.

20 Kasım 2007'de "Continuum" albümü, internet ve satış mağazalarında yeniden satışa sunuldu. Bu defa albüm, 2007 turnesinden, beşi "Continuum"'dan, diğeri ise Ray Charles'ın "I Don't Need No Doctor" parçasının coverı olan altı şarkının yer aldığı bir bonus disk içeriyordu. Yeni single'ı "Say" de ayrıca iTunes'tan dinleyiciye sunuldu. 6 Aralık 2007'de "Belief", 2008 Grammy Ödülleri'nde En İyi Erkek Pop Vokal dalında aday gösterildi. Törende Alicia Keys'e "No One" parçasında eşlik etti.

Şubat 2008'de Mayer aralarında David Ryan Harris, Brett Dennen ve Colbie Caillat'ın da olduğu çeşitli müzisyenlerin performanslarını da kapsayan, Karayiplere üç günlük bir gemi gezisine ev sahipliği yaptı. Etkinliğin adı "The Mayercraft Carrier", geminin adı ise, "Carnival Victory" idi. Bunun devamı niteliğindeki tur "Mayercraft Carrier 2" ise Long Beach, Kaliforniya'da başladı ve Carnival Splendor gemisiyle 27-31 Mart 2009 tarihlerinde yapıldı.

8 Aralık 2007'de Nokia Theatre L.A. Live'de verdiği konserin Danny Clinch tarafından yönetilen filmi, 1 Temmuz 2008'de "Where the Light Is" adıyla piyasaya sürüldü. Film akustik bir bölüm ile John Mayer Trio ile olan bir bölüm, ardından da John'un "Continuum" albümündeki grubuyla olan bölümü içerir. DVD ve Bluray'deki bonus materyaller arasında Mayer'ın sahne arkası görüntüleriyle Mulholland Drive'da çalarken çekilen görüntüleri de yer alır.

Mayer Avustralyalı soul sanatçısı Guy Sebastian'ın "Like it Like That" albümünde yer alan üç şarkıda onunla çalıştı. Ayrıca, Crosby Loggins'in ilk LP'si "Time to Move"'a adını veren parçada gitar çaldı.

7 Temmuz 2009'da Mayer Michael Jackson'ı anma töreninde gitarla şarkıcının Human Nature parçasının enstrümantal bir versiyonunu çaldı.

17 Kasım 2009'da Mayer'in dördüncü stüdyo albümü "Battle Studies" yayımlandı ve albüm "Billboard" 200 listesine zirveden girdi. On bir parça içeren albümün süresi kırk beş dakikadır. İlk single "Who Says" albümden önce, 24 Eylül 2009'da piyasaya çıktı. Onu 19 Ekim'de ikinci single "Heartbreak Warfare" izledi. Albüm, ticarî başarısına rağmen eleştirmenlerden hem olumlu, hem olumsuz eleştiriler aldı. Bazıları albümü coşkulu buldu ve sanatçının "en cesur" albümü olarak niteledi. Kimileri albümü "güvenli" olarak niteledi ve "Şarkıcı-söz yazarı Mayer ile şehir adamı Mayer arasındaki bağlantı bazen, aynı bedenin içinde değillermiş gibi kopuk" yorumunu yaptı. Mayer da, "Rolling Stone" dergisiyle yaptığı söyleşide "Battle Studies"in en iyi albümü olmadığını kabul etti.

Mayer 2002'de tıbbi bakım, eğitim, sanat ve yetenek gelişimi gibi alanlar için gelir toplamaya yönelik, kâr amacı gütmeyen bir organizasyon olan "Back To You" Derneğini açtı. Dernek, gitar penaları, tişörtler ve imzalı CD'ler gibi özel John Mayer eşyalarının açık artırmayla satışından gelir elde etmektedir. Açık artırmalar başarılı olmuş, kimi biletler itibari değerlerinin on yedi katı fiyata satılmıştır.

Mayer Nisan 2007'de blogunda yazdığı bir yazıda, küresel ısınmayı tersine çevirmeye katkıda bulunmayı amaçlayan "Another Kind of Green" adlı yeni bir çalışmadan söz etti. Mayer böylece ekolojik duyarlığı artırmayı amaçladı. Kendi yaşam tarzını korurken, bir yandan "plastiğe alternatif ucuz ve kolay" ürünler tasarladı, uyguladı ve blogunda başkalarını da bu yönde çaba harcamaları için teşvik etti. Ayrıca tur otobüsünü biodizele çevirdi. Mayer, yeniden kullanılabilir bakkal çantası ve su şişesi üretimi amacıyla Incase ile ortak oldu. Mayer, 7 Temmuz 2007'de küresel ısınmaya dikkat çekmeyi amaçlayan Live Earth projesinin East Rutherford, New Jersey'deki konserine katıldı. 2007 yazından başlayarak, çevreci grup Reverb bilgi alınabilecek kulübeler kurdu ve Mayer'ın ekibine şarkıcının turneleri sırasında enerji tasarrufu yapabilmeleri için yardım etti.

Mayer kariyeri boyunca birkaç gelir elde etme ve bağış toplama amaçlı televizyon programında yer aldı. Virginia Tech katliamı sonrasında Dave Matthews Band, Phil Vassar ve Nas ile birlikte, 6 Eylül 2007'de okulun stadyumu olan Lane Stadyumu'nda ücretsiz konser verdi. 8 Aralık 2007'de First Annual Charity Revue'yü sundu. Önce John Mayer Trio, daha sonra ise turne grubuyla akustik bir performans sergiledi. Bu konserden elde edilen gelir, Toys for Tots, Inner City Arts ve the Los Angeles Mission'a bağışlandı. Konserin CD ve DVD'si Temmuz 2008'de "Where the Light Is" adıyla satışa sunuldu. Bunların satışından sağlanacak gelirin bağışlanıp bağışlanmayacağı açıklanmadı. Mayer ayrıca, Tibet ile Dalai Lama Tenzin Gyatso'yu destekleme amacına yönelik ünlülerden oluşan bir inisiyatif olan "Songs for Tibet"te yer aldı.

Bir "Rolling Stone" söyleşisinde Mayer, eski Columbia Records başkanı Don Ienner'in "Continuum" albümünü sert şekilde eleştirmesinin ardından, kısa süre için de olsa, müziği bırakıp tam zamanlı olarak tasarım alanında çalışmayı düşündüğünü belirtti. Öte yandan Mayer'ın tasarıma olan ilgisi kendisini çeşitli yollarla belli ediyordu. 2003'te Martin Guitars Mayer'a kendi imzasını taşıyan OM-28 John Mayer adlı akustik gitarı verdi. Gitarın sürümü, bir Atlanta alan kodu olan 404 sayısıyla sınırlıydı. Bu modeli, 2005 yılında çıkarılan iki Fender marka Stratocaster elektro gitar izledi. Üçüncü bir Stratocaster ise bu kez 100 taneyle sınırlı olarak üretildi. Ocak 2006'da Martin Guitars, Martin OMJM John Mayer akustik gitarı satışa sundu. Bu gitarın Martin OM-28 John Mayer'ın birçok özelliğini taşıması, ancak daha uygun bir fiyattan satılması öngörüldü. Ağustos 2006'da Fender, SERIES II John Mayer Stratocaster'ları üretmeye başladı. Bu serinin renklerinde değişiklikler yapıldı. Ocak 2007'de Two Rock, Mayer'la özel tasarım amfiler için işbirliği yaptı. Bunların yalnızca (hepsi Mayer tarafından imzalanmış) 25'i halka sunuldu. Haziran 2007'de üzerinde "Continuum" motifinin bulunduğu gitarlar ve John Mayer imzalı 500 Fender Statocaster in Cypress-Mica piyasaya sürüldü. Sınırlı sayıdaki Cypress-Mica model gitarlar, Mayer'ın Incase tasarımlarıyla işbirliğinin ürünü olan INCSvsJM enstrüman çantalarını da kapsıyordu. Mayer aynı zamanda tutkulu bir gitar koleksiyoncusudur ve 2006 yılında koleksiyonu 200 parçayı aşmıştır.

Gitarlara ek olarak Mayer'ın el yapımı ürünleri, tişörtten gitar çantasına ve kendisinin çok sevdiği spor ayakkabılarına kadar çeşitlilik gösterir. 2006 Ağustosunda Mayer, Mayer temalı eşyaların giyim kısmını oluşturan, kendi tasarımlarından oluşan JMltd'yi başlattı. Ürünler internet sitesinde satışa sunuldu.

1 Haziran 2004 tarihinde, "Esquire" dergisinde, Mayer, "John Mayer Müzik Dersleri" adlı bir köşede yazmaya başladı. Her bir makale, bir ders ile Mayer'ın kişisel ilgi alanları ya da çeşitli popüler konulara ilişkin (çoğu zaman mizahi) görüşlerini içerir. Her yazı, seçilmiş bir ders ile kişisel ve popüler ilgisi üzerine çeşitli konulardan oluştu. Ağustos 2005 sayısında, okurlarını, yazmış olduğu bestelenmemiş sözleri için beste yapmaya çağırdı. Kazanan Los Angeles'tan Tim Fagan oldu, sonuç, derginin Ocak sayısında açıklandı.

Mayer, online olarak da aktif olmakta ve dört bloguna devam etmekte: bir MySpace sayfası, resmî sitesindeki bir blog, Honeyee.com'da bir başkası ve StunningNikon.com'da bir resim blogu. Blogların önceliği Mayer'ın kariyeri ile ilgili olsa da, bloglarda ayrıca şakalar, komik videolar, Mayer'ın kişisel aktiviteleri de yer aldı; zaman zaman içerikte birikmekteler. Mayer, blogları bir reklamcı aracılığıyla değil, bizzat kendisinin yazdığını belirtti. 23 Ocak 2008 tarihli resmî blog girdisi "Done & Dusted & Self Conscious & Back to Work." yazılı bir grafik ve devamında  "Muharebenin teorik spekülasyonunda, ön yargıda, yanlış usavurmada, gururda, övüngende tehlike vardır. Tek güven