udiler, (Makkabiler olarak da bilinen) Haşmonayim ailesinin liderliğinde ayaklanmıştır. Ayaklanma sonucunda ortaya çıkan bağımsız Yahudi krallığı olan Haşmonayim Hanedanı MÖ 165 yılından MÖ 63 yılına kadar varlığını sürdürmüştür. Haşmonayim Hanedanı, Salome Alexandra'nın oğulları II. Hurkanus ve II. Aristobulus arasındaki iç savaş yüzünden parçalanmıştır. Bir hükümdar yerine teokratik ruhban sınıfı tarafından yönetilmek isteyen halktan, Romalı yetkililere bu yönde talepler gelmişti. Bunu çok geçmeden Pompey'in önderliğinde toprakların fethi ve ilhakı izlemiştir.

Roma hakimiyeti altındaki Yehuda başlangıçta ilk olarak Haşmonayimlerin ardından da Herod Hanedanı'nın yönetiminde bağımsız bir Yahudi krallığıydı, ancak güçleri zamanla azalarak doğrudan Roma yönetimi altına girmiş ve Yahudiye Eyaleti olarak yeniden isimlendirilmiştir. İmparatorluk, Yahudi tebaasına karşı sıklıkla vurdumduymaz ve gaddar bir tutum takınmıştır. Milattan sonra 66 yılında, Yahudiler Yehuda'nın Romalı yöneticilerine karşı bir ayaklanma başlattılar. Ayaklanma, daha sonra Roma imparatorları olacak olan Vespasian ve Titus tarafından bastırılmıştır. Milattan sonra 70 yılındaki Kudüs Kuşatması'nda, Kudüs Tapınağı'nın büyük kısmını yıkan Romalılar kimi anlatımlara göre, Menora gibi, tapınağın kutsal eşyalarının bir kısmını da yağmalamışlardır. Julius Severus'un Bar Kohba ayaklanmasını bastırırken Yehuda'yı harabeye çevirdiği ikinci yüzyıla kadar önemli sayıda Yahudi topraklarında yaşamayı sürdürmüştür. Ayaklanmanın bastırılması sırasında, 985 köy haritadan silinirken Yehuda'nın merkezinde yaşayan Yahudi nüfusun büyük bölümü de yok edilmiş, öldürülmüş, köle edilerek satılmüş veya kaçmaya zorlanmıştır. Kudüs'e girmekten men edilen Yahudi nüfusun yeni merkezi Celile olmuştur.

Yehuda Yahudilerinin çoğu köle edilerek satılırken diğerleri ise Roma İmparatorluğu'nun diğer bölgelerinde vatandaş olmuştur. Yeni Ahit'teki Elçilerin İşleri kitabı ve Pavlus tarafından kaleme alınan diğer metinlerde, Roma dünyasının çeşitli şehirlerinde yaşayan Helenleşmiş büyük Yahudi gruplarından sıklıkla bahsedilir. Bu Helenleşmiş Yahudiler diasporada yaşamaktan sadece ruhani anlamda etkilenmişler, Yahudi itikadinin köşe taşı haline gelen kayıp ve yurtsuzluk duygusunu özümsemişler, dünyanın çeşitli bölgelerinde maruz kaldıkları baskılar da bu duyguları pekiştirmiştir. Yahudilik dinini Helen uygarlığının dört bir yanına yayan Yahudiliğe geçiş politikasının ise, Romalılara karşı verilen savaşlar ve Tapınak sonrası dönemde Yahudi değerlerinin yeniden inşası ile sona erdiği görülmektedir.

Yahudi geleneğinin tapınak temelli dinden uzaklaşarak diaspora'nın gelenekleri temelinde yeniden şekillendirilmesinde, Mişna ve Talmud'da bulunan Tora tefsirlerinin geliştirilmesi de önemli bir rol oynamıştır.

Bar Kohba ayaklanmasının başarısızlıkla sonuçlanmasına rağmen, önemli sayıda Yahudi İsrail diyarında hayatını sürdürmüştür. Burada kalan Yahudiler, İsrail Diyarı'nı birbiri ardına işgal eden güçlere karşı çeşitli deneyimler ve silahlı çatışmalar yaşamışlardır. Yahudiliğin en ünlü ve önemli metinlerinden bazıları bu dönemde İsrail şehirlerinde kaleme alınmıştır. Kudüs Talmudu, Mişna'nın tamamlanması ve "nikkud" sistemi bunlara verilebilecek örneklerden birkaçıdır.

Bu dönemde, Yahudi sözlü yasasını düzenleyen ve tartışan hahamlar "tannaim" ve "amoraim" halen faaliyetlerini sürdürüyordu. "Tannaim"'in aldığı kararlar, Mişna, Berayta, Tosefta ve çeşitli Midraş derlemelerinde bulunmaktadır. Mişna, MS 200'ün hemen başlarında, muhtemelen Judah haNasi tarafından tamamlanmıştır. "Amoraim" tarafından Mişna üzerine yapılan yorumlar ise, muhtemelen Tiberya'da, MS 400 civarında Kudüs Talmudu'nda derlenmiştir.

Milattan sonra 351 yılında, Suffurriye'deki Yahudi halk, Patricius önderliğinde, Konstantius Gallus yönetimine karşı ayaklandı. Ayaklanma, sonunda Ursinius tarafından bastırılmıştır. Geneleğe göre, MS 359 yılında, II. Hillel güneş yılını temel alan İbrani takvimini oluşturmuştur. O zamana kadar, İsrail Diyarı dışında yaşayan tüm Yahudi topluluğu, Sanhedrin tarafından tasdik edilen takvimi kullanıyordu; Bu, Yahudi bayramlarının belirlenmesi için gerekliydi. Öte yandan, bu takvimi kullananların ve kararları uzaktaki topluluklara ulaştıran ulakların hayatı tehlikedeydi. Dini baskıların süremesi, Hillel'in her zaman için kullanılabilecek, resmi bir takvim sağlama kararlılığını da artırmıştı.

Son pagan Roma İmparatoru II. Julianus Yahudilerin "senelerce yeniden imarını özlemle beklediğiniz kutsal Kudüs'e" dönmesine ve Tapınak'ı yeniden inşa etmesine izin verdi. Ne var ki, Julianus 26 Haziran 363 tarihinde Sasani İmparatorluğu'na karşı yürüttüğü başarısızlıkla sonuçlanan seferde öldürülmüş ve Tapınak yeniden inşa edilememiştir.

Yahudiler Roma İmparatorluğu'nun dört bir yanına dağılmışlardı. Bu durum, Bizans yönetimi sırasında da orta ve doğu Akdeniz'de kısmen devam etmiştir. Bizans İmparatorluğu'nun militan ve dışlayıcı Hıristiyanlık anlayışı ve imparatoru dinin de başı olması yüzünden Yahudiler iyi muamele görmemişler ve İmparatorluk içindeki Yahudilerin durumu ve nüfuzu dramatik ölçüde kötüye gitmiştir.

Yahudilerin Hıristiyanlığa döndürülmesi resmi Hıristiyan politikasıydı ve Hıristiyan liderler bu çabalarında Roma'nın resmi gücünden yararlanmıştır. Milattan sonra 351 yılında, Yahudiler bölge valisi Gallus'un giderek artan baskıları karşısında bir defa daha ayaklandılar. Gallus, ayaklanmayı bastırarak ayaklanmanın başladığı Celile'deki büyük şehirleri haritadan silmiştir. Bunlardan en büyük iki hukuk akademisine ev sahipliği yapan Tzippori ve Lydda bir daha asla toparlanamamıştır.

Bununla birlikte, Tiberya'daki Nasi II. Hillel ayın her ay gözetlenmesine gerek bırakmayacak bir resmi takvimi işte bu dönemde yaratmıştır. Hemen hemen aynı dönemde, Tiberya'daki Yahudi Akademisi, Judah HaNasi'nin ölümünün ardından kuşaklar boyunca Tora çalışmaları yapan alimler tarafından geliştirilen birleştirilmiş Mişna, braitot, açıklamalar ve tefsirleri karşılaştırmaya başladı. Mişna'daki sıralamaya göre düzenlenen metinde Mişna'daki her paragrafı o Mişna ile ilişkili tüm tefsirlerin, hikâyelerin ve cevapların bir derlemesi izliyordu. Bu metne, Kudüs Talmudu adı verilmiştir.

Yehuda Yahudileri üzerindeki resmi baskılar Julianus döneminde kısa süreliğine de olsa hafiflemiştir. Krallığı Helenizm'e döndürme politikasını benimseyen Julianus, Yahudilerin Kudüs'ü yeniden inşa etmesine izin vermişti. Ancak Julianus'un 361 ile 363 yılları arasında süren kısa hükümdarlığı, bu vaadin yerine getirilmesine imkân vermezken, Hıristiyan yönetimi İmparatorluk üzerinde çok geçmeden tekrar kuruldu. Altın Ağızlı Yuhanna'nın Patrik olarak kutsandığı 398 yılından itibaren, Yahudilere karşı Hıristiyan söylemi, Yuhanna'nın "Yahudilik hastalığı"na karşı konuşmalar yaptığı "Yahudilere Karşı" ve "Heykellere dair, 17. Vaaz" gibi bir dizi vaaz ile artmaya devam etmiştir. Böylesi hararetli bir dil kullanılması, Antakya ve Konstantinopolis'dekiler gibi büyük Yahudi yerleşimlerine karşı bir güvensizlik ve nefret iklimi oluşturmuştur.

Beşinci yüzyılın başında, İmparator I. Theodosius, Yahudilere karşı resmi baskıları tesis eden bir dizi buyruk vermiştir. Yahudilerin köle sahibi olması, yeni sinagoglar inşa etmesi, resmi görevlerde bulunması veya bir Yahudi ile Yahudi olmayan arasındaki davalara bakmasına izin verilmiyordu. Yahudiler ile Yahudi olmayanlar arasındaki evlilikler ve Hıristiyanların Yahudiliğe geçişi ölüm cezası ile cezalandırılan suçlar haline gelmiştir. Bunun yanı sıra, Sanhedrin'i de dağıtan Theodosius, Nasi makamını da ortadan kaldırdı. İmparator I. Justinianus'un yönetiminde ise, yetkililer tarafından Yahudilerin vatandaşlık haklarına kısıtlama getirilmiş, Yahudilerin dini ayrıcalıkları da tehdit altına girmiştir. İmparator, sinagogun iç işlerine de müdahale ederek, örneğin, ibadet sırasında İbranice'nin kullanılmasını yasaklamıştır. Yasağa uymayanlar ise, bedeni cezalar, sürgün ve malvarlığını kaybetme gibi cezalarla yıldırılmaya çalışmıştır. Bizanslı General Belisarius, Vandallara karşı yürüttüğü kampanya sırasında kendisine direnen Borium Yahudilerini Hıristiyan olmaya zorlamış ve sinagoglarını kiliseye çevirmiştir.

I. Justinianus ve ardından gelen imparatorların kaygıları Yahudiye Eyaleti ile kısıtlı değildi, ancak dayattıkları düzenlemeleri uygulamak için yeterli sayıda askerleri yoktu. Bu otorite boşluğu sonucunda da, ironik şekilde altıncı yüzyılda muhteşem mozaik zeminlere sahip bir dizi yeni sinagog inşa edilmiştir. Yahudiler, Bizans kültürünün zengin sanat formlarını kendi yaşamlarına uyarlamışlardır. İnsanları, hayvanları, menoraları, zodyakları ve Kutsal Kitap'ta adı geçen karakterleri betimleyen mozaikler bulunmaktadır. Beit Alpha (buradaki mozaikler arasında İbrahim'in oğlu İshak yerine bir koç kurban edişini betimleyen bir sahnenin yanı sıra muazzam bir zodyak da bulunur), Tiberya, Beit Shean ve Tzippori'de bu sinagog zeminlerinin mükemmel örnekleri tekrar gün ışığına çıkartılmıştır.

Yahudilerin Bizans hakimiyeti altındaki hassas durumu, büyük ölçüde uzaklardaki Arap Yarımadası'nda (burada büyük Yahudi gruplarının yaşamaktaydı. Daha fazla bilgi için bkz. İslam hakimiyeti altında yaşayan Yahudilerin tarihi) İslam dininin ortaya çıkışından ötürü çok da fazla sürmedi. İslam Hilâfeti, 636 yılında Yarmuk Savaşı'nda kazandığı zaferin ardından birkaç yıl içinde Bizanslıları Kutsal Topraklar'dan (ya da modern İsrail, Ürdün, Lübnan, Suriye, Batı Şeria ve Gazze Şeridi'nden oluşan, Levant'tan) çıkarttı. Bizanslıların Yahudilere yönelik gaddarlığının bir göstergesi de sonraki yüzyıllarda Hilafet sınırları içinde yaşamak için Bizans topraklarından kaçan Yahudilerin yüksek sayısıdır.

Bununla birlikte, Bizans İmparatorluğu'ndaki Yahudi cemaatinin büyüklüğü bazı imparatorların (en başta da Justinianus'un) Anadolu Yahudilerini zorla Hıristiyanlığa geçirmeye yönelik ekseriyetle başarısızlıkla sonuçlanan teşebbüslerinden etkilenmemiştir. Bizans hakimiyeti sırasında Küçük Asya'daki Yahudilerin durumunun tam bir resmini çık